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T C 618.76 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0197;QD=60.3666;RBI=0.0795371;REFB=0;REVB=0.0628168;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30245e-05;OID=.;OPOS=877831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:30:9:0:0:32:9:0:0 chr1 878397 . C T 1068.37 PASS AF=0.452381;AO=114;DP=252;FAO=114;FDP=252;FR=.;FRO=138;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=46;FSRR=92;FWDB=0.00151263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.457;QD=16.9583;RBI=0.00151377;REFB=-0.014996;REVB=-5.88333e-05;RO=138;SAF=43;SAR=71;SRF=46;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468073;STB=0.525881;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0156332;OID=.;OPOS=878397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:138:138:114:114:0.452381:71:43:46:92:71:43:46:92 chr1 879789 . CCTGGAA C,CCTGGGA 677.33 PASS AF=0.34434,0.0660377;AO=51,15;DP=232;FAO=73,14;FDP=212;FR=.;FRO=125;FSAF=30,5;FSAR=43,9;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=-0.00142478,0.0132105;FXX=0.0901249;HRUN=5,2;LEN=6,1;MLLD=254.15,36.5999;QD=12.7799;RBI=0.0119045,0.0445805;REFB=-0.0175006,-0.00583327;REVB=-0.011819,-0.0425782;RO=119;SAF=18,6;SAR=33,9;SRF=48;SRR=71;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0645565,-0.00425135;STB=0.534152,0.598589;STBP=0.5,0.455;TYPE=del,snp;VARB=0.0331897,0.00215516;OID=.,.;OPOS=879790,879794;OREF=CTGGAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CCTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34434,0.0660377:51,15:232:73,14:212:125:30,5:43,9:58:67:99:119:18,6:33,9:48:71 chr1 887801 . A G 2596.49 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993567;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.353;QD=61.8211;RBI=0.0249948;REFB=0;REVB=-0.0229352;RO=0;SAF=71;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26385e-05;OID=.;OPOS=887801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:166:168:1:95:71:0:0:96:72:0:0 chr1 888639 . T C 1724.87 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0703396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.892;QD=57.9787;RBI=0.0814355;REFB=-0.00799633;REVB=-0.0410375;RO=3;SAF=63;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220746;STB=0.511626;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00343886;OID=.;OPOS=888639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:119:3:3:116:116:0.97479:53:63:3:0:53:63:3:0 chr1 888659 . T C 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.301;QD=63.6139;RBI=0.00960386;REFB=0;REVB=0.00539528;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92576e-06;OID=.;OPOS=888659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr1 894573 . G A 1509.8 PASS AF=0.494983;AO=148;DP=300;FAO=148;FDP=299;FR=.;FRO=151;FSAF=88;FSAR=60;FSRF=86;FSRR=65;FWDB=0.000158564;FXX=0.00333322;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.623;QD=20.198;RBI=0.014225;REFB=-0.0196997;REVB=0.0142241;RO=151;SAF=88;SAR=60;SRF=86;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237926;STB=0.513058;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0214993;OID=.;OPOS=894573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:299:151:151:148:148:0.494983:60:88:86:65:60:88:86:65 chr1 897325 . G C 1281.35 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.119;QD=61.752;RBI=0.0648728;REFB=0;REVB=0.0562088;RO=0;SAF=57;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106374;OID=.;OPOS=897325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:24:57:0:0:26:57:0:0 chr1 897440 . G A 492.5 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=0.00656753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.455;QD=20.102;RBI=0.0110737;REFB=-0.00703273;REVB=-0.00891599;RO=49;SAF=10;SAR=38;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745606;STB=0.538161;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00680376;OID=.;OPOS=897440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:50:48:48:0.489796:38:10:13:36:38:10:13:37 chr1 897564 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.444;QD=64.1518;RBI=0.134743;REFB=0;REVB=-0.12633;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00205537;OID=.;OPOS=897564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr1 900505 . G C 742.91 PASS AF=0.470238;AO=78;DP=168;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.00917239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.795;QD=17.6883;RBI=0.042414;REFB=-0.0154872;REVB=0.0414103;RO=87;SAF=54;SAR=24;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16907;STB=0.59492;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0137596;OID=.;OPOS=900505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:87:89:78:79:0.470238:24:54:46:41:25:54:46:43 chr1 900972 . T G 1992.17 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0666225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1619;QD=61.2974;RBI=0.0696287;REFB=-0.0574757;REVB=-0.0202385;RO=1;SAF=51;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922689;STB=0.504854;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00303598;OID=.;OPOS=900972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:78:51:1:0:78:51:1:0 chr1 901023 . T C 1578.53 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404468;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8611;QD=60.1345;RBI=0.0667747;REFB=0;REVB=0.0531311;RO=0;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161338;OID=.;OPOS=901023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:57:47:0:0:58:47:0:0 chr1 901046 . ACCC AC,ACCA 369.1 PASS AF=0.428571,0.0595238;AO=31,5;DP=81;FAO=36,5;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=15,2;FSAR=21,3;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0851731,-0.0646228;FXX=0.0117633;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=35.0104,200.103;QD=17.5763;RBI=0.109018,0.0662029;REFB=-0.00625183,-0.00791235;REVB=0.0680482,0.0143774;RO=36;SAF=14,2;SAR=17,3;SRF=16;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00692295,-0.052077;STB=0.55221,0.599601;STBP=0.412,0.714;TYPE=del,snp;VARB=0.00812084,-0.00498238;OID=.,.;OPOS=901047,901049;OREF=CC,C;OALT=-,A;OMAPALT=AC,ACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0.0595238:31,5:81:36,5:84:43:15,2:21,3:22:21:99:36:14,2:17,3:16:20 chr1 902128 . C T 932.4 PASS AF=0.47;AO=93;DP=197;FAO=94;FDP=200;FR=.;FRO=106;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.00394575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.79;QD=18.648;RBI=0.0402013;REFB=-0.0139857;REVB=0.0400072;RO=104;SAF=43;SAR=50;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176558;STB=0.511943;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0167687;OID=.;OPOS=902128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:200:104:106:93:94:0.47:50:43:50:54:50:44:52:54 chr1 906272 . A C 374.56 PASS AF=0.427184;AO=34;DP=96;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=45;FWDB=-0.00770026;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.243;QD=14.5458;RBI=0.00905218;REFB=-0.0228575;REVB=0.00475898;RO=60;SAF=11;SAR=23;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746624;STB=0.526184;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0291704;OID=.;OPOS=906272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:103:60:59:34:44:0.427184:23:11:16:44:32:12:14:45 chr1 907758 . AGGGGGC AGGAGGC,AGGGC,AGGGG 1023.06 PASS AF=0.0673077,0.932692,0;AO=8,12,11;DP=104;FAO=7,97,0;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=0,73,0;FSAR=7,24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10347,0.884908,0.928531;FXX=0.0188661;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,2;MLLD=187.098,16.1259,8.81223;QD=39.3485;RBI=0.145945,0.903861,0.940153;REFB=0,0,0;REVB=-0.102927,-0.184124,-0.147369;RO=45;SAF=0,0,11;SAR=8,12,0;SRF=45;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.89201,-0.893645,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0914258,-0.00852455,0;OID=.,.,.;OPOS=907761,907759,907763;OREF=G,GG,GC;OALT=A,-,-;OMAPALT=AGGAGGC,AGGGC,AGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0673077,0.932692,0:8,12,11:104:7,97,0:104:0:0,73,0:7,24,0:0:0:24:45:0,0,11:8,12,0:45:0 chr1 909238 . G C 2273.76 PASS AF=0.993103;AO=142;DP=144;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0293317;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.539;QD=62.7243;RBI=0.0464801;REFB=-0.0793183;REVB=0.0360562;RO=0;SAF=73;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000124842;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:145:0:1:142:144:0.993103:69:73:0:0:71:73:1:0 chr1 909242 . A G 611.05 PASS AF=0.481203;AO=56;DP=127;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0104484;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2943;QD=18.3775;RBI=0.0104557;REFB=-0.0424681;REVB=0.000391544;RO=67;SAF=24;SAR=32;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106647;STB=0.519374;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0338137;OID=.;OPOS=909242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:133:67:69:56:64:0.481203:32:24:36:31:33:31:36:33 chr1 909309 . T C 289.94 PASS AF=0.293233;AO=38;DP=132;FAO=39;FDP=133;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=-0.00889301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.794;QD=8.71999;RBI=0.00923458;REFB=-0.010602;REVB=-0.00248833;RO=93;SAF=23;SAR=15;SRF=57;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00966119;STB=0.501222;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.031465;OID=.;OPOS=909309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:93:94:38:39:0.293233:15:23:57:36:15:24:58:36 chr1 909768 . A G 5229.04 PASS AF=1;AO=328;DP=328;FAO=330;FDP=330;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.906;QD=63.3823;RBI=0.00779673;REFB=0;REVB=-0.000117609;RO=0;SAF=140;SAR=188;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06845e-06;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:328:330:0:0:328:330:1:188:140:0:0:189:141:0:0 chr1 911595 . A G 4026.14 PASS AF=0.452532;AO=427;DP=959;FAO=429;FDP=948;FR=.;FRO=519;FSAF=83;FSAR=346;FSRF=185;FSRR=334;FWDB=-0.0256628;FXX=0.0145529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2222;QD=16.9879;RBI=0.0487275;REFB=-0.0410935;REVB=-0.0414221;RO=498;SAF=82;SAR=345;SRF=166;SRR=332;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19182;STB=0.621628;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0573305;OID=.;OPOS=911595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:959:948:498:519:427:429:0.452532:345:82:166:332:346:83:185:334 chr1 911916 . C T 928.48 PASS AF=0.4689;AO=97;DP=208;FAO=98;FDP=209;FR=.;FRO=111;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=0.0144766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9746;QD=17.77;RBI=0.0297679;REFB=0.00774021;REVB=0.0260106;RO=111;SAF=39;SAR=58;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480218;STB=0.518165;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00868676;OID=.;OPOS=911916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:111:111:97:98:0.4689:58:39:50:61:58:40:49:62 chr1 914333 . C G 580.75 PASS AF=0.39881;AO=67;DP=168;FAO=67;FDP=168;FR=.;FRO=101;FSAF=11;FSAR=56;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=-0.02014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.238;QD=13.8274;RBI=0.0213782;REFB=-0.0175648;REVB=-0.00716991;RO=92;SAF=11;SAR=56;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306791;STB=0.689291;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0268073;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:92:101:67:67:0.39881:56:11:35:57:56:11:40:61 chr1 914852 . G C 861.2 PASS AF=0.458763;AO=89;DP=194;FAO=89;FDP=194;FR=.;FRO=105;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.0284367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0364;QD=17.7568;RBI=0.0383725;REFB=0.003103;REVB=-0.0257643;RO=104;SAF=57;SAR=32;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150758;STB=0.586484;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00304522;OID=.;OPOS=914852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:104:105:89:89:0.458763:32:57:51:53:32:57:51:54 chr1 914876 . T C 4059.31 PASS AF=1;AO=259;DP=260;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298219;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.05;QD=62.451;RBI=0.0162155;REFB=0;REVB=0.0159389;RO=0;SAF=156;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14764e-05;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:260:260:0:0:259:260:1:103:156:0:0:104:156:0:0 chr1 914940 . T C 915.69 PASS AF=0.350282;AO=112;DP=347;FAO=124;FDP=354;FR=.;FRO=230;FSAF=27;FSAR=97;FSRF=113;FSRR=117;FWDB=-0.0541051;FXX=0.0380424;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4349;QD=10.3468;RBI=0.0577059;REFB=-0.0303925;REVB=-0.0200651;RO=229;SAF=15;SAR=97;SRF=112;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502406;STB=0.701483;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0597252;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:354:229:230:112:124:0.350282:97:15:112:117:97:27:113:117 chr1 915227 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.881;QD=59.4334;RBI=0.0352006;REFB=0;REVB=0.029398;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52727e-05;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr1 916549 . A G 3150.74 PASS AF=1;AO=205;DP=207;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362039;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7456;QD=61.4778;RBI=0.0561714;REFB=-0.118051;REVB=-0.0429477;RO=1;SAF=70;SAR=135;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00675593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168431;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:207:205:1:0:205:205:1:135:70:1:0:135:70:0:0 chr1 917492 . C T 765.78 PASS AF=0.473684;AO=78;DP=168;FAO=81;FDP=171;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0477756;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.988;QD=17.913;RBI=0.047776;REFB=-0.0245463;REVB=-0.000194356;RO=86;SAF=36;SAR=42;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188038;STB=0.507179;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0241279;OID=.;OPOS=917492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:86:90:78:81:0.473684:42:36:38:48:43:38:41:49 chr1 935222 . C A 394.73 PASS AF=0.692308;AO=37;DP=53;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0.0188644;HRUN=6;LEN=1;MLLD=371.35;QD=30.3637;RBI=0.00512353;REFB=0.00027907;REVB=0.00512353;RO=16;SAF=0;SAR=37;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121944;OID=.;OPOS=935222;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:16:16:37:36:0.692308:37:0:0:16:36:0:0:16 chr1 948921 . T C 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7312;QD=62.0061;RBI=0.048158;REFB=0;REVB=-0.0364094;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376929;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:32:52:0:0:32:52:0:0 chr1 949608 . G A 458.73 PASS AF=0.354037;AO=57;DP=161;FAO=57;FDP=161;FR=.;FRO=104;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=0.0240568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.115;QD=11.397;RBI=0.0243348;REFB=0.0104582;REVB=0.00366827;RO=104;SAF=21;SAR=36;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214915;STB=0.622821;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0136736;OID=.;OPOS=949608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:104:104:57:57:0.354037:36:21:58:46:36:21:58:46 chr1 949654 . A G 2331.63 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.249;QD=63.8804;RBI=0.0219859;REFB=0;REVB=-0.0111597;RO=0;SAF=63;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53638e-05;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:83:63:0:0:83:63:0:0 chr1 955597 . G T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0117177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.621;QD=21.8421;RBI=0.0752387;REFB=0.0371309;REVB=0.0743206;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00239932;OID=.;OPOS=955597;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:1:1:2:4:1:1 chr1 981931 . A G 1918.31 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738591;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6561;QD=61.8809;RBI=0.094635;REFB=0;REVB=-0.0591661;RO=0;SAF=45;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101956;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:79:45:0:0:79:45:0:0 chr1 982994 . T C 1171.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5311;QD=60.8318;RBI=0.0962662;REFB=0;REVB=-0.0825687;RO=0;SAF=16;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113053;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:61:16:0:0:61:16:0:0 chr1 984302 . T C 5643.5 PASS AF=1;AO=353;DP=353;FAO=359;FDP=359;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=247;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.834;QD=62.8802;RBI=0.0940563;REFB=0;REVB=0.0261813;RO=0;SAF=106;SAR=247;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61141e-05;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:353:359:0:0:353:359:1:247:106:0:0:247:112:0:0 chr1 986443 . C T 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.457;QD=62.9787;RBI=0.0330553;REFB=0;REVB=0.0306492;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206365;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr1 987200 . C T 2529.44 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.769;QD=61.6936;RBI=0.0117368;REFB=0;REVB=0.00403884;RO=0;SAF=87;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50536e-05;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:77:87:0:0:77:87:0:0 chr1 990280 . C T 6515.16 PASS AF=0.995272;AO=408;DP=420;FAO=421;FDP=423;FR=.;FRO=2;FSAF=235;FSAR=186;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0452885;FXX=0.0162787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5096;QD=61.6091;RBI=0.0550021;REFB=-0.120054;REVB=0.0312119;RO=0;SAF=235;SAR=173;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500279;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00174135;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:420:423:0:2:408:421:0.995272:173:235:0:0:186:235:1:1 chr1 990806 . G A 1825.67 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341398;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.361;QD=61.3671;RBI=0.0578252;REFB=0;REVB=0.0466714;RO=0;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14439e-05;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:55:63:0:0:56:63:0:0 chr1 1007203 . A G 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9501;QD=47.8125;RBI=0.0223805;REFB=0;REVB=0.0194369;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385709;OID=.;OPOS=1007203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr1 1026707 . C A 2334.03 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.587;QD=60.2331;RBI=0.0186795;REFB=-0.109341;REVB=0.0103062;RO=1;SAF=72;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065614;STB=0.503448;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=5.64378e-06;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:154:154:0.993548:82:72:1:0:82:72:1:0 chr1 1078138 . G A 316.37 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00239972;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.065;QD=12.5296;RBI=0.0283926;REFB=-0.00760674;REVB=0.028291;RO=58;SAF=23;SAR=15;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185294;STB=0.628608;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0103944;OID=.;OPOS=1078138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:58:63:38:38:0.376238:15:23:25:33:15:23:25:38 chr1 1139565 . G A 723.33 PASS AF=0.372807;AO=85;DP=229;FAO=85;FDP=228;FR=.;FRO=143;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=76;FSRR=67;FWDB=-0.00518754;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.706;QD=12.69;RBI=0.0228766;REFB=0.0042773;REVB=0.0222807;RO=142;SAF=48;SAR=37;SRF=76;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330077;STB=0.521081;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00769596;OID=.;OPOS=1139565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:142:143:85:85:0.372807:37:48:76:66:37:48:76:67 chr1 1147422 . CT TG,TT 588.72 PASS AF=0,0.512821;AO=8,52;DP=118;FAO=0,60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=0,43;FSAR=0,17;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00833391,0.005759;FXX=0.00847386;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=152.444,239.038;QD=20.1271;RBI=0.0138652,0.00577413;REFB=-0.0118473,-0.0130268;REVB=-0.0110811,0.000417694;RO=55;SAF=0,43;SAR=8,9;SRF=30;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.675587,0.337903;STB=0.5,0.603858;STBP=1,0.032;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0150727;OID=.,.;OPOS=1147422,1147422;OREF=CT,C;OALT=TG,T;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:118:117:55:57:8,52:0,60:0,0.512821:8,9:0,43:30:25:0,17:0,43:30:27 chr1 1153113 . G A 867.31 PASS AF=0.534161;AO=82;DP=161;FAO=86;FDP=161;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0510473;FXX=0.024241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.41;QD=21.5481;RBI=0.0514541;REFB=-0.0418224;REVB=0.00645706;RO=74;SAF=43;SAR=39;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794431;STB=0.549577;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0268459;OID=.;OPOS=1153113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:74:75:82:86:0.534161:39:43:32:42:39:47:33:42 chr1 1156131 . T C 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0149693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.1;QD=17.8002;RBI=0.0336012;REFB=-0.0180168;REVB=0.0300825;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676175;STB=0.52737;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0218808;OID=.;OPOS=1156131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:11:9:12:11:11:9:12:12 chr1 1158562 . AAC A 390.84 PASS AF=0.495652;AO=54;DP=116;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00896489;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=2;MLLD=142.818;QD=13.5944;RBI=0.0337749;REFB=-0.0481518;REVB=0.0325634;RO=53;SAF=30;SAR=24;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416354;STB=0.540301;STBP=0.396;TYPE=del;VARB=0.0526953;OID=.;OPOS=1158563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.495652:54:116:57:115:58:33:24:29:29:99:53:30:24:27:26 chr1 1158631 . A G 2216.84 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.49;QD=63.3382;RBI=0.0364684;REFB=0;REVB=0.0237598;RO=0;SAF=82;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72883e-05;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:58:82:0:0:58:82:0:0 chr1 1178245 . C T 1437.21 PASS AF=0.441595;AO=154;DP=351;FAO=155;FDP=351;FR=.;FRO=196;FSAF=61;FSAR=94;FSRF=83;FSRR=113;FWDB=0.0494239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8766;QD=16.3785;RBI=0.0502633;REFB=-0.0060858;REVB=0.00914752;RO=193;SAF=60;SAR=94;SRF=82;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368595;STB=0.51737;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00752202;OID=.;OPOS=1178245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:351:193:196:154:155:0.441595:94:60:82:111:94:61:83:113 chr1 1178482 . A G 1453.88 PASS AF=0.421751;AO=159;DP=378;FAO=159;FDP=377;FR=.;FRO=218;FSAF=71;FSAR=88;FSRF=101;FSRR=117;FWDB=-0.00517267;FXX=0.00264543;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.732;QD=15.4258;RBI=0.0336614;REFB=-0.0191184;REVB=0.0332615;RO=218;SAF=71;SAR=88;SRF=101;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175793;STB=0.509783;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0294633;OID=.;OPOS=1178482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:377:218:218:159:159:0.421751:88:71:101:117:88:71:101:117 chr1 1178925 . G A 1492.88 PASS AF=0.539326;AO=144;DP=267;FAO=144;FDP=267;FR=.;FRO=123;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=59;FSRR=64;FWDB=0.00761302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.483;QD=22.3652;RBI=0.0276989;REFB=-0.0174561;REVB=0.0266322;RO=122;SAF=71;SAR=73;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00795689;STB=0.506166;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0139753;OID=.;OPOS=1178925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:122:123:144:144:0.539326:73:71:59:63:73:71:59:64 chr1 1196863 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.242;QD=42.1819;RBI=0.00801251;REFB=0;REVB=-0.00526521;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100427;OID=.;OPOS=1196863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr1 1220954 . G A 2084.75 PASS AF=0.410211;AO=231;DP=568;FAO=233;FDP=568;FR=.;FRO=335;FSAF=122;FSAR=111;FSRF=159;FSRR=176;FWDB=0.0149369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9181;QD=14.6813;RBI=0.141708;REFB=-0.00803728;REVB=0.140919;RO=334;SAF=122;SAR=109;SRF=157;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615609;STB=0.52887;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0124731;OID=.;OPOS=1220954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:568:568:334:335:231:233:0.410211:109:122:157:177:111:122:159:176 chr1 1222267 . G C 419.79 PASS AF=0.359712;AO=43;DP=133;FAO=50;FDP=139;FR=.;FRO=89;FSAF=1;FSAR=49;FSRF=22;FSRR=67;FWDB=-0.0559141;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.21;QD=12.0801;RBI=0.0560254;REFB=-0.0106621;REVB=0.00352844;RO=86;SAF=0;SAR=43;SRF=22;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.795129;STB=0.906426;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0161502;OID=.;OPOS=1222267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:139:86:89:43:50:0.359712:43:0:22:64:49:1:22:67 chr1 1223385 . G C 1122.64 PASS AF=0.381657;AO=129;DP=338;FAO=129;FDP=338;FR=.;FRO=209;FSAF=80;FSAR=49;FSRF=118;FSRR=91;FWDB=0.0221513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.02;QD=13.2857;RBI=0.0222751;REFB=-0.0126433;REVB=-0.00234511;RO=209;SAF=80;SAR=49;SRF=118;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635909;STB=0.535828;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.022947;OID=.;OPOS=1223385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:209:209:129:129:0.381657:49:80:118:91:49:80:118:91 chr1 1226292 . G A 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00339172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.18;QD=15.4716;RBI=0.0178979;REFB=-0.00867833;REVB=-0.0175736;RO=49;SAF=26;SAR=10;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349545;STB=0.697874;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00964238;OID=.;OPOS=1226292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:10:26:19:30:10:26:19:30 chr1 1226346 . TCC TC,TCG 234.02 PASS AF=0.55,0.275;AO=16,11;DP=41;FAO=22,11;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=5,9;FSAR=17,2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.186113,0.0226375;FXX=0.0243843;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=7.60081,180.492;QD=23.4015;RBI=0.318419,0.131983;REFB=-0.190183,-0.0452901;REVB=-0.258366,-0.130027;RO=10;SAF=1,9;SAR=15,2;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.5,0;SSSB=-0.732405,-0.321502;STB=0.674917,0.526269;STBP=0.009,0.836;TYPE=del,snp;VARB=0.152873,0.0226879;OID=.,.;OPOS=1226347,1226348;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TC,TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.55,0.275:16,11:41:22,11:40:7:5,9:17,2:6:1:90:10:1,9:15,2:10:0 chr1 1242468 . G A 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0313814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.33;QD=10.4361;RBI=0.0313939;REFB=0.00169944;REVB=0.000885934;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271915;STB=0.639163;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0050453;OID=.;OPOS=1242468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:33:15:15:0.3125:9:6:20:11:9:6:20:13 chr1 1242707 . A G 183.86 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00736382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3371;QD=17.938;RBI=0.045225;REFB=0.00650577;REVB=-0.0446215;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231388;STB=0.642708;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0138494;OID=.;OPOS=1242707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:12:7:13:8:12:7:14:8 chr1 1246004 . A G 1747.85 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131096;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.983;QD=58.2618;RBI=0.0224996;REFB=0;REVB=0.0182858;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145617;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:120:0:0:108:120:1:53:55:0:0:61:59:0:0 chr1 1246005 . T G 34.36 PASS AF=0.0833333;AO=10;DP=120;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.0336498;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.0351;QD=1.14531;RBI=0.034201;REFB=-0.029165;REVB=-0.00611539;RO=110;SAF=2;SAR=8;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360819;STB=0.794019;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0405197;OID=.;OPOS=1246005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:120:110:110:10:10:0.0833333:8:2:57:53:8:2:57:53 chr1 1254436 . A G 3421.62 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.278;QD=62.4954;RBI=0.0179025;REFB=0;REVB=0.0106196;RO=0;SAF=111;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91091e-06;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:219:0:0:219:219:1:108:111:0:0:108:111:0:0 chr1 1254443 . G A,C 3235.93 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=197,19;DP=216;FAO=198,18;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=109,0;FSAR=89,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129244,0.0352265;FXX=0.00460808;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=154.541,12.4068;QD=59.9246;RBI=0.0441478,0.0705964;REFB=0,0;REVB=0.0441289,-0.0611796;RO=0;SAF=109,0;SAR=88,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00111651,0.120969;OID=.,.;OPOS=1254443,1254443;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:216:216:0:0:197,19:198,18:0.916667,0.0833333:88,19:109,0:0:0:89,18:109,0:0:0 chr1 1254841 . C G 373.76 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0222;QD=55.3722;RBI=0.0270415;REFB=0;REVB=-0.0166133;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132596;OID=.;OPOS=1254841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:14:12:0:0:15:12:0:0 chr1 1262966 . C T 1775.09 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0972713;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.968;QD=59.1696;RBI=0.0997393;REFB=-0.121319;REVB=0.0220502;RO=2;SAF=56;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166583;STB=0.50877;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000752794;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:120:2:2:118:118:0.983333:62:56:2:0:62:56:2:0 chr1 1263144 . G A 1936.31 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.084;QD=60.9862;RBI=0.0557555;REFB=0.0847908;REVB=0.0488194;RO=1;SAF=68;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693679;STB=0.503649;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-4.18571e-05;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:58:68:1:0:58:68:1:0 chr1 1269554 . T C 1491.63 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.721;QD=63.4736;RBI=0.0216431;REFB=0;REVB=0.0211925;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6668e-05;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:40:54:0:0:40:54:0:0 chr1 1273116 . A G 6360.59 PASS AF=1;AO=404;DP=409;FAO=407;FDP=407;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=207;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269627;FXX=0.00488986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3765;QD=62.5119;RBI=0.0273825;REFB=-0.0793905;REVB=-0.00477613;RO=2;SAF=200;SAR=204;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65466e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001702;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:409:407:2:0:404:407:1:204:200:1:1:207:200:0:0 chr1 1277533 . T C 4170.49 PASS AF=0.961404;AO=273;DP=285;FAO=274;FDP=285;FR=.;FRO=11;FSAF=141;FSAR=133;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0383085;FXX=0.0138404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.055;QD=58.5332;RBI=0.039112;REFB=-0.0623667;REVB=0.00788696;RO=11;SAF=141;SAR=132;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179865;STB=0.509338;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000651747;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:285:285:11:11:273:274:0.961404:132:141:3:8:133:141:3:8 chr1 1310073 . GC G,GG 1695.0 PASS AF=0.0267857,0.973214;AO=34,75;DP=113;FAO=3,109;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=3,64;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638629,0.0593596;FXX=0.00884877;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.28,284.312;QD=60.5356;RBI=0.0845902,0.0850137;REFB=0,0;REVB=0.0554711,0.0608586;RO=3;SAF=7,57;SAR=27,18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163622,-0.0242528;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00646463,0.000728891;OID=.,.;OPOS=1310074,1310074;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0267857,0.973214:34,75:113:3,109:112:0:3,64:0,45:0:0:4:3:7,57:27,18:3:0 chr1 1361633 . G A 1422.12 PASS AF=0.927273;AO=100;DP=109;FAO=102;FDP=110;FR=.;FRO=8;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0288525;FXX=0.0265463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.062;QD=51.7135;RBI=0.0362689;REFB=-0.0448919;REVB=0.0219765;RO=7;SAF=42;SAR=58;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550115;STB=0.534344;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00242909;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:109:110:7:8:100:102:0.927273:58:42:6:1:60:42:7:1 chr1 1361641 . C T 1692.3 PASS AF=0.966387;AO=115;DP=120;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0145554;FXX=0.00833264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.193;QD=56.8841;RBI=0.0311487;REFB=-0.101645;REVB=0.0275387;RO=2;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160915;STB=0.508258;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.000624422;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:120:119:2:4:115:115:0.966387:58:57:0:2:58:57:1:3 chr1 1374757 . G A 168.48 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0241163;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.2662;QD=16.0455;RBI=0.0252857;REFB=0.00392035;REVB=0.0076007;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711626;STB=0.540938;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00714792;OID=.;OPOS=1374757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:11:13:11:7:11:13 chr1 1375810 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.862;QD=39.2068;RBI=0.0371614;REFB=0;REVB=0.0371614;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230413;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr1 1376214 . C G 1074.39 PASS AF=1;AO=55;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.073;QD=58.075;RBI=0.0942732;REFB=0;REVB=0.0930457;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137652;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:55:74:1:26:29:0:0:45:29:0:0 chr1 1376567 . A G 1281.51 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.86;QD=61.7594;RBI=0.0547695;REFB=0;REVB=0.0530499;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81233e-05;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:34:48:0:0:34:49:0:0 chr1 1378173 . G A 806.3 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.775;QD=55.6067;RBI=0.0341541;REFB=-0.0708557;REVB=-0.00186887;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177934;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121917;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:58:1:0:57:58:1:31:26:1:0:31:27:0:0 chr1 1396238 . G T 1449.11 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0361767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7647;QD=57.3905;RBI=0.0846744;REFB=-0.0584301;REVB=0.0765571;RO=1;SAF=56;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839581;STB=0.501322;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00132576;OID=.;OPOS=1396238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:1:2:99:99:0.980198:43:56:1:0:43:56:1:1 chr1 1418004 . T C 1858.04 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.889;QD=61.4228;RBI=0.0657726;REFB=0;REVB=-0.0645138;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.44435e-05;OID=.;OPOS=1418004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:62:58:0:0:62:59:0:0 chr1 1421531 . C A 1153.43 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3028;QD=60.7068;RBI=0.0258206;REFB=0;REVB=-0.00315998;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165259;OID=.;OPOS=1421531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:43:33:0:0 chr1 1421991 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.978;QD=45.8068;RBI=0.0207605;REFB=0;REVB=0.004175;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011434;OID=.;OPOS=1421991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr1 1423267 . A G 1202.95 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293096;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.351;QD=61.6898;RBI=0.0323039;REFB=0;REVB=0.0135826;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170897;OID=.;OPOS=1423267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:28:50:0:0:28:50:0:0 chr1 1425700 . T C 1828.19 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.022063;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7739;QD=60.4359;RBI=0.0236044;REFB=0.00217605;REVB=-0.00839014;RO=1;SAF=64;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736466;STB=0.503875;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000104341;OID=.;OPOS=1425700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:1:1:120:120:0.991736:56:64:1:0:56:64:1:0 chr1 1447692 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.626;QD=39.2067;RBI=0.0426344;REFB=0;REVB=0.032193;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294809;OID=.;OPOS=1447692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr1 1451380 . T C 966.15 PASS AF=0.932432;AO=67;DP=72;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.018842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1514;QD=52.2243;RBI=0.045844;REFB=0.00912444;REVB=-0.0417929;RO=5;SAF=46;SAR=21;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173783;STB=0.508377;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00394157;OID=.;OPOS=1451380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:74:5:5:67:69:0.932432:21:46:4:1:21:48:4:1 chr1 1452551 . G A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.545;QD=45.8034;RBI=0.0374622;REFB=0;REVB=-0.0294645;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013036;OID=.;OPOS=1452551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 1452566 . G A 145.0 PASS AF=1;AO=9;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.02;QD=44.6139;RBI=0.110437;REFB=0;REVB=0.0327744;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124144;OID=.;OPOS=1452566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:9:13:1:2:7:0:0:6:7:0:0 chr1 1452592 . T C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0623153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5425;QD=34.6654;RBI=0.0625003;REFB=-0.0279259;REVB=0.00480487;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00115093;OID=.;OPOS=1452592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:1:0:6:4:1:0 chr1 1458255 . T G 1102.46 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0565061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.94;QD=58.7979;RBI=0.0717634;REFB=-0.0270061;REVB=-0.0442384;RO=1;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101746;STB=0.505375;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00030328;OID=.;OPOS=1458255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:46:28:0:1:46:28:0:1 chr1 1458954 . C G,T 1588.64 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=6,102;DP=108;FAO=6,102;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44;FSAR=6,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303555,0.0234412;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.8653,140.505;QD=58.8386;RBI=0.0483002,0.0331184;REFB=0,0;REVB=-0.0375693,-0.0233953;RO=0;SAF=0,44;SAR=6,58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.155032,7.27392e-05;OID=.,.;OPOS=1458954,1458954;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:108:108:0:0:6,102:6,102:0.0555556,0.944444:6,58:0,44:0:0:6,58:0,44:0:0 chr1 1479333 . A G 914.58 PASS AF=1;AO=47;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224622;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6462;QD=58.0685;RBI=0.123616;REFB=0;REVB=0.121558;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064434;OID=.;OPOS=1479333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:47:63:1:16:31:0:0:31:32:0:0 chr1 1510801 . C T 816.36 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1152;QD=57.2885;RBI=0.0365201;REFB=0;REVB=0.0145645;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233078;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:39:17:0:0:40:17:0:0 chr1 1511104 . G C 746.65 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0749;QD=59.7321;RBI=0.034554;REFB=-0.19437;REVB=-0.029922;RO=2;SAF=20;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044741;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0129513;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:2:1:48:49:0.98:28:20:2:0:28:21:1:0 chr1 1558792 . T C 579.65 PASS AF=0.398844;AO=64;DP=168;FAO=69;FDP=173;FR=.;FRO=104;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=0.00291182;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.535;QD=13.4024;RBI=0.0228765;REFB=-0.0291564;REVB=-0.0226904;RO=91;SAF=40;SAR=24;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11686;STB=0.571216;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0341222;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:173:91:104:64:69:0.398844:24:40:47:44:29:40:48:56 chr1 1562437 . C G 680.96 PASS AF=0.416667;AO=75;DP=180;FAO=75;FDP=180;FR=.;FRO=105;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=64;FSRR=41;FWDB=0.000429019;FXX=0.0109884;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2879;QD=15.1325;RBI=0.0209441;REFB=-0.0146183;REVB=0.0209397;RO=103;SAF=38;SAR=37;SRF=63;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108984;STB=0.560091;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.028995;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:103:105:75:75:0.416667:37:38:63:40:37:38:64:41 chr1 1562536 . G A 714.59 PASS AF=0.445087;AO=77;DP=173;FAO=77;FDP=173;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.0147691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.99;QD=16.5223;RBI=0.0523665;REFB=-0.000734989;REVB=0.0502407;RO=95;SAF=39;SAR=38;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534811;STB=0.526704;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00112223;OID=.;OPOS=1562536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:95:96:77:77:0.445087:38:39:43:52:38:39:44:52 chr1 1588670 . G A 468.9 PASS AF=0.308824;AO=62;DP=206;FAO=63;FDP=204;FR=.;FRO=141;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=74;FSRR=67;FWDB=-0.0596858;FXX=0.0422515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.21;QD=9.19418;RBI=0.0628286;REFB=-0.0226816;REVB=-0.0196222;RO=127;SAF=32;SAR=30;SRF=66;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415433;STB=0.511675;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0519137;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:204:127:141:62:63:0.308824:30:32:66:61:31:32:74:67 chr1 1588717 . G A 494.84 PASS AF=0.295154;AO=67;DP=227;FAO=67;FDP=227;FR=.;FRO=160;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=79;FSRR=81;FWDB=-0.0151342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.449;QD=8.71956;RBI=0.018869;REFB=-0.00625073;REVB=0.0112693;RO=160;SAF=32;SAR=35;SRF=79;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195247;STB=0.511383;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0160095;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:160:160:67:67:0.295154:35:32:79:81:35:32:79:81 chr1 1588737 . C T 446.03 PASS AF=0.287037;AO=62;DP=216;FAO=62;FDP=216;FR=.;FRO=154;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=74;FSRR=80;FWDB=0.00679404;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.105;QD=8.25977;RBI=0.00921708;REFB=0.00464298;REVB=0.00622861;RO=154;SAF=32;SAR=30;SRF=74;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433204;STB=0.525365;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00410688;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:154:154:62:62:0.287037:30:32:74:80:30:32:74:80 chr1 1588743 . A T 349.08 PASS AF=0.252427;AO=52;DP=206;FAO=52;FDP=206;FR=.;FRO=154;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=76;FSRR=78;FWDB=0.00524892;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.099;QD=6.77823;RBI=0.016623;REFB=-0.0029501;REVB=0.0157726;RO=153;SAF=25;SAR=27;SRF=75;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117861;STB=0.509525;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0101394;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:153:154:52:52:0.252427:27:25:75:78:27:25:76:78 chr1 1588744 . AGCG A 318.26 PASS AF=0.242424;AO=47;DP=201;FAO=48;FDP=198;FR=.;FRO=150;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=74;FSRR=76;FWDB=0.00160412;FXX=0.019801;HRUN=1;LEN=3;MLLD=302.925;QD=6.42949;RBI=0.0176352;REFB=0.00130961;REVB=0.0175621;RO=147;SAF=24;SAR=23;SRF=71;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347565;STB=0.520825;STBP=0.755;TYPE=del;VARB=-0.00696896;OID=.;OPOS=1588745;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424:47:201:48:198:150:25:23:74:76:99:147:24:23:71:76 chr1 1599888 . A G 134.09 PASS AF=0.184615;AO=24;DP=130;FAO=24;FDP=130;FR=.;FRO=106;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.0228393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7871;QD=4.12569;RBI=0.0241724;REFB=-0.00024283;REVB=-0.00791648;RO=102;SAF=16;SAR=8;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295808;STB=0.680055;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00130844;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:102:106:24:24:0.184615:8:16:44:58:8:16:47:59 chr1 1635004 . T C 934.0 PASS AF=0.284464;AO=130;DP=457;FAO=130;FDP=457;FR=.;FRO=327;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=155;FSRR=172;FWDB=0.0314782;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.712;QD=8.17503;RBI=0.0318632;REFB=-0.00101649;REVB=-0.00493819;RO=326;SAF=62;SAR=68;SRF=154;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557047;STB=0.502092;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0026757;OID=.;OPOS=1635004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:457:457:326:327:130:130:0.284464:68:62:154:172:68:62:155:172 chr1 1635749 . C A 446.97 PASS AF=0.258065;AO=58;DP=246;FAO=64;FDP=248;FR=.;FRO=184;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=86;FSRR=98;FWDB=0.00551425;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.966;QD=7.20925;RBI=0.0080228;REFB=-0.00927518;REVB=-0.00582737;RO=146;SAF=39;SAR=19;SRF=71;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232481;STB=0.617372;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.036128;OID=.;OPOS=1635749;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:248:146:184:58:64:0.258065:19:39:71:75:24:40:86:98 chr1 1636044 . G A 237.27 PASS AF=0.186147;AO=43;DP=231;FAO=43;FDP=231;FR=.;FRO=188;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=84;FSRR=104;FWDB=-0.00315126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.692;QD=4.10863;RBI=0.00487822;REFB=-0.000941027;REVB=0.00372378;RO=187;SAF=18;SAR=25;SRF=84;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401043;STB=0.523388;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00384805;OID=.;OPOS=1636044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:187:188:43:43:0.186147:25:18:84:103:25:18:84:104 chr1 1636355 . A G 60.98 PASS AF=0.0826772;AO=21;DP=251;FAO=21;FDP=254;FR=.;FRO=233;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=108;FSRR=125;FWDB=-0.0169233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.022;QD=0.960359;RBI=0.018323;REFB=-0.000608816;REVB=-0.00702394;RO=230;SAF=14;SAR=7;SRF=105;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240995;STB=0.683765;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00669451;OID=.;OPOS=1636355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:251:254:230:233:21:21:0.0826772:7:14:105:125:7:14:108:125 chr1 1647814 . T C 1011.99 PASS AF=0.280876;AO=141;DP=502;FAO=141;FDP=502;FR=.;FRO=361;FSAF=50;FSAR=91;FSRF=158;FSRR=203;FWDB=0.033046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.912;QD=8.06364;RBI=0.033596;REFB=-0.00815134;REVB=-0.00605431;RO=360;SAF=50;SAR=91;SRF=158;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108803;STB=0.562855;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0222446;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:502:360:361:141:141:0.280876:91:50:158:202:91:50:158:203 chr1 1647871 . T C 1206.47 PASS AF=0.324211;AO=154;DP=473;FAO=154;FDP=475;FR=.;FRO=321;FSAF=58;FSAR=96;FSRF=137;FSRR=184;FWDB=0.00805454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0109;QD=10.1598;RBI=0.0190054;REFB=-0.0171747;REVB=0.0172142;RO=316;SAF=58;SAR=96;SRF=137;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697156;STB=0.535464;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0410786;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:475:316:321:154:154:0.324211:96:58:137:179:96:58:137:184 chr1 1647893 . C CTTTCTT 585.44 PASS AF=0.245946;AO=77;DP=394;FAO=91;FDP=370;FR=.;FRO=279;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=119;FSRR=160;FWDB=-0.0219704;FXX=0.0364574;HRUN=3;LEN=6;MLLD=188.069;QD=6.32912;RBI=0.0516354;REFB=-0.00975728;REVB=-0.0467281;RO=274;SAF=23;SAR=54;SRF=113;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159041;STB=0.568885;STBP=0.154;TYPE=ins;VARB=0.0287606;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245946:77:394:91:370:279:31:60:119:160:99:274:23:54:113:161 chr1 1650787 . T C 278.84 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.00176346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.793;QD=13.7698;RBI=0.0103987;REFB=-0.0226268;REVB=-0.0102481;RO=47;SAF=18;SAR=14;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128662;STB=0.569336;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0277645;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:49:32:32:0.395062:14:18:32:15:14:18:33:16 chr1 1650797 . A G 272.14 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.00203624;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.873;QD=11.962;RBI=0.00867323;REFB=0.0021371;REVB=0.00843081;RO=50;SAF=19;SAR=13;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121318;STB=0.522599;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00221784;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:50:59:32:32:0.351648:13:19:35:15:13:19:37:22 chr1 1650801 . T C 216.7 PASS AF=0.288462;AO=31;DP=105;FAO=30;FDP=104;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.003969;FXX=0.0095229;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.346;QD=8.33459;RBI=0.00448535;REFB=-0.00258788;REVB=-0.00208936;RO=73;SAF=22;SAR=9;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175853;STB=0.63209;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00572031;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:73:74:31:30:0.288462:9:22:42:31:8:22:42:32 chr1 1650807 . T C 633.9 PASS AF=0.538462;AO=64;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0403744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.9838;QD=21.6719;RBI=0.0551236;REFB=-0.0251988;REVB=-0.0375303;RO=43;SAF=43;SAR=21;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07353;STB=0.59927;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0222001;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:43:54:64:63:0.538462:21:43:25:18:20:43:26:28 chr1 1650832 . A G 492.53 PASS AF=0.363636;AO=59;DP=165;FAO=60;FDP=165;FR=.;FRO=105;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=-0.0155383;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.501;QD=11.94;RBI=0.0174228;REFB=-0.0055212;REVB=0.00788124;RO=98;SAF=28;SAR=31;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951154;STB=0.542359;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0131958;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:98:105:59:60:0.363636:31:28:55:43:32:28:56:49 chr1 1650845 . G A 1275.77 PASS AF=0.61413;AO=109;DP=182;FAO=113;FDP=184;FR=.;FRO=71;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0165963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.844;QD=27.7341;RBI=0.0225036;REFB=-0.00927069;REVB=-0.0151977;RO=64;SAF=50;SAR=59;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176756;STB=0.51257;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00299793;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:64:71:109:113:0.61413:59:50:31:33:60:53:31:40 chr1 1654038 . G A 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0209709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.804;QD=32.6186;RBI=0.0319807;REFB=-0.0238179;REVB=-0.0241451;RO=4;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134333;STB=0.574368;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00387871;OID=.;OPOS=1654038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:9:6:3:1:9:6:3:1 chr1 1654058 . C T 291.16 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.000679667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.226;QD=40.1598;RBI=0.0284746;REFB=-0.0377987;REVB=0.0284664;RO=5;SAF=13;SAR=11;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832243;STB=0.545152;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00275214;OID=.;OPOS=1654058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:29:5:5:24:24:0.827586:11:13:4:1:11:13:4:1 chr1 1654064 . A T 284.01 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.014152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.746;QD=36.647;RBI=0.0271518;REFB=0.00841505;REVB=0.023172;RO=7;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13343;STB=0.572544;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00143846;OID=.;OPOS=1654064;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:11:13:6:1:11:13:6:1 chr1 1654065 . AGCG A,AGTA 331.87 PASS AF=0.774194,0.0967742;AO=24,2;DP=31;FAO=24,3;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=13,3;FSAR=11,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00305558,-0.0316608;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=261.895,73.5812;QD=42.822;RBI=0.0160284,0.0370151;REFB=0.0139329,-0.000540319;REVB=0.0157345,-0.0191758;RO=4;SAF=13,2;SAR=11,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0555403,0.569412;STB=0.530096,0.99422;STBP=0.456,0.295;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00305201,0.0753399;OID=.,.;OPOS=1654066,1654067;OREF=GCG,CG;OALT=-,TA;OMAPALT=A,AGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.774194,0.0967742:24,2:31:24,3:31:4:13,3:11,0:3:1:21:4:13,2:11,0:3:1 chr1 1666175 . C T 155.55 PASS AF=0.882353;AO=14;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0239632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5583;QD=36.5995;RBI=0.0240561;REFB=-0.0260832;REVB=0.00211187;RO=2;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129287;STB=0.562417;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00721291;OID=.;OPOS=1666175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:14:15:0.882353:8:6:2:0:8:7:2:0 chr1 1666251 . G A 174.07 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0166787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2073;QD=19.341;RBI=0.071216;REFB=0.00145117;REVB=-0.0692354;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100257;STB=0.556898;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00161219;OID=.;OPOS=1666251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:9:9:7:11:9:9 chr1 1683565 . G A 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0777573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.738;QD=11.9166;RBI=0.0780488;REFB=-0.0168559;REVB=-0.0067392;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621457;STB=0.537931;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0255808;OID=.;OPOS=1683565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:37:22:22:0.372881:13:9:12:22:13:9:13:24 chr1 1684472 . C T 416.3 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0178219;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.053;QD=16.8202;RBI=0.0196874;REFB=0.0126486;REVB=0.00836508;RO=55;SAF=27;SAR=16;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103718;STB=0.512482;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0164332;OID=.;OPOS=1684472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:55:56:43:43:0.434343:16:27:34:21:16:27:34:22 chr1 1686040 . G T 765.88 PASS AF=0.540741;AO=73;DP=135;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0167699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5454;QD=22.6928;RBI=0.0173637;REFB=-0.00307981;REVB=-0.00450205;RO=60;SAF=42;SAR=31;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007312;STB=0.512616;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00308179;OID=.;OPOS=1686040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:60:62:73:73:0.540741:31:42:34:26:31:42:34:28 chr1 1823922 . A G 771.79 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243934;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.123;QD=57.1696;RBI=0.0377987;REFB=0;REVB=0.0288739;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93368e-06;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr1 1846765 . G A 444.67 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.000330557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.067;QD=15.2025;RBI=0.00913567;REFB=-0.00918147;REVB=-0.00912969;RO=66;SAF=27;SAR=23;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560188;STB=0.535737;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0100706;OID=.;OPOS=1846765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:67:50:50:0.42735:23:27:32:34:23:27:32:35 chr1 1849529 . A G 412.81 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0513913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.344;QD=15.8772;RBI=0.0518873;REFB=-0.00605868;REVB=0.00715696;RO=58;SAF=25;SAR=21;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605392;STB=0.533905;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00925301;OID=.;OPOS=1849529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:21:25:28:30:21:25:28:30 chr1 1854109 . A G 475.07 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00869581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.463;QD=17.7598;RBI=0.0170188;REFB=-0.00700211;REVB=-0.0146295;RO=56;SAF=21;SAR=30;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360249;STB=0.519992;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00656454;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:30:21:21:35:30:21:21:35 chr1 1861582 . C T 880.31 PASS AF=0.554795;AO=81;DP=146;FAO=81;FDP=146;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.00897063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.411;QD=24.1182;RBI=0.0146908;REFB=-0.0211719;REVB=-0.0116339;RO=65;SAF=35;SAR=46;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657194;STB=0.53583;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0163151;OID=.;OPOS=1861582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:65:65:81:81:0.554795:46:35:23:42:46:35:23:42 chr1 1873514 . A G 394.26 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.112638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2523;QD=17.3302;RBI=0.118242;REFB=0.00865552;REVB=-0.0359721;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172071;STB=0.596128;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0174577;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:19:22:18:32:19:22:18:32 chr1 1873525 . T C 376.39 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0496902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7488;QD=16.0166;RBI=0.0679202;REFB=0.00420161;REVB=-0.0463038;RO=49;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197542;STB=0.602055;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0117615;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:54:40:40:0.425532:18:22:17:32:18:22:20:34 chr1 1875858 . CA GG 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0244675;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.168;QD=24.2041;RBI=0.0318719;REFB=-0.0119578;REVB=-0.0204245;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127272;STB=0.571347;STBP=0.403;TYPE=mnp;VARB=0.00993596;OID=.;OPOS=1875858;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:12:6:6:6:12:6:6:6 chr1 1887019 . A G 135.63 PASS AF=0.322034;AO=18;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0146945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.014;QD=9.19553;RBI=0.0174847;REFB=-0.00374782;REVB=0.00947563;RO=40;SAF=4;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3265;STB=0.705286;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0121404;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:40:40:18:19:0.322034:14:4:19:21:15:4:19:21 chr1 1916890 . C T 749.43 PASS AF=0.484663;AO=78;DP=161;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.00442719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.114;QD=18.391;RBI=0.0109298;REFB=-0.0174522;REVB=0.00999306;RO=83;SAF=37;SAR=41;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744606;STB=0.534276;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0200583;OID=.;OPOS=1916890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:83:84:78:79:0.484663:41:37:46:37:41:38:46:38 chr1 1960674 . C T 2734.2 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000271628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7077;QD=62.4961;RBI=0.0352723;REFB=0;REVB=0.0352712;RO=0;SAF=56;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22452e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107263;OID=.;OPOS=1960674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:175:0:0:173:175:1:117:56:0:0:118:57:0:0 chr1 1961084 . C T 1260.58 PASS AF=0.416918;AO=123;DP=316;FAO=138;FDP=331;FR=.;FRO=193;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=102;FSRR=91;FWDB=0.0426569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.871;QD=15.2336;RBI=0.0432659;REFB=-0.012802;REVB=0.00723341;RO=193;SAF=59;SAR=64;SRF=102;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530497;STB=0.503949;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0179004;OID=.;OPOS=1961084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:331:193:193:123:138:0.416918:64:59:102:91:66:72:102:91 chr1 1987993 . T C 708.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.711;QD=62.9726;RBI=0.0250189;REFB=0;REVB=0.0204616;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89123e-05;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr1 1991014 . A G 1297.16 PASS AF=0.5;AO=130;DP=261;FAO=131;FDP=262;FR=.;FRO=131;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=58;FSRR=73;FWDB=0.00612903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.806;QD=19.8039;RBI=0.00890163;REFB=-0.0166331;REVB=-0.00645555;RO=131;SAF=63;SAR=67;SRF=58;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383879;STB=0.522933;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0193107;OID=.;OPOS=1991014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:131:131:130:131:0.5:67:63:58:73:67:64:58:73 chr1 2005740 . T C 1153.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8717;QD=60.7125;RBI=0.0659908;REFB=0;REVB=0.0378151;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424532;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:29:47:0:0:29:47:0:0 chr1 2113268 . C T 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00916275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.759;QD=16.0332;RBI=0.00938213;REFB=-0.00581831;REVB=0.00201701;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850414;STB=0.548625;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0123868;OID=.;OPOS=2113268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:9:19:12:8:9:19 chr1 2113474 . C T 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0269061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.306;QD=11.7805;RBI=0.0270371;REFB=0.00432576;REVB=-0.00265819;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158616;STB=0.593552;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00481064;OID=.;OPOS=2113474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:9:7:18:13:9:7:18:13 chr1 2144982 . G T 2498.38 PASS AF=1;AO=159;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540077;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.13;QD=60.5669;RBI=0.0728505;REFB=0;REVB=0.0488914;RO=2;SAF=76;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030608;OID=.;OPOS=2144982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:165:165:2:0:159:165:1:83:76:0:2:88:77:0:0 chr1 2145524 . G A 555.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.567;QD=57.0168;RBI=0.0545336;REFB=0;REVB=0.0235147;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143177;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:39:0:0:35:39:1:24:11:0:0:28:11:0:0 chr1 2235321 . C T 662.41 PASS AF=0.386598;AO=75;DP=194;FAO=75;FDP=194;FR=.;FRO=119;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=69;FSRR=50;FWDB=0.0135628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.49;QD=13.6578;RBI=0.0229965;REFB=-0.00473795;REVB=0.0185712;RO=114;SAF=40;SAR=35;SRF=67;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588709;STB=0.528752;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00810298;OID=.;OPOS=2235321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:114:119:75:75:0.386598:35:40:67:47:35:40:69:50 chr1 2235507 . G A 817.92 PASS AF=0.43128;AO=90;DP=210;FAO=91;FDP=211;FR=.;FRO=120;FSAF=25;FSAR=66;FSRF=47;FSRR=73;FWDB=0.0504551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.844;QD=15.5056;RBI=0.0627213;REFB=-0.0222995;REVB=0.0372592;RO=116;SAF=25;SAR=65;SRF=44;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119848;STB=0.577592;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0285313;OID=.;OPOS=2235507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:116:120:90:91:0.43128:65:25:44:72:66:25:47:73 chr1 2252827 . G A 782.51 PASS AF=0.416268;AO=87;DP=215;FAO=87;FDP=209;FR=.;FRO=122;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=-0.0103574;FXX=0.0412825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.637;QD=14.9764;RBI=0.0201181;REFB=-0.0385164;REVB=0.0172471;RO=128;SAF=46;SAR=41;SRF=63;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388231;STB=0.507221;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0515043;OID=.;OPOS=2252827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:209:128:122:87:87:0.416268:41:46:63:65:41:46:63:59 chr1 2340200 . T C 2258.37 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312171;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8976;QD=63.6162;RBI=0.0339536;REFB=0;REVB=-0.0133544;RO=0;SAF=61;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149898;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:81:61:0:0:81:61:0:0 chr1 2399119 . A G 5451.26 PASS AF=1;AO=333;DP=334;FAO=343;FDP=343;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=207;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.807;QD=63.5715;RBI=0.00573285;REFB=0;REVB=0.00323351;RO=0;SAF=133;SAR=200;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.068e-06;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:334:343:0:0:333:343:1:200:133:0:0:207:136:0:0 chr1 2418625 . C T 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0402;QD=59.8549;RBI=0.0362644;REFB=0;REVB=0.0186112;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324855;OID=.;OPOS=2418625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr1 2430617 . C T 2360.25 PASS AF=0.993333;AO=147;DP=149;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00146223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.285;QD=62.94;RBI=0.00292552;REFB=0.0509936;REVB=0.00253389;RO=1;SAF=63;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748926;STB=0.503816;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-1.61983e-05;OID=.;OPOS=2430617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:150:1:1:147:149:0.993333:84:63:1:0:84:65:1:0 chr1 2433900 . C T 3037.17 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477043;FXX=0.0149246;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.183;QD=61.357;RBI=0.0515239;REFB=-0.0291161;REVB=0.0194682;RO=1;SAF=117;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058435;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96202e-05;OID=.;OPOS=2433900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:198:1:0:198:198:1:81:117:0:1:81:117:0:0 chr1 2452569 . T C 2533.43 PASS AF=0.988166;AO=166;DP=169;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.049918;FXX=0.0116952;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0449;QD=59.9628;RBI=0.065548;REFB=-0.15399;REVB=-0.0424822;RO=3;SAF=82;SAR=84;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583284;STB=0.506023;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00217716;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:169:3:2:166:167:0.988166:84:82:2:1:85:82:2:0 chr1 2457954 . CGGGGGGCA CGGGGGCA,CGGGGGCAG,CGGGGGGCAG 31.94 PASS AF=0,0.000595238,0.0357143;AO=191,62,207;DP=1697;FAO=0,1,60;FDP=1680;FR=.;FRO=1619;FSAF=0,0,53;FSAR=0,1,7;FSRF=800;FSRR=819;FWDB=0.0508518,-0.0408953,-0.103529;FXX=0.00943391;HRUN=6,6,1;LEN=1,3,1;MLLD=9.30658,20.1839,14.1817;QD=0.0760366;RBI=0.0835591,0.12614,0.186074;REFB=-0.0050549,-0.0176739,-0.025802;REVB=-0.066304,-0.119327,-0.154614;RO=1040;SAF=73,27,104;SAR=118,35,103;SRF=562;SRR=478;SSEN=0,0,0;SSEP=0.391304,0,0;SSSB=-0.204903,-0.10842,-0.0496262;STB=0.5,0.990083,0.879849;STBP=1,0.469,0;TYPE=del,mnp,ins;VARB=-0.102811,0.0107155,0.0776325;OID=.,.,.;OPOS=2457955,2457960,2457963;OREF=G,GCA,-;OALT=-,CAG,G;OMAPALT=CGGGGGCA,CGGGGGCAG,CGGGGGGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.000595238,0.0357143:191,62,207:1697:0,1,60:1680:1619:0,0,53:0,1,7:800:819:26:1040:73,27,104:118,35,103:562:478 chr1 2560882 . G A 3990.8 PASS AF=0.984848;AO=258;DP=262;FAO=260;FDP=264;FR=.;FRO=4;FSAF=130;FSAR=130;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0239265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.54;QD=60.4667;RBI=0.0417884;REFB=-0.0362826;REVB=0.0342607;RO=4;SAF=130;SAR=128;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00738742;STB=0.503788;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.000697701;OID=.;OPOS=2560882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:262:264:4:4:258:260:0.984848:128:130:1:3:130:130:1:3 chr1 2560903 . T G 3876.77 PASS AF=1;AO=216;DP=252;FAO=251;FDP=251;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=126;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388839;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.304;QD=61.7813;RBI=0.0401288;REFB=0;REVB=0.00991791;RO=0;SAF=97;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356976;OID=.;OPOS=2560903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:252:251:0:0:216:251:1:119:97:0:0:125:126:0:0 chr1 2572941 . G A 767.98 PASS AF=0.452514;AO=81;DP=179;FAO=81;FDP=179;FR=.;FRO=98;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0488776;FXX=0.0110491;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2596;QD=17.1616;RBI=0.0498732;REFB=-0.00368165;REVB=0.0099153;RO=97;SAF=37;SAR=44;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047619;STB=0.529307;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00470864;OID=.;OPOS=2572941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:97:98:81:81:0.452514:44:37:49:48:44:37:50:48 chr1 2573199 . A G 3630.68 PASS AF=1;AO=229;DP=231;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019107;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.156;QD=63.1422;RBI=0.0252612;REFB=0;REVB=0.0165241;RO=0;SAF=101;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27883e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58109e-05;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:230:0:0:229:230:1:128:101:0:0:129:101:0:0 chr1 2938265 . C T 200.09 PASS AF=0.703704;AO=18;DP=26;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0258886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.642;QD=29.6424;RBI=0.0264975;REFB=0.00146249;REVB=-0.00564761;RO=8;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019418;STB=0.522912;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.000468621;OID=.;OPOS=2938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:8:8:18:19:0.703704:13:5:2:6:13:6:2:6 chr1 2938407 . CAGA C 612.69 PASS AF=0.425;AO=66;DP=168;FAO=68;FDP=160;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.0185449;FXX=0.0361424;HRUN=1;LEN=3;MLLD=191.27;QD=15.3172;RBI=0.0187482;REFB=-0.00924749;REVB=0.00275344;RO=90;SAF=29;SAR=37;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284019;STB=0.504877;STBP=0.929;TYPE=del;VARB=0.0131292;OID=.;OPOS=2938408;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:66:168:68:160:92:29:39:40:52:99:90:29:37:42:48 chr1 2938697 . T G 957.76 PASS AF=0.588235;AO=90;DP=155;FAO=90;FDP=153;FR=.;FRO=63;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00127011;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.822;QD=25.0395;RBI=0.0201958;REFB=-0.0215542;REVB=0.0201558;RO=65;SAF=44;SAR=46;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926395;STB=0.544545;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0137032;OID=.;OPOS=2938697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:65:63:90:90:0.588235:46:44:24:41:46:44:24:39 chr1 2938989 . G A 2973.49 PASS AF=0.428188;AO=318;DP=683;FAO=319;FDP=745;FR=.;FRO=426;FSAF=150;FSAR=169;FSRF=203;FSRR=223;FWDB=0.000653019;FXX=0.00267734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.532;QD=15.9651;RBI=0.0355138;REFB=-0.0248391;REVB=-0.0355078;RO=360;SAF=150;SAR=168;SRF=203;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888664;STB=0.503617;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0305454;OID=.;OPOS=2938989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:683:745:360:426:318:319:0.428188:168:150:203:157:169:150:203:223 chr1 2983963 . G A 1788.0 PASS AF=0.395349;AO=204;DP=517;FAO=204;FDP=516;FR=.;FRO=312;FSAF=113;FSAR=91;FSRF=149;FSRR=163;FWDB=0.0211493;FXX=0.0019342;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9284;QD=13.8605;RBI=0.0409778;REFB=-0.0300267;REVB=0.0350983;RO=312;SAF=113;SAR=91;SRF=149;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826443;STB=0.546242;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0511972;OID=.;OPOS=2983963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:517:516:312:312:204:204:0.395349:91:113:149:163:91:113:149:163 chr1 2985885 . C G 466.4 PASS AF=0.547619;AO=44;DP=82;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00196032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7794;QD=22.2095;RBI=0.0408416;REFB=-0.0455622;REVB=-0.0407945;RO=38;SAF=13;SAR=31;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209909;STB=0.596111;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0432859;OID=.;OPOS=2985885;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:38:38:44:46:0.547619:31:13:20:18:31:15:20:18 chr1 3301721 . C T 1439.42 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00582912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.018;QD=61.9106;RBI=0.0251328;REFB=-0.156545;REVB=-0.0244475;RO=1;SAF=38;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123114;STB=0.506492;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000443049;OID=.;OPOS=3301721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:54:38:1:0:54:38:1:0 chr1 3312914 . T G 707.45 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.024;QD=62.8842;RBI=0.0363307;REFB=0;REVB=0.0100682;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07483e-05;OID=.;OPOS=3312914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:22:21:0:0:22:23:0:0 chr1 3328358 . T C 613.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.699;QD=61.3255;RBI=0.0280514;REFB=0;REVB=0.00573524;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166965;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr1 3352009 . G A 672.22 PASS AF=0.51938;AO=66;DP=126;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=61;FSRF=8;FSRR=54;FWDB=0.00257858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.921;QD=20.8441;RBI=0.00264745;REFB=-0.0142076;REVB=0.000599938;RO=59;SAF=6;SAR=60;SRF=7;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673593;STB=0.553092;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0128935;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:59:62:66:67:0.51938:60:6:7:52:61:6:8:54 chr1 3353890 . A G 3301.45 PASS AF=1;AO=212;DP=216;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520187;FXX=0.0184323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1125;QD=61.9991;RBI=0.0520499;REFB=-0.0129613;REVB=-0.00180329;RO=1;SAF=124;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382663;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9916e-05;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:216:213:1:0:212:213:1:88:124:1:0:89:124:0:0 chr1 3353949 . A G 3392.51 PASS AF=0.965957;AO=224;DP=233;FAO=227;FDP=235;FR=.;FRO=8;FSAF=141;FSAR=86;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0160003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.017;QD=57.7449;RBI=0.0178122;REFB=-0.145385;REVB=-0.00782722;RO=9;SAF=140;SAR=84;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00326999;STB=0.500139;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180455;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:233:235:9:8:224:227:0.965957:84:140:6:3:86:141:5:3 chr1 3354595 . T C 2157.95 PASS AF=0.88587;AO=171;DP=231;FAO=163;FDP=184;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=68;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0854059;FXX=0.0515437;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.8137;QD=46.9119;RBI=0.0875942;REFB=-0.0718847;REVB=0.0194569;RO=28;SAF=81;SAR=90;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088766;STB=0.541058;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00764678;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:231:184:28:17:171:163:0.88587:90:81:4:24:95:68:0:17 chr1 3354615 . T C 2910.24 PASS AF=0.965517;AO=196;DP=203;FAO=196;FDP=203;FR=.;FRO=7;FSAF=72;FSAR=124;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00706067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.181;QD=57.3446;RBI=0.0092154;REFB=-0.203008;REVB=0.00592203;RO=5;SAF=72;SAR=124;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00166226;STB=0.503033;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.000386103;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:203:203:5:7:196:196:0.965517:124:72:2:3:124:72:2:5 chr1 3383898 . A G 2944.28 PASS AF=0.994681;AO=187;DP=188;FAO=187;FDP=188;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.092;QD=62.6442;RBI=0.0109561;REFB=-0.038141;REVB=-0.000191047;RO=1;SAF=78;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0060654;STB=0.503184;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000118394;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:188:1:1:187:187:0.994681:109:78:1:0:109:78:1:0 chr1 3389727 . C T 1785.84 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.818;QD=61.0544;RBI=0.0162754;REFB=0;REVB=0.00740132;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16309e-05;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:61:56:0:0:61:56:0:0 chr1 3394456 . T C 2064.87 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.273;QD=62.5718;RBI=0.023993;REFB=0;REVB=0.00485367;RO=0;SAF=54;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41367e-05;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:78:54:0:0:78:54:0:0 chr1 3394511 . CT C,TC 69.89 PASS AF=0.113744,0.042654;AO=66,13;DP=214;FAO=24,9;FDP=211;FR=.;FRO=178;FSAF=18,0;FSAR=6,9;FSRF=63;FSRR=115;FWDB=-0.121471,-0.0193024;FXX=0.014018;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.1171,147.081;QD=1.32492;RBI=0.170938,0.0619267;REFB=-0.142255,-0.00612611;REVB=-0.120269,-0.0588416;RO=124;SAF=32,0;SAR=34,13;SRF=44;SRR=80;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.14998,-0.576193;STB=0.817336,0.998531;STBP=0.006,0.005;TYPE=del,mnp;VARB=0.139209,0.0561423;OID=.,.;OPOS=3394512,3394511;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:214:211:124:178:66,13:24,9:0.113744,0.042654:34,13:32,0:44:80:6,9:18,0:63:115 chr1 3395039 . G A 2204.62 PASS AF=0.986014;AO=140;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.518;QD=61.6677;RBI=0.0324735;REFB=-0.029764;REVB=0.029982;RO=2;SAF=61;SAR=79;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175005;STB=0.500959;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000239515;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:2:2:140:141:0.986014:79:61:1:1:80:61:1:1 chr1 3414105 . C T 998.09 PASS AF=0.428016;AO=110;DP=258;FAO=110;FDP=257;FR=.;FRO=147;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=70;FSRR=77;FWDB=0.0402566;FXX=0.00387582;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.9749;QD=15.5345;RBI=0.0403717;REFB=-0.00455912;REVB=-0.0030462;RO=141;SAF=55;SAR=55;SRF=67;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251;STB=0.513616;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00661833;OID=.;OPOS=3414105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:257:141:147:110:110:0.428016:55:55:67:74:55:55:70:77 chr1 3416449 . C A 887.96 PASS AF=0.497207;AO=89;DP=180;FAO=89;FDP=179;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.00229033;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.375;QD=19.8426;RBI=0.0218895;REFB=-0.0435842;REVB=0.0217693;RO=90;SAF=38;SAR=51;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593797;STB=0.503267;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.040751;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:90:90:89:89:0.497207:51:38:39:51:51:38:39:51 chr1 3418391 . C T 2299.69 PASS AF=0.423469;AO=249;DP=590;FAO=249;FDP=588;FR=.;FRO=339;FSAF=128;FSAR=121;FSRF=158;FSRR=181;FWDB=0.0503602;FXX=0.00507606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1276;QD=15.6441;RBI=0.0694539;REFB=-0.00978928;REVB=0.0478298;RO=331;SAF=128;SAR=121;SRF=157;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408726;STB=0.527638;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00854244;OID=.;OPOS=3418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:590:588:331:339:249:249:0.423469:121:128:157:174:121:128:158:181 chr1 3421897 . A G 631.9 PASS AF=0.385027;AO=70;DP=184;FAO=72;FDP=187;FR=.;FRO=115;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=0.0380633;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.518;QD=13.5165;RBI=0.0430202;REFB=-0.0286654;REVB=-0.0200481;RO=113;SAF=32;SAR=38;SRF=66;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137992;STB=0.575965;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0493384;OID=.;OPOS=3421897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:187:113:115:70:72:0.385027:38:32:66:47:39:33:67:48 chr1 3425183 . G A 2163.45 PASS AF=0.520885;AO=212;DP=408;FAO=212;FDP=407;FR=.;FRO=195;FSAF=91;FSAR=121;FSRF=80;FSRR=115;FWDB=-0.0234615;FXX=0.00245092;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1946;QD=21.2624;RBI=0.0316814;REFB=-0.0105378;REVB=0.02129;RO=192;SAF=91;SAR=121;SRF=80;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112088;STB=0.509307;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0124954;OID=.;OPOS=3425183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:407:192:195:212:212:0.520885:121:91:80:112:121:91:80:115 chr1 3428160 . T G 853.92 PASS AF=0.52795;AO=85;DP=160;FAO=85;FDP=161;FR=.;FRO=76;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0414964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3367;QD=21.2154;RBI=0.0427642;REFB=-0.0195784;REVB=-0.0103357;RO=73;SAF=50;SAR=35;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12738;STB=0.566994;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0156657;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:73:76:85:85:0.52795:35:50:32:41:35:50:34:42 chr1 3447797 . G A 66.51 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0404826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.707;QD=26.6029;RBI=0.0412691;REFB=-0.114041;REVB=0.00801883;RO=2;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.666221;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00940505;OID=.;OPOS=3447797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:2:6:0:2:2:6:0:2 chr1 3496479 . T C 609.45 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0194181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.581;QD=19.6597;RBI=0.020336;REFB=-0.0107679;REVB=-0.00604056;RO=62;SAF=27;SAR=35;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116872;STB=0.564495;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0092109;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:62:62:62:0.5:35:27:35:27:35:27:35:27 chr1 3511934 . A G 744.28 PASS AF=0.489933;AO=72;DP=148;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00194556;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.636;QD=19.9808;RBI=0.0386283;REFB=-0.0142103;REVB=-0.0385793;RO=75;SAF=28;SAR=44;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363732;STB=0.526965;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.018196;OID=.;OPOS=3511934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:75:76:72:73:0.489933:44:28:32:43:45:28:33:43 chr1 3548136 . T C 3074.67 PASS AF=1;AO=197;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315902;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.194;QD=61.8024;RBI=0.0340749;REFB=0;REVB=0.0127733;RO=0;SAF=107;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61272e-05;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:199:0:0:197:199:1:90:107:0:0:90:109:0:0 chr1 3551792 . G A 284.74 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0205582;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1753;QD=14.9865;RBI=0.0260586;REFB=-0.00313451;REVB=-0.0160128;RO=44;SAF=8;SAR=24;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115034;STB=0.565531;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00224144;OID=.;OPOS=3551792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:24:8:15:29:24:8:15:29 chr1 3638674 . C T 1632.79 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0566364;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.433;QD=59.374;RBI=0.0583318;REFB=-0.115315;REVB=0.0139613;RO=1;SAF=58;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811455;STB=0.504273;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000358499;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:110:1:1:109:109:0.990909:51:58:1:0:51:58:1:0 chr1 3644715 . C T 716.86 PASS AF=0.366379;AO=85;DP=232;FAO=85;FDP=232;FR=.;FRO=147;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=78;FSRR=69;FWDB=-0.0122093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.368;QD=12.3596;RBI=0.0124487;REFB=-0.00675194;REVB=-0.00242973;RO=142;SAF=38;SAR=47;SRF=75;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897577;STB=0.552929;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0116225;OID=.;OPOS=3644715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:142:147:85:85:0.366379:47:38:75:67:47:38:78:69 chr1 3644754 . T C 897.27 PASS AF=0.40081;AO=99;DP=243;FAO=99;FDP=247;FR=.;FRO=148;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=82;FSRR=66;FWDB=-0.0240358;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.93;QD=14.5307;RBI=0.029939;REFB=-0.0246818;REVB=-0.0178499;RO=139;SAF=46;SAR=53;SRF=74;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707515;STB=0.553424;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0394897;OID=.;OPOS=3644754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:247:139:148:99:99:0.40081:53:46:74:65:53:46:82:66 chr1 3649403 . G A 2106.46 PASS AF=0.581818;AO=192;DP=330;FAO=192;FDP=330;FR=.;FRO=138;FSAF=103;FSAR=89;FSRF=72;FSRR=66;FWDB=0.0187101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.118;QD=25.5328;RBI=0.0187967;REFB=-0.0371242;REVB=-0.00180289;RO=138;SAF=103;SAR=89;SRF=72;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114232;STB=0.506182;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0245321;OID=.;OPOS=3649403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:138:138:192:192:0.581818:89:103:72:66:89:103:72:66 chr1 3649562 . G A 639.08 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0201621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.587;QD=25.8212;RBI=0.0232141;REFB=-0.00383362;REVB=0.0115058;RO=42;SAF=27;SAR=30;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130825;STB=0.571404;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00242099;OID=.;OPOS=3649562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:42:57:57:0.575758:30:27:27:15:30:27:27:15 chr1 3659742 . C T 568.29 PASS AF=0.411392;AO=65;DP=158;FAO=65;FDP=158;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.00226135;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.608;QD=14.3871;RBI=0.00289238;REFB=-0.00316102;REVB=-0.00180338;RO=92;SAF=29;SAR=36;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337714;STB=0.522346;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00460471;OID=.;OPOS=3659742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:92:93:65:65:0.411392:36:29:44:48:36:29:45:48 chr1 3669201 . A G 675.01 PASS AF=0.5;AO=67;DP=135;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00542747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.167;QD=19.8532;RBI=0.0147813;REFB=-0.0136375;REVB=-0.0137488;RO=68;SAF=35;SAR=32;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338662;STB=0.514702;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0164492;OID=.;OPOS=3669201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:68:68:67:68:0.5:32:35:33:35:33:35:33:35 chr1 3669205 . C G 643.97 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0515241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4221;QD=19.5144;RBI=0.0543507;REFB=0.0157679;REVB=0.0172994;RO=67;SAF=32;SAR=33;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272389;STB=0.515041;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0114888;OID=.;OPOS=3669205;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:33:32:31:36:33:32:31:36 chr1 3677933 . T C 374.36 PASS AF=0.375;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00522109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.801;QD=12.4786;RBI=0.00525078;REFB=-0.0112142;REVB=0.000557564;RO=72;SAF=22;SAR=23;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633686;STB=0.522245;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0209504;OID=.;OPOS=3677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:75:45:45:0.375:23:22:31:41:23:22:34:41 chr1 3680333 . C T 350.66 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00365627;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.869;QD=17.3165;RBI=0.0231022;REFB=-0.0119674;REVB=0.022811;RO=42;SAF=15;SAR=22;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201762;STB=0.612266;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0243168;OID=.;OPOS=3680333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:42:44:37:37:0.45679:22:15:26:16:22:15:27:17 chr1 3703710 . G A 726.95 PASS AF=0.507143;AO=69;DP=138;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=0.0448609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2351;QD=20.7701;RBI=0.0747128;REFB=-0.0281512;REVB=0.0597454;RO=68;SAF=29;SAR=40;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910741;STB=0.559876;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0247279;OID=.;OPOS=3703710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:68:69:69:71:0.507143:40:29:22:46:40:31:22:47 chr1 3743319 . G A 467.62 PASS AF=0.476636;AO=40;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00454293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.877;QD=17.4809;RBI=0.0346207;REFB=-0.018942;REVB=0.0343214;RO=56;SAF=7;SAR=33;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31703;STB=0.612335;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0361104;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:40:51:0.476636:33:7:23:33:39:12:23:33 chr1 3745924 . G A 992.56 PASS AF=0.42471;AO=110;DP=260;FAO=110;FDP=259;FR=.;FRO=149;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=44;FSRR=105;FWDB=-0.00896916;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.646;QD=15.329;RBI=0.0111434;REFB=-0.00524145;REVB=-0.00661283;RO=148;SAF=44;SAR=66;SRF=43;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121117;STB=0.564345;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00475294;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:259:148:149:110:110:0.42471:66:44:43:105:66:44:44:105 chr1 3753136 . A T 870.51 PASS AF=0.458537;AO=93;DP=205;FAO=94;FDP=205;FR=.;FRO=111;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=0.00256166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.972;QD=16.9856;RBI=0.00277882;REFB=-0.0110002;REVB=-0.0010769;RO=110;SAF=45;SAR=48;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028748;STB=0.515353;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0132225;OID=.;OPOS=3753136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:110:111:93:94:0.458537:48:45:50:60:49:45:50:61 chr1 3755675 . T C 536.58 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.0977161;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.713;QD=17.309;RBI=0.10015;REFB=-0.0161302;REVB=-0.0219444;RO=63;SAF=28;SAR=29;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135881;STB=0.581118;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0143341;OID=.;OPOS=3755675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:63:67:57:57:0.459677:29:28:40:23:29:28:43:24 chr1 3759784 . A G 652.61 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.014924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.043;QD=19.0542;RBI=0.0152414;REFB=-0.0144114;REVB=0.00309429;RO=70;SAF=35;SAR=31;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117379;STB=0.502553;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.016754;OID=.;OPOS=3759784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:71:66:66:0.481752:31:35:38:32:31:35:38:33 chr1 3759889 . TAAA TA,T,TAAAG,TAAG 162.7 PASS AF=0.62963,0.111111,0,0.259259;AO=8,6,4,2;DP=33;FAO=17,3,0,7;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,0;FSAR=17,3,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.51048e-08,5.26571e-08,4.55566e-07,4.73119e-07;FXX=0.181763;HRUN=15,15,1,15;LEN=2,3,1,1;MLLD=4.87189,6.80116,51.9227,46.5568;QD=24.1042;RBI=0.177067,0.11873,0.105006,0.111837;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.177067,-0.11873,-0.105006,-0.111837;RO=0;SAF=0,0,0,0;SAR=8,6,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,ins,snp;VARB=0.0308414,0.0984804,-0.0213787,-0.0378374;OID=.,.,.,.;OPOS=3759890,3759890,3759893,3759892;OREF=AA,AAA,-,A;OALT=-,-,G,G;OMAPALT=TA,T,TAAAG,TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.62963,0.111111,0,0.259259:8,6,4,2:33:17,3,0,7:27:0:0,0,0,0:17,3,0,7:0:0:36:0:0,0,0,0:8,6,4,2:0:0 chr1 3761479 . C T 622.22 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.00403461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.471;QD=18.167;RBI=0.011431;REFB=-0.0161551;REVB=-0.0106953;RO=73;SAF=24;SAR=40;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636508;STB=0.535362;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0194788;OID=.;OPOS=3761479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:73:64:64:0.467153:40:24:32:41:40:24:32:41 chr1 3786245 . G A 1192.28 PASS AF=0.481781;AO=119;DP=245;FAO=119;FDP=247;FR=.;FRO=128;FSAF=41;FSAR=78;FSRF=62;FSRR=66;FWDB=-0.0034014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2585;QD=19.3082;RBI=0.0252194;REFB=-0.00872671;REVB=0.0249889;RO=126;SAF=41;SAR=78;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14473;STB=0.576397;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0102059;OID=.;OPOS=3786245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:247:126:128:119:119:0.481781:78:41:62:64:78:41:62:66 chr1 4772053 . T C 1698.08 PASS AF=0.395538;AO=198;DP=495;FAO=195;FDP=493;FR=.;FRO=298;FSAF=98;FSAR=97;FSRF=163;FSRR=135;FWDB=-0.126178;FXX=0.00404032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.0103;QD=13.7775;RBI=0.126697;REFB=-0.020043;REVB=-0.0114572;RO=271;SAF=99;SAR=99;SRF=140;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172603;STB=0.526853;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0357785;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:495:493:271:298:198:195:0.395538:99:99:140:131:97:98:163:135 chr1 4842981 . G A 4169.24 PASS AF=0.985401;AO=269;DP=274;FAO=270;FDP=274;FR=.;FRO=4;FSAF=128;FSAR=142;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00512043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.403;QD=60.8648;RBI=0.0354744;REFB=-0.183159;REVB=0.0351029;RO=2;SAF=128;SAR=141;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00671438;STB=0.503281;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.000366252;OID=.;OPOS=4842981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:274:274:2:4:269:270:0.985401:141:128:0:2:142:128:1:3 chr1 5926507 . T C 335.42 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00123722;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.844;QD=13.0261;RBI=0.0114792;REFB=-0.00976113;REVB=-0.0114123;RO=63;SAF=24;SAR=16;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00356001;STB=0.502023;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0114713;OID=.;OPOS=5926507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:63:63:40:40:0.38835:16:24:38:25:16:24:38:25 chr1 5935162 . A T 108.11 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0189679;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.471;QD=11.088;RBI=0.0291584;REFB=-0.0175604;REVB=-0.0221457;RO=26;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341244;STB=0.709303;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.04856;OID=.;OPOS=5935162;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:26:26:13:13:0.333333:11:2:10:16:11:2:10:16 chr1 5937168 . G A 2144.46 PASS AF=0.424632;AO=231;DP=545;FAO=231;FDP=544;FR=.;FRO=313;FSAF=141;FSAR=90;FSRF=199;FSRR=114;FWDB=-0.0161168;FXX=0.00366294;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9154;QD=15.7681;RBI=0.0636858;REFB=-0.0188041;REVB=0.0616128;RO=311;SAF=141;SAR=90;SRF=199;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323189;STB=0.515463;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0265286;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:545:544:311:313:231:231:0.424632:90:141:199:112:90:141:199:114 chr1 5948677 . G A 401.38 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00615741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.026;QD=16.3828;RBI=0.00630168;REFB=-0.0023506;REVB=-0.0013407;RO=56;SAF=16;SAR=26;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228726;STB=0.628566;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00260366;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:26:16:34:22:26:16:34:22 chr1 6162054 . T C 323.65 PASS AF=0.3;AO=42;DP=148;FAO=45;FDP=150;FR=.;FRO=105;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=64;FWDB=-0.0296917;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7894;QD=8.63069;RBI=0.0316631;REFB=8.41635e-05;REVB=-0.010998;RO=106;SAF=16;SAR=26;SRF=43;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314888;STB=0.522926;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00249132;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:106:105:42:45:0.3:26:16:43:63:26:19:41:64 chr1 6162355 . A T 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.00625441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.666;QD=14.9476;RBI=0.0075596;REFB=-0.0129581;REVB=0.00424616;RO=42;SAF=6;SAR=25;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686343;STB=0.539057;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0142343;OID=.;OPOS=6162355;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:25:6:10:32:25:6:10:32 chr1 6162407 . A G 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.128;QD=57.5403;RBI=0.0331809;REFB=0;REVB=-0.00774756;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39452e-05;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr1 6163065 . G A 553.83 PASS AF=0.408163;AO=60;DP=148;FAO=60;FDP=147;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.0536512;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.749;QD=15.0702;RBI=0.0546115;REFB=0.00292927;REVB=-0.0101961;RO=87;SAF=25;SAR=35;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142249;STB=0.579996;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0027289;OID=.;OPOS=6163065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:87:87:60:60:0.408163:35:25:48:39:35:25:48:39 chr1 6165419 . C T 390.08 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0414478;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.978;QD=16.2533;RBI=0.0439207;REFB=-0.0118764;REVB=-0.0145296;RO=54;SAF=25;SAR=16;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257055;STB=0.648632;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0235359;OID=.;OPOS=6165419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:54:55:41:41:0.427083:16:25:19:35:16:25:19:36 chr1 6184092 . A G 1887.52 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8616;QD=61.3827;RBI=0.0444853;REFB=0;REVB=-0.0441987;RO=0;SAF=81;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.64535e-05;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:42:81:0:0:42:81:0:0 chr1 6190315 . C T 1149.91 PASS AF=0.473469;AO=115;DP=244;FAO=116;FDP=245;FR=.;FRO=129;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=55;FSRR=74;FWDB=0.00578254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.384;QD=18.774;RBI=0.00646751;REFB=-0.0207633;REVB=-0.00289671;RO=129;SAF=49;SAR=66;SRF=55;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00026411;STB=0.502125;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0224119;OID=.;OPOS=6190315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:129:129:115:116:0.473469:66:49:55:74:67:49:55:74 chr1 6196869 . A G 1610.86 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.161201;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9348;QD=60.219;RBI=0.16171;REFB=0;REVB=-0.0128117;RO=0;SAF=37;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000600563;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:70:37:0:0:70:37:0:0 chr1 6202245 . G A 956.84 PASS AF=0.459091;AO=101;DP=220;FAO=101;FDP=220;FR=.;FRO=119;FSAF=71;FSAR=30;FSRF=66;FSRR=53;FWDB=-0.00395113;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.643;QD=17.3971;RBI=0.00636954;REFB=-0.000182826;REVB=-0.00499595;RO=119;SAF=71;SAR=30;SRF=66;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160321;STB=0.589105;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000204059;OID=.;OPOS=6202245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:119:119:101:101:0.459091:30:71:66:53:30:71:66:53 chr1 6204161 . G A 984.11 PASS AF=0.487437;AO=97;DP=199;FAO=97;FDP=199;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.00638249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.13;QD=19.7811;RBI=0.032069;REFB=-0.0114121;REVB=0.0314274;RO=102;SAF=38;SAR=59;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382994;STB=0.521107;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0115889;OID=.;OPOS=6204161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:102:102:97:97:0.487437:59:38:44:58:59:38:44:58 chr1 6209363 . T C 193.18 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0622806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5999;QD=16.4407;RBI=0.0698395;REFB=-0.036194;REVB=0.031602;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185573;STB=0.510628;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0367843;OID=.;OPOS=6209363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:13:14:10:10:13:14 chr1 6211183 . G A 774.29 PASS AF=0.445652;AO=77;DP=179;FAO=82;FDP=184;FR=.;FRO=102;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=0.0543439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2418;QD=16.8324;RBI=0.0787352;REFB=0.00283826;REVB=0.0569735;RO=101;SAF=30;SAR=47;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159049;STB=0.576452;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0023938;OID=.;OPOS=6211183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:184:101:102:77:82:0.445652:47:30:55:46:49:33:55:47 chr1 6215695 . G A 479.33 PASS AF=0.371795;AO=58;DP=156;FAO=58;FDP=156;FR=.;FRO=98;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=61;FSRR=37;FWDB=0.0586924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1758;QD=12.2905;RBI=0.0632992;REFB=-0.0135254;REVB=0.0237065;RO=98;SAF=28;SAR=30;SRF=61;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154158;STB=0.5873;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0225134;OID=.;OPOS=6215695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:98:98:58:58:0.371795:30:28:61:37:30:28:61:37 chr1 6278414 . A G 552.72 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.757;QD=16.6233;RBI=0.0691799;REFB=0.00572163;REVB=0.0103588;RO=74;SAF=24;SAR=35;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263352;STB=0.514701;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00824692;OID=.;OPOS=6278414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:74:74:59:59:0.443609:35:24:32:42:35:24:32:42 chr1 6279370 . G C 320.33 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=-0.0430204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1247;QD=11.5435;RBI=0.0703158;REFB=-0.0141555;REVB=0.0556198;RO=70;SAF=16;SAR=24;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673419;STB=0.541964;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0389808;OID=.;OPOS=6279370;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:71:40:40:0.36036:24:16:24:46:24:16:24:47 chr1 6283547 . GA G 177.37 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=119;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0560928;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.7939;QD=6.01258;RBI=0.0655897;REFB=-0.0384439;REVB=-0.0339942;RO=73;SAF=16;SAR=25;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117061;STB=0.560224;STBP=0.369;TYPE=del;VARB=0.0684807;OID=.;OPOS=6283548;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347458:41:119:41:118:77:16:25:37:40:99:73:16:25:36:37 chr1 6308929 . C A 505.38 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0390749;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=224.707;QD=17.8897;RBI=0.0462219;REFB=-0.0353237;REVB=-0.0246905;RO=58;SAF=31;SAR=23;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698596;STB=0.534647;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0350754;OID=.;OPOS=6308929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:59:54:54:0.477876:23:31:29:29:23:31:30:29 chr1 6557009 . A C 2655.09 PASS AF=0.486486;AO=270;DP=554;FAO=270;FDP=555;FR=.;FRO=285;FSAF=144;FSAR=126;FSRF=158;FSRR=127;FWDB=0.0152907;FXX=0.00179853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.892;QD=19.1358;RBI=0.0335024;REFB=-0.0123738;REVB=-0.0298095;RO=284;SAF=144;SAR=126;SRF=158;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216482;STB=0.510874;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0139983;OID=.;OPOS=6557009;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:554:555:284:285:270:270:0.486486:126:144:158:126:126:144:158:127 chr1 6614391 . A C 483.87 PASS AF=1;AO=27;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8899;QD=55.2998;RBI=0.0701649;REFB=0;REVB=0.0410709;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00749507;OID=.;OPOS=6614391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:27:35:1:22:5:0:0:30:5:0:0 chr1 6614535 . G A 2345.13 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240491;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9785;QD=60.5194;RBI=0.0946712;REFB=0;REVB=0.0915657;RO=0;SAF=74;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113055;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:155:0:0:152:155:1:78:74:0:0:79:76:0:0 chr1 6635231 . A G 833.95 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8918;QD=55.5968;RBI=0.0686291;REFB=-0.0884375;REVB=-0.0678546;RO=2;SAF=23;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678097;STB=0.50704;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00150682;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:2:1:58:59:0.983333:35:23:1:1:35:24:0:1 chr1 6635306 . G A 583.05 PASS AF=0.403614;AO=67;DP=166;FAO=67;FDP=166;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=64;FWDB=-0.0219215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.003;QD=14.0494;RBI=0.0289313;REFB=-0.00105179;REVB=-0.0188804;RO=99;SAF=35;SAR=32;SRF=35;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178426;STB=0.599971;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00181912;OID=.;OPOS=6635306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:99:99:67:67:0.403614:32:35:35:64:32:35:35:64 chr1 6639289 . ACTCCCTGGG A,ACTCCCTGG 311.8 PASS AF=0.419753,0.0123457;AO=34,10;DP=83;FAO=34,1;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=18,1;FSAR=16,0;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0133493,-0.13111;FXX=0.0240935;HRUN=1,3;LEN=9,1;MLLD=305.098,14.8115;QD=15.3975;RBI=0.0167436,0.137943;REFB=-0.0176156,-0.132589;REVB=0.0101067,-0.042876;RO=36;SAF=18,10;SAR=16,0;SRF=8;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0.338462;SSSB=0.280947,0.815755;STB=0.591188,0.992446;STBP=0.174,0.242;TYPE=del,del;VARB=0.00291601,0.0638064;OID=.,.;OPOS=6639290,6639296;OREF=CTCCCTGGG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,ACTCCCTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419753,0.0123457:34,10:83:34,1:81:46:18,1:16,0:17:29:99:36:18,10:16,0:8:28 chr1 6646959 . GCCTGCCTTCCCTGCCTTC GCCTGCCTTC,GCCTGCCTTCCCTGCCTTT 384.44 PASS AF=0.420561,0;AO=42,4;DP=113;FAO=45,0;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=22,0;FSAR=23,0;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0066463,-0.0151968;FXX=0.0446389;HRUN=3,3;LEN=9,1;MLLD=307.546,43.8789;QD=14.3716;RBI=0.0243414,0.0597889;REFB=-0.00710984,-0.0189826;REVB=0.0234164,0.0578253;RO=60;SAF=21,0;SAR=21,4;SRF=31;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0.4,0;SSSB=-0.0173571,-0.510936;STB=0.525103,0.5;STBP=0.642,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00870685,0;OID=.,.;OPOS=6646960,6646977;OREF=CCTGCCTTC,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCCTGCCTTC,GCCTGCCTTCCCTGCCTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.420561,0:42,4:113:45,0:107:62:22,0:23,0:33:29:99:60:21,0:21,4:31:29 chr1 6659505 . G A 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0260515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.879;QD=18.7852;RBI=0.0288133;REFB=-0.00135969;REVB=0.0123096;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109143;STB=0.560849;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00121588;OID=.;OPOS=6659505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:19:14:18:15:19:14:18:15 chr1 6692942 . A T 1775.15 PASS AF=0.479058;AO=178;DP=377;FAO=183;FDP=382;FR=.;FRO=199;FSAF=88;FSAR=95;FSRF=85;FSRR=114;FWDB=0.0741292;FXX=0.0026109;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.965;QD=18.588;RBI=0.0744786;REFB=-0.00198549;REVB=-0.00720538;RO=195;SAF=83;SAR=95;SRF=81;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04882;STB=0.528093;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00222663;OID=.;OPOS=6692942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:382:195:199:178:183:0.479058:95:83:81:114:95:88:85:114 chr1 6693097 . A G 512.48 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0392635;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.616;QD=21.1332;RBI=0.0393032;REFB=-0.0127614;REVB=0.00176472;RO=48;SAF=23;SAR=26;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475108;STB=0.52626;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00846517;OID=.;OPOS=6693097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:48:48:49:49:0.505155:26:23:20:28:26:23:20:28 chr1 6695244 . A G 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00148633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9251;QD=18.9483;RBI=0.0215636;REFB=0.00746164;REVB=-0.0215123;RO=27;SAF=4;SAR=24;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176678;STB=0.59992;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00853493;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:24:4:7:20:24:4:7:20 chr1 6704635 . A G 429.3 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0185684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.367;QD=19.7378;RBI=0.0495659;REFB=-0.0136106;REVB=0.0459564;RO=42;SAF=28;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161946;STB=0.6026;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00890558;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:44:43:43:0.494253:15:28:20:22:15:28:20:24 chr1 6711146 . T C 581.41 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0259811;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.444;QD=17.227;RBI=0.0268361;REFB=-0.0283349;REVB=0.00672015;RO=72;SAF=26;SAR=35;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125992;STB=0.562845;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0336526;OID=.;OPOS=6711146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:74:61:61:0.451852:35:26:40:32:35:26:40:34 chr1 7723534 . G A 345.14 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0058694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.318;QD=14.2326;RBI=0.0267462;REFB=-0.0244511;REVB=-0.0260943;RO=59;SAF=23;SAR=15;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105442;STB=0.560012;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0377191;OID=.;OPOS=7723534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:59:38:38:0.391753:15:23:30:29:15:23:30:29 chr1 7723957 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=0.020104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.888;QD=10.5421;RBI=0.0229907;REFB=-0.0115272;REVB=0.0111535;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450974;STB=0.754942;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0189789;OID=.;OPOS=7723957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:1:20:7:4:1:20 chr1 7811014 . G A 1835.43 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.49;QD=61.1811;RBI=0.0386342;REFB=0;REVB=0.0285588;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1487e-05;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:120:0:0:112:120:1:59:53:0:0:61:59:0:0 chr1 7827743 . CAGAG CAG,CAGAT 611.45 PASS AF=0.530612,0.0510204;AO=47,5;DP=97;FAO=52,5;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=24,0;FSAR=28,5;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00881088,-0.030369;FXX=0.0101;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=225.705,90.0628;QD=24.9573;RBI=0.00910876,0.0332965;REFB=-0.0173158,-0.00646399;REVB=0.00231041,-0.0136522;RO=42;SAF=22,0;SAR=25,5;SRF=24;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0882422,-0.635349;STB=0.554435,0.998092;STBP=0.275,0.006;TYPE=del,snp;VARB=0.014221,-0.0633167;OID=.,.;OPOS=7827744,7827747;OREF=AG,G;OALT=-,T;OMAPALT=CAG,CAGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.530612,0.0510204:47,5:97:52,5:98:41:24,0:28,5:24:17:99:42:22,0:25,5:24:18 chr1 7870048 . T C 467.29 PASS AF=0.365385;AO=57;DP=156;FAO=57;FDP=156;FR=.;FRO=99;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=-0.0727786;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4288;QD=11.9817;RBI=0.0748417;REFB=-0.00278818;REVB=0.0174514;RO=97;SAF=26;SAR=31;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608184;STB=0.540045;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00450543;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:97:99:57:57:0.365385:31:26:39:58:31:26:39:60 chr1 7887248 . G A 738.65 PASS AF=0.446328;AO=79;DP=177;FAO=79;FDP=177;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=0.0153637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.962;QD=16.6927;RBI=0.0159399;REFB=-0.0183892;REVB=0.00424709;RO=98;SAF=42;SAR=37;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398995;STB=0.522172;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0217041;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:98:98:79:79:0.446328:37:42:56:42:37:42:56:42 chr1 7887493 . T C 2550.27 PASS AF=0.994012;AO=164;DP=164;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0206958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0743;QD=61.0843;RBI=0.0987272;REFB=-0.123313;REVB=0.0965336;RO=0;SAF=67;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24851e-08;STB=0.502512;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000544276;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:167:0:1:164:166:0.994012:97:67:0:0:99:67:0:1 chr1 7887579 . C G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0135593;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=301.532;QD=15.1662;RBI=0.0138567;REFB=-0.00279258;REVB=-0.00285548;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912078;STB=0.559272;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00398826;OID=.;OPOS=7887579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:13:10:10:19:13:10:10:20 chr1 7887605 . G A 226.47 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00678619;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.289;QD=21.5681;RBI=0.0177948;REFB=-0.00380038;REVB=0.01645;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690758;STB=0.518502;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00871995;OID=.;OPOS=7887605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:20:21:22:0.52381:13:8:7:11:14:8:8:12 chr1 7890053 . G A 192.87 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00404504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3633;QD=14.8361;RBI=0.11028;REFB=-0.0373568;REVB=0.110206;RO=30;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911765;STB=0.552277;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0438859;OID=.;OPOS=7890053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:15:7:12:18:15:7:12:18 chr1 7890055 . T A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0708786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7128;QD=13.7472;RBI=0.0715672;REFB=-0.00742578;REVB=-0.00990368;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100007;STB=0.557567;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0177682;OID=.;OPOS=7890055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:15:7:13:19:15:7:13:19 chr1 7890063 . CA CG,TG 72.38 PASS AF=0.0869565,0.152174;AO=4,7;DP=46;FAO=4,7;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=2,2;FSAR=2,5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0204882,0.0110039;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=80.3327,109.06;QD=6.2941;RBI=0.0419792,0.0540289;REFB=-0.0200328,-0.0100059;REVB=-0.03664,-0.0528965;RO=31;SAF=2,2;SAR=2,5;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.127357,-0.13539;STB=0.563788,0.629241;STBP=0.815,0.499;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0306948,0.0278379;OID=.,.;OPOS=7890064,7890063;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:46:46:31:35:4,7:4,7:0.0869565,0.152174:2,5:2,2:12:19:2,5:2,2:15:20 chr1 7890069 . C T 49.07 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0215641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.977;QD=4.08957;RBI=0.0219079;REFB=0.00614121;REVB=-0.00386628;RO=38;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085521;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0151147;OID=.;OPOS=7890069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:38:40:8:8:0.166667:5:3:14:24:5:3:15:25 chr1 7890117 . T C 352.34 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00389919;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8176;QD=20.7257;RBI=0.0103901;REFB=-0.00888815;REVB=-0.00963075;RO=32;SAF=11;SAR=25;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037544;STB=0.520822;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00699684;OID=.;OPOS=7890117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:36:36:0.529412:25:11:11:21:25:11:11:21 chr1 7906476 . G T 923.22 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168991;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6102;QD=58.6173;RBI=0.0191653;REFB=0;REVB=0.00904034;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43975e-05;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:33:29:0:0:34:29:0:0 chr1 7909737 . C T 386.7 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0712681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5848;QD=15.3147;RBI=0.074904;REFB=-0.0300143;REVB=-0.0230535;RO=54;SAF=18;SAR=25;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633404;STB=0.547253;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0157288;OID=.;OPOS=7909737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:54:58:43:43:0.425743:25:18:26:28:25:18:29:29 chr1 7913430 . G A 441.0 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.00839558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5643;QD=17.4652;RBI=0.0598794;REFB=-0.00176367;REVB=-0.059288;RO=53;SAF=21;SAR=26;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123504;STB=0.57245;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00139915;OID=.;OPOS=7913430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:54:47:47:0.465347:26:21:17:36:26:21:17:37 chr1 7990367 . G A 246.46 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0419719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2058;QD=17.9242;RBI=0.0467252;REFB=-0.0238901;REVB=-0.020533;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507687;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0192776;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:16:11:11:16:16:11:11:17 chr1 8390495 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.395;QD=53.2766;RBI=0.0839044;REFB=0;REVB=0.0147315;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026818;OID=.;OPOS=8390495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr1 8412935 . C T 2686.94 PASS AF=1;AO=153;DP=175;FAO=172;FDP=172;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00066212;FXX=0.0171419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.95;QD=62.487;RBI=0.0134486;REFB=0;REVB=0.0134323;RO=0;SAF=66;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67317e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47483e-05;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:172:0:0:153:172:1:87:66:0:0:102:70:0:0 chr1 8412989 . A G 2124.96 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164666;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.484;QD=62.9618;RBI=0.00835879;REFB=0;REVB=0.00819499;RO=0;SAF=56;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61028e-06;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:134:135:1:78:56:0:0:79:56:0:0 chr1 8418644 . C A 1264.37 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0459442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.009;QD=58.132;RBI=0.0657798;REFB=-0.0451138;REVB=0.0470756;RO=3;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359324;STB=0.518983;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000240443;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:87:87:3:3:84:84:0.965517:38:46:0:3:38:46:0:3 chr1 8418650 . T C 1416.24 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.81;QD=62.9441;RBI=0.0525073;REFB=0;REVB=0.0204966;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09957e-05;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:41:47:0:0:41:49:0:0 chr1 8419877 . C CCTT 421.91 PASS AF=0.34375;AO=52;DP=174;FAO=55;FDP=160;FR=.;FRO=105;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=68;FSRR=37;FWDB=-0.0347173;FXX=0.0243888;HRUN=2;LEN=3;MLLD=223.819;QD=10.5476;RBI=0.03593;REFB=-0.0467904;REVB=-0.00925614;RO=116;SAF=23;SAR=29;SRF=79;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27942;STB=0.635992;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=0.077423;OID=.;OPOS=8419878;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:52:174:55:160:105:24:31:68:37:99:116:23:29:79:37 chr1 8421092 . C T 252.6 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2571;QD=50.5209;RBI=0.0975423;REFB=0;REVB=0.0808066;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485548;OID=.;OPOS=8421092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:15:20:1:0:15:0:0:5:15:0:0 chr1 8421203 . T C 182.8 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5333;QD=43.0123;RBI=0.0241798;REFB=-0.096274;REVB=0;RO=1;SAF=16;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00978037;OID=.;OPOS=8421203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:0:16:1:0:0:16:1:0 chr1 8525945 . G A 229.3 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0355712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4976;QD=20.8452;RBI=0.0454804;REFB=-0.0194435;REVB=0.02834;RO=21;SAF=5;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256312;STB=0.618072;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0247314;OID=.;OPOS=8525945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:17:5:10:11:17:6:10:11 chr1 8928125 . G T 518.24 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0207133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.981;QD=22.7798;RBI=0.0221711;REFB=-0.0330733;REVB=0.00790694;RO=42;SAF=29;SAR=20;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00295335;STB=0.501625;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0314161;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:20:29:25:17:20:29:25:17 chr1 9009406 . C T 296.5 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0304223;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.444;QD=12.8912;RBI=0.0312576;REFB=-0.00592845;REVB=0.00717763;RO=57;SAF=14;SAR=20;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688519;STB=0.545428;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00948854;OID=.;OPOS=9009406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:58:34:34:0.369565:20:14:27:30:20:14:28:30 chr1 9009444 . A C 256.32 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0368355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.078;QD=13.4905;RBI=0.0388039;REFB=0.00632005;REVB=0.012202;RO=44;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1526;STB=0.599933;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00723296;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:46:30:30:0.394737:18:12:24:20:18:12:26:20 chr1 9011537 . G A 531.57 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00576677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.723;QD=18.33;RBI=0.0243706;REFB=-0.0153846;REVB=-0.0236785;RO=59;SAF=38;SAR=18;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243763;STB=0.63972;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0108856;OID=.;OPOS=9011537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:60:56:56:0.482759:18:38:25:34:18:38:25:35 chr1 9011586 . T G 2203.32 PASS AF=0.986014;AO=139;DP=141;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00895007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.003;QD=61.6313;RBI=0.0160665;REFB=-0.0830377;REVB=0.0133427;RO=2;SAF=71;SAR=68;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137766;STB=0.507245;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00117735;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:143:2:2:139:141:0.986014:68:71:0:2:68:73:0:2 chr1 9011722 . G T 1065.74 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132175;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.888;QD=60.0419;RBI=0.016326;REFB=0;REVB=0.00958299;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57016e-05;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr1 9017204 . A G 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0102132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.576;QD=19.44;RBI=0.0104517;REFB=-0.00834293;REVB=0.00221988;RO=29;SAF=19;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390804;STB=0.521725;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00793898;OID=.;OPOS=9017204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:12:19:19:10:12:19:19:10 chr1 9030964 . C T 466.57 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.000392436;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.635;QD=16.5159;RBI=0.0171308;REFB=-0.00514578;REVB=0.0171263;RO=62;SAF=26;SAR=25;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152242;STB=0.584743;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00702996;OID=.;OPOS=9030964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:25:26:22:40:25:26:22:40 chr1 9034421 . G A 1278.78 PASS AF=0.915789;AO=88;DP=96;FAO=87;FDP=95;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0407456;FXX=0.0104156;HRUN=6;LEN=1;MLLD=256.53;QD=53.8432;RBI=0.0409973;REFB=-0.0546812;REVB=0.00453595;RO=3;SAF=34;SAR=54;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039988;STB=0.552619;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000706175;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:96:95:3:8:88:87:0.915789:54:34:3:0:53:34:8:0 chr1 9039704 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.433;QD=49.5979;RBI=0.0601181;REFB=0;REVB=-0.0550724;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304531;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr1 9079365 . G A 1353.19 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.279;QD=62.2158;RBI=0.0516973;REFB=0;REVB=-0.00429911;RO=0;SAF=11;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78816e-05;OID=.;OPOS=9079365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:87:0:0:83:87:1:72:11:0:0:73:14:0:0 chr1 9307033 . G A 490.77 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0155849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.681;QD=19.2457;RBI=0.04745;REFB=-0.0266534;REVB=0.0448176;RO=50;SAF=28;SAR=23;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150461;STB=0.577951;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0189912;OID=.;OPOS=9307033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:51:51:51:0.5:23:28:19:31:23:28:20:31 chr1 9307138 . T C 387.24 PASS AF=0.44086;AO=40;DP=92;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0137841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5015;QD=16.6554;RBI=0.0141229;REFB=-0.0113162;REVB=0.00307443;RO=51;SAF=22;SAR=18;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232968;STB=0.626235;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0163094;OID=.;OPOS=9307138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:51:52:40:41:0.44086:18:22:16:35:19:22:16:36 chr1 9323910 . G A 446.16 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=0.00076095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.245;QD=20.7517;RBI=0.000762439;REFB=-0.0137998;REVB=4.76307e-05;RO=42;SAF=7;SAR=37;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846544;STB=0.547112;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0209025;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:37:7:9:33:37:7:9:33 chr1 9324571 . T C 806.91 PASS AF=0.414747;AO=90;DP=218;FAO=90;FDP=217;FR=.;FRO=127;FSAF=67;FSAR=23;FSRF=71;FSRR=56;FWDB=-0.0114819;FXX=0.009132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.035;QD=14.8739;RBI=0.0115671;REFB=-0.00332919;REVB=-0.00140104;RO=127;SAF=67;SAR=23;SRF=71;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222107;STB=0.625103;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00317786;OID=.;OPOS=9324571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:127:127:90:90:0.414747:23:67:71:56:23:67:71:56 chr1 9416151 . G A 443.76 PASS AF=0.45;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.0148414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.249;QD=17.7503;RBI=0.0377026;REFB=-0.00341299;REVB=0.0346586;RO=54;SAF=33;SAR=11;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14421;STB=0.564073;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00272994;OID=.;OPOS=9416151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:44:45:0.45:11:33:34:20:12:33:35:20 chr1 9416346 . C T 561.54 PASS AF=0.535354;AO=51;DP=97;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0120707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.507;QD=22.6886;RBI=0.014385;REFB=-0.00771619;REVB=-0.00782476;RO=46;SAF=28;SAR=23;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521778;STB=0.520273;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00752802;OID=.;OPOS=9416346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:46:46:51:53:0.535354:23:28:28:18:23:30:28:18 chr1 9427842 . A G 790.52 PASS AF=0.453552;AO=82;DP=182;FAO=83;FDP=183;FR=.;FRO=100;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=68;FWDB=0.0356738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.884;QD=17.2792;RBI=0.0360374;REFB=-0.00391832;REVB=-0.00510586;RO=100;SAF=36;SAR=46;SRF=32;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121902;STB=0.5706;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.005612;OID=.;OPOS=9427842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:100:100:82:83:0.453552:46:36:32:68:46:37:32:68 chr1 9427869 . G A 2296.66 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376638;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.407;QD=63.7962;RBI=0.0045091;REFB=0;REVB=-0.00247918;RO=0;SAF=55;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.86229e-06;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:89:55:0:0:89:55:0:0 chr1 9429264 . GTT GTG,GT 516.57 PASS AF=0.0297872,0.970213;AO=10,65;DP=240;FAO=7,228;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=0,114;FSAR=7,114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249381,0.177219;FXX=0.0674576;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=137.688,3.75364;QD=8.79275;RBI=0.0110303,0.735036;REFB=0,0;REVB=-0.0107447,0.713352;RO=88;SAF=0,53;SAR=10,12;SRF=36;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.60013,0.461236;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0171876,0.0107615;OID=.,.;OPOS=9429266,9429265;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0297872,0.970213:10,65:240:7,228:235:0:0,114:7,114:0:0:9:88:0,53:10,12:36:52 chr1 9670834 . C T 5194.05 PASS AF=0.951087;AO=346;DP=368;FAO=350;FDP=368;FR=.;FRO=18;FSAF=170;FSAR=180;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.0589874;FXX=0.00270995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6037;QD=56.457;RBI=0.0591171;REFB=-0.0713451;REVB=0.00391294;RO=8;SAF=168;SAR=178;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167872;STB=0.522426;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00261268;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:368:368:8:18:346:350:0.951087:178:168:7:1:180:170:17:1 chr1 9784423 . C T 878.4 PASS AF=0.517647;AO=87;DP=168;FAO=88;FDP=170;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.00598735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.354;QD=20.6683;RBI=0.0182092;REFB=-0.0146746;REVB=-0.0171967;RO=81;SAF=39;SAR=48;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835306;STB=0.545164;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0157293;OID=.;OPOS=9784423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:81:82:87:88:0.517647:48:39:44:37:49:39:44:38 chr1 9804693 . C T 377.1 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0480562;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.234;QD=18.3952;RBI=0.0496254;REFB=-0.0234206;REVB=0.0123805;RO=43;SAF=15;SAR=24;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108106;STB=0.560052;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0193657;OID=.;OPOS=9804693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:24:15:12:31:24:15:12:31 chr1 9811541 . A G 989.89 PASS AF=0.497436;AO=97;DP=195;FAO=97;FDP=195;FR=.;FRO=98;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=-0.0104411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.532;QD=20.3054;RBI=0.0471109;REFB=0.00274944;REVB=-0.0459393;RO=98;SAF=52;SAR=45;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609732;STB=0.533524;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00270135;OID=.;OPOS=9811541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:98:98:97:97:0.497436:45:52:46:52:45:52:46:52 chr1 9888202 . C T 1485.87 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2987;QD=63.2285;RBI=0.0334463;REFB=0;REVB=0.0330672;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36049e-05;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:94:0:0:86:94:1:50:36:0:0:55:39:0:0 chr1 9910357 . AT TC 574.23 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151243;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.791;QD=60.4455;RBI=0.0287764;REFB=0;REVB=0.0244814;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.57589e-05;OID=.;OPOS=9910357;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:35:38:1:22:13:0:0:22:16:0:0 chr1 10318652 . C G 2226.31 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=143;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0033308;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.345;QD=62.7129;RBI=0.0263281;REFB=-0.0842478;REVB=0.0261166;RO=1;SAF=62;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605708;STB=0.503184;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00212733;OID=.;OPOS=10318652;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:142:1:1:140:141:0.992958:78:62:0:1:78:63:0:1 chr1 10339209 . CAT CAC,C 1541.18 PASS AF=0.0471698,0.95283;AO=5,93;DP=111;FAO=5,101;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=1,43;FSAR=4,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406189,0.0323866;FXX=0.0619414;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=74.499,249.1;QD=58.1578;RBI=0.0970561,0.0453432;REFB=0,0;REVB=0.0881475,0.031735;RO=0;SAF=1,38;SAR=4,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.99896e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0194575,0.00345527;OID=.,.;OPOS=10339211,10339210;OREF=T,AT;OALT=C,-;OMAPALT=CAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0471698,0.95283:5,93:111:5,101:106:0:1,43:4,58:0:0:12:0:1,38:4,55:0:0 chr1 10366692 . C G 1719.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.195;QD=60.3376;RBI=0.0509642;REFB=0;REVB=0.0474609;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82767e-05;OID=.;OPOS=10366692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:114:0:0:110:114:1:56:54:0:0:57:57:0:0 chr1 10435324 . C A 2166.53 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263134;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.92;QD=63.2563;RBI=0.0320499;REFB=0;REVB=0.0182976;RO=0;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59604e-06;OID=.;OPOS=10435324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:136:137:1:69:67:0:0:70:67:0:0 chr1 10460485 . T C 1525.38 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.499;QD=59.8187;RBI=0.0429275;REFB=0;REVB=0.0333733;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72528e-05;OID=.;OPOS=10460485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr1 10473196 . C T 1159.44 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168258;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.416;QD=61.023;RBI=0.0194686;REFB=0;REVB=-0.00979374;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696474;OID=.;OPOS=10473196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr1 10511544 . C T 423.37 PASS AF=0.359712;AO=50;DP=140;FAO=50;FDP=139;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.0156982;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.604;QD=12.1833;RBI=0.0159728;REFB=-0.0159811;REVB=-0.00294948;RO=88;SAF=29;SAR=21;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775047;STB=0.540934;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0251595;OID=.;OPOS=10511544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:88:89:50:50:0.359712:21:29:45:43:21:29:46:43 chr1 10511589 . T C 2067.73 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.637;QD=61.7233;RBI=0.0281634;REFB=0.0494562;REVB=-0.001541;RO=0;SAF=68;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76136e-08;STB=0.503649;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000470731;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:0:1:133:133:0.992537:65:68:0:0:65:68:1:0 chr1 10596341 . C T 531.11 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.0411804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4011;QD=22.8436;RBI=0.0419725;REFB=0.0194384;REVB=-0.0081162;RO=43;SAF=25;SAR=25;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206099;STB=0.61286;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0195322;OID=.;OPOS=10596341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:25:25:11:32:25:25:11:32 chr1 10689924 . C T 416.9 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0242003;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.838;QD=21.9419;RBI=0.0243733;REFB=-0.0475883;REVB=-0.00289812;RO=34;SAF=9;SAR=32;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523104;STB=0.524578;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0394772;OID=.;OPOS=10689924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:34:35:41:41:0.539474:32:9:9:25:32:9:9:26 chr1 10697177 . CTT C,CT,TCT 244.16 PASS AF=0.315789,0.0789474,0.605263;AO=10,5,6;DP=39;FAO=12,3,23;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1,20;FSAR=3,2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0902424,-0.0786791,0.00988;FXX=0.0952154;HRUN=12,12,1;LEN=2,1,2;MLLD=7.69962,6.09266,14.4593;QD=25.7011;RBI=0.0904782,0.0792293,0.0124398;REFB=-0.210089,-0.224511,-0.0879282;REVB=0.00652737,0.00932075,0.00755876;RO=9;SAF=7,4,4;SAR=3,1,2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0787205,0.0339569,-0.129519;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0208262,0.0925316,0.0108787;OID=.,.,.;OPOS=10697178,10697178,10697177;OREF=TT,T,CT;OALT=-,-,TC;OMAPALT=C,CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:29:39:38:9:0:10,5,6:12,3,23:0.315789,0.0789474,0.605263:3,1,2:7,4,4:7:2:3,2,3:9,1,20:0:0 chr1 10708142 . A G 169.49 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.100492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3436;QD=10.5933;RBI=0.118965;REFB=0.0119666;REVB=-0.0636714;RO=41;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638582;STB=0.513146;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0273761;OID=.;OPOS=10708142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:41:42:22:22:0.34375:13:9:17:24:13:9:18:24 chr1 10709441 . C T 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0369661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.274;QD=27.2218;RBI=0.0421421;REFB=-0.0206522;REVB=0.0202352;RO=16;SAF=6;SAR=19;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304465;STB=0.669458;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00965114;OID=.;OPOS=10709441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:19:6:10:6:19:6:10:6 chr1 10713765 . T C 220.72 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0162164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1287;QD=12.0939;RBI=0.107834;REFB=-0.0280518;REVB=-0.106608;RO=46;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104955;STB=0.506049;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0336592;OID=.;OPOS=10713765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:19:8:14:32:19:8:14:32 chr1 10725498 . G A 1102.14 PASS AF=0.476596;AO=112;DP=236;FAO=112;FDP=235;FR=.;FRO=123;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=0.0495874;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6079;QD=18.7598;RBI=0.0521585;REFB=-0.0104949;REVB=0.016174;RO=120;SAF=50;SAR=62;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661953;STB=0.543024;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00766284;OID=.;OPOS=10725498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:120:123:112:112:0.476596:62:50:62:58:62:50:65:58 chr1 11008341 . G A 413.89 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0107774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.003;QD=16.5554;RBI=0.0148598;REFB=-0.00477392;REVB=0.0102305;RO=56;SAF=28;SAR=15;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917276;STB=0.512189;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00740819;OID=.;OPOS=11008341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:57:43:43:0.43:15:28:36:20:15:28:36:21 chr1 11024271 . G T 400.45 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.00715579;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.275;QD=13.238;RBI=0.0254516;REFB=-0.0101084;REVB=-0.0244249;RO=74;SAF=18;SAR=29;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101374;STB=0.505749;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0157515;OID=.;OPOS=11024271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:74:74:47:47:0.38843:29:18:29:45:29:18:29:45 chr1 11087524 . G A 1476.51 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0632624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.166;QD=62.169;RBI=0.0649802;REFB=-0.0680851;REVB=0.0148424;RO=1;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998174;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00122812;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:47:47:0:1:47:47:0:1 chr1 11090916 . C A 1265.69 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.676;QD=61.7409;RBI=0.046988;REFB=0;REVB=-0.0347213;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76646e-06;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:43:37:0:0:43:39:0:0 chr1 11119899 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1827;QD=35.575;RBI=0.0243291;REFB=0;REVB=0.0112015;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000899787;OID=.;OPOS=11119899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 11132217 . G A 600.24 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0153328;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.191;QD=21.4371;RBI=0.0153689;REFB=0.00974325;REVB=0.00105228;RO=53;SAF=37;SAR=23;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126441;STB=0.573531;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0109358;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:53:52:60:60:0.535714:23:37:25:28:23:37:24:28 chr1 11137661 . A G 421.35 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00683569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.863;QD=23.4084;RBI=0.00871623;REFB=-0.0248552;REVB=0.00540796;RO=31;SAF=19;SAR=22;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604359;STB=0.53318;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0176156;OID=.;OPOS=11137661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:22:19:12:19:22:19:12:19 chr1 11141187 . C G 772.03 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0386797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1078;QD=61.7621;RBI=0.0562752;REFB=-0.0274597;REVB=0.0408752;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00372896;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:27:22:1:0:27:22:1:0 chr1 11150682 . C T 371.29 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0354483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7562;QD=22.8485;RBI=0.038007;REFB=-0.00923374;REVB=-0.0137094;RO=28;SAF=14;SAR=23;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699876;STB=0.538574;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0208699;OID=.;OPOS=11150682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:23:14:13:15:23:14:13:15 chr1 11159823 . T C 1946.95 PASS AF=0.462069;AO=197;DP=431;FAO=201;FDP=435;FR=.;FRO=234;FSAF=131;FSAR=70;FSRF=136;FSRR=98;FWDB=0.00293899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.417;QD=17.903;RBI=0.00718053;REFB=-0.0197207;REVB=0.00655151;RO=231;SAF=128;SAR=69;SRF=134;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729624;STB=0.54076;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0219739;OID=.;OPOS=11159823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:431:435:231:234:197:201:0.462069:69:128:134:97:70:131:136:98 chr1 11166713 . T C 480.67 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0135946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2674;QD=20.2389;RBI=0.0417918;REFB=-0.0257105;REVB=-0.0395189;RO=48;SAF=24;SAR=23;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855421;STB=0.547386;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0234755;OID=.;OPOS=11166713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:23:24:20:28:23:24:20:28 chr1 11167146 . G A 823.67 PASS AF=0.494118;AO=84;DP=171;FAO=84;FDP=170;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=59;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=0.00209153;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9778;QD=19.3806;RBI=0.0594599;REFB=-0.00446559;REVB=0.0594231;RO=85;SAF=25;SAR=59;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287103;STB=0.661434;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00497146;OID=.;OPOS=11167146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:85:86:84:84:0.494118:59:25:51:34:59:25:52:34 chr1 11171226 . C T 241.5 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.013018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5086;QD=19.7146;RBI=0.0525033;REFB=-0.0242759;REVB=-0.0508638;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305598;STB=0.530011;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.03441;OID=.;OPOS=11171226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:25:23:24:0.489796:14:9:9:16:14:10:9:16 chr1 11205058 . C T 200.92 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0346219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7783;QD=15.1641;RBI=0.0354136;REFB=-0.00892804;REVB=0.00744595;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210125;STB=0.520117;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0184201;OID=.;OPOS=11205058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:30:23:23:0.433962:13:10:12:17:13:10:12:18 chr1 11255008 . T C 584.1 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00161745;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.096;QD=20.8606;RBI=0.0752173;REFB=-0.0257722;REVB=0.0751999;RO=53;SAF=24;SAR=35;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105881;STB=0.558262;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0190715;OID=.;OPOS=11255008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:35:24:28:25:35:24:28:25 chr1 11288758 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.886;QD=58.2396;RBI=0.0206836;REFB=0;REVB=-0.0206531;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101341;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr1 11301714 . A G 3108.61 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.402;QD=63.7664;RBI=0.0286572;REFB=0;REVB=-0.00956085;RO=0;SAF=91;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59818e-05;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:195:195:1:104:91:0:0:104:91:0:0 chr1 11579504 . G C 648.54 PASS AF=0.461039;AO=72;DP=153;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0243007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0045;QD=16.8451;RBI=0.0432359;REFB=-0.034673;REVB=-0.0357605;RO=78;SAF=31;SAR=41;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125573;STB=0.591524;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0219397;OID=.;OPOS=11579504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:78:83:72:71:0.461039:41:31:44:34:42:29:48:35 chr1 11589911 . G A 845.53 PASS AF=0.444444;AO=92;DP=207;FAO=92;FDP=207;FR=.;FRO=115;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=0.0139314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.55;QD=16.3387;RBI=0.0175517;REFB=-0.0108923;REVB=0.010676;RO=115;SAF=35;SAR=57;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833016;STB=0.546335;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0115789;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:115:115:92:92:0.444444:57:35:53:62:57:35:53:62 chr1 11710561 . T G 1145.97 PASS AF=0.467742;AO=115;DP=247;FAO=116;FDP=248;FR=.;FRO=132;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=79;FSRR=53;FWDB=-0.0162548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.199;QD=18.4835;RBI=0.0169438;REFB=-0.0256736;REVB=-0.0047826;RO=131;SAF=58;SAR=57;SRF=79;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095393;STB=0.547916;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0341008;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:131:132:115:116:0.467742:57:58:79:52:57:59:79:53 chr1 11714368 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.816;QD=47.8222;RBI=0.0545973;REFB=0;REVB=-0.0513244;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109644;OID=.;OPOS=11714368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr1 11728894 . G A 827.66 PASS AF=0.455026;AO=86;DP=188;FAO=86;FDP=189;FR=.;FRO=103;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.00321785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.481;QD=17.5165;RBI=0.00335739;REFB=-0.0156504;REVB=-0.000957865;RO=102;SAF=44;SAR=42;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462811;STB=0.522795;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0207665;OID=.;OPOS=11728894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:102:103:86:86:0.455026:42:44:57:45:42:44:57:46 chr1 11810765 . T A 3049.34 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540109;FXX=0.0197035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.66;QD=61.2934;RBI=0.0541442;REFB=0;REVB=0.00379768;RO=0;SAF=95;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125819;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:199:0:0:191:199:1:96:95:0:0:100:99:0:0 chr1 11826085 . G A 434.14 PASS AF=0.460784;AO=46;DP=101;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0292477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7009;QD=17.0252;RBI=0.073448;REFB=-0.0030512;REVB=0.0673735;RO=53;SAF=20;SAR=26;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192857;STB=0.514133;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00574357;OID=.;OPOS=11826085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:53:55:46:47:0.460784:26:20:22:31:27:20:22:33 chr1 11826630 . C T 389.51 PASS AF=0.660377;AO=27;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0946907;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.801;QD=29.3969;RBI=0.0948208;REFB=0.000839494;REVB=-0.00496503;RO=8;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16293;STB=0.514278;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00723076;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:53:53:8:15:27:35:0.660377:17:10:6:2:18:17:8:7 chr1 11827304 . A G 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.083;QD=59.8336;RBI=0.0553949;REFB=0;REVB=0.0103959;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158084;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr1 11828238 . G A 174.01 PASS AF=0.388889;AO=19;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00263299;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.17;QD=12.8893;RBI=0.00555379;REFB=-0.00797393;REVB=-0.00488999;RO=34;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125369;STB=0.560575;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0113045;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:33:19:21:0.388889:9:10:14:20:10:11:14:19 chr1 11828319 . G A 419.36 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0188117;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.36;QD=22.668;RBI=0.0207249;REFB=-0.0108134;REVB=0.00869723;RO=32;SAF=15;SAR=26;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102845;STB=0.561233;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0106931;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:32:33:41:41:0.554054:26:15:8:24:26:15:8:25 chr1 11828364 . G A 258.03 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0329749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.774;QD=13.9478;RBI=0.0353386;REFB=-0.0152843;REVB=0.0127071;RO=44;SAF=9;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115137;STB=0.572677;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.019337;OID=.;OPOS=11828364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:44:44:29:30:0.405405:20:9:18:26:21:9:18:26 chr1 11831615 . C T 1454.19 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.11;QD=62.5457;RBI=0.0220758;REFB=0;REVB=0.0212299;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64013e-05;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:46:46:0:0:46:47:0:0 chr1 11832311 . G C 640.09 PASS AF=0.485075;AO=65;DP=135;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.0154822;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5267;QD=19.1071;RBI=0.0158889;REFB=-0.00792574;REVB=0.00357212;RO=69;SAF=27;SAR=38;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179158;STB=0.59901;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0102954;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:69:69:65:65:0.485075:38:27:42:27:38:27:42:27 chr1 11835556 . C T 804.11 PASS AF=0.421801;AO=89;DP=218;FAO=89;FDP=211;FR=.;FRO=122;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=78;FWDB=0.00185279;FXX=0.0321086;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.833;QD=15.2437;RBI=0.0110483;REFB=-0.0144645;REVB=-0.0108918;RO=114;SAF=50;SAR=39;SRF=44;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176108;STB=0.614729;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0243044;OID=.;OPOS=11835556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:211:114:122:89:89:0.421801:39:50:44:70:39:50:44:78 chr1 11836628 . T C 2888.96 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112985;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.056;QD=63.1466;RBI=0.0123411;REFB=0;REVB=0.00496453;RO=0;SAF=82;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74598e-06;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:183:0:0:183:183:1:101:82:0:0:101:82:0:0 chr1 11836670 . C A 492.84 PASS AF=0.404412;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=3.37566e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.616;QD=14.4953;RBI=0.00725834;REFB=-0.010068;REVB=-0.00725826;RO=81;SAF=26;SAR=29;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100327;STB=0.556483;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0131157;OID=.;OPOS=11836670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:81:81:55:55:0.404412:29:26:46:35:29:26:46:35 chr1 11836682 . C T 807.26 PASS AF=0.606557;AO=74;DP=123;FAO=74;FDP=122;FR=.;FRO=48;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0081656;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.025;QD=26.4675;RBI=0.0184767;REFB=-0.0112109;REVB=0.0165744;RO=46;SAF=42;SAR=32;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636722;STB=0.526874;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00941947;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:46:48:74:74:0.606557:32:42:22:24:32:42:24:24 chr1 11838841 . A G 817.1 PASS AF=0.482759;AO=84;DP=174;FAO=84;FDP=174;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=62;FSRR=28;FWDB=0.0143853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.165;QD=18.7839;RBI=0.0147117;REFB=-0.00532395;REVB=-0.00308168;RO=88;SAF=37;SAR=47;SRF=62;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241592;STB=0.626385;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00429132;OID=.;OPOS=11838841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:88:90:84:84:0.482759:47:37:62:26:47:37:62:28 chr1 11838848 . G T 826.38 PASS AF=0.494118;AO=83;DP=171;FAO=84;FDP=170;FR=.;FRO=86;FSAF=58;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.000497722;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.007;QD=19.4443;RBI=0.00773295;REFB=-0.00667135;REVB=0.00771691;RO=86;SAF=58;SAR=25;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259963;STB=0.637796;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0145021;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:86:86:83:84:0.494118:25:58:37:49:26:58:37:49 chr1 11839009 . C T 192.78 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00357691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7815;QD=14.8294;RBI=0.0393429;REFB=0.00298516;REVB=0.03918;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141705;STB=0.581152;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00410874;OID=.;OPOS=11839009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:14:8:15:15:14:8:15:15 chr1 11839034 . G A 239.72 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.022102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6067;QD=16.5326;RBI=0.0955504;REFB=-0.0167478;REVB=0.0929591;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804248;STB=0.54542;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0364011;OID=.;OPOS=11839034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:31:26:27:0.465517:16:10:14:16:17:10:14:17 chr1 11839923 . C T 1191.53 PASS AF=0.52968;AO=116;DP=221;FAO=116;FDP=219;FR=.;FRO=103;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=43;FSRR=60;FWDB=-0.00100905;FXX=0.00904936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.805;QD=21.7631;RBI=0.0129381;REFB=-0.017528;REVB=0.0128987;RO=102;SAF=53;SAR=63;SRF=42;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039109;STB=0.518736;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0145889;OID=.;OPOS=11839923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:219:102:103:116:116:0.52968:63:53:42:60:63:53:43:60 chr1 11839966 . G A 907.87 PASS AF=0.457547;AO=95;DP=212;FAO=97;FDP=212;FR=.;FRO=115;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=0.048629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8897;QD=17.1297;RBI=0.0618731;REFB=-0.00919663;REVB=0.0382558;RO=115;SAF=34;SAR=61;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106682;STB=0.550765;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0127573;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:115:115:95:97:0.457547:61:34:53:62:61:36:53:62 chr1 11839998 . T C 3124.42 PASS AF=1;AO=202;DP=206;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014005;FXX=0.0194165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.879;QD=61.8697;RBI=0.0315051;REFB=0;REVB=0.0282212;RO=0;SAF=110;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93392e-05;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:206:202:0:0:202:202:1:92:110:0:0:92:110:0:0 chr1 11844330 . C T 1544.15 PASS AF=0.501618;AO=155;DP=311;FAO=155;FDP=309;FR=.;FRO=154;FSAF=66;FSAR=89;FSRF=76;FSRR=78;FWDB=-0.0136594;FXX=0.0127791;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.908;QD=19.989;RBI=0.0138466;REFB=-0.010748;REVB=0.00226929;RO=153;SAF=66;SAR=89;SRF=75;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591007;STB=0.534146;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00929744;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:309:153:154:155:155:0.501618:89:66:75:78:89:66:76:78 chr1 11845222 . T C 1424.66 PASS AF=0.471338;AO=147;DP=314;FAO=148;FDP=314;FR=.;FRO=166;FSAF=80;FSAR=68;FSRF=93;FSRR=73;FWDB=-0.0334747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3106;QD=18.1485;RBI=0.0411522;REFB=-0.0159781;REVB=-0.0239363;RO=165;SAF=79;SAR=68;SRF=92;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019493;STB=0.5105;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.021006;OID=.;OPOS=11845222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:314:165:166:147:148:0.471338:68:79:92:73:68:80:93:73 chr1 11847449 . G A 469.6 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0282278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1077;QD=18.237;RBI=0.0376576;REFB=-0.0273899;REVB=0.0249256;RO=52;SAF=22;SAR=28;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158237;STB=0.513038;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0397129;OID=.;OPOS=11847449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:53:50:50:0.485437:28:22:22:30:28:22:22:31 chr1 11848068 . G C 333.5 PASS AF=0.402174;AO=34;DP=89;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00650019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.684;QD=14.5;RBI=0.00719098;REFB=-0.0284403;REVB=-0.00307534;RO=55;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00528243;STB=0.502391;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0320317;OID=.;OPOS=11848068;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:55:55:34:37:0.402174:19:15:24:31:21:16:24:31 chr1 11849447 . A G 1505.95 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0063171;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.217;QD=63.4084;RBI=0.0081571;REFB=0;REVB=0.00516068;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84228e-06;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:45:48:0:0:46:49:0:0 chr1 11850927 . C T 1306.22 PASS AF=0.466899;AO=134;DP=287;FAO=134;FDP=287;FR=.;FRO=153;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=76;FSRR=77;FWDB=0.0243647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.371;QD=18.2051;RBI=0.0492117;REFB=-0.0244917;REVB=0.0427569;RO=152;SAF=76;SAR=58;SRF=76;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652404;STB=0.537843;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0228666;OID=.;OPOS=11850927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:152:153:134:134:0.466899:58:76:76:76:58:76:76:77 chr1 11854457 . G A 1206.89 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.093;QD=61.1081;RBI=0.0628833;REFB=0;REVB=-0.0628572;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105103;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:44:34:0:0:44:35:0:0 chr1 11854476 . T G 319.18 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0201145;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.344;QD=15.5696;RBI=0.0278962;REFB=-0.00912833;REVB=0.0193289;RO=46;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179995;STB=0.606836;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.014082;OID=.;OPOS=11854476;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:47:35:35:0.426829:15:20:18:28:15:20:18:29 chr1 11854896 . G A 609.62 PASS AF=0.504065;AO=61;DP=122;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0815702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9085;QD=19.8251;RBI=0.0861427;REFB=-0.0177026;REVB=0.0276923;RO=61;SAF=43;SAR=18;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319668;STB=0.668756;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.023331;OID=.;OPOS=11854896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:61:61:61:62:0.504065:18:43:22:39:19:43:22:39 chr1 11863057 . G A 1122.01 PASS AF=0.541237;AO=105;DP=191;FAO=105;FDP=194;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.00343191;FXX=0.00512794;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.417;QD=23.1343;RBI=0.0132011;REFB=-0.00242887;REVB=-0.0127472;RO=86;SAF=44;SAR=61;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869679;STB=0.545392;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00229412;OID=.;OPOS=11863057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:194:86:89:105:105:0.541237:61:44:45:41:61:44:46:43 chr1 11884555 . A G 1066.09 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00573844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.662;QD=59.2275;RBI=0.0111056;REFB=0;REVB=0.00950816;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23768e-05;OID=.;OPOS=11884555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:42:26:0:0:42:30:0:0 chr1 11897082 . C T 822.34 PASS AF=0.42723;AO=91;DP=214;FAO=91;FDP=213;FR=.;FRO=122;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=85;FSRR=37;FWDB=0.0210085;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8429;QD=15.4431;RBI=0.0898178;REFB=-0.00358847;REVB=0.0873263;RO=119;SAF=55;SAR=36;SRF=82;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923072;STB=0.556587;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00527155;OID=.;OPOS=11897082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:119:122:91:91:0.42723:36:55:82:37:36:55:85:37 chr1 11898789 . G T 334.71 PASS AF=0.45;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.018397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.896;QD=16.7355;RBI=0.0232397;REFB=-0.0272177;REVB=-0.0141997;RO=41;SAF=12;SAR=23;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122743;STB=0.566629;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0347295;OID=.;OPOS=11898789;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:41:44:35:36:0.45:23:12:19:22:23:13:21:23 chr1 11899033 . G T 228.18 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0164935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.843;QD=13.8293;RBI=0.0173825;REFB=-0.00279804;REVB=-0.00548772;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080169;STB=0.511802;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00403179;OID=.;OPOS=11899033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:14:13:18:20:14:13:18:21 chr1 11907648 . C T 799.14 PASS AF=0.531469;AO=75;DP=143;FAO=76;FDP=143;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.00510253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.217;QD=22.3536;RBI=0.0149475;REFB=-0.00619058;REVB=-0.0140497;RO=65;SAF=34;SAR=41;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458367;STB=0.528259;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00562524;OID=.;OPOS=11907648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:65:67:75:76:0.531469:41:34:26:39:42:34:26:41 chr1 11968230 . T C 321.18 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0214643;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.526;QD=18.3531;RBI=0.0220139;REFB=-0.0182738;REVB=-0.00488812;RO=37;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154313;STB=0.512188;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0205784;OID=.;OPOS=11968230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:36:33:34:0.485714:20:13:14:23:20:14:14:22 chr1 11968273 . A G 1338.5 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1859;QD=62.2558;RBI=0.0635616;REFB=0;REVB=0.054282;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619169;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:47:38:0:0:47:39:0:0 chr1 11968316 . T TA 384.13 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00819823;FXX=0.0128189;HRUN=0;LEN=1;MLLD=302.706;QD=19.955;RBI=0.00821045;REFB=-0.00112753;REVB=0.000447909;RO=40;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102997;STB=0.557739;STBP=0.303;TYPE=ins;VARB=0.0010335;OID=.;OPOS=11968317;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506494:39:79:39:77:38:21:18:16:22:99:40:21:18:17:23 chr1 11969917 . A G 163.76 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0401817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.642;QD=12.3591;RBI=0.042167;REFB=-0.0035856;REVB=0.012786;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188011;STB=0.608914;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00658986;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:8:12:14:19:8:12:14:19 chr1 11982580 . G A 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0380823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1915;QD=20.8719;RBI=0.0487093;REFB=-5.5695e-05;REVB=0.03037;RO=20;SAF=17;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241049;STB=0.637354;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00180791;OID=.;OPOS=11982580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:4:17:12:8:4:17:12:8 chr1 11983205 . CA CG,GA,GC 722.91 PASS AF=0.815385,0.138462,0;AO=33,6,3;DP=68;FAO=53,9,0;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=20,0,0;FSAR=33,9,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0646098,0.0481965,0.0375154;FXX=0.0441112;HRUN=3,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=103.498,94.6419,139.94;QD=44.4869;RBI=0.0667031,0.054263,0.0413947;REFB=-0.265513,-0.0796536,-0.0983176;REVB=0.0165792,0.0249314,0.0174962;RO=0;SAF=11,1,3;SAR=22,5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.18042e-08,0;STB=0.53487,0.998326,0.5;STBP=0.042,0.001,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=0.00431719,0.228058,0;OID=.,.,.;OPOS=11983206,11983205,11983205;OREF=A,C,CA;OALT=G,G,GC;OMAPALT=CG,GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:68:65:0:3:33,6,3:53,9,0:0.815385,0.138462,0:22,5,0:11,1,3:0:0:33,9,0:20,0,0:3:0 chr1 11983207 . A G 31.16 PASS AF=0.1;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=-0.0594626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4493;QD=1.78057;RBI=0.060572;REFB=-0.0263478;REVB=-0.0115398;RO=61;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600105;STB=0.91435;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0542465;OID=.;OPOS=11983207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:70:61:63:7:7:0.1:1:6:17:44:1:6:19:44 chr1 12004663 . G A 586.57 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.00695976;FXX=0.0217376;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.652;QD=17.3799;RBI=0.0151157;REFB=-0.0192678;REVB=0.0134181;RO=70;SAF=30;SAR=31;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130178;STB=0.554862;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0190036;OID=.;OPOS=12004663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:135:70:74:61:61:0.451852:31:30:25:45:31:30:29:45 chr1 12009956 . G A 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1964;QD=60.5459;RBI=0.0607842;REFB=0;REVB=0.0589182;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558742;OID=.;OPOS=12009956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:46:29:0:0:46:29:0:0 chr1 12010469 . G T 1008.32 PASS AF=0.428;AO=107;DP=250;FAO=107;FDP=250;FR=.;FRO=143;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=53;FSRR=90;FWDB=0.0227087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.6;QD=16.1332;RBI=0.0330525;REFB=-0.000616907;REVB=0.0240162;RO=143;SAF=46;SAR=61;SRF=53;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628024;STB=0.534918;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000698005;OID=.;OPOS=12010469;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:143:143:107:107:0.428:61:46:53:90:61:46:53:90 chr1 12026355 . A C 308.26 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0218824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.601;QD=15.808;RBI=0.0233454;REFB=-0.0166398;REVB=0.00813448;RO=43;SAF=18;SAR=16;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146232;STB=0.587107;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0214757;OID=.;OPOS=12026355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:16:18:29:14:16:18:30:14 chr1 12065841 . C T 565.96 PASS AF=0.412162;AO=61;DP=148;FAO=61;FDP=148;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.00363686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.893;QD=15.2962;RBI=0.00759069;REFB=-0.0250389;REVB=0.00666272;RO=87;SAF=31;SAR=30;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818552;STB=0.545924;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0349334;OID=.;OPOS=12065841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:87:87:61:61:0.412162:30:31:51:36:30:31:51:36 chr1 12082334 . A T 483.24 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=0.0766831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8267;QD=16.2434;RBI=0.0782568;REFB=0.00541314;REVB=0.0156151;RO=65;SAF=22;SAR=31;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254131;STB=0.644778;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00415649;OID=.;OPOS=12082334;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:66:53:53:0.445378:31:22:44:21:31:22:45:21 chr1 12082461 . C T 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0107577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.455;QD=19.6554;RBI=0.012379;REFB=-0.00326064;REVB=0.00612471;RO=40;SAF=13;SAR=27;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121745;STB=0.567808;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00332139;OID=.;OPOS=12082461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:27:13:18:22:27:13:18:22 chr1 12082926 . A G 535.83 PASS AF=0.518868;AO=54;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0134921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.282;QD=20.2201;RBI=0.0396627;REFB=-0.0343819;REVB=-0.0372974;RO=51;SAF=24;SAR=30;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126236;STB=0.572869;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0329978;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:54:55:0.518868:30:24:30:21:31:24:30:21 chr1 12164437 . C T 818.55 PASS AF=0.485549;AO=84;DP=173;FAO=84;FDP=173;FR=.;FRO=89;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.00434305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.478;QD=18.9259;RBI=0.00506328;REFB=-0.020249;REVB=-0.00260283;RO=88;SAF=43;SAR=41;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417553;STB=0.525707;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0212232;OID=.;OPOS=12164437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:88:89:84:84:0.485549:41:43:49:39:41:43:50:39 chr1 12175729 . C T 1419.74 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0266313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.255;QD=56.2272;RBI=0.0336187;REFB=-0.0911401;REVB=0.0205181;RO=1;SAF=54;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087031;STB=0.503473;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00030796;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:101:1:3:98:98:0.970297:44:54:1:0:44:54:2:1 chr1 12186058 . A G 619.37 PASS AF=0.43125;AO=69;DP=160;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0135849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.901;QD=15.4842;RBI=0.021914;REFB=-0.0202769;REVB=-0.0171952;RO=89;SAF=29;SAR=40;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529354;STB=0.530183;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0272171;OID=.;OPOS=12186058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:89:91:69:69:0.43125:40:29:42:47:40:29:43:48 chr1 12198297 . T C 2337.38 PASS AF=0.420622;AO=257;DP=612;FAO=257;FDP=611;FR=.;FRO=354;FSAF=88;FSAR=169;FSRF=134;FSRR=220;FWDB=-0.0317617;FXX=0.00163396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.813;QD=15.302;RBI=0.0367807;REFB=-0.0392365;REVB=-0.0185477;RO=346;SAF=88;SAR=169;SRF=134;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505278;STB=0.522897;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0525292;OID=.;OPOS=12198297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:612:611:346:354:257:257:0.420622:169:88:134:212:169:88:134:220 chr1 12401868 . A C 1951.97 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475572;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.459;QD=59.1505;RBI=0.0525739;REFB=-0.0864196;REVB=0.0224126;RO=1;SAF=50;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265385;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:132:1:0:112:132:1:62:50:1:0:65:67:0:0 chr1 12569358 . C T 590.68 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=147;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.00935633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8629;QD=16.0728;RBI=0.0922965;REFB=0.000898591;REVB=-0.0918211;RO=83;SAF=29;SAR=34;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272736;STB=0.511427;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00203907;OID=.;OPOS=12569358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:83:84:63:63:0.428571:34:29:36:47:34:29:37:47 chr1 12628188 . T C 543.18 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00697282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.416;QD=16.8429;RBI=0.0387294;REFB=-0.00507602;REVB=0.0380966;RO=71;SAF=29;SAR=29;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695156;STB=0.503875;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00569771;OID=.;OPOS=12628188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:71:58:58:0.449612:29:29:35:36:29:29:35:36 chr1 12638964 . T C 1458.01 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181152;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.156;QD=63.3915;RBI=0.0265058;REFB=0;REVB=-0.0193493;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86419e-05;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr1 12639168 . A G 638.47 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119833;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.262;QD=62.2899;RBI=0.0188233;REFB=0;REVB=-0.0145161;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209326;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr1 12639289 . C T 752.64 PASS AF=0.424084;AO=80;DP=192;FAO=81;FDP=191;FR=.;FRO=110;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=69;FSRR=41;FWDB=0.00212303;FXX=0.00520806;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.572;QD=15.7622;RBI=0.0251383;REFB=-0.0099757;REVB=-0.0250485;RO=72;SAF=43;SAR=37;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052145;STB=0.54918;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0125831;OID=.;OPOS=12639289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:72:110:80:81:0.424084:37:43:43:29:37:44:69:41 chr1 12640461 . C G 432.8 PASS AF=0.390625;AO=49;DP=127;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.00375451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.332;QD=13.5249;RBI=0.0112534;REFB=-0.023001;REVB=0.0106086;RO=77;SAF=31;SAR=18;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139874;STB=0.580278;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.032446;OID=.;OPOS=12640461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:77:78:49:50:0.390625:18:31:39:38:18:32:40:38 chr1 12711227 . C T 1110.24 PASS AF=0.491228;AO=112;DP=228;FAO=112;FDP=228;FR=.;FRO=116;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.0621658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1388;QD=19.478;RBI=0.066902;REFB=0.00150327;REVB=-0.0247245;RO=116;SAF=48;SAR=64;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427281;STB=0.523503;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00238611;OID=.;OPOS=12711227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:116:116:112:112:0.491228:64:48:55:61:64:48:55:61 chr1 12776344 . A T 3186.38 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159343;FXX=0.0143534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.581;QD=61.8715;RBI=0.0296858;REFB=0;REVB=0.0250468;RO=0;SAF=115;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018268;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:207:206:0:0:206:206:1:91:115:0:0:91:115:0:0 chr1 12779560 . T C 2252.56 PASS AF=0.993056;AO=138;DP=138;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00222194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.835;QD=62.5711;RBI=0.0358116;REFB=-0.115859;REVB=0.0357426;RO=0;SAF=72;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000475694;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:138:144:0:1:138:143:0.993056:66:72:0:0:68:75:0:1 chr1 12779618 . T C 2910.03 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.104;QD=62.9196;RBI=0.0185555;REFB=0;REVB=0.000475614;RO=0;SAF=95;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160848;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:185:0:0:180:185:1:85:95:0:0:85:100:0:0 chr1 12785493 . TG T,TC,TT 1209.76 PASS AF=0.234568,0.037037,0.728395;AO=25,4,40;DP=73;FAO=19,3,59;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0,30;FSAR=12,3,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626547,0.0179324,0.00656669;FXX=0.0240935;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=153.086,66.9323,154.897;QD=59.7414;RBI=0.119916,0.0268208,0.123004;REFB=0,0,0;REVB=0.119752,0.0199446,0.122829;RO=0;SAF=9,0,28;SAR=16,4,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0117359,-0.0183245,0.0119684;OID=.,.,.;OPOS=12785494,12785494,12785494;OREF=G,G,G;OALT=-,C,T;OMAPALT=T,TC,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.234568,0.037037,0.728395:25,4,40:73:19,3,59:81:0:7,0,30:12,3,29:0:0:33:0:9,0,28:16,4,12:0:0 chr1 12799736 . C T 2293.43 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.699;QD=63.7063;RBI=0.0216218;REFB=0;REVB=-0.0063551;RO=0;SAF=74;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84758e-05;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:69:74:0:0:70:74:0:0 chr1 12820870 . T C 1542.41 PASS AF=0.972727;AO=106;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.012164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.231;QD=56.0877;RBI=0.0462954;REFB=-0.0602748;REVB=0.0446688;RO=4;SAF=47;SAR=59;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213568;STB=0.515461;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00309722;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:110:4:3:106:107:0.972727:59:47:3:1:60:47:3:0 chr1 12835868 . T C 2926.17 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154216;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.501;QD=62.9284;RBI=0.0352787;REFB=-0.154725;REVB=0.0317295;RO=0;SAF=95;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160227;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:187:186:0:0:186:186:1:91:95:0:0:91:95:0:0 chr1 12837634 . T A 4041.42 PASS AF=0.988679;AO=262;DP=265;FAO=262;FDP=265;FR=.;FRO=3;FSAF=116;FSAR=146;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0276446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9894;QD=61.0026;RBI=0.06001;REFB=-0.0429061;REVB=-0.0532633;RO=2;SAF=116;SAR=146;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814789;STB=0.502567;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00158351;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:265:265:2:3:262:262:0.988679:146:116:2:0:146:116:2:1 chr1 12853403 . A C 126.02 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0238469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8243;QD=6.4626;RBI=0.0266167;REFB=-0.00749279;REVB=-0.0118225;RO=59;SAF=9;SAR=10;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198508;STB=0.512182;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0186396;OID=.;OPOS=12853403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:59:19:19:0.24359:10:9:27:32:10:9:27:32 chr1 12854428 . C T 165.25 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0148649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.472;QD=7.86906;RBI=0.0197316;REFB=0.00138875;REVB=0.0129758;RO=61;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123986;STB=0.57405;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00435131;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:12:11:23:38:12:11:23:38 chr1 12854530 . C G 910.47 PASS AF=0.709091;AO=78;DP=110;FAO=78;FDP=110;FR=.;FRO=32;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=32;FWDB=0.0121262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7541;QD=33.108;RBI=0.0263161;REFB=0.0018738;REVB=0.0233558;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.659962;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000474819;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:0:32:78:78:0.709091:34:44:0:0:34:44:0:32 chr1 12854544 . T C 177.41 PASS AF=0.231405;AO=28;DP=121;FAO=28;FDP=121;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.0820556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.304;QD=5.86468;RBI=0.082287;REFB=-0.00346128;REVB=0.00616778;RO=92;SAF=10;SAR=18;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087958;STB=0.558963;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0098264;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:92:93:28:28:0.231405:18:10:39:53:18:10:40:53 chr1 12855835 . C G 706.85 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4115;QD=62.831;RBI=0.113768;REFB=0;REVB=-0.0291446;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111002;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:27:18:0:0 chr1 12855844 . GG AC,GC 643.82 PASS AF=0.232558,0.767442;AO=10,33;DP=43;FAO=10,33;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=4,12;FSAR=6,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498405,-0.046978;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=47.7448,82.2653;QD=59.8897;RBI=0.0499046,0.0672961;REFB=0,0;REVB=-0.00252791,-0.0481854;RO=0;SAF=4,12;SAR=6,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0118925,0.00151525;OID=.,.;OPOS=12855844,12855845;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:69:43:43:0:0:10,33:10,33:0.232558,0.767442:6,21:4,12:0:0:6,21:4,12:0:0 chr1 12855878 . A C 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.000577188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.779;QD=25.1494;RBI=0.0116792;REFB=-0.00789515;REVB=0.0116649;RO=21;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316077;STB=0.517516;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00376036;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:17:10:7:14:17:10:7:14 chr1 12855962 . C T 91.08 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0124925;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.016;QD=6.07201;RBI=0.020972;REFB=-0.00765633;REVB=-0.0168453;RO=46;SAF=12;SAR=2;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554516;STB=0.848271;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0225244;OID=.;OPOS=12855962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:2:12:19:27:2:12:19:27 chr1 12856010 . C G 782.79 PASS AF=0.552239;AO=75;DP=135;FAO=74;FDP=134;FR=.;FRO=60;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0060627;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2413;QD=23.3669;RBI=0.0120229;REFB=-0.0303437;REVB=-0.0103824;RO=59;SAF=50;SAR=25;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122129;STB=0.569158;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0243098;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:59:60:75:74:0.552239:25:50:31:28:24:50:32:28 chr1 12856106 . A G 55.74 PASS AF=0.0986842;AO=15;DP=152;FAO=15;FDP=152;FR=.;FRO=137;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=64;FWDB=-0.0319948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.316;QD=1.46695;RBI=0.0521374;REFB=-0.00855639;REVB=-0.0411659;RO=137;SAF=5;SAR=10;SRF=73;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236073;STB=0.678026;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0518819;OID=.;OPOS=12856106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:152:152:137:137:15:15:0.0986842:10:5:73:64:10:5:73:64 chr1 12856111 . C T 376.91 PASS AF=0.317568;AO=47;DP=148;FAO=47;FDP=148;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.0184604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.829;QD=10.1868;RBI=0.0286239;REFB=-0.0128011;REVB=-0.0218756;RO=100;SAF=29;SAR=18;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173728;STB=0.597636;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0263198;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:100:101:47:47:0.317568:18:29:47:53:18:29:48:53 chr1 12856146 . G A 116.89 PASS AF=0.22619;AO=18;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00552599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.782;QD=5.56637;RBI=0.0272635;REFB=-0.00529027;REVB=-0.0266976;RO=65;SAF=7;SAR=11;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11174;STB=0.54368;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0201053;OID=.;OPOS=12856146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:65:18:19:0.22619:11:7:31:34:11:8:31:34 chr1 12887549 . T C 3572.51 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0882;QD=62.9518;RBI=0.0155981;REFB=0;REVB=-0.00944546;RO=0;SAF=133;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39026e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81392e-05;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:227:0:0:227:227:1:94:133:0:0:94:133:0:0 chr1 12907282 . G C 55.33 PASS AF=0.121212;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=32;FWDB=-0.0313919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4587;QD=2.23565;RBI=0.0341835;REFB=-0.00768869;REVB=0.01353;RO=87;SAF=8;SAR=4;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459555;STB=0.533277;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0175156;OID=.;OPOS=12907282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:99:87:87:12:12:0.121212:4:8:55:32:4:8:55:32 chr1 12907284 . TG CC 55.33 PASS AF=0.121212;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=32;FWDB=0.0121282;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=300.34;QD=2.23569;RBI=0.0202281;REFB=-0.001698;REVB=-0.016189;RO=86;SAF=8;SAR=4;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515551;STB=0.533277;STBP=0.821;TYPE=mnp;VARB=0.0199444;OID=.;OPOS=12907284;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:99:86:87:12:12:0.121212:4:8:54:32:4:8:55:32 chr1 12907379 . T C 413.82 PASS AF=0.308989;AO=54;DP=178;FAO=55;FDP=178;FR=.;FRO=123;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=76;FSRR=47;FWDB=0.00427894;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.231;QD=9.29926;RBI=0.010678;REFB=-0.00102751;REVB=0.00978318;RO=122;SAF=35;SAR=19;SRF=75;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042906;STB=0.527521;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00287097;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:122:123:54:55:0.308989:19:35:75:47:19:36:76:47 chr1 12907449 . C G 311.2 PASS AF=0.301471;AO=41;DP=136;FAO=41;FDP=136;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.00041363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.797;QD=9.15297;RBI=0.0113094;REFB=-0.0157661;REVB=-0.0113018;RO=89;SAF=24;SAR=17;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417839;STB=0.519623;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0342769;OID=.;OPOS=12907449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:89:95:41:41:0.301471:17:24:49:40:17:24:53:42 chr1 12907496 . T C 188.1 PASS AF=0.290698;AO=22;DP=87;FAO=25;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0200933;FXX=0.0114929;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.387;QD=8.74871;RBI=0.0351005;REFB=-0.0153397;REVB=-0.0287803;RO=48;SAF=17;SAR=5;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3244;STB=0.663351;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.049524;OID=.;OPOS=12907496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:61:22:25:0.290698:5:17:25:23:6:19:34:27 chr1 12907507 . CT TC 100.12 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0281351;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=57.7625;QD=5.56244;RBI=0.0322815;REFB=-0.022465;REVB=-0.0158277;RO=54;SAF=12;SAR=4;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219947;STB=0.642666;STBP=0.227;TYPE=mnp;VARB=0.0823855;OID=.;OPOS=12907507;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:56:16:16:0.222222:4:12:32:22:4:12:33:23 chr1 12907533 . T C 81.02 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00567702;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=156.959;QD=7.90395;RBI=0.0134406;REFB=0.000409965;REVB=-0.0121829;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943631;STB=0.557418;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00587258;OID=.;OPOS=12907533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:41:28:30:11:11:0.268293:6:5:15:13:6:5:16:14 chr1 12907633 . G A 625.61 PASS AF=0.376963;AO=72;DP=191;FAO=72;FDP=191;FR=.;FRO=119;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=-0.00527477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.343;QD=13.1018;RBI=0.00565437;REFB=-0.00678283;REVB=0.00203685;RO=119;SAF=44;SAR=28;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101521;STB=0.557527;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0124316;OID=.;OPOS=12907633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:119:119:72:72:0.376963:28:44:62:57:28:44:62:57 chr1 12907762 . T C 505.46 PASS AF=0.217277;AO=83;DP=383;FAO=83;FDP=382;FR=.;FRO=299;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=113;FSRR=186;FWDB=-0.00133122;FXX=0.0026109;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.885;QD=5.29273;RBI=0.0102019;REFB=-0.00463384;REVB=-0.0101147;RO=296;SAF=40;SAR=43;SRF=113;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130125;STB=0.581975;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0140633;OID=.;OPOS=12907762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:382:296:299:83:83:0.217277:43:40:113:183:43:40:113:186 chr1 12907777 . T C 869.61 PASS AF=0.296675;AO=116;DP=391;FAO=116;FDP=391;FR=.;FRO=275;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=106;FSRR=169;FWDB=-0.0121897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2842;QD=8.89623;RBI=0.0398078;REFB=0.00965481;REVB=0.0378956;RO=272;SAF=57;SAR=59;SRF=105;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128223;STB=0.574701;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0206654;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:391:272:275:116:116:0.296675:59:57:105:167:59:57:106:169 chr1 12907781 . T C 79.68 PASS AF=0.0790816;AO=31;DP=393;FAO=31;FDP=392;FR=.;FRO=361;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=149;FSRR=212;FWDB=0.00420505;FXX=0.00254446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.708;QD=0.813036;RBI=0.0275076;REFB=-0.00152625;REVB=-0.0271843;RO=360;SAF=20;SAR=11;SRF=149;SRR=211;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261563;STB=0.705683;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0136799;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:393:392:360:361:31:31:0.0790816:11:20:149:211:11:20:149:212 chr1 12907798 . A C 146.04 PASS AF=0.104369;AO=43;DP=405;FAO=43;FDP=412;FR=.;FRO=369;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=160;FSRR=209;FWDB=-0.016926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.135;QD=1.41785;RBI=0.0291705;REFB=-0.00374377;REVB=-0.0237576;RO=361;SAF=30;SAR=13;SRF=157;SRR=204;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31879;STB=0.72936;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0286413;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:412:361:369:43:43:0.104369:13:30:157:204:13:30:160:209 chr1 12907802 . CC TT 151.66 PASS AF=0.10628;AO=44;DP=414;FAO=44;FDP=414;FR=.;FRO=370;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=162;FSRR=208;FWDB=-0.0044589;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=204.27;QD=1.46526;RBI=0.00613032;REFB=-0.000324444;REVB=-0.00420703;RO=369;SAF=31;SAR=13;SRF=161;SRR=208;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325643;STB=0.731842;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.00334116;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:414:369:370:44:44:0.10628:13:31:161:208:13:31:162:208 chr1 12907837 . C T 324.73 PASS AF=0.160287;AO=67;DP=418;FAO=67;FDP=418;FR=.;FRO=351;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=160;FSRR=191;FWDB=0.00487334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.062;QD=3.10748;RBI=0.0445399;REFB=-0.00474232;REVB=-0.0442725;RO=351;SAF=42;SAR=25;SRF=160;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220259;STB=0.64236;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0289211;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:418:418:351:351:67:67:0.160287:25:42:160:191:25:42:160:191 chr1 12907843 . T G 82.99 PASS AF=0.079602;AO=32;DP=405;FAO=32;FDP=402;FR=.;FRO=370;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=185;FSRR=185;FWDB=0.00957225;FXX=0.00740722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.277;QD=0.825812;RBI=0.0244766;REFB=-0.00264396;REVB=-0.0225273;RO=371;SAF=13;SAR=19;SRF=184;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10364;STB=0.586475;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0317319;OID=.;OPOS=12907843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:405:402:371:370:32:32:0.079602:19:13:184:187:19:13:185:185 chr1 12907848 . G C 67.96 PASS AF=0.0728643;AO=29;DP=398;FAO=29;FDP=398;FR=.;FRO=369;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=187;FSRR=182;FWDB=-0.033331;FXX=0.00499988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.276;QD=0.683039;RBI=0.0424822;REFB=-0.00193256;REVB=-0.0263398;RO=357;SAF=10;SAR=19;SRF=182;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187015;STB=0.650513;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0215387;OID=.;OPOS=12907848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:398:398:357:369:29:29:0.0728643:19:10:182:175:19:10:187:182 chr1 12907885 . T C 1877.43 PASS AF=0.49734;AO=188;DP=378;FAO=187;FDP=376;FR=.;FRO=189;FSAF=96;FSAR=91;FSRF=97;FSRR=92;FWDB=0.0245935;FXX=0.00529086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.294;QD=19.9727;RBI=0.0245949;REFB=-0.00684825;REVB=-0.000262265;RO=187;SAF=96;SAR=92;SRF=96;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00248832;STB=0.500071;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00849525;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:376:187:189:188:187:0.49734:92:96:96:91:91:96:97:92 chr1 12908080 . C T 48.23 PASS AF=0.104348;AO=12;DP=114;FAO=12;FDP=115;FR=.;FRO=103;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0569344;FXX=0.0170926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6618;QD=1.67763;RBI=0.0597287;REFB=0.00152324;REVB=0.0180552;RO=102;SAF=4;SAR=8;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200528;STB=0.654711;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.015589;OID=.;OPOS=12908080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:114:115:102:103:12:12:0.104348:8:4:51:51:8:4:52:51 chr1 12908130 . C T 32.58 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00562007;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.121;QD=1.97477;RBI=0.0203127;REFB=-0.00209815;REVB=-0.0195198;RO=58;SAF=1;SAR=6;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45805;STB=0.848539;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0153953;OID=.;OPOS=12908130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:66:58:59:7:7:0.106061:6:1:31:27:6:1:31:28 chr1 12918891 . A C 374.77 PASS AF=0.238494;AO=57;DP=240;FAO=57;FDP=239;FR=.;FRO=182;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=103;FSRR=79;FWDB=-0.0118837;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.685;QD=6.2723;RBI=0.0228084;REFB=-0.0128394;REVB=-0.019468;RO=183;SAF=25;SAR=32;SRF=103;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156196;STB=0.596095;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.035615;OID=.;OPOS=12918891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:183:182:57:57:0.238494:32:25:103:80:32:25:103:79 chr1 12919064 . T G 546.33 PASS AF=0.292969;AO=74;DP=251;FAO=75;FDP=256;FR=.;FRO=181;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=85;FSRR=96;FWDB=0.024268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.185;QD=8.53632;RBI=0.0255783;REFB=-0.0201152;REVB=-0.00808162;RO=169;SAF=26;SAR=48;SRF=73;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101939;STB=0.580289;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0511372;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:256:169:181:74:75:0.292969:48:26:73:96:48:27:85:96 chr1 12919111 . G A 460.32 PASS AF=0.289593;AO=64;DP=222;FAO=64;FDP=221;FR=.;FRO=157;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=67;FSRR=90;FWDB=0.0330316;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8178;QD=8.33158;RBI=0.0366302;REFB=0.0151678;REVB=0.015833;RO=157;SAF=29;SAR=35;SRF=67;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324559;STB=0.518963;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.0381118;OID=.;OPOS=12919111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:221:157:157:64:64:0.289593:35:29:67:90:35:29:67:90 chr1 12919872 . T G 617.68 PASS AF=0.320988;AO=78;DP=243;FAO=78;FDP=243;FR=.;FRO=165;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=77;FSRR=88;FWDB=-0.00673519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.327;QD=10.1675;RBI=0.0134263;REFB=-0.0101952;REVB=0.0116148;RO=165;SAF=34;SAR=44;SRF=77;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366567;STB=0.521121;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0192022;OID=.;OPOS=12919872;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:165:165:78:78:0.320988:44:34:77:88:44:34:77:88 chr1 12919891 . G T 525.33 PASS AF=0.295359;AO=70;DP=238;FAO=70;FDP=237;FR=.;FRO=167;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=86;FSRR=81;FWDB=-0.0198838;FXX=0.0042015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.32;QD=8.86628;RBI=0.0373656;REFB=-0.0077586;REVB=-0.0316358;RO=153;SAF=29;SAR=41;SRF=77;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10639;STB=0.571287;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0219742;OID=.;OPOS=12919891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:153:167:70:70:0.295359:41:29:77:76:41:29:86:81 chr1 12919934 . A G 527.44 PASS AF=0.319444;AO=69;DP=216;FAO=69;FDP=216;FR=.;FRO=147;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=66;FSRR=81;FWDB=-0.0074969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9359;QD=9.76736;RBI=0.0121267;REFB=0.00180031;REVB=0.00953167;RO=147;SAF=29;SAR=40;SRF=66;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344736;STB=0.519901;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0057225;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:147:147:69:69:0.319444:40:29:66:81:40:29:66:81 chr1 12921127 . A G 255.15 PASS AF=0.229885;AO=40;DP=180;FAO=40;FDP=174;FR=.;FRO=134;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=73;FSRR=61;FWDB=-0.00237162;FXX=0.0333315;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.123;QD=5.86553;RBI=0.00702142;REFB=-0.00353017;REVB=-0.00660876;RO=140;SAF=32;SAR=8;SRF=73;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387337;STB=0.724287;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0141489;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:174:140:134:40:40:0.229885:8:32:73:67:8:32:73:61 chr1 12921635 . G A 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0104431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.915;QD=4.04956;RBI=0.0444258;REFB=0.000494958;REVB=-0.043181;RO=34;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326492;STB=0.73506;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00359486;OID=.;OPOS=12921635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:6:1:12:22:6:1:12:22 chr1 12942119 . C T 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0144075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.743;QD=20.7548;RBI=0.0223704;REFB=0.00695828;REVB=0.0171131;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138827;STB=0.578839;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00594561;OID=.;OPOS=12942119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:10:5:6:6:10:5:6:6 chr1 13001312 . C G 540.34 PASS AF=0.766667;AO=46;DP=60;FAO=46;FDP=60;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0304178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.532;QD=36.0228;RBI=0.0413193;REFB=-0.00250609;REVB=0.027965;RO=14;SAF=23;SAR=23;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309605;STB=0.516659;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0008531;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:14:14:46:46:0.766667:23:23:8:6:23:23:8:6 chr1 13052789 . G A 759.56 PASS AF=0.413462;AO=84;DP=207;FAO=86;FDP=208;FR=.;FRO=122;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=76;FSRR=46;FWDB=-0.0218926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1298;QD=14.6068;RBI=0.0381988;REFB=-0.0213022;REVB=-0.0313028;RO=117;SAF=53;SAR=31;SRF=75;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011298;STB=0.503105;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0183133;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:117:122:84:86:0.413462:31:53:75:42:32:54:76:46 chr1 13052871 . C T 1081.72 PASS AF=0.382263;AO=123;DP=325;FAO=125;FDP=327;FR=.;FRO=202;FSAF=74;FSAR=51;FSRF=120;FSRR=82;FWDB=-0.00142422;FXX=0.00607884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.391;QD=13.232;RBI=0.00849684;REFB=-0.00701382;REVB=-0.00837662;RO=197;SAF=72;SAR=51;SRF=116;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00391142;STB=0.501317;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0127389;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:327:197:202:123:125:0.382263:51:72:116:81:51:74:120:82 chr1 13052907 . T C 4798.43 PASS AF=1;AO=304;DP=311;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433638;FXX=0.0191687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.173;QD=62.5203;RBI=0.0514797;REFB=-0.0774257;REVB=0.0277442;RO=1;SAF=172;SAR=132;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00276499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32471e-05;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:311:307:1:0:304:307:1:132:172:1:0:133:174:0:0 chr1 13183237 . CT TC 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0527573;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=59.2563;QD=2.51695;RBI=0.0626571;REFB=-0.00097574;REVB=-0.0338019;RO=53;SAF=4;SAR=4;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796337;STB=0.577935;STBP=0.693;TYPE=mnp;VARB=0.000136574;OID=.;OPOS=13183237;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:53:56:8:8:0.125:4:4:30:23:4:4:33:23 chr1 13183243 . T C 72.78 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.000819832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.945;QD=4.77251;RBI=0.0498006;REFB=-0.0131642;REVB=-0.0497938;RO=48;SAF=8;SAR=4;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833105;STB=0.564595;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.019879;OID=.;OPOS=13183243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:60:61:48:49:12:12:0.196721:4:8:29:19:4:8:29:20 chr1 13183248 . TC AA 96.23 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0131724;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.581;QD=6.8736;RBI=0.026338;REFB=-0.00169991;REVB=0.0228074;RO=42;SAF=10;SAR=4;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159879;STB=0.59985;STBP=0.418;TYPE=mnp;VARB=0.00405013;OID=.;OPOS=13183248;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:4:10:25:17:4:10:25:17 chr1 13183439 . T C 2694.34 PASS AF=0.622691;AO=236;DP=380;FAO=236;FDP=379;FR=.;FRO=143;FSAF=101;FSAR=135;FSRF=69;FSRR=74;FWDB=0.018329;FXX=0.00524921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.655;QD=28.4363;RBI=0.0186232;REFB=-0.00726558;REVB=0.00329712;RO=142;SAF=101;SAR=135;SRF=69;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410342;STB=0.520891;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00420219;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:379:142:143:236:236:0.622691:135:101:69:73:135:101:69:74 chr1 13183472 . G A 543.25 PASS AF=0.22;AO=88;DP=402;FAO=88;FDP=400;FR=.;FRO=312;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=144;FSRR=168;FWDB=-0.00594582;FXX=0.004975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4097;QD=5.43245;RBI=0.0416663;REFB=0.0013247;REVB=0.0412399;RO=313;SAF=32;SAR=56;SRF=145;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131625;STB=0.578929;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00525092;OID=.;OPOS=13183472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:400:313:312:88:88:0.22:56:32:145:168:56:32:144:168 chr1 13183492 . T C 67.37 PASS AF=0.0723192;AO=29;DP=401;FAO=29;FDP=401;FR=.;FRO=372;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=166;FSRR=206;FWDB=-0.0111843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.056;QD=0.672044;RBI=0.0119316;REFB=-0.00145078;REVB=-0.0041564;RO=361;SAF=14;SAR=15;SRF=162;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386164;STB=0.533977;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0235051;OID=.;OPOS=13183492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:401:401:361:372:29:29:0.0723192:15:14:162:199:15:14:166:206 chr1 13183511 . T C 457.22 PASS AF=0.212121;AO=77;DP=364;FAO=77;FDP=363;FR=.;FRO=286;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=123;FSRR=163;FWDB=0.00641235;FXX=0.0054793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.011;QD=5.03818;RBI=0.0194312;REFB=-0.00446007;REVB=-0.0183427;RO=285;SAF=40;SAR=37;SRF=122;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117402;STB=0.570148;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0185314;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:363:285:286:77:77:0.212121:37:40:122:163:37:40:123:163 chr1 13183528 . A C 269.12 PASS AF=0.16879;AO=53;DP=306;FAO=53;FDP=314;FR=.;FRO=261;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=115;FSRR=146;FWDB=-0.0342122;FXX=0.0031745;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.765;QD=3.42833;RBI=0.0443002;REFB=-0.00976733;REVB=-0.028143;RO=252;SAF=28;SAR=25;SRF=111;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113389;STB=0.572495;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0515456;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:314:252:261:53:53:0.16879:25:28:111:141:25:28:115:146 chr1 13183532 . CC TT 243.21 PASS AF=0.161184;AO=49;DP=307;FAO=49;FDP=304;FR=.;FRO=255;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=110;FSRR=145;FWDB=-0.0158722;FXX=0.00977167;HRUN=2;LEN=2;MLLD=205.669;QD=3.20012;RBI=0.0218189;REFB=-0.00253463;REVB=-0.0149712;RO=255;SAF=26;SAR=23;SRF=110;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12788;STB=0.582678;STBP=0.21;TYPE=mnp;VARB=0.0164212;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:304:255:255:49:49:0.161184:23:26:110:145:23:26:110:145 chr1 13183567 . C T 105.69 PASS AF=0.116883;AO=27;DP=231;FAO=27;FDP=231;FR=.;FRO=204;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=89;FSRR=115;FWDB=-0.0334026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.238;QD=1.8301;RBI=0.048909;REFB=-0.00967699;REVB=-0.0357261;RO=204;SAF=13;SAR=14;SRF=89;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566605;STB=0.540067;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0483453;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:204:204:27:27:0.116883:14:13:89:115:14:13:89:115 chr1 13183573 . G T 326.06 PASS AF=0.237209;AO=51;DP=214;FAO=51;FDP=215;FR=.;FRO=164;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=75;FSRR=89;FWDB=-0.00342017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.3;QD=6.0663;RBI=0.0303581;REFB=-0.00713492;REVB=-0.0301648;RO=163;SAF=17;SAR=34;SRF=75;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167081;STB=0.599308;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0244661;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:163:164:51:51:0.237209:34:17:75:88:34:17:75:89 chr1 13183578 . G C 126.68 PASS AF=0.142857;AO=27;DP=189;FAO=27;FDP=189;FR=.;FRO=162;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=72;FSRR=90;FWDB=-0.0190583;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.224;QD=2.68103;RBI=0.0320604;REFB=-0.00838823;REVB=-0.0257808;RO=155;SAF=13;SAR=14;SRF=68;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548358;STB=0.531841;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.031655;OID=.;OPOS=13183578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:155:162:27:27:0.142857:14:13:68:87:14:13:72:90 chr1 13183615 . T C 34.92 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.00392038;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.335;QD=1.41109;RBI=0.0122653;REFB=-0.000302983;REVB=-0.0116219;RO=90;SAF=1;SAR=8;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412819;STB=0.843462;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00130626;OID=.;OPOS=13183615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:90:90:9:9:0.0909091:8:1:39:51:8:1:39:51 chr1 13448199 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3932;QD=33.4284;RBI=0.123969;REFB=0;REVB=0.117407;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147748;OID=.;OPOS=13448199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 13448283 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.328;QD=62.3494;RBI=0.0470469;REFB=0;REVB=0.03903;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34313e-05;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr1 13448351 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.06649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.861;QD=58.142;RBI=0.0675016;REFB=0;REVB=0.0116425;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000648317;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr1 13474934 . G A 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00198431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4905;QD=16.825;RBI=0.0139953;REFB=-0.00930473;REVB=0.0138539;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264576;STB=0.515137;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0116171;OID=.;OPOS=13474934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:10:18:14:7:10:18 chr1 13474951 . C G 202.85 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00235973;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.192;QD=12.1105;RBI=0.0154952;REFB=-0.0128861;REVB=-0.0153144;RO=41;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0036322;STB=0.50758;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0189278;OID=.;OPOS=13474951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:17:8:13:28:17:8:13:29 chr1 13474974 . G A 458.97 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00704857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.119;QD=18.3589;RBI=0.00876901;REFB=-0.0178217;REVB=0.00521662;RO=54;SAF=20;SAR=26;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270593;STB=0.515091;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0187571;OID=.;OPOS=13474974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:26:20:22:32:26:20:22:32 chr1 13695787 . C G 711.48 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.019343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.434;QD=52.7018;RBI=0.0225898;REFB=0.0551393;REVB=0.0116683;RO=2;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361964;STB=0.519223;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000968352;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:25:27:0:2:25:27:0:2 chr1 13695816 . G A 1325.45 PASS AF=1;AO=73;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455994;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.826;QD=62.3741;RBI=0.012784;REFB=0;REVB=0.0119431;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054646;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:73:85:1:28:45:0:0:38:47:0:0 chr1 13695974 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.845;QD=42.1826;RBI=0.0647529;REFB=0;REVB=0.0100741;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0015183;OID=.;OPOS=13695974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr1 13716842 . G A 75.83 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.00555789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.608;QD=5.83286;RBI=0.0261788;REFB=0.00234672;REVB=-0.0255821;RO=40;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362688;STB=0.729386;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0150989;OID=.;OPOS=13716842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:40:41:11:11:0.211538:5:6:10:30:5:6:10:31 chr1 13716855 . T C 144.29 PASS AF=0.31746;AO=19;DP=61;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0209199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.77;QD=9.16124;RBI=0.0237961;REFB=-0.00761357;REVB=-0.0113408;RO=41;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654866;STB=0.554902;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0217998;OID=.;OPOS=13716855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:41:43:19:20:0.31746:13:6:11:30:13:7:12:31 chr1 13718590 . C T 62.7 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00946477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2279;QD=8.08968;RBI=0.0151105;REFB=0.00323825;REVB=-0.0117791;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082826;STB=0.505143;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00923291;OID=.;OPOS=13718590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:2:7:17:5:2:7:17:5 chr1 13718602 . G A 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0188398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.722;QD=8.08961;RBI=0.0195268;REFB=-0.00352212;REVB=-0.00513406;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254235;STB=0.505143;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115777;OID=.;OPOS=13718602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:2:7:16:5:2:7:17:5 chr1 13802325 . T C 964.66 PASS AF=0.471963;AO=101;DP=214;FAO=101;FDP=214;FR=.;FRO=113;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=38;FSRR=75;FWDB=0.0224565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.027;QD=18.0311;RBI=0.0295388;REFB=-0.0237744;REVB=-0.0191897;RO=112;SAF=47;SAR=54;SRF=37;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130877;STB=0.569122;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0291876;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:112:113:101:101:0.471963:54:47:37:75:54:47:38:75 chr1 13910417 . C T 3004.44 PASS AF=0.979592;AO=194;DP=198;FAO=192;FDP=196;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=132;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0467179;FXX=0.0101005;HRUN=7;LEN=1;MLLD=211.46;QD=61.3151;RBI=0.0467357;REFB=0.00416544;REVB=0.00128941;RO=1;SAF=60;SAR=134;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354103;STB=0.504437;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-2.46795e-05;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:198:196:1:4:194:192:0.979592:134:60:0:1:132:60:2:2 chr1 13940864 . C G 2738.28 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102316;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.921;QD=62.5893;RBI=0.0103149;REFB=0;REVB=-0.001308;RO=0;SAF=66;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.87439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63256e-05;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:109:66:0:0:109:66:0:0 chr1 13942422 . C A 489.83 PASS AF=0.373418;AO=58;DP=162;FAO=59;FDP=158;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=-0.0232154;FXX=0.0246898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1851;QD=12.4008;RBI=0.0237373;REFB=-0.00949385;REVB=0.00495045;RO=98;SAF=30;SAR=28;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488106;STB=0.525331;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0238293;OID=.;OPOS=13942422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:158:98:99:58:59:0.373418:28:30:55:43:28:31:56:43 chr1 13944236 . C CTT,T 1225.66 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=73,4;DP=81;FAO=78,3;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40,2;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317729,-0.00762184;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=46.0946,245.137;QD=60.5265;RBI=0.0508364,0.00804901;REFB=0,0;REVB=0.039684,0.00258731;RO=0;SAF=37,2;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.89682e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00271118,-0.00197493;OID=.,.;OPOS=13944237,13944236;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:81:81:0:0:73,4:78,3:0.962963,0.037037:36,2:37,2:0:0:38,1:40,2:0:0 chr1 14105568 . G A 159.78 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0687122;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.363;QD=12.5317;RBI=0.0689154;REFB=-0.00439409;REVB=-0.00528895;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17744;STB=0.602408;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00755256;OID=.;OPOS=14105568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:32:32:19:19:0.372549:10:9:10:22:10:9:10:22 chr1 14106394 . A ACTC,C 365.53 PASS AF=0.486111,0.0416667;AO=34,3;DP=73;FAO=35,3;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=14,3;FSAR=21,0;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0160509,0.0368912;FXX=0.0136968;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=219.462,51.4092;QD=20.3075;RBI=0.0170228,0.0372065;REFB=-0.0239297,-0.00131298;REVB=-0.00566976,0.00483342;RO=34;SAF=13,3;SAR=21,0;SRF=12;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0281648,0.599714;STB=0.524376,0.997307;STBP=0.719,0.03;TYPE=ins,snp;VARB=0.0250139,-0.0528312;OID=.,.;OPOS=14106395,14106394;OREF=-,A;OALT=CTC,C;OMAPALT=ACTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:34:34,3:35,3:0.486111,0.0416667:21,0:13,3:12:22:21,0:14,3:12:22 chr1 14109424 . T C 31.41 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=43;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0510109;FXX=0.0217344;HRUN=16;LEN=1;MLLD=17.2074;QD=2.79163;RBI=0.234215;REFB=-0.00327453;REVB=-0.228593;RO=31;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163327;STB=0.540905;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.113675;OID=.;OPOS=14109424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:43:45:31:35:12:10:0.222222:10:2:8:23:7:3:9:26 chr1 14143003 . A G 2644.57 PASS AF=0.988506;AO=171;DP=173;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00832065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.748;QD=60.7947;RBI=0.0114948;REFB=-0.117534;REVB=0.0079308;RO=0;SAF=96;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506578;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=4.34676e-07;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:173:174:0:2:171:172:0.988506:75:96:0:0:75:97:0:2 chr1 14149622 . T C 1382.81 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260188;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.967;QD=62.1489;RBI=0.0614271;REFB=0;REVB=0.0613719;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169478;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:86:89:1:35:51:0:0:38:51:0:0 chr1 14150709 . C T 4611.39 PASS AF=0.990066;AO=299;DP=302;FAO=299;FDP=302;FR=.;FRO=3;FSAF=135;FSAR=164;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0178787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.087;QD=61.078;RBI=0.0268113;REFB=-0.0483344;REVB=0.0199799;RO=3;SAF=135;SAR=164;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226061;STB=0.501185;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.000150462;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:302:302:3:3:299:299:0.990066:164:135:1:2:164:135:1:2 chr1 14150714 . G A 4585.81 PASS AF=1;AO=289;DP=292;FAO=290;FDP=290;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019738;FXX=0.00684908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9624;QD=63.2525;RBI=0.0418653;REFB=-0.0366965;REVB=0.0369204;RO=0;SAF=132;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169444;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:292:290:0:0:289:290:1:157:132:0:0:158:132:0:0 chr1 14150740 . G T 3830.86 PASS AF=1;AO=242;DP=244;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171809;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.303;QD=63.0594;RBI=0.0263;REFB=-0.0901763;REVB=0.0199125;RO=1;SAF=111;SAR=131;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0036246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136174;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:244:243:1:0:242:243:1:131:111:0:1:132:111:0:0 chr1 14150992 . T C 2556.83 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359802;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.109;QD=61.9837;RBI=0.0455687;REFB=0;REVB=0.0454265;RO=0;SAF=81;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95994e-05;OID=.;OPOS=14150992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:165:0:0:164:165:1:83:81:0:0:83:82:0:0 chr1 14450771 . G A 2392.61 PASS AF=0.969697;AO=146;DP=179;FAO=160;FDP=165;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=100;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00510913;FXX=0.0934015;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.997;QD=58.0028;RBI=0.00854894;REFB=-0.104106;REVB=-0.00685429;RO=0;SAF=48;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48057e-08;STB=0.507245;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00412453;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:179:165:0:5:146:160:0.969697:98:48:0:0:100:60:3:2 chr1 14507057 . A G 1246.03 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.255;QD=61.5324;RBI=0.018341;REFB=0;REVB=0.0177865;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89266e-05;OID=.;OPOS=14507057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:35:45:0:0:36:45:0:0 chr1 15438990 . G A 1161.2 PASS AF=0.491525;AO=115;DP=236;FAO=116;FDP=236;FR=.;FRO=120;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=52;FSRR=68;FWDB=-0.0155261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.5979;QD=19.6814;RBI=0.023386;REFB=-0.0275567;REVB=0.0174885;RO=120;SAF=52;SAR=63;SRF=52;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176899;STB=0.507691;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0289274;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:120:120:115:116:0.491525:63:52:52:68:64:52:52:68 chr1 15490865 . T A 742.42 PASS AF=0.454023;AO=77;DP=172;FAO=79;FDP=174;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.0117326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.726;QD=17.0672;RBI=0.0120411;REFB=-0.0224127;REVB=-0.00270814;RO=95;SAF=42;SAR=35;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00861743;STB=0.511099;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0277912;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:95:95:77:79:0.454023:35:42:51:44:35:44:51:44 chr1 15495110 . A G 584.9 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.0129852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.758;QD=17.8596;RBI=0.0242107;REFB=0.00258202;REVB=-0.0204339;RO=70;SAF=34;SAR=27;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701225;STB=0.538882;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00304741;OID=.;OPOS=15495110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:70:70:61:61:0.465649:27:34:44:26:27:34:44:26 chr1 15497727 . T C 1513.07 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.035;QD=59.9236;RBI=0.0218275;REFB=0;REVB=0.0156613;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89512e-06;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:60:40:0:0:61:40:0:0 chr1 15541607 . T C 831.37 PASS AF=0.660714;AO=74;DP=112;FAO=74;FDP=112;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0315889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.345;QD=29.6919;RBI=0.0317729;REFB=-0.0310967;REVB=0.00341495;RO=38;SAF=32;SAR=42;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141375;STB=0.576291;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00967796;OID=.;OPOS=15541607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:38:38:74:74:0.660714:42:32:25:13:42:32:25:13 chr1 15573775 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0101519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.709;QD=8.69805;RBI=0.0262987;REFB=-0.0361076;REVB=0.0242602;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301111;STB=0.68373;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0508328;OID=.;OPOS=15573775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:10:4:4:3:10:4 chr1 15599021 . C T 272.49 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0196205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.029;QD=12.5283;RBI=0.019623;REFB=-0.0177537;REVB=0.00030908;RO=55;SAF=10;SAR=22;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244974;STB=0.641165;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0309006;OID=.;OPOS=15599021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:22:10:29:26:22:10:29:26 chr1 15687059 . A G 350.82 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0189424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7756;QD=15.4209;RBI=0.0189613;REFB=-0.00939826;REVB=-0.000845964;RO=53;SAF=14;SAR=24;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907656;STB=0.551363;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0128122;OID=.;OPOS=15687059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:24:14:24:29:24:14:24:29 chr1 15714831 . C T 246.52 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8738;QD=46.9561;RBI=0.0816472;REFB=0.0397015;REVB=0.0750935;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000308077;OID=.;OPOS=15714831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:1:0:12:8:1:0 chr1 15723843 . G A 775.29 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.0276754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.368;QD=20.0075;RBI=0.0369382;REFB=-0.0192713;REVB=-0.0244644;RO=76;SAF=34;SAR=45;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00348212;STB=0.501914;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0189247;OID=.;OPOS=15723843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:76:76:79:79:0.509677:45:34:33:43:45:34:33:43 chr1 15754484 . T C 2293.44 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.427;QD=63.7067;RBI=0.0479979;REFB=0;REVB=0.027724;RO=0;SAF=66;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06139e-06;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:77:66:0:0:77:67:0:0 chr1 15788269 . A C 1836.56 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8418;QD=61.2186;RBI=0.0217213;REFB=0;REVB=0.0216888;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137367;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:118:120:1:65:53:0:0:67:53:0:0 chr1 15808242 . C T 636.1 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=138;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.000995429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.875;QD=18.4376;RBI=0.00604312;REFB=-0.00633092;REVB=0.00596057;RO=73;SAF=35;SAR=30;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620697;STB=0.534375;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00764075;OID=.;OPOS=15808242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:73:73:65:65:0.471014:30:35:44:29:30:35:44:29 chr1 15812432 . A G 2701.02 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269439;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.443;QD=62.4513;RBI=0.0269491;REFB=0;REVB=0.000532104;RO=0;SAF=87;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60091e-05;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:173:0:0:171:173:1:84:87:0:0:86:87:0:0 chr1 15832543 . T C 1822.32 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1935;QD=61.2546;RBI=0.0774287;REFB=0;REVB=-0.0254472;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022839;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:65:54:0:0:65:54:0:0 chr1 15844615 . A G 2467.32 PASS AF=0.988024;AO=160;DP=164;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0319467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.5366;QD=59.0974;RBI=0.0477757;REFB=-0.0924705;REVB=0.0355236;RO=3;SAF=47;SAR=113;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124632;STB=0.50431;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.000668785;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:167:3:2:160:165:0.988024:113:47:0:3:115:50:0:2 chr1 15850603 . G A 843.1 PASS AF=0.508982;AO=84;DP=166;FAO=85;FDP=167;FR=.;FRO=82;FSAF=58;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0133313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.466;QD=20.1939;RBI=0.0432944;REFB=-0.012268;REVB=0.0411908;RO=82;SAF=57;SAR=27;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126633;STB=0.571675;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0105117;OID=.;OPOS=15850603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:82:82:84:85:0.508982:27:57:45:37:27:58:45:37 chr1 15850613 . G A 2717.49 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898757;FXX=0.00571396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.584;QD=62.471;RBI=0.00917479;REFB=0;REVB=-0.00184399;RO=0;SAF=105;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41147e-06;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:69:105:0:0:69:105:0:0 chr1 15892415 . A C 352.03 PASS AF=0.361345;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00534701;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.335;QD=11.8329;RBI=0.0335783;REFB=-0.00908515;REVB=-0.0331499;RO=75;SAF=14;SAR=29;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151259;STB=0.583363;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0222324;OID=.;OPOS=15892415;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:75:76:43:43:0.361345:29:14:34:41:29:14:34:42 chr1 15904318 . C T 230.71 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00968187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1101;QD=14.4195;RBI=0.0262179;REFB=-0.0181231;REVB=-0.0243647;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817159;STB=0.546491;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0252576;OID=.;OPOS=15904318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:16:11:18:19:16:11:18:19 chr1 15909744 . C T 323.19 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0175916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3836;QD=16.7889;RBI=0.0176651;REFB=-0.0126953;REVB=-0.00160911;RO=42;SAF=22;SAR=12;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212476;STB=0.522495;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0190419;OID=.;OPOS=15909744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:42:34:35:0.454545:12:22:28:14:13:22:28:14 chr1 15909850 . C G 1694.69 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.0112;QD=60.5245;RBI=0.0220269;REFB=0;REVB=0.0219837;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59032e-05;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:65:47:0:0:65:47:0:0 chr1 15911349 . G A 281.28 PASS AF=0.609756;AO=26;DP=42;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0367156;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.224;QD=27.442;RBI=0.0373208;REFB=-0.0284134;REVB=0.00669418;RO=16;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381501;STB=0.515139;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0237192;OID=.;OPOS=15911349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:16:16:26:25:0.609756:10:16:9:7:10:15:9:7 chr1 15987175 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00899895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.349;QD=13.5052;RBI=0.00902844;REFB=-0.00283364;REVB=0.000729181;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28299;STB=0.664545;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00277093;OID=.;OPOS=15987175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:5:12:5:7:5:12 chr1 15987473 . T C 288.46 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0448429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5887;QD=13.736;RBI=0.0716451;REFB=-0.00115382;REVB=-0.055876;RO=51;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782151;STB=0.544506;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000199184;OID=.;OPOS=15987473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:17:16:21:30:17:16:21:30 chr1 16058483 . C G 1891.48 PASS AF=0.498674;AO=188;DP=379;FAO=188;FDP=377;FR=.;FRO=189;FSAF=98;FSAR=90;FSRF=106;FSRR=83;FWDB=-0.0466893;FXX=0.00527691;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.349;QD=20.0687;RBI=0.0750119;REFB=-0.00984128;REVB=-0.0587102;RO=190;SAF=98;SAR=90;SRF=106;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337171;STB=0.519905;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00935641;OID=.;OPOS=16058483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:377:190:189:188:188:0.498674:90:98:106:84:90:98:106:83 chr1 16096934 . C T 563.06 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126836;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.8378;QD=56.3062;RBI=0.164375;REFB=0;REVB=0.104555;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0177926;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:32:40:1:14:18:0:0:17:23:0:0 chr1 16162297 . TTC T 322.81 PASS AF=0.581081;AO=38;DP=67;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00255125;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=2;MLLD=221.824;QD=17.4492;RBI=0.00269326;REFB=-0.0232584;REVB=-0.000863006;RO=23;SAF=5;SAR=33;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212698;STB=0.601758;STBP=0.092;TYPE=del;VARB=0.0164852;OID=.;OPOS=16162298;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581081:38:67:43:74:31:8:35:11:20:99:23:5:33:7:16 chr1 16242620 . C A 493.92 PASS AF=0.373333;AO=56;DP=150;FAO=56;FDP=150;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.00958713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.567;QD=13.1712;RBI=0.0119859;REFB=-0.00193651;REVB=-0.00719366;RO=93;SAF=36;SAR=20;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178869;STB=0.605225;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00390109;OID=.;OPOS=16242620;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:93:94:56:56:0.373333:20:36:45:48:20:36:45:49 chr1 16255644 . C T 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00507336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5853;QD=17.1561;RBI=0.0669494;REFB=-0.00276164;REVB=-0.0667569;RO=20;SAF=3;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328566;STB=0.691102;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00203635;OID=.;OPOS=16255644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:14:3:9:11:14:3:9:11 chr1 16256007 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00675837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.315;QD=17.542;RBI=0.0136998;REFB=-0.00321728;REVB=-0.0119167;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861724;STB=0.549291;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00374463;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:7:9:7:8:7:9 chr1 16259813 . A G 275.23 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0561425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3064;QD=15.5059;RBI=0.074399;REFB=0.0156244;REVB=0.0488184;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154886;STB=0.579135;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.0136697;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:40:31:31:0.43662:15:16:14:25:15:16:15:25 chr1 16260916 . C T 299.92 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00813863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.04;QD=13.9498;RBI=0.0357686;REFB=-0.0146729;REVB=-0.0348304;RO=52;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661047;STB=0.537673;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0199807;OID=.;OPOS=16260916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:21:13:23:29:21:13:23:29 chr1 16262404 . C T 955.45 PASS AF=0.482234;AO=95;DP=197;FAO=95;FDP=197;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=68;FSRF=30;FSRR=72;FWDB=0.0228079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.664;QD=19.4001;RBI=0.022827;REFB=-0.00149554;REVB=0.000933693;RO=102;SAF=27;SAR=68;SRF=30;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113639;STB=0.506268;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00198297;OID=.;OPOS=16262404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:102:102:95:95:0.482234:68:27:30:72:68:27:30:72 chr1 16269040 . G C 414.89 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0544505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3161;QD=36.0772;RBI=0.0547118;REFB=0.0166296;REVB=-0.00534116;RO=13;SAF=20;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195062;STB=0.605996;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00702069;OID=.;OPOS=16269040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:33:33:0.717391:13:20:3:10:13:20:3:10 chr1 16271180 . T C 95.12 PASS AF=0.352941;AO=10;DP=32;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.000950716;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2056;QD=11.1904;RBI=0.0385005;REFB=-0.017304;REVB=0.0384887;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102445;STB=0.505042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0586605;OID=.;OPOS=16271180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:34:22:22:10:12:0.352941:5:5:9:13:7:5:9:13 chr1 16272250 . A G 643.87 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0197715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.2;QD=19.5112;RBI=0.0333265;REFB=-0.0147745;REVB=-0.026828;RO=67;SAF=31;SAR=34;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417739;STB=0.52307;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0217351;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:34:31:35:32:34:31:35:32 chr1 16274769 . C T 644.84 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0100551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.4678;QD=19.6898;RBI=0.0100933;REFB=-0.00206738;REVB=-0.000877334;RO=65;SAF=30;SAR=35;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111203;STB=0.557359;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00238291;OID=.;OPOS=16274769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:65:66:65:65:0.496183:35:30:38:27:35:30:38:28 chr1 16330816 . C T 645.31 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=129;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.000533024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.585;QD=19.7041;RBI=0.00645495;REFB=-0.0158742;REVB=0.0064329;RO=64;SAF=26;SAR=39;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119667;STB=0.566543;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.019403;OID=.;OPOS=16330816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:64:66:65:65:0.496183:39:26:34:30:39:26:35:31 chr1 16332679 . T C 515.45 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0123767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.913;QD=17.6221;RBI=0.0222811;REFB=-0.0257508;REVB=-0.0185274;RO=62;SAF=23;SAR=32;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789563;STB=0.543893;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0270178;OID=.;OPOS=16332679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:32:23:31:31:32:23:31:31 chr1 16341649 . C T 436.47 PASS AF=0.369565;AO=51;DP=138;FAO=51;FDP=138;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=32;FWDB=-0.00680858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.02;QD=12.6514;RBI=0.00682049;REFB=-0.0262231;REVB=-0.000402902;RO=86;SAF=28;SAR=23;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102272;STB=0.553473;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0420847;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:86:87:51:51:0.369565:23:28:55:31:23:28:55:32 chr1 16341733 . T C 468.15 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.0226768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.273;QD=14.0797;RBI=0.0243798;REFB=-0.012708;REVB=0.00895191;RO=80;SAF=26;SAR=27;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165929;STB=0.509366;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0144974;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:80:80:53:53:0.398496:27:26:38:42:27:26:38:42 chr1 16342237 . A G 653.02 PASS AF=0.577982;AO=63;DP=109;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.000999847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.83;QD=23.9641;RBI=0.00548861;REFB=-0.0260102;REVB=0.00539677;RO=46;SAF=23;SAR=40;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217203;STB=0.511856;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0187559;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:46:63:63:0.577982:40:23:18:28:40:23:18:28 chr1 16344360 . A G 2272.8 PASS AF=0.497817;AO=226;DP=457;FAO=228;FDP=458;FR=.;FRO=230;FSAF=128;FSAR=100;FSRF=129;FSRR=101;FWDB=-0.00199451;FXX=0.0021786;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.281;QD=19.8498;RBI=0.00406632;REFB=-0.0218123;REVB=0.00354357;RO=225;SAF=127;SAR=99;SRF=130;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014691;STB=0.500272;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0220124;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:457:458:225:230:226:228:0.497817:99:127:130:95:100:128:129:101 chr1 16344402 . G A 2329.36 PASS AF=0.535885;AO=221;DP=415;FAO=224;FDP=418;FR=.;FRO=194;FSAF=110;FSAR=114;FSRF=104;FSRR=90;FWDB=0.0743643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.315;QD=22.2906;RBI=0.0750081;REFB=-0.0324783;REVB=0.00980626;RO=194;SAF=107;SAR=114;SRF=104;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445505;STB=0.52088;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0271972;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:418:194:194:221:224:0.535885:114:107:104:90:114:110:104:90 chr1 16344466 . C T 963.61 PASS AF=0.416988;AO=108;DP=259;FAO=108;FDP=259;FR=.;FRO=151;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=72;FSRR=79;FWDB=0.0105444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1486;QD=14.882;RBI=0.0426941;REFB=-0.0202668;REVB=0.0413715;RO=145;SAF=48;SAR=60;SRF=69;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325876;STB=0.519028;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0311416;OID=.;OPOS=16344466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:145:151:108:108:0.416988:60:48:69:76:60:48:72:79 chr1 16344494 . G A 1211.13 PASS AF=0.544186;AO=117;DP=215;FAO=117;FDP=215;FR=.;FRO=98;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.0210493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3789;QD=22.5327;RBI=0.0582971;REFB=-0.0440322;REVB=0.0543643;RO=98;SAF=48;SAR=69;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332161;STB=0.518116;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0417323;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:98:98:117:117:0.544186:69:48:44:54:69:48:44:54 chr1 16344625 . C G 852.29 PASS AF=0.502924;AO=86;DP=171;FAO=86;FDP=171;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.00939115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.468;QD=19.9365;RBI=0.00943637;REFB=-0.0139762;REVB=0.000922728;RO=80;SAF=45;SAR=41;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00946385;STB=0.514492;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.008357;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:80:85:86:86:0.502924:41:45:41:39:41:45:42:43 chr1 16344664 . G A 920.61 PASS AF=0.486911;AO=92;DP=193;FAO=93;FDP=191;FR=.;FRO=98;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.0219287;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.868;QD=19.2799;RBI=0.0272819;REFB=-0.0251365;REVB=0.0162307;RO=96;SAF=49;SAR=43;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399335;STB=0.51904;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0197697;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:191:96:98:92:93:0.486911:43:49:47:49:44:49:48:50 chr1 16344684 . G A 941.17 PASS AF=0.482587;AO=96;DP=200;FAO=97;FDP=201;FR=.;FRO=104;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=-0.00777991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.109;QD=18.7298;RBI=0.0233713;REFB=-0.0279854;REVB=0.0220384;RO=101;SAF=46;SAR=50;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128924;STB=0.506586;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0249459;OID=.;OPOS=16344684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:101:104:96:97:0.482587:50:46:47:54:51:46:48:56 chr1 16351275 . A G 444.86 PASS AF=0.434783;AO=49;DP=114;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=0.00864655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.219;QD=15.4735;RBI=0.0173861;REFB=0.00343618;REVB=-0.0150836;RO=61;SAF=22;SAR=27;SRF=45;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282072;STB=0.648004;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00602006;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:61:65:49:50:0.434783:27:22:45:16:28:22:46:19 chr1 16354590 . A T 390.27 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0267375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4689;QD=14.4546;RBI=0.0322395;REFB=-0.0153093;REVB=-0.0180138;RO=63;SAF=23;SAR=22;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361331;STB=0.520353;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0223392;OID=.;OPOS=16354590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:22:23:30:33:22:23:30:33 chr1 16356501 . G A 580.28 PASS AF=0.522124;AO=58;DP=112;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0732894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2046;QD=20.5408;RBI=0.0735415;REFB=-0.0147815;REVB=0.0060844;RO=53;SAF=26;SAR=32;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125689;STB=0.501824;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0172441;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:53:54:58:59:0.522124:32:26:23:30:33:26:24:30 chr1 16358932 . T C 1251.03 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.113;QD=61.0257;RBI=0.0393802;REFB=0;REVB=0.0374224;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94194e-05;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:82:0:0:75:82:1:33:42:0:0:37:45:0:0 chr1 16361875 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.915;QD=33.4285;RBI=0.0172834;REFB=0;REVB=-0.0137261;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503243;OID=.;OPOS=16361875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 16361916 . G A 239.15 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.892;QD=50.3476;RBI=0.0770915;REFB=0;REVB=-0.0770658;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567355;OID=.;OPOS=16361916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:15:19:1:8:7:0:0:12:7:0:0 chr1 16371067 . G T 452.05 PASS AF=0.35443;AO=56;DP=160;FAO=56;FDP=158;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=0.0382602;FXX=0.030673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.942;QD=11.4444;RBI=0.0387176;REFB=-0.0114151;REVB=-0.00593403;RO=96;SAF=29;SAR=27;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112115;STB=0.54308;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0326773;OID=.;OPOS=16371067;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:96:102:56:56:0.35443:27:29:40:56:27:29:46:56 chr1 16373124 . A G 1788.64 PASS AF=1;AO=100;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544787;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.786;QD=61.15;RBI=0.0730726;REFB=0;REVB=0.0486998;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375512;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:100:117:1:55:45:0:0:65:52:0:0 chr1 16374533 . G C 1654.23 PASS AF=0.815287;AO=121;DP=150;FAO=128;FDP=157;FR=.;FRO=29;FSAF=44;FSAR=84;FSRF=26;FSRR=3;FWDB=0.0106045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.754;QD=42.1461;RBI=0.0122727;REFB=0.00259767;REVB=-0.00617762;RO=0;SAF=43;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13215e-08;STB=0.605669;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-6.71934e-05;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:157:0:29:121:128:0.815287:78:43:0:0:84:44:26:3 chr1 16374994 . C T 842.11 PASS AF=0.911765;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00113717;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.613;QD=49.5359;RBI=0.0194284;REFB=-0.0158329;REVB=0.0193951;RO=6;SAF=36;SAR=26;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137137;STB=0.507286;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0015056;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:68:68:6:6:62:62:0.911765:26:36:3:3:26:36:3:3 chr1 16375063 . CA GC 998.27 PASS AF=0.902174;AO=75;DP=93;FAO=83;FDP=92;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.125164;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.591;QD=43.4029;RBI=0.15623;REFB=-0.135685;REVB=0.093497;RO=9;SAF=32;SAR=43;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264712;STB=0.512088;STBP=0.495;TYPE=mnp;VARB=0.017908;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:92:9:9:75:83:0.902174:43:32:5:4:47:36:5:4 chr1 16376191 . C G,T 731.98 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=7,45;DP=52;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569861,-0.0023175;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.396,100.298;QD=56.306;RBI=0.0347266,0.047427;REFB=0,0;REVB=0.0342558,0.0473703;RO=0;SAF=0,33;SAR=7,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0315672,0.0345545;OID=.,.;OPOS=16376191,16376191;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:52:52:0:0:7,45:2,50:0.0384615,0.961538:7,12:0,33:0:0:2,17:0,33:0:0 chr1 16376319 . T C 2385.87 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3772;QD=61.1763;RBI=0.0266778;REFB=0;REVB=0.0246354;RO=0;SAF=72;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38372e-05;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:84:72:0:0:84:72:0:0 chr1 16380196 . T C 1715.09 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00843309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.703;QD=59.6555;RBI=0.0116639;REFB=-0.0496672;REVB=0.00805786;RO=1;SAF=64;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736218;STB=0.503875;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000679344;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:50:64:1:0:50:64:1:0 chr1 16380243 . A G 1495.61 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0057659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.085;QD=62.317;RBI=0.0887451;REFB=-0.0098914;REVB=-0.0885576;RO=1;SAF=49;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957941;STB=0.505049;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000117179;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:46:49:1:0:46:49:1:0 chr1 16380252 . C T 1560.08 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6673;QD=63.6765;RBI=0.0468963;REFB=0;REVB=-0.0321033;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30559e-05;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr1 16383682 . G C 526.24 PASS AF=0.39726;AO=58;DP=147;FAO=58;FDP=146;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.00503272;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4246;QD=14.4176;RBI=0.0144322;REFB=-0.00424826;REVB=0.0135263;RO=88;SAF=29;SAR=29;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242798;STB=0.520541;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00669227;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:88:88:58:58:0.39726:29:29:46:42:29:29:47:41 chr1 16383742 . C G 1640.21 PASS AF=0.609244;AO=142;DP=236;FAO=145;FDP=238;FR=.;FRO=93;FSAF=84;FSAR=61;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.0197732;FXX=0.00833299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3987;QD=27.5666;RBI=0.0199248;REFB=-0.0133281;REVB=-0.00245315;RO=93;SAF=83;SAR=59;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668826;STB=0.53358;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0103726;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:238:93:93:142:145:0.609244:59:83:46:47:61:84:46:47 chr1 16384986 . G T 95.21 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0106686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.872;QD=11.2011;RBI=0.0563955;REFB=-0.01641;REVB=0.0553772;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191599;STB=0.611467;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0196624;OID=.;OPOS=16384986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:20:22:12:12:0.352941:5:7:8:12:5:7:9:13 chr1 16384998 . GG CA 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0140052;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=287.175;QD=12.6376;RBI=0.0146455;REFB=-0.0137334;REVB=0.00428319;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195695;STB=0.615207;STBP=0.32;TYPE=mnp;VARB=0.0198925;OID=.;OPOS=16384998;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:9:12:5:8:9:12 chr1 16385042 . G A 108.95 PASS AF=0.35;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0137845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.302;QD=10.8951;RBI=0.0838868;REFB=-0.0114505;REVB=0.0827465;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225048;STB=0.524964;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0147254;OID=.;OPOS=16385042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:26:13:14:0.35:6:7:14:13:7:7:14:12 chr1 16385175 . G A 970.73 PASS AF=0.62963;AO=85;DP=135;FAO=85;FDP=135;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00909552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.942;QD=28.7622;RBI=0.0340669;REFB=-0.0136665;REVB=0.0328303;RO=49;SAF=30;SAR=55;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112102;STB=0.55759;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00811854;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:49:50:85:85:0.62963:55:30:25:24:55:30:25:25 chr1 16385178 . G A 376.27 PASS AF=0.345865;AO=46;DP=133;FAO=46;FDP=133;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=56;FWDB=-0.011578;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.569;QD=11.3163;RBI=0.0133322;REFB=-0.00707342;REVB=0.00661048;RO=87;SAF=23;SAR=23;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164327;STB=0.593946;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00942526;OID=.;OPOS=16385178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:87:87:46:46:0.345865:23:23:31:56:23:23:31:56 chr1 16385184 . G A 212.56 PASS AF=0.246154;AO=32;DP=130;FAO=32;FDP=130;FR=.;FRO=98;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=-0.0229464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.053;QD=6.54041;RBI=0.0318032;REFB=-0.000302184;REVB=0.0220206;RO=98;SAF=11;SAR=21;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072532;STB=0.544013;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.000721196;OID=.;OPOS=16385184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:98:98:32:32:0.246154:21:11:39:59:21:11:39:59 chr1 16386007 . CTT CCT,CT,CTG 2118.29 PASS AF=0.963235,0,0.0367647;AO=81,33,8;DP=137;FAO=131,0,5;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=58,0,1;FSAR=73,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104676,-0.0411779,-0.0838551;FXX=0.00729874;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=43.4298,22.7837,12.7008;QD=62.3027;RBI=0.259233,0.041239,0.0867358;REFB=0,0,0;REVB=0.259022,0.00224387,0.0221679;RO=0;SAF=53,0,4;SAR=28,33,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.50795e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.00302022,0,0.0383818;OID=.,.,.;OPOS=16386008,16386008,16386009;OREF=T,T,T;OALT=C,-,G;OMAPALT=CCT,CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.963235,0,0.0367647:81,33,8:137:131,0,5:136:0:58,0,1:73,0,4:0:0:7:0:53,0,4:28,33,4:0:0 chr1 16386065 . T A 173.63 PASS AF=0.238938;AO=27;DP=113;FAO=27;FDP=113;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.025712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.843;QD=6.14607;RBI=0.0388738;REFB=-0.00879884;REVB=0.0291559;RO=85;SAF=13;SAR=14;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10246;STB=0.556979;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0234197;OID=.;OPOS=16386065;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:85:86:27:27:0.238938:14:13:34:51:14:13:35:51 chr1 16386416 . G A 784.65 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1093;QD=57.0656;RBI=0.082218;REFB=0;REVB=0.00373493;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650597;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:21:34:0:0 chr1 16386447 . G C 526.71 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467813;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4842;QD=58.5236;RBI=0.0766896;REFB=0;REVB=0.0765467;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148905;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:1:0:35:36:1:14:21:1:0:14:22:0:0 chr1 16386495 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.599;QD=54.5176;RBI=0.0658844;REFB=0;REVB=-0.0537604;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.43432e-05;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr1 16388646 . T C 3201.85 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.595;QD=60.9876;RBI=0.0249635;REFB=0;REVB=0.0167828;RO=0;SAF=78;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84241e-05;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:207:210:0:0:206:210:1:128:78:0:0:129:81:0:0 chr1 16461581 . G A 1185.44 PASS AF=0.553398;AO=114;DP=207;FAO=114;FDP=206;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=73;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0300612;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.495;QD=23.0182;RBI=0.0462121;REFB=-0.0373064;REVB=0.0350982;RO=88;SAF=41;SAR=73;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135692;STB=0.565527;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.027807;OID=.;OPOS=16461581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:88:92:114:114:0.553398:73:41:46:42:73:41:46:46 chr1 16534697 . G C 411.98 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0420409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.837;QD=18.5158;RBI=0.0453637;REFB=-0.00273706;REVB=-0.0170418;RO=47;SAF=8;SAR=33;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165694;STB=0.575125;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00278453;OID=.;OPOS=16534697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:47:41:42:0.47191:33:8:15:32:33:9:15:32 chr1 16577794 . C T 252.55 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00281278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8804;QD=12.6273;RBI=0.0193155;REFB=-0.00224016;REVB=-0.0191096;RO=48;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208015;STB=0.620607;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00275106;OID=.;OPOS=16577794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:50:30:30:0.375:10:20:23:25:10:20:24:26 chr1 16577908 . G C 1165.35 PASS AF=0.477551;AO=117;DP=245;FAO=117;FDP=245;FR=.;FRO=128;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=63;FSRR=65;FWDB=0.00538463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.85;QD=19.026;RBI=0.00641088;REFB=-0.0112828;REVB=-0.00347925;RO=126;SAF=55;SAR=62;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207377;STB=0.511571;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0115296;OID=.;OPOS=16577908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:126:128:117:117:0.477551:62:55:62:64:62:55:63:65 chr1 16641899 . C T 260.47 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0257095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.338;QD=14.4703;RBI=0.026112;REFB=-0.00793516;REVB=-0.0045673;RO=42;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12648;STB=0.571383;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0112499;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:18:12:12:30:18:12:12:30 chr1 16723084 . G A 876.67 PASS AF=0.44186;AO=95;DP=214;FAO=95;FDP=215;FR=.;FRO=120;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=52;FSRR=68;FWDB=0.00976313;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2849;QD=16.3102;RBI=0.0153094;REFB=-0.00602645;REVB=0.0117923;RO=118;SAF=42;SAR=53;SRF=51;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100276;STB=0.504967;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00729791;OID=.;OPOS=16723084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:118:120:95:95:0.44186:53:42:51:67:53:42:52:68 chr1 16752057 . G A 490.65 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0104789;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.04;QD=17.0662;RBI=0.0104847;REFB=-0.00275454;REVB=0.000348875;RO=62;SAF=26;SAR=26;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062953;STB=0.529729;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00320653;OID=.;OPOS=16752057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:62:62:52:53:0.46087:26:26:35:27:26:27:35:27 chr1 16802382 . C A 363.68 PASS AF=0.506667;AO=35;DP=72;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0203388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9935;QD=19.3964;RBI=0.0674247;REFB=-0.0276905;REVB=0.0642839;RO=37;SAF=23;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258647;STB=0.625286;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0207931;OID=.;OPOS=16802382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:37:37:35:38:0.506667:12:23:14:23:14:24:14:23 chr1 16802485 . T C 251.61 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0522776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.303;QD=20.5397;RBI=0.0616989;REFB=-0.0507354;REVB=0.032769;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219854;STB=0.632;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0362395;OID=.;OPOS=16802485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:14:10:16:8:14:10:17:8 chr1 16840730 . C T 550.62 PASS AF=0.816327;AO=40;DP=49;FAO=40;FDP=49;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00562647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.892;QD=44.9483;RBI=0.016233;REFB=-0.0312475;REVB=0.0152267;RO=9;SAF=15;SAR=25;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152457;STB=0.508193;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00362947;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:9:9:40:40:0.816327:25:15:3:6:25:15:3:6 chr1 16858909 . G C 2715.05 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.658;QD=62.415;RBI=0.0349183;REFB=0;REVB=-0.0348954;RO=0;SAF=98;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63622e-05;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:76:98:0:0:76:98:0:0 chr1 16860633 . G A 47.67 PASS AF=0.0668693;AO=22;DP=329;FAO=22;FDP=329;FR=.;FRO=307;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=129;FSRR=178;FWDB=0.0204138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0435;QD=0.57963;RBI=0.0468059;REFB=-0.00743256;REVB=-0.0421198;RO=307;SAF=14;SAR=8;SRF=129;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231787;STB=0.694602;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.103736;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:329:329:307:307:22:22:0.0668693:8:14:129:178:8:14:129:178 chr1 16860652 . A C 76.1 PASS AF=0.0796703;AO=29;DP=364;FAO=29;FDP=364;FR=.;FRO=335;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=150;FSRR=185;FWDB=0.020076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2775;QD=0.836309;RBI=0.0240237;REFB=-0.000529572;REVB=0.0131943;RO=335;SAF=17;SAR=12;SRF=150;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158376;STB=0.625546;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00606817;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:364:364:335:335:29:29:0.0796703:12:17:150:185:12:17:150:185 chr1 16860695 . G T 73.58 PASS AF=0.0836013;AO=26;DP=309;FAO=26;FDP=311;FR=.;FRO=285;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=134;FSRR=151;FWDB=0.00827308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.282;QD=0.946306;RBI=0.0581667;REFB=-0.00335575;REVB=-0.0575753;RO=283;SAF=17;SAR=9;SRF=134;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20928;STB=0.666703;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.018257;OID=.;OPOS=16860695;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:309:311:283:285:26:26:0.0836013:9:17:134:149:9:17:134:151 chr1 16861800 . C G 33.22 PASS AF=0.084507;AO=11;DP=141;FAO=12;FDP=142;FR=.;FRO=130;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=78;FWDB=-0.0112428;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3961;QD=0.935693;RBI=0.0369564;REFB=-0.00630499;REVB=-0.0352048;RO=130;SAF=2;SAR=9;SRF=53;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280444;STB=0.753716;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0950938;OID=.;OPOS=16861800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:141:142:130:130:11:12:0.084507:9:2:53:77:10:2:52:78 chr1 16862282 . G A 427.79 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0123777;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.995;QD=20.3712;RBI=0.024551;REFB=-0.010232;REVB=-0.0212025;RO=40;SAF=33;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232424;STB=0.62258;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.013102;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:40:41:42:43:0.511905:9:33:23:17:10:33:23:18 chr1 16862454 . T G 853.68 PASS AF=0.288945;AO=115;DP=398;FAO=115;FDP=398;FR=.;FRO=283;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=158;FSRR=125;FWDB=-0.00697345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.545;QD=8.5797;RBI=0.0313003;REFB=-0.00491389;REVB=0.0305136;RO=278;SAF=57;SAR=58;SRF=156;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797412;STB=0.54451;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0347177;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:398:278:283:115:115:0.288945:58:57:156:122:58:57:158:125 chr1 16862461 . T A 1039.37 PASS AF=0.33419;AO=110;DP=391;FAO=130;FDP=389;FR=.,HEALED;FRO=259;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=149;FSRR=110;FWDB=0.000873492;FXX=0.00511496;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.683;QD=10.6876;RBI=0.0143811;REFB=-0.00870261;REVB=-0.0143546;RO=202;SAF=59;SAR=51;SRF=128;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112839;STB=0.545073;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00923355;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:389:202:259:110:130:0.33419:51:59:128:74:64:66:149:110 chr1 16862502 . A G 1581.82 PASS AF=0.339688;AO=195;DP=577;FAO=196;FDP=577;FR=.;FRO=381;FSAF=88;FSAR=108;FSRF=216;FSRR=165;FWDB=0.00685517;FXX=0.00173007;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6538;QD=10.9658;RBI=0.0159346;REFB=0.0106144;REVB=0.0143847;RO=381;SAF=88;SAR=107;SRF=216;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133795;STB=0.577451;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0251565;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:577:577:381:381:195:196:0.339688:107:88:216:165:108:88:216:165 chr1 16863328 . T G 32.87 PASS AF=0.0601504;AO=16;DP=266;FAO=16;FDP=266;FR=.;FRO=250;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=98;FSRR=152;FWDB=-0.0459683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.306;QD=0.494306;RBI=0.0464622;REFB=-0.000871936;REVB=-0.00675661;RO=248;SAF=5;SAR=11;SRF=97;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882121;STB=0.581516;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0550813;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:266:266:248:250:16:16:0.0601504:11:5:97:151:11:5:98:152 chr1 16863352 . C T 36.58 PASS AF=0.0650407;AO=16;DP=247;FAO=16;FDP=246;FR=.;FRO=230;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=90;FSRR=140;FWDB=0.0220219;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1483;QD=0.594872;RBI=0.0290396;REFB=-0.0154538;REVB=-0.0189298;RO=227;SAF=4;SAR=12;SRF=89;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167621;STB=0.64957;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0657399;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:247:246:227:230:16:16:0.0650407:12:4:89:138:12:4:90:140 chr1 16872426 . G A 387.67 PASS AF=0.386555;AO=31;DP=118;FAO=46;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.0257013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.69;QD=13.0309;RBI=0.0257452;REFB=-0.0150278;REVB=0.00150245;RO=71;SAF=11;SAR=20;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307951;STB=0.554873;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.022282;OID=.;OPOS=16872426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:71:72:31:46:0.386555:20:11:44:27:22:24:44:28 chr1 16874206 . A C 1327.84 PASS AF=0.956522;AO=88;DP=92;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0275434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0594;QD=57.7322;RBI=0.0374986;REFB=-0.051053;REVB=0.0254461;RO=4;SAF=56;SAR=32;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03265;STB=0.517237;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00336735;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:92:4:4:88:88:0.956522:32:56:4:0:32:56:4:0 chr1 16890598 . T A 574.92 PASS AF=0.220657;AO=94;DP=425;FAO=94;FDP=426;FR=.;FRO=332;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=158;FSRR=174;FWDB=0.00395363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.332;QD=5.39827;RBI=0.0039571;REFB=0.000813785;REVB=-0.000165647;RO=331;SAF=38;SAR=56;SRF=157;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911716;STB=0.556693;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00264141;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:426:331:332:94:94:0.220657:56:38:157:174:56:38:158:174 chr1 16890639 . C T 381.74 PASS AF=0.234375;AO=60;DP=257;FAO=60;FDP=256;FR=.;FRO=196;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=100;FSRR=96;FWDB=-0.0103632;FXX=0.00775164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.81;QD=5.96474;RBI=0.0265697;REFB=-0.00357269;REVB=-0.0244653;RO=195;SAF=26;SAR=34;SRF=99;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944435;STB=0.558957;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0130265;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:256:195:196:60:60:0.234375:34:26:99:96:34:26:100:96 chr1 16890644 . C T 280.07 PASS AF=0.198347;AO=48;DP=242;FAO=48;FDP=242;FR=.;FRO=194;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=99;FSRR=95;FWDB=-0.0131529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.729;QD=4.62919;RBI=0.0144691;REFB=-0.00302545;REVB=-0.00602946;RO=193;SAF=21;SAR=27;SRF=99;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970855;STB=0.558404;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0132394;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:193:194:48:48:0.198347:27:21:99:94:27:21:99:95 chr1 16890671 . TG CA 411.07 PASS AF=0.355072;AO=49;DP=139;FAO=49;FDP=138;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0146353;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.867;QD=11.915;RBI=0.0194381;REFB=-0.00231799;REVB=-0.0127924;RO=85;SAF=27;SAR=22;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110452;STB=0.514893;STBP=0.804;TYPE=mnp;VARB=0.00397246;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:85:89:49:49:0.355072:22:27:46:39:22:27:47:42 chr1 16893841 . C T 200.4 PASS AF=0.105448;AO=60;DP=569;FAO=60;FDP=569;FR=.;FRO=509;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=294;FSRR=215;FWDB=0.00131096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.285;QD=1.40875;RBI=0.00834771;REFB=-0.000703242;REVB=-0.00824413;RO=509;SAF=23;SAR=37;SRF=294;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237144;STB=0.669218;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00577024;OID=.;OPOS=16893841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:569:569:509:509:60:60:0.105448:37:23:294:215:37:23:294:215 chr1 16901668 . T C 842.21 PASS AF=0.967742;AO=61;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0540125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4118;QD=54.3359;RBI=0.0628384;REFB=-0.0749698;REVB=-0.0321142;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145233;STB=0.51562;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00187267;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:1:2:61:60:0.967742:29:32:1:0:29:31:2:0 chr1 16901714 . G A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0811903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7143;QD=39.3179;RBI=0.0818583;REFB=0.0319545;REVB=-0.0104367;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000633642;OID=.;OPOS=16901714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:0:1:6:7:0:1 chr1 16902856 . C T 34.28 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.0296999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.37;QD=4.15563;RBI=0.0329892;REFB=-0.00551074;REVB=-0.0143597;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448269;STB=0.787237;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0309545;OID=.;OPOS=16902856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:26:27:6:6:0.181818:3:3:4:22:3:3:4:23 chr1 16902884 . T C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0326564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.111;QD=22.6321;RBI=0.0374174;REFB=-0.0113045;REVB=-0.0182654;RO=8;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107729;STB=0.560353;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0176977;OID=.;OPOS=16902884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:10:3:1:7:10:3:1:7 chr1 16903882 . T C 103.02 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.034989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.512;QD=6.15046;RBI=0.0367085;REFB=-0.00388848;REVB=-0.0111035;RO=51;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266414;STB=0.516463;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0187385;OID=.;OPOS=16903882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:11:5:15:36:11:5:15:36 chr1 16907328 . G T 7050.2 PASS AF=0.541972;AO=665;DP=1227;FAO=665;FDP=1227;FR=.;FRO=562;FSAF=339;FSAR=326;FSRF=275;FSRR=287;FWDB=-0.0143918;FXX=0.000814326;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.502;QD=22.9835;RBI=0.0171698;REFB=-0.0118309;REVB=-0.00936378;RO=557;SAF=339;SAR=326;SRF=270;SRR=287;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210375;STB=0.509367;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0103139;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1227:1227:557:562:665:665:0.541972:326:339:270:287:326:339:275:287 chr1 16909052 . C T 3623.39 PASS AF=1;AO=196;DP=227;FAO=235;FDP=235;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=131;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.293;QD=61.6748;RBI=0.0407503;REFB=0;REVB=0.0368657;RO=0;SAF=109;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41085e-05;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:227:235:0:0:196:235:1:87:109:0:0:104:131:0:0 chr1 16909100 . G C 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0220073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.257;QD=18.1181;RBI=0.0281717;REFB=-0.0165416;REVB=0.0175876;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519108;STB=0.502955;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0103581;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:9:11:10:8:9:11 chr1 16912138 . A G 89.25 PASS AF=0.151261;AO=18;DP=121;FAO=18;FDP=119;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.0102514;FXX=0.0165276;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3582;QD=3.00003;RBI=0.0169513;REFB=-0.00489222;REVB=-0.0135002;RO=103;SAF=10;SAR=8;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160854;STB=0.60063;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0153917;OID=.;OPOS=16912138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:121:119:103:101:18:18:0.151261:8:10:44:59:8:10:44:57 chr1 16913584 . A C 782.33 PASS AF=0.52;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0165065;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1675;QD=20.8622;RBI=0.0283174;REFB=0.0201401;REVB=0.023009;RO=71;SAF=38;SAR=40;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078329;STB=0.539423;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0162254;OID=.;OPOS=16913584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:71:72:78:78:0.52:40:38:41:30:40:38:41:31 chr1 16913612 . G A 802.63 PASS AF=0.526316;AO=80;DP=152;FAO=80;FDP=152;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.0665044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7074;QD=21.1218;RBI=0.0668325;REFB=0.0111316;REVB=0.00661487;RO=72;SAF=41;SAR=39;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493122;STB=0.52702;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0108559;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:72:72:80:80:0.526316:39:41:41:31:39:41:41:31 chr1 16913633 . G T 497.64 PASS AF=0.45;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0264693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.286;QD=16.5881;RBI=0.0265786;REFB=-0.0120252;REVB=-0.0024073;RO=64;SAF=31;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727934;STB=0.5328;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0195422;OID=.;OPOS=16913633;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:64:66:54:54:0.45:23:31:32:32:23:31:34:32 chr1 16918502 . A G 975.16 PASS AF=0.270793;AO=140;DP=518;FAO=140;FDP=517;FR=.;FRO=377;FSAF=50;FSAR=90;FSRF=164;FSRR=213;FWDB=0.0150168;FXX=0.00193046;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.589;QD=7.54479;RBI=0.0243224;REFB=0.000533721;REVB=0.0191331;RO=376;SAF=50;SAR=90;SRF=163;SRR=213;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995217;STB=0.559712;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00131528;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:518:517:376:377:140:140:0.270793:90:50:163:213:90:50:164:213 chr1 17004785 . A C 1115.14 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0323743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9972;QD=54.3971;RBI=0.0707746;REFB=0.0371995;REVB=-0.0629361;RO=5;SAF=37;SAR=40;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929112;STB=0.504918;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0177045;OID=.;OPOS=17004785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:82:82:5:5:77:77:0.939024:40:37:2:3:40:37:2:3 chr1 17017717 . C T 539.52 PASS AF=0.328638;AO=69;DP=213;FAO=70;FDP=213;FR=.;FRO=143;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=73;FSRR=70;FWDB=-0.0117231;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.586;QD=10.1319;RBI=0.0200177;REFB=-0.00560734;REVB=-0.0162258;RO=143;SAF=43;SAR=26;SRF=73;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134911;STB=0.571115;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0109707;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:143:143:69:70:0.328638:26:43:73:70:27:43:73:70 chr1 17017734 . C T 433.22 PASS AF=0.3;AO=56;DP=189;FAO=57;FDP=190;FR=.;FRO=133;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=0.00302849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.183;QD=9.12039;RBI=0.0156253;REFB=-0.0128874;REVB=-0.015329;RO=132;SAF=34;SAR=22;SRF=64;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148327;STB=0.593851;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0290851;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:132:133:56:57:0.3:22:34:64:68:22:35:64:69 chr1 17022952 . C A 2773.09 PASS AF=0.994413;AO=178;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.357;QD=61.9684;RBI=0.0465973;REFB=-0.0513738;REVB=0.0358293;RO=1;SAF=87;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520283;STB=0.502732;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000276614;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:179:179:1:1:178:178:0.994413:91:87:0:1:91:87:0:1 chr1 17023110 . G A 1405.57 PASS AF=0.333966;AO=173;DP=524;FAO=176;FDP=527;FR=.;FRO=351;FSAF=77;FSAR=99;FSRF=146;FSRR=205;FWDB=-0.0240118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5888;QD=10.6684;RBI=0.0567526;REFB=-0.0127233;REVB=0.0514227;RO=351;SAF=77;SAR=96;SRF=146;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347558;STB=0.51463;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0209276;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:524:527:351:351:173:176:0.333966:96:77:146:205:99:77:146:205 chr1 17023143 . C T 1045.72 PASS AF=0.326034;AO=134;DP=413;FAO=134;FDP=411;FR=.;FRO=277;FSAF=56;FSAR=78;FSRF=117;FSRR=160;FWDB=0.00171714;FXX=0.0048425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.28;QD=10.1773;RBI=0.00974226;REFB=-0.0111735;REVB=-0.00958974;RO=277;SAF=56;SAR=78;SRF=117;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0054019;STB=0.503094;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0209032;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:411:277:277:134:134:0.326034:78:56:117:160:78:56:117:160 chr1 17023182 . C G 795.4 PASS AF=0.335616;AO=98;DP=293;FAO=98;FDP=292;FR=.;FRO=194;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=87;FSRR=107;FWDB=0.009017;FXX=0.00341285;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0481;QD=10.8959;RBI=0.0339667;REFB=-0.0066523;REVB=-0.032748;RO=193;SAF=46;SAR=52;SRF=86;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277701;STB=0.513982;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0112297;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:292:193:194:98:98:0.335616:52:46:86:107:52:46:87:107 chr1 17023376 . C T 1042.84 PASS AF=0.30839;AO=136;DP=441;FAO=136;FDP=441;FR=.;FRO=305;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=152;FSRR=153;FWDB=-0.00930327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.813;QD=9.45887;RBI=0.0190739;REFB=-0.0123877;REVB=0.0166512;RO=304;SAF=59;SAR=77;SRF=152;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796938;STB=0.544884;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0269672;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:441:304:305:136:136:0.30839:77:59:152:152:77:59:152:153 chr1 17023403 . G A 1016.03 PASS AF=0.33871;AO=121;DP=381;FAO=126;FDP=372;FR=.;FRO=246;FSAF=49;FSAR=77;FSRF=118;FSRR=128;FWDB=-0.0179657;FXX=0.0261773;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.889;QD=10.9251;RBI=0.0201072;REFB=-0.00397929;REVB=0.00902973;RO=239;SAF=49;SAR=72;SRF=114;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851773;STB=0.56142;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0160438;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:372:239:246:121:126:0.33871:72:49:114:125:77:49:118:128 chr1 17026004 . C G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0221305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6571;QD=19.1341;RBI=0.0403448;REFB=-0.0601041;REVB=0.0337334;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0288932;OID=.;OPOS=17026004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:2:0:2:3:2:0 chr1 17026043 . G A 127.59 PASS AF=0.201923;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=104;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=71;FSRR=12;FWDB=-0.0364978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8068;QD=4.90712;RBI=0.0582124;REFB=-0.011119;REVB=-0.0453497;RO=75;SAF=19;SAR=2;SRF=63;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184194;STB=0.596308;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0396599;OID=.;OPOS=17026043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:75:83:21:21:0.201923:2:19:63:12:2:19:71:12 chr1 17026087 . G A 505.35 PASS AF=0.280488;AO=62;DP=246;FAO=69;FDP=246;FR=.;FRO=177;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=118;FSRR=59;FWDB=0.00352272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.099;QD=8.21711;RBI=0.0370959;REFB=-0.00642973;REVB=0.0369283;RO=150;SAF=37;SAR=25;SRF=112;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199658;STB=0.595626;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0144227;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:150:177:62:69:0.280488:25:37:112:38:32:37:118:59 chr1 17029462 . A G 832.2 PASS AF=0.329268;AO=105;DP=319;FAO=108;FDP=328;FR=.;FRO=220;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=105;FSRR=115;FWDB=-0.0678484;FXX=0.00303942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.127;QD=10.1488;RBI=0.106902;REFB=-0.0164215;REVB=-0.0826111;RO=210;SAF=54;SAR=51;SRF=102;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033287;STB=0.515241;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.026643;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:328:210:220:105:108:0.329268:51:54:102:108:54:54:105:115 chr1 17030504 . T A 1272.95 PASS AF=0.22563;AO=207;DP=913;FAO=206;FDP=913;FR=.;FRO=707;FSAF=94;FSAR=112;FSRF=310;FSRR=397;FWDB=-0.0173396;FXX=0.00109408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2125;QD=5.57699;RBI=0.017647;REFB=-0.0171508;REVB=0.00327916;RO=701;SAF=95;SAR=112;SRF=305;SRR=396;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03092;STB=0.513952;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0285122;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:913:913:701:707:207:206:0.22563:112:95:305:396:112:94:310:397 chr1 17030515 . G A 1019.56 PASS AF=0.200443;AO=180;DP=903;FAO=181;FDP=903;FR=.;FRO=722;FSAF=87;FSAR=94;FSRF=303;FSRR=419;FWDB=0.0209369;FXX=0.00110618;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1297;QD=4.51632;RBI=0.0248507;REFB=-0.00615476;REVB=-0.0133866;RO=713;SAF=86;SAR=94;SRF=302;SRR=411;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709445;STB=0.549022;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0452053;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:903:903:713:722:180:181:0.200443:94:86:302:411:94:87:303:419 chr1 17030518 . CT TG 985.06 PASS AF=0.196833;AO=175;DP=889;FAO=174;FDP=884;FR=.;FRO=710;FSAF=83;FSAR=91;FSRF=300;FSRR=410;FWDB=-0.0453345;FXX=0.0067415;HRUN=1;LEN=2;MLLD=94.9317;QD=4.45726;RBI=0.0689084;REFB=-0.00340785;REVB=-0.0518955;RO=687;SAF=83;SAR=92;SRF=285;SRR=402;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779005;STB=0.544019;STBP=0.185;TYPE=mnp;VARB=0.0139107;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:889:884:687:710:175:174:0.196833:92:83:285:402:91:83:300:410 chr1 17030590 . G A 889.25 PASS AF=0.245009;AO=134;DP=551;FAO=135;FDP=551;FR=.;FRO=416;FSAF=52;FSAR=83;FSRF=176;FSRR=240;FWDB=-0.00119934;FXX=0.00181156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8243;QD=6.45556;RBI=0.00251628;REFB=-0.00443215;REVB=0.00221207;RO=413;SAF=52;SAR=82;SRF=174;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437704;STB=0.529783;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0184708;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:551:551:413:416:134:135:0.245009:82:52:174:239:83:52:176:240 chr1 17033805 . C T 2139.19 PASS AF=0.380216;AO=245;DP=646;FAO=246;FDP=647;FR=.;FRO=401;FSAF=105;FSAR=141;FSRF=230;FSRR=171;FWDB=-0.00769564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.69;QD=13.2253;RBI=0.0148026;REFB=-0.0128159;REVB=-0.0126449;RO=398;SAF=105;SAR=140;SRF=228;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158412;STB=0.590467;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0239528;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:646:647:398:401:245:246:0.380216:140:105:228:170:141:105:230:171 chr1 17033854 . C T 4574.2 PASS AF=0.622848;AO=398;DP=639;FAO=398;FDP=639;FR=.;FRO=241;FSAF=246;FSAR=152;FSRF=115;FSRR=126;FWDB=0.0195711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.284;QD=28.6335;RBI=0.021855;REFB=-0.0266454;REVB=-0.00972691;RO=241;SAF=246;SAR=152;SRF=115;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101898;STB=0.554824;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0131639;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:639:639:241:241:398:398:0.622848:152:246:115:126:152:246:115:126 chr1 17034041 . T C 493.17 PASS AF=0.597403;AO=44;DP=75;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0132726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.312;QD=25.6191;RBI=0.0132964;REFB=-0.0294313;REVB=-0.000796063;RO=31;SAF=23;SAR=21;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684541;STB=0.52829;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0171717;OID=.;OPOS=17034041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:31:31:44:46:0.597403:21:23:19:12:21:25:19:12 chr1 17034125 . C CAGCT 236.67 PASS AF=0.2;AO=41;DP=211;FAO=41;FDP=205;FR=.;FRO=164;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=97;FSRR=67;FWDB=-0.0322451;FXX=0.0284347;HRUN=1;LEN=4;MLLD=240.324;QD=4.61792;RBI=0.0346891;REFB=-0.0120612;REVB=-0.0127902;RO=164;SAF=27;SAR=14;SRF=97;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917344;STB=0.557453;STBP=0.427;TYPE=ins;VARB=0.0500358;OID=.;OPOS=17034126;OREF=-;OALT=AGCT;OMAPALT=CAGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:41:211:41:205:164:27:14:97:67:99:164:27:14:97:67 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 1214.77 PASS AF=0.295495;AO=161;DP=570;FAO=164;FDP=555;FR=.;FRO=391;FSAF=88;FSAR=76;FSRF=201;FSRR=190;FWDB=-0.0123612;FXX=0.0381276;HRUN=1;LEN=8;MLLD=277.713;QD=8.75509;RBI=0.0193606;REFB=-0.0140539;REVB=0.0149008;RO=379;SAF=86;SAR=75;SRF=195;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238905;STB=0.515911;STBP=0.638;TYPE=del;VARB=0.0304127;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295495:161:570:164:555:391:88:76:201:190:99:379:86:75:195:184 chr1 17046456 . T C 747.77 PASS AF=0.259434;AO=110;DP=425;FAO=110;FDP=424;FR=.;FRO=314;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=186;FSRR=128;FWDB=-0.0096209;FXX=0.00235289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.193;QD=7.05447;RBI=0.0451329;REFB=-0.00768347;REVB=-0.0440955;RO=311;SAF=51;SAR=59;SRF=184;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159262;STB=0.594498;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0267988;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:424:311:314:110:110:0.259434:59:51:184:127:59:51:186:128 chr1 17052116 . CG GC 650.06 PASS AF=0.15664;AO=138;DP=882;FAO=138;FDP=881;FR=.;FRO=743;FSAF=95;FSAR=43;FSRF=460;FSRR=283;FWDB=0.0095497;FXX=0.00226498;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.942;QD=2.95144;RBI=0.0417242;REFB=-0.00268631;REVB=-0.0406166;RO=732;SAF=95;SAR=43;SRF=454;SRR=278;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977618;STB=0.564776;STBP=0.103;TYPE=mnp;VARB=0.0155159;OID=.;OPOS=17052116;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:882:881:732:743:138:138:0.15664:43:95:454:278:43:95:460:283 chr1 17053766 . G A 2464.01 PASS AF=0.684211;AO=207;DP=303;FAO=208;FDP=304;FR=.;FRO=96;FSAF=100;FSAR=108;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.0139033;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.865;QD=32.4212;RBI=0.0199021;REFB=-0.0536457;REVB=0.0142406;RO=96;SAF=100;SAR=107;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146806;STB=0.507099;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.026682;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:304:96:96:207:208:0.684211:107:100:44:52:108:100:44:52 chr1 17053782 . C G 904.66 PASS AF=0.434978;AO=97;DP=319;FAO=97;FDP=223;FR=.;FRO=126;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=72;FWDB=-0.0490072;FXX=0.300931;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5054;QD=16.2272;RBI=0.0843019;REFB=-0.00765064;REVB=-0.0685938;RO=125;SAF=51;SAR=46;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102763;STB=0.554745;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0108939;OID=.;OPOS=17053782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:223:125:126:97:97:0.434978:46:51:53:72:46:51:54:72 chr1 17053809 . C T 656.65 PASS AF=0.287975;AO=91;DP=316;FAO=91;FDP=316;FR=.;FRO=225;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=99;FSRR=126;FWDB=-0.0291041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.79;QD=8.312;RBI=0.0425442;REFB=-0.0195277;REVB=-0.0310316;RO=225;SAF=43;SAR=48;SRF=99;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399456;STB=0.523285;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.054991;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:225:225:91:91:0.287975:48:43:99:126:48:43:99:126 chr1 17053826 . C T 978.3 PASS AF=0.395018;AO=111;DP=282;FAO=111;FDP=281;FR=.;FRO=170;FSAF=36;FSAR=75;FSRF=66;FSRR=104;FWDB=0.00257687;FXX=0.00354597;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.406;QD=13.926;RBI=0.0300096;REFB=-0.0169063;REVB=-0.0298988;RO=167;SAF=36;SAR=75;SRF=63;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629464;STB=0.542776;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0232092;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:281:167:170:111:111:0.395018:75:36:63:104:75:36:66:104 chr1 17053834 . A AC 222.17 PASS AF=0.23622;AO=60;DP=268;FAO=60;FDP=254;FR=.;FRO=194;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=68;FSRR=126;FWDB=0.000377102;FXX=0.0415079;HRUN=0;LEN=1;MLLD=266.981;QD=3.4987;RBI=0.0111075;REFB=-0.00189986;REVB=-0.0111011;RO=198;SAF=17;SAR=43;SRF=70;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103025;STB=0.559875;STBP=0.323;TYPE=ins;VARB=0.00386633;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23622:60:268:60:254:194:17:43:68:126:99:198:17:43:70:128 chr1 17053861 . C T 609.4 PASS AF=0.348416;AO=69;DP=213;FAO=77;FDP=221;FR=.;FRO=144;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=52;FSRR=92;FWDB=0.0116564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.865;QD=11.0298;RBI=0.0330302;REFB=-0.0110846;REVB=0.030905;RO=143;SAF=26;SAR=43;SRF=51;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253621;STB=0.516887;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0239717;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:221:143:144:69:77:0.348416:43:26:51:92:51:26:52:92 chr1 17083776 . C A 34.65 PASS AF=0.0840336;AO=10;DP=120;FAO=10;FDP=119;FR=.;FRO=109;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=69;FSRR=40;FWDB=-0.0377427;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.666;QD=1.16483;RBI=0.0377598;REFB=-0.00257051;REVB=-0.00113732;RO=106;SAF=6;SAR=4;SRF=66;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271357;STB=0.531852;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0332757;OID=.;OPOS=17083776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:119:106:109:10:10:0.0840336:4:6:66:40:4:6:69:40 chr1 17083807 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2367;QD=37.4882;RBI=0.0368055;REFB=0;REVB=0.0340685;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014148;OID=.;OPOS=17083807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 17084510 . G A 1362.19 PASS AF=0.464286;AO=143;DP=309;FAO=143;FDP=308;FR=.;FRO=165;FSAF=61;FSAR=82;FSRF=78;FSRR=87;FWDB=0.0425571;FXX=0.0064514;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8809;QD=17.6907;RBI=0.0605504;REFB=0.0031517;REVB=0.0430725;RO=165;SAF=61;SAR=82;SRF=79;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513512;STB=0.525081;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00326299;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:308:165:165:143:143:0.464286:82:61:79:86:82:61:78:87 chr1 17084536 . TGGAACA T 447.82 PASS AF=0.398964;AO=77;DP=194;FAO=77;FDP=193;FR=.;FRO=116;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=0.000289298;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=6;MLLD=340.935;QD=9.28117;RBI=0.00308408;REFB=-0.00622634;REVB=0.00307048;RO=114;SAF=30;SAR=47;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0.20438;SSSB=-0.128696;STB=0.567646;STBP=0.132;TYPE=del;VARB=0.00926925;OID=.;OPOS=17084537;OREF=GGAACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.398964:77:194:77:193:116:30:47:58:58:99:114:30:47:58:56 chr1 17084755 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.976;QD=39.2066;RBI=0.0267353;REFB=0;REVB=0.0197123;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17943e-05;OID=.;OPOS=17084755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr1 17084968 . G C 173.57 PASS AF=0.177778;AO=31;DP=184;FAO=32;FDP=180;FR=.;FRO=148;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=73;FSRR=75;FWDB=-0.0242558;FXX=0.0270256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.036;QD=3.85706;RBI=0.0271683;REFB=-0.00507817;REVB=-0.0122382;RO=152;SAF=11;SAR=20;SRF=72;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156042;STB=0.625452;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0226659;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:180:152:148:31:32:0.177778:20:11:72:80:21:11:73:75 chr1 17085006 . C T 619.54 PASS AF=0.285714;AO=84;DP=294;FAO=84;FDP=294;FR=.;FRO=210;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=95;FSRR=115;FWDB=-0.00293859;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.694;QD=8.42917;RBI=0.00299725;REFB=-0.0104424;REVB=0.000590105;RO=208;SAF=45;SAR=39;SRF=93;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107773;STB=0.559308;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0273836;OID=.;OPOS=17085006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:208:210:84:84:0.285714:39:45:93:115:39:45:95:115 chr1 17085412 . C T 169.33 PASS AF=0.119565;AO=44;DP=368;FAO=44;FDP=368;FR=.;FRO=324;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=146;FSRR=178;FWDB=-0.0200615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.538;QD=1.84059;RBI=0.0302167;REFB=-0.00353927;REVB=-0.0225961;RO=323;SAF=16;SAR=28;SRF=146;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114349;STB=0.579126;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0230897;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:368:323:324:44:44:0.119565:28:16:146:177:28:16:146:178 chr1 17085427 . T C 170.5 PASS AF=0.117493;AO=45;DP=383;FAO=45;FDP=383;FR=.;FRO=338;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=153;FSRR=185;FWDB=-0.00673082;FXX=0.00519467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.399;QD=1.78062;RBI=0.0111282;REFB=0.000404364;REVB=0.00886189;RO=337;SAF=17;SAR=28;SRF=153;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980029;STB=0.567921;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00284852;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:383:337:338:45:45:0.117493:28:17:153:184:28:17:153:185 chr1 17085502 . T C 2049.7 PASS AF=0.834254;AO=151;DP=182;FAO=151;FDP=181;FR=.;FRO=30;FSAF=76;FSAR=75;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0202069;FXX=0.0163035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.544;QD=45.2971;RBI=0.0233222;REFB=-0.0293251;REVB=0.011645;RO=30;SAF=76;SAR=75;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032307;STB=0.517118;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00714238;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:30:30:151:151:0.834254:75:76:12:18:75:76:12:18 chr1 17085564 . A G 46.45 PASS AF=0.105769;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=104;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.040073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5724;QD=1.78653;RBI=0.067338;REFB=-0.00796462;REVB=-0.0541162;RO=89;SAF=9;SAR=2;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292063;STB=0.744962;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0581114;OID=.;OPOS=17085564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:104:89:93:11:11:0.105769:2:9:54:35:2:9:54:39 chr1 17085834 . G T 1406.23 PASS AF=0.951923;AO=99;DP=104;FAO=99;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.039955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.508;QD=54.0858;RBI=0.054126;REFB=-0.127944;REVB=0.0365134;RO=5;SAF=50;SAR=49;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451023;STB=0.523805;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0017124;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:104:104:5:5:99:99:0.951923:49:50:5:0:49:50:5:0 chr1 17086052 . T C 159.54 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.2527;QD=45.5833;RBI=0.186575;REFB=0;REVB=0.186575;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00700247;OID=.;OPOS=17086052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr1 17087244 . AC A 699.21 PASS AF=0.711538;AO=97;DP=157;FAO=111;FDP=156;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=77;FSRF=8;FSRR=37;FWDB=-0.0488994;FXX=0.00636902;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.3542;QD=17.9285;RBI=0.0939025;REFB=0.00590152;REVB=0.0801656;RO=41;SAF=27;SAR=70;SRF=5;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0.366667;SSSB=0.114119;STB=0.54514;STBP=0.124;TYPE=del;VARB=0.018954;OID=.;OPOS=17087245;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.711538:97:157:111:156:45:34:77:8:37:99:41:27:70:5:36 chr1 17087305 . G C 31.51 PASS AF=0.0625;AO=14;DP=224;FAO=14;FDP=224;FR=.;FRO=210;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=144;FWDB=-0.0195262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.354;QD=0.562734;RBI=0.0451232;REFB=-0.00406866;REVB=-0.0406796;RO=210;SAF=7;SAR=7;SRF=66;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205977;STB=0.673889;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0645753;OID=.;OPOS=17087305;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:224:224:210:210:14:14:0.0625:7:7:66:144:7:7:66:144 chr1 17087365 . C G 523.34 PASS AF=0.404255;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.00360561;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.296;QD=14.8466;RBI=0.0105439;REFB=-0.0104424;REVB=-0.00990827;RO=84;SAF=28;SAR=29;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411387;STB=0.523161;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0168262;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:84:84:57:57:0.404255:29:28:38:46:29:28:38:46 chr1 17087465 . G A 509.72 PASS AF=0.323529;AO=66;DP=204;FAO=66;FDP=204;FR=.;FRO=138;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=72;FSRR=66;FWDB=-0.00264915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.495;QD=9.99459;RBI=0.0168806;REFB=-0.0193623;REVB=-0.0166715;RO=138;SAF=38;SAR=28;SRF=72;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641039;STB=0.53697;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0421605;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:138:138:66:66:0.323529:28:38:72:66:28:38:72:66 chr1 17087541 . GGTGCT G 197.96 PASS AF=0.228;AO=57;DP=255;FAO=57;FDP=250;FR=.;FRO=193;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=88;FSRR=105;FWDB=0.0109947;FXX=0.0118572;HRUN=2;LEN=5;MLLD=254.418;QD=3.16736;RBI=0.0308536;REFB=-0.00308037;REVB=-0.0288281;RO=193;SAF=27;SAR=30;SRF=90;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093992;STB=0.513737;STBP=0.817;TYPE=del;VARB=0.0108229;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228:57:255:57:250:193:27:30:88:105:99:193:27:30:90:103 chr1 17087582 . G A 287.94 PASS AF=0.212389;AO=48;DP=226;FAO=48;FDP=226;FR=.;FRO=178;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=77;FSRR=101;FWDB=0.00526673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.205;QD=5.09625;RBI=0.0119711;REFB=-0.00115141;REVB=0.0107503;RO=178;SAF=20;SAR=28;SRF=77;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208451;STB=0.512834;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00493013;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:178:178:48:48:0.212389:28:20:77:101:28:20:77:101 chr1 17185437 . C T 125.59 PASS AF=0.135266;AO=28;DP=206;FAO=28;FDP=207;FR=.;FRO=179;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=90;FSRR=89;FWDB=-0.0177642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.111;QD=2.42692;RBI=0.0639993;REFB=-0.00262923;REVB=-0.0614844;RO=178;SAF=15;SAR=13;SRF=90;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381831;STB=0.528477;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.010859;OID=.;OPOS=17185437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:178:179:28:28:0.135266:13:15:90:88:13:15:90:89 chr1 17185500 . C T 365.77 PASS AF=0.207483;AO=61;DP=294;FAO=61;FDP=294;FR=.;FRO=233;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=108;FSRR=125;FWDB=-0.00596176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.479;QD=4.97651;RBI=0.00714407;REFB=-0.00637895;REVB=-0.00393639;RO=233;SAF=35;SAR=26;SRF=108;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141341;STB=0.586998;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0234537;OID=.;OPOS=17185500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:233:233:61:61:0.207483:26:35:108:125:26:35:108:125 chr1 17186685 . T C 218.96 PASS AF=0.155709;AO=43;DP=290;FAO=45;FDP=289;FR=.;FRO=244;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=137;FSRR=107;FWDB=0.0312168;FXX=0.00687262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0194;QD=3.03059;RBI=0.0437229;REFB=0.00109934;REVB=0.0306139;RO=241;SAF=27;SAR=16;SRF=135;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900344;STB=0.573163;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00515901;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:289:241:244:43:45:0.155709:16:27:135:106:16:29:137:107 chr1 17186719 . T G 422.77 PASS AF=0.208824;AO=69;DP=339;FAO=71;FDP=340;FR=.;FRO=269;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=147;FSRR=122;FWDB=-0.0270683;FXX=0.00293247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3965;QD=4.97379;RBI=0.0552532;REFB=-0.0037799;REVB=0.0481688;RO=269;SAF=45;SAR=24;SRF=147;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141531;STB=0.583561;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0168563;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:340:269:269:69:71:0.208824:24:45:147:122:25:46:147:122 chr1 17197563 . G T 449.78 PASS AF=0.234694;AO=69;DP=295;FAO=69;FDP=294;FR=.;FRO=225;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=127;FSRR=98;FWDB=-0.0395469;FXX=0.00338972;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2963;QD=6.11948;RBI=0.0888313;REFB=-0.00905966;REVB=-0.0795427;RO=221;SAF=42;SAR=27;SRF=125;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563527;STB=0.534994;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.029109;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:294:221:225:69:69:0.234694:27:42:125:96:27:42:127:98 chr1 17197595 . A C 50.14 PASS AF=0.0653951;AO=24;DP=373;FAO=24;FDP=367;FR=.;FRO=343;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=189;FSRR=154;FWDB=0.00482341;FXX=0.0187161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.631;QD=0.546474;RBI=0.0443704;REFB=0.00110095;REVB=-0.0441074;RO=346;SAF=15;SAR=9;SRF=187;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092686;STB=0.571068;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0326618;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:373:367:346:343:24:24:0.0653951:9:15:187:159:9:15:189:154 chr1 17197609 . T C 95.13 PASS AF=0.0854271;AO=34;DP=399;FAO=34;FDP=398;FR=.;FRO=364;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=190;FSRR=174;FWDB=0.0114642;FXX=0.0025062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.422;QD=0.956061;RBI=0.0175743;REFB=0.000275955;REVB=0.0133203;RO=365;SAF=20;SAR=14;SRF=191;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768808;STB=0.561158;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00298189;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:399:398:365:364:34:34:0.0854271:14:20:191:174:14:20:190:174 chr1 17197615 . C A 111.3 PASS AF=0.0915842;AO=37;DP=405;FAO=37;FDP=404;FR=.;FRO=367;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=187;FSRR=180;FWDB=0.0036191;FXX=0.00246907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.452;QD=1.10196;RBI=0.00751553;REFB=-0.0024491;REVB=-0.00658676;RO=366;SAF=22;SAR=15;SRF=187;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10067;STB=0.577735;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0118826;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:404:366:367:37:37:0.0915842:15:22:187:179:15:22:187:180 chr1 17197619 . A G 116.97 PASS AF=0.0938272;AO=38;DP=407;FAO=38;FDP=405;FR=.;FRO=367;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=185;FSRR=182;FWDB=0.000258839;FXX=0.00735276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.077;QD=1.15528;RBI=0.0115504;REFB=-0.00306076;REVB=0.0115475;RO=365;SAF=23;SAR=15;SRF=185;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119132;STB=0.592161;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.019605;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:405:365:367:38:38:0.0938272:15:23:185:180:15:23:185:182 chr1 17199074 . T C 213.43 PASS AF=0.25;AO=32;DP=128;FAO=32;FDP=128;FR=.;FRO=96;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=74;FSRR=22;FWDB=-0.0364732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.861;QD=6.6698;RBI=0.0364754;REFB=-0.00537004;REVB=-0.000402169;RO=96;SAF=15;SAR=17;SRF=74;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377582;STB=0.721049;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0598589;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:96:96:32:32:0.25:17:15:74:22:17:15:74:22 chr1 17199076 . T A 193.73 PASS AF=0.234375;AO=30;DP=129;FAO=30;FDP=128;FR=.;FRO=98;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=76;FSRR=22;FWDB=-0.0150788;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.274;QD=6.05393;RBI=0.0236597;REFB=-0.0108986;REVB=0.0182321;RO=92;SAF=13;SAR=17;SRF=70;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400801;STB=0.748876;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0272104;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:92:98:30:30:0.234375:17:13:70:22:17:13:76:22 chr1 17200227 . C A 193.63 PASS AF=0.100164;AO=61;DP=611;FAO=61;FDP=609;FR=.;FRO=548;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=263;FSRR=285;FWDB=-0.0477887;FXX=0.00327327;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9372;QD=1.27177;RBI=0.047977;REFB=0.000739642;REVB=-0.00424659;RO=543;SAF=33;SAR=28;SRF=260;SRR=283;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762605;STB=0.554798;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00991223;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:611:609:543:548:61:61:0.100164:28:33:260:283:28:33:263:285 chr1 17200270 . T G 1440.44 PASS AF=0.256936;AO=213;DP=830;FAO=213;FDP=829;FR=.;FRO=616;FSAF=105;FSAR=108;FSRF=312;FSRR=304;FWDB=0.0199921;FXX=0.0012048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8321;QD=6.95027;RBI=0.0341184;REFB=-0.00862818;REVB=0.0276474;RO=614;SAF=105;SAR=108;SRF=311;SRR=303;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170534;STB=0.510056;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0262096;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:830:829:614:616:213:213:0.256936:108:105:311:303:108:105:312:304 chr1 17200289 . C T 1739.21 PASS AF=0.285036;AO=238;DP=828;FAO=240;FDP=842;FR=.;FRO=602;FSAF=128;FSAR=112;FSRF=310;FSRR=292;FWDB=-0.03594;FXX=0.00472808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4083;QD=8.26229;RBI=0.0466778;REFB=-0.0189924;REVB=0.0297848;RO=590;SAF=129;SAR=109;SRF=300;SRR=290;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412673;STB=0.513178;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0503033;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:828:842:590:602:238:240:0.285036:109:129:300:290:112:128:310:292 chr1 17216233 . C A 556.26 PASS AF=0.260317;AO=82;DP=315;FAO=82;FDP=315;FR=.;FRO=233;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=85;FSRR=148;FWDB=-0.0223801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.836;QD=7.06362;RBI=0.0232962;REFB=-0.00847004;REVB=-0.00646876;RO=233;SAF=32;SAR=50;SRF=85;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337199;STB=0.519936;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0219738;OID=.;OPOS=17216233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:233:233:82:82:0.260317:50:32:85:148:50:32:85:148 chr1 17248500 . A G 56.38 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00285515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6533;QD=11.8687;RBI=0.00308779;REFB=0.00691451;REVB=0.00117581;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249111;STB=0.648983;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0175395;OID=.;OPOS=17248500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:4:7:3:5:4:7 chr1 17248511 . C A 75.56 PASS AF=0.4;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0131605;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=232.133;QD=15.1113;RBI=0.019048;REFB=-0.0159044;REVB=-0.0137705;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.564352;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0139222;OID=.;OPOS=17248511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:20:20:6:8:7:8:0.4:4:3:2:4:5:3:4:4 chr1 17248532 . A G 211.57 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473707;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.985;QD=49.7813;RBI=0.0260916;REFB=0;REVB=0.025658;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103059;OID=.;OPOS=17248532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:14:17:1:8:6:0:0:11:6:0:0 chr1 17250836 . A G 475.23 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00292228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.654;QD=19.201;RBI=0.0356558;REFB=-0.019717;REVB=-0.0355359;RO=51;SAF=27;SAR=20;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977773;STB=0.55956;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0260912;OID=.;OPOS=17250836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:52:47:47:0.474747:20:27:24:27:20:27:24:28 chr1 17250856 . C T 126.75 PASS AF=0.2;AO=21;DP=105;FAO=21;FDP=105;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.0795312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.978;QD=4.82843;RBI=0.0897283;REFB=-0.00513676;REVB=-0.0415446;RO=84;SAF=11;SAR=10;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301034;STB=0.519038;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0204077;OID=.;OPOS=17250856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:84:84:21:21:0.2:10:11:42:42:10:11:42:42 chr1 17264920 . C T 537.61 PASS AF=0.330144;AO=69;DP=209;FAO=69;FDP=209;FR=.;FRO=140;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=66;FSRR=74;FWDB=0.0468323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1453;QD=10.2893;RBI=0.0485556;REFB=-0.00292632;REVB=-0.0128211;RO=139;SAF=46;SAR=23;SRF=66;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228453;STB=0.633947;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00313763;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:139:140:69:69:0.330144:23:46:66:73:23:46:66:74 chr1 17264939 . T C 531.9 PASS AF=0.338542;AO=64;DP=190;FAO=65;FDP=192;FR=.;FRO=127;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=-0.0119463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.887;QD=11.0813;RBI=0.0258002;REFB=-0.0162489;REVB=-0.0228678;RO=123;SAF=41;SAR=23;SRF=59;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188148;STB=0.596114;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0271314;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:123:127:64:65:0.338542:23:41:59:64:24:41:62:65 chr1 17265560 . C T 457.62 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.000659504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.392;QD=16.9488;RBI=0.00264556;REFB=-0.0264901;REVB=0.00256204;RO=58;SAF=25;SAR=25;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831578;STB=0.546278;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0278413;OID=.;OPOS=17265560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:25:25:24:34:25:25:24:34 chr1 17266536 . G C 617.54 PASS AF=0.597826;AO=55;DP=92;FAO=55;FDP=92;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.04002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.054;QD=26.8495;RBI=0.0436198;REFB=-0.0350301;REVB=0.0173519;RO=37;SAF=28;SAR=27;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056497;STB=0.530795;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0224753;OID=.;OPOS=17266536;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:37:37:55:55:0.597826:27:28:16:21:27:28:16:21 chr1 17267302 . A G 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0171894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.299;QD=21.5109;RBI=0.0171938;REFB=0.00417296;REVB=-0.000390365;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00649354;STB=0.503646;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00285271;OID=.;OPOS=17267302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:8:11:12:9:8:11 chr1 17270751 . G A 638.27 PASS AF=0.453947;AO=69;DP=153;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0434257;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9118;QD=16.7967;RBI=0.0669527;REFB=-0.0014795;REVB=0.0509596;RO=81;SAF=34;SAR=35;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109657;STB=0.512494;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00171985;OID=.;OPOS=17270751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:81:83:69:69:0.453947:35:34:39:42:35:34:39:44 chr1 17273396 . A G 1105.44 PASS AF=0.518868;AO=109;DP=211;FAO=110;FDP=212;FR=.;FRO=102;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=36;FSRR=66;FWDB=-0.0204032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.085;QD=20.8573;RBI=0.0207908;REFB=-0.0122771;REVB=-0.00399567;RO=99;SAF=52;SAR=57;SRF=35;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108454;STB=0.558161;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0126802;OID=.;OPOS=17273396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:99:102:109:110:0.518868:57:52:35:64:58:52:36:66 chr1 17273444 . G A 738.88 PASS AF=0.487342;AO=77;DP=158;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=26;FSRR=55;FWDB=-0.0216163;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.029;QD=18.7057;RBI=0.0320042;REFB=-0.0266625;REVB=0.0236009;RO=81;SAF=31;SAR=46;SRF=26;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803358;STB=0.544227;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0257766;OID=.;OPOS=17273444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:81:81:77:77:0.487342:46:31:26:55:46:31:26:55 chr1 17295679 . T C 1492.26 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074111;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.462;QD=63.5006;RBI=0.0470719;REFB=0;REVB=0.0464848;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71068e-05;OID=.;OPOS=17295679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:92:94:1:44:48:0:0:46:48:0:0 chr1 17301448 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.886;QD=47.8223;RBI=0.0184009;REFB=0;REVB=-0.0058736;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430367;OID=.;OPOS=17301448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr1 17313454 . G A 741.23 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00517887;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.124;QD=50.2527;RBI=0.00960337;REFB=-0.0386975;REVB=0.00808727;RO=4;SAF=29;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285377;STB=0.515165;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.000259094;OID=.;OPOS=17313454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:4:4:55:55:0.932203:26:29:3:1:26:29:3:1 chr1 17314702 . C T 2204.39 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388716;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.089;QD=63.4358;RBI=0.0225854;REFB=0;REVB=0.0222484;RO=0;SAF=68;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69081e-06;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:71:68:0:0:71:68:0:0 chr1 17380497 . G T 9072.41 PASS AF=0.984694;AO=577;DP=591;FAO=579;FDP=588;FR=.;FRO=9;FSAF=283;FSAR=296;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0595106;FXX=0.00675664;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.551;QD=61.7171;RBI=0.0603869;REFB=0.0123224;REVB=0.0102502;RO=9;SAF=282;SAR=295;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143429;STB=0.507487;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-4.22691e-05;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:591:588:9:9:577:579:0.984694:295:282:0:9:296:283:0:9 chr1 17394613 . T C 1922.14 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136982;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.366;QD=61.5084;RBI=0.0436754;REFB=0;REVB=0.0414717;RO=0;SAF=47;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145868;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:127:125:0:0:124:125:1:77:47:0:0:77:48:0:0 chr1 17394623 . C T 1738.0 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00503685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.711;QD=58.9154;RBI=0.00573278;REFB=-0.00337981;REVB=-0.00273767;RO=2;SAF=43;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128327;STB=0.506756;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00015432;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:73:43:0:2:73:43:0:2 chr1 17413121 . A C 1600.73 PASS AF=1;AO=86;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.708;QD=59.8405;RBI=0.0812169;REFB=0;REVB=0.0574033;RO=0;SAF=21;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.63946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244656;OID=.;OPOS=17413121;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:86:107:1:65:21:0:0:70:37:0:0 chr1 17419024 . G A 1731.24 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9353;QD=60.7451;RBI=0.0888529;REFB=0;REVB=0.0424781;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263418;OID=.;OPOS=17419024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:57:57:0:0:57:57:0:0 chr1 17557133 . A C 1537.16 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.744;QD=63.388;RBI=0.01314;REFB=0;REVB=0.012535;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88871e-06;OID=.;OPOS=17557133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:85:97:0:0:85:97:1:40:45:0:0:46:51:0:0 chr1 17575645 . A C 655.35 PASS AF=0.393617;AO=74;DP=188;FAO=74;FDP=188;FR=.;FRO=114;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=61;FSRR=53;FWDB=-0.0121163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8493;QD=13.9435;RBI=0.0683776;REFB=-0.0180826;REVB=0.0672956;RO=114;SAF=24;SAR=50;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234128;STB=0.632216;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0287724;OID=.;OPOS=17575645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:114:114:74:74:0.393617:50:24:61:53:50:24:61:53 chr1 17586134 . A G 1025.51 PASS AF=0.435484;AO=108;DP=248;FAO=108;FDP=248;FR=.;FRO=140;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=67;FSRR=73;FWDB=-0.00768583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.156;QD=16.5404;RBI=0.0140242;REFB=-0.00214925;REVB=-0.0117305;RO=140;SAF=55;SAR=53;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311511;STB=0.517315;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00306598;OID=.;OPOS=17586134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:140:140:108:108:0.435484:53:55:67:73:53:55:67:73 chr1 17593316 . G A 820.78 PASS AF=0.442786;AO=89;DP=202;FAO=89;FDP=201;FR=.;FRO=112;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.060261;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.143;QD=16.334;RBI=0.0603695;REFB=-0.0230983;REVB=0.003618;RO=112;SAF=46;SAR=43;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615814;STB=0.534219;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0328139;OID=.;OPOS=17593316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:112:112:89:89:0.442786:43:46:51:61:43:46:51:61 chr1 17596797 . G A 1930.41 PASS AF=0.579288;AO=178;DP=310;FAO=179;FDP=309;FR=.;FRO=130;FSAF=88;FSAR=91;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=0.0380184;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8332;QD=24.9891;RBI=0.0417548;REFB=0.00109667;REVB=0.0172647;RO=129;SAF=88;SAR=90;SRF=61;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167004;STB=0.506186;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.000546378;OID=.;OPOS=17596797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:309:129:130:178:179:0.579288:90:88:61:68:91:88:62:68 chr1 17609448 . G T 667.7 PASS AF=0.442424;AO=73;DP=165;FAO=73;FDP=165;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0181616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2296;QD=16.1867;RBI=0.0189478;REFB=-0.00368201;REVB=-0.00540138;RO=91;SAF=30;SAR=43;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954021;STB=0.55034;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00490486;OID=.;OPOS=17609448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:91:92:73:73:0.442424:43:30:46:45:43:30:46:46 chr1 17657534 . G A 491.46 PASS AF=0.432;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0537108;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.382;QD=15.7268;RBI=0.0576025;REFB=-0.0024712;REVB=-0.0208135;RO=71;SAF=29;SAR=25;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214348;STB=0.619507;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00517025;OID=.;OPOS=17657534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:71:71:54:54:0.432:25:29:23:48:25:29:23:48 chr1 17657608 . G A 529.21 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00656788;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.273;QD=21.823;RBI=0.00717366;REFB=-0.0134767;REVB=-0.00288519;RO=47;SAF=21;SAR=29;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135744;STB=0.574939;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00883112;OID=.;OPOS=17657608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:29:21:27:20:29:21:27:20 chr1 17657616 . T C 414.26 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.021648;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.248;QD=18.83;RBI=0.0226647;REFB=-0.00670246;REVB=0.00671199;RO=46;SAF=23;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651903;STB=0.536317;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0102409;OID=.;OPOS=17657616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:46:46:42:42:0.477273:19:23:22:24:19:23:22:24 chr1 17660499 . G C 361.1 PASS AF=0.363636;AO=44;DP=121;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0548486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.491;QD=11.9372;RBI=0.0561405;REFB=-0.00503719;REVB=-0.0119741;RO=76;SAF=5;SAR=39;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483416;STB=0.781079;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0100619;OID=.;OPOS=17660499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:76:77:44:44:0.363636:39:5:33:43:39:5:33:44 chr1 17661128 . A C 182.07 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0175975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8731;QD=16.9371;RBI=0.0264796;REFB=-0.0176794;REVB=0.0197863;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777901;STB=0.544507;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00928337;OID=.;OPOS=17661128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:12:12:8:11:12:12 chr1 17662639 . T C 217.03 PASS AF=0.279279;AO=31;DP=111;FAO=31;FDP=111;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=56;FWDB=-0.0539048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8914;QD=7.82108;RBI=0.0547631;REFB=-0.00382483;REVB=-0.00965795;RO=79;SAF=8;SAR=23;SRF=23;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505038;STB=0.537986;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0121005;OID=.;OPOS=17662639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:79:80:31:31:0.279279:23:8:23:56:23:8:24:56 chr1 17662662 . T C 274.53 PASS AF=0.275362;AO=38;DP=138;FAO=38;FDP=138;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=69;FWDB=-0.0182542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4021;QD=7.95752;RBI=0.0448378;REFB=-0.0153784;REVB=-0.0409537;RO=100;SAF=8;SAR=30;SRF=31;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160261;STB=0.596275;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0504746;OID=.;OPOS=17662662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:100:100:38:38:0.275362:30:8:31:69:30:8:31:69 chr1 17674537 . C A 487.67 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=12;FWDB=-0.0193377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0053;QD=18.4027;RBI=0.0210559;REFB=0.0013459;REVB=-0.00833091;RO=54;SAF=39;SAR=13;SRF=42;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347728;STB=0.519224;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00191002;OID=.;OPOS=17674537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:13:39:42:12:13:39:42:12 chr1 17707601 . T C 638.48 PASS AF=0.438272;AO=66;DP=157;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=0.00966544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.004;QD=15.7649;RBI=0.0326248;REFB=-0.029706;REVB=0.0311602;RO=91;SAF=36;SAR=30;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142924;STB=0.579653;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0247345;OID=.;OPOS=17707601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:162:91:91:66:71:0.438272:30:36:37:54:32:39:37:54 chr1 17718671 . AG A 1545.8 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.2424;QD=47.9317;RBI=0.14389;REFB=0;REVB=0.0922544;RO=0;SAF=61;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00185729;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:124:127:129:129:0:62:67:0:0:28:0:61:63:0:0 chr1 17733267 . ATGTTGTTGT ATGTTGT,ATGTTGTTTA 2217.37 PASS AF=1,0;AO=132,6;DP=159;FAO=148,0;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=54,0;FSAR=94,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903843,-0.0053927;FXX=0.0389585;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=142.596,91.1242;QD=59.9288;RBI=0.0296606,0.00557621;REFB=0,0;REVB=0.02825,-0.00141876;RO=0;SAF=45,0;SAR=87,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=4.44277e-05,0;OID=.,.;OPOS=17733268,17733275;OREF=TGT,GT;OALT=-,TA;OMAPALT=ATGTTGT,ATGTTGTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:132,6:159:148,0:148:0:54,0:94,0:0:0:12:0:45,0:87,6:0:0 chr1 17733996 . G A 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0274639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3733;QD=19.6972;RBI=0.0418495;REFB=0.0138553;REVB=0.0315771;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106082;STB=0.559943;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.012947;OID=.;OPOS=17733996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:12:10:12:9:12:10 chr1 17739586 . G A 1244.27 PASS AF=0.535714;AO=120;DP=225;FAO=120;FDP=224;FR=.;FRO=104;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=34;FSRR=70;FWDB=0.0104642;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7236;QD=22.2191;RBI=0.0319967;REFB=0.00254422;REVB=0.0302372;RO=105;SAF=55;SAR=65;SRF=34;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117272;STB=0.562064;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00211732;OID=.;OPOS=17739586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:105:104:120:120:0.535714:65:55:34:71:65:55:34:70 chr1 17914122 . G A 639.9 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0147965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9942;QD=17.7749;RBI=0.0198742;REFB=-0.0102871;REVB=0.0132683;RO=78;SAF=32;SAR=34;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227601;STB=0.512644;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0166971;OID=.;OPOS=17914122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:78:66:66:0.458333:34:32:36:42:34:32:36:42 chr1 17991052 . T C 1310.95 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946442;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.977;QD=60.9745;RBI=0.0221506;REFB=0;REVB=0.0200269;RO=0;SAF=61;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35585e-05;OID=.;OPOS=17991052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:82:86:1:21:61:0:0:22:64:0:0 chr1 18021406 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.066;QD=43.4859;RBI=0.0110144;REFB=0;REVB=-0.00317518;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281089;OID=.;OPOS=18021406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr1 18023365 . C T 1897.58 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880953;FXX=0.053842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.133;QD=61.71;RBI=0.043759;REFB=0;REVB=0.042863;RO=0;SAF=76;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136396;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:123:0:0:120:123:1:44:76:0:0:47:76:0:0 chr1 18023509 . T C 3095.25 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.082;QD=63.8196;RBI=0.0131575;REFB=0;REVB=-0.00669478;RO=0;SAF=92;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58576e-06;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:194:0:0:193:194:1:101:92:0:0:102:92:0:0 chr1 18023690 . A G 3614.21 PASS AF=1;AO=218;DP=222;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458311;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.668;QD=61.7815;RBI=0.0515663;REFB=0;REVB=0.0236346;RO=0;SAF=78;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511076;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:222:234:0:0:218:234:1:140:78:0:0:142:92:0:0 chr1 18149510 . G T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.175;QD=61.0489;RBI=0.0161219;REFB=0;REVB=-0.0119809;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5385e-06;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr1 18149566 . C A 1881.47 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869856;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.905;QD=61.6875;RBI=0.0120142;REFB=0;REVB=0.00828712;RO=0;SAF=70;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.87028e-05;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:52:70:0:0:52:70:0:0 chr1 18149645 . C T 1006.93 PASS AF=0.464602;AO=105;DP=226;FAO=105;FDP=226;FR=.;FRO=121;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=-0.0191897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.533;QD=17.8218;RBI=0.020013;REFB=-0.00374664;REVB=-0.00568109;RO=121;SAF=55;SAR=50;SRF=55;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670089;STB=0.53703;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00401589;OID=.;OPOS=18149645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:121:121:105:105:0.464602:50:55:55:66:50:55:55:66 chr1 18807897 . C G 145.64 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00913735;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.143;QD=15.3307;RBI=0.0310157;REFB=-0.0199011;REVB=-0.0296392;RO=16;SAF=15;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659669;STB=0.915442;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0268946;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:16:22:16:16:0.421053:1:15:6:10:1:15:7:15 chr1 18807938 . C A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0188922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.746;QD=13.6609;RBI=0.022942;REFB=-0.0146546;REVB=-0.0130162;RO=21;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468932;STB=0.779542;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0164542;OID=.;OPOS=18807938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:2:12:10:11:2:12:10:11 chr1 18808292 . C A 321.79 PASS AF=0.492958;AO=32;DP=68;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0190724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.513;QD=18.1292;RBI=0.0265611;REFB=-0.0162091;REVB=-0.0184862;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133228;STB=0.535838;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0171368;OID=.;OPOS=18808292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:35:36:32:35:0.492958:16:16:17:18:16:19:17:19 chr1 18808465 . T A 1046.13 PASS AF=0.446721;AO=109;DP=241;FAO=109;FDP=244;FR=.;FRO=135;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=64;FSRR=71;FWDB=-0.0405253;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.909;QD=17.1496;RBI=0.0411981;REFB=-0.00676267;REVB=0.00741532;RO=130;SAF=58;SAR=51;SRF=59;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768079;STB=0.532104;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00664622;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:244:130:135:109:109:0.446721:51:58:59:71:51:58:64:71 chr1 18808526 . A C 1424.07 PASS AF=0.483444;AO=146;DP=302;FAO=146;FDP=302;FR=.;FRO=156;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=64;FSRR=92;FWDB=-0.00311791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.772;QD=18.8619;RBI=0.0346201;REFB=-0.0208172;REVB=-0.0344794;RO=155;SAF=73;SAR=73;SRF=64;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816548;STB=0.546351;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0198855;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:155:156:146:146:0.483444:73:73:64:91:73:73:64:92 chr1 18808711 . G C 508.96 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0156574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.859;QD=19.3891;RBI=0.0381435;REFB=-0.0127995;REVB=-0.0347818;RO=52;SAF=32;SAR=21;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212485;STB=0.617319;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0147024;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:21:32:19:33:21:32:19:33 chr1 18809653 . C T 1375.79 PASS AF=0.505535;AO=136;DP=271;FAO=137;FDP=271;FR=.;FRO=134;FSAF=82;FSAR=55;FSRF=67;FSRR=67;FWDB=-0.0115195;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0762;QD=20.3068;RBI=0.0482015;REFB=-0.0170733;REVB=0.0468048;RO=134;SAF=82;SAR=54;SRF=67;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951481;STB=0.549693;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0157666;OID=.;OPOS=18809653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:134:134:136:137:0.505535:54:82:67:67:55:82:67:67 chr1 18809896 . A T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0045848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.833;QD=19.9674;RBI=0.00775565;REFB=-0.00735662;REVB=0.00625537;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169289;STB=0.50815;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00598077;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:28:29:0.527273:14:14:13:12:14:15:13:13 chr1 18810344 . G T 353.81 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0139968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.783;QD=17.0511;RBI=0.0253693;REFB=-0.0237944;REVB=0.0211586;RO=43;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120027;STB=0.576884;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0328489;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:45:38:38:0.457831:20:18:15:28:20:18:15:30 chr1 18810484 . G A 358.77 PASS AF=0.464646;AO=44;DP=100;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0452438;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.972;QD=14.4958;RBI=0.0583763;REFB=-0.038383;REVB=0.0368889;RO=55;SAF=14;SAR=30;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16409;STB=0.593606;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0663553;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:55:53:44:46:0.464646:30:14:26:29:31:15:26:27 chr1 18810486 . A C 406.88 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0162675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.837;QD=15.9562;RBI=0.0162989;REFB=0.00134709;REVB=-0.00101198;RO=56;SAF=15;SAR=30;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137892;STB=0.573393;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00100636;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:57:45:45:0.441176:30:15:26:30:30:15:26:31 chr1 18811668 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00178999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.088;QD=14.9787;RBI=0.0185585;REFB=-0.0235504;REVB=0.0184719;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305863;STB=0.679246;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0178568;OID=.;OPOS=18811668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:7:4:7:3:7:4 chr1 19027239 . A G 1854.58 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140407;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7765;QD=61.3086;RBI=0.140814;REFB=0;REVB=-0.0106949;RO=0;SAF=9;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25706e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617201;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:111:9:0:0:111:10:0:0 chr1 19166294 . G A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0727523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.381;QD=7.12514;RBI=0.0766348;REFB=-0.0171573;REVB=-0.0240832;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322841;STB=0.737664;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0469244;OID=.;OPOS=19166294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:17:18:7:7:0.28:6:1:6:11:6:1:7:11 chr1 19186129 . G C 999.76 PASS AF=0.492462;AO=98;DP=199;FAO=98;FDP=199;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=67;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=0.0036769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.581;QD=20.0956;RBI=0.0249757;REFB=-0.00653284;REVB=-0.0247035;RO=99;SAF=31;SAR=67;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691852;STB=0.545205;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00866906;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:99:101:98:98:0.492462:67:31:38:61:67:31:40:61 chr1 19201956 . A G 1679.24 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00551458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7942;QD=59.4423;RBI=0.0124525;REFB=0.0183852;REVB=-0.0111649;RO=0;SAF=32;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14871e-08;STB=0.507691;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000155353;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:111:112:0.99115:79:32:0:0:80:32:1:0 chr1 19202896 . G A 2148.19 PASS AF=0.985714;AO=137;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0265579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=331.438;QD=61.3768;RBI=0.0265948;REFB=-0.0395694;REVB=0.00140126;RO=1;SAF=72;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725792;STB=0.500311;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=3.23547e-05;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:1:2:137:138:0.985714:65:72:0:1:66:72:1:1 chr1 19202917 . T C 1697.29 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0224618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.9;QD=59.5539;RBI=0.0230307;REFB=0.0263833;REVB=-0.00508769;RO=1;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092192;STB=0.504853;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000429845;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:51:62:0:1:51:62:0:1 chr1 19202926 . T C 1568.51 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.22;QD=64.0208;RBI=0.0174299;REFB=0;REVB=-0.0171359;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56375e-05;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:43:54:0:0:44:54:0:0 chr1 19401405 . G A 819.79 PASS AF=0.6;AO=75;DP=122;FAO=75;FDP=125;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0232125;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.936;QD=26.2331;RBI=0.0286047;REFB=-0.0478996;REVB=-0.0167157;RO=46;SAF=39;SAR=36;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165046;STB=0.524078;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0335988;OID=.;OPOS=19401405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:46:50:75:75:0.6:36:39:25:21:36:39:29:21 chr1 19411129 . A G 848.46 PASS AF=0.518293;AO=85;DP=164;FAO=85;FDP=164;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00663281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4317;QD=20.694;RBI=0.0369127;REFB=0.00998601;REVB=-0.0363119;RO=78;SAF=32;SAR=53;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077302;STB=0.546054;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0121333;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:78:79:85:85:0.518293:53:32:36:42:53:32:37:42 chr1 19413261 . T A 806.11 PASS AF=0.435897;AO=84;DP=194;FAO=85;FDP=195;FR=.;FRO=110;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=-0.00139928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.097;QD=16.5355;RBI=0.0392087;REFB=-0.00920795;REVB=0.0391838;RO=110;SAF=31;SAR=53;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718693;STB=0.5426;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.014413;OID=.;OPOS=19413261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:110:110:84:85:0.435897:53:31:48:62:54:31:48:62 chr1 19415304 . C T 950.97 PASS AF=0.497354;AO=93;DP=187;FAO=94;FDP=189;FR=.;FRO=95;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.0209882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.079;QD=20.1263;RBI=0.044522;REFB=-0.0304728;REVB=0.0392646;RO=91;SAF=45;SAR=48;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491158;STB=0.518515;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0275327;OID=.;OPOS=19415304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:91:95:93:94:0.497354:48:45:49:42:47:47:51:44 chr1 19433449 . A G 494.01 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.00547902;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0745;QD=14.6373;RBI=0.0116011;REFB=0.00124717;REVB=-0.0102257;RO=80;SAF=24;SAR=31;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014551;STB=0.508194;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00277063;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:80:80:55:55:0.407407:31:24:36:44:31:24:36:44 chr1 19447843 . C G 486.38 PASS AF=0.495146;AO=50;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0833238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6348;QD=18.8887;RBI=0.083498;REFB=-0.00189733;REVB=0.00539145;RO=51;SAF=17;SAR=33;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214049;STB=0.617402;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000751048;OID=.;OPOS=19447843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:52:50:51:0.495146:33:17:29:22:34:17:29:23 chr1 19510394 . A G 404.47 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00321471;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.095;QD=19.2605;RBI=0.00700468;REFB=-0.00209433;REVB=-0.00622344;RO=43;SAF=18;SAR=23;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457811;STB=0.525471;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00248974;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:23:18:21:22:23:18:21:22 chr1 19565344 . C G 217.22 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0597564;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4092;QD=11.4328;RBI=0.0819754;REFB=-0.0109372;REVB=0.0561172;RO=48;SAF=19;SAR=7;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339113;STB=0.669559;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0227165;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:48:49:26:27:0.355263:7:19:21:27:8:19:22:27 chr1 19595137 . C T 2092.83 PASS AF=1;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212352;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9768;QD=62.9422;RBI=0.0215508;REFB=0;REVB=0.00367421;RO=0;SAF=63;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.77216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169952;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:133:0:0:133:133:1:70:63:0:0:70:63:0:0 chr1 19596124 . C T 3498.55 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281807;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3808;QD=62.4741;RBI=0.0303655;REFB=0.00788993;REVB=0.0113098;RO=1;SAF=75;SAR=149;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00631068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32758e-05;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:225:224:1:0:224:224:1:149:75:1:0:149:75:0:0 chr1 19596156 . G T 3118.11 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0961;QD=61.7448;RBI=0.0965207;REFB=0;REVB=0.0869192;RO=0;SAF=64;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79313e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380401;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:138:64:0:0:138:64:0:0 chr1 19609254 . T C 2303.29 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251477;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.216;QD=63.9802;RBI=0.0678156;REFB=0;REVB=0.0629805;RO=0;SAF=77;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127999;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:144:144:1:67:77:0:0:67:77:0:0 chr1 19611241 . T C 1452.75 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.211;QD=63.1632;RBI=0.0773933;REFB=0;REVB=-0.073137;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000621147;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:51:41:0:0:51:41:0:0 chr1 19612477 . C T 1933.58 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000879796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0694;QD=61.8745;RBI=0.0385525;REFB=0;REVB=0.0385425;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012057;OID=.;OPOS=19612477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:60:65:0:0:60:65:0:0 chr1 19684006 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.83;QD=58.0611;RBI=0.0107426;REFB=0;REVB=0.00124635;RO=0;SAF=15;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59258e-06;OID=.;OPOS=19684006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:46:15:0:0:46:15:0:0 chr1 19775375 . G A 2788.41 PASS AF=0.994475;AO=177;DP=179;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0324537;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.099;QD=61.6224;RBI=0.033265;REFB=-0.0381229;REVB=0.00730189;RO=0;SAF=88;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39664e-08;STB=0.502762;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=5.77898e-05;OID=.;OPOS=19775375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:181:0:1:177:180:0.994475:89:88:0:0:90:90:0:1 chr1 19810810 . G GC 169.59 PASS AF=0.489796;AO=56;DP=160;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0281449;FXX=0.0134219;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.71682;QD=4.6146;RBI=0.178477;REFB=-0.0592025;REVB=-0.176244;RO=92;SAF=24;SAR=32;SRF=61;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252831;STB=0.558176;STBP=0.193;TYPE=ins;VARB=0.0200806;OID=.;OPOS=19810811;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489796:56:160:72:147:75:34:38:44:31:99:92:24:32:61:31 chr1 19953118 . G T 1482.43 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0365043;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5869;QD=62.4182;RBI=0.0375842;REFB=-0.133237;REVB=0.00894474;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.505154;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000782352;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:95:0:1:94:94:0.989474:48:46:0:0:48:46:0:1 chr1 20097941 . G T 419.2 PASS AF=0.703704;AO=38;DP=54;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0233494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.382;QD=31.0516;RBI=0.0287697;REFB=-0.0470218;REVB=0.0168077;RO=16;SAF=23;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242798;STB=0.513178;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0183606;OID=.;OPOS=20097941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:16:16:38:38:0.703704:15:23:9:7:15:23:9:7 chr1 20141528 . C T 445.97 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0197038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.048;QD=15.3782;RBI=0.022153;REFB=-0.00657418;REVB=-0.010125;RO=65;SAF=26;SAR=24;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655244;STB=0.531843;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0127875;OID=.;OPOS=20141528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:66:50:50:0.431034:24:26:38:27:24:26:38:28 chr1 20246876 . C T 830.76 PASS AF=0.406114;AO=93;DP=230;FAO=93;FDP=229;FR=.;FRO=136;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=55;FSRR=81;FWDB=-0.00325005;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207;QD=14.5112;RBI=0.00659427;REFB=-0.0141817;REVB=-0.00573773;RO=135;SAF=43;SAR=50;SRF=55;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587744;STB=0.534788;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0203511;OID=.;OPOS=20246876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:135:136:93:93:0.406114:50:43:55:80:50:43:55:81 chr1 20297475 . G A 64.96 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00421914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.27;QD=10.3936;RBI=0.0308393;REFB=-0.0440597;REVB=-0.0305493;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145524;STB=0.571265;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0600947;OID=.;OPOS=20297475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:6:3:7:8:6:3:7:9 chr1 20297566 . G A 733.76 PASS AF=0.525926;AO=71;DP=135;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0069571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.9;QD=21.7409;RBI=0.00712906;REFB=-0.00293883;REVB=0.00155638;RO=64;SAF=24;SAR=47;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187594;STB=0.60319;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00285478;OID=.;OPOS=20297566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:64:64:71:71:0.525926:47:24:35:29:47:24:35:29 chr1 20297723 . C T 357.1 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0163655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.274;QD=16.6094;RBI=0.0190677;REFB=-0.0223763;REVB=-0.00978505;RO=47;SAF=14;SAR=24;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153259;STB=0.503935;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0256962;OID=.;OPOS=20297723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:47:48:38:38:0.44186:24:14:18:29:24:14:18:30 chr1 20411332 . C T 1363.98 PASS AF=0.401575;AO=153;DP=378;FAO=153;FDP=381;FR=.;FRO=228;FSAF=48;FSAR=105;FSRF=79;FSRR=149;FWDB=-0.013621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.425;QD=14.32;RBI=0.0148381;REFB=-0.00983363;REVB=-0.0058853;RO=225;SAF=48;SAR=105;SRF=78;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039999;STB=0.522385;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0143194;OID=.;OPOS=20411332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:381:225:228:153:153:0.401575:105:48:78:147:105:48:79:149 chr1 20442054 . T C 858.66 PASS AF=0.51497;AO=86;DP=167;FAO=86;FDP=167;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0115265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.378;QD=20.5668;RBI=0.0133488;REFB=-0.00576667;REVB=0.00673272;RO=80;SAF=37;SAR=49;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287715;STB=0.519137;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00562307;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:80:81:86:86:0.51497:49:37:37:43:49:37:38:43 chr1 20490518 . T C 1068.39 PASS AF=0.568182;AO=100;DP=176;FAO=100;FDP=176;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=69;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.0224834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.683;QD=24.2817;RBI=0.0262243;REFB=-0.0102232;REVB=0.0134987;RO=76;SAF=31;SAR=69;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759709;STB=0.541412;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00826009;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:76:76:100:100:0.568182:69:31:30:46:69:31:30:46 chr1 20519808 . G A 614.62 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.0300392;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1486;QD=18.4847;RBI=0.0358789;REFB=0.00242854;REVB=-0.0196198;RO=68;SAF=39;SAR=24;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303547;STB=0.510571;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00268051;OID=.;OPOS=20519808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:70:63:63:0.473684:24:39:40:28:24:39:42:28 chr1 20520732 . T C 400.19 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00470224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.879;QD=18.6136;RBI=0.0172629;REFB=-0.00371558;REVB=-0.0166102;RO=45;SAF=15;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181168;STB=0.601106;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00323728;OID=.;OPOS=20520732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:26:15:25:20:26:15:25:20 chr1 20656824 . A G 1331.67 PASS AF=0.467354;AO=136;DP=291;FAO=136;FDP=291;FR=.;FRO=155;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=80;FSRR=75;FWDB=-0.0253709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.831;QD=18.3047;RBI=0.0259243;REFB=-0.0228524;REVB=0.00532783;RO=154;SAF=65;SAR=71;SRF=80;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399992;STB=0.520341;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.027872;OID=.;OPOS=20656824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:154:155:136:136:0.467354:71:65:80:74:71:65:80:75 chr1 20662938 . A G 604.62 PASS AF=0.477273;AO=60;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0316568;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.268;QD=18.3217;RBI=0.0336411;REFB=-0.0115699;REVB=0.011383;RO=69;SAF=26;SAR=34;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414772;STB=0.536503;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0134875;OID=.;OPOS=20662938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:69:60:63:0.477273:34:26:27:42:34:29:27:42 chr1 20671961 . G A 471.6 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00240959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.394;QD=18.3147;RBI=0.0594105;REFB=-0.0058892;REVB=-0.0593616;RO=53;SAF=31;SAR=19;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122996;STB=0.568326;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00592485;OID=.;OPOS=20671961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:19:31:26:27:19:31:26:27 chr1 20680718 . G A 161.8 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0154699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0814;QD=28.1385;RBI=0.0182976;REFB=-0.0296727;REVB=0.00977162;RO=7;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736045;STB=0.540932;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00903482;OID=.;OPOS=20680718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:7:9:3:4:7:9:3:4 chr1 20880905 . A G 358.08 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.265;QD=19.6209;RBI=0.0247012;REFB=-0.0199279;REVB=0.0195484;RO=35;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103337;STB=0.519864;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0169883;OID=.;OPOS=20880905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:36:36:37:0.506849:22:14:14:21:23:14:15:21 chr1 20881309 . T A 619.45 PASS AF=0.576923;AO=60;DP=104;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00932434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.772;QD=23.8251;RBI=0.0245678;REFB=0.00423126;REVB=0.0227296;RO=44;SAF=23;SAR=37;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350968;STB=0.519146;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00199755;OID=.;OPOS=20881309;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:44:44:60:60:0.576923:37:23:15:29:37:23:15:29 chr1 20960230 . C T 88.17 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9253;QD=39.1884;RBI=0.143243;REFB=0;REVB=0.0774106;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127514;OID=.;OPOS=20960230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 20972048 . G A,C 1460.07 PASS AF=0.941176,0.0490196;AO=95,5;DP=101;FAO=96,5;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=46,3;FSAR=50,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00439991,0.00839466;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.7308,170.875;QD=57.2578;RBI=0.0144264,0.0121372;REFB=-0.0821783,-0.0647024;REVB=-0.013739,-0.00876595;RO=1;SAF=45,3;SAR=50,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00938984,0.169284;STB=0.504949,0.599598;STBP=0.524,0.517;TYPE=snp,snp;VARB=0.0099359,0.0772732;OID=.,.;OPOS=20972048,20972048;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:101:102:1:1:95,5:96,5:0.941176,0.0490196:50,2:45,3:0:1:50,2:46,3:0:1 chr1 20987873 . G C 2349.75 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.434;QD=60.2501;RBI=0.0435029;REFB=-0.106458;REVB=0.0300339;RO=1;SAF=85;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556424;STB=0.502924;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000331302;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:156:1:1:155:155:0.99359:70:85:1:0:70:85:1:0 chr1 20992819 . G C 1553.07 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00937724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4044;QD=62.7505;RBI=0.0481202;REFB=-0.144758;REVB=0.0471977;RO=1;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854634;STB=0.504504;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00170459;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:55:43:0:1:55:43:0:1 chr1 20998445 . GT GG,G,TG 1756.62 PASS AF=0.00460829,0.834101,0.16129;AO=37,29,31;DP=243;FAO=1,181,35;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=1,100,0;FSAR=0,81,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.405324,0.919789,0.0935511;FXX=0.114281;HRUN=5,5,2;LEN=1,1,2;MLLD=11.2307,10.0569,161.879;QD=32.3801;RBI=0.411182,0.932902,0.0936815;REFB=0.114682,0.0565984,0.0101027;REVB=-0.0691608,0.155868,-0.00494147;RO=105;SAF=1,8,0;SAR=36,21,31;SRF=87;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.839667,-0.625905,-0.860102;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0553322,0.0722192,0.0661935;OID=.,.,.;OPOS=20998446,20998446,20998445;OREF=T,T,GT;OALT=G,-,TG;OMAPALT=GG,G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:243:217:105:0:37,29,31:1,181,35:0.00460829,0.834101,0.16129:36,21,31:1,8,0:87:18:0,81,35:1,100,0:0:0 chr1 21011355 . T C 683.29 PASS AF=0.48227;AO=67;DP=142;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0288019;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.428;QD=19.3842;RBI=0.0331763;REFB=-0.0289996;REVB=-0.0164657;RO=72;SAF=39;SAR=28;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386032;STB=0.521361;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0210731;OID=.;OPOS=21011355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:72:73:67:68:0.48227:28:39:39:33:28:40:40:33 chr1 21011552 . C T 302.31 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00132427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.336;QD=14.3955;RBI=0.0213342;REFB=-0.0135095;REVB=0.021293;RO=50;SAF=16;SAR=18;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051777;STB=0.529394;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0195737;OID=.;OPOS=21011552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:18:16:26:24:18:16:26:24 chr1 21012563 . C T 863.6 PASS AF=0.552632;AO=84;DP=153;FAO=84;FDP=152;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0200931;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.004;QD=22.7262;RBI=0.0222835;REFB=-0.028727;REVB=-0.00963449;RO=68;SAF=43;SAR=41;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819646;STB=0.544719;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0222338;OID=.;OPOS=21012563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:68:68:84:84:0.552632:41:43:28:40:41:43:28:40 chr1 21012575 . G A 694.07 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=156;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0157716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.206;QD=17.5713;RBI=0.0362522;REFB=-0.0108138;REVB=0.0326417;RO=82;SAF=31;SAR=43;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100959;STB=0.556211;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.022147;OID=.;OPOS=21012575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:82:84:74:74:0.468354:43:31:43:39:43:31:44:40 chr1 21024901 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.652;QD=63.8718;RBI=0.0134214;REFB=0;REVB=0.00785559;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.86787e-06;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr1 21031042 . T C 951.78 PASS AF=0.432203;AO=102;DP=236;FAO=102;FDP=236;FR=.;FRO=134;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=74;FSRR=60;FWDB=0.0218366;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4979;QD=16.1318;RBI=0.0290617;REFB=-0.0162754;REVB=0.0191767;RO=132;SAF=53;SAR=49;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262916;STB=0.51858;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0392483;OID=.;OPOS=21031042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:132:134:102:102:0.432203:49:53:72:60:49:53:74:60 chr1 21042094 . G A 1201.17 PASS AF=0.473485;AO=125;DP=262;FAO=125;FDP=264;FR=.;FRO=139;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=69;FSRR=70;FWDB=-0.026987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.904;QD=18.1995;RBI=0.0272082;REFB=-0.0118301;REVB=-0.00346227;RO=135;SAF=58;SAR=67;SRF=66;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235485;STB=0.517105;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0143212;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:264:135:139:125:125:0.473485:67:58:66:69:67:58:69:70 chr1 21044161 . A G 548.72 PASS AF=0.4;AO=57;DP=148;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=62;FWDB=0.00805037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6341;QD=14.6325;RBI=0.0132301;REFB=-0.00516746;REVB=-0.0104989;RO=90;SAF=12;SAR=45;SRF=28;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146565;STB=0.576229;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00849442;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:90:90:57:60:0.4:45:12:28:62:47:13:28:62 chr1 21050958 . C T 3184.66 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000211415;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.55;QD=61.5393;RBI=0.0526929;REFB=-0.0431444;REVB=0.0526924;RO=1;SAF=110;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493615;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102956;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:207:207:1:0:206:207:1:96:110:0:1:97:110:0:0 chr1 21133496 . CTTTTTTTTTTTTTGC CATCTTTTTTTTTTGC,CTTTTTTTTTTTGC,CTTTTTTTTTTTTGC,CTTTTTTTTTTTTGCT,CTTTTTTTTTTTTGTC 264.72 PASS AF=0.0652174,0.695652,0,0.195652,0.0434783;AO=2,6,10,6,2;DP=50;FAO=3,32,0,9,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,0,9,2;FSAR=3,10,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00729728,-0.00688469,-0.147161,-0.18016,0.00570918;FXX=0.132051;HRUN=13,13,13,13,13;LEN=3,2,1,3,2;MLLD=244.331,7.85809,3.33639,10.947,136.954;QD=23.0195;RBI=0.0231076,0.0645578,0.279593,0.225556,0.0085689;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.0219251,0.0641897,0.23773,0.135712,-0.00638994;RO=0;SAF=0,3,6,6,2;SAR=2,3,4,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,mnp,mnp;VARB=-0.0103498,0.131478,-0.177156,-0.398399,-0.598329;OID=.,.,.,.,.;OPOS=21133497,21133497,21133497,21133509,21133509;OREF=TTT,TT,T,TGC,TG;OALT=ATC,-,-,GCT,GT;OMAPALT=CATCTTTTTTTTTTGC,CTTTTTTTTTTTGC,CTTTTTTTTTTTTGC,CTTTTTTTTTTTTGCT,CTTTTTTTTTTTTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0652174,0.695652,0,0.195652,0.0434783:2,6,10,6,2:50:3,32,0,9,2:46:0:0,22,0,9,2:3,10,0,0,0:0:0:37:0:0,3,6,6,2:2,3,4,0,0:0:0 chr1 21167404 . A G 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.221;QD=59.8286;RBI=0.02349;REFB=0;REVB=-0.0185828;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50674e-06;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:56:47:0:0:56:47:0:0 chr1 21573722 . G A 440.34 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00580679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.548;QD=16.936;RBI=0.0594654;REFB=0.00269459;REVB=0.0591812;RO=56;SAF=25;SAR=23;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889176;STB=0.54954;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00210605;OID=.;OPOS=21573722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:56:48:48:0.461538:23:25:24:32:23:25:24:32 chr1 21795388 . A G 634.11 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=143;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00492253;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.275;QD=17.8624;RBI=0.0142452;REFB=-0.00775466;REVB=0.0133677;RO=74;SAF=38;SAR=27;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822271;STB=0.535908;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0080401;OID=.;OPOS=21795388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:74:77:65:65:0.457746:27:38:37:37:27:38:40:37 chr1 21799924 . G A 938.02 PASS AF=0.474747;AO=94;DP=198;FAO=94;FDP=198;FR=.;FRO=104;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.00362029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.644;QD=18.9499;RBI=0.0117976;REFB=-0.00798698;REVB=-0.0112284;RO=103;SAF=54;SAR=40;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849958;STB=0.544558;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0110614;OID=.;OPOS=21799924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:103:104:94:94:0.474747:40:54:50:53:40:54:51:53 chr1 21808159 . G A 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0380618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0103;QD=14.9203;RBI=0.0416208;REFB=0.00754246;REVB=-0.0168402;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519342;STB=0.529391;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00926618;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:12:16:23:14:12:16:23:14 chr1 21808207 . A C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0369118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.189;QD=17.9407;RBI=0.0371227;REFB=0.000528885;REVB=0.00395194;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321382;STB=0.518305;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.000673757;OID=.;OPOS=21808207;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:10:12:11:8:10:12 chr1 21808223 . T C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0537966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.117;QD=14.7015;RBI=0.0571809;REFB=0.00898135;REVB=-0.0193799;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234649;STB=0.638051;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0242093;OID=.;OPOS=21808223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:9:3:7:8:9:3:7:8 chr1 21809750 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0635605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.197;QD=37.4882;RBI=0.0669845;REFB=0;REVB=-0.021142;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00414874;OID=.;OPOS=21809750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 21889635 . T C 2304.83 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.39;QD=61.055;RBI=0.035528;REFB=0;REVB=0.00562145;RO=0;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68301e-05;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:150:151:1:78:72:0:0:78:73:0:0 chr1 21894735 . T C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.503;QD=63.1951;RBI=0.016204;REFB=0;REVB=-0.00629289;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8846e-05;OID=.;OPOS=21894735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr1 21900171 . A G 2137.85 PASS AF=0.992857;AO=125;DP=126;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.745;QD=61.0813;RBI=0.0187144;REFB=-0.0199766;REVB=0.00447051;RO=1;SAF=75;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629357;STB=0.502994;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000221895;OID=.;OPOS=21900171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:140:1:1:125:139:0.992857:50:75:1:0:56:83:1:0 chr1 21904267 . A G 3205.11 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268938;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3201;QD=61.3418;RBI=0.0399981;REFB=-0.0392105;REVB=0.0399076;RO=1;SAF=120;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148093;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:209:1:0:208:209:1:88:120:0:1:89:120:0:0 chr1 21935433 . G T 447.21 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.018346;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.007;QD=17.5376;RBI=0.0188644;REFB=-0.00111742;REVB=0.00439206;RO=52;SAF=24;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359897;STB=0.5294;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00130505;OID=.;OPOS=21935433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:54:48:48:0.470588:24:24:24:28:24:24:24:30 chr1 21940555 . C T 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00870829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1225;QD=13.4956;RBI=0.010166;REFB=0.0103689;REVB=0.00524528;RO=44;SAF=21;SAR=8;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819387;STB=0.546965;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.019044;OID=.;OPOS=21940555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:8:21:29:15:8:21:29:15 chr1 21943820 . G A 911.01 PASS AF=0.470588;AO=96;DP=204;FAO=96;FDP=204;FR=.;FRO=108;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=-0.00554823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.971;QD=17.863;RBI=0.00937133;REFB=-0.00853824;REVB=0.00755242;RO=108;SAF=49;SAR=47;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631644;STB=0.534884;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.010866;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:108:108:96:96:0.470588:47:49:48:60:47:49:48:60 chr1 22050649 . C A 184.29 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0251259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.964;QD=12.0847;RBI=0.0275785;REFB=-0.0169204;REVB=-0.0113692;RO=38;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151335;STB=0.565552;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0337579;OID=.;OPOS=22050649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:38:22:23:0.377049:15:7:17:21:15:8:17:21 chr1 22141030 . C T 4766.9 PASS AF=1;AO=306;DP=308;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604601;FXX=0.00647228;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.404;QD=62.1094;RBI=0.0639675;REFB=-0.122429;REVB=0.0208906;RO=1;SAF=150;SAR=156;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858897;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:308:307:1:0:306:307:1:156:150:1:0:156:151:0:0 chr1 22149935 . T C 5443.8 PASS AF=1;AO=339;DP=339;FAO=342;FDP=342;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222127;FXX=0.00291537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.018;QD=63.6702;RBI=0.0222188;REFB=-0.0535303;REVB=0.000522189;RO=0;SAF=171;SAR=168;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35107e-05;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:339:342:0:0:339:342:1:168:171:0:0:168:174:0:0 chr1 22150120 . C T 388.75 PASS AF=0.418367;AO=40;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00835042;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.306;QD=15.8672;RBI=0.0154524;REFB=-0.0122102;REVB=0.0130018;RO=58;SAF=21;SAR=19;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280758;STB=0.528664;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0173525;OID=.;OPOS=22150120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:57:40:41:0.418367:19:21:32:26:20:21:32:25 chr1 22150160 . G T 378.07 PASS AF=0.407407;AO=43;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.00275173;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.509;QD=14.0025;RBI=0.00458522;REFB=-0.015175;REVB=0.00366773;RO=64;SAF=21;SAR=22;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452898;STB=0.51851;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0187051;OID=.;OPOS=22150160;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:43:44:0.407407:22:21:34:30:22:22:34:30 chr1 22154845 . A G 458.79 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0130289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3998;QD=16.9921;RBI=0.013671;REFB=-0.00349405;REVB=-0.00414042;RO=58;SAF=19;SAR=31;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514177;STB=0.528671;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00390644;OID=.;OPOS=22154845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:31:19:25:33:31:19:25:33 chr1 22159008 . C A 616.47 PASS AF=0.388298;AO=63;DP=202;FAO=73;FDP=188;FR=.,HEALED;FRO=115;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=74;FSRR=41;FWDB=0.0654857;FXX=0.073888;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.8143;QD=13.1163;RBI=0.109397;REFB=-0.00316783;REVB=-0.0876316;RO=72;SAF=35;SAR=28;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544556;STB=0.567737;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0149042;OID=.;OPOS=22159008;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:188:72:115:63:73:0.388298:28:35:44:28:34:39:74:41 chr1 22161275 . G A 255.55 PASS AF=0.510638;AO=21;DP=44;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00491723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.04;QD=21.7491;RBI=0.0863084;REFB=-0.018354;REVB=0.0861682;RO=23;SAF=17;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199599;STB=0.532331;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0138922;OID=.;OPOS=22161275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:23:23:21:24:0.510638:4:17:15:8:7:17:15:8 chr1 22165901 . A G 544.29 PASS AF=0.685714;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00310706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0498;QD=31.1024;RBI=0.0323413;REFB=-0.0149037;REVB=-0.0321917;RO=22;SAF=19;SAR=29;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141182;STB=0.576474;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00871928;OID=.;OPOS=22165901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:22:22:48:48:0.685714:29:19:14:8:29:19:14:8 chr1 22165987 . G A 676.64 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0447832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1184;QD=22.3683;RBI=0.0798547;REFB=0.0208674;REVB=0.0661153;RO=55;SAF=21;SAR=45;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025787;STB=0.514134;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0129011;OID=.;OPOS=22165987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:55:66:66:0.545455:45:21:19:36:45:21:19:36 chr1 22174426 . T G 409.88 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00241849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.454;QD=15.6144;RBI=0.00627908;REFB=-0.00931269;REVB=-0.00579463;RO=59;SAF=21;SAR=25;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119593;STB=0.566981;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.015899;OID=.;OPOS=22174426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:25:21:34:25:25:21:34:25 chr1 22191454 . G A 1043.7 PASS AF=0.565714;AO=98;DP=174;FAO=99;FDP=175;FR=.;FRO=76;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0253007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.305;QD=23.8559;RBI=0.0467817;REFB=-0.0339704;REVB=0.0393497;RO=76;SAF=52;SAR=46;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351564;STB=0.521106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0231123;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:76:76:98:99:0.565714:46:52:37:39:46:53:37:39 chr1 22199245 . C T 236.55 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0510476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5023;QD=15.77;RBI=0.0527059;REFB=-0.0154594;REVB=-0.013117;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719322;STB=0.540511;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0191341;OID=.;OPOS=22199245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:10:17:23:10:10:17:23:10 chr1 22206649 . T C 994.21 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0335759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1517;QD=57.6353;RBI=0.0335997;REFB=0.00809516;REVB=0.0012626;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165774;STB=0.508472;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000285092;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:39:28:1:0:39:29:1:0 chr1 22206942 . G A 2547.85 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.137;QD=61.7661;RBI=0.0163566;REFB=0;REVB=0.0109526;RO=0;SAF=65;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36618e-05;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:100:65:0:0:100:65:0:0 chr1 22207235 . T C 1587.72 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.658;QD=64.1504;RBI=0.0222926;REFB=0;REVB=-0.0111041;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27771e-05;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr1 22216574 . C A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.277;QD=57.5452;RBI=0.0104859;REFB=0;REVB=-0.00916862;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70961e-06;OID=.;OPOS=22216574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr1 22216604 . C G 670.03 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.882;QD=62.3283;RBI=0.0939451;REFB=0;REVB=0.0311012;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777341;OID=.;OPOS=22216604;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr1 22217108 . G A 1788.05 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0324688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.205;QD=60.1026;RBI=0.0412897;REFB=-0.0614977;REVB=-0.0255072;RO=1;SAF=20;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00482266;STB=0.502538;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00019841;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:98:20:0:1:98:20:0:1 chr1 22313134 . G A,T 727.94 PASS AF=0.945455,0.0363636;AO=50,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=20,0;FSAR=32,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0447893,0.00578921;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=113.904,42.7492;QD=52.9411;RBI=0.0455725,0.0270429;REFB=-0.046587,0.145435;REVB=-0.00841211,-0.026416;RO=1;SAF=19,0;SAR=31,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0241289,-0.697199;STB=0.51219,0.993266;STBP=0.275,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.00325033,-0.0290619;OID=.,.;OPOS=22313134,22313134;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:55:1:1:50,2:52,2:0.945455,0.0363636:31,2:19,0:1:0:32,2:20,0:1:0 chr1 22315738 . C T 84.35 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00389304;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=175.592;QD=10.5443;RBI=0.00728204;REFB=-0.00478741;REVB=-0.00615405;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493524;STB=0.51426;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00601566;OID=.;OPOS=22315738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:20:21:11:11:0.34375:6:5:9:11:6:5:10:11 chr1 22336277 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0849287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1409;QD=56.7063;RBI=0.0924918;REFB=0;REVB=-0.0366313;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00260633;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr1 22336305 . C T 347.69 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000646076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.037;QD=51.5094;RBI=0.01839;REFB=0.0229137;REVB=0.0183786;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000248652;OID=.;OPOS=22336305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:0:1:13:13:0:1 chr1 22336308 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00286019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.531;QD=51.5086;RBI=0.0245439;REFB=-0.0423851;REVB=0.0243767;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0019163;OID=.;OPOS=22336308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:0:1:13:13:0:1 chr1 22443760 . C T 310.25 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0217209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.579;QD=18.803;RBI=0.0219961;REFB=-0.0159984;REVB=0.00346833;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407372;STB=0.515311;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0156076;OID=.;OPOS=22443760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:32:33:0.5:15:17:19:14:15:18:19:14 chr1 22835677 . A G 3443.42 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031488;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.081;QD=62.3244;RBI=0.0332653;REFB=-0.0935955;REVB=0.0107279;RO=0;SAF=84;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104517;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:222:221:0:0:221:221:1:137:84:0:0:137:84:0:0 chr1 22846709 . G A 1843.7 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.444;QD=60.4492;RBI=0.0262769;REFB=-0.123995;REVB=0.0222968;RO=1;SAF=58;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812005;STB=0.504273;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000270887;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:63:58:1:0:63:58:1:0 chr1 22852715 . G C 197.67 PASS AF=0.362319;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00297738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2302;QD=11.459;RBI=0.024695;REFB=-0.010151;REVB=-0.0245149;RO=43;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203637;STB=0.620339;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0160121;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:43:44:24:25:0.362319:8:16:21:22:8:17:22:22 chr1 22915753 . T C 440.46 PASS AF=0.445455;AO=48;DP=109;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0134779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.052;QD=16.0169;RBI=0.0160645;REFB=-0.019188;REVB=-0.00874146;RO=55;SAF=24;SAR=24;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183729;STB=0.562684;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0226262;OID=.;OPOS=22915753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:55:61:48:49:0.445455:24:24:38:17:24:25:38:23 chr1 22919904 . C T 2093.64 PASS AF=0.476404;AO=208;DP=441;FAO=212;FDP=445;FR=.;FRO=233;FSAF=105;FSAR=107;FSRF=89;FSRR=144;FWDB=0.0415076;FXX=0.00447417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.432;QD=18.8192;RBI=0.0492353;REFB=-0.0154674;REVB=0.0264809;RO=232;SAF=101;SAR=107;SRF=88;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102429;STB=0.559394;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0133219;OID=.;OPOS=22919904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:445:232:233:208:212:0.476404:107:101:88:144:107:105:89:144 chr1 22928813 . A G 581.91 PASS AF=0.48062;AO=61;DP=130;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00469903;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.961;QD=18.0438;RBI=0.00676088;REFB=-0.014324;REVB=-0.00486092;RO=67;SAF=27;SAR=34;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333261;STB=0.513591;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0192792;OID=.;OPOS=22928813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:67:67:61:62:0.48062:34:27:32:35:34:28:32:35 chr1 22965438 . A G 4632.82 PASS AF=1;AO=250;DP=279;FAO=293;FDP=293;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=139;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.255;QD=63.2468;RBI=0.0465496;REFB=0;REVB=0.00402668;RO=0;SAF=101;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42137e-05;OID=.;OPOS=22965438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:279:293:0:0:250:293:1:149:101:0:0:154:139:0:0 chr1 22970642 . C T 2982.93 PASS AF=0.468413;AO=304;DP=647;FAO=304;FDP=649;FR=.;FRO=345;FSAF=125;FSAR=179;FSRF=166;FSRR=179;FWDB=0.00629908;FXX=0.00153844;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3836;QD=18.3848;RBI=0.00789242;REFB=-0.0178276;REVB=-0.00475519;RO=326;SAF=125;SAR=179;SRF=159;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734535;STB=0.53789;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0174849;OID=.;OPOS=22970642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:647:649:326:345:304:304:0.468413:179:125:159:167:179:125:166:179 chr1 23101688 . T G 900.66 PASS AF=0.470297;AO=82;DP=205;FAO=95;FDP=202;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=36;FSRR=71;FWDB=-0.0290006;FXX=0.0146334;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9117;QD=17.8348;RBI=0.0634507;REFB=0.00357677;REVB=0.0564355;RO=87;SAF=27;SAR=55;SRF=27;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201503;STB=0.506077;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00438473;OID=.;OPOS=23101688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:202:87:107:82:95:0.470297:55:27:27:60:64:31:36:71 chr1 23219493 . T C 2037.19 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.110671;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3308;QD=60.8115;RBI=0.116872;REFB=-0.15991;REVB=0.0375636;RO=2;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137726;STB=0.507245;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0017076;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:134:2:2:132:132:0.985075:68:64:0:2:68:64:0:2 chr1 23280424 . G T 3371.27 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.588;QD=61.8582;RBI=0.0422888;REFB=0;REVB=0.0345022;RO=0;SAF=114;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24439e-05;OID=.;OPOS=23280424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:218:0:0:207:218:1:93:114:0:0:97:121:0:0 chr1 23289703 . A G 434.06 PASS AF=0.511628;AO=41;DP=83;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00497139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.398;QD=20.189;RBI=0.00541001;REFB=-0.0242272;REVB=-0.00213388;RO=40;SAF=22;SAR=19;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121136;STB=0.568916;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0208216;OID=.;OPOS=23289703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:40:42:41:44:0.511628:19:22:16:24:21:23:16:26 chr1 23385826 . CTT C 305.01 PASS AF=0.384058;AO=53;DP=139;FAO=53;FDP=138;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.00382083;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=2;MLLD=239.706;QD=8.84088;RBI=0.00382462;REFB=-0.00831954;REVB=-0.000170114;RO=83;SAF=21;SAR=32;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02579;STB=0.505153;STBP=0.926;TYPE=del;VARB=0.0133124;OID=.;OPOS=23385827;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384058:53:139:53:138:85:21:32:33:52:99:83:21:32:31:52 chr1 23413027 . T C 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.573;QD=62.2776;RBI=0.023082;REFB=0;REVB=-0.0130696;RO=0;SAF=58;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1079e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45318e-06;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:71:58:0:0:71:58:0:0 chr1 23418153 . C T 2287.26 PASS AF=0.979866;AO=145;DP=147;FAO=146;FDP=149;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00786911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9241;QD=61.4029;RBI=0.00906972;REFB=0.00763009;REVB=0.00450966;RO=2;SAF=63;SAR=82;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148554;STB=0.511449;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.000995064;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:147:149:2:3:145:146:0.979866:82:63:2:0:82:64:3:0 chr1 23419261 . G A 1085.17 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.036581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2803;QD=58.6578;RBI=0.0430729;REFB=-0.0553253;REVB=-0.0227398;RO=1;SAF=26;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178434;STB=0.509431;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0024155;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:74:1:1:73:73:0.986486:47:26:1:0:47:26:1:0 chr1 23419374 . G T 2565.58 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8086;QD=61.8212;RBI=0.0165804;REFB=0;REVB=-0.0108872;RO=1;SAF=81;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583882;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.69583e-05;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:1:0:164:166:1:83:81:1:0:83:83:0:0 chr1 23419383 . C T 2537.89 PASS AF=0.965714;AO=169;DP=175;FAO=169;FDP=175;FR=.;FRO=6;FSAF=83;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00561623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.097;QD=58.0089;RBI=0.0763028;REFB=-0.0338634;REVB=-0.0760958;RO=5;SAF=83;SAR=86;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159199;STB=0.505412;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00121092;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:175:175:5:6:169:169:0.965714:86:83:1:4:86:83:2:4 chr1 23419855 . T C 756.26 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.516;QD=63.0213;RBI=0.0800599;REFB=0;REVB=0.0283702;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431323;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr1 23687827 . T C 458.71 PASS AF=0.409449;AO=51;DP=126;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00846266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.983;QD=14.4476;RBI=0.0223747;REFB=-0.0064853;REVB=-0.0207126;RO=74;SAF=21;SAR=30;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774177;STB=0.502169;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0082035;OID=.;OPOS=23687827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:74:75:51:52:0.409449:30:21:31:43:30:22:32:43 chr1 23688933 . A G 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00951899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.744;QD=12.9138;RBI=0.012154;REFB=0.00116541;REVB=-0.0075571;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115418;STB=0.56601;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0020894;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:13:11:13:24:13:11:13:24 chr1 23696152 . G A 990.46 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.901;QD=59.1317;RBI=0.0160581;REFB=0;REVB=0.00326723;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90689e-05;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr1 23697617 . T C 405.25 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0243316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2805;QD=17.2447;RBI=0.0270208;REFB=0.00471756;REVB=-0.0117514;RO=52;SAF=12;SAR=30;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191824;STB=0.608054;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00572217;OID=.;OPOS=23697617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:30:12:24:28:30:12:24:28 chr1 23710805 . A G 1524.76 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0245255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.041;QD=57.5382;RBI=0.0260431;REFB=-0.0569749;REVB=0.00876044;RO=2;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155537;STB=0.508195;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00121965;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:2:104:104:0.981132:60:44:0:2:60:44:0:2 chr1 23751140 . G T 240.26 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0437336;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.616;QD=20.0219;RBI=0.043983;REFB=-0.0439739;REVB=0.00467721;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13796;STB=0.568206;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0619402;OID=.;OPOS=23751140;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:24:25:23:23:0.479167:9:14:11:13:9:14:12:13 chr1 23833599 . AT ATT,TG 46.38 PASS AF=0.185841,0.0265487;AO=24,5;DP=115;FAO=21,3;FDP=113;FR=.;FRO=89;FSAF=17,0;FSAR=4,3;FSRF=56;FSRR=33;FWDB=-0.0369818,-0.00152174;FXX=0.0423693;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.12271,156.72;QD=1.64173;RBI=0.241935,0.122094;REFB=-0.0147155,-0.00549562;REVB=0.239092,-0.122085;RO=52;SAF=22,0;SAR=2,5;SRF=40;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.347598,-0.711926;STB=0.682758,0.997403;STBP=0.107,0.03;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.048521,0.173487;OID=.,.;OPOS=23833600,23833599;OREF=-,AT;OALT=T,TG;OMAPALT=ATT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:115:113:52:89:24,5:21,3:0.185841,0.0265487:2,5:22,0:40:12:4,3:17,0:56:33 chr1 23833611 . G T 409.23 PASS AF=0.352518;AO=49;DP=139;FAO=49;FDP=139;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.00965549;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.148;QD=11.7763;RBI=0.0121387;REFB=-0.00168523;REVB=-0.00735666;RO=89;SAF=36;SAR=13;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267324;STB=0.658046;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00345767;OID=.;OPOS=23833611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:89:90:49:49:0.352518:13:36:46:43:13:36:46:44 chr1 23835794 . A G 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00238897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.951;QD=16.3812;RBI=0.0117267;REFB=0.00858088;REVB=0.0114808;RO=46;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133325;STB=0.501609;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0133313;OID=.;OPOS=23835794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:47:37:37:0.440476:18:19:23:23:18:19:24:23 chr1 23836364 . A G 110.74 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00551569;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1121;QD=8.35761;RBI=0.0660256;REFB=-0.002422;REVB=-0.0657948;RO=37;SAF=5;SAR=10;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303922;STB=0.691108;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0185023;OID=.;OPOS=23836364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:37:38:15:15:0.283019:10:5:22:15:10:5:23:15 chr1 23847464 . C A 781.6 PASS AF=0.513699;AO=75;DP=146;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0184366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.34;QD=21.4138;RBI=0.0239538;REFB=-0.00886496;REVB=0.015293;RO=71;SAF=29;SAR=46;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331538;STB=0.518231;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0087708;OID=.;OPOS=23847464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:71:71:75:75:0.513699:46:29:30:41:46:29:30:41 chr1 23884780 . T C 345.4 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.000107474;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.829;QD=14.0981;RBI=0.0157231;REFB=-0.0106617;REVB=0.0157227;RO=59;SAF=23;SAR=15;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105442;STB=0.565539;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0161551;OID=.;OPOS=23884780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:59:60:38:38:0.387755:15:23:30:29:15:23:30:30 chr1 23885498 . T C 1157.86 PASS AF=0.472656;AO=121;DP=257;FAO=121;FDP=256;FR=.;FRO=135;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=55;FSRR=80;FWDB=-0.00900319;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.395;QD=18.0916;RBI=0.0108495;REFB=-0.00658743;REVB=-0.00605432;RO=134;SAF=62;SAR=59;SRF=55;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970598;STB=0.555239;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00920414;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:256:134:135:121:121:0.472656:59:62:55:79:59:62:55:80 chr1 23885599 . T C 634.89 PASS AF=0.523438;AO=56;DP=117;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0120053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.02;QD=19.8402;RBI=0.0140501;REFB=-0.0454042;REVB=0.00729902;RO=60;SAF=22;SAR=34;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00933686;STB=0.534305;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0406449;OID=.;OPOS=23885599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:128:60:61:56:67:0.523438:34:22:23:37:37:30:23:38 chr1 23965704 . A C 732.25 PASS AF=0.453488;AO=78;DP=172;FAO=78;FDP=172;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=0.0104566;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.608;QD=17.029;RBI=0.0137411;REFB=0.0052564;REVB=-0.00891503;RO=94;SAF=27;SAR=51;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836394;STB=0.546533;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00752366;OID=.;OPOS=23965704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:94:94:78:78:0.453488:51:27:40:54:51:27:40:54 chr1 23966894 . T TAAG 131.28 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0201561;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=3;MLLD=188.388;QD=9.90752;RBI=0.0214965;REFB=-0.00579987;REVB=-0.00747197;RO=35;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211428;STB=0.615251;STBP=0.275;TYPE=ins;VARB=0.0133933;OID=.;OPOS=23966895;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320755:17:54:17:53:36:7:10:21:15:99:35:7:10:21:14 chr1 24018277 . C G 3064.12 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1797;QD=63.1777;RBI=0.0499371;REFB=0;REVB=0.0440294;RO=1;SAF=89;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122114;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:194:1:0:192:194:1:103:89:0:1:105:89:0:0 chr1 24083494 . C T 2070.78 PASS AF=0.992593;AO=131;DP=133;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0715105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0981;QD=61.3565;RBI=0.0720376;REFB=-0.0751869;REVB=0.00869858;RO=1;SAF=56;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841144;STB=0.504201;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0013643;OID=.;OPOS=24083494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:133:135:1:1:131:134:0.992593:75:56:1:0:75:59:1:0 chr1 24121601 . C T 954.33 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0088237;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=209.736;QD=54.5333;RBI=0.0134711;REFB=-0.045546;REVB=0.0101791;RO=3;SAF=33;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014087;STB=0.50746;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000114912;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:34:33:2:1:34:33:2:1 chr1 24134721 . T C 1568.47 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3356;QD=64.0192;RBI=0.0383499;REFB=0;REVB=-0.0380485;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196143;OID=.;OPOS=24134721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:44:52:0:0:46:52:0:0 chr1 24180962 . T C 2027.13 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.154;QD=62.3732;RBI=0.049062;REFB=0;REVB=0.0478626;RO=0;SAF=57;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57171e-05;OID=.;OPOS=24180962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:73:57:0:0:73:57:0:0 chr1 24288404 . A G 357.54 PASS AF=0.319149;AO=45;DP=141;FAO=45;FDP=141;FR=.;FRO=96;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.0041132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8958;QD=10.143;RBI=0.036463;REFB=0.00266888;REVB=0.0362303;RO=96;SAF=17;SAR=28;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477994;STB=0.527765;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00643443;OID=.;OPOS=24288404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:96:96:45:45:0.319149:28:17:40:56:28:17:40:56 chr1 24288432 . C T 413.03 PASS AF=0.337748;AO=51;DP=151;FAO=51;FDP=151;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=-0.00645524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3743;QD=10.9412;RBI=0.02623;REFB=-0.00402921;REVB=-0.0254233;RO=100;SAF=18;SAR=33;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937618;STB=0.554066;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00934931;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:100:100:51:51:0.337748:33:18:43:57:33:18:43:57 chr1 24288476 . T C 663.68 PASS AF=0.556522;AO=33;DP=119;FAO=64;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.00331826;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4749;QD=23.0845;RBI=0.00333595;REFB=-0.0323843;REVB=0.000343088;RO=30;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601332;STB=0.512626;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0714597;OID=.;OPOS=24288476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:115:30:51:33:64:0.556522:21:12:9:21:41:23:17:34 chr1 24288529 . TAAAC T 242.24 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0395498;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=4;MLLD=256.912;QD=13.6473;RBI=0.0396011;REFB=-0.0156333;REVB=-0.00201631;RO=35;SAF=13;SAR=22;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520894;STBP=0.728;TYPE=del;VARB=0.0163821;OID=.;OPOS=24288530;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492958:35:73:35:71:36:13:22:12:24:99:35:13:22:13:22 chr1 24289057 . G C 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0160316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.79;QD=4.15607;RBI=0.0399817;REFB=-0.000942185;REVB=-0.0366268;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201684;STB=0.635943;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000617028;OID=.;OPOS=24289057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:9:18:3:3:9:18 chr1 24406647 . G A 3032.09 PASS AF=0.99005;AO=199;DP=201;FAO=199;FDP=201;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00674838;FXX=0.00985173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.881;QD=60.3401;RBI=0.012732;REFB=0.00103589;REVB=0.0107964;RO=2;SAF=74;SAR=125;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00755916;STB=0.503968;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=2.94159e-05;OID=.;OPOS=24406647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:201:201:2:2:199:199:0.99005:125:74:0:2:125:74:0:2 chr1 24409191 . C T 3549.77 PASS AF=0.970588;AO=231;DP=239;FAO=231;FDP=238;FR=.;FRO=7;FSAF=81;FSAR=150;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0142547;FXX=0.00418393;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.923;QD=59.6599;RBI=0.0170553;REFB=0.0142888;REVB=0.0093641;RO=6;SAF=81;SAR=150;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788566;STB=0.507099;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.000238528;OID=.;OPOS=24409191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:239:238:6:7:231:231:0.970588:150:81:3:3:150:81:4:3 chr1 24413159 . T C 1082.59 PASS AF=1;AO=70;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.207;QD=57.7381;RBI=0.0915692;REFB=0;REVB=0.0912767;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82471e-05;OID=.;OPOS=24413159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:70:75:1:35:35:0:0:40:35:0:0 chr1 24416058 . GT G,GC 2179.53 PASS AF=0.10596,0.887417;AO=34,116;DP=152;FAO=16,134;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=9,64;FSAR=7,70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0670487,0.0263032;FXX=0.00657851;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.041,134.481;QD=57.736;RBI=0.069265,0.0469124;REFB=0.0184124,-0.0301268;REVB=0.0173812,0.0388447;RO=1;SAF=18,55;SAR=16,61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0252651,-0.00855652;STB=0.526283,0.503875;STBP=0.504,0.328;TYPE=del,snp;VARB=0.0265465,-0.00123235;OID=.,.;OPOS=24416059,24416059;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.10596,0.887417:34,116:152:16,134:151:1:9,64:7,70:1:0:20:1:18,55:16,61:1:0 chr1 24416070 . G C 2087.05 PASS AF=0.925;AO=146;DP=159;FAO=148;FDP=160;FR=.;FRO=12;FSAF=65;FSAR=83;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.045776;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.142;QD=52.1763;RBI=0.049988;REFB=-0.0612041;REVB=0.0200836;RO=2;SAF=63;SAR=83;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148559;STB=0.542248;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000962224;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:159:160:2:12:146:148:0.925:83:63:2:0:83:65:12:0 chr1 24447468 . G C 2801.8 PASS AF=0.9375;AO=192;DP=206;FAO=195;FDP=208;FR=.;FRO=13;FSAF=56;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0496172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0514;QD=53.8808;RBI=0.0768417;REFB=-0.277943;REVB=0.0586752;RO=14;SAF=54;SAR=138;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458976;STB=0.522335;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0170333;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:206:208:14:13:192:195:0.9375:138:54:0:14:139:56:0:13 chr1 24465113 . C T 2704.82 PASS AF=0.988701;AO=175;DP=178;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00320098;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.849;QD=61.1259;RBI=0.0234329;REFB=-0.0089774;REVB=0.0232132;RO=2;SAF=75;SAR=100;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942436;STB=0.50495;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000113883;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:178:177:2:2:175:175:0.988701:100:75:0:2:100:75:0:2 chr1 24480905 . C T 537.43 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.000121738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.584;QD=21.4972;RBI=0.014544;REFB=-0.0166279;REVB=-0.0145435;RO=49;SAF=24;SAR=27;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00106841;STB=0.50059;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134814;OID=.;OPOS=24480905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:27:24:23:26:27:24:23:26 chr1 24680915 . C T 513.96 PASS AF=0.491071;AO=52;DP=110;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00335034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4193;QD=18.3558;RBI=0.0735513;REFB=-0.00951643;REVB=0.073475;RO=56;SAF=22;SAR=30;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559471;STB=0.518753;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0101424;OID=.;OPOS=24680915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:56:57:52:55:0.491071:30:22:27:29:30:25:28:29 chr1 24681641 . C T 533.86 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=47;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=15;FWDB=-0.0278823;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8803;QD=16.9479;RBI=0.0314035;REFB=-0.0632734;REVB=-0.0144484;RO=68;SAF=47;SAR=10;SRF=52;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935654;STB=0.537744;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0446828;OID=.;OPOS=24681641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:68:69:57:57:0.452381:10:47:52:16:10:47:54:15 chr1 24706113 . G A 2102.65 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6891;QD=62.7658;RBI=0.0156241;REFB=0;REVB=-0.0149221;RO=0;SAF=65;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87995e-05;OID=.;OPOS=24706113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:69:65:0:0:69:65:0:0 chr1 24706269 . A G 2358.85 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214551;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.056;QD=64.1865;RBI=0.0208687;REFB=0;REVB=0.0207582;RO=0;SAF=59;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136545;OID=.;OPOS=24706269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:88:59:0:0:88:59:0:0 chr1 24706292 . T C 1660.26 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.842;QD=60.3731;RBI=0.0480711;REFB=0;REVB=-0.00533166;RO=0;SAF=41;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44142e-05;OID=.;OPOS=24706292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:68:41:0:0:68:42:0:0 chr1 24718075 . T C 2101.76 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8389;QD=62.739;RBI=0.0352521;REFB=0;REVB=0.0343434;RO=0;SAF=65;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205947;OID=.;OPOS=24718075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:68:65:0:0:69:65:0:0 chr1 24785393 . C T 1755.01 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0733362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6112;QD=58.992;RBI=0.103496;REFB=-0.0960916;REVB=0.073029;RO=1;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811835;STB=0.500072;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0029497;OID=.;OPOS=24785393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:1:2:117:117:0.983193:58:59:0:1:58:59:1:1 chr1 24859617 . G A 536.5 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00248923;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.699;QD=23.3259;RBI=0.0500517;REFB=-0.00930115;REVB=-0.0499897;RO=40;SAF=28;SAR=22;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489483;STB=0.527596;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00478449;OID=.;OPOS=24859617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:40:42:50:50:0.543478:22:28:20:20:22:28:21:21 chr1 24859665 . G A 624.74 PASS AF=0.504;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00167615;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.575;QD=19.9917;RBI=0.0026191;REFB=-0.00956591;REVB=0.00201251;RO=59;SAF=29;SAR=34;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275207;STB=0.511731;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0087165;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:59:62:63:63:0.504:34:29:29:30:34:29:30:32 chr1 24861704 . G A 394.61 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00148071;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0399;QD=19.7306;RBI=0.00280693;REFB=0.00510444;REVB=-0.00238461;RO=41;SAF=13;SAR=27;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135535;STB=0.580604;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00483148;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:41:40:40:40:0.5:27:13:19:22:27:13:19:21 chr1 24987294 . A AT,T 77.43 PASS AF=0.06,0.065;AO=37,16;DP=212;FAO=12,13;FDP=200;FR=.;FRO=175;FSAF=2,2;FSAR=10,11;FSRF=102;FSRR=73;FWDB=-0.27646,-0.150742;FXX=0.0196069;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=94.5386,98.6572;QD=1.54854;RBI=0.277111,0.152002;REFB=-0.000628099,0.00025642;REVB=-0.0189744,-0.0195318;RO=148;SAF=28,4;SAR=9,12;SRF=78;SRR=70;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.314393,-0.329599;STB=0.861801,0.871425;STBP=0.015,0.013;TYPE=ins,snp;VARB=-0.100752,0.0409041;OID=.,.;OPOS=24987295,24987294;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:212:200:148:175:37,16:12,13:0.06,0.065:9,12:28,4:78:70:10,11:2,2:102:73 chr1 25256049 . C T 1659.05 PASS AF=0.536667;AO=161;DP=303;FAO=161;FDP=300;FR=.;FRO=139;FSAF=98;FSAR=63;FSRF=83;FSRR=56;FWDB=0.0745892;FXX=0.00990066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.415;QD=22.1207;RBI=0.106761;REFB=-0.0171715;REVB=0.0763835;RO=137;SAF=98;SAR=63;SRF=83;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.002529;STB=0.505614;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0128439;OID=.;OPOS=25256049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:300:137:139:161:161:0.536667:63:98:83:54:63:98:83:56 chr1 25634143 . T C 408.03 PASS AF=0.396694;AO=47;DP=123;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0086758;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.79;QD=13.4886;RBI=0.0184771;REFB=-0.0106611;REVB=0.0163136;RO=76;SAF=24;SAR=23;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083059;STB=0.549619;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0167863;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:76:73:47:48:0.396694:23:24:33:43:23:25:32:41 chr1 25634205 . G A 1109.08 PASS AF=0.53886;AO=102;DP=191;FAO=104;FDP=193;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0222643;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.598;QD=22.9862;RBI=0.0331299;REFB=-0.0235658;REVB=0.0245335;RO=89;SAF=44;SAR=58;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253567;STB=0.517658;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0206989;OID=.;OPOS=25634205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:89:89:102:104:0.53886:58:44:41:48:60:44:41:48 chr1 25717365 . C G 1341.55 PASS AF=0.52459;AO=128;DP=244;FAO=128;FDP=244;FR=.;FRO=116;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=46;FSRR=70;FWDB=0.00813203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.499;QD=21.9926;RBI=0.00816776;REFB=-0.0235542;REVB=-0.000763135;RO=116;SAF=62;SAR=66;SRF=46;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767329;STB=0.541896;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0210273;OID=.;OPOS=25717365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:116:116:128:128:0.52459:66:62:46:70:66:62:46:70 chr1 25722206 . T C 133.1 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0920257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0327;QD=14.3886;RBI=0.165759;REFB=0.0314322;REVB=0.137866;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552695;STB=0.510191;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0219126;OID=.;OPOS=25722206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:22:14:15:0.405405:9:5:7:10:10:5:7:15 chr1 25722893 . T C 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00694015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.959;QD=12.2289;RBI=0.0105868;REFB=-0.0103956;REVB=-0.0079946;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412203;STB=0.523788;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0129331;OID=.;OPOS=25722893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:12:10:15:21:12:10:15:21 chr1 25889632 . T C 73.62 PASS AF=0.416667;AO=6;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00651994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.963;QD=12.2693;RBI=0.00880693;REFB=-0.020089;REVB=-0.00592051;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946031;STB=0.50998;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0237605;OID=.;OPOS=25889632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:25:24:12:14:6:10:0.416667:4:2:5:7:7:3:4:10 chr1 25890189 . A G 295.02 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0192518;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.378;QD=19.6677;RBI=0.0570373;REFB=-0.0249339;REVB=-0.05369;RO=32;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715676;STB=0.519987;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0204523;OID=.;OPOS=25890189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:60:32:29:31:31:0.516667:18:13:11:21:18:13:11:18 chr1 26131654 . G A 2725.15 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218144;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.332;QD=62.2892;RBI=0.0288623;REFB=0;REVB=0.0188988;RO=0;SAF=95;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40231e-05;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:173:175:1:78:95:0:0:79:96:0:0 chr1 26138262 . T C 1619.02 PASS AF=0.990826;AO=88;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=34;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.201145;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9841;QD=59.4136;RBI=0.203051;REFB=0.028363;REVB=-0.0277556;RO=1;SAF=14;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636203;STB=0.503355;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000668414;OID=.;OPOS=26138262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:1:1:88:108:0.990826:74:14:0:1:74:34:0:1 chr1 26140573 . C A 1510.63 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0427006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5421;QD=58.1012;RBI=0.0446356;REFB=0.0092484;REVB=0.0129997;RO=1;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998727;STB=0.505262;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00105787;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:104:1:1:101:103:0.990385:47:54:0:1:47:56:0:1 chr1 26146884 . C G 2550.9 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339578;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.513;QD=61.8401;RBI=0.0396455;REFB=0;REVB=0.0204604;RO=0;SAF=64;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51637e-05;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:101:64:0:0:101:64:0:0 chr1 26158962 . A G 1305.48 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184446;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.477;QD=62.1659;RBI=0.0238265;REFB=0;REVB=0.015083;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72718e-05;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr1 26290745 . G C 785.85 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.637;QD=64.1512;RBI=0.0122036;REFB=0;REVB=0.0107197;RO=1;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10771e-05;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:1:0:47:49:1:32:15:0:1:34:15:0:0 chr1 26357656 . C A 2368.29 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920295;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.21;QD=60.7255;RBI=0.015172;REFB=0;REVB=0.0120621;RO=0;SAF=64;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.32409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360382;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:156:0:0:154:156:1:90:64:0:0:92:64:0:0 chr1 26378002 . C T 560.84 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246292;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.278;QD=60.6309;RBI=0.0399697;REFB=0;REVB=0.0314798;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215964;OID=.;OPOS=26378002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr1 26488019 . G A 1264.2 PASS AF=0.988095;AO=75;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-6.43054e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.946;QD=60.2;RBI=0.137864;REFB=0.14495;REVB=0.137864;RO=4;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439506;STB=0.505049;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000273684;OID=.;OPOS=26488019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:84:4:1:75:83:0.988095:41:34:0:4:49:34:0:1 chr1 26496651 . T C 3058.9 PASS AF=0.994949;AO=189;DP=193;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00690727;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.028;QD=61.7959;RBI=0.0129076;REFB=-0.0304414;REVB=-0.0109039;RO=1;SAF=69;SAR=120;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395195;STB=0.502074;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000719415;OID=.;OPOS=26496651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:193:198:1:1:189:197:0.994949:120:69:0:1:120:77:0:1 chr1 26644537 . C A 463.3 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0847386;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5545;QD=17.4831;RBI=0.0906389;REFB=-0.0246375;REVB=-0.0321678;RO=56;SAF=28;SAR=22;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107854;STB=0.559976;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0281122;OID=.;OPOS=26644537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:56:56:50:50:0.471698:22:28:25:31:22:28:25:31 chr1 26688593 . TACCCATGACCC T 121.51 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00328263;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=11;MLLD=277.085;QD=8.23794;RBI=0.0201668;REFB=-0.00745859;REVB=-0.0198978;RO=38;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132921;STB=0.596308;STBP=0.342;TYPE=del;VARB=0.0177708;OID=.;OPOS=26688594;OREF=ACCCATGACCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288136:17:61:17:59:42:10:7:19:23:99:38:10:7:18:20 chr1 26694245 . T C 2004.21 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0289065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.81;QD=61.1971;RBI=0.0297463;REFB=0.0483425;REVB=0.00701834;RO=1;SAF=30;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155747;STB=0.507935;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-7.72616e-05;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:131:1:1:129:130:0.992366:99:30:1:0:99:31:1:0 chr1 26694260 . T C 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.554;QD=60.1633;RBI=0.0351135;REFB=0;REVB=0.0340603;RO=0;SAF=36;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06313e-05;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:72:36:0:0:72:36:0:0 chr1 26700795 . T C 2678.23 PASS AF=0.994253;AO=134;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=74;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.042182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.932;QD=61.5686;RBI=0.0702778;REFB=0.0526705;REVB=0.0562108;RO=1;SAF=50;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562574;STB=0.502512;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=7.09134e-05;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:1:1:134:173:0.994253:84:50:0:1:99:74:0:1 chr1 26753558 . A G 176.85 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00924183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4727;QD=17.6849;RBI=0.0175696;REFB=-0.0129195;REVB=-0.0149425;RO=21;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4258;STB=0.744927;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0163629;OID=.;OPOS=26753558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:17:17:0.425:13:4:14:7:13:4:14:7 chr1 26755919 . A G 857.97 PASS AF=0.939394;AO=61;DP=65;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0125861;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=332.698;QD=51.9984;RBI=0.0322828;REFB=-0.0461594;REVB=0.0297283;RO=3;SAF=49;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280286;STB=0.519225;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.000538949;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:65:66:3:4:61:62:0.939394:12:49:3:0:12:50:4:0 chr1 26786627 . G A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.03;QD=59.3216;RBI=0.0146919;REFB=0;REVB=-0.00800983;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.94966e-05;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:45:23:0:0:45:23:0:0 chr1 26796096 . GAAAAAAG GAAAAA,GAAAAAG,GAAAAAGG 53.56 PASS AF=0.146067,0,0;AO=15,14,5;DP=114;FAO=13,0,0;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=5,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.229544,-0.320895,-0.0542279;FXX=0.0430061;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=24.293,11.9498,20.5778;QD=2.40733;RBI=0.233833,0.320913,0.068754;REFB=-0.0168547,-0.011525,0.00532774;REVB=0.0445804,0.00343007,-0.0422664;RO=68;SAF=10,12,3;SAR=5,2,2;SRF=29;SRR=39;SSEN=0,0,0;SSEP=0.455399,0.455399,0;SSSB=0.297171,0.539496,0.175984;STB=0.682009,0.5,0.5;STBP=0.192,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.041597,-0.010323,0;OID=.,.,.;OPOS=26796102,26796097,26796102;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAG,GAAAAAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.146067,0,0:15,14,5:114:13,0,0:89:76:5,0,0:8,0,0:46:30:50:68:10,12,3:5,2,2:29:39 chr1 26879920 . T C 1008.43 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.394;QD=59.3192;RBI=0.0142849;REFB=0;REVB=0.00791817;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33658e-05;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:35:32:0:0:36:32:0:0 chr1 26887592 . T C 1400.39 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398156;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.84;QD=62.9388;RBI=0.0463293;REFB=0;REVB=0.0236881;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121891;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr1 26900735 . C G 2274.23 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3525;QD=63.6148;RBI=0.0281658;REFB=0;REVB=0.0125997;RO=0;SAF=69;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54614e-05;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:74:69:0:0:74:69:0:0 chr1 26901319 . G A 1692.43 PASS AF=1;AO=108;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135389;FXX=0.0430997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4353;QD=60.9886;RBI=0.0384593;REFB=0;REVB=0.0359975;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017338;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:108:111:1:53:55:0:0:56:55:0:0 chr1 27099881 . G A 502.15 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.0370409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.122;QD=22.0726;RBI=0.0381139;REFB=0.00635727;REVB=-0.00897995;RO=43;SAF=18;SAR=30;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112768;STB=0.561909;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00339579;OID=.;OPOS=27099881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:30:18:11:32:30:18:11:32 chr1 27108245 . T C 669.05 PASS AF=0.587156;AO=64;DP=109;FAO=64;FDP=109;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0082387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.022;QD=24.5523;RBI=0.0109812;REFB=-0.0212062;REVB=0.00726025;RO=45;SAF=30;SAR=34;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991692;STB=0.554014;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0168047;OID=.;OPOS=27108245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:45:45:64:64:0.587156:34:30:27:18:34:30:27:18 chr1 27210721 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.652;QD=60.0304;RBI=0.0295928;REFB=0;REVB=0.0285649;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76493e-05;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:50:22:0:0:50:22:0:0 chr1 27426796 . T C 1973.06 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00831352;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7851;QD=62.1436;RBI=0.0372697;REFB=0;REVB=-0.0363306;RO=0;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018583;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:68:59:0:0:68:59:0:0 chr1 27427041 . T C 786.84 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0250583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5521;QD=55.2168;RBI=0.0630763;REFB=0.104268;REVB=-0.0578853;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145081;STB=0.50769;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0203193;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:32:24:0:1:32:24:0:1 chr1 27480757 . A G 676.19 PASS AF=0.470199;AO=70;DP=149;FAO=71;FDP=151;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.00799538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6996;QD=17.9123;RBI=0.0155912;REFB=-0.0221476;REVB=0.0133851;RO=78;SAF=40;SAR=30;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176574;STB=0.593515;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0246609;OID=.;OPOS=27480757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:78:80:70:71:0.470199:30:40:30:48:30:41:32:48 chr1 27676925 . G A 804.59 PASS AF=0.506173;AO=74;DP=156;FAO=82;FDP=162;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.0441693;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.605;QD=19.8664;RBI=0.0463226;REFB=-0.00323389;REVB=-0.013959;RO=81;SAF=29;SAR=45;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189858;STB=0.573102;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00340045;OID=.;OPOS=27676925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:162:81:80:74:82:0.506173:45:29:48:33:45:37:48:32 chr1 27679797 . A G 675.01 PASS AF=0.364865;AO=80;DP=219;FAO=81;FDP=222;FR=.;FRO=141;FSAF=68;FSAR=13;FSRF=107;FSRR=34;FWDB=0.0182777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.711;QD=12.1623;RBI=0.0241969;REFB=-0.00948736;REVB=-0.0158561;RO=138;SAF=67;SAR=13;SRF=107;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115032;STB=0.584148;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0190568;OID=.;OPOS=27679797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:222:138:141:80:81:0.364865:13:67:107:31:13:68:107:34 chr1 27679954 . G A 576.54 PASS AF=0.520408;AO=45;DP=100;FAO=51;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0683941;FXX=0.0297;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.169;QD=23.5322;RBI=0.0715959;REFB=-0.0538943;REVB=-0.021171;RO=28;SAF=13;SAR=32;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21652;STB=0.561379;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.025422;OID=.;OPOS=27679954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:28:37:45:51:0.520408:32:13:16:12:32:19:19:18 chr1 27680292 . A G 488.11 PASS AF=0.390071;AO=55;DP=141;FAO=55;FDP=141;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.00837957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8264;QD=13.847;RBI=0.040853;REFB=-0.0210495;REVB=-0.0399844;RO=86;SAF=30;SAR=25;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366291;STB=0.520718;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0241556;OID=.;OPOS=27680292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:86:86:55:55:0.390071:25:30:44:42:25:30:44:42 chr1 27681796 . TGGGGC TGGGC,TGGGCG,TGGGGCG 220.57 PASS AF=0.805556,0.194444,0;AO=5,5,6;DP=35;FAO=29,7,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19,7,0;FSAR=10,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.703259,0.117108,-0.0695306;FXX=0;HRUN=4,4,0;LEN=1,2,1;MLLD=7.28822,37.7503,37.5569;QD=24.5078;RBI=0.72155,0.117213,0.121399;REFB=0,0,0;REVB=0.161437,-0.00496358,-0.0995152;RO=16;SAF=0,5,6;SAR=5,0,0;SRF=13;SRR=3;SSEN=0.416667,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.79279,0.629681,0.66327;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.128855,0.0830845,0;OID=.,.,.;OPOS=27681797,27681800,27681802;OREF=G,GC,-;OALT=-,CG,G;OMAPALT=TGGGC,TGGGCG,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.805556,0.194444,0:5,5,6:35:29,7,0:36:0:19,7,0:10,0,0:0:0:21:16:0,5,6:5,0,0:13:3 chr1 27687466 . G T 381.2 PASS AF=0.414141;AO=40;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0769424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4326;QD=15.4022;RBI=0.0776621;REFB=-0.0239838;REVB=0.0105478;RO=58;SAF=18;SAR=22;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163613;STB=0.501238;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0338917;OID=.;OPOS=27687466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:40:41:0.414141:22:18:27:31:22:19:27:31 chr1 27688633 . G A 510.17 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00716728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.058;QD=18.3844;RBI=0.00975523;REFB=-0.0188611;REVB=0.00661775;RO=56;SAF=23;SAR=31;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0024853;STB=0.506637;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0209727;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:57:54:54:0.486486:31:23:24:32:31:23:25:32 chr1 27709020 . T C 669.32 PASS AF=0.461538;AO=71;DP=154;FAO=72;FDP=156;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0523692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.884;QD=17.1621;RBI=0.0523772;REFB=-0.00939648;REVB=-0.000919598;RO=83;SAF=34;SAR=37;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322461;STB=0.51819;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0105632;OID=.;OPOS=27709020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:83:84:71:72:0.461538:37:34:37:46:37:35:38:46 chr1 27736478 . T C 70.19 PASS AF=0.6;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0118403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2659;QD=18.716;RBI=0.0118403;REFB=0.00739355;REVB=0;RO=6;SAF=8;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00295404;OID=.;OPOS=27736478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:8:9:0.6:0:8:6:0:0:9:6:0 chr1 27875824 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4719;QD=59.8379;RBI=0.0289352;REFB=0;REVB=-0.0263677;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000641774;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr1 27876482 . C A 4243.66 PASS AF=0.955782;AO=279;DP=295;FAO=281;FDP=294;FR=.;FRO=13;FSAF=86;FSAR=195;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0552465;FXX=0.00338972;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.0532;QD=57.7369;RBI=0.0554797;REFB=-0.159594;REVB=-0.00508223;RO=8;SAF=85;SAR=194;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121791;STB=0.515901;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0018058;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:295:294:8:13:279:281:0.955782:194:85:4:4:195:86:8:5 chr1 28020307 . G C 360.12 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00637996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.935;QD=22.8646;RBI=0.0332115;REFB=-0.0184974;REVB=-0.0325929;RO=27;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014406;STB=0.507932;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0155372;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:18:18:13:14:18:18:13:14 chr1 28060574 . A G 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.105855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.53;QD=15.1005;RBI=0.105883;REFB=0.00759088;REVB=0.00240451;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250762;STB=0.633373;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00711825;OID=.;OPOS=28060574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:15:9:19:11:15:9:19:12 chr1 28149924 . A T 441.88 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0513217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.902;QD=19.8597;RBI=0.0519548;REFB=0.0168008;REVB=-0.00808609;RO=45;SAF=17;SAR=27;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155931;STB=0.586613;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0170222;OID=.;OPOS=28149924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:27:17:25:20:27:17:25:20 chr1 28173614 . C G 409.31 PASS AF=0.442308;AO=45;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0679873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.752;QD=15.7425;RBI=0.0680444;REFB=0.00411916;REVB=-0.00278576;RO=57;SAF=18;SAR=27;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127313;STB=0.558674;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00392881;OID=.;OPOS=28173614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:58:45:46:0.442308:27:18:30:27:27:19:30:28 chr1 28268835 . A C 562.36 PASS AF=0.42;AO=64;DP=152;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.00531759;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5017;QD=14.9962;RBI=0.103306;REFB=0.0275444;REVB=-0.103169;RO=88;SAF=32;SAR=32;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352278;STB=0.537084;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.0354007;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:88:87:64:63:0.42:32:32:47:41:33:30:47:40 chr1 28282206 . C T 1035.99 PASS AF=0.507246;AO=103;DP=207;FAO=105;FDP=207;FR=.;FRO=102;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=-0.0495573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3889;QD=20.0192;RBI=0.0548613;REFB=0.00575697;REVB=-0.0235337;RO=102;SAF=48;SAR=55;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397289;STB=0.516571;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00513655;OID=.;OPOS=28282206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:102:102:103:105:0.507246:55:48:52:50:55:50:52:50 chr1 28282292 . T C 733.72 PASS AF=0.453488;AO=77;DP=171;FAO=78;FDP=172;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=0.0182147;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.876;QD=17.0632;RBI=0.0235525;REFB=0.00250855;REVB=-0.0149313;RO=90;SAF=39;SAR=38;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710675;STB=0.560294;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00331674;OID=.;OPOS=28282292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:90:94:77:78:0.453488:38:39:39:51:37:41:39:55 chr1 28422847 . C T 1450.3 PASS AF=0.961905;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0839129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5724;QD=55.2495;RBI=0.105043;REFB=-0.164349;REVB=0.0631873;RO=3;SAF=34;SAR=67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200611;STB=0.506934;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00519811;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:105:105:3:4:101:101:0.961905:67:34:2:1:67:34:2:2 chr1 28477449 . G A 521.84 PASS AF=0.46281;AO=55;DP=120;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0172156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7865;QD=17.2508;RBI=0.0269576;REFB=-0.00675271;REVB=0.0207445;RO=65;SAF=25;SAR=30;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691435;STB=0.533823;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0142761;OID=.;OPOS=28477449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:65:65:55:56:0.46281:30:25:25:40:31:25:25:40 chr1 28600607 . A G 363.41 PASS AF=0.340909;AO=44;DP=131;FAO=45;FDP=132;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0138818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.859;QD=11.0125;RBI=0.027515;REFB=0.00674135;REVB=0.0237565;RO=86;SAF=22;SAR=22;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503535;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0110432;OID=.;OPOS=28600607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:86:87:44:45:0.340909:22:22:43:43:22:23:44:43 chr1 28638859 . A T 2036.69 PASS AF=0.977941;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0128257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.522;QD=59.9028;RBI=0.0211314;REFB=-0.0311652;REVB=0.0167939;RO=1;SAF=35;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00482613;STB=0.507537;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000112689;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:136:1:3:133:133:0.977941:98:35:0:1:98:35:0:3 chr1 28793149 . C G 800.81 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.163;QD=57.2004;RBI=0.0447746;REFB=0;REVB=0.0352002;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88411e-05;OID=.;OPOS=28793149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:31:25:0:0 chr1 28975238 . G C 505.83 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=137;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=-0.0247736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6798;QD=14.7688;RBI=0.04044;REFB=0.0087581;REVB=-0.0319635;RO=80;SAF=31;SAR=25;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210649;STB=0.614059;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0170873;OID=.;OPOS=28975238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:80:81:56:56:0.408759:25:31:28:52:25:31:29:52 chr1 29029042 . A C 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0225159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.662;QD=6.85074;RBI=0.0287297;REFB=-0.0111471;REVB=0.0178446;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295578;STB=0.700568;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0263744;OID=.;OPOS=29029042;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:29:31:10:10:0.243902:6:4:19:10:6:4:21:10 chr1 29138975 . G T 1492.02 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709818;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.313;QD=63.4902;RBI=0.0521397;REFB=0;REVB=0.0516543;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78557e-05;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:94:0:0:88:94:1:42:46:0:0:46:48:0:0 chr1 29189458 . G T 1090.52 PASS AF=0.539267;AO=103;DP=191;FAO=103;FDP=191;FR=.;FRO=88;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.00830725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.84;QD=22.838;RBI=0.010325;REFB=-0.0186811;REVB=0.00613158;RO=88;SAF=49;SAR=54;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778805;STB=0.542513;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0160065;OID=.;OPOS=29189458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:88:88:103:103:0.539267:54:49:50:38:54:49:50:38 chr1 29189597 . C T 1191.24 PASS AF=0.495798;AO=117;DP=238;FAO=118;FDP=238;FR=.;FRO=120;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=66;FSRR=54;FWDB=0.00224873;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.219;QD=20.0208;RBI=0.00282596;REFB=0.00691409;REVB=0.00171151;RO=121;SAF=59;SAR=58;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381085;STB=0.520955;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00450712;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:121:120:117:118:0.495798:58:59:66:55:58:60:66:54 chr1 29446332 . AT A 37.43 PASS AF=0.342466;AO=21;DP=79;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0595824;FXX=0.120467;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.62756;QD=2.05069;RBI=0.0600176;REFB=-0.0958576;REVB=-0.00721502;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253811;STB=0.606472;STBP=0.193;TYPE=del;VARB=0.0343984;OID=.;OPOS=29446333;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342466:21:79:25:73:48:10:15:27:21:37:31:9:12:21:10 chr1 29446811 . A G 436.14 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00731123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2624;QD=19.6017;RBI=0.0424515;REFB=-0.0105655;REVB=-0.0418172;RO=42;SAF=21;SAR=23;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000956739;STB=0.505374;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0424323;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:42:45:44:44:0.494382:23:21:20:22:23:21:21:24 chr1 29475648 . T G 304.13 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.012814;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.005;QD=17.379;RBI=0.0162923;REFB=-0.024715;REVB=-0.0100619;RO=27;SAF=12;SAR=20;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600484;STB=0.522714;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.024163;OID=.;OPOS=29475648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:37:32:33:0.471429:20:12:12:15:21:12:12:25 chr1 29529699 . T C 637.27 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0115781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.993;QD=18.6066;RBI=0.0161566;REFB=-0.0148482;REVB=-0.0112687;RO=71;SAF=33;SAR=32;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065901;STB=0.539799;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0199448;OID=.;OPOS=29529699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:72:65:65:0.474453:32:33:41:30:32:33:42:30 chr1 29542637 . A G 589.03 PASS AF=0.428571;AO=66;DP=155;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.0171791;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.919;QD=15.2994;RBI=0.053986;REFB=-0.0278067;REVB=-0.0511798;RO=85;SAF=30;SAR=36;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162844;STB=0.51306;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0310079;OID=.;OPOS=29542637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:85:88:66:66:0.428571:36:30:40:45:36:30:42:46 chr1 29630455 . C T 3757.42 PASS AF=0.944238;AO=252;DP=268;FAO=254;FDP=269;FR=.;FRO=15;FSAF=89;FSAR=165;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0185986;FXX=0.00370357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.026;QD=55.8724;RBI=0.0371706;REFB=-0.06356;REVB=0.032183;RO=15;SAF=87;SAR=165;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220637;STB=0.511129;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00096687;OID=.;OPOS=29630455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:268:269:15:15:252:254:0.944238:165:87:8:7:165:89:8:7 chr1 31188901 . A G 2327.06 PASS AF=1;AO=152;DP=155;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113839;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.592;QD=60.8383;RBI=0.0116668;REFB=0;REVB=-0.00255403;RO=1;SAF=79;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76887e-06;OID=.;OPOS=31188901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:153:1:0:152:153:1:73:79:0:1:74:79:0:0 chr1 31215364 . T C 398.35 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.000415855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.998;QD=19.1976;RBI=0.0021631;REFB=-0.00822639;REVB=-0.00212275;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153829;STB=0.590044;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00981803;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:40:41:0.493976:19:21:15:27:19:22:15:27 chr1 31346057 . A G 507.12 PASS AF=0.44;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0105551;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.585;QD=16.2278;RBI=0.0564629;REFB=-0.0136373;REVB=-0.0554675;RO=70;SAF=31;SAR=24;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120873;STB=0.567543;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0124096;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:70:70:55:55:0.44:24:31:31:39:24:31:31:39 chr1 31347320 . G A 1061.74 PASS AF=0.507109;AO=105;DP=210;FAO=107;FDP=211;FR=.;FRO=104;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=0.00905866;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.576;QD=20.1278;RBI=0.0546134;REFB=-0.0188676;REVB=0.0538568;RO=101;SAF=54;SAR=51;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936688;STB=0.502708;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0172006;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:101:104:105:107:0.507109:51:54:53:48:51:56:55:49 chr1 31349675 . G A 312.71 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0176307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4288;QD=21.9443;RBI=0.064402;REFB=-0.00981257;REVB=0.0619418;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123074;STB=0.568063;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0175839;OID=.;OPOS=31349675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:19:13:14:11:19:13:14:11 chr1 31426815 . A G 765.74 PASS AF=0.503401;AO=74;DP=147;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.00749528;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.829;QD=20.8364;RBI=0.00923838;REFB=-0.00975721;REVB=-0.00540077;RO=72;SAF=30;SAR=44;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159813;STB=0.584695;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00774109;OID=.;OPOS=31426815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:72:73:74:74:0.503401:44:30:42:30:44:30:42:31 chr1 31445932 . C G 2743.91 PASS AF=1;AO=174;DP=179;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177023;FXX=0.0223451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0549;QD=62.718;RBI=0.0346744;REFB=0;REVB=0.0298151;RO=0;SAF=82;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41779e-05;OID=.;OPOS=31445932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:175:0:0:174:175:1:92:82:0:0:93:82:0:0 chr1 31653937 . G A 151.52 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00577391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.094;QD=12.8957;RBI=0.0104385;REFB=0.000862703;REVB=-0.0086962;RO=29;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635571;STB=0.553249;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0011274;OID=.;OPOS=31653937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:30:17:17:0.361702:12:5:10:19:12:5:11:19 chr1 31732788 . C T 757.33 PASS AF=0.440217;AO=81;DP=184;FAO=81;FDP=184;FR=.;FRO=103;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.0272921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.32;QD=16.4636;RBI=0.0277899;REFB=-0.0276231;REVB=0.0052366;RO=103;SAF=32;SAR=49;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102635;STB=0.557185;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0286452;OID=.;OPOS=31732788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:103:103:81:81:0.440217:49:32:51:52:49:32:51:52 chr1 31733830 . T C 368.91 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0580417;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.76;QD=18.6788;RBI=0.0593261;REFB=-0.0155314;REVB=0.0122778;RO=41;SAF=12;SAR=25;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617644;STB=0.543704;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0176202;OID=.;OPOS=31733830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:37:38:0.481013:25:12:11:30:25:13:11:30 chr1 31733926 . A G 349.16 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00350068;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.314;QD=19.9522;RBI=0.0212186;REFB=0.0129066;REVB=0.0209278;RO=34;SAF=14;SAR=22;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893839;STB=0.549461;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00860811;OID=.;OPOS=31733926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:34:36:36:0.514286:22:14:10:24:22:14:10:24 chr1 31740706 . A G 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0164386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.988;QD=14.558;RBI=0.063984;REFB=-0.0144247;REVB=0.0618363;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161294;STB=0.591765;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0371614;OID=.;OPOS=31740706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:16:10:19:16:16:10:19:16 chr1 31837196 . G T 1229.33 PASS AF=0.435065;AO=134;DP=308;FAO=134;FDP=308;FR=.;FRO=174;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=93;FSRR=81;FWDB=-0.020859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.697;QD=15.9654;RBI=0.0222714;REFB=-0.0202612;REVB=-0.00780499;RO=174;SAF=72;SAR=62;SRF=93;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00289511;STB=0.501607;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.025747;OID=.;OPOS=31837196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:174:174:134:134:0.435065:62:72:93:81:62:72:93:81 chr1 31882730 . G A 352.18 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.012309;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.638;QD=28.7491;RBI=0.0340736;REFB=-0.0237499;REVB=0.0317726;RO=19;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390757;STB=0.521467;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00944006;OID=.;OPOS=31882730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:11:19:13:6:11:19:13:6 chr1 31883295 . T C 3008.05 PASS AF=0.985149;AO=195;DP=198;FAO=199;FDP=202;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=130;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00483997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5443;QD=59.5654;RBI=0.0365966;REFB=0.0182807;REVB=0.0362751;RO=3;SAF=68;SAR=127;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000488703;STB=0.50022;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0018408;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:198:202:3:3:195:199:0.985149:127:68:1:2:130:69:1:2 chr1 31898234 . T C 734.71 PASS AF=0.529851;AO=72;DP=134;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0272212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6491;QD=21.9316;RBI=0.035164;REFB=-0.0144259;REVB=-0.0222601;RO=61;SAF=33;SAR=39;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692588;STB=0.541883;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0195242;OID=.;OPOS=31898234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:61:63:72:71:0.529851:39:33:33:28:39:32:34:29 chr1 31905889 . A ACAG 811.97 PASS AF=0.384298;AO=88;DP=246;FAO=93;FDP=242;FR=.;FRO=149;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=71;FSRR=78;FWDB=-0.0108104;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=3;MLLD=229.026;QD=13.4211;RBI=0.0108137;REFB=-0.0513414;REVB=-0.000265309;RO=150;SAF=52;SAR=36;SRF=74;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109709;STB=0.564446;STBP=0.108;TYPE=ins;VARB=0.0755335;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384298:88:246:93:242:149:54:39:71:78:99:150:52:36:74:76 chr1 31907457 . A G 2273.67 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2742;QD=63.5991;RBI=0.0177015;REFB=0;REVB=0.0152438;RO=0;SAF=61;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16354e-05;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:82:61:0:0:82:61:0:0 chr1 31971977 . A G 49.46 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0191668;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.011;QD=12.3652;RBI=0.118125;REFB=-0.0107986;REVB=-0.11656;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130818;STB=0.555401;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00348248;OID=.;OPOS=31971977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:10:9:7:7:0.4375:3:4:7:3:3:4:6:3 chr1 31973122 . GTGGAGTCTGTC G 225.65 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00157739;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=11;MLLD=362.778;QD=10.8745;RBI=0.0106637;REFB=-0.00582119;REVB=-0.0105464;RO=54;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386192;STB=0.517613;STBP=0.831;TYPE=del;VARB=0.010273;OID=.;OPOS=31973123;OREF=TGGAGTCTGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337349:28:86:28:83:55:10:18:21:34:99:54:10:18:21:33 chr1 31973138 . T C 232.7 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0599632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.357;QD=10.4585;RBI=0.0610376;REFB=-0.0127227;REVB=-0.0114021;RO=58;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063869;STB=0.551831;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.021168;OID=.;OPOS=31973138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:58:60:29:29:0.325843:19:10:23:35:19:10:25:35 chr1 31973348 . A C 917.71 PASS AF=0.58042;AO=83;DP=143;FAO=83;FDP=143;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0105564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.028;QD=25.6703;RBI=0.095438;REFB=-0.0184525;REVB=0.0948524;RO=59;SAF=36;SAR=47;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705579;STB=0.535081;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0163326;OID=.;OPOS=31973348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:59:60:83:83:0.58042:47:36:31:28:47:36:31:29 chr1 31973409 . G A 774.99 PASS AF=0.528571;AO=73;DP=139;FAO=74;FDP=140;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0271758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.047;QD=22.1426;RBI=0.0279778;REFB=-0.021595;REVB=0.00665099;RO=65;SAF=32;SAR=41;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467278;STB=0.525634;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0129031;OID=.;OPOS=31973409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:65:66:73:74:0.528571:41:32:32:33:41:33:33:33 chr1 31973440 . G A 544.79 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0231852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.885;QD=18.6251;RBI=0.0236026;REFB=-0.0245431;REVB=0.00441938;RO=60;SAF=28;SAR=29;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038977;STB=0.521575;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0246126;OID=.;OPOS=31973440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:57:57:0.487179:29:28:32:28:29:28:32:28 chr1 32084904 . C T 1545.16 PASS AF=0.46087;AO=159;DP=345;FAO=159;FDP=345;FR=.;FRO=186;FSAF=83;FSAR=76;FSRF=85;FSRR=101;FWDB=-0.0182238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5819;QD=17.915;RBI=0.0186774;REFB=-0.0192474;REVB=0.00409139;RO=185;SAF=83;SAR=76;SRF=85;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609164;STB=0.535011;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0238086;OID=.;OPOS=32084904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:185:186:159:159:0.46087:76:83:85:100:76:83:85:101 chr1 32092525 . A G 556.56 PASS AF=0.410959;AO=61;DP=147;FAO=60;FDP=146;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.00287933;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.75;QD=15.2483;RBI=0.00522605;REFB=-0.0119334;REVB=-0.00436131;RO=82;SAF=29;SAR=32;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625912;STB=0.523497;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0184204;OID=.;OPOS=32092525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:82:86:61:60:0.410959:32:29:44:38:31:29:45:41 chr1 32092918 . T TTCC 527.7 PASS AF=0.402778;AO=56;DP=149;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.0123709;FXX=0.0204068;HRUN=2;LEN=3;MLLD=304.469;QD=14.6583;RBI=0.0124794;REFB=-0.00856163;REVB=-0.00164257;RO=91;SAF=26;SAR=30;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882383;STB=0.559441;STBP=0.258;TYPE=ins;VARB=0.0124276;OID=.;OPOS=32092919;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=TTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402778:56:149:58:144:86:28:30:33:53:99:91:26:30:35:56 chr1 32096265 . A G 439.1 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0398745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5974;QD=15.8235;RBI=0.0417015;REFB=0.0217256;REVB=-0.0122083;RO=63;SAF=25;SAR=23;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838888;STB=0.537249;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0318269;OID=.;OPOS=32096265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:62:48:49:0.441441:23:25:38:25:23:26:37:25 chr1 32127953 . G A 497.35 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00300538;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.883;QD=19.1288;RBI=0.00675908;REFB=-0.0155418;REVB=-0.00605416;RO=52;SAF=22;SAR=30;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358447;STB=0.519809;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0203348;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:52:52:52:52:0.5:30:22:20:32:30:22:20:32 chr1 32148571 . A G 1456.33 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.467;QD=61.9713;RBI=0.0298277;REFB=0.0688772;REVB=0.0243214;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000119262;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:94:0:1:92:93:0.989362:49:43:0:0:51:42:1:0 chr1 32163574 . CGGGGC CGGC,CGGG,CGGGC,CGGGCC 2296.13 PASS AF=0.283636,0,0.690909,0;AO=50,27,106,13;DP=264;FAO=78,0,190,0;FDP=275;FR=.;FRO=7;FSAF=33,0,81,0;FSAR=45,0,109,0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.131016,-0.309199,-0.267915,0.00447241;FXX=0.0143364;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,2,1,1;MLLD=15.5201,6.856,12.2541,6.64888;QD=33.3983;RBI=0.135735,0.333507,0.280619,0.0560232;REFB=0.0155857,0.0939806,0.0354044,-0.0670662;REVB=-0.0354771,-0.124992,-0.0834772,0.0558444;RO=21;SAF=17,17,39,8;SAR=33,10,67,5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0.555556,0.555556,0.555556,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0529637,0.161707,-0.0201782,0.195695;STB=0.547933,0.5,0.520708,0.5;STBP=0.005,1,0.008,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0234904,0,-0.0482247,0;OID=.,.,.,.;OPOS=32163575,32163578,32163575,32163578;OREF=GG,GC,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=CGGC,CGGG,CGGGC,CGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.283636,0,0.690909,0:50,27,106,13:264:78,0,190,0:275:7:33,0,81,0:45,0,109,0:7:0:99:21:17,17,39,8:33,10,67,5:9:12 chr1 32221745 . G A 586.6 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00422824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.01;QD=19.7178;RBI=0.0117836;REFB=-0.0291388;REVB=-0.0109988;RO=57;SAF=32;SAR=28;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721163;STB=0.529934;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0246575;OID=.;OPOS=32221745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:59:60:60:0.504202:28:32:35:22:28:32:35:24 chr1 32279629 . G A 742.54 PASS AF=0.404762;AO=69;DP=210;FAO=85;FDP=210;FR=.;FRO=125;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=0.0397326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.557;QD=14.1436;RBI=0.0401119;REFB=-0.0118144;REVB=0.00550332;RO=109;SAF=28;SAR=41;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118257;STB=0.590801;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.014322;OID=.;OPOS=32279629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:109:125:69:85:0.404762:41:28:56:53:51:34:69:56 chr1 32280610 . T C 2099.22 PASS AF=0.534574;AO=201;DP=376;FAO=201;FDP=376;FR=.;FRO=175;FSAF=102;FSAR=99;FSRF=91;FSRR=84;FWDB=-0.00930075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.001;QD=22.3321;RBI=0.0162378;REFB=-0.0249912;REVB=-0.0133102;RO=175;SAF=102;SAR=99;SRF=91;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107199;STB=0.505837;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0211457;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:376:175:175:201:201:0.534574:99:102:91:84:99:102:91:84 chr1 32544768 . A G 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.0111129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.257;QD=13.4152;RBI=0.0165669;REFB=-0.00603885;REVB=-0.0122868;RO=36;SAF=19;SAR=6;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674179;STB=0.51984;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00840707;OID=.;OPOS=32544768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:37:25:25:0.403226:6:19:29:7:6:19:29:8 chr1 32557486 . A G 620.99 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0317488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4717;QD=17.9998;RBI=0.0346017;REFB=-0.00975333;REVB=0.0137584;RO=71;SAF=35;SAR=29;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379695;STB=0.53246;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0104887;OID=.;OPOS=32557486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:71:74:64:64:0.463768:29:35:36:35:29:35:36:38 chr1 32672908 . T G 180.08 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0124611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.718;QD=11.0819;RBI=0.0357216;REFB=-0.0114885;REVB=-0.0334776;RO=42;SAF=14;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429259;STB=0.524978;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0203122;OID=.;OPOS=32672908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:9:14:24:18:9:14:24:18 chr1 32672932 . G A 457.04 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0380576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3294;QD=23.1412;RBI=0.038619;REFB=-0.0107812;REVB=0.00656066;RO=35;SAF=26;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758605;STB=0.50417;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0187703;OID=.;OPOS=32672932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:18:26:21:14:18:26:21:14 chr1 32694819 . A G 354.87 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00940816;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4532;QD=24.059;RBI=0.0286951;REFB=0.0178106;REVB=-0.0271089;RO=25;SAF=11;SAR=24;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167653;STB=0.58223;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0127604;OID=.;OPOS=32694819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:25:24:35:35:0.59322:24:11:13:12:24:11:12:12 chr1 32706791 . G T 400.91 PASS AF=0.394958;AO=46;DP=118;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0163226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.83;QD=13.4758;RBI=0.0169681;REFB=-0.0215104;REVB=-0.0046356;RO=71;SAF=27;SAR=19;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131359;STB=0.583507;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0356609;OID=.;OPOS=32706791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:71:72:46:47:0.394958:19:27:33:38:19:28:33:39 chr1 32713199 . A G 499.83 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00118933;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8096;QD=19.4108;RBI=0.0170448;REFB=0.00165326;REVB=-0.0170033;RO=53;SAF=21;SAR=31;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106215;STB=0.514071;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00138517;OID=.;OPOS=32713199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:53:51:52:52:0.504854:31:21:22:31:31:21:22:29 chr1 32831583 . C T 465.13 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.000353035;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.127;QD=17.2272;RBI=0.00628522;REFB=-0.0298671;REVB=-0.0062753;RO=55;SAF=29;SAR=21;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913706;STB=0.532245;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0298662;OID=.;OPOS=32831583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:55:58:50:50:0.462963:21:29:37:18:21:29:37:21 chr1 33065947 . G C 940.76 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235977;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.365;QD=58.7972;RBI=0.0289025;REFB=0;REVB=-0.0166883;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.704e-05;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr1 33099637 . A G 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00787945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.793;QD=11.9166;RBI=0.0256666;REFB=0.00253139;REVB=0.0244272;RO=37;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783005;STB=0.545413;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00364414;OID=.;OPOS=33099637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:14:8:16:21:14:8:16:21 chr1 33133968 . T C 976.84 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00587165;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.507;QD=57.461;RBI=0.0116652;REFB=-0.0881124;REVB=0.0100797;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141052;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-8.86193e-05;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:33:34:0:1:33:34:0:1 chr1 33149698 . AAG A 235.62 PASS AF=0.431818;AO=31;DP=75;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0170049;FXX=0.0112347;HRUN=5;LEN=2;MLLD=209.153;QD=10.7099;RBI=0.0170054;REFB=-0.0087547;REVB=-0.000136834;RO=32;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456629;STB=0.537615;STBP=0.564;TYPE=del;VARB=0.0124455;OID=.;OPOS=33149699;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:31:75:38:88:50:18:20:27:23:99:32:13:18:15:17 chr1 33160644 . T G 401.69 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.023813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.49;QD=27.2334;RBI=0.0242992;REFB=-0.0156598;REVB=-0.00483631;RO=21;SAF=14;SAR=24;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590282;STB=0.532147;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0087826;OID=.;OPOS=33160644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:21:38:38:0.644068:24:14:6:15:24:14:6:15 chr1 33160878 . C T 184.84 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00237227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.646;QD=12.1205;RBI=0.00998414;REFB=-0.00869823;REVB=0.00969822;RO=38;SAF=17;SAR=6;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447518;STB=0.757442;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00807513;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:6:17:12:26:6:17:12:26 chr1 33161212 . T C 474.38 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0103882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.059;QD=14.9411;RBI=0.0153918;REFB=-0.0112946;REVB=-0.0113576;RO=72;SAF=32;SAR=21;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655146;STB=0.545825;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0156882;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:72:74:53:53:0.417323:21:32:39:33:21:32:39:35 chr1 33161264 . C T 868.49 PASS AF=0.559441;AO=80;DP=143;FAO=80;FDP=143;FR=.;FRO=63;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.00833386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.29;QD=24.2935;RBI=0.00834044;REFB=-0.0196055;REVB=0.000331105;RO=63;SAF=48;SAR=32;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431574;STB=0.523524;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0152079;OID=.;OPOS=33161264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:63:63:80:80:0.559441:32:48:41:22:32:48:41:22 chr1 33231380 . T G 506.94 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0340168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4648;QD=25.9967;RBI=0.054576;REFB=-0.0113976;REVB=-0.0426779;RO=31;SAF=32;SAR=15;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808795;STB=0.544023;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00640773;OID=.;OPOS=33231380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:15:32:24:7:15:32:24:7 chr1 33231403 . G T 410.16 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0215698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.707;QD=26.4622;RBI=0.0408569;REFB=-0.0418589;REVB=-0.0346991;RO=23;SAF=27;SAR=12;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744239;STB=0.54052;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0224228;OID=.;OPOS=33231403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:12:27:18:5:12:27:18:5 chr1 33235626 . G A 512.95 PASS AF=0.383648;AO=61;DP=159;FAO=61;FDP=159;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.00771108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.667;QD=12.9045;RBI=0.0254477;REFB=-0.0164522;REVB=0.0242513;RO=98;SAF=31;SAR=30;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311458;STB=0.517619;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0249509;OID=.;OPOS=33235626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:98:98:61:61:0.383648:30:31:47:51:30:31:47:51 chr1 33324088 . C G 269.49 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0149926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.304;QD=14.1837;RBI=0.0734305;REFB=-0.00963284;REVB=-0.0718837;RO=45;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504056;STB=0.528696;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.015281;OID=.;OPOS=33324088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:20:11:18:27:20:11:18:27 chr1 33328165 . G A 1134.49 PASS AF=0.461538;AO=120;DP=260;FAO=120;FDP=260;FR=.;FRO=140;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=63;FSRR=77;FWDB=-0.014087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.336;QD=17.4536;RBI=0.0185378;REFB=-0.00157813;REVB=0.0120502;RO=136;SAF=58;SAR=62;SRF=59;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478143;STB=0.517987;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00154076;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:136:140:120:120:0.461538:62:58:59:77:62:58:63:77 chr1 33361228 . A G 447.26 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0172533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8898;QD=18.4438;RBI=0.0610601;REFB=-0.00654519;REVB=-0.0585718;RO=52;SAF=21;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00495076;STB=0.502761;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00984825;OID=.;OPOS=33361228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:24:21:24:28:24:21:24:28 chr1 33409693 . G A 251.86 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0346419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4395;QD=14.8151;RBI=0.0774439;REFB=-0.023645;REVB=-0.069264;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520206;STB=0.522433;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.039171;OID=.;OPOS=33409693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:16:13:19:19:16:13:19:20 chr1 33475721 . G C 59.21 PASS AF=0.121495;AO=13;DP=107;FAO=13;FDP=107;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.0548354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2718;QD=2.21347;RBI=0.0573563;REFB=-0.00620645;REVB=-0.0168172;RO=92;SAF=6;SAR=7;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00619149;STB=0.513023;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0425256;OID=.;OPOS=33475721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:107:107:92:94:13:13:0.121495:7:6:42:50:7:6:42:52 chr1 33475750 . A G 122.07 PASS AF=0.175573;AO=22;DP=130;FAO=23;FDP=131;FR=.;FRO=108;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=-0.0107923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.063;QD=3.72726;RBI=0.0188944;REFB=-0.0112247;REVB=-0.0155088;RO=107;SAF=7;SAR=15;SRF=47;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162453;STB=0.623118;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0331294;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:107:108:22:23:0.175573:15:7:47:60:16:7:48:60 chr1 33475767 . G A 169.97 PASS AF=0.208955;AO=28;DP=134;FAO=28;FDP=134;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=0.0190489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.002;QD=5.0738;RBI=0.0191536;REFB=-0.00750783;REVB=-0.00200054;RO=106;SAF=7;SAR=21;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246019;STB=0.655344;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0296558;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:106:106:28:28:0.208955:21:7:45:61:21:7:45:61 chr1 33613054 . G A 648.21 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.000699754;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.086;QD=21.4284;RBI=0.0717585;REFB=-0.020256;REVB=0.0717551;RO=56;SAF=38;SAR=26;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043698;STB=0.527304;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0183552;OID=.;OPOS=33613054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:56:57:64:64:0.528926:26:38:36:20:26:38:37:20 chr1 33631069 . C A 1947.71 PASS AF=0.490196;AO=197;DP=408;FAO=200;FDP=408;FR=.;FRO=208;FSAF=88;FSAR=112;FSRF=87;FSRR=121;FWDB=0.0157585;FXX=0.00729909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.944;QD=19.0952;RBI=0.0157634;REFB=-0.0149388;REVB=-0.000392215;RO=209;SAF=87;SAR=110;SRF=85;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333642;STB=0.51127;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0154466;OID=.;OPOS=33631069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:408:209:208:197:200:0.490196:110:87:85:124:112:88:87:121 chr1 33646950 . A G 575.69 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0371319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7302;QD=18.276;RBI=0.0958917;REFB=-0.0182742;REVB=-0.0884106;RO=65;SAF=28;SAR=32;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052961;STB=0.525415;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.020131;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:66:60:60:0.47619:32:28:34:31:32:28:34:32 chr1 33957130 . C A 631.05 PASS AF=0.595745;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0380277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.409;QD=26.8532;RBI=0.0382839;REFB=-0.0250489;REVB=0.0044216;RO=37;SAF=40;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795767;STB=0.551582;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0218919;OID=.;OPOS=33957130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:38:56:56:0.595745:16:40:23:14:16:40:23:15 chr1 33957152 . T G 1814.64 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.348;QD=60.488;RBI=0.0455222;REFB=0;REVB=0.0406747;RO=0;SAF=69;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25916e-05;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:120:0:0:112:120:1:43:69:0:0:50:70:0:0 chr1 33960062 . A G 1268.25 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0437109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.079;QD=60.3931;RBI=0.0441075;REFB=-0.32743;REVB=0.0059016;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00319223;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:0:1:83:83:0.988095:41:42:0:0:41:42:0:1 chr1 33961722 . C T 952.83 PASS AF=0.971014;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0181323;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6445;QD=55.2364;RBI=0.042236;REFB=-0.0903251;REVB=0.0381457;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014534;STB=0.515147;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00451515;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:69:1:2:65:67:0.971014:33:32:1:0:35:32:2:0 chr1 33981769 . C T 675.58 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0116941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.654;QD=18.8972;RBI=0.0116962;REFB=-0.0217406;REVB=-0.00021928;RO=74;SAF=32;SAR=36;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404486;STB=0.51894;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0178373;OID=.;OPOS=33981769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:74:75:68:68:0.475524:36:32:38:36:36:32:38:37 chr1 34011669 . C T 737.5 PASS AF=0.418848;AO=80;DP=191;FAO=80;FDP=191;FR=.;FRO=111;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=-0.0138176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.417;QD=15.4449;RBI=0.031678;REFB=-0.00965159;REVB=0.0285056;RO=111;SAF=42;SAR=38;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959576;STB=0.553628;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0116141;OID=.;OPOS=34011669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:111:111:80:80:0.418848:38:42:48:63:38:42:48:63 chr1 34038214 . T C 2677.41 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4687;QD=62.2655;RBI=0.0633415;REFB=0;REVB=0.0621809;RO=0;SAF=73;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164529;OID=.;OPOS=34038214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:99:73:0:0:99:73:0:0 chr1 34071525 . C T 348.45 PASS AF=0.457831;AO=31;DP=76;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00138203;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.099;QD=16.7926;RBI=0.0226093;REFB=-0.0238824;REVB=0.022567;RO=45;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522843;STB=0.503815;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0272267;OID=.;OPOS=34071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:83:45:45:31:38:0.457831:16:15:22:23:20:18:21:24 chr1 34090679 . T C 2145.61 PASS AF=0.45328;AO=226;DP=501;FAO=228;FDP=503;FR=.;FRO=275;FSAF=123;FSAR=105;FSRF=149;FSRR=126;FWDB=-0.0128659;FXX=0.00396032;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.267;QD=17.0625;RBI=0.0145223;REFB=-0.00988588;REVB=-0.00673533;RO=268;SAF=122;SAR=104;SRF=143;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00617476;STB=0.50129;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0137353;OID=.;OPOS=34090679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:501:503:268:275:226:228:0.45328:104:122:143:125:105:123:149:126 chr1 34164505 . T G 37.18 PASS AF=0.12;AO=10;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0154246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.908;QD=1.98299;RBI=0.0181332;REFB=-0.0011444;REVB=-0.0095339;RO=65;SAF=6;SAR=4;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186082;STB=0.588042;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0959216;OID=.;OPOS=34164505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:75:75:65:66:10:9:0.12:4:6:29:36:4:5:30:36 chr1 34270498 . G A 553.61 PASS AF=0.410256;AO=62;DP=156;FAO=64;FDP=156;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0108618;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.866;QD=14.1952;RBI=0.0109148;REFB=-0.00452024;REVB=-0.00107406;RO=92;SAF=36;SAR=26;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109261;STB=0.549824;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00563866;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:92:92:62:64:0.410256:26:36:44:48:28:36:44:48 chr1 34285342 . G A 968.62 PASS AF=0.459459;AO=102;DP=223;FAO=102;FDP=222;FR=.;FRO=120;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=0.0814873;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6829;QD=17.4526;RBI=0.0941591;REFB=0.0127915;REVB=0.0471779;RO=121;SAF=57;SAR=45;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295869;STB=0.518455;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.014822;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:121:120:102:102:0.459459:45:57:64:57:45:57:63:57 chr1 34285381 . C T 1059.93 PASS AF=0.482301;AO=107;DP=225;FAO=109;FDP=226;FR=.;FRO=117;FSAF=68;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=-0.0155996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8974;QD=18.7599;RBI=0.0272338;REFB=-0.00379216;REVB=0.0223234;RO=114;SAF=66;SAR=41;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128541;STB=0.572654;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00330012;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:114:117:107:109:0.482301:41:66:55:59:41:68:57:60 chr1 34329897 . T C 1499.02 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00286693;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.307;QD=59.9609;RBI=0.0132988;REFB=0;REVB=0.0129861;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63264e-05;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:47:53:0:0:47:53:0:0 chr1 34330067 . A C 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=5.0753e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.68;QD=17.7375;RBI=0.0064387;REFB=-0.0168899;REVB=0.0064385;RO=50;SAF=16;SAR=26;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118543;STB=0.566387;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0189746;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:26:16:25:25:26:16:25:25 chr1 34578613 . A G 613.5 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.00664979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.449;QD=18.5909;RBI=0.0146464;REFB=-0.0218418;REVB=0.0130498;RO=65;SAF=23;SAR=40;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042208;STB=0.501557;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0179642;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:69:63:63:0.477273:40:23:21:44:40:23:25:44 chr1 35184033 . C T 868.07 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.937;QD=57.8713;RBI=0.019117;REFB=0;REVB=0.00622986;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09767e-05;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr1 35260885 . C T 863.76 PASS AF=0.5;AO=87;DP=174;FAO=87;FDP=174;FR=.;FRO=87;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.00519312;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.897;QD=19.8565;RBI=0.0177858;REFB=-0.0129552;REVB=-0.0170108;RO=86;SAF=48;SAR=39;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888548;STB=0.546021;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0102232;OID=.;OPOS=35260885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:86:87:87:87:0.5:39:48:39:47:39:48:40:47 chr1 35562965 . G A 789.54 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164026;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.97;QD=64.4524;RBI=0.0264003;REFB=0;REVB=0.0206865;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62266e-05;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr1 35563206 . C G 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0400139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.284;QD=15.2553;RBI=0.0402051;REFB=-0.0139664;REVB=0.00391626;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792243;STB=0.545824;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0336621;OID=.;OPOS=35563206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:14:6:11:19:14:6:11:19 chr1 35661575 . G C 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00046798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0992;QD=21.3873;RBI=0.000680676;REFB=-0.00256381;REVB=-0.000494282;RO=27;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304813;STB=0.667879;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00149608;OID=.;OPOS=35661575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:20:13:21:6:20:13:21:6 chr1 36225948 . T C 751.97 PASS AF=0.503448;AO=71;DP=144;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0407001;FXX=0.0136045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1641;QD=20.744;RBI=0.0415149;REFB=0.0135762;REVB=0.00818451;RO=72;SAF=31;SAR=40;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835655;STB=0.537665;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0143368;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:72:72:71:73:0.503448:40:31:38:34:40:33:38:34 chr1 36316571 . A C 453.48 PASS AF=0.421488;AO=50;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0131783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.943;QD=14.9911;RBI=0.0152945;REFB=-0.0139608;REVB=0.00776238;RO=70;SAF=23;SAR=27;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298193;STB=0.503596;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0181163;OID=.;OPOS=36316571;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:70:70:50:51:0.421488:27:23:32:38:28:23:32:38 chr1 36553673 . A G 1508.69 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0530413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.366;QD=58.5898;RBI=0.0550033;REFB=-0.120368;REVB=-0.0145599;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000712429;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:46:56:0:0:46:56:0:1 chr1 36642420 . T C 1223.87 PASS AF=0.504202;AO=120;DP=240;FAO=120;FDP=238;FR=.;FRO=118;FSAF=27;FSAR=93;FSRF=44;FSRR=74;FWDB=-0.0381958;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.978;QD=20.5693;RBI=0.0382073;REFB=-0.0426124;REVB=0.00093763;RO=110;SAF=27;SAR=93;SRF=39;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147069;STB=0.594206;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0474557;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:238:110:118:120:120:0.504202:93:27:39:71:93:27:44:74 chr1 36644925 . TC T,TT 55.83 PASS AF=0.234043,0.0638298;AO=5,3;DP=40;FAO=11,3;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=1,0;FSAR=10,3;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0768039,0.143556;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.7936,26.264;QD=4.75167;RBI=0.130219,0.155565;REFB=-0.0508898,-0.0418395;REVB=-0.105158,0.0599353;RO=29;SAF=1,0;SAR=4,3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.409277,-0.572889;STB=0.873015,0.9965;STBP=0.011,0.082;TYPE=del,snp;VARB=0.0635217,0.07351;OID=.,.;OPOS=36644926,36644926;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234043,0.0638298:5,3:40:11,3:47:33:1,0:10,3:17:16:38:29:1,0:4,3:16:13 chr1 36773543 . C G 751.06 PASS AF=0.503448;AO=73;DP=145;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=59;FSRF=13;FSRR=59;FWDB=-0.00414662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.341;QD=20.719;RBI=0.00917381;REFB=-0.0186086;REVB=-0.00818317;RO=71;SAF=14;SAR=59;SRF=13;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126618;STB=0.509088;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0182901;OID=.;OPOS=36773543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:71:72:73:73:0.503448:59:14:13:58:59:14:13:59 chr1 36786568 . C T 1657.45 PASS AF=0.543554;AO=156;DP=289;FAO=156;FDP=287;FR=.;FRO=131;FSAF=68;FSAR=88;FSRF=59;FSRR=72;FWDB=0.00873117;FXX=0.00692018;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.366;QD=23.1004;RBI=0.0191723;REFB=-0.0304942;REVB=0.0170688;RO=131;SAF=68;SAR=88;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123233;STB=0.506709;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.032307;OID=.;OPOS=36786568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:287:131:131:156:156:0.543554:88:68:59:72:88:68:59:72 chr1 36793776 . C A 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00246169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.291;QD=21.6642;RBI=0.0279691;REFB=-0.0139045;REVB=-0.0278605;RO=33;SAF=26;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553385;STB=0.530596;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00781288;OID=.;OPOS=36793776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:13:26:20:13:13:26:20:13 chr1 36793959 . G A 441.12 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.010506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.602;QD=16.0407;RBI=0.0125287;REFB=-0.0220765;REVB=-0.00682578;RO=60;SAF=25;SAR=24;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00636923;STB=0.50798;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0264175;OID=.;OPOS=36793959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:61:49:49:0.445455:24:25:31:29:24:25:32:29 chr1 36794138 . G A 251.04 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.027318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.461;QD=19.6897;RBI=0.0313669;REFB=0.00132478;REVB=0.0154147;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232306;STB=0.630469;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00137931;OID=.;OPOS=36794138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:18:8:14:11:18:8:14:11 chr1 36805478 . T C 333.67 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0498021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4251;QD=24.267;RBI=0.0515629;REFB=0.0206096;REVB=0.0133599;RO=22;SAF=22;SAR=11;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506026;STB=0.527761;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.0163199;OID=.;OPOS=36805478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:11:22:16:6:11:22:16:6 chr1 36820927 . G A 810.55 PASS AF=0.436275;AO=89;DP=204;FAO=89;FDP=204;FR=.;FRO=115;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=0.0194538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0882;QD=15.8932;RBI=0.0195093;REFB=-0.00494228;REVB=-0.00147011;RO=114;SAF=40;SAR=49;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042397;STB=0.521272;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00693849;OID=.;OPOS=36820927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:114:115:89:89:0.436275:49:40:56:58:49:40:56:59 chr1 36886117 . C T 332.07 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0147952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.787;QD=13.8362;RBI=0.0151526;REFB=-0.0102065;REVB=0.00327156;RO=44;SAF=10;SAR=27;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132108;STB=0.618253;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0291388;OID=.;OPOS=36886117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:59:37:37:0.385417:27:10:17:27:27:10:26:33 chr1 36898067 . T C 550.29 PASS AF=0.4;AO=60;DP=150;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=0.00927451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.141;QD=14.6744;RBI=0.0108373;REFB=-0.0104687;REVB=0.00560634;RO=89;SAF=25;SAR=35;SRF=32;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631575;STB=0.531168;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0162136;OID=.;OPOS=36898067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:89:90:60:60:0.4:35:25:32:57:35:25:33:57 chr1 36927733 . G A 1592.47 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024224;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5128;QD=58.9805;RBI=0.0501548;REFB=-0.129879;REVB=0.043917;RO=1;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978547;STB=0.505154;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00169953;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:1:1:107:107:0.990741:48:59:0:1:48:59:0:1 chr1 36937059 . A G 1118.61 PASS AF=0.476987;AO=110;DP=239;FAO=114;FDP=239;FR=.;FRO=125;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=0.011118;FXX=0.0164602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.216;QD=18.7216;RBI=0.0139385;REFB=-0.0276845;REVB=-0.00840668;RO=128;SAF=54;SAR=56;SRF=66;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240383;STB=0.506275;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0302751;OID=.;OPOS=36937059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:128:125:110:114:0.476987:56:54:66:62:57:57:64:61 chr1 37948212 . C G 325.61 PASS AF=0.344538;AO=41;DP=120;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=58;FWDB=0.00385861;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.314;QD=10.9449;RBI=0.00798698;REFB=-0.0145078;REVB=-0.00699306;RO=78;SAF=11;SAR=30;SRF=20;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174047;STB=0.510006;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0281244;OID=.;OPOS=37948212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:78:78:41:41:0.344538:30:11:20:58:30:11:20:58 chr1 38006359 . A G 326.07 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0106935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.4031;QD=14.9919;RBI=0.0157331;REFB=0.00379374;REVB=-0.0115404;RO=46;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474838;STB=0.514011;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00681605;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:46:51:36:36:0.413793:22:14:20:26:22:14:21:30 chr1 38023316 . C T 429.01 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.00157233;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.734;QD=16.6605;RBI=0.0171049;REFB=-0.00175324;REVB=-0.0170325;RO=56;SAF=17;SAR=30;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238258;STB=0.513289;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00193356;OID=.;OPOS=38023316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:56:56:47:47:0.456311:30:17:19:37:30:17:19:37 chr1 38041283 . A G 267.75 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0539977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8333;QD=16.2271;RBI=0.0600063;REFB=-0.00884269;REVB=0.0261727;RO=35;SAF=9;SAR=21;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107945;STB=0.555134;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00967394;OID=.;OPOS=38041283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:21:9:14:21:21:9:14:22 chr1 38148765 . A G 3278.46 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165092;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8349;QD=61.8578;RBI=0.0175602;REFB=0;REVB=-0.00598363;RO=0;SAF=77;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215906;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:212:0:0:211:212:1:134:77:0:0:134:78:0:0 chr1 38173982 . TTTTC T,TT 329.16 PASS AF=0.0229885,0.517241;AO=9,30;DP=87;FAO=2,45;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=1,22;FSAR=1,23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00644712,0.00354809;FXX=0.0113623;HRUN=4,4;LEN=4,3;MLLD=226.227,234.368;QD=15.134;RBI=0.0142168,0.0123484;REFB=-0.00850572,-0.00755136;REVB=-0.0126709,-0.0118277;RO=38;SAF=4,16;SAR=5,14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00360851,0.0848967;STB=0.547151,0.518317;STBP=0.856,0.715;TYPE=del,del;VARB=0.0137972,0.0082555;OID=.,.;OPOS=38173983,38173984;OREF=TTTC,TTC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0229885,0.517241:9,30:87:2,45:87:40:1,22:1,23:18:22:99:38:4,16:5,14:17:21 chr1 38185169 . G A 1143.65 PASS AF=0.464945;AO=116;DP=256;FAO=126;FDP=271;FR=.;FRO=145;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=76;FSRR=69;FWDB=0.00705342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.279;QD=16.8804;RBI=0.0130296;REFB=-0.0218833;REVB=0.0109554;RO=139;SAF=49;SAR=67;SRF=72;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948229;STB=0.534172;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0289534;OID=.;OPOS=38185169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:271:139:145:116:126:0.464945:67:49:72:67:68:58:76:69 chr1 38203661 . T TG 489.06 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.6583;QD=46.5772;RBI=0.0382381;REFB=0;REVB=0.0278311;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00150591;OID=.;OPOS=38203662;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:42:42:42:0:17:25:0:0:9:0:17:25:0:0 chr1 38227086 . A T 418.26 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=39;FWDB=0.0289167;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6678;QD=19.2302;RBI=0.0291662;REFB=-0.0194856;REVB=-0.00380654;RO=43;SAF=3;SAR=39;SRF=6;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188014;STB=0.599945;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0188731;OID=.;OPOS=38227086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:43:45:42:42:0.482759:39:3:6:37:39:3:6:39 chr1 38266725 . AACTG A 408.38 PASS AF=0.420732;AO=69;DP=162;FAO=69;FDP=164;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=0.017534;FXX=0.0238081;HRUN=2;LEN=4;MLLD=308.662;QD=9.96036;RBI=0.0185847;REFB=-0.0111359;REVB=0.00616022;RO=85;SAF=31;SAR=38;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496882;STB=0.510376;STBP=0.828;TYPE=del;VARB=0.0144488;OID=.;OPOS=38266726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.420732:69:162:69:164:95:31:38:41:54:99:85:31:38:34:51 chr1 38280590 . GCTTTTTTTG GCTTTTTTG,GCTTTTTTGT,TGCTTTTTTG 31.51 PASS AF=0.333333,0.0333333,0;AO=7,2,2;DP=34;FAO=10,1,0;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4,0,0;FSAR=6,1,0;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.128741,-0.058015,0.0165033;FXX=0.117612;HRUN=7,7,1;LEN=1,2,3;MLLD=9.25569,18.7914,216.881;QD=4.20169;RBI=0.134054,0.0701398,0.0224643;REFB=-0.0678335,-0.0378648,-0.00675915;REVB=-0.0373661,-0.0394189,-0.0152408;RO=15;SAF=4,0,0;SAR=3,2,2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0319978,-0.583083,-0.583083;STB=0.616207,0.991133,0.5;STBP=0.395,0.272,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0834085,0.122428,0;OID=.,.,.;OPOS=38280592,38280598,38280590;OREF=T,TG,GCT;OALT=-,GT,TGC;OMAPALT=GCTTTTTTG,GCTTTTTTGT,TGCTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:34:30:15:19:7,2,2:10,1,0:0.333333,0.0333333,0:3,2,2:4,0,0:9:6:6,1,0:4,0,0:11:8 chr1 38289383 . T C 423.74 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00193048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.9;QD=16.1426;RBI=0.002855;REFB=-0.00508063;REVB=-0.00210339;RO=57;SAF=16;SAR=31;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851495;STB=0.553789;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00560622;OID=.;OPOS=38289383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:57:58:47:47:0.447619:31:16:24:33:31:16:25:33 chr1 38327935 . CAG C 815.55 PASS AF=0.456989;AO=82;DP=188;FAO=85;FDP=186;FR=.;FRO=101;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=-0.0142738;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.093;QD=17.5387;RBI=0.0166853;REFB=0.00880131;REVB=-0.00864049;RO=99;SAF=41;SAR=41;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946468;STB=0.559557;STBP=0.144;TYPE=del;VARB=-0.00765906;OID=.;OPOS=38327936;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456989:82:188:85:186:101:43:42:40:61:99:99:41:41:40:59 chr1 38327982 . G T 1956.5 PASS AF=0.977612;AO=129;DP=134;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.139935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9581;QD=58.403;RBI=0.154405;REFB=-0.213339;REVB=0.0652627;RO=1;SAF=70;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798676;STB=0.502812;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0087467;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:134:1:3:129:131:0.977612:59:70:0:1:60:71:2:1 chr1 38338795 . A G 1185.33 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191814;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.942;QD=60.7863;RBI=0.0192403;REFB=0;REVB=0.00150551;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275022;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:47:29:0:0:49:29:0:0 chr1 38397341 . G A 132.41 PASS AF=0.326531;AO=14;DP=47;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0098461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.826;QD=10.809;RBI=0.0130734;REFB=-0.0170132;REVB=-0.00860048;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127578;STB=0.632499;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0649185;OID=.;OPOS=38397341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:31:33:14:16:0.326531:6:8:21:10:8:8:23:10 chr1 38397369 . C T 295.64 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00880285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9232;QD=15.3579;RBI=0.0321783;REFB=-0.0134408;REVB=0.0309508;RO=41;SAF=18;SAR=15;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113832;STB=0.566226;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0189789;OID=.;OPOS=38397369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:44:33:33:0.428571:15:18:27:14:15:18:29:15 chr1 38411445 . G A 793.69 PASS AF=0.543478;AO=75;DP=138;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0753665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8811;QD=23.0054;RBI=0.0909653;REFB=-0.0326208;REVB=0.0509369;RO=63;SAF=46;SAR=29;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904997;STB=0.549568;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0262142;OID=.;OPOS=38411445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:63:63:75:75:0.543478:29:46:32:31:29:46:32:31 chr1 38423853 . G C 2488.56 PASS AF=1;AO=160;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422614;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.968;QD=61.4459;RBI=0.0443067;REFB=0;REVB=-0.0133064;RO=0;SAF=85;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116425;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:160:162:1:75:85:0:0:77:85:0:0 chr1 38442547 . G A 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.605;QD=63.2814;RBI=0.0517388;REFB=0;REVB=-0.0384457;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35009e-05;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr1 38450367 . A G 1031.33 PASS AF=0.986486;AO=66;DP=69;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0557292;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2463;QD=55.7473;RBI=0.0728567;REFB=-0.0881235;REVB=0.0469292;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133089;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00883981;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:74:1:1:66:73:0.986486:31:35:1:0:37:36:1:0 chr1 38462898 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.658;QD=50.4116;RBI=0.0357403;REFB=0;REVB=-0.0356342;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35529e-05;OID=.;OPOS=38462898;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:3:16:0:0:3:16:0:0 chr1 38462905 . C G 239.89 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0818686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5948;QD=50.5032;RBI=0.088376;REFB=0;REVB=0.0332843;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142501;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:1:16:0:0:3:16:0:0 chr1 38463504 . C T 568.78 PASS AF=0.412162;AO=61;DP=149;FAO=61;FDP=148;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.0135352;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3885;QD=15.3724;RBI=0.0145848;REFB=-0.000633408;REVB=-0.00543285;RO=87;SAF=28;SAR=33;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729462;STB=0.54097;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.000439559;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:87:87:61:61:0.412162:33:28:46:41:33:28:46:41 chr1 38862336 . T A 167.76 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0294371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2246;QD=15.6053;RBI=0.0941279;REFB=0.0166587;REVB=-0.0894065;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763977;STB=0.543992;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.0278757;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:13:12:10:8:13:12 chr1 39339449 . C T 718.2 PASS AF=0.486301;AO=71;DP=146;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.00341094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.887;QD=19.6768;RBI=0.0173566;REFB=-0.0219002;REVB=-0.0170181;RO=75;SAF=24;SAR=47;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759474;STB=0.54203;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0167404;OID=.;OPOS=39339449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:75:75:71:71:0.486301:47:24:31:44:47:24:31:44 chr1 39340282 . C T 693.26 PASS AF=0.424581;AO=76;DP=179;FAO=76;FDP=179;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=-0.0327447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.259;QD=15.4917;RBI=0.0343634;REFB=-0.00524897;REVB=-0.0104224;RO=103;SAF=35;SAR=41;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105336;STB=0.55883;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00672635;OID=.;OPOS=39340282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:103:103:76:76:0.424581:41:35:58:45:41:35:58:45 chr1 39352083 . T G 268.42 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0448811;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.551;QD=13.7652;RBI=0.0497294;REFB=0.00477209;REVB=-0.0214173;RO=45;SAF=21;SAR=10;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127335;STB=0.502368;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00894395;OID=.;OPOS=39352083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:47:31:31:0.397436:10:21:30:15:10:21:32:15 chr1 39352271 . G T 192.97 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=2.3064e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.992;QD=13.7832;RBI=0.00502761;REFB=-0.0121061;REVB=-0.00502755;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205201;STB=0.617052;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0141084;OID=.;OPOS=39352271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:21:12:13:10:21:12 chr1 39734598 . G C 381.68 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.023788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2599;QD=17.1542;RBI=0.0612575;REFB=-0.0275245;REVB=0.0564501;RO=46;SAF=27;SAR=13;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114001;STB=0.585146;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0364527;OID=.;OPOS=39734598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:49:40:40:0.449438:13:27:26:20:13:27:26:23 chr1 39748921 . G A 919.4 PASS AF=0.58042;AO=83;DP=143;FAO=83;FDP=143;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=61;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0330758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4912;QD=25.7176;RBI=0.0410831;REFB=-0.00872626;REVB=-0.0243683;RO=60;SAF=22;SAR=61;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803726;STB=0.543841;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00726955;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:60:60:83:83:0.58042:61:22:21:39:61:22:21:39 chr1 39797055 . A G 649.07 PASS AF=0.446541;AO=71;DP=159;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0449832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2016;QD=16.3287;RBI=0.0481012;REFB=-0.00223184;REVB=-0.0170363;RO=88;SAF=32;SAR=39;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038549;STB=0.502145;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00225812;OID=.;OPOS=39797055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:88:88:71:71:0.446541:39:32:40:48:39:32:40:48 chr1 39802283 . G C 402.98 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00386693;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.044;QD=18.9639;RBI=0.0143661;REFB=-0.0113717;REVB=-0.0138359;RO=44;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296047;STB=0.516475;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0134611;OID=.;OPOS=39802283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:44:44:41:41:0.482353:19:22:25:19:19:22:25:19 chr1 39806610 . C T 853.75 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312171;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.386;QD=57.8816;RBI=0.0313879;REFB=0;REVB=-0.00326952;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06657e-05;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr1 39812822 . C A 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6274;QD=62.1592;RBI=0.0216233;REFB=0;REVB=-0.0203047;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37649e-05;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr1 39847730 . G A 377.2 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0147119;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.159;QD=14.7921;RBI=0.0173731;REFB=0.00361067;REVB=-0.00924033;RO=58;SAF=25;SAR=18;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118754;STB=0.571787;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00455702;OID=.;OPOS=39847730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:58:59:43:43:0.421569:18:25:27:31:18:25:27:32 chr1 39879039 . C A 83.11 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00677594;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=100.973;QD=9.49818;RBI=0.0385231;REFB=-0.0452134;REVB=0.0379225;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289569;STB=0.674818;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0395278;OID=.;OPOS=39879039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:9:15:4:7:9:15 chr1 39881040 . G C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0283834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4572;QD=10.1732;RBI=0.0284485;REFB=-0.0405623;REVB=0.00192283;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0604399;OID=.;OPOS=39881040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr1 39908506 . G A 451.05 PASS AF=0.466667;AO=48;DP=104;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00185398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.923;QD=17.183;RBI=0.0142972;REFB=-0.00672136;REVB=-0.0141765;RO=56;SAF=13;SAR=35;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11897;STB=0.570068;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0250759;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:56:56:48:49:0.466667:35:13:21:35:36:13:21:35 chr1 39908509 . A G 449.01 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.043432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.007;QD=16.9438;RBI=0.0438424;REFB=-0.0138389;REVB=0.00598436;RO=57;SAF=13;SAR=36;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998775;STB=0.555896;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00347132;OID=.;OPOS=39908509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:36:13:20:37:36:13:20:37 chr1 39929724 . G C 546.41 PASS AF=0.542553;AO=50;DP=93;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0116355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6449;QD=23.2513;RBI=0.0928481;REFB=0.036622;REVB=-0.0921161;RO=42;SAF=30;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448188;STB=0.534469;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.022674;OID=.;OPOS=39929724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:42:43:50:51:0.542553:20:30:23:19:20:31:23:20 chr1 39957913 . A G 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196079;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.734;QD=39.6144;RBI=0.0727702;REFB=0;REVB=-0.0700787;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000565149;OID=.;OPOS=39957913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 39988084 . G A 501.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0686;QD=59.0071;RBI=0.118366;REFB=0;REVB=0.107788;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276211;OID=.;OPOS=39988084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr1 40098328 . T C 1474.08 PASS AF=0.979592;AO=94;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0285526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.221;QD=60.1667;RBI=0.0285641;REFB=-0.0620455;REVB=0.000811761;RO=3;SAF=17;SAR=77;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046464;STB=0.510328;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00104464;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:98:98:3:2:94:96:0.979592:77:17:2:1:78:18:1:1 chr1 40129066 . G A 393.1 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00226711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.1115;QD=19.6552;RBI=0.0425339;REFB=0.0126763;REVB=-0.0424734;RO=40;SAF=20;SAR=20;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900901;STB=0.549975;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.0148741;OID=.;OPOS=40129066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:20:20:24:16:20:20:24:16 chr1 40147817 . C A 551.1 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0451919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1088;QD=27.5549;RBI=0.0480939;REFB=-0.042289;REVB=-0.0164537;RO=30;SAF=19;SAR=31;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131579;STB=0.571692;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0217607;OID=.;OPOS=40147817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:30:50:50:0.625:31:19:17:13:31:19:17:13 chr1 40149642 . G T 6169.55 PASS AF=1;AO=386;DP=387;FAO=388;FDP=388;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=208;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611932;FXX=0.00512807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.358;QD=63.6036;RBI=0.028964;REFB=-0.0466188;REVB=0.0283102;RO=0;SAF=178;SAR=208;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72846e-05;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:387:388:0:0:386:388:1:208:178:0:0:208:180:0:0 chr1 40150156 . G A 2990.0 PASS AF=0.985437;AO=196;DP=205;FAO=203;FDP=206;FR=.;FRO=3;FSAF=111;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0202494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.852;QD=58.0582;RBI=0.199058;REFB=-0.120976;REVB=0.198025;RO=3;SAF=110;SAR=86;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01632;STB=0.501761;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.000635032;OID=.;OPOS=40150156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:205:206:3:3:196:203:0.985437:86:110:0:3:92:111:2:1 chr1 40229368 . A G 263.65 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0429334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2463;QD=10.4416;RBI=0.0464638;REFB=0.00376931;REVB=0.0177653;RO=68;SAF=15;SAR=18;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527241;STB=0.530667;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00831902;OID=.;OPOS=40229368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:68:68:33:33:0.326733:18:15:34:34:18:15:34:34 chr1 40229393 . G A 93.58 PASS AF=0.135135;AO=20;DP=149;FAO=20;FDP=148;FR=.;FRO=128;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=-0.0272574;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.616;QD=2.52928;RBI=0.0929742;REFB=0.000261975;REVB=0.0888889;RO=129;SAF=9;SAR=11;SRF=61;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288603;STB=0.523075;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00401867;OID=.;OPOS=40229393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:149:148:129:128:20:20:0.135135:11:9:61:68:11:9:61:67 chr1 40230336 . C G 334.64 PASS AF=0.389474;AO=36;DP=94;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.00568775;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.68;QD=14.0902;RBI=0.00755277;REFB=-0.00446928;REVB=0.00496929;RO=47;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753088;STB=0.527713;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00656192;OID=.;OPOS=40230336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:47:58:36:37:0.389474:22:14:15:32:22:15:21:37 chr1 40363054 . G C 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1372;QD=61.0459;RBI=0.0808301;REFB=0;REVB=-0.00784639;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544559;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr1 40533266 . T G 1549.56 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.056;QD=63.8995;RBI=0.0232888;REFB=0;REVB=0.0223144;RO=0;SAF=29;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83972e-05;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:93:97:1:64:29:0:0:68:29:0:0 chr1 40533286 . AT A,AG 864.45 PASS AF=0.215385,0.784615;AO=12,46;DP=66;FAO=14,51;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=13,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480415,0.0532963;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.7598,75.6469;QD=53.1967;RBI=0.0506575,0.0634824;REFB=0,0;REVB=0.0160683,0.0344894;RO=0;SAF=1,2;SAR=11,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00976473,0.00444249;OID=.,.;OPOS=40533287,40533287;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.215385,0.784615:12,46:66:14,51:65:0:1,2:13,49:0:0:63:0:1,2:11,44:0:0 chr1 40533289 . C G 89.84 PASS AF=0.217391;AO=14;DP=66;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=52;FWDB=0.0125734;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.6525;QD=5.20816;RBI=0.0583828;REFB=-0.0265937;REVB=0.0570128;RO=52;SAF=1;SAR=13;SRF=1;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362745;STB=0.610992;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.128766;OID=.;OPOS=40533289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:66:69:52:54:14:15:0.217391:13:1:1:51:14:1:2:52 chr1 40533315 . T G 811.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124601;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.78;QD=56.923;RBI=0.125057;REFB=0;REVB=-0.0106634;RO=0;SAF=1;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127797;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:54:1:0:0:54:3:0:0 chr1 40533320 . T G 727.27 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.788;QD=57.0411;RBI=0.145384;REFB=0;REVB=0.0327008;RO=0;SAF=2;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697363;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:48:2:0:0:48:3:0:0 chr1 40533326 . T G 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.308;QD=63.8695;RBI=0.149402;REFB=0;REVB=0.0609521;RO=0;SAF=3;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000821849;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:45:3:0:0:45:3:0:0 chr1 40533347 . T G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00257955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.871;QD=63.5829;RBI=0.0333875;REFB=0;REVB=0.0332877;RO=0;SAF=5;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12563e-05;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:42:5:0:0:42:5:0:0 chr1 40557033 . A G 487.3 PASS AF=0.481481;AO=51;DP=107;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.0129596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.8;QD=18.048;RBI=0.0181563;REFB=0.0013622;REVB=0.0127162;RO=55;SAF=23;SAR=28;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154263;STB=0.583854;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00124632;OID=.;OPOS=40557033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:55:56:51:52:0.481481:28:23:16:39:29:23:16:40 chr1 40559686 . G A 1016.27 PASS AF=0.509901;AO=101;DP=202;FAO=103;FDP=202;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=72;FSRF=27;FSRR=72;FWDB=0.038333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.531;QD=20.1241;RBI=0.052233;REFB=0.00755139;REVB=-0.0354805;RO=99;SAF=31;SAR=70;SRF=27;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368606;STB=0.516663;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00607772;OID=.;OPOS=40559686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:99:99:101:103:0.509901:70:31:27:72:72:31:27:72 chr1 40773123 . G C 1107.87 PASS AF=0.521327;AO=109;DP=210;FAO=110;FDP=211;FR=.;FRO=101;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.0178272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.397;QD=21.0023;RBI=0.0190156;REFB=-0.0241774;REVB=0.006617;RO=100;SAF=53;SAR=56;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00329034;STB=0.501596;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0211347;OID=.;OPOS=40773123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:100:101:109:110:0.521327:56:53:49:51:57:53:49:52 chr1 40776752 . C A 285.07 PASS AF=0.333333;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=111;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0197739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.288;QD=10.2728;RBI=0.0227741;REFB=-0.0170078;REVB=0.0112983;RO=72;SAF=23;SAR=14;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125981;STB=0.564877;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0335864;OID=.;OPOS=40776752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:72:74:37:37:0.333333:14:23:37:35:14:23:39:35 chr1 40777800 . T G 163.93 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00946074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6081;QD=11.1137;RBI=0.0152092;REFB=0.0160367;REVB=0.0119086;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504182;STB=0.529384;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0327795;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:9:12:20:18:9:12:20:18 chr1 40840353 . A G 209.73 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0403441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6895;QD=10.1075;RBI=0.0422004;REFB=-0.0230774;REVB=-0.0123785;RO=56;SAF=8;SAR=19;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146243;STB=0.586003;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0246731;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:19:8:23:33:19:8:23:33 chr1 40881041 . C G 2969.28 PASS AF=0.893617;AO=213;DP=235;FAO=210;FDP=235;FR=.;FRO=25;FSAF=120;FSAR=90;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0437244;FXX=0.00423711;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.592;QD=50.541;RBI=0.0857278;REFB=-0.094664;REVB=0.0737389;RO=20;SAF=122;SAR=91;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614538;STB=0.535623;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0446482;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:235:235:20:25:213:210:0.893617:91:122:4:16:90:120:6:19 chr1 40980731 . G T 221.32 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0296388;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.782;QD=31.6176;RBI=0.0296798;REFB=-0.0310401;REVB=0.00155878;RO=8;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907077;STB=0.54995;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00776804;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:28:8:8:20:20:0.714286:11:9:5:3:11:9:5:3 chr1 41013015 . C T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00926586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.428;QD=21.0649;RBI=0.0263142;REFB=-0.0136421;REVB=-0.0246288;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037479;STB=0.521035;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.012392;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:13:11:10:14:13:11:10:14 chr1 41204569 . C T 1998.13 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0298932;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.279;QD=60.5495;RBI=0.0309717;REFB=0.0188318;REVB=0.00810208;RO=2;SAF=39;SAR=91;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103304;STB=0.505434;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=8.89967e-05;OID=.;OPOS=41204569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:132:2:2:130:130:0.984848:91:39:0:2:91:39:0:2 chr1 41285087 . T C 2010.01 PASS AF=0.502551;AO=197;DP=392;FAO=197;FDP=392;FR=.;FRO=195;FSAF=91;FSAR=106;FSRF=97;FSRR=98;FWDB=0.0106773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.823;QD=20.5103;RBI=0.014159;REFB=-0.0341766;REVB=0.00929897;RO=194;SAF=91;SAR=106;SRF=97;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346173;STB=0.517716;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0316755;OID=.;OPOS=41285087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:392:194:195:197:197:0.502551:106:91:97:97:106:91:97:98 chr1 41326886 . C G 788.95 PASS AF=0.422111;AO=85;DP=200;FAO=84;FDP=199;FR=.;FRO=115;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=74;FWDB=-0.0830647;FXX=0.00499975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9008;QD=15.8584;RBI=0.101755;REFB=-0.0144792;REVB=0.0587743;RO=113;SAF=37;SAR=48;SRF=39;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953575;STB=0.543017;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.014891;OID=.;OPOS=41326886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:113:115:85:84:0.422111:48:37:39:74:48:36:41:74 chr1 41327873 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000960482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.262;QD=46.8478;RBI=0.215108;REFB=0;REVB=0.215106;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00322979;OID=.;OPOS=41327873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr1 41482976 . A G 1292.91 PASS AF=0.50813;AO=125;DP=246;FAO=125;FDP=246;FR=.;FRO=121;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=0.00724157;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5763;QD=21.0229;RBI=0.0143887;REFB=-0.0170593;REVB=0.0124336;RO=120;SAF=64;SAR=61;SRF=55;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479552;STB=0.528234;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0155512;OID=.;OPOS=41482976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:120:121:125:125:0.50813:61:64:55:65:61:64:55:66 chr1 41485902 . C G 245.95 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.012324;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.202;QD=23.4236;RBI=0.103859;REFB=-0.042617;REVB=-0.103125;RO=19;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198254;STB=0.611408;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0189684;OID=.;OPOS=41485902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:6:17:10:9:6:17:10:9 chr1 41976017 . C T 1287.19 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152623;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.462;QD=62.0333;RBI=0.00375558;REFB=0;REVB=-0.00343147;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223048;OID=.;OPOS=41976017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr1 41976320 . G A 401.01 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.266;QD=53.4684;RBI=0.0333507;REFB=0;REVB=0.0217592;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013569;OID=.;OPOS=41976320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:1:0:27:30:1:15:12:1:0:17:13:0:0 chr1 41976328 . T C 411.19 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6596;QD=56.7163;RBI=0.0192366;REFB=0;REVB=-0.000620234;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228046;OID=.;OPOS=41976328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:17:12:0:0 chr1 41978565 . GT G,GC,GG 7265.35 PASS AF=1,0,0;AO=72,25,416;DP=515;FAO=500,0,0;FDP=500;FR=.;FRO=0;FSAF=246,0,0;FSAR=254,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219441,0.00413454,-0.314699;FXX=0.0118575;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=23.9941,7.84079,10.9034;QD=58.1228;RBI=0.0227239,0.0150212,0.454381;REFB=0,0,0;REVB=-0.0059021,-0.014441,-0.32776;RO=0;SAF=42,23,184;SAR=30,2,232;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.1178e-08,-3.34264e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.000409432,0.032537,0;OID=.,.,.;OPOS=41978566,41978566,41978566;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:72,25,416:515:500,0,0:500:0:246,0,0:254,0,0:0:0:42:0:42,23,184:30,2,232:0:0 chr1 41978825 . C G 2301.52 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.921;QD=63.0553;RBI=0.0415922;REFB=0;REVB=0.0202144;RO=0;SAF=64;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97556e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:146:0:0:142:146:1:78:64:0:0:79:67:0:0 chr1 41979156 . A G 140.81 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.618;QD=43.3264;RBI=0.0302232;REFB=0;REVB=0.00360371;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187367;OID=.;OPOS=41979156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:8:5:0:0 chr1 42046812 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.657;QD=40.7607;RBI=0.0261621;REFB=0;REVB=0.024553;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359426;OID=.;OPOS=42046812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr1 42048745 . T C 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6344;QD=61.8515;RBI=0.058036;REFB=0;REVB=0.0492887;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25085e-05;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr1 42049032 . G A 7115.26 PASS AF=1;AO=453;DP=454;FAO=453;FDP=453;FR=.;FRO=0;FSAF=231;FSAR=222;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280519;FXX=0.00220259;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.267;QD=62.8279;RBI=0.0374198;REFB=-0.0631487;REVB=0.0247656;RO=0;SAF=231;SAR=222;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98121e-05;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:454:453:0:0:453:453:1:222:231:0:0:222:231:0:0 chr1 42049140 . C G 3896.19 PASS AF=1;AO=241;DP=244;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.709;QD=63.8719;RBI=0.0719462;REFB=0;REVB=0.0240668;RO=0;SAF=167;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56093e-05;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:244:0:0:241:244:1:74:167:0:0:76:168:0:0 chr1 42050366 . C T 1650.65 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382151;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.913;QD=60.5743;RBI=0.0389938;REFB=0;REVB=-0.00775397;RO=0;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03172e-05;OID=.;OPOS=42050366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:109:0:0:108:109:1:64:44:0:0:65:44:0:0 chr1 42619139 . A G 1347.45 PASS AF=0.466887;AO=140;DP=303;FAO=141;FDP=302;FR=.;FRO=161;FSAF=76;FSAR=65;FSRF=63;FSRR=98;FWDB=-0.0264134;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.901;QD=17.847;RBI=0.0277858;REFB=-0.0136894;REVB=-0.00862431;RO=156;SAF=76;SAR=64;SRF=60;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150503;STB=0.578246;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0140173;OID=.;OPOS=42619139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:302:156:161:140:141:0.466887:64:76:60:96:65:76:63:98 chr1 42630364 . G A 1334.5 PASS AF=0.44;AO=143;DP=325;FAO=143;FDP=325;FR=.;FRO=182;FSAF=52;FSAR=91;FSRF=85;FSRR=97;FWDB=0.0402616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7655;QD=16.4246;RBI=0.0620869;REFB=-0.0145456;REVB=0.047263;RO=181;SAF=52;SAR=91;SRF=85;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111278;STB=0.560482;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0187744;OID=.;OPOS=42630364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:325:181:182:143:143:0.44:91:52:85:96:91:52:85:97 chr1 42693597 . A G 2273.18 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00344003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.334;QD=60.2166;RBI=0.0368568;REFB=0.0457953;REVB=-0.0366959;RO=1;SAF=74;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621765;STB=0.503268;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00029122;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:150:150:0.993377:76:74:0:1:76:74:0:1 chr1 42880516 . T C 267.06 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0149427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1511;QD=20.1556;RBI=0.0385161;REFB=-0.00769088;REVB=0.0354994;RO=25;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143077;STB=0.579751;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00729397;OID=.;OPOS=42880516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:11:17:11:14:11:17:11:14 chr1 42898843 . A G 1433.89 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00260058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.86;QD=59.7452;RBI=0.0048289;REFB=-0.0994609;REVB=0.00406881;RO=2;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178841;STB=0.50341;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00031589;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:96:96:2:3:93:93:0.96875:52:41:0:2:52:41:1:2 chr1 42915594 . G A 201.42 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0111442;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5873;QD=12.2071;RBI=0.0545381;REFB=-0.00914145;REVB=-0.0533873;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00535969;STB=0.529891;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0158548;OID=.;OPOS=42915594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:41:25:25:0.378788:12:13:21:19:11:14:21:20 chr1 42915727 . C G 255.19 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0211806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.5;QD=22.1901;RBI=0.021271;REFB=-0.0224817;REVB=-0.00195881;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151156;STB=0.584463;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0217732;OID=.;OPOS=42915727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:14:8:13:11:14:8 chr1 42925688 . T G 2066.48 PASS AF=0.992857;AO=127;DP=130;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1984;QD=59.0423;RBI=0.037027;REFB=-0.000375951;REVB=0.0287566;RO=0;SAF=42;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89037e-08;STB=0.505376;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00286776;OID=.;OPOS=42925688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:140:0:1:127:139:0.992857:85:42:0:0:93:46:1:0 chr1 42986956 . T C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0493688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.14;QD=10.5421;RBI=0.0523825;REFB=-0.0124644;REVB=-0.0175116;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493535;STB=0.798253;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0257394;OID=.;OPOS=42986956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:9:2:13:8:9:2:13:8 chr1 43034740 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9742;QD=64.152;RBI=0.0706209;REFB=0;REVB=0.0305519;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802792;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:36:13:0:0:36:13:0:0 chr1 43042703 . C T 530.28 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00888141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.165;QD=25.2516;RBI=0.0598322;REFB=0.00369528;REVB=-0.0591693;RO=35;SAF=20;SAR=29;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103851;STB=0.556845;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00481989;OID=.;OPOS=43042703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:29:20:19:16:29:20:19:16 chr1 43047057 . A G 367.31 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0246839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.81;QD=16.5082;RBI=0.0272937;REFB=-0.00648796;REVB=0.0116469;RO=50;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149894;STB=0.584252;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00909017;OID=.;OPOS=43047057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:16:23:22:28:16:23:22:28 chr1 43055011 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00827187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.199;QD=15.1011;RBI=0.0130268;REFB=-0.0194913;REVB=0.0100635;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264654;STB=0.650101;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0235171;OID=.;OPOS=43055011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:9:15:11:20:9:15:11:20 chr1 43201505 . CA AG,CAG 39.47 PASS AF=0.0379747,0.126582;AO=3,13;DP=81;FAO=3,10;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=3,7;FSAR=0,3;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0118409,-0.00736665;FXX=0.0246883;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=141.373,127.429;QD=1.99862;RBI=0.0275327,0.026007;REFB=-0.000988659,-0.00202705;REVB=-0.0248565,-0.0249419;RO=60;SAF=3,11;SAR=0,2;SRF=30;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.438497,0.463712;STB=0.996256,0.641373;STBP=0.101,0.386;TYPE=mnp,ins;VARB=0.000343818,0.124489;OID=.,.;OPOS=43201505,43201507;OREF=CA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:81:79:60:66:3,13:3,10:0.0379747,0.126582:0,2:3,11:30:30:0,3:3,7:36:30 chr1 43201534 . G A 421.29 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.00512297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.542;QD=15.8978;RBI=0.0173697;REFB=-0.016911;REVB=0.016597;RO=59;SAF=23;SAR=24;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153729;STB=0.585799;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0179376;OID=.;OPOS=43201534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:24:23:38:21:24:23:38:21 chr1 43212111 . C T 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.324;QD=62.3437;RBI=0.0161747;REFB=0;REVB=-0.0134573;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121404;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr1 43212430 . GA G,GG 4951.28 PASS AF=0.0393939,0.960606;AO=98,218;DP=326;FAO=13,317;FDP=330;FR=.;FRO=0;FSAF=7,198;FSAR=6,119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133085,0.0139665;FXX=0.00302106;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=49.335,55.3814;QD=60.0156;RBI=0.00138644,0.0153697;REFB=0,0;REVB=-0.000388651,0.00641605;RO=0;SAF=61,136;SAR=37,82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.63464e-08,-3.79911e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00701485,0.00889324;OID=.,.;OPOS=43212431,43212431;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0393939,0.960606:98,218:326:13,317:330:0:7,198:6,119:0:0:8:0:61,136:37,82:0:0 chr1 43212869 . A T 425.69 PASS AF=0.428571;AO=47;DP=114;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.00515307;FXX=0.0175423;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.734;QD=15.2031;RBI=0.00985759;REFB=-0.0246623;REVB=-0.00840345;RO=64;SAF=23;SAR=24;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855376;STB=0.553549;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0390964;OID=.;OPOS=43212869;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:64:64:47:48:0.428571:24:23:26:38:24:24:26:38 chr1 43215571 . A G 2550.95 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.618;QD=60.3775;RBI=0.134219;REFB=0;REVB=0.132612;RO=0;SAF=89;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865724;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:169:0:0:159:169:1:70:89:0:0:80:89:0:0 chr1 43296118 . G A 467.19 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0181175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.445;QD=28.3143;RBI=0.022423;REFB=-0.00780913;REVB=0.0132117;RO=22;SAF=21;SAR=22;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779014;STB=0.533883;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00383261;OID=.;OPOS=43296118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:23:43:43:0.651515:22:21:8:14:22:21:9:14 chr1 43305753 . G A 944.77 PASS AF=0.510989;AO=93;DP=180;FAO=93;FDP=182;FR=.;FRO=89;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.0109424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.855;QD=20.7641;RBI=0.0210811;REFB=-0.000234954;REVB=0.0180188;RO=86;SAF=43;SAR=50;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12423;STB=0.570238;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000221621;OID=.;OPOS=43305753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:86:89:93:93:0.510989:50:43:52:34:50:43:54:35 chr1 43309842 . G C 1381.02 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818171;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.04;QD=62.7736;RBI=0.00819513;REFB=0;REVB=-0.000468733;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138969;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr1 43392819 . G T 1695.54 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.081;QD=60.5548;RBI=0.0336619;REFB=0;REVB=-0.00067147;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45217e-05;OID=.;OPOS=43392819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:61:50:0:0:62:50:0:0 chr1 43393384 . G A 2304.77 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9991;QD=63.5797;RBI=0.0434827;REFB=0;REVB=-0.0326652;RO=0;SAF=69;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.20345e-06;OID=.;OPOS=43393384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:145:0:0:143:145:1:74:69:0:0:76:69:0:0 chr1 43394612 . T C 1525.17 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00201097;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.852;QD=58.6604;RBI=0.016399;REFB=-0.0645804;REVB=-0.0162752;RO=1;SAF=50;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939421;STB=0.504761;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.000157154;OID=.;OPOS=43394612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:101:103:0.990385:51:50:1:0:51:52:1:0 chr1 43457145 . C T 108.36 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0377682;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4451;QD=12.7486;RBI=0.0766258;REFB=-0.0438949;REVB=-0.0666714;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235942;STB=0.639588;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0401197;OID=.;OPOS=43457145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:10:11:4:9:10:11 chr1 43457170 . T C 576.17 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.142;QD=60.6495;RBI=0.0487387;REFB=0;REVB=0.0198373;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259493;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:34:38:1:14:20:0:0:16:22:0:0 chr1 43675467 . G A 2375.49 PASS AF=1;AO=154;DP=158;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148848;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2152;QD=61.3029;RBI=0.0630762;REFB=0;REVB=0.0612948;RO=0;SAF=81;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019738;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:155:0:0:154:155:1:73:81:0:0:73:82:0:0 chr1 43719778 . G A 632.95 PASS AF=0.464286;AO=64;DP=138;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.027707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1126;QD=18.0842;RBI=0.032978;REFB=-0.0243371;REVB=0.0178851;RO=74;SAF=37;SAR=27;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632048;STB=0.533841;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0277416;OID=.;OPOS=43719778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:74:75:64:65:0.464286:27:37:38:36:28:37:38:37 chr1 43738427 . CGGGGGC CCGGGGC,CGGGGC,CGGGGCG 63.41 PASS AF=0,0.170833,0.0208333;AO=19,57,11;DP=250;FAO=0,41,5;FDP=240;FR=.;FRO=194;FSAF=0,16,5;FSAR=0,25,0;FSRF=76;FSRR=118;FWDB=-0.0671819,-0.107806,-0.0677964;FXX=0.0123452;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=20.2867,9.18363,59.9154;QD=1.05686;RBI=0.0709386,0.150077,0.0678086;REFB=-0.0769559,-0.150132,-0.0128187;REVB=0.0227788,0.104407,0.00128868;RO=138;SAF=4,42,11;SAR=15,15,0;SRF=38;SRR=100;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.107639,0.522782,0.687863;STB=0.5,0.501307,0.998377;STBP=1,0.996,0.001;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.176324,0.148819;OID=.,.,.;OPOS=43738428,43738428,43738432;OREF=G,G,GC;OALT=C,-,CG;OMAPALT=CCGGGGC,CGGGGC,CGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.170833,0.0208333:19,57,11:250:0,41,5:240:194:0,16,5:0,25,0:76:118:60:138:4,42,11:15,15,0:38:100 chr1 43771016 . TA T 137.84 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0812783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.9368;QD=12.2524;RBI=0.0866276;REFB=-0.0429783;REVB=-0.0299696;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680091;STB=0.538426;STBP=0.637;TYPE=del;VARB=0.0360746;OID=.;OPOS=43771017;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488889:22:45:22:45:23:8:14:10:13:99:23:8:14:10:13 chr1 43779564 . T C 1182.51 PASS AF=0.474903;AO=123;DP=261;FAO=123;FDP=259;FR=.;FRO=136;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=62;FSRR=74;FWDB=-0.00638207;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.456;QD=18.2627;RBI=0.0381104;REFB=-0.00225758;REVB=0.0375722;RO=138;SAF=62;SAR=61;SRF=64;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386237;STB=0.525288;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00248287;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:259:138:136:123:123:0.474903:61:62:64:74:61:62:62:74 chr1 43782945 . CT CTC,TC 92.14 PASS AF=0.140845,0.0704225;AO=23,22;DP=142;FAO=20,10;FDP=142;FR=.;FRO=112;FSAF=9,3;FSAR=11,7;FSRF=76;FSRR=36;FWDB=-0.117296,-0.0769621;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,2;MLLD=20.091,30.7098;QD=2.59558;RBI=0.129601,0.0860249;REFB=-0.06503,-0.043612;REVB=-0.05512,-0.0384333;RO=96;SAF=9,11;SAR=14,11;SRF=67;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.377622,-0.257282;STB=0.688345,0.810343;STBP=0.093,0.088;TYPE=ins,mnp;VARB=0.179576,0.142345;OID=.,.;OPOS=43782947,43782945;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:142:142:96:112:23,22:20,10:0.140845,0.0704225:14,11:9,11:67:29:11,7:9,3:76:36 chr1 43784956 . A G 530.78 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.00646396;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.435;QD=16.587;RBI=0.00808026;REFB=-0.00721539;REVB=0.00484848;RO=72;SAF=33;SAR=24;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935084;STB=0.548156;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00907739;OID=.;OPOS=43784956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:72:71:57:57:0.445312:24:33:35:37:24:33:35:36 chr1 43825644 . T C 270.7 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0199789;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.498;QD=14.2472;RBI=0.0252429;REFB=-0.00930501;REVB=-0.0154288;RO=46;SAF=20;SAR=11;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886785;STB=0.542468;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0161955;OID=.;OPOS=43825644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:46:45:31:31:0.407895:11:20:26:20:11:20:26:19 chr1 43830688 . G A 34.65 PASS AF=0.12963;AO=6;DP=53;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0462203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.238;QD=2.56647;RBI=0.0463069;REFB=-0.00345015;REVB=0.00283031;RO=47;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495063;STB=0.881355;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0555336;OID=.;OPOS=43830688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:53:54:47:47:6:7:0.12963:1:5:18:29:1:6:18:29 chr1 44058265 . C A 618.99 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00320917;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.508;QD=19.1933;RBI=0.0163256;REFB=-0.0168003;REVB=0.0160071;RO=66;SAF=31;SAR=32;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628673;STB=0.534735;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.017369;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:66:66:63:63:0.488372:32:31:28:38:32:31:28:38 chr1 44071221 . G A 613.4 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0122218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.647;QD=17.158;RBI=0.0137668;REFB=-0.00791656;REVB=0.00633652;RO=78;SAF=26;SAR=38;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409254;STB=0.50655;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0102894;OID=.;OPOS=44071221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:78:79:64:64:0.447552:38:26:32:46:38:26:33:46 chr1 44072018 . C T 1050.5 PASS AF=0.376147;AO=124;DP=326;FAO=123;FDP=327;FR=.;FRO=204;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=103;FSRR=101;FWDB=-0.0170168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7702;QD=12.8501;RBI=0.0516701;REFB=-0.00104103;REVB=-0.0487875;RO=200;SAF=63;SAR=61;SRF=101;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336242;STB=0.500522;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0015948;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:327:200:204:124:123:0.376147:61:63:101:99:61:62:103:101 chr1 44072066 . C T 583.37 PASS AF=0.331839;AO=74;DP=223;FAO=74;FDP=223;FR=.;FRO=149;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=70;FSRR=79;FWDB=-0.0276328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.548;QD=10.4639;RBI=0.0287035;REFB=-0.00435369;REVB=0.00776654;RO=149;SAF=39;SAR=35;SRF=70;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665471;STB=0.538181;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00880492;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:149:149:74:74:0.331839:35:39:70:79:35:39:70:79 chr1 44083507 . T C 521.57 PASS AF=0.386667;AO=58;DP=150;FAO=58;FDP=150;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.0206453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.261;QD=13.9086;RBI=0.0213411;REFB=-0.00594997;REVB=0.00540499;RO=90;SAF=25;SAR=33;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00252096;STB=0.504456;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0129317;OID=.;OPOS=44083507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:90:92:58:58:0.386667:33:25:39:51:33:25:39:53 chr1 44083519 . G A 497.54 PASS AF=0.384106;AO=58;DP=151;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.03521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1976;QD=13.18;RBI=0.0380269;REFB=-0.0168526;REVB=0.0143632;RO=92;SAF=24;SAR=34;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000837587;STB=0.503298;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0335905;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:92:93:58:58:0.384106:34:24:38:54:34:24:38:55 chr1 44084739 . C T 260.33 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0164978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2964;QD=18.9334;RBI=0.0196588;REFB=-0.0284631;REVB=0.0106907;RO=27;SAF=7;SAR=21;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107712;STB=0.50602;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0339623;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:21:7:7:20:21:7:7:20 chr1 44085067 . A G 381.7 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0140175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4794;QD=17.1551;RBI=0.0144022;REFB=-0.0295241;REVB=-0.00330658;RO=49;SAF=16;SAR=24;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149207;STB=0.583668;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0335898;OID=.;OPOS=44085067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:24:16:27:22:24:16:27:22 chr1 44086831 . C T 562.95 PASS AF=0.472;AO=58;DP=124;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.014374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.793;QD=18.0144;RBI=0.0280741;REFB=-0.00712961;REVB=-0.0241152;RO=66;SAF=33;SAR=25;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810875;STB=0.54867;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00712009;OID=.;OPOS=44086831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:66:66:58:59:0.472:25:33:32:34:25:34:32:34 chr1 44137257 . C A 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0238023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.231;QD=20.7521;RBI=0.0248971;REFB=-0.00919759;REVB=0.00730166;RO=42;SAF=16;SAR=28;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186597;STB=0.603401;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00675515;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:28:16:24:18:28:16:24:18 chr1 44395786 . C T 543.37 PASS AF=0.574713;AO=51;DP=88;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0102644;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.461;QD=24.9824;RBI=0.0265278;REFB=-0.00370044;REVB=0.0244615;RO=37;SAF=26;SAR=25;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236427;STB=0.508752;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00356639;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:37:37:51:50:0.574713:25:26:20:17:24:26:20:17 chr1 44401384 . A G 448.36 PASS AF=0.462264;AO=47;DP=104;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0122407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.775;QD=16.9191;RBI=0.0128528;REFB=-0.0303305;REVB=0.00391901;RO=57;SAF=23;SAR=24;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154164;STB=0.574074;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0368007;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:57:57:47:49:0.462264:24:23:19:38:26:23:19:38 chr1 44423118 . C T 658.39 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.0027326;FXX=0.0215812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.513;QD=19.3643;RBI=0.0103612;REFB=-0.021731;REVB=0.00999434;RO=68;SAF=27;SAR=39;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203667;STB=0.619012;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0191132;OID=.;OPOS=44423118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:68:70:66:66:0.485294:39:27:43:25:39:27:45:25 chr1 44442301 . C T 706.69 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=154;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0662355;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7022;QD=18.4756;RBI=0.067591;REFB=0.000516738;REVB=-0.0134683;RO=78;SAF=43;SAR=31;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403614;STB=0.525987;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000841493;OID=.;OPOS=44442301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:78:79:74:74:0.48366:31:43:42:36:31:43:42:37 chr1 44442930 . A G 1267.98 PASS AF=0.528139;AO=122;DP=233;FAO=122;FDP=231;FR=.;FRO=109;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=62;FSRR=47;FWDB=-0.0144035;FXX=0.00858332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.596;QD=21.9563;RBI=0.0171327;REFB=0.00062992;REVB=0.00927727;RO=109;SAF=70;SAR=52;SRF=62;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437818;STB=0.502392;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.000597282;OID=.;OPOS=44442930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:231:109:109:122:122:0.528139:52:70:62:47:52:70:62:47 chr1 44466606 . G A 291.24 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=0.0615891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9907;QD=12.135;RBI=0.0692498;REFB=-0.0227966;REVB=0.0316595;RO=62;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284932;STB=0.662157;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0376914;OID=.;OPOS=44466606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:62:34:34:0.354167:16:18:17:45:16:18:17:45 chr1 44468235 . G A 371.35 PASS AF=0.365854;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.0189499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.186;QD=12.0763;RBI=0.0192344;REFB=-0.00453698;REVB=-0.0032958;RO=78;SAF=22;SAR=23;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102054;STB=0.558148;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00741356;OID=.;OPOS=44468235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:78:78:45:45:0.365854:23:22:31:47:23:22:31:47 chr1 44595047 . T A 551.41 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00162453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.773;QD=19.5189;RBI=0.0121773;REFB=-0.0173383;REVB=0.0120685;RO=56;SAF=28;SAR=29;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402605;STB=0.522218;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0128862;OID=.;OPOS=44595047;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:29:28:25:31:29:28:25:31 chr1 44595113 . G C 865.05 PASS AF=0.544872;AO=85;DP=148;FAO=85;FDP=156;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.032874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.909;QD=22.1809;RBI=0.0370895;REFB=-0.0256694;REVB=-0.0171735;RO=63;SAF=46;SAR=39;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100265;STB=0.528409;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0306262;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:156:63:71:85:85:0.544872:39:46:26:37:39:46:34:37 chr1 44596379 . CCAA C 350.84 PASS AF=0.402685;AO=57;DP=134;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.016689;FXX=0.0261421;HRUN=2;LEN=3;MLLD=217.997;QD=9.41862;RBI=0.0263416;REFB=-0.0119636;REVB=0.0203803;RO=50;SAF=23;SAR=34;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00309981;STB=0.632365;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0163273;OID=.;OPOS=44596380;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402685:57:134:60:149:89:23:37:54:35:99:50:23:34:20:30 chr1 44680719 . G C 494.01 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.00838238;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3152;QD=20.1635;RBI=0.00838354;REFB=0.0216563;REVB=0.000139712;RO=50;SAF=17;SAR=31;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347676;STB=0.519259;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0209928;OID=.;OPOS=44680719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:50:50:48:48:0.489796:31:17:16:34:31:17:16:34 chr1 44788398 . A T 887.52 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.376;QD=57.2596;RBI=0.0329904;REFB=0;REVB=-0.0260673;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297497;OID=.;OPOS=44788398;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:32:27:0:0:32:30:0:0 chr1 44856494 . A T 328.77 PASS AF=0.80303;AO=27;DP=52;FAO=53;FDP=66;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.186802;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=45.5354;QD=19.9256;RBI=0.213385;REFB=-0.549532;REVB=0.10314;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210305;STB=0.517235;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0277476;OID=.;OPOS=44856494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:52:66:23:13:27:53:0.80303:11:16:19:4:25:28:8:5 chr1 45187474 . G T 164.41 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0237053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.929;QD=13.7005;RBI=0.0375617;REFB=0.00236291;REVB=-0.0291367;RO=30;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266732;STB=0.657268;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0141872;OID=.;OPOS=45187474;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:14:4:13:17:14:4:13:17 chr1 45187504 . G A 164.4 PASS AF=0.35;AO=22;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00765358;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.445;QD=10.9602;RBI=0.00765503;REFB=0.00011056;REVB=-0.000148867;RO=39;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195504;STB=0.604549;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000136228;OID=.;OPOS=45187504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:39:39:22:21:0.35:15:7:19:20:14:7:19:20 chr1 45187511 . T C 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0270801;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.814;QD=11.5764;RBI=0.0270817;REFB=-0.0125108;REVB=0.000291597;RO=40;SAF=7;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199495;STB=0.616191;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0180398;OID=.;OPOS=45187511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:16:7:19:21:16:7:19:21 chr1 45187549 . T C 195.44 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0281949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.508;QD=10.5641;RBI=0.033985;REFB=-0.00097141;REVB=0.0189743;RO=49;SAF=8;SAR=17;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179193;STB=0.604965;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00190161;OID=.;OPOS=45187549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:17:8:23:26:17:8:23:26 chr1 45196770 . A G 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0161469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.188;QD=9.89823;RBI=0.0166715;REFB=-0.0011247;REVB=0.00414921;RO=32;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117568;STB=0.571322;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00184571;OID=.;OPOS=45196770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:10:4:12:20:10:4:12:20 chr1 45196773 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0310503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.647;QD=10.4294;RBI=0.032108;REFB=-0.010477;REVB=-0.00817326;RO=26;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290037;STB=0.563815;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00779634;OID=.;OPOS=45196773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:30:14:14:0.318182:10:4:8:18:10:4:11:19 chr1 45196779 . C T 116.68 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.015719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.715;QD=11.6675;RBI=0.0167166;REFB=-0.00823131;REVB=-0.00568852;RO=26;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775238;STB=0.54615;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0233286;OID=.;OPOS=45196779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:10:4:9:17:10:4:9:17 chr1 45196830 . G GT 71.98 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0224769;FXX=0.0370233;HRUN=0;LEN=1;MLLD=226.796;QD=11.0735;RBI=0.0281343;REFB=-0.00151461;REVB=0.0169212;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019992;STB=0.595536;STBP=0.517;TYPE=ins;VARB=0.00352392;OID=.;OPOS=45196831;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:9:28:10:26:16:2:8:5:11:71:17:2:7:4:13 chr1 45224901 . G A 491.46 PASS AF=0.510638;AO=45;DP=92;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0037401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0609;QD=20.9131;RBI=0.0714291;REFB=-0.0311164;REVB=0.0713311;RO=47;SAF=20;SAR=25;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139387;STB=0.567281;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0312993;OID=.;OPOS=45224901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:47:46:45:48:0.510638:25:20:14:33:27:21:14:32 chr1 45285657 . G A 223.79 PASS AF=0.480769;AO=23;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00532847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.548;QD=17.2149;RBI=0.00584588;REFB=-0.00983796;REVB=-0.00240453;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12372;STB=0.576448;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0112556;OID=.;OPOS=45285657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:27:23:25:0.480769:16:7:11:15:18:7:11:16 chr1 45285664 . G A 805.15 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.346;QD=64.4121;RBI=0.00521345;REFB=0;REVB=-0.0045788;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54727e-05;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:33:17:0:0 chr1 45504720 . G C 1177.34 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04238;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1435;QD=61.1605;RBI=0.0425469;REFB=0;REVB=-0.00376437;RO=0;SAF=7;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033086;OID=.;OPOS=45504720;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:70:7:0:0:70:7:0:0 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC,TGGCT 5608.0 PASS AF=0,0.964365,0.0356347;AO=88,237,17;DP=427;FAO=0,433,16;FDP=449;FR=.;FRO=0;FSAF=0,298,16;FSAR=0,135,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877864,0.0275066,0.0449236;FXX=0.00882983;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,2;MLLD=150.158,19.3248,7.58695;QD=49.9599;RBI=0.00977075,0.111604,0.191869;REFB=0,0,0;REVB=0.00428989,0.108161,0.186535;RO=21;SAF=81,209,17;SAR=7,28,0;SRF=5;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0.336364,0.336364,0;SSSB=0.471521,0.198958,0.853701;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.00666432,-0.150841;OID=.,.,.;OPOS=45793374,45793372,45793374;OREF=GC,G,GC;OALT=-,-,CT;OMAPALT=TGG,TGGC,TGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.964365,0.0356347:88,237,17:427:0,433,16:449:0:0,298,16:0,135,0:0:0:12:21:81,209,17:7,28,0:5:16 chr1 45797505 . C G 772.07 PASS AF=0.513158;AO=78;DP=152;FAO=78;FDP=152;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0643887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.62;QD=20.3177;RBI=0.0655394;REFB=-0.0134371;REVB=-0.0122274;RO=74;SAF=29;SAR=49;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440905;STB=0.524245;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0114301;OID=.;OPOS=45797505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:74:74:78:78:0.513158:49:29:31:43:49:29:31:43 chr1 45805566 . G C 2914.42 PASS AF=1;AO=163;DP=168;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.063;QD=62.3406;RBI=0.0489665;REFB=0;REVB=0.0165074;RO=0;SAF=47;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9759e-05;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:168:187:0:0:163:187:1:116:47:0:0:131:56:0:0 chr1 45810091 . A G 217.85 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00757489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.621;QD=13.6159;RBI=0.0120901;REFB=-0.000102844;REVB=0.0094229;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975262;STB=0.546839;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000234992;OID=.;OPOS=45810091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:13:13:22:15:13:13:22:16 chr1 45974647 . G A 689.76 PASS AF=0.482517;AO=68;DP=143;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0638191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4993;QD=19.2939;RBI=0.0638279;REFB=-0.019709;REVB=-0.00106267;RO=74;SAF=30;SAR=38;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174137;STB=0.512943;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0201608;OID=.;OPOS=45974647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:74:74:68:69:0.482517:38:30:34:40:39:30:34:40 chr1 46032271 . G A 288.5 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00145661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.389;QD=13.7378;RBI=0.0275226;REFB=-0.0141908;REVB=0.027484;RO=51;SAF=20;SAR=13;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625663;STB=0.535692;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0244872;OID=.;OPOS=46032271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:13:20:28:23:13:20:28:23 chr1 46089297 . G A 426.26 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=11;FWDB=0.0294746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6155;QD=16.3948;RBI=0.0313466;REFB=-0.0134403;REVB=-0.0106704;RO=56;SAF=35;SAR=12;SRF=46;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104549;STB=0.54697;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0324944;OID=.;OPOS=46089297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:57:47:47:0.451923:12:35:46:10:12:35:46:11 chr1 46094027 . A G 1491.51 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364397;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3145;QD=58.4907;RBI=0.0502381;REFB=-0.147906;REVB=-0.0345834;RO=1;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784213;STB=0.504131;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000983143;OID=.;OPOS=46094027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:102:1:1:101:101:0.990196:60:41:0:1:60:41:0:1 chr1 46095272 . T C 836.99 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0347774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3588;QD=55.7995;RBI=0.0347813;REFB=-0.0137125;REVB=-0.000517168;RO=1;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241821;STB=0.512816;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000746788;OID=.;OPOS=46095272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:19:40:0:1:19:40:0:1 chr1 46195375 . T C 962.8 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00905033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.811;QD=53.4891;RBI=0.0110156;REFB=-0.0355601;REVB=0.00627972;RO=4;SAF=29;SAR=39;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344689;STB=0.518267;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000408174;OID=.;OPOS=46195375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:72:4:4:68:68:0.944444:39:29:3:1:39:29:3:1 chr1 46379518 . A G 2430.95 PASS AF=0.981707;AO=161;DP=165;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0319284;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.654;QD=59.2915;RBI=0.0321822;REFB=-0.0131458;REVB=-0.00403332;RO=3;SAF=75;SAR=86;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00463409;STB=0.502436;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.000267508;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:165:164:3:3:161:161:0.981707:86:75:1:2:86:75:1:2 chr1 46476587 . T G 1305.4 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554272;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.404;QD=62.1617;RBI=0.0592579;REFB=0;REVB=0.0209599;RO=0;SAF=4;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.14185e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252192;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:80:4:0:0:80:4:0:0 chr1 46655158 . T C 1749.42 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.74;QD=60.8495;RBI=0.0220985;REFB=0;REVB=0.0219392;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49774e-05;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:52:62:0:0:52:63:0:0 chr1 46658910 . G A 237.22 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.011549;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5324;QD=11.8612;RBI=0.0482893;REFB=-0.0238473;REVB=0.0468879;RO=50;SAF=16;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570558;STB=0.526845;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0439433;OID=.;OPOS=46658910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:50:51:29:29:0.3625:13:16:25:25:13:16:26:25 chr1 46743900 . C T 844.35 PASS AF=0.455959;AO=85;DP=193;FAO=88;FDP=193;FR=.;FRO=105;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=0.0125156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.154;QD=17.4995;RBI=0.0181032;REFB=-0.0156682;REVB=-0.0130799;RO=103;SAF=42;SAR=43;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00857031;STB=0.506775;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0192746;OID=.;OPOS=46743900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:103:105:85:88:0.455959:43:42:50:53:45:43:50:55 chr1 46746164 . C T 521.62 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0364846;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8336;QD=19.6839;RBI=0.040013;REFB=-0.00527724;REVB=0.016429;RO=52;SAF=29;SAR=25;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670795;STB=0.537023;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00411384;OID=.;OPOS=46746164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:25:29:24:28:25:29:24:28 chr1 46807711 . C T 475.55 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0219341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5937;QD=19.214;RBI=0.043353;REFB=-0.0030515;REVB=0.0373949;RO=51;SAF=23;SAR=24;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913309;STB=0.545005;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00349336;OID=.;OPOS=46807711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:51:52:47:47:0.474747:24:23:20:31:24:23:21:31 chr1 46808042 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0562384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.055;QD=15.5772;RBI=0.0565075;REFB=-0.0133561;REVB=0.00550856;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733835;STB=0.541632;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0164369;OID=.;OPOS=46808042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:11:13:14:16:11:13:14:16 chr1 46810530 . A G 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0322244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4451;QD=24.3826;RBI=0.0455835;REFB=0.0292565;REVB=-0.0322405;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152097;STB=0.584652;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.025463;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:16:10:12:9:16:10:12:9 chr1 46827456 . A G 617.02 PASS AF=0.406977;AO=70;DP=172;FAO=70;FDP=172;FR=.;FRO=102;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.00703052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.628;QD=14.3494;RBI=0.0109838;REFB=-0.0068374;REVB=0.00843895;RO=102;SAF=34;SAR=36;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357745;STB=0.520087;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0107945;OID=.;OPOS=46827456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:102:102:70:70:0.406977:36:34:53:49:36:34:53:49 chr1 46828360 . C T 1077.63 PASS AF=0.482456;AO=107;DP=225;FAO=110;FDP=228;FR=.;FRO=118;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=-0.0112392;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.979;QD=18.9057;RBI=0.0114405;REFB=-0.00857773;REVB=0.00213632;RO=111;SAF=54;SAR=53;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332165;STB=0.521926;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00827281;OID=.;OPOS=46828360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:228:111:118:107:110:0.482456:53:54:60:51:55:55:64:54 chr1 46871986 . T C 2884.59 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4659;QD=63.0512;RBI=0.0336843;REFB=0;REVB=0.0334383;RO=0;SAF=74;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29044e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107032;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:182:183:1:108:74:0:0:108:75:0:0 chr1 46972694 . C T 623.08 PASS AF=0.414201;AO=70;DP=170;FAO=70;FDP=169;FR=.;FRO=99;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=-0.00330466;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.349;QD=14.7474;RBI=0.00563206;REFB=-0.0117657;REVB=0.00456063;RO=90;SAF=37;SAR=33;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129182;STB=0.566721;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.014043;OID=.;OPOS=46972694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:90:99:70:70:0.414201:33:37:36:54:33:37:41:58 chr1 46976717 . C T 1160.37 PASS AF=0.47451;AO=121;DP=256;FAO=121;FDP=255;FR=.;FRO=134;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=57;FSRR=77;FWDB=0.0226822;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.28;QD=18.2018;RBI=0.0228533;REFB=-0.00564169;REVB=0.00279107;RO=133;SAF=63;SAR=58;SRF=57;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873424;STB=0.549943;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00696305;OID=.;OPOS=46976717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:133:134:121:121:0.47451:58:63:57:76:58:63:57:77 chr1 47013364 . T C 440.31 PASS AF=0.505495;AO=42;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0510683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6404;QD=19.3544;RBI=0.0614624;REFB=-0.021187;REVB=-0.0342001;RO=43;SAF=28;SAR=14;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251552;STB=0.652019;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0197744;OID=.;OPOS=47013364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:45:42:46:0.505495:14:28:17:26:14:32:18:27 chr1 47059934 . T C 2463.58 PASS AF=0.987805;AO=162;DP=165;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00881088;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.161;QD=60.0873;RBI=0.028257;REFB=-0.0821794;REVB=0.0268482;RO=2;SAF=66;SAR=96;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222391;STB=0.501169;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00168234;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:164:2:2:162:162:0.987805:96:66:1:1:96:66:1:1 chr1 47078637 . T C 4104.47 PASS AF=0.992537;AO=265;DP=268;FAO=266;FDP=268;FR=.;FRO=2;FSAF=121;FSAR=145;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.185;QD=61.2607;RBI=0.011449;REFB=-0.0128335;REVB=0.00252305;RO=2;SAF=120;SAR=145;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787899;STB=0.500339;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=9.16229e-05;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:268:268:2:2:265:266:0.992537:145:120:2:0:145:121:1:1 chr1 47080679 . G A 1043.71 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3292;QD=59.6404;RBI=0.0767025;REFB=0;REVB=-0.0761849;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000561879;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:43:27:0:0 chr1 47101015 . C A 719.61 PASS AF=0.430939;AO=76;DP=181;FAO=78;FDP=181;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=0.0185384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.169;QD=15.903;RBI=0.0212921;REFB=-0.00196766;REVB=0.0104728;RO=103;SAF=37;SAR=39;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061616;STB=0.534214;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00238065;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:103:103:76:78:0.430939:39:37:44:59:40:38:44:59 chr1 47131319 . A T 739.36 PASS AF=0.486667;AO=72;DP=149;FAO=73;FDP=150;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.024476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.378;QD=19.7163;RBI=0.0253293;REFB=-0.0105368;REVB=-0.00651938;RO=77;SAF=38;SAR=34;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533285;STB=0.52596;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0110824;OID=.;OPOS=47131319;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:77:77:72:73:0.486667:34:38:45:32:34:39:45:32 chr1 47138819 . T G 726.73 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0152669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.777;QD=52.853;RBI=0.0322308;REFB=-0.088965;REVB=0.0283856;RO=2;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392157;STB=0.520825;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00144039;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:23:30:0:2:23:30:0:2 chr1 47139103 . C T 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.006406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.718;QD=21.9522;RBI=0.0269168;REFB=-0.00082217;REVB=-0.0261434;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340708;STB=0.518835;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.000800047;OID=.;OPOS=47139103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:18:14:12:13:18:14:12:13 chr1 47279175 . C T 5401.86 PASS AF=1;AO=294;DP=353;FAO=350;FDP=350;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=143;FSAR=207;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537113;FXX=0.0112991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.186;QD=61.7356;RBI=0.0603042;REFB=0;REVB=0.0600646;RO=0;SAF=142;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116524;OID=.;OPOS=47279175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:353:350:0:0:294:350:1:152:142:0:0:207:143:0:0 chr1 47398496 . A G 2576.21 PASS AF=1;AO=165;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0844191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1165;QD=60.6166;RBI=0.0954391;REFB=-0.020829;REVB=0.0445201;RO=4;SAF=86;SAR=79;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122247;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232556;OID=.;OPOS=47398496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:169:170:4:0:165:170:1:79:86:1:3:82:88:0:0 chr1 47399967 . G A 1743.07 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2667;QD=59.087;RBI=0.0396944;REFB=-0.0355921;REVB=0.0281469;RO=1;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840513;STB=0.504424;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000764788;OID=.;OPOS=47399967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:118:118:1:1:116:117:0.991525:56:60:0:1:56:61:0:1 chr1 47571902 . C T 928.39 PASS AF=0.917808;AO=66;DP=72;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0125204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.795;QD=50.8709;RBI=0.0236769;REFB=0.0158125;REVB=0.0200956;RO=6;SAF=32;SAR=34;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546594;STB=0.527985;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.000667536;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:72:73:6:6:66:67:0.917808:34:32:5:1:34:33:5:1 chr1 47571905 . C T 793.22 PASS AF=0.847222;AO=61;DP=72;FAO=61;FDP=72;FR=.;FRO=11;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0214276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4108;QD=44.0678;RBI=0.0432317;REFB=-0.0606634;REVB=0.0375479;RO=11;SAF=32;SAR=29;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00599211;STB=0.503195;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0151153;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:72:72:11:11:61:61:0.847222:29:32:6:5:29:32:6:5 chr1 47607281 . C T 2624.57 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00212051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.84;QD=61.3935;RBI=0.0157356;REFB=-0.0849484;REVB=-0.0155921;RO=1;SAF=68;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694768;STB=0.503649;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000154748;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:1:170:170:0.994152:102:68:1:0:102:68:1:0 chr1 47607785 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.317;QD=63.583;RBI=0.0386307;REFB=0;REVB=0.0345314;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61953e-05;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr1 47607851 . A T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.505;QD=61.0489;RBI=0.00770538;REFB=0;REVB=0.00762603;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43032e-05;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr1 47608983 . G T 1606.34 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1409;QD=64.2534;RBI=0.066876;REFB=0;REVB=-0.0636431;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257773;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:62:38:0:0:62:38:0:0 chr1 47609489 . T C 2649.57 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151306;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.48;QD=62.3427;RBI=0.0334101;REFB=0;REVB=-0.0297876;RO=0;SAF=85;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5946e-05;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:85:85:0:0:85:85:0:0 chr1 47610065 . A C 2904.66 PASS AF=0.994624;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3061;QD=62.4657;RBI=0.0531083;REFB=-0.0903291;REVB=0.0488553;RO=1;SAF=83;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570202;STB=0.502994;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000151982;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:186:1:1:185:185:0.994624:102:83:1:0:102:83:1:0 chr1 47610293 . C T 150.92 PASS AF=0.176101;AO=28;DP=159;FAO=28;FDP=159;FR=.;FRO=131;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=62;FWDB=0.0663928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8752;QD=3.79684;RBI=0.0689185;REFB=-0.000232318;REVB=-0.0184867;RO=131;SAF=13;SAR=15;SRF=69;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797938;STB=0.551286;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00165584;OID=.;OPOS=47610293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:131:131:28:28:0.176101:15:13:69:62:15:13:69:62 chr1 47611598 . T C 5085.87 PASS AF=1;AO=318;DP=321;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=172;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191291;FXX=0.00615366;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4165;QD=62.9829;RBI=0.026303;REFB=0;REVB=-0.0180534;RO=0;SAF=167;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.66731e-05;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:321:323:0:0:318:323:1:151:167:0:0:151:172:0:0 chr1 47614434 . C T 1192.94 PASS AF=0.964706;AO=79;DP=82;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.042909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.616;QD=56.1383;RBI=0.0571251;REFB=-0.0409211;REVB=0.0377106;RO=1;SAF=40;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116883;STB=0.505035;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00056555;OID=.;OPOS=47614434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:85:1:3:79:82:0.964706:39:40:1:0:39:43:2:1 chr1 47685455 . T C 2167.86 PASS AF=0.972414;AO=140;DP=145;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00396874;FXX=0.0136045;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.42;QD=59.8029;RBI=0.0249089;REFB=-0.0308156;REVB=-0.0245907;RO=4;SAF=67;SAR=73;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027537;STB=0.514491;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000199753;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:145:145:4:4:140:141:0.972414:73:67:4:0:74:67:4:0 chr1 47717189 . A G 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00685196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.038;QD=21.8385;RBI=0.0133881;REFB=0.00122313;REVB=-0.0115018;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196157;STB=0.609592;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00102161;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:8:16:11:14:8:16 chr1 47746678 . G C 664.24 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00179799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.577;QD=17.3659;RBI=0.00638497;REFB=-0.00375296;REVB=-0.00612659;RO=81;SAF=34;SAR=37;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332131;STB=0.521428;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00478623;OID=.;OPOS=47746678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:81:82:71:71:0.464052:37:34:36:45:37:34:36:46 chr1 47767914 . G A 421.3 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.00187585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5131;QD=15.898;RBI=0.024096;REFB=-0.00744771;REVB=0.0240229;RO=59;SAF=29;SAR=18;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065346;STB=0.536486;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00792526;OID=.;OPOS=47767914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:18:29:40:19:18:29:40:19 chr1 47799639 . G C 2679.05 PASS AF=0.542977;AO=250;DP=459;FAO=259;FDP=477;FR=.;FRO=218;FSAF=170;FSAR=89;FSRF=114;FSRR=104;FWDB=-0.0245834;FXX=0.00624987;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2332;QD=22.4659;RBI=0.0249359;REFB=-0.0695777;REVB=-0.00417788;RO=208;SAF=162;SAR=88;SRF=109;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109382;STB=0.564847;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0544096;OID=.;OPOS=47799639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:459:477:208:218:250:259:0.542977:88:162:109:99:89:170:114:104 chr1 47842431 . G A 1453.55 PASS AF=0.980392;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0243049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4662;QD=57.0018;RBI=0.0463525;REFB=0.0302355;REVB=0.0394692;RO=2;SAF=57;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00317903;STB=0.501399;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00271623;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:102:2:2:98:100:0.980392:41:57:1:1:43:57:1:1 chr1 47842665 . TAAAA TAAA,TAAAT,TTAAA 979.9 PASS AF=0.955357,0.0446429,0;AO=18,12,72;DP=107;FAO=107,5,0;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50,4,0;FSAR=57,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0912441,-0.174395,-0.253766;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=11.2075,9.97367,8.32865;QD=34.9965;RBI=0.141782,0.183232,0.540349;REFB=0,0,0;REVB=-0.10852,-0.0562147,-0.477054;RO=1;SAF=13,11,24;SAR=5,1,48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.325513,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0340316,-0.0393232,-0.0192957;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00268446,0.04419,0;OID=.,.,.;OPOS=47842666,47842669,47842666;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAA,TAAAT,TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.955357,0.0446429,0:18,12,72:107:107,5,0:112:0:50,4,0:57,1,0:0:0:9:1:13,11,24:5,1,48:1:0 chr1 47883019 . T C 2236.27 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.955;QD=63.4404;RBI=0.0183969;REFB=0;REVB=0.0183969;RO=0;SAF=0;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42768e-06;OID=.;OPOS=47883019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:140:0:0:0:141:0:0:0 chr1 47883023 . TA T,TC,TG 2136.73 PASS AF=0.0264901,0,0.97351;AO=21,10,99;DP=156;FAO=4,0,147;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,11;FSAR=4,0,136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485403,0.034195,0.0483941;FXX=0.0320492;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=81.6619,82.2223,54.3768;QD=56.6021;RBI=0.0833502,0.0581292,0.048438;REFB=0,0,0;REVB=-0.0677576,-0.0470075,-0.00206071;RO=0;SAF=6,5,0;SAR=15,5,99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0206342,0,0.00624686;OID=.,.,.;OPOS=47883024,47883024,47883024;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=T,TC,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0264901,0,0.97351:21,10,99:156:4,0,147:151:0:0,0,11:4,0,136:0:0:9:0:6,5,0:15,5,99:0:0 chr1 47883025 . C G 153.55 PASS AF=0.174699;AO=21;DP=158;FAO=29;FDP=166;FR=.;FRO=137;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=136;FWDB=0.000716453;FXX=0.0292381;HRUN=6;LEN=1;MLLD=74.0742;QD=3.6999;RBI=0.0296105;REFB=-0.0284911;REVB=0.0296018;RO=137;SAF=6;SAR=15;SRF=1;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.716443;STB=0.85552;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0203671;OID=.;OPOS=47883025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:166:137:137:21:29:0.174699:15:6:1:136:23:6:1:136 chr1 47906338 . G A 3998.2 PASS AF=1;AO=255;DP=255;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.004;QD=62.2288;RBI=0.0189617;REFB=0;REVB=0.0173485;RO=0;SAF=122;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34775e-06;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:257:0:0:255:257:1:133:122:0:0:134:123:0:0 chr1 48697733 . T G 3674.92 PASS AF=0.963855;AO=238;DP=248;FAO=240;FDP=249;FR=.;FRO=9;FSAF=121;FSAR=119;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00641294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.903;QD=59.0349;RBI=0.026837;REFB=-0.085372;REVB=0.0260595;RO=8;SAF=119;SAR=119;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501857;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.000325056;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:248:249:8:9:238:240:0.963855:119:119:4:4:119:121:5:4 chr1 48713394 . C T 1453.47 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.172;QD=63.1945;RBI=0.0581712;REFB=0;REVB=0.0525725;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107041;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr1 48764419 . C T 852.88 PASS AF=0.480663;AO=87;DP=181;FAO=87;FDP=181;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=-0.000590465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.297;QD=18.8481;RBI=0.00271038;REFB=-0.0122671;REVB=-0.00264528;RO=94;SAF=42;SAR=45;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944553;STB=0.552056;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0114908;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:94:94:87:87:0.480663:45:42:36:58:45:42:36:58 chr1 48937691 . A T 423.76 PASS AF=0.404959;AO=46;DP=120;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0307712;FXX=0.0319974;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9296;QD=14.0087;RBI=0.0407087;REFB=-0.0173845;REVB=-0.026652;RO=66;SAF=41;SAR=5;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511084;STB=0.745341;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0299271;OID=.;OPOS=48937691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:66:72:46:49:0.404959:5:41:35:31:8:41:36:36 chr1 49113319 . T C 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0302191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.203;QD=11.3358;RBI=0.0304792;REFB=-0.00407142;REVB=0.00397333;RO=43;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220618;STB=0.626767;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0103621;OID=.;OPOS=49113319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:12:12:13:30:12:12:13:30 chr1 49224584 . G T 203.96 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0117993;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.207;QD=14.3132;RBI=0.012478;REFB=-0.0129614;REVB=-0.00405925;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062728;STB=0.526294;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0189017;OID=.;OPOS=49224584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:33:24:24:0.421053:12:12:14:18:12:12:15:18 chr1 49511424 . A G 561.4 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0404726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2043;QD=20.7924;RBI=0.0519951;REFB=-0.0103999;REVB=-0.0326415;RO=51;SAF=41;SAR=16;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929106;STB=0.551268;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00934155;OID=.;OPOS=49511424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:51:57:57:0.527778:16:41:32:19:16:41:32:19 chr1 50661411 . C T 1828.33 PASS AF=0.932836;AO=125;DP=134;FAO=125;FDP=134;FR=.;FRO=9;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0185014;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.425;QD=54.577;RBI=0.0258267;REFB=-0.0157631;REVB=0.0180199;RO=7;SAF=47;SAR=78;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508494;STB=0.528345;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000191135;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:134:134:7:9:125:125:0.932836:78:47:6:1:78:47:7:2 chr1 50666515 . C T 2553.32 PASS AF=0.988439;AO=167;DP=171;FAO=171;FDP=173;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0468959;FXX=0.0057468;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.0145;QD=59.0362;RBI=0.0741468;REFB=-0.115018;REVB=0.0574328;RO=4;SAF=75;SAR=92;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896079;STB=0.505319;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00479761;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:171:173:4:2:167:171:0.988439:92:75:1:3:93:78:0:2 chr1 51821226 . GTTTTTTTG GTTTTTTGT 45.82 PASS AF=0.142857;AO=5;DP=43;FAO=6;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0631948;FXX=0.0232504;HRUN=7;LEN=2;MLLD=21.2517;QD=4.36358;RBI=0.0643259;REFB=-0.0517484;REVB=-0.0120099;RO=17;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21266;STB=0.666112;STBP=0.426;TYPE=mnp;VARB=0.0573498;OID=.;OPOS=51821233;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:5:43:6:42:30:4:2:14:16:29:17:3:2:7:10 chr1 51873951 . G A 1825.81 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962309;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.404;QD=61.3717;RBI=0.0119031;REFB=0;REVB=0.00700567;RO=0;SAF=47;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.20685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64085e-05;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:72:47:0:0:72:47:0:0 chr1 52264064 . A G 363.11 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00337119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6148;QD=15.6175;RBI=0.0273409;REFB=0.00262465;REVB=0.0271323;RO=54;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028175;STB=0.515905;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00322761;OID=.;OPOS=52264064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:22:17:25:29:22:17:25:29 chr1 52266242 . G A 651.66 PASS AF=0.596154;AO=62;DP=105;FAO=62;FDP=104;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=54;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0101475;FXX=0.0188661;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.487;QD=25.0637;RBI=0.0156777;REFB=-0.0117554;REVB=-0.0119507;RO=42;SAF=8;SAR=54;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347587;STB=0.692234;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00718448;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:42:42:62:62:0.596154:54:8:18:24:54:8:18:24 chr1 52266350 . C T 176.88 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0478743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.468;QD=14.15;RBI=0.0485156;REFB=0.00107716;REVB=0.00786199;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383486;STB=0.719789;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00227503;OID=.;OPOS=52266350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:7:12:8:23:7:12:8:23 chr1 52290984 . T G 642.37 PASS AF=0.51938;AO=60;DP=121;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0494366;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0747;QD=19.9184;RBI=0.0691456;REFB=-0.0172579;REVB=0.0483439;RO=55;SAF=28;SAR=32;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684332;STB=0.528118;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0221782;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:129:55:62:60:67:0.51938:32:28:30:25:32:35:36:26 chr1 52306063 . ATCT A 194.81 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907905;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=3;MLLD=192.659;QD=48.7029;RBI=0.144448;REFB=0;REVB=0.112349;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00244696;OID=.;OPOS=52306064;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:17:16:16:0:9:7:0:0:4:1:9:5:1:0 chr1 52439128 . G GT 958.25 PASS AF=0.478469;AO=96;DP=213;FAO=100;FDP=209;FR=.;FRO=109;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=55;FSRR=54;FWDB=0.0145767;FXX=0.00947822;HRUN=0;LEN=1;MLLD=207.07;QD=18.3396;RBI=0.0251534;REFB=-0.0189207;REVB=-0.0204991;RO=115;SAF=51;SAR=45;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265082;STB=0.513278;STBP=0.698;TYPE=ins;VARB=0.0214057;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478469:96:213:100:209:109:53:47:55:54:99:115:51:45:58:57 chr1 52498137 . T TG 458.85 PASS AF=0.433526;AO=73;DP=179;FAO=75;FDP=173;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=0.0431912;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.6545;QD=10.6092;RBI=0.043261;REFB=-0.0182555;REVB=-0.0024577;RO=106;SAF=44;SAR=29;SRF=65;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115642;STB=0.509004;STBP=0.841;TYPE=ins;VARB=0.0241991;OID=.;OPOS=52498138;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433526:73:179:75:173:98:44:31:59:39:99:106:44:29:65:41 chr1 52498370 . C T 491.09 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0125073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8833;QD=17.2312;RBI=0.0132905;REFB=-0.00183674;REVB=0.00449478;RO=61;SAF=37;SAR=16;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196858;STB=0.609993;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00171795;OID=.;OPOS=52498370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:53:53:0.464912:16:37:31:30:16:37:31:30 chr1 52498861 . A T 398.75 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0237099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7614;QD=18.3333;RBI=0.0335544;REFB=0.00236881;REVB=-0.0237432;RO=44;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283622;STB=0.502277;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00482935;OID=.;OPOS=52498861;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:46:41:41:0.471264:23:18:18:26:23:18:20:26 chr1 52518164 . A G 460.43 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0224416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4495;QD=14.5016;RBI=0.0392543;REFB=0.00432507;REVB=-0.0322067;RO=75;SAF=27;SAR=25;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968554;STB=0.554494;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00456333;OID=.;OPOS=52518164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:75:52:52:0.409449:25:27:32:43:25:27:32:43 chr1 52851608 . G A 667.49 PASS AF=0.458599;AO=72;DP=157;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=-0.0103506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5971;QD=17.0061;RBI=0.0104124;REFB=-0.00715959;REVB=-0.00113297;RO=82;SAF=34;SAR=38;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127329;STB=0.57821;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00984001;OID=.;OPOS=52851608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:82:85:72:72:0.458599:38:34:28:54:38:34:28:57 chr1 52882406 . A G 3388.54 PASS AF=0.99095;AO=218;DP=221;FAO=219;FDP=221;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=116;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0226205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.725;QD=61.3311;RBI=0.0259411;REFB=-0.056533;REVB=-0.0126985;RO=2;SAF=102;SAR=116;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000558492;STB=0.50027;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-4.08523e-05;OID=.;OPOS=52882406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:221:221:2:2:218:219:0.99095:116:102:1:1:116:103:1:1 chr1 52882970 . A G 1243.66 PASS AF=0.987805;AO=64;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.635;QD=60.6662;RBI=0.0213897;REFB=0;REVB=-0.0156296;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22796e-05;OID=.;OPOS=52882970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:0:64:81:0.987805:37:27:0:0:48:33:0:0 chr1 52882971 . T G 60.56 PASS AF=0.144578;AO=11;DP=82;FAO=12;FDP=83;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00361307;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=77.3968;QD=2.91832;RBI=0.0420623;REFB=0.000360233;REVB=0.0419068;RO=71;SAF=2;SAR=9;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346758;STB=0.675186;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.000224918;OID=.;OPOS=52882971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:83:71:71:11:12:0.144578:9:2:31:40:9:3:31:40 chr1 52937661 . A G 512.44 PASS AF=0.395833;AO=56;DP=141;FAO=57;FDP=144;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.0163838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6543;QD=14.2345;RBI=0.0449984;REFB=-0.0102789;REVB=-0.0419098;RO=85;SAF=33;SAR=23;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524632;STB=0.548778;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0143874;OID=.;OPOS=52937661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:85:87:56:57:0.395833:23:33:46:39:23:34:45:42 chr1 53236718 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA,ATTTTAG 98.21 PASS AF=0,0.3125,0.104167;AO=8,15,2;DP=48;FAO=0,15,5;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=0,8,5;FSAR=0,7,0;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0357805,-0.0231696,0.167191;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=160.213,11.5275,19.6995;QD=8.18406;RBI=0.0365794,0.0233895,0.170412;REFB=0.00507266,-0.157705,-0.0877092;REVB=-0.00760299,0.0031996,0.0329761;RO=21;SAF=8,8,2;SAR=0,7,0;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.744435,0.00960055,0.494107;STB=0.5,0.572233,0.997221;STBP=1,0.484,0.067;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.165783,-0.0082545;OID=.,.,.;OPOS=53236723,53236719,53236723;OREF=TA,T,TA;OALT=-,-,AG;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA,ATTTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.3125,0.104167:8,15,2:48:0,15,5:48:28:0,8,5:0,7,0:18:10:69:21:8,8,2:0,7,0:11:10 chr1 53250650 . G A 2459.56 PASS AF=0.993939;AO=162;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0947;QD=59.6257;RBI=0.0801103;REFB=-0.17389;REVB=0.0788389;RO=2;SAF=74;SAR=88;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106907;STB=0.503355;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00171011;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:165:165:2:1:162:164:0.993939:88:74:0:2:90:74:1:0 chr1 53380922 . T G 982.82 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00285624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.228;QD=56.1613;RBI=0.0342082;REFB=-0.0784852;REVB=0.0340888;RO=2;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269901;STB=0.514282;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000188833;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:2:2:68:68:0.971429:34:34:0:2:34:34:0:2 chr1 53532535 . G C 624.74 PASS AF=0.442177;AO=64;DP=146;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0137786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.374;QD=16.9996;RBI=0.018747;REFB=0.017799;REVB=0.0127122;RO=80;SAF=43;SAR=21;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104763;STB=0.546017;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0198057;OID=.;OPOS=53532535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:80:82:64:65:0.442177:21:43:46:34:22:43:48:34 chr1 53535478 . G A 637.95 PASS AF=0.430303;AO=71;DP=167;FAO=71;FDP=165;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=-0.00351005;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.625;QD=15.4656;RBI=0.00430144;REFB=-0.000585966;REVB=-0.00248636;RO=94;SAF=32;SAR=39;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115082;STB=0.564237;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000766688;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:94:94:71:71:0.430303:39:32:53:41:39:32:53:41 chr1 53537266 . G A 2552.08 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0325245;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.093;QD=61.1276;RBI=0.0354603;REFB=-0.0670245;REVB=0.0141277;RO=1;SAF=83;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569936;STB=0.502994;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00137125;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:167:1:1:166:166:0.994012:83:83:1:0:83:83:1:0 chr1 53544289 . C T 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0127176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.379;QD=7.25951;RBI=0.0241958;REFB=-0.00235289;REVB=0.0205839;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218031;STB=0.636097;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00710032;OID=.;OPOS=53544289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:17:12:6:4:17:12 chr1 53547800 . A G 280.45 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=1;FWDB=-0.104294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7526;QD=16.9971;RBI=0.105309;REFB=0.000995834;REVB=-0.0145845;RO=35;SAF=28;SAR=3;SRF=34;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226583;STB=0.624098;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00378978;OID=.;OPOS=53547800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:3:28:34:1:3:28:34:1 chr1 53553702 . A G 3615.92 PASS AF=1;AO=230;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.978;QD=62.6134;RBI=0.0173331;REFB=-0.0538899;REVB=0.000303372;RO=1;SAF=117;SAR=113;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166912;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:231:231:1:0:230:231:1:113:117:1:0:113:118:0:0 chr1 53558270 . A G 1755.64 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328446;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3274;QD=61.0656;RBI=0.0543683;REFB=0;REVB=0.0433261;RO=0;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349273;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:116:115:1:70:46:0:0:69:46:0:0 chr1 53558366 . T C 258.45 PASS AF=0.348315;AO=30;DP=88;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0125899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.967;QD=11.6157;RBI=0.0152754;REFB=0.00438592;REVB=-0.00865055;RO=58;SAF=10;SAR=20;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361493;STB=0.505127;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00708867;OID=.;OPOS=53558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:58:58:30:31:0.348315:20:10:21:37:20:11:21:37 chr1 53676448 . G A 381.78 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0193227;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.76;QD=16.7815;RBI=0.02068;REFB=-0.00626722;REVB=-0.00736869;RO=49;SAF=16;SAR=24;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898943;STB=0.54052;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00484217;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:51:40:40:0.43956:24:16:24:25:24:16:24:27 chr1 53679878 . T C 376.75 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.116126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0302;QD=18.6051;RBI=0.129462;REFB=0.0209913;REVB=-0.0572279;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534023;STB=0.529735;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.0214366;OID=.;OPOS=53679878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:21:18:17:25:21:18:17:25 chr1 53684524 . GC G,GG 792.76 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=19,33;DP=52;FAO=6,51;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=4,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535218,0.0511088;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=245.088,248.731;QD=55.632;RBI=0.0795731,0.0762144;REFB=0,0;REVB=0.0588837,0.0565379;RO=0;SAF=9,18;SAR=10,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33753e-08,4.64315e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0169232,0.0024726;OID=.,.;OPOS=53684525,53684525;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:19,33:52:6,51:57:0:2,26:4,25:0:0:15:0:9,18:10,15:0:0 chr1 53716416 . G A 2354.18 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172158;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.503;QD=61.1474;RBI=0.0888034;REFB=0;REVB=0.0871186;RO=0;SAF=82;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04693e-05;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:153:154:1:71:82:0:0:72:82:0:0 chr1 53732315 . G T 735.7 PASS AF=0.434066;AO=78;DP=183;FAO=79;FDP=182;FR=.;FRO=103;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.0087248;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.229;QD=16.1692;RBI=0.0183238;REFB=-0.00886484;REVB=0.0161134;RO=102;SAF=27;SAR=51;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201268;STB=0.617512;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00985237;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:102:103:78:79:0.434066:51:27:55:47:52:27:56:47 chr1 53792651 . A C 1151.18 PASS AF=0.49569;AO=114;DP=232;FAO=115;FDP=232;FR=.;FRO=117;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=-0.0403681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.704;QD=19.8479;RBI=0.0442471;REFB=-0.0120231;REVB=-0.0181167;RO=116;SAF=57;SAR=57;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316557;STB=0.521579;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0146682;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:116:117:114:115:0.49569:57:57:54:62:57:58:54:63 chr1 53793511 . T C 399.45 PASS AF=0.5;AO=37;DP=79;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0774912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5537;QD=19.0217;RBI=0.0779568;REFB=-0.0450957;REVB=0.00850773;RO=39;SAF=13;SAR=24;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15429;STB=0.588192;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0686039;OID=.;OPOS=53793511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:84:39:42:37:42:0.5:24:13:20:19:28:14:21:21 chr1 53995515 . G A 2716.29 PASS AF=0.967914;AO=171;DP=179;FAO=181;FDP=187;FR=.;FRO=6;FSAF=86;FSAR=95;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0641637;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5324;QD=58.1025;RBI=0.12378;REFB=-0.0703231;REVB=0.105852;RO=5;SAF=84;SAR=87;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00587832;STB=0.500799;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.017572;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:179:187:5:6:171:181:0.967914:87:84:3:2:95:86:3:3 chr1 54060016 . G C 411.42 PASS AF=0.532468;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=38;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=-0.0162255;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.981;QD=21.3722;RBI=0.0204445;REFB=-0.0170074;REVB=-0.0124383;RO=34;SAF=37;SAR=3;SRF=29;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177051;STB=0.6263;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0159019;OID=.;OPOS=54060016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:34:36:40:41:0.532468:3:37:29:5:3:38:30:6 chr1 54060248 . T C 1574.54 PASS AF=0.5;AO=157;DP=315;FAO=158;FDP=316;FR=.;FRO=158;FSAF=57;FSAR=101;FSRF=61;FSRR=97;FWDB=-0.00640841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.577;QD=19.9309;RBI=0.0205093;REFB=-0.00177504;REVB=-0.0194824;RO=156;SAF=56;SAR=101;SRF=59;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021171;STB=0.513617;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00214556;OID=.;OPOS=54060248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:316:156:158:157:158:0.5:101:56:59:97:101:57:61:97 chr1 54474664 . G A 504.66 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0137398;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.28;QD=18.8657;RBI=0.0185561;REFB=-0.00290325;REVB=-0.0124718;RO=54;SAF=24;SAR=29;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093112;STB=0.505153;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00264595;OID=.;OPOS=54474664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:54:54:53:53:0.495327:29:24:25:29:29:24:25:29 chr1 54571318 . C T 119.76 PASS AF=0.268293;AO=8;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.082923;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.5167;QD=11.6839;RBI=0.0829246;REFB=0.00454879;REVB=-0.000506104;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948687;STB=0.590735;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00250824;OID=.;OPOS=54571318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:41:41:22:26:8:11:0.268293:3:5:12:10:3:8:16:10 chr1 54605319 . G GC 515.18 PASS AF=0.729412;AO=37;DP=100;FAO=62;FDP=85;FR=.;FRO=23;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.00200991;FXX=0.105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.951;QD=24.2437;RBI=0.0527247;REFB=-0.0121533;REVB=-0.0526864;RO=60;SAF=31;SAR=6;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406603;STB=0.568945;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=0.00400638;OID=.;OPOS=54605320;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.729412:37:100:62:85:23:40:22:20:3:99:60:31:6:32:28 chr1 54605320 . G C 94.34 PASS AF=0.165049;AO=17;DP=103;FAO=17;FDP=103;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=-0.0090169;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=127.248;QD=3.66367;RBI=0.059318;REFB=-0.00239974;REVB=-0.0586287;RO=77;SAF=8;SAR=9;SRF=53;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276504;STB=0.63908;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00624622;OID=.;OPOS=54605320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:103:103:77:86:17:17:0.165049:9:8:53:24:9:8:55:31 chr1 54606804 . C T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.303;QD=59.5018;RBI=0.0339768;REFB=0;REVB=0.0304543;RO=0;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87408e-05;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:21:48:0:0:21:48:0:0 chr1 54607051 . A G 1161.85 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.517;QD=60.3557;RBI=0.0303917;REFB=0;REVB=0.021773;RO=1;SAF=25;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33493e-05;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:1:0:74:77:1:49:25:1:0:51:26:0:0 chr1 54637167 . T C 809.23 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111722;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.105;QD=55.8087;RBI=0.0134991;REFB=0.0814002;REVB=0.00757688;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017147;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-4.96201e-05;OID=.;OPOS=54637167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:58:1:1:57:57:0.982759:27:30:0:1:27:30:0:1 chr1 54637417 . G A 2331.51 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.423;QD=63.8769;RBI=0.0434712;REFB=0;REVB=0.0282533;RO=0;SAF=71;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.47533e-06;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:75:71:0:0:75:71:0:0 chr1 54637697 . A G 2280.8 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146663;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.764;QD=63.7986;RBI=0.0297939;REFB=0;REVB=0.025934;RO=0;SAF=72;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08761e-05;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:143:0:0:143:143:1:71:72:0:0:71:72:0:0 chr1 54637915 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.118;QD=44.6898;RBI=0.088242;REFB=0;REVB=0.0573825;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298913;OID=.;OPOS=54637915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr1 54661150 . C T 684.35 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0738435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2931;QD=50.6925;RBI=0.120323;REFB=-0.0354095;REVB=0.0949984;RO=4;SAF=28;SAR=22;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269134;STB=0.525414;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0103118;OID=.;OPOS=54661150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:4:3:50:51:0.944444:22:28:3:1:23:28:3:0 chr1 54681920 . G C 705.54 PASS AF=0.449704;AO=76;DP=169;FAO=76;FDP=169;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0106916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.839;QD=16.6991;RBI=0.0241825;REFB=-0.0161872;REVB=0.0216906;RO=92;SAF=36;SAR=40;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259677;STB=0.517452;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0159221;OID=.;OPOS=54681920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:92:93:76:76:0.449704:40:36:46:46:40:36:47:46 chr1 54683856 . C G 452.39 PASS AF=0.351515;AO=53;DP=158;FAO=58;FDP=165;FR=.;FRO=107;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=68;FSRR=39;FWDB=0.0439875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6199;QD=10.967;RBI=0.0476801;REFB=-0.0118372;REVB=0.0183983;RO=105;SAF=20;SAR=33;SRF=68;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305213;STB=0.684623;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0150012;OID=.;OPOS=54683856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:165:105:107:53:58:0.351515:33:20:68:37:38:20:68:39 chr1 54683925 . G A 409.21 PASS AF=0.352518;AO=49;DP=139;FAO=49;FDP=139;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=-0.00636234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.913;QD=11.7758;RBI=0.00998884;REFB=-0.0230963;REVB=0.00770049;RO=90;SAF=16;SAR=33;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297217;STB=0.670228;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.029485;OID=.;OPOS=54683925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:90:90:49:49:0.352518:33:16:53:37:33:16:53:37 chr1 54686374 . T C 1614.2 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0218037;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4117;QD=58.1693;RBI=0.0460659;REFB=0.0721381;REVB=-0.0405792;RO=3;SAF=56;SAR=53;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917353;STB=0.509258;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00113261;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:111:3:2:109:109:0.981982:53:56:1:2:53:56:0:2 chr1 54686464 . C T 574.71 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0129348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.816;QD=19.6483;RBI=0.0156732;REFB=-0.00480849;REVB=0.00885099;RO=58;SAF=28;SAR=31;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736444;STB=0.504064;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00452689;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:31:28:28:30:31:28:28:30 chr1 54690867 . G A 484.21 PASS AF=0.472727;AO=53;DP=111;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0008819;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.016;QD=17.6077;RBI=0.0230211;REFB=-0.00449479;REVB=-0.0230042;RO=58;SAF=27;SAR=26;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072438;STB=0.53545;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00570817;OID=.;OPOS=54690867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:58:58:53:52:0.472727:26:27:34:24:25:27:34:24 chr1 54690954 . T C 138.36 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00784122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.6423;QD=12.2988;RBI=0.0178241;REFB=-0.000119918;REVB=-0.0160067;RO=26;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326469;STB=0.6865;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.000559905;OID=.;OPOS=54690954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:26:29:16:16:0.355556:12:4:14:12:12:4:15:14 chr1 54704510 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.662;QD=35.5752;RBI=0.0557122;REFB=0;REVB=0.0188416;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254855;OID=.;OPOS=54704510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 54704563 . G A 172.02 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00138038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.1035;QD=18.1068;RBI=0.0751825;REFB=-0.00855978;REVB=0.0751698;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224918;STB=0.628881;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.01349;OID=.;OPOS=54704563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:13:5:10:10:13:5:10:10 chr1 54704567 . A G 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.76;QD=60.6034;RBI=0.0421329;REFB=0;REVB=-0.0259944;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68254e-05;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr1 54704629 . C T 1275.04 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0141416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.225;QD=59.3041;RBI=0.024863;REFB=-0.116742;REVB=-0.0204496;RO=0;SAF=15;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507141;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000327671;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:0:2:84:84:0.976744:69:15:0:0:69:15:0:2 chr1 55060251 . C T 1039.25 PASS AF=0.457627;AO=108;DP=236;FAO=108;FDP=236;FR=.;FRO=128;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=71;FWDB=0.00691432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.117;QD=17.6144;RBI=0.0175747;REFB=-0.0257671;REVB=0.0161574;RO=128;SAF=67;SAR=41;SRF=57;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173513;STB=0.596105;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0265713;OID=.;OPOS=55060251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:128:128:108:108:0.457627:41:67:57:71:41:67:57:71 chr1 55064980 . G A 1881.2 PASS AF=0.58194;AO=174;DP=306;FAO=174;FDP=299;FR=.;FRO=125;FSAF=118;FSAR=56;FSRF=72;FSRR=53;FWDB=-0.00179607;FXX=0.0292198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8481;QD=25.1665;RBI=0.0746769;REFB=-0.0264768;REVB=0.0746553;RO=121;SAF=118;SAR=56;SRF=70;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836031;STB=0.547267;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0248643;OID=.;OPOS=55064980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:299:121:125:174:174:0.58194:56:118:70:51:56:118:72:53 chr1 55075062 . C T 446.5 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0134331;FXX=0.0114929;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.4588;QD=20.7675;RBI=0.0154059;REFB=-0.0250307;REVB=-0.00754273;RO=38;SAF=23;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632576;STB=0.545865;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0148292;OID=.;OPOS=55075062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:38:42:44:44:0.511628:21:23:17:21:21:23:18:24 chr1 55075122 . C G 714.3 PASS AF=0.483871;AO=74;DP=155;FAO=75;FDP=155;FR=.;FRO=80;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.00708186;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0568;QD=18.4336;RBI=0.012435;REFB=0.0212162;REVB=-0.0102214;RO=80;SAF=48;SAR=26;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225111;STB=0.618891;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0220781;OID=.;OPOS=55075122;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:80:80:74:75:0.483871:26:48:33:47:27:48:33:47 chr1 55075452 . G A 459.6 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0354045;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.674;QD=15.7127;RBI=0.0359412;REFB=-0.0111938;REVB=0.00618814;RO=66;SAF=18;SAR=33;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011741;STB=0.506576;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0152897;OID=.;OPOS=55075452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:66:66:51:51:0.435897:33:18:24:42:33:18:24:42 chr1 55118566 . C G 2408.33 PASS AF=1;AO=137;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=85;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.216;QD=61.3588;RBI=0.0600485;REFB=0;REVB=0.0414666;RO=0;SAF=68;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158748;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:137:157:1:69:68:0:0:72:85:0:0 chr1 55119144 . A G 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0048718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.997;QD=14.1698;RBI=0.0167077;REFB=-0.00282537;REVB=-0.0159816;RO=49;SAF=20;SAR=14;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610727;STB=0.524065;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00524695;OID=.;OPOS=55119144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:51:34:34:0.4:14:20:26:23:14:20:28:23 chr1 55119289 . G C 265.36 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.030336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7091;QD=17.9904;RBI=0.0338471;REFB=0.00617365;REVB=0.0150118;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168621;STB=0.594341;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00649337;OID=.;OPOS=55119289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:17:12:18:12:17:12:18:12 chr1 55119515 . T G 674.03 PASS AF=0.407609;AO=75;DP=182;FAO=75;FDP=184;FR=.;FRO=109;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.0196405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.305;QD=14.6528;RBI=0.0302488;REFB=-0.00921549;REVB=-0.0230052;RO=106;SAF=37;SAR=38;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127581;STB=0.504203;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.012677;OID=.;OPOS=55119515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:106:109:75:75:0.407609:38:37:51:55:38:37:53:56 chr1 55119546 . A G 2599.8 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0879628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.762;QD=60.8141;RBI=0.0902165;REFB=0;REVB=0.0200393;RO=0;SAF=53;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226315;OID=.;OPOS=55119546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:139:171:0:0:139:171:1:86:53:0:0:101:70:0:0 chr1 55136529 . T C 2102.39 PASS AF=0.467811;AO=218;DP=467;FAO=218;FDP=466;FR=.;FRO=248;FSAF=100;FSAR=118;FSRF=98;FSRR=150;FWDB=-0.0216956;FXX=0.00214128;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5642;QD=18.0462;RBI=0.0229478;REFB=-0.0100792;REVB=0.00747704;RO=248;SAF=100;SAR=118;SRF=98;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062274;STB=0.534245;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0125502;OID=.;OPOS=55136529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:467:466:248:248:218:218:0.467811:118:100:98:150:118:100:98:150 chr1 55139741 . A G 3079.45 PASS AF=1;AO=200;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114496;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.301;QD=61.2826;RBI=0.0266812;REFB=0.0171318;REVB=0.0266566;RO=1;SAF=116;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00408849;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13892e-05;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:201:1:0:200:201:1:84:116:1:0:85:116:0:0 chr1 55144466 . A G 306.65 PASS AF=0.345133;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0686939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8804;QD=10.855;RBI=0.0760872;REFB=0.00808285;REVB=-0.0327172;RO=74;SAF=21;SAR=18;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333901;STB=0.519221;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0170374;OID=.;OPOS=55144466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:74:74:39:39:0.345133:18:21:42:32:18:21:42:32 chr1 55167773 . T A 6180.43 PASS AF=1;AO=384;DP=387;FAO=387;FDP=387;FR=.;FRO=0;FSAF=190;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074011;FXX=0.00769211;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.112;QD=63.8805;RBI=0.0885272;REFB=0;REVB=0.0882173;RO=0;SAF=190;SAR=194;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109796;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:387:387:0:0:384:387:1:194:190:0:0:197:190:0:0 chr1 55182300 . T A 2515.66 PASS AF=0.988024;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0135809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8378;QD=60.2554;RBI=0.0164156;REFB=-0.191624;REVB=-0.0092212;RO=2;SAF=82;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.90274e-05;STB=0.500036;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00199282;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:167:2:2:165:165:0.988024:83:82:1:1:83:82:1:1 chr1 55251689 . T C 2338.12 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0081974;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.24;QD=63.1924;RBI=0.0350052;REFB=0.000939457;REVB=0.0340319;RO=1;SAF=64;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569593;STB=0.502994;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=1.68441e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:148:1:1:147:147:0.993243:83:64:0:1:83:64:0:1 chr1 55271845 . C T 4833.75 PASS AF=0.466729;AO=493;DP=1066;FAO=498;FDP=1067;FR=.;FRO=569;FSAF=310;FSAR=188;FSRF=319;FSRR=250;FWDB=0.0345178;FXX=0.00280371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7984;QD=18.1209;RBI=0.0373667;REFB=-0.00335817;REVB=0.0143106;RO=557;SAF=306;SAR=187;SRF=308;SRR=249;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681267;STB=0.534498;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00402499;OID=.;OPOS=55271845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1066:1067:557:569:493:498:0.466729:187:306:308:249:188:310:319:250 chr1 55273580 . G T 463.46 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.00334592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.659;QD=14.9503;RBI=0.00480507;REFB=0.00117175;REVB=-0.0034487;RO=72;SAF=25;SAR=27;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124813;STB=0.56993;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00148441;OID=.;OPOS=55273580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:27:25:26:46:27:25:26:46 chr1 55277599 . T C 1606.54 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8375;QD=64.2618;RBI=0.118899;REFB=0;REVB=-0.102294;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000759043;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:47:53:0:0:47:53:0:0 chr1 55307501 . A G 739.8 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3701;QD=56.9077;RBI=0.0184639;REFB=0;REVB=-0.0157058;RO=1;SAF=18;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254383;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01188e-05;OID=.;OPOS=55307501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:33:18:1:0:33:19:0:0 chr1 55446697 . G A 5206.29 PASS AF=0.988095;AO=332;DP=337;FAO=332;FDP=336;FR=.;FRO=4;FSAF=197;FSAR=135;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0425872;FXX=0.00296727;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.113;QD=61.9796;RBI=0.0572616;REFB=0.0213883;REVB=0.0382782;RO=4;SAF=197;SAR=135;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958643;STB=0.505025;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-2.22273e-05;OID=.;OPOS=55446697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:337:336:4:4:332:332:0.988095:135:197:4:0:135:197:4:0 chr1 55457710 . G A 2457.85 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.996;QD=60.6876;RBI=0.0190815;REFB=0.0447661;REVB=0.00648615;RO=1;SAF=68;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694596;STB=0.503649;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000270829;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:161:161:0.993827:93:68:1:0:93:68:1:0 chr1 55464986 . G A 1175.99 PASS AF=0.952941;AO=80;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0757084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.294;QD=55.3409;RBI=0.0781636;REFB=-0.158924;REVB=0.0194367;RO=3;SAF=47;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559001;STB=0.516588;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00362419;OID=.;OPOS=55464986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:3:4:80:81:0.952941:33:47:2:1:33:48:1:3 chr1 55505587 . CGG CGC,CG 2724.53 PASS AF=0.0860656,0.913934;AO=20,77;DP=245;FAO=21,223;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=0,124;FSAR=21,99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529898,0.797978;FXX=0.00408147;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=177.095,16.4647;QD=44.6645;RBI=0.0783444,0.812019;REFB=0.0209068,-0.0333781;REVB=-0.0577056,0.150354;RO=140;SAF=0,12;SAR=20,65;SRF=112;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0.364706;SSSB=-0.804701,-0.673425;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0663308,0.0166316;OID=.,.;OPOS=55505589,55505588;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0860656,0.913934:20,77:245:21,223:244:0:0,124:21,99:0:0:62:140:0,12:20,65:112:28 chr1 55523033 . A G 4670.99 PASS AF=1;AO=295;DP=297;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100089;FXX=0.00673378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0833;QD=63.3354;RBI=0.0473333;REFB=-0.114591;REVB=-0.046263;RO=0;SAF=169;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99009e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524993;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:297:295:0:0:295:295:1:126:169:0:0:126:169:0:0 chr1 55524197 . A G 2845.37 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.501;QD=62.881;RBI=0.0373552;REFB=0;REVB=-0.036642;RO=0;SAF=83;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73119e-05;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:181:0:0:180:181:1:97:83:0:0:97:84:0:0 chr1 55524237 . G A 3724.27 PASS AF=1;AO=234;DP=237;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000531891;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.073;QD=63.1233;RBI=0.0438681;REFB=-0.0206561;REVB=0.0438648;RO=0;SAF=101;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15623e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32342e-05;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:237:236:0:0:234:236:1:133:101:0:0:134:102:0:0 chr1 55529187 . G A 3813.04 PASS AF=0.987755;AO=242;DP=246;FAO=242;FDP=245;FR=.;FRO=3;FSAF=122;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0384386;FXX=0.00406488;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.383;QD=62.2537;RBI=0.0389599;REFB=-0.102062;REVB=-0.00635217;RO=3;SAF=122;SAR=120;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398604;STB=0.502091;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00034197;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:246:245:3:3:242:242:0.987755:120:122:1:2:120:122:1:2 chr1 55541174 . A G 1089.82 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.742;QD=58.9092;RBI=0.0318063;REFB=-0.060434;REVB=-0.00120877;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416171;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:74:0:0:73:74:1:44:29:0:0:44:30:0:0 chr1 55638075 . G A 2007.77 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.492;QD=62.2564;RBI=0.0370249;REFB=0;REVB=-0.0232105;RO=0;SAF=50;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22625e-06;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:129:0:0:126:129:1:76:50:0:0:77:52:0:0 chr1 55842312 . G C 647.88 PASS AF=0.426036;AO=72;DP=163;FAO=72;FDP=169;FR=.;FRO=97;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.00660182;FXX=0.00588201;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.854;QD=15.3344;RBI=0.0080353;REFB=-0.00151793;REVB=-0.00458062;RO=90;SAF=31;SAR=41;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140965;STB=0.501424;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00205327;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:169:90:97:72:72:0.426036:41:31:40:50:41:31:42:55 chr1 55864258 . C T 1789.03 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367573;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7231;QD=61.1633;RBI=0.0376017;REFB=0;REVB=-0.0079242;RO=0;SAF=31;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87734e-05;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:86:31:0:0:86:31:0:0 chr1 56714810 . A G 724.26 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=166;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.0228785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3386;QD=17.4521;RBI=0.0466904;REFB=0.0250517;REVB=0.0407009;RO=88;SAF=41;SAR=36;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313142;STB=0.520446;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0255186;OID=.;OPOS=56714810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:88:89:77:77:0.463855:36:41:44:44:36:41:44:45 chr1 56961756 . A G 341.64 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0451929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.2715;QD=15.8902;RBI=0.047384;REFB=-0.00905814;REVB=-0.0142421;RO=49;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163288;STB=0.591608;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0153156;OID=.;OPOS=56961756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:19:18:16:33:19:18:16:33 chr1 57180867 . A G 502.48 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0198115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.809;QD=15.8262;RBI=0.0204614;REFB=-0.0160366;REVB=0.00511592;RO=72;SAF=29;SAR=26;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055722;STB=0.531185;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0212525;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:72:72:55:55:0.433071:26:29:34:38:26:29:34:38 chr1 57192198 . CT C 32.47 PASS AF=0.206897;AO=30;DP=120;FAO=24;FDP=116;FR=.;FRO=92;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.00651167;FXX=0.0333306;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.85217;QD=1.11958;RBI=0.104086;REFB=-0.0843632;REVB=0.103882;RO=69;SAF=12;SAR=18;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161614;STB=0.51586;STBP=0.876;TYPE=del;VARB=0.0600819;OID=.;OPOS=57192199;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897:30:120:24:116:92:11:13:44:48:32:69:12:18:37:32 chr1 57257817 . T C 1678.14 PASS AF=0.515625;AO=163;DP=320;FAO=165;FDP=320;FR=.;FRO=155;FSAF=70;FSAR=95;FSRF=75;FSRR=80;FWDB=-0.0015717;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.533;QD=20.9767;RBI=0.00159408;REFB=-0.0144324;REVB=-0.000266166;RO=155;SAF=68;SAR=95;SRF=75;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604174;STB=0.529295;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0117329;OID=.;OPOS=57257817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:155:155:163:165:0.515625:95:68:75:80:95:70:75:80 chr1 57383358 . C T 472.01 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00558189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.128;QD=18.3306;RBI=0.00677696;REFB=-0.020897;REVB=-0.00384313;RO=53;SAF=29;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663173;STB=0.536811;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0214086;OID=.;OPOS=57383358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:21:29:27:26:21:29:27:26 chr1 57422484 . C T 2403.1 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.727;QD=61.2255;RBI=0.0224849;REFB=0;REVB=0.0214776;RO=0;SAF=87;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11877e-05;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:70:87:0:0:70:87:0:0 chr1 58939634 . G A 1135.23 PASS AF=0.449814;AO=121;DP=269;FAO=121;FDP=269;FR=.;FRO=148;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=75;FSRR=73;FWDB=-0.00325805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.793;QD=16.8807;RBI=0.00453375;REFB=-0.00128292;REVB=0.00315278;RO=148;SAF=63;SAR=58;SRF=75;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138251;STB=0.507657;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00159986;OID=.;OPOS=58939634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:148:148:121:121:0.449814:58:63:75:73:58:63:75:73 chr1 59125683 . C T 200.31 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00370675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8518;QD=11.7829;RBI=0.00602196;REFB=-0.012906;REVB=0.00474594;RO=43;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385968;STB=0.509426;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0292654;OID=.;OPOS=59125683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:43:43:24:25:0.367647:12:12:23:20:12:13:23:20 chr1 59142713 . T C 2252.73 PASS AF=0.974359;AO=152;DP=156;FAO=152;FDP=156;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0129327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.3771;QD=57.7624;RBI=0.0198233;REFB=-0.171218;REVB=0.0150236;RO=2;SAF=77;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125143;STB=0.512985;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000937312;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:156:156:2:4:152:152:0.974359:75:77:0:2:75:77:0:4 chr1 59147926 . T C 2070.87 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2826;QD=62.2818;RBI=0.103295;REFB=0;REVB=0.100877;RO=0;SAF=59;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445339;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:73:59:0:0:74:59:0:0 chr1 59148118 . A T 525.08 PASS AF=0.470588;AO=55;DP=118;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0244136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.114;QD=17.6498;RBI=0.0250079;REFB=-0.000904638;REVB=-0.00541924;RO=63;SAF=37;SAR=18;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182508;STB=0.604672;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0010573;OID=.;OPOS=59148118;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:63:63:55:56:0.470588:18:37:31:32:18:38:31:32 chr1 59213743 . G A 374.11 PASS AF=0.43956;AO=41;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00893149;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.838;QD=16.4443;RBI=0.0430206;REFB=-0.00856073;REVB=0.0420833;RO=46;SAF=28;SAR=13;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1219;STB=0.558573;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00835917;OID=.;OPOS=59213743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:46:51:41:40:0.43956:13:28:26:20:12:28:31:20 chr1 59248813 . G C 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.571;QD=58.1286;RBI=0.0331992;REFB=0;REVB=0.0166028;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018624;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr1 59249031 . T G 10752.0 PASS AF=1;AO=662;DP=662;FAO=675;FDP=675;FR=.;FRO=0;FSAF=346;FSAR=329;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036608;FXX=0.00147927;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.802;QD=63.7156;RBI=0.0532084;REFB=0;REVB=0.0386132;RO=0;SAF=339;SAR=323;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19769e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:59:662:675:0:0:662:675:1:323:339:0:0:329:346:0:0 chr1 59249347 . G C 9239.77 PASS AF=1;AO=581;DP=582;FAO=581;FDP=581;FR=.;FRO=0;FSAF=283;FSAR=298;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021191;FXX=0.00171818;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.163;QD=63.6128;RBI=0.0249951;REFB=-0.0325019;REVB=-0.0132551;RO=1;SAF=283;SAR=298;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00168459;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3852e-06;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:582:581:1:0:581:581:1:298:283:1:0:298:283:0:0 chr1 59249496 . CGGGG C 376.6 PASS AF=0.382857;AO=66;DP=176;FAO=67;FDP=175;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=48;FWDB=0.00536656;FXX=0.0056815;HRUN=5;LEN=4;MLLD=56.7976;QD=8.60792;RBI=0.00783375;REFB=-0.00208332;REVB=-0.00570681;RO=97;SAF=36;SAR=30;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023064;STB=0.50207;STBP=0.975;TYPE=del;VARB=0.00320252;OID=.;OPOS=59249497;OREF=GGGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382857:66:176:67:175:108:37:30:60:48:99:97:36:30:55:42 chr1 59787350 . T G 1070.76 PASS AF=0.548913;AO=101;DP=183;FAO=101;FDP=184;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.000505455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.841;QD=23.2774;RBI=0.0112229;REFB=-0.00161229;REVB=-0.0112115;RO=82;SAF=41;SAR=60;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484509;STB=0.524042;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00165642;OID=.;OPOS=59787350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:82:83:101:101:0.548913:60:41:38:44:60:41:38:45 chr1 59844471 . G A 893.34 PASS AF=0.434978;AO=97;DP=223;FAO=97;FDP=223;FR=.;FRO=126;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=73;FWDB=-0.000849364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.867;QD=16.024;RBI=0.00156621;REFB=-0.00302538;REVB=0.0013159;RO=126;SAF=48;SAR=49;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754841;STB=0.541963;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00373329;OID=.;OPOS=59844471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:126:126:97:97:0.434978:49:48:53:73:49:48:53:73 chr1 60466814 . T C 491.5 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.00999479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.502;QD=15.8549;RBI=0.0211946;REFB=0.0174694;REVB=0.01869;RO=68;SAF=20;SAR=34;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187473;STB=0.508036;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0176401;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:70:54:54:0.435484:34:20:24:44:34:20:25:45 chr1 60474375 . C T 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0523501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4034;QD=9.37552;RBI=0.0530565;REFB=0.00440654;REVB=-0.0086286;RO=41;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126193;STB=0.574392;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00830689;OID=.;OPOS=60474375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:10:9:15:26:10:9:15:26 chr1 60499175 . C T 917.76 PASS AF=0.50838;AO=91;DP=178;FAO=91;FDP=179;FR=.;FRO=88;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.0116613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.186;QD=20.5087;RBI=0.0116636;REFB=-0.0104295;REVB=-0.000233403;RO=87;SAF=49;SAR=42;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130903;STB=0.574343;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0134018;OID=.;OPOS=60499175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:87:88:91:91:0.50838:42:49:34:53:42:49:34:54 chr1 60503762 . T C 367.31 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0405629;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.745;QD=18.8365;RBI=0.0490335;REFB=0.0065028;REVB=0.0275488;RO=40;SAF=13;SAR=25;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152308;STB=0.58506;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00608727;OID=.;OPOS=60503762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:40:40:38:38:0.487179:25:13:20:20:25:13:20:20 chr1 60505783 . G C 471.48 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0248314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3373;QD=23.5741;RBI=0.0356327;REFB=-0.00725513;REVB=-0.0255556;RO=35;SAF=14;SAR=31;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104089;STB=0.55732;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00552847;OID=.;OPOS=60505783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:31:14:15:20:31:14:15:20 chr1 60506744 . G A 1226.55 PASS AF=0.458781;AO=128;DP=278;FAO=128;FDP=279;FR=.;FRO=151;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=69;FSRR=82;FWDB=-0.0193726;FXX=0.0035713;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3136;QD=17.585;RBI=0.0489561;REFB=-0.0199654;REVB=-0.04496;RO=150;SAF=61;SAR=67;SRF=70;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00968971;STB=0.510645;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0225597;OID=.;OPOS=60506744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:279:150:151:128:128:0.458781:67:61:70:80:67:61:69:82 chr1 61921732 . ATTTTTTC ATTTTTAC,ATTTTTC,ATTTTTCT 40.44 PASS AF=0.0833333,0.125,0.0208333;AO=4,13,4;DP=54;FAO=4,6,1;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=0,3,1;FSAR=4,3,0;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.026246,0.0992454,-0.0161876;FXX=0.111091;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=75.9127,8.56598,132.701;QD=3.37039;RBI=0.0262468,0.107856,0.0163365;REFB=-0.00558148,-0.0917349,-0.00961436;REVB=-0.000203671,-0.0422288,0.00220002;RO=24;SAF=0,4,4;SAR=4,9,0;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0.444444,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.630762,-0.219898,0.630762;STB=0.997207,0.511589,0.990181;STBP=0.038,0.926,0.472;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.102503,0.125659,0.0652674;OID=.,.,.;OPOS=61921738,61921733,61921738;OREF=T,T,TC;OALT=A,-,CT;OMAPALT=ATTTTTAC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.125,0.0208333:4,13,4:54:4,6,1:48:37:0,3,1:4,3,0:18:19:18:24:0,4,4:4,9,0:12:12 chr1 62232031 . C T 3497.07 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.517;QD=62.7277;RBI=0.0276052;REFB=0;REVB=0.0122537;RO=1;SAF=92;SAR=130;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365137;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37505e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:223:1:0:222:223:1:130:92:0:1:131:92:0:0 chr1 62232130 . T C 715.98 PASS AF=0.469136;AO=76;DP=162;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0395235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8279;QD=17.6785;RBI=0.0426173;REFB=0.00625171;REVB=-0.0159414;RO=86;SAF=29;SAR=47;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116418;STB=0.564547;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00733298;OID=.;OPOS=62232130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:86:86:76:76:0.469136:47:29:43:43:47:29:43:43 chr1 62261168 . A G 4190.35 PASS AF=0.989011;AO=269;DP=273;FAO=270;FDP=273;FR=.;FRO=3;FSAF=135;FSAR=135;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0612493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.849;QD=61.3971;RBI=0.0668965;REFB=-0.183056;REVB=0.0269008;RO=1;SAF=135;SAR=134;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351875;STB=0.501831;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00146524;OID=.;OPOS=62261168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:273:273:1:3:269:270:0.989011:134:135:1:0:135:135:2:1 chr1 62318192 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.32;QD=62.3496;RBI=0.105847;REFB=0;REVB=0.00851074;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467356;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr1 62330080 . T G 1218.96 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0256115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.673;QD=58.745;RBI=0.0333806;REFB=-0.12765;REVB=0.0214082;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126242;STB=0.512817;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00133904;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:80:81:0.975904:43:37:1:0:43:38:2:0 chr1 62380270 . C T 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00192498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.795;QD=23.6749;RBI=0.0129791;REFB=0.00164468;REVB=0.0128356;RO=16;SAF=3;SAR=18;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664217;STB=0.537276;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00317207;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:18:3:3:13:18:3:3:13 chr1 62380298 . G A 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0192636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.093;QD=26.3418;RBI=0.0227027;REFB=0.00799753;REVB=-0.0120136;RO=11;SAF=3;SAR=16;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289255;STB=0.516112;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00444902;OID=.;OPOS=62380298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:16:3:2:9:16:3:2:9 chr1 62456014 . G A 1139.25 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00166643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.006;QD=59.1818;RBI=0.037615;REFB=-0.113764;REVB=0.037578;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000564683;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:47:29:0:0:47:29:0:1 chr1 62516683 . G C 722.64 PASS AF=0.435754;AO=77;DP=178;FAO=78;FDP=179;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0117944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.69;QD=16.1483;RBI=0.0209136;REFB=-0.00748765;REVB=0.0172705;RO=101;SAF=27;SAR=50;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152675;STB=0.579646;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0105109;OID=.;OPOS=62516683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:101:101:77:78:0.435754:50:27:50:51:50:28:50:51 chr1 62538372 . A G 175.6 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0195265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.991;QD=13.7727;RBI=0.0200738;REFB=-0.0189235;REVB=-0.00465542;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557524;STB=0.532225;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0260945;OID=.;OPOS=62538372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:12:8:14:17:12:8:14:17 chr1 62579823 . G A 3379.14 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562975;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5904;QD=62.0025;RBI=0.0948809;REFB=-0.109493;REVB=0.0763739;RO=1;SAF=100;SAR=108;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268638;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:218:1:0:208:218:1:108:100:0:1:117:101:0:0 chr1 62579907 . C T 2241.65 PASS AF=1;AO=146;DP=151;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131702;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.813;QD=60.1786;RBI=0.0257189;REFB=0;REVB=0.0220908;RO=0;SAF=56;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289323;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:149:0:0:146:149:1:90:56:0:0:90:59:0:0 chr1 62603421 . C T 6423.56 PASS AF=1;AO=411;DP=414;FAO=411;FDP=411;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=257;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012243;FXX=0.0072462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.329;QD=62.5164;RBI=0.0196844;REFB=-0.00186057;REVB=-0.0154138;RO=3;SAF=154;SAR=257;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06134e-06;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:414:411:3:0:411:411:1:257:154:2:1:257:154:0:0 chr1 62603544 . C T 2350.32 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4012;QD=63.9543;RBI=0.0553359;REFB=0;REVB=-0.00159538;RO=0;SAF=69;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74497e-05;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:78:69:0:0:78:69:0:0 chr1 62644118 . A G 1171.55 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.232;QD=60.8598;RBI=0.00981509;REFB=0;REVB=0.00965713;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59794e-05;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr1 62672546 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168976;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.982;QD=43.4861;RBI=0.0168981;REFB=0;REVB=-0.000124907;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60967e-05;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr1 62673008 . G C 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0289964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4087;QD=16.0921;RBI=0.0642129;REFB=-0.00280157;REVB=0.0572932;RO=38;SAF=7;SAR=24;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257298;STB=0.646362;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00690762;OID=.;OPOS=62673008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:24:7:17:21:24:7:17:21 chr1 62673037 . T C 362.0 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.000841524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.956;QD=17.8768;RBI=0.00315923;REFB=-0.0115363;REVB=0.00304509;RO=43;SAF=10;SAR=28;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171793;STB=0.596598;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00915311;OID=.;OPOS=62673037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:28:10:18:25:28:10:18:25 chr1 62673225 . G A 687.39 PASS AF=0.564103;AO=65;DP=118;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0333563;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.171;QD=23.5007;RBI=0.0352779;REFB=-0.0136266;REVB=-0.0114841;RO=51;SAF=29;SAR=36;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356678;STB=0.51562;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00757247;OID=.;OPOS=62673225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:51:51:65:66:0.564103:36:29:25:26:36:30:25:26 chr1 62675709 . T C 200.05 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00751411;FXX=0.0434688;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5541;QD=18.1861;RBI=0.0160236;REFB=-0.0275307;REVB=0.0141526;RO=24;SAF=4;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439354;STB=0.752205;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0503702;OID=.;OPOS=62675709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:24:24:20:20:0.454545:16:4:15:9:16:4:15:9 chr1 62675892 . A G 79.16 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0270231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9675;QD=15.8329;RBI=0.0520316;REFB=-0.0256667;REVB=-0.0444639;RO=10;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413788;STB=0.749374;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.023095;OID=.;OPOS=62675892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:1:9:6:4:1:9:6:4 chr1 62676091 . C A 205.15 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0222186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7642;QD=15.7808;RBI=0.0226207;REFB=-0.0182756;REVB=-0.00424591;RO=29;SAF=6;SAR=17;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188429;STB=0.51072;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0213326;OID=.;OPOS=62676091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:17:6:8:21:17:6:8:21 chr1 62703977 . G A 251.11 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0276139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.278;QD=20.4988;RBI=0.144998;REFB=-0.0387546;REVB=0.142345;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907275;STB=0.550978;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0473677;OID=.;OPOS=62703977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:12:12:15:10:12:12:15:10 chr1 62713224 . C G 6127.6 PASS AF=1;AO=393;DP=399;FAO=396;FDP=396;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=210;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091245;FXX=0.014925;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.927;QD=61.8949;RBI=0.0170222;REFB=-0.0937136;REVB=0.01437;RO=3;SAF=185;SAR=208;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66504e-05;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:399:396:3:0:393:396:1:208:185:2:1:210:186:0:0 chr1 62728784 . A G 2354.53 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243552;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.389;QD=61.1566;RBI=0.0729452;REFB=0;REVB=-0.0687592;RO=0;SAF=65;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178372;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:89:65:0:0:89:65:0:0 chr1 62728838 . T C 3959.01 PASS AF=1;AO=255;DP=259;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183556;FXX=0.01923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.726;QD=62.1022;RBI=0.0512765;REFB=-0.0933027;REVB=0.0478785;RO=0;SAF=94;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75155e-05;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:259:255:0:0:255:255:1:161:94:0:0:161:94:0:0 chr1 62728861 . T C 4066.98 PASS AF=1;AO=254;DP=257;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016036;FXX=0.0112778;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.616;QD=61.8551;RBI=0.0550879;REFB=0;REVB=-0.0527022;RO=0;SAF=91;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458002;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:257:263:0:0:254:263:1:163:91:0:0:163:100:0:0 chr1 62728918 . G A 3461.32 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239403;FXX=0.00892817;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.976;QD=62.3662;RBI=0.0252115;REFB=-0.0869653;REVB=0.00790436;RO=0;SAF=79;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75104e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76198e-05;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:223:222:0:0:222:222:1:143:79:0:0:143:79:0:0 chr1 62732421 . T C 229.42 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0499518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.788;QD=14.1183;RBI=0.0546533;REFB=-0.00316175;REVB=0.0221766;RO=38;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706158;STB=0.540091;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.010114;OID=.;OPOS=62732421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:16:11:13:25:16:11:13:25 chr1 62734089 . C T 1016.48 PASS AF=0.504902;AO=103;DP=204;FAO=103;FDP=204;FR=.;FRO=101;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=-0.0134313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.521;QD=19.931;RBI=0.0177435;REFB=-0.0241983;REVB=0.0115945;RO=101;SAF=43;SAR=60;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107168;STB=0.505881;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0268816;OID=.;OPOS=62734089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:101:101:103:103:0.504902:60:43:41:60:60:43:41:60 chr1 62738904 . T C 4453.64 PASS AF=1;AO=282;DP=284;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206804;FXX=0.00704201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.293;QD=63.1722;RBI=0.0532413;REFB=-0.0372274;REVB=0.0490607;RO=0;SAF=179;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11405e-05;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:284:282:0:0:282:282:1:103:179:0:0:103:179:0:0 chr1 62738961 . G A 1375.55 PASS AF=0.537849;AO=132;DP=249;FAO=135;FDP=251;FR=.;FRO=116;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=0.0516904;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.14;QD=21.9211;RBI=0.053431;REFB=-0.034715;REVB=0.0135269;RO=115;SAF=70;SAR=62;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518389;STB=0.534793;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.03131;OID=.;OPOS=62738961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:251:115:116:132:135:0.537849:62:70:54:61:62:73:54:62 chr1 62740065 . A G 495.66 PASS AF=0.564706;AO=37;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00693196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.05;QD=23.325;RBI=0.0495997;REFB=0.00462874;REVB=0.049113;RO=37;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757553;STB=0.508596;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00344887;OID=.;OPOS=62740065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:37:48:0.564706:14:23:20:17:23:25:20:17 chr1 62740066 . C G 44.54 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=86;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0115838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.789;QD=2.04779;RBI=0.0220041;REFB=-0.00653758;REVB=0.0187082;RO=76;SAF=1;SAR=9;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561335;STB=0.905252;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.025005;OID=.;OPOS=62740066;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:86:87:76:77:10:10:0.114943:9:1:44:32:9:1:44:33 chr1 62740446 . T C 1592.48 PASS AF=0.956522;AO=110;DP=115;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0187077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2215;QD=55.3906;RBI=0.0354353;REFB=-0.123798;REVB=0.0300945;RO=5;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391792;STB=0.520657;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00275417;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:115:115:5:5:110:110:0.956522:58:52:0:5:58:52:0:5 chr1 62740449 . T C 1731.13 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0613105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4849;QD=60.7414;RBI=0.0614787;REFB=0;REVB=0.00454475;RO=0;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134899;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:62:52:0:0:62:52:0:0 chr1 62740606 . A T 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00739291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.757;QD=20.6402;RBI=0.00739374;REFB=-0.00864037;REVB=-0.000111085;RO=32;SAF=17;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833585;STB=0.546103;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00518351;OID=.;OPOS=62740606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:19:17:12:20:19:17:12:20 chr1 63788951 . C A 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0201016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.204;QD=20.769;RBI=0.0207357;REFB=-0.0169817;REVB=0.00508883;RO=24;SAF=7;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194397;STB=0.609051;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0145383;OID=.;OPOS=63788951;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:20:7:11:13:20:7:11:13 chr1 63790751 . A G 976.59 PASS AF=0.374194;AO=116;DP=310;FAO=116;FDP=310;FR=.;FRO=194;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=88;FSRR=106;FWDB=0.0978299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.173;QD=12.6012;RBI=0.0988411;REFB=-0.00928426;REVB=-0.0141026;RO=194;SAF=47;SAR=69;SRF=88;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550145;STB=0.531066;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0142258;OID=.;OPOS=63790751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:194:194:116:116:0.374194:69:47:88:106:69:47:88:106 chr1 63881552 . C T 785.26 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.782;QD=64.1028;RBI=0.0163526;REFB=0;REVB=0.00508793;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51037e-06;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:22:25:0:0:23:26:0:0 chr1 63885026 . CCT CC,C 136.17 PASS AF=0,0.311258;AO=18,31;DP=152;FAO=0,47;FDP=151;FR=.;FRO=104;FSAF=0,23;FSAR=0,24;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=-0.26856,-0.253204;FXX=0.0258048;HRUN=6,7;LEN=1,2;MLLD=6.98005,15.0174;QD=3.6072;RBI=0.300375,0.265277;REFB=-0.103444,-0.034559;REVB=0.134538,-0.0791179;RO=86;SAF=5,26;SAR=13,5;SRF=29;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0879928,0.595695;STB=0.5,0.532454;STBP=1,0.598;TYPE=del,del;VARB=0,0.0393838;OID=.,.;OPOS=63885028,63885027;OREF=T,CT;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.311258:18,31:152:0,47:151:104:0,23:0,24:46:58:99:86:5,26:13,5:29:57 chr1 63991267 . T C 2388.4 PASS AF=1;AO=156;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00737044;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1068;QD=60.8509;RBI=0.00764222;REFB=0;REVB=-0.00201994;RO=0;SAF=80;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.562e-05;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:156:157:1:76:80:0:0:76:81:0:0 chr1 64015217 . G A 756.49 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9533;QD=63.0409;RBI=0.00506403;REFB=0;REVB=0.00145497;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0094089;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:30:18:0:0 chr1 64515379 . C T 1112.53 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.142;QD=57.794;RBI=0.206064;REFB=-0.0368448;REVB=0.205366;RO=3;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00387989;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:77:3:0:72:77:1:25:47:0:3:30:47:0:0 chr1 64608329 . G T 850.53 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.109;QD=56.7019;RBI=0.0306232;REFB=0;REVB=0.0259879;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76732e-05;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:34:26:0:0 chr1 64624842 . A G 557.11 PASS AF=0.518182;AO=56;DP=109;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00387689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.343;QD=20.2585;RBI=0.0130276;REFB=-0.0282361;REVB=-0.0124374;RO=52;SAF=18;SAR=38;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215824;STB=0.62646;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0201517;OID=.;OPOS=64624842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:52:53:56:57:0.518182:38:18:29:23:39:18:30:23 chr1 64643277 . C T 785.42 PASS AF=0.520833;AO=74;DP=143;FAO=75;FDP=144;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0142394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.278;QD=21.8173;RBI=0.0311715;REFB=-0.0070661;REVB=-0.0277291;RO=67;SAF=30;SAR=44;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112008;STB=0.510555;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00770424;OID=.;OPOS=64643277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:67:69:74:75:0.520833:44:30:28:39:44:31:30:39 chr1 65016349 . A T 936.67 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0353885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.259;QD=54.2997;RBI=0.0354228;REFB=-0.0737966;REVB=0.00155813;RO=3;SAF=23;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284723;STB=0.515089;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00183625;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:43:23:2:1:43:23:2:1 chr1 65113568 . T C 5185.56 PASS AF=1;AO=324;DP=326;FAO=327;FDP=327;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101108;FXX=0.0120842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2299;QD=63.432;RBI=0.0220628;REFB=0;REVB=0.0220397;RO=0;SAF=133;SAR=191;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148269;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:326:327:0:0:324:327:1:191:133:0:0:192:135:0:0 chr1 65158724 . C T 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.921;QD=60.4469;RBI=0.00539455;REFB=0;REVB=-0.00173696;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31442e-06;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:50:61:0:0:50:61:0:0 chr1 65310489 . T C 695.71 PASS AF=0.424581;AO=76;DP=179;FAO=76;FDP=179;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.00625493;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.369;QD=15.5465;RBI=0.0101804;REFB=-0.00497267;REVB=0.0080322;RO=98;SAF=36;SAR=40;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598342;STB=0.504424;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00753144;OID=.;OPOS=65310489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:98:103:76:76:0.424581:40:36:47:51:40:36:48:55 chr1 65523519 . A G 280.79 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0199139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4505;QD=28.0789;RBI=0.0399829;REFB=-0.00645175;REVB=0.0346709;RO=15;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607929;STB=0.533605;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00277181;OID=.;OPOS=65523519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:17:8:6:9:17:8:6:9 chr1 65591719 . GC G 392.53 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.8254;QD=46.1803;RBI=0.118693;REFB=0;REVB=-0.111998;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.374101;SSSB=-0.0373388;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00176385;OID=.;OPOS=65591720;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:34:34:34:0:13:21:0:0:7:1:12:21:1:0 chr1 65690461 . G A 2079.27 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168037;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.877;QD=62.5346;RBI=0.0280603;REFB=0;REVB=-0.0224726;RO=0;SAF=74;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66232e-05;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:132:133:1:58:74:0:0:58:75:0:0 chr1 65858145 . G A 650.19 PASS AF=0.58;AO=57;DP=100;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0276583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2033;QD=26.0075;RBI=0.04647;REFB=-0.0348015;REVB=0.0373428;RO=43;SAF=30;SAR=27;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175197;STB=0.586793;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0246758;OID=.;OPOS=65858145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:42:57:58:0.58:27:30:13:30:28:30:13:29 chr1 65860687 . A C 880.97 PASS AF=0.433036;AO=94;DP=221;FAO=97;FDP=224;FR=.;FRO=127;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=57;FSRR=70;FWDB=-0.000727463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9993;QD=15.7317;RBI=0.0119165;REFB=-0.00576055;REVB=-0.0118943;RO=127;SAF=47;SAR=47;SRF=57;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527477;STB=0.531916;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0100588;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:224:127:127:94:97:0.433036:47:47:57:70:48:49:57:70 chr1 65897684 . G GT,T 49.0 PASS AF=0.121622,0;AO=16,10;DP=154;FAO=18,0;FDP=148;FR=.;FRO=130;FSAF=2,0;FSAR=16,0;FSRF=44;FSRR=86;FWDB=-0.0604826,-0.0539253;FXX=0.0326776;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=42.3373,145.144;QD=1.3242;RBI=0.0660204,0.0612927;REFB=-0.0144305,-0.00638354;REVB=-0.0264678,-0.0291351;RO=116;SAF=0,0;SAR=16,10;SRF=45;SRR=71;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.640417,-0.54315;STB=0.782598,0.5;STBP=0.024,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.196546,0.0121819;OID=.,.;OPOS=65897685,65897684;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:154:148:116:130:16,10:18,0:0.121622,0:16,10:0,0:45:71:16,0:2,0:44:86 chr1 66036441 . A G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7729;QD=61.6788;RBI=0.0382247;REFB=0;REVB=-0.0381877;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000526632;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr1 66058513 . A G 2235.91 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.086;QD=63.4301;RBI=0.0124459;REFB=0;REVB=-0.00924439;RO=0;SAF=56;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67701e-07;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:85:56:0:0:85:56:0:0 chr1 66102257 . G A 1178.77 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000685019;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.207;QD=61.2346;RBI=0.0128937;REFB=0;REVB=0.0128755;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97698e-06;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr1 66226961 . T C 801.59 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.714;QD=57.2563;RBI=0.0304361;REFB=0;REVB=0.025332;RO=0;SAF=44;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12415e-05;OID=.;OPOS=66226961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:10:44:0:0:11:45:0:0 chr1 66831370 . G A 898.14 PASS AF=0.435556;AO=94;DP=221;FAO=98;FDP=225;FR=.;FRO=127;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=0.0242958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.701;QD=15.967;RBI=0.0280201;REFB=-0.0122606;REVB=0.0139584;RO=127;SAF=45;SAR=49;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02599;STB=0.519524;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0143838;OID=.;OPOS=66831370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:225:127:127:94:98:0.435556:49:45:64:63:52:46:64:63 chr1 66838733 . A C 764.36 PASS AF=0.490683;AO=79;DP=163;FAO=79;FDP=161;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0205406;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.443;QD=18.9903;RBI=0.0205489;REFB=-0.0020976;REVB=-0.000585205;RO=81;SAF=39;SAR=40;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568184;STB=0.515638;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00224421;OID=.;OPOS=66838733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:81:82:79:79:0.490683:40:39:45:36:40:39:43:39 chr1 67132582 . C T 575.78 PASS AF=0.458647;AO=60;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00294478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.597;QD=17.3168;RBI=0.00379947;REFB=-0.0107376;REVB=-0.00240089;RO=72;SAF=38;SAR=22;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213826;STB=0.621783;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0203399;OID=.;OPOS=67132582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:72:60:61:0.458647:22:38:30:42:22:39:30:42 chr1 67243024 . C A 2679.43 PASS AF=1;AO=169;DP=171;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245913;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.934;QD=61.9522;RBI=0.0274448;REFB=0;REVB=-0.0121854;RO=0;SAF=78;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14785e-05;OID=.;OPOS=67243024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:173:0:0:169:173:1:91:78:0:0:95:78:0:0 chr1 67244243 . A T 3444.66 PASS AF=0.991071;AO=222;DP=224;FAO=222;FDP=224;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=142;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0256366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.946;QD=61.5118;RBI=0.0302851;REFB=-0.0919148;REVB=0.016123;RO=2;SAF=80;SAR=142;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117609;STB=0.506172;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000143898;OID=.;OPOS=67244243;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:224:224:2:2:222:222:0.991071:142:80:2:0:142:80:2:0 chr1 67266756 . T A 2112.53 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166901;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.847;QD=63.0607;RBI=0.0192415;REFB=0;REVB=0.00957471;RO=0;SAF=64;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5492e-05;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:134:0:0:134:134:1:70:64:0:0:70:64:0:0 chr1 67288045 . C T 1770.21 PASS AF=0.983471;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00361276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.345;QD=58.5193;RBI=0.0122546;REFB=-0.0102941;REVB=0.0117099;RO=1;SAF=57;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082599;STB=0.508473;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=4.22275e-05;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:1:2:118:119:0.983471:61:57:1:0:61:58:2:0 chr1 67313249 . G A 2474.33 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.505;QD=61.474;RBI=0.0150008;REFB=0;REVB=-0.00291799;RO=0;SAF=84;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43909e-06;OID=.;OPOS=67313249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:77:84:0:0:77:84:0:0 chr1 67390416 . G C 3275.69 PASS AF=0.981982;AO=209;DP=213;FAO=218;FDP=222;FR=.;FRO=4;FSAF=132;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00666861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.743;QD=59.0214;RBI=0.0215949;REFB=0.00242467;REVB=0.0205395;RO=4;SAF=132;SAR=77;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240983;STB=0.511363;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=2.14962e-05;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:213:222:4:4:209:218:0.981982:77:132:0:4:86:132:0:4 chr1 67390468 . C G 2937.29 PASS AF=0.975124;AO=196;DP=202;FAO=196;FDP=201;FR=.;FRO=5;FSAF=96;FSAR=100;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00490623;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.379;QD=58.4535;RBI=0.0114411;REFB=-0.190147;REVB=0.0103357;RO=4;SAF=96;SAR=100;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099092;STB=0.507717;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00040389;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:202:201:4:5:196:196:0.975124:100:96:3:1:100:96:4:1 chr1 67558739 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0908;QD=62.6702;RBI=0.023292;REFB=0;REVB=-0.00872285;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000375522;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr1 67560956 . C T 3912.52 PASS AF=1;AO=243;DP=243;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.878;QD=63.8779;RBI=0.101802;REFB=0;REVB=-0.0104365;RO=0;SAF=102;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9728e-05;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:245:0:0:243:245:1:141:102:0:0:142:103:0:0 chr1 67568351 . C T 1845.69 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.086;QD=61.0145;RBI=0.0316249;REFB=0;REVB=0.028589;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44648e-05;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:60:59:0:0:61:60:0:0 chr1 67579386 . A G 853.82 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000556774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.845;QD=55.988;RBI=0.00495244;REFB=0.00822358;REVB=0.00492105;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132917;STB=0.506847;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=2.35327e-05;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:59:60:0.983607:35:24:0:1:36:24:0:1 chr1 67633812 . G T 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00284278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.399;QD=19.3148;RBI=0.00361703;REFB=-0.00544925;REVB=-0.00223641;RO=47;SAF=18;SAR=26;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669592;STB=0.537156;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00573717;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:26:18:16:31:26:18:16:31 chr1 67685387 . T C 903.53 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.261;QD=58.2921;RBI=0.0414248;REFB=0;REVB=0.0410483;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48857e-05;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:37:23:0:0:39:23:0:0 chr1 67733346 . G A 1661.69 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322384;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.33;QD=60.4252;RBI=0.0293628;REFB=0;REVB=-0.0291853;RO=0;SAF=38;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64046e-05;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:72:38:0:0:72:38:0:0 chr1 67795319 . T C 3295.9 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173652;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.107;QD=62.1867;RBI=0.0019415;REFB=0;REVB=0.000868295;RO=0;SAF=105;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88188e-06;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:212:0:0:212:212:1:107:105:0:0:107:105:0:0 chr1 67878515 . C G 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0249202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.474;QD=14.6535;RBI=0.0254123;REFB=0.00173426;REVB=-0.00497671;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105859;STB=0.562346;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00195552;OID=.;OPOS=67878515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:3:5:4:4:3:5 chr1 68006815 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.685;QD=59.8392;RBI=0.0362391;REFB=0;REVB=0.0338399;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21158e-05;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr1 68462247 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.83;QD=57.5452;RBI=0.0376664;REFB=0;REVB=0.0262653;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24939e-06;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr1 68591253 . C T 351.13 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0207081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.58;QD=18.0066;RBI=0.0207116;REFB=-0.0145415;REVB=-0.000379546;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155235;STB=0.592517;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0198309;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:41:37:37:0.474359:21:16:24:16:21:16:25:16 chr1 68624878 . C T 3054.88 PASS AF=0.985437;AO=202;DP=206;FAO=203;FDP=206;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=117;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0155769;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5451;QD=59.318;RBI=0.0378274;REFB=-0.199005;REVB=0.0344713;RO=4;SAF=85;SAR=117;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021882;STB=0.508571;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00333353;OID=.;OPOS=68624878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:206:206:4:3:202:203:0.985437:117:85:4:0:117:86:3:0 chr1 68903942 . C T 2259.28 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8934;QD=59.4547;RBI=0.011865;REFB=-0.0443028;REVB=-0.0040404;RO=2;SAF=52;SAR=98;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00422975;STB=0.504761;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000403602;OID=.;OPOS=68903942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:152:152:2:1:150:151:0.993421:98:52:1:1:99:52:1:0 chr1 68942738 . A T 257.01 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00955527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.705;QD=22.8449;RBI=0.034616;REFB=-0.0159616;REVB=0.0332711;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076196;STB=0.550519;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.01337;OID=.;OPOS=68942738;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:23:24:0.533333:13:10:11:10:14:10:11:10 chr1 70034372 . G A 2126.17 PASS AF=0.532808;AO=203;DP=383;FAO=203;FDP=381;FR=.;FRO=178;FSAF=108;FSAR=95;FSRF=44;FSRR=134;FWDB=0.0162946;FXX=0.0052218;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.192;QD=22.322;RBI=0.018413;REFB=-0.017063;REVB=0.00857463;RO=178;SAF=108;SAR=95;SRF=44;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242241;STB=0.631357;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00347938;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:381:178:178:203:203:0.532808:95:108:44:134:95:108:44:134 chr1 70345344 . A G 622.23 PASS AF=0.433333;AO=65;DP=150;FAO=65;FDP=150;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.00449485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.383;QD=16.5928;RBI=0.00644342;REFB=0.00397689;REVB=0.00461671;RO=85;SAF=33;SAR=32;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00183606;STB=0.501026;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00444239;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:85:85:65:65:0.433333:32:33:43:42:32:33:43:42 chr1 70460238 . C T 587.06 PASS AF=0.452555;AO=60;DP=135;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.00796577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.989;QD=17.1404;RBI=0.0311797;REFB=-0.00662764;REVB=0.030145;RO=73;SAF=30;SAR=30;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060754;STB=0.540133;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00916291;OID=.;OPOS=70460238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:73:75:60:62:0.452555:30:30:41:32:31:31:43:32 chr1 70611347 . A G 1553.7 PASS AF=0.990566;AO=96;DP=96;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.817;QD=58.6302;RBI=0.0580461;REFB=-0.0740275;REVB=0.052416;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.505262;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000222075;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:106:0:1:96:105:0.990566:49:47:0:0:58:47:1:0 chr1 70646053 . A G 555.43 PASS AF=0.495726;AO=55;DP=114;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.035873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.594;QD=18.9889;RBI=0.0393167;REFB=-0.0155181;REVB=0.0160912;RO=57;SAF=29;SAR=26;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331618;STB=0.530481;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0137419;OID=.;OPOS=70646053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:57:59:55:58:0.495726:26:29:28:29:26:32:29:30 chr1 70701988 . ATTTTTTTTTC ATTTTTTTTCT 111.86 PASS AF=1;AO=3;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.230827;FXX=0;HRUN=9;LEN=2;MLLD=10.4027;QD=22.3724;RBI=0.272499;REFB=-0.10481;REVB=0.144827;RO=7;SAF=3;SAR=0;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590815;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0301572;OID=.;OPOS=70701997;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=ATTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:18:20:20:0:16:4:0:0:5:7:3:0:6:1 chr1 70904800 . G T 473.29 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.0540099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8102;QD=14.7902;RBI=0.055593;REFB=-0.0101257;REVB=0.0131725;RO=75;SAF=25;SAR=28;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17444;STB=0.5978;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0114863;OID=.;OPOS=70904800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:75:53:53:0.414062:28:25:48:27:28:25:48:27 chr1 71331498 . A G 1109.34 PASS AF=1;AO=60;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.811;QD=59.9645;RBI=0.0673934;REFB=0;REVB=0.0501993;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000841865;OID=.;OPOS=71331498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:60:74:1:28:32:0:0:41:33:0:0 chr1 71419499 . C T 340.27 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0279343;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.592;QD=17.9092;RBI=0.0280953;REFB=-0.0337469;REVB=0.00300367;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179787;STB=0.592056;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0215282;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:39:40:36:36:0.473684:18:18:12:27:18:18:13:27 chr1 72058543 . A T 1023.29 PASS AF=0.526882;AO=98;DP=188;FAO=98;FDP=186;FR=.;FRO=88;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.00463754;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.899;QD=22.0063;RBI=0.0346082;REFB=-0.0147961;REVB=-0.0342961;RO=86;SAF=61;SAR=37;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369314;STB=0.526947;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0112792;OID=.;OPOS=72058543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:86:88:98:98:0.526882:37:61:50:36:37:61:50:38 chr1 72058552 . G A 794.86 PASS AF=0.464088;AO=83;DP=180;FAO=84;FDP=181;FR=.;FRO=97;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=0.00730579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6428;QD=17.5659;RBI=0.0812835;REFB=-0.0318023;REVB=-0.0809546;RO=97;SAF=48;SAR=35;SRF=59;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300121;STB=0.520255;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0380059;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:97:97:83:84:0.464088:35:48:59:38:36:48:59:38 chr1 74574929 . CTTTTTTC CATTTTTC,CTTTTTC,CTTTTTCA 134.3 PASS AF=0.0451807,0.135542,0.0271084;AO=17,89,13;DP=327;FAO=15,45,9;FDP=332;FR=.;FRO=263;FSAF=0,10,7;FSAR=15,35,2;FSRF=127;FSRR=136;FWDB=-0.0139228,0.0536639,0.0234959;FXX=0.00598784;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=121.082,8.37604,22.5617;QD=1.61806;RBI=0.0454423,0.103739,0.139954;REFB=-0.0160445,-0.151693,-0.0652316;REVB=-0.0432569,-0.0887803,-0.137968;RO=175;SAF=0,26,7;SAR=17,63,6;SRF=91;SRR=84;SSEN=0,0.351351,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.628625,-0.275897,0.0200323;STB=0.999276,0.737014,0.782197;STBP=0,0.001,0.106;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0877101,0.149416,0.135959;OID=.,.,.;OPOS=74574930,74574930,74574935;OREF=T,T,TC;OALT=A,-,CA;OMAPALT=CATTTTTC,CTTTTTC,CTTTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0451807,0.135542,0.0271084:17,89,13:327:15,45,9:332:263:0,10,7:15,35,2:127:136:64:175:0,26,7:17,63,6:91:84 chr1 74575182 . C T 1358.59 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.317;QD=62.4639;RBI=0.0292147;REFB=0;REVB=0.0045951;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66474e-05;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:84:87:1:52:32:0:0:53:34:0:0 chr1 74610144 . TA T,TT 322.07 PASS AF=0.371336,0.029316;AO=97,14;DP=310;FAO=114,9;FDP=307;FR=.;FRO=184;FSAF=94,5;FSAR=20,4;FSRF=125;FSRR=59;FWDB=0.0547585,0.0203096;FXX=0.0222923;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.86203,17.0265;QD=4.19642;RBI=0.0790683,0.0298199;REFB=-0.0646373,-0.0274721;REVB=0.0570377,-0.0218346;RO=154;SAF=89,7;SAR=8,7;SRF=101;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.483882,-0.183791;STB=0.628977,0.622506;STBP=0.002,0.531;TYPE=del,snp;VARB=0.066566,0.0263118;OID=.,.;OPOS=74610145,74610145;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371336,0.029316:97,14:310:114,9:307:184:94,5:20,4:125:59:99:154:89,7:8,7:101:53 chr1 74610153 . GA AG,G 77.58 PASS AF=0.0150754,0.226131;AO=10,42;DP=227;FAO=3,45;FDP=199;FR=.;FRO=151;FSAF=0,34;FSAR=3,11;FSRF=97;FSRR=54;FWDB=-0.0382337,0.0754232;FXX=0.134777;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=20.0794,6.6429;QD=1.55945;RBI=0.0417516,0.183276;REFB=-0.0232192,-0.114961;REVB=0.0167745,0.167038;RO=113;SAF=3,39;SAR=7,3;SRF=66;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.310724,0.584428;STB=0.997545,0.605264;STBP=0.018,0.132;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0837935,0.100837;OID=.,.;OPOS=74610153,74610154;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:71:227:199:113:151:10,42:3,45:0.0150754,0.226131:7,3:3,39:66:47:3,11:0,34:97:54 chr1 74665493 . G A 276.54 PASS AF=0.339806;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0196453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.333;QD=10.7395;RBI=0.0200656;REFB=-0.0039495;REVB=0.00408499;RO=68;SAF=12;SAR=23;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184992;STB=0.607285;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00896103;OID=.;OPOS=74665493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:68:68:35:35:0.339806:23:12:34:34:23:12:34:34 chr1 74670172 . A G 887.1 PASS AF=0.570423;AO=81;DP=142;FAO=81;FDP=142;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0200121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.735;QD=24.9886;RBI=0.029672;REFB=-0.0344592;REVB=0.0219076;RO=61;SAF=41;SAR=40;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888425;STB=0.548364;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.02498;OID=.;OPOS=74670172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:61:61:81:81:0.570423:40:41:24:37:40:41:24:37 chr1 74671519 . A G 337.75 PASS AF=0.411111;AO=36;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00498304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.238;QD=15.0112;RBI=0.00502908;REFB=-0.0129247;REVB=0.000678977;RO=53;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785197;STB=0.534527;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0173602;OID=.;OPOS=74671519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:36:37:0.411111:15:21:27:26:16:21:27:26 chr1 74716413 . C A 658.89 PASS AF=0.459459;AO=65;DP=146;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0244949;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.427;QD=17.8078;RBI=0.0266502;REFB=-0.0085885;REVB=-0.0104993;RO=81;SAF=30;SAR=35;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029566;STB=0.532673;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00948405;OID=.;OPOS=74716413;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:81:80:65:68:0.459459:35:30:35:46:35:33:34:46 chr1 74929170 . T C 634.08 PASS AF=0.393443;AO=72;DP=182;FAO=72;FDP=183;FR=.;FRO=111;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=-0.0118849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.417;QD=13.8597;RBI=0.0143513;REFB=-0.0214627;REVB=0.00804427;RO=110;SAF=32;SAR=40;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207966;STB=0.514702;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0255293;OID=.;OPOS=74929170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:110:111:72:72:0.393443:40:32:51:59:40:32:52:59 chr1 74941210 . C T 882.83 PASS AF=0.463918;AO=89;DP=194;FAO=90;FDP=194;FR=.;FRO=104;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=-0.0336571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.8;QD=18.2026;RBI=0.0462032;REFB=-0.00829949;REVB=-0.0316533;RO=104;SAF=52;SAR=37;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12008;STB=0.568759;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0123786;OID=.;OPOS=74941210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:104:104:89:90:0.463918:37:52:48:56:37:53:48:56 chr1 74941293 . G A 2045.61 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.614;QD=62.4615;RBI=0.0868743;REFB=0;REVB=-7.33887e-05;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28102e-05;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:131:0:0:128:131:1:64:64:0:0:64:67:0:0 chr1 75035191 . T A 412.83 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0166991;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5478;QD=14.8766;RBI=0.0280714;REFB=0.0160471;REVB=0.0225643;RO=64;SAF=21;SAR=26;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707471;STB=0.548713;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0208013;OID=.;OPOS=75035191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:64:64:47:47:0.423423:26:21:33:31:26:21:34:30 chr1 75036812 . C T 3145.12 PASS AF=0.994949;AO=197;DP=200;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00268126;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.265;QD=63.5378;RBI=0.0417847;REFB=-0.0707024;REVB=0.0416986;RO=1;SAF=107;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443041;STB=0.502325;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000115119;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:198:1:1:197:197:0.994949:90:107:1:0:90:107:1:0 chr1 75037751 . C T 292.26 PASS AF=0.327586;AO=38;DP=112;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.00429679;FXX=0.00854628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.204;QD=10.0779;RBI=0.0199594;REFB=-0.00734788;REVB=-0.0194915;RO=73;SAF=17;SAR=21;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422148;STB=0.507808;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0145089;OID=.;OPOS=75037751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:73:78:38:38:0.327586:21:17:30:43:21:17:34:44 chr1 75038368 . GAAA GAA,GAAC 997.75 PASS AF=0.87234,0.12766;AO=37,15;DP=92;FAO=82,12;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=32,12;FSAR=50,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.4472,0.16392;FXX=0.0208312;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.9223,8.62327;QD=42.4574;RBI=0.643769,0.228932;REFB=0,0;REVB=0.463089,0.159813;RO=36;SAF=12,15;SAR=25,0;SRF=15;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0899551,0.803594;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0278457,-0.0508084;OID=.,.;OPOS=75038369,75038371;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GAA,GAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.87234,0.12766:37,15:92:82,12:94:0:32,12:50,0:0:0:15:36:12,15:25,0:15:21 chr1 75065441 . C T 1642.2 PASS AF=0.99115;AO=108;DP=110;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00168995;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.488;QD=58.1309;RBI=0.0220706;REFB=-0.010161;REVB=0.0220058;RO=1;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811401;STB=0.504273;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00155583;OID=.;OPOS=75065441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:113:1:1:108:112:0.99115:58:50:0:1:58:54:0:1 chr1 75175886 . T C 1711.46 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063207;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.216;QD=60.5826;RBI=0.00681138;REFB=0;REVB=0.00253844;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238137;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:111:113:1:50:61:0:0:52:61:0:0 chr1 75190452 . C T 1287.32 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00415627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.109;QD=60.5798;RBI=0.0406868;REFB=-0.0163618;REVB=-0.040474;RO=1;SAF=45;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104104;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000372201;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:39:45:1:0:39:45:1:0 chr1 75214441 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.416;QD=64.4144;RBI=0.0597306;REFB=0;REVB=0.0411156;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203763;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr1 75622616 . C T 1206.66 PASS AF=0.475285;AO=124;DP=264;FAO=125;FDP=263;FR=.;FRO=138;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=76;FSRR=62;FWDB=0.0189707;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.239;QD=18.3523;RBI=0.019077;REFB=0.000565188;REVB=-0.00201115;RO=138;SAF=58;SAR=66;SRF=76;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079176;STB=0.54124;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.000339028;OID=.;OPOS=75622616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:138:138:124:125:0.475285:66:58:76:62:66:59:76:62 chr1 75672376 . A G 1379.44 PASS AF=0.523077;AO=136;DP=260;FAO=136;FDP=260;FR=.;FRO=124;FSAF=54;FSAR=82;FSRF=44;FSRR=80;FWDB=0.0187454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.074;QD=21.2221;RBI=0.021446;REFB=-0.0163882;REVB=-0.0104183;RO=124;SAF=54;SAR=82;SRF=44;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388487;STB=0.521208;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0145218;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:124:124:136:136:0.523077:82:54:44:80:82:54:44:80 chr1 75681511 . T C 2421.01 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.882;QD=61.2915;RBI=0.0517468;REFB=0;REVB=0.0087827;RO=0;SAF=67;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49904e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110776;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:157:158:1:90:67:0:0:90:68:0:0 chr1 75716925 . C T 3249.69 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1057;QD=61.315;RBI=0.149267;REFB=0;REVB=0.0182207;RO=0;SAF=107;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022091;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:212:0:0:211:212:1:104:107:0:0:105:107:0:0 chr1 76257892 . A T 1859.34 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.386;QD=61.4659;RBI=0.0540061;REFB=0;REVB=-0.0539048;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8306e-05;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:64:57:0:0:64:57:0:0 chr1 76344705 . T C 1399.28 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.522;QD=62.1903;RBI=0.0422921;REFB=0;REVB=0.019908;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00742e-05;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:52:37:0:0:53:37:0:0 chr1 76344711 . A T 1548.91 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.221;QD=63.8725;RBI=0.0816502;REFB=0;REVB=-0.0298364;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77444e-05;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:57:40:0:0:57:40:0:0 chr1 76397738 . C T 421.9 PASS AF=0.457944;AO=45;DP=104;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0319889;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.697;QD=15.7719;RBI=0.0322249;REFB=-0.00526683;REVB=0.00389305;RO=57;SAF=18;SAR=27;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926661;STB=0.527777;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00794724;OID=.;OPOS=76397738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:57:58:45:49:0.457944:27:18:28:29:27:22:29:29 chr1 76397972 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.788;QD=40.7622;RBI=0.0500786;REFB=0;REVB=-0.0195661;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106127;OID=.;OPOS=76397972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr1 77634948 . G A 1581.3 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152363;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.969;QD=63.8911;RBI=0.0234411;REFB=0;REVB=-0.0178141;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.86773e-05;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:98:99:1:50:48:0:0:51:48:0:0 chr1 77759578 . A G 292.61 PASS AF=0.377778;AO=33;DP=91;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=43;FWDB=0.0166627;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.089;QD=13.005;RBI=0.020137;REFB=-0.019286;REVB=-0.0113073;RO=54;SAF=2;SAR=31;SRF=13;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44137;STB=0.690668;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0293895;OID=.;OPOS=77759578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:54:56:33:34:0.377778:31:2:13:41:31:3:13:43 chr1 77763542 . GC AC,CA 2110.85 PASS AF=0.949275,0.0434783;AO=119,5;DP=135;FAO=131,6;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=62,4;FSAR=69,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00371247,0.0113086;FXX=0.0142847;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=180.005,154.979;QD=61.1842;RBI=0.0066604,0.0140665;REFB=-0.0181972,-0.00308498;REVB=-0.00552978,-0.00836542;RO=0;SAF=58,3;SAR=61,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.93668e-08,0;STB=0.503597,0.599655;STBP=0.495,0.333;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0011791,0.032168;OID=.,.;OPOS=77763542,77763542;OREF=G,GC;OALT=A,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:135:138:0:1:119,5:131,6:0.949275,0.0434783:61,2:58,3:0:0:69,2:62,4:0:1 chr1 78024284 . T C 1044.24 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.317;QD=59.6708;RBI=0.0335804;REFB=0;REVB=0.00714959;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69763e-05;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr1 78024345 . C CTAT 1315.48 PASS AF=0.868421;AO=94;DP=116;FAO=99;FDP=114;FR=.;FRO=15;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0128037;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=3;MLLD=285.647;QD=46.157;RBI=0.0188725;REFB=0.00412658;REVB=0.013865;RO=16;SAF=44;SAR=50;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430373;STB=0.516492;STBP=0.396;TYPE=ins;VARB=-0.000757591;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.868421:94:116:99:114:15:47:52:9:6:69:16:44:50:10:6 chr1 78111153 . A G 664.28 PASS AF=0.478571;AO=65;DP=138;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.0169952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.05;QD=18.9795;RBI=0.0170116;REFB=-0.00415458;REVB=0.00074687;RO=72;SAF=30;SAR=35;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110339;STB=0.563618;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00347926;OID=.;OPOS=78111153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:72:73:65:67:0.478571:35:30:25:47:36:31:25:48 chr1 78162073 . A G 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0110832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.534;QD=14.2589;RBI=0.0760706;REFB=-0.00692155;REVB=0.0752589;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199635;STB=0.511345;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00798172;OID=.;OPOS=78162073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:15:14:19:22:15:14:19:22 chr1 78201745 . G T 623.2 PASS AF=0.467153;AO=65;DP=136;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00684233;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2133;QD=18.1957;RBI=0.0544734;REFB=-0.0146999;REVB=-0.054042;RO=69;SAF=32;SAR=33;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401075;STB=0.517252;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0212137;OID=.;OPOS=78201745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:69:73:65:64:0.467153:33:32:31:38:33:31:33:40 chr1 78392446 . G A 222.36 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0151031;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.238;QD=18.1519;RBI=0.0245241;REFB=-0.0245773;REVB=-0.0193217;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451108;STB=0.525668;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.028367;OID=.;OPOS=78392446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:27:22:22:0.44898:14:8:11:16:14:8:11:16 chr1 78560583 . G A 2053.76 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277462;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.192;QD=62.7102;RBI=0.039485;REFB=0;REVB=0.0393874;RO=0;SAF=65;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42153e-05;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:131:0:0:131:131:1:66:65:0:0:66:65:0:0 chr1 78585086 . T C 535.46 PASS AF=0.514019;AO=53;DP=105;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.013641;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.437;QD=20.0172;RBI=0.0196683;REFB=-0.021988;REVB=0.0141691;RO=51;SAF=23;SAR=30;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560167;STB=0.526584;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0174582;OID=.;OPOS=78585086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:51:52:53:55:0.514019:30:23:19:32:32:23:19:33 chr1 79093818 . A G 320.14 PASS AF=0.357143;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=0.0139541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.353;QD=11.4336;RBI=0.0221011;REFB=-0.00998139;REVB=0.0171389;RO=72;SAF=14;SAR=26;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206854;STB=0.511852;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0159108;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:72:72:40:40:0.357143:26:14:24:48:26:14:24:48 chr1 79094081 . T A 203.97 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00755388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.34;QD=10.4602;RBI=0.00775743;REFB=-0.00781528;REVB=-0.00176539;RO=52;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245074;STB=0.514275;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0147268;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:17:9:17:35:17:9:17:35 chr1 79095526 . G A 867.18 PASS AF=0.427928;AO=95;DP=222;FAO=95;FDP=222;FR=.;FRO=127;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=76;FSRR=51;FWDB=-0.00466063;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.957;QD=15.6249;RBI=0.00486636;REFB=-0.0184323;REVB=0.00139999;RO=122;SAF=45;SAR=50;SRF=72;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117371;STB=0.571009;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0282713;OID=.;OPOS=79095526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:122:127:95:95:0.427928:50:45:72:50:50:45:76:51 chr1 79102726 . C T 136.71 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00728721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.28;QD=10.9366;RBI=0.0110732;REFB=-0.00271952;REVB=0.00833736;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505947;STB=0.517835;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00590772;OID=.;OPOS=79102726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:7:9:20:13:7:9:20:14 chr1 79357360 . G C 3794.27 PASS AF=0.98419;AO=251;DP=253;FAO=249;FDP=253;FR=.;FRO=4;FSAF=116;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0404633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9384;QD=59.9885;RBI=0.0461075;REFB=-0.0316755;REVB=0.0221049;RO=2;SAF=116;SAR=135;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070091;STB=0.507407;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000206204;OID=.;OPOS=79357360;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:253:253:2:4:251:249:0.98419:135:116:0:2:133:116:0:4 chr1 82421596 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.396;QD=56.9383;RBI=0.0313464;REFB=0;REVB=0.0155263;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37028e-05;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr1 82457662 . G A 1541.93 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0206763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.012;QD=57.6422;RBI=0.0217814;REFB=0.0601713;REVB=-0.00685005;RO=2;SAF=48;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00153099;STB=0.500807;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00143265;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:57:48:1:1:57:48:1:1 chr1 84640691 . T G 625.32 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143696;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.215;QD=61.0069;RBI=0.0513712;REFB=-0.0261298;REVB=0.0493206;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144518;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr1 84810815 . A G 1491.01 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.254;QD=63.4471;RBI=0.0832344;REFB=0;REVB=-0.00086551;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9265e-05;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr1 84853957 . A T 1823.36 PASS AF=0.968254;AO=122;DP=126;FAO=122;FDP=126;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0360377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6281;QD=57.8845;RBI=0.0936201;REFB=-0.16391;REVB=0.0864061;RO=4;SAF=71;SAR=51;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00507122;STB=0.502671;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00797957;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:126:126:4:4:122:122:0.968254:51:71:2:2:51:71:2:2 chr1 84944989 . A G 2621.74 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.97;QD=62.053;RBI=0.0324386;REFB=0;REVB=0.0124453;RO=0;SAF=89;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37816e-05;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:80:89:0:0:80:89:0:0 chr1 85113203 . T C 835.92 PASS AF=0.475138;AO=86;DP=181;FAO=86;FDP=181;FR=.;FRO=95;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0183347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5205;QD=18.4734;RBI=0.0184456;REFB=-0.0159561;REVB=0.00201983;RO=94;SAF=42;SAR=44;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411523;STB=0.519903;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0169094;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:94:95:86:86:0.475138:44:42:50:44:44:42:50:45 chr1 85113229 . A G 694.08 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=169;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.0378882;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3898;QD=16.5256;RBI=0.0399583;REFB=-0.00454501;REVB=-0.0126943;RO=93;SAF=35;SAR=40;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583325;STB=0.532417;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00340056;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:93:93:75:75:0.446429:40:35:38:55:40:35:38:55 chr1 85121255 . A G 916.87 PASS AF=0.453704;AO=97;DP=215;FAO=98;FDP=216;FR=.;FRO=118;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=0.0412649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.785;QD=16.9791;RBI=0.0412984;REFB=0.00110064;REVB=-0.00166533;RO=116;SAF=47;SAR=50;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442352;STB=0.522228;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00122432;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:116:118:97:98:0.453704:50:47:51:65:50:48:53:65 chr1 85136382 . T TA 39.03 PASS AF=0.202797;AO=26;DP=144;FAO=29;FDP=143;FR=.;FRO=114;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=-0.000672716;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.4096;QD=1.09176;RBI=0.20202;REFB=-0.0137099;REVB=-0.202019;RO=108;SAF=7;SAR=19;SRF=64;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403363;STB=0.64553;STBP=0.095;TYPE=ins;VARB=0.0618505;OID=.;OPOS=85136383;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202797:26:144:29:143:114:10:19:60:54:39:108:7:19:64:44 chr1 85488030 . G A 237.73 PASS AF=0.3;AO=30;DP=100;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0152312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3698;QD=9.50926;RBI=0.0157195;REFB=-0.00146214;REVB=-0.00388744;RO=69;SAF=11;SAR=19;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310648;STB=0.524771;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00267896;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:69:70:30:30:0.3:19:11:27:42:19:11:28:42 chr1 85537655 . C CA 54.61 PASS AF=0.15625;AO=22;DP=99;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=0.00496142;FXX=0.0204061;HRUN=0;LEN=1;MLLD=105.205;QD=2.27524;RBI=0.0188999;REFB=-0.000962969;REVB=0.018237;RO=74;SAF=6;SAR=16;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43649;STB=0.944685;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0771212;OID=.;OPOS=85537656;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15625:22:99:15:96:81:1:14:52:29:54:74:6:16:47:27 chr1 85537706 . T C 516.45 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0616148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.19;QD=19.1279;RBI=0.0621367;REFB=-0.00806196;REVB=-0.00803616;RO=54;SAF=31;SAR=23;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215184;STB=0.618698;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0110933;OID=.;OPOS=85537706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:23:31:18:36:23:31:18:36 chr1 85624549 . C T 1877.67 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.703;QD=61.5628;RBI=0.0122932;REFB=0;REVB=0.00860087;RO=0;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76137e-07;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:71:50:0:0:72:50:0:0 chr1 85624864 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.38;QD=62.4654;RBI=0.0268086;REFB=0;REVB=0.0259241;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35359e-05;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:57:30:0:0:57:30:0:0 chr1 85648620 . C T 1854.64 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.12;QD=61.3103;RBI=0.0155602;REFB=0;REVB=0.00528977;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02864e-06;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:59:61:0:0:59:62:0:0 chr1 85724328 . C T 2351.85 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4809;QD=61.087;RBI=0.0349405;REFB=0;REVB=-0.00614851;RO=0;SAF=78;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141566;OID=.;OPOS=85724328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:76:78:0:0:76:78:0:0 chr1 85784212 . T G 474.98 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.000266326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.927;QD=15.0789;RBI=0.018869;REFB=-0.0160796;REVB=0.0188671;RO=72;SAF=30;SAR=23;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082424;STB=0.542479;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0244279;OID=.;OPOS=85784212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:73:53:53:0.420635:23:30:35:37:23:30:36:37 chr1 86202016 . C T 2513.4 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.831;QD=60.9309;RBI=0.0171966;REFB=-0.133178;REVB=0.00536933;RO=0;SAF=94;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502645;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=7.92275e-05;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:165:165:0:1:164:164:0.993939:70:94:0:0:70:94:1:0 chr1 86202102 . C A 541.9 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0106707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.209;QD=16.6738;RBI=0.0106795;REFB=-0.0160188;REVB=-0.000433616;RO=72;SAF=34;SAR=24;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154502;STB=0.586177;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0231047;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:72:58:58:0.446154:24:34:31:41:24:34:31:41 chr1 86487981 . G A 2439.51 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.937;QD=61.3713;RBI=0.0379801;REFB=0;REVB=0.00815143;RO=0;SAF=61;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51111e-05;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:159:0:0:153:159:1:92:61:0:0:95:64:0:0 chr1 86487992 . A AACAG 1270.04 PASS AF=0.742647;AO=98;DP=141;FAO=101;FDP=136;FR=.;FRO=35;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0198015;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=4;MLLD=254.932;QD=37.3542;RBI=0.0201477;REFB=-0.0241506;REVB=0.00371891;RO=39;SAF=37;SAR=61;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609067;STB=0.519101;STBP=0.493;TYPE=ins;VARB=0.00655967;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.742647:98:141:101:136:35:39:62:16:19:99:39:37:61:19:20 chr1 86488232 . G A 414.87 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0158717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0225;QD=13.4917;RBI=0.0227478;REFB=-0.00299078;REVB=-0.0162958;RO=73;SAF=20;SAR=29;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913094;STB=0.547889;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00503559;OID=.;OPOS=86488232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:74:49:49:0.398374:29:20:36:37:29:20:36:38 chr1 86529379 . T C 1050.31 PASS AF=0.427509;AO=114;DP=268;FAO=115;FDP=269;FR=.;FRO=154;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=79;FSRR=75;FWDB=0.0228784;FXX=0.00370357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0809;QD=15.618;RBI=0.0290884;REFB=0.00301171;REVB=0.0179642;RO=153;SAF=54;SAR=60;SRF=78;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037191;STB=0.51988;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00416253;OID=.;OPOS=86529379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:269:153:154:114:115:0.427509:60:54:78:75:60:55:79:75 chr1 86590915 . G A 1208.94 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000190278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.324;QD=61.212;RBI=0.0136481;REFB=0;REVB=0.0136467;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6224e-05;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:40:38:0:0:41:38:0:0 chr1 86591837 . G A 410.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.604;QD=56.6847;RBI=0.0531823;REFB=0;REVB=0.0441761;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509889;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr1 86818572 . T C 1360.5 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0240307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.078;QD=59.1523;RBI=0.0545566;REFB=-0.227876;REVB=0.048979;RO=3;SAF=35;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038809;STB=0.502537;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.000782098;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:3:2:89:90:0.978261:54:35:1:2:55:35:1:1 chr1 86820267 . C T 3152.92 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.414;QD=64.0186;RBI=0.0329641;REFB=0;REVB=-0.0201924;RO=0;SAF=104;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58228e-05;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:93:104:0:0:93:104:0:0 chr1 86838158 . C T 7785.08 PASS AF=1;AO=491;DP=498;FAO=493;FDP=493;FR=.;FRO=0;FSAF=332;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082235;FXX=0.0120238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.475;QD=63.1649;RBI=0.0117149;REFB=-0.00265036;REVB=-0.00834345;RO=5;SAF=330;SAR=161;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00279532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05956e-05;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:498:493:5:0:491:493:1:161:330:4:1:161:332:0:0 chr1 86852621 . A G 3382.63 PASS AF=0.982143;AO=220;DP=225;FAO=220;FDP=224;FR=.;FRO=4;FSAF=107;FSAR=113;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0124042;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.354;QD=60.4042;RBI=0.0408611;REFB=-0.116119;REVB=0.0389329;RO=2;SAF=107;SAR=113;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000234231;STB=0.50471;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000306343;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:225:224:2:4:220:220:0.982143:113:107:1:1:113:107:3:1 chr1 86913265 . C T 3082.54 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031973;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3576;QD=61.344;RBI=0.0330895;REFB=-0.098023;REVB=0.00852292;RO=0;SAF=89;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03559e-06;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:201:0:0:201:201:1:112:89:0:0:112:89:0:0 chr1 86920904 . A G 2168.08 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=141;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209635;FXX=0.0141834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.183;QD=62.3909;RBI=0.0244804;REFB=-0.0708556;REVB=0.0126419;RO=1;SAF=78;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605659;STB=0.503184;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000337146;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:139:1:1:138:138:0.992806:60:78:1:0:60:78:1:0 chr1 86939130 . C T 1209.5 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.139;QD=61.2405;RBI=0.0358188;REFB=0;REVB=0.0357409;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3352e-05;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:41:37:0:0:42:37:0:0 chr1 86947975 . A T 2677.36 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4821;QD=62.2641;RBI=0.044544;REFB=0;REVB=0.0271246;RO=0;SAF=89;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213614;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:83:89:0:0:83:89:0:0 chr1 86951076 . G A,GA 72.22 PASS AF=0,0.152542;AO=7,14;DP=121;FAO=0,18;FDP=118;FR=.;FRO=100;FSAF=0,5;FSAR=0,13;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=-0.0187047,-0.0123572;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=181.278,96.3535;QD=2.44827;RBI=0.0224048,0.020088;REFB=-0.00931116,-0.00317641;REVB=-0.0123332,-0.0158375;RO=98;SAF=1,6;SAR=6,8;SRF=50;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.385923,-0.100481;STB=0.5,0.693953;STBP=1,0.083;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.159367;OID=.,.;OPOS=86951076,86951077;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:73:121:118:98:100:7,14:0,18:0,0.152542:6,8:1,6:50:48:0,13:0,5:50:50 chr1 86952324 . A G 3194.5 PASS AF=0.972477;AO=212;DP=218;FAO=212;FDP=218;FR=.;FRO=6;FSAF=93;FSAR=119;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0144628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.9817;QD=58.6147;RBI=0.0146921;REFB=-0.0358063;REVB=0.00258545;RO=1;SAF=93;SAR=119;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509508;STB=0.502946;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000325253;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:218:218:1:6:212:212:0.972477:119:93:1:0:119:93:2:4 chr1 86959173 . T C 5605.75 PASS AF=1;AO=357;DP=358;FAO=357;FDP=357;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389611;FXX=0.00279322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.723;QD=62.8095;RBI=0.0273801;REFB=0;REVB=-0.0271014;RO=0;SAF=179;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33798e-05;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:358:357:0:0:357:357:1:178:179:0:0:178:179:0:0 chr1 86965419 . T C 1970.94 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.476;QD=62.0768;RBI=0.0273429;REFB=0;REVB=0.0236164;RO=0;SAF=64;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46964e-05;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:63:64:0:0:63:64:0:0 chr1 87026012 . GA G 32.77 PASS AF=0.283333;AO=19;DP=61;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0665186;FXX=0.0163908;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.83353;QD=2.18453;RBI=0.0760223;REFB=-0.0883023;REVB=0.0368057;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551477;STB=0.595221;STBP=0.384;TYPE=del;VARB=0.13515;OID=.;OPOS=87026013;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283333:19:61:17:60:43:9:8:17:26:32:34:8:11:16:18 chr1 87045895 . ATCCTACACCTAC A 50.0 PASS AO=64;DP=114;LEN=12;RO=50;SAF=37;SAR=32;SRF=22;SRR=23;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=87045896;OREF=TCCTACACCTAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:114:50:64:32:37:22:23 chr1 87045896 . TCCTACA T,TCCTACT 1252.34 PASS AF=0.890244,0.109756;AO=69,14;DP=87;FAO=73,9;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41,2;FSAR=32,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094526,-0.0106694;FXX=0.0574647;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=273.626,181.845;QD=61.09;RBI=0.0318095,0.014857;REFB=0,0;REVB=0.0303725,0.010339;RO=0;SAF=37,5;SAR=32,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00233173,0.0037336;OID=.,.;OPOS=87045897,87045902;OREF=CCTACA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCCTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.890244,0.109756:69,14:87:73,9:82:0:41,2:32,7:0:0:59:0:37,5:32,9:0:0 chr1 87045929 . T TACTCCT 50.0 PASS AO=55;DP=114;LEN=6;RO=59;SAF=37;SAR=32;SRF=22;SRR=23;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=87045929;OREF=-;OALT=TACTCC;OMAPALT=TACTCCT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:114:59:55:32:37:22:23 chr1 87101375 . C G 140.12 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0059408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.724;QD=10.3795;RBI=0.0241549;REFB=-0.00765227;REVB=0.0234129;RO=35;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208692;STB=0.615253;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0159778;OID=.;OPOS=87101375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:36:18:18:0.333333:12:6:18:17:12:6:18:18 chr1 87101649 . T C 693.96 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00677788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0462;QD=17.5687;RBI=0.026249;REFB=-0.0157724;REVB=0.0253588;RO=84;SAF=34;SAR=40;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390153;STB=0.521614;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0283918;OID=.;OPOS=87101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:84:74:74:0.468354:40:34:42:42:40:34:42:42 chr1 87208953 . T A 546.25 PASS AF=0.518519;AO=55;DP=106;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0403192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.075;QD=20.2315;RBI=0.041244;REFB=-0.0300924;REVB=0.00868463;RO=51;SAF=18;SAR=37;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990343;STB=0.563652;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0254755;OID=.;OPOS=87208953;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:51:52:55:56:0.518519:37:18:22:29:38:18:23:29 chr1 87458742 . A G 643.65 PASS AF=0.438272;AO=71;DP=162;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=57;FWDB=0.0387847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5954;QD=15.8925;RBI=0.0389225;REFB=-0.01688;REVB=0.00327251;RO=91;SAF=31;SAR=40;SRF=34;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651847;STB=0.536284;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0375615;OID=.;OPOS=87458742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:91:91:71:71:0.438272:40:31:34:57:40:31:34:57 chr1 87599697 . G A 1508.92 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9232;QD=63.5333;RBI=0.0233792;REFB=0;REVB=-0.0119134;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144219;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:59:36:0:0:59:36:0:0 chr1 89225976 . T C 557.68 PASS AF=0.537736;AO=54;DP=102;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00498549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7229;QD=21.0446;RBI=0.0217624;REFB=-0.00833767;REVB=0.0211836;RO=48;SAF=26;SAR=28;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377214;STB=0.511462;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0113535;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:48:49:54:57:0.537736:28:26:21:27:30:27:22:27 chr1 89271574 . T C 463.85 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0192565;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.056;QD=16.2756;RBI=0.019274;REFB=-0.0141544;REVB=-0.000822152;RO=62;SAF=27;SAR=24;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186367;STB=0.598734;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0159046;OID=.;OPOS=89271574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:63:51:51:0.447368:24:27:21:41:24:27:22:41 chr1 89301123 . C T 505.11 PASS AF=0.408759;AO=54;DP=135;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.03056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9017;QD=14.7478;RBI=0.0362517;REFB=-0.00200261;REVB=-0.0195006;RO=81;SAF=33;SAR=21;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126819;STB=0.57941;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00275792;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:81:81:54:56:0.408759:21:33:40:41:21:35:40:41 chr1 89322982 . G A 904.05 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107869;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.233;QD=58.3257;RBI=0.0109167;REFB=0;REVB=0.00167875;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272442;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:27:35:0:0 chr1 89449390 . T C 350.42 PASS AF=0.219697;AO=58;DP=264;FAO=58;FDP=264;FR=.;FRO=206;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=120;FSRR=86;FWDB=0.0178149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.4018;QD=5.30933;RBI=0.0182011;REFB=0.00367258;REVB=0.00372948;RO=203;SAF=29;SAR=29;SRF=118;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104046;STB=0.564372;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.0218755;OID=.;OPOS=89449390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:203:206:58:58:0.219697:29:29:118:85:29:29:120:86 chr1 89449399 . T C 378.91 PASS AF=0.233202;AO=59;DP=253;FAO=59;FDP=253;FR=.;FRO=194;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=121;FSRR=73;FWDB=0.000216004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.427;QD=5.99068;RBI=0.0177046;REFB=-0.0064196;REVB=0.0177033;RO=192;SAF=31;SAR=28;SRF=121;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135019;STB=0.576122;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.017137;OID=.;OPOS=89449399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:192:194:59:59:0.233202:28:31:121:71:28:31:121:73 chr1 89449434 . T C 299.15 PASS AF=0.227488;AO=48;DP=211;FAO=48;FDP=211;FR=.;FRO=163;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=116;FSRR=47;FWDB=0.0147432;FXX=0.00471676;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.62;QD=5.67103;RBI=0.0224892;REFB=0.00148647;REVB=-0.0169825;RO=162;SAF=26;SAR=22;SRF=115;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223346;STB=0.635167;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00684837;OID=.;OPOS=89449434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:162:163:48:48:0.227488:22:26:115:47:22:26:116:47 chr1 89449483 . C G 261.91 PASS AF=0.211055;AO=42;DP=199;FAO=42;FDP=199;FR=.;FRO=157;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=113;FSRR=44;FWDB=0.00741003;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.821;QD=5.26445;RBI=0.00742956;REFB=-0.00603111;REVB=-0.000538372;RO=153;SAF=25;SAR=17;SRF=111;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182598;STB=0.605999;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0232776;OID=.;OPOS=89449483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:153:157:42:42:0.211055:17:25:111:42:17:25:113:44 chr1 89478868 . G A 910.01 PASS AF=0.428571;AO=98;DP=231;FAO=99;FDP=231;FR=.;FRO=132;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=55;FSRR=77;FWDB=-0.010111;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.385;QD=15.7578;RBI=0.0310808;REFB=0.00242958;REVB=0.0293902;RO=133;SAF=38;SAR=60;SRF=55;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278103;STB=0.513518;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00290332;OID=.;OPOS=89478868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:133:132:98:99:0.428571:60:38:55:78:60:39:55:77 chr1 89479063 . G A 2354.22 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153952;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.478;QD=60.3647;RBI=0.0157057;REFB=-0.0736083;REVB=0.00310748;RO=0;SAF=71;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53711e-08;STB=0.502958;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=3.36564e-05;OID=.;OPOS=89479063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:156:0:1:155:155:0.99359:84:71:0:0:84:71:0:1 chr1 89479074 . C T 1970.37 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260223;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.256;QD=60.1639;RBI=0.0440478;REFB=0;REVB=0.0355394;RO=0;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00486479;OID=.;OPOS=89479074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:131:0:0:121:131:1:60:61:0:0:70:61:0:0 chr1 89479758 . T C 1961.04 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.681;QD=61.2824;RBI=0.0522541;REFB=0;REVB=0.035935;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64284e-05;OID=.;OPOS=89479758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:122:128:0:0:122:128:1:56:66:0:0:58:70:0:0 chr1 89486037 . C T 993.99 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.149032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8241;QD=57.6224;RBI=0.149036;REFB=0.0501696;REVB=-0.00107857;RO=1;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995181;STB=0.505262;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00025626;OID=.;OPOS=89486037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:47:21:0:1:47:21:0:1 chr1 89518623 . C T 2271.17 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552427;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.121;QD=63.088;RBI=0.0113907;REFB=-0.0725758;REVB=-0.00996142;RO=0;SAF=72;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208579;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:145:144:0:0:143:144:1:71:72:0:0:72:72:0:0 chr1 89521841 . G C 843.39 PASS AF=0.412281;AO=90;DP=223;FAO=94;FDP=228;FR=.;FRO=134;FSAF=62;FSAR=32;FSRF=79;FSRR=55;FWDB=-0.00353669;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.173;QD=14.7964;RBI=0.00473469;REFB=-0.0139504;REVB=0.00314788;RO=133;SAF=62;SAR=28;SRF=77;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128424;STB=0.544509;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0196176;OID=.;OPOS=89521841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:228:133:134:90:94:0.412281:28:62:77:56:32:62:79:55 chr1 89522646 . G C 4225.5 PASS AF=0.968421;AO=276;DP=285;FAO=276;FDP=285;FR=.;FRO=9;FSAF=134;FSAR=142;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0203495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.999;QD=59.3052;RBI=0.0212014;REFB=-0.0639342;REVB=0.00594969;RO=8;SAF=134;SAR=142;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000778426;STB=0.502213;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.000236926;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:285:285:8:9:276:276:0.968421:142:134:4:4:142:134:5:4 chr1 89579941 . T C 1007.47 PASS AF=0.521277;AO=97;DP=188;FAO=98;FDP=188;FR=.;FRO=90;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.0209837;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.018;QD=21.4356;RBI=0.0267772;REFB=0.00336193;REVB=-0.0166344;RO=88;SAF=50;SAR=47;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102104;STB=0.552177;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00225191;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:88:90:97:98:0.521277:47:50:35:53:47:51:37:53 chr1 89582690 . G C 795.91 PASS AF=0.439791;AO=84;DP=192;FAO=84;FDP=191;FR=.;FRO=107;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=-0.0106386;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.424;QD=16.6683;RBI=0.0125231;REFB=-0.0125409;REVB=-0.00660684;RO=106;SAF=36;SAR=48;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247304;STB=0.511413;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0145694;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:106:107:84:84:0.439791:48:36:48:58:48:36:48:59 chr1 89582702 . A G 1151.45 PASS AF=0.540404;AO=107;DP=197;FAO=107;FDP=198;FR=.;FRO=91;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.0282388;FXX=0.00502487;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9362;QD=23.2616;RBI=0.0291496;REFB=-0.0301543;REVB=0.00722982;RO=90;SAF=51;SAR=56;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551634;STB=0.532353;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.023401;OID=.;OPOS=89582702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:90:91:107:107:0.540404:56:51:37:53:56:51:37:54 chr1 89637578 . G A 1133.54 PASS AF=0.506726;AO=111;DP=221;FAO=113;FDP=223;FR=.;FRO=110;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=0.0240919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.701;QD=20.3325;RBI=0.0353384;REFB=-0.0135708;REVB=0.0258531;RO=110;SAF=60;SAR=51;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943062;STB=0.550934;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0149062;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:223:110:110:111:113:0.506726:51:60:48:62:52:61:48:62 chr1 89652071 . TC CT 109.24 PASS AF=0.136364;AO=66;DP=203;FAO=21;FDP=154;FR=.;FRO=133;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=77;FSRR=56;FWDB=0.0246319;FXX=0.241367;HRUN=1;LEN=2;MLLD=94.1329;QD=2.83738;RBI=0.0605996;REFB=-0.0462418;REVB=0.0553677;RO=129;SAF=25;SAR=41;SRF=74;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224104;STB=0.784428;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.0223724;OID=.;OPOS=89652071;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:154:129:133:66:21:0.136364:41:25:74:55:16:5:77:56 chr1 89652078 . A T 625.63 PASS AF=0.361905;AO=76;DP=212;FAO=76;FDP=210;FR=.;FRO=134;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=76;FSRR=58;FWDB=-0.025391;FXX=0.00943352;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.252;QD=11.9167;RBI=0.0275577;REFB=-0.00608706;REVB=-0.0107109;RO=130;SAF=29;SAR=47;SRF=72;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192524;STB=0.61839;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0175643;OID=.;OPOS=89652078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:210:130:134:76:76:0.361905:47:29:72:58:47:29:76:58 chr1 89652087 . CC TG 597.77 PASS AF=0.339367;AO=75;DP=220;FAO=75;FDP=221;FR=.;FRO=146;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=84;FSRR=62;FWDB=0.0138741;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=129.335;QD=10.8194;RBI=0.0266492;REFB=-0.00771247;REVB=-0.0227528;RO=145;SAF=29;SAR=46;SRF=83;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21322;STB=0.623977;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.0163139;OID=.;OPOS=89652087;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:145:146:75:75:0.339367:46:29:83:62:46:29:84:62 chr1 89652090 . T G 597.7 PASS AF=0.339367;AO=75;DP=221;FAO=75;FDP=221;FR=.;FRO=146;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=83;FSRR=63;FWDB=0.022449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.1452;QD=10.8181;RBI=0.0295824;REFB=-0.00841617;REVB=0.0192655;RO=146;SAF=29;SAR=46;SRF=83;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209284;STB=0.61972;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0256375;OID=.;OPOS=89652090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:146:146:75:75:0.339367:46:29:83:63:46:29:83:63 chr1 89652094 . G A 641.58 PASS AF=0.344978;AO=79;DP=229;FAO=79;FDP=229;FR=.;FRO=150;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=83;FSRR=67;FWDB=-0.0173908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.152;QD=11.2067;RBI=0.0197286;REFB=-0.00991976;REVB=-0.00931561;RO=150;SAF=34;SAR=45;SRF=83;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140663;STB=0.580273;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0291438;OID=.;OPOS=89652094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:150:150:79:79:0.344978:45:34:83:67:45:34:83:67 chr1 89652097 . C T 644.22 PASS AF=0.349558;AO=79;DP=226;FAO=79;FDP=226;FR=.;FRO=147;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=81;FSRR=66;FWDB=-0.00502939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.312;QD=11.4022;RBI=0.0126836;REFB=-0.00794793;REVB=-0.0116438;RO=146;SAF=34;SAR=45;SRF=80;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133641;STB=0.578257;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0205671;OID=.;OPOS=89652097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:146:147:79:79:0.349558:45:34:80:66:45:34:81:66 chr1 89652102 . A T 718.11 PASS AF=0.376106;AO=77;DP=218;FAO=85;FDP=226;FR=.;FRO=141;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=78;FSRR=63;FWDB=0.00318519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.551;QD=12.7098;RBI=0.00769367;REFB=-0.00331026;REVB=0.00700336;RO=139;SAF=33;SAR=44;SRF=78;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149416;STB=0.588215;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00748842;OID=.;OPOS=89652102;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:226:139:141:77:85:0.376106:44:33:78:61:50:35:78:63 chr1 89659086 . T C 658.07 PASS AF=0.489051;AO=65;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.0169292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.88;QD=19.2139;RBI=0.0249064;REFB=-0.00725817;REVB=0.0182683;RO=69;SAF=21;SAR=44;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260451;STB=0.517236;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00789389;OID=.;OPOS=89659086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:69:70:65:67:0.489051:44:21:24:45:46:21:24:46 chr1 89847372 . G T 443.12 PASS AF=0.449541;AO=48;DP=108;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0171711;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.935;QD=16.2613;RBI=0.0188836;REFB=-0.00519467;REVB=-0.00785769;RO=58;SAF=25;SAR=23;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0035236;STB=0.501503;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00616356;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:58:60:48:49:0.449541:23:25:30:28:23:26:32:28 chr1 89847411 . C T 306.06 PASS AF=0.426829;AO=32;DP=78;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0374337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.55;QD=14.9297;RBI=0.0864864;REFB=0.00298963;REVB=0.0779655;RO=46;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451555;STB=0.542833;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.000723029;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:46:47:32:35:0.426829:16:16:21:25:16:19:22:25 chr1 89847444 . A G 371.51 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0238554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.558;QD=20.0816;RBI=0.0239215;REFB=0.0104538;REVB=-0.00177805;RO=35;SAF=22;SAR=16;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249639;STB=0.630702;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00912121;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:36:38:38:0.513514:16:22:10:25:16:22:11:25 chr1 89849742 . A T 369.5 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.000193831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.63;QD=16.9884;RBI=0.0181564;REFB=-0.00690144;REVB=0.0181554;RO=45;SAF=17;SAR=22;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146885;STB=0.558365;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00781222;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:48:39:39:0.448276:22:17:13:32:22:17:16:32 chr1 90048248 . C T 498.2 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00698803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.105;QD=16.7464;RBI=0.0207256;REFB=-0.00781393;REVB=-0.019512;RO=65;SAF=29;SAR=25;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00140325;STB=0.500782;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00914863;OID=.;OPOS=90048248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:25:29:35:30:25:29:35:30 chr1 90171835 . C T 1528.97 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1042;QD=63.7071;RBI=0.134582;REFB=0;REVB=-0.132371;RO=0;SAF=65;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000602387;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:31:65:0:0:31:65:0:0 chr1 90178743 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7773;QD=62.9807;RBI=0.0917253;REFB=0;REVB=-0.0723334;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205661;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr1 90179532 . A G 436.58 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0348961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.298;QD=18.7774;RBI=0.0349163;REFB=-0.0162575;REVB=0.00118857;RO=48;SAF=19;SAR=25;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116343;STB=0.557385;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0196525;OID=.;OPOS=90179532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:49:44:44:0.473118:25:19:15:33:25:19:16:33 chr1 90401765 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.018348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.08;QD=21.7443;RBI=0.0390363;REFB=-0.0228717;REVB=-0.0344555;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110469;STB=0.562416;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0139412;OID=.;OPOS=90401765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:6:5:9:6:6:5 chr1 90486412 . T G 948.09 PASS AF=0.465116;AO=100;DP=215;FAO=100;FDP=215;FR=.;FRO=115;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=51;FSRR=64;FWDB=0.00873719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.465;QD=17.6389;RBI=0.00874048;REFB=-0.00708696;REVB=0.000239639;RO=115;SAF=46;SAR=54;SRF=51;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161102;STB=0.508905;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00815652;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:115:115:100:100:0.465116:54:46:51:64:54:46:51:64 chr1 90493026 . G A 173.05 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0572557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2054;QD=18.7083;RBI=0.0697159;REFB=-0.0177968;REVB=-0.0397755;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741419;STB=0.542122;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0192278;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:9:10:8:10:9:10 chr1 91447861 . A G 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0294256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.93;QD=23.7581;RBI=0.0475492;REFB=-0.000121654;REVB=0.0373505;RO=22;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559869;STB=0.531226;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.000736679;OID=.;OPOS=91447861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:17:9:9:13:17:9:9:13 chr1 91728053 . G A 1572.49 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00122485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.614;QD=62.8995;RBI=0.0124125;REFB=0.0292039;REVB=0.0123519;RO=1;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117097;STB=0.506172;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-3.75606e-05;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:98:99:0.99:40:58:0:1:40:59:0:1 chr1 91781413 . T G 2733.34 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.081;QD=62.4764;RBI=0.0627966;REFB=0;REVB=0.0372834;RO=0;SAF=76;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111398;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:174:175:1:98:76:0:0:99:76:0:0 chr1 91844045 . GA G 45.66 PASS AF=0.208333;AO=47;DP=176;FAO=35;FDP=168;FR=.;FRO=133;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=91;FWDB=-0.0886205;FXX=0.045452;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.5423;QD=1.0872;RBI=0.202624;REFB=-0.129279;REVB=0.182217;RO=97;SAF=21;SAR=26;SRF=28;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192526;STB=0.548312;STBP=0.56;TYPE=del;VARB=0.147314;OID=.;OPOS=91844046;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208333:47:176:35:168:133:13:22:42:91:45:97:21:26:28:69 chr1 91851253 . T C 932.6 PASS AF=0.970149;AO=66;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00288916;FXX=0.0147037;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.136;QD=55.6778;RBI=0.0119469;REFB=-0.135784;REVB=0.0115923;RO=1;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011386;STB=0.512191;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000270866;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:67:1:2:66:65:0.970149:41:25:0:1:40:25:0:2 chr1 91853111 . A C 10985.6 PASS AF=0.979282;AO=705;DP=725;FAO=709;FDP=724;FR=.;FRO=15;FSAF=471;FSAR=238;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0340623;FXX=0.00275478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.816;QD=60.6941;RBI=0.0395946;REFB=-0.00494414;REVB=0.0201865;RO=9;SAF=468;SAR=237;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888486;STB=0.507649;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000207093;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:725:724:9:15:705:709:0.979282:237:468:3:6:238:471:5:10 chr1 91859795 . T C 2359.49 PASS AF=0.987342;AO=156;DP=160;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0242155;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7879;QD=59.734;RBI=0.0580253;REFB=-0.179126;REVB=0.0527309;RO=2;SAF=86;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124795;STB=0.500656;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00211571;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:160:158:2:2:156:156:0.987342:70:86:1:1:70:86:1:1 chr1 91870410 . G C 3151.48 PASS AF=0.488336;AO=314;DP=643;FAO=314;FDP=643;FR=.;FRO=329;FSAF=164;FSAR=150;FSRF=174;FSRR=155;FWDB=-0.0657625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.111;QD=19.6048;RBI=0.0658807;REFB=-0.0243903;REVB=-0.00394613;RO=326;SAF=164;SAR=150;SRF=171;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209429;STB=0.503375;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0269713;OID=.;OPOS=91870410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:643:643:326:329:314:314:0.488336:150:164:171:155:150:164:174:155 chr1 91980447 . A G 2170.17 PASS AF=0.967532;AO=145;DP=151;FAO=149;FDP=154;FR=.;FRO=5;FSAF=75;FSAR=74;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00945068;FXX=0.0064512;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.061;QD=56.3681;RBI=0.0131203;REFB=-0.0698095;REVB=0.00910089;RO=5;SAF=75;SAR=70;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306478;STB=0.516127;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000195264;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:151:154:5:5:145:149:0.967532:70:75:5:0:74:75:5:0 chr1 91989759 . T G 419.4 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00241991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.874;QD=22.981;RBI=0.00664574;REFB=0.00513189;REVB=0.00618949;RO=32;SAF=15;SAR=26;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190904;STB=0.510495;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0040281;OID=.;OPOS=91989759;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:26:15:11:21:26:15:11:21 chr1 92107937 . C T 574.14 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00948631;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.79;QD=17.1384;RBI=0.0179159;REFB=0.00657137;REVB=0.0151984;RO=72;SAF=33;SAR=27;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219317;STB=0.512778;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00850807;OID=.;OPOS=92107937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:72:74:60:60:0.447761:27:33:38:34:27:33:39:35 chr1 92108119 . A G 218.37 PASS AF=0.364865;AO=26;DP=73;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=0.0578018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.361;QD=11.804;RBI=0.0578144;REFB=-0.0102514;REVB=0.00120987;RO=46;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274794;STB=0.634297;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0191532;OID=.;OPOS=92108119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:46:47:26:27:0.364865:15:11:9:37:16:11:10:37 chr1 92108899 . C T 899.52 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.754;QD=58.0335;RBI=0.039487;REFB=0;REVB=0.0316858;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12888e-05;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:35:27:0:0 chr1 92161307 . C T 838.83 PASS AF=0.448276;AO=90;DP=201;FAO=91;FDP=203;FR=.;FRO=112;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.0241392;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.387;QD=16.5287;RBI=0.0516644;REFB=-0.0153909;REVB=-0.0456784;RO=110;SAF=44;SAR=46;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340838;STB=0.526538;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0187941;OID=.;OPOS=92161307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:110:112:90:91:0.448276:46:44:50:60:46:45:50:62 chr1 92163682 . C G 316.03 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.00252936;FXX=0.0272702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0933;QD=11.8143;RBI=0.00327193;REFB=-0.0256025;REVB=0.00207553;RO=57;SAF=19;SAR=20;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181745;STB=0.585699;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0260273;OID=.;OPOS=92163682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:57:68:39:39:0.364486:20:19:18:39:20:19:24:44 chr1 92174260 . A G 704.23 PASS AF=0.447059;AO=76;DP=170;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.0166587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.664;QD=16.5702;RBI=0.0171003;REFB=-0.0125628;REVB=-0.00386116;RO=92;SAF=40;SAR=36;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687156;STB=0.53217;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0149182;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:92:94:76:76:0.447059:36:40:42:50:36:40:44:50 chr1 92185657 . C T 447.27 PASS AF=0.368794;AO=52;DP=141;FAO=52;FDP=141;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=0.0078667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.058;QD=12.6884;RBI=0.0114473;REFB=0.00556328;REVB=-0.00831594;RO=89;SAF=28;SAR=24;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115239;STB=0.565386;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00813039;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:89:89:52:52:0.368794:24:28:57:32:24:28:57:32 chr1 92262874 . T C 2892.28 PASS AF=0.989362;AO=180;DP=181;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0271957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.208;QD=61.5379;RBI=0.0302387;REFB=-0.0165109;REVB=0.0132201;RO=0;SAF=85;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505434;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000134886;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:181:188:0:2:180:186:0.989362:95:85:0:0:95:91:2:0 chr1 92295565 . C T 132.39 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00197304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.499;QD=14.7098;RBI=0.00283732;REFB=-0.0248446;REVB=0.00203899;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165407;STB=0.505569;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0303572;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:8:7:9:11:8:7:10:11 chr1 92327045 . G A 402.04 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.00730393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1161;QD=21.7319;RBI=0.0115605;REFB=0.0250551;REVB=0.00896096;RO=34;SAF=25;SAR=15;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294597;STB=0.662173;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0205288;OID=.;OPOS=92327045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:15:25:9:25:15:25:9:25 chr1 92428495 . C A 623.02 PASS AF=0.396648;AO=70;DP=178;FAO=71;FDP=179;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=0.00677056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.522;QD=13.9223;RBI=0.0087919;REFB=-0.00933267;REVB=-0.00560865;RO=108;SAF=33;SAR=37;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493339;STB=0.532081;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0139775;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:108:108:70:71:0.396648:37:33:46:62:37:34:46:62 chr1 92442695 . A C 856.45 PASS AF=0.494253;AO=66;DP=175;FAO=86;FDP=174;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=-0.0157413;FXX=0.00571396;HRUN=5;LEN=1;MLLD=139.89;QD=19.6885;RBI=0.0175487;REFB=-0.0428026;REVB=-0.00775689;RO=57;SAF=25;SAR=41;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00933038;STB=0.523832;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0323049;OID=.;OPOS=92442695;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:57:83:66:86:0.494253:41:25:21:36:52:34:29:54 chr1 92457843 . C T 768.16 PASS AF=0.457627;AO=81;DP=178;FAO=81;FDP=177;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.0108276;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.104;QD=17.3596;RBI=0.0110104;REFB=-0.0187878;REVB=0.00199827;RO=96;SAF=35;SAR=46;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465366;STB=0.525819;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0236795;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:96:96:81:81:0.457627:46:35:46:50:46:35:46:50 chr1 92646020 . AG A,AA 623.72 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=6,34;DP=40;FAO=1,40;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618786,0.0575756;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=278.003,287.487;QD=60.8504;RBI=0.0618936,0.0576212;REFB=0,0;REVB=0.00136517,0.00229222;RO=0;SAF=5,13;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00681245,0.00170386;OID=.,.;OPOS=92646021,92646021;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0243902,0.97561:6,34:40:1,40:41:0:0,18:1,22:0:0:4:0:5,13:1,21:0:0 chr1 92647223 . A G 284.8 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0337007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.238;QD=43.815;RBI=0.0349494;REFB=-0.155983;REVB=0.00925875;RO=3;SAF=12;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400732;STB=0.52172;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00232625;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:26:26:3:3:23:23:0.884615:11:12:1:2:11:12:1:2 chr1 92647532 . C A 1122.78 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0888;QD=59.8817;RBI=0.0602861;REFB=0;REVB=0.0593437;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205042;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:72:75:1:32:40:0:0:35:40:0:0 chr1 92889408 . C T 1237.59 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0303428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5794;QD=58.933;RBI=0.0490005;REFB=-0.109722;REVB=-0.0384755;RO=1;SAF=26;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178633;STB=0.518514;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00118247;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:82:82:0.97619:56:26:1:0:56:26:2:0 chr1 92946479 . G A 1644.59 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681247;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7411;QD=60.3519;RBI=0.0683617;REFB=0;REVB=0.0056875;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315716;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:52:57:0:0:52:57:0:0 chr1 92974595 . G A 2305.86 PASS AF=0.986486;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0112288;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.084;QD=62.3206;RBI=0.014389;REFB=-0.0384274;REVB=0.00899758;RO=2;SAF=82;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146275;STB=0.507691;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000129337;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:148:2:2:146:146:0.986486:64:82:0:2:64:82:0:2 chr1 92979124 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.885;QD=44.6886;RBI=0.0488351;REFB=0;REVB=0.0484509;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104374;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr1 92979354 . A G 1090.33 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0192383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.455;QD=57.3858;RBI=0.0192396;REFB=-0.0518511;REVB=-0.000226138;RO=1;SAF=22;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901237;STB=0.509431;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.000759879;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:74:74:0.973684:52:22:0:1:52:22:0:2 chr1 93089823 . T C 2058.09 PASS AF=1;AO=129;DP=132;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3342;QD=60.9806;RBI=0.0810136;REFB=-0.0938948;REVB=0.0797351;RO=2;SAF=51;SAR=78;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120288;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298846;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:132:135:2:0:129:135:1:78:51:0:2:82:53:0:0 chr1 93160902 . T C 1026.72 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0770482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.038;QD=57.8436;RBI=0.0908642;REFB=0.0803564;REVB=0.0481652;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00016159;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:0:1:69:70:0.985915:35:34:0:0:35:35:1:0 chr1 93306317 . G A 3263.2 PASS AF=0.990654;AO=207;DP=209;FAO=212;FDP=214;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=128;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0136021;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.607;QD=60.9943;RBI=0.055127;REFB=-0.128816;REVB=0.0534226;RO=1;SAF=84;SAR=123;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563706;STB=0.505882;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000455527;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:209:214:1:2:207:212:0.990654:123:84:1:0:128:84:2:0 chr1 93307908 . T A 1514.8 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00893601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.606;QD=62.466;RBI=0.0228246;REFB=0.136003;REVB=0.0210027;RO=1;SAF=44;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010656;STB=0.505617;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000357084;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:52:44:1:0:52:44:1:0 chr1 93311708 . G A 3485.49 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226222;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6294;QD=62.52;RBI=0.023425;REFB=0;REVB=-0.0233155;RO=0;SAF=99;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47996e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054647;OID=.;OPOS=93311708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:223:0:0:222:223:1:123:99:0:0:124:99:0:0 chr1 93440474 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.039;QD=62.6711;RBI=0.022212;REFB=0;REVB=0.0140195;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1569e-05;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr1 93580581 . G C 2063.32 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.398;QD=62.5248;RBI=0.0557045;REFB=0;REVB=0.0555033;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94464e-05;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:132:0:0:128:132:1:61:67:0:0:65:67:0:0 chr1 93617546 . T C 1510.42 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8562;QD=63.5968;RBI=0.0815486;REFB=0;REVB=0.0451007;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717965;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr1 93646433 . T C,G 1151.85 PASS AF=0.925926,0.0493827;AO=75,4;DP=81;FAO=75,4;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=31,1;FSAR=44,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0329938,-0.0126965;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=198.144,123.719;QD=56.8815;RBI=0.0335573,0.0130556;REFB=0.00862417,0.0217254;REVB=0.00612371,-0.00304111;RO=2;SAF=31,1;SAR=44,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0210203,0.210252;STB=0.511108,0.624469;STBP=0.291,0.685;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000611588,0.175125;OID=.,.;OPOS=93646433,93646433;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:81:81:2:2:75,4:75,4:0.925926,0.0493827:44,3:31,1:0:2:44,3:31,1:0:2 chr1 93672688 . C A,T 864.76 PASS AF=0.0327869,0.967213;AO=4,57;DP=61;FAO=2,59;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896083,0.00882365;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.577,194.169;QD=56.7057;RBI=0.0471428,0.0334522;REFB=0,0;REVB=-0.0462833,0.0322675;RO=0;SAF=0,42;SAR=4,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.08575e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.108231,0.000657525;OID=.,.;OPOS=93672688,93672688;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:61:61:0:0:4,57:2,59:0.0327869,0.967213:4,15:0,42:0:0:2,17:0,42:0:0 chr1 93672723 . A C 1316.54 PASS AF=0.9;AO=89;DP=100;FAO=90;FDP=100;FR=.;FRO=10;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0103285;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.096;QD=52.6616;RBI=0.0210082;REFB=-0.128088;REVB=0.0182939;RO=8;SAF=52;SAR=37;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134797;STB=0.507949;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00159794;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:100:100:8:10:89:90:0.9:37:52:4:4:38:52:5:5 chr1 93720070 . C A,G 1357.36 PASS AF=0.0531915,0.914894;AO=11,80;DP=94;FAO=5,86;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=4,32;FSAR=1,54;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00603566,-0.00370013;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.754,202.719;QD=57.7602;RBI=0.0131328,0.0205075;REFB=-0.000367336,0.00130332;REVB=-0.0116636,0.020171;RO=0;SAF=4,32;SAR=7,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.635921,0.522383;STBP=0.698,0.046;TYPE=snp,snp;VARB=0.0362924,-0.000352659;OID=.,.;OPOS=93720070,93720070;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:94:94:0:3:11,80:5,86:0.0531915,0.914894:7,48:4,32:0:0:1,54:4,32:3:0 chr1 93851295 . T C 1547.65 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.937;QD=63.8208;RBI=0.0318186;REFB=0;REVB=0.027814;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61427e-05;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chr1 94341267 . A G 578.11 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00480782;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.056;QD=20.6468;RBI=0.00592925;REFB=-0.0168357;REVB=-0.00347;RO=49;SAF=17;SAR=42;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282673;STB=0.641067;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0209818;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:49:53:59:59:0.526786:42:17:30:19:42:17:30:23 chr1 94342564 . C A 523.06 PASS AF=0.425373;AO=57;DP=134;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0263001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.898;QD=15.6136;RBI=0.0282091;REFB=-0.0100703;REVB=0.0102009;RO=76;SAF=27;SAR=30;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134478;STB=0.511404;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00994739;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:76:77:57:57:0.425373:30:27:37:39:30:27:38:39 chr1 94343023 . A G 521.47 PASS AF=0.509259;AO=52;DP=105;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00561247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.729;QD=19.3136;RBI=0.0107147;REFB=-0.0097317;REVB=-0.00912713;RO=53;SAF=25;SAR=27;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947534;STB=0.563735;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00753606;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:53:53:52:55:0.509259:27:25:31:22:30:25:31:22 chr1 94343233 . T C 2531.16 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00971463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.848;QD=60.9919;RBI=0.0265922;REFB=-0.0581039;REVB=0.0247542;RO=1;SAF=76;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622056;STB=0.503268;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=5.55327e-05;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:166:1:1:165:165:0.993976:89:76:1:0:89:76:1:0 chr1 94344716 . C T 551.42 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00700594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.914;QD=19.5194;RBI=0.00706816;REFB=-0.0345101;REVB=0.000935779;RO=56;SAF=33;SAR=24;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556511;STB=0.530737;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0335655;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:24:33:29:27:24:33:29:27 chr1 94387597 . C T 834.65 PASS AF=0.535484;AO=80;DP=152;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0118654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.036;QD=21.5393;RBI=0.0118679;REFB=-0.0204448;REVB=-0.0002419;RO=68;SAF=34;SAR=46;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883551;STB=0.537512;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0155351;OID=.;OPOS=94387597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:155:68:72:80:83:0.535484:46:34:36:32:47:36:37:35 chr1 94461717 . C A 387.43 PASS AF=0.431579;AO=39;DP=93;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00900157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.525;QD=16.3128;RBI=0.0512159;REFB=0.00239438;REVB=0.0504186;RO=51;SAF=11;SAR=28;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265772;STB=0.674253;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00436428;OID=.;OPOS=94461717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:51:54:39:41:0.431579:28:11:27:24:30:11:30:24 chr1 94461754 . A G 324.76 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0340867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.584;QD=14.5961;RBI=0.0340945;REFB=-0.00983491;REVB=0.000728566;RO=53;SAF=8;SAR=28;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320795;STB=0.683797;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0147367;OID=.;OPOS=94461754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:28:8:26:27:28:8:26:27 chr1 94466659 . A G 219.57 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0422146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.517;QD=15.9688;RBI=0.0443509;REFB=-0.00644723;REVB=-0.0135987;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16345;STB=0.599043;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0116065;OID=.;OPOS=94466659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:13:12:9:20:13:12:9:21 chr1 94467221 . G A 1504.34 PASS AF=0.428947;AO=161;DP=381;FAO=163;FDP=380;FR=.;FRO=217;FSAF=83;FSAR=80;FSRF=97;FSRR=120;FWDB=-0.00512441;FXX=0.0026246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.615;QD=15.8352;RBI=0.00936173;REFB=-0.0101783;REVB=0.0078347;RO=213;SAF=83;SAR=78;SRF=95;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712129;STB=0.53548;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0278663;OID=.;OPOS=94467221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:380:213:217:161:163:0.428947:78:83:95:118:80:83:97:120 chr1 94467238 . G A 1480.48 PASS AF=0.410127;AO=160;DP=396;FAO=162;FDP=395;FR=.;FRO=233;FSAF=76;FSAR=86;FSRF=110;FSRR=123;FWDB=-0.00159922;FXX=0.0075375;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.31;QD=14.9922;RBI=0.00180026;REFB=-0.0036392;REVB=-0.000826702;RO=231;SAF=76;SAR=84;SRF=109;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00333132;STB=0.501756;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00401523;OID=.;OPOS=94467238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:395:231:233:160:162:0.410127:84:76:109:122:86:76:110:123 chr1 94467407 . C T 831.09 PASS AF=0.509091;AO=84;DP=165;FAO=84;FDP=165;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.0374811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.767;QD=20.1475;RBI=0.0381818;REFB=0.00393709;REVB=0.00728165;RO=81;SAF=31;SAR=53;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059371;STB=0.532655;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00237595;OID=.;OPOS=94467407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:81:81:84:84:0.509091:53:31:35:46:53:31:35:46 chr1 94467447 . G A 1004.7 PASS AF=0.572289;AO=95;DP=166;FAO=95;FDP=166;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0173639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.852;QD=24.2097;RBI=0.0173824;REFB=-0.00540873;REVB=-0.0008007;RO=71;SAF=39;SAR=56;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131622;STB=0.507157;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00409241;OID=.;OPOS=94467447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:71:71:95:95:0.572289:56:39:28:43:56:39:28:43 chr1 94471075 . A G 469.05 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0186055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1301;QD=20.3936;RBI=0.0186064;REFB=-0.00686624;REVB=-0.000176449;RO=46;SAF=19;SAR=27;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10345;STB=0.557133;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00772558;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:27:19:14:32:27:19:14:32 chr1 94544233 . G A 589.98 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.00479613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.833;QD=18.582;RBI=0.00856799;REFB=-0.000155602;REVB=0.00709983;RO=66;SAF=23;SAR=38;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173512;STB=0.500961;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.000237822;OID=.;OPOS=94544233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:66:61:61:0.480315:38:23:25:41:38:23:25:41 chr1 94578548 . T C 1979.17 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746999;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.991;QD=62.3361;RBI=0.0863232;REFB=0;REVB=0.0432621;RO=0;SAF=59;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472763;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:67:59:0:0:67:60:0:0 chr1 94639337 . A G 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00182628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=366.716;QD=60.8526;RBI=0.00344776;REFB=-0.0330249;REVB=-0.00292434;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000517311;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:26:20:1:0:26:20:1:0 chr1 94639447 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.612;QD=53.9109;RBI=0.0294947;REFB=0;REVB=-0.0173263;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08885e-05;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr1 94668099 . CT C,TC 66.17 PASS AF=0.244898,0.0102041;AO=18,4;DP=101;FAO=24,1;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=19,0;FSAR=5,1;FSRF=22;FSRR=51;FWDB=-0.0886601,-0.0874655;FXX=0.0297;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.228,50.9352;QD=2.70088;RBI=0.109394,0.0876022;REFB=-0.0760239,-0.0294783;REVB=0.0640808,-0.00489294;RO=65;SAF=13,0;SAR=5,4;SRF=20;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.486384,-0.416743;STB=0.838203,0.986313;STBP=0,0.532;TYPE=del,mnp;VARB=0.0996655,0.00561918;OID=.,.;OPOS=94668100,94668099;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:101:98:65:73:18,4:24,1:0.244898,0.0102041:5,4:13,0:20:45:5,1:19,0:22:51 chr1 95001600 . A C 2446.24 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566821;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.397;QD=61.5405;RBI=0.0578986;REFB=0;REVB=0.0118066;RO=0;SAF=72;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65397e-05;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:159:159:1:87:72:0:0:87:72:0:0 chr1 95330372 . G A 1784.51 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=121;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00303417;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.245;QD=60.4918;RBI=0.00308088;REFB=-0.0321431;REVB=-0.000534494;RO=1;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940323;STB=0.504854;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000498262;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:118:1:1:116:117:0.991525:50:66:0:1:51:66:0:1 chr1 95615748 . CTTTTTTTTTTTTC CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTCT 287.13 PASS AF=0.811594,0.188406;AO=15,9;DP=76;FAO=56,13;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=47,13;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606647,-0.0187349;FXX=0.0920931;HRUN=12,12;LEN=1,2;MLLD=5.5851,43.048;QD=16.6452;RBI=0.0956613,0.0206055;REFB=-0.141853,-0.0854539;REVB=0.0739654,0.00857864;RO=19;SAF=13,9;SAR=2,0;SRF=14;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.216495,0.7278;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.123081,-0.0847024;OID=.,.;OPOS=95615749,95615760;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.811594,0.188406:15,9:76:56,13:69:0:47,13:9,0:0:0:43:19:13,9:2,0:14:5 chr1 95709821 . T C 993.89 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687938;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5277;QD=59.3364;RBI=0.0931025;REFB=0;REVB=0.0627335;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120448;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr1 95709939 . T G 2830.94 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143964;FXX=0.0054942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.982;QD=62.5621;RBI=0.0185478;REFB=-0.0299224;REVB=0.0116945;RO=1;SAF=69;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423213;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61014e-05;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:181:1:0:181:181:1:112:69:0:1:112:69:0:0 chr1 97189091 . G A 1312.39 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00390817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3636;QD=58.3285;RBI=0.0109481;REFB=0.0666752;REVB=-0.0102268;RO=3;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281231;STB=0.51456;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0070954;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:90:3:3:86:87:0.966667:49:37:0:3:50:37:0:3 chr1 97981395 . T C 725.63 PASS AF=0.445714;AO=78;DP=175;FAO=78;FDP=175;FR=.;FRO=97;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=64;FWDB=-0.00606491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.831;QD=16.5859;RBI=0.0068572;REFB=-0.00546655;REVB=-0.00319969;RO=92;SAF=28;SAR=50;SRF=30;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352816;STB=0.511372;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0108537;OID=.;OPOS=97981395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:92:97:78:78:0.445714:50:28:30:62:50:28:33:64 chr1 98348885 . G A 747.46 PASS AF=0.484472;AO=78;DP=161;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.02196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.647;QD=18.5703;RBI=0.0292036;REFB=-0.0186408;REVB=0.0192512;RO=82;SAF=35;SAR=43;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321204;STB=0.514121;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0169275;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:82:83:78:78:0.484472:43:35:34:48:43:35:35:48 chr1 99127392 . T C 4591.39 PASS AF=0.990033;AO=297;DP=300;FAO=298;FDP=301;FR=.;FRO=3;FSAF=187;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0752441;FXX=0.00331115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0043;QD=61.0151;RBI=0.0817208;REFB=0.0115332;REVB=0.0318844;RO=0;SAF=187;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13074e-08;STB=0.506666;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000306783;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:300:301:0:3:297:298:0.990033:110:187:0:0:111:187:0:3 chr1 99156634 . T A 1075.09 PASS AF=0.458678;AO=110;DP=241;FAO=111;FDP=242;FR=.;FRO=131;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=0.0104555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.294;QD=17.7701;RBI=0.0115332;REFB=-0.0115797;REVB=-0.00486788;RO=131;SAF=50;SAR=60;SRF=67;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560198;STB=0.533123;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0123856;OID=.;OPOS=99156634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:131:131:110:111:0.458678:60:50:67:64:61:50:67:64 chr1 99225627 . G A 1019.74 PASS AF=0.505102;AO=99;DP=196;FAO=99;FDP=196;FR=.;FRO=97;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.0162675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.064;QD=20.8111;RBI=0.023506;REFB=-0.000418844;REVB=-0.0169677;RO=96;SAF=48;SAR=51;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322702;STB=0.520243;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.000348681;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:96:97:99:99:0.505102:51:48:50:46:51:48:51:46 chr1 99418647 . G C 1200.54 PASS AF=0.544601;AO=116;DP=214;FAO=116;FDP=213;FR=.;FRO=97;FSAF=74;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.00196452;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8331;QD=22.5454;RBI=0.059676;REFB=-0.0123448;REVB=-0.0596437;RO=97;SAF=74;SAR=42;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894551;STB=0.548841;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0101431;OID=.;OPOS=99418647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:97:97:116:116:0.544601:42:74:52:45:42:74:52:45 chr1 99762420 . G A 752.32 PASS AF=0.5;AO=73;DP=148;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0272266;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.193;QD=20.6114;RBI=0.0442274;REFB=-0.0324088;REVB=0.0348535;RO=73;SAF=35;SAR=38;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744755;STB=0.541015;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0318743;OID=.;OPOS=99762420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:73:73:73:73:0.5:38:35:41:32:38:35:41:32 chr1 100336361 . C T 2042.27 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.994;QD=61.4218;RBI=0.0111113;REFB=0.0875218;REVB=0.00239242;RO=0;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83182e-08;STB=0.503816;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.000324088;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:133:0:1:132:132:0.992481:65:67:0:0:65:67:0:1 chr1 100340787 . G A 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2204;QD=59.6769;RBI=0.0187889;REFB=0;REVB=-0.0131522;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197719;OID=.;OPOS=100340787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr1 100547994 . T C 470.49 PASS AF=0.367347;AO=54;DP=148;FAO=54;FDP=147;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=0.00359377;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.943;QD=12.8023;RBI=0.0162195;REFB=0.00257091;REVB=0.0158164;RO=93;SAF=24;SAR=30;SRF=34;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899467;STB=0.551065;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00350202;OID=.;OPOS=100547994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:93:93:54:54:0.367347:30:24:34:59:30:24:34:59 chr1 100575933 . G A 719.66 PASS AF=0.433333;AO=77;DP=179;FAO=78;FDP=180;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=69;FWDB=-0.00643598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4417;QD=15.9923;RBI=0.0393148;REFB=-0.0287452;REVB=-0.0387844;RO=96;SAF=31;SAR=46;SRF=32;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731061;STB=0.544507;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0300872;OID=.;OPOS=100575933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:96:102:77:78:0.433333:46:31:32:64:47:31:33:69 chr1 100598866 . GC AT 2834.09 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654107;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.853;QD=62.9798;RBI=0.0243136;REFB=0;REVB=0.0234172;RO=0;SAF=67;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.31789e-05;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:179:180:1:112:67:0:0:112:68:0:0 chr1 100614419 . A T 48.9 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0195381;FXX=0.0344709;HRUN=8;LEN=1;MLLD=46.5535;QD=6.98518;RBI=0.0254199;REFB=-0.00328183;REVB=-0.0162613;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3728;STB=0.687131;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0495509;OID=.;OPOS=100614419;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:28:28:16:20:9:8:0.285714:5:4:2:14:5:3:3:17 chr1 100672060 . T C 3816.03 PASS AF=1;AO=238;DP=238;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.845;QD=63.6004;RBI=0.029954;REFB=0;REVB=0.00833668;RO=0;SAF=103;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06107e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:238:240:0:0:238:240:1:135:103:0:0:135:105:0:0 chr1 101005855 . T C 534.89 PASS AF=0.456;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=20;FWDB=-0.0143463;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.471;QD=17.1164;RBI=0.0144704;REFB=-0.0164236;REVB=-0.00189082;RO=67;SAF=36;SAR=21;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747256;STB=0.544429;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0242066;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:67:68:57:57:0.456:21:36:47:20:21:36:48:20 chr1 101006577 . A G 415.44 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.042118;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0701;QD=19.1007;RBI=0.0485037;REFB=-0.00760718;REVB=0.0240559;RO=45;SAF=17;SAR=25;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796585;STB=0.544367;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00833434;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:25:17:22:23:25:17:22:23 chr1 101007055 . C T 352.25 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0239918;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.804;QD=13.8136;RBI=0.0247672;REFB=0.00434905;REVB=-0.00614873;RO=60;SAF=22;SAR=19;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733534;STB=0.5463;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00811539;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:61:41:41:0.401961:19:22:28:32:19:22:28:33 chr1 101203827 . G A 1908.03 PASS AF=0.992063;AO=122;DP=123;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.985;QD=60.5724;RBI=0.0156754;REFB=-0.123781;REVB=-0.0106584;RO=1;SAF=62;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760105;STB=0.503999;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-9.67873e-05;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:123:126:1:1:122:125:0.992063:60:62:1:0:63:62:1:0 chr1 103352451 . A G 437.95 PASS AF=0.429825;AO=48;DP=113;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0033934;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.995;QD=15.3666;RBI=0.0118466;REFB=0.00592882;REVB=-0.0113502;RO=65;SAF=20;SAR=28;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626463;STB=0.539962;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00680881;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:65:65:48:49:0.429825:28:20:31:34:29:20:31:34 chr1 103354115 . T C 978.36 PASS AF=0.5;AO=95;DP=191;FAO=96;FDP=192;FR=.;FRO=96;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.0687221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3846;QD=20.3825;RBI=0.0814111;REFB=0.0182531;REVB=-0.0436468;RO=96;SAF=55;SAR=40;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347146;STB=0.521272;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0194694;OID=.;OPOS=103354115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:96:96:95:96:0.5:40:55:52:44:40:56:52:44 chr1 103354138 . A G 1003.72 PASS AF=0.474886;AO=104;DP=219;FAO=104;FDP=219;FR=.;FRO=115;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=-0.00971986;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.977;QD=18.3327;RBI=0.0339924;REFB=-0.0121455;REVB=0.0325732;RO=109;SAF=58;SAR=46;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680874;STB=0.500623;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0138542;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:109:115:104:104:0.474886:46:58:60:49:46:58:64:51 chr1 103354428 . A G 706.23 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0246361;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.513;QD=21.2399;RBI=0.0246743;REFB=-0.0109139;REVB=-0.00137381;RO=64;SAF=32;SAR=37;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937351;STB=0.505151;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00944625;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:64:64:69:69:0.518797:37:32:29:35:37:32:29:35 chr1 103356072 . CAAAAAAAAAA ACAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAC 85.91 PASS AF=0.217391,0.173913;AO=3,3;DP=23;FAO=5,4;FDP=23;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=5;FSAF=2,1;FSAR=3,3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0826873,0.209132;FXX=0;HRUN=1,10;LEN=2,1;MLLD=13.7625,13.435;QD=14.9405;RBI=0.08443,0.218776;REFB=-0.0407562,0.00837235;REVB=0.0170655,0.06424;RO=6;SAF=0,0;SAR=3,3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.711122,-0.711122;STB=0.599599,0.704804;STBP=0.681,0.414;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0168086,-0.077711;OID=.,.;OPOS=103356072,103356082;OREF=CA,A;OALT=AC,C;OMAPALT=ACAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:23:23:6:5:3,3:5,4:0.217391,0.173913:3,3:0,0:4:2:3,3:2,1:3:2 chr1 103379918 . G A 975.94 PASS AF=0.521978;AO=94;DP=182;FAO=95;FDP=182;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.0448957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7278;QD=21.4492;RBI=0.0483864;REFB=0.0147851;REVB=0.018045;RO=88;SAF=34;SAR=60;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655277;STB=0.528758;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0139287;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:88:87:94:95:0.521978:60:34:38:50:60:35:37:50 chr1 103444679 . T G 3257.48 PASS AF=0.990654;AO=211;DP=213;FAO=212;FDP=214;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=119;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0209718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.252;QD=60.8874;RBI=0.0222297;REFB=0.0482242;REVB=0.00737166;RO=2;SAF=93;SAR=118;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107474;STB=0.500582;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.000100641;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:213:214:2:2:211:212:0.990654:118:93:1:1:119:93:1:1 chr1 103471456 . CCAT C 2062.17 PASS AF=0.59436;AO=274;DP=557;FAO=274;FDP=461;FR=.;FRO=187;FSAF=8;FSAR=266;FSRF=41;FSRR=146;FWDB=-0.0884427;FXX=0.40821;HRUN=2;LEN=3;MLLD=207.817;QD=17.893;RBI=0.0884427;REFB=-0.0219587;REVB=-0.000121457;RO=0;SAF=146;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54382e-08;STB=0.798131;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0173514;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59436:274:557:274:461:187:8:266:41:146:99:0:146:128:0:0 chr1 104066234 . T C 837.92 PASS AF=0.475138;AO=86;DP=180;FAO=86;FDP=181;FR=.;FRO=95;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.000773844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.781;QD=18.5176;RBI=0.0191261;REFB=0.000662055;REVB=0.0191104;RO=94;SAF=47;SAR=39;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240045;STB=0.516213;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.000702506;OID=.;OPOS=104066234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:94:95:86:86:0.475138:39:47:49:45:39:47:49:46 chr1 104234191 . G A 31.35 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.121323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9444;QD=1.42497;RBI=0.121431;REFB=-0.00504476;REVB=0.0051197;RO=80;SAF=4;SAR=4;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144745;STB=0.613367;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0349592;OID=.;OPOS=104234191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:80:80:8:8:0.0909091:4:4:50:30:4:4:50:30 chr1 107979396 . A C 5510.56 PASS AF=1;AO=351;DP=355;FAO=353;FDP=353;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130722;FXX=0.0275474;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.742;QD=62.4426;RBI=0.0327063;REFB=-0.0264458;REVB=0.0326802;RO=1;SAF=157;SAR=194;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00302932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137021;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:355:353:1:0:351:353:1:194:157:1:0:195:158:0:0 chr1 108023589 . A C 307.43 PASS AF=0.376344;AO=34;DP=92;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00285775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.28;QD=13.2227;RBI=0.00953953;REFB=-0.0192378;REVB=0.00910143;RO=54;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255354;STB=0.519988;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0315881;OID=.;OPOS=108023589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:54:58:34:35:0.376344:20:14:21:33:21:14:25:33 chr1 108113526 . C G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3803;QD=59.8369;RBI=0.0927869;REFB=0;REVB=0.0556347;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199463;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr1 108113547 . TG CA 52.33 PASS AF=0.4;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00635675;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.647;QD=10.4662;RBI=0.0159712;REFB=-0.0211085;REVB=0.0146517;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577328;STB=0.562336;STBP=0.704;TYPE=mnp;VARB=0.0365191;OID=.;OPOS=108113547;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:20:20:12:12:7:8:0.4:2:5:8:4:2:6:8:4 chr1 108113564 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0242862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.701;QD=18.7441;RBI=0.0624205;REFB=-0.0390766;REVB=-0.0575022;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250326;STB=0.64252;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0266857;OID=.;OPOS=108113564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:4:0:2:5:4:0 chr1 108113574 . A G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00708018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.227;QD=24.3275;RBI=0.0562031;REFB=0.00516269;REVB=0.0557554;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145918;STB=0.583115;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00103302;OID=.;OPOS=108113574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:2:0:2:5:2:0 chr1 108115145 . T C 1645.5 PASS AF=0.974359;AO=102;DP=109;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0266644;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2901;QD=56.2563;RBI=0.0554171;REFB=-0.058734;REVB=0.0485805;RO=5;SAF=45;SAR=57;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217134;STB=0.50209;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0123895;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:117:5:3:102:114:0.974359:57:45:1:4:67:47:1:2 chr1 108185301 . C G 698.89 PASS AF=0.411765;AO=77;DP=187;FAO=77;FDP=187;FR=.;FRO=110;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=69;FWDB=0.00954699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.358;QD=14.9495;RBI=0.0113099;REFB=0.00117504;REVB=-0.00606366;RO=109;SAF=40;SAR=37;SRF=41;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149533;STB=0.585856;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00520077;OID=.;OPOS=108185301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:109:110:77:77:0.411765:37:40:41:68:37:40:41:69 chr1 108185309 . G A 708.11 PASS AF=0.40625;AO=78;DP=192;FAO=78;FDP=192;FR=.;FRO=114;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=72;FWDB=-0.00813748;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.265;QD=14.7524;RBI=0.0132184;REFB=-0.002636;REVB=-0.0104167;RO=112;SAF=40;SAR=38;SRF=41;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154147;STB=0.585396;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00333495;OID=.;OPOS=108185309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:112:114:78:78:0.40625:38:40:41:71:38:40:42:72 chr1 108307727 . T A 851.67 PASS AF=0.451282;AO=88;DP=195;FAO=88;FDP=195;FR=.;FRO=107;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.0149331;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3583;QD=17.47;RBI=0.0217767;REFB=0.000306899;REVB=0.0158502;RO=107;SAF=35;SAR=53;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983511;STB=0.554631;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00042573;OID=.;OPOS=108307727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:107:107:88:88:0.451282:53:35:53:54:53:35:53:54 chr1 108313258 . C T 1171.87 PASS AF=0.901099;AO=83;DP=91;FAO=82;FDP=91;FR=.;FRO=9;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00516657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7475;QD=51.5107;RBI=0.0241804;REFB=-0.0349437;REVB=-0.023622;RO=8;SAF=49;SAR=34;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785885;STB=0.536523;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0118646;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:91:8:9:83:82:0.901099:34:49:1:7:34:48:2:7 chr1 109010230 . G A 444.79 PASS AF=0.294686;AO=61;DP=206;FAO=61;FDP=207;FR=.;FRO=146;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=63;FSRR=83;FWDB=0.00129633;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.41;QD=8.59503;RBI=0.00850864;REFB=-0.00754717;REVB=-0.00840931;RO=141;SAF=36;SAR=25;SRF=62;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179642;STB=0.610996;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.015694;OID=.;OPOS=109010230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:141:146:61:61:0.294686:25:36:62:79:25:36:63:83 chr1 109173710 . G A 334.2 PASS AF=0.384615;AO=41;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.00451035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2251;QD=12.8539;RBI=0.0762543;REFB=-0.0113866;REVB=-0.0761208;RO=62;SAF=21;SAR=20;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984655;STB=0.572691;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0110921;OID=.;OPOS=109173710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:64:41:40:0.384615:20:21:26:36:19:21:26:38 chr1 109265029 . G T 826.96 PASS AF=0.44335;AO=90;DP=197;FAO=90;FDP=203;FR=.;FRO=113;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.00815508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6909;QD=16.2948;RBI=0.0318742;REFB=-0.0132925;REVB=-0.0308133;RO=107;SAF=44;SAR=46;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246219;STB=0.501205;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0199203;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:203:107:113:90:90:0.44335:46:44:55:52:46:44:55:58 chr1 109351501 . A G,T 545.81 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=35,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136323,0.00534358;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.29,123.789;QD=59.0066;RBI=0.0172943,0.0244887;REFB=0,0;REVB=-0.010642,-0.0238986;RO=0;SAF=20,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000730942,0.115084;OID=.,.;OPOS=109351501,109351501;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:35,2:35,2:0.945946,0.0540541:15,2:20,0:0:0:15,2:20,0:0:0 chr1 109363232 . T C 979.58 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00538394;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.8608;QD=57.6223;RBI=0.0539433;REFB=0.0643922;REVB=0.053674;RO=1;SAF=39;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119641;STB=0.506327;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000374145;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:28:39:1:0:28:39:1:0 chr1 109394593 . A C 577.79 PASS AF=0.48;AO=59;DP=124;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00230034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.507;QD=18.4894;RBI=0.0111011;REFB=0.000391624;REVB=0.0108601;RO=65;SAF=23;SAR=36;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156545;STB=0.580618;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.000130534;OID=.;OPOS=109394593;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:65:65:59:60:0.48:36:23:36:29:36:24:36:29 chr1 109394609 . T A 446.91 PASS AF=0.42735;AO=51;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00505918;FXX=0.00847386;HRUN=6;LEN=1;MLLD=221.137;QD=15.2788;RBI=0.0235268;REFB=-0.0218975;REVB=-0.0229764;RO=62;SAF=21;SAR=30;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561066;STB=0.536827;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0199023;OID=.;OPOS=109394609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:67:51:50:0.42735:30:21:29:33:30:20:31:36 chr1 109395105 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.791;QD=61.6949;RBI=0.0425987;REFB=0;REVB=0.0195443;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30393e-05;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr1 109461341 . C T 194.92 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0217078;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.104;QD=12.3759;RBI=0.0220277;REFB=-0.00210205;REVB=0.00374041;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50793;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00469249;OID=.;OPOS=109461341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:39:24:24:0.380952:12:12:19:19:12:12:20:19 chr1 109465165 . ACTT ACAA,A 347.19 PASS AF=0.0357143,0.357143;AO=4,38;DP=108;FAO=4,40;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=4,29;FSAR=0,11;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0243125,-0.02281;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,3;MLLD=152.306,217.879;QD=12.3995;RBI=0.027155,0.0229295;REFB=-0.00400622,-0.00772177;REVB=-0.0120953,0.00233806;RO=60;SAF=4,27;SAR=0,11;SRF=30;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.503475,0.241795;STB=0.997441,0.661622;STBP=0.032,0.017;TYPE=mnp,del;VARB=0.0316903,0.00994935;OID=.,.;OPOS=109465167,109465166;OREF=TT,CTT;OALT=AA,-;OMAPALT=ACAA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0357143,0.357143:4,38:108:4,40:112:68:4,29:0,11:33:35:99:60:4,27:0,11:30:30 chr1 109466858 . G A 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0447776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.845;QD=14.7942;RBI=0.0449128;REFB=-0.00475103;REVB=-0.00348218;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00639524;OID=.;OPOS=109466858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:10:8:12:15:10:8:12:15 chr1 109472773 . G A 3094.61 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6163;QD=63.8064;RBI=0.0263312;REFB=0;REVB=0.0208781;RO=0;SAF=62;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97435e-05;OID=.;OPOS=109472773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:194:0:0:193:194:1:131:62:0:0:131:63:0:0 chr1 109479978 . G T 669.89 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0240803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8999;QD=21.4366;RBI=0.0393295;REFB=-0.000108045;REVB=-0.0310958;RO=59;SAF=36;SAR=30;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319379;STB=0.517539;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=1.69342e-05;OID=.;OPOS=109479978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:59:66:66:0.528:30:36:30:29:30:36:30:29 chr1 109486196 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.323;QD=61.2131;RBI=0.0274678;REFB=0;REVB=0.0239801;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7578e-05;OID=.;OPOS=109486196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr1 109656946 . T C 1626.17 PASS AF=0.461957;AO=169;DP=368;FAO=170;FDP=368;FR=.;FRO=198;FSAF=79;FSAR=91;FSRF=63;FSRR=135;FWDB=-0.0261389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.389;QD=17.6758;RBI=0.0263401;REFB=-0.0221881;REVB=0.00324954;RO=195;SAF=78;SAR=91;SRF=61;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147694;STB=0.580118;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.022361;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:368:195:198:169:170:0.461957:91:78:61:134:91:79:63:135 chr1 109704618 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.683;QD=58.1408;RBI=0.0437193;REFB=0;REVB=-0.0323703;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33824e-06;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr1 109735298 . T C 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.106;QD=60.4468;RBI=0.0246654;REFB=0;REVB=0.00937676;RO=0;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39235e-05;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:48:63:0:0:48:63:0:0 chr1 109735416 . A C 1403.78 PASS AF=1;AO=79;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100089;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.756;QD=63.0911;RBI=0.101736;REFB=0;REVB=0.0182326;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311973;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:79:89:1:50:29:0:0:54:35:0:0 chr1 109737063 . C T 844.25 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0148205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.769;QD=54.4675;RBI=0.0369988;REFB=-0.243632;REVB=0.0339008;RO=2;SAF=21;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428301;STB=0.521732;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00210695;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:62:62:2:2:59:60:0.967742:38:21:2:0:38:22:2:0 chr1 109737090 . G A 1033.22 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0084757;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.972;QD=58.2093;RBI=0.035664;REFB=-0.00906745;REVB=0.0346422;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.508769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000128414;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:0:1:70:70:0.985915:42:28:0:0:42:28:1:0 chr1 109737132 . T C 970.89 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.744;QD=57.9633;RBI=0.0624679;REFB=0;REVB=0.0512335;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108807;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:65:67:1:38:27:0:1:40:27:0:0 chr1 109737172 . C T 1054.17 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.151;QD=59.3898;RBI=0.0114756;REFB=0;REVB=0.0113357;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97922e-05;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:36:33:0:0:37:34:0:0 chr1 109742485 . G A 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.184;QD=64.1537;RBI=0.0319871;REFB=0;REVB=0.0308387;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82446e-05;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr1 109745618 . T C 2611.23 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6241;QD=61.8043;RBI=0.0235658;REFB=0;REVB=-0.0162428;RO=0;SAF=82;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1095e-06;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:169:0:0:165:169:1:83:82:0:0:84:85:0:0 chr1 109771063 . T C 1229.16 PASS AF=0.988636;AO=80;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.013727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.274;QD=55.871;RBI=0.152568;REFB=-0.0929174;REVB=0.151949;RO=7;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985191;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00188127;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:7:1:80:87:0.988636:30:50:0:7:37:50:0:1 chr1 109792735 . A ACGC 222.33 PASS AF=0.300971;AO=29;DP=110;FAO=31;FDP=103;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.0210984;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.157;QD=8.63398;RBI=0.0275051;REFB=-0.0272231;REVB=-0.0176463;RO=80;SAF=18;SAR=11;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425494;STB=0.511483;STBP=0.903;TYPE=ins;VARB=0.0587656;OID=.;OPOS=109792736;OREF=-;OALT=CGC;OMAPALT=ACGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.300971:29:110:31:103:72:19:12:43:29:99:80:18:11:47:33 chr1 109794252 . T C 2159.64 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4629;QD=63.0551;RBI=0.0787493;REFB=0;REVB=0.0290624;RO=0;SAF=74;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.51641e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148526;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:63:74:0:0:63:74:0:0 chr1 109795608 . T C 244.73 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0075436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8238;QD=48.9456;RBI=0.103914;REFB=0;REVB=0.103639;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00551629;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:19:20:1:10:9:0:1:11:9:0:0 chr1 109806834 . C T 344.05 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0172192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.683;QD=31.2775;RBI=0.0178771;REFB=-0.0112845;REVB=-0.0048052;RO=15;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100238;STB=0.505491;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00705052;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:14:15:8:7:14:15:8:7 chr1 109807099 . G A 1028.43 PASS AF=0.439216;AO=112;DP=254;FAO=112;FDP=255;FR=.;FRO=143;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=58;FSRR=85;FWDB=0.00324502;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.949;QD=16.1322;RBI=0.0032458;REFB=-0.0113316;REVB=7.09017e-05;RO=142;SAF=59;SAR=53;SRF=58;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118778;STB=0.567652;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0156849;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:142:143:112:112:0.439216:53:59:58:84:53:59:58:85 chr1 109810544 . C A 2097.7 PASS AF=0.459119;AO=213;DP=472;FAO=219;FDP=477;FR=.;FRO=258;FSAF=116;FSAR=103;FSRF=136;FSRR=122;FWDB=0.0488224;FXX=0.00209201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.567;QD=17.5908;RBI=0.0488247;REFB=-0.0139603;REVB=-0.000480971;RO=250;SAF=114;SAR=99;SRF=129;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018879;STB=0.501383;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0141076;OID=.;OPOS=109810544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:477:250:258:213:219:0.459119:99:114:129:121:103:116:136:122 chr1 109816176 . A C 1430.82 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.96;QD=62.8934;RBI=0.0167588;REFB=0;REVB=-0.0154558;RO=0;SAF=27;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57363e-05;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:64:27:0:0:64:27:0:0 chr1 109818263 . G A 2285.93 PASS AF=0.980769;AO=153;DP=156;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00364374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.666;QD=58.6136;RBI=0.00562028;REFB=-0.0658574;REVB=-0.0042791;RO=0;SAF=65;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508379;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000167489;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:156:0:3:153:153:0.980769:88:65:0:0:88:65:0:3 chr1 109825360 . C T 926.51 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00996022;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.645;QD=57.0157;RBI=0.0199364;REFB=0.0294082;REVB=0.01727;RO=1;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101589;STB=0.505375;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-7.57232e-05;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:46:18:0:1:46:18:0:1 chr1 109836842 . C G 1098.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.614;QD=60.1984;RBI=0.0455634;REFB=0;REVB=-0.0443613;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132383;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr1 109838918 . C T 2626.36 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9261;QD=61.4352;RBI=0.0322496;REFB=-0.0750873;REVB=0.0279257;RO=0;SAF=107;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522239;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:167:171:0:0:166:171:1:59:107:0:0:63:108:0:0 chr1 109839433 . A G 3731.9 PASS AF=1;AO=235;DP=236;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.829;QD=63.2525;RBI=0.0129705;REFB=0;REVB=-0.0125249;RO=0;SAF=100;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201824;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:236:0:0:235:236:1:135:100:0:0:135:101:0:0 chr1 109856306 . G A 1140.91 PASS AF=0.456604;AO=121;DP=265;FAO=121;FDP=265;FR=.;FRO=144;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=62;FSRR=82;FWDB=-0.0147966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7218;QD=17.2212;RBI=0.0215025;REFB=-0.0177654;REVB=-0.0156018;RO=142;SAF=46;SAR=75;SRF=62;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575452;STB=0.528647;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0207756;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:142:144:121:121:0.456604:75:46:62:80:75:46:62:82 chr1 109856384 . CAA C 1606.26 PASS AF=1;AO=102;DP=129;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161576;FXX=0.0277759;HRUN=6;LEN=2;MLLD=27.7252;QD=45.8932;RBI=0.165961;REFB=0;REVB=0.0378982;RO=0;SAF=17;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62269e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000396279;OID=.;OPOS=109856385;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:102:129:140:140:0:40:100:0:0:29:0:17:85:0:0 chr1 109884775 . T G 2795.42 PASS AF=0.989011;AO=180;DP=182;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0298855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5789;QD=61.4379;RBI=0.0554834;REFB=-0.164963;REVB=0.0467469;RO=0;SAF=104;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506493;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00195099;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:182:182:0:2:180:180:0.989011:76:104:0:0:76:104:0:2 chr1 109897103 . A G 2285.85 PASS AF=0.987013;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.014449;FXX=0.0064512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.609;QD=59.3728;RBI=0.0534936;REFB=-0.133073;REVB=0.0515052;RO=2;SAF=69;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113232;STB=0.505952;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00191892;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:154:154:2:2:152:152:0.987013:83:69:0:2:83:69:0:2 chr1 110086451 . GG AG,TC 233.94 PASS AF=0.536585,0;AO=22,2;DP=39;FAO=22,0;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10,0;FSAR=12,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00688717,-0.00788011;FXX=0.0465008;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=153.776,150.676;QD=22.8232;RBI=0.0494383,0.0513255;REFB=-0.0261928,-0.0328956;REVB=-0.0489562,-0.050717;RO=13;SAF=10,0;SAR=12,2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.107588,-0.601607;STB=0.515681,0.5;STBP=0.885,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0159998,0;OID=.,.;OPOS=110086451,110086451;OREF=G,GG;OALT=A,TC;OMAPALT=AG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:13:19:22,2:22,0:0.536585,0:12,2:10,0:8:5:12,0:10,0:8:11 chr1 110087405 . T C 385.98 PASS AF=0.414141;AO=40;DP=98;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=43;FWDB=0.0202801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7812;QD=15.595;RBI=0.0242457;REFB=-0.0283168;REVB=-0.013288;RO=58;SAF=13;SAR=27;SRF=15;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820616;STB=0.540696;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0371578;OID=.;OPOS=110087405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:58:58:40:41:0.414141:27:13:15:43:28:13:15:43 chr1 110134210 . TA T 333.76 PASS AF=0.545455;AO=46;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00878962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.7814;QD=15.1708;RBI=0.0583973;REFB=-0.00732591;REVB=-0.057732;RO=38;SAF=29;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447891;STB=0.535699;STBP=0.516;TYPE=del;VARB=0.00582321;OID=.;OPOS=110134211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:46:88:48:88:40:30:18:22:18:99:38:29:17:22:16 chr1 110136458 . A G 528.57 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00202891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.062;QD=17.9176;RBI=0.0104086;REFB=-0.0128048;REVB=0.010209;RO=62;SAF=31;SAR=25;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104933;STB=0.505823;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0146462;OID=.;OPOS=110136458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:25:31:35:27:25:31:35:27 chr1 110148974 . C T 704.6 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=-0.026545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.475;QD=18.6649;RBI=0.0406295;REFB=-0.0119869;REVB=-0.0307591;RO=78;SAF=32;SAR=41;SRF=25;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113921;STB=0.562752;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0119672;OID=.;OPOS=110148974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:78:73:73:0.483444:41:32:25:53:41:32:25:53 chr1 110162918 . T C 664.43 PASS AF=0.455696;AO=72;DP=158;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.0141351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.048;QD=16.8211;RBI=0.0179638;REFB=-0.0266428;REVB=0.0110859;RO=86;SAF=37;SAR=35;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032026;STB=0.517783;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.039477;OID=.;OPOS=110162918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:86:86:72:72:0.455696:35:37:47:39:35:37:47:39 chr1 110163879 . G A 1606.18 PASS AF=0.493865;AO=160;DP=325;FAO=161;FDP=326;FR=.;FRO=165;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=86;FSRR=79;FWDB=0.0221828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.33;QD=19.7077;RBI=0.0243461;REFB=-0.0161329;REVB=-0.0100327;RO=163;SAF=79;SAR=81;SRF=85;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255042;STB=0.512305;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0149299;OID=.;OPOS=110163879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:326:163:165:160:161:0.493865:81:79:85:78:81:80:86:79 chr1 110170896 . T C 2319.52 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.043227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4647;QD=62.6897;RBI=0.0510931;REFB=0.027518;REVB=0.0272385;RO=1;SAF=60;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786047;STB=0.504132;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000180028;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:87:60:1:0:87:60:1:0 chr1 110201699 . T C 2935.46 PASS AF=0.956731;AO=199;DP=207;FAO=199;FDP=208;FR=.;FRO=9;FSAF=118;FSAR=81;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0247345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9314;QD=56.4511;RBI=0.051218;REFB=-0.00604808;REVB=-0.0448496;RO=6;SAF=118;SAR=81;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00535758;STB=0.501675;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.000185496;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:207:208:6:9:199:199:0.956731:81:118:3:3:81:118:5:4 chr1 110201809 . G T 2626.58 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=172;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00530623;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.78;QD=61.4404;RBI=0.0211363;REFB=0.0355347;REVB=-0.0204594;RO=1;SAF=76;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622135;STB=0.503268;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-6.40019e-05;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:171:1:1:170:170:0.994152:94:76:1:0:94:76:1:0 chr1 110201812 . A G 2549.78 PASS AF=0.994048;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.046066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.548;QD=60.7091;RBI=0.0664804;REFB=-0.0336563;REVB=0.047933;RO=2;SAF=76;SAR=90;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123571;STB=0.503225;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000179341;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:168:2:1:166:167:0.994048:90:76:2:0:90:77:1:0 chr1 110210780 . C G 1172.01 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.953;QD=60.8835;RBI=0.0439411;REFB=0;REVB=-0.00295865;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18914e-05;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:28:48:0:0:28:49:0:0 chr1 110279701 . C T 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.517;QD=59.3184;RBI=0.0442337;REFB=0;REVB=-0.0279771;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2693e-05;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr1 110282972 . G T 1817.17 PASS AF=0.932331;AO=120;DP=130;FAO=124;FDP=133;FR=.;FRO=9;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.07021;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.852;QD=54.6518;RBI=0.0702102;REFB=-0.151965;REVB=-0.000171008;RO=1;SAF=48;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979297;STB=0.539817;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00204217;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:130:133:1:9:120:124:0.932331:72:48:1:0:72:52:9:0 chr1 110295772 . T C 1434.65 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.603;QD=63.0615;RBI=0.082057;REFB=0;REVB=0.0819978;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61367e-05;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:39:51:0:0:40:51:0:0 chr1 110300441 . G A 2360.94 PASS AF=0.987342;AO=156;DP=161;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00633698;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.851;QD=59.7706;RBI=0.0105205;REFB=0.110993;REVB=0.00839784;RO=1;SAF=88;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537586;STB=0.500825;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000215113;OID=.;OPOS=110300441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:158:1:2:156:156:0.987342:68:88:1:0:68:88:1:1 chr1 110300504 . A G 3188.94 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00973716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8673;QD=64.0994;RBI=0.00978426;REFB=0;REVB=0.000958831;RO=0;SAF=149;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73373e-05;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:199:0:0:199:199:1:50:149:0:0:50:149:0:0 chr1 110466338 . C A 244.38 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0152395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.812;QD=17.4553;RBI=0.0174724;REFB=0.00681149;REVB=-0.00854659;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673308;STB=0.53782;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.010005;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:12:15:14:15:12:15:14:15 chr1 110466466 . T C 266.47 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0230049;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2277;QD=11.1028;RBI=0.0941528;REFB=-0.0140025;REVB=-0.0912991;RO=65;SAF=24;SAR=8;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236721;STB=0.642761;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0134784;OID=.;OPOS=110466466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:65:64:32:32:0.333333:8:24:37:28:8:24:36:28 chr1 110466555 . G A 1418.77 PASS AF=0.443452;AO=149;DP=334;FAO=149;FDP=336;FR=.;FRO=187;FSAF=83;FSAR=66;FSRF=98;FSRR=89;FWDB=-0.000755544;FXX=0.0204076;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.009;QD=16.8902;RBI=0.0075919;REFB=-0.0167032;REVB=0.00755421;RO=177;SAF=83;SAR=66;SRF=98;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0033586;STB=0.518517;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0208245;OID=.;OPOS=110466555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:336:177:187:149:149:0.443452:66:83:98:79:66:83:98:89 chr1 110466709 . T C 9090.31 PASS AF=1;AO=574;DP=577;FAO=574;FDP=574;FR=.;FRO=0;FSAF=249;FSAR=325;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012618;FXX=0.00519922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.28;QD=63.3471;RBI=0.0289294;REFB=0.0379252;REVB=-0.0260326;RO=1;SAF=249;SAR=325;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00191408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216401;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:577:574:1:0:574:574:1:325:249:1:0:325:249:0:0 chr1 110466810 . C A 1604.41 PASS AF=0.47093;AO=162;DP=346;FAO=162;FDP=344;FR=.;FRO=182;FSAF=76;FSAR=86;FSRF=71;FSRR=111;FWDB=-0.00783254;FXX=0.0143262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.573;QD=18.656;RBI=0.00800675;REFB=-0.00368641;REVB=0.00166112;RO=180;SAF=76;SAR=86;SRF=70;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775065;STB=0.542184;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00426456;OID=.;OPOS=110466810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:344:180:182:162:162:0.47093:86:76:70:110:86:76:71:111 chr1 110467745 . A G 2335.65 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.118;QD=61.0628;RBI=0.0273263;REFB=0;REVB=-0.0233242;RO=0;SAF=84;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26342e-06;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:69:84:0:0:69:84:0:0 chr1 110766454 . G A 458.44 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0050787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.786;QD=14.2153;RBI=0.00535303;REFB=-0.00489228;REVB=-0.00169167;RO=77;SAF=32;SAR=20;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224061;STB=0.626286;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00935581;OID=.;OPOS=110766454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:20:32:31:46:20:32:31:46 chr1 110882444 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.176;QD=64.4144;RBI=0.0255321;REFB=0;REVB=0.0198145;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70398e-05;OID=.;OPOS=110882444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr1 110883569 . A T 378.78 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0462895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3065;QD=19.4246;RBI=0.0612031;REFB=-0.0211785;REVB=-0.0400388;RO=39;SAF=25;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165959;STB=0.592369;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0205739;OID=.;OPOS=110883569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:14:25:18:21:14:25:18:21 chr1 110883917 . A G 512.2 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0206998;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.848;QD=16.7935;RBI=0.0209364;REFB=-0.00499565;REVB=-0.00313883;RO=70;SAF=30;SAR=25;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14493;STB=0.593763;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0064178;OID=.;OPOS=110883917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:122:70:67:55:55:0.45082:25:30:28:42:25:30:25:42 chr1 110888907 . CTTTTTTTC CTTTTTT,CTTTTTTC 34.14 PASS AF=0.167939,0;AO=14,16;DP=136;FAO=22,0;FDP=131;FR=.;FRO=109;FSAF=7,0;FSAR=15,0;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=0.0800789,0.148217;FXX=0.0150365;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=13.4046,6.74203;QD=1.04252;RBI=0.198738,0.16753;REFB=-0.0138344,-0.0220193;REVB=0.18189,0.0780903;RO=66;SAF=4,1;SAR=10,15;SRF=30;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.223567,-0.599214;STB=0.585066,0.5;STBP=0.445,1;TYPE=del,del;VARB=0.0373522,0;OID=.,.;OPOS=110888914,110888908;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.167939,0:14,16:136:22,0:131:109:7,0:15,0:45:64:33:66:4,1:10,15:30:36 chr1 110924353 . G A 300.39 PASS AF=0.452055;AO=31;DP=71;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0105302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.576;QD=16.4596;RBI=0.0120775;REFB=-0.0206436;REVB=0.00591436;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13262;STB=0.572828;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0260404;OID=.;OPOS=110924353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:37:40:31:33:0.452055:11:20:19:18:13:20:19:21 chr1 110949720 . C T 673.74 PASS AF=0.45625;AO=73;DP=160;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.00749288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9543;QD=16.8434;RBI=0.00832944;REFB=-0.0176129;REVB=0.00363818;RO=87;SAF=29;SAR=44;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108041;STB=0.560053;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0202231;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:87:87:73:73:0.45625:44:29:44:43:44:29:44:43 chr1 110998854 . G A 3062.37 PASS AF=1;AO=193;DP=195;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105787;FXX=0.0102559;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.935;QD=63.4688;RBI=0.0160053;REFB=0.0321309;REVB=0.0120108;RO=1;SAF=98;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0049866;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04482e-06;OID=.;OPOS=110998854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:193:1:0:193:193:1:95:98:0:1:95:98:0:0 chr1 111060669 . T C 792.65 PASS AF=0.539568;AO=52;DP=139;FAO=75;FDP=139;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.0427633;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.417;QD=22.8101;RBI=0.0504659;REFB=-0.0144653;REVB=0.0267975;RO=63;SAF=9;SAR=43;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244225;STB=0.50689;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00962398;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:63:64:52:75:0.539568:43:9:22:41:47:28:23:41 chr1 111060752 . C T 359.17 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0758914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4638;QD=17.3093;RBI=0.0965392;REFB=-0.0301672;REVB=0.0596683;RO=43;SAF=15;SAR=23;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941674;STB=0.548384;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0456585;OID=.;OPOS=111060752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:43:45:38:38:0.457831:23:15:13:30:23:15:14:31 chr1 111061011 . C A 472.89 PASS AF=0.367089;AO=57;DP=158;FAO=58;FDP=158;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.0042347;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.614;QD=11.972;RBI=0.00700631;REFB=-0.00987592;REVB=0.00558173;RO=100;SAF=24;SAR=33;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555153;STB=0.524958;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00690811;OID=.;OPOS=111061011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:100:100:57:58:0.367089:33:24:47:53:33:25:47:53 chr1 111061062 . T C 458.35 PASS AF=0.312169;AO=55;DP=186;FAO=59;FDP=189;FR=.;FRO=130;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=0.00156478;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=341.288;QD=9.70052;RBI=0.00858694;REFB=0.00226519;REVB=-0.00844317;RO=86;SAF=23;SAR=32;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150751;STB=0.537024;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00481983;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:189:86:130:55:59:0.312169:32:23:48:38:34:25:62:68 chr1 111441829 . C T 2153.71 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0902;QD=62.8819;RBI=0.18237;REFB=0;REVB=-0.144444;RO=1;SAF=59;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108645;OID=.;OPOS=111441829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:1:0:136:137:1:77:59:0:1:78:59:0:0 chr1 111584463 . G GT 261.44 PASS AF=0.365517;AO=48;DP=145;FAO=53;FDP=145;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.02952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.6273;QD=7.21202;RBI=0.0428097;REFB=-0.00231355;REVB=0.0310038;RO=94;SAF=24;SAR=24;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734596;STB=0.565925;STBP=0.265;TYPE=ins;VARB=0.00643804;OID=.;OPOS=111584464;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365517:48:145:53:145:92:25:28:53:39:99:94:24:24:53:41 chr1 111584509 . G A 560.35 PASS AF=0.37931;AO=66;DP=174;FAO=66;FDP=174;FR=.;FRO=108;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.0213361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.976;QD=12.8816;RBI=0.0285504;REFB=-0.0116602;REVB=0.0189708;RO=108;SAF=27;SAR=39;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100846;STB=0.557125;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0243896;OID=.;OPOS=111584509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:108:108:66:66:0.37931:39:27:54:54:39:27:54:54 chr1 111726869 . G A 614.95 PASS AF=0.447552;AO=62;DP=140;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0166386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.322;QD=17.2014;RBI=0.02377;REFB=-0.035199;REVB=-0.0169756;RO=76;SAF=39;SAR=23;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169494;STB=0.592572;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0587118;OID=.;OPOS=111726869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:76:79:62:64:0.447552:23:39:35:41:25:39:35:44 chr1 111746916 . ACCCCCAT ACCCCACT,ACCCCAT,ACCCCATC,ACCCCCATC 38.88 PASS AF=0.125,0.0416667,0,0.291667;AO=3,3,2,3;DP=24;FAO=3,1,0,7;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3,1,0,2;FSAR=0,0,0,5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0595005,-0.0153196,-0.0096684,-0.00674405;FXX=0.039984;HRUN=5,5,5,0;LEN=2,1,3,1;MLLD=59.3822,9.13885,29.0052,26.9703;QD=6.47927;RBI=0.0676467,0.0677677,0.0558451,0.0345234;REFB=-0.0122643,-0.141762,-0.0706377,-0.0375346;REVB=-0.0321833,-0.0660134,-0.0550017,-0.0338583;RO=10;SAF=3,3,0,1;SAR=0,0,2,2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.357143,0,0;SSSB=0.573898,0.573898,-0.703678,-0.477992;STB=0.994167,0.983238,0.5,0.82204;STBP=0.351,0.555,1,0.058;TYPE=mnp,del,mnp,ins;VARB=0.259785,0.102351,0,0.173571;OID=.,.,.,.;OPOS=111746921,111746917,111746921,111746924;OREF=CA,C,CAT,-;OALT=AC,-,ATC,C;OMAPALT=ACCCCACT,ACCCCAT,ACCCCATC,ACCCCCATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0.125,0.0416667,0,0.291667:3,3,2,3:24:3,1,0,7:24:13:3,1,0,2:0,0,0,5:11:2:28:10:3,3,0,1:0,0,2,2:8:2 chr1 111773568 . G C 476.17 PASS AF=0.474747;AO=46;DP=100;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0228399;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6949;QD=19.2391;RBI=0.0303991;REFB=0.00652934;REVB=0.020061;RO=52;SAF=13;SAR=33;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112727;STB=0.566637;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00622377;OID=.;OPOS=111773568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:52:52:46:47:0.474747:33:13:20:32:34:13:20:32 chr1 111783996 . A G 3384.66 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.937;QD=62.39;RBI=0.0227234;REFB=0;REVB=0.0186037;RO=0;SAF=94;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37121e-05;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:217:0:0:217:217:1:123:94:0:0:123:94:0:0 chr1 111833488 . C CCT 4524.85 PASS AF=1;AO=263;DP=298;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218608;FXX=0.0168344;HRUN=2;LEN=2;MLLD=290.256;QD=61.9843;RBI=0.0303382;REFB=-0.0718016;REVB=0.0210359;RO=9;SAF=113;SAR=150;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000279287;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:263:298:292:292:0:131:161:0:0:11:9:113:150:7:2 chr1 111833517 . G A 4709.4 PASS AF=1;AO=301;DP=302;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.465;QD=62.3761;RBI=0.03954;REFB=0;REVB=0.038447;RO=0;SAF=130;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82267e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119598;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:302:302:0:0:301:302:1:171:130:0:0:172:130:0:0 chr1 111858444 . C T 331.29 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00400175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.027;QD=13.6614;RBI=0.0275856;REFB=0.00264572;REVB=-0.0272938;RO=60;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507578;STB=0.528938;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00457382;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:18:19:28:32:18:19:28:32 chr1 111957097 . C G 1340.15 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0666;QD=62.3326;RBI=0.0881124;REFB=0;REVB=0.0819686;RO=0;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541059;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:33:52:0:0:34:52:0:0 chr1 111957311 . G C 427.98 PASS AF=0.488636;AO=35;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0052909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.066;QD=19.4535;RBI=0.00748271;REFB=-0.000500472;REVB=0.00529125;RO=36;SAF=14;SAR=21;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371785;STB=0.515144;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.000452261;OID=.;OPOS=111957311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:36:45:35:43:0.488636:21:14:13:23:27:16:18:27 chr1 111957688 . T C 864.96 PASS AF=0.517647;AO=86;DP=169;FAO=88;FDP=170;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0162498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.334;QD=20.3519;RBI=0.0284028;REFB=-0.00576938;REVB=0.0232951;RO=82;SAF=36;SAR=50;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841138;STB=0.539075;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00723871;OID=.;OPOS=111957688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:82:82:86:88:0.517647:50:36:42:40:50:38:42:40 chr1 111957693 . A G 2661.26 PASS AF=1;AO=170;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2543;QD=61.8897;RBI=0.0582729;REFB=0;REVB=-0.0582322;RO=0;SAF=80;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.86729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.19877e-05;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:170:172:1:90:80:0:0:90:82:0:0 chr1 111962256 . G T 355.98 PASS AF=0.354839;AO=39;DP=120;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0106252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.648;QD=11.4833;RBI=0.0303202;REFB=-0.0198541;REVB=0.0283975;RO=79;SAF=16;SAR=23;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140688;STB=0.58305;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0375347;OID=.;OPOS=111962256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:124:79:80:39:44:0.354839:23:16:42:37:26:18:43:37 chr1 111964262 . G A 798.35 PASS AF=0.526667;AO=76;DP=148;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.00198763;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.324;QD=21.2893;RBI=0.00957732;REFB=-0.00961495;REVB=-0.0093688;RO=69;SAF=28;SAR=48;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111917;STB=0.575439;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0082605;OID=.;OPOS=111964262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:69:71:76:79:0.526667:48:28:34:35:51:28:36:35 chr1 111968121 . C T 656.6 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=111;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0149164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.583;QD=23.45;RBI=0.0170693;REFB=-0.0188561;REVB=-0.00829829;RO=47;SAF=31;SAR=33;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457836;STB=0.52909;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0147595;OID=.;OPOS=111968121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:47:48:64:64:0.571429:33:31:20:27:33:31:20:28 chr1 111969294 . A G 1746.33 PASS AF=0.983193;AO=119;DP=121;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0215895;FXX=0.0165276;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.021;QD=58.7002;RBI=0.0217607;REFB=0.0298441;REVB=0.00272423;RO=2;SAF=42;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121769;STB=0.506409;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000181376;OID=.;OPOS=111969294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:119:2:2:119:117:0.983193:77:42:0:2:77:40:0:2 chr1 111969307 . G C 548.07 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00244458;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.633;QD=23.3222;RBI=0.00245005;REFB=-0.0395375;REVB=0.000163692;RO=43;SAF=18;SAR=33;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381093;STB=0.520966;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0279997;OID=.;OPOS=111969307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:43:43:51:51:0.542553:33:18:17:26:33:18:17:26 chr1 111969432 . C G 65.1 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0523303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.1265;QD=10.8506;RBI=0.0525439;REFB=-0.0338524;REVB=0.00473348;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276263;STB=0.666296;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0642259;OID=.;OPOS=111969432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:6:9:3:6:6:9 chr1 111969719 . A G 1101.99 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.823;QD=59.5669;RBI=0.0561288;REFB=0;REVB=0.0291522;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76992e-05;OID=.;OPOS=111969719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:50:22:0:0:50:24:0:0 chr1 111991768 . G A 963.36 PASS AF=0.678261;AO=56;DP=131;FAO=78;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00872676;FXX=0.135328;HRUN=7;LEN=1;MLLD=200.692;QD=33.5082;RBI=0.0100984;REFB=-0.0230217;REVB=-0.00508149;RO=16;SAF=22;SAR=34;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174825;STB=0.541946;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00812062;OID=.;OPOS=111991768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:131:115:16:26:56:78:0.678261:34:22:13:3:37:41:18:8 chr1 111991845 . C A 6173.35 PASS AF=0.992424;AO=389;DP=397;FAO=393;FDP=396;FR=.;FRO=3;FSAF=207;FSAR=186;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.021383;FXX=0.005025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.61;QD=62.3571;RBI=0.0394782;REFB=-0.00942158;REVB=0.0331858;RO=5;SAF=205;SAR=184;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00793739;STB=0.501469;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=7.62309e-05;OID=.;OPOS=111991845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:397:396:5:3:389:393:0.992424:184:205:1:4:186:207:1:2 chr1 111992019 . T A 926.92 PASS AF=0.433099;AO=117;DP=276;FAO=123;FDP=284;FR=.;FRO=161;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=79;FSRR=82;FWDB=-0.00682882;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=42.169;QD=13.0551;RBI=0.00696298;REFB=-0.0215983;REVB=0.0013603;RO=137;SAF=63;SAR=54;SRF=61;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907897;STB=0.530703;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0221892;OID=.;OPOS=111992019;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:284:137:161:117:123:0.433099:54:63:61:76:56:67:79:82 chr1 111992095 . C T 5221.72 PASS AF=0.968481;AO=337;DP=345;FAO=338;FDP=349;FR=.;FRO=11;FSAF=122;FSAR=216;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0165898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9038;QD=59.8478;RBI=0.0167966;REFB=-0.000873282;REVB=-0.00262712;RO=7;SAF=122;SAR=215;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087722;STB=0.50628;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=9.98655e-05;OID=.;OPOS=111992095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:345:349:7:11:337:338:0.968481:215:122:4:3:216:122:6:5 chr1 112029193 . A G 1608.15 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.218;QD=59.0148;RBI=0.0621874;REFB=-0.070761;REVB=-0.0541836;RO=1;SAF=38;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123264;STB=0.506492;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000318069;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:70:38:1:0:70:38:1:0 chr1 112033341 . A T 534.72 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.000562835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.182;QD=18.762;RBI=0.000784665;REFB=-0.010878;REVB=-0.000546732;RO=58;SAF=29;SAR=27;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127049;STB=0.5702;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0153531;OID=.;OPOS=112033341;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:27:29:22:36:27:29:22:36 chr1 112042632 . A G 1824.8 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4254;QD=60.3238;RBI=0.0650347;REFB=-0.106308;REVB=0.0576843;RO=1;SAF=51;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683504;STB=0.503597;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00581086;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:69:51:0:1:69:51:0:1 chr1 112193057 . AC CA 41.54 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=80;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0200244;FXX=0.0124984;HRUN=6;LEN=2;MLLD=34.3159;QD=2.10334;RBI=0.0209153;REFB=-0.0258262;REVB=0.00603921;RO=63;SAF=10;SAR=1;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.593265;STB=0.897299;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=0.0787277;OID=.;OPOS=112193057;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:80:79:63:68:11:11:0.139241:1:10:27:36:1:10:32:36 chr1 112251902 . C T 359.32 PASS AF=0.457831;AO=36;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=2.73261e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.072;QD=17.3168;RBI=0.00423481;REFB=-0.00739686;REVB=-0.00423472;RO=45;SAF=16;SAR=20;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109634;STB=0.558551;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00796879;OID=.;OPOS=112251902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:45:45:36:38:0.457831:20:16:25:20:21:17:25:20 chr1 112269872 . G A 534.47 PASS AF=0.504505;AO=54;DP=109;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=0.00163874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.979;QD=19.2603;RBI=0.0181707;REFB=-0.0109992;REVB=0.0180966;RO=55;SAF=23;SAR=31;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129026;STB=0.579251;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0101459;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:55:55:54:56:0.504505:31:23:16:39:31:25:16:39 chr1 112298378 . T C 903.12 PASS AF=0.502825;AO=89;DP=185;FAO=89;FDP=177;FR=.;FRO=88;FSAF=61;FSAR=28;FSRF=65;FSRR=23;FWDB=0.0210051;FXX=0.0432409;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.994;QD=20.4095;RBI=0.0225064;REFB=-0.0352608;REVB=-0.00808241;RO=84;SAF=61;SAR=28;SRF=62;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554053;STB=0.531398;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0163301;OID=.;OPOS=112298378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:177:84:88:89:89:0.502825:28:61:62:22:28:61:65:23 chr1 112298829 . T C 208.81 PASS AF=0.275229;AO=29;DP=108;FAO=30;FDP=109;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=0.00722579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.25;QD=7.66288;RBI=0.0126379;REFB=-0.0103903;REVB=-0.0103684;RO=77;SAF=11;SAR=18;SRF=24;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901489;STB=0.539988;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0298672;OID=.;OPOS=112298829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:77:79:29:30:0.275229:18:11:24:53:19:11:25:54 chr1 112308953 . T C 64.92 PASS AF=0.36;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0384319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.471;QD=10.3864;RBI=0.045626;REFB=-0.0129196;REVB=-0.0245911;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920876;STB=0.575055;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0162199;OID=.;OPOS=112308953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:15:16:9:9:0.36:4:5:7:8:4:5:7:9 chr1 112308972 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0013785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.435;QD=12.3949;RBI=0.0382453;REFB=-0.00935489;REVB=-0.0382204;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134352;STB=0.578837;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0113925;OID=.;OPOS=112308972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:9:15:7:7:9:15 chr1 112539061 . A G 367.17 PASS AF=0.411765;AO=41;DP=101;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00313192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.088;QD=14.3988;RBI=0.0374991;REFB=-0.0056296;REVB=0.0373681;RO=60;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397686;STB=0.515457;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00699399;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:60:60:41:42:0.411765:21:20:27:33:22:20:27:33 chr1 112991698 . T C 240.16 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0589245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.698;QD=20.8832;RBI=0.0633077;REFB=-0.0218039;REVB=-0.0231467;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986588;STB=0.565658;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0192679;OID=.;OPOS=112991698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:12:10:8:15:12:11:8:15 chr1 112999227 . G A 1374.37 PASS AF=0.95098;AO=98;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0142731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2889;QD=53.8969;RBI=0.0855157;REFB=-0.0524655;REVB=-0.0843162;RO=4;SAF=59;SAR=39;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310727;STB=0.520657;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00812784;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:102:102:4:5:98:97:0.95098:39:59:4:0:39:58:5:0 chr1 113000565 . A G 476.59 PASS AF=0.534884;AO=45;DP=85;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0156915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.86;QD=22.1672;RBI=0.0204494;REFB=-0.0403822;REVB=-0.0131131;RO=40;SAF=16;SAR=29;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179759;STB=0.513806;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0307857;OID=.;OPOS=113000565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:40:40:45:46:0.534884:29:16:15:25:30:16:15:25 chr1 113000946 . GGTCA G 750.43 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0251975;FXX=0.0405351;HRUN=2;LEN=4;MLLD=291.14;QD=42.2775;RBI=0.0309268;REFB=-0.0553838;REVB=0.017932;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.543846;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.00394414;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.929577:66:69:66:71:5:26:40:5:0:6:0:26:40:0:0 chr1 113063125 . A G 1954.99 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.915;QD=61.0933;RBI=0.0217937;REFB=0.0591281;REVB=0.0111302;RO=1;SAF=58;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683738;STB=0.503597;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=1.56536e-05;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:69:58:0:1:69:58:0:1 chr1 113083439 . C T 356.95 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.633;QD=54.9148;RBI=0.0194474;REFB=0;REVB=-0.00894671;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01997e-05;OID=.;OPOS=113083439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr1 113196207 . T A 31.6 PASS AF=0.111111;AO=13;DP=67;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0165287;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.4743;QD=1.7555;RBI=0.0410087;REFB=-0.0239575;REVB=0.0375302;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395404;STB=0.705345;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0771264;OID=.;OPOS=113196207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:67:72:35:64:13:8:0.111111:7:6:15:20:6:2:30:34 chr1 113236681 . C T 2903.64 PASS AF=0.994624;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00384021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.635;QD=62.4439;RBI=0.00801944;REFB=0.0110113;REVB=0.00704019;RO=1;SAF=108;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438845;STB=0.502304;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-1.25238e-05;OID=.;OPOS=113236681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:186:1:1:185:185:0.994624:77:108:1:0:77:108:1:0 chr1 113237171 . A G 1006.01 PASS AF=0.958904;AO=65;DP=67;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0177933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.009;QD=55.1238;RBI=0.0247594;REFB=-0.118047;REVB=0.017217;RO=2;SAF=30;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218028;STB=0.504564;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0032378;OID=.;OPOS=113237171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:73:2:3:65:70:0.958904:35:30:1:1:39:31:1:2 chr1 113239382 . G A 961.89 PASS AF=0.531429;AO=92;DP=178;FAO=93;FDP=175;FR=.;FRO=82;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00386573;FXX=0.0223451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.152;QD=21.986;RBI=0.0101476;REFB=-0.0110145;REVB=0.00938242;RO=85;SAF=50;SAR=42;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063943;STB=0.540465;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00992558;OID=.;OPOS=113239382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:175:85:82:92:93:0.531429:42:50:40:45:43:50:37:45 chr1 113241052 . T C 2302.41 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.989;QD=60.991;RBI=0.0259896;REFB=0;REVB=0.0146963;RO=0;SAF=80;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.01505e-06;OID=.;OPOS=113241052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:150:151:1:70:80:0:0:71:80:0:0 chr1 113243048 . C T 3003.99 PASS AF=0.974747;AO=190;DP=195;FAO=193;FDP=198;FR=.;FRO=5;FSAF=88;FSAR=105;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0851015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9838;QD=60.6867;RBI=0.0876426;REFB=-0.09943;REVB=0.0209514;RO=5;SAF=85;SAR=105;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00752461;STB=0.503663;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00168821;OID=.;OPOS=113243048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:195:198:5:5:190:193:0.974747:105:85:3:2:105:88:3:2 chr1 113255389 . C T 2077.63 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000888191;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.04;QD=62.0187;RBI=0.0167602;REFB=0;REVB=0.0167366;RO=0;SAF=54;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75376e-05;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:135:134:0:0:133:134:1:79:54:0:0:80:54:0:0 chr1 113456546 . A T 1149.03 PASS AF=0.434629;AO=122;DP=281;FAO=123;FDP=283;FR=.;FRO=160;FSAF=75;FSAR=48;FSRF=106;FSRR=54;FWDB=-0.0170567;FXX=0.003521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.903;QD=16.2407;RBI=0.018876;REFB=-0.0206015;REVB=-0.00808529;RO=151;SAF=74;SAR=48;SRF=102;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734925;STB=0.531761;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.021617;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:283:151:160:122:123:0.434629:48:74:102:49:48:75:106:54 chr1 113657092 . A C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.687;QD=58.1421;RBI=0.0272194;REFB=0;REVB=-0.0237615;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35982e-05;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr1 114242399 . T C 30.71 PASS AF=0.130435;AO=7;DP=71;FAO=9;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0439771;FXX=0.054787;HRUN=7;LEN=1;MLLD=23.4639;QD=1.78005;RBI=0.0447957;REFB=-0.0296251;REVB=0.00852503;RO=40;SAF=7;SAR=0;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.718323;STB=0.899154;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.136683;OID=.;OPOS=114242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:71:69:40:59:7:9:0.130435:0:7:15:25:1:8:24:35 chr1 114301256 . TAA TA,T 333.03 PASS AF=0.632258,0.0903226;AO=69,22;DP=171;FAO=98,14;FDP=155;FR=.;FRO=43;FSAF=58,7;FSAR=40,7;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0701971,-0.03581;FXX=0.10404;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.68805,11.277;QD=8.59422;RBI=0.129236,0.0623429;REFB=-0.0907714,-0.048968;REVB=-0.108509,-0.0510321;RO=39;SAF=43,8;SAR=26,14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0591534,-0.194608;STB=0.525076,0.508759;STBP=0.373,0.95;TYPE=del,del;VARB=-0.0176273,0.000841494;OID=.,.;OPOS=114301257,114301257;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.632258,0.0903226:69,22:171:98,14:155:43:58,7:40,7:22:21:48:39:43,8:26,14:21:18 chr1 114377568 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.777;QD=57.8839;RBI=0.0413907;REFB=0;REVB=0.022294;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133672;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:41:19:0:0:41:19:0:0 chr1 114424601 . C T 953.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0581;QD=58.6529;RBI=0.0318287;REFB=0;REVB=0.00149861;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292542;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr1 114448389 . C T 4960.7 PASS AF=1;AO=317;DP=320;FAO=317;FDP=317;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581319;FXX=0.0124607;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.518;QD=62.5956;RBI=0.0590066;REFB=-0.000231981;REVB=0.010122;RO=2;SAF=164;SAR=153;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578121;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28656e-05;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:320:317:2:0:317:317:1:153:164:2:0:153:164:0:0 chr1 114449662 . T C 2696.05 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.478;QD=62.3365;RBI=0.0188192;REFB=0;REVB=-0.00731025;RO=0;SAF=72;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.86819e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82519e-05;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:173:0:0:172:173:1:100:72:0:0:100:73:0:0 chr1 114515717 . G A 120.68 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-1.80892e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.297;QD=12.3777;RBI=0.0126235;REFB=-0.00178906;REVB=0.0126235;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365961;STB=0.719756;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00276853;OID=.;OPOS=114515717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:24:14:15:0.384615:8:6:16:4:8:7:20:4 chr1 114632115 . TAA TA,TTA,TTT 219.17 PASS AF=0.583333,0.0378788,0;AO=22,24,6;DP=148;FAO=77,5,0;FDP=132;FR=.;FRO=50;FSAF=25,0,0;FSAR=52,5,0;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=0.12367,0.196221,0.0982155;FXX=0.142848;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=6.51481,7.01176,20.6042;QD=6.6415;RBI=0.210376,0.208187,0.10502;REFB=-0.0390177,-0.0886729,-0.045107;REVB=-0.170187,-0.0695615,-0.0371864;RO=41;SAF=1,0,0;SAR=21,24,6;SRF=7;SRR=34;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.412076,-0.781565,-0.54591;STB=0.539041,0.996886,0.5;STBP=0.329,0.107,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0419213,-0.0259359,0;OID=.,.,.;OPOS=114632116,114632116,114632116;OREF=A,A,AA;OALT=-,T,TT;OMAPALT=TA,TTA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333,0.0378788,0:22,24,6:148:77,5,0:132:50:25,0,0:52,5,0:12:38:99:41:1,0,0:21,24,6:7:34 chr1 115119392 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.501;QD=56.9369;RBI=0.0082434;REFB=0;REVB=-0.00296146;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70194e-06;OID=.;OPOS=115119392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 115419438 . TAAAAAACC AAAAACCTA,TAAAAACCA,TTAAAAACC,TTTAAAACC 712.65 PASS AF=0,0.195489,0.684211,0;AO=5,10,43,18;DP=135;FAO=0,26,91,0;FDP=133;FR=.;FRO=16;FSAF=0,26,8,0;FSAR=0,0,83,0;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.10749,0.14501,0.280182,0.139808;FXX=0.107375;HRUN=6,6,6,6;LEN=9,3,1,2;MLLD=141.953,11.9859,9.34817,14.2214;QD=21.4332;RBI=0.126201,0.157199,0.288528,0.143148;REFB=0.0136887,-0.0680988,-0.166989,-0.0879426;REVB=-0.0661263,-0.0606932,0.0688959,0.030742;RO=14;SAF=5,10,1,0;SAR=0,0,42,18;SRF=0;SRR=14;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.854469,0.865849,0.133759,0;STB=0.5,0.999432,0.589273,0.5;STBP=1,0,0.015,1;TYPE=mnp,mnp,snp,mnp;VARB=0,0.031426,0.133987,0;OID=.,.,.,.;OPOS=115419438,115419444,115419439,115419439;OREF=TAAAAAACC,ACC,A,AA;OALT=AAAAACCTA,CCA,T,TT;OMAPALT=AAAAACCTA,TAAAAACCA,TTAAAAACC,TTTAAAACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:93:135:133:14:16:5,10,43,18:0,26,91,0:0,0.195489,0.684211,0:0,0,42,18:5,10,1,0:0:14:0,0,83,0:0,26,8,0:5:11 chr1 115537933 . A G 370.68 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00814785;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6081;QD=17.0426;RBI=0.0487428;REFB=-0.0133213;REVB=0.0480569;RO=49;SAF=15;SAR=24;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399138;STB=0.517882;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0203813;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:49:48:39:39:0.448276:24:15:17:32:24:15:17:31 chr1 115576023 . A G 2230.86 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016621;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5823;QD=63.2869;RBI=0.0168759;REFB=0;REVB=-0.00292249;RO=0;SAF=68;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41092e-05;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:72:68:0:0:73:68:0:0 chr1 115590998 . T C 1459.44 PASS AF=0.428571;AO=159;DP=371;FAO=159;FDP=371;FR=.;FRO=212;FSAF=56;FSAR=103;FSRF=105;FSRR=107;FWDB=0.0475823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4152;QD=15.7352;RBI=0.0635339;REFB=-0.0174445;REVB=0.0421009;RO=212;SAF=56;SAR=103;SRF=105;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152788;STB=0.585072;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0241433;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:371:212:212:159:159:0.428571:103:56:105:107:103:56:105:107 chr1 115591058 . T C 2180.61 PASS AF=0.492375;AO=202;DP=436;FAO=226;FDP=459;FR=.;FRO=233;FSAF=91;FSAR=135;FSRF=75;FSRR=158;FWDB=-0.00627728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.027;QD=19.0032;RBI=0.0326052;REFB=-0.00741228;REVB=0.0319952;RO=230;SAF=89;SAR=113;SRF=74;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118719;STB=0.54333;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00641325;OID=.;OPOS=115591058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:436:459:230:233:202:226:0.492375:113:89:74:156:135:91:75:158 chr1 115604798 . C T 649.24 PASS AF=0.426036;AO=72;DP=168;FAO=72;FDP=169;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=62;FWDB=-0.00661326;FXX=0.00588201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.599;QD=15.3665;RBI=0.0435883;REFB=-0.0189326;REVB=0.0430837;RO=96;SAF=32;SAR=40;SRF=35;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837245;STB=0.549112;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.022668;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:96:97:72:72:0.426036:40:32:35:61:40:32:35:62 chr1 116149152 . G A 3931.45 PASS AF=1;AO=254;DP=256;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253653;FXX=0.0077818;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.697;QD=61.6698;RBI=0.0138316;REFB=-0.146541;REVB=0.013597;RO=0;SAF=111;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27472e-05;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:256:255:0:0:254:255:1:143:111:0:0:144:111:0:0 chr1 116234313 . A G 758.44 PASS AF=0.462428;AO=80;DP=173;FAO=80;FDP=173;FR=.;FRO=93;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=0.00158403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.893;QD=17.5362;RBI=0.00970716;REFB=-0.00373113;REVB=-0.00957704;RO=93;SAF=40;SAR=40;SRF=57;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109662;STB=0.560679;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00494678;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:93:93:80:80:0.462428:40:40:57:36:40:40:57:36 chr1 116234505 . A G 621.93 PASS AF=0.512195;AO=61;DP=119;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00285923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.433;QD=20.2254;RBI=0.0157683;REFB=-0.0490246;REVB=-0.0155069;RO=58;SAF=37;SAR=24;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187674;STB=0.510064;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0466514;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:58:60:61:63:0.512195:24:37:34:24:25:38:35:25 chr1 116239633 . T G 653.61 PASS AF=0.437126;AO=72;DP=167;FAO=73;FDP=167;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=65;FWDB=-0.0241608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2594;QD=15.6554;RBI=0.0302842;REFB=-0.0257454;REVB=0.0182588;RO=94;SAF=30;SAR=42;SRF=29;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115748;STB=0.560829;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0244914;OID=.;OPOS=116239633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:94:94:72:73:0.437126:42:30:29:65:43:30:29:65 chr1 116260532 . A T 885.88 PASS AF=0.471204;AO=90;DP=191;FAO=90;FDP=191;FR=.;FRO=101;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.00383087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.96;QD=18.5524;RBI=0.00650593;REFB=-0.0104754;REVB=0.00525848;RO=97;SAF=34;SAR=56;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103605;STB=0.553374;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0109139;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:97:101:90:90:0.471204:56:34:47:50:56:34:48:53 chr1 116310967 . T C 851.92 PASS AF=0.453608;AO=88;DP=194;FAO=88;FDP=194;FR=.;FRO=106;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=0.00132023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.468;QD=17.5654;RBI=0.0227262;REFB=-0.00705115;REVB=0.0226878;RO=106;SAF=47;SAR=41;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00572566;STB=0.503176;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00676314;OID=.;OPOS=116310967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:106:106:88:88:0.453608:41:47:56:50:41:47:56:50 chr1 116382318 . A G 1842.26 PASS AF=0.471744;AO=143;DP=405;FAO=192;FDP=407;FR=.;FRO=215;FSAF=76;FSAR=116;FSRF=99;FSRR=116;FWDB=-0.0272726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9456;QD=18.1057;RBI=0.0566953;REFB=-0.0248658;REVB=-0.0497047;RO=205;SAF=31;SAR=112;SRF=94;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300567;STB=0.535164;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0280142;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:407:205:215:143:192:0.471744:112:31:94:111:116:76:99:116 chr1 116382511 . A T 1359.71 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896971;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7417;QD=62.5152;RBI=0.0910818;REFB=0;REVB=0.0158215;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483828;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:84:87:1:53:31:0:0:53:34:0:0 chr1 116382778 . T C 1525.68 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3879;QD=59.8305;RBI=0.0757709;REFB=0;REVB=0.045874;RO=0;SAF=38;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487867;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:64:38:0:0:64:38:0:0 chr1 116383300 . T C 159.61 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.1104;QD=45.6035;RBI=0.0797488;REFB=0;REVB=0.0269908;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00599826;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr1 116384090 . G A 312.24 PASS AF=0.373626;AO=27;DP=93;FAO=34;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0245252;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.178;QD=13.7248;RBI=0.03279;REFB=-0.0121857;REVB=0.0217645;RO=54;SAF=8;SAR=19;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340205;STB=0.622868;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0221946;OID=.;OPOS=116384090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:54:55:27:34:0.373626:19:8:32:22:21:13:32:23 chr1 116384120 . C T 334.7 PASS AF=0.383178;AO=36;DP=102;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.00356969;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.793;QD=12.5123;RBI=0.043162;REFB=-0.0201867;REVB=0.0430141;RO=61;SAF=18;SAR=18;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117314;STB=0.533839;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0412527;OID=.;OPOS=116384120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:107:61:66:36:41:0.383178:18:18:37:24:19:22:39:27 chr1 116384773 . A G 627.21 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=0.00647619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.788;QD=20.9068;RBI=0.0152177;REFB=-0.00884329;REVB=-0.0137709;RO=57;SAF=34;SAR=29;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111735;STB=0.561271;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00787419;OID=.;OPOS=116384773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:57:63:63:0.525:29:34:38:19:29:34:38:19 chr1 116385171 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0105437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.249;QD=10.3793;RBI=0.0242817;REFB=-0.00537653;REVB=0.0218731;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232278;STB=0.504494;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00766484;OID=.;OPOS=116385171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:4:5:8:7:4:5:9:7 chr1 116385309 . C A 243.85 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0654783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7707;QD=15.7324;RBI=0.065722;REFB=-0.0244662;REVB=0.00565374;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143263;STB=0.587806;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0172612;OID=.;OPOS=116385309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:27:28:0.451613:18:9:16:18:19:9:16:18 chr1 116386139 . G A 3595.79 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7633;QD=62.8085;RBI=0.0439013;REFB=0;REVB=-0.0400606;RO=0;SAF=125;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03558e-05;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:217:229:0:0:217:229:1:92:125:0:0:99:130:0:0 chr1 116386244 . C T 857.78 PASS AF=0.414847;AO=95;DP=229;FAO=95;FDP=229;FR=.;FRO=134;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=61;FSRR=73;FWDB=-0.00824796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.176;QD=14.983;RBI=0.00980026;REFB=-0.00574228;REVB=-0.00529302;RO=131;SAF=51;SAR=44;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896026;STB=0.547672;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00921346;OID=.;OPOS=116386244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:131:134:95:95:0.414847:44:51:59:72:44:51:61:73 chr1 116569530 . G C 4603.31 PASS AF=1;AO=288;DP=290;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224255;FXX=0.00687262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6341;QD=63.7137;RBI=0.0233865;REFB=0;REVB=0.00663503;RO=0;SAF=138;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29338e-05;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:290:289:0:0:288:289:1:150:138:0:0:150:139:0:0 chr1 116610388 . A G 1568.32 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3395;QD=64.0132;RBI=0.0123497;REFB=0;REVB=0.00934516;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80812e-06;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:58:40:0:0:58:40:0:0 chr1 116670774 . A G 372.8 PASS AF=0.412371;AO=39;DP=96;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00617982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.683;QD=15.3732;RBI=0.00623904;REFB=-0.0143403;REVB=0.000857516;RO=57;SAF=20;SAR=19;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041013;STB=0.530124;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0199879;OID=.;OPOS=116670774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:57:57:39:40:0.412371:19:20:27:30:19:21:27:30 chr1 116931628 . C A 574.87 PASS AF=0.442029;AO=61;DP=138;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.00987762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0862;QD=16.6628;RBI=0.0148931;REFB=-0.0108675;REVB=-0.0111461;RO=75;SAF=34;SAR=27;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107226;STB=0.500602;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0150271;OID=.;OPOS=116931628;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:75:77:61:61:0.442029:27:34:41:34:27:34:43:34 chr1 116947051 . G A 2212.45 PASS AF=0.490153;AO=224;DP=458;FAO=224;FDP=457;FR=.;FRO=233;FSAF=108;FSAR=116;FSRF=105;FSRR=128;FWDB=0.0294989;FXX=0.00218336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6818;QD=19.365;RBI=0.029512;REFB=-0.00331897;REVB=0.000879582;RO=234;SAF=108;SAR=116;SRF=106;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027232;STB=0.516097;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00348043;OID=.;OPOS=116947051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:458:457:234:233:224:224:0.490153:116:108:106:128:116:108:105:128 chr1 116952787 . C T 926.14 PASS AF=0.464455;AO=98;DP=212;FAO=98;FDP=211;FR=.;FRO=113;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=44;FSRR=69;FWDB=-0.0633125;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1957;QD=17.5571;RBI=0.0777439;REFB=-0.00342873;REVB=-0.0451181;RO=111;SAF=37;SAR=61;SRF=44;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191574;STB=0.506716;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00366134;OID=.;OPOS=116952787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:111:113:98:98:0.464455:61:37:44:67:61:37:44:69 chr1 116995178 . C T 239.9 PASS AF=0.348837;AO=29;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00200889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.876;QD=11.1583;RBI=0.0763328;REFB=-0.0145893;REVB=-0.0763064;RO=56;SAF=17;SAR=12;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1386;STB=0.566622;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0146503;OID=.;OPOS=116995178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:29:30:0.348837:12:17:26:30:13:17:26:30 chr1 116995182 . A T 260.28 PASS AF=0.352273;AO=33;DP=86;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.000300181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8221;QD=11.8311;RBI=0.0336426;REFB=-0.0205877;REVB=0.0336413;RO=53;SAF=18;SAR=15;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997056;STB=0.527455;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0395313;OID=.;OPOS=116995182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:53:57:33:31:0.352273:15:18:24:29:15:16:27:30 chr1 117102649 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7014;QD=57.2362;RBI=0.0517432;REFB=0;REVB=-0.00624675;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000600845;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr1 117122130 . T C 895.51 PASS AF=0.483871;AO=90;DP=188;FAO=90;FDP=186;FR=.;FRO=96;FSAF=61;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=0.0115258;FXX=0.0106377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.439;QD=19.2583;RBI=0.0116017;REFB=0.00690935;REVB=-0.00132492;RO=86;SAF=61;SAR=29;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147882;STB=0.581532;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00638794;OID=.;OPOS=117122130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:86:96:90:90:0.483871:29:61:45:41:29:61:51:45 chr1 117122285 . G C 38.56 PASS AF=0.115385;AO=8;DP=77;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0331091;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2681;QD=1.97727;RBI=0.0640269;REFB=-0.0221567;REVB=-0.0548017;RO=62;SAF=0;SAR=8;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.654921;STB=0.859885;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.251564;OID=.;OPOS=117122285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:77:78:62:69:8:9:0.115385:8:0:33:29:8:1:33:36 chr1 117122288 . G C 221.3 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00919135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.646;QD=12.2946;RBI=0.0269403;REFB=-0.0337475;REVB=-0.0253239;RO=45;SAF=8;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245993;STB=0.642202;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0476235;OID=.;OPOS=117122288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:19:8:23:22:19:8:23:22 chr1 117142583 . T A 30.78 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=114;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=-0.00114402;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.686;QD=1.08949;RBI=0.00627695;REFB=-0.00210389;REVB=0.00617181;RO=104;SAF=3;SAR=6;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124964;STB=0.604699;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0163818;OID=.;OPOS=117142583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:114:113:104:104:9:9:0.079646:6:3:46:58:6:3:46:58 chr1 117142613 . C T 231.63 PASS AF=0.22093;AO=38;DP=171;FAO=38;FDP=172;FR=.;FRO=134;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=66;FSRR=68;FWDB=0.00338449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5894;QD=5.38674;RBI=0.00341977;REFB=-0.00361482;REVB=0.000489942;RO=133;SAF=15;SAR=23;SRF=65;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120667;STB=0.577097;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0181542;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:133:134:38:38:0.22093:23:15:65:68:23:15:66:68 chr1 117142641 . G A 433.26 PASS AF=0.266094;AO=62;DP=233;FAO=62;FDP=233;FR=.;FRO=171;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=86;FSRR=85;FWDB=0.00051543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.117;QD=7.43794;RBI=0.00704567;REFB=-0.0053787;REVB=-0.00702679;RO=167;SAF=33;SAR=29;SRF=82;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509383;STB=0.521551;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0185589;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:167:171:62:62:0.266094:29:33:82:85:29:33:86:85 chr1 117142663 . G A 546.28 PASS AF=0.262295;AO=80;DP=305;FAO=80;FDP=305;FR=.;FRO=225;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=109;FSRR=116;FWDB=0.00200495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.577;QD=7.16437;RBI=0.0231658;REFB=-0.010997;REVB=-0.0230789;RO=225;SAF=41;SAR=39;SRF=109;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349629;STB=0.520683;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0267083;OID=.;OPOS=117142663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:225:225:80:80:0.262295:39:41:109:116:39:41:109:116 chr1 117142700 . C A 1062.49 PASS AF=0.362606;AO=128;DP=353;FAO=128;FDP=353;FR=.;FRO=225;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=122;FSRR=103;FWDB=-0.0181979;FXX=0.00282478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.044;QD=12.0395;RBI=0.02868;REFB=-0.00404427;REVB=0.0221671;RO=223;SAF=62;SAR=66;SRF=122;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703743;STB=0.536817;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00837616;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:353:223:225:128:128:0.362606:66:62:122:101:66:62:122:103 chr1 117142736 . A G 1202.05 PASS AF=0.393768;AO=138;DP=354;FAO=139;FDP=353;FR=.;FRO=214;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=113;FSRR=101;FWDB=-0.0187114;FXX=0.00282478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.032;QD=13.6209;RBI=0.0202427;REFB=-0.00972319;REVB=-0.0077234;RO=215;SAF=64;SAR=74;SRF=114;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721052;STB=0.54097;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0133446;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:353:215:214:138:139:0.393768:74:64:114:101:75:64:113:101 chr1 117142855 . C T 737.77 PASS AF=0.398148;AO=85;DP=220;FAO=86;FDP=216;FR=.,HEALED;FRO=130;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=55;FSRR=75;FWDB=-0.0474956;FXX=0.018181;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9454;QD=13.6623;RBI=0.0491615;REFB=-0.0244712;REVB=-0.0126895;RO=103;SAF=34;SAR=51;SRF=31;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104541;STB=0.517322;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0438434;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:216:103:130:85:86:0.398148:51:34:31:72:52:34:55:75 chr1 117142868 . CA TG 610.73 PASS AF=0.362245;AO=71;DP=199;FAO=71;FDP=196;FR=.;FRO=125;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=75;FWDB=-0.00580698;FXX=0.0150746;HRUN=3;LEN=2;MLLD=184.148;QD=12.4638;RBI=0.0117545;REFB=-0.00977074;REVB=0.0102199;RO=124;SAF=25;SAR=46;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612765;STB=0.532809;STBP=0.511;TYPE=mnp;VARB=0.0176273;OID=.;OPOS=117142868;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:196:124:125:71:71:0.362245:46:25:50:74:46:25:50:75 chr1 117146504 . G A 44.98 PASS AF=0.0810811;AO=15;DP=186;FAO=15;FDP=185;FR=.;FRO=170;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=82;FSRR=88;FWDB=0.0280003;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.009;QD=0.972503;RBI=0.0307519;REFB=-7.99778e-05;REVB=0.0127148;RO=170;SAF=6;SAR=9;SRF=82;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943598;STB=0.576317;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00118725;OID=.;OPOS=117146504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:186:185:170:170:15:15:0.0810811:9:6:82:88:9:6:82:88 chr1 117146563 . G A 69.28 PASS AF=0.135922;AO=14;DP=103;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.0057129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.752;QD=2.69065;RBI=0.0152871;REFB=-0.00137412;REVB=0.0141795;RO=88;SAF=6;SAR=8;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184422;STB=0.508462;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0151825;OID=.;OPOS=117146563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:103:103:88:89:14:14:0.135922:8:6:39:49:8:6:39:50 chr1 117146571 . A G 35.93 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0129972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9084;QD=1.52885;RBI=0.0479318;REFB=-0.0164654;REVB=-0.046136;RO=84;SAF=5;SAR=4;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146568;STB=0.617462;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.105128;OID=.;OPOS=117146571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:84:85:9:9:0.0957447:4:5:36:48:4:5:36:49 chr1 117150928 . C T 693.11 PASS AF=0.446429;AO=72;DP=166;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=0.0334192;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.682;QD=16.5026;RBI=0.0355175;REFB=-0.0252068;REVB=0.0120272;RO=94;SAF=30;SAR=42;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241773;STB=0.515048;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0313074;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:94:93:72:75:0.446429:42:30:37:57:44:31:36:57 chr1 117150933 . G A 582.47 PASS AF=0.427632;AO=65;DP=153;FAO=65;FDP=152;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=0.00941494;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.695;QD=15.3281;RBI=0.00964932;REFB=-0.0150062;REVB=0.0021138;RO=86;SAF=27;SAR=38;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883408;STB=0.507729;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00908328;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:86:87:65:65:0.427632:38:27:35:51:38:27:35:52 chr1 117156459 . C T 402.07 PASS AF=0.331081;AO=48;DP=146;FAO=49;FDP=148;FR=.;FRO=99;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.0519354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8372;QD=10.8667;RBI=0.0559803;REFB=0.00780373;REVB=0.0208929;RO=98;SAF=28;SAR=20;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976481;STB=0.558758;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0151557;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:98:99:48:49:0.331081:20:28:49:49:20:29:50:49 chr1 117156490 . T C 361.41 PASS AF=0.285714;AO=49;DP=168;FAO=50;FDP=175;FR=.;FRO=125;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=-0.0160713;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4955;QD=8.2608;RBI=0.0428483;REFB=-0.00918804;REVB=-0.0397202;RO=119;SAF=26;SAR=23;SRF=58;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522157;STB=0.537145;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0305017;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:175:119:125:49:50:0.285714:23:26:58:61:23:27:61:64 chr1 117156584 . TG CA 152.93 PASS AF=0.171598;AO=29;DP=171;FAO=29;FDP=169;FR=.,HEALED;FRO=140;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=70;FSRR=70;FWDB=-0.0245395;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.252;QD=3.61973;RBI=0.0642769;REFB=-0.0140257;REVB=-0.0594082;RO=85;SAF=9;SAR=20;SRF=59;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449832;STB=0.660975;STBP=0.067;TYPE=mnp;VARB=0.0621216;OID=.;OPOS=117156584;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:169:85:140:29:29:0.171598:20:9:59:26:20:9:70:70 chr1 117156600 . T C 111.89 PASS AF=0.150943;AO=22;DP=157;FAO=24;FDP=159;FR=.;FRO=135;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=68;FSRR=67;FWDB=0.00902767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.661;QD=2.81487;RBI=0.0165443;REFB=-0.00449631;REVB=-0.0138641;RO=134;SAF=8;SAR=14;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182727;STB=0.61005;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0278933;OID=.;OPOS=117156600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:134:135:22:24:0.150943:14:8:68:66:15:9:68:67 chr1 117311147 . C A 832.46 PASS AF=0.552448;AO=77;DP=143;FAO=79;FDP=143;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0274352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8941;QD=23.2855;RBI=0.0989071;REFB=-0.0140642;REVB=0.0950259;RO=65;SAF=33;SAR=44;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187619;STB=0.509069;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0130093;OID=.;OPOS=117311147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:65:64:77:79:0.552448:44:33:28:37:46:33:28:36 chr1 117487710 . AT GA 581.52 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421916;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.443;QD=61.2129;RBI=0.0423102;REFB=0;REVB=-0.00316642;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000249811;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr1 117503940 . G A 2942.09 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.535;QD=63.2707;RBI=0.0264843;REFB=0;REVB=0.0261759;RO=0;SAF=93;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54894e-06;OID=.;OPOS=117503940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:186:186:1:93:93:0:0:93:93:0:0 chr1 117529458 . G A 3457.65 PASS AF=1;AO=222;DP=225;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013472;FXX=0.0176204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.811;QD=62.0205;RBI=0.00357314;REFB=-0.042627;REVB=0.00330944;RO=3;SAF=110;SAR=112;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21326e-05;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:225:223:3:0:222:223:1:112:110:0:3:113:110:0:0 chr1 117530273 . A G 1304.9 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0677527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4239;QD=60.6929;RBI=0.0679016;REFB=-0.114383;REVB=0.00449412;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.506328;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000987986;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:0:1:83:85:0.988372:44:39:0:0:46:39:1:0 chr1 117559726 . A G 1596.28 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.786;QD=59.6742;RBI=0.00466808;REFB=0;REVB=-0.00152315;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16133e-06;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:59:47:0:0:60:47:0:0 chr1 117560818 . A G 1153.44 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6092;QD=60.7073;RBI=0.0818166;REFB=0;REVB=-0.0617705;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23247e-05;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr1 117602960 . C A 3106.59 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8984;QD=61.2136;RBI=0.0599673;REFB=0;REVB=-0.0392298;RO=1;SAF=81;SAR=121;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00392042;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39525e-05;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:203:1:0:202:203:1:121:81:0:1:122:81:0:0 chr1 117617705 . A G 115.12 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0267041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.8408;QD=10.7091;RBI=0.0336436;REFB=-0.00765148;REVB=0.0204641;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256878;STB=0.653248;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0280734;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:5:9:12:17:5:9:12:17 chr1 117618067 . C T 152.74 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00263428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.536;QD=13.5768;RBI=0.0476856;REFB=-0.0146211;REVB=-0.0476127;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095106;STB=0.55549;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0196849;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:7:10:14:14:7:10:14:14 chr1 117654777 . ATAAC A 560.21 PASS AF=0.440299;AO=56;DP=138;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.00160855;FXX=0.0629327;HRUN=1;LEN=4;MLLD=266.994;QD=16.7227;RBI=0.0158594;REFB=-0.0176287;REVB=0.0157776;RO=65;SAF=22;SAR=34;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156711;STB=0.588626;STBP=0.087;TYPE=del;VARB=0.0239874;OID=.;OPOS=117654778;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440299:56:138:59:134:75:23:36:41:34:99:65:22:34:36:29 chr1 117656088 . A G 582.33 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.00443459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.618;QD=17.5137;RBI=0.0112731;REFB=-0.0242872;REVB=0.0103643;RO=72;SAF=28;SAR=33;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938051;STB=0.552148;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0255479;OID=.;OPOS=117656088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:72:61:61:0.458647:33:28:40:32:33:28:40:32 chr1 117660705 . C T 678.86 PASS AF=0.391089;AO=79;DP=203;FAO=79;FDP=202;FR=.;FRO=123;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=-0.0382233;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.527;QD=13.4427;RBI=0.038853;REFB=-0.00408617;REVB=0.00696702;RO=122;SAF=45;SAR=34;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667845;STB=0.535299;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00653007;OID=.;OPOS=117660705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:122:123:79:79:0.391089:34:45:62:60:34:45:63:60 chr1 117660754 . C T 668.76 PASS AF=0.396825;AO=75;DP=189;FAO=75;FDP=189;FR=.;FRO=114;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=0.0132355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1946;QD=14.1536;RBI=0.0259373;REFB=0.0152367;REVB=-0.0223062;RO=114;SAF=38;SAR=37;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210738;STB=0.511855;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.0208175;OID=.;OPOS=117660754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:114:114:75:75:0.396825:37:38:60:54:37:38:60:54 chr1 117715026 . C T 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00685057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.69;QD=61.7128;RBI=0.0143456;REFB=-0.042859;REVB=0.0126042;RO=1;SAF=46;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101937;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000172307;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:45:46:1:0:45:46:1:0 chr1 117785931 . G A 431.83 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0102639;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3681;QD=18.9814;RBI=0.0200574;REFB=0.00646827;REVB=-0.0172323;RO=39;SAF=23;SAR=20;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925855;STB=0.514661;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00466998;OID=.;OPOS=117785931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:39:48:43:43:0.472527:20:23:25:14:20:23:27:21 chr1 117785979 . T C 1358.46 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0895702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.208;QD=62.4577;RBI=0.0898445;REFB=0;REVB=-0.00701569;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000633577;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:1:0:86:87:1:41:45:1:0:41:46:0:0 chr1 117786057 . G T 266.96 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0172236;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.895;QD=20.1481;RBI=0.0268718;REFB=-0.0457089;REVB=-0.0206263;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749746;STB=0.54976;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.058294;OID=.;OPOS=117786057;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:25:28:28:0.528302:13:15:15:9:13:15:16:9 chr1 118537074 . A G 1231.75 PASS AF=0.48855;AO=119;DP=254;FAO=128;FDP=262;FR=.;FRO=134;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=72;FSRR=62;FWDB=-0.0068508;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.627;QD=18.8053;RBI=0.0111006;REFB=-0.0114287;REVB=0.00873444;RO=131;SAF=57;SAR=62;SRF=69;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453578;STB=0.527052;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0117323;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:262:131:134:119:128:0.48855:62:57:69:62:66:62:72:62 chr1 118624123 . C T 474.58 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00644232;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.042;QD=17.577;RBI=0.00657952;REFB=-0.0140688;REVB=0.00133661;RO=57;SAF=24;SAR=27;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860339;STB=0.547807;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0125945;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:27:24:32:25:27:24:32:25 chr1 118629599 . G A 650.29 PASS AF=0.431138;AO=71;DP=166;FAO=72;FDP=167;FR=.;FRO=95;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.00315817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.891;QD=15.5758;RBI=0.00319419;REFB=-0.0158853;REVB=0.000478327;RO=95;SAF=43;SAR=28;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723876;STB=0.535199;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0211911;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:95:95:71:72:0.431138:28:43:51:44:29:43:51:44 chr1 118644430 . A G 1036.94 PASS AF=0.52381;AO=99;DP=193;FAO=99;FDP=189;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.0135433;FXX=0.0257719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2218;QD=21.9459;RBI=0.0410313;REFB=-0.00241224;REVB=-0.0387317;RO=90;SAF=36;SAR=63;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1232;STB=0.567554;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00280579;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:189:90:90:99:99:0.52381:63:36:45:45:63:36:45:45 chr1 118657950 . G GT 62.03 PASS AF=0.340909;AO=20;DP=200;FAO=45;FDP=132;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.218446;FXX=0.294102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.6769;QD=1.87969;RBI=0.274562;REFB=-0.0818839;REVB=-0.16633;RO=173;SAF=8;SAR=12;SRF=82;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906074;STB=0.787731;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0171923;OID=.;OPOS=118657951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909:20:200:45:132:87:39:6:45:42:62:173:8:12:82:91 chr1 118657952 . C T 825.07 PASS AF=0.455026;AO=86;DP=189;FAO=86;FDP=189;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.0147283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.119;QD=17.4619;RBI=0.0224983;REFB=-0.016334;REVB=-0.0170074;RO=103;SAF=30;SAR=56;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177962;STB=0.598907;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0162288;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:103:103:86:86:0.455026:56:30:54:49:56:30:54:49 chr1 118693217 . T C 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0122787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.987;QD=18.6454;RBI=0.0167179;REFB=0.000559797;REVB=-0.0113456;RO=47;SAF=22;SAR=21;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180379;STB=0.604533;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00040468;OID=.;OPOS=118693217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:48:43:43:0.472527:21:22:15:32:21:22:15:33 chr1 118807059 . T C 2351.03 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.77353e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.797;QD=63.9737;RBI=0.019333;REFB=0;REVB=0.0193328;RO=0;SAF=66;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94291e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81569e-06;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:81:66:0:0:81:66:0:0 chr1 119923724 . T C 1032.9 PASS AF=0.434615;AO=113;DP=260;FAO=113;FDP=260;FR=.;FRO=147;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=66;FSRR=81;FWDB=0.00522231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.937;QD=15.8908;RBI=0.0084728;REFB=-0.00169155;REVB=0.00667202;RO=147;SAF=59;SAR=54;SRF=66;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742864;STB=0.541277;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00233892;OID=.;OPOS=119923724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:147:147:113:113:0.434615:54:59:66:81:54:59:66:81 chr1 120057246 . C A 1233.13 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956425;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8816;QD=61.6566;RBI=0.0608641;REFB=0;REVB=-0.060108;RO=0;SAF=23;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160067;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:57:23:0:0:57:23:0:0 chr1 120164738 . C T 2818.34 PASS AF=0.960591;AO=186;DP=193;FAO=195;FDP=203;FR=.;FRO=8;FSAF=84;FSAR=111;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0172755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6926;QD=55.5338;RBI=0.0990113;REFB=-0.021182;REVB=0.0974926;RO=7;SAF=80;SAR=106;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000108097;STB=0.502242;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00138194;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:193:203:7:8:186:195:0.960591:106:80:3:4:111:84:3:5 chr1 120165825 . G GT 240.89 PASS AF=1;AO=4;DP=33;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153873;FXX=0.2999;HRUN=0;LEN=1;MLLD=18.4627;QD=45.8828;RBI=0.153873;REFB=0;REVB=2.39187e-10;RO=28;SAF=4;SAR=0;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00894717;OID=.;OPOS=120165826;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:33:21:21:0:21:0:0:0:3:28:4:0:20:8 chr1 120165826 . C T 323.52 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.112604;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5704;QD=46.2168;RBI=0.131269;REFB=-0.0666679;REVB=0.0674673;RO=3;SAF=17;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751372;STB=0.540509;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00519687;OID=.;OPOS=120165826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:29:28:3:3:25:25:0.892857:8:17:3:0:8:17:3:0 chr1 120166681 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.346;QD=56.9569;RBI=0.0296369;REFB=0;REVB=-0.00592474;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.63236e-05;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr1 120285546 . G A 1901.07 PASS AF=0.526163;AO=181;DP=343;FAO=181;FDP=344;FR=.;FRO=163;FSAF=94;FSAR=87;FSRF=83;FSRR=80;FWDB=-0.004975;FXX=0.00289847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.247;QD=22.1055;RBI=0.020451;REFB=-0.000983345;REVB=0.0198367;RO=156;SAF=94;SAR=87;SRF=82;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00536784;STB=0.504807;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000740101;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:344:156:163:181:181:0.526163:87:94:82:74:87:94:83:80 chr1 120291724 . G A 603.6 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0249346;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.201;QD=18.7163;RBI=0.0964016;REFB=-0.0273952;REVB=0.0931211;RO=67;SAF=36;SAR=26;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695391;STB=0.538527;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0266425;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:67:62:62:0.48062:26:36:34:33:26:36:34:33 chr1 120336785 . C T 528.51 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0431252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.4961;QD=17.9157;RBI=0.0432472;REFB=0.00730366;REVB=0.00324559;RO=62;SAF=30;SAR=26;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186019;STB=0.510324;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0131507;OID=.;OPOS=120336785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:26:30:32:30:26:30:32:30 chr1 120436791 . CAT CA,TCA 43.77 PASS AF=0.25,0.136364;AO=6,6;DP=41;FAO=11,6;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=3,0;FSAR=8,6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.148764,0.0274294;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,3;MLLD=9.74507,25.7746;QD=3.9792;RBI=0.289679,0.0951907;REFB=-0.0831917,-0.0241447;REVB=-0.248563,-0.0911531;RO=23;SAF=3,0;SAR=3,6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0.455399,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.235882,-0.761507;STB=0.747225,0.998386;STBP=0.052,0.005;TYPE=del,mnp;VARB=0.0160012,0.0698506;OID=.,.;OPOS=120436793,120436791;OREF=T,CAT;OALT=-,TCA;OMAPALT=CA,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:41:44:23:27:6,6:11,6:0.25,0.136364:3,6:3,0:16:7:8,6:3,0:17:10 chr1 120437718 . G A 445.27 PASS AF=0.626866;AO=41;DP=65;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0165324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0541;QD=26.5833;RBI=0.0345576;REFB=-0.0206129;REVB=-0.0303465;RO=24;SAF=21;SAR=20;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148956;STB=0.582052;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0102798;OID=.;OPOS=120437718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:24:25:41:42:0.626866:20:21:7:17:21:21:7:18 chr1 120455441 . A G 240.99 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00330686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.634;QD=10.1469;RBI=0.0204995;REFB=-0.00772598;REVB=-0.020231;RO=64;SAF=14;SAR=16;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158614;STB=0.503524;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0186253;OID=.;OPOS=120455441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:65:30:30:0.315789:16:14:29:35:16:14:30:35 chr1 120457501 . C T 382.03 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0189859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7324;QD=19.8459;RBI=0.028457;REFB=-0.0137354;REVB=-0.0211975;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104824;STB=0.55811;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00976625;OID=.;OPOS=120457501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:19:20:15:23:19:20:15:23 chr1 120458924 . G A 550.61 PASS AF=0.662162;AO=48;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00108802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.975;QD=29.7627;RBI=0.0556934;REFB=-0.0290033;REVB=0.0556828;RO=25;SAF=30;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949197;STB=0.546056;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0116836;OID=.;OPOS=120458924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:25:25:48:49:0.662162:18:30:12:13:19:30:12:13 chr1 120539301 . G A 298.51 PASS AF=0.215859;AO=49;DP=228;FAO=49;FDP=227;FR=.;FRO=178;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=102;FSRR=76;FWDB=-0.00779461;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9411;QD=5.26008;RBI=0.0592478;REFB=-0.00244278;REVB=0.0587328;RO=177;SAF=27;SAR=22;SRF=102;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327583;STB=0.517498;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00706344;OID=.;OPOS=120539301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:177:178:49:49:0.215859:22:27:102:75:22:27:102:76 chr1 120539331 . C T 453.39 PASS AF=0.232558;AO=70;DP=301;FAO=70;FDP=301;FR=.;FRO=231;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=128;FSRR=103;FWDB=-0.0272635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.507;QD=6.02516;RBI=0.0276024;REFB=-0.0063369;REVB=0.00431218;RO=231;SAF=43;SAR=27;SRF=128;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787902;STB=0.54765;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.020055;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:231:231:70:70:0.232558:27:43:128:103:27:43:128:103 chr1 120544042 . C G 218.95 PASS AF=0.264463;AO=32;DP=121;FAO=32;FDP=121;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=34;FWDB=-0.0266137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.089;QD=7.2381;RBI=0.0286599;REFB=-0.0225734;REVB=0.0106347;RO=89;SAF=13;SAR=19;SRF=55;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255818;STB=0.652104;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0557575;OID=.;OPOS=120544042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:89:89:32:32:0.264463:19:13:55:34:19:13:55:34 chr1 120611554 . TT CG 92.99 PASS AF=0.149606;AO=19;DP=127;FAO=19;FDP=127;FR=.;FRO=108;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=86;FWDB=0.0119738;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=248.984;QD=2.92884;RBI=0.0217986;REFB=-0.00126324;REVB=-0.0182156;RO=108;SAF=6;SAR=13;SRF=22;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184655;STB=0.619932;STBP=0.36;TYPE=mnp;VARB=0.00647762;OID=.;OPOS=120611554;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:127:127:108:108:19:19:0.149606:13:6:22:86:13:6:22:86 chr1 120611715 . A G 121.84 PASS AF=0.24;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=16;FWDB=-0.0034261;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.086;QD=6.49794;RBI=0.0362382;REFB=-0.00367576;REVB=-0.0360759;RO=56;SAF=15;SAR=3;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184912;STB=0.628977;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0149336;OID=.;OPOS=120611715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:56:57:18:18:0.24:3:15:41:15:3:15:41:16 chr1 120611758 . G A 142.59 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.000813852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.254;QD=8.26588;RBI=0.0154307;REFB=-0.00273924;REVB=0.0154093;RO=49;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715188;STB=0.542773;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00793721;OID=.;OPOS=120611758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:9:11:24:25:9:11:24:25 chr1 120611830 . G A 97.82 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.031733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9474;QD=5.14868;RBI=0.0335637;REFB=-0.0113615;REVB=0.0109333;RO=60;SAF=10;SAR=6;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328422;STB=0.520807;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.024246;OID=.;OPOS=120611830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:60:60:16:16:0.210526:6:10:36:24:6:10:36:24 chr1 120611876 . C T 151.3 PASS AF=0.224299;AO=24;DP=107;FAO=24;FDP=107;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=-0.0143931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.381;QD=5.65599;RBI=0.0490642;REFB=-0.0140581;REVB=-0.0469056;RO=81;SAF=14;SAR=10;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11053;STB=0.554605;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0463293;OID=.;OPOS=120611876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:81:83:24:24:0.224299:10:14:54:27:10:14:54:29 chr1 120611964 . G C 191.25 PASS AF=0.265306;AO=26;DP=98;FAO=26;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00882458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.199;QD=7.80609;RBI=0.00981957;REFB=-0.00956376;REVB=0.00430705;RO=71;SAF=10;SAR=16;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183965;STB=0.605597;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0208636;OID=.;OPOS=120611964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:71:72:26:26:0.265306:16:10:38:33:16:10:38:34 chr1 120612006 . G A 305.8 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0673704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.291;QD=33.9778;RBI=0.0788226;REFB=-0.00682203;REVB=0.0409174;RO=10;SAF=12;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196278;STB=0.510721;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00133506;OID=.;OPOS=120612006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:14:12:5:5:14:12:5:5 chr1 120612043 . G T 35.47 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0684855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.655;QD=8.86812;RBI=0.0844279;REFB=-0.051339;REVB=-0.0493741;RO=10;SAF=0;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.706086;STB=0.693701;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.113592;OID=.;OPOS=120612043;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:15:16:10:10:5:6:0.375:5:0:4:6:5:1:4:6 chr1 121116688 . A G 994.98 PASS AF=0.792079;AO=80;DP=102;FAO=80;FDP=101;FR=.;FRO=21;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.02595;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5333;QD=39.405;RBI=0.0291951;REFB=-0.0156407;REVB=0.0133773;RO=20;SAF=41;SAR=39;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140732;STB=0.502353;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00623047;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:20:21:80:80:0.792079:39:41:11:9:39:41:11:10 chr1 121116733 . A G 87.94 PASS AF=0.126582;AO=20;DP=158;FAO=20;FDP=158;FR=.;FRO=138;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=72;FSRR=66;FWDB=0.00371712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.545;QD=2.22629;RBI=0.00381473;REFB=0.000411801;REVB=-0.000857457;RO=137;SAF=10;SAR=10;SRF=72;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319184;STB=0.518968;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0033665;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:158:158:137:138:20:20:0.126582:10:10:72:65:10:10:72:66 chr1 142667306 . C T 494.37 PASS AF=0.638889;AO=41;DP=67;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0751259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.507;QD=27.4651;RBI=0.07662;REFB=-0.0269027;REVB=-0.0150573;RO=25;SAF=2;SAR=39;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57912;STB=0.649925;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0105587;OID=.;OPOS=142667306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:25:26:41:46:0.638889:39:2:11:14:39:7:11:15 chr1 144014051 . G A 786.02 PASS AF=0.387931;AO=89;DP=232;FAO=90;FDP=232;FR=.;FRO=142;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=67;FSRR=75;FWDB=0.0220317;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3501;QD=13.5521;RBI=0.023107;REFB=0.00914164;REVB=-0.00696697;RO=141;SAF=35;SAR=54;SRF=66;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834937;STB=0.552154;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.014793;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:141:142:89:90:0.387931:54:35:66:75:55:35:67:75 chr1 144014068 . T C 1930.19 PASS AF=0.823864;AO=143;DP=175;FAO=145;FDP=176;FR=.;FRO=31;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00505354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.297;QD=43.8679;RBI=0.00991647;REFB=-0.00913129;REVB=0.00853218;RO=31;SAF=68;SAR=75;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136588;STB=0.505882;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00191132;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:31:31:143:145:0.823864:75:68:16:15:75:70:16:15 chr1 144340064 . GCCCCCCG GCCCCC,GCCCCCG 47.59 PASS AF=0,0.363636;AO=6,5;DP=22;FAO=0,8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=0,4;FSAR=0,4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0166727,0.12606;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=22.1563,14.3413;QD=8.65242;RBI=0.330987,0.213487;REFB=0.0463987,-0.0123778;REVB=-0.330567,-0.172295;RO=9;SAF=0,4;SAR=6,1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0.54717,0.54717;SSEP=0,0;SSSB=-0.760258,0.291052;STB=0.5,0.590689;STBP=1,0.527;TYPE=del,del;VARB=0,0.0293158;OID=.,.;OPOS=144340070,144340065;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCCC,GCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.363636:6,5:22:0,8:22:14:0,4:0,4:5:9:46:9:0,4:6,1:5:4 chr1 144534038 . A G 443.27 PASS AF=0.192308;AO=80;DP=416;FAO=80;FDP=416;FR=.;FRO=336;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=173;FSRR=163;FWDB=-0.0230586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.275;QD=4.26221;RBI=0.0357098;REFB=-0.00927813;REVB=-0.027267;RO=333;SAF=35;SAR=45;SRF=173;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106165;STB=0.562484;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0405981;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:416:333:336:80:80:0.192308:45:35:173:160:45:35:173:163 chr1 144534045 . T C 2696.38 PASS AF=0.549569;AO=254;DP=464;FAO=255;FDP=464;FR=.;FRO=209;FSAF=121;FSAR=134;FSRF=120;FSRR=89;FWDB=-0.00425969;FXX=0.00429175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.24;QD=23.2446;RBI=0.0324322;REFB=-0.0239319;REVB=0.0321512;RO=206;SAF=120;SAR=134;SRF=118;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082677;STB=0.544795;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0209356;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:464:206:209:254:255:0.549569:134:120:118:88:134:121:120:89 chr1 144534053 . G A 104.77 PASS AF=0.0798479;AO=42;DP=526;FAO=42;FDP=526;FR=.;FRO=484;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=253;FSRR=231;FWDB=-0.0289681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8622;QD=0.796713;RBI=0.0331536;REFB=0.000727757;REVB=0.0161248;RO=482;SAF=23;SAR=19;SRF=252;SRR=230;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288635;STB=0.523002;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00903036;OID=.;OPOS=144534053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:526:526:482:484:42:42:0.0798479:19:23:252:230:19:23:253:231 chr1 144534076 . G A 801.93 PASS AF=0.209877;AO=136;DP=655;FAO=136;FDP=648;FR=.;FRO=512;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=285;FSRR=227;FWDB=0.00562608;FXX=0.0106869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.065;QD=4.95017;RBI=0.0119784;REFB=-0.00267766;REVB=-0.0105749;RO=482;SAF=66;SAR=70;SRF=283;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130982;STB=0.556227;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00932827;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:655:648:482:512:136:136:0.209877:70:66:283:199:70:66:285:227 chr1 144534082 . TC CT,TT 8477.93 PASS AF=0.103093,0.808542;AO=70,502;DP=698;FAO=70,549;FDP=679;FR=.;FRO=60;FSAF=40,308;FSAR=30,241;FSRF=15;FSRR=45;FWDB=-0.00427908,-0.0276642;FXX=0.0272202;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=217.63,48.272;QD=49.9436;RBI=0.0404218,0.0283771;REFB=0.0174168,-0.00565362;REVB=-0.0401947,0.00632042;RO=63;SAF=40,294;SAR=30,208;SRF=15;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.282009,0.0747969;STB=0.645122,0.53087;STBP=0,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0112019,0.0127398;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:698:679:63:60:70,502:70,549:0.103093,0.808542:30,208:40,294:15:48:30,241:40,308:15:45 chr1 144534084 . C G 41.76 PASS AF=0.0542857;AO=28;DP=704;FAO=38;FDP=700;FR=.;FRO=662;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=354;FSRR=308;FWDB=-0.00564621;FXX=0.0264252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.016;QD=0.238601;RBI=0.0303933;REFB=-0.000837797;REVB=-0.0298643;RO=645;SAF=8;SAR=20;SRF=346;SRR=299;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224441;STB=0.776185;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.126512;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:704:700:645:662:28:38:0.0542857:20:8:346:299:29:9:354:308 chr1 144534092 . G A 5074.57 PASS AF=0.577164;AO=457;DP=795;FAO=460;FDP=797;FR=.;FRO=337;FSAF=217;FSAR=243;FSRF=178;FSRR=159;FWDB=-0.000134028;FXX=0.00125312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.578;QD=25.4684;RBI=0.012137;REFB=-0.00948181;REVB=-0.0121363;RO=266;SAF=216;SAR=241;SRF=152;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676346;STB=0.52388;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0156967;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:795:797:266:337:457:460:0.577164:241:216:152:114:243:217:178:159 chr1 144534096 . T C 5321.76 PASS AF=0.57346;AO=483;DP=846;FAO=484;FDP=844;FR=.;FRO=360;FSAF=237;FSAR=247;FSRF=174;FSRR=186;FWDB=-0.00916786;FXX=0.00236404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.552;QD=25.2216;RBI=0.0103784;REFB=-0.0096644;REVB=-0.00486434;RO=341;SAF=237;SAR=246;SRF=172;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105198;STB=0.502704;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00833075;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:846:844:341:360:483:484:0.57346:246:237:172:169:247:237:174:186 chr1 144534186 . TCG T 1012.92 PASS AF=0.194652;AO=174;DP=948;FAO=182;FDP=935;FR=.;FRO=753;FSAF=101;FSAR=81;FSRF=336;FSRR=417;FWDB=-0.00482589;FXX=0.0116278;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.721;QD=4.33336;RBI=0.0240945;REFB=-0.00615945;REVB=-0.0236063;RO=718;SAF=95;SAR=79;SRF=326;SRR=392;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119153;STB=0.586933;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.0281455;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194652:174:948:182:935:753:101:81:336:417:99:718:95:79:326:392 chr1 144615138 . T G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00901358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.088;QD=9.7602;RBI=0.0123818;REFB=-0.0125505;REVB=0.00848907;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0245016;OID=.;OPOS=144615138;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:5:7:5:2:5:7 chr1 144615245 . A AAAG 119.39 PASS AF=0.615385;AO=4;DP=34;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0277497;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=3;MLLD=160.775;QD=18.3677;RBI=0.0406498;REFB=-0.0382224;REVB=0.0297045;RO=30;SAF=2;SAR=2;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233745;STB=0.613484;STBP=0.181;TYPE=ins;VARB=0.019313;OID=.;OPOS=144615246;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:4:34:16:26:10:4:12:5:5:70:30:2:2:9:21 chr1 144615246 . A AG 71.49 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0215905;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.207;QD=10.9983;RBI=0.0308176;REFB=-0.0188045;REVB=-0.0219903;RO=23;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462616;STB=0.815611;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=0.0231991;OID=.;OPOS=144615247;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:10:34:11:26:15:1:10:7:8:71:23:1:9:9:14 chr1 144617179 . T C 200.57 PASS AF=0.153285;AO=41;DP=268;FAO=42;FDP=274;FR=.;FRO=232;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=108;FSRR=124;FWDB=-0.0109754;FXX=0.00724611;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.719;QD=2.92804;RBI=0.011123;REFB=-0.00491794;REVB=0.00180615;RO=225;SAF=17;SAR=24;SRF=106;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073478;STB=0.53163;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0294248;OID=.;OPOS=144617179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:274:225:232:41:42:0.153285:24:17:106:119:24:18:108:124 chr1 144617251 . A G 244.84 PASS AF=0.151163;AO=54;DP=344;FAO=52;FDP=344;FR=.;FRO=292;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=128;FSRR=164;FWDB=-0.0180384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.655;QD=2.84694;RBI=0.101148;REFB=-0.00739402;REVB=-0.0995262;RO=287;SAF=25;SAR=29;SRF=126;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312408;STB=0.536142;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0390332;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:344:287:292:54:52:0.151163:29:25:126:161:27:25:128:164 chr1 144618144 . A G 1023.46 PASS AF=0.197198;AO=181;DP=922;FAO=183;FDP=928;FR=.;FRO=745;FSAF=93;FSAR=90;FSRF=399;FSRR=346;FWDB=-0.00801343;FXX=0.00107641;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.727;QD=4.41145;RBI=0.0137452;REFB=-0.00661077;REVB=0.0111676;RO=739;SAF=92;SAR=89;SRF=398;SRR=341;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394343;STB=0.521995;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0181833;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:922:928:739:745:181:183:0.197198:89:92:398:341:90:93:399:346 chr1 144619346 . G A 5082.27 PASS AF=0.947945;AO=279;DP=370;FAO=346;FDP=365;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=176;FSAR=170;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0183469;FXX=0.0135131;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.691;QD=55.6961;RBI=0.0599357;REFB=-0.0403467;REVB=0.0570586;RO=20;SAF=146;SAR=133;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978331;STB=0.50366;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00464855;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:370:365:20:19:279:346:0.947945:133:146:12:8:170:176:11:8 chr1 144619354 . C T 437.47 PASS AF=0.181208;AO=81;DP=447;FAO=81;FDP=447;FR=.;FRO=366;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=182;FSRR=184;FWDB=-0.0230441;FXX=0.00223209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.399;QD=3.9147;RBI=0.0341138;REFB=-0.0124191;REVB=-0.025154;RO=360;SAF=34;SAR=47;SRF=181;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10814;STB=0.563796;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0429398;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:447:360:366:81:81:0.181208:47:34:181:179:47:34:182:184 chr1 144619389 . A C 39.54 PASS AF=0.0510204;AO=30;DP=588;FAO=30;FDP=588;FR=.;FRO=558;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=265;FSRR=293;FWDB=-0.0404562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.534;QD=0.268953;RBI=0.0414972;REFB=-0.00183467;REVB=-0.00923629;RO=551;SAF=14;SAR=16;SRF=258;SRR=293;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00157033;STB=0.507845;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0452255;OID=.;OPOS=144619389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:588:588:551:558:30:30:0.0510204:16:14:258:293:16:14:265:293 chr1 144619401 . A G 51.79 PASS AF=0.055205;AO=35;DP=635;FAO=35;FDP=634;FR=.;FRO=599;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=285;FSRR=314;FWDB=0.015319;FXX=0.00157478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.555;QD=0.326756;RBI=0.0186982;REFB=-0.0013926;REVB=0.0107215;RO=597;SAF=18;SAR=17;SRF=285;SRR=312;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378026;STB=0.536301;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.030199;OID=.;OPOS=144619401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:635:634:597:599:35:35:0.055205:17:18:285:312:17:18:285:314 chr1 144621504 . T G 75.01 PASS AF=0.141509;AO=15;DP=106;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.00127214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8194;QD=2.83056;RBI=0.0468394;REFB=0.000394042;REVB=-0.0468222;RO=91;SAF=6;SAR=9;SRF=56;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264431;STB=0.678608;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00429133;OID=.;OPOS=144621504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:106:106:91:91:15:15:0.141509:9:6:56:35:9:6:56:35 chr1 144621555 . A G 179.7 PASS AF=0.143911;AO=35;DP=272;FAO=39;FDP=271;FR=.,HEALED;FRO=232;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=142;FSRR=90;FWDB=-0.00722427;FXX=0.0181153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.562;QD=2.65242;RBI=0.00735275;REFB=-0.00143039;REVB=0.00136852;RO=191;SAF=8;SAR=27;SRF=112;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448221;STB=0.787287;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.015867;OID=.;OPOS=144621555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:191:232:35:39:0.143911:27:8:112:79:29:10:142:90 chr1 144621587 . AG GT 80.63 PASS AF=0.0817439;AO=30;DP=368;FAO=30;FDP=367;FR=.;FRO=337;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=175;FSRR=162;FWDB=-0.017904;FXX=0.00271732;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.11;QD=0.878792;RBI=0.0219083;REFB=-0.0022964;REVB=0.0126263;RO=333;SAF=22;SAR=8;SRF=175;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24865;STB=0.703397;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.0277074;OID=.;OPOS=144621587;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:368:367:333:337:30:30:0.0817439:8:22:175:158:8:22:175:162 chr1 144621642 . AG GA 161.31 PASS AF=0.121302;AO=41;DP=338;FAO=41;FDP=338;FR=.;FRO=297;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=133;FSRR=164;FWDB=-0.0139429;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.466;QD=1.90902;RBI=0.0144028;REFB=0.000104241;REVB=0.00361039;RO=294;SAF=29;SAR=12;SRF=132;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322287;STB=0.72407;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=-0.00122734;OID=.;OPOS=144621642;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:294:297:41:41:0.121302:12:29:132:162:12:29:133:164 chr1 144811836 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.43;QD=58.4197;RBI=0.0396288;REFB=0;REVB=0.0395957;RO=0;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52053e-05;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:19:44:0:0:19:44:0:0 chr1 144811924 . T G 5091.71 PASS AF=1;AO=321;DP=328;FAO=322;FDP=322;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800777;FXX=0.0212759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.815;QD=63.251;RBI=0.0277689;REFB=0;REVB=0.0265892;RO=0;SAF=185;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347017;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:328:322:0:0:321:322:1:136:185:0:0:137:185:0:0 chr1 144852390 . C T 164.77 PASS AF=0.191781;AO=28;DP=146;FAO=28;FDP=146;FR=.;FRO=118;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=67;FSRR=51;FWDB=0.00021996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.769;QD=4.51428;RBI=0.0119421;REFB=-0.00297582;REVB=-0.0119401;RO=118;SAF=13;SAR=15;SRF=67;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131688;STB=0.583032;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0133506;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:118:118:28:28:0.191781:15:13:67:51:15:13:67:51 chr1 144852450 . G A 98.69 PASS AF=0.150376;AO=20;DP=132;FAO=20;FDP=133;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=0.017379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9203;QD=2.96809;RBI=0.0944463;REFB=0.00402904;REVB=0.0928336;RO=112;SAF=6;SAR=14;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216573;STB=0.650238;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0196374;OID=.;OPOS=144852450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:132:133:112:113:20:20:0.150376:14:6:52:60:14:6:53:60 chr1 144852476 . TG CA,CG 395.55 PASS AF=0.196078,0.254902;AO=20,26;DP=102;FAO=20,26;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=6,12;FSAR=14,14;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00519781,-0.0162097;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=152.127,110.52;QD=15.5119;RBI=0.0573344,0.0607037;REFB=0.00717963,-0.00200708;REVB=-0.0570983,-0.0584995;RO=56;SAF=6,12;SAR=14,14;SRF=23;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.147468,0.0598713;STB=0.590022,0.535078;STBP=0.391,0.688;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00426739,-0.00273103;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:102:102:56:56:20,26:20,26:0.196078,0.254902:14,14:6,12:23:33:14,14:6,12:23:33 chr1 144852508 . AAACAT A 76.56 PASS AF=0.257143;AO=17;DP=72;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0065654;FXX=0.0410903;HRUN=3;LEN=5;MLLD=310.461;QD=4.37479;RBI=0.015887;REFB=0.000462461;REVB=0.0144669;RO=52;SAF=5;SAR=12;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989959;STB=0.526286;STBP=0.831;TYPE=del;VARB=-0.0013336;OID=.;OPOS=144852509;OREF=AACAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:17:72:18:70:52:6:12:19:33:76:52:5:12:19:33 chr1 144852518 . C T 140.32 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00315503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.957;QD=7.79571;RBI=0.0421101;REFB=-0.00126869;REVB=-0.0419917;RO=52;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888739;STB=0.553742;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0037401;OID=.;OPOS=144852518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:14:6:19:33:14:6:19:33 chr1 144852522 . C T 139.61 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00160789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.693;QD=7.65002;RBI=0.00205895;REFB=-0.00412819;REVB=-0.00128608;RO=53;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801445;STB=0.548539;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0132282;OID=.;OPOS=144852522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:14:6:19:34:14:6:19:34 chr1 144854180 . T C 915.36 PASS AF=0.226708;AO=145;DP=644;FAO=146;FDP=644;FR=.;FRO=498;FSAF=72;FSAR=74;FSRF=228;FSRR=270;FWDB=0.00767053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.812;QD=5.68547;RBI=0.0087835;REFB=-0.0146548;REVB=-0.00427935;RO=495;SAF=71;SAR=74;SRF=225;SRR=270;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451233;STB=0.527334;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0426183;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:644:644:495:498:145:146:0.226708:74:71:225:270:74:72:228:270 chr1 144854528 . A G 478.9 PASS AF=0.282051;AO=66;DP=234;FAO=66;FDP=234;FR=.;FRO=168;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=81;FSRR=87;FWDB=-0.00323869;FXX=0.00425514;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.384;QD=8.18636;RBI=0.0517084;REFB=-0.000333629;REVB=0.0516068;RO=168;SAF=32;SAR=34;SRF=81;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00331387;STB=0.501944;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0011152;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:168:168:66:66:0.282051:34:32:81:87:34:32:81:87 chr1 144854537 . T C 585.36 PASS AF=0.290909;AO=79;DP=273;FAO=80;FDP=275;FR=.;FRO=195;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=97;FSRR=98;FWDB=0.00562863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.134;QD=8.5143;RBI=0.00857553;REFB=0.000407811;REVB=-0.0064698;RO=192;SAF=42;SAR=37;SRF=94;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511122;STB=0.528441;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00141521;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:275:192:195:79:80:0.290909:37:42:94:98:37:43:97:98 chr1 144854564 . G A 332.54 PASS AF=0.170604;AO=65;DP=381;FAO=65;FDP=381;FR=.;FRO=316;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=160;FSRR=156;FWDB=0.0223261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.365;QD=3.49128;RBI=0.02786;REFB=-0.0025458;REVB=0.0166651;RO=314;SAF=34;SAR=31;SRF=158;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258109;STB=0.513898;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0121172;OID=.;OPOS=144854564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:381:314:316:65:65:0.170604:31:34:158:156:31:34:160:156 chr1 144854581 . T C 565.36 PASS AF=0.211236;AO=94;DP=445;FAO=94;FDP=445;FR=.;FRO=351;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=174;FSRR=177;FWDB=0.027121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.216;QD=5.08188;RBI=0.0344378;REFB=-0.00481161;REVB=-0.0212229;RO=351;SAF=40;SAR=54;SRF=174;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909203;STB=0.555672;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0176759;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:445:351:351:94:94:0.211236:54:40:174:177:54:40:174:177 chr1 144854594 . G T 582.18 PASS AF=0.213656;AO=97;DP=454;FAO=97;FDP=454;FR=.;FRO=357;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=176;FSRR=181;FWDB=-0.029864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.23;QD=5.12931;RBI=0.0335939;REFB=-0.0101528;REVB=-0.0153846;RO=355;SAF=44;SAR=53;SRF=176;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543945;STB=0.531056;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0352213;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:454:454:355:357:97:97:0.213656:53:44:176:179:53:44:176:181 chr1 144854597 . T C 2742.98 PASS AF=0.723457;AO=154;DP=432;FAO=293;FDP=405;FR=.,HEALED;FRO=111;FSAF=122;FSAR=171;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.03228;FXX=0.0939576;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3444;QD=27.0912;RBI=0.0481171;REFB=-0.0698311;REVB=0.0356828;RO=110;SAF=87;SAR=67;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504341;STB=0.524701;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0366864;OID=.;OPOS=144854597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:405:110:111:154:293:0.723457:67:87:55:55:171:122:56:55 chr1 144855782 . C T 137.2 PASS AF=0.193548;AO=24;DP=124;FAO=24;FDP=124;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=-0.045871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.54;QD=4.42577;RBI=0.0545372;REFB=-0.00959509;REVB=-0.0294985;RO=100;SAF=19;SAR=5;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44097;STB=0.780584;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0622294;OID=.;OPOS=144855782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:100:100:24:24:0.193548:5:19:45:55:5:19:45:55 chr1 144855812 . T C 199.09 PASS AF=0.309524;AO=25;DP=85;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0231815;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.821;QD=9.48024;RBI=0.0237323;REFB=-0.00211925;REVB=-0.00508326;RO=58;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294711;STB=0.656136;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00593646;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:58:58:25:26:0.309524:10:15:20:38:11:15:20:38 chr1 144856888 . C T 363.82 PASS AF=0.340909;AO=45;DP=133;FAO=45;FDP=132;FR=.;FRO=87;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=65;FWDB=0.0200669;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.438;QD=11.0249;RBI=0.0229337;REFB=0.00466493;REVB=-0.0111029;RO=87;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231458;STB=0.631526;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0092027;OID=.;OPOS=144856888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:87:87:45:45:0.340909:25:20:22:65:25:20:22:65 chr1 144859929 . C T 251.57 PASS AF=0.26087;AO=34;DP=136;FAO=36;FDP=138;FR=.;FRO=102;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0500409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5707;QD=7.29183;RBI=0.0517348;REFB=-0.011424;REVB=0.0131299;RO=100;SAF=13;SAR=21;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988718;STB=0.540419;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0332118;OID=.;OPOS=144859929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:100:102:34:36:0.26087:21:13:46:54:21:15:48:54 chr1 144865850 . G T 2189.32 PASS AF=0.465839;AO=224;DP=483;FAO=225;FDP=483;FR=.;FRO=258;FSAF=97;FSAR=128;FSRF=105;FSRR=153;FWDB=-0.0122915;FXX=0.00206607;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.471;QD=18.131;RBI=0.0162896;REFB=-0.00918619;REVB=0.0106898;RO=259;SAF=96;SAR=128;SRF=105;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231142;STB=0.513188;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.010284;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:483:483:259:258:224:225:0.465839:128:96:105:154:128:97:105:153 chr1 144866643 . G A 1155.23 PASS AF=0.442446;AO=123;DP=280;FAO=123;FDP=278;FR=.;FRO=155;FSAF=74;FSAR=49;FSRF=83;FSRR=72;FWDB=0.00223267;FXX=0.0071426;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.834;QD=16.622;RBI=0.00938101;REFB=-0.0121579;REVB=0.00911145;RO=154;SAF=74;SAR=49;SRF=82;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710956;STB=0.537868;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00973068;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:278:154:155:123:123:0.442446:49:74:82:72:49:74:83:72 chr1 144866662 . T C 2047.67 PASS AF=0.682353;AO=173;DP=255;FAO=174;FDP=255;FR=.;FRO=81;FSAF=96;FSAR=78;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.00667659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7811;QD=32.1203;RBI=0.0144841;REFB=-0.0154736;REVB=-0.0128534;RO=80;SAF=95;SAR=78;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379395;STB=0.517145;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00505636;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:80:81:173:174:0.682353:78:95:49:31:78:96:49:32 chr1 144866688 . G A 305.29 PASS AF=0.238342;AO=46;DP=193;FAO=46;FDP=193;FR=.;FRO=147;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=0.0118219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.64;QD=6.32732;RBI=0.014835;REFB=-0.00424294;REVB=-0.00896218;RO=147;SAF=25;SAR=21;SRF=82;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182619;STB=0.511025;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0130353;OID=.;OPOS=144866688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:147:147:46:46:0.238342:21:25:82:65:21:25:82:65 chr1 144868170 . C T 733.91 PASS AF=0.493151;AO=72;DP=146;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.00383729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.107;QD=20.1071;RBI=0.0220453;REFB=-0.0116951;REVB=0.0217087;RO=74;SAF=21;SAR=51;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105616;STB=0.558459;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0112523;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:74:74:72:72:0.493151:51:21:29:45:51:21:29:45 chr1 144871738 . C A 774.57 PASS AF=0.350554;AO=95;DP=271;FAO=95;FDP=271;FR=.;FRO=176;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=101;FSRR=75;FWDB=0.0175927;FXX=0.00367634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.598;QD=11.4328;RBI=0.02181;REFB=-0.0192524;REVB=0.0128909;RO=174;SAF=43;SAR=52;SRF=99;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131762;STB=0.578252;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0477074;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:174:176:95:95:0.350554:52:43:99:75:52:43:101:75 chr1 144871755 . A T 455.28 PASS AF=0.274678;AO=64;DP=233;FAO=64;FDP=233;FR=.;FRO=169;FSAF=13;FSAR=51;FSRF=94;FSRR=75;FWDB=0.00581856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.112;QD=7.81588;RBI=0.012383;REFB=-0.0141231;REVB=0.0109309;RO=167;SAF=13;SAR=51;SRF=92;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44839;STB=0.769045;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0479784;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:167:169:64:64:0.274678:51:13:92:75:51:13:94:75 chr1 144871782 . A G 332.79 PASS AF=0.252577;AO=45;DP=193;FAO=49;FDP=194;FR=.;FRO=145;FSAF=5;FSAR=44;FSRF=73;FSRR=72;FWDB=-0.0345174;FXX=0.0152277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.58;QD=6.86162;RBI=0.0346402;REFB=-0.0177964;REVB=-0.00291358;RO=140;SAF=5;SAR=40;SRF=72;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570841;STB=0.855269;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0489319;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:140:145:45:49:0.252577:40:5:72:68:44:5:73:72 chr1 144873887 . C T 1616.09 PASS AF=0.377246;AO=189;DP=502;FAO=189;FDP=501;FR=.;FRO=312;FSAF=128;FSAR=61;FSRF=191;FSRR=121;FWDB=-0.00310984;FXX=0.00199199;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1387;QD=12.9029;RBI=0.00761276;REFB=-0.0101041;REVB=0.0069486;RO=280;SAF=128;SAR=61;SRF=188;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070927;STB=0.544867;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0127425;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:501:280:312:189:189:0.377246:61:128:188:92:61:128:191:121 chr1 144874760 . T C 1195.32 PASS AF=0.434932;AO=127;DP=292;FAO=127;FDP=292;FR=.;FRO=165;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=97;FSRR=68;FWDB=-0.00689167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.929;QD=16.3743;RBI=0.0235978;REFB=-0.00958349;REVB=-0.0225691;RO=165;SAF=64;SAR=63;SRF=97;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855419;STB=0.547464;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0170114;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:165:165:127:127:0.434932:63:64:97:68:63:64:97:68 chr1 144874815 . T C 1045.3 PASS AF=0.389068;AO=121;DP=315;FAO=121;FDP=311;FR=.;FRO=190;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=108;FSRR=82;FWDB=-0.0103385;FXX=0.012698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.117;QD=13.4444;RBI=0.0113352;REFB=-0.0204257;REVB=0.00464778;RO=187;SAF=59;SAR=62;SRF=107;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914098;STB=0.549276;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0318343;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:311:187:190:121:121:0.389068:62:59:107:80:62:59:108:82 chr1 144877176 . C T 650.05 PASS AF=0.288462;AO=90;DP=312;FAO=90;FDP=312;FR=.;FRO=222;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=88;FSRR=134;FWDB=-0.00252252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.161;QD=8.33395;RBI=0.0458555;REFB=-0.00295556;REVB=-0.0457861;RO=218;SAF=40;SAR=50;SRF=88;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050577;STB=0.534876;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00699498;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:312:218:222:90:90:0.288462:50:40:88:130:50:40:88:134 chr1 144879090 . T C 846.68 PASS AF=0.450495;AO=91;DP=202;FAO=91;FDP=202;FR=.;FRO=111;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=-0.00392363;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=279.366;QD=16.766;RBI=0.00652141;REFB=-0.0154232;REVB=-0.00520902;RO=109;SAF=47;SAR=44;SRF=58;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153869;STB=0.503322;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0175907;OID=.;OPOS=144879090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:109:111:91:91:0.450495:44:47:58:51:44:47:58:53 chr1 144879264 . A G 6180.89 PASS AF=1;AO=340;DP=353;FAO=391;FDP=391;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=190;FSAR=201;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.318;QD=63.2317;RBI=0.0397497;REFB=0;REVB=0.0396593;RO=0;SAF=171;SAR=169;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.88612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202749;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:353:391:0:0:340:391:1:169:171:0:0:201:190:0:0 chr1 144879339 . C T 420.7 PASS AF=0.184834;AO=78;DP=421;FAO=78;FDP=422;FR=.;FRO=344;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=158;FSRR=186;FWDB=-0.00385551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.042;QD=3.98768;RBI=0.016202;REFB=-2.4624e-05;REVB=-0.0157365;RO=343;SAF=35;SAR=43;SRF=157;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117906;STB=0.508702;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=6.53245e-06;OID=.;OPOS=144879339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:422:343:344:78:78:0.184834:43:35:157:186:43:35:158:186 chr1 144879375 . T C 1023.55 PASS AF=0.380952;AO=120;DP=315;FAO=120;FDP=315;FR=.;FRO=195;FSAF=27;FSAR=93;FSRF=95;FSRR=100;FWDB=-0.0102276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2323;QD=12.9974;RBI=0.0345073;REFB=-0.00534804;REVB=0.0329568;RO=195;SAF=27;SAR=93;SRF=95;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325976;STB=0.685236;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00880867;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:195:195:120:120:0.380952:93:27:95:100:93:27:95:100 chr1 144880814 . G A 420.24 PASS AF=0.283654;AO=59;DP=209;FAO=59;FDP=208;FR=.;FRO=149;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=72;FSRR=77;FWDB=0.0743694;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9076;QD=8.08162;RBI=0.107209;REFB=0.00287482;REVB=0.0772199;RO=150;SAF=24;SAR=35;SRF=73;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988008;STB=0.555537;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00479645;OID=.;OPOS=144880814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:150:149:59:59:0.283654:35:24:73:77:35:24:72:77 chr1 144880832 . T C 235.44 PASS AF=0.208556;AO=39;DP=187;FAO=39;FDP=187;FR=.;FRO=148;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=68;FSRR=80;FWDB=-0.00642453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.111;QD=5.03615;RBI=0.0174741;REFB=-0.0126039;REVB=-0.0162502;RO=148;SAF=21;SAR=18;SRF=68;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100679;STB=0.562263;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.054187;OID=.;OPOS=144880832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:148:148:39:39:0.208556:18:21:68:80:18:21:68:80 chr1 144880864 . T A 242.05 PASS AF=0.257353;AO=35;DP=136;FAO=35;FDP=136;FR=.;FRO=101;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.0241532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.711;QD=7.11905;RBI=0.0338701;REFB=-0.00583165;REVB=-0.0237446;RO=99;SAF=19;SAR=16;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059188;STB=0.542833;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0216197;OID=.;OPOS=144880864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:99:101:35:35:0.257353:16:19:49:50:16:19:49:52 chr1 144881583 . A G 492.88 PASS AF=0.270992;AO=71;DP=261;FAO=71;FDP=262;FR=.;FRO=191;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=85;FSRR=106;FWDB=-0.0382758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.172;QD=7.52484;RBI=0.0387803;REFB=-0.00406806;REVB=-0.00623539;RO=190;SAF=24;SAR=47;SRF=85;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142081;STB=0.582466;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0108317;OID=.;OPOS=144881583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:190:191:71:71:0.270992:47:24:85:105:47:24:85:106 chr1 144882581 . A G 2177.94 PASS AF=0.505882;AO=215;DP=424;FAO=215;FDP=425;FR=.;FRO=210;FSAF=100;FSAR=115;FSRF=86;FSRR=124;FWDB=-0.00253035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5826;QD=20.4982;RBI=0.00351165;REFB=-0.0117671;REVB=-0.00243496;RO=209;SAF=100;SAR=115;SRF=86;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487991;STB=0.527708;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00978684;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:424:425:209:210:215:215:0.505882:115:100:86:123:115:100:86:124 chr1 144882823 . C T 1414.08 PASS AF=0.445104;AO=147;DP=334;FAO=150;FDP=337;FR=.;FRO=187;FSAF=57;FSAR=93;FSRF=96;FSRR=91;FWDB=-0.0142835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.131;QD=16.7844;RBI=0.0186457;REFB=-0.00927952;REVB=0.0119851;RO=187;SAF=54;SAR=93;SRF=96;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151295;STB=0.575666;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0123231;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:337:187:187:147:150:0.445104:93:54:96:91:93:57:96:91 chr1 144886197 . A T 1058.09 PASS AF=0.467811;AO=109;DP=233;FAO=109;FDP=233;FR=.;FRO=124;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=-0.0238445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.652;QD=18.1646;RBI=0.0238731;REFB=-0.00918763;REVB=0.00116741;RO=124;SAF=65;SAR=44;SRF=67;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553409;STB=0.530585;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00938035;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:124:124:109:109:0.467811:44:65:67:57:44:65:67:57 chr1 144892089 . G T 450.75 PASS AF=0.379562;AO=52;DP=137;FAO=52;FDP=137;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.00636693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7879;QD=13.1607;RBI=0.03369;REFB=0.0137513;REVB=-0.0330829;RO=85;SAF=31;SAR=21;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222174;STB=0.512615;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0249918;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:85:85:52:52:0.379562:21:31:49:36:21:31:49:36 chr1 144892149 . G A 593.6 PASS AF=0.370968;AO=69;DP=186;FAO=69;FDP=186;FR=.;FRO=117;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=75;FSRR=42;FWDB=0.0302978;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.77;QD=12.7656;RBI=0.0341631;REFB=-0.00973565;REVB=-0.0157848;RO=112;SAF=42;SAR=27;SRF=70;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188217;STB=0.521539;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00909139;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:112:117:69:69:0.370968:27:42:70:42:27:42:75:42 chr1 144909956 . G A 259.94 PASS AF=0.230337;AO=41;DP=177;FAO=41;FDP=178;FR=.;FRO=137;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=81;FWDB=-0.0565027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9565;QD=5.8413;RBI=0.085057;REFB=-0.00430882;REVB=-0.0635777;RO=136;SAF=11;SAR=30;SRF=56;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202116;STB=0.622035;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0165393;OID=.;OPOS=144909956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:136:137:41:41:0.230337:30:11:56:80:30:11:56:81 chr1 144912153 . A G 4906.74 PASS AF=1;AO=308;DP=309;FAO=313;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369712;FXX=0.006349;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.866;QD=62.7059;RBI=0.0213133;REFB=0;REVB=0.0209901;RO=1;SAF=136;SAR=172;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00276511;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00717e-05;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:309:313:1:0:308:313:1:172:136:0:1:174:139:0:0 chr1 144912233 . C T 1112.61 PASS AF=0.418685;AO=121;DP=289;FAO=121;FDP=289;FR=.;FRO=168;FSAF=45;FSAR=76;FSRF=60;FSRR=108;FWDB=-0.0255044;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.737;QD=15.3994;RBI=0.0256957;REFB=-0.00216895;REVB=0.00312931;RO=167;SAF=45;SAR=76;SRF=60;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141107;STB=0.509224;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0028931;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:167:168:121:121:0.418685:76:45:60:107:76:45:60:108 chr1 144915561 . G A 2161.84 PASS AF=0.502347;AO=214;DP=427;FAO=214;FDP=426;FR=.;FRO=212;FSAF=101;FSAR=113;FSRF=100;FSRR=112;FWDB=0.00457604;FXX=0.00234187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.666;QD=20.299;RBI=0.0265468;REFB=0.00366371;REVB=0.0261494;RO=212;SAF=101;SAR=113;SRF=100;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000241322;STB=0.500132;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00321745;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:426:212:212:214:214:0.502347:113:101:100:112:113:101:100:112 chr1 144915624 . G A 1294.16 PASS AF=0.45515;AO=133;DP=297;FAO=137;FDP=301;FR=.;FRO=164;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=66;FSRR=98;FWDB=0.0333952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.948;QD=17.1981;RBI=0.0368611;REFB=-0.00690066;REVB=0.0156044;RO=163;SAF=54;SAR=79;SRF=66;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00114168;STB=0.504712;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00787422;OID=.;OPOS=144915624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:301:163:164:133:137:0.45515:79:54:66:97:83:54:66:98 chr1 144916748 . C G 847.48 PASS AF=0.442211;AO=87;DP=199;FAO=88;FDP=199;FR=.;FRO=111;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=0.00393823;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.752;QD=17.0348;RBI=0.0246559;REFB=-0.0215441;REVB=0.0243393;RO=111;SAF=44;SAR=43;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738483;STB=0.53768;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0320668;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:111:111:87:88:0.442211:43:44:48:63:44:44:48:63 chr1 144917546 . A G 1120.14 PASS AF=0.447761;AO=120;DP=268;FAO=120;FDP=268;FR=.;FRO=148;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=63;FSRR=85;FWDB=0.0197073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9749;QD=16.7185;RBI=0.0290232;REFB=-0.0125978;REVB=-0.0213065;RO=147;SAF=50;SAR=70;SRF=63;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121395;STB=0.505108;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0155857;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:147:148:120:120:0.447761:70:50:63:84:70:50:63:85 chr1 144917841 . T C 861.83 PASS AF=0.470588;AO=87;DP=186;FAO=88;FDP=187;FR=.;FRO=99;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=65;FWDB=0.0017457;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.675;QD=18.435;RBI=0.00550254;REFB=-0.0186612;REVB=0.00521828;RO=99;SAF=36;SAR=51;SRF=34;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708305;STB=0.542389;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.021705;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:99:99:87:88:0.470588:51:36:34:65:51:37:34:65 chr1 144918957 . T A 818.36 PASS AF=0.482759;AO=84;DP=175;FAO=84;FDP=174;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0144669;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.324;QD=18.8128;RBI=0.027613;REFB=-0.0104919;REVB=0.0235199;RO=87;SAF=37;SAR=47;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346137;STB=0.507895;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0114998;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:87:90:84:84:0.482759:47:37:38:49:47:37:41:49 chr1 144918994 . G T 149.88 PASS AF=0.188406;AO=26;DP=140;FAO=26;FDP=138;FR=.;FRO=112;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=68;FWDB=-0.0378862;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.772;QD=4.34426;RBI=0.0387945;REFB=0.00104052;REVB=-0.00834553;RO=113;SAF=10;SAR=16;SRF=45;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182297;STB=0.507037;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00400057;OID=.;OPOS=144918994;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:113:112:26:26:0.188406:16:10:45:68:16:10:44:68 chr1 144922583 . G A 1010.4 PASS AF=0.436508;AO=110;DP=250;FAO=110;FDP=252;FR=.;FRO=142;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=67;FSRR=75;FWDB=-2.54365e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7867;QD=16.0382;RBI=0.0209557;REFB=-0.01197;REVB=-0.0209557;RO=140;SAF=47;SAR=63;SRF=66;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451318;STB=0.525456;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.014132;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:252:140:142:110:110:0.436508:63:47:66:74:63:47:67:75 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 1769.2 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=227;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0367635;FXX=0.217091;HRUN=1;LEN=14;MLLD=366.816;QD=59.469;RBI=0.0368136;REFB=0.0456803;REVB=-0.00192041;RO=90;SAF=28;SAR=89;SRF=65;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406256;STB=0.502762;STBP=0.612;TYPE=del;VARB=7.84038e-05;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991597:117:227:118:119:1:28:90:0:1:5:90:28:89:65:25 chr1 144930596 . C A 1122.59 PASS AF=0.42069;AO=118;DP=290;FAO=122;FDP=290;FR=.,HEALED;FRO=168;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=83;FSRR=85;FWDB=-0.0070866;FXX=0.0102386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.094;QD=15.484;RBI=0.00711589;REFB=-0.0181905;REVB=0.000644895;RO=123;SAF=67;SAR=51;SRF=83;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102978;STB=0.536856;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0200311;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:123:168:118:122:0.42069:51:67:83:40:54:68:83:85 chr1 144930940 . T C 804.58 PASS AF=0.482558;AO=83;DP=172;FAO=83;FDP=172;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.015722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7249;QD=18.711;RBI=0.0157287;REFB=-0.00192772;REVB=-0.000457737;RO=89;SAF=42;SAR=41;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214424;STB=0.511834;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00208611;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:89:89:83:83:0.482558:41:42:43:46:41:42:43:46 chr1 144931087 . T C 366.54 PASS AF=0.21978;AO=60;DP=273;FAO=60;FDP=273;FR=.;FRO=213;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=95;FSRR=118;FWDB=0.0296337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7562;QD=5.3706;RBI=0.029759;REFB=-0.00268606;REVB=0.00272797;RO=213;SAF=22;SAR=38;SRF=95;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10511;STB=0.564335;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0115;OID=.;OPOS=144931087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:213:213:60:60:0.21978:38:22:95:118:38:22:95:118 chr1 144931330 . C T 1246.09 PASS AF=0.43038;AO=136;DP=317;FAO=136;FDP=316;FR=.;FRO=180;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=90;FSRR=90;FWDB=-0.0171595;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.991;QD=15.7733;RBI=0.0215939;REFB=-0.00632167;REVB=0.0131091;RO=180;SAF=59;SAR=77;SRF=90;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068304;STB=0.537976;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00865993;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:316:180:180:136:136:0.43038:77:59:90:90:77:59:90:90 chr1 144931392 . G A 1489.52 PASS AF=0.440771;AO=160;DP=366;FAO=160;FDP=363;FR=.;FRO=203;FSAF=76;FSAR=84;FSRF=99;FSRR=104;FWDB=-0.00839157;FXX=0.0081965;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6409;QD=16.4135;RBI=0.0246469;REFB=-0.00326903;REVB=0.0231743;RO=203;SAF=76;SAR=84;SRF=99;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128237;STB=0.507106;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0037453;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:363:203:203:160:160:0.440771:84:76:99:104:84:76:99:104 chr1 144931461 . A T 263.28 PASS AF=0.212871;AO=43;DP=203;FAO=43;FDP=202;FR=.;FRO=159;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=87;FSRR=72;FWDB=-0.0128681;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.924;QD=5.21353;RBI=0.0264198;REFB=-0.0119545;REVB=-0.0230742;RO=160;SAF=21;SAR=22;SRF=88;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787205;STB=0.546186;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0305455;OID=.;OPOS=144931461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:160:159:43:43:0.212871:22:21:88:72:22:21:87:72 chr1 144931581 . C G 149.25 PASS AF=0.223301;AO=23;DP=103;FAO=23;FDP=103;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=0.00645037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.843;QD=5.7961;RBI=0.0356616;REFB=0.00159932;REVB=-0.0350734;RO=69;SAF=17;SAR=6;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127323;STB=0.582585;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00488632;OID=.;OPOS=144931581;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:80:23:23:0.223301:6:17:45:24:6:17:52:28 chr1 144952220 . C T 1087.53 PASS AF=0.433824;AO=118;DP=272;FAO=118;FDP=272;FR=.;FRO=154;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=100;FSRR=54;FWDB=0.00205275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.586;QD=15.9931;RBI=0.0071201;REFB=-0.00920113;REVB=-0.00681777;RO=154;SAF=71;SAR=47;SRF=100;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512962;STB=0.528467;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0136609;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:154:154:118:118:0.433824:47:71:100:54:47:71:100:54 chr1 144994658 . C A 2222.97 PASS AF=0.498871;AO=219;DP=443;FAO=221;FDP=443;FR=.;FRO=222;FSAF=122;FSAR=99;FSRF=113;FSRR=109;FWDB=0.011656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.075;QD=20.072;RBI=0.0177808;REFB=-0.0159345;REVB=0.0134274;RO=222;SAF=122;SAR=97;SRF=113;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044507;STB=0.521698;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0163357;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:443:222:222:219:221:0.498871:97:122:113:109:99:122:113:109 chr1 145014096 . G A 51.88 PASS AF=0.0985915;AO=14;DP=142;FAO=14;FDP=142;FR=.;FRO=128;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=-0.0105956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.95;QD=1.46134;RBI=0.0251982;REFB=-0.000833738;REVB=0.0228623;RO=128;SAF=8;SAR=6;SRF=69;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388084;STB=0.529489;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00588556;OID=.;OPOS=145014096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:142:142:128:128:14:14:0.0985915:6:8:69:59:6:8:69:59 chr1 145014103 . G C 706.03 PASS AF=0.48951;AO=69;DP=143;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.00608687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.233;QD=19.7492;RBI=0.0286923;REFB=-0.0133504;REVB=0.0280392;RO=73;SAF=39;SAR=30;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041997;STB=0.518842;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0163432;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:73:73:69:70:0.48951:30:39:38:35:31:39:38:35 chr1 145014210 . G A 116.71 PASS AF=0.213483;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0024386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.9921;QD=5.24553;RBI=0.0292903;REFB=-0.0110426;REVB=0.0291886;RO=61;SAF=8;SAR=11;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142648;STB=0.517055;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0137702;OID=.;OPOS=145014210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:89:61:70:19:19:0.213483:11:8:25:36:11:8:28:42 chr1 145014218 . G A 81.71 PASS AF=0.132353;AO=18;DP=136;FAO=18;FDP=136;FR=.;FRO=118;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=80;FWDB=-0.00446435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.251;QD=2.40317;RBI=0.00446508;REFB=-0.000311985;REVB=8.04576e-05;RO=118;SAF=7;SAR=11;SRF=38;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914132;STB=0.562654;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00180995;OID=.;OPOS=145014218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:136:136:118:118:18:18:0.132353:11:7:38:80:11:7:38:80 chr1 145014263 . C T 976.05 PASS AF=0.507937;AO=91;DP=184;FAO=96;FDP=189;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=68;FSRF=32;FSRR=61;FWDB=-0.00966322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6862;QD=20.657;RBI=0.0342061;REFB=-0.0245964;REVB=0.0328128;RO=92;SAF=28;SAR=63;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422062;STB=0.530415;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0187693;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:189:92:93:91:96:0.507937:63:28:32:60:68:28:32:61 chr1 145018023 . G T 522.83 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00611723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5025;QD=19.0122;RBI=0.0669253;REFB=-0.0387719;REVB=0.0666452;RO=53;SAF=28;SAR=26;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756955;STB=0.536314;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0408408;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:53:55:54:55:0.5:26:28:23:30:26:29:25:30 chr1 145038952 . C T 918.24 PASS AF=0.348765;AO=109;DP=320;FAO=113;FDP=324;FR=.;FRO=211;FSAF=33;FSAR=80;FSRF=69;FSRR=142;FWDB=-0.00525401;FXX=0.0121947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.589;QD=11.3363;RBI=0.00533051;REFB=-0.0110006;REVB=-0.000899855;RO=211;SAF=31;SAR=78;SRF=69;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585669;STB=0.526923;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0206499;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:324:211:211:109:113:0.348765:78:31:69:142:80:33:69:142 chr1 145039562 . C T 1411.7 PASS AF=0.436047;AO=148;DP=345;FAO=150;FDP=344;FR=.;FRO=194;FSAF=84;FSAR=66;FSRF=95;FSRR=99;FWDB=0.0647049;FXX=0.00289847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.491;QD=16.4151;RBI=0.0647565;REFB=-0.0204091;REVB=-0.00258417;RO=194;SAF=83;SAR=65;SRF=95;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729907;STB=0.53984;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0317357;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:344:194:194:148:150:0.436047:65:83:95:99:66:84:95:99 chr1 145039633 . C T 165.37 PASS AF=0.125382;AO=41;DP=328;FAO=41;FDP=327;FR=.;FRO=286;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=121;FSRR=165;FWDB=0.00491688;FXX=0.00304869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.842;QD=2.02285;RBI=0.040117;REFB=-0.00809011;REVB=-0.0398145;RO=285;SAF=24;SAR=17;SRF=120;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205773;STB=0.639185;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0578253;OID=.;OPOS=145039633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:327:285:286:41:41:0.125382:17:24:120:165:17:24:121:165 chr1 145074975 . G A 125.78 PASS AF=0.101064;AO=38;DP=376;FAO=38;FDP=376;FR=.;FRO=338;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=180;FSRR=158;FWDB=-0.00491847;FXX=0.00265245;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.348;QD=1.33805;RBI=0.0191485;REFB=-0.000917535;REVB=0.018506;RO=335;SAF=18;SAR=20;SRF=178;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704902;STB=0.552736;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00950788;OID=.;OPOS=145074975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:376:335:338:38:38:0.101064:20:18:178:157:20:18:180:158 chr1 145075683 . C T 643.95 PASS AF=0.259563;AO=95;DP=366;FAO=95;FDP=366;FR=.;FRO=271;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=133;FSRR=138;FWDB=-0.0481773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.269;QD=7.03774;RBI=0.0543684;REFB=-0.0237653;REVB=-0.0251967;RO=269;SAF=41;SAR=54;SRF=131;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697146;STB=0.544119;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.062613;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:366:269:271:95:95:0.259563:54:41:131:138:54:41:133:138 chr1 145075775 . G A 183.34 PASS AF=0.129794;AO=44;DP=339;FAO=44;FDP=339;FR=.;FRO=295;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=129;FSRR=166;FWDB=-0.0178197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2926;QD=2.16337;RBI=0.0494651;REFB=-0.00237728;REVB=0.0461439;RO=295;SAF=22;SAR=22;SRF=129;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799889;STB=0.554548;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0210449;OID=.;OPOS=145075775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:339:295:295:44:44:0.129794:22:22:129:166:22:22:129:166 chr1 145075809 . G A 46.82 PASS AF=0.0692042;AO=20;DP=289;FAO=20;FDP=289;FR=.;FRO=269;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=133;FSRR=136;FWDB=0.0193699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.137;QD=0.647976;RBI=0.031055;REFB=-0.00432307;REVB=-0.0242738;RO=269;SAF=11;SAR=9;SRF=133;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609227;STB=0.551661;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0358662;OID=.;OPOS=145075809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:289:289:269:269:20:20:0.0692042:9:11:133:136:9:11:133:136 chr1 145075854 . G C 984.96 PASS AF=0.502591;AO=91;DP=187;FAO=97;FDP=193;FR=.;FRO=96;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.0153568;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.975;QD=20.4136;RBI=0.0164054;REFB=-0.0111185;REVB=-0.0057711;RO=93;SAF=49;SAR=42;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403487;STB=0.523168;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00990756;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:193:93:96:91:97:0.502591:42:49:46:47:45:52:47:49 chr1 145103928 . G A 175.78 PASS AF=0.118252;AO=45;DP=386;FAO=46;FDP=389;FR=.;FRO=343;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=161;FSRR=182;FWDB=-0.0235204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.575;QD=1.80751;RBI=0.0318561;REFB=-0.00249438;REVB=-0.021485;RO=339;SAF=16;SAR=29;SRF=161;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152605;STB=0.589971;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0190307;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:389:339:343:45:46:0.118252:29:16:161:178:29:17:161:182 chr1 145103947 . T C 745.64 PASS AF=0.264563;AO=109;DP=414;FAO=109;FDP=412;FR=.;FRO=303;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=144;FSRR=159;FWDB=0.00334111;FXX=0.0119901;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.025;QD=7.23927;RBI=0.00759191;REFB=-0.00164945;REVB=-0.00681719;RO=299;SAF=47;SAR=62;SRF=144;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632505;STB=0.532721;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00519194;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:412:299:303:109:109:0.264563:62:47:144:155:62:47:144:159 chr1 145109549 . G T 785.15 PASS AF=0.175057;AO=153;DP=873;FAO=153;FDP=874;FR=.;FRO=721;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=334;FSRR=387;FWDB=-0.00639002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.16;QD=3.59337;RBI=0.0064312;REFB=0.000551812;REVB=-0.000726598;RO=718;SAF=67;SAR=86;SRF=333;SRR=385;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034072;STB=0.521115;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00227933;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:873:874:718:721:153:153:0.175057:86:67:333:385:86:67:334:387 chr1 145109583 . C A 3257.87 PASS AF=0.406181;AO=362;DP=904;FAO=368;FDP=906;FR=.;FRO=538;FSAF=168;FSAR=200;FSRF=243;FSRR=295;FWDB=-0.0160058;FXX=0.00657888;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4193;QD=14.3835;RBI=0.0421156;REFB=0.00288349;REVB=0.0389556;RO=504;SAF=168;SAR=194;SRF=240;SRR=264;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127307;STB=0.502903;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00436429;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:904:906:504:538:362:368:0.406181:194:168:240:264:200:168:243:295 chr1 145109661 . G A 810.61 PASS AF=0.202006;AO=141;DP=697;FAO=141;FDP=698;FR=.;FRO=557;FSAF=56;FSAR=85;FSRF=240;FSRR=317;FWDB=-0.00821236;FXX=0.00427954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.821;QD=4.64532;RBI=0.00944953;REFB=-0.00315344;REVB=0.00467447;RO=553;SAF=56;SAR=85;SRF=239;SRR=314;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467644;STB=0.527769;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0132553;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:697:698:553:557:141:141:0.202006:85:56:239:314:85:56:240:317 chr1 145112414 . T C 251.29 PASS AF=0.180077;AO=47;DP=261;FAO=47;FDP=261;FR=.;FRO=214;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=109;FSRR=105;FWDB=0.131198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.863;QD=3.85118;RBI=0.131529;REFB=-0.0062666;REVB=-0.00931469;RO=214;SAF=26;SAR=21;SRF=109;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567981;STB=0.536067;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0284906;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:214:214:47:47:0.180077:21:26:109:105:21:26:109:105 chr1 145112420 . C T 356.85 PASS AF=0.223485;AO=57;DP=262;FAO=59;FDP=264;FR=.;FRO=205;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=112;FSRR=93;FWDB=0.0383697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3984;QD=5.40686;RBI=0.0416147;REFB=-0.0122768;REVB=0.0161105;RO=202;SAF=24;SAR=33;SRF=110;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157112;STB=0.607727;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0619562;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:264:202:205:57:59:0.223485:33:24:110:92:35:24:112:93 chr1 145112428 . C T 240.04 PASS AF=0.173585;AO=44;DP=263;FAO=46;FDP=265;FR=.;FRO=219;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=111;FSRR=108;FWDB=-0.0132717;FXX=0.00375926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2793;QD=3.62318;RBI=0.0290527;REFB=-0.0067472;REVB=-0.0258442;RO=219;SAF=22;SAR=22;SRF=111;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884038;STB=0.51231;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0443557;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:265:219:219:44:46:0.173585:22:22:111:108:22:24:111:108 chr1 145112485 . C T 241.42 PASS AF=0.179592;AO=44;DP=246;FAO=44;FDP=245;FR=.;FRO=201;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=90;FSRR=111;FWDB=-0.0321262;FXX=0.00809684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3957;QD=3.94158;RBI=0.0367737;REFB=0.00750953;REVB=0.0178946;RO=200;SAF=19;SAR=25;SRF=89;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172669;STB=0.513273;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0453921;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:200:201:44:44:0.179592:25:19:89:111:25:19:90:111 chr1 145115810 . A G 2800.01 PASS AF=0.452566;AO=291;DP=644;FAO=291;FDP=643;FR=.;FRO=352;FSAF=136;FSAR=155;FSRF=171;FSRR=181;FWDB=0.00845643;FXX=0.00310073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.291;QD=17.4184;RBI=0.0131475;REFB=0.00290566;REVB=-0.010067;RO=352;SAF=136;SAR=155;SRF=171;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183535;STB=0.510125;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0029943;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:644:643:352:352:291:291:0.452566:155:136:171:181:155:136:171:181 chr1 145115820 . T C 758.65 PASS AF=0.206677;AO=130;DP=629;FAO=130;FDP=629;FR=.;FRO=499;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=241;FSRR=258;FWDB=-0.0149625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.178;QD=4.82448;RBI=0.0204284;REFB=-0.000253324;REVB=0.0139085;RO=498;SAF=67;SAR=63;SRF=240;SRR=258;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432634;STB=0.525698;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00300031;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:629:629:498:499:130:130:0.206677:63:67:240:258:63:67:241:258 chr1 145116147 . T TA 274.82 PASS AF=0.219807;AO=84;DP=418;FAO=91;FDP=414;FR=.;FRO=323;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=159;FSRR=164;FWDB=0.0761983;FXX=0.00480758;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.0509;QD=2.6553;RBI=0.0788291;REFB=0.000779814;REVB=-0.0201952;RO=328;SAF=42;SAR=42;SRF=162;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00787587;STB=0.506825;STBP=0.892;TYPE=ins;VARB=-0.00233606;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219807:84:418:91:414:323:44:47:159:164:99:328:42:42:162:166 chr1 145116192 . TG T 254.13 PASS AF=0.25908;AO=116;DP=415;FAO=107;FDP=413;FR=.;FRO=306;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=151;FSRR=155;FWDB=0.131948;FXX=0.00481916;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3006;QD=2.46126;RBI=0.138867;REFB=0.0243209;REVB=-0.0432874;RO=269;SAF=56;SAR=60;SRF=135;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230553;STB=0.515225;STBP=0.75;TYPE=del;VARB=-0.0764676;OID=.;OPOS=145116193;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25908:116:415:107:413:306:55:52:151:155:99:269:56:60:135:134 chr1 145116311 . G T 210.32 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=65;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=0.0262896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.732;QD=10.386;RBI=0.028989;REFB=-0.0195262;REVB=-0.0122156;RO=37;SAF=15;SAR=4;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371147;STB=0.75447;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0662179;OID=.;OPOS=145116311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:81:37:54:19:27:0.333333:4:15:30:7:2:25:40:14 chr1 145116326 . TG GT,TGT,TGTT,TT 321.27 PASS AF=0.160714,0.357143,0.125,0.267857;AO=5,7,7,14;DP=54;FAO=9,20,7,15;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=4,20,2,3;FSAR=5,0,5,12;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0614661,0.165721,0.0751173,-0.00292969;FXX=0.164155;HRUN=7,8,8,1;LEN=2,1,2,1;MLLD=25.0359,6.08625,8.99659,124.087;QD=22.9479;RBI=0.0845372,0.339773,0.180069,0.0203422;REFB=-0.209829,-0.251839,-0.154774,0.0202353;REVB=0.0580384,0.296618,0.163653,0.0201301;RO=5;SAF=3,7,4,3;SAR=2,0,3,11;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.389209,0,-0.335683,-0.404448;STB=0.691926,0.5,0.777056,0.726942;STBP=0.104,1,0.074,0.002;TYPE=mnp,ins,ins,snp;VARB=0.0498853,0.0678569,0.166855,0.0687485;OID=.,.,.,.;OPOS=145116326,145116328,145116328,145116327;OREF=TG,-,-,G;OALT=GT,T,TT,T;OMAPALT=GT,TGT,TGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:53:54:56:5:5:5,7,7,14:9,20,7,15:0.160714,0.357143,0.125,0.267857:2,0,3,11:3,7,4,3:5:0:5,0,5,12:4,20,2,3:5:0 chr1 145273302 . A G 392.52 PASS AF=0.212219;AO=66;DP=310;FAO=66;FDP=311;FR=.;FRO=245;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=197;FWDB=0.00389199;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.508;QD=5.04846;RBI=0.0264032;REFB=-0.0109453;REVB=-0.0261148;RO=242;SAF=31;SAR=35;SRF=48;SRR=194;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373455;STB=0.722253;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0256964;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:311:242:245:66:66:0.212219:35:31:48:194:35:31:48:197 chr1 145273345 . T C 634.1 PASS AF=0.219873;AO=104;DP=475;FAO=104;FDP=473;FR=.;FRO=369;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=71;FSRR=298;FWDB=-0.0188726;FXX=0.00421044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.399;QD=5.3624;RBI=0.0188937;REFB=-0.011556;REVB=-0.000893828;RO=370;SAF=46;SAR=58;SRF=71;SRR=299;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354914;STB=0.706989;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0264799;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:475:473:370:369:104:104:0.219873:58:46:71:299:58:46:71:298 chr1 145273431 . A G 227.8 PASS AF=0.125275;AO=57;DP=455;FAO=57;FDP=455;FR=.;FRO=398;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=95;FSRR=303;FWDB=-0.0560485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2555;QD=2.0026;RBI=0.0711819;REFB=-0.000838746;REVB=-0.0438797;RO=395;SAF=13;SAR=44;SRF=94;SRR=301;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175821;STB=0.513004;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00596178;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:455:455:395:398:57:57:0.125275:44:13:94:301:44:13:95:303 chr1 145277376 . A G 73.47 PASS AF=0.0892193;AO=24;DP=270;FAO=24;FDP=269;FR=.;FRO=245;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=110;FSRR=135;FWDB=-0.00751991;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.735;QD=1.09248;RBI=0.00817684;REFB=0.00020575;REVB=-0.00321117;RO=246;SAF=22;SAR=2;SRF=110;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547094;STB=0.919119;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00199039;OID=.;OPOS=145277376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:270:269:246:245:24:24:0.0892193:2:22:110:136:2:22:110:135 chr1 145277384 . T C 88.62 PASS AF=0.0971223;AO=27;DP=277;FAO=27;FDP=278;FR=.;FRO=251;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=114;FSRR=137;FWDB=-0.00890606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.754;QD=1.27512;RBI=0.0170598;REFB=0.000615957;REVB=0.0145505;RO=250;SAF=24;SAR=3;SRF=113;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523956;STB=0.890014;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00876939;OID=.;OPOS=145277384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:277:278:250:251:27:27:0.0971223:3:24:113:137:3:24:114:137 chr1 145277398 . A G 196.49 PASS AF=0.149466;AO=42;DP=281;FAO=42;FDP=281;FR=.;FRO=239;FSAF=39;FSAR=3;FSRF=111;FSRR=128;FWDB=-0.00113132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.739;QD=2.79704;RBI=0.00143048;REFB=-0.00285861;REVB=0.000875439;RO=239;SAF=39;SAR=3;SRF=111;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624513;STB=0.918839;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0116956;OID=.;OPOS=145277398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:239:239:42:42:0.149466:3:39:111:128:3:39:111:128 chr1 145277402 . A G 230.61 PASS AF=0.163701;AO=46;DP=280;FAO=46;FDP=281;FR=.;FRO=235;FSAF=43;FSAR=3;FSRF=109;FSRR=126;FWDB=-0.0107046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.652;QD=3.28265;RBI=0.0169879;REFB=-0.0060471;REVB=-0.013191;RO=234;SAF=43;SAR=3;SRF=108;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.646031;STB=0.923841;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0153729;OID=.;OPOS=145277402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:281:234:235:46:46:0.163701:3:43:108:126:3:43:109:126 chr1 145277411 . G A 271.13 PASS AF=0.184502;AO=50;DP=271;FAO=50;FDP=271;FR=.;FRO=221;FSAF=47;FSAR=3;FSRF=104;FSRR=117;FWDB=-0.00157947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.776;QD=4.00186;RBI=0.00283824;REFB=-0.000197484;REVB=0.00235815;RO=221;SAF=47;SAR=3;SRF=104;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.66076;STB=0.925465;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00405121;OID=.;OPOS=145277411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:221:221:50:50:0.184502:3:47:104:117:3:47:104:117 chr1 145277430 . T C 319.31 PASS AF=0.212245;AO=52;DP=246;FAO=52;FDP=245;FR=.;FRO=193;FSAF=49;FSAR=3;FSRF=94;FSRR=99;FWDB=-0.0169399;FXX=0.00406488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.189;QD=5.2132;RBI=0.0175596;REFB=-0.00362564;REVB=-0.00462373;RO=190;SAF=49;SAR=3;SRF=92;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.669212;STB=0.920766;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0344169;OID=.;OPOS=145277430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:190:193:52:52:0.212245:3:49:92:98:3:49:94:99 chr1 145277457 . A G 329.19 PASS AF=0.216327;AO=53;DP=236;FAO=53;FDP=245;FR=.;FRO=192;FSAF=50;FSAR=3;FSRF=89;FSRR=103;FWDB=-0.0167928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.013;QD=5.37456;RBI=0.071209;REFB=-0.0014486;REVB=-0.0692006;RO=183;SAF=50;SAR=3;SRF=89;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.67305;STB=0.92688;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00493329;OID=.;OPOS=145277457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:245:183:192:53:53:0.216327:3:50:89:94:3:50:89:103 chr1 145277469 . G A 424.06 PASS AF=0.223629;AO=52;DP=244;FAO=53;FDP=237;FR=.,HEALED;FRO=163;FSAF=50;FSAR=3;FSRF=63;FSRR=100;FWDB=-0.00954149;FXX=0.0326517;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.278;QD=7.15719;RBI=0.0527575;REFB=-0.0260553;REVB=-0.0518875;RO=122;SAF=49;SAR=3;SRF=31;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.779596;STB=0.938068;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0462397;OID=.;OPOS=145277469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:237:122:163:52:53:0.223629:3:49:31:91:3:50:63:100 chr1 145277481 . A G 319.74 PASS AF=0.213992;AO=52;DP=243;FAO=52;FDP=243;FR=.;FRO=191;FSAF=49;FSAR=3;FSRF=89;FSRR=102;FWDB=-0.0117515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.991;QD=5.26313;RBI=0.0186986;REFB=-0.00147955;REVB=-0.0145444;RO=191;SAF=49;SAR=3;SRF=89;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.678367;STB=0.925344;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0119184;OID=.;OPOS=145277481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:191:191:52:52:0.213992:3:49:89:102:3:49:89:102 chr1 145281408 . C T 180.44 PASS AF=0.111607;AO=50;DP=448;FAO=50;FDP=448;FR=.;FRO=398;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=213;FSRR=185;FWDB=-0.0249877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.376;QD=1.61107;RBI=0.0253442;REFB=-0.00353621;REVB=-0.00423594;RO=398;SAF=14;SAR=36;SRF=213;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317157;STB=0.725279;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0334602;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:448:398:398:50:50:0.111607:36:14:213:185:36:14:213:185 chr1 145281543 . C T 663.99 PASS AF=0.254545;AO=98;DP=385;FAO=98;FDP=385;FR=.;FRO=287;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=118;FSRR=169;FWDB=-0.00546667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.087;QD=6.89863;RBI=0.0292833;REFB=-0.0119815;REVB=-0.0287685;RO=287;SAF=45;SAR=53;SRF=118;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612053;STB=0.536253;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0333109;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:287:287:98:98:0.254545:53:45:118:169:53:45:118:169 chr1 145281613 . C A 216.48 PASS AF=0.160584;AO=44;DP=268;FAO=44;FDP=274;FR=.;FRO=230;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=102;FSRR=128;FWDB=-0.0444239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.038;QD=3.16026;RBI=0.0448095;REFB=-0.00730496;REVB=-0.00586569;RO=224;SAF=18;SAR=26;SRF=98;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375188;STB=0.529518;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0193104;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:274:224:230:44:44:0.160584:26:18:98:126:26:18:102:128 chr1 145281633 . C A 297.34 PASS AF=0.193431;AO=53;DP=274;FAO=53;FDP=274;FR=.;FRO=221;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=106;FSRR=115;FWDB=-0.0520599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.475;QD=4.34074;RBI=0.0527648;REFB=-0.0128904;REVB=-0.00859575;RO=221;SAF=23;SAR=30;SRF=106;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593289;STB=0.537113;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0450328;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:221:221:53:53:0.193431:30:23:106:115:30:23:106:115 chr1 145290409 . G A 201.87 PASS AF=0.132791;AO=47;DP=366;FAO=49;FDP=369;FR=.;FRO=320;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=147;FSRR=173;FWDB=-0.00867122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.908;QD=2.18823;RBI=0.00867923;REFB=-0.00149005;REVB=-0.000372867;RO=305;SAF=21;SAR=26;SRF=146;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408767;STB=0.527048;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00838249;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:369:305:320:47:49:0.132791:26:21:146:159:28:21:147:173 chr1 145290498 . T G 137.49 PASS AF=0.124088;AO=34;DP=274;FAO=34;FDP=274;FR=.;FRO=240;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=120;FSRR=120;FWDB=0.045865;FXX=0.00363623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.556;QD=2.00709;RBI=0.0465711;REFB=-0.00207007;REVB=0.00807905;RO=239;SAF=13;SAR=21;SRF=120;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151612;STB=0.6037;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0128989;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:239:240:34:34:0.124088:21:13:120:119:21:13:120:120 chr1 145293425 . C A 362.9 PASS AF=0.124011;AO=94;DP=758;FAO=94;FDP=758;FR=.;FRO=664;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=368;FSRR=296;FWDB=-0.00707041;FXX=0.00131751;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.08;QD=1.91506;RBI=0.0284951;REFB=-0.000966499;REVB=0.027604;RO=647;SAF=58;SAR=36;SRF=354;SRR=293;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913229;STB=0.556648;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00721934;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:758:758:647:664:94:94:0.124011:36:58:354:293:36:58:368:296 chr1 145293428 . G C 632.0 PASS AF=0.162469;AO=129;DP=792;FAO=129;FDP=794;FR=.;FRO=665;FSAF=80;FSAR=49;FSRF=361;FSRR=304;FWDB=-0.0263636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.77;QD=3.18389;RBI=0.0385382;REFB=0.00335232;REVB=0.0281096;RO=663;SAF=80;SAR=49;SRF=360;SRR=303;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102928;STB=0.5665;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0257452;OID=.;OPOS=145293428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:792:794:663:665:129:129:0.162469:49:80:360:303:49:80:361:304 chr1 145293490 . G C 90.12 PASS AF=0.0512346;AO=83;DP=1620;FAO=83;FDP=1620;FR=.;FRO=1537;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=741;FSRR=796;FWDB=-0.0480717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5137;QD=0.222514;RBI=0.0574368;REFB=-0.00276666;REVB=-0.0314339;RO=1528;SAF=50;SAR=33;SRF=734;SRR=794;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122038;STB=0.613565;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0671445;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:1620:1620:1528:1537:83:83:0.0512346:33:50:734:794:33:50:741:796 chr1 145293498 . G C 829.42 PASS AF=0.130462;AO=209;DP=1609;FAO=209;FDP=1602;FR=.;FRO=1393;FSAF=108;FSAR=101;FSRF=674;FSRR=719;FWDB=-0.00174747;FXX=0.00496891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.265;QD=2.07097;RBI=0.0221341;REFB=-0.00568875;REVB=0.022065;RO=1359;SAF=108;SAR=101;SRF=657;SRR=702;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429017;STB=0.528581;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0373561;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1609:1602:1359:1393:209:209:0.130462:101:108:657:702:101:108:674:719 chr1 145293510 . C G 879.7 PASS AF=0.134375;AO=215;DP=1600;FAO=215;FDP=1600;FR=.;FRO=1385;FSAF=109;FSAR=106;FSRF=670;FSRR=715;FWDB=-0.0276353;FXX=0.00124843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.187;QD=2.19924;RBI=0.0288784;REFB=-0.00328274;REVB=0.00838158;RO=1377;SAF=109;SAR=106;SRF=665;SRR=712;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031026;STB=0.520092;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0242721;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1600:1600:1377:1385:215:215:0.134375:106:109:665:712:106:109:670:715 chr1 145293566 . G A 1902.3 PASS AF=0.247644;AO=289;DP=1167;FAO=289;FDP=1167;FR=.;FRO=878;FSAF=123;FSAR=166;FSRF=407;FSRR=471;FWDB=-0.00512449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.108;QD=6.52029;RBI=0.00778292;REFB=0.0010112;REVB=-0.00585778;RO=876;SAF=123;SAR=166;SRF=406;SRR=470;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486341;STB=0.528943;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00330428;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1167:1167:876:878:289:289:0.247644:166:123:406:470:166:123:407:471 chr1 145296372 . A G 496.94 PASS AF=0.201405;AO=86;DP=427;FAO=86;FDP=427;FR=.;FRO=341;FSAF=58;FSAR=28;FSRF=178;FSRR=163;FWDB=0.0180535;FXX=0.0046619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.896;QD=4.65516;RBI=0.0193964;REFB=0.00051619;REVB=-0.00709158;RO=341;SAF=58;SAR=28;SRF=178;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203574;STB=0.626341;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00247671;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:427:341:341:86:86:0.201405:28:58:178:163:28:58:178:163 chr1 145296478 . G T 1224.56 PASS AF=0.76378;AO=97;DP=128;FAO=97;FDP=127;FR=.;FRO=30;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0206941;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.382;QD=38.5688;RBI=0.0216777;REFB=-0.0256851;REVB=-0.00645598;RO=30;SAF=57;SAR=40;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246607;STB=0.513168;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0084604;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:30:30:97:97:0.76378:40:57:16:14:40:57:16:14 chr1 145311083 . A C 3638.25 PASS AF=0.467925;AO=364;DP=788;FAO=372;FDP=795;FR=.;FRO=423;FSAF=190;FSAR=182;FSRF=195;FSRR=228;FWDB=0.00336854;FXX=0.00125627;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.08;QD=18.3057;RBI=0.00558499;REFB=-0.00958392;REVB=0.00445477;RO=420;SAF=189;SAR=175;SRF=196;SRR=224;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511605;STB=0.526457;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.011242;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:788:795:420:423:364:372:0.467925:175:189:196:224:182:190:195:228 chr1 145311110 . G C 1821.0 PASS AF=0.304183;AO=240;DP=792;FAO=240;FDP=789;FR=.;FRO=549;FSAF=122;FSAR=118;FSRF=259;FSRR=290;FWDB=0.011186;FXX=0.00378783;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.651;QD=9.23194;RBI=0.0114959;REFB=-0.00332921;REVB=0.00265109;RO=546;SAF=122;SAR=118;SRF=256;SRR=290;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04757;STB=0.525427;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0057319;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:792:789:546:549:240:240:0.304183:118:122:256:290:118:122:259:290 chr1 145311828 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.663;QD=40.7629;RBI=0.0510943;REFB=0;REVB=-0.0502205;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000870681;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr1 145365316 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0188557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.804;QD=15.7844;RBI=0.0226625;REFB=0.00413501;REVB=-0.012572;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552695;STB=0.531973;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00528902;OID=.;OPOS=145365316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:7:10:9:5:7:10 chr1 145365372 . C G 186.77 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0500043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3571;QD=19.6604;RBI=0.0500715;REFB=0.0154457;REVB=0.00259417;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467664;STB=0.526435;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0210105;OID=.;OPOS=145365372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:8:11:10:9:8:11 chr1 145368518 . C T 118.95 PASS AF=0.09375;AO=39;DP=415;FAO=39;FDP=416;FR=.;FRO=377;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=185;FSRR=192;FWDB=-0.0413827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5701;QD=1.1437;RBI=0.0527231;REFB=-0.00356589;REVB=-0.0326679;RO=376;SAF=17;SAR=22;SRF=184;SRR=192;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645749;STB=0.549838;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0335013;OID=.;OPOS=145368518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:416:376:377:39:39:0.09375:22:17:184:192:22:17:185:192 chr1 145379324 . C A 257.96 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.123898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.149;QD=11.5936;RBI=0.123926;REFB=-0.00308299;REVB=-0.00266807;RO=58;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138679;STB=0.579819;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.006497;OID=.;OPOS=145379324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:16:15:21:37:16:15:21:37 chr1 145379352 . T A 124.06 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0338373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.436;QD=7.5189;RBI=0.0364772;REFB=0.0011064;REVB=0.0136242;RO=48;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150966;STB=0.590811;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00482895;OID=.;OPOS=145379352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:9:9:18:30:9:9:18:30 chr1 145379371 . TCACCATTA T 43.99 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00856416;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=323.438;QD=3.03361;RBI=0.0146571;REFB=-0.000138191;REVB=-0.0118947;RO=48;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525109;STB=0.557889;STBP=0.828;TYPE=del;VARB=0.000879342;OID=.;OPOS=145379372;OREF=CACCATTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.137931:8:58:8:58:50:3:5:22:28:43:48:3:5:20:28 chr1 145395604 . T C 727.98 PASS AF=0.45977;AO=73;DP=174;FAO=80;FDP=174;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.0497433;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.73;QD=16.7351;RBI=0.0558136;REFB=-0.00523126;REVB=0.0253134;RO=93;SAF=26;SAR=47;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676392;STB=0.508351;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0054433;OID=.;OPOS=145395604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:93:94:73:80:0.45977:47:26:39:54:48:32:39:55 chr1 145397947 . A G 372.99 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=40;FWDB=0.0375024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7536;QD=17.7616;RBI=0.0379229;REFB=-0.00773928;REVB=-0.00563133;RO=45;SAF=5;SAR=34;SRF=5;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379015;STB=0.521116;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00983912;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:34:5:5:40:34:5:5:40 chr1 145416912 . T G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0625355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3495;QD=12.4818;RBI=0.0632627;REFB=0.0167484;REVB=0.00956426;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600117;STB=0.535459;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0230526;OID=.;OPOS=145416912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:10:9:5:7:10:9 chr1 145442254 . G C 771.73 PASS AF=0.548148;AO=66;DP=128;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0373502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.269;QD=22.866;RBI=0.0400657;REFB=-0.00424828;REVB=-0.0144991;RO=60;SAF=21;SAR=45;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168729;STB=0.553831;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0113203;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:135:60:61:66:74:0.548148:45:21:30:30:45:29:31:30 chr1 145532549 . T C 1884.88 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000228856;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.695;QD=59.8374;RBI=0.00175507;REFB=0.0407507;REVB=0.00174008;RO=1;SAF=51;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922467;STB=0.509614;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-7.97776e-05;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:1:2:124:124:0.984127:73:51:1:0:73:51:2:0 chr1 145533175 . T C 396.29 PASS AF=0.345324;AO=48;DP=136;FAO=48;FDP=139;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0200201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.302;QD=11.4041;RBI=0.0265022;REFB=-0.00474732;REVB=0.0173655;RO=88;SAF=23;SAR=25;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491752;STB=0.531583;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0109853;OID=.;OPOS=145533175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:88:91:48:48:0.345324:25:23:46:42:25:23:48:43 chr1 145561594 . C T 100.36 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0110331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.584;QD=8.1927;RBI=0.0210905;REFB=-0.0187638;REVB=0.0179744;RO=35;SAF=12;SAR=1;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659318;STB=0.906538;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0218106;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:36:13:13:0.265306:1:12:14:21:1:12:15:21 chr1 145562293 . G C 332.3 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0500257;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.993;QD=16.4101;RBI=0.0534303;REFB=-0.0145228;REVB=-0.0187676;RO=45;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447437;STB=0.525126;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0204315;OID=.;OPOS=145562293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:45:45:36:36:0.444444:20:16:18:27:20:16:18:27 chr1 145562881 . T C 1322.59 PASS AF=0.501887;AO=133;DP=265;FAO=133;FDP=265;FR=.;FRO=132;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=44;FSRR=88;FWDB=-0.0339944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2214;QD=19.9637;RBI=0.034013;REFB=-9.22929e-05;REVB=-0.00112516;RO=132;SAF=64;SAR=69;SRF=44;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135586;STB=0.574161;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=1.81033e-05;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:132:132:133:133:0.501887:69:64:44:88:69:64:44:88 chr1 145586309 . C T 3369.99 PASS AF=0.990909;AO=218;DP=220;FAO=218;FDP=220;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=118;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00176021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.648;QD=61.2725;RBI=0.0282222;REFB=0.0632124;REVB=0.0281672;RO=1;SAF=100;SAR=118;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474076;STB=0.500378;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.000205308;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:220:220:1:2:218:218:0.990909:118:100:1:0:118:100:1:1 chr1 145586403 . G T 4370.29 PASS AF=1;AO=271;DP=273;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.28514e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.18;QD=62.8819;RBI=0.0196953;REFB=0;REVB=0.0196951;RO=0;SAF=129;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7012e-06;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:273:278:0:0:271:278:1:142:129:0:0:143:135:0:0 chr1 145588905 . G A 368.59 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0472974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7102;QD=16.9466;RBI=0.0479846;REFB=0.0212014;REVB=0.00809216;RO=47;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150783;STB=0.589429;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0252672;OID=.;OPOS=145588905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:48:39:39:0.448276:18:21:18:29:18:21:18:30 chr1 146057292 . T C 653.83 PASS AF=0.436364;AO=72;DP=165;FAO=72;FDP=165;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.000775749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.59;QD=15.8504;RBI=0.0318027;REFB=-0.00635562;REVB=-0.0317933;RO=93;SAF=32;SAR=40;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401268;STB=0.522382;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0098003;OID=.;OPOS=146057292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:93:93:72:72:0.436364:40:32:45:48:40:32:45:48 chr1 146395447 . A G 421.5 PASS AF=0.310734;AO=55;DP=177;FAO=55;FDP=177;FR=.;FRO=122;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=68;FSRR=54;FWDB=-0.000254415;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.103;QD=9.52533;RBI=0.0188556;REFB=-0.0201058;REVB=-0.0188539;RO=121;SAF=30;SAR=25;SRF=67;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00988698;STB=0.508296;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0378206;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:121:122:55:55:0.310734:25:30:67:54:25:30:68:54 chr1 146476776 . T A 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0446438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.237;QD=14.0442;RBI=0.0504208;REFB=-0.0246288;REVB=0.0234348;RO=40;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369568;STB=0.521038;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0359274;OID=.;OPOS=146476776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:13:15:20:20:13:15:20:20 chr1 146672906 . C T 2281.64 PASS AF=0.980769;AO=152;DP=157;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0207945;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.175;QD=58.5037;RBI=0.0229762;REFB=0.0135417;REVB=0.00977225;RO=1;SAF=64;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537512;STB=0.504899;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00052827;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:156:1:3:152:153:0.980769:88:64:0:1:89:64:2:1 chr1 146728162 . T TA 911.48 PASS AF=1;AO=81;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437029;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.2157;QD=43.4037;RBI=0.10638;REFB=0;REVB=-0.0969886;RO=1;SAF=36;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00214536;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:85:84:84:0:37:47:0:0:18:1:36:45:1:0 chr1 146751782 . A C 2811.3 PASS AF=0.994475;AO=180;DP=181;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00853106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.468;QD=62.1283;RBI=0.0417926;REFB=-0.0592103;REVB=0.0409126;RO=0;SAF=76;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502392;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=6.50501e-05;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:181:0:1:180:180:0.994475:104:76:0:0:104:76:0:1 chr1 146767149 . G T 3105.54 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.548;QD=61.8018;RBI=0.00648434;REFB=0;REVB=-0.00328825;RO=0;SAF=101;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87801e-06;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:201:0:0:200:201:1:99:101:0:0:99:102:0:0 chr1 147091490 . T TC 36.33 PASS AF=0.190476;AO=7;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=0.0386296;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.4683;QD=2.30664;RBI=0.253475;REFB=-0.0286025;REVB=-0.250514;RO=50;SAF=0;SAR=7;SRF=38;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.755839;STB=0.942963;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=-0.0953165;OID=.;OPOS=147091491;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476:7:63:12:63:51:1:11:37:14:36:50:0:7:38:12 chr1 147119273 . G A 1377.97 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.552;QD=61.2429;RBI=0.020825;REFB=-0.0864199;REVB=0.0132216;RO=1;SAF=47;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997538;STB=0.505153;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000279136;OID=.;OPOS=147119273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:87:89:0.988889:40:47:1:0:41:48:1:0 chr1 147121977 . C T 3124.08 PASS AF=1;AO=195;DP=198;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293671;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.372;QD=64.0838;RBI=0.0148458;REFB=0;REVB=0.0145524;RO=0;SAF=102;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.65558e-06;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:195:0:0:195:195:1:93:102:0:0:93:102:0:0 chr1 147124310 . T G 3657.21 PASS AF=0.987342;AO=232;DP=235;FAO=234;FDP=237;FR=.;FRO=3;FSAF=123;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0040746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0864;QD=61.7251;RBI=0.0219724;REFB=0.00161079;REVB=0.0215913;RO=3;SAF=122;SAR=110;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343502;STB=0.50179;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=4.6447e-05;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:235:237:3:3:232:234:0.987342:110:122:2:1:111:123:2:1 chr1 147229299 . G A 347.66 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0585861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4383;QD=51.5049;RBI=0.0848259;REFB=-0.000378926;REVB=-0.0613441;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00253504;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:1:0:16:10:1:0 chr1 147735828 . C T 993.5 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0927923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1459;QD=57.5943;RBI=0.0934706;REFB=0.00859407;REVB=-0.0112394;RO=1;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116708;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00164569;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:40:28:0:1:40:28:0:1 chr1 147781062 . A G 2253.8 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.61;QD=63.0433;RBI=0.0390154;REFB=0;REVB=0.00579611;RO=0;SAF=53;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4047e-05;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:88:53:0:0:89:54:0:0 chr1 147806874 . G C 2083.82 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.728;QD=62.6714;RBI=0.0261232;REFB=0;REVB=-0.00560267;RO=0;SAF=59;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38227e-05;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:73:59:0:0:74:59:0:0 chr1 147806880 . T C 1932.69 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.718;QD=61.8462;RBI=0.0416838;REFB=0;REVB=0.0395828;RO=0;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15808e-05;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:67:58:0:0:67:58:0:0 chr1 147825732 . C G 310.94 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0146876;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.831;QD=11.3069;RBI=0.0177346;REFB=-0.0118192;REVB=0.0099392;RO=71;SAF=21;SAR=18;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00367196;STB=0.502109;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0217007;OID=.;OPOS=147825732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:71:39:39:0.354545:18:21:38:33:18:21:38:33 chr1 147825763 . G A 294.7 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0202994;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.106;QD=12.4086;RBI=0.0207964;REFB=-0.0135491;REVB=-0.0045193;RO=61;SAF=18;SAR=16;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602278;STB=0.534633;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.021115;OID=.;OPOS=147825763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:61:61:34:34:0.357895:16:18:29:32:16:18:29:32 chr1 147825765 . G A 316.16 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0346098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.766;QD=13.0373;RBI=0.0350561;REFB=-0.00272267;REVB=0.0055758;RO=61;SAF=19;SAR=17;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574954;STB=0.532895;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0161656;OID=.;OPOS=147825765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:17:19:29:32:17:19:29:32 chr1 147825769 . G A 647.74 PASS AF=0.612903;AO=56;DP=92;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0330385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.058;QD=27.8598;RBI=0.0365042;REFB=0.0138557;REVB=0.0155246;RO=34;SAF=27;SAR=29;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328402;STB=0.531663;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00420231;OID=.;OPOS=147825769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:34:36:56:57:0.612903:29:27:18:16:30:27:20:16 chr1 147994177 . T A 44.76 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0711245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.482;QD=25.5768;RBI=0.0768667;REFB=-0.0613718;REVB=0.0291512;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0145112;OID=.;OPOS=147994177;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:1:1:5:6:0.857143:3:2:0:1:3:3:0:1 chr1 148000829 . G A 50.32 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0211856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6078;QD=2.21187;RBI=0.0587885;REFB=0.00233262;REVB=0.0548385;RO=79;SAF=3;SAR=8;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219191;STB=0.656288;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0059072;OID=.;OPOS=148000829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:91:91:79:80:11:11:0.120879:8:3:35:44:8:3:35:45 chr1 148000850 . A G 1153.82 PASS AF=0.952941;AO=72;DP=84;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0603862;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6472;QD=54.2973;RBI=0.065436;REFB=-0.0273838;REVB=0.0252068;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519995;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000989241;OID=.;OPOS=148000850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:84:85:0:4:72:81:0.952941:41:31:0:0:48:33:0:4 chr1 148000879 . C G 530.01 PASS AF=0.568182;AO=49;DP=87;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.000248721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.572;QD=24.0912;RBI=0.014625;REFB=0.00314318;REVB=-0.0146229;RO=37;SAF=13;SAR=36;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224908;STB=0.501768;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0016519;OID=.;OPOS=148000879;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:37:38:49:50:0.568182:36:13:9:28:37:13:10:28 chr1 148004758 . A C 137.61 PASS AF=0.216495;AO=21;DP=98;FAO=21;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.00107885;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.958;QD=5.67448;RBI=0.010195;REFB=-0.00122873;REVB=-0.0101378;RO=77;SAF=10;SAR=11;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768768;STB=0.553857;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0089152;OID=.;OPOS=148004758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:77:76:21:21:0.216495:11:10:32:45:11:10:31:45 chr1 148017578 . C T 349.78 PASS AF=0.8;AO=28;DP=35;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00162309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.006;QD=39.975;RBI=0.176025;REFB=0.0187195;REVB=-0.176018;RO=7;SAF=18;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289566;STB=0.515684;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0062197;OID=.;OPOS=148017578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:7:7:28:28:0.8:10:18:5:2:10:18:5:2 chr1 148023040 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.168;QD=45.8062;RBI=0.0781856;REFB=0;REVB=0.000939301;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594866;OID=.;OPOS=148023040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr1 148341871 . G A 69.81 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.031433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.312;QD=4.98676;RBI=0.038746;REFB=-0.00453056;REVB=-0.0226542;RO=45;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578742;STB=0.865311;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0455516;OID=.;OPOS=148341871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:2:9:14:31:2:9:14:31 chr1 148598307 . A G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00308314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.16;QD=8.2456;RBI=0.0520499;REFB=0.00735946;REVB=-0.0519585;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211684;STB=0.633402;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0374314;OID=.;OPOS=148598307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:7:8:5:2:7:8 chr1 148598361 . T C 58.54 PASS AF=0.1875;AO=10;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0331332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.975;QD=4.87864;RBI=0.0339655;REFB=-0.00324904;REVB=0.00747345;RO=38;SAF=2;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337676;STB=0.695864;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0119019;OID=.;OPOS=148598361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:38:39:10:9:0.1875:8:2:17:21:7:2:17:22 chr1 149155848 . C T 1043.9 PASS AF=0.459916;AO=107;DP=234;FAO=109;FDP=237;FR=.;FRO=128;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=57;FSRR=71;FWDB=-0.038854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5351;QD=17.6186;RBI=0.0388803;REFB=-0.0070458;REVB=-0.00142972;RO=127;SAF=46;SAR=61;SRF=56;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110194;STB=0.51284;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00724491;OID=.;OPOS=149155848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:237:127:128:107:109:0.459916:61:46:56:71:63:46:57:71 chr1 149211947 . C G 138.24 PASS AF=0.131148;AO=32;DP=242;FAO=32;FDP=244;FR=.;FRO=212;FSAF=2;FSAR=30;FSRF=101;FSRR=111;FWDB=-0.020177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3959;QD=2.26614;RBI=0.0439099;REFB=0.00369455;REVB=-0.0389996;RO=210;SAF=2;SAR=30;SRF=101;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589938;STB=0.916076;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0265809;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:244:210:212:32:32:0.131148:30:2:101:109:30:2:101:111 chr1 149211962 . T C 235.72 PASS AF=0.16263;AO=46;DP=289;FAO=47;FDP=289;FR=.;FRO=242;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=113;FSRR=129;FWDB=-0.00806295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.359;QD=3.26262;RBI=0.00874417;REFB=-0.00710818;REVB=-0.00338369;RO=242;SAF=8;SAR=38;SRF=113;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413632;STB=0.755055;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0246686;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:242:242:46:47:0.16263:38:8:113:129:38:9:113:129 chr1 149211967 . G A 296.94 PASS AF=0.178914;AO=55;DP=313;FAO=56;FDP=313;FR=.;FRO=257;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=122;FSRR=135;FWDB=-0.0123415;FXX=0.00318461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.593;QD=3.79479;RBI=0.0204006;REFB=-0.00575112;REVB=-0.0162441;RO=254;SAF=17;SAR=38;SRF=122;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228991;STB=0.630732;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0195848;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:254:257:55:56:0.178914:38:17:122:132:38:18:122:135 chr1 149211975 . C A 354.39 PASS AF=0.189911;AO=62;DP=336;FAO=64;FDP=337;FR=.;FRO=273;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=126;FSRR=147;FWDB=-0.0025744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3591;QD=4.20638;RBI=0.0171338;REFB=-0.00513035;REVB=-0.0169393;RO=272;SAF=21;SAR=41;SRF=125;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162205;STB=0.599158;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0214808;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:337:272:273:62:64:0.189911:41:21:125:147:42:22:126:147 chr1 149211992 . G A 581.94 PASS AF=0.229798;AO=91;DP=395;FAO=91;FDP=396;FR=.;FRO=305;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=135;FSRR=170;FWDB=-0.0172019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.314;QD=5.87819;RBI=0.017687;REFB=-0.00364507;REVB=-0.00411407;RO=295;SAF=38;SAR=53;SRF=134;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474193;STB=0.519692;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0120111;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:396:295:305:91:91:0.229798:53:38:134:161:53:38:135:170 chr1 149211998 . T G 595.01 PASS AF=0.230024;AO=95;DP=413;FAO=95;FDP=413;FR=.;FRO=318;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=138;FSRR=180;FWDB=-0.0421852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5226;QD=5.76285;RBI=0.0428612;REFB=-0.00367201;REVB=-0.00758187;RO=314;SAF=40;SAR=55;SRF=134;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743929;STB=0.510159;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0144843;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:413:314:318:95:95:0.230024:55:40:134:180:55:40:138:180 chr1 149224135 . G A 217.34 PASS AF=0.150327;AO=46;DP=306;FAO=46;FDP=306;FR=.;FRO=260;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=145;FSRR=115;FWDB=-0.0279111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.053;QD=2.84108;RBI=0.028239;REFB=-0.00204585;REVB=0.00429091;RO=260;SAF=18;SAR=28;SRF=145;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212105;STB=0.639335;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0112021;OID=.;OPOS=149224135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:260:260:46:46:0.150327:28:18:145:115:28:18:145:115 chr1 149286406 . T C 40.53 PASS AF=0.0630631;AO=19;DP=323;FAO=21;FDP=333;FR=.;FRO=312;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=109;FSRR=203;FWDB=-0.106167;FXX=0.00596997;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2121;QD=0.48685;RBI=0.106814;REFB=-0.00369941;REVB=-0.0117397;RO=304;SAF=5;SAR=14;SRF=102;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871432;STB=0.624743;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0439994;OID=.;OPOS=149286406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:323:333:304:312:19:21:0.0630631:14:5:102:202:16:5:109:203 chr1 149286469 . C G 433.93 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.00472725;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.341;QD=16.2217;RBI=0.0148273;REFB=-0.0114589;REVB=0.0140535;RO=58;SAF=14;SAR=34;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218895;STB=0.519917;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0121319;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:58:59:48:48:0.448598:34:14:18:40:34:14:19:40 chr1 149287392 . T G 907.65 PASS AF=0.342508;AO=112;DP=329;FAO=112;FDP=327;FR=.;FRO=215;FSAF=37;FSAR=75;FSRF=82;FSRR=133;FWDB=-0.0201297;FXX=0.00607884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.308;QD=11.1027;RBI=0.0326726;REFB=0.000425727;REVB=-0.0257351;RO=214;SAF=37;SAR=75;SRF=81;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610548;STB=0.536965;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.000905397;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:327:214:215:112:112:0.342508:75:37:81:133:75:37:82:133 chr1 149294658 . G A 279.07 PASS AF=0.189091;AO=42;DP=268;FAO=52;FDP=275;FR=.;FRO=223;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=118;FSRR=105;FWDB=0.0150093;FXX=0.0143364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.334;QD=4.05917;RBI=0.0150376;REFB=-0.00403705;REVB=-0.000921718;RO=224;SAF=16;SAR=26;SRF=117;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18211;STB=0.523627;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0170784;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:275:224:223:42:52:0.189091:26:16:117:107:26:26:118:105 chr1 149294693 . G C 337.32 PASS AF=0.210332;AO=55;DP=271;FAO=57;FDP=271;FR=.;FRO=214;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=105;FSRR=109;FWDB=-0.00119821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.517;QD=4.97893;RBI=0.00997408;REFB=-0.00546212;REVB=-0.00990185;RO=213;SAF=30;SAR=25;SRF=104;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735265;STB=0.542014;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0211807;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:213:214:55:57:0.210332:25:30:104:109:26:31:105:109 chr1 149298542 . C A 41.63 PASS AF=0.235294;AO=5;DP=31;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=24;FWDB=0.0180072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.94;QD=4.89807;RBI=0.0215297;REFB=-0.0103855;REVB=-0.0118011;RO=21;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242433;STB=0.713924;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0740184;OID=.;OPOS=149298542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:31:34:21:26:5:8:0.235294:4:1:2:19:6:2:2:24 chr1 149298554 . C A 105.44 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0329995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.428;QD=8.11046;RBI=0.0362135;REFB=-0.0202157;REVB=-0.0149149;RO=37;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913762;STB=0.574513;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0519181;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:11:3:10:27:11:3:11:27 chr1 149298562 . GC AT 74.08 PASS AF=0.183099;AO=13;DP=71;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.0160734;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.355;QD=4.17371;RBI=0.0182186;REFB=-0.00243059;REVB=-0.00857701;RO=55;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184642;STB=0.597947;STBP=0.506;TYPE=mnp;VARB=0.0109262;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:71:71:55:58:13:13:0.183099:8:5:14:41:8:5:16:42 chr1 149298603 . G A 126.53 PASS AF=0.19469;AO=22;DP=113;FAO=22;FDP=113;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=63;FWDB=0.00585722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.899;QD=4.4788;RBI=0.00613528;REFB=-0.00283386;REVB=-0.00182609;RO=89;SAF=9;SAR=13;SRF=28;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128828;STB=0.58705;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00989689;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:89:91:22:22:0.19469:13:9:28:61:13:9:28:63 chr1 149334339 . G C 2652.8 PASS AF=0.38896;AO=303;DP=781;FAO=303;FDP=779;FR=.;FRO=476;FSAF=110;FSAR=193;FSRF=145;FSRR=331;FWDB=-0.0143086;FXX=0.00256079;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.491;QD=13.6216;RBI=0.0143128;REFB=-0.0060301;REVB=0.000349264;RO=471;SAF=110;SAR=193;SRF=142;SRR=329;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742552;STB=0.53942;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00953224;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:781:779:471:476:303:303:0.38896:193:110:142:329:193:110:145:331 chr1 149514196 . G C 292.62 PASS AF=0.272109;AO=40;DP=147;FAO=40;FDP=147;FR=.;FRO=107;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=0.010495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.144;QD=7.96244;RBI=0.0308133;REFB=-0.00421819;REVB=-0.0289709;RO=106;SAF=15;SAR=25;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210736;STB=0.628119;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0106069;OID=.;OPOS=149514196;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:106:107:40:40:0.272109:25:15:58:48:25:15:59:48 chr1 149664423 . A G 916.43 PASS AF=0.407115;AO=102;DP=252;FAO=103;FDP=253;FR=.;FRO=150;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=71;FSRR=79;FWDB=0.0477601;FXX=0.0193791;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.312;QD=14.4891;RBI=0.048445;REFB=-0.00908568;REVB=-0.00811702;RO=147;SAF=55;SAR=47;SRF=71;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593743;STB=0.541719;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0123146;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:253:147:150:102:103:0.407115:47:55:71:76:47:56:71:79 chr1 149676264 . T C 142.16 PASS AF=0.152632;AO=29;DP=189;FAO=29;FDP=190;FR=.;FRO=161;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=78;FSRR=83;FWDB=-0.040234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5665;QD=2.99279;RBI=0.0482299;REFB=0.00281192;REVB=-0.026596;RO=160;SAF=15;SAR=14;SRF=77;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459856;STB=0.527728;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.013013;OID=.;OPOS=149676264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:160:161:29:29:0.152632:14:15:77:83:14:15:78:83 chr1 149676401 . A G 75.02 PASS AF=0.141509;AO=15;DP=106;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=34;FWDB=-0.0258839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.421;QD=2.83092;RBI=0.0262738;REFB=-0.00611513;REVB=-0.00450954;RO=91;SAF=9;SAR=6;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347331;STB=0.523778;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0311351;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:106:106:91:91:15:15:0.141509:6:9:57:34:6:9:57:34 chr1 149680227 . A G 606.38 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=138;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0218151;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.766;QD=17.4496;RBI=0.0232186;REFB=-0.000771085;REVB=-0.00795016;RO=75;SAF=37;SAR=26;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273547;STB=0.519414;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.000732525;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:75:76:63:63:0.453237:26:37:42:33:26:37:42:34 chr1 149684085 . T C 48.14 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0623535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7307;QD=3.77581;RBI=0.0628183;REFB=0.00359333;REVB=-0.00762737;RO=43;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132535;STB=0.589955;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.015063;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:5:3:12:31:5:3:12:31 chr1 149684119 . TA T 989.7 PASS AF=0.664122;AO=83;DP=131;FAO=87;FDP=131;FR=.;FRO=44;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.000251122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.747;QD=30.2197;RBI=0.00136522;REFB=0.00232668;REVB=0.00134192;RO=43;SAF=38;SAR=45;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549398;STB=0.536413;STBP=0.262;TYPE=del;VARB=-0.00149815;OID=.;OPOS=149684120;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.664122:83:131:87:131:44:41:46:16:28:99:43:38:45:16:27 chr1 149684166 . G A 259.01 PASS AF=0.25;AO=38;DP=151;FAO=38;FDP=152;FR=.;FRO=114;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=0.0141364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.243;QD=6.81608;RBI=0.0494935;REFB=0.00114342;REVB=-0.0474317;RO=113;SAF=16;SAR=22;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383423;STB=0.520102;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00389849;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:113:114:38:38:0.25:22:16:51:62:22:16:51:63 chr1 149684169 . G A 253.12 PASS AF=0.245033;AO=37;DP=150;FAO=37;FDP=151;FR=.;FRO=114;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=-0.0456166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.932;QD=6.70525;RBI=0.046966;REFB=-0.00519074;REVB=-0.0111773;RO=113;SAF=15;SAR=22;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697089;STB=0.539115;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0192758;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:113:114:37:37:0.245033:22:15:52:61:22:15:52:62 chr1 149684171 . A T 243.33 PASS AF=0.238411;AO=36;DP=150;FAO=36;FDP=151;FR=.;FRO=115;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.00659517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.257;QD=6.44578;RBI=0.00871833;REFB=-0.0156034;REVB=0.00570202;RO=113;SAF=14;SAR=22;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803238;STB=0.556195;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0314433;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:113:115:36:36:0.238411:22:14:51:62:22:14:53:62 chr1 149711815 . G A 110.44 PASS AF=0.100917;AO=34;DP=328;FAO=33;FDP=327;FR=.;FRO=294;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=149;FSRR=145;FWDB=-0.00474882;FXX=0.00304869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.558;QD=1.35092;RBI=0.00485277;REFB=-0.00154947;REVB=-0.000999034;RO=280;SAF=14;SAR=20;SRF=139;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104917;STB=0.60161;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0186771;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:327:280:294:34:33:0.100917:20:14:139:141:20:13:149:145 chr1 149711845 . C A 177.45 PASS AF=0.132492;AO=42;DP=318;FAO=42;FDP=317;FR=.;FRO=275;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=123;FSRR=152;FWDB=-0.0304125;FXX=0.00314456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4474;QD=2.23908;RBI=0.0312361;REFB=-0.0055302;REVB=-0.00712581;RO=275;SAF=18;SAR=24;SRF=123;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241701;STB=0.516476;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0164941;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:317:275:275:42:42:0.132492:24:18:123:152:24:18:123:152 chr1 149906413 . T C 1196.29 PASS AF=0.573684;AO=109;DP=191;FAO=109;FDP=190;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.024192;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.775;QD=25.185;RBI=0.0292297;REFB=-0.0123722;REVB=0.0164049;RO=81;SAF=42;SAR=67;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681661;STB=0.537067;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0109971;OID=.;OPOS=149906413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:81:81:109:109:0.573684:67:42:38:43:67:42:38:43 chr1 149914216 . GAAAAAAAT CGAAAAAAT,GAAAAAAT,GAAAAAATA,GGAAAAAAT 198.05 PASS AF=0,0.37931,0.275862,0;AO=3,9,11,3;DP=52;FAO=0,22,16,0;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=0,4,15,0;FSAR=0,18,1,0;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00977145,0.12055,-0.064524,0.112521;FXX=0;HRUN=2,7,7,7;LEN=2,1,2,1;MLLD=208.986,9.4453,19.9695,14.8863;QD=13.6585;RBI=0.0287086,0.201027,0.0932793,0.203506;REFB=0.000369476,-0.00922434,-0.00781317,-0.0760824;REVB=-0.0269945,-0.160872,-0.0673624,0.169569;RO=16;SAF=0,4,10,0;SAR=3,5,1,3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.594791,0.00743536,0.583661,-0.594791;STB=0.5,0.668398,0.881753,0.5;STBP=1,0.059,0.002,1;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=0,-0.0215941,0.102458,0;OID=.,.,.,.;OPOS=149914216,149914217,149914223,149914217;OREF=GA,A,AT,A;OALT=CG,-,TA,G;OMAPALT=CGAAAAAAT,GAAAAAAT,GAAAAAATA,GGAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:81:52:58:16:20:3,9,11,3:0,22,16,0:0,0.37931,0.275862,0:3,5,1,3:0,4,10,0:7:9:0,18,1,0:0,4,15,0:9:11 chr1 149914683 . G A 258.14 PASS AF=1;AO=15;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0930736;FXX=0.0908678;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.1401;QD=51.6271;RBI=0.109958;REFB=0;REVB=-0.0585503;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00996888;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:20:0:0:15:20:1:10:5:0:0:11:9:0:0 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 335.18 PASS AF=0.318841,0.202899;AO=18,17;DP=70;FAO=22,14;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=15,7;FSAR=7,7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0242194,-0.0127822;FXX=0.0416609;HRUN=2,2;LEN=6,1;MLLD=162.097,45.9223;QD=19.4306;RBI=0.0313522,0.069154;REFB=-0.0511143,-0.0407976;REVB=-0.0199093,-0.0679624;RO=32;SAF=12,10;SAR=6,7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.253538,0.166646;STB=0.640894,0.531869;STBP=0.121,0.755;TYPE=del,snp;VARB=0.0806163,0.0505929;OID=.,.;OPOS=150199040,150199051;OREF=TCCTCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318841,0.202899:18,17:70:22,14:69:33:15,7:7,7:15:18:99:32:12,10:6,7:14:18 chr1 150199057 . C T 65.7 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.030214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.51;QD=3.75452;RBI=0.0306444;REFB=-0.0238305;REVB=0.00511828;RO=58;SAF=5;SAR=7;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146052;STB=0.596995;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.113574;OID=.;OPOS=150199057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:70:70:58:58:12:12:0.171429:7:5:31:27:7:5:31:27 chr1 150199123 . G T 112.21 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0810591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1466;QD=16.6242;RBI=0.111478;REFB=-0.0281618;REVB=-0.0765298;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290292;STB=0.66642;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0340002;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:4:10:5:8:4:10 chr1 150278741 . G GTC 304.72 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=83;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00623131;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=302.996;QD=15.0478;RBI=0.0255668;REFB=-0.00132455;REVB=-0.0247958;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540633;STB=0.569853;STBP=0.314;TYPE=ins;VARB=0.00166062;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419753:33:83:34:81:47:20:14:33:14:99:43:19:14:27:16 chr1 150483355 . C T 564.65 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0138758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.327;QD=24.2859;RBI=0.0272567;REFB=-0.0168289;REVB=0.0234604;RO=41;SAF=24;SAR=28;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211994;STB=0.511623;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0101105;OID=.;OPOS=150483355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:28:24:20:21:28:24:20:21 chr1 150484987 . G A 540.33 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0361803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.229;QD=18.0109;RBI=0.036285;REFB=-0.00282041;REVB=0.00275496;RO=63;SAF=17;SAR=40;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183649;STB=0.602334;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00305455;OID=.;OPOS=150484987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:40:17:30:33:40:17:30:33 chr1 150531008 . T C 1381.07 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498391;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.126;QD=62.776;RBI=0.0556446;REFB=0;REVB=0.0247466;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197035;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr1 150531049 . CG AC,CA 1529.02 PASS AF=0.0103093,0.989691;AO=16,60;DP=98;FAO=1,96;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43;FSAR=1,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034414,0.0384178;FXX=0.010203;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=59.5508,85.0626;QD=63.0525;RBI=0.119375,0.0487109;REFB=0,0;REVB=-0.114307,0.0299469;RO=0;SAF=0,36;SAR=16,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.9695e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.107757,4.70148e-05;OID=.,.;OPOS=150531049,150531050;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:98:97:0:0:16,60:1,96:0.0103093,0.989691:16,24:0,36:0:0:1,53:0,43:0:0 chr1 150531170 . C T 1102.61 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.538;QD=58.8058;RBI=0.0291221;REFB=-0.182307;REVB=-0.00905824;RO=1;SAF=31;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150135;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000817502;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:42:31:1:0:43:31:1:0 chr1 150548887 . C CCTAT,T 149.18 PASS AF=0.866667,0.0666667;AO=10,4;DP=15;FAO=13,1;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8,0;FSAR=5,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146393,0.00826508;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=316.153,130.026;QD=39.7806;RBI=0.014933,0.0111139;REFB=-0.0194142,-0.0579134;REVB=0.00294751,0.0074302;RO=1;SAF=6,2;SAR=4,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0687795,-0.166656;STB=0.529367,0.989913;STBP=0.528,0.496;TYPE=ins,snp;VARB=0.000254429,0.0306378;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:10,4:13,1:0.866667,0.0666667:4,2:6,2:1:0:5,1:8,0:1:0 chr1 150580149 . CTTTTT CTTTTC,CTT 343.46 PASS AF=0.357143,0.642857;AO=2,10;DP=43;FAO=15,27;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=13,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0837589,-0.301412;FXX=0.142828;HRUN=15,15;LEN=1,3;MLLD=123.042,8.70582;QD=32.7105;RBI=0.0845465,0.302301;REFB=0,0;REVB=0.0115135,-0.023175;RO=0;SAF=0,10;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0373301,-0.0692031;OID=.,.;OPOS=150580154,150580150;OREF=T,TTT;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTC,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.357143,0.642857:2,10:43:15,27:42:0:2,24:13,3:0:0:99:0:0,10:2,0:0:0 chr1 150679033 . G A 542.37 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0668486;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5629;QD=22.3658;RBI=0.0697194;REFB=-0.0360226;REVB=-0.0198006;RO=46;SAF=25;SAR=26;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045822;STB=0.525243;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0272456;OID=.;OPOS=150679033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:46:46:51:51:0.525773:26:25:25:21:26:25:25:21 chr1 150727539 . G A 283.11 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00462822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.081;QD=17.4223;RBI=0.0306353;REFB=0.00368803;REVB=-0.0302837;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453377;STB=0.525407;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00230829;OID=.;OPOS=150727539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:14:17:17:17:14:17:17:17 chr1 150771703 . T C 1788.19 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00366711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.169;QD=60.1072;RBI=0.0094079;REFB=0.0188629;REVB=-0.00866376;RO=1;SAF=60;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785058;STB=0.504132;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-2.66311e-06;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:58:60:1:0:58:60:1:0 chr1 150779755 . C T 3369.81 PASS AF=0.990909;AO=218;DP=220;FAO=218;FDP=220;FR=.;FRO=2;FSAF=106;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0138355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6633;QD=61.2693;RBI=0.0218712;REFB=-0.116755;REVB=-0.0169389;RO=2;SAF=106;SAR=112;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000238545;STB=0.500125;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00217857;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:220:220:2:2:218:218:0.990909:112:106:1:1:112:106:1:1 chr1 150808889 . C G 544.41 PASS AF=0.453125;AO=57;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0160237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.886;QD=17.0129;RBI=0.0306954;REFB=0.0005807;REVB=0.0261811;RO=69;SAF=34;SAR=23;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117499;STB=0.555536;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00054596;OID=.;OPOS=150808889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:70:57:58:0.453125:23:34:33:36:24:34:34:36 chr1 150937766 . ATTTTTA AATTTTA,ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA 1609.31 PASS AF=0,0,0.691176,0.308824;AO=7,17,42,65;DP=159;FAO=0,0,94,42;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,43,15;FSAR=0,0,51,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662494,0.345475,0.136443,-0.17608;FXX=0.0285694;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,2,1,1;MLLD=5.7136,10.6588,15.5879,14.0054;QD=47.3327;RBI=0.0790224,0.350421,0.15136,0.229557;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0430761,-0.0586668,0.0655221,0.147283;RO=3;SAF=2,2,7,48;SAR=5,15,35,17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0295447,-0.125713,-0.0364356,0.042664;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.00266184,-0.0545576,-0.0357522,0.140251;OID=.,.,.,.;OPOS=150937767,150937771,150937767,150937771;OREF=T,TA,T,T;OALT=A,-,-,A;OMAPALT=AATTTTA,ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.691176,0.308824:7,17,42,65:159:0,0,94,42:136:0:0,0,43,15:0,0,51,27:0:0:60:3:2,2,7,48:5,15,35,17:1:2 chr1 150940357 . GC TT 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.00862706;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=156.167;QD=10.4293;RBI=0.00867535;REFB=-0.00103885;REVB=-0.000914028;RO=30;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763634;STB=0.545393;STBP=0.745;TYPE=mnp;VARB=0.00213358;OID=.;OPOS=150940357;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:10:4:7:23:10:4:7:23 chr1 150960350 . A C 1624.63 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.208;QD=60.1713;RBI=0.0297189;REFB=0;REVB=0.0275406;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24246e-05;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:54:53:0:0:54:54:0:0 chr1 150969567 . A G 2304.11 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.535;QD=61.036;RBI=0.0377127;REFB=0;REVB=0.020554;RO=0;SAF=61;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31358e-05;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:151:0:0:147:151:1:86:61:0:0:87:64:0:0 chr1 150969992 . T C 990.84 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.21;QD=59.1547;RBI=0.0617521;REFB=0;REVB=0.0465649;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59834e-05;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:38:27:0:0:40:27:0:0 chr1 150970577 . G T 809.1 PASS AF=1;AO=47;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587102;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7292;QD=56.7792;RBI=0.0914614;REFB=0;REVB=0.0701306;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990795;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:1:0:47:57:1:22:25:0:1:25:32:0:0 chr1 150975108 . T C 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0388372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.642;QD=11.1298;RBI=0.0388458;REFB=-0.0106868;REVB=-0.000817677;RO=38;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108509;STB=0.506323;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0105397;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:14:7:13:25:14:7:13:25 chr1 150995236 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.432;QD=39.2067;RBI=0.026992;REFB=0;REVB=-0.0265974;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220428;OID=.;OPOS=150995236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr1 150999737 . A G 380.65 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0166985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7755;QD=20.0341;RBI=0.0917537;REFB=0.000561668;REVB=0.0902214;RO=37;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186578;STB=0.603155;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000263806;OID=.;OPOS=150999737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:21:18:25:12:21:18:25:12 chr1 151006539 . C A 778.22 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2907;QD=56.5975;RBI=0.110505;REFB=0;REVB=0.102052;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042116;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:52:55:1:29:23:0:0:32:23:0:0 chr1 151019180 . A G 1322.84 PASS AF=0.957447;AO=89;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0340793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.7558;QD=56.291;RBI=0.0366675;REFB=-0.0540125;REVB=0.0135316;RO=5;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647516;STB=0.527021;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00362387;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:94:94:5:4:89:90:0.957447:34:55:0:5:35:55:0:4 chr1 151028132 . A AG 141.34 PASS AF=0.412844;AO=15;DP=114;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.018841;FXX=0.0353951;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.1828;QD=5.18671;RBI=0.0303589;REFB=-0.00492726;REVB=-0.0238051;RO=87;SAF=4;SAR=11;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24183;STB=0.897501;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.108583;OID=.;OPOS=151028133;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412844:15:114:45:109:64:3:42:39:25:99:87:4:11:39:48 chr1 151040435 . G A 1402.98 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.637;QD=62.3545;RBI=0.0186818;REFB=0;REVB=-0.0183509;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83606e-05;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:90:0:0:84:90:1:37:47:0:0:39:51:0:0 chr1 151104950 . G A 1086.03 PASS AF=0.962025;AO=74;DP=81;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00250132;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.689;QD=54.9888;RBI=0.063541;REFB=-0.0328707;REVB=0.0634918;RO=4;SAF=35;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216908;STB=0.507865;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000597119;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:81:79:4:3:74:76:0.962025:39:35:1:3:41:35:2:1 chr1 151105824 . C G 617.92 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0679182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.0771;QD=58.8496;RBI=0.0737923;REFB=-0.0931839;REVB=-0.0288518;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284198;STB=0.515144;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00157392;OID=.;OPOS=151105824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:25:16:1:0:25:16:1:0 chr1 151108137 . T G 1542.24 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0786456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.601;QD=63.5973;RBI=0.0829023;REFB=0;REVB=0.0262232;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278342;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:97:0:0:91:97:1:44:47:0:0:49:48:0:0 chr1 151209063 . C T 616.64 PASS AF=0.54955;AO=60;DP=110;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0164903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.018;QD=22.2211;RBI=0.068733;REFB=-0.00851635;REVB=-0.0667255;RO=50;SAF=32;SAR=28;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555242;STB=0.506961;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00747791;OID=.;OPOS=151209063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:50:50:60:61:0.54955:28:32:27:23:29:32:27:23 chr1 151239051 . T C 560.83 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=-0.00546441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.852;QD=16.139;RBI=0.00614681;REFB=-0.00917506;REVB=-0.00281487;RO=79;SAF=19;SAR=41;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290802;STB=0.516282;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0116072;OID=.;OPOS=151239051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:79:60:60:0.431655:41:19:27:52:41:19:27:52 chr1 151254036 . T A 1266.47 PASS AF=0.618785;AO=112;DP=183;FAO=112;FDP=181;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=81;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0115506;FXX=0.0109284;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.069;QD=27.9883;RBI=0.012646;REFB=-0.0247752;REVB=0.00514829;RO=69;SAF=31;SAR=81;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152041;STB=0.582452;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0168365;OID=.;OPOS=151254036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:69:69:112:112:0.618785:81:31:32:37:81:31:32:37 chr1 151254041 . T C 1231.31 PASS AF=0.611111;AO=110;DP=180;FAO=110;FDP=180;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=79;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0444275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.934;QD=27.3624;RBI=0.0446973;REFB=-0.011227;REVB=0.00490353;RO=66;SAF=31;SAR=79;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14923;STB=0.578437;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00786264;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:66:70:110:110:0.611111:79:31:31:35:79:31:32:38 chr1 151288172 . G A 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=0.0388738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.253;QD=19.1479;RBI=0.0455148;REFB=-0.0123229;REVB=0.0236732;RO=36;SAF=9;SAR=27;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106417;STB=0.558793;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0157655;OID=.;OPOS=151288172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:27:9:6:30:27:9:6:30 chr1 151288391 . A G 1217.25 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114617;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.389;QD=60.1113;RBI=0.0211423;REFB=-0.101486;REVB=0.017766;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.505617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000631513;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:81:0:1:80:80:0.987654:44:36:0:0:44:36:0:1 chr1 151316161 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.32;QD=48.737;RBI=0.0270651;REFB=0;REVB=-0.020809;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24276e-05;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr1 151376067 . A G 971.11 PASS AF=0.896104;AO=69;DP=80;FAO=69;FDP=77;FR=.;FRO=8;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0107778;FXX=0.0722804;HRUN=6;LEN=1;MLLD=82.0562;QD=50.4475;RBI=0.0115224;REFB=-0.0944309;REVB=0.00407491;RO=5;SAF=32;SAR=37;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00817453;STB=0.503781;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00169516;OID=.;OPOS=151376067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:80:77:5:8:69:69:0.896104:37:32:2:3:37:32:4:4 chr1 151376075 . T C 981.17 PASS AF=0.945205;AO=70;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0262486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6461;QD=53.7627;RBI=0.0269575;REFB=-0.0743881;REVB=-0.00614144;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141118;STB=0.514894;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00313793;OID=.;OPOS=151376075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:73:73:1:4:70:69:0.945205:37:33:1:0:36:33:3:1 chr1 151377407 . A C 3515.91 PASS AF=1;AO=224;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.686;QD=62.7841;RBI=0.028808;REFB=0;REVB=0.0188384;RO=0;SAF=101;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47855e-05;OID=.;OPOS=151377407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:224:0:0:224:224:1:123:101:0:0:123:101:0:0 chr1 151501841 . C G 609.45 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0248258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.305;QD=19.6598;RBI=0.0248484;REFB=-0.0295457;REVB=-0.00105929;RO=60;SAF=26;SAR=36;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127717;STB=0.508255;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0279131;OID=.;OPOS=151501841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:62:62:62:0.5:36:26:26:34:36:26:27:35 chr1 151511109 . T C 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00715857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0931;QD=10.6439;RBI=0.0577077;REFB=-0.0179096;REVB=0.057262;RO=37;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251715;STB=0.503594;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0174548;OID=.;OPOS=151511109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:37:38:20:20:0.344828:12:8:14:23:12:8:15:23 chr1 151512895 . A G 1024.48 PASS AF=0.448;AO=104;DP=242;FAO=112;FDP=250;FR=.;FRO=138;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=66;FSRR=72;FWDB=0.0236679;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.35;QD=16.3916;RBI=0.024858;REFB=-0.0181782;REVB=0.00759963;RO=137;SAF=54;SAR=50;SRF=65;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045713;STB=0.536689;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0277246;OID=.;OPOS=151512895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:250:137:138:104:112:0.448:50:54:65:72:51:61:66:72 chr1 151670590 . CAG C,CG 1840.31 PASS AF=1,0;AO=106,13;DP=123;FAO=121,0;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55,0;FSAR=66,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950091,0.00888258;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=271.668,261.346;QD=60.8367;RBI=0.0748619,0.0572465;REFB=0,0;REVB=0.0742566,0.0565531;RO=0;SAF=51,3;SAR=55,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=7.2849e-07,0;OID=.,.;OPOS=151670591,151670591;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:106,13:123:121,0:121:0:55,0:66,0:0:0:10:0:51,3:55,10:0:0 chr1 151675414 . A G 784.94 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7381;QD=64.0769;RBI=0.0536792;REFB=0;REVB=-0.0484889;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300276;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr1 151686983 . T A 1792.9 PASS AF=1;AO=104;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106034;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6283;QD=61.2957;RBI=0.13009;REFB=0;REVB=-0.0753663;RO=0;SAF=38;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499828;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:104:117:1:66:38:0:0:69:48:0:0 chr1 151733335 . T G 134.21 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0121389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8491;QD=16.2679;RBI=0.0434138;REFB=-0.00950116;REVB=0.0416822;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248822;STB=0.642672;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00895994;OID=.;OPOS=151733335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:6:12:6:9:6:12 chr1 151735545 . A G 762.56 PASS AF=0.5;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0124532;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.116;QD=20.6098;RBI=0.0374005;REFB=-0.0118249;REVB=-0.0352664;RO=74;SAF=36;SAR=38;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367785;STB=0.520257;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.01012;OID=.;OPOS=151735545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:74:74:74:74:0.5:38:36:39:35:38:36:39:35 chr1 151735576 . T C 743.9 PASS AF=0.541353;AO=57;DP=121;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0293973;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.94;QD=22.373;RBI=0.0294028;REFB=-0.0261132;REVB=-0.000569054;RO=63;SAF=24;SAR=33;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529644;STB=0.51764;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0216273;OID=.;OPOS=151735576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:133:63:61:57:72:0.541353:33:24:30:33:35:37:29:32 chr1 151740666 . T C 2293.33 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4314;QD=63.7036;RBI=0.0991426;REFB=0;REVB=-0.026518;RO=0;SAF=72;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290484;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:72:72:0:0:72:72:0:0 chr1 151746202 . T A 636.21 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=139;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.00725209;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.877;QD=18.4409;RBI=0.00733777;REFB=-0.0111216;REVB=0.00111808;RO=73;SAF=32;SAR=33;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922353;STB=0.551087;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0113357;OID=.;OPOS=151746202;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:73:73:65:65:0.471014:33:32:43:30:33:32:43:30 chr1 151773851 . T A 297.09 PASS AF=0.443038;AO=31;DP=77;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0134511;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1268;QD=15.0423;RBI=0.0137672;REFB=-0.0611426;REVB=-0.00293324;RO=37;SAF=6;SAR=25;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143314;STB=0.569899;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0395323;OID=.;OPOS=151773851;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:37:44:31:35:0.443038:25:6:11:26:29:6:11:33 chr1 151801951 . G A 439.09 PASS AF=0.352564;AO=54;DP=147;FAO=55;FDP=156;FR=.;FRO=101;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0205723;FXX=0.00636902;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.2694;QD=11.2587;RBI=0.0552834;REFB=-0.0309565;REVB=0.0513131;RO=93;SAF=29;SAR=25;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118385;STB=0.551786;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0550604;OID=.;OPOS=151801951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:156:93:101:54:55:0.352564:25:29:40:53:25:30:47:54 chr1 151803449 . G T 2487.53 PASS AF=0.450172;AO=260;DP=577;FAO=262;FDP=582;FR=.;FRO=320;FSAF=128;FSAR=134;FSRF=140;FSRR=180;FWDB=-0.0127295;FXX=0.00512812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4361;QD=17.0964;RBI=0.026728;REFB=-0.0165468;REVB=-0.0235021;RO=313;SAF=128;SAR=132;SRF=139;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478103;STB=0.528117;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0241017;OID=.;OPOS=151803449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:577:582:313:320:260:262:0.450172:132:128:139:174:134:128:140:180 chr1 151814234 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.356;QD=63.2866;RBI=0.0532748;REFB=0;REVB=0.0186937;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193732;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 151820298 . G C 2038.33 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8659;QD=62.239;RBI=0.0215646;REFB=0;REVB=-0.0156932;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129702;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:71:59:0:0:72:59:0:0 chr1 151820324 . T C 535.55 PASS AF=0.518519;AO=52;DP=104;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.000228764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1029;QD=19.8352;RBI=0.00384974;REFB=-0.02716;REVB=0.00384294;RO=52;SAF=22;SAR=30;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353715;STB=0.516123;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0240347;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:52:52:52:56:0.518519:30:22:24:28:32:24:24:28 chr1 151825991 . G T 570.19 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=146;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.0156456;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.904;QD=15.7294;RBI=0.021786;REFB=-8.01854e-05;REVB=0.0151607;RO=82;SAF=32;SAR=29;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252056;STB=0.514255;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.000133864;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:82:84:61:61:0.42069:29:32:41:41:29:32:42:42 chr1 151845569 . A G 2121.57 PASS AF=1;AO=85;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.342;QD=62.8613;RBI=0.0584144;REFB=0;REVB=0.0550009;RO=0;SAF=79;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101236;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:85:135:1:6:79:0:0:51:84:0:0 chr1 151845650 . G C 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00142471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1142;QD=12.2288;RBI=0.0198607;REFB=0.00255302;REVB=-0.0198095;RO=36;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234621;STB=0.636547;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00629599;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:16:6:17:19:16:6:17:19 chr1 151862661 . G A 114.03 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0170109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6146;QD=18.244;RBI=0.0426385;REFB=-0.0111737;REVB=-0.0390983;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327611;STB=0.689341;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0193513;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:7:5:10:3:7:5 chr1 151867560 . G A 1914.97 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.16;QD=61.7731;RBI=0.00513592;REFB=0;REVB=-0.00126781;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03211e-05;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:58:66:0:0:58:66:0:0 chr1 152079989 . T G 1101.25 PASS AF=0.497758;AO=110;DP=222;FAO=111;FDP=223;FR=.;FRO=112;FSAF=69;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=-0.000757623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.403;QD=19.7533;RBI=0.00212136;REFB=-0.0190995;REVB=-0.00198145;RO=111;SAF=68;SAR=42;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048352;STB=0.526445;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0204107;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:111:112:110:111:0.497758:42:68:63:48:42:69:64:48 chr1 152081921 . G C 875.58 PASS AF=0.57554;AO=81;DP=138;FAO=80;FDP=139;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00209912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.756;QD=25.1965;RBI=0.0145715;REFB=-0.0146406;REVB=-0.0144195;RO=57;SAF=36;SAR=45;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00450035;STB=0.503999;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0173015;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:57:59:81:80:0.57554:45:36:25:32:44:36:26:33 chr1 152085505 . A C 2082.41 PASS AF=0.971429;AO=136;DP=140;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0255625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.389;QD=59.4976;RBI=0.0817012;REFB=-0.129374;REVB=0.0775993;RO=4;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234586;STB=0.512344;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0126383;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:140:140:4:4:136:136:0.971429:79:57:0:4:79:57:0:4 chr1 152185762 . C G 1290.97 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704589;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3556;QD=62.2156;RBI=0.0814282;REFB=0;REVB=0.0408179;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115803;OID=.;OPOS=152185762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr1 152185768 . T G 1201.02 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.623;QD=60.8109;RBI=0.0383249;REFB=0;REVB=-0.00905343;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38321e-05;OID=.;OPOS=152185768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:34:44:0:0:34:45:0:0 chr1 152185774 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.769;QD=59.6795;RBI=0.0406081;REFB=0;REVB=-0.00456766;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03391e-05;OID=.;OPOS=152185774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr1 152185780 . G A 942.8 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.948;QD=57.1397;RBI=0.0190686;REFB=-0.0958894;REVB=-0.000531665;RO=1;SAF=38;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122705;STB=0.506491;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-2.24905e-05;OID=.;OPOS=152185780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:27:38:1:0:27:38:1:0 chr1 152185790 . T C 729.41 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9481;QD=56.1086;RBI=0.118906;REFB=0;REVB=0.0352676;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000709768;OID=.;OPOS=152185790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:19:32:0:0:19:33:0:0 chr1 152185792 . G A 805.06 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1634;QD=64.4044;RBI=0.0489722;REFB=0;REVB=0.00377644;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357817;OID=.;OPOS=152185792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:17:32:0:0:17:33:0:0 chr1 152185796 . A G 805.03 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8835;QD=64.4022;RBI=0.0562134;REFB=0;REVB=0.0116748;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000545712;OID=.;OPOS=152185796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr1 152185815 . CC AG 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=383.534;QD=35.5759;RBI=0.015657;REFB=0;REVB=-0.015657;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000115287;OID=.;OPOS=152185815;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr1 152186141 . C T 272.87 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8428;QD=51.9749;RBI=0.158777;REFB=0;REVB=0.0103785;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312589;OID=.;OPOS=152186141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:1:0:20:21:1:11:9:1:0:11:10:0:0 chr1 152186178 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.637;QD=40.7629;RBI=0.0408288;REFB=0;REVB=0.00524293;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912824;OID=.;OPOS=152186178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr1 152187183 . C A 303.75 PASS AF=0.277027;AO=41;DP=148;FAO=41;FDP=148;FR=.;FRO=107;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.0456493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.314;QD=8.20933;RBI=0.0464036;REFB=-2.59526e-05;REVB=0.00833256;RO=106;SAF=16;SAR=25;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135433;STB=0.583681;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00014816;OID=.;OPOS=152187183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:106:107:41:41:0.277027:25:16:53:53:25:16:54:53 chr1 152188062 . T C 32.01 PASS AF=0.0609756;AO=15;DP=245;FAO=15;FDP=246;FR=.;FRO=231;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=120;FSRR=111;FWDB=-0.0200059;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.757;QD=0.520512;RBI=0.0333759;REFB=-0.00583123;REVB=0.0267154;RO=229;SAF=12;SAR=3;SRF=119;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301478;STB=0.775129;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0633649;OID=.;OPOS=152188062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:245:246:229:231:15:15:0.0609756:3:12:119:110:3:12:120:111 chr1 152188109 . T A 1020.29 PASS AF=0.269517;AO=144;DP=539;FAO=145;FDP=538;FR=.;FRO=393;FSAF=83;FSAR=62;FSRF=213;FSRR=180;FWDB=-0.0228816;FXX=0.00370363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7605;QD=7.58579;RBI=0.0291409;REFB=-0.00265758;REVB=-0.018045;RO=392;SAF=82;SAR=62;SRF=213;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329059;STB=0.522553;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0105793;OID=.;OPOS=152188109;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:539:538:392:393:144:145:0.269517:62:82:213:179:62:83:213:180 chr1 152188118 . C T 103.38 PASS AF=0.0751252;AO=45;DP=599;FAO=45;FDP=599;FR=.;FRO=554;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=292;FSRR=262;FWDB=0.0101086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.207;QD=0.690328;RBI=0.0312271;REFB=-0.00138793;REVB=-0.0295457;RO=553;SAF=23;SAR=22;SRF=292;SRR=261;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193219;STB=0.514776;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0163876;OID=.;OPOS=152188118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:599:599:553:554:45:45:0.0751252:22:23:292:261:22:23:292:262 chr1 152188176 . G A 160.58 PASS AF=0.0885496;AO=58;DP=653;FAO=58;FDP=655;FR=.;FRO=597;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=305;FSRR=292;FWDB=-0.0503058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8012;QD=0.980654;RBI=0.0532671;REFB=0.000299949;REVB=-0.0175133;RO=595;SAF=34;SAR=24;SRF=303;SRR=292;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922803;STB=0.569044;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00158327;OID=.;OPOS=152188176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:653:655:595:597:58:58:0.0885496:24:34:303:292:24:34:305:292 chr1 152188413 . C T 97.61 PASS AF=0.076779;AO=41;DP=533;FAO=41;FDP=534;FR=.;FRO=493;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=245;FSRR=248;FWDB=-0.0299485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.601;QD=0.731147;RBI=0.0375821;REFB=-0.00212686;REVB=-0.0227047;RO=491;SAF=15;SAR=26;SRF=244;SRR=247;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151008;STB=0.621835;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0286556;OID=.;OPOS=152188413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:533:534:491:493:41:41:0.076779:26:15:244:247:26:15:245:248 chr1 152188463 . G A 914.24 PASS AF=0.201777;AO=159;DP=789;FAO=159;FDP=788;FR=.;FRO=629;FSAF=97;FSAR=62;FSRF=319;FSRR=310;FWDB=-0.0218438;FXX=0.00126741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2477;QD=4.64082;RBI=0.0238998;REFB=0.0053973;REVB=0.00969769;RO=626;SAF=97;SAR=62;SRF=317;SRR=309;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135882;STB=0.583156;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.023242;OID=.;OPOS=152188463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:789:788:626:629:159:159:0.201777:62:97:317:309:62:97:319:310 chr1 152188920 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0510943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.409;QD=14.7986;RBI=0.0518943;REFB=-0.0125909;REVB=-0.00907697;RO=13;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370286;STB=0.724121;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0127198;OID=.;OPOS=152188920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:10:1:4:9:10:1:4:9 chr1 152191709 . C G 2350.68 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0074;QD=61.0566;RBI=0.037127;REFB=0;REVB=-0.0292006;RO=0;SAF=82;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184063;OID=.;OPOS=152191709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:71:82:0:0:72:82:0:0 chr1 152191879 . G A 1733.45 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8309;QD=59.774;RBI=0.031741;REFB=-0.0682122;REVB=0.0296128;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.503936;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000416263;OID=.;OPOS=152191879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:0:1:115:115:0.991379:63:52:0:0:63:52:0:1 chr1 152192098 . AA GG 586.96 PASS AF=0.274834;AO=83;DP=297;FAO=83;FDP=302;FR=.;FRO=219;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=95;FSRR=124;FWDB=-0.0170086;FXX=0.00330022;HRUN=4;LEN=2;MLLD=163.22;QD=7.77429;RBI=0.0175374;REFB=-0.00432633;REVB=0.0042741;RO=213;SAF=28;SAR=55;SRF=91;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117419;STB=0.574406;STBP=0.109;TYPE=mnp;VARB=0.00724398;OID=.;OPOS=152192098;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:302:213:219:83:83:0.274834:55:28:91:122:55:28:95:124 chr1 152192102 . TC CA,CC 209.9 PASS AF=0,0.155642;AO=56,39;DP=308;FAO=0,40;FDP=257;FR=.;FRO=217;FSAF=0,19;FSAR=0,21;FSRF=88;FSRR=129;FWDB=-0.056492,-0.0337366;FXX=0.170962;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=88.778,94.7577;QD=3.26689;RBI=0.0578794,0.0382751;REFB=-0.00596596,-0.00392616;REVB=-0.0125968,0.0180784;RO=210;SAF=23,18;SAR=33,21;SRF=83;SRR=127;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0206244,0.0869856;STB=0.5,0.559123;STBP=1,0.425;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0247942;OID=.,.;OPOS=152192102,152192102;OREF=TC,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:308:257:210:217:56,39:0,40:0,0.155642:33,21:23,18:83:127:0,21:0,19:88:129 chr1 152192114 . C T 2222.72 PASS AF=0.5058;AO=217;DP=428;FAO=218;FDP=431;FR=.;FRO=213;FSAF=82;FSAR=136;FSRF=79;FSRR=134;FWDB=0.0102571;FXX=0.00461883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.357;QD=20.6285;RBI=0.0150419;REFB=-0.0030774;REVB=-0.0110023;RO=209;SAF=81;SAR=136;SRF=75;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138919;STB=0.50277;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00289037;OID=.;OPOS=152192114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:431:209:213:217:218:0.5058:136:81:75:134:136:82:79:134 chr1 152192163 . G T 2606.37 PASS AF=0.509881;AO=257;DP=507;FAO=258;FDP=506;FR=.;FRO=248;FSAF=116;FSAR=142;FSRF=109;FSRR=139;FWDB=0.0226146;FXX=0.00393693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0821;QD=20.6037;RBI=0.0284946;REFB=-0.0154444;REVB=0.0173355;RO=246;SAF=115;SAR=142;SRF=108;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00765625;STB=0.505004;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0178205;OID=.;OPOS=152192163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:507:506:246:248:257:258:0.509881:142:115:108:138:142:116:109:139 chr1 152192219 . G C 2596.42 PASS AF=0.503906;AO=257;DP=512;FAO=258;FDP=512;FR=.;FRO=254;FSAF=117;FSAR=141;FSRF=116;FSRR=138;FWDB=0.0170911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.238;QD=20.2845;RBI=0.0177615;REFB=-0.0143867;REVB=-0.00483353;RO=252;SAF=117;SAR=140;SRF=116;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462196;STB=0.501603;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0144225;OID=.;OPOS=152192219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:512:512:252:254:257:258:0.503906:140:117:116:136:141:117:116:138 chr1 152192259 . T C 1444.74 PASS AF=0.346979;AO=178;DP=513;FAO=178;FDP=513;FR=.;FRO=335;FSAF=87;FSAR=91;FSRF=169;FSRR=166;FWDB=-0.00321849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.546;QD=11.265;RBI=0.0142805;REFB=-0.000165817;REVB=0.0139131;RO=334;SAF=87;SAR=91;SRF=169;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197926;STB=0.510261;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.000338412;OID=.;OPOS=152192259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:513:513:334:335:178:178:0.346979:91:87:169:165:91:87:169:166 chr1 152192293 . C T 5886.43 PASS AF=1;AO=372;DP=374;FAO=373;FDP=373;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302557;FXX=0.00533319;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.381;QD=63.1253;RBI=0.0352371;REFB=-0.0630369;REVB=0.0180624;RO=1;SAF=184;SAR=188;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00258645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30382e-06;OID=.;OPOS=152192293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:374:373:1:0:372:373:1:188:184:1:0:188:185:0:0 chr1 152192395 . G A 1451.1 PASS AF=0.46319;AO=151;DP=327;FAO=151;FDP=326;FR=.;FRO=175;FSAF=86;FSAR=65;FSRF=81;FSRR=94;FWDB=0.0530637;FXX=0.00305801;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2486;QD=17.8049;RBI=0.0531307;REFB=-0.0109525;REVB=0.00266644;RO=173;SAF=86;SAR=65;SRF=79;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109559;STB=0.557455;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0164436;OID=.;OPOS=152192395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:326:173:175:151:151:0.46319:65:86:79:94:65:86:81:94 chr1 152192631 . C T 1637.68 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00481669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.045;QD=59.0156;RBI=0.0101203;REFB=-0.0444943;REVB=0.00890055;RO=0;SAF=39;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84033e-08;STB=0.503545;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000155783;OID=.;OPOS=152192631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:109:110:0.990991:70:39:0:0:70:40:0:1 chr1 152192687 . T C 1952.34 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.295;QD=61.9789;RBI=0.0248413;REFB=0;REVB=0.0239106;RO=0;SAF=45;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19825e-05;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:126:0:0:123:126:1:78:45:0:0:81:45:0:0 chr1 152192825 . C T 1606.96 PASS AF=0.990826;AO=106;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2973;QD=58.9712;RBI=0.027546;REFB=-0.0945659;REVB=0.00677265;RO=1;SAF=60;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784487;STB=0.504131;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000282271;OID=.;OPOS=152192825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:106:108:0.990826:46:60:1:0:48:60:1:0 chr1 152192978 . T C 2473.55 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.143;QD=61.4546;RBI=0.0541274;REFB=0;REVB=-0.0514351;RO=0;SAF=70;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31345e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43695e-05;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:91:70:0:0:91:70:0:0 chr1 152193052 . A G 2379.11 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000267749;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0679;QD=64.3004;RBI=0.0193865;REFB=0;REVB=-0.0193847;RO=0;SAF=74;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.60089e-05;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:148:0:0:148:148:1:74:74:0:0:74:74:0:0 chr1 152193121 . G T 2621.42 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.652;QD=62.0453;RBI=0.00714485;REFB=0;REVB=-0.00325741;RO=0;SAF=116;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61381e-06;OID=.;OPOS=152193121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:53:116:0:0:53:116:0:0 chr1 152193271 . A G 804.11 PASS AF=0.568182;AO=75;DP=132;FAO=75;FDP=132;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.00409178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.211;QD=24.3671;RBI=0.00675322;REFB=-0.0149909;REVB=0.00537246;RO=57;SAF=32;SAR=43;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475249;STB=0.525893;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.01172;OID=.;OPOS=152193271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:57:57:75:75:0.568182:43:32:21:36:43:32:21:36 chr1 152193286 . G T 2103.41 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.174;QD=62.7883;RBI=0.0221583;REFB=0;REVB=0.016616;RO=0;SAF=56;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.88062e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92275e-05;OID=.;OPOS=152193286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:77:56:0:0:78:56:0:0 chr1 152193291 . G T 2001.53 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.873;QD=62.063;RBI=0.0194178;REFB=0;REVB=-0.0095278;RO=0;SAF=57;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07205e-05;OID=.;OPOS=152193291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:129:0:0:126:129:1:69:57:0:0:71:58:0:0 chr1 152193544 . A G 2136.07 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.803;QD=62.8256;RBI=0.0425171;REFB=0;REVB=-0.0364525;RO=0;SAF=50;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87799e-05;OID=.;OPOS=152193544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:86:50:0:0:86:50:0:0 chr1 152193547 . G A 2041.22 PASS AF=0.977941;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0239199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.85;QD=60.036;RBI=0.0242724;REFB=-0.149028;REVB=-0.00412182;RO=1;SAF=52;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583254;STB=0.501336;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.000138139;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:136:1:3:133:133:0.977941:81:52:0:1:81:52:1:2 chr1 152193850 . A AT 302.85 PASS AF=1;AO=4;DP=37;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543241;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=61.9371;QD=36.709;RBI=0.0552577;REFB=0;REVB=-0.0101147;RO=33;SAF=4;SAR=0;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0011224;OID=.;OPOS=152193851;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:37:33:33:0:14:19:0:0:6:33:4:0:13:20 chr1 152193851 . C T 483.07 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.888;QD=58.5533;RBI=0.027151;REFB=0;REVB=-0.0144099;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99443e-05;OID=.;OPOS=152193851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr1 152275272 . C T 611.33 PASS AF=0.433121;AO=68;DP=157;FAO=68;FDP=157;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.0160855;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.286;QD=15.5753;RBI=0.0477033;REFB=-0.0154492;REVB=-0.0449095;RO=88;SAF=32;SAR=36;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755684;STB=0.538911;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0222422;OID=.;OPOS=152275272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:88:89:68:68:0.433121:36:32:48:40:36:32:48:41 chr1 152285807 . G T 635.36 PASS AF=0.4375;AO=68;DP=161;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.0102674;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.272;QD=15.8841;RBI=0.0154388;REFB=-0.0156044;REVB=0.0115299;RO=92;SAF=36;SAR=32;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00329775;STB=0.515251;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0187348;OID=.;OPOS=152285807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:92:90:68:70:0.4375:32:36:49:43:33:37:50:40 chr1 152286126 . A G 207.36 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0274251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4553;QD=11.2087;RBI=0.0278569;REFB=0.00561525;REVB=0.00488599;RO=47;SAF=10;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953041;STB=0.549318;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0172803;OID=.;OPOS=152286126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:48:26:26:0.351351:16:10:22:25:16:10:22:26 chr1 152286884 . CTTTTTTTTCA CTTTTTTTCA,CTTTTTTTCAT,CTTTTTTTCTA 83.09 PASS AF=0.382353,0.0294118,0.0735294;AO=20,3,4;DP=72;FAO=26,2,5;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=16,0,5;FSAR=10,2,0;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.256405,0.032305,0.0253798;FXX=0.0555478;HRUN=8,8,8;LEN=1,3,2;MLLD=6.72832,132.525,72.235;QD=4.88742;RBI=0.261877,0.0324259,0.0305035;REFB=-0.133462,-0.0114551,-0.0217627;REVB=0.0532569,-0.00279786,-0.0169212;RO=32;SAF=9,0,4;SAR=11,3,0;SRF=21;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.217008,-0.612085,0.543075;STB=0.509277,0.995706,0.997409;STBP=0.921,0.099,0.049;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.115935,0.138388,0.183229;OID=.,.,.;OPOS=152286885,152286892,152286892;OREF=T,TCA,TC;OALT=-,CAT,CT;OMAPALT=CTTTTTTTCA,CTTTTTTTCAT,CTTTTTTTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353,0.0294118,0.0735294:20,3,4:72:26,2,5:68:35:16,0,5:10,2,0:21:14:67:32:9,0,4:11,3,0:21:11 chr1 152323132 . G T 1271.2 PASS AF=0.504065;AO=123;DP=247;FAO=124;FDP=246;FR=.;FRO=122;FSAF=47;FSAR=77;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=-0.00603934;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.49;QD=20.6698;RBI=0.00613526;REFB=-0.00742708;REVB=0.0010806;RO=119;SAF=46;SAR=77;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08247;STB=0.541285;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00711968;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:119:122:123:124:0.504065:77:46:55:64:77:47:56:66 chr1 152325732 . G A 1364.11 PASS AF=0.53527;AO=127;DP=240;FAO=129;FDP=241;FR=.;FRO=112;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.0503842;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.53;QD=22.6409;RBI=0.0505739;REFB=-0.0092738;REVB=0.00437586;RO=112;SAF=61;SAR=66;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291712;STB=0.515931;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00771994;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:112:112:127:129:0.53527:66:61:50:62:67:62:50:62 chr1 152326843 . C T 885.36 PASS AF=0.494444;AO=88;DP=179;FAO=89;FDP=180;FR=.;FRO=91;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=0.000794379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.378;QD=19.6747;RBI=0.00897814;REFB=-0.0120534;REVB=0.00894293;RO=91;SAF=46;SAR=42;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564308;STB=0.527938;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00863874;OID=.;OPOS=152326843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:91:91:88:89:0.494444:42:46:42:49:43:46:42:49 chr1 152327469 . C T 297.17 PASS AF=0.27044;AO=43;DP=159;FAO=43;FDP=159;FR=.;FRO=116;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=65;FWDB=0.00088199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.665;QD=7.47594;RBI=0.0132347;REFB=-0.0111649;REVB=-0.0132053;RO=116;SAF=24;SAR=19;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144907;STB=0.585837;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0258164;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:116:116:43:43:0.27044:19:24:51:65:19:24:51:65 chr1 152327502 . A G 137.07 PASS AF=0.172414;AO=25;DP=145;FAO=25;FDP=145;FR=.;FRO=120;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=0.0149536;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.065;QD=3.78122;RBI=0.024691;REFB=-0.00746029;REVB=-0.0196477;RO=120;SAF=15;SAR=10;SRF=55;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17998;STB=0.616346;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0348554;OID=.;OPOS=152327502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:120:120:25:25:0.172414:10:15:55:65:10:15:55:65 chr1 152327526 . T C 47.53 PASS AF=0.0962963;AO=13;DP=135;FAO=13;FDP=135;FR=.;FRO=122;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=62;FSRR=60;FWDB=-0.00771022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.842;QD=1.4083;RBI=0.0146545;REFB=-0.00330901;REVB=-0.0124622;RO=122;SAF=8;SAR=5;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126998;STB=0.59755;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0390298;OID=.;OPOS=152327526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:135:135:122:122:13:13:0.0962963:5:8:62:60:5:8:62:60 chr1 152328411 . A G 103.73 PASS AF=0.148936;AO=21;DP=141;FAO=21;FDP=141;FR=.;FRO=120;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=76;FSRR=44;FWDB=-0.00672719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.284;QD=2.94256;RBI=0.00673195;REFB=-0.0011302;REVB=-0.00025325;RO=120;SAF=10;SAR=11;SRF=76;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199925;STB=0.632234;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00595772;OID=.;OPOS=152328411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:120:120:21:21:0.148936:11:10:76:44:11:10:76:44 chr1 152329435 . C T 574.22 PASS AF=0.558824;AO=55;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00826124;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.621;QD=22.5186;RBI=0.00831348;REFB=-0.00163648;REVB=0.000930511;RO=45;SAF=29;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233012;STB=0.520654;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00209075;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:45:55:57:0.558824:26:29:25:20:28:29:25:20 chr1 152331240 . G A 853.21 PASS AF=0.508772;AO=83;DP=168;FAO=87;FDP=171;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.0254734;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.426;QD=19.9582;RBI=0.0255016;REFB=-0.024082;REVB=-0.00120026;RO=84;SAF=42;SAR=41;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381166;STB=0.525992;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0240842;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:84:84:83:87:0.508772:41:42:39:45:42:45:39:45 chr1 152382120 . C T 1451.62 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0196267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7213;QD=59.8606;RBI=0.0537237;REFB=-0.0756145;REVB=0.0500103;RO=3;SAF=54;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256115;STB=0.513511;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.015066;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:3:3:94:94:0.969072:40:54:3:0:40:54:3:0 chr1 152484129 . G A 2747.24 PASS AF=1;AO=170;DP=178;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375139;FXX=0.0329652;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.182;QD=62.4372;RBI=0.0410064;REFB=0;REVB=0.01656;RO=0;SAF=20;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223427;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:176:0:0:170:176:1:150:20:0:0:150:26:0:0 chr1 152487979 . C T 3368.41 PASS AF=0.978166;AO=219;DP=229;FAO=224;FDP=229;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=151;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0970463;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.295;QD=58.8369;RBI=0.128652;REFB=-0.112265;REVB=0.0844595;RO=7;SAF=68;SAR=151;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465542;STB=0.516555;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00180174;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:229:229:7:5:219:224:0.978166:151:68:7:0:151:73:5:0 chr1 152488063 . C T 4482.93 PASS AF=1;AO=285;DP=287;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227661;FXX=0.0069684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4904;QD=62.9184;RBI=0.0329292;REFB=-0.0897567;REVB=0.0237915;RO=1;SAF=130;SAR=155;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0030667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84674e-05;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:287:285:1:0:285:285:1:155:130:0:1:155:130:0:0 chr1 152488428 . T C 1844.85 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4559;QD=60.4868;RBI=0.0487393;REFB=-0.103986;REVB=0.048331;RO=1;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748096;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840815;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:122:122:1:0:121:122:1:63:58:0:1:64:58:0:0 chr1 152681679 . CC CCAGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT 196.96 PASS AF=0.333333,0.105263;AO=10,6;DP=60;FAO=19,6;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=7,6;FSAR=12,0;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.057874,-0.033339;FXX=0.0499917;HRUN=1,2;LEN=18,2;MLLD=257.721,231.366;QD=13.8217;RBI=0.0619035,0.0345811;REFB=-0.0344518,-0.011125;REVB=0.0219693,-0.00918518;RO=31;SAF=3,6;SAR=7,0;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.192748,0.692054;STB=0.565241,0.998162;STBP=0.544,0.01;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0466257,0.0508794;OID=.,.;OPOS=152681681,152681679;OREF=-,CC;OALT=AGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT;OMAPALT=CCAGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:31:32:10,6:19,6:0.333333,0.105263:7,0:3,6:14:17:12,0:7,6:15:17 chr1 152732106 . A T 603.29 PASS AF=0.55;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.017271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.661;QD=24.1317;RBI=0.0173677;REFB=-0.00201912;REVB=-0.00182993;RO=45;SAF=27;SAR=28;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217183;STB=0.618576;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00178409;OID=.;OPOS=152732106;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:45:45:55:55:0.55:28:27:34:11:28:27:34:11 chr1 152732174 . T C 356.64 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.00501124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.007;QD=12.6245;RBI=0.0214722;REFB=0.00192883;REVB=-0.0208792;RO=68;SAF=31;SAR=12;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111445;STB=0.566859;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00267731;OID=.;OPOS=152732174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:68:70:43:43:0.380531:12:31:43:25:12:31:44:26 chr1 152732436 . G C 661.56 PASS AF=0.59434;AO=61;DP=104;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0263306;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.043;QD=24.9644;RBI=0.0280238;REFB=-0.0198186;REVB=0.00959331;RO=42;SAF=39;SAR=22;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213825;STB=0.610073;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0211591;OID=.;OPOS=152732436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:42:43:61:63:0.59434:22:39:15:27:24:39:15:28 chr1 152732567 . G A 685.74 PASS AF=0.428571;AO=75;DP=177;FAO=75;FDP=175;FR=.;FRO=100;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.0115851;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.814;QD=15.6741;RBI=0.0246385;REFB=-0.00649888;REVB=0.0217449;RO=98;SAF=40;SAR=35;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545888;STB=0.524784;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00937212;OID=.;OPOS=152732567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:98:100:75:75:0.428571:35:40:47:51:35:40:49:51 chr1 152733301 . T A 193.94 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=-0.0122821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.101;QD=16.8642;RBI=0.0150342;REFB=-0.0143034;REVB=0.0086705;RO=25;SAF=19;SAR=1;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254176;STB=0.643889;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0161362;OID=.;OPOS=152733301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:1:19:22:3:1:19:23:3 chr1 152733376 . C G 902.51 PASS AF=0.478947;AO=91;DP=190;FAO=91;FDP=190;FR=.;FRO=99;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=59;FSRR=40;FWDB=-0.008036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.531;QD=19.0003;RBI=0.0107773;REFB=-0.0219018;REVB=0.00718149;RO=98;SAF=57;SAR=34;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343162;STB=0.516781;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0234531;OID=.;OPOS=152733376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:98:99:91:91:0.478947:34:57:58:40:34:57:59:40 chr1 152734390 . C T 890.43 PASS AF=0.505682;AO=86;DP=173;FAO=89;FDP=176;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=66;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.00779031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.575;QD=20.2371;RBI=0.00780246;REFB=-0.0267122;REVB=0.000435161;RO=86;SAF=23;SAR=63;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225242;STB=0.632556;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0222644;OID=.;OPOS=152734390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:176:86:87:86:89:0.505682:63:23:42:44:66:23:43:44 chr1 152748933 . GC CG 41.21 PASS AF=0.119048;AO=11;DP=87;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=69;FWDB=0.0177674;FXX=0.0561735;HRUN=1;LEN=2;MLLD=40.2933;QD=1.96221;RBI=0.0801891;REFB=-0.0233671;REVB=-0.078196;RO=60;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332884;STB=0.733047;STBP=0.534;TYPE=mnp;VARB=0.200675;OID=.;OPOS=152748933;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:87:84:60:74:11:10:0.119048:9:2:4:56:8:2:5:69 chr1 152759950 . A G 364.18 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0442052;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.868;QD=20.8104;RBI=0.044589;REFB=-0.0287038;REVB=0.00583844;RO=34;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135979;STB=0.568756;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0208361;OID=.;OPOS=152759950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:33:37:37:0.528571:17:20:13:21:17:20:13:20 chr1 152760075 . A G 79.22 PASS AF=0.202899;AO=9;DP=64;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00992744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.73;QD=4.59245;RBI=0.0368903;REFB=-0.00494595;REVB=-0.0355294;RO=49;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09751;STB=0.580528;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0194447;OID=.;OPOS=152760075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:64:69:49:55:9:14:0.202899:3:6:29:20:5:9:30:25 chr1 152760093 . T C 39.09 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.078547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5623;QD=1.88388;RBI=0.088548;REFB=-0.0176307;REVB=-0.0408793;RO=73;SAF=4;SAR=5;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106015;STB=0.584919;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0655554;OID=.;OPOS=152760093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:73:74:9:9:0.108434:5:4:39:34:5:4:40:34 chr1 152760352 . T A 639.95 PASS AF=0.322957;AO=83;DP=257;FAO=83;FDP=257;FR=.;FRO=174;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=81;FSRR=93;FWDB=-0.0169434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.988;QD=9.96036;RBI=0.0189501;REFB=-0.0190075;REVB=0.00848707;RO=174;SAF=44;SAR=39;SRF=81;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759254;STB=0.543657;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0316108;OID=.;OPOS=152760352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:174:174:83:83:0.322957:39:44:81:93:39:44:81:93 chr1 152760558 . G T 108.35 PASS AF=0.15;AO=22;DP=160;FAO=24;FDP=160;FR=.;FRO=136;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=72;FWDB=-0.020058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.034;QD=2.70883;RBI=0.0304644;REFB=-0.0065662;REVB=-0.0229294;RO=136;SAF=16;SAR=6;SRF=64;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32545;STB=0.666528;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0314909;OID=.;OPOS=152760558;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:136:136:22:24:0.15:6:16:64:72:8:16:64:72 chr1 152760628 . T C 361.04 PASS AF=0.333333;AO=45;DP=135;FAO=45;FDP=135;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.0110643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.325;QD=10.6975;RBI=0.0262563;REFB=-0.00944015;REVB=-0.0238113;RO=90;SAF=21;SAR=24;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064135;STB=0.537002;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0180375;OID=.;OPOS=152760628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:90:90:45:45:0.333333:24:21:47:43:24:21:47:43 chr1 152760642 . C T 404.57 PASS AF=0.337931;AO=49;DP=145;FAO=49;FDP=145;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.00538172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.919;QD=11.1605;RBI=0.00676345;REFB=-0.00569987;REVB=-0.00409651;RO=96;SAF=22;SAR=27;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04692;STB=0.527005;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0068846;OID=.;OPOS=152760642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:96:96:49:49:0.337931:27:22:47:49:27:22:47:49 chr1 152760644 . C T 393.18 PASS AF=0.335664;AO=48;DP=143;FAO=48;FDP=143;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0188791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.056;QD=10.998;RBI=0.0221491;REFB=-0.00203416;REVB=-0.0115828;RO=94;SAF=22;SAR=26;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480107;STB=0.531219;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00298543;OID=.;OPOS=152760644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:94:95:48:48:0.335664:26:22:47:47:26:22:48:47 chr1 152760647 . C A 394.17 PASS AF=0.335664;AO=48;DP=144;FAO=48;FDP=143;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.00117161;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.638;QD=11.0259;RBI=0.0220198;REFB=-0.0207592;REVB=0.0219886;RO=95;SAF=22;SAR=26;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420843;STB=0.524245;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00827894;OID=.;OPOS=152760647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:95:95:48:48:0.335664:26:22:47:48:26:22:47:48 chr1 152760651 . C T 429.15 PASS AF=0.344595;AO=51;DP=148;FAO=51;FDP=148;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.00264158;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.634;QD=11.5987;RBI=0.00624633;REFB=-0.00703337;REVB=0.00566027;RO=97;SAF=25;SAR=26;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170813;STB=0.5098;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00722801;OID=.;OPOS=152760651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:97:97:51:51:0.344595:26:25:49:48:26:25:49:48 chr1 152770521 . G A 348.92 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0284852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6934;QD=22.8799;RBI=0.0397028;REFB=-0.0122297;REVB=-0.0276569;RO=23;SAF=20;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099137;STB=0.563344;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0198624;OID=.;OPOS=152770521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:26:35:35:0.57377:15:20:10:13:15:20:11:15 chr1 152770533 . G A 361.54 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00285175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3528;QD=20.3684;RBI=0.0199419;REFB=-0.0315636;REVB=0.0197369;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50647;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0208012;OID=.;OPOS=152770533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:34:36:37:0.521127:18:18:17:17:18:19:17:17 chr1 152770589 . A G 603.99 PASS AF=0.567308;AO=58;DP=103;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00515591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.397;QD=23.2303;RBI=0.0135408;REFB=-0.0330992;REVB=0.0125208;RO=42;SAF=34;SAR=24;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857286;STB=0.528604;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0183888;OID=.;OPOS=152770589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:42:45:58:59:0.567308:24:34:20:22:25:34:23:22 chr1 152771207 . C A 169.54 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0670834;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2225;QD=10.7645;RBI=0.0673335;REFB=-0.0285404;REVB=0.0057979;RO=42;SAF=7;SAR=15;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334661;STB=0.688495;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0335933;OID=.;OPOS=152771207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:42:41:22:22:0.349206:15:7:26:16:15:7:25:16 chr1 152771293 . A G 139.44 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0395981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.734;QD=9.14336;RBI=0.0397329;REFB=-0.0307458;REVB=-0.00327076;RO=41;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401891;STB=0.531217;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.061785;OID=.;OPOS=152771293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:10:9:18:23:10:9:18:24 chr1 152771360 . A T 274.89 PASS AF=0.33;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.000684977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3611;QD=10.9957;RBI=0.0492353;REFB=-0.0152189;REVB=-0.0492305;RO=65;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130638;STB=0.584787;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0312347;OID=.;OPOS=152771360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:67:33:33:0.33:15:18:28:37:15:18:28:39 chr1 152777908 . C T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=1;FWDB=0.0182806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.426;QD=13.8994;RBI=0.020099;REFB=-0.0125279;REVB=-0.00835406;RO=34;SAF=23;SAR=1;SRF=33;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867472;STB=0.548982;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0164407;OID=.;OPOS=152777908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:1:23:33:1:1:23:33:1 chr1 152800390 . A G 447.56 PASS AF=0.536585;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00181167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4635;QD=21.8323;RBI=0.0727352;REFB=-0.00515209;REVB=-0.0727126;RO=36;SAF=19;SAR=24;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228857;STB=0.605217;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00820231;OID=.;OPOS=152800390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:36:38:43:44:0.536585:24:19:26:10:24:20:26:12 chr1 152882610 . A G 268.5 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00907998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.178;QD=22.3753;RBI=0.00911457;REFB=-0.0213173;REVB=0.000793314;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00777152;STB=0.504344;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.024243;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:15:10:9:14:15:10:9:14 chr1 152883608 . G A 150.64 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0118247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.129;QD=14.3466;RBI=0.0531712;REFB=-0.0432339;REVB=0.0518397;RO=25;SAF=1;SAR=15;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290367;STB=0.683483;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0457434;OID=.;OPOS=152883608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:25:16:17:0.404762:15:1:4:21:16:1:4:21 chr1 152883680 . A G 110.46 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0158658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.379;QD=15.2358;RBI=0.0179495;REFB=-0.0320406;REVB=0.00839412;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553224;STB=0.531868;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0354021;OID=.;OPOS=152883680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:11:2:2:14:11:2:2:14 chr1 152883711 . G C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0611041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.273;QD=20.8923;RBI=0.0611533;REFB=-0.0288923;REVB=-0.00245084;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066985;STB=0.538384;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0185202;OID=.;OPOS=152883711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:3:3:6:4:3:3 chr1 152884111 . G A 670.92 PASS AF=0.405405;AO=75;DP=185;FAO=75;FDP=185;FR=.;FRO=110;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=69;FSRR=41;FWDB=0.0274367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1159;QD=14.5063;RBI=0.0481119;REFB=-0.00931385;REVB=-0.0395219;RO=107;SAF=29;SAR=46;SRF=66;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23929;STB=0.641124;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0174573;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:107:110:75:75:0.405405:46:29:66:41:46:29:69:41 chr1 152884246 . GA TG 356.16 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0355267;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.992;QD=21.5856;RBI=0.0360664;REFB=-0.0110852;REVB=0.00621586;RO=29;SAF=12;SAR=24;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184494;STB=0.610463;STBP=0.049;TYPE=mnp;VARB=0.0102805;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:30:36:36:0.545455:24:12:16:13:24:12:17:13 chr1 152944389 . G A 459.8 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.042363;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.79;QD=14.2573;RBI=0.0436608;REFB=-0.0279431;REVB=-0.0105658;RO=77;SAF=24;SAR=28;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339152;STB=0.519131;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0545536;OID=.;OPOS=152944389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:28:24:38:39:28:24:38:39 chr1 152944499 . C T 707.6 PASS AF=0.473333;AO=70;DP=148;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0725477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0734;QD=18.8694;RBI=0.074626;REFB=-0.0101368;REVB=0.0174893;RO=78;SAF=25;SAR=45;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411584;STB=0.521785;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0123949;OID=.;OPOS=152944499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:78:79:70:71:0.473333:45:25:31:47:45:26:32:47 chr1 152944594 . C T 2326.02 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201315;FXX=0.0379723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.008;QD=61.2111;RBI=0.0412837;REFB=0;REVB=0.0360426;RO=0;SAF=69;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486609;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:150:152:1:81:69:0:0:83:69:0:0 chr1 152944682 . C T 954.38 PASS AF=0.554217;AO=92;DP=166;FAO=92;FDP=166;FR=.;FRO=74;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.0130104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2435;QD=22.997;RBI=0.0365629;REFB=-0.0392512;REVB=-0.0341698;RO=72;SAF=53;SAR=39;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183165;STB=0.599433;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0311467;OID=.;OPOS=152944682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:72:74:92:92:0.554217:39:53:25:47:39:53:26:48 chr1 152944778 . C T 497.71 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0195158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.147;QD=18.0985;RBI=0.0195158;REFB=-0.0237064;REVB=-2.6145e-05;RO=55;SAF=30;SAR=23;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184531;STB=0.610129;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0228578;OID=.;OPOS=152944778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:57:53:53:0.481818:23:30:20:35:23:30:20:37 chr1 152944790 . GCTT G 311.91 PASS AF=0.425;AO=32;DP=83;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00215511;FXX=0.0588166;HRUN=1;LEN=3;MLLD=307.744;QD=15.5956;RBI=0.0021604;REFB=-0.0110595;REVB=0.000151069;RO=49;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324851;STB=0.578902;STBP=0.246;TYPE=del;VARB=0.0121464;OID=.;OPOS=152944791;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:32:83:34:80:46:18:16:18:28:99:49:16:16:23:26 chr1 152944937 . C T 580.26 PASS AF=0.434211;AO=64;DP=154;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00448815;FXX=0.0256394;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.632;QD=15.2701;RBI=0.0155653;REFB=-0.00404981;REVB=-0.0149041;RO=86;SAF=32;SAR=32;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357429;STB=0.528278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00440929;OID=.;OPOS=152944937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:86:86:64:66:0.434211:32:32:40:46:32:34:40:46 chr1 152957832 . C A 295.37 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0631555;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.6107;QD=20.3702;RBI=0.0632464;REFB=-0.0166788;REVB=0.00338931;RO=25;SAF=9;SAR=22;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101461;STB=0.523794;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0235859;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:25:27:31:31:0.534483:22:9:7:18:22:9:9:18 chr1 152957887 . G A 902.61 PASS AF=0.891892;AO=66;DP=76;FAO=66;FDP=74;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0186747;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.41;QD=48.7898;RBI=0.0201226;REFB=0.00244267;REVB=-0.00749481;RO=8;SAF=28;SAR=38;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102676;STB=0.505456;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00020606;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:74:8:8:66:66:0.891892:38:28:3:5:38:28:3:5 chr1 152958238 . A G 2818.23 PASS AF=0.968421;AO=183;DP=189;FAO=184;FDP=190;FR=.;FRO=6;FSAF=93;FSAR=91;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0318803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0294;QD=59.3312;RBI=0.0320461;REFB=-0.019052;REVB=-0.00325522;RO=5;SAF=93;SAR=90;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014774;STB=0.505092;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00591628;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:189:190:5:6:183:184:0.968421:90:93:4:1:91:93:4:2 chr1 152958267 . T C 2085.2 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00645427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.258;QD=61.7837;RBI=0.086725;REFB=-0.0520333;REVB=-0.0864845;RO=1;SAF=62;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760493;STB=0.503999;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00213881;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:133:134:0.992593:71:62:1:0:72:62:1:0 chr1 152975495 . G A 729.95 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0359651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4243;QD=60.8295;RBI=0.0426487;REFB=0.0465197;REVB=0.0229222;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177403;STB=0.509087;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000466197;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:20:26:1:0:20:27:1:0 chr1 152975715 . C T 278.51 PASS AF=0.851852;AO=22;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0735863;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6738;QD=41.26;RBI=0.0854196;REFB=-0.011274;REVB=0.0433771;RO=4;SAF=17;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185748;STB=0.602414;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00267512;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:22:23:0.851852:5:17:1:3:5:18:1:3 chr1 152975763 . C A 69.43 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0486183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.517;QD=30.856;RBI=0.0691063;REFB=-0.0338144;REVB=0.0491115;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.555418;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00923698;OID=.;OPOS=152975763;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:9:1:1:7:8:0.888889:3:4:0:1:4:4:0:1 chr1 152975829 . A G 673.49 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660698;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6875;QD=62.6505;RBI=0.0797877;REFB=0;REVB=-0.044731;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196084;OID=.;OPOS=152975829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr1 152975941 . C G 1420.27 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175198;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.699;QD=63.1231;RBI=0.0244498;REFB=0;REVB=0.0170543;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574251;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:45:42:0:0:47:43:0:0 chr1 152976108 . C T 1197.98 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.078;QD=59.1594;RBI=0.0559023;REFB=0;REVB=0.0545578;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312768;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:81:81:0:0:79:81:1:33:46:0:0:35:46:0:0 chr1 152976114 . G C 1377.05 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.913;QD=62.5931;RBI=0.0731869;REFB=0;REVB=-0.0718947;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104955;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr1 152976306 . T G 1922.04 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0261093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.13;QD=60.0638;RBI=0.0362858;REFB=-0.0478483;REVB=0.0251985;RO=2;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131956;STB=0.506943;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000594852;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:2:2:126:126:0.984375:71:55:0:2:71:55:0:2 chr1 153004848 . T C 108.19 PASS AF=0.293103;AO=14;DP=57;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0123595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0603;QD=7.46132;RBI=0.0149786;REFB=-0.00629594;REVB=-0.0084617;RO=41;SAF=7;SAR=7;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103314;STB=0.557311;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0366076;OID=.;OPOS=153004848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:41:41:14:17:0.293103:7:7:24:17:8:9:25:16 chr1 153004853 . C T 106.06 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0170006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.005;QD=8.00418;RBI=0.0201048;REFB=-0.015366;REVB=-0.0107324;RO=36;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21236;STB=0.608878;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0783076;OID=.;OPOS=153004853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:38:15:15:0.283019:9:6:21:15:9:6:21:17 chr1 153004983 . C T 249.68 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0212255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.442;QD=18.4948;RBI=0.0234628;REFB=-0.0307335;REVB=0.00999905;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721968;STB=0.54051;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0250153;OID=.;OPOS=153004983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:18:9:11:16:18:9:11:16 chr1 153005156 . C T 367.75 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00939203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9659;QD=21.9552;RBI=0.0162067;REFB=-0.00619544;REVB=-0.0132079;RO=30;SAF=18;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016097;STB=0.50888;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00288117;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:19:18:14:16:19:18:14:16 chr1 153012765 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.116;QD=42.1823;RBI=0.0905995;REFB=0;REVB=0.0903895;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109873;OID=.;OPOS=153012765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr1 153066072 . T C 421.65 PASS AF=0.274775;AO=60;DP=222;FAO=61;FDP=222;FR=.;FRO=161;FSAF=52;FSAR=9;FSRF=81;FSRR=80;FWDB=-0.00206204;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.209;QD=7.59736;RBI=0.015045;REFB=-0.0037596;REVB=-0.014903;RO=160;SAF=51;SAR=9;SRF=81;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483973;STB=0.794399;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0158896;OID=.;OPOS=153066072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:160:161:60:61:0.274775:9:51:81:79:9:52:81:80 chr1 153066169 . G A 56.73 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0220073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4208;QD=11.9438;RBI=0.148155;REFB=0.0691454;REVB=0.146512;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.68269;STB=0.904997;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0224632;OID=.;OPOS=153066169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:7:8:0.421053:6:1:10:1:7:1:10:1 chr1 153085029 . G T 3398.97 PASS AF=0.610204;AO=299;DP=490;FAO=299;FDP=490;FR=.;FRO=191;FSAF=131;FSAR=168;FSRF=82;FSRR=109;FWDB=0.00725446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.433;QD=27.7467;RBI=0.0209447;REFB=-0.0362697;REVB=-0.0196483;RO=188;SAF=131;SAR=168;SRF=81;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00530219;STB=0.503489;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0184353;OID=.;OPOS=153085029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:490:490:188:191:299:299:0.610204:168:131:81:107:168:131:82:109 chr1 153113139 . G A 718.92 PASS AF=0.555556;AO=69;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0364265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2733;QD=22.8227;RBI=0.0910441;REFB=-0.0366491;REVB=0.0834395;RO=57;SAF=31;SAR=38;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098052;STB=0.54713;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0235433;OID=.;OPOS=153113139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:57:56:69:70:0.555556:38:31:19:38:39:31:19:37 chr1 153233578 . C T 193.43 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0375844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.915;QD=32.2382;RBI=0.038752;REFB=-0.0413829;REVB=0.0094409;RO=6;SAF=4;SAR=14;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694713;STB=0.538417;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0156908;OID=.;OPOS=153233578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:14:4:2:4:14:4:2:4 chr1 153276449 . T C 547.7 PASS AF=0.548387;AO=48;DP=92;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00140721;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.777;QD=23.5569;RBI=0.00164257;REFB=-0.0312085;REVB=-0.000847224;RO=43;SAF=17;SAR=31;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160169;STB=0.580443;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0189446;OID=.;OPOS=153276449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:43:42:48:51:0.548387:31:17:23:20:33:18:22:20 chr1 153277423 . C T 764.22 PASS AF=0.473373;AO=80;DP=169;FAO=80;FDP=169;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.00512904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8715;QD=18.088;RBI=0.00903317;REFB=0.00816136;REVB=0.0074358;RO=89;SAF=45;SAR=35;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331191;STB=0.51832;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0085694;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:89:89:80:80:0.473373:35:45:47:42:35:45:47:42 chr1 153279598 . C T 1127.26 PASS AF=0.44;AO=121;DP=275;FAO=121;FDP=275;FR=.;FRO=154;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=68;FSRR=86;FWDB=0.031244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.666;QD=16.3965;RBI=0.0312916;REFB=0.0014678;REVB=-0.00172612;RO=154;SAF=66;SAR=55;SRF=68;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104612;STB=0.558038;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00214857;OID=.;OPOS=153279598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:154:154:121:121:0.44:55:66:68:86:55:66:68:86 chr1 153314153 . C A 2323.0 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=156;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130949;FXX=0.0191071;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.522;QD=60.3377;RBI=0.0230347;REFB=-0.095506;REVB=0.0189505;RO=1;SAF=68;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055639;STB=0.502924;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=9.21418e-05;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:154:1:1:153:153:0.993506:85:68:0:1:85:68:0:1 chr1 153315579 . A G 1960.55 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179942;FXX=0.0153834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.254;QD=61.2672;RBI=0.0263551;REFB=-0.124386;REVB=-0.0192561;RO=1;SAF=62;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760253;STB=0.503999;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000292366;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:128:1:1:126:127:0.992188:64:62:1:0:65:62:1:0 chr1 153320334 . T C 684.94 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00865354;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=309.019;QD=50.7364;RBI=0.016507;REFB=-0.203219;REVB=0.014057;RO=2;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037631;STB=0.5294;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000664215;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:54:54:2:3:51:51:0.944444:24:27:0:2:24:27:0:3 chr1 153320343 . A G 195.22 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00728002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.33;QD=14.1978;RBI=0.00733464;REFB=-0.00669485;REVB=-0.000893415;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114268;STB=0.574068;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00995108;OID=.;OPOS=153320343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:10:13:14:17:10:13:14:18 chr1 153320372 . T G 319.29 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0228888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8171;QD=20.9372;RBI=0.0312988;REFB=-0.0203416;REVB=0.0213475;RO=27;SAF=11;SAR=22;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128699;STB=0.564666;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00961707;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:28:33:33:0.540984:22:11:13:14:22:11:13:15 chr1 153362507 . A G 600.3 PASS AF=0.586957;AO=52;DP=90;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.027913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.847;QD=26.0999;RBI=0.0406979;REFB=-0.0401026;REVB=0.0296174;RO=38;SAF=27;SAR=25;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136302;STB=0.565194;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0173547;OID=.;OPOS=153362507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:38:38:52:54:0.586957:25:27:13:25:27:27:13:25 chr1 153391729 . G A 877.9 PASS AF=0.527273;AO=87;DP=165;FAO=87;FDP=165;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0065554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.054;QD=21.2825;RBI=0.00918248;REFB=-0.0160695;REVB=-0.00642998;RO=78;SAF=37;SAR=50;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07626;STB=0.541786;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0152092;OID=.;OPOS=153391729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:78:78:87:87:0.527273:50:37:40:38:50:37:40:38 chr1 153391786 . T C 691.13 PASS AF=0.607477;AO=63;DP=105;FAO=65;FDP=107;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0297361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.56;QD=25.8366;RBI=0.0344274;REFB=-0.0245254;REVB=-0.0173496;RO=42;SAF=22;SAR=41;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991299;STB=0.544015;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0159861;OID=.;OPOS=153391786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:42:42:63:65:0.607477:41:22:20:22:41:24:20:22 chr1 153410822 . C A 519.57 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0180736;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.726;QD=19.4231;RBI=0.0192882;REFB=-0.00277589;REVB=-0.00673649;RO=53;SAF=21;SAR=33;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839572;STB=0.546249;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00261737;OID=.;OPOS=153410822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:53:53:54:54:0.504673:33:21:16:37:33:21:16:37 chr1 153412392 . T A,G 1534.21 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=5,99;DP=104;FAO=6,99;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=4,50;FSAR=2,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185045,-0.0269716;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.676,154.487;QD=58.4459;RBI=0.0303769,0.0288544;REFB=0,0;REVB=-0.0303205,-0.0102522;RO=0;SAF=4,50;SAR=1,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0478249,-0.00239305;OID=.,.;OPOS=153412392,153412392;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:104:105:0:0:5,99:6,99:0.0571429,0.942857:1,49:4,50:0:0:2,49:4,50:0:0 chr1 153431406 . C G 3105.27 PASS AF=1;AO=200;DP=204;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307861;FXX=0.0195112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.807;QD=61.7965;RBI=0.0608891;REFB=0;REVB=-0.0525328;RO=0;SAF=89;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28467e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54118e-05;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:201:0:0:200:201:1:111:89:0:0:111:90:0:0 chr1 153520178 . C CG 118.79 PASS AF=0.24183;AO=39;DP=155;FAO=37;FDP=153;FR=.;FRO=116;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=71;FWDB=0.0114904;FXX=0.00649309;HRUN=0;LEN=1;MLLD=79.6287;QD=3.10556;RBI=0.0184595;REFB=-0.00201633;REVB=-0.0144473;RO=112;SAF=5;SAR=34;SRF=45;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439546;STB=0.68802;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0579623;OID=.;OPOS=153520179;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24183:39:155:37:153:116:7:30:45:71:99:112:5:34:45:67 chr1 153588279 . G A 638.5 PASS AF=0.451613;AO=65;DP=151;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.000533329;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.782;QD=16.4775;RBI=0.0424989;REFB=-0.0168103;REVB=0.0424956;RO=83;SAF=27;SAR=38;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679122;STB=0.516849;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0181847;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:155:83:85:65:70:0.451613:38:27:40:43:40:30:39:46 chr1 153588340 . C T 673.79 PASS AF=0.473333;AO=71;DP=152;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0141514;FXX=0.013157;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.977;QD=17.9678;RBI=0.0147544;REFB=-0.0204114;REVB=0.00417511;RO=78;SAF=26;SAR=45;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056901;STB=0.535704;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0211517;OID=.;OPOS=153588340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:78:79:71:71:0.473333:45:26:33:45:45:26:34:45 chr1 153604029 . C T 185.67 PASS AF=0.328767;AO=25;DP=72;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.031314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3455;QD=10.1737;RBI=0.0425666;REFB=0.000587076;REVB=0.0288331;RO=46;SAF=8;SAR=17;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277308;STB=0.702471;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00414244;OID=.;OPOS=153604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:46:49:25:24:0.328767:17:8:26:20:17:7:29:20 chr1 153636907 . A G 266.3 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.00289852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.609;QD=11.2125;RBI=0.0129117;REFB=-0.00277985;REVB=-0.0125822;RO=63;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279609;STB=0.516204;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00539343;OID=.;OPOS=153636907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:63:32:32:0.336842:17:15:28:35:17:15:28:35 chr1 153676713 . C A 929.04 PASS AF=0.505495;AO=92;DP=182;FAO=92;FDP=182;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.0240947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.601;QD=20.4185;RBI=0.0263593;REFB=-0.0169204;REVB=0.0106891;RO=89;SAF=39;SAR=53;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043654;STB=0.521497;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0151302;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:89:90:92:92:0.505495:53:39:42:47:53:39:42:48 chr1 153743234 . T C 441.11 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0397124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.934;QD=16.0402;RBI=0.0398187;REFB=-0.0188012;REVB=-0.00290846;RO=60;SAF=24;SAR=25;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756605;STB=0.53742;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0225538;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:61:49:49:0.445455:25:24:34:26:25:24:34:27 chr1 153750665 . G A 512.01 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.017954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.515;QD=16.3842;RBI=0.029408;REFB=-0.00687036;REVB=-0.0232912;RO=69;SAF=27;SAR=29;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904286;STB=0.55037;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00717366;OID=.;OPOS=153750665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:69:56:56:0.448:29:27:27:42:29:27:27:42 chr1 153780298 . C T 1362.55 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294149;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.693;QD=62.6459;RBI=0.00477832;REFB=0;REVB=-0.00376564;RO=0;SAF=23;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62496e-06;OID=.;OPOS=153780298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:63:23:0:0:63:24:0:0 chr1 153903195 . GGC G,GG 98.85 PASS AF=0.328125,0;AO=12,8;DP=68;FAO=21,0;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=4,0;FSAR=17,0;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0353401,0.0249152;FXX=0.0302984;HRUN=5,3;LEN=2,1;MLLD=26.2142,14.9626;QD=6.17789;RBI=0.043459,0.0959692;REFB=-0.0660884,-0.0443639;REVB=0.0252936,-0.0926786;RO=43;SAF=2,1;SAR=10,7;SRF=22;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.454916,-0.496825;STB=0.755914,0.5;STBP=0.011,1;TYPE=del,del;VARB=0.14222,0;OID=.,.;OPOS=153903196,153903197;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328125,0:12,8:68:21,0:64:43:4,0:17,0:23:20:95:43:2,1:10,7:22:21 chr1 153921054 . C T 149.4 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0872078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2576;QD=12.1962;RBI=0.0899558;REFB=0.00188323;REVB=0.0220646;RO=32;SAF=3;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353983;STB=0.712292;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000569966;OID=.;OPOS=153921054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:14:3:14:18:14:3:14:18 chr1 154108387 . G A 2339.45 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026786;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.346;QD=64.0947;RBI=0.0323878;REFB=0;REVB=-0.0182066;RO=0;SAF=57;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61498e-05;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:146:0:0:146:146:1:89:57:0:0:89:57:0:0 chr1 154138795 . T C 298.32 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00777991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.941;QD=29.8317;RBI=0.0177772;REFB=-0.00368006;REVB=-0.0159844;RO=14;SAF=17;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05672;STB=0.531226;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00160801;OID=.;OPOS=154138795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:9:17:8:6:9:17:8:6 chr1 154144673 . GAAAAAAAA GAAAAAAA,GAAAAAAAT 334.59 PASS AF=0.418605,0.581395;AO=8,15;DP=46;FAO=18,25;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=5,7;FSAR=13,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191541,-0.021773;FXX=0.0652032;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=4.74778,255.015;QD=31.1249;RBI=0.136803,0.0263533;REFB=0.0231557,-0.0274378;REVB=-0.135456,-0.014847;RO=5;SAF=1,5;SAR=7,10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.2967,-0.0332961;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.117601,0.0154426;OID=.,.;OPOS=154144674,154144681;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.418605,0.581395:8,15:46:18,25:43:0:5,7:13,18:0:0:99:5:1,5:7,10:2:3 chr1 154227292 . GTTTTTTTTTTTTTTA GTTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTTTAT 103.1 PASS AF=0,0.470588,0.529412;AO=3,7,2;DP=27;FAO=0,8,9;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,9;FSAR=0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.220339,-0.364499,-0.0991891;FXX=0.370233;HRUN=14,14,14;LEN=3,2,2;MLLD=11.4623,6.50254,62.3696;QD=24.2598;RBI=0.22069,0.364552,0.0992387;REFB=0.20893,0.188269,0.0674978;REVB=-0.0124381,-0.00623077,-0.00313882;RO=0;SAF=3,7,2;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.0941367,-0.289646;OID=.,.,.;OPOS=154227293,154227293,154227306;OREF=TTT,TT,TA;OALT=-,-,AT;OMAPALT=GTTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.470588,0.529412:3,7,2:27:0,8,9:17:0:0,8,9:0,0,0:0:0:48:0:3,7,2:0,0,0:0:0 chr1 154247435 . G A 741.96 PASS AF=0.5;AO=75;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0134709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.11;QD=19.5251;RBI=0.0219271;REFB=-0.00991547;REVB=-0.0173013;RO=76;SAF=36;SAR=39;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302844;STB=0.513154;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0134272;OID=.;OPOS=154247435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:76:76:75:76:0.5:39:36:39:37:39:37:39:37 chr1 154310048 . C G 2555.55 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.312;QD=61.5796;RBI=0.0412576;REFB=0;REVB=0.0215317;RO=1;SAF=76;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5747e-05;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:1:0:165:166:1:89:76:0:1:90:76:0:0 chr1 154317153 . C T 2102.73 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.909;QD=62.768;RBI=0.0547092;REFB=0;REVB=0.031602;RO=0;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33891e-05;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:64:70:0:0:64:70:0:0 chr1 154437896 . T C 569.04 PASS AF=0.417808;AO=60;DP=145;FAO=61;FDP=146;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.00544923;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.843;QD=15.59;RBI=0.0187625;REFB=-0.00528998;REVB=-0.0179537;RO=77;SAF=32;SAR=28;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791613;STB=0.55862;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00693801;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:77:85:60:61:0.417808:28:32:35:42:29:32:36:49 chr1 154438880 . T C 449.1 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=0.0342024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8551;QD=17.2729;RBI=0.046017;REFB=-0.0224571;REVB=0.0307857;RO=52;SAF=30;SAR=19;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294159;STB=0.674218;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0131861;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:55:49:49:0.471154:19:30:15:37:19:30:15:40 chr1 154474131 . C G 1607.04 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.269;QD=60.0764;RBI=0.0216465;REFB=0;REVB=0.000683644;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02211e-05;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:48:59:0:0:48:59:0:0 chr1 154516571 . T C 2061.69 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.09;QD=62.0058;RBI=0.00897145;REFB=0;REVB=-0.00506793;RO=0;SAF=45;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010549;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:133:0:0:127:133:1:82:45:0:0:88:45:0:0 chr1 154556663 . G A 719.69 PASS AF=0.556452;AO=69;DP=124;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0261271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.988;QD=23.2158;RBI=0.0309204;REFB=-0.0159976;REVB=0.0165362;RO=55;SAF=31;SAR=38;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487541;STB=0.526654;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0121851;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:55:55:69:69:0.556452:38:31:28:27:38:31:28:27 chr1 154573967 . T C 1325.02 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.82;QD=60.9203;RBI=0.0216334;REFB=-0.106201;REVB=-0.00264109;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000190998;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:38:48:0:0:38:48:1:0 chr1 154574820 . T C 2102.74 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.823;QD=62.7685;RBI=0.0166728;REFB=0;REVB=0.00245053;RO=0;SAF=61;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.72667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05037e-05;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:73:61:0:0:73:61:0:0 chr1 154575040 . C T 2380.03 PASS AF=0.921788;AO=163;DP=178;FAO=165;FDP=179;FR=.;FRO=14;FSAF=48;FSAR=117;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00419192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.678;QD=53.185;RBI=0.0134068;REFB=-0.186029;REVB=0.0127346;RO=6;SAF=48;SAR=115;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429104;STB=0.557527;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00847435;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:178:179:6:14:163:165:0.921788:115:48:5:1:117:48:13:1 chr1 154600372 . A G 769.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.19;QD=56.995;RBI=0.0233745;REFB=0;REVB=-0.00119778;RO=0;SAF=9;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04712e-05;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:45:9:0:0:45:9:0:0 chr1 154744807 . C G 469.17 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0368706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.697;QD=17.0609;RBI=0.0550952;REFB=-0.00743386;REVB=-0.0409394;RO=59;SAF=26;SAR=25;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115449;STB=0.564187;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0125834;OID=.;OPOS=154744807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:25:26:23:36:25:26:23:36 chr1 154744852 . A G 728.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.434;QD=57.169;RBI=0.00507441;REFB=0;REVB=0.00437133;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83129e-05;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr1 154917314 . G A 2840.31 PASS AF=1;AO=180;DP=185;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183646;FXX=0.0270256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.016;QD=63.118;RBI=0.0239207;REFB=0;REVB=0.0153278;RO=0;SAF=82;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26076e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229046;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:185:180:0:0:180:180:1:98:82:0:0:98:82:0:0 chr1 154919080 . C T 2089.94 PASS AF=0.954248;AO=141;DP=148;FAO=146;FDP=153;FR=.;FRO=7;FSAF=87;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00478788;FXX=0.00649309;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.592;QD=54.6389;RBI=0.0509046;REFB=-0.0767478;REVB=0.0506789;RO=6;SAF=82;SAR=59;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201218;STB=0.505635;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000244878;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:148:153:6:7:141:146:0.954248:59:82:5:1:59:87:5:2 chr1 154942529 . G A 573.17 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00451029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.054;QD=22.6997;RBI=0.00453923;REFB=0.00118481;REVB=0.000511727;RO=43;SAF=24;SAR=32;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808385;STB=0.513039;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00102102;OID=.;OPOS=154942529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:43:45:56:56:0.554455:32:24:18:25:32:24:18:27 chr1 154987526 . C T 620.22 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2819;QD=59.0681;RBI=0.0758949;REFB=-0.102003;REVB=0.062774;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00344562;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:1:0:18:23:1:0 chr1 154988957 . A G 1087.22 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.022;QD=59.5734;RBI=0.077311;REFB=0;REVB=0.0110354;RO=0;SAF=3;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335415;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:68:3:0:0:70:3:0:0 chr1 155006091 . A C,G 1588.68 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=5,99;DP=106;FAO=6,102;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=4,62;FSAR=2,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002343,-0.00314004;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=29.4866,181.037;QD=58.84;RBI=0.0306057,0.0173614;REFB=0,0;REVB=-0.0305159,-0.0170751;RO=0;SAF=4,60;SAR=1,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.47126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.108322,-0.00476664;OID=.,.;OPOS=155006091,155006091;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:106:108:0:0:5,99:6,102:0.0555556,0.944444:1,39:4,60:0:0:2,40:4,62:0:0 chr1 155006999 . C T 767.53 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5733;QD=54.8237;RBI=0.0809657;REFB=-0.134305;REVB=0.0801383;RO=2;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00378168;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00395709;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:2:1:54:55:0.982143:24:30:1:1:25:30:1:0 chr1 155019710 . A C 1583.59 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.518;QD=59.7582;RBI=0.018317;REFB=0;REVB=-0.0182887;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89246e-05;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:44:61:0:0:44:62:0:0 chr1 155026942 . A C 803.39 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0513986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.368;QD=55.406;RBI=0.0538573;REFB=-0.0844832;REVB=0.0160869;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177934;STB=0.509431;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000711327;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:31:26:1:0:31:26:1:0 chr1 155033317 . T C 318.2 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00363148;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.027;QD=23.5706;RBI=0.0110994;REFB=0.00258152;REVB=0.0104886;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542452;STB=0.525685;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00255878;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:23:22:31:32:0.592593:17:14:12:11:18:14:11:11 chr1 155058663 . G A 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00551342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.608;QD=17.8589;RBI=0.00988011;REFB=-0.0340152;REVB=-0.00819871;RO=37;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166977;STB=0.593208;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0282602;OID=.;OPOS=155058663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:15:19:14:23:15:19:14:23 chr1 155059851 . A G 280.28 PASS AF=0.330275;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0149013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.77;QD=10.2853;RBI=0.0370273;REFB=-0.0157144;REVB=0.0338964;RO=67;SAF=19;SAR=17;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229648;STB=0.51403;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0344507;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:67:73:36:36:0.330275:17:19:34:33:17:19:37:36 chr1 155106054 . A G 1154.04 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.058;QD=60.7387;RBI=0.0177063;REFB=0;REVB=-0.0024565;RO=0;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02814e-05;OID=.;OPOS=155106054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:51:24:0:0:51:25:0:0 chr1 155106227 . A T 1929.26 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=130;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0630709;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0554;QD=60.2893;RBI=0.0853106;REFB=-0.187416;REVB=0.0574452;RO=0;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508619;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00294799;OID=.;OPOS=155106227;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:128:0:2:126:126:0.984375:57:69:0:0:57:69:0:2 chr1 155152205 . C T 4819.84 PASS AF=1;AO=310;DP=311;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183494;FXX=0.00958436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4334;QD=62.1915;RBI=0.0196527;REFB=-0.0610702;REVB=0.00703776;RO=0;SAF=134;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531305;OID=.;OPOS=155152205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:311:310:0:0:310:310:1:176:134:0:0:176:134:0:0 chr1 155161799 . T C 32.9 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=-0.00415391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.882;QD=2.05638;RBI=0.0789764;REFB=-0.00312785;REVB=-0.0788671;RO=57;SAF=6;SAR=1;SRF=42;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205915;STB=0.666112;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.066858;OID=.;OPOS=155161799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:64:64:57:57:7:7:0.109375:1:6:42:15:1:6:42:15 chr1 155161810 . A G 44.76 PASS AF=0.116279;AO=11;DP=85;FAO=10;FDP=86;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0307965;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8377;QD=2.082;RBI=0.190244;REFB=-0.000894568;REVB=-0.187734;RO=71;SAF=7;SAR=4;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126765;STB=0.659092;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.000981382;OID=.;OPOS=155161810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:85:86:71:76:11:10:0.116279:4:7:38:33:3:7:40:36 chr1 155161815 . T C 37.6 PASS AF=0.0909091;AO=10;DP=110;FAO=10;FDP=110;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.0221317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.297;QD=1.36709;RBI=0.0283731;REFB=-0.00395894;REVB=-0.0177543;RO=99;SAF=7;SAR=3;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321279;STB=0.750396;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0546812;OID=.;OPOS=155161815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:110:110:99:100:10:10:0.0909091:3:7:41:58:3:7:41:59 chr1 155294274 . A G 2321.29 PASS AF=1;AO=151;DP=156;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119332;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.141;QD=60.6874;RBI=0.0162985;REFB=0;REVB=0.0111013;RO=0;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8631e-05;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:153:0:0:151:153:1:77:74:0:0:79:74:0:0 chr1 155306149 . T C 40.22 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0502778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3399;QD=4.02193;RBI=0.0648269;REFB=-0.00598624;REVB=-0.0409228;RO=33;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496401;STB=0.822042;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0538886;OID=.;OPOS=155306149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:40:40:33:33:7:7:0.175:5:2:24:9:5:2:24:9 chr1 155306151 . T C,TACAC 178.23 PASS AF=0.318182,0.454545;AO=7,8;DP=34;FAO=7,10;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=2,9;FSAR=5,1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0411445,0.00210742;FXX=0.119952;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=40.5734,82.9589;QD=32.4063;RBI=0.0683167,0.176005;REFB=-0.0474684,-0.0809301;REVB=-0.0545371,-0.175992;RO=17;SAF=2,8;SAR=5,0;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.500367,0.714056;STB=0.713672,0.580463;STBP=0.139,0.658;TYPE=snp,ins;VARB=0.0290635,0.0633628;OID=.,.;OPOS=155306151,155306152;OREF=T,-;OALT=C,ACAC;OMAPALT=C,TACAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:54:34:22:17:5:7,8:7,10:0.318182,0.454545:5,0:2,8:13:4:5,1:2,9:4:1 chr1 155408635 . T C 1212.11 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240045;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9158;QD=61.3725;RBI=0.107656;REFB=0;REVB=0.104946;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000989417;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr1 155532316 . T C 295.92 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0474313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3999;QD=49.32;RBI=0.0657849;REFB=-0.0170368;REVB=-0.0455842;RO=1;SAF=2;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182988;STB=0.599899;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00561114;OID=.;OPOS=155532316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:21:2:1:0:21:2:1:0 chr1 155532332 . T C 323.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.144774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.745;QD=53.8977;RBI=0.145058;REFB=0;REVB=-0.00906314;RO=0;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190463;OID=.;OPOS=155532332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:22:2:0:0:22:2:0:0 chr1 155532341 . T C 291.11 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0428431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5674;QD=46.5776;RBI=0.0429468;REFB=-0.142034;REVB=0.00298331;RO=2;SAF=1;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283715;STB=0.656542;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0139913;OID=.;OPOS=155532341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:25:25:2:2:23:23:0.92:22:1:1:1:22:1:1:1 chr1 155581311 . T C 161.64 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00104207;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.275;QD=11.9737;RBI=0.00117339;REFB=0.00365818;REVB=-0.00053938;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095238;STB=0.545409;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00587056;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:35:34:20:20:0.37037:12:8:17:18:12:8:16:18 chr1 155583937 . A G 52.1 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.016004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.913;QD=13.8941;RBI=0.0190471;REFB=-0.0481588;REVB=-0.0103278;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.749164;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0402294;OID=.;OPOS=155583937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:15:15:5:7:5:5:0.333333:2:3:1:4:2:3:1:6 chr1 155658085 . T C 682.52 PASS AF=0.523438;AO=66;DP=129;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00213606;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.268;QD=21.3288;RBI=0.00221729;REFB=-0.0156729;REVB=-0.000594637;RO=61;SAF=29;SAR=37;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747495;STB=0.543991;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0129839;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:61:61:66:67:0.523438:37:29:32:29:38:29:32:29 chr1 155658184 . C A 306.1 PASS AF=0.387097;AO=34;DP=91;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0114846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.723;QD=13.1655;RBI=0.0174768;REFB=-0.0241239;REVB=0.0131736;RO=57;SAF=15;SAR=19;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206055;STB=0.613146;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0431206;OID=.;OPOS=155658184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:57:57:34:36:0.387097:19:15:36:21:20:16:36:21 chr1 155715641 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0114545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.876;QD=13.4559;RBI=0.0157942;REFB=-0.0160861;REVB=0.0108744;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119577;STB=0.507029;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0180738;OID=.;OPOS=155715641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:8:7:5:6:8:7 chr1 155734699 . T C 116.49 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00502734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.719;QD=12.5934;RBI=0.00960966;REFB=-0.0143682;REVB=-0.00818972;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111318;STB=0.584495;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0272091;OID=.;OPOS=155734699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:23:13:14:0.378378:6:7:10:13:6:8:10:13 chr1 155735012 . T C 482.58 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0231192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.189;QD=23.257;RBI=0.0243762;REFB=-0.00249895;REVB=0.00772663;RO=37;SAF=15;SAR=31;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230809;STB=0.512694;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00261266;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:31:15:13:24:31:15:13:24 chr1 155735901 . C T 358.65 PASS AF=0.433333;AO=34;DP=85;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00125748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.206;QD=15.9401;RBI=0.0308097;REFB=-0.0203652;REVB=0.030784;RO=51;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103434;STB=0.531018;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0283718;OID=.;OPOS=155735901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:90:51:51:34:39:0.433333:17:17:25:26:22:17:25:26 chr1 155755097 . G A 1080.45 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.775;QD=60.0251;RBI=0.00757327;REFB=0;REVB=0.00659627;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96997e-05;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:48:22:0:0:49:23:0:0 chr1 155837865 . G C 911.51 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2168;QD=57.8735;RBI=0.11457;REFB=0;REVB=-0.0431791;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451268;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:43:19:0:0:43:20:0:0 chr1 155838267 . T C 710.24 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0641745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.691;QD=60.4461;RBI=0.0674186;REFB=-0.168485;REVB=0.0206617;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000734655;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:47:1:1:45:46:0.978723:26:19:1:0:26:20:1:0 chr1 155880573 . C G 1436.53 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.91;QD=62.4579;RBI=0.0386775;REFB=0;REVB=0.0382546;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36237e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:52:39:0:0:53:39:0:0 chr1 155904177 . T C 4300.36 PASS AF=1;AO=274;DP=277;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272444;FXX=0.00360998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.918;QD=62.324;RBI=0.0272485;REFB=0.00698218;REVB=0.00047116;RO=2;SAF=139;SAR=135;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000100871;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134435;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:277:276:2:0:274:276:1:135:139:1:1:137:139:0:0 chr1 155912486 . T C 785.07 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0577295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7138;QD=57.0962;RBI=0.0580137;REFB=0;REVB=0.00573586;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246537;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:25:30:0:0 chr1 156044195 . CTTTTTTT CTTTTTTC,CTT 309.01 PASS AF=0.1875,0.8125;AO=2,9;DP=32;FAO=6,26;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0746313,-0.102736;FXX=0.0856898;HRUN=17,17;LEN=1,5;MLLD=133.663,10.4803;QD=38.6268;RBI=0.085461,0.107722;REFB=0,0;REVB=0.0416383,0.032396;RO=0;SAF=0,9;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=8.89831e-05,0.00180858;OID=.,.;OPOS=156044202,156044196;OREF=T,TTTTT;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTTTC,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1875,0.8125:2,9:32:6,26:32:0:0,26:6,0:0:0:36:0:0,9:2,0:0:0 chr1 156107534 . C T 532.61 PASS AF=0.482759;AO=55;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0664708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.325;QD=18.3658;RBI=0.0666196;REFB=-0.00858579;REVB=0.00445149;RO=60;SAF=27;SAR=28;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00712634;STB=0.508618;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0110691;OID=.;OPOS=156107534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:55:56:0.482759:28:27:29:31:28:28:29:31 chr1 156215899 . G A 1879.77 PASS AF=0.494737;AO=188;DP=380;FAO=188;FDP=380;FR=.;FRO=192;FSAF=93;FSAR=95;FSRF=92;FSRR=100;FWDB=-0.00084564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9259;QD=19.7871;RBI=0.0120976;REFB=-0.0280854;REVB=-0.012068;RO=192;SAF=93;SAR=95;SRF=92;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143055;STB=0.50784;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0245502;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:380:192:192:188:188:0.494737:95:93:92:100:95:93:92:100 chr1 156220056 . T C 598.54 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=91;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0281652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.887;QD=25.7436;RBI=0.0315191;REFB=-0.0197412;REVB=-0.0141483;RO=37;SAF=24;SAR=30;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11173;STB=0.560837;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0305955;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:37:39:54:54:0.580645:30:24:22:15:30:24:23:16 chr1 156233189 . C T 378.06 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00179014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.076;QD=18.9027;RBI=0.0024272;REFB=-0.0410281;REVB=-0.00163912;RO=41;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230179;STB=0.512814;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0386466;OID=.;OPOS=156233189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:20:19:21:20:20:19:21:20 chr1 156255456 . G A 204.44 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0215041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.93;QD=14.603;RBI=0.0381549;REFB=-0.00535203;REVB=0.0315179;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326202;STB=0.535685;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00716328;OID=.;OPOS=156255456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:32:24:24:0.428571:12:12:14:16:12:12:14:18 chr1 156263940 . T C 835.71 PASS AF=0.612903;AO=75;DP=123;FAO=76;FDP=124;FR=.;FRO=48;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00887357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1865;QD=26.9583;RBI=0.00887405;REFB=-0.00435585;REVB=9.26836e-05;RO=48;SAF=37;SAR=38;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101904;STB=0.508062;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00439755;OID=.;OPOS=156263940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:48:48:75:76:0.612903:38:37:23:25:38:38:23:25 chr1 156264000 . G A 383.26 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0106179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.114;QD=22.8809;RBI=0.0200947;REFB=0.00311093;REVB=0.0170605;RO=29;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00585866;STB=0.503224;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00288006;OID=.;OPOS=156264000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:22:16:12:17:22:16:12:17 chr1 156265400 . GCC G,GC,GGC 2290.13 PASS AF=0,0.990991,0.00900901;AO=39,189,24;DP=328;FAO=0,330,3;FDP=333;FR=.;FRO=0;FSAF=0,151,3;FSAR=0,179,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125622,0.239708,0.0398473;FXX=0.00596997;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=8.59599,10.0533,10.2717;QD=27.5091;RBI=0.132515,0.253592,0.0398621;REFB=-0.0215135,-0.0141504,0.00896157;REVB=-0.0421826,-0.0827577,0.00108879;RO=49;SAF=0,110,23;SAR=39,79,1;SRF=13;SRR=36;SSEN=0.366667,0.366667,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.826298,0.123493,0.785528;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00386429,-0.0599207;OID=.,.,.;OPOS=156265401,156265401,156265401;OREF=CC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GC,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.990991,0.00900901:39,189,24:328:0,330,3:333:0:0,151,3:0,179,0:0:0:7:49:0,110,23:39,79,1:13:36 chr1 156280969 . G A 177.36 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0347385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0636;QD=12.2318;RBI=0.0410267;REFB=0.0211517;REVB=0.0218272;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987356;STB=0.557091;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0297055;OID=.;OPOS=156280969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:13:9:18:18:13:9:18:18 chr1 156280971 . G A 171.14 PASS AF=0.381818;AO=22;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0668815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6351;QD=12.4469;RBI=0.0976566;REFB=0.026538;REVB=0.0711595;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802919;STB=0.526291;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0370587;OID=.;OPOS=156280971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:22:21:0.381818:13:9:16:17:12:9:16:18 chr1 156306918 . G A 227.13 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0205425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.853;QD=36.3413;RBI=0.0218614;REFB=-0.00453464;REVB=-0.00747858;RO=4;SAF=6;SAR=14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183119;STB=0.523341;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00117929;OID=.;OPOS=156306918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:4:5:20:20:0.8:14:6:1:3:14:6:2:3 chr1 156347834 . T A 2317.23 PASS AF=0.477642;AO=231;DP=492;FAO=235;FDP=492;FR=.;FRO=257;FSAF=98;FSAR=137;FSRF=133;FSRR=124;FWDB=0.00338666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4487;QD=18.8392;RBI=0.125186;REFB=-0.0254335;REVB=0.12514;RO=257;SAF=98;SAR=133;SRF=133;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900233;STB=0.553023;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0353039;OID=.;OPOS=156347834;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:492:492:257:257:231:235:0.477642:133:98:133:124:137:98:133:124 chr1 156351699 . G A 1745.13 PASS AF=0.518293;AO=170;DP=326;FAO=170;FDP=328;FR=.;FRO=158;FSAF=78;FSAR=92;FSRF=69;FSRR=89;FWDB=-0.000172449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.661;QD=21.2821;RBI=0.0159219;REFB=-0.0217876;REVB=0.015921;RO=155;SAF=78;SAR=92;SRF=67;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234233;STB=0.510743;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0203599;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:328:155:158:170:170:0.518293:92:78:67:88:92:78:69:89 chr1 156354293 . A G 772.63 PASS AF=0.392857;AO=88;DP=231;FAO=88;FDP=224;FR=.;FRO=136;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=61;FSRR=75;FWDB=-0.00345313;FXX=0.0303017;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.882;QD=13.7969;RBI=0.00541744;REFB=-0.00985821;REVB=0.00417427;RO=127;SAF=38;SAR=50;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516705;STB=0.510307;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0152495;OID=.;OPOS=156354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:224:127:136:88:88:0.392857:50:38:61:66:50:38:61:75 chr1 156354367 . A G 1859.33 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8351;QD=61.4654;RBI=0.059696;REFB=0;REVB=-0.0172251;RO=0;SAF=37;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183035;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:84:37:0:0:84:37:0:0 chr1 156446903 . T C 983.99 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0414603;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4268;QD=56.2281;RBI=0.0495596;REFB=-0.0709361;REVB=0.0271514;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154939;STB=0.516124;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000964477;OID=.;OPOS=156446903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:1:2:68:68:0.971429:30:38:0:1:30:38:0:2 chr1 156450740 . G A 1118.79 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112318;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.373;QD=60.4754;RBI=0.0143353;REFB=0;REVB=0.00890775;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173959;OID=.;OPOS=156450740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:36:37:0:0:36:38:0:0 chr1 156499969 . T C 834.75 PASS AF=0.413333;AO=93;DP=225;FAO=93;FDP=225;FR=.;FRO=132;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=70;FSRR=62;FWDB=-0.0377302;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.631;QD=14.8399;RBI=0.0378912;REFB=-0.0138162;REVB=0.00348931;RO=132;SAF=52;SAR=41;SRF=70;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305384;STB=0.517085;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0176841;OID=.;OPOS=156499969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:132:132:93:93:0.413333:41:52:70:62:41:52:70:62 chr1 156518379 . G A 663.55 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=129;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0160702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.894;QD=20.5751;RBI=0.0262759;REFB=-0.00607128;REVB=0.0207887;RO=62;SAF=34;SAR=32;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150811;STB=0.504232;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00651862;OID=.;OPOS=156518379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:62:63:66:66:0.511628:32:34:33:29:32:34:33:30 chr1 156526387 . C G 793.31 PASS AF=0.401786;AO=90;DP=224;FAO=90;FDP=224;FR=.;FRO=134;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=75;FWDB=-0.0091973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0167;QD=14.1662;RBI=0.0587166;REFB=0.00965116;REVB=-0.0579918;RO=131;SAF=51;SAR=39;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122942;STB=0.575399;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0125796;OID=.;OPOS=156526387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:131:134:90:90:0.401786:39:51:59:72:39:51:59:75 chr1 156526444 . T C 2154.32 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.527;QD=62.8998;RBI=0.0524049;REFB=0;REVB=0.0512758;RO=0;SAF=60;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87013e-05;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:129:137:0:0:129:137:1:69:60:0:0:75:62:0:0 chr1 156532977 . T C 862.85 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0076;QD=57.523;RBI=0.024564;REFB=0;REVB=-0.0198838;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11608e-05;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:58:60:1:32:26:0:0:33:27:0:0 chr1 156536221 . G C 2271.17 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111603;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.106;QD=60.1636;RBI=0.0272778;REFB=-0.0348811;REVB=-0.0248902;RO=0;SAF=86;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50289;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=4.58301e-05;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:0:1:150:150:0.993377:64:86:0:0:64:86:1:0 chr1 156536251 . T C 2622.93 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978309;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.703;QD=61.7159;RBI=0.0117529;REFB=0;REVB=0.00651312;RO=0;SAF=96;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09819e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14299e-05;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:170:0:0:167:170:1:71:96:0:0:71:99:0:0 chr1 156556321 . G A 1397.71 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156183;FXX=0.0319115;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.205;QD=61.4377;RBI=0.0156224;REFB=-0.0714832;REVB=0.000357371;RO=1;SAF=60;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155351;STB=0.508195;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=4.34263e-05;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:91:1:1:90:90:0.989011:30:60:0:1:30:60:0:1 chr1 156561651 . G C 1294.01 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.8;QD=61.6193;RBI=0.100716;REFB=0;REVB=0.100489;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84606e-05;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:41:41:0:0:43:41:0:0 chr1 156563375 . G A 773.48 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127846;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=338.394;QD=55.2486;RBI=0.0206181;REFB=-0.0632163;REVB=0.0161759;RO=0;SAF=49;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125987;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:0:0:55:56:1:6:49:0:0:7:49:0:0 chr1 156563726 . A C 3727.71 PASS AF=1;AO=235;DP=235;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214997;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.637;QD=63.4503;RBI=0.0368755;REFB=0;REVB=-0.0299593;RO=0;SAF=120;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82937e-05;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:235:0:0:235:235:1:115:120:0:0:115:120:0:0 chr1 156563813 . G A 2084.59 PASS AF=1;AO=110;DP=137;FAO=134;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860729;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.212;QD=62.2266;RBI=0.086242;REFB=0;REVB=0.0053984;RO=1;SAF=49;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148638;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:134:1:0:110:134:1:61:49:1:0:61:73:0:0 chr1 156563852 . C T 1629.29 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00310098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.522;QD=58.1889;RBI=0.0125027;REFB=-0.117734;REVB=0.012112;RO=1;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887305;STB=0.509258;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00176486;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:1:2:110:110:0.982143:53:57:0:1:53:57:0:2 chr1 156564922 . C T 406.83 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.019281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.222;QD=15.9542;RBI=0.0210353;REFB=-0.0136595;REVB=-0.00840977;RO=54;SAF=15;SAR=30;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02016;STB=0.521729;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0250625;OID=.;OPOS=156564922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:57:45:45:0.441176:30:15:19:35:30:15:21:36 chr1 156565049 . A AAC,AC 1020.3 PASS AF=1,0;AO=55,12;DP=72;FAO=68,0;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565035,-0.00116013;FXX=0.0285673;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=282.972,265.798;QD=60.0179;RBI=0.0385779,0.0403498;REFB=0,0;REVB=0.0381619,0.0403331;RO=4;SAF=31,3;SAR=24,9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0404212,3.98772e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=4.00881e-05,0;OID=.,.;OPOS=156565050,156565050;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:55,12:72:68,0:68:0:34,0:34,0:0:0:6:4:31,3:24,9:1:3 chr1 156595447 . G A 4197.16 PASS AF=0.868421;AO=298;DP=345;FAO=297;FDP=342;FR=.;FRO=45;FSAF=151;FSAR=146;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00653324;FXX=0.0086954;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.534;QD=49.0896;RBI=0.0346381;REFB=0.0241293;REVB=0.0340164;RO=41;SAF=152;SAR=146;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442508;STB=0.528863;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000376823;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:342:41:45:298:297:0.868421:146:152:13:28:146:151:13:32 chr1 156595448 . G A 91.68 PASS AF=0.0885714;AO=31;DP=350;FAO=31;FDP=350;FR=.;FRO=319;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=156;FSRR=163;FWDB=0.0153417;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=58.1695;QD=1.04781;RBI=0.0263216;REFB=-0.0192966;REVB=0.0213883;RO=319;SAF=9;SAR=22;SRF=156;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239243;STB=0.68543;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0285192;OID=.;OPOS=156595448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:350:350:319:319:31:31:0.0885714:22:9:156:163:22:9:156:163 chr1 156627996 . T C 513.92 PASS AF=0.369048;AO=62;DP=168;FAO=62;FDP=168;FR=.;FRO=106;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=0.00808458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.913;QD=12.2361;RBI=0.00819837;REFB=-0.0160818;REVB=-0.00136118;RO=104;SAF=33;SAR=29;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605124;STB=0.53349;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0293409;OID=.;OPOS=156627996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:104:106:62:62:0.369048:29:33:61:43:29:33:62:44 chr1 156639636 . G A 437.51 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0114092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.748;QD=14.2279;RBI=0.0114416;REFB=-0.0133696;REVB=0.000859797;RO=72;SAF=17;SAR=33;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131104;STB=0.578915;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0180279;OID=.;OPOS=156639636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:73:50:50:0.406504:33:17:33:39:33:17:34:39 chr1 156639753 . G A 787.77 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011054;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.591;QD=64.3077;RBI=0.0113085;REFB=0;REVB=0.0023853;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92482e-05;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr1 156640156 . G A 545.35 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000621953;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.55;QD=57.4056;RBI=0.0237014;REFB=-0.0419789;REVB=0.0236932;RO=1;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158799;STB=0.50847;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000137059;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:29:8:0:1:29:8:0:1 chr1 156640308 . C T 757.15 PASS AF=0.464481;AO=74;DP=183;FAO=85;FDP=183;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.00171437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.394;QD=16.5498;RBI=0.0178754;REFB=-0.0290484;REVB=0.017793;RO=83;SAF=47;SAR=27;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127653;STB=0.561018;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0217407;OID=.;OPOS=156640308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:83:98:74:85:0.464481:27:47:42:41:38:47:43:55 chr1 156640503 . C T 1013.3 PASS AF=0.440945;AO=106;DP=249;FAO=112;FDP=254;FR=.;FRO=142;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=72;FSRR=70;FWDB=0.0746773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4921;QD=15.9576;RBI=0.0762274;REFB=-0.0108378;REVB=0.0152944;RO=142;SAF=55;SAR=51;SRF=72;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121662;STB=0.516072;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0147367;OID=.;OPOS=156640503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:254:142:142:106:112:0.440945:51:55:72:70:52:60:72:70 chr1 156640678 . G A 1835.6 PASS AF=0.991803;AO=119;DP=120;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00629771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.503;QD=60.1838;RBI=0.0136407;REFB=-0.0618129;REVB=0.0120998;RO=1;SAF=7;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00422289;STB=0.502183;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00265285;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:122:1:1:119:121:0.991803:112:7:0:1:114:7:0:1 chr1 156642663 . G A 177.3 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0110723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.604;QD=12.2276;RBI=0.0608235;REFB=-0.00548326;REVB=0.0598072;RO=36;SAF=6;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290314;STB=0.668736;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.019455;OID=.;OPOS=156642663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:16:6:19:17:16:6:19:17 chr1 156646668 . A G 160.25 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.706;QD=45.7863;RBI=0.0527575;REFB=0;REVB=-0.0325257;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235013;OID=.;OPOS=156646668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr1 156697056 . T C 748.05 PASS AF=0.484472;AO=77;DP=160;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0823717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.179;QD=18.5851;RBI=0.0835432;REFB=-0.00940855;REVB=0.0139415;RO=83;SAF=33;SAR=44;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073337;STB=0.536404;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00807591;OID=.;OPOS=156697056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:83:83:77:78:0.484472:44:33:42:41:44:34:42:41 chr1 156705593 . G C 2997.91 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.093;QD=63.4478;RBI=0.0688509;REFB=0;REVB=0.0133603;RO=0;SAF=91;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23057e-05;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:189:0:0:188:189:1:97:91:0:0:97:92:0:0 chr1 156712317 . ATTTTTTTTTG ATTTTTTTTG,ATTTTTTTTGT,ATTTTTTTTTGT 37.89 PASS AF=0.176471,0,0.176471;AO=4,2,3;DP=30;FAO=6,0,6;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2,0,1;FSAR=4,0,5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0260142,-0.0594074,-0.0867179;FXX=0.0285633;HRUN=9,9,1;LEN=1,2,1;MLLD=6.11642,15.9931,15.2564;QD=4.4572;RBI=0.301912,0.238516,0.189947;REFB=-0.144102,-0.0873868,-0.0310762;REVB=-0.300789,-0.230999,-0.168997;RO=14;SAF=1,0,1;SAR=3,2,2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.549941,-0.685297,-0.478282;STB=0.697035,0.5,0.832224;STBP=0.326,1,0.122;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0277398,0.00815778,0.0301455;OID=.,.,.;OPOS=156712318,156712326,156712328;OREF=T,TG,-;OALT=-,GT,T;OMAPALT=ATTTTTTTTG,ATTTTTTTTGT,ATTTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.176471,0,0.176471:4,2,3:30:6,0,6:34:22:2,0,1:4,0,5:13:9:23:14:1,0,1:3,2,2:11:3 chr1 156713512 . C T 1131.22 PASS AF=0.918605;AO=79;DP=86;FAO=79;FDP=86;FR=.;FRO=7;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0320604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7065;QD=52.615;RBI=0.0409949;REFB=-0.0832739;REVB=0.0255483;RO=1;SAF=48;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976132;STB=0.503082;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.012355;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:86:86:1:7:79:79:0.918605:31:48:1:0:31:48:4:3 chr1 156752048 . C G 1010.82 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3395;QD=58.5982;RBI=0.0286078;REFB=0;REVB=0.013797;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498887;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:39:28:0:0:40:29:0:0 chr1 156760887 . C A 1749.42 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.149;QD=60.8496;RBI=0.0118125;REFB=0;REVB=0.0117578;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50831e-05;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:59:56:0:0:59:56:0:0 chr1 156779048 . G C 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0170978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.35;QD=15.6035;RBI=0.0359571;REFB=-0.00339977;REVB=-0.0316319;RO=38;SAF=26;SAR=4;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289156;STB=0.666536;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00487163;OID=.;OPOS=156779048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:4:26:26:12:4:26:26:12 chr1 156784982 . T C 2413.33 PASS AF=0.981595;AO=160;DP=163;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0332818;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.263;QD=59.2229;RBI=0.0359525;REFB=-0.115574;REVB=0.0135979;RO=0;SAF=62;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47348e-08;STB=0.507537;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.000334177;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:163:163:0:3:160:160:0.981595:98:62:0:0:98:62:0:3 chr1 156785617 . G A 1727.63 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.145;QD=60.0916;RBI=0.0273185;REFB=0;REVB=0.00136981;RO=0;SAF=43;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59398e-05;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:115:0:0:114:115:1:71:43:0:0:71:44:0:0 chr1 156873727 . G A 1176.37 PASS AF=0.452555;AO=124;DP=276;FAO=124;FDP=274;FR=.;FRO=150;FSAF=74;FSAR=50;FSRF=92;FSRR=58;FWDB=-0.0172017;FXX=0.0108299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.552;QD=17.1733;RBI=0.0504394;REFB=-0.0167525;REVB=0.0474156;RO=149;SAF=74;SAR=50;SRF=91;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143579;STB=0.509451;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0241199;OID=.;OPOS=156873727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:274:149:150:124:124:0.452555:50:74:91:58:50:74:92:58 chr1 156877457 . T C 2160.14 PASS AF=0.972222;AO=141;DP=144;FAO=140;FDP=144;FR=.;FRO=4;FSAF=83;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0510549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7219;QD=60.0038;RBI=0.0569833;REFB=-0.0070841;REVB=-0.025308;RO=3;SAF=83;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0031916;STB=0.502668;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.000474876;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:144:144:3:4:141:140:0.972222:58:83:2:1:57:83:2:2 chr1 156877797 . C A 709.14 PASS AF=0.496454;AO=70;DP=141;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.0206775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8419;QD=20.1173;RBI=0.0233137;REFB=0.00535146;REVB=0.0107689;RO=71;SAF=42;SAR=28;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323983;STB=0.517852;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00678219;OID=.;OPOS=156877797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:71:71:70:70:0.496454:28:42:45:26:28:42:45:26 chr1 156878531 . T C 1265.22 PASS AF=0.428571;AO=138;DP=322;FAO=138;FDP=322;FR=.;FRO=184;FSAF=55;FSAR=83;FSRF=69;FSRR=115;FWDB=-0.0586643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2388;QD=15.717;RBI=0.0642615;REFB=-0.0060996;REVB=-0.0262307;RO=181;SAF=55;SAR=83;SRF=69;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018552;STB=0.514114;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00684325;OID=.;OPOS=156878531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:181:184:138:138:0.428571:83:55:69:112:83:55:69:115 chr1 156878737 . T C 355.58 PASS AF=0.603448;AO=34;DP=57;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0186628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.824;QD=24.5228;RBI=0.0280129;REFB=-0.0424772;REVB=0.0208907;RO=23;SAF=15;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594676;STB=0.537292;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0258932;OID=.;OPOS=156878737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:23:23:34:35:0.603448:19:15:12:11:20:15:12:11 chr1 156879580 . C T 505.96 PASS AF=0.462185;AO=54;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.00457022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.119;QD=17.0072;RBI=0.00806809;REFB=-0.00955044;REVB=-0.00664885;RO=63;SAF=15;SAR=39;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133318;STB=0.561621;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00814508;OID=.;OPOS=156879580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:64:54:55:0.462185:39:15:25:38:39:16:25:39 chr1 156882996 . G C 433.29 PASS AF=0.5375;AO=38;DP=75;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0265198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.105;QD=21.6647;RBI=0.029317;REFB=-0.0632209;REVB=-0.0124976;RO=37;SAF=22;SAR=16;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897125;STB=0.545434;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0551593;OID=.;OPOS=156882996;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:80:37:37:38:43:0.5375:16:22:25:12:18:25:25:12 chr1 156883215 . C A 1008.78 PASS AF=0.5;AO=101;DP=201;FAO=103;FDP=206;FR=.;FRO=103;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.0177175;FXX=0.00483068;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8755;QD=19.588;RBI=0.0489499;REFB=-0.0297742;REVB=0.045631;RO=99;SAF=58;SAR=43;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02643;STB=0.504926;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0298859;OID=.;OPOS=156883215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:206:99:103:101:103:0.5:43:58:54:45:45:58:57:46 chr1 156883493 . G A 512.05 PASS AF=0.393103;AO=57;DP=145;FAO=57;FDP=145;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.00820813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.797;QD=14.1255;RBI=0.0243929;REFB=-0.00979469;REVB=0.0229704;RO=88;SAF=28;SAR=29;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338273;STB=0.519103;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0230377;OID=.;OPOS=156883493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:88:88:57:57:0.393103:29:28:46:42:29:28:46:42 chr1 156883546 . A G 336.18 PASS AF=0.35;AO=41;DP=120;FAO=42;FDP=120;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0181077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.111;QD=11.2058;RBI=0.0203557;REFB=-0.00347145;REVB=-0.00929869;RO=78;SAF=21;SAR=20;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445926;STB=0.51792;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00408158;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:78:78:41:42:0.35:20:21:43:35:20:22:43:35 chr1 156884584 . C T 513.89 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=36;FWDB=0.0095782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.882;QD=21.8676;RBI=0.0175264;REFB=-0.0148507;REVB=0.0146777;RO=43;SAF=12;SAR=37;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704434;STB=0.529934;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0143246;OID=.;OPOS=156884584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:43:45:49:49:0.521277:37:12:8:35:37:12:9:36 chr1 156890672 . T C 3105.53 PASS AF=0.410778;AO=342;DP=839;FAO=343;FDP=835;FR=.;FRO=492;FSAF=176;FSAR=167;FSRF=221;FSRR=271;FWDB=0.00221004;FXX=0.00595231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7303;QD=14.8768;RBI=0.0501258;REFB=-0.00115544;REVB=-0.0500771;RO=489;SAF=176;SAR=166;SRF=218;SRR=271;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726927;STB=0.53762;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00269646;OID=.;OPOS=156890672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:839:835:489:492:342:343:0.410778:166:176:218:271:167:176:221:271 chr1 156902222 . G A 495.62 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0483506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.041;QD=16.5206;RBI=0.0514004;REFB=-0.00977787;REVB=-0.0174421;RO=65;SAF=32;SAR=22;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114463;STB=0.568199;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0142195;OID=.;OPOS=156902222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:66:54:54:0.45:22:32:31:34:22:32:31:35 chr1 156902259 . G A 2175.96 PASS AF=0.985915;AO=139;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00168481;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.528;QD=61.2946;RBI=0.0153841;REFB=-0.0262383;REVB=-0.0152916;RO=2;SAF=73;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00068072;STB=0.500302;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0012975;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:2:2:139:140:0.985915:66:73:1:1:67:73:1:1 chr1 156902281 . T G 764.15 PASS AF=0.49375;AO=79;DP=160;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.00521405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.808;QD=19.1038;RBI=0.00962128;REFB=-0.00739786;REVB=0.00808596;RO=79;SAF=44;SAR=35;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806768;STB=0.550771;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00568599;OID=.;OPOS=156902281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:79:81:79:79:0.49375:35:44:37:42:35:44:37:44 chr1 156904644 . A G 775.45 PASS AF=0.532374;AO=73;DP=138;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00830105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.963;QD=22.3152;RBI=0.0160183;REFB=-0.00723523;REVB=0.0136996;RO=65;SAF=27;SAR=46;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957646;STB=0.554839;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0132706;OID=.;OPOS=156904644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:65:65:73:74:0.532374:46:27:31:34:47:27:31:34 chr1 156904818 . G A 580.51 PASS AF=0.373626;AO=68;DP=183;FAO=68;FDP=182;FR=.;FRO=114;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=63;FSRR=51;FWDB=0.0151992;FXX=0.00546418;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9951;QD=12.7584;RBI=0.0464045;REFB=0.0033541;REVB=0.0438448;RO=113;SAF=45;SAR=23;SRF=62;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132019;STB=0.562353;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00552938;OID=.;OPOS=156904818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:113:114:68:68:0.373626:23:45:62:51:24:44:63:51 chr1 156907081 . T C 1556.47 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.303;QD=59.8644;RBI=0.0587214;REFB=0;REVB=0.0545863;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52012e-05;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:56:48:0:0:56:48:0:0 chr1 156907115 . T C 567.73 PASS AF=0.495935;AO=54;DP=114;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0266486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0377;QD=18.4627;RBI=0.0517155;REFB=-0.0153983;REVB=-0.0443209;RO=60;SAF=30;SAR=24;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131145;STB=0.544712;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0288072;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:123:60:62:54:61:0.495935:24:30:25:35:31:30:25:37 chr1 156909695 . G A 604.73 PASS AF=0.380435;AO=70;DP=185;FAO=70;FDP=184;FR=.;FRO=114;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=66;FSRR=48;FWDB=-0.0192009;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.363;QD=13.1464;RBI=0.0306516;REFB=-0.00344365;REVB=-0.0238924;RO=114;SAF=36;SAR=34;SRF=66;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711256;STB=0.540176;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00532974;OID=.;OPOS=156909695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:114:114:70:70:0.380435:34:36:66:48:34:36:66:48 chr1 156939067 . G A 678.08 PASS AF=0.440476;AO=74;DP=168;FAO=74;FDP=168;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.0154239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4214;QD=16.1447;RBI=0.0155502;REFB=0.00680913;REVB=0.00197837;RO=94;SAF=41;SAR=33;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652058;STB=0.536327;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00831848;OID=.;OPOS=156939067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:94:94:74:74:0.440476:33:41:46:48:33:41:46:48 chr1 157062696 . G T 539.46 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0495642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7972;QD=17.982;RBI=0.0516599;REFB=-0.0140313;REVB=0.0145647;RO=58;SAF=23;SAR=34;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660072;STB=0.505;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0175449;OID=.;OPOS=157062696;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:58:63:57:57:0.475:34:23:23:35:34:23:26:37 chr1 157488487 . C T 1118.52 PASS AF=0.446097;AO=119;DP=270;FAO=120;FDP=269;FR=.;FRO=149;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=54;FSRR=95;FWDB=-0.00426372;FXX=0.0073798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.055;QD=16.6323;RBI=0.00966226;REFB=-0.00414912;REVB=0.00867064;RO=149;SAF=52;SAR=67;SRF=54;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768949;STB=0.540417;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00432714;OID=.;OPOS=157488487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:149:149:119:120:0.446097:67:52:54:95:68:52:54:95 chr1 157489535 . G A 654.34 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.000178419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.343;QD=17.2193;RBI=0.0224478;REFB=-0.00843429;REVB=0.0224471;RO=82;SAF=28;SAR=42;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751785;STB=0.541767;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0102566;OID=.;OPOS=157489535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:82:82:70:70:0.460526:42:28:39:43:42:28:39:43 chr1 157494106 . C T 313.17 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0759021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2233;QD=19.5732;RBI=0.0858708;REFB=-0.0054027;REVB=0.040158;RO=31;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272385;STB=0.515142;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00729269;OID=.;OPOS=157494106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:17:16:16:15:17:16:16:15 chr1 157504143 . G A 492.15 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0234337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.66;QD=22.6277;RBI=0.0327979;REFB=-0.0377201;REVB=-0.0229469;RO=38;SAF=16;SAR=31;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225009;STB=0.507933;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0288042;OID=.;OPOS=157504143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:38:40:47:47:0.54023:31:16:12:26:31:16:13:27 chr1 157504422 . C T 256.53 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0239869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.325;QD=11.2758;RBI=0.0245631;REFB=-0.00170389;REVB=-0.00528884;RO=60;SAF=16;SAR=15;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094032;STB=0.554421;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00639159;OID=.;OPOS=157504422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:15:16:26:34:15:16:26:34 chr1 157504433 . C G 255.36 PASS AF=0.344444;AO=29;DP=89;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00920411;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.706;QD=11.3494;RBI=0.00920724;REFB=-0.0195888;REVB=0.000240032;RO=60;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967703;STB=0.581145;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0396644;OID=.;OPOS=157504433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:60:59:29:31:0.344444:14:15:26:34:14:17:25:34 chr1 157508882 . C T 357.29 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0176071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4125;QD=14.4361;RBI=0.0205432;REFB=-0.018133;REVB=0.0105836;RO=60;SAF=21;SAR=18;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164501;STB=0.593174;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0292054;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:18:21:23:37:18:21:23:37 chr1 157509025 . C T 2059.59 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00457951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.187;QD=60.1339;RBI=0.00626958;REFB=-0.155746;REVB=0.00428202;RO=2;SAF=64;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146208;STB=0.504146;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000538068;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:137:2:3:134:134:0.978102:70:64:2:0:70:64:2:1 chr1 157514097 . A G 694.19 PASS AF=0.449102;AO=74;DP=165;FAO=75;FDP=167;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.0313173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.077;QD=16.6274;RBI=0.0318276;REFB=-0.0152707;REVB=-0.00567618;RO=91;SAF=40;SAR=34;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783025;STB=0.542253;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0161298;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:91:92:74:75:0.449102:34:40:42:49:35:40:42:50 chr1 157567751 . A G 592.25 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.484;QD=60.7432;RBI=0.086845;REFB=0;REVB=0.0824815;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017094;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35:39:1:21:14:0:0:25:14:0:0 chr1 157648543 . T C 917.64 PASS AF=0.567742;AO=87;DP=150;FAO=88;FDP=155;FR=.;FRO=67;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00181317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.644;QD=23.6809;RBI=0.0299214;REFB=-0.01715;REVB=0.0298664;RO=63;SAF=42;SAR=45;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419732;STB=0.519277;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0142393;OID=.;OPOS=157648543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:155:63:67:87:88:0.567742:45:42:27:36:46:42:29:38 chr1 157668390 . T C 1249.77 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3217;QD=60.2297;RBI=0.029447;REFB=-0.0356995;REVB=0.0165232;RO=1;SAF=49;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956759;STB=0.505049;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00198491;OID=.;OPOS=157668390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:33:49:1:0:33:49:1:0 chr1 157670290 . C G 2144.67 PASS AF=0.960784;AO=147;DP=153;FAO=147;FDP=153;FR=.;FRO=6;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0187064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1685;QD=56.0698;RBI=0.0278033;REFB=-0.0251029;REVB=-0.0205692;RO=5;SAF=66;SAR=81;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952853;STB=0.502021;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0094761;OID=.;OPOS=157670290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:153:153:5:6:147:147:0.960784:81:66:3:2:81:66:3:3 chr1 157738449 . CCG C,CGG 113.72 PASS AF=0.265823,0;AO=18,5;DP=97;FAO=21,0;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=10,0;FSAR=11,0;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0258237,-0.00693197;FXX=0.0124984;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.7674,17.0178;QD=5.75793;RBI=0.0264449,0.125266;REFB=-0.0431124,-0.0126748;REVB=0.00569797,-0.125074;RO=65;SAF=8,5;SAR=10,0;SRF=26;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0567734,0.586052;STB=0.584575,0.5;STBP=0.38,1;TYPE=del,snp;VARB=0.130291,0;OID=.,.;OPOS=157738450,157738450;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265823,0:18,5:97:21,0:79:58:10,0:11,0:21:37:99:65:8,5:10,0:26:39 chr1 157802979 . C T 1857.96 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.534;QD=61.4203;RBI=0.0318263;REFB=0;REVB=0.0269327;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124826;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:60:59:0:0:60:61:0:0 chr1 158066834 . A G 660.58 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0414191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7516;QD=60.0529;RBI=0.0605834;REFB=-0.0617043;REVB=0.0442131;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00273951;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:0:1:43:43:0.977273:22:21:0:0:22:21:0:1 chr1 158224904 . C T 732.56 PASS AF=0.489796;AO=72;DP=147;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0119165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9116;QD=19.9337;RBI=0.0435167;REFB=-0.0186814;REVB=-0.0418533;RO=75;SAF=40;SAR=32;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823202;STB=0.545442;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0154009;OID=.;OPOS=158224904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:75:75:72:72:0.489796:32:40:35:40:32:40:35:40 chr1 158225019 . C G 1042.81 PASS AF=0.480851;AO=98;DP=229;FAO=113;FDP=235;FR=.;FRO=122;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=76;FWDB=0.0388021;FXX=0.0167357;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7811;QD=17.75;RBI=0.0405475;REFB=-0.0239854;REVB=0.0117686;RO=95;SAF=54;SAR=44;SRF=26;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245425;STB=0.606617;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0233845;OID=.;OPOS=158225019;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:235:95:122:98:113:0.480851:44:54:26:69:47:66:46:76 chr1 158263011 . T C 1013.26 PASS AF=0.490566;AO=104;DP=212;FAO=104;FDP=212;FR=.;FRO=108;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=0.00201977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.858;QD=19.1182;RBI=0.0108498;REFB=-0.0111114;REVB=-0.0106601;RO=108;SAF=51;SAR=53;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517352;STB=0.528457;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0108886;OID=.;OPOS=158263011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:108:108:104:104:0.490566:53:51:59:49:53:51:59:49 chr1 158324425 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.518;QD=63.0525;RBI=0.0467953;REFB=0;REVB=-0.00138076;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08603e-05;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:52:39:0:0:52:39:0:0 chr1 158368309 . T G 93.24 PASS AF=0.478261;AO=13;DP=25;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0152588;FXX=0.079968;HRUN=6;LEN=1;MLLD=309.062;QD=16.2149;RBI=0.0153917;REFB=-0.00459677;REVB=-0.0020179;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379419;STB=0.529358;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00578701;OID=.;OPOS=158368309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:25:23:12:12:13:11:0.478261:6:7:7:5:4:7:7:5 chr1 158368541 . A G 447.23 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0260401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.924;QD=18.4426;RBI=0.0260418;REFB=-0.0131526;REVB=-0.000296598;RO=52;SAF=23;SAR=22;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121414;STB=0.567612;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0123437;OID=.;OPOS=158368541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:22:23:20:32:22:23:20:32 chr1 158368846 . T C 280.79 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.00463396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.837;QD=12.0768;RBI=0.00829407;REFB=-0.00377571;REVB=0.00687882;RO=57;SAF=8;SAR=25;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125343;STB=0.598023;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00717776;OID=.;OPOS=158368846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:60:33:33:0.354839:25:8:19:38:25:8:22:38 chr1 158368964 . C T 698.32 PASS AF=0.50365;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0165696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.687;QD=20.3889;RBI=0.0172258;REFB=-0.0166979;REVB=-0.00470926;RO=65;SAF=23;SAR=46;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788865;STB=0.542541;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0196465;OID=.;OPOS=158368964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:65:68:69:69:0.50365:46:23:27:38:46:23:28:40 chr1 158368974 . A G 721.73 PASS AF=0.5;AO=71;DP=142;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00205173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5534;QD=20.3305;RBI=0.015411;REFB=-0.0307669;REVB=0.0152738;RO=71;SAF=24;SAR=47;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421261;STB=0.523242;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0347759;OID=.;OPOS=158368974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:71:71:71:71:0.5:47:24:27:44:47:24:27:44 chr1 158369064 . A G 624.13 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0133974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.132;QD=21.7089;RBI=0.0203762;REFB=-0.0127669;REVB=-0.0153525;RO=53;SAF=19;SAR=43;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502291;STB=0.527598;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0254213;OID=.;OPOS=158369064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:53:62:62:0.53913:43:19:19:34:43:19:19:34 chr1 158436299 . T C 450.59 PASS AF=0.35443;AO=55;DP=157;FAO=56;FDP=158;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=-0.000847055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.337;QD=11.4073;RBI=0.132113;REFB=-0.011422;REVB=0.13211;RO=101;SAF=27;SAR=28;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652477;STB=0.506327;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0256717;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:101:102:55:56:0.35443:28:27:49:52:28:28:50:52 chr1 158450314 . A G 318.1 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00079619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0551;QD=18.1771;RBI=0.0269497;REFB=-0.0023883;REVB=-0.0269379;RO=36;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143341;STB=0.571387;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00291018;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:36:33:34:0.485714:16:17:13:23:17:17:13:23 chr1 158450382 . C T 333.3 PASS AF=0.383178;AO=40;DP=107;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.0137775;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.745;QD=12.4597;RBI=0.0164656;REFB=-0.00992962;REVB=-0.0090164;RO=66;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174354;STB=0.581594;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0174276;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:66:66:40:41:0.383178:21:19:21:45:22:19:22:44 chr1 158517142 . C T 789.08 PASS AF=0.493902;AO=81;DP=153;FAO=81;FDP=164;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=-0.00405165;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.048;QD=19.2458;RBI=0.0279469;REFB=-0.0309424;REVB=-0.0276517;RO=67;SAF=26;SAR=55;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165191;STB=0.549621;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0385661;OID=.;OPOS=158517142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:164:67:83:81:81:0.493902:55:26:34:33:55:26:34:49 chr1 158517353 . G A 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0109407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.632;QD=19.8664;RBI=0.0109512;REFB=-0.00967893;REVB=-0.000479732;RO=34;SAF=14;SAR=22;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333756;STB=0.518508;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0176118;OID=.;OPOS=158517353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:22:14:12:22:22:14:12:22 chr1 158533140 . A G 341.81 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0356323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2355;QD=18.4764;RBI=0.0869843;REFB=0.00750822;REVB=-0.0793511;RO=38;SAF=15;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776944;STB=0.543355;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0101932;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:21:15:19:19:21:15:19:19 chr1 158533224 . A G 430.96 PASS AF=0.518072;AO=40;DP=81;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0415123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4063;QD=20.7692;RBI=0.0520933;REFB=0.000156921;REVB=0.0314713;RO=40;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674283;STB=0.51851;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0010688;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:40:40:40:43:0.518072:19:21:18:22:22:21:18:22 chr1 158549264 . G A 374.7 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00620908;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.978;QD=17.4277;RBI=0.00656481;REFB=-0.0123744;REVB=-0.00213167;RO=50;SAF=25;SAR=14;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105748;STB=0.550634;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0137348;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:50:47:39:39:0.453488:14:25:27:23:14:25:26:21 chr1 158549420 . C T 612.46 PASS AF=0.418182;AO=69;DP=165;FAO=69;FDP=165;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=-0.00948292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.046;QD=14.8475;RBI=0.00975952;REFB=-0.00662708;REVB=-0.00230702;RO=92;SAF=34;SAR=35;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09288;STB=0.550399;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0133797;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:92:96:69:69:0.418182:35:34:37:55:35:34:39:57 chr1 158549492 . C T 671.05 PASS AF=0.447853;AO=73;DP=163;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=-0.00593973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.368;QD=16.4674;RBI=0.0112826;REFB=-0.00429046;REVB=0.00959252;RO=90;SAF=35;SAR=38;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101726;STB=0.55648;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00463036;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:90:90:73:73:0.447853:38:35:34:56:38:35:34:56 chr1 158549511 . A G 591.13 PASS AF=0.430464;AO=64;DP=150;FAO=65;FDP=151;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=-0.00352716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.895;QD=15.659;RBI=0.00393069;REFB=-0.0060438;REVB=0.00173479;RO=86;SAF=33;SAR=31;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158669;STB=0.591995;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00817648;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:86:86:64:65:0.430464:31:33:31:55:31:34:31:55 chr1 158577109 . A C 525.15 PASS AF=0.39726;AO=58;DP=146;FAO=58;FDP=146;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.0373258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.582;QD=14.3878;RBI=0.0429712;REFB=-0.00534441;REVB=-0.021291;RO=87;SAF=25;SAR=33;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187642;STB=0.50651;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0129946;OID=.;OPOS=158577109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:87:88:58:58:0.39726:33:25:36:51:33:25:37:51 chr1 158577167 . A T 401.68 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00930297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.43;QD=27.2328;RBI=0.0112872;REFB=-0.0178959;REVB=0.00639187;RO=21;SAF=15;SAR=23;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147751;STB=0.58066;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00729823;OID=.;OPOS=158577167;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:21:38:38:0.644068:23:15:13:8:23:15:13:8 chr1 158619728 . A C 3818.01 PASS AF=0.988189;AO=148;DP=254;FAO=251;FDP=254;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=147;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0279265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.371;QD=60.1261;RBI=0.0293005;REFB=-0.013413;REVB=0.00886725;RO=0;SAF=87;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.000172394;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:254:254:0:3:148:251:0.988189:61:87:0:0:147:104:2:1 chr1 158647495 . A T 1400.54 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00998407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.277;QD=61.5623;RBI=0.0460005;REFB=-0.136217;REVB=-0.0449039;RO=1;SAF=46;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101926;STB=0.505375;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000324515;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:44:46:1:0:44:46:1:0 chr1 158647522 . A G 701.89 PASS AF=0.605505;AO=66;DP=109;FAO=66;FDP=109;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00289029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0497;QD=25.7574;RBI=0.0455721;REFB=-0.0160602;REVB=0.0454804;RO=42;SAF=33;SAR=33;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170416;STB=0.513757;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0166471;OID=.;OPOS=158647522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:42:43:66:66:0.605505:33:33:22:20:33:33:23:20 chr1 158655036 . G A 2657.59 PASS AF=0.994286;AO=169;DP=169;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0752824;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.896;QD=60.7448;RBI=0.0755936;REFB=-0.0723701;REVB=-0.00685235;RO=0;SAF=82;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92111e-08;STB=0.502857;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000342428;OID=.;OPOS=158655036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:175:0:1:169:174:0.994286:87:82:0:0:87:87:1:0 chr1 158656281 . T C 2687.49 PASS AF=0.983146;AO=175;DP=178;FAO=175;FDP=178;FR=.;FRO=3;FSAF=106;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0194947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.292;QD=60.393;RBI=0.0195217;REFB=-0.0341587;REVB=-0.0010261;RO=0;SAF=106;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.77801e-08;STB=0.510637;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=5.8682e-05;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:178:178:0:3:175:175:0.983146:69:106:0:0:69:106:0:3 chr1 158687896 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00227466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2253;QD=14.3338;RBI=0.0196162;REFB=0.00233676;REVB=-0.0194839;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230887;STB=0.633877;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00655798;OID=.;OPOS=158687896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:2:8:5:4:2:8 chr1 158735595 . C T 811.43 PASS AF=0.447368;AO=84;DP=190;FAO=85;FDP=190;FR=.;FRO=105;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=0.0171016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.534;QD=17.0828;RBI=0.0174107;REFB=-0.00468658;REVB=0.00326601;RO=105;SAF=49;SAR=35;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154514;STB=0.581583;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00637591;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:105:105:84:85:0.447368:35:49:45:60:36:49:45:60 chr1 158735691 . T C 1046.88 PASS AF=0.514706;AO=105;DP=206;FAO=105;FDP=204;FR=.;FRO=99;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0444724;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9659;QD=20.527;RBI=0.0446037;REFB=-0.0194939;REVB=-0.00341956;RO=101;SAF=50;SAR=55;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542517;STB=0.535205;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0166188;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:204:101:99:105:105:0.514706:55:50:42:59:55:50:40:59 chr1 158735740 . A G 990.96 PASS AF=0.52459;AO=96;DP=183;FAO=96;FDP=183;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.0428561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3636;QD=21.6604;RBI=0.0724125;REFB=-0.0196628;REVB=-0.0583689;RO=87;SAF=41;SAR=55;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0015936;STB=0.500872;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0131472;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:87:87:96:96:0.52459:55:41:37:50:55:41:37:50 chr1 158735892 . A G 410.16 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0299151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.789;QD=18.2292;RBI=0.0300529;REFB=-0.00549794;REVB=0.00287402;RO=47;SAF=11;SAR=31;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179926;STB=0.596846;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00755136;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:48:42:42:0.466667:31:11:20:27:31:11:20:28 chr1 158736215 . G A 794.11 PASS AF=0.543478;AO=71;DP=135;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0521626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3176;QD=23.0176;RBI=0.0560817;REFB=-0.00675171;REVB=-0.0205966;RO=63;SAF=36;SAR=35;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279919;STB=0.502912;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00676009;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:63:63:71:75:0.543478:35:36:34:29:35:40:34:29 chr1 158746678 . T C 695.84 PASS AF=0.480263;AO=73;DP=152;FAO=73;FDP=152;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0401836;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.128;QD=18.3116;RBI=0.0401912;REFB=-0.00567376;REVB=-0.000783005;RO=78;SAF=29;SAR=44;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979385;STB=0.557765;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00534191;OID=.;OPOS=158746678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:78:79:73:73:0.480263:44:29:39:39:44:29:40:39 chr1 158746847 . A G 287.01 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.027207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.298;QD=13.5063;RBI=0.0274547;REFB=-0.0029839;REVB=-0.00367954;RO=52;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405997;STB=0.523174;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00502309;OID=.;OPOS=158746847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:19:14:24:28:19:14:24:28 chr1 158813819 . A G 581.67 PASS AF=0.572917;AO=44;DP=98;FAO=55;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0258702;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.174;QD=24.2361;RBI=0.0261025;REFB=-0.00286446;REVB=0.00347502;RO=30;SAF=23;SAR=21;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164293;STB=0.527263;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00244193;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:30:41:44:55:0.572917:21:23:9:21:26:29:19:22 chr1 158817599 . C T 611.44 PASS AF=0.367876;AO=71;DP=193;FAO=71;FDP=193;FR=.;FRO=122;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=80;FWDB=-0.0339567;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3905;QD=12.6723;RBI=0.0351319;REFB=-0.00262884;REVB=0.00901103;RO=121;SAF=25;SAR=46;SRF=42;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00610815;STB=0.505454;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00511879;OID=.;OPOS=158817599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:121:122:71:71:0.367876:46:25:42:79:46:25:42:80 chr1 158986477 . G C 177.39 PASS AF=0.231405;AO=28;DP=121;FAO=28;FDP=121;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.126689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8172;QD=5.86428;RBI=0.133147;REFB=0.00181743;REVB=-0.0409621;RO=93;SAF=8;SAR=20;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285023;STB=0.675546;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00707405;OID=.;OPOS=158986477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:93:93:28:28:0.231405:20:8:47:46:20:8:47:46 chr1 158988330 . G A 192.9 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0867084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.802;QD=13.7786;RBI=0.0875815;REFB=-0.0120451;REVB=-0.0123357;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142702;STB=0.591469;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0133201;OID=.;OPOS=158988330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:33:23:23:0.410714:14:9:16:14:14:9:18:15 chr1 158990247 . A G 418.36 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.00636885;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.602;QD=14.3028;RBI=0.00857796;REFB=-0.00967506;REVB=0.00574622;RO=68;SAF=16;SAR=32;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227352;STB=0.518979;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0142023;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:68:69:48:48:0.410256:32:16:24:44:32:16:25:44 chr1 159002377 . C A 448.48 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0189008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2523;QD=18.6866;RBI=0.0192323;REFB=0.0195116;REVB=0.00355548;RO=51;SAF=13;SAR=32;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245389;STB=0.637386;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0222666;OID=.;OPOS=159002377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:32:13:27:24:32:13:27:24 chr1 159002389 . T A 489.18 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00643461;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.067;QD=16.8684;RBI=0.0121671;REFB=-0.0112253;REVB=0.0103263;RO=64;SAF=19;SAR=34;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203204;STB=0.617321;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0144369;OID=.;OPOS=159002389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:64:63:53:53:0.456897:34:19:36:28:34:19:36:27 chr1 159024668 . A T 103.51 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0136955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.171;QD=10.6162;RBI=0.0184669;REFB=-0.0237417;REVB=0.0123879;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191578;STB=0.578197;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0506696;OID=.;OPOS=159024668;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:24:26:13:13:0.333333:7:6:7:17:7:6:9:17 chr1 159169641 . T C 1395.06 PASS AF=0.968085;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0193779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.003;QD=59.3644;RBI=0.0198392;REFB=-0.0899356;REVB=0.00425339;RO=1;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114199;STB=0.506577;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00360655;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:1:3:90:91:0.968085:41:49:0:1:42:49:1:2 chr1 159273943 . G A 716.63 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=149;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0131225;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.171;QD=19.3683;RBI=0.0256537;REFB=-0.00177506;REVB=-0.0220434;RO=77;SAF=31;SAR=40;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201723;STB=0.511151;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00180214;OID=.;OPOS=159273943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:77:77:71:71:0.47973:40:31:32:45:40:31:32:45 chr1 159409734 . G T 1515.86 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9105;QD=59.4454;RBI=0.035398;REFB=0;REVB=-0.0318154;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09412e-05;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:55:46:0:0:55:47:0:0 chr1 159409884 . G A 1513.26 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00482858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.229;QD=59.3435;RBI=0.00596291;REFB=0;REVB=0.00349873;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174323;OID=.;OPOS=159409884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:100:102:1:41:59:0:0:43:59:0:0 chr1 159505297 . C T 362.13 PASS AF=0.410526;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0137886;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.636;QD=15.2474;RBI=0.0215744;REFB=-0.0110224;REVB=-0.0165931;RO=54;SAF=8;SAR=30;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252838;STB=0.617465;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0191359;OID=.;OPOS=159505297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:56:38:39:0.410526:30:8:22:32:30:9:22:34 chr1 159558258 . A G 1712.35 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.741;QD=60.614;RBI=0.066614;REFB=0;REVB=-0.0663605;RO=0;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137677;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:48:64:0:0:49:64:0:0 chr1 159778983 . T C 1300.09 PASS AF=0.483986;AO=110;DP=257;FAO=136;FDP=281;FR=.;FRO=145;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=74;FSRR=71;FWDB=-0.0113938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.415;QD=18.5067;RBI=0.0134204;REFB=-0.01828;REVB=0.00709155;RO=143;SAF=51;SAR=59;SRF=72;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405973;STB=0.539761;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0174173;OID=.;OPOS=159778983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:281:143:145:110:136:0.483986:59:51:72:71:77:59:74:71 chr1 159785370 . T C 950.84 PASS AF=0.452915;AO=101;DP=224;FAO=101;FDP=223;FR=.;FRO=122;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=-0.0122384;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8257;QD=17.0553;RBI=0.0234836;REFB=-0.0167696;REVB=0.0200424;RO=121;SAF=36;SAR=65;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174342;STB=0.59914;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0192807;OID=.;OPOS=159785370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:121:122:101:101:0.452915:65:36:64:57:65:36:65:57 chr1 159785425 . A G 808.24 PASS AF=0.440415;AO=84;DP=192;FAO=85;FDP=193;FR=.;FRO=108;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0249084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.567;QD=16.751;RBI=0.0263316;REFB=-0.00830353;REVB=0.00853955;RO=108;SAF=33;SAR=51;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916722;STB=0.553594;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00845487;OID=.;OPOS=159785425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:108:108:84:85:0.440415:51:33:52:56:52:33:52:56 chr1 159799910 . G A 1204.29 PASS AF=0.534247;AO=117;DP=219;FAO=117;FDP=219;FR=.;FRO=102;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.0393887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2337;QD=21.9962;RBI=0.0457648;REFB=0.0029093;REVB=0.0233011;RO=101;SAF=56;SAR=61;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028787;STB=0.503754;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00259609;OID=.;OPOS=159799910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:101:102:117:117:0.534247:61:56:48:53:61:56:48:54 chr1 159802683 . G A 1579.95 PASS AF=0.504792;AO=158;DP=313;FAO=158;FDP=313;FR=.;FRO=155;FSAF=72;FSAR=86;FSRF=79;FSRR=76;FWDB=-0.0205312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.508;QD=20.191;RBI=0.0492;REFB=-0.00283484;REVB=0.0447114;RO=154;SAF=72;SAR=86;SRF=78;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459461;STB=0.526812;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00288693;OID=.;OPOS=159802683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:154:155:158:158:0.504792:86:72:78:76:86:72:79:76 chr1 159824967 . G C 4136.07 PASS AF=1;AO=264;DP=265;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.666;QD=62.4313;RBI=0.0672992;REFB=0;REVB=0.0377702;RO=0;SAF=105;SAR=159;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16352e-05;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:265:265:0:0:264:265:1:159:105:0:0:159:106:0:0 chr1 159888701 . C T 647.05 PASS AF=0.456954;AO=69;DP=151;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.00812905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.836;QD=17.1403;RBI=0.0263738;REFB=-0.00818722;REVB=-0.0250897;RO=82;SAF=35;SAR=34;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126259;STB=0.570013;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0119324;OID=.;OPOS=159888701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:82:82:69:69:0.456954:34:35:31:51:34:35:31:51 chr1 159890163 . T A 670.8 PASS AF=0.516556;AO=65;DP=139;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0079748;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.236;QD=17.7696;RBI=0.0196787;REFB=-0.0271464;REVB=0.0179903;RO=68;SAF=20;SAR=45;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150007;STB=0.527443;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0379696;OID=.;OPOS=159890163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:151:68:73:65:78:0.516556:45:20:31:37:46:32:34:39 chr1 159890164 . G A 42.66 PASS AF=0.0860927;AO=13;DP=148;FAO=13;FDP=151;FR=.;FRO=138;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=54;FSRR=84;FWDB=-0.0233112;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.248;QD=1.13019;RBI=0.0295863;REFB=-0.00476604;REVB=-0.0182191;RO=135;SAF=12;SAR=1;SRF=51;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.587513;STB=0.938626;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0697384;OID=.;OPOS=159890164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:148:151:135:138:13:13:0.0860927:1:12:51:84:1:12:54:84 chr1 159898100 . A G 464.97 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0186236;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.382;QD=16.4593;RBI=0.109802;REFB=-0.0132022;REVB=-0.108211;RO=61;SAF=29;SAR=22;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755209;STB=0.546769;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0121454;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:61:62:51:51:0.451327:22:29:30:31:22:29:30:32 chr1 159904270 . C T 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.009284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.244;QD=20.1553;RBI=0.009782;REFB=-0.018973;REVB=0.00308136;RO=32;SAF=10;SAR=25;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733361;STB=0.540518;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0253436;OID=.;OPOS=159904270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:25:10:7:25:25:10:7:25 chr1 159921460 . G A 416.11 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00507902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.566;QD=22.1924;RBI=0.0181864;REFB=-0.0113329;REVB=-0.0174627;RO=34;SAF=25;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187455;STB=0.603341;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0120361;OID=.;OPOS=159921460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:16:25:13:21:16:25:13:21 chr1 159922092 . G A 592.87 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00702516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.24;QD=19.1248;RBI=0.0461409;REFB=0.00140223;REVB=0.045603;RO=62;SAF=22;SAR=39;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161021;STB=0.585557;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00178106;OID=.;OPOS=159922092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:63:61:61:0.491935:39:22:33:29:39:22:33:30 chr1 159922194 . A G 790.47 PASS AF=0.523179;AO=79;DP=152;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00563861;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.552;QD=20.9396;RBI=0.0140631;REFB=-0.0133508;REVB=-0.0128832;RO=72;SAF=26;SAR=53;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157758;STB=0.586763;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0133347;OID=.;OPOS=159922194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:72:72:79:79:0.523179:53:26:36:36:53:26:36:36 chr1 159923111 . T G 1380.97 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812295;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.352;QD=62.7711;RBI=0.0225817;REFB=0;REVB=0.0210702;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68559e-06;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr1 159997713 . G T 368.47 PASS AF=0.323944;AO=46;DP=142;FAO=46;FDP=142;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.070178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3442;QD=10.3795;RBI=0.0719799;REFB=-0.00357224;REVB=-0.0160049;RO=96;SAF=19;SAR=27;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162001;STB=0.593728;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00518632;OID=.;OPOS=159997713;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:96:96:46:46:0.323944:27:19:53:43:27:19:53:43 chr1 160057521 . GC GT,TG 552.33 PASS AF=0.75,0.225;AO=30,9;DP=40;FAO=30,9;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15,0;FSAR=15,9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.025095,-0.0402863;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=57.4181,58.2536;QD=55.233;RBI=0.0256582,0.0409417;REFB=-0.0868831,-0.117238;REVB=0.00534614,0.0072961;RO=1;SAF=15,0;SAR=15,9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0300657,0;STB=0.516118,0.5;STBP=0.535,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00102954,-0.0146392;OID=.,.;OPOS=160057522,160057521;OREF=C,GC;OALT=T,TG;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:40:40:1:1:30,9:30,9:0.75,0.225:15,9:15,0:0:1:15,9:15,0:0:1 chr1 160134205 . C T 2141.63 PASS AF=0.972028;AO=138;DP=143;FAO=139;FDP=143;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=86;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00690726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.776;QD=59.9058;RBI=0.0513584;REFB=0.00222943;REVB=-0.0508918;RO=0;SAF=53;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510871;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000242557;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:143:143:0:4:138:139:0.972028:85:53:0:0:86:53:3:1 chr1 160141196 . C T 2347.6 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.393;QD=63.8803;RBI=0.039588;REFB=0;REVB=0.0355647;RO=0;SAF=55;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139295;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:147:0:0:144:147:1:89:55:0:0:89:58:0:0 chr1 160141525 . A G 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0229193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0328;QD=17.694;RBI=0.100216;REFB=0.0272423;REVB=-0.09756;RO=39;SAF=26;SAR=9;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600811;STB=0.533704;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0326429;OID=.;OPOS=160141525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:9:26:27:12:9:26:27:12 chr1 160165246 . C G 439.31 PASS AF=0.409836;AO=49;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00391074;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.786;QD=14.4035;RBI=0.00747331;REFB=-0.00534999;REVB=0.00636839;RO=72;SAF=27;SAR=22;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068588;STB=0.531832;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00743815;OID=.;OPOS=160165246;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:72:72:49:50:0.409836:22:27:35:37:23:27:35:37 chr1 160178376 . C G 919.91 PASS AF=0.55625;AO=89;DP=160;FAO=89;FDP=160;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0136176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.635;QD=22.9976;RBI=0.0136176;REFB=-0.00220507;REVB=3.3072e-05;RO=71;SAF=41;SAR=48;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00816781;STB=0.504454;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00207971;OID=.;OPOS=160178376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:71:71:89:89:0.55625:48:41:32:39:48:41:32:39 chr1 160254928 . A C 552.25 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0642953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4382;QD=18.1065;RBI=0.0745583;REFB=0.00679667;REVB=-0.0377499;RO=63;SAF=34;SAR=24;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00105974;STB=0.504362;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.0118645;OID=.;OPOS=160254928;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:64:58:58:0.47541:24:34:37:26:24:34:37:27 chr1 160295357 . A G 703.95 PASS AF=0.482759;AO=69;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0057018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0471;QD=19.4194;RBI=0.0148278;REFB=-0.0175283;REVB=0.0136877;RO=75;SAF=43;SAR=26;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137885;STB=0.570891;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0164553;OID=.;OPOS=160295357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:75:69:70:0.482759:26:43:36:39:27:43:36:39 chr1 160303416 . G A 1117.28 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.928;QD=60.3934;RBI=0.0403286;REFB=0;REVB=0.0371893;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53499e-05;OID=.;OPOS=160303416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:40:32:0:0:42:32:0:0 chr1 160342015 . T G 683.54 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=149;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.000689207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.439;QD=18.35;RBI=0.0135627;REFB=-0.0153979;REVB=-0.0135451;RO=79;SAF=42;SAR=27;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763076;STB=0.539423;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0165699;OID=.;OPOS=160342015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:79:80:69:69:0.463087:27:42:42:37:27:42:43:37 chr1 160393905 . A G 655.04 PASS AF=0.439024;AO=72;DP=164;FAO=72;FDP=164;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.0167282;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.661;QD=15.9765;RBI=0.0202375;REFB=-0.0183608;REVB=-0.0113897;RO=91;SAF=39;SAR=33;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145591;STB=0.583731;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0209078;OID=.;OPOS=160393905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:91:92:72:72:0.439024:33:39:36:55:33:39:36:56 chr1 160396990 . T C 541.39 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0342324;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.718;QD=18.0464;RBI=0.0342534;REFB=-0.0222963;REVB=0.00119912;RO=62;SAF=23;SAR=34;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122246;STB=0.572162;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0213056;OID=.;OPOS=160396990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:63:57:57:0.475:34:23:33:29:34:23:34:29 chr1 160397254 . G T 580.91 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.0001;QD=58.0908;RBI=0.112519;REFB=0;REVB=0.0991958;RO=0;SAF=3;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155377;OID=.;OPOS=160397254;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:36:40:1:33:3:0:0:36:4:0:0 chr1 160461060 . C T 348.51 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0290733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0488;QD=17.4253;RBI=0.0635047;REFB=0.021748;REVB=-0.0564588;RO=42;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073153;STB=0.535619;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.0681924;OID=.;OPOS=160461060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:23:14:19:23:23:14:19:24 chr1 160585554 . C G 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.916;QD=58.9605;RBI=0.0684736;REFB=0;REVB=0.0562982;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71037e-05;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr1 160650913 . A G 1245.34 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465308;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3113;QD=61.4983;RBI=0.0822152;REFB=0;REVB=0.0820835;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502257;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr1 160793442 . A G 663.06 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=154;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00358011;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6587;QD=17.3348;RBI=0.0367566;REFB=0.0104452;REVB=-0.0365818;RO=78;SAF=33;SAR=38;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575835;STB=0.531949;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.0089878;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:78:82:71:71:0.464052:38:33:41:37:38:33:43:39 chr1 160793560 . A G 559.0 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0145479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.643;QD=17.3332;RBI=0.0178097;REFB=-0.00387111;REVB=0.0102735;RO=70;SAF=30;SAR=29;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221868;STB=0.512345;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00442629;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:70:59:59:0.457364:29:30:34:36:29:30:34:36 chr1 160793962 . G C 741.27 PASS AF=0.451429;AO=79;DP=175;FAO=79;FDP=175;FR=.;FRO=96;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0135921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.296;QD=16.9432;RBI=0.0414995;REFB=-0.00546663;REVB=0.0392104;RO=96;SAF=43;SAR=36;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848564;STB=0.547125;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0068023;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:96:96:79:79:0.451429:36:43:44:52:36:43:44:52 chr1 160846462 . A G 227.96 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00413385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.931;QD=11.5423;RBI=0.0227771;REFB=-0.00674668;REVB=0.0223989;RO=51;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000819219;STB=0.500474;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145319;OID=.;OPOS=160846462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:17:11:20:31:17:11:20:31 chr1 160851826 . A T 4132.73 PASS AF=1;AO=261;DP=262;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9252;QD=62.1464;RBI=0.0430926;REFB=-0.0824746;REVB=-0.0404211;RO=0;SAF=124;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005596;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:262:266:0:0:261:266:1:137:124:0:0:137:129:0:0 chr1 160851894 . G A 3238.16 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.232;QD=61.9743;RBI=0.0184821;REFB=0;REVB=0.0146569;RO=0;SAF=114;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36295e-05;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:209:0:0:208:209:1:94:114:0:0:95:114:0:0 chr1 160854620 . T C 520.74 PASS AF=0.509434;AO=52;DP=104;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00552344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.986;QD=19.6505;RBI=0.0245961;REFB=-0.0183607;REVB=0.0239679;RO=52;SAF=27;SAR=25;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0163031;OID=.;OPOS=160854620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:52:52:52:54:0.509434:25:27:27:25:27:27:27:25 chr1 160920966 . C T 792.48 PASS AF=0.456044;AO=82;DP=182;FAO=83;FDP=182;FR=.;FRO=99;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.0153463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.71;QD=17.4172;RBI=0.0153697;REFB=-0.0110163;REVB=0.000847495;RO=99;SAF=36;SAR=46;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654249;STB=0.532385;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0144347;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:99:99:82:83:0.456044:46:36:50:49:46:37:50:49 chr1 160968609 . G A 302.05 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-6.88931e-05;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.2;QD=19.1777;RBI=0.00213596;REFB=-0.0143069;REVB=-0.00213485;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579822;STB=0.539658;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0137862;OID=.;OPOS=160968609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:30:31:32:32:0.507937:16:16:17:13:16:16:18:13 chr1 160971146 . A G 380.62 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.01489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.049;QD=20.0324;RBI=0.0263755;REFB=-0.0140824;REVB=-0.0217705;RO=35;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901423;STB=0.537807;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0119352;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:35:37:39:39:0.513158:23:16:18:17:23:16:18:19 chr1 160971155 . G C 305.08 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0234799;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.772;QD=17.4331;RBI=0.0276006;REFB=-0.0164074;REVB=0.0145082;RO=36;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713565;STB=0.533313;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.016469;OID=.;OPOS=160971155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:37:33:33:0.471429:19:14:18:18:19:14:18:19 chr1 161009086 . A G 45.09 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=28;LEN=1;MLLD=225.216;QD=7.84122;RBI=0.00160195;REFB=-0.000873923;REVB=-0.00160195;RO=16;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123398;OID=.;OPOS=161009086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:7:0:0:16:7:0:0:16 chr1 161009090 . AG AA,GA 50.74 PASS AF=0.166667,0.125;AO=6,2;DP=24;FAO=4,3;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=0,0;FSAR=4,3;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0,0;FXX=0.039984;HRUN=1,28;LEN=1,2;MLLD=189.416,29.7602;QD=8.45647;RBI=0.00111293,0.0123771;REFB=-0.00688152,-0.0711912;REVB=-0.00111293,0.0123771;RO=16;SAF=0,0;SAR=6,2;SRF=0;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0147993,0.00622228;OID=.,.;OPOS=161009091,161009090;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:24:24:16:17:6,2:4,3:0.166667,0.125:6,2:0,0:0:16:4,3:0,0:0:17 chr1 161009523 . G A 444.75 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0105833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.815;QD=16.4724;RBI=0.0286334;REFB=-0.00785912;REVB=-0.0266058;RO=59;SAF=20;SAR=29;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032682;STB=0.518252;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0118773;OID=.;OPOS=161009523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:29:20:26:33:29:20:26:33 chr1 161019040 . G C 140.62 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.017504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.786;QD=9.37435;RBI=0.020099;REFB=-0.00532399;REVB=0.00987831;RO=41;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686566;STB=0.540594;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0114652;OID=.;OPOS=161019040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:9:10:24:17:9:10:24:17 chr1 161068831 . ACCCCA ACCCA,ACCCC,ACCCCC 1574.26 PASS AF=0.523256,0.476744,0;AO=22,49,26;DP=174;FAO=90,82,0;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=68,46,0;FSAR=22,36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.687495,-0.0224841,-0.0762927;FXX=0.0171419;HRUN=4,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=10.2789,105.815,107.227;QD=36.6106;RBI=0.699244,0.0310617,0.0825991;REFB=0.00309909,0.0412577,0.0406294;REVB=0.127644,-0.0214312,-0.031655;RO=62;SAF=15,22,23;SAR=7,27,3;SRF=55;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0.283951,0,0;SSSB=-0.346549,-0.42889,-0.00728243;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0994284,0.0296503,0.0164601;OID=.,.,.;OPOS=161068832,161068836,161068836;OREF=C,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=ACCCA,ACCCC,ACCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.523256,0.476744,0:22,49,26:174:90,82,0:172:0:68,46,0:22,36,0:0:0:99:62:15,22,23:7,27,3:55:7 chr1 161141432 . C G 303.98 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00953264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3038;QD=17.3703;RBI=0.0340998;REFB=-0.00917199;REVB=-0.0327402;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149461;STB=0.508375;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0103372;OID=.;OPOS=161141432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:21:12:14:23:21:12:14:23 chr1 161163037 . T C,G 1331.78 PASS AF=0.989247,0.0107527;AO=61,3;DP=67;FAO=92,1;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57,1;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385515,0.0270741;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.71,113.013;QD=57.281;RBI=0.252413,0.139741;REFB=0,0;REVB=0.249451,0.137094;RO=2;SAF=51,2;SAR=10,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0854813,0.39997;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00286071,-0.00262397;OID=.,.;OPOS=161163037,161163037;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:67:93:2:0:61,3:92,1:0.989247,0.0107527:10,1:51,2:0:2:35,0:57,1:0:0 chr1 161168004 . C T 543.95 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0446523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.287;QD=16.9984;RBI=0.049616;REFB=-0.0176768;REVB=0.0216314;RO=70;SAF=27;SAR=31;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339139;STB=0.518892;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0161343;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:70:58:58:0.453125:31:27:35:35:31:27:35:35 chr1 161183516 . C T 533.87 PASS AF=0.4;AO=62;DP=155;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.0289144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.418;QD=13.7774;RBI=0.031169;REFB=-0.00965507;REVB=-0.0116391;RO=93;SAF=35;SAR=27;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175178;STB=0.509863;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0141974;OID=.;OPOS=161183516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:93:93:62:62:0.4:27:35:54:39:27:35:54:39 chr1 161202605 . G A 769.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.653;QD=56.9878;RBI=0.028668;REFB=0;REVB=-0.0232913;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43056e-05;OID=.;OPOS=161202605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr1 161275943 . C T 595.1 PASS AF=0.575472;AO=55;DP=99;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00610934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.9526;QD=22.4567;RBI=0.0607441;REFB=-0.00197165;REVB=0.0604361;RO=44;SAF=25;SAR=30;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749531;STB=0.506985;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00429617;OID=.;OPOS=161275943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:106:44:45:55:61:0.575472:30:25:16:28:37:24:17:28 chr1 161284224 . A AGT 604.85 PASS AF=0.5;AO=56;DP=128;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00201103;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=2;MLLD=283.364;QD=19.2017;RBI=0.0227915;REFB=-0.00650983;REVB=-0.0227026;RO=62;SAF=29;SAR=27;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443125;STB=0.547544;STBP=0.321;TYPE=ins;VARB=0.00732228;OID=.;OPOS=161284225;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:56:128:63:126:63:29:34:35:28:99:62:29:27:35:27 chr1 161332608 . G A 246.86 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=0;FWDB=-0.00134399;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.032;QD=17.9534;RBI=0.00758875;REFB=-0.0179905;REVB=0.00746879;RO=28;SAF=25;SAR=2;SRF=28;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331909;STB=0.679397;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0177555;OID=.;OPOS=161332608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:2:25:28:0:2:25:28:0 chr1 161333191 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00757331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.62;QD=13.5055;RBI=0.0131654;REFB=-0.0326864;REVB=-0.010769;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848265;STB=0.549915;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0393569;OID=.;OPOS=161333191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:7:10:8:4:7:10 chr1 161337604 . G A 380.71 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0167547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.121;QD=16.9206;RBI=0.0407356;REFB=-0.00423411;REVB=0.0371305;RO=48;SAF=12;SAR=28;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209078;STB=0.630264;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00479286;OID=.;OPOS=161337604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:50:40:40:0.444444:28:12:24:24:28:12:26:24 chr1 161369479 . G A 157.91 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0190194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.288;QD=9.86951;RBI=0.0202448;REFB=-0.0104331;REVB=-0.00693653;RO=43;SAF=12;SAR=9;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948139;STB=0.555504;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0217302;OID=.;OPOS=161369479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:9:12:28:15:9:12:28:15 chr1 161390656 . G A 564.77 PASS AF=0.385965;AO=66;DP=172;FAO=66;FDP=171;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=-0.00761706;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5846;QD=13.2109;RBI=0.0258799;REFB=-0.00889709;REVB=0.0247335;RO=105;SAF=36;SAR=30;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146906;STB=0.582869;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0129441;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:105:105:66:66:0.385965:30:36:43:62:30:36:43:62 chr1 161391870 . G GA 46.33 PASS AF=0.457143;AO=9;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.152526;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.54988;QD=5.29464;RBI=0.152685;REFB=-0.0420844;REVB=0.00695218;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530852;STB=0.526283;STBP=0.81;TYPE=ins;VARB=0.0243927;OID=.;OPOS=161391871;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143:9:36:16:35:19:10:6:11:8:46:25:5:4:15:10 chr1 161410044 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.347;QD=59.4356;RBI=0.043524;REFB=0;REVB=-0.00181344;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82285e-05;OID=.;OPOS=161410044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr1 161410654 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.692;QD=52.6119;RBI=0.140933;REFB=0;REVB=0.00873277;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013435;OID=.;OPOS=161410654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr1 161479745 . A G 1077.94 PASS AF=0.519231;AO=105;DP=206;FAO=108;FDP=208;FR=.;FRO=100;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=-1.81296e-05;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.248;QD=20.7296;RBI=0.00391698;REFB=-0.0136644;REVB=0.00391693;RO=98;SAF=48;SAR=57;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100521;STB=0.5469;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0169723;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:208:98:100:105:108:0.519231:57:48:56:42:57:51:57:43 chr1 161493626 . A G 307.17 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00666688;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=237.112;QD=15.1689;RBI=0.011015;REFB=-0.0303349;REVB=0.00876827;RO=46;SAF=13;SAR=21;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165644;STB=0.599941;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0321845;OID=.;OPOS=161493626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:21:13:25:21:21:13:26:21 chr1 161493715 . A C 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=0.00240008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.151;QD=18.7514;RBI=0.00815928;REFB=0.000587386;REVB=-0.00779829;RO=43;SAF=9;SAR=31;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212237;STB=0.511805;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000593538;OID=.;OPOS=161493715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:31:9:9:34:31:9:9:34 chr1 161495477 . A T 1627.09 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133366;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6185;QD=60.2627;RBI=0.0133566;REFB=0;REVB=0.000731394;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49528e-05;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:57:51:0:0:57:51:0:0 chr1 161495885 . T C 693.79 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0324689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.768;QD=53.3682;RBI=0.0487308;REFB=0.106018;REVB=0.0363381;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254237;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0110673;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:49:51:0.980769:18:31:0:1:19:32:0:1 chr1 161496530 . C G 2449.37 PASS AF=0.987879;AO=150;DP=152;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00636064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.391;QD=59.3786;RBI=0.0067976;REFB=-0.0163216;REVB=-0.00239785;RO=2;SAF=67;SAR=83;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139846;STB=0.506409;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000135187;OID=.;OPOS=161496530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:152:165:2:2:150:163:0.987879:83:67:2:0:86:77:2:0 chr1 161501904 . A T 2489.93 PASS AF=0.993939;AO=159;DP=160;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00297441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.809;QD=60.362;RBI=0.00936562;REFB=-0.0616373;REVB=0.00888075;RO=1;SAF=70;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531625;STB=0.502673;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=5.93153e-05;OID=.;OPOS=161501904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:165:1:1:159:164:0.993939:89:70:0:1:93:71:0:1 chr1 161501966 . G T 587.25 PASS AF=0.395349;AO=68;DP=172;FAO=68;FDP=172;FR=.;FRO=104;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=67;FWDB=-0.000219137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6348;QD=13.6569;RBI=0.0105746;REFB=-0.00149978;REVB=-0.0105723;RO=103;SAF=29;SAR=39;SRF=36;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855384;STB=0.544251;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00100622;OID=.;OPOS=161501966;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:103:104:68:68:0.395349:39:29:36:67:39:29:37:67 chr1 161518214 . T C 120.68 PASS AF=0.114286;AO=33;DP=280;FAO=32;FDP=280;FR=.;FRO=248;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=114;FSRR=134;FWDB=-0.02536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0246;QD=1.72401;RBI=0.079087;REFB=-0.00321184;REVB=0.0749108;RO=246;SAF=10;SAR=23;SRF=113;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20316;STB=0.636106;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0290623;OID=.;OPOS=161518214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:246:248:33:32:0.114286:23:10:113:133:22:10:114:134 chr1 161518336 . C T 275.84 PASS AF=0.118971;AO=74;DP=623;FAO=74;FDP=622;FR=.;FRO=548;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=243;FSRR=305;FWDB=-0.0114385;FXX=0.00160511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.778;QD=1.77386;RBI=0.0231607;REFB=-0.00338178;REVB=-0.020139;RO=548;SAF=45;SAR=29;SRF=242;SRR=306;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208439;STB=0.642765;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0270444;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:623:622:548:548:74:74:0.118971:29:45:242:306:29:45:243:305 chr1 161582500 . C T 1610.46 PASS AF=0.973451;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000186605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8996;QD=57.0075;RBI=0.0275872;REFB=0.0687929;REVB=0.0275865;RO=1;SAF=50;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939937;STB=0.505672;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=2.93859e-06;OID=.;OPOS=161582500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:113:1:3:109:110:0.973451:59:50:1:0:60:50:2:1 chr1 161591541 . AG A,AA 428.22 PASS AF=0.96875,0;AO=7,24;DP=33;FAO=31,0;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19,0;FSAR=12,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0294034,-0.275264;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.0414,27.8227;QD=53.5272;RBI=0.0634673,0.318568;REFB=0.110823,0.255802;REVB=-0.0562454,-0.160361;RO=0;SAF=4,15;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.512812,0.5;STBP=0.531,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0024284,0;OID=.,.;OPOS=161591542,161591542;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96875,0:7,24:33:31,0:32:1:19,0:12,0:1:0:6:0:4,15:3,9:0:0 chr1 161591548 . C T 453.22 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.379;QD=54.9361;RBI=0.033017;REFB=-0.256174;REVB=0.0151712;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372625;STB=0.519987;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00260634;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:33:1:1:30:32:0.969697:12:18:0:1:12:20:0:1 chr1 161600995 . C T 756.18 PASS AF=1;AO=46;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.29;QD=57.0701;RBI=0.148253;REFB=0;REVB=0.0337713;RO=0;SAF=5;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284945;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:46:53:1:41:5:0:0:43:10:0:0 chr1 161680258 . G A 1647.89 PASS AF=0.545775;AO=153;DP=281;FAO=155;FDP=284;FR=.;FRO=129;FSAF=106;FSAR=49;FSRF=75;FSRR=54;FWDB=0.00268307;FXX=0.00699276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.38;QD=23.2097;RBI=0.00677343;REFB=-0.0272842;REVB=0.00621937;RO=125;SAF=105;SAR=48;SRF=74;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870902;STB=0.55177;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0197177;OID=.;OPOS=161680258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:284:125:129:153:155:0.545775:48:105:74:51:49:106:75:54 chr1 161681780 . A G 638.36 PASS AF=0.477941;AO=66;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0115841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3441;QD=18.7752;RBI=0.0180869;REFB=-0.00183457;REVB=-0.0138905;RO=68;SAF=34;SAR=32;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544156;STB=0.5304;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0046278;OID=.;OPOS=161681780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:68:71:66:65:0.477941:32:34:31:37:31:34:33:38 chr1 161683136 . G A 624.08 PASS AF=0.447368;AO=68;DP=153;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.0298734;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.864;QD=16.4231;RBI=0.0301191;REFB=0.0089475;REVB=0.00383908;RO=84;SAF=23;SAR=45;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247108;STB=0.637754;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00735838;OID=.;OPOS=161683136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:84:84:68:68:0.447368:45:23:49:35:45:23:49:35 chr1 161695639 . G T 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00299197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.766;QD=62.3439;RBI=0.033153;REFB=0;REVB=0.0330177;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137472;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr1 161696088 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.304;QD=42.1802;RBI=0.0177415;REFB=0;REVB=0.00128736;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127645;OID=.;OPOS=161696088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr1 161696782 . G C 446.11 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0794701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7087;QD=18.3963;RBI=0.0828614;REFB=-0.0106317;REVB=-0.023463;RO=52;SAF=17;SAR=28;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264261;STB=0.514749;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0129837;OID=.;OPOS=161696782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:28:17:21:31:28:17:21:31 chr1 161697072 . G C 1487.11 PASS AF=0.485623;AO=152;DP=313;FAO=152;FDP=313;FR=.;FRO=161;FSAF=87;FSAR=65;FSRF=91;FSRR=70;FWDB=-0.00492642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9132;QD=19.0046;RBI=0.0305651;REFB=-0.00133917;REVB=-0.0301654;RO=160;SAF=87;SAR=65;SRF=91;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344802;STB=0.503752;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00293456;OID=.;OPOS=161697072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:160:161:152:152:0.485623:65:87:91:69:65:87:91:70 chr1 161697149 . G T 1881.01 PASS AF=0.45814;AO=195;DP=428;FAO=197;FDP=430;FR=.;FRO=233;FSAF=107;FSAR=90;FSRF=137;FSRR=96;FWDB=-0.0128567;FXX=0.00232013;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.579;QD=17.4977;RBI=0.0177039;REFB=-0.00813439;REVB=-0.0121709;RO=233;SAF=106;SAR=89;SRF=137;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443329;STB=0.524578;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00983176;OID=.;OPOS=161697149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:430:233:233:195:197:0.45814:89:106:137:96:90:107:137:96 chr1 161705871 . C G 146.01 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0304614;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3065;QD=15.7853;RBI=0.0354652;REFB=-0.0243084;REVB=0.0181627;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136903;STB=0.594481;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0308844;OID=.;OPOS=161705871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:21:16:16:0.432432:8:8:8:14:8:8:7:14 chr1 161721707 . C T 242.35 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.033613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6074;QD=10.4236;RBI=0.0566544;REFB=-0.00567926;REVB=-0.0456058;RO=63;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157607;STB=0.59169;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00996769;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:63:30:30:0.322581:14:16:25:38:14:16:25:38 chr1 161722204 . C T 234.98 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0123088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.388;QD=15.4088;RBI=0.037992;REFB=-0.0107803;REVB=-0.0359429;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215465;STB=0.621861;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0145931;OID=.;OPOS=161722204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:34:27:27:0.442623:17:10:19:13:17:10:20:14 chr1 161928327 . A G 3018.0 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.708;QD=63.5368;RBI=0.0164428;REFB=0;REVB=-0.00233126;RO=0;SAF=110;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18348e-06;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:190:0:0:188:190:1:78:110:0:0:79:111:0:0 chr1 161953400 . G A 575.11 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0154325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.368;QD=18.1135;RBI=0.0191164;REFB=-0.0320531;REVB=0.0112816;RO=67;SAF=34;SAR=26;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709687;STB=0.539384;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0381696;OID=.;OPOS=161953400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:67:60:60:0.472441:26:34:33:34:26:34:33:34 chr1 161967681 . A G 674.76 PASS AF=0.43787;AO=72;DP=168;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.0139229;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1553;QD=15.9705;RBI=0.0152;REFB=-0.0381995;REVB=-0.00609852;RO=92;SAF=41;SAR=31;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704465;STB=0.539376;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.027359;OID=.;OPOS=161967681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:92:95:72:74:0.43787:31:41:46:46:33:41:46:49 chr1 161976234 . A G 141.83 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00720749;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.892;QD=17.1917;RBI=0.0273504;REFB=-0.0203902;REVB=-0.0263836;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268408;STB=0.635525;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0156332;OID=.;OPOS=161976234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:17:15:16:0.484848:7:8:3:11:7:9:5:12 chr1 162313735 . C T 423.2 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0199178;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.213;QD=18.202;RBI=0.0211053;REFB=-0.0384296;REVB=0.00697973;RO=50;SAF=20;SAR=23;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336471;STB=0.518788;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0468976;OID=.;OPOS=162313735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:50:50:43:43:0.462366:23:20:25:25:23:20:25:25 chr1 162335256 . C T 2083.47 PASS AF=0.491765;AO=208;DP=425;FAO=209;FDP=425;FR=.;FRO=216;FSAF=51;FSAR=158;FSRF=65;FSRR=151;FWDB=0.0382719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9567;QD=19.6091;RBI=0.0445512;REFB=-0.0130712;REVB=-0.0228051;RO=213;SAF=50;SAR=158;SRF=64;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725727;STB=0.537679;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0167591;OID=.;OPOS=162335256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:425:213:216:208:209:0.491765:158:50:64:149:158:51:65:151 chr1 162344069 . G A 846.18 PASS AF=0.442211;AO=88;DP=199;FAO=88;FDP=199;FR=.;FRO=111;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=70;FWDB=-0.0064788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.919;QD=17.0086;RBI=0.0279384;REFB=-0.0111441;REVB=-0.0271768;RO=111;SAF=39;SAR=49;SRF=41;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758563;STB=0.5421;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0143812;OID=.;OPOS=162344069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:111:111:88:88:0.442211:49:39:41:70:49:39:41:70 chr1 162345091 . G A 4420.47 PASS AF=1;AO=280;DP=282;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320157;FXX=0.0106003;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.577;QD=63.1496;RBI=0.0350039;REFB=-0.0879188;REVB=0.0141516;RO=1;SAF=124;SAR=156;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304698;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259053;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:282:280:1:0:280:280:1:156:124:0:1:156:124:0:0 chr1 162354803 . G C 1864.52 PASS AF=0.475949;AO=188;DP=395;FAO=188;FDP=395;FR=.;FRO=207;FSAF=64;FSAR=124;FSRF=86;FSRR=121;FWDB=-0.000884072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.429;QD=18.8812;RBI=0.0439729;REFB=-0.0166785;REVB=-0.043964;RO=207;SAF=64;SAR=124;SRF=86;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773019;STB=0.542586;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0204231;OID=.;OPOS=162354803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:395:207:207:188:188:0.475949:124:64:86:121:124:64:86:121 chr1 162737116 . C G 843.01 PASS AF=0.438095;AO=92;DP=212;FAO=92;FDP=210;FR=.;FRO=118;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=71;FWDB=-0.0051539;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.472;QD=16.0574;RBI=0.0154393;REFB=-0.0066779;REVB=-0.0145537;RO=117;SAF=39;SAR=53;SRF=47;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229817;STB=0.514794;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0104;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:210:117:118:92:92:0.438095:53:39:47:70:53:39:47:71 chr1 162740327 . T C 2831.6 PASS AF=0.994872;AO=189;DP=195;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0261273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4538;QD=58.0841;RBI=0.0709951;REFB=-0.159173;REVB=0.0660126;RO=4;SAF=89;SAR=100;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186621;STB=0.502369;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00116796;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:195:195:4:1:189:194:0.994872:100:89:0:4:105:89:0:1 chr1 162765475 . G C 590.2 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562137;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.607;QD=59.02;RBI=0.0301601;REFB=0;REVB=-0.0296316;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150257;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:40:0:0:38:40:1:18:20:0:0:18:22:0:0 chr1 163309219 . A T 705.63 PASS AF=0.492958;AO=70;DP=143;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.00192662;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.014;QD=19.8769;RBI=0.0155471;REFB=-0.0028102;REVB=0.0154273;RO=72;SAF=36;SAR=34;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051368;STB=0.528339;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00293686;OID=.;OPOS=163309219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:72:72:70:70:0.492958:34:36:33:39:34:36:33:39 chr1 163438378 . A G 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00694537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.073;QD=15.2681;RBI=0.00739963;REFB=-0.0142143;REVB=-0.0025527;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826887;STB=0.546839;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.017145;OID=.;OPOS=163438378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:12:14:15:18:12:14:15:18 chr1 163479278 . G A 905.75 PASS AF=0.481481;AO=90;DP=189;FAO=91;FDP=189;FR=.;FRO=98;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=38;FWDB=0.00573732;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.056;QD=19.1694;RBI=0.0194799;REFB=-0.00765959;REVB=0.0186159;RO=98;SAF=50;SAR=40;SRF=60;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546167;STB=0.527435;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00830983;OID=.;OPOS=163479278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:98:98:90:91:0.481481:40:50:60:38:40:51:60:38 chr1 164529120 . G A 483.55 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00707979;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.041;QD=20.5767;RBI=0.00737633;REFB=-0.00368744;REVB=0.00207048;RO=47;SAF=18;SAR=29;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117981;STB=0.565431;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0040143;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:47:47:47:47:0.5:29:18:24:23:29:18:24:23 chr1 164608825 . G A 2365.41 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.037;QD=60.6515;RBI=0.00893187;REFB=0;REVB=-0.00406839;RO=0;SAF=70;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122482;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:156:0:0:154:156:1:84:70:0:0:84:72:0:0 chr1 164672441 . G A 169.18 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0237286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0175;QD=13.014;RBI=0.0241832;REFB=-0.00908447;REVB=0.00466709;RO=32;SAF=16;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393192;STB=0.730184;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0158703;OID=.;OPOS=164672441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:4:16:15:17:4:16:15:17 chr1 165172696 . G A 611.52 PASS AF=0.504065;AO=59;DP=121;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.00117239;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.298;QD=19.8867;RBI=0.00870361;REFB=-0.0138571;REVB=-0.00862428;RO=62;SAF=40;SAR=19;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830398;STB=0.539077;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.013119;OID=.;OPOS=165172696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:62:61:59:62:0.504065:19:40:37:25:20:42:37:24 chr1 165173216 . A G 3983.2 PASS AF=1;AO=257;DP=258;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198686;FXX=0.00387582;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9586;QD=61.9954;RBI=0.0365848;REFB=-0.0799923;REVB=0.0307195;RO=1;SAF=116;SAR=141;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336918;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327547;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:258:257:1:0:257:257:1:141:116:0:1:141:116:0:0 chr1 165218792 . G A 2564.2 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6135;QD=61.788;RBI=0.0230436;REFB=0;REVB=0.0217666;RO=0;SAF=68;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92622e-05;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:165:166:1:97:68:0:0:98:68:0:0 chr1 165377552 . G A 656.6 PASS AF=0.455128;AO=71;DP=156;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=0.0145152;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.695;QD=16.8359;RBI=0.0212277;REFB=0.0223892;REVB=0.0154896;RO=85;SAF=33;SAR=38;SRF=28;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135253;STB=0.574892;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0245154;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:85:85:71:71:0.455128:38:33:28:57:38:33:28:57 chr1 165398115 . T C 778.94 PASS AF=0.430052;AO=83;DP=192;FAO=83;FDP=193;FR=.;FRO=110;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=-0.0126013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.333;QD=16.1439;RBI=0.0126531;REFB=-0.0101716;REVB=-0.00114362;RO=106;SAF=29;SAR=54;SRF=43;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609622;STB=0.542013;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0145684;OID=.;OPOS=165398115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:106:110:83:83:0.430052:54:29:43:63:54:29:46:64 chr1 165533005 . C A 557.09 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0025542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.596;QD=20.2577;RBI=0.00292937;REFB=-0.0236471;REVB=-0.00143433;RO=51;SAF=19;SAR=38;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018791;STB=0.523482;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0152957;OID=.;OPOS=165533005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:51:53:57:57:0.518182:38:19:18:33:38:19:20:33 chr1 165601466 . G A 2855.91 PASS AF=0.989189;AO=183;DP=185;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=129;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00236834;FXX=0.00537606;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.578;QD=61.7495;RBI=0.00393077;REFB=-0.0134823;REVB=-0.00313718;RO=2;SAF=54;SAR=129;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00505792;STB=0.502656;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-1.05024e-06;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:185:2:2:183:183:0.989189:129:54:1:1:129:54:1:1 chr1 165630698 . A G 1568.11 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3881;QD=64.0045;RBI=0.0723128;REFB=0;REVB=-0.0137633;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272376;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chr1 165652273 . A G 1630.53 PASS AF=0.973684;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0260402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2798;QD=57.2116;RBI=0.0950504;REFB=-0.102561;REVB=-0.0914138;RO=3;SAF=69;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152382;STB=0.508031;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0109931;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:114:114:3:3:111:111:0.973684:42:69:1:2:42:69:1:2 chr1 165737704 . C G 1163.86 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=5.10945e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.504;QD=58.193;RBI=0.0213024;REFB=-0.0892425;REVB=0.0213023;RO=1;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155154;STB=0.516125;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-1.78607e-05;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:1:2:78:78:0.975:30:48:0:1:30:48:0:2 chr1 165865478 . G A 753.19 PASS AF=0.481707;AO=78;DP=164;FAO=79;FDP=164;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=0.0416792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2364;QD=18.3706;RBI=0.103836;REFB=-0.0381548;REVB=0.0951042;RO=85;SAF=45;SAR=33;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117799;STB=0.502595;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0427949;OID=.;OPOS=165865478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:85:85:78:79:0.481707:33:45:48:37:34:45:48:37 chr1 166591271 . T C 1047.66 PASS AF=0.44856;AO=109;DP=243;FAO=109;FDP=243;FR=.;FRO=134;FSAF=33;FSAR=76;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=-0.0135283;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.959;QD=17.2454;RBI=0.047815;REFB=-0.00619958;REVB=0.0458614;RO=134;SAF=33;SAR=76;SRF=63;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180774;STB=0.600623;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00918948;OID=.;OPOS=166591271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:134:134:109:109:0.44856:76:33:63:71:76:33:63:71 chr1 166818566 . A G 266.3 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0360832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.845;QD=11.2124;RBI=0.0376173;REFB=-0.00825203;REVB=-0.010633;RO=63;SAF=8;SAR=24;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214666;STB=0.625683;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0180359;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:63:32:32:0.336842:24:8:26:37:24:8:26:37 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 211.44 PASS AF=0.280374;AO=29;DP=110;FAO=30;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0197864;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=9;MLLD=295.189;QD=7.90427;RBI=0.0209106;REFB=-0.00949895;REVB=0.00676403;RO=78;SAF=13;SAR=16;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140529;STB=0.589415;STBP=0.247;TYPE=ins;VARB=0.0243134;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.280374:29:110:30:107:77:13:17:43:34:99:78:13:16:44:34 chr1 166826655 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0133079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.224;QD=15.2557;RBI=0.0198572;REFB=-0.0162516;REVB=-0.014738;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694126;STB=0.53996;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0145766;OID=.;OPOS=166826655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:13:17:10:10:13:17 chr1 166826773 . C T 467.4 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0248007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.118;QD=16.8434;RBI=0.0327097;REFB=0.00209336;REVB=-0.0213271;RO=60;SAF=27;SAR=24;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285631;STB=0.515917;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00196923;OID=.;OPOS=166826773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:24:27:30:30:24:27:30:30 chr1 166833148 . T A 481.17 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00885172;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.43;QD=19.8421;RBI=0.00962064;REFB=0.001378;REVB=0.0037688;RO=51;SAF=26;SAR=21;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167874;STB=0.598569;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00138005;OID=.;OPOS=166833148;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:51:50:47:47:0.484536:21:26:19:32:21:26:18:32 chr1 167042762 . C T 865.4 PASS AF=0.478261;AO=87;DP=183;FAO=88;FDP=184;FR=.;FRO=96;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.0207432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.262;QD=18.8131;RBI=0.0217679;REFB=-0.000850833;REVB=-0.00660003;RO=95;SAF=40;SAR=47;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168335;STB=0.50898;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00105616;OID=.;OPOS=167042762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:95:96:87:88:0.478261:47:40:42:53:48:40:42:54 chr1 167059462 . G C 492.41 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00864675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8599;QD=16.0134;RBI=0.0238934;REFB=-0.00416772;REVB=0.022274;RO=69;SAF=32;SAR=22;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869618;STB=0.548665;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00292147;OID=.;OPOS=167059462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:69:54:54:0.439024:22:32:35:34:22:32:35:34 chr1 167095163 . G C 4744.63 PASS AF=1;AO=302;DP=305;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614449;FXX=0.00324665;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3845;QD=61.8193;RBI=0.0627511;REFB=-0.0170749;REVB=0.0624495;RO=3;SAF=167;SAR=135;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136156;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:305:307:3:0:302:307:1:135:167:0:3:140:167:0:0 chr1 167095468 . A C 1021.31 PASS AF=0.532258;AO=90;DP=179;FAO=99;FDP=186;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.00459603;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6821;QD=21.9637;RBI=0.0121356;REFB=-0.00970612;REVB=0.0112316;RO=86;SAF=42;SAR=48;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101854;STB=0.570482;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0119304;OID=.;OPOS=167095468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:186:86:87:90:99:0.532258:48:42:50:36:57:42:50:37 chr1 167095765 . G A 4002.91 PASS AF=1;AO=259;DP=261;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511416;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.691;QD=61.8209;RBI=0.0121926;REFB=-0.00677646;REVB=0.0110682;RO=1;SAF=101;SAR=158;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00300787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23477e-06;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:261:259:1:0:259:259:1:158:101:0:1:158:101:0:0 chr1 167095881 . G A 3730.74 PASS AF=0.991632;AO=237;DP=239;FAO=237;FDP=239;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=170;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.104973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.43;QD=62.4392;RBI=0.106582;REFB=-0.189886;REVB=0.0184529;RO=0;SAF=67;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72281e-08;STB=0.507352;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000712391;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:239:239:0:2:237:237:0.991632:170:67:0:0:170:67:2:0 chr1 167097739 . C A 694.6 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.704;QD=61.742;RBI=0.0509726;REFB=0;REVB=0.0469053;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438678;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:25:18:0:0:26:19:0:0 chr1 167400566 . G A 405.02 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0106484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8498;QD=17.42;RBI=0.0533873;REFB=0.00980237;REVB=0.0523146;RO=51;SAF=19;SAR=23;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372143;STB=0.520834;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0173012;OID=.;OPOS=167400566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:23:19:25:26:23:19:25:26 chr1 167510996 . G A 1179.55 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.996;QD=60.4895;RBI=0.0205806;REFB=0;REVB=0.00745191;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164305;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:34:43:0:0:34:44:0:0 chr1 167806294 . T C 1186.28 PASS AF=0.489627;AO=118;DP=241;FAO=118;FDP=241;FR=.;FRO=123;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=0.00290228;FXX=0.00413206;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.239;QD=19.6893;RBI=0.028603;REFB=-0.00532492;REVB=-0.0284554;RO=104;SAF=54;SAR=64;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364742;STB=0.51547;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00582498;OID=.;OPOS=167806294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:104:123:118:118:0.489627:64:54:52:52:64:54:60:63 chr1 167815030 . A G 194.7 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0296322;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9629;QD=10.2472;RBI=0.03564;REFB=-0.000108816;REVB=0.0198025;RO=51;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571032;STB=0.547449;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00144319;OID=.;OPOS=167815030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:15:10:18:33:15:10:17:34 chr1 167817639 . A G 2122.5 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652885;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.848;QD=62.8888;RBI=0.0121618;REFB=0;REVB=0.0102608;RO=0;SAF=67;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39672e-05;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:68:67:0:0:68:67:0:0 chr1 167825485 . T C 2374.23 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0101276;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.38;QD=59.7291;RBI=0.0115424;REFB=-0.0209689;REVB=0.00553702;RO=2;SAF=70;SAR=87;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00131083;STB=0.500689;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00024628;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:159:2:2:157:157:0.987421:87:70:1:1:87:70:1:1 chr1 167825606 . A G 561.38 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0379772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0273;QD=20.7917;RBI=0.0551404;REFB=-0.00792368;REVB=-0.0399775;RO=50;SAF=26;SAR=31;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544024;STB=0.525415;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0066985;OID=.;OPOS=167825606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:50:51:57:57:0.527778:31:26:26:24:31:26:26:25 chr1 167906239 . A C 11700.8 PASS AF=1;AO=727;DP=740;FAO=733;FDP=733;FR=.;FRO=0;FSAF=386;FSAR=347;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217368;FXX=0.0107961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.777;QD=63.8514;RBI=0.0225637;REFB=0;REVB=-0.00605264;RO=0;SAF=380;SAR=347;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.17858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41699e-05;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:740:733:0:0:727:733:1:347:380:0:0:347:386:0:0 chr1 168059866 . A G 292.07 PASS AF=0.402439;AO=34;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0104823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.736;QD=14.2471;RBI=0.0601295;REFB=-0.00408596;REVB=-0.0592088;RO=47;SAF=12;SAR=22;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20872;STB=0.601747;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00682772;OID=.;OPOS=168059866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:49:34:33:0.402439:22:12:26:21:21:12:26:23 chr1 168511284 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.693;QD=56.9569;RBI=0.0227477;REFB=0;REVB=0.00314099;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58705e-05;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr1 168511296 . G C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00159436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.327;QD=17.8006;RBI=0.010965;REFB=-0.0115033;REVB=-0.0108485;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304726;STB=0.674814;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0132023;OID=.;OPOS=168511296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:15:5:13:11:15:5:13:11 chr1 168511321 . C T 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3436;QD=40.7536;RBI=0.0731316;REFB=0;REVB=0.0430786;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00095652;OID=.;OPOS=168511321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr1 168513129 . C T 2807.74 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478275;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.038;QD=62.3942;RBI=0.0396568;REFB=0.00212579;REVB=0.0393673;RO=1;SAF=80;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503722;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34485e-05;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:180:1:0:174:180:1:94:80:0:1:99:81:0:0 chr1 168549350 . C G 305.65 PASS AF=0.17737;AO=58;DP=327;FAO=58;FDP=327;FR=.;FRO=269;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=75;FSRR=194;FWDB=-0.0262919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.907;QD=3.73883;RBI=0.0263104;REFB=-0.00502604;REVB=0.000984728;RO=269;SAF=25;SAR=33;SRF=75;SRR=194;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212952;STB=0.632271;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0231214;OID=.;OPOS=168549350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:327:269:269:58:58:0.17737:33:25:75:194:33:25:75:194 chr1 169101935 . C T 1590.86 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251094;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.274;QD=58.3803;RBI=0.0271915;REFB=0;REVB=0.0104351;RO=0;SAF=26;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29837e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248546;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:109:0:0:102:109:1:76:26:0:0:76:33:0:0 chr1 169272451 . A T 2424.38 PASS AF=0.987654;AO=160;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0500405;FXX=0.0121944;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.596;QD=59.8613;RBI=0.050976;REFB=-0.126694;REVB=0.00972109;RO=1;SAF=67;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704865;STB=0.50103;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.000266605;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:162:162:1:2:160:160:0.987654:93:67:1:0:93:67:1:1 chr1 169272453 . G A 2375.55 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=160;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0514891;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0682;QD=59.7623;RBI=0.0587829;REFB=-0.104568;REVB=-0.0283603;RO=0;SAF=66;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51302e-08;STB=0.505434;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000686852;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:159:0:2:157:157:0.987421:91:66:0:0:91:66:0:2 chr1 169345868 . A G 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000210616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6888;QD=61.3734;RBI=0.0494391;REFB=0;REVB=-0.0494386;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290623;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr1 169366516 . G A 4839.24 PASS AF=1;AO=174;DP=306;FAO=306;FDP=306;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=113;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.456;QD=63.258;RBI=0.0718679;REFB=0;REVB=0.0550782;RO=0;SAF=78;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336926;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:306:306:0:0:174:306:1:96:78:0:0:193:113:0:0 chr1 169391135 . G A 567.16 PASS AF=0.383721;AO=66;DP=173;FAO=66;FDP=172;FR=.;FRO=106;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=-0.0104598;FXX=0.022726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.53;QD=13.1898;RBI=0.025119;REFB=-0.00753529;REVB=-0.0228376;RO=102;SAF=44;SAR=22;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187001;STB=0.618437;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0148151;OID=.;OPOS=169391135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:102:106:66:66:0.383721:22:44:51:51:22:44:51:55 chr1 169391154 . A G 2627.16 PASS AF=0.977273;AO=172;DP=178;FAO=172;FDP=176;FR=.;FRO=4;FSAF=94;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0191159;FXX=0.0167588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.506;QD=59.7082;RBI=0.0193984;REFB=0.0259391;REVB=0.00329876;RO=3;SAF=94;SAR=78;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0039555;STB=0.501066;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00047102;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:178:176:3:4:172:172:0.977273:78:94:2:1:78:94:2:2 chr1 169435027 . C T 1243.84 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9175;QD=61.4244;RBI=0.0492784;REFB=0;REVB=0.00820171;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022833;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr1 169510139 . G A 1678.29 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.123;QD=60.479;RBI=0.052525;REFB=0;REVB=0.0505228;RO=0;SAF=65;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51916e-05;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:107:111:1:42:65:0:0:45:66:0:0 chr1 169519049 . T C 2270.54 PASS AF=0.980645;AO=152;DP=155;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=94;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00750362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.843;QD=58.5945;RBI=0.0222165;REFB=-0.0583544;REVB=0.0209109;RO=2;SAF=94;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161172;STB=0.512603;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000826884;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:155:155:2:3:152:152:0.980645:58:94:0:2:58:94:0:3 chr1 169519112 . C T 3856.89 PASS AF=1;AO=238;DP=239;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000345867;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.341;QD=63.488;RBI=0.0245957;REFB=0.0320739;REVB=0.0245932;RO=1;SAF=137;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66635e-05;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:239:243:1:0:238:243:1:101:137:1:0:101:142:0:0 chr1 169529826 . C A 4358.5 PASS AF=0.989399;AO=279;DP=284;FAO=280;FDP=283;FR=.;FRO=3;FSAF=109;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0137293;FXX=0.0070173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.107;QD=61.6042;RBI=0.0204934;REFB=-0.0403341;REVB=0.0152147;RO=2;SAF=109;SAR=170;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557654;STB=0.504348;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=1.75027e-05;OID=.;OPOS=169529826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:284:283:2:3:279:280:0.989399:170:109:0:2:171:109:0:3 chr1 169529973 . C T 4972.99 PASS AF=1;AO=318;DP=321;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=201;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364434;FXX=0.0093455;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.257;QD=62.5534;RBI=0.0419344;REFB=-0.0185678;REVB=0.0207455;RO=0;SAF=117;SAR=201;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78356e-05;OID=.;OPOS=169529973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:321:318:0:0:318:318:1:201:117:0:0:201:117:0:0 chr1 169559396 . G A 786.14 PASS AF=0.62069;AO=72;DP=116;FAO=72;FDP=116;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00919146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.82;QD=27.1084;RBI=0.00961413;REFB=-0.000591687;REVB=0.00281932;RO=44;SAF=34;SAR=38;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354294;STB=0.501921;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.000337141;OID=.;OPOS=169559396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:44:44:72:72:0.62069:38:34:21:23:38:34:21:23 chr1 169562904 . C T 1629.6 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1473;QD=59.8017;RBI=0.047348;REFB=0;REVB=0.0194969;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054857;OID=.;OPOS=169562904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:107:109:1:56:51:0:0:57:52:0:0 chr1 169566313 . C T 2754.71 PASS AF=0.994382;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00900912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.069;QD=61.9037;RBI=0.00914209;REFB=-0.0429945;REVB=0.00155357;RO=0;SAF=76;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502463;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000101001;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:178:0:1:177:177:0.994382:101:76:0:0:101:76:0:1 chr1 169580885 . C T 361.2 PASS AF=0.394495;AO=41;DP=107;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.00289645;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7873;QD=13.2551;RBI=0.034884;REFB=0.010004;REVB=0.0347635;RO=65;SAF=17;SAR=24;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685722;STB=0.558062;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0186654;OID=.;OPOS=169580885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:65:66:41:43:0.394495:24:17:23:42:24:19:23:43 chr1 169702705 . G A 456.15 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00943411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.19;QD=20.2732;RBI=0.0318255;REFB=-0.00703325;REVB=-0.0303951;RO=45;SAF=21;SAR=24;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060119;STB=0.533319;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00919428;OID=.;OPOS=169702705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:24:21:24:21:24:21:24:21 chr1 169768033 . T C 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00298946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2183;QD=13.3138;RBI=0.00399641;REFB=-0.0203115;REVB=-0.00265225;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125988;STB=0.572303;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.032727;OID=.;OPOS=169768033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:10:12:14:19:10:12:14:19 chr1 169768080 . C A 264.55 PASS AF=0.441176;AO=28;DP=66;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.000691007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.046;QD=15.5619;RBI=0.0119164;REFB=-0.0105642;REVB=-0.0118963;RO=38;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151885;STB=0.562459;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0139301;OID=.;OPOS=169768080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:38:38:28:30:0.441176:12:16:16:22:14:16:16:22 chr1 169795276 . A C 112.9 PASS AF=0.75;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0105549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.491;QD=28.226;RBI=0.0135403;REFB=0.0235696;REVB=-0.00848144;RO=4;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368764;STB=0.624765;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00591771;OID=.;OPOS=169795276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:11:12:0.75:10:1:2:2:10:2:2:2 chr1 169821135 . C T 259.15 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0307108;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.699;QD=14.1998;RBI=0.0347617;REFB=-0.0106289;REVB=0.0162857;RO=42;SAF=10;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142891;STB=0.582468;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00983443;OID=.;OPOS=169821135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:43:29:30:0.410959:19:10:20:22:20:10:20:23 chr1 169822809 . A T 41.36 PASS AF=0.158416;AO=16;DP=87;FAO=16;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.00868622;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=36.9615;QD=1.63808;RBI=0.0230511;REFB=-0.00923986;REVB=-0.0213519;RO=69;SAF=1;SAR=15;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.702836;STB=0.93337;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.025015;OID=.;OPOS=169822809;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:87:101:69:85:16:16:0.158416:15:1:45:24:15:1:48:37 chr1 169823718 . T C 653.97 PASS AF=0.452703;AO=67;DP=150;FAO=67;FDP=148;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.00875458;FXX=0.0133324;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.255;QD=17.6748;RBI=0.00916661;REFB=0.000728829;REVB=-0.00271738;RO=75;SAF=34;SAR=33;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388641;STB=0.514212;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00102099;OID=.;OPOS=169823718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:75:81:67:67:0.452703:33:34:35:40:33:34:39:42 chr1 169927228 . T TG 1296.32 PASS AF=1;AO=107;DP=119;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710608;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.9523;QD=45.4848;RBI=0.205473;REFB=0;REVB=0.192794;RO=8;SAF=83;SAR=24;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00255169;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:107:119:114:114:0:85:29:0:0:24:8:83:24:3:5 chr1 169951997 . C T 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00645768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=360.943;QD=15.617;RBI=0.0138271;REFB=-0.00378556;REVB=-0.0122265;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202107;STB=0.613801;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00471154;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:14:19:16:27:14:19:16:27 chr1 170135669 . C T 2623.71 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.06349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.769;QD=61.3734;RBI=0.064799;REFB=-0.090681;REVB=0.0129587;RO=1;SAF=63;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074946;STB=0.503937;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000206943;OID=.;OPOS=170135669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:1:170:170:0.994152:107:63:1:0:107:63:1:0 chr1 170135760 . T C 3704.18 PASS AF=0.979675;AO=235;DP=242;FAO=241;FDP=246;FR=.;FRO=5;FSAF=104;FSAR=137;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0113044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.361;QD=60.2306;RBI=0.0659496;REFB=-0.0836861;REVB=0.0649735;RO=4;SAF=103;SAR=132;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00610221;STB=0.504802;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.000363161;OID=.;OPOS=170135760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:242:246:4:5:235:241:0.979675:132:103:1:3:137:104:1:4 chr1 170135765 . T C 3775.25 PASS AF=0.983673;AO=241;DP=244;FAO=241;FDP=245;FR=.;FRO=4;FSAF=103;FSAR=138;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0354081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2839;QD=61.6367;RBI=0.0562733;REFB=-0.0777927;REVB=-0.0437373;RO=3;SAF=104;SAR=137;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103211;STB=0.502961;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00094491;OID=.;OPOS=170135765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:244:245:3:4:241:241:0.983673:137:104:0:3:138:103:1:3 chr1 170501385 . A C 1960.48 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0822981;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.827;QD=62.2375;RBI=0.0870063;REFB=0;REVB=0.0282333;RO=0;SAF=27;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117442;OID=.;OPOS=170501385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:125:126:1:98:27:0:0:98:28:0:0 chr1 170521376 . G A 2211.72 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.196;QD=62.3018;RBI=0.0252361;REFB=0.0528586;REVB=-0.016925;RO=1;SAF=58;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576343;STB=0.50303;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00014251;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:142:1:1:140:141:0.992958:82:58:0:1:82:59:0:1 chr1 170705685 . CTATATATATATATATATATATATATATC CATATATATATATATATATC,CTATATATATATATATAT,CTATATATATATATATATC 2036.1 PASS AF=0,1,0;AO=13,25,48;DP=116;FAO=0,125,0;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=0,59,0;FSAR=0,66,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927007,0.059045,0.0280554;FXX=0.107135;HRUN=1,1,1;LEN=9,11,10;MLLD=262.133,328.586,314.221;QD=65.1552;RBI=0.0498284,0.100863,0.0680908;REFB=0,0,0;REVB=0.0489585,0.0817739,0.0620423;RO=0;SAF=0,22,23;SAR=13,3,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.65945e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.000355861,0;OID=.,.,.;OPOS=170705686,170705703,170705686;OREF=TATATATAT,ATATATATATC,TATATATATA;OALT=-,-,-;OMAPALT=CATATATATATATATATATC,CTATATATATATATATAT,CTATATATATATATATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:13,25,48:116:0,125,0:125:0:0,59,0:0,66,0:0:0:11:0:0,22,23:13,3,25:0:0 chr1 170916646 . G T 481.2 PASS AF=0.409091;AO=53;DP=133;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0172929;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.767;QD=14.5818;RBI=0.0181291;REFB=-0.0081889;REVB=0.00544244;RO=73;SAF=30;SAR=23;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896506;STB=0.566623;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0142557;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:73:78:53:54:0.409091:23:30:35:38:23:31:36:42 chr1 170928671 . T C 789.67 PASS AF=0.453552;AO=83;DP=183;FAO=83;FDP=183;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=0.0263543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4908;QD=17.2605;RBI=0.0272089;REFB=-0.0220857;REVB=-0.00676584;RO=100;SAF=42;SAR=41;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023618;STB=0.513104;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0320227;OID=.;OPOS=170928671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:100:100:83:83:0.453552:41:42:53:47:41:42:53:47 chr1 170964609 . C T 933.59 PASS AF=0.442478;AO=99;DP=225;FAO=100;FDP=226;FR=.;FRO=126;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=0.000433497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.368;QD=16.5237;RBI=0.00422135;REFB=0.00289456;REVB=-0.00419904;RO=126;SAF=38;SAR=61;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111779;STB=0.564239;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00302623;OID=.;OPOS=170964609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:126:126:99:100:0.442478:61:38:62:64:62:38:62:64 chr1 171080080 . G A 2639.37 PASS AF=0.988571;AO=172;DP=175;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0349677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.063;QD=60.3284;RBI=0.0353644;REFB=0.00241029;REVB=0.00528226;RO=3;SAF=77;SAR=95;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377296;STB=0.505208;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=1.85105e-05;OID=.;OPOS=171080080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:175:175:3:2:172:173:0.988571:95:77:1:2:95:78:0:2 chr1 171107633 . A C 52.53 PASS AF=0.16;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0707927;FXX=0.019604;HRUN=7;LEN=1;MLLD=19.9289;QD=4.20202;RBI=0.0711739;REFB=-0.0578769;REVB=0.00735563;RO=29;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485231;STB=0.830328;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0786208;OID=.;OPOS=171107633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:49:50:29:38:8:8:0.16:7:1:14:15:7:1:18:20 chr1 171112490 . C T 739.77 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.304;QD=56.9055;RBI=0.0119732;REFB=0;REVB=0.0118454;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57605e-05;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:26:26:0:0 chr1 171154959 . A G 1382.9 PASS AF=0.496403;AO=135;DP=280;FAO=138;FDP=278;FR=.;FRO=140;FSAF=48;FSAR=90;FSRF=50;FSRR=90;FWDB=0.005383;FXX=0.0071426;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.46;QD=19.8978;RBI=0.0179423;REFB=-0.0152995;REVB=-0.0171158;RO=140;SAF=48;SAR=87;SRF=51;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880046;STB=0.505154;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0147609;OID=.;OPOS=171154959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:278:140:140:135:138:0.496403:87:48:51:89:90:48:50:90 chr1 171168584 . CA TG 1777.31 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798773;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=2;MLLD=363.836;QD=60.7626;RBI=0.0133254;REFB=0;REVB=-0.0106659;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.35709e-06;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:65:51:0:0:66:51:0:0 chr1 171174531 . A G 674.78 PASS AF=0.409836;AO=75;DP=183;FAO=75;FDP=183;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=-0.00346279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.228;QD=14.7492;RBI=0.0103537;REFB=-0.00674009;REVB=-0.00975748;RO=108;SAF=34;SAR=41;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686805;STB=0.538519;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0105965;OID=.;OPOS=171174531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:108:108:75:75:0.409836:41:34:56:52:41:34:56:52 chr1 171223134 . G A 371.52 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0455735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6842;QD=20.0822;RBI=0.046352;REFB=-0.00945828;REVB=0.00845984;RO=36;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273174;STB=0.515144;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00837216;OID=.;OPOS=171223134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:21:17:15:21:21:17:15:21 chr1 171461787 . G A 1012.09 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.772;QD=57.834;RBI=0.0239901;REFB=-0.0828222;REVB=-0.0127857;RO=1;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113915;STB=0.506022;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000862178;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:41:28:0:1:41:28:0:1 chr1 171501826 . GGA G 40.44 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.188469;FXX=0.0869187;HRUN=3;LEN=2;MLLD=27.6849;QD=7.70194;RBI=0.188499;REFB=-0.0722612;REVB=0.00334931;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589308;STB=0.817683;STBP=0.306;TYPE=del;VARB=0.177923;OID=.;OPOS=171501827;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:24:7:21:14:3:4:0:14:40:16:3:4:0:16 chr1 171509327 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0752022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7291;QD=51.9134;RBI=0.0761402;REFB=0;REVB=-0.0119149;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00248888;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr1 171510336 . G A,GA 54.22 PASS AF=0,0.189189;AO=6,11;DP=74;FAO=0,14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=0,1;FSAR=0,13;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0229966,-0.0251508;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=117.92,97.8792;QD=2.93091;RBI=0.040515,0.0736141;REFB=-0.0239077,-0.00538311;REVB=-0.0333561,-0.0691843;RO=57;SAF=0,3;SAR=6,8;SRF=25;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.575617,-0.220183;STB=0.5,0.887147;STBP=1,0.006;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.125479;OID=.,.;OPOS=171510336,171510337;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:74:74:57:60:6,11:0,14:0,0.189189:6,8:0,3:25:32:0,13:0,1:27:33 chr1 171511039 . C G 789.51 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.032161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8423;QD=50.9358;RBI=0.0482108;REFB=-0.106146;REVB=-0.0359159;RO=3;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039821;STB=0.528562;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00539649;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:3:4:58:58:0.935484:34:24:0:3:33:25:0:4 chr1 171514731 . C A,G 989.85 PASS AF=0.0441176,0.955882;AO=3,64;DP=67;FAO=3,65;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=3,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0783875,-0.00505656;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.6876,184.377;QD=58.2262;RBI=0.0784771,0.0149898;REFB=0,0;REVB=-0.00374941,0.0141111;RO=0;SAF=0,31;SAR=3,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0865699,-0.00257311;OID=.,.;OPOS=171514731,171514731;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:67:68:0:0:3,64:3,65:0.0441176,0.955882:3,33:0,31:0:0:3,33:0,32:0:0 chr1 171526570 . G A 723.87 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0117782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.453;QD=59.091;RBI=0.0272496;REFB=0.0193748;REVB=0.0245727;RO=1;SAF=37;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125447;STB=0.513152;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.000269871;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:47:47:0.959184:10:37:1:0:10:37:2:0 chr1 171556165 . G C 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.36;QD=62.6146;RBI=0.0108197;REFB=0;REVB=-0.00214327;RO=0;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9024e-06;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:32:56:0:0:32:56:0:0 chr1 171558516 . C T 1102.5 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.032;QD=58.8002;RBI=0.042059;REFB=-0.0499089;REVB=0.0368152;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.506492;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000176344;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:38:36:0:0:38:36:0:1 chr1 171621525 . C T 603.52 PASS AF=0.492063;AO=60;DP=124;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.00162552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.347;QD=19.1592;RBI=0.0170752;REFB=-0.036249;REVB=-0.0169976;RO=64;SAF=28;SAR=32;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601948;STB=0.524045;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0356848;OID=.;OPOS=171621525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:64:64:60:62:0.492063:32:28:34:30:32:30:34:30 chr1 171751236 . T C 2242.19 PASS AF=0.993056;AO=140;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00430787;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.605;QD=62.2831;RBI=0.0237651;REFB=-0.0493386;REVB=0.0233714;RO=0;SAF=51;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64041e-08;STB=0.504587;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000668438;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:143:144:0:1:140:143:0.993056:89:51:0:0:89:54:1:0 chr1 171753039 . A G 821.91 PASS AF=0.529032;AO=82;DP=155;FAO=82;FDP=155;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.0039661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.701;QD=21.2106;RBI=0.0142385;REFB=-0.0139325;REVB=-0.013675;RO=73;SAF=38;SAR=44;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726249;STB=0.539783;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0115786;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:73:73:82:82:0.529032:44:38:40:33:44:38:40:33 chr1 171755170 . G A 673.94 PASS AF=0.598131;AO=64;DP=107;FAO=64;FDP=107;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00938778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.741;QD=25.1939;RBI=0.0234319;REFB=-0.0254067;REVB=-0.0214692;RO=41;SAF=28;SAR=36;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188575;STB=0.511239;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0219407;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:41:43:64:64:0.598131:36:28:19:22:36:28:20:23 chr1 171755182 . G A 310.06 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00285019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.681;QD=13.7805;RBI=0.00406376;REFB=-0.0133399;REVB=-0.00289664;RO=55;SAF=13;SAR=22;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131592;STB=0.57512;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0242012;OID=.;OPOS=171755182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:22:13:27:28:22:13:27:28 chr1 171763549 . C T 1189.66 PASS AF=0.558824;AO=114;DP=202;FAO=114;FDP=204;FR=.;FRO=90;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0216294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.293;QD=23.3267;RBI=0.0450048;REFB=-0.00359963;REVB=-0.0394664;RO=88;SAF=52;SAR=62;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104719;STB=0.505204;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00247082;OID=.;OPOS=171763549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:88:90:114:114:0.558824:62:52:39:49:62:52:40:50 chr1 171810960 . A G 4727.58 PASS AF=0.984076;AO=307;DP=313;FAO=309;FDP=314;FR=.;FRO=5;FSAF=118;FSAR=191;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0658557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.124;QD=60.224;RBI=0.0677943;REFB=-0.0108262;REVB=-0.0160966;RO=5;SAF=117;SAR=190;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00587496;STB=0.503072;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.000206166;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:313:314:5:5:307:309:0.984076:190:117:1:4:191:118:1:4 chr1 171956803 . C T 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0143947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.866;QD=16.4806;RBI=0.015818;REFB=-0.00487709;REVB=0.00655756;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214454;STB=0.622515;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00406688;OID=.;OPOS=171956803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:16:9:11:8:16:9 chr1 172356437 . A G 1995.22 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236175;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.884;QD=61.3914;RBI=0.027792;REFB=0.0312069;REVB=0.0146496;RO=0;SAF=58;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1079e-08;STB=0.504273;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-8.14965e-05;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:131:130:0:1:129:129:0.992308:71:58:0:0:71:58:1:0 chr1 172378884 . G GT 179.21 PASS AF=0.386139;AO=66;DP=205;FAO=78;FDP=202;FR=.;FRO=124;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=65;FSRR=59;FWDB=-0.0470611;FXX=0.00980344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.00677;QD=3.54868;RBI=0.131676;REFB=-0.101883;REVB=0.122979;RO=129;SAF=48;SAR=18;SRF=62;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300493;STB=0.540956;STBP=0.365;TYPE=ins;VARB=0.0967298;OID=.;OPOS=172378885;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386139:66:205:78:202:124:46:32:65:59:99:129:48:18:62:67 chr1 172381836 . A ATAAAT 296.02 PASS AF=0.289855;AO=39;DP=140;FAO=40;FDP=138;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0117543;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=5;MLLD=247.833;QD=8.58017;RBI=0.0317209;REFB=0.0013425;REVB=-0.0294627;RO=99;SAF=23;SAR=16;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127934;STB=0.560741;STBP=0.363;TYPE=ins;VARB=-0.00307098;OID=.;OPOS=172381837;OREF=-;OALT=TAAAT;OMAPALT=ATAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289855:39:140:40:138:98:23:17:48:50:99:99:23:16:48:51 chr1 172411496 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000179018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.184;QD=40.7628;RBI=0.0102296;REFB=0;REVB=0.0102281;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40428e-05;OID=.;OPOS=172411496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr1 172411768 . T C 1927.66 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0887362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7544;QD=61.6852;RBI=0.103655;REFB=0;REVB=0.0535737;RO=0;SAF=73;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017169;OID=.;OPOS=172411768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:50:73:0:0:52:73:0:0 chr1 172412845 . C A 2200.64 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00651753;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.341;QD=62.4296;RBI=0.0259215;REFB=-0.0134051;REVB=0.0250888;RO=1;SAF=70;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684088;STB=0.503546;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=2.46957e-05;OID=.;OPOS=172412845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:141:1:1:139:140:0.992908:69:70:0:1:70:70:0:1 chr1 172422209 . C T 3088.62 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501795;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.43;QD=61.7724;RBI=0.0770549;REFB=0;REVB=0.0584763;RO=0;SAF=96;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00869e-05;OID=.;OPOS=172422209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:200:0:0:200:200:1:104:96:0:0:104:96:0:0 chr1 172437592 . G A 2369.14 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.742;QD=60.7471;RBI=0.0313641;REFB=0;REVB=-0.0164356;RO=0;SAF=84;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18473e-05;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:144:156:0:0:144:156:1:60:84:0:0:68:88:0:0 chr1 172501617 . G C 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.327;QD=61.5359;RBI=0.0574399;REFB=0;REVB=0.0532651;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155154;OID=.;OPOS=172501617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:51:30:0:0:51:30:0:0 chr1 172502479 . T C 7566.53 PASS AF=1;AO=479;DP=482;FAO=480;FDP=480;FR=.;FRO=0;FSAF=236;FSAR=244;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0790431;FXX=0.00414929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.141;QD=63.0544;RBI=0.0947688;REFB=0.0226347;REVB=-0.0522811;RO=2;SAF=236;SAR=243;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.8057e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393081;OID=.;OPOS=172502479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:482:480:2:0:479:480:1:243:236:1:1:244:236:0:0 chr1 173457017 . C T 2525.86 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.049;QD=61.6064;RBI=0.00568354;REFB=0;REVB=0.00516287;RO=0;SAF=86;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1879e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3424e-06;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:163:164:1:77:86:0:0:78:86:0:0 chr1 173772330 . C G 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0678225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.546;QD=25.04;RBI=0.0683562;REFB=-0.00164583;REVB=0.00852453;RO=19;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850615;STB=0.555707;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000819644;OID=.;OPOS=173772330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:20:26:26:0.565217:15:11:6:13:15:11:6:14 chr1 173878832 . T C 1899.54 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902663;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6828;QD=61.7737;RBI=0.0355373;REFB=0;REVB=-0.0343718;RO=0;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140196;OID=.;OPOS=173878832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:55:68:0:0:55:68:0:0 chr1 173878862 . T C 1715.67 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.072;QD=59.6753;RBI=0.0573422;REFB=0.0103081;REVB=0.0436461;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.504761;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-3.79477e-05;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:115:0:1:114:114:0.991304:53:61:0:0:52:62:0:1 chr1 173903737 . G A 439.21 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0146312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5204;QD=19.3058;RBI=0.0396479;REFB=0.0190197;REVB=-0.0368495;RO=47;SAF=18;SAR=26;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559689;STB=0.53114;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.0213604;OID=.;OPOS=173903737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:26:18:22:25:26:18:22:25 chr1 174516999 . C T 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00826295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.611;QD=16.0768;RBI=0.0194668;REFB=-0.0234021;REVB=0.0176261;RO=43;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519278;STB=0.529214;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0221798;OID=.;OPOS=174516999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:16:18:25:18:16:18:25:18 chr1 175046789 . A G 484.98 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0162025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.659;QD=17.7974;RBI=0.027696;REFB=-0.00997756;REVB=-0.0224622;RO=52;SAF=16;SAR=36;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115934;STB=0.585105;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0107686;OID=.;OPOS=175046789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:57:52:52:0.477064:36:16:22:30:36:16:26:31 chr1 175054548 . C T 717.18 PASS AF=0.493333;AO=73;DP=146;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.00371892;FXX=0.013157;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.9073;QD=19.1247;RBI=0.0279689;REFB=-0.00593538;REVB=-0.0277206;RO=73;SAF=42;SAR=31;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160994;STB=0.593535;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00366988;OID=.;OPOS=175054548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:73:76:73:74:0.493333:31:42:29:44:32:42:29:47 chr1 175087729 . T C 256.45 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00451203;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.893;QD=13.322;RBI=0.0830221;REFB=-0.00416594;REVB=0.0828994;RO=44;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463523;STB=0.547401;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00556557;OID=.;OPOS=175087729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:44:47:30:30:0.38961:13:17:23:21:13:17:23:24 chr1 175097864 . G A 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0408127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.2;QD=18.9135;RBI=0.0423959;REFB=-0.00673669;REVB=-0.0114779;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162796;STB=0.509085;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00590116;OID=.;OPOS=175097864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:15:14:13:15:15:14:13:15 chr1 175105996 . C T 825.7 PASS AF=0.433333;AO=91;DP=210;FAO=91;FDP=210;FR=.;FRO=119;FSAF=29;FSAR=62;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=0.0245385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7345;QD=15.7276;RBI=0.0331342;REFB=-0.00536182;REVB=0.0222652;RO=119;SAF=29;SAR=62;SRF=61;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207385;STB=0.615868;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00655874;OID=.;OPOS=175105996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:119:119:91:91:0.433333:62:29:61:58:62:29:61:58 chr1 175113578 . T C 3374.37 PASS AF=0.990909;AO=218;DP=220;FAO=218;FDP=220;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=120;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00300611;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.679;QD=61.3522;RBI=0.0187195;REFB=-0.0735493;REVB=0.0184765;RO=2;SAF=98;SAR=120;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962296;STB=0.50505;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000358843;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:220:220:2:2:218:218:0.990909:120:98:2:0:120:98:2:0 chr1 175129945 . TCTTCTTCTTG T,TTTCTTCTTG,TTTTCTTCTTG 1609.73 PASS AF=0.552632,0.0789474,0.368421;AO=17,13,35;DP=128;FAO=63,9,42;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=27,8,19;FSAR=36,1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296723,-0.0691787,-0.0793107;FXX=0.109366;HRUN=1,1,1;LEN=10,1,1;MLLD=152.633,85.624,89.4769;QD=56.4819;RBI=0.0297435,0.0785616,0.0825176;REFB=0,0,0;REVB=0.00205616,0.0372321,0.0227808;RO=0;SAF=2,6,21;SAR=15,7,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.95117e-08,0,4.27896e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0177519,0.0141452,0.0759092;OID=.,.,.;OPOS=175129946,175129946,175129946;OREF=CTTCTTCTTG,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TTTCTTCTTG,TTTTCTTCTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.552632,0.0789474,0.368421:17,13,35:128:63,9,42:114:0:27,8,19:36,1,23:0:0:99:0:2,6,21:15,7,14:0:0 chr1 175299301 . T C 290.42 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0348821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5792;QD=14.1668;RBI=0.0409043;REFB=0.016001;REVB=-0.0213636;RO=49;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048115;STB=0.527365;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0361586;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:19:14:23:26:19:14:23:26 chr1 175324651 . A G 787.07 PASS AF=0.513699;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00288106;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.795;QD=21.5636;RBI=0.00399302;REFB=-0.00882939;REVB=-0.00276473;RO=68;SAF=37;SAR=38;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056727;STB=0.520352;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00789662;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:68:71:75:75:0.513699:38:37:38:30:38:37:38:33 chr1 175348723 . C T 4577.08 PASS AF=0.979933;AO=293;DP=299;FAO=293;FDP=299;FR=.;FRO=6;FSAF=161;FSAR=132;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0179907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0521;QD=61.2318;RBI=0.0436781;REFB=-0.0994793;REVB=-0.0398009;RO=5;SAF=161;SAR=132;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048267;STB=0.504376;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00127778;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:299:299:5:6:293:293:0.979933:132:161:2:3:132:161:2:4 chr1 175355391 . A G 3887.98 PASS AF=0.988372;AO=255;DP=258;FAO=255;FDP=258;FR=.;FRO=3;FSAF=105;FSAR=150;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0390588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9606;QD=60.2788;RBI=0.0392063;REFB=-0.0843225;REVB=0.00339851;RO=1;SAF=106;SAR=149;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00318881;STB=0.500942;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00165872;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:258:258:1:3:255:255:0.988372:149:106:0:1:150:105:1:2 chr1 175375635 . G A 853.47 PASS AF=0.457711;AO=90;DP=198;FAO=92;FDP=201;FR=.;FRO=109;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=-0.00526879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.883;QD=16.9846;RBI=0.00526953;REFB=-0.019545;REVB=-8.84397e-05;RO=106;SAF=51;SAR=39;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111256;STB=0.558974;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.027038;OID=.;OPOS=175375635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:201:106:109:90:92:0.457711:39:51:48:58:39:53:51:58 chr1 175375683 . T C 2396.4 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00569739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.14;QD=59.9101;RBI=0.0165512;REFB=-0.111975;REVB=0.0155397;RO=1;SAF=81;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613902;STB=0.503184;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000220376;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:160:160:1:1:158:159:0.99375:77:81:0:1:78:81:0:1 chr1 175375802 . T C 2078.2 PASS AF=1;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00278095;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.868;QD=62.9757;RBI=0.0230321;REFB=0;REVB=0.0228636;RO=0;SAF=70;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33958e-05;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:132:0:0:132:132:1:62:70:0:0:62:70:0:0 chr1 176102974 . T C 1478.69 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.781;QD=58.5618;RBI=0.0335052;REFB=-0.0804485;REVB=-0.0112434;RO=1;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109026;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890569;OID=.;OPOS=176102974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:100:101:1:0:98:101:1:43:55:0:1:46:55:0:0 chr1 176863836 . G C 1433.83 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2865;QD=63.0254;RBI=0.0331792;REFB=0;REVB=-0.0325899;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149423;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr1 176863867 . T C 1272.43 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0225248;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2058;QD=60.5919;RBI=0.0526009;REFB=-0.1319;REVB=0.0475341;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00130429;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:41:42:1:0:41:42:1:0 chr1 177247854 . C G 404.85 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.00359423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8922;QD=13.841;RBI=0.0436048;REFB=-0.00323496;REVB=0.0434564;RO=69;SAF=24;SAR=23;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034092;STB=0.514903;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00453619;OID=.;OPOS=177247854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:70:47:47:0.401709:23:24:33:36:23:24:34:36 chr1 177901619 . G A 1466.6 PASS AF=0.485437;AO=150;DP=311;FAO=150;FDP=309;FR=.;FRO=159;FSAF=85;FSAR=65;FSRF=86;FSRR=73;FWDB=-0.00444604;FXX=0.00643066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.772;QD=18.9851;RBI=0.0427816;REFB=-0.0150231;REVB=0.0425499;RO=159;SAF=85;SAR=65;SRF=86;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244866;STB=0.513458;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0141611;OID=.;OPOS=177901619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:309:159:159:150:150:0.485437:65:85:86:73:65:85:86:73 chr1 177901655 . G A 1347.98 PASS AF=0.477193;AO=135;DP=287;FAO=136;FDP=285;FR=.;FRO=149;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=83;FSRR=66;FWDB=-0.00463601;FXX=0.0104163;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.204;QD=18.919;RBI=0.00488347;REFB=-0.0270089;REVB=-0.00153485;RO=138;SAF=65;SAR=70;SRF=73;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437238;STB=0.537457;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0426274;OID=.;OPOS=177901655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:285:138:149:135:136:0.477193:70:65:73:65:70:66:83:66 chr1 177901658 . C T 1387.18 PASS AF=0.489437;AO=139;DP=284;FAO=139;FDP=284;FR=.;FRO=145;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=79;FSRR=66;FWDB=0.0153909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.329;QD=19.5378;RBI=0.0154086;REFB=-0.0139794;REVB=0.000738994;RO=145;SAF=68;SAR=71;SRF=79;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516583;STB=0.528371;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0101871;OID=.;OPOS=177901658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:145:145:139:139:0.489437:71:68:79:66:71:68:79:66 chr1 177901713 . T C 997.15 PASS AF=0.485849;AO=100;DP=210;FAO=103;FDP=212;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=68;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.0258274;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7736;QD=18.8142;RBI=0.0260082;REFB=-0.00524769;REVB=0.00306199;RO=107;SAF=32;SAR=68;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15768;STB=0.579604;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00730389;OID=.;OPOS=177901713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:212:107:109:100:103:0.485849:68:32:51:56:68:35:53:56 chr1 177902387 . C A 929.68 PASS AF=0.483871;AO=91;DP=220;FAO=105;FDP=217;FR=.;FRO=112;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=-0.0473174;FXX=0.035554;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1325;QD=17.137;RBI=0.0559815;REFB=-0.00810022;REVB=0.0299164;RO=101;SAF=52;SAR=39;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120029;STB=0.553911;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0253634;OID=.;OPOS=177902387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:217:101:112:91:105:0.483871:39:52:45:56:49:56:48:64 chr1 177902725 . C T 541.88 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0252866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.086;QD=20.8415;RBI=0.0276837;REFB=0.0120248;REVB=0.0112684;RO=49;SAF=22;SAR=33;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253254;STB=0.513939;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00983282;OID=.;OPOS=177902725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:33:22:21:28:33:22:21:28 chr1 177902753 . G C 322.88 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0335723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.295;QD=19.2765;RBI=0.0345086;REFB=-0.00952694;REVB=-0.00798419;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50847;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00931585;OID=.;OPOS=177902753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:33:33:34:0.507463:19:14:14:19:19:15:14:19 chr1 177905469 . C A 994.64 PASS AF=0.462222;AO=103;DP=225;FAO=104;FDP=225;FR=.;FRO=121;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=-0.0417668;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.76;QD=17.6826;RBI=0.0421241;REFB=-0.0194365;REVB=-0.00547503;RO=116;SAF=55;SAR=48;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656409;STB=0.539898;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0236205;OID=.;OPOS=177905469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:116:121:103:104:0.462222:48:55:54:62:49:55:55:66 chr1 177915474 . A C 647.15 PASS AF=0.590476;AO=54;DP=103;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0108247;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=107.155;QD=24.6532;RBI=0.0124762;REFB=-0.0117681;REVB=0.00620339;RO=28;SAF=25;SAR=29;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201654;STB=0.599725;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00381617;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:28:43:54:62:0.590476:29:25:22:6:34:28:30:13 chr1 177915498 . G A 480.8 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=149;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=-0.00241208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.249;QD=12.9074;RBI=0.00800398;REFB=-0.00645469;REVB=-0.00763188;RO=91;SAF=30;SAR=25;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044257;STB=0.51171;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0141173;OID=.;OPOS=177915498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:91:94:55:55:0.369128:25:30:50:41:25:30:53:41 chr1 177929554 . C T 397.2 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00769188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.001;QD=14.1858;RBI=0.0189584;REFB=-0.00682305;REVB=-0.0173279;RO=66;SAF=24;SAR=22;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054323;STB=0.530631;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00964144;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:22:24:31:35:22:24:31:35 chr1 177929940 . G A 482.77 PASS AF=0.5;AO=50;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0157182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.604;QD=18.9323;RBI=0.0183184;REFB=-0.0130338;REVB=-0.00940757;RO=51;SAF=24;SAR=26;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134018;STB=0.568443;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0145689;OID=.;OPOS=177929940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:51:50:51:0.5:26:24:32:19:26:25:32:19 chr1 177929987 . T C 1877.52 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.75;QD=61.558;RBI=0.025095;REFB=0;REVB=-0.0237829;RO=0;SAF=52;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43323e-05;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:70:52:0:0:70:52:0:0 chr1 177935050 . T A 467.36 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0266627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.629;QD=15.4499;RBI=0.0272827;REFB=-0.00750142;REVB=0.00578332;RO=69;SAF=20;SAR=32;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379124;STB=0.521268;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00937229;OID=.;OPOS=177935050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:69:52:52:0.429752:32:20:29:40:32:20:29:40 chr1 178483231 . G A 2581.33 PASS AF=0.966102;AO=171;DP=178;FAO=171;FDP=177;FR=.;FRO=6;FSAF=76;FSAR=95;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0581085;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.318;QD=58.3351;RBI=0.0603105;REFB=-0.0645434;REVB=-0.0161477;RO=5;SAF=76;SAR=95;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194056;STB=0.513306;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00268192;OID=.;OPOS=178483231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:178:177:5:6:171:171:0.966102:95:76:4:1:95:76:5:1 chr1 178489978 . T G 2257.09 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.09;QD=62.6971;RBI=0.0127548;REFB=0;REVB=0.0115236;RO=0;SAF=59;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15036e-05;OID=.;OPOS=178489978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:144:0:0:138:144:1:79:59:0:0:84:60:0:0 chr1 178492447 . T A 1575.13 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535238;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.799;QD=60.005;RBI=0.0628393;REFB=0;REVB=0.0329239;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286783;OID=.;OPOS=178492447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:54:51:0:0:54:51:0:0 chr1 178514622 . C T 2284.88 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0743533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2074;QD=60.1285;RBI=0.0755957;REFB=0.00735747;REVB=-0.013649;RO=0;SAF=88;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00039625;OID=.;OPOS=178514622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:0:1:151:151:0.993421:63:88:0:0:63:88:0:1 chr1 178694861 . C A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00630635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.401;QD=16.1987;RBI=0.0140799;REFB=0.00144266;REVB=-0.0125886;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00579489;OID=.;OPOS=178694861;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:2:1:1:4:2:1 chr1 178820327 . G A 1327.76 PASS AF=0.432024;AO=142;DP=331;FAO=143;FDP=331;FR=.;FRO=188;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=94;FSRR=94;FWDB=0.00983297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.469;QD=16.0454;RBI=0.0131725;REFB=-0.00265326;REVB=0.00876519;RO=187;SAF=71;SAR=71;SRF=94;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273556;STB=0.501986;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00332263;OID=.;OPOS=178820327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:187:188:142:143:0.432024:71:71:94:93:72:71:94:94 chr1 179051300 . T C 303.32 PASS AF=0.574468;AO=24;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.01828;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.027;QD=25.8143;RBI=0.0182904;REFB=-0.0264938;REVB=-0.00061647;RO=13;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786119;STB=0.60275;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0220001;OID=.;OPOS=179051300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:20:24:27:0.574468:14:10:7:6:16:11:13:7 chr1 179055020 . C T 768.2 PASS AF=0.5;AO=79;DP=158;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0141125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.649;QD=19.4481;RBI=0.0180065;REFB=0.0171966;REVB=0.0111836;RO=79;SAF=33;SAR=46;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235201;STB=0.512952;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.0173417;OID=.;OPOS=179055020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:79:79:79:79:0.5:46:33:35:44:46:33:35:44 chr1 179068851 . A G 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00150724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3512;QD=10.698;RBI=0.00423033;REFB=0.0275692;REVB=-0.0039527;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00740054;STB=0.504419;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0583538;OID=.;OPOS=179068851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:19:13:6:9:19:13 chr1 179072728 . T C 811.64 PASS AF=0.469274;AO=84;DP=179;FAO=84;FDP=179;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.00238634;FXX=0.0110491;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.239;QD=18.1373;RBI=0.00449958;REFB=-0.00461433;REVB=0.00381466;RO=94;SAF=38;SAR=46;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456571;STB=0.522582;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00602561;OID=.;OPOS=179072728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:94:95:84:84:0.469274:46:38:47:47:46:38:47:48 chr1 179310262 . C T 683.82 PASS AF=0.531746;AO=67;DP=126;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0496535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6508;QD=21.7086;RBI=0.0504143;REFB=-0.00876623;REVB=-0.00872519;RO=57;SAF=31;SAR=36;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050141;STB=0.534473;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00626352;OID=.;OPOS=179310262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:57:59:67:67:0.531746:36:31:23:34:36:31:23:36 chr1 179347832 . T C 675.93 PASS AF=0.45625;AO=73;DP=160;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.0229779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.967;QD=16.8983;RBI=0.0236157;REFB=0.00490989;REVB=0.00545127;RO=87;SAF=38;SAR=35;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930818;STB=0.551651;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00355181;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:87:87:73:73:0.45625:35:38:37:50:35:38:37:50 chr1 179414105 . A C 256.87 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0043671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.677;QD=16.0542;RBI=0.0406506;REFB=-0.0120831;REVB=0.0404153;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125757;STB=0.570915;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0161052;OID=.;OPOS=179414105;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:17:12:19:16:17:12:19:16 chr1 179504043 . C G 135.03 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0248186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0429;QD=16.8788;RBI=0.0248418;REFB=-0.0249455;REVB=-0.00107166;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116243;STB=0.555478;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0615062;OID=.;OPOS=179504043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:11:4:6:10:11:4:6:11 chr1 179504130 . G A 304.11 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0131792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.855;QD=17.3778;RBI=0.0161648;REFB=-0.009329;REVB=0.0093599;RO=37;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209395;STB=0.617024;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0116311;OID=.;OPOS=179504130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:14:19:13:24:14:19:13:24 chr1 179520151 . C T 1899.05 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00711678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.081;QD=60.7695;RBI=0.0214703;REFB=-0.0732887;REVB=0.0202565;RO=1;SAF=72;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904904;STB=0.504761;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00126419;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:52:72:0:1:52:72:0:1 chr1 179520506 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.995;QD=64.4144;RBI=0.00856596;REFB=0;REVB=0.0084021;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86367e-05;OID=.;OPOS=179520506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr1 179544898 . T C 115.84 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.975;QD=42.1246;RBI=0.0810411;REFB=0;REVB=0.0700149;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534671;OID=.;OPOS=179544898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chr1 179604864 . C T 609.54 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=0.00649401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.864;QD=18.0604;RBI=0.0182271;REFB=-0.00414961;REVB=0.017031;RO=71;SAF=29;SAR=34;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147029;STB=0.576504;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00256364;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:71:72:63:63:0.466667:34:29:22:49:34:29:23:49 chr1 179609589 . G T 665.54 PASS AF=0.426901;AO=71;DP=171;FAO=73;FDP=171;FR=.;FRO=98;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.0133768;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.554;QD=15.5682;RBI=0.0140919;REFB=0.00231288;REVB=-0.00443216;RO=98;SAF=37;SAR=34;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956744;STB=0.560328;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00221337;OID=.;OPOS=179609589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:98:98:71:73:0.426901:34:37:42:56:34:39:42:56 chr1 179631242 . G A 895.43 PASS AF=0.557823;AO=82;DP=147;FAO=82;FDP=147;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.006685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.411;QD=24.3653;RBI=0.011105;REFB=-0.0269643;REVB=-0.00886741;RO=65;SAF=26;SAR=56;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214976;STB=0.617617;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0184901;OID=.;OPOS=179631242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:65:65:82:82:0.557823:56:26:37:28:56:26:37:28 chr1 179852074 . T C 1605.57 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.479;QD=64.2229;RBI=0.0333904;REFB=0;REVB=-0.00682215;RO=0;SAF=32;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.76003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.56985e-05;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:67:32:0:0:67:33:0:0 chr1 179858444 . G A 2462.93 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.578;QD=61.1907;RBI=0.0472676;REFB=0;REVB=0.0300444;RO=0;SAF=70;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001195;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:90:70:0:0:90:71:0:0 chr1 179876988 . C G 2794.23 PASS AF=0.953125;AO=182;DP=197;FAO=183;FDP=192;FR=.;FRO=9;FSAF=100;FSAR=83;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.021324;FXX=0.0303015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.953;QD=58.2132;RBI=0.0246388;REFB=0.00843109;REVB=0.0123434;RO=7;SAF=100;SAR=82;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117395;STB=0.50569;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=1.54636e-05;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:197:192:7:9:182:183:0.953125:82:100:5:2:83:100:6:3 chr1 179887125 . G A 1330.81 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00663929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.739;QD=59.8117;RBI=0.00993007;REFB=-0.00677022;REVB=-0.00738419;RO=2;SAF=36;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255931;STB=0.51351;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=5.45232e-05;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:51:36:2:0:51:36:2:0 chr1 179972337 . A C 333.73 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.00350712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.206;QD=14.2014;RBI=0.0188959;REFB=-0.011897;REVB=-0.0185676;RO=56;SAF=31;SAR=6;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224104;STB=0.63909;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0200201;OID=.;OPOS=179972337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:56:57:37:37:0.393617:6:31:39:17:6:31:39:18 chr1 179989742 . G C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.000454382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7865;QD=14.0965;RBI=0.022265;REFB=-0.0142707;REVB=-0.0222603;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654098;STB=0.538391;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0121236;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:8:6:4:7:8:6 chr1 180000542 . G T 475.08 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00978884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.908;QD=17.7599;RBI=0.0153478;REFB=-0.0158467;REVB=-0.0118209;RO=56;SAF=30;SAR=21;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505187;STB=0.528079;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0160532;OID=.;OPOS=180000542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:21:30:30:26:21:30:30:26 chr1 180063526 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0518726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.659;QD=15.7002;RBI=0.0544097;REFB=-0.00790884;REVB=0.0164211;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261844;STB=0.615245;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0115901;OID=.;OPOS=180063526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:19:15:15:0.441176:9:6:2:13:9:6:4:15 chr1 180080290 . T A 389.89 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0886105;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.285;QD=21.3637;RBI=0.0903207;REFB=-0.00245602;REVB=-0.017493;RO=34;SAF=18;SAR=20;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181493;STB=0.604189;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00213082;OID=.;OPOS=180080290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:38:39:0.534247:20:18:9:25:20:19:9:25 chr1 180145088 . A G 3133.64 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1893;QD=63.9518;RBI=0.0500972;REFB=0;REVB=-0.0498679;RO=0;SAF=95;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129768;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:101:95:0:0:101:95:0:0 chr1 180167414 . C G 1381.72 PASS AF=0.533597;AO=135;DP=253;FAO=135;FDP=253;FR=.;FRO=118;FSAF=74;FSAR=61;FSRF=70;FSRR=48;FWDB=-0.0310917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3861;QD=21.8454;RBI=0.0351084;REFB=-0.0187307;REVB=0.0163068;RO=118;SAF=74;SAR=61;SRF=70;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390669;STB=0.521303;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0168175;OID=.;OPOS=180167414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:118:118:135:135:0.533597:61:74:70:48:61:74:70:48 chr1 180243524 . A G 799.22 PASS AF=0.442105;AO=84;DP=192;FAO=84;FDP=190;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=0.0065865;FXX=0.0104161;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.205;QD=16.8257;RBI=0.0298178;REFB=-0.0302504;REVB=-0.0290812;RO=105;SAF=38;SAR=46;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143809;STB=0.505557;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0352408;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:105:106:84:84:0.442105:46:38:49:56:46:38:49:57 chr1 180854067 . A G 1451.36 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103528;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.034;QD=63.1027;RBI=0.0508771;REFB=0;REVB=0.0498126;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6038e-05;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr1 180885430 . T C 2314.42 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464639;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.189;QD=60.5077;RBI=0.0140765;REFB=0;REVB=-0.0132875;RO=0;SAF=69;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.57452e-07;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:153:0:0:150:153:1:81:69:0:0:82:71:0:0 chr1 180897569 . C T 898.07 PASS AF=0.557692;AO=87;DP=156;FAO=87;FDP=156;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00753126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.166;QD=23.0275;RBI=0.0241892;REFB=-0.0089049;REVB=0.0229869;RO=69;SAF=31;SAR=56;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127818;STB=0.569826;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00818609;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:69:69:87:87:0.557692:56:31:35:34:56:31:35:34 chr1 180905694 . C T 210.66 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.152803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1082;QD=19.1512;RBI=0.153079;REFB=-0.0134096;REVB=0.00919961;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464258;STB=0.526291;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0170483;OID=.;OPOS=180905694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:11:12:12:9:11:12 chr1 180913597 . A G 1880.79 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.35;QD=60.6707;RBI=0.0812912;REFB=0;REVB=-0.0744925;RO=1;SAF=61;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57524e-05;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:124:1:0:117:124:1:56:61:1:0:57:67:0:0 chr1 180944532 . T TAA 237.68 PASS AF=0.452381;AO=28;DP=85;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.105584;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=26.4456;QD=11.3181;RBI=0.137931;REFB=0.0216589;REVB=0.0887534;RO=47;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0033821;STB=0.519074;STBP=0.751;TYPE=ins;VARB=-0.0299812;OID=.;OPOS=180944533;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:28:85:38:84:46:17:21:19:27:99:47:12:16:20:27 chr1 180953853 . A G 704.66 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0149199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.858;QD=18.6666;RBI=0.016248;REFB=0.00876283;REVB=0.00643361;RO=78;SAF=46;SAR=27;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771966;STB=0.542709;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0135972;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:78:73:73:0.483444:27:46:43:35:27:46:43:35 chr1 181024404 . G A 506.08 PASS AF=0.388158;AO=60;DP=152;FAO=59;FDP=152;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.0705476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.247;QD=13.318;RBI=0.0706705;REFB=-0.0148176;REVB=0.00416537;RO=89;SAF=29;SAR=31;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474379;STB=0.538517;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0199496;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:89:93:60:59:0.388158:31:29:47:42:31:28:50:43 chr1 181058313 . G A 1391.12 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268922;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.491;QD=62.5221;RBI=0.0823919;REFB=0;REVB=0.0778796;RO=0;SAF=61;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153074;OID=.;OPOS=181058313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:89:0:0:89:89:1:28:61:0:0:28:61:0:0 chr1 181391978 . G A 512.41 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0298963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4337;QD=18.6332;RBI=0.0299053;REFB=-0.00355754;REVB=0.000731133;RO=56;SAF=35;SAR=19;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174299;STB=0.596693;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00176606;OID=.;OPOS=181391978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:19:35:26:30:19:35:26:30 chr1 181701799 . T A 739.4 PASS AF=0.422886;AO=82;DP=208;FAO=85;FDP=201;FR=.;FRO=116;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=56;FWDB=-0.00529961;FXX=0.0382757;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6674;QD=14.7144;RBI=0.0193104;REFB=-0.017838;REVB=0.0185689;RO=103;SAF=35;SAR=47;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495838;STB=0.547496;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0252347;OID=.;OPOS=181701799;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:201:103:116:82:85:0.422886:47:35:49:54:48:37:60:56 chr1 181706685 . C T 618.21 PASS AF=0.409357;AO=70;DP=170;FAO=70;FDP=171;FR=.;FRO=101;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=67;FWDB=0.0104792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.606;QD=14.4611;RBI=0.0339133;REFB=-0.0156761;REVB=-0.0322537;RO=99;SAF=38;SAR=32;SRF=32;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227196;STB=0.620145;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0207318;OID=.;OPOS=181706685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:99:101:70:70:0.409357:32:38:32:67:32:38:34:67 chr1 181725110 . T C 799.35 PASS AF=0.503106;AO=81;DP=163;FAO=81;FDP=161;FR=.;FRO=80;FSAF=59;FSAR=22;FSRF=74;FSRR=6;FWDB=0.00959575;FXX=0.024241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4087;QD=19.8595;RBI=0.0186086;REFB=-0.00526984;REVB=0.0159437;RO=79;SAF=59;SAR=22;SRF=73;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253968;STB=0.639116;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00547066;OID=.;OPOS=181725110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:79:80:81:81:0.503106:22:59:73:6:22:59:74:6 chr1 181740743 . A G 1168.73 PASS AF=0.5;AO=115;DP=232;FAO=116;FDP=232;FR=.;FRO=116;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=68;FSRR=48;FWDB=-0.0168008;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9538;QD=20.1505;RBI=0.0173259;REFB=-0.0145255;REVB=0.00423317;RO=117;SAF=66;SAR=49;SRF=69;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148951;STB=0.508808;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0179422;OID=.;OPOS=181740743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:117:116:115:116:0.5:49:66:69:48:50:66:68:48 chr1 181741301 . C T 1463.28 PASS AF=0.473354;AO=150;DP=318;FAO=151;FDP=319;FR=.;FRO=168;FSAF=68;FSAR=83;FSRF=75;FSRR=93;FWDB=0.00356903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.421;QD=18.3483;RBI=0.00533871;REFB=-0.00472369;REVB=0.00397036;RO=168;SAF=67;SAR=83;SRF=75;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000230944;STB=0.502076;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00567652;OID=.;OPOS=181741301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:319:168:168:150:151:0.473354:83:67:75:93:83:68:75:93 chr1 181752923 . AAGCTT A 50.0 PASS AO=73;DP=229;LEN=5;RO=156;SAF=32;SAR=43;SRF=59;SRR=95;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=181752924;OREF=AGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:229:156:73:43:32:59:95 chr1 181759657 . G A 860.17 PASS AF=0.414847;AO=95;DP=232;FAO=95;FDP=229;FR=.;FRO=134;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=74;FSRR=60;FWDB=-0.0343404;FXX=0.0129305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9543;QD=15.0248;RBI=0.0347553;REFB=0.000677108;REVB=-0.00535394;RO=134;SAF=47;SAR=48;SRF=74;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601697;STB=0.53362;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00141605;OID=.;OPOS=181759657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:229:134:134:95:95:0.414847:48:47:74:60:48:47:74:60 chr1 182026813 . G C 180.68 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0304736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.879;QD=13.8983;RBI=0.03748;REFB=-0.0111539;REVB=-0.0218199;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600513;STB=0.545412;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0167704;OID=.;OPOS=182026813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:31:20:21:0.403846:12:8:10:19:12:9:11:20 chr1 182027022 . C T 979.85 PASS AF=0.472973;AO=109;DP=209;FAO=105;FDP=222;FR=.;FRO=117;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=72;FWDB=-0.0107966;FXX=0.0176983;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.2245;QD=17.6549;RBI=0.018303;REFB=-0.0331483;REVB=0.0147795;RO=99;SAF=59;SAR=50;SRF=28;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222605;STB=0.573001;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0288152;OID=.;OPOS=182027022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:222:99:117:109:105:0.472973:50:59:28:71:50:55:45:72 chr1 182356399 . A G 1712.88 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4133;QD=60.6329;RBI=0.0345734;REFB=0;REVB=0.0337363;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66094e-05;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:68:45:0:0:68:45:0:0 chr1 182369078 . G A 1476.23 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0118731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.018;QD=57.3292;RBI=0.0351798;REFB=-0.131629;REVB=0.0331156;RO=1;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854764;STB=0.508927;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000353804;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:103:1:2:100:101:0.980583:55:45:0:1:55:46:0:2 chr1 182369233 . A G 1310.08 PASS AF=0.93617;AO=87;DP=94;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.000570582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3592;QD=55.7482;RBI=0.0535449;REFB=-0.0818749;REVB=0.0535419;RO=6;SAF=57;SAR=30;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644764;STB=0.532979;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00872152;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:94:94:6:6:87:88:0.93617:30:57:1:5:31:57:1:5 chr1 182496829 . A G 1951.81 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8949;QD=61.9622;RBI=0.039587;REFB=0;REVB=0.00114404;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171514;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:71:55:0:0:71:55:0:0 chr1 182551337 . A C 662.93 PASS AF=0.40884;AO=74;DP=180;FAO=74;FDP=181;FR=.;FRO=107;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=0.00353469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.831;QD=14.6505;RBI=0.00390137;REFB=-0.0110337;REVB=-0.00165126;RO=105;SAF=44;SAR=30;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249986;STB=0.509257;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0191787;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:105:107:74:74:0.40884:30:44:60:45:30:44:62:45 chr1 182568204 . G C 2591.07 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.992;QD=61.6921;RBI=0.00621609;REFB=0;REVB=-0.00452381;RO=0;SAF=92;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02044e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133756;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:76:92:0:0:76:92:0:0 chr1 182569626 . T C 2769.29 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340842;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2923;QD=62.2313;RBI=0.029029;REFB=0;REVB=0.0288282;RO=0;SAF=79;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57231e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155196;OID=.;OPOS=182569626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:178:0:0:175:178:1:96:79:0:0:96:82:0:0 chr1 182640851 . T G 3043.32 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134803;FXX=0.0103087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.56;QD=63.4025;RBI=0.0187489;REFB=0.101283;REVB=0.0187004;RO=0;SAF=79;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14545e-05;OID=.;OPOS=182640851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:193:192:0:0:191:192:1:112:79:0:0:112:80:0:0 chr1 182640864 . T C 2883.55 PASS AF=0.984043;AO=184;DP=189;FAO=185;FDP=188;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00961354;FXX=0.0105258;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.661;QD=61.3522;RBI=0.0185134;REFB=0.00751387;REVB=-0.0158217;RO=3;SAF=77;SAR=107;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0026726;STB=0.501361;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-4.84176e-05;OID=.;OPOS=182640864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:189:188:3:3:184:185:0.984043:107:77:1:2:108:77:1:2 chr1 182778367 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.494;QD=57.0008;RBI=0.0139029;REFB=0;REVB=0.00322416;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13064e-05;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr1 182850727 . T C 2694.72 PASS AF=0.967568;AO=173;DP=185;FAO=179;FDP=185;FR=.;FRO=6;FSAF=79;FSAR=100;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0326428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8357;QD=58.2642;RBI=0.0612606;REFB=-0.00928334;REVB=0.0518393;RO=6;SAF=73;SAR=100;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057962;STB=0.503554;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00316909;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:185:185:6:6:173:179:0.967568:100:73:2:4:100:79:2:4 chr1 182993025 . C T 2917.29 PASS AF=0.443182;AO=312;DP=705;FAO=312;FDP=704;FR=.;FRO=392;FSAF=177;FSAR=135;FSRF=177;FSRR=215;FWDB=0.0503104;FXX=0.00141842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1013;QD=16.5755;RBI=0.0573616;REFB=0.00311997;REVB=0.0275537;RO=377;SAF=177;SAR=135;SRF=164;SRR=213;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131092;STB=0.564512;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00429726;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:705:704:377:392:312:312:0.443182:135:177:164:213:135:177:177:215 chr1 183072590 . T C 737.4 PASS AF=0.405;AO=81;DP=200;FAO=81;FDP=200;FR=.;FRO=119;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=0.0357292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.73;QD=14.7479;RBI=0.0387599;REFB=-0.00327664;REVB=-0.015025;RO=118;SAF=36;SAR=45;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768473;STB=0.545646;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00534007;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:118:119:81:81:0.405:45:36:61:57:45:36:62:57 chr1 183085755 . A G 756.52 PASS AF=0.395455;AO=87;DP=220;FAO=87;FDP=220;FR=.;FRO=133;FSAF=26;FSAR=61;FSRF=52;FSRR=81;FWDB=0.0232656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.341;QD=13.7549;RBI=0.0233676;REFB=-0.0092922;REVB=0.00218027;RO=132;SAF=26;SAR=61;SRF=51;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106182;STB=0.563062;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0118008;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:132:133:87:87:0.395455:61:26:51:81:61:26:52:81 chr1 183086757 . A C 984.95 PASS AF=0.513369;AO=96;DP=187;FAO=96;FDP=187;FR=.;FRO=91;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=60;FWDB=0.00886427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.51;QD=21.0684;RBI=0.0238206;REFB=-0.00497482;REVB=-0.0221099;RO=91;SAF=49;SAR=47;SRF=31;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150465;STB=0.582345;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00469098;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:91:91:96:96:0.513369:47:49:31:60:47:49:31:60 chr1 183093875 . T C 1044.47 PASS AF=0.5;AO=104;DP=211;FAO=106;FDP=212;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=74;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=0.016166;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.652;QD=19.7069;RBI=0.0324521;REFB=0.00506785;REVB=0.028139;RO=106;SAF=32;SAR=72;SRF=42;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914419;STB=0.553568;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00485394;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:106:106:104:106:0.5:72:32:42:64:74:32:42:64 chr1 183094547 . T C 737.39 PASS AF=0.496732;AO=76;DP=153;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00822584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.448;QD=19.2782;RBI=0.00977323;REFB=-0.00930531;REVB=-0.00527746;RO=75;SAF=40;SAR=36;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297863;STB=0.516525;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00839162;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:75:77:76:76:0.496732:36:40:37:38:36:40:38:39 chr1 183105534 . T C 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0667733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.685;QD=10.3776;RBI=0.0712752;REFB=0.00597879;REVB=0.0249297;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318917;STB=0.689278;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0106815;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:12:4:5:4:12:4 chr1 183105705 . G A 561.88 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0241384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.894;QD=16.2864;RBI=0.0245239;REFB=-0.00900402;REVB=-0.00433082;RO=78;SAF=27;SAR=33;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377977;STB=0.52113;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0126391;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:78:78:60:60:0.434783:33:27:38:40:33:27:38:40 chr1 183112041 . G C 501.23 PASS AF=0.391608;AO=56;DP=144;FAO=56;FDP=143;FR=.;FRO=87;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.000918719;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.921;QD=14.0204;RBI=0.013748;REFB=-0.0225212;REVB=-0.0137172;RO=86;SAF=20;SAR=36;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956197;STB=0.551196;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0363127;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:86:87:56:56:0.391608:36:20:38:48:36:20:38:49 chr1 183112412 . A G 468.76 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=134;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=0.024125;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9716;QD=14.098;RBI=0.0554711;REFB=-0.00268983;REVB=0.0499502;RO=80;SAF=22;SAR=31;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444032;STB=0.525035;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00631669;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:80:80:53:53:0.398496:31:22:30:50:31:22:30:50 chr1 183112505 . T C 365.77 PASS AF=0.346154;AO=45;DP=129;FAO=45;FDP=130;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.000622875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.417;QD=11.2545;RBI=0.00710069;REFB=-0.0087024;REVB=0.00707332;RO=82;SAF=16;SAR=29;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849182;STB=0.539173;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0153094;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:82:85:45:45:0.346154:29:16:35:47:29:16:35:50 chr1 183112566 . T C 391.54 PASS AF=0.373016;AO=45;DP=125;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.00656764;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.592;QD=12.4299;RBI=0.00694557;REFB=-0.00154333;REVB=-0.00225987;RO=80;SAF=18;SAR=27;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194938;STB=0.624443;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00251677;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:80:79:45:47:0.373016:27:18:46:34:29:18:46:33 chr1 183112764 . A G 336.22 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0104669;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.184;QD=13.0572;RBI=0.0140433;REFB=-0.0129466;REVB=0.00936264;RO=58;SAF=20;SAR=20;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180349;STB=0.514556;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0160461;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:63:40:40:0.38835:20:20:30:28:20:20:30:33 chr1 183114634 . G A 555.81 PASS AF=0.414474;AO=62;DP=147;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=62;FWDB=-0.0084206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.015;QD=14.6266;RBI=0.0159284;REFB=-0.0101628;REVB=-0.0135206;RO=85;SAF=20;SAR=42;SRF=26;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198826;STB=0.509582;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0142751;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:152:85:89:62:63:0.414474:42:20:26:59:43:20:27:62 chr1 183155482 . C A 1553.13 PASS AF=0.503226;AO=156;DP=310;FAO=156;FDP=310;FR=.;FRO=154;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=90;FSRR=64;FWDB=-0.00635598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.896;QD=20.0403;RBI=0.0187041;REFB=-0.0275688;REVB=-0.0175911;RO=153;SAF=80;SAR=76;SRF=90;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684051;STB=0.535651;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0260617;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:153:154:156:156:0.503226:76:80:90:63:76:80:90:64 chr1 183486859 . G A 4096.58 PASS AF=1;AO=263;DP=264;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110305;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.664;QD=62.3054;RBI=0.0205035;REFB=-0.0467721;REVB=-0.0204738;RO=1;SAF=131;SAR=132;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00359816;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41549e-05;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:264:263:1:0:263:263:1:132:131:0:1:132:131:0:0 chr1 183515428 . G A 56.04 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0101259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3694;QD=12.4529;RBI=0.128494;REFB=0.0123565;REVB=0.128094;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00748852;OID=.;OPOS=183515428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:18:10:10:7:8:0.444444:3:4:5:5:4:4:5:5 chr1 183542387 . T C 925.14 PASS AF=0.522989;AO=91;DP=174;FAO=91;FDP=174;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0389596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7949;QD=21.2675;RBI=0.0390477;REFB=-0.00435162;REVB=-0.00262095;RO=83;SAF=34;SAR=57;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108397;STB=0.559468;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00367776;OID=.;OPOS=183542387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:83:83:91:91:0.522989:57:34:41:42:57:34:41:42 chr1 183876182 . C T 609.5 PASS AF=0.43038;AO=68;DP=159;FAO=68;FDP=158;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0182279;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.568;QD=15.4303;RBI=0.0183464;REFB=-0.00699209;REVB=0.00208253;RO=89;SAF=32;SAR=36;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215777;STB=0.508599;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00931657;OID=.;OPOS=183876182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:89:90:68:68:0.43038:36:32:40:49:36:32:41:49 chr1 183913408 . C T 490.84 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0193807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.181;QD=17.2223;RBI=0.0193942;REFB=-0.0078613;REVB=0.000725172;RO=61;SAF=30;SAR=23;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180286;STB=0.60016;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00980006;OID=.;OPOS=183913408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:53:53:0.464912:23:30:23:38:23:30:23:38 chr1 184020945 . G A 3381.26 PASS AF=0.532787;AO=324;DP=610;FAO=325;FDP=610;FR=.;FRO=285;FSAF=221;FSAR=104;FSRF=178;FSRR=107;FWDB=0.0196313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.457;QD=22.1722;RBI=0.0838046;REFB=-0.0175908;REVB=0.0814728;RO=284;SAF=220;SAR=104;SRF=178;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503895;STB=0.529132;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00997444;OID=.;OPOS=184020945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:610:610:284:285:324:325:0.532787:104:220:178:106:104:221:178:107 chr1 184023529 . A C 957.93 PASS AF=0.42562;AO=103;DP=242;FAO=103;FDP=242;FR=.;FRO=139;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=57;FSRR=82;FWDB=-0.0106589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.257;QD=15.8336;RBI=0.0128763;REFB=0.00172786;REVB=0.00722407;RO=138;SAF=65;SAR=38;SRF=57;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224734;STB=0.627187;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00148302;OID=.;OPOS=184023529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:138:139:103:103:0.42562:38:65:57:81:38:65:57:82 chr1 184588806 . C T 344.26 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0157409;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9278;QD=24.1589;RBI=0.028193;REFB=0.0130107;REVB=0.0233895;RO=23;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819107;STB=0.545047;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0137749;OID=.;OPOS=184588806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:23:23:34:34:0.596491:20:14:12:11:20:14:12:11 chr1 184660205 . T A 314.19 PASS AF=0.402299;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0202152;FXX=0.0224694;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.346;QD=14.4455;RBI=0.02148;REFB=-0.0105603;REVB=0.00726182;RO=50;SAF=21;SAR=13;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266205;STB=0.627201;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0168555;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:50:52:34:35:0.402299:13:21:18:32:14:21:20:32 chr1 184662181 . C T 448.04 PASS AF=0.408;AO=47;DP=121;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0100267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.44;QD=14.3373;RBI=0.0219939;REFB=-0.00500684;REVB=0.0195754;RO=74;SAF=17;SAR=30;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209563;STB=0.621005;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00793775;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:125:74:74:47:51:0.408:30:17:41:33:33:18:41:33 chr1 184663537 . A C 257.95 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0150867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.514;QD=18.4253;RBI=0.0166958;REFB=-0.00561014;REVB=0.00715122;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163202;STB=0.590847;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00428494;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:15:13:8:20:15:13:8:20 chr1 184663581 . T C 88.19 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0136639;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.926;QD=13.0649;RBI=0.0142565;REFB=-0.00179751;REVB=0.0040675;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355892;STB=0.705559;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00290445;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:3:13:5:6:3:13 chr1 184675814 . G A 549.52 PASS AF=0.397516;AO=64;DP=161;FAO=64;FDP=161;FR=.;FRO=97;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.00824295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.106;QD=13.6528;RBI=0.0149187;REFB=0.000710665;REVB=-0.0124347;RO=96;SAF=23;SAR=41;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197369;STB=0.608515;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00126399;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:96:97:64:64:0.397516:41:23:52:44:41:23:52:45 chr1 184677464 . G A 548.21 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0129545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0766;QD=17.5427;RBI=0.0382031;REFB=-0.0048605;REVB=-0.0359396;RO=67;SAF=33;SAR=25;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131103;STB=0.57286;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00530214;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:67:58:58:0.464:25:33:29:38:25:33:29:38 chr1 184706212 . GT G 214.1 PASS AF=0.385965;AO=41;DP=116;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.138398;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5546;QD=7.51226;RBI=0.19042;REFB=-0.0224955;REVB=-0.130789;RO=67;SAF=11;SAR=30;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265245;STB=0.609086;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.0328239;OID=.;OPOS=184706213;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965:41:116:44:114:70:14:30:34:36:99:67:11:30:33:34 chr1 184718750 . GAAAAAAAAAAAAA GAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAAG,GAAAAAAA 352.39 PASS AF=0.214286,0.25,0.535714;AO=7,2,5;DP=26;FAO=6,7,15;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,0;FSAR=6,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.560974,-0.212448,-0.351629;FXX=0.124961;HRUN=17,17,17;LEN=5,1,6;MLLD=16.6054,149.347,18.9869;QD=50.3417;RBI=0.561991,0.213196,0.352103;REFB=0,0,0;REVB=-0.0337954,-0.0178499,-0.0182712;RO=0;SAF=0,2,0;SAR=7,0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.00731577,-0.000849761,0.0148237;OID=.,.,.;OPOS=184718751,184718763,184718751;OREF=AAAAA,A,AAAAAA;OALT=-,G,-;OMAPALT=GAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAAG,GAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.214286,0.25,0.535714:7,2,5:26:6,7,15:28:0:0,7,0:6,0,15:0:0:59:0:0,2,0:7,0,5:0:0 chr1 184764067 . C G 456.62 PASS AF=0.360544;AO=53;DP=148;FAO=53;FDP=147;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=0.0086059;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.617;QD=12.4249;RBI=0.0101522;REFB=-0.00872721;REVB=-0.00538571;RO=87;SAF=24;SAR=29;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050329;STB=0.516647;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0126648;OID=.;OPOS=184764067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:87:94:53:53:0.360544:29:24:39:48:29:24:45:49 chr1 185069561 . A G 1672.71 PASS AF=0.991228;AO=107;DP=109;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0486165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.587;QD=58.6915;RBI=0.0504879;REFB=-0.00674657;REVB=-0.0136187;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.504504;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00026629;OID=.;OPOS=185069561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:114:0:1:107:113:0.991228:54:53:0:0:55:58:0:1 chr1 185069843 . T A 961.18 PASS AF=0.855422;AO=71;DP=83;FAO=71;FDP=83;FR=.;FRO=12;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00113652;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=263.677;QD=46.3218;RBI=0.0137215;REFB=-0.0180679;REVB=-0.0136743;RO=6;SAF=36;SAR=35;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025519;STB=0.549139;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000308549;OID=.;OPOS=185069843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:83:83:6:12:71:71:0.855422:35:36:2:4:35:36:2:10 chr1 185135745 . A G 205.71 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0156197;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.543;QD=16.7928;RBI=0.0185961;REFB=-0.0247677;REVB=0.0100916;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870393;STB=0.533948;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0449599;OID=.;OPOS=185135745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:20:21:0.428571:9:11:13:15:10:11:13:15 chr1 185137452 . C CCTAAATGATAGA 95.47 PASS AF=0.269231;AO=12;DP=56;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0112111;FXX=0.161264;HRUN=2;LEN=12;MLLD=397.435;QD=7.34346;RBI=0.0123984;REFB=-0.0059057;REVB=0.00529449;RO=40;SAF=11;SAR=1;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.586207;STB=0.814322;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.013338;OID=.;OPOS=185137453;OREF=-;OALT=CTAAATGATAGA;OMAPALT=CCTAAATGATAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:12:56:14:52:38:12:2:18:20:95:40:11:1:20:20 chr1 185137461 . A T 852.36 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.276;QD=56.824;RBI=0.107228;REFB=0;REVB=0.0166979;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024576;OID=.;OPOS=185137461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr1 185143721 . A G 658.48 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000239481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.484;QD=56.0408;RBI=0.00851636;REFB=0.0678664;REVB=0.00851299;RO=2;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408068;STB=0.5319;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00143819;OID=.;OPOS=185143721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:2:3:44:44:0.93617:22:22:0:2:22:22:0:3 chr1 185171869 . A G 2268.59 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=148;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0191499;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.349;QD=62.1532;RBI=0.0353616;REFB=-0.104171;REVB=0.0297275;RO=1;SAF=54;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872457;STB=0.50909;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=2.66585e-05;OID=.;OPOS=185171869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:146:1:2:144:144:0.986301:90:54:1:0:90:54:2:0 chr1 185240474 . A G 1882.24 PASS AF=0.962121;AO=126;DP=132;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0179463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.409;QD=57.0377;RBI=0.0371986;REFB=-0.194443;REVB=0.0325833;RO=3;SAF=50;SAR=76;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00293108;STB=0.507708;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.000913317;OID=.;OPOS=185240474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:132:132:3:5:126:127:0.962121:76:50:1:2:77:50:1:4 chr1 185704106 . AAT A,ATT 113.86 PASS AF=0.271429,0;AO=18,6;DP=92;FAO=19,0;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=14,0;FSAR=5,0;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.108628,-0.0438527;FXX=0.11391;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.218,19.8684;QD=6.50621;RBI=0.112639,0.11083;REFB=-0.0371668,-0.0203729;REVB=-0.0297919,0.101785;RO=59;SAF=12,6;SAR=6,0;SRF=22;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.353113,0.649483;STB=0.713834,0.5;STBP=0.041,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0933279,0;OID=.,.;OPOS=185704107,185704107;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271429,0:18,6:92:19,0:70:51:14,0:5,0:23:28:99:59:12,6:6,0:22:37 chr1 185704110 . TTGGA GATGA,TTGA,TTGAT,TTTGA 84.75 PASS AF=0,0.2875,0.025,0;AO=4,16,4,6;DP=84;FAO=0,23,2,0;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=0,4,2,0;FSAR=0,19,0,0;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.104372,-0.106829,-0.147225,-0.0636026;FXX=0.0476134;HRUN=4,2,2,2;LEN=3,1,2,1;MLLD=169.053,13.81,77.3707,17.2509;QD=4.23734;RBI=0.107425,0.124777,0.15217,0.0690936;REFB=0.00125098,-0.12622,-0.0193838,-0.098286;REVB=-0.0254283,-0.0644723,-0.0384786,0.0269933;RO=43;SAF=4,1,4,0;SAR=0,15,0,6;SRF=27;SRR=16;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.508399,-0.7028,0.508399,-0.688421;STB=0.5,0.825803,0.993584,0.5;STBP=1,0.001,0.21,1;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=0,0.149078,0.0379132,0;OID=.,.,.,.;OPOS=185704110,185704112,185704113,185704112;OREF=TTG,G,GA,G;OALT=GAT,-,AT,T;OMAPALT=GATGA,TTGA,TTGAT,TTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:82:84:80:43:55:4,16,4,6:0,23,2,0:0,0.2875,0.025,0:0,15,0,6:4,1,4,0:27:16:0,19,0,0:0,4,2,0:35:20 chr1 185984517 . T C 457.43 PASS AF=0.4;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0563734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.986;QD=14.0747;RBI=0.0564187;REFB=-0.00317716;REVB=-0.00226159;RO=78;SAF=20;SAR=32;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979957;STB=0.555399;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00481317;OID=.;OPOS=185984517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:78:78:52:52:0.4:32:20:37:41:32:20:37:41 chr1 186026474 . T C 1199.81 PASS AF=0.436426;AO=127;DP=291;FAO=127;FDP=291;FR=.;FRO=164;FSAF=75;FSAR=52;FSRF=68;FSRR=96;FWDB=-0.000864038;FXX=0.00342454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.535;QD=16.4922;RBI=0.0255153;REFB=-0.0116413;REVB=0.0255007;RO=163;SAF=75;SAR=52;SRF=67;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181148;STB=0.598819;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0123092;OID=.;OPOS=186026474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:163:164:127:127:0.436426:52:75:67:96:52:75:68:96 chr1 186031041 . C T 479.34 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0160288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.326;QD=19.9726;RBI=0.0189194;REFB=-1.10904e-05;REVB=-0.010051;RO=49;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761782;STB=0.542257;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-8.50479e-05;OID=.;OPOS=186031041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:22:25:22:27:22:25:22:27 chr1 186050417 . A G 1470.45 PASS AF=0.527675;AO=143;DP=271;FAO=143;FDP=271;FR=.;FRO=128;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=67;FSRR=61;FWDB=-0.00485849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.993;QD=21.7041;RBI=0.0139684;REFB=0.00651469;REVB=-0.0130962;RO=128;SAF=71;SAR=72;SRF=67;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233001;STB=0.512718;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00574596;OID=.;OPOS=186050417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:128:128:143:143:0.527675:72:71:67:61:72:71:67:61 chr1 186052064 . C A 81.25 PASS AF=0.0770642;AO=42;DP=546;FAO=42;FDP=545;FR=.;FRO=503;FSAF=4;FSAR=38;FSRF=259;FSRR=244;FWDB=-0.103274;FXX=0.00909074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6745;QD=0.596342;RBI=0.127568;REFB=-0.00289817;REVB=-0.0748864;RO=482;SAF=4;SAR=38;SRF=259;SRR=223;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511602;STB=0.898385;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.082894;OID=.;OPOS=186052064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:546:545:482:503:42:42:0.0770642:38:4:259:223:38:4:259:244 chr1 186101539 . A G 613.83 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0048621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.897;QD=23.1632;RBI=0.0312238;REFB=-0.0167645;REVB=0.0308429;RO=45;SAF=19;SAR=41;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918806;STB=0.546651;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.016972;OID=.;OPOS=186101539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:46:60:60:0.566038:41:19:19:26:41:19:19:27 chr1 186113348 . C T 686.65 PASS AF=0.482517;AO=68;DP=145;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0101533;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.317;QD=19.2071;RBI=0.0102311;REFB=-0.0154041;REVB=-0.00125973;RO=74;SAF=26;SAR=42;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00948243;STB=0.500319;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0180983;OID=.;OPOS=186113348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:74:74:68:69:0.482517:42:26:29:45:42:27:29:45 chr1 186277088 . G C 393.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2903;QD=56.1819;RBI=0.0169358;REFB=0;REVB=-0.0166545;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355558;OID=.;OPOS=186277088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:23:5:0:0:23:5:0:0 chr1 186313090 . C T 636.88 PASS AF=0.402235;AO=72;DP=179;FAO=72;FDP=179;FR=.;FRO=107;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=-0.0226949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9019;QD=14.232;RBI=0.0707318;REFB=-0.00934341;REVB=-0.066992;RO=105;SAF=35;SAR=37;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964603;STB=0.500078;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148077;OID=.;OPOS=186313090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:105:107:72:72:0.402235:37:35:52:53:37:35:52:55 chr1 186313108 . C T 743.87 PASS AF=0.407035;AO=80;DP=199;FAO=81;FDP=199;FR=.;FRO=118;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=0.0128258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1092;QD=14.9521;RBI=0.0476234;REFB=-0.00599051;REVB=-0.0458638;RO=118;SAF=39;SAR=41;SRF=56;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137349;STB=0.511417;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00872051;OID=.;OPOS=186313108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:118:118:80:81:0.407035:41:39:56:62:41:40:56:62 chr1 186326757 . TA T 83.19 PASS AF=0.425926;AO=21;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.110065;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.85967;QD=6.16249;RBI=0.121895;REFB=-0.0713946;REVB=-0.052382;RO=23;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215792;STB=0.666502;STBP=0.072;TYPE=del;VARB=0.0586554;OID=.;OPOS=186326758;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425926:21:53:23:54:31:4:19:12:19:83:23:5:16:10:13 chr1 186341806 . G C 1039.71 PASS AF=0.490741;AO=106;DP=216;FAO=106;FDP=216;FR=.;FRO=110;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.0108644;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9162;QD=19.2539;RBI=0.0145113;REFB=0.00159648;REVB=-0.00962;RO=109;SAF=47;SAR=59;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567203;STB=0.529003;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00140947;OID=.;OPOS=186341806;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:109:110:106:106:0.490741:59:47:55:54:59:47:55:55 chr1 186368352 . T A 30.16 PASS AF=0.444444;AO=2;DP=17;FAO=4;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.143882;FXX=0.470312;HRUN=17;LEN=1;MLLD=45.0487;QD=13.4056;RBI=0.143882;REFB=-0.484195;REVB=0.000115153;RO=5;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.64233;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.157861;OID=.;OPOS=186368352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:9:5:5:2:4:0.444444:0:2:2:3:0:4:5:0 chr1 186648197 . C G 471.85 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0171447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5629;QD=20.9711;RBI=0.0487981;REFB=0.0141753;REVB=0.0456871;RO=44;SAF=23;SAR=23;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200836;STB=0.511106;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0104088;OID=.;OPOS=186648197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:23:23:23:21:23:23:23:21 chr1 186839657 . C T 45.03 PASS AF=0.0706714;AO=16;DP=281;FAO=20;FDP=283;FR=.;FRO=263;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=132;FSRR=131;FWDB=-0.0372087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.585;QD=0.63646;RBI=0.0437492;REFB=-0.0012629;REVB=-0.0230111;RO=243;SAF=0;SAR=16;SRF=118;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538508;STB=0.943499;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0742608;OID=.;OPOS=186839657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:281:283:243:263:16:20:0.0706714:16:0:118:125:19:1:132:131 chr1 186839879 . AAG A 518.81 PASS AF=0.377953;AO=92;DP=283;FAO=96;FDP=254;FR=.;FRO=158;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=82;FSRR=76;FWDB=-0.00579076;FXX=0.121103;HRUN=2;LEN=2;MLLD=257.981;QD=8.17019;RBI=0.00595658;REFB=-0.0165364;REVB=-0.00139568;RO=153;SAF=39;SAR=53;SRF=82;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124042;STB=0.55742;STBP=0.163;TYPE=del;VARB=0.0288665;OID=.;OPOS=186839880;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377953:92:283:96:254:158:41:55:82:76:99:153:39:53:82:71 chr1 186946912 . G A 3080.41 PASS AF=1;AO=195;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6166;QD=62.2306;RBI=0.0540917;REFB=0;REVB=-0.0530168;RO=3;SAF=83;SAR=112;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168986;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901961;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:198:198:3:0:195:198:1:112:83:3:0:112:86:0:0 chr1 187610537 . AC GG 867.14 PASS AF=0.551724;AO=80;DP=146;FAO=80;FDP=145;FR=.;FRO=65;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00785249;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=2;MLLD=328.345;QD=23.921;RBI=0.025669;REFB=-0.000244615;REVB=0.0244384;RO=64;SAF=48;SAR=32;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108556;STB=0.556166;STBP=0.168;TYPE=mnp;VARB=0.000211243;OID=.;OPOS=187610537;OREF=AC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:64:65:80:80:0.551724:32:48:30:34:32:48:31:34 chr1 187610852 . A C 534.34 PASS AF=0.533981;AO=50;DP=100;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0172724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.06;QD=20.751;RBI=0.0172831;REFB=-0.0278703;REVB=-0.000609405;RO=48;SAF=25;SAR=25;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739013;STB=0.534641;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0164379;OID=.;OPOS=187610852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:48:48:50:55:0.533981:25:25:28:20:27:28:28:20 chr1 192781172 . C G 703.04 PASS AF=0.507353;AO=69;DP=136;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0113991;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.305;QD=20.6777;RBI=0.0136243;REFB=-0.0167695;REVB=0.00746202;RO=67;SAF=24;SAR=45;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108869;STB=0.560064;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0194255;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:67:67:69:69:0.507353:45:24:31:36:45:24:31:36 chr1 192844886 . G A 712.06 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066052;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.711;QD=63.2944;RBI=0.0139553;REFB=0;REVB=0.0122932;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29969e-05;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr1 193054154 . G A 613.28 PASS AF=0.435897;AO=67;DP=156;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.00991222;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.436;QD=15.7252;RBI=0.0221849;REFB=-0.0132948;REVB=-0.0198473;RO=85;SAF=19;SAR=48;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170802;STB=0.599969;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0133753;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:85:88:67:68:0.435897:48:19:37:48:48:20:40:48 chr1 193074651 . T A 1691.43 PASS AF=0.515528;AO=166;DP=322;FAO=166;FDP=322;FR=.;FRO=156;FSAF=91;FSAR=75;FSRF=73;FSRR=83;FWDB=-0.00964535;FXX=0.00309588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0327;QD=21.0115;RBI=0.0156956;REFB=-0.0324297;REVB=0.0123822;RO=155;SAF=91;SAR=75;SRF=72;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074047;STB=0.538941;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0310712;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:155:156:166:166:0.515528:75:91:72:83:75:91:73:83 chr1 193701055 . G C 1748.46 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.997;QD=60.8159;RBI=0.0347225;REFB=0;REVB=-0.0203293;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30062e-05;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:58:56:0:0:58:57:0:0 chr1 193701480 . G A 1953.28 PASS AF=0.969925;AO=129;DP=133;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0140567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.302;QD=58.7453;RBI=0.0184679;REFB=-0.0349028;REVB=0.0119781;RO=4;SAF=53;SAR=76;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525316;STB=0.502766;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00380685;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:133:133:4:4:129:129:0.969925:76:53:2:2:76:53:2:2 chr1 193701489 . C T 1896.96 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0645367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0792;QD=59.7467;RBI=0.110247;REFB=-0.031191;REVB=0.089383;RO=0;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117302;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:122:127:0:0:121:127:1:71:50:0:0:76:51:0:0 chr1 194457292 . T C 1608.98 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.603;QD=59.0453;RBI=0.0299541;REFB=-0.117493;REVB=0.0242979;RO=1;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904086;STB=0.504761;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00025424;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:52:56:0:1:52:56:0:1 chr1 196227526 . A G 2906.11 PASS AF=1;AO=182;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323406;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.053;QD=63.1764;RBI=0.00605054;REFB=0;REVB=-0.0051137;RO=0;SAF=74;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29044e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13367e-06;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:182:184:1:108:74:0:0:108:76:0:0 chr1 196642233 . G A 441.05 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0104327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8155;QD=22.3317;RBI=0.0154447;REFB=0.0201684;REVB=-0.0113884;RO=36;SAF=18;SAR=25;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147679;STB=0.58097;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0286964;OID=.;OPOS=196642233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:25:18:9:27:25:18:9:27 chr1 196654324 . A C 2265.82 PASS AF=0.980769;AO=152;DP=156;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0132519;FXX=0.00636902;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7405;QD=58.098;RBI=0.0150028;REFB=-0.0291742;REVB=0.00703341;RO=4;SAF=77;SAR=75;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240657;STB=0.509433;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000441977;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:156:4:3:152:153:0.980769:75:77:4:0:75:78:3:0 chr1 196659237 . C T 2330.43 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.401;QD=63.8474;RBI=0.0394614;REFB=0;REVB=0.0123255;RO=0;SAF=69;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69489e-05;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:77:69:0:0:77:69:0:0 chr1 196682947 . G A 503.56 PASS AF=0.394366;AO=53;DP=141;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=0.020682;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.146;QD=14.1849;RBI=0.0326815;REFB=-0.01269;REVB=-0.0253049;RO=83;SAF=27;SAR=26;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172676;STB=0.598171;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0125072;OID=.;OPOS=196682947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:83:86:53:56:0.394366:26:27:29:54:26:30:32:54 chr1 196695742 . A G 639.25 PASS AF=0.382199;AO=73;DP=191;FAO=73;FDP=191;FR=.;FRO=118;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=72;FWDB=-0.00344524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.502;QD=13.3873;RBI=0.00402067;REFB=-0.0166275;REVB=0.0020727;RO=118;SAF=34;SAR=39;SRF=46;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840898;STB=0.54742;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0218789;OID=.;OPOS=196695742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:118:118:73:73:0.382199:39:34:46:72:39:34:46:72 chr1 196709774 . G T 1066.26 PASS AF=0.568182;AO=101;DP=177;FAO=100;FDP=176;FR=.;FRO=76;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0257165;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7944;QD=24.2333;RBI=0.0650406;REFB=-0.0191431;REVB=-0.0597407;RO=74;SAF=51;SAR=50;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00666433;STB=0.504318;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00840842;OID=.;OPOS=196709774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:74:76:101:100:0.568182:50:51:38:36:49:51:38:38 chr1 196712586 . C T 166.21 PASS AF=0.141221;AO=37;DP=264;FAO=37;FDP=262;FR=.;FRO=225;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=111;FSRR=114;FWDB=0.0206413;FXX=0.00757547;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1143;QD=2.53753;RBI=0.0209505;REFB=-0.000482375;REVB=0.00358574;RO=226;SAF=17;SAR=20;SRF=110;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349159;STB=0.529128;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00457174;OID=.;OPOS=196712586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:262:226:225:37:37:0.141221:20:17:110:116:20:17:111:114 chr1 196757392 . C A,T 1493.89 PASS AF=0.0612245,0.938776;AO=6,91;DP=98;FAO=6,92;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=6,51;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443319,0.0446388;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=178.314,220.25;QD=60.9751;RBI=0.0443902,0.0448608;REFB=0,0;REVB=-0.00227346,0.00445767;RO=1;SAF=6,50;SAR=0,41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.00938661;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0400335,0.000467974;OID=.,.;OPOS=196757392,196757392;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:98:98:1:0:6,91:6,92:0.0612245,0.938776:0,41:6,50:1:0:0,41:6,51:0:0 chr1 196757874 . G A 464.33 PASS AF=0.410853;AO=52;DP=128;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0221215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.86;QD=14.3978;RBI=0.0247289;REFB=0.00236312;REVB=0.0110526;RO=75;SAF=19;SAR=33;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138247;STB=0.586174;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0041018;OID=.;OPOS=196757874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:75:76:52:53:0.410853:33:19:37:38:34:19:38:38 chr1 196757881 . G T 547.1 PASS AF=0.427536;AO=56;DP=135;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.000639217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.162;QD=15.8579;RBI=0.0156308;REFB=-0.00677576;REVB=0.0156177;RO=77;SAF=19;SAR=37;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179363;STB=0.585502;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00820764;OID=.;OPOS=196757881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:77:79:56:59:0.427536:37:19:39:38:37:22:41:38 chr1 196797238 . C T 31.03 PASS AF=0.0640394;AO=13;DP=203;FAO=13;FDP=203;FR=.;FRO=190;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=83;FSRR=107;FWDB=-0.0046263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9676;QD=0.611494;RBI=0.0403113;REFB=0.00136257;REVB=0.040045;RO=190;SAF=9;SAR=4;SRF=83;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265374;STB=0.730458;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0237187;OID=.;OPOS=196797238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:203:203:190:190:13:13:0.0640394:4:9:83:107:4:9:83:107 chr1 196801042 . G T 1825.73 PASS AF=0.502747;AO=182;DP=368;FAO=183;FDP=364;FR=.;FRO=181;FSAF=91;FSAR=92;FSRF=80;FSRR=101;FWDB=0.00833744;FXX=0.0108693;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.594;QD=20.0629;RBI=0.0183354;REFB=-0.00392161;REVB=-0.0163301;RO=180;SAF=91;SAR=91;SRF=79;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555223;STB=0.527494;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00398427;OID=.;OPOS=196801042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:364:180:181:182:183:0.502747:91:91:79:101:92:91:80:101 chr1 196801078 . A T 1466.97 PASS AF=0.466258;AO=152;DP=325;FAO=152;FDP=326;FR=.;FRO=174;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=74;FSRR=100;FWDB=0.00964545;FXX=0.00609737;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.028;QD=17.9996;RBI=0.0227781;REFB=0.0133661;REVB=-0.0206351;RO=170;SAF=74;SAR=78;SRF=70;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722128;STB=0.53293;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00984293;OID=.;OPOS=196801078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:326:170:174:152:152:0.466258:78:74:70:100:78:74:74:100 chr1 196874356 . G A,T 4954.46 PASS AF=0.0421687,0.945783;AO=14,312;DP=331;FAO=14,314;FDP=332;FR=.;FRO=4;FSAF=0,167;FSAR=14,147;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0515421,0.0178167;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=11.7967,172.499;QD=59.6922;RBI=0.0644497,0.0281515;REFB=-0.0461987,-0.15504;REVB=-0.0386934,0.0217961;RO=4;SAF=0,166;SAR=14,146;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0128859;STB=0.5,0.506711;STBP=1,0.044;TYPE=snp,snp;VARB=0.21145,0.000250242;OID=.,.;OPOS=196874356,196874356;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:331:332:4:4:14,312:14,314:0.0421687,0.945783:14,146:0,166:0:4:14,147:0,167:0:4 chr1 196876458 . A G 3290.16 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.4669;QD=62.0784;RBI=0.0105672;REFB=0;REVB=0.00292267;RO=0;SAF=103;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.7515e-06;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:212:0:0:212:212:1:109:103:0:0:109:103:0:0 chr1 196884258 . A T 329.52 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.050904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.319;QD=12.4346;RBI=0.0579152;REFB=0.00457693;REVB=-0.0276216;RO=66;SAF=16;SAR=24;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777486;STB=0.544379;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00866649;OID=.;OPOS=196884258;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:66:40:40:0.377358:24:16:31:35:24:16:31:35 chr1 196920148 . C T 1105.26 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202495;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.65;QD=60.5622;RBI=0.0590093;REFB=0;REVB=-0.0589746;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.3694e-05;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:73:73:1:26:47:0:0:26:47:0:0 chr1 197009798 . A G 2109.45 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441461;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4189;QD=62.5023;RBI=0.0470406;REFB=0;REVB=-0.0162462;RO=0;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101932;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:133:135:1:66:67:0:0:66:69:0:0 chr1 197030201 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.992;QD=56.9567;RBI=0.010008;REFB=0;REVB=0.0060896;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2878e-05;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr1 197031021 . C T 2315.61 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0208653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.692;QD=63.0099;RBI=0.0211249;REFB=-0.0365637;REVB=-0.00330151;RO=1;SAF=76;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674565;STB=0.503546;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=9.21788e-05;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:70:76:0:1:70:76:0:1 chr1 197070554 . CT C 397.32 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0401759;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.263;QD=15.2816;RBI=0.0441964;REFB=-0.00244895;REVB=-0.0184179;RO=58;SAF=27;SAR=19;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20495;STB=0.614603;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.00308043;OID=.;OPOS=197070555;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442308:46:105:46:104:58:27:19:22:36:99:58:27:19:22:36 chr1 197070776 . C T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.945;QD=53.9323;RBI=0.036284;REFB=0.0220342;REVB=0.0333819;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000849712;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:11:19:1:0:11:19:1:0 chr1 197070815 . T C 659.54 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.012;QD=61.3529;RBI=0.136985;REFB=0;REVB=0.134403;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000790935;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr1 197070901 . A G 1525.77 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0299795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2748;QD=62.2762;RBI=0.0445816;REFB=-0.0937495;REVB=0.0329961;RO=1;SAF=47;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998338;STB=0.505262;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00147897;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:1:1:96:97:0.989796:49:47:1:0:50:47:1:0 chr1 197091537 . A T 931.39 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0896706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9634;QD=56.448;RBI=0.0900886;REFB=-0.0693413;REVB=-0.00866826;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149923;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000786857;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:33:31:1:0:33:32:0:1 chr1 197112533 . G A 1769.88 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0415449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.755;QD=59.9959;RBI=0.044868;REFB=0.0149712;REVB=0.0169457;RO=1;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007982;STB=0.504201;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00021777;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:59:58:0:1:59:58:0:1 chr1 197127491 . A C 2148.4 PASS AF=0.966887;AO=146;DP=151;FAO=146;FDP=151;FR=.;FRO=5;FSAF=72;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0485566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.758;QD=56.9112;RBI=0.0491514;REFB=-0.00981042;REVB=0.00762324;RO=5;SAF=72;SAR=74;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184527;STB=0.50971;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000630813;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:151:151:5:5:146:146:0.966887:74:72:1:4:74:72:1:4 chr1 197128726 . G A 1887.11 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2378;QD=60.8746;RBI=0.129675;REFB=0;REVB=0.100928;RO=1;SAF=50;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646413;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118304;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:124:124:1:0:123:124:1:73:50:0:1:74:50:0:0 chr1 197390368 . A G 3037.55 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.759;QD=63.6135;RBI=0.0180414;REFB=0;REVB=-0.0145466;RO=0;SAF=101;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85258e-06;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:190:191:1:89:101:0:0:89:102:0:0 chr1 197742171 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6809;QD=63.286;RBI=0.0295344;REFB=0;REVB=0.0167352;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92825e-05;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 197874949 . T C 717.16 PASS AF=0.482993;AO=70;DP=146;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00408568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.76;QD=19.5144;RBI=0.0299076;REFB=-0.00168508;REVB=-0.0296272;RO=75;SAF=35;SAR=35;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043666;STB=0.530822;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00161785;OID=.;OPOS=197874949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:75:76:70:71:0.482993:35:35:34:41:35:36:34:42 chr1 197896728 . T C 579.83 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00650454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.815;QD=20.3448;RBI=0.0733058;REFB=0.00957425;REVB=0.0730167;RO=55;SAF=36;SAR=23;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153897;STB=0.584809;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0072457;OID=.;OPOS=197896728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:23:36:24:31:23:36:24:31 chr1 199977636 . C A 2502.76 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275904;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.842;QD=60.6729;RBI=0.0277783;REFB=0;REVB=0.00322521;RO=0;SAF=91;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378854;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:155:165:0:0:154:165:1:63:91:0:0:65:100:0:0 chr1 199977724 . G T 1937.84 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8286;QD=61.5189;RBI=0.0564227;REFB=0;REVB=-0.0161116;RO=0;SAF=88;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4118e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211683;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:126:0:0:123:126:1:35:88:0:0:36:90:0:0 chr1 200182703 . GGAGGACGCCGGAGAGGAGGCCGGA G,GGAGGACGCCGGA,GGAGGACGCCGGAGAGGACGCCGGA 377.61 PASS AF=0.214286,0.678571,0.107143;AO=6,14,3;DP=31;FAO=6,19,3;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12,1;FSAR=4,7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239078,0.04174,0.0143128;FXX=0.096743;HRUN=2,1,2;LEN=24,12,1;MLLD=246.579,147.318,64.7773;QD=53.9436;RBI=0.0280175,0.0443754,0.0410719;REFB=0,0,0;REVB=0.0146082,0.0150651,0.0384974;RO=0;SAF=2,7,1;SAR=4,7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0136733,0.0205094,0.00600579;OID=.,.,.;OPOS=200182704,200182710,200182721;OREF=GAGGACGCCGGAGAGGAGGCCGGA,GCCGGAGAGGAG,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GGAGGACGCCGGA,GGAGGACGCCGGAGAGGACGCCGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.214286,0.678571,0.107143:6,14,3:31:6,19,3:28:0:2,12,1:4,7,2:0:0:40:0:2,7,1:4,7,2:0:0 chr1 200182834 . A G 3103.25 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.444;QD=61.1478;RBI=0.0241405;REFB=0;REVB=0.00231782;RO=0;SAF=95;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27012e-05;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:200:203:0:0:200:203:1:105:95:0:0:108:95:0:0 chr1 200183398 . C A 2322.88 PASS AF=0.993506;AO=151;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00293733;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.026;QD=60.3345;RBI=0.0151174;REFB=-0.0209852;REVB=-0.0148293;RO=1;SAF=72;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598326;STB=0.503144;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-1.49324e-05;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:154:1:1:151:153:0.993506:79:72:0:1:79:74:0:1 chr1 200311868 . C G 1847.76 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0468496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.992;QD=59.6053;RBI=0.048207;REFB=-0.000874538;REVB=0.0113591;RO=1;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085593;STB=0.508927;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000102069;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:1:2:122:122:0.983871:55:67:0:1:55:67:0:2 chr1 200375845 . TG GT,TT 38.27 PASS AF=0.194444,0;AO=6,2;DP=36;FAO=7,0;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3,0;FSAR=4,0;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.000699087,-0.013364;FXX=0.0270197;HRUN=9,1;LEN=2,1;MLLD=36.8406,163.072;QD=4.25188;RBI=0.0403633,0.0133914;REFB=-0.0351021,-0.0027838;REVB=0.0403573,-0.000855311;RO=27;SAF=2,2;SAR=4,0;SRF=14;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.221173,0.463741;STB=0.571225,0.5;STBP=0.723,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00962864,-0.00858387;OID=.,.;OPOS=200375845,200375846;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:36:36:27:29:6,2:7,0:0.194444,0:4,0:2,2:14:13:4,0:3,0:15:14 chr1 200522566 . G C 967.68 PASS AF=0.505319;AO=95;DP=188;FAO=95;FDP=188;FR=.;FRO=93;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.00413404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.701;QD=20.5888;RBI=0.00707944;REFB=-0.00432236;REVB=0.00574702;RO=92;SAF=41;SAR=54;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325321;STB=0.520817;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00438603;OID=.;OPOS=200522566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:92:93:95:95:0.505319:54:41:43:49:54:41:44:49 chr1 200522621 . G A 886.44 PASS AF=0.458937;AO=94;DP=208;FAO=95;FDP=207;FR=.;FRO=112;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=-0.0111703;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.193;QD=17.1293;RBI=0.0112446;REFB=-0.00445314;REVB=-0.00129049;RO=112;SAF=40;SAR=54;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108533;STB=0.556519;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00336111;OID=.;OPOS=200522621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:112:112:94:95:0.458937:54:40:60:52:54:41:60:52 chr1 200534248 . C T 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00788055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.161;QD=14.4732;RBI=0.00815946;REFB=-0.011468;REVB=-0.00211509;RO=42;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689437;STB=0.539153;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0132737;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:13:17:21:21:13:17:21:21 chr1 200558363 . T C 748.5 PASS AF=0.477987;AO=75;DP=161;FAO=76;FDP=159;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.00284352;FXX=0.0124216;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.709;QD=18.8303;RBI=0.0217187;REFB=-0.0267737;REVB=-0.0215317;RO=64;SAF=34;SAR=41;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156519;STB=0.536617;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0230048;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:64:79:75:76:0.477987:41:34:41:23:42:34:41:38 chr1 200574959 . T C 740.01 PASS AF=0.47561;AO=77;DP=163;FAO=78;FDP=164;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00990669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.036;QD=18.0491;RBI=0.0108037;REFB=-0.030901;REVB=0.00431019;RO=86;SAF=36;SAR=41;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231367;STB=0.504861;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0318449;OID=.;OPOS=200574959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:86:86:77:78:0.47561:41:36:40:46:41:37:40:46 chr1 200586865 . G A 773.19 PASS AF=0.443243;AO=82;DP=185;FAO=82;FDP=185;FR=.;FRO=103;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.00995911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.639;QD=16.7177;RBI=0.0110521;REFB=-0.00626346;REVB=0.00479228;RO=103;SAF=32;SAR=50;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682372;STB=0.537991;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00857022;OID=.;OPOS=200586865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:103:103:82:82:0.443243:50:32:47:56:50:32:47:56 chr1 200618238 . T C 1995.93 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.526;QD=61.8893;RBI=0.0510681;REFB=0;REVB=0.0364801;RO=0;SAF=51;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84665e-05;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:77:51:0:0:77:52:0:0 chr1 200776641 . C T 499.8 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0375081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.734;QD=15.3785;RBI=0.040933;REFB=-0.0184105;REVB=-0.0163906;RO=72;SAF=22;SAR=33;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414492;STB=0.508036;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0259804;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:72:75:55:55:0.423077:33:22:26:46:33:22:29:46 chr1 200843305 . G T 446.17 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00331249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.651;QD=23.4829;RBI=0.0195335;REFB=-0.0236306;REVB=0.0192506;RO=33;SAF=14;SAR=29;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206619;STB=0.6138;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0281196;OID=.;OPOS=200843305;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:29:14:19:14:29:14:19:14 chr1 200843307 . T TCCCG 42.78 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.02233;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=218.916;QD=2.34432;RBI=0.0282721;REFB=-0.00963327;REVB=-0.0173403;RO=65;SAF=5;SAR=4;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149133;STB=0.602187;STBP=0.559;TYPE=ins;VARB=0.0390044;OID=.;OPOS=200843308;OREF=-;OALT=CCCG;OMAPALT=TCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.123288:9:75:9:73:64:5:4:28:36:42:65:5:4:28:37 chr1 200867492 . C G 1334.59 PASS AF=0.611702;AO=92;DP=190;FAO=115;FDP=188;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=36;FSAR=79;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0224157;FXX=0.0105258;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.7948;QD=28.3955;RBI=0.0244283;REFB=-0.0679488;REVB=-0.00970972;RO=37;SAF=25;SAR=67;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150726;STB=0.588361;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00910446;OID=.;OPOS=200867492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:188:37:65:92:115:0.611702:67:25:19:18:79:36:35:30 chr1 200880676 . G C 527.53 PASS AF=0.524752;AO=52;DP=99;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=41;FWDB=0.0233158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.383;QD=20.8923;RBI=0.023415;REFB=-0.0366462;REVB=-0.00215394;RO=47;SAF=17;SAR=35;SRF=7;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188463;STB=0.602358;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0200541;OID=.;OPOS=200880676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:47:48:52:53:0.524752:35:17:7:40:36:17:7:41 chr1 200880702 . C T 720.02 PASS AF=0.5;AO=70;DP=138;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=17;FSRR=53;FWDB=0.0183512;FXX=0.0209776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.4742;QD=20.5719;RBI=0.0205146;REFB=-0.0333284;REVB=0.00916972;RO=65;SAF=24;SAR=46;SRF=14;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130173;STB=0.557469;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0274254;OID=.;OPOS=200880702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:65:70:70:70:0.5:46:24:14:51:46:24:17:53 chr1 200880978 . C T 1062.21 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0952029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.46;QD=59.8426;RBI=0.0967636;REFB=0;REVB=0.0173094;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392531;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:49:22:0:0:49:22:0:0 chr1 200940189 . C T 783.2 PASS AF=0.458101;AO=81;DP=178;FAO=82;FDP=179;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0145579;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8652;QD=17.5016;RBI=0.0153277;REFB=-0.0178801;REVB=-0.00479634;RO=95;SAF=40;SAR=41;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111336;STB=0.502793;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0144754;OID=.;OPOS=200940189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:95:97:81:82:0.458101:41:40:48:47:41:41:48:49 chr1 200945910 . G A 1170.33 PASS AF=0.474708;AO=121;DP=257;FAO=122;FDP=257;FR=.;FRO=135;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=71;FSRR=64;FWDB=-0.00715374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.947;QD=18.2153;RBI=0.00718593;REFB=-0.0066989;REVB=-0.000679364;RO=134;SAF=54;SAR=67;SRF=70;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727454;STB=0.543888;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00606975;OID=.;OPOS=200945910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:134:135:121:122:0.474708:67:54:70:64:68:54:71:64 chr1 200956288 . A G 700.66 PASS AF=0.507353;AO=68;DP=135;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00235412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.622;QD=20.6077;RBI=0.0225476;REFB=-0.013394;REVB=-0.0224243;RO=67;SAF=22;SAR=46;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175695;STB=0.590647;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0156475;OID=.;OPOS=200956288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:67:67:68:69:0.507353:46:22:34:33:46:23:34:33 chr1 200957662 . G A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00666795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.019;QD=7.03216;RBI=0.00841703;REFB=-0.00543315;REVB=0.00513662;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112343;STB=0.571265;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0145773;OID=.;OPOS=200957662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:15:11:3:6:15:11 chr1 200957691 . G C 240.24 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0204156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.431;QD=43.6791;RBI=0.0378156;REFB=-0.0232692;REVB=0.0318312;RO=2;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835989;STB=0.545409;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00449067;OID=.;OPOS=200957691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:10:10:2:0:10:10:2:0 chr1 200959302 . G A 594.79 PASS AF=0.508333;AO=59;DP=118;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.0525081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0501;QD=19.8262;RBI=0.0587117;REFB=-0.0106858;REVB=0.026267;RO=59;SAF=27;SAR=32;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167626;STB=0.590215;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00636082;OID=.;OPOS=200959302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:59:59:59:61:0.508333:32:27:38:21:33:28:38:21 chr1 200959305 . G A 574.9 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.0135966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.907;QD=17.9657;RBI=0.0284483;REFB=-0.0154003;REVB=0.0249888;RO=67;SAF=40;SAR=20;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228423;STB=0.630971;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0180431;OID=.;OPOS=200959305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:67:68:60:60:0.46875:20:40:29:38:20:40:29:39 chr1 200971353 . A G 846.49 PASS AF=0.515152;AO=85;DP=165;FAO=85;FDP=165;FR=.;FRO=80;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=-0.0590904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7024;QD=20.5209;RBI=0.0627477;REFB=-0.0255428;REVB=-0.0211092;RO=78;SAF=44;SAR=41;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115827;STB=0.568896;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0268431;OID=.;OPOS=200971353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:78:80:85:85:0.515152:41:44:30:48:41:44:30:50 chr1 201060865 . G A 1550.11 PASS AF=0.964602;AO=107;DP=113;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0221925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6121;QD=54.8712;RBI=0.0356955;REFB=-0.209214;REVB=0.0279583;RO=1;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106646;STB=0.520829;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00498611;OID=.;OPOS=201060865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:113:1:4:107:109:0.964602:44:63:0:1:46:63:0:4 chr1 201112981 . A G 313.2 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0194231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0769;QD=19.575;RBI=0.0245519;REFB=-0.0178488;REVB=0.0150179;RO=31;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164812;STB=0.59178;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0190613;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:12:21:14:17:12:21:14:17 chr1 201115827 . C T 837.39 PASS AF=0.467391;AO=86;DP=186;FAO=86;FDP=184;FR=.;FRO=98;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0771524;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9469;QD=18.204;RBI=0.0817621;REFB=-0.00130617;REVB=-0.0270657;RO=98;SAF=48;SAR=38;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660918;STB=0.536577;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00151832;OID=.;OPOS=201115827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:184:98:98:86:86:0.467391:38:48:48:50:38:48:48:50 chr1 201115863 . G A 925.85 PASS AF=0.47549;AO=97;DP=205;FAO=97;FDP=204;FR=.;FRO=107;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=0.00429825;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.535;QD=18.154;RBI=0.020046;REFB=0.00489267;REVB=0.0195798;RO=105;SAF=52;SAR=45;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116155;STB=0.501777;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00535601;OID=.;OPOS=201115863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:105:107:97:97:0.47549:45:52:55:50:45:52:57:50 chr1 201122947 . T G 1604.76 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6215;QD=64.1906;RBI=0.103504;REFB=0;REVB=0.0812625;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84704e-05;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:41:58:0:0:42:58:0:0 chr1 201166383 . G A 365.7 PASS AF=0.348837;AO=45;DP=129;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0366785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.555;QD=11.3396;RBI=0.0425614;REFB=-0.0138167;REVB=0.0215908;RO=84;SAF=20;SAR=25;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103425;STB=0.559354;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0274462;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:84:84:45:45:0.348837:25:20:45:39:25:20:45:39 chr1 201166435 . T C 247.01 PASS AF=0.298246;AO=34;DP=114;FAO=34;FDP=114;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.00885123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.526;QD=8.66716;RBI=0.00987859;REFB=-0.00651701;REVB=0.00438661;RO=80;SAF=15;SAR=19;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12941;STB=0.576009;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0125391;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:80:80:34:34:0.298246:19:15:44:36:19:15:44:36 chr1 201168499 . G A 669.72 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=148;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.000993707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.993;QD=18.1005;RBI=0.0102828;REFB=-0.00378578;REVB=0.0102347;RO=76;SAF=18;SAR=50;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211666;STB=0.634985;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00377588;OID=.;OPOS=201168499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:76:80:68:68:0.459459:50:18:35:41:50:18:39:41 chr1 201175227 . C A 3131.09 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037252;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5415;QD=61.394;RBI=0.0664082;REFB=-0.00161084;REVB=-0.0549758;RO=1;SAF=111;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254391;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:204:1:0:204:204:1:93:111:1:0:93:111:0:0 chr1 201175274 . A G 1095.65 PASS AF=0.420382;AO=113;DP=295;FAO=132;FDP=314;FR=.;FRO=182;FSAF=39;FSAR=93;FSRF=93;FSRR=89;FWDB=-0.0138421;FXX=0.00946342;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.931;QD=13.9573;RBI=0.0147658;REFB=-0.0198349;REVB=0.00514039;RO=179;SAF=22;SAR=91;SRF=88;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376631;STB=0.633612;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0286697;OID=.;OPOS=201175274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:314:179:182:113:132:0.420382:91:22:88:91:93:39:93:89 chr1 201175715 . G T 2487.25 PASS AF=0.982036;AO=165;DP=168;FAO=164;FDP=167;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0116151;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.481;QD=59.5749;RBI=0.0497887;REFB=-0.125986;REVB=0.0484149;RO=3;SAF=75;SAR=90;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072613;STB=0.503904;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000272263;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:168:167:3:3:165:164:0.982036:90:75:2:1:90:74:2:1 chr1 201176018 . A G 1002.41 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.619;QD=58.9652;RBI=0.0418701;REFB=0;REVB=-0.0416366;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016849;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:42:25:0:0:43:25:0:0 chr1 201176108 . G A 499.44 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=48;FWDB=-0.00392059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.162;QD=16.9301;RBI=0.0083609;REFB=-0.0249781;REVB=0.00738469;RO=64;SAF=20;SAR=34;SRF=16;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131103;STB=0.5726;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0268601;OID=.;OPOS=201176108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:34:20:16:48:34:20:16:48 chr1 201176968 . A G 451.83 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00400429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.004;QD=14.9367;RBI=0.0118805;REFB=-0.0160217;REVB=-0.0111854;RO=69;SAF=17;SAR=34;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490868;STB=0.53332;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0258926;OID=.;OPOS=201176968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:70:51:51:0.421488:34:17:26:43:34:17:27:43 chr1 201177246 . T C 582.92 PASS AF=0.420382;AO=65;DP=161;FAO=66;FDP=157;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=59;FWDB=0.0357004;FXX=0.0248432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.234;QD=14.8515;RBI=0.0357168;REFB=-0.0100779;REVB=0.00108307;RO=89;SAF=31;SAR=34;SRF=32;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122453;STB=0.569231;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.019475;OID=.;OPOS=201177246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:157:89:91:65:66:0.420382:34:31:32:57:35:31:32:59 chr1 201177278 . C T 926.82 PASS AF=0.45;AO=99;DP=220;FAO=99;FDP=220;FR=.;FRO=121;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=34;FSRR=87;FWDB=-0.0020361;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.699;QD=16.8513;RBI=0.0144639;REFB=-0.0176415;REVB=-0.0143198;RO=116;SAF=38;SAR=61;SRF=34;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961211;STB=0.56149;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0288667;OID=.;OPOS=201177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:116:121:99:99:0.45:61:38:34:82:61:38:34:87 chr1 201177538 . G T 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=0.00341927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.033;QD=18.0814;RBI=0.0228534;REFB=-0.00180523;REVB=-0.0225962;RO=46;SAF=15;SAR=26;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185058;STB=0.592435;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00175739;OID=.;OPOS=201177538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:41:41:0.465909:26:15:9:37:26:15:10:37 chr1 201178819 . G A 77.61 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=30;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0141002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.083;QD=9.40763;RBI=0.0178755;REFB=-0.0495485;REVB=0.0109871;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0682135;OID=.;OPOS=201178819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:30:33:21:22:8:11:0.333333:5:3:6:15:8:3:6:16 chr1 201180084 . G T 51.58 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00290318;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.831;QD=18.7566;RBI=0.0632193;REFB=-0.084073;REVB=0.0631526;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250326;STB=0.64252;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00566867;OID=.;OPOS=201180084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:0:4:5:2:0:4 chr1 201181217 . A G 621.69 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00406445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4927;QD=19.7362;RBI=0.0171536;REFB=-0.0283445;REVB=-0.0166651;RO=63;SAF=25;SAR=38;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149637;STB=0.508259;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0193279;OID=.;OPOS=201181217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:63:63:63:0.5:38:25:26:37:38:25:26:37 chr1 201181223 . A G 2030.04 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0416396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.244;QD=61.5164;RBI=0.0416808;REFB=-0.0243433;REVB=-0.00185387;RO=1;SAF=53;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605486;STB=0.503184;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000263269;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:78:53:0:1:78:53:0:1 chr1 201181920 . G T 465.44 PASS AF=0.468468;AO=38;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.0983332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.3823;QD=16.7725;RBI=0.0984193;REFB=0.0124194;REVB=0.00411593;RO=54;SAF=14;SAR=24;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286046;STB=0.566769;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00969154;OID=.;OPOS=201181920;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:59:38:52:0.468468:24:14:35:19:25:27:38:21 chr1 201183363 . C T 1013.16 PASS AF=0.424242;AO=112;DP=265;FAO=112;FDP=264;FR=.;FRO=152;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=75;FSRR=77;FWDB=0.00410086;FXX=0.00377344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.599;QD=15.3509;RBI=0.00607331;REFB=-0.0168537;REVB=0.00447974;RO=151;SAF=51;SAR=61;SRF=75;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427522;STB=0.522001;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0232906;OID=.;OPOS=201183363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:264:151:152:112:112:0.424242:61:51:75:76:61:51:75:77 chr1 201183402 . T C 1420.26 PASS AF=0.436975;AO=151;DP=353;FAO=156;FDP=357;FR=.;FRO=201;FSAF=68;FSAR=88;FSRF=91;FSRR=110;FWDB=0.00430678;FXX=0.00279322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.883;QD=15.9133;RBI=0.00857669;REFB=-0.00251265;REVB=-0.00741695;RO=195;SAF=66;SAR=85;SRF=88;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146202;STB=0.509614;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00307432;OID=.;OPOS=201183402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:357:195:201:151:156:0.436975:85:66:88:107:88:68:91:110 chr1 201184275 . C T 715.45 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=148;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.00308694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.741;QD=19.3365;RBI=0.0200052;REFB=0.00170248;REVB=-0.0197656;RO=77;SAF=32;SAR=39;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584575;STB=0.532293;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00188352;OID=.;OPOS=201184275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:77:77:71:71:0.47973:39:32:30:47:39:32:30:47 chr1 201187764 . T C 2974.24 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.331;QD=63.2816;RBI=0.031699;REFB=0;REVB=0.0316208;RO=0;SAF=78;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011753;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:188:0:0:185:188:1:107:78:0:0:108:80:0:0 chr1 201195119 . C T 4902.25 PASS AF=0.975535;AO=319;DP=327;FAO=319;FDP=327;FR=.;FRO=8;FSAF=187;FSAR=132;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0330608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.257;QD=59.9664;RBI=0.0464853;REFB=-0.0875715;REVB=0.0326782;RO=7;SAF=187;SAR=132;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066426;STB=0.502172;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.000960999;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:327:327:7:8:319:319:0.975535:132:187:3:4:132:187:4:4 chr1 201197471 . T C 482.41 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0300173;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.597;QD=18.5542;RBI=0.0300175;REFB=-0.0139952;REVB=0.000112298;RO=51;SAF=20;SAR=31;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186712;STB=0.502172;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0134129;OID=.;OPOS=201197471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:53:51:51:0.490385:31:20:19:32:31:20:21:32 chr1 201285759 . A G 3910.33 PASS AF=1;AO=246;DP=248;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197628;FXX=0.0040321;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.817;QD=63.3251;RBI=0.0205627;REFB=0.0444949;REVB=0.00567922;RO=1;SAF=131;SAR=115;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70432e-05;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:248:247:1:0:246:247:1:115:131:0:1:116:131:0:0 chr1 201286771 . C T 3277.88 PASS AF=0.973094;AO=216;DP=223;FAO=217;FDP=223;FR=.;FRO=6;FSAF=78;FSAR=139;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0426132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.821;QD=58.796;RBI=0.0525863;REFB=-0.128857;REVB=0.0308128;RO=7;SAF=77;SAR=139;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041358;STB=0.518517;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00115432;OID=.;OPOS=201286771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:223:223:7:6:216:217:0.973094:139:77:7:0:139:78:6:0 chr1 201288955 . G A 2166.88 PASS AF=0.972789;AO=141;DP=148;FAO=143;FDP=147;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.015945;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3536;QD=58.9627;RBI=0.0928347;REFB=-0.108943;REVB=0.0914551;RO=2;SAF=72;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000282994;STB=0.500095;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0044809;OID=.;OPOS=201288955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:148:147:2:4:141:143:0.972789:69:72:1:1:71:72:2:2 chr1 201299263 . A G 3667.27 PASS AF=1;AO=231;DP=231;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.663;QD=63.2288;RBI=0.0105599;REFB=0;REVB=0.00765348;RO=0;SAF=105;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42302e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:232:0:0:231:232:1:126:105:0:0:127:105:0:0 chr1 201355522 . T C 1362.57 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00280172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.028;QD=61.2392;RBI=0.00885998;REFB=-0.0443052;REVB=0.00840533;RO=1;SAF=63;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00746361;STB=0.503936;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000528485;OID=.;OPOS=201355522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:25:63:1:0:25:63:1:0 chr1 201355943 . C T 3103.52 PASS AF=0.994924;AO=191;DP=192;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00703157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.437;QD=63.0157;RBI=0.0320188;REFB=-0.137732;REVB=0.0312372;RO=1;SAF=107;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563532;STB=0.502793;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000208763;OID=.;OPOS=201355943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:192:197:1:1:191:196:0.994924:84:107:0:1:89:107:0:1 chr1 201360281 . A G 676.86 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321662;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9808;QD=61.5324;RBI=0.0526994;REFB=0;REVB=-0.041744;RO=1;SAF=16;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.07219e-05;OID=.;OPOS=201360281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:43:44:1:27:16:1:0:27:17:0:0 chr1 201383643 . A C 4273.94 PASS AF=0.985663;AO=274;DP=279;FAO=275;FDP=279;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=179;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00716115;FXX=0.0035713;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.611;QD=61.2751;RBI=0.0349492;REFB=-0.018702;REVB=0.0342077;RO=4;SAF=95;SAR=179;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121596;STB=0.506299;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000416374;OID=.;OPOS=201383643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:279:279:4:4:274:275:0.985663:179:95:3:1:179:96:3:1 chr1 201777250 . C T 376.42 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.021956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.355;QD=18.8211;RBI=0.0278398;REFB=-0.0183304;REVB=0.0171169;RO=41;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192728;STB=0.516121;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0212095;OID=.;OPOS=201777250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:41:38:39:0.4875:23:15:17:24:24:15:17:24 chr1 201845432 . C T 431.08 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.00658156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.002;QD=14.7377;RBI=0.00665255;REFB=-0.00380342;REVB=0.000969264;RO=67;SAF=26;SAR=23;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221751;STB=0.619001;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00742427;OID=.;OPOS=201845432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:67:68:49:49:0.418803:23:26:21:46:23:26:22:46 chr1 201860626 . A G 1283.03 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.141;QD=61.8327;RBI=0.168618;REFB=0;REVB=0.0295118;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668264;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:52:31:0:0:52:31:0:0 chr1 201861016 . C G 493.46 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0226067;FXX=0.0254216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.991;QD=17.164;RBI=0.0311155;REFB=0.00252077;REVB=0.0213801;RO=60;SAF=27;SAR=25;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505466;STB=0.523957;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00260914;OID=.;OPOS=201861016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:60:62:52:53:0.46087:25:27:28:32:25:28:30:32 chr1 201865763 . A G 1192.05 PASS AF=1;AO=70;DP=73;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.573;QD=59.6023;RBI=0.151824;REFB=0;REVB=0.00274231;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341355;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:80:0:0:70:80:1:43:27:0:0:50:30:0:0 chr1 201938995 . C T 537.31 PASS AF=0.5;AO=55;DP=111;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=0.0228076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.135;QD=19.1897;RBI=0.0284147;REFB=-0.0307231;REVB=0.0169472;RO=56;SAF=20;SAR=35;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974952;STB=0.558803;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0284904;OID=.;OPOS=201938995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:56:56:55:56:0.5:35:20:15:41:35:21:15:41 chr1 201952574 . T C 580.0 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=148;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.0131127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.201;QD=15.6756;RBI=0.0183936;REFB=0.00857346;REVB=-0.0128989;RO=86;SAF=37;SAR=25;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016489;STB=0.509248;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.011931;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:86:86:62:62:0.418919:25:37:50:36:25:37:50:36 chr1 201969082 . G A 884.85 PASS AF=0.517647;AO=87;DP=169;FAO=88;FDP=170;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0494365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.713;QD=20.8201;RBI=0.0497823;REFB=-0.0124392;REVB=0.00585719;RO=81;SAF=35;SAR=52;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820926;STB=0.550412;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0120645;OID=.;OPOS=201969082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:81:82:87:88:0.517647:52:35:40:41:53:35:41:41 chr1 201970562 . T C 3501.64 PASS AF=0.982684;AO=227;DP=232;FAO=227;FDP=231;FR=.;FRO=4;FSAF=102;FSAR=125;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00598933;FXX=0.00431016;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.665;QD=60.6345;RBI=0.0133346;REFB=0.0379258;REVB=-0.0119138;RO=4;SAF=102;SAR=125;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100096;STB=0.505254;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-3.12195e-05;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:232:231:4:4:227:227:0.982684:125:102:3:1:125:102:3:1 chr1 201973565 . G A 940.36 PASS AF=0.469194;AO=99;DP=211;FAO=99;FDP=211;FR=.;FRO=112;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=43;FSRR=69;FWDB=-0.0193386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.008;QD=17.8268;RBI=0.0200449;REFB=-0.018955;REVB=0.00527378;RO=112;SAF=33;SAR=66;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535131;STB=0.529611;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0268376;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:112:112:99:99:0.469194:66:33:43:69:66:33:43:69 chr1 201981862 . T C 1616.71 PASS AF=0.990826;AO=93;DP=97;FAO=108;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.776;QD=59.3287;RBI=0.0550418;REFB=0;REVB=0.00916298;RO=0;SAF=28;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78829e-05;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:109:0:0:93:108:0.990826:65:28:0:0:66:42:0:0 chr1 202092360 . G A 744.05 PASS AF=0.96;AO=45;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00750691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0841;QD=59.524;RBI=0.0277954;REFB=-0.0690212;REVB=-0.0267624;RO=1;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144632;STB=0.50746;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00450804;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:1:2:45:48:0.96:32:13:0:1:32:16:1:1 chr1 202092415 . A G 1399.88 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.837;QD=62.9158;RBI=0.0471218;REFB=0;REVB=0.0450132;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15285e-05;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:89:0:0:81:89:1:44:37:0:0:51:38:0:0 chr1 202092580 . T C 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.316;QD=59.9235;RBI=0.064652;REFB=0;REVB=0.0427876;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.2386e-06;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:51:54:0:0:51:54:0:0 chr1 202129826 . T C 2789.5 PASS AF=0.452744;AO=284;DP=645;FAO=297;FDP=656;FR=.;FRO=359;FSAF=158;FSAR=139;FSRF=197;FSRR=162;FWDB=-0.00132584;FXX=0.00152205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.865;QD=17.0091;RBI=0.0101515;REFB=-0.0259348;REVB=-0.0100646;RO=357;SAF=148;SAR=136;SRF=197;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310349;STB=0.50922;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0329027;OID=.;OPOS=202129826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:645:656:357:359:284:297:0.452744:136:148:197:160:139:158:197:162 chr1 202155543 . A C 1229.03 PASS AF=0.433333;AO=127;DP=297;FAO=130;FDP=300;FR=.;FRO=170;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=88;FSRR=82;FWDB=0.0160594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.843;QD=16.387;RBI=0.0208158;REFB=-0.0229572;REVB=0.0132436;RO=169;SAF=56;SAR=71;SRF=88;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082121;STB=0.540623;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0284658;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:300:169:170:127:130:0.433333:71:56:88:81:72:58:88:82 chr1 202156628 . A C 766.08 PASS AF=0.536765;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.00124013;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.516;QD=22.5318;RBI=0.0128341;REFB=-0.0130889;REVB=-0.012774;RO=63;SAF=36;SAR=37;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122151;STB=0.566797;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00901467;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:63:63:73:73:0.536765:37:36:22:41:37:36:22:41 chr1 202200799 . G A 756.81 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046827;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.496;QD=63.0676;RBI=0.00537215;REFB=0;REVB=0.00263293;RO=0;SAF=4;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101973;OID=.;OPOS=202200799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:43:4:0:0:43:5:0:0 chr1 202276494 . C T 948.81 PASS AF=0.475962;AO=99;DP=211;FAO=99;FDP=208;FR=.;FRO=109;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=-0.0140892;FXX=0.018867;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.676;QD=18.2463;RBI=0.0224781;REFB=-0.00768663;REVB=0.0175145;RO=109;SAF=44;SAR=55;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920431;STB=0.550792;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00642845;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:208:109:109:99:99:0.475962:55:44:59:50:55:44:59:50 chr1 202287206 . T C 816.91 PASS AF=0.47027;AO=74;DP=172;FAO=87;FDP=185;FR=.;FRO=98;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.00528979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.154;QD=17.6629;RBI=0.0136162;REFB=-0.0244467;REVB=-0.0125466;RO=89;SAF=44;SAR=30;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110853;STB=0.532927;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0212167;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:185:89:98:74:87:0.47027:30:44:43:46:39:48:48:50 chr1 202287537 . G A 704.07 PASS AF=0.47619;AO=70;DP=148;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0101314;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.052;QD=19.1582;RBI=0.0398029;REFB=-0.00985898;REVB=0.0384919;RO=77;SAF=21;SAR=49;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197963;STB=0.610012;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0197822;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:77:77:70:70:0.47619:49:21:38:39:49:21:38:39 chr1 202287813 . T C 211.63 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0504493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.695;QD=35.2722;RBI=0.0575084;REFB=-0.0764816;REVB=0.027606;RO=5;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280949;STB=0.515402;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0184512;OID=.;OPOS=202287813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:9:10:3:2:9:10:3:2 chr1 202304868 . T C 599.1 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=152;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.000252638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.361;QD=15.7657;RBI=0.0423094;REFB=-0.0185078;REVB=0.0423087;RO=86;SAF=25;SAR=41;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785691;STB=0.543933;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0194601;OID=.;OPOS=202304868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:86:86:66:66:0.434211:41:25:39:47:41:25:39:47 chr1 202531741 . C T 1155.71 PASS AF=0.489451;AO=114;DP=237;FAO=116;FDP=237;FR=.;FRO=121;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=-0.00705325;FXX=0.00836785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.425;QD=19.5057;RBI=0.0146552;REFB=-0.00817773;REVB=0.0128463;RO=122;SAF=54;SAR=60;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933557;STB=0.515533;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00917309;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:122:121:114:116:0.489451:60:54:59:63:62:54:60:61 chr1 202565948 . G A 997.07 PASS AF=0.464286;AO=104;DP=225;FAO=104;FDP=224;FR=.;FRO=120;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=66;FSRR=54;FWDB=0.0410415;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5121;QD=17.8049;RBI=0.058689;REFB=-0.0135139;REVB=0.0419522;RO=120;SAF=59;SAR=45;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252007;STB=0.509417;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0231649;OID=.;OPOS=202565948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:120:120:104:104:0.464286:45:59:65:55:45:59:66:54 chr1 202705455 . G C 600.59 PASS AF=0.403509;AO=68;DP=168;FAO=69;FDP=171;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=0.0855623;FXX=0.01156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5342;QD=14.0489;RBI=0.0932419;REFB=0.00116442;REVB=0.0370561;RO=99;SAF=27;SAR=41;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406626;STB=0.518788;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00170479;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:99:102:68:69:0.403509:41:27:43:56:42:27:43:59 chr1 202715284 . G A 395.4 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0166513;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.06;QD=22.5941;RBI=0.0253054;REFB=-0.00400735;REVB=-0.0190551;RO=31;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649219;STB=0.535775;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00434783;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:31:31:39:39:0.557143:22:17:16:15:22:17:16:15 chr1 202718202 . G A 478.06 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0371128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7005;QD=19.7137;RBI=0.0525743;REFB=-0.0278864;REVB=-0.0372384;RO=50;SAF=26;SAR=21;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141481;STB=0.578501;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0230694;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:21:26:20:30:21:26:20:30 chr1 202733238 . C T 555.11 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00288839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.489;QD=22.4287;RBI=0.0402859;REFB=-0.0164046;REVB=-0.0401822;RO=47;SAF=32;SAR=20;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200643;STB=0.610549;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0125188;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:20:32:18:29:20:32:18:29 chr1 202795262 . G A 204.11 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0138532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.99;QD=12.5609;RBI=0.027178;REFB=-0.025777;REVB=-0.0233824;RO=40;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100823;STB=0.558092;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.039877;OID=.;OPOS=202795262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:9:16:22:18:9:16:22:18 chr1 202822388 . G T 588.76 PASS AF=0.446043;AO=58;DP=141;FAO=62;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0322761;FXX=0.0141834;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.804;QD=16.9427;RBI=0.0427604;REFB=-0.0347583;REVB=-0.0280482;RO=52;SAF=31;SAR=27;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791209;STB=0.555538;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0387564;OID=.;OPOS=202822388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:52:77:58:62:0.446043:27:31:23:29:30:32:32:45 chr1 202861342 . A G 426.95 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0302992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.376;QD=19.4066;RBI=0.0335499;REFB=-0.00725011;REVB=0.0144067;RO=45;SAF=18;SAR=24;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272304;STB=0.509799;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.007404;OID=.;OPOS=202861342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:45:42:43:0.488636:24:18:18:27:25:18:18:27 chr1 203003641 . C T 714.03 PASS AF=0.401961;AO=82;DP=204;FAO=82;FDP=204;FR=.;FRO=122;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=69;FSRR=53;FWDB=-0.00908118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.241;QD=14.0005;RBI=0.0153616;REFB=-0.0127976;REVB=-0.0123899;RO=122;SAF=48;SAR=34;SRF=69;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216131;STB=0.512138;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0195956;OID=.;OPOS=203003641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:122:122:82:82:0.401961:34:48:69:53:34:48:69:53 chr1 203003870 . G A 1486.01 PASS AF=1;AO=84;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7385;QD=57.709;RBI=0.162668;REFB=0;REVB=0.161659;RO=3;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00370586;OID=.;OPOS=203003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:103:3:0:84:103:1:46:38:0:3:63:40:0:0 chr1 203008174 . G C 1756.66 PASS AF=1;AO=104;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131518;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.79;QD=60.5746;RBI=0.0193404;REFB=0;REVB=0.0141802;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000940845;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:104:116:1:50:54:0:0:59:57:0:0 chr1 203008286 . C G 2340.05 PASS AF=0.975155;AO=156;DP=160;FAO=157;FDP=161;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0649391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.977;QD=58.138;RBI=0.0676988;REFB=-0.118799;REVB=0.0191319;RO=4;SAF=73;SAR=83;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104106;STB=0.50552;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00137279;OID=.;OPOS=203008286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:160:161:4:4:156:157:0.975155:83:73:1:3:83:74:1:3 chr1 203025635 . A G 278.09 PASS AF=0.462687;AO=29;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00383855;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.898;QD=16.6023;RBI=0.00933483;REFB=-0.0376766;REVB=0.00850909;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227868;STB=0.596449;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0436995;OID=.;OPOS=203025635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:36:29:31:0.462687:15:14:27:11:15:16:25:11 chr1 203040816 . G C 897.17 PASS AF=0.467662;AO=94;DP=201;FAO=94;FDP=201;FR=.;FRO=107;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=-0.0055907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.908;QD=17.8542;RBI=0.00576912;REFB=-0.0208083;REVB=0.00142366;RO=107;SAF=48;SAR=46;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596872;STB=0.532988;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0227401;OID=.;OPOS=203040816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:107:107:94:94:0.467662:46:48:48:59:46:48:48:59 chr1 203053768 . T C 5144.14 PASS AF=1;AO=322;DP=324;FAO=325;FDP=325;FR=.;FRO=0;FSAF=177;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758274;FXX=0.00611602;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.561;QD=63.3125;RBI=0.0473411;REFB=0;REVB=0.0467299;RO=0;SAF=175;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75471e-05;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:324:325:0:0:322:325:1:147:175:0:0:148:177:0:0 chr1 203054852 . C T 849.18 PASS AF=0.463158;AO=86;DP=189;FAO=88;FDP=190;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=0.0688765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0918;QD=17.8774;RBI=0.0705956;REFB=-0.0122219;REVB=0.0154847;RO=101;SAF=27;SAR=59;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243891;STB=0.627164;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0102155;OID=.;OPOS=203054852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:101:102:86:88:0.463158:59:27:56:45:59:29:57:45 chr1 203135840 . CT C 3238.76 PASS AF=1;AO=276;DP=285;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161014;FXX=0.0105259;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.5207;QD=45.9399;RBI=0.0332099;REFB=0;REVB=0.0290455;RO=0;SAF=131;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00027245;OID=.;OPOS=203135841;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:276:285:282:282:0:137:145:0:0:61:0:131:145:0:0 chr1 203137784 . A ACT 857.82 PASS AF=0.447115;AO=92;DP=211;FAO=93;FDP=208;FR=.;FRO=115;FSAF=71;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=0.00274163;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.228;QD=16.4964;RBI=0.00999615;REFB=-0.0147141;REVB=-0.00961283;RO=117;SAF=71;SAR=21;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307811;STB=0.668511;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0184264;OID=.;OPOS=203137785;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447115:92:211:93:208:115:71:22:57:58:99:117:71:21:59:58 chr1 203140671 . G A 1207.82 PASS AF=0.483871;AO=120;DP=246;FAO=120;FDP=248;FR=.;FRO=128;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=72;FSRR=56;FWDB=-0.00502552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.333;QD=19.481;RBI=0.0253599;REFB=0.00692496;REVB=0.024857;RO=125;SAF=72;SAR=48;SRF=71;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307069;STB=0.519997;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00611489;OID=.;OPOS=203140671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:248:125:128:120:120:0.483871:48:72:71:54:48:72:72:56 chr1 203144833 . G A 489.03 PASS AF=0.484848;AO=46;DP=97;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0317405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.287;QD=19.7589;RBI=0.0374674;REFB=-0.00871321;REVB=0.0199084;RO=50;SAF=19;SAR=27;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101176;STB=0.569813;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00804235;OID=.;OPOS=203144833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:50:51:46:48:0.484848:27:19:26:24:29:19:27:24 chr1 203148633 . A G 734.28 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.591;QD=61.1898;RBI=0.0423032;REFB=-0.0841618;REVB=-0.0351623;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00104711;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:25:22:0:0:25:22:1:0 chr1 203152801 . T C 1745.78 PASS AF=0.991453;AO=111;DP=112;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00351262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.093;QD=59.6849;RBI=0.0241735;REFB=0.0373294;REVB=0.0239169;RO=1;SAF=46;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724852;STB=0.503597;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00010398;OID=.;OPOS=203152801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:117:1:1:111:116:0.991453:65:46:0:1:69:47:0:1 chr1 203186950 . C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT,T 422.66 PASS AF=0.372093,0.0232558;AO=38,7;DP=129;FAO=48,3;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=4,1;FSAR=44,2;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0211562,-0.0382911;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=24,1;MLLD=547.745,401.499;QD=13.1058;RBI=0.0232796,0.0439527;REFB=-0.0113628,-0.00799647;REVB=0.00971349,0.0215786;RO=81;SAF=1,1;SAR=37,6;SRF=38;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.737027,-0.376096;STB=0.831222,0.6146;STBP=0,0.713;TYPE=ins,snp;VARB=0.00955743,0.0119672;OID=.,.;OPOS=203186951,203186950;OREF=-,C;OALT=AGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT,T;OMAPALT=CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:81:78:38,7:48,3:0.372093,0.0232558:37,6:1,1:38:43:44,2:4,1:35:43 chr1 203278556 . C T 542.69 PASS AF=0.363128;AO=65;DP=179;FAO=65;FDP=179;FR=.;FRO=114;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=-0.0284445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.282;QD=12.1272;RBI=0.0348445;REFB=-0.00119501;REVB=-0.0201259;RO=114;SAF=39;SAR=26;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841761;STB=0.54793;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00222467;OID=.;OPOS=203278556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:114:114:65:65:0.363128:26:39:60:54:26:39:60:54 chr1 203309966 . G C 960.46 PASS AF=0.478469;AO=100;DP=210;FAO=100;FDP=209;FR=.;FRO=109;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.003471;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9363;QD=18.3819;RBI=0.0226748;REFB=-0.00622851;REVB=-0.0224075;RO=108;SAF=59;SAR=41;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103372;STB=0.554812;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0049883;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:108:109:100:100:0.478469:41:59:52:56:41:59:53:56 chr1 203317162 . C T 118.16 PASS AF=0.347826;AO=12;DP=42;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0248677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.525;QD=10.2744;RBI=0.0568679;REFB=-0.010495;REVB=0.0511425;RO=30;SAF=8;SAR=4;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446937;STB=0.541613;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0273978;OID=.;OPOS=203317162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:30:30:12:16:0.347826:4:8:21:9:4:12:21:9 chr1 203472112 . T C 2054.61 PASS AF=0.992537;AO=124;DP=126;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.314;QD=61.3317;RBI=0.0310819;REFB=-0.0576091;REVB=0.00080007;RO=1;SAF=53;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888003;STB=0.504132;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=3.4794e-05;OID=.;OPOS=203472112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:134:1:1:124:133:0.992537:71:53:1:0:73:60:1:0 chr1 203652444 . A G 1193.83 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2995;QD=59.6917;RBI=0.0252884;REFB=0.050065;REVB=-0.021761;RO=1;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095643;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00356514;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:49:30:0:1:49:30:0:1 chr1 203667409 . T C 2307.82 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.85;QD=61.1343;RBI=0.0143246;REFB=0;REVB=-0.0125336;RO=0;SAF=63;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84697e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17268e-05;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:150:151:1:87:63:0:0:88:63:0:0 chr1 203681085 . T C 449.2 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0118892;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.69;QD=21.1387;RBI=0.0127964;REFB=-0.0118367;REVB=-0.00473217;RO=41;SAF=22;SAR=22;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744952;STB=0.541158;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.009408;OID=.;OPOS=203681085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:22:22:17:24:22:22:17:24 chr1 203712996 . T C 799.16 PASS AF=0.512658;AO=80;DP=157;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0412269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9398;QD=20.2319;RBI=0.0458278;REFB=0.00401643;REVB=0.0200133;RO=77;SAF=38;SAR=42;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512575;STB=0.52483;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00376461;OID=.;OPOS=203712996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:77:77:80:81:0.512658:42:38:41:36:42:39:41:36 chr1 203713133 . G A 350.59 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0154797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.946;QD=16.1192;RBI=0.036528;REFB=-0.0260107;REVB=-0.0330859;RO=47;SAF=10;SAR=27;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176647;STB=0.588107;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0244574;OID=.;OPOS=203713133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:49:37:38:0.436782:27:10:20:27:27:11:21:28 chr1 203768328 . T C 2053.71 PASS AF=0.985185;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0488318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0678;QD=60.8505;RBI=0.0600763;REFB=-0.0602326;REVB=-0.0349945;RO=2;SAF=62;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00086272;STB=0.500391;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00203574;OID=.;OPOS=203768328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:135:2:2:132:133:0.985185:70:62:1:1:70:63:1:1 chr1 203769532 . G A 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.653;QD=59.4239;RBI=0.0439514;REFB=0.004536;REVB=0.0400205;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199732;STB=0.510633;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000210467;OID=.;OPOS=203769532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:19:23:1:0:19:23:1:0 chr1 203787700 . T C 1560.14 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127541;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.606;QD=60.0056;RBI=0.0186902;REFB=0;REVB=-0.0136622;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92453e-05;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:103:104:1:50:53:0:0:50:54:0:0 chr1 204110334 . A G 1078.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2167;QD=59.9061;RBI=0.095207;REFB=0;REVB=-0.0106903;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693109;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:39:32:0:0:40:32:0:0 chr1 204159611 . CT C 304.07 PASS AF=0.4;AO=32;DP=88;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0220053;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.07;QD=14.3093;RBI=0.0400572;REFB=-0.0227979;REVB=-0.0334716;RO=50;SAF=20;SAR=12;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940535;STB=0.573869;STBP=0.306;TYPE=del;VARB=0.0329428;OID=.;OPOS=204159612;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:32:88:34:85:51:22:12:27:24:99:50:20:12:27:23 chr1 204159787 . G C 165.14 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.00599743;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.631;QD=14.0541;RBI=0.0331489;REFB=-0.0107134;REVB=-0.0326018;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251665;STB=0.649725;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0165644;OID=.;OPOS=204159787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:7:11:23:5:7:11:24:5 chr1 204188349 . G A 309.84 PASS AF=0.426829;AO=32;DP=79;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0240709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.561;QD=15.1139;RBI=0.0250532;REFB=-0.0437758;REVB=-0.00694655;RO=47;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110404;STB=0.530709;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0708714;OID=.;OPOS=204188349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:47:47:32:35:0.426829:13:19:23:24:16:19:23:24 chr1 204188371 . A G 379.29 PASS AF=0.571429;AO=37;DP=68;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0754094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.9674;QD=21.6737;RBI=0.111112;REFB=-0.171876;REVB=0.0816041;RO=30;SAF=23;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744963;STB=0.51816;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.123636;OID=.;OPOS=204188371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:30:30:37:40:0.571429:14:23:16:14:17:23:16:14 chr1 204190412 . C G 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0297069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.61;QD=14.259;RBI=0.0299256;REFB=-0.0013911;REVB=-0.00361147;RO=41;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175946;STB=0.599931;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00246714;OID=.;OPOS=204190412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:12:17:17:24:12:17:17:24 chr1 204198209 . A G 444.93 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0226546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.867;QD=17.9769;RBI=0.0229853;REFB=-0.00790154;REVB=-0.00388519;RO=54;SAF=17;SAR=28;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175449;STB=0.598138;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0108465;OID=.;OPOS=204198209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:28:17:30:24:28:17:30:24 chr1 204199614 . C T 747.62 PASS AF=0.464706;AO=79;DP=170;FAO=79;FDP=170;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.0853041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9667;QD=17.5911;RBI=0.088696;REFB=-0.0217064;REVB=0.0242939;RO=90;SAF=36;SAR=43;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853028;STB=0.550121;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0347305;OID=.;OPOS=204199614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:90:91:79:79:0.464706:43:36:49:41:43:36:50:41 chr1 204230581 . G A 754.7 PASS AF=0.386667;AO=87;DP=223;FAO=87;FDP=225;FR=.;FRO=138;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=-0.00415974;FXX=0.0131573;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.241;QD=13.4169;RBI=0.0058962;REFB=-0.0170266;REVB=0.00417872;RO=133;SAF=39;SAR=48;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839917;STB=0.549513;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0316317;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:225:133:138:87:87:0.386667:48:39:70:63:48:39:73:65 chr1 204237416 . C T 1300.08 PASS AF=0.504;AO=123;DP=247;FAO=126;FDP=250;FR=.;FRO=124;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=43;FSRR=81;FWDB=-0.0026669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.74;QD=20.8013;RBI=0.0230577;REFB=-0.0281265;REVB=-0.0229029;RO=121;SAF=49;SAR=74;SRF=43;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409697;STB=0.526206;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0243124;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:250:121:124:123:126:0.504:74:49:43:78:76:50:43:81 chr1 204379617 . T C 2369.68 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131259;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.531;QD=61.1531;RBI=0.0132724;REFB=0;REVB=0.00196623;RO=0;SAF=63;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16475e-06;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:154:155:1:91:63:0:0:92:63:0:0 chr1 204403659 . A G 665.9 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=120;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.00138045;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0588;QD=22.3833;RBI=0.0203278;REFB=0.0277911;REVB=-0.0202808;RO=53;SAF=28;SAR=37;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126344;STB=0.572176;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0218296;OID=.;OPOS=204403659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:53:54:65:65:0.546218:37:28:15:38:37:28:15:39 chr1 204418364 . G A 732.94 PASS AF=0.5;AO=75;DP=152;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.00469321;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.821;QD=19.5451;RBI=0.0265907;REFB=-0.0216229;REVB=0.0261733;RO=73;SAF=31;SAR=44;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219519;STB=0.506888;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0239058;OID=.;OPOS=204418364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:73:75:75:75:0.5:44:31:30:43:44:31:30:45 chr1 204425028 . G A 569.86 PASS AF=0.423611;AO=61;DP=143;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.00373275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.076;QD=15.8293;RBI=0.0121434;REFB=-0.0146062;REVB=0.0115555;RO=72;SAF=31;SAR=30;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114154;STB=0.519592;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0194284;OID=.;OPOS=204425028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:72:83:61:61:0.423611:30:31:45:27:30:31:45:38 chr1 204428998 . G C 575.47 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0192665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.098;QD=26.4585;RBI=0.0442713;REFB=-0.0105245;REVB=-0.0398592;RO=35;SAF=21;SAR=31;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00294567;STB=0.501607;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00784019;OID=.;OPOS=204428998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:35:52:52:0.597701:31:21:14:21:31:21:14:21 chr1 204436066 . G A 665.22 PASS AF=0.441176;AO=67;DP=162;FAO=75;FDP=170;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.0363847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.24;QD=15.6523;RBI=0.0364292;REFB=-0.0268756;REVB=0.00180051;RO=89;SAF=34;SAR=33;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706553;STB=0.530169;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0294639;OID=.;OPOS=204436066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:170:89:95:67:75:0.441176:33:34:39:50:37:38:43:52 chr1 204438334 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00247087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.089;QD=22.1886;RBI=0.00286708;REFB=-0.0241;REVB=-0.00145428;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131193;STB=0.545412;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0134326;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:20:21:0.538462:11:9:5:12:12:9:6:12 chr1 204438643 . G T 469.09 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0149098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.183;QD=39.0909;RBI=0.0151029;REFB=-0.049487;REVB=-0.00240738;RO=12;SAF=18;SAR=18;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164442;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:12:12:36:36:0.75:18:18:6:6:18:18:6:6 chr1 204501383 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0242422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.634;QD=15.6194;RBI=0.02892;REFB=-0.00567028;REVB=0.0157697;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534255;STB=0.530796;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00719278;OID=.;OPOS=204501383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:11:14:11:7:11:14 chr1 204531567 . C T 447.9 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0139543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.105;QD=26.74;RBI=0.0437142;REFB=-0.0102423;REVB=0.0414272;RO=25;SAF=22;SAR=20;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163749;STB=0.58904;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00830436;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:20:22:19:6:20:22:19:6 chr1 204531623 . C T 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00213423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.768;QD=18.3098;RBI=0.0143107;REFB=-0.0024009;REVB=0.0141507;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132471;STB=0.573891;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00182348;OID=.;OPOS=204531623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:16:21:17:23:16:21:17:23 chr1 204587047 . G A 326.78 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0994454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1979;QD=11.172;RBI=0.101979;REFB=0.00638868;REVB=0.0225881;RO=76;SAF=26;SAR=15;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140604;STB=0.580965;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00979711;OID=.;OPOS=204587047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:76:76:41:41:0.350427:15:26:39:37:15:26:39:37 chr1 204587569 . G C 308.96 PASS AF=0.325203;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.00503449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.055;QD=10.0474;RBI=0.0206039;REFB=-0.00622825;REVB=-0.0199793;RO=83;SAF=15;SAR=25;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16858;STB=0.597889;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.014148;OID=.;OPOS=204587569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:83:83:40:40:0.325203:25:15:43:40:25:15:43:40 chr1 204588140 . G A 498.47 PASS AF=0.647059;AO=41;DP=69;FAO=44;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00761134;FXX=0.0144907;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.071;QD=29.322;RBI=0.0103223;REFB=-0.0465707;REVB=-0.00697268;RO=16;SAF=9;SAR=32;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149102;STB=0.554429;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0202667;OID=.;OPOS=204588140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:16:22:41:44:0.647059:32:9:7:9:35:9:7:15 chr1 204589101 . G A 251.62 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0171839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.792;QD=20.5403;RBI=0.0182358;REFB=-0.0327874;REVB=0.00610408;RO=23;SAF=6;SAR=18;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106374;STB=0.59251;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0425983;OID=.;OPOS=204589101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:23:25:24:24:0.489796:18:6:8:15:18:6:10:15 chr1 204589623 . G A 423.36 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00614143;FXX=0.0731618;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3713;QD=22.2821;RBI=0.0121477;REFB=-0.0016645;REVB=0.0104809;RO=41;SAF=26;SAR=15;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282231;STB=0.621789;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00117996;OID=.;OPOS=204589623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:76:41:35:41:41:0.539474:15:26:13:28:15:26:13:22 chr1 204590044 . G A 2556.26 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574256;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.64;QD=61.5967;RBI=0.0305313;REFB=0;REVB=0.0299864;RO=0;SAF=79;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21923e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50617e-05;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:166:0:0:162:166:1:83:79:0:0:85:81:0:0 chr1 204591237 . A G 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.16;QD=60.646;RBI=0.0396683;REFB=0;REVB=0.0379181;RO=0;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91812e-05;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:50:63:0:0:50:63:0:0 chr1 204943947 . C A 321.33 PASS AF=0.4375;AO=33;DP=78;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0153459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.181;QD=16.0664;RBI=0.0291865;REFB=-0.010332;REVB=-0.0248265;RO=44;SAF=9;SAR=24;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158522;STB=0.586992;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0173051;OID=.;OPOS=204943947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:44:45:33:35:0.4375:24:9:18:26:25:10:19:26 chr1 204966690 . G A 2529.07 PASS AF=0.993976;AO=164;DP=165;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00585765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.847;QD=60.9415;RBI=0.0219608;REFB=-0.030821;REVB=0.0211651;RO=1;SAF=87;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00614012;STB=0.503225;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000311607;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:166:1:1:164:165:0.993976:77:87:0:1:77:88:0:1 chr1 204970302 . T C 733.34 PASS AF=0.409756;AO=83;DP=204;FAO=84;FDP=205;FR=.;FRO=121;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=73;FWDB=0.00168731;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.342;QD=14.309;RBI=0.00849064;REFB=-0.00853076;REVB=-0.00832129;RO=121;SAF=32;SAR=51;SRF=48;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124038;STB=0.509802;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.010927;OID=.;OPOS=204970302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:121:121:83:84:0.409756:51:32:48:73:52:32:48:73 chr1 204978533 . A G 1504.22 PASS AF=0.989796;AO=91;DP=93;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00200175;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.307;QD=61.3969;RBI=0.00287865;REFB=-0.0426109;REVB=-0.00206872;RO=1;SAF=31;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150437;STB=0.507935;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-2.61539e-05;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:98:1:1:91:97:0.989796:60:31:1:0:66:31:1:0 chr1 204991770 . C T 3150.56 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029498;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5565;QD=63.6476;RBI=0.0295026;REFB=-0.0802119;REVB=0.000516468;RO=1;SAF=89;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00532129;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470555;OID=.;OPOS=204991770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:198:1:0:197:198:1:108:89:1:0:108:90:0:0 chr1 205031116 . C T 6899.52 PASS AF=0.98;AO=440;DP=450;FAO=441;FDP=450;FR=.;FRO=9;FSAF=227;FSAR=214;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0287898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1716;QD=61.3291;RBI=0.0292742;REFB=-0.0433703;REVB=-0.00530373;RO=7;SAF=227;SAR=213;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144887;STB=0.505267;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00238899;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:450:450:7:9:440:441:0.98:213:227:7:0:214:227:7:2 chr1 205052939 . G A 744.48 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.191;QD=63.3604;RBI=0.00570087;REFB=0;REVB=0.00452561;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85087e-06;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:19:26:0:0:21:26:0:0 chr1 205053219 . C T 1806.74 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.968;QD=60.2247;RBI=0.0256726;REFB=-0.10191;REVB=0.0201423;RO=1;SAF=66;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887767;STB=0.504672;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000372328;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:53:66:0:1:53:66:0:1 chr1 205056844 . T A,TA,TTA 248.71 PASS AF=0,0,0.807692;AO=2,3,17;DP=30;FAO=0,0,21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,7;FSAR=0,0,14;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0232165,-0.0266593,-0.0295482;FXX=0.0714031;HRUN=5,1,5;LEN=1,1,2;MLLD=265.328,277.262,285.433;QD=38.263;RBI=0.0269186,0.0307721,0.0338562;REFB=-0.0138363,-0.017201,-0.0214172;REVB=0.0136238,0.0153689,0.0165271;RO=7;SAF=2,1,5;SAR=0,2,12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.577625,-0.240731,-0.161831;STB=0.5,0.5,0.555501;STBP=1,1,0.255;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,0.00156614,0.00451986;OID=.,.,.;OPOS=205056844,205056845,205056845;OREF=T,-,-;OALT=A,A,TA;OMAPALT=A,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:26:30:26:7:5:2,3,17:0,0,21:0,0,0.807692:0,2,12:2,1,5:4:3:0,0,14:0,0,7:3:2 chr1 205129319 . G A 1090.01 PASS AF=0.974026;AO=73;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0416174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8142;QD=56.6237;RBI=0.0416198;REFB=-0.18315;REVB=-0.000449783;RO=3;SAF=33;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161294;STB=0.501222;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00310702;OID=.;OPOS=205129319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:77:3:2:73:75:0.974026:40:33:2:1:41:34:1:1 chr1 205130413 . A G 2373.18 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.993;QD=63.2849;RBI=0.0550645;REFB=-0.064196;REVB=-0.0391549;RO=0;SAF=93;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502673;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000962203;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:150:0:1:149:149:0.993333:56:93:0:0:56:93:1:0 chr1 205272983 . C G 239.34 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.000429909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.525;QD=20.8118;RBI=0.00769096;REFB=-0.0165222;REVB=0.00767893;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266528;STB=0.654391;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00852385;OID=.;OPOS=205272983;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:22:23:0.5:10:12:19:4:11:12:19:4 chr1 205275421 . A G 1680.14 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179022;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.714;QD=60.5456;RBI=0.0179374;REFB=0;REVB=-0.00112436;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20167e-05;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:61:50:0:0:61:50:0:0 chr1 205306590 . G A 883.92 PASS AF=0.463918;AO=90;DP=194;FAO=90;FDP=194;FR=.;FRO=104;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=-0.00498764;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.127;QD=18.2252;RBI=0.0051947;REFB=-0.0181251;REVB=-0.00145199;RO=103;SAF=36;SAR=54;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271361;STB=0.51812;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0170625;OID=.;OPOS=205306590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:103:104:90:90:0.463918:54:36:44:59:54:36:45:59 chr1 205492756 . A G 1319.66 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7966;QD=62.1018;RBI=0.0430319;REFB=0;REVB=-0.0170257;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193731;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:42:42:0:0:42:43:0:0 chr1 205564196 . T A 203.91 PASS AF=0.571429;AO=18;DP=33;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00615638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.772;QD=23.3037;RBI=0.0146454;REFB=-0.0387576;REVB=0.0132885;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312556;STB=0.639195;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0346758;OID=.;OPOS=205564196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:14:15:18:20:0.571429:14:4:8:6:15:5:8:7 chr1 205570406 . T A 734.57 PASS AF=0.496552;AO=72;DP=145;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.0153294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2027;QD=20.264;RBI=0.0167315;REFB=-0.0413504;REVB=-0.00670466;RO=73;SAF=28;SAR=44;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207459;STB=0.614352;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0282236;OID=.;OPOS=205570406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:73:73:72:72:0.496552:44:28:45:28:44:28:45:28 chr1 205588637 . C T 117.85 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0159012;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.598;QD=10.9624;RBI=0.0621701;REFB=0.000834652;REVB=-0.0601022;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06775;STB=0.540577;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00130898;OID=.;OPOS=205588637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:9:5:12:17:9:5:12:17 chr1 205589574 . C T 298.68 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0190312;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5652;QD=29.1391;RBI=0.0190439;REFB=-0.0301873;REVB=0.000694977;RO=15;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739929;STB=0.540765;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0112805;OID=.;OPOS=205589574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:15:15:26:26:0.634146:11:15:7:8:11:15:7:8 chr1 205626995 . C G 269.19 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00776056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9301;QD=18.8907;RBI=0.00782976;REFB=-0.00904418;REVB=-0.00103868;RO=28;SAF=17;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229965;STB=0.628042;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00869062;OID=.;OPOS=205626995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:12:17:9:19:12:17:9:19 chr1 205686523 . GTTTTT GTTTGT,GTTTTG,GTT,GTTT,GTTTT 244.94 PASS AF=0.172414,0.275862,0,0.551724,0;AO=3,4,6,4,3;DP=30;FAO=5,8,0,16,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,15,0;FSAR=5,8,0,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246523,-0.0277953,-0.0428257,-0.0404428,-0.21455;FXX=0.0937207;HRUN=13,13,13,13,13;LEN=1,1,3,2,1;MLLD=182.429,180.916,10.8766,9.1939,2.39452;QD=33.7841;RBI=0.0272428,0.0309249,0.043093,0.0410047,0.214765;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.0115946,-0.0135561,-0.00479306,-0.00676484,-0.00959371;RO=0;SAF=0,0,6,3,3;SAR=3,4,0,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,del,del;VARB=-0.00387219,-0.00658482,0.0378985,0.0430107,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=205686527,205686528,205686524,205686524,205686524;OREF=T,T,TTT,TT,T;OALT=G,G,-,-,-;OMAPALT=GTTTGT,GTTTTG,GTT,GTTT,GTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.172414,0.275862,0,0.551724,0:3,4,6,4,3:30:5,8,0,16,0:29:0:0,0,0,15,0:5,8,0,1,0:0:0:62:0:0,0,6,3,3:3,4,0,1,0:0:0 chr1 205738110 . C T 245.16 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0342782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3434;QD=15.5657;RBI=0.0437106;REFB=0.00774701;REVB=-0.0271223;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0136299;OID=.;OPOS=205738110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:12:16:20:14:12:16:20:15 chr1 205738166 . T C 512.96 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322339;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.633;QD=56.9954;RBI=0.0378392;REFB=-0.0243554;REVB=0.0198187;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000384845;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:16:18:1:0:17:18:1:0 chr1 205810947 . C T 1336.87 PASS AF=0.520325;AO=128;DP=246;FAO=128;FDP=246;FR=.;FRO=118;FSAF=51;FSAR=77;FSRF=40;FSRR=78;FWDB=-0.0153638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.9576;QD=21.7377;RBI=0.024748;REFB=0.00432957;REVB=-0.0194014;RO=118;SAF=51;SAR=77;SRF=40;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551314;STB=0.530105;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00388204;OID=.;OPOS=205810947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:118:118:128:128:0.520325:77:51:40:78:77:51:40:78 chr1 205811828 . A T 664.2 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.00101783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.482;QD=17.3647;RBI=0.00120976;REFB=-0.0040706;REVB=0.000653863;RO=82;SAF=35;SAR=36;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185847;STB=0.510306;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00505331;OID=.;OPOS=205811828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:82:82:71:71:0.464052:36:35:42:40:36:35:42:40 chr1 205814497 . T C 699.5 PASS AF=0.40099;AO=80;DP=202;FAO=81;FDP=202;FR=.;FRO=121;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=-0.0221949;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.192;QD=13.8515;RBI=0.0221949;REFB=-0.00402322;REVB=-4.53405e-05;RO=121;SAF=32;SAR=48;SRF=61;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113069;STB=0.566422;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00486932;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:121:121:80:81:0.40099:48:32:61:60:49:32:61:60 chr1 205817018 . T C 127.78 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0403827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.589;QD=8.24408;RBI=0.0494154;REFB=-0.00636907;REVB=0.0284801;RO=43;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503593;STB=0.518991;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0265066;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:44:18:18:0.290323:11:7:15:28:11:7:16:28 chr1 205819039 . C T 689.58 PASS AF=0.474026;AO=73;DP=154;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0109907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.806;QD=17.9111;RBI=0.0174274;REFB=-0.00612995;REVB=0.0135248;RO=81;SAF=35;SAR=38;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00193145;STB=0.501069;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00623163;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:81:81:73:73:0.474026:38:35:39:42:38:35:39:42 chr1 205819104 . G A 675.9 PASS AF=0.45625;AO=73;DP=160;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0225003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.469;QD=16.8976;RBI=0.0229519;REFB=-0.0105086;REVB=-0.00453077;RO=87;SAF=38;SAR=35;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706667;STB=0.539227;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0117832;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:87:87:73:73:0.45625:35:38:39:48:35:38:39:48 chr1 205890817 . C CG,G 85.33 PASS AF=0.0896552,0.0758621;AO=31,11;DP=148;FAO=13,11;FDP=145;FR=.;FRO=121;FSAF=5,7;FSAR=8,4;FSRF=51;FSRR=70;FWDB=-0.0446396,-0.00106532;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=24.4417,42.0875;QD=2.35388;RBI=0.05087,0.044108;REFB=-0.0472054,-0.0352193;REVB=-0.0243938,-0.0440951;RO=106;SAF=18,7;SAR=13,4;SRF=41;SRR=65;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.240908,0.28469;STB=0.534552,0.690337;STBP=0.821,0.247;TYPE=ins,snp;VARB=0.108065,0.174838;OID=.,.;OPOS=205890818,205890817;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:148:145:106:121:31,11:13,11:0.0896552,0.0758621:13,4:18,7:41:65:8,4:5,7:51:70 chr1 206516261 . C T 717.18 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0370555;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1228;QD=21.0936;RBI=0.0622046;REFB=-0.0432736;REVB=0.049963;RO=66;SAF=28;SAR=42;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557805;STB=0.503067;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0210956;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:66:66:70:70:0.514706:42:28:26:40:42:28:26:40 chr1 206566195 . C T 394.41 PASS AF=0.195531;AO=70;DP=357;FAO=70;FDP=358;FR=.;FRO=288;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=82;FSRR=206;FWDB=0.0298006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9857;QD=4.40685;RBI=0.0307769;REFB=-0.00114018;REVB=-0.00769035;RO=286;SAF=18;SAR=52;SRF=81;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042771;STB=0.528232;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00784724;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:358:286:288:70:70:0.195531:52:18:81:205:52:18:82:206 chr1 206566904 . T C 762.5 PASS AF=0.417085;AO=80;DP=196;FAO=83;FDP=199;FR=.;FRO=116;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=74;FWDB=-0.0169742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.208;QD=15.3265;RBI=0.017431;REFB=-0.0206689;REVB=-0.00396431;RO=116;SAF=32;SAR=48;SRF=42;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421447;STB=0.514532;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0287751;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:199:116:116:80:83:0.417085:48:32:42:74:51:32:42:74 chr1 206603535 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.128;QD=62.0082;RBI=0.00222162;REFB=0;REVB=-0.000945813;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04722e-06;OID=.;OPOS=206603535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:37:47:0:0:37:47:0:0 chr1 206635570 . C T 2325.73 PASS AF=0.951807;AO=160;DP=169;FAO=158;FDP=166;FR=.;FRO=8;FSAF=67;FSAR=91;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00319328;FXX=0.0177504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.056;QD=56.0418;RBI=0.00649639;REFB=-0.058673;REVB=-0.00565739;RO=4;SAF=67;SAR=93;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00386811;STB=0.515999;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000390165;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:169:166:4:8:160:158:0.951807:93:67:2:2:91:67:6:2 chr1 206647742 . A G 2408.06 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5805;QD=64.215;RBI=0.0874197;REFB=0;REVB=-0.0874077;RO=0;SAF=71;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365837;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:79:71:0:0:79:71:0:0 chr1 206647787 . T C 2652.02 PASS AF=0.988571;AO=172;DP=175;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00908383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.058;QD=60.6175;RBI=0.0419497;REFB=-0.0827451;REVB=0.0409544;RO=2;SAF=72;SAR=100;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094237;STB=0.50495;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000612304;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:175:175:2:2:172:173:0.988571:100:72:0:2:100:73:0:2 chr1 206651107 . G A 3038.76 PASS AF=0.989796;AO=193;DP=196;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0206185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.122;QD=62.0156;RBI=0.0420242;REFB=0.0147976;REVB=0.0366185;RO=2;SAF=95;SAR=98;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000151843;STB=0.500053;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-1.35107e-05;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:196:2:2:193:194:0.989796:98:95:1:1:98:96:1:1 chr1 206665052 . C T 1190.2 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.828;QD=61.0358;RBI=0.0162974;REFB=0;REVB=0.00736332;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98361e-05;OID=.;OPOS=206665052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr1 206665837 . G A 2331.77 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.962;QD=63.8842;RBI=0.0253569;REFB=0;REVB=0.0150029;RO=0;SAF=63;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17323e-05;OID=.;OPOS=206665837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:83:63:0:0:83:63:0:0 chr1 206680983 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3088;QD=53.2766;RBI=0.0574055;REFB=0;REVB=-0.0573931;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148475;OID=.;OPOS=206680983;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr1 206757857 . C A 624.14 PASS AF=0.447368;AO=68;DP=152;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=-0.0105753;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1806;QD=16.4247;RBI=0.0155596;REFB=-0.00869978;REVB=0.0114133;RO=84;SAF=24;SAR=44;SRF=29;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839475;STB=0.504672;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0138245;OID=.;OPOS=206757857;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:84:84:68:68:0.447368:44:24:29:55:44:24:29:55 chr1 206758077 . T A 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2362;QD=24.325;RBI=0.0184527;REFB=0.0391832;REVB=-0.0184527;RO=2;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0107782;OID=.;OPOS=206758077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:7:0:0:2:7:0:0:2 chr1 206773659 . A G 3224.04 PASS AF=1;AO=107;DP=211;FAO=210;FDP=210;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=111;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247659;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.152;QD=61.4102;RBI=0.110807;REFB=-0.058033;REVB=0.108004;RO=1;SAF=34;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575179;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:211:210:1:0:107:210:1:73:34:1:0:99:111:0:0 chr1 206905043 . C T 644.81 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0212989;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.792;QD=22.6248;RBI=0.0245677;REFB=-0.0122832;REVB=0.0122445;RO=48;SAF=31;SAR=32;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138104;STB=0.577914;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00863353;OID=.;OPOS=206905043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:48:51:63:63:0.552632:32:31:32:16:32:31:34:17 chr1 207015957 . T C 831.04 PASS AF=0.437186;AO=87;DP=199;FAO=87;FDP=199;FR=.;FRO=112;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=0.0427725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6841;QD=16.7043;RBI=0.0588733;REFB=0.0173637;REVB=-0.0404547;RO=112;SAF=40;SAR=47;SRF=63;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103609;STB=0.557641;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0223554;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:112:112:87:87:0.437186:47:40:63:49:47:40:63:49 chr1 207109116 . C T 224.09 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.218752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1006;QD=42.6843;RBI=0.223058;REFB=-0.0858734;REVB=0.0436166;RO=2;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575091;STB=0.531218;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0365469;OID=.;OPOS=207109116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:15:4:0:2:15:4:0:2 chr1 207110936 . T C 1538.42 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144434;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.58;QD=62.7926;RBI=0.0144455;REFB=-0.0675209;REVB=-0.000244288;RO=1;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854568;STB=0.504504;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000295259;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:98:1:1:97:97:0.989796:55:42:0:1:55:42:0:1 chr1 207132345 . A G 845.11 PASS AF=0.911765;AO=61;DP=69;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.000863345;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.568;QD=49.7121;RBI=0.0259034;REFB=-0.0455263;REVB=-0.025889;RO=6;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689204;STB=0.536574;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000390194;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:69:68:6:6:61:62:0.911765:38:23:0:6:38:24:0:6 chr1 207140440 . C T 1443.99 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000781382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.903;QD=62.1069;RBI=0.00656707;REFB=-0.0682845;REVB=0.00652041;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98776e-05;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:93:93:0:0:92:93:1:57:35:0:0:58:35:0:0 chr1 207143422 . A G 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.778;QD=60.6448;RBI=0.0449145;REFB=0;REVB=-0.00441852;RO=0;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46036e-05;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:49:64:0:0:49:64:0:0 chr1 207195779 . A G 644.41 PASS AF=0.892857;AO=50;DP=56;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0438921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.336;QD=46.0293;RBI=0.0484231;REFB=0.0111333;REVB=0.020452;RO=6;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596297;STB=0.531779;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00188485;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:56:56:6:6:50:50:0.892857:27:23:1:5:27:23:1:5 chr1 207217359 . T C 294.97 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0225066;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.775;QD=27.439;RBI=0.0280998;REFB=-0.026257;REVB=0.0168242;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203914;STB=0.511269;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0226388;OID=.;OPOS=207217359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:17:17:26:26:0.604651:10:16:10:7:10:16:10:7 chr1 207220800 . C A 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0283103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.861;QD=13.95;RBI=0.028314;REFB=-0.00477791;REVB=0.000455284;RO=46;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176327;STB=0.599938;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0110165;OID=.;OPOS=207220800;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:15:16:16:30:15:16:16:30 chr1 207251176 . G T 137.45 PASS AF=0.131455;AO=25;DP=217;FAO=28;FDP=213;FR=.,HEALED;FRO=176;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=110;FSRR=66;FWDB=0.0307008;FXX=0.044841;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.0827;QD=2.58116;RBI=0.0625645;REFB=-0.0457355;REVB=-0.0545141;RO=153;SAF=8;SAR=17;SRF=107;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455683;STB=0.719855;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.238811;OID=.;OPOS=207251176;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:213:153:176:25:28:0.131455:17:8:107:46:18:10:110:66 chr1 207251178 . G T 268.37 PASS AF=0.225225;AO=51;DP=209;FAO=50;FDP=222;FR=.;FRO=172;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=84;FSRR=88;FWDB=0.0334483;FXX=0.0044841;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9125;QD=4.83554;RBI=0.0593634;REFB=-0.00457582;REVB=-0.0490431;RO=134;SAF=34;SAR=17;SRF=74;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148006;STB=0.635259;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0112231;OID=.;OPOS=207251178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:222:134:172:51:50:0.225225:17:34:74:60:17:33:84:88 chr1 207263829 . A G 627.37 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.013236;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.756;QD=25.871;RBI=0.0153855;REFB=-0.0182405;REVB=-0.0078436;RO=41;SAF=21;SAR=35;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906186;STB=0.54958;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.014011;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:41:41:56:56:0.57732:35:21:20:21:35:21:20:21 chr1 207269919 . C T 273.78 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0398655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2787;QD=11.29;RBI=0.0424794;REFB=0.0124657;REVB=-0.0146711;RO=64;SAF=10;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235742;STB=0.637117;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0196105;OID=.;OPOS=207269919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:64:33:33:0.340206:23:10:32:32:23:10:32:32 chr1 207297680 . T C 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00713582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.274;QD=18.5414;RBI=0.00740989;REFB=5.18159e-05;REVB=-0.00199662;RO=35;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421983;STB=0.523546;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-3.47866e-05;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:20:14:16:19:20:14:16:19 chr1 207653395 . C A 1358.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.214;QD=62.4634;RBI=0.0171864;REFB=0;REVB=0.0114447;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10128e-05;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr1 207679307 . A G 6262.72 PASS AF=0.980676;AO=404;DP=418;FAO=406;FDP=414;FR=.;FRO=8;FSAF=179;FSAR=227;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.010494;FXX=0.00956915;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.818;QD=60.5093;RBI=0.03271;REFB=-0.0127421;REVB=0.0309809;RO=8;SAF=179;SAR=225;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00213601;STB=0.501158;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.000226567;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:418:414:8:8:404:406:0.980676:225:179:4:4:227:179:4:4 chr1 207753621 . A G 3932.24 PASS AF=1;AO=254;DP=256;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152909;FXX=0.00781219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.012;QD=61.925;RBI=0.0383107;REFB=-0.0238602;REVB=0.0351269;RO=1;SAF=120;SAR=134;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395599;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66102e-06;OID=.;OPOS=207753621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:256:254:1:0:254:254:1:134:120:1:0:134:120:0:0 chr1 207782916 . A T 2469.41 PASS AF=1;AO=150;DP=154;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502215;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1167;QD=60.2296;RBI=0.0454841;REFB=0;REVB=0.045206;RO=0;SAF=71;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188656;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:154:164:0:0:150:164:1:79:71:0:0:93:71:0:0 chr1 207782931 . A G 2585.28 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0961985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.82;QD=61.9228;RBI=0.0985004;REFB=0;REVB=0.0211705;RO=0;SAF=67;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254574;OID=.;OPOS=207782931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:167:0:0:165:167:1:98:67:0:0:99:68:0:0 chr1 207790088 . C G 5100.87 PASS AF=1;AO=322;DP=324;FAO=324;FDP=324;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514806;FXX=0.00307683;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.37;QD=62.9737;RBI=0.0515992;REFB=0;REVB=-0.00349667;RO=1;SAF=134;SAR=188;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354663;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106366;OID=.;OPOS=207790088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:324:324:1:0:322:324:1:188:134:1:0:189:135:0:0 chr1 207795320 . A G 4256.37 PASS AF=0.992754;AO=271;DP=276;FAO=274;FDP=276;FR=.;FRO=2;FSAF=118;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0143418;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1716;QD=61.6866;RBI=0.0413088;REFB=-0.149776;REVB=0.0387393;RO=3;SAF=118;SAR=153;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00925592;STB=0.503184;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000771809;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:276:276:3:2:271:274:0.992754:153:118:0:3:156:118:0:2 chr1 207812791 . A G 513.12 PASS AF=0.387755;AO=55;DP=149;FAO=57;FDP=147;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.00974375;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.285;QD=13.9625;RBI=0.0131023;REFB=-0.00341963;REVB=-0.00875957;RO=85;SAF=31;SAR=24;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16214;STB=0.587369;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00482732;OID=.;OPOS=207812791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:85:90:55:57:0.387755:24:31:35:50:26:31:36:54 chr1 207851611 . A G 2181.16 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.551;QD=63.2221;RBI=0.0174823;REFB=0;REVB=0.0126093;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77018e-05;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:138:0:0:133:138:1:72:61:0:0:77:61:0:0 chr1 207857254 . A G 1439.14 PASS AF=0.545098;AO=138;DP=255;FAO=139;FDP=255;FR=.;FRO=116;FSAF=72;FSAR=67;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=0.0384532;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0111;QD=22.5747;RBI=0.0385637;REFB=-0.0269409;REVB=-0.00291712;RO=116;SAF=72;SAR=66;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326866;STB=0.516025;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0193212;OID=.;OPOS=207857254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:116:116:138:139:0.545098:66:72:56:60:67:72:56:60 chr1 207875116 . GAGA G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0115326;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=320.42;QD=18.4834;RBI=0.0137485;REFB=-0.0103306;REVB=-0.00748473;RO=21;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129554;STB=0.57405;STBP=0.4;TYPE=del;VARB=0.0122401;OID=.;OPOS=207875117;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:19:40:19:40:21:5:14:8:13:99:21:5:14:8:13 chr1 207881557 . A G 1238.53 PASS AF=0.439597;AO=130;DP=298;FAO=131;FDP=298;FR=.;FRO=167;FSAF=71;FSAR=60;FSRF=80;FSRR=87;FWDB=0.00034153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.948;QD=16.6245;RBI=0.0090158;REFB=-0.00609802;REVB=-0.00900933;RO=165;SAF=71;SAR=59;SRF=79;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680211;STB=0.535308;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00881987;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:165:167:130:131:0.439597:59:71:79:86:60:71:80:87 chr1 207884105 . C A 850.83 PASS AF=0.438679;AO=93;DP=212;FAO=93;FDP=212;FR=.;FRO=119;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=-0.12069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6333;QD=16.0535;RBI=0.12154;REFB=-0.00340702;REVB=0.0143481;RO=119;SAF=40;SAR=53;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413802;STB=0.523021;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00453602;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:119:119:93:93:0.438679:53:40:56:63:53:40:56:63 chr1 207884107 . G A 843.8 PASS AF=0.442308;AO=92;DP=208;FAO=92;FDP=208;FR=.;FRO=116;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=-0.00552694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.951;QD=16.2269;RBI=0.0055384;REFB=0.00214205;REVB=-0.000356146;RO=116;SAF=40;SAR=52;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224922;STB=0.512503;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00360764;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:116:116:92:92:0.442308:52:40:53:63:52:40:53:63 chr1 207885881 . C T 954.68 PASS AF=0.505376;AO=94;DP=186;FAO=94;FDP=186;FR=.;FRO=92;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=5.22296e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.695;QD=20.5307;RBI=0.0467097;REFB=-0.00276574;REVB=-0.0467097;RO=92;SAF=53;SAR=41;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212385;STB=0.511661;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00250003;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:92:92:94:94:0.505376:41:53:54:38:41:53:54:38 chr1 207886150 . C T 1140.77 PASS AF=0.401869;AO=129;DP=322;FAO=129;FDP=321;FR=.;FRO=192;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=93;FSRR=99;FWDB=0.00514134;FXX=0.00310549;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.895;QD=14.2152;RBI=0.00656853;REFB=-0.0135903;REVB=-0.00408806;RO=188;SAF=64;SAR=65;SRF=89;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241115;STB=0.507028;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0203342;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:321:188:192:129:129:0.401869:65:64:89:99:65:64:93:99 chr1 207888739 . G T 841.23 PASS AF=0.377863;AO=99;DP=267;FAO=99;FDP=262;FR=.;FRO=163;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=106;FWDB=0.00365006;FXX=0.0187259;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.245;QD=12.8432;RBI=0.0120529;REFB=-0.00777616;REVB=-0.0114869;RO=164;SAF=55;SAR=44;SRF=58;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220463;STB=0.626019;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0172544;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:262:164:163:99:99:0.377863:44:55:58:106:44:55:57:106 chr1 207890866 . T C 878.68 PASS AF=0.440367;AO=92;DP=214;FAO=96;FDP=218;FR=.;FRO=122;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=62;FSRR=60;FWDB=-0.0296895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1091;QD=16.1226;RBI=0.037979;REFB=0.00242296;REVB=-0.0236841;RO=121;SAF=37;SAR=55;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113866;STB=0.570173;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00550093;OID=.;OPOS=207890866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:218:121:122:92:96:0.440367:55:37:62:59:59:37:62:60 chr1 207941190 . AG A,AT 1271.95 PASS AF=0.0119048,0.988095;AO=28,56;DP=85;FAO=1,83;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=1,36;FSAR=0,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264791,0.0278207;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.03,139.395;QD=60.5688;RBI=0.0268557,0.0296103;REFB=0,0;REVB=-0.00448185,0.0101381;RO=0;SAF=13,24;SAR=15,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0200527,0.00519853;OID=.,.;OPOS=207941191,207941191;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0119048,0.988095:28,56:85:1,83:84:0:1,36:0,47:0:0:6:0:13,24:15,32:0:0 chr1 208207839 . G A 793.99 PASS AF=0.513514;AO=76;DP=148;FAO=76;FDP=148;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00975745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.464;QD=21.4592;RBI=0.03126;REFB=-0.0222621;REVB=0.0296982;RO=71;SAF=25;SAR=51;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898385;STB=0.546771;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0201076;OID=.;OPOS=208207839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:71:72:76:76:0.513514:51:25:30:41:51:25:30:42 chr1 208218547 . GT AG,GG,G 726.69 PASS AF=0.0674157,0.0224719,0.910112;AO=5,5,40;DP=91;FAO=6,2,81;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,28;FSAR=6,2,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640852,0.38687,0.863565;FXX=0.0729091;HRUN=2,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=161.071,8.4994,11.4483;QD=32.6604;RBI=0.0688553,0.411295,0.874989;REFB=0.0043915,-0.019216,-0.00236446;REVB=-0.025182,0.139626,0.140927;RO=29;SAF=0,0,3;SAR=5,5,37;SRF=22;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.752478,-0.752478,-0.670514;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.0596786,0.0243871,0.0261083;OID=.,.,.;OPOS=208218547,208218548,208218548;OREF=GT,T,T;OALT=AG,G,-;OMAPALT=AG,GG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:23:91:89:29:0:5,5,40:6,2,81:0.0674157,0.0224719,0.910112:5,5,37:0,0,3:22:7:6,2,53:0,0,28:0:0 chr1 208252777 . G C 521.74 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00340013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.292;QD=18.4686;RBI=0.0202733;REFB=-0.0164049;REVB=0.0199861;RO=57;SAF=27;SAR=28;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015844;STB=0.504184;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0163636;OID=.;OPOS=208252777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:58:55:55:0.486726:28:27:27:30:28:27:28:30 chr1 208391098 . T C 1144.17 PASS AF=0.506667;AO=114;DP=225;FAO=114;FDP=225;FR=.;FRO=111;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=-0.029441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7649;QD=20.3408;RBI=0.0294429;REFB=0.00313521;REVB=-0.000334669;RO=111;SAF=57;SAR=57;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364714;STB=0.519996;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00253951;OID=.;OPOS=208391098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:111:111:114:114:0.506667:57:57:51:60:57:57:51:60 chr1 209605636 . TAGCAGCAGCAGC T,TC 173.52 PASS AF=0.657895,0;AO=13,2;DP=16;FAO=25,0;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=15,0;FSAR=10,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.039717,-0.0308154;FXX=0.0499875;HRUN=1,1;LEN=12,11;MLLD=231.356,245.007;QD=18.2652;RBI=0.0447706,0.0434272;REFB=-0.00549227,0.00349454;REVB=-0.0206633,-0.0305996;RO=0;SAF=5,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.60098e-08,0;STB=0.521722,0.5;STBP=0.713,1;TYPE=del,del;VARB=0.00390961,0;OID=.,.;OPOS=209605637,209605637;OREF=AGCAGCAGCAGC,AGCAGCAGCAG;OALT=-,-;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.657895,0:13,2:16:25,0:38:13:15,0:10,0:7:6:99:0:5,0:8,2:0:0 chr1 209782343 . A G 3681.45 PASS AF=1;AO=180;DP=237;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016469;FXX=0.0168769;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.33;QD=63.2008;RBI=0.0233076;REFB=-0.0927086;REVB=-0.0164928;RO=0;SAF=59;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57656e-05;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:237:233:0:0:180:233:1:121:59:0:0:148:85:0:0 chr1 209785206 . G A 195.52 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0125213;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4483;QD=23.0022;RBI=0.0315172;REFB=-0.039687;REVB=-0.0289232;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111377;STB=0.555497;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0340813;OID=.;OPOS=209785206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:18:19:0.558824:9:9:5:9:9:10:6:9 chr1 209788703 . T C 695.57 PASS AF=0.466667;AO=69;DP=148;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.00197481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.195;QD=18.5484;RBI=0.00815857;REFB=-0.0107813;REVB=-0.00791596;RO=79;SAF=41;SAR=28;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134239;STB=0.572693;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0104447;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:79:80:69:70:0.466667:28:41:36:43:29:41:36:44 chr1 209799253 . A G 579.83 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0186532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1829;QD=20.345;RBI=0.0266604;REFB=-0.0248778;REVB=-0.0190483;RO=55;SAF=27;SAR=32;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836943;STB=0.546015;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0251981;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:32:27:20:35:32:27:20:35 chr1 209800230 . C T 1555.25 PASS AF=0.406542;AO=172;DP=426;FAO=174;FDP=428;FR=.;FRO=254;FSAF=92;FSAR=82;FSRF=143;FSRR=111;FWDB=0.0278811;FXX=0.00233095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.903;QD=14.535;RBI=0.0317113;REFB=-0.0064746;REVB=0.015108;RO=249;SAF=92;SAR=80;SRF=141;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033525;STB=0.520443;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0079171;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:428:249:254:172:174:0.406542:80:92:141:108:82:92:143:111 chr1 209801519 . C T 286.72 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.010885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.494;QD=13.3357;RBI=0.0206207;REFB=-0.0154416;REVB=0.0175136;RO=51;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917256;STB=0.541285;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0298044;OID=.;OPOS=209801519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:53:33:33:0.383721:19:14:26:25:19:14:26:27 chr1 209807972 . G A 207.5 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00607239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.923;QD=15.0905;RBI=0.0109838;REFB=-0.0201052;REVB=0.00915259;RO=30;SAF=18;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272925;STB=0.666518;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0232284;OID=.;OPOS=209807972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:31:24:24:0.436364:6:18:15:15:6:18:15:16 chr1 209823354 . G A 476.51 PASS AF=0.424;AO=52;DP=124;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=0.0570334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7254;QD=15.2484;RBI=0.0674111;REFB=0.00248408;REVB=-0.0359367;RO=72;SAF=25;SAR=27;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168925;STB=0.598934;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00278728;OID=.;OPOS=209823354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:72:72:52:53:0.424:27:25:23:49:27:26:23:49 chr1 209849399 . AG A 515.71 PASS AF=0.459677;AO=52;DP=127;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0162528;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.387;QD=16.6358;RBI=0.0162643;REFB=-0.0448447;REVB=0.000612541;RO=68;SAF=22;SAR=30;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186838;STB=0.534653;STBP=0.521;TYPE=del;VARB=0.0503119;OID=.;OPOS=209849400;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459677:52:127:57:124:67:22:35:30:37:99:68:22:30:30:38 chr1 209849406 . T G 559.1 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.00289265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.889;QD=17.4718;RBI=0.0273706;REFB=-0.0514092;REVB=-0.0272174;RO=66;SAF=22;SAR=37;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364145;STB=0.526939;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0530106;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:66:69:59:59:0.460938:37:22:27:39:37:22:29:40 chr1 209933528 . G A 357.87 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0286705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.573;QD=12.7809;RBI=0.0287518;REFB=-0.0315438;REVB=0.00216066;RO=68;SAF=30;SAR=13;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210578;STB=0.616565;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0417362;OID=.;OPOS=209933528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:69:43:43:0.383929:13:30:35:33:13:30:36:33 chr1 209933660 . G C 344.24 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0479561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2556;QD=14.3434;RBI=0.048486;REFB=0.00356303;REVB=-0.00714859;RO=58;SAF=19;SAR=19;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183373;STB=0.510411;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00467345;OID=.;OPOS=209933660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:19:19:28:30:19:19:28:30 chr1 209950760 . C G 6376.48 PASS AF=1;AO=404;DP=407;FAO=406;FDP=406;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=213;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240371;FXX=0.00490184;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.296;QD=62.8224;RBI=0.0341016;REFB=0;REVB=0.0241896;RO=0;SAF=193;SAR=211;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.162e-05;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:407:406:0:0:404:406:1:211:193:0:0:213:193:0:0 chr1 209964080 . C T 655.26 PASS AF=0.488889;AO=66;DP=135;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00465693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.151;QD=19.4151;RBI=0.00881131;REFB=-0.000723095;REVB=0.00748012;RO=69;SAF=39;SAR=27;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106859;STB=0.505905;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.000664146;OID=.;OPOS=209964080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:69:69:66:66:0.488889:27:39:40:29:27:39:40:29 chr1 209968684 . C A 3996.42 PASS AF=1;AO=248;DP=250;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125954;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.081;QD=64.1996;RBI=0.0167681;REFB=0;REVB=0.0110691;RO=0;SAF=115;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86817e-06;OID=.;OPOS=209968684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:250:249:0:0:248:249:1:133:115:0:0:133:116:0:0 chr1 210004199 . C G 329.87 PASS AF=0.356522;AO=41;DP=116;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.00329911;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.421;QD=11.4737;RBI=0.00586751;REFB=0.00819721;REVB=0.00485217;RO=73;SAF=23;SAR=18;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226032;STB=0.632438;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0244422;OID=.;OPOS=210004199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:73:74:41:41:0.356522:18:23:26:47:18:23:26:48 chr1 210006603 . C T 575.03 PASS AF=0.407407;AO=66;DP=162;FAO=66;FDP=162;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.0117522;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.038;QD=14.1981;RBI=0.0133818;REFB=-0.0117053;REVB=-0.00640003;RO=94;SAF=28;SAR=38;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127477;STB=0.508019;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0161874;OID=.;OPOS=210006603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:94:96:66:66:0.407407:38:28:41:53:38:28:42:54 chr1 210267893 . TGAA T 349.03 PASS AF=0.493151;AO=34;DP=77;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0128889;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=3;MLLD=225.11;QD=19.1248;RBI=0.0129077;REFB=-0.0108683;REVB=0.00069784;RO=38;SAF=11;SAR=23;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074223;STB=0.509429;STBP=0.876;TYPE=del;VARB=0.00822439;OID=.;OPOS=210267894;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493151:34:77:36:73:37:13:23:14:23:99:38:11:23:15:23 chr1 210334081 . T C 389.18 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0142667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.172;QD=15.114;RBI=0.0187833;REFB=-0.00918581;REVB=-0.0122177;RO=57;SAF=21;SAR=23;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11952;STB=0.556508;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0118403;OID=.;OPOS=210334081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:59:44:44:0.427184:23:21:34:23:23:21:34:25 chr1 210337043 . A G 785.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.713;QD=64.1442;RBI=0.147304;REFB=0;REVB=0.0452619;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691393;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr1 210407031 . G T 1467.14 PASS AF=0.438017;AO=158;DP=364;FAO=159;FDP=363;FR=.;FRO=204;FSAF=82;FSAR=77;FSRF=93;FSRR=111;FWDB=-0.0103476;FXX=0.0054793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.992;QD=16.1668;RBI=0.0105141;REFB=-0.0423526;REVB=0.00186392;RO=200;SAF=82;SAR=76;SRF=91;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644471;STB=0.533588;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0458489;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:363:200:204:158:159:0.438017:76:82:91:109:77:82:93:111 chr1 210547505 . C G 824.09 PASS AF=0.469613;AO=85;DP=182;FAO=85;FDP=181;FR=.;FRO=96;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.00406038;FXX=0.0054942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.045;QD=18.2119;RBI=0.0307013;REFB=-0.00520986;REVB=0.0304316;RO=95;SAF=43;SAR=42;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396332;STB=0.518986;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00627341;OID=.;OPOS=210547505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:95:96:85:85:0.469613:42:43:52:43:42:43:52:44 chr1 210577873 . G C 927.6 PASS AF=0.452055;AO=99;DP=219;FAO=99;FDP=219;FR=.;FRO=120;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=52;FSRR=68;FWDB=-0.00675792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.987;QD=16.9425;RBI=0.0437756;REFB=-0.0125932;REVB=-0.0432508;RO=119;SAF=47;SAR=52;SRF=52;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373931;STB=0.522799;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0156164;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:119:120:99:99:0.452055:52:47:52:67:52:47:52:68 chr1 210804430 . G A 734.18 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0141295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.866;QD=19.4486;RBI=0.0300598;REFB=-0.00438919;REVB=-0.026532;RO=75;SAF=39;SAR=36;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024215;STB=0.516689;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00351459;OID=.;OPOS=210804430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:76:75:75:0.496689:36:39:37:38:36:39:37:39 chr1 210857457 . A G 248.28 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0294745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.303;QD=18.7384;RBI=0.0299392;REFB=-0.0249073;REVB=-0.00525441;RO=26;SAF=6;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244348;STB=0.614796;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0197351;OID=.;OPOS=210857457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:26:26:27:0.509434:20:6:12:14:20:7:12:14 chr1 211380770 . T C 3764.74 PASS AF=1;AO=225;DP=229;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00737115;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.167;QD=63.2729;RBI=0.0640247;REFB=0;REVB=0.063599;RO=0;SAF=108;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35401e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20254e-05;OID=.;OPOS=211380770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:238:0:0:225:238:1:117:108:0:0:128:110:0:0 chr1 211451467 . T C 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00798236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.482;QD=19.4077;RBI=0.00900037;REFB=-0.0169689;REVB=0.00415796;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572157;STB=0.531893;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0145307;OID=.;OPOS=211451467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:18:12:13:15:18:12:13:15 chr1 211846876 . A G 1731.27 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000127832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.619;QD=60.7464;RBI=0.00323463;REFB=0;REVB=0.0032321;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48813e-06;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:57:57:0:0:57:57:0:0 chr1 212273639 . C T 1786.48 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.349;QD=60.5587;RBI=0.0417946;REFB=0;REVB=-0.00898228;RO=0;SAF=68;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5314e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:48:68:0:0:48:70:0:0 chr1 212274413 . A C 785.16 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.806;QD=57.1028;RBI=0.0248716;REFB=0;REVB=-0.00383113;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91958e-05;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:30:25:0:0 chr1 212515613 . C T 504.94 PASS AF=0.521277;AO=47;DP=92;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0277012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.942;QD=21.4868;RBI=0.0279669;REFB=0.0165986;REVB=-0.00384628;RO=45;SAF=16;SAR=31;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362667;STB=0.516122;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00970028;OID=.;OPOS=212515613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:45:45:47:49:0.521277:31:16:17:28:32:17:17:28 chr1 212526288 . C T 568.7 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=0.0103491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.02;QD=17.2334;RBI=0.0103615;REFB=-0.0125764;REVB=-0.000507923;RO=72;SAF=29;SAR=31;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148408;STB=0.582332;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.014431;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:72:60:60:0.454545:31:29:24:48:31:29:24:48 chr1 212534377 . T A 372.89 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0159061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.263;QD=23.3053;RBI=0.0201614;REFB=-0.0454934;REVB=-0.0123885;RO=27;SAF=15;SAR=22;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597038;STB=0.532854;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0249457;OID=.;OPOS=212534377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:22:15:13:14:22:15:13:14 chr1 212560327 . A G 1449.2 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0451148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0923;QD=61.6679;RBI=0.0712293;REFB=0.00924987;REVB=-0.0551206;RO=1;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903006;STB=0.504761;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00252646;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:92:93:0.989362:52:40:0:1:52:41:0:1 chr1 212799870 . A G 712.99 PASS AF=0.442529;AO=76;DP=173;FAO=77;FDP=174;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=33;FSRR=64;FWDB=-0.0313284;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7412;QD=16.3905;RBI=0.056144;REFB=-0.00118848;REVB=-0.0465906;RO=95;SAF=26;SAR=50;SRF=33;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00582298;STB=0.501583;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.000765732;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:95:97:76:77:0.442529:50:26:33:62:51:26:33:64 chr1 212799949 . C T 1052.01 PASS AF=0.515306;AO=101;DP=196;FAO=101;FDP=196;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=74;FSRF=32;FSRR=63;FWDB=-0.00289723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.972;QD=21.4696;RBI=0.0174766;REFB=-0.0196107;REVB=-0.0172348;RO=93;SAF=27;SAR=74;SRF=32;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819102;STB=0.541343;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0178901;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:93:95:101:101:0.515306:74:27:32:61:74:27:32:63 chr1 212900487 . A G 2515.59 PASS AF=0.988024;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.473;QD=60.2537;RBI=0.0274164;REFB=-0.0676189;REVB=0.0208543;RO=2;SAF=80;SAR=85;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000345591;STB=0.500182;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000743995;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:167:2:2:165:165:0.988024:85:80:1:1:85:80:1:1 chr1 212902901 . G A 527.38 PASS AF=0.401316;AO=60;DP=153;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=-0.0163431;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.155;QD=13.8785;RBI=0.0164371;REFB=-0.00939994;REVB=-0.00175508;RO=86;SAF=34;SAR=26;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237092;STB=0.624429;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0133291;OID=.;OPOS=212902901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:86:91:60:61:0.401316:26:34:29:57:26:35:33:58 chr1 212911836 . T C 819.32 PASS AF=0.575758;AO=75;DP=131;FAO=76;FDP=132;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0064728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.221;QD=24.8278;RBI=0.0130933;REFB=-0.00601478;REVB=0.0113814;RO=56;SAF=31;SAR=44;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458637;STB=0.522466;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00479302;OID=.;OPOS=212911836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:56:56:75:76:0.575758:44:31:20:36:45:31:20:36 chr1 212965095 . G A 512.13 PASS AF=0.521277;AO=45;DP=91;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=36;FWDB=0.0215735;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.086;QD=21.7927;RBI=0.0281424;REFB=-0.0139619;REVB=0.0180715;RO=46;SAF=26;SAR=19;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338891;STB=0.655777;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0176251;OID=.;OPOS=212965095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:46:45:45:49:0.521277:19:26:9:37:23:26:9:36 chr1 212965284 . C G 2623.79 PASS AF=0.480374;AO=198;DP=538;FAO=257;FDP=535;FR=.,HEALED;FRO=267;FSAF=127;FSAR=130;FSRF=122;FSRR=145;FWDB=-0.00789619;FXX=0.00186564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.631;QD=19.6171;RBI=0.0152957;REFB=-0.0316943;REVB=0.0131;RO=258;SAF=127;SAR=71;SRF=120;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183948;STB=0.518982;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0502746;OID=.;OPOS=212965284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:538:535:258:267:198:257:0.480374:71:127:120:138:130:127:122:145 chr1 213009469 . A G 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0206174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.895;QD=15.4181;RBI=0.0209528;REFB=-0.00717408;REVB=0.00373374;RO=37;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135784;STB=0.576869;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00934168;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:18:11:19:18:18:11:19:18 chr1 213031948 . G C 692.73 PASS AF=0.421569;AO=83;DP=202;FAO=86;FDP=204;FR=.;FRO=118;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=76;FWDB=0.0102933;FXX=0.00970827;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.254;QD=13.583;RBI=0.0490223;REFB=-0.0397946;REVB=-0.0479295;RO=102;SAF=32;SAR=51;SRF=34;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555451;STB=0.510052;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0286561;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:102:118:83:86:0.421569:51:32:34:68:54:32:42:76 chr1 213068404 . T C 129.4 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0127431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.823;QD=12.9398;RBI=0.0907432;REFB=-0.00153303;REVB=0.089844;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05679;STB=0.533289;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00283591;OID=.;OPOS=213068404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:13:12:8:7:13:12 chr1 213068595 . C T 184.73 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0127367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.461;QD=14.2101;RBI=0.0139547;REFB=0.00625937;REVB=0.00570172;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554376;STB=0.526292;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00753124;OID=.;OPOS=213068595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:30:21:22:0.423077:12:9:14:15:12:10:15:15 chr1 213414543 . A G 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00653893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.601;QD=20.2682;RBI=0.00707335;REFB=0.00164653;REVB=0.00269717;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249224;STB=0.639872;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00277452;OID=.;OPOS=213414543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:6:15:9:12:6:15 chr1 214492286 . G A 527.91 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0138996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1311;QD=14.7666;RBI=0.0150443;REFB=0.00603978;REVB=0.00575622;RO=85;SAF=34;SAR=24;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858629;STB=0.54837;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00604873;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:85:85:58:58:0.405594:24:34:43:42:24:34:43:42 chr1 214504409 . TAA TA,TAT 1602.33 PASS AF=0.936508,0.047619;AO=24,9;DP=128;FAO=118,6;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=85,0;FSAR=33,6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=1.09232,0.0945386;FXX=0.0156238;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=19.0509,223.23;QD=50.8675;RBI=1.10544,0.133849;REFB=-0.0321457,-0.0112472;REVB=-0.169782,-0.0947529;RO=82;SAF=0,0;SAR=24,9;SRF=79;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.89324,-0.873395;STB=0.514703,0.5;STBP=0.05,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0088043,0.251585;OID=.,.;OPOS=214504410,214504411;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.936508,0.047619:24,9:128:118,6:126:2:85,0:33,6:0:2:14:82:0,0:24,9:79:3 chr1 214510115 . T G 551.49 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0447592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0985;QD=16.4625;RBI=0.0564373;REFB=-0.00172861;REVB=0.0343771;RO=74;SAF=33;SAR=26;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126196;STB=0.57396;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00398637;OID=.;OPOS=214510115;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:74:75:59:59:0.440299:26:33:32:42:26:33:32:43 chr1 214537946 . G A 1611.42 PASS AF=0.511182;AO=159;DP=312;FAO=160;FDP=313;FR=.;FRO=153;FSAF=97;FSAR=63;FSRF=78;FSRR=75;FWDB=0.025512;FXX=0.00318461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.644;QD=20.5932;RBI=0.0255149;REFB=-0.0162231;REVB=0.00038712;RO=152;SAF=97;SAR=62;SRF=77;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948424;STB=0.548353;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0186672;OID=.;OPOS=214537946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:313:152:153:159:160:0.511182:62:97:77:75:63:97:78:75 chr1 214542819 . T C 270.4 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0374353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2108;QD=14.4213;RBI=0.0379694;REFB=-0.00588937;REVB=0.00634596;RO=44;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635474;STB=0.536059;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00750383;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:15:16:20:24:15:16:20:24 chr1 214564340 . T C 617.31 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0103573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.085;QD=20.7499;RBI=0.0120422;REFB=-0.0132245;REVB=0.00614331;RO=57;SAF=34;SAR=28;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114546;STB=0.506299;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0112121;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:57:62:62:0.521008:28:34:32:25:28:34:32:25 chr1 214826196 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.845;QD=62.0199;RBI=0.0093798;REFB=0;REVB=-0.00845763;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47307e-05;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr1 214830617 . A G 1078.88 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.9;QD=59.9378;RBI=0.0174038;REFB=0;REVB=-0.014791;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03419e-05;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr1 214837110 . C G 1586.93 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.727;QD=64.1186;RBI=0.018721;REFB=0;REVB=0.00724827;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86173e-05;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:57:42:0:0:57:42:0:0 chr1 215256779 . GACCCCCCCT CGACCCCCCT,GACCCCCCT,GACCCCCCTC,GCACCCCCCT 1009.76 PASS AF=0,0.97619,0,0;AO=13,78,8,17;DP=169;FAO=0,164,0,0;FDP=168;FR=.;FRO=4;FSAF=0,37,0,0;FSAR=0,127,0,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00450454,0.184662,0.0136971,-0.00342639;FXX=0.00591681;HRUN=1,7,7,1;LEN=3,1,2,2;MLLD=33.1523,9.0871,11.6072,97.8564;QD=24.0419;RBI=0.00551955,0.254548,0.0308839,0.0659034;REFB=0.00749539,0.00853518,-0.0110312,0.00512791;REVB=-0.00318975,0.175198,-0.0276804,-0.0658142;RO=33;SAF=5,17,1,1;SAR=8,61,7,16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.104996,-0.0660751,-0.313878,-0.511795;STB=0.5,0.50083,0.5,0.5;STBP=1,0.978,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.0315701,0.00833201,0.0219038;OID=.,.,.,.;OPOS=215256779,215256781,215256787,215256780;OREF=GAC,C,CT,AC;OALT=CGA,-,TC,CA;OMAPALT=CGACCCCCCT,GACCCCCCT,GACCCCCCTC,GCACCCCCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:169:168:33:4:13,78,8,17:0,164,0,0:0,0.97619,0,0:8,61,7,16:5,17,1,1:10:23:0,127,0,0:0,37,0,0:1:3 chr1 215793834 . G A 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.398;QD=60.5456;RBI=0.0361224;REFB=0;REVB=0.0235463;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94753e-06;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:51:61:0:0:51:61:0:0 chr1 215793935 . C A 363.56 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.00792424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.93;QD=12.3241;RBI=0.00792493;REFB=0.000867984;REVB=0.000104445;RO=71;SAF=20;SAR=24;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420729;STB=0.511623;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00356143;OID=.;OPOS=215793935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:74:44:44:0.372881:24:20:32:39:24:20:35:39 chr1 215821029 . G A 1013.93 PASS AF=0.419118;AO=118;DP=253;FAO=114;FDP=272;FR=.;FRO=158;FSAF=39;FSAR=75;FSRF=61;FSRR=97;FWDB=0.0118821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.231;QD=14.9107;RBI=0.0465627;REFB=-0.0548168;REVB=-0.0450211;RO=135;SAF=39;SAR=79;SRF=60;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118535;STB=0.527867;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0472032;OID=.;OPOS=215821029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:272:135:158:118:114:0.419118:79:39:60:75:75:39:61:97 chr1 215848062 . C T 1185.81 PASS AF=0.52968;AO=115;DP=220;FAO=116;FDP=219;FR=.;FRO=103;FSAF=69;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0197278;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9754;QD=21.6586;RBI=0.0359461;REFB=-0.0323644;REVB=-0.030049;RO=98;SAF=68;SAR=47;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955216;STB=0.561368;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0331061;OID=.;OPOS=215848062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:98:103:115:116:0.52968:47:68:47:51:47:69:48:55 chr1 215848587 . T C 610.64 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00428111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.798;QD=21.426;RBI=0.0108141;REFB=0.00201957;REVB=-0.00993056;RO=53;SAF=30;SAR=31;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972001;STB=0.553297;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00262272;OID=.;OPOS=215848587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:53:53:61:61:0.535088:31:30:20:33:31:30:20:33 chr1 215848641 . T C 851.21 PASS AF=0.518293;AO=85;DP=166;FAO=85;FDP=164;FR=.;FRO=79;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.00304007;FXX=0.0120475;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.133;QD=20.7613;RBI=0.00638011;REFB=-0.015271;REVB=0.00560926;RO=78;SAF=45;SAR=40;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480552;STB=0.523325;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0101683;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:78:79:85:85:0.518293:40:45:37:41:40:45:38:41 chr1 215960167 . T G 1232.23 PASS AF=0.440397;AO=132;DP=302;FAO=133;FDP=302;FR=.;FRO=169;FSAF=46;FSAR=87;FSRF=80;FSRR=89;FWDB=0.00747963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.723;QD=16.3209;RBI=0.00875422;REFB=-0.00721132;REVB=-0.00454879;RO=168;SAF=46;SAR=86;SRF=80;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135159;STB=0.57518;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00794222;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:168:169:132:133:0.440397:86:46:80:88:87:46:80:89 chr1 216172380 . A G,T 1105.33 PASS AF=0.947368,0.0394737;AO=72,3;DP=75;FAO=72,3;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=32,2;FSAR=40,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00373725,0.00345058;FXX=0.0379699;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.94,153.531;QD=58.1754;RBI=0.03185,0.014953;REFB=-0.0499285,-0.0755406;REVB=0.03163,0.0145494;RO=0;SAF=33,2;SAR=39,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.50769,0.59939;STBP=0.314,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0014696,0.0338622;OID=.,.;OPOS=216172380,216172380;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:75:76:0:1:72,3:72,3:0.947368,0.0394737:39,1:33,2:0:0:40,1:32,2:1:0 chr1 216219781 . A G 836.36 PASS AF=0.518519;AO=84;DP=162;FAO=84;FDP=162;FR=.;FRO=78;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.00255691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.155;QD=20.651;RBI=0.00383875;REFB=-0.0103382;REVB=0.00286325;RO=77;SAF=46;SAR=38;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210044;STB=0.50802;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00902873;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:77:78:84:84:0.518519:38:46:44:33:38:46:44:34 chr1 216348764 . C T 3882.35 PASS AF=0.991903;AO=245;DP=247;FAO=245;FDP=247;FR=.;FRO=2;FSAF=120;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0344633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7005;QD=62.872;RBI=0.0350523;REFB=-0.0586947;REVB=0.00639905;RO=2;SAF=120;SAR=125;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756465;STB=0.503968;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00187587;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:247:247:2:2:245:245:0.991903:125:120:0:2:125:120:0:2 chr1 216496947 . G A 716.98 PASS AF=0.397129;AO=83;DP=209;FAO=83;FDP=209;FR=.;FRO=126;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=77;FWDB=-0.0144769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.622;QD=13.7221;RBI=0.0236383;REFB=-0.00641204;REVB=-0.0186866;RO=126;SAF=43;SAR=40;SRF=49;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138225;STB=0.577527;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0106302;OID=.;OPOS=216496947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:126:126:83:83:0.397129:40:43:49:77:40:43:49:77 chr1 216592003 . T C 725.58 PASS AF=0.443182;AO=76;DP=175;FAO=78;FDP=176;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.00613595;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.548;QD=16.4906;RBI=0.00707425;REFB=-0.0147326;REVB=0.00352066;RO=99;SAF=41;SAR=35;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024768;STB=0.508608;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0198703;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:99:98:76:78:0.443182:35:41:51:48:37:41:50:48 chr1 216595306 . C T 1082.87 PASS AF=0.486726;AO=110;DP=226;FAO=110;FDP=226;FR=.;FRO=116;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=48;FSRR=68;FWDB=0.00432134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.334;QD=19.1658;RBI=0.0088014;REFB=-0.0120362;REVB=-0.0076675;RO=113;SAF=45;SAR=65;SRF=46;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191783;STB=0.502493;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0117626;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:113:116:110:110:0.486726:65:45:46:67:65:45:48:68 chr1 216692669 . C T 533.6 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0100148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.819;QD=17.0753;RBI=0.0111158;REFB=0.00583383;REVB=0.00482321;RO=67;SAF=20;SAR=37;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390612;STB=0.52712;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00651831;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:68:57:57:0.456:37:20:26:41:37:20:27:41 chr1 217480756 . G A 759.46 PASS AF=0.487805;AO=78;DP=163;FAO=80;FDP=164;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=60;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.00716825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.359;QD=18.5235;RBI=0.00824791;REFB=-0.0194016;REVB=0.00407974;RO=82;SAF=19;SAR=59;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237753;STB=0.621396;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.019536;OID=.;OPOS=217480756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:82:84:78:80:0.487805:59:19:38:44:60:20:38:46 chr1 217804325 . G A 3253.3 PASS AF=0.487332;AO=327;DP=671;FAO=327;FDP=671;FR=.;FRO=344;FSAF=126;FSAR=201;FSRF=141;FSRR=203;FWDB=0.000853428;FXX=0.00445097;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.179;QD=19.3937;RBI=0.0129871;REFB=-0.0126248;REVB=-0.012959;RO=341;SAF=126;SAR=201;SRF=141;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275067;STB=0.51321;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0121016;OID=.;OPOS=217804325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:671:671:341:344:327:327:0.487332:201:126:141:200:201:126:141:203 chr1 217856622 . A G 892.77 PASS AF=0.415254;AO=98;DP=236;FAO=98;FDP=236;FR=.;FRO=138;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=62;FSRR=76;FWDB=-0.00300688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.036;QD=15.1317;RBI=0.0123038;REFB=-0.0197752;REVB=0.0119307;RO=135;SAF=39;SAR=59;SRF=61;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575477;STB=0.53091;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0150379;OID=.;OPOS=217856622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:135:138:98:98:0.415254:59:39:61:74:59:39:62:76 chr1 217856626 . G A 1483.87 PASS AF=0.571429;AO=136;DP=238;FAO=136;FDP=238;FR=.;FRO=102;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=-0.0107689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.152;QD=24.939;RBI=0.0172528;REFB=-0.0246254;REVB=-0.0134792;RO=101;SAF=62;SAR=74;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318007;STB=0.514858;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0174999;OID=.;OPOS=217856626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:101:102:136:136:0.571429:74:62:42:59:74:62:43:59 chr1 217915324 . C T 318.27 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0384777;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.743;QD=15.3384;RBI=0.0448765;REFB=-0.0191222;REVB=-0.0230947;RO=47;SAF=12;SAR=23;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218025;STB=0.640587;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0220113;OID=.;OPOS=217915324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:48:35:35:0.421687:23:12:26:21:23:12:28:20 chr1 217947738 . G A 1692.46 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.922;QD=60.445;RBI=0.0166359;REFB=0;REVB=0.000252743;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40917e-06;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:112:0:0:107:112:1:49:58:0:0:52:60:0:0 chr1 218698832 . C A,T 2619.34 PASS AF=0.0520231,0.947977;AO=11,160;DP=171;FAO=9,164;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=9,104;FSAR=0,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0936038,-0.0210599;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=33.0693,81.0946;QD=60.5628;RBI=0.098258,0.0544989;REFB=0,0;REVB=-0.0298822,0.0502654;RO=0;SAF=11,102;SAR=0,58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.18419,0.000878186;OID=.,.;OPOS=218698832,218698832;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:171:173:0:0:11,160:9,164:0.0520231,0.947977:0,58:11,102:0:0:0,60:9,104:0:0 chr1 219383866 . G C,GC 785.19 PASS AF=0,1;AO=2,8;DP=57;FAO=0,58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383529,0.070159;FXX=0.0169463;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=60.2459,104.185;QD=54.1511;RBI=0.0394994,0.0702248;REFB=0,0;REVB=-0.00944726,0.00304031;RO=45;SAF=0,1;SAR=2,7;SRF=25;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.421504,-0.527236;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0100149;OID=.,.;OPOS=219383866,219383867;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:57:58:45:0:2,8:0,58:0,1:2,7:0,1:25:20:0,30:0,28:0:0 chr1 219383867 . T C 540.92 PASS AF=0.761905;AO=44;DP=60;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00215794;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.678;QD=34.3442;RBI=0.0092326;REFB=-0.0653048;REVB=-0.00897687;RO=14;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210103;STB=0.580781;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00490008;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:60:63:14:15:44:48:0.761905:20:24:1:13:22:26:3:12 chr1 219383905 . A G 1530.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.457;QD=63.7507;RBI=0.0063223;REFB=0;REVB=-0.00394955;RO=0;SAF=34;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08429e-07;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:62:34:0:0:62:34:0:0 chr1 220136115 . A G 811.87 PASS AF=0.515723;AO=82;DP=159;FAO=82;FDP=159;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.0708434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0814;QD=20.4244;RBI=0.0803767;REFB=0.00631349;REVB=-0.0379688;RO=77;SAF=37;SAR=45;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552344;STB=0.530293;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00746424;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:77:77:82:82:0.515723:45:37:30:47:45:37:30:47 chr1 220154768 . C T 1895.7 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.574;QD=61.6486;RBI=0.0156958;REFB=0;REVB=0.0124731;RO=0;SAF=49;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31704e-05;OID=.;OPOS=220154768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:74:49:0:0:74:49:0:0 chr1 220156704 . T C 393.65 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00478488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.66;QD=17.3031;RBI=0.00556233;REFB=-0.00901979;REVB=-0.00283625;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336741;STB=0.501886;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00811433;OID=.;OPOS=220156704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:19:22:27:23:19:22:27:23 chr1 220156729 . C T 318.19 PASS AF=0.448718;AO=33;DP=76;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0254017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.509;QD=16.3176;RBI=0.0320132;REFB=-0.00215689;REVB=0.0194834;RO=43;SAF=20;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496384;STB=0.507458;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00720128;OID=.;OPOS=220156729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:43:43:33:35:0.448718:13:20:24:19:15:20:24:19 chr1 220162004 . C T 473.73 PASS AF=0.4;AO=51;DP=133;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.0210935;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.198;QD=14.0365;RBI=0.0303824;REFB=-0.014294;REVB=-0.0218668;RO=81;SAF=24;SAR=27;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284653;STB=0.529725;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0134968;OID=.;OPOS=220162004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:81:81:51:54:0.4:27:24:36:45:28:26:35:46 chr1 220197625 . G T 2063.92 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2537;QD=62.543;RBI=0.0409822;REFB=0;REVB=0.0407784;RO=0;SAF=55;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105083;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:76:55:0:0:76:56:0:0 chr1 220239448 . T C 344.23 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0347914;FXX=0.0113623;HRUN=5;LEN=1;MLLD=98.0727;QD=15.8268;RBI=0.0364051;REFB=-0.0202012;REVB=-0.0107186;RO=47;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571479;STB=0.550534;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0399323;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:50:37:37:0.425287:16:21:24:23:16:21:24:26 chr1 220298664 . A G 472.02 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0123418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.705;QD=18.3307;RBI=0.0169516;REFB=-0.00540294;REVB=0.0116206;RO=53;SAF=25;SAR=25;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00874766;STB=0.504852;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00598659;OID=.;OPOS=220298664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:25:25:26:27:25:25:26:27 chr1 220344453 . T C 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00388032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.584;QD=20.5986;RBI=0.0119058;REFB=-0.0211455;REVB=-0.0112557;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284986;STB=0.659846;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0121757;OID=.;OPOS=220344453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:8:12:5:14:8:12:5:14 chr1 220578892 . AAACACACACACACACACACACACACACAC AAACACACACACACACACACACACACA,AAACACACACACACACACACACACACAC,AACAACACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACACAC 522.6 PASS AF=0.25,0.477273,0.272727,0;AO=9,7,4,7;DP=64;FAO=11,21,12,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10,5,0,0;FSAR=1,16,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496563,0.0483208,-0.0823422,0.0402433;FXX=0.254194;HRUN=1,1,3,3;LEN=3,2,2,3;MLLD=121.963,121.559,28.5205,113.504;QD=47.5087;RBI=0.0992112,0.0904324,0.35818,0.0573981;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0858901,0.0764403,0.348586,0.0409269;RO=11;SAF=9,3,0,1;SAR=0,4,4,6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.771414,-0.205271,-0.725474,-0.528175;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,del;VARB=0.0164135,0.012547,0.145933,0;OID=.,.,.,.;OPOS=220578919,220578894,220578894,220578893;OREF=CAC,AC,AC,AAC;OALT=-,-,CA,-;OMAPALT=AAACACACACACACACACACACACACA,AAACACACACACACACACACACACACAC,AACAACACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.25,0.477273,0.272727,0:9,7,4,7:64:11,21,12,0:44:0:10,5,0,0:1,16,12,0:0:0:99:11:9,3,0,1:0,4,4,6:7:4 chr1 220603310 . TGTGA AGAGA,T,TGAGA,TGTGT 271.7 PASS AF=0.0454545,0.318182,0.590909,0;AO=6,5,7,16;DP=39;FAO=1,7,13,0;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=1,2,13,0;FSAR=0,5,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.1501,0.0186045,0.0288762,-0.0129632;FXX=0.153787;HRUN=1,1,1,1;LEN=3,4,1,1;MLLD=53.3374,50.3284,47.3978,55.9015;QD=49.4006;RBI=0.152284,0.236899,0.0772464,0.230115;REFB=0.0121429,-0.161715,-0.161734,-0.0115659;REVB=-0.0257004,0.236168,-0.0716462,0.229749;RO=4;SAF=6,1,7,0;SAR=0,4,0,16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.764666,-0.268008,0.779585,-0.842086;STB=0.5,0.599698,0.5,0.5;STBP=1,0.285,1,1;TYPE=mnp,del,snp,snp;VARB=0.136691,0.0518652,0.00405811,0;OID=.,.,.,.;OPOS=220603310,220603311,220603312,220603314;OREF=TGT,GTGA,T,A;OALT=AGA,-,A,T;OMAPALT=AGAGA,T,TGAGA,TGTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:50:39:22:4:1:6,5,7,16:1,7,13,0:0.0454545,0.318182,0.590909,0:0,4,0,16:6,1,7,0:2:2:0,5,0,0:1,2,13,0:1:0 chr1 220603324 . A G 103.29 PASS AF=0.295455;AO=12;DP=45;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0530358;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3652;QD=9.39033;RBI=0.0571973;REFB=-0.0300224;REVB=0.0214182;RO=33;SAF=2;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398492;STB=0.775456;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0914963;OID=.;OPOS=220603324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:33:31:12:13:0.295455:10:2:15:18:11:2:15:16 chr1 220607685 . G A 1370.01 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0209491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1518;QD=60.8892;RBI=0.0219264;REFB=-0.0377253;REVB=0.00647319;RO=1;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101908;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000772653;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:88:89:0.988889:46:42:0:1:47:42:0:1 chr1 220789355 . ATTTTTTTA AATTTTTAA,AATTTTTTA,ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAAA,ATTTTTTAA 393.02 PASS AF=0,0,0.0444444,0.933333,0,0.0222222;AO=6,3,8,9,6,4;DP=60;FAO=0,0,2,42,0,1;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,10,0,1;FSAR=0,0,2,32,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446807,0.0636646,0.0796631,0.0783544,0.00269044,0.0676215;FXX=0.13459;HRUN=7,7,7,7,7,7;LEN=7,1,3,2,2,1;MLLD=8.34305,7.77556,12.6935,13.8274,7.50016,6.08723;QD=34.935;RBI=0.0518061,0.138429,0.0825516,0.0817246,0.0262237,0.0860448;REFB=0.0509567,-0.0180823,-0.149671,-0.0560318,0.108932,0.0988807;REVB=-0.0262205,-0.122921,-0.0216459,0.0232272,-0.0260853,0.0532075;RO=0;SAF=2,1,3,4,5,4;SAR=4,2,5,5,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0,-4.46938e-08,0,-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,del,del,mnp,snp;VARB=-0.0582455,0,0.0873558,0.0270042,0,0.147366;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=220789356,220789356,220789361,220789356,220789361,220789362;OREF=TTTTTTT,T,TTA,TT,TT,T;OALT=ATTTTTA,A,-,-,AA,A;OMAPALT=AATTTTTAA,AATTTTTTA,ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAAA,ATTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.0444444,0.933333,0,0.0222222:6,3,8,9,6,4:60:0,0,2,42,0,1:45:0:0,0,0,10,0,1:0,0,2,32,0,0:0:0:13:0:2,1,3,4,5,4:4,2,5,5,1,0:0:0 chr1 220837185 . T A 449.8 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0212378;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.81;QD=16.9735;RBI=0.0238691;REFB=-0.0203249;REVB=-0.0108946;RO=53;SAF=16;SAR=33;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013838;STB=0.525151;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0246934;OID=.;OPOS=220837185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:57:49:49:0.462264:33:16:18:35:33:16:21:36 chr1 220970028 . A G 3137.58 PASS AF=1;AO=195;DP=200;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108412;FXX=0.019999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3944;QD=64.0322;RBI=0.00947511;REFB=0;REVB=-0.00941289;RO=0;SAF=98;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147543;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:196:0:0:195:196:1:97:98:0:0:97:99:0:0 chr1 220978568 . C T 1327.5 PASS AF=0.467354;AO=135;DP=291;FAO=136;FDP=291;FR=.;FRO=155;FSAF=51;FSAR=85;FSRF=74;FSRR=81;FWDB=-0.0145908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.743;QD=18.2475;RBI=0.0182818;REFB=-0.00475112;REVB=0.0110151;RO=155;SAF=50;SAR=85;SRF=74;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107548;STB=0.556536;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00589396;OID=.;OPOS=220978568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:155:155:135:136:0.467354:85:50:74:81:85:51:74:81 chr1 221509332 . G A 823.36 PASS AF=0.529032;AO=80;DP=155;FAO=82;FDP=155;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.0179519;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.553;QD=21.248;RBI=0.0200638;REFB=-0.0217502;REVB=-0.00896027;RO=74;SAF=41;SAR=39;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364479;STB=0.516857;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0214744;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:74:73:80:82:0.529032:39:41:41:33:40:42:40:33 chr1 221912361 . T C 594.77 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00808593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.587;QD=17.6227;RBI=0.0102046;REFB=-0.00324097;REVB=-0.00622506;RO=73;SAF=28;SAR=34;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405873;STB=0.522567;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00380906;OID=.;OPOS=221912361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:34:28:36:37:34:28:36:37 chr1 222649341 . A C 925.88 PASS AF=1;AO=53;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0866;QD=58.7862;RBI=0.218688;REFB=0;REVB=0.216603;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228292;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:53:63:1:22:31:0:0:32:31:0:0 chr1 222713503 . C G 625.58 PASS AF=0.410405;AO=69;DP=174;FAO=71;FDP=173;FR=.;FRO=102;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.00153294;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.263;QD=14.4642;RBI=0.0145869;REFB=-0.0284919;REVB=-0.0145061;RO=104;SAF=32;SAR=37;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00239426;STB=0.502373;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.03777;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:104:102:69:71:0.410405:37:32:48:56:38:33:47:55 chr1 222713631 . G C 467.84 PASS AF=0.364865;AO=54;DP=148;FAO=54;FDP=148;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.0744959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.495;QD=12.6444;RBI=0.0763177;REFB=-0.00721562;REVB=-0.0165757;RO=94;SAF=23;SAR=31;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116486;STB=0.506637;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0110002;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:94:94:54:54:0.364865:31:23:41:53:31:23:41:53 chr1 222717132 . C T 806.78 PASS AF=0.61157;AO=73;DP=120;FAO=74;FDP=121;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0234923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.28;QD=26.6705;RBI=0.0299137;REFB=-0.0276925;REVB=0.0185186;RO=46;SAF=34;SAR=39;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894571;STB=0.506378;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0169504;OID=.;OPOS=222717132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:46:47:73:74:0.61157:39:34:22:24:39:35:23:24 chr1 222721288 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.401;QD=60.23;RBI=0.0347265;REFB=0;REVB=0.0137406;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149083;OID=.;OPOS=222721288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr1 222734803 . G C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1048;QD=57.5451;RBI=0.071312;REFB=0;REVB=-0.0699761;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021097;OID=.;OPOS=222734803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr1 222798106 . G A,T 1455.34 PASS AF=0.932692,0.0480769;AO=99,4;DP=103;FAO=97,5;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=44,0;FSAR=53,5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000372119,-0.00772744;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.873,120.783;QD=55.9745;RBI=0.0360412,0.0185215;REFB=-0.0393577,-0.0211296;REVB=0.0360392,-0.0168325;RO=0;SAF=45,0;SAR=54,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.500945,0.996516;STBP=0.871,0.13;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000594316,0.205536;OID=.,.;OPOS=222798106,222798106;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:103:104:0:2:99,4:97,5:0.932692,0.0480769:54,4:45,0:0:0:53,5:44,0:1:1 chr1 222802006 . A G 1149.23 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0556926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.724;QD=58.1886;RBI=0.06683;REFB=-0.0469733;REVB=0.0369404;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122906;STB=0.506328;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000479458;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:79:1:1:76:78:0.987342:38:38:0:1:39:39:0:1 chr1 222802376 . A G 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0145981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.214;QD=14.2704;RBI=0.0150748;REFB=-0.00987434;REVB=0.00376114;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994971;STB=0.556913;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0140077;OID=.;OPOS=222802376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:16:8:14:19:16:8:14:19 chr1 222802803 . T G 212.82 PASS AF=0.5;AO=22;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00806999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.367;QD=20.2683;RBI=0.00826805;REFB=-0.00217527;REVB=-0.00179885;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273013;STB=0.705675;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00202969;OID=.;OPOS=222802803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:21:22:21:0.5:16:6:11:8:16:5:13:8 chr1 222802926 . C T 607.84 PASS AF=1;AO=27;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.454;QD=59.3015;RBI=0.0457811;REFB=0;REVB=-0.0154801;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148319;OID=.;OPOS=222802926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:27:41:1:22:5:0:0:26:15:0:0 chr1 222803204 . A G 345.14 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00845735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.395;QD=16.633;RBI=0.00977002;REFB=-0.0275886;REVB=0.00489146;RO=46;SAF=16;SAR=21;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109686;STB=0.56161;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0300882;OID=.;OPOS=222803204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:21:16:25:21:21:16:25:21 chr1 222823529 . A C 470.24 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=119;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0524762;FXX=0.0655684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3704;QD=16.4995;RBI=0.0526213;REFB=-0.032302;REVB=0.00390578;RO=52;SAF=26;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537148;STB=0.546841;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0396283;OID=.;OPOS=222823529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:114:52:63:50:51:0.447368:24:26:24:28:24:27:28:35 chr1 222825403 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4898;QD=63.8718;RBI=0.0140004;REFB=0;REVB=0.0022995;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107357;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr1 222833538 . C G 778.26 PASS AF=0.473684;AO=80;DP=171;FAO=81;FDP=171;FR=.;FRO=90;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.00297917;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.083;QD=18.205;RBI=0.0142497;REFB=-0.00527958;REVB=0.0139348;RO=90;SAF=49;SAR=31;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120663;STB=0.562209;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00619635;OID=.;OPOS=222833538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:90:90:80:81:0.473684:31:49:44:46:32:49:44:46 chr1 222833601 . T C 3195.35 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.117047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0554;QD=63.907;RBI=0.117737;REFB=0;REVB=0.0127254;RO=0;SAF=97;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67272e-05;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:199:200:1:102:97:0:0:102:98:0:0 chr1 222838216 . C T 945.27 PASS AF=1;AO=38;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499874;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.026;QD=59.0796;RBI=0.0883874;REFB=0;REVB=0.0728945;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135112;OID=.;OPOS=222838216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:1:0:38:64:1:16:22:1:0:28:36:0:0 chr1 222843128 . G T 225.96 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0355293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.005;QD=20.5419;RBI=0.0767885;REFB=0.0300408;REVB=-0.0680746;RO=22;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0336172;OID=.;OPOS=222843128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:15:7:7:15:15:7:7:15 chr1 222886119 . A G 1025.53 PASS AF=0.455319;AO=107;DP=235;FAO=107;FDP=235;FR=.;FRO=128;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=66;FSRR=62;FWDB=-0.0196636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7586;QD=17.4558;RBI=0.0260632;REFB=0.00776881;REVB=-0.0171065;RO=128;SAF=41;SAR=66;SRF=66;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132887;STB=0.573666;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00899314;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:128:128:107:107:0.455319:66:41:66:62:66:41:66:62 chr1 222919895 . T G 1320.89 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.72;QD=62.1594;RBI=0.0167697;REFB=0;REVB=0.00644911;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28125e-05;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:52:33:0:0:52:33:0:0 chr1 222923351 . A G 2860.66 PASS AF=0.994565;AO=181;DP=182;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0258733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6375;QD=62.1883;RBI=0.0372177;REFB=0.0136705;REVB=-0.0267531;RO=1;SAF=80;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591393;STB=0.503067;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000181782;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:184:1:1:181:183:0.994565:101:80:1:0:102:81:1:0 chr1 223178561 . A C 1156.15 PASS AF=1;AO=67;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.28;QD=60.8502;RBI=0.0523036;REFB=0;REVB=0.0503952;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001746;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:67:76:1:31:36:0:0:37:39:0:0 chr1 223283910 . A G 1356.12 PASS AF=0.947368;AO=90;DP=95;FAO=90;FDP=95;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0212488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.058;QD=57.0998;RBI=0.0219225;REFB=-0.0256383;REVB=-0.00539305;RO=5;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450698;STB=0.523804;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00189629;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:95:95:5:5:90:90:0.947368:50:40:0:5:50:40:0:5 chr1 223284599 . T C 640.86 PASS AF=0.584906;AO=61;DP=106;FAO=62;FDP=106;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.043837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.704;QD=24.1832;RBI=0.0462985;REFB=0.00772515;REVB=-0.0148955;RO=44;SAF=27;SAR=34;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268626;STB=0.517554;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00621096;OID=.;OPOS=223284599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:44:44:61:62:0.584906:34:27:21:23:35:27:21:23 chr1 223715248 . GT G 2353.75 PASS AF=0.994949;AO=190;DP=200;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0388083;FXX=0.0099995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.0609;QD=47.5505;RBI=0.0415327;REFB=0.00602589;REVB=0.0147946;RO=1;SAF=89;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469163;STB=0.502369;STBP=0.537;TYPE=del;VARB=0.00101451;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.994949:190:200:197:198:1:92:105:0:1:31:1:89:101:0:1 chr1 223717484 . G A 1730.99 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9308;QD=60.7365;RBI=0.027496;REFB=0;REVB=0.0267063;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48837e-05;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:58:56:0:0:58:56:0:0 chr1 223718651 . G A 2354.12 PASS AF=0.993289;AO=117;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.552;QD=63.1979;RBI=0.0254169;REFB=-0.0686138;REVB=0.0135874;RO=0;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11903e-08;STB=0.503311;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=4.56749e-05;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:0:1:117:148:0.993289:66:51:0:0:75:73:0:1 chr1 223718670 . G A 1945.35 PASS AF=1;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566416;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.749;QD=62.2512;RBI=0.00596943;REFB=0;REVB=-0.00188451;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88718e-05;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:125:0:0:125:125:1:68:57:0:0:68:57:0:0 chr1 223722780 . G A 1434.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.833;QD=63.0492;RBI=0.0214159;REFB=0;REVB=0.00783359;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1319e-05;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:52:39:0:0:52:39:0:0 chr1 223813586 . G T 565.69 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0150714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.538;QD=22.1838;RBI=0.0225464;REFB=-0.0145248;REVB=0.0167688;RO=45;SAF=20;SAR=36;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413148;STB=0.515379;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00839888;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:46:56:56:0.54902:36:20:14:31:36:20:15:31 chr1 223877789 . T C 2725.29 PASS AF=0.983333;AO=175;DP=180;FAO=177;FDP=180;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0711136;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8177;QD=60.5619;RBI=0.0787587;REFB=-0.130908;REVB=0.0338497;RO=3;SAF=62;SAR=113;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000734563;STB=0.500411;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00141973;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:180:180:3:3:175:177:0.983333:113:62:1:2:114:63:1:2 chr1 223877831 . T A 31.56 PASS AF=0.26087;AO=7;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.236708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.464;QD=5.48807;RBI=0.237149;REFB=-0.013324;REVB=0.0144483;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448095;STB=0.512777;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0391101;OID=.;OPOS=223877831;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:22:23:14:17:7:6:0.26087:4:3:1:13:5:1:3:14 chr1 223900408 . C G 4017.65 PASS AF=1;AO=257;DP=259;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585809;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.557;QD=62.0487;RBI=0.00723621;REFB=0.0185899;REVB=-0.00424801;RO=1;SAF=130;SAR=127;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00365312;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.72396e-05;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:259:259:1:0:257:259:1:127:130:1:0:129:130:0:0 chr1 223905532 . G A 685.42 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00319698;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.515;QD=54.8338;RBI=0.00962798;REFB=0.106207;REVB=0.00908171;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=3.60155e-05;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:28:21:1:0:28:21:1:0 chr1 223933094 . C T 986.01 PASS AF=0.497512;AO=100;DP=201;FAO=100;FDP=201;FR=.;FRO=101;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=37;FSRR=64;FWDB=-0.0232217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.486;QD=19.6221;RBI=0.0235855;REFB=-0.0130857;REVB=0.00412649;RO=100;SAF=43;SAR=57;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562253;STB=0.532924;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0136473;OID=.;OPOS=223933094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:100:101:100:100:0.497512:57:43:37:63:57:43:37:64 chr1 223934720 . G A 1363.82 PASS AF=0.950495;AO=96;DP=101;FAO=96;FDP=101;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00839319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.716;QD=54.0128;RBI=0.0234765;REFB=-0.103203;REVB=-0.0219249;RO=5;SAF=40;SAR=56;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556705;STB=0.529406;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00113167;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:101:101:5:5:96:96:0.950495:56:40:5:0:56:40:5:0 chr1 223951841 . T C 850.13 PASS AF=0.521472;AO=85;DP=163;FAO=85;FDP=163;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=0.0194465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.234;QD=20.862;RBI=0.0265213;REFB=-0.0120279;REVB=0.0180337;RO=76;SAF=43;SAR=42;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858106;STB=0.55246;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0130075;OID=.;OPOS=223951841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:76:78:85:85:0.521472:42:43:46:30:42:43:48:30 chr1 223954080 . A C 558.06 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00271086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.326;QD=18.9172;RBI=0.0201184;REFB=-0.0276504;REVB=0.0199349;RO=60;SAF=30;SAR=28;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158546;STB=0.508769;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0278056;OID=.;OPOS=223954080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:60:58:58:0.491525:28:30:30:30:28:30:30:30 chr1 224492746 . C T 837.11 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268848;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8381;QD=57.7319;RBI=0.0343474;REFB=0;REVB=-0.0213764;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6229e-05;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr1 224495852 . C T 3213.28 PASS AF=1;AO=206;DP=208;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042403;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8109;QD=61.2054;RBI=0.110058;REFB=0.0669536;REVB=-0.101561;RO=2;SAF=83;SAR=123;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00184731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69974e-05;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:208:210:2:0:206:210:1:123:83:1:1:125:85:0:0 chr1 224505570 . T A,TAA,TAAA 817.27 PASS AF=0.0689655,0.931034,0;AO=5,40,9;DP=62;FAO=4,54,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34,0;FSAR=4,20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453268,-0.163221,-0.112704;FXX=0.0169463;HRUN=1,2,2;LEN=1,2,3;MLLD=210.223,38.0588,24.9015;QD=56.3631;RBI=0.045342,0.16591,0.114389;REFB=0,0,0;REVB=0.00117173,0.0297463,0.0195624;RO=5;SAF=1,24,9;SAR=4,16,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.487487,-0.0436644,0.779824;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0950869,-0.00232053,0;OID=.,.,.;OPOS=224505570,224505571,224505571;OREF=T,-,-;OALT=A,AA,AAA;OMAPALT=A,TAA,TAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:62:58:5:0:5,40,9:4,54,0:0.0689655,0.931034,0:4,16,0:1,24,9:4:1:4,20,0:0,34,0:0:0 chr1 224517842 . C T 1091.66 PASS AF=0.986667;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0533266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9923;QD=58.222;RBI=0.0736485;REFB=0.00826354;REVB=0.0507974;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00223929;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:75:0:1:71:74:0.986667:38:33:0:0:40:34:0:1 chr1 224575373 . G A 1940.69 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00905368;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.847;QD=62.102;RBI=0.0427714;REFB=0;REVB=0.0418022;RO=0;SAF=68;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5376e-05;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:125:0:0:125:125:1:57:68:0:0:57:68:0:0 chr1 225268425 . G C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00135221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.975;QD=16.3859;RBI=0.0652399;REFB=0.0045962;REVB=-0.0652259;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201011;STB=0.58423;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00374457;OID=.;OPOS=225268425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:4:5:2:5:4:5:3:5 chr1 225288534 . A C 698.29 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0208905;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.079;QD=52.7015;RBI=0.0220431;REFB=0.0537843;REVB=0.00703472;RO=2;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303527;STB=0.516123;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000205735;OID=.;OPOS=225288534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:2:2:50:51:0.962264:30:20:0:2:30:21:0:2 chr1 225328432 . G T 420.72 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.102073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0369;QD=49.4967;RBI=0.104405;REFB=0.0208881;REVB=0.0219407;RO=3;SAF=21;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629694;STB=0.533876;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000143396;OID=.;OPOS=225328432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:10:21:1:2:10:21:1:2 chr1 225490866 . TAA TA,TAT 166.36 PASS AF=0.205645,0.0443548;AO=58,11;DP=253;FAO=51,11;FDP=248;FR=.;FRO=186;FSAF=11,0;FSAR=40,11;FSRF=139;FSRR=47;FWDB=0.0937326,-0.0153798;FXX=0.0236211;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.4398,201.032;QD=2.68326;RBI=0.10999,0.0786237;REFB=-0.0935197,-0.00633891;REVB=-0.0575499,-0.0771048;RO=145;SAF=19,0;SAR=39,11;SRF=114;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.518519,-0.72093;STB=0.862326,0.999465;STBP=0,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0866819,0.193838;OID=.,.;OPOS=225490867,225490868;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205645,0.0443548:58,11:253:51,11:248:186:11,0:40,11:139:47:99:145:19,0:39,11:114:31 chr1 225506294 . A G 2405.26 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012832;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.248;QD=61.2805;RBI=0.0165161;REFB=0;REVB=-0.0103981;RO=0;SAF=81;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55866e-06;OID=.;OPOS=225506294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:76:81:0:0:76:81:0:0 chr1 225533731 . T A 2342.75 PASS AF=0.946746;AO=160;DP=169;FAO=160;FDP=169;FR=.;FRO=9;FSAF=69;FSAR=91;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.016698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.049;QD=55.4498;RBI=0.0203456;REFB=0.0093083;REVB=0.011624;RO=3;SAF=69;SAR=91;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839004;STB=0.524669;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000417647;OID=.;OPOS=225533731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:169:169:3:9:160:160:0.946746:91:69:2:1:91:69:8:1 chr1 225541899 . C T 3060.02 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194778;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.054;QD=63.42;RBI=0.0275884;REFB=-0.110579;REVB=0.019538;RO=1;SAF=75;SAR=118;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155149;OID=.;OPOS=225541899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:194:193:1:0:193:193:1:118:75:1:0:118:75:0:0 chr1 225565015 . T C 1580.21 PASS AF=0.990741;AO=104;DP=105;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00691628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3154;QD=58.5264;RBI=0.0228328;REFB=0.0290254;REVB=0.0217601;RO=1;SAF=54;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870688;STB=0.504504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00267699;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:108:1:1:104:107:0.990741:50:54:1:0:52:55:1:0 chr1 225565073 . C A,T 1636.71 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=4,104;DP=108;FAO=6,105;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=6,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606271,0.0144531;FXX=0.00892777;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.265,183.312;QD=58.9805;RBI=0.0126072,0.0329314;REFB=0,0;REVB=-0.0110538,0.0295903;RO=0;SAF=0,45;SAR=4,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0737144,0.000161946;OID=.,.;OPOS=225565073,225565073;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:108:111:0:0:4,104:6,105:0.0540541,0.945946:4,59:0,45:0:0:6,59:0,46:0:0 chr1 225569241 . T A,G 1916.07 PASS AF=0.0294118,0.926471;AO=5,125;DP=136;FAO=4,126;FDP=136;FR=.;FRO=6;FSAF=0,60;FSAR=4,66;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00240591,0.00636754;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=187.132,227.578;QD=56.3551;RBI=0.0149731,0.0253709;REFB=-0.0682978,0.0681877;REVB=0.0147786,0.0245589;RO=2;SAF=0,60;SAR=5,65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0143936;STB=0.5,0.521736;STBP=1,0.032;TYPE=snp,snp;VARB=0.0872638,-0.000344253;OID=.,.;OPOS=225569241,225569241;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:12:136:136:2:6:5,125:4,126:0.0294118,0.926471:5,65:0,60:0:2:4,66:0,60:0:6 chr1 225601647 . C T 481.82 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.018;QD=58.4023;RBI=0.0281129;REFB=0;REVB=0.0156284;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266939;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr1 225607144 . C T 1484.39 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.599;QD=63.1655;RBI=0.0170025;REFB=0;REVB=0.0166899;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12325e-05;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:57:35:0:0:58:36:0:0 chr1 225609884 . A G 4595.58 PASS AF=1;AO=278;DP=279;FAO=291;FDP=291;FR=.;FRO=0;FSAF=159;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.718;QD=63.1695;RBI=0.0155215;REFB=0;REVB=0.0112273;RO=0;SAF=149;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41835e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41061e-05;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:279:291:0:0:278:291:1:129:149:0:0:132:159:0:0 chr1 225611661 . C T 3089.33 PASS AF=1;AO=190;DP=192;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398497;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.211;QD=63.6976;RBI=0.0400064;REFB=0;REVB=-0.00353704;RO=0;SAF=100;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34391e-05;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:194:0:0:190:194:1:90:100:0:0:91:103:0:0 chr1 225682560 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.199;QD=59.018;RBI=0.0287547;REFB=0;REVB=-0.00734259;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189141;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 226016558 . G C 564.29 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00126288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.237;QD=18.2028;RBI=0.00471657;REFB=-0.0167356;REVB=-0.00454436;RO=64;SAF=21;SAR=38;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183658;STB=0.606177;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0227369;OID=.;OPOS=226016558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:64:65:59:59:0.475806:38:21:35:29:38:21:36:29 chr1 226019633 . T C 318.99 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0195029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9618;QD=15.7527;RBI=0.0353166;REFB=-0.00741547;REVB=0.0294431;RO=45;SAF=16;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760563;STB=0.54895;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0131475;OID=.;OPOS=226019633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:46:35:35:0.432099:19:16:24:21:19:16:25:21 chr1 226019653 . G A 326.19 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00742048;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.873;QD=19.7689;RBI=0.0092868;REFB=-0.0119525;REVB=0.005584;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501807;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0110533;OID=.;OPOS=226019653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:32:33:34:0.515152:18:15:15:18:19:15:14:18 chr1 226054333 . G A 570.68 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0138797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1031;QD=20.5649;RBI=0.0244534;REFB=-0.013555;REVB=0.0201327;RO=52;SAF=27;SAR=31;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155239;STB=0.579336;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0126434;OID=.;OPOS=226054333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:52:53:58:58:0.522523:31:27:15:37:31:27:16:37 chr1 226055595 . G A 242.44 PASS AF=0.391892;AO=28;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0324566;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1201;QD=13.105;RBI=0.0472196;REFB=-0.0403933;REVB=-0.0342966;RO=43;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147885;STB=0.570982;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0610331;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:45:28:29:0.391892:15:13:26:17:15:14:27:18 chr1 226074563 . T G 426.05 PASS AF=0.411765;AO=48;DP=118;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0268681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7317;QD=14.321;RBI=0.0673746;REFB=-0.0157526;REVB=-0.0617855;RO=69;SAF=28;SAR=20;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050156;STB=0.537961;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0225684;OID=.;OPOS=226074563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:69:70:48:49:0.411765:20:28:37:32:20:29:37:33 chr1 226474132 . G A 797.23 PASS AF=0.515924;AO=77;DP=153;FAO=81;FDP=157;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0106224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.646;QD=20.3117;RBI=0.0110485;REFB=-0.00402309;REVB=0.00303855;RO=75;SAF=34;SAR=43;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347881;STB=0.508226;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00380592;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:75:76:77:81:0.515924:43:34:36:39:44:37:36:40 chr1 226555302 . A G 847.76 PASS AF=0.485876;AO=86;DP=178;FAO=86;FDP=177;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=60;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.0401752;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.143;QD=19.1584;RBI=0.0431483;REFB=-0.0199755;REVB=-0.0157393;RO=90;SAF=26;SAR=60;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177243;STB=0.595832;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.016399;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:90:91:86:86:0.485876:60:26:43:47:60:26:43:48 chr1 226570840 . T C 415.91 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0414703;FXX=0.0198;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.758;QD=16.8043;RBI=0.0423253;REFB=-0.0174006;REVB=-0.0084647;RO=44;SAF=16;SAR=29;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134307;STB=0.571798;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0177953;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:99:44:54:45:45:0.454545:29:16:22:22:29:16:26:28 chr1 226573364 . A G 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.000796377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.347;QD=16.0641;RBI=0.00176881;REFB=-0.0122024;REVB=0.00157939;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140077;STB=0.578888;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0140287;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:13:13:11:20:13:13:11:20 chr1 226589958 . G A 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00807239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.689;QD=19.211;RBI=0.00896257;REFB=-0.00362251;REVB=-0.00389412;RO=40;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102541;STB=0.556966;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0041604;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:19:20:16:24:19:20:16:24 chr1 226613233 . T C 529.42 PASS AF=0.423358;AO=57;DP=134;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.0123002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.683;QD=15.4576;RBI=0.0127107;REFB=-0.00773048;REVB=0.00320413;RO=75;SAF=27;SAR=30;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335021;STB=0.51627;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00931848;OID=.;OPOS=226613233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:75:79:57:58:0.423358:30:27:38:37:31:27:39:40 chr1 226613287 . A G 1349.09 PASS AF=0.989011;AO=73;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0582511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9606;QD=59.3006;RBI=0.0994978;REFB=-0.113917;REVB=0.0806635;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.504672;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00618327;OID=.;OPOS=226613287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:0:1:73:90:0.989011:36:37:0:0:53:37:0:1 chr1 226633767 . C T 783.79 PASS AF=0.584;AO=73;DP=125;FAO=73;FDP=125;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0355054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9093;QD=25.0813;RBI=0.0381209;REFB=-0.0142201;REVB=-0.0138769;RO=52;SAF=31;SAR=42;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774987;STB=0.542119;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00947747;OID=.;OPOS=226633767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:52:52:73:73:0.584:42:31:17:35:42:31:17:35 chr1 226923505 . G T 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.707;QD=62.3147;RBI=0.0016582;REFB=0;REVB=0.000670781;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01583e-06;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr1 227069677 . T C 373.09 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00759342;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.647;QD=22.9592;RBI=0.0265031;REFB=-0.0222117;REVB=-0.025392;RO=26;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678497;STB=0.521186;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0177946;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:26:28:37:37:0.569231:19:18:15:11:19:18:15:13 chr1 227069737 . C T 257.73 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0098145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.69;QD=30.3209;RBI=0.0115131;REFB=-0.0184683;REVB=-0.00601882;RO=11;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428187;STB=0.52354;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0103;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:13:10:4:7:13:10:4:7 chr1 227071525 . C T 682.1 PASS AF=0.492754;AO=68;DP=138;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0344043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.706;QD=19.771;RBI=0.0519073;REFB=0.0164455;REVB=-0.038868;RO=70;SAF=26;SAR=42;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170802;STB=0.509431;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0210348;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:70:70:68:68:0.492754:42:26:28:42:42:26:28:42 chr1 227178948 . G A 206.16 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00317716;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3021;QD=12.6865;RBI=0.0745495;REFB=-0.00644426;REVB=-0.0744817;RO=40;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146392;STB=0.584675;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0126964;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:40:40:25:25:0.384615:18:7:16:24:18:7:16:24 chr1 227182033 . G A 1502.99 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138195;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.106;QD=63.2839;RBI=0.0293507;REFB=0;REVB=0.0258937;RO=0;SAF=71;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50273e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83098e-05;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:92:95:1:21:71:0:0:23:72:0:0 chr1 227182575 . A G 569.59 PASS AF=0.527273;AO=57;DP=109;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.000810344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.353;QD=20.7125;RBI=0.00760034;REFB=-0.0142247;REVB=-0.00755702;RO=52;SAF=27;SAR=30;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10583;STB=0.553453;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0130001;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:52:52:57:58:0.527273:30:27:31:21:30:28:31:21 chr1 227504794 . T C 796.59 PASS AF=0.509434;AO=81;DP=159;FAO=81;FDP=159;FR=.;FRO=78;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.00163173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.264;QD=20.04;RBI=0.0262994;REFB=-0.00306786;REVB=0.0262487;RO=78;SAF=51;SAR=30;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130997;STB=0.572097;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00265223;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:78:78:81:81:0.509434:30:51:38:40:30:51:38:40 chr1 227681475 . T C 2396.63 PASS AF=0.993671;AO=136;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=83;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7079;QD=60.6743;RBI=0.113834;REFB=0;REVB=0.109148;RO=0;SAF=62;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863963;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:0:0:136:157:0.993671:74:62:0:0:74:83:0:0 chr1 227923081 . G A 133.51 PASS AF=0.866667;AO=10;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.101307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.477;QD=35.6025;RBI=0.102717;REFB=-0.157401;REVB=0.0169637;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.505147;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0267652;OID=.;OPOS=227923081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:15:15:1:2:10:13:0.866667:6:4:1:0:6:7:1:1 chr1 227935762 . G A 2621.69 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3876;QD=62.0518;RBI=0.0475283;REFB=0;REVB=0.0257799;RO=0;SAF=81;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021024;OID=.;OPOS=227935762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:169:0:0:167:169:1:86:81:0:0:87:82:0:0 chr1 228033197 . A G 734.39 PASS AF=0.48125;AO=77;DP=160;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0096177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.806;QD=18.3598;RBI=0.0186879;REFB=0.00734604;REVB=-0.016023;RO=81;SAF=39;SAR=38;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346906;STB=0.525225;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0158848;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:81:83:77:77:0.48125:38:39:38:43:38:39:38:45 chr1 228033258 . T A 937.41 PASS AF=0.472362;AO=94;DP=199;FAO=94;FDP=199;FR=.;FRO=105;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-0.00501868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.52;QD=18.8425;RBI=0.0102286;REFB=-0.00532299;REVB=-0.00891272;RO=105;SAF=49;SAR=45;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611955;STB=0.533796;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00535519;OID=.;OPOS=228033258;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:105:105:94:94:0.472362:45:49:48:57:45:49:48:57 chr1 228247942 . A C 430.79 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587837;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.182;QD=57.438;RBI=0.0601638;REFB=0;REVB=0.0128124;RO=1;SAF=3;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116064;OID=.;OPOS=228247942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:1:0:28:30:1:25:3:1:0:26:4:0:0 chr1 228248986 . T G 923.73 PASS AF=0.835165;AO=33;DP=69;FAO=76;FDP=91;FR=.;FRO=15;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0186633;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=65.0015;QD=40.6035;RBI=0.229132;REFB=-0.050461;REVB=0.228371;RO=11;SAF=19;SAR=14;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180479;STB=0.537456;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0274995;OID=.;OPOS=228248986;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:69:91:11:15:33:76:0.835165:14:19:2:9:29:47:6:9 chr1 228263903 . G A 3279.45 PASS AF=0.986175;AO=214;DP=217;FAO=214;FDP=217;FR=.;FRO=3;FSAF=120;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0225466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.419;QD=60.4507;RBI=0.0325082;REFB=-0.0541951;REVB=0.0234187;RO=2;SAF=120;SAR=94;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787346;STB=0.501487;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000434927;OID=.;OPOS=228263903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:217:217:2:3:214:214:0.986175:94:120:2:0:94:120:2:1 chr1 228285645 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.762;QD=59.855;RBI=0.0562217;REFB=0;REVB=0.0343456;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238385;OID=.;OPOS=228285645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr1 228295523 . C T 5570.29 PASS AF=1;AO=354;DP=359;FAO=357;FDP=357;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142242;FXX=0.00557088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.558;QD=62.4123;RBI=0.0341896;REFB=-0.0637105;REVB=0.03416;RO=0;SAF=169;SAR=185;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5205e-05;OID=.;OPOS=228295523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:359:357:0:0:354:357:1:185:169:0:0:186:171:0:0 chr1 228295697 . C G,T 1136.65 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=5,71;DP=76;FAO=2,74;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=2,35;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224516,0.0186055;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=30.2636,178.799;QD=59.8235;RBI=0.0266363,0.0752773;REFB=0,0;REVB=-0.0143325,0.0729418;RO=0;SAF=2,35;SAR=3,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.11607e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.144319,-0.000248031;OID=.,.;OPOS=228295697,228295697;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:76:76:0:0:5,71:2,74:0.0263158,0.973684:3,36:2,35:0:0:0,39:2,35:0:0 chr1 228295944 . G A 2188.23 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00337167;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.687;QD=62.5208;RBI=0.0250404;REFB=-0.0477315;REVB=0.0248124;RO=1;SAF=73;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646872;STB=0.503401;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=2.08042e-05;OID=.;OPOS=228295944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:140:1:1:139:139:0.992857:66:73:1:0:66:73:1:0 chr1 228336416 . C T 1227.41 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.044;QD=61.3707;RBI=0.0279288;REFB=0;REVB=0.0265348;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2958e-05;OID=.;OPOS=228336416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr1 228336518 . A G 801.63 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.795;QD=57.2591;RBI=0.0208539;REFB=0;REVB=0.000512328;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45841e-05;OID=.;OPOS=228336518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:34:21:0:0:35:21:0:0 chr1 228345606 . C T 9468.14 PASS AF=1;AO=602;DP=608;FAO=604;FDP=604;FR=.;FRO=0;FSAF=306;FSAR=298;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000401632;FXX=0.00657884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3804;QD=62.7029;RBI=0.0499168;REFB=-0.0649657;REVB=0.0499152;RO=2;SAF=306;SAR=296;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321589;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170349;OID=.;OPOS=228345606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:608:604:2:0:602:604:1:296:306:0:2:298:306:0:0 chr1 228345987 . G A 1358.17 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6361;QD=62.4444;RBI=0.172563;REFB=0;REVB=0.113114;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164053;OID=.;OPOS=228345987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:50:36:0:0:51:36:0:0 chr1 228351852 . T C,TAC 1290.43 PASS AF=0.0408163,0.908163;AO=4,87;DP=103;FAO=4,89;FDP=98;FR=.;FRO=5;FSAF=4,52;FSAR=0,37;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0120285,0.0011718;FXX=0.048539;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=61.5549,259.192;QD=52.6708;RBI=0.0173332,0.0419735;REFB=0.0148299,-0.0551169;REVB=-0.0124803,0.0419571;RO=5;SAF=4,51;SAR=0,36;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.700982,-0.00146178;STB=0.996097,0.500861;STBP=0.119,0.994;TYPE=snp,ins;VARB=-0.025644,0.0035115;OID=.,.;OPOS=228351852,228351853;OREF=T,-;OALT=C,AC;OMAPALT=C,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:103:98:5:5:4,87:4,89:0.0408163,0.908163:0,36:4,51:3:2:0,37:4,52:3:2 chr1 228352160 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.933;QD=55.6556;RBI=0.0504063;REFB=0;REVB=0.0420241;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170954;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr1 228399482 . C G 3051.52 PASS AF=0.976077;AO=202;DP=208;FAO=204;FDP=209;FR=.;FRO=5;FSAF=139;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00823864;FXX=0.00476168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.894;QD=58.4024;RBI=0.0385997;REFB=-0.0184414;REVB=0.0377103;RO=6;SAF=138;SAR=64;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219867;STB=0.507707;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000150839;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:208:209:6:5:202:204:0.976077:64:138:2:4:65:139:2:3 chr1 228399766 . T C 3542.21 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.994;QD=62.694;RBI=0.0323829;REFB=0;REVB=0.0265732;RO=0;SAF=114;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3552e-05;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:226:0:0:225:226:1:111:114:0:0:112:114:0:0 chr1 228402047 . A G 7944.93 PASS AF=1;AO=502;DP=502;FAO=504;FDP=504;FR=.;FRO=0;FSAF=231;FSAR=273;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0828;QD=63.055;RBI=0.011263;REFB=0;REVB=0.00786828;RO=0;SAF=229;SAR=273;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82864e-08;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:502:504:0:0:502:504:1:273:229:0:0:273:231:0:0 chr1 228402121 . A G 3853.23 PASS AF=1;AO=247;DP=248;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339713;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.3;QD=61.8992;RBI=0.0339777;REFB=0;REVB=-0.000661657;RO=0;SAF=113;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50624e-05;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:248:249:0:0:247:249:1:134:113:0:0:134:115:0:0 chr1 228403334 . C T 4212.9 PASS AF=1;AO=267;DP=270;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018179;FXX=0.011029;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.852;QD=62.6454;RBI=0.0182008;REFB=-0.0714945;REVB=-0.000891815;RO=0;SAF=134;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5825e-05;OID=.;OPOS=228403334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:270:269:0:0:267:269:1:133:134:0:0:135:134:0:0 chr1 228412227 . T C 1525.86 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470691;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.123;QD=59.8375;RBI=0.0471448;REFB=0;REVB=-0.00267014;RO=0;SAF=31;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170447;OID=.;OPOS=228412227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:71:31:0:0:71:31:0:0 chr1 228412308 . G A 2330.46 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.489;QD=63.8482;RBI=0.0180652;REFB=0;REVB=0.00724594;RO=0;SAF=53;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83726e-05;OID=.;OPOS=228412308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:146:0:0:141:146:1:88:53:0:0:92:54:0:0 chr1 228431095 . A G 2584.72 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.957;QD=61.9094;RBI=0.00878997;REFB=0;REVB=-0.00171801;RO=0;SAF=56;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48013e-06;OID=.;OPOS=228431095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:111:56:0:0:111:56:0:0 chr1 228433217 . A G 1977.22 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.608;QD=61.788;RBI=0.0596377;REFB=0;REVB=-0.00967327;RO=0;SAF=52;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29426e-05;OID=.;OPOS=228433217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:75:52:0:0:75:53:0:0 chr1 228434395 . T C 2393.75 PASS AF=1;AO=153;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024491;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.49;QD=61.3783;RBI=0.0255353;REFB=0;REVB=0.007228;RO=1;SAF=48;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00450938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.07266e-06;OID=.;OPOS=228434395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:1:0:153:156:1:105:48:0:1:106:50:0:0 chr1 228434467 . T C 1861.07 PASS AF=1;AO=117;DP=121;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010504;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.013;QD=59.5541;RBI=0.0317103;REFB=0;REVB=0.02992;RO=0;SAF=37;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030788;OID=.;OPOS=228434467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:125:0:0:117:125:1:80:37:0:0:82:43:0:0 chr1 228444565 . T A 2016.98 PASS AF=1;AO=125;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225794;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.291;QD=62.0608;RBI=0.0532616;REFB=0;REVB=0.0482387;RO=0;SAF=40;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09158e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330527;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:125:130:1:85:40:0:0:90:40:0:0 chr1 228447221 . T C 1496.35 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535589;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.451;QD=63.6743;RBI=0.0281649;REFB=0;REVB=0.027651;RO=0;SAF=28;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119545;OID=.;OPOS=228447221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:91:94:1:63:28:0:0:65:29:0:0 chr1 228451836 . C T 1787.8 PASS AF=0.967742;AO=120;DP=124;FAO=120;FDP=124;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0216855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7227;QD=57.6709;RBI=0.0526786;REFB=-0.0821596;REVB=0.048008;RO=4;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024982;STB=0.513156;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00365898;OID=.;OPOS=228451836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:124:124:4:4:120:120:0.967742:74:46:0:4:74:46:0:4 chr1 228456083 . T C 861.51 PASS AF=0.984127;AO=59;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8271;QD=54.699;RBI=0.0751973;REFB=-0.111684;REVB=0.0725481;RO=1;SAF=48;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409638;STB=0.517236;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00426833;OID=.;OPOS=228456083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:59:62:0.984127:11:48:0:1:14:48:0:1 chr1 228456147 . T C 1847.36 PASS AF=0.933333;AO=126;DP=135;FAO=126;FDP=135;FR=.;FRO=9;FSAF=78;FSAR=48;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.024256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.542;QD=54.7365;RBI=0.0244052;REFB=-0.0581415;REVB=-0.00269466;RO=9;SAF=78;SAR=48;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051736;STB=0.527268;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0139977;OID=.;OPOS=228456147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:135:135:9:9:126:126:0.933333:48:78:9:0:48:78:9:0 chr1 228459677 . C T 1060.07 PASS AF=0.44898;AO=110;DP=246;FAO=110;FDP=245;FR=.;FRO=135;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=73;FSRR=62;FWDB=-0.0107757;FXX=0.00406488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.907;QD=17.3072;RBI=0.0430163;REFB=-0.0177925;REVB=0.0416448;RO=134;SAF=51;SAR=59;SRF=72;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729786;STB=0.542441;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.020661;OID=.;OPOS=228459677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:134:135:110:110:0.44898:59:51:72:62:59:51:73:62 chr1 228461129 . A G 455.69 PASS AF=0.428571;AO=50;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=48;FWDB=0.00763666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.694;QD=15.3173;RBI=0.0102458;REFB=-0.00065539;REVB=-0.00683069;RO=66;SAF=25;SAR=25;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232241;STB=0.612541;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00135164;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:68:50:51:0.428571:25:25:18:48:26:25:20:48 chr1 228462332 . G A 791.58 PASS AF=0.427184;AO=88;DP=206;FAO=88;FDP=206;FR=.;FRO=118;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.00939592;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6126;QD=15.3705;RBI=0.0368812;REFB=-0.00732101;REVB=0.0356643;RO=118;SAF=47;SAR=41;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350705;STB=0.519562;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00976194;OID=.;OPOS=228462332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:118:118:88:88:0.427184:41:47:59:59:41:47:59:59 chr1 228464248 . T G 631.31 PASS AF=0.417647;AO=69;DP=168;FAO=71;FDP=170;FR=.;FRO=99;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=0.00473695;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.114;QD=14.8544;RBI=0.00488593;REFB=-0.00956373;REVB=0.00119737;RO=97;SAF=29;SAR=40;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152674;STB=0.597195;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0125322;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:97:99:69:71:0.417647:40:29:55:42:42:29:57:42 chr1 228464276 . T C 675.51 PASS AF=0.435294;AO=74;DP=170;FAO=74;FDP=170;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.00455294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.043;QD=15.8943;RBI=0.031301;REFB=-0.0202742;REVB=-0.0309681;RO=96;SAF=35;SAR=39;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799725;STB=0.544577;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0227162;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:96:96:74:74:0.435294:39:35:53:43:39:35:53:43 chr1 228464316 . C G 595.95 PASS AF=0.422819;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0209438;FXX=0.00666622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.048;QD=15.9987;RBI=0.0279048;REFB=-0.0160657;REVB=-0.0184401;RO=86;SAF=34;SAR=29;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290068;STB=0.516248;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0228404;OID=.;OPOS=228464316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:86:86:63:63:0.422819:29:34:44:42:29:34:44:42 chr1 228468069 . G A 927.22 PASS AF=0.559006;AO=89;DP=162;FAO=90;FDP=161;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.00272257;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.309;QD=23.0366;RBI=0.00432435;REFB=-0.0202531;REVB=0.00335971;RO=71;SAF=39;SAR=50;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246699;STB=0.517573;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0136168;OID=.;OPOS=228468069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:71:71:89:90:0.559006:50:39:29:42:51:39:28:43 chr1 228480282 . A G 749.13 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=53;FWDB=0.00757117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.267;QD=19.8444;RBI=0.00883971;REFB=-0.00167585;REVB=-0.00456267;RO=74;SAF=36;SAR=40;SRF=22;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160643;STB=0.590662;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00189916;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:74:75:76:76:0.503311:40:36:22:52:40:36:22:53 chr1 228482028 . G C 1759.38 PASS AF=0.521341;AO=170;DP=327;FAO=171;FDP=328;FR=.;FRO=157;FSAF=64;FSAR=107;FSRF=58;FSRR=99;FWDB=0.0158034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.938;QD=21.4558;RBI=0.0178032;REFB=-0.0270077;REVB=0.00819805;RO=157;SAF=64;SAR=106;SRF=58;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660777;STB=0.502477;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0253196;OID=.;OPOS=228482028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:328:157:157:170:171:0.521341:106:64:58:99:107:64:58:99 chr1 228494696 . G A 749.01 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00721447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.035;QD=19.8414;RBI=0.0296943;REFB=-0.0419608;REVB=0.0288046;RO=75;SAF=32;SAR=44;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125722;STB=0.569212;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0313888;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:75:76:76:0.503311:44:32:42:33:44:32:42:33 chr1 228496014 . G A 218.57 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0657053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5005;QD=31.2242;RBI=0.0697572;REFB=-0.023646;REVB=0.0234281;RO=8;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394609;STB=0.521717;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0124273;OID=.;OPOS=228496014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:11:9:3:5:11:9:3:5 chr1 228503677 . A G 744.47 PASS AF=0.49359;AO=77;DP=158;FAO=77;FDP=156;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.00192846;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.082;QD=19.0889;RBI=0.0179424;REFB=-0.00967624;REVB=-0.0178385;RO=79;SAF=40;SAR=37;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585359;STB=0.53226;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0075072;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:79:79:77:77:0.49359:37:40:36:43:37:40:36:43 chr1 228503679 . A G 733.55 PASS AF=0.493506;AO=76;DP=154;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00049545;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.829;QD=19.0531;RBI=0.0127572;REFB=-0.00373738;REVB=-0.0127476;RO=77;SAF=41;SAR=35;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775172;STB=0.545908;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00562684;OID=.;OPOS=228503679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:77:78:76:76:0.493506:35:41:35:42:35:41:35:43 chr1 228504472 . T C 837.69 PASS AF=0.475138;AO=86;DP=181;FAO=86;FDP=181;FR=.;FRO=95;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.045669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2873;QD=18.5124;RBI=0.0500015;REFB=-0.0128968;REVB=-0.0203591;RO=95;SAF=42;SAR=44;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460145;STB=0.525418;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0203826;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:95:95:86:86:0.475138:44:42:51:44:44:42:51:44 chr1 228505204 . G A 783.76 PASS AF=0.465909;AO=82;DP=176;FAO=82;FDP=176;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0524009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2834;QD=17.8128;RBI=0.0673294;REFB=-0.0214476;REVB=0.0422776;RO=92;SAF=35;SAR=47;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393462;STB=0.516625;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0259764;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:92:94:82:82:0.465909:47:35:43:49:47:35:43:51 chr1 228505668 . C G 405.19 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.00118477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.232;QD=13.9721;RBI=0.016885;REFB=-0.0130795;REVB=-0.0168434;RO=69;SAF=26;SAR=21;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262705;STB=0.501483;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0220748;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:47:47:0.405172:21:26:38:31:21:26:38:31 chr1 228505699 . T C 224.14 PASS AF=0.29;AO=28;DP=100;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.000776909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8957;QD=8.96564;RBI=0.00323728;REFB=-0.0288512;REVB=0.00314267;RO=67;SAF=2;SAR=26;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533879;STB=0.795407;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.069218;OID=.;OPOS=228505699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:67:71:28:29:0.29:26:2:24:43:26:3:28:43 chr1 228506756 . C T 1320.74 PASS AF=0.503788;AO=130;DP=262;FAO=133;FDP=264;FR=.;FRO=131;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=71;FSRR=60;FWDB=0.0104583;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.807;QD=20.0112;RBI=0.0152895;REFB=-0.0416319;REVB=-0.0111531;RO=131;SAF=57;SAR=73;SRF=71;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948885;STB=0.556513;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0358666;OID=.;OPOS=228506756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:264:131:131:130:133:0.503788:73:57:71:60:76:57:71:60 chr1 228509427 . A G 663.8 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0831652;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6853;QD=20.4247;RBI=0.0844235;REFB=-0.00331913;REVB=-0.0145211;RO=63;SAF=27;SAR=39;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102987;STB=0.560802;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00216905;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:63:64:66:66:0.507692:39:27:33:30:39:27:34:30 chr1 228509589 . G A 1913.29 PASS AF=0.562893;AO=179;DP=319;FAO=179;FDP=318;FR=.;FRO=139;FSAF=109;FSAR=70;FSRF=69;FSRR=70;FWDB=0.0159377;FXX=0.0062498;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4329;QD=24.0666;RBI=0.0181182;REFB=-0.0218955;REVB=-0.00861726;RO=138;SAF=109;SAR=70;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897342;STB=0.550499;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0180515;OID=.;OPOS=228509589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:318:138:139:179:179:0.562893:70:109:69:69:70:109:69:70 chr1 228509610 . C T 1379.47 PASS AF=0.406332;AO=154;DP=379;FAO=154;FDP=379;FR=.;FRO=225;FSAF=86;FSAR=68;FSRF=127;FSRR=98;FWDB=-0.00143791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.444;QD=14.5591;RBI=0.00143868;REFB=0.00397353;REVB=4.7084e-05;RO=222;SAF=86;SAR=68;SRF=126;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0098012;STB=0.503616;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00532919;OID=.;OPOS=228509610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:379:222:225:154:154:0.406332:68:86:126:96:68:86:127:98 chr1 228509733 . C T 2136.37 PASS AF=0.437023;AO=229;DP=525;FAO=229;FDP=524;FR=.;FRO=295;FSAF=124;FSAR=105;FSRF=144;FSRR=151;FWDB=0.0250445;FXX=0.00190473;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.707;QD=16.3082;RBI=0.0251287;REFB=-0.0140207;REVB=-0.00205537;RO=295;SAF=124;SAR=105;SRF=144;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543288;STB=0.530089;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0185915;OID=.;OPOS=228509733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:525:524:295:295:229:229:0.437023:105:124:144:151:105:124:144:151 chr1 228528215 . G A 535.44 PASS AF=0.343915;AO=63;DP=188;FAO=65;FDP=189;FR=.;FRO=124;FSAF=12;FSAR=53;FSRF=26;FSRR=98;FWDB=-0.0154891;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.99;QD=11.332;RBI=0.0172474;REFB=-0.0152072;REVB=0.00758682;RO=123;SAF=12;SAR=51;SRF=26;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378969;STB=0.52639;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0441006;OID=.;OPOS=228528215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:123:124:63:65:0.343915:51:12:26:97:53:12:26:98 chr1 228528523 . G A 1367.6 PASS AF=0.498182;AO=136;DP=276;FAO=137;FDP=275;FR=.;FRO=138;FSAF=79;FSAR=58;FSRF=77;FSRR=61;FWDB=0.00405559;FXX=0.00721996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.918;QD=19.8923;RBI=0.0281343;REFB=-0.0123068;REVB=0.0278405;RO=138;SAF=78;SAR=58;SRF=77;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145568;STB=0.509566;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0114167;OID=.;OPOS=228528523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:138:138:136:137:0.498182:58:78:77:61:58:79:77:61 chr1 228528563 . C G 1124.88 PASS AF=0.491304;AO=113;DP=230;FAO=113;FDP=230;FR=.;FRO=117;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=65;FSRR=52;FWDB=0.0374361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.877;QD=19.5631;RBI=0.0390347;REFB=-0.0231259;REVB=0.0110565;RO=117;SAF=63;SAR=50;SRF=65;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00184321;STB=0.501013;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0206373;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:117:117:113:113:0.491304:50:63:65:52:50:63:65:52 chr1 228547511 . G A 1935.95 PASS AF=0.502632;AO=191;DP=381;FAO=191;FDP=380;FR=.;FRO=189;FSAF=103;FSAR=88;FSRF=92;FSRR=97;FWDB=0.0227483;FXX=0.0026246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.932;QD=20.3784;RBI=0.0314773;REFB=-0.0352472;REVB=0.0217563;RO=189;SAF=103;SAR=88;SRF=92;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477923;STB=0.52616;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0295476;OID=.;OPOS=228547511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:380:189:189:191:191:0.502632:88:103:92:97:88:103:92:97 chr1 228547901 . C T 747.84 PASS AF=0.413265;AO=81;DP=197;FAO=81;FDP=196;FR=.;FRO=115;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=70;FWDB=0.0228406;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.802;QD=15.2619;RBI=0.026807;REFB=-0.0137462;REVB=0.0140328;RO=114;SAF=29;SAR=52;SRF=44;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313929;STB=0.52098;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0213793;OID=.;OPOS=228547901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:114:115:81:81:0.413265:52:29:44:70:52:29:45:70 chr1 228555596 . C T 605.19 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0226073;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.522;QD=18.9123;RBI=0.0234309;REFB=-0.0106992;REVB=-0.00615767;RO=65;SAF=34;SAR=28;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108614;STB=0.556097;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0127361;OID=.;OPOS=228555596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:65:66:62:62:0.484375:28:34:28:37:28:34:29:37 chr1 228555619 . A T 513.36 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0222466;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.392;QD=18.4993;RBI=0.0232229;REFB=-0.0110824;REVB=0.0066626;RO=57;SAF=27;SAR=27;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122127;STB=0.567543;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0094087;OID=.;OPOS=228555619;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:54:54:0.486486:27:27:21:36:27:27:21:36 chr1 228555658 . T C 246.29 PASS AF=0.39726;AO=30;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=0.0124816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.757;QD=13.4956;RBI=0.0190042;REFB=-0.00728607;REVB=-0.0143307;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269106;STB=0.669754;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00546768;OID=.;OPOS=228555658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:44:30:29:0.39726:16:14:9:33:15:14:9:35 chr1 228555661 . C T 260.23 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=-0.011879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5629;QD=14.4574;RBI=0.0147498;REFB=-0.0579469;REVB=-0.00874342;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269106;STB=0.650764;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0603431;OID=.;OPOS=228555661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:16:14:9:33:16:14:9:33 chr1 228558873 . C T 480.85 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=-0.00463073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.372;QD=15.8957;RBI=0.0197574;REFB=-0.00553487;REVB=0.0192071;RO=68;SAF=21;SAR=32;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26249;STB=0.646411;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0104949;OID=.;OPOS=228558873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:68:53:53:0.438017:32:21:45:23:32:21:45:23 chr1 228559797 . T C 1008.56 PASS AF=0.474886;AO=102;DP=221;FAO=104;FDP=219;FR=.;FRO=115;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=-0.0174157;FXX=0.0135129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.304;QD=18.4212;RBI=0.017696;REFB=-0.0105031;REVB=0.00313716;RO=111;SAF=45;SAR=57;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119258;STB=0.564427;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0127133;OID=.;OPOS=228559797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:219:111:115:102:104:0.474886:57:45:63:48:58:46:65:50 chr1 228559933 . A T 868.01 PASS AF=0.445498;AO=94;DP=211;FAO=94;FDP=211;FR=.;FRO=117;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=0.000141228;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.062;QD=16.4552;RBI=0.020056;REFB=-0.00893893;REVB=-0.0200555;RO=115;SAF=46;SAR=48;SRF=56;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00238624;STB=0.505952;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0107048;OID=.;OPOS=228559933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:115:117:94:94:0.445498:48:46:56:59:48:46:56:61 chr1 228559994 . C T 3650.07 PASS AF=1;AO=232;DP=233;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550687;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.444;QD=62.9323;RBI=0.0554626;REFB=-0.00192526;REVB=-0.00659895;RO=1;SAF=117;SAR=115;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405583;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83271e-05;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:233:232:1:0:232:232:1:115:117:1:0:115:117:0:0 chr1 228560034 . C T 793.0 PASS AF=0.453552;AO=83;DP=185;FAO=83;FDP=183;FR=.;FRO=100;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.0177917;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.827;QD=17.3334;RBI=0.0181215;REFB=-0.0123956;REVB=-0.00344175;RO=98;SAF=37;SAR=46;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432493;STB=0.529778;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.015307;OID=.;OPOS=228560034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:183:98:100:83:83:0.453552:46:37:48:50:46:37:50:50 chr1 228560139 . A G 1139.02 PASS AF=0.987013;AO=77;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.442;QD=59.1698;RBI=0.0265543;REFB=-0.00795912;REVB=0.0230814;RO=0;SAF=56;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42054e-08;STB=0.512192;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000302563;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:77:76:0.987013:21:56:0:0:20:56:0:1 chr1 228560289 . A G 221.99 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0770669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8197;QD=19.3035;RBI=0.0780991;REFB=-0.0247217;REVB=-0.0126554;RO=22;SAF=4;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268833;STB=0.685089;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0258446;OID=.;OPOS=228560289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:24:22:22:0.478261:18:4:9:13:18:4:11:13 chr1 228560700 . T C 10261.3 PASS AF=1;AO=647;DP=650;FAO=650;FDP=650;FR=.;FRO=0;FSAF=313;FSAR=337;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110938;FXX=0.00306744;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9894;QD=63.1464;RBI=0.0371122;REFB=-0.0386294;REVB=-0.0354153;RO=1;SAF=311;SAR=336;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00141942;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52247e-05;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:50:650:650:1:0:647:650:1:336:311:0:1:337:313:0:0 chr1 228564777 . A G 824.02 PASS AF=0.43128;AO=91;DP=211;FAO=91;FDP=211;FR=.;FRO=120;FSAF=69;FSAR=22;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=-0.0649618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.076;QD=15.6213;RBI=0.0651643;REFB=-0.0127054;REVB=-0.00513295;RO=119;SAF=69;SAR=22;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290851;STB=0.66146;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0222143;OID=.;OPOS=228564777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:119:120:91:91:0.43128:22:69:60:59:22:69:61:59 chr1 228566068 . GC CG,GCG 61.37 PASS AF=0.00387597,0.104651;AO=17,39;DP=265;FAO=1,27;FDP=258;FR=.;FRO=230;FSAF=1,17;FSAR=0,10;FSRF=139;FSRR=91;FWDB=-0.0140702,-0.00756898;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=104.475,94.0444;QD=0.95147;RBI=0.0145823,0.00920579;REFB=-0.00363739,-0.00438811;REVB=-0.00383034,-0.00523995;RO=206;SAF=15,30;SAR=2,9;SRF=115;SRR=91;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.399229,0.296314;STB=0.988165,0.523937;STBP=0.491,0.825;TYPE=mnp,ins;VARB=0.185645,0.167068;OID=.,.;OPOS=228566068,228566070;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:265:258:206:230:17,39:1,27:0.00387597,0.104651:2,9:15,30:115:91:0,10:1,17:139:91 chr1 228566387 . G A 1448.66 PASS AF=0.470219;AO=145;DP=316;FAO=150;FDP=319;FR=.;FRO=169;FSAF=71;FSAR=79;FSRF=86;FSRR=83;FWDB=0.0166811;FXX=0.0031249;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8756;QD=18.165;RBI=0.0558978;REFB=-0.0140502;REVB=0.0533508;RO=167;SAF=71;SAR=74;SRF=86;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245559;STB=0.518843;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0143706;OID=.;OPOS=228566387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:319:167:169:145:150:0.470219:74:71:86:81:79:71:86:83 chr1 228582111 . C T 684.95 PASS AF=0.507463;AO=65;DP=137;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0338368;FXX=0.0289834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.628;QD=20.4463;RBI=0.0360265;REFB=0.0191133;REVB=0.0123686;RO=63;SAF=41;SAR=24;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994516;STB=0.559603;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0128938;OID=.;OPOS=228582111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:134:63:66:65:68:0.507463:24:41:33:30:26:42:33:33 chr1 228588680 . A C 204.2 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0619505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.05;QD=16.3357;RBI=0.0621495;REFB=-0.00821168;REVB=0.00496945;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211651;STB=0.629094;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00736506;OID=.;OPOS=228588680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:12:9:18:10:12:9:19:10 chr1 228596802 . G C 1267.69 PASS AF=0.486891;AO=129;DP=266;FAO=130;FDP=267;FR=.;FRO=137;FSAF=76;FSAR=54;FSRF=70;FSRR=67;FWDB=0.0381578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.316;QD=18.9916;RBI=0.0393517;REFB=-0.0134802;REVB=0.00961984;RO=137;SAF=75;SAR=54;SRF=70;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669056;STB=0.538402;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0155918;OID=.;OPOS=228596802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:137:137:129:130:0.486891:54:75:70:67:54:76:70:67 chr1 228602660 . G C 1041.7 PASS AF=0.520833;AO=100;DP=192;FAO=100;FDP=192;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=-0.0160534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.73;QD=21.7022;RBI=0.0256522;REFB=-0.0253658;REVB=-0.0200082;RO=92;SAF=37;SAR=63;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976092;STB=0.505347;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0316645;OID=.;OPOS=228602660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:92:92:100:100:0.520833:63:37:35:57:63:37:35:57 chr1 228612838 . G T 624.72 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=0.037324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.864;QD=18.5103;RBI=0.0376955;REFB=0.0054403;REVB=0.00527942;RO=71;SAF=44;SAR=20;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332411;STB=0.684251;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0109697;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:71:71:64:64:0.474074:20:44:24:47:20:44:24:47 chr1 228699477 . T C 558.38 PASS AF=0.671233;AO=49;DP=73;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00620116;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4055;QD=30.5961;RBI=0.0297402;REFB=-0.0301023;REVB=0.0290866;RO=24;SAF=30;SAR=19;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703951;STB=0.538179;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0205846;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:24:24:49:49:0.671233:19:30:12:12:19:30:12:12 chr1 228743499 . C A 7161.55 PASS AF=1;AO=447;DP=447;FAO=447;FDP=447;FR=.;FRO=0;FSAF=240;FSAR=207;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.248;QD=64.0855;RBI=0.0467691;REFB=0;REVB=0.0136625;RO=0;SAF=240;SAR=207;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74348e-05;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:447:447:0:0:447:447:1:207:240:0:0:207:240:0:0 chr1 228783671 . C T 627.06 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=156;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.0185857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9986;QD=16.0785;RBI=0.0216565;REFB=0.0157547;REVB=0.0111164;RO=86;SAF=31;SAR=38;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738299;STB=0.544359;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0185002;OID=.;OPOS=228783671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:86:87:69:69:0.442308:38:31:45:41:38:31:46:41 chr1 229622162 . A G 285.43 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.042387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3667;QD=13.2757;RBI=0.0494514;REFB=0.0123262;REVB=0.0254711;RO=53;SAF=17;SAR=16;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468331;STB=0.526744;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0217107;OID=.;OPOS=229622162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:16:17:25:28:16:17:25:28 chr1 229623338 . T C 412.11 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0210036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.215;QD=14.8508;RBI=0.0211247;REFB=-0.014176;REVB=0.00225864;RO=64;SAF=15;SAR=32;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164023;STB=0.592552;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0131932;OID=.;OPOS=229623338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:32:15:30:34:32:15:30:34 chr1 229631734 . T C 386.49 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0209234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3845;QD=18.1875;RBI=0.0423962;REFB=-0.019945;REVB=0.0368734;RO=45;SAF=15;SAR=25;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132335;STB=0.573981;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0292412;OID=.;OPOS=229631734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:25:15:23:22:25:15:23:22 chr1 229635521 . A G 676.21 PASS AF=0.575221;AO=65;DP=113;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0467065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4543;QD=23.9366;RBI=0.0485335;REFB=-0.00199788;REVB=0.013191;RO=47;SAF=32;SAR=33;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350419;STB=0.523296;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00122767;OID=.;OPOS=229635521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:47:48:65:65:0.575221:33:32:21:26:33:32:21:27 chr1 229652301 . TAAA AATA,ATAA,TAA,T 532.25 PASS AF=0,0.976744,0,0.0232558;AO=2,4,18,7;DP=54;FAO=0,42,0,1;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,1;FSAR=0,42,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156112,0.00407884,0.00230489,0.000934373;FXX=0.232101;HRUN=1,1,13,13;LEN=3,2,1,3;MLLD=29.4204,33.5763,3.59188,11.4536;QD=49.5116;RBI=0.119577,0.0733655,1.10864,0.291576;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.119567,-0.0732521,-1.10864,-0.291575;RO=2;SAF=0,0,0,1;SAR=2,4,18,6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0.125389;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,del,del;VARB=0,0.000241318,0,0.0258864;OID=.,.,.,.;OPOS=229652301,229652301,229652302,229652302;OREF=TAA,TA,A,AAA;OALT=AAT,AT,-,-;OMAPALT=AATA,ATAA,TAA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:5:54:43:2:0:2,4,18,7:0,42,0,1:0,0.976744,0,0.0232558:2,4,18,6:0,0,0,1:0:2:0,42,0,0:0,0,0,1:0:0 chr1 229652698 . G T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0230639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.252;QD=9.83027;RBI=0.028293;REFB=-0.00766155;REVB=-0.0163875;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178695;STB=0.60918;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0138174;OID=.;OPOS=229652698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:9:3:10:16:9:3:10:16 chr1 229663064 . GAGGAA G 267.74 PASS AF=0.766667;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0866288;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=5;MLLD=200.825;QD=35.698;RBI=0.0882062;REFB=-0.0523458;REVB=0.0166066;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.568574;STBP=0.63;TYPE=del;VARB=0.0125648;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.766667:22:22:23:30:7:1:22:0:7:44:0:1:21:0:0 chr1 229683264 . G A 607.24 PASS AF=0.459854;AO=63;DP=137;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0171327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.397;QD=17.7296;RBI=0.025481;REFB=-0.0133246;REVB=-0.0188614;RO=74;SAF=40;SAR=23;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278431;STB=0.515485;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0134791;OID=.;OPOS=229683264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:74:63:63:0.459854:23:40:45:29:23:40:45:29 chr1 229737680 . C T 392.16 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.000943708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.965;QD=14.6603;RBI=0.0153096;REFB=-0.00506848;REVB=0.0152804;RO=62;SAF=23;SAR=22;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384277;STB=0.521621;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00688023;OID=.;OPOS=229737680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:22:23:34:28:22:23:34:28 chr1 229738170 . T G 1072.19 PASS AF=0.574713;AO=100;DP=174;FAO=100;FDP=174;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.00999739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.505;QD=24.6481;RBI=0.0104988;REFB=0.000114972;REVB=-0.00320591;RO=73;SAF=42;SAR=58;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362182;STB=0.522946;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-6.17091e-05;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:73:74:100:100:0.574713:58:42:34:39:58:42:35:39 chr1 229738236 . G A 1875.51 PASS AF=0.904762;AO=129;DP=146;FAO=133;FDP=147;FR=.;FRO=14;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00373001;FXX=0.0134219;HRUN=6;LEN=1;MLLD=126.055;QD=51.0344;RBI=0.0166703;REFB=-0.0913845;REVB=0.0162477;RO=13;SAF=53;SAR=76;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498948;STB=0.529223;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000844139;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:146:147:13:14:129:133:0.904762:76:53:9:4:78:55:10:4 chr1 229750036 . C T 897.32 PASS AF=0.514451;AO=89;DP=173;FAO=89;FDP=173;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.00262518;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.005;QD=20.7472;RBI=0.0130484;REFB=-0.000265823;REVB=0.0127816;RO=83;SAF=40;SAR=49;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605822;STB=0.530448;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.000261482;OID=.;OPOS=229750036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:83:84:89:89:0.514451:49:40:43:40:49:40:43:41 chr1 229772693 . T G 209.3 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0206089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.388;QD=15.7965;RBI=0.0238641;REFB=-0.0118059;REVB=0.0120319;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127055;STB=0.582598;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00972874;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:23:24:0.45283:13:10:9:20:13:11:9:20 chr1 229772932 . A G 725.79 PASS AF=0.484076;AO=76;DP=157;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.00552054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.361;QD=18.4914;RBI=0.00919301;REFB=-0.0160345;REVB=0.00735086;RO=80;SAF=36;SAR=40;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244783;STB=0.516774;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0163895;OID=.;OPOS=229772932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:80:81:76:76:0.484076:40:36:40:40:40:36:41:40 chr1 229773441 . C T 870.48 PASS AF=0.514793;AO=87;DP=169;FAO=87;FDP=169;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.0249527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.428;QD=20.603;RBI=0.0251191;REFB=0.00324285;REVB=0.00288638;RO=80;SAF=39;SAR=48;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780849;STB=0.548784;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00273207;OID=.;OPOS=229773441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:80:82:87:87:0.514793:48:39:43:37:48:39:45:37 chr1 229790048 . A G 1646.59 PASS AF=0.47619;AO=169;DP=358;FAO=170;FDP=357;FR=.;FRO=187;FSAF=72;FSAR=98;FSRF=83;FSRR=104;FWDB=0.000423201;FXX=0.00279322;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1693;QD=18.4491;RBI=0.0467151;REFB=0.0226275;REVB=-0.0467132;RO=189;SAF=71;SAR=98;SRF=85;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289833;STB=0.510862;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0255699;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:357:189:187:169:170:0.47619:98:71:85:104:98:72:83:104 chr1 230384937 . T C 1701.06 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00656541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.189;QD=58.6571;RBI=0.00939293;REFB=0.0524791;REVB=0.00671734;RO=2;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166547;STB=0.50877;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.000462496;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:56:58:0:2:56:58:0:2 chr1 230415148 . G A 750.37 PASS AF=0.421875;AO=81;DP=192;FAO=81;FDP=192;FR=.;FRO=111;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=59;FSRR=52;FWDB=-0.00811341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.995;QD=15.6328;RBI=0.00821367;REFB=-0.0110249;REVB=0.00127938;RO=110;SAF=33;SAR=48;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124573;STB=0.572299;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.020555;OID=.;OPOS=230415148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:110:111:81:81:0.421875:48:33:58:52:48:33:59:52 chr1 230416319 . A C 1146.01 PASS AF=0.416107;AO=122;DP=297;FAO=124;FDP=298;FR=.;FRO=174;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=86;FSRR=88;FWDB=-0.00747092;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.958;QD=15.3827;RBI=0.0112467;REFB=-0.0166987;REVB=-0.00840677;RO=175;SAF=48;SAR=74;SRF=87;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111395;STB=0.554054;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0250388;OID=.;OPOS=230416319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:298:175:174:122:124:0.416107:74:48:87:88:74:50:86:88 chr1 230417557 . T C 849.62 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0135104;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.59;QD=53.1014;RBI=0.0151696;REFB=-0.0888591;REVB=0.00689824;RO=2;SAF=47;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196648;STB=0.515459;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00054128;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:2:3:61:61:0.953125:14:47:2:0:14:47:3:0 chr1 230417560 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0946;QD=58.6002;RBI=0.00693732;REFB=0;REVB=0.00190542;RO=0;SAF=50;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29912e-05;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:13:50:0:0:14:50:0:0 chr1 230461079 . G A 715.84 PASS AF=0.483871;AO=75;DP=155;FAO=75;FDP=155;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=22;FWDB=0.0456892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.717;QD=18.4734;RBI=0.0465833;REFB=-4.91811e-05;REVB=0.00908301;RO=80;SAF=40;SAR=35;SRF=58;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183217;STB=0.600675;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000266318;OID=.;OPOS=230461079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:80:80:75:75:0.483871:35:40:58:22:35:40:58:22 chr1 230798976 . A C 340.0 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=107;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=50;FWDB=0.0346369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3044;QD=12.7104;RBI=0.0660121;REFB=0.00855036;REVB=0.056195;RO=66;SAF=10;SAR=31;SRF=16;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217459;STB=0.501237;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.0120995;OID=.;OPOS=230798976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:66:66:41:41:0.383178:31:10:16:50:31:10:16:50 chr1 230814431 . A G 378.9 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0120552;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.32;QD=29.1463;RBI=0.0177775;REFB=-0.0406245;REVB=0.0130657;RO=17;SAF=15;SAR=20;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096242;STB=0.552456;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0151614;OID=.;OPOS=230814431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:17:17:35:35:0.673077:20:15:10:7:20:15:10:7 chr1 230829139 . A G 494.03 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0287744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7078;QD=18.82;RBI=0.0643936;REFB=-0.0120053;REVB=0.057607;RO=52;SAF=21;SAR=31;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710329;STB=0.544656;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0104342;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:53:52:52:0.495238:31:21:25:27:31:21:26:27 chr1 230841687 . T C 2614.04 PASS AF=0.988439;AO=170;DP=173;FAO=171;FDP=173;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00256247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.449;QD=60.4403;RBI=0.0038792;REFB=-0.181176;REVB=-0.00291237;RO=0;SAF=79;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505376;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00160629;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:173:173:0:2:170:171:0.988439:91:79:0:0:92:79:0:2 chr1 230845794 . A G 714.68 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0209078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.808;QD=20.8666;RBI=0.0230252;REFB=-0.000815358;REVB=-0.00964467;RO=65;SAF=36;SAR=34;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327224;STB=0.510635;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00107966;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:65:67:70:70:0.510949:34:36:31:34:34:36:33:34 chr1 230895340 . C A 919.7 PASS AF=0.607407;AO=81;DP=135;FAO=82;FDP=135;FR=.;FRO=53;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00731727;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.152;QD=27.2504;RBI=0.0085937;REFB=-0.0106501;REVB=-0.00450657;RO=51;SAF=42;SAR=39;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117726;STB=0.552818;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00536992;OID=.;OPOS=230895340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:51:53:81:82:0.607407:39:42:18:33:40:42:20:33 chr1 230898494 . C T 1172.58 PASS AF=0.473077;AO=121;DP=258;FAO=123;FDP=260;FR=.;FRO=137;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=63;FSRR=74;FWDB=0.0583909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5669;QD=18.0396;RBI=0.0583971;REFB=-0.00322283;REVB=0.000850698;RO=136;SAF=60;SAR=61;SRF=62;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383797;STB=0.514745;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00419273;OID=.;OPOS=230898494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:260:136:137:121:123:0.473077:61:60:62:74:63:60:63:74 chr1 230974609 . C T 1082.08 PASS AF=0.511737;AO=107;DP=213;FAO=109;FDP=213;FR=.;FRO=104;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=64;FSRR=40;FWDB=-1.16967e-05;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.012;QD=20.3208;RBI=0.000493831;REFB=-0.013102;REVB=0.000493692;RO=106;SAF=58;SAR=49;SRF=65;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654048;STB=0.53223;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0121866;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:106:104:107:109:0.511737:49:58:65:41:49:60:64:40 chr1 231042732 . T A 396.59 PASS AF=0.429907;AO=42;DP=103;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00173795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.305;QD=14.8258;RBI=0.0184475;REFB=-0.0200148;REVB=0.0183654;RO=61;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773392;STB=0.517446;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0241874;OID=.;OPOS=231042732;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:61:61:42:46:0.429907:21:21:26:35:25:21:26:35 chr1 231052007 . T A 1547.28 PASS AF=0.486068;AO=157;DP=323;FAO=157;FDP=323;FR=.;FRO=166;FSAF=68;FSAR=89;FSRF=75;FSRR=91;FWDB=0.00178861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.961;QD=19.1614;RBI=0.00786004;REFB=-0.0124134;REVB=-0.00765383;RO=158;SAF=68;SAR=89;SRF=70;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922525;STB=0.509752;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0121869;OID=.;OPOS=231052007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:158:166:157:157:0.486068:89:68:70:88:89:68:75:91 chr1 231057247 . A T 651.12 PASS AF=0.474026;AO=65;DP=156;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0154302;FXX=0.0778397;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5201;QD=16.9121;RBI=0.0176744;REFB=-0.0141674;REVB=0.00861938;RO=70;SAF=30;SAR=35;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447282;STB=0.531526;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0240724;OID=.;OPOS=231057247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:70:81:65:73:0.474026:35:30:29:41:38:35:34:47 chr1 231488524 . C T 1801.02 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0243518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.942;QD=60.034;RBI=0.0531138;REFB=-0.0136189;REVB=0.0472023;RO=1;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772339;STB=0.504064;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000234088;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:61:58:0:1:61:58:0:1 chr1 231931048 . T C 240.91 PASS AF=0.306931;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00736481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.081;QD=9.54101;RBI=0.0139004;REFB=-0.00328002;REVB=0.0117891;RO=68;SAF=12;SAR=19;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655592;STB=0.539961;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00816092;OID=.;OPOS=231931048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:68:70:31:31:0.306931:19:12:30:38:19:12:31:39 chr1 232534957 . T C 875.2 PASS AF=0.44186;AO=95;DP=215;FAO=95;FDP=215;FR=.;FRO=120;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=40;FSRR=80;FWDB=0.0217806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.669;QD=16.2827;RBI=0.0221839;REFB=-0.0216826;REVB=0.00421102;RO=119;SAF=45;SAR=50;SRF=40;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13964;STB=0.579192;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0296247;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:119:120:95:95:0.44186:50:45:40:79:50:45:40:80 chr1 232539219 . C T 956.75 PASS AF=0.459091;AO=101;DP=221;FAO=101;FDP=220;FR=.;FRO=119;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=54;FSRR=65;FWDB=0.000760935;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7537;QD=17.3955;RBI=0.0107472;REFB=-0.0261962;REVB=-0.0107203;RO=119;SAF=38;SAR=63;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788608;STB=0.543706;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0273584;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:119:119:101:101:0.459091:63:38:54:65:63:38:54:65 chr1 232650750 . A G 739.16 PASS AF=0.5;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0236784;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.934;QD=20.5322;RBI=0.0253097;REFB=-0.0108456;REVB=-0.00893965;RO=72;SAF=30;SAR=42;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391941;STB=0.521577;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0110047;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:72:72:72:72:0.5:42:30:27:45:42:30:27:45 chr1 232650867 . C T 395.68 PASS AF=0.455556;AO=35;DP=86;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.012487;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.811;QD=17.5857;RBI=0.0127239;REFB=-0.0287875;REVB=0.00244381;RO=49;SAF=17;SAR=18;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172275;STB=0.576991;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0376618;OID=.;OPOS=232650867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:49:49:35:41:0.455556:18:17:32:17:20:21:32:17 chr1 232940953 . T C 629.4 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00791171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.544;QD=20.8065;RBI=0.0155206;REFB=-0.0276859;REVB=-0.0133527;RO=58;SAF=34;SAR=29;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409625;STB=0.522515;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0300848;OID=.;OPOS=232940953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:58:63:63:0.520661:29:34:34:24:29:34:34:24 chr1 232941069 . T G 263.27 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0042294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.177;QD=20.6483;RBI=0.00432474;REFB=-0.0158198;REVB=-0.000903082;RO=23;SAF=5;SAR=21;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182079;STB=0.593146;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0128732;OID=.;OPOS=232941069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:23:24:26:27:0.529412:21:5:8:15:21:6:9:15 chr1 232941354 . G T 576.38 PASS AF=0.504274;AO=58;DP=118;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0103212;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.059;QD=19.7052;RBI=0.0191468;REFB=-0.0298752;REVB=0.0161268;RO=60;SAF=41;SAR=17;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221665;STB=0.615442;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0237363;OID=.;OPOS=232941354;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:60:58:58:59:0.504274:17:41:29:31:17:42:29:29 chr1 232941677 . G T 1003.65 PASS AF=0.426667;AO=94;DP=263;FAO=128;FDP=300;FR=.;FRO=172;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=106;FSRR=66;FWDB=-0.0152206;FXX=0.00990066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.625;QD=13.3819;RBI=0.0261244;REFB=-0.0219371;REVB=0.0212325;RO=166;SAF=60;SAR=34;SRF=102;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028767;STB=0.536016;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0585329;OID=.;OPOS=232941677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:300:166:172:94:128:0.426667:34:60:102:64:57:71:106:66 chr1 232941798 . A G 1017.08 PASS AF=0.49763;AO=103;DP=209;FAO=105;FDP=211;FR=.;FRO=106;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=0.00389923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.764;QD=19.2811;RBI=0.0175088;REFB=-0.0362811;REVB=0.0170691;RO=106;SAF=57;SAR=46;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927651;STB=0.5452;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0309544;OID=.;OPOS=232941798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:106:106:103:105:0.49763:46:57:48:58:48:57:48:58 chr1 232942251 . A G 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00768037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.372;QD=17.6176;RBI=0.0252104;REFB=-0.0324906;REVB=-0.024012;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103144;STB=0.558326;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0353001;OID=.;OPOS=232942251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:9:15:14:13:9:15:14:13 chr1 232944926 . A T 217.84 PASS AF=0.471698;AO=23;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00944885;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.56;QD=16.4411;RBI=0.0101014;REFB=-0.017761;REVB=0.00357167;RO=29;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204287;STB=0.619553;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0213898;OID=.;OPOS=232944926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:28:23:25:0.471698:8:15:13:16:8:17:13:15 chr1 232945039 . G A 202.05 PASS AF=0.440678;AO=23;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0106415;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.075;QD=13.6982;RBI=0.03076;REFB=-0.0109834;REVB=0.0288607;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350151;STB=0.510721;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0163006;OID=.;OPOS=232945039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:33:23:26:0.440678:14:9:10:18:17:9:12:21 chr1 232945255 . C G 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0544225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0548;QD=18.6368;RBI=0.0552892;REFB=-0.032924;REVB=-0.00975106;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165217;STB=0.593637;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.023945;OID=.;OPOS=232945255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:5:11:8:8:5:11 chr1 232967889 . T C 1572.97 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.02;QD=59.9228;RBI=0.0379511;REFB=0;REVB=0.0225211;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03989e-06;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:58:47:0:0:58:47:0:0 chr1 233086456 . T C 747.4 PASS AF=0.357724;AO=88;DP=247;FAO=88;FDP=246;FR=.;FRO=158;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=99;FWDB=-0.0181967;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.705;QD=12.1528;RBI=0.0414652;REFB=-0.00709414;REVB=-0.0372591;RO=158;SAF=45;SAR=43;SRF=59;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155896;STB=0.58827;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0130839;OID=.;OPOS=233086456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:158:158:88:88:0.357724:43:45:59:99:43:45:59:99 chr1 233086483 . GC G,GG 1339.61 PASS AF=0.989305,0.0106952;AO=109,14;DP=166;FAO=185,2;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=77,0;FSAR=108,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815927,-0.012336;FXX=0.0209413;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.91537,6.01338;QD=28.6548;RBI=0.101635,0.0817719;REFB=0.00177722,-0.0309909;REVB=0.0605998,0.0808361;RO=25;SAF=46,3;SAR=63,11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0633158,-0.434543;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00594015,-0.131567;OID=.,.;OPOS=233086484,233086484;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.989305,0.0106952:109,14:166:185,2:187:0:77,0:108,2:0:0:3:25:46,3:63,11:15:10 chr1 233120192 . G A 733.48 PASS AF=0.493151;AO=72;DP=146;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0466698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.035;QD=20.0954;RBI=0.0498638;REFB=-0.0151345;REVB=0.0175594;RO=71;SAF=28;SAR=44;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706506;STB=0.543944;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0149156;OID=.;OPOS=233120192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:71:74:72:72:0.493151:44:28:33:38:44:28:35:39 chr1 233121791 . G A 626.26 PASS AF=0.559633;AO=57;DP=108;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00210803;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1804;QD=22.9822;RBI=0.0115754;REFB=-0.00392123;REVB=-0.0113819;RO=46;SAF=32;SAR=25;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681192;STB=0.540428;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00301396;OID=.;OPOS=233121791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:46:48:57:61:0.559633:25:32:22:24:25:36:24:24 chr1 233122127 . C T 481.3 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.00558849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.211;QD=15.9106;RBI=0.0241991;REFB=-0.00314019;REVB=-0.0235449;RO=67;SAF=25;SAR=28;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124702;STB=0.573352;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00428149;OID=.;OPOS=233122127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:68:53:53:0.438017:28:25:40:27:28:25:41:27 chr1 233134086 . C T 1068.37 PASS AF=0.452381;AO=110;DP=248;FAO=114;FDP=252;FR=.;FRO=138;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=79;FSRR=59;FWDB=0.00593412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.235;QD=16.9583;RBI=0.0357712;REFB=-0.015923;REVB=0.0352756;RO=136;SAF=58;SAR=52;SRF=79;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538141;STB=0.534926;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0166462;OID=.;OPOS=233134086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:252:136:138:110:114:0.452381:52:58:79:57:56:58:79:59 chr1 233515413 . GT AC,AT 750.66 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,45;DP=48;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291233,0.0150913;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=106.29,226.096;QD=62.5546;RBI=0.0419114,0.0152147;REFB=0,0;REVB=-0.0418101,0.00193433;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0198809,5.85326e-05;OID=.,.;OPOS=233515413,233515413;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:48:0:0:2,45:2,46:0.0416667,0.958333:0,22:2,23:0:0:0,23:2,23:0:0 chr1 233518983 . G GT,T 3375.21 PASS AF=1,0;AO=209,9;DP=248;FAO=228,0;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=107,0;FSAR=121,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101812,-0.0143065;FXX=0.0578489;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.2926,4.51675;QD=59.2142;RBI=0.0314269,0.0346633;REFB=0,0;REVB=0.0297321,-0.0315733;RO=30;SAF=94,3;SAR=115,6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0438793,-0.348919;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00013526,0;OID=.,.;OPOS=233518984,233518983;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:248:228:30:0:209,9:228,0:1,0:115,6:94,3:19:11:121,0:107,0:0:0 chr1 233518998 . C T 3690.69 PASS AF=1;AO=235;DP=237;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131982;FXX=0.00843846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.425;QD=62.8203;RBI=0.0392211;REFB=-0.0597532;REVB=-0.0391989;RO=0;SAF=113;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19336e-05;OID=.;OPOS=233518998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:237:235:0:0:235:235:1:122:113:0:0:122:113:0:0 chr1 233520845 . T C 1559.28 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000663048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.994;QD=58.8408;RBI=0.0883847;REFB=-0.0309479;REVB=0.0883822;RO=1;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104282;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26298e-05;OID=.;OPOS=233520845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:105:106:1:0:104:106:1:45:59:0:1:46:60:0:0 chr1 233759918 . T C 811.49 PASS AF=0.47191;AO=84;DP=178;FAO=84;FDP=178;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.00498821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.821;QD=18.2357;RBI=0.0050958;REFB=-0.00458027;REVB=0.00104158;RO=93;SAF=31;SAR=53;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113147;STB=0.565847;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00441664;OID=.;OPOS=233759918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:93:94:84:84:0.47191:53:31:45:48:53:31:46:48 chr1 233785786 . A C 3093.43 PASS AF=0.989899;AO=195;DP=198;FAO=196;FDP=198;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0273548;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.009;QD=62.4936;RBI=0.0355524;REFB=-0.015363;REVB=0.0227087;RO=1;SAF=81;SAR=114;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415945;STB=0.500847;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.000140254;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:198:198:1:2:195:196:0.989899:114:81:0:1:114:82:1:1 chr1 234040898 . G A 2682.83 PASS AF=0.510638;AO=264;DP=517;FAO=264;FDP=517;FR=.;FRO=253;FSAF=100;FSAR=164;FSRF=122;FSRR=131;FWDB=-0.0103406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.679;QD=20.7569;RBI=0.0104645;REFB=-0.013981;REVB=-0.0016054;RO=253;SAF=100;SAR=164;SRF=122;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958509;STB=0.552402;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0120541;OID=.;OPOS=234040898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:517:517:253:253:264:264:0.510638:164:100:122:131:164:100:122:131 chr1 234041317 . C T 679.44 PASS AF=0.51938;AO=67;DP=129;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0136562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.79;QD=21.0679;RBI=0.0152307;REFB=-0.00973698;REVB=-0.00674402;RO=62;SAF=34;SAR=33;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105166;STB=0.557746;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0084299;OID=.;OPOS=234041317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:62:62:67:67:0.51938:33:34:24:38:33:34:24:38 chr1 234041422 . G C 1000.91 PASS AF=0.466667;AO=104;DP=224;FAO=105;FDP=225;FR=.;FRO=120;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=47;FSRR=73;FWDB=0.0138125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5935;QD=17.7939;RBI=0.0138129;REFB=-0.00651954;REVB=0.000114534;RO=120;SAF=46;SAR=58;SRF=47;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500922;STB=0.530359;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00713389;OID=.;OPOS=234041422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:120:120:104:105:0.466667:58:46:47:73:58:47:47:73 chr1 234509259 . G C 2009.01 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.855;QD=62.2948;RBI=0.0391608;REFB=0;REVB=0.039139;RO=0;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03379e-05;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:124:129:1:64:60:0:0:64:65:0:0 chr1 234529552 . C T 1386.53 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313155;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.2;QD=61.6233;RBI=0.0431574;REFB=-0.0658209;REVB=0.0296968;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000257795;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:90:0:1:89:89:0.988889:51:38:0:0:51:38:0:1 chr1 234529570 . G A 1114.4 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.156;QD=60.238;RBI=0.0205825;REFB=0;REVB=-0.0185208;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010901;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr1 234546245 . C T 395.97 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0132562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.094;QD=20.3061;RBI=0.0165211;REFB=-0.000719374;REVB=-0.00986;RO=37;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135283;STB=0.513507;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00140623;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:38:40:40:0.512821:21:19:17:20:21:19:17:21 chr1 234582651 . T C 2725.15 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022503;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.101;QD=61.9351;RBI=0.0387069;REFB=0;REVB=0.0314935;RO=0;SAF=83;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02834e-05;OID=.;OPOS=234582651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:176:0:0:171:176:1:88:83:0:0:91:85:0:0 chr1 234584231 . C T 330.36 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00834743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5566;QD=50.8239;RBI=0.0419104;REFB=-0.0271516;REVB=0.0410707;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00117145;OID=.;OPOS=234584231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:1:0:12:13:1:0 chr1 234606998 . A G 372.66 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.200714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.04;QD=55.2083;RBI=0.201824;REFB=0;REVB=0.0211353;RO=1;SAF=3;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131556;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117379;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:1:0:25:27:1:22:3:1:0:22:5:0:0 chr1 235040004 . G A 1033.64 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158075;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.704;QD=59.9214;RBI=0.0177749;REFB=0;REVB=0.00812832;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42074e-05;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr1 235040045 . A G 531.51 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0504569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3772;QD=18.328;RBI=0.0530781;REFB=-0.00566073;REVB=-0.0164736;RO=60;SAF=20;SAR=36;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754294;STB=0.54187;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00532834;OID=.;OPOS=235040045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:36:20:26:34:36:20:26:34 chr1 235652513 . T C 1965.07 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0434185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8801;QD=59.5477;RBI=0.0536618;REFB=-0.0236197;REVB=0.0315346;RO=3;SAF=55;SAR=74;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188737;STB=0.509932;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00481206;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:132:3:3:129:129:0.977273:74:55:0:3:74:55:0:3 chr1 235705001 . G T 1865.81 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00421539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2196;QD=59.7059;RBI=0.00674145;REFB=-0.0761898;REVB=-0.00526094;RO=1;SAF=47;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621073;STB=0.501995;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00202377;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:1:2:123:123:0.984:76:47:0:1:76:47:1:1 chr1 235715523 . A G 1003.12 PASS AF=0.666667;AO=86;DP=128;FAO=86;FDP=129;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0132262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4253;QD=31.1046;RBI=0.042112;REFB=-0.00839361;REVB=-0.0399811;RO=42;SAF=30;SAR=56;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213749;STB=0.508486;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00305428;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:42:43:86:86:0.666667:56:30:16:26:56:30:16:27 chr1 236139141 . A T 254.47 PASS AF=0.961538;AO=15;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.179405;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=16.9551;QD=39.1487;RBI=0.189088;REFB=-0.063641;REVB=-0.0597334;RO=2;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221381;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0144836;OID=.;OPOS=236139141;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:2:1:15:25:0.961538:9:6:1:1:14:11:0:1 chr1 236141174 . T C 3123.6 PASS AF=1;AO=194;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117093;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.905;QD=63.747;RBI=0.0288366;REFB=-0.0907952;REVB=0.0263522;RO=0;SAF=99;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196398;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:196:196:0:0:194:196:1:95:99:0:0:95:101:0:0 chr1 236144951 . A G 2468.53 PASS AF=1;AO=134;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189796;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7593;QD=61.7133;RBI=0.19206;REFB=0;REVB=-0.0294;RO=0;SAF=52;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716551;OID=.;OPOS=236144951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:160:0:0:134:160:1:82:52:0:0:85:75:0:0 chr1 236175339 . T C 2105.58 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.81;QD=61.9289;RBI=0.031202;REFB=-0.0403025;REVB=-0.00173222;RO=1;SAF=67;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693957;STB=0.503649;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000410684;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:68:67:0:1:68:67:0:1 chr1 236208773 . C T 226.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00682573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.93;QD=11.1764;RBI=0.0119218;REFB=-0.00106225;REVB=-0.00977436;RO=52;SAF=19;SAR=9;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229299;STB=0.628005;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00169714;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:53:28:28:0.345679:9:19:25:27:9:19:26:27 chr1 236381825 . G C 293.08 PASS AF=0.36;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0701815;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2937;QD=11.723;RBI=0.0765391;REFB=-0.0238554;REVB=0.0305416;RO=64;SAF=12;SAR=24;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697029;STB=0.540123;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0466726;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:100:64:64:36:36:0.36:24:12:25:39:24:12:25:39 chr1 236389999 . C T 505.19 PASS AF=0.466102;AO=54;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.015256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.668;QD=17.125;RBI=0.0210928;REFB=-0.00561264;REVB=-0.0145657;RO=63;SAF=28;SAR=26;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409242;STB=0.527263;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00701057;OID=.;OPOS=236389999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:63:54:55:0.466102:26:28:30:33:26:29:30:33 chr1 236413230 . T A 400.69 PASS AF=0.424242;AO=41;DP=98;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0623873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.248;QD=16.1894;RBI=0.0642766;REFB=-0.00431944;REVB=0.0154697;RO=57;SAF=14;SAR=27;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881087;STB=0.539151;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0044335;OID=.;OPOS=236413230;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:57:57:41:42:0.424242:27:14:24:33:27:15:24:33 chr1 236557771 . G A 2428.39 PASS AF=0.981707;AO=161;DP=164;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=89;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.018647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.449;QD=59.2291;RBI=0.062708;REFB=-0.0258702;REVB=0.0598714;RO=2;SAF=72;SAR=89;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130319;STB=0.510203;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000105699;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:164:164:2:3:161:161:0.981707:89:72:2:0:89:72:3:0 chr1 236700807 . T A 1569.37 PASS AF=0.929825;AO=103;DP=113;FAO=106;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0120383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.554;QD=55.0655;RBI=0.0491408;REFB=-0.0896827;REVB=0.0476434;RO=1;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771574;STB=0.505881;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.000448406;OID=.;OPOS=236700807;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:114:1:4:103:106:0.929825:61:42:0:1:63:43:1:3 chr1 236700823 . T C 1773.14 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285084;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.722;QD=61.1427;RBI=0.0326536;REFB=0;REVB=-0.0159226;RO=0;SAF=44;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90136e-05;OID=.;OPOS=236700823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:72:44:0:0:72:44:0:0 chr1 236700857 . C T 1880.46 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00372967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.415;QD=60.66;RBI=0.0451524;REFB=-0.0550586;REVB=-0.0449981;RO=1;SAF=47;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100005;STB=0.505262;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00057366;OID=.;OPOS=236700857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:76:47:1:0:76:47:1:0 chr1 236702209 . CA TG 1840.93 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197615;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.241;QD=61.3642;RBI=0.0210885;REFB=0;REVB=-0.00736265;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.22226e-05;OID=.;OPOS=236702209;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:63:57:0:0:63:57:0:0 chr1 236702374 . G A 1256.19 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0204482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.098;QD=59.1146;RBI=0.0266637;REFB=-0.178781;REVB=0.0171121;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.508926;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0024665;OID=.;OPOS=236702374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:85:0:2:82:83:0.976471:54:28:0:0:55:28:0:2 chr1 236706780 . C T 3178.83 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438132;FXX=0.0099995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.585;QD=64.2188;RBI=0.0414122;REFB=0;REVB=-0.0411798;RO=0;SAF=105;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63267e-05;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:198:0:0:198:198:1:93:105:0:0:93:105:0:0 chr1 236706862 . G C 3948.46 PASS AF=0.992248;AO=255;DP=257;FAO=256;FDP=258;FR=.;FRO=2;FSAF=124;FSAR=132;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00290709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3745;QD=61.2164;RBI=0.0423395;REFB=-0.0316648;REVB=0.0422395;RO=2;SAF=124;SAR=131;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762606;STB=0.504;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000220401;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:257:258:2:2:255:256:0.992248:131:124:2:0:132:124:2:0 chr1 236711323 . T C 1873.14 PASS AF=0.976378;AO=122;DP=125;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0408552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.512;QD=58.9966;RBI=0.0548909;REFB=-0.0569846;REVB=0.0366587;RO=3;SAF=60;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797011;STB=0.503936;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.000604988;OID=.;OPOS=236711323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:125:127:3:3:122:124:0.976378:62:60:2:1:62:62:2:1 chr1 236714064 . A C 778.78 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0340003;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0992;QD=53.709;RBI=0.122241;REFB=-0.122897;REVB=0.117417;RO=1;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012575;STB=0.513153;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00298827;OID=.;OPOS=236714064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:58:1:2:56:56:0.965517:37:19:0:1:37:19:0:2 chr1 236716959 . C T 4590.85 PASS AF=0.989796;AO=291;DP=294;FAO=291;FDP=294;FR=.;FRO=3;FSAF=136;FSAR=155;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00396969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.389;QD=62.4605;RBI=0.0307459;REFB=-0.0313107;REVB=0.0304886;RO=2;SAF=136;SAR=155;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000426798;STB=0.502042;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000268806;OID=.;OPOS=236716959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:294:294:2:3:291:291:0.989796:155:136:1:1:155:136:2:1 chr1 236717926 . T C 1695.08 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6567;QD=60.5385;RBI=0.010582;REFB=0;REVB=0.000429444;RO=0;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24832e-05;OID=.;OPOS=236717926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:58:54:0:0:58:54:0:0 chr1 236718620 . T C 1767.22 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00889973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8933;QD=59.9058;RBI=0.0444712;REFB=-0.0511927;REVB=0.0435716;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00071509;OID=.;OPOS=236718620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:0:1:117:117:0.991525:61:56:0:0:61:56:1:0 chr1 236719135 . T C 1430.59 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0364233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7806;QD=56.1016;RBI=0.0657743;REFB=0.0342187;REVB=-0.0547686;RO=3;SAF=51;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825146;STB=0.504171;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.0194029;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:3:3:98:99:0.970588:47:51:2:1:47:52:2:1 chr1 236719193 . A G 977.72 PASS AF=0.985507;AO=65;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.164805;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.619;QD=56.6794;RBI=0.168192;REFB=-0.307437;REVB=0.033587;RO=1;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119601;STB=0.506327;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00357768;OID=.;OPOS=236719193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:69:1:1:65:68:0.985507:39:26:0:1:39:29:0:1 chr1 236721610 . G A 1736.08 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208024;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.621;QD=59.865;RBI=0.0497197;REFB=0.0408109;REVB=0.0451587;RO=2;SAF=69;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00337842;STB=0.503649;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000354176;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:118:116:2:1:115:115:0.991379:46:69:1:1:47:68:1:0 chr1 236721660 . T C 2255.08 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.531;QD=63.5233;RBI=0.0198139;REFB=0;REVB=0.00711136;RO=0;SAF=76;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24379e-05;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:66:76:0:0:66:76:0:0 chr1 236721731 . T C 2222.27 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0100946;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4854;QD=59.2607;RBI=0.056856;REFB=-0.0192577;REVB=0.0559526;RO=2;SAF=67;SAR=81;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139837;STB=0.507352;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000122401;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:150:2:2:148:148:0.986667:81:67:2:0:81:67:2:0 chr1 236724502 . TAG T,TA,TAA 346.52 PASS AF=0.0769231,0.0769231,0.846154;AO=3,3,20;DP=26;FAO=2,2,22;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,12;FSAR=1,2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446232,0.035716,0.0293162;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=200.998,215.312,221.957;QD=53.3107;RBI=0.045507,0.0370963,0.0309563;REFB=0,0,0;REVB=0.00892498,0.010025,0.00994234;RO=0;SAF=2,1,10;SAR=1,2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0264641,0.0048172,0.00140815;OID=.,.,.;OPOS=236724503,236724504,236724504;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=T,TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0769231,0.0769231,0.846154:3,3,20:26:2,2,22:26:0:1,0,12:1,2,10:0:0:8:0:2,1,10:1,2,10:0:0 chr1 236744712 . C A 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1456;QD=56.9357;RBI=0.0320723;REFB=0;REVB=0.0279034;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90496e-05;OID=.;OPOS=236744712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr1 236746443 . C T 1946.0 PASS AF=0.977099;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0291246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.303;QD=59.4199;RBI=0.0315613;REFB=-0.0324241;REVB=0.0121602;RO=2;SAF=54;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126693;STB=0.509932;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000739658;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:131:2:3:128:128:0.977099:74:54:0:2:74:54:0:3 chr1 236748403 . G C 796.59 PASS AF=0.463687;AO=83;DP=180;FAO=83;FDP=179;FR=.;FRO=96;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=-0.00503995;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.722;QD=17.8009;RBI=0.0118634;REFB=-0.00782597;REVB=-0.0107396;RO=95;SAF=54;SAR=29;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526284;STB=0.526938;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00961572;OID=.;OPOS=236748403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:95:96:83:83:0.463687:29:54:57:38:29:54:58:38 chr1 236748505 . T C 1183.57 PASS AF=0.911111;AO=82;DP=90;FAO=82;FDP=90;FR=.;FRO=8;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0431644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.125;QD=52.6033;RBI=0.0440474;REFB=-0.0447184;REVB=-0.00877534;RO=7;SAF=39;SAR=43;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566325;STB=0.524384;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00613319;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:7:8:82:82:0.911111:43:39:6:1:43:39:6:2 chr1 236749649 . T C 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2981;QD=63.1949;RBI=0.00519589;REFB=0;REVB=0.0031808;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20062e-06;OID=.;OPOS=236749649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:57:35:0:0:57:35:0:0 chr1 236755837 . C T 428.16 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.188;QD=57.0878;RBI=0.0172601;REFB=0;REVB=0.0165844;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59027e-05;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:17:13:0:0 chr1 236758887 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.659;QD=62.9081;RBI=0.034671;REFB=0;REVB=0.0231494;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58142e-06;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:50:40:0:0:50:40:0:0 chr1 236767330 . A G 2570.91 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017156;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.584;QD=61.9497;RBI=0.0194398;REFB=0;REVB=-0.00914196;RO=0;SAF=91;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93869e-05;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:75:91:0:0:75:91:0:0 chr1 236882303 . T C 2635.38 PASS AF=1;AO=168;DP=171;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212419;FXX=0.0174408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.773;QD=62.3758;RBI=0.0177166;REFB=0;REVB=0.0175888;RO=0;SAF=53;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133953;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:169:0:0:168:169:1:115:53:0:0:115:54:0:0 chr1 236883421 . C T 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.62051e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.118;QD=60.2546;RBI=0.00925885;REFB=0;REVB=-0.00925885;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99619e-06;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:59:50:0:0:59:50:0:0 chr1 236898942 . G C 684.73 PASS AF=0.466216;AO=69;DP=148;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00851158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.799;QD=18.5063;RBI=0.0324938;REFB=-0.0088638;REVB=-0.0313592;RO=78;SAF=31;SAR=38;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129596;STB=0.503365;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00994428;OID=.;OPOS=236898942;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:78:79:69:69:0.466216:38:31:34:44:38:31:35:44 chr1 236899899 . TC T 434.32 PASS AF=0.645455;AO=67;DP=110;FAO=71;FDP=110;FR=.;FRO=39;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0282889;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.0767;QD=15.7936;RBI=0.110754;REFB=0.00476882;REVB=-0.107081;RO=36;SAF=37;SAR=30;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570068;STB=0.523766;STBP=0.548;TYPE=del;VARB=-0.00313413;OID=.;OPOS=236899900;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.645455:67:110:71:110:39:39:32:24:15:99:36:37:30:23:13 chr1 236910983 . G A 640.02 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00104855;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5079;QD=18.8241;RBI=0.0195021;REFB=0.00835779;REVB=-0.0194739;RO=70;SAF=38;SAR=27;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198202;STB=0.605851;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00763063;OID=.;OPOS=236910983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:70:71:65:65:0.477941:27:38:26:44:27:38:27:44 chr1 236926445 . T C 486.56 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0204601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.612;QD=16.6345;RBI=0.0223661;REFB=-0.00901632;REVB=-0.00903478;RO=64;SAF=15;SAR=38;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201303;STB=0.612858;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0124163;OID=.;OPOS=236926445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:64:53:53:0.452991:38:15:30:34:38:15:30:34 chr1 237058748 . C T 3073.87 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.638;QD=63.7071;RBI=0.112091;REFB=0;REVB=0.0997589;RO=0;SAF=101;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50565e-05;OID=.;OPOS=237058748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:193:0:0:185:193:1:84:101:0:0:86:107:0:0 chr1 237066853 . C T 871.28 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00131251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.166;QD=56.2118;RBI=0.0407979;REFB=-0.0790638;REVB=-0.0407768;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136794;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-9.53106e-05;OID=.;OPOS=237066853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:26:34:1:0:27:34:1:0 chr1 237433625 . C T 993.9 PASS AF=0.414179;AO=110;DP=266;FAO=111;FDP=268;FR=.;FRO=157;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=80;FSRR=77;FWDB=-0.00345873;FXX=0.00371733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.899;QD=14.8343;RBI=0.0124682;REFB=-0.0172418;REVB=-0.0119788;RO=156;SAF=59;SAR=51;SRF=79;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315244;STB=0.512903;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0225299;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:268:156:157:110:111:0.414179:51:59:79:77:52:59:80:77 chr1 237617757 . C T 543.2 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0279835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.994;QD=16.8433;RBI=0.0294489;REFB=-0.00480255;REVB=0.00917399;RO=71;SAF=24;SAR=34;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489388;STB=0.527243;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00583492;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:71:58:58:0.449612:34:24:26:45:34:24:26:45 chr1 237634431 . A G 1395.18 PASS AF=0.526923;AO=137;DP=260;FAO=137;FDP=260;FR=.;FRO=123;FSAF=53;FSAR=84;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=-0.0175809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7574;QD=21.4643;RBI=0.0257992;REFB=0.00199064;REVB=0.0188814;RO=122;SAF=53;SAR=84;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931276;STB=0.553071;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00140542;OID=.;OPOS=237634431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:122:123:137:137:0.526923:84:53:60:62:84:53:61:62 chr1 237711797 . A G 3079.25 PASS AF=1;AO=192;DP=197;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056441;FXX=0.0203035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8671;QD=63.8187;RBI=0.0699206;REFB=0;REVB=0.041271;RO=0;SAF=93;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59524e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266428;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:197:193:0:0:192:193:1:99:93:0:0:100:93:0:0 chr1 237718431 . C A 380.02 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00138095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.803;QD=13.2179;RBI=0.0108894;REFB=-0.0146072;REVB=-0.0108015;RO=70;SAF=17;SAR=28;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103638;STB=0.558856;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0219443;OID=.;OPOS=237718431;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:70:45:45:0.391304:28:17:33:37:28:17:33:37 chr1 237766753 . A G 642.73 PASS AF=0.579439;AO=61;DP=106;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00852555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.633;QD=24.0271;RBI=0.0296364;REFB=-0.0387704;REVB=-0.0283837;RO=45;SAF=30;SAR=31;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150081;STB=0.511456;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0303482;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:45:45:61:62:0.579439:31:30:23:22:32:30:23:22 chr1 237801770 . T C 3175.72 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219188;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.928;QD=64.1559;RBI=0.0275447;REFB=0;REVB=0.0166817;RO=0;SAF=86;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39404e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232753;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:198:0:0:198:198:1:112:86:0:0:112:86:0:0 chr1 237814783 . C T 234.86 PASS AF=0.286957;AO=33;DP=115;FAO=33;FDP=115;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=-0.0669523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3664;QD=8.16919;RBI=0.0680939;REFB=-0.0216923;REVB=-0.0124163;RO=82;SAF=15;SAR=18;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155998;STB=0.591519;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0464522;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:82:82:33:33:0.286957:18:15:27:55:18:15:27:55 chr1 237863718 . T G 1573.44 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00750963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.338;QD=58.8203;RBI=0.0081079;REFB=-0.0674463;REVB=0.00305672;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.506023;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-6.68806e-06;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:65:41:0:0:65:41:1:0 chr1 237881770 . C T 3618.75 PASS AF=1;AO=230;DP=232;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243079;FXX=0.00431016;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.401;QD=62.6623;RBI=0.0207871;REFB=-0.0557762;REVB=-0.0206444;RO=1;SAF=123;SAR=107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443294;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35985e-06;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:232:231:1:0:230:231:1:107:123:0:1:108:123:0:0 chr1 237890437 . C T 3140.5 PASS AF=0.990338;AO=204;DP=212;FAO=205;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=105;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0258323;FXX=0.0235838;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.014;QD=60.6861;RBI=0.0319571;REFB=-0.0282138;REVB=0.0188135;RO=2;SAF=100;SAR=104;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00943023;STB=0.50495;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=6.44207e-06;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:212:207:2:2:204:205:0.990338:104:100:2:0:105:100:2:0 chr1 237905573 . T C 81.8 PASS AF=0.172043;AO=11;DP=64;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=58;FSRR=19;FWDB=-0.0187902;FXX=0.0106372;HRUN=15;LEN=1;MLLD=109.221;QD=3.51831;RBI=0.0946242;REFB=0.00457402;REVB=-0.0927398;RO=52;SAF=9;SAR=2;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256751;STB=0.670979;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.056895;OID=.;OPOS=237905573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:64:93:52:77:11:16:0.172043:2:9:34:18:2:14:58:19 chr1 238050801 . G A 653.04 PASS AF=0.566372;AO=63;DP=112;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00979902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.767;QD=23.1163;RBI=0.0518085;REFB=-0.00786191;REVB=0.0508733;RO=49;SAF=33;SAR=30;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760828;STB=0.544437;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00398137;OID=.;OPOS=238050801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:49:49:63:64:0.566372:30:33:21:28:30:34:21:28 chr1 238107035 . C G 1843.47 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.684;QD=60.4417;RBI=0.0152114;REFB=0.119437;REVB=0.00433628;RO=1;SAF=55;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085588;STB=0.504504;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000101253;OID=.;OPOS=238107035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:66:55:1:0:66:55:1:0 chr1 238114860 . G A 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.099;QD=60.9522;RBI=0.00590008;REFB=0;REVB=0.00411859;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33766e-06;OID=.;OPOS=238114860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:66:50:0:0:66:50:0:0 chr1 238114934 . G A 2145.65 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964776;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.031;QD=63.1072;RBI=0.0374226;REFB=0;REVB=0.0361576;RO=0;SAF=41;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9161e-05;OID=.;OPOS=238114934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:95:41:0:0:95:41:0:0 chr1 238114936 . A G 1987.51 PASS AF=0.963504;AO=130;DP=130;FAO=132;FDP=137;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00364557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.765;QD=58.0295;RBI=0.021903;REFB=-0.0302811;REVB=0.0215974;RO=0;SAF=41;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504175;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.000928425;OID=.;OPOS=238114936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:130:137:0:5:130:132:0.963504:89:41:0:0:92:40:2:3 chr1 240074847 . TA T,TT 171.91 PASS AF=0.62069,0.344828;AO=7,6;DP=31;FAO=18,10;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0;FSAR=18,10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0,0;FXX=0.0937207;HRUN=12,12;LEN=1,1;MLLD=7.06774,12.3841;QD=23.7125;RBI=0.0125041,0.0195659;REFB=-0.0146075,0.00688385;REVB=0.0125041,0.0195659;RO=6;SAF=0,0;SAR=7,6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0437805,-0.0931106;OID=.,.;OPOS=240074848,240074848;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.62069,0.344828:7,6:31:18,10:29:1:0,0:18,10:0:1:29:6:0,0:7,6:0:6 chr1 240076351 . G A 511.06 PASS AF=0.52;AO=48;DP=97;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00461242;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.816;QD=20.4426;RBI=0.00721146;REFB=-0.0229662;REVB=0.00554354;RO=41;SAF=23;SAR=25;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748579;STB=0.551025;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0155235;OID=.;OPOS=240076351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:41:48:48:52:0.52:25:23:16:25:27:25:18:30 chr1 240077246 . C G 2240.56 PASS AF=0.986755;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00902572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.195;QD=59.3527;RBI=0.0218723;REFB=-0.114672;REVB=0.0199232;RO=1;SAF=74;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638428;STB=0.500044;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000329686;OID=.;OPOS=240077246;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:1:2:149:149:0.986755:75:74:1:0:75:74:1:1 chr1 240255568 . GGGCGGCGGCGGCGGCG GGGCGGCGGCGGCGGC,GGGCGGCGGCGGCG 413.23 PASS AF=0.394737,0.513158;AO=11,24;DP=80;FAO=30,39;FDP=76;FR=.;FRO=7;FSAF=30,37;FSAR=0,2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.331581,0.0571096;FXX=0.0731618;HRUN=4,2;LEN=1,3;MLLD=6.27228,157.594;QD=21.7491;RBI=0.363978,0.154061;REFB=-0.28659,-0.102383;REVB=-0.150113,-0.143085;RO=24;SAF=10,24;SAR=1,0;SRF=22;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0266532,0.80785;STB=0.999336,0.563415;STBP=0.099,0.318;TYPE=del,del;VARB=0.259058,0.0574005;OID=.,.;OPOS=240255584,240255569;OREF=G,GGC;OALT=-,-;OMAPALT=GGGCGGCGGCGGCGGC,GGGCGGCGGCGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.394737,0.513158:11,24:80:30,39:76:7:30,37:0,2:6:1:99:24:10,24:1,0:22:2 chr1 240256822 . C A 444.12 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0510398;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.29;QD=23.071;RBI=0.0519237;REFB=-0.0136527;REVB=0.00953998;RO=32;SAF=11;SAR=32;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141142;STB=0.597224;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0108381;OID=.;OPOS=240256822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:32:34:43:43:0.558442:32:11:13:19:32:11:15:19 chr1 240341268 . A G 658.1 PASS AF=0.455128;AO=71;DP=158;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.0342142;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9133;QD=16.8743;RBI=0.0343974;REFB=0.0103239;REVB=-0.0035457;RO=83;SAF=37;SAR=34;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614043;STB=0.527514;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0124827;OID=.;OPOS=240341268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:83:85:71:71:0.455128:34:37:38:45:34:37:40:45 chr1 240370934 . G C 247.53 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0433515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0773;QD=33.0038;RBI=0.047066;REFB=-0.188468;REVB=0.0183262;RO=6;SAF=18;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181415;STB=0.577905;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0208888;OID=.;OPOS=240370934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:30:30:6:8:22:22:0.733333:4:18:3:3:4:18:5:3 chr1 240370941 . T C 102.46 PASS AF=0.785714;AO=12;DP=18;FAO=11;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0474372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.591;QD=29.2747;RBI=0.0710001;REFB=-0.0353861;REVB=0.0528274;RO=3;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177598;STB=0.731172;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00772825;OID=.;OPOS=240370941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:18:14:3:3:12:11:0.785714:3:9:1:2:1:10:1:2 chr1 240370985 . C T 72.72 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0216505;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.1635;QD=11.6347;RBI=0.0469162;REFB=-0.0151494;REVB=-0.041622;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0879276;OID=.;OPOS=240370985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:25:25:14:15:10:10:0.4:2:8:11:3:2:8:12:3 chr1 240370998 . A G 53.94 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0420307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.581;QD=7.99057;RBI=0.0582548;REFB=-0.0180021;REVB=0.0403365;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63166;STB=0.874374;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.204202;OID=.;OPOS=240370998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:18:18:8:9:0.333333:6:2:16:2:7:2:16:2 chr1 241712134 . C T 1358.9 PASS AF=0.45283;AO=144;DP=319;FAO=144;FDP=318;FR=.;FRO=174;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=91;FSRR=83;FWDB=-0.0128429;FXX=0.0031347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.076;QD=17.093;RBI=0.0129657;REFB=0.00378439;REVB=-0.00178032;RO=175;SAF=66;SAR=78;SRF=91;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612263;STB=0.53541;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00372877;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:318:175:174:144:144:0.45283:78:66:91:84:78:66:91:83 chr1 241753394 . C A 383.2 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.00515217;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.425;QD=14.5979;RBI=0.00801325;REFB=-0.00760026;REVB=0.00613736;RO=59;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102598;STB=0.545754;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0106112;OID=.;OPOS=241753394;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:59:61:44:44:0.419048:24:20:21:38:24:20:23:38 chr1 241755320 . A G 988.69 PASS AF=0.483568;AO=102;DP=213;FAO=103;FDP=213;FR=.;FRO=110;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=0.0480978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.377;QD=18.5669;RBI=0.054565;REFB=-0.0126653;REVB=0.025767;RO=110;SAF=58;SAR=44;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030797;STB=0.513982;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0149716;OID=.;OPOS=241755320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:110:110:102:103:0.483568:44:58:59:51:45:58:59:51 chr1 241907817 . T C 560.38 PASS AF=0.398773;AO=64;DP=162;FAO=65;FDP=163;FR=.;FRO=98;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=-0.00631995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.415;QD=13.7515;RBI=0.00988991;REFB=0.000364349;REVB=0.00760713;RO=98;SAF=24;SAR=40;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221665;STB=0.627868;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00057046;OID=.;OPOS=241907817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:98:98:64:65:0.398773:40:24:57:41:41:24:57:41 chr1 242030151 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.795;QD=57.1054;RBI=0.0223992;REFB=0;REVB=-0.0202575;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70722e-05;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr1 242042545 . A G 1870.08 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.854;QD=61.3142;RBI=0.0400667;REFB=0;REVB=0.0130424;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53478e-05;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:122:0:0:114:122:1:54:60:0:0:55:67:0:0 chr1 242045275 . C T 3497.09 PASS AF=1;AO=223;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.466;QD=62.7281;RBI=0.00356228;REFB=0;REVB=0.00278567;RO=0;SAF=137;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59265e-06;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:223:0:0:223:223:1:86:137:0:0:86:137:0:0 chr1 242048674 . C T 3570.14 PASS AF=0.991379;AO=230;DP=230;FAO=230;FDP=232;FR=.;FRO=2;FSAF=131;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0136409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9978;QD=61.5541;RBI=0.042534;REFB=-0.126709;REVB=-0.0402873;RO=0;SAF=131;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503788;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00141606;OID=.;OPOS=242048674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:230:232:0:2:230:230:0.991379:99:131:0:0:99:131:2:0 chr1 242053030 . AT A 689.85 PASS AF=1;AO=81;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.2538;QD=30.66;RBI=0.0292107;REFB=-0.0471226;REVB=0.0243956;RO=3;SAF=48;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180726;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00996836;OID=.;OPOS=242053031;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:90:90:90:0:54:36:0:0:10:3:48:33:1:2 chr1 242053081 . TA AT 30.96 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=64;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0213395;FXX=0.0312451;HRUN=5;LEN=2;MLLD=24.0972;QD=1.99759;RBI=0.0595847;REFB=-0.0615578;REVB=0.0556324;RO=46;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355134;STB=0.711053;STBP=0.23;TYPE=mnp;VARB=0.210869;OID=.;OPOS=242053081;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:64:62:46:54:12:8:0.129032:4:8:17:29:3:5:20:34 chr1 242222754 . A G 1175.79 PASS AF=0.473896;AO=118;DP=249;FAO=118;FDP=249;FR=.;FRO=131;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=0.0360819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.952;QD=18.8882;RBI=0.0364973;REFB=0.00836752;REVB=0.00549137;RO=129;SAF=61;SAR=57;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123985;STB=0.506913;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00840664;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:129:131:118:118:0.473896:57:61:65:64:57:61:66:65 chr1 242253024 . T C 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00584078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.622;QD=16.7133;RBI=0.0194852;REFB=0.00434463;REVB=0.0185892;RO=44;SAF=21;SAR=15;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152113;STB=0.508542;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00462173;OID=.;OPOS=242253024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:15:21:25:19:15:21:25:19 chr1 242687390 . G A 684.15 PASS AF=0.467949;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=0.00915325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.239;QD=17.5422;RBI=0.033621;REFB=-0.0159932;REVB=0.0323511;RO=83;SAF=43;SAR=30;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130959;STB=0.500726;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0139806;OID=.;OPOS=242687390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:83:83:73:73:0.467949:30:43:49:34:30:43:49:34 chr1 243328887 . G T 55.05 PASS AF=0.12;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=100;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.00336133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.218;QD=2.20213;RBI=0.00617216;REFB=-0.000614759;REVB=-0.00517658;RO=87;SAF=5;SAR=7;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149782;STB=0.602479;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00645007;OID=.;OPOS=243328887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:100:87:88:12:12:0.12:7:5:47:40:7:5:47:41 chr1 243329049 . G A 337.7 PASS AF=0.252577;AO=49;DP=194;FAO=49;FDP=194;FR=.;FRO=145;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=64;FSRR=81;FWDB=-0.0187928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.041;QD=6.96283;RBI=0.0190058;REFB=-0.00200124;REVB=0.00283752;RO=135;SAF=25;SAR=24;SRF=61;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720802;STB=0.551334;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00580364;OID=.;OPOS=243329049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:135:145:49:49:0.252577:24:25:61:74:24:25:64:81 chr1 243329075 . T C 216.96 PASS AF=0.201087;AO=37;DP=178;FAO=37;FDP=184;FR=.;FRO=147;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=68;FSRR=79;FWDB=0.0189091;FXX=0.00540511;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.519;QD=4.71642;RBI=0.0503787;REFB=-0.00513411;REVB=-0.0466954;RO=141;SAF=19;SAR=18;SRF=63;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851273;STB=0.540606;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0270434;OID=.;OPOS=243329075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:184:141:147:37:37:0.201087:18:19:63:78:18:19:68:79 chr1 243332884 . AAG A,GAA 127.21 PASS AF=0.695652,0;AO=12,2;DP=23;FAO=16,0;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=5,0;FSAR=11,0;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0181828,-0.0668218;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,3;MLLD=221.375,69.2935;QD=22.1236;RBI=0.0361014,0.0686405;REFB=-0.0450629,-0.0242205;REVB=0.0311881,0.0156959;RO=7;SAF=2,2;SAR=10,0;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.244656,0.621371;STB=0.509542,0.5;STBP=0.949,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0175324,0;OID=.,.;OPOS=243332885,243332884;OREF=AG,AAG;OALT=-,GAA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:23:23:7:7:12,2:16,0:0.695652,0:10,0:2,2:3:4:11,0:5,0:2:5 chr1 243493907 . A T 1243.48 PASS AF=0.497959;AO=122;DP=245;FAO=122;FDP=245;FR=.;FRO=123;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=49;FSRR=74;FWDB=0.0454385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.672;QD=20.3017;RBI=0.0454411;REFB=0.0043816;REVB=-0.000489693;RO=123;SAF=55;SAR=67;SRF=49;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487177;STB=0.526723;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0050643;OID=.;OPOS=243493907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:123:123:122:122:0.497959:67:55:49:74:67:55:49:74 chr1 243579112 . G A 920.4 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1895;QD=58.4378;RBI=0.0470331;REFB=0;REVB=0.0357577;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635829;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:44:18:0:0:45:18:0:0 chr1 244219563 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.849;QD=56.9382;RBI=0.0128015;REFB=0;REVB=0.0120407;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04159e-05;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr1 244724092 . G A 2105.71 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.841;QD=61.9327;RBI=0.0109776;REFB=-0.090884;REVB=-0.00124462;RO=1;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646763;STB=0.503401;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-1.13276e-05;OID=.;OPOS=244724092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:73:62:0:1:73:62:0:1 chr1 244735858 . A G 1319.41 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0230812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8287;QD=58.6404;RBI=0.026036;REFB=-0.0293604;REVB=-0.0120471;RO=3;SAF=36;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00523876;STB=0.502766;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.000513169;OID=.;OPOS=244735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:3:3:87:87:0.966667:51:36:1:2:51:36:1:2 chr1 244754961 . C A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.104;QD=54.5175;RBI=0.0371333;REFB=0;REVB=-0.0366114;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125481;OID=.;OPOS=244754961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr1 244773784 . T C 820.5 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.848;QD=55.627;RBI=0.0532772;REFB=-0.08368;REVB=0.0474898;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000543817;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:58:58:0.983051:29:29:0:0:29:29:0:1 chr1 245017464 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAAAAT 228.46 PASS AF=0.566667,0.133333,0.3;AO=6,4,2;DP=34;FAO=17,4,9;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,9;FSAR=17,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446833,-0.0207963,0.0161079;FXX=0.249938;HRUN=14,14,14;LEN=2,4,1;MLLD=5.89536,10.8498,107.712;QD=30.4613;RBI=0.282262,0.121204,0.0569142;REFB=0,0,0;REVB=-0.278703,-0.119406,-0.0545872;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=6,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.218392,0.0407956,0.000980308;OID=.,.,.;OPOS=245017465,245017465,245017474;OREF=AA,AAAA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.566667,0.133333,0.3:6,4,2:34:17,4,9:30:0:0,0,9:17,4,0:0:0:68:0:0,0,2:6,4,0:0:0 chr1 245027349 . C T 1375.98 PASS AF=0.636364;AO=119;DP=187;FAO=119;FDP=187;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=111;FSRF=7;FSRR=61;FWDB=0.0507985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1638;QD=29.4327;RBI=0.0593867;REFB=-0.0295228;REVB=0.0307618;RO=68;SAF=8;SAR=111;SRF=7;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876254;STB=0.547509;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0187141;OID=.;OPOS=245027349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:68:68:119:119:0.636364:111:8:7:61:111:8:7:61 chr1 245133488 . GT G,GC,GG 310.43 PASS AF=0.208333,0.0833333,0.708333;AO=6,2,17;DP=26;FAO=5,2,17;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2,5;FSAR=4,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136844,-0.0322467,0.128217;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=229.653,63.3324,236.219;QD=51.7383;RBI=0.146563,0.0399976,0.136068;REFB=0,0,0;REVB=0.0524842,0.0236634,0.0455514;RO=0;SAF=2,2,4;SAR=4,0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.021933,0.00691522,0.0069233;OID=.,.,.;OPOS=245133489,245133489,245133489;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.208333,0.0833333,0.708333:6,2,17:26:5,2,17:24:0:1,2,5:4,0,12:0:0:15:0:2,2,4:4,0,13:0:0 chr1 245133539 . A G 82.05 PASS AF=0.9;AO=7;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.327;QD=32.8198;RBI=0.034379;REFB=-0.0288923;REVB=-0.00377347;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00171162;OID=.;OPOS=245133539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:7:9:0.9:4:3:0:0:5:4:0:1 chr1 245133623 . T C,TCCTCC 1223.48 PASS AF=0.0510204,0.877551;AO=12,74;DP=109;FAO=5,86;FDP=98;FR=.;FRO=7;FSAF=5,49;FSAR=0,37;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0134388,-0.0326046;FXX=0.100908;HRUN=1,2;LEN=1,5;MLLD=125.679,169.99;QD=49.9381;RBI=0.0188809,0.0326707;REFB=-0.0400188,-0.0156331;REVB=0.0132623,-0.00207804;RO=10;SAF=11,46;SAR=1,28;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.616898,0.0750566;STB=0.997666,0.521668;STBP=0.007,0.176;TYPE=snp,ins;VARB=0.00602998,0.00082069;OID=.,.;OPOS=245133623,245133624;OREF=T,-;OALT=C,CCTCC;OMAPALT=C,TCCTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:109:98:10:7:12,74:5,86:0.0510204,0.877551:1,28:11,46:3:7:0,37:5,49:2:5 chr1 245133662 . G C 2900.42 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8336;QD=63.0527;RBI=0.0128138;REFB=0;REVB=0.000539623;RO=0;SAF=92;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0401e-05;OID=.;OPOS=245133662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:92:92:0:0:92:92:0:0 chr1 245297243 . G A 367.48 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00945071;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1468;QD=16.3323;RBI=0.0481921;REFB=-0.00666903;REVB=-0.0472564;RO=52;SAF=16;SAR=23;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111538;STB=0.568029;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00751621;OID=.;OPOS=245297243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:52:51:39:39:0.433333:23:16:27:25:23:16:27:24 chr1 245703990 . G T 3326.95 PASS AF=1;AO=183;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=115;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.072;QD=61.8967;RBI=0.0456585;REFB=0;REVB=0.0130514;RO=0;SAF=87;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760113;OID=.;OPOS=245703990;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:183:215:1:96:87:0:0:100:115:0:0 chr1 245849000 . C T 559.1 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0194055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.5637;QD=16.0893;RBI=0.0220273;REFB=-0.0255395;REVB=0.0104224;RO=79;SAF=28;SAR=32;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501687;STB=0.528037;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0424038;OID=.;OPOS=245849000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:79:60:60:0.431655:32:28:33:46:32:28:33:46 chr1 245850095 . C T 220.44 PASS AF=0.48;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.00946418;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.401;QD=17.6355;RBI=0.074363;REFB=-0.0164237;REVB=0.0737583;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211842;STB=0.630587;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00992593;OID=.;OPOS=245850095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:24:26:24:24:0.48:15:9:4:20:15:9:4:22 chr1 245850659 . AGG AGA,AG 1525.36 PASS AF=0.106383,0.893617;AO=17,28;DP=141;FAO=15,126;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=0,73;FSAR=15,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119291,0.923637;FXX=0.00704176;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=156.381,13.9751;QD=43.2727;RBI=0.155566,0.937617;REFB=0,0;REVB=-0.0998521,-0.161304;RO=73;SAF=0,1;SAR=17,27;SRF=71;SRR=2;SSEN=0,0.715328;SSEP=0,0;SSSB=-0.891484,-0.871887;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.156762,-0.0251917;OID=.,.;OPOS=245850661,245850660;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.106383,0.893617:17,28:141:15,126:141:0:0,73:15,53:0:0:55:73:0,1:17,27:71:2 chr1 245851304 . A G 452.78 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000453772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.246;QD=54.882;RBI=0.00613946;REFB=-0.0898576;REVB=0.00612267;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345339;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00352864;OID=.;OPOS=245851304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:13:18:0:1:14:18:0:1 chr1 245851373 . C T 36.72 PASS AF=0.25;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0576815;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3447;QD=6.12008;RBI=0.0644557;REFB=-0.00558268;REVB=-0.0287643;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533815;STB=0.85415;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0240509;OID=.;OPOS=245851373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:24:17:18:6:6:0.25:5:1:11:6:5:1:12:6 chr1 245851402 . CG C 32.45 PASS AF=0.318182;AO=9;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.178317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.4086;QD=5.9008;RBI=0.189631;REFB=-0.0693421;REVB=0.0645208;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604717;STB=0.657802;STBP=0.388;TYPE=del;VARB=0.11301;OID=.;OPOS=245851403;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:9:22:7:22:15:3:4:10:5:32:13:5:4:8:5 chr1 245861571 . C T 325.89 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0218173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.817;QD=12.0701;RBI=0.0223465;REFB=-0.0148092;REVB=0.00483431;RO=68;SAF=23;SAR=17;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671228;STB=0.53837;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0217062;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:68:68:40:40:0.37037:17:23:35:33:17:23:35:33 chr1 246670481 . C G 16096.6 PASS AF=1;AO=1018;DP=1029;FAO=1020;FDP=1020;FR=.;FRO=0;FSAF=529;FSAR=491;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571584;FXX=0.0106691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7513;QD=63.124;RBI=0.0576936;REFB=-0.119811;REVB=0.00784071;RO=2;SAF=527;SAR=491;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.64254e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426654;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:1029:1020:2:0:1018:1020:1:491:527:1:1:491:529:0:0 chr1 246714587 . G A 321.34 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.000822235;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.766;QD=16.0667;RBI=0.00783947;REFB=-0.00748436;REVB=-0.00779623;RO=44;SAF=21;SAR=14;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25263;STB=0.646977;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00924303;OID=.;OPOS=246714587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:45:35:35:0.4375:14:21:15:29:14:21:15:30 chr1 246720798 . G A 1090.15 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0357918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3862;QD=57.3762;RBI=0.0367753;REFB=-0.0632699;REVB=-0.00844815;RO=1;SAF=28;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165924;STB=0.517237;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0055045;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:73:74:0.973684:45:28:1:0:46:28:2:0 chr1 246755124 . T C 1058.19 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0908094;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.359;QD=57.1997;RBI=0.0951971;REFB=-0.101386;REVB=0.0285684;RO=1;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145499;STB=0.515147;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0010717;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:74:1:2:72:72:0.972973:32:40:0:1:32:40:0:2 chr1 246829616 . T C 808.85 PASS AF=0.376471;AO=96;DP=255;FAO=96;FDP=255;FR=.;FRO=159;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=75;FSRR=84;FWDB=0.0242228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.578;QD=12.6878;RBI=0.0246246;REFB=-0.00913853;REVB=-0.00443006;RO=156;SAF=42;SAR=54;SRF=74;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408498;STB=0.521541;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0141518;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:156:159:96:96:0.376471:54:42:74:82:54:42:75:84 chr1 246939856 . G A 557.33 PASS AF=0.402516;AO=63;DP=161;FAO=64;FDP=159;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.00738146;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.756;QD=14.0208;RBI=0.00741547;REFB=0.00880548;REVB=0.000709404;RO=88;SAF=26;SAR=37;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800295;STB=0.541102;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00875251;OID=.;OPOS=246939856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:88:95:63:64:0.402516:37:26:43:45:38:26:45:50 chr1 246939943 . T C 1189.68 PASS AF=0.558824;AO=114;DP=204;FAO=114;FDP=204;FR=.;FRO=90;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.00128949;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3052;QD=23.3271;RBI=0.0506183;REFB=-0.0247731;REVB=-0.0506019;RO=90;SAF=52;SAR=62;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000477739;STB=0.505204;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0161868;OID=.;OPOS=246939943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:90:90:114:114:0.558824:62:52:41:49:62:52:40:50 chr1 247007221 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTA 48.82 PASS AF=0.178571,0.107143;AO=16,5;DP=62;FAO=10,6;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=1,0;FSAR=9,6;FSRF=5;FSRR=35;FWDB=-0.0578121,0.0621096;FXX=0.0967586;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.89924,20.7713;QD=3.4871;RBI=0.0701367,0.079046;REFB=-0.0882713,-0.0342111;REVB=-0.0397105,0.0488944;RO=28;SAF=0,0;SAR=16,5;SRF=5;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.76363,-0.56339;STB=0.55091,0.997033;STBP=0.815,0.22;TYPE=del,snp;VARB=0.0895438,0.0491783;OID=.,.;OPOS=247007222,247007228;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178571,0.107143:16,5:62:10,6:56:40:1,0:9,6:5:35:19:28:0,0:16,5:5:23 chr1 247027371 . G A 501.54 PASS AF=0.527473;AO=47;DP=89;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00364203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.455;QD=22.0458;RBI=0.0232651;REFB=0.006629;REVB=-0.0229783;RO=42;SAF=24;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701487;STB=0.538446;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0057438;OID=.;OPOS=247027371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:42:43:47:48:0.527473:23:24:18:24:24:24:18:25 chr1 247048834 . T C 391.48 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00762799;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.518;QD=16.4832;RBI=0.016901;REFB=0.0045141;REVB=-0.0150817;RO=54;SAF=28;SAR=13;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231314;STB=0.630497;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00562064;OID=.;OPOS=247048834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:13:28:25:29:13:28:25:29 chr1 247150740 . T C 1315.36 PASS AF=0.936842;AO=86;DP=92;FAO=89;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0611724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.1143;QD=55.3834;RBI=0.111175;REFB=-0.11833;REVB=0.0928328;RO=5;SAF=43;SAR=43;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103914;STB=0.510173;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0122164;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:92:95:5:6:86:89:0.936842:43:43:2:3:45:44:2:4 chr1 247151557 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.115;QD=33.4285;RBI=0.0199662;REFB=0;REVB=0.0074101;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100955;OID=.;OPOS=247151557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 247162658 . C T 1840.98 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.488;QD=61.366;RBI=0.0583146;REFB=0;REVB=0.0355647;RO=0;SAF=51;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51246e-05;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:68:51:0:0:68:52:0:0 chr1 247419509 . T C 724.46 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182147;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.264;QD=55.7274;RBI=0.0541999;REFB=0;REVB=0.0510476;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377671;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:25:25:0:0:25:27:0:0 chr1 247419664 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.106;QD=59.0187;RBI=0.0243532;REFB=0;REVB=0.0024469;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63253e-05;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr1 247587477 . G A 2010.37 PASS AF=0.943662;AO=133;DP=141;FAO=134;FDP=142;FR=.;FRO=8;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00268411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.923;QD=56.6301;RBI=0.0378093;REFB=-0.191401;REVB=0.0377139;RO=1;SAF=58;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629587;STB=0.510903;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0010952;OID=.;OPOS=247587477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:141:142:1:8:133:134:0.943662:75:58:0:1:75:59:2:6 chr1 247587531 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.192;QD=60.8835;RBI=0.0575392;REFB=0;REVB=0.0164891;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56744e-05;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr1 247614617 . C T 685.43 PASS AF=0.471338;AO=72;DP=155;FAO=74;FDP=157;FR=.;FRO=83;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0431053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4268;QD=17.4632;RBI=0.0431679;REFB=-0.00570165;REVB=-0.0023226;RO=82;SAF=42;SAR=30;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150344;STB=0.585326;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00990975;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:82:83:72:74:0.471338:30:42:35:47:30:44:36:47 chr1 247614693 . C T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.888;QD=60.716;RBI=0.0205649;REFB=0;REVB=0.014107;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5134e-06;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr1 247614896 . A C 103.52 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0197951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.279;QD=9.85929;RBI=0.0407647;REFB=-0.0132479;REVB=-0.0356359;RO=29;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515353;STB=0.801596;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0236668;OID=.;OPOS=247614896;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:4:9:6:23:4:9:6:23 chr1 247615261 . GA G 1068.66 PASS AF=0.464865;AO=171;DP=371;FAO=172;FDP=370;FR=.;FRO=198;FSAF=75;FSAR=97;FSRF=100;FSRR=98;FWDB=0.0805248;FXX=0.00269535;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.3154;QD=11.5531;RBI=0.15092;REFB=-0.0232219;REVB=-0.127643;RO=196;SAF=74;SAR=97;SRF=99;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706204;STB=0.537179;STBP=0.188;TYPE=del;VARB=0.0260217;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464865:171:371:172:370:198:75:97:100:98:99:196:74:97:99:97 chr1 247654993 . T C 629.31 PASS AF=0.445161;AO=69;DP=155;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0139941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2035;QD=16.2403;RBI=0.0482995;REFB=-0.0122902;REVB=-0.0462278;RO=86;SAF=36;SAR=33;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364062;STB=0.520264;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0208835;OID=.;OPOS=247654993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:86:86:69:69:0.445161:33:36:48:38:33:36:48:38 chr1 247655275 . T C 788.95 PASS AF=0.531915;AO=75;DP=141;FAO=75;FDP=141;FR=.;FRO=66;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0066821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0659;QD=22.3815;RBI=0.0297677;REFB=-0.0252654;REVB=-0.0290081;RO=66;SAF=44;SAR=31;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491287;STB=0.526939;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0162949;OID=.;OPOS=247655275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:66:66:75:75:0.531915:31:44:35:31:31:44:35:31 chr1 247690320 . C T 757.63 PASS AF=0.37931;AO=88;DP=232;FAO=88;FDP=232;FR=.;FRO=144;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=64;FSRR=80;FWDB=-0.0131781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2549;QD=13.0626;RBI=0.0528722;REFB=-0.0150418;REVB=-0.0512035;RO=144;SAF=44;SAR=44;SRF=64;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611105;STB=0.534475;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0257887;OID=.;OPOS=247690320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:144:144:88:88:0.37931:44:44:64:80:44:44:64:80 chr1 247695612 . G A 1755.99 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00986749;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.523;QD=59.0249;RBI=0.0203558;REFB=-0.139773;REVB=0.0178043;RO=2;SAF=53;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00151345;STB=0.500797;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00023305;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:64:53:1:1:64:53:1:1 chr1 247695756 . T C 507.28 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178015;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6792;QD=59.6802;RBI=0.0278292;REFB=0;REVB=0.0213909;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220313;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr1 247729210 . T C 61.64 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=12;FWDB=-0.0158948;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=179.334;QD=3.73563;RBI=0.110613;REFB=-0.014486;REVB=-0.109465;RO=44;SAF=6;SAR=5;SRF=37;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409835;STB=0.705752;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0292724;OID=.;OPOS=247729210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:59:66:44:55:11:11:0.166667:5:6:37:7:5:6:43:12 chr1 247752019 . G C 753.42 PASS AF=0.51049;AO=73;DP=143;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00622424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.442;QD=21.0748;RBI=0.0242944;REFB=-0.0267517;REVB=-0.0234835;RO=70;SAF=30;SAR=43;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804772;STB=0.544292;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0252782;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:70:70:73:73:0.51049:43:30:35:35:43:30:35:35 chr1 247752161 . T C 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.029808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.62;QD=12.4815;RBI=0.0316334;REFB=-0.00892672;REVB=-0.0105903;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205175;STB=0.622422;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0298793;OID=.;OPOS=247752161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:3:9:11:8:3:9:11:8 chr1 247752367 . A G 972.85 PASS AF=0.485714;AO=100;DP=209;FAO=102;FDP=210;FR=.;FRO=108;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.00254092;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.225;QD=18.5304;RBI=0.00963546;REFB=-0.0040808;REVB=-0.0092944;RO=107;SAF=52;SAR=48;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494112;STB=0.529406;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00408053;OID=.;OPOS=247752367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:107:108:100:102:0.485714:48:52:50:57:48:54:51:57 chr1 247769752 . A G 581.15 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0339722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.937;QD=17.3477;RBI=0.0351338;REFB=-0.0205036;REVB=-0.00895973;RO=73;SAF=25;SAR=36;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408114;STB=0.522685;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0258841;OID=.;OPOS=247769752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:73:61:61:0.455224:36:25:27:46:36:25:27:46 chr1 247835674 . G A 553.02 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0487265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.469;QD=16.6322;RBI=0.0487591;REFB=-0.0162415;REVB=0.00178185;RO=73;SAF=26;SAR=33;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579514;STB=0.527703;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0146228;OID=.;OPOS=247835674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:73:74:59:59:0.443609:33:26:28:45:33:26:29:45 chr1 247835908 . T A 251.03 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00356354;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.31;QD=16.7353;RBI=0.00412942;REFB=0.00523708;REVB=-0.00208644;RO=33;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077049;STB=0.531977;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00614587;OID=.;OPOS=247835908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:32:28:28:0.466667:19:9:13:20:19:9:12:20 chr1 247835950 . T C 335.77 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.000602282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9929;QD=22.3846;RBI=0.0222688;REFB=-0.0259224;REVB=0.0222606;RO=26;SAF=13;SAR=21;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187949;STB=0.501037;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.018864;OID=.;OPOS=247835950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:21:13:10:16:21:13:10:16 chr1 247836008 . G A 230.42 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0133187;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.419;QD=14.1795;RBI=0.0136216;REFB=-0.0188444;REVB=-0.00285672;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613092;STB=0.517866;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0277186;OID=.;OPOS=247836008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:38:27:27:0.415385:17:10:12:26:17:10:13:25 chr1 247836207 . T A 598.75 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0075661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.104;QD=19.7934;RBI=0.00760817;REFB=-0.0119674;REVB=0.000798972;RO=60;SAF=31;SAR=30;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127143;STB=0.570015;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0128817;OID=.;OPOS=247836207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:30:31:22:38:30:31:22:38 chr1 247921100 . T G 759.74 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.345;QD=63.3113;RBI=0.0531011;REFB=0;REVB=0.0530613;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021156;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr1 247921352 . C T 941.05 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.505;QD=57.0332;RBI=0.0526923;REFB=-0.107412;REVB=0.0386496;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00103172;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:0:1:37:28:0:1 chr1 247921717 . C A 2084.4 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.093;QD=62.2208;RBI=0.0145441;REFB=0;REVB=0.00209137;RO=0;SAF=65;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50704e-06;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:134:0:0:127:134:1:62:65:0:0:66:68:0:0 chr1 247921789 . A AGTGT 129.01 PASS AF=0.684211;AO=10;DP=60;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00037944;FXX=0.208247;HRUN=1;LEN=4;MLLD=84.9459;QD=27.1591;RBI=0.152297;REFB=-0.133426;REVB=0.152296;RO=42;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123495;STB=0.687228;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.077348;OID=.;OPOS=247921790;OREF=-;OALT=GTGT;OMAPALT=AGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211:10:60:13:19:6:5:8:6:0:39:42:4:6:21:21 chr1 247921888 . C T 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.309;QD=58.2348;RBI=0.0102056;REFB=0;REVB=0.00451863;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25557e-05;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr1 247978319 . A G 1524.98 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00698224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.999;QD=57.5463;RBI=0.0138282;REFB=-0.119728;REVB=0.011936;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501293;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00031291;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:0:2:104:104:0.981132:59:45:0:0:59:45:1:1 chr1 247978541 . AAGG A 412.25 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382755;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=277.26;QD=47.114;RBI=0.00880355;REFB=0;REVB=-0.00792794;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00140499;OID=.;OPOS=247978542;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:34:35:35:0:19:16:0:0:7:0:17:15:0:0 chr1 248004614 . G A 627.51 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00816564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.368;QD=55.7786;RBI=0.0111794;REFB=-0.23741;REVB=-0.00763556;RO=2;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620919;STB=0.519991;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00351854;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:45:2:2:42:43:0.955556:24:18:1:1:24:19:0:2 chr1 248004687 . C G 698.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.119;QD=62.0648;RBI=0.0507534;REFB=0;REVB=0.0218494;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105818;OID=.;OPOS=248004687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:21:22:0:0:21:24:0:0 chr1 248004775 . C T 601.11 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.364;QD=58.6452;RBI=0.0364821;REFB=-0.118438;REVB=0.0237495;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000879154;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:0:1:19:21:0:1 chr1 248004848 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.773;QD=55.0979;RBI=0.0357479;REFB=0;REVB=0.0155885;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316134;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 248004877 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.069;QD=55.6558;RBI=0.0693251;REFB=0;REVB=0.0246241;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075678;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr1 248004884 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.575;QD=55.6561;RBI=0.041715;REFB=0;REVB=0.0400469;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132172;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr1 248005213 . G A,C 752.87 PASS AF=0.12069,0.844828;AO=6,49;DP=57;FAO=7,49;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=3,24;FSAR=4,25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0033028,-0.0171699;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.3686,91.7014;QD=51.9221;RBI=0.0209095,0.0227918;REFB=-0.134442,-0.0549708;REVB=-0.020647,0.0149887;RO=2;SAF=3,24;SAR=3,25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.215133,-0.03761;STB=0.624651,0.519992;STBP=0.232,0.271;TYPE=snp,snp;VARB=0.162233,0.000791447;OID=.,.;OPOS=248005213,248005213;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:57:58:2:2:6,49:7,49:0.12069,0.844828:3,25:3,24:2:0:4,25:3,24:2:0 chr1 248020556 . G C 1987.64 PASS AF=0.984848;AO=128;DP=130;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00065852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.688;QD=60.2314;RBI=0.0740123;REFB=-0.127184;REVB=0.0740093;RO=2;SAF=71;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131968;STB=0.506943;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000359652;OID=.;OPOS=248020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:132:2:2:128:130:0.984848:57:71:2:0:59:71:2:0 chr1 248028219 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.574;QD=58.061;RBI=0.0102896;REFB=0;REVB=0.00572803;RO=0;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14715e-05;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:43:18:0:0:43:18:0:0 chr1 248039451 . C T 2119.72 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.489;QD=62.8065;RBI=0.0248257;REFB=0;REVB=0.0247878;RO=0;SAF=76;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32367e-05;OID=.;OPOS=248039451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:134:135:1:58:76:0:0:59:76:0:0 chr1 248039713 . A G 1340.32 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.516;QD=60.9238;RBI=0.0838434;REFB=0;REVB=0.0124462;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167839;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:88:0:0:84:88:1:46:38:0:0:46:42:0:0 chr1 248059423 . C T 2536.55 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=169;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00151469;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.783;QD=60.394;RBI=0.0277869;REFB=-0.0309153;REVB=0.0277456;RO=2;SAF=74;SAR=92;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102322;STB=0.505376;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000605222;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:168:2:2:166:166:0.988095:92:74:0:2:92:74:0:2 chr1 248059456 . G A 4297.04 PASS AF=1;AO=273;DP=273;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.723;QD=62.9603;RBI=0.00423388;REFB=0;REVB=0.00191586;RO=0;SAF=121;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61681e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16203e-06;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:273:273:0:0:273:273:1:152:121:0:0:152:121:0:0 chr1 248059476 . A C 5176.25 PASS AF=1;AO=331;DP=338;FAO=331;FDP=331;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101129;FXX=0.0207094;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.36;QD=62.5529;RBI=0.0131592;REFB=0.0983044;REVB=0.00841989;RO=1;SAF=163;SAR=168;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00283128;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12637e-05;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:338:331:1:0:331:331:1:168:163:0:1:168:163:0:0 chr1 248059703 . T A 1778.18 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200633;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.349;QD=60.7924;RBI=0.0358981;REFB=0;REVB=0.029768;RO=0;SAF=43;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444113;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:72:43:0:0:73:44:0:0 chr1 248059712 . T C 1735.42 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0254427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.429;QD=59.842;RBI=0.034853;REFB=-0.115445;REVB=0.0238201;RO=1;SAF=42;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646147;STB=0.503401;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000385852;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:116:116:1:1:115:115:0.991379:73:42:0:1:73:42:0:1 chr1 248059856 . T C 1933.56 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0918059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9464;QD=61.874;RBI=0.0934772;REFB=0;REVB=-0.0175975;RO=0;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518684;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:70:55:0:0:70:55:0:0 chr1 248060029 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.093;QD=62.3509;RBI=0.0564923;REFB=0;REVB=0.024116;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148091;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr1 248060230 . C T 313.36 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00743438;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.585;QD=50.1383;RBI=0.0210023;REFB=-0.0766492;REVB=0.0196425;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000528826;OID=.;OPOS=248060230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chr1 248060246 . TA T 293.43 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.2426;QD=37.8617;RBI=0.174641;REFB=0;REVB=-0.132994;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000510453;OID=.;OPOS=248060247;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:31:31:31:0:18:13:0:0:6:0:18:10:0:0 chr1 248060279 . C T 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0618;QD=64.413;RBI=0.0311264;REFB=0;REVB=-0.0216413;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469839;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr1 248060380 . C G 1346.44 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107309;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6001;QD=62.6249;RBI=0.0256061;REFB=0;REVB=0.0232491;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43235e-05;OID=.;OPOS=248060380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr1 248084434 . G A 2219.76 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00920924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.443;QD=62.5285;RBI=0.00935226;REFB=0.000945638;REVB=-0.00162936;RO=1;SAF=82;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799083;STB=0.504201;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-1.74414e-06;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:59:82:0:1:59:82:0:1 chr1 248084464 . T C 2008.54 PASS AF=0.984962;AO=130;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00195697;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.206;QD=60.4073;RBI=0.00320223;REFB=-0.00777293;REVB=0.00253467;RO=2;SAF=75;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125038;STB=0.506578;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000874837;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:2:2:130:131:0.984962:55:75:2:0:56:75:2:0 chr1 248085108 . C T 888.47 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0406656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1621;QD=56.4106;RBI=0.0429567;REFB=-0.0801454;REVB=-0.0138415;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.509431;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00112192;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:26:36:0:0:26:36:0:1 chr1 248112627 . T C 3553.01 PASS AF=1;AO=226;DP=226;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.621;QD=62.8852;RBI=0.064586;REFB=0;REVB=0.0352793;RO=0;SAF=98;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37876e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101152;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:226:0:0:226:226:1:128:98:0:0:128:98:0:0 chr1 248112745 . G T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.342;QD=57.2377;RBI=0.0178842;REFB=0;REVB=-0.0172564;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51922e-05;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:19:37:0:0:19:37:0:0 chr1 248112762 . TG CA 761.98 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194153;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=2;MLLD=293.022;QD=56.4429;RBI=0.0279852;REFB=0;REVB=-0.0201549;RO=0;SAF=40;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000120966;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:13:40:0:0:14:40:0:0 chr1 248112771 . C T 913.04 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.235;QD=57.9707;RBI=0.0551594;REFB=0;REVB=0.0507948;RO=0;SAF=45;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27057e-05;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:14:45:0:0:17:46:0:0 chr1 248112809 . A G 1194.69 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457455;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7433;QD=61.2662;RBI=0.0475361;REFB=0;REVB=-0.012924;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172697;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:29:49:0:0:29:49:0:0 chr1 248112836 . A G 908.02 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1767;QD=57.6522;RBI=0.0600065;REFB=0;REVB=0.0494645;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396284;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:24:37:0:0:25:38:0:0 chr1 248113026 . T A 1522.68 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371499;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.552;QD=59.713;RBI=0.0408383;REFB=0;REVB=0.0169603;RO=0;SAF=37;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78493e-05;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:100:102:1:63:37:0:0:65:37:0:0 chr1 248113040 . A G 1932.68 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000417819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7852;QD=61.8459;RBI=0.00104671;REFB=0;REVB=0.000959701;RO=0;SAF=44;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26555e-06;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:81:44:0:0:81:44:0:0 chr1 248129240 . G A 2173.82 PASS AF=0.985816;AO=139;DP=143;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0131939;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0271;QD=61.6687;RBI=0.0405409;REFB=-0.10006;REVB=0.0383339;RO=1;SAF=63;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621513;STB=0.500669;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00135713;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:141:1:2:139:139:0.985816:76:63:0:1:76:63:1:1 chr1 248224489 . A G 40.82 PASS AF=0.0654545;AO=17;DP=274;FAO=18;FDP=275;FR=.;FRO=257;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=127;FSRR=130;FWDB=-0.0337361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.984;QD=0.59372;RBI=0.0346703;REFB=-0.00308823;REVB=0.007994;RO=257;SAF=8;SAR=9;SRF=127;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248471;STB=0.546507;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0415529;OID=.;OPOS=248224489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:274:275:257:257:17:18:0.0654545:9:8:127:130:10:8:127:130 chr1 248224569 . G T 54.41 PASS AF=0.0693642;AO=24;DP=346;FAO=24;FDP=346;FR=.;FRO=322;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=149;FSRR=173;FWDB=-0.051496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.807;QD=0.629064;RBI=0.06038;REFB=-0.00163686;REVB=-0.0315262;RO=322;SAF=10;SAR=14;SRF=149;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512945;STB=0.543421;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.02745;OID=.;OPOS=248224569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:346:346:322:322:24:24:0.0693642:14:10:149:173:14:10:149:173 chr1 248224595 . C T 32.15 PASS AF=0.054755;AO=18;DP=350;FAO=19;FDP=347;FR=.;FRO=328;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=152;FSRR=176;FWDB=-0.0336329;FXX=0.0113957;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.212;QD=0.370557;RBI=0.0348418;REFB=-0.00130209;REVB=0.00909846;RO=321;SAF=10;SAR=8;SRF=149;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908369;STB=0.559188;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0262016;OID=.;OPOS=248224595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:350:347:321:328:18:19:0.054755:8:10:149:172:9:10:152:176 chr1 248264018 . C T 3347.83 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329436;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.315;QD=61.9969;RBI=0.0420728;REFB=-0.140341;REVB=0.0261695;RO=1;SAF=101;SAR=115;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880349;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:216:1:0:216:216:1:115:101:0:1:115:101:0:0 chr1 248343543 . C T 3977.24 PASS AF=0.96;AO=264;DP=275;FAO=264;FDP=275;FR=.;FRO=11;FSAF=124;FSAR=140;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0133791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6577;QD=57.8508;RBI=0.0619223;REFB=-0.119499;REVB=0.0604596;RO=7;SAF=124;SAR=140;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232362;STB=0.515234;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0164215;OID=.;OPOS=248343543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:275:275:7:11:264:264:0.96:140:124:0:7:140:124:1:10 chr1 248343945 . C G 3474.97 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.727;QD=62.6122;RBI=0.0120838;REFB=0;REVB=0.0119791;RO=0;SAF=90;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44912e-05;OID=.;OPOS=248343945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:222:0:0:221:222:1:131:90:0:0:131:91:0:0 chr1 248343990 . T C 3534.64 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.465;QD=62.8381;RBI=0.0449095;REFB=0;REVB=0.0383218;RO=0;SAF=97;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18998e-05;OID=.;OPOS=248343990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:0:0:225:225:1:128:97:0:0:128:97:0:0 chr1 248366702 . G A 4343.4 PASS AF=1;AO=268;DP=271;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370134;FXX=0.0107523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.426;QD=62.9478;RBI=0.0612282;REFB=-0.0538754;REVB=0.048774;RO=1;SAF=141;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2149e-05;OID=.;OPOS=248366702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:271:276:1:0:268:276:1:127:141:0:1:131:145:0:0 chr1 248402758 . C T 2167.56 PASS AF=0.985612;AO=103;DP=139;FAO=137;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=85;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027072;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.574;QD=62.3759;RBI=0.0689495;REFB=0;REVB=0.0634124;RO=0;SAF=64;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00529114;OID=.;OPOS=248402758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:139:139:0:0:103:137:0.985612:39:64:0:0:52:85:0:0 chr1 248436611 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.15;QD=59.3229;RBI=0.0300992;REFB=0;REVB=0.0252894;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148617;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr1 248436616 . A G 962.07 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176643;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.235;QD=57.437;RBI=0.0357979;REFB=-0.0753124;REVB=0.0311362;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122726;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000296872;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:38:28:0:1:38:28:0:1 chr1 248436805 . T G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.472;QD=56.9383;RBI=0.0530298;REFB=0;REVB=0.0529173;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23132e-05;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr1 248457979 . C A 2494.84 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00579377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.376;QD=60.8498;RBI=0.0258974;REFB=-0.0628968;REVB=0.0252409;RO=1;SAF=95;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694636;STB=0.503649;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=3.3262e-05;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:68:95:0:1:68:95:0:1 chr1 248458569 . T G 88.46 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.422;QD=39.3148;RBI=0.10632;REFB=0;REVB=0.0964464;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169203;OID=.;OPOS=248458569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:1:0:7:9:1:1:6:0:1:2:7:0:0 chr1 248458573 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.18;QD=39.2068;RBI=0.0211912;REFB=0;REVB=0.0205788;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333668;OID=.;OPOS=248458573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr1 248458575 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.102;QD=39.2068;RBI=0.0570932;REFB=0;REVB=0.0268335;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000620397;OID=.;OPOS=248458575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr1 248458676 . T C 1255.25 PASS AF=0.887755;AO=87;DP=98;FAO=87;FDP=98;FR=.;FRO=11;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0235517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.809;QD=51.2346;RBI=0.0244056;REFB=-0.0191028;REVB=0.00639909;RO=11;SAF=35;SAR=52;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509465;STB=0.527021;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00138296;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:98:11:11:87:87:0.887755:52:35:7:4:52:35:7:4 chr1 248458689 . A G 1640.62 PASS AF=0.92;AO=115;DP=125;FAO=115;FDP=125;FR=.;FRO=10;FSAF=41;FSAR=74;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0187916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.344;QD=52.4999;RBI=0.0205654;REFB=-0.0370514;REVB=0.00835529;RO=10;SAF=41;SAR=74;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556874;STB=0.529433;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00194127;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:125:125:10:10:115:115:0.92:74:41:7:3:74:41:7:3 chr1 248458717 . C G 2320.39 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8109;QD=61.0629;RBI=0.0454599;REFB=0;REVB=-0.0416936;RO=0;SAF=57;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93566e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71737e-05;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:94:57:0:0:94:58:0:0 chr1 248487300 . C T 4240.58 PASS AF=1;AO=267;DP=268;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317123;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.642;QD=62.8235;RBI=0.0565621;REFB=0;REVB=0.0564732;RO=0;SAF=149;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761766;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:268:270:0:0:267:270:1:118:149:0:0:121:149:0:0 chr1 248487338 . C A 4968.05 PASS AF=1;AO=316;DP=316;FAO=316;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.699;QD=62.8867;RBI=0.0172997;REFB=0;REVB=0.0172193;RO=0;SAF=182;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74832e-06;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:316:316:0:0:316:316:1:134:182:0:0:134:182:0:0 chr1 248487638 . A G 5433.28 PASS AF=1;AO=338;DP=339;FAO=342;FDP=342;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142597;FXX=0.00291537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.901;QD=63.5472;RBI=0.0200477;REFB=0;REVB=0.0140915;RO=0;SAF=152;SAR=186;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062317;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:339:342:0:0:338:342:1:186:152:0:0:189:153:0:0 chr1 248487768 . A G 1833.55 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0374682;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7492;QD=60.1165;RBI=0.069324;REFB=-0.106478;REVB=-0.0583263;RO=1;SAF=68;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887867;STB=0.504672;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000578868;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:53:68:0:1:53:68:0:1 chr1 248512094 . C T 2385.96 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.483;QD=61.1786;RBI=0.0195537;REFB=0;REVB=0.0192071;RO=0;SAF=94;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23322e-05;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:62:94:0:0:62:94:0:0 chr1 248512637 . C T 2461.71 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306029;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.128;QD=61.5427;RBI=0.03009;REFB=0;REVB=0.029934;RO=0;SAF=73;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40066e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64975e-05;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:160:0:0:158:160:1:85:73:0:0:85:75:0:0 chr1 248512749 . G A,T 1378.38 PASS AF=0.885714,0.0571429;AO=92,6;DP=104;FAO=93,6;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=37,6;FSAR=56,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0231099,0.013521;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=140.162,70.6633;QD=52.5096;RBI=0.0570114,0.0199388;REFB=-0.0197705,-0.0546438;REVB=0.0521175,0.014654;RO=1;SAF=37,6;SAR=55,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0126395,0;STB=0.531639,0.5;STBP=0.01,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00113774,-0.033531;OID=.,.;OPOS=248512749,248512749;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:104:105:1:5:92,6:93,6:0.885714,0.0571429:55,0:37,6:1:0:56,0:37,6:5:0 chr1 248512767 . G T 1078.28 PASS AF=0.938272;AO=74;DP=82;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0492086;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4267;QD=53.2486;RBI=0.0914645;REFB=-0.0971125;REVB=-0.0770991;RO=3;SAF=31;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436021;STB=0.536222;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00414604;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:82:81:3:5:74:76:0.938272:43:31:3:0:44:32:5:0 chr1 248525638 . CA C 807.51 PASS AF=0.475676;AO=85;DP=186;FAO=88;FDP=185;FR=.;FRO=97;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.0319417;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.357;QD=17.4596;RBI=0.0345395;REFB=-0.0284696;REVB=-0.0131417;RO=95;SAF=56;SAR=29;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183415;STB=0.595613;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0400569;OID=.;OPOS=248525639;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475676:85:186:88:185:97:58:30:47:50:99:95:56:29:45:50 chr1 248550976 . T G 574.23 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0025118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.657;QD=16.4067;RBI=0.0092848;REFB=-0.0117438;REVB=0.00893859;RO=79;SAF=38;SAR=23;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195692;STB=0.609398;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0125704;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:79:79:61:61:0.435714:23:38:34:45:23:38:34:45 chr1 248569369 . A G 807.6 PASS AF=0.48538;AO=83;DP=172;FAO=83;FDP=171;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.0269184;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.697;QD=18.8912;RBI=0.0269915;REFB=-0.0105916;REVB=0.00198459;RO=86;SAF=39;SAR=44;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492937;STB=0.5272;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.010413;OID=.;OPOS=248569369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:86:88:83:83:0.48538:44:39:45:41:44:39:46:42 chr1 248685253 . T C 1918.81 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140639;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.174;QD=61.897;RBI=0.00697293;REFB=0;REVB=0.00682962;RO=0;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6095e-06;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:55:68:0:0:56:68:0:0 chr1 248789504 . T C 1196.2 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553277;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.062;QD=61.3434;RBI=0.0558251;REFB=0;REVB=0.00743539;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120561;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr1 248789753 . G C 548.22 PASS AF=0.464;AO=57;DP=124;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0308993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.363;QD=17.543;RBI=0.0367541;REFB=-0.0177546;REVB=-0.0199023;RO=67;SAF=22;SAR=35;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324212;STB=0.521732;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.020492;OID=.;OPOS=248789753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:67:67:57:58:0.464:35:22:28:39:36:22:28:39 chr1 248790075 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.112;QD=61.3363;RBI=0.0275265;REFB=0;REVB=0.0135918;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140069;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr1 248790167 . A G 358.08 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0236995;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.246;QD=13.641;RBI=0.0278808;REFB=0.00208018;REVB=0.0146858;RO=63;SAF=20;SAR=22;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101879;STB=0.55756;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.000998422;OID=.;OPOS=248790167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:22:20:24:39:22:20:24:39 chr1 248790199 . T C 407.9 PASS AF=0.403361;AO=46;DP=116;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.000825294;FXX=0.0245881;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.154;QD=13.7108;RBI=0.0212709;REFB=-0.00557484;REVB=-0.0212549;RO=69;SAF=19;SAR=27;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239047;STB=0.500915;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00872469;OID=.;OPOS=248790199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:69:71:46:48:0.403361:27:19:27:42:29:19:28:43 chr1 248801592 . C T 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.823;QD=62.7597;RBI=0.0301504;REFB=0;REVB=0.0256249;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07521e-05;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr1 248801602 . T TCA 1150.34 PASS AF=0.929412;AO=78;DP=89;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0176442;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=2;MLLD=300.439;QD=54.1335;RBI=0.0514245;REFB=-0.0815158;REVB=0.0483028;RO=7;SAF=44;SAR=34;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238099;STB=0.506998;STBP=0.656;TYPE=ins;VARB=0.00382954;OID=.;OPOS=248801603;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.929412:78:89:79:85:6:45:34:4:2:21:7:44:34:5:2 chr1 248801610 . GC AT 1324.32 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863491;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.044;QD=62.3209;RBI=0.03401;REFB=0;REVB=0.0328956;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.77692e-05;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr1 248801633 . A G 1286.97 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449074;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.102;QD=62.0228;RBI=0.0470445;REFB=0;REVB=-0.0140183;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43786e-05;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr1 248801778 . A T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.436;QD=44.6898;RBI=0.00726708;REFB=0;REVB=-0.00703599;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27038e-05;OID=.;OPOS=248801778;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr1 248801944 . TCAGCACG T,TCAGCAGG 596.39 PASS AF=0.9,0.1;AO=34,6;DP=40;FAO=36,4;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=17,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544722,0.0239962;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=311.832,74.0976;QD=59.6391;RBI=0.0557141,0.0353955;REFB=0,0;REVB=-0.0116978,-0.0260197;RO=0;SAF=17,3;SAR=17,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00126453,-0.00806621;OID=.,.;OPOS=248801945,248801950;OREF=CAGCACG,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TCAGCAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9,0.1:34,6:40:36,4:40:0:19,1:17,3:0:0:20:0:17,3:17,3:0:0 chr1 248813280 . C T 1030.9 PASS AF=0.415584;AO=62;DP=156;FAO=64;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=45;FWDB=0.0126234;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.921;QD=26.7766;RBI=0.0127558;REFB=0.00511725;REVB=0.00183325;RO=50;SAF=35;SAR=27;SRF=5;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368886;STB=0.696415;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000121359;OID=.;OPOS=248813280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:50:51:62:64:0.415584:27:35:5:45:27:37:6:45 chr1 248813542 . G A 766.43 PASS AF=1;AO=39;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.56;QD=63.8695;RBI=0.0537259;REFB=0;REVB=-0.00268205;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173457;OID=.;OPOS=248813542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:39:48:1:26:13:0:0:27:21:0:0 chr1 248813723 . C T 99.72 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0262517;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6171;QD=23.4627;RBI=0.0284522;REFB=-0.0493854;REVB=-0.0109715;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131;STB=0.574334;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.032526;OID=.;OPOS=248813723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:2:4:5:6:2:4 chr1 248813972 . G A 47.15 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0334389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3849;QD=11.095;RBI=0.0857984;REFB=-0.0174181;REVB=0.079014;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164676;STB=0.599717;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0337749;OID=.;OPOS=248813972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:4:6:3:4:4:6 chr1 248814080 . A C 1447.18 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00829712;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.901;QD=56.2013;RBI=0.035032;REFB=-0.132858;REVB=0.0340353;RO=2;SAF=25;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364402;STB=0.51592;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00041777;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:2:3:100:100:0.970874:75:25:2:0:75:25:2:1 chr1 248814126 . G A 775.68 PASS AF=0.756098;AO=62;DP=83;FAO=62;FDP=82;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0584247;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.161;QD=37.838;RBI=0.0587839;REFB=0.00701723;REVB=0.0064879;RO=20;SAF=18;SAR=44;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324043;STB=0.517398;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00183273;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:20:20:62:62:0.756098:44:18:7:13:44:18:7:13 chr1 248845097 . C T 265.33 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.753;QD=50.5382;RBI=0.0356242;REFB=0;REVB=0.0355851;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215935;OID=.;OPOS=248845097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:14:7:0:0 chr1 248845411 . G A 2139.37 PASS AF=0.978723;AO=138;DP=141;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0269608;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.361;QD=60.6912;RBI=0.0270752;REFB=-0.0279954;REVB=-0.00248548;RO=2;SAF=47;SAR=91;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197969;STB=0.507684;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00024367;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:141:141:2:3:138:138:0.978723:91:47:2:0:91:47:2:1 chr1 248845458 . C T 1695.15 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.004;QD=60.5411;RBI=0.0211178;REFB=0;REVB=0.0170247;RO=0;SAF=39;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28934e-05;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:73:39:0:0:73:39:0:0 chr1 248845471 . T C 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.668;QD=59.8657;RBI=0.0118713;REFB=0;REVB=0.00822692;RO=0;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41347e-07;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:65:39:0:0:65:39:0:0 chr1 248845499 . A G 1396.37 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.063;QD=62.7581;RBI=0.0383328;REFB=0;REVB=-0.00851352;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2203e-05;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr1 249105163 . T C 867.87 PASS AF=0.451923;AO=93;DP=207;FAO=94;FDP=208;FR=.;FRO=114;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=43;FSRR=71;FWDB=0.00217224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9558;QD=16.6898;RBI=0.00894133;REFB=-0.0159922;REVB=-0.00867345;RO=112;SAF=35;SAR=58;SRF=42;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00141119;STB=0.503359;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0192694;OID=.;OPOS=249105163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:112:114:93:94:0.451923:58:35:42:70:58:36:43:71 chr1 249143646 . G T 740.7 PASS AF=0.5;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.00678359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.577;QD=19.4921;RBI=0.0413052;REFB=0.00414579;REVB=0.0407444;RO=76;SAF=30;SAR=46;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251563;STB=0.513845;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00441648;OID=.;OPOS=249143646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:76:76:76:76:0.5:46:30:28:48:46:30:28:48 chr1 249168107 . G C 463.06 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.00404303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.693;QD=17.4741;RBI=0.0517637;REFB=0.00744585;REVB=0.0516056;RO=56;SAF=24;SAR=26;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187297;STB=0.603619;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0106436;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:26:24:16:40:26:24:16:40 chr1 249168433 . G A 649.23 PASS AF=0.481752;AO=65;DP=136;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=52;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=18;FWDB=0.00516304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.431;QD=18.9556;RBI=0.00544184;REFB=-0.0138474;REVB=0.00171951;RO=70;SAF=51;SAR=14;SRF=52;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556621;STB=0.530941;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0180336;OID=.;OPOS=249168433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:70:71:65:66:0.481752:14:51:52:18:14:52:53:18 chr1 249168436 . G A 652.61 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=52;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=19;FWDB=-0.0245702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.146;QD=19.0543;RBI=0.027178;REFB=-0.0135605;REVB=-0.0116167;RO=71;SAF=52;SAR=14;SRF=52;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737617;STB=0.540971;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0314612;OID=.;OPOS=249168436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:71:66:66:0.481752:14:52:52:19:14:52:52:19 chr1 249168516 . A G 2409.45 PASS AF=0.987654;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00977713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6145;QD=59.4927;RBI=0.0639006;REFB=-0.0914252;REVB=-0.0631482;RO=2;SAF=85;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110624;STB=0.505813;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00105943;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:162:2:2:159:160:0.987654:74:85:2:0:75:85:2:0 chr1 249211350 . T C 1064.07 PASS AF=0.401993;AO=121;DP=301;FAO=121;FDP=301;FR=.;FRO=180;FSAF=47;FSAR=74;FSRF=69;FSRR=111;FWDB=0.0758163;FXX=0.0163393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.398;QD=14.1405;RBI=0.0759228;REFB=-0.00382041;REVB=-0.0040198;RO=173;SAF=47;SAR=74;SRF=69;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115086;STB=0.503211;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00478163;OID=.;OPOS=249211350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:173:180:121:121:0.401993:74:47:69:104:74:47:69:111 chr1 249212725 . T C 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.096218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.376;QD=15.3772;RBI=0.0969847;REFB=-0.00395531;REVB=-0.0121708;RO=14;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37043;STB=0.723208;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0101485;OID=.;OPOS=249212725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:11:1:4:10:11:1:4:10 chr1 249212878 . A G 1499.69 PASS AF=0.446991;AO=156;DP=349;FAO=156;FDP=349;FR=.;FRO=193;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=84;FSRR=109;FWDB=-0.0339167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.31;QD=17.1884;RBI=0.0343377;REFB=-0.00361274;REVB=0.00536042;RO=193;SAF=71;SAR=85;SRF=84;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200843;STB=0.511112;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0042488;OID=.;OPOS=249212878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:349:193:193:156:156:0.446991:85:71:84:109:85:71:84:109 chr2 45895 . A G 145.06 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.145;QD=44.6342;RBI=0.0508926;REFB=0;REVB=-0.0258326;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529936;OID=.;OPOS=45895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:2:9:0:0:2:11:0:0 chr2 224919 . A G 407.79 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5384;QD=14.3084;RBI=0.0178779;REFB=-0.0292983;REVB=-0.0025157;RO=66;SAF=21;SAR=26;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710474;STB=0.544484;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0234787;OID=.;OPOS=224919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:67:47:47:0.412281:26:21:34:32:26:21:35:32 chr2 242793 . G C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0692271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1317;QD=9.82158;RBI=0.0912786;REFB=0.00497001;REVB=-0.0594928;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291583;STB=0.677629;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0102131;OID=.;OPOS=242793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:3:8:11:12:3:8:11:12 chr2 242800 . T C 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0120439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.824;QD=30.1266;RBI=0.0138053;REFB=-0.0209975;REVB=0.00674769;RO=12;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768566;STB=0.542219;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.012266;OID=.;OPOS=242800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:11:13:8:4:11:13:8:4 chr2 243504 . C T 163.74 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00644801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.764;QD=13.3661;RBI=0.0319119;REFB=-0.0157099;REVB=-0.0312537;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357603;STB=0.530578;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0281484;OID=.;OPOS=243504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:9:9:14:16:9:9:14:17 chr2 264019 . C A 1992.33 PASS AF=0.496296;AO=200;DP=404;FAO=201;FDP=405;FR=.;FRO=204;FSAF=98;FSAR=103;FSRF=86;FSRR=118;FWDB=0.0872859;FXX=0.00491388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.35;QD=19.6773;RBI=0.0872873;REFB=-0.0146021;REVB=-0.000501664;RO=201;SAF=98;SAR=102;SRF=85;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615695;STB=0.533314;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0168254;OID=.;OPOS=264019;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:405:201:204:200:201:0.496296:102:98:85:116:103:98:86:118 chr2 269352 . G A 597.04 PASS AF=0.431507;AO=63;DP=146;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.012488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.624;QD=16.3571;RBI=0.0126165;REFB=-0.00246971;REVB=0.00179606;RO=83;SAF=30;SAR=33;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00643347;STB=0.503596;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00340938;OID=.;OPOS=269352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:83:83:63:63:0.431507:33:30:39:44:33:30:39:44 chr2 272203 . C T 1461.56 PASS AF=0.491694;AO=148;DP=301;FAO=148;FDP=301;FR=.;FRO=153;FSAF=58;FSAR=90;FSRF=69;FSRR=84;FWDB=-0.0177158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.159;QD=19.4227;RBI=0.0211809;REFB=-0.00579707;REVB=-0.0116095;RO=151;SAF=58;SAR=90;SRF=68;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556327;STB=0.53108;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00649351;OID=.;OPOS=272203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:151:153:148:148:0.491694:90:58:68:83:90:58:69:84 chr2 277003 . A G 486.03 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0512057;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.945;QD=17.8359;RBI=0.0513055;REFB=-0.00782682;REVB=0.00319892;RO=57;SAF=26;SAR=26;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413005;STB=0.522927;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0086071;OID=.;OPOS=277003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:57:57:52:52:0.477064:26:26:26:31:26:26:26:31 chr2 676177 . C G 2090.8 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252302;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.853;QD=62.8812;RBI=0.0388824;REFB=0;REVB=0.0295851;RO=0;SAF=52;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48745e-05;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:133:0:0:133:133:1:81:52:0:0:81:52:0:0 chr2 1099075 . TTAT ATTT,TCTT,TTCT,TTTC 811.82 PASS AF=0,0.0266667,0.446667,0.0666667;AO=6,12,31,15;DP=150;FAO=0,4,67,10;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=0,3,49,2;FSAR=0,1,18,8;FSRF=45;FSRR=13;FWDB=-0.0363681,-0.0035198,-0.000935881,0.00200107;FXX=0.147719;HRUN=11,11,1,1;LEN=3,2,1,2;MLLD=21.0519,76.3073,73.8751,89.2772;QD=21.6484;RBI=0.044283,0.146921,0.292025,0.13631;REFB=0.0473945,-0.0563879,-0.0625139,-0.0697231;REVB=0.0252656,0.146879,0.292024,0.136295;RO=33;SAF=6,9,23,6;SAR=0,3,8,9;SRF=27;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.58047,-0.117445,-0.0971095,-0.461616;STB=0.5,0.533173,0.526931,0.898967;STBP=1,0.977,0.612,0.037;TYPE=mnp,mnp,snp,mnp;VARB=0,0.149613,0.0472578,0.00547364;OID=.,.,.,.;OPOS=1099075,1099076,1099077,1099077;OREF=TTA,TA,A,AT;OALT=ATT,CT,C,TC;OMAPALT=ATTT,TCTT,TTCT,TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:150:150:33:58:6,12,31,15:0,4,67,10:0,0.0266667,0.446667,0.0666667:0,3,8,9:6,9,23,6:27:6:0,1,18,8:0,3,49,2:45:13 chr2 1099079 . T C 53.73 PASS AF=0.0941176;AO=17;DP=179;FAO=16;FDP=170;FR=.;FRO=154;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=115;FSRR=39;FWDB=-0.0323074;FXX=0.0607701;HRUN=11;LEN=1;MLLD=126.491;QD=1.2642;RBI=0.0375042;REFB=-0.00528293;REVB=-0.0190472;RO=152;SAF=11;SAR=6;SRF=113;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138313;STB=0.565453;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0177189;OID=.;OPOS=1099079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:179:170:152:154:17:16:0.0941176:6:11:113:39:5:11:115:39 chr2 1320143 . C T 1024.9 PASS AF=0.490654;AO=105;DP=214;FAO=105;FDP=214;FR=.;FRO=109;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=0.0175142;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3401;QD=19.157;RBI=0.0220994;REFB=-0.0203888;REVB=-0.0134773;RO=103;SAF=45;SAR=60;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282378;STB=0.512993;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0241996;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:103:109:105:105:0.490654:60:45:41:62:60:45:44:65 chr2 1481155 . G T 402.6 PASS AF=0.655172;AO=37;DP=57;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0638372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.702;QD=27.7658;RBI=0.0645174;REFB=-0.0355965;REVB=0.00934431;RO=20;SAF=13;SAR=24;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338992;STB=0.511622;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0199479;OID=.;OPOS=1481155;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:20:20:37:38:0.655172:24:13:8:12:24:14:8:12 chr2 1491723 . G A 613.73 PASS AF=0.4;AO=70;DP=175;FAO=70;FDP=175;FR=.;FRO=105;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=-0.0126419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.15;QD=14.0281;RBI=0.022949;REFB=0.000155902;REVB=0.0191531;RO=105;SAF=25;SAR=45;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162096;STB=0.59138;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.000297544;OID=.;OPOS=1491723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:105:105:70:70:0.4:45:25:53:52:45:25:53:52 chr2 1500456 . C T 1324.99 PASS AF=0.473684;AO=135;DP=284;FAO=135;FDP=285;FR=.;FRO=150;FSAF=55;FSAR=80;FSRF=63;FSRR=87;FWDB=-0.00343148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.543;QD=18.5964;RBI=0.0130201;REFB=-0.00458444;REVB=0.0125598;RO=147;SAF=55;SAR=80;SRF=60;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00074097;STB=0.506845;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00572311;OID=.;OPOS=1500456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:285:147:150:135:135:0.473684:80:55:60:87:80:55:63:87 chr2 1520676 . T C 1647.62 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190799;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0386;QD=60.463;RBI=0.0756258;REFB=0;REVB=0.0731794;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248935;OID=.;OPOS=1520676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:109:0:0:109:109:1:53:56:0:0:53:56:0:0 chr2 1647171 . T C 2554.18 PASS AF=1;AO=164;DP=167;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145289;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.082;QD=61.9195;RBI=0.0167421;REFB=0;REVB=0.00831924;RO=0;SAF=91;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79458e-05;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:165:0:0:164:165:1:73:91:0:0:74:91:0:0 chr2 1652822 . T G 6127.78 PASS AF=1;AO=384;DP=384;FAO=385;FDP=385;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=227;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426484;FXX=0.00516783;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.569;QD=63.6652;RBI=0.042686;REFB=0;REVB=0.00179133;RO=0;SAF=158;SAR=226;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76738e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43983e-05;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:384:385:0:0:384:385:1:226:158:0:0:227:158:0:0 chr2 1664654 . A G 3405.33 PASS AF=1;AO=217;DP=220;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00687567;FXX=0.0269046;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.362;QD=62.7711;RBI=0.0403984;REFB=0;REVB=0.0398089;RO=0;SAF=105;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08323e-05;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:217:0:0:217:217:1:112:105:0:0:112:105:0:0 chr2 1842968 . T C 4768.31 PASS AF=1;AO=296;DP=297;FAO=306;FDP=306;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=218;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219065;FXX=0.00325722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.591;QD=62.3309;RBI=0.0258922;REFB=0;REVB=0.0138025;RO=0;SAF=81;SAR=215;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73722e-05;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:297:306:0:0:296:306:1:215:81:0:0:218:88:0:0 chr2 1896055 . C CG 202.31 PASS AF=0.104427;AO=124;DP=886;FAO=92;FDP=881;FR=.;FRO=789;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=367;FSRR=422;FWDB=-0.0194144;FXX=0.0101122;HRUN=0;LEN=1;MLLD=56.1052;QD=0.918552;RBI=0.0283207;REFB=-0.00859799;REVB=-0.0206191;RO=740;SAF=75;SAR=49;SRF=322;SRR=418;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217224;STB=0.511777;STBP=0.806;TYPE=ins;VARB=0.163336;OID=.;OPOS=1896056;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.104427:124:886:92:881:789:44:48:367:422:99:740:75:49:322:418 chr2 1926437 . G T 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00063371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.881;QD=62.7621;RBI=0.0186383;REFB=0;REVB=0.0186275;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24095e-05;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr2 3212704 . C A 591.67 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185089;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.184;QD=60.6838;RBI=0.033768;REFB=0;REVB=0.0282435;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75286e-06;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr2 3391826 . C T 167.49 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.834;QD=41.8715;RBI=0.11338;REFB=-0.174109;REVB=0.110643;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826301;STB=0.545392;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0111535;OID=.;OPOS=3391826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:10:5:1:0:10:5:1:0 chr2 3392075 . T C 3443.64 PASS AF=1;AO=220;DP=223;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397259;FXX=0.0133923;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.466;QD=62.3283;RBI=0.0491144;REFB=0.0623529;REVB=0.0288804;RO=0;SAF=111;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76138e-05;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:223:221:0:0:220:221:1:109:111:0:0:109:112:0:0 chr2 3392295 . A G 2930.35 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.1;QD=62.6812;RBI=0.0432115;REFB=0;REVB=0.0430688;RO=0;SAF=96;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00475e-05;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:187:0:0:179:187:1:83:96:0:0:90:97:0:0 chr2 3392513 . TT CA 1355.82 PASS AF=1;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011302;FXX=0.054939;HRUN=3;LEN=2;MLLD=172.893;QD=63.0615;RBI=0.0124127;REFB=0;REVB=0.00513203;RO=0;SAF=24;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000482224;OID=.;OPOS=3392513;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:86:0:0:86:86:1:62:24:0:0:62:24:0:0 chr2 3425514 . G C 941.84 PASS AF=0.505435;AO=93;DP=183;FAO=93;FDP=184;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.0120596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.068;QD=20.4748;RBI=0.0121558;REFB=0.0104845;REVB=0.00152617;RO=90;SAF=37;SAR=56;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329013;STB=0.521335;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.0122868;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:90:91:93:93:0.505435:56:37:39:51:56:37:40:51 chr2 3425729 . C T 643.96 PASS AF=0.46;AO=69;DP=151;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0800979;FXX=0.0259723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.253;QD=17.1723;RBI=0.0810615;REFB=-0.0181958;REVB=0.0124618;RO=78;SAF=30;SAR=39;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099485;STB=0.565198;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0213365;OID=.;OPOS=3425729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:78:81:69:69:0.46:39:30:42:36:39:30:45:36 chr2 3469463 . G C 482.65 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0172883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.787;QD=16.0883;RBI=0.0178164;REFB=-0.010537;REVB=0.00430558;RO=67;SAF=29;SAR=24;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172512;STB=0.596226;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0174288;OID=.;OPOS=3469463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:24:29:25:42:24:29:25:42 chr2 3470115 . T C 752.12 PASS AF=0.412621;AO=82;DP=200;FAO=85;FDP=206;FR=.;FRO=121;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=-0.0438913;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7225;QD=14.6043;RBI=0.0443328;REFB=-0.0364005;REVB=-0.00624121;RO=114;SAF=28;SAR=54;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144596;STB=0.584313;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0243561;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:206:114:121:82:85:0.412621:54:28:54:60:54:31:61:60 chr2 3605468 . A G 1405.92 PASS AF=1;AO=89;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.253351;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.414;QD=59.1965;RBI=0.253374;REFB=-0.0549444;REVB=-0.00337086;RO=3;SAF=36;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102882;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:95:3:0:89:95:1:53:36:3:0:53:42:0:0 chr2 3673648 . G A 1332.15 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127291;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.098;QD=61.9605;RBI=0.020502;REFB=0;REVB=0.0204624;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139445;OID=.;OPOS=3673648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:81:86:1:34:47:0:0:38:48:0:0 chr2 3721729 . A G 2742.73 PASS AF=1;AO=174;DP=179;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101052;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4668;QD=61.9826;RBI=0.121482;REFB=0;REVB=0.0674277;RO=1;SAF=81;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140577;OID=.;OPOS=3721729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:179:177:1:0:174:177:1:93:81:1:0:94:83:0:0 chr2 3749151 . GGAA G 1963.27 PASS AF=0.930481;AO=179;DP=182;FAO=174;FDP=187;FR=.;FRO=13;FSAF=97;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0159678;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=3;MLLD=243.797;QD=41.9951;RBI=0.0222303;REFB=-0.0586478;REVB=0.0154666;RO=0;SAF=95;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2973e-08;STB=0.528247;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.00496521;OID=.;OPOS=3749152;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.930481:179:182:174:187:13:97:77:2:11:8:0:95:84:0:0 chr2 3800383 . C T 2373.11 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00824028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.683;QD=63.2829;RBI=0.0515629;REFB=-0.00163372;REVB=-0.0509002;RO=1;SAF=86;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748979;STB=0.503937;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-5.25344e-05;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:1:1:149:149:0.993333:63:86:0:1:63:86:0:1 chr2 3826387 . T C 837.16 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462022;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0106;QD=57.7355;RBI=0.108481;REFB=0;REVB=0.0981503;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943505;OID=.;OPOS=3826387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr2 5835564 . GAAAAAAAAAAGGC AAAAAAAAAAAGGC,GAAAAAAAAAGACG,GAAAAAAAAAGGC 62.06 PASS AF=0,0.125,0.75;AO=2,2,4;DP=28;FAO=0,3,18;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=0,3,9;FSAR=0,0,9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0177364,-0.0863096,0.674588;FXX=0.172354;HRUN=1,10,10;LEN=1,4,1;MLLD=197.037,92.7516,3.67938;QD=10.3427;RBI=0.0253978,0.0865657,0.678776;REFB=0.012264,-0.0437526,0.0553909;REVB=-0.0181788,0.00665301,0.075288;RO=7;SAF=2,2,2;SAR=0,0,2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.67228,0.67228,0.213092;STB=0.5,0.5,0.571351;STBP=1,1,0.137;TYPE=snp,mnp,del;VARB=0,0.175482,0.091309;OID=.,.,.;OPOS=5835564,5835574,5835565;OREF=G,AGGC,A;OALT=A,GACG,-;OMAPALT=AAAAAAAAAAAGGC,GAAAAAAAAAGACG,GAAAAAAAAAGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:19:28:24:7:3:2,2,4:0,3,18:0,0.125,0.75:0,0,2:2,2,2:2:5:0,0,9:0,3,9:3:0 chr2 5837271 . T C 376.06 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.00659452;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.629;QD=13.6751;RBI=0.0254881;REFB=-0.0170597;REVB=-0.0246202;RO=65;SAF=32;SAR=12;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137344;STB=0.584575;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0245157;OID=.;OPOS=5837271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:66:44:44:0.4:12:32:40:25:12:32:40:26 chr2 5838030 . G A 411.91 PASS AF=0.472527;AO=38;DP=86;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0142038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.834;QD=18.106;RBI=0.0143212;REFB=-0.0136112;REVB=0.0018303;RO=46;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135714;STB=0.563523;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00942954;OID=.;OPOS=5838030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:46:48:38:43:0.472527:21:17:27:19:24:19:27:21 chr2 5839686 . A G 347.76 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.00506846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.03;QD=11.4961;RBI=0.0126932;REFB=-0.00812684;REVB=0.0116374;RO=78;SAF=24;SAR=19;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223512;STB=0.512815;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0204612;OID=.;OPOS=5839686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:78:78:43:43:0.355372:19:24:42:36:19:24:42:36 chr2 6990020 . C T 833.76 PASS AF=0.491329;AO=85;DP=173;FAO=85;FDP=173;FR=.;FRO=88;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.00627157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.294;QD=19.2778;RBI=0.00652696;REFB=-0.0094597;REVB=0.00180792;RO=87;SAF=49;SAR=36;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551479;STB=0.527748;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00967386;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:87:88:85:85:0.491329:36:49:45:42:36:49:46:42 chr2 7005369 . A G 750.63 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213503;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.282;QD=63.8831;RBI=0.0253356;REFB=0;REVB=-0.0136404;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90456e-05;OID=.;OPOS=7005369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr2 7137067 . A G 3919.03 PASS AF=1;AO=252;DP=254;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157477;FXX=0.00787371;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.578;QD=62.2068;RBI=0.0157596;REFB=0;REVB=-0.000612979;RO=0;SAF=123;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7227e-06;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:252:0:0:252:252:1:129:123:0:0:129:123:0:0 chr2 7154632 . T C 2065.47 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.183;QD=62.5901;RBI=0.0234819;REFB=0;REVB=-0.00172947;RO=0;SAF=57;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0448e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:74:57:0:0:74:58:0:0 chr2 7208422 . T C 334.84 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0136284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.237;QD=14.4018;RBI=0.0141108;REFB=-0.0087393;REVB=-0.00365778;RO=56;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118272;STB=0.567094;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0101293;OID=.;OPOS=7208422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:17:20:24:32:17:20:24:32 chr2 9491017 . C T 1222.91 PASS AF=0.40176;AO=136;DP=339;FAO=137;FDP=341;FR=.;FRO=204;FSAF=68;FSAR=69;FSRF=97;FSRR=107;FWDB=0.000997035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6181;QD=14.345;RBI=0.0129137;REFB=0.00850067;REVB=-0.0128751;RO=203;SAF=68;SAR=68;SRF=97;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237198;STB=0.51248;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.0178881;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:341:203:204:136:137:0.40176:68:68:97:106:69:68:97:107 chr2 9528536 . G C 1079.76 PASS AF=0.478261;AO=110;DP=231;FAO=110;FDP=230;FR=.;FRO=120;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=68;FWDB=-0.00150596;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.936;QD=18.7784;RBI=0.0125032;REFB=-0.0373467;REVB=-0.0124122;RO=119;SAF=66;SAR=44;SRF=52;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154609;STB=0.587397;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0219346;OID=.;OPOS=9528536;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:119:120:110:110:0.478261:44:66:52:67:44:66:52:68 chr2 9629874 . A C 127.98 PASS AF=0.368421;AO=22;DP=46;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.0167664;FXX=0.173875;HRUN=24;LEN=1;MLLD=157.526;QD=13.4713;RBI=0.0181574;REFB=-0.00549495;REVB=-0.00697002;RO=24;SAF=4;SAR=18;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174429;STB=0.680656;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00495537;OID=.;OPOS=9629874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:38:24:24:22:14:0.368421:18:4:2:22:10:4:2:22 chr2 9880827 . A G 817.11 PASS AF=0.534722;AO=77;DP=144;FAO=77;FDP=144;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0336467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9071;QD=22.6975;RBI=0.0352678;REFB=-0.0182904;REVB=-0.0105695;RO=65;SAF=28;SAR=49;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460772;STB=0.519563;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0100487;OID=.;OPOS=9880827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:65:67:77:77:0.534722:49:28:27:38:49:28:27:40 chr2 9880897 . G A 390.29 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.012704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.534;QD=14.4551;RBI=0.0129389;REFB=-0.000140824;REVB=-0.00245463;RO=62;SAF=19;SAR=26;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373193;STB=0.515247;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.000248912;OID=.;OPOS=9880897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:63:45:45:0.416667:26:19:24:38:26:19:25:38 chr2 9983716 . A C 6489.26 PASS AF=1;AO=389;DP=390;FAO=413;FDP=413;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=347;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.262;QD=62.85;RBI=0.0450033;REFB=0;REVB=0.0299106;RO=0;SAF=64;SAR=325;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24655e-06;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:390:413:0:0:389:413:1:325:64:0:0:347:66:0:0 chr2 10045024 . G A,T 3357.15 PASS AF=0.959091,0.0409091;AO=211,9;DP=221;FAO=211,9;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=85,0;FSAR=126,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033451,0.0282395;FXX=0.0090086;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.425,75.1878;QD=61.0392;RBI=0.0342493,0.0359195;REFB=0.047095,-0.00161558;REVB=-0.00735125,-0.0221978;RO=1;SAF=85,0;SAR=126,9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00376611,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000246266,0.0456496;OID=.,.;OPOS=10045024,10045024;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:221:220:1:0:211,9:211,9:0.959091,0.0409091:126,9:85,0:0:1:126,9:85,0:0:0 chr2 10094992 . A G 333.55 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0953404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.182;QD=19.0597;RBI=0.0983309;REFB=-0.0223701;REVB=-0.024066;RO=29;SAF=24;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285398;STB=0.634192;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0386033;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:35:35:35:0.5:11:24:10:19:11:24:15:20 chr2 10188649 . A T 435.28 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00980837;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.525;QD=20.0128;RBI=0.00993832;REFB=-0.0138962;REVB=-0.00160188;RO=48;SAF=27;SAR=16;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163418;STB=0.566819;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0146612;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:87:48:44:43:43:0.494253:16:27:22:26:16:27:22:22 chr2 10262920 . T G 573.23 PASS AF=0.426667;AO=64;DP=157;FAO=64;FDP=150;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.0031481;FXX=0.0445831;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.332;QD=15.2862;RBI=0.0164479;REFB=-0.0248265;REVB=0.0161438;RO=86;SAF=29;SAR=35;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601595;STB=0.533619;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0368855;OID=.;OPOS=10262920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:150:86:86:64:64:0.426667:35:29:34:52:35:29:34:52 chr2 10267211 . T C 1055.37 PASS AF=0.543478;AO=100;DP=184;FAO=100;FDP=184;FR=.;FRO=84;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.022513;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.588;QD=22.9428;RBI=0.0314375;REFB=-0.0010718;REVB=0.0219426;RO=82;SAF=55;SAR=45;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616387;STB=0.539208;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000723001;OID=.;OPOS=10267211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:82:84:100:100:0.543478:45:55:39:43:45:55:39:45 chr2 10295277 . C T 776.14 PASS AF=0.565891;AO=73;DP=129;FAO=73;FDP=129;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.017831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8103;QD=24.0663;RBI=0.037788;REFB=0.0261983;REVB=-0.0333165;RO=56;SAF=24;SAR=49;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663081;STB=0.503617;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0167401;OID=.;OPOS=10295277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:56:56:73:73:0.565891:49:24:18:38:49:24:18:38 chr2 10580967 . G A 560.86 PASS AF=0.348958;AO=67;DP=180;FAO=67;FDP=192;FR=.;FRO=125;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=73;FWDB=0.0333699;FXX=0.0103087;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.717;QD=11.6846;RBI=0.0389902;REFB=-0.00768696;REVB=-0.0201664;RO=108;SAF=40;SAR=27;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127253;STB=0.616869;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0110271;OID=.;OPOS=10580967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:192:108:125:67:67:0.348958:27:40:52:56:27:40:52:73 chr2 10712278 . C T 796.86 PASS AF=0.446809;AO=84;DP=188;FAO=84;FDP=188;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.0168411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2696;QD=16.9544;RBI=0.0217929;REFB=-0.0278584;REVB=-0.0138315;RO=104;SAF=34;SAR=50;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105782;STB=0.558825;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0316196;OID=.;OPOS=10712278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:104:104:84:84:0.446809:50:34:53:51:50:34:53:51 chr2 10784491 . A G 325.45 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.00868001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5594;QD=11.032;RBI=0.0728858;REFB=-0.013705;REVB=0.0723671;RO=76;SAF=15;SAR=26;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960934;STB=0.551728;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0346272;OID=.;OPOS=10784491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:76:77:41:41:0.347458:26:15:34:42:26:15:34:43 chr2 10808776 . C A,CAA 2309.75 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=13,128;DP=152;FAO=8,140;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=2,107;FSAR=6,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111503,0.0152144;FXX=0.0133324;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=38.4043,104.739;QD=62.4256;RBI=0.115488,0.0204336;REFB=0,0;REVB=-0.0300755,0.0136402;RO=6;SAF=7,99;SAR=6,29;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.169984,-0.00729279;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0816124,0.00216284;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:152:148:6:0:13,128:8,140:0.0540541,0.945946:6,29:7,99:5:1:6,33:2,107:0:0 chr2 10908893 . A G 369.48 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0296657;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.419;QD=22.0583;RBI=0.0409482;REFB=0.00826388;REVB=0.0282258;RO=30;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109082;STB=0.560194;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00672614;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:21:16:17:13:21:16:17:13 chr2 10927504 . A C 41.57 PASS AF=0.1;AO=20;DP=149;FAO=15;FDP=150;FR=.;FRO=135;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=0.00428109;FXX=0.00662208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.1467;QD=1.10843;RBI=0.00431986;REFB=-0.0122086;REVB=-0.000577501;RO=124;SAF=19;SAR=1;SRF=51;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666126;STB=0.934401;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.107337;OID=.;OPOS=10927504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:149:150:124:135:20:15:0.1:1:19:51:73:1:14:60:75 chr2 10928906 . T C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00713492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.065;QD=8.7378;RBI=0.00987337;REFB=-0.014707;REVB=-0.00682468;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117753;STB=0.572359;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0181825;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:9:11:4:5:9:11 chr2 10930903 . T C 473.91 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00889101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.369;QD=16.3418;RBI=0.0149173;REFB=-0.0248067;REVB=-0.0119782;RO=64;SAF=20;SAR=32;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177002;STB=0.598892;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0272809;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:64:52:52:0.448276:32:20:36:28:32:20:36:28 chr2 10933249 . C T 346.88 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.035647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5927;QD=17.1301;RBI=0.042761;REFB=-0.0176445;REVB=0.0236177;RO=42;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103213;STB=0.568826;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0222322;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:44:37:37:0.45679:19:18:25:17:19:18:27:17 chr2 10942687 . C T 527.1 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0283586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6909;QD=19.1671;RBI=0.0709894;REFB=-0.00667169;REVB=-0.065079;RO=55;SAF=32;SAR=23;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179937;STB=0.599373;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00547394;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:23:32:21:34:23:32:21:34 chr2 10952790 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.047589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.736;QD=9.91651;RBI=0.0520121;REFB=-0.0213102;REVB=-0.0209893;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743536;STB=0.521691;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0409017;OID=.;OPOS=10952790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:4:5:9:7:4:5:10:7 chr2 11053020 . A G 4023.54 PASS AF=1;AO=257;DP=258;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00808903;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3028;QD=62.3804;RBI=0.0351499;REFB=0;REVB=-0.0342065;RO=0;SAF=133;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64841e-06;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:258:258:0:0:257:258:1:124:133:0:0:124:134:0:0 chr2 11053740 . C T 3272.98 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157483;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1226;QD=61.7543;RBI=0.0246161;REFB=0.0106348;REVB=0.0189194;RO=0;SAF=122;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76716e-05;OID=.;OPOS=11053740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:212:0:0:211:212:1:89:122:0:0:90:122:0:0 chr2 11264830 . G A 4723.98 PASS AF=1;AO=303;DP=304;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2913;QD=62.1576;RBI=0.0673101;REFB=0;REVB=0.0133146;RO=0;SAF=142;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71718e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169154;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:304:304:0:0:303:304:1:161:142:0:0:161:143:0:0 chr2 11323276 . T C 1157.72 PASS AF=0.522936;AO=114;DP=218;FAO=114;FDP=218;FR=.;FRO=104;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.000574858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.517;QD=21.2425;RBI=0.0125438;REFB=-0.0248587;REVB=0.0125306;RO=104;SAF=58;SAR=56;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912533;STB=0.504991;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0246053;OID=.;OPOS=11323276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:104:104:114:114:0.522936:56:58:54:50:56:58:54:50 chr2 11359120 . G T 175.35 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0444438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.983;QD=15.2477;RBI=0.0472079;REFB=-0.00576465;REVB=-0.0159165;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941938;STB=0.546713;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.013168;OID=.;OPOS=11359120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:27:18:19:0.413043:11:7:12:13:12:7:12:15 chr2 11374200 . C G 1503.63 PASS AF=0.5;AO=147;DP=296;FAO=147;FDP=294;FR=.;FRO=147;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=58;FSRR=89;FWDB=0.00963341;FXX=0.0101007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7089;QD=20.4575;RBI=0.011334;REFB=-0.00544752;REVB=0.00597141;RO=145;SAF=78;SAR=69;SRF=57;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124158;STB=0.567708;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00439312;OID=.;OPOS=11374200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:294:145:147:147:147:0.5:69:78:57:88:69:78:58:89 chr2 11702661 . A C 1380.15 PASS AF=0.410667;AO=154;DP=375;FAO=154;FDP=375;FR=.;FRO=221;FSAF=83;FSAR=71;FSRF=95;FSRR=126;FWDB=-0.0164241;FXX=0.0053049;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5557;QD=14.7216;RBI=0.0336046;REFB=0.000816252;REVB=-0.0293175;RO=218;SAF=83;SAR=71;SRF=93;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117682;STB=0.564033;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00193627;OID=.;OPOS=11702661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:375:218:221:154:154:0.410667:71:83:93:125:71:83:95:126 chr2 11725049 . T C 463.5 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.00733139;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.585;QD=17.4906;RBI=0.0103939;REFB=-0.020317;REVB=0.00736778;RO=56;SAF=13;SAR=37;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112122;STB=0.562647;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0137465;OID=.;OPOS=11725049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:56:56:50:50:0.471698:37:13:20:36:37:13:20:36 chr2 11727507 . G A 891.63 PASS AF=0.539877;AO=86;DP=161;FAO=88;FDP=163;FR=.;FRO=75;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0152361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.531;QD=21.8806;RBI=0.0501561;REFB=-0.0278227;REVB=-0.0477859;RO=74;SAF=44;SAR=42;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024476;STB=0.510116;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0267387;OID=.;OPOS=11727507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:74:75:86:88:0.539877:42:44:40:34:43:45:40:35 chr2 11733134 . C G 1300.44 PASS AF=0.505792;AO=131;DP=259;FAO=131;FDP=259;FR=.;FRO=128;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=62;FSRR=66;FWDB=0.0191995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5295;QD=20.0839;RBI=0.0218974;REFB=0.00138141;REVB=0.0105296;RO=122;SAF=72;SAR=59;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439544;STB=0.53235;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0010427;OID=.;OPOS=11733134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:122:128:131:131:0.505792:59:72:61:61:59:72:62:66 chr2 11738091 . T C 1324.51 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355143;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.745;QD=62.3298;RBI=0.0598041;REFB=0;REVB=0.0481172;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18731e-05;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr2 11752635 . T C 3618.15 PASS AF=0.987234;AO=231;DP=234;FAO=232;FDP=235;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=148;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0202673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.186;QD=61.5855;RBI=0.0205791;REFB=-0.10477;REVB=0.00356898;RO=0;SAF=84;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43313e-08;STB=0.504199;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00131446;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:234:235:0:3:231:232:0.987234:147:84:0:0:148:84:2:1 chr2 11817812 . G C 1230.43 PASS AF=0.449477;AO=126;DP=285;FAO=129;FDP=287;FR=.;FRO=158;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=71;FSRR=87;FWDB=0.0150417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7004;QD=17.1488;RBI=0.0182083;REFB=-0.0117632;REVB=-0.0102611;RO=157;SAF=67;SAR=59;SRF=71;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794757;STB=0.542732;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0105121;OID=.;OPOS=11817812;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:287:157:158:126:129:0.449477:59:67:71:86:61:68:71:87 chr2 12864766 . C T 1879.93 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=129;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.015938;FXX=0.0155027;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.432;QD=59.2103;RBI=0.0241328;REFB=-0.150008;REVB=0.018121;RO=2;SAF=50;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018622;STB=0.514561;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000316111;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:129:127:2:3:124:124:0.976378:74:50:2:0:74:50:3:0 chr2 12877501 . G A,GA 4534.23 PASS AF=0.040678,0.959322;AO=20,265;DP=300;FAO=12,283;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=10,145;FSAR=2,138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164891,0.0361247;FXX=0.00673378;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=77.8854,99.845;QD=61.481;RBI=0.0267645,0.0402595;REFB=-0.00480103,0.0122172;REVB=0.0210819,0.0177715;RO=4;SAF=15,138;SAR=5,127;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.095952,0.000589287;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00338343,-0.000270822;OID=.,.;OPOS=12877501,12877502;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:300:295:4:0:20,265:12,283:0.040678,0.959322:5,127:15,138:2:2:2,138:10,145:0:0 chr2 12882822 . ATC A 3459.15 PASS AF=1;AO=214;DP=226;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409835;FXX=0.0264306;HRUN=1;LEN=2;MLLD=329.497;QD=62.6091;RBI=0.0117784;REFB=0;REVB=0.0110424;RO=0;SAF=60;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.61326e-06;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:214:226:221:221:0:63:158:0:0:19:0:60:154:0:0 chr2 14777100 . TTAA T,TT 90.1 PASS AF=0.571429,0;AO=6,3;DP=22;FAO=12,0;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.128332,-0.106955;FXX=0.0454339;HRUN=6,6;LEN=3,2;MLLD=32.2393,22.1483;QD=17.1624;RBI=0.150064,0.114187;REFB=-0.0318135,-0.0474655;REVB=0.0777825,0.0399902;RO=6;SAF=1,0;SAR=5,3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.550714,-0.754726;STB=0.870558,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=del,del;VARB=0.029917,-0.00935757;OID=.,.;OPOS=14777101,14777102;OREF=TAA,AA;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429,0:6,3:22:12,0:21:9:1,0:11,0:7:2:62:6:1,0:5,3:5:1 chr2 14779829 . A G 626.11 PASS AF=0.625;AO=54;DP=87;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=49;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0105672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.105;QD=28.4597;RBI=0.0203747;REFB=0.00670398;REVB=0.0174202;RO=32;SAF=48;SAR=6;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265467;STB=0.644674;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00296791;OID=.;OPOS=14779829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:32:33:54:55:0.625:6:48:22:10:6:49:23:10 chr2 14780038 . T G 1059.75 PASS AF=0.5;AO=107;DP=215;FAO=107;FDP=214;FR=.;FRO=107;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=38;FSRR=69;FWDB=0.0150424;FXX=0.00925883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6804;QD=19.8083;RBI=0.0467403;REFB=-0.00317326;REVB=0.0442536;RO=107;SAF=51;SAR=56;SRF=38;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111677;STB=0.561218;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00434388;OID=.;OPOS=14780038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:107:107:107:107:0.5:56:51:38:69:56:51:38:69 chr2 15743344 . T C 900.96 PASS AF=0.461538;AO=96;DP=208;FAO=96;FDP=208;FR=.;FRO=112;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=74;FSRR=38;FWDB=-0.0131532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1451;QD=17.3261;RBI=0.0316506;REFB=0.000995792;REVB=0.0287881;RO=112;SAF=47;SAR=49;SRF=74;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166396;STB=0.591816;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.000993052;OID=.;OPOS=15743344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:112:112:96:96:0.461538:49:47:74:38:49:47:74:38 chr2 15747393 . C T 785.81 PASS AF=0.509554;AO=80;DP=157;FAO=80;FDP=157;FR=.;FRO=77;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.00454809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.16;QD=20.0207;RBI=0.0164177;REFB=0.00230607;REVB=0.0157752;RO=76;SAF=46;SAR=34;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193223;STB=0.602753;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00318824;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:76:77:80:80:0.509554:34:46:27:49:34:46:28:49 chr2 15840522 . G T 336.78 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00368965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.391;QD=14.8035;RBI=0.0262046;REFB=-0.00652681;REVB=-0.0259435;RO=54;SAF=21;SAR=16;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323801;STB=0.518352;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00826033;OID=.;OPOS=15840522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:16:21:29:25:16:21:29:25 chr2 15840645 . T C 623.26 PASS AF=0.439189;AO=65;DP=147;FAO=65;FDP=148;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0677917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3709;QD=16.845;RBI=0.0712424;REFB=-0.0152952;REVB=0.0219037;RO=82;SAF=35;SAR=30;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103934;STB=0.508898;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0228538;OID=.;OPOS=15840645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:82:83:65:65:0.439189:30:35:45:37:30:35:46:37 chr2 16090820 . T C 321.91 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00305117;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2288;QD=21.4608;RBI=0.0546495;REFB=0.00902357;REVB=-0.0545642;RO=27;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166248;STB=0.591904;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00524639;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:27:27:33:33:0.55:14:19:10:17:14:19:10:17 chr2 16380485 . A G 318.27 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0229906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7341;QD=18.1866;RBI=0.0322722;REFB=-0.0324173;REVB=0.0226479;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23176;STB=0.628501;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0330573;OID=.;OPOS=16380485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:17:17:9:27:17:17:9:27 chr2 17304295 . A G 2504.73 PASS AF=0.988024;AO=164;DP=166;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0552239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0719;QD=59.9934;RBI=0.0563713;REFB=0.0190832;REVB=-0.0113159;RO=2;SAF=82;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500036;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00131116;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:166:167:2:2:164:165:0.988024:82:82:1:1:83:82:1:1 chr2 17696573 . C T 4966.12 PASS AF=1;AO=316;DP=320;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598029;FXX=0.0031249;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.411;QD=62.2711;RBI=0.00605073;REFB=-0.08512;REVB=0.000920583;RO=1;SAF=164;SAR=152;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289979;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46317e-06;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:320:319:1:0:316:319:1:152:164:1:0:153:166:0:0 chr2 17698678 . A G 3917.46 PASS AF=1;AO=252;DP=252;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.452;QD=62.182;RBI=0.0020076;REFB=0;REVB=0.000377999;RO=0;SAF=105;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.07218e-07;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:252:252:0:0:252:252:1:147:105:0:0:147:105:0:0 chr2 17942775 . T A 1557.47 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0589737;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.679;QD=58.7724;RBI=0.0946874;REFB=-0.115734;REVB=0.0740797;RO=0;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99239e-08;STB=0.503875;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00170726;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:106:0:1:105:105:0.990566:64:41:0:0:64:41:0:1 chr2 17954027 . G A 2008.08 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1301;QD=62.2662;RBI=0.0964955;REFB=0;REVB=-0.0948788;RO=0;SAF=71;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1079e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00046147;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:58:71:0:0:58:71:0:0 chr2 17954421 . C G 2156.86 PASS AF=1;AO=135;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639996;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0702;QD=62.9739;RBI=0.0916705;REFB=0;REVB=0.0656318;RO=0;SAF=41;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46197e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252805;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:135:137:1:94:41:0:0:95:42:0:0 chr2 17962450 . A G 1737.65 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0159875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8051;QD=58.9034;RBI=0.0214772;REFB=-0.0638327;REVB=0.0143412;RO=1;SAF=49;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703596;STB=0.507352;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00747744;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:1:2:116:116:0.983051:67:49:0:1:67:49:0:2 chr2 17962518 . C A,T 954.04 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=3,61;DP=64;FAO=2,64;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=2,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160579,-0.0112249;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.097,114.474;QD=57.8207;RBI=0.0171221,0.0297595;REFB=0,0;REVB=-0.00594204,-0.0275614;RO=0;SAF=1,24;SAR=2,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0376237,0.000280822;OID=.,.;OPOS=17962518,17962518;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:64:66:0:0:3,61:2,64:0.030303,0.969697:2,37:1,24:0:0:2,37:0,27:0:0 chr2 18112473 . G A 4396.63 PASS AF=1;AO=271;DP=274;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201823;FXX=0.0106003;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8986;QD=62.809;RBI=0.0921519;REFB=-0.0528628;REVB=0.0899147;RO=1;SAF=113;SAR=158;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00300825;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399228;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:274:280:1:0:271:280:1:158:113:0:1:166:114:0:0 chr2 18113623 . A G 769.73 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128687;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.615;QD=64.1445;RBI=0.00993293;REFB=0;REVB=0.00984922;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992034;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr2 18113789 . G A 1540.27 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.151;QD=59.8162;RBI=0.0144571;REFB=0;REVB=0.00813655;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22691e-05;OID=.;OPOS=18113789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:58:45:0:0:58:45:0:0 chr2 18757501 . G C 410.34 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0117331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.101;QD=18.2372;RBI=0.0160047;REFB=-0.0146104;REVB=-0.0108851;RO=48;SAF=14;SAR=28;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142185;OID=.;OPOS=18757501;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:28:14:16:32:28:14:16:32 chr2 18765181 . A G 255.32 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0211661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6228;QD=13.2634;RBI=0.0219739;REFB=0.000320117;REVB=-0.00590306;RO=47;SAF=4;SAR=26;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333507;STB=0.695033;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000430218;OID=.;OPOS=18765181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:26:4:16:31:26:4:16:31 chr2 18766123 . C T 356.02 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00825306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.473;QD=30.2997;RBI=0.00825614;REFB=-0.0223871;REVB=-0.000225621;RO=16;SAF=19;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243265;STB=0.643064;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00499133;OID=.;OPOS=18766123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:17:30:30:0.638298:11:19:4:12:11:19:4:13 chr2 18766156 . G T 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0525415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.124;QD=20.2091;RBI=0.0631711;REFB=-0.0152177;REVB=0.0350711;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370387;STB=0.710208;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0228077;OID=.;OPOS=18766156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:2:8:4:9:2:8 chr2 18768850 . A G 394.81 PASS AF=0.58209;AO=33;DP=62;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0364196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.098;QD=23.5704;RBI=0.052246;REFB=-0.00893385;REVB=0.0374601;RO=26;SAF=13;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556422;STB=0.574429;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00619113;OID=.;OPOS=18768850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:26:28:33:39:0.58209:20:13:12:14:26:13:14:14 chr2 20101487 . G A 983.56 PASS AF=0.510638;AO=96;DP=188;FAO=96;FDP=188;FR=.;FRO=92;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.00484669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.415;QD=20.9267;RBI=0.044133;REFB=-0.0346491;REVB=0.043866;RO=91;SAF=50;SAR=46;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590193;STB=0.500444;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0332781;OID=.;OPOS=20101487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:91:92:96:96:0.510638:46:50:48:43:46:50:48:44 chr2 20135283 . T C 1530.19 PASS AF=0.990476;AO=101;DP=102;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4246;QD=58.293;RBI=0.0418398;REFB=0.111921;REVB=-0.0405295;RO=1;SAF=16;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055498;STB=0.502824;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00132744;OID=.;OPOS=20135283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:105:1:1:101:104:0.990476:85:16:0:1:88:16:0:1 chr2 20175312 . G A 1182.55 PASS AF=0.559406;AO=113;DP=201;FAO=113;FDP=202;FR=.;FRO=89;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.0140861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.011;QD=23.4169;RBI=0.0162638;REFB=-0.0165719;REVB=-0.00812992;RO=88;SAF=58;SAR=55;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563628;STB=0.528099;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0118665;OID=.;OPOS=20175312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:88:89:113:113:0.559406:55:58:39:49:55:58:40:49 chr2 20192931 . G A 880.03 PASS AF=0.508671;AO=88;DP=173;FAO=88;FDP=173;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.050199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.119;QD=20.3475;RBI=0.0501999;REFB=-0.0123282;REVB=0.00029174;RO=84;SAF=32;SAR=56;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167647;STB=0.589612;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00803661;OID=.;OPOS=20192931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:84:85:88:88:0.508671:56:32:46:38:56:32:46:39 chr2 20205680 . C T 1788.27 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.056702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3277;QD=60.1101;RBI=0.0825674;REFB=-0.0956537;REVB=0.0600188;RO=1;SAF=62;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075994;STB=0.503999;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00139074;OID=.;OPOS=20205680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:56:62:1:0:56:62:1:0 chr2 20205848 . G A 1350.53 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0050755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.965;QD=60.0237;RBI=0.00530995;REFB=-0.0743981;REVB=-0.0015604;RO=2;SAF=39;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236783;STB=0.512497;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000393058;OID=.;OPOS=20205848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:90:2:2:88:88:0.977778:49:39:2:0:49:39:2:0 chr2 20403794 . A T 2765.1 PASS AF=1;AO=118;DP=174;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511171;FXX=0.022221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3102;QD=62.8431;RBI=0.0262892;REFB=0;REVB=0.0257874;RO=0;SAF=102;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21701e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84013e-05;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:176:0:0:118:176:1:16:102:0:0:73:103:0:0 chr2 20403949 . C T 845.07 PASS AF=0.49711;AO=86;DP=173;FAO=86;FDP=173;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.0738502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1155;QD=19.5392;RBI=0.0744813;REFB=-0.0367365;REVB=0.00967491;RO=86;SAF=42;SAR=44;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502958;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0394924;OID=.;OPOS=20403949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:86:87:86:86:0.49711:44:42:42:44:44:42:43:44 chr2 20601461 . C T 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0039827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.115;QD=17.2245;RBI=0.00802164;REFB=-0.00352134;REVB=-0.00696311;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00292742;STB=0.50888;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00332121;OID=.;OPOS=20601461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:18:16:18:20:18:16:19:20 chr2 20648211 . G T 977.69 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117215;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.882;QD=59.2537;RBI=0.0271442;REFB=0;REVB=-0.0271189;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320804;OID=.;OPOS=20648211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr2 20680665 . C A 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0147719;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.894;QD=52.1523;RBI=0.0399145;REFB=-0.0217015;REVB=0.0370804;RO=1;SAF=5;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841886;STB=0.545419;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00102301;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:22:5:1:0:22:5:1:0 chr2 20680693 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5986;QD=56.7038;RBI=0.0629149;REFB=0;REVB=0.0198264;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000499306;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr2 20818454 . T A 1856.01 PASS AF=0.984127;AO=121;DP=125;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0161528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.551;QD=58.9209;RBI=0.0236895;REFB=-0.141195;REVB=0.0173285;RO=3;SAF=61;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00746749;STB=0.507935;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00153751;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:126:3:2:121:124:0.984127:60:61:2:1:62:62:2:0 chr2 20818458 . G A 659.32 PASS AF=0.5;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0100638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.085;QD=19.9795;RBI=0.0100664;REFB=-0.00150794;REVB=0.000227464;RO=65;SAF=39;SAR=27;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1983;STB=0.612671;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00192371;OID=.;OPOS=20818458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:66:66:66:0.5:27:39:24:41:27:39:24:42 chr2 20818517 . T C 1032.32 PASS AF=0.444444;AO=107;DP=242;FAO=108;FDP=243;FR=.;FRO=135;FSAF=33;FSAR=75;FSRF=50;FSRR=85;FWDB=-0.0200415;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.171;QD=16.993;RBI=0.0200429;REFB=-0.00928102;REVB=0.000231608;RO=133;SAF=33;SAR=74;SRF=49;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680566;STB=0.541061;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0122878;OID=.;OPOS=20818517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:133:135:107:108:0.444444:74:33:49:84:75:33:50:85 chr2 20823724 . T C 1791.9 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000836965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.801;QD=60.7425;RBI=0.0117306;REFB=0;REVB=0.0117007;RO=0;SAF=43;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6786e-05;OID=.;OPOS=20823724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:116:118:1:73:43:0:0:75:43:0:0 chr2 20824498 . C T 664.22 PASS AF=0.466667;AO=70;DP=150;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.000286764;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.368;QD=17.7124;RBI=0.0281587;REFB=0.0099882;REVB=0.0281572;RO=80;SAF=35;SAR=35;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962846;STB=0.553318;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00798121;OID=.;OPOS=20824498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:80:80:70:70:0.466667:35:35:32:48:35:35:32:48 chr2 20838318 . G A 823.25 PASS AF=0.480226;AO=75;DP=167;FAO=85;FDP=177;FR=.;FRO=92;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0166896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.713;QD=18.6044;RBI=0.0171489;REFB=-0.0107729;REVB=0.00394217;RO=79;SAF=47;SAR=28;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798333;STB=0.584043;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0108619;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:177:79:92:75:85:0.480226:28:47:43:36:31:54:44:48 chr2 20870578 . G GA 46.53 PASS AF=0.5;AO=2;DP=19;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.058331;FXX=0.0587889;HRUN=0;LEN=1;MLLD=40.7749;QD=11.6336;RBI=0.100334;REFB=-0.0157193;REVB=-0.0816352;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594792;STB=0.749374;STBP=0.079;TYPE=ins;VARB=0.0772812;OID=.;OPOS=20870579;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:2:19:8:16:8:2:6:6:2:46:17:0:2:11:6 chr2 20870579 . G A 57.91 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.078131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2034;QD=13.6268;RBI=0.0822454;REFB=-0.0722145;REVB=0.0256875;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0678373;OID=.;OPOS=20870579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:5:4:4:4:5:4 chr2 21231524 . G A 2048.89 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.026;QD=61.6207;RBI=0.0360515;REFB=-0.063877;REVB=0.0247779;RO=1;SAF=53;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888327;STB=0.504672;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000209351;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:79:53:1:0:79:53:1:0 chr2 21232803 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.825;QD=63.2846;RBI=0.0332807;REFB=0;REVB=-0.0132586;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36504e-05;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr2 21235475 . T C 3335.92 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.03;QD=62.0637;RBI=0.0531369;REFB=0;REVB=0.0388296;RO=0;SAF=98;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77849e-05;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:215:0:0:214:215:1:116:98:0:0:117:98:0:0 chr2 21250914 . G A 1774.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173689;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.609;QD=61.1872;RBI=0.0174316;REFB=0;REVB=0.0014766;RO=0;SAF=40;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599453;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:75:40:0:0:75:41:0:0 chr2 21360583 . A G 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00226181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.279;QD=22.7945;RBI=0.00535126;REFB=0.000559495;REVB=0.00484976;RO=21;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167145;STB=0.59367;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00052063;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:16:8:11:10:16:8:11:10 chr2 21366324 . G C 292.23 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0175506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1074;QD=12.3045;RBI=0.0446326;REFB=-0.0106594;REVB=0.0410371;RO=59;SAF=20;SAR=14;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107803;STB=0.552039;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0245388;OID=.;OPOS=21366324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:61:34:34:0.357895:14:20:29:30:14:20:31:30 chr2 23746843 . C A 1137.05 PASS AF=0.470356;AO=119;DP=253;FAO=119;FDP=253;FR=.;FRO=134;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=82;FSRR=52;FWDB=0.00622978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0623;QD=17.9771;RBI=0.0221406;REFB=-0.0159282;REVB=0.0212461;RO=133;SAF=72;SAR=47;SRF=82;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115451;STB=0.503828;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00951092;OID=.;OPOS=23746843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:133:134:119:119:0.470356:47:72:82:51:47:72:82:52 chr2 23865260 . T C 8656.51 PASS AF=1;AO=547;DP=550;FAO=549;FDP=549;FR=.;FRO=0;FSAF=329;FSAR=220;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188278;FXX=0.0036297;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.631;QD=63.0711;RBI=0.0227081;REFB=-0.133801;REVB=0.0126954;RO=1;SAF=327;SAR=220;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00145811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23484e-05;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:550:549:1:0:547:549:1:220:327:1:0:220:329:0:0 chr2 23865908 . G C 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0281222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3177;QD=16.0645;RBI=0.0282973;REFB=-0.0292166;REVB=0.00314262;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169123;STB=0.594972;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.012597;OID=.;OPOS=23865908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:12:14:22:9:12:14:22:9 chr2 23919375 . C T 372.45 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0597709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.164;QD=15.2019;RBI=0.0612144;REFB=-0.0137381;REVB=-0.0132152;RO=58;SAF=14;SAR=26;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108503;STB=0.561524;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0205147;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:26:14:26:32:26:14:26:32 chr2 23926659 . T C 745.75 PASS AF=0.481481;AO=77;DP=161;FAO=78;FDP=162;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.032317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.504;QD=18.4135;RBI=0.0364221;REFB=-0.0258767;REVB=-0.0167982;RO=83;SAF=32;SAR=45;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163781;STB=0.588908;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.02612;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:83:84:77:78:0.481481:45:32:49:34:45:33:50:34 chr2 23973799 . T C 544.76 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0082915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8167;QD=18.6243;RBI=0.0809218;REFB=-0.0149672;REVB=-0.0804959;RO=60;SAF=20;SAR=37;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490556;STB=0.527192;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0151778;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:57:57:0.487179:37:20:24:36:37:20:24:36 chr2 24055058 . G C,T 1044.08 PASS AF=0.929577,0.0704225;AO=66,5;DP=73;FAO=66,5;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=26,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02395,-0.00410228;FXX=0.0273935;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.1713,168.419;QD=58.8216;RBI=0.0344669,0.0221489;REFB=0,0;REVB=-0.0247863,-0.0217657;RO=0;SAF=40,0;SAR=26,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00241737,0.106232;OID=.,.;OPOS=24055058,24055058;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:73:71:0:0:66,5:66,5:0.929577,0.0704225:26,5:40,0:0:0:26,5:40,0:0:0 chr2 24108652 . T C 1886.62 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164674;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.316;QD=61.8563;RBI=0.0474285;REFB=0;REVB=0.044478;RO=0;SAF=51;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116971;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:70:51:0:0:71:51:0:0 chr2 24369674 . C A,T 1114.49 PASS AF=0.04,0.96;AO=3,71;DP=75;FAO=3,72;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44;FSAR=3,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029533,-0.0153596;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.1637,136.798;QD=59.4394;RBI=0.0356147,0.0177257;REFB=0,0;REVB=-0.0199049,-0.00884777;RO=0;SAF=0,43;SAR=3,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.30751e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0995953,-0.000390961;OID=.,.;OPOS=24369674,24369674;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:75:75:0:0:3,71:3,72:0.04,0.96:3,28:0,43:0:0:3,28:0,44:0:0 chr2 24384424 . T C 795.63 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.125675;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.116;QD=53.9412;RBI=0.129718;REFB=-0.102775;REVB=0.0321319;RO=2;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00767061;STB=0.504069;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00497558;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:59:2:2:57:57:0.966102:35:22:1:1:35:22:1:1 chr2 24387178 . G GC 858.41 PASS AF=1;AO=69;DP=74;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116075;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.4044;QD=48.3613;RBI=0.11609;REFB=0;REVB=-0.00188904;RO=4;SAF=28;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167629;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00224016;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:74:71:71:0:28:43:0:0:15:4:28:41:1:3 chr2 24390517 . G A 3792.16 PASS AF=0.987705;AO=241;DP=244;FAO=241;FDP=244;FR=.;FRO=3;FSAF=116;FSAR=125;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0110812;FXX=0.00408147;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.357;QD=62.1666;RBI=0.0219741;REFB=-0.0657229;REVB=0.0189755;RO=1;SAF=116;SAR=125;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409116;STB=0.506382;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000125596;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:244:244:1:3:241:241:0.987705:125:116:1:0:125:116:3:0 chr2 24402127 . C CAA 672.56 PASS AF=1;AO=46;DP=55;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829424;FXX=0.113186;HRUN=0;LEN=2;MLLD=210.992;QD=57.239;RBI=0.0120761;REFB=0;REVB=-0.00877718;RO=8;SAF=14;SAR=32;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-8.71564e-07;OID=.;OPOS=24402128;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:55:47:47:0:15:32:0:0:4:8:14:32:4:4 chr2 24402128 . G A 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0112084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.24;QD=2.35118;RBI=0.0113313;REFB=-5.50706e-05;REVB=0.00166479;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388246;STB=0.514239;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00061887;OID=.;OPOS=24402128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:46:47:6:6:0.113208:4:2:14:32:4:2:15:32 chr2 24521652 . C T 423.73 PASS AF=0.463158;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00515754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8697;QD=17.8414;RBI=0.0108712;REFB=-0.00695709;REVB=-0.00956986;RO=51;SAF=22;SAR=21;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132294;STB=0.578912;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00528601;OID=.;OPOS=24521652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:43:44:0.463158:21:22:33:18:22:22:33:18 chr2 24587571 . A G 2526.09 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292933;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.67;QD=61.2386;RBI=0.0347868;REFB=0;REVB=0.0187623;RO=0;SAF=61;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.78569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141984;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:165:0:0:163:165:1:102:61:0:0:102:63:0:0 chr2 24899185 . C G 328.43 PASS AF=0.557377;AO=32;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.109641;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8976;QD=21.5367;RBI=0.113627;REFB=0.00243127;REVB=0.0298324;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118306;STB=0.582885;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00265111;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:27:32:34:0.557377:17:15:16:10:19:15:17:10 chr2 24899204 . A G 302.17 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0123309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.402;QD=19.4947;RBI=0.0272435;REFB=-0.00606974;REVB=0.0242931;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154254;STB=0.562206;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00963715;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:27:30:32:32:0.516129:19:13:16:11:19:13:16:14 chr2 24905927 . G C 852.72 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0532452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9426;QD=55.9162;RBI=0.0540384;REFB=-0.00957497;REVB=-0.00922495;RO=1;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106073;STB=0.505616;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000759701;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:44:16:0:1:44:16:0:1 chr2 24974945 . T G 2056.96 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0241222;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.165;QD=60.947;RBI=0.0304333;REFB=-0.0348409;REVB=0.0185554;RO=2;SAF=67;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139757;STB=0.507352;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000230184;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:135:2:2:133:133:0.985185:66:67:2:0:66:67:2:0 chr2 24991569 . C G 753.76 PASS AF=0.475904;AO=79;DP=166;FAO=79;FDP=166;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.00235739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2885;QD=18.1628;RBI=0.00645104;REFB=-0.0085973;REVB=0.00600488;RO=87;SAF=34;SAR=45;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160765;STB=0.508885;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00726649;OID=.;OPOS=24991569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:87:87:79:79:0.475904:45:34:36:51:45:34:36:51 chr2 25046090 . T C 225.28 PASS AF=0.5;AO=20;DP=42;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0309737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.541;QD=20.4796;RBI=0.0353698;REFB=-0.00749222;REVB=0.0170778;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225245;STB=0.590826;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0106698;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:22:22:20:22:0.5:7:13:9:13:9:13:9:13 chr2 25047408 . A G 370.18 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0018704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.175;QD=30.2187;RBI=0.0376023;REFB=-0.0344823;REVB=0.0375558;RO=18;SAF=18;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920303;STB=0.550499;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0164313;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:13:18:8:10:13:18:8:10 chr2 25050977 . T C 477.1 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.0146252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.163;QD=18.7098;RBI=0.0418533;REFB=-0.0302137;REVB=-0.0392148;RO=51;SAF=22;SAR=28;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239;STB=0.635822;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0325638;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:52:50:50:0.490196:28:22:36:15:28:22:37:15 chr2 25064193 . G A 1064.37 PASS AF=0.473684;AO=108;DP=228;FAO=108;FDP=228;FR=.,HEALED;FRO=118;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=78;FWDB=0.00318681;FXX=0.00869527;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.633;QD=18.6732;RBI=0.0675133;REFB=-0.0550437;REVB=-0.067438;RO=87;SAF=49;SAR=59;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00500802;STB=0.561089;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0473981;OID=.;OPOS=25064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:87:118:108:108:0.473684:59:49:40:47:59:49:40:78 chr2 25141538 . A G 273.6 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0177406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8368;QD=15.1999;RBI=0.122881;REFB=0.00144682;REVB=-0.121594;RO=41;SAF=10;SAR=21;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487533;STB=0.52762;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00434731;OID=.;OPOS=25141538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:21:10:15:26:21:10:15:26 chr2 25181488 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0301143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.048;QD=7.83676;RBI=0.0318399;REFB=-0.0067015;REVB=-0.0103395;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147359;STB=0.59233;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0245661;OID=.;OPOS=25181488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:7:9:3:4:7:9 chr2 25194741 . G A 2575.55 PASS AF=0.508032;AO=249;DP=500;FAO=253;FDP=498;FR=.,HEALED;FRO=243;FSAF=130;FSAR=123;FSRF=145;FSRR=98;FWDB=0.011653;FXX=0.00796797;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.24;QD=20.6871;RBI=0.0150241;REFB=-0.0386316;REVB=-0.00948317;RO=167;SAF=128;SAR=121;SRF=143;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258376;STB=0.540721;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0316846;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:500:498:167:243:249:253:0.508032:121:128:143:24:123:130:145:98 chr2 25281086 . A T 865.96 PASS AF=0.544872;AO=85;DP=156;FAO=85;FDP=156;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0164661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.965;QD=22.2041;RBI=0.0390548;REFB=-0.00696542;REVB=-0.035414;RO=69;SAF=32;SAR=53;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254417;STB=0.51538;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00446436;OID=.;OPOS=25281086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:69:71:85:85:0.544872:53:32:28:41:53:32:29:42 chr2 25314186 . T C 2951.92 PASS AF=0.969543;AO=191;DP=197;FAO=191;FDP=197;FR=.;FRO=6;FSAF=91;FSAR=100;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0194037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.517;QD=59.9375;RBI=0.0239562;REFB=-0.0385003;REVB=-0.0140497;RO=5;SAF=91;SAR=100;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371995;STB=0.500719;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00288395;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:197:197:5:6:191:191:0.969543:100:91:2:3:100:91:3:3 chr2 25359422 . G A 233.76 PASS AF=0.411765;AO=26;DP=66;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0100144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1456;QD=13.7507;RBI=0.0132197;REFB=0.00593058;REVB=0.00862984;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148342;STB=0.512811;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.0104055;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:38:40:26:28:0.411765:12:14:21:17:12:16:22:18 chr2 25376564 . CGT C 392.17 PASS AF=0.455556;AO=39;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0317842;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.885;QD=17.4297;RBI=0.0390636;REFB=-0.00986308;REVB=-0.0227097;RO=47;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365333;STB=0.533093;STBP=0.589;TYPE=del;VARB=0.0122063;OID=.;OPOS=25376565;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455556:39:90:41:90:49:16:25:22:27:99:47:16:23:21:26 chr2 25377176 . T C 1309.35 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0052503;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.927;QD=60.9;RBI=0.0495981;REFB=-0.0729499;REVB=0.0493195;RO=1;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869298;STB=0.504586;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000232699;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:54:31:0:1:54:31:0:1 chr2 25384169 . G A 635.84 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00115318;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.318;QD=23.1215;RBI=0.00209413;REFB=-0.0275203;REVB=-0.00174801;RO=46;SAF=21;SAR=41;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265873;STB=0.527322;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0217988;OID=.;OPOS=25384169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:46:48:62:62:0.563636:41:21:17:29:41:21:19:29 chr2 25384472 . G A 93.16 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0356356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.963;QD=19.6117;RBI=0.046879;REFB=-0.018896;REVB=-0.0304589;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305012;STB=0.672611;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0370387;OID=.;OPOS=25384472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:1:7:5:6:1:7 chr2 25469502 . C T 2478.52 PASS AF=0.455342;AO=257;DP=571;FAO=260;FDP=571;FR=.;FRO=311;FSAF=119;FSAR=141;FSRF=135;FSRR=176;FWDB=-0.0221578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.835;QD=17.3626;RBI=0.0251605;REFB=-0.0180894;REVB=0.0119199;RO=302;SAF=118;SAR=139;SRF=135;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119809;STB=0.512979;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0191865;OID=.;OPOS=25469502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:571:571:302:311:257:260:0.455342:139:118:135:167:141:119:135:176 chr2 25536827 . G A 1170.84 PASS AF=0.452899;AO=123;DP=268;FAO=125;FDP=276;FR=.;FRO=151;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=68;FSRR=83;FWDB=0.0190276;FXX=0.00360998;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.446;QD=16.9687;RBI=0.0192387;REFB=-0.0125512;REVB=-0.00284261;RO=144;SAF=64;SAR=59;SRF=65;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671956;STB=0.542417;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0145055;OID=.;OPOS=25536827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:276:144:151:123:125:0.452899:59:64:65:79:59:66:68:83 chr2 25602142 . G A 320.08 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00872012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2077;QD=27.241;RBI=0.00997831;REFB=-0.0634965;REVB=0.00485038;RO=19;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167109;STB=0.592409;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0439861;OID=.;OPOS=25602142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:10:18:8:11:10:18:8:11 chr2 26149968 . C T 1110.05 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.923;QD=60.0029;RBI=0.00803687;REFB=0;REVB=0.00689558;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66845e-05;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:44:28:0:0:44:30:0:0 chr2 26455127 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00295507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.771;QD=55.0977;RBI=0.0371369;REFB=0;REVB=0.0370192;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393237;OID=.;OPOS=26455127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr2 26477125 . G GACT,T 697.21 PASS AF=0.909091,0.030303;AO=55,4;DP=67;FAO=60,2;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=35,2;FSAR=25,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0132835,-0.0272193;FXX=0.0294074;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=170.459,126.232;QD=42.255;RBI=0.028275,0.0280044;REFB=-0.0313922,-0.039536;REVB=0.0249604,0.00658454;RO=8;SAF=30,4;SAR=25,0;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0493651,0.655128;STB=0.505346,0.993343;STBP=0.746,0.282;TYPE=ins,snp;VARB=0.00419177,0.0284482;OID=.,.;OPOS=26477126,26477125;OREF=-,G;OALT=ACT,T;OMAPALT=GACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:67:66:8:4:55,4:60,2:0.909091,0.030303:25,0:30,4:6:2:25,0:35,2:2:2 chr2 26502875 . T C 894.29 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0103941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5079;QD=55.0335;RBI=0.0142483;REFB=-0.0487758;REVB=-0.00974561;RO=2;SAF=24;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00731473;STB=0.503875;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00411268;OID=.;OPOS=26502875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:39:24:1:1:39:24:1:1 chr2 26505858 . A G 1654.43 PASS AF=1;AO=79;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960827;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2329;QD=59.6191;RBI=0.0313435;REFB=0;REVB=0.0298345;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527234;OID=.;OPOS=26505858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:79:111:1:44:35:0:0:63:48:0:0 chr2 26505859 . T G 180.67 PASS AF=0.233333;AO=28;DP=119;FAO=28;FDP=120;FR=.;FRO=92;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.00359665;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=98.5866;QD=6.02246;RBI=0.0312608;REFB=-0.0337073;REVB=0.0310532;RO=91;SAF=12;SAR=16;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282436;STB=0.520768;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00884651;OID=.;OPOS=26505859;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:91:92:28:28:0.233333:16:12:37:54:16:12:37:55 chr2 26512873 . A G 476.8 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0207354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1122;QD=19.4613;RBI=0.0214099;REFB=0.00833756;REVB=0.00533173;RO=50;SAF=23;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272779;STB=0.519992;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0103646;OID=.;OPOS=26512873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:51:47:47:0.479592:24:23:23:27:24:23:23:28 chr2 26512957 . G C 1142.38 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216487;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3213;QD=59.3446;RBI=0.076839;REFB=-0.0862903;REVB=-0.0737263;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.506171;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00093834;OID=.;OPOS=26512957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:0:1:76:76:0.987013:40:36:0:0:40:36:0:1 chr2 26532443 . T C 2540.52 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=169;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0430142;FXX=0.011764;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.281;QD=60.4886;RBI=0.0465609;REFB=-0.0171436;REVB=0.0178241;RO=2;SAF=100;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00242044;STB=0.501272;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=7.31771e-05;OID=.;OPOS=26532443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:168:2:2:166:166:0.988095:66:100:1:1:66:100:1:1 chr2 26534322 . G A 876.64 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0392269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.538;QD=54.7899;RBI=0.0422501;REFB=-0.0365886;REVB=0.0156947;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.502048;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00127629;OID=.;OPOS=26534322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:64:0:2:62:62:0.96875:35:27:0:0:35:27:1:1 chr2 26534647 . G A 690.79 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=132;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0181631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.582;QD=20.9331;RBI=0.0270051;REFB=-0.0302567;REVB=-0.0199844;RO=63;SAF=34;SAR=34;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118202;STB=0.560588;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0241455;OID=.;OPOS=26534647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:63:64:68:68:0.515152:34:34:23:40:34:34:24:40 chr2 26534801 . G A 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.51;QD=57.7083;RBI=0.059519;REFB=0;REVB=0.0479916;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273378;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr2 26534813 . A G 854.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00441965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2679;QD=56.0073;RBI=0.0511825;REFB=-0.01169;REVB=-0.0509913;RO=1;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011949;STB=0.506327;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000181037;OID=.;OPOS=26534813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:39:21:0:1:39:21:0:1 chr2 26534872 . C T 515.85 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0469429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.44;QD=49.1282;RBI=0.0492483;REFB=-0.0500985;REVB=0.0148916;RO=5;SAF=12;SAR=25;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114956;STB=0.561763;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0107588;OID=.;OPOS=26534872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:5:5:37:37:0.880952:25:12:4:1:25:12:4:1 chr2 26536298 . CCGG C,CG,CGGG 1387.5 PASS AF=0,0.262626,0.737374;AO=13,14,62;DP=96;FAO=0,26,73;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26,4;FSAR=0,0,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0832954,-0.225914,0.202724;FXX=0.0198;HRUN=2,2,2;LEN=3,2,1;MLLD=175.192,12.5851,37.6946;QD=56.0607;RBI=0.0874815,0.236124,0.209495;REFB=0,0,0;REVB=-0.0267374,-0.068682,0.0528314;RO=0;SAF=13,13,2;SAR=0,1,60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.016617,0.0199795;OID=.,.,.;OPOS=26536299,26536299,26536299;OREF=CGG,CG,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.262626,0.737374:13,14,62:96:0,26,73:99:0:0,26,4:0,0,69:0:0:99:0:13,13,2:0,1,60:0:0 chr2 26536694 . C T 1602.41 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324044;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.676;QD=59.9032;RBI=0.0332258;REFB=0;REVB=-0.00734193;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120826;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:106:107:1:65:41:0:0:66:41:0:0 chr2 26536727 . C T 1336.72 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0703567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.229;QD=59.4097;RBI=0.0865517;REFB=-0.147442;REVB=0.0504097;RO=3;SAF=34;SAR=53;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00381231;STB=0.509257;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00188224;OID=.;OPOS=26536727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:3:2:87:88:0.977778:53:34:1:2:53:35:0:2 chr2 26606154 . T C 319.43 PASS AF=0.357143;AO=37;DP=109;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.0178442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.452;QD=11.4082;RBI=0.0258873;REFB=-0.0117088;REVB=0.0187547;RO=72;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073333;STB=0.521858;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0177421;OID=.;OPOS=26606154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:72:72:37:40:0.357143:23:14:23:49:26:14:23:49 chr2 26607992 . T C 544.73 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0305092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8907;QD=17.293;RBI=0.0305517;REFB=-0.00971347;REVB=-0.00161135;RO=67;SAF=29;SAR=29;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12253;STB=0.56347;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0112187;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:67:68:58:58:0.460317:29:29:42:25:29:29:42:26 chr2 26613056 . C T 2000.01 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00604472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.494;QD=61.5387;RBI=0.0515296;REFB=0;REVB=-0.0511738;RO=0;SAF=55;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109764;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:130:130:0:0:129:130:1:74:55:0:0:74:56:0:0 chr2 26614583 . T TA 135.62 PASS AF=0.464567;AO=54;DP=143;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.18208;FXX=0.00781189;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.90053;QD=4.27141;RBI=0.19396;REFB=-0.0594767;REVB=-0.0668375;RO=79;SAF=19;SAR=35;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740731;STB=0.54228;STBP=0.406;TYPE=ins;VARB=0.037489;OID=.;OPOS=26614584;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464567:54:143:59:127:68:20:39:28:40:99:79:19:35:33:46 chr2 26667615 . T C 1420.75 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=103;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0285358;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.5587;QD=55.7157;RBI=0.0387807;REFB=-0.0919285;REVB=-0.0262612;RO=1;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101995;STB=0.505655;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00118539;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:102:1:3:98:99:0.970588:46:52:0:1:47:52:1:2 chr2 26673499 . G A 742.54 PASS AF=0.454023;AO=79;DP=174;FAO=79;FDP=174;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=-0.0228075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.161;QD=17.0699;RBI=0.0230607;REFB=0.00721241;REVB=0.00340771;RO=95;SAF=30;SAR=49;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210089;STB=0.511668;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00822807;OID=.;OPOS=26673499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:95:95:79:79:0.454023:49:30:38:57:49:30:38:57 chr2 26676322 . A G 2377.5 PASS AF=0.936782;AO=163;DP=175;FAO=163;FDP=174;FR=.;FRO=11;FSAF=78;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.00053638;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6427;QD=54.6551;RBI=0.00463879;REFB=-0.0650732;REVB=-0.00460767;RO=12;SAF=78;SAR=85;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625896;STB=0.530383;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0327983;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:175:174:12:11:163:163:0.936782:85:78:0:12:85:78:0:11 chr2 26676395 . G T 241.04 PASS AF=0.257353;AO=34;DP=136;FAO=35;FDP=136;FR=.;FRO=101;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0300338;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.862;QD=7.08938;RBI=0.0300408;REFB=-0.0135719;REVB=-0.000650674;RO=101;SAF=13;SAR=21;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105616;STB=0.571882;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0386791;OID=.;OPOS=26676395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:101:101:34:35:0.257353:21:13:47:54:22:13:47:54 chr2 26688662 . C T 619.5 PASS AF=0.414201;AO=70;DP=170;FAO=70;FDP=169;FR=.;FRO=99;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=0.0359417;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.521;QD=14.6626;RBI=0.0369642;REFB=-0.0141724;REVB=0.00863379;RO=98;SAF=41;SAR=29;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152956;STB=0.582816;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0250113;OID=.;OPOS=26688662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:98:99:70:70:0.414201:29:41:43:55:29:41:44:55 chr2 26693967 . C T 596.65 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0203226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.298;QD=25.3892;RBI=0.0225334;REFB=-0.00683235;REVB=-0.00973382;RO=38;SAF=35;SAR=19;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136694;STB=0.510726;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00518986;OID=.;OPOS=26693967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:40:54:54:0.574468:19:35:24:14:19:35:25:15 chr2 26699126 . C G 6566.3 PASS AF=0.985948;AO=421;DP=428;FAO=421;FDP=427;FR=.;FRO=6;FSAF=182;FSAR=239;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.007294;FXX=0.00233639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.545;QD=61.511;RBI=0.0532209;REFB=-0.139943;REVB=0.0527187;RO=2;SAF=182;SAR=239;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521588;STB=0.501417;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.000592064;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:428:427:2:6:421:421:0.985948:239:182:2:0:239:182:2:4 chr2 26699159 . C T 1876.01 PASS AF=0.496021;AO=187;DP=378;FAO=187;FDP=377;FR=.;FRO=190;FSAF=84;FSAR=103;FSRF=89;FSRR=101;FWDB=0.0234856;FXX=0.00264543;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.069;QD=19.9046;RBI=0.0248791;REFB=-0.0122828;REVB=0.00820938;RO=186;SAF=84;SAR=103;SRF=88;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219552;STB=0.509769;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0129006;OID=.;OPOS=26699159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:377:186:190:187:187:0.496021:103:84:88:98:103:84:89:101 chr2 26699822 . G A 999.37 PASS AF=0.481481;AO=94;DP=208;FAO=104;FDP=216;FR=.;FRO=112;FSAF=84;FSAR=20;FSRF=74;FSRR=38;FWDB=0.0333453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.22;QD=18.5068;RBI=0.0339914;REFB=-0.0235649;REVB=-0.00659616;RO=111;SAF=75;SAR=19;SRF=74;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174257;STB=0.606551;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.024842;OID=.;OPOS=26699822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:216:111:112:94:104:0.481481:19:75:74:37:20:84:74:38 chr2 26699855 . G C 865.34 PASS AF=0.505814;AO=82;DP=167;FAO=87;FDP=172;FR=.;FRO=85;FSAF=62;FSAR=25;FSRF=77;FSRR=8;FWDB=0.0532147;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1845;QD=20.1242;RBI=0.0540271;REFB=0.0869426;REVB=-0.00933403;RO=85;SAF=57;SAR=25;SRF=77;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258796;STB=0.62939;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0282652;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:172:85:85:82:87:0.505814:25:57:77:8:25:62:77:8 chr2 26700700 . G A 2989.48 PASS AF=0.984536;AO=191;DP=195;FAO=191;FDP=194;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0105722;FXX=0.00512794;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.266;QD=61.6389;RBI=0.0440419;REFB=-0.0443149;REVB=0.0427542;RO=2;SAF=90;SAR=101;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104633;STB=0.503031;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.000111804;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:195:194:2:3:191:191:0.984536:101:90:2:0:101:90:2:1 chr2 26702473 . C T 544.42 PASS AF=0.509091;AO=55;DP=111;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0441808;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.487;QD=19.797;RBI=0.0456171;REFB=-0.0162081;REVB=0.0113567;RO=53;SAF=27;SAR=28;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499915;STB=0.527263;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00948534;OID=.;OPOS=26702473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:53:54:55:56:0.509091:28:27:29:24:28:28:30:24 chr2 26750769 . G A 958.79 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0986741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4027;QD=57.2415;RBI=0.099642;REFB=-0.142061;REVB=0.0138546;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00283207;OID=.;OPOS=26750769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:38:28:0:0:38:28:1:0 chr2 26760592 . AG A,AA 1821.88 PASS AF=0.0330579,0.966942;AO=41,80;DP=121;FAO=4,117;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=1,47;FSAR=3,70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552182,0.0649149;FXX=0.00819605;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.201,141.774;QD=60.2273;RBI=0.0610538,0.0712066;REFB=0,0;REVB=0.0260483,0.0292649;RO=0;SAF=5,44;SAR=36,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.52432e-08,-3.28538e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0195074,0.00490079;OID=.,.;OPOS=26760593,26760593;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0330579,0.966942:41,80:121:4,117:121:0:1,47:3,70:0:0:6:0:5,44:36,36:0:0 chr2 26785525 . C G 636.1 PASS AF=0.378238;AO=72;DP=192;FAO=73;FDP=193;FR=.;FRO=120;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=69;FWDB=-0.0676743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8185;QD=13.1834;RBI=0.0740092;REFB=0.00134894;REVB=0.0299593;RO=120;SAF=34;SAR=38;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524936;STB=0.52554;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00249;OID=.;OPOS=26785525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:120:120:72:73:0.378238:38:34:51:69:39:34:51:69 chr2 26794990 . T G 618.52 PASS AF=0.446667;AO=65;DP=148;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.0116526;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.321;QD=16.4938;RBI=0.0512839;REFB=-0.00463965;REVB=0.0499426;RO=77;SAF=27;SAR=38;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525463;STB=0.526834;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00398833;OID=.;OPOS=26794990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:77:83:65:67:0.446667:38:27:28:49:38:29:32:51 chr2 26804218 . G A 5295.39 PASS AF=1;AO=326;DP=327;FAO=338;FDP=338;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027158;FXX=0.0315177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.244;QD=62.6673;RBI=0.0331737;REFB=0;REVB=0.019051;RO=0;SAF=168;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00480162;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:327:338:0:0:326:338:1:158:168:0:0:165:173:0:0 chr2 26804219 . T A 48.79 PASS AF=0.0655271;AO=22;DP=350;FAO=23;FDP=351;FR=.;FRO=328;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=168;FSRR=160;FWDB=-0.0522325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7006;QD=0.556061;RBI=0.0523225;REFB=-0.0251354;REVB=0.00306876;RO=328;SAF=10;SAR=12;SRF=168;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613287;STB=0.572143;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0475503;OID=.;OPOS=26804219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:350:351:328:328:22:23:0.0655271:12:10:168:160:13:10:168:160 chr2 26804247 . T C 1506.29 PASS AF=0.466867;AO=154;DP=333;FAO=155;FDP=332;FR=.;FRO=177;FSAF=67;FSAR=88;FSRF=97;FSRR=80;FWDB=-0.000763673;FXX=0.00300291;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1883;QD=18.148;RBI=0.0172943;REFB=-0.00342212;REVB=-0.0172775;RO=174;SAF=66;SAR=88;SRF=94;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107834;STB=0.561811;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00276984;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:332:174:177:154:155:0.466867:88:66:94:80:88:67:97:80 chr2 26951449 . G A 1518.99 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00859711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.104;QD=58.4225;RBI=0.010604;REFB=-0.110871;REVB=0.0062076;RO=1;SAF=79;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193561;STB=0.510202;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000575833;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:104:104:1:1:103:103:0.990385:24:79:0:1:24:79:0:1 chr2 27169842 . C A 1550.58 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.59;QD=59.6378;RBI=0.113202;REFB=0;REVB=0.0116267;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174243;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:53:49:0:0:54:50:0:0 chr2 27246285 . C T 1828.94 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546066;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.357;QD=61.4769;RBI=0.0562723;REFB=0;REVB=-0.0135898;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45793e-05;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:118:119:1:62:56:0:0:62:57:0:0 chr2 27261329 . A G 1516.09 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.221;QD=63.1704;RBI=0.00636203;REFB=0;REVB=-0.00558429;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26141e-06;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:96:0:0:87:96:1:50:37:0:0:54:42:0:0 chr2 27279013 . A G 395.3 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0753144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5376;QD=17.5689;RBI=0.0757657;REFB=-0.00511464;REVB=-0.00825715;RO=49;SAF=10;SAR=31;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343925;STB=0.693657;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00462865;OID=.;OPOS=27279013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:31:10:28:21:31:10:28:21 chr2 27290525 . A G 2616.18 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4252;QD=61.5572;RBI=0.0104935;REFB=0;REVB=-0.00421803;RO=0;SAF=99;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04154e-06;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:169:170:1:70:99:0:0:71:99:0:0 chr2 27303755 . A G 2292.86 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012781;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.902;QD=61.1429;RBI=0.0263537;REFB=0;REVB=0.023047;RO=0;SAF=66;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41492e-05;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:148:150:1:82:66:0:0:82:68:0:0 chr2 27305785 . TGGGGGGGC TGGGGGGC,TGGGGGGCG,TTGGGGGGC 61.29 PASS AF=0.215517,0.0431034,0.0172414;AO=29,13,8;DP=124;FAO=25,5,2;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=14,5,0;FSAR=11,0,2;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.115407,-0.151385,0.0838452;FXX=0.0333306;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=6.53306,131.33,23.2283;QD=2.11354;RBI=0.121761,0.152235,0.0989887;REFB=-0.179901,-0.00989786,-0.0844114;REVB=-0.038822,-0.0160605,0.0526189;RO=55;SAF=9,13,6;SAR=20,0,2;SRF=26;SRR=29;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.194745,0.744185,0.333808;STB=0.50965,0.997716,0.995387;STBP=0.931,0.026,0.119;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.182253,0.0956502,0.14601;OID=.,.,.;OPOS=27305786,27305792,27305786;OREF=G,GC,G;OALT=-,CG,T;OMAPALT=TGGGGGGC,TGGGGGGCG,TTGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215517,0.0431034,0.0172414:29,13,8:124:25,5,2:116:84:14,5,0:11,0,2:46:38:43:55:9,13,6:20,0,2:26:29 chr2 27315252 . G A 711.26 PASS AF=0.460606;AO=76;DP=165;FAO=76;FDP=165;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.0145888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.102;QD=17.2428;RBI=0.024134;REFB=-0.0159785;REVB=-0.0192255;RO=88;SAF=41;SAR=35;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711981;STB=0.536451;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0185246;OID=.;OPOS=27315252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:88:89:76:76:0.460606:35:41:41:47:35:41:42:47 chr2 27323385 . C T 349.92 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0174575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.673;QD=13.5892;RBI=0.0451262;REFB=-0.0205718;REVB=-0.0416126;RO=62;SAF=19;SAR=22;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298984;STB=0.516937;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0304453;OID=.;OPOS=27323385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:22:19:27:35:22:19:27:35 chr2 27324036 . G A 527.13 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00730177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.949;QD=17.7188;RBI=0.0278885;REFB=-0.00972748;REVB=0.0269156;RO=61;SAF=26;SAR=30;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360681;STB=0.527549;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00978753;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:63:56:56:0.470588:30:26:26:35:30:26:26:37 chr2 27324724 . G C 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00355805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.215;QD=23.4331;RBI=0.0205888;REFB=-0.00428233;REVB=-0.020279;RO=20;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218623;STB=0.512185;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00439663;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:15:9:7:13:15:9:7:13 chr2 27324751 . G T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00673704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.891;QD=15.2621;RBI=0.0558375;REFB=-0.0027565;REVB=-0.0554296;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135257;STB=0.578821;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00678232;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:7:9:9:4:7:9 chr2 27351948 . T G 1547.38 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.475;QD=63.8094;RBI=0.0343645;REFB=0;REVB=0.0204964;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117884;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:44:53:0:0:44:53:0:0 chr2 27353507 . G C 927.99 PASS AF=0.52907;AO=91;DP=172;FAO=91;FDP=172;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.0238298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.025;QD=21.581;RBI=0.0293117;REFB=-0.0251724;REVB=-0.017068;RO=81;SAF=45;SAR=46;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116238;STB=0.563539;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0198349;OID=.;OPOS=27353507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:81:81:91:91:0.52907:46:45:51:30:46:45:51:30 chr2 27353608 . G A 649.72 PASS AF=0.585859;AO=56;DP=97;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0158337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.766;QD=26.2513;RBI=0.0208706;REFB=0.00673048;REVB=-0.0135969;RO=41;SAF=23;SAR=33;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00312891;STB=0.506935;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00494332;OID=.;OPOS=27353608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:41:41:56:58:0.585859:33:23:17:24:33:25:17:24 chr2 27355991 . G T 199.05 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0157829;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6387;QD=13.2698;RBI=0.0423115;REFB=0.00107417;REVB=-0.0392576;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173543;STB=0.599365;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00362471;OID=.;OPOS=27355991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:36:24:24:0.4:10:14:15:21:10:14:15:21 chr2 27361246 . C T 591.45 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.000152972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.766;QD=18.7763;RBI=0.018943;REFB=-0.0167009;REVB=-0.0189424;RO=64;SAF=30;SAR=31;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648474;STB=0.531517;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0181881;OID=.;OPOS=27361246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:64:65:61:61:0.484127:31:30:27:37:31:30:28:37 chr2 27424636 . G A 2647.13 PASS AF=0.946524;AO=177;DP=187;FAO=177;FDP=187;FR=.;FRO=10;FSAF=82;FSAR=95;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.127478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5408;QD=56.623;RBI=0.132229;REFB=-0.100052;REVB=0.0351256;RO=10;SAF=82;SAR=95;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167022;STB=0.508789;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0191594;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:187:187:10:10:177:177:0.946524:95:82:3:7:95:82:3:7 chr2 27428295 . A G 2854.74 PASS AF=0.984127;AO=178;DP=182;FAO=186;FDP=189;FR=.;FRO=3;FSAF=103;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00247862;FXX=0.0104707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8143;QD=60.4178;RBI=0.0128769;REFB=-0.0217841;REVB=-0.0126361;RO=3;SAF=95;SAR=83;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168923;STB=0.508875;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00222905;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:182:189:3:3:178:186:0.984127:83:95:0:3:83:103:0:3 chr2 27435250 . A G 4868.37 PASS AF=1;AO=305;DP=307;FAO=313;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134939;FXX=0.00949337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.823;QD=62.2156;RBI=0.0298662;REFB=0;REVB=0.0298357;RO=0;SAF=166;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208448;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:307:313:0:0:305:313:1:139:166:0:0:146:167:0:0 chr2 27440784 . C CT 1189.06 PASS AF=1;AO=27;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00903197;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=129.292;QD=44.0392;RBI=0.0283119;REFB=0;REVB=0.0268326;RO=81;SAF=3;SAR=24;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00838479;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:108:108:108:0:39:69:0:0:8:81:3:24:36:45 chr2 27440785 . C T 1004.82 PASS AF=0.768519;AO=67;DP=108;FAO=83;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.0274155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.567;QD=37.2156;RBI=0.0821256;REFB=-0.180889;REVB=0.0774145;RO=27;SAF=36;SAR=31;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225373;STB=0.575382;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00793589;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:27:25:67:83:0.768519:31:36:3:24:47:36:3:22 chr2 27446557 . C T 445.42 PASS AF=0.46;AO=42;DP=96;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00779343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.116;QD=17.8168;RBI=0.00959955;REFB=-0.033531;REVB=-0.00560481;RO=54;SAF=23;SAR=19;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268276;STB=0.507152;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0364901;OID=.;OPOS=27446557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:54:54:42:46:0.46:19:23:31:23:19:27:31:23 chr2 27477476 . G A 445.69 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00809141;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.69;QD=20.2585;RBI=0.00876779;REFB=-0.0259824;REVB=0.00337685;RO=43;SAF=20;SAR=24;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174074;STB=0.590124;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0233792;OID=.;OPOS=27477476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:43:44:44:44:0.5:24:20:28:15:24:20:28:16 chr2 27789873 . G A 359.96 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0801639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8363;QD=22.8548;RBI=0.0839525;REFB=-0.00803927;REVB=-0.0249353;RO=27;SAF=19;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934321;STB=0.551423;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00538498;OID=.;OPOS=27789873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:17:19:11:16:17:19:11:16 chr2 27801403 . C G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3178;QD=63.2848;RBI=0.0596026;REFB=0;REVB=-0.0457648;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.11896e-05;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr2 27801418 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.921;QD=62.6711;RBI=0.0389081;REFB=0;REVB=0.038786;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76854e-05;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr2 27801493 . T C 527.18 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000347445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0457;QD=56.9921;RBI=0.0248618;REFB=-0.183653;REVB=0.0248593;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.512188;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00464998;OID=.;OPOS=27801493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:20:16:0:0:20:16:0:1 chr2 27801759 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.495;QD=50.1337;RBI=0.0309125;REFB=0.00863512;REVB=-0.00353825;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00158041;OID=.;OPOS=27801759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:15:9:0:0:15:9:1:0 chr2 27804430 . GTT GT,GTC 109.61 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=2,8;DP=11;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0585868,-0.046843;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.8713,39.5211;QD=39.8592;RBI=0.0598333,0.117773;REFB=0,0;REVB=-0.01215,0.108056;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0337747,0.0088613;OID=.,.;OPOS=27804431,27804432;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181818,0.818182:2,8:11:2,9:11:0:2,7:0,2:0:0:9:0:2,6:0,2:0:0 chr2 27838058 . C A 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.598;QD=64.2841;RBI=0.0340251;REFB=0;REVB=0.0063335;RO=0;SAF=35;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98063e-05;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:65:35:0:0:65:35:0:0 chr2 27851918 . G A 632.06 PASS AF=0.454545;AO=69;DP=154;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=54;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=23;FWDB=0.09565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8483;QD=16.4171;RBI=0.106594;REFB=-0.0142652;REVB=0.047047;RO=85;SAF=53;SAR=16;SRF=62;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520367;STB=0.533695;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0207094;OID=.;OPOS=27851918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:85:84:69:70:0.454545:16:53:62:23:16:54:61:23 chr2 27930837 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00345787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.048;QD=13.486;RBI=0.0127117;REFB=-0.0278671;REVB=-0.0122323;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195767;STB=0.620415;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0319648;OID=.;OPOS=27930837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:11:9:9:0.45:6:3:5:4:6:3:6:5 chr2 28635740 . T C 746.15 PASS AF=0.417526;AO=80;DP=195;FAO=81;FDP=194;FR=.;FRO=113;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.0316672;FXX=0.00512794;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1764;QD=15.3845;RBI=0.0316819;REFB=-0.0182189;REVB=0.000966639;RO=114;SAF=26;SAR=54;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174667;STB=0.607625;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0233979;OID=.;OPOS=28635740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:114:113:80:81:0.417526:54:26:55:59:55:26:56:57 chr2 28761981 . G C 411.59 PASS AF=0.35;AO=49;DP=141;FAO=49;FDP=140;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.00381541;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.589;QD=11.7597;RBI=0.0100074;REFB=-0.00840704;REVB=-0.00925151;RO=83;SAF=22;SAR=27;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00356773;STB=0.527989;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00997618;OID=.;OPOS=28761981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:83:91:49:49:0.35:27:22:37:46:27:22:37:54 chr2 28789643 . T C 1280.83 PASS AF=0.466431;AO=132;DP=283;FAO=132;FDP=283;FR=.;FRO=151;FSAF=53;FSAR=79;FSRF=74;FSRR=77;FWDB=-0.00470246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.242;QD=18.1036;RBI=0.00649623;REFB=-0.0140726;REVB=0.00448195;RO=145;SAF=53;SAR=79;SRF=68;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656834;STB=0.548214;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.014051;OID=.;OPOS=28789643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:145:151:132:132:0.466431:79:53:68:77:79:53:74:77 chr2 28814033 . A G 1214.12 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00236667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1332;QD=59.9565;RBI=0.0710267;REFB=-0.133048;REVB=-0.0709873;RO=1;SAF=38;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122965;STB=0.506492;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00226094;OID=.;OPOS=28814033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:81:1:1:80:80:0.987654:42:38:1:0:42:38:1:0 chr2 28814548 . A T 1573.97 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.372;QD=59.9607;RBI=0.0146403;REFB=0;REVB=-0.00248917;RO=0;SAF=30;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52938e-06;OID=.;OPOS=28814548;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:101:105:1:71:30:0:0:72:33:0:0 chr2 28824793 . C G 524.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854682;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.351;QD=59.9426;RBI=0.0217306;REFB=0;REVB=0.0199793;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636362;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:36:35:1:19:17:0:0:19:16:0:0 chr2 28854958 . C T 3117.97 PASS AF=1;AO=203;DP=205;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119678;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.944;QD=61.4378;RBI=0.0201946;REFB=-0.0383482;REVB=-0.0162664;RO=1;SAF=93;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043107;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31156e-05;OID=.;OPOS=28854958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:203:1:0:203:203:1:110:93:0:1:110:93:0:0 chr2 28865760 . T C 3793.25 PASS AF=0.99177;AO=238;DP=241;FAO=241;FDP=243;FR=.;FRO=2;FSAF=139;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0126601;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.798;QD=62.4403;RBI=0.0410528;REFB=-0.0771573;REVB=0.039052;RO=2;SAF=137;SAR=101;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690639;STB=0.503571;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000839322;OID=.;OPOS=28865760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:241:243:2:2:238:241:0.99177:101:137:2:0:102:139:2:0 chr2 29001691 . A G 1084.29 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4862;QD=58.6101;RBI=0.0140382;REFB=0.125195;REVB=0.00880757;RO=1;SAF=38;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122856;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00200398;OID=.;OPOS=29001691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:35:38:1:0:35:38:1:0 chr2 29022959 . T C 1748.2 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6841;QD=60.8071;RBI=0.0642335;REFB=0;REVB=-0.0220568;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133357;OID=.;OPOS=29022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:60:55:0:0:60:55:0:0 chr2 29222070 . G A 374.75 PASS AF=0.493506;AO=35;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0092349;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.731;QD=19.4676;RBI=0.00948596;REFB=-0.0359159;REVB=-0.00216798;RO=29;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133404;STB=0.610334;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0369337;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:29:39:35:38:0.493506:19:16:18:11:19:19:28:11 chr2 29226498 . G A 302.82 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0238843;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2744;QD=19.2266;RBI=0.0240567;REFB=-0.0163206;REVB=0.00287465;RO=28;SAF=9;SAR=23;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173297;STB=0.626961;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00440904;OID=.;OPOS=29226498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:31:32:32:0.507937:23:9:13:15:23:9:16:15 chr2 29226512 . A G 255.67 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0579583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.055;QD=17.9421;RBI=0.0594554;REFB=-0.00445427;REVB=-0.0132579;RO=28;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137696;STB=0.570207;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00404662;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:19:9:13:15:19:9:13:16 chr2 29246044 . T C 1084.98 PASS AF=0.443182;AO=117;DP=264;FAO=117;FDP=264;FR=.;FRO=147;FSAF=43;FSAR=74;FSRF=79;FSRR=68;FWDB=-0.0274104;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.806;QD=16.4391;RBI=0.0287018;REFB=-0.0212854;REVB=0.00851255;RO=147;SAF=43;SAR=74;SRF=79;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173757;STB=0.596521;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0204393;OID=.;OPOS=29246044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:147:147:117:117:0.443182:74:43:79:68:74:43:79:68 chr2 29268375 . A C 1939.18 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00926344;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.066;QD=60.1296;RBI=0.0140395;REFB=-0.0982554;REVB=0.0105497;RO=0;SAF=31;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53304e-08;STB=0.505154;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-7.11059e-05;OID=.;OPOS=29268375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:129:0:2:127:127:0.984496:96:31:0:0:96:31:0:2 chr2 29274704 . C T 3114.66 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464672;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.427;QD=61.3726;RBI=0.0136303;REFB=-0.0343629;REVB=0.0128138;RO=0;SAF=99;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85104e-06;OID=.;OPOS=29274704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:204:203:0:0:203:203:1:104:99:0:0:104:99:0:0 chr2 29274720 . A G 3323.86 PASS AF=1;AO=214;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303196;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6103;QD=61.8392;RBI=0.0406316;REFB=0;REVB=-0.0270491;RO=1;SAF=99;SAR=115;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478808;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106111;OID=.;OPOS=29274720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:216:215:1:0:214:215:1:115:99:1:0:115:100:0:0 chr2 29286509 . T C 788.68 PASS AF=0.448649;AO=82;DP=184;FAO=83;FDP=185;FR=.;FRO=102;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0501166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8111;QD=17.0525;RBI=0.0599481;REFB=0.00426534;REVB=-0.0328953;RO=102;SAF=46;SAR=36;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903405;STB=0.552928;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00449457;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:102:102:82:83:0.448649:36:46:48:54:36:47:48:54 chr2 29287926 . C CGCT 587.12 PASS AF=0.462121;AO=59;DP=154;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.00497207;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250.321;QD=17.7915;RBI=0.00514908;REFB=-0.0480295;REVB=-0.00133849;RO=93;SAF=30;SAR=29;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031586;STB=0.527497;STBP=0.546;TYPE=ins;VARB=0.0525669;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462121:59:154:61:132:71:33:28:42:29:99:93:30:29:50:43 chr2 29295016 . A G 950.3 PASS AF=0.487562;AO=98;DP=203;FAO=98;FDP=201;FR=.;FRO=103;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=0.0285414;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.2;QD=18.9115;RBI=0.0296803;REFB=-0.0100053;REVB=-0.00814303;RO=102;SAF=49;SAR=49;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00908171;STB=0.507461;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00504446;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:201:102:103:98:98:0.487562:49:49:52:50:49:49:53:50 chr2 29295389 . G A 225.98 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0160445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2123;QD=20.5438;RBI=0.0252178;REFB=-0.0143412;REVB=0.0194554;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00778993;OID=.;OPOS=29295389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:10:12:12:10:10:12 chr2 29295676 . G A 442.68 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.00890349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8059;QD=16.245;RBI=0.0224274;REFB=0.00175434;REVB=0.0205844;RO=58;SAF=16;SAR=33;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273073;STB=0.661181;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00206569;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:60:49:49:0.449541:33:16:35:23:33:16:37:23 chr2 29295866 . T C 325.72 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0131661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3274;QD=17.3717;RBI=0.0174336;REFB=-0.00650663;REVB=-0.0114274;RO=39;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176648;STB=0.515616;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00549915;OID=.;OPOS=29295866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:40:35:35:0.466667:15:20:23:16:15:20:24:16 chr2 29356669 . A G 1088.12 PASS AF=0.551351;AO=102;DP=185;FAO=102;FDP=185;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0142421;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.211;QD=23.527;RBI=0.0196719;REFB=-0.00247055;REVB=0.01357;RO=82;SAF=40;SAR=62;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191829;STB=0.513809;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0015699;OID=.;OPOS=29356669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:82:83:102:102:0.551351:62:40:34:48:62:40:35:48 chr2 29416025 . C CATTG 2979.57 PASS AF=0.916667;AO=183;DP=234;FAO=209;FDP=228;FR=.;FRO=19;FSAF=101;FSAR=108;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0151521;FXX=0.0214583;HRUN=1;LEN=4;MLLD=272.787;QD=52.2732;RBI=0.016759;REFB=-0.0180609;REVB=-0.00716092;RO=20;SAF=78;SAR=105;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330036;STB=0.507978;STBP=0.43;TYPE=ins;VARB=0.000224547;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:183:234:209:228:19:101:108:11:8:54:20:78:105:12:8 chr2 29416366 . G C 2584.68 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4773;QD=61.9085;RBI=0.0413718;REFB=0;REVB=-0.0293006;RO=0;SAF=80;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06912e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130537;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:166:167:1:86:80:0:0:86:81:0:0 chr2 29416481 . T C 4492.25 PASS AF=1;AO=271;DP=274;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0843824;FXX=0.00692018;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3203;QD=62.6098;RBI=0.0886015;REFB=0.0238546;REVB=0.0270153;RO=3;SAF=128;SAR=143;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0040683;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115472;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:274:287:3:0:271:287:1:143:128:2:1:146:141:0:0 chr2 29416572 . T C 1619.33 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.133;QD=59.9751;RBI=0.0661485;REFB=0;REVB=0.0660114;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173437;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:53:53:0:0:55:53:0:0 chr2 29430942 . GTC G 1597.57 PASS AF=1;AO=103;DP=112;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709124;FXX=0.0446389;HRUN=1;LEN=2;MLLD=295.686;QD=59.7222;RBI=0.00804981;REFB=0;REVB=0.00380969;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.65178e-05;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:103:112:107:107:0:43:64:0:0:9:0:42:61:0:0 chr2 29444076 . G T 2222.98 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367846;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.841;QD=63.5138;RBI=0.0367924;REFB=0;REVB=-0.00075889;RO=0;SAF=53;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40292e-06;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:86:53:0:0:86:54:0:0 chr2 29444095 . C T 1661.41 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00149884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.572;QD=59.336;RBI=0.00442543;REFB=-0.0036196;REVB=-0.00416389;RO=1;SAF=44;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703386;STB=0.503703;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-6.34861e-06;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:67:44:0:1:67:44:0:1 chr2 29445458 . G T 1173.88 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.764;QD=60.9807;RBI=0.0727944;REFB=0;REVB=0.0331521;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327317;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:74:77:1:42:32:0:0:45:32:0:0 chr2 29474027 . G A 947.2 PASS AF=0.446903;AO=101;DP=226;FAO=101;FDP=226;FR=.;FRO=125;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=55;FSRR=70;FWDB=-0.0122892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.611;QD=16.7647;RBI=0.0123706;REFB=-0.0165038;REVB=-0.00141663;RO=124;SAF=48;SAR=53;SRF=55;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316362;STB=0.519577;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0205111;OID=.;OPOS=29474027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:124:125:101:101:0.446903:53:48:55:69:53:48:55:70 chr2 29543663 . T C 4575.63 PASS AF=0.986441;AO=291;DP=295;FAO=291;FDP=295;FR=.;FRO=4;FSAF=142;FSAR=149;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.012585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.758;QD=62.0424;RBI=0.0493418;REFB=0.0078957;REVB=-0.0477098;RO=4;SAF=142;SAR=149;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000311118;STB=0.500163;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.000236874;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:295:295:4:4:291:291:0.986441:149:142:2:2:149:142:2:2 chr2 29903931 . T A 402.82 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0271564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0617;QD=19.182;RBI=0.084466;REFB=-0.0195623;REVB=0.0799815;RO=42;SAF=24;SAR=17;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18508;STB=0.608243;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0183093;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:43:41:41:0.488095:17:24:16:26:17:24:16:27 chr2 29940529 . A T 308.49 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0125469;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.56;QD=15.6197;RBI=0.0222863;REFB=-0.011834;REVB=-0.0184188;RO=42;SAF=11;SAR=23;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432446;STB=0.508122;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0151917;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:45:34:34:0.43038:23:11:12:30:23:11:14:31 chr2 30143499 . G C 95.36 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00310639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.136;QD=34.6769;RBI=0.0210543;REFB=-0.112892;REVB=0.0208239;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00268922;OID=.;OPOS=30143499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:9:1:0:0:9:1:0:1 chr2 30381505 . T C 665.42 PASS AF=0.455696;AO=72;DP=158;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0200508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0869;QD=16.846;RBI=0.0353086;REFB=0.020038;REVB=0.0290631;RO=86;SAF=38;SAR=34;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272518;STB=0.515137;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0236827;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:86:86:72:72:0.455696:34:38:43:43:34:38:43:43 chr2 30482682 . CTTTTTTTTTTTTTC CTTCTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTCT,TCTTTTTTTTTTTTC 297.82 PASS AF=0.160714,0,0.821429,0,0,0.0178571;AO=3,12,7,13,4,3;DP=63;FAO=9,0,46,0,0,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,41,0,0,1;FSAR=9,0,5,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0068051,0.0464113,0.0818707,0.0433644,-0.0504224,0.0611417;FXX=0.0967586;HRUN=13,13,13,13,13,1;LEN=1,3,2,1,2,2;MLLD=229.621,9.1073,7.94875,3.25183,47.056,25.1571;QD=21.2727;RBI=0.0490674,0.06285,0.096388,0.15125,0.0662223,0.22043;REFB=-0.0358861,-0.12054,-0.127231,-0.0773022,-0.0692494,-0.0522706;REVB=-0.0485932,-0.0423806,-0.0508707,-0.144901,-0.0429299,-0.211781;RO=2;SAF=0,12,7,12,4,0;SAR=3,0,0,1,0,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.74993,0,0,-0.0698093,0,-0.74993;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,mnp,mnp;VARB=-0.000906662,-0.202544,0.106967,-0.0139453,-0.305295,0.0629483;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=30482685,30482683,30482683,30482683,30482695,30482682;OREF=T,TTT,TT,T,TC,CT;OALT=C,-,-,-,CT,TC;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTCT,TCTTTTTTTTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:47:63:56:2:0:3,12,7,13,4,3:9,0,46,0,0,1:0.160714,0,0.821429,0,0,0.0178571:3,0,0,1,0,3:0,12,7,12,4,0:2:0:9,0,5,0,0,0:0,0,41,0,0,1:0:0 chr2 30864768 . T C 109.9 PASS AF=0.371429;AO=14;DP=26;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0380944;FXX=0.0277701;HRUN=11;LEN=1;MLLD=101.36;QD=12.5599;RBI=0.0588723;REFB=-0.019331;REVB=-0.0448861;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12611;STB=0.544956;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0028237;OID=.;OPOS=30864768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:35:10:22:14:13:0.371429:6:8:4:6:5:8:15:7 chr2 30980940 . C T 1362.69 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.699;QD=59.8984;RBI=0.0380407;REFB=-0.0621963;REVB=0.0280178;RO=2;SAF=40;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212668;STB=0.505049;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000390893;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:91:2:1:89:90:0.989011:49:40:1:1:49:41:0:1 chr2 31178818 . C T 395.87 PASS AF=0.40708;AO=45;DP=112;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00115254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.571;QD=14.0131;RBI=0.00928923;REFB=-0.00349965;REVB=0.00921745;RO=65;SAF=10;SAR=35;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351027;STB=0.685896;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00392138;OID=.;OPOS=31178818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:65:67:45:46:0.40708:35:10:34:31:35:11:35:32 chr2 31399988 . C T 714.35 PASS AF=0.466258;AO=76;DP=163;FAO=76;FDP=163;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0151739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.808;QD=17.5302;RBI=0.0282503;REFB=-0.0297938;REVB=0.0238292;RO=85;SAF=31;SAR=45;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383418;STB=0.515862;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0297541;OID=.;OPOS=31399988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:85:87:76:76:0.466258:45:31:38:47:45:31:38:49 chr2 31410651 . A AT 94.2 PASS AF=0.454545;AO=8;DP=79;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.122892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.1867;QD=4.89357;RBI=0.155885;REFB=-0.0656674;REVB=-0.095904;RO=71;SAF=0;SAR=8;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.557584;STB=0.558585;STBP=0.455;TYPE=ins;VARB=0.0244173;OID=.;OPOS=31410652;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:8:79:35:77:42:8:27:13:29:94:71:0:8:22:49 chr2 31410653 . C T 295.33 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0750144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1392;QD=15.3419;RBI=0.0779125;REFB=-0.0161209;REVB=0.0210524;RO=44;SAF=8;SAR=25;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697103;STB=0.539544;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0199615;OID=.;OPOS=31410653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:25:8:13:31:25:8:13:31 chr2 31411184 . C A 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.000543804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.23;QD=6.31767;RBI=0.0137458;REFB=-0.00984528;REVB=0.0137351;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350776;STB=0.71373;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0124519;OID=.;OPOS=31411184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:24:25:8:8:0.242424:2:6:11:13:2:6:12:13 chr2 31411242 . C A 96.93 PASS AF=0.324324;AO=10;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0139566;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.399;QD=10.4785;RBI=0.0156567;REFB=-0.0195868;REVB=-0.00709554;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26155;STB=0.695309;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0358685;OID=.;OPOS=31411242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:36:37:25:25:10:12:0.324324:3:7:12:13:3:9:12:13 chr2 31414223 . G A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00564089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.659;QD=11.6673;RBI=0.0387369;REFB=-0.00319678;REVB=-0.038324;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421631;STB=0.524964;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00519741;OID=.;OPOS=31414223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:12:14:7:7:12:14 chr2 31414807 . C G 2496.47 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00490577;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.471;QD=61.6413;RBI=0.0169156;REFB=0;REVB=-0.0161886;RO=0;SAF=88;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39271e-07;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:162:0:0:162:162:1:74:88:0:0:74:88:0:0 chr2 31423443 . G A 1282.59 PASS AF=0.452381;AO=133;DP=294;FAO=133;FDP=294;FR=.;FRO=161;FSAF=50;FSAR=83;FSRF=87;FSRR=74;FWDB=-0.0212624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.46;QD=17.4501;RBI=0.0233823;REFB=-0.0188906;REVB=-0.00972848;RO=161;SAF=50;SAR=83;SRF=87;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165332;STB=0.591579;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0236266;OID=.;OPOS=31423443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:161:161:133:133:0.452381:83:50:87:74:83:50:87:74 chr2 31451224 . G C 886.49 PASS AF=0.418803;AO=97;DP=233;FAO=98;FDP=234;FR=.;FRO=136;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=60;FSRR=76;FWDB=0.0591362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3119;QD=15.1537;RBI=0.0627005;REFB=-0.00348127;REVB=0.020839;RO=135;SAF=39;SAR=58;SRF=59;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375513;STB=0.519709;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00411527;OID=.;OPOS=31451224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:135:136:97:98:0.418803:58:39:59:76:58:40:60:76 chr2 31490716 . C G 2599.44 PASS AF=0.994152;AO=166;DP=168;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0542531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1234;QD=60.8057;RBI=0.0542552;REFB=-0.0468678;REVB=-0.000482056;RO=1;SAF=73;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647449;STB=0.503311;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000689528;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:171:1:1:166:170:0.994152:93:73:1:0:95:75:1:0 chr2 31569711 . TA T 730.05 PASS AF=0.470817;AO=111;DP=258;FAO=121;FDP=257;FR=.;FRO=136;FSAF=35;FSAR=86;FSRF=58;FSRR=78;FWDB=-0.0559903;FXX=0.0301875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.4873;QD=11.3626;RBI=0.0564415;REFB=-0.00618346;REVB=0.00712251;RO=130;SAF=28;SAR=83;SRF=52;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171844;STB=0.582167;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.00867313;OID=.;OPOS=31569712;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470817:111:258:121:257:136:35:86:58:78:99:130:28:83:52:78 chr2 31571786 . A G 1104.44 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593693;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.185;QD=60.5171;RBI=0.00975105;REFB=0;REVB=-0.00773536;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649503;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr2 31589847 . G A 509.97 PASS AF=0.38961;AO=60;DP=154;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=64;FWDB=0.00339266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.994;QD=13.246;RBI=0.00440835;REFB=0.00577377;REVB=0.00281485;RO=94;SAF=28;SAR=32;SRF=30;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162842;STB=0.59152;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00588797;OID=.;OPOS=31589847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:94:94:60:60:0.38961:32:28:30:64:32:28:30:64 chr2 31590917 . T C 1191.68 PASS AF=0.49789;AO=118;DP=237;FAO=118;FDP=237;FR=.;FRO=119;FSAF=44;FSAR=74;FSRF=49;FSRR=70;FWDB=0.0497098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.088;QD=20.1128;RBI=0.0501472;REFB=-0.0061628;REVB=-0.00660856;RO=119;SAF=44;SAR=74;SRF=49;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375822;STB=0.52065;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00480043;OID=.;OPOS=31590917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:119:119:118:118:0.49789:74:44:49:70:74:44:49:70 chr2 31591494 . C T 1007.76 PASS AF=0.419476;AO=109;DP=264;FAO=112;FDP=267;FR=.;FRO=155;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=81;FSRR=74;FWDB=-0.0063567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.391;QD=15.0976;RBI=0.0122132;REFB=-0.00720506;REVB=-0.0104286;RO=155;SAF=50;SAR=59;SRF=81;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671386;STB=0.544289;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0114874;OID=.;OPOS=31591494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:267:155:155:109:112:0.419476:59:50:81:74:62:50:81:74 chr2 31591517 . C T 858.81 PASS AF=0.435185;AO=94;DP=216;FAO=94;FDP=216;FR=.;FRO=122;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=0.0979949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0805;QD=15.904;RBI=0.101423;REFB=0.00418592;REVB=0.0261464;RO=122;SAF=41;SAR=53;SRF=65;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982576;STB=0.554688;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00403677;OID=.;OPOS=31591517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:122:122:94:94:0.435185:53:41:65:57:53:41:65:57 chr2 31593265 . T C 622.23 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.00599565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.878;QD=18.1674;RBI=0.0071756;REFB=-0.0121048;REVB=0.00394227;RO=73;SAF=18;SAR=46;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297338;STB=0.665648;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.01706;OID=.;OPOS=31593265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:73:64:64:0.467153:46:18:42:31:46:18:42:31 chr2 31805706 . G C 408.86 PASS AF=0.401639;AO=48;DP=113;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0438392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.72;QD=13.4053;RBI=0.0458387;REFB=-0.0389357;REVB=0.0133906;RO=65;SAF=24;SAR=24;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00787368;STB=0.522604;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.041294;OID=.;OPOS=31805706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:122:65:73:48:49:0.401639:24:24:32:33:24:25:40:33 chr2 31805880 . A AG 1736.63 PASS AF=1;AO=160;DP=190;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.217972;FXX=0.010869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.0624;QD=38.1677;RBI=0.219181;REFB=0;REVB=0.0229867;RO=25;SAF=83;SAR=77;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00252254;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:160:190:182:182:0:98:84:0:0:34:25:83:77:22:3 chr2 32342508 . A T 8078.06 PASS AF=1;AO=513;DP=516;FAO=514;FDP=514;FR=.;FRO=0;FSAF=272;FSAR=242;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493423;FXX=0.00772186;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0391;QD=62.8643;RBI=0.0745279;REFB=-0.0902133;REVB=0.0558547;RO=3;SAF=272;SAR=241;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205102;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:516:514:3:0:513:514:1:241:272:1:2:242:272:0:0 chr2 32475109 . G A 830.45 PASS AF=0.562044;AO=77;DP=138;FAO=77;FDP=137;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0120074;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.521;QD=24.2467;RBI=0.0136527;REFB=-0.0198823;REVB=-0.00649749;RO=58;SAF=37;SAR=40;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0017672;STB=0.506077;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0158509;OID=.;OPOS=32475109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:58:60:77:77:0.562044:40:37:28:30:40:37:28:32 chr2 32526459 . T C 665.16 PASS AF=0.482014;AO=66;DP=138;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=0.0115414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.336;QD=19.1412;RBI=0.0655283;REFB=-0.0149312;REVB=0.0645039;RO=72;SAF=40;SAR=26;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326673;STB=0.514789;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0179275;OID=.;OPOS=32526459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:72:72:66:67:0.482014:26:40:46:26:26:41:46:26 chr2 32667182 . G C 1886.94 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0313455;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.568;QD=60.8689;RBI=0.0363187;REFB=0.0118758;REVB=0.0183442;RO=1;SAF=48;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979446;STB=0.505154;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=3.16064e-05;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:124:1:1:123:123:0.991935:75:48:1:0:75:48:1:0 chr2 32843295 . A T 206.85 PASS AF=0.619048;AO=10;DP=28;FAO=13;FDP=21;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0500423;FXX=0.275767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.86;QD=39.399;RBI=0.0737418;REFB=-0.0646622;REVB=0.0541629;RO=3;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163937;STB=0.644918;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0549073;OID=.;OPOS=32843295;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:28:21:3:4:10:13:0.619048:3:7:1:2:3:10:1:3 chr2 32855615 . A G 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8583;QD=60.5463;RBI=0.0492571;REFB=0;REVB=0.00319197;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302752;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr2 32961858 . A G 1098.29 PASS AF=0.506912;AO=110;DP=218;FAO=110;FDP=217;FR=.;FRO=107;FSAF=34;FSAR=76;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=-0.0321026;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.607;QD=20.245;RBI=0.0344386;REFB=-0.0123634;REVB=0.0124676;RO=107;SAF=34;SAR=76;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213481;STB=0.617478;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00710607;OID=.;OPOS=32961858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:107:107:110:110:0.506912:76:34:57:50:76:34:57:50 chr2 33005110 . A G 467.34 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0131144;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.126;QD=15.3226;RBI=0.0144876;REFB=0.0240188;REVB=-0.00615656;RO=68;SAF=13;SAR=39;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253032;STB=0.6448;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0308224;OID=.;OPOS=33005110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:68:70:52:52:0.42623:39:13:32:36:39:13:33:37 chr2 33585796 . T C 4441.9 PASS AF=1;AO=277;DP=283;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440689;FXX=0.0140346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0561;QD=63.2299;RBI=0.0416403;REFB=0;REVB=0.0414065;RO=0;SAF=146;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.44016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739113;OID=.;OPOS=33585796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:283:281:0:0:277:281:1:131:146:0:0:132:149:0:0 chr2 33764286 . T C 3393.06 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314639;FXX=0.009132;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6069;QD=62.5449;RBI=0.0320034;REFB=0;REVB=-0.00585128;RO=0;SAF=98;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170619;OID=.;OPOS=33764286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:217:0:0:217:217:1:119:98:0:0:119:98:0:0 chr2 33952413 . T C 1246.03 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.09157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8126;QD=61.5323;RBI=0.0920368;REFB=0;REVB=-0.00925755;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429091;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:44:36:0:0:45:36:0:0 chr2 33952456 . C G 1145.79 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0274616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.406;QD=58.0149;RBI=0.0369405;REFB=-0.145436;REVB=0.0247075;RO=2;SAF=38;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000311094;STB=0.500164;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000511596;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:2:2:77:77:0.974684:39:38:1:1:39:38:1:1 chr2 33952621 . G A 472.21 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0108842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.337;QD=14.6421;RBI=0.0330979;REFB=-0.0122454;REVB=0.0312571;RO=76;SAF=24;SAR=29;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618172;STB=0.534746;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0172229;OID=.;OPOS=33952621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:76:53:53:0.410853:29:24:30:46:29:24:30:46 chr2 36583461 . G T 102.53 PASS AF=0.276596;AO=14;DP=48;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00654443;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.907;QD=8.7258;RBI=0.0266357;REFB=-0.00316671;REVB=-0.0258191;RO=32;SAF=11;SAR=3;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583284;STB=0.626721;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00855918;OID=.;OPOS=36583461;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:32:34:14:13:0.276596:3:11:24:8:2:11:25:9 chr2 36669807 . C T 923.23 PASS AF=0.363636;AO=108;DP=297;FAO=108;FDP=297;FR=.;FRO=189;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=106;FSRR=83;FWDB=0.0062155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.428;QD=12.4341;RBI=0.00741557;REFB=-0.00266725;REVB=-0.00404453;RO=188;SAF=47;SAR=61;SRF=105;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137952;STB=0.579639;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00539477;OID=.;OPOS=36669807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:188:189:108:108:0.363636:61:47:105:83:61:47:106:83 chr2 36704144 . C T 3280.05 PASS AF=0.977273;AO=215;DP=222;FAO=215;FDP=220;FR=.;FRO=5;FSAF=96;FSAR=119;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00438061;FXX=0.0090086;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.932;QD=59.6373;RBI=0.0301702;REFB=-0.00639648;REVB=-0.0298505;RO=3;SAF=96;SAR=119;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583416;STB=0.503526;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=1.88213e-05;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:222:220:3:5:215:215:0.977273:119:96:2:1:119:96:3:2 chr2 36756288 . T C 3404.31 PASS AF=0.986607;AO=221;DP=225;FAO=221;FDP=224;FR=.;FRO=3;FSAF=109;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0132395;FXX=0.00444425;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.057;QD=60.7912;RBI=0.0249739;REFB=-0.0847238;REVB=0.0211757;RO=1;SAF=109;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435137;STB=0.502142;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.000149696;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:225:224:1:3:221:221:0.986607:112:109:1:0:112:109:1:2 chr2 36776001 . A G 761.26 PASS AF=0.418367;AO=82;DP=196;FAO=82;FDP=196;FR=.;FRO=114;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=0.00377342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.398;QD=15.536;RBI=0.0128695;REFB=-0.00613212;REVB=0.0123039;RO=114;SAF=32;SAR=50;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116336;STB=0.565135;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00863272;OID=.;OPOS=36776001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:114:114:82:82:0.418367:50:32:57:57:50:32:57:57 chr2 36776049 . GT G 436.54 PASS AF=0.626984;AO=76;DP=126;FAO=79;FDP=126;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0980961;FXX=0.0078734;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.9699;QD=13.8584;RBI=0.0984394;REFB=-0.0203283;REVB=0.0082133;RO=40;SAF=29;SAR=47;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145565;STB=0.537563;STBP=0.309;TYPE=del;VARB=0.0275288;OID=.;OPOS=36776050;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.626984:76:126:79:126:47:31:48:14:33:99:40:29:47:7:33 chr2 36776555 . G T 248.15 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.022541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.592;QD=16.5434;RBI=0.0233561;REFB=-0.00642905;REVB=0.00611668;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777346;STB=0.552219;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00972643;OID=.;OPOS=36776555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:32:27:28:0.466667:13:14:14:18:13:15:14:18 chr2 36777737 . C T 74.55 PASS AF=0.102102;AO=41;DP=300;FAO=34;FDP=333;FR=.;FRO=299;FSAF=3;FSAR=31;FSRF=161;FSRR=138;FWDB=-0.00909236;FXX=0.0118691;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9962;QD=0.895479;RBI=0.0589451;REFB=-0.00816239;REVB=-0.0582396;RO=230;SAF=3;SAR=38;SRF=161;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.716086;STB=0.909075;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.185591;OID=.;OPOS=36777737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:300:333:230:299:41:34:0.102102:38:3:161:69:31:3:161:138 chr2 36777739 . ATT ATC,AT 1619.99 PASS AF=0.107744,0.892256;AO=15,86;DP=299;FAO=32,265;FDP=297;FR=.;FRO=0;FSAF=0,145;FSAR=32,120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840823,0.8119;FXX=0.0630895;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=183.583,6.75447;QD=21.8181;RBI=0.0958617,0.826676;REFB=0,0;REVB=-0.0460396,0.155602;RO=136;SAF=0,32;SAR=15,54;SRF=111;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.786616,-0.457201;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.156942,0.0049301;OID=.,.;OPOS=36777741,36777740;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=ATC,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.107744,0.892256:15,86:299:32,265:297:0:0,145:32,120:0:0:98:136:0,32:15,54:111:25 chr2 36781401 . T C 858.48 PASS AF=0.534591;AO=85;DP=159;FAO=85;FDP=159;FR=.;FRO=74;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.020357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5009;QD=21.597;RBI=0.0430468;REFB=-0.0196597;REVB=0.0379292;RO=74;SAF=43;SAR=42;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279794;STB=0.515309;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0172092;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:74:74:85:85:0.534591:42:43:35:39:42:43:35:39 chr2 36782886 . G A 1431.36 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.555;QD=62.9171;RBI=0.0225225;REFB=0;REVB=0.00107118;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10815e-05;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:51:39:0:0:52:39:0:0 chr2 36808732 . T G 1222.36 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120702;FXX=0.0123442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.539;QD=61.1179;RBI=0.120703;REFB=0;REVB=0.000465798;RO=0;SAF=25;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171565;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:55:25:0:0:55:25:0:0 chr2 36810586 . T C 515.45 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.000745902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.957;QD=17.622;RBI=0.00244014;REFB=-0.0198767;REVB=0.00232334;RO=62;SAF=32;SAR=23;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942588;STB=0.552398;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0178859;OID=.;OPOS=36810586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:23:32:30:32:23:32:30:32 chr2 36825137 . G A 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.0787;QD=44.6821;RBI=0.121422;REFB=0;REVB=0.0881912;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389482;OID=.;OPOS=36825137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr2 37000915 . C A 1164.49 PASS AF=0.442857;AO=124;DP=281;FAO=124;FDP=280;FR=.;FRO=156;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=73;FSRR=83;FWDB=0.0442283;FXX=0.00355859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0439;QD=16.6355;RBI=0.0588799;REFB=-0.0161927;REVB=-0.0388678;RO=155;SAF=70;SAR=54;SRF=73;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940157;STB=0.553942;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0229443;OID=.;OPOS=37000915;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:280:155:156:124:124:0.442857:54:70:73:82:54:70:73:83 chr2 37094945 . A G 643.8 PASS AF=0.955556;AO=26;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0230423;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=96.7414;QD=57.227;RBI=0.0475825;REFB=0.0307609;REVB=0.0416311;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504852;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.000105125;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:0:2:26:43:0.955556:12:14:0:0:26:17:1:1 chr2 37230728 . T C 1324.19 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272895;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.212;QD=62.3146;RBI=0.0662838;REFB=0;REVB=0.0604055;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172461;OID=.;OPOS=37230728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr2 37241050 . G A 2665.41 PASS AF=0.988571;AO=172;DP=174;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=106;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00294587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.238;QD=60.9237;RBI=0.0145737;REFB=-0.0602498;REVB=-0.0142729;RO=1;SAF=67;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705095;STB=0.507352;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=4.05065e-06;OID=.;OPOS=37241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:174:175:1:2:172:173:0.988571:105:67:1:0:106:67:2:0 chr2 37306343 . G A 3603.06 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.86;QD=62.9356;RBI=0.0121135;REFB=0;REVB=0.00716241;RO=0;SAF=103;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17795e-07;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:221:229:0:0:220:229:1:117:103:0:0:123:106:0:0 chr2 37317869 . C T 1749.42 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.946;QD=60.8493;RBI=0.0227805;REFB=0;REVB=-0.0218161;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30765e-05;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:58:56:0:0:58:57:0:0 chr2 37365640 . G A 892.57 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385555;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.938;QD=58.5293;RBI=0.0373066;REFB=0;REVB=0.0371068;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42566e-05;OID=.;OPOS=37365640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr2 37406644 . A G 556.6 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=0.00843319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.917;QD=15.5692;RBI=0.0118678;REFB=1.37117e-05;REVB=-0.00835016;RO=82;SAF=28;SAR=32;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134264;STB=0.578288;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-1.99119e-05;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:82:83:60:60:0.41958:32:28:49:33:32:28:50:33 chr2 37406680 . C G 424.22 PASS AF=0.411765;AO=47;DP=119;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.00598066;FXX=0.0403193;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.241;QD=14.2594;RBI=0.0121847;REFB=-0.00213065;REVB=-0.010616;RO=49;SAF=20;SAR=27;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785525;STB=0.583698;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00383594;OID=.;OPOS=37406680;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:49:70:47:49:0.411765:27:20:25:24:28:21:40:30 chr2 37438993 . G A 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0133439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.74;QD=15.0176;RBI=0.0417598;REFB=-0.0316645;REVB=-0.0395705;RO=40;SAF=20;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248054;STB=0.640681;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0258082;OID=.;OPOS=37438993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:10:20:17:23:10:20:17:23 chr2 37456032 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9606;QD=40.7629;RBI=0.0152332;REFB=0;REVB=-0.0101826;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36013e-05;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr2 37458711 . G A 2420.53 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00560149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.119;QD=60.5133;RBI=0.0294479;REFB=0.0233318;REVB=0.0289103;RO=1;SAF=98;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483061;STB=0.502538;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-8.98829e-06;OID=.;OPOS=37458711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:1:1:159:159:0.99375:61:98:1:0:61:98:1:0 chr2 37477794 . C A 730.32 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2739;QD=63.5058;RBI=0.0567813;REFB=0;REVB=-0.0557174;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155521;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:46:0:0:41:46:1:18:23:0:0:22:24:0:0 chr2 37518045 . G C 1267.89 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0630475;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.771;QD=61.8484;RBI=0.0632027;REFB=0;REVB=-0.00442727;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39794e-05;OID=.;OPOS=37518045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:34:48:0:0:34:48:0:0 chr2 37558980 . A C 4733.37 PASS AF=1;AO=302;DP=302;FAO=303;FDP=303;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6446;QD=62.4868;RBI=0.0360644;REFB=0;REVB=0.0279044;RO=0;SAF=189;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0642e-05;OID=.;OPOS=37558980;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:302:303:0:0:302:303:1:113:189:0:0:114:189:0:0 chr2 37872315 . TAAAAAT TAAAAT,TAAAATA,TAAAT,TATAAAT 1756.53 PASS AF=0.904306,0,0,0.0909091;AO=31,8,62,11;DP=213;FAO=189,0,0,19;FDP=209;FR=.;FRO=1;FSAF=100,0,0,0;FSAR=89,0,0,19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.803669,0.244344,0.402322,0.0477332;FXX=0.0542962;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,2,2,1;MLLD=11.0166,9.32976,10.9253,184.331;QD=33.6179;RBI=0.896519,0.303592,0.465345,0.113065;REFB=0.0540226,-0.0214639,0.0489597,-0.0269386;REVB=-0.397319,-0.180178,-0.233842,-0.102495;RO=71;SAF=21,4,0,0;SAR=10,4,62,11;SRF=68;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.479557,-0.698686,-0.902395,-0.876576;STB=0.502793,0.5,0.5,0.5;STBP=0.309,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=-0.0230088,0,-0.0217717,0.137072;OID=.,.,.,.;OPOS=37872316,37872320,37872316,37872317;OREF=A,AT,AA,A;OALT=-,TA,-,T;OMAPALT=TAAAAT,TAAAATA,TAAAT,TATAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.904306,0,0,0.0909091:31,8,62,11:213:189,0,0,19:209:1:100,0,0,0:89,0,0,19:0:1:56:71:21,4,0,0:10,4,62,11:68:3 chr2 38179134 . G A 1437.77 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031837;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.119;QD=63.1985;RBI=0.0410406;REFB=0;REVB=-0.0258986;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141814;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr2 38216766 . CTTTTTTTTTTTTC CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTCT 380.51 PASS AF=0.0135135,0.891892,0.0945946;AO=18,17,8;DP=87;FAO=1,66,7;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=1,56,7;FSAR=0,10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183413,0.0260586,-0.00788965;FXX=0.177758;HRUN=12,12,12;LEN=2,1,2;MLLD=7.14928,6.24133,102.132;QD=20.5681;RBI=0.0801265,0.0984058,0.00912264;REFB=0,0,0;REVB=0.077999,0.0948928,0.00457996;RO=15;SAF=16,15,8;SAR=2,2,0;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.243593,0.23198,0.727743;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0999319,0.00796946,0.0696983;OID=.,.,.;OPOS=38216767,38216767,38216778;OREF=TT,T,TC;OALT=-,-,CT;OMAPALT=CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0135135,0.891892,0.0945946:18,17,8:87:1,66,7:74:0:1,56,7:0,10,0:0:0:28:15:16,15,8:2,2,0:11:4 chr2 38298150 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.426;QD=58.9625;RBI=0.0403846;REFB=0;REVB=0.00641414;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134466;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr2 38298203 . C G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4099;QD=58.6004;RBI=0.0222904;REFB=0;REVB=0.010572;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00996e-05;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr2 38301756 . CG AC 56.29 PASS AF=0.137931;AO=13;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0542238;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=51.3768;QD=2.58796;RBI=0.0574246;REFB=-0.00716738;REVB=-0.0189043;RO=73;SAF=1;SAR=12;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535168;STB=0.869776;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.0793089;OID=.;OPOS=38301756;OREF=CG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:87:87:73:75:13:12:0.137931:12:1:32:41:11:1:32:43 chr2 38527397 . A ACT 187.84 PASS AF=0.324324;AO=22;DP=86;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0536687;FXX=0.0975491;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.062;QD=10.1533;RBI=0.0748693;REFB=-0.0693372;REVB=0.0522023;RO=56;SAF=8;SAR=14;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287146;STB=0.649877;STBP=0.083;TYPE=ins;VARB=0.152286;OID=.;OPOS=38527398;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324:22:86:24:74:50:9:15:30:20:99:56:8:14:34:22 chr2 39025555 . G A 1539.56 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00907921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.703;QD=58.6497;RBI=0.0103345;REFB=-0.0791537;REVB=0.00493655;RO=1;SAF=45;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104282;STB=0.505493;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000230007;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:59:45:1:0:59:45:1:0 chr2 39050141 . A C 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00684551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.907;QD=54.8226;RBI=0.0354111;REFB=0.00854447;REVB=0.0347432;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.50943;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=1.76436e-05;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:26:24:0:0:26:24:0:1 chr2 39081353 . T C 780.67 PASS AF=0.527397;AO=77;DP=150;FAO=77;FDP=146;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0423923;FXX=0.0331104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1497;QD=21.3882;RBI=0.0585453;REFB=-0.00140797;REVB=0.0403788;RO=63;SAF=31;SAR=46;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101399;STB=0.557208;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00274147;OID=.;OPOS=39081353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:146:63:69:77:77:0.527397:46:31:33:30:46:31:36:33 chr2 39082344 . T C 2421.07 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.094;QD=61.293;RBI=0.0234299;REFB=0;REVB=0.011163;RO=0;SAF=58;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63812e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11424e-05;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:100:58:0:0:100:58:0:0 chr2 39187189 . GT CG,G,GC 250.84 PASS AF=0.1,0,0.9;AO=2,2,16;DP=20;FAO=2,0,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,11;FSAR=2,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287951,-0.0179795,0.0772918;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=11.7135,37.7536,52.8856;QD=50.168;RBI=0.0425741,0.0427107,0.106772;REFB=0,0,0;REVB=0.0313592,0.038742,0.0736625;RO=0;SAF=0,1,10;SAR=2,1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0456567,0,0.00690328;OID=.,.,.;OPOS=39187189,39187190,39187190;OREF=GT,T,T;OALT=CG,-,C;OMAPALT=CG,G,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:9:20:20:0:0:2,2,16:2,0,18:0.1,0,0.9:2,1,6:0,1,10:0:0:2,0,7:0,0,11:0:0 chr2 39209426 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.246;QD=39.2068;RBI=0.0290007;REFB=0;REVB=0.00801368;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524329;OID=.;OPOS=39209426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr2 39211916 . C A 318.86 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=107;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0276933;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7007;QD=12.1472;RBI=0.0390449;REFB=0.0254967;REVB=-0.0275242;RO=68;SAF=16;SAR=23;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148744;STB=0.594296;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0504084;OID=.;OPOS=39211916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:68:66:39:39:0.371429:23:16:37:31:23:16:37:29 chr2 39212566 . T TG 181.78 PASS AF=0.575758;AO=8;DP=52;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00967325;FXX=0.195074;HRUN=0;LEN=1;MLLD=253.388;QD=22.0338;RBI=0.0172545;REFB=-0.0190203;REVB=-0.0142879;RO=43;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.646075;STB=0.696956;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.00626441;OID=.;OPOS=39212567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575758:8:52:19:33:14:13:6:3:11:99:43:7:1:12:31 chr2 39212567 . T G 49.05 PASS AF=0.16;AO=9;DP=51;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0126971;FXX=0.019604;HRUN=11;LEN=1;MLLD=207.567;QD=3.92362;RBI=0.0217628;REFB=-0.006809;REVB=-0.0176749;RO=41;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290681;STB=0.639678;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0151699;OID=.;OPOS=39212567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:51:50:41:42:9:8:0.16:4:5:13:28:4:4:14:28 chr2 39212637 . T C 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.71;QD=54.5128;RBI=0.0175346;REFB=0;REVB=-0.0162376;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14599e-05;OID=.;OPOS=39212637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr2 39477170 . T C 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00505708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.609;QD=17.064;RBI=0.0111543;REFB=-0.0252256;REVB=-0.00994207;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398586;STB=0.522372;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0280368;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:16:12:12:19:16:12:12:19 chr2 39499614 . T A 146.25 PASS AF=0.444444;AO=13;DP=34;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.016901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.041;QD=16.2494;RBI=0.0172222;REFB=-0.019468;REVB=0.00331051;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418346;STB=0.728278;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0211255;OID=.;OPOS=39499614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:19:20:13:16:0.444444:10:3:12:7:12:4:13:7 chr2 39507417 . T A 229.57 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0449084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.781;QD=22.3972;RBI=0.0589639;REFB=-0.0577751;REVB=0.0382096;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952693;STB=0.553439;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0306861;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:14:8:9:10:14:8:9:10 chr2 39536669 . G A,GA 56.93 PASS AF=0,0.434783;AO=9,7;DP=46;FAO=0,20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=0,12;FSAR=0,8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0066306,0.182409;FXX=0.0212721;HRUN=1,8;LEN=1,1;MLLD=289.285,7.43385;QD=4.95087;RBI=0.00685595,0.183019;REFB=-0.00310528,-0.0613268;REVB=-0.00174334,-0.014935;RO=24;SAF=7,0;SAR=2,7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.261076,-0.744544;STB=0.5,0.5135;STBP=1,0.887;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.116827;OID=.,.;OPOS=39536669,39536670;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:58:46:46:24:26:9,7:0,20:0,0.434783:2,7:7,0:14:10:0,8:0,12:15:11 chr2 39583446 . A G 1732.62 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164578;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9472;QD=60.7937;RBI=0.0182262;REFB=0;REVB=-0.00783161;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297061;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:63:51:0:0:63:51:0:0 chr2 40403104 . A G 431.0 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.0107029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.402;QD=17.592;RBI=0.0373656;REFB=-0.00451411;REVB=0.0357999;RO=54;SAF=34;SAR=10;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113412;STB=0.563851;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00460641;OID=.;OPOS=40403104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:10:34:37:17:10:34:37:17 chr2 40655858 . G A 302.62 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0788164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1005;QD=16.8121;RBI=0.0860129;REFB=0.00834464;REVB=-0.0344412;RO=38;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780716;STB=0.551692;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.0100394;OID=.;OPOS=40655858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:13:20:20:18:13:20:20:19 chr2 42275819 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0685468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.874;QD=11.9536;RBI=0.0696288;REFB=-0.00412103;REVB=-0.0122273;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132829;STB=0.580431;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.01851;OID=.;OPOS=42275819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:4:7:6:2:4:7 chr2 42396722 . A G 802.09 PASS AF=0.412844;AO=90;DP=214;FAO=90;FDP=218;FR=.;FRO=128;FSAF=75;FSAR=15;FSRF=115;FSRR=13;FWDB=-0.0103116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.495;QD=14.7172;RBI=0.0227584;REFB=-0.0314232;REVB=-0.0202883;RO=118;SAF=75;SAR=15;SRF=105;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113253;STB=0.575743;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0546616;OID=.;OPOS=42396722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:218:118:128:90:90:0.412844:15:75:105:13:15:75:115:13 chr2 42510018 . A G 2270.11 PASS AF=0.969136;AO=155;DP=160;FAO=157;FDP=162;FR=.;FRO=5;FSAF=87;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0706133;FXX=0.00613459;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.813;QD=56.0522;RBI=0.0724945;REFB=0.0120851;REVB=-0.0164073;RO=5;SAF=86;SAR=69;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332263;STB=0.517239;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00140084;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:160:162:5:5:155:157:0.969136:69:86:0:5:70:87:0:5 chr2 42515388 . A G 1668.12 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00836671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.748;QD=59.0486;RBI=0.0106552;REFB=-0.100615;REVB=0.00659776;RO=0;SAF=40;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69294e-08;STB=0.506172;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000147056;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:113:0:1:111:112:0.99115:71:40:0:0:72:40:1:0 chr2 42515437 . A G 318.07 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0271895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8124;QD=15.7072;RBI=0.038984;REFB=-0.00606973;REVB=0.0279372;RO=46;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553812;STB=0.503123;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0121496;OID=.;OPOS=42515437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:23:12:16:30:23:12:16:30 chr2 42560975 . A G 1970.91 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.661;QD=62.076;RBI=0.115855;REFB=0;REVB=0.0351053;RO=0;SAF=57;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408455;OID=.;OPOS=42560975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:70:57:0:0:70:57:0:0 chr2 42577803 . T TAAATACACAC 349.14 PASS AF=0.707317;AO=27;DP=43;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.04593;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=10;MLLD=346.558;QD=34.0626;RBI=0.0486858;REFB=-0.0395734;REVB=-0.0161475;RO=13;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291405;STB=0.634824;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.00793045;OID=.;OPOS=42577804;OREF=-;OALT=AAATACACAC;OMAPALT=TAAATACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.707317:27:43:29:41:12:9:20:9:3:92:13:8:19:10:3 chr2 42577806 . T A 33.75 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0386568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1395;QD=3.64856;RBI=0.0388815;REFB=0.00754024;REVB=-0.0041741;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392675;STB=0.765894;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0464034;OID=.;OPOS=42577806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:2:4:10:21:2:4:10:21 chr2 42588195 . T C 1580.85 PASS AF=0.504792;AO=159;DP=312;FAO=158;FDP=313;FR=.;FRO=155;FSAF=80;FSAR=78;FSRF=87;FSRR=68;FWDB=-0.0661655;FXX=0.00318461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8961;QD=20.2025;RBI=0.119509;REFB=-0.00113717;REVB=-0.099522;RO=152;SAF=80;SAR=79;SRF=86;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560131;STB=0.527237;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000659002;OID=.;OPOS=42588195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:313:152:155:159:158:0.504792:79:80:86:66:78:80:87:68 chr2 42990101 . G C 2684.92 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.002645;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.763;QD=62.0791;RBI=0.00935984;REFB=0.0126141;REVB=0.00897834;RO=0;SAF=102;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85202e-05;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:173:0:0:172:173:1:70:102:0:0:70:103:0:0 chr2 42990336 . T G 1539.06 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.681;QD=63.4664;RBI=0.0240314;REFB=0;REVB=0.0205601;RO=0;SAF=31;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0795e-05;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:64:31:0:0:65:32:0:0 chr2 42990522 . C T 2426.28 PASS AF=0.987654;AO=160;DP=163;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0643404;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.22;QD=59.9082;RBI=0.0824335;REFB=-0.0736515;REVB=0.0515324;RO=2;SAF=90;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133984;STB=0.507041;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000876244;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:162:2:2:160:160:0.987654:70:90:0:2:70:90:0:2 chr2 42991053 . C T 120.81 PASS AF=0.35;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.046011;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0748;QD=12.0808;RBI=0.0464156;REFB=-0.00873662;REVB=-0.0061154;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933857;STB=0.54615;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0120433;OID=.;OPOS=42991053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:40:25:26:14:14:0.35:4:10:16:9:4:10:17:9 chr2 43015704 . T A 1396.16 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.331;QD=62.749;RBI=0.0452124;REFB=0;REVB=0.045136;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08749e-05;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:52:37:0:0:52:37:0:0 chr2 43015719 . T C 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.146;QD=61.536;RBI=0.0339621;REFB=0;REVB=0.0208296;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.59068e-06;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr2 43015757 . G A 876.82 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0174848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.17;QD=54.8014;RBI=0.0217574;REFB=-0.0912729;REVB=-0.0129485;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515147;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000483627;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:0:2:62:62:0.96875:32:30:0:0:32:30:0:2 chr2 44022019 . CCAAT C 131.64 PASS AF=0.37931;AO=18;DP=55;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00252448;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=4;MLLD=211.401;QD=9.0787;RBI=0.00359471;REFB=-0.0150268;REVB=0.00255909;RO=34;SAF=5;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404949;STB=0.747324;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.02788;OID=.;OPOS=44022020;OREF=CAAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:18:55:22:58:36:5:17:22:14:99:34:5:13:22:12 chr2 44066174 . T G 3154.76 PASS AF=1;AO=130;DP=134;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.137;QD=60.0906;RBI=0.119408;REFB=0;REVB=0.0483864;RO=0;SAF=78;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364538;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:134:210:0:0:130:210:1:52:78:0:0:72:138:0:0 chr2 44071743 . A G 1472.46 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.975;QD=63.3317;RBI=0.0512447;REFB=0;REVB=-0.00306707;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65113e-05;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr2 44100924 . A T 58.51 PASS AF=0.0954774;AO=24;DP=199;FAO=19;FDP=199;FR=.;FRO=180;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=67;FSRR=113;FWDB=-0.107;FXX=0.0523785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6961;QD=1.17613;RBI=0.109908;REFB=-0.0139989;REVB=-0.025115;RO=165;SAF=20;SAR=4;SRF=56;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572077;STB=0.88136;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.158215;OID=.;OPOS=44100924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:199:199:165:180:24:19:0.0954774:4:20:56:109:3:16:67:113 chr2 44101538 . C T 2181.3 PASS AF=1;AO=82;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=92;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070791;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.6643;QD=54.8754;RBI=0.197971;REFB=0;REVB=-0.197844;RO=0;SAF=53;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00237076;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:82:159:1:29:53:0:0:67:92:0:0 chr2 44104925 . T C 2197.79 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452832;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.145;QD=63.2457;RBI=0.0641848;REFB=0;REVB=0.0454875;RO=0;SAF=92;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52119e-05;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:47:92:0:0:47:92:0:0 chr2 44116883 . A AG 163.89 PASS AF=0.297619;AO=50;DP=170;FAO=50;FDP=168;FR=.;FRO=118;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=89;FSRR=29;FWDB=-0.0242552;FXX=0.00591681;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.1825;QD=3.90205;RBI=0.0300207;REFB=-0.00596269;REVB=-0.0176899;RO=109;SAF=21;SAR=29;SRF=90;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463899;STB=0.712444;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.111435;OID=.;OPOS=44116884;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297619:50:170:50:168:118:22:28:89:29:99:109:21:29:90:19 chr2 45148830 . G A 382.7 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00501376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.549;QD=25.5133;RBI=0.00684829;REFB=-0.0050208;REVB=0.00466491;RO=23;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106847;STB=0.558252;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00320024;OID=.;OPOS=45148830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:13:24:18:5:13:24:18:5 chr2 45149003 . C T 835.25 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.272;QD=57.6037;RBI=0.0350916;REFB=0;REVB=0.0345181;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09825e-05;OID=.;OPOS=45149003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:26:29:0:0:29:29:0:0 chr2 45149373 . G T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0257286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1755;QD=14.0966;RBI=0.0385048;REFB=-0.00708352;REVB=-0.0286471;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200253;STB=0.617431;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00757727;OID=.;OPOS=45149373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:8:6:7:4:8:6 chr2 45171842 . A G 5187.26 PASS AF=1;AO=326;DP=326;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=209;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.437;QD=63.2592;RBI=0.0233564;REFB=0;REVB=0.0130551;RO=0;SAF=208;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36666e-05;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:326:328:0:0:326:328:1:118:208:0:0:119:209:0:0 chr2 46414169 . G A 1749.03 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.202;QD=60.8357;RBI=0.00650472;REFB=0;REVB=0.00638719;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1683e-05;OID=.;OPOS=46414169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:63:52:0:0:63:52:0:0 chr2 46414434 . C A 1490.99 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.784;QD=63.4466;RBI=0.0121561;REFB=0;REVB=0.00526943;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35671e-05;OID=.;OPOS=46414434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:49:43:0:0:50:44:0:0 chr2 46414727 . CA AC 46.81 PASS AF=0.28125;AO=3;DP=34;FAO=9;FDP=32;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0342535;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=2;MLLD=26.6458;QD=5.85062;RBI=0.0347773;REFB=0.0261311;REVB=-0.00601321;RO=9;SAF=1;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123106;STB=0.773451;STBP=0.114;TYPE=mnp;VARB=-0.392346;OID=.;OPOS=46414727;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:34:32:9:21:3:9:0.28125:2:1:4:5:8:1:8:13 chr2 46414740 . G A,GA 31.34 PASS AF=0.025,0.175;AO=2,4;DP=40;FAO=1,7;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=1,5;FSAR=0,2;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0170546,-0.00245728;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=169.134,38.8066;QD=3.13365;RBI=0.0189303,0.0326559;REFB=-0.00343634,-0.00780402;REVB=-0.00821556,0.0325633;RO=32;SAF=2,3;SAR=0,1;SRF=7;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.618518,0.552842;STB=0.99459,0.832593;STBP=0.143,0.103;TYPE=snp,ins;VARB=0.0800029,0.149529;OID=.,.;OPOS=46414740,46414741;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:40:40:32:32:2,4:1,7:0.025,0.175:0,1:2,3:7:25:0,2:1,5:8:24 chr2 46707851 . G A 729.17 PASS AF=0.632653;AO=62;DP=98;FAO=62;FDP=98;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=35;FWDB=0.0734039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.532;QD=29.7622;RBI=0.073492;REFB=-0.0538273;REVB=0.00359804;RO=36;SAF=23;SAR=39;SRF=1;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27078;STB=0.645146;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0357066;OID=.;OPOS=46707851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:36:36:62:62:0.632653:39:23:1:35:39:23:1:35 chr2 46707894 . GC AG 43.82 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=70.0039;QD=6.26044;RBI=0.0131878;REFB=-0.0135267;REVB=-0.0131878;RO=19;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0854861;OID=.;OPOS=46707894;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:19:21:7:7:0.25:7:0:0:19:7:0:0:21 chr2 46707897 . C A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=23;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.592;QD=5.78798;RBI=0.013991;REFB=-0.000269244;REVB=-0.013991;RO=23;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246074;OID=.;OPOS=46707897;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:7:0:0:23:7:0:0:23 chr2 46819098 . A G 471.29 PASS AF=0.555556;AO=44;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00469164;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.333;QD=23.2736;RBI=0.0110356;REFB=0.00758288;REVB=0.00998864;RO=36;SAF=19;SAR=25;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00626854;OID=.;OPOS=46819098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:44:45:0.555556:25:19:16:20:25:20:16:20 chr2 46987300 . T G 253.89 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0231608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5083;QD=21.6077;RBI=0.0623234;REFB=-0.0253824;REVB=-0.0578601;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671389;STB=0.537542;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0225819;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:7:16:15:9:7:16 chr2 47045309 . C T 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0794175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5773;QD=61.5098;RBI=0.0864024;REFB=-0.0878394;REVB=0.0340329;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159482;STB=0.508471;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00423705;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:29:19:0:1:29:19:0:1 chr2 47045321 . A G 217.85 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0253933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3034;QD=16.7573;RBI=0.0271204;REFB=0.0155344;REVB=0.00952324;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585566;STB=0.514274;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0153115;OID=.;OPOS=47045321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:28:23:24:0.461538:16:7:10:18:16:8:10:18 chr2 47201796 . TA T,TT 2008.55 PASS AF=0.111675,0.888325;AO=22,128;DP=202;FAO=22,175;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=11,62;FSAR=11,113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186867,0.155702;FXX=0.0390225;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.7479,16.3454;QD=40.7827;RBI=0.191758,0.157605;REFB=0.00794623,0.027108;REVB=-0.0430302,-0.0244229;RO=19;SAF=2,39;SAR=20,89;SRF=14;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.640105,-0.118206;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0947986,0.0614771;OID=.,.;OPOS=47201797,47201797;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111675,0.888325:22,128:202:22,175:197:0:11,62:11,113:0:0:25:19:2,39:20,89:14:5 chr2 47206034 . A T 302.14 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0123011;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.758;QD=19.4929;RBI=0.0123286;REFB=0.00348983;REVB=0.000823304;RO=29;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655422;STB=0.546189;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00343201;OID=.;OPOS=47206034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:30:32:32:0.516129:20:12:13:16:20:12:14:16 chr2 47251469 . G C 2165.52 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0455294;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6724;QD=62.317;RBI=0.0467639;REFB=-0.126198;REVB=-0.0106741;RO=1;SAF=70;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674368;STB=0.503546;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000661176;OID=.;OPOS=47251469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:139:1:1:138:138:0.992806:68:70:1:0:68:70:1:0 chr2 47274443 . G T 417.38 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00223909;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.288;QD=17.036;RBI=0.0124709;REFB=-0.0010178;REVB=0.0122682;RO=55;SAF=23;SAR=20;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116305;STB=0.565187;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00141634;OID=.;OPOS=47274443;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:55:43:43:0.438776:20:23:23:32:20:23:23:32 chr2 47278901 . G A 5073.2 PASS AF=1;AO=319;DP=321;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183888;FXX=0.00308632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.044;QD=62.826;RBI=0.0324252;REFB=-0.0593201;REVB=0.0267067;RO=1;SAF=127;SAR=192;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247805;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73244e-05;OID=.;OPOS=47278901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:321:323:1:0:319:323:1:192:127:0:1:193:130:0:0 chr2 47301029 . A G 869.66 PASS AF=0.488889;AO=88;DP=180;FAO=88;FDP=180;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.00912805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.642;QD=19.3258;RBI=0.0155912;REFB=-0.0138524;REVB=0.0126398;RO=90;SAF=42;SAR=46;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514556;STB=0.533797;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0122245;OID=.;OPOS=47301029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:90:92:88:88:0.488889:46:42:48:42:46:42:50:42 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 1737.1 PASS AF=0.11236,0.685393;AO=36,96;DP=181;FAO=20,122;FDP=178;FR=.;FRO=36;FSAF=7,41;FSAR=13,81;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0050789,-0.0504886;FXX=0.00558628;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=165.081,231.221;QD=39.036;RBI=0.0154999,0.0505101;REFB=-0.0388154,-0.0218485;REVB=-0.0146442,-0.00147315;RO=42;SAF=7,37;SAR=29,59;SRF=26;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.44653,-0.135007;STB=0.681641,0.573566;STBP=0.051,0.001;TYPE=snp,ins;VARB=0.00509545,0.00407211;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:181:178:42:36:36,96:20,122:0.11236,0.685393:29,59:7,37:26:16:13,81:7,41:23:13 chr2 47596853 . C CG 691.58 PASS AF=0.441065;AO=115;DP=277;FAO=116;FDP=263;FR=.;FRO=147;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=75;FSRR=72;FWDB=0.00145268;FXX=0.00378774;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.5181;QD=10.5183;RBI=0.0448984;REFB=0.0126915;REVB=-0.0448749;RO=161;SAF=56;SAR=59;SRF=81;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168817;STB=0.510519;STBP=0.772;TYPE=ins;VARB=-0.0218185;OID=.;OPOS=47596854;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441065:115:277:116:263:147:57:59:75:72:99:161:56:59:81:80 chr2 47601106 . T C 380.57 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00434909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4426;QD=14.3612;RBI=0.0286558;REFB=0.00332314;REVB=0.0283238;RO=62;SAF=18;SAR=26;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788323;STB=0.544482;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00544685;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:26:18:30:32:26:18:30:32 chr2 47604176 . C T 199.43 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00270802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2259;QD=15.6414;RBI=0.0223633;REFB=0.031409;REVB=-0.0221987;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174422;STB=0.599906;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0379406;OID=.;OPOS=47604176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:7:15:15:14:7:15:15:14 chr2 47635729 . T A 63.95 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0337662;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=19.5848;QD=4.41058;RBI=0.134513;REFB=-0.0163049;REVB=0.130206;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619068;STB=0.915769;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0163502;OID=.;OPOS=47635729;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:58:58:31:44:7:7:0.12069:1:6:9:22:1:6:12:32 chr2 47739551 . A G 2330.21 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.549;QD=63.8413;RBI=0.025092;REFB=0;REVB=0.0136349;RO=0;SAF=64;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91779e-05;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:146:0:0:139:146:1:75:64:0:0:78:68:0:0 chr2 48567964 . C G 735.7 PASS AF=0.436464;AO=78;DP=181;FAO=79;FDP=181;FR=.;FRO=102;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=0.0202281;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9554;QD=16.2585;RBI=0.0234095;REFB=0.00208346;REVB=0.0117824;RO=101;SAF=38;SAR=40;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221325;STB=0.51854;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00269134;OID=.;OPOS=48567964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:101:102:78:79:0.436464:40:38:47:54:40:39:47:55 chr2 48602252 . C T 615.64 PASS AF=0.444444;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=0.0138387;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.52;QD=16.0952;RBI=0.0150393;REFB=-0.0197153;REVB=-0.00588817;RO=85;SAF=24;SAR=44;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012783;STB=0.507123;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.02478;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:85:85:68:68:0.444444:44:24:31:54:44:24:31:54 chr2 48756682 . C G 1405.9 PASS AF=0.403023;AO=149;DP=388;FAO=160;FDP=397;FR=.;FRO=237;FSAF=69;FSAR=91;FSRF=68;FSRR=169;FWDB=0.0317715;FXX=0.00997481;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7592;QD=14.1653;RBI=0.0476477;REFB=-0.0314671;REVB=0.0355089;RO=234;SAF=68;SAR=81;SRF=68;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186391;STB=0.589985;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0542623;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:397:234:237:149:160:0.403023:81:68:68:166:91:69:68:169 chr2 48807796 . A C 582.37 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0296348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.094;QD=58.2366;RBI=0.0351467;REFB=-0.0975369;REVB=0.0188962;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208334;STB=0.511105;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000765745;OID=.;OPOS=48807796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:17:22:1:0:17:22:1:0 chr2 48807976 . T C 1025.13 PASS AF=0.925926;AO=69;DP=76;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0490631;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.3359;QD=50.6236;RBI=0.0517225;REFB=-0.153312;REVB=0.0163716;RO=7;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725423;STB=0.5326;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0062141;OID=.;OPOS=48807976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:76:81:7:6:69:75:0.925926:42:27:0:7:43:32:0:6 chr2 48808152 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.649;QD=56.7061;RBI=0.018802;REFB=0;REVB=0.00934703;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.59792e-05;OID=.;OPOS=48808152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr2 48808594 . C T 1954.99 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.104;QD=61.0934;RBI=0.0288992;REFB=-0.0730533;REVB=-0.0118989;RO=0;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000486678;OID=.;OPOS=48808594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:127:127:0.992188:71:56:0:0:71:56:1:0 chr2 48808882 . T A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.134;QD=62.0079;RBI=0.0124038;REFB=0;REVB=0.00630443;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.60019e-06;OID=.;OPOS=48808882;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr2 48808898 . C T 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00098817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.657;QD=62.1615;RBI=0.0354482;REFB=0;REVB=0.0354345;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4633e-05;OID=.;OPOS=48808898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr2 48809593 . G T 1917.67 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.961;QD=60.8784;RBI=0.036947;REFB=0.00565207;REVB=0.0349156;RO=1;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703919;STB=0.503703;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=5.59718e-06;OID=.;OPOS=48809593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:67:58:0:1:67:58:0:1 chr2 48822381 . G A 161.41 PASS AF=0.4;AO=16;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0183677;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.696;QD=14.3473;RBI=0.0195049;REFB=-0.0136855;REVB=0.00656265;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132591;STB=0.568454;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.01962;OID=.;OPOS=48822381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:27:16:18:0.4:8:8:18:11:8:10:18:9 chr2 48825650 . C G 109.92 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0515636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8605;QD=14.6555;RBI=0.0582004;REFB=0.00236701;REVB=0.0269904;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228527;STB=0.615207;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00452327;OID=.;OPOS=48825650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:17:12:13:0.433333:4:8:7:9:5:8:7:10 chr2 48898798 . T A 4002.07 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2347;QD=61.8081;RBI=0.0776807;REFB=-0.0627205;REVB=-0.0774705;RO=1;SAF=120;SAR=138;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395621;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236166;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:259:259:1:0:258:259:1:138:120:1:0:138:121:0:0 chr2 48915871 . A G 1625.65 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5181;QD=59.1147;RBI=0.0251934;REFB=-0.124918;REVB=0.0217608;RO=1;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724762;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000955301;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:65:44:0:1:65:44:0:1 chr2 48921375 . T C 1648.5 PASS AF=0.957627;AO=112;DP=118;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0313342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.606;QD=55.8812;RBI=0.0411474;REFB=-0.126693;REVB=0.0266698;RO=0;SAF=43;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500874;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00103264;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:118:118:0:5:112:113:0.957627:69:43:0:0:70:43:2:3 chr2 48948856 . A G 512.16 PASS AF=0.510204;AO=48;DP=99;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00415325;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3498;QD=20.9046;RBI=0.0593377;REFB=-0.0232472;REVB=-0.0591922;RO=42;SAF=28;SAR=20;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737047;STB=0.51219;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0282221;OID=.;OPOS=48948856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:42:48:48:50:0.510204:20:28:28:14:21:29:29:19 chr2 49189921 . C T 2529.51 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.551;QD=61.6953;RBI=0.0137313;REFB=0;REVB=0.00983583;RO=0;SAF=68;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59759e-07;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:96:68:0:0:96:68:0:0 chr2 49191041 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.641;QD=58.5876;RBI=0.0566487;REFB=0;REVB=0.0020901;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139744;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr2 50201110 . A G 2234.97 PASS AF=0.980392;AO=149;DP=153;FAO=150;FDP=153;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00815725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6715;QD=58.4307;RBI=0.0126665;REFB=-0.0475673;REVB=0.00969024;RO=3;SAF=74;SAR=75;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638056;STB=0.503268;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00194421;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:153:153:3:3:149:150:0.980392:75:74:2:1:75:75:2:1 chr2 52929658 . A G 4244.55 PASS AF=0.464894;AO=435;DP=949;FAO=437;FDP=940;FR=.;FRO=503;FSAF=207;FSAR=230;FSRF=219;FSRR=284;FWDB=-0.0223199;FXX=0.0105262;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.955;QD=18.0619;RBI=0.023003;REFB=-0.011205;REVB=0.00556413;RO=485;SAF=206;SAR=229;SRF=206;SRR=279;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471616;STB=0.520593;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0182855;OID=.;OPOS=52929658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:949:940:485:503:435:437:0.464894:229:206:206:279:230:207:219:284 chr2 53955850 . C T 199.02 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0118746;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.227;QD=13.2676;RBI=0.0183;REFB=-0.00367272;REVB=-0.0139243;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726495;STB=0.541632;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00539568;OID=.;OPOS=53955850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:36:24:24:0.4:13:11:19:17:13:11:19:17 chr2 53992593 . A T 1369.52 PASS AF=0.526316;AO=130;DP=247;FAO=130;FDP=247;FR=.;FRO=117;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=48;FSRR=69;FWDB=0.00543667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.374;QD=22.1785;RBI=0.0232868;REFB=-0.0124951;REVB=-0.0226432;RO=117;SAF=74;SAR=56;SRF=48;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137623;STB=0.575166;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0125302;OID=.;OPOS=53992593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:117:117:130:130:0.526316:56:74:48:69:56:74:48:69 chr2 54035447 . A G 613.1 PASS AF=0.435897;AO=68;DP=156;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0308791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3276;QD=15.7206;RBI=0.058339;REFB=-0.00800553;REVB=0.0494966;RO=88;SAF=29;SAR=39;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622171;STB=0.503471;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0102883;OID=.;OPOS=54035447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:88:88:68:68:0.435897:39:29:37:51:39:29:37:51 chr2 54115904 . A G 1627.08 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070651;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.682;QD=60.2624;RBI=0.021241;REFB=0;REVB=-0.0200316;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49512e-05;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:59:49:0:0:59:49:0:0 chr2 54120025 . A T 2370.65 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00772196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.582;QD=59.639;RBI=0.00807798;REFB=-0.128836;REVB=-0.00237173;RO=2;SAF=68;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105704;STB=0.505555;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000276225;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:159:2:2:157:157:0.987421:89:68:0:2:89:68:0:2 chr2 54120820 . G A 889.09 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0058941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.579;QD=56.4503;RBI=0.106149;REFB=0.0144441;REVB=-0.105985;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.509088;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00026441;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:35:27:0:0:35:27:1:0 chr2 54125495 . T C 584.25 PASS AF=0.724638;AO=49;DP=69;FAO=50;FDP=69;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00392193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.1728;QD=33.8693;RBI=0.00402987;REFB=-0.0211304;REVB=-0.000926447;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501333;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.000914803;OID=.;OPOS=54125495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:0:19:49:50:0.724638:33:16:0:0:34:16:6:13 chr2 54127041 . C T 2555.5 PASS AF=0.988166;AO=166;DP=170;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0540037;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7619;QD=60.4852;RBI=0.0553879;REFB=-0.0175641;REVB=-0.0123052;RO=3;SAF=95;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823194;STB=0.50083;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0010173;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:169:3:2:166:167:0.988166:71:95:1:2:72:95:1:1 chr2 54133744 . T C 509.98 PASS AF=0.421053;AO=55;DP=132;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.00248779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.498;QD=15.3376;RBI=0.0278752;REFB=-0.0112234;REVB=0.027764;RO=76;SAF=29;SAR=26;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109432;STB=0.559015;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0124262;OID=.;OPOS=54133744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:76:77:55:56:0.421053:26:29:32:44:27:29:32:45 chr2 54144448 . T C 1700.52 PASS AF=0.451531;AO=176;DP=391;FAO=177;FDP=392;FR=.;FRO=215;FSAF=75;FSAR=102;FSRF=77;FSRR=138;FWDB=0.00408788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.122;QD=17.3522;RBI=0.0396583;REFB=-0.0232019;REVB=0.0394471;RO=213;SAF=74;SAR=102;SRF=77;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606592;STB=0.537245;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0225761;OID=.;OPOS=54144448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:392:213:215:176:177:0.451531:102:74:77:136:102:75:77:138 chr2 54482703 . GGGGCCC G 65.9 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.000470337;FXX=0.0624805;HRUN=4;LEN=6;MLLD=180.447;QD=8.7871;RBI=0.0200866;REFB=-0.0256274;REVB=0.0200811;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.309218;SSSB=-0.185599;STB=0.723767;STBP=0.088;TYPE=del;VARB=0.0295718;OID=.;OPOS=54482704;OREF=GGGCCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:11:27:11:30:19:4:7:14:5:65:4:4:7:3:1 chr2 54482989 . C T 538.09 PASS AF=0.561798;AO=49;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00217281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.55;QD=24.1839;RBI=0.00354642;REFB=-0.0148681;REVB=0.00280285;RO=38;SAF=25;SAR=24;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012837;STB=0.505616;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0113869;OID=.;OPOS=54482989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:39:49:50:0.561798:24:25:20:18:25:25:20:19 chr2 54557360 . A G 572.17 PASS AF=0.465116;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0917588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.588;QD=17.7416;RBI=0.0926264;REFB=-0.0114276;REVB=0.0126482;RO=68;SAF=20;SAR=40;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110993;STB=0.566644;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0105405;OID=.;OPOS=54557360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:68:69:60:60:0.465116:40:20:30:38:40:20:31:38 chr2 54587596 . C T 713.05 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0157411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2367;QD=52.8187;RBI=0.0615549;REFB=-0.15403;REVB=0.0595081;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.501432;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00796438;OID=.;OPOS=54587596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:54:1:2:52:52:0.962963:28:24:1:0:28:24:1:1 chr2 55040426 . A G 2702.51 PASS AF=1;AO=172;DP=175;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030167;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.14;QD=62.4857;RBI=0.0350396;REFB=0;REVB=0.0178248;RO=0;SAF=80;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76313e-05;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:173:0:0:172:173:1:92:80:0:0:92:81:0:0 chr2 55091029 . C T 150.82 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00913992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6137;QD=12.5686;RBI=0.0124696;REFB=-0.00734433;REVB=-0.00848255;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184513;STB=0.608146;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0172716;OID=.;OPOS=55091029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:7:10:13:18:7:10:13:18 chr2 55186394 . A C 1548.14 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0164534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.236;QD=56.8126;RBI=0.0172977;REFB=-0.162431;REVB=-0.00533823;RO=3;SAF=46;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299444;STB=0.510415;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00141261;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:109:109:3:2:106:107:0.981651:60:46:3:0:60:47:2:0 chr2 55404794 . G A 464.86 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0556144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.157;QD=15.1172;RBI=0.0640301;REFB=-0.0281631;REVB=-0.0317315;RO=70;SAF=23;SAR=29;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030051;STB=0.513107;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.027918;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:71:52:52:0.422764:29:23:33:37:29:23:33:38 chr2 55404883 . T C 367.8 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0445488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4275;QD=21.9583;RBI=0.0446814;REFB=-0.0110458;REVB=0.00343905;RO=30;SAF=17;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487931;STB=0.526902;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0127941;OID=.;OPOS=55404883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:20:17:12:18:20:17:12:18 chr2 55407754 . C T 2008.44 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.04;QD=62.2771;RBI=0.0587678;REFB=0;REVB=0.046779;RO=0;SAF=69;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6828e-05;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:60:69:0:0:60:69:0:0 chr2 55436934 . G A 211.3 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0407983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.421;QD=15.9472;RBI=0.0456498;REFB=-0.0179529;REVB=-0.0204793;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174848;STB=0.598003;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0241943;OID=.;OPOS=55436934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:28:29:23:24:0.45283:14:9:16:12:15:9:16:13 chr2 55470115 . C T 1264.32 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2757;QD=61.674;RBI=0.0087146;REFB=0;REVB=-0.00499496;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16891e-05;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr2 55490819 . G T 1490.7 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9044;QD=63.4341;RBI=0.0452536;REFB=0;REVB=0.0421694;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291086;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:56:37:0:0:57:37:0:0 chr2 55516723 . C T 1242.53 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.147;QD=61.3593;RBI=0.0108235;REFB=0;REVB=-0.0047987;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94712e-06;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr2 55522422 . A G 2645.95 PASS AF=0.994186;AO=170;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157163;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.775;QD=61.5338;RBI=0.0234671;REFB=-0.014631;REVB=0.0174271;RO=1;SAF=87;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569996;STB=0.502994;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=2.47442e-05;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:172:1:1:170:171:0.994186:83:87:0:1:83:88:0:1 chr2 55771161 . A G 452.12 PASS AF=0.421488;AO=50;DP=122;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0507742;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3815;QD=14.946;RBI=0.0539118;REFB=0.000752934;REVB=0.0181237;RO=69;SAF=23;SAR=27;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637105;STB=0.525282;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00120453;OID=.;OPOS=55771161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:69:70:50:51:0.421488:27:23:36:33:27:24:36:34 chr2 55805440 . T C 1453.11 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4531;QD=63.1788;RBI=0.0505598;REFB=0;REVB=0.0211006;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031929;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:51:41:0:0:51:41:0:0 chr2 55873592 . G A 150.93 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0410713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.046;QD=12.5779;RBI=0.0411625;REFB=0.0028678;REVB=-0.00273872;RO=31;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251807;STB=0.611123;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00380208;OID=.;OPOS=55873592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:31:31:16:17:0.354167:12:4:14:17:12:5:14:17 chr2 55895087 . AAT AA,A 31.19 PASS AF=0.314286,0;AO=8,4;DP=35;FAO=11,0;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7,0;FSAR=4,0;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.100653,-0.00483939;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=1,2;MLLD=12.5931,22.5196;QD=3.56498;RBI=0.134882,0.0978356;REFB=-0.0588484,-0.0130229;REVB=-0.0897902,-0.0977159;RO=19;SAF=6,1;SAR=2,3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.273982,-0.319187;STB=0.595568,0.5;STBP=0.481,1;TYPE=del,del;VARB=0.110669,0.100276;OID=.,.;OPOS=55895089,55895088;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286,0:8,4:35:11,0:35:24:7,0:4,0:12:12:28:19:6,1:2,3:10:9 chr2 56411817 . C T 313.27 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00531466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.171;QD=16.9337;RBI=0.00553487;REFB=-0.013262;REVB=-0.00154573;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199089;STB=0.611396;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0167081;OID=.;OPOS=56411817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:19:15:26:14:19:15:26:14 chr2 56612594 . C T 394.58 PASS AF=0.340426;AO=48;DP=141;FAO=48;FDP=141;FR=.;FRO=93;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0227067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1729;QD=11.1938;RBI=0.085236;REFB=-0.00823077;REVB=-0.0821558;RO=92;SAF=19;SAR=29;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145108;STB=0.58014;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0168632;OID=.;OPOS=56612594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:92:93:48:48:0.340426:29:19:48:44:29:19:48:45 chr2 58312003 . CTTTTTTTTA CTTTTTTTA,CTTTTTTTAT 44.5 PASS AF=0.198413,0;AO=43,5;DP=126;FAO=25,0;FDP=126;FR=.;FRO=101;FSAF=13,0;FSAR=12,0;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.0300368,-0.109649;FXX=0.023254;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.6836,16.6957;QD=1.41263;RBI=0.290669,0.156667;REFB=-0.0845245,-0.0304725;REVB=-0.289113,-0.1119;RO=63;SAF=17,4;SAR=26,1;SRF=35;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.168982,0.27056;STB=0.535799,0.5;STBP=0.678,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.102854,0;OID=.,.;OPOS=58312004,58312011;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=CTTTTTTTA,CTTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.198413,0:43,5:126:25,0:126:101:13,0:12,0:48:53:45:63:17,4:26,1:35:28 chr2 58388696 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.826;QD=62.9829;RBI=0.0465101;REFB=0;REVB=0.0319606;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170441;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr2 59921966 . GGTTA G 210.05 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0207047;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=4;MLLD=330.864;QD=9.13272;RBI=0.0212036;REFB=0.000403234;REVB=0.00457278;RO=57;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274965;STB=0.66147;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=-0.000587464;OID=.;OPOS=59921967;OREF=GTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:36:94:36:92:56:22:14:19:37:99:57:22:14:20:37 chr2 60614572 . G A 499.33 PASS AF=0.721311;AO=44;DP=61;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00245609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.971;QD=32.743;RBI=0.00245711;REFB=-0.0209312;REVB=7.089e-05;RO=17;SAF=19;SAR=25;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417109;STB=0.522526;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00577067;OID=.;OPOS=60614572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:17:17:44:44:0.721311:25:19:6:11:25:19:6:11 chr2 60614577 . A G 486.13 PASS AF=0.728814;AO=42;DP=58;FAO=43;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0256733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.575;QD=32.9578;RBI=0.027161;REFB=-0.00746641;REVB=0.00886583;RO=16;SAF=19;SAR=23;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400062;STB=0.518451;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00315127;OID=.;OPOS=60614577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:16:16:42:43:0.728814:23:19:6:10:24:19:6:10 chr2 60685087 . CTTTT CTTTCT,C,CT,CTT 180.92 PASS AF=0.52381,0,0.428571,0.047619;AO=3,3,3,3;DP=23;FAO=11,0,9,1;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,9,1;FSAR=11,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027767,0.00695817,0.0148205,-0.0186774;FXX=0.0869187;HRUN=0,14,14,14;LEN=1,4,3,2;MLLD=118.775,12.8745,13.4007,5.16957;QD=34.4614;RBI=0.0898383,0.11733,0.132567,0.314107;REFB=-0.142243,-0.327575,-0.346314,-0.315218;REVB=-0.0854396,-0.117123,-0.131736,-0.313551;RO=0;SAF=0,3,3,3;SAR=3,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=ins,del,del,del;VARB=-0.00289822,0.0139845,0.0772876,-0.350812;OID=.,.,.,.;OPOS=60685091,60685088,60685088,60685088;OREF=-,TTTT,TTT,TT;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=CTTTCT,C,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.52381,0,0.428571,0.047619:3,3,3,3:23:11,0,9,1:21:0:0,0,9,1:11,0,0,0:0:0:31:0:0,3,3,3:3,0,0,0:0:0 chr2 60687959 . A G 2754.3 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180054;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.646;QD=62.5978;RBI=0.0204393;REFB=0;REVB=-0.00967312;RO=0;SAF=86;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131949;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:176:176:1:90:86:0:0:90:86:0:0 chr2 60867976 . C T 408.16 PASS AF=0.384;AO=48;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.00818481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9553;QD=13.0611;RBI=0.010405;REFB=-0.00548549;REVB=0.00642444;RO=77;SAF=19;SAR=29;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00765745;STB=0.504346;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0139514;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:77:77:48:48:0.384:29:19:31:46:29:19:31:46 chr2 60995967 . ATTTTTTTC ATTTTTTC,ATTTTTTCT 71.55 PASS AF=0.181435,0.00843882;AO=55,9;DP=241;FAO=43,2;FDP=237;FR=.;FRO=192;FSAF=23,0;FSAR=20,2;FSRF=105;FSRR=87;FWDB=0.0373286,0.00213981;FXX=0.0206603;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.12138,167.593;QD=1.20757;RBI=0.183132,0.0109357;REFB=-0.107808,-0.00323914;REVB=0.179287,-0.0107243;RO=138;SAF=37,0;SAR=18,9;SRF=81;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.112656,-0.572044;STB=0.509854,0.995456;STBP=0.91,0.136;TYPE=del,mnp;VARB=0.118751,-0.0213846;OID=.,.;OPOS=60995968,60995974;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTTTTC,ATTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181435,0.00843882:55,9:241:43,2:237:192:23,0:20,2:105:87:68:138:37,0:18,9:81:57 chr2 61304271 . A G 337.59 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0451714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7876;QD=20.1548;RBI=0.0525514;REFB=0.0206415;REVB=0.0268552;RO=32;SAF=11;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1716;STB=0.595532;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0183825;OID=.;OPOS=61304271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:24:11:16:16:24:11:16:16 chr2 61308569 . ATTTTTTTTTTTTT ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTTG 244.01 PASS AF=0.842105,0.157895;AO=15,4;DP=63;FAO=32,6;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=32,6;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.255803,-0.200714;FXX=0.396762;HRUN=15,15;LEN=3,1;MLLD=9.09619,37.3869;QD=25.6851;RBI=0.255804,0.200947;REFB=0,0;REVB=-0.000704758,-0.0096601;RO=0;SAF=15,4;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0498627,-0.140641;OID=.,.;OPOS=61308570,61308582;OREF=TTT,T;OALT=-,G;OMAPALT=ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.842105,0.157895:15,4:63:32,6:38:0:32,6:0,0:0:0:24:0:15,4:0,0:0:0 chr2 61315632 . ATTTTTG ATTTTG,ATTTTGT 466.83 PASS AF=0.818182,0;AO=48,7;DP=115;FAO=90,0;FDP=110;FR=.;FRO=20;FSAF=38,0;FSAR=52,0;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.108604,-0.15228;FXX=0.0434745;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.27654,11.1745;QD=16.9755;RBI=0.195787,0.166177;REFB=-0.0337976,0.0533074;REVB=0.162904,-0.0665256;RO=31;SAF=25,1;SAR=23,6;SRF=7;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.211211,-0.163962;STB=0.513511,0.5;STBP=0.559,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0763043,0;OID=.,.;OPOS=61315633,61315637;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTG,ATTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182,0:48,7:115:90,0:110:20:38,0:52,0:7:13:48:31:25,1:23,6:7:24 chr2 61385100 . G A 754.27 PASS AF=0.614035;AO=69;DP=113;FAO=70;FDP=114;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0147447;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7479;QD=26.4656;RBI=0.0228475;REFB=0.0110083;REVB=0.0174529;RO=44;SAF=30;SAR=39;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112053;STB=0.562796;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00613357;OID=.;OPOS=61385100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:44:44:69:70:0.614035:39:30:26:18:40:30:26:18 chr2 61385105 . G C 677.66 PASS AF=0.603774;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0158711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.946;QD=25.5719;RBI=0.0194159;REFB=-0.0201286;REVB=-0.0111841;RO=42;SAF=27;SAR=37;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109537;STB=0.55959;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0122413;OID=.;OPOS=61385105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:42:64:64:0.603774:37:27:24:18:37:27:24:18 chr2 61389737 . T G 493.27 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0328775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7862;QD=16.0413;RBI=0.056828;REFB=-0.00663992;REVB=0.0463519;RO=69;SAF=14;SAR=40;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231829;STB=0.630517;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00902994;OID=.;OPOS=61389737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:69:54:54:0.439024:40:14:32:37:40:14:32:37 chr2 61415492 . A G 416.66 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00264133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.039;QD=19.6073;RBI=0.0201975;REFB=-0.0153772;REVB=0.020024;RO=43;SAF=13;SAR=29;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410766;STB=0.522848;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0163942;OID=.;OPOS=61415492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:29:13:15:28:29:13:15:28 chr2 61450454 . A G 490.88 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0063863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0715;QD=14.2283;RBI=0.00676079;REFB=-0.00656642;REVB=0.00221889;RO=82;SAF=20;SAR=35;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110264;STB=0.566505;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0148759;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:82:83:55:55:0.398551:35:20:38:44:35:20:39:44 chr2 61522123 . T C 1556.38 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0433963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5995;QD=58.7312;RBI=0.061486;REFB=-0.0374036;REVB=0.0435578;RO=1;SAF=51;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092139;STB=0.504853;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00321745;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:53:51:1:0:54:51:1:0 chr2 61575308 . A G 1935.95 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=129;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402436;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.648;QD=60.9747;RBI=0.0612228;REFB=-0.0967631;REVB=-0.0461377;RO=1;SAF=60;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785333;STB=0.504064;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000419584;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:127:1:1:125:126:0.992126:65:60:1:0:65:61:1:0 chr2 61647901 . A G 269.41 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00982621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0755;QD=14.1794;RBI=0.0155159;REFB=-0.0180994;REVB=0.0120079;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284331;STB=0.516119;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0190784;OID=.;OPOS=61647901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:45:31:31:0.407895:16:15:22:21:16:15:23:22 chr2 62065759 . C T 554.82 PASS AF=0.443609;AO=58;DP=132;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00269864;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.648;QD=16.6864;RBI=0.015811;REFB=-0.0168551;REVB=-0.015579;RO=74;SAF=21;SAR=37;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102218;STB=0.550169;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0193436;OID=.;OPOS=62065759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:74:74:58:59:0.443609:37:21:34:40:37:22:34:40 chr2 62066927 . A G 1989.65 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7469;QD=62.1765;RBI=0.0205757;REFB=0;REVB=-0.0204382;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95115e-05;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:64:64:0:0:64:64:0:0 chr2 62081012 . A C 2567.99 PASS AF=0.994048;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.837;QD=61.1426;RBI=0.0278247;REFB=-0.115071;REVB=0.00907923;RO=1;SAF=76;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525864;STB=0.502762;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=2.42664e-05;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:168:1:1:166:167:0.994048:90:76:0:1:90:77:0:1 chr2 62450631 . A G 421.84 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0330203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5082;QD=18.1435;RBI=0.0752257;REFB=-0.0309491;REVB=0.0675911;RO=50;SAF=29;SAR=14;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232895;STB=0.630373;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0478522;OID=.;OPOS=62450631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:14:29:22:28:14:29:22:28 chr2 62450743 . T C 1092.8 PASS AF=0.460905;AO=106;DP=238;FAO=112;FDP=243;FR=.;FRO=131;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=-0.00746158;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.014;QD=17.9885;RBI=0.052269;REFB=0.00480685;REVB=0.0517337;RO=127;SAF=54;SAR=52;SRF=57;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596212;STB=0.537754;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00515942;OID=.;OPOS=62450743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:243:127:131:106:112:0.460905:52:54:57:70:52:60:61:70 chr2 62451422 . A G 182.99 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0104782;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.27;QD=14.3523;RBI=0.0315964;REFB=-0.0100081;REVB=0.0298084;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512129;STB=0.521718;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0090684;OID=.;OPOS=62451422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:29:30:21:21:0.411765:14:7:11:18:14:7:11:19 chr2 62489753 . C G 675.69 PASS AF=0.412088;AO=75;DP=180;FAO=75;FDP=182;FR=.;FRO=107;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=0.0124508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.013;QD=14.8504;RBI=0.0128428;REFB=-0.0185383;REVB=-0.00314877;RO=105;SAF=35;SAR=40;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997324;STB=0.505153;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0250253;OID=.;OPOS=62489753;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:105:107:75:75:0.412088:40:35:48:57:40:35:49:58 chr2 62729674 . T C 292.52 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0147106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.459;QD=12.3165;RBI=0.0171222;REFB=-0.0132474;REVB=-0.00876185;RO=61;SAF=19;SAR=15;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111254;STB=0.56397;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0161756;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:15:19:28:33:15:19:28:33 chr2 62733253 . C T 5036.97 PASS AF=0.478913;AO=511;DP=1068;FAO=511;FDP=1067;FR=.;FRO=556;FSAF=264;FSAR=247;FSRF=292;FSRR=264;FWDB=0.0117754;FXX=0.00373479;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.274;QD=18.8828;RBI=0.0165352;REFB=-0.0167853;REVB=0.0116083;RO=549;SAF=264;SAR=247;SRF=290;SRR=259;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109805;STB=0.504459;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0174443;OID=.;OPOS=62733253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1068:1067:549:556:511:511:0.478913:247:264:290:259:247:264:292:264 chr2 62738931 . G C 515.35 PASS AF=0.385093;AO=61;DP=160;FAO=62;FDP=161;FR=.;FRO=99;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.00604412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2725;QD=12.8038;RBI=0.0528334;REFB=-0.0132902;REVB=-0.0524866;RO=96;SAF=28;SAR=33;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669092;STB=0.539128;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.022427;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:96:99:61:62:0.385093:33:28:50:46:34:28:51:48 chr2 63170921 . C G 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0350603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.843;QD=18.055;RBI=0.0362666;REFB=8.1253e-06;REVB=-0.00927576;RO=35;SAF=11;SAR=22;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198922;STB=0.511104;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=4.68559e-05;OID=.;OPOS=63170921;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:22:11:11:24:22:11:11:24 chr2 63283178 . C G 225.21 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0207909;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.427;QD=12.8691;RBI=0.0252817;REFB=-0.0311131;REVB=0.0143842;RO=43;SAF=17;SAR=10;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523258;STB=0.529932;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0311467;OID=.;OPOS=63283178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:43:43:27:27:0.385714:10:17:29:14:10:17:29:14 chr2 63283292 . AG A 132.15 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.203079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.6962;QD=13.9106;RBI=0.203273;REFB=-0.0602639;REVB=-0.00887058;RO=19;SAF=17;SAR=2;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.508475;SSSB=0.62877;STB=0.860336;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0731561;OID=.;OPOS=63283293;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:19:38:19:38:19:17:2:5:14:81:19:17:2:5:14 chr2 63395979 . G A 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0622103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7701;QD=16.2787;RBI=0.0625104;REFB=-0.00100892;REVB=-0.00611859;RO=33;SAF=7;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133495;STB=0.5757;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00149012;OID=.;OPOS=63395979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:21:7:12:21:21:7:12:21 chr2 63849491 . T C 983.83 PASS AF=0.424125;AO=109;DP=259;FAO=109;FDP=257;FR=.;FRO=148;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=75;FSRR=73;FWDB=1.9881e-05;FXX=0.00772171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.331;QD=15.3126;RBI=0.00443119;REFB=-0.0132959;REVB=-0.00443114;RO=147;SAF=58;SAR=51;SRF=75;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022632;STB=0.514631;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0188119;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:257:147:148:109:109:0.424125:51:58:75:72:51:58:75:73 chr2 64069732 . G A 561.25 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.026774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.407;QD=53.4526;RBI=0.0384271;REFB=-0.0335796;REVB=0.0275643;RO=3;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573127;STB=0.530597;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00049659;OID=.;OPOS=64069732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:23:16:0:3:23:16:0:3 chr2 64199312 . A G 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00986473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.731;QD=18.9077;RBI=0.0174637;REFB=-0.0160094;REVB=0.0144107;RO=47;SAF=21;SAR=22;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190422;STB=0.5106;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0162981;OID=.;OPOS=64199312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:22:21:22:25:22:21:22:25 chr2 64327544 . G T 1544.41 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00546523;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.943;QD=57.7349;RBI=0.0222198;REFB=0.0884447;REVB=-0.0215372;RO=2;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155548;STB=0.508195;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00181201;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:107:2:2:105:105:0.981308:60:45:0:2:60:45:0:2 chr2 64327592 . T A,C 2063.88 PASS AF=0.0367647,0.963235;AO=5,130;DP=136;FAO=5,131;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=1,58;FSAR=4,73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156571,-0.012069;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.752,68.1257;QD=60.7022;RBI=0.0268192,0.0814527;REFB=-0.061595,-0.120384;REVB=-0.0217744,0.0805536;RO=1;SAF=1,58;SAR=4,72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0951258,0.00655546;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0824102,-0.00457229;OID=.,.;OPOS=64327592,64327592;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:136:136:1:0:5,130:5,131:0.0367647,0.963235:4,72:1,58:0:1:4,73:1,58:0:0 chr2 64780294 . T C 915.0 PASS AF=0.472906;AO=96;DP=203;FAO=96;FDP=203;FR=.;FRO=107;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.0132725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.44;QD=18.0296;RBI=0.0191465;REFB=0.00165162;REVB=-0.0137996;RO=107;SAF=54;SAR=42;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09112;STB=0.550329;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00185592;OID=.;OPOS=64780294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:107:107:96:96:0.472906:42:54:50:57:42:54:50:57 chr2 64861279 . AAT A,AAA 785.8 PASS AF=0.848837,0;AO=38,10;DP=120;FAO=73,0;FDP=86;FR=.;FRO=13;FSAF=30,0;FSAR=43,0;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.177683,-0.0754656;FXX=0.0652103;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=24.6099,8.49675;QD=36.5486;RBI=0.226813,0.0790322;REFB=-0.100555,0.0331404;REVB=0.140971,0.0234742;RO=62;SAF=5,4;SAR=33,6;SRF=41;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.607552,-0.31416;STB=0.554824,0.5;STBP=0.021,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0500127,0;OID=.,.;OPOS=64861280,64861281;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.848837,0:38,10:120:73,0:86:13:30,0:43,0:10:3:46:62:5,4:33,6:41:21 chr2 65311555 . C T 1233.62 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.813;QD=60.9196;RBI=0.0240653;REFB=0;REVB=-0.00313532;RO=0;SAF=21;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160567;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:59:21:0:0:60:21:0:0 chr2 65495887 . G A 4402.19 PASS AF=1;AO=278;DP=281;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144922;FXX=0.0106758;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.835;QD=63.3409;RBI=0.019418;REFB=0;REVB=0.0193638;RO=0;SAF=107;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09943e-07;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:281:278:0:0:278:278:1:171:107:0:0:171:107:0:0 chr2 65496018 . C G 1500.54 PASS AF=1;AO=98;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648043;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.397;QD=59.4271;RBI=0.0136883;REFB=0;REVB=-0.0120571;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04205e-05;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:98:101:1:50:48:0:0:52:49:0:0 chr2 65496144 . A G 1771.15 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347412;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4796;QD=61.074;RBI=0.037355;REFB=0;REVB=0.0137275;RO=0;SAF=62;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002014;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:54:62:0:0:54:62:0:0 chr2 65496187 . G A 1434.99 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.021;QD=63.0764;RBI=0.0197343;REFB=0;REVB=0.0139028;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6839e-07;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:40:50:0:0:41:50:0:0 chr2 65497571 . C A 1120.71 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0214409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.126;QD=58.9847;RBI=0.0229792;REFB=-0.0934701;REVB=0.00826623;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116825;STB=0.506171;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000231313;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:35:40:1:0:35:40:1:0 chr2 65540905 . C G 2821.09 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.444;QD=62.6908;RBI=0.0248794;REFB=0;REVB=-0.0061808;RO=0;SAF=86;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.77944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0357e-06;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:180:0:0:171:180:1:85:86:0:0:85:95:0:0 chr2 65561392 . C T 582.6 PASS AF=0.513043;AO=60;DP=117;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.015847;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.336;QD=20.2642;RBI=0.0168978;REFB=-0.0243198;REVB=0.00586589;RO=57;SAF=28;SAR=32;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135706;STB=0.575318;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0220993;OID=.;OPOS=65561392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:57:56:60:59:0.513043:32:28:18:39:31:28:18:38 chr2 67630980 . G A 151.85 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0202851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.28;QD=12.9233;RBI=0.0204658;REFB=-0.0153617;REVB=-0.00271375;RO=30;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148021;STB=0.60286;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0268694;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:30:30:16:17:0.361702:8:8:11:19:8:9:11:19 chr2 67631831 . G A 185.48 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00191465;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.919;QD=25.5834;RBI=0.00786712;REFB=-0.00556821;REVB=0.00763058;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694283;STB=0.538419;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00368218;OID=.;OPOS=67631831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:11:11:18:18:0.62069:10:8:5:6:10:8:6:5 chr2 67632125 . C T 513.82 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0424935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1695;QD=21.8645;RBI=0.0444517;REFB=0.0111249;REVB=-0.0130484;RO=45;SAF=26;SAR=23;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132043;STB=0.572757;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0104356;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:23:26:17:28:23:26:17:28 chr2 68385097 . A G 1321.22 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5923;QD=61.4523;RBI=0.0429222;REFB=0;REVB=-0.0105219;RO=0;SAF=22;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39284e-05;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:86:0:0:80:86:1:58:22:0:0:63:23:0:0 chr2 68388823 . A G 2468.62 PASS AF=0.97619;AO=163;DP=168;FAO=164;FDP=168;FR=.;FRO=4;FSAF=83;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.023485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.25;QD=58.7766;RBI=0.0239896;REFB=-0.00734574;REVB=0.00489418;RO=4;SAF=83;SAR=80;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011809;STB=0.506097;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=7.42421e-05;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:168:168:4:4:163:164:0.97619:80:83:1:3:81:83:1:3 chr2 68407926 . A G 691.95 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9337;QD=60.1697;RBI=0.0197358;REFB=0;REVB=-0.00755868;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147596;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:0:0:44:46:1:24:20:0:0:26:20:0:0 chr2 68415767 . G A 1989.68 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.816;QD=62.1774;RBI=0.00496711;REFB=0;REVB=-0.00436328;RO=0;SAF=75;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82807e-06;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:53:75:0:0:53:75:0:0 chr2 68546374 . T C 879.3 PASS AF=0.392;AO=98;DP=248;FAO=98;FDP=250;FR=.;FRO=152;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=71;FSRR=81;FWDB=0.013266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.065;QD=14.0688;RBI=0.0262275;REFB=-0.00643294;REVB=-0.0226251;RO=150;SAF=47;SAR=51;SRF=71;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00675272;STB=0.507608;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0106872;OID=.;OPOS=68546374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:250:150:152:98:98:0.392:51:47:71:79:51:47:71:81 chr2 68546449 . G A 934.35 PASS AF=0.420833;AO=99;DP=239;FAO=101;FDP=240;FR=.;FRO=139;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=81;FSRR=58;FWDB=0.0122285;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.805;QD=15.5725;RBI=0.0124451;REFB=-0.00353002;REVB=-0.00231178;RO=139;SAF=43;SAR=56;SRF=81;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154363;STB=0.57901;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00314834;OID=.;OPOS=68546449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:139:139:99:101:0.420833:56:43:81:58:56:45:81:58 chr2 68607947 . G T 1615.44 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.34;QD=59.8312;RBI=0.0229994;REFB=0;REVB=0.0105797;RO=0;SAF=29;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63313e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352234;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:78:29:0:0:78:30:0:0 chr2 68622914 . G A 1115.67 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.896;QD=60.3067;RBI=0.0240946;REFB=0;REVB=-0.00312932;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04071e-05;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:37:37:0:0 chr2 68882468 . T C 2159.52 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.788;QD=63.0518;RBI=0.0247193;REFB=0;REVB=0.0153846;RO=0;SAF=56;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45098e-05;OID=.;OPOS=68882468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:136:137:1:80:56:0:0:81:56:0:0 chr2 68882661 . A G 273.93 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0355201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.256;QD=15.2185;RBI=0.0456597;REFB=-0.0108266;REVB=-0.0286902;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285072;STB=0.516119;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0164793;OID=.;OPOS=68882661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:16:15:21:20:16:15:21:20 chr2 69040500 . G A 1095.3 PASS AF=0.470588;AO=109;DP=237;FAO=112;FDP=238;FR=.;FRO=126;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=51;FSRR=75;FWDB=-0.0140838;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.281;QD=18.4085;RBI=0.022054;REFB=0.00435735;REVB=0.0169713;RO=127;SAF=50;SAR=59;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485218;STB=0.527127;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00459535;OID=.;OPOS=69040500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:238:127:126:109:112:0.470588:59:50:52:75:61:51:51:75 chr2 69049939 . G T 161.51 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.024672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.129;QD=10.5909;RBI=0.0300922;REFB=-0.00842627;REVB=0.0172288;RO=40;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13837;STB=0.58067;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.01002;OID=.;OPOS=69049939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:10:11:16:24:10:11:16:24 chr2 69093308 . T C 406.18 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0124543;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.15;QD=19.575;RBI=0.0250354;REFB=-0.00275948;REVB=-0.0217178;RO=41;SAF=23;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223679;STB=0.505374;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00536033;OID=.;OPOS=69093308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:41:42:41:41:0.493976:18:23:24:17:18:23:24:18 chr2 69093312 . A G 497.19 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0139743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.769;QD=23.6758;RBI=0.0200832;REFB=-0.0110128;REVB=-0.014424;RO=37;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726808;STB=0.53986;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0120987;OID=.;OPOS=69093312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:22:25:23:14:22:25:23:14 chr2 69173520 . C T 1146.13 PASS AF=0.538462;AO=111;DP=208;FAO=112;FDP=208;FR=.;FRO=96;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=-0.000540761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.729;QD=22.0409;RBI=0.0173292;REFB=-0.0127214;REVB=0.0173207;RO=95;SAF=57;SAR=54;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015867;STB=0.508246;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.011397;OID=.;OPOS=69173520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:95:96:111:112:0.538462:54:57:47:48:54:58:48:48 chr2 69173570 . C T 536.5 PASS AF=0.402597;AO=62;DP=154;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.0243551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.876;QD=13.9351;RBI=0.0263432;REFB=-0.0133357;REVB=-0.0100396;RO=90;SAF=28;SAR=34;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143806;STB=0.580324;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0197695;OID=.;OPOS=69173570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:90:92:62:62:0.402597:34:28:53:37:34:28:54:38 chr2 69204629 . T C 847.22 PASS AF=0.494253;AO=86;DP=174;FAO=86;FDP=174;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=0.0101425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.857;QD=19.4764;RBI=0.013266;REFB=-0.00785029;REVB=-0.00855079;RO=86;SAF=44;SAR=42;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095502;STB=0.551731;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00924282;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:86:88:86:86:0.494253:42:44:53:33:42:44:54:34 chr2 69204671 . A T 1009.41 PASS AF=0.50495;AO=102;DP=202;FAO=102;FDP=202;FR=.;FRO=100;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=59;FSRR=41;FWDB=-0.0248426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.896;QD=19.9884;RBI=0.0264961;REFB=-0.0303815;REVB=-0.00921349;RO=99;SAF=49;SAR=53;SRF=59;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103495;STB=0.554104;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0348992;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:99:100:102:102:0.50495:53:49:59:40:53:49:59:41 chr2 69300243 . G A 578.29 PASS AF=0.4125;AO=65;DP=159;FAO=66;FDP=160;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.000378745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.326;QD=14.4572;RBI=0.0280491;REFB=-0.00980833;REVB=0.0280465;RO=94;SAF=32;SAR=33;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367211;STB=0.516124;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0132195;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:94:94:65:66:0.4125:33:32:43:51:34:32:43:51 chr2 69330118 . A G 416.4 PASS AF=0.40678;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.000370108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9746;QD=14.1152;RBI=0.0299173;REFB=0.00778147;REVB=0.029915;RO=70;SAF=31;SAR=17;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187589;STB=0.606038;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00951764;OID=.;OPOS=69330118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:70:70:48:48:0.40678:17:31:33:37:17:31:33:37 chr2 69581631 . G A 423.6 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00905998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.468;QD=18.6198;RBI=0.0118028;REFB=-0.0129839;REVB=0.00756456;RO=48;SAF=19;SAR=23;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257442;STB=0.519846;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0172967;OID=.;OPOS=69581631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:48:48:42:43:0.472527:23:19:23:25:24:19:23:25 chr2 69614161 . A G 706.91 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0149148;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.57;QD=18.4814;RBI=0.0508319;REFB=-0.0222406;REVB=-0.0485946;RO=76;SAF=34;SAR=40;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145249;STB=0.582434;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0341812;OID=.;OPOS=69614161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:76:79:74:74:0.48366:40:34:47:29:40:34:49:30 chr2 69698158 . G A,T 1352.49 PASS AF=0.945055,0.0549451;AO=78,6;DP=84;FAO=86,5;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39,5;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309098,0.0139534;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.667,43.8597;QD=59.45;RBI=0.00343551,0.0605648;REFB=0,0;REVB=-0.00149952,-0.0589356;RO=0;SAF=38,5;SAR=40,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.42134e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00209697,0.00704406;OID=.,.;OPOS=69698158,69698158;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:84:91:0:0:78,6:86,5:0.945055,0.0549451:40,1:38,5:0:0:47,0:39,5:0:0 chr2 69702628 . C T 504.55 PASS AF=0.405797;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.00752507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.382;QD=14.6246;RBI=0.0176897;REFB=-0.00756554;REVB=-0.0160093;RO=81;SAF=21;SAR=35;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862183;STB=0.509612;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0127083;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:81:82:56:56:0.405797:35:21:31:50:35:21:32:50 chr2 69702960 . G A 430.64 PASS AF=0.5;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00435608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3488;QD=20.0297;RBI=0.0251222;REFB=0.00741157;REVB=-0.0247416;RO=42;SAF=28;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182663;STB=0.596367;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00600125;OID=.;OPOS=69702960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:42:43:43:43:0.5:15:28:19:23:15:28:20:23 chr2 69741609 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0031463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.157;QD=15.626;RBI=0.00698897;REFB=-0.0165039;REVB=0.00624071;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198847;STB=0.615243;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0436896;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:12:11:5:12:12:11 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 462.65 PASS AF=0.456522,0.0434783;AO=38,6;DP=96;FAO=42,4;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=15,1;FSAR=27,3;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0121441,0.0198185;FXX=0.0416623;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=126.18,111.867;QD=20.1152;RBI=0.0602021,0.0830795;REFB=-0.0556536,-0.0245575;REVB=-0.0589645,-0.0806811;RO=42;SAF=13,3;SAR=25,3;SRF=20;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.133057,0.0278615;STB=0.543083,0.683808;STBP=0.468,0.497;TYPE=del,snp;VARB=0.0635371,0.0206515;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522,0.0434783:38,6:96:42,4:92:46:15,1:27,3:20:26:99:42:13,3:25,3:20:22 chr2 69741854 . T G 1611.78 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0155424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.16;QD=58.0822;RBI=0.0224883;REFB=-0.0616747;REVB=0.016253;RO=2;SAF=43;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00377283;STB=0.501988;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000227487;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:66:43:1:1:66:43:1:1 chr2 70015181 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.943;QD=60.7161;RBI=0.0222692;REFB=0;REVB=0.0222365;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70284e-05;OID=.;OPOS=70015181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr2 70162534 . T G 2270.97 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6921;QD=59.3717;RBI=0.0772047;REFB=-0.0952451;REVB=0.0720877;RO=1;SAF=70;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583649;STB=0.503546;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00141819;OID=.;OPOS=70162534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:153:153:1:1:151:152:0.993464:81:70:0:1:82:70:1:0 chr2 70188676 . T C 436.63 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4581;QD=56.3398;RBI=0.0877931;REFB=0;REVB=0.0874662;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135756;OID=.;OPOS=70188676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:21:10:0:0 chr2 70476198 . G A 8534.24 PASS AF=1;AO=530;DP=530;FAO=536;FDP=536;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=439;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.562;QD=63.6884;RBI=0.0433384;REFB=0;REVB=-0.00672771;RO=0;SAF=91;SAR=439;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33511e-05;OID=.;OPOS=70476198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:530:536:0:0:530:536:1:439:91:0:0:439:97:0:0 chr2 70485320 . C T 11511.2 PASS AF=0.98545;AO=657;DP=760;FAO=745;FDP=756;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=299;FSAR=446;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00919093;FXX=0.00526309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1903;QD=60.9058;RBI=0.201287;REFB=-0.172634;REVB=0.201078;RO=15;SAF=298;SAR=359;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137832;STB=0.504708;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00440406;OID=.;OPOS=70485320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:760:756:15:11:657:745:0.98545:359:298:2:13:446:299:1:10 chr2 70488476 . G C 1000.45 PASS AF=0.470852;AO=102;DP=220;FAO=105;FDP=223;FR=.;FRO=118;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=51;FSRR=67;FWDB=0.0221878;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5711;QD=17.9453;RBI=0.0274094;REFB=-0.0115069;REVB=-0.0160928;RO=118;SAF=51;SAR=51;SRF=51;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657859;STB=0.538362;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0138265;OID=.;OPOS=70488476;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:223:118:118:102:105:0.470852:51:51:51:67:52:53:51:67 chr2 70528601 . T C 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.395;QD=59.3559;RBI=0.0264352;REFB=0.0300062;REVB=-0.0153057;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116855;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=9.74064e-06;OID=.;OPOS=70528601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:37:40:1:0:37:40:1:0 chr2 71004492 . T C 128.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0635684;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.0676;QD=9.37886;RBI=0.063859;REFB=0.00887646;REVB=-0.00608572;RO=29;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143099;STB=0.569615;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0106277;OID=.;OPOS=71004492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:29:35:14:14:0.254545:11:3:9:20:11:3:10:25 chr2 71004494 . A T 135.38 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0274222;FXX=0.0925755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.511;QD=11.0516;RBI=0.0277142;REFB=-0.00489664;REVB=-0.0040126;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147186;STB=0.527637;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0118069;OID=.;OPOS=71004494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:49:24:30:15:15:0.306122:11:4:4:20:11:4:9:21 chr2 71012604 . G A 3844.18 PASS AF=0.991837;AO=243;DP=245;FAO=243;FDP=245;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=128;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0505314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6915;QD=62.762;RBI=0.0555868;REFB=-0.0440094;REVB=0.0231619;RO=0;SAF=115;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50431;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000363328;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:245:245:0:2:243:243:0.991837:128:115:0:0:128:115:2:0 chr2 71012734 . C G 1415.28 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6936;QD=62.9012;RBI=0.0637293;REFB=0;REVB=0.0335831;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132888;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:43:46:0:0:43:47:0:0 chr2 71036482 . T C 386.94 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0149667;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1196;QD=15.0269;RBI=0.0157654;REFB=-0.020523;REVB=0.00495437;RO=57;SAF=26;SAR=18;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221294;STB=0.62331;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0266816;OID=.;OPOS=71036482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:57:59:44:44:0.427184:18:26:21:36:18:26:22:37 chr2 71043461 . C T 211.86 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0013835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.725;QD=12.1062;RBI=0.0493285;REFB=-0.0148026;REVB=-0.0493091;RO=43;SAF=4;SAR=22;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211837;STB=0.619614;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.036066;OID=.;OPOS=71043461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:43:44:26:26:0.371429:22:4:12:31:22:4:12:32 chr2 71044211 . C T 353.85 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00944261;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2016;QD=18.1461;RBI=0.00946241;REFB=-0.00918738;REVB=0.000611727;RO=43;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396341;STB=0.510826;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0164378;OID=.;OPOS=71044211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:43:41:37:37:0.474359:17:20:25:18:17:20:23:18 chr2 71058835 . A G 576.32 PASS AF=0.409938;AO=66;DP=161;FAO=66;FDP=161;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.00226973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8723;QD=14.3184;RBI=0.0549584;REFB=0.00281621;REVB=-0.0549115;RO=94;SAF=33;SAR=33;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556994;STB=0.534151;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00429939;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:94:95:66:66:0.409938:33:33:42:52:33:33:42:53 chr2 71062648 . G A 1254.55 PASS AF=0.464286;AO=130;DP=280;FAO=130;FDP=280;FR=.;FRO=150;FSAF=47;FSAR=83;FSRF=51;FSRR=99;FWDB=-0.0172441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.993;QD=17.9222;RBI=0.0210109;REFB=-0.0133257;REVB=-0.0120041;RO=149;SAF=47;SAR=83;SRF=50;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274656;STB=0.512582;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0168358;OID=.;OPOS=71062648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:149:150:130:130:0.464286:83:47:50:99:83:47:51:99 chr2 71062833 . G GC 1223.02 PASS AF=1;AO=97;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742833;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.8402;QD=42.9131;RBI=0.130566;REFB=0;REVB=0.107375;RO=13;SAF=44;SAR=53;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155443;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00508926;OID=.;OPOS=71062834;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:112:114:114:0:51:63:0:0:24:13:44:53:5:8 chr2 71163173 . C T 1079.72 PASS AF=0.438202;AO=117;DP=267;FAO=117;FDP=267;FR=.;FRO=150;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=82;FWDB=0.00711479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.496;QD=16.1756;RBI=0.0330048;REFB=-0.00164038;REVB=0.0322288;RO=148;SAF=66;SAR=51;SRF=67;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112153;STB=0.562249;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00182569;OID=.;OPOS=71163173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:148:150:117:117:0.438202:51:66:67:81:51:66:68:82 chr2 71190384 . C G,T 1186.57 PASS AF=0.0379747,0.962025;AO=3,76;DP=79;FAO=3,76;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=3,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000437119,0.0481908;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.569,90.8031;QD=60.0794;RBI=0.0196709,0.0524014;REFB=0,0;REVB=-0.0196661,0.0205802;RO=0;SAF=0,36;SAR=3,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.60877e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.13847,-0.000859258;OID=.,.;OPOS=71190384,71190384;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:79:79:0:0:3,76:3,76:0.0379747,0.962025:3,40:0,36:0:0:3,40:0,36:0:0 chr2 71211989 . A G 292.71 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=-0.0397053;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.414;QD=14.455;RBI=0.0406159;REFB=0.00731361;REVB=0.00855192;RO=48;SAF=5;SAR=28;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10468;STB=0.559961;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00795637;OID=.;OPOS=71211989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:48:48:33:33:0.407407:28:5:10:38:28:5:10:38 chr2 71212432 . G T 195.15 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=32;FWDB=0.157336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.025;QD=14.1929;RBI=0.157694;REFB=0.00987291;REVB=-0.0106145;RO=29;SAF=1;SAR=22;SRF=0;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366145;STB=0.710415;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0111466;OID=.;OPOS=71212432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:32:23:23:0.418182:22:1:0:29:22:1:0:32 chr2 71297695 . T C 635.08 PASS AF=0.440252;AO=70;DP=159;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.00391723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.877;QD=15.9768;RBI=0.0154976;REFB=-0.0239043;REVB=-0.0149944;RO=89;SAF=29;SAR=41;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246153;STB=0.513724;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0327318;OID=.;OPOS=71297695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:89:89:70:70:0.440252:41:29:39:50:41:29:39:50 chr2 71305456 . C T 1568.46 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.14;QD=64.0189;RBI=0.0120482;REFB=0;REVB=0.0099973;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19583e-06;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:39:59:0:0:39:59:0:0 chr2 71351403 . C A 719.42 PASS AF=0.47205;AO=76;DP=159;FAO=76;FDP=161;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.0126096;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.362;QD=17.8737;RBI=0.0168718;REFB=0.00142902;REVB=0.0112097;RO=83;SAF=42;SAR=34;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214331;STB=0.518599;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00140207;OID=.;OPOS=71351403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:83:85:76:76:0.47205:34:42:44:39:34:42:44:41 chr2 71360282 . G A 212.3 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0107727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6677;QD=14.3934;RBI=0.0405252;REFB=-0.0255377;REVB=-0.0390671;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146417;STB=0.575282;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0327514;OID=.;OPOS=71360282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:15:10:18:15:15:10:18:16 chr2 71365805 . A G 1108.13 PASS AF=0.621118;AO=100;DP=164;FAO=100;FDP=161;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0578694;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.075;QD=27.5312;RBI=0.0580753;REFB=-0.00525171;REVB=-0.00488686;RO=60;SAF=38;SAR=62;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745362;STB=0.537657;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00174953;OID=.;OPOS=71365805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:161:60:61:100:100:0.621118:62:38:29:31:62:38:29:32 chr2 71366957 . C A 218.03 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-2.63579e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.542;QD=15.5738;RBI=0.00564386;REFB=-0.00813607;REVB=0.0056438;RO=31;SAF=7;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187105;STB=0.606652;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0131384;OID=.;OPOS=71366957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:18:7:14:17:18:7:14:17 chr2 71415479 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.487;QD=57.1049;RBI=0.0607848;REFB=0;REVB=-0.0583022;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325543;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr2 71417065 . G T 1993.28 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260683;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.999;QD=62.29;RBI=0.0282704;REFB=0;REVB=-0.0109387;RO=0;SAF=66;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119285;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:62:66:0:0:62:66:0:0 chr2 71417134 . C T 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0115042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4806;QD=18.4263;RBI=0.0502774;REFB=0.00673464;REVB=-0.0489435;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645329;STB=0.536057;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00771871;OID=.;OPOS=71417134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:13:15:17:11:13:15:17:11 chr2 71592562 . GAAAAAAAG GAAAAAAG,GAAAAAAGA 42.84 PASS AF=0.212121,0.00757576;AO=38,6;DP=134;FAO=28,1;FDP=132;FR=.;FRO=103;FSAF=9,0;FSAR=19,1;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.253876,-0.00438027;FXX=0.0149243;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.52196,92.255;QD=1.29805;RBI=0.255924,0.0172644;REFB=-0.141033,-0.0123417;REVB=-0.0323136,-0.0166995;RO=73;SAF=12,4;SAR=26,2;SRF=30;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.118603,0.267697;STB=0.611764,0.989265;STBP=0.207,0.48;TYPE=del,mnp;VARB=0.185315,-0.101359;OID=.,.;OPOS=71592563,71592569;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAAAAG,GAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212121,0.00757576:38,6:134:28,1:132:103:9,0:19,1:47:56:39:73:12,4:26,2:30:43 chr2 71615571 . C T 1688.79 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.993;QD=59.7802;RBI=0.087288;REFB=0;REVB=-0.00642065;RO=0;SAF=41;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336507;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:113:0:0:108:113:1:67:41:0:0:68:45:0:0 chr2 71633275 . T C 959.93 PASS AF=0.445415;AO=102;DP=230;FAO=102;FDP=229;FR=.;FRO=127;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=70;FSRR=57;FWDB=-0.0122888;FXX=0.00434764;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.255;QD=16.7673;RBI=0.0172018;REFB=-0.00978874;REVB=0.0120369;RO=127;SAF=39;SAR=63;SRF=70;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170463;STB=0.594681;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0111945;OID=.;OPOS=71633275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:127:127:102:102:0.445415:63:39:70:57:63:39:70:57 chr2 71633389 . C T 675.07 PASS AF=0.503759;AO=67;DP=133;FAO=67;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.00119048;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.047;QD=20.3028;RBI=0.0473092;REFB=-0.029436;REVB=-0.0472942;RO=66;SAF=24;SAR=43;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159759;STB=0.588195;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0333505;OID=.;OPOS=71633389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:66:66:67:67:0.503759:43:24:35:31:43:24:35:31 chr2 71654175 . G A 1055.17 PASS AF=0.445312;AO=114;DP=256;FAO=114;FDP=256;FR=.;FRO=142;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=54;FSRR=88;FWDB=-0.000122809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.452;QD=16.487;RBI=0.0101512;REFB=-0.0229986;REVB=-0.0101505;RO=142;SAF=47;SAR=67;SRF=54;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332573;STB=0.518428;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.025727;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:142:142:114:114:0.445312:67:47:54:88:67:47:54:88 chr2 71791263 . G A 756.09 PASS AF=0.51049;AO=72;DP=143;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=0.0292042;FXX=0.0402658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7784;QD=21.1494;RBI=0.0336847;REFB=-0.0428346;REVB=0.0167862;RO=70;SAF=38;SAR=34;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190112;STB=0.606573;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0241448;OID=.;OPOS=71791263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:70:70:72:73:0.51049:34:38:22:48:34:39:22:48 chr2 71795152 . A T 2137.09 PASS AF=0.518519;AO=210;DP=405;FAO=210;FDP=405;FR=.;FRO=195;FSAF=72;FSAR=138;FSRF=88;FSRR=107;FWDB=-0.00601667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3018;QD=21.1071;RBI=0.0130551;REFB=-0.013174;REVB=-0.011586;RO=194;SAF=72;SAR=138;SRF=88;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104068;STB=0.555886;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0154902;OID=.;OPOS=71795152;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:405:194:195:210:210:0.518519:138:72:88:106:138:72:88:107 chr2 71801503 . T TG 68.99 PASS AF=0.173709;AO=36;DP=215;FAO=37;FDP=213;FR=.;FRO=176;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=78;FSRR=98;FWDB=-0.0116021;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=145.217;QD=1.29553;RBI=0.0248123;REFB=-0.00203061;REVB=-0.0219326;RO=178;SAF=9;SAR=27;SRF=78;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263257;STB=0.739846;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.160406;OID=.;OPOS=71801504;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173709:36:215:37:213:176:7:30:78:98:68:178:9:27:78:100 chr2 71838597 . C A 2416.48 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.993;QD=61.1768;RBI=0.0399178;REFB=0;REVB=0.0366074;RO=0;SAF=71;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37577e-05;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:157:158:1:86:71:0:0:86:72:0:0 chr2 71906278 . A C 320.97 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=123;FAO=41;FDP=123;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0179529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.258;QD=10.4381;RBI=0.0197844;REFB=-0.00816278;REVB=0.00831369;RO=81;SAF=35;SAR=6;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474802;STB=0.776873;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0250841;OID=.;OPOS=71906278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:81:82:41:41:0.333333:6:35:41:40:6:35:42:40 chr2 72356449 . G T 430.89 PASS AF=0.46;AO=36;DP=90;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0138878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.003;QD=17.2357;RBI=0.0336798;REFB=-0.0228839;REVB=0.0306832;RO=46;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091403;STB=0.527519;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0291186;OID=.;OPOS=72356449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:100:46:54:36:46:0.46:22:14:22:24:27:19:25:29 chr2 72356627 . T G 1042.57 PASS AF=0.986486;AO=68;DP=69;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00613924;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.2511;QD=56.3549;RBI=0.017413;REFB=0.161906;REVB=0.0162949;RO=1;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995181;STB=0.504853;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000282482;OID=.;OPOS=72356627;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:74:1:1:68:73:0.986486:47:21:0:1:51:22:0:1 chr2 72356745 . T TG 262.03 PASS AF=0.410714;AO=24;DP=113;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.111348;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.2078;QD=9.35835;RBI=0.121249;REFB=-0.00721198;REVB=0.0479898;RO=88;SAF=2;SAR=22;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601056;STB=0.566473;STBP=0.264;TYPE=ins;VARB=0.0151976;OID=.;OPOS=72356746;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410714:24:113:46:112:66:16:30:30:36:99:88:2:22:44:44 chr2 72356747 . A G 112.1 PASS AF=0.188034;AO=22;DP=107;FAO=22;FDP=117;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=64;FWDB=0.0325483;FXX=0.00847386;HRUN=8;LEN=1;MLLD=34.0891;QD=3.83247;RBI=0.033809;REFB=-0.0344843;REVB=-0.0091464;RO=85;SAF=14;SAR=8;SRF=27;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387238;STB=0.73665;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.151135;OID=.;OPOS=72356747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:117:85:95:22:22:0.188034:8:14:27:58:8:14:31:64 chr2 72692272 . A AAG 1775.43 PASS AF=0.991597;AO=115;DP=122;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010357;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=2;MLLD=228.9;QD=59.6783;RBI=0.0298486;REFB=-0.0242234;REVB=0.0279942;RO=6;SAF=55;SAR=60;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136598;STB=0.504504;STBP=0.306;TYPE=ins;VARB=0.000165844;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991597:115:122:118:119:1:55:63:1:0:6:6:55:60:2:4 chr2 73137112 . G A,GA 38.04 PASS AF=0,0.272727;AO=4,6;DP=38;FAO=0,9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=0,1;FSAR=0,8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00319306,-0.105543;FXX=0.174956;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=164.251,11.4272;QD=4.61079;RBI=0.0181095,0.228418;REFB=-0.009297,-0.139505;REVB=-0.0178258,-0.202572;RO=27;SAF=0,1;SAR=4,5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.586032,-0.336576;STB=0.5,0.7992;STBP=1,0.072;TYPE=snp,ins;VARB=0.0806668,0.0615026;OID=.,.;OPOS=73137112,73137113;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:38:33:27:24:4,6:0,9:0,0.272727:4,5:0,1:11:16:0,8:0,1:10:14 chr2 73300560 . CA AG,GA 630.05 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,39;DP=41;FAO=3,39;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=3,13;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044145,0.00448467;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=60.6164,93.3207;QD=60.0043;RBI=0.0488748,0.0476803;REFB=0,0;REVB=0.0209753,0.0474689;RO=0;SAF=2,13;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0341032,-0.000175938;OID=.,.;OPOS=73300560,73300560;OREF=CA,C;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:41:42:0:0:2,39:3,39:0.0714286,0.928571:0,26:2,13:0:0:0,26:3,13:0:0 chr2 73339708 . G A 6204.44 PASS AF=0.985258;AO=401;DP=413;FAO=401;FDP=407;FR=.;FRO=6;FSAF=242;FSAR=159;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00862575;FXX=0.0145275;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.9109;QD=60.9773;RBI=0.0095137;REFB=0.0153117;REVB=-0.00401336;RO=1;SAF=242;SAR=159;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00299224;STB=0.501593;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.000114143;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:413:407:1:6:401:401:0.985258:159:242:0:1:159:242:3:3 chr2 73435601 . T C 631.64 PASS AF=0.558559;AO=59;DP=108;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00560673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.738;QD=22.7617;RBI=0.00747343;REFB=-0.0135716;REVB=-0.00494134;RO=49;SAF=26;SAR=33;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409778;STB=0.53159;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0104516;OID=.;OPOS=73435601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:49:49:59:62:0.558559:33:26:24:25:36:26:24:25 chr2 73490412 . A G 423.74 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0049841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9429;QD=21.1872;RBI=0.0183929;REFB=-0.0104559;REVB=-0.0177048;RO=38;SAF=9;SAR=33;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146786;STB=0.581689;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0117825;OID=.;OPOS=73490412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:33:9:13:25:33:9:13:25 chr2 73492614 . A T 5852.8 PASS AF=1;AO=369;DP=370;FAO=370;FDP=370;FR=.;FRO=0;FSAF=194;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409424;FXX=0.0053762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.531;QD=63.2735;RBI=0.0411027;REFB=0;REVB=0.00362662;RO=0;SAF=193;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17632e-05;OID=.;OPOS=73492614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:370:370:0:0:369:370:1:176:193:0:0:176:194:0:0 chr2 73518867 . G A 1310.95 PASS AF=0.51626;AO=122;DP=243;FAO=127;FDP=246;FR=.;FRO=119;FSAF=40;FSAR=87;FSRF=47;FSRR=72;FWDB=0.0267608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.929;QD=21.3162;RBI=0.036235;REFB=-0.0380243;REVB=0.0244302;RO=120;SAF=40;SAR=82;SRF=47;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637485;STB=0.543392;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0431911;OID=.;OPOS=73518867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:246:120:119:122:127:0.51626:82:40:47:73:87:40:47:72 chr2 73675227 . T TCTC 4258.35 PASS AF=1;AO=261;DP=312;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842153;FXX=0.0321417;HRUN=1;LEN=3;MLLD=324.578;QD=62.8539;RBI=0.0371197;REFB=0;REVB=0.0361518;RO=41;SAF=104;SAR=157;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.37933e-05;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:261:312:271:271:0:110:161:0:0:22:41:104:157:29:12 chr2 73675669 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0154;QD=54.516;RBI=0.0933838;REFB=0;REVB=0.0403733;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189783;OID=.;OPOS=73675669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr2 73675844 . C T 1006.24 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.903;QD=59.1904;RBI=0.016881;REFB=0;REVB=0.00349105;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65603e-05;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr2 73828538 . G A 595.14 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1593;QD=61.0401;RBI=0.145857;REFB=0;REVB=0.0914636;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293454;OID=.;OPOS=73828538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:22:17:0:0 chr2 73927931 . A G 2586.06 PASS AF=0.988372;AO=164;DP=169;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0452249;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.992;QD=60.141;RBI=0.0618348;REFB=-0.0167123;REVB=0.0421693;RO=2;SAF=66;SAR=98;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023242;STB=0.500984;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.000621669;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:172:2:2:164:170:0.988372:98:66:1:1:99:71:1:1 chr2 73928098 . C G 1454.94 PASS AF=0.971429;AO=100;DP=104;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0175117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.466;QD=55.4264;RBI=0.0594409;REFB=-0.131615;REVB=0.0568028;RO=3;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270854;STB=0.504483;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.000575375;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:105:3:3:100:102:0.971429:51:49:0:3:52:50:1:2 chr2 73928366 . G C 831.29 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0473;QD=57.3306;RBI=0.0438685;REFB=0;REVB=0.0435197;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186813;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:37:18:0:0:38:20:0:0 chr2 73957124 . A G 997.25 PASS AF=0.945946;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0376141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.307;QD=53.9052;RBI=0.0465838;REFB=0.0175326;REVB=-0.0274814;RO=4;SAF=36;SAR=33;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028116;STB=0.515077;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00209576;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:74:4:4:69:70:0.945946:33:36:1:3:33:37:1:3 chr2 74007136 . T C 2524.03 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.88;QD=61.5618;RBI=0.0298914;REFB=0;REVB=2.84325e-05;RO=0;SAF=69;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25475e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74926e-05;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:164:0:0:163:164:1:94:69:0:0:94:70:0:0 chr2 74135797 . T C 594.66 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0167577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.541;QD=22.2302;RBI=0.0169637;REFB=-0.00421604;REVB=-0.00263524;RO=48;SAF=30;SAR=29;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101201;STB=0.505545;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00302373;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:48:59:59:0.551402:29:30:25:23:29:30:25:23 chr2 74135898 . A G 555.25 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0176404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.09;QD=22.4343;RBI=0.017761;REFB=-0.0128225;REVB=0.00206623;RO=46;SAF=19;SAR=33;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023641;STB=0.508959;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0106316;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:47:52:52:0.525253:33:19:18:28:33:19:18:29 chr2 74334462 . G A 3250.35 PASS AF=1;AO=211;DP=213;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141038;FXX=0.0186907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.567;QD=61.9114;RBI=0.0455677;REFB=0.0867628;REVB=-0.0433301;RO=0;SAF=97;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2174e-05;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:213:210:0:0:211:210:1:114:97:0:0:113:97:0:0 chr2 74362090 . A G 106.95 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0517971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.109;QD=12.2233;RBI=0.0570405;REFB=0.0141447;REVB=-0.0238888;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10609;STB=0.562406;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0149426;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:8:14:7:6:8:14 chr2 74362459 . T TAGC 181.99 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.000801084;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=3;MLLD=288.739;QD=16.1771;RBI=0.00390498;REFB=-0.0109407;REVB=0.00382193;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120822;STB=0.581311;STBP=0.386;TYPE=ins;VARB=0.0160407;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422222:19:47:19:45:26:9:10:16:10:99:27:9:10:16:11 chr2 74641624 . G C 2256.73 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4897;QD=62.6871;RBI=0.0471227;REFB=0;REVB=-0.00707654;RO=0;SAF=55;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115294;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:144:0:0:141:144:1:86:55:0:0:88:56:0:0 chr2 74682512 . C T 1715.46 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.66;QD=59.6681;RBI=0.0286103;REFB=-0.108839;REVB=0.00864081;RO=1;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825811;STB=0.504347;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000182929;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:115:1:1:114:114:0.991304:57:57:0:1:57:57:0:1 chr2 74684947 . CTG CT,GCT 59.4 PASS AF=0.232,0;AO=18,7;DP=130;FAO=29,0;FDP=125;FR=.;FRO=96;FSAF=13,0;FSAR=16,0;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=0.128502,0.0518913;FXX=0.0384586;HRUN=7,1;LEN=1,3;MLLD=8.51496,16.8761;QD=1.90088;RBI=0.290493,0.128568;REFB=-0.0662863,-0.0210714;REVB=-0.260526,-0.11763;RO=71;SAF=7,4;SAR=11,3;SRF=34;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.114802,0.103683;STB=0.532824,0.5;STBP=0.684,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0099238,0;OID=.,.;OPOS=74684949,74684947;OREF=G,CTG;OALT=-,GCT;OMAPALT=CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:130:125:71:96:18,7:29,0:0.232,0:11,3:7,4:34:37:16,0:13,0:39:57 chr2 74687549 . CTCA CCA,CCAC,CCCA 1348.27 PASS AF=0.471264,0.0114943,0.517241;AO=17,9,38;DP=82;FAO=41,1,45;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1,17;FSAR=19,0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139798,0.057321,0.150613;FXX=0.0113623;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=170.921,137.664,171.067;QD=61.9896;RBI=0.1401,0.0580369,0.150869;REFB=0,0,0;REVB=0.0091916,0.00908754,0.00879029;RO=1;SAF=3,9,6;SAR=14,0,32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.129916,0,-0.0718398;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00513003,-0.0629743,0.00434014;OID=.,.,.;OPOS=74687550,74687550,74687550;OREF=T,TCA,T;OALT=-,CAC,C;OMAPALT=CCA,CCAC,CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.471264,0.0114943,0.517241:17,9,38:82:41,1,45:87:0:22,1,17:19,0,28:0:0:71:1:3,9,6:14,0,32:1:0 chr2 74690039 . G A 5592.21 PASS AF=0.879121;AO=398;DP=456;FAO=400;FDP=455;FR=.;FRO=55;FSAF=186;FSAR=214;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0263535;FXX=0.00219293;HRUN=7;LEN=1;MLLD=255.818;QD=49.1623;RBI=0.0264723;REFB=-0.0588638;REVB=-0.00250615;RO=23;SAF=184;SAR=214;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743479;STB=0.514162;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00112154;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:456:455:23:55:398:400:0.879121:214:184:9:14:214:186:32:23 chr2 74690378 . C T 1523.08 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.506;QD=58.5799;RBI=0.0496968;REFB=-0.103219;REVB=0.0356755;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000815449;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:52:51:0:0:52:51:0:1 chr2 74690429 . C T 464.91 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0223596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.54;QD=15.1189;RBI=0.0224091;REFB=-0.0179487;REVB=-0.00148793;RO=68;SAF=17;SAR=35;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212779;STB=0.624748;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.017126;OID=.;OPOS=74690429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:71:52:52:0.422764:35:17:36:32:35:17:38:33 chr2 74699778 . C A 1896.84 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.755;QD=61.6859;RBI=0.0626583;REFB=0;REVB=-0.0115926;RO=0;SAF=76;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80994e-05;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:46:76:0:0:46:77:0:0 chr2 74710491 . C T 982.81 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.82;QD=56.9745;RBI=0.0398266;REFB=-0.0446191;REVB=0.0340793;RO=1;SAF=43;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108646;STB=0.505616;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000188974;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:24:43:1:0:24:44:1:0 chr2 74725144 . T C 2686.88 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6719;QD=61.7673;RBI=0.0960956;REFB=0;REVB=0.095744;RO=0;SAF=86;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241677;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:161:174:0:0:161:174:1:75:86:0:0:88:86:0:0 chr2 74725178 . G A 2962.91 PASS AF=0.985222;AO=196;DP=201;FAO=200;FDP=203;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0561106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3822;QD=58.3824;RBI=0.0566324;REFB=-0.0144764;REVB=0.00766994;RO=4;SAF=100;SAR=96;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099092;STB=0.502389;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00172222;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:201:203:4:3:196:200:0.985222:96:100:1:3:99:101:2:1 chr2 74742221 . G T 562.97 PASS AF=0.533333;AO=43;DP=107;FAO=56;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0116836;FXX=0.0186898;HRUN=7;LEN=1;MLLD=267.35;QD=21.4465;RBI=0.033001;REFB=-0.0113268;REVB=-0.0308636;RO=29;SAF=28;SAR=15;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603973;STB=0.539986;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.011232;OID=.;OPOS=74742221;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:29:48:43:56:0.533333:15:28:21:8:27:29:29:19 chr2 74746322 . A T 1905.8 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294075;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.006;QD=61.4774;RBI=0.0406484;REFB=0;REVB=-0.0280623;RO=0;SAF=49;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24812e-06;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:74:49:0:0:75:49:0:0 chr2 74755942 . TG GT 63.95 PASS AF=0.147368;AO=13;DP=95;FAO=14;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0391556;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=2;MLLD=31.985;QD=2.69278;RBI=0.0591183;REFB=-0.0158113;REVB=-0.0442923;RO=64;SAF=0;SAR=13;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.74391;STB=0.926547;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0830356;OID=.;OPOS=74755942;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:95:95:64:81:13:14:0.147368:13:0:37:27:13:1:46:35 chr2 74756176 . G C 825.98 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00481219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.881;QD=54.1629;RBI=0.0170736;REFB=-0.112372;REVB=-0.0163814;RO=1;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111038;STB=0.511624;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000320567;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:1:2:59:59:0.967213:42:17:0:1:42:17:0:2 chr2 74758666 . G A 716.83 PASS AF=0.397129;AO=83;DP=209;FAO=83;FDP=209;FR=.;FRO=126;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=71;FSRR=55;FWDB=-0.00482185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9183;QD=13.7192;RBI=0.00591831;REFB=-0.00326642;REVB=0.00343163;RO=118;SAF=44;SAR=39;SRF=71;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757945;STB=0.520236;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00556504;OID=.;OPOS=74758666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:118:126:83:83:0.397129:39:44:71:47:39:44:71:55 chr2 74761539 . T A 762.52 PASS AF=0.445055;AO=80;DP=181;FAO=81;FDP=182;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.0138859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.012;QD=16.7586;RBI=0.0352273;REFB=-0.0130867;REVB=0.0323751;RO=101;SAF=33;SAR=47;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640427;STB=0.53842;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0173275;OID=.;OPOS=74761539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:101:101:80:81:0.445055:47:33:48:53:48:33:48:53 chr2 74763258 . C G 731.9 PASS AF=0.45614;AO=78;DP=171;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=0.0160873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2893;QD=17.1204;RBI=0.0171132;REFB=0.0125199;REVB=-0.00583604;RO=93;SAF=34;SAR=44;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818474;STB=0.545331;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0138307;OID=.;OPOS=74763258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:93:93:78:78:0.45614:44:34:33:60:44:34:33:60 chr2 75099477 . A T 1037.29 PASS AF=0.504808;AO=105;DP=209;FAO=105;FDP=208;FR=.;FRO=103;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=0.0210358;FXX=0.00478446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.452;QD=19.948;RBI=0.0293051;REFB=-0.0260914;REVB=0.0204031;RO=103;SAF=64;SAR=41;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434916;STB=0.523887;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0241319;OID=.;OPOS=75099477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:103:103:105:105:0.504808:41:64:58:45:41:64:58:45 chr2 75101454 . T C 3025.2 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000156104;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.962;QD=63.6885;RBI=0.0831655;REFB=0;REVB=0.0831653;RO=0;SAF=88;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69264e-05;OID=.;OPOS=75101454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:190:0:0:189:190:1:101:88:0:0:102:88:0:0 chr2 75113657 . C T 495.86 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0151918;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.584;QD=20.239;RBI=0.0284426;REFB=-0.006876;REVB=-0.0240456;RO=48;SAF=33;SAR=15;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084238;STB=0.549979;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00778619;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:48:50:48:48:0.489796:15:33:29:19:15:33:30:20 chr2 75113789 . C G 1008.7 PASS AF=0.502439;AO=101;DP=205;FAO=103;FDP=205;FR=.;FRO=102;FSAF=33;FSAR=70;FSRF=29;FSRR=73;FWDB=-0.0649149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2809;QD=19.682;RBI=0.067625;REFB=0.00145068;REVB=0.0189521;RO=102;SAF=32;SAR=69;SRF=29;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348582;STB=0.520914;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00141363;OID=.;OPOS=75113789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:102:102:101:103:0.502439:69:32:29:73:70:33:29:73 chr2 75115108 . A G 1155.58 PASS AF=0.572973;AO=106;DP=187;FAO=106;FDP=185;FR=.;FRO=79;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0102605;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.072;QD=24.9855;RBI=0.0126956;REFB=-0.0135484;REVB=-0.00747655;RO=78;SAF=49;SAR=57;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106399;STB=0.502821;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00890084;OID=.;OPOS=75115108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:78:79:106:106:0.572973:57:49:35:43:57:49:36:43 chr2 75116527 . G A 1039.27 PASS AF=0.453782;AO=108;DP=240;FAO=108;FDP=238;FR=.;FRO=130;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=52;FSRR=78;FWDB=0.0732805;FXX=0.00833299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4192;QD=17.4667;RBI=0.0736941;REFB=0.000209982;REVB=-0.00779601;RO=132;SAF=54;SAR=54;SRF=54;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902919;STB=0.554612;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-1.63021e-05;OID=.;OPOS=75116527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:238:132:130:108:108:0.453782:54:54:54:78:54:54:52:78 chr2 75118737 . C T 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6063;QD=62.0076;RBI=0.0210951;REFB=0;REVB=-0.0180351;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020266;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr2 75196731 . A G 487.47 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=143;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.015891;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.472;QD=13.7316;RBI=0.0187956;REFB=-0.021131;REVB=-0.0100376;RO=85;SAF=24;SAR=31;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125015;STB=0.577415;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.027614;OID=.;OPOS=75196731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:85:87:55:55:0.387324:31:24:47:38:31:24:49:38 chr2 75276649 . C T 1340.04 PASS AF=0.529167;AO=126;DP=242;FAO=127;FDP=240;FR=.;FRO=113;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=42;FSRR=71;FWDB=0.00847731;FXX=0.0243893;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.53;QD=22.334;RBI=0.0125535;REFB=-0.0275176;REVB=-0.00925878;RO=109;SAF=54;SAR=72;SRF=41;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458542;STB=0.529661;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0261439;OID=.;OPOS=75276649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:240:109:113:126:127:0.529167:72:54:41:68:72:55:42:71 chr2 75882399 . G A 464.2 PASS AF=0.46729;AO=47;DP=104;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0335031;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7168;QD=17.3531;RBI=0.0336122;REFB=-0.00898105;REVB=0.00270542;RO=56;SAF=19;SAR=28;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048169;STB=0.559035;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0122968;OID=.;OPOS=75882399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:56:57:47:50:0.46729:28:19:20:36:27:23:20:37 chr2 75915035 . C T 3166.53 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553145;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.013;QD=61.4859;RBI=0.023167;REFB=0.11226;REVB=0.022497;RO=1;SAF=110;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493615;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100847;OID=.;OPOS=75915035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:207:206:1:0:206:206:1:96:110:0:1:96:110:0:0 chr2 75923413 . T C 871.22 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169415;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.753;QD=58.0811;RBI=0.0192516;REFB=0;REVB=0.00914379;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0111e-05;OID=.;OPOS=75923413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr2 79254261 . T C 5306.9 PASS AF=1;AO=333;DP=336;FAO=335;FDP=335;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129208;FXX=0.0029761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2211;QD=63.366;RBI=0.0411269;REFB=0.0581303;REVB=-0.0390446;RO=1;SAF=181;SAR=152;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176349;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:336:335:1:0:333:335:1:152:181:0:1:153:182:0:0 chr2 79255325 . G C 401.88 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=16;FWDB=-0.00354035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.73;QD=14.7479;RBI=0.0696331;REFB=-0.0134019;REVB=-0.069543;RO=63;SAF=20;SAR=26;SRF=47;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313217;STB=0.674601;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.033776;OID=.;OPOS=79255325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:26:20:47:16:26:20:47:16 chr2 79312414 . G A 271.99 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0160253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.912;QD=14.7019;RBI=0.0174983;REFB=-0.0189125;REVB=-0.00702699;RO=41;SAF=8;SAR=23;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257136;STB=0.662077;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0245954;OID=.;OPOS=79312414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:43:31:31:0.418919:23:8:20:21:23:8:22:21 chr2 79350347 . A G 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0759;QD=58.4175;RBI=0.0414221;REFB=0;REVB=-0.00228583;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221407;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr2 79385786 . TG CA 199.58 PASS AF=0.136499;AO=46;DP=337;FAO=46;FDP=337;FR=.;FRO=291;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=142;FSRR=149;FWDB=0.00467982;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.217;QD=2.36887;RBI=0.0202757;REFB=-0.00157187;REVB=0.0197282;RO=290;SAF=18;SAR=28;SRF=142;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126815;STB=0.584362;STBP=0.211;TYPE=mnp;VARB=0.00888345;OID=.;OPOS=79385786;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:337:290:291:46:46:0.136499:28:18:142:148:28:18:142:149 chr2 79385823 . T G 98.7 PASS AF=0.0946372;AO=30;DP=317;FAO=30;FDP=317;FR=.;FRO=287;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=147;FSRR=140;FWDB=-0.0193279;FXX=0.0062694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.82;QD=1.24538;RBI=0.0199222;REFB=-0.00249404;REVB=-0.0048295;RO=280;SAF=13;SAR=17;SRF=145;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101827;STB=0.571261;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0260991;OID=.;OPOS=79385823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:317:317:280:287:30:30:0.0946372:17:13:145:135:17:13:147:140 chr2 79385857 . G T 47.53 PASS AF=0.0719697;AO=19;DP=264;FAO=19;FDP=264;FR=.;FRO=245;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=131;FSRR=114;FWDB=-0.00491785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.242;QD=0.720218;RBI=0.00727319;REFB=-0.00235182;REVB=-0.00535855;RO=245;SAF=13;SAR=6;SRF=131;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169658;STB=0.643409;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0274139;OID=.;OPOS=79385857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:264:264:245:245:19:19:0.0719697:6:13:131:114:6:13:131:114 chr2 80101321 . T G 1362.98 PASS AF=0.424929;AO=150;DP=355;FAO=150;FDP=353;FR=.;FRO=203;FSAF=96;FSAR=54;FSRF=121;FSRR=82;FWDB=-0.052083;FXX=0.00563364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4125;QD=15.4445;RBI=0.0903121;REFB=-0.00413624;REVB=-0.073781;RO=202;SAF=96;SAR=54;SRF=121;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451998;STB=0.527;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00536418;OID=.;OPOS=80101321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:353:202:203:150:150:0.424929:54:96:121:81:54:96:121:82 chr2 80875725 . TC CT,TCT,TCTT 404.25 PASS AF=0.306122,0.632653,0.0408163;AO=13,13,7;DP=51;FAO=15,31,2;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=6,21,2;FSAR=9,10,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0673862,0.148113,0.076345;FXX=0.039208;HRUN=9,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=31.4846,12.3382,11.6281;QD=32.9998;RBI=0.0674265,0.348091,0.194084;REFB=-0.0500989,-0.0520616,-0.0479445;REVB=0.0023331,-0.315008,-0.178438;RO=1;SAF=8,10,2;SAR=5,3,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0533084,-0.0431971,-0.173072;STB=0.53841,0.51162,0.5;STBP=0.313,0.62,1;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=0.0095381,-0.0413262,0.00128612;OID=.,.,.;OPOS=80875725,80875727,80875727;OREF=TC,-,-;OALT=CT,T,TT;OMAPALT=CT,TCT,TCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:48:51:49:1:1:13,13,7:15,31,2:0.306122,0.632653,0.0408163:5,3,5:8,10,2:1:0:9,10,0:6,21,2:1:0 chr2 83042810 . GGAAC G 287.07 PASS AF=0.368056;AO=47;DP=145;FAO=53;FDP=144;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.00202488;FXX=0.0399973;HRUN=2;LEN=4;MLLD=305.661;QD=7.97424;RBI=0.00360866;REFB=-0.00241681;REVB=0.00298702;RO=77;SAF=18;SAR=29;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663838;STB=0.550763;STBP=0.366;TYPE=del;VARB=0.00439379;OID=.;OPOS=83042811;OREF=GAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368056:47:145:53:144:91:22:31:45:46:99:77:18:29:34:43 chr2 84756049 . G A 2908.25 PASS AF=0.994624;AO=184;DP=187;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178723;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.43;QD=62.543;RBI=0.0366411;REFB=-0.0407426;REVB=0.0319867;RO=1;SAF=85;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556863;STB=0.502924;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000123439;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:186:1:1:184:185:0.994624:99:85:1:0:100:85:1:0 chr2 84771480 . G A 1913.78 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.679;QD=61.7348;RBI=0.0402152;REFB=0;REVB=0.0115435;RO=0;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94348e-05;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:70:54:0:0:70:54:0:0 chr2 84771567 . C T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000223903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.657;QD=64.1539;RBI=0.0139595;REFB=0;REVB=0.0139578;RO=0;SAF=37;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36526e-05;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:62:37:0:0:62:37:0:0 chr2 84800605 . C A 1434.34 PASS AF=0.98;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.038365;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.145;QD=57.3736;RBI=0.0420976;REFB=-0.0190507;REVB=0.0173302;RO=1;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998494;STB=0.510415;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-2.92505e-06;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:100:1:2:98:98:0.98:47:51:0:1:47:51:0:2 chr2 84811347 . A T 397.18 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=0.0135217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.479;QD=14.1849;RBI=0.0166598;REFB=-0.00412423;REVB=0.00973197;RO=65;SAF=22;SAR=24;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205713;STB=0.618888;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00548548;OID=.;OPOS=84811347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:66:46:46:0.410714:24:22:44:21:24:22:45:21 chr2 84897517 . A G 657.31 PASS AF=0.942308;AO=48;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0081205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.888;QD=50.5621;RBI=0.0235536;REFB=-0.035574;REVB=0.0221095;RO=3;SAF=28;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477795;STB=0.525413;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000356682;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:48:49:0.942308:20:28:3:0:21:28:3:0 chr2 85133216 . G A 1222.23 PASS AF=0.481061;AO=118;DP=256;FAO=127;FDP=264;FR=.;FRO=137;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=60;FSRR=77;FWDB=0.0194518;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.576;QD=18.5187;RBI=0.0194599;REFB=-0.0180138;REVB=0.00056088;RO=137;SAF=53;SAR=65;SRF=61;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00383032;STB=0.509812;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0183345;OID=.;OPOS=85133216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:264:137:137:118:127:0.481061:65:53:61:76:69:58:60:77 chr2 85282879 . A G 282.4 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0296885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.831;QD=12.4132;RBI=0.0305988;REFB=-0.00293461;REVB=0.00740794;RO=57;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142303;STB=0.586156;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00769508;OID=.;OPOS=85282879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:58:33:33:0.362637:16:17:22:35:16:17:22:36 chr2 85283329 . CTT C 141.27 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0188059;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=2;MLLD=265.82;QD=9.7425;RBI=0.0204192;REFB=-0.00394577;REVB=-0.00795497;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969754;STB=0.548151;STBP=0.562;TYPE=del;VARB=0.00548313;OID=.;OPOS=85283330;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396552:22:58:23:58:35:10:13:18:17:99:34:9:13:17:17 chr2 85283395 . C T 180.89 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0144154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8546;QD=12.9205;RBI=0.0169534;REFB=0.00642884;REVB=-0.00892269;RO=33;SAF=6;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241712;STB=0.650033;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0184822;OID=.;OPOS=85283395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:16:6:16:17:16:6:17:17 chr2 85546615 . C T 1932.63 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.19;QD=61.3534;RBI=0.0156725;REFB=0;REVB=0.00618654;RO=0;SAF=57;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93137e-06;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:126:0:0:122:126:1:65:57:0:0:67:59:0:0 chr2 85549527 . T C 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00525446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.272;QD=17.4331;RBI=0.0075582;REFB=-0.000697465;REVB=0.00543295;RO=43;SAF=27;SAR=10;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335012;STB=0.68828;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000972414;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:10:27:17:26:10:27:17:26 chr2 85549547 . C T 474.33 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00152296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.789;QD=18.973;RBI=0.00421114;REFB=-0.0175819;REVB=-0.0039261;RO=53;SAF=31;SAR=16;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202742;STB=0.613138;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0220537;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:16:31:24:29:16:31:24:29 chr2 85549868 . A G 62.04 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.441;QD=35.449;RBI=0.0575011;REFB=0;REVB=-0.0279343;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459789;OID=.;OPOS=85549868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:3:4:0:0 chr2 85549874 . A G 45.57 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00414449;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.008;QD=26.0411;RBI=0.00871635;REFB=-0.0693165;REVB=0.00766798;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000967198;OID=.;OPOS=85549874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr2 85553784 . C T 326.11 PASS AF=0.308824;AO=37;DP=131;FAO=42;FDP=136;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.0493784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5615;QD=9.59146;RBI=0.100255;REFB=-0.0237383;REVB=0.0872513;RO=94;SAF=15;SAR=22;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115798;STB=0.601244;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0541802;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:136:94:94:37:42:0.308824:22:15:47:47:27:15:47:47 chr2 85554080 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00909712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.957;QD=11.9536;RBI=0.0261889;REFB=-0.0193829;REVB=-0.0245581;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043798;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0199991;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:6:5:4:4:6:5 chr2 85570388 . G T 66.57 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0104612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.367;QD=3.02583;RBI=0.0224212;REFB=-0.00694363;REVB=-0.0198312;RO=75;SAF=5;SAR=8;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24752;STB=0.667554;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0403244;OID=.;OPOS=85570388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:88:88:75:75:13:13:0.147727:8:5:44:31:8:5:44:31 chr2 85570849 . C T 68.12 PASS AF=0.109677;AO=17;DP=156;FAO=17;FDP=155;FR=.;FRO=138;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=78;FWDB=0.0117345;FXX=0.00640985;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.833;QD=1.75782;RBI=0.015049;REFB=-0.000991266;REVB=-0.009422;RO=138;SAF=10;SAR=7;SRF=60;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185221;STB=0.634175;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0108267;OID=.;OPOS=85570849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:156:155:138:138:17:17:0.109677:7:10:60:78:7:10:60:78 chr2 85570857 . G A 91.17 PASS AF=0.130719;AO=20;DP=153;FAO=20;FDP=153;FR=.;FRO=133;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=-0.00372006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.89;QD=2.38342;RBI=0.0135606;REFB=-0.00166221;REVB=0.0130403;RO=132;SAF=11;SAR=9;SRF=53;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18521;STB=0.623191;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00887899;OID=.;OPOS=85570857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:153:153:132:133:20:20:0.130719:9:11:53:79:9:11:54:79 chr2 85571433 . G A 918.33 PASS AF=0.468599;AO=96;DP=207;FAO=97;FDP=207;FR=.;FRO=110;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=-0.00127389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7727;QD=17.7456;RBI=0.0502121;REFB=0.00703645;REVB=0.050196;RO=110;SAF=43;SAR=53;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646535;STB=0.500502;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00847164;OID=.;OPOS=85571433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:110:110:96:97:0.468599:53:43:50:60:53:44:50:60 chr2 85573033 . G A 2312.79 PASS AF=0.986577;AO=146;DP=148;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0274743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4567;QD=62.0884;RBI=0.057202;REFB=0.0379054;REVB=0.050172;RO=2;SAF=68;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000884246;STB=0.500505;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.000189275;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:149:2:2:146:147:0.986577:78:68:1:1:79:68:1:1 chr2 85573042 . C T 1024.23 PASS AF=0.614379;AO=94;DP=153;FAO=94;FDP=153;FR=.;FRO=59;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0233678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.972;QD=26.7773;RBI=0.0238999;REFB=0.00599452;REVB=0.00501516;RO=59;SAF=47;SAR=47;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102723;STB=0.555544;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.013474;OID=.;OPOS=85573042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:59:59:94:94:0.614379:47:47:21:38:47:47:21:38 chr2 85573049 . G A 509.43 PASS AF=0.385135;AO=57;DP=148;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.00560595;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=332.47;QD=13.7685;RBI=0.00639573;REFB=-0.00204759;REVB=-0.00307875;RO=91;SAF=21;SAR=36;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164013;STB=0.59299;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00357424;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:91:91:57:57:0.385135:36:21:47:44:36:21:47:44 chr2 85596906 . A G 562.96 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00701334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.863;QD=19.5814;RBI=0.0191647;REFB=-0.0063252;REVB=-0.0178353;RO=57;SAF=33;SAR=25;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070352;STB=0.538844;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00593067;OID=.;OPOS=85596906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:57:58:58:0.504348:25:33:28:29:25:33:28:29 chr2 85622059 . T C 598.99 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00384435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.375;QD=21.3925;RBI=0.0121586;REFB=-0.0130201;REVB=0.0115349;RO=52;SAF=32;SAR=28;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444863;STB=0.524426;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00940778;OID=.;OPOS=85622059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:28:32:25:27:28:32:25:27 chr2 85625222 . T G 489.15 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00633995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.464;QD=21.9842;RBI=0.0154541;REFB=-0.0145169;REVB=-0.0140938;RO=40;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151793;STB=0.503837;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0139081;OID=.;OPOS=85625222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:42:47:47:0.52809:22:25:22:18:22:25:22:20 chr2 85625892 . T C 1048.43 PASS AF=0.452282;AO=107;DP=239;FAO=109;FDP=241;FR=.;FRO=132;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=71;FSRR=61;FWDB=-0.00999626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0415;QD=17.4013;RBI=0.0435202;REFB=-0.0121452;REVB=0.0423566;RO=130;SAF=41;SAR=66;SRF=71;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163251;STB=0.584753;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0207393;OID=.;OPOS=85625892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:241:130:132:107:109:0.452282:66:41:71:59:67:42:71:61 chr2 85628983 . C T 575.09 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.031606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.87;QD=18.1132;RBI=0.0316082;REFB=-0.00593298;REVB=0.000373711;RO=67;SAF=26;SAR=34;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282843;STB=0.515695;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00527688;OID=.;OPOS=85628983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:67:60:60:0.472441:34:26:31:36:34:26:31:36 chr2 85769711 . C G 989.54 PASS AF=0.459574;AO=99;DP=229;FAO=108;FDP=235;FR=.;FRO=127;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=56;FSRR=71;FWDB=0.00136403;FXX=0.0167357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.557;QD=16.8433;RBI=0.00264373;REFB=-0.00796767;REVB=0.00226467;RO=117;SAF=44;SAR=55;SRF=49;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254854;STB=0.526942;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0117964;OID=.;OPOS=85769711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:235:117:127:99:108:0.459574:55:44:49:68:55:53:56:71 chr2 85780107 . G A 707.72 PASS AF=0.384259;AO=83;DP=216;FAO=83;FDP=216;FR=.;FRO=133;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=-0.00276248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6192;QD=13.1058;RBI=0.0646698;REFB=-0.00610492;REVB=0.0646107;RO=133;SAF=50;SAR=33;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133702;STB=0.575473;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0118365;OID=.;OPOS=85780107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:133:133:83:83:0.384259:33:50:64:69:33:50:64:69 chr2 85781318 . T G 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.148;QD=57.1753;RBI=0.0281188;REFB=0;REVB=0.0279546;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63761e-05;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr2 85808737 . A G 623.69 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.013979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2378;QD=18.4798;RBI=0.0390393;REFB=0.0199058;REVB=-0.0364508;RO=70;SAF=25;SAR=39;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105429;STB=0.562525;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0314375;OID=.;OPOS=85808737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:70:71:64:64:0.474074:39:25:35:35:39:25:36:35 chr2 85808982 . T C 872.25 PASS AF=0.437788;AO=95;DP=217;FAO=95;FDP=217;FR=.;FRO=122;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=0.0178815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0367;QD=16.0784;RBI=0.0201516;REFB=-0.00601394;REVB=0.00929201;RO=120;SAF=38;SAR=57;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11044;STB=0.557211;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00826147;OID=.;OPOS=85808982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:120:122:95:95:0.437788:57:38:61:59:57:38:61:61 chr2 85894308 . G T 548.42 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00632045;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.786;QD=24.1064;RBI=0.028925;REFB=-0.0247557;REVB=-0.028226;RO=38;SAF=28;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384245;STB=0.532629;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0203765;OID=.;OPOS=85894308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:40:51:51:0.56044:23:28:19:19:23:28:19:21 chr2 85895338 . T G 3781.12 PASS AF=1;AO=234;DP=234;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000249277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.977;QD=63.5483;RBI=0.0379737;REFB=0;REVB=0.0379729;RO=0;SAF=107;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78396e-06;OID=.;OPOS=85895338;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:238:0:0:234:238:1:127:107:0:0:130:108:0:0 chr2 85924729 . C T 4261.78 PASS AF=1;AO=272;DP=273;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360033;FXX=0.00366287;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.06;QD=62.6732;RBI=0.0435611;REFB=-0.0877297;REVB=0.0245221;RO=1;SAF=127;SAR=145;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032771;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65733e-05;OID=.;OPOS=85924729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:273:272:1:0:272:272:1:145:127:0:1:145:127:0:0 chr2 85925529 . A G 1865.7 PASS AF=0.755208;AO=144;DP=192;FAO=145;FDP=192;FR=.;FRO=47;FSAF=45;FSAR=100;FSRF=47;FSRR=0;FWDB=0.063328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.809;QD=38.8688;RBI=0.0737351;REFB=-0.0361634;REVB=-0.0377681;RO=0;SAF=44;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.671509;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00608739;OID=.;OPOS=85925529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:0:47:144:145:0.755208:100:44:0:0:100:45:47:0 chr2 85925756 . C G 1500.39 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00549548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8289;QD=55.57;RBI=0.00567836;REFB=-0.12606;REVB=-0.00142948;RO=3;SAF=53;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261002;STB=0.508908;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00181292;OID=.;OPOS=85925756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:108:108:3:4:104:104:0.962963:51:53:3:0:51:53:3:1 chr2 85925848 . C G 2512.37 PASS AF=0.993939;AO=163;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.193;QD=60.906;RBI=0.0338925;REFB=-0.0977168;REVB=0.0255165;RO=0;SAF=87;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19272e-08;STB=0.503225;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000248791;OID=.;OPOS=85925848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:165:165:0:1:163:164:0.993939:76:87:0:0:77:87:0:1 chr2 86259443 . C T 1449.15 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00771888;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.639;QD=57.3921;RBI=0.00779584;REFB=-0.10625;REVB=-0.00109272;RO=2;SAF=55;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00211192;STB=0.501113;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-3.30259e-06;OID=.;OPOS=86259443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:44:55:1:1:44:55:1:1 chr2 86272758 . G A 988.47 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.195;QD=59.0131;RBI=0.0130905;REFB=0;REVB=-0.00558649;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54609e-06;OID=.;OPOS=86272758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:34:33:0:0 chr2 86344237 . A G 400.25 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0263647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.657;QD=18.6164;RBI=0.0266647;REFB=-0.00934795;REVB=-0.0039881;RO=45;SAF=11;SAR=29;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224141;STB=0.612365;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00739614;OID=.;OPOS=86344237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:45:40:41:0.476744:29:11:22:23:29:12:22:23 chr2 86346138 . T G 536.0 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0217967;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.861;QD=18.6435;RBI=0.0239755;REFB=-0.00294184;REVB=-0.00998647;RO=60;SAF=21;SAR=35;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165945;STB=0.587551;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00293069;OID=.;OPOS=86346138;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:60:59:56:56:0.486957:35:21:33:27:35:21:32:27 chr2 86364653 . A G 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00914734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.063;QD=18.6734;RBI=0.0134884;REFB=-0.0129711;REVB=-0.0099128;RO=36;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124487;STB=0.569558;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0129661;OID=.;OPOS=86364653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:23:12:17:19:23:12:17:19 chr2 86406556 . C T 716.98 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225387;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.638;QD=57.358;RBI=0.0229745;REFB=0;REVB=0.00445331;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226464;OID=.;OPOS=86406556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr2 86481835 . C T 360.89 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0071901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.892;QD=14.2927;RBI=0.00727189;REFB=-0.00478432;REVB=0.00108761;RO=60;SAF=10;SAR=31;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265488;STB=0.651469;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00650643;OID=.;OPOS=86481835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:31:10:28:32:31:10:28:32 chr2 86683642 . A G 611.34 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.102731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2452;QD=56.8686;RBI=0.106867;REFB=-0.147826;REVB=0.0294409;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509748;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0106979;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:0:2:41:41:0.953488:28:13:0:0:28:13:1:1 chr2 86691250 . G A 4379.48 PASS AF=0.992958;AO=279;DP=285;FAO=282;FDP=284;FR=.;FRO=2;FSAF=137;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.020446;FXX=0.00350865;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.897;QD=61.6828;RBI=0.0303466;REFB=-0.11186;REVB=0.0224249;RO=3;SAF=137;SAR=142;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996592;STB=0.503424;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00060787;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:285:284:3:2:279:282:0.992958:142:137:0:3:145:137:0:2 chr2 86707313 . G A 499.56 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.00399138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.633;QD=16.9343;RBI=0.0392656;REFB=-0.00249034;REVB=-0.0390622;RO=64;SAF=33;SAR=21;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142774;STB=0.507949;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00254503;OID=.;OPOS=86707313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:21:33:40:24:21:33:40:24 chr2 86979093 . G A 4080.13 PASS AF=1;AO=263;DP=265;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140382;FXX=0.00377344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4491;QD=61.8202;RBI=0.0339885;REFB=-0.0207117;REVB=0.0309539;RO=2;SAF=141;SAR=122;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000522527;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000940163;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:265:264:2:0:263:264:1:122:141:1:1:123:141:0:0 chr2 87015633 . T TGA 1344.85 PASS AF=0.92381;AO=96;DP=107;FAO=97;FDP=105;FR=.;FRO=8;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00955195;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=2;MLLD=292.127;QD=51.2326;RBI=0.0207882;REFB=-0.0694293;REVB=0.0184637;RO=9;SAF=45;SAR=51;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220585;STB=0.507585;STBP=0.614;TYPE=ins;VARB=0.00450129;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.92381:96:107:97:105:8:46:51:3:5:27:9:45:51:3:6 chr2 87069379 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.031419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.963;QD=14.1956;RBI=0.0330031;REFB=-0.0187054;REVB=0.0101022;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083897;STB=0.548953;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0201583;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:9:13:10:5:9:13 chr2 87069431 . C T 143.99 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0557442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7973;QD=15.1572;RBI=0.0847746;REFB=0.0132869;REVB=0.0638695;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659381;STB=0.503812;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0121182;OID=.;OPOS=87069431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:11:5:7:15:11:5:7:15 chr2 87088964 . A G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0266366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7759;QD=6.26143;RBI=0.0383705;REFB=-0.00877788;REVB=-0.0276186;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557603;STB=0.535979;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0186164;OID=.;OPOS=87088964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:10:11:4:3:10:11 chr2 88315911 . T TGG 100.33 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245198;FXX=0.307456;HRUN=0;LEN=2;MLLD=183.322;QD=44.5928;RBI=0.0245198;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000341443;OID=.;OPOS=88315912;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:9:9:9:9:0:9:0:0:0:3:0:9:0:0:0 chr2 88315954 . C A 517.89 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00454576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=333.905;QD=54.5145;RBI=0.0298939;REFB=-0.109057;REVB=0.0295462;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533315;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000444901;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:0:2:36:36:0.947368:22:14:0:0:22:14:2:0 chr2 88315993 . A G 657.58 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0789064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2881;QD=59.78;RBI=0.0790818;REFB=-0.0257637;REVB=-0.00526471;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00182747;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:25:18:0:1:25:18:0:1 chr2 88316005 . G T 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00941912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5281;QD=13.8495;RBI=0.0308761;REFB=-0.0151685;REVB=0.0294044;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226393;STB=0.632417;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0131584;OID=.;OPOS=88316005;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:11:5:13:12:11:5:13:12 chr2 88387403 . C A 1481.45 PASS AF=1;AO=67;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.358;QD=61.727;RBI=0.0695463;REFB=0;REVB=0.0667739;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100304;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:67:96:1:23:44:0:0:50:46:0:0 chr2 88396210 . G A 539.47 PASS AF=0.405229;AO=62;DP=153;FAO=62;FDP=153;FR=.;FRO=91;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.0170749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.674;QD=14.1037;RBI=0.0171423;REFB=-0.0112256;REVB=-0.00151899;RO=91;SAF=39;SAR=23;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134189;STB=0.575621;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0134575;OID=.;OPOS=88396210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:91:91:62:62:0.405229:23:39:46:45:23:39:46:45 chr2 88407959 . T C 822.03 PASS AF=0.491228;AO=84;DP=171;FAO=84;FDP=171;FR=.;FRO=87;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=-0.00280497;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2696;QD=19.2287;RBI=0.0153633;REFB=-0.0238896;REVB=0.0151051;RO=80;SAF=49;SAR=35;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140886;STB=0.591815;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0269393;OID=.;OPOS=88407959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:80:87:84:84:0.491228:35:49:34:46:35:49:35:52 chr2 88411605 . A T 2724.4 PASS AF=0.988889;AO=177;DP=180;FAO=178;FDP=180;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0502926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5403;QD=60.5423;RBI=0.0510454;REFB=-0.0884387;REVB=0.0087339;RO=2;SAF=97;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00103082;STB=0.506172;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00358301;OID=.;OPOS=88411605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:180:180:2:2:177:178:0.988889:80:97:1:1:80:98:0:2 chr2 88411636 . T C 1197.13 PASS AF=0.618497;AO=107;DP=173;FAO=107;FDP=173;FR=.;FRO=66;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00714129;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.222;QD=27.6793;RBI=0.00871341;REFB=-0.0200856;REVB=0.00499255;RO=65;SAF=55;SAR=52;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495021;STB=0.523599;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0129255;OID=.;OPOS=88411636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:65:66:107:107:0.618497:52:55:38:27:52:55:38:28 chr2 88424066 . T C 295.79 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=111;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.00351063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.188;QD=10.564;RBI=0.0140859;REFB=-0.0140699;REVB=-0.0136414;RO=73;SAF=17;SAR=21;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129732;STB=0.570188;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0262478;OID=.;OPOS=88424066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:73:74:38:38:0.339286:21:17:41:32:21:17:41:33 chr2 88472791 . G A 941.11 PASS AF=0.479592;AO=94;DP=196;FAO=94;FDP=196;FR=.;FRO=102;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=40;FWDB=0.00376261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.107;QD=19.2063;RBI=0.0111062;REFB=-0.0256449;REVB=-0.0104494;RO=102;SAF=58;SAR=36;SRF=62;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00913499;STB=0.50504;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0263024;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:102:102:94:94:0.479592:36:58:62:40:36:58:62:40 chr2 88482258 . G A 484.67 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0152694;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.892;QD=18.8222;RBI=0.0155194;REFB=-0.00236516;REVB=0.00277441;RO=52;SAF=28;SAR=23;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448853;STB=0.524856;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00230144;OID=.;OPOS=88482258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:52:52:51:51:0.495146:23:28:26:26:23:28:26:26 chr2 88485154 . A G 663.46 PASS AF=0.382653;AO=75;DP=197;FAO=75;FDP=196;FR=.;FRO=121;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=74;FWDB=-0.0190819;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.06;QD=13.54;RBI=0.0191013;REFB=-0.0208708;REVB=0.000859102;RO=120;SAF=27;SAR=48;SRF=47;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369736;STB=0.518838;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0311581;OID=.;OPOS=88485154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:120:121:75:75:0.382653:48:27:47:73:48:27:47:74 chr2 88485166 . G A 652.08 PASS AF=0.385417;AO=74;DP=192;FAO=74;FDP=192;FR=.;FRO=118;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=75;FWDB=-0.00236834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0173;QD=13.585;RBI=0.00286097;REFB=-0.0116677;REVB=0.00160503;RO=117;SAF=26;SAR=48;SRF=43;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019122;STB=0.508753;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0109081;OID=.;OPOS=88485166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:117:118:74:74:0.385417:48:26:43:74:48:26:43:75 chr2 88874891 . C A 708.92 PASS AF=0.561983;AO=68;DP=121;FAO=68;FDP=121;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00737559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.827;QD=23.4355;RBI=0.0160148;REFB=-0.0093216;REVB=0.0142153;RO=53;SAF=31;SAR=37;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177425;STB=0.50969;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0070019;OID=.;OPOS=88874891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:53:53:68:68:0.561983:37:31:23:30:37:31:23:30 chr2 88895123 . T C 758.93 PASS AF=0.549618;AO=72;DP=132;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00553324;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.771;QD=23.1735;RBI=0.0200608;REFB=-0.00861598;REVB=0.0192827;RO=59;SAF=45;SAR=27;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113424;STB=0.562113;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00821392;OID=.;OPOS=88895123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:59:59:72:72:0.549618:27:45:29:30:27:45:29:30 chr2 88895351 . T C 541.58 PASS AF=0.525773;AO=50;DP=96;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0340214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.589;QD=22.3331;RBI=0.0340627;REFB=0.00514719;REVB=0.0016765;RO=45;SAF=28;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614685;STB=0.533644;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00547618;OID=.;OPOS=88895351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:45:46:50:51:0.525773:22:28:22:23:23:28:22:24 chr2 88913273 . G C 655.51 PASS AF=0.455782;AO=67;DP=147;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0015095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.439;QD=17.837;RBI=0.0104016;REFB=-0.0199387;REVB=-0.0102915;RO=79;SAF=31;SAR=36;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916499;STB=0.547431;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0178973;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:79:80:67:67:0.455782:36:31:44:35:36:31:44:36 chr2 89161069 . G C 789.91 PASS AF=0.39485;AO=87;DP=232;FAO=92;FDP=233;FR=.;FRO=141;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=62;FSRR=79;FWDB=-0.0216875;FXX=0.0168769;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.461;QD=13.5607;RBI=0.0221163;REFB=-0.00856661;REVB=-0.0043337;RO=137;SAF=34;SAR=53;SRF=58;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367533;STB=0.509759;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0132585;OID=.;OPOS=89161069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:233:137:141:87:92:0.39485:53:34:58:79:53:39:62:79 chr2 89197190 . C T 1813.29 PASS AF=0.461165;AO=190;DP=412;FAO=190;FDP=412;FR=.;FRO=222;FSAF=81;FSAR=109;FSRF=120;FSRR=102;FWDB=0.00807863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.522;QD=17.6048;RBI=0.011476;REFB=-0.0169059;REVB=-0.00815078;RO=222;SAF=81;SAR=109;SRF=120;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111982;STB=0.561763;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.019582;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:412:412:222:222:190:190:0.461165:109:81:120:102:109:81:120:102 chr2 90121675 . T C 925.78 PASS AF=1;AO=50;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.185;QD=57.8615;RBI=0.0470072;REFB=0;REVB=0.0469107;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00539755;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:50:64:1:24:26:0:0:36:28:0:0 chr2 90139116 . G A 500.96 PASS AF=0.360947;AO=60;DP=169;FAO=61;FDP=169;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=-0.00144596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.756;QD=11.8571;RBI=0.062161;REFB=-0.0100539;REVB=-0.0621442;RO=108;SAF=38;SAR=22;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153855;STB=0.580299;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0159864;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:108:108:60:61:0.360947:22:38:54:54:23:38:54:54 chr2 90212136 . T C 470.44 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0468796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2696;QD=20.6785;RBI=0.0477457;REFB=0.0148208;REVB=-0.00905262;RO=44;SAF=23;SAR=23;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505492;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0169938;OID=.;OPOS=90212136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:23:23:22:22:23:23:22:23 chr2 95483038 . AT A,ATT 37.93 PASS AF=0.75,0;AO=5,2;DP=16;FAO=12,0;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=10,0;FSAR=2,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.233775,-0.25932;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.77675,6.82773;QD=9.48352;RBI=0.244139,0.265921;REFB=0.0188278,-0.00513758;REVB=0.0703786,-0.0588839;RO=7;SAF=5,1;SAR=0,1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.639247;STB=0.535652,0.5;STBP=0.8,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0698161,0.013104;OID=.,.;OPOS=95483039,95483039;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75,0:5,2:16:12,0:16:4:10,0:2,0:3:1:14:7:5,1:0,1:7:0 chr2 95537572 . C T 897.26 PASS AF=0.565789;AO=86;DP=152;FAO=86;FDP=152;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=64;FSRF=18;FSRR=48;FWDB=0.0231955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.4;QD=23.6121;RBI=0.0325721;REFB=-0.0316528;REVB=0.0228671;RO=65;SAF=22;SAR=64;SRF=18;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216369;STB=0.509552;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0253607;OID=.;OPOS=95537572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:65:66:86:86:0.565789:64:22:18:47:64:22:18:48 chr2 95537622 . A G 467.34 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00898702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.387;QD=16.8411;RBI=0.0121387;REFB=-0.0158944;REVB=-0.00815983;RO=59;SAF=32;SAR=19;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172062;STB=0.503405;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0211506;OID=.;OPOS=95537622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:60:51:51:0.459459:19:32:38:21:19:32:38:22 chr2 95542363 . C G 202.09 PASS AF=0.181818;AO=34;DP=198;FAO=36;FDP=198;FR=.;FRO=162;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=81;FSRR=81;FWDB=-0.00838165;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.576;QD=4.08257;RBI=0.0510703;REFB=-0.00589731;REVB=-0.0503778;RO=162;SAF=22;SAR=12;SRF=82;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183809;STB=0.615189;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0259305;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:162:162:34:36:0.181818:12:22:82:80:13:23:81:81 chr2 95542376 . GC TT 232.92 PASS AF=0.188341;AO=41;DP=224;FAO=42;FDP=223;FR=.;FRO=181;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=89;FSRR=92;FWDB=-0.00255251;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.47;QD=4.17798;RBI=0.0308088;REFB=-0.00708069;REVB=-0.0307028;RO=174;SAF=27;SAR=14;SRF=89;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193238;STB=0.644307;STBP=0.046;TYPE=mnp;VARB=0.0339085;OID=.;OPOS=95542376;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:174:181:41:42:0.188341:14:27:89:85:14:28:89:92 chr2 95542415 . CA CG,TG 243.33 PASS AF=0.0461538,0.142308;AO=12,37;DP=260;FAO=12,37;FDP=260;FR=.;FRO=211;FSAF=7,26;FSAR=5,11;FSRF=114;FSRR=97;FWDB=-0.0166014,-0.00951699;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=124.23,136.136;QD=3.74357;RBI=0.0166966,0.00987848;REFB=-0.000284394,-0.00279289;REVB=0.00178107,0.00264788;RO=209;SAF=7,26;SAR=5,11;SRF=112;SRR=97;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0475525,0.223171;STB=0.54125,0.645732;STBP=0.849,0.048;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00860236,0.0141988;OID=.,.;OPOS=95542416,95542415;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:260:260:209:211:12,37:12,37:0.0461538,0.142308:5,11:7,26:112:97:5,11:7,26:114:97 chr2 95542419 . G A 263.42 PASS AF=0.186047;AO=48;DP=258;FAO=48;FDP=258;FR=.;FRO=210;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=115;FSRR=95;FWDB=-0.0458037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6526;QD=4.08403;RBI=0.0469953;REFB=-0.00392937;REVB=0.0105156;RO=208;SAF=32;SAR=16;SRF=113;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165628;STB=0.601582;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0197936;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:208:210:48:48:0.186047:16:32:113:95:16:32:115:95 chr2 95542476 . C T 221.66 PASS AF=0.168627;AO=43;DP=257;FAO=43;FDP=255;FR=.;FRO=212;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=118;FSRR=94;FWDB=0.0253061;FXX=0.0077818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.701;QD=3.47708;RBI=0.0265704;REFB=-0.00428177;REVB=-0.00809853;RO=213;SAF=30;SAR=13;SRF=119;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19004;STB=0.625183;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0297393;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:255:213:212:43:43:0.168627:13:30:119:94:13:30:118:94 chr2 95542482 . C A 129.44 PASS AF=0.125;AO=31;DP=248;FAO=31;FDP=248;FR=.;FRO=217;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=124;FSRR=93;FWDB=-0.00643808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.312;QD=2.0878;RBI=0.018462;REFB=0.00318842;REVB=-0.017303;RO=217;SAF=22;SAR=9;SRF=124;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185616;STB=0.630603;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00909911;OID=.;OPOS=95542482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:217:217:31:31:0.125:9:22:124:93:9:22:124:93 chr2 95542485 . A C 100.6 PASS AF=0.133891;AO=32;DP=243;FAO=32;FDP=239;FR=.;FRO=207;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=114;FSRR=93;FWDB=0.00931274;FXX=0.020491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.401;QD=1.68376;RBI=0.00960851;REFB=-0.0109227;REVB=-0.00236567;RO=208;SAF=24;SAR=8;SRF=115;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267306;STB=0.686951;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.122919;OID=.;OPOS=95542485;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:239:208:207:32:32:0.133891:8:24:115:93:8:24:114:93 chr2 95847040 . TGCG T 1076.43 PASS AF=1;AO=69;DP=75;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910214;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=3;MLLD=268.848;QD=60.6441;RBI=0.039779;REFB=0;REVB=0.0387237;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.09791e-05;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:75:71:71:0:35:36:0:0:6:0:33:36:0:0 chr2 95848354 . G A 1863.25 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00837296;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8417;QD=60.5936;RBI=0.0538549;REFB=0.0761166;REVB=-0.0532001;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000796271;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:123:0:1:122:122:0.99187:64:58:0:0:64:58:1:0 chr2 95941855 . C T 185.55 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0692491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5376;QD=13.7443;RBI=0.080604;REFB=-0.0033123;REVB=0.0412501;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322703;STB=0.518502;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00767136;OID=.;OPOS=95941855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:11:11:17:15:11:11:17:15 chr2 95947085 . A G 4749.06 PASS AF=1;AO=302;DP=302;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.824;QD=62.4876;RBI=0.026738;REFB=0;REVB=0.0253618;RO=0;SAF=178;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04016e-05;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:302:304:0:0:302:304:1:124:178:0:0:126:178:0:0 chr2 95963242 . C G 595.19 PASS AF=1;AO=31;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8695;QD=58.0676;RBI=0.0302553;REFB=0;REVB=0.0119816;RO=1;SAF=28;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64152e-06;OID=.;OPOS=95963242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:1:0:31:41:1:3:28:1:0:3:38:0:0 chr2 96195632 . T C 2748.21 PASS AF=0.967742;AO=180;DP=187;FAO=180;FDP=186;FR=.;FRO=6;FSAF=80;FSAR=100;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.011144;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.383;QD=59.1013;RBI=0.021192;REFB=-0.0327334;REVB=0.0180253;RO=4;SAF=80;SAR=100;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00232634;STB=0.501814;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00207766;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:187:186:4:6:180:180:0.967742:100:80:2:2:100:80:3:3 chr2 96517471 . A G 41.89 PASS AF=0.0828025;AO=13;DP=157;FAO=13;FDP=157;FR=.;FRO=144;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=72;FSRR=72;FWDB=-0.0216769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.6013;QD=1.06731;RBI=0.0225353;REFB=-0.00321486;REVB=-0.00616052;RO=144;SAF=6;SAR=7;SRF=72;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437873;STB=0.53524;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00786764;OID=.;OPOS=96517471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:157:157:144:144:13:13:0.0828025:7:6:72:72:7:6:72:72 chr2 96517474 . G A 36.53 PASS AF=0.0769231;AO=12;DP=156;FAO=12;FDP=156;FR=.;FRO=144;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=71;FSRR=73;FWDB=-0.0349342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.944;QD=0.936657;RBI=0.0381015;REFB=-0.000806772;REVB=-0.0152095;RO=143;SAF=7;SAR=5;SRF=71;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968599;STB=0.583195;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0179888;OID=.;OPOS=96517474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:156:156:143:144:12:12:0.0769231:5:7:71:72:5:7:71:73 chr2 96517484 . T G 69.07 PASS AF=0.109756;AO=18;DP=164;FAO=18;FDP=164;FR=.;FRO=146;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=71;FSRR=75;FWDB=0.063545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6806;QD=1.68452;RBI=0.0842215;REFB=-0.00396802;REVB=0.0552748;RO=146;SAF=10;SAR=8;SRF=71;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844078;STB=0.561502;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0411434;OID=.;OPOS=96517484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:164:164:146:146:18:18:0.109756:8:10:71:75:8:10:71:75 chr2 96517502 . A C 136.99 PASS AF=0.170068;AO=22;DP=145;FAO=25;FDP=147;FR=.;FRO=122;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=-0.012866;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.012;QD=3.72767;RBI=0.0174322;REFB=-0.000622312;REVB=0.0117621;RO=119;SAF=13;SAR=9;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896932;STB=0.503814;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00910061;OID=.;OPOS=96517502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:119:122:22:25:0.170068:9:13:62:57:12:13:64:58 chr2 96517518 . A G 240.16 PASS AF=0.24;AO=35;DP=149;FAO=36;FDP=150;FR=.;FRO=114;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=0.0497589;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2189;QD=6.40432;RBI=0.0679075;REFB=-0.0190676;REVB=0.0462113;RO=113;SAF=16;SAR=19;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483795;STB=0.521115;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0654337;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:113:114:35:36:0.24:19:16:56:57:19:17:57:57 chr2 96517882 . G A 36.09 PASS AF=0.0693069;AO=14;DP=202;FAO=14;FDP=202;FR=.;FRO=188;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=93;FSRR=95;FWDB=-0.0496204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.208;QD=0.714735;RBI=0.0521643;REFB=-0.00231521;REVB=0.0160914;RO=186;SAF=8;SAR=6;SRF=92;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836473;STB=0.571327;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0229683;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:202:202:186:188:14:14:0.0693069:6:8:92:94:6:8:93:95 chr2 96517885 . G A 92.24 PASS AF=0.115;AO=23;DP=200;FAO=23;FDP=200;FR=.;FRO=177;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=87;FSRR=90;FWDB=-0.00291001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.124;QD=1.84475;RBI=0.0221892;REFB=-0.00143892;REVB=-0.0219975;RO=170;SAF=11;SAR=12;SRF=81;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0022303;STB=0.511739;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0203266;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:200:200:170:177:23:23:0.115:12:11:81:89:12:11:87:90 chr2 96521297 . T C 444.55 PASS AF=0.868421;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0455648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.792;QD=46.7948;RBI=0.0536312;REFB=-0.0339629;REVB=0.0282871;RO=5;SAF=4;SAR=29;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740714;STB=0.53966;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00682644;OID=.;OPOS=96521297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:38:38:5:5:33:33:0.868421:29:4:0:5:29:4:0:5 chr2 96521324 . A G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.73;QD=18.7667;RBI=0.0204693;REFB=0.00405623;REVB=0.0204693;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111071;OID=.;OPOS=96521324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:6:0:0:3:6:0:0:3 chr2 96521438 . A G 42.33 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.010156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2533;QD=2.28816;RBI=0.148722;REFB=0.00752779;REVB=0.148375;RO=65;SAF=4;SAR=5;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149133;STB=0.608074;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0429294;OID=.;OPOS=96521438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:5:4:37:28:5:4:37:28 chr2 96521455 . A G 63.92 PASS AF=0.135417;AO=13;DP=96;FAO=13;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.00738461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.475;QD=2.66325;RBI=0.0117723;REFB=-0.00319869;REVB=0.00916812;RO=83;SAF=7;SAR=6;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196601;STB=0.513711;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0160597;OID=.;OPOS=96521455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:96:83:83:13:13:0.135417:6:7:46:37:6:7:46:37 chr2 96521481 . C T 92.38 PASS AF=0.147287;AO=21;DP=131;FAO=19;FDP=129;FR=.;FRO=110;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=47;FWDB=-0.0154424;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.989;QD=2.86463;RBI=0.0183882;REFB=-0.00649815;REVB=-0.0099828;RO=108;SAF=12;SAR=9;SRF=63;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.552374;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0119116;OID=.;OPOS=96521481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:131:129:108:110:21:19:0.147287:9:12:63:45:7:12:63:47 chr2 96521483 . TG CA 88.03 PASS AF=0.147287;AO=15;DP=126;FAO=19;FDP=129;FR=.;FRO=110;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.00455027;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.477;QD=2.72965;RBI=0.0143371;REFB=-0.00346827;REVB=-0.0135959;RO=110;SAF=9;SAR=6;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570264;STB=0.567975;STBP=0.508;TYPE=mnp;VARB=0.0161835;OID=.;OPOS=96521483;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:126:129:110:110:15:19:0.147287:6:9:61:49:7:12:61:49 chr2 96521486 . G A 102.07 PASS AF=0.157895;AO=21;DP=135;FAO=21;FDP=133;FR=.;FRO=112;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=-8.98265e-05;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.843;QD=3.06976;RBI=0.0140399;REFB=-0.00237273;REVB=-0.0140397;RO=111;SAF=13;SAR=8;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079105;STB=0.556814;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0114852;OID=.;OPOS=96521486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:111:112:21:21:0.157895:8:13:62:49:8:13:62:50 chr2 96521512 . A C 467.76 PASS AF=0.304348;AO=63;DP=208;FAO=63;FDP=207;FR=.;FRO=144;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=85;FSRR=59;FWDB=-0.0718073;FXX=0.00480746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6677;QD=9.03879;RBI=0.0796176;REFB=-0.0101911;REVB=0.03439;RO=144;SAF=31;SAR=32;SRF=85;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117605;STB=0.568171;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0252651;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:144:144:63:63:0.304348:32:31:85:59:32:31:85:59 chr2 96521548 . G A 412.32 PASS AF=0.245136;AO=62;DP=257;FAO=63;FDP=257;FR=.;FRO=194;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=107;FSRR=87;FWDB=-0.00610293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.705;QD=6.4175;RBI=0.00968215;REFB=-0.00270779;REVB=-0.00751653;RO=190;SAF=30;SAR=32;SRF=104;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798427;STB=0.544835;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0116534;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:190:194:62:63:0.245136:32:30:104:86:32:31:107:87 chr2 96521556 . T C 371.83 PASS AF=0.225564;AO=60;DP=267;FAO=60;FDP=266;FR=.;FRO=206;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=115;FSRR=91;FWDB=-0.00972821;FXX=0.00374518;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.826;QD=5.5915;RBI=0.0158892;REFB=-0.0111904;REVB=-0.012563;RO=202;SAF=29;SAR=31;SRF=113;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966674;STB=0.557841;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.035237;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:202:206:60:60:0.225564:31:29:113:89:31:29:115:91 chr2 96521563 . G A 201.94 PASS AF=0.148789;AO=43;DP=287;FAO=43;FDP=289;FR=.;FRO=246;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=138;FSRR=108;FWDB=-0.00201463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.231;QD=2.79504;RBI=0.00866902;REFB=-0.00159798;REVB=-0.00843168;RO=244;SAF=18;SAR=25;SRF=138;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1873;STB=0.619583;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0346866;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:289:244:246:43:43:0.148789:25:18:138:106:25:18:138:108 chr2 96521607 . GGT CAC 208.89 PASS AF=0.140719;AO=46;DP=334;FAO=47;FDP=334;FR=.;FRO=287;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=159;FSRR=128;FWDB=-0.00870998;FXX=0.00298499;HRUN=2;LEN=3;MLLD=235.339;QD=2.50163;RBI=0.0106281;REFB=0.00312829;REVB=0.00609031;RO=285;SAF=18;SAR=28;SRF=157;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202607;STB=0.627023;STBP=0.063;TYPE=mnp;VARB=-0.0201193;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:334:285:287:46:47:0.140719:28:18:157:128:28:19:159:128 chr2 96521640 . C T 76.72 PASS AF=0.078534;AO=27;DP=382;FAO=30;FDP=382;FR=.;FRO=352;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=188;FSRR=164;FWDB=-0.0160282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.631;QD=0.803372;RBI=0.0745149;REFB=-0.00412477;REVB=-0.0727706;RO=336;SAF=11;SAR=16;SRF=186;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163722;STB=0.59214;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.044229;OID=.;OPOS=96521640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:382:382:336:352:27:30:0.078534:16:11:186:150:17:13:188:164 chr2 96523096 . T C 1227.44 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.334;QD=61.3718;RBI=0.0132558;REFB=0;REVB=0.011797;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47274e-05;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr2 96525640 . G T 92.55 PASS AF=0.148438;AO=20;DP=128;FAO=19;FDP=128;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-0.00282157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.09;QD=2.89232;RBI=0.0262361;REFB=-0.00218223;REVB=-0.026084;RO=106;SAF=8;SAR=12;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18536;STB=0.59401;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00797071;OID=.;OPOS=96525640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:128:128:106:109:20:19:0.148438:12:8:58:48:11:8:58:51 chr2 96525643 . T C 40.46 PASS AF=0.0863309;AO=12;DP=138;FAO=12;FDP=139;FR=.;FRO=127;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=-0.00649212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.029;QD=1.16421;RBI=0.00727853;REFB=-0.00247218;REVB=0.00329082;RO=124;SAF=8;SAR=4;SRF=65;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167028;STB=0.637022;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0269083;OID=.;OPOS=96525643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:138:139:124:127:12:12:0.0863309:4:8:65:59:4:8:66:61 chr2 96525652 . T C 184.91 PASS AF=0.206897;AO=30;DP=145;FAO=30;FDP=145;FR=.;FRO=115;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=-0.0150635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.963;QD=5.10091;RBI=0.0244434;REFB=-0.00504611;REVB=-0.0192502;RO=114;SAF=17;SAR=13;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405656;STB=0.52901;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0166894;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:114:115:30:30:0.206897:13:17:61:53:13:17:61:54 chr2 96525659 . C T 125.26 PASS AF=0.15894;AO=23;DP=150;FAO=24;FDP=151;FR=.;FRO=127;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=70;FSRR=57;FWDB=-0.0448712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4249;QD=3.31824;RBI=0.0920773;REFB=-0.00344043;REVB=-0.080404;RO=126;SAF=10;SAR=13;SRF=70;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152684;STB=0.61193;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0174128;OID=.;OPOS=96525659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:126:127:23:24:0.15894:13:10:70:56:14:10:70:57 chr2 96525718 . G T 128.07 PASS AF=0.140097;AO=25;DP=203;FAO=29;FDP=207;FR=.;FRO=178;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=95;FSRR=83;FWDB=-0.00481863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.875;QD=2.47469;RBI=0.0133159;REFB=-0.00616658;REVB=-0.0124135;RO=164;SAF=14;SAR=11;SRF=88;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297804;STB=0.545761;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0287949;OID=.;OPOS=96525718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:207:164:178:25:29:0.140097:11:14:88:76:12:17:95:83 chr2 96525723 . C T 90.67 PASS AF=0.1133;AO=23;DP=204;FAO=23;FDP=203;FR=.;FRO=180;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=94;FSRR=86;FWDB=0.0163736;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.231;QD=1.78667;RBI=0.0221425;REFB=0.000621101;REVB=-0.0149061;RO=177;SAF=15;SAR=8;SRF=93;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159819;STB=0.617775;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0604321;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:204:203:177:180:23:23:0.1133:8:15:93:84:8:15:94:86 chr2 96525736 . T C 78.32 PASS AF=0.102326;AO=22;DP=215;FAO=22;FDP=215;FR=.;FRO=193;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=103;FSRR=90;FWDB=0.0279638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.34;QD=1.45708;RBI=0.0281271;REFB=-0.000584258;REVB=-0.00302653;RO=189;SAF=14;SAR=8;SRF=103;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113867;STB=0.594367;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0181099;OID=.;OPOS=96525736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:215:215:189:193:22:22:0.102326:8:14:103:86:8:14:103:90 chr2 96525750 . T A 40.11 PASS AF=0.0701754;AO=16;DP=228;FAO=16;FDP=228;FR=.;FRO=212;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=112;FSRR=100;FWDB=-0.0346376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5708;QD=0.703658;RBI=0.0464465;REFB=-0.00222915;REVB=-0.0309437;RO=211;SAF=11;SAR=5;SRF=111;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180339;STB=0.652347;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0438222;OID=.;OPOS=96525750;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:228:228:211:212:16:16:0.0701754:5:11:111:100:5:11:112:100 chr2 96525755 . A T 52.2 PASS AF=0.079646;AO=17;DP=227;FAO=18;FDP=226;FR=.;FRO=208;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=110;FSRR=98;FWDB=-0.0287041;FXX=0.0130999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.651;QD=0.923873;RBI=0.0411467;REFB=-0.00316712;REVB=-0.0294809;RO=199;SAF=9;SAR=8;SRF=106;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00369991;STB=0.524725;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0437285;OID=.;OPOS=96525755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:227:226:199:208:17:18:0.079646:8:9:106:93:8:10:110:98 chr2 96548068 . C T 881.28 PASS AF=0.461538;AO=88;DP=195;FAO=90;FDP=195;FR=.;FRO=105;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=-0.0428993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.679;QD=18.0776;RBI=0.043642;REFB=-0.0214957;REVB=-0.00801699;RO=104;SAF=37;SAR=51;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122419;STB=0.502612;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0174983;OID=.;OPOS=96548068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:104:105:88:90:0.461538:51:37:45:59:51:39:45:60 chr2 96581940 . G A 762.78 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=170;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=-0.0723882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.256;QD=17.9478;RBI=0.0726776;REFB=-0.00154794;REVB=0.00648008;RO=90;SAF=36;SAR=44;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153222;STB=0.584675;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00124781;OID=.;OPOS=96581940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:90:90:80:80:0.470588:44:36:55:35:44:36:55:35 chr2 96583735 . A C 178.67 PASS AF=0.252525;AO=25;DP=99;FAO=25;FDP=99;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0062105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.77;QD=7.21877;RBI=0.00644234;REFB=-0.014092;REVB=0.00171275;RO=74;SAF=11;SAR=14;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409779;STB=0.524837;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0552617;OID=.;OPOS=96583735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:74:74:25:25:0.252525:14:11:35:39:14:11:35:39 chr2 96587496 . C T 322.04 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.005548;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.906;QD=16.5148;RBI=0.00856698;REFB=-0.0266669;REVB=-0.00652785;RO=44;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135319;STB=0.520434;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0371508;OID=.;OPOS=96587496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:43:34:35:0.448718:15:19:24:20:15:20:23:20 chr2 96592982 . T C 83.47 PASS AF=0.0873494;AO=29;DP=334;FAO=29;FDP=332;FR=.;FRO=303;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=135;FSRR=168;FWDB=-0.0115723;FXX=0.00598784;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.463;QD=1.00565;RBI=0.0196714;REFB=-0.00376821;REVB=-0.0159074;RO=304;SAF=6;SAR=23;SRF=135;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299153;STB=0.738716;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0388145;OID=.;OPOS=96592982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:334:332:304:303:29:29:0.0873494:23:6:135:169:23:6:135:168 chr2 96593000 . A G 305.9 PASS AF=0.162304;AO=62;DP=388;FAO=62;FDP=382;FR=.;FRO=320;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=140;FSRR=180;FWDB=-0.0133828;FXX=0.0154635;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.226;QD=3.20315;RBI=0.0233795;REFB=-0.00841781;REVB=0.0191703;RO=319;SAF=16;SAR=46;SRF=140;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253285;STB=0.664881;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0528915;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:382:319:320:62:62:0.162304:46:16:140:179:46:16:140:180 chr2 96593016 . C A 682.43 PASS AF=0.239726;AO=103;DP=439;FAO=105;FDP=438;FR=.;FRO=333;FSAF=32;FSAR=73;FSRF=151;FSRR=182;FWDB=-0.0715152;FXX=0.00454535;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2428;QD=6.2322;RBI=0.0800028;REFB=-0.0224224;REVB=-0.0358611;RO=323;SAF=32;SAR=71;SRF=146;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189921;STB=0.620776;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0548206;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:439:438:323:333:103:105:0.239726:71:32:146:177:73:32:151:182 chr2 96593025 . C T 753.9 PASS AF=0.249453;AO=114;DP=457;FAO=114;FDP=457;FR=.;FRO=343;FSAF=35;FSAR=79;FSRF=155;FSRR=188;FWDB=0.00306696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.873;QD=6.59872;RBI=0.0104;REFB=-0.00218564;REVB=-0.00993754;RO=343;SAF=35;SAR=79;SRF=155;SRR=188;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194342;STB=0.616279;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0166815;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:457:457:343:343:114:114:0.249453:79:35:155:188:79:35:155:188 chr2 96593100 . G A 381.73 PASS AF=0.193084;AO=66;DP=345;FAO=67;FDP=347;FR=.;FRO=280;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=127;FSRR=153;FWDB=-0.00943138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9917;QD=4.40035;RBI=0.0351226;REFB=-0.0061457;REVB=-0.0338327;RO=278;SAF=23;SAR=43;SRF=125;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135993;STB=0.59291;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0243187;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:347:278:280:66:67:0.193084:43:23:125:153:44:23:127:153 chr2 96593108 . T G 452.61 PASS AF=0.232787;AO=71;DP=308;FAO=71;FDP=305;FR=.;FRO=234;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=114;FSRR=120;FWDB=0.0480724;FXX=0.00973994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2822;QD=5.93582;RBI=0.062747;REFB=-0.0109061;REVB=0.0403265;RO=230;SAF=25;SAR=46;SRF=113;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18053;STB=0.606381;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0462972;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:305:230:234:71:71:0.232787:46:25:113:117:46:25:114:120 chr2 96593118 . T A 412.09 PASS AF=0.2397;AO=64;DP=266;FAO=64;FDP=267;FR=.;FRO=203;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=99;FSRR=104;FWDB=-0.0366256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8161;QD=6.17356;RBI=0.0401766;REFB=-0.00671026;REVB=0.0165145;RO=199;SAF=20;SAR=44;SRF=96;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223079;STB=0.638803;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0209194;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:199:203:64:64:0.2397:44:20:96:103:44:20:99:104 chr2 96593174 . A T 30.67 PASS AF=0.0666667;AO=11;DP=180;FAO=12;FDP=180;FR=.;FRO=168;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=90;FSRR=78;FWDB=0.0164563;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.691;QD=0.681501;RBI=0.0185843;REFB=0.00181292;REVB=0.00863524;RO=166;SAF=4;SAR=7;SRF=87;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166025;STB=0.685827;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0123267;OID=.;OPOS=96593174;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:180:180:166:168:11:12:0.0666667:7:4:87:79:8:4:90:78 chr2 96594958 . G A 448.05 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0151685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0038;QD=17.5706;RBI=0.0618055;REFB=-0.0210403;REVB=-0.0599152;RO=53;SAF=25;SAR=23;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818164;STB=0.550102;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0194003;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:53:54:48:48:0.470588:23:25:23:30:23:25:23:31 chr2 96594966 . T G 773.84 PASS AF=0.622807;AO=71;DP=114;FAO=71;FDP=114;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0195762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0426;QD=27.1522;RBI=0.0661935;REFB=-0.00487945;REVB=0.0632325;RO=41;SAF=39;SAR=32;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123605;STB=0.5752;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00388161;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:41:43:71:71:0.622807:32:39:15:26:32:39:15:28 chr2 96595032 . A T 1158.85 PASS AF=0.651899;AO=100;DP=156;FAO=103;FDP=158;FR=.;FRO=55;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0301541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.476;QD=29.338;RBI=0.0306903;REFB=0.00480792;REVB=0.00571186;RO=55;SAF=56;SAR=44;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105348;STB=0.549953;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00337794;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:55:55:100:103:0.651899:44:56:22:33:47:56:22:33 chr2 96601240 . G A 732.39 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.00730445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.646;QD=23.2504;RBI=0.00801316;REFB=-0.0222253;REVB=0.00329479;RO=55;SAF=23;SAR=47;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03159;STB=0.514245;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0095407;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:55:56:70:70:0.555556:47:23:20:35:47:23:20:36 chr2 96601345 . T C 959.61 PASS AF=0.579618;AO=87;DP=161;FAO=91;FDP=157;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0090053;FXX=0.0542136;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.674;QD=24.4488;RBI=0.0428275;REFB=-0.0306988;REVB=0.0418701;RO=63;SAF=39;SAR=48;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154102;STB=0.513989;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0227102;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:157:63:66:87:91:0.579618:48:39:27:36:48:43:29:37 chr2 96601364 . C T 771.66 PASS AF=0.521127;AO=74;DP=145;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00780322;FXX=0.0206882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.608;QD=21.737;RBI=0.0266721;REFB=0.00935546;REVB=-0.0255052;RO=68;SAF=38;SAR=36;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246092;STB=0.51351;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00960301;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:142:68:68:74:74:0.521127:36:38:33:35:36:38:33:35 chr2 96604591 . A G 4153.65 PASS AF=0.672447;AO=349;DP=519;FAO=349;FDP=519;FR=.;FRO=170;FSAF=181;FSAR=168;FSRF=87;FSRR=83;FWDB=0.0262423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.544;QD=32.0127;RBI=0.0264618;REFB=-0.0180962;REVB=0.00340093;RO=170;SAF=181;SAR=168;SRF=87;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420523;STB=0.50225;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00781178;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:519:519:170:170:349:349:0.672447:168:181:87:83:168:181:87:83 chr2 96604606 . C A 66.94 PASS AF=0.0656371;AO=34;DP=512;FAO=34;FDP=518;FR=.;FRO=484;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=252;FSRR=232;FWDB=-0.0621481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.176;QD=0.516914;RBI=0.0641251;REFB=-0.000201822;REVB=-0.0158001;RO=478;SAF=21;SAR=13;SRF=246;SRR=232;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113313;STB=0.591733;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00333437;OID=.;OPOS=96604606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:512:518:478:484:34:34:0.0656371:13:21:246:232:13:21:252:232 chr2 96604632 . A T 2980.38 PASS AF=0.570833;AO=274;DP=480;FAO=274;FDP=480;FR=.;FRO=206;FSAF=142;FSAR=132;FSRF=122;FSRR=84;FWDB=-0.0104067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4271;QD=24.8365;RBI=0.0113629;REFB=-0.0235001;REVB=-0.00456235;RO=205;SAF=142;SAR=132;SRF=121;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571609;STB=0.531866;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0239422;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:480:480:205:206:274:274:0.570833:132:142:121:84:132:142:122:84 chr2 96606944 . C T 355.95 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0083738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0161;QD=24.5481;RBI=0.00990887;REFB=0.0139519;REVB=0.00529767;RO=23;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178191;STB=0.597324;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0128452;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:16:19:18:5:16:19:18:5 chr2 96610399 . C A 330.99 PASS AF=0.242857;AO=51;DP=210;FAO=51;FDP=210;FR=.;FRO=159;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=72;FSRR=87;FWDB=-0.00313842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.726;QD=6.30464;RBI=0.00712669;REFB=-0.00211622;REVB=0.00639844;RO=159;SAF=22;SAR=29;SRF=72;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273828;STB=0.516477;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0052085;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:159:159:51:51:0.242857:29:22:72:87:29:22:72:87 chr2 96610410 . T A 281.99 PASS AF=0.221675;AO=45;DP=203;FAO=45;FDP=203;FR=.;FRO=158;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=73;FSRR=85;FWDB=-0.00251915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.647;QD=5.55646;RBI=0.00661802;REFB=-0.00108126;REVB=0.00611981;RO=158;SAF=21;SAR=24;SRF=73;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593617;STB=0.503629;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00137291;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:158:158:45:45:0.221675:24:21:73:85:24:21:73:85 chr2 96610413 . C T 161.19 PASS AF=0.215385;AO=45;DP=199;FAO=42;FDP=195;FR=.;FRO=153;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=0.00678783;FXX=0.0249988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.854;QD=3.30655;RBI=0.017871;REFB=-0.0108695;REVB=0.0165317;RO=153;SAF=21;SAR=24;SRF=70;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116738;STB=0.509221;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0592963;OID=.;OPOS=96610413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:195:153:153:45:42:0.215385:24:21:70:83:23:19:71:82 chr2 96610420 . G T 290.4 PASS AF=0.229592;AO=42;DP=194;FAO=45;FDP=196;FR=.;FRO=151;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=71;FSRR=80;FWDB=0.0148074;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.591;QD=5.92651;RBI=0.0157278;REFB=-0.00569001;REVB=0.00530161;RO=151;SAF=21;SAR=21;SRF=70;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464268;STB=0.502731;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0226959;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:151:151:42:45:0.229592:21:21:70:81:24:21:71:80 chr2 96610455 . C A 73.39 PASS AF=0.119718;AO=19;DP=147;FAO=17;FDP=142;FR=.;FRO=125;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=72;FWDB=0.00628341;FXX=0.0405378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.685;QD=2.06728;RBI=0.0114732;REFB=-0.000510115;REVB=-0.00959964;RO=126;SAF=7;SAR=12;SRF=56;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979656;STB=0.623504;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00379417;OID=.;OPOS=96610455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:147:142:126:125:19:17:0.119718:12:7:56:70:12:5:53:72 chr2 96610899 . T C 2132.04 PASS AF=0.629252;AO=183;DP=293;FAO=185;FDP=294;FR=.;FRO=109;FSAF=84;FSAR=101;FSRF=39;FSRR=70;FWDB=0.0219699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5887;QD=29.0074;RBI=0.0241336;REFB=-0.0221222;REVB=-0.00998772;RO=108;SAF=83;SAR=100;SRF=38;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712864;STB=0.536226;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0126173;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:294:108:109:183:185:0.629252:100:83:38:70:101:84:39:70 chr2 96610921 . T G 2268.37 PASS AF=0.644951;AO=198;DP=308;FAO=198;FDP=307;FR=.;FRO=109;FSAF=90;FSAR=108;FSRF=38;FSRR=71;FWDB=0.0305072;FXX=0.00324665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.019;QD=29.5553;RBI=0.0330033;REFB=-0.0156228;REVB=0.0125909;RO=109;SAF=90;SAR=108;SRF=38;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711273;STB=0.53818;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00738994;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:307:109:109:198:198:0.644951:108:90:38:71:108:90:38:71 chr2 96616485 . C G 134.62 PASS AF=0.246914;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00739202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.764;QD=6.6477;RBI=0.055473;REFB=-0.0123443;REVB=0.0549783;RO=60;SAF=13;SAR=7;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655896;STB=0.535157;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0179156;OID=.;OPOS=96616485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:60:61:20:20:0.246914:7:13:36:24:7:13:37:24 chr2 96616506 . GC CA 108.09 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=78;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0449576;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.769;QD=5.68891;RBI=0.0669085;REFB=-0.019861;REVB=-0.0495536;RO=59;SAF=10;SAR=7;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00639831;STB=0.503995;STBP=0.991;TYPE=mnp;VARB=0.045313;OID=.;OPOS=96616506;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:59:59:17:17:0.223684:7:10:35:24:7:10:35:24 chr2 96616532 . T G 63.34 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0159236;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.955;QD=3.89789;RBI=0.0159273;REFB=-0.00416063;REVB=0.000344189;RO=50;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146684;STB=0.569638;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0176756;OID=.;OPOS=96616532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:66:65:50:54:11:11:0.169231:4:7:26:24:4:7:30:24 chr2 96617090 . A G 257.87 PASS AF=0.251656;AO=38;DP=153;FAO=38;FDP=151;FR=.;FRO=113;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.0070684;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.257;QD=6.83088;RBI=0.00943846;REFB=-0.00132201;REVB=0.00625477;RO=112;SAF=24;SAR=14;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14458;STB=0.584064;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00705089;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:112:113:38:38:0.251656:14:24:58:54:14:24:59:54 chr2 96617106 . A C 276.08 PASS AF=0.245614;AO=41;DP=170;FAO=42;FDP=171;FR=.;FRO=129;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=71;FSRR=58;FWDB=0.011897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.024;QD=6.45809;RBI=0.0153785;REFB=-0.0156789;REVB=-0.00974477;RO=128;SAF=26;SAR=15;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103487;STB=0.553484;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0523341;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:128:129:41:42:0.245614:15:26:71:57:16:26:71:58 chr2 96617111 . G A 273.38 PASS AF=0.242775;AO=42;DP=171;FAO=42;FDP=173;FR=.;FRO=131;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=73;FSRR=58;FWDB=-0.0676541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4619;QD=6.32088;RBI=0.0681926;REFB=-0.0102223;REVB=-0.0085528;RO=128;SAF=26;SAR=16;SRF=70;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929529;STB=0.548437;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0300405;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:128:131:42:42:0.242775:16:26:70:58:16:26:73:58 chr2 96617113 . G A 251.97 PASS AF=0.228571;AO=40;DP=174;FAO=40;FDP=175;FR=.;FRO=135;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=74;FSRR=61;FWDB=-0.0224442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.459;QD=5.7592;RBI=0.0328284;REFB=-0.00669009;REVB=-0.0239575;RO=134;SAF=25;SAR=15;SRF=74;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950106;STB=0.561269;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0230678;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:134:135:40:40:0.228571:15:25:74:60:15:25:74:61 chr2 96617125 . T C 273.71 PASS AF=0.229947;AO=42;DP=180;FAO=43;FDP=187;FR=.;FRO=144;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=74;FSRR=70;FWDB=0.00021316;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0645;QD=5.8548;RBI=0.00455515;REFB=-0.00607256;REVB=0.00455016;RO=138;SAF=26;SAR=16;SRF=71;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134216;STB=0.57089;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0227005;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:187:138:144:42:43:0.229947:16:26:71:67:17:26:74:70 chr2 96617132 . T C 278.39 PASS AF=0.218905;AO=44;DP=201;FAO=44;FDP=201;FR=.;FRO=157;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=76;FSRR=81;FWDB=-0.00492519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.512;QD=5.54004;RBI=0.0251667;REFB=-0.00877651;REVB=-0.02468;RO=155;SAF=27;SAR=17;SRF=75;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16592;STB=0.601727;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0300609;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:155:157:44:44:0.218905:17:27:75:80:17:27:76:81 chr2 96617155 . A G 278.13 PASS AF=0.216981;AO=46;DP=213;FAO=46;FDP=212;FR=.;FRO=166;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=84;FSRR=82;FWDB=0.0123104;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.836;QD=5.24775;RBI=0.0266454;REFB=-0.00549397;REVB=0.0236311;RO=166;SAF=26;SAR=20;SRF=84;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758551;STB=0.546558;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0368639;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:166:166:46:46:0.216981:20:26:84:82:20:26:84:82 chr2 96619688 . T G 220.73 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00161647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.046;QD=12.0949;RBI=0.0161868;REFB=-0.0148079;REVB=0.0161059;RO=46;SAF=10;SAR=17;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191061;STB=0.610174;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0219183;OID=.;OPOS=96619688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:17:10:25:21:17:10:25:21 chr2 96619734 . CA TA,TG 356.66 PASS AF=0.272727,0.141414;AO=27,14;DP=99;FAO=27,14;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=8,5;FSAR=19,9;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0362259,0.0411835;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=63.9868,96.1872;QD=14.4105;RBI=0.0371624,0.0469445;REFB=-0.0038951,0.00214391;REVB=0.00829039,-0.0225325;RO=58;SAF=8,5;SAR=19,9;SRF=33;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.32121,-0.261245;STB=0.688629,0.667733;STBP=0.016,0.195;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00903208,0.00945518;OID=.,.;OPOS=96619734,96619734;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:27,14:27,14:0.272727,0.141414:19,9:8,5:33:25:19,9:8,5:33:25 chr2 96626292 . C T 564.22 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00168487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.181;QD=57.8684;RBI=0.0209868;REFB=-0.0846364;REVB=0.020919;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000373799;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:1:0:17:21:1:0 chr2 96780716 . T G 251.89 PASS AF=0.47541;AO=27;DP=59;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0103376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.542;QD=16.5176;RBI=0.0269427;REFB=-0.0165034;REVB=-0.0248805;RO=32;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178028;STB=0.509044;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0241769;OID=.;OPOS=96780716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:32:32:27:29:0.47541:14:13:16:16:14:15:16:16 chr2 96781986 . G C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0755032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3062;QD=8.24531;RBI=0.082587;REFB=-0.0403955;REVB=-0.0334646;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214427;STB=0.637842;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0674898;OID=.;OPOS=96781986;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:4:11:6:1:4:11 chr2 96789787 . T C 492.76 PASS AF=0.410448;AO=54;DP=135;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=0.00288722;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.957;QD=14.7093;RBI=0.00468117;REFB=-0.0221246;REVB=-0.00368473;RO=75;SAF=22;SAR=32;SRF=25;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809267;STB=0.531256;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0289027;OID=.;OPOS=96789787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:75:79:54:55:0.410448:32:22:25:50:32:23:29:50 chr2 96795608 . T G 515.56 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0883831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3221;QD=20.0217;RBI=0.135733;REFB=-0.0288071;REVB=-0.103014;RO=49;SAF=23;SAR=30;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119764;STB=0.561239;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0240046;OID=.;OPOS=96795608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:50:53:53:0.514563:30:23:28:21:30:23:28:22 chr2 96795714 . G A 988.92 PASS AF=0.674603;AO=84;DP=125;FAO=85;FDP=126;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00555598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1938;QD=31.3943;RBI=0.0160678;REFB=-0.0111499;REVB=0.0150766;RO=41;SAF=28;SAR=56;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117131;STB=0.564341;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00866094;OID=.;OPOS=96795714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:41:41:84:85:0.674603:56:28:21:20:57:28:21:20 chr2 96795857 . T C 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.928;QD=61.3734;RBI=0.0683211;REFB=0;REVB=0.0595153;RO=0;SAF=22;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175416;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:58:22:0:0:58:22:0:0 chr2 96809331 . T C 1226.28 PASS AF=0.460432;AO=128;DP=279;FAO=128;FDP=278;FR=.;FRO=150;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=86;FSRR=64;FWDB=-0.0178249;FXX=0.0035841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.739;QD=17.6443;RBI=0.0191527;REFB=-0.0224688;REVB=-0.00700706;RO=147;SAF=61;SAR=67;SRF=86;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104775;STB=0.552066;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.022862;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:278:147:150:128:128:0.460432:67:61:86:61:67:61:86:64 chr2 96937296 . G C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3655;QD=61.2124;RBI=0.0658644;REFB=0;REVB=-0.064685;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352697;OID=.;OPOS=96937296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr2 96952833 . A G 1610.55 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050226;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.545;QD=60.2074;RBI=0.0344337;REFB=0;REVB=-0.0340655;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34579e-05;OID=.;OPOS=96952833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:56:51:0:0:56:51:0:0 chr2 96993757 . C T 1336.27 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00998733;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.036;QD=60.0572;RBI=0.0360206;REFB=-0.17726;REVB=0.0346084;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123057;STB=0.512818;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00149383;OID=.;OPOS=96993757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:89:1:2:87:87:0.977528:38:49:0:1:38:49:0:2 chr2 96993884 . A G 1661.43 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0183442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4154;QD=59.3368;RBI=0.0420901;REFB=-0.0769372;REVB=-0.0378822;RO=1;SAF=48;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747675;STB=0.503936;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000353457;OID=.;OPOS=96993884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:63:48:0:1:63:48:0:1 chr2 97020049 . T C 2602.02 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.828;QD=61.9529;RBI=0.0244532;REFB=0;REVB=0.0210759;RO=0;SAF=75;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28542e-05;OID=.;OPOS=97020049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:93:75:0:0:93:75:0:0 chr2 97030247 . T C 2389.62 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.481;QD=64.1509;RBI=0.0638175;REFB=0;REVB=0.0192911;RO=0;SAF=81;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.65545e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154577;OID=.;OPOS=97030247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:68:81:0:0:68:81:0:0 chr2 97166204 . A G 2651.72 PASS AF=0.988506;AO=172;DP=176;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00433924;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.589;QD=60.9591;RBI=0.007074;REFB=-0.0527411;REVB=0.00558681;RO=2;SAF=92;SAR=80;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102339;STB=0.505376;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=9.47422e-05;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:176:174:2:2:172:172:0.988506:80:92:2:0:80:92:2:0 chr2 97216953 . G T 654.61 PASS AF=0.458599;AO=66;DP=153;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.0264246;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.304;QD=16.6781;RBI=0.0264352;REFB=-0.0267664;REVB=-0.000748822;RO=86;SAF=35;SAR=31;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136149;STB=0.569975;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0330846;OID=.;OPOS=97216953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:86:85:66:72:0.458599:31:35:34:52:33:39:35:50 chr2 97217058 . GCC GC,GCCG 1887.52 PASS AF=0.967391,0.0326087;AO=19,20;DP=186;FAO=178,6;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=76,6;FSAR=102,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.533548,-0.0911817;FXX=0.0107521;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=12.7644,179.355;QD=41.0331;RBI=0.927048,0.109779;REFB=0,0;REVB=0.758119,0.0611339;RO=125;SAF=6,20;SAR=13,0;SRF=37;SRR=88;SSEN=0.348568,0;SSEP=0.62766,0;SSSB=0.0292098,0.774487;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.029024,-0.0923095;OID=.,.;OPOS=97217059,97217061;OREF=C,-;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.967391,0.0326087:19,20:186:178,6:184:0:76,6:102,0:0:0:7:125:6,20:13,0:37:88 chr2 97218367 . A G 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0207824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.823;QD=21.8935;RBI=0.0223144;REFB=-0.0112834;REVB=-0.00812549;RO=36;SAF=12;SAR=30;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100328;STB=0.555528;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00916221;OID=.;OPOS=97218367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:30:12:14:22:30:12:14:22 chr2 97261396 . G A 485.74 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0446827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3342;QD=21.1192;RBI=0.048524;REFB=-0.0359198;REVB=-0.0189219;RO=44;SAF=19;SAR=28;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101248;STB=0.548146;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0295075;OID=.;OPOS=97261396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:44:45:47:47:0.51087:28:19:13:31:28:19:14:31 chr2 97559759 . G A 325.7 PASS AF=0.377358;AO=41;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0752883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4526;QD=12.2904;RBI=0.0851894;REFB=-0.0125475;REVB=0.039861;RO=64;SAF=17;SAR=24;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758686;STB=0.528215;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0266206;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:66:41:40:0.377358:24:17:31:33:23:17:31:35 chr2 97613616 . T C 176.62 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00707974;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.551;QD=11.7743;RBI=0.010422;REFB=0.0156262;REVB=0.00764829;RO=38;SAF=5;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205894;STB=0.589388;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0225088;OID=.;OPOS=97613616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:38:38:21:22:0.366667:16:5:15:23:16:6:15:23 chr2 97617140 . T C 338.76 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0272117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6527;QD=15.575;RBI=0.0505862;REFB=-0.0220727;REVB=-0.0426438;RO=49;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20663;STB=0.611051;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0271666;OID=.;OPOS=97617140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:50:36:37:0.425287:14:22:20:29:15:22:20:30 chr2 97637905 . T C 353.91 PASS AF=0.414894;AO=38;DP=93;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=42;FWDB=-0.00562852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.413;QD=15.0601;RBI=0.0277365;REFB=-0.0209869;REVB=-0.0271594;RO=55;SAF=12;SAR=26;SRF=13;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100595;STB=0.550873;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0306166;OID=.;OPOS=97637905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:55:55:38:39:0.414894:26:12:13:42:27:12:13:42 chr2 97638038 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0175923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8865;QD=14.6687;RBI=0.0464558;REFB=-0.0061258;REVB=-0.042996;RO=32;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13587;STB=0.57657;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00735362;OID=.;OPOS=97638038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:17:7:6:26:17:7:6:26 chr2 97643576 . T C 863.33 PASS AF=0.447236;AO=89;DP=198;FAO=89;FDP=199;FR=.;FRO=110;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=71;FSRR=39;FWDB=-0.00756346;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9622;QD=17.3534;RBI=0.0102721;REFB=0.0105008;REVB=0.00695053;RO=109;SAF=54;SAR=35;SRF=70;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372049;STB=0.522633;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.012463;OID=.;OPOS=97643576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:109:110:89:89:0.447236:35:54:70:39:35:54:71:39 chr2 97766551 . G A 501.44 PASS AF=0.429688;AO=54;DP=127;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=51;FWDB=0.000346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.592;QD=15.6701;RBI=0.0122652;REFB=-0.00892459;REVB=0.0122603;RO=73;SAF=33;SAR=21;SRF=22;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309756;STB=0.665596;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00928713;OID=.;OPOS=97766551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:73:73:54:55:0.429688:21:33:22:51:22:33:22:51 chr2 97766574 . G A 386.82 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.0110372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.357;QD=15.7887;RBI=0.0118549;REFB=-0.0160195;REVB=0.00432649;RO=57;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225788;STB=0.62666;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0164011;OID=.;OPOS=97766574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:19:22:18:39:19:22:18:39 chr2 97808349 . T C 156.6 PASS AF=0.275;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0167585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.075;QD=7.82999;RBI=0.0438127;REFB=-0.00553384;REVB=-0.0404809;RO=58;SAF=14;SAR=8;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20729;STB=0.6246;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0215418;OID=.;OPOS=97808349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:58:22:22:0.275:8:14:27:31:8:14:27:31 chr2 97808394 . C G 165.71 PASS AF=0.234234;AO=26;DP=112;FAO=26;FDP=111;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0106427;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.392;QD=5.97137;RBI=0.0108659;REFB=-0.00314134;REVB=0.00219106;RO=85;SAF=17;SAR=9;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102241;STB=0.562864;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0106965;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:85:85:26:26:0.234234:9:17:49:36:9:17:49:36 chr2 97817617 . T C 34.41 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.000943864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8119;QD=4.30101;RBI=0.0515774;REFB=-0.00412892;REVB=0.0515687;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051409;STB=0.53559;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.050293;OID=.;OPOS=97817617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:1:5:21:5:1:5:21:5 chr2 97820417 . T G 64.61 PASS AF=0.127273;AO=14;DP=110;FAO=14;FDP=110;FR=.;FRO=96;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=-0.00715044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.608;QD=2.34949;RBI=0.016526;REFB=-0.00335052;REVB=0.014899;RO=96;SAF=9;SAR=5;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285833;STB=0.698978;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0107355;OID=.;OPOS=97820417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:110:110:96:96:14:14:0.127273:5:9:39:57:5:9:39:57 chr2 97820430 . CC TA 49.67 PASS AF=0.107143;AO=12;DP=112;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.00520334;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.419;QD=1.77395;RBI=0.0356918;REFB=-0.0023593;REVB=-0.0353105;RO=99;SAF=7;SAR=5;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165328;STB=0.625894;STBP=0.353;TYPE=mnp;VARB=0.0220698;OID=.;OPOS=97820430;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:112:112:99:100:12:12:0.107143:5:7:44:55:5:7:44:56 chr2 97820434 . T G 45.17 PASS AF=0.0990991;AO=11;DP=107;FAO=11;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=100;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.000346794;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.02;QD=1.62773;RBI=0.0878344;REFB=-0.0187309;REVB=-0.0878338;RO=73;SAF=7;SAR=4;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143885;STB=0.672771;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.034988;OID=.;OPOS=97820434;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:107:111:73:100:11:11:0.0990991:4:7:38:35:4:7:44:56 chr2 97820478 . G A 48.57 PASS AF=0.113402;AO=11;DP=97;FAO=11;FDP=97;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0207961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3044;QD=2.00302;RBI=0.0218839;REFB=-0.00189309;REVB=-0.00681379;RO=86;SAF=6;SAR=5;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166216;STB=0.62086;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0188767;OID=.;OPOS=97820478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:97:97:86:86:11:11:0.113402:5:6:35:51:5:6:35:51 chr2 97820489 . C G 43.55 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=93;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0149582;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.054;QD=1.91428;RBI=0.0150233;REFB=-0.0119807;REVB=-0.00139679;RO=79;SAF=6;SAR=4;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215323;STB=0.656351;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0627317;OID=.;OPOS=97820489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:93:91:79:81:10:10:0.10989:4:6:33:46:4:6:34:47 chr2 97820493 . T C 50.38 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.00451272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.376;QD=2.23914;RBI=0.0225815;REFB=-0.00369087;REVB=-0.022126;RO=78;SAF=7;SAR=4;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269908;STB=0.695569;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.047444;OID=.;OPOS=97820493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:90:90:78:79:11:11:0.122222:4:7:32:46:4:7:32:47 chr2 97827839 . G A 346.96 PASS AF=0.4;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=-0.0301249;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4146;QD=14.6088;RBI=0.0308424;REFB=-0.00605688;REVB=-0.00661408;RO=54;SAF=35;SAR=3;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409409;STB=0.73155;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0128166;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:54:57:38:38:0.4:3:35:39:15:3:35:42:15 chr2 97828982 . C T 144.47 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0202309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.202;QD=21.4028;RBI=0.0274204;REFB=-0.0275631;REVB=-0.0185092;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052179;STB=0.519102;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.015868;OID=.;OPOS=97828982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:27:11:11:15:16:0.592593:10:5:3:8:11:5:3:8 chr2 97829003 . CAAAAATAA C,CAAAAATA 95.71 PASS AF=0.48,0.08;AO=12,4;DP=25;FAO=12,2;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=2,0;FSAR=10,2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0199815,-0.0315178;FXX=0.0384468;HRUN=5,8;LEN=8,1;MLLD=203.456,10.4178;QD=15.3132;RBI=0.0266435,0.118305;REFB=0.000866195,-0.0474698;REVB=0.0176243,-0.114029;RO=7;SAF=2,0;SAR=10,4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.244656,-0.694548;STB=0.581247,0.992367;STBP=0.555,0.334;TYPE=del,del;VARB=0.00444471,-0.0321601;OID=.,.;OPOS=97829004,97829010;OREF=AAAAATAA,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48,0.08:12,4:25:12,2:25:11:2,0:10,2:3:8:65:7:2,0:10,4:3:4 chr2 97829029 . GT AG 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0175774;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.525;QD=12.9743;RBI=0.01773;REFB=0.00335432;REVB=-0.00232156;RO=18;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933327;STB=0.555457;STBP=0.717;TYPE=mnp;VARB=-0.00742572;OID=.;OPOS=97829029;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:10:2:4:14:10:2:4:14 chr2 97830012 . C T 171.36 PASS AF=0.842105;AO=15;DP=18;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0162903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.05;QD=36.0747;RBI=0.0360593;REFB=-0.0578223;REVB=0.0321699;RO=3;SAF=11;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142235;STB=0.580538;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00306661;OID=.;OPOS=97830012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:19:3:3:15:16:0.842105:4:11:1:2:4:12:1:2 chr2 97830016 . G T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00874104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.666;QD=18.8207;RBI=0.0113312;REFB=-0.0108861;REVB=0.0072105;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972526;STB=0.555466;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00633158;OID=.;OPOS=97830016;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:7:3:5:7:7:3 chr2 97830036 . G A 81.21 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00568379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.678;QD=5.32492;RBI=0.00575406;REFB=-0.00413208;REVB=-0.000896497;RO=45;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142073;STB=0.610808;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0229347;OID=.;OPOS=97830036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:45:48:13:13:0.213115:6:7:19:26:6:7:19:29 chr2 97830053 . A G 462.81 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00872166;FXX=0.0430061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.595;QD=20.8002;RBI=0.0202332;REFB=-0.0307404;REVB=0.0182569;RO=41;SAF=22;SAR=23;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201133;STB=0.505745;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0290163;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:89:41:44:45:45:0.505618:23:22:21:20:23:22:21:23 chr2 97833342 . G A 1043.0 PASS AF=0.6875;AO=88;DP=128;FAO=88;FDP=128;FR=.;FRO=40;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0202904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.181;QD=32.5939;RBI=0.0225257;REFB=0.00227407;REVB=-0.00978305;RO=40;SAF=55;SAR=33;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162855;STB=0.587629;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0010263;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:40:40:88:88:0.6875:33:55:14:26:33:55:14:26 chr2 97833361 . A G 220.67 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0255766;FXX=0.134816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.582;QD=11.4636;RBI=0.0256511;REFB=-0.024636;REVB=-0.00195474;RO=46;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185462;STB=0.531975;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0202119;OID=.;OPOS=97833361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:77:46:51:26:26:0.337662:14:12:22:24:14:12:26:25 chr2 97833466 . C T 242.37 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0282525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.389;QD=12.5908;RBI=0.0284563;REFB=-0.0194673;REVB=-0.0033989;RO=47;SAF=12;SAR=17;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127896;STB=0.579837;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0450002;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:17:12:25:22:17:12:26:22 chr2 97849219 . T C 453.49 PASS AF=0.421488;AO=50;DP=120;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.00321467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.978;QD=14.9912;RBI=0.00327131;REFB=-0.00561587;REVB=-0.000606107;RO=70;SAF=20;SAR=30;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153682;STB=0.501504;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00711087;OID=.;OPOS=97849219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:70:70:50:51:0.421488:30:20:29:41:30:21:29:41 chr2 97851069 . A G 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0155183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.021;QD=14.4735;RBI=0.0290075;REFB=-0.0258849;REVB=0.0245075;RO=42;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10432;STB=0.559282;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0310839;OID=.;OPOS=97851069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:12:18:21:21:12:18:21:21 chr2 97884763 . T C 1274.85 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0389292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.692;QD=59.2955;RBI=0.102637;REFB=-0.0956673;REVB=0.0949675;RO=2;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210399;STB=0.511108;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00102199;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:2:2:83:84:0.976744:44:39:0:2:44:40:0:2 chr2 97909718 . CA TG 40.12 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0525994;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.173;QD=2.0061;RBI=0.0614395;REFB=-0.00838409;REVB=0.0317509;RO=69;SAF=8;SAR=1;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461293;STB=0.848006;STBP=0.047;TYPE=mnp;VARB=0.0537945;OID=.;OPOS=97909718;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:69:71:9:9:0.1125:1:8:37:32:1:8:39:32 chr2 97909726 . CA TG 48.04 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0201446;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.131;QD=2.49577;RBI=0.0332062;REFB=-0.00644589;REVB=-0.0263979;RO=67;SAF=8;SAR=2;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296898;STB=0.718084;STBP=0.177;TYPE=mnp;VARB=0.0349181;OID=.;OPOS=97909726;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:67:67:10:10:0.12987:2:8:39:28:2:8:39:28 chr2 97909739 . G A 107.32 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0262789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.598;QD=5.64834;RBI=0.0291302;REFB=-0.00303375;REVB=-0.0125695;RO=58;SAF=12;SAR=5;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224227;STB=0.635595;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00724677;OID=.;OPOS=97909739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:58:59:17:17:0.223684:5:12:31:27:5:12:32:27 chr2 98128135 . G A 102.08 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00306648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.831;QD=5.91792;RBI=0.0159071;REFB=-0.00346064;REVB=-0.0156087;RO=53;SAF=6;SAR=10;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144698;STB=0.590291;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0192902;OID=.;OPOS=98128135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:53:53:16:16:0.231884:10:6:26:27:10:6:26:27 chr2 98128143 . T C 148.3 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00823636;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.027;QD=7.80528;RBI=0.0124449;REFB=-0.0108461;REVB=-0.00932942;RO=54;SAF=10;SAR=11;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285693;STB=0.523787;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0263989;OID=.;OPOS=98128143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:55:21:21:0.276316:11:10:27:27:11:10:28:27 chr2 98128150 . G A 155.79 PASS AF=0.271605;AO=21;DP=79;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0073562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.405;QD=7.69317;RBI=0.0265577;REFB=-0.00203638;REVB=-0.0255186;RO=57;SAF=12;SAR=9;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139161;STB=0.563701;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.023298;OID=.;OPOS=98128150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:57:59:21:22:0.271605:9:12:26:31:10:12:27:32 chr2 98128172 . C A 476.62 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0290565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9511;QD=15.2517;RBI=0.0339005;REFB=-0.00178469;REVB=-0.0174632;RO=72;SAF=30;SAR=23;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138651;STB=0.577762;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00177731;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:72:53:53:0.424:23:30:31:41:23:30:31:41 chr2 98128183 . C G 34.15 PASS AF=0.0727273;AO=12;DP=165;FAO=12;FDP=165;FR=.;FRO=153;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=76;FSRR=77;FWDB=-0.0022497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7348;QD=0.827855;RBI=0.0211804;REFB=-0.00373137;REVB=0.0210606;RO=153;SAF=11;SAR=1;SRF=76;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473254;STB=0.907228;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0411658;OID=.;OPOS=98128183;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:165:165:153:153:12:12:0.0727273:1:11:76:77:1:11:76:77 chr2 98128194 . GGT CAC 959.33 PASS AF=0.531429;AO=93;DP=177;FAO=93;FDP=175;FR=.;FRO=82;FSAF=61;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.013737;FXX=0.0112988;HRUN=2;LEN=3;MLLD=201.376;QD=21.9274;RBI=0.0166796;REFB=0.00920532;REVB=0.00946067;RO=82;SAF=61;SAR=32;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191867;STB=0.605166;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=-0.00862626;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:82:82:93:93:0.531429:32:61:36:46:32:61:36:46 chr2 98128228 . G A 58.77 PASS AF=0.0993789;AO=16;DP=161;FAO=16;FDP=161;FR=.;FRO=145;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=80;FSRR=65;FWDB=-0.00387975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.381;QD=1.4602;RBI=0.0315837;REFB=-0.00252439;REVB=-0.0313445;RO=145;SAF=10;SAR=6;SRF=80;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896729;STB=0.567914;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0251592;OID=.;OPOS=98128228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:161:161:145:145:16:16:0.0993789:6:10:80:65:6:10:80:65 chr2 98128256 . C T 1128.77 PASS AF=0.681159;AO=94;DP=138;FAO=94;FDP=138;FR=.;FRO=44;FSAF=62;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0343799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.119;QD=32.7179;RBI=0.0347571;REFB=0.00485631;REVB=-0.00510685;RO=44;SAF=62;SAR=32;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169547;STB=0.591315;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00126344;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:44:44:94:94:0.681159:32:62:17:27:32:62:17:27 chr2 98128258 . G C 1112.71 PASS AF=0.678832;AO=92;DP=137;FAO=93;FDP=137;FR=.;FRO=44;FSAF=61;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0333527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.585;QD=32.4879;RBI=0.0333807;REFB=-0.00075377;REVB=0.00136789;RO=43;SAF=60;SAR=32;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158652;STB=0.583233;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000568069;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:43:44:92:93:0.678832:32:60:17:26:32:61:18:26 chr2 98128286 . G C 32.84 PASS AF=0.0849057;AO=9;DP=106;FAO=9;FDP=106;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=0.0128352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.478;QD=1.23918;RBI=0.0129249;REFB=-0.000544605;REVB=-0.00152048;RO=96;SAF=6;SAR=3;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122078;STB=0.605023;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00797994;OID=.;OPOS=98128286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:106:106:96:97:9:9:0.0849057:3:6:54:42:3:6:54:43 chr2 98128300 . A G 148.46 PASS AF=0.231579;AO=22;DP=95;FAO=22;FDP=95;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0133957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7632;QD=6.2509;RBI=0.0186442;REFB=-0.00107423;REVB=0.0129676;RO=73;SAF=18;SAR=4;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437526;STB=0.773318;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00621643;OID=.;OPOS=98128300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:73:73:22:22:0.231579:4:18:36:37:4:18:36:37 chr2 98128313 . G A 364.38 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00324217;FXX=0.0821805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5458;QD=21.7542;RBI=0.00645514;REFB=-0.00786739;REVB=-0.00558186;RO=26;SAF=23;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128539;STB=0.574425;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0285067;OID=.;OPOS=98128313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:26:31:35:36:0.537313:12:23:13:13:12:24:16:15 chr2 98129744 . C T 39.66 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0303479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.591;QD=13.2196;RBI=0.0382605;REFB=-0.0266937;REVB=0.0232996;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231195;STB=0.666171;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0260702;OID=.;OPOS=98129744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:11:12:6:6:5:6:0.5:3:2:1:5:3:3:1:5 chr2 98736225 . C T 592.76 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.000272817;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.545;QD=26.6408;RBI=0.018981;REFB=-0.0286621;REVB=-0.0189791;RO=34;SAF=10;SAR=43;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141708;STB=0.585361;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0280651;OID=.;OPOS=98736225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:36:53:53:0.595506:43:10:11:23:43:10:12:24 chr2 98795792 . C G 665.25 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0225785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.986;QD=19.1439;RBI=0.0376669;REFB=-0.0137854;REVB=0.0301497;RO=72;SAF=33;SAR=34;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849709;STB=0.546962;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0183042;OID=.;OPOS=98795792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:72:72:67:67:0.482014:34:33:42:30:34:33:42:30 chr2 98833449 . G C 228.0 PASS AF=0.95;AO=16;DP=17;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0667012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.344;QD=45.6003;RBI=0.0773285;REFB=-0.140525;REVB=0.0391235;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608641;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00158113;OID=.;OPOS=98833449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:20:1:1:16:19:0.95:9:7:1:0:9:10:1:0 chr2 98844674 . C G 1438.29 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3397;QD=61.8621;RBI=0.0443084;REFB=0.140832;REVB=0.0423569;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0015194;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:55:37:0:0:55:37:1:0 chr2 98853173 . G A 3675.14 PASS AF=0.987448;AO=235;DP=240;FAO=236;FDP=239;FR=.;FRO=3;FSAF=107;FSAR=129;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0302806;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.777;QD=61.5086;RBI=0.047739;REFB=-0.0161732;REVB=0.0369066;RO=4;SAF=107;SAR=128;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00946342;STB=0.506912;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000359283;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:240:239:4:3:235:236:0.987448:128:107:3:1:129:107:3:0 chr2 98928494 . G A 1341.97 PASS AF=0.967391;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0617379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4713;QD=58.3466;RBI=0.0776726;REFB=0.0382999;REVB=0.0471325;RO=2;SAF=58;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160598;STB=0.500538;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.000580803;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:92:2:3:88:89:0.967391:30:58:2:0:31:58:2:1 chr2 98994641 . G A 1147.53 PASS AF=0.418919;AO=124;DP=296;FAO=124;FDP=296;FR=.;FRO=172;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=58;FSRR=114;FWDB=-0.00016468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.427;QD=15.5072;RBI=0.00533414;REFB=-0.0178117;REVB=-0.0053316;RO=171;SAF=50;SAR=74;SRF=58;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703975;STB=0.540472;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0235952;OID=.;OPOS=98994641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:171:172:124:124:0.418919:74:50:58:113:74:50:58:114 chr2 99149946 . G A 460.54 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0101637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.497;QD=14.5053;RBI=0.0197665;REFB=-0.0192644;REVB=-0.0169532;RO=75;SAF=19;SAR=33;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152003;STB=0.585765;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0277499;OID=.;OPOS=99149946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:75:52:52:0.409449:33:19:38:37:33:19:38:37 chr2 99172244 . A G 139.88 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-0.0291733;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6769;QD=19.2931;RBI=0.0291749;REFB=0.0186786;REVB=-0.000302514;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353011;STB=0.684035;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0143063;OID=.;OPOS=99172244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:14:15:0.517241:11:3:0:14:12:3:0:14 chr2 99193496 . C T 1155.36 PASS AF=0.445652;AO=123;DP=276;FAO=123;FDP=276;FR=.;FRO=153;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=60;FSRR=93;FWDB=0.0270165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.409;QD=16.7443;RBI=0.0293417;REFB=-0.011066;REVB=0.0114474;RO=153;SAF=59;SAR=64;SRF=60;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881285;STB=0.548781;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0156638;OID=.;OPOS=99193496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:153:153:123:123:0.445652:64:59:60:93:64:59:60:93 chr2 99219071 . T C 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0101473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.94;QD=15.782;RBI=0.0147079;REFB=-0.0217177;REVB=0.0106468;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240526;STB=0.635651;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0277862;OID=.;OPOS=99219071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:21:8:12:11:21:8 chr2 99226173 . T A 316.73 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0101099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.436;QD=16.0369;RBI=0.0121063;REFB=-0.00796237;REVB=0.00665978;RO=44;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07974;STB=0.544986;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0120357;OID=.;OPOS=99226173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:24:11:17:27:24:11:17:27 chr2 99279812 . C A 351.3 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0319018;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8869;QD=17.7871;RBI=0.0635428;REFB=-0.0428496;REVB=-0.0549542;RO=41;SAF=12;SAR=25;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208417;STB=0.623595;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0301434;OID=.;OPOS=99279812;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:25:12:22:19:25:12:23:19 chr2 99439491 . C CG 31.2 PASS AF=0.10355;AO=78;DP=344;FAO=35;FDP=338;FR=.;FRO=303;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=239;FSRR=64;FWDB=-0.0742731;FXX=0.0202893;HRUN=0;LEN=1;MLLD=50.4843;QD=0.369201;RBI=0.104639;REFB=-0.0128233;REVB=-0.0737072;RO=264;SAF=65;SAR=13;SRF=198;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162767;STB=0.74968;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.134442;OID=.;OPOS=99439492;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.10355:78:344:35:338:303:18:17:239:64:31:264:65:13:198:66 chr2 99778985 . T C 2252.63 PASS AF=0.986842;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0339465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0109;QD=59.2797;RBI=0.0344395;REFB=-0.0631108;REVB=0.00580604;RO=2;SAF=77;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128515;STB=0.506756;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.005869;OID=.;OPOS=99778985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:152:2:2:150:150:0.986842:73:77:0:2:73:77:0:2 chr2 99779131 . T C 1661.02 PASS AF=0.965812;AO=113;DP=117;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00142413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3528;QD=56.787;RBI=0.0278665;REFB=-0.0167728;REVB=0.0278301;RO=4;SAF=49;SAR=64;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00437899;STB=0.502308;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0034679;OID=.;OPOS=99779131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:117:117:4:4:113:113:0.965812:64:49:2:2:64:49:2:2 chr2 99804642 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.889;QD=57.5447;RBI=0.0582481;REFB=0;REVB=0.0511116;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133008;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr2 99812070 . G A 1571.46 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7559;QD=59.3005;RBI=0.0325157;REFB=0;REVB=-0.0323751;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.02635e-05;OID=.;OPOS=99812070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:49:56:0:0:49:57:0:0 chr2 99980798 . T TA 94.16 PASS AF=0.280992;AO=26;DP=125;FAO=34;FDP=121;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=59;FWDB=-0.003746;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=81.5029;QD=3.11274;RBI=0.0401077;REFB=-0.00336881;REVB=-0.0399324;RO=98;SAF=4;SAR=22;SRF=29;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258119;STB=0.729319;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.131064;OID=.;OPOS=99980799;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.280992:26:125:34:121:87:4:30:28:59:94:98:4:22:29:69 chr2 100022541 . A C 553.04 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0778293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0749;QD=24.5797;RBI=0.0794119;REFB=-0.010728;REVB=0.015775;RO=38;SAF=18;SAR=33;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320695;STB=0.521731;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0112832;OID=.;OPOS=100022541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:39:51:51:0.566667:33:18:12:26:33:18:12:27 chr2 100210074 . G C 2325.0 PASS AF=0.549751;AO=220;DP=401;FAO=221;FDP=402;FR=.;FRO=181;FSAF=107;FSAR=114;FSRF=75;FSRR=106;FWDB=0.0538244;FXX=0.00248133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.336;QD=23.1344;RBI=0.0623418;REFB=0.00413837;REVB=0.0314551;RO=181;SAF=106;SAR=114;SRF=75;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562662;STB=0.531518;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00312509;OID=.;OPOS=100210074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:401:402:181:181:220:221:0.549751:114:106:75:106:114:107:75:106 chr2 100210334 . CGGCTGA C 51.78 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0646306;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=6;MLLD=324.7;QD=9.86282;RBI=0.0672294;REFB=-0.0103076;REVB=-0.0185118;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0.232804;SSSB=0.493953;STB=0.75962;STBP=0.43;TYPE=del;VARB=0.0223909;OID=.;OPOS=100210335;OREF=GGCTGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:7:23:8:21:13:2:6:0:13:51:15:1:6:0:15 chr2 100210342 . G C 63.22 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.126584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.173;QD=11.4947;RBI=0.128078;REFB=-0.0267664;REVB=-0.0195026;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462567;STB=0.759638;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0273761;OID=.;OPOS=100210342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:21:22:13:13:8:9:0.409091:6:2:0:13:6:3:0:13 chr2 100210642 . T C 1929.11 PASS AF=0.530435;AO=183;DP=345;FAO=183;FDP=345;FR=.;FRO=162;FSAF=77;FSAR=106;FSRF=58;FSRR=104;FWDB=-0.0129263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1271;QD=22.3664;RBI=0.0462355;REFB=0.00267513;REVB=-0.0443919;RO=162;SAF=77;SAR=106;SRF=58;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560369;STB=0.530509;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00271355;OID=.;OPOS=100210642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:162:162:183:183:0.530435:106:77:58:104:106:77:58:104 chr2 100343557 . C T 1624.11 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.942;QD=60.1522;RBI=0.0166177;REFB=0;REVB=0.0138277;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62549e-06;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:106:108:1:48:58:0:0:50:58:0:0 chr2 100897573 . G A 1377.52 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.885;QD=62.6145;RBI=0.0452063;REFB=0;REVB=0.00176796;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65593e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:53:34:0:0:53:35:0:0 chr2 100915772 . A G 2102.33 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0938371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3932;QD=62.7563;RBI=0.115243;REFB=0;REVB=-0.066899;RO=0;SAF=58;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000728089;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:76:58:0:0:76:58:0:0 chr2 100916306 . A G 2335.67 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.468;QD=61.0632;RBI=0.018397;REFB=0;REVB=-0.0180189;RO=0;SAF=80;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00297e-05;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:73:80:0:0:73:80:0:0 chr2 100916315 . A G 564.48 PASS AF=0.441176;AO=58;DP=132;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.00348952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.22;QD=16.6022;RBI=0.0320529;REFB=-0.00183984;REVB=0.0318624;RO=72;SAF=29;SAR=29;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138203;STB=0.567882;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00318854;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:136:72:76:58:60:0.441176:29:29:46:26:31:29:46:30 chr2 100917109 . C T 1573.5 PASS AF=0.514851;AO=156;DP=303;FAO=156;FDP=303;FR=.;FRO=147;FSAF=75;FSAR=81;FSRF=84;FSRR=63;FWDB=0.0048849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.661;QD=20.7723;RBI=0.00963541;REFB=-0.0273946;REVB=0.00830535;RO=144;SAF=75;SAR=81;SRF=82;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777944;STB=0.543894;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0218369;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:144:147:156:156:0.514851:81:75:82:62:81:75:84:63 chr2 101010082 . G C 1178.38 PASS AF=0.495763;AO=117;DP=236;FAO=117;FDP=236;FR=.;FRO=119;FSAF=43;FSAR=74;FSRF=45;FSRR=74;FWDB=-0.0158108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.518;QD=19.9726;RBI=0.0178898;REFB=-0.0134558;REVB=-0.00837053;RO=118;SAF=43;SAR=74;SRF=44;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526225;STB=0.505746;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0132097;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:118:119:117:117:0.495763:74:43:44:74:74:43:45:74 chr2 101031561 . G T 633.57 PASS AF=0.474453;AO=63;DP=135;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.075737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4623;QD=18.4984;RBI=0.0793752;REFB=-0.0138589;REVB=-0.0237556;RO=72;SAF=37;SAR=26;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850126;STB=0.553555;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0151217;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:72:72:63:65:0.474453:26:37:36:36:26:39:36:36 chr2 101096960 . C T 3095.12 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.315;QD=63.8168;RBI=0.031417;REFB=0;REVB=0.030699;RO=0;SAF=111;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44151e-05;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:194:0:0:193:194:1:82:111:0:0:83:111:0:0 chr2 101186088 . C T 3053.54 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9663;QD=63.2858;RBI=0.0272392;REFB=0;REVB=-0.0218242;RO=0;SAF=64;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07626e-05;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:193:0:0:189:193:1:125:64:0:0:125:68:0:0 chr2 101437561 . G A 1182.99 PASS AF=0.506494;AO=116;DP=230;FAO=117;FDP=231;FR=.;FRO=114;FSAF=32;FSAR=85;FSRF=46;FSRR=68;FWDB=0.051494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.424;QD=20.4847;RBI=0.0534886;REFB=0.00965044;REVB=0.0144708;RO=111;SAF=32;SAR=84;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134501;STB=0.575208;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00421358;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:111:114:116:117:0.506494:84:32:45:66:85:32:46:68 chr2 101437601 . C G 833.02 PASS AF=0.469945;AO=86;DP=183;FAO=86;FDP=183;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=60;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0139476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.948;QD=18.208;RBI=0.0173895;REFB=-0.00536817;REVB=0.0103856;RO=97;SAF=26;SAR=60;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169219;STB=0.593954;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00503138;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:97:97:86:86:0.469945:60:26:45:52:60:26:45:52 chr2 101591304 . A G 2295.3 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.113122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8063;QD=62.8849;RBI=0.116907;REFB=-0.123392;REVB=-0.0295104;RO=1;SAF=78;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605815;STB=0.503184;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00123583;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:1:1:145:145:0.993151:67:78:1:0:67:78:1:0 chr2 101869588 . G T 1811.59 PASS AF=0.967742;AO=55;DP=151;FAO=150;FDP=155;FR=.;FRO=5;FSAF=90;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0326713;FXX=0.012738;HRUN=6;LEN=1;MLLD=172.058;QD=46.7507;RBI=0.084561;REFB=-0.0266417;REVB=0.0779946;RO=0;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28425e-08;STB=0.506702;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00270306;OID=.;OPOS=101869588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:151:155:0:5:55:150:0.967742:15:40:0:0:60:90:2:3 chr2 101898412 . G C 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.619;QD=61.5354;RBI=0.0304904;REFB=0;REVB=-0.0232771;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.85322e-06;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:50:31:0:0:50:31:0:0 chr2 102038849 . T A 550.83 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0143514;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.321;QD=17.7686;RBI=0.0419204;REFB=-0.000931079;REVB=0.0393873;RO=65;SAF=30;SAR=28;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644093;STB=0.531239;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00144003;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:65:66:58:58:0.467742:28:30:38:27:28:30:38:28 chr2 102067083 . T C 883.4 PASS AF=0.462687;AO=92;DP=200;FAO=93;FDP=201;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=0.00676989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.166;QD=17.5801;RBI=0.00678232;REFB=-0.0135795;REVB=0.000410431;RO=108;SAF=33;SAR=59;SRF=42;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316487;STB=0.513393;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0150447;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:108:108:92:93:0.462687:59:33:42:66:59:34:42:66 chr2 102793186 . A G 398.66 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0735002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.423;QD=14.366;RBI=0.0736147;REFB=-0.00127541;REVB=-0.00410503;RO=65;SAF=20;SAR=26;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920209;STB=0.551864;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00130005;OID=.;OPOS=102793186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:65:46:46:0.414414:26:20:34:31:26:20:34:31 chr2 102842467 . T C 1692.37 PASS AF=0.47541;AO=174;DP=365;FAO=174;FDP=366;FR=.;FRO=192;FSAF=51;FSAR=123;FSRF=78;FSRR=114;FWDB=0.00688675;FXX=0.00272472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.808;QD=18.4959;RBI=0.00702888;REFB=-0.00204456;REVB=0.00140632;RO=191;SAF=51;SAR=123;SRF=77;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119022;STB=0.567603;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0025124;OID=.;OPOS=102842467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:366:191:192:174:174:0.47541:123:51:77:114:123:51:78:114 chr2 102851708 . T C 861.88 PASS AF=0.544218;AO=80;DP=147;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00909325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.389;QD=23.4525;RBI=0.0100186;REFB=-0.0126612;REVB=-0.00420545;RO=67;SAF=27;SAR=53;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137094;STB=0.57513;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0107353;OID=.;OPOS=102851708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:67:67:80:80:0.544218:53:27:33:34:53:27:33:34 chr2 102957716 . C T 3018.51 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.094;QD=63.5476;RBI=0.00710045;REFB=0;REVB=0.00360539;RO=0;SAF=88;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71292e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7447e-07;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:190:190:1:102:88:0:0:102:88:0:0 chr2 103001402 . C T 751.42 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.745;QD=62.6185;RBI=0.0438489;REFB=0;REVB=0.0435379;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104471;OID=.;OPOS=103001402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:30:16:0:0:32:16:0:0 chr2 103090268 . T C 5351.26 PASS AF=1;AO=337;DP=338;FAO=337;FDP=337;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275909;FXX=0.00589953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.331;QD=63.5165;RBI=0.0298547;REFB=0.0213743;REVB=0.0114036;RO=0;SAF=156;SAR=181;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.02398e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88418e-05;OID=.;OPOS=103090268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:338:337:0:0:337:337:1:181:156:0:0:181:156:0:0 chr2 103149100 . G A 1566.24 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00518738;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.523;QD=58.0087;RBI=0.0151639;REFB=-0.120806;REVB=0.0142491;RO=0;SAF=32;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000308031;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:109:108:0:1:107:107:0.990741:75:32:0:0:75:32:0:1 chr2 103334969 . G A 5877.41 PASS AF=1;AO=373;DP=380;FAO=375;FDP=375;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750771;FXX=0.0157476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3254;QD=62.6924;RBI=0.0601389;REFB=-0.0803894;REVB=0.0596684;RO=1;SAF=200;SAR=173;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00238002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423824;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:380:375:1:0:373:375:1:173:200:1:0:175:200:0:0 chr2 103431404 . T C 3010.15 PASS AF=0.989637;AO=189;DP=191;FAO=191;FDP=193;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0567547;FXX=0.0153053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4748;QD=62.3865;RBI=0.0678526;REFB=-0.144966;REVB=0.0371871;RO=0;SAF=71;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000984708;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:191:193:0:2:189:191:0.989637:118:71:0:0:120:71:0:2 chr2 104995800 . C T 2640.02 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.316;QD=62.1181;RBI=0.0288479;REFB=0;REVB=0.00767911;RO=0;SAF=89;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85996e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02447e-05;OID=.;OPOS=104995800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:81:89:0:0:81:89:0:0 chr2 105709023 . T C 1680.24 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197563;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.141;QD=60.5491;RBI=0.0197595;REFB=0;REVB=-0.000352556;RO=0;SAF=39;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97266e-05;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:72:39:0:0:72:39:0:0 chr2 105883528 . CTTTTTTTTTTTTTC CTTTCTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTCT 422.49 PASS AF=0.358209,0.19403,0.223881,0.134328,0.0895522;AO=8,9,10,17,3;DP=72;FAO=24,13,15,9,6;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,15,9,6;FSAR=24,1,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016333,-0.0450283,-0.0468216,-0.227989,-0.0744862;FXX=0.0694348;HRUN=13,13,13,13,13;LEN=1,3,2,1,2;MLLD=128.733,11.0445,9.56719,2.68241,33.005;QD=25.2233;RBI=0.0591613,0.102159,0.110301,0.494662,0.075234;REFB=-0.0631219,-0.219547,-0.259683,-0.429649,-0.26814;REVB=0.0568621,0.0916997,0.09987,0.43899,0.0105812;RO=1;SAF=0,8,9,17,3;SAR=8,1,1,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.803989,-0.0524171,-0.0471711,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,mnp;VARB=0.00209563,0.177372,0.183664,-0.514221,-0.616435;OID=.,.,.,.,.;OPOS=105883532,105883529,105883529,105883529,105883541;OREF=T,TTT,TT,T,TC;OALT=C,-,-,-,CT;OMAPALT=CTTTCTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.358209,0.19403,0.223881,0.134328,0.0895522:8,9,10,17,3:72:24,13,15,9,6:67:0:0,12,15,9,6:24,1,0,0,0:0:0:39:1:0,8,9,17,3:8,1,1,0,0:1:0 chr2 105883624 . TTTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA T 50.0 PASS AO=79;DP=174;LEN=28;RO=95;SAF=35;SAR=55;SRF=50;SRR=34;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=105883625;OREF=TTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:174:95:79:55:35:50:34 chr2 105885961 . T C 1492.16 PASS AF=0.496711;AO=151;DP=304;FAO=151;FDP=304;FR=.;FRO=153;FSAF=59;FSAR=92;FSRF=75;FSRR=78;FWDB=-0.0506449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8206;QD=19.6337;RBI=0.0580695;REFB=-0.0199996;REVB=-0.0284105;RO=151;SAF=59;SAR=92;SRF=75;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989798;STB=0.551384;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0156538;OID=.;OPOS=105885961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:151:153:151:151:0.496711:92:59:75:76:92:59:75:78 chr2 105889349 . G A 1683.05 PASS AF=0.47027;AO=174;DP=370;FAO=174;FDP=370;FR=.;FRO=196;FSAF=89;FSAR=85;FSRF=56;FSRR=140;FWDB=0.0574411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0216;QD=18.1951;RBI=0.0630385;REFB=-0.00938991;REVB=0.0259687;RO=195;SAF=89;SAR=85;SRF=56;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215252;STB=0.618998;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0103562;OID=.;OPOS=105889349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:370:195:196:174:174:0.47027:85:89:56:139:85:89:56:140 chr2 105915128 . G A 611.28 PASS AF=0.418182;AO=69;DP=165;FAO=69;FDP=165;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0130966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0477;QD=14.8188;RBI=0.0724971;REFB=-0.00754508;REVB=0.0713043;RO=96;SAF=29;SAR=40;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105065;STB=0.558879;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0109231;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:96:96:69:69:0.418182:40:29:50:46:40:29:50:46 chr2 105924510 . A G 656.9 PASS AF=0.429412;AO=72;DP=171;FAO=73;FDP=170;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=-0.0238568;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127;QD=15.4564;RBI=0.0854581;REFB=0.000870259;REVB=-0.0820606;RO=97;SAF=23;SAR=49;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126739;STB=0.56438;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00172967;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:97:97:72:73:0.429412:49:23:42:55:49:24:42:55 chr2 105953938 . G GC 3699.32 PASS AF=1;AO=233;DP=238;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219701;FXX=0.0167357;HRUN=0;LEN=1;MLLD=177.222;QD=62.9672;RBI=0.0307396;REFB=-0.067791;REVB=0.0214997;RO=2;SAF=128;SAR=105;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00738759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000136731;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:233:238:235:235:0:129:106:0:0:15:2:128:105:2:0 chr2 106510472 . CACACTA C,CACACAC 533.13 PASS AF=0.4,0.118182;AO=41,14;DP=118;FAO=44,13;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=15,8;FSAR=29,5;FSRF=12;FSRR=41;FWDB=-0.00248003,-0.00543555;FXX=0.0756239;HRUN=1,1;LEN=6,2;MLLD=143.32,50.7046;QD=19.3866;RBI=0.0535473,0.0533723;REFB=-0.0801471,-0.0883634;REVB=0.0534898,0.0530948;RO=49;SAF=15,7;SAR=26,7;SRF=12;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.132623,0.325086;STB=0.5728,0.785984;STBP=0.247,0.058;TYPE=del,mnp;VARB=0.0883437,0.0996646;OID=.,.;OPOS=106510473,106510477;OREF=ACACTA,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=C,CACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.118182:41,14:118:44,13:110:53:15,8:29,5:12:41:99:49:15,7:26,7:12:37 chr2 106710108 . C T 1517.23 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.057;QD=59.4994;RBI=0.0387222;REFB=0;REVB=0.0360773;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60028e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:102:0:0:92:102:1:41:51:0:0:48:54:0:0 chr2 106742139 . C T 545.38 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.784;QD=57.4083;RBI=0.0413602;REFB=-0.139818;REVB=-0.036201;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00174198;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:22:15:0:0:22:15:1:0 chr2 107049604 . T C 194.6 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0132247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.806;QD=17.2981;RBI=0.0259261;REFB=-0.0182579;REVB=0.0222996;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0317307;OID=.;OPOS=107049604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:15:10:8:12:15:10 chr2 107073469 . T A 239.37 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0967393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4095;QD=50.3941;RBI=0.0968226;REFB=0;REVB=0.00401379;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151087;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr2 107073501 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.186;QD=48.7372;RBI=0.00644854;REFB=0;REVB=-0.00373581;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108834;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr2 107084739 . A G 8206.54 PASS AF=0.971119;AO=538;DP=554;FAO=538;FDP=554;FR=.;FRO=16;FSAF=309;FSAR=229;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0172154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.274;QD=59.253;RBI=0.0388018;REFB=-0.0639691;REVB=0.0347737;RO=16;SAF=309;SAR=229;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252149;STB=0.513218;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000675359;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:554:554:16:16:538:538:0.971119:229:309:2:14:229:309:2:14 chr2 107107511 . C T 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.456;QD=60.1634;RBI=0.00832473;REFB=0;REVB=-0.00149101;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46642e-06;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:63:45:0:0:63:45:0:0 chr2 107107567 . G C 1395.76 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1956;QD=62.731;RBI=0.0675193;REFB=0;REVB=-0.0636349;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266817;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr2 107423395 . T G 652.59 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0198961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6084;QD=20.717;RBI=0.0272211;REFB=-0.000164844;REVB=-0.0185777;RO=59;SAF=36;SAR=29;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542194;STB=0.522245;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000140517;OID=.;OPOS=107423395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:59:61:65:65:0.515873:29:36:29:30:29:36:31:30 chr2 107450525 . T C 2686.8 PASS AF=0.977654;AO=173;DP=179;FAO=175;FDP=179;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00702662;FXX=0.0164826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.505;QD=60.0402;RBI=0.0764094;REFB=-0.168004;REVB=0.0760856;RO=4;SAF=96;SAR=77;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240801;STB=0.512344;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000706129;OID=.;OPOS=107450525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:179:179:4:4:173:175:0.977654:77:96:0:4:79:96:0:4 chr2 107450589 . C T 2440.93 PASS AF=0.98773;AO=161;DP=163;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0219128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.188;QD=59.9002;RBI=0.0223015;REFB=-0.000135551;REVB=0.00414554;RO=1;SAF=70;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520042;STB=0.505434;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=7.18706e-06;OID=.;OPOS=107450589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:163:1:2:161:161:0.98773:91:70:0:1:91:70:0:2 chr2 108443511 . C G 17261.3 PASS AF=1;AO=1096;DP=1106;FAO=1098;FDP=1098;FR=.;FRO=0;FSAF=432;FSAR=666;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346333;FXX=0.00723321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7703;QD=62.8826;RBI=0.0622125;REFB=-0.132131;REVB=0.0516811;RO=5;SAF=431;SAR=665;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00551096;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001158;OID=.;OPOS=108443511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:1106:1098:5:0:1096:1098:1:665:431:5:0:666:432:0:0 chr2 108475958 . A G 2194.77 PASS AF=0.959732;AO=143;DP=149;FAO=143;FDP=149;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0892176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4846;QD=58.9199;RBI=0.0963946;REFB=-0.0254454;REVB=-0.0364984;RO=1;SAF=59;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00799138;STB=0.51025;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000876498;OID=.;OPOS=108475958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:149:149:1:6:143:143:0.959732:84:59:1:0:84:59:1:5 chr2 108479432 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00930936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.658;QD=52.6127;RBI=0.029552;REFB=0;REVB=0.0280474;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159683;OID=.;OPOS=108479432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:18:22:1:4:14:0:0:4:18:0:0 chr2 108479487 . A T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5519;QD=43.4861;RBI=0.00237212;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114025;OID=.;OPOS=108479487;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr2 108496435 . T A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.036;QD=60.2299;RBI=0.0483997;REFB=0;REVB=-0.0438583;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106791;OID=.;OPOS=108496435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr2 108863650 . A C 1148.33 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0312856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6039;QD=58.8885;RBI=0.0744234;REFB=-0.0709788;REVB=0.0675282;RO=1;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108787;STB=0.505617;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00134809;OID=.;OPOS=108863650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:43:33:0:1:44:33:0:1 chr2 108863767 . A C 2131.59 PASS AF=0.985714;AO=137;DP=141;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.091091;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5927;QD=60.9024;RBI=0.0929082;REFB=-0.145842;REVB=0.0182853;RO=3;SAF=61;SAR=76;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228026;STB=0.507935;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00386022;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:141:140:3:2:137:138:0.985714:76:61:3:0:76:62:2:0 chr2 108875464 . AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 971.38 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122008;FXX=0.0253133;HRUN=4;LEN=22;MLLD=712.513;QD=50.4615;RBI=0.012212;REFB=0;REVB=0.000524879;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.341232;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.46899e-06;OID=.;OPOS=108875465;OREF=AAACTTGGTCAGGTGATGTTAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:78:77:77:0:51:26:0:0:17:0:50:26:0:0 chr2 108877062 . T A 2781.94 PASS AF=0.983607;AO=180;DP=183;FAO=180;FDP=183;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00980568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.354;QD=60.8075;RBI=0.0142858;REFB=-0.0241274;REVB=0.0103891;RO=3;SAF=88;SAR=92;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554921;STB=0.502915;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00011199;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:183:183:3:3:180:180:0.983607:92:88:2:1:92:88:2:1 chr2 109099572 . C G 773.03 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.532;QD=61.8427;RBI=0.0526773;REFB=0;REVB=-0.0187475;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153008;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:45:50:1:24:21:0:0:24:26:0:0 chr2 109106381 . A G 1701.49 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00310649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.434;QD=58.6719;RBI=0.0051923;REFB=-0.0430237;REVB=0.00416049;RO=1;SAF=55;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855555;STB=0.500303;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00010328;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:1:2:114:114:0.982759:59:55:1:0:59:55:1:1 chr2 109381529 . G T 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0124798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.96;QD=15.4097;RBI=0.0164433;REFB=-0.00948944;REVB=0.0107068;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873435;STB=0.54926;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00789586;OID=.;OPOS=109381529;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:16:11:11:23:16:11:11:23 chr2 109389463 . G A 1435.44 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7724;QD=61.7393;RBI=0.0401754;REFB=-0.0046293;REVB=0.0148811;RO=1;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920359;STB=0.504761;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000918023;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:93:1:1:90:92:0.989247:51:39:0:1:52:40:0:1 chr2 109408208 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0363372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.669;QD=15.1969;RBI=0.0385191;REFB=-0.0280449;REVB=-0.0127801;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698633;STB=0.540482;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0418135;OID=.;OPOS=109408208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:9:9:6:8:9:9 chr2 109429146 . T A 476.51 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0851085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.351;QD=24.7537;RBI=0.088495;REFB=-0.0225628;REVB=0.0242466;RO=29;SAF=23;SAR=22;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119133;STB=0.543497;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.016143;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:32:45:45:0.584416:22:23:10:19:22:23:13:19 chr2 109489953 . T C 360.48 PASS AF=0.369748;AO=33;DP=117;FAO=44;FDP=119;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.0150176;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.0321;QD=12.1168;RBI=0.0347658;REFB=0.00956786;REVB=0.0313549;RO=58;SAF=24;SAR=9;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733867;STB=0.546688;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00890923;OID=.;OPOS=109489953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:58:75:33:44:0.369748:9:24:39:19:19:25:48:27 chr2 109510937 . G A 528.6 PASS AF=0.305677;AO=71;DP=229;FAO=70;FDP=229;FR=.;FRO=159;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=113;FWDB=-0.128716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6351;QD=9.23324;RBI=0.135142;REFB=-0.0268063;REVB=-0.0411765;RO=153;SAF=23;SAR=48;SRF=43;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595426;STB=0.520417;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0628474;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:153:159:71:70:0.305677:48:23:43:110:48:22:46:113 chr2 109512234 . T C 657.86 PASS AF=0.977273;AO=44;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00855759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.94;QD=59.8054;RBI=0.0183844;REFB=-0.0522826;REVB=-0.0162713;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000259248;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:44:43:0.977273:25:19:0:0:24:19:0:1 chr2 109513601 . A G 4666.17 PASS AF=1;AO=299;DP=302;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188288;FXX=0.0066223;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.214;QD=62.2156;RBI=0.0327021;REFB=-0.0167306;REVB=0.0267376;RO=1;SAF=158;SAR=141;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00337051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93428e-05;OID=.;OPOS=109513601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:302:300:1:0:299:300:1:141:158:0:1:142:158:0:0 chr2 109513654 . G A 3348.91 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442946;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.172;QD=62.0168;RBI=0.00531329;REFB=-0.0780213;REVB=0.00293444;RO=1;SAF=114;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464806;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70887e-06;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:216:1:0:216:216:1:102:114:0:1:102:114:0:0 chr2 109526969 . G A 2321.39 PASS AF=1;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239728;FXX=0.0129862;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.999;QD=61.0891;RBI=0.025605;REFB=0;REVB=0.00899549;RO=0;SAF=81;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35819e-05;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:152:0:0:152:152:1:71:81:0:0:71:81:0:0 chr2 109527373 . A G 2083.66 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8197;QD=62.6664;RBI=0.0130649;REFB=0;REVB=0.000341854;RO=0;SAF=58;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66332e-05;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:75:58:0:0:75:58:0:0 chr2 109745176 . G A 3136.52 PASS AF=0.95045;AO=210;DP=222;FAO=211;FDP=222;FR=.;FRO=11;FSAF=50;FSAR=161;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0337723;FXX=0.00892817;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.493;QD=56.5138;RBI=0.0373975;REFB=-0.0317701;REVB=0.0160625;RO=11;SAF=49;SAR=161;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084944;STB=0.543915;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000805988;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:222:222:11:11:210:211:0.95045:161:49:10:1:161:50:10:1 chr2 110301836 . T A 82.48 PASS AF=0.152542;AO=5;DP=63;FAO=9;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=42;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0393571;FXX=0.063482;HRUN=9;LEN=1;MLLD=23.6621;QD=5.59165;RBI=0.0396575;REFB=-0.0195149;REVB=0.00487243;RO=28;SAF=5;SAR=0;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621545;STB=0.836838;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0629453;OID=.;OPOS=110301836;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:63:59:28:42:5:9:0.152542:0:5:17:11:1:8:23:19 chr2 110372192 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.467;QD=33.4284;RBI=0.112041;REFB=0;REVB=0.0374368;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246485;OID=.;OPOS=110372192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr2 110373805 . A G 696.28 PASS AF=0.451977;AO=74;DP=163;FAO=80;FDP=177;FR=.;FRO=97;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.0457494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.1454;QD=15.7351;RBI=0.0609769;REFB=-0.0161497;REVB=0.0403135;RO=89;SAF=41;SAR=33;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478734;STB=0.524696;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0156481;OID=.;OPOS=110373805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:177:89:97:74:80:0.451977:33:41:45:44:36:44:49:48 chr2 110373849 . A G 567.51 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00435059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.714;QD=17.0681;RBI=0.00807345;REFB=-0.00562704;REVB=-0.00680095;RO=73;SAF=36;SAR=24;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133546;STB=0.574443;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00885184;OID=.;OPOS=110373849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:73:73:60:60:0.451128:24:36:34:39:24:36:34:39 chr2 110373919 . G A 117.82 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0386959;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.81;QD=12.4024;RBI=0.0390447;REFB=-0.000414865;REVB=0.00520754;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255764;STB=0.647815;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000782535;OID=.;OPOS=110373919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:8:6:5:19:8:6:5:19 chr2 110374215 . T C 184.82 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00423547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1947;QD=12.1192;RBI=0.0461903;REFB=-0.0112544;REVB=0.0459957;RO=38;SAF=7;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222751;STB=0.629233;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0199016;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:16:7:19:19:16:7:19:19 chr2 110375025 . C T 488.84 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0159882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5192;QD=21.9703;RBI=0.0522528;REFB=-0.0185305;REVB=-0.0497466;RO=42;SAF=24;SAR=23;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196496;STB=0.607837;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0205881;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:23:24:31:11:23:24:31:11 chr2 110375151 . A G 638.83 PASS AF=0.477941;AO=64;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0243592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.244;QD=18.7892;RBI=0.0279374;REFB=-0.00370703;REVB=0.0136794;RO=71;SAF=31;SAR=33;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858377;STB=0.543351;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00267414;OID=.;OPOS=110375151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:71:64:65:0.477941:33:31:28:43:34:31:28:43 chr2 110849222 . G A 42.72 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0180582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3573;QD=2.341;RBI=0.0483743;REFB=-0.000581092;REVB=-0.0448773;RO=64;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104103;STB=0.57559;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00298266;OID=.;OPOS=110849222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:73:64:64:9:9:0.123288:4:5:30:34:4:5:30:34 chr2 110855123 . G T 470.59 PASS AF=0.444444;AO=49;DP=115;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0002611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.499;QD=16.0886;RBI=0.00290258;REFB=-0.0342271;REVB=0.00289081;RO=66;SAF=20;SAR=29;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169388;STB=0.506637;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0390922;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:66:65:49:52:0.444444:29:20:28:38:31:21:27:38 chr2 110922703 . C T 449.7 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.000642638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.988;QD=18.9347;RBI=0.02548;REFB=-0.0289281;REVB=-0.0254719;RO=50;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00633092;STB=0.503525;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.029832;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:21:24:27:23:21:24:27:23 chr2 111850515 . C T 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00860988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.967;QD=22.884;RBI=0.0215502;REFB=0.0144107;REVB=-0.0197555;RO=29;SAF=12;SAR=26;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369117;STB=0.520285;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00898704;OID=.;OPOS=111850515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:26:12:8:21:26:12:8:21 chr2 111907691 . T C 3040.9 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313317;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7388;QD=63.6837;RBI=0.0323277;REFB=0;REVB=-0.00796255;RO=0;SAF=75;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45396e-05;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:191:0:0:191:191:1:116:75:0:0:116:75:0:0 chr2 111907975 . CTAAAAAAG ACTAAAAAG,CTAAAAA,CTAAAAAG 60.38 PASS AF=0,0.0617284,0.197531;AO=4,9,13;DP=88;FAO=0,5,16;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=0,4,9;FSAR=0,1,7;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0286608,-0.0745413,0.0890041;FXX=0.0470533;HRUN=1,6,6;LEN=3,2,1;MLLD=67.2612,21.9628,10.1362;QD=2.98167;RBI=0.0333529,0.0764997,0.111076;REFB=-0.0109185,-0.0232131,-0.088963;REVB=-0.017058,-0.0171987,0.0664549;RO=50;SAF=4,8,4;SAR=0,1,9;SRF=28;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.333333,0.333333;SSSB=0.509118,0.465736,-0.310913;STB=0.5,0.762049,0.523227;STBP=1,0.286,0.848;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.0324708,0.133498;OID=.,.,.;OPOS=111907975,111907982,111907977;OREF=CTA,AG,A;OALT=ACT,-,-;OMAPALT=ACTAAAAAG,CTAAAAA,CTAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:32:88:81:50:60:4,9,13:0,5,16:0,0.0617284,0.197531:0,1,9:4,8,4:28:22:0,1,7:0,4,9:32:28 chr2 111908485 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.832;QD=42.1826;RBI=0.0341998;REFB=0;REVB=0.0316165;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62721e-05;OID=.;OPOS=111908485;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr2 112615888 . C G 41.38 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0023314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0682;QD=2.66945;RBI=0.0333004;REFB=-0.000747232;REVB=0.0332187;RO=54;SAF=6;SAR=2;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398703;STB=0.783944;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00407717;OID=.;OPOS=112615888;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:2:6:22:32:2:6:22:32 chr2 112615933 . T C 33.78 PASS AF=0.1;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.00669505;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5376;QD=1.68882;RBI=0.0179556;REFB=-0.00191278;REVB=0.0166608;RO=72;SAF=4;SAR=4;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130434;STB=0.59976;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0172751;OID=.;OPOS=112615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:80:72:72:8:8:0.1:4:4:28:44:4:4:28:44 chr2 112641256 . G A 633.0 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000890777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.661;QD=61.7559;RBI=0.0214455;REFB=0;REVB=0.021427;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75152e-05;OID=.;OPOS=112641256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:20:21:0:0 chr2 112776979 . C A 334.21 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00226069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1046;QD=12.8543;RBI=0.00721739;REFB=-0.0196087;REVB=-0.00685419;RO=64;SAF=12;SAR=28;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213051;STB=0.621837;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0331929;OID=.;OPOS=112776979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:28:12:31:33:28:12:31:33 chr2 112786523 . A AT 115.73 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0631233;FXX=0.0307645;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.1111;QD=7.34766;RBI=0.067966;REFB=-0.0261606;REVB=0.0251957;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975961;STB=0.571375;STBP=0.351;TYPE=ins;VARB=0.0336012;OID=.;OPOS=112786524;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412698:25:66:26:63:37:13:13:14:23:99:41:12:13:16:25 chr2 112944822 . G A 513.78 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00507046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.821;QD=21.8632;RBI=0.0353446;REFB=-0.0161666;REVB=0.0349791;RO=44;SAF=30;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156565;STB=0.591808;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0116584;OID=.;OPOS=112944822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:45:49:49:0.521277:19:30:19:25:19:30:19:26 chr2 112945162 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.826;QD=35.5759;RBI=0.0357323;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109106;OID=.;OPOS=112945162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr2 112945164 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9413;QD=35.5758;RBI=0.0576307;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00435745;OID=.;OPOS=112945164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr2 112945166 . A C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7513;QD=35.5722;RBI=0.02904;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00216235;OID=.;OPOS=112945166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr2 113089267 . T C 2983.27 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857264;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.561;QD=63.4739;RBI=0.00917358;REFB=0;REVB=0.00326564;RO=0;SAF=95;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86976e-05;OID=.;OPOS=113089267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:93:95:0:0:93:95:0:0 chr2 113090047 . T C 2421.48 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4787;QD=60.5369;RBI=0.0303034;REFB=-0.117225;REVB=0.0285121;RO=1;SAF=82;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613922;STB=0.503225;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000584611;OID=.;OPOS=113090047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:1:1:159:159:0.99375:77:82:0:1:77:82:0:1 chr2 113091685 . T G 1409.76 PASS AF=0.926606;AO=101;DP=109;FAO=101;FDP=109;FR=.;FRO=8;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0755383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4695;QD=51.7341;RBI=0.0829037;REFB=-0.0567601;REVB=0.0341611;RO=4;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321313;STB=0.53278;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00417811;OID=.;OPOS=113091685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:109:109:4:8:101:101:0.926606:57:44:0:4:57:44:0:8 chr2 113277949 . T C 1992.44 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.59;QD=61.3057;RBI=0.0331287;REFB=-0.0493864;REVB=0.0229788;RO=1;SAF=65;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725543;STB=0.503816;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=6.70147e-05;OID=.;OPOS=113277949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:64:65:1:0:64:65:1:0 chr2 113289032 . A G 1362.56 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00762484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7173;QD=61.2387;RBI=0.0611788;REFB=-0.138649;REVB=-0.0607018;RO=1;SAF=28;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166212;STB=0.50877;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00157662;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:60:28:1:0:60:28:1:0 chr2 113479614 . G A 2626.94 PASS AF=0.988439;AO=171;DP=173;FAO=171;FDP=173;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0544253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.992;QD=60.7385;RBI=0.0568727;REFB=-0.0943745;REVB=0.0165043;RO=0;SAF=82;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.78894e-08;STB=0.500237;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000275128;OID=.;OPOS=113479614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:173:173:0:2:171:171:0.988439:89:82:0:0:89:82:1:1 chr2 113482779 . A C 1102.33 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7203;QD=58.7911;RBI=0.0500602;REFB=0.0362514;REVB=-0.0479901;RO=1;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137108;STB=0.507244;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00203374;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:34:40:0:1:34:40:0:1 chr2 113484319 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.581;QD=60.5473;RBI=0.0186044;REFB=0;REVB=0.0135464;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38099e-05;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr2 113513825 . T C 2357.42 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2615;QD=60.8365;RBI=0.0394351;REFB=0;REVB=0.0387829;RO=0;SAF=63;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126803;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:154:155:1:91:63:0:0:91:64:0:0 chr2 113588904 . C A 961.02 PASS AF=0.455357;AO=99;DP=221;FAO=102;FDP=224;FR=.;FRO=122;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=0.0100321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.627;QD=17.1611;RBI=0.0138136;REFB=-0.0162279;REVB=-0.0094959;RO=122;SAF=45;SAR=54;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284984;STB=0.513645;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0199342;OID=.;OPOS=113588904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:224:122:122:99:102:0.455357:54:45:52:70:56:46:52:70 chr2 113671378 . G T 2027.19 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0219;QD=62.3752;RBI=0.0199909;REFB=0;REVB=-0.00301294;RO=0;SAF=64;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19726e-05;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:66:64:0:0:66:64:0:0 chr2 113671410 . A G 1758.15 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0483042;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.271;QD=60.1076;RBI=0.048338;REFB=-0.0418085;REVB=0.00180525;RO=1;SAF=56;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840513;STB=0.504424;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00023474;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:1:1:116:116:0.991453:60:56:1:0:60:56:1:0 chr2 113763463 . A C 2272.49 PASS AF=0.993377;AO=149;DP=150;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4025;QD=60.1984;RBI=0.08378;REFB=-0.0786019;REVB=0.0804226;RO=0;SAF=65;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502958;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000747273;OID=.;OPOS=113763463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:151:0:1:149:150:0.993377:84:65:0:0:84:66:0:1 chr2 113763575 . A G 2084.31 PASS AF=0.992647;AO=101;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.071;QD=61.3034;RBI=0.0539105;REFB=0;REVB=0.0367612;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354383;OID=.;OPOS=113763575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:136:136:0:0:101:135:0.992647:56:45:0:0:82:53:0:0 chr2 113832312 . T C 977.9 PASS AF=0.420849;AO=109;DP=259;FAO=109;FDP=259;FR=.;FRO=150;FSAF=81;FSAR=28;FSRF=79;FSRR=71;FWDB=-0.0157702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.055;QD=15.1028;RBI=0.0345214;REFB=-0.00659601;REVB=-0.0307088;RO=150;SAF=81;SAR=28;SRF=79;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252077;STB=0.641544;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00612222;OID=.;OPOS=113832312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:150:150:109:109:0.420849:28:81:79:71:28:81:79:71 chr2 113832333 . C A 1098.8 PASS AF=0.428058;AO=119;DP=278;FAO=119;FDP=278;FR=.;FRO=159;FSAF=83;FSAR=36;FSRF=80;FSRR=79;FWDB=-0.0313722;FXX=0.0071426;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.661;QD=15.8101;RBI=0.0325331;REFB=-0.00023605;REVB=0.00861314;RO=159;SAF=83;SAR=36;SRF=80;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213434;STB=0.619262;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000444253;OID=.;OPOS=113832333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:159:159:119:119:0.428058:36:83:80:79:36:83:80:79 chr2 113870663 . G A 948.64 PASS AF=0.465116;AO=100;DP=215;FAO=100;FDP=215;FR=.;FRO=115;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=38;FSRR=77;FWDB=-0.00953752;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.014;QD=17.6491;RBI=0.0170552;REFB=-0.00253889;REVB=0.0141391;RO=115;SAF=43;SAR=57;SRF=38;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100013;STB=0.555149;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00217419;OID=.;OPOS=113870663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:115:115:100:100:0.465116:57:43:38:77:57:43:38:77 chr2 113875565 . A G 760.27 PASS AF=0.36255;AO=91;DP=251;FAO=91;FDP=251;FR=.;FRO=160;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=72;FSRR=88;FWDB=-0.0190747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.998;QD=12.1158;RBI=0.0299642;REFB=-0.0107169;REVB=-0.0231087;RO=160;SAF=44;SAR=47;SRF=72;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377767;STB=0.521414;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0168571;OID=.;OPOS=113875565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:160:160:91:91:0.36255:47:44:72:88:47:44:72:88 chr2 113875584 . G C 784.58 PASS AF=0.350365;AO=96;DP=274;FAO=96;FDP=274;FR=.;FRO=178;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=77;FSRR=101;FWDB=-0.060226;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0166;QD=11.4537;RBI=0.0617226;REFB=0.00362788;REVB=0.0135094;RO=177;SAF=43;SAR=53;SRF=76;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021421;STB=0.510089;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00778262;OID=.;OPOS=113875584;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:177:178:96:96:0.350365:53:43:76:101:53:43:77:101 chr2 113875631 . T C 704.78 PASS AF=0.352;AO=53;DP=254;FAO=88;FDP=250;FR=.,HEALED;FRO=162;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=76;FSRR=86;FWDB=0.0154103;FXX=0.0234366;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.4574;QD=11.2764;RBI=0.213706;REFB=0.000287209;REVB=-0.213149;RO=93;SAF=35;SAR=18;SRF=61;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00554432;STB=0.505285;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00710421;OID=.;OPOS=113875631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:250:93:162:53:88:0.352:18:35:61:32:46:42:76:86 chr2 113877713 . A C 364.66 PASS AF=0.438202;AO=37;DP=92;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0437038;FXX=0.0729091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.48;QD=16.3893;RBI=0.0461017;REFB=-0.0120708;REVB=0.0146744;RO=39;SAF=11;SAR=26;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016933;STB=0.521357;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0245226;OID=.;OPOS=113877713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:39:50:37:39:0.438202:26:11:11:28:26:13:15:35 chr2 113887207 . T C 467.52 PASS AF=0.362416;AO=54;DP=149;FAO=54;FDP=149;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=68;FWDB=0.0689503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.199;QD=12.5508;RBI=0.0702288;REFB=-0.00550909;REVB=0.0133394;RO=92;SAF=18;SAR=36;SRF=26;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649788;STB=0.53607;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0119649;OID=.;OPOS=113887207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:92:95:54:54:0.362416:36:18:26:66:36:18:27:68 chr2 113890304 . T C 918.31 PASS AF=0.468599;AO=97;DP=207;FAO=97;FDP=207;FR=.;FRO=110;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.000470846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.422;QD=17.7451;RBI=0.0165138;REFB=-0.00742839;REVB=-0.0165071;RO=109;SAF=54;SAR=43;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326161;STB=0.520634;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00802771;OID=.;OPOS=113890304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:109:110:97:97:0.468599:43:54:57:52:43:54:57:53 chr2 113943470 . A G 326.2 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00682948;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.584;QD=15.5333;RBI=0.0166844;REFB=-0.0122588;REVB=0.0152226;RO=47;SAF=24;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101053;STB=0.521235;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0389502;OID=.;OPOS=113943470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:47:48:35:36:0.428571:11:24:28:19:13:23:29:19 chr2 113955074 . G A 2408.89 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.74;QD=64.2371;RBI=0.0314128;REFB=0;REVB=0.0313494;RO=0;SAF=64;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7589e-05;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:86:64:0:0:86:64:0:0 chr2 113956371 . G C 2438.47 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128915;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.662;QD=61.3451;RBI=0.0445831;REFB=0;REVB=0.0426785;RO=0;SAF=112;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96447e-05;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:159:0:0:156:159:1:44:112:0:0:45:114:0:0 chr2 114220055 . T C 4862.72 PASS AF=0.93913;AO=321;DP=344;FAO=324;FDP=345;FR=.;FRO=21;FSAF=162;FSAR=162;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0534564;FXX=0.00289009;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.799;QD=56.3794;RBI=0.0666453;REFB=-0.0842162;REVB=0.0397996;RO=21;SAF=161;SAR=160;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192947;STB=0.510144;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00964544;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:344:345:21:21:321:324:0.93913:160:161:14:7:162:162:14:7 chr2 114220056 . T A 32.95 PASS AF=0.0576369;AO=21;DP=347;FAO=20;FDP=347;FR=.;FRO=327;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=165;FSRR=162;FWDB=-0.000240566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.748;QD=0.37977;RBI=0.0580061;REFB=-0.00222931;REVB=-0.0580056;RO=325;SAF=14;SAR=7;SRF=164;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171243;STB=0.637967;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.157285;OID=.;OPOS=114220056;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:347:347:325:327:21:20:0.0576369:7:14:164:161:7:13:165:162 chr2 114256840 . C T 1771.19 PASS AF=0.96748;AO=119;DP=123;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0698592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3949;QD=57.5998;RBI=0.074063;REFB=-0.147787;REVB=0.0245971;RO=3;SAF=57;SAR=62;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068143;STB=0.507463;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00632227;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:123:3:4:119:119:0.96748:62:57:1:2:62:57:1:3 chr2 114256859 . C T 976.8 PASS AF=1;AO=55;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.252699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8851;QD=58.3166;RBI=0.253535;REFB=0;REVB=-0.0205791;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251742;OID=.;OPOS=114256859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:55:67:1:38:17:0:0:38:29:0:0 chr2 114258536 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.03688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1452;QD=23.2183;RBI=0.0663809;REFB=-0.00612407;REVB=-0.0551932;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00651434;OID=.;OPOS=114258536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr2 114355167 . A G 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0115029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.5;QD=9.18913;RBI=0.0138229;REFB=-0.0347264;REVB=-0.00766517;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744983;STB=0.545372;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0656933;OID=.;OPOS=114355167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:12:13:5:6:12:13 chr2 114763169 . C G 706.7 PASS AF=0.396135;AO=82;DP=207;FAO=82;FDP=207;FR=.;FRO=125;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=54;FSRR=71;FWDB=0.0634016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.139;QD=13.656;RBI=0.0651259;REFB=-0.0158341;REVB=-0.014887;RO=122;SAF=27;SAR=55;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111532;STB=0.566993;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0207408;OID=.;OPOS=114763169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:122:125:82:82:0.396135:55:27:52:70:55:27:54:71 chr2 116099725 . A T 1343.36 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0301438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4829;QD=61.062;RBI=0.0476633;REFB=0.0038719;REVB=-0.0369208;RO=1;SAF=33;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141395;STB=0.507245;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000630806;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:1:1:86:87:0.988636:53:33:1:0:53:34:1:0 chr2 116510817 . G C 5921.48 PASS AF=1;AO=372;DP=373;FAO=375;FDP=375;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701723;FXX=0.0026595;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.462;QD=63.1625;RBI=0.00931311;REFB=0.0180138;REVB=0.00612311;RO=0;SAF=192;SAR=180;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9797e-06;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:373:375:0:0:372:375:1:180:192:0:0:182:193:0:0 chr2 116525960 . G A 2828.09 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.518;QD=62.8465;RBI=0.0222516;REFB=0;REVB=-0.0122413;RO=0;SAF=91;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30456e-06;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:89:91:0:0:89:91:0:0 chr2 116600388 . A G 1444.98 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2486;QD=62.8252;RBI=0.0676901;REFB=0;REVB=0.0164535;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358503;OID=.;OPOS=116600388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr2 117781499 . T C 249.8 PASS AF=0.521739;AO=22;DP=44;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0123452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.032;QD=21.722;RBI=0.0262829;REFB=-0.0174337;REVB=0.0232032;RO=22;SAF=16;SAR=6;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435774;STB=0.725794;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0228146;OID=.;OPOS=117781499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:22:22:22:24:0.521739:6:16:5:17:7:17:5:17 chr2 118583940 . C T 677.76 PASS AF=0.45625;AO=73;DP=160;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.00550669;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.96;QD=16.944;RBI=0.00625177;REFB=-0.0139458;REVB=-0.0029599;RO=87;SAF=26;SAR=47;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173618;STB=0.596588;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0140791;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:87:87:73:73:0.45625:47:26:46:41:47:26:46:41 chr2 118589808 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.383;QD=57.1996;RBI=0.00639688;REFB=0;REVB=0.00095055;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59167e-05;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr2 118731573 . G A 1492.59 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.986;QD=63.5146;RBI=0.0150525;REFB=0;REVB=0.00972395;RO=0;SAF=62;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74385e-05;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:31:62:0:0:32:62:0:0 chr2 118774082 . T C 1165.15 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0566522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.603;QD=58.2577;RBI=0.0567315;REFB=-0.10095;REVB=0.00299867;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000609792;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:79:80:0:1:77:79:0.9875:37:40:0:0:37:42:0:1 chr2 118774178 . G C 1007.17 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0962691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3587;QD=55.1877;RBI=0.0989612;REFB=-0.173225;REVB=0.0229254;RO=3;SAF=35;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388128;STB=0.520542;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.011897;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:3:3:70:70:0.958904:35:35:3:0:35:35:3:0 chr2 118866033 . G GA 232.56 PASS AF=0.617021;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00151088;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.8266;QD=19.7925;RBI=0.0435781;REFB=-0.0273025;REVB=0.0435519;RO=23;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240679;STB=0.610543;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=0.015588;OID=.;OPOS=118866034;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617021:28:53:29:47:18:11:18:12:6:93:23:10:18:15:8 chr2 119591683 . C A 2421.67 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0734364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.219;QD=60.5417;RBI=0.0864959;REFB=0.0177182;REVB=0.0457015;RO=2;SAF=69;SAR=89;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135888;STB=0.503546;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000250172;OID=.;OPOS=119591683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:2:1:158:159:0.99375:89:69:2:0:89:70:1:0 chr2 119739063 . T C 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0339371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2796;QD=14.1921;RBI=0.0943313;REFB=-0.0040523;REVB=-0.0880152;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594022;STB=0.5345;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00101374;OID=.;OPOS=119739063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:13:9:7:8:13:9 chr2 119739182 . T C 316.25 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0164416;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7396;QD=22.5889;RBI=0.0165822;REFB=0.0332308;REVB=0.00215481;RO=22;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044455;STB=0.540515;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0301628;OID=.;OPOS=119739182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:24:32:32:0.571429:15:17:13:9:15:17:15:9 chr2 119748143 . C G 236.47 PASS AF=0.289474;AO=32;DP=114;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.00350066;FXX=0.0172399;HRUN=10;LEN=1;MLLD=197.545;QD=8.29727;RBI=0.00675539;REFB=-0.00338713;REVB=-0.0057776;RO=77;SAF=26;SAR=6;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513784;STB=0.781782;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00541773;OID=.;OPOS=119748143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:77:81:32:33:0.289474:6:26:30:47:7:26:32:49 chr2 119915509 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.748;QD=53.9111;RBI=0.0405519;REFB=0;REVB=0.0366055;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86664e-05;OID=.;OPOS=119915509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr2 119927405 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.367;QD=57.2026;RBI=0.0200617;REFB=0;REVB=0.00338935;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45368e-05;OID=.;OPOS=119927405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr2 119927411 . G T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5651;QD=60.2283;RBI=0.108322;REFB=0;REVB=0.083931;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221026;OID=.;OPOS=119927411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr2 120021785 . T C 2031.19 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164032;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3083;QD=62.4982;RBI=0.0294537;REFB=0;REVB=0.0244633;RO=0;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254395;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:72:58:0:0:72:58:0:0 chr2 120060082 . T C 283.2 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0908803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0759;QD=12.5868;RBI=0.0954726;REFB=-0.00784534;REVB=0.029254;RO=57;SAF=10;SAR=23;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387843;STB=0.522304;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0156774;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:23:10:19:38:23:10:19:38 chr2 120078778 . T C 1675.54 PASS AF=0.437198;AO=181;DP=414;FAO=181;FDP=414;FR=.;FRO=233;FSAF=79;FSAR=102;FSRF=105;FSRR=128;FWDB=-0.000536959;FXX=0.00240958;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.787;QD=16.1888;RBI=0.0216166;REFB=-0.0127831;REVB=0.0216099;RO=233;SAF=79;SAR=102;SRF=105;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146019;STB=0.508094;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0141563;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:414:233:233:181:181:0.437198:102:79:105:128:102:79:105:128 chr2 120125029 . A G 1307.32 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00411036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.349;QD=60.8055;RBI=0.0847731;REFB=-0.0346082;REVB=0.0846734;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119894;STB=0.506328;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000260789;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:1:1:83:85:0.988372:44:39:1:0:46:39:1:0 chr2 120125053 . C G 228.74 PASS AF=0.364706;AO=23;DP=77;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.000739283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8089;QD=10.7644;RBI=0.00502114;REFB=-0.0302168;REVB=0.00496642;RO=50;SAF=16;SAR=7;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193143;STB=0.573038;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.028438;OID=.;OPOS=120125053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:85:50:54:23:31:0.364706:7:16:27:23:12:19:27:27 chr2 120125058 . C T 328.77 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0034472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4358;QD=12.8929;RBI=0.00747623;REFB=-0.0145155;REVB=0.00663407;RO=63;SAF=21;SAR=18;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331794;STB=0.518901;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0149785;OID=.;OPOS=120125058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:39:39:0.382353:18:21:32:31:18:21:32:31 chr2 120129886 . G A 238.1 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0229847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.189;QD=15.1174;RBI=0.0253999;REFB=-0.0249584;REVB=-0.0108101;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118644;STB=0.571379;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0308705;OID=.;OPOS=120129886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:32:35:28:28:0.444444:14:14:12:20:14:14:13:22 chr2 120194651 . A AGTGTGC 1924.37 PASS AF=0.992;AO=118;DP=169;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0084776;FXX=0.100712;HRUN=0;LEN=6;MLLD=303.824;QD=61.5798;RBI=0.00872518;REFB=-0.0584296;REVB=-0.00206376;RO=37;SAF=34;SAR=84;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240231;STB=0.506848;STBP=0.172;TYPE=ins;VARB=0.000148118;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992:118:169:124:125:1:36:88:1:0:6:37:34:84:29:8 chr2 120199140 . A G 893.27 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.393;QD=57.6303;RBI=0.0541759;REFB=0;REVB=0.00635978;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247326;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:30:32:0:0 chr2 120369300 . T C 1525.07 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00313146;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.235;QD=58.6565;RBI=0.00836429;REFB=-0.0809718;REVB=0.00775598;RO=0;SAF=27;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.17017e-08;STB=0.503267;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=8.85128e-05;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:102:103:0.990385:75:27:0:0:76:27:0:1 chr2 120388412 . G A 2357.98 PASS AF=1;AO=145;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262441;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7903;QD=63.7291;RBI=0.0111232;REFB=0;REVB=-0.0108092;RO=0;SAF=58;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201898;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:145:148:1:87:58:0:0:90:58:0:0 chr2 120409616 . G T 660.12 PASS AF=0.561404;AO=62;DP=113;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00215445;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.913;QD=23.1621;RBI=0.00752841;REFB=-0.0127133;REVB=0.00721355;RO=51;SAF=26;SAR=36;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101427;STB=0.501113;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00961209;OID=.;OPOS=120409616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:51:50:62:64:0.561404:36:26:22:29:36:28:22:28 chr2 120438515 . G C 690.1 PASS AF=0.476821;AO=72;DP=151;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.00713753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.592;QD=18.2807;RBI=0.0140573;REFB=-0.00660222;REVB=-0.0121104;RO=79;SAF=43;SAR=29;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181476;STB=0.600376;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0104615;OID=.;OPOS=120438515;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:79:79:72:72:0.476821:29:43:32:47:29:43:32:47 chr2 120438523 . A G 709.53 PASS AF=0.480769;AO=75;DP=156;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.0366536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.418;QD=18.1929;RBI=0.0369754;REFB=-0.0127456;REVB=0.00486764;RO=80;SAF=31;SAR=44;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162562;STB=0.586644;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0112371;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:80:81:75:75:0.480769:44:31:47:33:44:31:47:34 chr2 120438696 . A G 2218.74 PASS AF=0.980392;AO=149;DP=155;FAO=150;FDP=153;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0563813;FXX=0.0129024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.076;QD=58.0062;RBI=0.0582988;REFB=-0.12148;REVB=0.0148291;RO=3;SAF=69;SAR=80;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00489799;STB=0.5025;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00101182;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:155:153:3:3:149:150:0.980392:80:69:1:2:81:69:1:2 chr2 120439230 . C G 642.51 PASS AF=0.515873;AO=62;DP=123;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0138139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2481;QD=20.3971;RBI=0.0517311;REFB=-0.0379533;REVB=-0.0498526;RO=58;SAF=34;SAR=28;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132744;STB=0.584705;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0128333;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:58:61:62:65:0.515873:28:34:23:35:28:37:24:37 chr2 120439459 . C A 387.66 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.01364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.608;QD=18.4599;RBI=0.0143542;REFB=0.0011669;REVB=0.00447129;RO=44;SAF=13;SAR=27;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867013;STB=0.548468;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00128317;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:27:13:18:26:27:13:18:26 chr2 120704166 . G T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.095;QD=57.7124;RBI=0.0205925;REFB=0;REVB=0.00315574;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50939e-05;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr2 121043540 . A T 1180.6 PASS AF=0.457565;AO=124;DP=271;FAO=124;FDP=271;FR=.;FRO=147;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=73;FSRR=74;FWDB=0.029002;FXX=0.0109485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5745;QD=17.4258;RBI=0.0417079;REFB=-0.00519222;REVB=0.0299738;RO=147;SAF=68;SAR=56;SRF=73;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509901;STB=0.528198;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00475687;OID=.;OPOS=121043540;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:147:147:124:124:0.457565:56:68:73:74:56:68:73:74 chr2 121103903 . T G 30.92 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00123299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5102;QD=12.3686;RBI=0.0584724;REFB=-0.00753175;REVB=-0.0584594;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0428995;OID=.;OPOS=121103903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr2 121106850 . C T 1385.8 PASS AF=0.526104;AO=131;DP=248;FAO=131;FDP=249;FR=.;FRO=118;FSAF=52;FSAR=79;FSRF=45;FSRR=73;FWDB=0.00924806;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.133;QD=22.2618;RBI=0.0102674;REFB=-0.00885538;REVB=-0.00446007;RO=113;SAF=52;SAR=79;SRF=45;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00113775;STB=0.50774;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00782909;OID=.;OPOS=121106850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:249:113:118:131:131:0.526104:79:52:45:68:79:52:45:73 chr2 121107259 . G A 280.33 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0363705;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.751;QD=19.0057;RBI=0.0363805;REFB=-0.0123586;REVB=-0.000850785;RO=29;SAF=5;SAR=25;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265711;STB=0.650292;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0121461;OID=.;OPOS=121107259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:29:30:30:0.508475:25:5:11:18:25:5:11:18 chr2 121223274 . C T 3768.06 PASS AF=1;AO=237;DP=239;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927105;FXX=0.00836785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.589;QD=63.596;RBI=0.0135093;REFB=0;REVB=0.00982586;RO=0;SAF=96;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29024e-05;OID=.;OPOS=121223274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:237:0:0:237:237:1:141:96:0:0:141:96:0:0 chr2 121726447 . G A 2178.12 PASS AF=0.959459;AO=142;DP=148;FAO=142;FDP=148;FR=.;FRO=6;FSAF=80;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0653993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.595;QD=58.8681;RBI=0.0654156;REFB=-0.0626638;REVB=-0.00145696;RO=5;SAF=80;SAR=62;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107132;STB=0.502609;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00187026;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:148:148:5:6:142:142:0.959459:62:80:2:3:62:80:3:3 chr2 121746956 . G T 735.09 PASS AF=0.487342;AO=76;DP=158;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0019551;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.478;QD=18.6098;RBI=0.00805866;REFB=-0.00289118;REVB=-0.0078179;RO=77;SAF=26;SAR=50;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157213;STB=0.597082;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00512009;OID=.;OPOS=121746956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:77:81:76:77:0.487342:50:26:39:38:51:26:42:39 chr2 121747406 . G A 448.96 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.00188267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.62;QD=14.3666;RBI=0.014992;REFB=-0.00836395;REVB=0.0148733;RO=74;SAF=25;SAR=26;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046558;STB=0.526223;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0149219;OID=.;OPOS=121747406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:74:51:51:0.408:26:25:33:41:26:25:33:41 chr2 121747429 . A G 589.87 PASS AF=0.442857;AO=62;DP=141;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.011284;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4176;QD=16.8534;RBI=0.0377871;REFB=-0.011383;REVB=-0.0360629;RO=75;SAF=31;SAR=31;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019665;STB=0.521422;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0216114;OID=.;OPOS=121747429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:75:78:62:62:0.442857:31:31:39:36:31:31:42:36 chr2 121747566 . T C 1442.47 PASS AF=0.461078;AO=138;DP=329;FAO=154;FDP=334;FR=.;FRO=180;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=77;FSRR=103;FWDB=-0.0203345;FXX=0.0262383;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.164;QD=17.2751;RBI=0.0203465;REFB=-0.00800474;REVB=-0.000697037;RO=161;SAF=64;SAR=74;SRF=72;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162594;STB=0.518083;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0149868;OID=.;OPOS=121747566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:334:161:180:138:154:0.461078:74:64:72:89:83:71:77:103 chr2 121749067 . G C 893.61 PASS AF=0.537037;AO=87;DP=165;FAO=87;FDP=162;FR=.;FRO=75;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0234808;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.402;QD=22.0645;RBI=0.0241781;REFB=0.00181552;REVB=0.00576468;RO=73;SAF=46;SAR=41;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276191;STB=0.52076;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.000875893;OID=.;OPOS=121749067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:162:73:75:87:87:0.537037:41:46:41:32:41:46:43:32 chr2 121948235 . C G 175.08 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.011;QD=46.6871;RBI=0.00670812;REFB=0;REVB=-0.00398917;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87525e-05;OID=.;OPOS=121948235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr2 121948239 . A C 170.75 PASS AF=1;AO=11;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969428;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=127.379;QD=42.6879;RBI=0.16898;REFB=0;REVB=0.168701;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136251;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:11:16:1:7:4:0:0:8:8:0:0 chr2 121948262 . A G 320.69 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0295987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.984;QD=45.8121;RBI=0.0446248;REFB=-0.0316526;REVB=0.0333959;RO=2;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142411;STB=0.505614;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00335484;OID=.;OPOS=121948262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:28:28:2:2:25:26:0.928571:10:15:1:1:11:15:1:1 chr2 121980405 . TC T 599.55 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000773846;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.0692;QD=47.0236;RBI=0.0117035;REFB=0;REVB=0.0116779;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000303951;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:52:51:51:0:20:31:0:0:11:0:20:30:0:0 chr2 121981950 . A G 467.69 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0207982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.851;QD=20.1158;RBI=0.0225554;REFB=0.00148012;REVB=-0.00872835;RO=47;SAF=17;SAR=29;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537901;STB=0.529863;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00140182;OID=.;OPOS=121981950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:29:17:20:27:29:17:20:27 chr2 121989489 . G A 1224.23 PASS AF=0.472119;AO=127;DP=269;FAO=127;FDP=269;FR=.;FRO=142;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=64;FSRR=78;FWDB=0.0568668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2173;QD=18.2042;RBI=0.0595597;REFB=0.00573731;REVB=-0.0177069;RO=142;SAF=56;SAR=71;SRF=64;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00946309;STB=0.505217;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00568247;OID=.;OPOS=121989489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:142:142:127:127:0.472119:71:56:64:78:71:56:64:78 chr2 122096257 . C T 1148.18 PASS AF=0.535545;AO=111;DP=210;FAO=113;FDP=211;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=36;FSRR=62;FWDB=-0.00308742;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.94;QD=21.7665;RBI=0.00436377;REFB=-0.0386179;REVB=0.00308389;RO=99;SAF=40;SAR=71;SRF=36;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306089;STB=0.502157;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0335991;OID=.;OPOS=122096257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:99:98:111:113:0.535545:71:40:36:63:71:42:36:62 chr2 122098360 . G A 639.3 PASS AF=0.401099;AO=70;DP=180;FAO=73;FDP=182;FR=.;FRO=109;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=63;FSRR=46;FWDB=-0.0141479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.722;QD=14.0505;RBI=0.0154856;REFB=-0.00761338;REVB=0.00629593;RO=109;SAF=47;SAR=23;SRF=63;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109149;STB=0.551174;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00955268;OID=.;OPOS=122098360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:109:109:70:73:0.401099:23:47:63:46:25:48:63:46 chr2 122125400 . C T 354.06 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00703705;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.994;QD=23.2172;RBI=0.0114048;REFB=-0.029329;REVB=0.00897492;RO=24;SAF=14;SAR=21;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520386;STB=0.541643;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0211103;OID=.;OPOS=122125400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:24:26:35:35:0.57377:21:14:8:16:21:14:8:18 chr2 122216419 . A G 728.41 PASS AF=0.469512;AO=76;DP=164;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0450452;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0863;QD=17.7661;RBI=0.0572376;REFB=0.0148998;REVB=0.0353139;RO=87;SAF=26;SAR=50;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10899;STB=0.55498;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0155795;OID=.;OPOS=122216419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:87:87:76:77:0.469512:50:26:39:48:50:27:39:48 chr2 122409207 . A G 1494.43 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0554698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.727;QD=62.2681;RBI=0.0558389;REFB=-0.143572;REVB=0.00640989;RO=1;SAF=56;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839243;STB=0.504347;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00182291;OID=.;OPOS=122409207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:94:95:0.989583:38:56:1:0:38:57:1:0 chr2 122523531 . G A 249.53 PASS AF=0.414286;AO=30;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0121249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.008;QD=14.2591;RBI=0.0139031;REFB=-0.0165854;REVB=0.00680315;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149792;STB=0.579421;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0222058;OID=.;OPOS=122523531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:41:30:29:0.414286:19:11:20:19:18:11:21:20 chr2 122524849 . AT AA,A 77.79 PASS AF=0.106383,0.180851;AO=9,17;DP=101;FAO=10,17;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=0,8;FSAR=10,9;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.0265509,0.108542;FXX=0.121484;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=12.9126,7.04811;QD=3.3102;RBI=0.049926,0.121127;REFB=-0.0986709,-0.146074;REVB=-0.0422807,-0.0537615;RO=50;SAF=0,8;SAR=9,9;SRF=33;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.745633,-0.23016;STB=0.999118,0.634705;STBP=0.001,0.225;TYPE=snp,del;VARB=-0.0610639,0.0887547;OID=.,.;OPOS=122524850,122524850;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.106383,0.180851:9,17:101:10,17:94:67:0,8:10,9:43:24:38:50:0,8:9,9:33:17 chr2 125192068 . T C 1701.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.524;QD=60.2225;RBI=0.0721135;REFB=0;REVB=0.0706164;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021384;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:59:53:0:0:59:54:0:0 chr2 125746817 . A G 1008.82 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0700898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9953;QD=55.2781;RBI=0.0945194;REFB=-0.163488;REVB=0.0634141;RO=2;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225042;STB=0.503431;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0041729;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:73:73:2:3:70:70:0.958904:41:29:0:2:41:29:1:2 chr2 127453664 . A C 248.52 PASS AF=0.303279;AO=36;DP=124;FAO=37;FDP=122;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.0340803;FXX=0.0468713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.9348;QD=8.14827;RBI=0.0347086;REFB=-0.056145;REVB=-0.00657379;RO=84;SAF=19;SAR=17;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103837;STB=0.554348;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0974071;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:84:85:36:37:0.303279:17:19:37:47:18:19:37:48 chr2 128065066 . CTTTTTTT CTCTTTTT,CTTTTTT,CTTTTTTA,TCTTTTTT 331.13 PASS AF=0.0462963,0.712963,0,0.0462963;AO=5,37,5,4;DP=113;FAO=5,77,0,5;FDP=108;FR=.;FRO=21;FSAF=4,28,0,0;FSAR=1,49,0,5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0431001,-0.208059,0.0498786,-0.00998743;FXX=0.0999917;HRUN=7,7,7,1;LEN=1,1,1,2;MLLD=140.354,7.21097,12.9203,21.8078;QD=12.2641;RBI=0.0476591,0.296762,0.068874,0.0189161;REFB=-0.00434622,-0.156688,-0.0379537,-0.00974937;REVB=-0.0203415,0.211611,-0.0474947,-0.0160646;RO=32;SAF=4,18,0,0;SAR=1,19,5,4;SRF=5;SRR=27;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.666062,0.282132,-0.539267,-0.489401;STB=0.863652,0.518214,0.5,0.99693;STBP=0.146,0.54,1,0.094;TYPE=snp,del,snp,mnp;VARB=0.0131431,0.146093,0,-0.0452957;OID=.,.,.,.;OPOS=128065068,128065067,128065073,128065066;OREF=T,T,T,CT;OALT=C,-,A,TC;OMAPALT=CTCTTTTT,CTTTTTT,CTTTTTTA,TCTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:113:108:32:21:5,37,5,4:5,77,0,5:0.0462963,0.712963,0,0.0462963:1,19,5,4:4,18,0,0:5:27:1,49,0,5:4,28,0,0:6:15 chr2 128180872 . G T 1540.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.315;QD=59.8282;RBI=0.0616933;REFB=0;REVB=0.0611833;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139238;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:44:59:0:0:44:59:0:0 chr2 128321770 . G A 4058.93 PASS AF=1;AO=260;DP=261;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311283;FXX=0.00383127;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.843;QD=62.4451;RBI=0.0311296;REFB=0;REVB=0.000290899;RO=0;SAF=120;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22432e-05;OID=.;OPOS=128321770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:261:260:0:0:260:260:1:140:120:0:0:140:120:0:0 chr2 128400608 . C T 2109.15 PASS AF=0.985507;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00111831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6099;QD=61.1348;RBI=0.0798493;REFB=0.00657789;REVB=-0.0798414;RO=1;SAF=54;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087218;STB=0.50909;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.000757844;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:138:1:2:136:136:0.985507:82:54:1:0:82:54:2:0 chr2 128460956 . G A 912.67 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.353;QD=57.9472;RBI=0.0111748;REFB=0;REVB=-0.0111018;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47458e-05;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:33:28:0:0:33:30:0:0 chr2 128849114 . T C 2798.94 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.842;QD=62.1987;RBI=0.0716856;REFB=0;REVB=0.0338529;RO=0;SAF=81;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11343e-05;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:180:0:0:174:180:1:93:81:0:0:95:85:0:0 chr2 128870808 . T A,C 1574.38 PASS AF=0.04,0.96;AO=4,96;DP=100;FAO=4,96;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=4,37;FSAR=0,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304483,0.0229601;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.48969,152.512;QD=62.9752;RBI=0.0322702,0.0306923;REFB=0,0;REVB=0.0106895,0.0203679;RO=0;SAF=4,37;SAR=0,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.78952e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.136907,0.00111422;OID=.,.;OPOS=128870808,128870808;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:100:100:0:0:4,96:4,96:0.04,0.96:0,59:4,37:0:0:0,59:4,37:0:0 chr2 128878014 . G A 1232.09 PASS AF=0.965116;AO=81;DP=85;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0572835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4907;QD=57.3064;RBI=0.0574098;REFB=0.0137467;REVB=0.00380703;RO=2;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210352;STB=0.503972;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00207221;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:86:2:3:81:83:0.965116:44:37:0:2:46:37:1:2 chr2 129023201 . G T 61.09 PASS AF=0.112782;AO=15;DP=133;FAO=15;FDP=133;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=74;FWDB=-0.0278507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.043;QD=1.83742;RBI=0.0281916;REFB=-0.000789167;REVB=-0.0043714;RO=115;SAF=12;SAR=3;SRF=42;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500483;STB=0.845743;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.012798;OID=.;OPOS=129023201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:133:133:115:118:15:15:0.112782:3:12:42:73:3:12:44:74 chr2 129023282 . G C 1433.63 PASS AF=0.943925;AO=101;DP=107;FAO=101;FDP=107;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0212703;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0306;QD=53.5937;RBI=0.0213049;REFB=-0.0152751;REVB=-0.00121406;RO=2;SAF=39;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00441808;STB=0.516463;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00111737;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:107:107:2:6:101:101:0.943925:62:39:1:1:62:39:4:2 chr2 129026227 . G T 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0174678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.088;QD=4.41837;RBI=0.032551;REFB=-0.000454914;REVB=-0.0274672;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246737;STB=0.668791;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0081843;OID=.;OPOS=129026227;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:2:5:16:15:2:5:16:15 chr2 129075797 . A C 50.43 PASS AF=0.155172;AO=8;DP=59;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.00741883;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.12;QD=3.47827;RBI=0.00765784;REFB=-0.00608828;REVB=0.00189832;RO=50;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075012;STB=0.59182;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0340372;OID=.;OPOS=129075797;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:58:50:49:8:9:0.155172:6:2:15:35:7:2:15:34 chr2 129075877 . G T 438.96 PASS AF=0.347826;AO=55;DP=160;FAO=56;FDP=161;FR=.;FRO=105;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.00705185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.955;QD=10.9058;RBI=0.0274461;REFB=0.00218645;REVB=-0.0265247;RO=104;SAF=14;SAR=41;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272969;STB=0.658476;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00419232;OID=.;OPOS=129075877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:104:105:55:56:0.347826:41:14:49:55:42:14:49:56 chr2 129075919 . G A 99.45 PASS AF=0.12;AO=24;DP=200;FAO=24;FDP=200;FR=.;FRO=176;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=84;FSRR=92;FWDB=-0.0204132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9886;QD=1.98904;RBI=0.0273909;REFB=0.00280476;REVB=0.0182638;RO=176;SAF=6;SAR=18;SRF=84;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294381;STB=0.710344;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0253608;OID=.;OPOS=129075919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:176:176:24:24:0.12:18:6:84:92:18:6:84:92 chr2 129075961 . T C,G 824.74 PASS AF=0.920635,0.047619;AO=50,10;DP=63;FAO=58,3;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=46,3;FSAR=12,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.017177,-0.0289557;FXX=0.0156226;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.0316,157.579;QD=52.3646;RBI=0.032822,0.031908;REFB=-0.0835757,0.0623111;REVB=0.0279685,-0.0134047;RO=3;SAF=38,10;SAR=12,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0135011,0.804487;STB=0.514625,0.994603;STBP=0.354,0.221;TYPE=snp,snp;VARB=0.00064606,0.0370475;OID=.,.;OPOS=129075961,129075961;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:63:63:3:2:50,10:58,3:0.920635,0.047619:12,0:38,10:2:1:12,0:46,3:1:1 chr2 130737735 . T C 49.91 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0018191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.759;QD=4.53685;RBI=0.00686264;REFB=-0.00225812;REVB=-0.00661715;RO=36;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52941;STB=0.839308;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00730662;OID=.;OPOS=130737735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:2:6:10:26:2:6:10:26 chr2 130738163 . G A 374.95 PASS AF=0.481481;AO=34;DP=77;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0394832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.159;QD=18.5159;RBI=0.0396252;REFB=-0.00777623;REVB=0.00335159;RO=42;SAF=10;SAR=24;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976536;STB=0.512289;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00902724;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:42:42:34:39:0.481481:24:10:16:26:25:14:16:26 chr2 130739444 . TGAAGACG T 157.69 PASS AF=0.323077;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0014705;FXX=0.0714184;HRUN=1;LEN=7;MLLD=294.306;QD=9.70422;RBI=0.00197774;REFB=-0.00411896;REVB=-0.00132252;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111113;STB=0.545989;STBP=0.621;TYPE=del;VARB=0.00735682;OID=.;OPOS=130739445;OREF=GAAGACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323077:20:56:21:65:44:8:13:14:30:99:31:7:13:8:23 chr2 130739646 . TTAAC T 109.87 PASS AF=0.38;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.000253083;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=4;MLLD=286.541;QD=8.78969;RBI=0.00371837;REFB=-0.0127965;REVB=0.00370975;RO=29;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208556;STB=0.612646;STBP=0.22;TYPE=del;VARB=0.0197996;OID=.;OPOS=130739647;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38:18:50:19:50:31:12:7:14:17:99:29:11:7:12:17 chr2 130739891 . T A 578.07 PASS AF=0.537037;AO=56;DP=106;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00698541;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.84;QD=21.4099;RBI=0.0158227;REFB=-0.0199782;REVB=0.0141972;RO=50;SAF=26;SAR=30;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209632;STB=0.51984;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0191319;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:50:50:56:58:0.537037:30:26:22:28:30:28:22:28 chr2 130832531 . A G 61.29 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.022816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.39;QD=3.02651;RBI=0.0257619;REFB=-0.00117735;REVB=0.0119627;RO=69;SAF=7;SAR=5;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229534;STB=0.515763;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.006795;OID=.;OPOS=130832531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:12:12:0.148148:5:7:39:30:5:7:39:30 chr2 130866805 . C G 144.58 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.0140631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.843;QD=7.05274;RBI=0.0190571;REFB=0.00274043;REVB=0.0128609;RO=61;SAF=12;SAR=9;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151627;STB=0.591159;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00822646;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:61:61:21:21:0.256098:9:12:42:19:9:12:42:19 chr2 130897218 . T C 718.86 PASS AF=0.586207;AO=68;DP=116;FAO=68;FDP=116;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0228691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.484;QD=24.7884;RBI=0.0230901;REFB=-0.0188603;REVB=0.00318681;RO=45;SAF=33;SAR=35;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299769;STB=0.502537;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.014006;OID=.;OPOS=130897218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:45:48:68:68:0.586207:35:33:20:25:35:33:23:25 chr2 130912720 . G A 95.29 PASS AF=0.103448;AO=27;DP=260;FAO=27;FDP=261;FR=.;FRO=234;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=106;FSRR=128;FWDB=0.00293468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.349;QD=1.46045;RBI=0.0146529;REFB=0.00182276;REVB=-0.0143561;RO=233;SAF=16;SAR=11;SRF=106;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166961;STB=0.623578;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0150889;OID=.;OPOS=130912720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:260:261:233:234:27:27:0.103448:11:16:106:127:11:16:106:128 chr2 130912778 . A G 32.91 PASS AF=0.0645161;AO=14;DP=212;FAO=14;FDP=217;FR=.;FRO=203;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=85;FSRR=118;FWDB=-0.086682;FXX=0.009132;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5165;QD=0.606677;RBI=0.0992076;REFB=0.00223851;REVB=-0.0482533;RO=198;SAF=7;SAR=7;SRF=85;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761763;STB=0.575931;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0409915;OID=.;OPOS=130912778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:212:217:198:203:14:14:0.0645161:7:7:85:113:7:7:85:118 chr2 130949411 . G T 341.15 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4401;QD=54.5834;RBI=0.122867;REFB=0;REVB=0.120475;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066583;OID=.;OPOS=130949411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:21:1:0:0:24:1:0:0 chr2 130951548 . G A 2261.88 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189217;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.917;QD=62.83;RBI=0.0407019;REFB=-0.118967;REVB=0.0360363;RO=1;SAF=93;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941492;STB=0.50495;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000249695;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:144:1:1:143:143:0.993056:50:93:0:1:50:93:0:1 chr2 130951566 . G A 2385.95 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.038;QD=61.1781;RBI=0.0303481;REFB=0;REVB=0.0259292;RO=0;SAF=103;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42307e-05;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:155:156:1:52:103:0:0:52:104:0:0 chr2 131221170 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.364;QD=37.4864;RBI=0.0517033;REFB=0;REVB=0.0515018;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839128;OID=.;OPOS=131221170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr2 131258139 . G A 261.11 PASS AF=0.187251;AO=47;DP=253;FAO=47;FDP=251;FR=.;FRO=204;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=137;FSRR=67;FWDB=-0.0630326;FXX=0.0195305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2167;QD=4.16107;RBI=0.0939594;REFB=-0.00514877;REVB=-0.0696797;RO=196;SAF=27;SAR=20;SRF=132;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135064;STB=0.582663;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0286541;OID=.;OPOS=131258139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:251:196:204:47:47:0.187251:20:27:132:64:20:27:137:67 chr2 131266530 . C A 1381.46 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0510471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.993;QD=61.3981;RBI=0.0523121;REFB=-0.109314;REVB=0.0114348;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104156;STB=0.505493;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00168249;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:45:44:0:1:45:44:0:1 chr2 131414158 . C A 452.78 PASS AF=0.343373;AO=57;DP=166;FAO=57;FDP=166;FR=.;FRO=109;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.0277418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.874;QD=10.9102;RBI=0.0332923;REFB=-0.0140576;REVB=-0.0184058;RO=109;SAF=25;SAR=32;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863101;STB=0.549484;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0301277;OID=.;OPOS=131414158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:109:109:57:57:0.343373:32:25:56:53:32:25:56:53 chr2 131414176 . C T 373.36 PASS AF=0.302326;AO=48;DP=171;FAO=52;FDP=172;FR=.;FRO=120;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=-0.0523263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1214;QD=8.68278;RBI=0.0764955;REFB=-0.00758012;REVB=-0.0557988;RO=119;SAF=26;SAR=22;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075975;STB=0.544219;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0147646;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:119:120:48:52:0.302326:22:26:57:62:24:28:57:63 chr2 131414338 . G A 167.6 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00216857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4827;QD=15.5904;RBI=0.00270372;REFB=0.00349139;REVB=-0.00161474;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182645;STB=0.60454;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00752163;OID=.;OPOS=131414338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:8:17:9:9:8:17 chr2 131487673 . A C 1847.84 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00300419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.946;QD=59.6079;RBI=0.0134454;REFB=0.020911;REVB=-0.0131055;RO=1;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082617;STB=0.50877;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000390367;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:124:1:2:122:122:0.983871:57:65:0:1:56:66:0:2 chr2 131487698 . G A 661.29 PASS AF=0.463576;AO=70;DP=151;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0113605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.353;QD=17.5176;RBI=0.0153673;REFB=-0.0041491;REVB=0.0103486;RO=81;SAF=34;SAR=36;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436292;STB=0.524199;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00387434;OID=.;OPOS=131487698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:81:81:70:70:0.463576:36:34:43:38:36:34:43:38 chr2 131520663 . T C 2984.12 PASS AF=0.984211;AO=168;DP=177;FAO=187;FDP=190;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=118;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.098;QD=62.8235;RBI=0.0257006;REFB=0;REVB=0.0214373;RO=0;SAF=100;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000713911;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:177:190:0:0:168:187:0.984211:68:100:0:0:69:118:0:0 chr2 131524230 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.713;QD=37.4885;RBI=0.184013;REFB=0;REVB=0.184008;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000925283;OID=.;OPOS=131524230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr2 131672950 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.065;QD=60.2298;RBI=0.0875213;REFB=0;REVB=0.0448996;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235177;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr2 131673223 . C T 261.98 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0561858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.317;QD=19.4058;RBI=0.0564916;REFB=0.00188221;REVB=0.00586997;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705018;STB=0.538743;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00130782;OID=.;OPOS=131673223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:26:27:28:0.518519:13:14:15:10:13:15:16:10 chr2 131673316 . C T 77.77 PASS AF=0.454545;AO=8;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0411788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.9927;QD=14.1409;RBI=0.0460952;REFB=-0.0296855;REVB=0.0207141;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158056;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0294043;OID=.;OPOS=131673316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:7:12:8:10:0.454545:3:5:3:4:4:6:5:7 chr2 131673528 . C G 1045.71 PASS AF=0.417266;AO=116;DP=278;FAO=116;FDP=278;FR=.;FRO=162;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=75;FSRR=87;FWDB=0.0035386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6481;QD=15.0462;RBI=0.035613;REFB=-0.018608;REVB=0.0354368;RO=162;SAF=60;SAR=56;SRF=75;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566383;STB=0.531593;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0269285;OID=.;OPOS=131673528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:162:162:116:116:0.417266:56:60:75:87:56:60:75:87 chr2 131674285 . A G 859.98 PASS AF=0.445;AO=89;DP=200;FAO=89;FDP=200;FR=.;FRO=111;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=54;FWDB=0.000174057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.946;QD=17.1997;RBI=0.0121185;REFB=-0.0162413;REVB=0.0121172;RO=111;SAF=46;SAR=43;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00333969;STB=0.501855;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0204811;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:111:111:89:89:0.445:43:46:57:54:43:46:57:54 chr2 131674471 . C T 595.99 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=21;FWDB=0.00253661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.243;QD=17.7907;RBI=0.0196038;REFB=-0.0265856;REVB=0.019439;RO=72;SAF=42;SAR=20;SRF=51;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347166;STB=0.519257;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0273694;OID=.;OPOS=131674471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:72:72:62:62:0.462687:20:42:51:21:20:42:51:21 chr2 131688587 . G A 289.65 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0039551;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.942;QD=18.6871;RBI=0.0162684;REFB=0.00171066;REVB=0.0157803;RO=31;SAF=20;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145003;STB=0.586534;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.000595534;OID=.;OPOS=131688587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:30:31:0.5:10:20:16:15:10:21:16:15 chr2 131888267 . A G 670.62 PASS AF=0.462585;AO=68;DP=147;FAO=68;FDP=147;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.0440413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.429;QD=18.248;RBI=0.0728887;REFB=0.0225031;REVB=0.0580786;RO=79;SAF=35;SAR=33;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287105;STB=0.51593;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0255958;OID=.;OPOS=131888267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:79:79:68:68:0.462585:33:35:43:36:33:35:43:36 chr2 131976272 . G C 182.96 PASS AF=0.941176;AO=14;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0379962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.947;QD=43.0494;RBI=0.0397951;REFB=-0.189111;REVB=0.0118296;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.519975;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00289882;OID=.;OPOS=131976272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:14:16:0.941176:10:4:0:0:12:4:0:1 chr2 132045098 . C G 75.08 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.951;QD=37.5423;RBI=0.032296;REFB=0;REVB=-0.0030945;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542123;OID=.;OPOS=132045098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:6:1:0:0:7:1:0:0 chr2 132137239 . C T 2345.78 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460975;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.627;QD=60.9295;RBI=0.0397354;REFB=0;REVB=0.0394671;RO=0;SAF=88;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19173e-05;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:65:88:0:0:66:88:0:0 chr2 132140090 . A C 3077.9 PASS AF=0.985507;AO=203;DP=207;FAO=204;FDP=207;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00888182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6544;QD=59.4763;RBI=0.12151;REFB=-0.212416;REVB=0.121185;RO=3;SAF=104;SAR=99;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142123;STB=0.507388;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00281871;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:207:207:3:3:203:204:0.985507:99:104:0:3:100:104:0:3 chr2 132140200 . C A 4357.84 PASS AF=0.982394;AO=279;DP=292;FAO=279;FDP=284;FR=.;FRO=5;FSAF=102;FSAR=177;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000600714;FXX=0.0273963;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.864;QD=61.3781;RBI=0.0113564;REFB=0.0145236;REVB=0.0113405;RO=3;SAF=102;SAR=177;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000705457;STB=0.504437;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-2.17032e-07;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:292:284:3:5:279:279:0.982394:177:102:1:2:177:102:3:2 chr2 132141767 . A G 1324.25 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388839;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.834;QD=62.3177;RBI=0.0457633;REFB=0;REVB=0.0241313;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1117e-05;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:43:41:0:0:44:41:0:0 chr2 132200256 . T C 435.13 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.00217803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.193;QD=13.9242;RBI=0.00499326;REFB=-0.0180554;REVB=-0.0044932;RO=74;SAF=25;SAR=25;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428692;STB=0.527989;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0255807;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:75:50:50:0.4:25:25:40:34:25:25:41:34 chr2 132200307 . G A 472.89 PASS AF=0.37415;AO=54;DP=148;FAO=55;FDP=147;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.0117841;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.58;QD=12.8678;RBI=0.017755;REFB=-0.0296306;REVB=0.0132807;RO=91;SAF=27;SAR=27;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606471;STB=0.519281;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.040494;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:91:92:54:55:0.37415:27:27:46:45:28:27:48:44 chr2 132200345 . C T 836.85 PASS AF=0.469945;AO=86;DP=187;FAO=86;FDP=183;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.00352268;FXX=0.0213892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.178;QD=18.2919;RBI=0.01262;REFB=-0.0403455;REVB=0.0121184;RO=100;SAF=43;SAR=43;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485442;STB=0.513658;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0439037;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:183:100:97:86:86:0.469945:43:43:55:45:43:43:51:46 chr2 132200529 . A G 418.32 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0681091;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5883;QD=12.8715;RBI=0.14607;REFB=-0.00117585;REVB=-0.129219;RO=79;SAF=17;SAR=32;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138229;STB=0.572155;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000481663;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:79:81:49:49:0.376923:32:17:37:42:32:17:37:44 chr2 132201288 . A G 226.64 PASS AF=0.232877;AO=34;DP=147;FAO=34;FDP=146;FR=.;FRO=112;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.0225467;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.673;QD=6.20932;RBI=0.0336504;REFB=0.00185973;REVB=-0.0249799;RO=111;SAF=21;SAR=13;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187792;STB=0.617578;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0069213;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:111:112:34:34:0.232877:13:21:52:59:13:21:52:60 chr2 132201468 . G A 1014.61 PASS AF=0.497487;AO=98;DP=199;FAO=99;FDP=199;FR=.;FRO=100;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0396608;FXX=0.00499975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2827;QD=20.3942;RBI=0.0398282;REFB=0.0153751;REVB=-0.00364816;RO=99;SAF=53;SAR=45;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696404;STB=0.537845;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0159551;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:99:100:98:99:0.497487:45:53:46:53:46:53:46:54 chr2 132201582 . A G 711.59 PASS AF=0.44;AO=77;DP=175;FAO=77;FDP=175;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=0.0215544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9091;QD=16.2649;RBI=0.0252496;REFB=-0.0167673;REVB=-0.013151;RO=98;SAF=38;SAR=39;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988497;STB=0.554981;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0171386;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:98:98:77:77:0.44:39:38:58:40:39:38:58:40 chr2 132201663 . T C 702.86 PASS AF=0.47619;AO=70;DP=148;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0167824;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.751;QD=19.1253;RBI=0.031942;REFB=-0.0194795;REVB=-0.027178;RO=76;SAF=35;SAR=35;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495364;STB=0.530604;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0221392;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:76:77:70:70:0.47619:35:35:42:34:35:35:43:34 chr2 132201718 . T C 571.5 PASS AF=0.495868;AO=59;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0098665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.405;QD=18.8925;RBI=0.0122106;REFB=-0.00680162;REVB=-0.00719384;RO=60;SAF=32;SAR=27;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235629;STB=0.512703;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00934738;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:61:59:60:0.495868:27:32:31:29:28:32:31:30 chr2 132201736 . C G 518.24 PASS AF=0.451613;AO=58;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0246286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5674;QD=16.7175;RBI=0.0322449;REFB=-0.0117878;REVB=-0.0208127;RO=64;SAF=29;SAR=29;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509795;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0347263;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:68:58:56:0.451613:29:29:32:32:29:27:34:34 chr2 132201862 . C G 1229.01 PASS AF=0.479245;AO=127;DP=265;FAO=127;FDP=265;FR=.;FRO=138;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=72;FSRR=66;FWDB=0.0219886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.185;QD=18.5511;RBI=0.0280419;REFB=0.00102886;REVB=0.0174026;RO=138;SAF=72;SAR=55;SRF=72;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432221;STB=0.523806;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00140815;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:138:138:127:127:0.479245:55:72:72:66:55:72:72:66 chr2 132201889 . C A 1175.62 PASS AF=0.473896;AO=117;DP=248;FAO=118;FDP=249;FR=.;FRO=131;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=65;FSRR=66;FWDB=0.0244544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0929;QD=18.8855;RBI=0.0286573;REFB=-0.0127181;REVB=0.0149407;RO=127;SAF=66;SAR=51;SRF=63;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647356;STB=0.53798;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0134826;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:249:127:131:117:118:0.473896:51:66:63:64:51:67:65:66 chr2 132201930 . T C 733.97 PASS AF=0.436464;AO=79;DP=180;FAO=79;FDP=181;FR=.;FRO=102;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=-0.0383813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1213;QD=16.2204;RBI=0.038389;REFB=0.000148962;REVB=-0.000770884;RO=101;SAF=42;SAR=37;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0030432;STB=0.504284;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.000299936;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:101:102:79:79:0.436464:37:42:54:47:37:42:55:47 chr2 132229720 . T C 52.26 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0447871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.34;QD=2.45922;RBI=0.0456809;REFB=-0.00358717;REVB=-0.00899222;RO=72;SAF=5;SAR=6;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557185;STB=0.551189;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0271545;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:72:74:11:11:0.129412:6:5:36:36:6:5:38:36 chr2 132237983 . A G 65.83 PASS AF=0.0979381;AO=18;DP=193;FAO=19;FDP=194;FR=.;FRO=175;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=100;FSRR=75;FWDB=0.0042782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.438;QD=1.35724;RBI=0.0294655;REFB=-0.00343091;REVB=-0.0291532;RO=171;SAF=11;SAR=7;SRF=99;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395324;STB=0.506933;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0376885;OID=.;OPOS=132237983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:193:194:171:175:18:19:0.0979381:7:11:99:72:8:11:100:75 chr2 132248379 . T G 791.64 PASS AF=0.456044;AO=81;DP=182;FAO=83;FDP=182;FR=.;FRO=99;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=36;FSRR=63;FWDB=-0.0207002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2688;QD=17.3986;RBI=0.0405761;REFB=-0.02368;REVB=-0.0348987;RO=99;SAF=32;SAR=49;SRF=36;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328227;STB=0.512645;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0304893;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:99:99:81:83:0.456044:49:32:36:63:51:32:36:63 chr2 132248581 . ACTT ACT,ACTC,CACT 948.44 PASS AF=0.0434783,0.956522,0;AO=15,49,3;DP=69;FAO=3,66,0;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23,0;FSAR=2,43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0783436,-0.0481962,-0.10719;FXX=0;HRUN=2,2,1;LEN=1,1,3;MLLD=20.3406,28.4799,6.89637;QD=54.9819;RBI=0.102911,0.0484266,0.141435;REFB=0,0,0;REVB=-0.0667312,0.00471838,-0.0922725;RO=0;SAF=7,16,0;SAR=8,33,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0125885,0.0205822,0;OID=.,.,.;OPOS=132248583,132248584,132248581;OREF=T,T,ACT;OALT=-,C,CAC;OMAPALT=ACT,ACTC,CACT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:69:69:0:0:15,49,3:3,66,0:0.0434783,0.956522,0:8,33,3:7,16,0:0:0:2,43,0:1,23,0:0:0 chr2 132249600 . G A 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00932143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9292;QD=16.7546;RBI=0.0420388;REFB=-0.0186941;REVB=0.0409923;RO=28;SAF=3;SAR=21;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413373;STB=0.739197;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0251393;OID=.;OPOS=132249600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:21:3:12:16:21:3:12:16 chr2 132266142 . G C 751.53 PASS AF=0.398148;AO=85;DP=218;FAO=86;FDP=216;FR=.;FRO=130;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=69;FSRR=61;FWDB=0.018411;FXX=0.018181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.316;QD=13.9172;RBI=0.0204979;REFB=-0.0137426;REVB=-0.00901106;RO=124;SAF=43;SAR=42;SRF=66;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279274;STB=0.518514;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0191872;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:216:124:130:85:86:0.398148:42:43:66:58:43:43:69:61 chr2 132274474 . G A 1577.83 PASS AF=0.515254;AO=151;DP=295;FAO=152;FDP=295;FR=.;FRO=143;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=78;FSRR=65;FWDB=0.0264582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.302;QD=21.3943;RBI=0.0316084;REFB=-0.0246893;REVB=0.0172931;RO=141;SAF=78;SAR=73;SRF=76;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019869;STB=0.512497;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0192884;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:141:143:151:152:0.515254:73:78:76:65:73:79:78:65 chr2 132275343 . G T 1136.89 PASS AF=0.648649;AO=96;DP=148;FAO=96;FDP=148;FR=.;FRO=52;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.0326646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2234;QD=30.7268;RBI=0.0330888;REFB=-0.028141;REVB=0.00528133;RO=52;SAF=49;SAR=47;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144376;STB=0.57769;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.014983;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:52:52:96:96:0.648649:47:49:38:14:47:49:38:14 chr2 132275366 . A G 280.67 PASS AF=0.261745;AO=39;DP=150;FAO=39;FDP=149;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=-0.00883599;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.42;QD=7.53481;RBI=0.0616028;REFB=-0.0202165;REVB=-0.0609658;RO=110;SAF=32;SAR=7;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478999;STB=0.788659;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.035069;OID=.;OPOS=132275366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:110:110:39:39:0.261745:7:32:50:60:7:32:50:60 chr2 132275384 . T C 212.71 PASS AF=0.221477;AO=33;DP=149;FAO=33;FDP=149;FR=.;FRO=116;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=-0.0472219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9806;QD=5.71028;RBI=0.0600204;REFB=0.00194192;REVB=-0.0370479;RO=115;SAF=29;SAR=4;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574065;STB=0.85534;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0135554;OID=.;OPOS=132275384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:115:116:33:33:0.221477:4:29:52:63:4:29:53:63 chr2 132275396 . T C 2223.24 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417355;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.934;QD=63.5211;RBI=0.0207428;REFB=0;REVB=0.0203186;RO=0;SAF=78;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116086;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:140:0:0:140:140:1:62:78:0:0:62:78:0:0 chr2 132275403 . C A 205.68 PASS AF=0.222222;AO=32;DP=144;FAO=32;FDP=144;FR=.;FRO=112;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=0.0104752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.297;QD=5.71323;RBI=0.0108598;REFB=-0.00831231;REVB=0.00286451;RO=110;SAF=26;SAR=6;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443994;STB=0.771006;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0255995;OID=.;OPOS=132275403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:110:112:32:32:0.222222:6:26:53:57:6:26:55:57 chr2 132277686 . C T 266.48 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0449276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.978;QD=13.4927;RBI=0.047237;REFB=0.00605811;REVB=-0.0145893;RO=48;SAF=15;SAR=16;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149959;STB=0.585312;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00816796;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:16:15:30:18:16:15:30:18 chr2 132277962 . T C 552.29 PASS AF=0.408163;AO=59;DP=146;FAO=60;FDP=147;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=64;FWDB=-0.00583198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4945;QD=15.0283;RBI=0.00586481;REFB=0.00684491;REVB=-0.000619643;RO=85;SAF=22;SAR=37;SRF=21;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148225;STB=0.577119;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0103246;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:85:87:59:60:0.408163:37:22:21:64:37:23:23:64 chr2 132277984 . G A 454.73 PASS AF=0.429752;AO=51;DP=120;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=50;FWDB=0.0594815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.093;QD=15.0323;RBI=0.0594982;REFB=-0.00455;REVB=0.00141;RO=68;SAF=21;SAR=30;SRF=19;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143909;STB=0.578346;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00829589;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:68:69:51:52:0.429752:30:21:19:49:31:21:19:50 chr2 132286046 . A G 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00725202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.97;QD=8.64031;RBI=0.0207012;REFB=-0.00421834;REVB=-0.0193893;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107347;STB=0.506569;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00698172;OID=.;OPOS=132286046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:6:7:18:16:6:7:18:16 chr2 132286061 . A G 111.86 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0669382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.984;QD=8.94914;RBI=0.0767495;REFB=-0.00634203;REVB=-0.0375468;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108458;STB=0.519971;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0289819;OID=.;OPOS=132286061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:36:14:14:0.28:7:7:13:19:7:7:17:19 chr2 132287569 . G A 474.42 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0025751;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4253;QD=14.8255;RBI=0.0365888;REFB=0.00799809;REVB=0.036498;RO=75;SAF=30;SAR=23;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344756;STB=0.511512;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0109805;OID=.;OPOS=132287569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:75:75:53:53:0.414062:23:30:40:35:23:30:41:34 chr2 132287824 . C T 566.88 PASS AF=0.458015;AO=45;DP=121;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.00444133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.328;QD=17.3093;RBI=0.0212652;REFB=-0.0212545;REVB=0.0207962;RO=46;SAF=27;SAR=18;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114665;STB=0.512849;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0257901;OID=.;OPOS=132287824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:131:46:71:45:60:0.458015:18:27:33:13:31:29:36:35 chr2 132905758 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.000348204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.224;QD=14.4904;RBI=0.0117843;REFB=0.000432826;REVB=-0.0117791;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451536;STB=0.534485;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0011039;OID=.;OPOS=132905758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:11:8:11:18:11:8:11:19 chr2 132909843 . T C 770.57 PASS AF=0.341637;AO=95;DP=281;FAO=96;FDP=281;FR=.;FRO=185;FSAF=62;FSAR=34;FSRF=104;FSRR=81;FWDB=0.00153306;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.733;QD=10.969;RBI=0.00186404;REFB=-0.00260426;REVB=-0.00106036;RO=185;SAF=62;SAR=33;SRF=104;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110591;STB=0.558153;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00438983;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:185:185:95:96:0.341637:33:62:104:81:34:62:104:81 chr2 133010727 . T C 41.72 PASS AF=0.0990099;AO=10;DP=102;FAO=10;FDP=101;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.00536332;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.374;QD=1.65208;RBI=0.0500077;REFB=-0.00438888;REVB=-0.0497192;RO=91;SAF=5;SAR=5;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192902;STB=0.514822;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0404206;OID=.;OPOS=133010727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:102:101:91:91:10:10:0.0990099:5:5:44:47:5:5:44:47 chr2 133010762 . G A 87.02 PASS AF=0.132867;AO=19;DP=141;FAO=19;FDP=143;FR=.;FRO=124;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=-0.0144109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.944;QD=2.43409;RBI=0.0164181;REFB=0.00134403;REVB=0.00786641;RO=122;SAF=9;SAR=10;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330026;STB=0.515827;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0126569;OID=.;OPOS=133010762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:141:143:122:124:19:19:0.132867:10:9:61:61:10:9:61:63 chr2 133010778 . CG C 70.27 PASS AF=0.118421;AO=20;DP=155;FAO=18;FDP=152;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=61;FWDB=-0.00721423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.0861;QD=1.84928;RBI=0.0862654;REFB=-0.00571139;REVB=-0.0859632;RO=135;SAF=9;SAR=11;SRF=74;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122274;STB=0.587712;STBP=0.441;TYPE=del;VARB=0.038662;OID=.;OPOS=133010779;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.118421:20:155:18:152:134:8:10:73:61:70:135:9:11:74:61 chr2 133010783 . A T 87.85 PASS AF=0.126582;AO=20;DP=158;FAO=20;FDP=158;FR=.;FRO=138;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=75;FSRR=63;FWDB=-0.0185849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.299;QD=2.22401;RBI=0.0545198;REFB=-0.00648256;REVB=-0.0512544;RO=133;SAF=10;SAR=10;SRF=75;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080296;STB=0.537937;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0709612;OID=.;OPOS=133010783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:158:158:133:138:20:20:0.126582:10:10:75:58:10:10:75:63 chr2 133010796 . C T 89.66 PASS AF=0.125749;AO=21;DP=167;FAO=21;FDP=167;FR=.;FRO=146;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=79;FSRR=67;FWDB=-0.031696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7987;QD=2.14744;RBI=0.0372583;REFB=-0.00678722;REVB=-0.0195843;RO=145;SAF=12;SAR=9;SRF=78;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423028;STB=0.526837;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0438772;OID=.;OPOS=133010796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:167:167:145:146:21:21:0.125749:9:12:78:67:9:12:79:67 chr2 133010802 . T C 98.75 PASS AF=0.134146;AO=22;DP=164;FAO=22;FDP=164;FR=.;FRO=142;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=77;FSRR=65;FWDB=0.0257171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1151;QD=2.40858;RBI=0.026333;REFB=0.00973196;REVB=-0.00566196;RO=142;SAF=13;SAR=9;SRF=77;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621971;STB=0.54285;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.058516;OID=.;OPOS=133010802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:164:164:142:142:22:22:0.134146:9:13:77:65:9:13:77:65 chr2 133010834 . TG CA 99.4 PASS AF=0.134969;AO=22;DP=163;FAO=22;FDP=163;FR=.;FRO=141;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=69;FWDB=-0.0101808;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=315.579;QD=2.43918;RBI=0.0101837;REFB=-0.00368961;REVB=0.000241846;RO=139;SAF=14;SAR=8;SRF=71;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16021;STB=0.610318;STBP=0.272;TYPE=mnp;VARB=0.0167079;OID=.;OPOS=133010834;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:139:141:22:22:0.134969:8:14:71:68:8:14:72:69 chr2 133010838 . G C 92.63 PASS AF=0.12963;AO=21;DP=162;FAO=21;FDP=162;FR=.;FRO=141;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=72;FSRR=69;FWDB=-0.0107217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.941;QD=2.28706;RBI=0.0167363;REFB=-0.000806467;REVB=-0.012851;RO=140;SAF=14;SAR=7;SRF=72;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194458;STB=0.638521;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0147198;OID=.;OPOS=133010838;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:162:162:140:141:21:21:0.12963:7:14:72:68:7:14:72:69 chr2 133010847 . CA TG 81.61 PASS AF=0.121795;AO=19;DP=158;FAO=19;FDP=156;FR=.;FRO=137;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=68;FWDB=-0.0217382;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.109;QD=2.09256;RBI=0.0241461;REFB=-0.00362773;REVB=-0.0105111;RO=137;SAF=12;SAR=7;SRF=69;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159873;STB=0.613377;STBP=0.331;TYPE=mnp;VARB=0.0265211;OID=.;OPOS=133010847;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:158:156:137:137:19:19:0.121795:7:12:69:68:7:12:69:68 chr2 133011929 . C T 263.43 PASS AF=0.323232;AO=31;DP=98;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.022313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9795;QD=10.6438;RBI=0.0310593;REFB=-0.0132272;REVB=0.0216058;RO=66;SAF=10;SAR=21;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26381;STB=0.633014;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0227331;OID=.;OPOS=133011929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:66:67:31:32:0.323232:21:10:36:30:21:11:36:31 chr2 133011933 . G A 146.19 PASS AF=0.22;AO=22;DP=100;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.00329953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.285;QD=5.84748;RBI=0.015664;REFB=-0.00279494;REVB=-0.0153125;RO=78;SAF=12;SAR=10;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105;STB=0.565158;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0108066;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:78:78:22:22:0.22:10:12:36:42:10:12:36:42 chr2 133011947 . C G 234.95 PASS AF=0.31;AO=31;DP=103;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0360325;FXX=0.0291234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8601;QD=9.39821;RBI=0.0547865;REFB=-0.000937532;REVB=0.0412701;RO=65;SAF=10;SAR=21;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222197;STB=0.641341;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00299295;OID=.;OPOS=133011947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:65:69:31:31:0.31:21:10:33:32:21:10:36:33 chr2 133011948 . G A 81.76 PASS AF=0.157303;AO=11;DP=85;FAO=14;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0166904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5237;QD=3.67472;RBI=0.0171585;REFB=-0.0363387;REVB=0.00398072;RO=53;SAF=0;SAR=11;SRF=10;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637116;STB=0.746255;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.120861;OID=.;OPOS=133011948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:85:89:53:71:11:14:0.157303:11:0:10:43:12:2:26:45 chr2 133011953 . T C 252.03 PASS AF=0.337079;AO=32;DP=88;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0480354;FXX=0.0430061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9197;QD=11.3273;RBI=0.0743661;REFB=-0.000640146;REVB=-0.0567708;RO=55;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104843;STB=0.507038;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00136245;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:55:59:32:30:0.337079:18:14:19:36:18:12:23:36 chr2 133011994 . T C 235.08 PASS AF=0.234899;AO=34;DP=148;FAO=35;FDP=149;FR=.;FRO=114;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=69;FWDB=-0.00589001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.572;QD=6.31073;RBI=0.00599616;REFB=-0.0102672;REVB=-0.0011233;RO=114;SAF=11;SAR=23;SRF=45;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097692;STB=0.542832;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0335544;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:114:114:34:35:0.234899:23:11:45:69:23:12:45:69 chr2 133012005 . C T 157.36 PASS AF=0.181818;AO=28;DP=154;FAO=28;FDP=154;FR=.;FRO=126;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=80;FWDB=-0.026426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.709;QD=4.08725;RBI=0.0267754;REFB=-0.00684383;REVB=-0.00431153;RO=125;SAF=11;SAR=17;SRF=45;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447329;STB=0.52405;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0353155;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:125:126:28:28:0.181818:17:11:45:80:17:11:46:80 chr2 133012007 . T C 218.4 PASS AF=0.223684;AO=34;DP=151;FAO=34;FDP=152;FR=.;FRO=118;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=72;FWDB=-0.036255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.137;QD=5.74724;RBI=0.0627035;REFB=-0.00860105;REVB=-0.0511596;RO=116;SAF=13;SAR=21;SRF=44;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00407384;STB=0.506124;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.042806;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:116:118:34:34:0.223684:21:13:44:72:21:13:46:72 chr2 133012011 . G A 50.35 PASS AF=0.0945946;AO=14;DP=148;FAO=14;FDP=148;FR=.;FRO=134;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=82;FWDB=-0.0155059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8009;QD=1.36078;RBI=0.0341522;REFB=-0.00270377;REVB=0.0304293;RO=133;SAF=5;SAR=9;SRF=52;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042386;STB=0.529915;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0330426;OID=.;OPOS=133012011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:148:148:133:134:14:14:0.0945946:9:5:52:81:9:5:52:82 chr2 133012012 . C A 292.6 PASS AF=0.272109;AO=40;DP=147;FAO=40;FDP=147;FR=.;FRO=107;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=0.0068371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.344;QD=7.96184;RBI=0.0491831;REFB=-0.0151711;REVB=0.0487055;RO=107;SAF=14;SAR=26;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679868;STB=0.540461;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0221417;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:107:107:40:40:0.272109:26:14:43:64:26:14:43:64 chr2 133012019 . A C 123.04 PASS AF=0.17037;AO=23;DP=135;FAO=23;FDP=135;FR=.;FRO=112;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=69;FWDB=-0.0341197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.737;QD=3.6456;RBI=0.0407899;REFB=-0.00124933;REVB=-0.0223532;RO=111;SAF=9;SAR=14;SRF=42;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173928;STB=0.506435;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0170302;OID=.;OPOS=133012019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:111:112:23:23:0.17037:14:9:42:69:14:9:43:69 chr2 133012022 . G A 132.3 PASS AF=0.179104;AO=24;DP=132;FAO=24;FDP=134;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=66;FWDB=-0.0374976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.507;QD=3.94937;RBI=0.0380872;REFB=-0.00792139;REVB=-0.00667582;RO=107;SAF=8;SAR=16;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937325;STB=0.559089;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.035884;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:107:110:24:24:0.179104:16:8:43:64:16:8:44:66 chr2 133012026 . T C 98.51 PASS AF=0.150376;AO=20;DP=132;FAO=20;FDP=133;FR=.;FRO=113;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=69;FWDB=0.00185519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.98;QD=2.9626;RBI=0.00736723;REFB=-0.00200441;REVB=-0.00712982;RO=111;SAF=9;SAR=11;SRF=43;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814018;STB=0.55252;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0155917;OID=.;OPOS=133012026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:132:133:111:113:20:20:0.150376:11:9:43:68:11:9:44:69 chr2 133012032 . A G 64.75 PASS AF=0.120968;AO=35;DP=126;FAO=15;FDP=124;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=67;FWDB=-0.00559078;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.03;QD=2.08856;RBI=0.00776689;REFB=-0.00420236;REVB=-0.00539146;RO=78;SAF=14;SAR=21;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125642;STB=0.628287;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0295018;OID=.;OPOS=133012032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:126:124:78:109:35:15:0.120968:21:14:32:46:7:8:42:67 chr2 133012034 . C G 490.66 PASS AF=0.282051;AO=38;DP=123;FAO=33;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0167067;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.002;QD=16.7748;RBI=0.0655295;REFB=-0.0249059;REVB=0.063364;RO=61;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998925;STB=0.556487;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.144877;OID=.;OPOS=133012034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:117:61:50:38:33:0.282051:24:14:23:38:22:11:21:29 chr2 133012039 . T C 46.6 PASS AF=0.0991736;AO=12;DP=120;FAO=12;FDP=121;FR=.;FRO=109;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=-0.0221636;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.333;QD=1.54033;RBI=0.030424;REFB=-0.00519176;REVB=-0.0208421;RO=107;SAF=6;SAR=6;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117456;STB=0.586637;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.042246;OID=.;OPOS=133012039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:120:121:107:109:12:12:0.0991736:6:6:43:64:6:6:44:65 chr2 133012061 . C T 100.16 PASS AF=0.155039;AO=20;DP=129;FAO=20;FDP=129;FR=.;FRO=109;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=0.00877715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.371;QD=3.10568;RBI=0.0197399;REFB=-0.00337292;REVB=-0.0176812;RO=108;SAF=10;SAR=10;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106124;STB=0.573571;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0220524;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:108:109:20:20:0.155039:10:10:45:63:10:10:45:64 chr2 133012078 . C T 118.35 PASS AF=0.174603;AO=22;DP=126;FAO=22;FDP=126;FR=.;FRO=104;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=-0.0368054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0042;QD=3.7572;RBI=0.0450357;REFB=-0.00672274;REVB=-0.0259535;RO=103;SAF=13;SAR=9;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206125;STB=0.628619;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0430026;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:103:104:22:22:0.174603:9:13:44:59:9:13:45:59 chr2 133012079 . G A 296.82 PASS AF=0.314516;AO=39;DP=125;FAO=39;FDP=124;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0153923;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.872;QD=9.57478;RBI=0.0335514;REFB=-0.00697765;REVB=0.0298123;RO=85;SAF=15;SAR=24;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144589;STB=0.584339;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0225044;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:85:85:39:39:0.314516:24:15:43:42:24:15:43:42 chr2 133012080 . A AC 424.39 PASS AF=0.521368;AO=60;DP=126;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0626986;FXX=0.0714229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.4398;QD=14.5092;RBI=0.0771367;REFB=0.0497792;REVB=-0.0449327;RO=63;SAF=27;SAR=33;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244154;STB=0.527643;STBP=0.557;TYPE=ins;VARB=-0.0471484;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521368:60:126:61:117:56:27:34:28:28:99:63:27:33:30:33 chr2 133012099 . G A 376.68 PASS AF=0.351145;AO=46;DP=131;FAO=46;FDP=131;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0110277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.435;QD=11.5016;RBI=0.0190272;REFB=-0.00312908;REVB=0.0155057;RO=85;SAF=16;SAR=30;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23445;STB=0.634595;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00789208;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:85:85:46:46:0.351145:30:16:47:38:30:16:47:38 chr2 133012111 . T C 94.25 PASS AF=0.152;AO=19;DP=126;FAO=19;FDP=125;FR=.;FRO=106;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.0270532;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.446;QD=3.016;RBI=0.0271587;REFB=0.00158152;REVB=-0.00239107;RO=101;SAF=13;SAR=6;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31051;STB=0.714301;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0176159;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:126:125:101:106:19:19:0.152:6:13:44:57:6:13:45:61 chr2 133012126 . A C 183.87 PASS AF=0.223077;AO=28;DP=129;FAO=29;FDP=130;FR=.;FRO=101;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=0.0240894;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.274;QD=5.65752;RBI=0.02433;REFB=-0.00730235;REVB=-0.00341339;RO=100;SAF=15;SAR=13;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120508;STB=0.589413;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0264402;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:100:101:28:29:0.223077:13:15:44:56:13:16:44:57 chr2 133012130 . C T 146.68 PASS AF=0.198413;AO=24;DP=126;FAO=25;FDP=126;FR=.;FRO=101;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.00558838;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.935;QD=4.65655;RBI=0.00925894;REFB=-0.00192996;REVB=0.00738228;RO=102;SAF=15;SAR=9;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243516;STB=0.661527;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00731032;OID=.;OPOS=133012130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:102:101:24:25:0.198413:9:15:44:58:9:16:44:57 chr2 133012147 . A G 195.53 PASS AF=0.261261;AO=29;DP=111;FAO=29;FDP=111;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0190699;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.768;QD=7.04596;RBI=0.0222933;REFB=-0.00873877;REVB=-0.0115469;RO=82;SAF=16;SAR=13;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934857;STB=0.556138;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00891287;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:82:82:29:29:0.261261:13:16:39:43:13:16:39:43 chr2 133012170 . CC AA 166.46 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.00428002;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=168.298;QD=8.11995;RBI=0.0053362;REFB=-0.00573517;REVB=0.00318693;RO=59;SAF=10;SAR=13;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188729;STB=0.61247;STBP=0.226;TYPE=mnp;VARB=0.0108719;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:59:23:23:0.280488:13:10:35:24:13:10:35:24 chr2 133012172 . T C 164.97 PASS AF=0.2875;AO=21;DP=79;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00289258;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.949;QD=8.24854;RBI=0.0111537;REFB=-0.0135837;REVB=-0.0107721;RO=56;SAF=13;SAR=8;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166566;STB=0.584541;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0264424;OID=.;OPOS=133012172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:56:57:21:23:0.2875:8:13:27:29:9:14:28:29 chr2 133012182 . C T 183.68 PASS AF=0.294118;AO=22;DP=84;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0126273;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.493;QD=8.64352;RBI=0.0127281;REFB=-0.0136847;REVB=-0.0015991;RO=60;SAF=8;SAR=14;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28236;STB=0.611437;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.043519;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:60:60:22:25:0.294118:14:8:36:24:14:11:36:24 chr2 133012250 . T C 102.1 PASS AF=0.125654;AO=24;DP=191;FAO=24;FDP=191;FR=.;FRO=167;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=119;FWDB=-0.015706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.949;QD=2.13823;RBI=0.0240283;REFB=-0.00534819;REVB=-0.0181846;RO=166;SAF=12;SAR=12;SRF=48;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274842;STB=0.685731;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0670519;OID=.;OPOS=133012250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:166:167:24:24:0.125654:12:12:48:118:12:12:48:119 chr2 133012267 . T C 1003.07 PASS AF=0.518325;AO=89;DP=181;FAO=99;FDP=191;FR=.;FRO=92;FSAF=15;FSAR=84;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.00974762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.552;QD=21.0067;RBI=0.0107957;REFB=-0.0141113;REVB=0.00464011;RO=92;SAF=10;SAR=79;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528788;STB=0.7428;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0107877;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:191:92:92:89:99:0.518325:79:10:50:42:84:15:50:42 chr2 133012274 . T C 996.68 PASS AF=0.507853;AO=97;DP=192;FAO=97;FDP=191;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=84;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=-0.00237417;FXX=0.00520806;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.809;QD=20.8729;RBI=0.00277653;REFB=-0.000951997;REVB=0.00143959;RO=94;SAF=13;SAR=84;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490505;STB=0.773264;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00147117;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:94:94:97:97:0.507853:84:13:53:41:84:13:53:41 chr2 133012309 . A G 1009.26 PASS AF=0.515957;AO=96;DP=192;FAO=97;FDP=188;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=82;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.00830389;FXX=0.0259054;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.306;QD=21.4737;RBI=0.0383404;REFB=0.0016799;REVB=-0.0374304;RO=90;SAF=14;SAR=82;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481208;STB=0.755905;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00340792;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:188:90:91:96:97:0.515957:82:14:53:37:82:15:53:38 chr2 133012354 . G A 92.32 PASS AF=0.179775;AO=16;DP=90;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.01262;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.652;QD=4.149;RBI=0.0140266;REFB=-0.00914275;REVB=0.00612207;RO=74;SAF=12;SAR=4;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382757;STB=0.736842;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0197994;OID=.;OPOS=133012354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:90:89:74:73:16:16:0.179775:4:12:33:41:4:12:34:39 chr2 133012358 . G A 209.57 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00968216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.123;QD=9.63523;RBI=0.0132111;REFB=-0.00813219;REVB=-0.00898825;RO=60;SAF=16;SAR=11;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147911;STB=0.586966;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00902808;OID=.;OPOS=133012358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:60:27:27:0.310345:11:16:28:32:11:16:28:32 chr2 133012361 . CCA CGG,TGG 181.31 PASS AF=0.209302,0.0930233;AO=15,7;DP=85;FAO=18,8;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=14,1;FSAR=4,7;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00114736,0.00838992;FXX=0.0337041;HRUN=2,2;LEN=2,3;MLLD=193.213,257.93;QD=8.43291;RBI=0.0196155,0.0124666;REFB=-0.00647489,-0.00365326;REVB=0.0195819,0.00922095;RO=59;SAF=12,1;SAR=3,6;SRF=26;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.454164,-0.381523;STB=0.768483,0.82083;STBP=0.013,0.086;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00995079,0.0173519;OID=.,.;OPOS=133012362,133012361;OREF=CA,CCA;OALT=GG,TGG;OMAPALT=CGG,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:59:60:15,7:18,8:0.209302,0.0930233:3,6:12,1:26:33:4,7:14,1:26:34 chr2 133012369 . A G 282.17 PASS AF=0.346535;AO=36;DP=102;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.00400473;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8126;QD=11.175;RBI=0.00418605;REFB=-0.0137312;REVB=-0.00121867;RO=63;SAF=22;SAR=14;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251978;STB=0.62346;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0251948;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:63:66:36:35:0.346535:14:22:24:39:14:21:27:39 chr2 133012401 . G A 242.12 PASS AF=0.257353;AO=35;DP=136;FAO=35;FDP=136;FR=.;FRO=101;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=71;FWDB=-0.0219194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.933;QD=7.12103;RBI=0.0221818;REFB=0.00379472;REVB=0.00340135;RO=99;SAF=21;SAR=14;SRF=30;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355645;STB=0.714176;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0337088;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:99:101:35:35:0.257353:14:21:30:69:14:21:30:71 chr2 133012406 . T C 34.58 PASS AF=0.0785714;AO=11;DP=140;FAO=11;FDP=140;FR=.;FRO=129;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=79;FWDB=0.013874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7003;QD=0.988031;RBI=0.0286743;REFB=0.0038182;REVB=0.0250944;RO=129;SAF=1;SAR=10;SRF=50;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395476;STB=0.85066;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0920176;OID=.;OPOS=133012406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:140:140:129:129:11:11:0.0785714:10:1:50:79:10:1:50:79 chr2 133012414 . G A 433.44 PASS AF=0.351724;AO=51;DP=145;FAO=51;FDP=145;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=65;FWDB=0.00100995;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.033;QD=11.9568;RBI=0.00903999;REFB=-0.00378658;REVB=-0.0089834;RO=93;SAF=22;SAR=29;SRF=29;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141398;STB=0.582997;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00737763;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:93:94:51:51:0.351724:29:22:29:64:29:22:29:65 chr2 133012426 . A G 73.58 PASS AF=0.113924;AO=18;DP=158;FAO=18;FDP=158;FR=.;FRO=140;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=89;FWDB=0.00899293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6362;QD=1.86269;RBI=0.0885417;REFB=-0.00100827;REVB=0.0880838;RO=140;SAF=5;SAR=13;SRF=51;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120021;STB=0.587943;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0112268;OID=.;OPOS=133012426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:158:158:140:140:18:18:0.113924:13:5:51:89:13:5:51:89 chr2 133012432 . G C 124.15 PASS AF=0.153846;AO=25;DP=168;FAO=26;FDP=169;FR=.;FRO=143;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=92;FWDB=-0.0217546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.743;QD=2.93837;RBI=0.0218253;REFB=-0.0014426;REVB=-0.00175534;RO=143;SAF=11;SAR=14;SRF=51;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110558;STB=0.590463;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0158714;OID=.;OPOS=133012432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:143:143:25:26:0.153846:14:11:51:92:14:12:51:92 chr2 133012439 . A AGAAC,C 633.49 PASS AF=0.221239,0.146018;AO=48,33;DP=227;FAO=50,33;FDP=226;FR=.;FRO=143;FSAF=37,33;FSAR=13,0;FSRF=50;FSRR=93;FWDB=-0.0101641,-0.00501339;FXX=0.00440509;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=232.973,76.6644;QD=11.2121;RBI=0.0105361,0.00644119;REFB=-0.0044999,-0.0145096;REVB=-0.00277479,-0.00404411;RO=143;SAF=37,33;SAR=11,0;SRF=50;SRR=93;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.506739,0.798703;STB=0.776068,0.999714;STBP=0,0;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00565527,0.0169989;OID=.,.;OPOS=133012440,133012439;OREF=-,A;OALT=GAAC,C;OMAPALT=AGAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:143:143:48,33:50,33:0.221239,0.146018:11,0:37,33:50:93:13,0:37,33:50:93 chr2 133012457 . C T 81.32 PASS AF=0.0647059;AO=44;DP=681;FAO=44;FDP=680;FR=.;FRO=636;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=353;FSRR=283;FWDB=0.0129672;FXX=0.00293251;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.314;QD=0.478359;RBI=0.0214694;REFB=-0.000526333;REVB=-0.017111;RO=623;SAF=20;SAR=24;SRF=345;SRR=278;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108395;STB=0.593121;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00459956;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:681:680:623:636:44:44:0.0647059:24:20:345:278:24:20:353:283 chr2 133012458 . GT AC 7134.86 PASS AF=0.795858;AO=534;DP=677;FAO=538;FDP=676;FR=.;FRO=138;FSAF=323;FSAR=215;FSRF=49;FSRR=89;FWDB=0.0058213;FXX=0.014577;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.81;QD=42.2181;RBI=0.00589007;REFB=-0.0151923;REVB=0.000897406;RO=137;SAF=321;SAR=213;SRF=49;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958461;STB=0.551106;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00249803;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:677:676:137:138:534:538:0.795858:213:321:49:88:215:323:49:89 chr2 133012465 . C T 68.24 PASS AF=0.0567201;AO=44;DP=809;FAO=46;FDP=811;FR=.;FRO=765;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=412;FSRR=353;FWDB=0.0360415;FXX=0.00123151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.96;QD=0.336573;RBI=0.0365455;REFB=-0.00106474;REVB=-0.00604806;RO=765;SAF=21;SAR=23;SRF=412;SRR=353;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625386;STB=0.556683;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0215169;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:809:811:765:765:44:46:0.0567201:23:21:412:353:24:22:412:353 chr2 133012504 . A G 10899.4 PASS AF=0.858708;AO=779;DP=908;FAO=784;FDP=913;FR=.;FRO=129;FSAF=479;FSAR=305;FSRF=48;FSRR=81;FWDB=-0.0182546;FXX=0.00109408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.298;QD=47.752;RBI=0.018466;REFB=-0.0117076;REVB=-0.00278563;RO=127;SAF=478;SAR=301;SRF=48;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065032;STB=0.534948;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00125827;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:908:913:127:129:779:784:0.858708:301:478:48:79:305:479:48:81 chr2 133012508 . TG CA,CG 11575.2 PASS AF=0.0419426,0.864238;AO=37,766;DP=904;FAO=38,783;FDP=906;FR=.;FRO=85;FSAF=16,482;FSAR=22,301;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=-0.00311808,-0.00555629;FXX=0.018418;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=164.849,202.994;QD=51.1047;RBI=0.0290822,0.0480601;REFB=0.00968719,-2.07708e-05;REVB=0.0289145,0.0477378;RO=85;SAF=16,479;SAR=21,287;SRF=28;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.128073,0.0590146;STB=0.566275,0.529205;STBP=0.368,0;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00234923,0.000435247;OID=.,.;OPOS=133012508,133012508;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:904:906:85:85:37,766:38,783:0.0419426,0.864238:21,287:16,479:28:57:22,301:16,482:28:57 chr2 133012516 . T G 11089.1 PASS AF=0.867314;AO=783;DP=898;FAO=804;FDP=927;FR=.;FRO=123;FSAF=502;FSAR=302;FSRF=50;FSRR=73;FWDB=-0.0487183;FXX=0.00322577;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5436;QD=47.8493;RBI=0.0492233;REFB=-0.0275539;REVB=-0.00703291;RO=115;SAF=501;SAR=282;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576536;STB=0.53035;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00344025;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:898:927:115:123:783:804:0.867314:282:501:48:67:302:502:50:73 chr2 133012523 . A G 11726.4 PASS AF=0.881156;AO=820;DP=934;FAO=823;FDP=934;FR=.;FRO=111;FSAF=517;FSAR=306;FSRF=42;FSRR=69;FWDB=-0.00113908;FXX=0.00213673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.87;QD=50.22;RBI=0.0132352;REFB=-0.021011;REVB=0.013186;RO=111;SAF=514;SAR=306;SRF=42;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591664;STB=0.531267;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00230763;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:934:934:111:111:820:823:0.881156:306:514:42:69:306:517:42:69 chr2 133012542 . T C 11956.0 PASS AF=0.910497;AO=821;DP=905;FAO=824;FDP=905;FR=.;FRO=81;FSAF=523;FSAR=301;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.000673358;FXX=0.00220505;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.15;QD=52.8441;RBI=0.0246536;REFB=0.0156091;REVB=-0.0246444;RO=80;SAF=520;SAR=301;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397169;STB=0.520515;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00106045;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:905:905:80:81:821:824:0.910497:301:520:33:47:301:523:34:47 chr2 133012571 . T C 12584.2 PASS AF=0.936526;AO=839;DP=897;FAO=841;FDP=898;FR=.;FRO=57;FSAF=541;FSAR=300;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00482522;FXX=0.00111233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.843;QD=56.0541;RBI=0.0149195;REFB=-0.017856;REVB=0.0141177;RO=57;SAF=539;SAR=300;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152467;STB=0.508051;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0010421;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:897:898:57:57:839:841:0.936526:300:539:30:27:300:541:30:27 chr2 133012612 . T C 4425.08 PASS AF=0.902857;AO=276;DP=312;FAO=316;FDP=350;FR=.;FRO=34;FSAF=194;FSAR=122;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0313402;FXX=0.00849834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.871;QD=50.5723;RBI=0.0319992;REFB=-0.0213417;REVB=-0.00646092;RO=35;SAF=167;SAR=109;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245356;STB=0.509462;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00211577;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:350:35:34:276:316:0.902857:109:167:25:10:122:194:24:10 chr2 133012624 . A G 321.33 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0310172;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=330.016;QD=16.0663;RBI=0.0334321;REFB=-0.00272088;REVB=-0.0124755;RO=43;SAF=2;SAR=33;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.717076;STB=0.907976;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00131975;OID=.;OPOS=133012624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:43:45:35:35:0.4375:33:2:28:15:33:2:28:17 chr2 133012633 . A G 164.1 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=41;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0267349;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.645;QD=16.01;RBI=0.0295312;REFB=-0.00681836;REVB=-0.0125433;RO=26;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120907;STB=0.526249;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00368917;OID=.;OPOS=133012633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:46:41:26:22:8:8:0.195122:3:5:16:10:3:5:13:9 chr2 133012642 . TT CC 393.4 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=84;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0126226;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=288.957;QD=18.5129;RBI=0.0130557;REFB=-0.00690048;REVB=0.00333489;RO=44;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257878;STB=0.507201;STBP=0.895;TYPE=mnp;VARB=0.00724576;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:44:44:40:41:0.482353:18:22:23:21:19:22:23:21 chr2 133012655 . A G 1152.49 PASS AF=0.671329;AO=95;DP=142;FAO=96;FDP=143;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00197698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.762;QD=32.2376;RBI=0.00726818;REFB=-0.018982;REVB=0.00699414;RO=46;SAF=38;SAR=57;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755901;STB=0.538799;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00771787;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:46:47:95:96:0.671329:57:38:24:22:58:38:24:23 chr2 133012674 . A G 2073.38 PASS AF=0.91875;AO=147;DP=161;FAO=147;FDP=160;FR=.;FRO=13;FSAF=62;FSAR=85;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00115526;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.254;QD=51.8346;RBI=0.0638426;REFB=-0.0292129;REVB=-0.0638321;RO=13;SAF=62;SAR=85;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018366;STB=0.509688;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00083202;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:161:160:13:13:147:147:0.91875:85:62:7:6:85:62:7:6 chr2 133012680 . A G 1410.72 PASS AF=0.702381;AO=118;DP=169;FAO=118;FDP=168;FR=.;FRO=50;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0063907;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0472;QD=33.5887;RBI=0.00722439;REFB=-0.0205669;REVB=-0.00336908;RO=50;SAF=50;SAR=68;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043054;STB=0.523073;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0129523;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:50:50:118:118:0.702381:68:50:25:25:68:50:25:25 chr2 133012688 . A G 1394.37 PASS AF=0.702381;AO=114;DP=163;FAO=118;FDP=168;FR=.;FRO=50;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0119093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.114;QD=33.1994;RBI=0.0258048;REFB=-0.0198976;REVB=0.0228923;RO=49;SAF=50;SAR=64;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520169;STB=0.523805;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00758968;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:168:49:50:114:118:0.702381:64:50:26:23:66:52:26:24 chr2 133012691 . T C 1912.59 PASS AF=0.850299;AO=142;DP=168;FAO=142;FDP=167;FR=.;FRO=25;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0109728;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.276;QD=45.8105;RBI=0.0148794;REFB=-0.0258914;REVB=-0.0100496;RO=24;SAF=64;SAR=78;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250152;STB=0.516466;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00445961;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:24:25:142:142:0.850299:78:64:13:11:78:64:14:11 chr2 133012712 . T C 2438.44 PASS AF=0.918033;AO=166;DP=182;FAO=168;FDP=183;FR=.;FRO=15;FSAF=78;FSAR=90;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0169471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.87;QD=53.2993;RBI=0.0265428;REFB=-0.0152043;REVB=0.0204282;RO=14;SAF=77;SAR=89;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159363;STB=0.505683;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00224495;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:182:183:14:15:166:168:0.918033:89:77:8:6:90:78:8:7 chr2 133012716 . A G 2098.17 PASS AF=0.853933;AO=152;DP=185;FAO=152;FDP=178;FR=.;FRO=26;FSAF=69;FSAR=83;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00343634;FXX=0.0378358;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.311;QD=47.1499;RBI=0.00385739;REFB=0.00925794;REVB=-0.00175242;RO=26;SAF=69;SAR=83;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234661;STB=0.51242;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00166635;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:178:26:26:152:152:0.853933:83:69:14:12:83:69:14:12 chr2 133012797 . C CCG 889.81 PASS AF=0.742268;AO=67;DP=170;FAO=72;FDP=97;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0129984;FXX=0.242169;HRUN=1;LEN=2;MLLD=105.594;QD=36.6932;RBI=0.0489135;REFB=-0.0321034;REVB=0.0471548;RO=94;SAF=27;SAR=40;SRF=66;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304111;STB=0.545442;STBP=0.151;TYPE=ins;VARB=0.0251904;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.742268:67:170:72:97:25:28:44:14:11:99:94:27:40:66:28 chr2 133012798 . T C 102.17 PASS AF=0.15873;AO=18;DP=124;FAO=20;FDP=126;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=-0.00836329;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.083;QD=3.24358;RBI=0.0107763;REFB=-0.00448422;REVB=-0.00679588;RO=96;SAF=7;SAR=11;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498785;STB=0.582006;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0147445;OID=.;OPOS=133012798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:96:106:18:20:0.15873:11:7:41:55:13:7:47:59 chr2 133012799 . AAACT CTTGC,GTCTT 1150.46 PASS AF=0.622807,0.0438596;AO=71,5;DP=122;FAO=71,5;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=28,2;FSAR=43,3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00366683,-0.000669143;FXX=0.0655684;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=185.146,90.5516;QD=40.3671;RBI=0.0129555,0.0176177;REFB=0.00400719,0.00268088;REVB=-0.0124257,-0.0176049;RO=19;SAF=28,2;SAR=43,3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0749633,-0.204436;STB=0.546365,0.655649;STBP=0.103,0.486;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.00639106,0.0140547;OID=.,.;OPOS=133012799,133012799;OREF=AAACT,AAAC;OALT=CTTGC,GTCT;OMAPALT=CTTGC,GTCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:114:19:20:71,5:71,5:0.622807,0.0438596:43,3:28,2:11:8:43,3:28,2:12:8 chr2 133012807 . A G 922.19 PASS AF=0.614815;AO=81;DP=136;FAO=83;FDP=135;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.025878;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.749;QD=27.3241;RBI=0.0322095;REFB=-0.0243937;REVB=0.0191776;RO=52;SAF=33;SAR=48;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820431;STB=0.538049;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0215393;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:52:52:81:83:0.614815:48:33:27:25:48:35:27:25 chr2 133012832 . T C 1592.29 PASS AF=0.710383;AO=127;DP=183;FAO=130;FDP=183;FR=.;FRO=53;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0714734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5031;QD=34.8041;RBI=0.0733516;REFB=-0.0093755;REVB=-0.0164925;RO=53;SAF=59;SAR=68;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00649028;STB=0.506996;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00308146;OID=.;OPOS=133012832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:53:53:127:130:0.710383:68:59:24:29:68:62:24:29 chr2 133012839 . T C 1595.46 PASS AF=0.710383;AO=128;DP=180;FAO=130;FDP=183;FR=.;FRO=53;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0127712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.164;QD=34.8734;RBI=0.0377493;REFB=-0.0185987;REVB=0.0355233;RO=52;SAF=60;SAR=68;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014345;STB=0.506996;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00893925;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:183:52:53:128:130:0.710383:68:60:23:29:68:62:24:29 chr2 133012866 . C A 68.48 PASS AF=0.101604;AO=19;DP=187;FAO=19;FDP=187;FR=.;FRO=168;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=80;FSRR=88;FWDB=-0.000745218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.42;QD=1.46488;RBI=0.0149908;REFB=-0.0012282;REVB=-0.0149723;RO=164;SAF=7;SAR=12;SRF=76;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117238;STB=0.598519;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0270304;OID=.;OPOS=133012866;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:187:187:164:168:19:19:0.101604:12:7:76:88:12:7:80:88 chr2 133012901 . T C 662.08 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0162822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.285;QD=27.5867;RBI=0.017774;REFB=0.000129135;REVB=0.00712767;RO=38;SAF=20;SAR=38;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119511;STB=0.565194;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-3.44699e-05;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:38:58:58:0.604167:38:20:19:19:38:20:19:19 chr2 133012903 . T C 304.43 PASS AF=0.360825;AO=33;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.024294;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1298;QD=12.5538;RBI=0.0242951;REFB=-0.00366891;REVB=-0.000232961;RO=60;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279324;STB=0.502145;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00540958;OID=.;OPOS=133012903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:62:33:35:0.360825:19:14:24:36:21:14:25:37 chr2 133012923 . A T 221.15 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00985026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.626;QD=10.0524;RBI=0.0215848;REFB=-0.00733812;REVB=-0.0192062;RO=59;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674902;STB=0.544304;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00660601;OID=.;OPOS=133012923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:59:60:28:28:0.318182:15:13:24:35:15:13:24:36 chr2 133012930 . A G 220.45 PASS AF=0.314607;AO=27;DP=88;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0131863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.509;QD=9.90763;RBI=0.015362;REFB=-0.00240905;REVB=0.00788111;RO=60;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053212;STB=0.549112;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0108513;OID=.;OPOS=133012930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:60:61:27:28:0.314607:15:12:24:36:15:13:24:37 chr2 133012945 . T C 234.88 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0196492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.623;QD=10.9248;RBI=0.0198855;REFB=-0.00928126;REVB=-0.0030567;RO=53;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593231;STB=0.530159;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0215758;OID=.;OPOS=133012945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:57:29:29:0.337209:16:13:21:32:16:13:23:34 chr2 133012982 . GT AC 145.26 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0227796;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=122.925;QD=15.7036;RBI=0.0231436;REFB=0.00193136;REVB=-0.00408859;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250154;STB=0.675078;STBP=0.109;TYPE=mnp;VARB=-0.00580082;OID=.;OPOS=133012982;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:15:16:0.432432:12:3:8:12:13:3:9:12 chr2 133012994 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0344384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.539;QD=14.6496;RBI=0.0344741;REFB=-0.00377182;REVB=0.00156878;RO=19;SAF=2;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42007;STB=0.749583;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00173738;OID=.;OPOS=133012994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:12:2:9:10:12:2:9:10 chr2 133013108 . A G 44.46 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.035718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3871;QD=6.84006;RBI=0.049435;REFB=0.00664689;REVB=0.0341767;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169726;STB=0.609427;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.012448;OID=.;OPOS=133013108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:8:11:5:2:8:11 chr2 133013144 . A G 948.42 PASS AF=0.754717;AO=79;DP=106;FAO=80;FDP=106;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0115354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.73;QD=35.7893;RBI=0.0535245;REFB=-0.0368884;REVB=-0.0522667;RO=26;SAF=30;SAR=49;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397211;STB=0.53217;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0109493;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:26:26:79:80:0.754717:49:30:12:14:50:30:13:13 chr2 133013145 . C T 35.18 PASS AF=0.0862069;AO=10;DP=116;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.0254661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0578;QD=1.21318;RBI=0.0574882;REFB=-0.00278928;REVB=-0.05154;RO=96;SAF=3;SAR=7;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132198;STB=0.638399;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0287469;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:116:96:106:10:10:0.0862069:7:3:39:57:7:3:47:59 chr2 133013175 . T G 1676.98 PASS AF=0.869565;AO=120;DP=138;FAO=120;FDP=138;FR=.;FRO=18;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0181315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6988;QD=48.6082;RBI=0.0218834;REFB=0.0117815;REVB=-0.0122527;RO=17;SAF=51;SAR=69;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388944;STB=0.524646;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00229435;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:138:138:17:18:120:120:0.869565:69:51:10:7:69:51:11:7 chr2 133013183 . A G 1123.24 PASS AF=0.666667;AO=94;DP=142;FAO=94;FDP=141;FR=.;FRO=47;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00355907;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.759;QD=31.8648;RBI=0.00366683;REFB=-0.0021312;REVB=0.000882431;RO=47;SAF=43;SAR=51;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00662974;STB=0.503569;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00132632;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:47:47:94:94:0.666667:51:43:22:25:51:43:22:25 chr2 133013189 . A G 1097.88 PASS AF=0.659574;AO=92;DP=141;FAO=93;FDP=141;FR=.;FRO=48;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0018879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2434;QD=31.1456;RBI=0.0619744;REFB=0.0204755;REVB=0.0619456;RO=48;SAF=41;SAR=51;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215151;STB=0.502308;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0126076;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:48:48:92:93:0.659574:51:41:23:25:51:42:22:26 chr2 133013201 . C G 1752.22 PASS AF=0.873239;AO=122;DP=142;FAO=124;FDP=142;FR=.;FRO=18;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00127581;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.701;QD=49.3584;RBI=0.0111366;REFB=-0.0255719;REVB=0.0110633;RO=18;SAF=54;SAR=68;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412486;STB=0.522504;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00294169;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:142:142:18:18:122:124:0.873239:68:54:11:7:70:54:11:7 chr2 133013224 . A C,T 1721.84 PASS AF=0.72,0.133333;AO=108,20;DP=150;FAO=108,20;FDP=150;FR=.;FRO=22;FSAF=48,11;FSAR=60,9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0163478,0.000682071;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.0101,123.634;QD=45.9158;RBI=0.0224872,0.0183355;REFB=-0.0258474,-0.0261491;REVB=0.015441,0.0183229;RO=20;SAF=48,11;SAR=60,9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0461104,-0.0449437;STB=0.517238,0.502401;STBP=0.355,0.967;TYPE=snp,snp;VARB=0.00355945,0.00591031;OID=.,.;OPOS=133013224,133013224;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:20:22:108,20:108,20:0.72,0.133333:60,9:48,11:12:8:60,9:48,11:12:10 chr2 133013250 . C T 140.56 PASS AF=0.172973;AO=25;DP=178;FAO=32;FDP=185;FR=.;FRO=153;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=68;FSRR=85;FWDB=0.0289368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3587;QD=3.03918;RBI=0.0309052;REFB=-0.00181722;REVB=-0.0108531;RO=153;SAF=15;SAR=10;SRF=68;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195447;STB=0.520219;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0546602;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:185:153:153:25:32:0.172973:10:15:68:85:17:15:68:85 chr2 133013260 . TC T 63.05 PASS AF=0.187135;AO=33;DP=171;FAO=32;FDP=171;FR=.;FRO=139;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=83;FWDB=-0.0859444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.2309;QD=1.47479;RBI=0.124505;REFB=-0.000185311;REVB=0.0900838;RO=135;SAF=16;SAR=17;SRF=52;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0.45;SSSB=0.129056;STB=0.528778;STBP=0.743;TYPE=del;VARB=0.00648963;OID=.;OPOS=133013261;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.187135:33:171:32:171:139:14:18:56:83:63:135:16:17:52:83 chr2 133013266 . T G 676.11 PASS AF=0.426136;AO=71;DP=173;FAO=75;FDP=176;FR=.;FRO=101;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=0.0142557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.669;QD=15.366;RBI=0.0145498;REFB=-0.00541545;REVB=0.00291048;RO=100;SAF=23;SAR=48;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151764;STB=0.580623;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00288745;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:176:100:101:71:75:0.426136:48:23:46:54:50:25:47:54 chr2 133013270 . A G 568.03 PASS AF=0.392857;AO=65;DP=168;FAO=66;FDP=168;FR=.;FRO=102;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.00615699;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.878;QD=13.5244;RBI=0.00847364;REFB=-0.0112208;REVB=-0.00582186;RO=102;SAF=25;SAR=40;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956215;STB=0.557546;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0123857;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:102:102:65:66:0.392857:40:25:48:54:41:25:48:54 chr2 133013286 . AG CA 195.76 PASS AF=0.229358;AO=25;DP=109;FAO=25;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00560538;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.756;QD=7.18389;RBI=0.0078492;REFB=-0.00702326;REVB=-0.00549451;RO=78;SAF=11;SAR=14;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429864;STB=0.531346;STBP=0.701;TYPE=mnp;VARB=0.015669;OID=.;OPOS=133013286;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:78:79:25:25:0.229358:14:11:37:41:14:11:38:41 chr2 133013318 . A G 610.06 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00395895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.233;QD=25.4192;RBI=0.00495342;REFB=-0.0167779;REVB=-0.00297709;RO=40;SAF=25;SAR=30;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735911;STB=0.535092;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00783473;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:41:55:55:0.572917:30:25:22:18:30:25:22:19 chr2 133013324 . C A 305.77 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00883392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.222;QD=12.8743;RBI=0.0106256;REFB=-0.00075404;REVB=0.00590475;RO=60;SAF=15;SAR=20;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097451;STB=0.555859;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00197147;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:20:15:31:29:20:15:31:29 chr2 133013327 . G T 291.62 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00696213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.735;QD=12.1507;RBI=0.076953;REFB=0.0101116;REVB=-0.0766374;RO=62;SAF=15;SAR=19;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842092;STB=0.548497;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0254134;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:62:34:34:0.354167:19:15:32:30:19:15:32:30 chr2 133013332 . T C 124.75 PASS AF=0.204082;AO=20;DP=98;FAO=20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0549681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5487;QD=5.09188;RBI=0.0644337;REFB=-0.0149297;REVB=0.0336187;RO=78;SAF=10;SAR=10;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161561;STB=0.510194;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.05922;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:78:78:20:20:0.204082:10:10:38:40:10:10:38:40 chr2 133013343 . T C 97.77 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0217728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.206;QD=4.11664;RBI=0.0218905;REFB=0.00705492;REVB=0.00226717;RO=78;SAF=8;SAR=9;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371214;STB=0.524135;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0308765;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:95:95:78:78:17:17:0.178947:9:8:39:39:9:8:39:39 chr2 133013351 . G A 242.3 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00156087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0231;QD=10.4215;RBI=0.0112797;REFB=0.0175008;REVB=0.0111712;RO=63;SAF=13;SAR=17;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868752;STB=0.550722;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0126304;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:63:30:30:0.322581:17:13:32:31:17:13:32:31 chr2 133013378 . A G 466.79 PASS AF=0.401869;AO=40;DP=108;FAO=43;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0169886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.966;QD=17.45;RBI=0.0193969;REFB=-0.0434051;REVB=0.00936085;RO=54;SAF=12;SAR=28;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217742;STB=0.593351;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0428138;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:54:55:40:43:0.401869:28:12:27:27:28:15:28:27 chr2 133013388 . C T 101.75 PASS AF=0.169643;AO=19;DP=112;FAO=19;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.00467683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5174;QD=3.6338;RBI=0.036089;REFB=-0.00883222;REVB=-0.0357847;RO=93;SAF=12;SAR=7;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187834;STB=0.623099;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0284996;OID=.;OPOS=133013388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:93:93:19:19:0.169643:7:12:45:48:7:12:45:48 chr2 133013418 . A G 304.59 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0045003;FXX=0.0804505;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.419;QD=15.2293;RBI=0.00665888;REFB=-0.00722918;REVB=-0.00490796;RO=46;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601961;STB=0.540067;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.014693;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:46:47:33:33:0.4125:17:16:25:21:17:16:26:21 chr2 133013449 . G A 69.0 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0110523;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.036;QD=4.18172;RBI=0.0114963;REFB=-0.00154771;REVB=0.00316397;RO=53;SAF=8;SAR=4;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084096;STB=0.549366;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00768473;OID=.;OPOS=133013449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:66:53:54:12:12:0.181818:4:8:32:21:4:8:33:21 chr2 133013461 . C T 75.23 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0123197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.621;QD=4.36103;RBI=0.0151719;REFB=-0.000446277;REVB=-0.00885503;RO=56;SAF=9;SAR=4;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116163;STB=0.576233;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00165683;OID=.;OPOS=133013461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:56:56:13:13:0.188406:4:9:34:22:4:9:34:22 chr2 133013475 . A G 182.2 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0238487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8822;QD=11.5681;RBI=0.0254364;REFB=-0.0136316;REVB=-0.0088459;RO=39;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183821;STB=0.600509;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0298712;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:7:16:21:18:7:16:22:18 chr2 133013489 . C T 68.58 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0176031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1844;QD=4.81231;RBI=0.0201231;REFB=-0.00723651;REVB=0.0097504;RO=45;SAF=9;SAR=2;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468869;STB=0.801414;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0554523;OID=.;OPOS=133013489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:45:46:11:11:0.192982:2:9:20:25:2:9:21:25 chr2 133013492 . C T 61.09 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0633412;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9587;QD=4.36368;RBI=0.0634349;REFB=-0.000149876;REVB=-0.00344653;RO=45;SAF=9;SAR=1;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.579946;STB=0.885549;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0027579;OID=.;OPOS=133013492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:57:56:45:46:10:10:0.178571:1:9:20:25:1:9:21:25 chr2 133013497 . GACCCCCC CGACCCCC,GACCCCCT 83.66 PASS AF=0,0.117647;AO=2,4;DP=53;FAO=0,6;FDP=51;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=33;FSAF=0,3;FSAR=0,3;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0392165,-0.0154602;FXX=0.0377287;HRUN=1,6;LEN=3,1;MLLD=17.8329,77.4463;QD=6.56128;RBI=0.0901288,0.0306347;REFB=-0.0486727,-0.0166051;REVB=-0.0811497,-0.0264475;RO=21;SAF=0,1;SAR=2,3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.442452,-0.113367;STB=0.5,0.538334;STBP=1,0.859;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0470783;OID=.,.;OPOS=133013497,133013504;OREF=GAC,C;OALT=CGA,T;OMAPALT=CGACCCCC,GACCCCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:53:51:21:33:2,4:0,6:0,0.117647:2,3:0,1:7:14:0,3:0,3:15:18 chr2 133013508 . CGGGGA CCGGGG,CGGGGC 182.47 PASS AF=0.0833333,0.354167;AO=3,13;DP=50;FAO=4,17;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=3,8;FSAR=1,9;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.00344892,-0.00959127;FXX=0.058812;HRUN=4,1;LEN=5,1;MLLD=71.9343,85.4869;QD=15.2057;RBI=0.0653117,0.0453396;REFB=-0.0353438,-0.0442984;REVB=0.0652206,-0.0443135;RO=15;SAF=3,8;SAR=0,5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.741484,0.370936;STB=0.910263,0.703102;STBP=0.422,0.064;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0182993,0.0252649;OID=.,.;OPOS=133013509,133013513;OREF=GGGGA,A;OALT=CGGGG,C;OMAPALT=CCGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.354167:3,13:50:4,17:48:27:3,8:1,9:4:23:99:15:3,8:0,5:3:12 chr2 133013541 . G A 40.26 PASS AF=0.159091;AO=6;DP=43;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.934;QD=3.66031;RBI=0.0261848;REFB=0.00126991;REVB=-0.0021048;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09066;STB=0.611177;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0118366;OID=.;OPOS=133013541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:43:44:37:37:6:7:0.159091:4:2:15:22:5:2:15:22 chr2 133013556 . C T 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0199476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.802;QD=7.27322;RBI=0.0268337;REFB=-0.00566666;REVB=-0.0179483;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111756;STB=0.569498;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0128949;OID=.;OPOS=133013556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:6:5:12:21:6:5:12:21 chr2 133013567 . T C 99.69 PASS AF=0.361111;AO=11;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00213911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.844;QD=11.0763;RBI=0.00216518;REFB=-0.00675278;REVB=0.00033498;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762243;STB=0.504498;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0115811;OID=.;OPOS=133013567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:23:11:13:0.361111:7:4:6:14:8:5:9:14 chr2 133013590 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.601;QD=60.6103;RBI=0.00984567;REFB=0;REVB=0.00126938;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53219e-05;OID=.;OPOS=133013590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr2 133013631 . G A 155.02 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00866218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.567;QD=9.25509;RBI=0.0279769;REFB=0.00431584;REVB=-0.0266021;RO=46;SAF=6;SAR=15;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285153;STB=0.669476;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0108272;OID=.;OPOS=133013631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:15:6:24:22:15:6:24:22 chr2 133013644 . G A 98.92 PASS AF=0.216216;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00964314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.619;QD=5.34715;RBI=0.0665803;REFB=-0.00853612;REVB=-0.0658782;RO=58;SAF=10;SAR=6;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218612;STB=0.637413;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0223118;OID=.;OPOS=133013644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:74:74:58:58:16:16:0.216216:6:10:26:32:6:10:26:32 chr2 133013680 . G A 658.76 PASS AF=0.588785;AO=64;DP=108;FAO=63;FDP=107;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.000956341;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8802;QD=24.6265;RBI=0.064807;REFB=-0.00855457;REVB=-0.0647999;RO=43;SAF=32;SAR=32;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128973;STB=0.562276;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00511141;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:43:44:64:63:0.588785:32:32:29:14:31:32:29:15 chr2 133013687 . T C 183.88 PASS AF=0.247788;AO=28;DP=114;FAO=28;FDP=113;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0122901;FXX=0.00877116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.143;QD=6.50901;RBI=0.0129378;REFB=-0.00395304;REVB=-0.00404232;RO=85;SAF=18;SAR=10;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130653;STB=0.579443;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0207543;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:85:85:28:28:0.247788:10:18:46:39:10:18:46:39 chr2 133013695 . CA CG,TG 632.64 PASS AF=0.318966,0.241379;AO=37,28;DP=118;FAO=37,28;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=15,17;FSAR=22,11;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00314983,-0.0102304;FXX=0.0169477;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=111.684,169.723;QD=21.8151;RBI=0.00676918,0.020259;REFB=-0.00848535,-0.00637521;REVB=0.00599169,-0.0174862;RO=51;SAF=15,17;SAR=22,11;SRF=34;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.263369,-0.0710688;STB=0.648149,0.540955;STBP=0.021,0.614;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0119382,-0.00582155;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:51:51:37,28:37,28:0.318966,0.241379:22,11:15,17:34:17:22,11:15,17:34:17 chr2 133013704 . G A 312.55 PASS AF=0.336134;AO=39;DP=118;FAO=40;FDP=119;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0385893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.607;QD=10.5059;RBI=0.0447549;REFB=-0.0140601;REVB=-0.0226687;RO=79;SAF=17;SAR=22;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224917;STB=0.635399;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0214996;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:79:79:39:40:0.336134:22:17:50:29:23:17:50:29 chr2 133013756 . G A 272.1 PASS AF=0.321429;AO=36;DP=112;FAO=36;FDP=112;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=-0.0142606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9171;QD=9.71768;RBI=0.021805;REFB=-0.00945698;REVB=-0.0164952;RO=74;SAF=16;SAR=20;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233762;STB=0.633457;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0201975;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:74:76:36:36:0.321429:20:16:48:26:20:16:49:27 chr2 133014552 . C T 89.92 PASS AF=0.170213;AO=16;DP=94;FAO=16;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0155843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.951;QD=3.82623;RBI=0.0276125;REFB=-0.00446438;REVB=-0.0227943;RO=78;SAF=8;SAR=8;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972614;STB=0.563751;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0259922;OID=.;OPOS=133014552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:94:94:78:78:16:16:0.170213:8:8:33:45:8:8:33:45 chr2 133014592 . G A 47.15 PASS AF=0.107843;AO=11;DP=102;FAO=11;FDP=102;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.0168872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.01;QD=1.84886;RBI=0.0269898;REFB=-0.00579379;REVB=-0.021054;RO=91;SAF=7;SAR=4;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219623;STB=0.662867;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0486549;OID=.;OPOS=133014592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:102:102:91:91:11:11:0.107843:4:7:41:50:4:7:41:50 chr2 133014602 . G C 498.68 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.00423048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4915;QD=20.7784;RBI=0.0256896;REFB=-0.0262361;REVB=0.0253389;RO=45;SAF=19;SAR=24;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244226;STB=0.628925;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0219858;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:46:43:43:0.447917:24:19:32:13:24:19:32:14 chr2 133014612 . A C 349.12 PASS AF=0.445783;AO=39;DP=85;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.00241011;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.868;QD=16.8249;RBI=0.0178275;REFB=-0.0184028;REVB=0.0176638;RO=45;SAF=18;SAR=21;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215916;STB=0.628945;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0389144;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:45:46:39:37:0.445783:21:18:31:14:20:17:32:14 chr2 133014619 . C T 57.04 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.0502895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9461;QD=2.5636;RBI=0.0543962;REFB=0.00360412;REVB=0.0207344;RO=77;SAF=8;SAR=4;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580017;STB=0.540914;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0178352;OID=.;OPOS=133014619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:89:89:77:77:12:12:0.134831:4:8:48:29:4:8:48:29 chr2 133014640 . C T 76.25 PASS AF=0.162791;AO=13;DP=85;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.0207492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.707;QD=3.5465;RBI=0.0295558;REFB=-0.00277678;REVB=0.0210479;RO=72;SAF=8;SAR=5;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127214;STB=0.516106;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0127015;OID=.;OPOS=133014640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:85:86:72:72:13:14:0.162791:5:8:45:27:5:9:45:27 chr2 133014651 . A AC 212.09 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0461693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.9479;QD=10.4735;RBI=0.0541156;REFB=-0.0688722;REVB=0.0282294;RO=50;SAF=19;SAR=17;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138051;STB=0.566989;STBP=0.28;TYPE=ins;VARB=0.0882206;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45679:36:86:37:81:44:19:18:28:16:99:50:19:17:33:17 chr2 133036254 . T C 42.44 PASS AF=0.083871;AO=13;DP=153;FAO=13;FDP=155;FR=.;FRO=142;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=66;FSRR=76;FWDB=-0.0423586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.357;QD=1.0953;RBI=0.0426177;REFB=-0.00667696;REVB=0.00469179;RO=140;SAF=5;SAR=8;SRF=64;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845725;STB=0.574782;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0263631;OID=.;OPOS=133036254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:153:155:140:142:13:13:0.083871:8:5:64:76:8:5:66:76 chr2 133036257 . TG CA 38.8 PASS AF=0.081761;AO=12;DP=158;FAO=13;FDP=159;FR=.;FRO=146;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=70;FSRR=76;FWDB=-0.0156284;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=331.216;QD=0.976166;RBI=0.0172678;REFB=-0.0017722;REVB=-0.00734359;RO=144;SAF=5;SAR=7;SRF=68;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623265;STB=0.588098;STBP=0.554;TYPE=mnp;VARB=0.0186758;OID=.;OPOS=133036257;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:158:159:144:146:12:13:0.081761:7:5:68:76:8:5:70:76 chr2 133036263 . A G 42.61 PASS AF=0.0848485;AO=13;DP=165;FAO=14;FDP=165;FR=.;FRO=151;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=75;FSRR=76;FWDB=-0.0278371;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.353;QD=1.03303;RBI=0.042522;REFB=-0.00412684;REVB=0.0321438;RO=149;SAF=4;SAR=9;SRF=72;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201406;STB=0.628636;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0379965;OID=.;OPOS=133036263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:165:165:149:151:13:14:0.0848485:9:4:72:77:9:5:75:76 chr2 133036280 . A C 49.01 PASS AF=0.0877193;AO=14;DP=168;FAO=15;FDP=171;FR=.;FRO=156;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=79;FWDB=0.0443518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2255;QD=1.14635;RBI=0.050242;REFB=-0.00520303;REVB=0.0236046;RO=154;SAF=4;SAR=10;SRF=77;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247426;STB=0.648022;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0552401;OID=.;OPOS=133036280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:168:171:154:156:14:15:0.0877193:10:4:77:77:10:5:77:79 chr2 133036337 . A G 61.96 PASS AF=0.127451;AO=13;DP=102;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0029988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.393;QD=2.42985;RBI=0.0362808;REFB=-0.00953989;REVB=-0.0361567;RO=88;SAF=8;SAR=5;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457533;STB=0.538282;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0292838;OID=.;OPOS=133036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:102:102:88:89:13:13:0.127451:5:8:51:37:5:8:51:38 chr2 133036343 . C T 42.06 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=0.0768321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1476;QD=1.77082;RBI=0.0881133;REFB=-0.000123946;REVB=0.0431368;RO=85;SAF=6;SAR=4;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144127;STB=0.510895;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0101632;OID=.;OPOS=133036343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:95:85:85:10:10:0.105263:4:6:50:35:4:6:50:35 chr2 133036364 . G A 58.85 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=-0.00224786;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0492;QD=2.67501;RBI=0.0467944;REFB=-0.0185431;REVB=0.0467404;RO=76;SAF=8;SAR=4;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00610653;STB=0.504266;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0635031;OID=.;OPOS=133036364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:89:88:76:76:12:12:0.136364:4:8:51:25:4:8:51:25 chr2 133036394 . A G 45.82 PASS AF=0.120482;AO=10;DP=83;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=0.0206537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.623;QD=2.20835;RBI=0.0431026;REFB=-0.00808112;REVB=-0.0378319;RO=72;SAF=7;SAR=3;SRF=50;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079421;STB=0.515549;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0507377;OID=.;OPOS=133036394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:83:72:73:10:10:0.120482:3:7:50:22:3:7:50:23 chr2 133036419 . A C 52.49 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.00411992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6449;QD=2.47033;RBI=0.0243985;REFB=0.0016004;REVB=-0.0240481;RO=71;SAF=7;SAR=4;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218155;STB=0.526148;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.0163296;OID=.;OPOS=133036419;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:85:71:74:11:11:0.129412:4:7:44:27:4:7:45:29 chr2 133036424 . T C 54.97 PASS AF=0.141026;AO=12;DP=79;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0874697;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5388;QD=2.81893;RBI=0.154087;REFB=0.00333245;REVB=-0.126853;RO=66;SAF=8;SAR=4;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809812;STB=0.535736;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0306887;OID=.;OPOS=133036424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:78:66:67:12:11:0.141026:4:8:40:26:4:7:40:27 chr2 133036510 . C A 34.69 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0116035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.279;QD=1.40163;RBI=0.0172424;REFB=-0.00203455;REVB=0.0127538;RO=90;SAF=4;SAR=5;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123808;OID=.;OPOS=133036510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:90:90:9:9:0.0909091:5:4:40:50:5:4:40:50 chr2 133036522 . G T 55.62 PASS AF=0.122449;AO=12;DP=98;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00652906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.647;QD=2.27004;RBI=0.0610088;REFB=-0.0087354;REVB=-0.0606584;RO=85;SAF=6;SAR=6;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503677;STB=0.530561;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0289356;OID=.;OPOS=133036522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:98:98:85:86:12:12:0.122449:6:6:39:46:6:6:40:46 chr2 133036524 . C T 47.44 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=101;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0456858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8985;QD=1.87883;RBI=0.0484809;REFB=-0.00174706;REVB=0.0162237;RO=90;SAF=5;SAR=6;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411324;STB=0.53063;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0266631;OID=.;OPOS=133036524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:101:90:90:11:11:0.108911:6:5:44:46:6:5:44:46 chr2 133036530 . A G 47.59 PASS AF=0.108911;AO=10;DP=101;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.0149838;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.719;QD=1.88485;RBI=0.0200271;REFB=-0.00428831;REVB=-0.0132879;RO=87;SAF=4;SAR=6;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715261;STB=0.520758;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0289465;OID=.;OPOS=133036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:101:87:90:10:11:0.108911:6:4:40:47:6:5:43:47 chr2 133036571 . C T 101.89 PASS AF=0.191011;AO=17;DP=89;FAO=17;FDP=89;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00710228;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.335;QD=4.57954;RBI=0.0173196;REFB=-0.00317169;REVB=-0.0157964;RO=71;SAF=8;SAR=9;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00732497;STB=0.501325;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114978;OID=.;OPOS=133036571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:71:72:17:17:0.191011:9:8:33:38:9:8:34:38 chr2 133036619 . CCA TGA,TGG 157.52 PASS AF=0.204301,0.0537634;AO=19,5;DP=93;FAO=19,5;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=12,3;FSAR=7,2;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0128477,0.00853258;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,3;MLLD=188.126,247.517;QD=6.77487;RBI=0.0131052,0.00894171;REFB=-0.00632064,-0.00219745;REVB=0.00258532,0.00267381;RO=69;SAF=12,3;SAR=7,2;SRF=35;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.158,0.0946218;STB=0.599163,0.586608;STBP=0.336,0.721;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0131361,0.0286062;OID=.,.;OPOS=133036619,133036619;OREF=CC,CCA;OALT=TG,TGG;OMAPALT=TGA,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:69:69:19,5:19,5:0.204301,0.0537634:7,2:12,3:35:34:7,2:12,3:35:34 chr2 133036650 . T G 368.15 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00714575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6951;QD=13.0319;RBI=0.0464409;REFB=0.00947814;REVB=0.0458878;RO=68;SAF=19;SAR=25;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734954;STB=0.546316;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.020219;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:69:44:44:0.389381:25:19:34:34:25:19:35:34 chr2 133036661 . A AT 124.23 PASS AF=0.203704;AO=23;DP=118;FAO=22;FDP=108;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.0168651;FXX=0.0270246;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.8171;QD=4.60112;RBI=0.0177198;REFB=-0.0127668;REVB=-0.0054368;RO=94;SAF=10;SAR=13;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426389;STB=0.563717;STBP=0.524;TYPE=ins;VARB=0.0654808;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203704:23:118:22:108:86:9:13:42:44:99:94:10:13:44:50 chr2 133036666 . AC A 126.19 PASS AF=0.196429;AO=24;DP=119;FAO=22;FDP=112;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.00187797;FXX=0.0508431;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6147;QD=4.50693;RBI=0.037027;REFB=-0.00141393;REVB=-0.0369793;RO=91;SAF=11;SAR=13;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319453;STB=0.50892;STBP=0.956;TYPE=del;VARB=0.0047346;OID=.;OPOS=133036667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196429:24:119:22:112:90:11:11:44:46:99:91:11:13:44:47 chr2 133036669 . G T 159.06 PASS AF=0.218487;AO=26;DP=119;FAO=26;FDP=119;FR=.;FRO=93;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.000370691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.913;QD=5.34654;RBI=0.100243;REFB=-0.00638873;REVB=-0.100242;RO=92;SAF=11;SAR=15;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083796;STB=0.556235;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0183058;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:92:93:26:26:0.218487:15:11:45:47:15:11:46:47 chr2 133036693 . T G 680.89 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00496258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.007;QD=21.2779;RBI=0.0135438;REFB=-0.013797;REVB=0.0126018;RO=61;SAF=30;SAR=37;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095066;STB=0.552223;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0101161;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:61:67:67:0.523438:37:30:34:27:37:30:34:27 chr2 133036695 . C A 102.15 PASS AF=0.16;AO=20;DP=121;FAO=20;FDP=125;FR=.;FRO=105;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.00522462;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.592;QD=3.26874;RBI=0.0114349;REFB=-0.00199166;REVB=0.0101715;RO=100;SAF=13;SAR=7;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180593;STB=0.646205;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0375135;OID=.;OPOS=133036695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:125:100:105:20:20:0.16:7:13:51:49:7:13:50:55 chr2 133036697 . A G 591.72 PASS AF=0.484127;AO=65;DP=125;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0166265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.824;QD=18.7847;RBI=0.0167076;REFB=-0.0152088;REVB=0.00164419;RO=59;SAF=30;SAR=35;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991094;STB=0.516124;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0292977;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:59:65:65:61:0.484127:35:30:34:25:31:30:34:31 chr2 133036704 . T C 235.97 PASS AF=0.265625;AO=34;DP=127;FAO=34;FDP=128;FR=.;FRO=94;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.0106444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.721;QD=7.37417;RBI=0.0148742;REFB=0.00250347;REVB=-0.0103893;RO=93;SAF=16;SAR=18;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689902;STB=0.537168;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00448972;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:93:94:34:34:0.265625:18:16:49:44:18:16:49:45 chr2 133036714 . A G 248.4 PASS AF=0.277778;AO=35;DP=125;FAO=35;FDP=126;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0156116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.583;QD=7.88565;RBI=0.0225385;REFB=-0.00159767;REVB=-0.0162562;RO=90;SAF=16;SAR=19;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078998;STB=0.542833;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0108349;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:90:91:35:35:0.277778:19:16:47:43:19:16:47:44 chr2 133036716 . G T 210.34 PASS AF=0.253968;AO=32;DP=125;FAO=32;FDP=126;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.00108795;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.491;QD=6.67735;RBI=0.0224647;REFB=-0.0101621;REVB=-0.0224383;RO=89;SAF=14;SAR=18;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124797;STB=0.539123;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.027074;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:89:94:32:32:0.253968:18:14:48:41:17:15:49:45 chr2 133036720 . T C 172.22 PASS AF=0.222222;AO=26;DP=125;FAO=28;FDP=126;FR=.;FRO=98;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.023777;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.401;QD=5.46728;RBI=0.0246289;REFB=-0.0125041;REVB=-0.00642166;RO=98;SAF=15;SAR=11;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978269;STB=0.555769;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0285382;OID=.;OPOS=133036720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:98:98:26:28:0.222222:11:15:49:49:12:16:49:49 chr2 133036742 . T C 169.51 PASS AF=0.228814;AO=27;DP=118;FAO=27;FDP=118;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.0122955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.658;QD=5.74619;RBI=0.0127277;REFB=-0.00580276;REVB=0.00328872;RO=91;SAF=16;SAR=11;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150704;STB=0.592524;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0148421;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:91:91:27:27:0.228814:11:16:43:48:11:16:43:48 chr2 133036757 . A G 69.87 PASS AF=0.137255;AO=14;DP=102;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.0654224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4428;QD=2.74016;RBI=0.0679963;REFB=-0.00412112;REVB=0.0185314;RO=88;SAF=11;SAR=3;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400505;STB=0.778634;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.028909;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:102:102:88:88:14:14:0.137255:3:11:41:47:3:11:41:47 chr2 133036777 . A G 39.33 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.00714812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.262;QD=1.91855;RBI=0.013761;REFB=-0.00103422;REVB=-0.0117588;RO=72;SAF=6;SAR=3;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275431;STB=0.708217;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0195751;OID=.;OPOS=133036777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:72:73:9:9:0.109756:3:6:31:41:3:6:31:42 chr2 133036787 . C A 223.61 PASS AF=0.363636;AO=26;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00239986;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.245;QD=11.6163;RBI=0.0170178;REFB=-0.00709576;REVB=-0.0168478;RO=51;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572692;STB=0.513299;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0114173;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:49:26:28:0.363636:14:12:21:30:16:12:20:29 chr2 133036797 . A AAGC 120.59 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00797913;FXX=0.102926;HRUN=6;LEN=3;MLLD=253.841;QD=7.90751;RBI=0.0114302;REFB=-0.00509749;REVB=0.00818429;RO=56;SAF=5;SAR=12;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135379;STB=0.536248;STBP=0.752;TYPE=ins;VARB=0.00782773;OID=.;OPOS=133036798;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.278689:17:75:17:61:44:7:10:16:28:99:56:5:12:22:34 chr2 133036812 . T C 134.22 PASS AF=0.296875;AO=18;DP=63;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.039328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.566;QD=8.38892;RBI=0.0410709;REFB=-0.00441768;REVB=-0.0118377;RO=45;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199716;STB=0.634013;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0316569;OID=.;OPOS=133036812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:45:45:18:19:0.296875:9:9:15:30:9:10:15:30 chr2 133036828 . A G 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.00676636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.191;QD=4.55129;RBI=0.0162554;REFB=0.00147777;REVB=0.0147802;RO=43;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484986;STB=0.790196;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00670679;OID=.;OPOS=133036828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:43:45:10:10:0.181818:3:7:12:31:3:7:14:31 chr2 133036836 . TCCCCT TCCCTC,TCCCTT 87.29 PASS AF=0,0.244898;AO=2,12;DP=49;FAO=0,12;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=0,8;FSAR=0,4;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.122223,-0.040685;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=182.033,42.6102;QD=7.12603;RBI=0.12332,0.0419574;REFB=0.00315415,-0.0146654;REVB=-0.0164106,-0.0102543;RO=28;SAF=2,8;SAR=0,4;SRF=2;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.777768,0.626701;STB=0.5,0.759112;STBP=1,0.061;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00883237;OID=.,.;OPOS=133036840,133036840;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TCCCTC,TCCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.244898:2,12:49:0,12:49:37:0,8:0,4:11:26:86:28:2,8:0,4:2:26 chr2 133036851 . T TC 45.51 PASS AF=0.229167;AO=10;DP=51;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.046437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.1861;QD=3.79226;RBI=0.0680193;REFB=-0.00418893;REVB=-0.0497015;RO=38;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471287;STB=0.802287;STBP=0.05;TYPE=ins;VARB=0.00550557;OID=.;OPOS=133036852;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229167:10:51:11:48:37:8:3:11:26:45:38:7:3:11:27 chr2 133036854 . G A 35.96 PASS AF=0.195652;AO=11;DP=48;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0340932;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.879;QD=3.1267;RBI=0.0383805;REFB=-0.0241315;REVB=-0.0176271;RO=37;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489684;STB=0.918354;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.119424;OID=.;OPOS=133036854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:48:46:37:37:11:9:0.195652:3:8:11:26:1:8:11:26 chr2 133036856 . T C 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0169014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.338;QD=6.73528;RBI=0.0196388;REFB=-0.000987589;REVB=-0.0100012;RO=36;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480746;STB=0.796674;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00414733;OID=.;OPOS=133036856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:3:8:11:25:3:8:11:25 chr2 133036858 . C G 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0247752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.415;QD=5.84495;RBI=0.0307867;REFB=-0.00398073;REVB=-0.018276;RO=37;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521809;STB=0.831383;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0490122;OID=.;OPOS=133036858;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:2:8:13:24:2:8:13:24 chr2 133036891 . AG A 38.96 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0303806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.467;QD=3.71008;RBI=0.0353662;REFB=-0.00236818;REVB=-0.018105;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183294;STB=0.673247;STBP=0.345;TYPE=del;VARB=0.0327176;OID=.;OPOS=133036892;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:6:42:7:42:35:5:2:18:17:38:33:4:2:17:16 chr2 133036896 . A G 41.51 PASS AF=0.170732;AO=6;DP=40;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0261842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.034;QD=4.04957;RBI=0.0280563;REFB=-0.000401005;REVB=-0.010077;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183294;STB=0.661285;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.000619848;OID=.;OPOS=133036896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:41:33:34:6:7:0.170732:2:4:17:16:2:5:18:16 chr2 133037115 . A C 37.07 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.017639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.03;QD=8.23739;RBI=0.0450849;REFB=-0.00490343;REVB=-0.0414911;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264432;STB=0.657294;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0308657;OID=.;OPOS=133037115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:8:12:6:6:0.333333:1:5:5:3:1:5:8:4 chr2 133037140 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0125533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.631;QD=10.3791;RBI=0.0160375;REFB=-0.0131945;REVB=0.00998079;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325515;STB=0.69952;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0119165;OID=.;OPOS=133037140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:8:8:2:7:8:8 chr2 133037153 . C T 93.2 PASS AF=0.366667;AO=5;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0011664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7032;QD=12.427;RBI=0.0089116;REFB=-0.00469132;REVB=-0.00883494;RO=9;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157037;STB=0.619488;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.011869;OID=.;OPOS=133037153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:30:30:9:18:5:11:0.366667:2:3:4:5:3:8:10:8 chr2 133037226 . T C 190.56 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0110839;FXX=0.0666556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.524;QD=13.6115;RBI=0.0136976;REFB=-0.010147;REVB=-0.00804792;RO=32;SAF=14;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515463;STB=0.517227;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0229152;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:32:33:23:23:0.410714:9:14:21:11:9:14:21:12 chr2 133037311 . C A 303.03 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00487696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2098;QD=14.6037;RBI=0.0137799;REFB=0.00885595;REVB=0.012888;RO=49;SAF=17;SAR=17;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138431;STB=0.578268;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00800714;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:17:17:31:18:17:17:31:18 chr2 133037397 . C T 352.42 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0333064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8822;QD=18.3075;RBI=0.0337994;REFB=-0.0161107;REVB=0.00575181;RO=40;SAF=13;SAR=24;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211889;STB=0.618403;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0144013;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:24:13:23:17:24:13:23:17 chr2 133037512 . C T 80.3 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=40;FWDB=-0.00678075;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.393;QD=5.18052;RBI=0.0105161;REFB=-0.00210192;REVB=0.00803805;RO=49;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297331;STB=0.681594;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0134539;OID=.;OPOS=133037512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:8:5:9:40:8:5:9:40 chr2 133037568 . T C 760.98 PASS AF=0.878788;AO=58;DP=66;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=56;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.12732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0392;QD=46.1198;RBI=0.127624;REFB=-0.0114475;REVB=0.00881389;RO=8;SAF=2;SAR=56;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491381;STB=0.768495;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00798903;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:8:8:58:58:0.878788:56:2:5:3:56:2:5:3 chr2 133037812 . A G 2935.76 PASS AF=0.994764;AO=185;DP=186;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0411315;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.547;QD=61.4819;RBI=0.062129;REFB=0.0208647;REVB=-0.0465641;RO=1;SAF=93;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514742;STB=0.502702;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000179309;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:191:1:1:185:190:0.994764:92:93:0:1:92:98:0:1 chr2 133038034 . A G 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0554;QD=54.5136;RBI=0.0295159;REFB=0;REVB=0.00244374;RO=0;SAF=22;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330917;OID=.;OPOS=133038034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:3:22:0:0:3:22:0:0 chr2 133038036 . G A 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00246336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.613;QD=46.3203;RBI=0.0191121;REFB=-0.0178938;REVB=-0.0189527;RO=2;SAF=20;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440955;STB=0.523789;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00301193;OID=.;OPOS=133038036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:3:20:2:0:3:20:2:0 chr2 133038166 . T C 89.18 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=0.0217528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.845;QD=3.71596;RBI=0.0297119;REFB=0.00217029;REVB=0.0202389;RO=79;SAF=6;SAR=10;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455072;STB=0.522444;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00845498;OID=.;OPOS=133038166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:96:79:80:16:16:0.166667:10:6:27:52:10:6:28:52 chr2 133038179 . AG CT 98.33 PASS AF=0.173469;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=98;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=-0.00887599;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.777;QD=4.01357;RBI=0.0186148;REFB=-0.00142523;REVB=-0.0163624;RO=81;SAF=7;SAR=10;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715757;STB=0.546546;STBP=0.682;TYPE=mnp;VARB=0.00740316;OID=.;OPOS=133038179;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:100:98:81:81:17:17:0.173469:10:7:29:52:10:7:29:52 chr2 133038188 . T C 127.7 PASS AF=0.201923;AO=21;DP=104;FAO=21;FDP=104;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=-0.0381654;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8123;QD=4.91161;RBI=0.0968417;REFB=0.00618165;REVB=-0.089004;RO=82;SAF=9;SAR=12;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824258;STB=0.545412;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0286697;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:82:83:21:21:0.201923:12:9:30:52:12:9:31:52 chr2 133038228 . C T 174.58 PASS AF=0.241071;AO=27;DP=112;FAO=27;FDP=112;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=-0.017388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.167;QD=6.23513;RBI=0.0321501;REFB=-0.00202671;REVB=-0.0270423;RO=84;SAF=12;SAR=15;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966288;STB=0.562073;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00607057;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:84:85:27:27:0.241071:15:12:31:53:15:12:31:54 chr2 133038234 . C T 169.55 PASS AF=0.228814;AO=27;DP=118;FAO=27;FDP=118;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.0144677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.807;QD=5.74748;RBI=0.0234121;REFB=-0.00392846;REVB=-0.0184069;RO=91;SAF=11;SAR=16;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00105834;STB=0.50065;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0110217;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:91:91:27:27:0.228814:16:11:37:54:16:11:37:54 chr2 133038264 . G A 163.53 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=113;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.036037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.33;QD=5.7888;RBI=0.0394044;REFB=0.0066042;REVB=0.0159385;RO=87;SAF=10;SAR=16;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124998;STB=0.576917;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0117185;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:87:87:26:26:0.230088:16:10:42:45:16:10:42:45 chr2 133038275 . C T 143.53 PASS AF=0.216981;AO=23;DP=106;FAO=23;FDP=106;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.00733624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.785;QD=5.41627;RBI=0.015177;REFB=-0.00579774;REVB=-0.0132861;RO=82;SAF=8;SAR=15;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15027;STB=0.598893;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0254621;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:82:83:23:23:0.216981:15:8:38:44:15:8:39:44 chr2 133038280 . A C 158.3 PASS AF=0.235294;AO=21;DP=99;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0044919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.932;QD=6.20773;RBI=0.0189056;REFB=-0.0132634;REVB=-0.0183642;RO=77;SAF=7;SAR=14;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158992;STB=0.568124;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.035811;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:77:78:21:24:0.235294:14:7:35:42:15:9:36:42 chr2 133038365 . G T 196.45 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0107028;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.3871;QD=12.6743;RBI=0.0159828;REFB=0.0191808;REVB=0.0118701;RO=38;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129345;STB=0.574649;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00796859;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:38:24:24:0.387097:16:8:17:21:16:8:17:21 chr2 133038366 . C T 320.77 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0403504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.055;QD=21.3846;RBI=0.0430865;REFB=-0.013578;REVB=0.0151091;RO=27;SAF=13;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114324;STB=0.506325;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0236437;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:20:13:11:16:20:13:11:16 chr2 133038378 . A G 271.47 PASS AF=0.461538;AO=25;DP=61;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0159381;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.957;QD=16.7057;RBI=0.0166675;REFB=-0.00878705;REVB=-0.00487682;RO=31;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338122;STB=0.516118;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0108414;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:31:35:25:30:0.461538:17:8:9:22:18:12:13:22 chr2 133038383 . GC AT 229.16 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00532358;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.335;QD=15.027;RBI=0.0140234;REFB=-0.0276203;REVB=-0.0129737;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727598;STB=0.530616;STBP=0.714;TYPE=mnp;VARB=0.0288343;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:61:34:35:26:26:0.42623:15:11:12:22:15:11:13:22 chr2 133038400 . GA G 268.33 PASS AF=0.637681;AO=29;DP=67;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.145764;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.6527;QD=15.5552;RBI=0.161681;REFB=-0.025299;REVB=0.0699551;RO=28;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230943;STB=0.536215;STBP=0.467;TYPE=del;VARB=0.0255071;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.637681:29:67:44:69:25:22:22:10:15:99:28:18:11:10:18 chr2 133038421 . G C 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0239582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.643;QD=14.4062;RBI=0.0274008;REFB=-0.0102206;REVB=-0.013297;RO=46;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286739;STB=0.501628;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0173534;OID=.;OPOS=133038421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:18:14:20:26:18:14:20:26 chr2 133038491 . T C 344.18 PASS AF=0.287425;AO=48;DP=167;FAO=48;FDP=167;FR=.;FRO=119;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.020245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.042;QD=8.24374;RBI=0.0250798;REFB=-0.00985588;REVB=-0.0148033;RO=119;SAF=19;SAR=29;SRF=58;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112695;STB=0.566292;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0316206;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:119:119:48:48:0.287425:29:19:58:61:29:19:58:61 chr2 133038501 . G A 230.79 PASS AF=0.226994;AO=37;DP=160;FAO=37;FDP=163;FR=.;FRO=126;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=-0.0104542;FXX=0.0121205;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.24;QD=5.66346;RBI=0.0133139;REFB=-0.00818068;REVB=-0.0082444;RO=121;SAF=14;SAR=23;SRF=59;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139824;STB=0.583316;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0187042;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:121:126:37:37:0.226994:23:14:59:62:23:14:61:65 chr2 133038515 . A G 154.18 PASS AF=0.163934;AO=29;DP=183;FAO=30;FDP=183;FR=.;FRO=153;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=75;FSRR=78;FWDB=0.00589592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.591;QD=3.36999;RBI=0.101601;REFB=-0.000820709;REVB=0.10143;RO=153;SAF=13;SAR=16;SRF=75;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538136;STB=0.519695;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00781589;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:153:153:29:30:0.163934:16:13:75:78:16:14:75:78 chr2 133038530 . A G 148.58 PASS AF=0.149758;AO=31;DP=209;FAO=31;FDP=207;FR=.;FRO=176;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=89;FSRR=87;FWDB=-0.0100778;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.369;QD=2.87114;RBI=0.0139127;REFB=-0.00141831;REVB=0.00959178;RO=178;SAF=14;SAR=17;SRF=89;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619037;STB=0.545963;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00907371;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:207:178:176:31:31:0.149758:17:14:89:89:17:14:89:87 chr2 133038543 . A G 131.03 PASS AF=0.136364;AO=30;DP=221;FAO=30;FDP=220;FR=.;FRO=190;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=99;FSRR=91;FWDB=-0.0199699;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.68;QD=2.38241;RBI=0.0201891;REFB=-0.00916014;REVB=-0.00296682;RO=189;SAF=14;SAR=16;SRF=97;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590927;STB=0.546853;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0449449;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:189:190:30:30:0.136364:16:14:97:92:16:14:99:91 chr2 133038569 . T C 107.7 PASS AF=0.111111;AO=30;DP=254;FAO=28;FDP=252;FR=.;FRO=224;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=118;FSRR=106;FWDB=-0.0109247;FXX=0.0117642;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.611;QD=1.70956;RBI=0.0273557;REFB=-0.0044003;REVB=-0.0250795;RO=222;SAF=14;SAR=16;SRF=117;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753624;STB=0.523793;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0409587;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:252:222:224:30:28:0.111111:16:14:117:105:14:14:118:106 chr2 133038580 . C T 132.36 PASS AF=0.124514;AO=32;DP=257;FAO=32;FDP=257;FR=.;FRO=225;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=115;FSRR=110;FWDB=0.0269218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.914;QD=2.06005;RBI=0.0283755;REFB=-0.00521324;REVB=-0.0089658;RO=224;SAF=14;SAR=18;SRF=115;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955324;STB=0.564374;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0282517;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:224:225:32:32:0.124514:18:14:115:109:18:14:115:110 chr2 133038625 . G A 111.15 PASS AF=0.123853;AO=27;DP=218;FAO=27;FDP=218;FR=.;FRO=191;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=93;FSRR=98;FWDB=0.000730837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.881;QD=2.03949;RBI=0.0299806;REFB=-0.00386491;REVB=-0.0299717;RO=190;SAF=12;SAR=15;SRF=92;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500843;STB=0.537332;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0312899;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:190:191:27:27:0.123853:15:12:92:98:15:12:93:98 chr2 133038681 . T C 64.02 PASS AF=0.0871369;AO=21;DP=240;FAO=21;FDP=241;FR=.;FRO=220;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=157;FWDB=0.0117975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.923;QD=1.06259;RBI=0.0122317;REFB=0.000914987;REVB=-0.00323003;RO=219;SAF=6;SAR=15;SRF=63;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280002;STB=0.500725;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.0163803;OID=.;OPOS=133038681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:240:241:219:220:21:21:0.0871369:15:6:63:156:15:6:63:157 chr2 133038686 . A G 1272.5 PASS AF=0.530435;AO=122;DP=230;FAO=122;FDP=230;FR=.;FRO=108;FSAF=13;FSAR=109;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=-0.0142744;FXX=0.012875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.337;QD=22.1305;RBI=0.020899;REFB=-0.00839037;REVB=0.0152646;RO=105;SAF=13;SAR=109;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486975;STB=0.775045;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00545844;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:105:108:122:122:0.530435:109:13:52:53:109:13:54:54 chr2 133038693 . A T 961.54 PASS AF=0.467593;AO=101;DP=216;FAO=101;FDP=216;FR=.;FRO=115;FSAF=8;FSAR=93;FSRF=52;FSRR=63;FWDB=-0.010554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.731;QD=17.8064;RBI=0.0129961;REFB=0.00801862;REVB=0.00758375;RO=112;SAF=8;SAR=93;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558772;STB=0.817143;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00595017;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:112:115:101:101:0.467593:93:8:51:61:93:8:52:63 chr2 133038724 . T C 502.24 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=51;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0139111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.766;QD=15.8186;RBI=0.0148897;REFB=-0.0295141;REVB=-0.00530884;RO=65;SAF=4;SAR=51;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61224;STB=0.839628;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0509153;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:72:55:55:0.433071:51:4:33:32:51:4:33:39 chr2 133038728 . CTA CGA,GGA,GGC 673.89 PASS AF=0.844444,0.0888889,0.0666667;AO=38,4,3;DP=46;FAO=38,4,3;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,1;FSAR=20,4,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964901,0.0142039,-0.0120404;FXX=0.0217344;HRUN=1,2,2;LEN=1,2,3;MLLD=88.0902,58.0444,113.744;QD=59.9012;RBI=0.033094,0.0391672,0.0181034;REFB=0,0,0;REVB=0.0316561,0.036501,0.0135189;RO=0;SAF=18,0,1;SAR=20,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.51048e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0184937,-0.0584106,0.010576;OID=.,.,.;OPOS=133038729,133038728,133038728;OREF=T,CT,CTA;OALT=G,GG,GGC;OMAPALT=CGA,GGA,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:46:45:0:0:38,4,3:38,4,3:0.844444,0.0888889,0.0666667:20,4,2:18,0,1:0:0:20,4,2:18,0,1:0:0 chr2 133038745 . T C 39.54 PASS AF=0.147059;AO=5;DP=33;FAO=5;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.023169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8101;QD=4.65122;RBI=0.0381768;REFB=0.00796755;REVB=0.0303424;RO=25;SAF=1;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384612;STB=0.798802;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0421604;OID=.;OPOS=133038745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:33:34:25:27:5:5:0.147059:4:1:13:12:4:1:15:12 chr2 133038886 . A G 471.33 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397632;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3111;QD=58.9163;RBI=0.0562536;REFB=0;REVB=-0.0561129;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386603;OID=.;OPOS=133038886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr2 133038925 . A G 38.17 PASS AF=0.142857;AO=5;DP=50;FAO=7;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0436644;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9759;QD=3.11574;RBI=0.0534883;REFB=-0.0338251;REVB=0.0308936;RO=34;SAF=3;SAR=2;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140492;STB=0.57026;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0802047;OID=.;OPOS=133038925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:50:49:34:42:5:7:0.142857:2:3:20:14:2:5:27:15 chr2 133038946 . C T 32.98 PASS AF=0.112903;AO=6;DP=61;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.00535749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.956;QD=2.12793;RBI=0.0301436;REFB=-0.000439282;REVB=0.0296637;RO=54;SAF=3;SAR=3;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195402;STB=0.707443;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00661966;OID=.;OPOS=133038946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:61:62:54:55:6:7:0.112903:3:3:36:18:4:3:37:18 chr2 133039014 . A G 210.86 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0003148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.01;QD=9.92272;RBI=0.00756889;REFB=-0.00289777;REVB=-0.00756234;RO=58;SAF=4;SAR=23;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545151;STB=0.82272;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00771684;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:23:4:34:24:23:4:34:24 chr2 133039018 . T A 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.00273446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8128;QD=1.61384;RBI=0.0150546;REFB=0.00197826;REVB=0.0148042;RO=74;SAF=2;SAR=6;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266023;STB=0.710989;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00735856;OID=.;OPOS=133039018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:6:2:35:39:6:2:35:39 chr2 133039048 . A G 244.29 PASS AF=0.367816;AO=25;DP=80;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0128929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.491;QD=11.2318;RBI=0.0147144;REFB=-0.0136881;REVB=0.00709129;RO=53;SAF=6;SAR=19;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442883;STB=0.760782;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0244022;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:87:53:55:25:32:0.367816:19:6:33:20:25:7:34:21 chr2 133039061 . A G 175.25 PASS AF=0.27907;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=86;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.026963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.04;QD=8.15114;RBI=0.0277282;REFB=-0.00820979;REVB=0.00646883;RO=62;SAF=4;SAR=20;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58115;STB=0.845586;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00769631;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:62:62:24:24:0.27907:20:4:41:21:20:4:41:21 chr2 133039063 . T C 166.07 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.00707181;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5737;QD=7.81522;RBI=0.0166891;REFB=-0.00296464;REVB=-0.0151167;RO=60;SAF=4;SAR=19;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575568;STB=0.842079;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00900058;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:60:62:23:23:0.270588:19:4:40:20:19:4:41:21 chr2 133039074 . AT GC 178.44 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0175657;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.915;QD=8.81185;RBI=0.0175661;REFB=-0.00933012;REVB=-0.000125446;RO=56;SAF=4;SAR=20;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562499;STB=0.836456;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00988059;OID=.;OPOS=133039074;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:57:24:24:0.296296:20:4:36:20:20:4:37:20 chr2 133039082 . CC AT 44.38 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.017883;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=2;MLLD=311.352;QD=2.01745;RBI=0.0180011;REFB=-1.64342e-05;REVB=-0.00205872;RO=77;SAF=4;SAR=6;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127883;STB=0.5998;STBP=0.532;TYPE=mnp;VARB=0.000208358;OID=.;OPOS=133039082;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:89:88:77:78:10:10:0.113636:6:4:39:38:6:4:40:38 chr2 133039087 . A G 109.46 PASS AF=0.209877;AO=16;DP=80;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.00103388;FXX=0.0581328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.326;QD=5.40551;RBI=0.0164118;REFB=-0.0015176;REVB=-0.0163792;RO=60;SAF=0;SAR=16;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.789667;STB=0.944641;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00791996;OID=.;OPOS=133039087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:60:64:16:17:0.209877:16:0:38:22:16:1:41:23 chr2 133039090 . T C 283.23 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.00601242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.627;QD=12.588;RBI=0.00615731;REFB=-0.0136894;REVB=-0.00132791;RO=57;SAF=14;SAR=19;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244279;STB=0.639522;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0188278;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:19:14:37:20:19:14:37:20 chr2 133039101 . A G 99.0 PASS AF=0.180851;AO=17;DP=94;FAO=17;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=0.0227597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4798;QD=4.21283;RBI=0.0354635;REFB=-0.0103259;REVB=0.0271967;RO=77;SAF=6;SAR=11;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361211;STB=0.729611;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0559022;OID=.;OPOS=133039101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:77:77:17:17:0.180851:11:6:50:27:11:6:50:27 chr2 133039105 . T C 81.49 PASS AF=0.16129;AO=15;DP=93;FAO=15;FDP=93;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.0210306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0334;QD=3.50482;RBI=0.0248693;REFB=0.000621012;REVB=0.0132739;RO=78;SAF=6;SAR=9;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28122;STB=0.684418;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0025611;OID=.;OPOS=133039105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:93:93:78:78:15:15:0.16129:9:6:49:29:9:6:49:29 chr2 133039135 . G T 33.28 PASS AF=0.0841121;AO=8;DP=106;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=0.0106059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.252;QD=1.244;RBI=0.0180614;REFB=-0.00586787;REVB=-0.0146195;RO=96;SAF=6;SAR=2;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174805;STB=0.684518;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0466987;OID=.;OPOS=133039135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:106:107:96:98:8:9:0.0841121:2:6:58:38:2:7:59:39 chr2 133039137 . A G 38.96 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=59;FSRR=37;FWDB=0.0988474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9225;QD=1.47021;RBI=0.112694;REFB=0.00530912;REVB=-0.054122;RO=93;SAF=8;SAR=2;SRF=57;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249464;STB=0.699111;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0576414;OID=.;OPOS=133039137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:106:106:93:96:10:10:0.0943396:2:8:57:36:2:8:59:37 chr2 133039143 . C T 286.32 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.0149357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0673;QD=10.4117;RBI=0.0572842;REFB=-0.0112623;REVB=0.0553029;RO=73;SAF=25;SAR=12;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915427;STB=0.553128;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0185425;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:73:73:37:37:0.336364:12:25:44:29:12:25:44:29 chr2 133039156 . TG CA,CG 548.39 PASS AF=0.325,0.175;AO=39,21;DP=119;FAO=39,21;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=27,19;FSAR=12,2;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0270752,-0.0269085;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=181.466,149.141;QD=18.2797;RBI=0.0271514,0.0300418;REFB=-0.00467564,0.00633818;REVB=0.00203291,-0.0133583;RO=58;SAF=27,19;SAR=12,2;SRF=32;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.160987,0.542228;STB=0.593859,0.840834;STBP=0.133,0.002;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00311325,-0.00317335;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:58:60:39,21:39,21:0.325,0.175:12,2:27,19:32:26:12,2:27,19:33:27 chr2 133039164 . C T 343.27 PASS AF=0.34127;AO=43;DP=126;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=28;FWDB=0.0264969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.081;QD=10.8974;RBI=0.0302933;REFB=-0.0104866;REVB=0.0146831;RO=83;SAF=27;SAR=16;SRF=55;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431356;STB=0.524789;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0202555;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:83:83:43:43:0.34127:16:27:55:28:16:27:55:28 chr2 133039166 . T C 98.46 PASS AF=0.15625;AO=19;DP=127;FAO=20;FDP=128;FR=.;FRO=108;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=66;FSRR=42;FWDB=-0.0506726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7748;QD=3.07677;RBI=0.100386;REFB=0.00429832;REVB=-0.0866584;RO=107;SAF=18;SAR=1;SRF=66;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557052;STB=0.82461;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0386224;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:127:128:107:108:19:20:0.15625:1:18:66:41:2:18:66:42 chr2 133039171 . C G 91.77 PASS AF=0.146154;AO=19;DP=130;FAO=19;FDP=130;FR=.;FRO=111;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=66;FSRR=45;FWDB=-0.0112556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.776;QD=2.82367;RBI=0.014763;REFB=-0.00713659;REVB=-0.00955287;RO=111;SAF=17;SAR=2;SRF=66;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462532;STB=0.827572;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0211998;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:130:130:111:111:19:19:0.146154:2:17:66:45:2:17:66:45 chr2 133039176 . A G 95.47 PASS AF=0.152672;AO=18;DP=130;FAO=20;FDP=131;FR=.;FRO=111;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=66;FSRR=45;FWDB=0.00173831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.686;QD=2.91516;RBI=0.0101435;REFB=-0.00478865;REVB=-0.00999343;RO=110;SAF=16;SAR=2;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450876;STB=0.765893;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.019865;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:130:131:110:111:18:20:0.152672:2:16:65:45:3:17:66:45 chr2 133039199 . AC TG 49.87 PASS AF=0.1;AO=13;DP=132;FAO=13;FDP=130;FR=.;FRO=117;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=66;FSRR=51;FWDB=0.015062;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.145;QD=1.53461;RBI=0.0151693;REFB=-0.00155742;REVB=0.00180058;RO=116;SAF=12;SAR=1;SRF=66;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484618;STB=0.888199;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=0.0509133;OID=.;OPOS=133039199;OREF=AC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:132:130:116:117:13:13:0.1:1:12:66:50:1:12:66:51 chr2 133039221 . C T 449.61 PASS AF=0.414634;AO=50;DP=120;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.0235553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6526;QD=14.6215;RBI=0.0236521;REFB=0.00850936;REVB=-0.00213798;RO=69;SAF=28;SAR=22;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979905;STB=0.550887;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0142905;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:69:72:50:51:0.414634:22:28:45:24:22:29:47:25 chr2 133039222 . G A 187.49 PASS AF=0.239669;AO=29;DP=121;FAO=29;FDP=121;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=28;FWDB=-0.0181925;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.765;QD=6.19799;RBI=0.0184776;REFB=0.000845678;REVB=-0.00323346;RO=92;SAF=10;SAR=19;SRF=64;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418046;STB=0.749314;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0025688;OID=.;OPOS=133039222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:92:92:29:29:0.239669:19:10:64:28:19:10:64:28 chr2 133174764 . C T 626.16 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=107;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.000785344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9239;QD=23.4078;RBI=0.0310385;REFB=-0.0134054;REVB=0.0310286;RO=46;SAF=29;SAR=32;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839288;STB=0.545804;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0194466;OID=.;OPOS=133174764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:46:61:61:0.570093:32:29:17:29:32:29:17:29 chr2 133174999 . A G 718.2 PASS AF=0.486301;AO=69;DP=144;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.00435224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.509;QD=19.6767;RBI=0.0158752;REFB=-0.0189264;REVB=-0.0152669;RO=75;SAF=40;SAR=29;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16849;STB=0.58347;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0150258;OID=.;OPOS=133174999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:75:75:69:71:0.486301:29:40:30:45:31:40:30:45 chr2 133281214 . A G 482.91 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0326071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.721;QD=18.5733;RBI=0.0338641;REFB=-0.00664511;REVB=-0.00914072;RO=52;SAF=31;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652265;STB=0.531969;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0084827;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:53:51:51:0.490385:20:31:28:24:20:31:29:24 chr2 133489601 . A G 1307.29 PASS AF=0.534188;AO=125;DP=234;FAO=125;FDP=234;FR=.;FRO=109;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.00863225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.894;QD=22.3468;RBI=0.0266126;REFB=-0.0247464;REVB=0.0251737;RO=109;SAF=51;SAR=74;SRF=50;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443736;STB=0.52423;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0162502;OID=.;OPOS=133489601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:109:109:125:125:0.534188:74:51:50:59:74:51:50:59 chr2 133539566 . G A 913.48 PASS AF=0.408163;AO=100;DP=246;FAO=100;FDP=245;FR=.;FRO=145;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=69;FSRR=76;FWDB=0.0034884;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.541;QD=14.9139;RBI=0.00504174;REFB=-0.0118967;REVB=0.00364009;RO=145;SAF=45;SAR=55;SRF=69;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275277;STB=0.51541;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0187855;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:145:145:100:100:0.408163:55:45:69:76:55:45:69:76 chr2 133541107 . T A 530.04 PASS AF=0.328571;AO=69;DP=210;FAO=69;FDP=210;FR=.;FRO=141;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=72;FSRR=69;FWDB=0.0102102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.718;QD=10.0961;RBI=0.0102123;REFB=-0.0216369;REVB=-0.000203087;RO=136;SAF=21;SAR=48;SRF=72;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269176;STB=0.64495;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0462556;OID=.;OPOS=133541107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:136:141:69:69:0.328571:48:21:72:64:48:21:72:69 chr2 133541444 . T C 1636.23 PASS AF=0.423168;AO=179;DP=423;FAO=179;FDP=423;FR=.;FRO=244;FSAF=86;FSAR=93;FSRF=115;FSRR=129;FWDB=0.00312502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.91;QD=15.4726;RBI=0.0117544;REFB=0.00265066;REVB=-0.0113314;RO=242;SAF=86;SAR=93;SRF=113;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139993;STB=0.505279;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00390421;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:423:242:244:179:179:0.423168:93:86:113:129:93:86:115:129 chr2 133541454 . A G 1548.4 PASS AF=0.415459;AO=169;DP=412;FAO=172;FDP=414;FR=.;FRO=242;FSAF=81;FSAR=91;FSRF=119;FSRR=123;FWDB=0.00826035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.442;QD=14.9604;RBI=0.0124237;REFB=0.00600141;REVB=-0.00927985;RO=240;SAF=81;SAR=88;SRF=118;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130426;STB=0.512184;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00832095;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:412:414:240:242:169:172:0.415459:88:81:118:122:91:81:119:123 chr2 133542014 . T C 616.99 PASS AF=0.441558;AO=66;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0388809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4966;QD=16.0257;RBI=0.0471126;REFB=-0.0166882;REVB=0.0266059;RO=86;SAF=38;SAR=28;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135638;STB=0.565198;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0165125;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:86:86:66:68:0.441558:28:38:38:48:30:38:38:48 chr2 133542574 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00305877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.815;QD=15.1963;RBI=0.0051563;REFB=-0.0136786;REVB=-0.00415106;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.02236;OID=.;OPOS=133542574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:13:13:9:9:13:13 chr2 133554288 . A G 492.23 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0742482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4037;QD=22.6314;RBI=0.0747919;REFB=0.00148475;REVB=-0.00900153;RO=40;SAF=21;SAR=26;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023736;STB=0.513068;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.000438869;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:26:21:19:21:26:21:19:21 chr2 134148851 . G A 1046.48 PASS AF=0.514706;AO=105;DP=204;FAO=105;FDP=204;FR=.;FRO=99;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=0.0382281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0359;QD=20.5192;RBI=0.0468147;REFB=0.0205894;REVB=0.0270227;RO=98;SAF=51;SAR=54;SRF=37;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957941;STB=0.549611;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0192607;OID=.;OPOS=134148851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:98:99:105:105:0.514706:54:51:37:61:54:51:38:61 chr2 134884697 . G C 1415.26 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.59;QD=62.9004;RBI=0.0663317;REFB=0;REVB=0.0451709;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320993;OID=.;OPOS=134884697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr2 135710322 . A G 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6545;QD=57.8823;RBI=0.144868;REFB=0;REVB=-0.0702129;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054589;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr2 135711515 . A AT 56.72 PASS AF=1;AO=2;DP=17;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449482;FXX=0.499688;HRUN=0;LEN=1;MLLD=90.9974;QD=28.3599;RBI=0.0648852;REFB=0;REVB=0.0467947;RO=14;SAF=2;SAR=0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.01694;OID=.;OPOS=135711516;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:17:8:8:0:1:7:0:0:4:14:2:0:6:8 chr2 135711516 . C A,T 185.21 PASS AF=0.125,0.875;AO=2,13;DP=15;FAO=2,14;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588735,0.0300452;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.958,94.0416;QD=46.3023;RBI=0.00708737,0.0436401;REFB=0,0;REVB=-0.00394587,0.0316504;RO=0;SAF=2,5;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.142574,-0.0308021;OID=.,.;OPOS=135711516,135711516;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:15:16:0:0:2,13:2,14:0.125,0.875:0,8:2,5:0:0:0,8:2,6:0:0 chr2 135711657 . G A 974.49 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.949;QD=59.0598;RBI=0.0365775;REFB=0;REVB=0.00822698;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40678e-05;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:35:28:0:0:36:30:0:0 chr2 135893372 . A G 902.58 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.182;QD=58.2309;RBI=0.0429996;REFB=0;REVB=0.0192905;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26155e-05;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:46:16:0:0:46:16:0:0 chr2 135911422 . T C 1498.78 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387766;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.7554;QD=59.9513;RBI=0.0722681;REFB=0;REVB=0.060984;RO=0;SAF=36;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439133;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:64:36:0:0:64:36:0:0 chr2 136393658 . A G 1555.97 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.832;QD=59.8449;RBI=0.0277446;REFB=0;REVB=0.00228128;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75304e-05;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:57:45:0:0:57:47:0:0 chr2 136396300 . T C 1641.85 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.671;QD=60.2514;RBI=0.0175054;REFB=0;REVB=0.00990651;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83219e-05;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:56:53:0:0:56:53:0:0 chr2 136407479 . A G 2343.0 PASS AF=1;AO=153;DP=156;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404275;FXX=0.0254761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.024;QD=61.2548;RBI=0.00456657;REFB=0;REVB=-0.00212363;RO=0;SAF=93;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93837e-05;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:153:0:0:153:153:1:60:93:0:0:60:93:0:0 chr2 136481621 . ACCCCCA ACCCCA,ACCCCCAC 62.3 PASS AF=0.00543478,0.184783;AO=24,30;DP=188;FAO=1,34;FDP=184;FR=.;FRO=149;FSAF=1,15;FSAR=0,19;FSRF=58;FSRR=91;FWDB=-0.291286,-0.0491209;FXX=0.0160419;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=14.1254,106.011;QD=1.35436;RBI=0.342748,0.0497863;REFB=-0.0152384,-0.00248576;REVB=0.180634,-0.00811261;RO=104;SAF=22,9;SAR=2,21;SRF=40;SRR=64;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.663966,-0.118741;STB=0.992257,0.543274;STBP=0.25,0.608;TYPE=del,ins;VARB=0.0325828,0.152981;OID=.,.;OPOS=136481622,136481628;OREF=C,-;OALT=-,C;OMAPALT=ACCCCA,ACCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00543478,0.184783:24,30:188:1,34:184:149:1,15:0,19:58:91:58:104:22,9:2,21:40:64 chr2 136546110 . A G 2308.02 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.297;QD=60.7373;RBI=0.0364616;REFB=0;REVB=-0.000882782;RO=0;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27726e-05;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:77:74:0:0:78:74:0:0 chr2 136555659 . T C 2183.65 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=143;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0324028;FXX=0.0209776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.509;QD=62.3899;RBI=0.0454273;REFB=-0.00984972;REVB=0.0318386;RO=1;SAF=73;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714941;STB=0.503759;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000250286;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:140:1:1:139:139:0.992857:66:73:0:1:66:73:0:1 chr2 136561557 . G A 3085.91 PASS AF=1;AO=191;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.803;QD=63.3007;RBI=0.0133619;REFB=0;REVB=-0.000167246;RO=0;SAF=99;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450207;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:195:0:0:191:195:1:92:99:0:0:95:100:0:0 chr2 136575199 . G T 594.74 PASS AF=0.842105;AO=48;DP=57;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0172128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.35;QD=41.7363;RBI=0.085474;REFB=-0.0936811;REVB=0.0837229;RO=9;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195252;STB=0.604607;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00167904;OID=.;OPOS=136575199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:57:57:9:9:48:48:0.842105:17:31:0:9:17:31:0:9 chr2 136575534 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.815;QD=39.2063;RBI=0.0319408;REFB=0;REVB=0.027233;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623133;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr2 136594158 . G A 2742.5 PASS AF=0.988827;AO=177;DP=180;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0240246;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.939;QD=61.2848;RBI=0.0372975;REFB=-0.0297049;REVB=0.0285293;RO=2;SAF=88;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105761;STB=0.505555;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=7.08054e-05;OID=.;OPOS=136594158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:180:179:2:2:177:177:0.988827:89:88:0:2:89:88:0:2 chr2 138237038 . C T 2299.75 PASS AF=0.987097;AO=155;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0613388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1818;QD=59.3485;RBI=0.0728629;REFB=0.0285225;REVB=-0.0393263;RO=0;SAF=72;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53001e-08;STB=0.507041;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00058945;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:155:0:2:155:153:0.987097:83:72:0:0:83:70:2:0 chr2 138759649 . C T 400.75 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0153382;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6761;QD=13.2479;RBI=0.0257485;REFB=0.00131391;REVB=-0.0206815;RO=73;SAF=21;SAR=26;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646639;STB=0.53266;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00254005;OID=.;OPOS=138759649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:73:74:47:47:0.38843:26:21:37:36:26:21:37:37 chr2 138773229 . G A 559.69 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.000115543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.397;QD=19.1346;RBI=0.0417364;REFB=0.0178974;REVB=-0.0417363;RO=58;SAF=21;SAR=37;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113901;STB=0.567983;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0223768;OID=.;OPOS=138773229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:59:58:58:0.495726:37:21:28:30:37:21:29:30 chr2 139045852 . A G 471.72 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00689387;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.702;QD=17.311;RBI=0.00742109;REFB=-0.0304017;REVB=0.00274721;RO=58;SAF=23;SAR=28;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193009;STB=0.510735;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0320015;OID=.;OPOS=139045852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:28:23:25:33:28:23:25:33 chr2 139045972 . T C 1540.1 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1519;QD=59.8098;RBI=0.0489766;REFB=0;REVB=0.0447917;RO=0;SAF=60;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276842;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:42:60:0:0:42:61:0:0 chr2 139326879 . G C 1680.65 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091618;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.185;QD=60.5639;RBI=0.0453636;REFB=0;REVB=-0.0444288;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36468e-05;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:52:59:0:0:52:59:0:0 chr2 139429068 . G A 953.6 PASS AF=0.471698;AO=100;DP=211;FAO=100;FDP=212;FR=.;FRO=112;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=-0.00792765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.636;QD=17.9925;RBI=0.0125822;REFB=-0.0111437;REVB=0.00977061;RO=111;SAF=43;SAR=57;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236336;STB=0.50077;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0102858;OID=.;OPOS=139429068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:111:112:100:100:0.471698:57:43:48:63:57:43:48:64 chr2 139621319 . A ATCT 359.18 PASS AF=0.354839;AO=44;DP=130;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00207822;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=3;MLLD=227.622;QD=11.5864;RBI=0.00910088;REFB=-0.0128286;REVB=-0.00886041;RO=83;SAF=19;SAR=25;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299786;STB=0.52005;STBP=0.754;TYPE=ins;VARB=0.0192599;OID=.;OPOS=139621320;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:44:130:44:124:80:19:25:37:43:99:83:19:25:38:45 chr2 139621326 . G A 440.49 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0394974;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0446;QD=14.4422;RBI=0.0558981;REFB=-0.00706646;REVB=-0.0395544;RO=72;SAF=20;SAR=30;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773157;STB=0.543607;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00890814;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:72:72:50:50:0.409836:30:20:34:38:30:20:34:38 chr2 140979107 . C T 3201.49 PASS AF=0.93133;AO=216;DP=231;FAO=217;FDP=233;FR=.;FRO=16;FSAF=109;FSAR=108;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0147938;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.865;QD=54.9612;RBI=0.0200562;REFB=-0.028845;REVB=-0.0135423;RO=13;SAF=108;SAR=108;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207556;STB=0.513031;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000795148;OID=.;OPOS=140979107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:231:233:13:16:216:217:0.93133:108:108:4:9:108:109:5:11 chr2 141274576 . T C 1403.99 PASS AF=0.952381;AO=98;DP=105;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.051799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.986;QD=53.4852;RBI=0.0522237;REFB=-0.068629;REVB=0.00664664;RO=2;SAF=49;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51382;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000446004;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:105:105:2:5:98:100:0.952381:49:49:1:1:49:51:4:1 chr2 141457985 . T A 332.72 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=0.0276016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.007;QD=11.8829;RBI=0.0319568;REFB=-0.012589;REVB=0.0161055;RO=66;SAF=11;SAR=30;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10401;STB=0.543109;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0212109;OID=.;OPOS=141457985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:71:41:41:0.366071:30:11:23:43:30:11:23:48 chr2 141571329 . T C 1882.8 PASS AF=1;AO=117;DP=120;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.792;QD=60.7354;RBI=0.0462019;REFB=-0.0506022;REVB=0.0409218;RO=1;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940386;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63507e-05;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:120:124:1:0:117:124:1:50:67:0:1:54:70:0:0 chr2 141707868 . G T 1654.73 PASS AF=0.533113;AO=160;DP=303;FAO=161;FDP=302;FR=.;FRO=141;FSAF=87;FSAR=74;FSRF=81;FSRR=60;FWDB=-0.0242984;FXX=0.00657873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.976;QD=21.917;RBI=0.025797;REFB=-0.0234433;REVB=-0.00866437;RO=139;SAF=87;SAR=73;SRF=80;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027403;STB=0.516063;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0193543;OID=.;OPOS=141707868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:302:139:141:160:161:0.533113:73:87:80:59:74:87:81:60 chr2 141751592 . G A 2274.24 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.494;QD=63.615;RBI=0.0509621;REFB=0;REVB=0.035891;RO=0;SAF=80;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70661e-07;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:63:80:0:0:63:80:0:0 chr2 141816621 . A G 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.273;QD=62.0194;RBI=0.0389384;REFB=-0.05099;REVB=0.0258928;RO=1;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886206;STB=0.504672;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000166381;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:53:40:0:1:53:40:0:1 chr2 143849094 . G A 1558.55 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0644787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0631;QD=57.7239;RBI=0.0650897;REFB=0.00526667;REVB=0.00889734;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510415;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000266275;OID=.;OPOS=143849094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:0:2:106:106:0.981481:59:47:0:0:59:47:2:0 chr2 144899559 . C A 2267.37 PASS AF=0.986928;AO=150;DP=153;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=98;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0325098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4347;QD=59.2778;RBI=0.0487653;REFB=0.0109311;REVB=-0.0363479;RO=3;SAF=53;SAR=97;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127296;STB=0.509258;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.000350051;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:153:3:2:150:151:0.986928:97:53:2:1:98:53:2:0 chr2 145146086 . TT AA,AT 34.49 PASS AF=0,0.15;AO=7,17;DP=53;FAO=0,9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=0,2;FSAR=0,7;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.0412744,-0.0497902;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=31.8011,18.6209;QD=2.29946;RBI=0.0570338,0.06189;REFB=-0.0325817,-0.0203447;REVB=-0.0393609,-0.0367602;RO=29;SAF=0,1;SAR=7,16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.67532,-0.569996;STB=0.5,0.538373;STBP=1,0.865;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0897068;OID=.,.;OPOS=145146086,145146086;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:53:60:29:51:7,17:0,9:0,0.15:7,16:0,1:11:18:0,7:0,2:13:38 chr2 148657117 . G A 1768.11 PASS AF=0.96748;AO=117;DP=121;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=85;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0201491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.503;QD=57.4997;RBI=0.020796;REFB=-0.0544004;REVB=0.00514661;RO=3;SAF=33;SAR=84;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412308;STB=0.518204;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000903319;OID=.;OPOS=148657117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:121:123:3:4:117:119:0.96748:84:33:3:0:85:34:3:1 chr2 148716428 . T C 1147.45 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00938542;FXX=0.0253133;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.241;QD=59.6076;RBI=0.0149944;REFB=0.0922512;REVB=0.0116939;RO=1;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101772;STB=0.505375;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000593666;OID=.;OPOS=148716428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:46:30:0:1:46:30:0:1 chr2 149520349 . A G 113.21 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-9.44031e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.553;QD=6.75893;RBI=0.00278936;REFB=-0.0064651;REVB=-0.00278776;RO=49;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00146175;STB=0.507927;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0198766;OID=.;OPOS=149520349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:50:17:17:0.253731:9:8:23:26:9:8:23:27 chr2 150432976 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.796;QD=63.583;RBI=0.0187204;REFB=0;REVB=0.0183326;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81616e-05;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr2 151219315 . C T 2553.98 PASS AF=0.971264;AO=169;DP=174;FAO=169;FDP=174;FR=.;FRO=5;FSAF=93;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0475846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.999;QD=58.7123;RBI=0.0601557;REFB=-0.223804;REVB=0.0368024;RO=2;SAF=93;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123581;STB=0.510147;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00220217;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:174:174:2:5:169:169:0.971264:76:93:0:2:76:93:1:4 chr2 152117957 . T C 1220.78 PASS AF=0.494071;AO=123;DP=252;FAO=125;FDP=253;FR=.;FRO=128;FSAF=86;FSAR=39;FSRF=72;FSRR=56;FWDB=0.000821832;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.07;QD=19.3009;RBI=0.0122918;REFB=-0.0263839;REVB=-0.0122643;RO=124;SAF=86;SAR=37;SRF=71;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129359;STB=0.570041;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0259056;OID=.;OPOS=152117957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:253:124:128:123:125:0.494071:37:86:71:53:39:86:72:56 chr2 152118271 . G A 1876.04 PASS AF=0.420945;AO=205;DP=487;FAO=205;FDP=487;FR=.;FRO=282;FSAF=99;FSAR=106;FSRF=110;FSRR=172;FWDB=-0.00238171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.861;QD=15.409;RBI=0.0024012;REFB=-0.0187342;REVB=-0.00030538;RO=272;SAF=99;SAR=106;SRF=103;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10789;STB=0.554025;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0191359;OID=.;OPOS=152118271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:487:487:272:282:205:205:0.420945:106:99:103:169:106:99:110:172 chr2 152118275 . A G 1789.87 PASS AF=0.415449;AO=198;DP=469;FAO=199;FDP=479;FR=.;FRO=280;FSAF=96;FSAR=103;FSRF=109;FSRR=171;FWDB=-0.0584917;FXX=0.00415792;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8054;QD=14.9467;RBI=0.0770063;REFB=-0.00247225;REVB=-0.0500868;RO=271;SAF=95;SAR=103;SRF=103;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104501;STB=0.554709;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00294266;OID=.;OPOS=152118275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:469:479:271:280:198:199:0.415449:103:95:103:168:103:96:109:171 chr2 152138522 . T C 398.95 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00932122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.307;QD=20.9973;RBI=0.0223506;REFB=-0.00314138;REVB=-0.0203141;RO=36;SAF=15;SAR=25;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18056;STB=0.599949;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00393678;OID=.;OPOS=152138522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:25:15:21:15:25:15:21:15 chr2 152139416 . G A 1766.24 PASS AF=0.473822;AO=173;DP=374;FAO=181;FDP=382;FR=.;FRO=201;FSAF=96;FSAR=85;FSRF=98;FSRR=103;FWDB=0.0198431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.227;QD=18.4947;RBI=0.0485137;REFB=-0.012565;REVB=0.04427;RO=197;SAF=96;SAR=77;SRF=98;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557997;STB=0.522552;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.012641;OID=.;OPOS=152139416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:382:197:201:173:181:0.473822:77:96:98:99:85:96:98:103 chr2 152228757 . A G 384.85 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0040352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.192;QD=15.394;RBI=0.0132496;REFB=-0.00748869;REVB=-0.0126202;RO=59;SAF=14;SAR=27;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145899;STB=0.582692;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0111652;OID=.;OPOS=152228757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:27:14:28:31:27:14:28:31 chr2 152236045 . TAAAAAAAAAAAAAAG TAAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAGAAA,TAAAAAAAAAAGAAAG,TAAAAAAAAGAAAAAG,TAATAAAAAAAAAAAG 396.1 PASS AF=0.235294,0.333333,0.313725,0,0.0588235,0.0588235;AO=11,10,2,2,2,3;DP=53;FAO=12,17,16,0,3,3;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,16,0,3,0;FSAR=12,16,0,0,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.215652,-0.0867145,-0.0417278,-0.0446985,-0.026398,-0.0125336;FXX=0.0727141;HRUN=14,14,14,14,14,14;LEN=2,3,4,1,1,1;MLLD=5.71831,10.9214,166.345,151.954,139.401,82.1385;QD=31.0666;RBI=0.277241,0.11394,0.0469864,0.0502638,0.0395289,0.0702309;REFB=0,0,0,0,0,0;REVB=-0.174232,-0.0739115,-0.021599,-0.0229889,-0.0294224,-0.0691035;RO=0;SAF=0,0,2,2,2,0;SAR=11,10,0,0,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp,snp,snp;VARB=-0.258842,0.111668,-0.0206774,0,0.02654,0.0775554;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=152236046,152236046,152236057,152236056,152236054,152236048;OREF=AA,AAA,AAAG,A,A,A;OALT=-,-,GAAA,G,G,T;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAGAAA,TAAAAAAAAAAGAAAG,TAAAAAAAAGAAAAAG,TAATAAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.235294,0.333333,0.313725,0,0.0588235,0.0588235:11,10,2,2,2,3:53:12,17,16,0,3,3:51:0:0,1,16,0,3,0:12,16,0,0,0,3:0:0:79:0:0,0,2,2,2,0:11,10,0,0,0,3:0:0 chr2 152266473 . T C 969.98 PASS AF=0.510753;AO=91;DP=185;FAO=95;FDP=186;FR=.;FRO=91;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.0112928;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.216;QD=20.8597;RBI=0.0188091;REFB=-0.0214067;REVB=0.0150418;RO=87;SAF=46;SAR=45;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100091;STB=0.505722;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.021163;OID=.;OPOS=152266473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:87:91:91:95:0.510753:45:46:43:44:49:46:43:48 chr2 152311570 . G A 447.26 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00670758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.574;QD=18.4436;RBI=0.0121455;REFB=-0.00841011;REVB=-0.0101253;RO=52;SAF=19;SAR=26;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181556;STB=0.510123;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0102165;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:26:19:21:31:26:19:21:31 chr2 152319866 . GAAAAAAT AGAAAAAT,GAAAAAT,GAAAAATA 39.53 PASS AF=0,0.185185,0.0185185;AO=2,17,4;DP=55;FAO=0,10,1;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=0,4,1;FSAR=0,6,0;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0128854,-0.0566906,-0.0330292;FXX=0.0181785;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=99.0179,8.12805,23.8484;QD=2.92806;RBI=0.0920102,0.0669036,0.117978;REFB=-0.0189011,-0.121113,-0.0646979;REVB=-0.0911034,0.0355284,-0.11326;RO=24;SAF=0,9,1;SAR=2,8,3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.588235,0;SSSB=-0.470037,0.0718897,-0.249693;STB=0.5,0.503929,0.991939;STBP=1,0.984,0.268;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0830311,0.140144,0.0686913;OID=.,.,.;OPOS=152319866,152319867,152319872;OREF=GA,A,AT;OALT=AG,-,TA;OMAPALT=AGAAAAAT,GAAAAAT,GAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:55:54:24:43:2,17,4:0,10,1:0,0.185185,0.0185185:2,8,3:0,9,1:11:13:0,6,0:0,4,1:17:26 chr2 152320118 . G A 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.00776641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.395;QD=12.0972;RBI=0.008167;REFB=-0.021951;REVB=0.00252643;RO=46;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293918;STB=0.667541;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0212986;OID=.;OPOS=152320118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:12:15:13:33:12:15:13:33 chr2 152331418 . C G 194.46 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00786058;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.458;QD=10.2346;RBI=0.0083989;REFB=0.00274447;REVB=0.00295853;RO=51;SAF=10;SAR=15;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170872;STB=0.59992;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00379079;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:51:51:25:25:0.328947:15:10:28:23:15:10:28:23 chr2 152346979 . T C 1039.41 PASS AF=0.517413;AO=102;DP=200;FAO=104;FDP=201;FR=.;FRO=97;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.0164273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.756;QD=20.6848;RBI=0.0164723;REFB=-0.0119886;REVB=0.00121671;RO=97;SAF=48;SAR=54;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243851;STB=0.513506;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00945169;OID=.;OPOS=152346979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:97:97:102:104:0.517413:54:48:43:54:55:49:43:54 chr2 152352843 . C G 1331.93 PASS AF=0.465986;AO=137;DP=294;FAO=137;FDP=294;FR=.;FRO=157;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=71;FSRR=86;FWDB=-0.0154072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.977;QD=18.1215;RBI=0.0238434;REFB=-0.00184869;REVB=-0.0181968;RO=156;SAF=71;SAR=66;SRF=70;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670381;STB=0.535206;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00168725;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:156:157:137:137:0.465986:66:71:70:86:66:71:71:86 chr2 152382523 . T C 2119.44 PASS AF=0.515152;AO=204;DP=398;FAO=204;FDP=396;FR=.;FRO=192;FSAF=108;FSAR=96;FSRF=88;FSRR=104;FWDB=0.0102247;FXX=0.00751861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.24;QD=21.4085;RBI=0.0118837;REFB=-0.0038426;REVB=-0.00605637;RO=191;SAF=108;SAR=96;SRF=88;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607957;STB=0.534438;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00347552;OID=.;OPOS=152382523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:396:191:192:204:204:0.515152:96:108:88:103:96:108:88:104 chr2 152387553 . T C 1295.78 PASS AF=0.419643;AO=141;DP=337;FAO=141;FDP=336;FR=.;FRO=195;FSAF=56;FSAR=85;FSRF=85;FSRR=110;FWDB=0.000917798;FXX=0.00591698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.379;QD=15.4259;RBI=0.00226222;REFB=1.7223e-05;REVB=0.00206768;RO=194;SAF=56;SAR=85;SRF=85;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440127;STB=0.523245;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-8.57447e-05;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:336:194:195:141:141:0.419643:85:56:85:109:85:56:85:110 chr2 152387592 . G A 1172.74 PASS AF=0.422078;AO=130;DP=309;FAO=130;FDP=308;FR=.;FRO=178;FSAF=48;FSAR=82;FSRF=75;FSRR=103;FWDB=-0.027953;FXX=0.00323614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0682;QD=15.2304;RBI=0.0498436;REFB=0.0149561;REVB=0.0412676;RO=176;SAF=48;SAR=82;SRF=73;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497204;STB=0.531789;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0150174;OID=.;OPOS=152387592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:308:176:178:130:130:0.422078:82:48:73:103:82:48:75:103 chr2 152422076 . C G 370.26 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.00483951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2211;QD=17.2212;RBI=0.0130492;REFB=-0.0298005;REVB=-0.0121186;RO=47;SAF=13;SAR=26;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395425;STB=0.522113;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0272265;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:26:13:14:33:26:13:14:33 chr2 152476028 . C G 659.73 PASS AF=0.39267;AO=73;DP=191;FAO=75;FDP=191;FR=.;FRO=116;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=66;FSRR=50;FWDB=-0.0114269;FXX=0.0154631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.899;QD=13.8164;RBI=0.0260632;REFB=-0.0128036;REVB=0.0234247;RO=115;SAF=40;SAR=33;SRF=66;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285196;STB=0.521794;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0203625;OID=.;OPOS=152476028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:115:116:73:75:0.39267:33:40:66:49:35:40:66:50 chr2 152490219 . A G 1502.5 PASS AF=0.534799;AO=142;DP=270;FAO=146;FDP=273;FR=.;FRO=127;FSAF=90;FSAR=56;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=-0.00521928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.136;QD=22.0146;RBI=0.0171183;REFB=-0.0093644;REVB=0.0163032;RO=125;SAF=87;SAR=55;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129962;STB=0.57579;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00681681;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:273:125:127:142:146:0.534799:55:87:58:67:56:90:58:69 chr2 152490458 . A G 4119.31 PASS AF=1;AO=262;DP=263;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.208;QD=62.4138;RBI=0.0204611;REFB=0;REVB=0.017964;RO=0;SAF=114;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82641e-06;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:263:264:0:0:262:264:1:148:114:0:0:150:114:0:0 chr2 152496526 . A G 2368.61 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5786;QD=63.5869;RBI=0.0639107;REFB=0;REVB=-0.00983196;RO=0;SAF=73;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44876e-05;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:146:149:1:73:73:0:0:75:74:0:0 chr2 152511874 . A C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0725691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3663;QD=13.2304;RBI=0.0805919;REFB=0.00062446;REVB=0.035054;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181259;STB=0.606172;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00257446;OID=.;OPOS=152511874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:6:11:14:15:6:11:14:15 chr2 152518847 . G A 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0771502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.838;QD=16.9852;RBI=0.0771564;REFB=0.00512674;REVB=0.000971338;RO=43;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429007;STB=0.524066;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00676548;OID=.;OPOS=152518847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:20:16:21:22:20:16:21:22 chr2 152521096 . C T 1457.36 PASS AF=0.989362;AO=94;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0615919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1461;QD=62.0152;RBI=0.0657282;REFB=0.0252129;REVB=0.0229484;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00347587;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:94:93:0.989362:51:43:0:0:51:42:1:0 chr2 152527608 . C T 3940.85 PASS AF=1;AO=254;DP=256;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249812;FXX=0.0077818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.072;QD=61.8173;RBI=0.0251989;REFB=-0.0756721;REVB=-0.00330488;RO=1;SAF=109;SAR=145;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435341;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607704;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:256:255:1:0:254:255:1:145:109:1:0:145:110:0:0 chr2 152531077 . A G 1002.45 PASS AF=0.521505;AO=97;DP=186;FAO=97;FDP=186;FR=.;FRO=89;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.0112519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.116;QD=21.5581;RBI=0.0129047;REFB=-0.00899374;REVB=-0.0063188;RO=89;SAF=46;SAR=51;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176337;STB=0.509658;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00894729;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:89:89:97:97:0.521505:51:46:44:45:51:46:44:45 chr2 152544903 . T C 790.29 PASS AF=0.512821;AO=80;DP=159;FAO=80;FDP=156;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0122478;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.864;QD=20.2639;RBI=0.030743;REFB=-0.0127497;REVB=0.0281979;RO=75;SAF=25;SAR=55;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735743;STB=0.538034;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0132811;OID=.;OPOS=152544903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:156:75:76:80:80:0.512821:55:25:29:46:55:25:29:47 chr2 152573981 . A G 755.83 PASS AF=0.467836;AO=79;DP=170;FAO=80;FDP=171;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.0138675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.364;QD=17.6803;RBI=0.0138759;REFB=-0.00828946;REVB=-0.000483548;RO=91;SAF=31;SAR=48;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111387;STB=0.564213;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.010816;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:91:91:79:80:0.467836:48:31:46:45:49:31:46:45 chr2 152988610 . C CT,T 1071.23 PASS AF=0.973684,0.0263158;AO=70,3;DP=76;FAO=74,2;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29,2;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114701,-0.0663358;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.0638,12.5395;QD=56.3808;RBI=0.121178,0.0902702;REFB=0,0;REVB=-0.039087,-0.0612231;RO=2;SAF=27,3;SAR=43,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0214826,0.74993;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00617102,0.0647937;OID=.,.;OPOS=152988611,152988610;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:76:76:2:0:70,3:74,2:0.973684,0.0263158:43,0:27,3:0:2:45,0:29,2:0:0 chr2 153004816 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAG 205.64 PASS AF=0.533333,0.244444,0.222222;AO=13,6,7;DP=51;FAO=24,11,10;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3,4;FSAR=14,8,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083896,0.0479169,-0.0597493;FXX=0.117624;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=4.53595,8.62127,182.457;QD=18.2792;RBI=0.170282,0.0860595,0.0598266;REFB=-0.0492468,-0.0422658,-0.0168518;REVB=0.148181,0.0714857,0.00304157;RO=10;SAF=4,0,1;SAR=9,6,6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.159391,-0.748076,-0.425185;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.106715,0.0672598,0.0143561;OID=.,.,.;OPOS=153004817,153004817,153004826;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.533333,0.244444,0.222222:13,6,7:51:24,11,10:45:0:10,3,4:14,8,6:0:0:74:10:4,0,1:9,6,6:5:5 chr2 153378459 . T C 556.0 PASS AF=0.407643;AO=64;DP=157;FAO=64;FDP=157;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.018112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.233;QD=14.1657;RBI=0.0196211;REFB=-0.010762;REVB=-0.00754599;RO=93;SAF=35;SAR=29;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439025;STB=0.524677;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0193129;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:93:93:64:64:0.407643:29:35:47:46:29:35:47:46 chr2 153399253 . GA AG,G 1723.99 PASS AF=0.0733333,0.926667;AO=11,44;DP=142;FAO=11,139;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=0,66;FSAR=11,73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413755,0.941128;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=182.766,18.5223;QD=45.973;RBI=0.0470684,0.971506;REFB=0.00474926,-0.0354503;REVB=-0.022439,0.241044;RO=84;SAF=0,1;SAR=11,43;SRF=64;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.766688,-0.832314;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0716577,0.0503802;OID=.,.;OPOS=153399253,153399254;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:142:150:84:0:11,44:11,139:0.0733333,0.926667:11,43:0,1:64:20:11,73:0,66:0:0 chr2 153405594 . G A 1922.04 PASS AF=0.984375;AO=128;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0310802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.691;QD=60.0639;RBI=0.0318987;REFB=0.0145882;REVB=-0.00717949;RO=0;SAF=48;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47695e-08;STB=0.510637;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.000242774;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:0:2:128:126:0.984375:80:48:0:0:80:46:2:0 chr2 153476066 . G A,GCCA 1004.51 PASS AF=0.0821918,0.917808;AO=6,38;DP=106;FAO=6,67;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=6,67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.0135117;HRUN=1,5;LEN=1,3;MLLD=51.8792,230.027;QD=55.0419;RBI=0.0623245,0.0463321;REFB=0,0;REVB=0.0623245,0.0463321;RO=60;SAF=0,0;SAR=6,38;SRF=15;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.505076,-0.809891;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0154148,0.0115547;OID=.,.;OPOS=153476066,153476067;OREF=G,-;OALT=A,CCA;OMAPALT=A,GCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:106:73:60:0:6,38:6,67:0.0821918,0.917808:6,38:0,0:15:45:6,67:0,0:0:0 chr2 153476069 . C A 188.81 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=57;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.312;QD=9.21017;RBI=0.00809344;REFB=-0.0149979;REVB=-0.00809344;RO=56;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0294509;OID=.;OPOS=153476069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:57:25:25:0.304878:25:0:0:56:25:0:0:57 chr2 153476072 . T C 110.19 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=52;FWDB=0;FXX=0.0649266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.51;QD=6.12154;RBI=0.01153;REFB=-0.0219742;REVB=0.01153;RO=56;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.127049;OID=.;OPOS=153476072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:72:56:52:20:20:0.277778:20:0:0:56:20:0:0:52 chr2 153476078 . A T 62.93 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=65;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8017;QD=3.26924;RBI=0.0374075;REFB=-0.00488183;REVB=-0.0374075;RO=65;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0985419;OID=.;OPOS=153476078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:65:65:12:12:0.155844:12:0:0:65:12:0:0:65 chr2 153511027 . T C 2220.23 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218374;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.472;QD=63.4352;RBI=0.0551662;REFB=0;REVB=0.05066;RO=0;SAF=57;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84838e-05;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:83:57:0:0:83:57:0:0 chr2 153577013 . G A 1767.6 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.082;QD=60.9517;RBI=0.0262044;REFB=0;REVB=-0.0221044;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4613e-06;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:59:57:0:0:59:57:0:0 chr2 155265623 . G A 1434.7 PASS AF=0.99;AO=92;DP=94;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0425923;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.815;QD=57.3879;RBI=0.0464475;REFB=-0.166008;REVB=0.0185273;RO=1;SAF=33;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796808;STB=0.504201;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00212358;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:100:1:1:92:99:0.99:59:33:0:1:59:40:0:1 chr2 155307336 . G C 2907.15 PASS AF=1;AO=182;DP=186;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00863509;FXX=0.0212755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.647;QD=63.199;RBI=0.0143868;REFB=0;REVB=-0.0115072;RO=0;SAF=91;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119766;OID=.;OPOS=155307336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:184:0:0:182:184:1:91:91:0:0:93:91:0:0 chr2 155555878 . C T 1301.83 PASS AF=0.508065;AO=126;DP=248;FAO=126;FDP=248;FR=.;FRO=122;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=70;FSRR=52;FWDB=-0.0163879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.488;QD=20.9973;RBI=0.0266313;REFB=-0.0209162;REVB=0.0209919;RO=121;SAF=70;SAR=56;SRF=69;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133266;STB=0.509089;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0215377;OID=.;OPOS=155555878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:121:122:126:126:0.508065:56:70:69:52:56:70:70:52 chr2 155712135 . A T 66.67 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.114337;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=268.854;QD=7.6199;RBI=0.116384;REFB=-0.00680634;REVB=-0.0217293;RO=24;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629791;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0175901;OID=.;OPOS=155712135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:35:35:24:25:10:10:0.285714:8:2:4:20:8:2:5:20 chr2 156120552 . A G 794.49 PASS AF=0.535714;AO=75;DP=142;FAO=75;FDP=140;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.00278582;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.177;QD=22.6997;RBI=0.00382113;REFB=-0.010297;REVB=0.00261539;RO=64;SAF=24;SAR=51;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374343;STB=0.525766;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00898064;OID=.;OPOS=156120552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:64:65:75:75:0.535714:51:24:23:41:51:24:24:41 chr2 156168039 . T G 532.71 PASS AF=0.495575;AO=53;DP=110;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0339426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.36;QD=18.8569;RBI=0.0344821;REFB=-0.0306267;REVB=0.00607559;RO=57;SAF=27;SAR=26;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486215;STB=0.513044;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0305207;OID=.;OPOS=156168039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:57:57:53:56:0.495575:26:27:32:25:26:30:32:25 chr2 157189011 . G C 1175.31 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993213;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.044;QD=61.055;RBI=0.0154339;REFB=0;REVB=-0.0118135;RO=0;SAF=53;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21556e-06;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:24:53:0:0:24:53:0:0 chr2 157257361 . G A 2770.17 PASS AF=0.994413;AO=177;DP=178;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00362125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0091;QD=61.9032;RBI=0.0444854;REFB=-0.0565436;REVB=-0.0443378;RO=0;SAF=67;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502262;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=4.63781e-05;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:179:0:1:177:178:0.994413:110:67:0:0:110:68:0:1 chr2 157441664 . G C 2357.52 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415149;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6136;QD=63.289;RBI=0.00492297;REFB=0;REVB=-0.00264591;RO=0;SAF=64;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204361;OID=.;OPOS=157441664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:149:0:0:146:149:1:82:64:0:0:84:65:0:0 chr2 157442253 . G A 1871.29 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9608;QD=61.3536;RBI=0.0524416;REFB=0;REVB=-0.00230026;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193274;OID=.;OPOS=157442253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:57:65:0:0:57:65:0:0 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 1949.47 PASS AF=0.875969,0.124031;AO=101,14;DP=126;FAO=113,16;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=53,14;FSAR=60,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561448,0.054554;FXX=0.0444412;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=240.209,245.388;QD=60.4488;RBI=0.0561818,0.0549659;REFB=0,0;REVB=-0.00203831,-0.00671624;RO=0;SAF=46,14;SAR=55,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.13729e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0029273,0.0098225;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.875969,0.124031:101,14:126:113,16:129:0:53,14:60,2:0:0:67:0:46,14:55,0:0:0 chr2 158155576 . G A 1381.28 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000808137;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.014;QD=61.39;RBI=0.00831863;REFB=0.00312792;REVB=-0.00827928;RO=0;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-1.22307e-05;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:54:35:0:0:54:35:0:1 chr2 158157361 . C T 5966.87 PASS AF=1;AO=378;DP=380;FAO=378;FDP=378;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=234;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000657833;FXX=0.00526302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.765;QD=63.1415;RBI=0.0240921;REFB=0.0316615;REVB=0.0240832;RO=1;SAF=144;SAR=234;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0033024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14962e-06;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:380:378:1:0:378:378:1:234:144:1:0:234:144:0:0 chr2 158162327 . G A 787.72 PASS AF=0.372951;AO=91;DP=244;FAO=91;FDP=244;FR=.;FRO=153;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=68;FSRR=85;FWDB=-0.010192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0617;QD=12.9134;RBI=0.0139923;REFB=-0.00462979;REVB=-0.0095868;RO=152;SAF=38;SAR=53;SRF=67;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262596;STB=0.517212;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00837456;OID=.;OPOS=158162327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:152:153:91:91:0.372951:53:38:67:85:53:38:68:85 chr2 158283943 . GA G,GG 86.6 PASS AF=0.76,0.12;AO=11,3;DP=25;FAO=19,3;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=6,0;FSAR=13,3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.666656,-0.224882;FXX=0;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=6.82639,18.2684;QD=13.8563;RBI=0.66822,0.232591;REFB=-0.0160943,0.0237598;REVB=0.04569,0.0593883;RO=7;SAF=2,0;SAR=9,3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.108456,-0.618996;STB=0.551672,0.5;STBP=0.309,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0252971,-0.0376895;OID=.,.;OPOS=158283944,158283944;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.76,0.12:11,3:25:19,3:25:3:6,0:13,3:0:3:13:7:2,0:9,3:2:5 chr2 158291188 . A C 696.33 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0212311;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.319;QD=56.8429;RBI=0.0350268;REFB=-0.0386965;REVB=0.0278589;RO=3;SAF=19;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298742;STB=0.515917;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00216362;OID=.;OPOS=158291188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:27:19:2:1:27:19:2:1 chr2 158386938 . C T 1747.54 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.59;QD=60.7841;RBI=0.0145431;REFB=0;REVB=-0.00497337;RO=0;SAF=67;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19324e-06;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:48:67:0:0:48:67:0:0 chr2 158443889 . G A 1948.74 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.994;QD=61.8646;RBI=0.0344861;REFB=0;REVB=0.0344326;RO=1;SAF=52;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21347e-05;OID=.;OPOS=158443889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:126:1:0:121:126:1:69:52:0:1:72:54:0:0 chr2 158626980 . C T 720.28 PASS AF=0.448276;AO=72;DP=169;FAO=78;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.00420533;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.056;QD=16.5582;RBI=0.006643;REFB=-0.00939882;REVB=0.00514243;RO=97;SAF=30;SAR=42;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706772;STB=0.538729;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0104412;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:174:97:96:72:78:0.448276:42:30:47:50:46:32:46:50 chr2 158636910 . G A 3459.3 PASS AF=1;AO=221;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.076;QD=62.6118;RBI=0.0311881;REFB=0;REVB=0.0282337;RO=0;SAF=113;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4721e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68747e-05;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:221:0:0:221:221:1:108:113:0:0:108:113:0:0 chr2 159166069 . T C 1604.04 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0684652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3253;QD=57.8031;RBI=0.110043;REFB=-0.122768;REVB=0.0861514;RO=1;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811401;STB=0.508473;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00373262;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:111:1:2:108:109:0.981982:58:50:0:1:58:51:0:2 chr2 159537868 . A G 1267.94 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111902;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.897;QD=61.8508;RBI=0.0572949;REFB=0;REVB=0.0561915;RO=0;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77614e-05;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:53:29:0:0:53:29:0:0 chr2 159663599 . T C 431.49 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0218809;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.594;QD=15.981;RBI=0.0219281;REFB=0.00422274;REVB=-0.0014382;RO=59;SAF=24;SAR=24;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250745;STB=0.518511;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00622423;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:59:60:48:48:0.444444:24:24:28:31:24:24:28:32 chr2 160019863 . A G 1424.99 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0445985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.0042;QD=60.6378;RBI=0.0576836;REFB=-0.124569;REVB=-0.0365837;RO=2;SAF=26;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107536;STB=0.505674;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000585648;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:2:2:92:92:0.978723:66:26:1:1:66:26:1:1 chr2 160035195 . C T 826.29 PASS AF=0.557971;AO=77;DP=138;FAO=77;FDP=138;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0149796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.003;QD=23.9504;RBI=0.0319693;REFB=-0.00875064;REVB=0.0282427;RO=60;SAF=35;SAR=42;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443571;STB=0.519995;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00685112;OID=.;OPOS=160035195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:60:61:77:77:0.557971:42:35:24:36:42:35:25:36 chr2 160035207 . T C 1997.68 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653762;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.63;QD=62.4276;RBI=0.0102094;REFB=0;REVB=0.00784167;RO=0;SAF=54;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187266;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:74:54:0:0:74:54:0:0 chr2 160035552 . C T 427.33 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0162566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.515;QD=16.9241;RBI=0.0163971;REFB=-0.0121032;REVB=-0.00214235;RO=55;SAF=18;SAR=28;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455434;STB=0.525458;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0137572;OID=.;OPOS=160035552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:28:18:24:31:28:18:24:31 chr2 160076309 . A G 750.6 PASS AF=0.533333;AO=72;DP=136;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.035232;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.68;QD=22.2399;RBI=0.0352875;REFB=-0.00190858;REVB=0.00197785;RO=63;SAF=35;SAR=37;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626895;STB=0.534342;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00200031;OID=.;OPOS=160076309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:63:63:72:72:0.533333:37:35:26:37:37:35:26:37 chr2 160084473 . A C 639.05 PASS AF=0.507937;AO=65;DP=127;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0746794;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5432;QD=20.2872;RBI=0.0993337;REFB=-0.0051876;REVB=0.0654995;RO=62;SAF=37;SAR=28;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545607;STB=0.517633;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00608714;OID=.;OPOS=160084473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:62:62:65:64:0.507937:28:37:39:23:27:37:38:24 chr2 160086468 . G A 642.75 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0221768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.615;QD=17.731;RBI=0.0228615;REFB=0.00165367;REVB=-0.00555294;RO=79;SAF=34;SAR=32;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660219;STB=0.536677;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00195691;OID=.;OPOS=160086468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:79:79:66:66:0.455172:32:34:46:33:32:34:46:33 chr2 160086653 . CA TG 1203.54 PASS AF=0.430976;AO=126;DP=299;FAO=128;FDP=297;FR=.;FRO=169;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=82;FSRR=87;FWDB=-0.0239162;FXX=0.00668874;HRUN=2;LEN=2;MLLD=166.234;QD=16.2092;RBI=0.0274274;REFB=-0.0176457;REVB=-0.0134267;RO=169;SAF=71;SAR=55;SRF=82;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809495;STB=0.539661;STBP=0.235;TYPE=mnp;VARB=0.0233107;OID=.;OPOS=160086653;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:297:169:169:126:128:0.430976:55:71:82:87:57:71:82:87 chr2 160086692 . A G 1163.83 PASS AF=0.405573;AO=129;DP=321;FAO=131;FDP=323;FR=.;FRO=192;FSAF=74;FSAR=57;FSRF=95;FSRR=97;FWDB=0.0117251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.092;QD=14.4128;RBI=0.0204967;REFB=-0.00762537;REVB=0.0168118;RO=189;SAF=74;SAR=55;SRF=94;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817182;STB=0.541912;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0122674;OID=.;OPOS=160086692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:323:189:192:129:131:0.405573:55:74:94:95:57:74:95:97 chr2 160105007 . A G 319.83 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0294204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.013;QD=18.5407;RBI=0.0294448;REFB=-0.0186155;REVB=0.00119895;RO=35;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110658;STB=0.506169;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0144891;OID=.;OPOS=160105007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:20:14:14:21:20:14:14:21 chr2 160112881 . G T 459.45 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00379081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8725;QD=14.3578;RBI=0.075505;REFB=-0.0193565;REVB=-0.0754098;RO=76;SAF=21;SAR=31;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750522;STB=0.542341;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.030978;OID=.;OPOS=160112881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:76:76:52:52:0.40625:31:21:36:40:31:21:36:40 chr2 160114315 . G A 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0262019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.912;QD=13.9657;RBI=0.0272793;REFB=0.000721348;REVB=0.00759093;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129206;STB=0.573428;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00109359;OID=.;OPOS=160114315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:16:14:26:18:16:14:26:18 chr2 160114437 . G A 623.86 PASS AF=0.43949;AO=66;DP=154;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=-0.00826791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3731;QD=15.8945;RBI=0.00827313;REFB=-0.00854083;REVB=-0.000294031;RO=88;SAF=36;SAR=30;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172914;STB=0.581795;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00651315;OID=.;OPOS=160114437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:88:88:66:69:0.43949:30:36:33:55:33:36:33:55 chr2 160116291 . T C 377.06 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0277424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1108;QD=13.965;RBI=0.0701159;REFB=-0.0177595;REVB=0.0643941;RO=64;SAF=19;SAR=25;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606571;STB=0.503426;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0249361;OID=.;OPOS=160116291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:44:44:0.407407:25:19:28:36:25:19:28:36 chr2 160132089 . T G 680.15 PASS AF=0.476821;AO=61;DP=156;FAO=72;FDP=151;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0340707;FXX=0.0320492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.837;QD=18.0171;RBI=0.0350277;REFB=-0.0120644;REVB=0.00813183;RO=44;SAF=27;SAR=34;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153328;STB=0.517192;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00971452;OID=.;OPOS=160132089;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:151:44:79:61:72:0.476821:34:27:11:33:37:35:41:38 chr2 160136337 . G A 602.57 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.288;QD=60.257;RBI=0.0368761;REFB=0;REVB=0.0365432;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019885;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:13:26:0:0:14:26:0:0 chr2 160269003 . T G 603.07 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0551606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6336;QD=18.846;RBI=0.0704565;REFB=-0.0220867;REVB=0.043834;RO=66;SAF=30;SAR=32;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573235;STB=0.531712;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0424879;OID=.;OPOS=160269003;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:66:66:62:62:0.484375:32:30:36:30:32:30:36:30 chr2 160289579 . G A 842.25 PASS AF=0.532934;AO=71;DP=162;FAO=89;FDP=167;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.0670761;FXX=0.00595203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.8273;QD=20.1737;RBI=0.082599;REFB=-0.0267915;REVB=0.0482015;RO=68;SAF=22;SAR=49;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114999;STB=0.513296;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0249742;OID=.;OPOS=160289579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:167:68:78:71:89:0.532934:49:22:29:39:50:39:32:46 chr2 160624195 . GAAAAAA GAAAAA,GAAAAAG 31.15 PASS AF=0.0598802,0.0359281;AO=35,9;DP=169;FAO=10,6;FDP=167;FR=.;FRO=151;FSAF=3,6;FSAR=7,0;FSRF=62;FSRR=89;FWDB=-0.0799799,-0.00486524;FXX=0.017646;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.1945,29.7084;QD=0.746165;RBI=0.0804829,0.0722823;REFB=-0.0946429,-0.0451498;REVB=0.00898324,0.0721184;RO=102;SAF=24,9;SAR=11,0;SRF=31;SRR=71;SSEN=0,0;SSEP=0.407767,0;SSSB=0.448842,0.680663;STB=0.612148,0.99856;STBP=0.444,0.004;TYPE=del,snp;VARB=0.106197,0.0844781;OID=.,.;OPOS=160624196,160624201;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0598802,0.0359281:35,9:169:10,6:167:151:3,6:7,0:62:89:16:102:24,9:11,0:31:71 chr2 160676427 . C A 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.545;QD=61.5343;RBI=0.0463297;REFB=0;REVB=0.0147627;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138841;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr2 160711045 . G C 2547.84 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00217136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.205;QD=61.7658;RBI=0.0271603;REFB=0;REVB=0.0270734;RO=0;SAF=59;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30355e-05;OID=.;OPOS=160711045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:106:59:0:0:106:59:0:0 chr2 160737621 . C T 1954.69 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0161987;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.048;QD=61.0839;RBI=0.0201574;REFB=-0.108039;REVB=-0.0119968;RO=0;SAF=46;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71351e-08;STB=0.503105;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000242449;OID=.;OPOS=160737621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:128:0:1:126:127:0.992188:80:46:0:0:80:47:0:1 chr2 160738677 . G A 2326.5 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.018;QD=63.7396;RBI=0.0347552;REFB=0;REVB=-0.0333079;RO=0;SAF=68;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46726e-05;OID=.;OPOS=160738677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:146:0:0:142:146:1:74:68:0:0:77:69:0:0 chr2 160833188 . A G 3829.85 PASS AF=1;AO=238;DP=245;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291703;FXX=0.0479981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.897;QD=64.3673;RBI=0.0298089;REFB=0;REVB=-0.00613715;RO=0;SAF=116;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150635;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:238:0:0:238:238:1:122:116:0:0:122:116:0:0 chr2 160901517 . A G 849.05 PASS AF=0.472826;AO=87;DP=184;FAO=87;FDP=184;FR=.;FRO=97;FSAF=17;FSAR=70;FSRF=33;FSRR=64;FWDB=-0.0405748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2841;QD=18.4575;RBI=0.0455531;REFB=0.0570667;REVB=-0.0207068;RO=97;SAF=17;SAR=70;SRF=33;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189555;STB=0.605719;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0654254;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:97:97:87:87:0.472826:70:17:33:64:70:17:33:64 chr2 160983060 . G C 437.29 PASS AF=0.551282;AO=41;DP=77;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.000670472;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.736;QD=22.4252;RBI=0.0255467;REFB=-0.0215139;REVB=0.0255379;RO=35;SAF=22;SAR=19;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662812;STB=0.524423;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0183661;OID=.;OPOS=160983060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:35:35:41:43:0.551282:19:22:16:19:21:22:16:19 chr2 160994348 . C T 328.0 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.000284828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.2;QD=30.5113;RBI=0.00327088;REFB=-0.02461;REVB=-0.00325845;RO=15;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485508;STB=0.526659;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00943746;OID=.;OPOS=160994348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:17:11:7:8:17:11:7:8 chr2 161029218 . G A 312.81 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.122763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.814;QD=17.1405;RBI=0.122766;REFB=-0.00117486;REVB=-0.000752387;RO=39;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182983;STB=0.607937;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00234172;OID=.;OPOS=161029218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:39:33:34:0.465753:14:19:15:24:14:20:15:24 chr2 161174693 . C T 936.63 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.148;QD=58.5396;RBI=0.0371983;REFB=0;REVB=0.00646477;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44922e-05;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr2 162696414 . C T 1156.38 PASS AF=0.481328;AO=116;DP=231;FAO=116;FDP=241;FR=.;FRO=125;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=52;FSRR=73;FWDB=-0.00798386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.907;QD=19.193;RBI=0.0388901;REFB=-0.0623302;REVB=-0.0380618;RO=115;SAF=49;SAR=67;SRF=42;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537111;STB=0.503412;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0514973;OID=.;OPOS=162696414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:241:115:125:116:116:0.481328:67:49:42:73:67:49:52:73 chr2 162821644 . C T 815.3 PASS AF=0.432692;AO=90;DP=208;FAO=90;FDP=208;FR=.;FRO=118;FSAF=28;FSAR=62;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=-0.000906517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.353;QD=15.6788;RBI=0.0200228;REFB=-0.00949714;REVB=-0.0200023;RO=118;SAF=28;SAR=62;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170201;STB=0.595167;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.012207;OID=.;OPOS=162821644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:118:118:90:90:0.432692:62:28:55:63:62:28:55:63 chr2 163005674 . G A 482.11 PASS AF=0.394161;AO=51;DP=136;FAO=54;FDP=137;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.049837;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6292;QD=14.0763;RBI=0.0498373;REFB=0.00354115;REVB=-0.000170589;RO=84;SAF=33;SAR=18;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127442;STB=0.55044;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00651972;OID=.;OPOS=163005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:84:83:51:54:0.394161:18:33:45:39:21:33:44:39 chr2 163124051 . C T 521.14 PASS AF=0.389937;AO=61;DP=157;FAO=62;FDP=159;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0124595;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.045;QD=13.1105;RBI=0.0179257;REFB=-0.00659294;REVB=0.0128877;RO=95;SAF=24;SAR=37;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657145;STB=0.54829;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.012522;OID=.;OPOS=163124051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:95:97:61:62:0.389937:37:24:43:52:38:24:45:52 chr2 163128824 . T C 258.34 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0224978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.299;QD=13.9645;RBI=0.0247834;REFB=0.000537006;REVB=-0.0103955;RO=44;SAF=20;SAR=10;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350673;STB=0.519987;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.000608942;OID=.;OPOS=163128824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:10:20:28:16:10:20:28:16 chr2 163144647 . T C 635.33 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=138;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.00108117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.842;QD=18.4153;RBI=0.017221;REFB=-0.0405121;REVB=0.017187;RO=73;SAF=34;SAR=31;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765371;STB=0.542383;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0426891;OID=.;OPOS=163144647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:73:73:65:65:0.471014:31:34:44:29:31:34:44:29 chr2 164466268 . C G 236.01 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0146529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5383;QD=15.734;RBI=0.0188933;REFB=-0.0152311;REVB=-0.0119269;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115124;STB=0.565168;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0196463;OID=.;OPOS=164466268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:10:17:17:16:10:17:17:16 chr2 165353712 . C T 2664.58 PASS AF=1;AO=172;DP=174;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223709;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4782;QD=61.967;RBI=0.0317338;REFB=-0.0204027;REVB=-0.0225073;RO=1;SAF=83;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114324;OID=.;OPOS=165353712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:172:1:0:172:172:1:89:83:0:1:89:83:0:0 chr2 165424837 . A G 326.02 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00532866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.854;QD=17.3879;RBI=0.0489887;REFB=0.00666442;REVB=0.048698;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102121;STB=0.505718;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00702259;OID=.;OPOS=165424837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:18:17:19:21:18:17:19:21 chr2 165476253 . A T 637.93 PASS AF=0.543103;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0142427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7486;QD=21.9976;RBI=0.0204961;REFB=-0.0427983;REVB=0.0147389;RO=53;SAF=28;SAR=35;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085752;STB=0.54701;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0352083;OID=.;OPOS=165476253;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:53:53:63:63:0.543103:35:28:29:24:35:28:29:24 chr2 165552167 . T C 570.04 PASS AF=0.423611;AO=61;DP=144;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0103358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.774;QD=15.8345;RBI=0.0121844;REFB=-0.00563275;REVB=0.00645208;RO=82;SAF=22;SAR=39;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122475;STB=0.565733;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00794655;OID=.;OPOS=165552167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:82:83:61:61:0.423611:39:22:39:43:39:22:39:44 chr2 165994599 . C T 155.4 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00583511;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0747;QD=12.4322;RBI=0.0179675;REFB=-0.0213741;REVB=-0.0169936;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949207;STB=0.555494;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0296069;OID=.;OPOS=165994599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:17:15:10:8:17:15 chr2 165996107 . T A 614.08 PASS AF=0.402299;AO=70;DP=174;FAO=70;FDP=174;FR=.;FRO=104;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=0.0943101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.98;QD=14.1167;RBI=0.0992141;REFB=-0.012713;REVB=0.0308065;RO=104;SAF=29;SAR=41;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511965;STB=0.528802;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.015187;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:104:104:70:70:0.402299:41:29:48:56:41:29:48:56 chr2 166018891 . CAAAAAAAAAC CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAC 250.82 PASS AF=0.269231,0.153846,0.102564;AO=11,7,20;DP=101;FAO=21,12,8;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=5,3,2;FSAR=16,9,6;FSRF=4;FSRR=33;FWDB=-0.219887,-0.174901,0.0271837;FXX=0.0714201;HRUN=3,3,9;LEN=1,1,1;MLLD=19.1229,21.7534,6.42879;QD=12.8624;RBI=0.220121,0.182808,0.169624;REFB=0.0334435,0.116944,-0.297323;REVB=-0.0101437,0.0531855,-0.167432;RO=43;SAF=2,2,2;SAR=9,5,18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.386337,-0.223464,-0.538591;STB=0.629718,0.666455,0.683874;STBP=0.285,0.333,0.478;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0703327,0.133746,0.156089;OID=.,.,.;OPOS=166018901,166018901,166018892;OREF=C,C,A;OALT=-,A,-;OMAPALT=CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231,0.153846,0.102564:11,7,20:101:21,12,8:78:37:5,3,2:16,9,6:4:33:71:43:2,2,2:9,5,18:20:23 chr2 166170127 . T C 4510.21 PASS AF=1;AO=283;DP=285;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213386;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9993;QD=63.5241;RBI=0.0424797;REFB=0;REVB=0.0367313;RO=0;SAF=154;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56809e-05;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:285:284:0:0:283:284:1:129:154:0:0:129:155:0:0 chr2 166246226 . G A 189.47 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00654015;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.554;QD=28.0703;RBI=0.00712299;REFB=-0.0358948;REVB=-0.00282196;RO=9;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108425;STB=0.559936;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0145936;OID=.;OPOS=166246226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:28:27:9:9:18:18:0.666667:11:7:2:7:11:7:2:7 chr2 166248047 . G A,T 2361.37 PASS AF=0.937888,0.0559006;AO=151,8;DP=160;FAO=151,9;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=62,0;FSAR=89,9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00277794,-0.0102174;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.567,170.284;QD=58.6676;RBI=0.0211279,0.0348862;REFB=-0.121939,-0.0408739;REVB=0.0209444,-0.0333565;RO=1;SAF=62,0;SAR=89,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00761011,-0.803989;STB=0.503999,0.997961;STBP=0.311,0.037;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00186197,0.267859;OID=.,.;OPOS=166248047,166248047;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:160:161:1:1:151,8:151,9:0.937888,0.0559006:89,8:62,0:1:0:89,9:62,0:1:0 chr2 166788336 . T C 1632.77 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0201176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.718;QD=58.3131;RBI=0.045994;REFB=-0.207171;REVB=0.041361;RO=1;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097874;STB=0.50505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000727309;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:112:112:1:1:110:111:0.991071:48:62:0:1:49:62:0:1 chr2 166797646 . C T 2457.8 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0354777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6732;QD=60.6863;RBI=0.0362469;REFB=-0.0177869;REVB=0.0074278;RO=1;SAF=65;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493108;STB=0.50259;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-7.30361e-05;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:161:161:0.993827:96:65:0:1:96:65:0:1 chr2 166810159 . C T 819.06 PASS AF=0.747126;AO=65;DP=88;FAO=65;FDP=87;FR=.;FRO=22;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0049297;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.701;QD=37.6578;RBI=0.0692071;REFB=-0.0348776;REVB=0.0690313;RO=20;SAF=45;SAR=20;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568883;STB=0.53845;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0134133;OID=.;OPOS=166810159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:20:22:65:65:0.747126:20:45:16:4:20:45:18:4 chr2 166810161 . G A 979.57 PASS AF=0.79;AO=79;DP=101;FAO=79;FDP=100;FR=.;FRO=21;FSAF=59;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0204435;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5944;QD=39.183;RBI=0.0335049;REFB=-0.0395765;REVB=0.026545;RO=14;SAF=59;SAR=20;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380898;STB=0.504201;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0554076;OID=.;OPOS=166810161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:14:21:79:79:0.79:20:59:9:5:20:59:16:5 chr2 166846730 . A G,T 1184.57 PASS AF=0.949367,0.0506329;AO=75,4;DP=79;FAO=75,4;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=55,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354844,-0.0206889;FXX=0.0124984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.887,55.124;QD=59.9782;RBI=0.0175453,0.0207002;REFB=0,0;REVB=0.0171827,0.000681101;RO=0;SAF=18,2;SAR=57,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00415607,0.157683;OID=.,.;OPOS=166846730,166846730;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:79:79:0:0:75,4:75,4:0.949367,0.0506329:57,2:18,2:0:0:55,4:20,0:0:0 chr2 166892788 . C T 2363.65 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.582;QD=63.8825;RBI=0.0606807;REFB=0;REVB=0.00777478;RO=0;SAF=68;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51376e-05;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:148:148:1:80:68:0:0:80:68:0:0 chr2 166897864 . A G 3057.82 PASS AF=0.984772;AO=194;DP=197;FAO=194;FDP=197;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00768835;FXX=0.0100497;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4866;QD=62.0878;RBI=0.0294201;REFB=-0.0673048;REVB=0.0283977;RO=3;SAF=83;SAR=111;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00706464;STB=0.50371;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000935549;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:197:197:3:3:194:194:0.984772:111:83:2:1:111:83:2:1 chr2 166903445 . T C 3044.47 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0921807;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.966;QD=63.7586;RBI=0.0975986;REFB=0;REVB=-0.0320658;RO=0;SAF=75;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000731363;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:191:0:0:191:191:1:116:75:0:0:116:75:0:0 chr2 167055393 . T C 671.02 PASS AF=0.439759;AO=73;DP=166;FAO=73;FDP=166;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0161399;FXX=0.0177504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.232;QD=16.169;RBI=0.0302731;REFB=-0.0168574;REVB=0.0256117;RO=93;SAF=26;SAR=47;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111967;STB=0.562515;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0222937;OID=.;OPOS=167055393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:93:93:73:73:0.439759:47:26:43:50:47:26:43:50 chr2 167099158 . A G 2220.41 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000703312;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.387;QD=63.4403;RBI=0.0135941;REFB=0;REVB=0.0135759;RO=0;SAF=65;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98635e-06;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:75:65:0:0:75:65:0:0 chr2 167144974 . A T 673.56 PASS AF=0.403226;AO=71;DP=181;FAO=75;FDP=186;FR=.;FRO=111;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.00130408;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.077;QD=14.4852;RBI=0.0443051;REFB=-0.0332583;REVB=-0.0442859;RO=108;SAF=30;SAR=41;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122983;STB=0.551977;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0355912;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:186:108:111:71:75:0.403226:41:30:58:50:41:34:60:51 chr2 167144995 . T C 806.76 PASS AF=0.422535;AO=89;DP=212;FAO=90;FDP=213;FR=.;FRO=123;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=64;FSRR=59;FWDB=0.022395;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.589;QD=15.1504;RBI=0.023608;REFB=-0.0134094;REVB=0.00746993;RO=122;SAF=43;SAR=46;SRF=64;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428896;STB=0.518144;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0167036;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:122:123:89:90:0.422535:46:43:64:58:46:44:64:59 chr2 167145142 . A G 275.96 PASS AF=0.330275;AO=36;DP=109;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0336019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.566;QD=10.1269;RBI=0.0361763;REFB=-0.0112595;REVB=-0.0134028;RO=73;SAF=12;SAR=24;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221603;STB=0.628858;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0176178;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:73:73:36:36:0.330275:24:12:38:35:24:12:38:35 chr2 167279922 . C A 427.16 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0564318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5885;QD=15.5331;RBI=0.0638996;REFB=0.00164114;REVB=-0.0299768;RO=61;SAF=16;SAR=32;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481764;STB=0.533319;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00329219;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:62:48:48:0.436364:32:16:23:38:32:16:24:38 chr2 167334085 . G T 1178.46 PASS AF=0.555556;AO=106;DP=194;FAO=110;FDP=198;FR=.;FRO=88;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.00488059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.521;QD=23.8072;RBI=0.0137071;REFB=-0.0179243;REVB=-0.0128087;RO=83;SAF=56;SAR=50;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504052;STB=0.514243;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0158367;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:198:83:88:106:110:0.555556:50:56:49:34:51:59:50:38 chr2 168099738 . T C 541.07 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0465251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5089;QD=22.3122;RBI=0.0514004;REFB=-0.0139263;REVB=0.0218499;RO=46;SAF=19;SAR=32;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229107;STB=0.512615;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0126672;OID=.;OPOS=168099738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:32:19:16:30:32:19:16:30 chr2 168100443 . C A 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0221892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=352.12;QD=13.0229;RBI=0.022236;REFB=-0.00732123;REVB=-0.00144203;RO=44;SAF=8;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148509;STB=0.585522;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.01017;OID=.;OPOS=168100443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:20:8:18:26:20:8:18:26 chr2 168101142 . T G 336.12 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00114147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.139;QD=19.772;RBI=0.0249269;REFB=-0.0232713;REVB=-0.0249007;RO=31;SAF=22;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145786;STB=0.602034;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0212363;OID=.;OPOS=168101142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:31:33:34:35:0.514706:12:22:15:16:12:23:15:18 chr2 168103701 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000144595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.037;QD=21.9722;RBI=0.0199243;REFB=-0.0224037;REVB=0.0199238;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387692;STB=0.52172;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0185612;OID=.;OPOS=168103701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:11:10:12:11:11:10 chr2 168108357 . A G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0630728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4265;QD=15.1958;RBI=0.0663636;REFB=-0.0168396;REVB=-0.0206383;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123178;STB=0.571326;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0198199;OID=.;OPOS=168108357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:10:8:8:6:10:8 chr2 168115325 . A G 687.71 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0068456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.841;QD=20.5288;RBI=0.017052;REFB=-0.0055451;REVB=-0.0156175;RO=66;SAF=41;SAR=27;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173839;STB=0.595745;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00482935;OID=.;OPOS=168115325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:66:68:68:0.507463:27:41:27:39:27:41:27:39 chr2 168810944 . A C 475.43 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0330973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.132;QD=17.7731;RBI=0.0330973;REFB=-0.0170736;REVB=2.10509e-05;RO=56;SAF=17;SAR=34;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249743;STB=0.513883;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0169482;OID=.;OPOS=168810944;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:34:17:20:36:34:17:20:36 chr2 169681151 . C T 594.6 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.00148318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.796;QD=17.6179;RBI=0.0103117;REFB=0.00836014;REVB=0.0102044;RO=73;SAF=35;SAR=27;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226308;STB=0.625402;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0103598;OID=.;OPOS=169681151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:27:35:24:49:27:35:24:49 chr2 169707428 . C T 556.57 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.0176457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5322;QD=15.5685;RBI=0.0419119;REFB=-0.0229559;REVB=-0.0380162;RO=81;SAF=28;SAR=32;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357173;STB=0.519242;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0301365;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:81:83:60:60:0.41958:32:28:35:46:32:28:36:47 chr2 169721377 . G A 868.29 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00367887;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7246;QD=53.4334;RBI=0.0262384;REFB=-0.0360317;REVB=0.0259792;RO=3;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533446;STB=0.528293;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0153977;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:65:3:3:62:62:0.953846:25:37:0:3:25:37:0:3 chr2 169721381 . A G 179.74 PASS AF=0.338028;AO=23;DP=72;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0107919;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.722;QD=10.1264;RBI=0.0124926;REFB=-0.0225166;REVB=0.00629281;RO=46;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149719;STB=0.591321;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0522524;OID=.;OPOS=169721381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:46:47:23:24:0.338028:9:14:22:24:9:15:23:24 chr2 169764491 . T C 655.97 PASS AF=0.554622;AO=61;DP=115;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0172062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.018;QD=22.0495;RBI=0.0212357;REFB=0.00240879;REVB=-0.012446;RO=52;SAF=20;SAR=41;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121015;STB=0.557558;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00172861;OID=.;OPOS=169764491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:52:53:61:66:0.554622:41:20:24:28:44:22:24:29 chr2 169789016 . T C 552.25 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00896077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.282;QD=18.1066;RBI=0.0210496;REFB=0.00252482;REVB=0.0190471;RO=64;SAF=21;SAR=37;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192732;STB=0.607044;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00249672;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:64:58:58:0.47541:37:21:36:28:37:21:36:28 chr2 169826877 . C T 548.17 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039268;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5511;QD=60.9076;RBI=0.0393348;REFB=0;REVB=-0.0022915;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127186;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr2 169830328 . A G 2030.07 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841431;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8518;QD=62.4637;RBI=0.101258;REFB=0;REVB=-0.0563307;RO=0;SAF=46;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48422e-05;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:84:46:0:0:84:46:0:0 chr2 169847412 . A G 1349.79 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0587122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.83;QD=59.9908;RBI=0.0601022;REFB=-0.0727627;REVB=0.0128513;RO=1;SAF=38;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123069;STB=0.501543;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000544686;OID=.;OPOS=169847412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:1:2:88:88:0.977778:50:38:1:0:50:38:1:1 chr2 169870855 . A G 1471.81 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.62;QD=63.3039;RBI=0.0291245;REFB=0;REVB=0.0250102;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35308e-05;OID=.;OPOS=169870855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:45:46:0:0:45:48:0:0 chr2 169952166 . T C 999.89 PASS AF=0.5;AO=99;DP=204;FAO=102;FDP=204;FR=.;FRO=102;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=0.00162869;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.652;QD=19.6056;RBI=0.0143837;REFB=-0.0114402;REVB=0.0142912;RO=102;SAF=40;SAR=59;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719322;STB=0.545356;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0112382;OID=.;OPOS=169952166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:102:102:99:102:0.5:59:40:49:53:62:40:49:53 chr2 169984066 . C A 85.77 PASS AF=0.238095;AO=13;DP=62;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=43;FWDB=-0.0685541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.8225;QD=5.4455;RBI=0.0698046;REFB=-0.000444839;REVB=0.0131537;RO=49;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280378;STB=0.632042;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0174;OID=.;OPOS=169984066;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:62:63:49:48:13:15:0.238095:10:3:5:44:12:3:5:43 chr2 169997051 . G A 901.27 PASS AF=0.928571;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0337669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7407;QD=51.501;RBI=0.0369384;REFB=-0.0666497;REVB=-0.0149746;RO=1;SAF=26;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178214;STB=0.543846;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00465509;OID=.;OPOS=169997051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:70:70:1:5:65:65:0.928571:39:26:1:0:39:26:5:0 chr2 170003432 . T G 3536.86 PASS AF=1;AO=225;DP=227;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263441;FXX=0.00436662;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.473;QD=62.0501;RBI=0.027515;REFB=-0.0758695;REVB=0.00794113;RO=1;SAF=122;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010992;OID=.;OPOS=170003432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:227:228:1:0:225:228:1:103:122:0:1:103:125:0:0 chr2 170010985 . T C 1336.55 PASS AF=1;AO=61;DP=88;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.352;QD=56.2757;RBI=0.0673713;REFB=0;REVB=-0.00798238;RO=0;SAF=6;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0544203;OID=.;OPOS=170010985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:95:0:0:61:95:1:55:6:0:0:54:41:0:0 chr2 170025083 . A G 3574.72 PASS AF=1;AO=228;DP=228;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9528;QD=62.7144;RBI=0.118957;REFB=0;REVB=0.0819232;RO=0;SAF=119;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027058;OID=.;OPOS=170025083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:228:0:0:228:228:1:109:119:0:0:109:119:0:0 chr2 170092395 . A G 2640.19 PASS AF=0.988701;AO=173;DP=177;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0774284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.661;QD=59.6654;RBI=0.0906174;REFB=-0.0787756;REVB=0.0470781;RO=4;SAF=75;SAR=98;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290825;STB=0.50505;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00146036;OID=.;OPOS=170092395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:177:177:4:2:173:175:0.988701:98:75:2:2:98:77:0:2 chr2 170099473 . T C 1458.74 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0558;QD=62.0742;RBI=0.0673011;REFB=0;REVB=0.045664;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636362;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:94:0:0:92:94:1:46:46:0:0:48:46:0:0 chr2 170103336 . T C 3397.19 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000376609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.759;QD=62.3337;RBI=0.0278119;REFB=0;REVB=0.0278093;RO=0;SAF=80;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86548e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51505e-05;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:217:218:0:0:217:218:1:137:80:0:0:138:80:0:0 chr2 170103351 . G T 3143.01 PASS AF=0.972603;AO=205;DP=215;FAO=213;FDP=219;FR=.;FRO=6;FSAF=77;FSAR=136;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0108476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1916;QD=57.4065;RBI=0.0415922;REFB=-0.0463655;REVB=0.0401528;RO=9;SAF=72;SAR=133;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178294;STB=0.500836;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0072087;OID=.;OPOS=170103351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:215:219:9:6:205:213:0.972603:133:72:5:4:136:77:2:4 chr2 170115588 . T C 2739.05 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288418;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.174;QD=62.2512;RBI=0.0300975;REFB=-0.116829;REVB=-0.00860305;RO=1;SAF=86;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550317;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128236;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:176:1:0:176:176:1:90:86:1:0:90:86:0:0 chr2 170129528 . G A 2251.25 PASS AF=0.986842;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0224652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.514;QD=59.2435;RBI=0.0319514;REFB=-0.0874215;REVB=-0.0227201;RO=2;SAF=80;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133942;STB=0.507041;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00434509;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:152:2:2:150:150:0.986842:70:80:0:2:70:80:0:2 chr2 170150671 . G A 506.85 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.040179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.169;QD=20.4786;RBI=0.042537;REFB=-0.000570206;REVB=0.0139658;RO=50;SAF=17;SAR=32;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715505;STB=0.539708;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00035504;OID=.;OPOS=170150671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:32:17:21:29:32:17:21:29 chr2 170218847 . C G 5473.48 PASS AF=1;AO=329;DP=331;FAO=351;FDP=351;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.089;QD=62.3758;RBI=0.0289504;REFB=0;REVB=0.0146521;RO=0;SAF=184;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18713e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00876e-05;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:331:351:0:0:329:351:1:145:184:0:0:162:189:0:0 chr2 170402752 . T C 52.91 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00318179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.142;QD=21.1646;RBI=0.0145295;REFB=-0.057981;REVB=0.0141768;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0326703;OID=.;OPOS=170402752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:1:2:5:2:1:2 chr2 170411693 . T C 302.06 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00687659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.112;QD=17.0176;RBI=0.0297933;REFB=-0.00838654;REVB=0.0289888;RO=35;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148607;STB=0.607776;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0137585;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:38:33:33:0.464789:22:11:17:18:22:11:20:18 chr2 170441001 . G A 228.63 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0326434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.665;QD=9.62645;RBI=0.0342108;REFB=-0.00380324;REVB=-0.0102368;RO=65;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011686;STB=0.514321;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0109886;OID=.;OPOS=170441001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:65:66:29:29:0.305263:19:10:23:42:19:10:24:42 chr2 170493103 . T A 516.96 PASS AF=0.52;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0226943;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.521;QD=20.6782;RBI=0.0227298;REFB=-0.0154634;REVB=-0.00126844;RO=47;SAF=16;SAR=36;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032599;STB=0.525654;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0137505;OID=.;OPOS=170493103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:47:48:52:52:0.52:36:16:16:31:36:16:17:31 chr2 170605981 . C T 1835.88 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=124;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0313806;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9761;QD=60.6901;RBI=0.0334347;REFB=0.0403988;REVB=0.0115385;RO=1;SAF=49;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959528;STB=0.50505;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000518934;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:121:1:1:120:120:0.991736:71:49:1:0:71:49:1:0 chr2 170632969 . C A 164.37 PASS AF=0.411765;AO=18;DP=46;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0595329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9766;QD=12.8921;RBI=0.0941578;REFB=-0.0105378;REVB=0.0729489;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218007;STB=0.639864;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0671255;OID=.;OPOS=170632969;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:51:28:30:18:21:0.411765:12:6:15:13:14:7:17:13 chr2 170633001 . C T 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00505906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.831;QD=19.6972;RBI=0.0110825;REFB=-0.015637;REVB=-0.00986039;RO=22;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211772;STB=0.620317;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0119835;OID=.;OPOS=170633001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:15:6:11:11:15:6:11:11 chr2 170672843 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.071227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0602;QD=15.2621;RBI=0.0716138;REFB=0.0527035;REVB=0.00743282;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957353;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0620047;OID=.;OPOS=170672843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:9:7:7:6:9:7 chr2 170676105 . G A 522.44 PASS AF=0.486726;AO=53;DP=111;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0267414;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9841;QD=18.4933;RBI=0.0418028;REFB=-0.019992;REVB=-0.0321305;RO=58;SAF=34;SAR=19;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384247;STB=0.507977;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0132761;OID=.;OPOS=170676105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:58:58:53:55:0.486726:19:34:35:23:21:34:35:23 chr2 170762566 . A T 916.44 PASS AF=0.564103;AO=86;DP=155;FAO=88;FDP=156;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0686691;FXX=0.0126574;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3477;QD=23.4984;RBI=0.0686925;REFB=-0.0147093;REVB=0.00179265;RO=69;SAF=41;SAR=45;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603013;STB=0.535498;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0112575;OID=.;OPOS=170762566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:69:68:86:88:0.564103:45:41:38:31:46:42:38:30 chr2 170885930 . C A 321.43 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0493066;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.955;QD=15.6797;RBI=0.0499231;REFB=-0.00450723;REVB=-0.00782115;RO=47;SAF=13;SAR=22;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352709;STB=0.519929;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00517658;OID=.;OPOS=170885930;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:47:47:35:35:0.426829:22:13:19:28:22:13:19:28 chr2 170917648 . A G 237.71 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0138399;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0516;QD=15.0926;RBI=0.0355968;REFB=-0.00810207;REVB=0.0327962;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310118;STB=0.692176;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0288978;OID=.;OPOS=170917648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:35:27:28:0.444444:18:9:20:10:18:10:25:10 chr2 170938659 . G A 301.76 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0113866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0629;QD=25.1462;RBI=0.019497;REFB=-0.0140675;REVB=-0.0158265;RO=20;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431581;STB=0.514008;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0125658;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:15:12:9:11:15:12:10:11 chr2 170976590 . A G 1039.0 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=74;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0465914;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.835;QD=57.7223;RBI=0.0507807;REFB=-0.0820402;REVB=0.0201969;RO=1;SAF=16;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286232;STB=0.514282;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000334102;OID=.;OPOS=170976590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:72:1:1:69:71:0.986111:53:16:1:0:54:17:1:0 chr2 171070912 . T C 1274.09 PASS AF=0.496154;AO=129;DP=260;FAO=129;FDP=260;FR=.;FRO=131;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=62;FSRR=69;FWDB=-0.000129569;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.225;QD=19.6014;RBI=0.0101595;REFB=-0.00810206;REVB=0.0101586;RO=130;SAF=53;SAR=76;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616158;STB=0.532111;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00763314;OID=.;OPOS=171070912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:130:131:129:129:0.496154:76:53:62:68:76:53:62:69 chr2 171073887 . G A 758.56 PASS AF=0.395455;AO=86;DP=220;FAO=87;FDP=220;FR=.;FRO=133;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=66;FSRR=67;FWDB=-0.0302576;FXX=0.0134523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.399;QD=13.792;RBI=0.0318268;REFB=0.00349509;REVB=-0.00987042;RO=130;SAF=36;SAR=50;SRF=63;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716303;STB=0.550465;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00478569;OID=.;OPOS=171073887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:130:133:86:87:0.395455:50:36:63:67:51:36:66:67 chr2 171225841 . A G 2257.67 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.802;QD=62.713;RBI=0.0183576;REFB=-0.0656868;REVB=0.00193479;RO=1;SAF=60;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785907;STB=0.504064;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00157511;OID=.;OPOS=171225841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:144:1:1:142:143:0.993056:82:60:1:0:82:61:1:0 chr2 171242761 . G A 329.55 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00047085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.751;QD=12.4357;RBI=0.0209452;REFB=0.00467637;REVB=-0.0209399;RO=66;SAF=20;SAR=20;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496387;STB=0.528288;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00906799;OID=.;OPOS=171242761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:66:40:40:0.377358:20:20:30:36:20:20:30:36 chr2 171260787 . G A 2144.01 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200079;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0559;QD=63.0592;RBI=0.0515545;REFB=0;REVB=0.0475137;RO=0;SAF=71;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71631e-05;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:65:71:0:0:65:71:0:0 chr2 171260820 . T C 2312.22 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1831;QD=63.7853;RBI=0.0234644;REFB=0;REVB=0.0212254;RO=0;SAF=66;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.18654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76207e-05;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:78:66:0:0:78:67:0:0 chr2 171355198 . A G 701.8 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0281698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.64;QD=51.0403;RBI=0.0303881;REFB=-0.0965994;REVB=0.0113975;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526306;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00093716;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:55:55:0:3:52:52:0.945455:25:27:0:0:25:27:3:0 chr2 171356274 . G A 2989.24 PASS AF=0.985646;AO=187;DP=194;FAO=206;FDP=209;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=115;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0420538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.0303;QD=57.2104;RBI=0.0421137;REFB=-0.033519;REVB=-0.00224559;RO=6;SAF=81;SAR=106;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033966;STB=0.508107;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00478971;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:194:209:6:3:187:206:0.985646:106:81:6:0:115:91:3:0 chr2 171570151 . C T 524.46 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=53;FWDB=0.0186281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6602;QD=15.8928;RBI=0.0491206;REFB=-0.0210369;REVB=-0.0454514;RO=75;SAF=29;SAR=28;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219099;STB=0.621882;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0258759;OID=.;OPOS=171570151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:75:75:57:57:0.431818:28:29:22:53:28:29:22:53 chr2 171570488 . C G 1246.27 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.223;QD=61.5441;RBI=0.0578373;REFB=0;REVB=0.022662;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89844e-05;OID=.;OPOS=171570488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:48:31:0:0:50:31:0:0 chr2 171572940 . G A 2223.04 PASS AF=0.542636;AO=209;DP=387;FAO=210;FDP=387;FR=.;FRO=177;FSAF=107;FSAR=103;FSRF=102;FSRR=75;FWDB=-0.024599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.734;QD=22.9772;RBI=0.0259474;REFB=-0.0171389;REVB=-0.00825596;RO=174;SAF=107;SAR=102;SRF=100;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525631;STB=0.530572;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.01225;OID=.;OPOS=171572940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:387:174:177:209:210:0.542636:102:107:100:74:103:107:102:75 chr2 171573185 . G T 253.68 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.12519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4205;QD=28.187;RBI=0.125871;REFB=-0.0575443;REVB=-0.0130799;RO=13;SAF=15;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180555;STB=0.599911;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0213506;OID=.;OPOS=171573185;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:8:15:5:8:8:15:5:8 chr2 171649402 . C T 604.61 PASS AF=0.453237;AO=62;DP=135;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.0403468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5938;QD=17.3987;RBI=0.0474541;REFB=-0.0137873;REVB=-0.0249805;RO=71;SAF=18;SAR=44;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099684;STB=0.549841;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0254985;OID=.;OPOS=171649402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:139:71:76:62:63:0.453237:44:18:27:44:44:19:29:47 chr2 171678625 . T C 219.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0775476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.693;QD=17.5858;RBI=0.083822;REFB=-0.0193493;REVB=-0.0318198;RO=28;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277022;STB=0.658672;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0438072;OID=.;OPOS=171678625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:6:16:13:15:6:16:13:15 chr2 171822466 . C T 1274.03 PASS AF=0.911765;AO=93;DP=102;FAO=93;FDP=102;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.020674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.92;QD=49.9621;RBI=0.0315119;REFB=-0.114118;REVB=0.0237821;RO=3;SAF=21;SAR=72;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193441;STB=0.529406;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00101778;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:102:102:3:9:93:93:0.911765:72:21:0:3:72:21:0:9 chr2 171822576 . C T 975.44 PASS AF=0.601307;AO=86;DP=148;FAO=92;FDP=153;FR=.;FRO=61;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=0.0825299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6913;QD=25.5017;RBI=0.107428;REFB=-0.026433;REVB=0.0687715;RO=61;SAF=42;SAR=44;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148538;STB=0.585735;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0195014;OID=.;OPOS=171822576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:153:61:61:86:92:0.601307:44:42:18:43:45:47:18:43 chr2 171850329 . T G 784.59 PASS AF=0.517241;AO=75;DP=146;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.00595499;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.284;QD=21.6439;RBI=0.0334171;REFB=-0.0215119;REVB=-0.0328823;RO=69;SAF=37;SAR=38;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258179;STB=0.503678;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0186534;OID=.;OPOS=171850329;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:69:70:75:75:0.517241:38:37:32:37:38:37:34:36 chr2 172174150 . AA GC 1026.93 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542846;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=161.073;QD=59.532;RBI=0.0161358;REFB=0;REVB=0.0151953;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.10865e-05;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:42:27:0:0 chr2 172180771 . A G 2511.22 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.349;QD=61.625;RBI=0.0185886;REFB=0;REVB=0.0115741;RO=0;SAF=86;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88724e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:76:86:0:0:76:87:0:0 chr2 172378818 . A G 1187.82 PASS AF=1;AO=76;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.148;QD=59.3908;RBI=0.0174705;REFB=-0.09487;REVB=0.0146002;RO=1;SAF=53;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166243;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:80:1:0:76:80:1:23:53:1:0:23:57:0:0 chr2 172379781 . G A 2084.68 PASS AF=0.971429;AO=136;DP=140;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.034;QD=59.5624;RBI=0.0379483;REFB=-0.117692;REVB=0.0282839;RO=2;SAF=59;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158394;STB=0.501923;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.000360618;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:140:140:2:4:136:136:0.971429:77:59:2:0:77:59:2:2 chr2 172411273 . G A 218.12 PASS AF=0.5;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0556595;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8488;QD=20.7731;RBI=0.0566225;REFB=-0.00354655;REVB=-0.0103985;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562738;STB=0.572016;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00146913;OID=.;OPOS=172411273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:24:21:21:21:0.5:11:10:10:14:11:10:7:14 chr2 172693780 . G A 1556.6 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0405542;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9897;QD=62.8928;RBI=0.0412591;REFB=-0.109318;REVB=-0.00759448;RO=1;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747007;STB=0.503936;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000330244;OID=.;OPOS=172693780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:98:98:0.989899:63:35:0:1:63:35:0:1 chr2 172709215 . G C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.696;QD=63.2853;RBI=0.0743619;REFB=0;REVB=-0.0109795;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162882;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr2 172725301 . A G 2299.16 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0480584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.156;QD=60.1087;RBI=0.0482676;REFB=-0.0273576;REVB=0.00448937;RO=0;SAF=61;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84104e-08;STB=0.502732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000401369;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:153:0:1:151:152:0.993464:90:61:0:0:91:61:0:1 chr2 172926226 . G T 738.29 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0482468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6225;QD=54.6878;RBI=0.0496921;REFB=0.092942;REVB=-0.0118975;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192259;STB=0.5102;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0125782;OID=.;OPOS=172926226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:29:24:1:0:29:24:1:0 chr2 172964638 . C A 175.35 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.372;QD=46.7594;RBI=0.00972913;REFB=0;REVB=0.00646923;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336873;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:10:3:0:0:12:3:0:0 chr2 172966250 . T C 3017.71 PASS AF=0.99;AO=198;DP=203;FAO=198;FDP=200;FR=.;FRO=2;FSAF=109;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00501605;FXX=0.0147776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.408;QD=60.3541;RBI=0.0115217;REFB=-0.109283;REVB=0.0103725;RO=0;SAF=109;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36279e-08;STB=0.50051;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0002081;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:203:200:0:2:198:198:0.99:89:109:0:0:89:109:1:1 chr2 173352103 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0262931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.76;QD=14.2619;RBI=0.0339122;REFB=-0.00908853;REVB=-0.0214174;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131994;STB=0.576825;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0196023;OID=.;OPOS=173352103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:12:12:10:6:12:12 chr2 173600783 . C CG 228.3 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.1751;QD=41.5096;RBI=0.0806815;REFB=0;REVB=-0.029511;RO=5;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00307152;OID=.;OPOS=173600784;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:22:22:22:0:8:14:0:0:4:5:6:11:2:3 chr2 173686663 . G T 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.000762713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.822;QD=15.2436;RBI=0.0403946;REFB=-0.00960586;REVB=-0.0403874;RO=50;SAF=28;SAR=8;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224372;STB=0.628127;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0254977;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:8:28:30:20:8:28:30:20 chr2 173865993 . G GT 61.2 PASS AF=0.133721;AO=37;DP=177;FAO=23;FDP=172;FR=.;FRO=149;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=77;FSRR=72;FWDB=-0.0203006;FXX=0.022726;HRUN=0;LEN=1;MLLD=72.8527;QD=1.42325;RBI=0.0204557;REFB=-0.00188281;REVB=-0.00251474;RO=126;SAF=1;SAR=36;SRF=78;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.76713;STB=0.947645;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0240511;OID=.;OPOS=173865994;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133721:37:177:23:172:149:1:22:77:72:61:126:1:36:78:48 chr2 173917425 . G A 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.786;QD=62.9073;RBI=0.0411442;REFB=0;REVB=-0.0190319;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00872e-05;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr2 174068513 . G C 1548.7 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3131;QD=63.8638;RBI=0.0224125;REFB=0;REVB=-0.0194332;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117424;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:51:46:0:0:51:46:0:0 chr2 174091088 . T C 2008.33 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.436;QD=62.2738;RBI=0.0155114;REFB=0;REVB=0.0152112;RO=0;SAF=73;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04522e-05;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:56:73:0:0:56:73:0:0 chr2 174097106 . A G 1465.58 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.941;QD=61.7088;RBI=0.0458092;REFB=-0.0616331;REVB=0.0430865;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000208182;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:95:0:1:92:94:0.989474:50:42:0:0:51:43:1:0 chr2 174103160 . T C 1880.16 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00927459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.245;QD=60.6504;RBI=0.0116408;REFB=-0.0817877;REVB=0.00703501;RO=1;SAF=61;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772492;STB=0.504064;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=3.53948e-05;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:62:61:1:0:62:61:1:0 chr2 174774568 . AATTTTTG AATTTTG,AATTTTGT,ATTTTG 151.77 PASS AF=0.0465116,0,0.44186;AO=6,4,9;DP=44;FAO=2,0,19;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=1,0,15;FSAR=1,0,4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.158446,-0.14186,0.143901;FXX=0.0227221;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,2;MLLD=9.96872,33.5499,17.7597;QD=14.118;RBI=0.162942,0.147655,0.145047;REFB=-0.124449,-0.00535988,-0.0887604;REVB=-0.0380094,-0.0409627,0.0181972;RO=17;SAF=2,4,5;SAR=4,0,4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.286369,0.636236,-0.0357641;STB=0.541256,0.5,0.660191;STBP=0.883,1,0.086;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0880348,0,0.178735;OID=.,.,.;OPOS=174774570,174774574,174774569;OREF=T,TG,AT;OALT=-,GT,-;OMAPALT=AATTTTG,AATTTTGT,ATTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0465116,0,0.44186:6,4,9:44:2,0,19:43:22:1,0,15:1,0,4:12:10:99:17:2,4,5:4,0,4:10:7 chr2 174820750 . T C 498.26 PASS AF=0.447154;AO=54;DP=123;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.0196219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.486;QD=16.2035;RBI=0.0210141;REFB=-0.00827932;REVB=-0.00752151;RO=69;SAF=27;SAR=27;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109192;STB=0.569887;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0160766;OID=.;OPOS=174820750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:68:54:55:0.447154:27:27:27:42:27:28:26:42 chr2 174939984 . G A 141.97 PASS AF=0.933333;AO=6;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124401;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=202.923;QD=37.8586;RBI=0.0172937;REFB=-0.0763942;REVB=-0.0120132;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00686355;OID=.;OPOS=174939984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:6:14:0.933333:3:3:0:0:4:10:1:0 chr2 175201299 . C G 17420.0 PASS AF=1;AO=1049;DP=1052;FAO=1106;FDP=1106;FR=.;FRO=0;FSAF=520;FSAR=586;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.626;QD=63.0018;RBI=0.027452;REFB=0;REVB=0.0272432;RO=0;SAF=509;SAR=540;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9969e-06;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:96:1052:1106:0:0:1049:1106:1:540:509:0:0:586:520:0:0 chr2 175424779 . T G 716.48 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0388474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.454;QD=51.1771;RBI=0.0412059;REFB=-0.040602;REVB=0.0137406;RO=3;SAF=19;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687442;STB=0.536571;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00288582;OID=.;OPOS=175424779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:52:53:0.946429:33:19:3:0:34:19:3:0 chr2 175425476 . G A 920.58 PASS AF=1;AO=54;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.363;QD=58.4497;RBI=0.0400999;REFB=0;REVB=0.0185845;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104284;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:54:63:1:27:27:0:0:31:32:0:0 chr2 175426274 . C G 1606.44 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307331;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.371;QD=59.4976;RBI=0.0556608;REFB=0;REVB=0.0464069;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00379582;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:104:108:1:62:42:0:0:62:46:0:0 chr2 175436940 . G A 1560.61 PASS AF=0.955752;AO=108;DP=113;FAO=108;FDP=113;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00833564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.816;QD=55.2428;RBI=0.0493343;REFB=-0.15795;REVB=0.048625;RO=5;SAF=47;SAR=61;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00300295;STB=0.501584;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00172538;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:113:113:5:5:108:108:0.955752:61:47:2:3:61:47:2:3 chr2 175439681 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAT 113.46 PASS AF=0.730769,0,0.269231;AO=11,3,2;DP=27;FAO=19,0,7;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,7;FSAR=18,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.425333,0.137764,0.0815322;FXX=0.103413;HRUN=13,13,13;LEN=1,2,1;MLLD=3.88984,7.12406,170.591;QD=17.4558;RBI=0.7939,0.271731,0.103827;REFB=0.433269,0.225763,0.0720084;REVB=-0.670349,-0.23422,-0.0642841;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=11,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.245736,-0.206993,0.0676917;OID=.,.,.;OPOS=175439682,175439682,175439691;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.730769,0,0.269231:11,3,2:27:19,0,7:26:0:1,0,7:18,0,0:0:0:46:0:0,0,2:11,3,0:0:0 chr2 175440056 . G A 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=-0.0370445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7003;QD=22.437;RBI=0.0479995;REFB=-0.00398455;REVB=-0.030523;RO=25;SAF=7;SAR=26;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173214;STB=0.594404;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00278811;OID=.;OPOS=175440056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:26:7:2:23:26:7:2:23 chr2 175983030 . C T 786.74 PASS AF=0.446237;AO=83;DP=186;FAO=83;FDP=186;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.00843036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.644;QD=16.9191;RBI=0.0150311;REFB=-0.00688212;REVB=-0.0124444;RO=103;SAF=33;SAR=50;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601663;STB=0.533467;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00887422;OID=.;OPOS=175983030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:103:103:83:83:0.446237:50:33:47:56:50:33:47:56 chr2 176032376 . G A 2016.43 PASS AF=0.537634;AO=188;DP=362;FAO=200;FDP=372;FR=.;FRO=172;FSAF=93;FSAR=107;FSRF=80;FSRR=92;FWDB=0.00913628;FXX=0.010638;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8605;QD=21.6821;RBI=0.0174874;REFB=-0.0444608;REVB=-0.0149109;RO=162;SAF=93;SAR=95;SRF=80;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000725792;STB=0.500054;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0498129;OID=.;OPOS=176032376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:372:162:172:188:200:0.537634:95:93:80:82:107:93:80:92 chr2 176957822 . G A 545.27 PASS AF=0.586207;AO=50;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0139504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.1;QD=25.0699;RBI=0.0842858;REFB=-0.0588644;REVB=0.0831233;RO=37;SAF=33;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121073;STB=0.552346;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.044467;OID=.;OPOS=176957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:36:50:51:0.586207:17:33:19:18:18:33:19:17 chr2 176988290 . C CGCA 1453.78 PASS AF=0.830769;AO=104;DP=158;FAO=108;FDP=130;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=75;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.018184;FXX=0.0441144;HRUN=1;LEN=3;MLLD=276.27;QD=44.7316;RBI=0.0329932;REFB=-0.0597686;REVB=0.0275298;RO=51;SAF=33;SAR=71;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189362;STB=0.586838;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00974974;OID=.;OPOS=176988291;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.830769:104:158:108:130:22:33:75:17:5:99:51:33:71:31:20 chr2 176995607 . G A 1043.06 PASS AF=0.443137;AO=114;DP=254;FAO=113;FDP=255;FR=.;FRO=142;FSAF=32;FSAR=81;FSRF=60;FSRR=82;FWDB=-0.0489179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7629;QD=16.3618;RBI=0.052276;REFB=-0.011199;REVB=0.0184342;RO=140;SAF=32;SAR=82;SRF=59;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159039;STB=0.588237;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0156241;OID=.;OPOS=176995607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:140:142:114:113:0.443137:82:32:59:81:81:32:60:82 chr2 177034121 . G T 144.39 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00311921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.495;QD=11.3245;RBI=0.0852416;REFB=-0.000300154;REVB=-0.0851845;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916266;STB=0.529379;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00347704;OID=.;OPOS=177034121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:29:33:18:18:0.352941:9:9:17:12:9:9:18:15 chr2 177036754 . T C 1297.89 PASS AF=1;AO=67;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6119;QD=61.8045;RBI=0.158861;REFB=0;REVB=-0.0628877;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001137;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:67:84:1:42:25:0:0:42:42:0:0 chr2 177054411 . T C 583.57 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=50;FWDB=-0.00657281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.828;QD=17.6838;RBI=0.0100499;REFB=-0.000518338;REVB=0.00760254;RO=71;SAF=25;SAR=36;SRF=21;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117214;STB=0.564877;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000625601;OID=.;OPOS=177054411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:71:61:61:0.462121:36:25:21:50:36:25:21:50 chr2 177054597 . C G 1236.27 PASS AF=0.543379;AO=119;DP=219;FAO=119;FDP=219;FR=.;FRO=100;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=64;FSRR=36;FWDB=0.0235412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.01;QD=22.5803;RBI=0.0235767;REFB=-0.00817799;REVB=0.00129263;RO=100;SAF=64;SAR=55;SRF=64;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867945;STB=0.547256;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00505563;OID=.;OPOS=177054597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:100:100:119:119:0.543379:55:64:64:36:55:64:64:36 chr2 177054769 . G A 448.13 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0181711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.324;QD=17.5738;RBI=0.0185399;REFB=-0.00256514;REVB=-0.00367975;RO=54;SAF=23;SAR=25;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549902;STB=0.530599;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00459965;OID=.;OPOS=177054769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:25:23:29:25:25:23:29:25 chr2 178085137 . G A 226.82 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00213933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.166;QD=11.3408;RBI=0.0354791;REFB=0.00487167;REVB=0.0354145;RO=52;SAF=18;SAR=10;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782608;STB=0.545421;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00697549;OID=.;OPOS=178085137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:10:18:30:22:10:18:30:22 chr2 178417142 . C T 2721.11 PASS AF=0.988764;AO=176;DP=179;FAO=176;FDP=178;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0206892;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7789;QD=61.1486;RBI=0.0319792;REFB=-0.0856214;REVB=0.024385;RO=1;SAF=80;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591326;STB=0.506172;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000748025;OID=.;OPOS=178417142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:179:178:1:2:176:176:0.988764:96:80:1:0:96:80:2:0 chr2 178417225 . C T 2222.28 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179617;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.477;QD=63.4937;RBI=0.024222;REFB=0;REVB=0.0162506;RO=0;SAF=76;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266037;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:64:76:0:0:64:76:0:0 chr2 178481818 . G T 1900.28 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188015;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.877;QD=61.7976;RBI=0.0188275;REFB=0;REVB=0.000988952;RO=0;SAF=48;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32664e-06;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:75:48:0:0:75:48:0:0 chr2 178482094 . C T 168.16 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011808;FXX=0.124922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.266;QD=48.0442;RBI=0.0440802;REFB=0;REVB=-0.0424692;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314362;OID=.;OPOS=178482094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr2 178491217 . G A 2733.76 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.551;QD=62.4858;RBI=0.0264447;REFB=0;REVB=0.0144052;RO=0;SAF=72;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23094e-05;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:103:72:0:0:103:72:0:0 chr2 178493301 . G T 358.53 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.267;QD=55.1586;RBI=0.0199732;REFB=0;REVB=0.00156726;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107286;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chr2 178494173 . G GGGA 3674.38 PASS AF=0.890034;AO=239;DP=304;FAO=259;FDP=291;FR=.;FRO=32;FSAF=115;FSAR=144;FSRF=29;FSRR=3;FWDB=0.0153743;FXX=0.0168913;HRUN=4;LEN=3;MLLD=272.969;QD=50.507;RBI=0.0153768;REFB=-0.0528387;REVB=-0.000275818;RO=45;SAF=107;SAR=132;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923246;STB=0.550885;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00330514;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.890034:239:304:259:291:32:115:144:29:3:99:45:107:132:34:11 chr2 178936373 . T G 1282.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.408;QD=61.8054;RBI=0.054039;REFB=0;REVB=-0.000156719;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99371e-05;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:83:0:0:78:83:1:40:38:0:0:40:43:0:0 chr2 178936614 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.548;QD=58.6001;RBI=0.0289549;REFB=0;REVB=0.0231805;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35988e-05;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:34:30:0:0 chr2 179188951 . T C 6268.14 PASS AF=1;AO=390;DP=390;FAO=393;FDP=393;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=214;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115851;FXX=0.00506316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.47;QD=63.7979;RBI=0.0146972;REFB=0;REVB=0.00904404;RO=0;SAF=176;SAR=214;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52021e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012545;OID=.;OPOS=179188951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:390:393:0:0:390:393:1:214:176:0:0:214:179:0:0 chr2 179203797 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3944;QD=64.4144;RBI=0.0246113;REFB=0;REVB=0.00024374;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192789;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr2 179296511 . C T 194.05 PASS AF=0.209459;AO=30;DP=147;FAO=31;FDP=148;FR=.;FRO=117;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=-0.00254103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8493;QD=5.24459;RBI=0.024688;REFB=0.00385642;REVB=-0.0245569;RO=117;SAF=16;SAR=14;SRF=55;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804208;STB=0.536328;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.010486;OID=.;OPOS=179296511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:117:117:30:31:0.209459:14:16:55:62:15:16:55:62 chr2 179296624 . C T 118.18 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=94;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0252705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.041;QD=5.02886;RBI=0.0344207;REFB=-0.0196293;REVB=0.0233707;RO=72;SAF=7;SAR=12;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249684;STB=0.651006;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0414862;OID=.;OPOS=179296624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:72:75:19:19:0.202128:12:7:41:31:12:7:42:33 chr2 179296626 . G A 128.16 PASS AF=0.212766;AO=20;DP=94;FAO=20;FDP=94;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0194765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.516;QD=5.45362;RBI=0.0228863;REFB=-0.0316534;REVB=-0.0120187;RO=74;SAF=8;SAR=12;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192163;STB=0.620134;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.070813;OID=.;OPOS=179296626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:74:74:20:20:0.212766:12:8:41:33:12:8:41:33 chr2 179296666 . T C 100.77 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.000687944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.251;QD=5.67707;RBI=0.0293598;REFB=0.00139557;REVB=0.0293517;RO=53;SAF=5;SAR=11;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269622;STB=0.668838;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00599217;OID=.;OPOS=179296666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:55:16:16:0.225352:11:5:28:25:11:5:29:26 chr2 179296821 . G A 391.96 PASS AF=0.271845;AO=55;DP=208;FAO=56;FDP=206;FR=.;FRO=150;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=89;FWDB=0.00459103;FXX=0.0143534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.737;QD=7.61091;RBI=0.0158137;REFB=-0.000800567;REVB=-0.0151326;RO=138;SAF=22;SAR=33;SRF=61;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525842;STB=0.503047;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.000677051;OID=.;OPOS=179296821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:206:138:150:55:56:0.271845:33:22:61:77:33:23:61:89 chr2 179300971 . G A 93.95 PASS AF=0.136986;AO=20;DP=146;FAO=20;FDP=146;FR=.;FRO=126;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=-0.0298407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.284;QD=2.57409;RBI=0.0302;REFB=0.000339172;REVB=-0.00464438;RO=121;SAF=12;SAR=8;SRF=69;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385839;STB=0.546172;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00252451;OID=.;OPOS=179300971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:146:146:121:126:20:20:0.136986:8:12:69:52:8:12:69:57 chr2 179300979 . A T 109.38 PASS AF=0.147651;AO=22;DP=149;FAO=22;FDP=149;FR=.;FRO=127;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=56;FWDB=-0.00964647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.85;QD=2.93638;RBI=0.00982484;REFB=-0.000418325;REVB=0.00186364;RO=124;SAF=13;SAR=9;SRF=69;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446391;STB=0.52777;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00244159;OID=.;OPOS=179300979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:124:127:22:22:0.147651:9:13:69:55:9:13:71:56 chr2 179308114 . A G 111.73 PASS AF=0.15493;AO=22;DP=142;FAO=22;FDP=142;FR=.;FRO=120;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=0.0267572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.139;QD=3.14726;RBI=0.0288874;REFB=-0.000917775;REVB=-0.0108873;RO=120;SAF=16;SAR=6;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350557;STB=0.732614;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0117446;OID=.;OPOS=179308114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:120:120:22:22:0.15493:6:16:54:66:6:16:54:66 chr2 179309165 . G A 128.15 PASS AF=0.185484;AO=23;DP=124;FAO=23;FDP=124;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.00443705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8881;QD=4.1337;RBI=0.0218632;REFB=-0.00276244;REVB=-0.0214082;RO=101;SAF=9;SAR=14;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169774;STB=0.608601;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00850858;OID=.;OPOS=179309165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:101:101:23:23:0.185484:14:9:53:48:14:9:53:48 chr2 179312235 . A G 95.76 PASS AF=0.115942;AO=24;DP=209;FAO=24;FDP=207;FR=.;FRO=183;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=95;FSRR=88;FWDB=-0.00111552;FXX=0.00956892;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.813;QD=1.85046;RBI=0.00922776;REFB=-0.000890713;REVB=-0.00916008;RO=177;SAF=7;SAR=17;SRF=95;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303738;STB=0.702139;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00926233;OID=.;OPOS=179312235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:209:207:177:183:24:24:0.115942:17:7:95:82:17:7:95:88 chr2 179315734 . GGC G 254.87 PASS AF=0.308571;AO=54;DP=174;FAO=54;FDP=175;FR=.;FRO=121;FSAF=8;FSAR=46;FSRF=71;FSRR=50;FWDB=-0.0291412;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=267.747;QD=5.8256;RBI=0.0309155;REFB=-0.011505;REVB=-0.0103227;RO=107;SAF=8;SAR=46;SRF=65;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563336;STB=0.825406;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0335036;OID=.;OPOS=179315735;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308571:54:174:54:175:121:8:46:71:50:99:107:8:46:65:42 chr2 179315757 . T G 381.61 PASS AF=0.292135;AO=52;DP=176;FAO=52;FDP=178;FR=.;FRO=126;FSAF=9;FSAR=43;FSRF=72;FSRR=54;FWDB=-0.0128879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.435;QD=8.57558;RBI=0.0183987;REFB=-0.0137977;REVB=-0.0131307;RO=124;SAF=9;SAR=43;SRF=70;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501006;STB=0.799465;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0224951;OID=.;OPOS=179315757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:124:126:52:52:0.292135:43:9:70:54:43:9:72:54 chr2 179358665 . A G 902.37 PASS AF=0.569444;AO=82;DP=144;FAO=82;FDP=144;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.0274451;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3337;QD=25.0659;RBI=0.0281391;REFB=-0.00824731;REVB=0.0062112;RO=61;SAF=38;SAR=44;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815411;STB=0.547314;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00399099;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:61:62:82:82:0.569444:44:38:22:39:44:38:22:40 chr2 179367086 . A G 397.72 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=7;FWDB=-0.0216693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1349;QD=18.0782;RBI=0.031747;REFB=0.00429857;REVB=0.0232016;RO=45;SAF=37;SAR=4;SRF=39;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871406;STB=0.569193;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00692031;OID=.;OPOS=179367086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:47:41:41:0.465909:4:37:39:6:4:37:40:7 chr2 179395958 . T C 745.23 PASS AF=0.459302;AO=79;DP=172;FAO=79;FDP=172;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0117072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.443;QD=17.331;RBI=0.0157234;REFB=-0.00711716;REVB=0.0104961;RO=93;SAF=32;SAR=47;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572047;STB=0.531746;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00815243;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:93:93:79:79:0.459302:47:32:43:50:47:32:43:50 chr2 179396354 . G A 442.02 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0354669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9792;QD=19.8658;RBI=0.0399516;REFB=0.0345088;REVB=0.0183911;RO=45;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510336;STB=0.528318;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0348434;OID=.;OPOS=179396354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:21:23:21:24:21:23:21:24 chr2 179397561 . C T 1123.42 PASS AF=0.455939;AO=122;DP=265;FAO=119;FDP=261;FR=.;FRO=142;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=76;FSRR=66;FWDB=-0.0290325;FXX=0.0150938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.579;QD=17.2172;RBI=0.0316686;REFB=-0.0102483;REVB=-0.0126498;RO=136;SAF=72;SAR=50;SRF=76;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307627;STB=0.539087;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0135546;OID=.;OPOS=179397561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:261:136:142:122:119:0.455939:50:72:76:60:47:72:76:66 chr2 179398823 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0144935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.425;QD=14.6525;RBI=0.0499024;REFB=-0.00149283;REVB=-0.0477513;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00853606;OID=.;OPOS=179398823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:3:3:3:1:3:3:3:2 chr2 179406191 . C T 998.18 PASS AF=0.429688;AO=110;DP=256;FAO=110;FDP=256;FR=.;FRO=146;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=77;FSRR=69;FWDB=-0.00302879;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.009;QD=15.5966;RBI=0.0208704;REFB=-0.0279867;REVB=-0.0206494;RO=145;SAF=50;SAR=60;SRF=77;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781928;STB=0.54157;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0332533;OID=.;OPOS=179406191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:145:146:110:110:0.429688:60:50:77:68:60:50:77:69 chr2 179408025 . T G 30.41 PASS AF=0.063197;AO=19;DP=270;FAO=17;FDP=269;FR=.,HEALED;FRO=252;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=139;FSRR=113;FWDB=0.0146799;FXX=0.0073798;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.4015;QD=0.452123;RBI=0.1463;REFB=-0.0183699;REVB=-0.145562;RO=202;SAF=1;SAR=18;SRF=123;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607971;STB=0.945042;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.145029;OID=.;OPOS=179408025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:270:269:202:252:19:17:0.063197:18:1:123:79:16:1:139:113 chr2 179408930 . A C 838.88 PASS AF=0.525;AO=83;DP=163;FAO=84;FDP=160;FR=.;FRO=76;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.000894315;FXX=0.0243888;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9078;QD=20.972;RBI=0.00231219;REFB=0.00339606;REVB=-0.00213223;RO=71;SAF=50;SAR=33;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117754;STB=0.570896;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00156661;OID=.;OPOS=179408930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:160:71:76:83:84:0.525:33:50:33:38:34:50:34:42 chr2 179413110 . G A 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00220071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.211;QD=17.3291;RBI=0.0371403;REFB=-0.00641582;REVB=-0.0370751;RO=45;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125784;STB=0.570399;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00681799;OID=.;OPOS=179413110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:17:21:19:26:17:21:19:26 chr2 179421694 . A G 652.36 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.00578479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5946;QD=19.047;RBI=0.00614656;REFB=0.00388736;REVB=0.00207761;RO=71;SAF=29;SAR=37;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703344;STB=0.538851;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0042908;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:71:66:66:0.481752:37:29:26:45:37:29:26:45 chr2 179427186 . A G 902.22 PASS AF=0.461538;AO=96;DP=209;FAO=96;FDP=208;FR=.;FRO=112;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=0.0171242;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5433;QD=17.3503;RBI=0.0244147;REFB=-0.007803;REVB=0.0174022;RO=112;SAF=49;SAR=47;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101354;STB=0.505609;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0105356;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:112:112:96:96:0.461538:47:49:56:56:47:49:56:56 chr2 179427536 . T C 886.42 PASS AF=0.463918;AO=90;DP=191;FAO=90;FDP=194;FR=.;FRO=104;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=64;FWDB=0.008391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.05;QD=18.2767;RBI=0.0087861;REFB=-0.025876;REVB=0.00260513;RO=98;SAF=56;SAR=34;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203102;STB=0.627029;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0219778;OID=.;OPOS=179427536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:194:98:104:90:90:0.463918:34:56:40:58:34:56:40:64 chr2 179430997 . G A 1124.8 PASS AF=0.6;AO=101;DP=173;FAO=102;FDP=170;FR=.;FRO=68;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00973218;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.533;QD=26.4658;RBI=0.0172728;REFB=0.00055647;REVB=0.0142701;RO=66;SAF=47;SAR=54;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413906;STB=0.513838;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.000222283;OID=.;OPOS=179430997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:170:66:68:101:102:0.6:54:47:27:39:55:47:29:39 chr2 179436020 . G A 459.5 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00208692;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.168;QD=17.0184;RBI=0.0215804;REFB=-0.016745;REVB=0.0214793;RO=56;SAF=27;SAR=23;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00409456;STB=0.502979;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0183434;OID=.;OPOS=179436020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:56:58:50:50:0.462963:23:27:30:26:23:27:31:27 chr2 179439490 . C T 703.92 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=-0.0401491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.699;QD=19.4185;RBI=0.0409225;REFB=-0.0231078;REVB=-0.00791845;RO=73;SAF=29;SAR=41;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829052;STB=0.543775;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0135843;OID=.;OPOS=179439490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:73:75:70:70:0.482759:41:29:24:49:41:29:25:50 chr2 179444768 . C G 3129.25 PASS AF=1;AO=194;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718543;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.225;QD=63.8623;RBI=0.0314951;REFB=0;REVB=0.0306644;RO=0;SAF=91;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36485e-05;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:194:196:1:103:91:0:0:104:92:0:0 chr2 179444939 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0202128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.575;QD=16.8229;RBI=0.0224039;REFB=0.0162048;REVB=-0.0096633;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121017;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00968192;OID=.;OPOS=179444939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:3:2:4:3:3:2 chr2 179447848 . T C 1004.32 PASS AF=0.472973;AO=104;DP=220;FAO=105;FDP=222;FR=.;FRO=117;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=0.00688694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.142;QD=18.0958;RBI=0.0107599;REFB=-0.0183489;REVB=-0.00826715;RO=116;SAF=39;SAR=65;SRF=45;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131228;STB=0.506798;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0156348;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:222:116:117:104:105:0.472973:65:39:45:71:65:40:46:71 chr2 179451420 . G A 1180.15 PASS AF=0.497872;AO=115;DP=233;FAO=117;FDP=235;FR=.;FRO=118;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=-0.0196984;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9812;QD=20.0876;RBI=0.0571621;REFB=0.000734725;REVB=-0.0536607;RO=117;SAF=58;SAR=57;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628215;STB=0.536175;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00122873;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:235:117:118:115:117:0.497872:57:58:51:66:57:60:52:66 chr2 179451906 . G A 1195.8 PASS AF=0.552764;AO=110;DP=199;FAO=110;FDP=199;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.0134827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.952;QD=24.0362;RBI=0.0176601;REFB=0.0117116;REVB=-0.0114059;RO=89;SAF=45;SAR=65;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805794;STB=0.543925;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00644226;OID=.;OPOS=179451906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:89:89:110:110:0.552764:65:45:45:44:65:45:45:44 chr2 179454394 . A G 566.37 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0182094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.926;QD=21.3725;RBI=0.0182332;REFB=-0.025302;REVB=0.000932591;RO=49;SAF=28;SAR=29;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331293;STB=0.518193;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0188262;OID=.;OPOS=179454394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:29:28:26:23:29:28:26:23 chr2 179455207 . T C 1172.92 PASS AF=0.485477;AO=116;DP=241;FAO=117;FDP=241;FR=.;FRO=124;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=0.0192027;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6916;QD=19.4675;RBI=0.060019;REFB=-0.00320854;REVB=0.0568642;RO=123;SAF=45;SAR=71;SRF=60;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958908;STB=0.556786;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00524489;OID=.;OPOS=179455207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:123:124:116:117:0.485477:71:45:60:63:72:45:61:63 chr2 179457147 . G A 512.32 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0340667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9876;QD=26.964;RBI=0.0402275;REFB=-0.0190795;REVB=0.0213942;RO=29;SAF=24;SAR=23;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529853;STB=0.528872;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0154039;OID=.;OPOS=179457147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:29:47:47:0.618421:23:24:17:12:23:24:17:12 chr2 179458591 . C T 109.84 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0668337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.432;QD=14.6459;RBI=0.0681367;REFB=-0.0138123;REVB=0.0132617;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503595;STB=0.529366;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0198529;OID=.;OPOS=179458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:6:11:9:4:6:11 chr2 179464527 . T C 872.41 PASS AF=0.494382;AO=88;DP=178;FAO=88;FDP=178;FR=.;FRO=90;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.0297698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.531;QD=19.6047;RBI=0.0303948;REFB=-0.0161981;REVB=-0.00613237;RO=88;SAF=46;SAR=42;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103443;STB=0.505881;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0141966;OID=.;OPOS=179464527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:88:90:88:88:0.494382:42:46:45:43:42:46:46:44 chr2 179540684 . CCACTTTCTTCTCTGT C 160.53 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=102;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.00112959;FXX=0.127438;HRUN=2;LEN=15;MLLD=347.068;QD=7.21471;RBI=0.0025201;REFB=0.00247218;REVB=0.00225276;RO=54;SAF=11;SAR=19;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264061;STB=0.507687;STBP=0.919;TYPE=del;VARB=-0.00536702;OID=.;OPOS=179540685;OREF=CACTTTCTTCTCTGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337079:30:102:30:89:59:11:19:21:38:99:54:11:19:21:33 chr2 179543217 . C T 1016.42 PASS AF=0.479452;AO=105;DP=219;FAO=105;FDP=219;FR=.;FRO=114;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=43;FSRR=71;FWDB=-0.104405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1821;QD=18.5647;RBI=0.114148;REFB=0.0145878;REVB=-0.0461462;RO=111;SAF=39;SAR=66;SRF=41;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00205907;STB=0.503207;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.0193599;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:111:114:105:105:0.479452:66:39:41:70:66:39:43:71 chr2 179558366 . T C 666.2 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00192024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.856;QD=22.583;RBI=0.00204671;REFB=0.00545939;REVB=0.000708304;RO=52;SAF=28;SAR=37;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568154;STB=0.535656;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00380499;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:52:53:65:65:0.550847:37:28:26:26:37:28:27:26 chr2 179571423 . G T 268.04 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00376581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.72;QD=16.2449;RBI=0.0172063;REFB=-0.00583617;REVB=-0.0167892;RO=36;SAF=9;SAR=21;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975596;STB=0.555134;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00572693;OID=.;OPOS=179571423;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:21:9:14:22:21:9:14:22 chr2 179578730 . G A 1237.38 PASS AF=0.42236;AO=136;DP=322;FAO=136;FDP=322;FR=.;FRO=186;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=77;FSRR=109;FWDB=-0.0142498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.975;QD=15.3712;RBI=0.014455;REFB=-0.0148795;REVB=-0.00242701;RO=185;SAF=65;SAR=71;SRF=77;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642855;STB=0.537135;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0208995;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:185:186:136:136:0.42236:71:65:77:108:71:65:77:109 chr2 179579093 . T C 760.29 PASS AF=0.619469;AO=70;DP=113;FAO=70;FDP=113;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00177261;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.755;QD=26.913;RBI=0.0017784;REFB=0.00361549;REVB=-0.000143327;RO=43;SAF=35;SAR=35;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734432;STB=0.539812;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00205934;OID=.;OPOS=179579093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:43:43:70:70:0.619469:35:35:17:26:35:35:17:26 chr2 179579212 . T C 1184.82 PASS AF=0.57754;AO=107;DP=186;FAO=108;FDP=187;FR=.;FRO=79;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.00970173;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.551;QD=25.3437;RBI=0.0104254;REFB=-0.0123317;REVB=0.00381649;RO=78;SAF=48;SAR=59;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101405;STB=0.500849;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00960853;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:78:79:107:108:0.57754:59:48:36:42:59:49:36:43 chr2 179579822 . T A 868.41 PASS AF=0.413793;AO=96;DP=232;FAO=96;FDP=232;FR=.;FRO=136;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=90;FWDB=0.0287578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5527;QD=14.9727;RBI=0.0287817;REFB=-0.000902665;REVB=-0.00117198;RO=135;SAF=57;SAR=39;SRF=46;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260132;STB=0.646672;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00171573;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:135:136:96:96:0.413793:39:57:46:89:39:57:46:90 chr2 179582327 . C T 549.63 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00442675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.329;QD=16.1657;RBI=0.0197083;REFB=-0.0117902;REVB=0.0192047;RO=77;SAF=24;SAR=35;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128202;STB=0.571727;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0146127;OID=.;OPOS=179582327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:77:59:59:0.433824:35:24:41:36:35:24:41:36 chr2 179582537 . G T 537.71 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.00629833;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.451;QD=15.9321;RBI=0.0389664;REFB=-0.00248255;REVB=-0.038454;RO=77;SAF=25;SAR=33;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057076;STB=0.531904;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00245278;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:77:77:58:58:0.42963:33:25:29:48:33:25:29:48 chr2 179583496 . T G 462.52 PASS AF=0.381295;AO=53;DP=139;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=-0.00719841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.893;QD=13.3099;RBI=0.0132092;REFB=-0.0102998;REVB=0.0110754;RO=86;SAF=26;SAR=27;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162548;STB=0.591847;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0169414;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:86:86:53:53:0.381295:27:26:55:31:27:26:55:31 chr2 179585266 . C T 2204.71 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0114836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5185;QD=61.6702;RBI=0.0134449;REFB=-0.035468;REVB=-0.00699237;RO=2;SAF=55;SAR=86;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109287;STB=0.505746;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-7.22195e-05;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:2:2:141:141:0.986014:86:55:0:2:86:55:0:2 chr2 179585393 . A G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00950772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.969;QD=24.0668;RBI=0.0139459;REFB=0.00201335;REVB=-0.0102026;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178529;STB=0.599877;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.000523557;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:3:7:7:9:3:7 chr2 179587130 . C G 663.16 PASS AF=0.45283;AO=72;DP=158;FAO=72;FDP=159;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0391451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.994;QD=16.6833;RBI=0.0392849;REFB=-0.0163507;REVB=0.00331097;RO=86;SAF=37;SAR=35;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036382;STB=0.517026;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0199571;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:86:87:72:72:0.45283:35:37:41:45:35:37:42:45 chr2 179600563 . G A 3114.38 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.409;QD=63.8847;RBI=0.0168806;REFB=0;REVB=-0.00381981;RO=0;SAF=95;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54468e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06663e-05;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:195:0:0:193:195:1:98:95:0:0:99:96:0:0 chr2 179605180 . C T 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.721;QD=57.8836;RBI=0.0469576;REFB=0;REVB=0.0386269;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06074e-05;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr2 179614952 . A G 2285.83 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.18;QD=60.1533;RBI=0.0298894;REFB=-0.0184705;REVB=0.0275725;RO=1;SAF=83;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569678;STB=0.502994;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=4.12273e-05;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:151:151:0.993421:68:83:1:0:68:83:1:0 chr2 179615887 . T C 714.17 PASS AF=0.981132;AO=46;DP=47;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0907495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.152;QD=53.8993;RBI=0.11582;REFB=-0.11529;REVB=0.0719644;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177403;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00977719;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:53:1:1:46:52:0.981132:26:20:0:1:29:23:0:1 chr2 179615931 . C G 1043.87 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237333;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.682;QD=58.8094;RBI=0.00313236;REFB=0;REVB=-0.00204426;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021038;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:31:38:0:0:33:38:0:0 chr2 179615994 . T C 1658.35 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=114;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00308462;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.62;QD=59.2267;RBI=0.00407428;REFB=-0.138009;REVB=0.00266175;RO=1;SAF=48;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097874;STB=0.505154;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000172612;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:112:1:1:110:111:0.991071:62:48:1:0:63:48:1:0 chr2 179620951 . C T 1460.03 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182613;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.761;QD=62.129;RBI=0.0442985;REFB=-0.116862;REVB=0.0403594;RO=0;SAF=62;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000230435;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:0:1:93:93:0.989362:31:62:0:0:31:62:0:1 chr2 179621477 . C T 3121.83 PASS AF=0.985577;AO=205;DP=210;FAO=205;FDP=208;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0130741;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.035;QD=60.0353;RBI=0.0166321;REFB=-0.13152;REVB=0.0102808;RO=2;SAF=95;SAR=110;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000676956;STB=0.501887;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.000269152;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:210:208:2:3:205:205:0.985577:110:95:1:1:110:95:1:2 chr2 179623758 . C T 4111.06 PASS AF=1;AO=262;DP=262;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.267;QD=62.5256;RBI=0.019758;REFB=0;REVB=0.0196343;RO=0;SAF=125;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95666e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29015e-05;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:262:263:0:0:262:263:1:137:125:0:0:138:125:0:0 chr2 179629363 . T A,C 1699.66 PASS AF=0.0695652,0.930435;AO=8,106;DP=114;FAO=8,107;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=8,55;FSAR=0,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207442,0.00926302;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.3428,107.948;QD=59.1185;RBI=0.0416184,0.0139082;REFB=0,0;REVB=0.0415667,0.0103747;RO=0;SAF=8,54;SAR=0,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.101736,0.00135617;OID=.,.;OPOS=179629363,179629363;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:114:115:0:0:8,106:8,107:0.0695652,0.930435:0,52:8,54:0:0:0,52:8,55:0:0 chr2 179629461 . C T 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.64;QD=62.1615;RBI=0.0252885;REFB=0;REVB=-0.00175921;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32115e-05;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr2 179644035 . G A 2039.82 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.86;QD=61.8128;RBI=0.0453158;REFB=0;REVB=0.0329742;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66149e-05;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:119:132:0:0:119:132:1:54:65:0:0:65:67:0:0 chr2 179655526 . G A 1186.14 PASS AF=0.478599;AO=123;DP=258;FAO=123;FDP=257;FR=.;FRO=134;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=56;FSRR=78;FWDB=-0.0116661;FXX=0.00387582;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.533;QD=18.4613;RBI=0.0278299;REFB=-0.0147924;REVB=0.0252667;RO=134;SAF=53;SAR=70;SRF=56;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125561;STB=0.506914;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0144319;OID=.;OPOS=179655526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:257:134:134:123:123:0.478599:70:53:56:78:70:53:56:78 chr2 179659912 . G A 2636.86 PASS AF=0.977401;AO=173;DP=177;FAO=173;FDP=177;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0063706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.589;QD=59.5901;RBI=0.00976956;REFB=-0.0854634;REVB=-0.00740673;RO=4;SAF=62;SAR=111;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00507431;STB=0.502667;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.000820919;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:177:177:4:4:173:173:0.977401:111:62:1:3:111:62:1:3 chr2 179702268 . A G 1619.9 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.365;QD=59.4459;RBI=0.0335499;REFB=0;REVB=0.0315496;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67676e-05;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:109:0:0:100:109:1:53:47:0:0:60:49:0:0 chr2 179721032 . C T 516.07 PASS AF=0.394737;AO=60;DP=152;FAO=60;FDP=152;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.00259545;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.318;QD=13.5808;RBI=0.00809643;REFB=0.00547793;REVB=-0.00766914;RO=92;SAF=26;SAR=34;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134203;STB=0.507573;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.0122553;OID=.;OPOS=179721032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:92:92:60:60:0.394737:34:26:41:51:34:26:41:51 chr2 179839833 . A G 297.13 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0219035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0041;QD=18.2851;RBI=0.0224076;REFB=-0.0145246;REVB=-0.00472635;RO=33;SAF=8;SAR=23;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859183;STB=0.553363;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0128763;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:33:31:32:0.492308:23:8:11:22:24:8:11:22 chr2 179914640 . G A 582.32 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0407364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1515;QD=17.5133;RBI=0.0419354;REFB=-0.000977137;REVB=0.00995619;RO=69;SAF=34;SAR=27;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117034;STB=0.553646;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00106278;OID=.;OPOS=179914640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:72:61:61:0.458647:27:34:30:39:27:34:33:39 chr2 180047908 . T C 1272.44 PASS AF=0.966292;AO=83;DP=88;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00599799;FXX=0.0326052;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3605;QD=57.1883;RBI=0.00882582;REFB=-0.11166;REVB=-0.0064745;RO=1;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937926;STB=0.513758;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.01095;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:89:1:3:83:86:0.966292:50:33:0:1:53:33:0:3 chr2 180810180 . C T 867.87 PASS AF=0.530864;AO=86;DP=162;FAO=86;FDP=162;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=-0.00788108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.338;QD=21.4288;RBI=0.0137232;REFB=-0.0178029;REVB=-0.0112346;RO=76;SAF=42;SAR=44;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137451;STB=0.575077;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0201818;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:76:76:86:86:0.530864:44:42:25:51:44:42:25:51 chr2 180810264 . A T 2046.3 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722224;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.926;QD=62.4825;RBI=0.00883438;REFB=0;REVB=-0.00508779;RO=0;SAF=58;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133931;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:73:58:0:0:73:58:0:0 chr2 180810358 . C T 160.45 PASS AF=0.485714;AO=18;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0462721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.556;QD=18.3376;RBI=0.0475183;REFB=-0.0168407;REVB=0.0108111;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681316;STB=0.681174;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00753649;OID=.;OPOS=180810358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:18:18:17:0.485714:14:4:4:10:14:3:8:10 chr2 180835792 . T A 1540.15 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.572;QD=59.8117;RBI=0.0482448;REFB=0;REVB=-0.00127508;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00179e-05;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:57:43:0:0:60:43:0:0 chr2 182347072 . T C 213.83 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.00808401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3053;QD=10.5596;RBI=0.00955083;REFB=-0.0137296;REVB=0.00508598;RO=52;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282937;STB=0.670773;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0273266;OID=.;OPOS=182347072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:52:54:27:27:0.333333:13:14:14:38:13:14:14:40 chr2 182374534 . A G 332.13 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.042488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.257;QD=13.9846;RBI=0.0425479;REFB=-0.00281473;REVB=0.0022569;RO=57;SAF=7;SAR=30;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251685;STB=0.641626;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00325633;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:58:37:37:0.389474:30:7:21:36:30:7:21:37 chr2 182374656 . CAAAA CAAA,CAAAT 240.59 PASS AF=0.25,0.5625;AO=6,17;DP=32;FAO=8,18;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=0,7;FSAR=8,11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0552976,-0.0001012;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.1791,280.112;QD=30.0743;RBI=0.0955799,0.00562705;REFB=-0.198219,-0.0117604;REVB=0.0779596,-0.00562614;RO=8;SAF=0,6;SAR=6,11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.718972,0.0664305;STB=0.997841,0.51469;STBP=0.056,0.83;TYPE=del,snp;VARB=0.231662,0.00740937;OID=.,.;OPOS=182374657,182374660;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAA,CAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.5625:6,17:32:8,18:32:6:0,7:8,11:2:4:45:8:0,6:6,11:2:6 chr2 182395345 . G A 2571.15 PASS AF=0.988235;AO=168;DP=170;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00343863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.827;QD=60.4977;RBI=0.00410388;REFB=-0.0775203;REVB=-0.00224002;RO=2;SAF=80;SAR=88;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117479;STB=0.506172;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000155712;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:170:2:2:168:168:0.988235:88:80:2:0:88:80:2:0 chr2 182399097 . T C 358.01 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0383038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.333;QD=19.617;RBI=0.0395175;REFB=0.00653625;REVB=-0.00971848;RO=36;SAF=22;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134202;STB=0.574586;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00862442;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:15:22:16:20:15:22:16:20 chr2 182399638 . A G 3754.9 PASS AF=1;AO=238;DP=242;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139412;FXX=0.0165282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.582;QD=63.1075;RBI=0.0300807;REFB=-0.0274567;REVB=0.0266551;RO=2;SAF=96;SAR=142;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00982421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404296;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:242:238:2:0:238:238:1:142:96:2:0:142:96:0:0 chr2 182400905 . T G 2546.6 PASS AF=0.95;AO=171;DP=180;FAO=171;FDP=180;FR=.;FRO=9;FSAF=79;FSAR=92;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0451984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.315;QD=56.5912;RBI=0.0508138;REFB=-0.0508935;REVB=0.0232195;RO=8;SAF=79;SAR=92;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743621;STB=0.506476;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00130063;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:180:180:8:9:171:171:0.95:92:79:3:5:92:79:3:6 chr2 182401116 . C T 280.91 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0104744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.664;QD=14.4058;RBI=0.0246546;REFB=-0.0183849;REVB=-0.0223189;RO=46;SAF=12;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176975;STB=0.600586;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0331883;OID=.;OPOS=182401116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:20:12:25:21:20:12:25:21 chr2 182403851 . G A 1527.16 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444657;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.976;QD=59.8885;RBI=0.0498273;REFB=0;REVB=0.0224847;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15281e-06;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:44:57:0:0:45:57:0:0 chr2 182413259 . A G 247.32 PASS AF=0.483333;AO=25;DP=56;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0137391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.992;QD=16.4878;RBI=0.0577484;REFB=-0.0117878;REVB=0.0560902;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804248;STB=0.566504;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0195771;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:31:31:25:29:0.483333:10:15:21:10:13:16:21:10 chr2 182414358 . T C 281.39 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00533359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2668;QD=19.4061;RBI=0.0522023;REFB=0.0265803;REVB=-0.0519291;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209107;STB=0.616361;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0327133;OID=.;OPOS=182414358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:18:12:18:10:18:12:18:10 chr2 182521578 . G A 2568.74 PASS AF=0.5154;AO=243;DP=479;FAO=251;FDP=487;FR=.;FRO=236;FSAF=79;FSAR=172;FSRF=105;FSRR=131;FWDB=-0.00529665;FXX=0.00204914;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.344;QD=21.0985;RBI=0.0199288;REFB=-0.0196152;REVB=0.019212;RO=233;SAF=77;SAR=166;SRF=104;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126834;STB=0.569357;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.023562;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:479:487:233:236:243:251:0.5154:166:77:104:129:172:79:105:131 chr2 182543455 . T C 531.79 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.000374597;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.142;QD=16.6186;RBI=0.017342;REFB=-0.0161869;REVB=-0.017338;RO=70;SAF=30;SAR=27;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542175;STB=0.526307;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0209745;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:70:71:57:57:0.445312:27:30:33:37:27:30:34:37 chr2 182925120 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0019525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.309;QD=14.0975;RBI=0.0172857;REFB=-0.0182136;REVB=0.0171751;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294597;STB=0.517215;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0227008;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:12:6:4:9:12:6 chr2 182981968 . A G 766.42 PASS AF=0.429319;AO=82;DP=191;FAO=82;FDP=191;FR=.;FRO=109;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=0.0296188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0557;QD=16.0507;RBI=0.0465568;REFB=-0.0261672;REVB=0.0359202;RO=109;SAF=37;SAR=45;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360131;STB=0.520093;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0432633;OID=.;OPOS=182981968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:109:109:82:82:0.429319:45:37:53:56:45:37:53:56 chr2 183007502 . A G 1138.85 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0476136;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4463;QD=58.4023;RBI=0.0520409;REFB=-0.0740885;REVB=0.0210047;RO=1;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114011;STB=0.506023;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00168119;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:75:77:0.987179:41:34:0:1:41:36:0:1 chr2 183584755 . G A 220.5 PASS AF=0.525;AO=16;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0186381;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0832;QD=22.0495;RBI=0.0288714;REFB=-0.0507464;REVB=-0.0220494;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112984;STB=0.50251;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.028779;OID=.;OPOS=183584755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:16:17:16:21:0.525:6:10:8:8:11:10:8:9 chr2 183593697 . C T 881.61 PASS AF=0.436364;AO=96;DP=217;FAO=96;FDP=220;FR=.;FRO=124;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=43;FSRR=81;FWDB=-0.0208257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.263;QD=16.0292;RBI=0.0329233;REFB=0.00100179;REVB=-0.0254997;RO=121;SAF=31;SAR=65;SRF=43;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366556;STB=0.515207;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00141488;OID=.;OPOS=183593697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:220:121:124:96:96:0.436364:65:31:43:78:65:31:43:81 chr2 183622547 . T G 661.44 PASS AF=0.380711;AO=75;DP=197;FAO=75;FDP=197;FR=.;FRO=122;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=75;FWDB=0.00666579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.024;QD=13.4302;RBI=0.00776722;REFB=-0.0182485;REVB=0.0039871;RO=122;SAF=33;SAR=42;SRF=47;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614745;STB=0.534681;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0326534;OID=.;OPOS=183622547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:122:122:75:75:0.380711:42:33:47:75:42:33:47:75 chr2 183627504 . A G 224.22 PASS AF=0.6;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0446024;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.72;QD=25.6248;RBI=0.0446299;REFB=-0.01727;REVB=-0.00156665;RO=10;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785164;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135629;OID=.;OPOS=183627504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:10:14:21:21:0.6:15:6:4:6:15:6:4:10 chr2 183789649 . C A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.266;QD=56.9383;RBI=0.0186098;REFB=0;REVB=0.0104084;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29969e-05;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr2 183799558 . G C 3086.8 PASS AF=1;AO=200;DP=202;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415929;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.921;QD=61.7359;RBI=0.0417024;REFB=0;REVB=-0.00302004;RO=0;SAF=80;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79696e-06;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:200:0:0:200:200:1:120:80:0:0:120:80:0:0 chr2 183961650 . A C 2454.13 PASS AF=0.993865;AO=161;DP=165;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135585;FXX=0.0180712;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.76;QD=60.2242;RBI=0.0224111;REFB=-0.0675142;REVB=0.0178445;RO=1;SAF=70;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520042;STB=0.502702;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000676469;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:165:163:1:1:161:162:0.993865:91:70:0:1:92:70:0:1 chr2 183961668 . A G,T 2240.15 PASS AF=0.938776,0.0544218;AO=138,8;DP=147;FAO=138,8;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=56,3;FSAR=82,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00385742,0.00916077;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.907,95.2722;QD=60.9563;RBI=0.00547665,0.0333524;REFB=-0.0390793,-0.00764479;REVB=0.00388767,-0.0320696;RO=1;SAF=56,3;SAR=82,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00576302,0.080241;STB=0.50303,0.545344;STBP=0.495,0.621;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00165504,0.0880083;OID=.,.;OPOS=183961668,183961668;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:147:147:1:1:138,8:138,8:0.938776,0.0544218:82,5:56,3:0:1:82,5:56,3:0:1 chr2 184814072 . T C 1508.34 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0244484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.464;QD=57.4605;RBI=0.0323529;REFB=-0.177577;REVB=0.0211894;RO=2;SAF=56;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00159066;STB=0.500838;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00104289;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:2:2:103:103:0.980952:47:56:1:1:47:56:1:1 chr2 185469503 . C T 1496.59 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.684;QD=58.6896;RBI=0.0489883;REFB=-0.0830878;REVB=0.00300654;RO=0;SAF=35;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038317;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:102:102:0:0:101:102:1:66:35:0:0:67:35:0:0 chr2 185800730 . C CG 47.95 PASS AF=0.196581;AO=24;DP=117;FAO=23;FDP=117;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=60;FWDB=-0.0423041;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.7582;QD=1.63922;RBI=0.0423134;REFB=-0.0210262;REVB=-0.000888273;RO=92;SAF=9;SAR=15;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221928;STB=0.512184;STBP=0.905;TYPE=ins;VARB=0.194234;OID=.;OPOS=185800731;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196581:24:117:23:117:94:8:15:34:60:47:92:9:15:33:59 chr2 185800905 . A T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.676;QD=59.1429;RBI=0.0506442;REFB=0;REVB=-0.0142126;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59026e-05;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr2 185801747 . G A 818.09 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.924;QD=55.4635;RBI=0.027481;REFB=-0.0149299;REVB=-0.0102788;RO=0;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08575e-08;STB=0.515146;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00041494;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:0:1:57:58:0.983051:42:15:0:0:42:16:1:0 chr2 185801755 . A G 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.946;QD=57.1016;RBI=0.026358;REFB=0;REVB=0.0129349;RO=0;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13274e-05;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:41:14:0:0:41:14:0:0 chr2 185802211 . C A,CACA 423.13 PASS AF=0,0.891892;AO=2,29;DP=41;FAO=0,33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=0,13;FSAR=0,20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0455779,-0.0261717;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=94.5642,161.31;QD=45.7432;RBI=0.0459415,0.02664;REFB=0.00245307,-0.00637845;REVB=-0.00576901,-0.00497355;RO=10;SAF=2,10;SAR=0,19;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.57573,-0.0786293;STB=0.5,0.511938;STBP=1,0.69;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000487903;OID=.,.;OPOS=185802211,185802212;OREF=C,-;OALT=A,ACA;OMAPALT=A,CACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:41:37:10:4:2,29:0,33:0,0.891892:0,19:2,10:5:5:0,20:0,13:2:2 chr2 185802243 . C A 409.96 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.624;QD=56.5462;RBI=0.0259436;REFB=0;REVB=0.00203472;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23695e-05;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:18:9:0:0:18:11:0:0 chr2 185802363 . A G 1311.49 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.28;QD=60.9996;RBI=0.0546468;REFB=-0.0796571;REVB=0.00410122;RO=1;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272669;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:86:86:1:0:85:86:1:41:44:1:0:41:45:0:0 chr2 186526579 . G A 3136.46 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279066;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0864;QD=61.1992;RBI=0.0362481;REFB=-0.104955;REVB=-0.0231332;RO=0;SAF=115;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488693;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:205:0:0:204:205:1:89:115:0:0:90:115:0:0 chr2 186603605 . A AG 119.04 PASS AF=0.320755;AO=48;DP=169;FAO=51;FDP=159;FR=.;FRO=108;FSAF=44;FSAR=7;FSRF=80;FSRR=28;FWDB=0.0966709;FXX=0.0124216;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.28175;QD=2.99469;RBI=0.254493;REFB=-0.00935974;REVB=0.235418;RO=101;SAF=42;SAR=6;SRF=80;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182598;STB=0.639472;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=-0.0565802;OID=.;OPOS=186603606;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320755:48:169:51:159:108:44:7:80:28:99:101:42:6:80:21 chr2 186653546 . G A 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0258107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.371;QD=15.4717;RBI=0.036384;REFB=-0.0258275;REVB=0.0256438;RO=49;SAF=25;SAR=11;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159554;STB=0.590499;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.032168;OID=.;OPOS=186653546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:11:25:27:22:11:25:27:22 chr2 186655726 . G A 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6721;QD=58.5973;RBI=0.0173683;REFB=0;REVB=-0.013935;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84324e-05;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr2 186656657 . C T 617.6 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.016291;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3672;QD=17.3973;RBI=0.109601;REFB=-0.0153766;REVB=-0.108383;RO=77;SAF=34;SAR=30;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138409;STB=0.573095;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0190345;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:78:64:64:0.450704:30:34:30:47:30:34:31:47 chr2 186667360 . A C 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0191253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.332;QD=14.7406;RBI=0.01913;REFB=0.00035867;REVB=-0.000425971;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155541;STB=0.58773;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.000410272;OID=.;OPOS=186667360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:16:14:13:28:16:14:13:28 chr2 186668935 . A G 561.15 PASS AF=0.431655;AO=58;DP=137;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0917938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.024;QD=16.1483;RBI=0.091834;REFB=-0.0242729;REVB=0.00271719;RO=79;SAF=26;SAR=32;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451941;STB=0.525923;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0283645;OID=.;OPOS=186668935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:79:79:58:60:0.431655:32:26:32:47:33:27:32:47 chr2 186670104 . A C 2063.76 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0480173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8837;QD=61.1485;RBI=0.075739;REFB=-0.118698;REVB=0.0585725;RO=2;SAF=68;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000317646;STB=0.503649;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00142912;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:2:1:133:134:0.992593:65:68:1:1:66:68:1:0 chr2 186670979 . T C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00117083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.556;QD=11.8145;RBI=0.00370859;REFB=-0.00615281;REVB=0.00351892;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775116;STB=0.512177;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00672476;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:23:13:13:0.361111:10:3:4:18:10:3:5:18 chr2 186671831 . C T 602.97 PASS AF=0.44;AO=66;DP=152;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0175652;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.561;QD=16.0791;RBI=0.0175955;REFB=-0.0197878;REVB=-0.00103192;RO=85;SAF=30;SAR=36;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755418;STB=0.532189;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0256637;OID=.;OPOS=186671831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:85:84:66:66:0.44:36:30:45:40:36:30:43:41 chr2 186697876 . A G 1558.74 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0329819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4742;QD=57.7311;RBI=0.0569563;REFB=-0.0648327;REVB=0.046435;RO=2;SAF=48;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193615;STB=0.510202;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00119436;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:58:48:2:0:58:48:2:0 chr2 187487160 . G A 804.1 PASS AF=0.418605;AO=90;DP=215;FAO=90;FDP=215;FR=.;FRO=125;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=56;FSRR=69;FWDB=0.0726194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.774;QD=14.96;RBI=0.0726228;REFB=0.000431501;REVB=0.000701595;RO=121;SAF=42;SAR=48;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0039838;STB=0.510915;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.000549438;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:121:125:90:90:0.418605:48:42:56:65:48:42:56:69 chr2 187498107 . T C 836.22 PASS AF=0.443902;AO=91;DP=205;FAO=91;FDP=205;FR=.;FRO=114;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=69;FWDB=0.00964014;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.946;QD=16.3165;RBI=0.0164731;REFB=-0.0102052;REVB=-0.0133578;RO=114;SAF=42;SAR=49;SRF=45;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677133;STB=0.537577;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0106384;OID=.;OPOS=187498107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:114:114:91:91:0.443902:49:42:45:69:49:42:45:69 chr2 187503071 . TTA T,TT,TTT 102.54 PASS AF=0.243243,0.0405405,0;AO=10,13,8;DP=81;FAO=18,3,0;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=3,0,0;FSAR=15,3,0;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00717005,0.20341,0.192558;FXX=0.0133316;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=16.5187,9.42856,13.3476;QD=5.54283;RBI=0.0430958,0.247386,0.283825;REFB=-0.0487874,-0.071414,-0.0275838;REVB=0.0424951,-0.140799,-0.208513;RO=40;SAF=3,0,1;SAR=7,13,7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.251364,-0.764928,-0.491082;STB=0.742552,0.996097,0.5;STBP=0.026,0.085,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0897128,0.12567,0;OID=.,.,.;OPOS=187503072,187503073,187503073;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243,0.0405405,0:10,13,8:81:18,3,0:74:53:3,0,0:15,3,0:23:30:72:40:3,0,1:7,13,7:20:20 chr2 187532417 . G A 3584.47 PASS AF=1;AO=227;DP=231;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210942;FXX=0.0173153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1422;QD=63.1625;RBI=0.0384197;REFB=0;REVB=0.0321109;RO=0;SAF=123;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91935e-05;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:231:227:0:0:227:227:1:104:123:0:0:104:123:0:0 chr2 187558960 . G A 1023.6 PASS AF=0.504854;AO=101;DP=203;FAO=104;FDP=206;FR=.;FRO=102;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=0.0383015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.586;QD=19.8757;RBI=0.0814344;REFB=-0.00489907;REVB=0.0718649;RO=102;SAF=62;SAR=39;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614832;STB=0.529048;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00519546;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:206:102:102:101:104:0.504854:39:62:56:46:41:63:56:46 chr2 187559029 . A ACAG,G 387.04 PASS AF=0.291925,0.0372671;AO=40,14;DP=272;FAO=47,6;FDP=161;FR=.;FRO=108;FSAF=20,6;FSAR=27,0;FSRF=63;FSRR=45;FWDB=-0.0518989,-0.0388869;FXX=0.20296;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=156.572,78.573;QD=9.61594;RBI=0.0522125,0.0389191;REFB=-0.0392971,-0.00969544;REVB=0.00571402,0.00158352;RO=217;SAF=17,12;SAR=23,2;SRF=123;SRR=94;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.180958,0.327614;STB=0.608756,0.997989;STBP=0.08,0.014;TYPE=ins,snp;VARB=0.0816998,0.0754661;OID=.,.;OPOS=187559030,187559029;OREF=-,A;OALT=CAG,G;OMAPALT=ACAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:161:217:108:40,14:47,6:0.291925,0.0372671:23,2:17,12:123:94:27,0:20,6:63:45 chr2 187559047 . G A,GCAA 636.5 PASS AF=0.105,0.29;AO=33,40;DP=280;FAO=21,58;FDP=200;FR=.;FRO=121;FSAF=8,30;FSAR=13,28;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=-0.0304069,-0.0197216;FXX=0.152536;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=97.6262,99.9742;QD=12.73;RBI=0.0661414,0.0561131;REFB=-0.0254874,-0.0476138;REVB=-0.0587376,-0.0525332;RO=196;SAF=12,24;SAR=21,16;SRF=106;SRR=90;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.224948,0.0776893;STB=0.564376,0.542293;STBP=0.531,0.427;TYPE=snp,ins;VARB=0.077625,0.0663368;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:280:200:196:121:33,40:21,58:0.105,0.29:21,16:12,24:106:90:13,28:8,30:55:66 chr2 187559050 . A G 186.02 PASS AF=0.142857;AO=41;DP=287;FAO=41;FDP=287;FR=.;FRO=246;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=112;FSRR=134;FWDB=-0.0289203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.251;QD=2.5926;RBI=0.0290307;REFB=-0.0154331;REVB=-0.00253011;RO=246;SAF=24;SAR=17;SRF=112;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165647;STB=0.610459;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0943489;OID=.;OPOS=187559050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:246:246:41:41:0.142857:17:24:112:134:17:24:112:134 chr2 187559065 . G A 80.73 PASS AF=0.0915493;AO=32;DP=283;FAO=26;FDP=284;FR=.;FRO=258;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=115;FSRR=143;FWDB=-0.0303715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.433;QD=1.13699;RBI=0.0311693;REFB=-0.00291356;REVB=-0.00700691;RO=246;SAF=16;SAR=16;SRF=105;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916145;STB=0.557059;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0367793;OID=.;OPOS=187559065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:283:284:246:258:32:26:0.0915493:16:16:105:141:16:10:115:143 chr2 187626338 . C T 150.96 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0086127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.031;QD=11.182;RBI=0.0178419;REFB=-0.00825454;REVB=-0.0156254;RO=35;SAF=10;SAR=9;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213621;STB=0.623642;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0232576;OID=.;OPOS=187626338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:9:10:25:10:9:10:25:10 chr2 187987389 . G A 370.34 PASS AF=0.362903;AO=45;DP=124;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0170395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2365;QD=11.9464;RBI=0.0413828;REFB=-0.00351899;REVB=-0.037712;RO=78;SAF=21;SAR=24;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370641;STB=0.525285;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00643653;OID=.;OPOS=187987389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:78:79:45:45:0.362903:24:21:39:39:24:21:40:39 chr2 187987519 . C T 502.98 PASS AF=0.38961;AO=59;DP=154;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=-0.0654868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6195;QD=13.0644;RBI=0.0691298;REFB=-0.000565385;REVB=0.0221452;RO=89;SAF=21;SAR=38;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678752;STB=0.517538;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00107335;OID=.;OPOS=187987519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:89:94:59:60:0.38961:38:21:37:52:38:22:37:57 chr2 187987557 . A G 429.18 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=45;FWDB=0.0159549;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7599;QD=16.6672;RBI=0.0184589;REFB=-0.00788272;REVB=0.00928291;RO=55;SAF=15;SAR=32;SRF=10;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164302;STB=0.581246;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00525209;OID=.;OPOS=187987557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:56:47:47:0.456311:32:15:10:45:32:15:11:45 chr2 188208130 . A G 1023.58 PASS AF=0.469027;AO=106;DP=226;FAO=106;FDP=226;FR=.;FRO=120;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=70;FSRR=50;FWDB=0.0250065;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.939;QD=18.1165;RBI=0.0252009;REFB=-0.0119542;REVB=-0.00312355;RO=120;SAF=47;SAR=59;SRF=70;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134057;STB=0.573992;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0074348;OID=.;OPOS=188208130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:120:120:106:106:0.469027:59:47:70:50:59:47:70:50 chr2 188250301 . T A 2209.31 PASS AF=0.986755;AO=146;DP=150;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00389146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.944;QD=58.5247;RBI=0.0123031;REFB=0.0217087;REVB=0.0116715;RO=1;SAF=63;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056957;STB=0.507575;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.000580994;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:151:1:2:146:149:0.986755:83:63:0:1:84:65:2:0 chr2 189460553 . T C 3043.32 PASS AF=0.989744;AO=193;DP=195;FAO=193;FDP=195;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0101515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.0314;QD=62.4272;RBI=0.0184352;REFB=0.0536977;REVB=-0.0153884;RO=1;SAF=88;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538091;STB=0.500455;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.000156315;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:195:195:1:2:193:193:0.989744:105:88:1:0:105:88:1:1 chr2 189855036 . A T 447.05 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00167179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.684;QD=21.0375;RBI=0.00200641;REFB=-0.0222904;REVB=0.00110941;RO=39;SAF=12;SAR=31;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00318241;STB=0.512391;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0207086;OID=.;OPOS=189855036;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:41:43:44:0.517647:31:12:11:28:31:13:13:28 chr2 189863389 . C T 536.22 PASS AF=0.463415;AO=56;DP=122;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00423174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.209;QD=17.4379;RBI=0.0200385;REFB=-0.00376501;REVB=0.0195865;RO=65;SAF=33;SAR=23;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350784;STB=0.518318;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00508438;OID=.;OPOS=189863389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:65:66:56:57:0.463415:23:33:36:29:24:33:36:30 chr2 189864080 . G A 1042.72 PASS AF=0.481982;AO=107;DP=222;FAO=107;FDP=222;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=-0.0120323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.961;QD=18.7877;RBI=0.0120439;REFB=0.00118761;REVB=0.000526659;RO=115;SAF=41;SAR=66;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124832;STB=0.568854;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00129314;OID=.;OPOS=189864080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:115:115:107:107:0.481982:66:41:59:56:66:41:59:56 chr2 189866199 . T A 4343.1 PASS AF=0.989324;AO=277;DP=280;FAO=278;FDP=281;FR=.;FRO=3;FSAF=132;FSAR=146;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0134726;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.321;QD=61.8234;RBI=0.0434282;REFB=-0.00176458;REVB=0.0412855;RO=2;SAF=132;SAR=145;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000321567;STB=0.502053;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=2.50456e-05;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:280:281:2:3:277:278:0.989324:145:132:1:1:146:132:2:1 chr2 189875421 . T G 1462.0 PASS AF=0.99;AO=97;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00140749;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.243;QD=58.4801;RBI=0.0951242;REFB=-0.107311;REVB=0.0951137;RO=1;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101988;STB=0.505262;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000463292;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:1:1:97:99:0.99:46:51:0:1:47:52:0:1 chr2 189907937 . A G 2476.26 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136337;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5321;QD=61.5221;RBI=0.0231277;REFB=0;REVB=0.0186819;RO=0;SAF=68;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67086e-05;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:92:68:0:0:92:69:0:0 chr2 189932831 . T C 2350.68 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187272;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.502;QD=60.6626;RBI=0.018733;REFB=0;REVB=0.00046442;RO=0;SAF=56;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326089;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:155:0:0:151:155:1:95:56:0:0:96:59:0:0 chr2 189974958 . G T 817.51 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4115;QD=57.3688;RBI=0.0632855;REFB=0;REVB=-0.0175912;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000816429;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr2 190323530 . A G 2068.38 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350304;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.185;QD=62.6782;RBI=0.0367859;REFB=0;REVB=-0.0112282;RO=0;SAF=70;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11432e-06;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:62:70:0:0:62:70:0:0 chr2 190430177 . A G 3114.84 PASS AF=1;AO=192;DP=194;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117882;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7529;QD=62.9261;RBI=0.0322398;REFB=-0.0403828;REVB=0.0300074;RO=0;SAF=96;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337053;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:194:198:0:0:192:198:1:96:96:0:0:99:99:0:0 chr2 190445290 . TAAA TAA,TAAC 651.03 PASS AF=0.653333,0.346667;AO=20,14;DP=76;FAO=49,26;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47,0;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.526706,0.0349264;FXX=0.0131562;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.70499,225.03;QD=34.7217;RBI=0.552445,0.0558636;REFB=0,0;REVB=-0.166662,0.0435991;RO=27;SAF=20,0;SAR=0,14;SRF=26;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.776995,-0.878144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0593047,-0.00316409;OID=.,.;OPOS=190445291,190445293;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TAA,TAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.653333,0.346667:20,14:76:49,26:75:0:47,0:2,26:0:0:99:27:20,0:0,14:26:1 chr2 190531426 . G A 1602.7 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=113;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0168739;FXX=0.0265463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.817;QD=58.28;RBI=0.0183379;REFB=0.016876;REVB=0.00717978;RO=2;SAF=65;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00366369;STB=0.50193;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-4.7922e-05;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:113:110:2:2:108:108:0.981818:43:65:1:1:43:65:1:1 chr2 190531615 . T C 292.03 PASS AF=0.4125;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00451313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.28;QD=14.6016;RBI=0.00453286;REFB=-0.00603035;REVB=-0.000422426;RO=47;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768424;STB=0.53301;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00765021;OID=.;OPOS=190531615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:47:47:32:33:0.4125:14:18:23:24:15:18:23:24 chr2 190595258 . G T 2320.87 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0803479;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8277;QD=61.0756;RBI=0.0930415;REFB=0;REVB=0.0469142;RO=0;SAF=72;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36881e-05;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:80:72:0:0:80:72:0:0 chr2 190602513 . T C 1710.58 PASS AF=0.966667;AO=115;DP=119;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0350672;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.1813;QD=57.0194;RBI=0.0440056;REFB=0.0236911;REVB=0.0265854;RO=3;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251947;STB=0.517238;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-9.56773e-05;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:119:120:3:4:115:116:0.966667:55:60:0:3:56:60:0:4 chr2 190617643 . A G,T 2133.28 PASS AF=0.795775,0.197183;AO=108,33;DP=142;FAO=113,28;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=63,0;FSAR=50,28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101409,-0.0359031;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.121,48.8176;QD=60.0924;RBI=0.0302489,0.0677804;REFB=-0.13912,0.00462137;REVB=0.0284984,-0.0574905;RO=0;SAF=59,4;SAR=49,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.62579e-08,0;STB=0.503936,0.999294;STBP=0.491,0.011;TYPE=snp,snp;VARB=0.00108688,0.125547;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:142:142:0:1:108,33:113,28:0.795775,0.197183:49,29:59,4:0:0:50,28:63,0:1:0 chr2 190618249 . T A 783.41 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.926;QD=56.9753;RBI=0.0574703;REFB=0;REVB=0.0487623;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291943;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr2 190636411 . C G 366.48 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0150032;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.455;QD=16.1091;RBI=0.0159639;REFB=-0.0144305;REVB=0.00545436;RO=51;SAF=20;SAR=19;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167249;STB=0.514665;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0156504;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:51:52:39:39:0.428571:19:20:27:24:19:20:28:24 chr2 190788120 . T C 721.45 PASS AF=0.458333;AO=77;DP=167;FAO=77;FDP=168;FR=.;FRO=91;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.0814386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.135;QD=17.1775;RBI=0.0827847;REFB=-0.0114104;REVB=0.0148679;RO=90;SAF=40;SAR=37;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266859;STB=0.504336;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00819859;OID=.;OPOS=190788120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:90:91:77:77:0.458333:37:40:47:43:37:40:48:43 chr2 190788123 . G T 672.63 PASS AF=0.450617;AO=73;DP=162;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.0065446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.07;QD=16.6082;RBI=0.0163267;REFB=-0.0222774;REVB=-0.0149576;RO=89;SAF=39;SAR=34;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172413;STB=0.509585;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0245904;OID=.;OPOS=190788123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:89:89:73:73:0.450617:34:39:46:43:34:39:46:43 chr2 190788844 . T TC 811.41 PASS AF=1;AO=31;DP=64;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337702;FXX=0.0476115;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.9238;QD=54.0941;RBI=0.146565;REFB=0;REVB=0.146526;RO=22;SAF=28;SAR=3;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603758;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0016172;OID=.;OPOS=190788845;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:64:60:60:0:36:24:0:0:5:22:28:3:6:16 chr2 190788845 . G C 207.46 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=57;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=3;FWDB=0.0308558;FXX=0.0156226;HRUN=6;LEN=1;MLLD=55.2838;QD=13.1722;RBI=0.137719;REFB=-0.0150915;REVB=0.134218;RO=36;SAF=5;SAR=15;SRF=33;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.64713;STB=0.869695;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0198797;OID=.;OPOS=190788845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:63:36:36:20:27:0.428571:15:5:33:3:22:5:33:3 chr2 190815211 . G A 1018.24 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0502927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.972;QD=56.569;RBI=0.0502988;REFB=-0.133588;REVB=0.000782944;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853722;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:35:35:1:0:35:35:1:1 chr2 191064753 . C T 513.63 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.00188229;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.828;QD=24.1709;RBI=0.017231;REFB=-0.0249172;REVB=0.0171279;RO=38;SAF=17;SAR=31;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823902;STB=0.54085;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.022787;OID=.;OPOS=191064753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:38:37:48:48:0.564706:31:17:10:28:31:17:10:27 chr2 191065236 . TTTTG T 197.12 PASS AF=0.482759;AO=25;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0141449;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=259.761;QD=13.5947;RBI=0.0161065;REFB=-0.00683645;REVB=0.00770318;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018742;STB=0.533558;STBP=0.62;TYPE=del;VARB=0.0068813;OID=.;OPOS=191065237;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:25:58:28:58:30:15:13:18:12:99:28:13:12:14:14 chr2 191065595 . G T 389.34 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00139092;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.7326;QD=18.7635;RBI=0.00173703;REFB=-0.00813977;REVB=0.00104049;RO=40;SAF=16;SAR=24;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474308;STB=0.515144;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00883697;OID=.;OPOS=191065595;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:40:43:40:40:0.481928:24:16:14:26:24:16:16:27 chr2 191065776 . T C 115.64 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0079158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.271;QD=11.0136;RBI=0.0213109;REFB=-0.0189691;REVB=-0.0197862;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192428;STB=0.605901;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0575547;OID=.;OPOS=191065776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:4:10:15:12:4:10:16:12 chr2 191065782 . A AGAT 103.43 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00902667;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.418;QD=10.0903;RBI=0.00902732;REFB=-0.0155024;REVB=0.000108041;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116751;STB=0.59002;STBP=0.459;TYPE=ins;VARB=0.0326312;OID=.;OPOS=191065783;OREF=-;OALT=GAT;OMAPALT=AGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317073:12:42:13:41:28:9:4:16:12:99:28:8:4:16:12 chr2 191066683 . C T 437.18 PASS AF=0.353333;AO=52;DP=150;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.00850105;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.512;QD=11.6582;RBI=0.00944118;REFB=-0.000353254;REVB=0.00410707;RO=92;SAF=20;SAR=32;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707079;STB=0.564516;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000569247;OID=.;OPOS=191066683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:92:97:52:53:0.353333:32:20:41:51:33:20:46:51 chr2 191066768 . AC A,AT 743.23 PASS AF=0.0727273,0.927273;AO=12,41;DP=56;FAO=4,51;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=3,24;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000472345,-0.000655174;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.258,119.716;QD=54.0533;RBI=0.00403483,0.0210604;REFB=0,0;REVB=-0.00400709,0.0210502;RO=0;SAF=2,24;SAR=10,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.2194e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00220716,0.00615808;OID=.,.;OPOS=191066769,191066769;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0727273,0.927273:12,41:56:4,51:55:0:3,24:1,27:0:0:11:0:2,24:10,17:0:0 chr2 191066913 . T C 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0244275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.701;QD=18.49;RBI=0.0246004;REFB=-0.0107901;REVB=-0.0029119;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152576;STB=0.586389;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0126415;OID=.;OPOS=191066913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:16:10:12:10:16:10 chr2 191066970 . C T 281.21 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00921549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1404;QD=21.2237;RBI=0.0345659;REFB=-0.0037267;REVB=0.0333148;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480101;STB=0.52664;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00483595;OID=.;OPOS=191066970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:14:15:11:13:14:15:11:13 chr2 191067766 . T C,TTC 199.4 PASS AF=0,0.380952;AO=3,22;DP=69;FAO=0,24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=0,9;FSAR=0,15;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.027212,0.0136124;FXX=0.0596926;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=133.247,139.274;QD=12.6604;RBI=0.0274845,0.0137167;REFB=-0.0134855,-0.0157724;REVB=-0.00386079,-0.00168865;RO=43;SAF=1,9;SAR=2,13;SRF=30;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.347256,-0.318083;STB=0.5,0.675535;STBP=1,0.034;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0187954;OID=.,.;OPOS=191067766,191067767;OREF=T,-;OALT=C,TC;OMAPALT=C,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:69:63:43:39:3,22:0,24:0,0.380952:2,13:1,9:30:13:0,15:0,9:26:13 chr2 191068015 . A G 256.46 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0263099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.798;QD=22.796;RBI=0.0286596;REFB=7.20428e-05;REVB=0.011365;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407239;STB=0.511102;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00013294;OID=.;OPOS=191068015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:21:24:24:0.533333:12:12:11:9:12:12:11:10 chr2 191068061 . A T 300.22 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0264849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8439;QD=24.5076;RBI=0.0484573;REFB=-0.0109634;REVB=-0.0405791;RO=21;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875108;STB=0.555516;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00542822;OID=.;OPOS=191068061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:9:18:16:5:9:18:17:5 chr2 191161622 . T C 709.42 PASS AF=0.492958;AO=64;DP=138;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.000940323;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.121;QD=19.9835;RBI=0.0129529;REFB=-0.00829077;REVB=-0.0129188;RO=72;SAF=36;SAR=28;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201394;STB=0.513902;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00803168;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:142:72:72:64:70:0.492958:28:36:39:33:34:36:39:33 chr2 191224981 . G T 592.86 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=154;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.027253;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6764;QD=15.4995;RBI=0.048027;REFB=0.0079293;REVB=-0.0395457;RO=87;SAF=23;SAR=43;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107461;STB=0.560183;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0115525;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:87:87:66:66:0.431373:43:23:39:48:43:23:39:48 chr2 191227365 . GA G,GG 144.14 PASS AF=0.485294,0.0294118;AO=23,9;DP=70;FAO=33,2;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=16,0;FSAR=17,2;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0640997,0.020573;FXX=0.0285673;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.22082,25.8029;QD=8.47873;RBI=0.073844,0.0301999;REFB=-0.0697847,-0.0176821;REVB=0.036663,0.0221085;RO=30;SAF=14,1;SAR=9,8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.11009,-0.526693;STB=0.5,0.994621;STBP=1,0.187;TYPE=del,snp;VARB=0.0627409,0.119805;OID=.,.;OPOS=191227366,191227366;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485294,0.0294118:23,9:70:33,2:68:33:16,0:17,2:16:17:99:30:14,1:9,8:15:15 chr2 191231458 . G A 2617.22 PASS AF=0.977273;AO=170;DP=175;FAO=172;FDP=176;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00723229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9225;QD=59.4822;RBI=0.0167222;REFB=0.0072552;REVB=0.0150773;RO=5;SAF=74;SAR=96;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241399;STB=0.509999;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.000712953;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:175:176:5:4:170:172:0.977273:96:74:0:5:98:74:0:4 chr2 191231503 . G A 939.42 PASS AF=0.433476;AO=101;DP=231;FAO=101;FDP=233;FR=.;FRO=132;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=87;FWDB=-0.0145147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0927;QD=16.1274;RBI=0.02491;REFB=-0.00613389;REVB=-0.0202443;RO=130;SAF=52;SAR=49;SRF=43;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186019;STB=0.598036;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00589962;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:233:130:132:101:101:0.433476:49:52:43:87:49:52:45:87 chr2 191235901 . A C 2617.54 PASS AF=1;AO=164;DP=166;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1525;QD=60.5211;RBI=0.0709499;REFB=0;REVB=0.0668783;RO=1;SAF=83;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250105;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:173:1:0:164:173:1:81:83:1:0:89:84:0:0 chr2 191301368 . A G 51.51 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.6383;QD=18.7309;RBI=0.0729064;REFB=-0.0403271;REVB=0.0729064;RO=4;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.029645;OID=.;OPOS=191301368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:7:0:0:4:7:0:0:4 chr2 191354491 . T C 754.13 PASS AF=0.428571;AO=81;DP=189;FAO=81;FDP=189;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.00813459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.786;QD=15.9604;RBI=0.0270062;REFB=-0.000756417;REVB=0.0257519;RO=108;SAF=37;SAR=44;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158936;STB=0.508869;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0010694;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:108:108:81:81:0.428571:44:37:51:57:44:37:51:57 chr2 191366707 . A G 1186.65 PASS AF=0.44964;AO=124;DP=282;FAO=125;FDP=278;FR=.;FRO=153;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=72;FSRR=81;FWDB=0.0115732;FXX=0.0141839;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8873;QD=17.074;RBI=0.0144148;REFB=0.00493796;REVB=0.00859354;RO=148;SAF=57;SAR=67;SRF=71;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019816;STB=0.508079;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0052505;OID=.;OPOS=191366707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:278:148:153:124:125:0.44964:67:57:71:77:68:57:72:81 chr2 191379268 . G A 405.51 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.000221405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.445;QD=19.7807;RBI=0.0143202;REFB=0.00139496;REVB=-0.0143185;RO=41;SAF=20;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440157;STB=0.524422;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00091335;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:21:20:18:23:21:20:18:23 chr2 191402654 . A G 57.41 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0235405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2425;QD=4.50301;RBI=0.0247748;REFB=-0.00151591;REVB=0.0077223;RO=39;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250456;STB=0.69189;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00781383;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:39:42:9:9:0.176471:3:6:18:21:3:6:18:24 chr2 191402685 . A C 405.37 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00694998;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9791;QD=16.5455;RBI=0.0154001;REFB=-0.00389514;REVB=-0.0137426;RO=55;SAF=32;SAR=10;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338836;STB=0.688076;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0061587;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:56:42:42:0.428571:10:32:25:30:10:32:26:30 chr2 191402698 . A C 450.54 PASS AF=0.46789;AO=41;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0279213;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5161;QD=16.5337;RBI=0.0282831;REFB=0.0131885;REVB=0.00450966;RO=50;SAF=32;SAR=9;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369857;STB=0.719805;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0187908;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:58:41:51:0.46789:9:32:22:28:10:41:26:32 chr2 191402702 . T C 533.62 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=46;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00747519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3052;QD=18.7237;RBI=0.0278097;REFB=0.00242628;REVB=-0.0267862;RO=58;SAF=46;SAR=10;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421386;STB=0.735769;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0083155;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:10:46:25:33:10:46:25:33 chr2 191402710 . T C 570.04 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=50;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.016552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.817;QD=19.0013;RBI=0.0238646;REFB=-0.0109063;REVB=-0.0171915;RO=60;SAF=50;SAR=9;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473581;STB=0.769127;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0148262;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:61:59:59:0.491667:9:50:25:35:9:50:25:36 chr2 191402712 . TA CG 589.62 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=50;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=7.00925e-05;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=2;MLLD=117.976;QD=19.9871;RBI=0.00249944;REFB=0.00681076;REVB=0.00249846;RO=57;SAF=50;SAR=10;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437408;STB=0.748206;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.00801172;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:57:58:60:60:0.508475:10:50:24:33:10:50:24:34 chr2 191402748 . A T 561.63 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=48;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00569363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.213;QD=17.8297;RBI=0.0107574;REFB=-0.00553124;REVB=0.00912707;RO=67;SAF=48;SAR=11;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316397;STB=0.677852;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00731087;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:67:59:59:0.468254:11:48:37:30:11:48:37:30 chr2 191402761 . G A 557.91 PASS AF=0.5;AO=56;DP=114;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=48;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0198961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.638;QD=19.2382;RBI=0.0213401;REFB=0.00887668;REVB=-0.00771655;RO=58;SAF=46;SAR=10;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351381;STB=0.700382;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00656753;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:58:58:56:58:0.5:10:46:30:28:10:48:30:28 chr2 191402775 . T C 458.98 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0328484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.561;QD=18.3591;RBI=0.0357812;REFB=-0.0122957;REVB=-0.0141873;RO=54;SAF=40;SAR=6;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468632;STB=0.766414;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00312324;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:6:40:27:27:6:40:27:27 chr2 191402778 . T C 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0229873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.294;QD=18.2083;RBI=0.0230873;REFB=-0.0120487;REVB=0.00214643;RO=50;SAF=40;SAR=5;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489192;STB=0.787147;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00840085;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:53:45:45:0.459184:5:40:26:24:5:40:27:26 chr2 191555331 . C T 376.93 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00924074;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.767;QD=18.3869;RBI=0.0220719;REFB=-0.0170703;REVB=-0.0200444;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579604;STB=0.538442;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0191;OID=.;OPOS=191555331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:42:43:39:39:0.47561:18:21:20:22:18:21:20:23 chr2 192160839 . A T 1100.43 PASS AF=0.530612;AO=104;DP=196;FAO=104;FDP=196;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.0559085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.318;QD=22.4578;RBI=0.0560766;REFB=-0.0106976;REVB=-0.00433792;RO=92;SAF=42;SAR=62;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934536;STB=0.551129;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00540606;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:92:92:104:104:0.530612:62:42:47:45:62:42:47:45 chr2 192160875 . C T 1074.27 PASS AF=0.53125;AO=102;DP=192;FAO=102;FDP=192;FR=.;FRO=90;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.0031286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.494;QD=22.3807;RBI=0.00352986;REFB=-0.0213798;REVB=0.00163456;RO=90;SAF=41;SAR=61;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857267;STB=0.546905;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0168241;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:90:90:102:102:0.53125:61:41:45:45:61:41:45:45 chr2 192214966 . T C 459.12 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0520951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8259;QD=15.8318;RBI=0.0580011;REFB=-0.0113781;REVB=0.0254995;RO=64;SAF=26;SAR=25;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408398;STB=0.527016;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0167593;OID=.;OPOS=192214966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:65:51:51:0.439655:25:26:30:34:25:26:30:35 chr2 192250726 . G A 1526.52 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.745;QD=59.8634;RBI=0.0444484;REFB=0;REVB=0.0202667;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91798e-05;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:62:38:0:0:62:40:0:0 chr2 192279327 . T C 2147.02 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228225;FXX=0.0144917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.64;QD=63.1476;RBI=0.0452917;REFB=0;REVB=0.0391213;RO=0;SAF=59;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39481e-05;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:136:0:0:136:136:1:77:59:0:0:77:59:0:0 chr2 192699639 . A AG 2664.26 PASS AF=1;AO=219;DP=236;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0967397;FXX=0.0346305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.3414;QD=47.7895;RBI=0.0967509;REFB=0;REVB=0.00147065;RO=12;SAF=82;SAR=137;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00102767;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:219:236:223:223:0:85:138:0:0:49:12:82:137:7:5 chr2 192701393 . A G 3991.79 PASS AF=1;AO=257;DP=258;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419434;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.455;QD=61.8882;RBI=0.0532594;REFB=0;REVB=0.0328226;RO=1;SAF=129;SAR=128;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00370989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71571e-05;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:258:258:1:0:257:258:1:128:129:0:1:129:129:0:0 chr2 195523141 . G T 1758.81 PASS AF=0.97541;AO=116;DP=121;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0760134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4282;QD=57.666;RBI=0.0857399;REFB=0.0388433;REVB=0.0396648;RO=3;SAF=57;SAR=59;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756637;STB=0.503995;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00517145;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:122:3:3:116:119:0.97541:59:57:1:2:60:59:1:2 chr2 196601214 . AATAT A 210.5 PASS AF=0.492063;AO=29;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00342898;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=4;MLLD=294.369;QD=13.3652;RBI=0.00817087;REFB=-0.0336032;REVB=-0.00741655;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00310612;STB=0.524675;STBP=0.704;TYPE=del;VARB=0.0354365;OID=.;OPOS=196601215;OREF=ATAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492063:29:63:31:63:32:17:14:16:16:99:31:16:13:17:14 chr2 196602089 . TATCA T 233.94 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0247562;FXX=0.0705799;HRUN=1;LEN=4;MLLD=254.876;QD=11.8451;RBI=0.0295566;REFB=-0.0129983;REVB=-0.016147;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628846;STB=0.579459;STBP=0.314;TYPE=del;VARB=0.0219792;OID=.;OPOS=196602090;OREF=ATCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35443:28:72:28:79:51:15:13:21:30:99:38:15:13:18:20 chr2 196673533 . A G 1483.53 PASS AF=1;AO=94;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9431;QD=60.5523;RBI=0.149486;REFB=0;REVB=0.148386;RO=4;SAF=46;SAR=48;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257985;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:98:4:0:94:98:1:48:46:1:3:51:47:0:0 chr2 196791276 . T G 569.92 PASS AF=0.53;AO=52;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0396372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7106;QD=22.797;RBI=0.0627184;REFB=0.029579;REVB=0.0486054;RO=48;SAF=24;SAR=28;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516804;STB=0.518316;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0277033;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:47:52:53:0.53:28:24:25:23:28:25:24:23 chr2 196799394 . A G 642.6 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0326497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.625;QD=19.3263;RBI=0.0326706;REFB=-0.0252684;REVB=0.00116721;RO=68;SAF=31;SAR=34;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743817;STB=0.541063;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0258801;OID=.;OPOS=196799394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:68:65:65:0.488722:34:31:27:41:34:31:27:41 chr2 196851911 . G A 609.05 PASS AF=0.591398;AO=53;DP=91;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0763068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3509;QD=26.1955;RBI=0.0765408;REFB=-0.00113195;REVB=-0.00598072;RO=36;SAF=23;SAR=30;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171337;STB=0.589871;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000497173;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:36:38:53:55:0.591398:30:23:24:12:31:24:25:13 chr2 196866420 . C T 1095.63 PASS AF=0.5;AO=110;DP=223;FAO=110;FDP=220;FR=.;FRO=110;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=-0.00749118;FXX=0.0134523;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.27;QD=19.9206;RBI=0.0132718;REFB=-0.0115529;REVB=-0.0109555;RO=109;SAF=57;SAR=53;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209934;STB=0.513665;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0114643;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:220:109:110:110:110:0.5:53:57:59:50:53:57:60:50 chr2 196915989 . GAA GA,GAG 3241.82 PASS AF=0.0524017,0.947598;AO=31,166;DP=231;FAO=12,217;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=3,100;FSAR=9,117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463372,0.119454;FXX=0.00865763;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.9604,31.1868;QD=56.6257;RBI=0.0482547,0.127239;REFB=-0.0185822,-0.0478753;REVB=-0.0134674,-0.0438245;RO=3;SAF=22,68;SAR=9,98;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0594926,-0.0205281;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0507761,0.00959211;OID=.,.;OPOS=196915990,196915991;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0524017,0.947598:31,166:231:12,217:229:0:3,100:9,117:0:0:11:3:22,68:9,98:3:0 chr2 197004439 . A G 3921.17 PASS AF=0.991968;AO=247;DP=249;FAO=247;FDP=249;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=124;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0317393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.465;QD=62.9908;RBI=0.0372074;REFB=0.0814339;REVB=0.0194167;RO=2;SAF=123;SAR=124;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10004e-05;STB=0.500016;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-5.34397e-05;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:249:249:2:2:247:247:0.991968:124:123:1:1:124:123:1:1 chr2 197021276 . T C 2009.62 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.268;QD=61.3623;RBI=0.0485931;REFB=0;REVB=0.0110437;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89314e-05;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:131:0:0:126:131:1:63:63:0:0:67:64:0:0 chr2 197021372 . T A 892.2 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=67;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00216502;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.335;QD=54.0726;RBI=0.021686;REFB=-0.0627968;REVB=0.0215777;RO=3;SAF=26;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00702772;STB=0.50294;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000232907;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:67:66:3:2:63:64:0.969697:37:26:1:2:38:26:1:1 chr2 197065221 . A G 745.24 PASS AF=0.521739;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.00508231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.676;QD=21.6011;RBI=0.0389542;REFB=-0.0107728;REVB=0.0386212;RO=66;SAF=36;SAR=36;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118926;STB=0.5652;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.013964;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:66:66:72:72:0.521739:36:36:42:24:36:36:42:24 chr2 197118729 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.78;QD=63.3366;RBI=0.0173182;REFB=0;REVB=-0.0036517;RO=0;SAF=33;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94144e-05;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:60:33:0:0:60:33:0:0 chr2 197154234 . A G 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0738227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.262;QD=59.3561;RBI=0.0777796;REFB=-0.104261;REVB=0.0244925;RO=0;SAF=24;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08692e-08;STB=0.510201;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00025102;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:53:24:0:0:53:24:1:0 chr2 197184321 . C T 1594.86 PASS AF=0.956522;AO=110;DP=115;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0261056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.865;QD=55.4734;RBI=0.0304017;REFB=0.0131133;REVB=-0.0155809;RO=1;SAF=42;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069308;STB=0.51908;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-6.24306e-05;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:115:115:1:5:110:110:0.956522:68:42:0:1:68:42:4:1 chr2 197504545 . C G 2466.58 PASS AF=1;AO=124;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=73;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241597;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.449;QD=61.6645;RBI=0.180873;REFB=0;REVB=0.180856;RO=0;SAF=72;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564647;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:160:0:0:124:160:1:52:72:0:0:87:73:0:0 chr2 197870601 . G A 573.13 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0288758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.328;QD=23.3931;RBI=0.035778;REFB=0.000761284;REVB=-0.0211246;RO=45;SAF=27;SAR=26;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357152;STB=0.519623;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00065596;OID=.;OPOS=197870601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:45:53:53:0.540816:26:27:21:24:26:27:21:24 chr2 198175297 . G C 269.82 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.566;QD=51.3946;RBI=0.10322;REFB=0;REVB=0.0834741;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190006;OID=.;OPOS=198175297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:15:21:1:3:12:0:0:5:16:0:0 chr2 198359384 . T C 670.07 PASS AF=0.461538;AO=72;DP=157;FAO=72;FDP=156;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.00686083;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.866;QD=17.1814;RBI=0.00734611;REFB=-0.01423;REVB=0.00262571;RO=84;SAF=44;SAR=28;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211244;STB=0.617155;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0198113;OID=.;OPOS=198359384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:84:84:72:72:0.461538:28:44:33:51:28:44:33:51 chr2 198508951 . G A 757.39 PASS AF=0.418719;AO=84;DP=202;FAO=85;FDP=203;FR=.;FRO=118;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=0.0149674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4844;QD=14.9239;RBI=0.0496348;REFB=0.000898942;REVB=0.0473243;RO=117;SAF=43;SAR=41;SRF=53;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061273;STB=0.534838;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00153821;OID=.;OPOS=198508951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:117:118:84:85:0.418719:41:43:53:64:41:44:54:64 chr2 198572076 . A ATTC 44.54 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00606236;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=3;MLLD=188.984;QD=6.14316;RBI=0.0371015;REFB=-0.00493098;REVB=-0.0366029;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291872;STB=0.685231;STBP=0.305;TYPE=ins;VARB=0.01334;OID=.;OPOS=198572077;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379:7:30:7:29:22:4:3:7:15:44:22:4:3:7:15 chr2 198950029 . A G 201.93 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0141046;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7621;QD=13.4618;RBI=0.0244329;REFB=-0.00548663;REVB=-0.0199506;RO=35;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232262;STB=0.64038;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00804268;OID=.;OPOS=198950029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:35:36:24:24:0.4:15:9:21:14:15:9:22:14 chr2 198950240 . G A 681.26 PASS AF=0.423729;AO=75;DP=177;FAO=75;FDP=177;FR=.;FRO=102;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.00323718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.721;QD=15.3958;RBI=0.0102107;REFB=-0.0178112;REVB=0.00968391;RO=101;SAF=33;SAR=42;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263101;STB=0.517803;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0219694;OID=.;OPOS=198950240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:101:102:75:75:0.423729:42:33:47:54:42:33:48:54 chr2 200136583 . T A 1377.45 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.837;QD=62.6113;RBI=0.016794;REFB=0;REVB=-0.00191548;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22525e-05;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr2 200790050 . A G 436.38 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0399392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.176;QD=21.2869;RBI=0.0504172;REFB=-0.00703413;REVB=0.0307693;RO=37;SAF=26;SAR=16;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138055;STB=0.59302;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00800411;OID=.;OPOS=200790050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:39:42:43:0.52439:16:26:17:20:16:27:17:22 chr2 200792881 . C T 2033.06 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000655392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.358;QD=61.608;RBI=0.00158231;REFB=-0.0688683;REVB=-0.00144019;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010203;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:132:132:0:0:131:132:1:63:68:0:0:63:69:0:0 chr2 201253956 . A G 288.51 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0311884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.941;QD=13.7384;RBI=0.0430446;REFB=-0.0226935;REVB=-0.0296669;RO=51;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223692;STB=0.626792;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.035792;OID=.;OPOS=201253956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:15:18:17:34:15:18:17:34 chr2 201284089 . C T 662.34 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00663304;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.765;QD=19.7713;RBI=0.00824044;REFB=-0.000390441;REVB=-0.00488954;RO=65;SAF=31;SAR=35;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632811;STB=0.522069;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00080362;OID=.;OPOS=201284089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:65:68:66:66:0.492537:35:31:26:39:35:31:29:39 chr2 201342616 . C T 593.41 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0311671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.599;QD=17.4533;RBI=0.0339135;REFB=-0.0177571;REVB=0.0133691;RO=74;SAF=19;SAR=43;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149481;STB=0.583479;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0243282;OID=.;OPOS=201342616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:74:62:62:0.455882:43:19:33:41:43:19:33:41 chr2 201344434 . A G 272.31 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00784989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.327;QD=17.2896;RBI=0.0392943;REFB=-0.00760074;REVB=0.0385023;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485816;STB=0.527254;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0104149;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:13:17:17:16:13:17:17:16 chr2 201344491 . G A 423.78 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0190438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6144;QD=21.1891;RBI=0.0212895;REFB=-0.0076663;REVB=0.00951726;RO=38;SAF=23;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861244;STB=0.547596;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00602666;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:19:23:17:21:19:23:17:21 chr2 201344732 . C T 567.59 PASS AF=0.47619;AO=58;DP=125;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0266912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.335;QD=18.0189;RBI=0.0295397;REFB=-0.0117976;REVB=-0.0126559;RO=66;SAF=22;SAR=36;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896019;STB=0.537447;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0126646;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:66:66:58:60:0.47619:36:22:31:35:36:24:31:35 chr2 201354935 . C G 1501.67 PASS AF=0.51773;AO=144;DP=283;FAO=146;FDP=282;FR=.;FRO=136;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=70;FSRR=66;FWDB=-0.0225496;FXX=0.00704201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.753;QD=21.3002;RBI=0.0256356;REFB=-0.0347776;REVB=0.0121942;RO=137;SAF=73;SAR=71;SRF=72;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165831;STB=0.507091;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0365385;OID=.;OPOS=201354935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:282:137:136:144:146:0.51773:71:73:72:65:73:73:70:66 chr2 201437328 . C A 607.5 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0197502;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3162;QD=24.7958;RBI=0.0212576;REFB=-0.0258651;REVB=0.00786223;RO=42;SAF=23;SAR=32;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109293;STB=0.500191;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0221853;OID=.;OPOS=201437328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:42:43:55:55:0.561224:32:23:17:25:32:23:18:25 chr2 201437334 . T C 1522.68 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.128;QD=63.4451;RBI=0.0320055;REFB=0;REVB=0.0153426;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05179e-05;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:96:0:0:91:96:1:51:40:0:0:55:41:0:0 chr2 201468732 . CT GT,TC 471.51 PASS AF=0.554217,0;AO=36,3;DP=79;FAO=46,0;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=23,0;FSAR=23,0;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00864556,-0.0887894;FXX=0.0348797;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=125.556,31.701;QD=22.7235;RBI=0.0756704,0.199496;REFB=-0.0158109,0.0336756;REVB=0.0751749,-0.178648;RO=31;SAF=21,0;SAR=15,3;SRF=20;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0537587,-0.609902;STB=0.554194,0.5;STBP=0.307,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0223376,0;OID=.,.;OPOS=201468732,201468732;OREF=C,CT;OALT=G,TC;OMAPALT=GT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:31:37:36,3:46,0:0.554217,0:15,3:21,0:20:11:23,0:23,0:23:14 chr2 202122995 . A G 2954.89 PASS AF=0.970588;AO=198;DP=205;FAO=198;FDP=204;FR=.;FRO=6;FSAF=117;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00761303;FXX=0.00487781;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.576;QD=57.9391;RBI=0.0316758;REFB=-0.113468;REVB=0.0307473;RO=6;SAF=117;SAR=81;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244375;STB=0.512843;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000773336;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:205:204:6:6:198:198:0.970588:81:117:1:5:81:117:1:5 chr2 202149696 . G A 747.6 PASS AF=0.442623;AO=79;DP=177;FAO=81;FDP=183;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=0.00250317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6288;QD=16.3411;RBI=0.0221164;REFB=0.0024692;REVB=0.0219743;RO=98;SAF=32;SAR=47;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185428;STB=0.612719;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00574354;OID=.;OPOS=202149696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:183:98:102:79:81:0.442623:47:32:58:40:49:32:61:41 chr2 202151781 . T C 728.78 PASS AF=0.579832;AO=68;DP=118;FAO=69;FDP=119;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.00795745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.759;QD=24.4969;RBI=0.0168093;REFB=-0.0207638;REVB=0.0148065;RO=50;SAF=26;SAR=42;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2304;STB=0.620605;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0220722;OID=.;OPOS=202151781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:50:50:68:69:0.579832:42:26:34:16:42:27:34:16 chr2 202215492 . C G 837.74 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04107;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.922;QD=57.7754;RBI=0.0418968;REFB=0;REVB=0.00828194;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01953e-05;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr2 202245244 . A G 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0184494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.175;QD=17.5649;RBI=0.0186166;REFB=0.0012928;REVB=-0.00248914;RO=35;SAF=22;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225396;STB=0.626637;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00151633;OID=.;OPOS=202245244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:10:22:16:19:10:22:16:19 chr2 202260049 . G A 780.8 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145987;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.541;QD=56.7855;RBI=0.0282144;REFB=0;REVB=0.0241439;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55738e-05;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:18:36:0:0:18:37:0:0 chr2 202264156 . C T 986.49 PASS AF=0.516129;AO=96;DP=186;FAO=96;FDP=186;FR=.;FRO=90;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.0446215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.649;QD=21.2147;RBI=0.0511193;REFB=-0.00220411;REVB=-0.024942;RO=90;SAF=57;SAR=39;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151938;STB=0.583316;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00217017;OID=.;OPOS=202264156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:90:90:96:96:0.516129:39:57:38:52:39:57:38:52 chr2 202337730 . A G 2808.82 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.687;QD=62.7669;RBI=0.0366609;REFB=0;REVB=0.035428;RO=0;SAF=83;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61769e-05;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:96:83:0:0:96:83:0:0 chr2 202342402 . G T 1412.21 PASS AF=0.542857;AO=131;DP=244;FAO=133;FDP=245;FR=.;FRO=112;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=0.00681772;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.337;QD=23.0565;RBI=0.014516;REFB=-0.0226234;REVB=0.0128154;RO=113;SAF=60;SAR=71;SRF=48;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285019;STB=0.513873;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0197857;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:113:112:131:133:0.542857:71:60:48:65:72:61:48:64 chr2 202357949 . A C 658.81 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7411;QD=61.2842;RBI=0.0492939;REFB=0;REVB=0.00347384;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010349;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr2 202410300 . A T 1472.53 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131164;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.533;QD=63.3346;RBI=0.021415;REFB=0;REVB=-0.0169281;RO=0;SAF=31;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.05239e-06;OID=.;OPOS=202410300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:61:31:0:0:61:32:0:0 chr2 202469361 . C T 773.93 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0883033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.186;QD=63.1776;RBI=0.0899908;REFB=0;REVB=0.0173456;RO=0;SAF=10;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15174e-05;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:38:10:0:0:38:11:0:0 chr2 202490757 . A G 515.01 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00221663;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8245;QD=18.8993;RBI=0.0228028;REFB=-0.0254011;REVB=0.0226948;RO=54;SAF=28;SAR=26;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167805;STB=0.504423;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.037153;OID=.;OPOS=202490757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:54:55:54:54:0.495413:26:28:29:25:26:28:29:26 chr2 202557702 . C T 1208.93 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.171;QD=61.2119;RBI=0.0361696;REFB=0;REVB=-0.000226689;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155787;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:39:40:0:0 chr2 202575821 . G A 631.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5496;QD=61.5864;RBI=0.0365632;REFB=0;REVB=-0.0339572;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000527449;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr2 202625615 . C T 1767.11 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.437;QD=60.9347;RBI=0.0318738;REFB=0;REVB=-0.0313782;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00043e-05;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:61:55:0:0:61:55:0:0 chr2 202633582 . A G,T 679.01 PASS AF=0.941176,0.0392157;AO=47,2;DP=50;FAO=48,2;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21,0;FSAR=27,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00594433,-0.000780479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.441,155.852;QD=53.2557;RBI=0.023717,0.0223153;REFB=0.00620247,0.0153699;REVB=0.0229599,0.0223017;RO=1;SAF=20,0;SAR=27,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0229327,-0.697199;STB=0.511623,0.993266;STBP=0.342,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00173995,0.0280703;OID=.,.;OPOS=202633582,202633582;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:51:1:1:47,2:48,2:0.941176,0.0392157:27,2:20,0:1:0:27,2:21,0:1:0 chr2 202741247 . G C 791.45 PASS AF=0.427184;AO=88;DP=206;FAO=88;FDP=206;FR=.;FRO=118;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=39;FSRR=79;FWDB=0.0181677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.812;QD=15.3679;RBI=0.0227298;REFB=-0.0284573;REVB=-0.0136593;RO=118;SAF=31;SAR=57;SRF=39;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247071;STB=0.513767;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0381391;OID=.;OPOS=202741247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:118:118:88:88:0.427184:57:31:39:79:57:31:39:79 chr2 202741256 . A T 3116.97 PASS AF=1;AO=194;DP=196;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149131;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.145;QD=63.9379;RBI=0.0305467;REFB=0;REVB=-0.0305103;RO=0;SAF=64;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029621;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:195:0:0:194:195:1:130:64:0:0:130:65:0:0 chr2 202741269 . G A 3144.46 PASS AF=1;AO=197;DP=200;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257372;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.311;QD=63.5245;RBI=0.0150981;REFB=-0.0328891;REVB=-0.0148771;RO=0;SAF=67;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74456e-05;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:198:0:0:197:198:1:130:67:0:0:131:67:0:0 chr2 202901910 . G A 570.79 PASS AF=0.422078;AO=61;DP=150;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.0160978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.961;QD=14.8258;RBI=0.0249379;REFB=-0.0110485;REVB=0.0190463;RO=88;SAF=33;SAR=28;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126113;STB=0.546583;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.01787;OID=.;OPOS=202901910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:88:89:61:65:0.422078:28:33:37:51:32:33:38:51 chr2 202939836 . G C 1954.84 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.943;QD=61.0887;RBI=0.0316352;REFB=-0.0897668;REVB=0.0138747;RO=0;SAF=55;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00100886;OID=.;OPOS=202939836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:127:127:0.992188:72:55:0:0:72:55:1:0 chr2 202964380 . G A 628.49 PASS AF=0.439189;AO=65;DP=150;FAO=65;FDP=148;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.00930059;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.939;QD=16.9863;RBI=0.00951267;REFB=-0.00505607;REVB=-0.00199744;RO=84;SAF=28;SAR=37;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129888;STB=0.575822;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00620345;OID=.;OPOS=202964380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:84:83:65:65:0.439189:37:28:47:37:37:28:47:36 chr2 203139844 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0302904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.427;QD=11.1041;RBI=0.0303455;REFB=-0.00701158;REVB=-0.00182815;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695696;STB=0.542251;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0100878;OID=.;OPOS=203139844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:5:5:3:4:5:5 chr2 203155936 . A C 371.38 PASS AF=0.40404;AO=41;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0330896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7874;QD=15.0054;RBI=0.0781169;REFB=-0.00238101;REVB=0.0707625;RO=58;SAF=18;SAR=23;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450457;STB=0.51114;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00499728;OID=.;OPOS=203155936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:59:41:40:0.40404:23:18:23:35:23:17:24:35 chr2 203168132 . GA G 41.0 PASS AF=0.343284;AO=30;DP=69;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.240753;FXX=0.0563301;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.97765;QD=2.44794;RBI=0.241654;REFB=-0.119729;REVB=0.0208475;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212955;STB=0.542743;STBP=0.631;TYPE=del;VARB=0.104295;OID=.;OPOS=203168133;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.343284:30:69:23:67:44:9:14:20:24:41:28:16:14:8:20 chr2 203421199 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0085519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.544;QD=9.44486;RBI=0.0355437;REFB=0.00466913;REVB=-0.0344995;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0211274;OID=.;OPOS=203421199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:7:3:2:4:7:3 chr2 203640713 . T C 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.048;QD=61.6748;RBI=0.0500122;REFB=0;REVB=0.0490211;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2447e-05;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr2 204062061 . A G 3513.85 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.138;QD=62.7474;RBI=0.0200801;REFB=0;REVB=0.0200215;RO=0;SAF=107;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28718e-06;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:224:0:0:222:224:1:115:107:0:0:116:108:0:0 chr2 204090887 . C G 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.235;QD=64.2853;RBI=0.0147253;REFB=0;REVB=0.00845781;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96743e-05;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:55:45:0:0:55:45:0:0 chr2 204116690 . C T 1026.38 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3755;QD=59.5006;RBI=0.0725134;REFB=0;REVB=-0.0711845;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000411704;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:37:32:0:0 chr2 204206977 . C T 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.084;QD=59.0415;RBI=0.0414897;REFB=-0.00666402;REVB=-0.0368389;RO=1;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164662;STB=0.508768;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-8.45351e-06;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:28:13:0:1:28:13:0:1 chr2 204602211 . GA G 448.75 PASS AF=1;AO=42;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.218642;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.1269;QD=39.8891;RBI=0.235273;REFB=0;REVB=0.0868854;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.354839;SSSB=0.015915;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00378872;OID=.;OPOS=204602212;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:45:45:45:0:14:31:0:0:8:1:13:29:0:1 chr2 204732714 . A G 1495.76 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000137012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.341;QD=62.3233;RBI=0.0160675;REFB=-0.0674993;REVB=0.0160669;RO=1;SAF=50;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938984;STB=0.504949;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000316221;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:96:1:1:95:95:0.989583:45:50:1:0:45:50:1:0 chr2 204824283 . T G 771.77 PASS AF=0.536765;AO=73;DP=136;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=53;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0500636;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.849;QD=22.699;RBI=0.0505429;REFB=0.00250686;REVB=0.0069435;RO=62;SAF=20;SAR=53;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127116;STB=0.567163;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000107526;OID=.;OPOS=204824283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:62:63:73:73:0.536765:53:20:25:37:53:20:25:38 chr2 204824324 . A C 733.73 PASS AF=0.525926;AO=71;DP=135;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0025708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.595;QD=21.7401;RBI=0.00873825;REFB=0.00214478;REVB=-0.00835153;RO=64;SAF=21;SAR=50;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108565;STB=0.559773;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00138403;OID=.;OPOS=204824324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:64:64:71:71:0.525926:50:21:26:38:50:21:26:38 chr2 204825286 . T C 259.54 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00365769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.428;QD=11.9329;RBI=0.00393932;REFB=-0.00593709;REVB=-0.00146271;RO=54;SAF=14;SAR=17;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535946;STB=0.54266;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0111133;OID=.;OPOS=204825286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:56:31:31:0.356322:17:14:27:27:17:14:29:27 chr2 205829991 . C T 1741.19 PASS AF=0.966942;AO=117;DP=124;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00576434;FXX=0.0241916;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.507;QD=57.5599;RBI=0.00843784;REFB=-0.169872;REVB=0.00616194;RO=2;SAF=55;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000958124;STB=0.509275;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00115311;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:124:121:2:4:117:117:0.966942:62:55:1:1:62:55:3:1 chr2 205912403 . T C 2661.88 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432847;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.13;QD=62.2662;RBI=0.0432851;REFB=0;REVB=-0.000181923;RO=0;SAF=94;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46999e-05;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:170:171:1:76:94:0:0:76:95:0:0 chr2 205969220 . G A 1167.66 PASS AF=1;AO=69;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.485;QD=60.6578;RBI=0.041966;REFB=0;REVB=0.00412132;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291185;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:69:77:1:38:31:0:0:43:34:0:0 chr2 205986321 . A G 1933.4 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8194;QD=61.8687;RBI=0.0433353;REFB=0;REVB=0.0351245;RO=0;SAF=73;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58278e-05;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:51:73:0:0:52:73:0:0 chr2 206166580 . G A 537.31 PASS AF=0.374269;AO=63;DP=171;FAO=64;FDP=171;FR=.;FRO=107;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.00938318;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4926;QD=12.5687;RBI=0.0113603;REFB=-0.0102774;REVB=-0.00640413;RO=108;SAF=24;SAR=39;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134936;STB=0.566776;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0174152;OID=.;OPOS=206166580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:108:107:63:64:0.374269:39:24:54:54:39:25:53:54 chr2 206218963 . G A 458.58 PASS AF=0.354037;AO=57;DP=162;FAO=57;FDP=161;FR=.;FRO=104;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=0.00301298;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.657;QD=11.3932;RBI=0.010226;REFB=-0.0039337;REVB=0.00977208;RO=103;SAF=20;SAR=37;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079976;STB=0.549657;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00694962;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:103:104:57:57:0.354037:37:20:43:60:37:20:44:60 chr2 206219012 . TA CC 508.18 PASS AF=0.352273;AO=62;DP=178;FAO=62;FDP=176;FR=.;FRO=114;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=73;FWDB=-0.00519205;FXX=0.0112353;HRUN=2;LEN=2;MLLD=148.167;QD=11.5496;RBI=0.0271104;REFB=-0.00427117;REVB=-0.0266086;RO=114;SAF=17;SAR=45;SRF=41;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113924;STB=0.565403;STBP=0.238;TYPE=mnp;VARB=0.00810031;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:114:114:62:62:0.352273:45:17:41:73:45:17:41:73 chr2 206364737 . T C 675.16 PASS AF=0.467532;AO=72;DP=154;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=57;FWDB=2.65886e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.851;QD=17.5366;RBI=0.00135731;REFB=-0.000992179;REVB=0.00135705;RO=82;SAF=38;SAR=34;SRF=25;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212876;STB=0.617469;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00103713;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:82:82:72:72:0.467532:34:38:25:57:34:38:25:57 chr2 206581033 . G A 3881.7 PASS AF=0.991903;AO=245;DP=247;FAO=245;FDP=247;FR=.;FRO=2;FSAF=105;FSAR=140;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0123659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6299;QD=62.8615;RBI=0.0136374;REFB=0.00863708;REVB=0.00574999;RO=2;SAF=105;SAR=140;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00112529;STB=0.50059;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-6.98462e-05;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:247:247:2:2:245:245:0.991903:140:105:1:1:140:105:1:1 chr2 206592695 . T C 1680.83 PASS AF=0.536184;AO=163;DP=305;FAO=163;FDP=304;FR=.;FRO=141;FSAF=58;FSAR=105;FSRF=71;FSRR=70;FWDB=-0.0103352;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.983;QD=22.1162;RBI=0.0244337;REFB=-0.0235519;REVB=0.0221402;RO=140;SAF=58;SAR=105;SRF=71;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133841;STB=0.571631;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0158004;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:304:140:141:163:163:0.536184:105:58:71:69:105:58:71:70 chr2 206608039 . T C 2403.91 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3733;QD=60.4758;RBI=0.038099;REFB=0.01441;REVB=-0.0365241;RO=1;SAF=79;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598461;STB=0.503144;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000131984;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:1:1:158:158:0.993711:79:79:0:1:79:79:0:1 chr2 206610502 . T G 1153.76 PASS AF=0.551546;AO=107;DP=193;FAO=107;FDP=194;FR=.;FRO=87;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=57;FSRR=30;FWDB=-0.00745422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.279;QD=23.7889;RBI=0.0138023;REFB=-0.00688689;REVB=-0.0116163;RO=85;SAF=59;SAR=48;SRF=55;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793926;STB=0.547484;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.004474;OID=.;OPOS=206610502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:85:87:107:107:0.551546:48:59:55:30:48:59:57:30 chr2 206860469 . A AT,T 47.58 PASS AF=0.0930233,0.0581395;AO=11,6;DP=89;FAO=8,5;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=2,0;FSAR=6,5;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0133527,0.00716862;FXX=0.0227247;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=116.123,127.044;QD=2.21313;RBI=0.0407046,0.052747;REFB=-0.00340942,-0.000916336;REVB=-0.0384522,-0.0522576;RO=71;SAF=1,0;SAR=10,6;SRF=36;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.542391,-0.566727;STB=0.715569,0.997802;STBP=0.235,0.017;TYPE=ins,snp;VARB=0.157987,-0.0649578;OID=.,.;OPOS=206860470,206860469;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:89:86:71:73:11,6:8,5:0.0930233,0.0581395:10,6:1,0:36:35:6,5:2,0:35:38 chr2 206863874 . C T 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0904134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9691;QD=57.8811;RBI=0.0907914;REFB=0;REVB=-0.00827615;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000897515;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr2 206874339 . G A 3894.27 PASS AF=0.984556;AO=253;DP=259;FAO=255;FDP=259;FR=.;FRO=4;FSAF=149;FSAR=106;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00303942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.721;QD=60.1432;RBI=0.0428174;REFB=-0.187681;REVB=0.0427094;RO=4;SAF=148;SAR=105;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00504526;STB=0.502636;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.000665884;OID=.;OPOS=206874339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:259:259:4:4:253:255:0.984556:105:148:3:1:106:149:3:1 chr2 206911228 . G A 1216.82 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154826;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.406;QD=61.6112;RBI=0.0166011;REFB=0;REVB=-0.00599048;RO=0;SAF=20;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06492e-05;OID=.;OPOS=206911228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:59:20:0:0:59:20:0:0 chr2 206921451 . G A 1368.61 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000675827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=329.834;QD=60.1588;RBI=0.00726029;REFB=0.0136442;REVB=-0.00722876;RO=1;SAF=48;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977167;STB=0.500869;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.000202139;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:1:2:89:89:0.978022:41:48:1:0:41:48:1:1 chr2 207086148 . T C 657.96 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.011413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.49;QD=19.7881;RBI=0.0170546;REFB=-0.0206669;REVB=0.012673;RO=67;SAF=37;SAR=29;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116514;STB=0.564287;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0163077;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:67:67:66:66:0.496241:29:37:29:38:29:37:29:38 chr2 207179004 . T A 110.95 PASS AF=0.301205;AO=28;DP=80;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0122022;FXX=0;HRUN=17;LEN=1;MLLD=74.3301;QD=5.34715;RBI=0.050353;REFB=-0.00982566;REVB=-0.0488522;RO=48;SAF=2;SAR=26;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.648385;STB=0.888282;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0649308;OID=.;OPOS=207179004;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:48:58:28:25:0.301205:26:2:26:22:23:2:32:26 chr2 207459467 . C T 1791.55 PASS AF=0.453237;AO=189;DP=418;FAO=189;FDP=417;FR=.;FRO=228;FSAF=76;FSAR=113;FSRF=93;FSRR=135;FWDB=-0.00808815;FXX=0.00239229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.633;QD=17.1851;RBI=0.00821279;REFB=-0.0178467;REVB=0.00142538;RO=227;SAF=76;SAR=113;SRF=92;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325477;STB=0.503281;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0212809;OID=.;OPOS=207459467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:418:417:227:228:189:189:0.453237:113:76:92:135:113:76:93:135 chr2 207472683 . C CTA 1003.46 PASS AF=0.391156;AO=114;DP=299;FAO=115;FDP=294;FR=.;FRO=179;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=89;FSRR=90;FWDB=-0.0060715;FXX=0.023255;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.054;QD=13.6525;RBI=0.00812977;REFB=-0.00536584;REVB=0.00540649;RO=179;SAF=46;SAR=68;SRF=89;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103314;STB=0.554626;STBP=0.132;TYPE=ins;VARB=0.0084532;OID=.;OPOS=207472684;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391156:114:299:115:294:179:47:68:89:90:99:179:46:68:89:90 chr2 207603234 . T G 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.386;QD=63.8677;RBI=0.0394018;REFB=0;REVB=0.0270043;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71463e-06;OID=.;OPOS=207603234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr2 207621759 . A G 1478.26 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4961;QD=56.3146;RBI=0.0245094;REFB=-0.159393;REVB=0.0171599;RO=0;SAF=37;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500909;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00272993;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:0:3:102:102:0.971429:65:37:0:0:65:37:1:2 chr2 207647981 . C T 828.4 PASS AF=0.887324;AO=62;DP=71;FAO=63;FDP=71;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0486888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.634;QD=46.6707;RBI=0.0486939;REFB=-0.073857;REVB=-0.000700596;RO=6;SAF=29;SAR=33;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607019;STB=0.530821;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00764849;OID=.;OPOS=207647981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:71:71:6:8:62:63:0.887324:33:29:5:1:33:30:6:2 chr2 207820276 . G A 656.56 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.0927914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.675;QD=19.5989;RBI=0.0928176;REFB=-0.00111838;REVB=-0.00220371;RO=68;SAF=23;SAR=43;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192501;STB=0.510635;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00103389;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:68:68:66:66:0.492537:43:23:25:43:43:23:25:43 chr2 207824384 . T G 301.94 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0120747;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.343;QD=14.0437;RBI=0.0303979;REFB=-0.00454185;REVB=0.0278968;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254492;STB=0.643646;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0106842;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:52:34:34:0.395349:16:18:15:37:16:18:15:37 chr2 207825656 . A T 475.27 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0881726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2352;QD=16.531;RBI=0.0888785;REFB=-0.0186719;REVB=-0.0111795;RO=62;SAF=28;SAR=24;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053307;STB=0.534123;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0274184;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:63:52:52:0.452174:24:28:30:32:24:28:30:33 chr2 207833983 . A G 1811.26 PASS AF=0.505747;AO=176;DP=348;FAO=176;FDP=348;FR=.;FRO=172;FSAF=92;FSAR=84;FSRF=100;FSRR=72;FWDB=0.0091207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.982;QD=20.8191;RBI=0.0109006;REFB=-0.00475885;REVB=-0.00596959;RO=172;SAF=92;SAR=84;SRF=100;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532623;STB=0.529131;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00348266;OID=.;OPOS=207833983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:172:172:176:176:0.505747:84:92:100:72:84:92:100:72 chr2 207945783 . A G 42.18 PASS AF=0.210526;AO=9;DP=35;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0630408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7702;QD=4.44042;RBI=0.212117;REFB=-0.0858246;REVB=-0.202533;RO=25;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320652;STB=0.683813;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.24265;OID=.;OPOS=207945783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:38:25:30:9:8:0.210526:8:1:7:18:4:4:8:22 chr2 207945785 . A ATGTG,G 340.38 PASS AF=0.228571,0.628571;AO=7,22;DP=39;FAO=8,22;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=1,5;FSAR=7,17;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0829994,-0.0594008;FXX=0.0540395;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=98.0985,41.1049;QD=38.9005;RBI=0.0830011,0.0741707;REFB=-0.0859306,-0.201384;REVB=-0.000532148,0.0444166;RO=10;SAF=0,5;SAR=7,17;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.796581,-0.308103;STB=0.813053,0.629501;STBP=0.019,0.022;TYPE=ins,snp;VARB=0.147506,0.0597725;OID=.,.;OPOS=207945786,207945785;OREF=-,A;OALT=TGTG,G;OMAPALT=ATGTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:59:39:35:10:5:7,22:8,22:0.228571,0.628571:7,17:0,5:7:3:7,17:1,5:4:1 chr2 207988613 . C T 3605.48 PASS AF=0.967347;AO=233;DP=244;FAO=237;FDP=245;FR=.;FRO=8;FSAF=138;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0324233;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.07;QD=58.865;RBI=0.0375878;REFB=-0.146783;REVB=0.019015;RO=7;SAF=137;SAR=96;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334819;STB=0.51111;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.000589661;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:244:245:7:8:233:237:0.967347:96:137:0:7:99:138:2:6 chr2 207998800 . C T 490.06 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00693246;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.75;QD=23.9053;RBI=0.0129141;REFB=-0.0180779;REVB=0.0108957;RO=34;SAF=24;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623865;STB=0.533884;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0164992;OID=.;OPOS=207998800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:34:36:46:46:0.560976:22:24:15:19:22:24:16:20 chr2 208477852 . G A 1556.02 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.539;QD=59.847;RBI=0.00529909;REFB=0;REVB=-0.00514056;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94882e-06;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:51:53:0:0:51:53:0:0 chr2 208477956 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.499;QD=60.3767;RBI=0.0243534;REFB=0;REVB=0.0240806;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29311e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr2 208478055 . A G 2112.12 PASS AF=0.985507;AO=135;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0859506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8125;QD=61.2209;RBI=0.0859515;REFB=0.0471964;REVB=-0.000395146;RO=2;SAF=63;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000929087;STB=0.500428;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00421931;OID=.;OPOS=208478055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:138:138:2:2:135:136:0.985507:72:63:1:1:72:64:1:1 chr2 208632093 . G A 516.87 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=67;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0209961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.034;QD=30.858;RBI=0.0224198;REFB=0.00510749;REVB=0.00786184;RO=21;SAF=13;SAR=33;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267909;STB=0.645636;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00110158;OID=.;OPOS=208632093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:21:21:46:46:0.686567:33:13:15:6:33:13:15:6 chr2 208633413 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.169;QD=59.4337;RBI=0.0744495;REFB=0;REVB=-0.0691392;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183387;OID=.;OPOS=208633413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr2 208633627 . C T 6432.89 PASS AF=1;AO=406;DP=414;FAO=417;FDP=417;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=243;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105969;FXX=0.0141841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.637;QD=61.7064;RBI=0.0105985;REFB=-0.0601901;REVB=-0.000183945;RO=4;SAF=171;SAR=235;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06757e-05;OID=.;OPOS=208633627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:414:417:4:0:406:417:1:235:171:3:1:243:174:0:0 chr2 208811097 . C T 2931.4 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0599;QD=62.0402;RBI=0.124495;REFB=0;REVB=0.123678;RO=0;SAF=96;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297618;OID=.;OPOS=208811097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:173:189:0:0:172:189:1:76:96:0:0:88:101:0:0 chr2 208841964 . A G 651.32 PASS AF=0.478261;AO=64;DP=137;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0171683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.556;QD=18.879;RBI=0.0180303;REFB=0.00149676;REVB=-0.00550839;RO=71;SAF=41;SAR=23;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234984;STB=0.621175;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0014561;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:71:72:64:66:0.478261:23:41:28:43:25:41:28:44 chr2 208918917 . C T 669.44 PASS AF=0.461538;AO=72;DP=155;FAO=72;FDP=156;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0219986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8583;QD=17.165;RBI=0.0333695;REFB=0.00970014;REVB=-0.0250915;RO=83;SAF=40;SAR=32;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117398;STB=0.561861;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0166707;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:83:84:72:72:0.461538:32:40:36:47:32:40:37:47 chr2 208938866 . G T 902.82 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.22;QD=58.2467;RBI=0.0328753;REFB=0;REVB=0.0275625;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72888e-05;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:59:62:1:26:33:0:0:29:33:0:0 chr2 208986637 . T C 457.18 PASS AF=0.46729;AO=49;DP=106;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00656488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.842;QD=17.0909;RBI=0.00696896;REFB=-0.030795;REVB=0.00233853;RO=56;SAF=19;SAR=30;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407033;STB=0.522941;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0369345;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:56:57:49:50:0.46729:30:19:24:32:31:19:24:33 chr2 208989037 . A G 4695.45 PASS AF=1;AO=299;DP=300;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.463;QD=62.3979;RBI=0.022534;REFB=0;REVB=-0.0148516;RO=0;SAF=147;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80298e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03192e-06;OID=.;OPOS=208989037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:300:301:0:0:299:301:1:152:147:0:0:154:147:0:0 chr2 209007559 . T G 878.32 PASS AF=0.478495;AO=89;DP=186;FAO=89;FDP=186;FR=.;FRO=97;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.000397659;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.609;QD=18.8886;RBI=0.0111819;REFB=0.00939221;REVB=-0.0111749;RO=93;SAF=37;SAR=52;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136833;STB=0.509233;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0110132;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:93:97:89:89:0.478495:52:37:40:53:52:37:42:55 chr2 209010558 . A G 545.47 PASS AF=0.437037;AO=56;DP=134;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.00750961;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.427;QD=16.162;RBI=0.011528;REFB=-0.0156754;REVB=-0.00874641;RO=73;SAF=20;SAR=36;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14259;STB=0.584129;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0181706;OID=.;OPOS=209010558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:73:76:56:59:0.437037:36:20:36:37:38:21:38:38 chr2 209030050 . T A 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.000105507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7983;QD=11.3234;RBI=0.0723717;REFB=-0.0150394;REVB=0.0723716;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910849;STB=0.5528;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0274109;OID=.;OPOS=209030050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:11:12:18:23:11:12:18:23 chr2 209033138 . C T 2210.78 PASS AF=0.70229;AO=184;DP=262;FAO=184;FDP=262;FR=.;FRO=78;FSAF=87;FSAR=97;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0350187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3856;QD=33.7524;RBI=0.0371011;REFB=-0.0692066;REVB=-0.0122548;RO=77;SAF=87;SAR=97;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173294;STB=0.507203;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.026888;OID=.;OPOS=209033138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:77:78:184:184:0.70229:97:87:34:43:97:87:35:43 chr2 209033173 . A G 2790.11 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.573;QD=62.6991;RBI=0.0169505;REFB=0;REVB=-0.0149956;RO=0;SAF=83;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22646e-05;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:95:83:0:0:95:83:0:0 chr2 209036712 . T C 3069.77 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.569;QD=63.2942;RBI=0.0112951;REFB=0;REVB=0.0109557;RO=0;SAF=93;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184884;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:194:0:0:184:194:1:91:93:0:0:100:94:0:0 chr2 209036778 . A G 3150.56 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.427;QD=61.7757;RBI=0.1012;REFB=0;REVB=0.0588259;RO=0;SAF=83;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104095;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:204:0:0:202:204:1:119:83:0:0:119:85:0:0 chr2 209184980 . G A 1504.5 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015781;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.73;QD=59.5842;RBI=0.00585615;REFB=0;REVB=0.00563951;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232617;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:99:101:1:61:38:0:0:63:38:0:0 chr2 209184999 . C T 1396.51 PASS AF=0.948454;AO=92;DP=97;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0344073;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.16;QD=57.5879;RBI=0.0347571;REFB=-0.10582;REVB=0.0049192;RO=4;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326615;STB=0.521363;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000281116;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:97:97:4:5:92:92:0.948454:56:36:0:4:56:36:0:5 chr2 209190330 . T C 1516.13 PASS AF=0.888;AO=110;DP=125;FAO=111;FDP=125;FR=.;FRO=14;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0548114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7983;QD=48.5163;RBI=0.067725;REFB=-0.121219;REVB=0.0397792;RO=12;SAF=62;SAR=48;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896806;STB=0.530755;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0168757;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:125:125:12:14:110:111:0.888:48:62:1:11:49:62:4:10 chr2 209190519 . A T 975.8 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107767;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.966;QD=59.1391;RBI=0.00729473;REFB=0;REVB=0.00721469;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84915e-05;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:44:22:0:0:44:22:0:0 chr2 209190528 . C G 920.92 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.412;QD=56.6722;RBI=0.0157938;REFB=0;REVB=-0.00213183;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018729;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:39:23:0:0:42:23:0:0 chr2 209191082 . C A 471.36 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0297983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3613;QD=55.4546;RBI=0.0501054;REFB=0.0184585;REVB=0.0402816;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00534825;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:20:13:1:0:20:13:1:0 chr2 209191099 . T C 387.62 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2208;QD=55.3747;RBI=0.0467755;REFB=0;REVB=0.0396319;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174251;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:26:28:1:16:10:0:0:17:11:0:0 chr2 209209827 . G A 795.94 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.475;QD=63.6754;RBI=0.042291;REFB=0;REVB=0.0103412;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256893;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:26:22:0:0:26:24:0:0 chr2 209212707 . G A 2988.67 PASS AF=0.971014;AO=199;DP=207;FAO=201;FDP=207;FR=.;FRO=6;FSAF=72;FSAR=129;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0365158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.55;QD=57.7521;RBI=0.0475441;REFB=-0.142758;REVB=0.0304474;RO=7;SAF=71;SAR=128;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348553;STB=0.514848;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00111777;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:207:207:7:6:199:201:0.971014:128:71:6:1:129:72:5:1 chr2 209214770 . A G 1765.72 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237481;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.659;QD=59.8551;RBI=0.0606386;REFB=0.0985111;REVB=0.0557949;RO=1;SAF=48;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979084;STB=0.50505;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000132131;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:118:1:1:116:117:0.991525:68:48:1:0:68:49:1:0 chr2 209215586 . A G 2457.36 PASS AF=0.970414;AO=164;DP=169;FAO=164;FDP=169;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=84;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0162328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7562;QD=58.1624;RBI=0.0180276;REFB=-0.0590269;REVB=-0.00784166;RO=5;SAF=80;SAR=84;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175653;STB=0.509237;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00961761;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:169:169:5:5:164:164:0.970414:84:80:4:1:84:80:4:1 chr2 209220157 . G T 5143.42 PASS AF=1;AO=327;DP=330;FAO=327;FDP=327;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253613;FXX=0.00909063;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.005;QD=62.9165;RBI=0.0260542;REFB=-0.00409361;REVB=0.00596881;RO=1;SAF=160;SAR=167;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04603e-05;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:330:327:1:0:327:327:1:167:160:1:0:167:160:0:0 chr2 209220238 . G C 5539.8 PASS AF=1;AO=351;DP=357;FAO=357;FDP=357;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=210;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111042;FXX=0.0138118;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.322;QD=62.0705;RBI=0.118326;REFB=-0.0630367;REVB=0.0408763;RO=3;SAF=142;SAR=209;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454447;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:357:357:3:0:351:357:1:209:142:3:0:210:147:0:0 chr2 209224874 . CAA CA,CAC 1447.82 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=91,9;DP=104;FAO=100,4;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=77,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023786,-0.0207311;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.8153,12.0482;QD=55.6853;RBI=0.0602045,0.0941547;REFB=0,0;REVB=-0.0553065,-0.091844;RO=0;SAF=19,4;SAR=72,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000171948,-0.0192888;OID=.,.;OPOS=209224875,209224876;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.961538,0.0384615:91,9:104:100,4:104:0:23,2:77,2:0:0:8:0:19,4:72,5:0:0 chr2 209358027 . C T 3021.37 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327015;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.908;QD=63.2748;RBI=0.0354357;REFB=-0.130789;REVB=0.0136491;RO=0;SAF=86;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185565;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:192:191:0:0:191:191:1:105:86:0:0:105:86:0:0 chr2 209785278 . A G 2415.94 PASS AF=0.430921;AO=258;DP=607;FAO=262;FDP=608;FR=.;FRO=346;FSAF=123;FSAR=139;FSRF=166;FSRR=180;FWDB=0.0123336;FXX=0.0049099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.27;QD=15.8943;RBI=0.0123702;REFB=-0.00473998;REVB=0.000951444;RO=343;SAF=122;SAR=136;SRF=162;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000583243;STB=0.505881;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.005403;OID=.;OPOS=209785278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:607:608:343:346:258:262:0.430921:136:122:162:181:139:123:166:180 chr2 210517915 . T C 538.43 PASS AF=0.396226;AO=62;DP=158;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0100648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.849;QD=13.5453;RBI=0.0252388;REFB=-0.0177612;REVB=-0.0231452;RO=96;SAF=34;SAR=28;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298323;STB=0.511428;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0207192;OID=.;OPOS=210517915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:96:96:62:63:0.396226:28:34:50:46:29:34:50:46 chr2 210557380 . C T 407.66 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0286014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3795;QD=15.3835;RBI=0.0616775;REFB=-0.0249949;REVB=-0.054645;RO=60;SAF=19;SAR=27;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072018;STB=0.540433;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.027045;OID=.;OPOS=210557380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:27:19:29:31:27:19:29:31 chr2 210557542 . G A 1082.88 PASS AF=0.50463;AO=109;DP=216;FAO=109;FDP=216;FR=.;FRO=107;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=-0.000103802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.487;QD=20.0532;RBI=0.00486471;REFB=-0.00402152;REVB=-0.0048636;RO=107;SAF=52;SAR=57;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000387808;STB=0.500213;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00377796;OID=.;OPOS=210557542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:107:107:109:109:0.50463:57:52:51:56:57:52:51:56 chr2 210557773 . GGAAAAAG AGGAAAAG,GAAAAG,GGAAAAG,GGAAAAGA 1191.33 PASS AF=0,0,0.892617,0.107383;AO=9,27,21,12;DP=158;FAO=0,0,133,16;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,65,16;FSAR=0,0,68,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484117,0.266587,0.674107,0.260857;FXX=0.0261421;HRUN=3,3,5,5;LEN=3,2,1,2;MLLD=213.265,13.3178,9.95609,11.3649;QD=31.982;RBI=0.145197,0.361244,0.698947,0.283376;REFB=0.0174312,0.0245404,-0.00367544,0.00193841;REVB=-0.136888,-0.24378,0.184682,0.110706;RO=67;SAF=0,2,8,12;SAR=9,25,13,0;SRF=52;SRR=15;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.769783,-0.763393,-0.468153,0.62738;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,mnp;VARB=0,0,0.0282023,0.0143167;OID=.,.,.,.;OPOS=210557773,210557774,210557775,210557779;OREF=GGA,GA,A,AG;OALT=AGG,-,-,GA;OMAPALT=AGGAAAAG,GAAAAG,GGAAAAG,GGAAAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:37:158:149:67:0:9,27,21,12:0,0,133,16:0,0,0.892617,0.107383:9,25,13,0:0,2,8,12:52:15:0,0,68,0:0,0,65,16:0:0 chr2 210558162 . G A 93.17 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0508795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3528;QD=11.6468;RBI=0.0550731;REFB=0.0188374;REVB=0.0210791;RO=20;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606762;STB=0.519199;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0239911;OID=.;OPOS=210558162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:31:32:20:20:11:12:0.375:9:2:3:17:10:2:3:17 chr2 210559960 . G T 249.05 PASS AF=0.733333;AO=21;DP=29;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.013943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.601;QD=33.2062;RBI=0.0175733;REFB=-0.0713709;REVB=0.0106964;RO=8;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989936;STB=0.545413;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0207237;OID=.;OPOS=210559960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:30:8:8:21:22:0.733333:9:12:3:5:10:12:3:5 chr2 210586685 . T C 3303.38 PASS AF=0.990783;AO=211;DP=213;FAO=215;FDP=217;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0141374;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.377;QD=60.8919;RBI=0.0175185;REFB=-0.0531733;REVB=0.0103456;RO=2;SAF=112;SAR=99;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00952566;STB=0.50495;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000474246;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:213:217:2:2:211:215:0.990783:99:112:0:2:100:115:0:2 chr2 210595324 . G A 482.59 PASS AF=0.495146;AO=46;DP=98;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0366098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.708;QD=18.7412;RBI=0.0380644;REFB=-0.00735627;REVB=-0.0104221;RO=52;SAF=18;SAR=28;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105719;STB=0.534959;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00666196;OID=.;OPOS=210595324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:103:52:52:46:51:0.495146:28:18:26:26:29:22:26:26 chr2 210843383 . G A 2411.74 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.564;QD=61.0568;RBI=0.0272982;REFB=0;REVB=-0.00600438;RO=0;SAF=53;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13213e-05;OID=.;OPOS=210843383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:104:53:0:0:104:54:0:0 chr2 210887703 . T C 846.49 PASS AF=0.472826;AO=85;DP=183;FAO=87;FDP=184;FR=.;FRO=97;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.00600518;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.172;QD=18.402;RBI=0.00830149;REFB=-0.0122076;REVB=0.00573171;RO=97;SAF=52;SAR=33;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15405;STB=0.582987;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0148951;OID=.;OPOS=210887703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:97:97:85:87:0.472826:33:52:44:53:34:53:44:53 chr2 211019200 . A AT 30.88 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=57;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0392153;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.586;QD=2.20594;RBI=0.0635921;REFB=-0.00254769;REVB=-0.0500612;RO=46;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.130111;OID=.;OPOS=211019201;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:11:57:8:56:48:3:5:18:30:30:46:3:8:17:29 chr2 211098113 . C T 2795.79 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.075;QD=62.1288;RBI=0.0195335;REFB=0;REVB=0.00381934;RO=0;SAF=89;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08121e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39146e-06;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:168:180:0:0:166:180:1:77:89:0:0:82:98:0:0 chr2 211098308 . G A 45.05 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0151052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5206;QD=7.83512;RBI=0.0234317;REFB=-0.0492161;REVB=-0.0179131;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135555;STB=0.584187;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0538559;OID=.;OPOS=211098308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:11:5:3:4:11:5 chr2 211296239 . G A 805.03 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.572;QD=64.4021;RBI=0.0124061;REFB=0;REVB=0.0111411;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85432e-05;OID=.;OPOS=211296239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr2 211342502 . G A 2276.04 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.74;QD=63.2233;RBI=0.00982055;REFB=0;REVB=0.00142222;RO=0;SAF=79;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90039e-05;OID=.;OPOS=211342502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:141:144:1:62:79:0:0:63:81:0:0 chr2 211421452 . A ATCT,T 539.83 PASS AF=0.464912,0.0438596;AO=49,7;DP=114;FAO=53,5;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=31,1;FSAR=22,4;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00393922,0.00617109;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=243.171,101.477;QD=18.9415;RBI=0.0122418,0.0851614;REFB=-0.0151038,-0.0104342;REVB=0.0115907,0.0849376;RO=58;SAF=31,1;SAR=18,6;SRF=28;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.149449,-0.417252;STB=0.544225,0.782621;STBP=0.397,0.227;TYPE=ins,snp;VARB=0.0160578,0.0637919;OID=.,.;OPOS=211421453,211421452;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:56:49,7:53,5:0.464912,0.0438596:18,6:31,1:28:30:22,4:31,1:28:28 chr2 211456637 . A G 5279.63 PASS AF=1;AO=333;DP=334;FAO=334;FDP=334;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.267;QD=63.2292;RBI=0.0205331;REFB=0;REVB=0.0177393;RO=1;SAF=173;SAR=160;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274979;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146405;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:334:334:1:0:333:334:1:160:173:1:0:160:174:0:0 chr2 211456639 . C T 4934.25 PASS AF=0.96988;AO=321;DP=332;FAO=322;FDP=332;FR=.;FRO=10;FSAF=173;FSAR=149;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00406842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.169;QD=59.4488;RBI=0.0185671;REFB=-0.0933185;REVB=-0.0181159;RO=3;SAF=173;SAR=148;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365265;STB=0.513217;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000533276;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:332:332:3:10:321:322:0.96988:148:173:1:2:149:173:1:9 chr2 211481257 . C G 1626.24 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0283;QD=59.1361;RBI=0.0854536;REFB=-0.117676;REVB=0.0781344;RO=1;SAF=52;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904086;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337408;OID=.;OPOS=211481257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:110:1:0:108:110:1:56:52:1:0:56:54:0:0 chr2 211540507 . C A 1250.79 PASS AF=0.542735;AO=121;DP=225;FAO=127;FDP=234;FR=.;FRO=107;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=-0.0656303;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6404;QD=21.3811;RBI=0.0712621;REFB=0.0111932;REVB=0.0277661;RO=104;SAF=67;SAR=54;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701619;STB=0.537308;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000171917;OID=.;OPOS=211540507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:234:104:107:121:127:0.542735:54:67:49:55:55:72:52:55 chr2 212241725 . C T 498.09 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=133;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.00629042;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.19;QD=15.0936;RBI=0.00721791;REFB=-0.0137493;REVB=-0.00353961;RO=77;SAF=25;SAR=30;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272737;STB=0.515315;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0179097;OID=.;OPOS=212241725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:77:77:55:55:0.416667:30:25:33:44:30:25:33:44 chr2 212242745 . G C 365.25 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0256382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.957;QD=13.6543;RBI=0.0365663;REFB=-0.0150522;REVB=0.0260726;RO=64;SAF=17;SAR=26;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628282;STB=0.535586;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.033552;OID=.;OPOS=212242745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:26:17:29:35:26:17:29:35 chr2 212244403 . G A 505.4 PASS AF=0.384615;AO=60;DP=156;FAO=60;FDP=156;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=-0.0139694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.577;QD=12.9589;RBI=0.021516;REFB=-0.011631;REVB=-0.0163644;RO=96;SAF=30;SAR=30;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017749;OID=.;OPOS=212244403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:96:96:60:60:0.384615:30:30:48:48:30:30:48:48 chr2 212251864 . T C 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0253775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7812;QD=9.09215;RBI=0.0300877;REFB=-0.00923586;REVB=-0.0161633;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654617;STB=0.539732;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0289705;OID=.;OPOS=212251864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:7:6:13:19:7:6:13:19 chr2 212640299 . G T 669.33 PASS AF=0.445122;AO=73;DP=164;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.0286205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9686;QD=16.3251;RBI=0.0384834;REFB=0.00386122;REVB=-0.0257263;RO=89;SAF=27;SAR=46;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148819;STB=0.57745;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00320048;OID=.;OPOS=212640299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:89:91:73:73:0.445122:46:27:46:43:46:27:46:45 chr2 212642775 . T C 377.17 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0148956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.111;QD=16.3986;RBI=0.0291124;REFB=-0.0186769;REVB=0.0250131;RO=52;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274276;STB=0.515411;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0240484;OID=.;OPOS=212642775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:22:18:22:30:22:18:22:30 chr2 212642845 . G C 689.07 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=161;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0408312;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1286;QD=17.2267;RBI=0.0463429;REFB=0.0293145;REVB=0.0219199;RO=87;SAF=44;SAR=30;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767855;STB=0.545442;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.033632;OID=.;OPOS=212642845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:87:86:74:74:0.4625:30:44:45:42:30:44:44:42 chr2 213866714 . G A 2424.38 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158965;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.051;QD=61.3768;RBI=0.011653;REFB=0;REVB=0.0115441;RO=0;SAF=76;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164989;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:82:76:0:0:82:76:0:0 chr2 213886454 . A T 1725.04 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00960302;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.164;QD=57.9847;RBI=0.04489;REFB=-0.00122547;REVB=0.0438509;RO=3;SAF=49;SAR=67;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437118;STB=0.502302;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=3.27493e-05;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:119:3:3:116:116:0.97479:67:49:1:2:67:49:1:2 chr2 214012405 . AA AC,CA 2095.48 PASS AF=0.370787,0.544944;AO=18,67;DP=158;FAO=66,97;FDP=178;FR=.;FRO=15;FSAF=37,47;FSAR=29,50;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0161641,0.0139165;FXX=0.00558628;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=134.43,103.141;QD=47.0893;RBI=0.0162002,0.0143463;REFB=-0.0256028,0.000359032;REVB=-0.00107996,0.00348535;RO=1;SAF=16,19;SAR=2,48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0278586,-0.024218;STB=0.545476,0.542171;STBP=0.099,0.027;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00131002,0.0170177;OID=.,.;OPOS=214012406,214012405;OREF=A,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:158:178:1:15:18,67:66,97:0.370787,0.544944:2,48:16,19:1:0:29,50:37,47:12:3 chr2 214637043 . CA TG 438.03 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0194727;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=2;MLLD=155.328;QD=21.3672;RBI=0.0211965;REFB=-0.00504599;REVB=-0.0083728;RO=38;SAF=21;SAR=22;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00988129;STB=0.511622;STBP=0.851;TYPE=mnp;VARB=0.00499398;OID=.;OPOS=214637043;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:38:39:43:43:0.52439:22:21:19:19:22:21:20:19 chr2 214727221 . A C 944.11 PASS AF=0.423237;AO=102;DP=241;FAO=102;FDP=241;FR=.;FRO=139;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=84;FSRR=55;FWDB=0.0119693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7616;QD=15.6699;RBI=0.0120396;REFB=-0.011771;REVB=0.00129905;RO=133;SAF=50;SAR=52;SRF=80;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113141;STB=0.565664;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0264391;OID=.;OPOS=214727221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:133:139:102:102:0.423237:52:50:80:53:52:50:84:55 chr2 215102929 . T A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.101;QD=57.2377;RBI=0.012503;REFB=0;REVB=0.00794211;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75791e-05;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr2 215595645 . C T 453.52 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00922778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.45;QD=16.643;RBI=0.0420716;REFB=-0.00508755;REVB=-0.0410471;RO=58;SAF=22;SAR=28;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415649;STB=0.518895;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00840685;OID=.;OPOS=215595645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:58:59:50:50:0.458716:28:22:28:30:28:22:28:31 chr2 215632255 . CA CG,TG 2409.32 PASS AF=0.505952,0.482143;AO=82,81;DP=167;FAO=85,81;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=44,42;FSAR=41,39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00906344,0.00580588;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=68.9161,168.574;QD=57.3647;RBI=0.0202148,0.0170577;REFB=-0.0349494,-0.00686068;REVB=-0.0180691,0.0160392;RO=1;SAF=43,42;SAR=39,39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0108864,-0.0111412;STB=0.511108,0.511625;STBP=0.227,0.248;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00720546,0.0167673;OID=.,.;OPOS=215632256,215632255;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:167:168:1:2:82,81:85,81:0.505952,0.482143:39,39:43,42:1:0:41,39:44,42:2:0 chr2 215645464 . C G 568.15 PASS AF=0.431655;AO=55;DP=143;FAO=60;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0106294;FXX=0.0279701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.567;QD=16.3496;RBI=0.0106354;REFB=-0.0121999;REVB=0.000358613;RO=61;SAF=23;SAR=32;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024189;STB=0.516424;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00984995;OID=.;OPOS=215645464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:139:61:79:55:60:0.431655:32:23:24:37:34:26:32:47 chr2 215674224 . G A 3869.81 PASS AF=0.4662;AO=400;DP=859;FAO=400;FDP=858;FR=.;FRO=458;FSAF=206;FSAR=194;FSRF=218;FSRR=240;FWDB=-0.00917935;FXX=0.00116413;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.459;QD=18.0411;RBI=0.01578;REFB=-0.00805529;REVB=0.0128354;RO=458;SAF=206;SAR=194;SRF=218;SRR=240;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378717;STB=0.520819;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0099833;OID=.;OPOS=215674224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:859:858:458:458:400:400:0.4662:194:206:218:240:194:206:218:240 chr2 215796568 . T C 549.69 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0221203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.909;QD=16.1673;RBI=0.0222976;REFB=0.00122723;REVB=0.00280651;RO=76;SAF=33;SAR=26;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151732;STB=0.588089;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00161368;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:77:59:59:0.433824:26:33:31:45:26:33:31:46 chr2 215820013 . G A 739.7 PASS AF=0.57377;AO=70;DP=122;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00536561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.619;QD=24.2525;RBI=0.012715;REFB=-0.013198;REVB=0.0115274;RO=51;SAF=41;SAR=29;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901138;STB=0.545355;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00979459;OID=.;OPOS=215820013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:51:52:70:70:0.57377:29:41:24:27:29:41:25:27 chr2 215876166 . A T 1395.83 PASS AF=0.948454;AO=92;DP=98;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00757218;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4097;QD=57.5598;RBI=0.0514055;REFB=0.0472438;REVB=-0.0508447;RO=4;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430297;STB=0.517781;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00915632;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:98:97:4:5:92:92:0.948454:42:50:0:4:42:50:1:4 chr2 215940242 . T C 499.28 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00900507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.504;QD=21.4745;RBI=0.0090142;REFB=-0.00414605;REVB=-0.000405552;RO=45;SAF=25;SAR=23;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279892;STB=0.515457;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00410323;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:23:25:22:23:23:25:22:23 chr2 216190020 . C G 556.52 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=141;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0108429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.01;QD=15.5669;RBI=0.0397775;REFB=-0.00332547;REVB=-0.0382712;RO=81;SAF=18;SAR=42;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212961;STB=0.621011;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00749407;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:81:83:60:60:0.41958:42:18:40:41:42:18:41:42 chr2 216212339 . T C 495.6 PASS AF=0.378378;AO=56;DP=148;FAO=56;FDP=148;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.0114352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4044;QD=13.3945;RBI=0.015101;REFB=-0.00790207;REVB=-0.00986278;RO=92;SAF=22;SAR=34;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15433;STB=0.587602;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0128101;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:92:92:56:56:0.378378:34:22:49:43:34:22:49:43 chr2 216229692 . A G 343.34 PASS AF=0.34127;AO=42;DP=125;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0403774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.941;QD=10.8997;RBI=0.0419765;REFB=-0.014459;REVB=-0.0114755;RO=83;SAF=23;SAR=19;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618224;STB=0.542403;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0320731;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:83:83:42:43:0.34127:19:23:41:42:19:24:41:42 chr2 216235089 . C T 2388.83 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253531;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.092;QD=61.2521;RBI=0.0299017;REFB=0;REVB=-0.029794;RO=0;SAF=67;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54099e-05;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:156:0:0:156:156:1:89:67:0:0:89:67:0:0 chr2 216242917 . T A 1578.56 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149693;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0905;QD=60.1354;RBI=0.0475019;REFB=0;REVB=0.0450816;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268648;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr2 216248088 . AT A,TC 1370.1 PASS AF=0.965714,0.0342857;AO=37,10;DP=167;FAO=169,6;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=86,0;FSAR=83,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.00647,0.0661639;FXX=0.0056815;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=9.68027,197.911;QD=31.3166;RBI=1.06763,0.0757515;REFB=0,0;REVB=0.356172,-0.0368867;RO=108;SAF=4,0;SAR=33,10;SRF=78;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.704,-0.704812;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0254205,0.122884;OID=.,.;OPOS=216248089,216248088;OREF=T,AT;OALT=-,TC;OMAPALT=A,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:167:175:108:0:37,10:169,6:0.965714,0.0342857:33,10:4,0:78:30:83,6:86,0:0:0 chr2 216249587 . C T 2319.49 PASS AF=0.993827;AO=143;DP=150;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=125;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.414;QD=57.2714;RBI=0.134988;REFB=-0.226652;REVB=0.133814;RO=3;SAF=123;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661549;STB=0.506848;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00526093;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:162:3:1:143:161:0.993827:20:123:0:3:36:125:0:1 chr2 216272900 . T G 1804.17 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000662827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.573;QD=61.1582;RBI=0.0328402;REFB=0;REVB=0.0328335;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84622e-05;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:64:54:0:0:64:54:0:0 chr2 216272907 . A T 1622.88 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230905;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.567;QD=57.4471;RBI=0.0420457;REFB=0;REVB=0.0351379;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012521;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:113:0:0:105:113:1:57:48:0:0:65:48:0:0 chr2 216300482 . T A 3708.56 PASS AF=1;AO=234;DP=234;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0585999;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9666;QD=63.3942;RBI=0.0594675;REFB=0;REVB=-0.0101208;RO=0;SAF=79;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46244e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.1726e-05;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:234:0:0:234:234:1:155:79:0:0:155:79:0:0 chr2 216878008 . C G 2749.61 PASS AF=0.534836;AO=261;DP=488;FAO=261;FDP=488;FR=.;FRO=227;FSAF=148;FSAR=113;FSRF=130;FSRR=97;FWDB=-0.0140184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.604;QD=22.5378;RBI=0.0160316;REFB=-0.0184255;REVB=0.00777798;RO=225;SAF=148;SAR=113;SRF=129;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00545116;STB=0.502672;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0158716;OID=.;OPOS=216878008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:488:488:225:227:261:261:0.534836:113:148:129:96:113:148:130:97 chr2 216967346 . CTTTTTTTTTTTTTT CTTCTTTTTTTTTTA,CTTTCTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTATTTT,CTTTTTTTTTTT 398.49 PASS AF=0.0697674,0.325581,0.0697674,0.534884;AO=2,3,2,6;DP=41;FAO=3,14,3,23;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,3,22;FSAR=1,14,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158526,-0.017231,-0.022238,0.0042103;FXX=0.104145;HRUN=14,14,14,14;LEN=12,1,1,3;MLLD=138.668,131.607,80.5189,12.0664;QD=37.0692;RBI=0.0346887,0.0557392,0.0555791,0.0301883;REFB=-0.154887,-0.158878,-0.256877,-0.351221;REVB=-0.0308545,-0.053009,-0.0509363,-0.0298932;RO=0;SAF=2,0,2,6;SAR=0,3,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp,del;VARB=-0.00265967,-0.0167617,0.0494888,0.157023;OID=.,.,.,.;OPOS=216967349,216967350,216967356,216967347;OREF=TTTTTTTTTTTT,T,T,TTT;OALT=CTTTTTTTTTTA,C,A,-;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTTA,CTTTCTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTATTTT,CTTTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0697674,0.325581,0.0697674,0.534884:2,3,2,6:41:3,14,3,23:43:0:2,0,3,22:1,14,0,1:0:0:93:0:2,0,2,6:0,3,0,0:0:0 chr2 217012901 . A G 1212.74 PASS AF=0.913043;AO=82;DP=90;FAO=84;FDP=92;FR=.;FRO=8;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0243708;FXX=0.0315756;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.5476;QD=52.728;RBI=0.0279074;REFB=-0.0760729;REVB=0.0135973;RO=8;SAF=34;SAR=48;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783845;STB=0.539176;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00287256;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:90:92:8:8:82:84:0.913043:48:34:7:1:48:36:7:1 chr2 217288388 . G C 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00262942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.419;QD=15.9138;RBI=0.014463;REFB=-0.0227748;REVB=0.0142219;RO=37;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184052;STB=0.604095;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0241183;OID=.;OPOS=217288388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:20:10:19:18:20:10:19:18 chr2 217347513 . A G 465.18 PASS AF=0.47619;AO=49;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.000917967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1845;QD=17.7211;RBI=0.0216451;REFB=-0.0174461;REVB=0.0216256;RO=54;SAF=20;SAR=29;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000737658;STB=0.509877;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0238615;OID=.;OPOS=217347513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:55:49:50:0.47619:29:20:22:32:30:20:23:32 chr2 217363597 . C T 856.39 PASS AF=0.453202;AO=92;DP=203;FAO=92;FDP=203;FR=.;FRO=111;FSAF=60;FSAR=32;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=0.00399269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4005;QD=16.8747;RBI=0.057312;REFB=-0.0196479;REVB=-0.0571727;RO=108;SAF=60;SAR=32;SRF=64;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625666;STB=0.539162;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0245641;OID=.;OPOS=217363597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:108:111:92:92:0.453202:32:60:64:44:32:60:65:46 chr2 217363638 . G A 630.01 PASS AF=0.420455;AO=68;DP=168;FAO=74;FDP=176;FR=.;FRO=102;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=0.040417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.778;QD=14.3183;RBI=0.0409364;REFB=-0.00655122;REVB=-0.00650015;RO=96;SAF=42;SAR=26;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820136;STB=0.549365;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0105936;OID=.;OPOS=217363638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:176:96:102:68:74:0.420455:26:42:52:44:26:48:58:44 chr2 217364539 . C T 3849.05 PASS AF=1;AO=243;DP=247;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369325;FXX=0.0039681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6021;QD=61.3395;RBI=0.0503719;REFB=-0.103924;REVB=0.0342538;RO=4;SAF=113;SAR=130;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667134;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379376;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:247:251:4:0:243:251:1:130:113:1:3:138:113:0:0 chr2 217364764 . G T 998.03 PASS AF=0.490476;AO=102;DP=209;FAO=103;FDP=210;FR=.;FRO=107;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=35;FSRR=72;FWDB=0.0040085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.93;QD=19.0101;RBI=0.00592028;REFB=-0.026694;REVB=-0.00435679;RO=107;SAF=46;SAR=56;SRF=35;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118101;STB=0.567106;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0333713;OID=.;OPOS=217364764;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:107:107:102:103:0.490476:56:46:35:72:56:47:35:72 chr2 217526514 . C G 1310.76 PASS AF=0.515748;AO=127;DP=251;FAO=131;FDP=254;FR=.;FRO=123;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=70;FSRR=53;FWDB=0.0145032;FXX=0.00781219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.595;QD=20.6419;RBI=0.0145636;REFB=-0.0264174;REVB=0.0013248;RO=123;SAF=63;SAR=64;SRF=69;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582751;STB=0.538954;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0231326;OID=.;OPOS=217526514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:254:123:123:127:131:0.515748:64:63:69:54:67:64:70:53 chr2 217541582 . T C 3781.81 PASS AF=1;AO=237;DP=238;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009178;FXX=0.00826412;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.904;QD=63.0301;RBI=0.0230233;REFB=-0.0555532;REVB=-0.0211148;RO=1;SAF=102;SAR=135;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351736;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39927e-05;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:240:1:0:237:240:1:135:102:0:1:135:105:0:0 chr2 218604247 . A C,G 1203.47 PASS AF=0.91358,0.0864198;AO=74,7;DP=81;FAO=74,7;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=52,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308401,-0.0126231;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=152.537,12.2619;QD=59.4306;RBI=0.0311378,0.0606267;REFB=0,0;REVB=0.00429521,-0.059298;RO=0;SAF=22,0;SAR=52,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.53902e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00261176,0.1023;OID=.,.;OPOS=218604247,218604247;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:81:81:0:0:74,7:74,7:0.91358,0.0864198:52,7:22,0:0:0:52,7:22,0:0:0 chr2 218664633 . T G 2373.37 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219832;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.633;QD=64.1452;RBI=0.0521662;REFB=0;REVB=0.047308;RO=0;SAF=70;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.60689e-05;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:78:70:0:0:78:70:0:0 chr2 218674697 . C T 1792.55 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281675;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.314;QD=61.2839;RBI=0.0283731;REFB=0;REVB=0.00340976;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12632e-05;OID=.;OPOS=218674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:117:117:1:67:50:0:0:67:50:0:0 chr2 218682474 . A G 654.12 PASS AF=0.463576;AO=59;DP=154;FAO=70;FDP=151;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=-0.0207572;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.563;QD=17.3278;RBI=0.0207579;REFB=-0.0259373;REVB=-0.000168229;RO=60;SAF=18;SAR=41;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472466;STB=0.501677;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0250171;OID=.;OPOS=218682474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:151:60:81:59:70:0.463576:41:18:21:39:46:24:28:53 chr2 218682771 . A G 389.28 PASS AF=0.43;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0138982;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.227;QD=15.571;RBI=0.0281557;REFB=-0.0176014;REVB=0.0244864;RO=55;SAF=21;SAR=22;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147881;STB=0.581326;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0298292;OID=.;OPOS=218682771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:55:57:43:43:0.43:22:21:35:20:22:21:36:21 chr2 218683154 . A G 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.573;QD=60.2035;RBI=0.023749;REFB=0;REVB=0.0226451;RO=0;SAF=21;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83377e-05;OID=.;OPOS=218683154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:52:21:0:0:52:21:0:0 chr2 218683257 . A G 443.43 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00965425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.832;QD=17.9162;RBI=0.010069;REFB=-0.0135166;REVB=-0.00285997;RO=54;SAF=15;SAR=29;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708343;STB=0.530304;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0153642;OID=.;OPOS=218683257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:54:54:44:45:0.454545:29:15:22:32:29:16:22:32 chr2 218683368 . C T 436.18 PASS AF=0.449541;AO=47;DP=108;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00100929;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.163;QD=16.0066;RBI=0.0210484;REFB=-0.0190559;REVB=0.0210242;RO=57;SAF=21;SAR=26;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609929;STB=0.530491;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0347818;OID=.;OPOS=218683368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:57:60:47:49:0.449541:26:21:29:28:28:21:29:31 chr2 218694551 . A G 2197.57 PASS AF=0.425532;AO=240;DP=564;FAO=240;FDP=564;FR=.;FRO=324;FSAF=120;FSAR=120;FSRF=134;FSRR=190;FWDB=0.0456359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.338;QD=15.5856;RBI=0.0495471;REFB=0.00212474;REVB=0.0192945;RO=324;SAF=120;SAR=120;SRF=134;SRR=190;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895186;STB=0.549641;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00391692;OID=.;OPOS=218694551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:564:324:324:240:240:0.425532:120:120:134:190:120:120:134:190 chr2 218706857 . T C 683.48 PASS AF=0.375;AO=81;DP=216;FAO=81;FDP=216;FR=.;FRO=135;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=82;FSRR=53;FWDB=-0.0209553;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.387;QD=12.6571;RBI=0.0238522;REFB=-0.00716711;REVB=-0.0113929;RO=134;SAF=35;SAR=46;SRF=81;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188371;STB=0.608316;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.013365;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:134:135:81:81:0.375:46:35:81:53:46:35:82:53 chr2 218712290 . G A 411.85 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=8;FWDB=0.00945013;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.425;QD=18.1034;RBI=0.0552332;REFB=-0.00202078;REVB=0.0544187;RO=47;SAF=35;SAR=7;SRF=41;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703324;STB=0.50331;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0022697;OID=.;OPOS=218712290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:47:49:42:42:0.461538:7:35:41:6:7:35:41:8 chr2 218712306 . C T 808.75 PASS AF=0.550725;AO=76;DP=138;FAO=76;FDP=138;FR=.;FRO=62;FSAF=62;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=14;FWDB=-0.00341008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5396;QD=23.4421;RBI=0.0171332;REFB=-0.0149968;REVB=0.0167904;RO=62;SAF=62;SAR=14;SRF=48;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545595;STB=0.529906;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00971175;OID=.;OPOS=218712306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:62:62:76:76:0.550725:14:62:48:14:14:62:48:14 chr2 218712606 . G A 387.15 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0093182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.466;QD=15.3325;RBI=0.00936421;REFB=-0.0232935;REVB=0.000927185;RO=58;SAF=17;SAR=26;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547031;STB=0.530718;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0308402;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:26:17:20:38:26:17:20:38 chr2 218712726 . A G 612.62 PASS AF=0.39548;AO=70;DP=178;FAO=70;FDP=177;FR=.;FRO=107;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=0.00687173;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8755;QD=13.8446;RBI=0.024493;REFB=-0.00835769;REVB=-0.0235093;RO=105;SAF=37;SAR=33;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153009;STB=0.508184;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0130772;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:105:107:70:70:0.39548:33:37:57:48:33:37:58:49 chr2 218712913 . T C,TGCTGCTGCC 112.21 PASS AF=0,0.263158;AO=3,11;DP=58;FAO=0,15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=0,1;FSAR=0,14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0923124,-0.0551652;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,9;MLLD=112.015,124.792;QD=7.874;RBI=0.0923154,0.0565169;REFB=-0.023591,-0.025336;REVB=-0.000749419,-0.0122867;RO=43;SAF=0,0;SAR=3,11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.469639,-0.722815;STB=0.5,0.874375;STBP=1,0.004;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0650498;OID=.,.;OPOS=218712913,218712914;OREF=T,-;OALT=C,GCTGCTGCC;OMAPALT=C,TGCTGCTGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:58:57:43:42:3,11:0,15:0,0.263158:3,11:0,0:19:24:0,14:0,1:18:24 chr2 218712918 . C T 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0638272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7217;QD=13.7531;RBI=0.0659442;REFB=-0.0240116;REVB=-0.0165747;RO=23;SAF=1;SAR=14;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296355;STB=0.679308;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0491737;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:14:1:4:19:14:1:4:19 chr2 218712936 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00818167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.503;QD=17.8274;RBI=0.0131248;REFB=0.00491673;REVB=-0.0102626;RO=11;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208162;STB=0.622399;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0127615;OID=.;OPOS=218712936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:11:1:2:9:11:1:2:9 chr2 218745685 . G A 1220.14 PASS AF=0.452297;AO=128;DP=282;FAO=128;FDP=283;FR=.;FRO=155;FSAF=39;FSAR=89;FSRF=70;FSRR=85;FWDB=0.0283698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.168;QD=17.2457;RBI=0.0340878;REFB=-0.0113846;REVB=0.0188979;RO=154;SAF=39;SAR=89;SRF=70;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161667;STB=0.588389;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0110296;OID=.;OPOS=218745685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:283:154:155:128:128:0.452297:89:39:70:84:89:39:70:85 chr2 218940259 . C T 269.23 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0076283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.449;QD=16.8267;RBI=0.0113159;REFB=-0.0102546;REVB=0.00835813;RO=34;SAF=7;SAR=23;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174692;STB=0.598887;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0160593;OID=.;OPOS=218940259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:23:7:13:21:23:7:13:21 chr2 218940418 . C T 524.16 PASS AF=0.514019;AO=53;DP=109;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00708715;FXX=0.0272702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4776;QD=19.5948;RBI=0.0185269;REFB=-0.034703;REVB=-0.0171178;RO=52;SAF=15;SAR=38;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196638;STB=0.61416;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0332574;OID=.;OPOS=218940418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:52:52:53:55:0.514019:38:15:25:27:40:15:25:27 chr2 219000292 . C T 809.62 PASS AF=0.5125;AO=81;DP=159;FAO=82;FDP=160;FR=.;FRO=78;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0112571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6081;QD=20.2405;RBI=0.0238696;REFB=0.00593742;REVB=0.0210484;RO=78;SAF=49;SAR=32;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118462;STB=0.560938;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00702536;OID=.;OPOS=219000292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:78:78:81:82:0.5125:32:49:37:41:33:49:37:41 chr2 219000734 . T C 543.25 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.00331963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9762;QD=18.4153;RBI=0.0458255;REFB=-0.00966947;REVB=-0.0457051;RO=61;SAF=23;SAR=34;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612167;STB=0.503392;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00811718;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:34:23:25:36:34:23:25:36 chr2 219000945 . A G 122.42 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0236392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7086;QD=15.7959;RBI=0.0465314;REFB=0.0319069;REVB=0.0400794;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180327;STB=0.618017;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0353105;OID=.;OPOS=219000945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:17:14:14:0.451613:6:8:6:10:6:8:6:11 chr2 219028932 . G A 333.7 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0190123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.592;QD=16.6848;RBI=0.0214043;REFB=-0.00536108;REVB=0.00983241;RO=44;SAF=23;SAR=13;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140575;STB=0.579092;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00665271;OID=.;OPOS=219028932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:13:23:22:22:13:23:22:22 chr2 219029843 . A C 632.1 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0150149;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.801;QD=20.5561;RBI=0.0219379;REFB=-0.0076756;REVB=-0.0159945;RO=64;SAF=28;SAR=35;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223888;STB=0.505493;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0103569;OID=.;OPOS=219029843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:123:64:60:63:63:0.512195:35:28:30:34:35:28:26:34 chr2 219029955 . T C 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0166332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.24;QD=10.1709;RBI=0.0178192;REFB=-0.0103587;REVB=0.00639219;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33738;STB=0.713469;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.030234;OID=.;OPOS=219029955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:4:5:5:1:4:5 chr2 219110555 . A G 976.59 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0702035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5381;QD=57.4466;RBI=0.0711401;REFB=-0.158629;REVB=-0.0115058;RO=1;SAF=61;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00768614;STB=0.504064;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00162286;OID=.;OPOS=219110555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:6:61:1:0:6:61:1:0 chr2 219128506 . C T 7281.07 PASS AF=0.969262;AO=472;DP=487;FAO=473;FDP=488;FR=.;FRO=15;FSAF=256;FSAR=217;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00418746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.331;QD=59.6809;RBI=0.00978015;REFB=-0.00461156;REVB=0.00883836;RO=12;SAF=255;SAR=217;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177582;STB=0.510541;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=4.64002e-05;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:487:488:12:15:472:473:0.969262:217:255:2:10:217:256:3:12 chr2 219144815 . T C 2324.76 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00607795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.865;QD=59.9937;RBI=0.0502391;REFB=-0.0473125;REVB=0.0498701;RO=1;SAF=74;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638536;STB=0.503355;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000145296;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:154:154:0.993548:80:74:1:0:80:74:1:0 chr2 219146803 . G A 505.93 PASS AF=0.880952;AO=36;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0361338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.251;QD=48.1837;RBI=0.0374417;REFB=-0.108002;REVB=0.0098098;RO=4;SAF=24;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176009;STB=0.510199;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00730091;OID=.;OPOS=219146803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:42:42:4:5:36:37:0.880952:12:24:3:1:12:25:3:2 chr2 219231807 . C T 776.01 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551864;FXX=0.0526223;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.787;QD=57.4826;RBI=0.00559657;REFB=0;REVB=0.000930695;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.65617e-06;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr2 219254622 . A G 1914.96 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.827;QD=61.7728;RBI=0.0254886;REFB=0;REVB=0.00435266;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11077e-05;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:67:57:0:0:67:57:0:0 chr2 219265094 . T C 1548.71 PASS AF=0.972727;AO=105;DP=108;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0128603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5224;QD=56.3168;RBI=0.0224294;REFB=-0.116222;REVB=0.0183764;RO=3;SAF=24;SAR=81;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055699;STB=0.527268;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00274606;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:110:3:3:105:107:0.972727:81:24:3:0:81:26:3:0 chr2 219267781 . C T 1506.89 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.045;QD=63.4481;RBI=0.0201916;REFB=0;REVB=0.0196168;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71923e-05;OID=.;OPOS=219267781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:57:38:0:0:57:38:0:0 chr2 219319657 . A G 2048.85 PASS AF=0.992481;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.696;QD=61.6196;RBI=0.0152819;REFB=0.0254716;REVB=0.000729106;RO=1;SAF=68;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693842;STB=0.503649;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=1.10902e-05;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:131:132:0.992481:63:68:1:0:64:68:1:0 chr2 219492924 . T C 2262.92 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238041;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4743;QD=63.7442;RBI=0.0523626;REFB=0;REVB=0.0466391;RO=0;SAF=56;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232721;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:140:142:1:84:56:0:0:86:56:0:0 chr2 219508988 . T C 1821.51 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.53;QD=61.2274;RBI=0.0406437;REFB=0;REVB=0.00970952;RO=0;SAF=43;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32757e-05;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:74:43:0:0:74:45:0:0 chr2 219509618 . C A 2277.12 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174922;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6656;QD=61.1307;RBI=0.018399;REFB=0;REVB=-0.00570504;RO=0;SAF=56;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715871;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:92:56:0:0:93:56:0:0 chr2 219692696 . G C 1439.67 PASS AF=0.556017;AO=134;DP=243;FAO=134;FDP=241;FR=.;FRO=107;FSAF=38;FSAR=96;FSRF=35;FSRR=72;FWDB=-0.0279149;FXX=0.00823011;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0852;QD=23.8949;RBI=0.0411162;REFB=-0.0228233;REVB=-0.0301877;RO=106;SAF=38;SAR=96;SRF=35;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455121;STB=0.523294;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0229964;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:241:106:107:134:134:0.556017:96:38:35:71:96:38:35:72 chr2 219695487 . G C 750.35 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=159;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.023261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1206;QD=18.8767;RBI=0.0419453;REFB=-0.00732488;REVB=0.0349047;RO=81;SAF=24;SAR=54;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150698;STB=0.5834;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00722741;OID=.;OPOS=219695487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:81:81:78:78:0.490566:54:24:37:44:54:24:37:44 chr2 219754840 . C T 1117.82 PASS AF=0.463415;AO=114;DP=246;FAO=114;FDP=246;FR=.;FRO=132;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=-0.00902874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.892;QD=18.176;RBI=0.0273339;REFB=-0.00957967;REVB=0.0257997;RO=132;SAF=51;SAR=63;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783746;STB=0.50433;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0144663;OID=.;OPOS=219754840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:132:132:114:114:0.463415:63:51:58:74:63:51:58:74 chr2 219755003 . C CT 35.75 PASS AF=0.144578;AO=21;DP=172;FAO=24;FDP=166;FR=.;FRO=142;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=76;FWDB=0.0778026;FXX=0.0348817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.4032;QD=0.861342;RBI=0.0794336;REFB=-0.0143323;REVB=0.0160143;RO=145;SAF=8;SAR=13;SRF=67;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103318;STB=0.530096;STBP=0.761;TYPE=ins;VARB=0.0734446;OID=.;OPOS=219755004;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.144578:21:172:24:166:142:12:12:66:76:35:145:8:13:67:78 chr2 219846749 . G A 1364.28 PASS AF=0.446154;AO=145;DP=325;FAO=145;FDP=325;FR=.;FRO=180;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=106;FSRR=74;FWDB=-0.00684725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.741;QD=16.7912;RBI=0.0142376;REFB=-0.0131151;REVB=0.0124829;RO=178;SAF=68;SAR=77;SRF=104;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114438;STB=0.56612;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0175158;OID=.;OPOS=219846749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:325:178:180:145:145:0.446154:77:68:104:74:77:68:106:74 chr2 219855677 . T C 432.04 PASS AF=0.359155;AO=51;DP=142;FAO=51;FDP=142;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0110318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6332;QD=12.1701;RBI=0.0445787;REFB=0.0062422;REVB=-0.0431921;RO=90;SAF=23;SAR=28;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141081;STB=0.576735;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0136455;OID=.;OPOS=219855677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:90:91:51:51:0.359155:28:23:52:38:28:23:52:39 chr2 219886521 . G A 627.79 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0302766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4634;QD=20.7533;RBI=0.0460112;REFB=-0.00490958;REVB=-0.0346462;RO=58;SAF=25;SAR=38;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061588;STB=0.533899;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00420963;OID=.;OPOS=219886521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:58:63:63:0.520661:38:25:27:31:38:25:27:31 chr2 219896028 . C G 131.39 PASS AF=0.163462;AO=37;DP=223;FAO=34;FDP=208;FR=.,HEALED;FRO=174;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=113;FSRR=61;FWDB=-0.102326;FXX=0.00952336;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0855;QD=2.52668;RBI=0.112495;REFB=-0.019821;REVB=-0.0467392;RO=149;SAF=3;SAR=34;SRF=93;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.681152;STB=0.905826;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.206694;OID=.;OPOS=219896028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:208:149:174:37:34:0.163462:34:3:93:56:30:4:113:61 chr2 219920037 . A G 6255.43 PASS AF=1;AO=371;DP=373;FAO=401;FDP=401;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=223;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.025;QD=62.3983;RBI=0.0486073;REFB=0;REVB=0.0222505;RO=0;SAF=164;SAR=207;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7936e-06;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:373:401:0:0:371:401:1:207:164:0:0:223:178:0:0 chr2 219940484 . C T 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.857;QD=60.5454;RBI=0.01457;REFB=0;REVB=-0.0122121;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91716e-05;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:57:55:0:0:57:55:0:0 chr2 219967380 . T C 1212.8 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0186661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6216;QD=59.8913;RBI=0.0257783;REFB=0.00256966;REVB=0.0177791;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114082;STB=0.506023;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-3.99938e-05;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:39:41:1:0:39:41:1:0 chr2 220026878 . G A 165.04 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00096309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.415;QD=14.0461;RBI=0.0228135;REFB=-0.00433832;REVB=0.0227932;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173515;STB=0.600837;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0110988;OID=.;OPOS=220026878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:11:7:16:13:11:7:16:13 chr2 220037393 . A G 787.17 PASS AF=0.982456;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.727;QD=55.24;RBI=0.0399682;REFB=0.0159182;REVB=0.0282129;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219051;STB=0.511107;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-1.85233e-05;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:57:1:1:53:56:0.982456:32:21:1:0:34:22:1:0 chr2 220045454 . G A 3484.48 PASS AF=0.987013;AO=226;DP=231;FAO=228;FDP=231;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=140;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00207089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0725;QD=60.3372;RBI=0.022207;REFB=-0.0715946;REVB=-0.0221102;RO=5;SAF=87;SAR=139;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933872;STB=0.503838;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00134081;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:231:231:5:3:226:228:0.987013:139:87:3:2:140:88:2:1 chr2 220072766 . G T 1419.22 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0408697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3735;QD=61.705;RBI=0.0522462;REFB=0.0517752;REVB=0.0325474;RO=1;SAF=48;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977343;STB=0.505154;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000153015;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:43:48:1:0:43:48:1:0 chr2 220083279 . C T 3098.58 PASS AF=0.989899;AO=195;DP=198;FAO=196;FDP=198;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0330184;FXX=0.00502487;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.915;QD=62.5976;RBI=0.0378155;REFB=-0.0644304;REVB=0.0184336;RO=1;SAF=83;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570324;STB=0.500736;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=8.43186e-05;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:198:198:1:2:195:196:0.989899:112:83:1:0:112:84:1:1 chr2 220084902 . G A 2306.63 PASS AF=0.974843;AO=154;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=82;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0471527;FXX=0.00624961;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.774;QD=58.0285;RBI=0.0503928;REFB=-0.0108309;REVB=0.0177778;RO=1;SAF=73;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647218;STB=0.513332;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=2.74173e-05;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:159:159:1:4:154:155:0.974843:81:73:1:0:82:73:4:0 chr2 220085845 . A G 1120.31 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.028563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8271;QD=58.9637;RBI=0.0508471;REFB=-0.171078;REVB=-0.0420665;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00235996;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:38:37:0:0:38:37:1:0 chr2 220113242 . T G 8663.14 PASS AF=1;AO=548;DP=569;FAO=548;FDP=548;FR=.;FRO=0;FSAF=291;FSAR=257;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000891051;FXX=0.0369062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.447;QD=63.2346;RBI=0.0146547;REFB=0.0285387;REVB=0.0146276;RO=2;SAF=291;SAR=257;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000216305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.768e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:569:548:2:0:548:548:1:257:291:1:1:257:291:0:0 chr2 220118531 . G C 1762.62 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.879;QD=60.78;RBI=0.007906;REFB=0;REVB=0.00175747;RO=0;SAF=78;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81156e-06;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:113:116:1:35:78:0:0:38:78:0:0 chr2 220136155 . T C 2658.9 PASS AF=1;AO=170;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0703288;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1042;QD=61.835;RBI=0.0725468;REFB=0;REVB=-0.0178015;RO=1;SAF=110;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430747;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91794e-05;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:172:1:0:170:172:1:60:110:1:0:60:112:0:0 chr2 220136351 . G A 776.14 PASS AF=0.414414;AO=80;DP=212;FAO=92;FDP=222;FR=.;FRO=130;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=84;FSRR=46;FWDB=-0.0335321;FXX=0.00892817;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.181;QD=13.9844;RBI=0.0449811;REFB=-0.025521;REVB=-0.0299816;RO=132;SAF=44;SAR=36;SRF=86;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114781;STB=0.548819;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0263535;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:222:132:130:80:92:0.414414:36:44:86:46:40:52:84:46 chr2 220136371 . T C 2515.63 PASS AF=0.988024;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.031523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.102;QD=60.2546;RBI=0.0388883;REFB=-0.0118047;REVB=0.0227727;RO=2;SAF=97;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971019;STB=0.505101;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=3.75596e-05;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:167:2:2:165:165:0.988024:68:97:2:0:68:97:2:0 chr2 220250147 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.857;QD=59.9374;RBI=0.0388705;REFB=0;REVB=-0.0269844;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09818e-06;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:60:41:0:0:60:41:0:0 chr2 220283259 . A G 2980.14 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8308;QD=63.4073;RBI=0.0665391;REFB=0;REVB=-0.0499407;RO=0;SAF=102;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162343;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:86:102:0:0:86:102:0:0 chr2 220283277 . T C 3065.88 PASS AF=0.980676;AO=203;DP=207;FAO=203;FDP=207;FR=.;FRO=4;FSAF=102;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00391369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.213;QD=59.244;RBI=0.0137649;REFB=0.139708;REVB=0.0131968;RO=4;SAF=102;SAR=101;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184863;STB=0.509708;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00143292;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:207:207:4:4:203:203:0.980676:101:102:0:4:101:102:0:4 chr2 220315970 . G A 548.59 PASS AF=0.421429;AO=57;DP=139;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=0.0480395;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.86;QD=15.6741;RBI=0.0487049;REFB=-0.0113263;REVB=-0.0080231;RO=81;SAF=12;SAR=45;SRF=25;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138918;STB=0.584507;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0169313;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:81:81:57:59:0.421429:45:12:25:56:47:12:25:56 chr2 220330804 . T C 405.91 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00612924;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5106;QD=24.2336;RBI=0.00773661;REFB=-0.0284741;REVB=0.00472096;RO=26;SAF=16;SAR=23;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139635;STB=0.554811;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0317623;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:26:28:39:39:0.58209:23:16:6:20:23:16:8:20 chr2 220333950 . T C 2330.69 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.9;QD=63.8545;RBI=0.0187807;REFB=0;REVB=0.0185477;RO=0;SAF=57;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14981e-05;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:144:146:1:87:57:0:0:89:57:0:0 chr2 220348890 . G C,GC 81.09 PASS AF=0,0.538462;AO=3,7;DP=26;FAO=0,14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=0,1;FSAR=0,13;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0199816,0.0688218;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.913,14.5884;QD=12.475;RBI=0.0410743,0.128049;REFB=0.00474527,-0.108863;REVB=-0.0358864,0.107982;RO=16;SAF=0,0;SAR=3,7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.615578,-0.747644;STB=0.5,0.851818;STBP=1,0.002;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.126253;OID=.,.;OPOS=220348890,220348891;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:71:26:26:16:12:3,7:0,14:0,0.538462:3,7:0,0:8:8:0,13:0,1:7:5 chr2 220362899 . C G 980.58 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0957055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2048;QD=56.0329;RBI=0.09589;REFB=-0.162635;REVB=0.0059443;RO=2;SAF=33;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277783;STB=0.514282;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00494378;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:70:2:2:67:68:0.971429:34:33:2:0:34:34:2:0 chr2 220379560 . C G 3108.56 PASS AF=0.946188;AO=213;DP=226;FAO=211;FDP=223;FR=.;FRO=12;FSAF=86;FSAR=125;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00272119;FXX=0.0132737;HRUN=6;LEN=1;MLLD=187.335;QD=55.7589;RBI=0.0157564;REFB=0.0212097;REVB=0.0155196;RO=11;SAF=88;SAR=125;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387172;STB=0.514357;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000592192;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:226:223:11:12:213:211:0.946188:125:88:9:2:125:86:8:4 chr2 220399999 . A AC 32.13 PASS AF=0.134146;AO=20;DP=175;FAO=22;FDP=164;FR=.;FRO=142;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=88;FSRR=54;FWDB=-0.0237157;FXX=0.0409333;HRUN=0;LEN=1;MLLD=129.097;QD=0.783599;RBI=0.0344273;REFB=-0.00323858;REVB=-0.024956;RO=150;SAF=6;SAR=14;SRF=92;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374005;STB=0.887255;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.165814;OID=.;OPOS=220400000;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134146:20:175:22:164:142:3:19:88:54:32:150:6:14:92:58 chr2 220402671 . G T 1183.26 PASS AF=0.952381;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0297223;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.767;QD=56.3458;RBI=0.0327638;REFB=0.0746487;REVB=0.0137859;RO=4;SAF=56;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494778;STB=0.526272;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.000281193;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:84:4:4:79:80:0.952381:23:56:1:3:23:57:1:3 chr2 220402680 . T C,G 1410.24 PASS AF=0.989011,0.010989;AO=86,5;DP=91;FAO=90,1;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=64,1;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111943,-0.00129121;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.8814,191.878;QD=61.9886;RBI=0.0468014,0.00151361;REFB=0,0;REVB=0.0454429,0.000789799;RO=0;SAF=60,5;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00146178,0.100379;OID=.,.;OPOS=220402680,220402680;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:91:91:0:0:86,5:90,1:0.989011,0.010989:26,0:60,5:0:0:26,0:64,1:0:0 chr2 220404381 . A G 1896.33 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.613;QD=61.6694;RBI=0.0205662;REFB=0;REVB=-0.0101144;RO=0;SAF=33;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15475e-05;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:90:33:0:0:90:33:0:0 chr2 220405052 . T TC 31.85 PASS AF=0.186275;AO=13;DP=107;FAO=19;FDP=102;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.0164943;FXX=0.0285687;HRUN=0;LEN=1;MLLD=40.896;QD=1.24883;RBI=0.0288407;REFB=-0.0171531;REVB=-0.0236585;RO=81;SAF=4;SAR=9;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860893;STB=0.550486;STBP=0.669;TYPE=ins;VARB=0.199575;OID=.;OPOS=220405053;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186275:13:107:19:102:83:8:11:30:53:31:81:4:9:30:51 chr2 220405321 . T C 4726.14 PASS AF=1;AO=293;DP=295;FAO=297;FDP=297;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293427;FXX=0.00668874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.731;QD=63.6517;RBI=0.0315797;REFB=0;REVB=-0.011674;RO=0;SAF=135;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47693e-06;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:295:297:0:0:293:297:1:158:135:0:0:161:136:0:0 chr2 220406722 . T C 1423.72 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.994;QD=62.5812;RBI=0.0297872;REFB=0;REVB=0.0251863;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37595e-05;OID=.;OPOS=220406722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:40:50:0:0:41:50:0:0 chr2 220412256 . T C 1554.16 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0428313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7749;QD=58.6475;RBI=0.043121;REFB=0.144862;REVB=0.00498995;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00208883;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:44:61:0:0:44:61:1:0 chr2 220414016 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.806;QD=61.336;RBI=0.0441889;REFB=0;REVB=0.0243875;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153198;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr2 220419236 . T C 5697.57 PASS AF=1;AO=362;DP=363;FAO=362;FDP=362;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=207;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256214;FXX=0.00275475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.704;QD=62.9565;RBI=0.0339238;REFB=0;REVB=0.0222345;RO=0;SAF=155;SAR=207;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1183e-05;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:363:362:0:0:362:362:1:207:155:0:0:207:155:0:0 chr2 220419339 . T C 6598.03 PASS AF=1;AO=417;DP=418;FAO=418;FDP=418;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=232;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.028;QD=63.1391;RBI=0.0268725;REFB=0;REVB=-0.014234;RO=0;SAF=186;SAR=231;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46146e-05;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:418:418:0:0:417:418:1:231:186:0:0:232:186:0:0 chr2 220420956 . A G 1309.95 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758405;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.901;QD=62.3786;RBI=0.00811321;REFB=0;REVB=0.00288207;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527267;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr2 220421417 . C G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.442;QD=62.9079;RBI=0.0273714;REFB=0;REVB=0.0244555;RO=0;SAF=27;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83756e-05;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:63:27:0:0:63:27:0:0 chr2 220430203 . C T 1059.74 PASS AF=0.490909;AO=108;DP=220;FAO=108;FDP=220;FR=.;FRO=112;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.011805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8007;QD=19.2681;RBI=0.0622564;REFB=0.00285304;REVB=0.061127;RO=110;SAF=61;SAR=47;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101448;STB=0.560329;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00197999;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:110:112:108:108:0.490909:47:61:50:60:47:61:50:62 chr2 220431836 . C T 1165.02 PASS AF=0.548223;AO=108;DP=197;FAO=108;FDP=197;FR=.;FRO=89;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=0.00169443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.209;QD=23.6551;RBI=0.0342997;REFB=-0.00368401;REVB=0.0342578;RO=88;SAF=43;SAR=65;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101527;STB=0.502306;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00323601;OID=.;OPOS=220431836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:88:89:108:108:0.548223:65:43:34:54:65:43:35:54 chr2 220432444 . TA AT 32.91 PASS AF=0.108696;AO=17;DP=92;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=74;FSRR=8;FWDB=-0.010692;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=72.2648;QD=1.43088;RBI=0.0676698;REFB=-0.0178303;REVB=-0.0668198;RO=67;SAF=16;SAR=1;SRF=59;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235202;STB=0.506085;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.274163;OID=.;OPOS=220432444;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:92:92:67:82:17:10:0.108696:1:16:59:8:1:9:74:8 chr2 220435034 . A G 632.82 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0114467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.974;QD=19.6224;RBI=0.0207989;REFB=-0.00922139;REVB=-0.0173657;RO=65;SAF=31;SAR=33;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493255;STB=0.527225;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0104256;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:65:64:64:0.496124:33:31:35:30:33:31:35:30 chr2 220435375 . G A 1023.28 PASS AF=0.510309;AO=98;DP=193;FAO=99;FDP=194;FR=.;FRO=95;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=60;FSRR=35;FWDB=0.0154439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.16;QD=21.0986;RBI=0.088521;REFB=-0.0255543;REVB=0.0871634;RO=94;SAF=50;SAR=48;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105236;STB=0.562032;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0283397;OID=.;OPOS=220435375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:94:95:98:99:0.510309:48:50:59:35:49:50:60:35 chr2 220462640 . G T 4400.08 PASS AF=1;AO=280;DP=283;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559027;FXX=0.010563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.855;QD=62.6345;RBI=0.0104008;REFB=-0.135847;REVB=0.00877077;RO=0;SAF=108;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95947e-05;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:283:281:0:0:280:281:1:172:108:0:0:173:108:0:0 chr2 220466199 . G T 1954.82 PASS AF=1;AO=123;DP=127;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498234;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.358;QD=57.9206;RBI=0.0498277;REFB=-0.038531;REVB=0.000654093;RO=0;SAF=78;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113915;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:127:135:0:0:123:135:1:45:78:0:0:47:88:0:0 chr2 220466200 . C T 39.45 PASS AF=0.0833333;AO=11;DP=142;FAO=12;FDP=144;FR=.;FRO=132;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=80;FSRR=52;FWDB=-0.00584666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2338;QD=1.09595;RBI=0.0503585;REFB=-0.0088999;REVB=-0.050018;RO=131;SAF=10;SAR=1;SRF=80;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39477;STB=0.749532;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0102103;OID=.;OPOS=220466200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:142:144:131:132:11:12:0.0833333:1:10:80:51:2:10:80:52 chr2 220471116 . C G 2037.77 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150694;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.767;QD=62.222;RBI=0.0172235;REFB=0;REVB=-0.00834045;RO=0;SAF=72;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26072e-06;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:59:72:0:0:59:72:0:0 chr2 220473355 . G A 3736.57 PASS AF=0.972763;AO=248;DP=257;FAO=250;FDP=257;FR=.;FRO=7;FSAF=121;FSAR=129;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0213099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.54;QD=58.1567;RBI=0.0315538;REFB=-0.120699;REVB=0.0232708;RO=7;SAF=121;SAR=127;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118398;STB=0.506276;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000652158;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:257:257:7:7:248:250:0.972763:127:121:5:2:129:121:5:2 chr2 220476443 . C T 2297.94 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.131;QD=60.8725;RBI=0.071129;REFB=0;REVB=0.0348752;RO=0;SAF=67;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58946e-05;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:139:151:0:0:139:151:1:72:67:0:0:75:76:0:0 chr2 220479312 . T C 1736.17 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167292;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.339;QD=60.9182;RBI=0.0523164;REFB=0;REVB=0.0495695;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15751e-05;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:111:114:1:52:59:0:0:55:59:0:0 chr2 220494110 . GC CG 71.62 PASS AF=0.162602;AO=21;DP=115;FAO=20;FDP=123;FR=.;FRO=103;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=0.00383233;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.492;QD=2.32905;RBI=0.0268236;REFB=-0.00238448;REVB=-0.0265484;RO=83;SAF=1;SAR=20;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.634847;STB=0.915889;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.119961;OID=.;OPOS=220494110;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:115:123:83:103:21:20:0.162602:20:1:37:46:19:1:44:59 chr2 220494117 . CA C,CC 1550.9 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=26,78;DP=104;FAO=3,102;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=1,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036716,0.0395959;FXX=0.0186898;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=287.337,292.766;QD=59.082;RBI=0.0390958,0.0415713;REFB=0,0;REVB=0.0134321,0.0126624;RO=0;SAF=7,19;SAR=19,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.63811e-08,-4.6391e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000969873,0.00244578;OID=.,.;OPOS=220494118,220494118;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0285714,0.971429:26,78:104:3,102:105:0:2,24:1,78:0:0:8:0:7,19:19,59:0:0 chr2 220500423 . A G 5424.75 PASS AF=0.991501;AO=348;DP=352;FAO=350;FDP=353;FR=.;FRO=3;FSAF=198;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0279117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7958;QD=61.4703;RBI=0.0279304;REFB=-0.0543778;REVB=-0.00102027;RO=2;SAF=196;SAR=152;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000700432;STB=0.504886;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00144906;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:352:353:2:3:348:350:0.991501:152:196:1:1:152:198:0:3 chr2 220500426 . A G 5528.15 PASS AF=1;AO=344;DP=354;FAO=355;FDP=355;FR=.;FRO=0;FSAF=203;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931874;FXX=0.00560208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.202;QD=62.289;RBI=0.0136313;REFB=-0.0551241;REVB=0.00994856;RO=2;SAF=193;SAR=151;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000683499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93069e-05;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:354:355:2:0:344:355:1:151:193:1:1:152:203:0:0 chr2 220502367 . A C 1734.91 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296698;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.995;QD=60.8742;RBI=0.0301272;REFB=0;REVB=0.00522963;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83354e-05;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:69:45:0:0:69:45:0:0 chr2 220505265 . T C 3310.34 PASS AF=0.977477;AO=217;DP=223;FAO=217;FDP=222;FR=.;FRO=5;FSAF=115;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00756113;FXX=0.0044841;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.942;QD=59.6458;RBI=0.0231682;REFB=-0.0242829;REVB=0.0218997;RO=4;SAF=115;SAR=102;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967946;STB=0.502936;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=6.73489e-05;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:223:222:4:5:217:217:0.977477:102:115:1:3:102:115:2:3 chr2 220771223 . C T 3763.61 PASS AF=0.984064;AO=246;DP=250;FAO=247;FDP=251;FR=.;FRO=4;FSAF=119;FSAR=128;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0228796;FXX=0.0039681;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.25;QD=59.9778;RBI=0.0239879;REFB=-0.069784;REVB=0.0072073;RO=0;SAF=118;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500291;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=8.31159e-05;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:250:251:0:4:246:247:0.984064:128:118:0:0:128:119:2:2 chr2 220771290 . G A 4077.36 PASS AF=1;AO=261;DP=262;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506694;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.566;QD=62.4882;RBI=0.00585861;REFB=0;REVB=-0.00294098;RO=0;SAF=125;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25424e-06;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:262:261:0:0:261:261:1:136:125:0:0:136:125:0:0 chr2 222308226 . T C 2103.34 PASS AF=0.974359;AO=138;DP=144;FAO=152;FDP=156;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=79;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00128106;FXX=0.00636902;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.2391;QD=53.9319;RBI=0.0176532;REFB=-0.113427;REVB=-0.0176066;RO=5;SAF=66;SAR=72;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213855;STB=0.506922;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0171711;OID=.;OPOS=222308226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:144:156:5:4:138:152:0.974359:72:66:4:1:79:73:3:1 chr2 222310917 . T A 87.81 PASS AF=0.125714;AO=34;DP=169;FAO=22;FDP=175;FR=.;FRO=153;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=109;FWDB=-0.085949;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=38.6421;QD=2.00714;RBI=0.0873242;REFB=-0.000377905;REVB=-0.0154363;RO=125;SAF=28;SAR=6;SRF=33;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640125;STB=0.891049;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00177212;OID=.;OPOS=222310917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:169:175:125:153:34:22:0.125714:6:28:33:92:4:18:44:109 chr2 223161889 . A G 3022.2 PASS AF=1;AO=197;DP=202;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193436;FXX=0.0295552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6481;QD=61.3644;RBI=0.0319201;REFB=0.052896;REVB=-0.0253913;RO=1;SAF=75;SAR=122;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00388803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113578;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:197:1:0:197:197:1:122:75:0:1:122:75:0:0 chr2 223423362 . A G 1178.92 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.04576;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.64;QD=59.6919;RBI=0.0595583;REFB=-0.0360456;REVB=0.0381212;RO=1;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126212;STB=0.506665;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000388763;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:37:41:0:1:37:41:0:1 chr2 223436607 . C T 2441.06 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=162;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279232;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.892;QD=60.6474;RBI=0.0528165;REFB=-0.0769085;REVB=-0.0448317;RO=0;SAF=87;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32308e-08;STB=0.502857;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=9.7074e-05;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:161:0:1:160:160:0.993789:73:87:0:0:73:87:1:0 chr2 223785740 . A G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.339;QD=59.8331;RBI=0.0121878;REFB=0;REVB=0.00412484;RO=0;SAF=39;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63241e-05;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:63:39:0:0:63:39:0:0 chr2 223807380 . C A 3116.83 PASS AF=0.990291;AO=200;DP=203;FAO=204;FDP=206;FR=.;FRO=2;FSAF=129;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.007502;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.258;QD=60.5209;RBI=0.0109358;REFB=-0.0254797;REVB=0.00795682;RO=1;SAF=125;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630804;STB=0.501381;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-2.39497e-06;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:203:206:1:2:200:204:0.990291:75:125:0:1:75:129:1:1 chr2 223917629 . C T 904.88 PASS AF=0.6;AO=81;DP=137;FAO=81;FDP=135;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.081544;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9181;QD=26.8114;RBI=0.0865027;REFB=-0.00921399;REVB=0.0288669;RO=54;SAF=38;SAR=43;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036431;STB=0.519775;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00560846;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:54:54:81:81:0.6:43:38:28:26:43:38:28:26 chr2 223917812 . T C 3849.36 PASS AF=1;AO=237;DP=240;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194831;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.436;QD=63.6257;RBI=0.0465022;REFB=0;REVB=0.0422239;RO=0;SAF=116;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28081e-06;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:242:0:0:237:242:1:121:116:0:0:125:117:0:0 chr2 223917983 . T G 574.41 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0193106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.845;QD=21.0794;RBI=0.0451609;REFB=-0.0314416;REVB=-0.0408241;RO=50;SAF=29;SAR=29;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168562;STB=0.504586;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0292273;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:51:58:58:0.53211:29:29:24:26:29:29:25:26 chr2 223918080 . C G 1231.02 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0292641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1093;QD=57.2568;RBI=0.0368586;REFB=-0.212835;REVB=-0.0224091;RO=1;SAF=37;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126284;STB=0.503972;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00488212;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:3:83:83:0.965116:46:37:1:0:46:37:1:2 chr2 223918363 . T C 1501.58 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.997;QD=61.9208;RBI=0.021755;REFB=-0.000511186;REVB=-0.015591;RO=1;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920763;STB=0.504853;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=1.64088e-05;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:95:96:0.989691:51:44:0:1:51:45:0:1 chr2 224620181 . G T 412.25 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0055566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.037;QD=35.0848;RBI=0.0400026;REFB=0.00171606;REVB=-0.0396148;RO=14;SAF=17;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030856;STB=0.516786;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.000911448;OID=.;OPOS=224620181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:16:17:8:6:16:17:8:6 chr2 224743373 . C T 316.78 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00490274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.862;QD=20.4375;RBI=0.00640494;REFB=-0.0106706;REVB=-0.00412146;RO=29;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347784;STB=0.519276;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00795291;OID=.;OPOS=224743373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:15:18:17:12:15:18:17:12 chr2 224845044 . T C 963.04 PASS AF=0.567073;AO=92;DP=163;FAO=93;FDP=164;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=0.045626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.505;QD=23.4887;RBI=0.046432;REFB=-0.0330458;REVB=0.00861394;RO=71;SAF=42;SAR=50;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108129;STB=0.556391;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0234438;OID=.;OPOS=224845044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:71:71:92:93:0.567073:50:42:23:48:51:42:23:48 chr2 224866387 . G A 510.95 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.45;QD=58.3944;RBI=0.0833073;REFB=0;REVB=0.0794783;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309943;OID=.;OPOS=224866387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:14:19:0:0:15:20:0:0 chr2 224866576 . C A 2659.33 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.838;QD=62.2067;RBI=0.0166037;REFB=0;REVB=0.00321324;RO=0;SAF=74;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07267e-05;OID=.;OPOS=224866576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:171:0:0:170:171:1:96:74:0:0:96:75:0:0 chr2 225630233 . C T 902.44 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0763591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.73;QD=58.2221;RBI=0.101372;REFB=0;REVB=-0.0666747;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131618;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:26:35:0:0:26:36:0:0 chr2 225630435 . C T 926.64 PASS AF=0.397004;AO=106;DP=249;FAO=106;FDP=267;FR=.;FRO=161;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=66;FSRR=95;FWDB=-0.0386829;FXX=0.0037312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.603;QD=13.8823;RBI=0.0533861;REFB=-0.037288;REVB=-0.0367928;RO=143;SAF=47;SAR=59;SRF=56;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544942;STB=0.520528;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0479065;OID=.;OPOS=225630435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:267:143:161:106:106:0.397004:59:47:56:87:59:47:66:95 chr2 225706613 . C T 374.48 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00161578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.272;QD=15.6035;RBI=0.0103553;REFB=-0.0122445;REVB=-0.0102285;RO=54;SAF=19;SAR=21;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631832;STB=0.545715;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0168361;OID=.;OPOS=225706613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:54:56:40:40:0.416667:21:19:29:25:21:19:31:25 chr2 225738847 . CT C,TC 53.79 PASS AF=0.230769,0.0307692;AO=15,4;DP=73;FAO=15,2;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=11,0;FSAR=4,2;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.0864028,0.042205;FXX=0.109574;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=7.43259,20.7421;QD=3.3104;RBI=0.147983,0.182544;REFB=-0.109781,-0.0577117;REVB=-0.12014,-0.177598;RO=36;SAF=12,0;SAR=3,4;SRF=30;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0642412,-0.754094;STB=0.504038,0.997013;STBP=0.987,0.025;TYPE=del,mnp;VARB=0.0671258,-0.0198672;OID=.,.;OPOS=225738848,225738847;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:65:36:48:15,4:15,2:0.230769,0.0307692:3,4:12,0:30:6:4,2:11,0:35:13 chr2 225798838 . T C 3975.61 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131018;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5527;QD=62.119;RBI=0.0819111;REFB=0;REVB=0.0808565;RO=0;SAF=126;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175954;OID=.;OPOS=225798838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:256:0:0:254:256:1:128:126:0:0:129:127:0:0 chr2 225811581 . T A 2816.78 PASS AF=0.97861;AO=182;DP=187;FAO=183;FDP=187;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0436841;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7701;QD=60.2519;RBI=0.060752;REFB=-0.162459;REVB=0.0422198;RO=4;SAF=96;SAR=86;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216247;STB=0.511235;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0033017;OID=.;OPOS=225811581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:187:187:4:4:182:183:0.97861:86:96:0:4:87:96:0:4 chr2 226273689 . T C 1181.88 PASS AF=0.482213;AO=119;DP=251;FAO=122;FDP=253;FR=.;FRO=131;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=53;FSRR=78;FWDB=0.00543566;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.904;QD=18.6858;RBI=0.00809219;REFB=-0.0030261;REVB=0.00599477;RO=131;SAF=69;SAR=50;SRF=53;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166037;STB=0.58296;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0034485;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:253:131:131:119:122:0.482213:50:69:53:78:53:69:53:78 chr2 226447735 . C T 4585.71 PASS AF=0.993151;AO=288;DP=294;FAO=290;FDP=292;FR=.;FRO=2;FSAF=126;FSAR=164;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0100946;FXX=0.00680249;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0407;QD=62.8179;RBI=0.0122183;REFB=-0.0598846;REVB=0.00688387;RO=2;SAF=125;SAR=163;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000883076;STB=0.500457;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0013856;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:294:292:2:2:288:290:0.993151:163:125:1:1:164:126:1:1 chr2 226491770 . A C 2129.05 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9421;QD=62.6191;RBI=0.16316;REFB=0;REVB=0.016826;RO=1;SAF=72;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787153;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:136:1:0:127:136:1:55:72:1:0:56:80:0:0 chr2 226516913 . A G 583.45 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0336378;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.759;QD=20.6529;RBI=0.0342415;REFB=-0.0138048;REVB=-0.00640159;RO=52;SAF=27;SAR=32;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798843;STB=0.533261;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0128164;OID=.;OPOS=226516913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:52:54:59:59:0.522124:32:27:19:33:32:27:21:33 chr2 227660046 . C T 646.33 PASS AF=0.5625;AO=61;DP=109;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0395214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6093;QD=23.0832;RBI=0.0522455;REFB=-0.0130345;REVB=0.0341709;RO=48;SAF=22;SAR=39;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117017;STB=0.557019;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0101525;OID=.;OPOS=227660046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:48:49:61:63:0.5625:39:22:24:24:40:23:24:25 chr2 227807202 . G T 226.8 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00178628;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.757;QD=25.9201;RBI=0.0239483;REFB=-0.0115573;REVB=0.0238816;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214316;STB=0.632307;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0146462;OID=.;OPOS=227807202;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:14:21:21:0.6:13:8:9:4:13:8:10:4 chr2 227872182 . G A 386.99 PASS AF=0.414414;AO=42;DP=107;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.0215246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9951;QD=13.9456;RBI=0.0215483;REFB=-0.0231156;REVB=0.00100974;RO=58;SAF=20;SAR=22;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165782;STB=0.597624;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0149223;OID=.;OPOS=227872182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:58:65:42:46:0.414414:22:20:37:21:24:22:42:23 chr2 227872995 . T C 514.92 PASS AF=0.393103;AO=57;DP=147;FAO=57;FDP=145;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.079834;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.137;QD=14.2048;RBI=0.0801198;REFB=-0.0055472;REVB=0.00676103;RO=87;SAF=24;SAR=33;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046433;STB=0.506684;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0115307;OID=.;OPOS=227872995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:87:88:57:57:0.393103:33:24:37:50:33:24:38:50 chr2 227886773 . A G 836.46 PASS AF=0.439252;AO=76;DP=197;FAO=94;FDP=214;FR=.;FRO=120;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=-0.00775181;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.258;QD=15.6347;RBI=0.00777437;REFB=-0.0123986;REVB=-0.000591768;RO=113;SAF=51;SAR=25;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157976;STB=0.542126;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0134467;OID=.;OPOS=227886773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:214:113:120:76:94:0.439252:25:51:60:53:37:57:64:56 chr2 227892619 . C T 382.58 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00227849;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.93;QD=15.1515;RBI=0.00330326;REFB=0.000647762;REVB=-0.00239165;RO=57;SAF=23;SAR=20;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00915088;STB=0.500231;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000816952;OID=.;OPOS=227892619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:57:58:43:43:0.425743:20:23:31:26:20:23:31:27 chr2 227892720 . C T 178.98 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00652799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.239;QD=12.5599;RBI=0.0111206;REFB=-0.00533224;REVB=0.009003;RO=33;SAF=5;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244411;STB=0.629502;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0166509;OID=.;OPOS=227892720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:35:22:22:0.385965:17:5:14:19:17:5:14:21 chr2 227896886 . C T 1459.68 PASS AF=0.388128;AO=152;DP=427;FAO=170;FDP=438;FR=.;FRO=268;FSAF=92;FSAR=78;FSRF=94;FSRR=174;FWDB=-0.00588616;FXX=0.01573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.346;QD=13.3304;RBI=0.0131419;REFB=-0.00624027;REVB=-0.01175;RO=265;SAF=89;SAR=63;SRF=89;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275381;STB=0.615078;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0101385;OID=.;OPOS=227896886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:438:265:268:152:170:0.388128:63:89:89:176:78:92:94:174 chr2 227896976 . C T 1061.02 PASS AF=0.347594;AO=129;DP=371;FAO=130;FDP=374;FR=.;FRO=244;FSAF=53;FSAR=77;FSRF=83;FSRR=161;FWDB=0.00332265;FXX=0.0026666;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.5851;QD=11.3478;RBI=0.00356301;REFB=3.39495e-05;REVB=-0.00128649;RO=241;SAF=53;SAR=76;SRF=80;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955416;STB=0.546385;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.000171345;OID=.;OPOS=227896976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:374:241:244:129:130:0.347594:76:53:80:161:77:53:83:161 chr2 227915832 . G A 455.15 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0151953;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.904;QD=16.4019;RBI=0.0165409;REFB=-0.0126325;REVB=0.00653506;RO=59;SAF=26;SAR=24;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932668;STB=0.542429;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0170326;OID=.;OPOS=227915832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:61:50:50:0.45045:24:26:25:34:24:26:27:34 chr2 227954599 . G A 730.48 PASS AF=0.448276;AO=76;DP=174;FAO=78;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.00263906;FXX=0.011363;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.146;QD=16.7927;RBI=0.00664711;REFB=-0.0165436;REVB=0.00610078;RO=96;SAF=37;SAR=39;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757598;STB=0.534474;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0168407;OID=.;OPOS=227954599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:96:96:76:78:0.448276:39:37:54:42:39:39:54:42 chr2 228102752 . C A 564.38 PASS AF=0.409938;AO=66;DP=157;FAO=66;FDP=161;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.0915379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.2387;QD=14.0218;RBI=0.116292;REFB=-0.0156547;REVB=0.071726;RO=91;SAF=25;SAR=41;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655193;STB=0.561302;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.021184;OID=.;OPOS=228102752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:161:91:95:66:66:0.409938:41:25:40:51:42:24:44:51 chr2 228111435 . T C 2856.81 PASS AF=1;AO=178;DP=180;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.33;QD=62.444;RBI=0.0316447;REFB=0;REVB=-0.00528279;RO=0;SAF=85;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152145;OID=.;OPOS=228111435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:183:0:0:178:183:1:93:85:0:0:96:87:0:0 chr2 228111600 . G T 742.68 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0274601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3822;QD=53.0488;RBI=0.0353023;REFB=0.0255864;REVB=-0.0221854;RO=2;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247953;STB=0.513153;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0131035;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:37:17:0:2:37:17:0:2 chr2 228113175 . A G 2350.53 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0788722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8792;QD=63.9599;RBI=0.080123;REFB=0;REVB=-0.0141024;RO=1;SAF=75;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00037501;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:1:0:146:147:1:71:75:1:0:71:76:0:0 chr2 228118269 . G T 973.65 PASS AF=0.386986;AO=94;DP=275;FAO=113;FDP=292;FR=.;FRO=179;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=81;FSRR=98;FWDB=-0.0060613;FXX=0.00680249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.062;QD=13.3377;RBI=0.00615218;REFB=-0.00973973;REVB=-0.00105355;RO=180;SAF=40;SAR=54;SRF=82;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351194;STB=0.517302;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0142029;OID=.;OPOS=228118269;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:292:180:179:94:113:0.386986:54:40:82:98:65:48:81:98 chr2 228118815 . G A 602.38 PASS AF=0.412121;AO=68;DP=168;FAO=68;FDP=165;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0197891;FXX=0.0178561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.17;QD=14.603;RBI=0.0243651;REFB=-0.00598915;REVB=-0.0142144;RO=93;SAF=41;SAR=27;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146249;STB=0.588315;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00708393;OID=.;OPOS=228118815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:165:93:97:68:68:0.412121:27:41:43:50:27:41:44:53 chr2 228118867 . G A 667.11 PASS AF=0.418079;AO=73;DP=177;FAO=74;FDP=177;FR=.;FRO=103;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.0013938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1937;QD=15.0759;RBI=0.0534878;REFB=-0.000952572;REVB=0.0534696;RO=104;SAF=46;SAR=27;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198685;STB=0.602809;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00153861;OID=.;OPOS=228118867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:104:103:73:74:0.418079:27:46:46:58:28:46:46:57 chr2 228128540 . C T 8392.89 PASS AF=0.982332;AO=548;DP=562;FAO=556;FDP=566;FR=.;FRO=10;FSAF=276;FSAR=280;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0312518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.614;QD=59.3137;RBI=0.0540699;REFB=-0.0362794;REVB=-0.0441235;RO=9;SAF=275;SAR=273;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176987;STB=0.503597;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0022059;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:562:566:9:10:548:556:0.982332:273:275:4:5:280:276:7:3 chr2 228135631 . C T 547.99 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00991283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.629;QD=19.0604;RBI=0.0202325;REFB=-0.000235445;REVB=-0.0176378;RO=58;SAF=21;SAR=36;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602014;STB=0.533321;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000216492;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:36:21:25:33:36:21:25:33 chr2 228177479 . C T 2342.67 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0904991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.89;QD=60.8487;RBI=0.0906863;REFB=0;REVB=-0.00582331;RO=0;SAF=64;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37185e-05;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:151:154:1:87:64:0:0:88:66:0:0 chr2 228177751 . G A 304.28 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=-0.0347719;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5639;QD=12.5474;RBI=0.0528518;REFB=-0.00473238;REVB=-0.0398024;RO=62;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231525;STB=0.631878;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00586693;OID=.;OPOS=228177751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:62:62:35:35:0.360825:17:18:19:43:17:18:19:43 chr2 228177825 . C G 1495.59 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142416;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.327;QD=63.6422;RBI=0.0334046;REFB=0;REVB=0.0302166;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22636e-05;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:49:44:0:0:50:44:0:0 chr2 228227094 . G A 281.63 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00867526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.439;QD=17.0686;RBI=0.0102076;REFB=-0.0115546;REVB=-0.00537916;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826029;STB=0.546312;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0108417;OID=.;OPOS=228227094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:16:15:20:15:16:15:20:15 chr2 228230836 . T C 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0242968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.504;QD=13.0534;RBI=0.0252379;REFB=-0.00167879;REVB=0.00682764;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179956;STB=0.603623;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00378751;OID=.;OPOS=228230836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:8:15:17:18:8:15:17:18 chr2 228416712 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.953;QD=57.3851;RBI=0.0893909;REFB=0;REVB=0.028596;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361058;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr2 228476253 . C G 3114.2 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476032;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6947;QD=61.3636;RBI=0.0542504;REFB=0.0931014;REVB=-0.0260201;RO=0;SAF=75;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000675234;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:204:203:0:0:203:203:1:128:75:0:0:128:75:0:0 chr2 228750087 . A G 629.21 PASS AF=0.426829;AO=67;DP=165;FAO=70;FDP=164;FR=.,HEALED;FRO=94;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0275372;FXX=0.00606024;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.188;QD=15.3465;RBI=0.0275391;REFB=-0.0246402;REVB=-0.000323269;RO=74;SAF=34;SAR=33;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186507;STB=0.554863;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0288137;OID=.;OPOS=228750087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:74:94:67:70:0.426829:33:34:23:51:35:35:38:56 chr2 228776996 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.045;QD=58.7817;RBI=0.00944603;REFB=0;REVB=0.00236279;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21805e-05;OID=.;OPOS=228776996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr2 228855866 . G C 478.49 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.00150938;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.4565;QD=15.818;RBI=0.0104031;REFB=-0.0150277;REVB=-0.010293;RO=62;SAF=23;SAR=30;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627186;STB=0.546898;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0118548;OID=.;OPOS=228855866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:68:53:53:0.438017:30:23:23:39:30:23:24:44 chr2 230045542 . C G 2200.92 PASS AF=0.529114;AO=209;DP=396;FAO=209;FDP=395;FR=.;FRO=186;FSAF=145;FSAR=64;FSRF=73;FSRR=113;FWDB=0.0177255;FXX=0.00252519;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.078;QD=22.2878;RBI=0.0302654;REFB=0.0142129;REVB=-0.0245316;RO=186;SAF=145;SAR=64;SRF=73;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270598;STB=0.647813;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0110213;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:395:186:186:209:209:0.529114:64:145:73:113:64:145:73:113 chr2 230045545 . T C 2270.34 PASS AF=0.543367;AO=212;DP=391;FAO=213;FDP=392;FR=.;FRO=179;FSAF=153;FSAR=60;FSRF=73;FSRR=106;FWDB=0.01085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.114;QD=23.1667;RBI=0.0159456;REFB=-0.029624;REVB=-0.011685;RO=179;SAF=152;SAR=60;SRF=73;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277453;STB=0.651918;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0175736;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:392:179:179:212:213:0.543367:60:152:73:106:60:153:73:106 chr2 230045554 . G C 2506.97 PASS AF=0.579082;AO=227;DP=392;FAO=227;FDP=392;FR=.;FRO=165;FSAF=170;FSAR=57;FSRF=71;FSRR=94;FWDB=0.00918389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.833;QD=25.5813;RBI=0.00958231;REFB=-0.00439324;REVB=-0.00273435;RO=164;SAF=170;SAR=57;SRF=70;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28016;STB=0.651393;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00318796;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:392:164:165:227:227:0.579082:57:170:70:94:57:170:71:94 chr2 230045564 . T C 2517.82 PASS AF=0.597884;AO=224;DP=376;FAO=226;FDP=378;FR=.;FRO=152;FSAF=171;FSAR=55;FSRF=64;FSRR=88;FWDB=-0.0402393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.323;QD=26.6436;RBI=0.0426662;REFB=-0.00977935;REVB=0.0141845;RO=150;SAF=169;SAR=55;SRF=63;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28167;STB=0.654194;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0162294;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:378:150:152:224:226:0.597884:55:169:63:87:55:171:64:88 chr2 230045568 . T C 2568.03 PASS AF=0.61126;AO=228;DP=374;FAO=228;FDP=373;FR=.;FRO=145;FSAF=174;FSAR=54;FSRF=60;FSRR=85;FWDB=-0.0130199;FXX=0.00267373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.762;QD=27.5392;RBI=0.0147684;REFB=-4.63891e-05;REVB=-0.00697052;RO=145;SAF=174;SAR=54;SRF=60;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289312;STB=0.656821;STBP=0;TYPE=snp;VARB=2.72267e-05;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:373:145:145:228:228:0.61126:54:174:60:85:54:174:60:85 chr2 230045615 . G A 2730.94 PASS AF=0.8125;AO=208;DP=256;FAO=208;FDP=256;FR=.;FRO=48;FSAF=173;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00273521;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.406;QD=42.671;RBI=0.00997799;REFB=-0.00617291;REVB=0.00959578;RO=48;SAF=173;SAR=35;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191466;STB=0.602077;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00110487;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:48:48:208:208:0.8125:35:173:23:25:35:173:23:25 chr2 230135711 . G C,GC 8107.85 PASS AF=0,1;AO=39,455;DP=561;FAO=0,544;FDP=544;FR=.;FRO=0;FSAF=0,192;FSAR=0,352;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0834707,-0.193061;FXX=0.0109089;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.53553,24.4973;QD=59.6166;RBI=0.155581,0.277571;REFB=0.0456734,0.0324025;REVB=0.131294,0.199432;RO=55;SAF=16,155;SAR=23,300;SRF=21;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0306362,-0.00935479;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000303875;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:40:561:544:55:0:39,455:0,544:0,1:23,300:16,155:21:34:0,352:0,192:0:0 chr2 230632268 . G A 843.3 PASS AF=0.455497;AO=87;DP=193;FAO=87;FDP=191;FR=.;FRO=104;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.0194316;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.23;QD=17.6608;RBI=0.0225515;REFB=-0.00634002;REVB=0.0114448;RO=105;SAF=32;SAR=55;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129649;STB=0.574324;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00956111;OID=.;OPOS=230632268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:191:105:104:87:87:0.455497:55:32:52:53:55:32:52:52 chr2 230668858 . T C 1309.15 PASS AF=0.470175;AO=133;DP=284;FAO=134;FDP=285;FR=.;FRO=151;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=76;FSRR=75;FWDB=-0.0122144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.764;QD=18.3741;RBI=0.0167496;REFB=-0.00596951;REVB=-0.0114612;RO=148;SAF=62;SAR=71;SRF=74;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324025;STB=0.521572;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00811108;OID=.;OPOS=230668858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:285:148:151:133:134:0.470175:71:62:74:74:72:62:76:75 chr2 230723777 . G C 512.24 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0115209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.217;QD=21.5679;RBI=0.0601647;REFB=-0.0138996;REVB=0.0590514;RO=46;SAF=13;SAR=36;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230767;STB=0.628156;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0229719;OID=.;OPOS=230723777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:36:13:23:23:36:13:23:23 chr2 230841074 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0256451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.133;QD=14.6575;RBI=0.0269634;REFB=-0.00296135;REVB=-0.00832769;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226907;STB=0.646244;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00714922;OID=.;OPOS=230841074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:8:5:10:6:8:5:11:6 chr2 230861519 . G T 435.64 PASS AF=0.398438;AO=42;DP=120;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.00436579;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.741;QD=13.6138;RBI=0.00950343;REFB=-0.0193847;REVB=0.00844127;RO=78;SAF=14;SAR=28;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940424;STB=0.58201;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0274184;OID=.;OPOS=230861519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:128:78:77:42:51:0.398438:28:14:32:46:36:15:32:45 chr2 230901647 . A G 354.22 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0130956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.904;QD=13.8912;RBI=0.0131031;REFB=-0.00263934;REVB=-0.000445452;RO=59;SAF=22;SAR=19;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597834;STB=0.532351;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00438417;OID=.;OPOS=230901647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:61:41:41:0.401961:19:22:35:24:19:22:36:25 chr2 231050715 . A G 2324.56 PASS AF=0.957576;AO=158;DP=165;FAO=158;FDP=165;FR=.;FRO=7;FSAF=98;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0216997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2455;QD=56.353;RBI=0.021928;REFB=-0.00804173;REVB=-0.00315597;RO=7;SAF=98;SAR=60;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523346;STB=0.527556;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00160695;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:165:165:7:7:158:158:0.957576:60:98:0:7:60:98:0:7 chr2 231067305 . C G 450.9 PASS AF=0.324022;AO=58;DP=178;FAO=58;FDP=179;FR=.;FRO=121;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=0.0218769;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0603;QD=10.0759;RBI=0.0223269;REFB=-0.0113918;REVB=-0.00446003;RO=112;SAF=29;SAR=29;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102542;STB=0.525131;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0227504;OID=.;OPOS=231067305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:112:121:58:58:0.324022:29:29:57:55:29:29:65:56 chr2 231072709 . C T 1480.75 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0128081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8408;QD=56.4093;RBI=0.0135897;REFB=-0.0756459;REVB=0.00454228;RO=2;SAF=46;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00195138;STB=0.501028;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00905469;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:105:105:2:2:103:103:0.980952:57:46:1:1:57:46:1:1 chr2 231077110 . C T 945.78 PASS AF=0.510989;AO=92;DP=182;FAO=93;FDP=182;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0331344;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1387;QD=20.7864;RBI=0.0357039;REFB=-0.00172634;REVB=0.0132997;RO=90;SAF=35;SAR=57;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600791;STB=0.531708;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00161243;OID=.;OPOS=231077110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:90:89:92:93:0.510989:57:35:40:50:58:35:39:50 chr2 231077725 . A G 1552.33 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244343;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9612;QD=62.7202;RBI=0.0270274;REFB=0;REVB=0.0115519;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00479138;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:53:43:0:0:53:46:0:0 chr2 231118041 . A C 474.25 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0196023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.269;QD=14.9371;RBI=0.0197806;REFB=0.0124079;REVB=0.0026496;RO=73;SAF=25;SAR=28;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020356;STB=0.507157;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.01341;OID=.;OPOS=231118041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:74:53:53:0.417323:28:25:33:40:28:25:34:40 chr2 231149097 . T C 276.84 PASS AF=0.330275;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0184063;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.722;QD=10.1594;RBI=0.0246767;REFB=-0.012313;REVB=0.0164361;RO=73;SAF=14;SAR=22;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751004;STB=0.543614;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0235344;OID=.;OPOS=231149097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:73:73:36:36:0.330275:22:14:33:40:22:14:33:40 chr2 231149108 . G A 1584.34 PASS AF=1;AO=89;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110656;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4733;QD=59.7864;RBI=0.0582955;REFB=0;REVB=0.0572357;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734088;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:89:106:1:48:41:0:0:58:48:0:0 chr2 231222655 . G T 132.0 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0019616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.055;QD=7.65205;RBI=0.00339901;REFB=-0.0022794;REVB=-0.00277586;RO=50;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151196;STB=0.590816;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00519597;OID=.;OPOS=231222655;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:9:10:20:30:9:10:20:30 chr2 231222675 . T C 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00775977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.579;QD=7.7465;RBI=0.00778458;REFB=0.00720866;REVB=-0.000621125;RO=42;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205785;STB=0.624844;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0129083;OID=.;OPOS=231222675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:6:10:19:23:6:10:19:23 chr2 231248261 . C T 1108.63 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101849;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.823;QD=59.1271;RBI=0.0105653;REFB=-0.0785021;REVB=-0.00280932;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113966;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000664069;OID=.;OPOS=231248261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:72:74:0.986667:31:41:1:0:32:42:1:0 chr2 231258150 . C T 2332.59 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00159843;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1285;QD=60.1959;RBI=0.0152316;REFB=-0.0204706;REVB=-0.0151475;RO=1;SAF=75;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598381;STB=0.503144;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000130568;OID=.;OPOS=231258150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:155:1:1:154:154:0.993548:79:75:0:1:79:75:0:1 chr2 231406680 . T C 388.78 PASS AF=0.386555;AO=45;DP=118;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00329086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.736;QD=13.0683;RBI=0.0156;REFB=-0.0109651;REVB=0.015249;RO=72;SAF=28;SAR=17;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15002;STB=0.594442;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0156286;OID=.;OPOS=231406680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:72:73:45:46:0.386555:17:28:35:37:17:29:35:38 chr2 231407663 . C T 220.76 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0388608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.408;QD=12.0966;RBI=0.057534;REFB=-0.000996957;REVB=-0.0424263;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403653;STB=0.515756;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00146479;OID=.;OPOS=231407663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:13:14:25:20:13:14:25:21 chr2 231738168 . G A 1657.08 PASS AF=0.913386;AO=117;DP=129;FAO=116;FDP=127;FR=.;FRO=11;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0353717;FXX=0.0155027;HRUN=7;LEN=1;MLLD=269.076;QD=52.1914;RBI=0.0444928;REFB=-0.045591;REVB=0.0269898;RO=5;SAF=63;SAR=54;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108184;STB=0.515616;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000715583;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:129:127:5:11:117:116:0.913386:54:63:2:3:53:63:4:7 chr2 231738263 . C T 1877.7 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0176567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7698;QD=59.6094;RBI=0.0289509;REFB=-0.111481;REVB=-0.0229433;RO=2;SAF=52;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240392;STB=0.501176;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00415875;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:126:2:2:123:124:0.984127:71:52:1:1:71:53:1:1 chr2 231738269 . G A 1806.62 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0418157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.614;QD=60.2206;RBI=0.0685387;REFB=-0.0903992;REVB=0.0543047;RO=1;SAF=51;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693438;STB=0.503649;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00158327;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:68:51:0:1:68:51:0:1 chr2 231861044 . C T 497.63 PASS AF=0.39726;AO=57;DP=139;FAO=58;FDP=146;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=67;FSRR=21;FWDB=-0.00286691;FXX=0.0394711;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.994;QD=13.6338;RBI=0.00742268;REFB=-0.0364542;REVB=-0.00684668;RO=81;SAF=38;SAR=19;SRF=62;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122109;STB=0.57406;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.048025;OID=.;OPOS=231861044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:146:81:88:57:58:0.39726:19:38:62:19:20:38:67:21 chr2 231861071 . T C 333.15 PASS AF=0.299363;AO=43;DP=146;FAO=47;FDP=157;FR=.;FRO=110;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=63;FSRR=47;FWDB=-0.0399409;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.098;QD=8.48782;RBI=0.0498027;REFB=-0.0239714;REVB=-0.0297495;RO=102;SAF=29;SAR=14;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182457;STB=0.599598;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0701184;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:157:102:110:43:47:0.299363:14:29:54:48:14:33:63:47 chr2 231865144 . G C 3153.73 PASS AF=0.510673;AO=312;DP=605;FAO=311;FDP=609;FR=.;FRO=298;FSAF=176;FSAR=135;FSRF=158;FSRR=140;FWDB=-0.0151227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8164;QD=20.7142;RBI=0.0261123;REFB=-0.00239379;REVB=-0.0212874;RO=289;SAF=177;SAR=135;SRF=149;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461512;STB=0.517701;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00186916;OID=.;OPOS=231865144;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:605:609:289:298:312:311:0.510673:135:177:149:140:135:176:158:140 chr2 231911722 . G A 585.62 PASS AF=0.521739;AO=59;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00135073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.349;QD=20.3695;RBI=0.00676998;REFB=-0.0114022;REVB=0.00663386;RO=55;SAF=37;SAR=22;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169913;STB=0.596178;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0149518;OID=.;OPOS=231911722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:59:60:0.521739:22:37:24:31:22:38:24:31 chr2 231931679 . GAAAAAAAA GAAAAAAA,GAAAAAAAC 79.66 PASS AF=0.26506,0.0843373;AO=23,7;DP=83;FAO=22,7;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=6,0;FSAR=16,7;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.287465,0.298342;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.76693,18.0795;QD=3.83922;RBI=0.288927,0.304859;REFB=-0.155468,-0.0629905;REVB=-0.0290222,0.0627012;RO=39;SAF=5,0;SAR=18,7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.380281,-0.690545;STB=0.683244,0.998458;STBP=0.042,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.109099,0.0150227;OID=.,.;OPOS=231931680,231931687;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26506,0.0843373:23,7:83:22,7:83:54:6,0:16,7:28:26:49:39:5,0:18,7:21:18 chr2 232035429 . G A 284.19 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0945307;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7549;QD=14.9574;RBI=0.096133;REFB=-0.00563496;REVB=-0.0174787;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517577;STB=0.511979;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00610924;OID=.;OPOS=232035429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:42:44:32:32:0.421053:19:13:15:27:19:13:17:27 chr2 232087474 . AT GA 1423.22 PASS AF=1;AO=79;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601585;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.336;QD=64.6918;RBI=0.145593;REFB=0;REVB=0.132583;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000330625;OID=.;OPOS=232087474;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:79:88:1:44:35:0:0:50:38:0:0 chr2 232091473 . C CT 90.22 PASS AF=0.461538;AO=10;DP=96;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.194893;FXX=0.161273;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.32703;QD=4.62682;RBI=0.226114;REFB=0.0309356;REVB=-0.114649;RO=83;SAF=6;SAR=4;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237232;STB=0.556419;STBP=0.43;TYPE=ins;VARB=0.012665;OID=.;OPOS=232091474;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:10:96:36:78:42:9:27:14:28:90:83:6:4:33:50 chr2 232091479 . C T 447.01 PASS AF=0.484211;AO=42;DP=91;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00798019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3075;QD=18.8215;RBI=0.0385842;REFB=-0.0180165;REVB=-0.0377499;RO=48;SAF=13;SAR=29;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154667;STB=0.579404;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0255485;OID=.;OPOS=232091479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:48:49:42:46:0.484211:29:13:22:26:31:15:23:26 chr2 232196564 . C T 68.13 PASS AF=0.227273;AO=9;DP=43;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0167756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.558;QD=6.19384;RBI=0.0218951;REFB=-0.0118508;REVB=0.0140704;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173043;STB=0.568048;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0398359;OID=.;OPOS=232196564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:43:44:34:34:9:10:0.227273:4:5:14:20:5:5:14:20 chr2 232196597 . G A 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00714678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.807;QD=6.80722;RBI=0.0256393;REFB=-0.0041991;REVB=-0.0246231;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120775;OID=.;OPOS=232196597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:12:15:5:4:12:15 chr2 232225533 . CACGGGAC ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC 4337.18 PASS AF=0,0.00557103,0.994429;AO=21,50,216;DP=404;FAO=0,2,357;FDP=359;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,146;FSAR=0,1,211;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124232,-0.0830542,0.21777;FXX=0.0137359;HRUN=5,1,3;LEN=3,2,1;MLLD=6.03281,6.10514,16.8809;QD=48.3251;RBI=0.124233,0.0830975,0.250756;REFB=0,0,0;REVB=0.000580427,-0.00268121,-0.124317;RO=3;SAF=20,32,42;SAR=1,18,174;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0644272,-0.0421128,-0.0328128;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0,0.16905,-0.00365271;OID=.,.,.;OPOS=232225533,232225539,232225536;OREF=CAC,AC,-;OALT=ACG,GA,G;OMAPALT=ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:7:404:359:3:0:21,50,216:0,2,357:0,0.00557103,0.994429:1,18,174:20,32,42:3:0:0,1,211:0,1,146:0:0 chr2 232263127 . G A 675.72 PASS AF=0.462585;AO=67;DP=146;FAO=68;FDP=147;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.00342259;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.469;QD=18.387;RBI=0.00372239;REFB=-0.0124116;REVB=-0.00146357;RO=77;SAF=20;SAR=47;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165451;STB=0.593225;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0201043;OID=.;OPOS=232263127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:77:79:67:68:0.462585:47:20:35:42:47:21:37:42 chr2 232320581 . T G 404.38 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0052632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.11;QD=19.9693;RBI=0.022454;REFB=-0.0360518;REVB=0.0218285;RO=40;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687942;STB=0.532332;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0288885;OID=.;OPOS=232320581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:40:41:0.506173:22:18:15:25:23:18:15:25 chr2 232326417 . C T 727.51 PASS AF=0.424731;AO=78;DP=186;FAO=79;FDP=186;FR=.;FRO=107;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=74;FSRR=33;FWDB=0.0210475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3052;QD=15.6454;RBI=0.0332386;REFB=-0.0442301;REVB=-0.0257255;RO=108;SAF=39;SAR=39;SRF=74;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193153;STB=0.61352;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0663983;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:108:107:78:79:0.424731:39:39:74:34:40:39:74:33 chr2 232378231 . T C 1629.17 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00653446;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5929;QD=59.2425;RBI=0.0710979;REFB=-0.00792434;REVB=0.070797;RO=1;SAF=57;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825554;STB=0.504347;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000868458;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:52:57:1:0:52:57:1:0 chr2 232457693 . G C 179.8 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00714096;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.857;QD=14.6774;RBI=0.00767315;REFB=0.00684242;REVB=-0.00280783;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174197;STB=0.599902;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0100007;OID=.;OPOS=232457693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:29:29:20:20:0.408163:9:11:11:18:9:11:11:18 chr2 232457898 . A G 348.02 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00240811;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.503;QD=22.0963;RBI=0.00804585;REFB=-0.0193096;REVB=-0.00767702;RO=28;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750155;STB=0.541378;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0146969;OID=.;OPOS=232457898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:28:35:35:0.555556:17:18:17:11:17:18:17:11 chr2 232458443 . T C 1790.68 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.334;QD=60.701;RBI=0.0304344;REFB=0;REVB=-0.0166603;RO=0;SAF=63;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74385e-06;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:118:0:0:114:118:1:51:63:0:0:53:65:0:0 chr2 232458818 . C T 591.18 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.111997;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.748;QD=22.9584;RBI=0.112492;REFB=-0.00829125;REVB=-0.0105422;RO=44;SAF=34;SAR=24;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870339;STB=0.543153;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00915392;OID=.;OPOS=232458818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:45:58:58:0.563107:24:34:21:23:24:34:22:23 chr2 232458862 . G C 40.18 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.0418209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8911;QD=2.51117;RBI=0.0811139;REFB=-0.00255998;REVB=-0.0695016;RO=56;SAF=1;SAR=7;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.629456;STB=0.924997;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0135469;OID=.;OPOS=232458862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:56:56:8:8:0.125:7:1:40:16:7:1:40:16 chr2 232672932 . C T 578.84 PASS AF=0.408451;AO=50;DP=134;FAO=58;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.00692941;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.279;QD=16.3052;RBI=0.008867;REFB=-0.0112721;REVB=-0.00553236;RO=74;SAF=26;SAR=24;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049688;STB=0.501278;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0124867;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:142:74:77:50:58:0.408451:24:26:35:39:30:28:37:40 chr2 232952286 . A G 655.51 PASS AF=0.455782;AO=67;DP=147;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.00676731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.861;QD=17.8369;RBI=0.0255269;REFB=0.00156639;REVB=0.0246135;RO=80;SAF=33;SAR=34;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416891;STB=0.523164;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00174115;OID=.;OPOS=232952286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:80:80:67:67:0.455782:34:33:36:44:34:33:36:44 chr2 233200849 . A G 704.72 PASS AF=0.480519;AO=71;DP=151;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.0169145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.306;QD=18.3043;RBI=0.0266484;REFB=-0.00956693;REVB=0.0205921;RO=76;SAF=43;SAR=28;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131992;STB=0.504409;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.010938;OID=.;OPOS=233200849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:76:80:71:74:0.480519:28:43:45:31:29:45:48:32 chr2 233201328 . A G 796.1 PASS AF=0.547445;AO=75;DP=137;FAO=75;FDP=137;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0396061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.686;QD=23.2437;RBI=0.0396645;REFB=-0.0348268;REVB=-0.00215233;RO=61;SAF=31;SAR=44;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789936;STB=0.539867;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0258302;OID=.;OPOS=233201328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:61:62:75:75:0.547445:44:31:31:30:44:31:31:31 chr2 233205600 . A G 154.18 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0332119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.136;QD=10.6329;RBI=0.0332121;REFB=0.0167533;REVB=-9.84952e-05;RO=38;SAF=5;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354595;STB=0.708873;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.019503;OID=.;OPOS=233205600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:15:5:21:17:15:5:21:17 chr2 233243981 . A T 657.76 PASS AF=0.458065;AO=71;DP=154;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.0193303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.881;QD=16.9745;RBI=0.0223259;REFB=-0.00622702;REVB=0.0111707;RO=81;SAF=42;SAR=29;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107005;STB=0.542436;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00639756;OID=.;OPOS=233243981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:81:84:71:71:0.458065:29:42:39:42:30:41:42:42 chr2 233244586 . C G 518.2 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0112419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0255;QD=19.372;RBI=0.019701;REFB=-0.0559201;REVB=-0.0161787;RO=52;SAF=23;SAR=31;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00258929;STB=0.505492;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0495507;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:53:54:54:0.504673:31:23:22:30:31:23:22:31 chr2 233245141 . T C 244.14 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0158822;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.829;QD=10.6147;RBI=0.0167657;REFB=-0.0143084;REVB=-0.00537051;RO=62;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356529;STB=0.520758;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0340653;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:62:62:30:30:0.326087:17:13:25:37:17:13:25:37 chr2 233321641 . C T 1155.64 PASS AF=0.483333;AO=115;DP=239;FAO=116;FDP=240;FR=.;FRO=124;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=0.000266948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.942;QD=19.2607;RBI=0.0299468;REFB=-0.0281585;REVB=0.0299456;RO=123;SAF=51;SAR=64;SRF=59;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342588;STB=0.518865;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0305175;OID=.;OPOS=233321641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:123:124:115:116:0.483333:64:51:59:64:65:51:59:65 chr2 233322958 . T C 410.0 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00250566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.105;QD=15.6189;RBI=0.0210508;REFB=-0.00751495;REVB=-0.0209012;RO=58;SAF=22;SAR=24;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127193;STB=0.502074;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0120921;OID=.;OPOS=233322958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:59:46:46:0.438095:24:22:27:31:24:22:28:31 chr2 233349588 . G A 2083.58 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.39;QD=62.664;RBI=0.030297;REFB=0;REVB=-0.017643;RO=0;SAF=58;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.85156e-05;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:74:58:0:0:75:58:0:0 chr2 233385396 . G A 5128.12 PASS AF=1;AO=319;DP=331;FAO=341;FDP=341;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553148;FXX=0.0257135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6574;QD=60.154;RBI=0.0649577;REFB=0.0194349;REVB=0.0340554;RO=1;SAF=135;SAR=184;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0025855;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385484;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:331:341:1:0:319:341:1:184:135:0:1:189:152:0:0 chr2 233386583 . T C 1178.39 PASS AF=0.475806;AO=118;DP=249;FAO=118;FDP=248;FR=.;FRO=130;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=46;FSRR=84;FWDB=0.00909856;FXX=0.0040159;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.254;QD=19.0063;RBI=0.0114973;REFB=-0.0214324;REVB=-0.00702878;RO=130;SAF=46;SAR=72;SRF=46;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363166;STB=0.519997;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0239797;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:130:130:118:118:0.475806:72:46:46:84:72:46:46:84 chr2 233388527 . ACCCCCCCCA ACCCCCCCAC 70.88 PASS AF=0.103226;AO=15;DP=151;FAO=16;FDP=155;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=120;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=-0.225502;FXX=0.0189861;HRUN=8;LEN=2;MLLD=18.9613;QD=1.82913;RBI=0.233925;REFB=-0.0726597;REVB=-0.062209;RO=53;SAF=14;SAR=1;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.733755;STB=0.927723;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.115066;OID=.;OPOS=233388535;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=ACCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.103226:15:151:16:155:120:15:1:58:62:23:53:14:1:15:38 chr2 233390937 . A G 1898.0 PASS AF=0.992;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0393146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.014;QD=60.7359;RBI=0.0428081;REFB=0.0632537;REVB=0.0169379;RO=1;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736582;STB=0.503875;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-5.14851e-05;OID=.;OPOS=233390937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:123:124:0.992:64:59:0:1:64:60:0:1 chr2 233413771 . C T 157.85 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0064098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7234;QD=12.1421;RBI=0.108212;REFB=-0.000433686;REVB=-0.108022;RO=33;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225609;STB=0.63144;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00206629;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:7:12:14:19:7:12:14:19 chr2 233414341 . C T 207.29 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00242065;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1388;QD=16.9219;RBI=0.0260114;REFB=-0.0223371;REVB=-0.0258985;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990281;STB=0.568564;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0280608;OID=.;OPOS=233414341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:28:21:21:0.428571:10:11:18:11:10:11:18:10 chr2 233438786 . G A 2698.29 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.978;QD=61.6753;RBI=0.0190755;REFB=-0.017476;REVB=0.0112995;RO=1;SAF=82;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514603;STB=0.502702;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000176985;OID=.;OPOS=233438786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:175:1:1:174:174:0.994286:92:82:0:1:92:82:0:1 chr2 233498669 . G T 1387.68 PASS AF=0.445455;AO=147;DP=329;FAO=147;FDP=330;FR=.;FRO=183;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=102;FSRR=81;FWDB=-0.0169215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.515;QD=16.8204;RBI=0.0170284;REFB=-0.00750535;REVB=-0.0019045;RO=182;SAF=78;SAR=69;SRF=101;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244497;STB=0.514923;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00887127;OID=.;OPOS=233498669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:330:182:183:147:147:0.445455:69:78:101:81:69:78:102:81 chr2 233514636 . G T 527.61 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.00445654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.08;QD=16.2341;RBI=0.00831574;REFB=-0.0193984;REVB=-0.00702074;RO=71;SAF=33;SAR=24;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862484;STB=0.540969;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0290813;OID=.;OPOS=233514636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:73:57:57:0.438462:24:33:35:36:24:33:37:36 chr2 233514638 . G C 576.13 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0113431;FXX=0.00775134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.606;QD=18.004;RBI=0.011882;REFB=-0.0153133;REVB=-0.00353782;RO=67;SAF=35;SAR=25;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872954;STB=0.54484;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0183402;OID=.;OPOS=233514638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:67:68:60:60:0.46875:25:35:33:34:25:35:34:34 chr2 233537125 . A G 2424.38 PASS AF=0.987654;AO=160;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0137405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.483;QD=59.8613;RBI=0.0172758;REFB=0.056369;REVB=-0.0104714;RO=1;SAF=76;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563094;STB=0.505882;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000417452;OID=.;OPOS=233537125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:162:162:1:2:160:160:0.987654:84:76:0:1:84:76:0:2 chr2 233599904 . A C 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00276291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.928;QD=18.7957;RBI=0.0109515;REFB=-0.0161708;REVB=0.0105973;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09777;STB=0.555506;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0214905;OID=.;OPOS=233599904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:15:8:12:15:15:8:12:15 chr2 233633460 . G A 364.54 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0499894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.922;QD=18.4578;RBI=0.0500824;REFB=-0.0211292;REVB=0.0030505;RO=41;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775105;STB=0.543146;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0198813;OID=.;OPOS=233633460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:17:21:26:15:17:21:26:15 chr2 233660846 . G A 328.7 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00268155;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.333;QD=17.7678;RBI=0.0342237;REFB=-0.0119561;REVB=0.0341185;RO=39;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107897;STB=0.546934;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00918373;OID=.;OPOS=233660846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:39:35:35:0.472973:21:14:20:19:21:14:19:20 chr2 233708806 . A G 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0442429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.803;QD=19.3866;RBI=0.0444756;REFB=-0.0652104;REVB=0.00454312;RO=34;SAF=25;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155374;STB=0.586802;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0646186;OID=.;OPOS=233708806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:10:25:19:15:10:25:19:15 chr2 233712226 . CACA C,CGCA 417.08 PASS AF=0.589286,0.107143;AO=29,10;DP=58;FAO=33,6;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=20,3;FSAR=13,3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0110927,0.0013718;FXX=0.0344768;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=210.311,68.9786;QD=29.7916;RBI=0.0159341,0.0854092;REFB=-0.0519801,-0.0483252;REVB=0.0114389,-0.0853982;RO=17;SAF=16,7;SAR=13,3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.065335,0.0638208;STB=0.514678,0.608351;STBP=0.811,0.594;TYPE=del,snp;VARB=0.0375659,0.0345897;OID=.,.;OPOS=233712227,233712227;OREF=ACA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.589286,0.107143:29,10:58:33,6:56:17:20,3:13,3:11:6:99:17:16,7:13,3:11:6 chr2 233723182 . G A 746.5 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.464;QD=55.2963;RBI=0.0522723;REFB=0;REVB=0.0518848;RO=0;SAF=40;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566427;OID=.;OPOS=233723182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:50:54:1:10:40:0:0:11:43:0:0 chr2 233740227 . A G 421.09 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0502623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.258;QD=18.1114;RBI=0.0521745;REFB=-0.0257225;REVB=0.0139955;RO=50;SAF=20;SAR=23;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148325;STB=0.582675;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0253838;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:23:20:31:19:23:20:31:19 chr2 233757697 . A G 2677.35 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.6;QD=62.264;RBI=0.0426076;REFB=0;REVB=-0.0354578;RO=0;SAF=84;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27589e-05;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:88:84:0:0:88:84:0:0 chr2 233785015 . G A 1785.75 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.227;QD=61.0513;RBI=0.020324;REFB=0;REVB=-0.0202317;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25085e-05;OID=.;OPOS=233785015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:67:50:0:0:67:50:0:0 chr2 233834975 . A G 1050.7 PASS AF=0.429104;AO=115;DP=269;FAO=115;FDP=268;FR=.;FRO=153;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=-0.00238058;FXX=0.00371733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.474;QD=15.6821;RBI=0.0257232;REFB=-0.0173363;REVB=-0.0256129;RO=153;SAF=57;SAR=58;SRF=71;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324333;STB=0.518044;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0207597;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:268:153:153:115:115:0.429104:58:57:71:82:58:57:71:82 chr2 233897414 . C A 474.29 PASS AF=0.377622;AO=54;DP=145;FAO=54;FDP=143;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0417589;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.493;QD=13.2668;RBI=0.0435389;REFB=-0.00285324;REVB=-0.0123223;RO=89;SAF=21;SAR=33;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130011;STB=0.573885;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00348083;OID=.;OPOS=233897414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:89:89:54:54:0.377622:33:21:45:44:33:21:45:44 chr2 233899377 . C T 1749.2 PASS AF=0.491667;AO=176;DP=361;FAO=177;FDP=360;FR=.;FRO=183;FSAF=94;FSAR=83;FSRF=99;FSRR=84;FWDB=-0.00105642;FXX=0.00826424;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.864;QD=19.4356;RBI=0.0338253;REFB=-0.00686786;REVB=-0.0338088;RO=182;SAF=94;SAR=82;SRF=99;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919209;STB=0.50506;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.008677;OID=.;OPOS=233899377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:360:182:183:176:177:0.491667:82:94:99:83:83:94:99:84 chr2 234055004 . T C 1572.89 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0463925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.022;QD=58.7997;RBI=0.0489403;REFB=0.00772424;REVB=0.015585;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000265738;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:0:1:105:106:0.990654:54:51:0:0:55:51:0:1 chr2 234066969 . C A,G 984.1 PASS AF=0.0149254,0.985075;AO=4,60;DP=67;FAO=1,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221222,0.0113148;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.894,68.3508;QD=58.752;RBI=0.0434599,0.114599;REFB=0,0;REVB=-0.0374082,0.114039;RO=0;SAF=0,29;SAR=4,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.73709e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.141512,0.00675176;OID=.,.;OPOS=234066969,234066969;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:67:67:0:0:4,60:1,66:0.0149254,0.985075:4,31:0,29:0:0:1,37:0,29:0:0 chr2 234113057 . G A 3119.69 PASS AF=0.985577;AO=200;DP=204;FAO=205;FDP=208;FR=.;FRO=3;FSAF=114;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0045846;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.439;QD=59.994;RBI=0.0203772;REFB=-0.147123;REVB=0.0198547;RO=3;SAF=111;SAR=89;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00318236;STB=0.501616;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000794239;OID=.;OPOS=234113057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:204:208:3:3:200:205:0.985577:89:111:2:1:91:114:2:1 chr2 234113301 . C T 970.36 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.305;QD=58.8099;RBI=0.0472402;REFB=0;REVB=0.0233749;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180507;OID=.;OPOS=234113301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:44:22:0:0:44:22:0:0 chr2 234227523 . A G 903.75 PASS AF=0.461538;AO=97;DP=210;FAO=96;FDP=208;FR=.;FRO=112;FSAF=28;FSAR=68;FSRF=40;FSRR=72;FWDB=-0.0202128;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.188;QD=17.3798;RBI=0.0202174;REFB=-0.022551;REVB=-0.0004303;RO=103;SAF=29;SAR=68;SRF=33;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236049;STB=0.54119;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.012545;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:103:112:97:96:0.461538:68:29:33:70:68:28:40:72 chr2 234378198 . T C 780.37 PASS AF=0.544118;AO=74;DP=136;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00554967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.861;QD=22.9521;RBI=0.0201199;REFB=-0.0371261;REVB=-0.0193393;RO=60;SAF=43;SAR=31;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945807;STB=0.559431;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0304232;OID=.;OPOS=234378198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:60:62:74:74:0.544118:31:43:28:32:31:43:28:34 chr2 234436069 . C T 536.65 PASS AF=0.349462;AO=65;DP=186;FAO=65;FDP=186;FR=.;FRO=121;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=68;FWDB=0.000112698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.592;QD=11.5408;RBI=0.0102341;REFB=0.0017148;REVB=0.0102335;RO=116;SAF=28;SAR=37;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101755;STB=0.504799;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00303838;OID=.;OPOS=234436069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:116:121:65:65:0.349462:37:28:51:65:37:28:53:68 chr2 234449316 . G A 1471.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.771;QD=63.2895;RBI=0.0219055;REFB=0;REVB=-0.0161825;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95917e-06;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:48:44:0:0:49:44:0:0 chr2 234469664 . T C 2325.05 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00250292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7545;QD=62.8393;RBI=0.00482972;REFB=-0.148255;REVB=-0.00413057;RO=0;SAF=83;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00238667;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:0:1:147:147:0.993243:64:83:0:0:64:83:0:1 chr2 234526871 . C G 1128.82 PASS AF=0.481172;AO=113;DP=239;FAO=115;FDP=239;FR=.;FRO=124;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=-0.0163336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.808;QD=18.8925;RBI=0.0254209;REFB=0.000538943;REVB=-0.0194792;RO=119;SAF=52;SAR=61;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975739;STB=0.503248;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.000553222;OID=.;OPOS=234526871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:119:124:113:115:0.481172:61:52:56:63:61:54:59:65 chr2 234590616 . C A 1155.5 PASS AF=0.575269;AO=104;DP=187;FAO=107;FDP=186;FR=.;FRO=79;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00928061;FXX=0.0106377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.03;QD=24.8495;RBI=0.00936368;REFB=-0.00643017;REVB=-0.00124449;RO=79;SAF=59;SAR=45;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098969;STB=0.554199;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00549693;OID=.;OPOS=234590616;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:79:79:104:107:0.575269:45:59:35:44:46:61:35:44 chr2 234590970 . T G 294.93 PASS AF=0.390805;AO=33;DP=86;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.00595866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.955;QD=13.5601;RBI=0.00846394;REFB=0.000138074;REVB=0.00601105;RO=53;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209617;STB=0.625598;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.000211544;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:53:53:33:34:0.390805:16:17:17:36:16:18:17:36 chr2 234590974 . CG AA,CA 231.28 PASS AF=0.277108,0.0843373;AO=23,7;DP=84;FAO=23,7;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=9,6;FSAR=14,1;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.00280456,-0.00125343;FXX=0.0119033;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=133.671,100.997;QD=11.1461;RBI=0.0423533,0.0344971;REFB=-0.00908741,-0.00882796;REVB=-0.0422603,-0.0344743;RO=51;SAF=9,6;SAR=14,1;SRF=16;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0979474,0.584539;STB=0.552781,0.905183;STBP=0.565,0.081;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0203044,-0.0086433;OID=.,.;OPOS=234590974,234590975;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:51:53:23,7:23,7:0.277108,0.0843373:14,1:9,6:16:35:14,1:9,6:17:36 chr2 234591205 . T C 1236.96 PASS AF=0.506276;AO=120;DP=238;FAO=121;FDP=239;FR=.;FRO=118;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=-0.0106131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.15;QD=20.7022;RBI=0.0167742;REFB=-0.026501;REVB=0.0129898;RO=118;SAF=58;SAR=62;SRF=64;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533296;STB=0.527017;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0260299;OID=.;OPOS=234591205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:118:118:120:121:0.506276:62:58:64:54:62:59:64:54 chr2 234601669 . T G 624.08 PASS AF=0.398876;AO=70;DP=178;FAO=71;FDP=178;FR=.;FRO=107;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.00334244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.078;QD=14.0243;RBI=0.00384074;REFB=-0.00722993;REVB=0.00189193;RO=106;SAF=30;SAR=40;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263699;STB=0.521656;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0164762;OID=.;OPOS=234601669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:106:107:70:71:0.398876:40:30:48:58:41:30:49:58 chr2 234601965 . A G 177.29 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0280524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5193;QD=12.2271;RBI=0.0429057;REFB=-0.00597516;REVB=0.0324647;RO=36;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185804;STB=0.510743;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0146697;OID=.;OPOS=234601965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:15:7:12:24:15:7:12:24 chr2 234602191 . A G 471.28 PASS AF=0.360248;AO=58;DP=161;FAO=58;FDP=161;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0546797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.682;QD=11.7088;RBI=0.0603581;REFB=-0.00831959;REVB=0.0255585;RO=102;SAF=16;SAR=42;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278997;STB=0.657402;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.010311;OID=.;OPOS=234602191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:102:103:58:58:0.360248:42:16:52:50:42:16:52:51 chr2 234602202 . A C 480.08 PASS AF=0.371795;AO=58;DP=154;FAO=58;FDP=156;FR=.;FRO=98;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0243903;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.015;QD=12.3098;RBI=0.029386;REFB=-0.00849661;REVB=-0.0163905;RO=96;SAF=17;SAR=41;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241749;STB=0.632668;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.02178;OID=.;OPOS=234602202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:96:98:58:58:0.371795:41:17:48:48:41:17:48:50 chr2 234622429 . T C 1460.86 PASS AF=0.443478;AO=153;DP=344;FAO=153;FDP=345;FR=.;FRO=192;FSAF=84;FSAR=69;FSRF=76;FSRR=116;FWDB=0.00646939;FXX=0.00289009;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.541;QD=16.9375;RBI=0.0133228;REFB=-0.010234;REVB=-0.0116466;RO=185;SAF=84;SAR=69;SRF=74;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146734;STB=0.584639;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0166988;OID=.;OPOS=234622429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:345:185:192:153:153:0.443478:69:84:74:111:69:84:76:116 chr2 234627937 . T C 5308.41 PASS AF=1;AO=328;DP=338;FAO=341;FDP=341;FR=.;FRO=0;FSAF=206;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112017;FXX=0.0115939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1494;QD=62.2687;RBI=0.0846082;REFB=-0.0242814;REVB=0.0838634;RO=0;SAF=203;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.70193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00758534;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:338:341:0:0:328:341:1:125:203:0:0:135:206:0:0 chr2 234637803 . T C 809.47 PASS AF=0.430622;AO=89;DP=208;FAO=90;FDP=209;FR=.;FRO=119;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=-0.0412572;FXX=0.0141503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1405;QD=15.4922;RBI=0.0412644;REFB=-0.0192174;REVB=-0.000770409;RO=119;SAF=55;SAR=34;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12806;STB=0.566995;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0195763;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:119:119:89:90:0.430622:34:55:59:60:35:55:59:60 chr2 234637853 . G A 1254.48 PASS AF=0.530702;AO=119;DP=227;FAO=121;FDP=228;FR=.;FRO=107;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=42;FSRR=65;FWDB=0.00348181;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.952;QD=22.0084;RBI=0.0048222;REFB=-0.0255832;REVB=0.00333627;RO=108;SAF=56;SAR=63;SRF=43;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635558;STB=0.540943;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0223848;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:108:107:119:121:0.530702:63:56:43:65:63:58:42:65 chr2 234637912 . T C 973.62 PASS AF=0.62963;AO=85;DP=135;FAO=85;FDP=135;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.0306605;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.752;QD=28.8481;RBI=0.0316346;REFB=0.00881518;REVB=-0.00778992;RO=48;SAF=38;SAR=47;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106437;STB=0.563401;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00570123;OID=.;OPOS=234637912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:48:50:85:85:0.62963:47:38:14:34:47:38:14:36 chr2 234638249 . A G 1859.35 PASS AF=0.600719;AO=167;DP=278;FAO=167;FDP=278;FR=.;FRO=111;FSAF=93;FSAR=74;FSRF=66;FSRR=45;FWDB=0.0126171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.815;QD=26.7532;RBI=0.0150855;REFB=-0.0106572;REVB=-0.00826934;RO=110;SAF=93;SAR=74;SRF=66;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322517;STB=0.515305;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00717789;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:110:111:167:167:0.600719:74:93:66:44:74:93:66:45 chr2 234669144 . G A 869.79 PASS AF=0.415584;AO=96;DP=230;FAO=96;FDP=231;FR=.;FRO=135;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=48;FSRR=87;FWDB=-0.0161175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.952;QD=15.0613;RBI=0.0369553;REFB=-0.00135014;REVB=0.0332554;RO=134;SAF=36;SAR=60;SRF=47;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272057;STB=0.512193;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00213536;OID=.;OPOS=234669144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:134:135:96:96:0.415584:60:36:47:87:60:36:48:87 chr2 234688036 . C A 2407.97 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0928;QD=60.9613;RBI=0.040512;REFB=0;REVB=-0.0395593;RO=0;SAF=82;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47681e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218332;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:158:0:0:156:158:1:74:82:0:0:75:83:0:0 chr2 234702459 . T C 3881.29 PASS AF=1;AO=243;DP=244;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820358;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.36;QD=63.8896;RBI=0.0271466;REFB=0;REVB=0.0258774;RO=0;SAF=97;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64209e-05;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:243:0:0:243:243:1:146:97:0:0:146:97:0:0 chr2 234703136 . T C 1189.62 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7323;QD=61.0064;RBI=0.0335483;REFB=0;REVB=0.0289942;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259768;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr2 234704318 . A G 640.0 PASS AF=0.453947;AO=70;DP=152;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.00998958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7114;QD=16.842;RBI=0.0695535;REFB=0.00656149;REVB=0.0688324;RO=82;SAF=39;SAR=31;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278981;STB=0.52196;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00752346;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:82:83:70:69:0.453947:31:39:48:34:31:38:49:34 chr2 234704607 . C T 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0114194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.509;QD=12.1431;RBI=0.0765802;REFB=-0.00862923;REVB=0.075724;RO=33;SAF=16;SAR=3;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453589;STB=0.768912;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0100908;OID=.;OPOS=234704607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:3:16:16:17:3:16:16:17 chr2 234704690 . T C 843.01 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0316403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.718;QD=54.3878;RBI=0.0386372;REFB=-0.125789;REVB=0.022175;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.514701;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000558391;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:0:2:60:60:0.967742:27:33:0:0:27:33:2:0 chr2 234708868 . G C 629.12 PASS AF=0.43949;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.00354308;FXX=0.0248432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.765;QD=16.0286;RBI=0.0132073;REFB=0.0041903;REVB=0.0127232;RO=86;SAF=29;SAR=40;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454235;STB=0.532424;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00466235;OID=.;OPOS=234708868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:86:88:69:69:0.43949:40:29:40:46:40:29:42:46 chr2 234710831 . G C 643.19 PASS AF=0.458333;AO=64;DP=142;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=57;FWDB=0.00505744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.774;QD=17.8663;RBI=0.0196893;REFB=-0.0282127;REVB=0.0190287;RO=77;SAF=23;SAR=41;SRF=21;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954745;STB=0.54865;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0256334;OID=.;OPOS=234710831;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:77:78:64:66:0.458333:41:23:21:56:43:23:21:57 chr2 234713706 . T C 1376.32 PASS AF=0.484211;AO=138;DP=286;FAO=138;FDP=285;FR=.;FRO=147;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=58;FSRR=89;FWDB=-0.016022;FXX=0.0138404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.168;QD=19.3167;RBI=0.0160784;REFB=-0.0101675;REVB=0.00134585;RO=135;SAF=73;SAR=65;SRF=49;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149143;STB=0.569004;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0107051;OID=.;OPOS=234713706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:285:135:147:138:138:0.484211:65:73:49:86:65:73:58:89 chr2 234716426 . G A 814.06 PASS AF=0.5;AO=83;DP=166;FAO=83;FDP=166;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=62;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.000213921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.817;QD=19.6159;RBI=0.00561785;REFB=-0.0131058;REVB=0.00561378;RO=83;SAF=21;SAR=62;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15786;STB=0.587346;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0113337;OID=.;OPOS=234716426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:83:83:83:83:0.5:62:21:33:50:62:21:33:50 chr2 234725502 . T C 2484.52 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239362;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8848;QD=60.9698;RBI=0.0383519;REFB=0;REVB=0.0299654;RO=0;SAF=71;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101806;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:163:163:0:0:162:163:1:91:71:0:0:92:71:0:0 chr2 234727333 . C G 595.57 PASS AF=0.407186;AO=68;DP=168;FAO=68;FDP=167;FR=.;FRO=99;FSAF=52;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=64;FWDB=-0.0392537;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.378;QD=14.265;RBI=0.0392743;REFB=-0.00507775;REVB=-0.00127416;RO=99;SAF=52;SAR=16;SRF=35;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442677;STB=0.749205;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0107969;OID=.;OPOS=234727333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:99:99:68:68:0.407186:16:52:35:64:16:52:35:64 chr2 234727986 . C T 900.48 PASS AF=0.461538;AO=96;DP=208;FAO=96;FDP=208;FR=.;FRO=112;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=-0.00365409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4855;QD=17.317;RBI=0.0475198;REFB=-0.0272142;REVB=-0.0473791;RO=112;SAF=52;SAR=44;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582763;STB=0.503225;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0282104;OID=.;OPOS=234727986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:112:112:96:96:0.461538:44:52:60:52:44:52:60:52 chr2 234728078 . T C 2998.98 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0682915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9902;QD=63.4706;RBI=0.0682977;REFB=0;REVB=0.000925454;RO=0;SAF=85;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202979;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:104:85:0:0:104:85:0:0 chr2 234732317 . A G 1314.49 PASS AF=0.461538;AO=136;DP=299;FAO=138;FDP=299;FR=.;FRO=161;FSAF=43;FSAR=95;FSRF=84;FSRR=77;FWDB=-0.0902534;FXX=0.0066443;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.669;QD=17.5852;RBI=0.0908797;REFB=-0.0237388;REVB=-0.0106509;RO=159;SAF=43;SAR=93;SRF=82;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205622;STB=0.61994;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.022712;OID=.;OPOS=234732317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:159:161:136:138:0.461538:93:43:82:77:95:43:84:77 chr2 234749258 . T C 94.23 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00465435;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.109;QD=17.1329;RBI=0.0106257;REFB=-0.0252433;REVB=0.00955211;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148238;STB=0.545372;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0356955;OID=.;OPOS=234749258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:22:13:11:11:11:0.5:5:6:5:8:5:6:5:6 chr2 234749269 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0129129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.341;QD=13.5756;RBI=0.0175619;REFB=-0.0299437;REVB=-0.0119028;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147914;STB=0.59985;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0342151;OID=.;OPOS=234749269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:19:13:13:0.40625:6:7:7:11:6:7:7:12 chr2 234749354 . G A 236.4 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0770102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1768;QD=11.2572;RBI=0.0977883;REFB=0.00204423;REVB=0.0602659;RO=55;SAF=14;SAR=15;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297379;STB=0.517229;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.0024156;OID=.;OPOS=234749354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:15:14:28:27:15:14:28:27 chr2 234749780 . G C 412.02 PASS AF=0.362963;AO=48;DP=134;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.00307728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.746;QD=12.2079;RBI=0.0103563;REFB=-0.0107076;REVB=-0.0098885;RO=84;SAF=23;SAR=25;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299566;STB=0.510175;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0245268;OID=.;OPOS=234749780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:84:86:48:49:0.362963:25:23:38:46:26:23:39:47 chr2 234750831 . T C 360.8 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00379523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.601;QD=17.6002;RBI=0.0062313;REFB=-0.00601055;REVB=0.0049422;RO=43;SAF=11;SAR=27;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161622;STB=0.598658;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00751726;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:27:11:19:24:27:11:20:24 chr2 234854547 . A T 620.45 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0304884;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.511;QD=19.389;RBI=0.0551874;REFB=-0.0138824;REVB=-0.0460012;RO=64;SAF=35;SAR=28;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652175;STB=0.540057;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0124942;OID=.;OPOS=234854547;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:64:65:63:63:0.492188:28:35:31:33:28:35:31:34 chr2 234854550 . G C 631.4 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0019905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.398;QD=19.4277;RBI=0.0426;REFB=-0.0143274;REVB=-0.0425535;RO=66;SAF=31;SAR=33;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056079;STB=0.53097;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0145268;OID=.;OPOS=234854550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:66:66:64:64:0.492308:33:31:36:30:33:31:36:30 chr2 234863788 . G A 498.48 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0082387;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.491;QD=17.9634;RBI=0.0259354;REFB=-0.0223308;REVB=-0.0245921;RO=57;SAF=30;SAR=23;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210103;STB=0.516701;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0280043;OID=.;OPOS=234863788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:57:58:53:53:0.477477:23:30:31:26:23:30:31:27 chr2 234967539 . T A 572.72 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=159;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.00646594;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.941;QD=14.685;RBI=0.0103611;REFB=-0.00946564;REVB=-0.00809595;RO=91;SAF=28;SAR=37;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257534;STB=0.514431;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0122284;OID=.;OPOS=234967539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:156:91:91:65:65:0.416667:37:28:37:54:37:28:37:54 chr2 235402279 . T C 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00957019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.473;QD=13.0461;RBI=0.0186765;REFB=-0.0150942;REVB=0.0160382;RO=48;SAF=15;SAR=15;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447987;STB=0.525624;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0250638;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:15:15:26:22:15:15:26:22 chr2 235950187 . T C 3897.08 PASS AF=1;AO=244;DP=244;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000485278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.579;QD=63.8866;RBI=0.00580347;REFB=0;REVB=0.00578314;RO=0;SAF=132;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80883e-06;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:244:0:0:244:244:1:112:132:0:0:112:132:0:0 chr2 235951819 . A G 2987.13 PASS AF=0.990431;AO=183;DP=190;FAO=207;FDP=209;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0823373;FXX=0.0141503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.355;QD=57.1699;RBI=0.0827334;REFB=-0.0715162;REVB=0.00808683;RO=1;SAF=71;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066584;STB=0.500538;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00444669;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:190:209:1:2:183:207:0.990431:112:71:1:0:115:92:1:1 chr2 235964277 . T C 263.43 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.010449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.544;QD=17.5619;RBI=0.0486724;REFB=-0.00164955;REVB=0.0475376;RO=28;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457317;STB=0.535154;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00130952;OID=.;OPOS=235964277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:31:29:29:0.483333:13:16:14:14:13:16:15:16 chr2 236761396 . C T 2073.24 PASS AF=0.971223;AO=134;DP=140;FAO=135;FDP=139;FR=.;FRO=4;FSAF=83;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0241925;FXX=0.0141834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.922;QD=59.6616;RBI=0.0248337;REFB=-0.13529;REVB=-0.00560664;RO=0;SAF=82;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511025;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000999079;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:140:139:0:4:134:135:0.971223:52:82:0:0:52:83:1:3 chr2 236954652 . C CG 34.52 PASS AF=0.102941;AO=15;DP=136;FAO=14;FDP=136;FR=.;FRO=122;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=65;FWDB=-0.0627034;FXX=0.00729874;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.8434;QD=1.0153;RBI=0.0912456;REFB=-0.0112332;REVB=-0.0662876;RO=116;SAF=2;SAR=13;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447565;STB=0.905601;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0483371;OID=.;OPOS=236954653;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.102941:15:136:14:136:122:1:13:57:65:34:116:2:13:55:61 chr2 236957822 . G A 904.9 PASS AF=0.464646;AO=90;DP=197;FAO=92;FDP=198;FR=.;FRO=106;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.0298898;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2684;QD=18.2809;RBI=0.0321577;REFB=0.00190371;REVB=-0.0118623;RO=107;SAF=48;SAR=42;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00980424;STB=0.513242;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00261035;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:107:106:90:92:0.464646:42:48:56:51:42:50:55:51 chr2 237032670 . C T 4271.73 PASS AF=0.992806;AO=272;DP=276;FAO=276;FDP=278;FR=.;FRO=2;FSAF=148;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0261193;FXX=0.0106758;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.963;QD=61.4637;RBI=0.0323325;REFB=-0.0695333;REVB=0.0190571;RO=3;SAF=144;SAR=128;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0040914;STB=0.503876;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000967803;OID=.;OPOS=237032670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:276:278:3:2:272:276:0.992806:128:144:1:2:128:148:0:2 chr2 237149941 . C T 1771.76 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00357696;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.69;QD=61.0953;RBI=0.0158451;REFB=0;REVB=0.0154361;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93158e-05;OID=.;OPOS=237149941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:65:51:0:0:65:51:0:0 chr2 237150166 . A C 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.967;QD=61.3747;RBI=0.0372217;REFB=0;REVB=0.0258985;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68253e-06;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr2 237327841 . T C 83.1 PASS AF=0.625;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0347723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5036;QD=20.775;RBI=0.168808;REFB=-0.0058396;REVB=0.165188;RO=7;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249071;STB=0.519961;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0102458;OID=.;OPOS=237327841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:7:6:9:10:0.625:1:8:5:2:2:8:5:1 chr2 237396758 . C T 398.67 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0264205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.879;QD=14.3666;RBI=0.0265908;REFB=-0.00618068;REVB=-0.00300473;RO=63;SAF=17;SAR=29;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208698;STB=0.609147;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00875507;OID=.;OPOS=237396758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:65:46:46:0.414414:29:17:36:27:29:17:36:29 chr2 237490298 . G A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0227617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.062;QD=15.0641;RBI=0.0256876;REFB=-0.0053153;REVB=0.011906;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245016;STB=0.638398;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0099047;OID=.;OPOS=237490298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:11:16:12:23:11:16:12:23 chr2 238233483 . G A 1003.52 PASS AF=0.923077;AO=71;DP=77;FAO=72;FDP=78;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0470339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.205;QD=51.4628;RBI=0.0471424;REFB=-0.171525;REVB=0.00319673;RO=2;SAF=27;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656523;STB=0.536902;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00411252;OID=.;OPOS=238233483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:77:78:2:6:71:72:0.923077:44:27:1:1:45:27:5:1 chr2 238243292 . G A 716.1 PASS AF=0.469136;AO=76;DP=162;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=-0.00254606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.801;QD=17.6814;RBI=0.0125972;REFB=-0.018013;REVB=0.0123373;RO=86;SAF=39;SAR=37;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768498;STB=0.542511;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0207132;OID=.;OPOS=238243292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:86:86:76:76:0.469136:37:39:51:35:37:39:51:35 chr2 238243464 . C G 500.49 PASS AF=0.495413;AO=55;DP=105;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.0140461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.4044;QD=18.3665;RBI=0.0464818;REFB=-0.0372472;REVB=-0.0443088;RO=50;SAF=13;SAR=42;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115181;STB=0.544954;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0381378;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:50:55:55:54:0.495413:42:13:17:33:41:13:17:38 chr2 238244963 . A G 693.09 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=160;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.00297913;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.153;QD=17.3272;RBI=0.00839532;REFB=-0.00646114;REVB=-0.00784896;RO=86;SAF=42;SAR=32;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217225;STB=0.501204;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00844959;OID=.;OPOS=238244963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:86:86:74:74:0.4625:32:42:49:37:32:42:49:37 chr2 238247757 . T TA 45.44 PASS AF=0.153846;AO=9;DP=82;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.00634504;FXX=0.0126566;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.6134;QD=2.3304;RBI=0.00888982;REFB=0.00102323;REVB=0.0062265;RO=70;SAF=9;SAR=0;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.674506;STB=0.919817;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=-0.0678949;OID=.;OPOS=238247758;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:9:82:12:78:66:11:1:27:39:45:70:9:0:30:40 chr2 238249630 . C T 570.04 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0125824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.394;QD=19.0013;RBI=0.0185838;REFB=-0.0192925;REVB=-0.0136763;RO=61;SAF=30;SAR=29;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105656;STB=0.558356;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0210995;OID=.;OPOS=238249630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:61:59:59:0.491667:29:30:24:37:29:30:24:37 chr2 238258814 . C G 974.84 PASS AF=0.451754;AO=103;DP=228;FAO=103;FDP=228;FR=.;FRO=125;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=75;FWDB=-0.00854971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.293;QD=17.1024;RBI=0.00891443;REFB=-0.0243357;REVB=-0.0025238;RO=125;SAF=50;SAR=53;SRF=50;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849047;STB=0.547;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0267099;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:125:125:103:103:0.451754:53:50:50:75:53:50:50:75 chr2 238275918 . C T 332.62 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00217352;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.297;QD=21.8113;RBI=0.00290501;REFB=-0.0139145;REVB=-0.00192742;RO=28;SAF=14;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267404;STB=0.501991;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0110415;OID=.;OPOS=238275918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:27:33:34:0.557377:19:14:11:17:20:14:11:16 chr2 238277573 . C A 664.73 PASS AF=0.523077;AO=48;DP=132;FAO=68;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0182978;FXX=0.0151504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.2183;QD=20.4531;RBI=0.0367048;REFB=-0.0157787;REVB=-0.0318187;RO=44;SAF=20;SAR=28;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271548;STB=0.523803;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0151955;OID=.;OPOS=238277573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:44:62:48:68:0.523077:28:20:17:27:35:33:27:35 chr2 238277795 . A G 464.95 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0501853;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7972;QD=21.8801;RBI=0.0625947;REFB=-0.0118444;REVB=0.0374104;RO=40;SAF=15;SAR=30;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129071;STB=0.571396;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0107274;OID=.;OPOS=238277795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:30:15:19:21:30:15:19:21 chr2 238283605 . G A 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=36;FWDB=0.144239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.848;QD=12.9136;RBI=0.144289;REFB=-0.000890047;REVB=0.00379937;RO=37;SAF=1;SAR=23;SRF=1;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109397;STB=0.561859;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00151394;OID=.;OPOS=238283605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:23:1:1:36:23:1:1:36 chr2 238449007 . T C 348.17 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.000916271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.06;QD=13.7887;RBI=0.0162143;REFB=-0.0449447;REVB=-0.0161884;RO=57;SAF=11;SAR=29;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516305;STB=0.52694;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0427582;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:61:40:40:0.39604:29:11:18:39:29:11:19:42 chr2 238449023 . T C 404.33 PASS AF=0.401709;AO=46;DP=116;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=49;FWDB=0.00663889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.099;QD=13.8233;RBI=0.0115001;REFB=-0.0291341;REVB=-0.00939029;RO=70;SAF=12;SAR=34;SRF=21;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523815;STB=0.533966;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0361394;OID=.;OPOS=238449023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:70:70:46:47:0.401709:34:12:21:49:35:12:21:49 chr2 238449107 . A G 569.16 PASS AF=0.414966;AO=61;DP=149;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=-0.0521814;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2545;QD=15.4872;RBI=0.0635675;REFB=-0.0116942;REVB=-0.0363032;RO=87;SAF=18;SAR=43;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741413;STB=0.544289;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0144373;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:87:86:61:61:0.414966:43:18:31:56:43:18:31:55 chr2 238483164 . T C 305.28 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0183708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.352;QD=20.0184;RBI=0.0216684;REFB=-0.0089036;REVB=-0.0114907;RO=28;SAF=11;SAR=21;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253844;STB=0.648722;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0166344;OID=.;OPOS=238483164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:21:11:18:10:21:11:19:10 chr2 238483729 . A G 574.98 PASS AF=0.407407;AO=66;DP=162;FAO=66;FDP=162;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.00402575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.235;QD=14.1971;RBI=0.0316416;REFB=-0.0179076;REVB=-0.0313845;RO=93;SAF=35;SAR=31;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302521;STB=0.506762;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0282679;OID=.;OPOS=238483729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:93:96:66:66:0.407407:31:35:52:41:31:35:52:44 chr2 238486767 . A G 1450.62 PASS AF=0.558704;AO=137;DP=246;FAO=138;FDP=247;FR=.;FRO=109;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=0.00383773;FXX=0.0159356;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1535;QD=23.4919;RBI=0.025625;REFB=-0.0130666;REVB=-0.025336;RO=107;SAF=64;SAR=73;SRF=47;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226513;STB=0.51448;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00959129;OID=.;OPOS=238486767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:107:109:137:138:0.558704:73:64:47:60:74:64:47:62 chr2 238503559 . C G 2494.31 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=109;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00727288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.228;QD=60.8368;RBI=0.0590285;REFB=-0.0898486;REVB=0.0585788;RO=1;SAF=109;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872994;STB=0.504587;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000826303;OID=.;OPOS=238503559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:54:109:0:1:54:109:0:1 chr2 238643907 . G A 501.8 PASS AF=0.461538;AO=55;DP=118;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0192637;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7642;QD=17.1555;RBI=0.0802966;REFB=-0.009544;REVB=0.0779516;RO=60;SAF=23;SAR=32;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145953;STB=0.529172;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.012794;OID=.;OPOS=238643907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:60:63:55:54:0.461538:32:23:26:34:32:22:29:34 chr2 238668802 . A G 635.54 PASS AF=0.45098;AO=69;DP=152;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.00299224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.914;QD=16.6154;RBI=0.0184273;REFB=-0.0113566;REVB=0.0181827;RO=83;SAF=32;SAR=37;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179016;STB=0.513397;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0135002;OID=.;OPOS=238668802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:83:84:69:69:0.45098:37:32:40:43:37:32:41:43 chr2 238671328 . A G 341.93 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0176133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.528;QD=18.4829;RBI=0.0176797;REFB=-0.0316567;REVB=0.00153067;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130022;STB=0.514278;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0366379;OID=.;OPOS=238671328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:17:19:19:18:17:19:19:19 chr2 238672703 . C G 107.41 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.025108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.382;QD=22.6125;RBI=0.0251341;REFB=-0.011177;REVB=0.00114627;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585073;STB=0.550377;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00890809;OID=.;OPOS=238672703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:7:7:11:12:0.631579:7:4:2:5:7:5:2:5 chr2 238733016 . G A 337.86 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00104919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2458;QD=17.5513;RBI=0.0228237;REFB=0.0101252;REVB=0.0227996;RO=41;SAF=13;SAR=23;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461204;STB=0.525759;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0108476;OID=.;OPOS=238733016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:23:13:13:28:23:13:13:28 chr2 238768324 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0195676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.837;QD=17.3782;RBI=0.0216772;REFB=-0.0320677;REVB=0.00932793;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490606;STB=0.780018;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.050289;OID=.;OPOS=238768324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:9:1:8:3:9:1 chr2 238768366 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0149057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4913;QD=20.1596;RBI=0.0203876;REFB=-0.00850944;REVB=0.0139094;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477743;STB=0.767143;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00922815;OID=.;OPOS=238768366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:13:1:11:5:13:1 chr2 238990388 . G A 1141.13 PASS AF=0.518349;AO=113;DP=218;FAO=113;FDP=218;FR=.;FRO=105;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=-0.0335844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.357;QD=20.9382;RBI=0.0362732;REFB=-0.026974;REVB=0.013705;RO=104;SAF=48;SAR=65;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242177;STB=0.511216;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0307925;OID=.;OPOS=238990388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:104:105:113:113:0.518349:65:48:47:57:65:48:47:58 chr2 238991796 . C T 2517.99 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0186839;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.951;QD=61.0421;RBI=0.0191104;REFB=-0.105327;REVB=-0.00401503;RO=0;SAF=95;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000125852;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:165:165:0:1:164:164:0.993939:69:95:0:0:69:95:0:1 chr2 238999883 . T C 859.63 PASS AF=0.473118;AO=87;DP=185;FAO=88;FDP=186;FR=.;FRO=98;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=0.00046697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.002;QD=18.4866;RBI=0.0561304;REFB=-0.0053067;REVB=0.0561284;RO=98;SAF=45;SAR=42;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945457;STB=0.548903;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00499653;OID=.;OPOS=238999883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:98:98:87:88:0.473118:42:45:41:57:43:45:41:57 chr2 239007991 . T A 699.71 PASS AF=0.5;AO=69;DP=140;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00356925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.8;QD=19.9916;RBI=0.00950601;REFB=-0.00372085;REVB=-0.00881048;RO=70;SAF=32;SAR=37;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461808;STB=0.52144;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00404063;OID=.;OPOS=239007991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:70:70:69:70:0.5:37:32:36:34:37:33:36:34 chr2 239007997 . A G 655.67 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0176344;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.17;QD=19.2845;RBI=0.0288984;REFB=-0.00130626;REVB=0.0228941;RO=64;SAF=34;SAR=32;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414467;STB=0.522488;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00114886;OID=.;OPOS=239007997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:64:70:66:66:0.485294:32:34:30:34:32:34:33:37 chr2 239010719 . T C 2181.83 PASS AF=0.543536;AO=205;DP=381;FAO=206;FDP=379;FR=.;FRO=173;FSAF=109;FSAR=97;FSRF=101;FSRR=72;FWDB=-0.0247155;FXX=0.0078532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.884;QD=23.0273;RBI=0.0247966;REFB=-0.01602;REVB=-0.00200306;RO=174;SAF=109;SAR=96;SRF=102;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046347;STB=0.525119;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0139842;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:379:174:173:205:206:0.543536:96:109:102:72:97:109:101:72 chr2 239016539 . C G 4261.35 PASS AF=1;AO=272;DP=273;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408901;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8365;QD=62.6668;RBI=0.0410563;REFB=-0.0371319;REVB=0.00369094;RO=1;SAF=129;SAR=143;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94738e-05;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:273:272:1:0:272:272:1:143:129:1:0:143:129:0:0 chr2 239039057 . A G 1659.22 PASS AF=0.483965;AO=166;DP=343;FAO=166;FDP=343;FR=.;FRO=177;FSAF=74;FSAR=92;FSRF=87;FSRR=90;FWDB=-0.0286279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8885;QD=19.3495;RBI=0.0286283;REFB=-0.0038765;REVB=0.000147043;RO=174;SAF=74;SAR=92;SRF=86;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454583;STB=0.523759;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00442949;OID=.;OPOS=239039057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:343:174:177:166:166:0.483965:92:74:86:88:92:74:87:90 chr2 239039075 . G T 1727.45 PASS AF=0.463542;AO=178;DP=384;FAO=178;FDP=384;FR=.;FRO=206;FSAF=77;FSAR=101;FSRF=105;FSRR=101;FWDB=0.00682267;FXX=0.00518121;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.646;QD=17.9943;RBI=0.011334;REFB=-0.0170295;REVB=-0.00905047;RO=205;SAF=77;SAR=101;SRF=104;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730789;STB=0.541662;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0178357;OID=.;OPOS=239039075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:384:205:206:178:178:0.463542:101:77:104:101:101:77:105:101 chr2 239039637 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.271;QD=49.5992;RBI=0.0117381;REFB=0;REVB=-0.00399979;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327939;OID=.;OPOS=239039637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr2 239039841 . A G 324.33 PASS AF=0.386792;AO=34;DP=99;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.0136257;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4176;QD=12.2387;RBI=0.0177894;REFB=-0.0480271;REVB=0.0114369;RO=57;SAF=15;SAR=19;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243324;STB=0.54451;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0853793;OID=.;OPOS=239039841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:106:57:65:34:41:0.386792:19:15:38:19:20:21:38:27 chr2 239039896 . G C 4502.16 PASS AF=0.967846;AO=298;DP=310;FAO=301;FDP=311;FR=.;FRO=10;FSAF=156;FSAR=145;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.025209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3703;QD=57.9056;RBI=0.0468598;REFB=0.0528405;REVB=-0.0395012;RO=10;SAF=153;SAR=145;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239479;STB=0.512301;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00465639;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:310:311:10:10:298:301:0.967846:145:153:9:1:145:156:9:1 chr2 239040187 . T C 1476.37 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0317008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.44;QD=62.163;RBI=0.0484312;REFB=-0.164526;REVB=0.0366148;RO=1;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938906;STB=0.504949;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00045714;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:50:44:0:1:50:44:0:1 chr2 239049540 . G A 858.56 PASS AF=0.491525;AO=87;DP=177;FAO=87;FDP=177;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.0118171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4411;QD=19.4025;RBI=0.0444049;REFB=-0.00597509;REVB=0.0428037;RO=90;SAF=30;SAR=57;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149978;STB=0.582803;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00923077;OID=.;OPOS=239049540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:90:90:87:87:0.491525:57:30:45:45:57:30:45:45 chr2 239050033 . C T 742.82 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0955472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2784;QD=59.4254;RBI=0.109245;REFB=-0.12842;REVB=0.0529636;RO=2;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036156;STB=0.519223;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00572223;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:25:23:0:2:25:23:0:2 chr2 239051550 . T C 6018.02 PASS AF=1;AO=380;DP=383;FAO=381;FDP=381;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=224;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614947;FXX=0.0078123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7681;QD=63.1813;RBI=0.0650482;REFB=-0.0914893;REVB=0.0212056;RO=1;SAF=156;SAR=224;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00212573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014009;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:383:381:1:0:380:381:1:224:156:0:1:224:157:0:0 chr2 239059484 . T C 3365.5 PASS AF=1;AO=214;DP=218;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230605;FXX=0.013698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.801;QD=62.3241;RBI=0.0416201;REFB=0;REVB=0.0346474;RO=0;SAF=129;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09113e-05;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:218:216:0:0:214:216:1:85:129:0:0:87:129:0:0 chr2 239074311 . G A 675.02 PASS AF=0.467532;AO=72;DP=153;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=55;FSRF=22;FSRR=60;FWDB=0.0366355;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.39;QD=17.5329;RBI=0.0366998;REFB=-0.00749081;REVB=0.00217261;RO=80;SAF=17;SAR=55;SRF=20;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180892;STB=0.523164;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00880026;OID=.;OPOS=239074311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:80:82:72:72:0.467532:55:17:20:60:55:17:22:60 chr2 239075812 . C T 487.31 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0150195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.047;QD=18.0485;RBI=0.02924;REFB=-0.0340495;REVB=-0.0250876;RO=56;SAF=31;SAR=21;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409214;STB=0.522718;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0347001;OID=.;OPOS=239075812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:21:31:31:25:21:31:31:25 chr2 239075935 . A G 1289.47 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00713208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8215;QD=59.286;RBI=0.0386833;REFB=0.0599509;REVB=-0.0380202;RO=2;SAF=40;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0010508;STB=0.500406;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00149915;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:87:2:2:84:85:0.977011:44:40:1:1:44:41:1:1 chr2 239229372 . C A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.904;QD=60.8835;RBI=0.023051;REFB=0;REVB=0.0215588;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16647e-05;OID=.;OPOS=239229372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr2 239237953 . G T 1532.41 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0948623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2785;QD=58.3775;RBI=0.109124;REFB=-0.0767632;REVB=0.0539375;RO=0;SAF=17;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291224;OID=.;OPOS=239237953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:104:105:0:0:103:105:1:86:17:0:0:86:19:0:0 chr2 239321367 . A T 2177.49 PASS AF=1;AO=125;DP=128;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653813;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.38;QD=63.1157;RBI=0.0688862;REFB=0;REVB=0.0216932;RO=0;SAF=63;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97396e-05;OID=.;OPOS=239321367;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:128:138:0:0:125:138:1:62:63:0:0:73:65:0:0 chr2 239344412 . C T 1974.48 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000469601;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6632;QD=62.1883;RBI=0.00944981;REFB=0;REVB=-0.00943814;RO=0;SAF=57;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116236;OID=.;OPOS=239344412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:70:57:0:0:70:57:0:0 chr2 239969974 . G C 925.74 PASS AF=0.563758;AO=80;DP=148;FAO=84;FDP=149;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=0.0232686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0691;QD=24.8521;RBI=0.0341636;REFB=-0.0461887;REVB=0.0250145;RO=65;SAF=27;SAR=53;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013301;STB=0.500824;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.031765;OID=.;OPOS=239969974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:65:65:80:84:0.563758:53:27:21:44:57:27:21:44 chr2 239972883 . C T 249.12 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0106991;FXX=0.0850883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.063;QD=23.174;RBI=0.0114459;REFB=-0.00465076;REVB=0.00406672;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00400422;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:43:17:18:20:21:0.488372:13:7:6:11:14:7:6:12 chr2 239974022 . G A 281.57 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00650335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.797;QD=16.323;RBI=0.0143639;REFB=-0.00724444;REVB=0.0128073;RO=38;SAF=8;SAR=23;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419047;STB=0.712719;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00429361;OID=.;OPOS=239974022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:37:31:32:0.463768:23:8:26:12:23:9:25:12 chr2 240003870 . G A 1070.41 PASS AF=0.409722;AO=118;DP=279;FAO=118;FDP=288;FR=.;FRO=170;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=78;FSRR=92;FWDB=-0.00453124;FXX=0.00346009;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.846;QD=14.8669;RBI=0.0136515;REFB=-0.00231452;REVB=0.0128776;RO=161;SAF=61;SAR=57;SRF=77;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400536;STB=0.534264;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.003309;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:288:161:170:118:118:0.409722:57:61:77:84:57:61:78:92 chr2 240323661 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.146;QD=53.9112;RBI=0.0164853;REFB=0;REVB=0.00259595;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32385e-05;OID=.;OPOS=240323661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr2 240323905 . T TG 2123.77 PASS AF=1;AO=170;DP=183;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253306;FXX=0.0277762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.4759;QD=48.5433;RBI=0.121141;REFB=0;REVB=-0.118464;RO=8;SAF=78;SAR=92;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014272;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000998344;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:170:183:175:175:0:80:95:0:0:38:8:78:92:5:3 chr2 240684619 . G A 2480.42 PASS AF=1;AO=161;DP=163;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659549;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.991;QD=61.6254;RBI=0.0123907;REFB=0;REVB=-0.0104895;RO=0;SAF=71;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.42333e-06;OID=.;OPOS=240684619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:161:0:0:161:161:1:90:71:0:0:90:71:0:0 chr2 240900607 . TG T 159.31 PASS AF=0.466667;AO=41;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0738778;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.46083;QD=5.3102;RBI=0.102813;REFB=0.00455546;REVB=0.0715019;RO=52;SAF=16;SAR=25;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340395;STB=0.50482;STBP=0.939;TYPE=del;VARB=0.000420455;OID=.;OPOS=240900608;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:41:120:56:120:64:25:31:28:36:99:52:16:25:22:30 chr2 240923050 . C T 1639.46 PASS AF=0.474138;AO=165;DP=349;FAO=165;FDP=348;FR=.;FRO=183;FSAF=54;FSAR=111;FSRF=75;FSRR=108;FWDB=0.0360941;FXX=0.00286525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.881;QD=18.8444;RBI=0.0367739;REFB=-0.00583721;REVB=0.00703783;RO=183;SAF=54;SAR=111;SRF=75;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864222;STB=0.547671;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00568628;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:348:183:183:165:165:0.474138:111:54:75:108:111:54:75:108 chr2 240946766 . T C 345.12 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0269653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.328;QD=16.6325;RBI=0.0271378;REFB=-0.00475891;REVB=-0.00305429;RO=46;SAF=20;SAR=16;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540359;STB=0.523352;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00767409;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:36:37:0.445783:16:20:28:18:16:21:28:18 chr2 240957243 . C T 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0465307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0628;QD=16.5264;RBI=0.0467574;REFB=-0.00500008;REVB=-0.00459822;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202393;STB=0.613946;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00860576;OID=.;OPOS=240957243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:10:19:11:14:10:19 chr2 240961728 . T C 2149.08 PASS AF=0.993377;AO=129;DP=150;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.433;QD=56.9292;RBI=0.0183034;REFB=0.0570637;REVB=-0.00564342;RO=0;SAF=68;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000451222;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:150:151:0:1:129:150:0.993377:61:68:0:0:81:69:1:0 chr2 240969312 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.239;QD=23.2183;RBI=0.0251636;REFB=-0.00634238;REVB=-0.00814781;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000386697;OID=.;OPOS=240969312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr2 240981262 . A C 1200.5 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.012271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.074;QD=58.5607;RBI=0.056773;REFB=0.0210512;REVB=0.055431;RO=2;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018561;STB=0.509801;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-4.0683e-05;OID=.;OPOS=240981262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:50:30:0:2:50:30:0:2 chr2 240981375 . T A 1664.63 PASS AF=0.991228;AO=111;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0190972;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.108;QD=58.408;RBI=0.0472586;REFB=-0.0325151;REVB=0.0432282;RO=2;SAF=44;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139601;STB=0.503649;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000481366;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:113:114:2:1:111:113:0.991228:67:44:0:2:68:45:0:1 chr2 240982219 . A G 36.58 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0437299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.222;QD=9.14581;RBI=0.0446346;REFB=-0.0539002;REVB=-0.00894103;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253419;STB=0.545299;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.110265;OID=.;OPOS=240982219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:15:16:10:10:5:6:0.375:1:4:6:4:2:4:6:4 chr2 240982243 . G A 37.83 PASS AF=0.375;AO=4;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0334028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9678;QD=9.45694;RBI=0.0522898;REFB=-0.0511711;REVB=0.0402302;RO=10;SAF=0;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.71899;STB=0.794397;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0517768;OID=.;OPOS=240982243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:4:6:0.375:4:0:6:4:5:1:6:4 chr2 240984789 . C T 1589.69 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0006752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.04;QD=59.9883;RBI=0.038035;REFB=0;REVB=0.038029;RO=0;SAF=39;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50909e-05;OID=.;OPOS=240984789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:67:39:0:0:67:39:0:0 chr2 240985347 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.825;QD=60.2298;RBI=0.0332567;REFB=0;REVB=-0.0270837;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69841e-05;OID=.;OPOS=240985347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr2 241066280 . C T 412.59 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0612949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5094;QD=27.0548;RBI=0.0637258;REFB=-0.030131;REVB=0.0174331;RO=21;SAF=14;SAR=25;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141463;STB=0.570139;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0178163;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:22:39:39:0.639344:25:14:12:9:25:14:12:10 chr2 241066325 . A C 391.11 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.016432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.275;QD=27.446;RBI=0.0166686;REFB=-0.00133508;REVB=-0.00279863;RO=20;SAF=10;SAR=27;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266586;STB=0.646118;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00043521;OID=.;OPOS=241066325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:27:10:13:7:27:10:13:7 chr2 241404317 . C T 2815.64 PASS AF=0.953271;AO=194;DP=214;FAO=204;FDP=214;FR=.;FRO=10;FSAF=141;FSAR=63;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0703375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5078;QD=52.6287;RBI=0.0705682;REFB=-0.0658385;REVB=-0.00570082;RO=18;SAF=131;SAR=63;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398536;STB=0.500483;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00596155;OID=.;OPOS=241404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:214:214:18:10:194:204:0.953271:63:131:16:2:63:141:7:3 chr2 241404499 . C T 1755.5 PASS AF=0.529595;AO=170;DP=321;FAO=170;FDP=321;FR=.;FRO=151;FSAF=95;FSAR=75;FSRF=78;FSRR=73;FWDB=0.00150919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.682;QD=21.8754;RBI=0.0331321;REFB=-0.018076;REVB=0.0330977;RO=151;SAF=95;SAR=75;SRF=78;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367875;STB=0.520064;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0141697;OID=.;OPOS=241404499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:151:151:170:170:0.529595:75:95:78:73:75:95:78:73 chr2 241405528 . A G 5582.22 PASS AF=1;AO=354;DP=355;FAO=357;FDP=357;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=225;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171098;FXX=0.00279322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8484;QD=62.5459;RBI=0.0285802;REFB=-0.0564637;REVB=-0.0228928;RO=0;SAF=130;SAR=224;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53318e-06;OID=.;OPOS=241405528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:355:357:0:0:354:357:1:224:130:0:0:225:132:0:0 chr2 241451351 . G A 1189.73 PASS AF=0.424437;AO=130;DP=309;FAO=132;FDP=311;FR=.;FRO=179;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=100;FSRR=79;FWDB=0.0559614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8058;QD=15.3021;RBI=0.0598304;REFB=-0.0175852;REVB=0.0211662;RO=177;SAF=61;SAR=69;SRF=98;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872701;STB=0.555407;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0247341;OID=.;OPOS=241451351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:311:177:179:130:132:0.424437:69:61:98:79:71:61:100:79 chr2 241463453 . C A 518.09 PASS AF=0.474138;AO=54;DP=117;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.000862922;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.705;QD=17.8651;RBI=0.0286296;REFB=-0.0284849;REVB=0.0286166;RO=61;SAF=30;SAR=24;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092192;STB=0.545438;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0235626;OID=.;OPOS=241463453;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:61:61:54:55:0.474138:24:30:28:33:25:30:28:33 chr2 241463639 . C T 242.2 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0301913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.952;QD=13.4557;RBI=0.0302088;REFB=-0.0327526;REVB=0.00102746;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451964;STB=0.538435;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0381216;OID=.;OPOS=241463639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:43:29:29:0.402778:15:14:18:23:15:14:18:25 chr2 241492255 . G T 301.71 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0074775;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.059;QD=16.3088;RBI=0.0350818;REFB=0.0046871;REVB=-0.0342757;RO=40;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987165;STB=0.549103;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00453358;OID=.;OPOS=241492255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:40:41:33:33:0.445946:14:19:19:21:14:19:20:21 chr2 241517314 . G A 951.22 PASS AF=0.49;AO=96;DP=203;FAO=98;FDP=200;FR=.;FRO=102;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=0.00359176;FXX=0.0147776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3286;QD=19.0243;RBI=0.0135488;REFB=-0.00857436;REVB=0.013064;RO=101;SAF=58;SAR=38;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383634;STB=0.512193;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00769014;OID=.;OPOS=241517314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:200:101:102:96:98:0.49:38:58:57:44:40:58:58:44 chr2 241538074 . A G 2555.42 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238078;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.751;QD=61.9496;RBI=0.0249773;REFB=0;REVB=-0.00755366;RO=0;SAF=71;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82326e-05;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:94:71:0:0:94:71:0:0 chr2 241569849 . C T 1322.19 PASS AF=0.461794;AO=137;DP=299;FAO=139;FDP=301;FR=.;FRO=162;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=59;FSRR=103;FWDB=0.0196236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.914;QD=17.5707;RBI=0.0242012;REFB=-0.000613912;REVB=0.0141637;RO=160;SAF=69;SAR=68;SRF=59;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131708;STB=0.578655;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000897361;OID=.;OPOS=241569849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:301:160:162:137:139:0.461794:68:69:59:101:68:71:59:103 chr2 241570092 . C T 434.99 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00777581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4201;QD=20.9634;RBI=0.0173527;REFB=-0.0141449;REVB=-0.015513;RO=40;SAF=23;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955084;STB=0.552798;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0224021;OID=.;OPOS=241570092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:20:23:17:23:20:23:17:23 chr2 241570127 . C T 496.37 PASS AF=0.5;AO=51;DP=103;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0104638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.287;QD=19.0911;RBI=0.0112199;REFB=-0.0150345;REVB=0.00404906;RO=52;SAF=26;SAR=25;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789935;STB=0.547952;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0134168;OID=.;OPOS=241570127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:52:52:51:52:0.5:25:26:22:30:25:27:22:30 chr2 241570249 . A C 546.28 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.314;QD=59.0576;RBI=0.0213681;REFB=0;REVB=-0.0184332;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07403e-05;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr2 241570391 . A G 1397.3 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.015;QD=62.8;RBI=0.0462824;REFB=0;REVB=0.00997228;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33093e-05;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:50:37:0:0:50:39:0:0 chr2 241621799 . GC G 1296.42 PASS AF=0.645833;AO=116;DP=192;FAO=124;FDP=192;FR=.;FRO=68;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.00540636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2771;QD=27.0086;RBI=0.0358622;REFB=-0.0195576;REVB=-0.0354524;RO=68;SAF=57;SAR=59;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546189;STB=0.517125;STBP=0.516;TYPE=del;VARB=0.0116614;OID=.;OPOS=241621800;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.645833:116:192:124:192:68:57:67:28:40:99:68:57:59:28:40 chr2 241622195 . T C 340.97 PASS AF=0.237668;AO=53;DP=223;FAO=53;FDP=223;FR=.;FRO=170;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=105;FSRR=65;FWDB=-0.0116491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.005;QD=6.11604;RBI=0.0144513;REFB=-0.0189939;REVB=0.00855215;RO=168;SAF=35;SAR=18;SRF=104;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566787;STB=0.53547;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0530969;OID=.;OPOS=241622195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:168:170:53:53:0.237668:18:35:104:64:18:35:105:65 chr2 241622209 . T C 235.02 PASS AF=0.192661;AO=42;DP=218;FAO=42;FDP=218;FR=.;FRO=176;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=110;FSRR=66;FWDB=-0.0608406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3795;QD=4.31221;RBI=0.0746735;REFB=-0.0143447;REVB=-0.0432962;RO=171;SAF=27;SAR=15;SRF=106;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317056;STB=0.515551;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0861119;OID=.;OPOS=241622209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:171:176:42:42:0.192661:15:27:106:65:15:27:110:66 chr2 241627928 . A G 356.47 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.0211683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.208;QD=14.2587;RBI=0.0213396;REFB=-0.0169232;REVB=0.00269899;RO=61;SAF=29;SAR=10;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947075;STB=0.554111;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0229808;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:39:39:0.39:10:29:41:20:10:29:41:20 chr2 241631459 . T C 147.5 PASS AF=0.226804;AO=22;DP=97;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0468678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1688;QD=6.08256;RBI=0.0507003;REFB=-0.00497439;REVB=-0.0193373;RO=74;SAF=11;SAR=11;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168675;STB=0.51545;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0301896;OID=.;OPOS=241631459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:74:75:22:22:0.226804:11:11:38:36:11:11:39:36 chr2 241634830 . T C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.089;QD=34.6648;RBI=0.00656995;REFB=-0.0339471;REVB=0.00656995;RO=1;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301819;OID=.;OPOS=241634830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:10:0:0:1:10:0:0:1 chr2 241696840 . ATCC A,CTCA 697.57 PASS AF=0.391813,0.0818713;AO=37,15;DP=177;FAO=67,14;FDP=171;FR=.;FRO=90;FSAF=5,1;FSAR=62,13;FSRF=10;FSRR=80;FWDB=0.00127857,-0.066771;FXX=0.0756716;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=130.796,70.2874;QD=16.3174;RBI=0.0306161,0.0924002;REFB=-0.103186,-0.0907651;REVB=-0.0305894,-0.0638704;RO=61;SAF=0,1;SAR=37,14;SRF=6;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.789128,-0.131121;STB=0.567051,0.605755;STBP=0.416,0.637;TYPE=del,mnp;VARB=0.131191,0.149644;OID=.,.;OPOS=241696841,241696840;OREF=TCC,ATCC;OALT=-,CTCA;OMAPALT=A,CTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:171:61:90:37,15:67,14:0.391813,0.0818713:37,14:0,1:6:55:62,13:5,1:10:80 chr2 241713646 . A G 499.39 PASS AF=0.385621;AO=59;DP=153;FAO=59;FDP=153;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=0.0592834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7458;QD=13.0558;RBI=0.0594395;REFB=-0.0184428;REVB=0.00430467;RO=93;SAF=21;SAR=38;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254774;STB=0.647009;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0394921;OID=.;OPOS=241713646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:93:94:59:59:0.385621:38:21:55:38:38:21:56:38 chr2 241721981 . C T 1698.46 PASS AF=0.541254;AO=163;DP=296;FAO=164;FDP=303;FR=.;FRO=139;FSAF=119;FSAR=45;FSRF=90;FSRR=49;FWDB=0.0220986;FXX=0.0257226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7392;QD=22.4219;RBI=0.0428356;REFB=-0.00946006;REVB=0.0366953;RO=125;SAF=117;SAR=46;SRF=79;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812188;STB=0.543242;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00525278;OID=.;OPOS=241721981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:303:125:139:163:164:0.541254:46:117:79:46:45:119:90:49 chr2 241826517 . C T 843.35 PASS AF=0.448276;AO=88;DP=199;FAO=91;FDP=203;FR=.;FRO=112;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=0.00521968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.056;QD=16.6177;RBI=0.0304374;REFB=-0.0065971;REVB=0.0299865;RO=110;SAF=38;SAR=50;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957793;STB=0.542114;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00860167;OID=.;OPOS=241826517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:203:110:112:88:91:0.448276:50:38:58:52:50:41:59:53 chr2 241828034 . A G 2054.66 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.587;QD=61.7943;RBI=0.0605608;REFB=0;REVB=0.010316;RO=0;SAF=57;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374836;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:133:0:0:127:133:1:70:57:0:0:71:62:0:0 chr2 241865156 . T C 8398.84 PASS AF=1;AO=527;DP=532;FAO=537;FDP=537;FR=.;FRO=0;FSAF=280;FSAR=257;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860598;FXX=0.00555545;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.666;QD=62.5612;RBI=0.0173611;REFB=-0.0297828;REVB=0.015078;RO=2;SAF=280;SAR=247;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209417;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:532:537:2:0:527:537:1:247:280:2:0:257:280:0:0 chr2 241872597 . A G 1858.92 PASS AF=0.512535;AO=184;DP=359;FAO=184;FDP=359;FR=.;FRO=175;FSAF=118;FSAR=66;FSRF=72;FSRR=103;FWDB=-0.00525041;FXX=0.0027777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.942;QD=20.7122;RBI=0.0165872;REFB=-0.0218074;REVB=0.0157344;RO=174;SAF=118;SAR=66;SRF=72;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20569;STB=0.613927;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0193745;OID=.;OPOS=241872597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:174:175:184:184:0.512535:66:118:72:102:66:118:72:103 chr2 241872722 . G A 843.62 PASS AF=0.41048;AO=94;DP=229;FAO=94;FDP=229;FR=.;FRO=135;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=59;FSRR=76;FWDB=0.00800098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.447;QD=14.7357;RBI=0.0209989;REFB=-0.020254;REVB=-0.0194149;RO=134;SAF=36;SAR=58;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625785;STB=0.533184;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0259948;OID=.;OPOS=241872722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:134:135:94:94:0.41048:58:36:59:75:58:36:59:76 chr2 241898824 . A G 1236.14 PASS AF=0.559242;AO=118;DP=211;FAO=118;FDP=211;FR=.;FRO=93;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=30;FSRR=63;FWDB=-0.00154382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.391;QD=23.434;RBI=0.0088882;REFB=-0.0106198;REVB=0.00875309;RO=92;SAF=52;SAR=66;SRF=30;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949322;STB=0.553457;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00755352;OID=.;OPOS=241898824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:92:93:118:118:0.559242:66:52:30:62:66:52:30:63 chr2 241904000 . AG AC,GA 1491.75 PASS AF=0.450667,0;AO=144,19;DP=396;FAO=169,0;FDP=375;FR=.;FRO=206;FSAF=81,0;FSAR=88,0;FSRF=100;FSRR=106;FWDB=0.00793242,-0.0105263;FXX=0.0577875;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=37.122,143.709;QD=15.9119;RBI=0.0353642,0.0229711;REFB=-0.0310833,-0.0109064;REVB=-0.0344631,-0.0204174;RO=151;SAF=70,0;SAR=74,19;SRF=75;SRR=76;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00985925,-0.665493;STB=0.503381,0.5;STBP=0.899,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0373083,0;OID=.,.;OPOS=241904001,241904000;OREF=G,AG;OALT=C,GA;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:375:151:206:144,19:169,0:0.450667,0:74,19:70,0:75:76:88,0:81,0:100:106 chr2 241922430 . T C 1006.95 PASS AF=0.5;AO=101;DP=204;FAO=103;FDP=206;FR=.;FRO=103;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.00071127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.709;QD=19.5525;RBI=0.00315272;REFB=-0.002531;REVB=-0.00307144;RO=102;SAF=44;SAR=57;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131081;STB=0.504938;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00245669;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:102:103:101:103:0.5:57:44:43:59:58:45:44:59 chr2 241925343 . T C 1080.01 PASS AF=0.517588;AO=103;DP=199;FAO=103;FDP=199;FR=.;FRO=96;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.00276148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.613;QD=21.7088;RBI=0.0156124;REFB=-0.0181106;REVB=0.0153663;RO=96;SAF=61;SAR=42;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456395;STB=0.525015;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0166347;OID=.;OPOS=241925343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:96:96:103:103:0.517588:42:61:52:44:42:61:52:44 chr2 241929228 . A G 3363.53 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726487;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.929;QD=62.2877;RBI=0.0112597;REFB=0;REVB=0.00860246;RO=0;SAF=107;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4676e-06;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:215:216:1:108:107:0:0:109:107:0:0 chr2 241932511 . AGGGG AGGG,AGGGC,AGGGGC 44.05 PASS AF=0,0,0.0708447;AO=49,13,39;DP=370;FAO=0,0,26;FDP=367;FR=.;FRO=341;FSAF=0,0,6;FSAR=0,0,20;FSRF=129;FSRR=212;FWDB=-0.426257,-0.110285,-0.0729909;FXX=0.0107814;HRUN=4,4,0;LEN=1,1,1;MLLD=14.903,98.8006,90.2824;QD=0.480156;RBI=0.427071,0.113581,0.0779846;REFB=-0.00097773,-0.00210607,-0.000597102;REVB=0.0263433,-0.027164,-0.0274577;RO=239;SAF=46,8,5;SAR=3,5,34;SRF=68;SRR=171;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.746609,0.332567,-0.293996;STB=0.5,0.5,0.659691;STBP=1,1,0.095;TYPE=del,snp,ins;VARB=0,0.0663296,0.195444;OID=.,.,.;OPOS=241932512,241932515,241932516;OREF=G,G,-;OALT=-,C,C;OMAPALT=AGGG,AGGGC,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.0708447:49,13,39:370:0,0,26:367:341:0,0,6:0,0,20:129:212:44:239:46,8,5:3,5,34:68:171 chr2 241979550 . T C 766.29 PASS AF=0.510345;AO=73;DP=144;FAO=74;FDP=145;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0206941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.129;QD=21.1391;RBI=0.051286;REFB=0.0138326;REVB=0.0469255;RO=70;SAF=35;SAR=38;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182995;STB=0.516696;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0137063;OID=.;OPOS=241979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:70:71:73:74:0.510345:38:35:35:35:39:35:36:35 chr2 241991875 . G A 801.44 PASS AF=0.529801;AO=79;DP=151;FAO=80;FDP=151;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=-0.0112509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.857;QD=21.2301;RBI=0.0113659;REFB=-0.0268186;REVB=0.00161309;RO=69;SAF=32;SAR=47;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208892;STB=0.622017;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0281949;OID=.;OPOS=241991875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:69:71:79:80:0.529801:47:32:45:24:48:32:47:24 chr2 242003487 . C T 3712.24 PASS AF=0.449259;AO=388;DP=874;FAO=394;FDP=877;FR=.;FRO=483;FSAF=204;FSAR=190;FSRF=231;FSRR=252;FWDB=0.0534304;FXX=0.0309389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7827;QD=16.9316;RBI=0.0545764;REFB=-0.0207434;REVB=0.0111256;RO=440;SAF=204;SAR=184;SRF=204;SRR=236;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600436;STB=0.52175;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0312076;OID=.;OPOS=242003487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:874:877:440:483:388:394:0.449259:184:204:204:236:190:204:231:252 chr2 242004866 . A G 628.37 PASS AF=0.516393;AO=62;DP=121;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=0.00311287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.248;QD=20.6024;RBI=0.0118012;REFB=-0.0143974;REVB=-0.0113833;RO=59;SAF=29;SAR=33;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199683;STB=0.612105;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0151227;OID=.;OPOS=242004866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:59:59:62:63:0.516393:33:29:41:18:34:29:41:18 chr2 242011084 . T C 1132.82 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.441;QD=60.4171;RBI=0.013831;REFB=0;REVB=0.00110558;RO=0;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95101e-05;OID=.;OPOS=242011084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:51:23:0:0:51:24:0:0 chr2 242011303 . A G 1419.77 PASS AF=0.578261;AO=123;DP=218;FAO=133;FDP=230;FR=.;FRO=97;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=0.00895651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.967;QD=24.6917;RBI=0.0274969;REFB=-0.0282662;REVB=-0.0259973;RO=93;SAF=57;SAR=66;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927451;STB=0.542474;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0183667;OID=.;OPOS=242011303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:230:93:97:123:133:0.578261:66:57:54:39:71:62:55:42 chr2 242011330 . C A 1044.0 PASS AF=0.573099;AO=98;DP=170;FAO=98;FDP=171;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=79;FSRF=22;FSRR=51;FWDB=0.0174437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7468;QD=24.421;RBI=0.0184114;REFB=-0.0135223;REVB=-0.00589042;RO=72;SAF=19;SAR=79;SRF=22;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126653;STB=0.567335;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00851529;OID=.;OPOS=242011330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:72:73:98:98:0.573099:79:19:22:50:79:19:22:51 chr2 242011531 . G A 490.42 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0236937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4755;QD=18.5064;RBI=0.112386;REFB=-0.01628;REVB=0.10986;RO=49;SAF=20;SAR=32;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403577;STB=0.51219;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0155024;OID=.;OPOS=242011531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:54:52:52:0.490566:32:20:21:28:32:20:22:32 chr2 242021742 . G T 4622.95 PASS AF=0.989865;AO=292;DP=296;FAO=293;FDP=296;FR=.;FRO=3;FSAF=137;FSAR=156;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0378351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9022;QD=62.4724;RBI=0.0439835;REFB=0.0192462;REVB=-0.0224288;RO=2;SAF=136;SAR=156;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00696098;STB=0.502026;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.000614462;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:296:296:2:3:292:293:0.989865:156:136:2:0:156:137:2:1 chr2 242028762 . T C 331.15 PASS AF=0.439024;AO=34;DP=80;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.025657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.958;QD=16.1534;RBI=0.036311;REFB=-0.00529483;REVB=0.0256945;RO=46;SAF=13;SAR=21;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331273;STB=0.678384;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00528717;OID=.;OPOS=242028762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:46:46:34:36:0.439024:21:13:33:13:22:14:33:13 chr2 242029426 . G A 283.88 PASS AF=0.274648;AO=39;DP=142;FAO=39;FDP=142;FR=.;FRO=103;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.0182129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.836;QD=7.99667;RBI=0.0191337;REFB=0.00174983;REVB=0.00586421;RO=101;SAF=13;SAR=26;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191544;STB=0.621296;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00330965;OID=.;OPOS=242029426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:101:103:39:39:0.274648:26:13:49:52:26:13:51:52 chr2 242035466 . C T 716.55 PASS AF=0.398104;AO=80;DP=205;FAO=84;FDP=211;FR=.;FRO=127;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=0.0454652;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.241;QD=13.5838;RBI=0.0460417;REFB=-0.0329083;REVB=-0.00726334;RO=125;SAF=53;SAR=27;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178691;STB=0.602624;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0566662;OID=.;OPOS=242035466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:211:125:127:80:84:0.398104:27:53:63:62:28:56:64:63 chr2 242036797 . A G 517.67 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0185981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.64;QD=22.7546;RBI=0.0190243;REFB=-0.0107326;REVB=-0.0040044;RO=42;SAF=28;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119949;STB=0.566011;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00944501;OID=.;OPOS=242036797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:21:28:18:24:21:28:18:24 chr2 242046785 . A C 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.369;QD=63.8873;RBI=0.0146049;REFB=0;REVB=0.0125786;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5451e-05;OID=.;OPOS=242046785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:54:43:0:0:54:43:0:0 chr2 242051777 . G A 1507.28 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00264019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.894;QD=58.5352;RBI=0.00532336;REFB=-0.0563179;REVB=0.0046225;RO=1;SAF=53;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886831;STB=0.504672;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000125719;OID=.;OPOS=242051777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:49:53:1:0:49:53:1:0 chr2 242054403 . G A 2358.38 PASS AF=0.987342;AO=156;DP=160;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0263955;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.874;QD=59.7058;RBI=0.0270196;REFB=-0.0897934;REVB=0.00577371;RO=1;SAF=71;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665355;STB=0.500572;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=7.8073e-05;OID=.;OPOS=242054403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:158:1:2:156:156:0.987342:85:71:1:0:85:71:1:1 chr2 242062162 . C T 746.11 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2118;QD=63.4988;RBI=0.0492404;REFB=0;REVB=0.0158823;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386183;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr2 242066156 . C T 185.64 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00716104;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=119.816;QD=19.0398;RBI=0.0226035;REFB=-0.0160139;REVB=-0.0214392;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324361;STB=0.664736;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0253717;OID=.;OPOS=242066156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:20:19:19:0.487179:10:9:16:3:10:9:16:4 chr2 242066314 . T C 370.04 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0207902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.131;QD=19.7357;RBI=0.0211275;REFB=-0.0144692;REVB=0.00375999;RO=37;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593407;STB=0.532942;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0169377;OID=.;OPOS=242066314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:18:20:17:20:18:20:17:20 chr2 242066789 . A G 604.77 PASS AF=0.42236;AO=67;DP=164;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.0289457;FXX=0.0182916;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5267;QD=15.0252;RBI=0.0506977;REFB=-0.0202514;REVB=-0.0416222;RO=93;SAF=27;SAR=40;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965957;STB=0.54854;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0245919;OID=.;OPOS=242066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:161:93:93:67:68:0.42236:40:27:46:47:40:28:46:47 chr2 242075362 . G A 1716.01 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000822345;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1277;QD=59.6875;RBI=0.0351834;REFB=-0.142864;REVB=0.0351738;RO=0;SAF=34;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85788e-08;STB=0.507245;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00154285;OID=.;OPOS=242075362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:114:115:0:1:114:114:0.991304:80:34:0:0:80:34:1:0 chr2 242082262 . T C 1268.68 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245998;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.674;QD=61.887;RBI=0.0542905;REFB=0;REVB=0.0483974;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22788e-05;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:36:44:0:0:38:44:0:0 chr2 242122391 . T C 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.943;QD=58.9611;RBI=0.0304053;REFB=0;REVB=-0.0292129;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73724e-05;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr2 242122820 . G A 1643.48 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0585732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7062;QD=59.2247;RBI=0.0613804;REFB=-0.0117443;REVB=0.0183504;RO=1;SAF=37;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645948;STB=0.503401;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000567087;OID=.;OPOS=242122820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:73:37:0:1:73:37:0:1 chr2 242122844 . C T 1804.14 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.36;QD=61.1571;RBI=0.0167507;REFB=0;REVB=0.0135783;RO=0;SAF=43;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27185e-06;OID=.;OPOS=242122844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:75:43:0:0:75:43:0:0 chr2 242129515 . G A 2417.83 PASS AF=0.484252;AO=246;DP=508;FAO=246;FDP=508;FR=.;FRO=262;FSAF=121;FSAR=125;FSRF=128;FSRR=134;FWDB=0.0166671;FXX=0.0019646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.425;QD=19.0381;RBI=0.0167162;REFB=-0.00883287;REVB=-0.00128101;RO=259;SAF=121;SAR=125;SRF=125;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865043;STB=0.501713;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00955483;OID=.;OPOS=242129515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:508:259:262:246:246:0.484252:125:121:125:134:125:121:128:134 chr2 242168976 . T C 2469.51 PASS AF=0.987879;AO=162;DP=164;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0312404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.122;QD=59.8669;RBI=0.0324967;REFB=-0.0114328;REVB=0.00894856;RO=1;SAF=91;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665481;STB=0.500716;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=3.74351e-05;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:165:1:2:162:163:0.987879:71:91:0:1:72:91:1:1 chr2 242203916 . A C 3051.08 PASS AF=1;AO=197;DP=200;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267379;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.323;QD=60.4173;RBI=0.0124271;REFB=-0.0355916;REVB=-0.012136;RO=0;SAF=91;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121651;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:202:0:0:197:202:1:106:91:0:0:111:91:0:0 chr2 242291371 . CTT C,CT,TCT 172.79 PASS AF=0.0909091,0.772727,0.136364;AO=3,7,6;DP=23;FAO=2,17,3;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,0;FSAR=2,11,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414323,0.070446,-0.0320408;FXX=0.0434594;HRUN=6,6,1;LEN=2,1,2;MLLD=10.1607,9.95603,9.09163;QD=31.4167;RBI=0.137133,0.265242,0.0985592;REFB=-0.0384892,-0.0249141,0.00140233;REVB=0.130725,0.255717,0.0932057;RO=5;SAF=1,3,2;SAR=2,4,4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0.4,0.4,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.462295,0.335683,0.333798;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0463438,0.0308656,-0.022746;OID=.,.,.;OPOS=242291372,242291372,242291371;OREF=TT,T,CT;OALT=-,-,TC;OMAPALT=C,CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:16:23:22:5:0:3,7,6:2,17,3:0.0909091,0.772727,0.136364:2,4,4:1,3,2:0:5:2,11,3:0,6,0:0:0 chr2 242434602 . A G 238.29 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00255551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.774;QD=16.1554;RBI=0.0225801;REFB=-0.00422729;REVB=0.022435;RO=31;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560324;STB=0.524981;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00630347;OID=.;OPOS=242434602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:9:18:19:12:9:18:20:12 chr2 242572846 . A G 673.7 PASS AF=0.570175;AO=63;DP=112;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00125372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.682;QD=23.6387;RBI=0.00125656;REFB=-0.0282383;REVB=8.44912e-05;RO=49;SAF=29;SAR=34;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00913602;STB=0.501228;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0195592;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:49:49:63:65:0.570175:34:29:22:27:36:29:22:27 chr2 242573211 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.502;QD=58.4193;RBI=0.0394646;REFB=0;REVB=-0.0123583;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5339e-05;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:23:40:0:0:23:40:0:0 chr2 242607924 . A G 492.0 PASS AF=0.402878;AO=55;DP=138;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0293622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5898;QD=14.1583;RBI=0.0353223;REFB=-0.0276521;REVB=0.0196348;RO=77;SAF=27;SAR=28;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377993;STB=0.503596;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0600717;OID=.;OPOS=242607924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:77:83:55:56:0.402878:28:27:35:42:28:28:41:42 chr2 242610738 . T C 591.25 PASS AF=0.428571;AO=66;DP=155;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.00764595;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5557;QD=15.3571;RBI=0.036293;REFB=-0.00269869;REVB=0.0354784;RO=86;SAF=38;SAR=28;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301548;STB=0.524183;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00207646;OID=.;OPOS=242610738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:86:88:66:66:0.428571:28:38:47:39:28:38:47:41 chr2 242610773 . T A 3553.09 PASS AF=1;AO=226;DP=226;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.321;QD=62.8865;RBI=0.0260214;REFB=0;REVB=0.000832158;RO=0;SAF=126;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07297e-05;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:226:0:0:226:226:1:100:126:0:0:100:126:0:0 chr2 242611934 . T C 721.47 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0287627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.301;QD=23.4623;RBI=0.0304158;REFB=-0.0104461;REVB=0.00989064;RO=53;SAF=29;SAR=40;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197162;STB=0.514205;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00860752;OID=.;OPOS=242611934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:53:54:69:69:0.560976:40:29:21:32:40:29:21:33 chr2 242613089 . A G 894.23 PASS AF=0.450704;AO=96;DP=215;FAO=96;FDP=213;FR=.;FRO=117;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=38;FSRR=79;FWDB=-0.0661648;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.168;QD=16.7931;RBI=0.0661649;REFB=-0.00985861;REVB=9.77256e-05;RO=116;SAF=31;SAR=65;SRF=38;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525717;STB=0.501173;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0125295;OID=.;OPOS=242613089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:116:117:96:96:0.450704:65:31:38:78:65:31:38:79 chr2 242613133 . T G 835.05 PASS AF=0.460317;AO=85;DP=187;FAO=87;FDP=189;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=31;FSRR=71;FWDB=-0.00912145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.848;QD=17.6729;RBI=0.0118132;REFB=-0.033732;REVB=0.00750673;RO=100;SAF=29;SAR=56;SRF=30;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045457;STB=0.518068;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0378981;OID=.;OPOS=242613133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:100:102:85:87:0.460317:56:29:30:70:58:29:31:71 chr2 242665243 . CTG C 695.7 PASS AF=0.411765;AO=72;DP=192;FAO=77;FDP=187;FR=.;FRO=110;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.0108108;FXX=0.0260403;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.992;QD=14.8812;RBI=0.0108296;REFB=-0.0108881;REVB=0.000638007;RO=109;SAF=48;SAR=24;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181222;STB=0.60338;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=0.0128945;OID=.;OPOS=242665244;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:72:192:77:187:110:52:25:56:54:99:109:48:24:55:54 chr2 242695105 . TG CA,CG 92.53 PASS AF=0.0819672,0.163934;AO=5,10;DP=62;FAO=5,10;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=1,7;FSAR=4,3;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0108054,-0.0163341;FXX=0.0161264;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=217.132,137.79;QD=6.06748;RBI=0.0109914,0.0307111;REFB=-0.0127445,-0.00276407;REVB=-0.00201343,-0.0260071;RO=46;SAF=1,7;SAR=4,3;SRF=21;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.302616,0.299717;STB=0.751062,0.6996;STBP=0.291,0.208;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0398389,0.0632;OID=.,.;OPOS=242695105,242695105;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:62:61:46:46:5,10:5,10:0.0819672,0.163934:4,3:1,7:21:25:4,3:1,7:21:25 chr2 242695112 . A C 80.76 PASS AF=0.189189;AO=11;DP=73;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0086595;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.921;QD=4.3653;RBI=0.00899508;REFB=-0.00991503;REVB=0.00243403;RO=62;SAF=5;SAR=6;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163982;STB=0.604591;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.062292;OID=.;OPOS=242695112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:73:74:62:60:11:14:0.189189:6:5:29:33:9:5:29:31 chr2 242695114 . A T 77.5 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0141938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8602;QD=3.82706;RBI=0.107181;REFB=-0.00821374;REVB=-0.106237;RO=66;SAF=5;SAR=9;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880264;STB=0.565524;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0224342;OID=.;OPOS=242695114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:66:67:14:14:0.17284:9:5:28:38:9:5:29:38 chr2 242695126 . G A 304.16 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0128731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.5603;QD=12.5426;RBI=0.031223;REFB=-0.000751702;REVB=0.0284457;RO=60;SAF=10;SAR=25;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142522;STB=0.57428;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000393093;OID=.;OPOS=242695126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:60:62:35:35:0.360825:25:10:24:36:25:10:24:38 chr2 242695131 . T C 313.78 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0377118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.573;QD=11.6216;RBI=0.0388369;REFB=-0.0421187;REVB=0.00928034;RO=63;SAF=13;SAR=26;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191975;STB=0.520537;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0245092;OID=.;OPOS=242695131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:69:39:39:0.361111:26:13:22:41:26:13:25:44 chr2 242695138 . C T 302.44 PASS AF=0.333333;AO=39;DP=117;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0187787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.342;QD=10.3399;RBI=0.0293706;REFB=-0.0111396;REVB=-0.022583;RO=76;SAF=14;SAR=25;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278209;STB=0.509233;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0236849;OID=.;OPOS=242695138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:76:78:39:39:0.333333:25:14:29:47:25:14:29:49 chr2 242695151 . T A 491.84 PASS AF=0.40146;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0149526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.79;QD=14.3603;RBI=0.0261043;REFB=-0.012867;REVB=-0.0213976;RO=82;SAF=19;SAR=36;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921689;STB=0.552097;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0216981;OID=.;OPOS=242695151;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:82:82:55:55:0.40146:36:19:35:47:36:19:35:47 chr2 242742875 . C T 1548.49 PASS AF=0.513605;AO=149;DP=268;FAO=151;FDP=294;FR=.;FRO=143;FSAF=60;FSAR=91;FSRF=110;FSRR=33;FWDB=-0.000580971;FXX=0.00675653;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1862;QD=21.0679;RBI=0.00400557;REFB=-0.0276761;REVB=-0.00396321;RO=119;SAF=59;SAR=90;SRF=94;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313759;STB=0.675229;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0380895;OID=.;OPOS=242742875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:294:119:143:149:151:0.513605:90:59:94:25:91:60:110:33 chr2 242755374 . C G 342.9 PASS AF=0.344;AO=43;DP=125;FAO=43;FDP=125;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.0420413;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.462;QD=10.9729;RBI=0.0453032;REFB=-0.0145249;REVB=0.0168792;RO=80;SAF=18;SAR=25;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788733;STB=0.545912;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0238606;OID=.;OPOS=242755374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:80:82:43:43:0.344:25:18:39:41:25:18:40:42 chr2 242757411 . C T 959.74 PASS AF=0.489691;AO=95;DP=194;FAO=95;FDP=194;FR=.;FRO=99;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.0349076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.427;QD=19.7884;RBI=0.0349522;REFB=-0.0155607;REVB=-0.00176636;RO=98;SAF=52;SAR=43;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344602;STB=0.521697;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0146867;OID=.;OPOS=242757411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:98:99:95:95:0.489691:43:52:50:48:43:52:50:49 chr2 242758203 . T C 744.1 PASS AF=0.323276;AO=53;DP=235;FAO=75;FDP=232;FR=.,HEALED;FRO=143;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=-0.0144281;FXX=0.0127654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.518;QD=12.8293;RBI=0.0205048;REFB=-0.0201864;REVB=0.0145696;RO=136;SAF=41;SAR=12;SRF=60;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419983;STB=0.551196;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0365837;OID=.;OPOS=242758203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:232:136:143:53:75:0.323276:12:41:60:76:34:41:67:76 chr2 242758326 . G A 458.94 PASS AF=0.365385;AO=50;DP=152;FAO=57;FDP=156;FR=.;FRO=99;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.0660733;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.932;QD=11.7677;RBI=0.0662472;REFB=-0.00888246;REVB=-0.00479755;RO=91;SAF=16;SAR=34;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206014;STB=0.571533;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.01732;OID=.;OPOS=242758326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:156:91:99:50:57:0.365385:34:16:45:46:34:23:51:48 chr2 242793273 . A G 3973.82 PASS AF=1;AO=245;DP=245;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.412;QD=64.0939;RBI=0.0219542;REFB=0;REVB=-0.0156571;RO=0;SAF=112;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.46242e-08;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:248:0:0:245:248:1:133:112:0:0:134:114:0:0 chr2 242793433 . G A 409.06 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00996567;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5627;QD=16.2003;RBI=0.0181182;REFB=-0.0156737;REVB=-0.0151312;RO=56;SAF=28;SAR=17;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158849;STB=0.589038;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0215679;OID=.;OPOS=242793433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:56:56:45:45:0.445545:17:28:26:30:17:28:26:30 chr2 242813124 . T C 1366.7 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0319199;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.626;QD=61.4246;RBI=0.0555352;REFB=-0.10944;REVB=0.0454454;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.506848;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000672107;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:0:1:88:88:0.988764:36:52:0:0:36:52:0:1 chr2 242813136 . C G 300.72 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.083867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1;QD=14.1514;RBI=0.0845538;REFB=-0.0110936;REVB=-0.0107552;RO=51;SAF=20;SAR=14;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212506;STB=0.512084;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0173488;OID=.;OPOS=242813136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:14:20:29:22:14:20:29:22 chr2 242814009 . G A 862.51 PASS AF=0.537975;AO=85;DP=159;FAO=85;FDP=158;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=64;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0114592;FXX=0.0124992;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.039;QD=21.8358;RBI=0.013555;REFB=-0.0252985;REVB=0.00724052;RO=73;SAF=21;SAR=64;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19268;STB=0.606012;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.019053;OID=.;OPOS=242814009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:73:73:85:85:0.537975:64:21:32:41:64:21:32:41 chr2 242814283 . C T 935.78 PASS AF=0.516854;AO=91;DP=181;FAO=92;FDP=178;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0343785;FXX=0.0165737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5904;QD=21.0288;RBI=0.035131;REFB=-0.0314218;REVB=-0.00723214;RO=86;SAF=45;SAR=46;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776452;STB=0.539771;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0216531;OID=.;OPOS=242814283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:178:86:86:91:92:0.516854:46:45:35:51:47:45:35:51 chr2 242814360 . T C 1344.8 PASS AF=0.526749;AO=128;DP=243;FAO=128;FDP=243;FR=.;FRO=115;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.041049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2295;QD=22.1367;RBI=0.043943;REFB=-0.0323803;REVB=-0.0156833;RO=112;SAF=63;SAR=65;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315186;STB=0.514829;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0317096;OID=.;OPOS=242814360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:112:115:128:128:0.526749:65:63:51:61:65:63:53:62 chr2 242814463 . A T 848.38 PASS AF=0.458763;AO=89;DP=201;FAO=89;FDP=194;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-0.0228934;FXX=0.0348241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.507;QD=17.4923;RBI=0.0228935;REFB=-0.00595774;REVB=8.30478e-05;RO=105;SAF=32;SAR=57;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100065;STB=0.555543;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00579434;OID=.;OPOS=242814463;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:194:105:105:89:89:0.458763:57:32:48:57:57:32:48:57 chr2 242814639 . T C 199.11 PASS AF=0.367647;AO=18;DP=65;FAO=25;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0810889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.16;QD=11.7126;RBI=0.0813041;REFB=-0.0123078;REVB=0.00591237;RO=36;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143384;STB=0.50239;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0224186;OID=.;OPOS=242814639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:36:42:18:25:0.367647:13:5:14:22:13:12:20:22 chr2 242815059 . C T 792.76 PASS AF=0.426396;AO=84;DP=197;FAO=84;FDP=197;FR=.;FRO=113;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=-0.00792534;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.667;QD=16.0967;RBI=0.00792835;REFB=-0.00530794;REVB=-0.000218529;RO=110;SAF=32;SAR=52;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776218;STB=0.536748;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00733044;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:110:113:84:84:0.426396:52:32:50:60:52:32:50:63 chr2 242839363 . G C 2328.56 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147269;FXX=0.0268438;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6882;QD=64.236;RBI=0.0148986;REFB=0;REVB=-0.0022557;RO=0;SAF=76;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196065;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:143:145:1:67:76:0:0:69:76:0:0 chr3 361508 . C T 435.67 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0529621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6972;QD=18.539;RBI=0.054562;REFB=-0.046121;REVB=-0.0131158;RO=49;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746274;STB=0.536569;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0378722;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:25:19:25:24:25:19:25:25 chr3 391100 . A G 2993.55 PASS AF=0.984536;AO=191;DP=194;FAO=191;FDP=194;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=114;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0241103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.917;QD=61.7227;RBI=0.024758;REFB=-0.0933958;REVB=0.00562635;RO=3;SAF=77;SAR=114;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181876;STB=0.509553;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0001309;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:194:194:3:3:191:191:0.984536:114:77:3:0:114:77:3:0 chr3 439963 . A G 2370.34 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5882;QD=64.0631;RBI=0.0235602;REFB=0;REVB=-0.0226383;RO=0;SAF=70;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.91384e-05;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:78:70:0:0:78:70:0:0 chr3 440028 . T C 1720.82 PASS AF=0.991304;AO=112;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00766482;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.688;QD=59.8545;RBI=0.00816796;REFB=0.148637;REVB=0.00282245;RO=1;SAF=48;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978854;STB=0.505154;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000292459;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:112:114:0.991304:64:48:1:0:66:48:1:0 chr3 450391 . T C 594.42 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.8531;QD=60.9657;RBI=0.0462707;REFB=0;REVB=0.0169901;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437834;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:24:15:0:0 chr3 450534 . T C 2372.78 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840191;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.019;QD=64.1293;RBI=0.0251809;REFB=0;REVB=0.0237378;RO=0;SAF=63;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51943e-05;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:85:63:0:0:85:63:0:0 chr3 1107455 . T C 1781.59 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.849;QD=60.9089;RBI=0.0255394;REFB=0;REVB=0.019713;RO=0;SAF=63;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65142e-05;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:53:63:0:0:54:63:0:0 chr3 1107550 . A T 886.14 PASS AF=1;AO=60;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.216571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3723;QD=52.9041;RBI=0.216688;REFB=-0.102088;REVB=-0.00713251;RO=6;SAF=24;SAR=36;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104423;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00692528;OID=.;OPOS=1107550;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:67:6:0:60:67:1:36:24:6:0:36:31:0:0 chr3 1339680 . GGTTTTT G 93.96 PASS AF=0.267442;AO=17;DP=80;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0173717;FXX=0.225205;HRUN=2;LEN=6;MLLD=255.271;QD=4.37026;RBI=0.0206287;REFB=-0.0102573;REVB=0.011125;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549036;STB=0.528473;STBP=0.771;TYPE=del;VARB=0.0247463;OID=.;OPOS=1339681;OREF=GTTTTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267442:17:80:23:86:63:13:10:38:25:93:30:11:6:18:12 chr3 1424850 . T G 1129.67 PASS AF=0.528037;AO=104;DP=207;FAO=113;FDP=214;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=80;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=-0.0113006;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.175;QD=21.1153;RBI=0.0131604;REFB=-0.0138529;REVB=0.00674477;RO=93;SAF=33;SAR=71;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775658;STB=0.556551;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0131199;OID=.;OPOS=1424850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:214:93:101:104:113:0.528037:71:33:37:56:80:33:40:61 chr3 3081750 . A T 5096.34 PASS AF=1;AO=322;DP=325;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=190;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162108;FXX=0.00615366;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5241;QD=63.1126;RBI=0.0404703;REFB=0;REVB=-0.0370818;RO=0;SAF=133;SAR=189;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38226e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105262;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:325:323:0:0:322:323:1:189:133:0:0:190:133:0:0 chr3 3081825 . T C 4913.91 PASS AF=1;AO=313;DP=315;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239528;FXX=0.00630895;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.248;QD=62.3989;RBI=0.0580357;REFB=-0.00863198;REVB=0.0528622;RO=1;SAF=141;SAR=172;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00337096;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91495e-05;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:315:315:1:0:313:315:1:172:141:1:0:172:143:0:0 chr3 3098041 . G C 2050.26 PASS AF=0.971014;AO=134;DP=139;FAO=134;FDP=138;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=80;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.022243;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.419;QD=59.4278;RBI=0.0405274;REFB=-0.0053012;REVB=-0.033878;RO=4;SAF=54;SAR=80;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339103;STB=0.517854;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000212782;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:139:138:4:4:134:134:0.971014:80:54:4:0:80:54:4:0 chr3 3170792 . C T 2253.17 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0190251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.57;QD=62.5881;RBI=0.0244027;REFB=-0.0147393;REVB=0.0152819;RO=1;SAF=57;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826923;STB=0.504347;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000284527;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:143:143:0.993056:86:57:1:0:86:57:1:0 chr3 3189279 . A G 1776.08 PASS AF=0.991935;AO=113;DP=115;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163642;FXX=0.00799936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.181;QD=57.2928;RBI=0.0431268;REFB=-0.125459;REVB=0.0399015;RO=2;SAF=56;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166537;STB=0.504201;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000383654;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:124:2:1:113:123:0.991935:57:56:2:0:64:59:1:0 chr3 3192669 . C T 949.16 PASS AF=0.450893;AO=101;DP=224;FAO=101;FDP=224;FR=.;FRO=123;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=-0.00238925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5641;QD=16.9493;RBI=0.0225545;REFB=-0.00372972;REVB=-0.0224276;RO=109;SAF=50;SAR=51;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00897949;STB=0.531713;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00679753;OID=.;OPOS=3192669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:109:123:101:101:0.450893:51:50:55:54:51:50:68:55 chr3 3886580 . A G 1589.54 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.894;QD=59.9825;RBI=0.0262838;REFB=0;REVB=-0.0166395;RO=0;SAF=64;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41462e-06;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:42:64:0:0:42:64:0:0 chr3 3886721 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.572;QD=48.7369;RBI=0.0241744;REFB=0;REVB=-0.0200378;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.09781e-05;OID=.;OPOS=3886721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 3886847 . G C 264.02 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0286572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1274;QD=15.3052;RBI=0.0289697;REFB=0.00135644;REVB=-0.00424327;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269548;STB=0.643239;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00183421;OID=.;OPOS=3886847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:13:17:11:27:13:17:12:27 chr3 3886919 . C T 802.0 PASS AF=0.49697;AO=82;DP=165;FAO=82;FDP=165;FR=.;FRO=83;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0141521;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.284;QD=19.4425;RBI=0.0347303;REFB=-0.0077909;REVB=-0.0317162;RO=83;SAF=44;SAR=38;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937639;STB=0.55161;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0091055;OID=.;OPOS=3886919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:83:83:82:82:0.49697:38:44:36:47:38:44:36:47 chr3 3888894 . C T 1618.34 PASS AF=0.455764;AO=169;DP=372;FAO=170;FDP=373;FR=.;FRO=203;FSAF=79;FSAR=91;FSRF=97;FSRR=106;FWDB=0.000538328;FXX=0.00267373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.988;QD=17.3549;RBI=0.0180506;REFB=0.00172423;REVB=-0.0180426;RO=199;SAF=79;SAR=90;SRF=96;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146997;STB=0.507172;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.002099;OID=.;OPOS=3888894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:373:199:203:169:170:0.455764:90:79:96:103:91:79:97:106 chr3 3889222 . G T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.174;QD=51.9133;RBI=0.0111459;REFB=0;REVB=0.00660905;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47814e-05;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr3 4403837 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.505;QD=60.0308;RBI=0.0563851;REFB=0;REVB=0.0506933;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156896;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr3 4767262 . T C 807.57 PASS AF=0.50303;AO=82;DP=165;FAO=83;FDP=165;FR=.;FRO=82;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=0.00580492;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.75;QD=19.5773;RBI=0.00712192;REFB=-0.0156686;REVB=0.0041261;RO=81;SAF=46;SAR=36;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751294;STB=0.540937;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0119819;OID=.;OPOS=4767262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:81:82:82:83:0.50303:36:46:52:29:36:47:53:29 chr3 4817057 . T C 1385.22 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400063;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.861;QD=62.9646;RBI=0.0172592;REFB=0;REVB=0.0167891;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109807;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr3 4829732 . A G 369.64 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0319623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.922;QD=22.4025;RBI=0.034303;REFB=-0.0431384;REVB=0.0124541;RO=29;SAF=24;SAR=13;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057142;STB=0.503149;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0369288;OID=.;OPOS=4829732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:13:24:19:10:13:24:19:10 chr3 4856180 . T C 1729.27 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5271;QD=60.6761;RBI=0.0444725;REFB=0;REVB=0.0401754;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53373e-05;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:54:59:0:0:55:59:0:0 chr3 4856234 . G A 347.16 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0139575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.403;QD=22.3971;RBI=0.0159928;REFB=0.000721266;REVB=0.0078076;RO=27;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695308;STB=0.538296;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000470672;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:19:16:10:17:19:16:10:17 chr3 5021403 . C T 434.22 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0188999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.14;QD=17.0282;RBI=0.0192998;REFB=-0.0274785;REVB=-0.00390843;RO=55;SAF=28;SAR=19;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977809;STB=0.554354;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0248196;OID=.;OPOS=5021403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:19:28:38:17:19:28:38:17 chr3 5024771 . T C 201.85 PASS AF=0.27;AO=27;DP=97;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.013945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.205;QD=8.07378;RBI=0.0235012;REFB=-0.00942389;REVB=-0.0189167;RO=70;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640434;STB=0.539271;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0172927;OID=.;OPOS=5024771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:70:73:27:27:0.27:16:11:25:45:16:11:26:47 chr3 5025645 . G C 790.02 PASS AF=0.426396;AO=84;DP=197;FAO=84;FDP=197;FR=.;FRO=113;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=0.00248373;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=270.835;QD=16.041;RBI=0.00929442;REFB=-0.00361944;REVB=-0.00895641;RO=112;SAF=33;SAR=51;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473403;STB=0.524251;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00569695;OID=.;OPOS=5025645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:112:113:84:84:0.426396:51:33:49:63:51:33:49:64 chr3 5025650 . G T 859.16 PASS AF=0.445;AO=89;DP=199;FAO=89;FDP=200;FR=.;FRO=111;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=0.00842587;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=212.568;QD=17.1831;RBI=0.00992584;REFB=-0.0034766;REVB=-0.00524663;RO=110;SAF=35;SAR=54;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351482;STB=0.517407;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00815484;OID=.;OPOS=5025650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:110:111:89:89:0.445:54:35:47:63:54:35:47:64 chr3 5025654 . G A 881.2 PASS AF=0.450237;AO=95;DP=211;FAO=95;FDP=211;FR=.;FRO=116;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=46;FSRR=70;FWDB=0.00676121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6263;QD=16.7052;RBI=0.0117464;REFB=0.0103723;REVB=-0.00960539;RO=116;SAF=39;SAR=56;SRF=46;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143512;STB=0.507958;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0167255;OID=.;OPOS=5025654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:116:116:95:95:0.450237:56:39:46:70:56:39:46:70 chr3 5241309 . C A 1840.92 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.239;QD=61.364;RBI=0.0162994;REFB=0;REVB=0.00241102;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80418e-05;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:66:54:0:0:66:54:0:0 chr3 5294713 . C T 358.91 PASS AF=0.413462;AO=36;DP=98;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0189047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6979;QD=13.8041;RBI=0.0496866;REFB=-0.00837713;REVB=0.0459497;RO=62;SAF=21;SAR=15;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573053;STB=0.548098;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0142555;OID=.;OPOS=5294713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:104:62:61:36:43:0.413462:15:21:33:29:17:26:32:29 chr3 5294774 . C T 262.77 PASS AF=0.32;AO=32;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00379044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.332;QD=10.511;RBI=0.0208883;REFB=0.0112812;REVB=-0.0205415;RO=63;SAF=23;SAR=9;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290489;STB=0.693714;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0194145;OID=.;OPOS=5294774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:68:32:32:0.32:9:23:30:33:9:23:30:38 chr3 6828364 . A G 251.33 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0516538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.185;QD=17.0395;RBI=0.0532723;REFB=0.00337353;REVB=-0.0130314;RO=30;SAF=20;SAR=8;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381707;STB=0.707168;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0107528;OID=.;OPOS=6828364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:8:20:9:21:8:20:10:21 chr3 6903297 . C T 3493.12 PASS AF=0.465206;AO=353;DP=774;FAO=361;FDP=776;FR=.;FRO=415;FSAF=106;FSAR=255;FSRF=119;FSRR=296;FWDB=0.0368187;FXX=0.010204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.91;QD=18.0058;RBI=0.0368202;REFB=-0.00508571;REVB=-0.000332888;RO=409;SAF=98;SAR=255;SRF=119;SRR=290;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160748;STB=0.504452;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00423556;OID=.;OPOS=6903297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:774:776:409:415:353:361:0.465206:255:98:119:290:255:106:119:296 chr3 7620789 . T C 532.03 PASS AF=0.42029;AO=58;DP=138;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.000456114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.566;QD=15.421;RBI=0.00365154;REFB=-0.0228687;REVB=-0.00362295;RO=80;SAF=37;SAR=21;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233743;STB=0.631164;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0300676;OID=.;OPOS=7620789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:80:80:58:58:0.42029:21:37:33:47:21:37:33:47 chr3 8556639 . AG A 926.77 PASS AF=0.478261;AO=91;DP=205;FAO=99;FDP=207;FR=.;FRO=108;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=0.00581597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3355;QD=17.9086;RBI=0.0156117;REFB=-0.0418513;REVB=-0.014488;RO=106;SAF=30;SAR=61;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147016;STB=0.560235;STBP=0.128;TYPE=del;VARB=0.017779;OID=.;OPOS=8556640;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:91:205:99:207:108:35:64:50:58:99:106:30:61:50:56 chr3 8676204 . A G 2794.39 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137281;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.421;QD=62.7952;RBI=0.0139688;REFB=0;REVB=0.00258169;RO=0;SAF=101;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79592e-05;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:177:178:1:76:101:0:0:77:101:0:0 chr3 8705555 . T C 514.94 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0248041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.308;QD=22.148;RBI=0.0260841;REFB=0.0024792;REVB=0.00807054;RO=43;SAF=27;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033635;STB=0.524262;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00223849;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:44:49:49:0.526882:22:27:22:21:22:27:22:22 chr3 8775661 . C T 549.61 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.00643344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.117;QD=16.1649;RBI=0.00652011;REFB=-0.0161037;REVB=-0.00105961;RO=74;SAF=20;SAR=39;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257642;STB=0.64766;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0219459;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:77:59:59:0.433824:39:20:44:30:39:20:46:31 chr3 8809184 . G A 3215.61 PASS AF=0.524618;AO=307;DP=587;FAO=309;FDP=589;FR=.;FRO=280;FSAF=177;FSAR=132;FSRF=127;FSRR=153;FWDB=0.00678254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.002;QD=21.8378;RBI=0.00678257;REFB=3.17335e-05;REVB=-2.18391e-05;RO=277;SAF=175;SAR=132;SRF=126;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100708;STB=0.55695;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=8.46761e-05;OID=.;OPOS=8809184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:587:589:277:280:307:309:0.524618:132:175:126:151:132:177:127:153 chr3 8809703 . G A 4102.83 PASS AF=1;AO=260;DP=261;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015002;FXX=0.018656;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.613;QD=62.4004;RBI=0.0255727;REFB=0;REVB=0.02071;RO=0;SAF=133;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.025e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152967;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:261:263:0:0:260:263:1:127:133:0:0:127:136:0:0 chr3 9005078 . C T 2079.25 PASS AF=0.466523;AO=216;DP=463;FAO=216;FDP=463;FR=.;FRO=247;FSAF=94;FSAR=122;FSRF=108;FSRR=139;FWDB=0.00346917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.31;QD=17.9633;RBI=0.0114606;REFB=-0.0101469;REVB=-0.0109229;RO=247;SAF=94;SAR=122;SRF=108;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00203107;STB=0.501118;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0119556;OID=.;OPOS=9005078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:463:247:247:216:216:0.466523:122:94:108:139:122:94:108:139 chr3 9026818 . G A 1400.86 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0185683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.651;QD=61.5762;RBI=0.0584425;REFB=-0.169187;REVB=0.0554143;RO=1;SAF=45;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104156;STB=0.505493;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000599917;OID=.;OPOS=9026818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:44:45:1:0:45:45:1:0 chr3 9091151 . CT GC,GT 361.03 PASS AF=0,0.423913;AO=5,32;DP=92;FAO=0,39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=0,23;FSAR=0,16;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00235526,0.0237896;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=219.333,219.222;QD=15.6969;RBI=0.0197548,0.0308988;REFB=-0.0219268,-0.0265143;REVB=-0.0196139,-0.0197178;RO=53;SAF=5,16;SAR=0,16;SRF=28;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.561048,-0.0308019;STB=0.5,0.536081;STBP=1,0.56;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0379123;OID=.,.;OPOS=9091151,9091151;OREF=CT,C;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:92:92:53:53:5,32:0,39:0,0.423913:0,16:5,16:28:25:0,16:0,23:28:25 chr3 9122948 . A G 2904.0 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.896;QD=63.1304;RBI=0.0271227;REFB=0;REVB=0.0206953;RO=0;SAF=84;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52119e-05;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:100:84:0:0:100:84:0:0 chr3 9406836 . T C 730.76 PASS AF=0.475309;AO=77;DP=162;FAO=77;FDP=162;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0403132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4109;QD=18.0435;RBI=0.0403182;REFB=0.0039621;REVB=0.000631297;RO=85;SAF=39;SAR=38;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786726;STB=0.543477;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00588801;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:85:85:77:77:0.475309:38:39:36:49:38:39:36:49 chr3 9422210 . T C 606.64 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0100061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.7355;QD=19.2584;RBI=0.0416494;REFB=0.00827621;REVB=-0.0404296;RO=62;SAF=18;SAR=44;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848834;STB=0.549983;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0119413;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:62:64:62:62:0.492063:44:18:23:39:44:18:24:40 chr3 9425911 . G A 374.66 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0134839;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.406;QD=15.4499;RBI=0.0136888;REFB=-0.0146673;REVB=0.00235981;RO=58;SAF=20;SAR=20;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072192;STB=0.546369;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0213033;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:58:57:40:40:0.412371:20:20:33:25:20:20:33:24 chr3 9540366 . C G 692.32 PASS AF=0.465409;AO=74;DP=159;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.00396494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.354;QD=17.4168;RBI=0.00528219;REFB=-0.00602612;REVB=-0.00349009;RO=85;SAF=47;SAR=27;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117691;STB=0.565346;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00418691;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:85:85:74:74:0.465409:27:47:44:41:27:47:44:41 chr3 9747450 . T C 216.33 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0252552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.848;QD=22.1879;RBI=0.0271796;REFB=-0.0202113;REVB=-0.0100451;RO=18;SAF=17;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108002;STB=0.567497;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0141096;OID=.;OPOS=9747450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:20:21:0.538462:3:17:14:4:3:18:14:4 chr3 9768336 . C G 700.02 PASS AF=0.465409;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=0.00739372;FXX=0.0363614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.609;QD=17.6106;RBI=0.00808426;REFB=-0.0145064;REVB=-0.00326926;RO=83;SAF=42;SAR=32;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459547;STB=0.530718;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0144459;OID=.;OPOS=9768336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:83:85:74:74:0.465409:32:42:51:32:32:42:53:32 chr3 9798773 . C G 348.89 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.0165093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.865;QD=15.0061;RBI=0.019014;REFB=-0.00372378;REVB=-0.00943271;RO=55;SAF=32;SAR=6;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260024;STB=0.649656;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00437535;OID=.;OPOS=9798773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:6:32:37:18:6:32:37:18 chr3 9798797 . C T 449.0 PASS AF=0.530864;AO=41;DP=80;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=4;FWDB=0.0457769;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.205;QD=22.1729;RBI=0.0555899;REFB=-0.0091817;REVB=0.031539;RO=36;SAF=31;SAR=10;SRF=32;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168576;STB=0.601949;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00310147;OID=.;OPOS=9798797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:36:38:41:43:0.530864:10:31:32:4:11:32:34:4 chr3 9851818 . T C 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00569103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.093;QD=25.4294;RBI=0.0159525;REFB=-0.0358647;REVB=0.0149029;RO=15;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667244;STB=0.537156;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0246845;OID=.;OPOS=9851818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:7:15:9:6:7:15:9:6 chr3 9918861 . C A 2100.21 PASS AF=1;AO=100;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.101;QD=63.1643;RBI=0.160115;REFB=0;REVB=0.0772827;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442139;OID=.;OPOS=9918861;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:100:133:1:57:43:0:0:70:63:0:0 chr3 9970031 . A G 687.2 PASS AF=0.958333;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00505968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2628;QD=57.2668;RBI=0.0443829;REFB=-0.0233739;REVB=0.0440936;RO=2;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185832;STB=0.500907;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00721199;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:48:2:2:44:46:0.958333:23:21:1:1:24:22:1:1 chr3 9975247 . C G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.515;QD=61.684;RBI=0.0301936;REFB=0;REVB=0.0283525;RO=0;SAF=34;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61066e-05;OID=.;OPOS=9975247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:7:34:0:0:7:34:0:0 chr3 9976159 . A C,G 3093.09 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=8,195;DP=203;FAO=8,196;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=0,110;FSAR=8,86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155874,0.0150061;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.159,98.1201;QD=60.6489;RBI=0.0259347,0.0157818;REFB=0,0;REVB=-0.0207279,0.00488672;RO=0;SAF=0,109;SAR=8,86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.107601,-2.49946e-05;OID=.,.;OPOS=9976159,9976159;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:203:204:0:0:8,195:8,196:0.0392157,0.960784:8,86:0,109:0:0:8,86:0,110:0:0 chr3 9991388 . G C 3133.62 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2584;QD=61.7462;RBI=0.043363;REFB=0;REVB=0.0188882;RO=0;SAF=72;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68911e-05;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:203:0:0:202:203:1:130:72:0:0:130:73:0:0 chr3 10088266 . G T 182.75 PASS AF=0.201342;AO=27;DP=146;FAO=30;FDP=149;FR=.;FRO=119;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=-0.000655684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.945;QD=4.90602;RBI=0.0122589;REFB=-0.00543492;REVB=0.0122414;RO=118;SAF=13;SAR=14;SRF=56;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883618;STB=0.503143;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0216462;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:118:119:27:30:0.201342:14:13:56:62:16:14:56:63 chr3 10088299 . C T 216.8 PASS AF=0.230769;AO=33;DP=143;FAO=33;FDP=143;FR=.;FRO=110;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=-0.00661582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.164;QD=6.06424;RBI=0.0091137;REFB=-0.00291276;REVB=0.00626822;RO=110;SAF=14;SAR=19;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731273;STB=0.544688;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00525167;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:110:110:33:33:0.230769:19:14:53:57:19:14:53:57 chr3 10088308 . T C 220.11 PASS AF=0.240876;AO=32;DP=136;FAO=33;FDP=137;FR=.;FRO=104;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.00441317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.874;QD=6.42646;RBI=0.00450816;REFB=-0.00438886;REVB=0.00092053;RO=103;SAF=14;SAR=18;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604441;STB=0.543316;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0107134;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:103:104:32:33:0.240876:18:14:50:53:19:14:50:54 chr3 10088343 . A G 235.73 PASS AF=0.289474;AO=33;DP=114;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0359099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.4669;QD=8.27112;RBI=0.0367755;REFB=0.00176013;REVB=-0.00793179;RO=81;SAF=13;SAR=20;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624999;STB=0.536964;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00891356;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:81:81:33:33:0.289474:20:13:36:45:20:13:36:45 chr3 10088404 . C T 87.91 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.026788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.598;QD=7.8141;RBI=0.0359524;REFB=-0.0155353;REVB=0.0239786;RO=32;SAF=2;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372609;STB=0.732919;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0488914;OID=.;OPOS=10088404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:45:45:32:32:13:13:0.288889:11:2:13:19:11:2:13:19 chr3 10089723 . G A 211.93 PASS AF=0.242424;AO=32;DP=130;FAO=32;FDP=132;FR=.;FRO=100;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=-0.0538343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.403;QD=6.42206;RBI=0.0538539;REFB=0.00352476;REVB=0.0014511;RO=98;SAF=21;SAR=11;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292993;STB=0.676362;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0147591;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:98:100:32:32:0.242424:11:21:41:57:11:21:42:58 chr3 10089738 . A G 164.03 PASS AF=0.238095;AO=25;DP=105;FAO=25;FDP=105;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.0483415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3228;QD=6.24871;RBI=0.0509332;REFB=-0.0129022;REVB=-0.0160402;RO=80;SAF=16;SAR=9;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279327;STB=0.670024;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0488667;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:80:80:25:25:0.238095:9:16:33:47:9:16:33:47 chr3 10106458 . C T 55.66 PASS AF=0.122449;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=0.000209346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.529;QD=2.27174;RBI=0.0297395;REFB=0.000160646;REVB=-0.0297388;RO=84;SAF=6;SAR=6;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132409;STB=0.601878;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0024216;OID=.;OPOS=10106458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:96:98:84:86:12:12:0.122449:6:6:51:33:6:6:53:33 chr3 10183274 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2341;QD=51.1843;RBI=0.0483959;REFB=0;REVB=0.0463524;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175708;OID=.;OPOS=10183274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr3 10251340 . C G 800.8 PASS AF=0.449198;AO=83;DP=187;FAO=84;FDP=187;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=65;FSRR=38;FWDB=0.006348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4571;QD=17.1294;RBI=0.0134712;REFB=0.00602117;REVB=0.0118818;RO=103;SAF=39;SAR=44;SRF=65;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159781;STB=0.58479;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00849104;OID=.;OPOS=10251340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:103:103:83:84:0.449198:44:39:65:38:44:40:65:38 chr3 10276163 . T A 3018.63 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.5;QD=62.8881;RBI=0.0174392;REFB=0;REVB=0.0131029;RO=0;SAF=80;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167271;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:192:0:0:184:192:1:104:80:0:0:110:82:0:0 chr3 10302045 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.958;QD=56.0119;RBI=0.0237771;REFB=0.0926444;REVB=-0.012213;RO=1;SAF=11;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406014;STB=0.521726;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000328475;OID=.;OPOS=10302045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:23:11:1:0:23:11:1:0 chr3 10302056 . A G 613.1 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2817;QD=61.3096;RBI=0.0244869;REFB=0;REVB=0.0172353;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328456;OID=.;OPOS=10302056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr3 10302172 . G A 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0184814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.919;QD=56.0077;RBI=0.0188038;REFB=0.00101206;REVB=0.00346723;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178047;STB=0.509431;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-2.26129e-05;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:34:26:1:0:34:26:1:0 chr3 10368948 . G A 2244.3 PASS AF=0.966667;AO=145;DP=150;FAO=145;FDP=150;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00600316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.037;QD=59.8481;RBI=0.0135055;REFB=-0.0245937;REVB=-0.0120979;RO=5;SAF=61;SAR=84;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116255;STB=0.506119;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=9.79447e-05;OID=.;OPOS=10368948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:150:150:5:5:145:145:0.966667:84:61:3:2:84:61:3:2 chr3 10369060 . A G 246.72 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0329869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8501;QD=15.9171;RBI=0.053872;REFB=-0.00384724;REVB=0.0425917;RO=34;SAF=8;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225651;STB=0.628045;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00749498;OID=.;OPOS=10369060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:20:8:17:17:20:8:17:17 chr3 10379923 . C T 1431.18 PASS AF=0.432133;AO=156;DP=361;FAO=156;FDP=361;FR=.;FRO=205;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=112;FSRR=93;FWDB=0.00158746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.162;QD=15.8579;RBI=0.00991764;REFB=-0.0259092;REVB=0.00978977;RO=204;SAF=71;SAR=85;SRF=111;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907661;STB=0.551726;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0332068;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:361:204:205:156:156:0.432133:85:71:111:93:85:71:112:93 chr3 10413601 . G A 1627.44 PASS AF=0.536122;AO=132;DP=257;FAO=141;FDP=263;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=54;FSAR=87;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=0.0123183;FXX=0.0112778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7022;QD=24.7519;RBI=0.0255654;REFB=-0.0140297;REVB=0.022402;RO=81;SAF=54;SAR=78;SRF=56;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197783;STB=0.584729;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0112166;OID=.;OPOS=10413601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:263:81:97:132:141:0.536122:78:54:56:25:87:54:57:40 chr3 10413715 . G A 374.64 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0101963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.666;QD=20.8136;RBI=0.010581;REFB=0.00955235;REVB=-0.0028274;RO=32;SAF=10;SAR=28;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819927;STB=0.551943;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00801126;OID=.;OPOS=10413715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:34:38:38:0.527778:28:10:11:21:28:10:12:22 chr3 10420087 . T C 372.71 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0202916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.06;QD=14.3351;RBI=0.0347004;REFB=-0.0219123;REVB=-0.0281491;RO=59;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17831;STB=0.609166;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0367528;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:59:61:43:43:0.413462:18:25:24:35:18:25:24:37 chr3 10452418 . GT AG,GG,G 146.24 PASS AF=0.0347826,0.0608696,0.269565;AO=4,7,33;DP=113;FAO=4,7,31;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=0,0,7;FSAR=4,7,24;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0114463,0.0589687,0.0920248;FXX=0.0254216;HRUN=2,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=214.35,23.7991,10.412;QD=5.08665;RBI=0.0386466,0.0628008,0.0990895;REFB=-0.00732849,-0.0439547,-0.0939468;REVB=-0.0369126,-0.0216015,-0.0367446;RO=63;SAF=0,0,8;SAR=4,7,25;SRF=37;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.537068,-0.650587,-0.402715;STB=0.997671,0.99861,0.745949;STBP=0.03,0.002,0.004;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.150117,0.165654,0.0909005;OID=.,.,.;OPOS=10452418,10452419,10452419;OREF=GT,T,T;OALT=AG,G,-;OMAPALT=AG,GG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:113:115:63:73:4,7,33:4,7,31:0.0347826,0.0608696,0.269565:4,7,25:0,0,8:37:26:4,7,24:0,0,7:41:32 chr3 10885920 . T C 1496.79 PASS AF=0.45858;AO=155;DP=336;FAO=155;FDP=338;FR=.;FRO=183;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=101;FSRR=82;FWDB=-0.0167975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.284;QD=17.7134;RBI=0.0242793;REFB=-0.00790014;REVB=-0.0175307;RO=180;SAF=76;SAR=79;SRF=100;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634825;STB=0.533311;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0113904;OID=.;OPOS=10885920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:338:180:183:155:155:0.45858:79:76:100:80:79:76:101:82 chr3 10967739 . T C 485.0 PASS AF=0.469027;AO=41;DP=102;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0203372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.221;QD=17.168;RBI=0.0203405;REFB=-0.0353233;REVB=0.000368536;RO=60;SAF=18;SAR=23;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817778;STB=0.506191;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.039578;OID=.;OPOS=10967739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:113:60:60:41:53:0.469027:23:18:31:29:25:28:31:29 chr3 10975849 . C T 426.62 PASS AF=0.373134;AO=50;DP=134;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.00266375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2033;QD=12.735;RBI=0.00399486;REFB=-0.00500148;REVB=-0.00297713;RO=84;SAF=32;SAR=18;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106411;STB=0.560676;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0146681;OID=.;OPOS=10975849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:84:84:50:50:0.373134:18:32:46:38:18:32:46:38 chr3 11079070 . C T 1519.49 PASS AF=0.45584;AO=158;DP=350;FAO=160;FDP=351;FR=.;FRO=191;FSAF=98;FSAR=62;FSRF=121;FSRR=70;FWDB=0.00114189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.673;QD=17.3162;RBI=0.00840187;REFB=-0.0159381;REVB=0.00832391;RO=182;SAF=96;SAR=62;SRF=113;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135676;STB=0.512105;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0192504;OID=.;OPOS=11079070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:351:182:191:158:160:0.45584:62:96:113:69:62:98:121:70 chr3 11302884 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00728853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.633;QD=17.8007;RBI=0.0182091;REFB=-0.0172021;REVB=-0.0166868;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175487;STB=0.5999;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0142725;OID=.;OPOS=11302884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:8:12:10:14:8:12:10:14 chr3 11302933 . A G 803.35 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0217263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.484;QD=55.4031;RBI=0.0446453;REFB=-0.0616721;REVB=0.0390021;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017147;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000469172;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:27:30:0:1:27:30:0:1 chr3 11303874 . T C 1749.35 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.943;QD=60.847;RBI=0.00997096;REFB=0;REVB=0.00115317;RO=0;SAF=42;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43213e-05;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:73:42:0:0:73:42:0:0 chr3 11596302 . T C 871.88 PASS AF=0.468421;AO=89;DP=190;FAO=89;FDP=190;FR=.;FRO=101;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=-0.0123026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.773;QD=18.3554;RBI=0.0148774;REFB=-0.00894347;REVB=0.00836548;RO=101;SAF=54;SAR=35;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422219;STB=0.523366;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00863246;OID=.;OPOS=11596302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:101:101:89:89:0.468421:35:54:57:44:35:54:57:44 chr3 11643465 . T C 1484.17 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945222;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.658;QD=58.7789;RBI=0.0436832;REFB=-0.0535738;REVB=0.0426483;RO=0;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277895;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:102:101:0:0:100:101:1:61:39:0:0:62:39:0:0 chr3 11684957 . C T 130.04 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00882245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.146;QD=8.66921;RBI=0.0564588;REFB=-0.00485616;REVB=0.0557652;RO=42;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118881;STB=0.571347;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0157648;OID=.;OPOS=11684957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:12:6:18:24:12:6:18:24 chr3 11848923 . CCACT C 125.9 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0271589;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=4;MLLD=292.928;QD=7.86872;RBI=0.0380106;REFB=-0.00969868;REVB=-0.0265932;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0.302174;SSSB=0.208891;STB=0.61446;STBP=0.195;TYPE=del;VARB=0.0180831;OID=.;OPOS=11848924;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.359375:23:66:23:64:41:12:11:14:27:99:42:12:11:14:28 chr3 11994493 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0160483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.849;QD=15.5772;RBI=0.0169608;REFB=-0.0147088;REVB=-0.00548839;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00820371;STB=0.504655;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.017161;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:11:13:16:14:11:13:16:14 chr3 12046076 . T C 1084.2 PASS AF=0.986486;AO=74;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00893798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8792;QD=58.6051;RBI=0.0216469;REFB=0.0927973;REVB=0.0197155;RO=0;SAF=22;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53902e-08;STB=0.511625;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00060939;OID=.;OPOS=12046076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:74:73:0.986486:52:22:0:0:52:21:1:0 chr3 12046124 . AG GC 252.21 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0484761;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=2;MLLD=53.1133;QD=48.0391;RBI=0.0486942;REFB=0.0539696;REVB=-0.00460321;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=mnp;VARB=-0.000772595;OID=.;OPOS=12046124;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:1:0:12:8:1:0 chr3 12046131 . A C 152.13 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5194;QD=40.567;RBI=0.0323787;REFB=-0.174546;REVB=0.00177802;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060556;STB=0.533286;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0183069;OID=.;OPOS=12046131;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:7:7:1:0:7:7:1:0 chr3 12229015 . A G 3099.73 PASS AF=0.994924;AO=193;DP=194;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=141;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.496;QD=62.9386;RBI=0.0297632;REFB=-0.116724;REVB=-0.0126488;RO=0;SAF=55;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57457e-08;STB=0.504504;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00114579;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:194:197:0:1:193:196:0.994924:138:55:0:0:141:55:1:0 chr3 12232074 . A G 2274.25 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.82;QD=63.6155;RBI=0.0278213;REFB=0;REVB=0.00328765;RO=0;SAF=77;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5041e-05;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:66:77:0:0:66:77:0:0 chr3 12422901 . T C 528.71 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0417806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7591;QD=16.3941;RBI=0.053851;REFB=-0.00292035;REVB=-0.033975;RO=72;SAF=29;SAR=28;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00511502;STB=0.502856;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00161168;OID=.;OPOS=12422901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:72:72:57:57:0.44186:28:29:37:35:28:29:37:35 chr3 12810755 . G C 1511.02 PASS AF=0.363636;AO=182;DP=502;FAO=184;FDP=506;FR=.;FRO=322;FSAF=87;FSAR=97;FSRF=99;FSRR=223;FWDB=-0.071083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7293;QD=11.9449;RBI=0.0732911;REFB=-0.0101485;REVB=-0.0178545;RO=312;SAF=86;SAR=96;SRF=98;SRR=214;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181007;STB=0.606763;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.020621;OID=.;OPOS=12810755;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:506:312:322:182:184:0.363636:96:86:98:214:97:87:99:223 chr3 12810783 . C T 1048.03 PASS AF=0.335052;AO=125;DP=385;FAO=130;FDP=388;FR=.;FRO=258;FSAF=75;FSAR=55;FSRF=83;FSRR=175;FWDB=0.0914426;FXX=0.00767244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8399;QD=10.8044;RBI=0.0974188;REFB=0.00155832;REVB=0.0335956;RO=258;SAF=72;SAR=53;SRF=85;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284258;STB=0.664972;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00225101;OID=.;OPOS=12810783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:388:258:258:125:130:0.335052:53:72:85:173:55:75:83:175 chr3 12838293 . G C 1797.44 PASS AF=0.5;AO=161;DP=343;FAO=183;FDP=366;FR=.;FRO=183;FSAF=80;FSAR=103;FSRF=96;FSRR=87;FWDB=0.0422641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.45;QD=19.6442;RBI=0.0431557;REFB=-0.0277606;REVB=0.00872714;RO=173;SAF=63;SAR=98;SRF=88;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112821;STB=0.543922;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0269099;OID=.;OPOS=12838293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:366:173:183:161:183:0.5:98:63:88:85:103:80:96:87 chr3 12848822 . T C 315.23 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=61;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00010681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.683;QD=20.0148;RBI=0.0103087;REFB=-0.0244369;REVB=0.0103081;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685959;STB=0.537549;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.009907;OID=.;OPOS=12848822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:29:30:32:33:0.52381:14:18:14:15:15:18:14:16 chr3 12856856 . AGC CAG,GGC 311.1 PASS AF=0,0.485714;AO=3,24;DP=64;FAO=0,34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=0,18;FSAR=0,16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0243016,-0.0166882;FXX=0.0140825;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=34.3197,217.335;QD=17.7773;RBI=0.194415,0.0175065;REFB=-0.00398516,-0.0228723;REVB=-0.19289,0.0052898;RO=25;SAF=0,15;SAR=3,9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.561636,0.134608;STB=0.5,0.571865;STBP=1,0.251;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0193547;OID=.,.;OPOS=12856856,12856856;OREF=AGC,A;OALT=CAG,G;OMAPALT=CAG,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:64:70:25:36:3,24:0,34:0,0.485714:3,9:0,15:12:13:0,16:0,18:14:22 chr3 12857493 . C T 895.32 PASS AF=0.438914;AO=97;DP=221;FAO=97;FDP=221;FR=.;FRO=124;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.0625925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4144;QD=16.2049;RBI=0.0630416;REFB=-0.0101078;REVB=0.0075117;RO=123;SAF=43;SAR=54;SRF=62;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614266;STB=0.531988;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0141494;OID=.;OPOS=12857493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:123:124:97:97:0.438914:54:43:62:61:54:43:62:62 chr3 12858028 . T C 1292.48 PASS AF=0.452703;AO=133;DP=296;FAO=134;FDP=296;FR=.;FRO=162;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=80;FSRR=82;FWDB=0.00400023;FXX=0.00671118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.497;QD=17.466;RBI=0.0162555;REFB=-0.0183346;REVB=0.0157556;RO=163;SAF=71;SAR=62;SRF=81;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367659;STB=0.523844;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.020584;OID=.;OPOS=12858028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:163:162:133:134:0.452703:62:71:81:82:62:72:80:82 chr3 12858557 . A G 686.83 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=155;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00967232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7143;QD=17.7245;RBI=0.0656103;REFB=-0.0208087;REVB=-0.0648935;RO=82;SAF=34;SAR=39;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327806;STB=0.518153;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0219522;OID=.;OPOS=12858557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:82:82:73:73:0.470968:39:34:41:41:39:34:41:41 chr3 12859004 . A C 1395.05 PASS AF=0.55042;AO=120;DP=227;FAO=131;FDP=238;FR=.;FRO=107;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=0.00921375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.978;QD=23.4463;RBI=0.0138709;REFB=-0.0161166;REVB=0.0103686;RO=106;SAF=57;SAR=63;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043568;STB=0.530621;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0127523;OID=.;OPOS=12859004;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:238:106:107:120:131:0.55042:63:57:45:61:67:64:45:62 chr3 13358204 . G A 1891.46 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.368;QD=61.511;RBI=0.121696;REFB=0;REVB=0.0576312;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363286;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:123:0:0:118:123:1:64:54:0:0:66:57:0:0 chr3 13361287 . C T 3188.76 PASS AF=0.985849;AO=209;DP=212;FAO=209;FDP=212;FR=.;FRO=3;FSAF=100;FSAR=109;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0141718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.317;QD=60.1653;RBI=0.0539917;REFB=-0.0792899;REVB=0.0520986;RO=3;SAF=100;SAR=109;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050808;STB=0.502667;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000319476;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:212:212:3:3:209:209:0.985849:109:100:2:1:109:100:2:1 chr3 13361391 . A G 4037.23 PASS AF=0.992395;AO=260;DP=262;FAO=261;FDP=263;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=146;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00165337;FXX=0.00378774;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.918;QD=61.4027;RBI=0.0252393;REFB=-0.0547621;REVB=0.0251851;RO=2;SAF=114;SAR=146;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828939;STB=0.50431;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000230006;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:262:263:2:2:260:261:0.992395:146:114:2:0:146:115:2:0 chr3 13364876 . G T 2990.65 PASS AF=0.994819;AO=189;DP=192;FAO=192;FDP=193;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7607;QD=61.9824;RBI=0.135968;REFB=-0.0861002;REVB=0.129748;RO=3;SAF=95;SAR=94;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147969;STB=0.502564;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00374;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:192:193:3:1:189:192:0.994819:94:95:3:0:95:97:1:0 chr3 13367406 . C T 3741.23 PASS AF=0.987705;AO=239;DP=246;FAO=241;FDP=244;FR=.;FRO=3;FSAF=110;FSAR=131;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0286062;FXX=0.00812975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.403;QD=61.3316;RBI=0.0315476;REFB=-0.16391;REVB=0.0133019;RO=4;SAF=108;SAR=131;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173206;STB=0.506726;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000586427;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:246:244:4:3:239:241:0.987705:131:108:4:0:131:110:3:0 chr3 13612020 . T C 979.22 PASS AF=0.422481;AO=108;DP=258;FAO=109;FDP=258;FR=.;FRO=149;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=81;FSRR=68;FWDB=-0.0531186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.605;QD=15.1817;RBI=0.0540584;REFB=-0.0153684;REVB=-0.0100364;RO=147;SAF=45;SAR=63;SRF=81;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139182;STB=0.570387;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0208068;OID=.;OPOS=13612020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:147:149:108:109:0.422481:63:45:81:66:63:46:81:68 chr3 13612296 . C T 518.35 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0317784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2743;QD=22.7846;RBI=0.031804;REFB=-0.00127951;REVB=-0.00127662;RO=42;SAF=26;SAR=23;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115644;STB=0.563496;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00122923;OID=.;OPOS=13612296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:23:26:28:14:23:26:28:14 chr3 13612936 . A G 4504.25 PASS AF=1;AO=275;DP=275;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313827;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.047;QD=63.2176;RBI=0.0182174;REFB=0;REVB=0.0179451;RO=0;SAF=157;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58369e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303553;OID=.;OPOS=13612936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:275:285:0:0:275:285:1:118:157:0:0:128:157:0:0 chr3 13670481 . A G 2161.56 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0448822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8926;QD=62.2032;RBI=0.0451872;REFB=-0.143713;REVB=-0.00524065;RO=1;SAF=76;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621491;STB=0.503268;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00108635;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:62:76:1:0:62:76:1:0 chr3 13670536 . A G 1929.57 PASS AF=0.978261;AO=121;DP=125;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.192123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.9726;QD=55.9296;RBI=0.193472;REFB=-0.166151;REVB=0.0228027;RO=1;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772408;STB=0.503225;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0514273;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:125:138:1:3:121:135:0.978261:61:60:0:1:65:70:2:1 chr3 13670776 . T C 1213.58 PASS AF=0.94382;AO=48;DP=88;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00411101;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.381;QD=54.5428;RBI=0.0496933;REFB=-0.0713912;REVB=0.0495229;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500963;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00471512;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:88:89:0:5:48:84:0.94382:36:12:0:0:49:35:2:3 chr3 13679203 . G A 722.28 PASS AF=0.484076;AO=74;DP=147;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0133826;FXX=0.0368076;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.404;QD=18.4019;RBI=0.0133859;REFB=-0.0240427;REVB=0.000298957;RO=72;SAF=35;SAR=39;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366883;STB=0.535824;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.02435;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:157:72:81:74:76:0.484076:39:35:37:35:40:36:44:37 chr3 13679335 . C T 632.49 PASS AF=0.410405;AO=71;DP=175;FAO=71;FDP=173;FR=.;FRO=102;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=0.0261196;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.387;QD=14.6239;RBI=0.0261228;REFB=-0.0260459;REVB=-0.000403143;RO=101;SAF=40;SAR=31;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113014;STB=0.560517;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0371506;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:101:102:71:71:0.410405:31:40:46:55:31:40:47:55 chr3 13679688 . T A 1035.09 PASS AF=0.442688;AO=112;DP=253;FAO=112;FDP=253;FR=.;FRO=141;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=64;FSRR=77;FWDB=-0.00450102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.669;QD=16.3651;RBI=0.00455795;REFB=-0.0121205;REVB=-0.000718165;RO=137;SAF=40;SAR=72;SRF=60;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848575;STB=0.556801;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0164866;OID=.;OPOS=13679688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:137:141:112:112:0.442688:72:40:60:77:72:40:64:77 chr3 13679695 . C A 1010.45 PASS AF=0.436508;AO=110;DP=252;FAO=110;FDP=252;FR=.;FRO=142;FSAF=37;FSAR=73;FSRF=65;FSRR=77;FWDB=0.0231097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.797;QD=16.0389;RBI=0.0323811;REFB=-0.0121485;REVB=0.0226822;RO=142;SAF=37;SAR=73;SRF=65;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13088;STB=0.572932;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0178429;OID=.;OPOS=13679695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:142:142:110:110:0.436508:73:37:65:77:73:37:65:77 chr3 13679708 . C A 1041.14 PASS AF=0.443137;AO=112;DP=253;FAO=113;FDP=255;FR=.;FRO=142;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=66;FSRR=76;FWDB=0.00524439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0014;QD=16.3316;RBI=0.00996488;REFB=-0.00958248;REVB=0.0084732;RO=140;SAF=43;SAR=69;SRF=65;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831184;STB=0.548596;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0142613;OID=.;OPOS=13679708;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:255:140:142:112:113:0.443137:69:43:65:75:70:43:66:76 chr3 13896140 . A G 1527.46 PASS AF=0.477064;AO=153;DP=324;FAO=156;FDP=327;FR=.;FRO=171;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=88;FSRR=83;FWDB=-0.0255916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.908;QD=18.6845;RBI=0.0264648;REFB=-0.0194339;REVB=0.00674197;RO=171;SAF=71;SAR=82;SRF=88;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485129;STB=0.531183;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0257172;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:327:171:171:153:156:0.477064:82:71:88:83:85:71:88:83 chr3 13896284 . C T 1791.51 PASS AF=0.487936;AO=181;DP=373;FAO=182;FDP=373;FR=.;FRO=191;FSAF=71;FSAR=111;FSRF=91;FSRR=100;FWDB=0.0104862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.864;QD=19.2119;RBI=0.0121709;REFB=-0.00206748;REVB=0.00617808;RO=190;SAF=71;SAR=110;SRF=91;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830661;STB=0.545516;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0025091;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:373:190:191:181:182:0.487936:110:71:91:99:111:71:91:100 chr3 14105882 . C A 31.02 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0925164;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.29;QD=12.4073;RBI=0.0939439;REFB=-0.0664957;REVB=-0.0163151;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0651011;OID=.;OPOS=14105882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr3 14106317 . C G 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0346263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.022;QD=5.57607;RBI=0.0586032;REFB=-0.0155385;REVB=-0.0472795;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173364;STB=0.611357;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0729037;OID=.;OPOS=14106317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:17:7:3:4:17:7 chr3 14106499 . G A 950.81 PASS AF=0.516667;AO=93;DP=182;FAO=93;FDP=180;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0114975;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.013;QD=21.1291;RBI=0.0141022;REFB=0.00373905;REVB=0.0081657;RO=86;SAF=47;SAR=46;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00548057;STB=0.500179;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00375685;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:86:87:93:93:0.516667:46:47:44:42:46:47:44:43 chr3 14106760 . C G 198.72 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=0.0747887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.171;QD=19.387;RBI=0.0748899;REFB=-0.0183946;REVB=0.0038909;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419667;STB=0.731525;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0196088;OID=.;OPOS=14106760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:1:20:10:10:1:20 chr3 14174427 . A T 992.69 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00897994;FXX=0.0136968;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.209;QD=55.1496;RBI=0.00900889;REFB=-0.043789;REVB=-0.000721684;RO=3;SAF=24;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00125724;STB=0.500666;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.000115768;OID=.;OPOS=14174427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:72:3:3:69:69:0.958333:45:24:1:2:45:24:1:2 chr3 14175262 . T C 1456.62 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015798;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.621;QD=63.3313;RBI=0.00160527;REFB=0;REVB=0.000284821;RO=0;SAF=59;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04298e-05;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:93:92:1:34:59:0:0:33:59:0:0 chr3 14184056 . AAAAACAAAACA AAAAACA,AAAAAC,AAAAACAAAAC 126.47 PASS AF=0.27027,0.189189,0.0810811;AO=7,4,4;DP=38;FAO=10,7,3;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8,6,2;FSAR=2,1,1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00541086,0.00688909,0.120757;FXX=0.0263089;HRUN=4,4,8;LEN=5,6,1;MLLD=228.588,226.325,5.24173;QD=13.6728;RBI=0.0206025,0.0165432,0.186596;REFB=-0.0258888,-0.0256881,-0.0466522;REVB=-0.0198793,-0.0150406,0.142253;RO=6;SAF=5,4,2;SAR=2,0,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0441607,0.684163,-0.156622;STB=0.732826,0.809831,0.66556;STBP=0.094,0.075,0.659;TYPE=del,del,del;VARB=0.0224516,0.0182743,-0.01189;OID=.,.,.;OPOS=14184057,14184062,14184067;OREF=AAAAC,AAAACA,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=AAAAACA,AAAAAC,AAAAACAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027,0.189189,0.0810811:7,4,4:38:10,7,3:37:17:8,6,2:2,1,1:8:9:41:6:5,4,2:2,0,2:4:2 chr3 14187449 . G T 2380.28 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.378;QD=63.9;RBI=0.0360019;REFB=0;REVB=0.0354833;RO=0;SAF=70;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4124e-05;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:148:149:1:78:70:0:0:79:70:0:0 chr3 14197987 . A G,T 801.5 PASS AF=0.0350877,0.964912;AO=2,51;DP=54;FAO=2,55;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977369,0.0190184;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.641,239.291;QD=56.2455;RBI=0.0235471,0.0278601;REFB=0,0;REVB=0.0214229,0.0203589;RO=0;SAF=0,27;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.025447,-0.00158996;OID=.,.;OPOS=14197987,14197987;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:57:0:0:2,51:2,55:0.0350877,0.964912:2,24:0,27:0:0:2,26:0,29:0:0 chr3 14199887 . G A 468.51 PASS AF=0.54878;AO=46;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0150147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.984;QD=22.8542;RBI=0.067938;REFB=-0.0236525;REVB=-0.0662581;RO=36;SAF=29;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108217;STB=0.574386;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0176671;OID=.;OPOS=14199887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:37:46:45:0.54878:17:29:18:18:16:29:18:19 chr3 14436184 . GT G 2141.52 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409673;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.654;QD=61.6264;RBI=0.0411243;REFB=0;REVB=-0.00359004;RO=0;SAF=78;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000360463;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:131:133:139:139:0:85:54:0:0:12:0:78:53:0:0 chr3 14526656 . A G 104.56 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0146999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2813;QD=19.9158;RBI=0.0262618;REFB=-0.000381037;REVB=-0.0217622;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186247;STB=0.606124;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=2.24956e-05;OID=.;OPOS=14526656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:3:6:5:7:3:6 chr3 14551343 . C T 588.92 PASS AF=0.442857;AO=62;DP=140;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.007814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.206;QD=16.8263;RBI=0.0109978;REFB=-0.00650576;REVB=-0.00773912;RO=77;SAF=36;SAR=26;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1635;STB=0.594465;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00814091;OID=.;OPOS=14551343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:77:78:62:62:0.442857:26:36:32:45:26:36:32:46 chr3 14551444 . A G 2714.78 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3483;QD=62.4088;RBI=0.0452556;REFB=0;REVB=-0.0286337;RO=0;SAF=80;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100779;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:94:80:0:0:94:80:0:0 chr3 14552994 . A G 758.75 PASS AF=0.966102;AO=51;DP=53;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0616212;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.7626;QD=51.441;RBI=0.0929872;REFB=-0.0322114;REVB=0.069638;RO=2;SAF=23;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391953;STB=0.516661;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00480905;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:59:2:2:51:57:0.966102:28:23:2:0:28:29:2:0 chr3 14555216 . T C 1827.3 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195779;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5897;QD=61.4219;RBI=0.0252324;REFB=0;REVB=-0.015918;RO=0;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10963e-05;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:62:57:0:0:62:57:0:0 chr3 14555811 . A G 1128.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9406;QD=60.1924;RBI=0.048091;REFB=0;REVB=0.042222;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179069;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr3 14561627 . A AG 1795.75 PASS AF=1;AO=151;DP=161;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0983009;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.185;QD=45.4621;RBI=0.100135;REFB=0;REVB=0.0190791;RO=9;SAF=77;SAR=74;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487387;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0007129;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:151:161:158:158:0:80:78:0:0:32:9:77:74:5:4 chr3 14563258 . A G 2606.86 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220026;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6481;QD=62.0681;RBI=0.0403215;REFB=0;REVB=-0.0337892;RO=0;SAF=92;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02044e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49183e-05;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:168:0:0:168:168:1:76:92:0:0:76:92:0:0 chr3 14798976 . G A 2362.76 PASS AF=0.476562;AO=241;DP=512;FAO=244;FDP=512;FR=.;FRO=268;FSAF=94;FSAR=150;FSRF=125;FSRR=143;FWDB=-0.0238195;FXX=0.00967099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.186;QD=18.4591;RBI=0.0278525;REFB=-0.0106312;REVB=0.0144358;RO=266;SAF=91;SAR=150;SRF=124;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877138;STB=0.543943;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0105017;OID=.;OPOS=14798976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:512:512:266:268:241:244:0.476562:150:91:124:142:150:94:125:143 chr3 14801487 . G A 681.68 PASS AF=0.395833;AO=76;DP=191;FAO=76;FDP=192;FR=.;FRO=116;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=-0.0167051;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.442;QD=14.2017;RBI=0.0169038;REFB=-0.0177901;REVB=-0.00258406;RO=114;SAF=29;SAR=47;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110519;STB=0.562818;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0282464;OID=.;OPOS=14801487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:114:116:76:76:0.395833:47:29:55:59:47:29:56:60 chr3 14939479 . G T 647.58 PASS AF=0.428571;AO=72;DP=168;FAO=72;FDP=168;FR=.;FRO=96;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=0.0216082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2484;QD=15.4186;RBI=0.0428594;REFB=-0.012461;REVB=0.0370137;RO=96;SAF=42;SAR=30;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220171;STB=0.512292;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0212863;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:96:96:72:72:0.428571:30:42:58:38:30:42:58:38 chr3 15084867 . GTATATATATATAT GTATATATATAATA,GTATATATATAT,GTATATATATATA,GTATATATATATAA,GTGTATATATATAT 1073.33 PASS AF=0.0533333,0,0.88,0.04,0.0266667;AO=7,10,29,15,3;DP=78;FAO=4,0,66,3,2;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,26,1,0;FSAR=3,0,40,2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020448,0.0114763,0.00677183,0.00326117,0.00560473;FXX=0;HRUN=1,1,1,1,1;LEN=3,2,1,1,1;MLLD=146.841,153.775,161.088,156.96,72.8012;QD=57.2441;RBI=0.158489,0.20893,0.224049,0.194763,0.159808;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.158476,0.208615,0.223946,0.194736,0.15971;RO=0;SAF=0,0,9,12,0;SAR=7,10,20,3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp,snp;VARB=0.0948312,0,-0.00836481,-0.00259117,0.026862;OID=.,.,.,.,.;OPOS=15084878,15084868,15084880,15084880,15084869;OREF=TAT,TA,T,T,A;OALT=ATA,-,-,A,G;OMAPALT=GTATATATATAATA,GTATATATATAT,GTATATATATATA,GTATATATATATAA,GTGTATATATATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0533333,0,0.88,0.04,0.0266667:7,10,29,15,3:78:4,0,66,3,2:75:0:1,0,26,1,0:3,0,40,2,2:0:0:12:0:0,0,9,12,0:7,10,20,3,3:0:0 chr3 15113519 . C T 579.67 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00100979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.874;QD=20.3393;RBI=0.0085897;REFB=-0.0181931;REVB=-0.00853014;RO=55;SAF=31;SAR=28;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077891;STB=0.542877;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0168899;OID=.;OPOS=15113519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:28:31:24:31:28:31:24:31 chr3 15115478 . C T 683.64 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=149;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.00633786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.208;QD=18.3527;RBI=0.00730122;REFB=-0.0155326;REVB=0.00362482;RO=77;SAF=35;SAR=34;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116516;STB=0.509534;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0151154;OID=.;OPOS=15115478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:77:80:69:69:0.463087:34:35:40:37:34:35:42:38 chr3 15115723 . T C 707.96 PASS AF=0.47973;AO=70;DP=147;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.02689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3266;QD=19.134;RBI=0.0281247;REFB=-0.000503809;REVB=0.00824167;RO=77;SAF=34;SAR=36;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295512;STB=0.51269;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00141977;OID=.;OPOS=15115723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:77:77:70:71:0.47973:36:34:35:42:37:34:35:42 chr3 15115872 . A G 564.98 PASS AF=0.472;AO=58;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0141162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2061;QD=18.0792;RBI=0.0599953;REFB=-0.00996478;REVB=-0.058311;RO=66;SAF=25;SAR=33;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521077;STB=0.532699;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00841432;OID=.;OPOS=15115872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:66:58:59:0.472:33:25:32:34:34:25:32:34 chr3 15117125 . G A 316.02 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0217785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.594;QD=12.7685;RBI=0.0303421;REFB=-0.0339199;REVB=-0.0211268;RO=55;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680863;STB=0.510198;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0619274;OID=.;OPOS=15117125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:55:63:36:36:0.363636:20:16:21:34:20:16:29:34 chr3 15216429 . C T 1195.39 PASS AF=0.522321;AO=117;DP=224;FAO=117;FDP=224;FR=.;FRO=107;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=0.0173136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8242;QD=21.3462;RBI=0.0205295;REFB=0.00107349;REVB=-0.0110317;RO=107;SAF=55;SAR=62;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00573802;STB=0.503138;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.000896794;OID=.;OPOS=15216429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:107:107:117:117:0.522321:62:55:51:56:62:55:51:56 chr3 15216703 . A T 571.46 PASS AF=0.495798;AO=58;DP=118;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00458168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.077;QD=19.2088;RBI=0.00702148;REFB=-0.00609925;REVB=-0.00532065;RO=60;SAF=23;SAR=35;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662364;STB=0.539986;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00596634;OID=.;OPOS=15216703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:60:60:58:59:0.495798:35:23:28:32:36:23:28:32 chr3 15492150 . C T 1659.51 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000383766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7992;QD=60.3458;RBI=0.0135411;REFB=0;REVB=-0.0135357;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19445e-05;OID=.;OPOS=15492150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:60:50:0:0:60:50:0:0 chr3 15492786 . T A 1540.4 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.834;QD=59.8215;RBI=0.0246043;REFB=0;REVB=-0.0225655;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88843e-05;OID=.;OPOS=15492786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:47:56:0:0:47:56:0:0 chr3 15492807 . G A 1641.72 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00477495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0902;QD=60.2466;RBI=0.111304;REFB=0;REVB=0.111201;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490296;OID=.;OPOS=15492807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:53:56:0:0:53:56:0:0 chr3 15509327 . C G 2994.92 PASS AF=0.953052;AO=203;DP=213;FAO=203;FDP=213;FR=.;FRO=10;FSAF=114;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00333546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.461;QD=56.2427;RBI=0.0163394;REFB=-0.0792703;REVB=0.0159954;RO=10;SAF=114;SAR=89;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326345;STB=0.517162;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00508294;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:213:213:10:10:203:203:0.953052:89:114:2:8:89:114:2:8 chr3 15515695 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.683;QD=64.1533;RBI=0.0167226;REFB=0;REVB=-0.00265298;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103471;OID=.;OPOS=15515695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:15:34:0:0:15:34:0:0 chr3 15516481 . T C 1642.79 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.056391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.8326;QD=59.1995;RBI=0.0564161;REFB=-0.0413983;REVB=0.0016819;RO=1;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736047;STB=0.503875;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000102832;OID=.;OPOS=15516481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:64:46:0:1:64:46:0:1 chr3 15548131 . A G 878.15 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=68;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0194543;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.124;QD=52.4268;RBI=0.019625;REFB=-0.0774814;REVB=-0.00258306;RO=2;SAF=46;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523598;STB=0.552614;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000567289;OID=.;OPOS=15548131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:67:2:4:63:63:0.940299:17:46:0:2:17:46:0:4 chr3 15548227 . G A 2221.78 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214693;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.22;QD=63.4795;RBI=0.0228139;REFB=0;REVB=0.0077163;RO=0;SAF=79;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85646e-05;OID=.;OPOS=15548227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:61:79:0:0:61:79:0:0 chr3 15643043 . A G 1048.06 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.204;QD=58.2253;RBI=0.0291559;REFB=0.0872569;REVB=0.0259184;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.506665;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000228718;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:34:37:0:0:34:37:1:0 chr3 15643175 . G A 1362.36 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060409;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.883;QD=62.6374;RBI=0.0125481;REFB=0;REVB=0.0109983;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129202;OID=.;OPOS=15643175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr3 15686776 . T C 1381.73 PASS AF=0.482639;AO=139;DP=288;FAO=139;FDP=288;FR=.;FRO=149;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=79;FSRR=70;FWDB=-0.0217507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.693;QD=19.1907;RBI=0.021755;REFB=-0.0113906;REVB=0.000433958;RO=147;SAF=67;SAR=72;SRF=78;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454191;STB=0.524914;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0145404;OID=.;OPOS=15686776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:147:149:139:139:0.482639:72:67:78:69:72:67:79:70 chr3 15710011 . T C 575.95 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.144;QD=60.6262;RBI=0.0536594;REFB=0;REVB=0.0455653;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110984;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:28:9:0:0:28:10:0:0 chr3 16261420 . C T 492.84 PASS AF=0.404412;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=0.0169948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.75;QD=14.4952;RBI=0.0177813;REFB=-0.0155871;REVB=-0.00522998;RO=80;SAF=29;SAR=26;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638738;STB=0.539173;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0245981;OID=.;OPOS=16261420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:80:81:55:55:0.404412:26:29:47:33:26:29:48:33 chr3 16305674 . C G 918.44 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0975295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6855;QD=58.3134;RBI=0.100183;REFB=0;REVB=0.0229045;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424446;OID=.;OPOS=16305674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:35:26:0:0:36:27:0:0 chr3 16312564 . C T 3003.01 PASS AF=0.985075;AO=198;DP=201;FAO=198;FDP=201;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=124;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00377117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.733;QD=59.7614;RBI=0.0348977;REFB=-0.132124;REVB=0.0346933;RO=2;SAF=74;SAR=124;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126958;STB=0.509933;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0012759;OID=.;OPOS=16312564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:201:201:2:3:198:198:0.985075:124:74:2:0:124:74:3:0 chr3 16327855 . T G 3756.04 PASS AF=0.976654;AO=250;DP=257;FAO=251;FDP=257;FR=.;FRO=6;FSAF=99;FSAR=152;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0316602;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0976;QD=58.4598;RBI=0.057987;REFB=-0.0460232;REVB=0.0485812;RO=4;SAF=99;SAR=151;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325993;STB=0.510676;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00205806;OID=.;OPOS=16327855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:257:257:4:6:250:251:0.976654:151:99:2:2:152:99:5:1 chr3 16457700 . C T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0013776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.853;QD=15.2296;RBI=0.0074328;REFB=0.000948131;REVB=-0.00730402;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012562;STB=0.507239;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00120295;OID=.;OPOS=16457700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:12:7:10:18:12:7:10:18 chr3 16535229 . C T 264.0 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=35;FWDB=0.0557732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.886;QD=15.3043;RBI=0.0561469;REFB=-0.0156616;REVB=-0.00646701;RO=39;SAF=10;SAR=20;SRF=4;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294126;STB=0.662563;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0190756;OID=.;OPOS=16535229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:20:10:4:35:20:10:4:35 chr3 16646745 . C G 1282.98 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7869;QD=61.8302;RBI=0.020345;REFB=0;REVB=-0.0188092;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29871e-05;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr3 16926642 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.752;QD=35.5759;RBI=0.0567641;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00295492;OID=.;OPOS=16926642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr3 16926648 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8934;QD=42.1826;RBI=0.0671054;REFB=0;REVB=0.0654352;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171967;OID=.;OPOS=16926648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr3 16926666 . T G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.674;QD=49.5944;RBI=0.0244785;REFB=0;REVB=0.02215;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022065;OID=.;OPOS=16926666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr3 17053499 . A G 437.89 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0154691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9833;QD=19.0385;RBI=0.0466741;REFB=-0.0216462;REVB=-0.0440361;RO=48;SAF=14;SAR=30;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162448;STB=0.509046;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0226724;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:30:14:16:32:30:14:16:32 chr3 17300057 . T C 552.05 PASS AF=0.360656;AO=49;DP=187;FAO=66;FDP=183;FR=.,HEALED;FRO=117;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=73;FWDB=0.0244546;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.239;QD=12.0666;RBI=0.0306337;REFB=-0.0132664;REVB=-0.0184498;RO=99;SAF=21;SAR=28;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423704;STB=0.530111;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0241993;OID=.;OPOS=17300057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:183:99:117:49:66:0.360656:28:21:46:53:44:22:44:73 chr3 17741409 . C G 2341.42 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501001;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3123;QD=63.7121;RBI=0.00591656;REFB=0;REVB=0.0031473;RO=0;SAF=60;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930699;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:145:147:1:85:60:0:0:86:61:0:0 chr3 18055231 . A C 1794.9 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.197;QD=60.8439;RBI=0.0574317;REFB=0;REVB=0.0261755;RO=0;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416588;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:70:46:0:0:71:47:0:0 chr3 18427924 . G T 3825.38 PASS AF=0.892256;AO=265;DP=297;FAO=265;FDP=297;FR=.;FRO=32;FSAF=133;FSAR=132;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=0.00835502;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.109;QD=51.5203;RBI=0.0119351;REFB=0.00300882;REVB=0.00852295;RO=26;SAF=133;SAR=132;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590596;STB=0.540592;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-6.26442e-05;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:26:32:265:265:0.892256:132:133:4:22:132:133:4:28 chr3 18427925 . G T 54.17 PASS AF=0.0726073;AO=22;DP=303;FAO=22;FDP=303;FR=.;FRO=281;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=136;FSRR=145;FWDB=-0.0175517;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.4536;QD=0.715134;RBI=0.0511278;REFB=-0.0153949;REVB=0.0480207;RO=281;SAF=1;SAR=21;SRF=136;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517982;STB=0.945009;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0441158;OID=.;OPOS=18427925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:303:303:281:281:22:22:0.0726073:21:1:136:145:21:1:136:145 chr3 18459188 . A G 627.71 PASS AF=0.448276;AO=65;DP=145;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.012705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.595;QD=17.316;RBI=0.0145345;REFB=-0.0104163;REVB=-0.00705949;RO=80;SAF=35;SAR=30;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115104;STB=0.506408;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00996374;OID=.;OPOS=18459188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:80:80:65:65:0.448276:30:35:44:36:30:35:44:36 chr3 19930130 . A T 500.03 PASS AF=0.471074;AO=51;DP=115;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0124439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.191;QD=16.53;RBI=0.0159121;REFB=-0.0430874;REVB=-0.00991696;RO=64;SAF=24;SAR=27;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106717;STB=0.536728;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0400502;OID=.;OPOS=19930130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:121:64:64:51:57:0.471074:27:24:37:27:28:29:37:27 chr3 19959756 . G A 394.44 PASS AF=0.370079;AO=47;DP=127;FAO=47;FDP=127;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=61;FWDB=-0.00182183;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.852;QD=12.4233;RBI=0.0113489;REFB=-0.00214264;REVB=0.0112017;RO=80;SAF=15;SAR=32;SRF=19;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109213;STB=0.561796;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00394325;OID=.;OPOS=19959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:80:80:47:47:0.370079:32:15:19:61:32:15:19:61 chr3 19961330 . CT TC 673.95 PASS AF=0.5;AO=67;DP=133;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00317624;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.739;QD=20.1179;RBI=0.0514002;REFB=-0.0054657;REVB=0.051302;RO=66;SAF=32;SAR=35;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620464;STB=0.529982;STBP=0.5;TYPE=mnp;VARB=0.00784102;OID=.;OPOS=19961330;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:66:67:67:67:0.5:35:32:27:39:35:32:28:39 chr3 19975215 . C A 491.94 PASS AF=0.40146;AO=53;DP=135;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0166889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.773;QD=14.3632;RBI=0.0170777;REFB=-0.0205994;REVB=-0.00362342;RO=80;SAF=27;SAR=26;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165929;STB=0.520025;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0288849;OID=.;OPOS=19975215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:80:82:53:55:0.40146:26:27:42:38:28:27:43:39 chr3 19992432 . G T 2388.37 PASS AF=0.9875;AO=158;DP=160;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.014716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=359.858;QD=59.7091;RBI=0.0148863;REFB=-0.028674;REVB=0.00224521;RO=2;SAF=63;SAR=95;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991037;STB=0.505208;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-3.01007e-06;OID=.;OPOS=19992432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:160:2:2:158:158:0.9875:95:63:0:2:95:63:0:2 chr3 20042834 . C T 418.03 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0679104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2531;QD=19.9062;RBI=0.0685659;REFB=-0.00516251;REVB=-0.00945825;RO=42;SAF=23;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644755;STB=0.535778;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00329442;OID=.;OPOS=20042834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:19:23:20:22:19:23:20:22 chr3 20053581 . C T 539.53 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0597462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9425;QD=24.524;RBI=0.0628819;REFB=-0.00842114;REVB=-0.0196092;RO=37;SAF=17;SAR=33;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327925;STB=0.525886;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00900546;OID=.;OPOS=20053581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:38:50:50:0.568182:33:17:14:23:33:17:15:23 chr3 20113830 . G A 560.55 PASS AF=0.412903;AO=64;DP=155;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.0101718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0079;QD=14.4659;RBI=0.013453;REFB=-0.00803029;REVB=0.00880438;RO=91;SAF=30;SAR=34;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129851;STB=0.572781;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0115735;OID=.;OPOS=20113830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:91:91:64:64:0.412903:34:30:54:37:34:30:54:37 chr3 20216074 . TA AT 34.81 PASS AF=0.26087;AO=4;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0938508;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=23.3392;QD=6.05305;RBI=0.0992377;REFB=-0.0669934;REVB=-0.0322511;RO=10;SAF=3;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282644;STB=0.590616;STBP=0.61;TYPE=mnp;VARB=0.00103007;OID=.;OPOS=20216074;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:10:16:4:6:0.26087:1:3:5:5:3:3:6:10 chr3 20216519 . T A 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0413727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.061;QD=15.4098;RBI=0.0444061;REFB=-0.00176973;REVB=0.0161306;RO=33;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064968;STB=0.542139;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00232711;OID=.;OPOS=20216519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:19:8:8:25:19:8:8:26 chr3 20549191 . G A 2006.89 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.413;QD=62.2292;RBI=0.0129547;REFB=0;REVB=0.000117943;RO=0;SAF=51;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4829e-05;OID=.;OPOS=20549191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:77:51:0:0:78:51:0:0 chr3 21462754 . A G 3126.11 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.25428e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.943;QD=61.5983;RBI=0.0294183;REFB=0;REVB=0.0294183;RO=0;SAF=111;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19097e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3684e-05;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:203:0:0:202:203:1:91:111:0:0:92:111:0:0 chr3 21462787 . G A 3114.63 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344717;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.753;QD=61.372;RBI=0.0465041;REFB=-0.067638;REVB=0.0312143;RO=1;SAF=113;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419675;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000946166;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:204:203:1:0:203:203:1:90:113:1:0:90:113:0:0 chr3 21553208 . T C 1203.37 PASS AF=0.397059;AO=135;DP=340;FAO=135;FDP=340;FR=.;FRO=205;FSAF=64;FSAR=71;FSRF=90;FSRR=115;FWDB=0.00361219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.855;QD=14.1574;RBI=0.00375958;REFB=-0.0140451;REVB=-0.00104235;RO=204;SAF=64;SAR=71;SRF=90;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355264;STB=0.521233;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0268517;OID=.;OPOS=21553208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:340:204:205:135:135:0.397059:71:64:90:114:71:64:90:115 chr3 21553248 . A T 1163.27 PASS AF=0.39521;AO=131;DP=331;FAO=132;FDP=334;FR=.;FRO=202;FSAF=55;FSAR=77;FSRF=79;FSRR=123;FWDB=-0.0285193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.016;QD=13.9314;RBI=0.0372372;REFB=-0.0162464;REVB=-0.0239428;RO=200;SAF=55;SAR=76;SRF=79;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276434;STB=0.515993;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0237569;OID=.;OPOS=21553248;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:334:200:202:131:132:0.39521:76:55:79:121:77:55:79:123 chr3 23312442 . C G 419.93 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0150645;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.986;QD=13.1227;RBI=0.0165936;REFB=0.00548771;REVB=0.00695751;RO=79;SAF=32;SAR=17;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218357;STB=0.624136;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00605251;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:79:79:49:49:0.382812:17:32:36:43:17:32:36:43 chr3 24006477 . T A 1026.17 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7953;QD=59.4879;RBI=0.0307367;REFB=0;REVB=0.0259947;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290293;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:36:33:0:0 chr3 24184995 . G A 741.85 PASS AF=0.578512;AO=70;DP=121;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00681911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8393;QD=24.5239;RBI=0.0445612;REFB=0.0248076;REVB=0.0440363;RO=51;SAF=48;SAR=22;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147869;STB=0.580821;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0198469;OID=.;OPOS=24184995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:51:51:70:70:0.578512:22:48:26:25:22:48:26:25 chr3 25393837 . T C 481.83 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00694058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.55;QD=22.1531;RBI=0.0445447;REFB=-0.0365089;REVB=-0.0440006;RO=40;SAF=19;SAR=27;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1234;STB=0.572275;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0328599;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:40:46:47:0.54023:27:19:11:29:27:20:11:29 chr3 25638915 . T A 111.74 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0162288;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=28.737;QD=6.04003;RBI=0.0187745;REFB=-0.00612039;REVB=0.00943984;RO=46;SAF=2;SAR=19;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.642845;STB=0.894628;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0546053;OID=.;OPOS=25638915;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:46:53:21:21:0.283784:19:2:28:18:19:2:33:20 chr3 25904828 . A G 578.4 PASS AF=0.413333;AO=62;DP=150;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.00942487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.179;QD=15.424;RBI=0.0235295;REFB=-0.0129715;REVB=0.0215595;RO=88;SAF=31;SAR=31;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593863;STB=0.533323;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0172619;OID=.;OPOS=25904828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:88:88:62:62:0.413333:31:31:39:49:31:31:39:49 chr3 27204052 . G A 872.94 PASS AF=0.470899;AO=89;DP=189;FAO=89;FDP=189;FR=.;FRO=100;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=67;FWDB=-0.00538637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2088;QD=18.4749;RBI=0.0689342;REFB=-0.0101735;REVB=0.0687234;RO=100;SAF=46;SAR=43;SRF=33;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17839;STB=0.5983;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0119636;OID=.;OPOS=27204052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:100:100:89:89:0.470899:43:46:33:67:43:46:33:67 chr3 27243045 . G C 872.59 PASS AF=0.517857;AO=86;DP=168;FAO=87;FDP=168;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.000430864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.732;QD=20.7759;RBI=0.00775332;REFB=-0.012625;REVB=-0.00774134;RO=81;SAF=41;SAR=45;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674035;STB=0.50103;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0121528;OID=.;OPOS=27243045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:81:81:86:87:0.517857:45:41:38:43:46:41:38:43 chr3 27296796 . C G 294.65 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0134182;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.468;QD=14.9191;RBI=0.0480757;REFB=0.000664499;REVB=0.0461652;RO=44;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058846;STB=0.52335;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.000642339;OID=.;OPOS=27296796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:46:33:33:0.417722:22:11:17:27:22:11:17:29 chr3 27296822 . A T 199.51 PASS AF=0.40678;AO=22;DP=57;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00879016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.292;QD=13.5259;RBI=0.0242605;REFB=-0.00818307;REVB=0.0226121;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175007;STB=0.577404;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0121648;OID=.;OPOS=27296822;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:35:35:22:24:0.40678:13:9:9:26:15:9:9:26 chr3 27297816 . G C 483.42 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.000972583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.419;QD=17.579;RBI=0.00351049;REFB=-0.000459671;REVB=-0.00337307;RO=58;SAF=22;SAR=30;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737438;STB=0.541003;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.000579854;OID=.;OPOS=27297816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:58:52:52:0.472727:30:22:29:29:30:22:29:29 chr3 27307155 . C T 198.28 PASS AF=0.266055;AO=29;DP=109;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0316091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.735;QD=7.27637;RBI=0.0946527;REFB=0.00208316;REVB=-0.0892188;RO=80;SAF=17;SAR=12;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121351;STB=0.57274;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00752975;OID=.;OPOS=27307155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:80:80:29:29:0.266055:12:17:39:41:12:17:39:41 chr3 27326097 . G T 483.01 PASS AF=0.490566;AO=51;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00387377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.859;QD=18.2268;RBI=0.0159197;REFB=-0.0149682;REVB=-0.0154412;RO=54;SAF=26;SAR=25;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112008;STB=0.566135;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0192603;OID=.;OPOS=27326097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:51:52:0.490566:25:26:21:33:25:27:21:33 chr3 27326451 . A G 361.9 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.022802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.533;QD=21.2881;RBI=0.0263458;REFB=-0.026475;REVB=0.0131973;RO=30;SAF=18;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704034;STB=0.54543;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0303983;OID=.;OPOS=27326451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:30:31:37:37:0.544118:19:18:12:18:19:18:12:19 chr3 27332820 . A G 395.47 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00342949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.542;QD=17.5764;RBI=0.0190526;REFB=0.00632166;REVB=0.0187414;RO=48;SAF=20;SAR=21;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129753;STB=0.576991;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0039987;OID=.;OPOS=27332820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:48:49:41:41:0.455556:21:20:17:31:21:20:17:32 chr3 27424718 . A G 2178.51 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1825;QD=63.1452;RBI=0.0486273;REFB=0;REVB=0.0031798;RO=0;SAF=59;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018162;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:79:59:0:0:79:59:0:0 chr3 27761702 . GCCCCCCT GCCCCCTC 74.01 PASS AF=0.104418;AO=33;DP=254;FAO=26;FDP=249;FR=.,HEALED;FRO=222;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=87;FSRR=135;FWDB=-0.053794;FXX=0.0158097;HRUN=6;LEN=2;MLLD=95.5144;QD=1.18888;RBI=0.0644003;REFB=-0.00640424;REVB=-0.0354064;RO=153;SAF=22;SAR=11;SRF=60;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343042;STB=0.844586;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.170809;OID=.;OPOS=27761708;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=GCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.104418:33:254:26:249:222:21:5:87:135:66:153:22:11:60:93 chr3 28520417 . T A 1308.48 PASS AF=0.515873;AO=130;DP=251;FAO=130;FDP=252;FR=.;FRO=122;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=51;FSRR=71;FWDB=-0.00886371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.602;QD=20.7696;RBI=0.0149928;REFB=-0.00971277;REVB=0.0120921;RO=121;SAF=54;SAR=76;SRF=51;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553061;STB=0.501319;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0119553;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:121:122:130:130:0.515873:76:54:51:70:76:54:51:71 chr3 28617460 . GCGCCGC G 316.77 PASS AF=0.295775;AO=36;DP=50;FAO=42;FDP=142;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=76;FWDB=-0.0161768;FXX=0.183897;HRUN=1;LEN=6;MLLD=239.055;QD=8.92308;RBI=0.0172352;REFB=-0.0186262;REVB=-0.00594677;RO=3;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445524;STB=0.65498;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=0.0503712;OID=.;OPOS=28617461;OREF=CGCCGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295775:36:50:42:142:100:5:37:24:76:99:3:6:30:0:3 chr3 29804487 . A T 735.1 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0307999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.008;QD=61.2586;RBI=0.0353452;REFB=-0.188646;REVB=-0.0173393;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159432;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000749794;OID=.;OPOS=29804487;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:47:47:0.979167:29:18:0:1:29:18:0:1 chr3 30827904 . A G 245.87 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0110072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.264;QD=17.8815;RBI=0.0218813;REFB=-0.00907126;REVB=0.0189112;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471705;STB=0.528434;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00547409;OID=.;OPOS=30827904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:24:28:27:27:0.490909:15:12:12:12:15:12:14:14 chr3 30880518 . C T 946.3 PASS AF=0.489583;AO=94;DP=192;FAO=94;FDP=192;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=0.0404321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.991;QD=19.7146;RBI=0.0460645;REFB=-0.00249777;REVB=-0.0220724;RO=96;SAF=38;SAR=56;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117976;STB=0.507454;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00238702;OID=.;OPOS=30880518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:96:98:94:94:0.489583:56:38:40:56:56:38:41:57 chr3 31203236 . TATATACACAC T,TATGTGTACAT 61.49 PASS AF=0.108108,0.0405405;AO=21,3;DP=72;FAO=8,3;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=7,3;FSAR=1,0;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.042305,0.00465831;FXX=0.0263123;HRUN=1,1;LEN=10,8;MLLD=102.287,226.638;QD=3.32389;RBI=0.0425342,0.00472661;REFB=-0.00030036,-0.00432139;REVB=0.00440925,-0.000800615;RO=38;SAF=20,3;SAR=1,0;SRF=18;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.691736,0.524495;STB=0.810267,0.995987;STBP=0.11,0.122;TYPE=del,mnp;VARB=0.0131347,0.0292086;OID=.,.;OPOS=31203237,31203239;OREF=ATATACACAC,ATACACAC;OALT=-,GTGTACAT;OMAPALT=T,TATGTGTACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108108,0.0405405:21,3:72:8,3:74:63:7,3:1,0:37:26:46:38:20,3:1,0:18:20 chr3 31270258 . T C 2336.82 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736947;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.673;QD=61.0934;RBI=0.0781381;REFB=0;REVB=0.0259741;RO=0;SAF=74;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60783e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108044;OID=.;OPOS=31270258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:79:74:0:0:79:74:0:0 chr3 31712393 . C T 830.92 PASS AF=0.417778;AO=89;DP=222;FAO=94;FDP=225;FR=.;FRO=131;FSAF=61;FSAR=33;FSRF=64;FSRR=67;FWDB=0.00712751;FXX=0.0663873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.857;QD=14.7719;RBI=0.0248279;REFB=-0.00974374;REVB=-0.0237828;RO=111;SAF=61;SAR=28;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119391;STB=0.596556;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0164997;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:225:111:131:89:94:0.417778:28:61:64:47:33:61:64:67 chr3 31712394 . G T 33.95 PASS AF=0.0622407;AO=13;DP=221;FAO=15;FDP=241;FR=.;FRO=226;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=127;FSRR=99;FWDB=-0.00401197;FXX=0.0122946;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.565;QD=0.563451;RBI=0.058014;REFB=-0.0134031;REVB=-0.0578751;RO=208;SAF=0;SAR=13;SRF=127;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58446;STB=0.881686;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0768312;OID=.;OPOS=31712394;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:221:241:208:226:13:15:0.0622407:13:0:127:81:13:2:127:99 chr3 31725316 . G A 1469.45 PASS AF=0.480892;AO=151;DP=314;FAO=151;FDP=314;FR=.;FRO=163;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=74;FSRR=89;FWDB=-0.00112752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2837;QD=18.7192;RBI=0.0141724;REFB=-0.00373869;REVB=0.0141275;RO=159;SAF=67;SAR=84;SRF=70;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327038;STB=0.505397;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00339328;OID=.;OPOS=31725316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:314:159:163:151:151:0.480892:84:67:70:89:84:67:74:89 chr3 31725478 . G A 1528.65 PASS AF=0.508306;AO=149;DP=297;FAO=153;FDP=301;FR=.;FRO=148;FSAF=57;FSAR=96;FSRF=62;FSRR=86;FWDB=-0.00379496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.406;QD=20.3143;RBI=0.0125318;REFB=-0.0102111;REVB=-0.0119434;RO=144;SAF=57;SAR=92;SRF=59;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256346;STB=0.524082;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0115885;OID=.;OPOS=31725478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:301:144:148:149:153:0.508306:92:57:59:85:96:57:62:86 chr3 31789582 . T C 2951.01 PASS AF=0.984375;AO=186;DP=189;FAO=189;FDP=192;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=119;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0594823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0102;QD=61.4794;RBI=0.0616616;REFB=-0.0233203;REVB=0.0162486;RO=3;SAF=67;SAR=119;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100143;STB=0.50495;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000912153;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:189:192:3:3:186:189:0.984375:119:67:2:1:119:70:2:1 chr3 31839242 . T C 1079.19 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.196;QD=59.9552;RBI=0.0262157;REFB=0;REVB=-0.00934316;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65202e-05;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr3 32031135 . A G 348.89 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0139636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.31;QD=15.0061;RBI=0.0248426;REFB=-2.94651e-05;REVB=0.0205468;RO=53;SAF=14;SAR=24;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260053;STB=0.646388;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000175356;OID=.;OPOS=32031135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:55:38:38:0.408602:24:14:33:20:24:14:34:21 chr3 32031615 . A C 68.21 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0143376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.497;QD=5.56835;RBI=0.0151273;REFB=-0.00820596;REVB=-0.00482386;RO=39;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516019;STB=0.830153;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.032434;OID=.;OPOS=32031615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:2:8:14:25:2:8:14:25 chr3 32031622 . T C 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0270788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.479;QD=5.26795;RBI=0.0270925;REFB=-0.00509181;REVB=-0.000859553;RO=41;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510468;STB=0.829013;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.034708;OID=.;OPOS=32031622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:2:8:15:26:2:8:15:26 chr3 32031643 . A G 93.51 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0424582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.37;QD=6.44897;RBI=0.0433749;REFB=-0.00903646;REVB=-0.00887058;RO=43;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403982;STB=0.741293;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0363023;OID=.;OPOS=32031643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:57:58:43:44:14:14:0.241379:4:10:16:27:4:10:17:27 chr3 32031895 . G A 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0135805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.027;QD=19.177;RBI=0.014618;REFB=-0.019115;REVB=-0.00540894;RO=46;SAF=19;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744644;STB=0.541429;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0171485;OID=.;OPOS=32031895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:24:19:24:22:24:19:24:22 chr3 32031962 . A G 390.86 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.567;QD=52.1149;RBI=0.0487365;REFB=-0.0174044;REVB=0.0382861;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0051805;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:18:10:1:0:18:11:1:0 chr3 32032951 . CTT C 138.21 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00822522;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=2;MLLD=298.146;QD=9.2143;RBI=0.0130138;REFB=-0.00313234;REVB=0.0100848;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52172;STBP=0.823;TYPE=del;VARB=0.00480481;OID=.;OPOS=32032952;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383333:22:60:23:60:37:11:12:19:18:99:36:11:11:18:18 chr3 32208621 . T C 1677.22 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.734;QD=60.4404;RBI=0.0264511;REFB=0;REVB=0.0250802;RO=0;SAF=42;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39985e-05;OID=.;OPOS=32208621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:69:42:0:0:69:42:0:0 chr3 32209927 . A G 1749.4 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.07;QD=60.8486;RBI=0.0682829;REFB=0;REVB=0.0157472;RO=0;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197722;OID=.;OPOS=32209927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:67:48:0:0:67:48:0:0 chr3 32214179 . A T 1955.46 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214666;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.913;QD=62.078;RBI=0.0214781;REFB=0;REVB=-0.000702714;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68397e-05;OID=.;OPOS=32214179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:71:55:0:0:71:55:0:0 chr3 32214212 . A C 1739.85 PASS AF=0.983051;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0268276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.06;QD=58.9781;RBI=0.0292054;REFB=-0.21073;REVB=-0.0115428;RO=1;SAF=44;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664209;STB=0.506943;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000867233;OID=.;OPOS=32214212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:117:118:1:2:115:116:0.983051:71:44:0:1:71:45:0:2 chr3 32524707 . T C 279.08 PASS AF=0.357143;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0198712;FXX=0.0297;HRUN=7;LEN=1;MLLD=127.472;QD=11.3912;RBI=0.0352968;REFB=-0.00824888;REVB=-0.0291719;RO=55;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491789;STB=0.516346;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0158743;OID=.;OPOS=32524707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:98:55:63:34:35:0.357143:17:17:30:25:17:18:34:29 chr3 32611671 . G A 70.32 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00933915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.56;QD=7.40258;RBI=0.0323725;REFB=-0.00628599;REVB=-0.0309961;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169718;STB=0.605062;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0211919;OID=.;OPOS=32611671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:38:28:28:10:10:0.263158:5:5:18:10:5:5:18:10 chr3 32815230 . CA C,CT 597.44 PASS AF=0.1,0.9;AO=5,35;DP=40;FAO=4,36;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=3,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111159,-0.0087072;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=274.176,288.594;QD=59.744;RBI=0.0381428,0.0319316;REFB=0,0;REVB=0.0364871,0.0307215;RO=0;SAF=2,4;SAR=3,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0247408,-0.00174209;OID=.,.;OPOS=32815231,32815231;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:5,35:40:4,36:40:0:1,5:3,31:0:0:14:0:2,4:3,31:0:0 chr3 32927509 . G T 2476.46 PASS AF=0.993865;AO=161;DP=162;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0548358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.466;QD=60.772;RBI=0.0690305;REFB=-0.00126877;REVB=0.0419315;RO=1;SAF=71;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525787;STB=0.502762;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000101898;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:163:1:1:161:162:0.993865:90:71:0:1:90:72:0:1 chr3 32933036 . G A 778.77 PASS AF=0.506757;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00227084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.576;QD=21.0477;RBI=0.00273442;REFB=-0.0103579;REVB=0.00152326;RO=73;SAF=34;SAR=41;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115622;STB=0.500636;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0120507;OID=.;OPOS=32933036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:73:73:75:75:0.506757:41:34:33:40:41:34:33:40 chr3 32996423 . C T 226.3 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0152211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7311;QD=11.175;RBI=0.0157013;REFB=0.00383404;REVB=-0.00385313;RO=51;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149442;STB=0.519986;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00761998;OID=.;OPOS=32996423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:53:28:28:0.345679:15:13:23:28:15:13:23:30 chr3 32996509 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0106182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.608;QD=16.5274;RBI=0.0129348;REFB=-0.0116276;REVB=-0.00738665;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068086;STB=0.538431;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00641001;OID=.;OPOS=32996509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:13:16:12:13:13:16 chr3 33038747 . C G 1713.17 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0693357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4069;QD=60.6432;RBI=0.0695866;REFB=0;REVB=-0.00590428;RO=0;SAF=37;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237491;OID=.;OPOS=33038747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:76:37:0:0:76:37:0:0 chr3 33055721 . A G 2803.3 PASS AF=0.983696;AO=181;DP=185;FAO=181;FDP=184;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=118;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0155827;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.77;QD=60.9413;RBI=0.0244745;REFB=-0.100198;REVB=-0.0188727;RO=3;SAF=63;SAR=118;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022126;STB=0.511627;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000508145;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:185:184:3:3:181:181:0.983696:118:63:3:0:118:63:3:0 chr3 33138544 . A G 6385.58 PASS AF=1;AO=408;DP=410;FAO=408;FDP=408;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=227;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502465;FXX=0.00487793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.005;QD=62.6037;RBI=0.0592132;REFB=-0.00824774;REVB=0.0313288;RO=2;SAF=181;SAR=227;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000531671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82246e-06;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:410:408:2:0:408:408:1:227:181:1:1:227:181:0:0 chr3 33138549 . G A 6248.23 PASS AF=0.980723;AO=407;DP=413;FAO=407;FDP=415;FR=.;FRO=8;FSAF=181;FSAR=226;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0214497;FXX=0.00240379;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5778;QD=60.2239;RBI=0.0251246;REFB=0.0777079;REVB=-0.0130827;RO=5;SAF=180;SAR=227;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103946;STB=0.508695;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00122119;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:413:415:5:8:407:407:0.980723:227:180:0:5:226:181:0:8 chr3 33155782 . G A 404.95 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.025236;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.804;QD=16.8728;RBI=0.0300823;REFB=-0.0132571;REVB=0.0163733;RO=54;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506286;STB=0.528401;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0249977;OID=.;OPOS=33155782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:22:20:23:31:22:20:23:31 chr3 33161898 . C T 803.64 PASS AF=0.519231;AO=81;DP=156;FAO=81;FDP=156;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.00772691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.218;QD=20.606;RBI=0.0145984;REFB=-0.00537113;REVB=-0.0123858;RO=75;SAF=42;SAR=39;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129968;STB=0.500713;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00461754;OID=.;OPOS=33161898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:75:75:81:81:0.519231:39:42:39:36:39:42:39:36 chr3 33194990 . C A 1848.23 PASS AF=0.97619;AO=123;DP=126;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0447137;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=88.3175;QD=58.674;RBI=0.0478974;REFB=0.0580119;REVB=0.0171712;RO=1;SAF=63;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748166;STB=0.50368;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.000265001;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:126:126:1:3:123:123:0.97619:60:63:1:0:60:63:2:1 chr3 33195284 . G A 441.44 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=130;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=-0.0371566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.8644;QD=13.2764;RBI=0.0372812;REFB=-0.0129377;REVB=0.00304543;RO=79;SAF=25;SAR=26;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160684;STB=0.576894;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0214763;OID=.;OPOS=33195284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:79:82:51:51:0.383459:26:25:27:52:26:25:30:52 chr3 33195309 . A G 463.92 PASS AF=0.386861;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=137;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.0301714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9023;QD=13.5452;RBI=0.049757;REFB=-0.00182523;REVB=-0.0395657;RO=80;SAF=28;SAR=25;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122931;STB=0.582504;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00239447;OID=.;OPOS=33195309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:80:84:53:53:0.386861:25:28:33:47:25:28:33:51 chr3 33255592 . A G 1320.94 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.957;QD=62.162;RBI=0.0106866;REFB=0;REVB=-0.00724667;RO=0;SAF=29;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5326e-07;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:55:29:0:0:55:30:0:0 chr3 33400438 . GTT GTG,GT 393.61 PASS AF=0.0705882,0.905882;AO=6,44;DP=86;FAO=6,77;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=5,39;FSAR=1,38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0336365,-0.00630198;FXX=0.0116266;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=171.203,6.91069;QD=18.5228;RBI=0.0348581,0.220031;REFB=0.00588747,-0.0020321;REVB=-0.00914739,0.21994;RO=26;SAF=5,25;SAR=1,19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.545872,0.150702;STB=0.749058,0.512817;STBP=0.062,0.258;TYPE=snp,del;VARB=0.0108728,0.0421064;OID=.,.;OPOS=33400440,33400439;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0705882,0.905882:6,44:86:6,77:85:2:5,39:1,38:0:2:21:26:5,25:1,19:9:17 chr3 33434831 . G A 653.33 PASS AF=0.376812;AO=78;DP=207;FAO=78;FDP=207;FR=.;FRO=129;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=59;FSRR=70;FWDB=-7.47657e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.156;QD=12.6247;RBI=0.0167967;REFB=-0.012032;REVB=-0.0167965;RO=128;SAF=38;SAR=40;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288951;STB=0.518606;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.020395;OID=.;OPOS=33434831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:128:129:78:78:0.376812:40:38:59:69:40:38:59:70 chr3 33458266 . T C 337.86 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0350163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.714;QD=17.5511;RBI=0.0362105;REFB=-0.00874454;REVB=-0.00922275;RO=41;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917888;STB=0.551394;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0117108;OID=.;OPOS=33458266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:15:21:20:21:15:21:20:21 chr3 33533554 . C T 550.61 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00312045;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.695;QD=18.8244;RBI=0.0419075;REFB=-0.0019486;REVB=-0.0417911;RO=56;SAF=37;SAR=20;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107528;STB=0.571358;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00136431;OID=.;OPOS=33533554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:56:60:57:57:0.487179:20:37:30:26:20:37:31:29 chr3 33539893 . A G 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0132517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.253;QD=14.4111;RBI=0.0225266;REFB=-0.0162785;REVB=-0.0182165;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354092;STB=0.52049;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0223362;OID=.;OPOS=33539893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:11:7:10:18:11:7:10:18 chr3 33877626 . G A 1896.37 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.597;QD=61.6707;RBI=0.0365888;REFB=0;REVB=0.0136979;RO=0;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9418e-05;OID=.;OPOS=33877626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:60:62:0:0:60:63:0:0 chr3 33895391 . A G 1051.29 PASS AF=0.471366;AO=106;DP=235;FAO=107;FDP=227;FR=.;FRO=120;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=67;FSRR=53;FWDB=-9.54186e-06;FXX=0.0772326;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.905;QD=18.5249;RBI=0.0351246;REFB=-0.0135381;REVB=0.0351246;RO=117;SAF=48;SAR=58;SRF=64;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895322;STB=0.552961;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0217901;OID=.;OPOS=33895391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:227:117:120:106:107:0.471366:58:48:64:53:58:49:67:53 chr3 33905566 . C T 2349.14 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.089;QD=63.9223;RBI=0.0467783;REFB=0;REVB=0.0400852;RO=0;SAF=71;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115777;OID=.;OPOS=33905566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:146:147:1:75:71:0:0:75:72:0:0 chr3 33907945 . A G 1472.02 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.19;QD=63.3128;RBI=0.0208294;REFB=0;REVB=0.0043251;RO=0;SAF=58;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90934e-05;OID=.;OPOS=33907945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:35:58:0:0:35:58:0:0 chr3 35725250 . C T 2519.33 PASS AF=0.448217;AO=264;DP=587;FAO=264;FDP=589;FR=.;FRO=325;FSAF=106;FSAR=158;FSRF=146;FSRR=179;FWDB=-0.00585794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1314;QD=17.1092;RBI=0.0380671;REFB=-0.00022305;REVB=-0.0376137;RO=323;SAF=106;SAR=158;SRF=146;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517314;STB=0.527097;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000167014;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:587:589:323:325:264:264:0.448217:158:106:146:177:158:106:146:179 chr3 36527639 . G A 635.43 PASS AF=0.452055;AO=65;DP=146;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0192691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6079;QD=17.4091;RBI=0.0536928;REFB=0.0111064;REVB=0.0501161;RO=80;SAF=34;SAR=31;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352516;STB=0.515147;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0147632;OID=.;OPOS=36527639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:80:80:65:66:0.452055:31:34:39:41:32:34:39:41 chr3 36779707 . G A 586.88 PASS AF=0.442857;AO=61;DP=142;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0565169;FXX=0.0209776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0413;QD=16.7679;RBI=0.0726575;REFB=-0.0153133;REVB=0.0456612;RO=81;SAF=40;SAR=21;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146569;STB=0.57277;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0200023;OID=.;OPOS=36779707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:81:78:61:62:0.442857:21:40:42:39:21:41:42:36 chr3 36897630 . C A 1516.85 PASS AF=0.498316;AO=139;DP=291;FAO=148;FDP=297;FR=.;FRO=149;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=60;FSRR=89;FWDB=0.0101408;FXX=0.00999967;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.131;QD=20.429;RBI=0.0131693;REFB=0.000328854;REVB=-0.00840204;RO=149;SAF=62;SAR=77;SRF=63;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221664;STB=0.528802;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000310939;OID=.;OPOS=36897630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:297:149:149:139:148:0.498316:77:62:63:86:80:68:60:89 chr3 36897812 . T C 146.13 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.345;QD=44.9643;RBI=0.0948673;REFB=0;REVB=0.0948673;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174748;OID=.;OPOS=36897812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:13:0:0:12:13:1:10:2:0:0:13:0:0:0 chr3 36940741 . G T 1170.86 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.716;QD=60.0439;RBI=0.0312634;REFB=0;REVB=-0.029477;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253771;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:40:36:0:0:40:38:0:0 chr3 37163039 . G A 1518.89 PASS AF=1;AO=83;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133829;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.728;QD=61.3693;RBI=0.0134402;REFB=-0.0624368;REVB=-0.00123927;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23e-05;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:99:99:0:0:83:99:1:43:40:0:0:48:51:0:0 chr3 37535984 . C G 1606.65 PASS AF=1;AO=60;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=81;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521778;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.038;QD=64.9153;RBI=0.0575802;REFB=0;REVB=0.0243508;RO=0;SAF=51;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244314;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:60:99:1:9:51:0:0:18:81:0:0 chr3 37574951 . G A 2475.38 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0366409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7618;QD=60.7455;RBI=0.0533803;REFB=-0.00967272;REVB=-0.0388188;RO=1;SAF=77;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556538;STB=0.502924;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000383901;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:1:1:162:162:0.993865:85:77:0:1:85:77:0:1 chr3 37778479 . G A 68.83 PASS AF=0.137405;AO=17;DP=136;FAO=18;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=110;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=0.0245333;FXX=0.036762;HRUN=8;LEN=1;MLLD=23.3152;QD=2.10157;RBI=0.0272834;REFB=-0.0240322;REVB=-0.0119373;RO=74;SAF=5;SAR=12;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326333;STB=0.623515;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0266776;OID=.;OPOS=37778479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:136:131:74:110:17:18:0.137405:12:5:41:33:12:6:52:58 chr3 38009814 . G A 451.51 PASS AF=0.5;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00210125;FXX=0.0537577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.268;QD=20.5234;RBI=0.00876257;REFB=-0.00231334;REVB=0.0085069;RO=41;SAF=23;SAR=21;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549246;STB=0.522811;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00388787;OID=.;OPOS=38009814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:41:44:44:44:0.5:21:23:24:17:21:23:25:19 chr3 38025750 . CA C 1144.41 PASS AF=0.543269;AO=111;DP=211;FAO=113;FDP=208;FR=.;FRO=95;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=0.028214;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.635;QD=22.0079;RBI=0.028252;REFB=-0.0213171;REVB=0.00146484;RO=96;SAF=51;SAR=60;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610368;STB=0.530249;STBP=0.342;TYPE=del;VARB=0.0186319;OID=.;OPOS=38025751;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.543269:111:211:113:208:95:52:61:50:45:99:96:51:60:51:45 chr3 38038982 . T C 738.52 PASS AF=0.496552;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.105785;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9738;QD=20.3731;RBI=0.11242;REFB=0.00990862;REVB=-0.0380492;RO=66;SAF=39;SAR=33;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231761;STB=0.605998;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.011618;OID=.;OPOS=38038982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:145:66:73:72:72:0.496552:33:39:18:48:33:39:24:49 chr3 38043904 . T C 256.8 PASS AF=0.430556;AO=28;DP=69;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0147675;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.006;QD=14.2668;RBI=0.100813;REFB=-0.0301317;REVB=-0.0997253;RO=38;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463095;STB=0.530706;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0337533;OID=.;OPOS=38043904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:38:41:28:31:0.430556:12:16:20:18:12:19:23:18 chr3 38047680 . G A 468.14 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.031236;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5596;QD=16.8697;RBI=0.0447754;REFB=-0.00287868;REVB=-0.0320804;RO=58;SAF=26;SAR=25;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917259;STB=0.559215;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00726067;OID=.;OPOS=38047680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:58:60:51:51:0.459459:25:26:24:34:25:26:24:36 chr3 38047954 . G C 1091.65 PASS AF=0.455285;AO=112;DP=249;FAO=112;FDP=246;FR=.;FRO=134;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=65;FSRR=69;FWDB=-0.000686937;FXX=0.0120477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.091;QD=17.7504;RBI=0.00811649;REFB=0.00419833;REVB=0.00808737;RO=135;SAF=67;SAR=45;SRF=64;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123899;STB=0.562516;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0039306;OID=.;OPOS=38047954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:246:135:134:112:112:0.455285:45:67:64:71:45:67:65:69 chr3 38049029 . TG T 165.71 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0112628;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.141;QD=6.97705;RBI=0.146957;REFB=-0.010987;REVB=0.146525;RO=59;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120576;STB=0.583178;STBP=0.237;TYPE=del;VARB=0.0302121;OID=.;OPOS=38049030;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347368:33:96:33:95:62:17:16:24:38:99:59:17:16:24:35 chr3 38051941 . T C 1232.53 PASS AF=0.568528;AO=112;DP=197;FAO=112;FDP=197;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=75;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0475602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.488;QD=25.0261;RBI=0.0491573;REFB=-0.0146409;REVB=0.0124284;RO=83;SAF=37;SAR=75;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581723;STB=0.533187;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0132225;OID=.;OPOS=38051941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:83:85:112:112:0.568528:75:37:33:50:75:37:34:51 chr3 38080952 . T G 4598.86 PASS AF=1;AO=286;DP=286;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3349;QD=63.6521;RBI=0.12707;REFB=0;REVB=0.115465;RO=0;SAF=165;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25467e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196817;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:286:289:0:0:286:289:1:121:165:0:0:123:166:0:0 chr3 38081031 . A T 4841.29 PASS AF=1;AO=308;DP=314;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445123;FXX=0.0127384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4679;QD=62.4682;RBI=0.0252999;REFB=0;REVB=0.0249052;RO=0;SAF=155;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58392e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266742;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:314:310:0:0:308:310:1:153:155:0:0:155:155:0:0 chr3 38125705 . G A 3937.75 PASS AF=1;AO=246;DP=248;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188212;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0482;QD=64.0285;RBI=0.0188608;REFB=0;REVB=0.00122082;RO=0;SAF=102;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2026e-05;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:248:246:0:0:246:246:1:144:102:0:0:144:102:0:0 chr3 38151669 . C T 945.06 PASS AF=0.484536;AO=94;DP=195;FAO=94;FDP=194;FR=.;FRO=100;FSAF=26;FSAR=68;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.0302046;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7526;QD=19.4858;RBI=0.0553203;REFB=-0.00961904;REVB=0.0463468;RO=101;SAF=26;SAR=68;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270955;STB=0.647278;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00828225;OID=.;OPOS=38151669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:101:100:94:94:0.484536:68:26:55:46:68:26:54:46 chr3 38151731 . T C 1865.38 PASS AF=0.984;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0297988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.4051;QD=59.6921;RBI=0.0315119;REFB=-0.0487135;REVB=-0.0102483;RO=2;SAF=45;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121788;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00391348;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:125:2:2:122:123:0.984:77:45:0:2:78:45:0:2 chr3 38271881 . C T 799.87 PASS AF=0.520548;AO=75;DP=147;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0189228;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8355;QD=21.9144;RBI=0.0189628;REFB=-0.0146708;REVB=0.00123113;RO=67;SAF=34;SAR=41;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178242;STB=0.501632;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0137854;OID=.;OPOS=38271881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:67:70:75:76:0.520548:41:34:29:38:41:35:32:38 chr3 38291462 . C A 60.22 PASS AF=0.12844;AO=16;DP=109;FAO=14;FDP=109;FR=.;FRO=95;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.0320791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.325;QD=2.20999;RBI=0.0716383;REFB=-0.00338074;REVB=-0.0640544;RO=90;SAF=2;SAR=14;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538323;STB=0.92673;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0846429;OID=.;OPOS=38291462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:109:109:90:95:16:14:0.12844:14:2:49:41:13:1:53:42 chr3 38307510 . T C 708.5 PASS AF=0.473333;AO=69;DP=148;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0040097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5078;QD=18.8933;RBI=0.0416017;REFB=-0.0154985;REVB=0.041408;RO=78;SAF=39;SAR=30;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629026;STB=0.530294;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.023067;OID=.;OPOS=38307510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:78:79:69:71:0.473333:30:39:39:39:31:40:40:39 chr3 38348743 . A C 246.91 PASS AF=0.352941;AO=28;DP=83;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.015237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.303;QD=11.6193;RBI=0.0165137;REFB=-0.00963032;REVB=0.00636677;RO=54;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224985;STB=0.608626;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.013778;OID=.;OPOS=38348743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:54:55:28:30:0.352941:12:16:20:34:14:16:20:35 chr3 38350479 . T C 4742.48 PASS AF=1;AO=305;DP=309;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199792;FXX=0.00647228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.419;QD=61.7913;RBI=0.00423653;REFB=-0.010899;REVB=-0.00373584;RO=2;SAF=138;SAR=167;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0068616;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48217e-05;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:309:307:2:0:305:307:1:167:138:2:0:168:139:0:0 chr3 38350519 . G A 4943.43 PASS AF=1;AO=311;DP=316;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=184;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148158;FXX=0.0123835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.3;QD=61.9866;RBI=0.149402;REFB=-0.0989844;REVB=0.0192377;RO=1;SAF=128;SAR=183;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107276;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:316:319:1:0:311:319:1:183:128:1:0:184:135:0:0 chr3 38350543 . A G 4654.86 PASS AF=1;AO=288;DP=288;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.274;QD=63.7652;RBI=0.0176572;REFB=0;REVB=-0.0118107;RO=0;SAF=130;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35076e-05;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:288:292:0:0:288:292:1:158:130:0:0:160:132:0:0 chr3 38401839 . T C 1728.01 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.594;QD=60.1047;RBI=0.0612976;REFB=0;REVB=0.0307704;RO=1;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121996;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:115:1:0:114:115:1:54:60:0:1:55:60:0:0 chr3 38404472 . C A 808.73 PASS AF=0.436893;AO=86;DP=202;FAO=90;FDP=206;FR=.;FRO=116;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=68;FWDB=-0.0228147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.409;QD=15.7036;RBI=0.0230232;REFB=-0.0167345;REVB=0.00309131;RO=116;SAF=41;SAR=45;SRF=48;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651869;STB=0.53621;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0207925;OID=.;OPOS=38404472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:206:116:116:86:90:0.436893:45:41:48:68:47:43:48:68 chr3 38406773 . G T 1069.45 PASS AF=1;AO=63;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710068;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.115;QD=60.2506;RBI=0.0815873;REFB=0;REVB=0.0401811;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284003;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:63:71:1:35:28:0:0:40:31:0:0 chr3 38408361 . G A 1635.23 PASS AF=0.973684;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00860316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.705;QD=57.3764;RBI=0.0323527;REFB=-0.0497212;REVB=0.0311878;RO=3;SAF=45;SAR=66;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373538;STB=0.501968;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00154089;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:114:3:3:111:111:0.973684:66:45:1:2:66:45:1:2 chr3 38442504 . G A 367.13 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0359703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.88;QD=14.3972;RBI=0.0378744;REFB=0.00151155;REVB=-0.0118579;RO=60;SAF=29;SAR=13;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306605;STB=0.673376;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00221321;OID=.;OPOS=38442504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:60:42:42:0.411765:13:29:24:36:13:29:24:36 chr3 38519424 . A G 856.77 PASS AF=0.453202;AO=92;DP=203;FAO=92;FDP=203;FR=.;FRO=111;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.0124009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.888;QD=16.8822;RBI=0.0125211;REFB=-0.0174681;REVB=0.00173092;RO=111;SAF=40;SAR=52;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069202;STB=0.538387;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0192181;OID=.;OPOS=38519424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:111:111:92:92:0.453202:52:40:56:55:52:40:56:55 chr3 38525588 . G A 902.66 PASS AF=0.395437;AO=104;DP=263;FAO=104;FDP=263;FR=.;FRO=159;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=45;FSRR=114;FWDB=0.0422239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2099;QD=13.7287;RBI=0.0828938;REFB=0.013648;REVB=0.0713339;RO=159;SAF=38;SAR=66;SRF=45;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989148;STB=0.555275;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0188743;OID=.;OPOS=38525588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:159:159:104:104:0.395437:66:38:45:114:66:38:45:114 chr3 38528720 . G T 70.54 PASS AF=0.117021;AO=9;DP=89;FAO=11;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=19;FWDB=0.108479;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=25.3404;QD=3.00161;RBI=0.131984;REFB=-0.0527353;REVB=0.0751798;RO=62;SAF=1;SAR=8;SRF=46;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.666477;STB=0.846403;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.139821;OID=.;OPOS=38528720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:89:94:62:72:9:11:0.117021:8:1:46:16:8:3:53:19 chr3 38534140 . A T 97.98 PASS AF=0.175258;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0547369;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=158.694;QD=4.04029;RBI=0.0565497;REFB=-0.00481494;REVB=-0.0142035;RO=74;SAF=12;SAR=5;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326333;STB=0.701345;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0345583;OID=.;OPOS=38534140;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:97:97:74:80:17:17:0.175258:5:12:33:41:5:12:37:43 chr3 38534142 . T A 342.95 PASS AF=0.848485;AO=30;DP=85;FAO=28;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0367372;FXX=0.420979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.312;QD=41.5702;RBI=0.0560547;REFB=-0.0704537;REVB=0.0423381;RO=43;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223114;STB=0.539848;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0058138;OID=.;OPOS=38534142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:85:33:43:5:30:28:0.848485:19:11:25:18:22:6:2:3 chr3 38534296 . T C 281.56 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0510638;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8061;QD=48.9672;RBI=0.0527555;REFB=-0.118546;REVB=-0.0132528;RO=1;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249712;STB=0.512809;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00482385;OID=.;OPOS=38534296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:23:1:1:21:22:0.956522:18:3:0:1:19:3:0:1 chr3 38541161 . A C 68.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0232014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.198;QD=15.2885;RBI=0.0363283;REFB=-0.0127253;REVB=-0.0279542;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437433;STB=0.77716;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0113399;OID=.;OPOS=38541161;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:2:7:2:6:2:7:2:7 chr3 38589666 . T TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 207.55 PASS AF=0.384615;AO=18;DP=75;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.0186898;FXX=0.0579626;HRUN=3;LEN=25;MLLD=430.009;QD=12.7722;RBI=0.022681;REFB=-0.0176411;REVB=0.0128499;RO=47;SAF=10;SAR=8;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212302;STB=0.699027;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.0179416;OID=.;OPOS=38589667;OREF=-;OALT=CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:18:75:25:65:40:11:14:31:9:99:47:10:8:34:13 chr3 38590358 . C CT 317.69 PASS AF=0.505155;AO=45;DP=98;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00316384;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.2411;QD=13.1008;RBI=0.0488981;REFB=-0.00938119;REVB=0.0487957;RO=46;SAF=26;SAR=19;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130451;STB=0.556093;STBP=0.282;TYPE=ins;VARB=0.0137473;OID=.;OPOS=38590359;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505155:45:98:49:97:48:27:22:21:27:99:46:26:19:20:26 chr3 38592406 . A G 1178.5 PASS AF=0.471264;AO=123;DP=262;FAO=123;FDP=261;FR=.;FRO=138;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=63;FSRR=75;FWDB=0.0345133;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.531;QD=18.0613;RBI=0.0387348;REFB=-0.00979174;REVB=-0.0175847;RO=137;SAF=56;SAR=67;SRF=63;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439989;STB=0.500659;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00997524;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:137:138:123:123:0.471264:67:56:63:74:67:56:63:75 chr3 38598726 . CT CTC,TC 66.12 PASS AF=0.137566,0;AO=24,9;DP=193;FAO=26,0;FDP=189;FR=.;FRO=163;FSAF=9,0;FSAR=17,0;FSRF=81;FSRR=82;FWDB=-0.0268161,-0.0228681;FXX=0.0104707;HRUN=0,6;LEN=1,2;MLLD=76.4752,84.3968;QD=1.39941;RBI=0.0269749,0.022917;REFB=-0.005715,-0.00520919;REVB=-0.00292307,-0.00149651;RO=155;SAF=6,3;SAR=18,6;SRF=81;SRR=74;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.347403,-0.185668;STB=0.631868,0.5;STBP=0.169,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0787786,0.0685143;OID=.,.;OPOS=38598728,38598726;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:193:189:155:163:24,9:26,0:0.137566,0:18,6:6,3:81:74:17,0:9,0:81:82 chr3 38622467 . T C 3944.93 PASS AF=1;AO=252;DP=256;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247042;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1309;QD=61.8813;RBI=0.059676;REFB=-0.0255529;REVB=0.0543224;RO=1;SAF=152;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00312593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558384;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:256:255:1:0:252:255:1:100:152:1:0:101:154:0:0 chr3 38739574 . T C 3254.31 PASS AF=0.995305;AO=210;DP=214;FAO=212;FDP=213;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0337821;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6915;QD=61.1137;RBI=0.118961;REFB=0.0940573;REVB=0.114063;RO=2;SAF=110;SAR=100;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000428928;STB=0.502262;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000183306;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:214:213:2:1:210:212:0.995305:100:110:1:1:102:110:1:0 chr3 38739845 . A G 1572.9 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8609;QD=59.9201;RBI=0.0389107;REFB=0;REVB=-0.00188157;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121461;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:62:43:0:0:62:43:0:0 chr3 38740001 . C T 1072.43 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.205;QD=59.5792;RBI=0.00614285;REFB=0;REVB=0.00572986;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13999e-05;OID=.;OPOS=38740001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:41:30:0:0:41:31:0:0 chr3 38748833 . T C 3299.44 PASS AF=0.990741;AO=214;DP=216;FAO=214;FDP=216;FR=.;FRO=2;FSAF=106;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.022917;FXX=0.00460808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.9514;QD=61.1007;RBI=0.0379335;REFB=-0.032553;REVB=0.0302285;RO=2;SAF=106;SAR=108;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873991;STB=0.504587;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000395002;OID=.;OPOS=38748833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:216:216:2:2:214:214:0.990741:108:106:0:2:108:106:0:2 chr3 38766675 . A G 1908.28 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.76;QD=61.5575;RBI=0.036188;REFB=0;REVB=-0.00356494;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74252e-05;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:120:124:1:66:54:0:0:70:54:0:0 chr3 38768334 . T C 529.42 PASS AF=0.338462;AO=65;DP=191;FAO=66;FDP=195;FR=.;FRO=129;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=76;FWDB=0.0080653;FXX=0.0346518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.401;QD=10.8599;RBI=0.0446398;REFB=-0.00743408;REVB=-0.0439052;RO=118;SAF=26;SAR=39;SRF=44;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322089;STB=0.501204;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00892038;OID=.;OPOS=38768334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:195:118:129:65:66:0.338462:39:26:44:74:39:27:53:76 chr3 38793940 . A G 181.96 PASS AF=0.425926;AO=19;DP=51;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0187908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4323;QD=13.4784;RBI=0.0211582;REFB=-0.0246286;REVB=-0.00972502;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186477;STB=0.627956;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0677443;OID=.;OPOS=38793940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:31:31:19:23:0.425926:11:8:8:23:12:11:8:23 chr3 38793976 . G A 157.89 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0126061;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.951;QD=15.4041;RBI=0.015403;REFB=0.00216464;REVB=-0.00885088;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246335;STB=0.631437;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00288207;OID=.;OPOS=38793976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:24:17:17:0.414634:9:8:5:17:9:8:6:18 chr3 38802251 . A G 607.49 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0224644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5484;QD=23.5919;RBI=0.0283951;REFB=-0.0109267;REVB=-0.0173676;RO=42;SAF=16;SAR=43;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178978;STB=0.601022;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.014173;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:44:59:59:0.572816:43:16:20:22:43:16:21:23 chr3 38805069 . T C 903.68 PASS AF=0.463768;AO=96;DP=207;FAO=96;FDP=207;FR=.;FRO=111;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=0.00720382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.229;QD=17.4625;RBI=0.011693;REFB=0.0073647;REVB=0.00921044;RO=110;SAF=48;SAR=48;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878562;STB=0.545884;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00858087;OID=.;OPOS=38805069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:110:111:96:96:0.463768:48:48:45:65:48:48:46:65 chr3 38945560 . A G 2884.93 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.307;QD=63.0586;RBI=0.0291813;REFB=0;REVB=-0.0282877;RO=0;SAF=71;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20158e-05;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:112:71:0:0:112:71:0:0 chr3 39180099 . T C 2403.36 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9529;QD=61.2322;RBI=0.0581541;REFB=0;REVB=-0.0299031;RO=0;SAF=87;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002898;OID=.;OPOS=39180099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:69:87:0:0:70:87:0:0 chr3 39180263 . G A 1758.55 PASS AF=0.991667;AO=113;DP=117;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9515;QD=58.6185;RBI=0.0384678;REFB=0.00289221;REVB=0.0287877;RO=4;SAF=58;SAR=55;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000861512;STB=0.504273;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00117502;OID=.;OPOS=39180263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:120:4:1:113:119:0.991667:55:58:2:2:58:61:0:1 chr3 39184959 . C T 1523.44 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.112;QD=58.594;RBI=0.0503313;REFB=-0.126213;REVB=-0.044202;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.504347;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000296782;OID=.;OPOS=39184959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:46:57:0:0:46:57:1:0 chr3 39185077 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.883;QD=56.191;RBI=0.0865394;REFB=0;REVB=0.0323392;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546186;OID=.;OPOS=39185077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr3 39185248 . A G 1235.11 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.251;QD=60.993;RBI=0.0232038;REFB=0;REVB=0.0112988;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221245;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:33:45:0:0:34:47:0:0 chr3 39186728 . C T 2833.82 PASS AF=0.98913;AO=180;DP=183;FAO=182;FDP=184;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.044492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.202;QD=61.6048;RBI=0.0542271;REFB=-0.10857;REVB=0.0310006;RO=2;SAF=65;SAR=115;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00820721;STB=0.50431;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000674699;OID=.;OPOS=39186728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:183:184:2:2:180:182:0.98913:115:65:0:2:115:67:0:2 chr3 39226928 . G A 432.83 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00889014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3276;QD=18.0347;RBI=0.025611;REFB=-0.0196026;REVB=0.0240185;RO=52;SAF=27;SAR=17;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221071;STB=0.623413;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0409175;OID=.;OPOS=39226928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:17:27:20:32:17:27:20:32 chr3 39229900 . T C 2796.12 PASS AF=1;AO=178;DP=180;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204975;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.558;QD=62.8341;RBI=0.0428598;REFB=0;REVB=0.0376406;RO=0;SAF=87;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53357e-05;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:178:0:0:178:178:1:91:87:0:0:91:87:0:0 chr3 39323163 . A C 716.66 PASS AF=0.421622;AO=78;DP=184;FAO=78;FDP=185;FR=.;FRO=107;FSAF=57;FSAR=21;FSRF=61;FSRR=46;FWDB=-0.0166668;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.6744;QD=15.4954;RBI=0.0185928;REFB=-0.00955411;REVB=0.00824084;RO=105;SAF=57;SAR=21;SRF=61;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176575;STB=0.60645;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00937256;OID=.;OPOS=39323163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:105:107:78:78:0.421622:21:57:61:44:21:57:61:46 chr3 39431081 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.627;QD=59.5017;RBI=0.0380182;REFB=0;REVB=0.0151975;RO=0;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33957e-05;OID=.;OPOS=39431081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:47:22:0:0:47:22:0:0 chr3 40231882 . AC A,AT 3958.09 PASS AF=0.101887,0.898113;AO=28,236;DP=266;FAO=27,238;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=3,109;FSAR=24,129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426439,0.0603056;FXX=0.00375926;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.0013,73.6106;QD=59.7447;RBI=0.023886,0.0707925;REFB=0,0;REVB=0.0235023,0.0370785;RO=0;SAF=4,108;SAR=24,128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0309217,-0.00544055;OID=.,.;OPOS=40231883,40231883;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.101887,0.898113:28,236:266:27,238:265:0:3,109:24,129:0:0:83:0:4,108:24,128:0:0 chr3 40251392 . T C 499.65 PASS AF=0.462185;AO=49;DP=114;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00155372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.298;QD=16.795;RBI=0.00656105;REFB=-0.038519;REVB=-0.00637443;RO=52;SAF=21;SAR=28;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235065;STB=0.529401;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0194892;OID=.;OPOS=40251392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:52:64:49:55:0.462185:28:21:21:31:33:22:29:35 chr3 40286017 . T C 4033.4 PASS AF=1;AO=253;DP=256;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904109;FXX=0.0112355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.976;QD=61.1121;RBI=0.0219654;REFB=-0.0833127;REVB=0.0200184;RO=1;SAF=126;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037388;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109687;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:256:264:1:0:253:264:1:127:126:0:1:130:134:0:0 chr3 40351484 . C T 568.67 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.081175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7897;QD=18.799;RBI=0.0927514;REFB=-0.0481478;REVB=-0.0448713;RO=62;SAF=33;SAR=26;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173077;STB=0.595636;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0483785;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:62:59:59:0.487603:26:33:23:39:26:33:23:39 chr3 40435890 . A G 155.03 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0612539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9724;QD=15.1249;RBI=0.0773332;REFB=-0.0170786;REVB=0.0472058;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153997;STB=0.589178;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0313782;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:12:12:11:6:12:12 chr3 40466308 . C T 451.49 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0825193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.637;QD=17.1995;RBI=0.0825203;REFB=0.00200231;REVB=-0.000415657;RO=55;SAF=13;SAR=36;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168798;STB=0.601039;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00226631;OID=.;OPOS=40466308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:55:56:49:49:0.466667:36:13:23:32:36:13:24:32 chr3 40468896 . C T 880.44 PASS AF=0.508671;AO=88;DP=173;FAO=88;FDP=173;FR=.;FRO=85;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.000503;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.403;QD=20.357;RBI=0.0113509;REFB=-0.0194521;REVB=-0.0113397;RO=83;SAF=47;SAR=41;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502174;STB=0.520975;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0177669;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:83:85:88:88:0.508671:41:47:49:34:41:47:49:36 chr3 40519429 . T C 992.97 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0218644;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.1366;QD=57.5637;RBI=0.0239376;REFB=-0.0391403;REVB=-0.00974453;RO=1;SAF=20;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230419;STB=0.512191;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000326328;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:48:20:1:0:48:20:1:0 chr3 40559078 . G C 450.23 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0216113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.434;QD=15.9374;RBI=0.021935;REFB=0.00569579;REVB=0.00375486;RO=63;SAF=28;SAR=22;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766673;STB=0.542799;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00552223;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:63:50:50:0.442478:22:28:40:23:22:28:40:23 chr3 41925398 . C T 3799.87 PASS AF=1;AO=238;DP=238;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.096;QD=63.5962;RBI=0.0401869;REFB=0;REVB=0.0395123;RO=0;SAF=134;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02394e-05;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:239:0:0:238:239:1:104:134:0:0:105:134:0:0 chr3 41925423 . T C 3667.39 PASS AF=1;AO=232;DP=232;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.519;QD=63.2309;RBI=0.0174482;REFB=0;REVB=0.00753981;RO=0;SAF=128;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9968e-06;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:232:0:0:232:232:1:104:128:0:0:104:128:0:0 chr3 41937000 . C T 1552.55 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161112;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.202;QD=64.0225;RBI=0.0164841;REFB=0;REVB=-0.00348634;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58967e-06;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:95:97:1:48:47:0:0:48:49:0:0 chr3 41939990 . GTTT GGTT,GTT,GTTA 992.98 PASS AF=0,0.369863,0.630137;AO=3,19,40;DP=73;FAO=0,27,46;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,27;FSAR=0,18,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029761,0.114316,0.0062251;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=5.1422,21.8084,22.8531;QD=54.4101;RBI=0.0509696,0.114599,0.13304;REFB=0,0,0;REVB=0.0413786,-0.0080528,0.132894;RO=0;SAF=0,5,28;SAR=3,14,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,-0.00810893,0.148255;OID=.,.,.;OPOS=41939991,41939991,41939993;OREF=T,T,T;OALT=G,-,A;OMAPALT=GGTT,GTT,GTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.369863,0.630137:3,19,40:73:0,27,46:73:0:0,9,27:0,18,19:0:0:43:0:0,5,28:3,14,12:0:0 chr3 41957466 . T G 749.45 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00418284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3574;QD=49.1444;RBI=0.100167;REFB=-0.145652;REVB=0.100079;RO=5;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796799;STB=0.542358;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00378594;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:61:61:5:5:56:56:0.918033:27:29:0:5:27:29:0:5 chr3 41960006 . T C 469.74 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124958;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.144;QD=58.7181;RBI=0.017933;REFB=0;REVB=0.0128626;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137435;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:13:19:0:0 chr3 41996136 . T C 1515.02 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.747;QD=62.475;RBI=0.038515;REFB=-0.150782;REVB=0.0270666;RO=1;SAF=41;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114259;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000201049;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:55:41:1:0:55:41:1:0 chr3 42236415 . A G 1339.65 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.29321e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1969;QD=62.3092;RBI=0.0986441;REFB=0;REVB=-0.0986441;RO=0;SAF=29;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000713708;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:57:29:0:0:57:29:0:0 chr3 42244263 . G A 646.8 PASS AF=0.373737;AO=73;DP=197;FAO=74;FDP=198;FR=.;FRO=124;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=80;FSRR=44;FWDB=-0.006391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.191;QD=13.0666;RBI=0.00641348;REFB=-0.0114622;REVB=0.000536598;RO=123;SAF=39;SAR=34;SRF=79;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121743;STB=0.57478;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.022314;OID=.;OPOS=42244263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:123:124:73:74:0.373737:34:39:79:44:35:39:80:44 chr3 42244321 . G A 3491.73 PASS AF=0.97479;AO=227;DP=237;FAO=232;FDP=238;FR=.;FRO=6;FSAF=124;FSAR=108;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0261695;FXX=0.00833299;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.024;QD=58.6845;RBI=0.0453352;REFB=-0.220258;REVB=0.0370194;RO=5;SAF=121;SAR=106;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00276124;STB=0.505091;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00105835;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:237:238:5:6:227:232:0.97479:106:121:3:2:108:124:2:4 chr3 42567419 . G A 553.52 PASS AF=0.414474;AO=63;DP=155;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=-0.00480617;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.214;QD=14.5664;RBI=0.0354249;REFB=-0.00201663;REVB=0.0350974;RO=83;SAF=22;SAR=41;SRF=56;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325089;STB=0.674288;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00482021;OID=.;OPOS=42567419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:152:83:89:63:63:0.414474:41:22:56:27:41:22:58:31 chr3 42568929 . T C 349.23 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0129275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.136;QD=20.2451;RBI=0.0191772;REFB=-0.0124685;REVB=-0.0141649;RO=33;SAF=14;SAR=22;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0045747;STB=0.502537;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0137234;OID=.;OPOS=42568929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:22:14:13:20:22:14:13:20 chr3 42599091 . G A 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0153858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.041;QD=18.5769;RBI=0.0266227;REFB=-0.00733721;REVB=-0.0217266;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587492;STB=0.532749;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00859461;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:17:14:12:19:17:14:12:19 chr3 42605348 . C A 582.96 PASS AF=0.495935;AO=58;DP=121;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=51;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0960753;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2726;QD=18.958;RBI=0.0991316;REFB=-0.0404801;REVB=0.0244255;RO=59;SAF=7;SAR=51;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365291;STB=0.651511;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0427878;OID=.;OPOS=42605348;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:59:62:58:61:0.495935:51:7:22:37:51:10:23:39 chr3 42610374 . A G 1324.55 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805468;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.044;QD=62.3319;RBI=0.0137878;REFB=0;REVB=0.0111905;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162247;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:83:85:1:38:45:0:0:38:47:0:0 chr3 42610515 . G A 211.87 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0204431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.963;QD=16.6169;RBI=0.0228174;REFB=-0.0211213;REVB=-0.0101348;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299023;STB=0.667117;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0157663;OID=.;OPOS=42610515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:12:11:5:23:12:11:5:23 chr3 42636141 . G A 357.48 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9493;QD=54.9972;RBI=0.0739531;REFB=0;REVB=-0.0523135;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60254e-06;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr3 42679497 . C T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0577083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.07;QD=20.8721;RBI=0.0577088;REFB=0.00282149;REVB=0.000225423;RO=20;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276408;STB=0.623828;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00595961;OID=.;OPOS=42679497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:20:21:0.512195:16:4:9:11:16:5:9:11 chr3 42680526 . C T 292.02 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0562951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.852;QD=21.6314;RBI=0.0587618;REFB=-0.0062934;REVB=-0.0168468;RO=24;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475675;OID=.;OPOS=42680526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:15:15:12:12:15:15:12:12 chr3 42681102 . G A 379.81 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.000912865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.547;QD=14.6082;RBI=0.0453487;REFB=-0.0102679;REVB=-0.0453395;RO=59;SAF=19;SAR=24;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016372;STB=0.502644;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0131066;OID=.;OPOS=42681102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:60:43:44:0.423077:24:19:27:32:24:20:27:33 chr3 42700456 . C T 1166.65 PASS AF=0.479508;AO=117;DP=244;FAO=117;FDP=244;FR=.;FRO=127;FSAF=37;FSAR=80;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=0.011085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.512;QD=19.1254;RBI=0.0198768;REFB=-0.016979;REVB=0.0164988;RO=126;SAF=37;SAR=80;SRF=57;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139367;STB=0.579563;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.016371;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:126:127:117:117:0.479508:80:37:57:69:80:37:58:69 chr3 42700630 . A G 4792.44 PASS AF=1;AO=303;DP=303;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156366;FXX=0.0222923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.153;QD=62.4422;RBI=0.0212421;REFB=0;REVB=-0.0143779;RO=0;SAF=147;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91562e-05;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:303:307:0:0:303:307:1:156:147:0:0:160:147:0:0 chr3 42700717 . A G 337.63 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0670262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8129;QD=15.1745;RBI=0.0996932;REFB=-0.0425424;REVB=-0.0737985;RO=52;SAF=22;SAR=15;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990893;STB=0.556073;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0693404;OID=.;OPOS=42700717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:15:22:26:26:15:22:26:26 chr3 42701278 . G A 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.132231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.286;QD=13.9477;RBI=0.132238;REFB=0.00132935;REVB=-0.00141452;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306575;STB=0.529377;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00107236;OID=.;OPOS=42701278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:9:8:13:13:9:8:14:13 chr3 42705832 . C T 3108.18 PASS AF=0.499192;AO=309;DP=620;FAO=309;FDP=619;FR=.;FRO=310;FSAF=128;FSAR=181;FSRF=172;FSRR=138;FWDB=0.0254619;FXX=0.00161288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1272;QD=20.0852;RBI=0.0361391;REFB=-0.0259247;REVB=-0.0256463;RO=309;SAF=128;SAR=181;SRF=172;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130817;STB=0.570781;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.025964;OID=.;OPOS=42705832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:620:619:309:310:309:309:0.499192:181:128:172:137:181:128:172:138 chr3 42707961 . C A 867.32 PASS AF=0.585185;AO=79;DP=134;FAO=79;FDP=135;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=43;FWDB=0.0101293;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=248.434;QD=25.6984;RBI=0.0114575;REFB=-0.0102949;REVB=-0.00535453;RO=51;SAF=39;SAR=40;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202393;STB=0.608776;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00779226;OID=.;OPOS=42707961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:51:56:79:79:0.585185:40:39:11:40:40:39:13:43 chr3 42728144 . A G 1289.51 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=90;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0830235;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.537;QD=58.6141;RBI=0.0870957;REFB=-0.00194208;REVB=-0.0263204;RO=2;SAF=43;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0002561;STB=0.505881;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.000182045;OID=.;OPOS=42728144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:88:2:3:85:85:0.965909:42:43:1:1:42:43:1:2 chr3 42733468 . T C 2073.65 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252356;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.331;QD=62.3654;RBI=0.0321981;REFB=0;REVB=0.019997;RO=1;SAF=70;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760456;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107763;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:1:0:132:133:1:62:70:0:1:63:70:0:0 chr3 42735150 . T C 265.7 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.0264838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.759;QD=18.0138;RBI=0.0280772;REFB=-0.0092166;REVB=-0.00932414;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245745;STB=0.641825;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0117446;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:30:28:29:0.491525:18:10:4:26:18:11:4:26 chr3 42735274 . A G 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0462028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.647;QD=22.9112;RBI=0.0503418;REFB=-0.0118912;REVB=-0.0199899;RO=28;SAF=11;SAR=28;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128586;STB=0.575795;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00669516;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:30:39:39:0.565217:28:11:12:16:28:11:13:17 chr3 42738594 . C T 759.29 PASS AF=0.465116;AO=78;DP=172;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.0165804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.781;QD=17.6578;RBI=0.0167182;REFB=-0.0267775;REVB=-0.0021421;RO=89;SAF=25;SAR=53;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188451;STB=0.602794;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0277594;OID=.;OPOS=42738594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:89:92:78:80:0.465116:53:25:45:44:53:27:48:44 chr3 42772038 . A T 956.52 PASS AF=0.487179;AO=94;DP=194;FAO=95;FDP=195;FR=.;FRO=100;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.00782004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2473;QD=19.6209;RBI=0.0214082;REFB=-0.0288082;REVB=-0.0199288;RO=99;SAF=50;SAR=44;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999844;STB=0.559703;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0283086;OID=.;OPOS=42772038;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:99:100:94:95:0.487179:44:50:42:57:44:51:42:58 chr3 42787469 . A G 370.81 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0379458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0581;QD=13.2434;RBI=0.03953;REFB=-0.0431864;REVB=-0.0110788;RO=66;SAF=17;SAR=27;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106879;STB=0.57039;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0438066;OID=.;OPOS=42787469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:68:44:44:0.392857:27:17:32:34:27:17:34:34 chr3 42794123 . C G 709.9 PASS AF=0.480769;AO=74;DP=160;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.00918974;FXX=0.0249984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.901;QD=18.2024;RBI=0.00929763;REFB=-0.0164797;REVB=-0.00141228;RO=78;SAF=37;SAR=37;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357474;STB=0.513071;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0173818;OID=.;OPOS=42794123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:156:78:81:74:75:0.480769:37:37:36:42:37:38:39:42 chr3 42826168 . A G 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0210187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.47;QD=36.3508;RBI=0.0263526;REFB=-0.220354;REVB=-0.0158957;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00854134;OID=.;OPOS=42826168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:8:3:0:1:8:3:0:1 chr3 42907112 . A C 1044.99 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.501;QD=59.7138;RBI=0.00586441;REFB=0;REVB=0.00408575;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25342e-07;OID=.;OPOS=42907112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:32:36:0:0:33:37:0:0 chr3 42908775 . A C 951.95 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.239;QD=58.5817;RBI=0.0921691;REFB=0;REVB=-0.0116464;RO=1;SAF=15;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52787e-05;OID=.;OPOS=42908775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:49:15:1:0:49:16:0:0 chr3 42917047 . A G 3911.88 PASS AF=1;AO=231;DP=231;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.654;QD=63.8674;RBI=0.0291737;REFB=0;REVB=0.0291498;RO=0;SAF=106;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79007e-06;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:231:245:0:0:231:245:1:125:106:0:0:138:107:0:0 chr3 42956273 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.456;QD=63.2855;RBI=0.022844;REFB=0;REVB=0.0186725;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182796;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr3 43073761 . G A 440.25 PASS AF=0.575342;AO=41;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0112829;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.138;QD=24.1235;RBI=0.0318029;REFB=-0.0245093;REVB=0.0297341;RO=30;SAF=28;SAR=13;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152675;STB=0.505152;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0113531;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:31:41:42:0.575342:13:28:21:9:14:28:21:10 chr3 43074430 . A G 740.37 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.327;QD=56.9515;RBI=0.0298794;REFB=0;REVB=0.0171701;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9636e-05;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:22:28:0:0:24:28:0:0 chr3 43074434 . C T 192.72 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0565213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2117;QD=14.8249;RBI=0.0669237;REFB=-0.0162057;REVB=0.0358348;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282491;STB=0.507036;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0360195;OID=.;OPOS=43074434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:10:12:15:14:10:12:16:14 chr3 43074871 . A G 5364.63 PASS AF=1;AO=274;DP=358;FAO=356;FDP=356;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=194;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123335;FXX=0.0192832;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.641;QD=60.2767;RBI=0.0124726;REFB=-0.049167;REVB=0.00185751;RO=2;SAF=173;SAR=101;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00548017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033826;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:358:356:2:0:274:356:1:101:173:2:0:162:194:0:0 chr3 43074872 . C G 418.39 PASS AF=0.195767;AO=72;DP=375;FAO=74;FDP=378;FR=.;FRO=304;FSAF=12;FSAR=62;FSRF=188;FSRR=116;FWDB=-0.0320129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3308;QD=4.42736;RBI=0.0344453;REFB=-0.0238387;REVB=0.0127144;RO=303;SAF=12;SAR=60;SRF=187;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565164;STB=0.852963;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.013947;OID=.;OPOS=43074872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:378:303:304:72:74:0.195767:60:12:187:116:62:12:188:116 chr3 43095101 . A G 473.82 PASS AF=0.628571;AO=43;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00956617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.325;QD=27.0751;RBI=0.00972001;REFB=-0.0118341;REVB=0.00172254;RO=26;SAF=31;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865017;STB=0.538502;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0109673;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:26:43:44:0.628571:12:31:16:10:13:31:16:10 chr3 43095245 . A G 446.57 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00377826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.5;QD=16.6943;RBI=0.00528845;REFB=-0.0116681;REVB=-0.00370033;RO=58;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347015;STB=0.519342;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0155699;OID=.;OPOS=43095245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:27:22:24:34:27:22:24:34 chr3 43097710 . A G 740.73 PASS AF=0.411765;AO=84;DP=204;FAO=84;FDP=204;FR=.;FRO=120;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=-0.00286413;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.369;QD=14.524;RBI=0.00611299;REFB=-0.012155;REVB=0.0054005;RO=119;SAF=38;SAR=46;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074068;STB=0.501413;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0159204;OID=.;OPOS=43097710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:119:120:84:84:0.411765:46:38:53:66:46:38:54:66 chr3 43097765 . G A 1004.15 PASS AF=0.493088;AO=102;DP=213;FAO=107;FDP=217;FR=.;FRO=110;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=43;FSRR=67;FWDB=0.024506;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2113;QD=18.5098;RBI=0.0776427;REFB=-0.0395752;REVB=0.073674;RO=110;SAF=46;SAR=56;SRF=44;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487428;STB=0.529731;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0581097;OID=.;OPOS=43097765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:217:110:110:102:107:0.493088:56:46:44:66:59:48:43:67 chr3 43121559 . C T 1618.4 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.949;QD=59.9408;RBI=0.0244058;REFB=0;REVB=0.0241694;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21404e-05;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:53:54:0:0:54:54:0:0 chr3 43122966 . G A 2191.83 PASS AF=0.993103;AO=139;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.135429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4924;QD=60.4642;RBI=0.138894;REFB=-0.0718313;REVB=-0.0308311;RO=5;SAF=56;SAR=83;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405723;STB=0.504132;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00384827;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:145:145:5:1:139:144:0.993103:83:56:5:0:84:60:1:0 chr3 43390387 . C CT,CTT,T 946.36 PASS AF=1,0,0;AO=62,12,4;DP=112;FAO=104,0,0;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58,0,0;FSAR=46,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111285,0.054712,0.0018002;FXX=0.0095229;HRUN=4,4,1;LEN=1,2,1;MLLD=12.536,10.3483,211.978;QD=36.3983;RBI=0.179671,0.093274,0.00274885;REFB=0,0,0;REVB=-0.141059,-0.0755422,-0.00207738;RO=32;SAF=33,3,2;SAR=29,9,2;SRF=20;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0588794,-0.434606,-0.141016;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0111737,0.0801049,0;OID=.,.,.;OPOS=43390388,43390388,43390387;OREF=-,-,C;OALT=T,TT,T;OMAPALT=CT,CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:104:32:0:62,12,4:104,0,0:1,0,0:29,9,2:33,3,2:20:12:46,0,0:58,0,0:0:0 chr3 43414318 . A G 3981.61 PASS AF=1;AO=247;DP=247;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.474;QD=63.9616;RBI=0.0429087;REFB=0;REVB=-0.00127481;RO=0;SAF=95;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1487e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:249:0:0:247:249:1:152:95:0:0:153:96:0:0 chr3 43602803 . C T 1364.57 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.148;QD=61.329;RBI=0.0277483;REFB=-0.113685;REVB=-0.00267609;RO=1;SAF=34;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151021;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:89:89:1:0:88:89:1:54:34:1:0:54:35:0:0 chr3 43607136 . T C 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136647;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=322.789;QD=56.9479;RBI=0.0136648;REFB=-0.0316064;REVB=-4.27887e-05;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000117793;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:22:14:0:0:22:14:1:0 chr3 44283672 . T C 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9928;QD=53.9034;RBI=0.023607;REFB=0;REVB=-0.014921;RO=0;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305108;OID=.;OPOS=44283672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:3:21:0:0:3:21:0:0 chr3 44283808 . C A 2480.72 PASS AF=0.987952;AO=163;DP=166;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0142396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.727;QD=59.7764;RBI=0.0464816;REFB=-0.105945;REVB=0.0442467;RO=3;SAF=48;SAR=115;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122504;STB=0.504273;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.000488505;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:166:3:2:163:164:0.987952:115:48:0:3:116:48:0:2 chr3 44284584 . G A 1495.6 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.521;QD=62.3168;RBI=0.0235232;REFB=0.0174389;REVB=-0.0135118;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.504672;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000258148;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:53:42:0:0:53:42:0:1 chr3 44540791 . TTC T,TTT 1845.59 PASS AF=0.954887,0;AO=113,6;DP=124;FAO=127,0;FDP=133;FR=.;FRO=6;FSAF=69,0;FSAR=58,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00449809,-0.00791293;FXX=0.0362293;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=291.617,270.683;QD=55.5064;RBI=0.0127283,0.0139084;REFB=-0.0207321,-0.0139533;REVB=0.011907,0.0114381;RO=0;SAF=63,0;SAR=50,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33068e-08,0;STB=0.505612,0.5;STBP=0.597,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000100726,0;OID=.,.;OPOS=44540792,44540793;OREF=TC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.954887,0:113,6:124:127,0:133:6:69,0:58,0:4:2:14:0:63,0:50,6:0:0 chr3 44612050 . C T 793.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.116;QD=63.5011;RBI=0.112335;REFB=0;REVB=0.0240433;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010099;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:31:18:0:0:31:19:0:0 chr3 44637015 . AT A,AA 357.55 PASS AF=0.630435,0.0434783;AO=13,14;DP=45;FAO=29,2;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=15,2;FSAR=14,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00312051,-0.00907294;FXX=0.061212;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=266.508,265.948;QD=31.0917;RBI=0.0148501,0.0164995;REFB=-0.0163644,-0.0164298;REVB=0.0145185,0.013781;RO=17;SAF=6,11;SAR=7,3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.107692,0.431641;STB=0.539879,0.995322;STBP=0.46,0.096;TYPE=del,snp;VARB=0.00980252,0.0019117;OID=.,.;OPOS=44637016,44637016;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.630435,0.0434783:13,14:45:29,2:46:15:15,2:14,0:6:9:99:17:6,11:7,3:6:11 chr3 44640511 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAC 55.64 PASS AF=0.177419,0.0645161;AO=13,4;DP=60;FAO=11,4;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=5,2;FSAR=6,2;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0684879,0.0634772;FXX=0.0461467;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.50946,18.9828;QD=3.58948;RBI=0.186047,0.0823014;REFB=-0.105444,-0.0798444;REVB=-0.172982,-0.0523848;RO=34;SAF=7,2;SAR=6,2;SRF=19;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0242507,-0.0648957;STB=0.612804,0.587809;STBP=0.437,0.739;TYPE=del,snp;VARB=0.104689,0.0589252;OID=.,.;OPOS=44640512,44640517;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177419,0.0645161:13,4:60:11,4:62:47:5,2:6,2:28:19:39:34:7,2:6,2:19:15 chr3 44692564 . C G 2963.37 PASS AF=0.994709;AO=187;DP=188;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0559109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4934;QD=62.7168;RBI=0.0559282;REFB=-0.0976904;REVB=0.00138989;RO=1;SAF=89;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483415;STB=0.502538;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000413133;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:189:1:1:187:188:0.994709:98:89:0:1:98:90:0:1 chr3 44763037 . A C,G 627.1 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=38,2;DP=42;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253527,0.143008;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=163.058,10.8609;QD=58.3345;RBI=0.0273734,0.143016;REFB=0,0;REVB=0.010322,-0.00149895;RO=0;SAF=17,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.53998e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000559942,0.145052;OID=.,.;OPOS=44763037,44763037;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:43:0:0:38,2:41,2:0.953488,0.0465116:21,2:17,0:0:0:22,2:19,0:0:0 chr3 44775962 . A G 715.5 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.393;QD=60.8936;RBI=0.0123954;REFB=-0.149991;REVB=0.000307382;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000189125;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:26:20:1:0:26:20:1:0 chr3 44777795 . CT TC 418.05 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00701122;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=2;MLLD=171.735;QD=47.7775;RBI=0.0169549;REFB=-0.0643913;REVB=0.0154374;RO=4;SAF=15;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342731;STB=0.501844;STBP=0.925;TYPE=mnp;VARB=0.00132402;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:36:35:4:4:31:31:0.885714:16:15:2:2:16:15:2:2 chr3 44869026 . A T 4398.64 PASS AF=0.986254;AO=285;DP=291;FAO=287;FDP=291;FR=.;FRO=4;FSAF=129;FSAR=158;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0173019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4032;QD=60.4624;RBI=0.0627876;REFB=-0.0582867;REVB=0.0603567;RO=2;SAF=128;SAR=157;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000683221;STB=0.502772;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.000987271;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:291:291:2:4:285:287:0.986254:157:128:1:1:158:129:1:3 chr3 44884647 . C A 2351.01 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.543;QD=60.2824;RBI=0.0297382;REFB=-0.0644994;REVB=0.0227945;RO=1;SAF=67;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704729;STB=0.503703;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000570774;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:1:1:154:155:0.99359:87:67:1:0:88:67:1:0 chr3 44929287 . G C 2296.3 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560168;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7337;QD=63.7862;RBI=0.0614571;REFB=0;REVB=0.0252802;RO=0;SAF=63;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.25873e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010221;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:144:144:1:81:63:0:0:81:63:0:0 chr3 44943069 . C T 779.38 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0131854;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.246;QD=53.7503;RBI=0.0225593;REFB=-0.170492;REVB=0.0183048;RO=2;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285591;STB=0.515146;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000429632;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:58:2:2:56:56:0.965517:32:24:0:2:32:24:0:2 chr3 44943389 . G A 2029.67 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0036043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.872;QD=61.5052;RBI=0.016012;REFB=-0.00226147;REVB=0.0156011;RO=1;SAF=51;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922767;STB=0.504854;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=3.08308e-05;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:80:51:1:0:80:51:1:0 chr3 44948479 . C T 1730.63 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135766;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.807;QD=60.7237;RBI=0.0400474;REFB=0;REVB=0.0376759;RO=0;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59346e-05;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:62:52:0:0:62:52:0:0 chr3 44948590 . G A 2470.08 PASS AF=1;AO=160;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127084;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.364;QD=61.3684;RBI=0.0267954;REFB=0;REVB=-0.02359;RO=0;SAF=68;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14174e-06;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:160:161:1:92:68:0:0:92:69:0:0 chr3 44968319 . CTT CTC,CT 493.31 PASS AF=0.0833333,0.729167;AO=8,48;DP=97;FAO=8,70;FDP=96;FR=.;FRO=18;FSAF=0,55;FSAR=8,15;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0265674,0.0223326;FXX=0.0303;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=188.96,10.562;QD=20.5546;RBI=0.0270793,0.196501;REFB=-0.0170133,-0.138123;REVB=-0.00524012,0.195228;RO=28;SAF=0,41;SAR=8,7;SRF=22;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.809335,0.086316;STB=0.998942,0.514702;STBP=0,0.672;TYPE=snp,del;VARB=0.0588217,0.0905303;OID=.,.;OPOS=44968321,44968320;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.729167:8,48:97:8,70:96:18:0,55:8,15:15:3:44:28:0,41:8,7:22:6 chr3 45052775 . G C 3136.09 PASS AF=0.994949;AO=197;DP=198;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.978;QD=63.3554;RBI=0.0373683;REFB=-0.10164;REVB=0.0278383;RO=1;SAF=108;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438957;STB=0.502304;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000175845;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:198:1:1:197:197:0.994949:89:108:1:0:89:108:1:0 chr3 45077122 . G GA 1550.87 PASS AF=1;AO=18;DP=149;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101758;FXX=0.0469767;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.424;QD=43.6864;RBI=0.116206;REFB=0;REVB=-0.0561178;RO=130;SAF=0;SAR=18;SRF=63;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.67504;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00423097;OID=.;OPOS=45077123;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:149:142:142:0:62:80:0:0:11:130:0:18:63:67 chr3 45077123 . G A 1740.42 PASS AF=0.860927;AO=130;DP=152;FAO=130;FDP=151;FR=.;FRO=21;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0177738;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.71;QD=46.1038;RBI=0.0214837;REFB=0.0068097;REVB=0.0120682;RO=18;SAF=63;SAR=67;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991307;STB=0.541043;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000110612;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:18:21:130:130:0.860927:67:63:1:17:67:63:4:17 chr3 45127515 . T C 1987.15 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4487;QD=62.0983;RBI=0.116584;REFB=0;REVB=0.101976;RO=0;SAF=72;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685229;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:55:72:0:0:55:73:0:0 chr3 45132921 . G A 766.42 PASS AF=0.429319;AO=82;DP=191;FAO=82;FDP=191;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=0.0066178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.241;QD=16.0506;RBI=0.023766;REFB=-0.0058463;REVB=0.0228261;RO=108;SAF=34;SAR=48;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406777;STB=0.520371;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00807818;OID=.;OPOS=45132921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:108:109:82:82:0.429319:48:34:49:59:48:34:49:60 chr3 45134822 . T C 2403.89 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00529044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.472;QD=60.4752;RBI=0.00839179;REFB=0.0746993;REVB=0.0065141;RO=0;SAF=80;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38159e-08;STB=0.503184;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=5.87256e-06;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:0:1:158:158:0.993711:78:80:0:0:78:80:0:1 chr3 45297004 . T C 3041.25 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353379;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.085;QD=63.6911;RBI=0.0367766;REFB=0;REVB=0.0101859;RO=0;SAF=114;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00988e-05;OID=.;OPOS=45297004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:189:191:1:75:114:0:0:77:114:0:0 chr3 45527218 . T C 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.967;QD=61.5695;RBI=0.0237676;REFB=0;REVB=-0.0203545;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05258e-05;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:64:58:0:0:64:58:0:0 chr3 45533224 . G A 3134.88 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112014;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.018;QD=61.771;RBI=0.0113804;REFB=0;REVB=-0.00201036;RO=0;SAF=97;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90147e-06;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:203:0:0:203:203:1:106:97:0:0:106:97:0:0 chr3 45559519 . T C 1953.03 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213959;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.197;QD=61.5127;RBI=0.027369;REFB=0;REVB=0.0170668;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112288;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:125:127:1:69:56:0:0:70:57:0:0 chr3 45565554 . A G 6014.28 PASS AF=1;AO=374;DP=377;FAO=379;FDP=379;FR=.;FRO=0;FSAF=199;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.091978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.962;QD=63.4753;RBI=0.0942545;REFB=0;REVB=-0.0205902;RO=0;SAF=197;SAR=177;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.88132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15309e-05;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:377:379:0:0:374:379:1:177:197:0:0:180:199:0:0 chr3 45637253 . C T 1586.93 PASS AF=0.932773;AO=111;DP=119;FAO=111;FDP=119;FR=.;FRO=8;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0151;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.228;QD=53.3422;RBI=0.0264102;REFB=-0.10695;REVB=0.0216677;RO=8;SAF=49;SAR=62;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555716;STB=0.529344;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00106148;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:119:119:8:8:111:111:0.932773:62:49:7:1:62:49:7:1 chr3 45637439 . T C 9791.61 PASS AF=1;AO=540;DP=612;FAO=615;FDP=615;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=317;FSAR=298;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.091;QD=63.6852;RBI=0.0881149;REFB=0;REVB=0.0509827;RO=0;SAF=312;SAR=228;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704374;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:53:612:615:0:0:540:615:1:228:312:0:0:298:317:0:0 chr3 45779136 . A T 353.32 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=113;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00343036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.672;QD=11.6802;RBI=0.0179377;REFB=-0.0110846;REVB=0.0176066;RO=77;SAF=15;SAR=21;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165201;STB=0.594856;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0229181;OID=.;OPOS=45779136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:77:77:36:44:0.363636:21:15:43:34:26:18:43:34 chr3 45817418 . A G 625.76 PASS AF=0.424242;AO=70;DP=165;FAO=70;FDP=165;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=0.0123996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.07;QD=15.17;RBI=0.0125292;REFB=-0.00776854;REVB=0.00179748;RO=95;SAF=32;SAR=38;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707345;STB=0.539504;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0125025;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:95:95:70:70:0.424242:38:32:37:58:38:32:37:58 chr3 45959515 . A C,T 1223.86 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,78;DP=81;FAO=3,78;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=3,34;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018962,0.00643153;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.6016,97.6451;QD=60.4373;RBI=0.0193869,0.00657482;REFB=0,0;REVB=0.00403646,-0.00136519;RO=0;SAF=3,34;SAR=0,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.47622e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0538906,-0.000505809;OID=.,.;OPOS=45959515,45959515;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:81:81:0:0:3,78:3,78:0.037037,0.962963:0,44:3,34:0:0:0,44:3,34:0:0 chr3 45959759 . T C 383.06 PASS AF=0.369231;AO=32;DP=112;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.0172155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.99;QD=11.7863;RBI=0.0175111;REFB=-0.0229837;REVB=-0.00320383;RO=77;SAF=3;SAR=29;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.625792;STB=0.604123;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0463433;OID=.;OPOS=45959759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:130:77:82:32:48:0.369231:29:3:43:34:29:19:46:36 chr3 45989044 . T G 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00253307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.967;QD=17.6943;RBI=0.00698428;REFB=-0.0105524;REVB=-0.00650874;RO=39;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247739;STB=0.638221;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0151321;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:14:21:13:26:14:21:13:26 chr3 45996761 . G A 1414.62 PASS AF=0.493007;AO=140;DP=286;FAO=141;FDP=286;FR=.;FRO=145;FSAF=65;FSAR=76;FSRF=56;FSRR=89;FWDB=-0.00406065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.132;QD=19.7848;RBI=0.00407626;REFB=-0.0095409;REVB=-0.000356361;RO=145;SAF=65;SAR=75;SRF=56;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731988;STB=0.538371;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0123787;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:145:145:140:141:0.493007:75:65:56:89:76:65:56:89 chr3 46008790 . G A 1126.02 PASS AF=0.424138;AO=122;DP=291;FAO=123;FDP=290;FR=.;FRO=167;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=87;FSRR=80;FWDB=-0.00861281;FXX=0.00343631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5144;QD=15.5314;RBI=0.0195809;REFB=-0.0344804;REVB=-0.0175849;RO=162;SAF=49;SAR=73;SRF=86;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133711;STB=0.566586;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0491484;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:290:162:167:122:123:0.424138:73:49:86:76:73:50:87:80 chr3 46009864 . C G 541.43 PASS AF=0.444444;AO=58;DP=131;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.0293107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8301;QD=16.0425;RBI=0.0485319;REFB=0.0036936;REVB=0.0386811;RO=73;SAF=39;SAR=19;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265395;STB=0.632914;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00418195;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:135:73:75:58:60:0.444444:19:39:30:43:21:39:31:44 chr3 46010077 . C T 3558.64 PASS AF=0.991379;AO=228;DP=232;FAO=230;FDP=232;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0346111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.707;QD=61.3559;RBI=0.0370309;REFB=-0.179345;REVB=0.0131666;RO=0;SAF=122;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504629;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000295032;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:232:232:0:2:228:230:0.991379:106:122:0:0:107:123:0:2 chr3 46021218 . G T 2545.35 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223914;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.999;QD=61.7055;RBI=0.023981;REFB=0;REVB=0.0085856;RO=0;SAF=94;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154121;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:164:165:1:70:94:0:0:71:94:0:0 chr3 46416470 . G T 817.22 PASS AF=0.614754;AO=74;DP=121;FAO=75;FDP=122;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=10;FWDB=0.0632963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.747;QD=26.7941;RBI=0.100987;REFB=-0.0166759;REVB=0.0786887;RO=47;SAF=38;SAR=36;SRF=37;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198001;STB=0.608392;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.012003;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:47:47:74:75:0.614754:36:38:37:10:37:38:37:10 chr3 46416543 . G C 827.48 PASS AF=0.5;AO=84;DP=169;FAO=84;FDP=168;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=0.0439358;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.33;QD=19.7019;RBI=0.0439395;REFB=-0.00594048;REVB=-0.000566778;RO=84;SAF=34;SAR=50;SRF=29;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568662;STB=0.531243;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0094691;OID=.;OPOS=46416543;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:84:84:84:84:0.5:50:34:29:55:50:34:29:55 chr3 46417312 . G T 286.69 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0174326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.59;QD=18.2028;RBI=0.0341045;REFB=-0.0185585;REVB=-0.0293125;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905467;STB=0.557238;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0192785;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:32:30:31:0.492063:13:17:15:17:13:18:15:17 chr3 46449978 . A C 551.62 PASS AF=0.375723;AO=65;DP=170;FAO=65;FDP=173;FR=.;FRO=108;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=-0.022107;FXX=0.0114279;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.593;QD=12.7542;RBI=0.0225273;REFB=-0.00662051;REVB=-0.00433111;RO=104;SAF=35;SAR=30;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010539;STB=0.516587;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0122861;OID=.;OPOS=46449978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:173:104:108:65:65:0.375723:30:35:57:47:30:35:61:47 chr3 46450070 . T A 526.16 PASS AF=0.4;AO=58;DP=145;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.00440708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.389;QD=14.5147;RBI=0.0358853;REFB=-0.0230493;REVB=0.0356136;RO=86;SAF=27;SAR=31;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377076;STB=0.517359;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0353285;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:86:87:58:58:0.4:31:27:37:49:31:27:38:49 chr3 46480801 . A G 1047.77 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191939;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.133;QD=59.8728;RBI=0.0112977;REFB=0;REVB=0.0111335;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65685e-05;OID=.;OPOS=46480801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr3 46484964 . G A 2503.46 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.309;QD=59.2534;RBI=0.0775238;REFB=0;REVB=0.0488419;RO=0;SAF=57;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81504e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00564811;OID=.;OPOS=46484964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:154:169:0:0:154:169:1:97:57:0:0:97:72:0:0 chr3 46488854 . T C 393.16 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.016477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.492;QD=17.094;RBI=0.0189337;REFB=-0.00971873;REVB=0.00932716;RO=51;SAF=24;SAR=17;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189742;STB=0.606264;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0181787;OID=.;OPOS=46488854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:17:24:20:31:17:24:20:31 chr3 46490366 . G A 1196.21 PASS AF=0.484375;AO=122;DP=254;FAO=124;FDP=256;FR=.;FRO=132;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=70;FSRR=62;FWDB=0.00174512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.143;QD=18.6908;RBI=0.0021345;REFB=-0.0195668;REVB=-0.00122907;RO=132;SAF=70;SAR=52;SRF=70;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416319;STB=0.517854;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0211013;OID=.;OPOS=46490366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:256:132:132:122:124:0.484375:52:70:70:62:54:70:70:62 chr3 46490474 . G A 1690.47 PASS AF=0.472826;AO=170;DP=363;FAO=174;FDP=368;FR=.;FRO=194;FSAF=107;FSAR=67;FSRF=105;FSRR=89;FWDB=0.0530314;FXX=0.00270995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8275;QD=18.3746;RBI=0.0531717;REFB=-0.00736058;REVB=-0.0038599;RO=193;SAF=103;SAR=67;SRF=105;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615259;STB=0.540259;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00622714;OID=.;OPOS=46490474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:368:193:194:170:174:0.472826:67:103:105:88:67:107:105:89 chr3 46501213 . T C 2946.58 PASS AF=0.9801;AO=195;DP=201;FAO=197;FDP=201;FR=.;FRO=4;FSAF=91;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0151919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.176;QD=58.6384;RBI=0.0269637;REFB=-0.225249;REVB=0.0222766;RO=5;SAF=90;SAR=105;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221336;STB=0.509258;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000657149;OID=.;OPOS=46501213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:201:201:5:4:195:197:0.9801:105:90:0:5:106:91:0:4 chr3 46501268 . C T 2717.67 PASS AF=0.994318;AO=175;DP=176;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00761486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.154;QD=61.7653;RBI=0.0313467;REFB=-0.0695478;REVB=0.0304077;RO=1;SAF=75;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473664;STB=0.502487;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000102306;OID=.;OPOS=46501268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:176:1:1:175:175:0.994318:100:75:0:1:100:75:0:1 chr3 46501284 . C CCTT 2187.78 PASS AF=1;AO=136;DP=160;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170737;FXX=0.0416638;HRUN=2;LEN=3;MLLD=254.553;QD=63.4139;RBI=0.0370395;REFB=0;REVB=0.0328696;RO=22;SAF=59;SAR=77;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000182897;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:136:160:138:138:0:60:78:0:0:12:22:59:77:11:11 chr3 46509712 . A G 365.85 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.00746068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.426;QD=13.6767;RBI=0.00820552;REFB=-0.002367;REVB=-0.00341597;RO=64;SAF=15;SAR=28;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259465;STB=0.646836;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00447255;OID=.;OPOS=46509712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:28:15:38:26:28:15:38:26 chr3 46580591 . G T 269.32 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0180425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.523;QD=11.8383;RBI=0.0765143;REFB=-0.0144257;REVB=-0.0743566;RO=58;SAF=13;SAR=19;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481296;STB=0.534061;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0242025;OID=.;OPOS=46580591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:59:32:32:0.351648:19:13:26:32:19:13:27:32 chr3 46620614 . T C 1439.32 PASS AF=0.486842;AO=148;DP=304;FAO=148;FDP=304;FR=.;FRO=156;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=70;FSRR=86;FWDB=0.042113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.309;QD=18.9385;RBI=0.0534205;REFB=-0.00725756;REVB=0.032867;RO=150;SAF=66;SAR=82;SRF=70;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191919;STB=0.501439;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00649265;OID=.;OPOS=46620614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:150:156:148:148:0.486842:82:66:70:80:82:66:70:86 chr3 46621299 . T G 564.86 PASS AF=0.418301;AO=63;DP=152;FAO=64;FDP=153;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0113162;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.957;QD=14.7676;RBI=0.0118595;REFB=-0.0265492;REVB=0.00354852;RO=84;SAF=29;SAR=34;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045074;STB=0.517874;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.048205;OID=.;OPOS=46621299;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:84:89:63:64:0.418301:34:29:35:49:34:30:39:50 chr3 46654132 . G A 3078.49 PASS AF=0.994872;AO=193;DP=194;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0302079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.065;QD=63.1486;RBI=0.0324582;REFB=-0.0304587;REVB=0.011875;RO=1;SAF=85;SAR=108;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438928;STB=0.502283;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=4.21465e-05;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:194:195:1:1:193:194:0.994872:108:85:0:1:109:85:0:1 chr3 46658737 . A G 2459.7 PASS AF=1;AO=161;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059303;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0575;QD=60.7334;RBI=0.0726492;REFB=-0.0507885;REVB=0.0419651;RO=0;SAF=68;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33755e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108803;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:163:162:0:0:161:162:1:93:68:0:0:94:68:0:0 chr3 46713457 . C G 1035.41 PASS AF=0.502392;AO=105;DP=209;FAO=105;FDP=209;FR=.;FRO=104;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=0.0723146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6208;QD=19.8164;RBI=0.0756267;REFB=0.0228236;REVB=-0.0221358;RO=104;SAF=49;SAR=56;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823683;STB=0.545214;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0224777;OID=.;OPOS=46713457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:104:104:105:105:0.502392:56:49:58:46:56:49:58:46 chr3 46714821 . C G 736.75 PASS AF=0.5;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.0046446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.995;QD=20.4653;RBI=0.0057956;REFB=-0.0303905;REVB=0.0034665;RO=71;SAF=22;SAR=50;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765639;STB=0.547272;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0267792;OID=.;OPOS=46714821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:71:72:72:72:0.5:50:22:27:44:50:22:28:44 chr3 46722692 . G T 635.67 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0122217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.626;QD=20.021;RBI=0.0181002;REFB=-0.00878152;REVB=-0.013351;RO=63;SAF=25;SAR=39;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242903;STB=0.513383;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0105005;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:63:64:64:0.503937:39:25:23:40:39:25:23:40 chr3 46723551 . G A 213.85 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00566313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.376;QD=15.2752;RBI=0.0160375;REFB=-0.0125662;REVB=0.0150043;RO=29;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972469;STB=0.56039;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0250901;OID=.;OPOS=46723551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:29:31:24:25:0.446429:17:7:11:18:17:8:13:18 chr3 46759257 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGGCG 453.13 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=18,13;DP=62;FAO=63,6;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26,6;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.215418,-0.0536623;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.83484,82.7317;QD=26.2686;RBI=0.537695,0.0577253;REFB=0,0;REVB=0.492657,0.0212736;RO=24;SAF=5,10;SAR=13,3;SRF=7;SRR=17;SSEN=0.309524,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0170306,0.50272;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0624707,-0.17112;OID=.,.;OPOS=46759258,46759262;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=AGGGGC,AGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.913043,0.0869565:18,13:62:63,6:69:0:26,6:37,0:0:0:18:24:5,10:13,3:7:17 chr3 47018214 . T C 2846.5 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.45;QD=62.9061;RBI=0.0462103;REFB=0;REVB=-0.000689082;RO=0;SAF=72;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88696e-05;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:181:0:0:180:181:1:108:72:0:0:109:72:0:0 chr3 47036565 . G A 987.87 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328601;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0294;QD=58.1102;RBI=0.0329198;REFB=0;REVB=-0.00198224;RO=1;SAF=39;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456117;OID=.;OPOS=47036565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:1:0:67:68:1:28:39:1:0:28:40:0:0 chr3 47036578 . G A 1264.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.901;QD=61.6931;RBI=0.0463205;REFB=0;REVB=0.0448812;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285016;OID=.;OPOS=47036578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr3 47043238 . C T 1570.86 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00584867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.652;QD=62.8343;RBI=0.0438563;REFB=-0.104307;REVB=0.0434646;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000531181;OID=.;OPOS=47043238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:0:1:99:99:0.99:48:51:0:0:48:51:0:1 chr3 47046545 . C T 870.55 PASS AF=0.559441;AO=80;DP=143;FAO=80;FDP=143;FR=.;FRO=63;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0230515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.757;QD=24.351;RBI=0.0265666;REFB=0.00107718;REVB=-0.0132066;RO=62;SAF=51;SAR=29;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153318;STB=0.587556;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00274133;OID=.;OPOS=47046545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:62:63:80:80:0.559441:29:51:28:34:29:51:28:35 chr3 47051026 . A G 8370.27 PASS AF=1;AO=523;DP=529;FAO=526;FDP=526;FR=.;FRO=0;FSAF=252;FSAR=274;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292607;FXX=0.00754703;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.566;QD=63.6522;RBI=0.0170916;REFB=0;REVB=0.0168393;RO=0;SAF=249;SAR=274;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52755e-05;OID=.;OPOS=47051026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:529:526:0:0:523:526:1:274:249:0:0:274:252:0:0 chr3 47161214 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.825;QD=53.2767;RBI=0.0508378;REFB=0;REVB=-0.00301245;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219411;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr3 47162661 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.204;QD=61.3364;RBI=0.0326717;REFB=0;REVB=0.0262212;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47043e-05;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr3 47162886 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.21;QD=61.3347;RBI=0.0150417;REFB=0;REVB=-0.00589301;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96002e-05;OID=.;OPOS=47162886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr3 47288905 . G A 2354.11 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000551206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.172;QD=63.1975;RBI=0.00265602;REFB=0.0145287;REVB=-0.00259819;RO=1;SAF=55;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508712;STB=0.502673;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-1.62045e-06;OID=.;OPOS=47288905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:148:148:0.993289:93:55:0:1:93:55:0:1 chr3 47312754 . C T 714.76 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0190326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5174;QD=20.869;RBI=0.0512037;REFB=0.016818;REVB=0.047535;RO=67;SAF=31;SAR=39;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972805;STB=0.553523;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0154974;OID=.;OPOS=47312754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:67:70:70:0.510949:39:31:37:30:39:31:37:30 chr3 47386059 . TG CC 1064.04 PASS AF=1;AO=9;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115008;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=66.0298;QD=57.5157;RBI=0.177783;REFB=0;REVB=0.135573;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00396293;OID=.;OPOS=47386059;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:9:74:1:6:3:0:0:41:33:0:0 chr3 47448825 . G A 793.41 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.914;QD=55.6775;RBI=0.0353464;REFB=-0.077696;REVB=0.0218966;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177894;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278331;OID=.;OPOS=47448825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:56:57:1:30:26:1:0:30:27:0:0 chr3 47449058 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.688;QD=59.0187;RBI=0.0199534;REFB=0;REVB=0.00859849;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13586e-05;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr3 47452087 . G A 925.55 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186859;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.906;QD=56.9567;RBI=0.021029;REFB=0.0626934;REVB=-0.00964652;RO=1;SAF=14;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935473;STB=0.504949;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.000128342;OID=.;OPOS=47452087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:50:14:0:1:50:14:0:1 chr3 47454398 . CG C,CA 761.2 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=9,40;DP=51;FAO=1,54;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=1,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.5044,45.7809;QD=55.3602;RBI=0.00167069,0.0367465;REFB=0,0;REVB=-0.00167069,0.0367465;RO=0;SAF=0,0;SAR=9,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0666633,-0.00167313;OID=.,.;OPOS=47454399,47454399;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0181818,0.981818:9,40:51:1,54:55:0:0,0:1,54:0:0:4:0:0,0:9,40:0:0 chr3 47455294 . G C,GGCCCC 692.97 PASS AF=0.0888889,0.911111;AO=6,35;DP=61;FAO=4,41;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=4,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894592,0.068778;FXX=0.062487;HRUN=2,2;LEN=1,5;MLLD=124.449,240.78;QD=61.5969;RBI=0.00903328,0.068921;REFB=0,0;REVB=-0.00125321,0.00443787;RO=18;SAF=2,4;SAR=4,31;SRF=15;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.537648,-0.56399;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0620954,-0.000775119;OID=.,.;OPOS=47455294,47455295;OREF=G,-;OALT=C,GCCCC;OMAPALT=C,GGCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:61:45:18:0:6,35:4,41:0.0888889,0.911111:4,31:2,4:15:3:4,33:0,8:0:0 chr3 47462200 . T C 2076.08 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.445;QD=61.5135;RBI=0.0416394;REFB=0;REVB=0.0414039;RO=0;SAF=54;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665019;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:135:0:0:121:135:1:67:54:0:0:80:55:0:0 chr3 47539702 . T C 1162.16 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.81;QD=60.3721;RBI=0.0836941;REFB=0;REVB=0.0834447;RO=0;SAF=52;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141937;OID=.;OPOS=47539702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:23:52:0:0:24:53:0:0 chr3 47539751 . T C 3089.36 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195385;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.928;QD=63.6981;RBI=0.0200605;REFB=0;REVB=-0.00454647;RO=0;SAF=100;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98853e-06;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:194:0:0:191:194:1:91:100:0:0:93:101:0:0 chr3 47618953 . C A 565.47 PASS AF=0.438849;AO=59;DP=138;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.0202894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.199;QD=16.2724;RBI=0.020451;REFB=-0.0160327;REVB=0.0025658;RO=78;SAF=30;SAR=29;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125967;STB=0.578107;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0197592;OID=.;OPOS=47618953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:78:78:59:61:0.438849:29:30:30:48:29:32:30:48 chr3 47645933 . A T 829.35 PASS AF=0.506024;AO=84;DP=166;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.00629062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5274;QD=19.9843;RBI=0.00629216;REFB=0.0150854;REVB=0.000139175;RO=82;SAF=51;SAR=33;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098453;STB=0.554172;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0146493;OID=.;OPOS=47645933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:82:82:84:84:0.506024:33:51:41:41:33:51:41:41 chr3 47677558 . ATTTTTTTC ATTTTTTC,ATTTTTTCT,TATTTTTTC 52.43 PASS AF=0.277778,0.0416667,0;AO=25,3,4;DP=72;FAO=20,3,0;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=11,0,0;FSAR=9,3,0;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.000206565,-0.00532933,-0.0647674;FXX=0;HRUN=7,7,1;LEN=1,2,2;MLLD=7.43403,154.053,19.9753;QD=2.91292;RBI=0.0727268,0.0190668,0.0702793;REFB=-0.160526,-0.0101446,-0.0672692;REVB=0.0727265,-0.0183069,0.0272829;RO=36;SAF=15,0,1;SAR=10,3,3;SRF=23;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0422985,-0.587949,-0.405539;STB=0.559942,0.997319,0.5;STBP=0.548,0.024,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.144518,0.132286,0;OID=.,.,.;OPOS=47677559,47677565,47677558;OREF=T,TC,AT;OALT=-,CT,TA;OMAPALT=ATTTTTTC,ATTTTTTCT,TATTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:72:72:36:49:25,3,4:20,3,0:0.277778,0.0416667,0:10,3,3:15,0,1:23:13:9,3,0:11,0,0:31:18 chr3 47712202 . T C 539.98 PASS AF=0.515152;AO=52;DP=98;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.011817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0468;QD=21.8172;RBI=0.0777094;REFB=-0.00975244;REVB=-0.0768057;RO=46;SAF=24;SAR=28;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985034;STB=0.567282;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00866166;OID=.;OPOS=47712202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:46:48:52:51:0.515152:28:24:16:30:27:24:16:32 chr3 47860685 . CTTTTTTTTTTC CTTTCTTTTTTC,CTTTTTTTTTCT 188.42 PASS AF=0.357143,0.357143;AO=4,3;DP=28;FAO=10,10;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000813387,0.0601226;FXX=0.0344709;HRUN=10,10;LEN=1,2;MLLD=191.917,10.0499;QD=26.9175;RBI=0.0645494,0.0915054;REFB=-0.00484262,-0.0488256;REVB=-0.0645443,-0.068982;RO=4;SAF=0,3;SAR=4,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.755207,0.642277;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00720595,0.182322;OID=.,.;OPOS=47860689,47860695;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CTTTCTTTTTTC,CTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.357143,0.357143:4,3:28:10,10:28:0:0,10:10,0:0:0:51:4:0,3:4,0:3:1 chr3 48282651 . TGCGC T,TGCGT 761.53 PASS AF=0.503546,0.0567376;AO=62,9;DP=140;FAO=71,8;FDP=141;FR=.;FRO=62;FSAF=39,2;FSAR=32,6;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0357871,0.0689293;FXX=0.0903168;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=202.801,73.3031;QD=21.6037;RBI=0.0443295,0.076517;REFB=-0.0474837,-0.0357046;REVB=0.0261608,0.0332204;RO=58;SAF=39,2;SAR=23,7;SRF=39;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0413325,-0.509194;STB=0.54552,0.817488;STBP=0.291,0.097;TYPE=del,snp;VARB=0.0385985,0.0266136;OID=.,.;OPOS=48282652,48282655;OREF=GCGC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TGCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.503546,0.0567376:62,9:140:71,8:141:62:39,2:32,6:40:22:99:58:39,2:23,7:39:19 chr3 48282695 . A G 953.23 PASS AF=0.589404;AO=89;DP=150;FAO=89;FDP=151;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0584585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0704;QD=25.2511;RBI=0.06985;REFB=-0.00734567;REVB=-0.0382311;RO=60;SAF=40;SAR=49;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993005;STB=0.553825;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00303055;OID=.;OPOS=48282695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:60:62:89:89:0.589404:49:40:35:25:49:40:36:26 chr3 48299439 . T C 524.0 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=133;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0356128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5071;QD=15.7595;RBI=0.0539119;REFB=-0.0190083;REVB=0.0404749;RO=75;SAF=14;SAR=43;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215569;STB=0.618854;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0315284;OID=.;OPOS=48299439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:75:76:57:57:0.428571:43:14:32:43:43:14:32:44 chr3 48309828 . C G 541.48 PASS AF=0.44697;AO=57;DP=130;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00109278;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.735;QD=16.4084;RBI=0.00599805;REFB=-0.00251652;REVB=0.00589766;RO=72;SAF=19;SAR=38;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133123;STB=0.585444;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00468943;OID=.;OPOS=48309828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:72:73:57:59:0.44697:38:19:33:39:40:19:34:39 chr3 48327729 . T C 478.08 PASS AF=0.484536;AO=43;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0103416;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=284.427;QD=19.7147;RBI=0.0133002;REFB=-0.00320389;REVB=-0.00836331;RO=33;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158348;STB=0.56939;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00285203;OID=.;OPOS=48327729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:33:50:43:47:0.484536:23:20:22:11:27:20:28:22 chr3 48327751 . G A 639.46 PASS AF=0.503876;AO=62;DP=126;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00777191;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.539;QD=19.8282;RBI=0.0288317;REFB=-0.0248923;REVB=0.0277644;RO=63;SAF=32;SAR=30;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070169;STB=0.526873;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0328922;OID=.;OPOS=48327751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:63:64:62:65:0.503876:30:32:33:30:35:30:33:31 chr3 48360992 . T G 633.0 PASS AF=0.602151;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.000486665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.394;QD=27.2259;RBI=0.00311082;REFB=-0.0047681;REVB=0.00307252;RO=37;SAF=19;SAR=37;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527667;STB=0.528783;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0031237;OID=.;OPOS=48360992;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:37:37:56:56:0.602151:37:19:15:22:37:19:15:22 chr3 48419897 . C T 535.24 PASS AF=0.471074;AO=55;DP=119;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.000688703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.768;QD=17.6939;RBI=0.0142154;REFB=-0.00841527;REVB=-0.0141987;RO=64;SAF=14;SAR=41;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279422;STB=0.635508;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.014359;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:64:64:55:57:0.471074:41:14:33:31:41:16:33:31 chr3 48421387 . G T 180.66 PASS AF=0.403846;AO=19;DP=50;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00857548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.513;QD=13.8971;RBI=0.00887424;REFB=-0.0236481;REVB=0.00228324;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202776;STB=0.636894;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0534441;OID=.;OPOS=48421387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:31:31:19:21:0.403846:8:11:12:19:8:13:12:19 chr3 48422235 . T A 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00253859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.605;QD=10.9519;RBI=0.00573176;REFB=-0.0111336;REVB=0.00513894;RO=47;SAF=16;SAR=9;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775985;STB=0.545204;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0180904;OID=.;OPOS=48422235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:9:16:27:20:9:16:27:20 chr3 48461313 . C G 55.01 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0277548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.622;QD=9.567;RBI=0.0632597;REFB=-0.0130399;REVB=-0.056846;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133032;STB=0.561641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0316927;OID=.;OPOS=48461313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:14:15:8:8:0.347826:5:3:7:7:5:3:7:8 chr3 48474249 . A G 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.000143437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8053;QD=20.7502;RBI=0.012005;REFB=0.0252535;REVB=-0.0120042;RO=38;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122802;STB=0.506795;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0191122;OID=.;OPOS=48474249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:20:21:20:18:20:21:20:18 chr3 48476431 . C G 3519.04 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581971;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.881;QD=62.84;RBI=0.0696872;REFB=0;REVB=0.0383328;RO=0;SAF=97;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99168e-05;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:224:0:0:224:224:1:127:97:0:0:127:97:0:0 chr3 48508585 . C T 424.22 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00439763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.23;QD=15.1509;RBI=0.0350914;REFB=-0.030306;REVB=-0.0348148;RO=64;SAF=20;SAR=28;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101547;STB=0.557033;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0443056;OID=.;OPOS=48508585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:28:20:33:31:28:20:33:31 chr3 48610925 . T C 361.42 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0277507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.296;QD=20.6524;RBI=0.02884;REFB=-0.0335176;REVB=-0.00785135;RO=31;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160946;STB=0.580398;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0308712;OID=.;OPOS=48610925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:33:36:37:0.528571:23:13:17:14:23:14:18:15 chr3 48616778 . T TC 36.7 PASS AF=0.101852;AO=12;DP=109;FAO=11;FDP=108;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.0115061;FXX=0.00917347;HRUN=0;LEN=1;MLLD=120.323;QD=1.35933;RBI=0.0172556;REFB=-0.00202574;REVB=-0.0128594;RO=96;SAF=3;SAR=9;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359297;STB=0.653058;STBP=0.278;TYPE=ins;VARB=0.1646;OID=.;OPOS=48616779;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.101852:12:109:11:108:97:4:7:52:45:36:96:3:9:53:43 chr3 48625266 . T C 438.27 PASS AF=0.47;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.0712154;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.302;QD=17.5306;RBI=0.0725036;REFB=-0.00946259;REVB=-0.0136064;RO=51;SAF=19;SAR=28;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150612;STB=0.579394;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0114971;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:51:53:47:47:0.47:28:19:13:38:28:19:14:39 chr3 48658419 . C T 938.46 PASS AF=0.5;AO=93;DP=185;FAO=93;FDP=186;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=29;FSRR=64;FWDB=0.00404703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.902;QD=20.1819;RBI=0.00562469;REFB=-0.0189987;REVB=0.00390624;RO=92;SAF=37;SAR=56;SRF=28;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903128;STB=0.545713;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.021508;OID=.;OPOS=48658419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:92:93:93:93:0.5:56:37:28:64:56:37:29:64 chr3 48697882 . C T 417.19 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0121876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2818;QD=15.4516;RBI=0.0634877;REFB=-0.00888994;REVB=0.0623069;RO=61;SAF=16;SAR=31;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404135;STB=0.522688;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0144601;OID=.;OPOS=48697882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:31:16:23:38:31:16:23:38 chr3 48727112 . G A 1574.91 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396443;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.207;QD=59.9965;RBI=0.0469448;REFB=0;REVB=0.0251425;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012119;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:59:46:0:0:59:46:0:0 chr3 48731961 . A G 76.26 PASS AF=0.25;AO=8;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=-0.00617771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.539;QD=7.62555;RBI=0.0113481;REFB=-0.00801331;REVB=0.00951926;RO=26;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268646;STB=0.569466;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0136765;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:40:40:26:29:8:10:0.25:7:1:3:23:9:1:4:25 chr3 48986546 . CATTTATTT C 45.43 PASS AF=0.625;AO=3;DP=9;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00511975;FXX=0.428266;HRUN=1;LEN=8;MLLD=147.286;QD=22.717;RBI=0.0519071;REFB=-0.0983596;REVB=0.051654;RO=0;SAF=1;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=del;VARB=0.0393081;OID=.;OPOS=48986547;OREF=ATTTATTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:3:9:5:8:3:1:4:1:2:23:0:1:2:0:0 chr3 48995487 . C T 650.96 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00599182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.712;QD=61.9961;RBI=0.0246537;REFB=0;REVB=-0.0239145;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182506;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr3 49053219 . A G,T 1470.24 PASS AF=0.95283,0.0471698;AO=87,4;DP=92;FAO=101,5;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=35,4;FSAR=66,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557907,0.00924009;FXX=0.00934492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.02,140.876;QD=55.4807;RBI=0.0218979,0.0109112;REFB=0,0;REVB=0.0211752,-0.00580307;RO=0;SAF=29,3;SAR=58,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00257624,0.0812891;OID=.,.;OPOS=49053219,49053219;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:92:106:0:0:87,4:101,5:0.95283,0.0471698:58,1:29,3:0:0:66,1:35,4:0:0 chr3 49053220 . T G 66.21 PASS AF=0.130841;AO=13;DP=105;FAO=14;FDP=107;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=0.0195423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.9446;QD=2.47503;RBI=0.0254539;REFB=-0.024698;REVB=0.0163095;RO=92;SAF=6;SAR=7;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130458;STB=0.556708;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0276131;OID=.;OPOS=49053220;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:105:107:92:93:13:14:0.130841:7:6:33:59:8:6:34:59 chr3 49054692 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.82;QD=60.5472;RBI=0.0291482;REFB=0;REVB=0.0240448;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23258e-05;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr3 49066901 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00651826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.778;QD=17.0892;RBI=0.0346103;REFB=-0.00113302;REVB=0.0339909;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854765;STB=0.548154;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00140101;OID=.;OPOS=49066901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:12:16:12:13:12:16 chr3 49200627 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.584;QD=46.8472;RBI=0.0597519;REFB=0;REVB=0.0438078;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078079;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr3 49200692 . T A 972.69 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.789;QD=58.9511;RBI=0.146047;REFB=0;REVB=0.141406;RO=0;SAF=52;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00097459;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:14:52:0:0:14:52:0:0 chr3 49273996 . C T 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0433095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.281;QD=50.836;RBI=0.0570793;REFB=-0.106461;REVB=-0.0371797;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0025926;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr3 49298139 . G A 1377.38 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2948;QD=62.6081;RBI=0.0416349;REFB=0;REVB=0.0415716;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188069;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr3 49298205 . T C 1447.04 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0903341;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.156;QD=60.9279;RBI=0.0916389;REFB=-0.0504321;REVB=0.0154095;RO=1;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111544;STB=0.501028;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000395797;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:42:51:0:1:42:51:1:1 chr3 49395673 . GGCCGCCGCCGCCGCCGCC GGCCGCCGCCGCC,GGCCGCCGCCGCCG 103.05 PASS AF=1,0;AO=4,2;DP=9;FAO=10,0;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169425,0.102538;FXX=0.0908265;HRUN=1,2;LEN=6,5;MLLD=195.98,182.374;QD=41.2198;RBI=0.181202,0.118193;REFB=0,0;REVB=0.0642596,0.0587833;RO=0;SAF=0,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00199651,0;OID=.,.;OPOS=49395674,49395687;OREF=GCCGCC,CCGCC;OALT=-,-;OMAPALT=GGCCGCCGCCGCC,GGCCGCCGCCGCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:4,2:9:10,0:10:0:3,0:7,0:0:0:4:0:0,2:4,0:0:0 chr3 49548008 . C G 1744.61 PASS AF=0.991736;AO=107;DP=110;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3981;QD=57.673;RBI=0.0494752;REFB=-0.0187602;REVB=0.0330784;RO=2;SAF=34;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270968;STB=0.506328;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000647273;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:121:2:1:107:120:0.991736:73:34:2:0:81:39:1:0 chr3 49570882 . T C 2882.81 PASS AF=0.978947;AO=183;DP=189;FAO=186;FDP=190;FR=.;FRO=4;FSAF=89;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0359962;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.456;QD=60.6908;RBI=0.036001;REFB=0.0424892;REVB=0.000585815;RO=3;SAF=87;SAR=96;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437369;STB=0.504821;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00120009;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:189:190:3:4:183:186:0.978947:96:87:1:2:97:89:1:3 chr3 49690199 . G A 2832.38 PASS AF=0.983871;AO=182;DP=191;FAO=183;FDP=186;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=108;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0615956;FXX=0.0261766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.172;QD=60.9115;RBI=0.061647;REFB=-0.0701671;REVB=-0.00251613;RO=3;SAF=74;SAR=108;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00830388;STB=0.504275;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.000793371;OID=.;OPOS=49690199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:191:186:3:3:182:183:0.983871:108:74:2:1:108:75:2:1 chr3 49701298 . G A 2743.6 PASS AF=1;AO=175;DP=178;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152848;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.381;QD=62.711;RBI=0.0179087;REFB=0;REVB=-0.00933247;RO=0;SAF=81;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79077e-05;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:175:0:0:175:175:1:94:81:0:0:94:81:0:0 chr3 49708769 . T C 2173.68 PASS AF=0.949367;AO=149;DP=157;FAO=150;FDP=158;FR=.;FRO=8;FSAF=81;FSAR=69;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0124903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5945;QD=55.0298;RBI=0.0156462;REFB=-0.0349308;REVB=0.00942317;RO=8;SAF=81;SAR=68;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446885;STB=0.523526;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.024038;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:157:158:8:8:149:150:0.949367:68:81:8:0:69:81:8:0 chr3 49719799 . C T 290.36 PASS AF=0.373626;AO=33;DP=90;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0132125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.37;QD=12.763;RBI=0.0231673;REFB=0.000831119;REVB=0.0190303;RO=57;SAF=23;SAR=10;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143284;STB=0.58869;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.000962456;OID=.;OPOS=49719799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:57:57:33:34:0.373626:10:23:33:24:10:24:33:24 chr3 49720260 . G C 588.16 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00186167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.856;QD=23.7642;RBI=0.00293169;REFB=-0.00160864;REVB=0.00226473;RO=45;SAF=28;SAR=26;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245324;STB=0.513468;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0015699;OID=.;OPOS=49720260;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:54:54:0.545455:26:28:22:23:26:28:22:23 chr3 49723784 . C A 501.0 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000228408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6617;QD=58.9408;RBI=0.052012;REFB=0;REVB=0.0520115;RO=0;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374101;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:29:5:0:0:29:5:0:0 chr3 49724808 . T C 2993.92 PASS AF=0.989583;AO=189;DP=192;FAO=190;FDP=192;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00900563;FXX=0.0103087;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.9268;QD=62.3734;RBI=0.0200926;REFB=-0.112826;REVB=-0.0179613;RO=2;SAF=78;SAR=111;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179494;STB=0.500902;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-8.87912e-05;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:192:192:2:2:189:190:0.989583:111:78:1:1:111:79:1:1 chr3 49726127 . G A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.000978742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.321;QD=13.336;RBI=0.0191918;REFB=-0.00202724;REVB=-0.0191668;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380605;STB=0.722882;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00306056;OID=.;OPOS=49726127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:11:4:15:9:11:4:15:9 chr3 49739507 . G C 651.22 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0681782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3052;QD=62.021;RBI=0.0707209;REFB=0;REVB=-0.0187931;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000899515;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:29:12:0:0:30:12:0:0 chr3 49760039 . T C 1026.29 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.982;QD=59.4951;RBI=0.0332485;REFB=0;REVB=0.0240994;RO=0;SAF=19;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.45441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115961;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:50:19:0:0:50:19:0:0 chr3 49831399 . C CG 31.82 PASS AF=0.190476;AO=22;DP=107;FAO=20;FDP=105;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=59;FWDB=-0.0824884;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=50.8451;QD=1.21231;RBI=0.0825459;REFB=-0.0170877;REVB=0.0030787;RO=84;SAF=19;SAR=3;SRF=24;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.661791;STB=0.89062;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.175009;OID=.;OPOS=49831400;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476:22:107:20:105:85:17:3:26:59:31:84:19:3:24:60 chr3 49898273 . A G 234.91 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0131031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.115;QD=10.9262;RBI=0.013113;REFB=-0.0173086;REVB=-0.000508841;RO=57;SAF=11;SAR=18;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11047;STB=0.564311;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0334727;OID=.;OPOS=49898273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:18:11:27:30:18:11:27:30 chr3 49924940 . T C 520.33 PASS AF=0.448;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.00171306;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.793;QD=16.6507;RBI=0.0042173;REFB=-0.00314111;REVB=0.00385371;RO=70;SAF=23;SAR=33;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182779;STB=0.505447;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00325216;OID=.;OPOS=49924940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:70:69:56:56:0.448:33:23:30:40:33:23:29:40 chr3 49928691 . T C 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8487;QD=62.6658;RBI=0.0322865;REFB=0;REVB=0.0322037;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206291;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr3 49936102 . T C 118.77 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00588718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.177;QD=13.1963;RBI=0.0059827;REFB=-0.00550516;REVB=0.00106481;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404668;STB=0.736105;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00858172;OID=.;OPOS=49936102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:15:7:10:4:15:7 chr3 49946812 . G A 458.18 PASS AF=0.368056;AO=53;DP=144;FAO=53;FDP=144;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.00564238;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1629;QD=12.7272;RBI=0.0243255;REFB=-0.00687912;REVB=-0.0236621;RO=91;SAF=21;SAR=32;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246073;STB=0.514016;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0145631;OID=.;OPOS=49946812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:91:91:53:53:0.368056:32:21:38:53:32:21:38:53 chr3 49949163 . C G 45.68 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=14;FWDB=-0.0317423;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.7041;QD=2.72698;RBI=0.0332915;REFB=-0.00118778;REVB=0.0100375;RO=58;SAF=1;SAR=8;SRF=44;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.681756;STB=0.941724;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0604612;OID=.;OPOS=49949163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:67:58:58:9:9:0.134328:8:1:44:14:8:1:44:14 chr3 50114515 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.998;QD=64.4151;RBI=0.0114749;REFB=0;REVB=0.00965478;RO=0;SAF=39;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90428e-05;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:11:39:0:0:11:39:0:0 chr3 50129399 . C T 205.2 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00214038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.156;QD=15.7845;RBI=0.0890045;REFB=-0.011821;REVB=-0.0889787;RO=29;SAF=17;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33585;STB=0.691861;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0069311;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:6:17:12:17:6:17:12:17 chr3 50144951 . T C 1226.32 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0726823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6499;QD=61.3161;RBI=0.0728564;REFB=0;REVB=-0.00503281;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000584218;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr3 50153356 . T C 1305.73 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000134431;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0918;QD=62.1776;RBI=0.00958535;REFB=0;REVB=0.0095844;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576328;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:42:41:0:0:43:41:0:0 chr3 50197092 . C T 805.0 PASS AF=0.572519;AO=74;DP=130;FAO=75;FDP=131;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00533885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1135;QD=24.5801;RBI=0.0520511;REFB=-0.00940035;REVB=0.0517766;RO=54;SAF=35;SAR=39;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00660502;STB=0.508555;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0085521;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:54:56:74:75:0.572519:39:35:26:28:39:36:28:28 chr3 50222926 . T A 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.897;QD=60.3494;RBI=0.0272358;REFB=0;REVB=0.0259892;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58511e-05;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:62:48:0:0:62:48:0:0 chr3 50251833 . A AG 894.49 PASS AF=1;AO=74;DP=83;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121141;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.1179;QD=45.2906;RBI=0.206536;REFB=0;REVB=0.167279;RO=7;SAF=36;SAR=38;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013846;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00456607;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:83:79:79:0:37:42:0:0:16:7:36:38:4:3 chr3 50311900 . C G,T 1332.72 PASS AF=0.0549451,0.945055;AO=5,78;DP=83;FAO=5,86;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=0,47;FSAR=5,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288412,0.0109436;FXX=0.0215031;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.5478,247.863;QD=58.5811;RBI=0.0323792,0.0301462;REFB=0,0;REVB=-0.0147172,0.0280897;RO=0;SAF=0,46;SAR=5,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.5329e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.15346,0.000567388;OID=.,.;OPOS=50311900,50311900;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:83:91:0:0:5,78:5,86:0.0549451,0.945055:5,32:0,46:0:0:5,39:0,47:0:0 chr3 50311902 . G T 70.89 PASS AF=0.157895;AO=15;DP=95;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.0581914;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.6151;QD=2.98484;RBI=0.0613065;REFB=-0.0197134;REVB=0.0192937;RO=80;SAF=3;SAR=12;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464209;STB=0.809512;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.13821;OID=.;OPOS=50311902;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:95:95:80:80:15:15:0.157895:12:3:46:34:12:3:46:34 chr3 50326020 . G A 874.32 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194086;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.977;QD=58.2878;RBI=0.0204579;REFB=0;REVB=-0.00646782;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74563e-05;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr3 50327429 . A G 556.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0871996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5372;QD=60.2151;RBI=0.0951877;REFB=0;REVB=-0.0381696;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00200004;OID=.;OPOS=50327429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr3 50329826 . A G 2758.72 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679066;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.816;QD=62.6983;RBI=0.072506;REFB=0;REVB=0.0254128;RO=0;SAF=66;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78737e-05;OID=.;OPOS=50329826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:176:0:0:176:176:1:110:66:0:0:110:66:0:0 chr3 50334231 . T A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.596;QD=58.061;RBI=0.0124617;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=61;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69504e-05;OID=.;OPOS=50334231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:0:61:0:0:0:61:0:0 chr3 50336661 . T C 1770.78 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000300116;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.091;QD=61.0613;RBI=0.0120388;REFB=0;REVB=0.012035;RO=0;SAF=47;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58356e-05;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:69:47:0:0:69:47:0:0 chr3 50355730 . T G 1403.96 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.771;QD=62.3984;RBI=0.0300297;REFB=0;REVB=0.0275031;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101013;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:88:90:1:47:41:0:0:48:42:0:0 chr3 50357869 . A C 1695.23 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5498;QD=60.544;RBI=0.021002;REFB=0;REVB=-0.0163786;RO=0;SAF=65;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.33622e-06;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:47:65:0:0:47:65:0:0 chr3 50367867 . A C 1252.92 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000559273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.809;QD=61.1183;RBI=0.0174499;REFB=0;REVB=0.0174409;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358011;OID=.;OPOS=50367867;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:40:41:0:0:41:41:0:0 chr3 50378176 . T G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.511;QD=50.134;RBI=0.0369865;REFB=-0.0167;REVB=0.0258066;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000436306;OID=.;OPOS=50378176;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:0:1:15:9:0:1 chr3 50401841 . G A 1779.48 PASS AF=0.881579;AO=132;DP=152;FAO=134;FDP=152;FR=.;FRO=18;FSAF=34;FSAR=100;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.132056;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.2246;QD=46.8285;RBI=0.169099;REFB=-0.157235;REVB=0.105621;RO=5;SAF=32;SAR=100;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330947;STB=0.50495;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0198257;OID=.;OPOS=50401841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:152:152:5:18:132:134:0.881579:100:32:3:2:100:34:4:14 chr3 50457227 . G A 2351.9 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000139585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.632;QD=61.0884;RBI=0.0694724;REFB=0;REVB=0.0694723;RO=0;SAF=85;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43406e-05;OID=.;OPOS=50457227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:69:85:0:0:69:85:0:0 chr3 50597092 . G A 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0403661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.777;QD=21.2878;RBI=0.0521592;REFB=-0.0113932;REVB=0.0330328;RO=39;SAF=20;SAR=23;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150572;STB=0.583061;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00879396;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:23:20:25:14:23:20:25:14 chr3 50645158 . A G 262.75 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0306805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3838;QD=15.0144;RBI=0.0317958;REFB=-0.00585144;REVB=-0.00834749;RO=37;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105128;STB=0.566622;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00569561;OID=.;OPOS=50645158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:40:30:30:0.428571:13:17:17:20:13:17:18:22 chr3 50645413 . G A 526.4 PASS AF=0.435115;AO=56;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.00122222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.575;QD=16.0733;RBI=0.0224865;REFB=-0.0181056;REVB=-0.0224533;RO=73;SAF=24;SAR=32;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04686;STB=0.516978;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0256802;OID=.;OPOS=50645413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:74:56:57:0.435115:32:24:28:45:33:24:29:45 chr3 50647888 . T G 1107.63 PASS AF=0.466942;AO=113;DP=242;FAO=113;FDP=242;FR=.;FRO=129;FSAF=38;FSAR=75;FSRF=50;FSRR=79;FWDB=-0.00652396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.544;QD=18.308;RBI=0.0106937;REFB=-0.0137233;REVB=0.00847303;RO=129;SAF=38;SAR=75;SRF=50;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542978;STB=0.53003;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0138155;OID=.;OPOS=50647888;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:129:129:113:113:0.466942:75:38:50:79:75:38:50:79 chr3 51273773 . T C 2316.42 PASS AF=0.993506;AO=151;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0572183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.133;QD=60.1668;RBI=0.0572603;REFB=0.0481853;REVB=0.0021904;RO=0;SAF=67;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74685e-08;STB=0.50289;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-2.6709e-05;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:154:0:1:151:153:0.993506:84:67:0:0:86:67:0:1 chr3 51430657 . A C 554.02 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.0237303;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.267;QD=20.146;RBI=0.0243273;REFB=-0.00441489;REVB=-0.0053561;RO=53;SAF=15;SAR=42;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426099;STB=0.523514;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00454564;OID=.;OPOS=51430657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:53:53:57:57:0.518182:42:15:16:37:42:15:16:37 chr3 51431981 . C CTTAT,T 336.85 PASS AF=0.435294,0.0117647;AO=30,3;DP=85;FAO=37,1;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18,1;FSAR=19,0;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0186765,-0.02144;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=191.33,125.388;QD=15.8517;RBI=0.0232743,0.072647;REFB=-0.0170826,-0.0100919;REVB=0.0138882,0.0694112;RO=46;SAF=16,2;SAR=14,1;SRF=27;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0574026,0.07824;STB=0.549107,0.988584;STBP=0.474,0.483;TYPE=ins,snp;VARB=0.0235709,0.0941554;OID=.,.;OPOS=51431982,51431981;OREF=-,C;OALT=TTAT,T;OMAPALT=CTTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:47:30,3:37,1:0.435294,0.0117647:14,1:16,2:27:19:19,0:18,1:27:20 chr3 51432847 . C T 769.0 PASS AF=0.512987;AO=78;DP=154;FAO=79;FDP=154;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.00637785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.194;QD=19.974;RBI=0.0106102;REFB=-0.016736;REVB=-0.0084794;RO=75;SAF=34;SAR=44;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695696;STB=0.535288;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.015895;OID=.;OPOS=51432847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:75:75:78:79:0.512987:44:34:27:48:45:34:27:48 chr3 51432895 . T C 1339.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.499;QD=62.3115;RBI=0.0212627;REFB=0;REVB=0.0161596;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22566e-05;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr3 51433932 . AACTT A 139.77 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0228004;FXX=0;HRUN=4;LEN=4;MLLD=266;QD=12.7059;RBI=0.022866;REFB=0.000685972;REVB=-0.00173085;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521719;STBP=0.801;TYPE=del;VARB=-0.00091929;OID=.;OPOS=51433933;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:20:39:21:44:23:11:10:13:10:99:14:10:10:7:7 chr3 51434215 . A C 135.72 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00812789;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.39;QD=9.69446;RBI=0.0162398;REFB=0.00194867;REVB=-0.0140595;RO=39;SAF=15;SAR=3;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532635;STB=0.822803;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00548678;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:39:38:18:18:0.321429:3:15:15:24:3:15:14:24 chr3 51728573 . G A 541.79 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00422327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.515;QD=22.3418;RBI=0.0116337;REFB=-0.000243581;REVB=0.01084;RO=46;SAF=28;SAR=23;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236348;STB=0.513024;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.000220915;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:23:28:24:22:23:28:24:22 chr3 51737965 . G A 1221.29 PASS AF=0.421384;AO=134;DP=321;FAO=134;FDP=318;FR=.;FRO=184;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=82;FSRR=102;FWDB=-0.00973139;FXX=0.0093455;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.779;QD=15.3621;RBI=0.0107048;REFB=-0.0140277;REVB=0.00446015;RO=179;SAF=69;SAR=65;SRF=82;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583845;STB=0.540017;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0219412;OID=.;OPOS=51737965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:318:179:184:134:134:0.421384:65:69:82:97:65:69:82:102 chr3 51911118 . C T 56.39 PASS AF=0.875;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.873;QD=28.1929;RBI=0.0636079;REFB=-0.0129853;REVB=0.054414;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00476967;OID=.;OPOS=51911118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:6:7:0.875:1:5:1:0:1:6:1:0 chr3 51978220 . A G 1026.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.157;QD=59.4965;RBI=0.0566082;REFB=0;REVB=-0.0564136;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.59078e-05;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr3 51981772 . TGG TG,TGT 952.97 PASS AF=0.873239,0.126761;AO=21,18;DP=142;FAO=124,18;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=57,0;FSAR=67,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.00056,0.070919;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=8.17658,199.265;QD=26.8443;RBI=1.04998,0.0724295;REFB=0,0;REVB=0.318339,0.0147146;RO=91;SAF=0,0;SAR=21,18;SRF=56;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.780548,-0.76243;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0385059,0.0367233;OID=.,.;OPOS=51981773,51981774;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.873239,0.126761:21,18:142:124,18:142:0:57,0:67,18:0:0:80:91:0,0:21,18:56:35 chr3 52019263 . G C 1065.99 PASS AF=0.420863;AO=117;DP=278;FAO=117;FDP=278;FR=.;FRO=161;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=78;FSRR=83;FWDB=-0.0116066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.216;QD=15.338;RBI=0.0120518;REFB=-0.0293381;REVB=-0.00324564;RO=161;SAF=69;SAR=48;SRF=78;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110416;STB=0.561592;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0447414;OID=.;OPOS=52019263;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:161:161:117:117:0.420863:48:69:78:83:48:69:78:83 chr3 52188409 . A T 961.0 PASS AF=0.489691;AO=95;DP=195;FAO=95;FDP=194;FR=.;FRO=99;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=-0.0175298;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.626;QD=19.8144;RBI=0.0176401;REFB=-0.0170083;REVB=-0.0019689;RO=99;SAF=42;SAR=53;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114362;STB=0.562961;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0154941;OID=.;OPOS=52188409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:99:99:95:95:0.489691:53:42:56:43:53:42:56:43 chr3 52237970 . C T 473.6 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00475845;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.231;QD=16.1915;RBI=0.0191573;REFB=-0.00817396;REVB=0.0185569;RO=65;SAF=29;SAR=23;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193191;STB=0.510797;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0107305;OID=.;OPOS=52237970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:65:65:52:52:0.444444:23:29:35:30:23:29:35:30 chr3 52256697 . C T 466.36 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0411791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7469;QD=19.8452;RBI=0.044179;REFB=-0.0218549;REVB=0.0160019;RO=48;SAF=17;SAR=29;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16162;STB=0.589837;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0225381;OID=.;OPOS=52256697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:29:17:26:22:29:17:26:22 chr3 52291078 . G A 1943.15 PASS AF=0.513158;AO=187;DP=372;FAO=195;FDP=380;FR=.;FRO=185;FSAF=90;FSAR=105;FSRF=100;FSRR=85;FWDB=0.0421673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.004;QD=20.4543;RBI=0.0452788;REFB=-0.0187174;REVB=0.0164951;RO=184;SAF=88;SAR=99;SRF=100;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660067;STB=0.538458;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0165233;OID=.;OPOS=52291078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:380:184:185:187:195:0.513158:99:88:100:84:105:90:100:85 chr3 52325759 . A G 772.04 PASS AF=0.503185;AO=79;DP=159;FAO=79;FDP=157;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.00519787;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.402;QD=19.6699;RBI=0.0178375;REFB=-0.00626576;REVB=-0.0170634;RO=80;SAF=39;SAR=40;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039922;STB=0.522344;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00555075;OID=.;OPOS=52325759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:80:78:79:79:0.503185:40:39:36:44:40:39:35:43 chr3 52430526 . G A 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0140435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.315;QD=14.1697;RBI=0.0145747;REFB=0.0033869;REVB=0.00389884;RO=51;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157125;STB=0.58942;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00573303;OID=.;OPOS=52430526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:13:21:24:27:13:21:24:27 chr3 52430698 . A G 1626.2 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00151939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.824;QD=59.1346;RBI=0.00277983;REFB=-0.126973;REVB=0.00232786;RO=1;SAF=55;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855298;STB=0.504504;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-3.92692e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:54:55:1:0:54:55:1:0 chr3 52453893 . C T 2381.95 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016256;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.196;QD=63.9451;RBI=0.0467026;REFB=0;REVB=0.0437822;RO=0;SAF=64;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34503e-05;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:149:0:0:145:149:1:81:64:0:0:83:66:0:0 chr3 52477080 . T C 1084.63 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126086;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.687;QD=60.257;RBI=0.0148989;REFB=0;REVB=-0.00793733;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475251;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr3 52492707 . T C 1830.62 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.569;QD=60.0205;RBI=0.0415688;REFB=-0.10303;REVB=0.0098448;RO=0;SAF=41;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.48571e-08;STB=0.503144;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000267768;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:0:1:120:121:0.991803:79:41:0:0:79:42:0:1 chr3 52510592 . G A 1821.65 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.244;QD=61.2318;RBI=0.0242841;REFB=0;REVB=0.024197;RO=0;SAF=49;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50603e-05;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:70:49:0:0:70:49:0:0 chr3 52523405 . C T 1947.24 PASS AF=0.917241;AO=130;DP=144;FAO=133;FDP=145;FR=.;FRO=12;FSAF=106;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.122355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7939;QD=53.7171;RBI=0.123222;REFB=-0.149106;REVB=-0.0145856;RO=12;SAF=104;SAR=26;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517512;STB=0.526782;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0236264;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:144:145:12:12:130:133:0.917241:26:104:12:0:27:106:12:0 chr3 52526372 . G T 224.82 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00883914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.954;QD=20.4378;RBI=0.0344866;REFB=-0.0173286;REVB=0.0333346;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806656;STB=0.545413;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0233155;OID=.;OPOS=52526372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:12:10:12:10:12:10 chr3 52540773 . T C 1310.51 PASS AF=0.457237;AO=139;DP=304;FAO=139;FDP=304;FR=.;FRO=165;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=78;FSRR=87;FWDB=0.0279233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.302;QD=17.2435;RBI=0.0280594;REFB=0.00607037;REVB=0.00276006;RO=163;SAF=71;SAR=68;SRF=77;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375097;STB=0.520648;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00913267;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:163:165:139:139:0.457237:68:71:77:86:68:71:78:87 chr3 52544470 . A G 2216.61 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.603;QD=63.3318;RBI=0.034601;REFB=0;REVB=-0.0334251;RO=0;SAF=67;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40278e-05;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:73:67:0:0:73:67:0:0 chr3 52554304 . G C 1584.67 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0683962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8599;QD=57.1051;RBI=0.0695788;REFB=-0.178231;REVB=0.012774;RO=1;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939877;STB=0.50553;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0052421;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:111:111:1:3:108:108:0.972973:50:58:0:1:50:58:1:2 chr3 52555957 . T C 406.82 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0254912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6322;QD=20.0901;RBI=0.0333389;REFB=0.0111471;REVB=-0.0214867;RO=37;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101474;STB=0.557939;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00874273;OID=.;OPOS=52555957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:40:41:41:0.506173:18:23:25:12:18:23:27:13 chr3 52556890 . A G 687.61 PASS AF=0.433526;AO=75;DP=174;FAO=75;FDP=173;FR=.;FRO=98;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=-0.0201289;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4226;QD=15.8984;RBI=0.114392;REFB=-0.0333218;REVB=-0.112607;RO=98;SAF=52;SAR=23;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157654;STB=0.58829;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0485285;OID=.;OPOS=52556890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:98:98:75:75:0.433526:23:52:54:44:23:52:54:44 chr3 52557038 . C T 773.59 PASS AF=0.516556;AO=77;DP=150;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.025822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.499;QD=20.4925;RBI=0.0298073;REFB=-0.0276118;REVB=0.0148896;RO=73;SAF=36;SAR=41;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628238;STB=0.531403;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0205667;OID=.;OPOS=52557038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:73:73:77:78:0.516556:41:36:29:44:42:36:29:44 chr3 52557921 . C T 713.24 PASS AF=0.477707;AO=75;DP=160;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=26;FWDB=-0.0127093;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.288;QD=18.1718;RBI=0.0130102;REFB=-0.0199631;REVB=0.00278168;RO=82;SAF=40;SAR=35;SRF=56;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1439;STB=0.57929;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0312274;OID=.;OPOS=52557921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:157:82:82:75:75:0.477707:35:40:56:26:35:40:56:26 chr3 52558008 . T C 1020.4 PASS AF=0.59375;AO=95;DP=161;FAO=95;FDP=160;FR=.;FRO=65;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0199613;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.893;QD=25.5101;RBI=0.0203323;REFB=-0.0203547;REVB=0.00386607;RO=62;SAF=57;SAR=38;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864399;STB=0.544748;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0143021;OID=.;OPOS=52558008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:62:65:95:95:0.59375:38:57:30:32:38:57:32:33 chr3 52558133 . T C 782.24 PASS AF=0.417062;AO=88;DP=211;FAO=88;FDP=211;FR=.;FRO=123;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=68;FWDB=0.0030447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.054;QD=14.8291;RBI=0.0100039;REFB=-0.00614924;REVB=0.00952928;RO=123;SAF=54;SAR=34;SRF=55;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174763;STB=0.597764;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00831372;OID=.;OPOS=52558133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:123:123:88:88:0.417062:34:54:55:68:34:54:55:68 chr3 52558904 . A T 462.58 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0208996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.499;QD=19.0752;RBI=0.0210207;REFB=-0.0058375;REVB=0.0022533;RO=51;SAF=19;SAR=27;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204297;STB=0.511364;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0073261;OID=.;OPOS=52558904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:27:19:20:31:27:19:20:31 chr3 52584787 . T C 663.89 PASS AF=0.5;AO=66;DP=132;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=0.0417106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0479;QD=19.5263;RBI=0.0471236;REFB=0.00706605;REVB=-0.0219285;RO=63;SAF=27;SAR=39;SRF=17;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131643;STB=0.561189;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00747973;OID=.;OPOS=52584787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:136:63:68:66:68:0.5:39:27:17:46:39:29:21:47 chr3 52610651 . T A 304.79 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0249132;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5262;QD=14.1762;RBI=0.0394352;REFB=-0.0101344;REVB=0.0305691;RO=50;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144794;STB=0.570218;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0139737;OID=.;OPOS=52610651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:50:52:34:34:0.395349:15:19:21:29:15:19:23:29 chr3 52643307 . A G 412.71 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=0.000222997;FXX=0.0504999;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.971;QD=17.5621;RBI=0.0045794;REFB=-0.0173506;REVB=0.00457397;RO=49;SAF=21;SAR=21;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267926;STB=0.627603;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0190857;OID=.;OPOS=52643307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:52:42:42:0.446809:21:21:38:11:21:21:38:14 chr3 52643685 . T C 245.13 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.012361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.109;QD=17.8278;RBI=0.0144139;REFB=-0.00220663;REVB=0.00741382;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178375;STB=0.599661;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00384779;OID=.;OPOS=52643685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:14:13:19:9:14:13:19:9 chr3 52676065 . C T 151.4 PASS AF=0.456522;AO=14;DP=39;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0219042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.641;QD=13.1651;RBI=0.0243948;REFB=-0.0302153;REVB=-0.0107382;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373859;STB=0.607485;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0223339;OID=.;OPOS=52676065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:46:14:25:14:21:0.456522:10:4:10:4:16:5:10:15 chr3 52720080 . A C 301.55 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0203607;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.111;QD=16.5235;RBI=0.032498;REFB=-0.00873923;REVB=-0.0253291;RO=40;SAF=23;SAR=10;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00350023;STB=0.501967;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0117517;OID=.;OPOS=52720080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:40:33:33:0.452055:10:23:28:12:10:23:28:12 chr3 52721305 . G A 604.98 PASS AF=0.456522;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0280772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.53;QD=17.5358;RBI=0.0284788;REFB=0.00112085;REVB=0.00476577;RO=72;SAF=26;SAR=37;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00985079;STB=0.500356;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00200762;OID=.;OPOS=52721305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:72:75:63:63:0.456522:37:26:29:43:37:26:31:44 chr3 52727257 . G A 979.4 PASS AF=0.552941;AO=93;DP=171;FAO=94;FDP=170;FR=.;FRO=76;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=-0.00705394;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.737;QD=23.0447;RBI=0.0336849;REFB=-0.00909587;REVB=-0.0329381;RO=76;SAF=51;SAR=42;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809458;STB=0.546369;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00697359;OID=.;OPOS=52727257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:76:76:93:94:0.552941:42:51:49:27:43:51:49:27 chr3 52728804 . C T 525.3 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00268851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.015;QD=19.1017;RBI=0.0051096;REFB=-0.00737675;REVB=0.0043451;RO=55;SAF=29;SAR=26;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329182;STB=0.518193;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00701751;OID=.;OPOS=52728804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:26:29:27:28:26:29:27:28 chr3 52740182 . C G 1700.82 PASS AF=0.532051;AO=163;DP=307;FAO=166;FDP=312;FR=.;FRO=146;FSAF=86;FSAR=80;FSRF=70;FSRR=76;FWDB=0.0375766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.6421;QD=21.8054;RBI=0.0387956;REFB=-0.0140741;REVB=-0.00964856;RO=144;SAF=83;SAR=80;SRF=68;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318001;STB=0.51807;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0125608;OID=.;OPOS=52740182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:312:144:146:163:166:0.532051:80:83:68:76:80:86:70:76 chr3 52745087 . T C 242.93 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0080081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.192;QD=22.5984;RBI=0.0450341;REFB=-0.0134284;REVB=-0.0443164;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15005;STB=0.583603;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0134453;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:6:14:12:11:6:14 chr3 52794848 . TG T 565.9 PASS AF=0.57;AO=102;DP=199;FAO=114;FDP=200;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=75;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.0669197;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.3757;QD=11.318;RBI=0.128225;REFB=0.00699954;REVB=-0.109377;RO=80;SAF=35;SAR=67;SRF=46;SRR=34;SSEN=0.441558;SSEP=0;SSSB=-0.19347;STB=0.587001;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.00298244;OID=.;OPOS=52794849;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.57:102:199:114:200:86:39:75:46:40:99:80:35:67:46:34 chr3 52797634 . G C 324.87 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0241764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.2;QD=17.0986;RBI=0.0317357;REFB=-0.0163703;REVB=-0.0205586;RO=41;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438855;STB=0.524628;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.025017;OID=.;OPOS=52797634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:22:13:17:24:22:13:17:24 chr3 52800284 . T C 1431.96 PASS AF=0.480392;AO=147;DP=308;FAO=147;FDP=306;FR=.;FRO=159;FSAF=60;FSAR=87;FSRF=79;FSRR=80;FWDB=-0.0204685;FXX=0.0129028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.873;QD=18.7185;RBI=0.0292;REFB=-0.0215315;REVB=0.020825;RO=157;SAF=60;SAR=87;SRF=79;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906125;STB=0.546866;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0182863;OID=.;OPOS=52800284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:306:157:159:147:147:0.480392:87:60:79:78:87:60:79:80 chr3 52802402 . A C 338.79 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00843371;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.257;QD=22.586;RBI=0.0159125;REFB=-0.0454325;REVB=-0.0134938;RO=27;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201706;STB=0.501037;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0485571;OID=.;OPOS=52802402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:27:26:33:34:0.566667:13:20:17:10:13:21:16:10 chr3 52817327 . C G 267.17 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0406709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0937;QD=28.123;RBI=0.0542775;REFB=-0.00611909;REVB=-0.0359435;RO=13;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511609;STB=0.515406;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0047379;OID=.;OPOS=52817327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:14:24:24:0.631579:11:13:6:7:11:13:7:7 chr3 52820981 . A T 529.88 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0487726;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0996;QD=18.2718;RBI=0.0495766;REFB=-0.00788758;REVB=-0.00889243;RO=59;SAF=24;SAR=32;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114239;STB=0.502512;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0175169;OID=.;OPOS=52820981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:59:60:56:56:0.482759:32:24:26:33:32:24:26:34 chr3 52821011 . A G 506.84 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00392388;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.251;QD=17.3279;RBI=0.00588199;REFB=-0.0282794;REVB=-0.00438189;RO=63;SAF=24;SAR=30;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155762;STB=0.508667;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0258495;OID=.;OPOS=52821011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:30:24:27:36:30:24:27:36 chr3 52821177 . A C 547.97 PASS AF=0.42446;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=-0.00259013;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.895;QD=15.7689;RBI=0.003258;REFB=-0.0046651;REVB=-0.0019763;RO=78;SAF=26;SAR=33;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583661;STB=0.538679;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00921412;OID=.;OPOS=52821177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:78:80:59:59:0.42446:33:26:30:48:33:26:30:50 chr3 52821991 . CCT C,CC,CCC 657.18 PASS AF=0.017094,0.538462,0.017094;AO=16,38,13;DP=123;FAO=2,63,2;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=1,26,1;FSAR=1,37,1;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0521065,0.0462186,0.0396359;FXX=0.0249979;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=272.512,276.963,276.301;QD=22.4678;RBI=0.0541675,0.047583,0.0405733;REFB=-0.0312891,-0.0279349,-0.0250439;REVB=-0.0147998,-0.011313,-0.00867109;RO=53;SAF=10,11,8;SAR=6,27,5;SRF=21;SRR=32;SSEN=0,0,0;SSEP=0.414179,0,0;SSSB=0.276911,-0.125127,0.2674;STB=0.557128,0.512402,0.557128;STBP=0.836,0.789,0.836;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0373846,0.0174399,0.013824;OID=.,.,.;OPOS=52821992,52821993,52821993;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.017094,0.538462,0.017094:16,38,13:123:2,63,2:117:50:1,26,1:1,37,1:22:28:99:53:10,11,8:6,27,5:21:32 chr3 52825585 . T C 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.645;QD=63.8874;RBI=0.00334643;REFB=0;REVB=-0.00268499;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40756e-07;OID=.;OPOS=52825585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr3 52833805 . C A 1914.63 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.024;QD=61.7623;RBI=0.0128166;REFB=0;REVB=0.0126019;RO=0;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23299e-05;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:64:59:0:0:64:60:0:0 chr3 52852538 . G T 571.37 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0657723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2594;QD=19.2057;RBI=0.0782931;REFB=-0.0298443;REVB=0.0424713;RO=60;SAF=25;SAR=34;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222532;STB=0.512291;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0320815;OID=.;OPOS=52852538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:60:59:59:0.495798:34:25:24:36:34:25:24:36 chr3 52853747 . C G 652.4 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.012952;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.596;QD=47.4473;RBI=0.0364916;REFB=-0.162851;REVB=0.0341158;RO=4;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060627;STB=0.520653;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00155885;OID=.;OPOS=52853747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:55:55:4:5:50:50:0.909091:29:21:0:4:29:21:1:4 chr3 52860936 . C T 1549.04 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.474;QD=63.878;RBI=0.029066;REFB=0;REVB=0.00982183;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117438;OID=.;OPOS=52860936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:38:59:0:0:38:59:0:0 chr3 52861211 . A T 993.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2572;QD=58.447;RBI=0.0280393;REFB=0;REVB=-0.0166754;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133587;OID=.;OPOS=52861211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:40:27:0:0:40:28:0:0 chr3 52864584 . A G 1172.99 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.927;QD=60.9345;RBI=0.0564584;REFB=0;REVB=0.00188759;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45923e-05;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:45:30:0:0:45:32:0:0 chr3 52867715 . G C 3384.85 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.177;QD=62.3936;RBI=0.0220935;REFB=0;REVB=0.0206329;RO=0;SAF=117;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60233e-06;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:217:0:0:217:217:1:100:117:0:0:100:117:0:0 chr3 52870618 . T A 2221.17 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377283;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.142;QD=63.462;RBI=0.0385293;REFB=0;REVB=0.00781517;RO=0;SAF=76;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27157e-05;OID=.;OPOS=52870618;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:138:140:1:62:76:0:0:62:78:0:0 chr3 52874288 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.739;QD=56.9372;RBI=0.0122409;REFB=0;REVB=0.00842421;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51217e-07;OID=.;OPOS=52874288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr3 52874296 . G A 804.7 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6851;QD=64.3762;RBI=0.0583185;REFB=0;REVB=0.0443171;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109812;OID=.;OPOS=52874296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr3 53125922 . T C 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5467;QD=60.5453;RBI=0.0289963;REFB=0;REVB=0.0286419;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136255;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr3 53153964 . G A 583.57 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.000318089;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.675;QD=17.5509;RBI=0.00497095;REFB=-0.00745464;REVB=-0.00496076;RO=70;SAF=29;SAR=32;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374094;STB=0.520832;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.01046;OID=.;OPOS=53153964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:70:72:61:61:0.458647:32:29:36:34:32:29:37:35 chr3 53215875 . A C 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.867;QD=59.8332;RBI=0.0562596;REFB=0;REVB=0.0155653;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90286e-05;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:49:53:0:0:49:53:0:0 chr3 53222761 . C T 597.04 PASS AF=0.431507;AO=63;DP=146;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00695758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.08;QD=16.3573;RBI=0.042441;REFB=0.00659697;REVB=0.0418669;RO=83;SAF=29;SAR=34;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465648;STB=0.526032;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00929887;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:83:83:63:63:0.431507:34:29:42:41:34:29:42:41 chr3 53223927 . C G 747.89 PASS AF=0.529412;AO=71;DP=134;FAO=72;FDP=136;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0147977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7807;QD=21.9967;RBI=0.0308425;REFB=-0.000480951;REVB=-0.0270608;RO=62;SAF=35;SAR=36;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608111;STB=0.529404;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=5.20437e-05;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:62:64:71:72:0.529412:36:35:35:27:36:36:36:28 chr3 53224002 . T C 1610.39 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0131;QD=59.0968;RBI=0.0492757;REFB=0;REVB=-0.0437876;RO=1;SAF=55;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855182;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241494;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:108:109:1:0:107:109:1:52:55:1:0:52:57:0:0 chr3 53264485 . A G 979.36 PASS AF=0.587838;AO=87;DP=148;FAO=87;FDP=148;FR=.;FRO=61;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0100023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.429;QD=26.4691;RBI=0.0303599;REFB=-0.00461989;REVB=0.0286649;RO=61;SAF=57;SAR=30;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180134;STB=0.59804;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0032364;OID=.;OPOS=53264485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:61:61:87:87:0.587838:30:57:26:35:30:57:26:35 chr3 53269046 . T C 611.2 PASS AF=0.440252;AO=64;DP=156;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=-0.0207846;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.129;QD=15.376;RBI=0.0440656;REFB=-0.0213142;REVB=-0.0388558;RO=82;SAF=36;SAR=28;SRF=54;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997913;STB=0.538537;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0285957;OID=.;OPOS=53269046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:82:89:64:70:0.440252:28:36:54:28:29:41:58:31 chr3 53321631 . A C 651.18 PASS AF=0.511811;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0139421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.057;QD=20.5095;RBI=0.0139519;REFB=0.00322186;REVB=0.00052245;RO=61;SAF=28;SAR=37;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00407449;STB=0.505688;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00331463;OID=.;OPOS=53321631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:61:62:65:65:0.511811:37:28:26:35:37:28:26:36 chr3 53324819 . ATGGCAC A 440.41 PASS AF=0.941176;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0119306;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=324.387;QD=51.8123;RBI=0.0133571;REFB=-0.0272727;REVB=0.00600609;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519988;STBP=0.539;TYPE=del;VARB=-6.83722e-05;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:30:31:32:34:2:8:24:0:2:9:0:8:22:0:0 chr3 53700550 . T C 3894.29 PASS AF=1;AO=244;DP=249;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330241;FXX=0.0160636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.789;QD=63.5802;RBI=0.0407822;REFB=-0.0835729;REVB=0.0239291;RO=2;SAF=112;SAR=132;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00716657;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121967;OID=.;OPOS=53700550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:249:245:2:0:244:245:1:132:112:0:2:133:112:0:0 chr3 53766026 . T C 1563.88 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2569;QD=59.0144;RBI=0.0903693;REFB=0;REVB=0.089268;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156803;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:46:58:0:0:48:58:0:0 chr3 53769479 . C T 409.8 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.0706053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7216;QD=20.7495;RBI=0.0745709;REFB=0.00441529;REVB=0.0239939;RO=38;SAF=23;SAR=18;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18385;STB=0.60111;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0020749;OID=.;OPOS=53769479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:18:23:29:9:18:23:29:9 chr3 53845918 . C A 995.34 PASS AF=0.505208;AO=97;DP=193;FAO=97;FDP=192;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=0.00845435;FXX=0.00518108;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.737;QD=20.7362;RBI=0.00947044;REFB=-0.0123565;REVB=0.00426768;RO=92;SAF=39;SAR=58;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200533;STB=0.511946;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0114539;OID=.;OPOS=53845918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:92:95:97:97:0.505208:58:39:35:57:58:39:36:59 chr3 53857803 . A C 3534.32 PASS AF=1;AO=224;DP=224;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0955819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.408;QD=62.8324;RBI=0.0973777;REFB=0;REVB=0.0186149;RO=0;SAF=122;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39349e-05;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:225:0:0:224:225:1:102:122:0:0:103:122:0:0 chr3 53857917 . T C,G 252.53 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,18;DP=20;FAO=1,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616163,-0.0557967;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.833,59.7568;QD=50.5056;RBI=0.0234729,0.064347;REFB=0,0;REVB=-0.0226498,0.0320511;RO=0;SAF=0,9;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0414963,-0.0027541;OID=.,.;OPOS=53857917,53857917;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:20:20:0:0:2,18:1,19:0.05,0.95:2,9:0,9:0:0:1,10:0,9:0:0 chr3 53882663 . G A 1990.47 PASS AF=0.992424;AO=129;DP=133;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03042;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.964;QD=60.3174;RBI=0.0365448;REFB=-0.0743348;REVB=0.0202521;RO=1;SAF=55;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856211;STB=0.504347;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000462194;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:133:132:1:1:129:131:0.992424:74:55:1:0:74:57:1:0 chr3 53882673 . G GT,GTT,T 654.55 PASS AF=0.957265,0,0.034188;AO=65,17,8;DP=128;FAO=112,0,4;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=51,0,1;FSAR=61,0,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0369907,-0.0143407,-0.0410306;FXX=0.0487765;HRUN=6,6,2;LEN=1,2,1;MLLD=8.17052,9.22309,17.5749;QD=22.3777;RBI=0.041619,0.0165859,0.0476699;REFB=0.107386,0.0601157,0.0716311;REVB=-0.0190743,-0.00833291,-0.0242675;RO=34;SAF=35,5,5;SAR=30,12,3;SRF=12;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.117403,-0.0764673,0.320806;STB=0.504064,0.5,0.571096;STBP=0.501,1,0.672;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0537024,0.0330845,0.0852609;OID=.,.,.;OPOS=53882674,53882674,53882673;OREF=-,-,G;OALT=T,TT,T;OMAPALT=GT,GTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:9:128:117:34:1:65,17,8:112,0,4:0.957265,0,0.034188:30,12,3:35,5,5:12:22:61,0,3:51,0,1:0:1 chr3 53886912 . C T 1608.39 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.733;QD=59.0234;RBI=0.0201866;REFB=-0.123667;REVB=0.00786371;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=4.92906e-06;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:0:1:108:108:0.990826:53:55:0:0:53:55:0:1 chr3 53899178 . T C 418.03 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0190895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.696;QD=19.9063;RBI=0.0195609;REFB=-0.00941984;REVB=0.0042687;RO=42;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428935;STB=0.523798;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00761874;OID=.;OPOS=53899178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:22:20:22:20:22:20:22:20 chr3 53905308 . T C 2374.06 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0697561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0575;QD=59.3515;RBI=0.0699735;REFB=-0.0965114;REVB=0.00551165;RO=2;SAF=78;SAR=80;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117445;STB=0.503067;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000966273;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:160:160:2:1:158:159:0.99375:80:78:0:2:81:78:0:1 chr3 53906513 . G A 2583.44 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.251;QD=61.8788;RBI=0.0334078;REFB=0;REVB=-0.0332054;RO=0;SAF=67;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.197e-05;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:167:0:0:163:167:1:96:67:0:0:96:71:0:0 chr3 53916130 . A G 896.96 PASS AF=0.417722;AO=100;DP=238;FAO=99;FDP=237;FR=.;FRO=138;FSAF=34;FSAR=65;FSRF=48;FSRR=90;FWDB=-0.0474822;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.639;QD=15.1386;RBI=0.0483025;REFB=0.00681557;REVB=-0.00886418;RO=131;SAF=35;SAR=65;SRF=41;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421024;STB=0.50283;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00960055;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:131:138:100:99:0.417722:65:35:41:90:65:34:48:90 chr3 53925775 . C T 840.38 PASS AF=0.455497;AO=87;DP=191;FAO=87;FDP=191;FR=.;FRO=104;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=0.0161604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.83;QD=17.5996;RBI=0.041668;REFB=-0.00527314;REVB=0.0384066;RO=104;SAF=45;SAR=42;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303522;STB=0.516826;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00619383;OID=.;OPOS=53925775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:104:104:87:87:0.455497:42:45:57:47:42:45:57:47 chr3 53925849 . C T 699.04 PASS AF=0.436782;AO=76;DP=174;FAO=76;FDP=174;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-0.00473815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.129;QD=16.0698;RBI=0.0131917;REFB=-0.011867;REVB=-0.0123114;RO=98;SAF=44;SAR=32;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805961;STB=0.544942;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0162141;OID=.;OPOS=53925849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:98:98:76:76:0.436782:32:44:49:49:32:44:49:49 chr3 54354510 . T C 675.56 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0162473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0705;QD=18.8968;RBI=0.0385867;REFB=0.0213348;REVB=0.0349994;RO=75;SAF=28;SAR=40;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530734;STB=0.529403;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0256615;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:40:28:35:40:40:28:35:40 chr3 54798258 . G A 808.81 PASS AF=0.438424;AO=87;DP=203;FAO=89;FDP=203;FR=.;FRO=114;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=76;FWDB=0.0385551;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.101;QD=15.9371;RBI=0.0387689;REFB=-0.00950874;REVB=0.00406625;RO=115;SAF=47;SAR=40;SRF=38;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212369;STB=0.620227;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0141995;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:115:114:87:89:0.438424:40:47:38:77:40:49:38:76 chr3 54961949 . C T 1612.61 PASS AF=0.981982;AO=110;DP=112;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0228951;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1205;QD=58.112;RBI=0.0261763;REFB=-0.0455296;REVB=0.012689;RO=1;SAF=56;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840219;STB=0.508927;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00655566;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:111:1:2:110:109:0.981982:54:56:1:0:54:55:2:0 chr3 55501002 . G C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.088456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.057;QD=60.2033;RBI=0.0887279;REFB=0;REVB=-0.00694077;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112783;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr3 55501392 . CTTTTTT CTTTTTA,CTT 210.76 PASS AF=0.409091,0.590909;AO=2,11;DP=22;FAO=9,13;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224636,-0.0883325;FXX=0.214209;HRUN=16,16;LEN=1,4;MLLD=203.046,9.47388;QD=38.3193;RBI=0.0451717,0.08979;REFB=0,0;REVB=0.0391902,0.0161126;RO=0;SAF=0,11;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00720447,-0.0059942;OID=.,.;OPOS=55501398,55501393;OREF=T,TTTT;OALT=A,-;OMAPALT=CTTTTTA,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.409091,0.590909:2,11:22:9,13:22:0:0,13:9,0:0:0:61:0:0,11:2,0:0:0 chr3 56106226 . C T 1476.01 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0197261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.602;QD=57.3208;RBI=0.0366902;REFB=-0.0487663;REVB=0.0309363;RO=2;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182392;STB=0.509613;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00112784;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:51:50:0:2:51:50:0:2 chr3 56219210 . T C 2823.98 PASS AF=0.969388;AO=189;DP=202;FAO=190;FDP=196;FR=.;FRO=6;FSAF=92;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00577245;FXX=0.0344811;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8464;QD=57.6322;RBI=0.0459801;REFB=-0.0596442;REVB=0.0456163;RO=6;SAF=92;SAR=97;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187626;STB=0.509735;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00241081;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:202:196:6:6:189:190:0.969388:97:92:1:5:98:92:1:5 chr3 56627048 . A G 2089.01 PASS AF=0.513995;AO=201;DP=393;FAO=202;FDP=393;FR=.;FRO=191;FSAF=63;FSAR=139;FSRF=76;FSRR=115;FWDB=0.00637505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.011;QD=21.2622;RBI=0.0205038;REFB=-0.00716501;REVB=0.0194875;RO=189;SAF=62;SAR=139;SRF=76;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933512;STB=0.546976;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00726681;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:189:191:201:202:0.513995:139:62:76:113:139:63:76:115 chr3 56627598 . A G 2263.56 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681814;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.537;QD=62.8767;RBI=0.0688789;REFB=-0.0669438;REVB=0.00977744;RO=0;SAF=75;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119517;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:140:144:0:0:138:144:1:63:75:0:0:64:80:0:0 chr3 56650012 . G C 478.53 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00329847;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3265;QD=19.5319;RBI=0.0263205;REFB=-0.0211204;REVB=-0.026113;RO=47;SAF=22;SAR=25;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384487;STB=0.511532;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0228428;OID=.;OPOS=56650012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:47:51:47:47:0.479592:25:22:24:23:25:22:25:26 chr3 56650051 . A ACTT 435.42 PASS AF=0.429825;AO=46;DP=116;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.00393344;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=3;MLLD=235.747;QD=15.2779;RBI=0.010409;REFB=-0.0193461;REVB=-0.00963716;RO=66;SAF=21;SAR=25;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180628;STB=0.510511;STBP=0.848;TYPE=ins;VARB=0.0275171;OID=.;OPOS=56650052;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.429825:46:116:49:114:65:22:27:28:37:99:66:21:25:29:37 chr3 56650054 . T TCTC 580.57 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00136818;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=3;MLLD=229.275;QD=18.7281;RBI=0.013801;REFB=-0.0240247;REVB=0.013733;RO=64;SAF=27;SAR=33;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712631;STB=0.539396;STBP=0.457;TYPE=ins;VARB=0.0270412;OID=.;OPOS=56650055;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:60:125:60:124:64:27:33:24:40:99:64:27:33:24:40 chr3 56653424 . A T 265.63 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.012089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.053;QD=13.2813;RBI=0.0212325;REFB=-0.00783085;REVB=0.017455;RO=49;SAF=14;SAR=17;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170868;STB=0.597382;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00867708;OID=.;OPOS=56653424;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:17:14:30:19:17:14:30:19 chr3 56653427 . T C 277.94 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00831461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.224;QD=13.7256;RBI=0.0103179;REFB=0.00534977;REVB=-0.0061095;RO=49;SAF=15;SAR=17;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151555;STB=0.586154;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00821428;OID=.;OPOS=56653427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:17:15:30:19:17:15:30:19 chr3 56658871 . T C 424.68 PASS AF=0.346405;AO=53;DP=153;FAO=53;FDP=153;FR=.;FRO=100;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=0.0146776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.329;QD=11.1026;RBI=0.0171244;REFB=0.000110367;REVB=0.00882118;RO=100;SAF=17;SAR=36;SRF=38;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074877;STB=0.543044;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.000126379;OID=.;OPOS=56658871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:100:100:53:53:0.346405:36:17:38:62:36:17:38:62 chr3 56667682 . G C 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3816;QD=63.6141;RBI=0.0126691;REFB=0;REVB=-0.00428295;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.8858e-05;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:53:42:0:0:53:42:0:0 chr3 56716785 . C T 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.021582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.389;QD=12.0585;RBI=0.0216606;REFB=-0.0183268;REVB=0.00184343;RO=42;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911965;STB=0.552589;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0348961;OID=.;OPOS=56716785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:11:14:20:22:11:14:20:22 chr3 56716922 . T G 3781.12 PASS AF=0.979757;AO=238;DP=248;FAO=242;FDP=247;FR=.;FRO=5;FSAF=160;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0097223;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9185;QD=61.2327;RBI=0.0455207;REFB=-0.0249339;REVB=-0.0444703;RO=4;SAF=158;SAR=80;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145263;STB=0.505877;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00524031;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:248:247:4:5:238:242:0.979757:80:158:1:3:82:160:2:3 chr3 56763228 . T C 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0200159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.97;QD=16.4057;RBI=0.0250536;REFB=-0.00618062;REVB=0.015068;RO=37;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684736;STB=0.538437;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00784921;OID=.;OPOS=56763228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:13:18:24:13:13:18:24:13 chr3 56763316 . G A 474.99 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0145509;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.264;QD=18.627;RBI=0.0179263;REFB=0.0043331;REVB=-0.0104701;RO=52;SAF=21;SAR=29;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109552;STB=0.560749;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00546996;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:52:52:50:50:0.490196:29:21:28:24:29:21:28:24 chr3 56763328 . T C 448.23 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0468909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7091;QD=17.5776;RBI=0.0675559;REFB=-0.00999116;REVB=-0.0486317;RO=53;SAF=21;SAR=27;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859504;STB=0.552803;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00914834;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:54:48:48:0.470588:27:21:28:25:27:21:29:25 chr3 56763525 . A G 941.9 PASS AF=0.505435;AO=93;DP=184;FAO=93;FDP=184;FR=.;FRO=91;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.00117526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.124;QD=20.4762;RBI=0.0137557;REFB=-0.0282443;REVB=0.0137054;RO=88;SAF=41;SAR=52;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208593;STB=0.500652;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0218293;OID=.;OPOS=56763525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:88:91:93:93:0.505435:52:41:39:49:52:41:40:51 chr3 56763619 . A G 1036.56 PASS AF=0.52381;AO=97;DP=189;FAO=99;FDP=189;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0125931;FXX=0.0307677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7182;QD=21.9377;RBI=0.0219374;REFB=-0.0149178;REVB=0.0179629;RO=84;SAF=33;SAR=64;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173265;STB=0.583548;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0119677;OID=.;OPOS=56763619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:84:90:97:99:0.52381:64:33:45:39:64:35:47:43 chr3 56766435 . C G 564.36 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0337648;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.185;QD=16.4777;RBI=0.0382739;REFB=0.00224187;REVB=0.018023;RO=76;SAF=24;SAR=36;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101783;STB=0.56081;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00327246;OID=.;OPOS=56766435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:76:77:60:60:0.437956:36:24:38:38:36:24:39:38 chr3 57108551 . C A 1061.61 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000662626;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.595;QD=55.8742;RBI=0.0224494;REFB=-0.0339214;REVB=0.0224396;RO=3;SAF=42;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697857;STB=0.503692;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00071294;OID=.;OPOS=57108551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:3:3:73:73:0.960526:31:42:2:1:31:42:2:1 chr3 57136613 . G A 1978.83 PASS AF=0.399645;AO=223;DP=563;FAO=225;FDP=563;FR=.;FRO=338;FSAF=110;FSAR=115;FSRF=170;FSRR=168;FWDB=-0.00193828;FXX=0.00177302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.463;QD=14.0592;RBI=0.0264768;REFB=-0.00956455;REVB=0.0264058;RO=336;SAF=109;SAR=114;SRF=170;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184616;STB=0.508447;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0198281;OID=.;OPOS=57136613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:563:563:336:338:223:225:0.399645:114:109:170:166:115:110:170:168 chr3 57176503 . G A 314.32 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0144658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3495;QD=17.2232;RBI=0.0673708;REFB=-0.0453735;REVB=-0.0657994;RO=37;SAF=15;SAR=19;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19315;STB=0.617065;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.03354;OID=.;OPOS=57176503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:39:34:34:0.465753:19:15:9:28:19:15:9:30 chr3 57323170 . A G 266.71 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0428438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.856;QD=18.3941;RBI=0.0445795;REFB=-0.00432485;REVB=0.0123183;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642495;STB=0.535955;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00680972;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:18:11:13:16:18:11:13:16 chr3 57335876 . C T 1691.67 PASS AF=0.525478;AO=165;DP=316;FAO=165;FDP=314;FR=.;FRO=149;FSAF=73;FSAR=92;FSRF=59;FSRR=90;FWDB=0.0123114;FXX=0.00632891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.572;QD=21.5499;RBI=0.0176515;REFB=0.00119432;REVB=0.0126493;RO=148;SAF=73;SAR=92;SRF=59;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386557;STB=0.522451;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.001101;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:314:148:149:165:165:0.525478:92:73:59:89:92:73:59:90 chr3 57386148 . C G 289.97 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.00686968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2255;QD=11.8355;RBI=0.0373204;REFB=0.0022015;REVB=-0.0366827;RO=62;SAF=15;SAR=19;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434431;STB=0.523242;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00508887;OID=.;OPOS=57386148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:64:34:34:0.346939:19:15:25:37:19:15:26:38 chr3 57388114 . C T 405.46 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0213361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.009;QD=13.9814;RBI=0.0305592;REFB=-0.0198833;REVB=-0.0218777;RO=68;SAF=19;SAR=28;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784323;STB=0.500951;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.025465;OID=.;OPOS=57388114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:68:69:47:47:0.405172:28:19:27:41:28:19:28:41 chr3 57414071 . G A 1190.68 PASS AF=0.359694;AO=141;DP=394;FAO=141;FDP=392;FR=.;FRO=251;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=159;FSRR=92;FWDB=-0.103558;FXX=0.00507601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0526;QD=12.1498;RBI=0.11702;REFB=-0.0233405;REVB=-0.0544912;RO=245;SAF=69;SAR=72;SRF=159;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179338;STB=0.591939;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0388639;OID=.;OPOS=57414071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:392:245:251:141:141:0.359694:72:69:159:86:72:69:159:92 chr3 57414097 . T A 2330.7 PASS AF=0.52194;AO=226;DP=429;FAO=226;FDP=433;FR=.;FRO=207;FSAF=130;FSAR=96;FSRF=106;FSRR=101;FWDB=-0.0365574;FXX=0.0045976;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6965;QD=21.5307;RBI=0.0478785;REFB=-0.0400981;REVB=-0.0309178;RO=201;SAF=130;SAR=96;SRF=100;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679058;STB=0.530599;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.031929;OID=.;OPOS=57414097;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:433:201:207:226:226:0.52194:96:130:100:101:96:130:106:101 chr3 57414434 . A G 479.07 PASS AF=0.489583;AO=46;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0191836;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.181;QD=19.9613;RBI=0.0207823;REFB=-0.000546869;REVB=0.00799338;RO=49;SAF=25;SAR=21;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143775;STB=0.573161;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000667475;OID=.;OPOS=57414434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:46:47:0.489583:21:25:19:30:22:25:19:30 chr3 57419497 . C T 291.29 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0275171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.183;QD=14.3846;RBI=0.0280257;REFB=0.000413672;REVB=-0.00531483;RO=48;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137577;STB=0.577832;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00084508;OID=.;OPOS=57419497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:17:16:17:31:17:16:17:31 chr3 57430988 . G A 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0141584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.918;QD=18.194;RBI=0.017054;REFB=0.00130025;REVB=-0.00950688;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05676;STB=0.531714;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00170701;OID=.;OPOS=57430988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:20:14:17:19:20:14:17:19 chr3 57431945 . T C 439.48 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0162506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.784;QD=21.9741;RBI=0.0202219;REFB=-0.0188899;REVB=0.0120351;RO=37;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925926;STB=0.550997;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0100896;OID=.;OPOS=57431945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:21:22:23:14:21:22:23:14 chr3 57431985 . G A 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0274329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2976;QD=13.6996;RBI=0.0304264;REFB=-0.00336354;REVB=-0.0131607;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536154;STB=0.545403;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00816424;OID=.;OPOS=57431985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:6:12:18:11:6:12:18:12 chr3 57475351 . T G 1089.93 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.919;QD=59.7224;RBI=0.0471615;REFB=0;REVB=0.0375673;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215518;OID=.;OPOS=57475351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:39:33:0:0:40:33:0:0 chr3 57479493 . C T 150.9 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0724239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3298;QD=12.5748;RBI=0.0725578;REFB=-0.00111559;REVB=0.0044064;RO=31;SAF=3;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478266;STB=0.783642;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000568998;OID=.;OPOS=57479493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:14:3:18:13:14:3:18:13 chr3 57494138 . A C 762.5 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=170;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.0274727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.016;QD=17.9411;RBI=0.0274781;REFB=-0.011235;REVB=0.00054127;RO=88;SAF=44;SAR=36;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151984;STB=0.514807;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0114112;OID=.;OPOS=57494138;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:88:90:80:80:0.470588:36:44:47:41:36:44:47:43 chr3 57542173 . C T 1821.0 PASS AF=0.48294;AO=184;DP=380;FAO=184;FDP=381;FR=.;FRO=197;FSAF=80;FSAR=104;FSRF=97;FSRR=100;FWDB=0.00823261;FXX=0.00261773;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4306;QD=19.1181;RBI=0.0112897;REFB=-0.015864;REVB=-0.00772533;RO=166;SAF=80;SAR=104;SRF=96;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124716;STB=0.530059;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0269474;OID=.;OPOS=57542173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:381:166:197:184:184:0.48294:104:80:96:70:104:80:97:100 chr3 57611237 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0121262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.821;QD=18.4384;RBI=0.0309194;REFB=0.00168036;REVB=0.0284423;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222618;STB=0.602768;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.000440646;OID=.;OPOS=57611237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:29:29:29:0.5:15:14:20:7:15:14:20:9 chr3 57613454 . G C 279.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0127951;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9448;QD=16.4643;RBI=0.0218892;REFB=-0.00596434;REVB=-0.0177601;RO=37;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219178;STB=0.62368;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00476491;OID=.;OPOS=57613454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:10:21:17:20:10:21:17:20 chr3 57882601 . C T 566.57 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0173998;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.897;QD=19.8798;RBI=0.0174263;REFB=-0.00735913;REVB=0.000959346;RO=56;SAF=37;SAR=21;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06278;STB=0.53467;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00635246;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:56:56:58:58:0.508772:21:37:32:24:21:37:32:24 chr3 58081888 . T C 2317.2 PASS AF=0.987179;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0995317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.68;QD=59.4154;RBI=0.0995443;REFB=-0.0407742;REVB=0.00158259;RO=2;SAF=80;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126819;STB=0.506666;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=8.17244e-05;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:156:2:2:154:154:0.987179:74:80:0:2:74:80:0:2 chr3 58109162 . G A 554.25 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0324182;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7664;QD=21.1143;RBI=0.038252;REFB=0.0290721;REVB=0.0203045;RO=50;SAF=26;SAR=30;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161428;STB=0.584746;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0215804;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:50:49:56:56:0.533333:30:26:14:36:30:26:14:35 chr3 58112440 . A G 1736.97 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129864;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3375;QD=60.9464;RBI=0.0340338;REFB=0;REVB=-0.0314588;RO=0;SAF=37;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6832e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177006;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:114:0:0:114:114:1:77:37:0:0:77:37:0:0 chr3 58112488 . C T 298.83 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00946109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.684;QD=18.6767;RBI=0.00953233;REFB=-0.000139626;REVB=0.00116325;RO=31;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165581;STB=0.580923;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000128596;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:18:14:8:23:18:14:9:23 chr3 58117724 . G A 704.94 PASS AF=0.543307;AO=67;DP=123;FAO=69;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.0092286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.263;QD=22.2028;RBI=0.124211;REFB=-0.0121257;REVB=0.123868;RO=37;SAF=33;SAR=34;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573499;STB=0.597514;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00690759;OID=.;OPOS=58117724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:127:37:58:67:69:0.543307:34:33:15:22:34:35:17:41 chr3 58118555 . G A 793.63 PASS AF=0.510067;AO=75;DP=147;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.00229935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.436;QD=21.3055;RBI=0.0716868;REFB=-0.010982;REVB=0.0716499;RO=71;SAF=33;SAR=42;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157125;STB=0.511275;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0105883;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:71:73:75:76:0.510067:42:33:30:41:42:34:31:42 chr3 58154327 . C T 550.73 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=0.00631949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.451;QD=16.3179;RBI=0.0213957;REFB=-0.00558818;REVB=0.0204411;RO=76;SAF=26;SAR=33;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177619;STB=0.599072;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00823782;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:76:59:59:0.437037:33:26:47:29:33:26:47:29 chr3 58305033 . A C 1511.12 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122682;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.058;QD=59.8465;RBI=0.0148508;REFB=0;REVB=0.00836886;RO=0;SAF=40;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44018e-06;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:61:40:0:0:61:40:0:0 chr3 58305079 . T C 1923.41 PASS AF=0.984375;AO=125;DP=130;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.015764;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.815;QD=60.1064;RBI=0.0357972;REFB=-0.0800399;REVB=0.0321393;RO=2;SAF=51;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126675;STB=0.506666;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000254798;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:128:2:2:125:126:0.984375:74:51:0:2:74:52:0:2 chr3 58305235 . G T 441.89 PASS AF=1;AO=24;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.031;QD=57.0176;RBI=0.0126624;REFB=0;REVB=0.0103508;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250662;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:24:31:1:13:11:0:0:17:14:0:0 chr3 58351660 . CTTTTTT CTTTTTC,CTT,CTTT 448.46 PASS AF=0.288462,0.0192308,0.692308;AO=3,9,13;DP=56;FAO=15,1,36;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,36;FSAR=15,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0605444,-0.12235,-0.212026;FXX=0.118624;HRUN=15,15,15;LEN=1,4,3;MLLD=145.44,12.5517,10.0901;QD=34.4968;RBI=0.0630282,0.123654,0.214323;REFB=0,0,0;REVB=0.0175196,-0.0179107,-0.0312943;RO=0;SAF=0,9,13;SAR=3,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0230127,0.0340154,-0.00562128;OID=.,.,.;OPOS=58351666,58351661,58351661;OREF=T,TTTT,TTT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTTTC,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.288462,0.0192308,0.692308:3,9,13:56:15,1,36:52:0:0,1,36:15,0,0:0:0:94:0:0,9,13:3,0,0:0:0 chr3 58416538 . T C 2314.67 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318336;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.697;QD=60.9123;RBI=0.0396091;REFB=0;REVB=0.0235691;RO=1;SAF=59;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079931;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41261e-05;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:152:1:0:149:152:1:90:59:1:0:91:61:0:0 chr3 58484521 . T C 1530.99 PASS AF=0.481481;AO=156;DP=324;FAO=156;FDP=324;FR=.;FRO=168;FSAF=65;FSAR=91;FSRF=83;FSRR=85;FWDB=0.0566647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7942;QD=18.9011;RBI=0.057378;REFB=-0.00323689;REVB=-0.00901913;RO=168;SAF=65;SAR=91;SRF=83;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739926;STB=0.540705;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00383969;OID=.;OPOS=58484521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:324:168:168:156:156:0.481481:91:65:83:85:91:65:83:85 chr3 58512237 . A G 643.96 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00795169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.862;QD=19.5139;RBI=0.00904324;REFB=-0.0104447;REVB=-0.00430708;RO=66;SAF=42;SAR=23;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166279;STB=0.596073;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00752641;OID=.;OPOS=58512237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:66:67:65:65:0.492424:23:42:31:35:23:42:31:36 chr3 58520306 . G C 2561.09 PASS AF=0.99422;AO=164;DP=167;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2563;QD=59.2159;RBI=0.0340505;REFB=-0.0306515;REVB=-0.028419;RO=1;SAF=70;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503584;STB=0.503311;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00228956;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:167:173:1:1:164:172:0.99422:94:70:0:1:97:75:1:0 chr3 58551247 . TG CA 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0217529;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.11;QD=14.9786;RBI=0.0239697;REFB=-0.00035167;REVB=0.0100677;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151801;STB=0.589287;STBP=0.469;TYPE=mnp;VARB=0.000242867;OID=.;OPOS=58551247;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:5:6:7:3:5:6 chr3 58572577 . C G 1222.54 PASS AF=0.391429;AO=137;DP=350;FAO=137;FDP=350;FR=.;FRO=213;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=129;FSRR=84;FWDB=-0.0139776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.357;QD=13.9719;RBI=0.0171134;REFB=-0.0139453;REVB=0.00987387;RO=213;SAF=66;SAR=71;SRF=129;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134064;STB=0.575067;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0243525;OID=.;OPOS=58572577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:350:213:213:137:137:0.391429:71:66:129:84:71:66:129:84 chr3 58572625 . G A 791.74 PASS AF=0.34767;AO=97;DP=279;FAO=97;FDP=279;FR=.;FRO=182;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=113;FSRR=69;FWDB=-0.0027946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.911;QD=11.3511;RBI=0.014791;REFB=-0.00634659;REVB=0.0145245;RO=182;SAF=40;SAR=57;SRF=113;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235554;STB=0.633721;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0251022;OID=.;OPOS=58572625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:182:182:97:97:0.34767:57:40:113:69:57:40:113:69 chr3 58834824 . A G 428.36 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0951921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7364;QD=17.3073;RBI=0.1222;REFB=-0.00527509;REVB=-0.0766251;RO=54;SAF=21;SAR=23;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149453;STB=0.577855;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00815423;OID=.;OPOS=58834824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:54:55:44:44:0.444444:23:21:34:20:23:21:34:21 chr3 58834890 . C T 571.05 PASS AF=0.426573;AO=61;DP=143;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00934132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.398;QD=15.9733;RBI=0.00946073;REFB=-0.00742636;REVB=0.00149836;RO=82;SAF=24;SAR=37;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135779;STB=0.576084;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0113156;OID=.;OPOS=58834890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:82:82:61:61:0.426573:37:24:43:39:37:24:43:39 chr3 60519224 . G A 770.58 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00826638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0198;QD=55.0417;RBI=0.0267876;REFB=-0.117099;REVB=0.0254802;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0157871;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:29:26:0:0:29:26:0:1 chr3 62229553 . C T 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8476;QD=57.5412;RBI=0.0603437;REFB=0;REVB=-0.0425186;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000976072;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr3 62384314 . A G 383.13 PASS AF=1;AO=20;DP=34;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.681;QD=54.7332;RBI=0.0703626;REFB=0;REVB=0.0542362;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341566;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:28:0:0:20:28:1:11:9:0:0:11:17:0:0 chr3 62431413 . CAT ACC,CAC 348.38 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,23;DP=27;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882998,-0.00651654;FXX=0.0714031;HRUN=4,1;LEN=3,1;MLLD=180.797,203.619;QD=53.597;RBI=0.00896755,0.00658725;REFB=0,0;REVB=-0.00156472,-0.000962568;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.063716,-0.00116388;OID=.,.;OPOS=62431413,62431415;OREF=CAT,T;OALT=ACC,C;OMAPALT=ACC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:27:26:0:0:2,23:2,24:0.0769231,0.923077:0,15:2,8:0:0:0,16:2,8:0:0 chr3 62556622 . A G 1012.58 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.197;QD=57.8619;RBI=0.029055;REFB=-0.0466059;REVB=0.0211095;RO=1;SAF=40;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116708;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=2.33487e-05;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:28:40:1:0:29:40:1:0 chr3 62612195 . G T 787.16 PASS AF=0.493902;AO=80;DP=164;FAO=81;FDP=164;FR=.;FRO=83;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.00240345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.33;QD=19.199;RBI=0.0240508;REFB=-0.015364;REVB=0.0239304;RO=83;SAF=48;SAR=32;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549112;STB=0.526163;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0156043;OID=.;OPOS=62612195;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:83:83:80:81:0.493902:32:48:45:38:33:48:45:38 chr3 63264201 . G A 1932.6 PASS AF=0.461712;AO=179;DP=417;FAO=205;FDP=444;FR=.;FRO=239;FSAF=126;FSAR=79;FSRF=138;FSRR=101;FWDB=-0.0138955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3337;QD=17.4108;RBI=0.10299;REFB=-0.0280222;REVB=0.102049;RO=238;SAF=124;SAR=55;SRF=137;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132823;STB=0.520946;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0315723;OID=.;OPOS=63264201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:444:238:239:179:205:0.461712:55:124:137:101:79:126:138:101 chr3 63968087 . C T 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.000660181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.971;QD=8.11496;RBI=0.0108062;REFB=-0.00192015;REVB=-0.010786;RO=37;SAF=3;SAR=12;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226993;STB=0.647401;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00481118;OID=.;OPOS=63968087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:39:15:15:0.277778:12:3:13:24:12:3:14:25 chr3 64133350 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.367;QD=59.4356;RBI=0.0672895;REFB=0;REVB=0.0237062;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288582;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr3 65425560 . T TCTG 50.68 PASS AF=0.195652;AO=6;DP=51;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0757553;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=3;MLLD=135.768;QD=4.40665;RBI=0.0975959;REFB=-0.0469241;REVB=-0.0615313;RO=44;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364001;STB=0.562357;STBP=0.708;TYPE=ins;VARB=0.166681;OID=.;OPOS=65425561;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195652:6:51:9:46:37:3:6:15:22:50:44:1:5:20:24 chr3 66287056 . G A 1041.19 PASS AF=0.430189;AO=114;DP=266;FAO=114;FDP=265;FR=.;FRO=151;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=61;FSRR=90;FWDB=-0.0175519;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5171;QD=15.7161;RBI=0.0304618;REFB=-0.00375402;REVB=-0.0248969;RO=150;SAF=48;SAR=66;SRF=60;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221506;STB=0.51001;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00507824;OID=.;OPOS=66287056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:150:151:114:114:0.430189:66:48:60:90:66:48:61:90 chr3 66354911 . G C 3184.14 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4426;QD=61.828;RBI=0.0513759;REFB=0;REVB=0.0255585;RO=0;SAF=92;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181839;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:206:206:1:114:92:0:0:114:92:0:0 chr3 66374361 . G C 1476.18 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00595116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5742;QD=57.3273;RBI=0.0368398;REFB=0.0509719;REVB=0.036356;RO=2;SAF=29;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953299;STB=0.505026;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00321732;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:72:29:1:1:72:29:1:1 chr3 66396845 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.397;QD=58.5874;RBI=0.0369597;REFB=0;REVB=0.0326228;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224068;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr3 66419956 . C T 1537.0 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036131;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.723;QD=64.0416;RBI=0.0363434;REFB=0;REVB=0.00392363;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29674e-05;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr3 66433676 . A G 3367.25 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542288;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.34;QD=62.069;RBI=0.0919641;REFB=0.0413943;REVB=-0.074274;RO=1;SAF=112;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423509;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00052119;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:218:217:1:0:217:217:1:105:112:1:0:105:112:0:0 chr3 66434643 . T C 4084.83 PASS AF=0.992453;AO=262;DP=267;FAO=263;FDP=265;FR=.;FRO=2;FSAF=138;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0034432;FXX=0.0111936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.808;QD=61.6578;RBI=0.0150075;REFB=-0.0152896;REVB=0.0146072;RO=2;SAF=138;SAR=124;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00762665;STB=0.503968;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=3.11345e-05;OID=.;OPOS=66434643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:267:265:2:2:262:263:0.992453:124:138:0:2:125:138:0:2 chr3 67048761 . GT CG,G,GC 1926.86 PASS AF=0,0.183206,0.816794;AO=9,15,106;DP=133;FAO=0,24,107;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,65;FSAR=0,24,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415226,-0.0792472,0.0369984;FXX=0.00757518;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=11.91,51.7191,66.9565;QD=58.8355;RBI=0.0883296,0.0810604,0.0380614;REFB=0,0,0;REVB=-0.0779615,0.0170489,0.00893235;RO=0;SAF=0,2,63;SAR=9,13,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.00550021,0.00335069;OID=.,.,.;OPOS=67048761,67048762,67048762;OREF=GT,T,T;OALT=CG,-,C;OMAPALT=CG,G,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:72:133:131:0:0:9,15,106:0,24,107:0,0.183206,0.816794:9,13,43:0,2,63:0:0:0,24,42:0,0,65:0:0 chr3 67411172 . CTTTTTTTT CTTTTTTTC,TTCTTTTTT 63.11 PASS AF=0.161765,0;AO=9,3;DP=69;FAO=11,0;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=9,0;FSAR=2,0;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.110965,-0.019436;FXX=0.0285673;HRUN=8,2;LEN=1,3;MLLD=26.0795,223.102;QD=3.71233;RBI=0.171438,0.14178;REFB=-0.0441328,-0.0133289;REVB=-0.130682,-0.140441;RO=30;SAF=8,0;SAR=1,3;SRF=19;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.416728,-0.607609;STB=0.769382,0.5;STBP=0.08,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.174532,0;OID=.,.;OPOS=67411180,67411172;OREF=T,CTT;OALT=C,TTC;OMAPALT=CTTTTTTTC,TTCTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:69:68:30:57:9,3:11,0:0.161765,0:1,3:8,0:19:11:2,0:9,0:30:27 chr3 67411182 . C T 42.8 PASS AF=0.116279;AO=10;DP=86;FAO=10;FDP=86;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.00439814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2615;QD=1.99067;RBI=0.019031;REFB=-0.00429594;REVB=-0.0185159;RO=72;SAF=9;SAR=1;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606264;STB=0.914818;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.132512;OID=.;OPOS=67411182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:86:86:72:76:10:10:0.116279:1:9:26:46:1:9:30:46 chr3 68594319 . G A 324.83 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0263487;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.769;QD=16.4471;RBI=0.0318855;REFB=-0.0201232;REVB=-0.0179564;RO=43;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104598;STB=0.552697;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.024085;OID=.;OPOS=68594319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:43:44:35:35:0.443038:20:15:23:20:20:15:23:21 chr3 69024687 . C CTT 60.52 PASS AF=0.28;AO=10;DP=54;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0556088;FXX=0.019604;HRUN=6;LEN=2;MLLD=19.1936;QD=4.84159;RBI=0.0666225;REFB=0.00735974;REVB=-0.0366909;RO=34;SAF=8;SAR=2;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330263;STB=0.60511;STBP=0.365;TYPE=ins;VARB=-0.0444924;OID=.;OPOS=69024688;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:10:54:14:50:36:9:5:18:18:60:34:8:2:19:15 chr3 69025458 . C T 539.99 PASS AF=0.357143;AO=65;DP=182;FAO=65;FDP=182;FR=.;FRO=117;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=77;FWDB=0.00852878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.33;QD=11.868;RBI=0.0244494;REFB=0.000629128;REVB=0.0229137;RO=117;SAF=27;SAR=38;SRF=40;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870616;STB=0.549446;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.000941194;OID=.;OPOS=69025458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:117:117:65:65:0.357143:38:27:40:77:38:27:40:77 chr3 69036678 . G C 282.34 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0251127;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9301;QD=19.4715;RBI=0.0268986;REFB=-0.0312711;REVB=-0.00963798;RO=22;SAF=17;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188564;STB=0.600162;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0190054;OID=.;OPOS=69036678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:28:30:30:0.517241:13:17:7:15:13:17:10:18 chr3 69054341 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.423;QD=59.6795;RBI=0.066222;REFB=0;REVB=-0.0154442;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20679e-05;OID=.;OPOS=69054341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr3 69096614 . G A 2274.22 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.404;QD=63.6145;RBI=0.0154586;REFB=0;REVB=-0.00799674;RO=0;SAF=51;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70565e-06;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:92:51:0:0:92:51:0:0 chr3 69230061 . G A 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0142443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.547;QD=27.3144;RBI=0.0151409;REFB=0.0132641;REVB=-0.0051329;RO=12;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146662;STB=0.581735;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00513112;OID=.;OPOS=69230061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:5:16:7:5:5:16:7:5 chr3 69230801 . G A 812.9 PASS AF=0.469274;AO=84;DP=181;FAO=84;FDP=179;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.00706996;FXX=0.0110491;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.341;QD=18.1654;RBI=0.0283957;REFB=-0.016951;REVB=0.0275014;RO=95;SAF=33;SAR=51;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119944;STB=0.56642;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0185768;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:179:95:95:84:84:0.469274:51:33:49:46:51:33:49:46 chr3 69245454 . T C 1642.44 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.716;QD=60.2731;RBI=0.00725135;REFB=0;REVB=0.00242072;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02177e-06;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:47:61:0:0:48:61:0:0 chr3 69246152 . A G 505.47 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0082819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1399;QD=17.7357;RBI=0.0175548;REFB=0.0021244;REVB=0.0154785;RO=60;SAF=26;SAR=28;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125693;STB=0.569628;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00204723;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:28:26:21:39:28:26:21:39 chr3 70016138 . T A 33.58 PASS AF=0.0886076;AO=7;DP=82;FAO=7;FDP=79;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=68;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00848665;FXX=0.0365809;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.451;QD=1.70002;RBI=0.0159407;REFB=-0.0284844;REVB=0.0134938;RO=57;SAF=4;SAR=3;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528877;STB=0.511595;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.153982;OID=.;OPOS=70016138;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:82:79:57:68:7:7:0.0886076:3:4:30:27:3:4:38:30 chr3 70016904 . C T 876.46 PASS AF=0.520231;AO=78;DP=164;FAO=90;FDP=173;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=28;FSRR=55;FWDB=0.0137201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.238;QD=20.265;RBI=0.0145917;REFB=-0.0228114;REVB=0.0049675;RO=82;SAF=24;SAR=54;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232631;STB=0.502164;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0185173;OID=.;OPOS=70016904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:173:82:83:78:90:0.520231:54:24:27:55:60:30:28:55 chr3 71823582 . C T 524.84 PASS AF=0.398693;AO=60;DP=152;FAO=61;FDP=153;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.025994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.013;QD=13.7214;RBI=0.0268574;REFB=-0.0109577;REVB=-0.00675529;RO=92;SAF=21;SAR=39;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131801;STB=0.566965;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0129419;OID=.;OPOS=71823582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:92:92:60:61:0.398693:39:21:43:49:39:22:43:49 chr3 72426901 . A G 8675.87 PASS AF=1;AO=542;DP=543;FAO=542;FDP=542;FR=.;FRO=0;FSAF=265;FSAR=277;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11848;FXX=0.0036764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7737;QD=64.0286;RBI=0.142805;REFB=0;REVB=0.0797221;RO=0;SAF=265;SAR=277;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016631;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:543:542:0:0:542:542:1:277:265:0:0:277:265:0:0 chr3 72495777 . C G 1047.49 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0389079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0303;QD=58.1936;RBI=0.0390562;REFB=-0.00969916;REVB=-0.00340107;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155009;STB=0.508194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000363284;OID=.;OPOS=72495777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:30:41:0:1:30:41:0:1 chr3 72495945 . A G 806.55 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.894;QD=56.6002;RBI=0.0886912;REFB=0;REVB=0.0240721;RO=0;SAF=6;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156993;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:54:57:1:48:6:0:0:49:8:0:0 chr3 73024350 . C A 3269.6 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827558;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2498;QD=61.9829;RBI=0.0313872;REFB=0;REVB=-0.0302766;RO=0;SAF=112;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66299e-05;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:211:0:0:210:211:1:98:112:0:0:98:113:0:0 chr3 73433369 . G A 1216.7 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0635379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6173;QD=59.3511;RBI=0.102782;REFB=0.0388481;REVB=0.0807908;RO=2;SAF=31;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546281;STB=0.507935;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000491685;OID=.;OPOS=73433369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:2:1:80:81:0.987805:49:31:1:1:50:31:1:0 chr3 73433494 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.98;QD=61.3345;RBI=0.0492802;REFB=0;REVB=0.0440346;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314448;OID=.;OPOS=73433494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr3 73453325 . C T 1636.0 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339714;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.932;QD=60.0367;RBI=0.0687303;REFB=0;REVB=0.0597477;RO=0;SAF=81;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51832e-05;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:27:81:0:0:28:81:0:0 chr3 74215209 . T C 129.33 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00539127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8901;QD=21.5543;RBI=0.0557669;REFB=0.0306229;REVB=0.0555057;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115717;STB=0.583217;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0116856;OID=.;OPOS=74215209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:24:9:10:14:14:0.583333:7:7:3:6:7:7:3:7 chr3 74349062 . T C 3050.33 PASS AF=0.994845;AO=191;DP=193;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.541;QD=62.8934;RBI=0.0207559;REFB=-0.049742;REVB=0.0144683;RO=1;SAF=79;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598967;STB=0.503144;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000281235;OID=.;OPOS=74349062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:193:194:1:1:191:193:0.994845:112:79:1:0:114:79:1:0 chr3 74413676 . T C 290.08 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0318565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.831;QD=16.5758;RBI=0.0321345;REFB=-0.0104892;REVB=-0.00421828;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306759;STB=0.511357;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0119036;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:20:12:15:22:20:12:15:23 chr3 75232044 . C T 528.25 PASS AF=0.452381;AO=56;DP=120;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.00152745;FXX=0.0078734;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.555;QD=16.7697;RBI=0.00691803;REFB=-0.00436493;REVB=0.0067473;RO=64;SAF=37;SAR=19;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275416;STB=0.652352;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00759707;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:126:64:69:56:57:0.452381:19:37:24:40:19:38:27:42 chr3 75475670 . A C 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0221016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.717;QD=18.4268;RBI=0.0237208;REFB=-0.00532525;REVB=-0.00861394;RO=28;SAF=6;SAR=22;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238049;STB=0.63451;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00677148;OID=.;OPOS=75475670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:22:6:12:16:22:6:12:16 chr3 75475685 . A G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0219005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.927;QD=16.5275;RBI=0.0232414;REFB=-0.00717888;REVB=-0.00778006;RO=29;SAF=5;SAR=20;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257986;STB=0.647488;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00530249;OID=.;OPOS=75475685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:20:5:12:17:20:5:12:17 chr3 75475749 . G A 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0701767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.92;QD=20.4855;RBI=0.0707354;REFB=0.00872743;REVB=0.00887284;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158579;STB=0.588673;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0107673;OID=.;OPOS=75475749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:1:10:11:3:1:10 chr3 75476615 . C G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00991976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.715;QD=8.25459;RBI=0.0290274;REFB=-0.0053421;REVB=-0.0272798;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946031;STB=0.559795;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0104145;OID=.;OPOS=75476615;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:5:7:4:2:5:7 chr3 75679930 . A C 88.49 PASS AF=0.15;AO=18;DP=120;FAO=18;FDP=120;FR=.;FRO=102;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.00176019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.558;QD=2.94966;RBI=0.0186271;REFB=0.000764933;REVB=-0.0185437;RO=102;SAF=10;SAR=8;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106871;STB=0.571876;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00578231;OID=.;OPOS=75679930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:120:120:102:102:18:18:0.15:8:10:48:54:8:10:48:54 chr3 75679938 . T C 93.14 PASS AF=0.149606;AO=19;DP=128;FAO=19;FDP=127;FR=.;FRO=108;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=0.000672502;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.172;QD=2.93347;RBI=0.0102888;REFB=-0.0010683;REVB=-0.0102668;RO=108;SAF=11;SAR=8;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134432;STB=0.590326;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0151268;OID=.;OPOS=75679938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:128:127:108:108:19:19:0.149606:8:11:51:57:8:11:51:57 chr3 75679965 . C A 123.87 PASS AF=0.156863;AO=24;DP=153;FAO=24;FDP=153;FR=.;FRO=129;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=71;FWDB=-0.00781945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.784;QD=3.23847;RBI=0.0215982;REFB=-0.0047168;REVB=-0.020133;RO=129;SAF=11;SAR=13;SRF=58;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112043;STB=0.507407;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0242956;OID=.;OPOS=75679965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:129:129:24:24:0.156863:13:11:58:71:13:11:58:71 chr3 75679975 . C T 144.57 PASS AF=0.171975;AO=27;DP=157;FAO=27;FDP=157;FR=.;FRO=130;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=72;FWDB=-0.024769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.479;QD=3.68329;RBI=0.0305691;REFB=-0.00771305;REVB=-0.0179155;RO=128;SAF=11;SAR=16;SRF=58;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595776;STB=0.532794;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0318395;OID=.;OPOS=75679975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:128:130:27:27:0.171975:16:11:58:70:16:11:58:72 chr3 75679988 . A G 148.16 PASS AF=0.17284;AO=28;DP=162;FAO=28;FDP=162;FR=.;FRO=134;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=76;FWDB=0.0406639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3514;QD=3.65836;RBI=0.0445586;REFB=0.01244;REVB=-0.0182187;RO=134;SAF=11;SAR=17;SRF=58;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527406;STB=0.534128;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0581852;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:134:134:28:28:0.17284:17:11:58:76:17:11:58:76 chr3 75679997 . C T 127.29 PASS AF=0.160494;AO=21;DP=156;FAO=26;FDP=162;FR=.;FRO=136;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=78;FWDB=-0.0065593;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7999;QD=3.14286;RBI=0.0340423;REFB=0.00380243;REVB=0.0334044;RO=135;SAF=11;SAR=10;SRF=58;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118372;STB=0.502913;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0196042;OID=.;OPOS=75679997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:162:135:136:21:26:0.160494:10:11:58:77:15:11:58:78 chr3 75713564 . T C 1161.65 PASS AF=0.438163;AO=124;DP=283;FAO=124;FDP=283;FR=.;FRO=159;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=94;FSRR=65;FWDB=-0.0174351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.922;QD=16.4191;RBI=0.0176921;REFB=-0.0123076;REVB=-0.00300483;RO=152;SAF=65;SAR=59;SRF=87;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481606;STB=0.537865;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0134939;OID=.;OPOS=75713564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:152:159:124:124:0.438163:59:65:87:65:59:65:94:65 chr3 75714298 . A G 833.93 PASS AF=0.455;AO=88;DP=197;FAO=91;FDP=200;FR=.;FRO=109;FSAF=61;FSAR=30;FSRF=71;FSRR=38;FWDB=0.0117449;FXX=0.0196069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.585;QD=16.6787;RBI=0.0177881;REFB=-0.007263;REVB=-0.0133594;RO=109;SAF=58;SAR=30;SRF=71;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00852108;STB=0.511591;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0101601;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:200:109:109:88:91:0.455:30:58:71:38:30:61:71:38 chr3 75714311 . G A 209.23 PASS AF=0.180556;AO=41;DP=216;FAO=39;FDP=216;FR=.;FRO=177;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=123;FSRR=54;FWDB=0.0250857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7769;QD=3.87468;RBI=0.0343391;REFB=0.00225568;REVB=-0.0234495;RO=166;SAF=27;SAR=14;SRF=122;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115401;STB=0.502511;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00486933;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:166:177:41:39:0.180556:14:27:122:44:12:27:123:54 chr3 75714337 . T G 1263.95 PASS AF=0.510373;AO=122;DP=240;FAO=123;FDP=241;FR=.;FRO=118;FSAF=82;FSAR=41;FSRF=87;FSRR=31;FWDB=-0.0030664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.017;QD=20.9784;RBI=0.00767566;REFB=-0.0159041;REVB=0.00703655;RO=118;SAF=81;SAR=41;SRF=87;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759586;STB=0.53993;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0103233;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:118:118:122:123:0.510373:41:81:87:31:41:82:87:31 chr3 75714345 . G T 497.73 PASS AF=0.279835;AO=68;DP=245;FAO=68;FDP=243;FR=.;FRO=175;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=120;FSRR=55;FWDB=0.00195725;FXX=0.00816293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.981;QD=8.19311;RBI=0.028134;REFB=-0.0151794;REVB=-0.0280658;RO=170;SAF=48;SAR=20;SRF=115;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422066;STB=0.517236;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0241394;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:243:170:175:68:68:0.279835:20:48:115:55:20:48:120:55 chr3 75714702 . A G 621.67 PASS AF=0.444444;AO=68;DP=153;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0194722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.702;QD=16.2529;RBI=0.021919;REFB=-0.00318853;REVB=0.0100636;RO=84;SAF=32;SAR=36;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410359;STB=0.519625;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00427772;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:84:85:68:68:0.444444:36:32:43:41:36:32:43:42 chr3 75714709 . G T 59.83 PASS AF=0.101266;AO=16;DP=162;FAO=16;FDP=158;FR=.;FRO=142;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=67;FSRR=75;FWDB=-0.0138875;FXX=0.0246898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.704;QD=1.51459;RBI=0.0183546;REFB=-0.000695254;REVB=-0.0120011;RO=142;SAF=12;SAR=4;SRF=64;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354351;STB=0.749688;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.012374;OID=.;OPOS=75714709;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:162:158:142:142:16:16:0.101266:4:12:64:78:4:12:67:75 chr3 75714809 . C T 67.89 PASS AF=0.0762712;AO=24;DP=354;FAO=27;FDP=354;FR=.;FRO=327;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=169;FSRR=158;FWDB=-0.00340254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.957;QD=0.767104;RBI=0.00729183;REFB=-0.00651647;REVB=-0.0064493;RO=212;SAF=9;SAR=15;SRF=119;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223332;STB=0.669048;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0345787;OID=.;OPOS=75714809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:354:354:212:327:24:27:0.0762712:15:9:119:93:18:9:169:158 chr3 75714819 . G A 204.64 PASS AF=0.12212;AO=52;DP=434;FAO=53;FDP=434;FR=.;FRO=381;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=189;FSRR=192;FWDB=-0.0209892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.665;QD=1.88604;RBI=0.0466403;REFB=-0.00183127;REVB=-0.0416506;RO=381;SAF=27;SAR=25;SRF=189;SRR=192;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292389;STB=0.528291;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0122755;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:434:381:381:52:53:0.12212:25:27:189:192:25:28:189:192 chr3 75714825 . G A 1533.8 PASS AF=0.297235;AO=128;DP=433;FAO=129;FDP=434;FR=.,HEALED;FRO=249;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=131;FSRR=118;FWDB=0.00762371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7319;QD=14.1364;RBI=0.021545;REFB=0.0113909;REVB=-0.0201511;RO=244;SAF=61;SAR=67;SRF=130;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647166;STB=0.535033;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00158211;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:433:434:244:249:128:129:0.297235:67:61:130:114:68:61:131:118 chr3 75714831 . G A 320.91 PASS AF=0.149573;AO=70;DP=461;FAO=70;FDP=468;FR=.;FRO=398;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=198;FSRR=200;FWDB=-0.0244427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.47;QD=2.74278;RBI=0.0249497;REFB=-0.00755124;REVB=0.005004;RO=391;SAF=37;SAR=33;SRF=193;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452338;STB=0.526434;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.042383;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:461:468:391:398:70:70:0.149573:33:37:193:198:33:37:198:200 chr3 75714835 . C T 389.85 PASS AF=0.163561;AO=79;DP=484;FAO=79;FDP=483;FR=.;FRO=404;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=207;FSRR=197;FWDB=-0.00188787;FXX=0.00206607;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.47;QD=3.22859;RBI=0.00647213;REFB=-0.00601778;REVB=-0.00619067;RO=405;SAF=43;SAR=36;SRF=207;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432072;STB=0.526782;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0341665;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:484:483:405:404:79:79:0.163561:36:43:207:198:36:43:207:197 chr3 75714840 . A G 2149.2 PASS AF=0.453094;AO=226;DP=498;FAO=227;FDP=501;FR=.;FRO=274;FSAF=116;FSAR=111;FSRF=145;FSRR=129;FWDB=0.00604837;FXX=0.00199199;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1189;QD=17.1593;RBI=0.015362;REFB=-0.00485497;REVB=0.0141212;RO=271;SAF=116;SAR=110;SRF=145;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215544;STB=0.509953;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00587494;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:498:501:271:274:226:227:0.453094:110:116:145:126:111:116:145:129 chr3 75714843 . T A 984.47 PASS AF=0.269084;AO=141;DP=526;FAO=141;FDP=524;FR=.;FRO=383;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=203;FSRR=180;FWDB=-0.0165067;FXX=0.00569249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.648;QD=7.51501;RBI=0.0165679;REFB=-0.000395151;REVB=-0.00142311;RO=379;SAF=67;SAR=74;SRF=202;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717122;STB=0.540024;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00107473;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:526:524:379:383:141:141:0.269084:74:67:202:177:74:67:203:180 chr3 75714853 . G A 1067.09 PASS AF=0.264151;AO=154;DP=582;FAO=154;FDP=583;FR=.;FRO=429;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=226;FSRR=203;FWDB=-0.0100861;FXX=0.0017123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.082;QD=7.32134;RBI=0.0320472;REFB=-0.00768118;REVB=-0.0304186;RO=427;SAF=76;SAR=78;SRF=225;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417404;STB=0.524489;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0277863;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:582:583:427:429:154:154:0.264151:78:76:225:202:78:76:226:203 chr3 75714898 . G A 1100.89 PASS AF=0.253106;AO=163;DP=641;FAO=163;FDP=644;FR=.;FRO=481;FSAF=88;FSAR=75;FSRF=257;FSRR=224;FWDB=-0.0303649;FXX=0.00309593;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.232;QD=6.83782;RBI=0.0921799;REFB=-0.00950125;REVB=0.087035;RO=478;SAF=88;SAR=75;SRF=255;SRR=223;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811332;STB=0.504186;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0294242;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:641:644:478:481:163:163:0.253106:75:88:255:223:75:88:257:224 chr3 75714917 . G A 805.09 PASS AF=0.227273;AO=125;DP=570;FAO=130;FDP=572;FR=.,HEALED;FRO=442;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=234;FSRR=208;FWDB=-0.0230506;FXX=0.00174517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.833;QD=5.62997;RBI=0.0398174;REFB=-0.00568182;REVB=-0.0324669;RO=332;SAF=65;SAR=60;SRF=214;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156649;STB=0.507026;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0231666;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:570:572:332:442:125:130:0.227273:60:65:214:118:60:70:234:208 chr3 75714929 . G A 706.14 PASS AF=0.213504;AO=116;DP=548;FAO=117;FDP=548;FR=.;FRO=431;FSAF=68;FSAR=49;FSRF=225;FSRR=206;FWDB=-0.0512099;FXX=0.00182146;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.364;QD=5.15428;RBI=0.0556973;REFB=-0.0237023;REVB=-0.0219028;RO=427;SAF=68;SAR=48;SRF=222;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863834;STB=0.547047;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0690389;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:548:548:427:431:116:117:0.213504:48:68:222:205:49:68:225:206 chr3 75714950 . C A 570.48 PASS AF=0.202899;AO=98;DP=491;FAO=98;FDP=483;FR=.;FRO=385;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=199;FSRR=186;FWDB=0.00993104;FXX=0.0162929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.525;QD=4.72445;RBI=0.009973;REFB=-0.0154281;REVB=-0.000913902;RO=390;SAF=56;SAR=42;SRF=204;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631209;STB=0.543819;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0328972;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:491:483:390:385:98:98:0.202899:42:56:204:186:42:56:199:186 chr3 75714971 . C A 730.98 PASS AF=0.263819;AO=104;DP=399;FAO=105;FDP=398;FR=.;FRO=293;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=161;FSRR=132;FWDB=0.0164186;FXX=0.00748111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.366;QD=7.34652;RBI=0.019058;REFB=-0.00705163;REVB=0.00967678;RO=294;SAF=52;SAR=52;SRF=162;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638339;STB=0.532944;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0213794;OID=.;OPOS=75714971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:398:294:293:104:105:0.263819:52:52:162:132:52:53:161:132 chr3 75714976 . C T 1026.53 PASS AF=0.343243;AO=126;DP=371;FAO=127;FDP=370;FR=.;FRO=243;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=129;FSRR=114;FWDB=0.0251966;FXX=0.0053762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.978;QD=11.0976;RBI=0.0257778;REFB=-0.00476961;REVB=-0.0054428;RO=240;SAF=71;SAR=55;SRF=126;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447516;STB=0.52396;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0105;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:370:240:243:126:127:0.343243:55:71:126:114:55:72:129:114 chr3 75714980 . C A 204.5 PASS AF=0.133705;AO=48;DP=359;FAO=48;FDP=359;FR=.;FRO=311;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=162;FSRR=149;FWDB=0.0166939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.459;QD=2.2785;RBI=0.0694026;REFB=0.000154461;REVB=0.0673649;RO=304;SAF=32;SAR=16;SRF=157;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195985;STB=0.629716;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000182366;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:304:311:48:48:0.133705:16:32:157:147:16:32:162:149 chr3 75715118 . G A 192.67 PASS AF=0.178571;AO=34;DP=195;FAO=35;FDP=196;FR=.;FRO=161;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=66;FSRR=95;FWDB=-0.00226152;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.384;QD=3.93199;RBI=0.00612475;REFB=-0.00631906;REVB=0.00569194;RO=147;SAF=16;SAR=18;SRF=55;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126224;STB=0.539304;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0352399;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:147:161:34:35:0.178571:18:16:55:92:19:16:66:95 chr3 75715124 . C T 193.79 PASS AF=0.179612;AO=36;DP=197;FAO=37;FDP=206;FR=.;FRO=169;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=70;FSRR=99;FWDB=0.0362846;FXX=0.00483068;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7114;QD=3.7629;RBI=0.0364946;REFB=-0.00562132;REVB=-0.00390896;RO=160;SAF=15;SAR=21;SRF=63;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030544;STB=0.51529;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0257904;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:206:160:169:36:37:0.179612:21:15:63:97:21:16:70:99 chr3 75715173 . CT TG 227.74 PASS AF=0.189815;AO=41;DP=217;FAO=41;FDP=216;FR=.;FRO=175;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=76;FSRR=99;FWDB=-0.0341098;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.52;QD=4.21732;RBI=0.034438;REFB=-0.00746522;REVB=0.00474309;RO=173;SAF=18;SAR=23;SRF=75;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00718739;STB=0.503899;STBP=0.947;TYPE=mnp;VARB=0.0333005;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:173:175:41:41:0.189815:23:18:75:98:23:18:76:99 chr3 75715181 . G A 246.8 PASS AF=0.2;AO=43;DP=215;FAO=43;FDP=215;FR=.;FRO=172;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=74;FSRR=98;FWDB=-0.0164724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.864;QD=4.59161;RBI=0.0220186;REFB=-0.00607541;REVB=0.014611;RO=172;SAF=19;SAR=24;SRF=74;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015173;STB=0.509446;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0240839;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:172:172:43:43:0.2:24:19:74:98:24:19:74:98 chr3 75779719 . T C 125.19 PASS AF=0.176923;AO=23;DP=130;FAO=23;FDP=130;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.00772871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.167;QD=3.85212;RBI=0.0384532;REFB=0.00085168;REVB=0.0376685;RO=106;SAF=8;SAR=15;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150328;STB=0.594079;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.024759;OID=.;OPOS=75779719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:106:107:23:23:0.176923:15:8:49:57:15:8:49:58 chr3 75779724 . T C 253.21 PASS AF=0.264706;AO=36;DP=136;FAO=36;FDP=136;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=-0.0473908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.194;QD=7.44741;RBI=0.0560202;REFB=-0.0100473;REVB=0.0298726;RO=100;SAF=18;SAR=18;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987236;STB=0.558791;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0308106;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:100:100:36:36:0.264706:18:18:42:58:18:18:42:58 chr3 75779727 . A G 253.2 PASS AF=0.264706;AO=36;DP=136;FAO=36;FDP=136;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.0970574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9813;QD=7.44698;RBI=0.0981696;REFB=0.0136136;REVB=-0.0147351;RO=99;SAF=18;SAR=18;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105816;STB=0.558791;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0422003;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:99:100:36:36:0.264706:18:18:41:58:18:18:42:58 chr3 75779756 . A G 44.64 PASS AF=0.0890411;AO=13;DP=144;FAO=13;FDP=146;FR=.;FRO=133;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=86;FWDB=-0.0497951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.889;QD=1.22313;RBI=0.0503008;REFB=-0.00182579;REVB=-0.00711441;RO=131;SAF=10;SAR=3;SRF=45;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466092;STB=0.838388;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0272646;OID=.;OPOS=75779756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:144:146:131:133:13:13:0.0890411:3:10:45:86:3:10:47:86 chr3 75779769 . C G 286.53 PASS AF=0.282609;AO=39;DP=135;FAO=39;FDP=138;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=62;FWDB=-0.0194938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.923;QD=8.30511;RBI=0.0208018;REFB=-0.0081211;REVB=0.00725989;RO=96;SAF=17;SAR=22;SRF=34;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1023;STB=0.545849;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0162013;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:96:99:39:39:0.282609:22:17:34:62:22:17:37:62 chr3 75779772 . G A 34.8 PASS AF=0.0791367;AO=11;DP=138;FAO=11;FDP=139;FR=.;FRO=128;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=82;FWDB=-0.012821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.018;QD=1.00149;RBI=0.0132337;REFB=-0.00134446;REVB=-0.00327916;RO=127;SAF=8;SAR=3;SRF=45;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400214;STB=0.807119;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0268098;OID=.;OPOS=75779772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:138:139:127:128:11:11:0.0791367:3:8:45:82:3:8:46:82 chr3 75779777 . TA T 69.98 PASS AF=0.230769;AO=33;DP=129;FAO=27;FDP=117;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=61;FWDB=0.068837;FXX=0.0930161;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.145;QD=2.39241;RBI=0.185701;REFB=0.0115746;REVB=0.172471;RO=80;SAF=14;SAR=19;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=0.109159;STB=0.623715;STBP=0.2;TYPE=del;VARB=-0.0223663;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:33:129:27:117:90:13:14:29:61:69:80:14:19:27:53 chr3 75781222 . C T 158.06 PASS AF=0.232323;AO=22;DP=98;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0690609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1594;QD=6.38618;RBI=0.123787;REFB=-0.00130075;REVB=0.102732;RO=76;SAF=13;SAR=9;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273297;STB=0.647644;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0084677;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:76:76:22:23:0.232323:9:13:28:48:10:13:28:48 chr3 75781243 . T C 135.77 PASS AF=0.21;AO=21;DP=100;FAO=21;FDP=100;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0420146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2524;QD=5.43085;RBI=0.0446085;REFB=0.00579466;REVB=0.0149899;RO=79;SAF=12;SAR=9;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207207;STB=0.629094;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0273807;OID=.;OPOS=75781243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:79:79:21:21:0.21:9:12:32:47:9:12:32:47 chr3 75781257 . T C 135.77 PASS AF=0.21;AO=21;DP=100;FAO=21;FDP=100;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0345934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.152;QD=5.43078;RBI=0.0348404;REFB=7.47423e-05;REVB=0.00414188;RO=79;SAF=12;SAR=9;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207207;STB=0.629094;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=7.7023e-05;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:79:79:21:21:0.21:9:12:32:47:9:12:32:47 chr3 75781263 . T C 110.42 PASS AF=0.197802;AO=18;DP=91;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=0.0147246;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4066;QD=4.85371;RBI=0.0182377;REFB=0.00500497;REVB=-0.010761;RO=73;SAF=11;SAR=7;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313021;STB=0.696164;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0288827;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:73:73:18:18:0.197802:7:11:26:47:7:11:26:47 chr3 75786031 . A C 151.64 PASS AF=0.1341;AO=35;DP=261;FAO=35;FDP=261;FR=.;FRO=226;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=109;FSRR=117;FWDB=0.0150754;FXX=0.00381665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7356;QD=2.32391;RBI=0.0156821;REFB=-0.000404497;REVB=-0.00431959;RO=219;SAF=19;SAR=16;SRF=108;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633365;STB=0.55232;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00259139;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:219:226:35:35:0.1341:16:19:108:111:16:19:109:117 chr3 75786035 . GAAAAAAG GCAAAAAG,GGAAAAAA 606.6 PASS AF=0.160494,0.230453;AO=33,15;DP=262;FAO=39,56;FDP=243;FR=.,HEALED;FRO=148;FSAF=20,16;FSAR=19,40;FSRF=75;FSRR=73;FWDB=-0.00954251,0.0046889;FXX=0.0830157;HRUN=6,6;LEN=1,7;MLLD=117.028,199.111;QD=9.98513;RBI=0.0131705,0.00520262;REFB=-0.0180497,-0.0192594;REVB=-0.00907764,-0.00225421;RO=110;SAF=19,7;SAR=14,8;SRF=52;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.129633,-0.00746968;STB=0.504799,0.668073;STBP=0.971,0.006;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0385183,0.0500663;OID=.,.;OPOS=75786036,75786036;OREF=A,AAAAAAG;OALT=C,GAAAAAA;OMAPALT=GCAAAAAG,GGAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.160494,0.230453:33,15:262:39,56:243:148:20,16:19,40:75:73:99:110:19,7:14,8:52:58 chr3 75786059 . CA TG 547.51 PASS AF=0.26045;AO=80;DP=311;FAO=81;FDP=311;FR=.;FRO=230;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=108;FSRR=122;FWDB=-0.00536042;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.636;QD=7.04195;RBI=0.005659;REFB=-0.00637592;REVB=-0.00181389;RO=224;SAF=33;SAR=47;SRF=106;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766901;STB=0.546765;STBP=0.317;TYPE=mnp;VARB=0.0169704;OID=.;OPOS=75786059;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:224:230:80:81:0.26045:47:33:106:118:48:33:108:122 chr3 75786073 . C G 419.63 PASS AF=0.202216;AO=73;DP=363;FAO=73;FDP=361;FR=.;FRO=288;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=134;FSRR=154;FWDB=0.0172593;FXX=0.00550949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9583;QD=4.64958;RBI=0.0174821;REFB=0.00888445;REVB=-0.00278218;RO=286;SAF=31;SAR=42;SRF=133;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527311;STB=0.532822;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.048023;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:361:286:288:73:73:0.202216:42:31:133:153:42:31:134:154 chr3 75786080 . G A 1064.03 PASS AF=0.406143;AO=118;DP=381;FAO=119;FDP=293;FR=.;FRO=174;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=83;FSRR=91;FWDB=0.00172479;FXX=0.230965;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.109;QD=14.526;RBI=0.0117528;REFB=-0.00671545;REVB=-0.0116255;RO=173;SAF=52;SAR=66;SRF=82;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357156;STB=0.52401;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00850017;OID=.;OPOS=75786080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:293:173:174:118:119:0.406143:66:52:82:91:67:52:83:91 chr3 75786175 . C A 360.04 PASS AF=0.222222;AO=55;DP=278;FAO=60;FDP=270;FR=.,HEALED;FRO=210;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=73;FSRR=137;FWDB=-0.0373024;FXX=0.0217383;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8352;QD=5.33398;RBI=0.0402119;REFB=-0.00247068;REVB=-0.0150175;RO=166;SAF=21;SAR=34;SRF=64;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493996;STB=0.543157;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.013434;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:270:166:210:55:60:0.222222:34:21:64:102:36:24:73:137 chr3 75786202 . TG CA 189.82 PASS AF=0.173077;AO=36;DP=209;FAO=36;FDP=208;FR=.;FRO=172;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=109;FWDB=0.00111744;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=2;MLLD=321.311;QD=3.65042;RBI=0.0108275;REFB=0.000781186;REVB=0.0107697;RO=170;SAF=16;SAR=20;SRF=63;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981778;STB=0.566375;STBP=0.403;TYPE=mnp;VARB=-0.00285461;OID=.;OPOS=75786202;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:170:172:36:36:0.173077:20:16:63:107:20:16:63:109 chr3 75786221 . G A 189.91 PASS AF=0.208589;AO=31;DP=162;FAO=34;FDP=163;FR=.;FRO=129;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=82;FWDB=-0.00133849;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.096;QD=4.66028;RBI=0.00554736;REFB=-0.00147513;REVB=0.00538346;RO=128;SAF=15;SAR=16;SRF=48;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141177;STB=0.607302;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00561366;OID=.;OPOS=75786221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:128:129:31:34:0.208589:16:15:48:80:17:17:47:82 chr3 75786225 . G A 485.47 PASS AF=0.385621;AO=48;DP=144;FAO=59;FDP=153;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=0.0431297;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0199;QD=12.6919;RBI=0.0437359;REFB=-0.0118947;REVB=0.00725688;RO=89;SAF=18;SAR=30;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615918;STB=0.505153;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0302674;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:153:89:94:48:59:0.385621:30:18:38:51:35:24:39:55 chr3 75786230 . C T 109.96 PASS AF=0.148649;AO=21;DP=150;FAO=22;FDP=148;FR=.;FRO=126;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=75;FWDB=-0.00922451;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6413;QD=2.97193;RBI=0.0220711;REFB=-0.00938294;REVB=-0.020051;RO=128;SAF=7;SAR=14;SRF=53;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108123;STB=0.579925;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0250274;OID=.;OPOS=75786230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:128:126:21:22:0.148649:14:7:53:75:15:7:51:75 chr3 75786251 . GG AT 113.48 PASS AF=0.191919;AO=18;DP=94;FAO=19;FDP=99;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.019837;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=2;MLLD=174.956;QD=4.58492;RBI=0.0474495;REFB=-0.00150027;REVB=-0.0431039;RO=74;SAF=9;SAR=9;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154454;STB=0.601192;STBP=0.364;TYPE=mnp;VARB=0.0081437;OID=.;OPOS=75786251;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:99:74:80:18:19:0.191919:9:9:28:46:10:9:28:52 chr3 75786261 . C T 294.86 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00746177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.934;QD=12.82;RBI=0.00790059;REFB=-0.0164847;REVB=-0.0025964;RO=58;SAF=6;SAR=28;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366027;STB=0.713234;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0151708;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:28:6:26:32:28:6:26:32 chr3 75786278 . A C 146.38 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00646272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.754;QD=7.41139;RBI=0.00784772;REFB=-0.00575031;REVB=-0.00445197;RO=58;SAF=4;SAR=17;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412451;STB=0.752759;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0123367;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:58:21:21:0.265823:17:4:29:29:17:4:29:29 chr3 75786288 . A G 107.43 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00521202;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.957;QD=6.71446;RBI=0.00876136;REFB=-0.0015787;REVB=-0.00704246;RO=48;SAF=1;SAR=15;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637423;STB=0.9052;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00554409;OID=.;OPOS=75786288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:15:1:24:24:15:1:24:24 chr3 75786298 . T C 97.33 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0393687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7568;QD=6.17982;RBI=0.0402274;REFB=0.00969122;REVB=-0.00826753;RO=47;SAF=3;SAR=12;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464676;STB=0.783925;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0319173;OID=.;OPOS=75786298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:47:48:15:15:0.238095:12:3:27:20:12:3:27:21 chr3 75786337 . G A 45.16 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0186608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6852;QD=2.12513;RBI=0.0238183;REFB=-0.0133499;REVB=-0.0148016;RO=74;SAF=4;SAR=6;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168312;STB=0.616591;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0228035;OID=.;OPOS=75786337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:74:75:10:10:0.117647:6:4:40:34:6:4:40:35 chr3 75786354 . G A 57.2 PASS AF=0.126214;AO=10;DP=100;FAO=13;FDP=103;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.00207442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.338;QD=2.22148;RBI=0.0200408;REFB=-0.0079803;REVB=-0.0199332;RO=90;SAF=6;SAR=4;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791407;STB=0.562405;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.135314;OID=.;OPOS=75786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:100:103:90:90:10:13:0.126214:4:6:48:42:7:6:48:42 chr3 75786379 . T C 69.42 PASS AF=0.131579;AO=15;DP=114;FAO=15;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.00316816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.652;QD=2.43575;RBI=0.0166613;REFB=-0.000926915;REVB=0.0163574;RO=98;SAF=7;SAR=8;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792913;STB=0.559362;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0131113;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:114:114:98:99:15:15:0.131579:8:7:52:46:8:7:53:46 chr3 75786381 . T C 533.97 PASS AF=0.491228;AO=55;DP=112;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.000724733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6666;QD=18.7359;RBI=0.0178588;REFB=-0.0160215;REVB=0.0178441;RO=57;SAF=26;SAR=29;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813767;STB=0.544074;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0256762;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:57:58:55:56:0.491228:29:26:32:25:29:27:33:25 chr3 75786385 . C G 91.47 PASS AF=0.156522;AO=18;DP=115;FAO=18;FDP=115;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.0101128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.939;QD=3.18163;RBI=0.0309518;REFB=-0.000496464;REVB=0.0292532;RO=97;SAF=10;SAR=8;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508465;STB=0.533943;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0271127;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:115:115:97:97:18:18:0.156522:8:10:50:47:8:10:50:47 chr3 75786417 . T C 82.35 PASS AF=0.121212;AO=20;DP=165;FAO=20;FDP=165;FR=.;FRO=145;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=74;FSRR=71;FWDB=0.00625098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.245;QD=1.99647;RBI=0.0470027;REFB=-0.00443606;REVB=-0.0465852;RO=145;SAF=10;SAR=10;SRF=74;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128427;STB=0.509082;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0986282;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:165:165:145:145:20:20:0.121212:10:10:74:71:10:10:74:71 chr3 75786438 . G A 80.79 PASS AF=0.116959;AO=20;DP=172;FAO=20;FDP=171;FR=.;FRO=151;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=74;FSRR=77;FWDB=0.00151874;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.127;QD=1.88977;RBI=0.0465998;REFB=-0.000340633;REVB=-0.046575;RO=146;SAF=11;SAR=9;SRF=74;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536233;STB=0.55284;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00145884;OID=.;OPOS=75786438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:172:171:146:151:20:20:0.116959:9:11:74:72:9:11:74:77 chr3 75786440 . C T 887.63 PASS AF=0.511628;AO=88;DP=167;FAO=88;FDP=172;FR=.;FRO=84;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0297161;FXX=0.00578001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.865;QD=20.6426;RBI=0.0341659;REFB=-0.012932;REVB=-0.0168602;RO=79;SAF=43;SAR=45;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284859;STB=0.511902;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0113264;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:172:79:84:88:88:0.511628:45:43:36:43:45:43:39:45 chr3 75786450 . G A 104.19 PASS AF=0.12973;AO=24;DP=183;FAO=24;FDP=185;FR=.;FRO=161;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=87;FWDB=-0.0103771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.549;QD=2.25279;RBI=0.011494;REFB=-0.00520434;REVB=0.0049423;RO=159;SAF=13;SAR=11;SRF=73;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103619;STB=0.570986;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0242002;OID=.;OPOS=75786450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:185:159:161:24:24:0.12973:11:13:73:86:11:13:74:87 chr3 75786453 . C T 206.2 PASS AF=0.192513;AO=36;DP=187;FAO=36;FDP=187;FR=.;FRO=151;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=68;FSRR=83;FWDB=-0.00699206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.461;QD=4.41081;RBI=0.0312131;REFB=-0.00721095;REVB=-0.0304199;RO=150;SAF=22;SAR=14;SRF=68;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201252;STB=0.628686;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0158057;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:150:151:36:36:0.192513:14:22:68:82:14:22:68:83 chr3 75786499 . CA CG,TG 164.68 PASS AF=0.122699,0.0736196;AO=20,12;DP=164;FAO=20,12;FDP=163;FR=.;FRO=131;FSAF=13,7;FSAR=7,5;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=-0.0134916,-0.0118497;FXX=0.00609719;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=170.265,240.151;QD=4.04126;RBI=0.0203791,0.0248045;REFB=-0.00688528,-0.00440503;REVB=-0.0152736,-0.021791;RO=128;SAF=13,7;SAR=7,5;SRF=54;SRR=74;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.281413,0.183397;STB=0.693704,0.646288;STBP=0.075,0.298;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0143003,0.0328887;OID=.,.;OPOS=75786500,75786499;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:164:163:128:131:20,12:20,12:0.122699,0.0736196:7,5:13,7:54:74:7,5:13,7:55:76 chr3 75786506 . T C 81.04 PASS AF=0.116959;AO=20;DP=155;FAO=20;FDP=171;FR=.;FRO=151;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=84;FWDB=0.00867538;FXX=0.00581362;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.244;QD=1.89573;RBI=0.0139216;REFB=0.00108698;REVB=-0.010888;RO=134;SAF=12;SAR=8;SRF=63;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161899;STB=0.635812;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00571327;OID=.;OPOS=75786506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:155:171:134:151:20:20:0.116959:8:12:63:71:8:12:67:84 chr3 75786515 . GG AG,AT 202.33 PASS AF=0.144509,0.0693642;AO=25,14;DP=177;FAO=25,12;FDP=173;FR=.;FRO=136;FSAF=16,6;FSAR=9,6;FSRF=62;FSRR=74;FWDB=-0.0057722,-0.00845531;FXX=0.0225976;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=207.339,218.504;QD=4.67805;RBI=0.00748154,0.0158872;REFB=-0.000890692,-0.00207873;REVB=-0.00475974,-0.0134503;RO=136;SAF=16,8;SAR=9,6;SRF=62;SRR=74;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.233211,0.134964;STB=0.654065,0.540474;STBP=0.089,0.783;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00851769,0.00432038;OID=.,.;OPOS=75786515,75786515;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:173:136:136:25,14:25,12:0.144509,0.0693642:9,6:16,8:62:74:9,6:16,6:62:74 chr3 75786533 . T G 162.54 PASS AF=0.17033;AO=31;DP=182;FAO=31;FDP=182;FR=.;FRO=151;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=71;FSRR=80;FWDB=0.000209988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.417;QD=3.57221;RBI=0.00406129;REFB=-0.00683759;REVB=-0.00405586;RO=151;SAF=18;SAR=13;SRF=71;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141339;STB=0.591252;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0213948;OID=.;OPOS=75786533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:151:151:31:31:0.17033:13:18:71:80:13:18:71:80 chr3 75786555 . C CTG 250.23 PASS AF=0.25;AO=34;DP=170;FAO=41;FDP=164;FR=.;FRO=123;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=68;FWDB=-0.0037433;FXX=0.035292;HRUN=0;LEN=2;MLLD=262.041;QD=6.10313;RBI=0.0159058;REFB=-0.00219169;REVB=0.0154591;RO=126;SAF=24;SAR=10;SRF=56;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332621;STB=0.602965;STBP=0.132;TYPE=ins;VARB=0.00554118;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:34:170:41:164:123:24:17:55:68:99:126:24:10:56:70 chr3 75786572 . T C 326.11 PASS AF=0.283133;AO=46;DP=166;FAO=47;FDP=166;FR=.;FRO=119;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=0.0336097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.01;QD=7.8581;RBI=0.033838;REFB=-0.00367425;REVB=-0.00392459;RO=117;SAF=22;SAR=24;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212851;STB=0.519889;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0117141;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:117:119:46:47:0.283133:24:22:58:59:25:22:59:60 chr3 75786586 . G T 35.44 PASS AF=0.075;AO=12;DP=160;FAO=12;FDP=160;FR=.;FRO=148;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=76;FSRR=72;FWDB=-0.00110425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.181;QD=0.885998;RBI=0.0356847;REFB=6.97743e-05;REVB=-0.0356676;RO=147;SAF=5;SAR=7;SRF=75;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103481;STB=0.589249;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00181757;OID=.;OPOS=75786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:160:160:147:148:12:12:0.075:7:5:75:72:7:5:76:72 chr3 75786593 . C A 32.25 PASS AF=0.0728477;AO=11;DP=140;FAO=11;FDP=151;FR=.;FRO=140;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=73;FSRR=67;FWDB=0.00131917;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.568;QD=0.854242;RBI=0.0202597;REFB=-0.00189397;REVB=-0.0202167;RO=129;SAF=5;SAR=6;SRF=70;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980392;STB=0.561713;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0220676;OID=.;OPOS=75786593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:140:151:129:140:11:11:0.0728477:6:5:70:59:6:5:73:67 chr3 75786597 . C T 183.63 PASS AF=0.202703;AO=30;DP=148;FAO=30;FDP=148;FR=.;FRO=118;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=60;FWDB=0.00031111;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.017;QD=4.96296;RBI=0.00303512;REFB=-0.00639171;REVB=-0.00301913;RO=118;SAF=17;SAR=13;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958859;STB=0.559978;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0313597;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:118:118:30:30:0.202703:13:17:58:60:13:17:58:60 chr3 75786598 . G A 38.11 PASS AF=0.0805369;AO=12;DP=149;FAO=12;FDP=149;FR=.;FRO=137;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=66;FWDB=-0.0300551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.211;QD=1.02317;RBI=0.0303467;REFB=-0.00402605;REVB=0.00419715;RO=135;SAF=5;SAR=7;SRF=71;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123132;STB=0.592934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0500472;OID=.;OPOS=75786598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:149:149:135:137:12:12:0.0805369:7:5:71:64:7:5:71:66 chr3 75786607 . C T 186.69 PASS AF=0.212766;AO=30;DP=140;FAO=30;FDP=141;FR=.;FRO=111;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=-0.013461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.458;QD=5.29603;RBI=0.0236187;REFB=-0.00726658;REVB=-0.0194073;RO=110;SAF=18;SAR=12;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105058;STB=0.561918;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0129475;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:110:111:30:30:0.212766:12:18:57:53:12:18:58:53 chr3 75786610 . T A 93.98 PASS AF=0.146154;AO=19;DP=141;FAO=19;FDP=130;FR=.;FRO=111;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=-0.00200487;FXX=0.0780087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.902;QD=2.8917;RBI=0.0146461;REFB=-0.00219557;REVB=-0.0145082;RO=111;SAF=9;SAR=10;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615419;STB=0.541589;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0232036;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:141:130:111:111:19:19:0.146154:10:9:58:53:10:9:58:53 chr3 75786618 . CT AC,CC 147.37 PASS AF=0.0775194,0.131783;AO=10,17;DP=131;FAO=10,17;FDP=129;FR=.;FRO=102;FSAF=9,8;FSAR=1,9;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=0.0106317,-0.0128332;FXX=0.015266;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=188.254,158.309;QD=4.56949;RBI=0.0110469,0.0214383;REFB=0.000655232,0.00166448;REVB=-0.00299995,0.0171729;RO=102;SAF=9,8;SAR=1,9;SRF=56;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.441924,-0.0982547;STB=0.865984,0.566851;STBP=0.027,0.575;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0133658,-0.00319965;OID=.,.;OPOS=75786618,75786619;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:81:131:129:102:102:10,17:10,17:0.0775194,0.131783:1,9:9,8:56:46:1,9:9,8:56:46 chr3 75786620 . G A 31.07 PASS AF=0.0757576;AO=10;DP=131;FAO=10;FDP=132;FR=.;FRO=122;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=69;FSRR=53;FWDB=0.00575477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.38;QD=0.941621;RBI=0.0200213;REFB=-0.00149363;REVB=-0.0191764;RO=121;SAF=4;SAR=6;SRF=69;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185988;STB=0.649562;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0213002;OID=.;OPOS=75786620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:131:132:121:122:10:10:0.0757576:6:4:69:52:6:4:69:53 chr3 75786628 . G C 182.06 PASS AF=0.223077;AO=29;DP=130;FAO=29;FDP=130;FR=.;FRO=101;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=-0.00606952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.696;QD=5.60184;RBI=0.0111366;REFB=-0.0020895;REVB=-0.0093373;RO=99;SAF=15;SAR=14;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484414;STB=0.536716;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0076067;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:99:101:29:29:0.223077:14:15:55:44:14:15:57:44 chr3 75786662 . A T 38.87 PASS AF=0.0902256;AO=12;DP=134;FAO=12;FDP=133;FR=.;FRO=121;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=74;FSRR=47;FWDB=0.00531901;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.36;QD=1.16893;RBI=0.0153867;REFB=-0.00308329;REVB=-0.0144381;RO=122;SAF=6;SAR=6;SRF=74;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12487;STB=0.601342;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0538244;OID=.;OPOS=75786662;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:134:133:122:121:12:12:0.0902256:6:6:74:48:6:6:74:47 chr3 75786672 . C T 38.38 PASS AF=0.0901639;AO=8;DP=115;FAO=11;FDP=122;FR=.;FRO=111;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=64;FSRR=47;FWDB=-0.00665003;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.044;QD=1.25846;RBI=0.0193703;REFB=-0.00230034;REVB=-0.018193;RO=106;SAF=7;SAR=1;SRF=62;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346193;STB=0.556837;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0291568;OID=.;OPOS=75786672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:115:122:106:111:8:11:0.0901639:1:7:62:44:4:7:64:47 chr3 75786681 . G A 285.3 PASS AF=0.31405;AO=37;DP=120;FAO=38;FDP=121;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.000893122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.527;QD=9.43142;RBI=0.000893274;REFB=-0.00913794;REVB=1.64743e-05;RO=83;SAF=24;SAR=13;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159507;STB=0.580082;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0142214;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:83:83:37:38:0.31405:13:24:43:40:14:24:43:40 chr3 75786684 . G T 45.57 PASS AF=0.0983607;AO=12;DP=123;FAO=12;FDP=122;FR=.;FRO=110;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.0146561;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.841;QD=1.49395;RBI=0.0215776;REFB=-0.00238876;REVB=-0.0158364;RO=111;SAF=7;SAR=5;SRF=61;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403759;STB=0.526418;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0154543;OID=.;OPOS=75786684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:123:122:111:110:12:12:0.0983607:5:7:61:50:5:7:61:49 chr3 75786737 . A T 93.84 PASS AF=0.168317;AO=16;DP=108;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0153001;FXX=0.0733878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.776;QD=3.71655;RBI=0.0153441;REFB=-0.00111745;REVB=-0.00116137;RO=83;SAF=9;SAR=7;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713144;STB=0.563967;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00359066;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:108:101:83:84:16:17:0.168317:7:9:42:41:7:10:43:41 chr3 75786740 . CA GG 95.72 PASS AF=0.168317;AO=17;DP=103;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00222767;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.253;QD=3.79077;RBI=0.0131059;REFB=0.000516059;REVB=0.0129152;RO=80;SAF=11;SAR=6;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157644;STB=0.623966;STBP=0.283;TYPE=mnp;VARB=-0.00202002;OID=.;OPOS=75786740;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:103:101:80:84:17:17:0.168317:6:11:42:38:6:11:42:42 chr3 75786748 . C T 89.87 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0584894;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0454;QD=3.78388;RBI=0.0905411;REFB=0.00870244;REVB=-0.0691136;RO=80;SAF=9;SAR=7;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788738;STB=0.557241;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0461042;OID=.;OPOS=75786748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:95:80:79:16:16:0.168421:7:9:40:40:7:9:39:40 chr3 75786753 . C T 720.9 PASS AF=0.642105;AO=60;DP=95;FAO=61;FDP=95;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00214147;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.514;QD=30.3536;RBI=0.00987127;REFB=-0.0229552;REVB=-0.00963619;RO=34;SAF=28;SAR=32;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614595;STB=0.53574;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0106713;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:34:34:60:61:0.642105:32:28:19:15:33:28:19:15 chr3 75786754 . G T 74.02 PASS AF=0.152174;AO=13;DP=92;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0188038;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.831;QD=3.21834;RBI=0.0272529;REFB=-0.00646843;REVB=-0.0197265;RO=78;SAF=8;SAR=5;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174807;STB=0.581927;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0179034;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:92:92:78:78:13:14:0.152174:5:8:37:41:6:8:37:41 chr3 75786755 . GTTTTTC GTTTTC,GTTTTT 45.21 PASS AF=0,0.223684;AO=9,13;DP=88;FAO=0,17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=0,9;FSAR=0,8;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.150946,-0.127971;FXX=0.146051;HRUN=5,4;LEN=1,1;MLLD=12.8808,13.5454;QD=2.37957;RBI=0.17568,0.177475;REFB=0.00670218,0.0159384;REVB=-0.0898812,0.122966;RO=43;SAF=4,8;SAR=5,5;SRF=19;SRR=24;SSEN=0.3,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00320393,0.21061;STB=0.5,0.568487;STBP=1,0.544;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0533185;OID=.,.;OPOS=75786756,75786761;OREF=T,C;OALT=-,-;OMAPALT=GTTTTC,GTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.223684:9,13:88:0,17:76:59:0,9:0,8:26:33:45:43:4,8:5,5:19:24 chr3 75786784 . T C 42.73 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=93;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.00624074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.474;QD=1.83789;RBI=0.0152761;REFB=-0.00909922;REVB=-0.0139432;RO=81;SAF=6;SAR=4;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183743;STB=0.625284;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0960721;OID=.;OPOS=75786784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:93:81:83:10:10:0.107527:4:6:36:45:4:6:38:45 chr3 75786817 . CACATTCATT AACATTCATT,C 116.57 PASS AF=0,0.22973;AO=6,15;DP=90;FAO=0,17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=0,10;FSAR=0,7;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0108285,-0.00450973;FXX=0.195631;HRUN=2,1;LEN=1,9;MLLD=38.0894,252.848;QD=6.30102;RBI=0.0679549,0.00702732;REFB=0.00121935,-0.00688847;REVB=0.0670867,0.0053894;RO=60;SAF=0,9;SAR=6,6;SRF=28;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.577994,0.166188;STB=0.5,0.626813;STBP=1,0.284;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0274509;OID=.,.;OPOS=75786817,75786818;OREF=C,ACATTCATT;OALT=A,-;OMAPALT=AACATTCATT,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:90:74:60:57:6,15:0,17:0,0.22973:6,6:0,9:28:32:0,7:0,10:24:33 chr3 75786827 . A T 136.43 PASS AF=0.214953;AO=21;DP=105;FAO=23;FDP=107;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.014079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.312;QD=5.10034;RBI=0.0147971;REFB=-0.0162722;REVB=-0.00455379;RO=83;SAF=7;SAR=14;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133748;STB=0.566951;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0339958;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:83:84:21:23:0.214953:14:7:36:47:15:8:36:48 chr3 75786832 . C T 618.87 PASS AF=0.554545;AO=59;DP=108;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00407238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.984;QD=22.5042;RBI=0.00633144;REFB=-0.0176062;REVB=-0.00484797;RO=49;SAF=25;SAR=34;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409811;STB=0.508597;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00907341;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:49:49:59:61:0.554545:34:25:21:28:36:25:21:28 chr3 75786833 . G A 183.51 PASS AF=0.247788;AO=28;DP=113;FAO=28;FDP=113;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.0061971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.359;QD=6.49586;RBI=0.00620871;REFB=-0.0142124;REVB=0.00037952;RO=85;SAF=10;SAR=18;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101492;STB=0.561708;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0215711;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:85:85:28:28:0.247788:18:10:37:48:18:10:37:48 chr3 75786845 . T C 602.86 PASS AF=0.516667;AO=49;DP=126;FAO=62;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00118667;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.952;QD=20.0953;RBI=0.0378779;REFB=-0.0456931;REVB=0.0378593;RO=60;SAF=20;SAR=29;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255112;STB=0.505294;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0488376;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:120:60:58:49:62:0.516667:29:20:26:34:37:25:24:34 chr3 75786866 . G T 412.13 PASS AF=0.333333;AO=53;DP=159;FAO=53;FDP=159;FR=.;FRO=106;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=67;FWDB=-0.0209474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.32;QD=10.3681;RBI=0.0293473;REFB=-0.0245257;REVB=-0.020554;RO=106;SAF=23;SAR=30;SRF=39;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789439;STB=0.545327;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0402248;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:106:106:53:53:0.333333:30:23:39:67:30:23:39:67 chr3 75786888 . C T 290.03 PASS AF=0.235602;AO=44;DP=190;FAO=45;FDP=191;FR=.;FRO=146;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=61;FSRR=85;FWDB=0.00818283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.235;QD=6.07393;RBI=0.0117125;REFB=-0.00221961;REVB=-0.00837999;RO=146;SAF=17;SAR=27;SRF=61;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041398;STB=0.514093;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00606379;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:146:146:44:45:0.235602:27:17:61:85:27:18:61:85 chr3 75786892 . A C 569.79 PASS AF=0.350515;AO=68;DP=193;FAO=68;FDP=194;FR=.;FRO=126;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=73;FWDB=0.00504234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.289;QD=11.7483;RBI=0.00958452;REFB=0.00288107;REVB=-0.00815094;RO=122;SAF=28;SAR=40;SRF=51;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00728215;STB=0.505932;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0063928;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:122:126:68:68:0.350515:40:28:51:71:40:28:53:73 chr3 75786899 . T C 1060.25 PASS AF=0.384211;AO=66;DP=191;FAO=73;FDP=190;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.124541;FXX=0.0206175;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.8111;QD=22.3211;RBI=0.147401;REFB=0.023515;REVB=-0.0788454;RO=60;SAF=25;SAR=41;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937132;STB=0.510017;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00284401;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:60:72:66:73:0.384211:41:25:29:31:44:29:30:42 chr3 75786910 . T C 293.07 PASS AF=0.208511;AO=49;DP=235;FAO=49;FDP=235;FR=.;FRO=186;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=79;FSRR=107;FWDB=-0.0335756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.287;QD=4.98846;RBI=0.0364496;REFB=-0.003681;REVB=0.0141864;RO=185;SAF=25;SAR=24;SRF=78;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113607;STB=0.567466;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0235766;OID=.;OPOS=75786910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:185:186:49:49:0.208511:24:25:78:107:24:25:79:107 chr3 75786916 . C A 704.57 PASS AF=0.346614;AO=87;DP=251;FAO=87;FDP=251;FR=.;FRO=164;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=81;FSRR=83;FWDB=-0.003087;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.422;QD=11.2282;RBI=0.0101806;REFB=-0.0084148;REVB=-0.00970125;RO=163;SAF=36;SAR=51;SRF=81;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960741;STB=0.545226;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0199869;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:163:164:87:87:0.346614:51:36:81:82:50:37:81:83 chr3 75786919 . A T 709.81 PASS AF=0.338403;AO=89;DP=263;FAO=89;FDP=263;FR=.;FRO=174;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=86;FSRR=88;FWDB=0.00634548;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.889;QD=10.7956;RBI=0.0128984;REFB=-0.00525596;REVB=-0.0112295;RO=170;SAF=38;SAR=51;SRF=85;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845594;STB=0.537302;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0111168;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:170:174:89:89:0.338403:51:38:85:85:50:39:86:88 chr3 75786942 . C A 292.7 PASS AF=0.187279;AO=53;DP=283;FAO=53;FDP=283;FR=.;FRO=230;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=110;FSRR=120;FWDB=-0.0642935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1559;QD=4.13704;RBI=0.0646531;REFB=-0.00480548;REVB=-0.00680967;RO=230;SAF=23;SAR=30;SRF=110;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576344;STB=0.536277;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0210795;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:230:230:53:53:0.187279:30:23:110:120:30:23:110:120 chr3 75786993 . T A 151.57 PASS AF=0.130909;AO=36;DP=275;FAO=36;FDP=275;FR=.;FRO=239;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=110;FSRR=129;FWDB=0.0121238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0047;QD=2.20464;RBI=0.0463422;REFB=0.000185601;REVB=0.0447282;RO=239;SAF=14;SAR=22;SRF=110;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922478;STB=0.563368;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.000154308;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:239:239:36:36:0.130909:22:14:110:129:22:14:110:129 chr3 75787015 . C T 453.23 PASS AF=0.25969;AO=67;DP=259;FAO=67;FDP=258;FR=.;FRO=191;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=90;FSRR=101;FWDB=-0.0104257;FXX=0.00386085;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.716;QD=7.02678;RBI=0.0104491;REFB=-0.00382734;REVB=-0.000699901;RO=190;SAF=27;SAR=40;SRF=90;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895193;STB=0.551416;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0099948;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:190:191:67:67:0.25969:40:27:90:100:40:27:90:101 chr3 75787043 . G A 320.32 PASS AF=0.22973;AO=51;DP=222;FAO=51;FDP=222;FR=.;FRO=171;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=82;FSRR=89;FWDB=0.0115024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7328;QD=5.77155;RBI=0.012241;REFB=-0.00120055;REVB=-0.00418766;RO=171;SAF=20;SAR=31;SRF=82;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112637;STB=0.568473;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00428079;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:171:171:51:51:0.22973:31:20:82:89:31:20:82:89 chr3 75787049 . C A 242.2 PASS AF=0.2;AO=42;DP=211;FAO=42;FDP=210;FR=.;FRO=168;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=74;FSRR=94;FWDB=-0.0106299;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.094;QD=4.61336;RBI=0.0200532;REFB=-0.00776345;REVB=-0.0170041;RO=166;SAF=25;SAR=17;SRF=73;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197777;STB=0.622419;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0318386;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:166:168:42:42:0.2:17:25:73:93:17:25:74:94 chr3 75787057 . G A 426.34 PASS AF=0.318182;AO=52;DP=173;FAO=56;FDP=176;FR=.;FRO=120;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=-0.0145276;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.162;QD=9.68955;RBI=0.0148169;REFB=-0.0140948;REVB=-0.0029139;RO=114;SAF=28;SAR=24;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559326;STB=0.534848;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.033148;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:176:114:120:52:56:0.318182:24:28:56:58:27:29:56:64 chr3 75787081 . A T 38.94 PASS AF=0.077381;AO=12;DP=167;FAO=13;FDP=168;FR=.;FRO=155;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=80;FSRR=75;FWDB=0.0360065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.86;QD=0.927179;RBI=0.0404903;REFB=-0.00199836;REVB=-0.0185201;RO=151;SAF=6;SAR=6;SRF=77;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109208;STB=0.550197;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0508847;OID=.;OPOS=75787081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:167:168:151:155:12:13:0.077381:6:6:77:74:7:6:80:75 chr3 75787116 . T G 156.09 PASS AF=0.155779;AO=30;DP=198;FAO=31;FDP=199;FR=.;FRO=168;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=85;FSRR=83;FWDB=-0.0180758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.837;QD=3.13744;RBI=0.0313272;REFB=-0.00276907;REVB=0.0255863;RO=167;SAF=16;SAR=14;SRF=84;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388304;STB=0.535888;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0114497;OID=.;OPOS=75787116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:167:168:30:31:0.155779:14:16:84:83:14:17:85:83 chr3 75787127 . G T 149.51 PASS AF=0.147465;AO=32;DP=217;FAO=32;FDP=217;FR=.;FRO=185;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=105;FSRR=80;FWDB=0.0228755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8623;QD=2.75601;RBI=0.0452343;REFB=0.00100896;REVB=-0.0390238;RO=182;SAF=17;SAR=15;SRF=103;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447909;STB=0.531185;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00638051;OID=.;OPOS=75787127;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:182:185:32:32:0.147465:15:17:103:79:15:17:105:80 chr3 75787145 . T C 31.33 PASS AF=0.0625;AO=14;DP=225;FAO=14;FDP=224;FR=.;FRO=210;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=113;FSRR=97;FWDB=-0.00301699;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.846;QD=0.559426;RBI=0.0233409;REFB=-0.000609717;REVB=-0.0231451;RO=210;SAF=7;SAR=7;SRF=113;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400874;STB=0.535664;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0127743;OID=.;OPOS=75787145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:225:224:210:210:14:14:0.0625:7:7:113:97:7:7:113:97 chr3 75787159 . C T 160.99 PASS AF=0.1417;AO=35;DP=246;FAO=35;FDP=247;FR=.;FRO=212;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=113;FSRR=99;FWDB=-0.028139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.092;QD=2.60717;RBI=0.0282508;REFB=0.00125544;REVB=-0.00251049;RO=211;SAF=19;SAR=16;SRF=113;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939724;STB=0.533314;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00979674;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:211:212:35:35:0.1417:16:19:113:98:15:20:113:99 chr3 75787169 . G A 440.33 PASS AF=0.250936;AO=66;DP=268;FAO=67;FDP=267;FR=.;FRO=200;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=103;FSRR=97;FWDB=-0.0120548;FXX=0.00743467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.929;QD=6.59677;RBI=0.0160672;REFB=-0.0052665;REVB=0.0106224;RO=195;SAF=40;SAR=26;SRF=100;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1185;STB=0.562276;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0141405;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:267:195:200:66:67:0.250936:26:40:100:95:27:40:103:97 chr3 75787186 . C T 484.71 PASS AF=0.261993;AO=71;DP=270;FAO=71;FDP=271;FR=.;FRO=200;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=108;FSRR=92;FWDB=-0.000618579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2188;QD=7.15441;RBI=0.0481811;REFB=-0.00421906;REVB=-0.0481771;RO=199;SAF=42;SAR=29;SRF=107;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682412;STB=0.538793;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00959828;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:199:200:71:71:0.261993:29:42:107:92:29:42:108:92 chr3 75787194 . C T 65.05 PASS AF=0.0839416;AO=17;DP=268;FAO=23;FDP=274;FR=.;FRO=251;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=140;FSRR=111;FWDB=-0.0165085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.472;QD=0.949563;RBI=0.0309639;REFB=-0.00604232;REVB=-0.0261961;RO=246;SAF=8;SAR=9;SRF=138;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966869;STB=0.547903;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0655136;OID=.;OPOS=75787194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:268:274:246:251:17:23:0.0839416:9:8:138:108:9:14:140:111 chr3 75787199 . A C 90.85 PASS AF=0.1;AO=27;DP=270;FAO=27;FDP=270;FR=.;FRO=243;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=140;FSRR=103;FWDB=-0.0326555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.917;QD=1.34594;RBI=0.0332013;REFB=-0.00322282;REVB=-0.00599553;RO=242;SAF=15;SAR=12;SRF=139;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232466;STB=0.518815;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0413256;OID=.;OPOS=75787199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:270:270:242:243:27:27:0.1:12:15:139:103:12:15:140:103 chr3 75787221 . C T 41.11 PASS AF=0.068;AO=18;DP=250;FAO=17;FDP=250;FR=.;FRO=233;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=133;FSRR=100;FWDB=-0.0179961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.098;QD=0.657765;RBI=0.0278341;REFB=-0.00112322;REVB=-0.0212339;RO=223;SAF=9;SAR=9;SRF=129;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885343;STB=0.538854;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0181012;OID=.;OPOS=75787221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:250:250:223:233:18:17:0.068:9:9:129:94:8:9:133:100 chr3 75787222 . A G 46.51 PASS AF=0.0728745;AO=20;DP=248;FAO=18;FDP=247;FR=.;FRO=229;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=129;FSRR=100;FWDB=-0.00831822;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.863;QD=0.753205;RBI=0.0110458;REFB=-0.00267161;REVB=-0.00726751;RO=227;SAF=12;SAR=8;SRF=127;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475151;STB=0.507291;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0126116;OID=.;OPOS=75787222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:248:247:227:229:20:18:0.0728745:8:12:127:100:8:10:129:100 chr3 75787224 . C T 246.91 PASS AF=0.188596;AO=42;DP=248;FAO=43;FDP=228;FR=.;FRO=185;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=104;FSRR=81;FWDB=-0.025307;FXX=0.0806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9464;QD=4.33181;RBI=0.0420735;REFB=-0.0191004;REVB=-0.0336116;RO=184;SAF=25;SAR=17;SRF=103;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467786;STB=0.51594;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0209823;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:228:184:185:42:43:0.188596:17:25:103:81:18:25:104:81 chr3 75787236 . C T 33.1 PASS AF=0.0648148;AO=14;DP=216;FAO=14;FDP=216;FR=.;FRO=202;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=113;FSRR=89;FWDB=-0.0391603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.459;QD=0.61296;RBI=0.0391655;REFB=-0.000325711;REVB=0.000632317;RO=201;SAF=6;SAR=8;SRF=112;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136408;STB=0.620432;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00375079;OID=.;OPOS=75787236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:216:216:201:202:14:14:0.0648148:8:6:112:89:8:6:113:89 chr3 75787240 . A G 190.54 PASS AF=0.173077;AO=36;DP=210;FAO=36;FDP=208;FR=.;FRO=172;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=90;FSRR=82;FWDB=0.017178;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.418;QD=3.66413;RBI=0.0185854;REFB=-0.00336991;REVB=0.00709482;RO=166;SAF=22;SAR=14;SRF=84;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136414;STB=0.573872;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0143739;OID=.;OPOS=75787240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:166:172:36:36:0.173077:14:22:84:82:14:22:90:82 chr3 75787279 . A T 32.13 PASS AF=0.0818182;AO=10;DP=108;FAO=9;FDP=110;FR=.;FRO=101;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=69;FWDB=-0.0386213;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1188;QD=1.16844;RBI=0.0431191;REFB=-0.00902239;REVB=-0.0191741;RO=97;SAF=1;SAR=9;SRF=32;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353916;STB=0.773452;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0462629;OID=.;OPOS=75787279;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:108:110:97:101:10:9:0.0818182:9:1:32:65:8:1:32:69 chr3 75787351 . CTG AAA,TAA 31.1 PASS AF=0.0491803,0.0655738;AO=3,4;DP=64;FAO=3,4;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=1,1;FSAR=2,3;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=-0.0349287,-0.0256839;FXX=0.0468677;HRUN=4,4;LEN=3,3;MLLD=216.348,120.775;QD=2.03965;RBI=0.0351675,0.0329314;REFB=0.000239761,0.0060495;REVB=0.00409122,0.0206109;RO=52;SAF=1,1;SAR=2,3;SRF=12;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119831,0.0268818;STB=0.605008,0.511571;STBP=0.822,0.981;TYPE=mnp,mnp;VARB=1.19999e-05,-0.0544054;OID=.,.;OPOS=75787351,75787351;OREF=CTG,CTG;OALT=AAA,TAA;OMAPALT=AAA,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:64:61:52:54:3,4:3,4:0.0491803,0.0655738:2,3:1,1:12:40:2,3:1,1:13:41 chr3 75787372 . A T 80.94 PASS AF=0.189189;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0142662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.532;QD=4.37489;RBI=0.0180116;REFB=-0.0190629;REVB=-0.0109952;RO=60;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565486;STB=0.53643;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0440052;OID=.;OPOS=75787372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:74:74:60:60:14:14:0.189189:9:5:19:41:9:5:19:41 chr3 75787382 . T C 679.78 PASS AF=0.785714;AO=55;DP=71;FAO=55;FDP=70;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0179411;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.676;QD=38.8445;RBI=0.0180136;REFB=-0.0271248;REVB=0.00161443;RO=15;SAF=18;SAR=37;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617229;STB=0.533129;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0158125;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:71:70:15:15:55:55:0.785714:37:18:7:8:37:18:7:8 chr3 75787405 . C T 110.84 PASS AF=0.18018;AO=20;DP=112;FAO=20;FDP=111;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.0105542;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.832;QD=3.99404;RBI=0.0312468;REFB=-0.00916708;REVB=-0.0294104;RO=91;SAF=10;SAR=10;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104953;STB=0.567501;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0369204;OID=.;OPOS=75787405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:91:91:20:20:0.18018:10:10:38:53:10:10:38:53 chr3 75787416 . C T 159.75 PASS AF=0.19708;AO=27;DP=139;FAO=27;FDP=137;FR=.;FRO=110;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=69;FWDB=-0.00385781;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9847;QD=4.6643;RBI=0.146344;REFB=-0.015997;REVB=-0.146293;RO=110;SAF=13;SAR=14;SRF=41;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14069;STB=0.587948;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0324205;OID=.;OPOS=75787416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:110:110:27:27:0.19708:14:13:41:69:14:13:41:69 chr3 75787424 . C G 294.13 PASS AF=0.275168;AO=39;DP=147;FAO=41;FDP=149;FR=.;FRO=108;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=0.0043009;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.585;QD=7.896;RBI=0.00586354;REFB=-0.00445934;REVB=0.00398539;RO=108;SAF=21;SAR=18;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205863;STB=0.602299;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.015122;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:108:108:39:41:0.275168:18:21:40:68:20:21:40:68 chr3 75787427 . T C 203.78 PASS AF=0.217105;AO=33;DP=141;FAO=33;FDP=152;FR=.;FRO=119;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=75;FWDB=-0.0117203;FXX=0.0129862;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.275;QD=5.36274;RBI=0.0131859;REFB=0.00113786;REVB=-0.00604171;RO=106;SAF=18;SAR=15;SRF=41;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197545;STB=0.635216;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00353576;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:152:106:119:33:33:0.217105:15:18:41:65:15:18:44:75 chr3 75787458 . G A 82.7 PASS AF=0.106796;AO=22;DP=206;FAO=22;FDP=206;FR=.;FRO=184;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=65;FSRR=119;FWDB=-0.0176934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.244;QD=1.60587;RBI=0.0191765;REFB=-0.003536;REVB=0.00739463;RO=184;SAF=12;SAR=10;SRF=65;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235757;STB=0.667678;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0314944;OID=.;OPOS=75787458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:206:206:184:184:22:22:0.106796:10:12:65:119:10:12:65:119 chr3 75787464 . C T 414.26 PASS AF=0.276995;AO=59;DP=213;FAO=59;FDP=213;FR=.;FRO=154;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=101;FWDB=-0.0238409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2009;QD=7.77961;RBI=0.0497348;REFB=0.0038223;REVB=0.0436481;RO=152;SAF=25;SAR=34;SRF=51;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113463;STB=0.55996;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0104395;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:152:154:59:59:0.276995:34:25:51:101:34:25:53:101 chr3 75787486 . C T 568.27 PASS AF=0.324561;AO=65;DP=220;FAO=74;FDP=228;FR=.;FRO=154;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=63;FSRR=91;FWDB=0.00222254;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.316;QD=9.96973;RBI=0.0118345;REFB=-0.00806275;REVB=0.0116239;RO=153;SAF=31;SAR=34;SRF=63;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791471;STB=0.516125;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0165145;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:228:153:154:65:74:0.324561:34:31:63:90:42:32:63:91 chr3 75787511 . C A 36.34 PASS AF=0.0542986;AO=12;DP=225;FAO=12;FDP=221;FR=.,HEALED;FRO=205;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=93;FSRR=112;FWDB=0.0105285;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.936;QD=0.657802;RBI=0.0117711;REFB=0.000425126;REVB=-0.00526408;RO=177;SAF=6;SAR=6;SRF=73;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930338;STB=0.543707;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00834486;OID=.;OPOS=75787511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:225:221:177:205:12:12:0.0542986:6:6:73:104:6:6:93:112 chr3 75787516 . C G 543.3 PASS AF=0.311404;AO=71;DP=226;FAO=71;FDP=228;FR=.;FRO=157;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=76;FSRR=81;FWDB=0.000128896;FXX=0.00869527;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.085;QD=9.5316;RBI=0.00985699;REFB=-0.00635509;REVB=-0.00985614;RO=154;SAF=32;SAR=39;SRF=76;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508872;STB=0.523093;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0151887;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:228:154:157:71:71:0.311404:39:32:76:78:39:32:76:81 chr3 75787519 . CT AG,CG 700.84 PASS AF=0.312775,0.0704846;AO=71,16;DP=229;FAO=71,16;FDP=227;FR=.;FRO=140;FSAF=32,6;FSAR=39,10;FSRF=71;FSRR=69;FWDB=0.0109426,-0.00378883;FXX=0.00873324;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=114.399,157.158;QD=12.3496;RBI=0.0267328,0.00752165;REFB=0.0102414,0.00430248;REVB=0.0243906,-0.00649769;RO=137;SAF=32,6;SAR=39,10;SRF=70;SRR=67;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.069447,-0.164054;STB=0.537525,0.618822;STBP=0.465,0.324;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0049299,0.00208126;OID=.,.;OPOS=75787519,75787520;OREF=CT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:227:137:140:71,16:71,16:0.312775,0.0704846:39,10:32,6:70:67:39,10:32,6:71:69 chr3 75787576 . A G 112.35 PASS AF=0.120172;AO=27;DP=232;FAO=28;FDP=233;FR=.;FRO=205;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=103;FSRR=102;FWDB=0.0093295;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.261;QD=1.92876;RBI=0.0128352;REFB=-0.00425985;REVB=0.00881488;RO=202;SAF=12;SAR=15;SRF=101;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692967;STB=0.533555;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0164215;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:233:202:205:27:28:0.120172:15:12:101:101:15:13:103:102 chr3 75787583 . AC GA 132.73 PASS AF=0.138393;AO=28;DP=222;FAO=31;FDP=224;FR=.;FRO=193;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=98;FSRR=95;FWDB=0.0184187;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.129;QD=2.37023;RBI=0.0217673;REFB=-0.0101957;REVB=-0.0116002;RO=190;SAF=15;SAR=13;SRF=98;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025167;STB=0.520574;STBP=0.823;TYPE=mnp;VARB=0.0557039;OID=.;OPOS=75787583;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:190:193:28:31:0.138393:13:15:98:92:16:15:98:95 chr3 75787620 . T C 219.04 PASS AF=0.186047;AO=40;DP=215;FAO=40;FDP=215;FR=.;FRO=175;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=82;FSRR=93;FWDB=0.0161329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2905;QD=4.07513;RBI=0.0245854;REFB=0.000997833;REVB=0.0185519;RO=175;SAF=19;SAR=21;SRF=82;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00830026;STB=0.505246;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00247871;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:175:175:40:40:0.186047:21:19:82:93:21:19:82:93 chr3 75787637 . C T 612.9 PASS AF=0.365482;AO=70;DP=194;FAO=72;FDP=197;FR=.;FRO=125;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=65;FSRR=60;FWDB=-0.00549537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.601;QD=12.4447;RBI=0.0209557;REFB=-0.0191665;REVB=-0.0202223;RO=121;SAF=30;SAR=40;SRF=61;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848212;STB=0.556939;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0387355;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:197:121:125:70:72:0.365482:40:30:61:60:41:31:65:60 chr3 75787645 . GAAAAGT GAAAATG,GAAGT 514.01 PASS AF=0,0.380952;AO=8,41;DP=177;FAO=0,64;FDP=168;FR=.;FRO=104;FSAF=0,31;FSAR=0,33;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.0175939,-0.0852066;FXX=0.0399977;HRUN=1,4;LEN=2,2;MLLD=156.257,34.95;QD=12.2384;RBI=0.043829,0.08565;REFB=0.0030846,0.0272367;REVB=-0.0401426,-0.00870415;RO=75;SAF=0,25;SAR=8,16;SRF=44;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.650116,0.0271063;STB=0.5,0.509673;STBP=1,0.849;TYPE=mnp,del;VARB=0.178408,-0.042271;OID=.,.;OPOS=75787650,75787646;OREF=GT,AA;OALT=TG,-;OMAPALT=GAAAATG,GAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.380952:8,41:177:0,64:168:104:0,31:0,33:52:52:99:75:0,25:8,16:44:31 chr3 75787679 . T C 571.26 PASS AF=0.354167;AO=68;DP=189;FAO=68;FDP=192;FR=.;FRO=124;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=0.00144447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.039;QD=11.9012;RBI=0.0130033;REFB=-0.00506007;REVB=-0.0129228;RO=118;SAF=31;SAR=37;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114854;STB=0.50278;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00926006;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:192:118:124:68:68:0.354167:37:31:55:63:37:31:56:68 chr3 75787688 . T A 595.51 PASS AF=0.360825;AO=61;DP=195;FAO=70;FDP=194;FR=.;FRO=124;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=-0.0169538;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5331;QD=12.2785;RBI=0.0602517;REFB=-0.015239;REVB=0.0578173;RO=103;SAF=29;SAR=32;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536746;STB=0.508764;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0193027;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:103:124:61:70:0.360825:32:29:44:59:38:32:55:69 chr3 75787702 . C G 1124.11 PASS AF=0.506726;AO=113;DP=223;FAO=113;FDP=223;FR=.;FRO=110;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=-0.0207838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8681;QD=20.1635;RBI=0.0405751;REFB=-0.0282391;REVB=-0.0348478;RO=109;SAF=58;SAR=55;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098017;STB=0.551278;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0241983;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:109:110:113:113:0.506726:55:58:44:65:55:58:45:65 chr3 75787726 . G A 2771.11 PASS AF=0.858369;AO=200;DP=233;FAO=200;FDP=233;FR=.;FRO=33;FSAF=92;FSAR=108;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0123434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.967;QD=47.5727;RBI=0.0150821;REFB=-0.004491;REVB=-0.00866651;RO=33;SAF=92;SAR=108;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00147125;STB=0.500778;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00347351;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:33:33:200:200:0.858369:108:92:15:18:108:92:15:18 chr3 75787728 . C T 125.19 PASS AF=0.126582;AO=30;DP=238;FAO=30;FDP=237;FR=.;FRO=207;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=93;FSRR=114;FWDB=-0.00362301;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2129;QD=2.11296;RBI=0.0337241;REFB=-0.0186607;REVB=-0.0335289;RO=207;SAF=14;SAR=16;SRF=93;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220732;STB=0.515279;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.011031;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:207:207:30:30:0.126582:16:14:93:114:16:14:93:114 chr3 75787732 . A C 154.54 PASS AF=0.139918;AO=34;DP=244;FAO=34;FDP=243;FR=.;FRO=209;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=93;FSRR=116;FWDB=0.0178045;FXX=0.00409819;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102;QD=2.54392;RBI=0.0245775;REFB=-0.000237346;REVB=-0.0169427;RO=207;SAF=17;SAR=17;SRF=93;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648491;STB=0.547298;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00135168;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:207:209:34:34:0.139918:17:17:93:114:17:17:93:116 chr3 75787739 . A T 3738.58 PASS AF=0.987654;AO=202;DP=245;FAO=240;FDP=243;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=105;FSAR=135;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0137884;FXX=0.00816293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.806;QD=61.5405;RBI=0.0363771;REFB=-0.0813102;REVB=0.0336626;RO=3;SAF=101;SAR=101;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013935;STB=0.504717;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000759222;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:245:243:3:2:202:240:0.987654:101:101:3:0:135:105:2:0 chr3 75787770 . C T 411.88 PASS AF=0.219269;AO=65;DP=301;FAO=66;FDP=301;FR=.;FRO=235;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=117;FSRR=118;FWDB=-0.0153131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.209;QD=5.47346;RBI=0.0169196;REFB=-0.00943698;REVB=-0.007196;RO=234;SAF=29;SAR=36;SRF=116;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636894;STB=0.545808;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0327534;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:234:235:65:66:0.219269:36:29:116:118:37:29:117:118 chr3 75787794 . A G 1616.67 PASS AF=0.490909;AO=162;DP=331;FAO=162;FDP=330;FR=.;FRO=168;FSAF=85;FSAR=77;FSRF=85;FSRR=83;FWDB=-0.0063034;FXX=0.00302106;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.318;QD=19.596;RBI=0.0143553;REFB=-0.01963;REVB=0.0128973;RO=168;SAF=85;SAR=77;SRF=85;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174072;STB=0.509553;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0213716;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:330:168:168:162:162:0.490909:77:85:85:83:77:85:85:83 chr3 75787809 . T C 343.12 PASS AF=0.180282;AO=63;DP=354;FAO=64;FDP=355;FR=.;FRO=291;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=140;FSRR=151;FWDB=-0.00677603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.284;QD=3.86616;RBI=0.00679738;REFB=-0.00746498;REVB=0.000538416;RO=289;SAF=36;SAR=27;SRF=140;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112751;STB=0.579474;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0232766;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:355:289:291:63:64:0.180282:27:36:140:149:27:37:140:151 chr3 75787812 . C CT 41.81 PASS AF=0.103064;AO=37;DP=364;FAO=37;FDP=359;FR=.;FRO=322;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=164;FSRR=158;FWDB=-0.00111658;FXX=0.011019;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.2563;QD=0.465867;RBI=0.119697;REFB=0.00192688;REVB=0.119692;RO=322;SAF=19;SAR=18;SRF=166;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247175;STB=0.528048;STBP=0.704;TYPE=ins;VARB=-0.0108458;OID=.;OPOS=75787813;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.103064:37:364:37:359:322:20:17:164:158:41:322:19:18:166:156 chr3 75787829 . C G 335.87 PASS AF=0.173333;AO=65;DP=375;FAO=65;FDP=375;FR=.;FRO=310;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=155;FSRR=155;FWDB=-0.0168199;FXX=0.0053049;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.105;QD=3.58263;RBI=0.0182919;REFB=-0.00314003;REVB=-0.00718902;RO=308;SAF=32;SAR=33;SRF=154;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997582;STB=0.506357;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0215523;OID=.;OPOS=75787829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:375:308:310:65:65:0.173333:33:32:154:154:33:32:155:155 chr3 75787840 . C A 120.49 PASS AF=0.0994624;AO=37;DP=372;FAO=37;FDP=372;FR=.;FRO=335;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=164;FSRR=171;FWDB=0.00259089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.139;QD=1.29554;RBI=0.0144395;REFB=-0.000794024;REVB=0.0142052;RO=333;SAF=18;SAR=19;SRF=163;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00366226;STB=0.502761;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00752517;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:372:333:335:37:37:0.0994624:19:18:163:170:19:18:164:171 chr3 75787863 . AT TA 111.44 PASS AF=0.0985507;AO=34;DP=346;FAO=34;FDP=345;FR=.;FRO=311;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=143;FSRR=168;FWDB=-0.00492972;FXX=0.00576352;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.782;QD=1.29207;RBI=0.0103332;REFB=-0.00221635;REVB=-0.00908149;RO=310;SAF=15;SAR=19;SRF=143;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246394;STB=0.516952;STBP=0.831;TYPE=mnp;VARB=0.0203981;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:345:310:311:34:34:0.0985507:19:15:143:167:19:15:143:168 chr3 75787869 . CA TG 1609.7 PASS AF=0.490854;AO=161;DP=332;FAO=161;FDP=328;FR=.;FRO=167;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=76;FSRR=91;FWDB=-0.00992035;FXX=0.0150146;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.879;QD=19.6305;RBI=0.0270309;REFB=-0.00419219;REVB=-0.0251447;RO=166;SAF=75;SAR=86;SRF=75;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130561;STB=0.505502;STBP=0.83;TYPE=mnp;VARB=0.00350663;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:328:166:167:161:161:0.490854:86:75:75:91:86:75:76:91 chr3 75787876 . G T 1646.64 PASS AF=0.493976;AO=164;DP=332;FAO=164;FDP=332;FR=.;FRO=168;FSAF=78;FSAR=86;FSRF=75;FSRR=93;FWDB=0.00225919;FXX=0.00598784;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.275;QD=19.8391;RBI=0.0196522;REFB=-0.0161856;REVB=-0.019522;RO=167;SAF=78;SAR=86;SRF=75;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244831;STB=0.514821;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0191395;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:167:168:164:164:0.493976:86:78:75:92:86:78:75:93 chr3 75787880 . A G 1074.37 PASS AF=0.375375;AO=125;DP=333;FAO=125;FDP=333;FR=.;FRO=208;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=96;FSRR=112;FWDB=-0.016103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.201;QD=12.9054;RBI=0.0313367;REFB=0.000959769;REVB=-0.0268828;RO=206;SAF=60;SAR=65;SRF=95;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.511559;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00255292;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:206:208:125:125:0.375375:65:60:95:111:65:60:96:112 chr3 75787918 . C T 168.34 PASS AF=0.139194;AO=38;DP=273;FAO=38;FDP=273;FR=.;FRO=235;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=119;FSRR=116;FWDB=-0.0243689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.02;QD=2.46649;RBI=0.0354417;REFB=-0.00104619;REVB=-0.0257346;RO=233;SAF=17;SAR=21;SRF=119;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809368;STB=0.550793;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00813755;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:233:235:38:38:0.139194:21:17:119:114:21:17:119:116 chr3 75787926 . T C 160.14 PASS AF=0.141176;AO=36;DP=255;FAO=36;FDP=255;FR=.;FRO=219;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=110;FSRR=109;FWDB=-0.00769183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.796;QD=2.51192;RBI=0.00843875;REFB=-0.00237372;REVB=-0.00347104;RO=216;SAF=17;SAR=19;SRF=108;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355231;STB=0.525808;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0840473;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:216:219:36:36:0.141176:19:17:108:108:19:17:110:109 chr3 75787927 . A G 719.98 PASS AF=0.349398;AO=84;DP=246;FAO=87;FDP=249;FR=.;FRO=162;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=81;FSRR=81;FWDB=-0.00234375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.075;QD=11.5659;RBI=0.00356153;REFB=-0.0083251;REVB=-0.00268167;RO=157;SAF=41;SAR=43;SRF=79;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172446;STB=0.503738;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0172197;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:249:157:162:84:87:0.349398:43:41:79:78:44:43:81:81 chr3 75787949 . C T 910.01 PASS AF=0.476684;AO=87;DP=189;FAO=92;FDP=193;FR=.;FRO=101;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0128835;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.762;QD=18.8603;RBI=0.0129255;REFB=-0.0314535;REVB=0.00104225;RO=102;SAF=41;SAR=46;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280294;STB=0.508794;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0356831;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:193:102:101:87:92:0.476684:46:41:51:51:48:44:50:51 chr3 75787962 . G C 368.21 PASS AF=0.301205;AO=50;DP=166;FAO=50;FDP=166;FR=.;FRO=116;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=-0.00307049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9578;QD=8.87244;RBI=0.0233518;REFB=-0.00499995;REVB=-0.023149;RO=116;SAF=27;SAR=23;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479762;STB=0.527995;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0295851;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:116:116:50:50:0.301205:23:27:58:58:23:27:58:58 chr3 75787996 . C T 155.11 PASS AF=0.223214;AO=25;DP=112;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0132952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6732;QD=5.53976;RBI=0.0337349;REFB=0.00301763;REVB=0.0310045;RO=86;SAF=14;SAR=11;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118818;STB=0.577463;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00765328;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:86:87:25:25:0.223214:11:14:40:46:11:14:40:47 chr3 75788010 . A C 1580.09 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.185;QD=63.8422;RBI=0.0427664;REFB=0;REVB=0.00683664;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20332e-05;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:97:99:1:50:47:0:0:50:49:0:0 chr3 75788023 . C T 73.0 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.0444965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3535;QD=3.13986;RBI=0.0737569;REFB=0.000596081;REVB=-0.058823;RO=79;SAF=7;SAR=7;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237284;STB=0.516106;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00459383;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:93:93:79:79:14:14:0.150538:7:7:38:41:7:7:38:41 chr3 75788040 . G A 59.77 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0179389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.139;QD=2.81287;RBI=0.018919;REFB=-0.00169797;REVB=0.00601031;RO=73;SAF=6;SAR=6;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423785;STB=0.529363;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.011677;OID=.;OPOS=75788040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:73:73:12:12:0.141176:6:6:34:39:6:6:34:39 chr3 75788076 . A C 192.21 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0417672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9778;QD=9.85707;RBI=0.0771788;REFB=0.00279075;REVB=0.0649004;RO=52;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893698;STB=0.545511;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00328879;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:53:25:25:0.320513:12:13:23:29:12:13:24:29 chr3 75788088 . C T 112.95 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0629717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1645;QD=5.44349;RBI=0.0962365;REFB=-0.00777791;REVB=-0.0727738;RO=65;SAF=8;SAR=10;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599647;STB=0.537592;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0251563;OID=.;OPOS=75788088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:65:65:18:18:0.216867:10:8:32:33:10:8:32:33 chr3 75788115 . G A 213.51 PASS AF=0.284314;AO=28;DP=101;FAO=29;FDP=102;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00391982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3959;QD=8.37304;RBI=0.0184259;REFB=-0.00357432;REVB=0.0180042;RO=73;SAF=12;SAR=16;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17652;STB=0.61438;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0102482;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:73:73:28:29:0.284314:16:12:42:31:17:12:42:31 chr3 75788152 . T G 255.94 PASS AF=0.299145;AO=35;DP=118;FAO=35;FDP=117;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=0.0186909;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.226;QD=8.74993;RBI=0.024271;REFB=0.00643227;REVB=0.0154833;RO=82;SAF=12;SAR=23;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300444;STB=0.676045;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00874069;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:82:82:35:35:0.299145:23:12:49:33:23:12:49:33 chr3 75788156 . C T 51.12 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=124;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=49;FWDB=-0.0181717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.757;QD=1.64916;RBI=0.0415391;REFB=-0.00397019;REVB=-0.0373535;RO=111;SAF=4;SAR=9;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295682;STB=0.718801;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0173882;OID=.;OPOS=75788156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:124:124:111:111:13:13:0.104839:9:4:62:49:9:4:62:49 chr3 75788158 . G C 318.59 PASS AF=0.322835;AO=41;DP=128;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.00295649;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.644;QD=10.0343;RBI=0.0159651;REFB=-0.00201995;REVB=-0.015689;RO=87;SAF=22;SAR=19;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922613;STB=0.501158;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00785019;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:87:86:41:41:0.322835:19:22:46:41:19:22:46:40 chr3 75788165 . T C 67.75 PASS AF=0.119403;AO=16;DP=134;FAO=16;FDP=134;FR=.;FRO=118;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=50;FWDB=-0.00209254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.194;QD=2.02236;RBI=0.00536711;REFB=-0.00113923;REVB=-0.00494238;RO=118;SAF=7;SAR=9;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169675;STB=0.620258;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00857821;OID=.;OPOS=75788165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:134:134:118:118:16:16:0.119403:9:7:68:50:9:7:68:50 chr3 75788217 . G A 57.53 PASS AF=0.097561;AO=16;DP=164;FAO=16;FDP=164;FR=.;FRO=148;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=80;FSRR=68;FWDB=0.0179588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.191;QD=1.40326;RBI=0.0179653;REFB=-0.000710725;REVB=-0.000484721;RO=144;SAF=9;SAR=7;SRF=78;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251541;STB=0.520006;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00434426;OID=.;OPOS=75788217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:164:164:144:148:16:16:0.097561:7:9:78:66:7:9:80:68 chr3 75788226 . CA GG 274.73 PASS AF=0.25;AO=41;DP=167;FAO=42;FDP=168;FR=.;FRO=126;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=73;FSRR=53;FWDB=-0.0166661;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=281.003;QD=6.54116;RBI=0.0167668;REFB=-0.00662871;REVB=-0.00183528;RO=126;SAF=17;SAR=24;SRF=73;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204231;STB=0.611713;STBP=0.122;TYPE=mnp;VARB=0.0204072;OID=.;OPOS=75788226;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:126:126:41:42:0.25:24:17:73:53:24:18:73:53 chr3 75788245 . C T 263.29 PASS AF=0.253247;AO=39;DP=154;FAO=39;FDP=154;FR=.;FRO=115;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=68;FSRR=47;FWDB=-0.0251488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.005;QD=6.8386;RBI=0.0287925;REFB=-0.00976789;REVB=0.0140195;RO=114;SAF=17;SAR=22;SRF=68;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197611;STB=0.614468;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0126695;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:114:115:39:39:0.253247:22:17:68:46:22:17:68:47 chr3 75788258 . C A 246.27 PASS AF=0.241611;AO=36;DP=149;FAO=36;FDP=149;FR=.;FRO=113;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=0.00566627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.687;QD=6.61137;RBI=0.0127444;REFB=-0.00504512;REVB=-0.0114154;RO=113;SAF=16;SAR=20;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162736;STB=0.598174;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.01672;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:113:113:36:36:0.241611:20:16:65:48:20:16:65:48 chr3 75788281 . T C 184.24 PASS AF=0.230159;AO=29;DP=126;FAO=29;FDP=126;FR=.;FRO=97;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.0136775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.088;QD=5.84896;RBI=0.013681;REFB=0.000298724;REVB=0.000312388;RO=97;SAF=14;SAR=15;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540003;STB=0.533055;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00123331;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:97:97:29:29:0.230159:15:14:51:46:15:14:51:46 chr3 75788292 . T A 152.42 PASS AF=0.217391;AO=25;DP=115;FAO=25;FDP=115;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.0175962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.352;QD=5.30151;RBI=0.040211;REFB=0.000893033;REVB=-0.0361566;RO=90;SAF=13;SAR=12;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280634;STB=0.501741;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.0016802;OID=.;OPOS=75788292;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:90:90:25:25:0.217391:12:13:47:43:12:13:47:43 chr3 75788303 . C T 38.76 PASS AF=0.0934579;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.0272836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.8437;QD=1.44898;RBI=0.0556832;REFB=-0.00710706;REVB=-0.0485409;RO=96;SAF=8;SAR=2;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37455;STB=0.790284;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.015868;OID=.;OPOS=75788303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:106:107:96:97:10:10:0.0934579:2:8:46:50:2:8:47:50 chr3 75788314 . T C 96.26 PASS AF=0.168317;AO=17;DP=101;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0248914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.654;QD=3.81242;RBI=0.031024;REFB=-0.00123686;REVB=-0.0185178;RO=84;SAF=10;SAR=7;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141241;STB=0.592914;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00818354;OID=.;OPOS=75788314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:101:101:84:84:17:17:0.168317:7:10:40:44:7:10:40:44 chr3 75790427 . C T 32.09 PASS AF=0.078125;AO=10;DP=128;FAO=10;FDP=128;FR=.;FRO=118;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.0149067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4819;QD=1.00286;RBI=0.0831965;REFB=0.00115458;REVB=-0.0818502;RO=117;SAF=2;SAR=8;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335585;STB=0.783983;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0168473;OID=.;OPOS=75790427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:128:128:117:118:10:10:0.078125:8:2:58:59:8:2:59:59 chr3 75790444 . G A 1303.23 PASS AF=0.741007;AO=102;DP=139;FAO=103;FDP=139;FR=.;FRO=36;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0134869;FXX=0.0211253;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.73;QD=37.5031;RBI=0.0152405;REFB=-0.0334062;REVB=-0.00709768;RO=36;SAF=55;SAR=47;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11364;STB=0.56147;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00667927;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:36:36:102:103:0.741007:47:55:11:25:47:56:11:25 chr3 75790446 . GG TA 120.82 PASS AF=0.163121;AO=23;DP=143;FAO=23;FDP=141;FR=.;FRO=118;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=-0.0256884;FXX=0.013985;HRUN=4;LEN=2;MLLD=282.793;QD=3.42759;RBI=0.0259303;REFB=-0.00558889;REVB=-0.00353324;RO=118;SAF=9;SAR=14;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1393;STB=0.591592;STBP=0.344;TYPE=mnp;VARB=0.0226042;OID=.;OPOS=75790446;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:118:118:23:23:0.163121:14:9:59:59:14:9:59:59 chr3 75790448 . T C 39.28 PASS AF=0.0833333;AO=12;DP=143;FAO=12;FDP=144;FR=.;FRO=132;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=66;FSRR=66;FWDB=-0.021303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.659;QD=1.09106;RBI=0.0214532;REFB=-0.000602807;REVB=-0.00253381;RO=130;SAF=2;SAR=10;SRF=64;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383209;STB=0.816761;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00456504;OID=.;OPOS=75790448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:143:144:130:132:12:12:0.0833333:10:2:64:66:10:2:66:66 chr3 75790466 . G T 148.98 PASS AF=0.173913;AO=26;DP=159;FAO=28;FDP=161;FR=.;FRO=133;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=-0.0188676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.999;QD=3.70135;RBI=0.020691;REFB=-0.00518133;REVB=-0.00849299;RO=133;SAF=13;SAR=13;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240217;STB=0.544939;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0347948;OID=.;OPOS=75790466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:133:133:26:28:0.173913:13:13:64:69:13:15:64:69 chr3 75790472 . C T 57.89 PASS AF=0.0981595;AO=16;DP=164;FAO=16;FDP=163;FR=.;FRO=147;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=71;FSRR=76;FWDB=-0.0319274;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.211;QD=1.42067;RBI=0.0344311;REFB=-0.00264227;REVB=-0.0128896;RO=148;SAF=11;SAR=5;SRF=71;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247199;STB=0.684627;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0262846;OID=.;OPOS=75790472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:164:163:148:147:16:16:0.0981595:5:11:71:77:5:11:71:76 chr3 75790513 . T C 2305.56 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011527;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.96;QD=61.0744;RBI=0.0147691;REFB=0;REVB=0.00923332;RO=0;SAF=79;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5055e-06;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:72:79:0:0:72:79:0:0 chr3 75790516 . T A 62.53 PASS AF=0.106667;AO=16;DP=151;FAO=16;FDP=150;FR=.;FRO=134;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=60;FWDB=-0.00485314;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.878;QD=1.66738;RBI=0.00752253;REFB=-0.000446472;REVB=-0.00574765;RO=135;SAF=5;SAR=11;SRF=75;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289607;STB=0.709711;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00677156;OID=.;OPOS=75790516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:151:150:135:134:16:16:0.106667:11:5:75:60:11:5:74:60 chr3 75790822 . A G 823.76 PASS AF=0.873239;AO=61;DP=70;FAO=62;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0226896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.946;QD=46.4088;RBI=0.0243571;REFB=-0.0608244;REVB=0.00885739;RO=8;SAF=34;SAR=27;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707711;STB=0.543927;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00720212;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:70:71:8:9:61:62:0.873239:27:34:7:1:28:34:8:1 chr3 75986663 . C A 3077.99 PASS AF=0.452646;AO=277;DP=674;FAO=325;FDP=718;FR=.;FRO=393;FSAF=119;FSAR=206;FSRF=171;FSRR=222;FWDB=0.0190357;FXX=0.00416083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.636;QD=17.1476;RBI=0.0516747;REFB=-0.0269828;REVB=0.0480408;RO=391;SAF=107;SAR=170;SRF=169;SRR=222;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502796;STB=0.539791;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0252237;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:674:718:391:393:277:325:0.452646:170:107:169:222:206:119:171:222 chr3 75986686 . A G 3221.57 PASS AF=0.441441;AO=339;DP=774;FAO=343;FDP=777;FR=.;FRO=434;FSAF=122;FSAR=221;FSRF=184;FSRR=250;FWDB=0.00418951;FXX=0.00128533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5682;QD=16.5847;RBI=0.07517;REFB=-0.0199458;REVB=-0.0750532;RO=430;SAF=120;SAR=219;SRF=184;SRR=246;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07951;STB=0.540625;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0241539;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:774:777:430:434:339:343:0.441441:219:120:184:246:221:122:184:250 chr3 75986695 . G A 31.35 PASS AF=0.0433705;AO=35;DP=796;FAO=35;FDP=807;FR=.;FRO=772;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=294;FSRR=478;FWDB=-0.0109085;FXX=0.00123761;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.332;QD=0.155409;RBI=0.0217609;REFB=-0.000695591;REVB=-0.0188293;RO=760;SAF=12;SAR=23;SRF=290;SRR=470;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385682;STB=0.539288;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0208963;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:796:807:760:772:35:35:0.0433705:23:12:290:470:23:12:294:478 chr3 75986717 . G A 481.02 PASS AF=0.141582;AO=110;DP=785;FAO=111;FDP=784;FR=.;FRO=673;FSAF=38;FSAR=73;FSRF=255;FSRR=418;FWDB=0.00591971;FXX=0.00127387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.828;QD=2.45419;RBI=0.00899238;REFB=-0.00752263;REVB=-0.00676904;RO=667;SAF=38;SAR=72;SRF=253;SRR=414;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472449;STB=0.534091;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0438561;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:785:784:667:673:110:111:0.141582:72:38:253:414:73:38:255:418 chr3 75986719 . G C 2849.19 PASS AF=0.414021;AO=312;DP=760;FAO=313;FDP=756;FR=.;FRO=443;FSAF=113;FSAR=200;FSRF=170;FSRR=273;FWDB=0.00884732;FXX=0.0295247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7937;QD=15.0751;RBI=0.0368789;REFB=-0.00670345;REVB=0.035802;RO=402;SAF=111;SAR=201;SRF=155;SRR=247;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327027;STB=0.514315;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0100332;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:760:756:402:443:312:313:0.414021:201:111:155:247:200:113:170:273 chr3 77860987 . A G 350.87 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0356181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7541;QD=20.6392;RBI=0.0360813;REFB=-0.00304721;REVB=0.00576309;RO=32;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149092;STB=0.582723;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00223777;OID=.;OPOS=77860987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:23:13:17:15:23:13:17:15 chr3 78700901 . G T 992.13 PASS AF=0.460177;AO=104;DP=225;FAO=104;FDP=226;FR=.;FRO=122;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=57;FSRR=65;FWDB=-0.0083283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.378;QD=17.5599;RBI=0.0206166;REFB=-0.0193643;REVB=-0.0188596;RO=121;SAF=48;SAR=56;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00931875;STB=0.503079;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0248556;OID=.;OPOS=78700901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:121:122:104:104:0.460177:56:48:57:64:56:48:57:65 chr3 78717343 . C T 428.94 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0373202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.623;QD=15.741;RBI=0.037686;REFB=-0.013597;REVB=-0.00523818;RO=60;SAF=21;SAR=27;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459085;STB=0.530623;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.017059;OID=.;OPOS=78717343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:61:48:48:0.440367:27:21:29:31:27:21:30:31 chr3 80677187 . T C 1671.88 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569218;FXX=0.0350846;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.849;QD=60.7956;RBI=0.0153668;REFB=0;REVB=-0.0142737;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910105;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:59:51:0:0:59:51:0:0 chr3 81643167 . T C 1542.63 PASS AF=0.916667;AO=109;DP=120;FAO=110;FDP=120;FR=.;FRO=10;FSAF=41;FSAR=69;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00501334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.229;QD=51.4209;RBI=0.0102875;REFB=-0.00679004;REVB=0.00898325;RO=11;SAF=40;SAR=69;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982515;STB=0.545878;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000130636;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:120:11:10:109:110:0.916667:69:40:10:1:69:41:9:1 chr3 81698130 . T C 334.48 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0112546;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.484;QD=12.0534;RBI=0.0130324;REFB=-0.00981626;REVB=0.00657082;RO=69;SAF=18;SAR=23;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209656;STB=0.506699;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0185043;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:69:70:41:41:0.369369:23:18:29:40:23:18:30:40 chr3 81792730 . G A 660.87 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=142;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0419522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3327;QD=18.616;RBI=0.044151;REFB=0.0369316;REVB=-0.0137595;RO=74;SAF=21;SAR=46;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13709;STB=0.58065;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0406333;OID=.;OPOS=81792730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:74:75:67:67:0.471831:46:21:33:41:46:21:34:41 chr3 81810702 . A AG 2000.48 PASS AF=1;AO=168;DP=211;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.2742;QD=43.021;RBI=0.200049;REFB=0;REVB=0.147319;RO=43;SAF=74;SAR=94;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455356;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00184578;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:168:211:186:186:0:77:109:0:0:36:43:74:94:24:19 chr3 81810725 . C T 679.16 PASS AF=0.49635;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0280649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5321;QD=19.8295;RBI=0.0285296;REFB=-0.0235057;REVB=-0.00512836;RO=68;SAF=35;SAR=33;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119794;STB=0.56196;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.023523;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:69:68:68:0.49635:33:35:26:42:33:35:27:42 chr3 86411485 . A G 1283.92 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.931;QD=61.8757;RBI=0.0219931;REFB=0;REVB=0.00547578;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48454e-05;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:40:42:0:0:40:43:0:0 chr3 86995839 . T TC 762.89 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037407;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.1903;QD=46.2359;RBI=0.0842627;REFB=0;REVB=0.0755044;RO=2;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000894695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00264138;OID=.;OPOS=86995840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:67:66:66:0:33:33:0:0:14:2:31:33:1:1 chr3 87295049 . T C 1541.88 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278435;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.642;QD=59.8787;RBI=0.0288654;REFB=0;REVB=0.00761268;RO=0;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29122e-05;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:60:43:0:0:60:43:0:0 chr3 87304561 . G A 526.52 PASS AF=0.39726;AO=58;DP=146;FAO=58;FDP=146;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0026225;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.619;QD=14.4252;RBI=0.00603376;REFB=-0.00862042;REVB=-0.00543404;RO=85;SAF=32;SAR=26;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134759;STB=0.571941;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0160665;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:85:88:58:58:0.39726:26:32:36:49:26:32:38:50 chr3 87791778 . C T 1659.58 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0473;QD=60.3485;RBI=0.0525457;REFB=0;REVB=-0.0517325;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190309;OID=.;OPOS=87791778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:57:53:0:0:57:53:0:0 chr3 88042501 . GTT G,GT 250.56 PASS AF=0,1;AO=12,31;DP=52;FAO=0,52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.154784,-0.265411;FXX=0.0188644;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=6.52641,6.58355;QD=19.2736;RBI=0.160806,0.27551;REFB=0,0;REVB=-0.0435946,-0.0739118;RO=3;SAF=8,16;SAR=4,15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.243419,0.0845855;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0661102,-0.00771715;OID=.,.;OPOS=88042502,88042502;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:12,31:52:0,52:52:0:0,26:0,26:0:0:6:3:8,16:4,15:0:3 chr3 88101694 . G T 4304.59 PASS AF=0.989247;AO=276;DP=279;FAO=276;FDP=279;FR=.;FRO=3;FSAF=110;FSAR=166;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00291336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9921;QD=61.7145;RBI=0.022279;REFB=0.0506197;REVB=-0.0220877;RO=3;SAF=110;SAR=166;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00139494;STB=0.500732;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00113004;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:279:279:3:3:276:276:0.989247:166:110:1:2:166:110:1:2 chr3 88105264 . A C 2894.47 PASS AF=0.960784;AO=195;DP=204;FAO=196;FDP=204;FR=.;FRO=8;FSAF=91;FSAR=105;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0370787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.477;QD=56.7543;RBI=0.0386691;REFB=-0.0508211;REVB=0.0109761;RO=7;SAF=90;SAR=105;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356044;STB=0.521051;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000185565;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:204:204:7:8:195:196:0.960784:105:90:7:0:105:91:8:0 chr3 88105818 . T C 946.2 PASS AF=0.971014;AO=62;DP=65;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0183084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7268;QD=54.8523;RBI=0.105037;REFB=-0.079555;REVB=0.103429;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.512191;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0158649;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:69:0:2:62:67:0.971014:36:26:0:0:40:27:0:2 chr3 88105879 . TACTTC T,TACTTA 544.57 PASS AF=0.783784,0.216216;AO=29,9;DP=40;FAO=29,8;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=16,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023817,-0.0109821;FXX=0.0512689;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=247.481,72.9007;QD=58.8725;RBI=0.0254555,0.0367963;REFB=0,0;REVB=0.0089851,0.0351192;RO=0;SAF=13,1;SAR=16,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.01063,0.0533945;OID=.,.;OPOS=88105880,88105884;OREF=ACTTC,C;OALT=-,A;OMAPALT=T,TACTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.783784,0.216216:29,9:40:29,8:37:0:13,1:16,7:0:0:53:0:13,1:16,8:0:0 chr3 88106054 . T A 201.79 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0118165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4125;QD=12.0469;RBI=0.0155664;REFB=0.0120565;REVB=0.0101332;RO=42;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320684;STB=0.518504;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0204561;OID=.;OPOS=88106054;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:15:10:18:24:15:10:18:24 chr3 88189341 . T C 2148.42 PASS AF=0.98;AO=144;DP=151;FAO=147;FDP=150;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0155104;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5922;QD=57.2912;RBI=0.0530041;REFB=-0.170364;REVB=0.0506839;RO=0;SAF=85;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20183e-08;STB=0.511998;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00247616;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:151:150:0:3:144:147:0.98:59:85:0:0:61:86:0:3 chr3 88190768 . C A 1458.36 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116172;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.328;QD=63.4068;RBI=0.0120263;REFB=0;REVB=-0.00311006;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51644e-06;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:46:45:0:0:46:46:0:0 chr3 88190809 . C T 1978.96 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412803;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.199;QD=62.3293;RBI=0.00454411;REFB=0;REVB=-0.00189956;RO=0;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83856e-05;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:68:59:0:0:68:59:0:0 chr3 88191143 . AA AG,GT 1148.23 PASS AF=0.0470588,0.917647;AO=8,4;DP=85;FAO=4,78;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=0,56;FSAR=4,22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0581245,0.0730764;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=70.4489,96.0472;QD=54.0345;RBI=0.115948,0.141507;REFB=-0.0554212,-0.0525654;REVB=0.100327,0.121177;RO=1;SAF=0,4;SAR=8,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.803989,0;STB=0.997134,0.51304;STBP=0.016,0.321;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00152578,0.0105992;OID=.,.;OPOS=88191144,88191143;OREF=A,AA;OALT=G,GT;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:85:85:1:3:8,4:4,78:0.0470588,0.917647:8,0:0,4:1:0:4,22:0,56:3:0 chr3 88191170 . TGGGGA TGGG,TGGGA 930.08 PASS AF=0,0.989474;AO=41,44;DP=102;FAO=0,94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=0,58;FSAR=0,36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0233708,-0.0486505;FXX=0.0686207;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=185.016,15.6451;QD=39.1612;RBI=0.0288587,0.21428;REFB=0.0446067,-0.0148508;REVB=0.0169302,-0.208684;RO=1;SAF=21,34;SAR=20,10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0218198,-0.0136207;STB=0.5,0.504273;STBP=1,0.521;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00472446;OID=.,.;OPOS=88191174,88191171;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.989474:41,44:102:0,94:95:1:0,58:0,36:1:0:14:1:21,34:20,10:1:0 chr3 88192423 . A G 994.2 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0657016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.859;QD=57.6348;RBI=0.0678113;REFB=-0.0464668;REVB=0.0167831;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000440376;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:38:30:1:0:38:30:1:0 chr3 88192484 . T C 1221.31 PASS AF=0.965116;AO=82;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0432315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4776;QD=56.805;RBI=0.123973;REFB=-0.163761;REVB=0.116191;RO=4;SAF=22;SAR=60;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305291;STB=0.511997;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0052104;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:86:4:3:82:83:0.965116:60:22:0:4:61:22:0:3 chr3 88199298 . T C 1559.33 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900073;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.284;QD=59.9741;RBI=0.0147983;REFB=0;REVB=0.0117464;RO=0;SAF=69;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384515;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:35:69:0:0:35:69:0:0 chr3 88480404 . C T 994.55 PASS AF=0.444915;AO=106;DP=236;FAO=105;FDP=236;FR=.;FRO=131;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=50;FSRR=81;FWDB=-0.0671018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.424;QD=16.8568;RBI=0.06785;REFB=-0.00557563;REVB=-0.0100484;RO=129;SAF=52;SAR=54;SRF=49;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110134;STB=0.557976;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00575467;OID=.;OPOS=88480404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:129:131:106:105:0.444915:54:52:49:80:54:51:50:81 chr3 93593119 . T C 488.34 PASS AF=0.452991;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0191291;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7644;QD=16.6952;RBI=0.045612;REFB=-0.00581674;REVB=0.0414069;RO=64;SAF=26;SAR=26;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123725;STB=0.563366;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00724944;OID=.;OPOS=93593119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:64:64:52:53:0.452991:26:26:24:40:27:26:24:40 chr3 96327750 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00898347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.932;QD=15.2625;RBI=0.0254338;REFB=0.0147197;REVB=0.0237944;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226907;STB=0.631378;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0192182;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:6:10:5:8:6:10 chr3 96963004 . C T 2354.15 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.044;QD=63.1985;RBI=0.0504475;REFB=0.0544279;REVB=-0.0492176;RO=0;SAF=80;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87518e-08;STB=0.503105;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000199114;OID=.;OPOS=96963004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:0:1:148:148:0.993289:68:80:0:0:68:80:1:0 chr3 97194242 . C T 988.7 PASS AF=0.488038;AO=102;DP=209;FAO=102;FDP=209;FR=.;FRO=107;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.00214623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.927;QD=18.9225;RBI=0.00950385;REFB=-0.00235478;REVB=0.00925834;RO=107;SAF=47;SAR=55;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032224;STB=0.517741;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00243523;OID=.;OPOS=97194242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:107:107:102:102:0.488038:55:47:53:54:55:47:53:54 chr3 97331269 . A C 671.73 PASS AF=0.464516;AO=72;DP=155;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0520087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.639;QD=17.3348;RBI=0.102899;REFB=0.0223724;REVB=0.0887883;RO=83;SAF=27;SAR=45;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047401;STB=0.526308;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0261558;OID=.;OPOS=97331269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:83:83:72:72:0.464516:45:27:35:48:45:27:35:48 chr3 97365038 . G A 3172.26 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.582;QD=64.0861;RBI=0.00815944;REFB=0;REVB=-0.0033439;RO=0;SAF=83;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10127e-05;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:198:198:1:115:83:0:0:115:83:0:0 chr3 97365074 . A G 2960.99 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.306;QD=63.3366;RBI=0.0388202;REFB=0;REVB=0.00509626;RO=0;SAF=78;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.97473e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04383e-05;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:187:0:0:187:187:1:109:78:0:0:109:78:0:0 chr3 97591153 . C T 565.9 PASS AF=0.442748;AO=46;DP=132;FAO=58;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00300162;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.38;QD=17.2793;RBI=0.00961081;REFB=-0.0194711;REVB=0.00913006;RO=71;SAF=28;SAR=18;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125891;STB=0.582407;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0395063;OID=.;OPOS=97591153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:71:71:46:58:0.442748:18:28:35:36:21:37:35:36 chr3 97593485 . C T 211.14 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0810536;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.187;QD=25.5931;RBI=0.0823002;REFB=0.0151243;REVB=-0.0142704;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19318;STB=0.594502;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00228296;OID=.;OPOS=97593485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:13:20:20:0.606061:11:9:10:4:11:9:9:4 chr3 97607290 . G A 395.77 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0662793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.486;QD=14.0097;RBI=0.0676572;REFB=-0.00661929;REVB=-0.0135847;RO=67;SAF=22;SAR=24;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479292;STB=0.527036;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0101105;OID=.;OPOS=97607290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:24:22:29:38:24:22:29:38 chr3 97660084 . C T 810.11 PASS AF=0.529801;AO=79;DP=151;FAO=80;FDP=151;FR=.;FRO=71;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0253401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.525;QD=21.4597;RBI=0.0258882;REFB=-0.0315452;REVB=-0.0052985;RO=70;SAF=47;SAR=32;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017275;STB=0.51571;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0319874;OID=.;OPOS=97660084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:70:71:79:80:0.529801:32:47:43:27:33:47:44:27 chr3 97660106 . A C 590.09 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.0205086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.072;QD=16.9809;RBI=0.0239578;REFB=-0.0201105;REVB=-0.0123846;RO=74;SAF=42;SAR=20;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891499;STB=0.556556;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0294745;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:74:77:62:62:0.446043:20:42:44:30:20:42:45:32 chr3 97664725 . C T 402.81 PASS AF=0.412281;AO=45;DP=112;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0406599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.023;QD=14.1335;RBI=0.042152;REFB=-0.00918865;REVB=-0.0111159;RO=67;SAF=23;SAR=22;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984929;STB=0.566676;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0173221;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:67:67:45:47:0.412281:22:23:28:39:22:25:28:39 chr3 97673268 . A C 3621.19 PASS AF=1;AO=228;DP=231;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131682;FXX=0.0129305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.583;QD=63.2522;RBI=0.0131876;REFB=0;REVB=-0.000716294;RO=0;SAF=105;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2017e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:229:0:0:228:229:1:123:105:0:0:124:105:0:0 chr3 97726747 . T A 1715.37 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.334;QD=59.6652;RBI=0.0253791;REFB=-0.00811671;REVB=0.0221192;RO=1;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736218;STB=0.503875;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=9.56828e-05;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:64:50:0:1:64:50:0:1 chr3 97806680 . C T 492.25 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0121842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.414;QD=22.6323;RBI=0.0128902;REFB=-0.0370318;REVB=-0.00420755;RO=39;SAF=11;SAR=36;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246763;STB=0.632628;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0212733;OID=.;OPOS=97806680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:39:40:47:47:0.54023:36:11:19:20:36:11:19:21 chr3 97851998 . A C 595.93 PASS AF=0.428571;AO=62;DP=147;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=0.0500085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3123;QD=16.2158;RBI=0.0603219;REFB=-0.003238;REVB=-0.0337325;RO=83;SAF=25;SAR=37;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448783;STB=0.523911;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00617017;OID=.;OPOS=97851998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:83:84:62:63:0.428571:37:25:30:53:38:25:30:54 chr3 97852058 . A G 70.28 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.0179367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.025;QD=2.81134;RBI=0.0201186;REFB=-0.000518031;REVB=0.0091123;RO=86;SAF=8;SAR=6;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131765;STB=0.59078;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00327704;OID=.;OPOS=97852058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:86:86:14:14:0.14:6:8:40:46:6:8:40:46 chr3 97852066 . T C 63.93 PASS AF=0.135417;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.000309187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.773;QD=2.66393;RBI=0.0434594;REFB=-0.00351742;REVB=-0.0434583;RO=82;SAF=7;SAR=6;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626736;STB=0.538402;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0432915;OID=.;OPOS=97852066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:95:96:82:83:13:13:0.135417:6:7:40:42:6:7:41:42 chr3 97852083 . C T 439.5 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0131277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.695;QD=21.9752;RBI=0.0145025;REFB=-0.00224091;REVB=-0.00616319;RO=37;SAF=23;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179768;STB=0.509914;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00124467;OID=.;OPOS=97852083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:20:23:19:18:20:23:19:18 chr3 97852455 . TAAAAAAAC TAAAAAAC,TAAAAAACA 74.95 PASS AF=0.415094,0;AO=16,5;DP=55;FAO=22,0;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=15,0;FSAR=7,0;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0362443,-0.154435;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.67465,20.6253;QD=5.65679;RBI=0.125736,0.176822;REFB=-0.0523361,-0.0215824;REVB=0.120399,0.0861146;RO=28;SAF=9,5;SAR=7,0;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00984449,0.632425;STB=0.524249,0.5;STBP=0.79,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0673357,0;OID=.,.;OPOS=97852456,97852462;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=TAAAAAAC,TAAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094,0:16,5:55:22,0:53:31:15,0:7,0:20:11:75:28:9,5:7,0:16:12 chr3 97868419 . G A 759.61 PASS AF=0.382609;AO=88;DP=230;FAO=88;FDP=230;FR=.;FRO=142;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=84;FWDB=-0.00652913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.507;QD=13.2107;RBI=0.0500941;REFB=0.0044607;REVB=-0.0496668;RO=142;SAF=52;SAR=36;SRF=58;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198362;STB=0.61174;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00601406;OID=.;OPOS=97868419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:142:142:88:88:0.382609:36:52:58:84:36:52:58:84 chr3 97868616 . C T 562.43 PASS AF=0.358289;AO=67;DP=187;FAO=67;FDP=187;FR=.;FRO=120;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=70;FSRR=50;FWDB=0.00106439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4983;QD=12.0306;RBI=0.032807;REFB=-0.00225803;REVB=-0.0327897;RO=118;SAF=32;SAR=35;SRF=69;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119813;STB=0.567548;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00336799;OID=.;OPOS=97868616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:118:120:67:67:0.358289:35:32:69:49:35:32:70:50 chr3 97868795 . A G 350.22 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=0.0266772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.423;QD=18.1934;RBI=0.0268036;REFB=-0.0206498;REVB=0.00259959;RO=40;SAF=11;SAR=26;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114714;STB=0.563572;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0246318;OID=.;OPOS=97868795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:26:11:8:32:26:11:8:32 chr3 97868970 . T A 1205.69 PASS AF=0.475285;AO=125;DP=263;FAO=125;FDP=263;FR=.;FRO=138;FSAF=77;FSAR=48;FSRF=65;FSRR=73;FWDB=0.0350635;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9084;QD=18.3375;RBI=0.0403404;REFB=-0.0223703;REVB=0.0199474;RO=137;SAF=77;SAR=48;SRF=64;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143663;STB=0.577499;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0204932;OID=.;OPOS=97868970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:137:138:125:125:0.475285:48:77:64:73:48:77:65:73 chr3 97887865 . G A 400.26 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.0525258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.213;QD=15.852;RBI=0.0550775;REFB=-0.0128177;REVB=0.0165703;RO=57;SAF=18;SAR=26;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271406;STB=0.651649;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00777123;OID=.;OPOS=97887865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:26:18:39:18:26:18:39:18 chr3 97887985 . T A 315.96 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0121365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.504;QD=12.7661;RBI=0.0444292;REFB=-0.00647094;REVB=0.0427394;RO=62;SAF=16;SAR=20;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792894;STB=0.540518;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0107004;OID=.;OPOS=97887985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:63:36:36:0.363636:20:16:32:30:20:16:32:31 chr3 97888042 . A T 199.09 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0249969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.759;QD=9.36873;RBI=0.0252654;REFB=-0.00238154;REVB=-0.00367339;RO=57;SAF=11;SAR=15;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184918;STB=0.52436;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00478446;OID=.;OPOS=97888042;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:59:26:26:0.305882:15:11:25:32:15:11:27:32 chr3 97888197 . C T 248.41 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00718112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.307;QD=13.995;RBI=0.044746;REFB=-0.0133221;REVB=-0.044166;RO=41;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266262;STB=0.52332;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0170848;OID=.;OPOS=97888197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:12:17:23:18:12:17:23:19 chr3 97888337 . C T 576.47 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.0286782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.267;QD=18.3005;RBI=0.0350218;REFB=-0.026883;REVB=-0.0201018;RO=65;SAF=27;SAR=33;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122308;STB=0.56248;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0357133;OID=.;OPOS=97888337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:66:60:60:0.47619:33:27:21:44:33:27:22:44 chr3 97888438 . G C 325.74 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0240271;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6564;QD=14.3183;RBI=0.0374016;REFB=-0.00400411;REVB=-0.0286632;RO=52;SAF=17;SAR=19;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289933;STB=0.522285;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00643624;OID=.;OPOS=97888438;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:52:55:36:36:0.395604:19:17:26:26:19:17:28:27 chr3 97957349 . G A 500.78 PASS AF=0.402878;AO=40;DP=141;FAO=56;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0243912;FXX=0.0279701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.118;QD=14.4109;RBI=0.0243912;REFB=-0.0161529;REVB=3.27802e-05;RO=82;SAF=17;SAR=23;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875754;STB=0.56485;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0330861;OID=.;OPOS=97957349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:82:82:40:56:0.402878:23:17:41:41:34:22:41:41 chr3 97983257 . C G 2364.47 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00403461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6096;QD=61.0186;RBI=0.0112818;REFB=0;REVB=-0.0105357;RO=1;SAF=69;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684462;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70214e-05;OID=.;OPOS=97983257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:1:0:154:155:1:85:69:1:0:85:70:0:0 chr3 97983265 . C A 724.8 PASS AF=0.448276;AO=77;DP=173;FAO=78;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.00483147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.246;QD=16.662;RBI=0.00855908;REFB=-0.0122239;REVB=0.00706503;RO=95;SAF=36;SAR=41;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014881;STB=0.501779;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0176406;OID=.;OPOS=97983265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:95:96:77:78:0.448276:41:36:43:52:42:36:44:52 chr3 97983374 . A G 650.19 PASS AF=0.37931;AO=76;DP=203;FAO=77;FDP=203;FR=.;FRO=126;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=70;FSRR=56;FWDB=0.000310708;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.633;QD=12.8116;RBI=0.00607471;REFB=-0.00469855;REVB=-0.00606676;RO=121;SAF=42;SAR=34;SRF=70;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285969;STB=0.506327;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00768925;OID=.;OPOS=97983374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:121:126:76:77:0.37931:34:42:70:51:35:42:70:56 chr3 97983391 . C G,T 3032.63 PASS AF=0.379808,0.620192;AO=78,126;DP=205;FAO=79,129;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=44,67;FSAR=35,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253199,-0.032209;FXX=0.00952336;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.061,216.012;QD=58.3197;RBI=0.0261301,0.0350996;REFB=-0.00674809,-0.00449309;REVB=-0.00645643,-0.0139485;RO=1;SAF=43,67;SAR=35,59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0108815,-0.00703955;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00259048,-0.00330837;OID=.,.;OPOS=97983391,97983391;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:205:208:1:0:78,126:79,129:0.379808,0.620192:35,59:43,67:1:0:35,62:44,67:0:0 chr3 97983487 . TTGTAACCAC T 212.34 PASS AF=0.325581;AO=42;DP=139;FAO=42;FDP=129;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.00458716;FXX=0.12837;HRUN=2;LEN=9;MLLD=291.889;QD=6.58414;RBI=0.00719831;REFB=0.000387137;REVB=-0.00554741;RO=77;SAF=18;SAR=24;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444741;STB=0.536895;STBP=0.54;TYPE=del;VARB=-0.000339146;OID=.;OPOS=97983488;OREF=TGTAACCAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325581:42:139:42:129:87:18:24:42:45:99:77:18:24:36:41 chr3 97983561 . G C 1840.11 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.292;QD=61.337;RBI=0.00757121;REFB=0;REVB=0.00555481;RO=0;SAF=53;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76509e-07;OID=.;OPOS=97983561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:66:53:0:0:66:54:0:0 chr3 97983711 . T C 1161.82 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.11;QD=58.8265;RBI=0.0612607;REFB=-0.0357531;REVB=0.0490406;RO=1;SAF=29;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160369;STB=0.507934;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00151188;OID=.;OPOS=97983711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:76:78:0.987342:47:29:1:0:47:31:1:0 chr3 97983942 . A G 3236.56 PASS AF=0.990698;AO=209;DP=221;FAO=213;FDP=215;FR=.;FRO=2;FSAF=101;FSAR=112;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0192893;FXX=0.0315301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.37;QD=60.215;RBI=0.0360554;REFB=-0.0631323;REVB=0.0304617;RO=4;SAF=97;SAR=112;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192345;STB=0.504902;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00038964;OID=.;OPOS=97983942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:221:215:4:2:209:213:0.990698:112:97:4:0:112:101:2:0 chr3 97983981 . G A 954.04 PASS AF=0.477387;AO=94;DP=199;FAO=95;FDP=199;FR=.;FRO=104;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=0.037319;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0002;QD=19.1767;RBI=0.0414615;REFB=-0.0107911;REVB=-0.0180652;RO=104;SAF=49;SAR=45;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163894;STB=0.506368;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0108344;OID=.;OPOS=97983981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:104:104:94:95:0.477387:45:49:56:48:45:50:56:48 chr3 98002587 . A G 312.95 PASS AF=0.368932;AO=37;DP=102;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00783039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.152;QD=12.1532;RBI=0.0342337;REFB=-0.00520104;REVB=0.0333261;RO=63;SAF=16;SAR=21;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402097;STB=0.520487;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00922328;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:63:65:37:38:0.368932:21:16:25:38:21:17:27:38 chr3 98250986 . C T 283.46 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00599491;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3894;QD=12.5981;RBI=0.0228854;REFB=0.00654687;REVB=-0.0220862;RO=58;SAF=13;SAR=20;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813161;STB=0.540516;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0116103;OID=.;OPOS=98250986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:58:57:33:33:0.366667:20:13:27:31:20:13:26:31 chr3 98304467 . T C 1339.62 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.503;QD=62.3079;RBI=0.00943863;REFB=0;REVB=0.0070654;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35642e-07;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:48:37:0:0:48:38:0:0 chr3 98492784 . C G 934.22 PASS AF=0.420833;AO=101;DP=243;FAO=101;FDP=240;FR=.;FRO=139;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=-0.00773272;FXX=0.0123452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.116;QD=15.5703;RBI=0.017293;REFB=-0.00920312;REVB=0.0154678;RO=135;SAF=49;SAR=52;SRF=59;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495438;STB=0.522695;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0101727;OID=.;OPOS=98492784;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:240:135:139:101:101:0.420833:52:49:59:76:52:49:62:77 chr3 98540982 . A G 1090.02 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185033;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.492;QD=58.9202;RBI=0.0257028;REFB=-0.134142;REVB=0.0178398;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013709;STB=0.507244;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00115561;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:39:34:1:0:39:34:1:0 chr3 98541012 . G A 1104.34 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711791;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.417;QD=60.5116;RBI=0.00975988;REFB=0;REVB=0.00667762;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105917;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:38:34:0:0:38:35:0:0 chr3 98541116 . G A 1029.79 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0524312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2817;QD=58.0164;RBI=0.0604549;REFB=-0.0341338;REVB=0.0300961;RO=1;SAF=37;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126076;STB=0.506665;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000502222;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:33:37:1:0:33:37:1:0 chr3 100084203 . C G 530.16 PASS AF=0.504587;AO=54;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.0261544;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.364;QD=19.4555;RBI=0.0263267;REFB=-0.00188084;REVB=-0.00300704;RO=54;SAF=22;SAR=32;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106654;STB=0.563309;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00220965;OID=.;OPOS=100084203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:54:55:0.504587:32:22:16:38:32:23:16:38 chr3 100170553 . G A 243.19 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=10;FWDB=-0.0472146;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5199;QD=12.3133;RBI=0.0819492;REFB=-0.0151907;REVB=-0.066981;RO=50;SAF=13;SAR=16;SRF=40;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380751;STB=0.714882;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0299105;OID=.;OPOS=100170553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:50:50:29:29:0.367089:16:13:40:10:16:13:40:10 chr3 100170628 . A G 168.11 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0250653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3512;QD=11.797;RBI=0.139199;REFB=0.00396322;REVB=0.136924;RO=36;SAF=19;SAR=2;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502141;STB=0.801132;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0068447;OID=.;OPOS=100170628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:2:19:21:15:2:19:21:15 chr3 100170634 . T C 134.8 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0500494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5958;QD=9.62828;RBI=0.065281;REFB=-0.0129309;REVB=0.0419125;RO=36;SAF=16;SAR=2;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49304;STB=0.790818;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0284959;OID=.;OPOS=100170634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:38:18:18:0.321429:2:16:20:16:2:16:22:16 chr3 100174722 . G A 452.21 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0305817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.035;QD=19.4498;RBI=0.030659;REFB=-0.0163686;REVB=0.00217574;RO=46;SAF=18;SAR=27;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501231;STB=0.513508;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0228665;OID=.;OPOS=100174722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:48:45:45:0.483871:27:18:16:30:27:18:18:30 chr3 100374740 . T C 417.87 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0264942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4925;QD=12.9573;RBI=0.0556593;REFB=-0.0342564;REVB=-0.0489491;RO=79;SAF=28;SAR=21;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152766;STB=0.582748;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0449022;OID=.;OPOS=100374740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:79:80:49:49:0.379845:21:28:34:45:21:28:35:45 chr3 100413645 . T G 974.9 PASS AF=0.429752;AO=104;DP=242;FAO=104;FDP=242;FR=.;FRO=138;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=74;FSRR=64;FWDB=0.00516219;FXX=0.00411506;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.474;QD=16.1141;RBI=0.0150445;REFB=-0.00158521;REVB=0.0141312;RO=137;SAF=54;SAR=50;SRF=73;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139361;STB=0.509715;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00199417;OID=.;OPOS=100413645;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:137:138:104:104:0.429752:50:54:73:64:50:54:74:64 chr3 100467018 . T C 173.56 PASS AF=0.545455;AO=16;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00732205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.06;QD=21.0371;RBI=0.0226709;REFB=-0.0359731;REVB=0.0214559;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326017;STB=0.505294;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0298416;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:16:18:0.545455:7:9:9:6:7:11:9:6 chr3 100468407 . C CAGTT 422.53 PASS AF=0.393701;AO=48;DP=127;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.00532375;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=4;MLLD=266.538;QD=13.3081;RBI=0.00537691;REFB=-0.0182379;REVB=0.000754222;RO=77;SAF=26;SAR=22;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613342;STB=0.547163;STBP=0.414;TYPE=ins;VARB=0.0283008;OID=.;OPOS=100468408;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393701:48:127:50:127:77:26:24:46:31:99:77:26:22:46:31 chr3 100558404 . T C 1182.71 PASS AF=0.476744;AO=123;DP=258;FAO=123;FDP=258;FR=.;FRO=135;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=64;FSRR=71;FWDB=-0.0219478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.174;QD=18.3366;RBI=0.0227193;REFB=-0.0140702;REVB=0.00587018;RO=134;SAF=63;SAR=60;SRF=64;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327279;STB=0.519936;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0199077;OID=.;OPOS=100558404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:134:135:123:123:0.476744:60:63:64:70:60:63:64:71 chr3 100560860 . G A 1021.28 PASS AF=0.389831;AO=114;DP=296;FAO=115;FDP=295;FR=.;FRO=180;FSAF=34;FSAR=81;FSRF=68;FSRR=112;FWDB=0.01851;FXX=0.00337826;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7324;QD=13.8478;RBI=0.0301878;REFB=-0.0195765;REVB=-0.023847;RO=176;SAF=34;SAR=80;SRF=67;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101165;STB=0.557329;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.028337;OID=.;OPOS=100560860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:295:176:180:114:115:0.389831:80:34:67:109:81:34:68:112 chr3 100581767 . C T 616.69 PASS AF=0.496063;AO=62;DP=126;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.024858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.291;QD=19.4233;RBI=0.0505619;REFB=0.00298234;REVB=-0.0440294;RO=62;SAF=26;SAR=36;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607313;STB=0.527979;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00381802;OID=.;OPOS=100581767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:62:64:62:63:0.496063:36:26:22:40:37:26:23:41 chr3 100617680 . C T 3369.65 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141769;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.971;QD=62.4009;RBI=0.0206032;REFB=0;REVB=0.0149501;RO=0;SAF=86;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49379e-05;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:216:0:0:216:216:1:130:86:0:0:130:86:0:0 chr3 100949842 . G A 1785.76 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1133;QD=61.0516;RBI=0.0318914;REFB=0;REVB=-0.0309515;RO=0;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112451;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:55:62:0:0:55:62:0:0 chr3 100963154 . G A 2128.48 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109238;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.856;QD=63.066;RBI=0.0187416;REFB=0;REVB=0.0152289;RO=0;SAF=56;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52337e-05;OID=.;OPOS=100963154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:79:56:0:0:79:56:0:0 chr3 101043906 . G A 1553.05 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0109081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2503;QD=62.7493;RBI=0.0380102;REFB=0.0799301;REVB=-0.0364114;RO=1;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109017;STB=0.505617;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00113509;OID=.;OPOS=101043906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:97:98:0.989899:43:54:0:1:44:54:0:1 chr3 101080694 . T C 1896.29 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.147;QD=61.6679;RBI=0.0255708;REFB=0;REVB=-0.00867653;RO=0;SAF=53;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01566e-05;OID=.;OPOS=101080694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:70:53:0:0:70:53:0:0 chr3 101085413 . G A 1493.08 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180061;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.764;QD=58.5521;RBI=0.020189;REFB=-0.0401375;REVB=0.00913107;RO=1;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854831;STB=0.504504;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000121311;OID=.;OPOS=101085413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:1:1:101:101:0.990196:55:46:0:1:55:46:0:1 chr3 101219889 . G C 930.03 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00789425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.968;QD=56.3653;RBI=0.0422996;REFB=-0.0730536;REVB=0.0415564;RO=1;SAF=42;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111145;STB=0.505881;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00145746;OID=.;OPOS=101219889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:22:42:1:0:23:42:1:0 chr3 101221069 . T C 1412.67 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2472;QD=61.4204;RBI=0.100679;REFB=-0.118422;REVB=-0.0841044;RO=1;SAF=44;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169569;OID=.;OPOS=101221069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:90:92:1:0:88:92:1:44:44:1:0:45:47:0:0 chr3 101231921 . T C 3940.0 PASS AF=1;AO=246;DP=246;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979556;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.847;QD=64.0651;RBI=0.0210002;REFB=0;REVB=0.0185757;RO=0;SAF=110;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.6708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08152e-06;OID=.;OPOS=101231921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:246:246:0:0:246:246:1:136:110:0:0:136:110:0:0 chr3 101285224 . G A 82.0 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0448347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.827;QD=8.63148;RBI=0.0449405;REFB=-0.0206465;REVB=-0.00308182;RO=26;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389423;STB=0.747225;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0246656;OID=.;OPOS=101285224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:38:26:27:11:11:0.289474:8:3:16:10:8:3:17:10 chr3 101334753 . C A 177.09 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00474433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.741;QD=10.4168;RBI=0.00474461;REFB=0.00393014;REVB=5.15796e-05;RO=45;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661182;STB=0.538765;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0107768;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:16:7:16:29:16:7:16:29 chr3 101484335 . G A 3065.42 PASS AF=0.976077;AO=202;DP=209;FAO=204;FDP=209;FR=.;FRO=5;FSAF=100;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00292536;FXX=0.0141503;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8612;QD=58.6684;RBI=0.053663;REFB=-0.0384704;REVB=-0.0535832;RO=6;SAF=99;SAR=103;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177706;STB=0.511736;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00199349;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:209:209:6:5:202:204:0.976077:103:99:1:5:104:100:0:5 chr3 101520537 . C T 662.59 PASS AF=0.431953;AO=73;DP=169;FAO=73;FDP=169;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.00215853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.581;QD=15.6827;RBI=0.0151909;REFB=-0.00735925;REVB=-0.0150368;RO=93;SAF=38;SAR=35;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101515;STB=0.558808;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0106043;OID=.;OPOS=101520537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:93:96:73:73:0.431953:35:38:39:54:35:38:40:56 chr3 101576029 . T TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 67.67 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=86;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.000388294;FXX=0;HRUN=1;LEN=23;MLLD=605.771;QD=3.18446;RBI=0.0105572;REFB=0.00248086;REVB=-0.01055;RO=73;SAF=2;SAR=11;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507945;STB=0.842534;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=-0.0139332;OID=.;OPOS=101576030;OREF=-;OALT=ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152941:13:86:13:85:72:2:11:40:32:67:73:2:11:41:32 chr3 103879569 . G A 12269.0 PASS AF=1;AO=764;DP=767;FAO=773;FDP=773;FR=.;FRO=0;FSAF=254;FSAR=519;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529782;FXX=0.00129197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.123;QD=63.4875;RBI=0.0552395;REFB=-0.0263863;REVB=-0.0156431;RO=1;SAF=247;SAR=517;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000923229;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27875e-05;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:61:767:773:1:0:764:773:1:517:247:0:1:519:254:0:0 chr3 103879597 . AAT A,AA,AAA 3945.99 PASS AF=0,1,0;AO=64,67,136;DP=301;FAO=0,267,0;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=0,50,0;FSAR=0,217,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250276,0.0210534,0.0202331;FXX=0.0183817;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=179.646,181.68,178.635;QD=59.116;RBI=0.0652966,0.059618,0.0388434;REFB=0,0,0;REVB=0.0603097,0.0557769,0.0331577;RO=26;SAF=1,0,39;SAR=63,67,97;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.724404,-0.882926,-0.0492661;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00313997,0.0266331;OID=.,.,.;OPOS=103879598,103879599,103879599;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:64,67,136:301:0,267,0:267:0:0,50,0:0,217,0:0:0:22:26:1,0,39:63,67,97:11:15 chr3 105260596 . T C 1251.65 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295679;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.444;QD=61.8097;RBI=0.0183764;REFB=0;REVB=-0.0181369;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116942;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:42:38:0:0:42:39:0:0 chr3 105266274 . T C 1320.78 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414849;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7331;QD=62.1543;RBI=0.0466552;REFB=0;REVB=0.0464704;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00338143;OID=.;OPOS=105266274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:44:39:0:0:44:41:0:0 chr3 105421034 . C T 829.4 PASS AF=0.447236;AO=89;DP=201;FAO=89;FDP=199;FR=.;FRO=110;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=-0.0275416;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.619;QD=16.6714;RBI=0.0322143;REFB=-0.0134815;REVB=-0.0167099;RO=111;SAF=49;SAR=40;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126544;STB=0.572825;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.019932;OID=.;OPOS=105421034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:199:111:110:89:89:0.447236:40:49:47:64:40:49:46:64 chr3 105422844 . C T 1006.16 PASS AF=0.530055;AO=96;DP=185;FAO=97;FDP=183;FR=.;FRO=86;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0030131;FXX=0.0108102;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.355;QD=21.9925;RBI=0.0100212;REFB=-0.0130488;REVB=0.00955747;RO=83;SAF=48;SAR=48;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664594;STB=0.541325;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00818474;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:183:83:86:96:97:0.530055:48:48:35:48:49:48:35:51 chr3 105438957 . T G 1430.14 PASS AF=0.489726;AO=142;DP=291;FAO=143;FDP=292;FR=.;FRO=149;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=88;FSRR=61;FWDB=0.00417227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.115;QD=19.591;RBI=0.0120014;REFB=-0.0164821;REVB=-0.0112528;RO=148;SAF=72;SAR=70;SRF=87;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752209;STB=0.540963;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0222868;OID=.;OPOS=105438957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:292:148:149:142:143:0.489726:70:72:87:61:70:73:88:61 chr3 105439026 . G A 1185.47 PASS AF=0.423333;AO=127;DP=300;FAO=127;FDP=300;FR=.;FRO=173;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=88;FSRR=85;FWDB=-0.0146463;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.745;QD=15.8063;RBI=0.0147868;REFB=0.00266433;REVB=0.00203356;RO=172;SAF=63;SAR=64;SRF=87;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100749;STB=0.507269;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00370442;OID=.;OPOS=105439026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:172:173:127:127:0.423333:64:63:87:85:64:63:88:85 chr3 105586436 . C A 711.0 PASS AF=0.496454;AO=70;DP=142;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0408007;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3778;QD=20.1701;RBI=0.0414862;REFB=-0.00405746;REVB=-0.00751052;RO=70;SAF=25;SAR=45;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108784;STB=0.564275;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00324302;OID=.;OPOS=105586436;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:70:71:70:70:0.496454:45:25:33:37:45:25:34:37 chr3 106617500 . C T 854.06 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0478532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.636;QD=56.0041;RBI=0.0481979;REFB=-0.0822697;REVB=-0.00575353;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136794;STB=0.507244;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0016556;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:26:34:1:0:26:34:1:0 chr3 107096547 . G A 1438.37 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00316898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.244;QD=61.8653;RBI=0.00372044;REFB=-0.0721459;REVB=0.00194917;RO=1;SAF=45;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104184;STB=0.505493;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000147794;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:47:45:1:0:47:45:1:0 chr3 107646728 . G A 2355.72 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.689;QD=63.6682;RBI=0.0428456;REFB=0;REVB=0.0424643;RO=0;SAF=82;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64089e-05;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:148:0:0:141:148:1:59:82:0:0:66:82:0:0 chr3 107646807 . G T 4551.8 PASS AF=1;AO=284;DP=287;FAO=286;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325838;FXX=0.0205472;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.883;QD=63.6615;RBI=0.0346065;REFB=0;REVB=0.0116577;RO=0;SAF=154;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97639e-05;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:287:286:0:0:284:286:1:130:154:0:0:131:155:0:0 chr3 107646895 . T C 4129.87 PASS AF=0.938776;AO=274;DP=291;FAO=276;FDP=294;FR=.;FRO=18;FSAF=109;FSAR=167;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=-0.0547152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6469;QD=56.1887;RBI=0.0698687;REFB=0.0152366;REVB=-0.0434498;RO=17;SAF=108;SAR=166;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393794;STB=0.521937;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00406667;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:291:294:17:18:274:276:0.938776:166:108:1:16:167:109:1:17 chr3 108072298 . T C 594.76 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.00603773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.623;QD=17.6225;RBI=0.00688708;REFB=-0.00831359;REVB=0.00331324;RO=73;SAF=28;SAR=34;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093618;STB=0.552037;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0126986;OID=.;OPOS=108072298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:34:28:40:33:34:28:40:33 chr3 108072425 . C T 985.96 PASS AF=0.483412;AO=102;DP=212;FAO=102;FDP=211;FR=.;FRO=109;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=-0.00157646;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.503;QD=18.6913;RBI=0.0612084;REFB=-0.00630758;REVB=-0.0611881;RO=108;SAF=46;SAR=56;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199796;STB=0.508803;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00601246;OID=.;OPOS=108072425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:108:109:102:102:0.483412:56:46:51:57:56:46:51:58 chr3 108072524 . G A 654.88 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.039824;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.588;QD=20.7898;RBI=0.04138;REFB=-0.000471439;REVB=-0.0112407;RO=61;SAF=36;SAR=29;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140484;STB=0.577236;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000503407;OID=.;OPOS=108072524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:61:61:65:65:0.515873:29:36:24:37:29:36:24:37 chr3 108096098 . C G 781.85 PASS AF=0.462857;AO=81;DP=180;FAO=81;FDP=175;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.00582839;FXX=0.0277762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.123;QD=17.8708;RBI=0.00610128;REFB=-0.00337808;REVB=-0.00180431;RO=88;SAF=36;SAR=45;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229656;STB=0.521958;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00367106;OID=.;OPOS=108096098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:175:88:94:81:81:0.462857:45:36:37:51:45:36:38:56 chr3 108403086 . T C 3150.89 PASS AF=1;AO=180;DP=203;FAO=204;FDP=204;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=114;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369121;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.396;QD=61.7822;RBI=0.0375566;REFB=0;REVB=0.00692803;RO=0;SAF=93;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238164;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:204:0:0:180:204:1:87:93:0:0:90:114:0:0 chr3 108557820 . T C 1549.22 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.404;QD=63.8852;RBI=0.0164046;REFB=0;REVB=0.0110367;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11942e-05;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:50:46:0:0:50:47:0:0 chr3 108634973 . C A 1677.6 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7522;QD=60.454;RBI=0.031637;REFB=0;REVB=0.0286358;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37525e-05;OID=.;OPOS=108634973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:65:44:0:0:67:44:0:0 chr3 108639423 . C T 475.84 PASS AF=0.547619;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.0697616;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5107;QD=22.6591;RBI=0.0698726;REFB=-0.00924113;REVB=-0.00393648;RO=38;SAF=19;SAR=26;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187281;STB=0.597643;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0103076;OID=.;OPOS=108639423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:45:46:0.547619:26:19:8:30:27:19:8:30 chr3 108703587 . C T 1513.16 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.905;QD=59.9269;RBI=0.0182393;REFB=0;REVB=-0.00424474;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.44188e-05;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr3 108754238 . A T 2031.85 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0010997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.823;QD=60.6523;RBI=0.016822;REFB=0.0520871;REVB=0.016786;RO=2;SAF=66;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141835;STB=0.507462;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000382052;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:66:66:2:0:66:66:2:0 chr3 108867128 . A G 2067.37 PASS AF=0.992537;AO=134;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0507944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0072;QD=61.7125;RBI=0.0573661;REFB=-0.044267;REVB=-0.0266607;RO=0;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=5.56955e-05;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:0:1:134:133:0.992537:68:66:0:0:67:66:0:1 chr3 109047928 . C T 399.49 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0419901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.236;QD=16.4737;RBI=0.0419901;REFB=-0.00933298;REVB=4.61096e-05;RO=55;SAF=19;SAR=23;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390434;STB=0.521943;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0149039;OID=.;OPOS=109047928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:23:19:27:28:23:19:27:28 chr3 109052732 . T C 704.89 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00593229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.082;QD=21.1998;RBI=0.0120096;REFB=-0.0109039;REVB=-0.0104421;RO=64;SAF=36;SAR=33;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190475;STB=0.510468;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0111568;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:64:64:69:69:0.518797:33:36:32:32:33:36:32:32 chr3 109178707 . C G 236.5 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0275069;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.272;QD=13.3238;RBI=0.0277713;REFB=-0.0144657;REVB=0.00382267;RO=43;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392233;STB=0.522433;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0187048;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:43:43:28:28:0.394366:16:12:20:23:16:12:20:23 chr3 109178758 . C T 763.86 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.591;QD=56.5819;RBI=0.0344153;REFB=0;REVB=0.0268029;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19343e-05;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr3 110611137 . G A 2088.23 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4793;QD=61.4185;RBI=0.0130718;REFB=-0.0985472;REVB=-0.00400308;RO=0;SAF=65;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001307;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:132:136:0:0:131:136:1:66:65:0:0:68:68:0:0 chr3 110611201 . C T 2016.9 PASS AF=0.940397;AO=141;DP=151;FAO=142;FDP=151;FR=.;FRO=9;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00176263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.228;QD=53.4279;RBI=0.0384525;REFB=-0.158103;REVB=0.038412;RO=10;SAF=70;SAR=71;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498271;STB=0.522775;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00768002;OID=.;OPOS=110611201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:151:151:10:9:141:142:0.940397:71:70:1:9:72:70:1:8 chr3 110790879 . G A 954.64 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116283;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.574;QD=58.7471;RBI=0.115136;REFB=0;REVB=0.114547;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358085;OID=.;OPOS=110790879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:25:39:0:0:26:39:0:0 chr3 110863855 . A C 484.99 PASS AF=0.397436;AO=45;DP=138;FAO=62;FDP=156;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.000432533;FXX=0.0429422;HRUN=8;LEN=1;MLLD=143.461;QD=12.4357;RBI=0.0306465;REFB=-0.00223651;REVB=-0.0306435;RO=43;SAF=14;SAR=31;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105483;STB=0.618678;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0065283;OID=.;OPOS=110863855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:156:43:94:45:62:0.397436:31:14:18:25:42:20:48:46 chr3 111286375 . G C 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00917741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.55;QD=16.077;RBI=0.0167371;REFB=-0.00384599;REVB=-0.0139966;RO=43;SAF=15;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138459;STB=0.577901;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00446474;OID=.;OPOS=111286375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:19:15:25:18:19:15:25:18 chr3 111298145 . A G 654.18 PASS AF=0.452703;AO=67;DP=148;FAO=67;FDP=148;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0335298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8991;QD=17.6805;RBI=0.0548453;REFB=-0.00373224;REVB=-0.0434024;RO=81;SAF=30;SAR=37;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334022;STB=0.518581;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00604865;OID=.;OPOS=111298145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:81:81:67:67:0.452703:37:30:39:42:37:30:39:42 chr3 111313457 . T C 1503.05 PASS AF=0.980952;AO=101;DP=106;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.09492;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5164;QD=57.259;RBI=0.0978254;REFB=-0.0979035;REVB=0.0236645;RO=4;SAF=46;SAR=55;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213916;STB=0.50065;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00763993;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:105:4:2:101:103:0.980952:55:46:3:1:55:48:1:1 chr3 111313854 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00861338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.31;QD=60.9775;RBI=0.0100973;REFB=0;REVB=0.00526917;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44483e-05;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr3 111356083 . G C 4541.44 PASS AF=0.996599;AO=262;DP=296;FAO=293;FDP=294;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=133;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181384;FXX=0.00675653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6032;QD=61.7883;RBI=0.0218707;REFB=-0.0598564;REVB=0.01222;RO=1;SAF=123;SAR=139;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342036;OID=.;OPOS=111356083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:296:294:1:0:262:293:0.996599:139:123:0:1:160:133:0:0 chr3 111604541 . G C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.124;QD=60.5473;RBI=0.00732401;REFB=0;REVB=-0.00352156;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27319e-05;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr3 111672825 . C T 754.38 PASS AF=0.608696;AO=70;DP=115;FAO=70;FDP=115;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-1.69243e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2145;QD=26.2392;RBI=0.0440288;REFB=-0.0257465;REVB=0.0440288;RO=45;SAF=37;SAR=33;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108322;STB=0.558785;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0165072;OID=.;OPOS=111672825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:45:45:70:70:0.608696:33:37:17:28:33:37:17:28 chr3 111677526 . G A 885.14 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.288;QD=58.0421;RBI=0.0272563;REFB=0;REVB=0.00739799;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82738e-05;OID=.;OPOS=111677526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:36:24:0:0:36:25:0:0 chr3 111694438 . T A,C 1985.54 PASS AF=0.0461538,0.946154;AO=6,123;DP=130;FAO=6,123;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=2,63;FSAR=4,60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0128212,0.00713459;FXX=0.0510912;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.834,112.436;QD=61.0934;RBI=0.0277756,0.0132823;REFB=0.0327806,-0.0869413;REVB=-0.0246394,0.0112034;RO=1;SAF=2,63;SAR=4,60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.171372,-0.00748166;STB=0.599655,0.503936;STBP=0.252,0.512;TYPE=snp,snp;VARB=0.0573777,0.0038505;OID=.,.;OPOS=111694438,111694438;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:130:130:1:1:6,123:6,123:0.0461538,0.946154:4,60:2,63:1:0:4,60:2,63:1:0 chr3 111732608 . G A 2951.39 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539264;FXX=0.0627989;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.223;QD=60.8533;RBI=0.0186879;REFB=0;REVB=0.017893;RO=0;SAF=92;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00408567;OID=.;OPOS=111732608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:188:194:0:0:187:194:1:95:92:0:0:100:94:0:0 chr3 111732609 . T A 52.25 PASS AF=0.0873786;AO=17;DP=205;FAO=18;FDP=206;FR=.;FRO=188;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=92;FSRR=96;FWDB=0.0154648;FXX=0.00483068;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2841;QD=1.01456;RBI=0.0164439;REFB=-0.00715626;REVB=0.00558941;RO=187;SAF=4;SAR=13;SRF=92;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301573;STB=0.753072;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00930799;OID=.;OPOS=111732609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:205:206:187:188:17:18:0.0873786:13:4:92:95:14:4:92:96 chr3 111760771 . A G 471.72 PASS AF=0.375;AO=53;DP=143;FAO=54;FDP=144;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.0329702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.641;QD=13.1033;RBI=0.0363814;REFB=-0.0124998;REVB=-0.0153809;RO=90;SAF=27;SAR=26;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185578;STB=0.504633;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0214716;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:90:90:53:54:0.375:26:27:46:44:26:28:46:44 chr3 111765834 . G A 983.16 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00315145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.482;QD=56.1805;RBI=0.0117895;REFB=-0.0571929;REVB=0.0113605;RO=1;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116688;STB=0.503067;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000389251;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:1:2:67:68:0.971429:40:27:0:1:41:27:1:1 chr3 111794198 . G A 254.93 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00476799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.023;QD=10.9649;RBI=0.048135;REFB=-0.0176657;REVB=-0.0478983;RO=62;SAF=23;SAR=8;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33145;STB=0.693762;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0344582;OID=.;OPOS=111794198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:62:31:31:0.333333:8:23:29:33:8:23:29:33 chr3 111799845 . A T 6334.5 PASS AF=1;AO=396;DP=399;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=161;FSAR=238;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508742;FXX=0.00249994;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7912;QD=63.5038;RBI=0.0612983;REFB=-0.0836522;REVB=-0.0341949;RO=1;SAF=160;SAR=236;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201799;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350046;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:399:399:1:0:396:399:1:236:160:0:1:238:161:0:0 chr3 111828384 . G GT 312.21 PASS AF=0.396313;AO=74;DP=219;FAO=86;FDP=217;FR=.;FRO=131;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=83;FWDB=-0.119884;FXX=0.00458695;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.292;QD=5.75505;RBI=0.12795;REFB=-0.00879811;REVB=-0.0447123;RO=136;SAF=33;SAR=41;SRF=52;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739131;STB=0.560369;STBP=0.154;TYPE=ins;VARB=-0.0143192;OID=.;OPOS=111828385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396313:74:219:86:217:131:40:46:48:83:99:136:33:41:52:84 chr3 111828423 . G A 2961.16 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.716;QD=63.3403;RBI=0.0533519;REFB=0;REVB=0.00455264;RO=0;SAF=73;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70697e-05;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:187:0:0:187:187:1:114:73:0:0:114:73:0:0 chr3 111873902 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAAC 106.48 PASS AF=0,0.727273,0,0.272727;AO=4,4,4,2;DP=25;FAO=0,16,0,6;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,6;FSAR=0,16,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160878,0.094459,0.0363458,0.0192317;FXX=0.153787;HRUN=14,14,14,14;LEN=1,2,3,1;MLLD=2.44712,5.037,14.8884,239.245;QD=19.3597;RBI=0.191052,0.108951,0.040133,0.0256902;REFB=0.0127513,0.0138466,0.019751,0.00617503;REVB=-0.103049,-0.0542945,-0.0170188,-0.0170332;RO=2;SAF=0,0,0,2;SAR=4,4,4,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0.727176;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.289928,-0.0027118,-0.0142294,-0.000217026;OID=.,.,.,.;OPOS=111873903,111873903,111873903,111873912;OREF=A,AA,AAA,A;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.727273,0,0.272727:4,4,4,2:25:0,16,0,6:22:0:0,0,0,6:0,16,0,0:0:0:38:2:0,0,0,2:4,4,4,0:0:2 chr3 111898387 . A G 512.92 PASS AF=0.46281;AO=54;DP=119;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.00253515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.727;QD=16.956;RBI=0.0430231;REFB=0.00145369;REVB=0.0429484;RO=65;SAF=31;SAR=23;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891073;STB=0.559399;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00144437;OID=.;OPOS=111898387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:65:65:54:56:0.46281:23:31:43:22:25:31:43:22 chr3 111918215 . CA CG,TG 1542.66 PASS AF=0.514286,0.485714;AO=54,50;DP=119;FAO=54,51;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=34,14;FSAR=20,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108291,0.00912566;FXX=0.117637;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=126.258,204.83;QD=58.7679;RBI=0.0153958,0.0174681;REFB=0,0;REVB=0.0109436,0.0148948;RO=0;SAF=34,13;SAR=20,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.77753e-08,5.32377e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00279508,0.000955682;OID=.,.;OPOS=111918216,111918215;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:119:105:0:0:54,50:54,51:0.514286,0.485714:20,37:34,13:0:0:20,37:34,14:0:0 chr3 111921116 . C A 988.51 PASS AF=0.483568;AO=101;DP=211;FAO=103;FDP=213;FR=.;FRO=110;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=68;FWDB=-0.0277415;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5769;QD=18.5635;RBI=0.0423602;REFB=-0.0147298;REVB=0.0320124;RO=108;SAF=49;SAR=52;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10828;STB=0.548834;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0172773;OID=.;OPOS=111921116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:213:108:110:101:103:0.483568:52:49:40:68:54:49:42:68 chr3 111921225 . G T 1304.26 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.412;QD=62.1076;RBI=0.0365591;REFB=0;REVB=0.0313215;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18571e-06;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:84:0:0:80:84:1:38:42:0:0:41:43:0:0 chr3 111923123 . G A 1783.78 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351309;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.166;QD=60.9839;RBI=0.0059597;REFB=0;REVB=0.00481417;RO=0;SAF=49;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4268e-05;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:116:117:1:67:49:0:0:68:49:0:0 chr3 111962851 . T C 641.58 PASS AF=0.452055;AO=66;DP=146;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0107123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.35;QD=17.5774;RBI=0.024332;REFB=-0.00413787;REVB=0.021847;RO=80;SAF=21;SAR=45;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213622;STB=0.619229;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00647341;OID=.;OPOS=111962851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:80:80:66:66:0.452055:45:21:42:38:45:21:42:38 chr3 111981849 . C T 437.24 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0709523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5907;QD=14.3357;RBI=0.0723203;REFB=-0.0128358;REVB=0.0139994;RO=71;SAF=30;SAR=20;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113099;STB=0.559976;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0190883;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:72:50:50:0.409836:20:30:35:36:20:30:36:36 chr3 111981878 . T C 354.73 PASS AF=0.393939;AO=35;DP=95;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0197765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.594;QD=14.3323;RBI=0.0197768;REFB=-0.0138951;REVB=-0.000111165;RO=59;SAF=22;SAR=13;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116646;STB=0.585669;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0269028;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:59:60:35:39:0.393939:13:22:31:28:13:26:32:28 chr3 111981924 . T C 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.000991705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8664;QD=9.217;RBI=0.0100146;REFB=0.00268985;REVB=0.00996542;RO=37;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142134;STB=0.584803;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00416665;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:8:8:23:14:8:8:23:14 chr3 111985107 . T C 1481.91 PASS AF=0.455621;AO=154;DP=338;FAO=154;FDP=338;FR=.;FRO=184;FSAF=90;FSAR=64;FSRF=86;FSRR=98;FWDB=-0.000399935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.582;QD=17.5373;RBI=0.0324824;REFB=-0.0122108;REVB=0.0324799;RO=184;SAF=90;SAR=64;SRF=86;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116047;STB=0.564146;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0168671;OID=.;OPOS=111985107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:184:184:154:154:0.455621:64:90:86:98:64:90:86:98 chr3 111996554 . T C 606.93 PASS AF=0.525862;AO=60;DP=115;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0411424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.375;QD=20.9286;RBI=0.0433831;REFB=-0.0362221;REVB=-0.0137623;RO=54;SAF=25;SAR=35;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581081;STB=0.539596;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0261983;OID=.;OPOS=111996554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:54:55:60:61:0.525862:35:25:19:35:35:26:19:36 chr3 112059768 . C G 1606.52 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.125;QD=60.0566;RBI=0.0634303;REFB=0;REVB=0.024586;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95555e-05;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:59:48:0:0:59:48:0:0 chr3 112066562 . G A 2740.08 PASS AF=1;AO=175;DP=177;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443019;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.811;QD=62.6303;RBI=0.0443133;REFB=0;REVB=-0.00100902;RO=0;SAF=71;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7043e-06;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:175:0:0:175:175:1:104:71:0:0:104:71:0:0 chr3 112081560 . T TTA 944.01 PASS AF=0.791209;AO=64;DP=141;FAO=72;FDP=91;FR=.;FRO=19;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0488231;FXX=0.0520779;HRUN=3;LEN=2;MLLD=180.477;QD=41.4948;RBI=0.0731883;REFB=-0.141946;REVB=0.0545238;RO=67;SAF=28;SAR=36;SRF=18;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163059;STB=0.504949;STBP=0.865;TYPE=ins;VARB=0.0423125;OID=.;OPOS=112081561;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.791209:64:141:72:91:19:32:40:8:11:99:67:28:36:18:49 chr3 112184772 . A G 318.99 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0462899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.024;QD=13.2912;RBI=0.0488994;REFB=-0.0167665;REVB=-0.0157606;RO=59;SAF=15;SAR=21;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788413;STB=0.5;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0282673;OID=.;OPOS=112184772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:60:36:36:0.375:21:15:25:34:21:15:25:35 chr3 112185025 . G A 648.62 PASS AF=0.44375;AO=71;DP=161;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=0.00223612;FXX=0.0123449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.942;QD=16.2156;RBI=0.00389048;REFB=-0.0111841;REVB=0.00318365;RO=89;SAF=33;SAR=38;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722896;STB=0.540202;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0118037;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:89:89:71:71:0.44375:38:33:35:54:38:33:35:54 chr3 112190137 . G T 2438.85 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.934;QD=61.3546;RBI=0.0238726;REFB=0;REVB=0.0204633;RO=0;SAF=61;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95523e-05;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:98:61:0:0:98:61:0:0 chr3 112256630 . A G 532.75 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0324734;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.115;QD=22.9138;RBI=0.0325179;REFB=-0.0270185;REVB=-0.00170038;RO=43;SAF=21;SAR=29;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386149;STB=0.521254;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0219807;OID=.;OPOS=112256630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:43:43:50:50:0.537634:29:21:20:23:29:21:20:23 chr3 112299732 . A G 222.25 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0319337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.061;QD=12.5209;RBI=0.0393953;REFB=-0.013032;REVB=-0.0230701;RO=44;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143151;STB=0.582379;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0312997;OID=.;OPOS=112299732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:17:10:22:22:17:10:22:22 chr3 112546320 . C T 953.88 PASS AF=0.450893;AO=101;DP=225;FAO=101;FDP=224;FR=.;FRO=123;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=73;FWDB=-0.00516721;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.273;QD=17.0335;RBI=0.00822255;REFB=0.00166003;REVB=-0.00639612;RO=122;SAF=54;SAR=47;SRF=50;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122745;STB=0.570007;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0021948;OID=.;OPOS=112546320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:122:123:101:101:0.450893:47:54:50:72:47:54:50:73 chr3 112546473 . G A 339.25 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0237832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.596;QD=11.5982;RBI=0.0238764;REFB=-0.00588544;REVB=-0.00210719;RO=75;SAF=8;SAR=34;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337539;STB=0.696199;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0159503;OID=.;OPOS=112546473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:75:75:42:42:0.358974:34:8:33:42:34:8:33:42 chr3 112642568 . C G 904.12 PASS AF=0.433628;AO=98;DP=226;FAO=98;FDP=226;FR=.;FRO=128;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=59;FSRR=69;FWDB=-0.00471208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5703;QD=16.0021;RBI=0.0457614;REFB=0.0234693;REVB=0.0455181;RO=128;SAF=47;SAR=51;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190327;STB=0.51059;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0254195;OID=.;OPOS=112642568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:128:128:98:98:0.433628:51:47:59:69:51:47:59:69 chr3 112647832 . A C 503.91 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0323018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.087;QD=18.8377;RBI=0.0414939;REFB=-0.0147545;REVB=-0.0260449;RO=54;SAF=28;SAR=25;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109898;STB=0.560764;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0172972;OID=.;OPOS=112647832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:25:28:22:32:25:28:22:32 chr3 112647988 . C T 275.96 PASS AF=0.330275;AO=36;DP=109;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0130658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.616;QD=10.1269;RBI=0.0169279;REFB=-0.0060173;REVB=0.0107628;RO=72;SAF=13;SAR=23;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163612;STB=0.590929;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0103384;OID=.;OPOS=112647988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:73:36:36:0.330275:23:13:36:36:23:13:36:37 chr3 112648125 . G T 568.09 PASS AF=0.392857;AO=66;DP=168;FAO=66;FDP=168;FR=.;FRO=102;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=0.00580386;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.709;QD=13.5259;RBI=0.00826463;REFB=-0.0202659;REVB=0.00588381;RO=102;SAF=23;SAR=43;SRF=41;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619208;STB=0.534981;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00957631;OID=.;OPOS=112648125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:102:102:66:66:0.392857:43:23:41:61:43:23:41:61 chr3 112648222 . T C 850.48 PASS AF=0.44878;AO=92;DP=204;FAO=92;FDP=205;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=44;FSRR=69;FWDB=0.0229639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4277;QD=16.5947;RBI=0.0242763;REFB=-0.00202459;REVB=0.007874;RO=111;SAF=36;SAR=56;SRF=44;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526217;STB=0.501113;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00264947;OID=.;OPOS=112648222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:111:113:92:92:0.44878:56:36:44:67:56:36:44:69 chr3 112710242 . T C 303.4 PASS AF=0.397727;AO=33;DP=86;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0167873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.094;QD=13.791;RBI=0.0176971;REFB=-0.00920468;REVB=-0.00560123;RO=51;SAF=9;SAR=24;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533436;STB=0.525277;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0160148;OID=.;OPOS=112710242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:51:53:33:35:0.397727:24:9:16:35:25:10:17:36 chr3 112727184 . A T 1556.37 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000292904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.947;QD=58.7308;RBI=0.00571442;REFB=-0.0296362;REVB=0.00570691;RO=1;SAF=38;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123238;STB=0.506492;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000276581;OID=.;OPOS=112727184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:67:38:1:0:67:38:1:0 chr3 112935138 . C G 580.39 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=148;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=61;FWDB=0.00465787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.813;QD=15.6862;RBI=0.00817946;REFB=-0.0114975;REVB=-0.00672368;RO=85;SAF=27;SAR=35;SRF=25;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152384;STB=0.587462;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0132809;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:85:86:62:62:0.418919:35:27:25:60:35:27:25:61 chr3 112991312 . C T 229.34 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0212077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.176;QD=14.1129;RBI=0.04995;REFB=-0.00901085;REVB=0.0452243;RO=38;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706158;STB=0.540091;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0198841;OID=.;OPOS=112991312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:16:11:13:25:16:11:13:25 chr3 112991959 . C T 1466.42 PASS AF=0.442529;AO=154;DP=346;FAO=154;FDP=348;FR=.;FRO=194;FSAF=85;FSAR=69;FSRF=102;FSRR=92;FWDB=0.0518708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.9814;QD=16.8554;RBI=0.0552723;REFB=0.0244078;REVB=0.0190903;RO=189;SAF=85;SAR=69;SRF=99;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282308;STB=0.514704;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0198812;OID=.;OPOS=112991959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:348:189:194:154:154:0.442529:69:85:99:90:69:85:102:92 chr3 112992173 . C T 1073.4 PASS AF=0.568182;AO=100;DP=178;FAO=100;FDP=176;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0469987;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6791;QD=24.3955;RBI=0.0531283;REFB=-0.0144687;REVB=0.0247737;RO=76;SAF=44;SAR=56;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473679;STB=0.525749;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0111561;OID=.;OPOS=112992173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:76:76:100:100:0.568182:56:44:29:47:56:44:29:47 chr3 112997554 . A G 393.14 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0281228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7795;QD=13.6742;RBI=0.0437153;REFB=-0.00313887;REVB=0.0334685;RO=69;SAF=24;SAR=22;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461026;STB=0.526066;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00471466;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:69:46:46:0.4:22:24:33:36:22:24:33:36 chr3 112998265 . A G 1089.39 PASS AF=0.43985;AO=117;DP=266;FAO=117;FDP=266;FR=.;FRO=149;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=54;FSRR=95;FWDB=-0.0122007;FXX=0.029196;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.125;QD=16.3818;RBI=0.0130879;REFB=-0.00644246;REVB=-0.00473658;RO=144;SAF=50;SAR=67;SRF=49;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900449;STB=0.537557;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00828235;OID=.;OPOS=112998265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:144:149:117:117:0.43985:67:50:49:95:67:50:54:95 chr3 113010466 . T C 5458.66 PASS AF=0.991549;AO=350;DP=352;FAO=352;FDP=355;FR=.;FRO=3;FSAF=159;FSAR=193;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0139256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.605;QD=61.5061;RBI=0.0227834;REFB=-0.150353;REVB=0.0180322;RO=1;SAF=158;SAR=192;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247859;STB=0.50101;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000237128;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:352:355:1:3:350:352:0.991549:192:158:0:1:193:159:1:2 chr3 113022870 . T C 2128.29 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000293533;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0999;QD=63.0605;RBI=0.0187935;REFB=0;REVB=0.0187912;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45298e-05;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:135:0:0:135:135:1:73:62:0:0:73:62:0:0 chr3 113049063 . C T 550.02 PASS AF=0.460317;AO=55;DP=122;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0044041;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.181;QD=17.4608;RBI=0.00755209;REFB=-0.0160934;REVB=-0.00613498;RO=67;SAF=33;SAR=22;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107453;STB=0.556932;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0167861;OID=.;OPOS=113049063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:67:68:55:58:0.460317:22:33:33:34:23:35:34:34 chr3 113373930 . A G 1641.66 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000130527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3912;QD=59.1588;RBI=0.00220806;REFB=-0.0912271;REVB=0.0022042;RO=1;SAF=34;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620617;STB=0.503267;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0010032;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:76:34:0:1:76:34:0:1 chr3 113377505 . T G 700.35 PASS AF=0.57265;AO=67;DP=117;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.010694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.358;QD=23.9435;RBI=0.0301444;REFB=-0.020516;REVB=0.0281838;RO=50;SAF=36;SAR=31;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169055;STB=0.592078;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.015904;OID=.;OPOS=113377505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:50:50:67:67:0.57265:31:36:16:34:31:36:16:34 chr3 113557787 . AGCC A 712.13 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539947;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=3;MLLD=342.407;QD=63.3002;RBI=0.00651007;REFB=0;REVB=-0.00363685;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.99428e-06;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:46:45:45:0:19:26:0:0:4:0:19:26:0:0 chr3 113588445 . T C 56.19 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0630519;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0474;QD=9.77159;RBI=0.0905578;REFB=0.0143156;REVB=0.0650014;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104179;STB=0.529339;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0201108;OID=.;OPOS=113588445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:23:13:15:8:8:0.347826:5:3:5:8:5:3:5:10 chr3 113655207 . C T 508.97 PASS AF=0.352273;AO=61;DP=175;FAO=62;FDP=176;FR=.;FRO=114;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=65;FSRR=49;FWDB=0.0216365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2013;QD=11.5674;RBI=0.0284296;REFB=9.13907e-05;REVB=-0.0184419;RO=113;SAF=34;SAR=27;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103729;STB=0.50373;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00010141;OID=.;OPOS=113655207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:113:114:61:62:0.352273:27:34:64:49:27:35:65:49 chr3 113673125 . A G 365.13 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.031151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9231;QD=16.0498;RBI=0.0343145;REFB=0.00369064;REVB=0.0143909;RO=50;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168718;STB=0.603124;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00762765;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:52:39:39:0.428571:20:19:16:34:20:19:16:36 chr3 113801826 . C T 452.38 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0467534;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5207;QD=19.2503;RBI=0.0509888;REFB=-0.0101948;REVB=-0.0203466;RO=50;SAF=11;SAR=34;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177464;STB=0.591604;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0100004;OID=.;OPOS=113801826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:50:49:45:45:0.478723:34:11:20:30:34:11:19:30 chr3 113858350 . C T 3057.33 PASS AF=1;AO=196;DP=201;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604573;FXX=0.0285701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.58;QD=59.9476;RBI=0.0244953;REFB=-0.0882409;REVB=0.0237375;RO=0;SAF=92;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250108;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:201:204:0:0:196:204:1:104:92:0:0:107:97:0:0 chr3 113890815 . C T 3172.28 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.192;QD=64.0865;RBI=0.0175518;REFB=0;REVB=-0.0136346;RO=0;SAF=93;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12049e-06;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:198:198:1:105:93:0:0:105:93:0:0 chr3 113955164 . T G 330.75 PASS AF=0.418605;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0118424;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.963;QD=15.3838;RBI=0.0182346;REFB=0.000915149;REVB=-0.0138656;RO=49;SAF=11;SAR=24;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271493;STB=0.663917;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.000936313;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:49:50:35:36:0.418605:24:11:28:21:25:11:29:21 chr3 113955265 . G A 524.78 PASS AF=0.330049;AO=67;DP=203;FAO=67;FDP=203;FR=.;FRO=136;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=69;FWDB=-0.00121233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.8;QD=10.3405;RBI=0.0157052;REFB=-0.00634084;REVB=-0.0156584;RO=136;SAF=27;SAR=40;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105868;STB=0.560924;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0124075;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:136:136:67:67:0.330049:40:27:67:69:40:27:67:69 chr3 113955320 . C T 399.49 PASS AF=0.325;AO=52;DP=160;FAO=52;FDP=160;FR=.;FRO=108;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=-0.0534523;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5929;QD=9.98725;RBI=0.0562151;REFB=-8.26384e-05;REVB=-0.0174068;RO=103;SAF=24;SAR=28;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287081;STB=0.524263;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=6.78001e-05;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:103:108:52:52:0.325:28:24:45:58:28:24:46:62 chr3 113955820 . G C 573.57 PASS AF=0.404908;AO=66;DP=163;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.00212427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.157;QD=14.0753;RBI=0.00237028;REFB=-0.000538971;REVB=-0.00105152;RO=97;SAF=27;SAR=39;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260041;STB=0.514625;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.000781692;OID=.;OPOS=113955820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:97:97:66:66:0.404908:39:27:42:55:39:27:42:55 chr3 116301660 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.939;QD=61.3364;RBI=0.0294768;REFB=0;REVB=-0.0189763;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18215e-05;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr3 116683964 . G C 12081.9 PASS AF=1;AO=763;DP=771;FAO=765;FDP=765;FR=.;FRO=0;FSAF=343;FSAR=422;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298035;FXX=0.0116278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.128;QD=63.1736;RBI=0.0394157;REFB=-0.0451972;REVB=0.0257943;RO=5;SAF=342;SAR=421;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00190779;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116187;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:771:765:5:0:763:765:1:421:342:3:2:422:343:0:0 chr3 118269774 . A G 1013.99 PASS AF=0.518519;AO=96;DP=188;FAO=98;FDP=189;FR=.;FRO=91;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=0.00627681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.511;QD=21.4602;RBI=0.00662111;REFB=-0.0216198;REVB=0.0021073;RO=91;SAF=58;SAR=38;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185214;STB=0.599482;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0231073;OID=.;OPOS=118269774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:91:91:96:98:0.518519:38:58:36:55:39:59:36:55 chr3 118381320 . C A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.76;QD=57.2374;RBI=0.0250683;REFB=0;REVB=0.00850889;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89664e-05;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr3 118649060 . G T 860.89 PASS AF=0.537975;AO=85;DP=158;FAO=85;FDP=158;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0185321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.158;QD=21.7946;RBI=0.0334596;REFB=-0.00352441;REVB=0.0278587;RO=72;SAF=38;SAR=47;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377441;STB=0.523379;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00340408;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:72:73:85:85:0.537975:47:38:29:43:47:38:29:44 chr3 118865332 . A G 1320.92 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2498;QD=62.1611;RBI=0.0528953;REFB=0;REVB=0.0332938;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441246;OID=.;OPOS=118865332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:38:45:0:0:38:47:0:0 chr3 118865609 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.831;QD=62.6709;RBI=0.0248159;REFB=0;REVB=0.0203435;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62364e-05;OID=.;OPOS=118865609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr3 118867047 . C G 1111.57 PASS AF=0.938272;AO=74;DP=81;FAO=76;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0217117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.45;QD=54.8925;RBI=0.0218996;REFB=-0.0214721;REVB=0.00286261;RO=3;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036821;STB=0.518982;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00175165;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:74:76:0.938272:37:37:0:3:38:38:0:3 chr3 118909159 . A G 875.04 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8002;QD=57.3799;RBI=0.0635086;REFB=0;REVB=0.029062;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489123;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:32:27:0:0:33:28:0:0 chr3 118945796 . G C 3803.06 PASS AF=1;AO=236;DP=238;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298942;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.913;QD=63.3843;RBI=0.0380331;REFB=0;REVB=0.0235129;RO=0;SAF=138;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393686;OID=.;OPOS=118945796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:240:0:0:236:240:1:98:138:0:0:100:140:0:0 chr3 119118104 . A G 903.01 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.585;QD=58.2586;RBI=0.0943461;REFB=0;REVB=0.085902;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507351;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:20:41:0:0:21:41:0:0 chr3 119133183 . G A 1235.34 PASS AF=0.954023;AO=82;DP=86;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0392025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.808;QD=56.7973;RBI=0.0540208;REFB=-0.0138891;REVB=0.0371673;RO=3;SAF=41;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333936;STB=0.511767;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000899794;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:87:3:4:82:83:0.954023:41:41:3:0:42:41:3:1 chr3 119196166 . T C 1907.98 PASS AF=0.935714;AO=128;DP=140;FAO=131;FDP=140;FR=.;FRO=9;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0228349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8402;QD=54.5138;RBI=0.0899492;REFB=-0.155262;REVB=0.0870025;RO=9;SAF=63;SAR=65;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613881;STB=0.523848;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0113117;OID=.;OPOS=119196166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:140:140:9:9:128:131:0.935714:65:63:0:9:68:63:1:8 chr3 119197285 . A G 2216.6 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4304;QD=63.3314;RBI=0.00742754;REFB=0;REVB=0.00229077;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57406e-05;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:69:71:0:0:69:71:0:0 chr3 119248301 . G A 6292.19 PASS AF=1;AO=392;DP=393;FAO=393;FDP=393;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=246;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037742;FXX=0.00506316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0002;QD=64.0426;RBI=0.0493223;REFB=0;REVB=-0.0317527;RO=0;SAF=146;SAR=246;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35956e-06;OID=.;OPOS=119248301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:393:393:0:0:392:393:1:246:146:0:0:246:147:0:0 chr3 119248321 . A G 4534.04 PASS AF=1;AO=117;DP=300;FAO=311;FDP=311;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=118;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000359928;FXX=0.077149;HRUN=9;LEN=1;MLLD=241.652;QD=58.3157;RBI=0.00925273;REFB=-0.0294234;REVB=-0.00924573;RO=0;SAF=69;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249802;OID=.;OPOS=119248321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:300:311:0:0:117:311:1:48:69:0:0:193:118:0:0 chr3 119305169 . G A 331.49 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0137431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.913;QD=18.6757;RBI=0.0391623;REFB=-0.0207219;REVB=-0.0366717;RO=34;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141453;STB=0.563717;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0180391;OID=.;OPOS=119305169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:34:36:35:35:0.492958:19:16:21:13:19:16:21:15 chr3 119327653 . T C 1127.48 PASS AF=0.53;AO=106;DP=200;FAO=106;FDP=200;FR=.;FRO=94;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.00504103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.995;QD=22.5495;RBI=0.0215089;REFB=0.00858536;REVB=0.0209098;RO=94;SAF=53;SAR=53;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091451;STB=0.504999;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00724522;OID=.;OPOS=119327653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:94:94:106:106:0.53:53:53:46:48:53:53:46:48 chr3 119331874 . C T 507.11 PASS AF=0.4375;AO=55;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=-0.00962497;FXX=0.0153834;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.439;QD=15.847;RBI=0.0211904;REFB=-0.00993736;REVB=-0.0188784;RO=72;SAF=24;SAR=31;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932014;STB=0.547328;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0101396;OID=.;OPOS=119331874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:72:55:56:0.4375:31:24:25:47:32:24:25:47 chr3 119331892 . C G 618.6 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0201976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.713;QD=17.6742;RBI=0.0386746;REFB=-0.0250818;REVB=-0.0329815;RO=76;SAF=26;SAR=38;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386205;STB=0.521449;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0278016;OID=.;OPOS=119331892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:76:76:64:64:0.457143:38:26:28:48:38:26:28:48 chr3 119338956 . A G 1094.21 PASS AF=0.441948;AO=118;DP=267;FAO=118;FDP=267;FR=.;FRO=149;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=69;FSRR=80;FWDB=-0.0182981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.582;QD=16.3926;RBI=0.0218621;REFB=-0.00531636;REVB=0.0119637;RO=149;SAF=47;SAR=71;SRF=69;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668699;STB=0.537136;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0065754;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:149:149:118:118:0.441948:71:47:69:80:71:47:69:80 chr3 119367390 . T C 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.931;QD=61.5695;RBI=0.0328104;REFB=0;REVB=0.0241047;RO=0;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86815e-05;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:68:54:0:0:68:54:0:0 chr3 119395662 . C G 3204.8 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293944;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.991;QD=61.9285;RBI=0.0058603;REFB=0;REVB=0.00506979;RO=0;SAF=114;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10917e-05;OID=.;OPOS=119395662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:207:0:0:207:207:1:93:114:0:0:93:114:0:0 chr3 119426307 . T C 719.78 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.050834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4404;QD=58.7578;RBI=0.0731521;REFB=-0.198659;REVB=0.0526034;RO=2;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00518874;STB=0.503104;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00527752;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:49:2:2:46:47:0.959184:20:26:1:1:20:27:1:1 chr3 119434527 . G C 2885.0 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.82;QD=63.06;RBI=0.0259324;REFB=0;REVB=0.000209517;RO=0;SAF=90;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67597e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:93:90:0:0:93:90:0:0 chr3 119530472 . GTGCAGGGGC G 556.73 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00490107;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=9;MLLD=309.375;QD=18.2535;RBI=0.0154131;REFB=-0.0167777;REVB=-0.0146131;RO=57;SAF=21;SAR=37;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151934;STB=0.55025;STBP=0.32;TYPE=del;VARB=0.0151267;OID=.;OPOS=119530473;OREF=TGCAGGGGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47541:58:124:58:122:64:21:37:29:35:99:57:21:37:30:27 chr3 119533910 . T C 3558.35 PASS AF=1;AO=226;DP=228;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335515;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.521;QD=62.9797;RBI=0.0389947;REFB=0;REVB=0.0198716;RO=0;SAF=108;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013591;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:226:0:0:226:226:1:118:108:0:0:118:108:0:0 chr3 119886548 . G C 1440.99 PASS AF=0.989247;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0278432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.082;QD=61.978;RBI=0.0506119;REFB=-0.107463;REVB=0.0422649;RO=1;SAF=42;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111504;STB=0.505881;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000389806;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:93:1:1:89:92:0.989247:47:42:1:0:50:42:1:0 chr3 119886776 . T A 3178.3 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478976;FXX=0.0099995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.257;QD=64.2081;RBI=0.036321;REFB=0;REVB=0.0360038;RO=0;SAF=98;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31872e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36555e-06;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:198:0:0:198:198:1:100:98:0:0:100:98:0:0 chr3 120389316 . T A 743.09 PASS AF=0.427807;AO=80;DP=187;FAO=80;FDP=187;FR=.;FRO=107;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=-0.0237464;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.55;QD=15.8949;RBI=0.024004;REFB=-0.0225726;REVB=0.0035074;RO=106;SAF=43;SAR=37;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094399;STB=0.502754;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0263346;OID=.;OPOS=120389316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:106:107:80:80:0.427807:37:43:56:50:37:43:57:50 chr3 120500093 . C T 475.31 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0535983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4942;QD=19.2045;RBI=0.0592542;REFB=0.010311;REVB=0.0252642;RO=52;SAF=25;SAR=22;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192257;STB=0.606597;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0124498;OID=.;OPOS=120500093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:22:25:17:35:22:25:17:35 chr3 121137976 . C T 1491.59 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.958;QD=63.4717;RBI=0.0390287;REFB=0;REVB=0.0191394;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74313e-05;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chr3 121138015 . C T 1028.73 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799692;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9526;QD=59.6367;RBI=0.0142896;REFB=0;REVB=-0.0118424;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231635;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr3 121143384 . C CT 2549.95 PASS AF=1;AO=208;DP=231;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480828;FXX=0.0183478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0052;QD=47.6627;RBI=0.0493072;REFB=0;REVB=-0.0109199;RO=20;SAF=81;SAR=127;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00024241;OID=.;OPOS=121143385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:208:231:214:214:0:84:130:0:0:46:20:81:127:18:2 chr3 121154974 . T C 2742.42 PASS AF=0.988827;AO=177;DP=180;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.033985;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.713;QD=61.2832;RBI=0.0340483;REFB=-0.0506624;REVB=0.00207435;RO=2;SAF=86;SAR=91;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103464;STB=0.505434;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000167618;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:180:179:2:2:177:177:0.988827:91:86:0:2:91:86:0:2 chr3 121208176 . T C 1952.07 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2769;QD=61.9705;RBI=0.0769268;REFB=0;REVB=0.0730159;RO=0;SAF=63;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373084;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:62:63:0:0:63:63:0:0 chr3 121208833 . G C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.604;QD=59.5017;RBI=0.0222451;REFB=0;REVB=-0.0220354;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77068e-05;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr3 121238749 . G A 1770.32 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776387;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.326;QD=61.0454;RBI=0.0875555;REFB=0;REVB=-0.0872106;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162387;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:59:57:0:0:59:57:0:0 chr3 121263720 . C A 1936.8 PASS AF=0.984615;AO=123;DP=127;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0266414;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.373;QD=59.5938;RBI=0.0512196;REFB=-0.0821575;REVB=0.0437456;RO=2;SAF=68;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162404;STB=0.500976;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00439942;OID=.;OPOS=121263720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:130:2:2:123:128:0.984615:55:68:1:1:56:72:1:1 chr3 121340536 . T C 3954.91 PASS AF=1;AO=246;DP=249;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698092;FXX=0.0119995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9948;QD=64.0471;RBI=0.0720156;REFB=0;REVB=-0.0176897;RO=0;SAF=121;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367449;OID=.;OPOS=121340536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:247:0:0:246:247:1:125:121:0:0:125:122:0:0 chr3 121341383 . T C 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00668094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.217;QD=19.0766;RBI=0.00773321;REFB=-0.0208921;REVB=0.00389455;RO=39;SAF=10;SAR=28;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131825;STB=0.57373;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0238939;OID=.;OPOS=121341383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:28:10:15:24:28:10:15:24 chr3 121350966 . C G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.68;QD=58.2396;RBI=0.0707327;REFB=0;REVB=0.0421281;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255733;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr3 121351315 . G A,GGGCTCAGGCTCA 233.34 PASS AF=0.0769231,0.230769;AO=9,25;DP=109;FAO=8,24;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=4,12;FSAR=4,12;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.018647,-0.0302634;FXX=0.0095229;HRUN=3,3;LEN=1,12;MLLD=215.787,145.286;QD=8.97453;RBI=0.0491758,0.0427477;REFB=-0.00580256,-0.00926111;REVB=-0.0455033,-0.030191;RO=71;SAF=4,14;SAR=5,11;SRF=35;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0577638,0.082337;STB=0.524938,0.520816;STBP=0.911,0.825;TYPE=snp,ins;VARB=0.0300533,0.037479;OID=.,.;OPOS=121351315,121351316;OREF=G,-;OALT=A,GGCTCAGGCTCA;OMAPALT=A,GGGCTCAGGCTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:109:104:71:72:9,25:8,24:0.0769231,0.230769:5,11:4,14:35:36:4,12:4,12:38:34 chr3 121353254 . T C 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0521071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.461;QD=8.37074;RBI=0.0536486;REFB=-0.00614505;REVB=-0.0127677;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306342;STB=0.518834;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0582669;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:6:5:12:16:6:5:12:16 chr3 121354583 . G A 796.6 PASS AF=0.509434;AO=81;DP=159;FAO=81;FDP=159;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=0.00687996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.582;QD=20.0402;RBI=0.0272174;REFB=-0.0160498;REVB=0.0263334;RO=78;SAF=27;SAR=54;SRF=25;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129393;STB=0.507107;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0144391;OID=.;OPOS=121354583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:78:78:81:81:0.509434:54:27:25:53:54:27:25:53 chr3 121372875 . A G 205.37 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0205434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6878;QD=14.6695;RBI=0.0250334;REFB=-0.00636227;REVB=0.0143052;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236927;STB=0.634394;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00969043;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:14:10:21:11:14:10:21:11 chr3 121373058 . T C 599.03 PASS AF=0.630952;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0278404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3075;QD=28.5251;RBI=0.0288206;REFB=0.00756522;REVB=-0.00745264;RO=31;SAF=30;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781412;STB=0.542479;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00333074;OID=.;OPOS=121373058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:31:31:53:53:0.630952:23:30:14:17:23:30:14:17 chr3 121373111 . T C 415.46 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0109289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.71;QD=27.6971;RBI=0.0225765;REFB=-0.0162915;REVB=0.0197549;RO=21;SAF=22;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568984;STB=0.531018;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00742215;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:17:22:10:11:17:22:10:11 chr3 121374361 . G A 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0452972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.942;QD=12.3037;RBI=0.061295;REFB=0.00496587;REVB=0.0412946;RO=43;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164371;STB=0.594133;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00976306;OID=.;OPOS=121374361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:13:13:15:28:13:13:15:28 chr3 121414061 . C T 346.54 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=111;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00654145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.419;QD=12.488;RBI=0.0100462;REFB=-0.0103647;REVB=0.00762468;RO=69;SAF=19;SAR=23;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600019;STB=0.534177;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0162626;OID=.;OPOS=121414061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:69:42:42:0.378378:23:19:35:34:23:19:35:34 chr3 121415720 . T C 721.96 PASS AF=0.493056;AO=70;DP=145;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00539893;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.071;QD=20.0544;RBI=0.0133499;REFB=-0.0182062;REVB=0.0122095;RO=73;SAF=32;SAR=38;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838897;STB=0.542103;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.017226;OID=.;OPOS=121415720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:73:73:70:71:0.493056:38:32:40:33:38:33:40:33 chr3 121435621 . T C 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0410505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8855;QD=30.5922;RBI=0.0504716;REFB=-0.0102493;REVB=0.029364;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148436;STB=0.583171;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00661516;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:2:0:5:5:2:0 chr3 121435624 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00618483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.839;QD=30.5927;RBI=0.0174509;REFB=-0.0489051;REVB=0.0163182;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148436;STB=0.583171;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00196779;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:2:0:5:5:2:0 chr3 121488995 . C G 354.16 PASS AF=0.5;AO=32;DP=71;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0165956;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5462;QD=19.1437;RBI=0.0249863;REFB=-0.0196469;REVB=-0.018679;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469667;STB=0.514256;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0345636;OID=.;OPOS=121488995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:36:37:32:37:0.5:18:14:14:22:23:14:15:22 chr3 121526204 . G A 219.62 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0170211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5958;QD=17.5695;RBI=0.0430357;REFB=-0.034374;REVB=-0.0395267;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852867;STB=0.548345;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0325798;OID=.;OPOS=121526204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:14:8:8:20:14:8:8:20 chr3 121563355 . T C 854.31 PASS AF=0.483333;AO=87;DP=180;FAO=87;FDP=180;FR=.;FRO=93;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.0384166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.799;QD=18.9846;RBI=0.0384595;REFB=-0.00453495;REVB=-0.00181541;RO=92;SAF=41;SAR=46;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341993;STB=0.521382;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00497574;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:92:93:87:87:0.483333:46:41:40:52:46:41:40:53 chr3 121641693 . G A 1287.55 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.699;QD=60.5907;RBI=0.0225482;REFB=-0.130101;REVB=0.0125945;RO=1;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919817;STB=0.504853;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00052157;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:51:33:0:1:51:33:0:1 chr3 121642048 . A T 1604.95 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0656393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6009;QD=58.8972;RBI=0.0957783;REFB=0.0893294;REVB=-0.0697493;RO=1;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090403;STB=0.504761;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0132203;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:1:1:107:108:0.990826:52:55:0:1:52:56:0:1 chr3 121643170 . A T 1461.94 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.648;QD=62.21;RBI=0.0186692;REFB=-0.0893161;REVB=-0.0180522;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449252;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:94:0:0:93:94:1:52:41:0:0:52:42:0:0 chr3 121643804 . C T 2125.49 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.773;QD=61.1653;RBI=0.0778111;REFB=-0.018654;REVB=-0.0740713;RO=2;SAF=62;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150865;STB=0.503936;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000246484;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:2:1:137:138:0.992806:75:62:2:0:75:63:1:0 chr3 121646641 . A G 1921.21 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122897;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.489;QD=60.9908;RBI=0.0211433;REFB=-0.0894241;REVB=-0.0172048;RO=1;SAF=57;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826295;STB=0.504347;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=9.85305e-05;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:126:1:1:125:125:0.992063:68:57:1:0:68:57:1:0 chr3 121647286 . C T 2333.97 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.45;QD=60.2314;RBI=0.0307331;REFB=0.000909399;REVB=0.00849396;RO=1;SAF=80;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638536;STB=0.503355;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=2.47913e-05;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:154:154:0.993548:74:80:0:1:74:80:0:1 chr3 121647396 . C T 454.74 PASS AF=0.443478;AO=50;DP=114;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00494151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3718;QD=15.8169;RBI=0.00976806;REFB=-0.00346899;REVB=0.00842594;RO=60;SAF=25;SAR=25;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130593;STB=0.5575;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.005747;OID=.;OPOS=121647396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:60:64:50:51:0.443478:25:25:22:38:25:26:26:38 chr3 121648168 . G A 786.62 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.684;QD=64.2142;RBI=0.0502912;REFB=0;REVB=-0.0095407;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05125e-05;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:15:33:0:0:15:34:0:0 chr3 121712051 . A C 2115.64 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191566;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6323;QD=61.7704;RBI=0.0779882;REFB=-0.0960542;REVB=0.0755989;RO=1;SAF=71;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664856;STB=0.503448;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00372997;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:137:1:1:135:136:0.992701:64:71:1:0:64:72:1:0 chr3 121825197 . G A 2922.75 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.6;QD=63.1947;RBI=0.0380587;REFB=0;REVB=-0.0272876;RO=0;SAF=96;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.94964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57568e-07;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:185:185:1:89:96:0:0:89:96:0:0 chr3 121836966 . TGA T 1347.97 PASS AF=1;AO=84;DP=89;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236038;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.429;QD=62.6961;RBI=0.0395319;REFB=0;REVB=0.0317117;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.36557e-05;OID=.;OPOS=121836967;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:89:86:86:0:36:50:0:0:7:0:35:49:0:0 chr3 121838319 . G A 2257.95 PASS AF=1;AO=137;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303295;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.235;QD=63.6041;RBI=0.00316204;REFB=0;REVB=0.000894259;RO=0;SAF=70;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55786e-06;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:137:142:1:67:70:0:0:72:70:0:0 chr3 121838791 . T C 3113.72 PASS AF=0.990244;AO=200;DP=205;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00495152;FXX=0.0596303;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.783;QD=60.7555;RBI=0.0122503;REFB=-0.152961;REVB=0.011205;RO=2;SAF=81;SAR=119;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185798;STB=0.500919;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=7.96823e-05;OID=.;OPOS=121838791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:205:205:2:2:200:203:0.990244:119:81:1:1:120:83:1:1 chr3 122003045 . G C 4190.76 PASS AF=1;AO=227;DP=270;FAO=270;FDP=270;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=136;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.24;QD=62.0853;RBI=0.0290315;REFB=0;REVB=0.0196574;RO=0;SAF=120;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190594;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:270:270:0:0:227:270:1:107:120:0:0:134:136:0:0 chr3 122003832 . G C 2461.65 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2628;QD=61.1589;RBI=0.030698;REFB=0;REVB=-0.026859;RO=0;SAF=81;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29815e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247392;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:160:161:1:79:81:0:0:79:82:0:0 chr3 122004218 . TA T,TT 33.18 PASS AF=0.101124,0.0449438;AO=28,4;DP=89;FAO=9,4;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=3,0;FSAR=6,4;FSRF=16;FSRR=60;FWDB=-0.0452592,-0.0759989;FXX=0.0111099;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.53505,25.8125;QD=1.49141;RBI=0.141535,0.0993833;REFB=-0.0792791,-0.0327101;REVB=-0.134103,-0.0640408;RO=47;SAF=7,0;SAR=21,4;SRF=11;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0235334,-0.450035;STB=0.634361,0.996025;STBP=0.487,0.176;TYPE=del,snp;VARB=0.079048,-0.0669774;OID=.,.;OPOS=122004219,122004219;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.101124,0.0449438:28,4:89:9,4:89:76:3,0:6,4:16:60:17:47:7,0:21,4:11:36 chr3 122078690 . A G 39.5 PASS AF=0.12;AO=3;DP=38;FAO=6;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=37;FWDB=-0.101913;FXX=0.0384541;HRUN=28;LEN=1;MLLD=122.462;QD=3.15961;RBI=0.101931;REFB=-0.00859296;REVB=-0.00188483;RO=29;SAF=1;SAR=2;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173329;STB=0.885664;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0218426;OID=.;OPOS=122078690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:38:50:29:43:3:6:0.12:2:1:6:23:2:4:6:37 chr3 122103120 . G A 929.9 PASS AF=0.465116;AO=82;DP=197;FAO=100;FDP=215;FR=.;FRO=115;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=69;FSRR=46;FWDB=0.00269949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.402;QD=17.3004;RBI=0.0194519;REFB=-0.024618;REVB=0.0192637;RO=112;SAF=32;SAR=50;SRF=67;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21402;STB=0.558711;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0301441;OID=.;OPOS=122103120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:215:112:115:82:100:0.465116:50:32:67:45:51:49:69:46 chr3 122140919 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00480802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.877;QD=16.4078;RBI=0.0115044;REFB=0.00579473;REVB=-0.0104515;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105865;STB=0.560726;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00921491;OID=.;OPOS=122140919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:13:8:14:15:13:8:14:15 chr3 122145470 . C A 424.15 PASS AF=0.428571;AO=47;DP=113;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00695948;FXX=0.00884877;HRUN=5;LEN=1;MLLD=318.371;QD=15.1482;RBI=0.00696434;REFB=0.0034783;REVB=-0.000260042;RO=64;SAF=18;SAR=29;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154119;STB=0.590871;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00412266;OID=.;OPOS=122145470;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:64:64:47:48:0.428571:29:18:34:30:30:18:34:30 chr3 122186188 . C T 1680.89 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215427;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.279;QD=60.5725;RBI=0.0292712;REFB=0;REVB=0.0291918;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60607e-05;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:58:53:0:0:58:53:0:0 chr3 122259606 . T C 1444.45 PASS AF=0.510791;AO=143;DP=279;FAO=142;FDP=278;FR=.;FRO=136;FSAF=65;FSAR=77;FSRF=66;FSRR=70;FWDB=-0.00478137;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.151;QD=20.7835;RBI=0.00739136;REFB=-0.0127559;REVB=0.00563655;RO=135;SAF=65;SAR=78;SRF=65;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240488;STB=0.513541;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0150069;OID=.;OPOS=122259606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:278:135:136:143:142:0.510791:78:65:65:70:77:65:66:70 chr3 122259640 . T C 1056.26 PASS AF=0.445344;AO=110;DP=247;FAO=110;FDP=247;FR=.;FRO=137;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=72;FSRR=65;FWDB=-0.0107114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.124;QD=17.1054;RBI=0.0254291;REFB=-0.0106794;REVB=0.023063;RO=137;SAF=50;SAR=60;SRF=72;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710601;STB=0.539418;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00843389;OID=.;OPOS=122259640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:137:137:110:110:0.445344:60:50:72:65:60:50:72:65 chr3 122277268 . G A 700.85 PASS AF=0.522727;AO=68;DP=132;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.00265352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.902;QD=21.2378;RBI=0.00357816;REFB=-0.014692;REVB=0.00240043;RO=63;SAF=33;SAR=35;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148056;STB=0.577387;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0086271;OID=.;OPOS=122277268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:63:63:68:69:0.522727:35:33:20:43:36:33:20:43 chr3 122288210 . G A 164.95 PASS AF=0.381818;AO=19;DP=50;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0209791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.093;QD=11.9967;RBI=0.024354;REFB=-0.0611506;REVB=0.012369;RO=31;SAF=15;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234865;STB=0.568794;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.057284;OID=.;OPOS=122288210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:31:34:19:21:0.381818:4:15:19:12:6:15:21:13 chr3 122296647 . G A 3464.61 PASS AF=0.405858;AO=387;DP=956;FAO=388;FDP=956;FR=.;FRO=568;FSAF=210;FSAR=178;FSRF=270;FSRR=298;FWDB=0.0188948;FXX=0.00104492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2728;QD=14.4963;RBI=0.0447037;REFB=-0.0161802;REVB=0.0405143;RO=545;SAF=210;SAR=177;SRF=251;SRR=294;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862929;STB=0.539157;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0195126;OID=.;OPOS=122296647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:956:956:545:568:387:388:0.405858:177:210:251:294:178:210:270:298 chr3 122354037 . A G 573.76 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=2;FWDB=-0.0127248;FXX=0.0333296;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.656;QD=26.3798;RBI=0.0286574;REFB=-0.0322704;REVB=-0.0256773;RO=20;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258549;STB=0.624227;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00533018;OID=.;OPOS=122354037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:20:24:43:44:0.505747:17:26:20:0:18:26:22:2 chr3 122354792 . G A 833.7 PASS AF=0.488506;AO=85;DP=175;FAO=85;FDP=174;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.0161362;FXX=0.00571396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.506;QD=19.1655;RBI=0.016413;REFB=0.00393454;REVB=0.00300179;RO=89;SAF=45;SAR=40;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325399;STB=0.517938;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00443194;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:89:89:85:85:0.488506:40:45:44:45:40:45:44:45 chr3 122437321 . T C 550.92 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00461904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.427;QD=24.2164;RBI=0.0246822;REFB=-0.022768;REVB=0.0242462;RO=40;SAF=19;SAR=32;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650952;STB=0.535732;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0144924;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:51:51:0.56044:32:19:18:22:32:19:18:22 chr3 122630323 . T G 995.35 PASS AF=0.47907;AO=103;DP=215;FAO=103;FDP=215;FR=.;FRO=112;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=-0.0137723;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.916;QD=18.5181;RBI=0.0283067;REFB=0.00213789;REVB=0.0247304;RO=112;SAF=41;SAR=62;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211659;STB=0.511674;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00231867;OID=.;OPOS=122630323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:112:112:103:103:0.47907:62:41:47:65:62:41:47:65 chr3 122630346 . T C 802.75 PASS AF=0.454054;AO=84;DP=185;FAO=84;FDP=185;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=0.0129682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2965;QD=17.3567;RBI=0.0130372;REFB=0.0233934;REVB=-0.00133926;RO=101;SAF=29;SAR=55;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644714;STB=0.53583;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.028472;OID=.;OPOS=122630346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:101:101:84:84:0.454054:55:29:41:60:55:29:41:60 chr3 122631896 . A T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00595768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.171;QD=16.9313;RBI=0.0216054;REFB=-0.0330431;REVB=-0.0207677;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0188789;OID=.;OPOS=122631896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:5:7:6:6:5:7 chr3 122642590 . G A 555.07 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0236308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.473;QD=22.427;RBI=0.0237613;REFB=-0.0140245;REVB=0.00248629;RO=46;SAF=13;SAR=39;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146752;STB=0.577608;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0127362;OID=.;OPOS=122642590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:46:47:52:52:0.525253:39:13:18:28:39:13:18:29 chr3 122680141 . A G 821.84 PASS AF=0.546099;AO=77;DP=141;FAO=77;FDP=141;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=18;FSRR=46;FWDB=-0.0298774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.5;QD=23.3146;RBI=0.0298869;REFB=-0.0097065;REVB=-0.000753163;RO=63;SAF=30;SAR=47;SRF=17;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106658;STB=0.5529;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00995647;OID=.;OPOS=122680141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:63:64:77:77:0.546099:47:30:17:46:47:30:18:46 chr3 122843110 . G T 1163.67 PASS AF=0.435986;AO=124;DP=287;FAO=126;FDP=289;FR=.;FRO=163;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=81;FSRR=82;FWDB=-0.00831652;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.246;QD=16.1062;RBI=0.0178807;REFB=-0.00119829;REVB=0.0158289;RO=153;SAF=54;SAR=70;SRF=79;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809899;STB=0.534331;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00211946;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:289:153:163:124:126:0.435986:70:54:79:74:71:55:81:82 chr3 122864436 . G A 1988.24 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.599;QD=62.1323;RBI=0.0309265;REFB=0;REVB=9.02466e-06;RO=0;SAF=46;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56475e-05;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:81:46:0:0:82:46:0:0 chr3 122869147 . G C 175.05 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.000720257;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.6831;QD=9.86206;RBI=0.00104711;REFB=-0.00764077;REVB=-0.000760046;RO=46;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148121;STB=0.584581;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.063226;OID=.;OPOS=122869147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:46:48:23:23:0.323944:11:12:18:28:11:12:19:29 chr3 122991021 . A T 642.84 PASS AF=0.41954;AO=70;DP=171;FAO=73;FDP=174;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=0.00109507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.995;QD=14.7779;RBI=0.00461121;REFB=-0.0148252;REVB=-0.0044793;RO=99;SAF=37;SAR=33;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283439;STB=0.503816;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0179025;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:174:99:101:70:73:0.41954:33:37:55:44:33:40:56:45 chr3 122991038 . C T 2693.72 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.96;QD=62.2825;RBI=0.0174195;REFB=0;REVB=0.0156733;RO=0;SAF=95;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00435e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65594e-05;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:169:173:0:0:169:173:1:74:95:0:0:75:98:0:0 chr3 123167249 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.118;QD=50.4134;RBI=0.0466808;REFB=0;REVB=0.0405845;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33841e-05;OID=.;OPOS=123167249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr3 123331774 . T TTAAG 153.7 PASS AF=0.409091;AO=11;DP=46;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0287313;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=4;MLLD=276.16;QD=13.9728;RBI=0.0310128;REFB=-0.00169431;REVB=-0.0116748;RO=29;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619944;STB=0.536043;STBP=0.689;TYPE=ins;VARB=0.00284687;OID=.;OPOS=123331775;OREF=-;OALT=TAAG;OMAPALT=TTAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:11:46:18:44:26:8:10:10:16:99:29:4:7:12:17 chr3 123357037 . A G 645.92 PASS AF=0.418605;AO=72;DP=173;FAO=72;FDP=172;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=73;FWDB=-0.0257746;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.16;QD=15.0215;RBI=0.0257815;REFB=0.00271519;REVB=-0.000596796;RO=99;SAF=25;SAR=47;SRF=26;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100301;STB=0.551052;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00426571;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:99:100:72:72:0.418605:47:25:26:73:47:25:27:73 chr3 123359271 . C T 741.95 PASS AF=0.5;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0269645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.9;QD=19.5251;RBI=0.0278553;REFB=-0.0123027;REVB=-0.0069879;RO=75;SAF=34;SAR=42;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417211;STB=0.519869;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0135433;OID=.;OPOS=123359271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:75:76:76:76:0.5:42:34:37:38:42:34:37:39 chr3 123368013 . A G 321.1 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0448371;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6024;QD=18.6146;RBI=0.050116;REFB=-0.0451503;REVB=0.0223885;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119204;STB=0.566248;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0353164;OID=.;OPOS=123368013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:35:34:34:0.492754:15:19:24:11:15:19:24:11 chr3 123418913 . G A 1707.78 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.269;QD=59.9223;RBI=0.00453687;REFB=0;REVB=-0.0027073;RO=1;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.51748e-06;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:1:0:113:114:1:64:49:0:1:65:49:0:0 chr3 123419116 . GTTC G 3124.36 PASS AF=0.953737;AO=267;DP=281;FAO=268;FDP=281;FR=.;FRO=13;FSAF=135;FSAR=133;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0118119;FXX=0.0140346;HRUN=2;LEN=3;MLLD=273.013;QD=44.4749;RBI=0.0443221;REFB=-0.0549637;REVB=0.0427191;RO=0;SAF=135;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76412e-08;STB=0.501607;STBP=0.849;TYPE=del;VARB=0.00173865;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.953737:267:281:268:281:13:135:133:7:6:5:0:135:132:0:0 chr3 123419288 . C T 3070.65 PASS AF=0.994898;AO=187;DP=188;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.95;QD=62.6663;RBI=0.0332953;REFB=-0.0375018;REVB=0.0279947;RO=1;SAF=74;SAR=113;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00639096;STB=0.502092;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=2.98357e-05;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:188:196:1:1:187:195:0.994898:113:74:1:0:119:76:0:1 chr3 123419573 . G T 3157.08 PASS AF=0.995192;AO=205;DP=208;FAO=207;FDP=208;FR=.;FRO=1;FSAF=112;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5973;QD=60.7131;RBI=0.0638868;REFB=-0.000387006;REVB=-0.0619466;RO=1;SAF=111;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427217;STB=0.502222;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000296797;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:208:208:1:1:205:207:0.995192:94:111:1:0:95:112:1:0 chr3 123419733 . A G 2634.21 PASS AF=1;AO=168;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543432;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.882;QD=61.9814;RBI=0.0653657;REFB=0;REVB=0.0363247;RO=0;SAF=76;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02044e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257251;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:168:170:1:92:76:0:0:92:78:0:0 chr3 123451773 . G C 2980.24 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.609;QD=63.4094;RBI=0.0262968;REFB=0;REVB=0.0147962;RO=0;SAF=91;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41808e-05;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:97:91:0:0:97:91:0:0 chr3 123452838 . G A 3831.0 PASS AF=1;AO=242;DP=246;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260055;FXX=0.00406488;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.773;QD=62.5469;RBI=0.0300532;REFB=-0.070597;REVB=0.0150635;RO=1;SAF=98;SAR=144;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483871;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16042e-05;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:246:245:1:0:242:245:1:144:98:1:0:144:101:0:0 chr3 123457893 . G A 840.61 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0311314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4633;QD=54.2332;RBI=0.032027;REFB=-0.0872611;REVB=0.00752095;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.529402;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00244852;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:0:2:60:60:0.967742:44:16:0:0:44:16:2:0 chr3 123634046 . G A 2875.97 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126417;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4586;QD=63.2081;RBI=0.0185536;REFB=0;REVB=-0.0135802;RO=0;SAF=81;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258267;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:182:0:0:182:182:1:101:81:0:0:101:81:0:0 chr3 123650179 . T G 351.66 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00865789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.278;QD=15.6294;RBI=0.0379014;REFB=-0.0187654;REVB=0.0368992;RO=52;SAF=19;SAR=19;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196846;STB=0.511105;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0281177;OID=.;OPOS=123650179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:19:19:27:25:19:19:27:25 chr3 123665902 . T G 947.75 PASS AF=0.397059;AO=107;DP=273;FAO=108;FDP=272;FR=.;FRO=164;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=73;FSRR=91;FWDB=-0.0140733;FXX=0.00366287;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9348;QD=13.9375;RBI=0.0849623;REFB=0.0180316;REVB=0.0837887;RO=165;SAF=50;SAR=57;SRF=73;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270358;STB=0.510832;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0259034;OID=.;OPOS=123665902;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:272:165:164:107:108:0.397059:57:50:73:92:58:50:73:91 chr3 123699299 . G A 1093.76 PASS AF=0.502283;AO=110;DP=219;FAO=110;FDP=219;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=75;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=0.0310183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3417;QD=19.9774;RBI=0.0769764;REFB=-0.0088174;REVB=0.0704502;RO=108;SAF=35;SAR=75;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115759;STB=0.561889;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00905276;OID=.;OPOS=123699299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:108:109:110:110:0.502283:75:35:47:61:75:35:47:62 chr3 123946895 . G A 689.18 PASS AF=0.353175;AO=76;DP=241;FAO=89;FDP=252;FR=.;FRO=163;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=74;FSRR=89;FWDB=0.00203407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7943;QD=10.9394;RBI=0.00269076;REFB=-0.0131513;REVB=0.00176147;RO=163;SAF=37;SAR=39;SRF=74;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389319;STB=0.533367;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0301519;OID=.;OPOS=123946895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:252:163:163:76:89:0.353175:39:37:74:89:44:45:74:89 chr3 124044949 . C T 1961.51 PASS AF=0.609272;AO=152;DP=274;FAO=184;FDP=302;FR=.;FRO=118;FSAF=85;FSAR=99;FSRF=40;FSRR=78;FWDB=0.0616175;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.874;QD=25.9803;RBI=0.0622253;REFB=-0.0379807;REVB=0.0086759;RO=118;SAF=56;SAR=96;SRF=40;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256558;STB=0.548682;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0282782;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:302:118:118:152:184:0.609272:96:56:40:78:99:85:40:78 chr3 124196094 . A T 1948.29 PASS AF=0.970588;AO=128;DP=134;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=88;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0105262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.404;QD=57.3025;RBI=0.022369;REFB=-0.0394627;REVB=0.0197376;RO=1;SAF=86;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549429;STB=0.521736;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000420175;OID=.;OPOS=124196094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:134:136:1:4:128:132:0.970588:42:86:1:0:44:88:0:4 chr3 124351316 . G A 2253.71 PASS AF=0.986928;AO=149;DP=152;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0276135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9412;QD=58.9205;RBI=0.032212;REFB=0.0206545;REVB=0.0165864;RO=3;SAF=82;SAR=67;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208166;STB=0.507142;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00106397;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:153:3:2:149:151:0.986928:67:82:0:3:69:82:0:2 chr3 124351424 . T C 3017.4 PASS AF=0.980392;AO=200;DP=205;FAO=200;FDP=204;FR=.;FRO=4;FSAF=88;FSAR=112;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00124281;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.885;QD=59.1646;RBI=0.0399228;REFB=-0.0546847;REVB=0.0399035;RO=4;SAF=88;SAR=112;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.002272;STB=0.501193;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00114075;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:205:204:4:4:200:200:0.980392:112:88:2:2:112:88:2:2 chr3 124376653 . G A 430.94 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0105519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.287;QD=14.733;RBI=0.0108268;REFB=-0.00978164;REVB=-0.0024246;RO=68;SAF=23;SAR=26;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316722;STB=0.517812;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0145094;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:68:49:49:0.418803:26:23:34:34:26:23:34:34 chr3 124379748 . G C 2302.84 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.693;QD=61.0024;RBI=0.0101575;REFB=0;REVB=-0.00486054;RO=0;SAF=63;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36747e-06;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:151:0:0:147:151:1:84:63:0:0:85:66:0:0 chr3 124379817 . T C 3286.81 PASS AF=0.981735;AO=215;DP=220;FAO=215;FDP=219;FR=.;FRO=4;FSAF=92;FSAR=123;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0342573;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4862;QD=60.0331;RBI=0.069301;REFB=-0.140693;REVB=0.0602418;RO=2;SAF=92;SAR=123;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768318;STB=0.503321;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00584844;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:220:219:2:4:215:215:0.981735:123:92:0:2:123:92:1:3 chr3 124385301 . T C 501.44 PASS AF=0.490741;AO=52;DP=107;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.0204074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.319;QD=18.5719;RBI=0.0316255;REFB=-0.0382403;REVB=0.0241602;RO=55;SAF=23;SAR=29;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178426;STB=0.592622;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0338146;OID=.;OPOS=124385301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:55:55:52:53:0.490741:29:23:35:20:29:24:35:20 chr3 124385361 . A G 638.67 PASS AF=0.520325;AO=61;DP=120;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00872425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.332;QD=20.7696;RBI=0.0199878;REFB=6.51143e-05;REVB=-0.0179833;RO=59;SAF=21;SAR=40;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153241;STB=0.582995;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00014523;OID=.;OPOS=124385361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:59:59:61:64:0.520325:40:21:30:29:42:22:30:29 chr3 124385942 . T C 528.95 PASS AF=0.4;AO=58;DP=147;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.0593777;FXX=0.0136045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4083;QD=14.5918;RBI=0.0640798;REFB=-0.00266656;REVB=-0.0240937;RO=86;SAF=17;SAR=41;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280422;STB=0.65578;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00365934;OID=.;OPOS=124385942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:86:87:58:58:0.4:41:17:47:39:41:17:47:40 chr3 124385960 . C T 539.86 PASS AF=0.405229;AO=61;DP=152;FAO=62;FDP=153;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.0233513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4103;QD=14.1141;RBI=0.0252633;REFB=-0.0106573;REVB=0.00964132;RO=90;SAF=17;SAR=44;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275023;STB=0.643516;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0197547;OID=.;OPOS=124385960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:90:91:61:62:0.405229:44:17:47:43:44:18:47:44 chr3 124390722 . G A 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00280806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.406;QD=18.2473;RBI=0.0116189;REFB=-0.0246694;REVB=-0.0112744;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126109;STB=0.584496;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0189885;OID=.;OPOS=124390722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:11:12:13:13:0.52:9:4:2:9:9:4:2:10 chr3 124412634 . G T 804.63 PASS AF=0.966667;AO=59;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0188801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.475;QD=53.6421;RBI=0.025304;REFB=0.00638415;REVB=0.0168474;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516661;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.000191146;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:60:0:2:59:58:0.966667:31:28:0:0:29:29:0:2 chr3 124416519 . CA AC,CAC 47.56 PASS AF=0,0.146789;AO=4,22;DP=110;FAO=0,16;FDP=109;FR=.;FRO=93;FSAF=0,7;FSAR=0,9;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.0516809,-0.0602971;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=140.284,130.115;QD=1.74523;RBI=0.0531053,0.0620593;REFB=-0.00110436,-0.00211109;REVB=-0.0122172,-0.0146839;RO=83;SAF=0,11;SAR=4,11;SRF=36;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.417297,0.083737;STB=0.5,0.50641;STBP=1,0.963;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.133998;OID=.,.;OPOS=124416519,124416521;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:110:109:83:93:4,22:0,16:0,0.146789:4,11:0,11:36:47:0,9:0,7:40:53 chr3 124438980 . C A 558.52 PASS AF=0.504274;AO=55;DP=114;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=-0.0448262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.827;QD=19.0945;RBI=0.0455942;REFB=-0.0252983;REVB=-0.00833333;RO=53;SAF=23;SAR=32;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245106;STB=0.621852;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0232366;OID=.;OPOS=124438980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:53:58:55:59:0.504274:32:23:37:16:32:27:41:17 chr3 124439127 . T A 224.77 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0303624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0399;QD=13.0301;RBI=0.0323434;REFB=0.00110862;REVB=-0.0111454;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159459;STB=0.590844;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00135372;OID=.;OPOS=124439127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:13:14:28:14:13:14:28:14 chr3 124451284 . T C 461.97 PASS AF=0.485149;AO=45;DP=98;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00110366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.806;QD=18.2957;RBI=0.0295861;REFB=-0.00375029;REVB=0.0295655;RO=52;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135942;STB=0.504648;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00336597;OID=.;OPOS=124451284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:52:52:45:49:0.485149:21:24:27:25:24:25:27:25 chr3 124451312 . T G 528.24 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00555978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.563;QD=17.9065;RBI=0.0490771;REFB=-0.00207378;REVB=0.0487612;RO=62;SAF=26;SAR=30;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120685;STB=0.506697;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00278577;OID=.;OPOS=124451312;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:30:26:28:34:30:26:28:34 chr3 124456742 . G C 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00224692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.826;QD=17.2227;RBI=0.00230142;REFB=0.00718814;REVB=0.000497892;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370496;STB=0.520781;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00948807;OID=.;OPOS=124456742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:16:20:19:13:16:20 chr3 124462808 . C T 729.28 PASS AF=0.42246;AO=79;DP=187;FAO=79;FDP=187;FR=.;FRO=108;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=64;FSRR=44;FWDB=-0.00328324;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.668;QD=15.5997;RBI=0.0239854;REFB=-0.0119208;REVB=-0.0237596;RO=103;SAF=44;SAR=35;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263879;STB=0.520943;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0182172;OID=.;OPOS=124462808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:103:108:79:79:0.42246:35:44:60:43:35:44:64:44 chr3 124515308 . A G 331.62 PASS AF=0.314961;AO=40;DP=140;FAO=40;FDP=127;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=29;FWDB=0.00707632;FXX=0.0928505;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.205;QD=10.4446;RBI=0.0162862;REFB=-0.004288;REVB=-0.0146685;RO=82;SAF=27;SAR=13;SRF=57;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02693;STB=0.506473;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0149145;OID=.;OPOS=124515308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:127:82:87:40:40:0.314961:13:27:57:25:13:27:58:29 chr3 124515509 . G A 561.71 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0102837;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8033;QD=17.6917;RBI=0.0226023;REFB=0.000804176;REVB=0.0201274;RO=68;SAF=33;SAR=26;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071624;STB=0.539809;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00151456;OID=.;OPOS=124515509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:68:68:59:59:0.464567:26:33:33:35:26:33:33:35 chr3 124646594 . A G 2241.03 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=152;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192444;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.624;QD=60.1617;RBI=0.0201193;REFB=-0.0805577;REVB=0.00586844;RO=1;SAF=86;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760941;STB=0.503999;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0010392;OID=.;OPOS=124646594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:149:1:1:148:148:0.993289:62:86:0:1:62:86:0:1 chr3 124646705 . A AAAG,AAG,AG 2849.23 PASS AF=1,0,0;AO=114,64,22;DP=216;FAO=186,0,0;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=63,0,0;FSAR=123,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116893,0.001455,-0.00668745;FXX=0.101444;HRUN=3,3,2;LEN=3,2,1;MLLD=230.881,213.535,198.711;QD=61.2738;RBI=0.0690383,0.0748626,0.0765951;REFB=0,0,0;REVB=0.0680415,0.0748484,0.0763026;RO=16;SAF=57,7,0;SAR=57,57,22;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0145279,-0.246575,-0.842746;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0.000177472,0,0;OID=.,.,.;OPOS=124646706,124646706,124646706;OREF=-,-,-;OALT=AAG,AG,G;OMAPALT=AAAG,AAG,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:114,64,22:216:186,0,0:186:0:63,0,0:123,0,0:0:0:16:16:57,7,0:57,57,22:7:9 chr3 124688791 . A T 343.93 PASS AF=0.888889;AO=15;DP=27;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.016059;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=55.9876;QD=38.214;RBI=0.0858162;REFB=-0.104465;REVB=0.0843003;RO=5;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211266;STB=0.52927;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.011082;OID=.;OPOS=124688791;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:27:36:5:4:15:32:0.888889:13:2:2:3:23:9:2:2 chr3 124692689 . C T 2463.12 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108127;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0475;QD=60.8177;RBI=0.0114701;REFB=0;REVB=-0.00382733;RO=0;SAF=62;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346414;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:162:0:0:157:162:1:95:62:0:0:99:63:0:0 chr3 124728626 . A G 2594.26 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101839;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1733;QD=61.7681;RBI=0.0875313;REFB=0;REVB=-0.0875254;RO=0;SAF=76;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158443;OID=.;OPOS=124728626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:167:168:1:91:76:0:0:92:76:0:0 chr3 124731485 . C G 2711.59 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.773;QD=62.3354;RBI=0.0290444;REFB=0;REVB=0.00714986;RO=0;SAF=77;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85816e-05;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:173:174:1:96:77:0:0:97:77:0:0 chr3 124731689 . T A 1043.63 PASS AF=0.440154;AO=113;DP=260;FAO=114;FDP=259;FR=.;FRO=145;FSAF=39;FSAR=75;FSRF=80;FSRR=65;FWDB=0.00138989;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.632;QD=16.1179;RBI=0.00588814;REFB=-0.00568333;REVB=-0.00572174;RO=145;SAF=38;SAR=75;SRF=80;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223745;STB=0.620416;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00823234;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:259:145:145:113:114:0.440154:75:38:80:65:75:39:80:65 chr3 124732618 . A G 195.77 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0154008;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.861;QD=12.6303;RBI=0.0382868;REFB=-0.0136019;REVB=-0.0350527;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728923;STB=0.509452;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0162472;OID=.;OPOS=124732618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:38:24:24:0.387097:13:11:18:16:13:11:18:20 chr3 124733627 . A C 1476.54 PASS AF=0.488294;AO=146;DP=299;FAO=146;FDP=299;FR=.;FRO=153;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=73;FSRR=80;FWDB=-0.00961593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.387;QD=19.7531;RBI=0.0310447;REFB=-0.0172588;REVB=-0.0295179;RO=152;SAF=75;SAR=71;SRF=73;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310479;STB=0.518708;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0191568;OID=.;OPOS=124733627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:152:153:146:146:0.488294:71:75:73:79:71:75:73:80 chr3 124733649 . T G 4734.92 PASS AF=1;AO=282;DP=282;FAO=303;FDP=303;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151743;FXX=0.00328937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.592;QD=62.5073;RBI=0.0366825;REFB=0;REVB=0.0366511;RO=0;SAF=137;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54617e-06;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:282:303:0:0:282:303:1:145:137:0:0:161:142:0:0 chr3 124738107 . C T 774.81 PASS AF=0.47093;AO=81;DP=172;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.00629488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9357;QD=18.0188;RBI=0.00632982;REFB=0.0255156;REVB=0.000664077;RO=91;SAF=34;SAR=47;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933102;STB=0.551646;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0162768;OID=.;OPOS=124738107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:91:91:81:81:0.47093:47:34:47:44:47:34:47:44 chr3 124739892 . G A 1185.66 PASS AF=0.506494;AO=117;DP=232;FAO=117;FDP=231;FR=.;FRO=114;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=-0.00700881;FXX=0.00431016;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.32;QD=20.5309;RBI=0.00741248;REFB=-0.005538;REVB=0.00241275;RO=114;SAF=65;SAR=52;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502976;STB=0.527585;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0066358;OID=.;OPOS=124739892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:114:114:117:117:0.506494:52:65:57:57:52:65:57:57 chr3 124746049 . A G 523.83 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0107146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.587;QD=19.9554;RBI=0.0112798;REFB=0.00136127;REVB=-0.00352574;RO=51;SAF=22;SAR=32;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139466;STB=0.507689;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00111265;OID=.;OPOS=124746049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:32:22:20:31:32:22:20:31 chr3 124746182 . C A 899.58 PASS AF=0.466667;AO=91;DP=197;FAO=91;FDP=195;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=0.00531551;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.391;QD=18.4529;RBI=0.0072812;REFB=-0.0190257;REVB=-0.00497606;RO=102;SAF=43;SAR=48;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206954;STB=0.516191;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0201184;OID=.;OPOS=124746182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:195:102:104:91:91:0.466667:48:43:46:56:48:43:46:58 chr3 124746347 . T C 1558.39 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213081;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.127;QD=59.9381;RBI=0.0232153;REFB=0;REVB=-0.00921497;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50348e-06;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:60:44:0:0:60:44:0:0 chr3 124748226 . G A 595.25 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=109;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00961303;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.792;QD=21.6454;RBI=0.0101627;REFB=-0.00459898;REVB=-0.00329699;RO=49;SAF=20;SAR=40;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849762;STB=0.552614;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00576694;OID=.;OPOS=124748226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:49:50:60:60:0.545455:40:20:21:28:40:20:22:28 chr3 124802881 . A G 387.9 PASS AF=0.379032;AO=43;DP=121;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.00962318;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.133;QD=12.5129;RBI=0.00972715;REFB=-0.0144159;REVB=0.00141846;RO=74;SAF=18;SAR=25;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150583;STB=0.532858;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0214539;OID=.;OPOS=124802881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:74:77:43:47:0.379032:25:18:30:44:25:22:32:45 chr3 124802888 . C T 273.3 PASS AF=0.324324;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.017454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.86;QD=9.8488;RBI=0.0190193;REFB=0.00321726;REVB=0.00755605;RO=75;SAF=18;SAR=18;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697971;STB=0.540518;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0037731;OID=.;OPOS=124802888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:75:75:36:36:0.324324:18:18:33:42:18:18:33:42 chr3 124837684 . T C 3173.02 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.952;QD=64.1014;RBI=0.0491879;REFB=0;REVB=0.0422855;RO=0;SAF=91;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98519e-05;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:198:0:0:196:198:1:105:91:0:0:106:92:0:0 chr3 124839470 . G A 3791.26 PASS AF=0.925267;AO=254;DP=280;FAO=260;FDP=281;FR=.;FRO=21;FSAF=160;FSAR=100;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0134552;FXX=0.0409542;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.569;QD=53.9681;RBI=0.0251061;REFB=-0.0604821;REVB=0.0211961;RO=20;SAF=157;SAR=97;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998168;STB=0.507204;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.000352529;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:280:281:20:21:254:260:0.925267:97:157:11:9:100:160:11:10 chr3 125235852 . A ATTTAT 983.88 PASS AF=0.876543;AO=66;DP=92;FAO=71;FDP=81;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0163654;FXX=0.0689576;HRUN=3;LEN=5;MLLD=249.936;QD=48.5865;RBI=0.0177698;REFB=-0.0478361;REVB=0.00692375;RO=22;SAF=29;SAR=37;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715939;STB=0.508045;STBP=0.675;TYPE=ins;VARB=0.00475302;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.876543:66:92:71:81:10:33:38:4:6:47:22:29:37:10:12 chr3 125653291 . A G 93.37 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0359298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.255;QD=9.8289;RBI=0.0359603;REFB=-0.00708224;REVB=-0.00148079;RO=26;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358684;STB=0.7218;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0155957;OID=.;OPOS=125653291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:10:2:11:15:10:2:11:15 chr3 125692141 . G A 810.91 PASS AF=0.494048;AO=83;DP=168;FAO=83;FDP=168;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.00859978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.361;QD=19.3073;RBI=0.0087343;REFB=-0.0147445;REVB=0.00152698;RO=84;SAF=26;SAR=57;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814659;STB=0.549121;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.016616;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:84:85:83:83:0.494048:57:26:33:51:57:26:34:51 chr3 125725268 . TAACA T 306.55 PASS AF=0.479592;AO=39;DP=101;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.000788644;FXX=0.048539;HRUN=2;LEN=4;MLLD=210.996;QD=12.5123;RBI=0.0325412;REFB=-0.00963903;REVB=0.0325317;RO=41;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150487;STB=0.59969;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=0.0103508;OID=.;OPOS=125725269;OREF=AACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479592:39:101:47:98:51:30:17:23:28:99:41:26:13:21:20 chr3 125726048 . G C 945.11 PASS AF=0.604317;AO=83;DP=137;FAO=84;FDP=139;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00689537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.367;QD=27.1975;RBI=0.0132844;REFB=-0.0178288;REVB=0.0113547;RO=54;SAF=34;SAR=49;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296855;STB=0.514247;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0139836;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:54:55:83:84:0.604317:49:34:20:34:49:35:21:34 chr3 125769757 . C T 943.64 PASS AF=0.554878;AO=89;DP=164;FAO=91;FDP=164;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0150303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.378;QD=23.0156;RBI=0.0159255;REFB=-0.0128026;REVB=0.00526421;RO=73;SAF=44;SAR=45;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576188;STB=0.526268;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0103922;OID=.;OPOS=125769757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:73:73:89:91:0.554878:45:44:31:42:47:44:31:42 chr3 125775227 . CT C,CC 1912.49 PASS AF=0.976,0.024;AO=52,72;DP=125;FAO=122,3;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=66,0;FSAR=56,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235117,-0.236522;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.707,103.105;QD=61.1996;RBI=0.0514707,0.23913;REFB=0,0;REVB=0.0457868,0.0352234;RO=0;SAF=0,66;SAR=52,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000851888,0.03494;OID=.,.;OPOS=125775228,125775228;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.976,0.024:52,72:125:122,3:125:0:66,0:56,3:0:0:8:0:0,66:52,6:0:0 chr3 125786879 . T C 1476.34 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359427;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7789;QD=63.4986;RBI=0.0437106;REFB=0;REVB=0.0248744;RO=0;SAF=58;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545429;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:35:58:0:0:35:58:0:0 chr3 125826059 . T C 1055.94 PASS AF=0.546448;AO=100;DP=183;FAO=100;FDP=183;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.0433579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.844;QD=23.0807;RBI=0.0545483;REFB=0.0135722;REVB=0.0331001;RO=83;SAF=38;SAR=62;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164409;STB=0.508966;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0117362;OID=.;OPOS=125826059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:83:83:100:100:0.546448:62:38:30:53:62:38:30:53 chr3 126152466 . G A 667.83 PASS AF=0.394737;AO=75;DP=190;FAO=75;FDP=190;FR=.;FRO=115;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=0.00189752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.455;QD=14.0597;RBI=0.0195494;REFB=-0.00377098;REVB=0.0194571;RO=115;SAF=27;SAR=48;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113195;STB=0.563859;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00556266;OID=.;OPOS=126152466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:115:115:75:75:0.394737:48:27:53:62:48:27:53:62 chr3 126152474 . C T 651.54 PASS AF=0.387435;AO=74;DP=192;FAO=74;FDP=191;FR=.;FRO=117;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=0.0291871;FXX=0.00520806;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.798;QD=13.6447;RBI=0.0319886;REFB=-0.0102479;REVB=0.0130914;RO=110;SAF=28;SAR=46;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103471;STB=0.558008;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0124264;OID=.;OPOS=126152474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:110:117:74:74:0.387435:46:28:52:58:46:28:55:62 chr3 126169230 . C T 2379.55 PASS AF=0.981481;AO=158;DP=161;FAO=159;FDP=162;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00808583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.577;QD=58.7543;RBI=0.0183956;REFB=-0.106473;REVB=0.0165233;RO=0;SAF=85;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40066e-08;STB=0.510066;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00144495;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:162:0:3:158:159:0.981481:73:85:0:0:73:86:0:3 chr3 126169472 . T C 465.68 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.992;QD=58.2101;RBI=0.0684857;REFB=0;REVB=0.0289571;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243465;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:25:6:0:0:25:7:0:0 chr3 126194076 . T C 791.82 PASS AF=0.471264;AO=82;DP=175;FAO=82;FDP=174;FR=.;FRO=92;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=33;FWDB=-0.030114;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.469;QD=18.2027;RBI=0.0302847;REFB=-0.01347;REVB=-0.00321104;RO=90;SAF=51;SAR=31;SRF=57;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114972;STB=0.510935;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0124632;OID=.;OPOS=126194076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:90:92:82:82:0.471264:31:51:57:33:31:51:59:33 chr3 126202257 . G A 3590.95 PASS AF=0.462779;AO=373;DP=801;FAO=373;FDP=806;FR=.;FRO=433;FSAF=183;FSAR=190;FSRF=230;FSRR=203;FWDB=-0.0173461;FXX=0.00123914;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.882;QD=17.8211;RBI=0.0173672;REFB=-0.0377987;REVB=0.000856484;RO=424;SAF=183;SAR=190;SRF=221;SRR=203;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296192;STB=0.521779;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0418302;OID=.;OPOS=126202257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:801:806:424:433:373:373:0.462779:190:183:221:203:190:183:230:203 chr3 126329910 . A G 836.32 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.028;QD=56.6998;RBI=0.0319842;REFB=0;REVB=0.000537785;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136013;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr3 126708453 . T C 328.8 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00859474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.542;QD=15.6573;RBI=0.00933198;REFB=-0.0219532;REVB=0.00363541;RO=48;SAF=18;SAR=17;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494572;STB=0.535695;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0250476;OID=.;OPOS=126708453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:48:35:36:0.428571:17:18:27:21:18:18:27:21 chr3 126708459 . C T 341.2 PASS AF=0.430233;AO=35;DP=84;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0296694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.899;QD=15.8697;RBI=0.0356878;REFB=-0.0220995;REVB=0.0198329;RO=49;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848191;STB=0.521399;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0136678;OID=.;OPOS=126708459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:49:49:35:37:0.430233:16:19:27:22:18:19:27:22 chr3 126722304 . C T 787.32 PASS AF=0.528169;AO=75;DP=143;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.008482;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.861;QD=22.178;RBI=0.0136241;REFB=-0.0118406;REVB=0.0106617;RO=65;SAF=40;SAR=35;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478472;STB=0.526309;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0114085;OID=.;OPOS=126722304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:65:67:75:75:0.528169:35:40:31:34:35:40:32:35 chr3 126741674 . G A 330.07 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0255299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.806;QD=12.4555;RBI=0.0307875;REFB=-0.0190584;REVB=0.0172074;RO=62;SAF=16;SAR=24;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391628;STB=0.525279;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0290513;OID=.;OPOS=126741674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:62:66:40:40:0.377358:24:16:27:35:24:16:29:37 chr3 126746690 . A G 594.49 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=0.0116025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.846;QD=17.6145;RBI=0.0116078;REFB=0.0107347;REVB=-0.000351684;RO=72;SAF=37;SAR=25;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427435;STB=0.518874;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.0161574;OID=.;OPOS=126746690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:72:73:62:62:0.459259:25:37:46:26:25:37:46:27 chr3 126746731 . T G 377.66 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=126;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=28;FWDB=0.00658513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3517;QD=11.8948;RBI=0.0369979;REFB=-0.00226149;REVB=-0.0364072;RO=75;SAF=29;SAR=17;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429954;STB=0.516481;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0137116;OID=.;OPOS=126746731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:75:81:46:46:0.362205:17:29:50:25:17:29:53:28 chr3 126754711 . G A 1396.45 PASS AF=0.538776;AO=129;DP=242;FAO=132;FDP=245;FR=.;FRO=113;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=71;FSRR=42;FWDB=0.0297787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.355;QD=22.7991;RBI=0.0498972;REFB=-0.0237851;REVB=0.040037;RO=113;SAF=75;SAR=54;SRF=71;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415725;STB=0.524996;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0245875;OID=.;OPOS=126754711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:245:113:113:129:132:0.538776:54:75:71:42:56:76:71:42 chr3 126916371 . T C 916.33 PASS AF=0.971014;AO=63;DP=67;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.1283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2543;QD=53.1208;RBI=0.133452;REFB=-0.108048;REVB=-0.0367232;RO=4;SAF=21;SAR=42;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818445;STB=0.519225;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0166953;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:67:69:4:2:63:67:0.971014:42:21:4:0:42:25:2:0 chr3 126916433 . T C,TTTC 662.45 PASS AF=0,1;AO=3,39;DP=66;FAO=0,47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.142178,0.0267042;FXX=0.203355;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=25.7227,227.172;QD=56.3787;RBI=0.162449,0.0391454;REFB=0,0;REVB=-0.0785824,0.0286226;RO=19;SAF=2,17;SAR=1,22;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.262973,0.00909996;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000357061;OID=.,.;OPOS=126916433,126916434;OREF=T,-;OALT=C,TTC;OMAPALT=C,TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:66:47:19:0:3,39:0,47:0,1:1,22:2,17:8:11:0,24:0,23:0:0 chr3 126916436 . G C 57.37 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0157629;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.649;QD=3.14352;RBI=0.0429194;REFB=-0.00485403;REVB=-0.03992;RO=62;SAF=2;SAR=9;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317662;STB=0.724916;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0400359;OID=.;OPOS=126916436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:75:73:62:62:11:11:0.150685:9:2:25:37:9:2:25:37 chr3 127323830 . C T 1898.52 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146654;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0466;QD=61.7406;RBI=0.0556129;REFB=0;REVB=0.0536444;RO=0;SAF=46;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04499e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336479;OID=.;OPOS=127323830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:121:123:1:75:46:0:0:77:46:0:0 chr3 127394820 . C T 1109.2 PASS AF=0.427562;AO=118;DP=280;FAO=121;FDP=283;FR=.;FRO=162;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=77;FSRR=85;FWDB=0.0476431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.508;QD=15.6777;RBI=0.0596197;REFB=-0.034928;REVB=0.035842;RO=162;SAF=62;SAR=56;SRF=77;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520011;STB=0.530681;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0329398;OID=.;OPOS=127394820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:283:162:162:118:121:0.427562:56:62:77:85:57:64:77:85 chr3 127409941 . T C 762.35 PASS AF=0.490683;AO=79;DP=161;FAO=79;FDP=161;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.000103989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.42;QD=18.9404;RBI=0.0115494;REFB=-0.00743731;REVB=-0.0115489;RO=82;SAF=39;SAR=40;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505293;STB=0.527849;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0088116;OID=.;OPOS=127409941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:82:82:79:79:0.490683:40:39:36:46:40:39:36:46 chr3 127410915 . C T 112.0 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0533453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.272;QD=8.96032;RBI=0.0536353;REFB=-0.00354053;REVB=-0.00556971;RO=35;SAF=7;SAR=7;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220939;STB=0.639816;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0145742;OID=.;OPOS=127410915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:36:14:14:0.28:7:7:24:11:7:7:25:11 chr3 127434580 . G A 407.34 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00112259;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3763;QD=14.1682;RBI=0.0207295;REFB=-0.0184549;REVB=-0.0206991;RO=66;SAF=20;SAR=27;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464411;STB=0.518246;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0199478;OID=.;OPOS=127434580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:66:68:47:47:0.408696:27:20:31:35:27:20:31:37 chr3 127454545 . T C 551.86 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0142533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.091;QD=16.4735;RBI=0.0205752;REFB=0.0141892;REVB=-0.0148385;RO=75;SAF=36;SAR=23;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106027;STB=0.559275;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0207959;OID=.;OPOS=127454545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:75:75:59:59:0.440299:23:36:38:37:23:36:38:37 chr3 127641968 . C A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.467;QD=61.3346;RBI=0.0121193;REFB=0;REVB=-0.00740763;RO=0;SAF=9;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77623e-06;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:31:9:0:0:31:9:0:0 chr3 127703085 . G A 521.46 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0694319;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5668;QD=18.9621;RBI=0.0813012;REFB=-0.0290389;REVB=-0.0422978;RO=51;SAF=25;SAR=29;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674608;STB=0.523314;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0296658;OID=.;OPOS=127703085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:51:55:54:54:0.490909:29:25:24:27:29:25:28:27 chr3 127983495 . T C 2307.43 PASS AF=1;AO=83;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=79;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707365;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.798;QD=64.0952;RBI=0.0715132;REFB=0;REVB=0.0105109;RO=0;SAF=23;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053049;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:83:144:1:60:23:0:0:65:79:0:0 chr3 128181537 . C T 2307.14 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.754;QD=61.1162;RBI=0.0262725;REFB=0;REVB=0.0255268;RO=0;SAF=83;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22835e-05;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:68:83:0:0:68:83:0:0 chr3 128182074 . G A 1522.84 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196908;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.71;QD=63.4518;RBI=0.0237587;REFB=0;REVB=0.0132945;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77648e-05;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:95:96:1:55:40:0:0:56:40:0:0 chr3 128204685 . A AG 33.51 PASS AF=0.108333;AO=28;DP=121;FAO=13;FDP=120;FR=.;FRO=107;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=-0.0989496;FXX=0.00826378;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.6225;QD=1.1169;RBI=0.131357;REFB=-0.0168231;REVB=-0.0863928;RO=91;SAF=8;SAR=20;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221199;STB=0.696688;STBP=0.164;TYPE=ins;VARB=0.195609;OID=.;OPOS=128204686;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108333:28:121:13:120:107:3:10:46:61:33:91:8:20:41:50 chr3 128204951 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0196805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.367;QD=11.4397;RBI=0.0228884;REFB=-0.00199403;REVB=0.0116858;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244315;STB=0.646728;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00300243;OID=.;OPOS=128204951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:8:6:6:3:8:6 chr3 128205860 . G C 1134.71 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.571;QD=60.5178;RBI=0.0305993;REFB=0;REVB=-0.0230532;RO=1;SAF=25;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31385e-05;OID=.;OPOS=128205860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:1:0:73:75:1:48:25:1:0:49:26:0:0 chr3 128292213 . A G 4429.2 PASS AF=1;AO=279;DP=279;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=177;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000511926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.521;QD=63.2743;RBI=0.00780904;REFB=0;REVB=0.00779224;RO=0;SAF=177;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87579e-06;OID=.;OPOS=128292213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:279:280:0:0:279:280:1:102:177:0:0:103:177:0:0 chr3 128292844 . A G 595.1 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.46;QD=61.0356;RBI=0.0730003;REFB=0;REVB=0.00103076;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272579;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr3 128292858 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.374;QD=63.583;RBI=0.0237373;REFB=0;REVB=0.0143716;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79122e-05;OID=.;OPOS=128292858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr3 128344786 . G A 768.8 PASS AF=0.481928;AO=79;DP=165;FAO=80;FDP=166;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.005521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.631;QD=18.5253;RBI=0.00817482;REFB=0.00453628;REVB=-0.00602878;RO=86;SAF=33;SAR=46;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11122;STB=0.557224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00466838;OID=.;OPOS=128344786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:86:86:79:80:0.481928:46:33:46:40:46:34:46:40 chr3 128356852 . C T 1982.51 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5509;QD=60.5346;RBI=0.0367628;REFB=0;REVB=0.0169025;RO=0;SAF=51;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00370721;OID=.;OPOS=128356852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:131:0:0:121:131:1:70:51:0:0:80:51:0:0 chr3 128392630 . G C,T 1471.53 PASS AF=0.957895,0.0421053;AO=89,5;DP=94;FAO=91,4;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53,4;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172716,0.0137589;FXX=0.0104156;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=244.834,198.5;QD=61.9592;RBI=0.0206871,0.0145032;REFB=0,0;REVB=-0.0113863,-0.00458635;RO=0;SAF=51,5;SAR=38,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00126081,0.0387378;OID=.,.;OPOS=128392630,128392630;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:94:95:0:0:89,5:91,4:0.957895,0.0421053:38,0:51,5:0:0:38,0:53,4:0:0 chr3 128875523 . TA T,TT 37.99 PASS AF=0.243243,0.0540541;AO=12,2;DP=38;FAO=9,2;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=2,0;FSAR=7,2;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0760568,-0.0189907;FXX=0.0263089;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=8.11413,27.068;QD=4.10686;RBI=0.160976,0.0858339;REFB=-0.0664009,-0.0235008;REVB=0.141875,0.0837067;RO=20;SAF=4,0;SAR=8,2;SRF=5;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.103661,-0.423248;STB=0.547715,0.992586;STBP=0.806,0.346;TYPE=del,snp;VARB=0.0866996,0.0121989;OID=.,.;OPOS=128875524,128875524;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243,0.0540541:12,2:38:9,2:37:26:2,0:7,2:7:19:28:20:4,0:8,2:5:15 chr3 128890350 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3756;QD=52.613;RBI=0.00886465;REFB=0;REVB=0.00845005;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64553e-05;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr3 128973598 . C G 809.59 PASS AF=0.437811;AO=88;DP=201;FAO=88;FDP=201;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=-0.0328388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4239;QD=16.1112;RBI=0.0379816;REFB=-0.019448;REVB=-0.0190844;RO=112;SAF=36;SAR=52;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201901;STB=0.514189;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0316391;OID=.;OPOS=128973598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:112:113:88:88:0.437811:52:36:48:64:52:36:49:64 chr3 128976396 . T C 474.99 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00681051;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.061;QD=21.1106;RBI=0.0113986;REFB=0.00419257;REVB=0.00914035;RO=44;SAF=25;SAR=21;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104198;STB=0.557498;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00509085;OID=.;OPOS=128976396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:44:44:46:46:0.511111:21:25:29:15:21:25:29:15 chr3 128979256 . C G 255.64 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0518298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.044;QD=17.9394;RBI=0.052167;REFB=-0.0170071;REVB=-0.00592129;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119123;STB=0.56688;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0140727;OID=.;OPOS=128979256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:18:10:14:15:18:10:14:15 chr3 128984583 . C T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0143338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.832;QD=14.6164;RBI=0.0269693;REFB=-0.0089647;REVB=-0.0228448;RO=37;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165721;STB=0.586146;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0145857;OID=.;OPOS=128984583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:16:12:22:15:16:12:22:16 chr3 129023630 . G A 60.26 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0242246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1577;QD=17.2162;RBI=0.0289745;REFB=0.0537888;REVB=0.0158962;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.04064;OID=.;OPOS=129023630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:2:4:6:2:2:4 chr3 129035021 . T C 991.01 PASS AF=0.398577;AO=111;DP=284;FAO=112;FDP=281;FR=.;FRO=169;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=76;FSRR=93;FWDB=-0.0278583;FXX=0.010563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.282;QD=14.1069;RBI=0.0293833;REFB=-0.0262186;REVB=0.00934299;RO=164;SAF=40;SAR=71;SRF=75;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107967;STB=0.558577;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.026985;OID=.;OPOS=129035021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:281:164:169:111:112:0.398577:71:40:75:89:72:40:76:93 chr3 129130087 . C T 1110.41 PASS AF=0.504505;AO=110;DP=221;FAO=112;FDP=222;FR=.;FRO=110;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=0.017178;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.042;QD=20.0074;RBI=0.0392681;REFB=-0.0362403;REVB=0.0353114;RO=109;SAF=56;SAR=54;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375541;STB=0.522519;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0334098;OID=.;OPOS=129130087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:109:110:110:112:0.504505:54:56:60:49:56:56:60:50 chr3 129195166 . G T 474.16 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00756439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.113;QD=16.4926;RBI=0.0244942;REFB=-0.024289;REVB=-0.023297;RO=63;SAF=27;SAR=25;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.558164;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0283554;OID=.;OPOS=129195166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:63:63:52:52:0.452174:25:27:26:37:25:27:26:37 chr3 129210977 . G C 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00256744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.245;QD=8.74515;RBI=0.0210301;REFB=-0.00356724;REVB=-0.0208728;RO=30;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428424;STB=0.526271;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00924612;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:8:4:11:19:8:4:11:19 chr3 129262077 . G A 855.17 PASS AF=0.544218;AO=78;DP=148;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=0.0185068;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.413;QD=23.2699;RBI=0.0235554;REFB=-0.0320995;REVB=-0.0145724;RO=67;SAF=57;SAR=21;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612961;STB=0.529673;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.032514;OID=.;OPOS=129262077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:67:67:78:80:0.544218:21:57:45:22:22:58:45:22 chr3 129279597 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.773;QD=57.8843;RBI=0.0261215;REFB=0;REVB=0.0239563;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141189;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:36:23:0:0:37:23:0:0 chr3 129281980 . C T 2302.16 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6422;QD=60.9845;RBI=0.0338946;REFB=0;REVB=0.0268148;RO=0;SAF=72;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134667;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:151:0:0:149:151:1:77:72:0:0:78:73:0:0 chr3 129286413 . G C 471.18 PASS AF=0.407692;AO=53;DP=130;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=0.0365622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.494;QD=14.498;RBI=0.0385683;REFB=0.00077002;REVB=-0.0122769;RO=77;SAF=27;SAR=26;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180709;STB=0.601352;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.000994848;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:77:77:53:53:0.407692:26:27:26:51:26:27:26:51 chr3 129286635 . G A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0101142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.638;QD=8.51179;RBI=0.011731;REFB=-0.000282259;REVB=-0.00594294;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238733;STB=0.647842;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000604286;OID=.;OPOS=129286635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:7:3:12:12:7:3:12:12 chr3 129291751 . T C 426.95 PASS AF=0.396825;AO=49;DP=126;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0480167;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3162;QD=13.5539;RBI=0.0486796;REFB=-0.0217393;REVB=-0.00800621;RO=76;SAF=24;SAR=25;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314687;STB=0.511771;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0317373;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:76:76:49:50:0.396825:25:24:35:41:26:24:35:41 chr3 129293183 . T C 4899.22 PASS AF=0.990596;AO=314;DP=319;FAO=316;FDP=319;FR=.;FRO=3;FSAF=151;FSAR=165;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00543132;FXX=0.0031249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.056;QD=61.4322;RBI=0.0250961;REFB=-0.0120568;REVB=-0.0245013;RO=1;SAF=150;SAR=164;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00289977;STB=0.501779;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-1.28141e-05;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:319:319:1:3:314:316:0.990596:164:150:0:1:165:151:2:1 chr3 129293256 . T C 2069.17 PASS AF=0.506143;AO=205;DP=404;FAO=206;FDP=407;FR=.;FRO=201;FSAF=113;FSAR=93;FSRF=81;FSRR=120;FWDB=-0.0430505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6155;QD=20.3358;RBI=0.0576608;REFB=-0.0236359;REVB=-0.0383592;RO=199;SAF=112;SAR=93;SRF=79;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133962;STB=0.571554;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0201217;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:407:199:201:205:206:0.506143:93:112:79:120:93:113:81:120 chr3 129297223 . C G 458.92 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00442344;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6284;QD=21.0997;RBI=0.017715;REFB=-0.00718394;REVB=-0.0171539;RO=41;SAF=24;SAR=21;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880884;STB=0.541777;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00513159;OID=.;OPOS=129297223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:41:42:45:45:0.517241:21:24:26:15:21:24:26:16 chr3 129367024 . T A 1391.8 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0391674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.149;QD=55.1207;RBI=0.0391743;REFB=-0.150594;REVB=0.000735059;RO=2;SAF=46;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201713;STB=0.520829;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00100006;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:101:101:2:4:97:97:0.960396:51:46:2:0:51:46:4:0 chr3 129538635 . A G 873.1 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294673;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.87;QD=58.2065;RBI=0.043326;REFB=0;REVB=0.031762;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127981;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:35:24:0:0:36:24:0:0 chr3 129546729 . T C 1759.86 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.696;QD=60.6848;RBI=0.0352711;REFB=0;REVB=-0.0088175;RO=0;SAF=50;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28725e-05;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:65:50:0:0:66:50:0:0 chr3 129695714 . T C 473.77 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00692774;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.928;QD=16.0598;RBI=0.00698909;REFB=-0.012505;REVB=0.000923949;RO=66;SAF=23;SAR=29;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730982;STB=0.540887;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0156475;OID=.;OPOS=129695714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:66:66:52:52:0.440678:29:23:34:32:29:23:34:32 chr3 129695954 . T C 1090.79 PASS AF=0.986486;AO=57;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0071;QD=58.9615;RBI=0.0646856;REFB=0;REVB=-0.0599693;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140897;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:0:57:73:0.986486:25:32:0:0:40:33:0:0 chr3 129696041 . A G 2224.93 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.236;QD=63.1187;RBI=0.0213764;REFB=0;REVB=0.01464;RO=0;SAF=62;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40136e-05;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:78:62:0:0:79:62:0:0 chr3 129800823 . T G 216.28 PASS AF=0.198925;AO=37;DP=186;FAO=37;FDP=186;FR=.;FRO=149;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=55;FSRR=94;FWDB=0.00106727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.678;QD=4.6512;RBI=0.0181639;REFB=-0.00072473;REVB=0.0181325;RO=149;SAF=19;SAR=18;SRF=55;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185704;STB=0.61497;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00198562;OID=.;OPOS=129800823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:149:149:37:37:0.198925:18:19:55:94:18:19:55:94 chr3 129800888 . G A 309.44 PASS AF=0.190972;AO=55;DP=288;FAO=55;FDP=288;FR=.;FRO=233;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=92;FSRR=141;FWDB=0.0124271;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.706;QD=4.29775;RBI=0.0247692;REFB=-0.00567922;REVB=-0.0214261;RO=233;SAF=20;SAR=35;SRF=92;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428063;STB=0.526872;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0159895;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:233:233:55:55:0.190972:35:20:92:141:35:20:92:141 chr3 129800895 . G A 388.99 PASS AF=0.217993;AO=63;DP=289;FAO=63;FDP=289;FR=.;FRO=226;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=90;FSRR=136;FWDB=0.0252333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.723;QD=5.38392;RBI=0.0259818;REFB=-0.00291538;REVB=-0.0061914;RO=225;SAF=22;SAR=41;SRF=89;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635203;STB=0.541113;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.022427;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:225:226:63:63:0.217993:41:22:89:136:41:22:90:136 chr3 130098349 . G A 3397.7 PASS AF=0.990991;AO=219;DP=223;FAO=220;FDP=222;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=129;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000713544;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5546;QD=61.2199;RBI=0.0108181;REFB=-0.00433218;REVB=-0.0107945;RO=1;SAF=90;SAR=129;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526455;STB=0.505434;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000437834;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:223:222:1:2:219:220:0.990991:129:90:1:0:129:91:2:0 chr3 130103709 . G A 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3479;QD=59.3204;RBI=0.053144;REFB=0;REVB=-0.0170941;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000572077;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr3 130103723 . G A 257.55 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.000399246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.584;QD=17.17;RBI=0.01247;REFB=-0.0017461;REVB=-0.0124637;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112222;STB=0.569894;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00171929;OID=.;OPOS=130103723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:28:29:0.483333:16:12:17:14:17:12:17:14 chr3 130104062 . T C 2049.39 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166183;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.474;QD=62.5769;RBI=0.0203016;REFB=0;REVB=-0.0116614;RO=0;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89538e-05;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:68:63:0:0:68:63:0:0 chr3 130104206 . A G 1160.25 PASS AF=0.975;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0129999;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.8273;QD=58.0125;RBI=0.0193997;REFB=-0.193997;REVB=0.0143997;RO=1;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956196;STB=0.503821;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00253804;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:1:2:77:78:0.975:49:28:0:1:50:28:1:1 chr3 130110550 . A G 473.45 PASS AF=0.554217;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00521791;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.061;QD=22.8167;RBI=0.0101309;REFB=0.0076046;REVB=-0.00868379;RO=38;SAF=11;SAR=34;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26719;STB=0.628069;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00500813;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:38:37:45:46:0.554217:34:11:20:18:34:12:19:18 chr3 130114082 . C G 923.52 PASS AF=0.445946;AO=99;DP=222;FAO=99;FDP=222;FR=.;FRO=123;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=74;FWDB=-0.0116144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.192;QD=16.6399;RBI=0.011935;REFB=-0.0116699;REVB=-0.00274806;RO=122;SAF=55;SAR=44;SRF=49;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152284;STB=0.586464;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0145441;OID=.;OPOS=130114082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:122:123:99:99:0.445946:44:55:49:73:44:55:49:74 chr3 130116707 . C T 959.14 PASS AF=0.513661;AO=94;DP=183;FAO=94;FDP=183;FR=.;FRO=89;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.00384801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.623;QD=20.9647;RBI=0.00640581;REFB=-0.00914235;REVB=-0.00512125;RO=89;SAF=46;SAR=48;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154845;STB=0.508492;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00895131;OID=.;OPOS=130116707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:89:89:94:94:0.513661:48:46:42:47:48:46:42:47 chr3 130124491 . G A 672.03 PASS AF=0.468966;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0180348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.419;QD=18.5387;RBI=0.0411002;REFB=-0.00637831;REVB=0.036932;RO=77;SAF=29;SAR=39;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234696;STB=0.513004;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00923393;OID=.;OPOS=130124491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:77:77:68:68:0.468966:39:29:31:46:39:29:31:46 chr3 130125116 . G C 558.25 PASS AF=0.410256;AO=64;DP=156;FAO=64;FDP=156;FR=.;FRO=92;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=70;FWDB=0.0174946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2761;QD=14.3142;RBI=0.0178889;REFB=-0.00841737;REVB=0.0037356;RO=92;SAF=20;SAR=44;SRF=22;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936399;STB=0.55231;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0134957;OID=.;OPOS=130125116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:92:92:64:64:0.410256:44:20:22:70:44:20:22:70 chr3 130128232 . G A 826.45 PASS AF=0.47486;AO=85;DP=179;FAO=85;FDP=179;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=0.00157584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.783;QD=18.4681;RBI=0.00203781;REFB=0.00203809;REVB=-0.00129205;RO=90;SAF=32;SAR=53;SRF=32;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020898;STB=0.502312;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00181072;OID=.;OPOS=130128232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:90:94:85:85:0.47486:53:32:32:58:53:32:35:59 chr3 130129322 . G C 481.5 PASS AF=0.409091;AO=53;DP=131;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0511382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8412;QD=14.5909;RBI=0.0631137;REFB=0.00291781;REVB=0.0369895;RO=78;SAF=21;SAR=32;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111391;STB=0.555472;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00222674;OID=.;OPOS=130129322;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:78:78:53:54:0.409091:32:21:39:39:32:22:39:39 chr3 130134492 . T C 136.36 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0140255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3183;QD=6.99297;RBI=0.0234201;REFB=-0.00516614;REVB=-0.018756;RO=58;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248272;STB=0.649357;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0347624;OID=.;OPOS=130134492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:9:11:20:38:9:11:20:38 chr3 130134563 . G A 111.03 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.013105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.17;QD=6.34458;RBI=0.0210942;REFB=-0.00606221;REVB=0.0165295;RO=53;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365126;STB=0.719774;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0142603;OID=.;OPOS=130134563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:53:53:17:17:0.242857:7:10:15:38:7:10:15:38 chr3 130162395 . A G 1131.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.2255;QD=58.7909;RBI=0.00536428;REFB=0;REVB=-0.00501301;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00740687;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:32:41:0:0:36:41:0:0 chr3 130174334 . G A 2151.71 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228984;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.607;QD=62.3685;RBI=0.0230533;REFB=-0.0412887;REVB=-0.00266809;RO=0;SAF=68;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=6.44952e-05;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:138:0:1:137:137:0.992754:69:68:0:0:69:68:0:1 chr3 130187817 . T C 2651.11 PASS AF=0.988571;AO=172;DP=174;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0174604;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.839;QD=60.5967;RBI=0.0325165;REFB=-0.15771;REVB=0.0274309;RO=2;SAF=81;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000638122;STB=0.500298;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000212176;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:174:175:2:2:172:173:0.988571:91:81:1:1:91:82:1:1 chr3 130190630 . G A 2379.47 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107413;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.33;QD=64.3099;RBI=0.0114827;REFB=0;REVB=-0.00405919;RO=0;SAF=67;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409512;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:148:0:0:148:148:1:81:67:0:0:81:67:0:0 chr3 130190720 . AT A 197.92 PASS AF=0.530303;AO=32;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.090931;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.8627;QD=11.9951;RBI=0.127562;REFB=0.00805425;REVB=0.0894634;RO=30;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142676;STB=0.554923;STBP=0.371;TYPE=del;VARB=0.0105018;OID=.;OPOS=130190721;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.530303:32:67:35:66:31:13:22:15:16:99:30:11:21:15:15 chr3 130311398 . C T 707.14 PASS AF=0.396135;AO=82;DP=205;FAO=82;FDP=207;FR=.;FRO=125;FSAF=23;FSAR=59;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=0.00123667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.857;QD=13.6645;RBI=0.00236492;REFB=-0.0103861;REVB=0.00201581;RO=123;SAF=23;SAR=59;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280971;STB=0.659219;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0213798;OID=.;OPOS=130311398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:123:125:82:82:0.396135:59:23:65:58:59:23:66:59 chr3 130318621 . C G 73.89 PASS AF=0.109375;AO=20;DP=195;FAO=21;FDP=192;FR=.,HEALED;FRO=171;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=111;FSRR=60;FWDB=-0.00869953;FXX=0.0153838;HRUN=7;LEN=1;MLLD=25.9795;QD=1.53936;RBI=0.02447;REFB=-0.00997271;REVB=0.0228714;RO=128;SAF=2;SAR=18;SRF=82;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63253;STB=0.931106;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0328834;OID=.;OPOS=130318621;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:195:192:128:171:20:21:0.109375:18:2:82:46:19:2:111:60 chr3 130368069 . A G 1755.68 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306017;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.653;QD=61.0673;RBI=0.0398358;REFB=0;REVB=0.0255034;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14453e-05;OID=.;OPOS=130368069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:113:115:1:68:45:0:0:70:45:0:0 chr3 130395749 . A G 1048.1 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00888798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.938;QD=58.2277;RBI=0.0175431;REFB=-0.0717363;REVB=0.015125;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=5.34584e-05;OID=.;OPOS=130395749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:48:23:0:0:48:23:1:0 chr3 130449222 . A G 1190.05 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5859;QD=61.0283;RBI=0.0560414;REFB=0;REVB=0.00596175;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465086;OID=.;OPOS=130449222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:37:41:0:0 chr3 130718472 . G A 545.09 PASS AF=0.408163;AO=58;DP=146;FAO=60;FDP=147;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.0467704;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.281;QD=14.8324;RBI=0.0662163;REFB=-0.00112671;REVB=0.0468735;RO=86;SAF=28;SAR=30;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434935;STB=0.517802;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00189539;OID=.;OPOS=130718472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:86:87:58:60:0.408163:30:28:38:48:32:28:38:49 chr3 130852185 . TG CA 524.64 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337702;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=292.163;QD=58.2935;RBI=0.0340906;REFB=0;REVB=0.00466313;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000747151;OID=.;OPOS=130852185;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:16:20:0:0 chr3 130947435 . A T 831.06 PASS AF=0.509091;AO=83;DP=162;FAO=84;FDP=165;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00556726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.369;QD=20.1469;RBI=0.0265794;REFB=-0.0356942;REVB=-0.0259899;RO=77;SAF=34;SAR=49;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634098;STB=0.532379;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0331993;OID=.;OPOS=130947435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:165:77:81:83:84:0.509091:49:34:37:40:50:34:38:43 chr3 130992385 . T C 876.65 PASS AF=0.5;AO=88;DP=177;FAO=88;FDP=176;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.0354786;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.273;QD=19.9239;RBI=0.0356725;REFB=-0.0178476;REVB=0.00371426;RO=88;SAF=35;SAR=53;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125589;STB=0.56913;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.021572;OID=.;OPOS=130992385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:88:88:88:88:0.5:53:35:47:41:53:35:47:41 chr3 131102053 . A G 641.88 PASS AF=0.458333;AO=65;DP=143;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=50;FSRF=19;FSRR=59;FWDB=-0.00464833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.486;QD=17.8299;RBI=0.00474495;REFB=-0.0300182;REVB=-0.000952677;RO=78;SAF=16;SAR=49;SRF=19;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339442;STB=0.500858;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0281408;OID=.;OPOS=131102053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:78:78:65:66:0.458333:49:16:19:59:50:16:19:59 chr3 131136797 . T C 2370.42 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.175;QD=64.0654;RBI=0.0221414;REFB=0;REVB=0.00152519;RO=0;SAF=65;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03841e-05;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:83:65:0:0:83:65:0:0 chr3 131947937 . A G 764.21 PASS AF=0.49375;AO=79;DP=160;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=24;FWDB=-0.0287145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1766;QD=19.1053;RBI=0.0542112;REFB=0.00252272;REVB=-0.0459819;RO=81;SAF=35;SAR=44;SRF=57;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23624;STB=0.629713;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00279592;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:81:81:79:79:0.49375:44:35:57:24:44:35:57:24 chr3 132218623 . G T 3106.71 PASS AF=1;AO=194;DP=196;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116456;FXX=0.0152277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.389;QD=64.0558;RBI=0.018402;REFB=0;REVB=0.0142484;RO=0;SAF=91;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34981e-05;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:194:0:0:194:194:1:103:91:0:0:103:91:0:0 chr3 132360883 . C T 2296.4 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000446996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.326;QD=62.9151;RBI=0.0249175;REFB=-0.112268;REVB=-0.0249135;RO=0;SAF=75;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01417e-08;STB=0.503546;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000172686;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:0:1:145:145:0.993151:70:75:0:0:70:75:0:1 chr3 132401600 . C T 1079.49 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0145357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3744;QD=56.0776;RBI=0.0355788;REFB=-0.0907175;REVB=0.0324741;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.516479;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00311463;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:0:3:74:74:0.961039:44:30:0:0:44:30:0:3 chr3 132436967 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0238286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0945;QD=23.3812;RBI=0.0514727;REFB=-0.0148415;REVB=0.045625;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739392;STB=0.541358;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0156164;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:6:8:9:10:6:8 chr3 133114893 . C T 662.84 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.277;QD=61.6594;RBI=0.0491069;REFB=0;REVB=0.0367041;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242609;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr3 133167363 . G A 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0240454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9766;QD=18.427;RBI=0.0410068;REFB=-0.00934473;REVB=0.0332171;RO=28;SAF=21;SAR=7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808689;STB=0.545421;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00772772;OID=.;OPOS=133167363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:7:21:19:9:7:21:19:9 chr3 133329943 . G A 373.16 PASS AF=0.371901;AO=42;DP=119;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00920976;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.782;QD=12.3358;RBI=0.0092253;REFB=-0.0154393;REVB=0.000535313;RO=77;SAF=19;SAR=23;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171981;STB=0.503874;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0233832;OID=.;OPOS=133329943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:77:76:42:45:0.371901:23:19:36:41:24:21:35:41 chr3 133368362 . T G 518.1 PASS AF=0.391026;AO=61;DP=156;FAO=61;FDP=156;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.00557383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.405;QD=13.2847;RBI=0.0303619;REFB=-0.00753547;REVB=0.0298459;RO=93;SAF=29;SAR=32;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550757;STB=0.537351;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0127217;OID=.;OPOS=133368362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:93:95:61:61:0.391026:32:29:49:44:32:29:51:44 chr3 133465283 . A G 7950.71 PASS AF=1;AO=503;DP=510;FAO=507;FDP=507;FR=.;FRO=0;FSAF=230;FSAR=277;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042977;FXX=0.00588224;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2874;QD=62.7275;RBI=0.0451031;REFB=0.00325499;REVB=-0.0136844;RO=3;SAF=230;SAR=273;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00238777;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112254;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:510:507:3:0:503:507:1:273:230:2:1:277:230:0:0 chr3 133474328 . G A 1003.57 PASS AF=0.477064;AO=104;DP=216;FAO=104;FDP=218;FR=.;FRO=114;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=37;FSRR=77;FWDB=0.0113364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.103;QD=18.4141;RBI=0.0138615;REFB=-0.00373855;REVB=0.00797666;RO=112;SAF=37;SAR=67;SRF=35;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451079;STB=0.517982;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00431787;OID=.;OPOS=133474328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:218:112:114:104:104:0.477064:67:37:35:77:67:37:37:77 chr3 133485133 . A G 2204.36 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129173;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7567;QD=63.4349;RBI=0.0188655;REFB=0;REVB=0.0137495;RO=0;SAF=72;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54643e-05;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:139:0:0:139:139:1:67:72:0:0:67:72:0:0 chr3 133524717 . G C 3420.31 PASS AF=0.467202;AO=349;DP=747;FAO=349;FDP=747;FR=.;FRO=398;FSAF=179;FSAR=170;FSRF=219;FSRR=179;FWDB=-0.00279032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.0191;QD=18.3149;RBI=0.00514042;REFB=-0.00702033;REVB=-0.00431718;RO=398;SAF=179;SAR=170;SRF=219;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362702;STB=0.519936;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0090633;OID=.;OPOS=133524717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:747:747:398:398:349:349:0.467202:170:179:219:179:170:179:219:179 chr3 133547245 . G A 188.64 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0377875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2584;QD=14.237;RBI=0.0381458;REFB=-0.0145681;REVB=-0.00521599;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17463;STB=0.599909;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0173911;OID=.;OPOS=133547245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:13:9:18:13:13:9:18:13 chr3 133547692 . G A 1393.19 PASS AF=0.484429;AO=138;DP=287;FAO=140;FDP=289;FR=.;FRO=149;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=69;FSRR=80;FWDB=0.0113142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.604;QD=19.2829;RBI=0.0142988;REFB=-0.0151736;REVB=0.00874331;RO=149;SAF=61;SAR=77;SRF=69;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200842;STB=0.514295;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0107182;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:289:149:149:138:140:0.484429:77:61:69:80:79:61:69:80 chr3 133648223 . C T 245.77 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0681425;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4803;QD=22.8625;RBI=0.107864;REFB=-0.0162168;REVB=0.0836134;RO=22;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281516;STB=0.634632;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0152652;OID=.;OPOS=133648223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:20:22:23:0.534884:17:5:11:11:18:5:9:11 chr3 133666209 . C T 1071.06 PASS AF=0.47619;AO=108;DP=229;FAO=110;FDP=231;FR=.;FRO=121;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=34;FSRR=87;FWDB=-0.00865982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.114;QD=18.5466;RBI=0.00867523;REFB=-0.0098291;REVB=0.000516799;RO=117;SAF=45;SAR=63;SRF=34;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125635;STB=0.571178;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00990363;OID=.;OPOS=133666209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:231:117:121:108:110:0.47619:63:45:34:83:65:45:34:87 chr3 133670073 . T C 193.73 PASS AF=0.316456;AO=23;DP=77;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00200782;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.287;QD=9.8092;RBI=0.0161743;REFB=-0.00632612;REVB=0.0160492;RO=52;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187429;STB=0.589054;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0105736;OID=.;OPOS=133670073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:52:54:23:25:0.316456:10:13:21:31:12:13:21:33 chr3 133941320 . C T 2083.79 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4577;QD=62.6704;RBI=0.00665867;REFB=0;REVB=0.00418756;RO=0;SAF=46;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00854e-05;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:86:46:0:0:86:47:0:0 chr3 134075522 . A G 2514.7 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327198;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.213;QD=61.7104;RBI=0.0363823;REFB=0;REVB=-0.0159088;RO=0;SAF=76;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17831e-05;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:163:0:0:163:163:1:87:76:0:0:87:76:0:0 chr3 134077470 . C G 5467.26 PASS AF=1;AO=350;DP=353;FAO=352;FDP=352;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167475;FXX=0.00283278;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.45;QD=62.1279;RBI=0.0221086;REFB=-0.0845044;REVB=0.014433;RO=2;SAF=152;SAR=198;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4478e-05;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:353:352:2:0:350:352:1:198:152:2:0:199:153:0:0 chr3 134077489 . T C 1614.94 PASS AF=0.476608;AO=162;DP=341;FAO=163;FDP=342;FR=.;FRO=179;FSAF=71;FSAR=92;FSRF=72;FSRR=107;FWDB=-0.0254742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.023;QD=18.8881;RBI=0.0254787;REFB=-0.0203554;REVB=0.000479355;RO=179;SAF=71;SAR=91;SRF=72;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350889;STB=0.517828;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0190812;OID=.;OPOS=134077489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:342:179:179:162:163:0.476608:91:71:72:107:92:71:72:107 chr3 134079064 . C T 811.38 PASS AF=0.39485;AO=92;DP=233;FAO=92;FDP=233;FR=.;FRO=141;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=75;FSRR=66;FWDB=0.012875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.426;QD=13.9293;RBI=0.0138629;REFB=-0.0167471;REVB=-0.00513953;RO=141;SAF=43;SAR=49;SRF=75;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694251;STB=0.539005;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0223975;OID=.;OPOS=134079064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:141:141:92:92:0.39485:49:43:75:66:49:43:75:66 chr3 134278270 . C T 192.19 PASS AF=0.403509;AO=24;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00221791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.009;QD=13.4868;RBI=0.00786234;REFB=-0.0118195;REVB=0.00754302;RO=33;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290594;STB=0.649574;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0127758;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:24:23:0.403509:9:15:11:22:9:14:12:22 chr3 134280395 . T A 1277.33 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.41;QD=61.5578;RBI=0.0290695;REFB=0;REVB=-0.00409189;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70904e-05;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:54:28:0:0:54:29:0:0 chr3 134322163 . C A 2235.93 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.394;QD=63.4307;RBI=0.0142247;REFB=0;REVB=0.0131913;RO=0;SAF=66;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61971e-06;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:141:0:0:133:141:1:67:66:0:0:74:67:0:0 chr3 134322742 . A G 2046.04 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.959;QD=62.4746;RBI=0.0218411;REFB=0;REVB=0.0113171;RO=0;SAF=63;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19707e-05;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:67:63:0:0:68:63:0:0 chr3 134323156 . A G 1937.43 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987782;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.6451;QD=61.9979;RBI=0.0113882;REFB=0;REVB=-0.00566746;RO=0;SAF=67;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67804e-05;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:58:67:0:0:58:67:0:0 chr3 134499419 . G A 220.92 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0179975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6554;QD=8.18211;RBI=0.032629;REFB=0.00650943;REVB=-0.0272166;RO=77;SAF=14;SAR=17;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816952;STB=0.548356;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0220413;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:77:77:31:31:0.287037:17:14:40:37:17:14:40:37 chr3 134898742 . C T 4761.81 PASS AF=0.98722;AO=308;DP=314;FAO=309;FDP=313;FR=.;FRO=4;FSAF=137;FSAR=172;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00191577;FXX=0.006349;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.909;QD=60.8539;RBI=0.0300694;REFB=-0.0500403;REVB=0.0300083;RO=3;SAF=136;SAR=172;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419685;STB=0.500733;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.000129804;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:314:313:3:4:308:309:0.98722:172:136:2:1:172:137:2:2 chr3 135720851 . G T 444.14 PASS AF=0.354839;AO=55;DP=157;FAO=55;FDP=155;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=-0.00272082;FXX=0.0251557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.925;QD=11.4617;RBI=0.0297312;REFB=0.00836026;REVB=-0.0296064;RO=98;SAF=20;SAR=35;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767015;STB=0.538447;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0197061;OID=.;OPOS=135720851;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:98:100:55:55:0.354839:35:20:42:56:35:20:42:58 chr3 135745911 . G A 314.39 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00756251;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.75;QD=16.9941;RBI=0.0090823;REFB=-0.0131786;REVB=0.00502957;RO=40;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017896;STB=0.504213;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0145381;OID=.;OPOS=135745911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:34:34:0.459459:21:13:16:24:21:13:15:25 chr3 136573440 . A G 514.25 PASS AF=0.434109;AO=55;DP=128;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0369853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3187;QD=15.9459;RBI=0.0470648;REFB=-0.0111072;REVB=-0.0291064;RO=72;SAF=39;SAR=16;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254688;STB=0.630278;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0111397;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:72:73:55:56:0.434109:16:39:34:38:17:39:35:38 chr3 136574501 . A G 398.56 PASS AF=0.352941;AO=48;DP=136;FAO=48;FDP=136;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.0512793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0572;QD=11.7223;RBI=0.0536628;REFB=0.00350329;REVB=-0.0158157;RO=86;SAF=29;SAR=19;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207122;STB=0.6181;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00599856;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:86:88:48:48:0.352941:19:29:36:50:19:29:37:51 chr3 136574578 . T TTAA 271.54 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0129073;FXX=0.0412329;HRUN=2;LEN=3;MLLD=258.502;QD=11.6789;RBI=0.0150764;REFB=-0.0176351;REVB=-0.00779107;RO=64;SAF=20;SAR=12;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265572;STB=0.649775;STBP=0.041;TYPE=ins;VARB=0.0316369;OID=.;OPOS=136574579;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344086:32:98:32:93:61:20:12:24:37:99:64:20:12:25:39 chr3 136649463 . C T 353.77 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00954463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.963;QD=18.6195;RBI=0.0185113;REFB=-0.0125122;REVB=-0.0158609;RO=39;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271642;STB=0.515143;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0160779;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:21:16:18:21:21:16:18:21 chr3 137786442 . T C 734.93 PASS AF=0.537879;AO=70;DP=132;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0218447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.715;QD=22.2707;RBI=0.0218481;REFB=-0.0167993;REVB=-0.000384518;RO=61;SAF=38;SAR=32;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690348;STB=0.534597;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0133989;OID=.;OPOS=137786442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:61:61:70:71:0.537879:32:38:38:23:32:39:38:23 chr3 137787047 . C T 523.27 PASS AF=0.416058;AO=58;DP=140;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0222295;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.3;QD=15.2781;RBI=0.0226233;REFB=-0.0151244;REVB=0.00420258;RO=76;SAF=31;SAR=27;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616273;STB=0.522667;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0148291;OID=.;OPOS=137787047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:137:76:80:58:57:0.416058:27:31:36:40:27:30:39:41 chr3 137787192 . T C 578.33 PASS AF=0.472868;AO=60;DP=128;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=-0.0863248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6289;QD=17.9327;RBI=0.0867467;REFB=-0.0514069;REVB=0.0085451;RO=68;SAF=21;SAR=39;SRF=21;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043998;STB=0.530111;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0538455;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:68:68:60:61:0.472868:39:21:21:47:39:22:21:47 chr3 137787963 . T G 1130.59 PASS AF=0.456274;AO=119;DP=263;FAO=120;FDP=263;FR=.;FRO=143;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=55;FSRR=88;FWDB=0.00875755;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.017;QD=17.1952;RBI=0.00946633;REFB=-0.00354988;REVB=-0.00359398;RO=142;SAF=63;SAR=56;SRF=55;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139131;STB=0.575929;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00460156;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:142:143:119:120:0.456274:56:63:55:87:57:63:55:88 chr3 137807259 . G A 958.67 PASS AF=0.487685;AO=99;DP=203;FAO=99;FDP=203;FR=.;FRO=104;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=64;FSRR=40;FWDB=-0.00488634;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.965;QD=18.89;RBI=0.0144364;REFB=-0.0284097;REVB=0.0135843;RO=103;SAF=45;SAR=54;SRF=64;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153593;STB=0.581834;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0323349;OID=.;OPOS=137807259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:103:104:99:99:0.487685:54:45:64:39:54:45:64:40 chr3 137843106 . T C 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00742427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.756;QD=13.7412;RBI=0.0107289;REFB=-0.00161471;REVB=0.00774529;RO=41;SAF=10;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202391;STB=0.616437;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00246308;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:43:29:29:0.402778:19:10:22:19:19:10:23:20 chr3 137843476 . G T 568.64 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0568274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.988;QD=22.7456;RBI=0.0578435;REFB=-0.00130802;REVB=-0.0107945;RO=46;SAF=29;SAR=24;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527633;STB=0.523127;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.000826572;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:47:53:53:0.53:24:29:28:18:24:29:28:19 chr3 137850003 . A G 434.99 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.0291232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.515;QD=15.2628;RBI=0.03144;REFB=-0.0244425;REVB=-0.0118454;RO=65;SAF=23;SAR=26;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119132;STB=0.56664;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0275407;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:26:23:23:42:26:23:23:42 chr3 137880743 . G A 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0395351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6591;QD=14.5578;RBI=0.0622927;REFB=-0.0173427;REVB=-0.0481389;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432477;STB=0.524571;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0271333;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:13:13:19:16:13:13:19:16 chr3 137881265 . T A 181.99 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00857735;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.018;QD=16.1767;RBI=0.016387;REFB=-0.00949584;REVB=0.0139629;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413986;STB=0.523784;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0203836;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:14:12:8:11:14:12 chr3 138033181 . C T 1137.99 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.136576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9697;QD=58.3585;RBI=0.140503;REFB=-0.144633;REVB=0.0329852;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122906;STB=0.506327;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0162913;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:38:38:1:0:38:39:1:0 chr3 138187568 . C T 6409.56 PASS AF=1;AO=412;DP=417;FAO=412;FDP=412;FR=.;FRO=0;FSAF=194;FSAR=218;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278433;FXX=0.0119901;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.286;QD=62.2288;RBI=0.0286814;REFB=0.0285741;REVB=0.00688268;RO=5;SAF=194;SAR=218;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03343e-05;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:417:412:5:0:412:412:1:218:194:1:4:218:194:0:0 chr3 138191232 . G A 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.000233203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.666;QD=16.0653;RBI=0.0045144;REFB=-0.0191923;REVB=-0.00450838;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137426;STB=0.57886;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0219569;OID=.;OPOS=138191232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:10:14:8:10:10:14 chr3 138191448 . A T 915.13 PASS AF=0.445455;AO=97;DP=222;FAO=98;FDP=220;FR=.;FRO=122;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=0.0691819;FXX=0.0178563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.243;QD=16.6387;RBI=0.0707005;REFB=-0.00773538;REVB=-0.0145745;RO=118;SAF=53;SAR=44;SRF=65;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00444997;STB=0.504478;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00981708;OID=.;OPOS=138191448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:220:118:122:97:98:0.445455:44:53:65:53:45:53:65:57 chr3 138218994 . T C 1345.77 PASS AF=0.485714;AO=135;DP=279;FAO=136;FDP=280;FR=.;FRO=144;FSAF=83;FSAR=53;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=0.014974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1846;QD=19.2253;RBI=0.0216903;REFB=-0.0230493;REVB=-0.0156923;RO=144;SAF=82;SAR=53;SRF=78;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636423;STB=0.536496;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0261874;OID=.;OPOS=138218994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:280:144:144:135:136:0.485714:53:82:78:66:53:83:78:66 chr3 138289163 . T C 311.89 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00802499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9276;QD=14.1768;RBI=0.0140905;REFB=-0.0137479;REVB=0.011582;RO=53;SAF=22;SAR=13;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693517;STB=0.539487;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0302949;OID=.;OPOS=138289163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:13:22:30:23:13:22:30:23 chr3 138289221 . C T 2120.5 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4967;QD=62.8297;RBI=0.0531389;REFB=0;REVB=-0.0456281;RO=0;SAF=77;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88062e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202555;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:133:135:1:56:77:0:0:56:79:0:0 chr3 138329862 . G A 2162.33 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00620514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.062;QD=62.2255;RBI=0.0122632;REFB=-0.0407223;REVB=0.0105774;RO=1;SAF=72;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714908;STB=0.503759;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000535827;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:66:72:0:1:66:72:0:1 chr3 138724757 . C G 567.9 PASS AF=0.542857;AO=55;DP=103;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00249261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2005;QD=21.6344;RBI=0.0293555;REFB=-0.0488167;REVB=0.0292495;RO=48;SAF=27;SAR=28;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276325;STB=0.50704;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.034021;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:48:48:55:57:0.542857:28:27:22:26:30:27:22:26 chr3 138739617 . A G 1033.07 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.368;QD=59.0324;RBI=0.0349935;REFB=0;REVB=0.0331944;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82399e-05;OID=.;OPOS=138739617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:70:0:0:62:70:1:31:31:0:0:39:31:0:0 chr3 138762707 . C G 1016.91 PASS AF=0.442149;AO=107;DP=242;FAO=107;FDP=242;FR=.;FRO=135;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=43;FSRR=92;FWDB=-0.0106015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2155;QD=16.8084;RBI=0.0108176;REFB=-0.00970579;REVB=0.00215137;RO=132;SAF=45;SAR=62;SRF=43;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988177;STB=0.559492;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00915723;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:132:135:107:107:0.442149:62:45:43:89:62:45:43:92 chr3 138763343 . T G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0119989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.215;QD=10.6347;RBI=0.0130822;REFB=-0.0174247;REVB=0.00521247;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31536;STB=0.689206;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0296585;OID=.;OPOS=138763343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:9:4:5:3:9:4 chr3 138763599 . T C 1145.12 PASS AF=0.455738;AO=112;DP=281;FAO=139;FDP=305;FR=.;FRO=166;FSAF=72;FSAR=67;FSRF=89;FSRR=77;FWDB=0.00317164;FXX=0.00973994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.221;QD=15.018;RBI=0.0409726;REFB=-0.0199659;REVB=0.0408497;RO=142;SAF=62;SAR=50;SRF=82;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244179;STB=0.509902;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0267598;OID=.;OPOS=138763599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:305:142:166:112:139:0.455738:50:62:82:60:67:72:89:77 chr3 138763600 . G C 39.63 PASS AF=0.0761905;AO=26;DP=299;FAO=24;FDP=315;FR=.;FRO=291;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=157;FSRR=134;FWDB=0.0181216;FXX=0.00316446;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.2834;QD=0.503208;RBI=0.0782441;REFB=-0.00819416;REVB=-0.0761167;RO=273;SAF=9;SAR=17;SRF=155;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256299;STB=0.687347;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.252715;OID=.;OPOS=138763600;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:299:315:273:291:26:24:0.0761905:17:9:155:118:16:8:157:134 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG 5271.14 PASS AF=0,1;AO=72,223;DP=361;FAO=0,349;FDP=349;FR=.;FRO=0;FSAF=0,164;FSAR=0,185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310479,0.0248895;FXX=0.0332401;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=235.286,246.104;QD=60.4143;RBI=0.0475586,0.0528949;REFB=0,0;REVB=0.0360257,0.0466731;RO=0;SAF=14,112;SAR=58,111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.40874e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0429977,0.000478176;OID=.,.;OPOS=138763635,138763628;OREF=GCTG,TGC;OALT=-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:72,223:361:0,349:349:0:0,164:0,185:0:0:30:0:14,112:58,111:0:0 chr3 139068148 . CT C,TC 113.19 PASS AF=0.942308,0.0576923;AO=24,7;DP=111;FAO=98,6;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58,0;FSAR=40,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.204182,0.0289773;FXX=0.0877116;HRUN=11,1;LEN=1,2;MLLD=2.55366,31.3749;QD=4.35347;RBI=0.388471,0.135093;REFB=0,0;REVB=0.330483,-0.131948;RO=39;SAF=17,0;SAR=7,7;SRF=25;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0835905,-0.726517;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0416258,-0.507785;OID=.,.;OPOS=139068149,139068148;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:111:104:39:0:24,7:98,6:0.942308,0.0576923:7,7:17,0:25:14:40,6:58,0:0:0 chr3 139102120 . C A 1208.22 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.674;QD=61.1756;RBI=0.0273145;REFB=0;REVB=0.027155;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07062e-05;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:43:33:0:0:46:33:0:0 chr3 139303248 . G A 1116.76 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.469;QD=60.3652;RBI=0.0329716;REFB=0;REVB=0.0319503;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7301e-05;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:43:30:0:0:44:30:0:0 chr3 139318169 . C CG 70.06 PASS AF=0.178771;AO=32;DP=187;FAO=32;FDP=179;FR=.;FRO=147;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=66;FSRR=81;FWDB=-0.0176623;FXX=0.0110491;HRUN=0;LEN=1;MLLD=133.273;QD=1.56564;RBI=0.0240349;REFB=-0.00215341;REVB=-0.016301;RO=153;SAF=24;SAR=8;SRF=73;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357265;STB=0.747744;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.150965;OID=.;OPOS=139318170;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178771:32:187:32:179:147:24:8:66:81:70:153:24:8:73:80 chr3 139318241 . A T 549.42 PASS AF=0.437956;AO=55;DP=132;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.00419765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.636;QD=16.0414;RBI=0.00570555;REFB=-0.0126306;REVB=-0.00386433;RO=73;SAF=21;SAR=34;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187861;STB=0.503723;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.01184;OID=.;OPOS=139318241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:137:73:77:55:60:0.437956:34:21:28:45:37:23:30:47 chr3 139328739 . C T 490.04 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00486977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9033;QD=56.0047;RBI=0.0324541;REFB=-0.113748;REVB=0.0320867;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00307973;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:33:34:0.971429:18:15:0:0:18:16:0:1 chr3 140178485 . G A 473.94 PASS AF=0.382979;AO=53;DP=140;FAO=54;FDP=141;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0163476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.607;QD=13.445;RBI=0.0184177;REFB=0.00117202;REVB=-0.00848333;RO=87;SAF=33;SAR=20;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155609;STB=0.580306;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00220896;OID=.;OPOS=140178485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:87:87:53:54:0.382979:20:33:42:45:21:33:42:45 chr3 140401693 . A G 828.39 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0510808;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7241;QD=54.3205;RBI=0.0544566;REFB=-0.00249126;REVB=0.018875;RO=3;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479072;STB=0.517236;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.000123177;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:61:3:2:59:59:0.967213:28:31:0:3:28:31:0:2 chr3 140697301 . T C 454.83 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0450815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.229;QD=19.9923;RBI=0.049383;REFB=-0.0148266;REVB=0.0201579;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493884;STB=0.527385;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0178013;OID=.;OPOS=140697301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:23:22:20:26:23:22:20:26 chr3 140785175 . C A 272.79 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0213512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.767;QD=24.2478;RBI=0.0232289;REFB=0.00306511;REVB=0.00914916;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166505;STB=0.592519;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00267931;OID=.;OPOS=140785175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:7:13:11:14:7:13 chr3 141162185 . T G 66.2 PASS AF=0.5;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0206485;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.209;QD=18.9149;RBI=0.0215911;REFB=-0.0784042;REVB=0.00630975;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365022;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0203569;OID=.;OPOS=141162185;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:14:14:3:5:6:7:0.5:4:2:3:0:4:3:3:2 chr3 141327474 . G A 330.15 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0224432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7554;QD=13.4754;RBI=0.0226941;REFB=0.000498562;REVB=0.00336514;RO=59;SAF=23;SAR=14;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142953;STB=0.582397;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.000640743;OID=.;OPOS=141327474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:61:37:37:0.377551:14:23:29:30:14:23:30:31 chr3 141331222 . G A 2082.91 PASS AF=0.518041;AO=201;DP=390;FAO=201;FDP=388;FR=.;FRO=187;FSAF=70;FSAR=131;FSRF=74;FSRR=113;FWDB=-0.0235648;FXX=0.00512807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.695;QD=21.4733;RBI=0.0241298;REFB=-0.0208077;REVB=0.00519117;RO=184;SAF=70;SAR=131;SRF=74;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510795;STB=0.524814;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0192546;OID=.;OPOS=141331222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:388:184:187:201:201:0.518041:131:70:74:110:131:70:74:113 chr3 141497168 . C T 1607.08 PASS AF=0.432099;AO=175;DP=405;FAO=175;FDP=405;FR=.;FRO=230;FSAF=87;FSAR=88;FSRF=106;FSRR=124;FWDB=-0.00881833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.105;QD=15.8724;RBI=0.00941283;REFB=-0.0064275;REVB=-0.00329217;RO=226;SAF=87;SAR=88;SRF=106;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285904;STB=0.520603;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00895532;OID=.;OPOS=141497168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:405:226:230:175:175:0.432099:88:87:106:120:88:87:106:124 chr3 141497469 . A T 1114.33 PASS AF=0.44697;AO=119;DP=273;FAO=118;FDP=264;FR=.;FRO=146;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=64;FSRR=82;FWDB=-0.0271153;FXX=0.0399985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9558;QD=16.8838;RBI=0.0451684;REFB=-0.0207326;REVB=-0.0361241;RO=128;SAF=68;SAR=51;SRF=58;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111639;STB=0.576258;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0194985;OID=.;OPOS=141497469;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:264:128:146:119:118:0.44697:51:68:58:70:50:68:64:82 chr3 141923506 . C T 729.69 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0739611;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.725;QD=60.8073;RBI=0.0744042;REFB=-0.0201091;REVB=0.00810872;RO=1;SAF=12;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375629;STB=0.519991;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=7.64104e-05;OID=.;OPOS=141923506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:34:12:1:0:35:12:1:0 chr3 141932356 . G A 1373.72 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.017;QD=62.442;RBI=0.0162262;REFB=0;REVB=-0.00689178;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6681e-06;OID=.;OPOS=141932356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:88:0:0:84:88:1:49:35:0:0:51:37:0:0 chr3 142139172 . T A,C 1159.48 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=3,73;DP=76;FAO=2,76;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=2,35;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123327,0.0184664;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.044,213.61;QD=59.4606;RBI=0.0213934,0.0246527;REFB=0,0;REVB=-0.0174809,-0.0163324;RO=0;SAF=3,34;SAR=0,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.148826,0.000190273;OID=.,.;OPOS=142139172,142139172;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:76:78:0:0:3,73:2,76:0.025641,0.974359:0,39:3,34:0:0:0,41:2,35:0:0 chr3 142168331 . C T 1822.34 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2562;QD=61.2551;RBI=0.0714986;REFB=0;REVB=0.05041;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67634e-06;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:67:52:0:0:67:52:0:0 chr3 142222284 . A G 2359.37 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.606;QD=63.7667;RBI=0.0509835;REFB=0;REVB=0.0347429;RO=0;SAF=64;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33588e-05;OID=.;OPOS=142222284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:148:0:0:146:148:1:82:64:0:0:82:66:0:0 chr3 142277536 . A G 3422.18 PASS AF=0.969697;AO=223;DP=230;FAO=224;FDP=231;FR=.;FRO=7;FSAF=77;FSAR=147;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.123636;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.23;QD=59.2585;RBI=0.123953;REFB=-0.156015;REVB=-0.00885572;RO=1;SAF=77;SAR=146;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614774;STB=0.521737;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000849989;OID=.;OPOS=142277536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:230:231:1:7:223:224:0.969697:146:77:1:0:147:77:7:0 chr3 142277575 . A T 2349.37 PASS AF=0.993631;AO=151;DP=154;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309211;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.73;QD=59.8565;RBI=0.0317025;REFB=-0.103118;REVB=0.00699529;RO=2;SAF=62;SAR=89;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150942;STB=0.503703;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000274241;OID=.;OPOS=142277575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:157:2:1:151:156:0.993631:89:62:2:0:89:67:1:0 chr3 142281612 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.833;QD=62.982;RBI=0.0126315;REFB=0;REVB=0.0113447;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90551e-05;OID=.;OPOS=142281612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr3 142392596 . T TC 1871.68 PASS AF=1;AO=165;DP=179;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0968668;FXX=0.0114936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.2665;QD=43.5274;RBI=0.101863;REFB=0;REVB=-0.0315114;RO=12;SAF=79;SAR=86;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456129;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00108195;OID=.;OPOS=142392597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:165:179:172:172:0:84:88:0:0:35:12:79:86:10:2 chr3 142408606 . G A 2124.98 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144354;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.945;QD=62.9623;RBI=0.0242474;REFB=0;REVB=0.0194822;RO=0;SAF=54;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87219e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71519e-05;OID=.;OPOS=142408606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:134:135:1:80:54:0:0:81:54:0:0 chr3 142503605 . G A 1362.66 PASS AF=0.489286;AO=137;DP=280;FAO=137;FDP=280;FR=.;FRO=143;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=72;FSRR=71;FWDB=0.00907875;FXX=0.00355859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.006;QD=19.4666;RBI=0.0115478;REFB=-0.0141453;REVB=0.00713637;RO=143;SAF=61;SAR=76;SRF=72;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544188;STB=0.529904;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0167003;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:143:143:137:137:0.489286:76:61:72:71:76:61:72:71 chr3 142524858 . G A 784.43 PASS AF=0.406393;AO=89;DP=219;FAO=89;FDP=219;FR=.;FRO=130;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=0.0256519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5016;QD=14.3275;RBI=0.0480054;REFB=-0.00671146;REVB=-0.0405772;RO=130;SAF=44;SAR=45;SRF=65;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00594978;STB=0.503334;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0188316;OID=.;OPOS=142524858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:130:130:89:89:0.406393:45:44:65:65:45:44:65:65 chr3 142670616 . A G 421.92 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0238998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.563;QD=20.8355;RBI=0.0239067;REFB=-0.0106634;REVB=0.000574328;RO=38;SAF=12;SAR=30;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575897;STB=0.527413;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00728392;OID=.;OPOS=142670616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:30:12:13:25:30:12:13:26 chr3 142730774 . T G 1308.73 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0553236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.121;QD=57.5267;RBI=0.0627586;REFB=0.0561108;REVB=-0.0296301;RO=4;SAF=47;SAR=40;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242474;STB=0.512811;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0261905;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:4:4:87:87:0.956044:40:47:1:3:40:47:1:3 chr3 142779294 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.134;QD=59.6792;RBI=0.0172802;REFB=0;REVB=0.0161949;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53086e-05;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr3 142841740 . C T 310.34 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168602;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.842;QD=53.9716;RBI=0.0183471;REFB=0;REVB=0.00723552;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17372e-05;OID=.;OPOS=142841740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr3 143293012 . A G 379.89 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00540245;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5246;QD=21.7082;RBI=0.0217285;REFB=-0.00860784;REVB=-0.0210462;RO=32;SAF=14;SAR=24;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220886;STB=0.512189;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00545558;OID=.;OPOS=143293012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:32:38:38:0.542857:24:14:11:21:24:14:11:21 chr3 143412095 . ATTTTTC ATTTTC,ATTTTCT 86.18 PASS AF=0.294643,0.00892857;AO=36,8;DP=114;FAO=33,1;FDP=112;FR=.;FRO=78;FSAF=27,1;FSAR=6,0;FSRF=12;FSRR=66;FWDB=-0.0930878,-0.0902601;FXX=0.00884877;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.8425,235.483;QD=3.07788;RBI=0.0938152,0.090338;REFB=-0.137818,-0.00884691;REVB=0.0116598,0.00375159;RO=64;SAF=23,8;SAR=13,0;SRF=7;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.548314,0.824783;STB=0.89238,0.996724;STBP=0,0.055;TYPE=del,mnp;VARB=0.147015,0.161977;OID=.,.;OPOS=143412096,143412100;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTTC,ATTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294643,0.00892857:36,8:114:33,1:112:78:27,1:6,0:12:66:86:64:23,8:13,0:7:57 chr3 143692018 . C G 684.1 PASS AF=0.472973;AO=69;DP=147;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0304261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.501;QD=18.4892;RBI=0.0469099;REFB=-0.00774432;REVB=0.0357042;RO=78;SAF=30;SAR=39;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259489;STB=0.50995;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00941248;OID=.;OPOS=143692018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:78:78:69:70:0.472973:39:30:36:42:39:31:36:42 chr3 143704516 . C T 1372.43 PASS AF=0.511278;AO=136;DP=268;FAO=136;FDP=266;FR=.;FRO=130;FSAF=49;FSAR=87;FSRF=49;FSRR=81;FWDB=-0.021706;FXX=0.00746241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.661;QD=20.638;RBI=0.0331212;REFB=-0.00727069;REVB=-0.0250173;RO=128;SAF=49;SAR=87;SRF=49;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214912;STB=0.508771;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00642895;OID=.;OPOS=143704516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:266:128:130:136:136:0.511278:87:49:49:79:87:49:49:81 chr3 145782812 . T C 315.53 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00502716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.611;QD=24.2716;RBI=0.012534;REFB=-0.0246601;REVB=0.0114817;RO=20;SAF=8;SAR=23;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199843;STB=0.62331;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0137239;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:23:8:10:10:23:8:11:10 chr3 145783440 . T C 1554.98 PASS AF=0.403712;AO=173;DP=431;FAO=174;FDP=431;FR=.;FRO=257;FSAF=85;FSAR=89;FSRF=104;FSRR=153;FWDB=-0.0207115;FXX=0.00231476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.786;QD=14.4314;RBI=0.0240287;REFB=-0.0103442;REVB=-0.0121824;RO=249;SAF=84;SAR=89;SRF=102;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806616;STB=0.550127;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0148788;OID=.;OPOS=145783440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:431:431:249:257:173:174:0.403712:89:84:102:147:89:85:104:153 chr3 145803138 . T C 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0629412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9168;QD=23.3801;RBI=0.0633572;REFB=0.000124665;REVB=-0.00724796;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356576;STB=0.519979;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00159147;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:13:6:5:9:13:6:5:9 chr3 145803142 . T A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0248328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.517;QD=22.3411;RBI=0.0338318;REFB=-0.035906;REVB=-0.0229765;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206689;STB=0.511615;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0239306;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:12:6:5:9:12:6:5:9 chr3 145939847 . C G 1201.52 PASS AF=0.451613;AO=123;DP=274;FAO=126;FDP=279;FR=.;FRO=153;FSAF=49;FSAR=77;FSRF=64;FSRR=89;FWDB=-0.00740194;FXX=0.00711718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8629;QD=17.2261;RBI=0.0426676;REFB=-0.0166034;REVB=0.0420207;RO=144;SAF=47;SAR=76;SRF=57;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141194;STB=0.516837;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0257006;OID=.;OPOS=145939847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:279:144:153:123:126:0.451613:76:47:57:87:77:49:64:89 chr3 146177815 . C T 989.21 PASS AF=0.4375;AO=105;DP=240;FAO=105;FDP=240;FR=.;FRO=135;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=0.00637791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4927;QD=16.4869;RBI=0.0456211;REFB=-0.0117584;REVB=-0.0451731;RO=134;SAF=49;SAR=56;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267865;STB=0.512574;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0147999;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:134:135:105:105:0.4375:56:49:59:75:56:49:60:75 chr3 146289323 . T C 667.08 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5823;QD=62.0542;RBI=0.0431752;REFB=0;REVB=-0.0107475;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235692;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:18:22:0:0:19:24:0:0 chr3 148316555 . T C 1784.26 PASS AF=0.589091;AO=162;DP=275;FAO=162;FDP=275;FR=.;FRO=113;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=-0.0403487;FXX=0.00721996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4454;QD=25.9529;RBI=0.0404545;REFB=-0.0355236;REVB=0.00292341;RO=108;SAF=88;SAR=74;SRF=61;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161382;STB=0.501402;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.015693;OID=.;OPOS=148316555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:108:113:162:162:0.589091:74:88:61:47:74:88:61:52 chr3 148459395 . C T 1031.72 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000574094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.439;QD=58.1252;RBI=0.00850658;REFB=-0.143389;REVB=-0.00848718;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133173;STB=0.50704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00378109;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:35:35:0:1:35:35:0:1 chr3 148460467 . C A 3767.86 PASS AF=1;AO=238;DP=240;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292919;FXX=0.00833299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.284;QD=63.3254;RBI=0.0472096;REFB=-0.0246697;REVB=0.0370234;RO=1;SAF=97;SAR=141;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20311e-05;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:240:238:1:0:238:238:1:141:97:1:0:141:97:0:0 chr3 148597612 . C T 1802.32 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.496;QD=61.0955;RBI=0.0136432;REFB=0;REVB=-0.0110245;RO=0;SAF=44;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06023e-06;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:118:0:0:114:118:1:70:44:0:0:74:44:0:0 chr3 148727133 . G A 169.21 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0175293;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.857;QD=9.95329;RBI=0.01758;REFB=-0.0125821;REVB=-0.00133442;RO=43;SAF=6;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286145;STB=0.651018;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0231287;OID=.;OPOS=148727133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:43:46:22:22:0.323529:16:6:22:21:16:6:22:24 chr3 148759325 . T C 474.14 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00827832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7333;QD=21.0729;RBI=0.0590095;REFB=-0.0244917;REVB=-0.058426;RO=43;SAF=22;SAR=24;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110194;STB=0.5659;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0315844;OID=.;OPOS=148759325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:44:46:46:0.511111:24:22:26:17:24:22:27:17 chr3 148786108 . C T 1338.59 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.727;QD=62.2599;RBI=0.0159148;REFB=0;REVB=-0.0145269;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14363e-06;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr3 148789089 . C T 229.68 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0240052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0609;QD=11.9313;RBI=0.0258491;REFB=-0.000626084;REVB=-0.00958795;RO=49;SAF=12;SAR=16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090499;STB=0.552201;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000370229;OID=.;OPOS=148789089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:16:12:25:24:16:12:25:24 chr3 148916235 . T A 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9603;QD=62.4646;RBI=0.00994366;REFB=0;REVB=-0.00822201;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0907e-05;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr3 149093238 . A G 1525.08 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.124;QD=58.6569;RBI=0.0269908;REFB=-0.029596;REVB=0.0261071;RO=1;SAF=54;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67756e-05;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:104:1:0:102:104:1:48:54:1:0:48:56:0:0 chr3 149216629 . C T 5772.05 PASS AF=1;AO=365;DP=367;FAO=366;FDP=366;FR=.;FRO=0;FSAF=190;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235147;FXX=0.00272472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.948;QD=63.0825;RBI=0.0141822;REFB=0;REVB=0.0139859;RO=0;SAF=190;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76882e-06;OID=.;OPOS=149216629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:367:366:0:0:365:366:1:175:190:0:0:176:190:0:0 chr3 149220517 . C T 1933.49 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7703;QD=61.8716;RBI=0.00507798;REFB=0;REVB=-0.0023136;RO=0;SAF=54;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75659e-05;OID=.;OPOS=149220517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:71:54:0:0:71:54:0:0 chr3 149238595 . C A,CTTAA 529.98 PASS AF=0.0725806,0.403226;AO=9,47;DP=127;FAO=9,50;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=2,20;FSAR=7,30;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00456191,-0.0120232;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,4;MLLD=160.292,155.791;QD=17.0962;RBI=0.00683598,0.017673;REFB=-0.00400531,-0.0111692;REVB=-0.00509113,0.012953;RO=68;SAF=2,19;SAR=7,28;SRF=31;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.297019,-0.0554353;STB=0.704208,0.517978;STBP=0.263,0.741;TYPE=snp,ins;VARB=0.0287167,0.00874936;OID=.,.;OPOS=149238595,149238596;OREF=C,-;OALT=A,TTAA;OMAPALT=A,CTTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:127:124:68:65:9,47:9,50:0.0725806,0.403226:7,28:2,19:31:37:7,30:2,20:28:37 chr3 149459341 . A G 1060.34 PASS AF=0.540107;AO=100;DP=186;FAO=101;FDP=187;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.00777772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.098;QD=22.6811;RBI=0.0170158;REFB=-0.0171013;REVB=-0.0151342;RO=82;SAF=45;SAR=55;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812055;STB=0.545446;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0192423;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:82:86:100:101:0.540107:55:45:29:53:56:45:30:56 chr3 149678534 . C T 1396.35 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.954;QD=62.7571;RBI=0.0347024;REFB=0;REVB=0.0182769;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51077e-05;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr3 150347833 . G A 418.31 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0209502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.284;QD=50.7046;RBI=0.0237059;REFB=0.0168287;REVB=-0.0110932;RO=2;SAF=10;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844049;STB=0.545422;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0100386;OID=.;OPOS=150347833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:29:29:0.878788:19:10:2:0:19:10:2:0 chr3 150403749 . T C 302.22 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00617256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8842;QD=19.4981;RBI=0.0315686;REFB=0.0103976;REVB=-0.0309592;RO=30;SAF=22;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11591;STB=0.56469;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.006972;OID=.;OPOS=150403749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:10:22:17:13:10:22:17:13 chr3 150421419 . G A 623.61 PASS AF=0.419162;AO=70;DP=164;FAO=70;FDP=167;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=0.0108685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.607;QD=14.9367;RBI=0.0297106;REFB=-0.0178543;REVB=-0.0276514;RO=94;SAF=39;SAR=31;SRF=35;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187775;STB=0.595191;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0286547;OID=.;OPOS=150421419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:167:94:97:70:70:0.419162:31:39:35:59:31:39:38:59 chr3 151011969 . G A 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0475766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.453;QD=17.5593;RBI=0.0853984;REFB=-0.0153724;REVB=-0.0709179;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105572;STB=0.559936;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0258357;OID=.;OPOS=151011969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:6:15:11:7:6:15 chr3 151012497 . T C 2530.81 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00914132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.856;QD=60.9834;RBI=0.0324343;REFB=-0.115757;REVB=0.0311194;RO=1;SAF=70;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498318;STB=0.502618;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=4.63744e-05;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:166:1:1:165:165:0.993976:95:70:0:1:95:70:0:1 chr3 151046308 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.007;QD=57.8847;RBI=0.0165658;REFB=0;REVB=0.0140494;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58535e-05;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr3 151056598 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.01;QD=44.6898;RBI=0.0384986;REFB=0;REVB=-0.0314121;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47627e-05;OID=.;OPOS=151056598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr3 151056616 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0313983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.769;QD=12.3979;RBI=0.0440301;REFB=-0.00344728;REVB=0.0308674;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317065;STB=0.691596;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00425122;OID=.;OPOS=151056616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:4:1:3:2:4:1 chr3 151082923 . T C 707.87 PASS AF=0.492958;AO=70;DP=142;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0114868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.099;QD=19.9401;RBI=0.0133048;REFB=-0.00165922;REVB=0.00671348;RO=72;SAF=38;SAR=32;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376112;STB=0.520743;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00176006;OID=.;OPOS=151082923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:72:72:70:70:0.492958:32:38:42:30:32:38:42:30 chr3 151112568 . G A 752.01 PASS AF=0.533333;AO=72;DP=136;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0025049;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.31;QD=22.2819;RBI=0.0100696;REFB=-0.0167136;REVB=-0.00975308;RO=63;SAF=34;SAR=38;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304339;STB=0.516683;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0154583;OID=.;OPOS=151112568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:63:63:72:72:0.533333:38:34:32:31:38:34:32:31 chr3 151134104 . AGCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT A 50.0 PASS AO=98;DP=595;LEN=87;RO=497;SAF=42;SAR=150;SRF=244;SRR=159;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=151134105;OREF=GCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:595:497:98:150:42:244:159 chr3 151143447 . G T 1237.54 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.776;QD=60.368;RBI=0.00781322;REFB=0;REVB=0.00200566;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66495e-05;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:82:0:0:80:82:1:43:37:0:0:44:38:0:0 chr3 151150968 . TT GT,TG 399.21 PASS AF=0.318182,0.409091;AO=10,3;DP=53;FAO=14,18;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7,7;FSAR=7,11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00799064,-0.00581197;FXX=0.22803;HRUN=13,13;LEN=1,1;MLLD=97.5046,162.791;QD=36.292;RBI=0.00819695,0.00927582;REFB=-0.17073,-0.0459694;REVB=-0.00182748,-0.00722923;RO=0;SAF=4,1;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.590783,0.610987;STBP=0.288,0.119;TYPE=snp,snp;VARB=0.00570262,0.0196769;OID=.,.;OPOS=151150968,151150969;OREF=T,T;OALT=G,G;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:53:44:0:8:10,3:14,18:0.318182,0.409091:6,2:4,1:0:0:7,11:7,7:6:2 chr3 151154666 . T C 3620.41 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000824877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.423;QD=62.9636;RBI=0.00121532;REFB=0;REVB=0.000892517;RO=0;SAF=104;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64589e-05;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:230:0:0:229:230:1:125:104:0:0:126:104:0:0 chr3 151155620 . G A 2109.08 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212083;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4391;QD=62.4914;RBI=0.0315227;REFB=0;REVB=0.0233215;RO=0;SAF=58;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173139;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:132:135:1:74:58:0:0:75:60:0:0 chr3 151165678 . T C 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.062;QD=60.1582;RBI=0.0163094;REFB=-0.0647606;REVB=-0.0028554;RO=1;SAF=14;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323695;STB=0.517233;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000423867;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:30:14:1:0:30:14:1:0 chr3 151165915 . T C 500.16 PASS AF=0.426357;AO=54;DP=128;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.0435148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9602;QD=15.5089;RBI=0.0553897;REFB=-0.0197329;REVB=0.0342707;RO=74;SAF=20;SAR=34;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051699;STB=0.524683;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0256126;OID=.;OPOS=151165915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:74:74:54:55:0.426357:34:20:24:50:35:20:24:50 chr3 151166422 . C T 886.43 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.794;QD=58.1264;RBI=0.0433913;REFB=0;REVB=0.0276435;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39582e-05;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:39:20:0:0:40:21:0:0 chr3 151166957 . AT A 593.19 PASS AF=0.512821;AO=59;DP=119;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.000135285;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.109;QD=20.2801;RBI=0.00475862;REFB=-0.00763346;REVB=0.0047567;RO=58;SAF=29;SAR=30;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131433;STB=0.571932;STBP=0.129;TYPE=del;VARB=0.00690718;OID=.;OPOS=151166958;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512821:59:119:60:117:57:29:31:36:21:99:58:29:30:37:21 chr3 151171439 . A C 2221.3 PASS AF=0.942857;AO=131;DP=168;FAO=165;FDP=175;FR=.;FRO=10;FSAF=76;FSAR=89;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00898083;FXX=0.0056815;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.098;QD=50.7726;RBI=0.0383393;REFB=-0.130552;REVB=0.0372726;RO=0;SAF=58;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509247;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00233684;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:168:175:0:10:131:165:0.942857:73:58:0:0:89:76:3:7 chr3 151171542 . A G 1087.67 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219657;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.835;QD=60.4261;RBI=0.0296525;REFB=0;REVB=0.0199193;RO=0;SAF=23;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195781;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:49:23:0:0:49:23:0:0 chr3 151463421 . G T 536.1 PASS AF=0.372093;AO=64;DP=171;FAO=64;FDP=172;FR=.;FRO=108;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=0.0197405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.397;QD=12.4674;RBI=0.0206709;REFB=-0.00665143;REVB=0.00613189;RO=107;SAF=24;SAR=40;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843914;STB=0.54544;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0116315;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:107:108:64:64:0.372093:40:24:48:59:40:24:48:60 chr3 151545601 . G A 625.54 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=96;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0946756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.207;QD=25.7953;RBI=0.0946806;REFB=-0.00309239;REVB=-0.000969042;RO=39;SAF=26;SAR=30;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172834;STB=0.509974;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00181756;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:39:41:56:56:0.57732:30:26:19:20:30:26:20:21 chr3 151986434 . GCC GC,GCG 3691.53 PASS AF=0.903727,0.0807453;AO=114,27;DP=324;FAO=291,26;FDP=322;FR=.;FRO=5;FSAF=137,26;FSAR=154,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.139382,-0.0609282;FXX=0.00617265;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.0846,187.038;QD=45.8576;RBI=0.770505,0.0610459;REFB=-0.0108859,0.0351963;REVB=0.757794,0.00378856;RO=171;SAF=102,27;SAR=12,0;SRF=30;SRR=141;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.73251,0.826868;STB=0.50896,0.5;STBP=0.027,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000551752,0.107267;OID=.,.;OPOS=151986435,151986436;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.903727,0.0807453:114,27:324:291,26:322:5:137,26:154,0:5:0:62:171:102,27:12,0:30:141 chr3 152637565 . C T 647.01 PASS AF=0.421053;AO=72;DP=173;FAO=72;FDP=171;FR=.;FRO=99;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.0099718;FXX=0.01156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.67;QD=15.1347;RBI=0.0158852;REFB=-0.0202977;REVB=-0.0123654;RO=98;SAF=21;SAR=51;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210234;STB=0.615843;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0300236;OID=.;OPOS=152637565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:171:98:99:72:72:0.421053:51:21:47:51:51:21:47:52 chr3 152852044 . C T 317.18 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0126235;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.436;QD=17.1451;RBI=0.0181029;REFB=0.00111115;REVB=-0.0129755;RO=39;SAF=9;SAR=25;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212308;STB=0.614682;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00376445;OID=.;OPOS=152852044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:40:34:34:0.459459:25:9:18:21:25:9:18:22 chr3 152852070 . T C 416.36 PASS AF=0.446602;AO=45;DP=102;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.012542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.2;QD=16.1694;RBI=0.0183068;REFB=-0.0162008;REVB=0.0133356;RO=57;SAF=14;SAR=31;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191605;STB=0.611414;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0199884;OID=.;OPOS=152852070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:57:57:45:46:0.446602:31:14:28:29:32:14:28:29 chr3 152852188 . T C 752.88 PASS AF=0.446927;AO=79;DP=179;FAO=80;FDP=179;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.00456518;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.035;QD=16.8242;RBI=0.00854991;REFB=-0.00618892;REVB=0.00722911;RO=99;SAF=43;SAR=36;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796278;STB=0.540266;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00732886;OID=.;OPOS=152852188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:99:99:79:80:0.446927:36:43:46:53:37:43:46:53 chr3 152881395 . AT A,AG 298.28 PASS AF=0.173913,0.826087;AO=4,19;DP=23;FAO=4,19;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4,16;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255376,0.021695;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.182,235.166;QD=51.8754;RBI=0.0505244,0.0461291;REFB=0,0;REVB=-0.0435952,0.040709;RO=0;SAF=4,16;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0483701,0.00810345;OID=.,.;OPOS=152881396,152881396;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.173913,0.826087:4,19:23:4,19:23:0:4,16:0,3:0:0:17:0:4,16:0,3:0:0 chr3 152882853 . C A 241.11 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0349787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.653;QD=14.6127;RBI=0.0605298;REFB=0.00990099;REVB=-0.0493999;RO=38;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154473;STB=0.588169;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0151349;OID=.;OPOS=152882853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:20:8:16:22:20:8:16:22 chr3 152884465 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0223115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.352;QD=12.6376;RBI=0.0254952;REFB=-0.00528528;REVB=0.0123371;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235942;STB=0.639588;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0107329;OID=.;OPOS=152884465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:10:11:4:9:10:11 chr3 152885599 . A T 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.745;QD=55.2224;RBI=0.0189837;REFB=-0.0300693;REVB=0.0153257;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177894;STB=0.509431;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000692951;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:26:30:0:1:26:30:0:1 chr3 152885818 . G A 1193.89 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00655156;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.17;QD=61.2251;RBI=0.00801781;REFB=0;REVB=0.00462194;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91066e-06;OID=.;OPOS=152885818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr3 152885859 . A G 404.19 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00845217;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.735;QD=16.1676;RBI=0.0318301;REFB=-0.0188919;REVB=0.0306874;RO=56;SAF=27;SAR=17;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254545;STB=0.514279;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0275053;OID=.;OPOS=152885859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:44:44:0.44:17:27:33:23:17:27:33:23 chr3 153202348 . G A 516.94 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0215892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.533;QD=17.8254;RBI=0.0226343;REFB=-0.00999365;REVB=-0.00679848;RO=60;SAF=16;SAR=39;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182378;STB=0.607016;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0109222;OID=.;OPOS=153202348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:61:55:55:0.474138:39:16:28:32:39:16:29:32 chr3 153725166 . G A 633.05 PASS AF=0.393443;AO=72;DP=183;FAO=72;FDP=183;FR=.;FRO=111;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=75;FWDB=-0.0286449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.722;QD=13.8371;RBI=0.030878;REFB=-0.00604537;REVB=-0.0115292;RO=111;SAF=45;SAR=27;SRF=36;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316102;STB=0.677244;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00967156;OID=.;OPOS=153725166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:111:111:72:72:0.393443:27:45:36:75:27:45:36:75 chr3 153725172 . C T 672.86 PASS AF=0.403226;AO=74;DP=186;FAO=75;FDP=186;FR=.;FRO=111;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=75;FWDB=0.0202068;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3431;QD=14.4701;RBI=0.0440116;REFB=0.00726557;REVB=-0.0390987;RO=105;SAF=44;SAR=30;SRF=36;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259128;STB=0.660336;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00970414;OID=.;OPOS=153725172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:105:111:74:75:0.403226:30:44:36:69:30:45:36:75 chr3 153725251 . T C 974.76 PASS AF=0.425781;AO=107;DP=255;FAO=109;FDP=256;FR=.;FRO=147;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=100;FWDB=-0.0234593;FXX=0.0038909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6122;QD=15.2307;RBI=0.066234;REFB=-0.0104124;REVB=-0.0619404;RO=148;SAF=57;SAR=50;SRF=47;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222161;STB=0.620541;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0116562;OID=.;OPOS=153725251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:256:148:147:107:109:0.425781:50:57:47:101:51:58:47:100 chr3 153839866 . G C 5977.95 PASS AF=0.952381;AO=399;DP=421;FAO=400;FDP=420;FR=.;FRO=20;FSAF=204;FSAR=196;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0259482;FXX=0.00237524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.897;QD=56.9328;RBI=0.0259516;REFB=-0.0512982;REVB=0.00042046;RO=21;SAF=203;SAR=196;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105088;STB=0.504288;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00112755;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:421:420:21:20:399:400:0.952381:196:203:13:8:196:204:12:8 chr3 153839959 . CT TC 1097.87 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0743666;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=80.7284;QD=56.3008;RBI=0.0743923;REFB=0.00100736;REVB=0.001952;RO=2;SAF=11;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145578;STB=0.511447;STBP=0.582;TYPE=mnp;VARB=-0.000754267;OID=.;OPOS=153839959;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:2:3:75:75:0.961538:64:11:0:2:64:11:0:3 chr3 154886278 . T C 1381.23 PASS AF=0.558442;AO=129;DP=231;FAO=129;FDP=231;FR=.;FRO=102;FSAF=49;FSAR=80;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=0.00318317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8381;QD=23.9173;RBI=0.0133524;REFB=-0.0220925;REVB=0.0129675;RO=101;SAF=49;SAR=80;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799779;STB=0.546068;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0199979;OID=.;OPOS=154886278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:101:102:129:129:0.558442:80:49:48:53:80:49:49:53 chr3 155200562 . C T 1164.42 PASS AF=0.433566;AO=122;DP=287;FAO=124;FDP=286;FR=.;FRO=162;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=64;FSRR=98;FWDB=-0.00584122;FXX=0.0103803;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.651;QD=16.2856;RBI=0.0150648;REFB=-0.00395284;REVB=-0.0138863;RO=160;SAF=61;SAR=61;SRF=62;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115011;STB=0.563883;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00638997;OID=.;OPOS=155200562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:286:160:162:122:124:0.433566:61:61:62:98:61:63:64:98 chr3 155241740 . A G 1329.29 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.658;QD=61.1169;RBI=0.00633865;REFB=0;REVB=3.90794e-06;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351146;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:39:45:0:0:40:47:0:0 chr3 155481609 . G A 359.59 PASS AF=0.5;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0267461;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8661;QD=19.4371;RBI=0.0432523;REFB=-0.0132317;REVB=-0.0339912;RO=35;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721881;STB=0.540817;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00736608;OID=.;OPOS=155481609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:35:37:37:37:0.5:21:16:18:17:21:16:19:18 chr3 155485302 . C T 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.974;QD=64.1517;RBI=0.0380827;REFB=0;REVB=0.00572098;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126052;OID=.;OPOS=155485302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr3 155571275 . T C 475.51 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00180211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0536;QD=19.2127;RBI=0.00328664;REFB=-0.0102873;REVB=0.00274852;RO=49;SAF=18;SAR=29;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438111;STB=0.532454;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00932858;OID=.;OPOS=155571275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:52:47:47:0.474747:29:18:21:28:29:18:23:29 chr3 155632314 . A G 459.01 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00284129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.123;QD=20.8639;RBI=0.0235586;REFB=-0.0311508;REVB=-0.0233867;RO=42;SAF=24;SAR=21;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706302;STB=0.533319;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0280718;OID=.;OPOS=155632314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:43:45:45:0.511364:21:24:19:23:21:24:20:23 chr3 156249214 . T C 729.31 PASS AF=0.386364;AO=83;DP=217;FAO=85;FDP=220;FR=.;FRO=135;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=69;FSRR=66;FWDB=-0.0108903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5599;QD=13.2603;RBI=0.0118783;REFB=-0.00564859;REVB=-0.00474285;RO=134;SAF=38;SAR=45;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544029;STB=0.539409;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00943447;OID=.;OPOS=156249214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:220:134:135:83:85:0.386364:45:38:68:66:47:38:69:66 chr3 156266774 . C T 222.71 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00908603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3948;QD=12.5471;RBI=0.0104898;REFB=-0.00761491;REVB=-0.00524206;RO=43;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108796;STB=0.551054;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0116778;OID=.;OPOS=156266774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:44:27:27:0.380282:17:10:12:31:17:10:13:31 chr3 156544584 . C T 4643.97 PASS AF=1;AO=296;DP=301;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535644;FXX=0.0066223;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2805;QD=61.9196;RBI=0.066303;REFB=-0.0764178;REVB=0.0390761;RO=4;SAF=140;SAR=156;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00568762;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497635;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:301:300:4:0:296:300:1:156:140:1:3:159:141:0:0 chr3 156877276 . CAA C,CGA 453.34 PASS AF=0.446602,0.038835;AO=43,6;DP=104;FAO=46,4;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=23,0;FSAR=23,4;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0100442,-0.0949083;FXX=0.00961446;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=203.645,57.1789;QD=17.6055;RBI=0.0119251,0.0972563;REFB=-0.0136271,-0.0237243;REVB=-0.00642837,-0.0212416;RO=53;SAF=21,2;SAR=22,4;SRF=16;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.185724,0.0414681;STB=0.606017,0.996424;STBP=0.058,0.099;TYPE=del,snp;VARB=0.0220247,0.0442382;OID=.,.;OPOS=156877277,156877277;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446602,0.038835:43,6:104:46,4:103:53:23,0:23,4:16:37:99:53:21,2:22,4:16:37 chr3 156983414 . T C 700.61 PASS AF=0.413978;AO=77;DP=179;FAO=77;FDP=186;FR=.;FRO=109;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=0.0117974;FXX=0.0106377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.072;QD=15.0669;RBI=0.0432087;REFB=-0.0095423;REVB=-0.041567;RO=101;SAF=39;SAR=38;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720422;STB=0.527976;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0130012;OID=.;OPOS=156983414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:186:101:109:77:77:0.413978:38:39:44:57:38:39:50:59 chr3 157081324 . A G 797.92 PASS AF=0.522876;AO=80;DP=153;FAO=80;FDP=153;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=0.00671607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5402;QD=20.8605;RBI=0.0109007;REFB=-0.00373801;REVB=0.00858606;RO=73;SAF=28;SAR=52;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00587942;STB=0.503225;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00399763;OID=.;OPOS=157081324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:73:73:80:80:0.522876:52:28:26:47:52:28:26:47 chr3 157131788 . A C 1047.29 PASS AF=0.514563;AO=103;DP=203;FAO=106;FDP=206;FR=.;FRO=100;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.00673071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.296;QD=20.3358;RBI=0.0098717;REFB=-0.0103411;REVB=0.00722136;RO=99;SAF=45;SAR=58;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341954;STB=0.522431;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0120267;OID=.;OPOS=157131788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:206:99:100:103:106:0.514563:58:45:47:52:61:45:47:53 chr3 157155314 . C A 3967.55 PASS AF=0.988506;AO=258;DP=261;FAO=258;FDP=261;FR=.;FRO=3;FSAF=131;FSAR=127;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0125722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.463;QD=60.8054;RBI=0.0363167;REFB=-0.0424355;REVB=-0.0340711;RO=3;SAF=131;SAR=127;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382244;STB=0.502005;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=8.53363e-05;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:261:261:3:3:258:258:0.988506:127:131:1:2:127:131:1:2 chr3 157161198 . A AT,T 1006.57 PASS AF=0.605634,0.394366;AO=34,31;DP=77;FAO=43,28;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=10,10;FSAR=33,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364613,0.0390901;FXX=0.0405351;HRUN=0,8;LEN=1,1;MLLD=107.724,106.826;QD=56.7083;RBI=0.0412862,0.0426494;REFB=0,0;REVB=-0.0193682,-0.0170568;RO=5;SAF=9,9;SAR=25,22;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.150808,-0.148148;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00339428,0.00495944;OID=.,.;OPOS=157161199,157161198;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:70:77:71:5:0:34,31:43,28:0.605634,0.394366:25,22:9,9:4:1:33,18:10,10:0:0 chr3 157815088 . G A 2559.81 PASS AF=1;AO=164;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035415;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.541;QD=61.6822;RBI=0.0339755;REFB=0;REVB=0.0337905;RO=0;SAF=89;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32571e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3987e-05;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:164:166:1:75:89:0:0:77:89:0:0 chr3 157815217 . A T 278.66 PASS AF=0.452055;AO=30;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0177894;FXX=0.0266631;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.4905;QD=15.2689;RBI=0.0211444;REFB=-0.0743747;REVB=-0.0114291;RO=42;SAF=7;SAR=23;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186058;STB=0.574065;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0449724;OID=.;OPOS=157815217;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:40:30:33:0.452055:23:7:16:26:25:8:14:26 chr3 158952315 . C A 607.92 PASS AF=0.492063;AO=60;DP=125;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.000956056;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.548;QD=19.299;RBI=0.00151377;REFB=-0.00434647;REVB=0.00117365;RO=64;SAF=37;SAR=23;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210682;STB=0.612867;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00620916;OID=.;OPOS=158952315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:64:64:60:62:0.492063:23:37:25:39:24:38:25:39 chr3 159744438 . C T 571.72 PASS AF=0.445255;AO=56;DP=132;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=0.0374017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.22;QD=16.6926;RBI=0.0381229;REFB=-0.00683946;REVB=0.00738017;RO=75;SAF=24;SAR=32;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187199;STB=0.587718;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0102657;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:137:75:76:56:61:0.445255:32:24:46:29:33:28:47:29 chr3 159744440 . C T 576.3 PASS AF=0.442029;AO=60;DP=138;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.0254718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.962;QD=16.7042;RBI=0.0323553;REFB=-0.00103293;REVB=0.0199512;RO=76;SAF=27;SAR=33;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180283;STB=0.590923;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000866026;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:76:77:60:61:0.442029:33:27:48:28:33:28:48:29 chr3 160142810 . A G 196.93 PASS AF=0.378788;AO=22;DP=62;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.000355211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6756;QD=11.9354;RBI=0.0155138;REFB=-0.0392248;REVB=-0.0155097;RO=39;SAF=15;SAR=7;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222486;STB=0.570495;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0721238;OID=.;OPOS=160142810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:39:41:22:25:0.378788:7:15:19:20:10:15:20:21 chr3 160219839 . T C 33.47 PASS AF=0.0568862;AO=21;DP=332;FAO=19;FDP=334;FR=.;FRO=315;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=143;FSRR=172;FWDB=-0.0871547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9692;QD=0.400807;RBI=0.0972381;REFB=-0.0124138;REVB=-0.0431196;RO=311;SAF=13;SAR=8;SRF=143;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168614;STB=0.711783;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.170748;OID=.;OPOS=160219839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:332:334:311:315:21:19:0.0568862:8:13:143:168:6:13:143:172 chr3 160414759 . G A 814.2 PASS AF=0.430622;AO=90;DP=206;FAO=90;FDP=209;FR=.;FRO=119;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=-0.00353559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.471;QD=15.5828;RBI=0.0152362;REFB=-0.0184095;REVB=-0.0148203;RO=116;SAF=53;SAR=37;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824249;STB=0.544138;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0225652;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:209:116:119:90:90:0.430622:37:53:59:57:37:53:61:58 chr3 160436316 . A G 479.18 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0279263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.684;QD=19.9659;RBI=0.0415393;REFB=-0.0173274;REVB=0.0307512;RO=48;SAF=22;SAR=25;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291334;STB=0.511106;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.011856;OID=.;OPOS=160436316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:49:47:47:0.489583:25:22:24:24:25:22:24:25 chr3 160939776 . T A 105.38 PASS AF=0.571429;AO=14;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0700401;FXX=0;HRUN=30;LEN=1;MLLD=22.5687;QD=15.0543;RBI=0.0762713;REFB=-0.0763326;REVB=-0.0301942;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675494;STB=0.518495;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0536916;OID=.;OPOS=160939776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:28:12:11:14:16:0.571429:7:7:7:5:8:8:6:5 chr3 160967354 . G A,T 1829.15 PASS AF=0.927419,0.0645161;AO=113,10;DP=124;FAO=115,8;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=49,0;FSAR=66,8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.022485,-0.0343128;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.0409,28.7911;QD=59.0048;RBI=0.0224908,0.0715368;REFB=-0.00964884,-0.0137994;REVB=0.000514686,-0.0627706;RO=1;SAF=49,0;SAR=64,10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00959154,-0.819712;STB=0.50505,0.997736;STBP=0.301,0.043;TYPE=snp,snp;VARB=0.000257097,0.0824616;OID=.,.;OPOS=160967354,160967354;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:124:124:1:1:113,10:115,8:0.927419,0.0645161:64,10:49,0:1:0:66,8:49,0:1:0 chr3 161062631 . T C 500.43 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=131;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.0188774;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.38;QD=15.3978;RBI=0.0199393;REFB=-0.0153605;REVB=0.00642024;RO=75;SAF=27;SAR=28;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121501;STB=0.567998;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.016431;OID=.;OPOS=161062631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:75:75:55:55:0.423077:28:27:28:47:28:27:28:47 chr3 161062848 . G A 409.5 PASS AF=0.387097;AO=47;DP=122;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00429764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.928;QD=13.2095;RBI=0.00739822;REFB=-0.00474126;REVB=-0.00602196;RO=75;SAF=19;SAR=28;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126433;STB=0.559596;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00691122;OID=.;OPOS=161062848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:75:76:47:48:0.387097:28:19:39:36:28:20:39:37 chr3 161221705 . A C 614.34 PASS AF=0.525424;AO=61;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=-0.0267855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0614;QD=20.8252;RBI=0.0284364;REFB=0.00865138;REVB=0.00954817;RO=55;SAF=17;SAR=44;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262517;STB=0.513074;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00652618;OID=.;OPOS=161221705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:56:61:62:0.525424:44:17:14:41:44:18:15:41 chr3 164714532 . C T 2350.05 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120392;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3332;QD=61.0403;RBI=0.00491968;REFB=0;REVB=-0.0047701;RO=0;SAF=77;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76177e-05;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:153:154:1:76:77:0:0:76:78:0:0 chr3 164730804 . T C 897.07 PASS AF=0.565789;AO=85;DP=151;FAO=86;FDP=152;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0285151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1952;QD=23.6072;RBI=0.030069;REFB=0.00308083;REVB=-0.00954126;RO=66;SAF=31;SAR=54;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125136;STB=0.564266;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.002602;OID=.;OPOS=164730804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:66:66:85:86:0.565789:54:31:34:32:54:32:34:32 chr3 164764719 . C A 1416.06 PASS AF=0.472669;AO=147;DP=312;FAO=147;FDP=311;FR=.;FRO=164;FSAF=69;FSAR=78;FSRF=81;FSRR=83;FWDB=-0.00496617;FXX=0.00638957;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.776;QD=18.213;RBI=0.00692367;REFB=0.00072578;REVB=-0.00482436;RO=163;SAF=69;SAR=78;SRF=80;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020488;STB=0.512954;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.000902873;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:311:163:164:147:147:0.472669:78:69:80:83:78:69:81:83 chr3 164773057 . G A 445.74 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0115555;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.631;QD=15.3703;RBI=0.017961;REFB=-0.0227726;REVB=-0.0137503;RO=66;SAF=22;SAR=28;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319698;STB=0.517913;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0188543;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:66:50:50:0.431034:28:22:27:39:28:22:27:39 chr3 164783165 . T C 775.8 PASS AF=0.42132;AO=83;DP=197;FAO=83;FDP=197;FR=.;FRO=114;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=0.00288224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.307;QD=15.7523;RBI=0.00409562;REFB=0.00875319;REVB=-0.00290978;RO=113;SAF=39;SAR=44;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284471;STB=0.513092;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0116585;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:113:114:83:83:0.42132:44:39:50:63:44:39:51:63 chr3 164793758 . C A 2249.37 PASS AF=0.490323;AO=208;DP=446;FAO=228;FDP=465;FR=.;FRO=237;FSAF=104;FSAR=124;FSRF=136;FSRR=101;FWDB=-0.000318844;FXX=0.00214588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.076;QD=19.3494;RBI=0.00634453;REFB=-0.0169937;REVB=-0.00633651;RO=236;SAF=90;SAR=118;SRF=137;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14234;STB=0.559814;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0158712;OID=.;OPOS=164793758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:465:236:237:208:228:0.490323:118:90:137:99:124:104:136:101 chr3 165491280 . C T 638.54 PASS AF=0.445946;AO=65;DP=147;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=0.00932361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.984;QD=17.2577;RBI=0.0169592;REFB=-0.0226469;REVB=-0.0141663;RO=82;SAF=41;SAR=24;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480101;STB=0.530017;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0255119;OID=.;OPOS=165491280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:82:82:65:66:0.445946:24:41:48:34:24:42:48:34 chr3 166900401 . C G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7301;QD=56.9379;RBI=0.0441636;REFB=0;REVB=-0.042532;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484347;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr3 166966436 . C T 7736.47 PASS AF=0.991903;AO=487;DP=494;FAO=490;FDP=494;FR=.;FRO=4;FSAF=266;FSAR=224;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0223694;FXX=0.0060361;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.618;QD=62.6435;RBI=0.0230632;REFB=-0.0755301;REVB=-0.00561427;RO=5;SAF=264;SAR=223;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00668041;STB=0.502388;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000229253;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:494:494:5:4:487:490:0.991903:223:264:1:4:224:266:1:3 chr3 167000256 . G C 868.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.319;QD=57.8842;RBI=0.0170137;REFB=0;REVB=-0.00190404;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52315e-05;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:35:24:0:0:35:25:0:0 chr3 167051726 . A G 2221.94 PASS AF=0.993506;AO=143;DP=144;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00469898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.379;QD=57.7128;RBI=0.0228662;REFB=0.0085259;REVB=0.0223781;RO=1;SAF=66;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715052;STB=0.503703;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00206237;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:154:1:1:143:153:0.993506:77:66:1:0:86:67:1:0 chr3 167077691 . T A 1580.87 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.622;QD=59.6555;RBI=0.0456455;REFB=0;REVB=0.0239598;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50269e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:106:0:0:102:106:1:49:53:0:0:50:56:0:0 chr3 167159980 . A G 192.37 PASS AF=0.55;AO=7;DP=28;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0428552;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=45.5077;QD=19.237;RBI=0.0976998;REFB=-0.141458;REVB=0.0877991;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260141;STB=0.538426;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0269665;OID=.;OPOS=167159980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:40:7:18:7:22:0.55:4:3:1:6:14:8:8:10 chr3 167164187 . A G 940.46 PASS AF=0.538012;AO=90;DP=170;FAO=92;FDP=171;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0128773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.896;QD=21.9989;RBI=0.0162448;REFB=-0.0105293;REVB=0.00990298;RO=78;SAF=39;SAR=51;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200071;STB=0.514016;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00845071;OID=.;OPOS=167164187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:78:79:90:92:0.538012:51:39:32:46:52:40:32:47 chr3 167167186 . T A 465.75 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0160903;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.838;QD=17.7428;RBI=0.0210498;REFB=-0.00480263;REVB=0.0135719;RO=55;SAF=27;SAR=23;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292342;STB=0.516246;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00557241;OID=.;OPOS=167167186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:55:55:50:50:0.47619:23:27:28:27:23:27:28:27 chr3 167184878 . T C 603.13 PASS AF=0.42236;AO=63;DP=156;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=61;FWDB=0.0380501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.355;QD=14.9847;RBI=0.0413225;REFB=-0.0304718;REVB=-0.0161165;RO=93;SAF=25;SAR=38;SRF=32;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592738;STB=0.549332;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.039332;OID=.;OPOS=167184878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:161:93:93:63:68:0.42236:38:25:32:61:39:29:32:61 chr3 167217960 . C T 2261.69 PASS AF=0.986301;AO=142;DP=146;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0126225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6871;QD=61.9642;RBI=0.0255302;REFB=-0.0725555;REVB=-0.0221915;RO=2;SAF=56;SAR=86;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166764;STB=0.508473;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00997934;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:146:146:2:2:142:144:0.986301:86:56:2:0:86:58:2:0 chr3 167217964 . A G 2268.98 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.528;QD=60.1054;RBI=0.0153347;REFB=0;REVB=0.0136832;RO=0;SAF=58;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122608;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:151:0:0:147:151:1:89:58:0:0:90:61:0:0 chr3 167320010 . T C 906.41 PASS AF=0.486631;AO=91;DP=187;FAO=91;FDP=187;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.017734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.91;QD=19.3885;RBI=0.0381292;REFB=-0.020654;REVB=-0.0337542;RO=96;SAF=37;SAR=54;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296302;STB=0.516336;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0263809;OID=.;OPOS=167320010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:96:96:91:91:0.486631:54:37:42:54:54:37:42:54 chr3 168538993 . A G 3150.4 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.454;QD=63.9675;RBI=0.0276152;REFB=0;REVB=0.0274574;RO=0;SAF=87;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3788e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:190:197:0:0:190:197:1:103:87:0:0:104:93:0:0 chr3 168546914 . C T 3210.49 PASS AF=0.995283;AO=209;DP=213;FAO=211;FDP=212;FR=.;FRO=1;FSAF=109;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00303789;FXX=0.00469462;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.071;QD=60.5753;RBI=0.0181794;REFB=-0.0643737;REVB=0.0179237;RO=2;SAF=107;SAR=102;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088201;STB=0.502283;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000336901;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:213:212:2:1:209:211:0.995283:102:107:2:0:102:109:1:0 chr3 168802543 . C CT,T 37.43 PASS AF=0.15625,0;AO=14,8;DP=108;FAO=15,0;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.0463361,-0.0073714;FXX=0.0303;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=8.3947,175.058;QD=1.55967;RBI=0.0947185,0.018504;REFB=-0.0467808,-0.000596964;REVB=-0.0826109,-0.0169724;RO=77;SAF=4,3;SAR=10,5;SRF=32;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.176043,-0.0483176;STB=0.588114,0.5;STBP=0.478,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0442446,0;OID=.,.;OPOS=168802544,168802543;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:108:96:77:81:14,8:15,0:0.15625,0:10,5:4,3:32:45:10,0:5,0:35:46 chr3 169098992 . G A 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.000283713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=335.214;QD=21.9527;RBI=0.0302914;REFB=-0.020068;REVB=0.03029;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143105;STB=0.578899;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0160251;OID=.;OPOS=169098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:16:16:17:8:16:16:17:8 chr3 169485639 . C T 310.51 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.00827528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.606;QD=11.2914;RBI=0.0148636;REFB=0.00293532;REVB=-0.0123469;RO=71;SAF=19;SAR=20;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410731;STB=0.523575;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0056626;OID=.;OPOS=169485639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:71:39:39:0.354545:20:19:32:39:20:19:32:39 chr3 169490099 . A T 242.52 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.003424;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.586;QD=14.9242;RBI=0.00366907;REFB=-0.0134758;REVB=0.00131844;RO=37;SAF=21;SAR=7;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608818;STB=0.534628;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0174115;OID=.;OPOS=169490099;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:7:21:26:11:7:21:26:11 chr3 169513320 . A T 661.5 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=145;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.034838;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9694;QD=18.3749;RBI=0.0771324;REFB=-0.024669;REVB=0.0688165;RO=76;SAF=33;SAR=34;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575637;STB=0.52827;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0293755;OID=.;OPOS=169513320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:76:77:67:67:0.465278:34:33:42:34:34:33:42:35 chr3 169518455 . T C 410.39 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0087248;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.847;QD=15.6338;RBI=0.028302;REFB=-0.020958;REVB=0.0269236;RO=59;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893112;STB=0.549979;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0209295;OID=.;OPOS=169518455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:59:59:46:46:0.438095:24:22:23:36:24:22:23:36 chr3 169539812 . C G 476.79 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0156507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.553;QD=16.7295;RBI=0.0272191;REFB=0.00269796;REVB=0.0222697;RO=61;SAF=31;SAR=21;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18023;STB=0.604533;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00323527;OID=.;OPOS=169539812;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:62:52:52:0.45614:21:31:25:36:21:31:25:37 chr3 169540397 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0313;QD=53.2721;RBI=0.0782429;REFB=0;REVB=0.0780674;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241727;OID=.;OPOS=169540397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr3 169558025 . C T 1126.55 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0815703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.914;QD=57.7719;RBI=0.0818437;REFB=-0.150344;REVB=-0.00668498;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122906;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.001008;OID=.;OPOS=169558025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:38:38:1:0:38:39:0:1 chr3 169572621 . G T 795.32 PASS AF=0.435233;AO=84;DP=194;FAO=84;FDP=193;FR=.;FRO=109;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=-0.00792296;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.911;QD=16.4832;RBI=0.0081579;REFB=-0.00831981;REVB=0.00194369;RO=106;SAF=48;SAR=36;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137681;STB=0.579006;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00854593;OID=.;OPOS=169572621;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:106:109:84:84:0.435233:36:48:46:60:36:48:47:62 chr3 169643955 . C T 269.29 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0101056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.04;QD=16.5715;RBI=0.0457706;REFB=-0.0212504;REVB=-0.0446411;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00754039;STB=0.502611;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0255532;OID=.;OPOS=169643955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:30:30:0.461538:17:13:15:19:17:13:15:20 chr3 169644710 . G C 410.9 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00654682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8218;QD=23.8205;RBI=0.0209683;REFB=-0.0240544;REVB=0.01992;RO=29;SAF=13;SAR=27;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157025;STB=0.586456;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00833129;OID=.;OPOS=169644710;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:27:13:15:14:27:13:15:14 chr3 169654216 . G A 124.88 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00767174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.762;QD=10.1939;RBI=0.0144951;REFB=-0.00359413;REVB=-0.0122985;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696487;STB=0.538411;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00430073;OID=.;OPOS=169654216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:32:34:15:15:0.306122:8:7:13:19:8:7:14:20 chr3 169713483 . C T 524.22 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0148262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.96;QD=17.3296;RBI=0.0339431;REFB=-0.0111771;REVB=-0.0305339;RO=63;SAF=28;SAR=28;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529588;STB=0.528915;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0132779;OID=.;OPOS=169713483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:63:65:56:56:0.46281:28:28:28:35:28:28:29:36 chr3 169802930 . G T 710.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0270396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.267;QD=54.6349;RBI=0.0295787;REFB=-0.0191734;REVB=-0.01199;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000497291;OID=.;OPOS=169802930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:0:1:51:51:0.980769:25:26:0:0:25:26:0:1 chr3 169805832 . A C 236.5 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.015369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.494;QD=13.5145;RBI=0.027291;REFB=0.000207868;REVB=0.022552;RO=40;SAF=9;SAR=19;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266917;STB=0.66586;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=8.18275e-05;OID=.;OPOS=169805832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:42:28:28:0.4:19:9:23:17:19:9:25:17 chr3 169894680 . G A 1188.86 PASS AF=0.94186;AO=80;DP=85;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00243148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.143;QD=55.2959;RBI=0.00968675;REFB=-0.0350175;REVB=0.00937662;RO=5;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555878;STB=0.528729;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0012707;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:85:86:5:5:80:81:0.94186:40:40:0:5:41:40:0:5 chr3 170078232 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.288;QD=57.385;RBI=0.0264051;REFB=0;REVB=-0.0010014;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55925e-05;OID=.;OPOS=170078232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr3 170204122 . G A 787.58 PASS AF=0.42;AO=79;DP=195;FAO=84;FDP=200;FR=.;FRO=116;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=-0.0139945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.089;QD=15.7515;RBI=0.0159681;REFB=-0.00905813;REVB=0.00769002;RO=112;SAF=29;SAR=50;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869004;STB=0.545668;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0133352;OID=.;OPOS=170204122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:200:112:116:79:84:0.42:50:29:50:62:52:32:53:63 chr3 170607849 . A T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0175699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.062;QD=14.139;RBI=0.0194968;REFB=-0.0164916;REVB=0.00845118;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328157;STB=0.669184;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.017557;OID=.;OPOS=170607849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:20:13:14:0.411765:9:4:12:7:9:5:13:7 chr3 170825905 . C G 3037.57 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.935;QD=63.614;RBI=0.0407013;REFB=0;REVB=0.0259137;RO=0;SAF=97;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02098e-05;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:94:97:0:0:94:97:0:0 chr3 170893070 . G A 998.14 PASS AF=0.831461;AO=74;DP=89;FAO=74;FDP=89;FR=.;FRO=15;FSAF=55;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00674671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.228;QD=44.8603;RBI=0.00758324;REFB=-0.00398291;REVB=-0.00346229;RO=12;SAF=55;SAR=19;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105794;STB=0.570562;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000108527;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:89:89:12:15:74:74:0.831461:19:55:5:7:19:55:6:9 chr3 170893071 . T A 34.96 PASS AF=0.101124;AO=12;DP=89;FAO=9;FDP=89;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=56;FSRR=24;FWDB=-0.00974328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2675;QD=1.57136;RBI=0.164013;REFB=-0.0565607;REVB=-0.163723;RO=76;SAF=5;SAR=7;SRF=56;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393511;STB=0.635146;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0364398;OID=.;OPOS=170893071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:89:89:76:80:12:9:0.101124:7:5:56:20:4:5:56:24 chr3 171087469 . G A 101.74 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0432677;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.563;QD=13.1273;RBI=0.0441149;REFB=0.00292248;REVB=-0.00860415;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565028;STB=0.576797;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00824253;OID=.;OPOS=171087469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:17:18:12:13:0.419355:9:3:5:12:10:3:6:12 chr3 171338237 . T G 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7755;QD=61.0481;RBI=0.0110989;REFB=0;REVB=0.0101047;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05207e-05;OID=.;OPOS=171338237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr3 171395468 . A G 3100.95 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105438;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5821;QD=61.405;RBI=0.0167835;REFB=-0.056584;REVB=0.0130581;RO=1;SAF=98;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004558;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525045;OID=.;OPOS=171395468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:204:202:1:0:202:202:1:104:98:0:1:104:98:0:0 chr3 171404478 . C A 556.06 PASS AF=0.407643;AO=64;DP=157;FAO=64;FDP=157;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.00453947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.067;QD=14.1671;RBI=0.00691478;REFB=-0.0107061;REVB=-0.00521608;RO=92;SAF=32;SAR=32;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0145554;OID=.;OPOS=171404478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:92:93:64:64:0.407643:32:32:46:46:32:32:47:46 chr3 171510238 . C T 1346.21 PASS AF=0.468227;AO=140;DP=301;FAO=140;FDP=299;FR=.;FRO=159;FSAF=85;FSAR=55;FSRF=89;FSRR=70;FWDB=-0.0279992;FXX=0.0066443;HRUN=4;LEN=1;MLLD=335.754;QD=18.0095;RBI=0.028196;REFB=-0.0103416;REVB=0.0033255;RO=158;SAF=85;SAR=55;SRF=89;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437125;STB=0.526117;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0117477;OID=.;OPOS=171510238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:299:158:159:140:140:0.468227:55:85:89:69:55:85:89:70 chr3 171510841 . C T 544.52 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.027228;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.002;QD=15.3387;RBI=0.0272827;REFB=-0.00550956;REVB=-0.00172603;RO=80;SAF=25;SAR=34;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144395;STB=0.505975;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00849995;OID=.;OPOS=171510841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:80:83:59:59:0.415493:34:25:35:45:34:25:36:47 chr3 171510898 . A G 544.43 PASS AF=0.475;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0130504;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.605;QD=18.1476;RBI=0.0140205;REFB=-0.00686943;REVB=0.00512458;RO=62;SAF=35;SAR=22;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212831;STB=0.621862;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00683591;OID=.;OPOS=171510898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:62:63:57:57:0.475:22:35:24:38:22:35:24:39 chr3 171511020 . T G 328.29 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0546868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0927;QD=21.1798;RBI=0.057873;REFB=0.00131719;REVB=0.0189377;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583297;STB=0.532239;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00152522;OID=.;OPOS=171511020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:17:17:12:16:17:17:12:16 chr3 171511139 . C T 146.05 PASS AF=0.395349;AO=15;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0117309;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.645;QD=13.5862;RBI=0.0450981;REFB=-0.00469349;REVB=-0.0435457;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264333;STB=0.599339;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0133548;OID=.;OPOS=171511139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:15:17:0.395349:5:10:11:15:7:10:11:15 chr3 171511355 . G A 541.18 PASS AF=0.387879;AO=63;DP=165;FAO=64;FDP=165;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=64;FWDB=-0.104458;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.132;QD=13.1196;RBI=0.105465;REFB=-0.0103983;REVB=-0.0145405;RO=101;SAF=26;SAR=37;SRF=37;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526891;STB=0.525557;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0168876;OID=.;OPOS=171511355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:101:101:63:64:0.387879:37:26:37:64:38:26:37:64 chr3 171844787 . A T 2929.72 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.176;QD=63.0047;RBI=0.027313;REFB=0;REVB=0.0253933;RO=0;SAF=87;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16977e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62003e-05;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:186:0:0:181:186:1:94:87:0:0:99:87:0:0 chr3 171969077 . C G 560.87 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0265457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8523;QD=21.7814;RBI=0.0296708;REFB=-0.000259809;REVB=-0.0132545;RO=47;SAF=26;SAR=30;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562417;STB=0.53087;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000306696;OID=.;OPOS=171969077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:30:26:25:22:30:26:25:22 chr3 172117181 . GCCAAAAAAAAAAT CAACAAAAAAAAAT,CGACAAAAAAAAAT,GACCAAAAAAAAAT,GCCAAAAAAAAAT,GCCAAAAAAAAATA 134.52 PASS AF=0,0.375,0.03125,0.59375,0;AO=2,2,2,4,2;DP=31;FAO=0,12,1,19,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,8,0;FSAR=0,12,1,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.1118,-0.134023,-0.138396,0.0254911,-0.26608;FXX=0.0856898;HRUN=1,1,2,10,10;LEN=4,4,3,1,2;MLLD=49.3674,40.7991,19.031,4.10375,9.11918;QD=16.8153;RBI=0.229416,0.24211,0.318092,0.469559,0.394887;REFB=0.076233,0.0788581,0.109489,0.0766754,0.069912;REVB=-0.200331,-0.201631,-0.286407,-0.468866,-0.291783;RO=3;SAF=0,0,0,1,2;SAR=2,2,2,3,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.666583,-0.666583,-0.666583,-0.305979,0.599865;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,mnp,del,mnp;VARB=0.00654183,-0.0678837,0.0753751,0.196339,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=172117181,172117181,172117182,172117184,172117193;OREF=GCCA,GCCA,CCA,A,AT;OALT=CAAC,CGAC,ACC,-,TA;OMAPALT=CAACAAAAAAAAAT,CGACAAAAAAAAAT,GACCAAAAAAAAAT,GCCAAAAAAAAAT,GCCAAAAAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:64:31:32:3:0:2,2,2,4,2:0,12,1,19,0:0,0.375,0.03125,0.59375,0:2,2,2,3,0:0,0,0,1,2:2:1:0,12,1,11,0:0,0,0,8,0:0:0 chr3 172165727 . C T 582.33 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00211513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.752;QD=25.0463;RBI=0.00354309;REFB=-0.0108461;REVB=0.00284248;RO=40;SAF=29;SAR=24;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958821;STB=0.552473;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00680262;OID=.;OPOS=172165727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:40:53:53:0.569892:24:29:17:23:24:29:17:23 chr3 172166033 . G A 2050.26 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132892;FXX=0.0441144;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1162;QD=63.085;RBI=0.0231286;REFB=0;REVB=0.0189296;RO=0;SAF=52;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197662;OID=.;OPOS=172166033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:77:52:0:0:78:52:0:0 chr3 172224303 . AA CG,GA 835.69 PASS AF=0,0.913043;AO=3,43;DP=65;FAO=0,63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=0,27;FSAR=0,36;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0112239,0.0143234;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=71.6657,80.8186;QD=48.4456;RBI=0.0237199,0.0185015;REFB=-0.0262667,-0.0766575;REVB=-0.0208963,-0.0117109;RO=0;SAF=2,22;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.549984;STBP=1,0.012;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00832128;OID=.,.;OPOS=172224303,172224303;OREF=AA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:65:69:0:6:3,43:0,63:0,0.913043:1,21:2,22:0:0:0,36:0,27:6:0 chr3 172428782 . T C 4614.09 PASS AF=1;AO=275;DP=278;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.785;QD=62.991;RBI=0.0616534;REFB=0;REVB=0.0467299;RO=0;SAF=109;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11236e-06;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:278:293:0:0:275:293:1:166:109:0:0:177:116:0:0 chr3 172489076 . C T 1472.43 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.236;QD=63.3304;RBI=0.030622;REFB=0;REVB=-0.0304233;RO=0;SAF=32;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30494e-05;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:61:32:0:0:61:32:0:0 chr3 172514294 . G A 1946.13 PASS AF=0.955882;AO=126;DP=136;FAO=130;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0331329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7226;QD=57.2392;RBI=0.0390288;REFB=-0.0393436;REVB=0.0206266;RO=4;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311242;STB=0.516391;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00252799;OID=.;OPOS=172514294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:136:136:4:4:126:130:0.955882:59:67:0:4:59:71:0:4 chr3 174581888 . T C 1153.96 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.614;QD=60.7346;RBI=0.0307098;REFB=0;REVB=0.0167258;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31079e-05;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:43:30:0:0:44:32:0:0 chr3 174814738 . G A 648.41 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0204484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.566;QD=18.526;RBI=0.0269178;REFB=-0.011067;REVB=0.0175051;RO=74;SAF=28;SAR=38;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519981;STB=0.502882;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0123523;OID=.;OPOS=174814738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:74:66:66:0.471429:38:28:31:43:38:28:31:43 chr3 174814920 . A G 492.5 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00232802;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.724;QD=17.2807;RBI=0.00241082;REFB=-0.00402269;REVB=0.000626396;RO=61;SAF=31;SAR=22;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121699;STB=0.56774;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.004047;OID=.;OPOS=174814920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:61:61:53:53:0.464912:22:31:28:33:22:31:28:33 chr3 174951756 . T C 1235.16 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222226;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.835;QD=60.2516;RBI=0.0256541;REFB=-0.110691;REVB=0.0128175;RO=1;SAF=36;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129713;STB=0.506848;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000223771;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:81:81:0.987805:45:36:1:0:45:36:1:0 chr3 175165079 . C T 689.58 PASS AF=0.857143;AO=54;DP=63;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0071415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.877;QD=43.7825;RBI=0.0237866;REFB=-0.148433;REVB=0.0226893;RO=5;SAF=28;SAR=26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770453;STB=0.505298;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00361157;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:63:63:5:9:54:54:0.857143:26:28:5:0:26:28:5:4 chr3 175189447 . G A 316.36 PASS AF=0.533333;AO=25;DP=61;FAO=32;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0182621;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.971;QD=21.0904;RBI=0.0312486;REFB=-0.0342613;REVB=0.0253569;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118784;STB=0.559285;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0251348;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:27:25:32:0.533333:12:13:11:17:16:16:10:17 chr3 175327309 . G A 5565.98 PASS AF=1;AO=344;DP=344;FAO=348;FDP=348;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7422;QD=63.9768;RBI=0.0299508;REFB=0;REVB=-0.0291623;RO=0;SAF=160;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45319e-05;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:344:348:0:0:344:348:1:184:160:0:0:186:162:0:0 chr3 175345143 . C G 2467.02 PASS AF=1;AO=159;DP=163;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010763;FXX=0.0243888;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.692;QD=61.6754;RBI=0.025709;REFB=0;REVB=0.0233475;RO=0;SAF=81;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76939e-05;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:163:160:0:0:159:160:1:78:81:0:0:78:82:0:0 chr3 175473047 . T C 3967.95 PASS AF=0.996169;AO=257;DP=260;FAO=260;FDP=261;FR=.;FRO=1;FSAF=140;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0215607;FXX=0.00381665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5482;QD=60.8115;RBI=0.0228247;REFB=-0.0729487;REVB=0.00749;RO=3;SAF=140;SAR=117;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468555;STB=0.501779;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000847022;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:260:261:3:1:257:260:0.996169:117:140:1:2:120:140:1:0 chr3 176765269 . T C 964.62 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0130439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.4617;QD=55.9199;RBI=0.025721;REFB=-0.00724159;REVB=0.0221681;RO=2;SAF=23;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923791;STB=0.50502;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000120092;OID=.;OPOS=176765269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:69:2:2:66:67:0.971014:43:23:1:1:44:23:1:1 chr3 176838514 . C G 795.43 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.273;QD=56.8165;RBI=0.0336059;REFB=0;REVB=0.030658;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131564;OID=.;OPOS=176838514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:49:56:1:23:26:0:0:29:27:0:0 chr3 178546026 . T C 1452.72 PASS AF=0.522059;AO=142;DP=272;FAO=142;FDP=272;FR=.;FRO=130;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=64;FSRR=66;FWDB=0.00398349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.337;QD=21.3635;RBI=0.00405647;REFB=0.00331117;REVB=0.00076601;RO=130;SAF=69;SAR=73;SRF=64;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559447;STB=0.503057;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00397142;OID=.;OPOS=178546026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:130:130:142:142:0.522059:73:69:64:66:73:69:64:66 chr3 178560581 . A C 907.82 PASS AF=0.468293;AO=96;DP=197;FAO=96;FDP=205;FR=.;FRO=109;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=0.0279259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9012;QD=17.7135;RBI=0.0297428;REFB=0.00634945;REVB=-0.0102362;RO=101;SAF=52;SAR=44;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342945;STB=0.534384;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0060564;OID=.;OPOS=178560581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:205:101:109:96:96:0.468293:44:52:51:50:44:52:52:57 chr3 178742690 . T C 3152.91 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.64;QD=64.0186;RBI=0.0228194;REFB=0;REVB=0.0185497;RO=0;SAF=30;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29096e-06;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:167:30:0:0:167:30:0:0 chr3 178815528 . G A 3200.94 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2879;QD=61.2619;RBI=0.0139391;REFB=0;REVB=-0.0134895;RO=0;SAF=93;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293047;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:209:0:0:203:209:1:110:93:0:0:114:95:0:0 chr3 178976777 . C T 768.89 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5759;QD=56.9549;RBI=0.0704598;REFB=0;REVB=0.0491257;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107872;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr3 179096508 . C G 1615.19 PASS AF=0.91129;AO=113;DP=130;FAO=113;FDP=124;FR=.;FRO=11;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0503593;FXX=0.0461503;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4652;QD=52.1029;RBI=0.0586765;REFB=-0.0171209;REVB=0.0301143;RO=10;SAF=51;SAR=62;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549137;STB=0.532477;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00252092;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:130:124:10:11:113:113:0.91129:62:51:1:9:62:51:1:10 chr3 179114529 . GATTAATTAA GATTAA,GATTAATAAG 560.55 PASS AF=0.921053,0.0789474;AO=34,3;DP=38;FAO=35,3;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=14,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187339,0.0622113;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=258.119,62.5949;QD=59.0055;RBI=0.0403453,0.0680532;REFB=0,0;REVB=0.0357322,-0.027586;RO=0;SAF=21,0;SAR=13,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000553812,0.147206;OID=.,.;OPOS=179114530,179114536;OREF=ATTA,TAA;OALT=-,AAG;OMAPALT=GATTAA,GATTAATAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.921053,0.0789474:34,3:38:35,3:38:0:21,0:14,3:0:0:13:0:21,0:13,3:0:0 chr3 179137273 . A G 3554.0 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.622;QD=62.9026;RBI=0.0274366;REFB=0;REVB=0.0218142;RO=0;SAF=114;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14125e-05;OID=.;OPOS=179137273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:226:0:0:225:226:1:111:114:0:0:111:115:0:0 chr3 179298999 . C T 728.12 PASS AF=0.396226;AO=84;DP=213;FAO=84;FDP=212;FR=.;FRO=128;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=78;FWDB=-0.0105852;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.1;QD=13.7381;RBI=0.0446802;REFB=-0.00349888;REVB=-0.0434083;RO=128;SAF=37;SAR=47;SRF=50;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547682;STB=0.530748;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00542913;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:128:128:84:84:0.396226:47:37:50:78:47:37:50:78 chr3 179333403 . G A 633.51 PASS AF=0.395604;AO=71;DP=179;FAO=72;FDP=182;FR=.;FRO=110;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.0527897;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4632;QD=13.9232;RBI=0.0726495;REFB=0.000282882;REVB=-0.0499118;RO=108;SAF=39;SAR=32;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00324436;STB=0.503225;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.000664869;OID=.;OPOS=179333403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:182:108:110:71:72:0.395604:32:39:59:49:33:39:59:51 chr3 180666227 . CA C 34.55 PASS AF=0.27451;AO=16;DP=52;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.178571;FXX=0.0192271;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.60278;QD=2.70946;RBI=0.236508;REFB=-0.0892007;REVB=-0.155076;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994351;STB=0.502853;STBP=0.997;TYPE=del;VARB=0.109008;OID=.;OPOS=180666228;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27451:16:52:14:51:37:8:6:21:16:34:27:8:8:16:11 chr3 180666557 . A T 354.35 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=87;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0115967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.406;QD=16.1069;RBI=0.0147224;REFB=-0.00365549;REVB=-0.00906995;RO=50;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746026;STB=0.530957;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00501204;OID=.;OPOS=180666557;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:50:37:38:0.431818:24:13:21:29:24:14:21:29 chr3 182631792 . C A 2539.45 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1931;QD=61.1915;RBI=0.0230865;REFB=0;REVB=0.00175699;RO=1;SAF=56;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00842132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.6093e-05;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:165:166:1:0:164:166:1:108:56:1:0:108:58:0:0 chr3 182790249 . G A 1506.84 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00546607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.505;QD=58.5181;RBI=0.0242317;REFB=-0.0326878;REVB=0.0236071;RO=0;SAF=33;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.32919e-08;STB=0.507691;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000807615;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:103:0:1:101:102:0.990291:68:33:0:0:70:32:1:0 chr3 182871962 . C T 959.91 PASS AF=0.434599;AO=102;DP=237;FAO=103;FDP=237;FR=.;FRO=134;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=47;FSRR=87;FWDB=-0.0410849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.203;QD=16.201;RBI=0.0411521;REFB=-0.00588413;REVB=-0.00235168;RO=133;SAF=38;SAR=64;SRF=47;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209879;STB=0.511103;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00899204;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:133:134:102:103:0.434599:64:38:47:86:65:38:47:87 chr3 182897920 . A G 486.7 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0186075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8315;QD=16.6394;RBI=0.02456;REFB=-0.00553476;REVB=-0.0160297;RO=63;SAF=29;SAR=24;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735425;STB=0.508769;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00539084;OID=.;OPOS=182897920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:64:53:53:0.452991:24:29:34:29:24:29:34:30 chr3 182925404 . T C 1505.93 PASS AF=0.964602;AO=98;DP=103;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0286365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.417;QD=53.3071;RBI=0.0462111;REFB=-0.104472;REVB=0.0362687;RO=2;SAF=42;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00276428;STB=0.506846;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00366148;OID=.;OPOS=182925404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:103:113:2:4:98:109:0.964602:56:42:1:1:61:48:1:3 chr3 182989331 . CTTTTTTTG CCTTTTTTG,CTTTTTTG,CTTTTTTGT,CTTTTTTTTG 53.31 PASS AF=0,0.326087,0.0217391,0;AO=2,12,2,5;DP=47;FAO=0,15,1,0;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=0,9,0,0;FSAR=0,6,1,0;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.191202,0.298689,0.0134632,-0.308444;FXX=0.0212721;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,1,2,1;MLLD=20.5241,9.93421,204.624,7.51292;QD=4.63537;RBI=0.198251,0.29979,0.0145336,0.309536;REFB=0.00840405,0.032292,0.00618747,-0.0403916;REVB=0.0523927,0.0256595,0.00547423,-0.0259767;RO=23;SAF=1,7,0,4;SAR=1,5,2,1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0204929,0.0684697,-0.502119,0.347454;STB=0.5,0.545393,0.990488,0.5;STBP=1,0.68,0.259,1;TYPE=snp,del,mnp,ins;VARB=0,-0.0327019,0.0809427,0;OID=.,.,.,.;OPOS=182989332,182989332,182989338,182989332;OREF=T,T,TG,-;OALT=C,-,GT,T;OMAPALT=CCTTTTTTG,CTTTTTTG,CTTTTTTGT,CTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.326087,0.0217391,0:2,12,2,5:47:0,15,1,0:46:30:0,9,0,0:0,6,1,0:16:14:54:23:1,7,0,4:1,5,2,1:12:11 chr3 183017965 . T A 412.22 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0120603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3943;QD=18.5268;RBI=0.023421;REFB=0.000769704;REVB=0.0200772;RO=45;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115656;STB=0.570142;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.000927597;OID=.;OPOS=183017965;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:47:41:42:0.47191:25:16:23:22:26:16:24:23 chr3 183027542 . T G 412.77 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0536414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.996;QD=18.7621;RBI=0.0548773;REFB=0.0205096;REVB=0.0115805;RO=46;SAF=20;SAR=22;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427261;STB=0.523798;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0164403;OID=.;OPOS=183027542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:22:20:24:22:22:20:24:22 chr3 183211906 . A G 2420.93 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.817;QD=61.2893;RBI=0.0256015;REFB=0;REVB=-0.0012615;RO=0;SAF=70;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4999e-05;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:88:70:0:0:88:70:0:0 chr3 183368216 . A T 655.81 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=20;FWDB=0.0149842;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.788;QD=19.5764;RBI=0.0320232;REFB=-0.0129415;REVB=0.0283012;RO=67;SAF=34;SAR=32;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171862;STB=0.597422;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0142129;OID=.;OPOS=183368216;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:67:68:66:66:0.492537:32:34:47:20:32:34:48:20 chr3 183368891 . C T 469.12 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0345312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0558;QD=14.2157;RBI=0.0345324;REFB=-0.00174429;REVB=-0.000292542;RO=78;SAF=21;SAR=32;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029406;STB=0.513364;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00356913;OID=.;OPOS=183368891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:78:79:53:53:0.401515:32:21:33:45:32:21:33:46 chr3 183432983 . C T 482.89 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00399587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.909;QD=18.5727;RBI=0.00472457;REFB=-0.0203611;REVB=0.00252082;RO=53;SAF=24;SAR=27;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104813;STB=0.558038;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0249385;OID=.;OPOS=183432983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:27:24:31:22:27:24:31:22 chr3 183476685 . G A 1824.82 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0163755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.597;QD=60.3245;RBI=0.0171587;REFB=-0.0709392;REVB=0.00512467;RO=1;SAF=56;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840699;STB=0.504424;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000189612;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:64:56:1:0:64:56:1:0 chr3 183521133 . A G 2034.7 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747885;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.267;QD=62.1283;RBI=0.0748242;REFB=0;REVB=0.00231017;RO=0;SAF=51;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28766e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3808e-05;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:131:131:0:0:129:131:1:78:51:0:0:80:51:0:0 chr3 183524193 . T C 761.76 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0130037;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.5262;QD=53.4571;RBI=0.0130886;REFB=-0.126586;REVB=0.00148894;RO=2;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277141;STB=0.514701;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00288515;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:33:22:0:2:33:22:0:2 chr3 183533964 . T C 829.57 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8004;QD=57.2116;RBI=0.0648274;REFB=0;REVB=-0.0226419;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000489391;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:32:26:0:0 chr3 183637722 . T G 176.82 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0688255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8075;QD=10.401;RBI=0.0688291;REFB=-0.0088504;REVB=-0.000709819;RO=43;SAF=17;SAR=6;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200978;STB=0.622142;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0272725;OID=.;OPOS=183637722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:43:45:23:23:0.338235:6:17:25:18:6:17:26:19 chr3 183660585 . G A 754.24 PASS AF=0.475904;AO=78;DP=165;FAO=79;FDP=166;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0254046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4276;QD=18.1745;RBI=0.0874633;REFB=-0.00994743;REVB=0.0836925;RO=87;SAF=45;SAR=33;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686184;STB=0.540664;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0133844;OID=.;OPOS=183660585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:87:87:78:79:0.475904:33:45:44:43:33:46:44:43 chr3 183682960 . G A 313.05 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0150423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.436;QD=14.5606;RBI=0.0155794;REFB=7.48733e-05;REVB=0.00405521;RO=50;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176688;STB=0.605204;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.000103364;OID=.;OPOS=183682960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:51:35:35:0.406977:15:20:20:30:15:20:20:31 chr3 183685534 . A G 1630.58 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804311;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3363;QD=59.2937;RBI=0.0852301;REFB=-0.0474641;REVB=0.028196;RO=1;SAF=51;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921638;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182503;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:110:110:1:0:108:110:1:57:51:1:0:58:52:0:0 chr3 183696402 . A G 2060.59 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534764;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.267;QD=62.442;RBI=0.0537133;REFB=0;REVB=0.00503947;RO=0;SAF=60;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83431e-05;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:132:0:0:120:132:1:60:60:0:0:61:71:0:0 chr3 183699516 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0132888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.765;QD=16.2717;RBI=0.0133965;REFB=-0.0078502;REVB=-0.00169557;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198855;STB=0.614306;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0113222;OID=.;OPOS=183699516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:7:11:6:9:7:11 chr3 183753777 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0288559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5156;QD=18.2506;RBI=0.13089;REFB=-0.0651842;REVB=0.127669;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802345;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0320802;OID=.;OPOS=183753777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:13:15:15:15:0.5:9:6:4:9:9:6:6:9 chr3 183754294 . G C 645.36 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0128301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.963;QD=19.7055;RBI=0.0142247;REFB=-0.000264125;REVB=-0.00614258;RO=66;SAF=25;SAR=40;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202412;STB=0.61173;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000104122;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:66:65:65:0.496183:40:25:40:26:40:25:40:26 chr3 183754585 . C T 484.07 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0089647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2146;QD=18.799;RBI=0.0303639;REFB=-0.0143117;REVB=-0.0290104;RO=52;SAF=22;SAR=29;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080289;STB=0.544366;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0105306;OID=.;OPOS=183754585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:29:22:18:34:29:22:18:34 chr3 183755822 . G A 2008.42 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8306;QD=62.2765;RBI=0.0318364;REFB=0;REVB=0.0118359;RO=0;SAF=61;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118558;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:68:61:0:0:68:61:0:0 chr3 183756391 . C G 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.129903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0551;QD=26.3154;RBI=0.130111;REFB=0.0125102;REVB=0.00736552;RO=14;SAF=1;SAR=21;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471739;STB=0.771713;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00205511;OID=.;OPOS=183756391;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:21:1:4:10:21:1:4:10 chr3 183756637 . C T 1296.2 PASS AF=0.598958;AO=115;DP=193;FAO=115;FDP=192;FR=.;FRO=77;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.00799469;FXX=0.00518108;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.642;QD=27.0042;RBI=0.0279138;REFB=-0.0236183;REVB=0.0267445;RO=76;SAF=59;SAR=56;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675557;STB=0.539025;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0146406;OID=.;OPOS=183756637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:76:77:115:115:0.598958:56:59:32:44:56:59:32:45 chr3 183756702 . G A 576.18 PASS AF=0.389535;AO=67;DP=172;FAO=67;FDP=172;FR=.;FRO=105;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.00120026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.266;QD=13.3994;RBI=0.00615158;REFB=-0.0116102;REVB=0.00603335;RO=105;SAF=30;SAR=37;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412854;STB=0.523304;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0180905;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:105:105:67:67:0.389535:37:30:51:54:37:30:51:54 chr3 183774762 . C A 700.64 PASS AF=0.427778;AO=74;DP=178;FAO=77;FDP=180;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.0081208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6836;QD=15.5697;RBI=0.0187367;REFB=0.00804521;REVB=0.0168854;RO=103;SAF=38;SAR=36;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594071;STB=0.521294;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0097166;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:103:103:74:77:0.427778:36:38:47:56:39:38:47:56 chr3 183778010 . G C 2217.97 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.398;QD=62.4781;RBI=0.039381;REFB=-0.0829002;REVB=0.0227583;RO=0;SAF=72;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503448;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000140446;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:0:1:141:141:0.992958:69:72:0:0:69:72:1:0 chr3 183818416 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.487;QD=59.143;RBI=0.0335459;REFB=0;REVB=-0.027153;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157861;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr3 183861243 . A G 1420.21 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162258;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.8;QD=63.1204;RBI=0.0361182;REFB=0;REVB=0.0322684;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597214;OID=.;OPOS=183861243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:39:51:0:0:39:51:0:0 chr3 183863084 . AAG A 695.78 PASS AF=0.913043;AO=57;DP=61;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0830893;FXX=0.0416609;HRUN=4;LEN=2;MLLD=281.627;QD=40.3353;RBI=0.0853806;REFB=-0.0194164;REVB=0.0196475;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53415;STBP=0.088;TYPE=del;VARB=0.000994322;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.913043:57:61:63:69:6:20:43:4:2:10:0:18:39:0:0 chr3 183900680 . G C 1066.28 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4072;QD=58.4264;RBI=0.0337748;REFB=-0.139528;REVB=0.0231556;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133212;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00289136;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:35:37:0:1:35:37:0:1 chr3 183900729 . T C 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.299;QD=60.2255;RBI=0.0319961;REFB=0;REVB=-0.00804561;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86692e-05;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr3 183907032 . G C,T 3716.77 PASS AF=0.929412,0.0705882;AO=222,13;DP=235;FAO=237,18;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=96,9;FSAR=141,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401373,0.0117753;FXX=0.0116275;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.434,105.641;QD=58.3022;RBI=0.0251986,0.0204733;REFB=0,0;REVB=0.0248769,0.0167481;RO=0;SAF=96,8;SAR=126,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.50327e-08,3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0010265,0.0786135;OID=.,.;OPOS=183907032,183907032;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:235:255:0:0:222,13:237,18:0.929412,0.0705882:126,5:96,8:0:0:141,9:96,9:0:0 chr3 183907033 . T C 63.33 PASS AF=0.0830189;AO=22;DP=265;FAO=22;FDP=265;FR=.;FRO=243;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=105;FSRR=138;FWDB=0.00810191;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.2968;QD=0.95594;RBI=0.0220377;REFB=-0.0104597;REVB=0.0204944;RO=243;SAF=3;SAR=19;SRF=105;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379183;STB=0.813;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0258243;OID=.;OPOS=183907033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:265:265:243:243:22:22:0.0830189:19:3:105:138:19:3:105:138 chr3 183967005 . C T 184.61 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0233817;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4012;QD=9.97893;RBI=0.0235271;REFB=0.00560747;REVB=-0.00261169;RO=50;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709968;STB=0.541632;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0181887;OID=.;OPOS=183967005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:50:50:24:24:0.324324:11:13:24:26:11:13:24:26 chr3 183975365 . C T 1066.06 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00355843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.103;QD=56.1082;RBI=0.0241314;REFB=-0.216338;REVB=0.0238676;RO=3;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377958;STB=0.513154;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00147689;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:76:76:3:2:73:74:0.973684:36:37:0:3:37:37:0:2 chr3 183996068 . C T 2415.82 PASS AF=0.975758;AO=161;DP=165;FAO=161;FDP=165;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00634353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.148;QD=58.5653;RBI=0.00987162;REFB=-0.0182013;REVB=0.00756363;RO=3;SAF=64;SAR=97;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233257;STB=0.503738;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00040567;OID=.;OPOS=183996068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:165:165:3:4:161:161:0.975758:97:64:1:2:97:64:1:3 chr3 184037533 . A G 1548.3 PASS AF=0.990654;AO=85;DP=109;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00240704;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4053;QD=57.8802;RBI=0.0305268;REFB=-0.0626647;REVB=0.0304318;RO=0;SAF=19;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1566e-08;STB=0.503225;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0012192;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:107:0:1:85:106:0.990654:66:19:0:0:77:29:0:1 chr3 184039666 . A G 1176.0 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0409012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3722;QD=59.5441;RBI=0.0409013;REFB=-0.141607;REVB=8.89215e-05;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.505881;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0010093;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:42:36:0:0:42:36:0:1 chr3 184075047 . A G 1554.33 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.65;QD=58.6541;RBI=0.0241433;REFB=0.102848;REVB=0.0110743;RO=1;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771683;STB=0.504064;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.000440621;OID=.;OPOS=184075047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:61:44:0:1:61:44:0:1 chr3 184099378 . C A 447.31 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0326833;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.038;QD=16.7218;RBI=0.0340024;REFB=-0.0106391;REVB=0.00937876;RO=58;SAF=26;SAR=23;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465171;STB=0.525944;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0132711;OID=.;OPOS=184099378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:58:58:49:49:0.457944:23:26:28:30:23:26:28:30 chr3 184289152 . A G 912.32 PASS AF=0.470588;AO=95;DP=204;FAO=96;FDP=204;FR=.;FRO=108;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=0.00417733;FXX=0.0144921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.048;QD=17.8886;RBI=0.0173164;REFB=-0.0113037;REVB=-0.016805;RO=107;SAF=51;SAR=44;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321412;STB=0.517323;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0149355;OID=.;OPOS=184289152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:107:108:95:96:0.470588:44:51:61:46:44:52:62:46 chr3 184300041 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC 309.77 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=13,6;DP=26;FAO=20,4;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065301,0.0575716;FXX=0.0768935;HRUN=1,1;LEN=6,5;MLLD=108.679,182.515;QD=51.6281;RBI=0.16149,0.0604792;REFB=0,0;REVB=0.147699,-0.0185269;RO=0;SAF=8,4;SAR=5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.60098e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0277928,0.0200152;OID=.,.;OPOS=184300042,184300061;OREF=GTGTGT,TGTGT;OALT=-,CGCGC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.833333,0.166667:13,6:26:20,4:24:0:12,2:8,2:0:0:25:0:8,4:5,2:0:0 chr3 184550501 . A G 1515.63 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6392;QD=62.5002;RBI=0.0295257;REFB=-0.00793118;REVB=-0.0236183;RO=1;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886434;STB=0.504672;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=5.10421e-05;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:97:1:1:96:96:0.989691:53:43:0:1:53:43:0:1 chr3 184573555 . C T 437.9 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0195097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.887;QD=21.6246;RBI=0.0225887;REFB=-0.0117003;REVB=-0.0113852;RO=37;SAF=21;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925926;STB=0.544021;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0108369;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:38:43:43:0.530864:22:21:14:23:22:21:15:23 chr3 184647413 . T C 1519.68 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011979;FXX=0.0471654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.29;QD=60.1855;RBI=0.0126035;REFB=0;REVB=-0.00391813;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211094;OID=.;OPOS=184647413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:102:101:1:56:46:0:0:55:46:0:0 chr3 184795895 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.129;QD=57.7124;RBI=0.0334591;REFB=0;REVB=0.0312358;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28595e-05;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:43:16:0:0:43:16:0:0 chr3 184795963 . G C 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00182415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.924;QD=20.5422;RBI=0.00182494;REFB=0.0207898;REVB=5.37032e-05;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946569;STB=0.55303;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0140911;OID=.;OPOS=184795963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:7:18:15:9:7:18 chr3 184797765 . C T 245.28 PASS AF=0.391892;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0138135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.197;QD=13.2583;RBI=0.0138908;REFB=0.00406913;REVB=-0.00146365;RO=45;SAF=11;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152154;STB=0.594835;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00675242;OID=.;OPOS=184797765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:45:45:28:29:0.391892:17:11:24:21:18:11:24:21 chr3 184798067 . T C 509.56 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0131348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.999;QD=21.0129;RBI=0.0181254;REFB=-0.0253287;REVB=0.0124903;RO=48;SAF=26;SAR=23;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274291;STB=0.515171;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0212744;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:23:26:24:24:23:26:24:24 chr3 184798097 . G A 354.4 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0387123;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1625;QD=15.9282;RBI=0.0456043;REFB=-0.00156984;REVB=-0.0241062;RO=51;SAF=22;SAR=16;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909388;STB=0.551286;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00236398;OID=.;OPOS=184798097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:51:51:38:38:0.426966:16:22:25:26:16:22:25:26 chr3 184922294 . C T 366.41 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0132096;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.45;QD=18.5523;RBI=0.0209023;REFB=-0.00618912;REVB=0.0161992;RO=39;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106082;STB=0.558851;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00736574;OID=.;OPOS=184922294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:39:41:38:38:0.481013:17:21:17:22:17:21:18:23 chr3 185046975 . T C 2971.79 PASS AF=0.984456;AO=190;DP=193;FAO=190;FDP=193;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000683095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.345;QD=61.5915;RBI=0.0212804;REFB=-0.146339;REVB=0.0212694;RO=0;SAF=95;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507771;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000220893;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:193:193:0:3:190:190:0.984456:95:95:0:0:95:95:0:3 chr3 185146702 . C T 291.58 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0138574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8163;QD=19.4384;RBI=0.0149389;REFB=-0.0128087;REVB=-0.00558058;RO=29;SAF=8;SAR=23;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160161;STB=0.589682;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0167451;OID=.;OPOS=185146702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:23:8:12:17:23:8:12:17 chr3 185191202 . A AC 56.21 PASS AF=0.283333;AO=18;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.132822;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=27.9795;QD=3.747;RBI=0.162408;REFB=-0.0548157;REVB=-0.0934605;RO=41;SAF=2;SAR=16;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.630204;STB=0.867315;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.156917;OID=.;OPOS=185191203;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283333:18:60:17:60:43:2:15:26:17:56:41:2:16:26:15 chr3 185300589 . T C 392.16 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0211395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.605;QD=13.5227;RBI=0.0281399;REFB=-0.0203793;REVB=-0.0185735;RO=69;SAF=18;SAR=28;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477861;STB=0.532181;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0316015;OID=.;OPOS=185300589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:70:46:46:0.396552:28:18:30:39:28:18:31:39 chr3 185331165 . C A 351.13 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0154208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.914;QD=17.1285;RBI=0.0181472;REFB=-0.0242104;REVB=0.00956657;RO=44;SAF=15;SAR=22;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114911;STB=0.569715;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0334702;OID=.;OPOS=185331165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:37:38:0.463415:22:15:23:21:23:15:23:21 chr3 185348402 . C T 662.36 PASS AF=0.41573;AO=74;DP=177;FAO=74;FDP=178;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.0651916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.4004;QD=14.8844;RBI=0.0739193;REFB=-0.0166452;REVB=-0.0348442;RO=101;SAF=38;SAR=36;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100663;STB=0.547123;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0232975;OID=.;OPOS=185348402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:101:104:74:74:0.41573:36:38:42:59:36:38:45:59 chr3 185765602 . G GT,T 37.32 PASS AF=0.285714,0;AO=7,2;DP=29;FAO=8,0;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5,0;FSAR=3,0;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0198973,-0.00459605;FXX=0.0344709;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=40.5407,171.509;QD=5.3316;RBI=0.0223008,0.0127624;REFB=-0.00884051,-0.0194073;REVB=-0.0100708,-0.0119061;RO=19;SAF=6,0;SAR=1,2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.48202,-0.505018;STB=0.555414,0.5;STBP=0.773,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.165964,0;OID=.,.;OPOS=185765603,185765602;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:29:28:19:20:7,2:8,0:0.285714,0:1,2:6,0:9:10:3,0:5,0:11:9 chr3 185866733 . T C 2197.86 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.691;QD=63.2479;RBI=0.033839;REFB=0;REVB=0.00666393;RO=0;SAF=46;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34295e-05;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:138:139:1:92:46:0:0:93:46:0:0 chr3 185867550 . G C 1643.7 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114275;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=328.174;QD=59.2326;RBI=0.0178334;REFB=-0.088954;REVB=0.013691;RO=1;SAF=60;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784689;STB=0.504131;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=2.79019e-07;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:50:60:1:0:50:60:1:0 chr3 185990096 . C T 326.74 PASS AF=0.366071;AO=37;DP=108;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0112898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.67;QD=11.6693;RBI=0.0199449;REFB=-0.0118502;REVB=0.016442;RO=70;SAF=23;SAR=14;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108549;STB=0.548565;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0228876;OID=.;OPOS=185990096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:70:71:37:41:0.366071:14:23:37:33:16:25:38:33 chr3 186006566 . T C 565.14 PASS AF=0.40625;AO=65;DP=161;FAO=65;FDP=160;FR=.;FRO=95;FSAF=51;FSAR=14;FSRF=72;FSRR=23;FWDB=-0.0144992;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.188;QD=14.1284;RBI=0.0148633;REFB=-0.00113541;REVB=-0.00326964;RO=94;SAF=51;SAR=14;SRF=72;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284569;STB=0.522852;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00155232;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:94:95:65:65:0.40625:14:51:72:22:14:51:72:23 chr3 186006618 . G C 1128.16 PASS AF=0.532663;AO=106;DP=200;FAO=106;FDP=199;FR=.;FRO=93;FSAF=72;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.0113257;FXX=0.00499975;HRUN=6;LEN=1;MLLD=170.725;QD=22.6765;RBI=0.0126912;REFB=-0.0119647;REVB=-0.00572681;RO=89;SAF=72;SAR=34;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136903;STB=0.587378;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00962035;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:89:93:106:106:0.532663:34:72:47:42:34:72:47:46 chr3 186015283 . A G 496.73 PASS AF=0.41129;AO=49;DP=125;FAO=51;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.00640877;FXX=0.00799936;HRUN=8;LEN=1;MLLD=292.739;QD=16.0235;RBI=0.00717838;REFB=-0.00762712;REVB=0.0032337;RO=40;SAF=26;SAR=23;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167236;STB=0.617866;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00423684;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:40:66:49:51:0.41129:23:26:13:27:24:27:21:45 chr3 186337713 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.732;QD=56.9375;RBI=0.0386461;REFB=0;REVB=0.0296575;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235849;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr3 186338382 . G C 1510.79 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.098;QD=63.6122;RBI=0.0338619;REFB=0;REVB=-0.00916559;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72181e-05;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:48:47:0:0:48:47:0:0 chr3 186338425 . A C 1464.12 PASS AF=0.971154;AO=92;DP=94;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0497696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.468;QD=56.3124;RBI=0.0498325;REFB=-0.0357443;REVB=-0.00250317;RO=2;SAF=31;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295992;STB=0.5085;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00114402;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:94:104:2:3:92:101:0.971154:61:31:2:0:62:39:2:1 chr3 186370136 . ACCCCCCC ACCCCCC,ACCCCCCA 67.67 PASS AF=0.357143,0.0428571;AO=27,3;DP=75;FAO=25,3;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15,3;FSAR=10,0;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.067123,0.0143264;FXX=0.0666578;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.61203,23.9878;QD=3.86672;RBI=0.136694,0.0212452;REFB=-0.179576,-0.0926547;REVB=0.119078,-0.0156879;RO=34;SAF=18,3;SAR=9,0;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.281245,0.584126;STB=0.57825,0.996611;STBP=0.34,0.07;TYPE=del,snp;VARB=0.172162,0.145274;OID=.,.;OPOS=186370137,186370143;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=ACCCCCC,ACCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143,0.0428571:27,3:75:25,3:70:42:15,3:10,0:20:22:57:34:18,3:9,0:13:21 chr3 186370333 . G T 389.85 PASS AF=0.416667;AO=44;DP=107;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0412254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4216;QD=14.4387;RBI=0.0413109;REFB=-0.00847081;REVB=-0.00265597;RO=63;SAF=17;SAR=27;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20919;STB=0.622168;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.018207;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:63:63:44:45:0.416667:27:17:37:26:28:17:37:26 chr3 186389559 . T C 522.78 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.000748319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.467;QD=23.7629;RBI=0.00615936;REFB=-0.0192221;REVB=0.00611373;RO=37;SAF=27;SAR=22;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100177;STB=0.540626;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0179074;OID=.;OPOS=186389559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:39:49:49:0.556818:22:27:25:12:22:27:25:14 chr3 186390627 . C T 520.31 PASS AF=0.407143;AO=53;DP=139;FAO=57;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0241349;FXX=0.0070917;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.494;QD=14.8659;RBI=0.0263259;REFB=-0.0243511;REVB=0.0105147;RO=51;SAF=30;SAR=23;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851589;STB=0.512044;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0229369;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:51:83:53:57:0.407143:23:30:24:27:27:30:42:41 chr3 186395180 . T C 1140.64 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7214;QD=59.2538;RBI=0.0835106;REFB=0;REVB=0.0300234;RO=0;SAF=54;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00388158;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:77:0:0:70:77:1:16:54:0:0:16:61:0:0 chr3 186395436 . C T 340.9 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0208446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.976;QD=20.9787;RBI=0.0215665;REFB=-0.00226599;REVB=-0.00553327;RO=27;SAF=15;SAR=20;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140008;STB=0.577939;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00148797;OID=.;OPOS=186395436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:30:35:35:0.538462:20:15:7:20:20:15:8:22 chr3 186395572 . A T 295.72 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0138076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8332;QD=22.3185;RBI=0.0535419;REFB=-0.0294343;REVB=0.0517309;RO=23;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125803;STB=0.569705;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0242801;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:19:11:12:11:19:11:12:11 chr3 186440243 . G A 778.47 PASS AF=0.506757;AO=74;DP=148;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0301686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.258;QD=21.0397;RBI=0.0304278;REFB=-0.0289167;REVB=0.00396336;RO=72;SAF=43;SAR=31;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860033;STB=0.546664;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.031209;OID=.;OPOS=186440243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:72:73:74:75:0.506757:31:43:35:37:32:43:35:38 chr3 186443018 . T C 1324.25 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000971131;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.557;QD=62.3178;RBI=0.0263504;REFB=0;REVB=0.0263325;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43781e-05;OID=.;OPOS=186443018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr3 186459927 . T C 156.24 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0230526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5902;QD=15.6243;RBI=0.0379086;REFB=-0.00875513;REVB=-0.0300938;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941369;STB=0.554189;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0116369;OID=.;OPOS=186459927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:13:10:9:8:13:10 chr3 186504148 . T C 2552.44 PASS AF=0.945055;AO=164;DP=174;FAO=172;FDP=182;FR=.;FRO=10;FSAF=80;FSAR=92;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.00137171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.377;QD=56.0976;RBI=0.00247386;REFB=-0.177993;REVB=-0.00205873;RO=1;SAF=74;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638728;STB=0.529408;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000952129;OID=.;OPOS=186504148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:174:182:1:10:164:172:0.945055:90:74:1:0:92:80:10:0 chr3 186570892 . T G 658.27 PASS AF=0.455128;AO=68;DP=153;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=26;FWDB=-0.0251765;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.164;QD=16.8786;RBI=0.0310037;REFB=-0.0261407;REVB=-0.0180936;RO=83;SAF=41;SAR=27;SRF=58;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101526;STB=0.543896;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0276377;OID=.;OPOS=186570892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:83:85:68:71:0.455128:27:41:58:25:27:44:59:26 chr3 186937466 . C T 1057.29 PASS AF=0.471861;AO=108;DP=231;FAO=109;FDP=231;FR=.;FRO=122;FSAF=36;FSAR=73;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=-0.0301024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.295;QD=18.308;RBI=0.0312603;REFB=-0.0103645;REVB=-0.00842945;RO=122;SAF=36;SAR=72;SRF=56;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129005;STB=0.573024;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0121836;OID=.;OPOS=186937466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:122:122:108:109:0.471861:72:36:56:66:73:36:56:66 chr3 186937568 . A G 2001.83 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877839;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.737;QD=62.5572;RBI=0.00977501;REFB=0;REVB=0.00430008;RO=0;SAF=54;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228133;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:126:128:1:72:54:0:0:73:55:0:0 chr3 186954285 . A G 2700.51 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9063;QD=61.7259;RBI=0.041941;REFB=-0.0569946;REVB=0.0397863;RO=0;SAF=63;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144992;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:175:175:0:0:174:175:1:111:63:0:0:112:63:0:0 chr3 187009180 . G A 650.54 PASS AF=0.38;AO=76;DP=201;FAO=76;FDP=200;FR=.;FRO=124;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=0.00533447;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.209;QD=13.0108;RBI=0.00657207;REFB=-0.0201431;REVB=0.0038387;RO=124;SAF=36;SAR=40;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00653947;STB=0.503695;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0332832;OID=.;OPOS=187009180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:124:124:76:76:0.38:40:36:58:66:40:36:58:66 chr3 187088656 . C T 828.61 PASS AF=0.4375;AO=91;DP=209;FAO=91;FDP=208;FR=.;FRO=117;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.010882;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6094;QD=15.9348;RBI=0.0109692;REFB=-0.00758247;REVB=0.00138035;RO=117;SAF=51;SAR=40;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829635;STB=0.546167;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00625149;OID=.;OPOS=187088656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:117:117:91:91:0.4375:40:51:56:61:40:51:56:61 chr3 187088812 . C T 318.97 PASS AF=0.322835;AO=41;DP=128;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.0134761;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.74;QD=10.0461;RBI=0.0210817;REFB=-0.0100996;REVB=-0.0162121;RO=86;SAF=14;SAR=27;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137445;STB=0.580017;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0277999;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:86:86:41:41:0.322835:27:14:39:47:27:14:39:47 chr3 187088903 . C A 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00501178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7786;QD=14.3341;RBI=0.014611;REFB=0.00457763;REVB=0.0137245;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944675;STB=0.568883;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00687935;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:11:6:11:14:11:6:12:14 chr3 187088926 . G A 598.19 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988433;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.527;QD=61.353;RBI=0.0154771;REFB=0;REVB=0.0119097;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10186e-05;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr3 187089031 . C A 480.38 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00324145;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.436;QD=15.6221;RBI=0.0206421;REFB=-0.0251578;REVB=-0.020386;RO=70;SAF=31;SAR=22;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727621;STB=0.540794;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0327116;OID=.;OPOS=187089031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:70:53:53:0.430894:22:31:36:34:22:31:36:34 chr3 187416634 . C A 1029.62 PASS AF=0.444444;AO=108;DP=243;FAO=108;FDP=243;FR=.;FRO=135;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=72;FSRR=63;FWDB=0.0518548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2674;QD=16.9484;RBI=0.0538343;REFB=0.00978653;REVB=0.014464;RO=135;SAF=53;SAR=55;SRF=72;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426233;STB=0.523646;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0107766;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:135:135:108:108:0.444444:55:53:72:63:55:53:72:63 chr3 187416666 . C T 1246.4 PASS AF=0.52381;AO=120;DP=230;FAO=121;FDP=231;FR=.;FRO=110;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.00551065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.077;QD=21.5828;RBI=0.0189186;REFB=-0.026149;REVB=0.0180982;RO=109;SAF=65;SAR=55;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032403;STB=0.521736;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0237888;OID=.;OPOS=187416666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:109:110:120:121:0.52381:55:65:55:54:55:66:55:55 chr3 187416719 . T C 719.51 PASS AF=0.442529;AO=77;DP=174;FAO=77;FDP=174;FR=.;FRO=97;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.01999;FXX=0.0169482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.594;QD=16.5405;RBI=0.0351082;REFB=-0.0253754;REVB=-0.0288615;RO=91;SAF=31;SAR=46;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913256;STB=0.56376;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0289584;OID=.;OPOS=187416719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:91:97:77:77:0.442529:46:31:45:46:46:31:50:47 chr3 187419816 . T C 458.98 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0157875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.285;QD=18.3591;RBI=0.0246537;REFB=-0.00969453;REVB=-0.0189357;RO=54;SAF=20;SAR=26;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270593;STB=0.515091;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0100701;OID=.;OPOS=187419816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:26:20:22:32:26:20:22:32 chr3 187443314 . G A 1065.53 PASS AF=0.497696;AO=107;DP=216;FAO=108;FDP=217;FR=.;FRO=109;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.0520654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5732;QD=19.641;RBI=0.0592476;REFB=-0.0189869;REVB=0.0282749;RO=104;SAF=59;SAR=48;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636587;STB=0.544003;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0205336;OID=.;OPOS=187443314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:104:109:107:108:0.497696:48:59:50:54:49:59:50:59 chr3 187447032 . G A 794.91 PASS AF=0.543478;AO=75;DP=138;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0387575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.935;QD=23.0409;RBI=0.0396595;REFB=-0.00739366;REVB=0.00841036;RO=62;SAF=39;SAR=36;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432275;STB=0.527223;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00468127;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:62:63:75:75:0.543478:36:39:29:33:36:39:29:34 chr3 187450128 . C T 241.54 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0309933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.302;QD=21.9584;RBI=0.039973;REFB=-0.0296263;REVB=-0.0252438;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371334;STB=0.523789;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0127537;OID=.;OPOS=187450128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:21:23:23:0.522727:12:11:9:10:12:11:9:12 chr3 187897059 . G A 586.54 PASS AF=0.401198;AO=67;DP=172;FAO=67;FDP=167;FR=.;FRO=100;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=64;FWDB=0.0342356;FXX=0.0290681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2524;QD=14.0488;RBI=0.0353797;REFB=0.00870534;REVB=-0.00892446;RO=90;SAF=24;SAR=43;SRF=26;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079467;STB=0.501165;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.0150575;OID=.;OPOS=187897059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:167:90:100:67:67:0.401198:43:24:26:64:43:24:36:64 chr3 187897424 . A C 531.3 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0152659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.842;QD=19.6777;RBI=0.0199391;REFB=-0.00062225;REVB=-0.0128265;RO=53;SAF=30;SAR=25;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656714;STB=0.536243;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.000581739;OID=.;OPOS=187897424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:55:55:0.509259:25:30:25:28:25:30:25:28 chr3 187897614 . C G 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0111262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.837;QD=14.6505;RBI=0.0122061;REFB=-0.00373671;REVB=0.00501968;RO=31;SAF=6;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392696;STB=0.724392;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00502366;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:17:6:20:11:17:6:20:11 chr3 187897954 . T A 1153.92 PASS AF=0.468992;AO=122;DP=259;FAO=121;FDP=258;FR=.;FRO=137;FSAF=70;FSAR=51;FSRF=81;FSRR=56;FWDB=0.0336866;FXX=0.00386085;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2496;QD=17.8902;RBI=0.0548603;REFB=-0.0108092;REVB=0.0432997;RO=132;SAF=71;SAR=51;SRF=76;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00601481;STB=0.506944;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0119189;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:132:137:122:121:0.468992:51:71:76:56:51:70:81:56 chr3 187898092 . T G 583.75 PASS AF=0.424658;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0240512;FXX=0.00680226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.219;QD=15.9931;RBI=0.0246175;REFB=-0.0147916;REVB=-0.00524986;RO=82;SAF=28;SAR=34;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245895;STB=0.51423;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0171259;OID=.;OPOS=187898092;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:82:84:62:62:0.424658:34:28:39:43:34:28:40:44 chr3 187898593 . G A 253.92 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0518053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.413;QD=21.6102;RBI=0.0532281;REFB=0.000645441;REVB=0.0122249;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189612;STB=0.510629;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00190676;OID=.;OPOS=187898593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:12:11:12:12:12:11 chr3 188327461 . C T 558.32 PASS AF=0.410256;AO=63;DP=153;FAO=64;FDP=156;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.0074604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.358;QD=14.3159;RBI=0.00900121;REFB=-0.00634662;REVB=-0.00503631;RO=90;SAF=29;SAR=34;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648621;STB=0.540501;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00931333;OID=.;OPOS=188327461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:90:92:63:64:0.410256:34:29:47:43:35:29:48:44 chr3 188464248 . G GT 2331.75 PASS AF=1;AO=188;DP=204;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.161274;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.3995;QD=47.5867;RBI=0.183215;REFB=0;REVB=-0.0869411;RO=9;SAF=97;SAR=91;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00153023;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:188:204:196:196:0:101:95:0:0:43:9:97:91:6:3 chr3 189033292 . C G 1214.09 PASS AF=0.508547;AO=119;DP=234;FAO=119;FDP=234;FR=.;FRO=115;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.00629725;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.811;QD=20.7536;RBI=0.0121441;REFB=-0.0366885;REVB=-0.0103838;RO=113;SAF=53;SAR=66;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370367;STB=0.516295;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0338689;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:113:115:119:119:0.508547:66:53:55:58:66:53:55:60 chr3 189711924 . T A 892.29 PASS AF=0.483871;AO=90;DP=186;FAO=90;FDP=186;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=30;FSRR=66;FWDB=-0.03767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5752;QD=19.1891;RBI=0.0385992;REFB=-0.0236167;REVB=-0.00841843;RO=94;SAF=32;SAR=58;SRF=29;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484018;STB=0.524585;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0342094;OID=.;OPOS=189711924;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:94:96:90:90:0.483871:58:32:29:65:58:32:30:66 chr3 189713205 . T C 514.36 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0888746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6989;QD=18.8756;RBI=0.0973642;REFB=-0.00629151;REVB=-0.039763;RO=55;SAF=24;SAR=30;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108579;STB=0.560059;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0050144;OID=.;OPOS=189713205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:55:54:54:0.495413:30:24:31:24:30:24:31:24 chr3 190023552 . T C 132.54 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00577887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.839;QD=15.147;RBI=0.0200429;REFB=0.000545926;REVB=0.0191917;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072901;STB=0.529372;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.000588046;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:9:6:9:10:9:6:9:11 chr3 190024457 . A G 504.41 PASS AF=0.388158;AO=59;DP=152;FAO=59;FDP=152;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.00285827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.312;QD=13.2741;RBI=0.020087;REFB=-0.0035408;REVB=0.0198826;RO=90;SAF=28;SAR=31;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805179;STB=0.53398;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00528431;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:90:93:59:59:0.388158:31:28:36:54:31:28:39:54 chr3 190030680 . A G 880.51 PASS AF=0.465969;AO=89;DP=194;FAO=89;FDP=191;FR=.;FRO=102;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.009923;FXX=0.0353517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.701;QD=18.44;RBI=0.0268448;REFB=-0.0126246;REVB=0.0249435;RO=92;SAF=47;SAR=42;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159243;STB=0.52025;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0130157;OID=.;OPOS=190030680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:191:92:102:89:89:0.465969:42:47:47:45:42:47:50:52 chr3 190333162 . TG T,TT 2457.36 PASS AF=1,0;AO=151,10;DP=161;FAO=162,0;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=72,0;FSAR=90,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297436,-0.00515169;FXX=0.00613459;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=338.184,318.5;QD=60.6755;RBI=0.0168012,0.0148531;REFB=0,0;REVB=0.0165358,0.0139311;RO=0;SAF=70,1;SAR=81,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.8593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-7.98455e-06,0.00118621;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:151,10:161:162,0:162:0:72,0:90,0:0:0:14:0:70,1:81,9:0:0 chr3 190578566 . A G 1217.21 PASS AF=0.463504;AO=127;DP=271;FAO=127;FDP=274;FR=.;FRO=147;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=75;FSRR=72;FWDB=0.0175029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.478;QD=17.7696;RBI=0.0176095;REFB=-0.00772542;REVB=0.00193485;RO=143;SAF=66;SAR=61;SRF=75;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460823;STB=0.505092;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00907537;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:274:143:147:127:127:0.463504:61:66:75:68:61:66:75:72 chr3 190999910 . T TA 344.89 PASS AF=0.969697;AO=13;DP=94;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.218098;FXX=0.266637;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.0616;QD=20.9027;RBI=0.291057;REFB=0.033987;REVB=-0.192736;RO=77;SAF=6;SAR=7;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879682;STB=0.50294;STBP=0.862;TYPE=ins;VARB=0.0178392;OID=.;OPOS=190999911;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.969697:13:94:64:66:2:26:38:1:1:4:77:6:7:41:36 chr3 190999917 . C A 1464.01 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3418;QD=62.2983;RBI=0.0439052;REFB=0;REVB=0.0118115;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127441;OID=.;OPOS=190999917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:84:94:0:0:83:94:1:41:42:0:0:44:50:0:0 chr3 191047532 . A G 9849.64 PASS AF=1;AO=613;DP=621;FAO=620;FDP=620;FR=.;FRO=0;FSAF=295;FSAR=325;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493257;FXX=0.0127387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.488;QD=63.5461;RBI=0.0907226;REFB=-0.0932974;REVB=0.0761418;RO=1;SAF=294;SAR=319;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00149484;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80706e-05;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:621:620:1:0:613:620:1:319:294:0:1:325:295:0:0 chr3 191074873 . C G 1283.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.948;QD=61.8512;RBI=0.0296576;REFB=0;REVB=0.0176413;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50291e-05;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr3 191093053 . T C 499.25 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0076794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.563;QD=21.4729;RBI=0.011816;REFB=0.00389221;REVB=-0.00898021;RO=45;SAF=20;SAR=28;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035287;STB=0.519472;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00258171;OID=.;OPOS=191093053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:28:20:17:28:28:20:17:28 chr3 191093080 . A G 436.37 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0108622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.547;QD=21.2862;RBI=0.012453;REFB=-0.00387021;REVB=-0.00609015;RO=39;SAF=23;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106931;STB=0.559046;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00521903;OID=.;OPOS=191093080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:20:23:16:23:20:23:16:23 chr3 191093175 . T A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0697391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5211;QD=16.0646;RBI=0.0804706;REFB=0.00713663;REVB=-0.0401493;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181409;STB=0.602332;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0149708;OID=.;OPOS=191093175;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:12:19:11:15:12:19 chr3 191093310 . A G 396.12 PASS AF=0.587302;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00679032;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.985;QD=25.1503;RBI=0.038412;REFB=-0.0402894;REVB=-0.037807;RO=19;SAF=16;SAR=20;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186915;STB=0.523148;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0231651;OID=.;OPOS=191093310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:19:24:36:37:0.587302:20:16:9:10:21:16:9:15 chr3 191097966 . T C 2404.85 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00822103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.982;QD=60.4994;RBI=0.0385405;REFB=-0.151981;REVB=0.0376535;RO=0;SAF=64;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5449e-08;STB=0.502645;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000353402;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:159:0:1:157:158:0.993711:93:64:0:0:94:64:0:1 chr3 191100561 . C A 1857.51 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2391;QD=60.4069;RBI=0.0545963;REFB=0.0357319;REVB=-0.0533119;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.000333475;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:0:1:120:122:0.99187:66:54:0:0:67:55:0:1 chr3 191810914 . TA CG 283.24 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00156587;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.451;QD=12.5882;RBI=0.00408657;REFB=-0.00556729;REVB=0.00377466;RO=57;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097022;STB=0.555523;STBP=0.459;TYPE=mnp;VARB=0.00893334;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:18:15:21:36:18:15:21:36 chr3 192447403 . G A 863.69 PASS AF=0.604651;AO=78;DP=128;FAO=78;FDP=129;FR=.;FRO=51;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00743232;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.321;QD=26.7812;RBI=0.0188342;REFB=-0.0168147;REVB=-0.0173057;RO=50;SAF=44;SAR=34;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466077;STB=0.521699;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00703026;OID=.;OPOS=192447403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:50:51:78:78:0.604651:34:44:25:25:34:44:26:25 chr3 192447418 . A G 923.33 PASS AF=0.650794;AO=77;DP=122;FAO=82;FDP=126;FR=.;FRO=44;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00282732;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.05;QD=29.3121;RBI=0.0147535;REFB=-0.00473067;REVB=0.01448;RO=38;SAF=41;SAR=36;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116258;STB=0.548769;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00565087;OID=.;OPOS=192447418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:38:44:77:82:0.650794:36:41:13:25:37:45:18:26 chr3 192515557 . G A 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.552;QD=59.1404;RBI=0.0122772;REFB=0;REVB=-0.0109397;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19762e-05;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr3 192994543 . A G 722.75 PASS AF=0.461078;AO=76;DP=167;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.0448845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2062;QD=17.3114;RBI=0.0582384;REFB=-0.0209412;REVB=0.0371092;RO=90;SAF=32;SAR=44;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099789;STB=0.50963;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0208681;OID=.;OPOS=192994543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:90:90:76:77:0.461078:44:32:37:53:44:33:37:53 chr3 193031926 . C T 1358.1 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0565046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.516;QD=62.4414;RBI=0.0699505;REFB=0;REVB=-0.0412347;RO=1;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000671151;OID=.;OPOS=193031926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:1:0:86:87:1:46:40:0:1:47:40:0:0 chr3 193036794 . G C 832.9 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.71;QD=57.4414;RBI=0.0196692;REFB=0;REVB=-0.0022299;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32327e-05;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:24:33:0:0:25:33:0:0 chr3 193042776 . T C 1451.78 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0692345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.201;QD=63.1208;RBI=0.0693069;REFB=0;REVB=0.00316812;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83732e-05;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr3 193080344 . C T 2680.83 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215873;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.051;QD=62.3449;RBI=0.0179203;REFB=0;REVB=-0.0177898;RO=0;SAF=86;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39006e-05;OID=.;OPOS=193080344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:172:0:0:172:172:1:86:86:0:0:86:86:0:0 chr3 193081122 . G T 3765.69 PASS AF=1;AO=237;DP=237;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720916;FXX=0.0042015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.031;QD=63.556;RBI=0.00730278;REFB=0;REVB=-0.00116558;RO=0;SAF=106;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33816e-06;OID=.;OPOS=193081122;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:237:0:0:237:237:1:131:106:0:0:131:106:0:0 chr3 193096529 . C T 2584.68 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.142;QD=61.9084;RBI=0.0245093;REFB=0;REVB=0.0244787;RO=0;SAF=65;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85491e-05;OID=.;OPOS=193096529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:102:65:0:0:102:65:0:0 chr3 193120359 . GA G 451.51 PASS AF=0.414634;AO=47;DP=122;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.00428024;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.119;QD=14.6832;RBI=0.0115097;REFB=-0.0192555;REVB=-0.0106842;RO=72;SAF=19;SAR=28;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080273;STB=0.524852;STBP=0.694;TYPE=del;VARB=0.0262811;OID=.;OPOS=193120360;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:47:122:51:123:72:19:32:24:48:99:72:19:28:24:48 chr3 193180592 . G A 604.87 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=0.000335048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.474;QD=17.4063;RBI=0.0118948;REFB=0.00120886;REVB=-0.0118901;RO=76;SAF=38;SAR=25;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.002144;STB=0.501193;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00168368;OID=.;OPOS=193180592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:76:63:63:0.453237:25:38:46:30:25:38:46:30 chr3 193183817 . A G 349.54 PASS AF=0.39604;AO=34;DP=100;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0403965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.546;QD=13.843;RBI=0.0408553;REFB=-0.0153271;REVB=0.00610534;RO=54;SAF=20;SAR=14;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959349;STB=0.529921;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.021238;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:54:61:34:40:0.39604:14:20:27:27:19:21:29:32 chr3 193209178 . T C 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0499373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4356;QD=18.9972;RBI=0.0707161;REFB=-0.0118696;REVB=0.0500702;RO=29;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055892;STB=0.523692;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00866425;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:30:31:31:0.508197:18:13:14:15:18:13:14:16 chr3 193210768 . A G 579.94 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.0372015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.168;QD=17.1833;RBI=0.0376992;REFB=0.00522787;REVB=0.00610544;RO=74;SAF=25;SAR=36;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018328;STB=0.510201;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0074395;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:74:61:61:0.451852:36:25:29:45:36:25:29:45 chr3 193342020 . A C 587.74 PASS AF=0.439716;AO=62;DP=141;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=0.0153256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.514;QD=16.6736;RBI=0.0153643;REFB=-0.0180302;REVB=-0.00108899;RO=78;SAF=32;SAR=30;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143851;STB=0.576093;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0250018;OID=.;OPOS=193342020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:78:79:62:62:0.439716:30:32:29:49:30:32:30:49 chr3 193355074 . T C 3019.68 PASS AF=0.995;AO=198;DP=203;FAO=199;FDP=200;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00225828;FXX=0.0243891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.91;QD=60.3937;RBI=0.0138146;REFB=-0.0744032;REVB=0.0136288;RO=2;SAF=59;SAR=139;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680338;STB=0.501779;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000146023;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:203:200:2:1:198:199:0.995:139:59:0:2:140:59:0:1 chr3 194061826 . C T 823.8 PASS AF=0.445545;AO=88;DP=201;FAO=90;FDP=202;FR=.;FRO=112;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=0.00339552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.108;QD=16.3128;RBI=0.0170751;REFB=-0.0274599;REVB=0.0167341;RO=110;SAF=53;SAR=35;SRF=62;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399117;STB=0.515025;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0369767;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:110:112:88:90:0.445545:35:53:62:48:37:53:63:49 chr3 194061906 . TG CA,CG 2451.76 PASS AF=0.5,0.5;AO=82,83;DP=165;FAO=83,83;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=41,52;FSAR=42,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026042,0.00100258;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=197.333,82.7344;QD=59.0785;RBI=0.0262922,0.0190385;REFB=0,0;REVB=0.00361801,-0.0190121;RO=0;SAF=40,52;SAR=42,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00156892,0.000879301;OID=.,.;OPOS=194061906,194061906;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:165:166:0:0:82,83:83,83:0.5,0.5:42,31:40,52:0:0:42,31:41,52:0:0 chr3 194062565 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3457;QD=55.6545;RBI=0.105593;REFB=0;REVB=0.0226378;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200713;OID=.;OPOS=194062565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr3 194063153 . G A 486.51 PASS AF=0.440678;AO=42;DP=120;FAO=52;FDP=118;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=64;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.000784266;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.9;QD=16.492;RBI=0.00736785;REFB=-0.0142372;REVB=-0.00732599;RO=44;SAF=11;SAR=31;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422224;STB=0.51253;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0132076;OID=.;OPOS=194063153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:44:64:42:52:0.440678:31:11:10:34:32:20:26:38 chr3 194063300 . T C 3046.94 PASS AF=1;AO=191;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0827594;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9194;QD=63.149;RBI=0.0827598;REFB=0;REVB=-0.000278256;RO=0;SAF=82;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299358;OID=.;OPOS=194063300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:193:0:0:191:193:1:109:82:0:0:111:82:0:0 chr3 194118874 . T C 3214.15 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193819;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.13;QD=61.8105;RBI=0.0314465;REFB=0;REVB=0.0247633;RO=0;SAF=75;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.44441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83157e-05;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:203:208:0:0:202:208:1:127:75:0:0:129:79:0:0 chr3 194124427 . C T 738.33 PASS AF=0.409756;AO=84;DP=206;FAO=84;FDP=205;FR=.;FRO=121;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=67;FWDB=-0.0114116;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.696;QD=14.4065;RBI=0.0128303;REFB=-0.00587014;REVB=-0.00586437;RO=121;SAF=43;SAR=41;SRF=54;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690684;STB=0.538675;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00772;OID=.;OPOS=194124427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:121:121:84:84:0.409756:41:43:54:67:41:43:54:67 chr3 194313832 . T C 700.72 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393298;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.348;QD=57.2017;RBI=0.0393334;REFB=0;REVB=0.000532465;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158911;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:48:49:1:29:19:0:0:29:20:0:0 chr3 194337901 . T C 3564.73 PASS AF=1;AO=225;DP=228;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0091522;FXX=0.0130999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.593;QD=63.0925;RBI=0.0139164;REFB=0;REVB=-0.0104835;RO=0;SAF=125;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63402e-05;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:226:0:0:225:226:1:100:125:0:0:101:125:0:0 chr3 194338423 . C G,T 972.62 PASS AF=0.118421,0.855263;AO=9,60;DP=132;FAO=9,65;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=8,35;FSAR=1,30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00701218,0.0112714;FXX=0.42421;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.246,114.532;QD=51.1907;RBI=0.0265037,0.0162532;REFB=0.130782,-0.0862865;REVB=-0.0255593,-0.0117099;RO=0;SAF=8,31;SAR=1,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.73709e-08;STB=0.63963,0.501154;STBP=0.218,0.878;TYPE=snp,snp;VARB=0.033571,-0.0022376;OID=.,.;OPOS=194338423,194338423;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:43:132:76:0:2:9,60:9,65:0.118421,0.855263:1,29:8,31:0:0:1,30:8,35:1:1 chr3 194349178 . C T 747.25 PASS AF=0.415842;AO=83;DP=202;FAO=84;FDP=202;FR=.;FRO=118;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=0.0658213;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.656;QD=14.797;RBI=0.0707375;REFB=0.00553479;REVB=0.0259102;RO=118;SAF=37;SAR=46;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125438;STB=0.510136;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00860007;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:118:118:83:84:0.415842:46:37:54:64:47:37:54:64 chr3 194353875 . G T 653.04 PASS AF=0.449664;AO=63;DP=145;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0533727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9301;QD=17.5313;RBI=0.102115;REFB=-0.0013295;REVB=0.0870563;RO=82;SAF=30;SAR=33;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253691;STB=0.514569;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00319391;OID=.;OPOS=194353875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:149:82:82:63:67:0.449664:33:30:37:45:35:32:37:45 chr3 194373832 . TG CA 4155.49 PASS AF=1;AO=264;DP=272;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271348;FXX=0.0294107;HRUN=2;LEN=2;MLLD=349.707;QD=62.962;RBI=0.0142147;REFB=0;REVB=0.0139533;RO=0;SAF=136;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.10166e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:272:264:0:0:264:264:1:128:136:0:0:128:136:0:0 chr3 194387300 . C T 323.57 PASS AF=0.377358;AO=36;DP=102;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0129344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.249;QD=12.2101;RBI=0.0129526;REFB=-0.0223965;REVB=-0.000685179;RO=66;SAF=10;SAR=26;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166941;STB=0.616604;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0308375;OID=.;OPOS=194387300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:66:66:36:40:0.377358:26:10:27:39:30:10:27:39 chr3 194408704 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.088;QD=57.201;RBI=0.0374783;REFB=0;REVB=0.0365847;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031741;OID=.;OPOS=194408704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr3 194790799 . C G 107.91 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0165862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1643;QD=13.4891;RBI=0.0183956;REFB=0.00193479;REVB=-0.00795587;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396217;STB=0.745878;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.000591203;OID=.;OPOS=194790799;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:3:10:7:11:3:10:7:12 chr3 194842785 . C G 337.98 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0113443;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9098;QD=14.8563;RBI=0.0292155;REFB=0.00351747;REVB=0.0269231;RO=54;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046819;STB=0.526494;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0060725;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:54:54:37:37:0.406593:21:16:21:33:21:16:21:33 chr3 194842877 . A G 1749.31 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.13;QD=60.8455;RBI=0.0200894;REFB=0;REVB=0.0116881;RO=0;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49365e-05;OID=.;OPOS=194842877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:64:51:0:0:64:51:0:0 chr3 194842911 . A G 223.42 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0148557;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.464;QD=10.1556;RBI=0.0274408;REFB=-0.00840248;REVB=0.0230717;RO=60;SAF=9;SAR=19;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178327;STB=0.604914;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0167707;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:60:60:28:28:0.318182:19:9:28:32:19:9:28:32 chr3 195076877 . C G 871.12 PASS AF=0.458128;AO=93;DP=203;FAO=93;FDP=203;FR=.;FRO=110;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=33;FSRR=77;FWDB=-0.0068884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.76;QD=17.1649;RBI=0.0096746;REFB=-0.022941;REVB=0.00679322;RO=108;SAF=35;SAR=58;SRF=33;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748824;STB=0.545036;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0254407;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:108:110:93:93:0.458128:58:35:33:75:58:35:33:77 chr3 195242526 . C T 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.411;QD=58.5828;RBI=0.013372;REFB=0;REVB=0.000859474;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55369e-05;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr3 195345828 . AG GA 1187.24 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=82;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228466;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.851;QD=59.3619;RBI=0.0249004;REFB=-0.0918984;REVB=-0.00990273;RO=1;SAF=33;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014127;STB=0.507245;STBP=0.308;TYPE=mnp;VARB=0.000568355;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:80:1:1:78:79:0.9875:45:33:1:0:45:34:1:0 chr3 195345953 . C T 260.09 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0658386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.711;QD=25.3742;RBI=0.0658932;REFB=-0.004767;REVB=-0.00268088;RO=17;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365827;STB=0.701598;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00260637;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:15:9:15:2:15:9:15:2 chr3 195346477 . C T 1026.63 PASS AF=0.647059;AO=88;DP=137;FAO=88;FDP=136;FR=.;FRO=48;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00634297;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2079;QD=30.195;RBI=0.0107105;REFB=-0.0136578;REVB=-0.00863033;RO=48;SAF=52;SAR=36;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101611;STB=0.554865;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00947862;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:48:48:88:88:0.647059:36:52:21:27:36:52:21:27 chr3 195346861 . T C 146.58 PASS AF=0.162011;AO=29;DP=179;FAO=29;FDP=179;FR=.;FRO=150;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=82;FWDB=-0.0370344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1289;QD=3.27561;RBI=0.0380858;REFB=0.00237704;REVB=0.00888728;RO=148;SAF=20;SAR=9;SRF=66;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30967;STB=0.696649;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0124323;OID=.;OPOS=195346861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:148:150:29:29:0.162011:9:20:66:82:9:20:68:82 chr3 195346906 . C T 139.78 PASS AF=0.168831;AO=26;DP=154;FAO=26;FDP=154;FR=.;FRO=128;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=70;FWDB=-0.013848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8265;QD=3.63073;RBI=0.0293582;REFB=-0.00362682;REVB=0.025887;RO=126;SAF=15;SAR=11;SRF=56;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168177;STB=0.602004;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0205378;OID=.;OPOS=195346906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:126:128:26:26:0.168831:11:15:56:70:11:15:58:70 chr3 195391111 . T C 145.3 PASS AF=0.117647;AO=38;DP=324;FAO=38;FDP=323;FR=.;FRO=285;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=129;FSRR=156;FWDB=-0.0177603;FXX=0.00308632;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.67;QD=1.7994;RBI=0.0292935;REFB=-0.00267805;REVB=-0.0232955;RO=284;SAF=18;SAR=20;SRF=128;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289883;STB=0.518654;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.020705;OID=.;OPOS=195391111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:323:284:285:38:38:0.117647:20:18:128:156:20:18:129:156 chr3 195398105 . T C 49.7 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=23;FWDB=0.011501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.329;QD=2.13761;RBI=0.0116012;REFB=0.000133031;REVB=0.00152124;RO=82;SAF=5;SAR=6;SRF=59;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32736;STB=0.725557;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.000396277;OID=.;OPOS=195398105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:82:82:11:11:0.11828:6:5:59:23:6:5:59:23 chr3 195399505 . C T 424.55 PASS AF=0.302703;AO=56;DP=185;FAO=56;FDP=185;FR=.;FRO=129;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=76;FSRR=53;FWDB=-0.019916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.241;QD=9.17935;RBI=0.0199454;REFB=-0.00114547;REVB=-0.00108245;RO=129;SAF=30;SAR=26;SRF=76;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647502;STB=0.537638;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00265515;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:129:129:56:56:0.302703:26:30:76:53:26:30:76:53 chr3 195404649 . A G 431.91 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00502302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6868;QD=23.0353;RBI=0.0101934;REFB=-0.0164828;REVB=0.0088699;RO=33;SAF=22;SAR=20;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12768;STB=0.570131;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0091189;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:20:22:12:21:20:22:12:21 chr3 195447886 . G C 1346.33 PASS AF=0.422096;AO=149;DP=353;FAO=149;FDP=353;FR=.;FRO=204;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=115;FSRR=89;FWDB=0.0441263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.476;QD=15.2559;RBI=0.0464382;REFB=-0.0332888;REVB=0.0144699;RO=200;SAF=76;SAR=73;SRF=113;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567446;STB=0.531057;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0434011;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:353:200:204:149:149:0.422096:73:76:113:87:73:76:115:89 chr3 195451880 . AG GA 421.88 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0104074;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.416;QD=21.9158;RBI=0.0154476;REFB=-0.0433307;REVB=0.0114156;RO=33;SAF=20;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762535;STB=0.521729;STBP=0.674;TYPE=mnp;VARB=0.0220569;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:35:41:42:0.545455:21:20:13:20:22:20:15:20 chr3 195452005 . C T 175.98 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.109386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1475;QD=13.5369;RBI=0.109611;REFB=-0.00294481;REVB=0.00701956;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152574;STB=0.575269;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00521093;OID=.;OPOS=195452005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:20:21:0.403846:14:6:13:17:14:7:14:17 chr3 195452619 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0780332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7509;QD=14.6514;RBI=0.0780332;REFB=-0.110208;REVB=0;RO=5;SAF=6;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.102799;OID=.;OPOS=195452619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:0:6:5:0:0:6:5:0 chr3 195452645 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0232305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.068;QD=23.3999;RBI=0.0232305;REFB=-0.0689122;REVB=0;RO=3;SAF=8;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112479;OID=.;OPOS=195452645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:0:8:3:0:0:8:3:0 chr3 195452732 . G A 156.26 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0100065;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2019;QD=14.8816;RBI=0.0196197;REFB=0.00216185;REVB=0.0168761;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171346;STB=0.588131;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00131897;OID=.;OPOS=195452732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:25:17:17:0.404762:7:10:11:15:7:10:11:14 chr3 195452770 . G A 205.76 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00403291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.832;QD=10.8294;RBI=0.0306196;REFB=-0.0155122;REVB=-0.0303529;RO=48;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132581;STB=0.576864;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0358412;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:48:50:26:26:0.342105:15:11:26:22:15:11:27:23 chr3 195452799 . C T 274.57 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=110;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0478198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8712;QD=9.98441;RBI=0.0666982;REFB=-0.0105472;REVB=0.0464964;RO=74;SAF=18;SAR=18;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031314;STB=0.518172;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0192364;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:74:74:36:36:0.327273:18:18:39:35:18:18:39:35 chr3 195452951 . G C 781.51 PASS AF=0.610169;AO=72;DP=118;FAO=72;FDP=118;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0300018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8748;QD=26.4919;RBI=0.056066;REFB=0.0152535;REVB=-0.0473634;RO=46;SAF=38;SAR=34;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585237;STB=0.531745;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0107184;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:46:46:72:72:0.610169:34:38:28:18:34:38:28:18 chr3 195452987 . G A 233.33 PASS AF=0.299065;AO=32;DP=107;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0405909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6101;QD=8.72243;RBI=0.0614147;REFB=-0.0242628;REVB=-0.0460885;RO=74;SAF=22;SAR=10;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246406;STB=0.641464;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0333367;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:74:75:32:32:0.299065:10:22:36:38:10:22:37:38 chr3 195452991 . C T 228.04 PASS AF=0.288288;AO=32;DP=111;FAO=32;FDP=111;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.0511221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6257;QD=8.21773;RBI=0.11129;REFB=0.00464361;REVB=0.0988538;RO=79;SAF=22;SAR=10;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255255;STB=0.651471;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0102938;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:79:79:32:32:0.288288:10:22:38:41:10:22:38:41 chr3 195453014 . G A 261.86 PASS AF=0.27907;AO=36;DP=123;FAO=36;FDP=129;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.018655;FXX=0.015266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.293;QD=8.1198;RBI=0.0189224;REFB=-0.00481898;REVB=-0.00316982;RO=87;SAF=22;SAR=14;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234566;STB=0.614726;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0203527;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:129:87:93:36:36:0.27907:14:22:36:51:14:22:42:51 chr3 195453064 . T G 752.24 PASS AF=0.572581;AO=71;DP=124;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00717212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0323;QD=24.2659;RBI=0.0129675;REFB=0.0177772;REVB=0.0108035;RO=53;SAF=34;SAR=37;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00917521;STB=0.505003;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0106349;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:53:53:71:71:0.572581:37:34:26:27:37:34:26:27 chr3 195453243 . C T 564.59 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0236507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.121;QD=21.1062;RBI=0.0239054;REFB=-0.0113702;REVB=-0.00348042;RO=50;SAF=30;SAR=27;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287637;STB=0.515805;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0133692;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:27:30:28:22:27:30:28:22 chr3 195453257 . G A 440.11 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0370818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4779;QD=16.9273;RBI=0.0407364;REFB=-0.0165759;REVB=0.0168641;RO=56;SAF=24;SAR=24;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517409;STB=0.528834;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0212053;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:56:48:48:0.461538:24:24:31:25:24:24:31:25 chr3 195453288 . A C 42.28 PASS AF=0.12;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0146905;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.521;QD=2.25501;RBI=0.0175046;REFB=0.00200732;REVB=-0.00951833;RO=64;SAF=3;SAR=6;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202407;STB=0.648315;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0140215;OID=.;OPOS=195453288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:76:75:64:66:9:9:0.12:6:3:32:32:6:3:33:33 chr3 195456561 . C G 264.16 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.00510404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.065;QD=12.8857;RBI=0.0259466;REFB=-0.00683273;REVB=0.0254396;RO=50;SAF=10;SAR=21;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375723;STB=0.718496;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0151127;OID=.;OPOS=195456561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:51:31:31:0.378049:21:10:34:16:21:10:35:16 chr3 195477791 . G A 1151.64 PASS AF=0.467433;AO=107;DP=247;FAO=122;FDP=261;FR=.;FRO=139;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=80;FSRR=59;FWDB=0.0222595;FXX=0.00760427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.527;QD=17.6496;RBI=0.0272484;REFB=-0.0212263;REVB=0.015716;RO=140;SAF=66;SAR=41;SRF=80;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482595;STB=0.500963;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0190537;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:261:140:139:107:122:0.467433:41:66:80:60:52:70:80:59 chr3 195479256 . T C 618.88 PASS AF=0.470588;AO=63;DP=133;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.112756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.144;QD=18.2023;RBI=0.120862;REFB=-0.0272787;REVB=0.043517;RO=70;SAF=17;SAR=46;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214778;STB=0.631155;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0279328;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:70:72:63:64:0.470588:46:17:33:37:47:17:35:37 chr3 195489009 . C A 3763.73 PASS AF=0.496042;AO=376;DP=759;FAO=376;FDP=758;FR=.;FRO=382;FSAF=149;FSAR=227;FSRF=204;FSRR=178;FWDB=-0.0248328;FXX=0.00131751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.838;QD=19.8614;RBI=0.024844;REFB=-0.0185183;REVB=0.000744954;RO=382;SAF=149;SAR=227;SRF=204;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128661;STB=0.570421;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0172701;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:759:758:382:382:376:376:0.496042:227:149:204:178:227:149:204:178 chr3 195489067 . C G 4019.01 PASS AF=0.497487;AO=396;DP=796;FAO=396;FDP=796;FR=.;FRO=400;FSAF=157;FSAR=239;FSRF=233;FSRR=167;FWDB=-0.00252818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1336;QD=20.196;RBI=0.03473;REFB=0.0285896;REVB=-0.0346378;RO=400;SAF=157;SAR=239;SRF=233;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17165;STB=0.593871;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0297547;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:796:796:400:400:396:396:0.497487:239:157:233:167:239:157:233:167 chr3 195495916 . G C 898.44 PASS AF=0.4125;AO=99;DP=239;FAO=99;FDP=240;FR=.;FRO=141;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=76;FSRR=65;FWDB=0.00747082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.826;QD=14.9739;RBI=0.00990403;REFB=-0.0122013;REVB=0.00650204;RO=130;SAF=39;SAR=60;SRF=68;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133406;STB=0.58597;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0159924;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:130:141:99:99:0.4125:60:39:68:62:60:39:76:65 chr3 195497143 . C T 974.03 PASS AF=0.483254;AO=101;DP=207;FAO=101;FDP=209;FR=.;FRO=108;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=0.0208053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.505;QD=18.6416;RBI=0.0275406;REFB=-0.0193165;REVB=0.018045;RO=106;SAF=47;SAR=54;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294021;STB=0.510867;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0188535;OID=.;OPOS=195497143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:209:106:108:101:101:0.483254:54:47:46:60:54:47:48:60 chr3 195497174 . C G 941.11 PASS AF=0.477157;AO=94;DP=197;FAO=94;FDP=197;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=43;FSRR=60;FWDB=0.0168177;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1386;QD=19.1088;RBI=0.0186838;REFB=-0.0102508;REVB=0.0081392;RO=100;SAF=40;SAR=54;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148929;STB=0.504312;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0179452;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:100:103:94:94:0.477157:54:40:41:59:54:40:43:60 chr3 195497743 . T C 350.29 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00605867;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.533;QD=12.8546;RBI=0.0171762;REFB=-0.00896481;REVB=-0.0160721;RO=67;SAF=18;SAR=24;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117679;STB=0.566897;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0246939;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:67:67:42:42:0.385321:24:18:36:31:24:18:36:31 chr3 195501149 . C T 636.08 PASS AF=0.455172;AO=63;DP=144;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=0.0467631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1773;QD=17.5471;RBI=0.0607435;REFB=-0.0211453;REVB=0.0387683;RO=79;SAF=28;SAR=35;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921589;STB=0.563498;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0264391;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:79:79:63:66:0.455172:35:28:28:51:35:31:28:51 chr3 195505664 . G A 339.61 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0019744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.201;QD=15.437;RBI=0.0265565;REFB=-0.0160819;REVB=0.026483;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040625;STB=0.527935;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0205346;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:51:37:37:0.420455:20:17:21:29:20:17:21:30 chr3 195505788 . G C 94.18 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0245869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.624;QD=10.4641;RBI=0.0254901;REFB=-0.0336268;REVB=0.00672529;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0510592;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:8:16:8:4:8:16 chr3 195512042 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.852;QD=35.5759;RBI=0.0178597;REFB=0;REVB=0.0172974;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222203;OID=.;OPOS=195512042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr3 195512103 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00204031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.928;QD=7.32292;RBI=0.0195632;REFB=-0.0464905;REVB=-0.0194566;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399996;STB=0.74925;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0878718;OID=.;OPOS=195512103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:4:10:2:4:4:10 chr3 195512107 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.5;QD=49.5988;RBI=0.0682209;REFB=0;REVB=0.067702;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107959;OID=.;OPOS=195512107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr3 195515594 . C G 1075.18 PASS AF=0.446494;AO=102;DP=250;FAO=121;FDP=271;FR=.;FRO=150;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=75;FSRR=75;FWDB=-0.0152397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.629;QD=15.8699;RBI=0.0165203;REFB=-0.0457999;REVB=0.00637728;RO=143;SAF=49;SAR=53;SRF=72;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241517;STB=0.543934;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0485754;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:271:143:150:102:121:0.446494:53:49:72:71:70:51:75:75 chr3 195515617 . G C 1453.04 PASS AF=0.490066;AO=147;DP=301;FAO=148;FDP=302;FR=.;FRO=154;FSAF=61;FSAR=87;FSRF=79;FSRR=75;FWDB=0.0386341;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7714;QD=19.2456;RBI=0.0684128;REFB=-0.017914;REVB=0.0564599;RO=154;SAF=61;SAR=86;SRF=79;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923309;STB=0.552073;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0151053;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:302:154:154:147:148:0.490066:86:61:79:75:87:61:79:75 chr3 195516630 . G T 613.51 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=50;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0122618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.884;QD=18.5912;RBI=0.0136528;REFB=-0.0189337;REVB=-0.00600396;RO=69;SAF=13;SAR=50;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145468;STB=0.581174;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0166191;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:69:63:63:0.477273:50:13:22:47:50:13:22:47 chr3 195516878 . T C 302.59 PASS AF=0.574074;AO=27;DP=50;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00440766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.536;QD=22.4139;RBI=0.0201025;REFB=-0.0227973;REVB=0.0196133;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707988;STB=0.502391;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.016404;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:21:23:27:31:0.574074:14:13:12:9:15:16:12:11 chr3 195517258 . G A 194.23 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.00213042;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.917;QD=8.2652;RBI=0.00287227;REFB=-0.00554986;REVB=-0.00192647;RO=68;SAF=10;SAR=16;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158261;STB=0.509459;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0134897;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:68:68:26:26:0.276596:16:10:27:41:16:10:27:41 chr3 195517321 . G A 141.93 PASS AF=0.214953;AO=22;DP=106;FAO=23;FDP=107;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.0101733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.086;QD=5.30583;RBI=0.0102862;REFB=-0.00539631;REVB=-0.00151967;RO=84;SAF=15;SAR=7;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381462;STB=0.744563;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0335624;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:84:84:22:23:0.214953:7:15:31:53:7:16:31:53 chr3 195517553 . A C 386.63 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=32;FWDB=0.0339315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.498;QD=20.8987;RBI=0.0345484;REFB=-0.0186569;REVB=0.00649955;RO=35;SAF=7;SAR=32;SRF=3;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152356;STB=0.583296;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0221237;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:32:7:3:32:32:7:3:32 chr3 195518112 . T TGTCTCCTGCGTAACA 392.64 PASS AF=0.275862;AO=55;DP=207;FAO=56;FDP=203;FR=.;FRO=147;FSAF=12;FSAR=44;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=-0.0264417;FXX=0.0193227;HRUN=1;LEN=15;MLLD=435.568;QD=7.73664;RBI=0.0267772;REFB=0.000980818;REVB=-0.00422521;RO=146;SAF=11;SAR=44;SRF=82;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462793;STB=0.759639;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-0.00257401;OID=.;OPOS=195518113;OREF=-;OALT=GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=TGTCTCCTGCGTAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:55:207:56:203:147:12:44:82:65:99:146:11:44:82:64 chr3 195518330 . C G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00747917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.47;QD=10.075;RBI=0.0154388;REFB=0.005451;REVB=0.0135063;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149874;STB=0.590689;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0131215;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:5:9:4:4:5:9 chr3 195605929 . G A 263.48 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0178348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4532;QD=19.5173;RBI=0.019096;REFB=-0.00640367;REVB=0.00682483;RO=26;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203251;STB=0.613949;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0157012;OID=.;OPOS=195605929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:20:8:13:13:20:8:13:13 chr3 195647997 . T A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0235847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.532;QD=13.9607;RBI=0.0266449;REFB=0.0146835;REVB=-0.0123981;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197466;STB=0.620296;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0092826;OID=.;OPOS=195647997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:2:5:6:1:2:5 chr3 195666742 . G C 119.47 PASS AF=0.296296;AO=15;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0448946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1655;QD=8.84946;RBI=0.0555259;REFB=-0.00459408;REVB=-0.0326742;RO=38;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257199;STB=0.533938;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0190012;OID=.;OPOS=195666742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:15:16:0.296296:6:9:22:16:6:10:22:16 chr3 195668011 . G A 114.14 PASS AF=0.565217;AO=7;DP=20;FAO=13;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0667842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8823;QD=19.8503;RBI=0.116986;REFB=-0.0268078;REVB=-0.0960499;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52739;STB=0.864178;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0655104;OID=.;OPOS=195668011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:20:23:9:10:7:13:0.565217:1:6:3:6:1:12:3:7 chr3 195668443 . GA G,GG 162.03 PASS AF=0.211538,0.0384615;AO=18,6;DP=103;FAO=22,4;FDP=104;FR=.;FRO=78;FSAF=11,2;FSAR=11,2;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0157629,-0.013976;FXX=0.0095229;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=253.497,257.163;QD=6.2318;RBI=0.0168399,0.0143898;REFB=-0.0160758,-0.0148876;REVB=0.00592562,0.00342612;RO=77;SAF=8,2;SAR=10,4;SRF=37;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0457474,-0.156884;STB=0.519982,0.524269;STBP=0.837,0.897;TYPE=del,snp;VARB=0.0538887,0.0395014;OID=.,.;OPOS=195668444,195668444;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211538,0.0384615:18,6:103:22,4:104:78:11,2:11,2:37:41:99:77:8,2:10,4:37:40 chr3 195668478 . A G 1337.35 PASS AF=0.915094;AO=96;DP=107;FAO=97;FDP=106;FR=.;FRO=9;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0302185;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3549;QD=50.4661;RBI=0.0333512;REFB=-0.020781;REVB=-0.014112;RO=9;SAF=36;SAR=60;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119603;STB=0.505651;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00464643;OID=.;OPOS=195668478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:107:106:9:9:96:97:0.915094:60:36:4:5:60:37:4:5 chr3 195690216 . T C 144.74 PASS AF=0.212389;AO=24;DP=113;FAO=24;FDP=113;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=0.0156498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.407;QD=5.12365;RBI=0.0274773;REFB=0.00427041;REVB=-0.0225851;RO=87;SAF=11;SAR=13;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569669;STB=0.524961;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.0152661;OID=.;OPOS=195690216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:87:89:24:24:0.212389:13:11:36:51:13:11:38:51 chr3 195690233 . A G 140.48 PASS AF=0.201681;AO=24;DP=120;FAO=24;FDP=119;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=-0.0227508;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.515;QD=4.72204;RBI=0.0228945;REFB=0.00132274;REVB=-0.00256079;RO=95;SAF=11;SAR=13;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753223;STB=0.547225;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.0097635;OID=.;OPOS=195690233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:95:95:24:24:0.201681:13:11:38:57:13:11:38:57 chr3 195690251 . A G 391.94 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=49;FWDB=-0.00952348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.805;QD=13.5151;RBI=0.0155944;REFB=0.00307432;REVB=0.0123486;RO=67;SAF=25;SAR=21;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254446;STB=0.644271;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00354812;OID=.;OPOS=195690251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:70:46:46:0.396552:21:25:20:47:21:25:21:49 chr3 195692311 . T C 80.62 PASS AF=0.10177;AO=23;DP=226;FAO=23;FDP=226;FR=.;FRO=203;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=110;FSRR=93;FWDB=-0.000653992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.702;QD=1.42689;RBI=0.0492731;REFB=-0.00101387;REVB=-0.0492687;RO=203;SAF=17;SAR=6;SRF=110;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250325;STB=0.688172;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0142866;OID=.;OPOS=195692311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:226:226:203:203:23:23:0.10177:6:17:110:93:6:17:110:93 chr3 195692347 . G A 161.56 PASS AF=0.132867;AO=38;DP=286;FAO=38;FDP=286;FR=.;FRO=248;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=135;FSRR=113;FWDB=-0.00801459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.768;QD=2.25951;RBI=0.0173629;REFB=-0.000724545;REVB=-0.0154025;RO=248;SAF=27;SAR=11;SRF=135;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221451;STB=0.652548;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00702781;OID=.;OPOS=195692347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:248:248:38:38:0.132867:11:27:135:113:11:27:135:113 chr3 195701278 . C T 175.25 PASS AF=0.155844;AO=36;DP=231;FAO=36;FDP=231;FR=.;FRO=195;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=83;FSRR=112;FWDB=0.0495495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.013;QD=3.03461;RBI=0.0499137;REFB=-0.000293973;REVB=-0.00601856;RO=193;SAF=16;SAR=20;SRF=81;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324059;STB=0.51612;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00647604;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:193:195:36:36:0.155844:20:16:81:112:20:16:83:112 chr3 195701285 . G T 191.3 PASS AF=0.15415;AO=39;DP=253;FAO=39;FDP=253;FR=.;FRO=214;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=96;FSRR=118;FWDB=0.0169516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.003;QD=3.0245;RBI=0.0169638;REFB=0.00335789;REVB=-0.000641794;RO=214;SAF=16;SAR=23;SRF=96;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502349;STB=0.533095;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0184609;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:214:214:39:39:0.15415:23:16:96:118:23:16:96:118 chr3 195701304 . C T 1073.11 PASS AF=0.397993;AO=119;DP=297;FAO=119;FDP=299;FR=.;FRO=180;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=84;FSRR=96;FWDB=0.0257183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.656;QD=14.3559;RBI=0.029063;REFB=-0.00269282;REVB=0.013536;RO=178;SAF=59;SAR=60;SRF=82;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376036;STB=0.517541;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00571103;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:299:178:180:119:119:0.397993:60:59:82:96:60:59:84:96 chr3 195701310 . C CAA 678.21 PASS AF=0.392157;AO=112;DP=314;FAO=120;FDP=306;FR=.;FRO=186;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=87;FSRR=99;FWDB=0.00505324;FXX=0.0285705;HRUN=1;LEN=2;MLLD=40.4853;QD=8.86542;RBI=0.00559729;REFB=0.0153122;REVB=-0.00240717;RO=190;SAF=56;SAR=56;SRF=90;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293095;STB=0.519605;STBP=0.586;TYPE=ins;VARB=-0.0241175;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157:112:314:120:306:186:60:60:87:99:99:190:56:56:90:100 chr3 195701331 . G A 1473.31 PASS AF=0.446328;AO=158;DP=354;FAO=158;FDP=354;FR=.;FRO=196;FSAF=74;FSAR=84;FSRF=95;FSRR=101;FWDB=-0.00234752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.241;QD=16.6476;RBI=0.0564511;REFB=-0.00215346;REVB=0.0564022;RO=194;SAF=74;SAR=84;SRF=93;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110202;STB=0.509071;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00343027;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:194:196:158:158:0.446328:84:74:93:101:84:74:95:101 chr3 195701388 . GC AA 606.5 PASS AF=0.255072;AO=88;DP=349;FAO=88;FDP=345;FR=.;FRO=257;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=122;FSRR=135;FWDB=-0.0230385;FXX=0.011461;HRUN=2;LEN=2;MLLD=199.872;QD=7.03183;RBI=0.0270124;REFB=-0.0037006;REVB=0.0141031;RO=255;SAF=36;SAR=52;SRF=120;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782498;STB=0.549627;STBP=0.266;TYPE=mnp;VARB=0.00959328;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:345:255:257:88:88:0.255072:52:36:120:135:52:36:122:135 chr3 195702731 . G C 53.49 PASS AF=0.25;AO=7;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0246896;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.587;QD=6.68653;RBI=0.0403814;REFB=-0.0123045;REVB=0.0319544;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430155;STB=0.806805;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0437369;OID=.;OPOS=195702731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:32:24:24:7:8:0.25:6:1:11:13:7:1:11:13 chr3 195709088 . T C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0207156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.439;QD=17.6438;RBI=0.0587686;REFB=-0.0395919;REVB=0.0549965;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.031047;OID=.;OPOS=195709088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:3:4:6:3:3:4 chr3 195709172 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.449;QD=33.4285;RBI=0.0511021;REFB=0;REVB=-0.0509475;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164877;OID=.;OPOS=195709172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr3 195710989 . G A 1196.44 PASS AF=0.534562;AO=89;DP=220;FAO=116;FDP=217;FR=.;FRO=101;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=60;FSRR=41;FWDB=-0.020166;FXX=0.0180987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.486;QD=22.0543;RBI=0.0222546;REFB=-0.0146301;REVB=0.00941269;RO=81;SAF=24;SAR=65;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239967;STB=0.575721;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0362493;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:217:81:101:89:116:0.534562:65:24:42:39:66:50:60:41 chr3 195710993 . A G 1422.61 PASS AF=0.539062;AO=137;DP=252;FAO=138;FDP=256;FR=.;FRO=118;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=68;FSRR=50;FWDB=-0.00125264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.175;QD=22.2283;RBI=0.00626889;REFB=-0.010595;REVB=-0.00614246;RO=115;SAF=64;SAR=73;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820291;STB=0.5484;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00524893;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:256:115:118:137:138:0.539062:73:64:65:50:73:65:68:50 chr3 195711016 . G A 1160.84 PASS AF=0.400612;AO=131;DP=327;FAO=131;FDP=327;FR=.;FRO=196;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=89;FSRR=107;FWDB=-0.017519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0093;QD=14.1998;RBI=0.0196905;REFB=-0.0116664;REVB=-0.00898905;RO=196;SAF=72;SAR=59;SRF=89;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102145;STB=0.557168;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0142655;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:327:196:196:131:131:0.400612:59:72:89:107:59:72:89:107 chr3 195925458 . A C 246.7 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.128837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.098;QD=15.916;RBI=0.129469;REFB=-0.0179871;REVB=-0.012783;RO=34;SAF=5;SAR=23;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449283;STB=0.756377;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0128519;OID=.;OPOS=195925458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:23:5:20:14:23:5:20:14 chr3 195936382 . G A 516.84 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0107681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.726;QD=22.4711;RBI=0.0111378;REFB=0.000736284;REVB=-0.00284594;RO=43;SAF=24;SAR=25;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776451;STB=0.542738;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.000692215;OID=.;OPOS=195936382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:25:24:25:18:25:24:25:18 chr3 195941216 . C G 626.37 PASS AF=0.403409;AO=71;DP=176;FAO=71;FDP=176;FR=.;FRO=105;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=75;FWDB=-0.00937178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.777;QD=14.2358;RBI=0.0112903;REFB=-0.0108198;REVB=-0.00629604;RO=105;SAF=33;SAR=38;SRF=30;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195279;STB=0.608986;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.019694;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:105:105:71:71:0.403409:38:33:30:75:38:33:30:75 chr3 195956827 . T C 476.45 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0487647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8712;QD=15.2465;RBI=0.0589803;REFB=-0.012849;REVB=-0.0331765;RO=72;SAF=20;SAR=33;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861769;STB=0.548429;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0187806;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:72:53:53:0.424:33:20:33:39:33:20:33:39 chr3 196054439 . T G 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0321432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.142;QD=18.0353;RBI=0.033507;REFB=-0.0182628;REVB=-0.00946243;RO=44;SAF=22;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612663;STB=0.534229;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0230554;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:17:22:22:22:17:22:22:22 chr3 196199204 . G T 464.95 PASS AF=0.47619;AO=49;DP=103;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0138949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1481;QD=17.7122;RBI=0.0464608;REFB=-0.0108504;REVB=-0.0443344;RO=54;SAF=26;SAR=23;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811186;STB=0.54471;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0114721;OID=.;OPOS=196199204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:54:55:49:50:0.47619:23:26:24:30:23:27:25:30 chr3 196294104 . C G 1971.85 PASS AF=0.992248;AO=125;DP=126;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000309479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.927;QD=61.1427;RBI=0.0097581;REFB=0.00445966;REVB=0.00975319;RO=1;SAF=60;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785333;STB=0.503936;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-5.05721e-05;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:129:1:1:125:128:0.992248:65:60:1:0:65:63:1:0 chr3 196311779 . C G 139.67 PASS AF=0.6;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0304506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2824;QD=22.3474;RBI=0.0315328;REFB=-0.0546081;REVB=-0.00818997;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177944;STB=0.608559;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0114808;OID=.;OPOS=196311779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:14:15:0.6:8:6:2:8:8:7:2:8 chr3 196386964 . C G 2239.66 PASS AF=0.95625;AO=153;DP=160;FAO=153;FDP=160;FR=.;FRO=7;FSAF=73;FSAR=80;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0184429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.866;QD=55.9914;RBI=0.0342243;REFB=-0.18906;REVB=0.0288299;RO=1;SAF=73;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590936;STB=0.516633;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00123558;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:160:160:1:7:153:153:0.95625:80:73:0:1:80:73:6:1 chr3 196435534 . T C 1627.57 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632601;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.357;QD=60.2803;RBI=0.0633134;REFB=0;REVB=0.00259818;RO=0;SAF=41;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76197e-05;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:66:41:0:0:67:41:0:0 chr3 196438826 . G T 937.5 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0341;QD=58.5937;RBI=0.0313489;REFB=0;REVB=-0.00867632;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019383;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr3 196443803 . T C 3282.21 PASS AF=0.503049;AO=318;DP=643;FAO=330;FDP=656;FR=.;FRO=326;FSAF=101;FSAR=229;FSRF=100;FSRR=226;FWDB=0.04865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3516;QD=20.0135;RBI=0.0612138;REFB=-0.0166606;REVB=0.0371525;RO=324;SAF=94;SAR=224;SRF=100;SRR=224;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143448;STB=0.500402;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0192235;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:643:656:324:326:318:330:0.503049:224:94:100:224:229:101:100:226 chr3 196448103 . C T 283.33 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00774682;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.143;QD=19.5398;RBI=0.0102348;REFB=-0.00651074;REVB=0.00668869;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158607;STB=0.566622;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00812575;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:25:28:29:30:0.517241:16:13:16:9:17:13:16:12 chr3 196511870 . C T 113.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0376925;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8248;QD=15.6742;RBI=0.0851596;REFB=-0.00459415;REVB=-0.0763638;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154499;STB=0.589338;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00389755;OID=.;OPOS=196511870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:6:10:6:7:6:10 chr3 196511920 . C T 100.7 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0166636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.735;QD=16.1116;RBI=0.0166637;REFB=-0.0161291;REVB=4.23929e-05;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148238;STB=0.559901;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0183192;OID=.;OPOS=196511920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:13:13:11:12:0.48:5:6:5:8:6:6:5:8 chr3 196529978 . C T 37.3 PASS AF=0.0900901;AO=10;DP=111;FAO=10;FDP=111;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=0.0290701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7076;QD=1.34417;RBI=0.0311585;REFB=0.00256846;REVB=0.0112154;RO=101;SAF=5;SAR=5;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284255;STB=0.522478;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0230097;OID=.;OPOS=196529978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:111:111:101:101:10:10:0.0900901:5:5:53:48:5:5:53:48 chr3 196530013 . A G 36.63 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=91;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0139965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.65;QD=1.61021;RBI=0.0191882;REFB=-0.00327607;REVB=-0.0131258;RO=79;SAF=4;SAR=5;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131173;STB=0.593016;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0293497;OID=.;OPOS=196530013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:91:79:82:9:9:0.0989011:5:4:44:35:5:4:45:37 chr3 196530022 . C T 38.47 PASS AF=0.105882;AO=9;DP=85;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0139509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.436;QD=1.81037;RBI=0.0386769;REFB=0.00314835;REVB=0.0360732;RO=76;SAF=4;SAR=5;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126876;STB=0.595646;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0124563;OID=.;OPOS=196530022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:85:85:76:76:9:9:0.105882:5:4:42:34:5:4:42:34 chr3 196557130 . A G 100.8 PASS AF=0.197674;AO=12;DP=81;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.00759494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.025;QD=4.68836;RBI=0.00836703;REFB=-0.013725;REVB=0.00351057;RO=69;SAF=4;SAR=8;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250813;STB=0.747248;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.056275;OID=.;OPOS=196557130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:69:69:12:17:0.197674:8:4:37:32:13:4:37:32 chr3 196613075 . C T 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0197383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.821;QD=16.7315;RBI=0.0198152;REFB=-0.0185562;REVB=-0.00174329;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245045;STB=0.513771;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0246395;OID=.;OPOS=196613075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:13:18:20:16:13:18:20:16 chr3 196660820 . C T 546.35 PASS AF=0.42446;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0204001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.786;QD=15.7222;RBI=0.0255206;REFB=-0.00219057;REVB=-0.0153342;RO=79;SAF=29;SAR=30;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626318;STB=0.531125;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00363456;OID=.;OPOS=196660820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:80:59:59:0.42446:30:29:34:45:30:29:35:45 chr3 196673831 . A G 306.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00743336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.281;QD=18.0547;RBI=0.00764015;REFB=-0.00456823;REVB=0.00176552;RO=34;SAF=10;SAR=23;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523473;STB=0.540322;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00515273;OID=.;OPOS=196673831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:23:10:12:22:23:10:13:22 chr3 196674749 . C T 1523.0 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0417732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2296;QD=58.5769;RBI=0.054417;REFB=0.0879815;REVB=0.0348741;RO=1;SAF=40;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747285;STB=0.503936;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.000430658;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:63:40:0:1:63:40:0:1 chr3 196674879 . A G 2064.92 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6666;QD=62.5734;RBI=0.0514612;REFB=0;REVB=-0.0133363;RO=0;SAF=56;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.94421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253065;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:76:56:0:0:76:56:0:0 chr3 196674916 . A C 1773.52 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016318;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.696;QD=61.1559;RBI=0.0309306;REFB=0;REVB=-0.0262759;RO=0;SAF=47;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22431e-05;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:69:47:0:0:69:47:0:0 chr3 196674972 . CTG CGC,GCG,TCG 931.08 PASS AF=0.0298507,0.0746269,0.895522;AO=3,3,56;DP=67;FAO=2,5,60;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5,21;FSAR=1,0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160341,-0.0110846,-0.0133366;FXX=0.0147037;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,2;MLLD=130.284,129.061,195.393;QD=55.5867;RBI=0.0387703,0.0299651,0.0313179;REFB=0,0,0;REVB=-0.0352993,-0.0278395,0.0283363;RO=0;SAF=2,3,21;SAR=1,0,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.0379719,-0.0397424,0.00306651;OID=.,.,.;OPOS=196674973,196674972,196674972;OREF=TG,CT,CT;OALT=GC,GC,TC;OMAPALT=CGC,GCG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:15:67:67:0:0:3,3,56:2,5,60:0.0298507,0.0746269,0.895522:1,0,35:2,3,21:0:0:1,0,39:1,5,21:0:0 chr3 196770355 . TAAGG T 2781.89 PASS AF=1;AO=222;DP=240;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518896;FXX=0.0472083;HRUN=2;LEN=4;MLLD=159.607;QD=50.1242;RBI=0.0531203;REFB=0;REVB=0.011368;RO=0;SAF=62;SAR=160;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.21266e-05;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:222:240:222:222:0:62:160:0:0:49:0:62:160:0:0 chr3 196771245 . G A,T 864.29 PASS AF=0.967213,0.0327869;AO=58,3;DP=61;FAO=59,2;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267947,-0.000676092;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.862,109.23;QD=56.6747;RBI=0.0400529,0.014659;REFB=0,0;REVB=-0.0297704,-0.0146434;RO=0;SAF=33,2;SAR=25,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000181809,0.148522;OID=.,.;OPOS=196771245,196771245;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:61:61:0:0:58,3:59,2:0.967213,0.0327869:25,1:33,2:0:0:26,0:33,2:0:0 chr3 197020780 . G A,GA 680.13 PASS AF=0.0650888,0.822485;AO=9,70;DP=220;FAO=11,139;FDP=169;FR=.;FRO=19;FSAF=6,66;FSAR=5,73;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00899991,-0.000617396;FXX=0.028734;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=210.044,7.59414;QD=16.0976;RBI=0.0441852,0.148092;REFB=0.00456391,0.0109814;REVB=-0.043259,-0.148091;RO=120;SAF=4,33;SAR=5,37;SRF=68;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.130313,-0.105699;STB=0.674268,0.52558;STBP=0.177,0.08;TYPE=snp,ins;VARB=0.0300073,0.0167776;OID=.,.;OPOS=197020780,197020781;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:220:169:120:19:9,70:11,139:0.0650888,0.822485:5,37:4,33:68:52:5,73:6,66:5:14 chr3 197495334 . G A 1358.28 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8487;QD=62.4495;RBI=0.0141185;REFB=0;REVB=0.0109095;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114482;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr3 197566254 . T C 1500.71 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0411563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.8788;QD=55.5817;RBI=0.0413818;REFB=-0.0429;REVB=0.00431376;RO=4;SAF=47;SAR=57;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00340579;STB=0.501796;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000809842;OID=.;OPOS=197566254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:108:108:4:4:104:104:0.962963:57:47:2:2:57:47:2:2 chr3 197670652 . G A 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0102243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.006;QD=16.4506;RBI=0.0300926;REFB=-0.00931797;REVB=-0.0283025;RO=44;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494505;STB=0.521608;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0114209;OID=.;OPOS=197670652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:45:36:36:0.444444:19:17:23:21:19:17:23:22 chr3 197846850 . G A 53.59 PASS AF=0.0726073;AO=22;DP=309;FAO=22;FDP=303;FR=.,HEALED;FRO=281;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=141;FSRR=140;FWDB=-0.0954003;FXX=0.0162332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9294;QD=0.70747;RBI=0.0962223;REFB=-0.0025686;REVB=0.0125504;RO=223;SAF=13;SAR=9;SRF=141;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515641;STB=0.582831;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.02552;OID=.;OPOS=197846850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:309:303:223:281:22:22:0.0726073:9:13:141:82:9:13:141:140 chr4 53428 . G A 4191.16 PASS AF=0.996364;AO=268;DP=274;FAO=274;FDP=275;FR=.;FRO=1;FSAF=123;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0414025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.26;QD=60.9623;RBI=0.0604745;REFB=-0.0919268;REVB=0.0440794;RO=0;SAF=122;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50165;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000379783;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:274:275:0:1:268:274:0.996364:146:122:0:0:151:123:0:1 chr4 60303 . G A 195.73 PASS AF=0.117117;AO=52;DP=443;FAO=52;FDP=444;FR=.;FRO=392;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=179;FSRR=213;FWDB=-0.0366724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.695;QD=1.76334;RBI=0.0476811;REFB=-0.0039654;REVB=-0.0304734;RO=384;SAF=20;SAR=32;SRF=174;SRR=210;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882965;STB=0.565115;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0381176;OID=.;OPOS=60303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:444:384:392:52:52:0.117117:32:20:174:210:32:20:179:213 chr4 67786 . T C 135.54 PASS AF=0.124555;AO=33;DP=270;FAO=35;FDP=281;FR=.;FRO=246;FSAF=32;FSAR=3;FSRF=122;FSRR=124;FWDB=-0.0409599;FXX=0.00354597;HRUN=13;LEN=1;MLLD=123.655;QD=1.92933;RBI=0.0820984;REFB=-0.0211998;REVB=-0.0711508;RO=232;SAF=30;SAR=3;SRF=115;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552876;STB=0.897678;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0360873;OID=.;OPOS=67786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:281:232:246:33:35:0.124555:3:30:115:117:3:32:122:124 chr4 67787 . T C 78.62 PASS AF=0.0902778;AO=25;DP=286;FAO=26;FDP=288;FR=.;FRO=262;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=143;FSRR=119;FWDB=-0.0469496;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=134.708;QD=1.09201;RBI=0.0757949;REFB=-0.00821248;REVB=-0.059503;RO=258;SAF=10;SAR=15;SRF=141;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171423;STB=0.644441;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0480926;OID=.;OPOS=67787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:286:288:258:262:25:26:0.0902778:15:10:141:117:16:10:143:119 chr4 85944 . C T 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0221044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.615;QD=17.223;RBI=0.0630961;REFB=-0.00333853;REVB=-0.0590975;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211943;STB=0.617909;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00338596;OID=.;OPOS=85944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:15:17:27:9:15:17:27:9 chr4 85995 . C CA 405.45 PASS AF=1;AO=36;DP=51;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.693;QD=37.7161;RBI=0.181952;REFB=-0.0235751;REVB=-0.109343;RO=13;SAF=24;SAR=12;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149669;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00908893;OID=.;OPOS=85996;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:51:43:43:0:28:15:0:0:6:13:24:12:12:1 chr4 86022 . CAG ATA 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302176;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=3;MLLD=173.815;QD=41.0877;RBI=0.0783883;REFB=0;REVB=-0.0723299;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000898645;OID=.;OPOS=86022;OREF=CAG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr4 86040 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.325;QD=33.4276;RBI=0.0635799;REFB=0;REVB=-0.0469765;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020354;OID=.;OPOS=86040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr4 86042 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.888;QD=33.4285;RBI=0.0544106;REFB=0;REVB=0.0210756;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117611;OID=.;OPOS=86042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr4 86044 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.282;QD=33.4285;RBI=0.0562305;REFB=0;REVB=-0.0233373;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653025;OID=.;OPOS=86044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr4 86738 . A G 1329.79 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039636;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.62;QD=61.8507;RBI=0.0493636;REFB=0;REVB=0.0294236;RO=1;SAF=36;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70548e-05;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:1:0:84:86:1:48:36:1:0:48:38:0:0 chr4 87277 . G C 888.54 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3268;QD=56.4153;RBI=0.0128397;REFB=-0.0571493;REVB=-0.00695555;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154778;STB=0.508194;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000465212;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:32:30:1:0:32:30:1:0 chr4 87313 . G GA 872.85 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0762283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.8031;QD=48.4915;RBI=0.118943;REFB=0;REVB=0.0913057;RO=2;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000259392;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:74:72:72:0:36:36:0:0:16:2:35:36:0:2 chr4 376888 . C A 547.77 PASS AF=0.609756;AO=49;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0251551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.641;QD=26.7204;RBI=0.0257;REFB=-0.00612642;REVB=0.00526384;RO=31;SAF=19;SAR=30;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743801;STB=0.549204;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00580665;OID=.;OPOS=376888;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:32:49:50:0.609756:30:19:9:22:30:20:9:23 chr4 420688 . C T 1664.43 PASS AF=0.52381;AO=156;DP=302;FAO=165;FDP=315;FR=.;FRO=150;FSAF=73;FSAR=92;FSRF=66;FSRR=84;FWDB=0.00566227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1191;QD=21.1357;RBI=0.0293384;REFB=-0.0348583;REVB=-0.0287868;RO=146;SAF=69;SAR=87;SRF=66;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872635;STB=0.50117;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0325445;OID=.;OPOS=420688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:315:146:150:156:165:0.52381:87:69:66:80:92:73:66:84 chr4 648643 . G A 804.03 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338873;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.336;QD=57.4309;RBI=0.0342821;REFB=0;REVB=-0.00518802;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153802;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:19:37:0:0:19:37:0:0 chr4 663908 . A G 533.0 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.00958821;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.128;QD=16.7874;RBI=0.0222434;REFB=-0.00835275;REVB=-0.0200708;RO=70;SAF=26;SAR=31;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716184;STB=0.539936;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.017969;OID=.;OPOS=663908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:70:57:57:0.448819:31:26:37:33:31:26:37:33 chr4 677103 . G A 804.62 PASS AF=0.442708;AO=84;DP=188;FAO=85;FDP=192;FR=.;FRO=107;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=-0.0234752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.082;QD=16.763;RBI=0.0234965;REFB=-0.0271743;REVB=-0.00100099;RO=103;SAF=35;SAR=49;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595343;STB=0.547252;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.031712;OID=.;OPOS=677103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:192:103:107:84:85:0.442708:49:35:49:54:50:35:53:54 chr4 755129 . C T 1861.89 PASS AF=0.542945;AO=177;DP=326;FAO=177;FDP=326;FR=.;FRO=149;FSAF=93;FSAR=84;FSRF=72;FSRR=77;FWDB=-0.0125737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.256;QD=22.8453;RBI=0.0298258;REFB=-0.00919417;REVB=0.0270459;RO=149;SAF=93;SAR=84;SRF=72;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354663;STB=0.519299;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00754606;OID=.;OPOS=755129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:149:149:177:177:0.542945:84:93:72:77:84:93:72:77 chr4 762285 . A G 549.77 PASS AF=0.4;AO=60;DP=150;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.00913299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.082;QD=14.6604;RBI=0.00936555;REFB=0.00476005;REVB=-0.00207411;RO=89;SAF=26;SAR=34;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00473601;OID=.;OPOS=762285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:89:90:60:60:0.4:34:26:39:50:34:26:39:51 chr4 762963 . A G 37.81 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0102893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.628;QD=9.45175;RBI=0.0140807;REFB=-0.0158329;REVB=-0.00961225;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11246;STB=0.624609;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0187246;OID=.;OPOS=762963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:10:10:5:6:0.375:2:3:7:3:3:3:7:3 chr4 780286 . C G 1763.22 PASS AF=0.508671;AO=142;DP=313;FAO=176;FDP=346;FR=.;FRO=170;FSAF=107;FSAR=69;FSRF=94;FSRR=76;FWDB=0.0310428;FXX=0.00859574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.226;QD=20.384;RBI=0.0323774;REFB=-0.0441234;REVB=0.00919986;RO=167;SAF=100;SAR=42;SRF=92;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165833;STB=0.528005;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0388969;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:346:167:170:142:176:0.508671:42:100:92:75:69:107:94:76 chr4 843695 . A G 1511.08 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.851;QD=63.6245;RBI=0.0382241;REFB=0;REVB=0.00425263;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76902e-05;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:41:53:0:0:42:53:0:0 chr4 843720 . T C 2679.13 PASS AF=0.994253;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00824204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.027;QD=61.5892;RBI=0.0185659;REFB=-0.109586;REVB=0.0166361;RO=1;SAF=96;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493265;STB=0.50259;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000780371;OID=.;OPOS=843720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:1:1:173:173:0.994253:77:96:1:0:77:96:1:0 chr4 858941 . T C 1769.78 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0241615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7169;QD=59.9924;RBI=0.0822869;REFB=-0.111145;REVB=0.0786598;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000897828;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:0:1:116:117:0.991525:59:57:0:0:60:57:0:1 chr4 860191 . C CG 574.71 PASS AF=1;AO=18;DP=105;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079057;FXX=0.333302;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.6573;QD=32.8408;RBI=0.164038;REFB=0;REVB=-0.143731;RO=87;SAF=3;SAR=15;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422673;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00324062;OID=.;OPOS=860192;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:105:70:70:0:9:61:0:0:5:87:3:15:41:46 chr4 860192 . A G 1551.45 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00516332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.818;QD=58.5451;RBI=0.041679;REFB=0.0591374;REVB=-0.0413579;RO=1;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784437;STB=0.504131;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.000369268;OID=.;OPOS=860192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:60:45:0:1:60:45:0:1 chr4 946226 . T C 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0466593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0739;QD=46.0577;RBI=0.0567325;REFB=-0.0406163;REVB=0.032272;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00261051;OID=.;OPOS=946226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:0:1:10:9:0:1 chr4 950156 . C T 440.96 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0198774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0488;QD=19.598;RBI=0.0349921;REFB=-0.0243569;REVB=0.0287982;RO=46;SAF=21;SAR=22;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11164;STB=0.555531;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0272825;OID=.;OPOS=950156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:46:43:44:0.488889:22:21:28:18:22:22:28:18 chr4 950228 . GG TG,TT 66.64 PASS AF=0.333333,0;AO=11,2;DP=30;FAO=10,0;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=9,0;FSAR=1,0;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0658364,0.0377701;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=31.6165,62.8508;QD=8.88482;RBI=0.0681545,0.0386063;REFB=-0.0153185,-0.00333777;REVB=0.0176238,0.00799181;RO=17;SAF=11,1;SAR=0,1;SRF=3;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.842987,0.376465;STB=0.8992,0.5;STBP=0.005,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0283605,0.104798;OID=.,.;OPOS=950228,950228;OREF=G,GG;OALT=T,TT;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:30:30:17:20:11,2:10,0:0.333333,0:0,1:11,1:3:14:1,0:9,0:6:14 chr4 951879 . C T 658.99 PASS AF=0.528455;AO=65;DP=124;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0787907;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9039;QD=21.4305;RBI=0.10433;REFB=-0.0137092;REVB=0.0683863;RO=58;SAF=21;SAR=44;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116947;STB=0.56439;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0134739;OID=.;OPOS=951879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:58:58:65:65:0.528455:44:21:26:32:44:21:26:32 chr4 961373 . G A 6350.42 PASS AF=1;AO=403;DP=403;FAO=406;FDP=406;FR=.;FRO=0;FSAF=217;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313002;FXX=0.00490184;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.46;QD=62.5657;RBI=0.031829;REFB=-0.0492287;REVB=0.00577748;RO=0;SAF=215;SAR=188;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012335;OID=.;OPOS=961373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:403:406:0:0:403:406:1:188:215:0:0:189:217:0:0 chr4 961397 . C T 8345.53 PASS AF=1;AO=526;DP=527;FAO=527;FDP=527;FR=.;FRO=0;FSAF=344;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893129;FXX=0.00378065;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.244;QD=63.3437;RBI=0.0406161;REFB=0.0100915;REVB=0.039622;RO=0;SAF=344;SAR=182;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31832e-05;OID=.;OPOS=961397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:527:527:0:0:526:527:1:182:344:0:0:183:344:0:0 chr4 982852 . G A 8571.89 PASS AF=1;AO=533;DP=535;FAO=537;FDP=537;FR=.;FRO=0;FSAF=245;FSAR=292;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.682;QD=63.8502;RBI=0.05114;REFB=0;REVB=0.0249188;RO=0;SAF=244;SAR=289;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83625e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97745e-05;OID=.;OPOS=982852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:535:537:0:0:533:537:1:289:244:0:0:292:245:0:0 chr4 983060 . T C 3191.62 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.495;QD=64.1531;RBI=0.00890228;REFB=0;REVB=0.00528883;RO=0;SAF=88;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28625e-05;OID=.;OPOS=983060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:199:0:0:199:199:1:111:88:0:0:111:88:0:0 chr4 983809 . C T 3105.1 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0399;QD=61.793;RBI=0.0200387;REFB=0;REVB=0.0185776;RO=0;SAF=89;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39238e-05;OID=.;OPOS=983809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:201:201:1:112:89:0:0:112:89:0:0 chr4 985727 . A G 6313.92 PASS AF=1;AO=379;DP=379;FAO=395;FDP=395;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.39;QD=63.9385;RBI=0.0482768;REFB=0;REVB=0.0477666;RO=0;SAF=175;SAR=204;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04517e-06;OID=.;OPOS=985727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:379:395:0:0:379:395:1:204:175:0:0:217:178:0:0 chr4 1050653 . G A 825.51 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00434146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.455;QD=54.1317;RBI=0.0196888;REFB=-0.0134655;REVB=0.0192042;RO=2;SAF=31;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294689;STB=0.51562;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000187561;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:28:31:2:0:28:31:2:0 chr4 1052125 . T C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3788;QD=61.6806;RBI=0.0375837;REFB=0;REVB=0.0121355;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322659;OID=.;OPOS=1052125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr4 1052166 . A C,G 732.75 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=45,3;DP=48;FAO=51,1;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28,1;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415932,-0.0155816;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.459,129.039;QD=56.3653;RBI=0.0975391,0.0399643;REFB=0,0;REVB=0.0974503,0.0368016;RO=0;SAF=25,1;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.09779e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00163823,0.0771541;OID=.,.;OPOS=1052166,1052166;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:48:52:0:0:45,3:51,1:0.980769,0.0192308:20,2:25,1:0:0:23,0:28,1:0:0 chr4 1066871 . C T 1400.57 PASS AF=0.473154;AO=141;DP=297;FAO=141;FDP=298;FR=.;FRO=157;FSAF=62;FSAR=79;FSRF=58;FSRR=99;FWDB=0.0193649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.125;QD=18.7996;RBI=0.0269013;REFB=-0.00911412;REVB=-0.0186731;RO=153;SAF=62;SAR=79;SRF=56;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714991;STB=0.537916;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00980628;OID=.;OPOS=1066871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:298:153:157:141:141:0.473154:79:62:56:97:79:62:58:99 chr4 1075271 . C T 2320.51 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.207;QD=61.0661;RBI=0.0425719;REFB=0;REVB=0.0424436;RO=0;SAF=53;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01932e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18109e-05;OID=.;OPOS=1075271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:99:53:0:0:99:53:0:0 chr4 1087265 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.714;QD=46.8473;RBI=0.0440858;REFB=0;REVB=0.0370201;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113858;OID=.;OPOS=1087265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr4 1087326 . TG CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 696.48 PASS AF=0.166667,0.8125;AO=8,35;DP=50;FAO=8,39;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=8,24;FSAR=0,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00459264,0.0165484;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=2,21;MLLD=114.882,643.486;QD=58.0403;RBI=0.00463346,0.0170595;REFB=-0.0343646,-0.0170833;REVB=-0.000613711,-0.00414445;RO=3;SAF=8,20;SAR=0,15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0651526;STB=0.5,0.510199;STBP=1,0.52;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00644499,0.00607623;OID=.,.;OPOS=1087326,1087328;OREF=TG,-;OALT=CC,CTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC;OMAPALT=CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:50:48:3:1:8,35:8,39:0.166667,0.8125:0,15:8,20:3:0:0,15:8,24:1:0 chr4 1087329 . C T 701.54 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.018526;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.488;QD=57.2682;RBI=0.0299342;REFB=-0.0373608;REVB=0.0235126;RO=1;SAF=31;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014927;STB=0.523067;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00143969;OID=.;OPOS=1087329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:1:3:46:46:0.938776:15:31:1:0:15:31:3:0 chr4 1087338 . C T 1449.1 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.809;QD=57.3901;RBI=0.0695888;REFB=0.0255699;REVB=0.0654224;RO=1;SAF=47;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998571;STB=0.505154;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000351444;OID=.;OPOS=1087338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:101:101:1:1:99:100:0.990099:52:47:1:0:52:48:1:0 chr4 1090625 . G A 959.25 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.216;QD=57.2685;RBI=0.0540507;REFB=-0.0216917;REVB=0.0504928;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014995;STB=0.50769;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000322629;OID=.;OPOS=1090625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:31:34:0:1:32:34:0:1 chr4 1164552 . A G 1350.56 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.82;QD=62.0947;RBI=0.0429455;REFB=0;REVB=0.0267354;RO=0;SAF=68;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9324e-05;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:18:68:0:0:18:69:0:0 chr4 1165741 . A G 4367.04 PASS AF=1;AO=271;DP=273;FAO=283;FDP=283;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000103257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7886;QD=61.7249;RBI=0.00183225;REFB=0;REVB=0.00182934;RO=0;SAF=120;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13225e-05;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:273:283:0:0:271:283:1:151:120:0:0:162:121:0:0 chr4 1165764 . C T 4187.57 PASS AF=0.989051;AO=259;DP=268;FAO=271;FDP=274;FR=.;FRO=3;FSAF=117;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00948373;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.991;QD=61.1325;RBI=0.0392692;REFB=-0.00831394;REVB=0.0381068;RO=9;SAF=117;SAR=142;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292538;STB=0.504823;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=3.72431e-05;OID=.;OPOS=1165764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:268:274:9:3:259:271:0.989051:142:117:0:9:154:117:0:3 chr4 1194594 . A T 2611.39 PASS AF=0.988372;AO=169;DP=173;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00074995;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.941;QD=60.7299;RBI=0.0162822;REFB=-0.0362206;REVB=0.0162649;RO=2;SAF=67;SAR=102;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240704;STB=0.501288;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.000315744;OID=.;OPOS=1194594;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:173:172:2:2:169:170:0.988372:102:67:1:1:103:67:1:1 chr4 1194630 . T C 1625.82 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0280732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.256;QD=59.1206;RBI=0.0300145;REFB=0.137127;REVB=0.010619;RO=1;SAF=44;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010666;STB=0.505617;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000166068;OID=.;OPOS=1194630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:65:44:1:0:65:44:1:0 chr4 1231760 . TGGGGC GGGCGC,TGGGCG 60.42 PASS AF=0,0.25641;AO=2,7;DP=39;FAO=0,10;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=0,9;FSAR=0,1;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0431392,-0.0585645;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=4,2;MLLD=97.5228,37.9139;QD=6.19742;RBI=0.051936,0.0845355;REFB=-0.000693647,-0.0488814;REVB=-0.0289199,-0.0609627;RO=22;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=17;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.404544,0.164666;STB=0.5,0.755662;STBP=1,0.106;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.070494,0.164723;OID=.,.;OPOS=1231760,1231764;OREF=TGGG,GC;OALT=GGGC,CG;OMAPALT=GGGCGC,TGGGCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:39:39:22:29:2,7:0,10:0,0.25641:0,1:2,6:17:5:0,1:0,9:20:9 chr4 1244416 . A G 2159.67 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000584441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.23;QD=63.0561;RBI=0.000823719;REFB=0;REVB=0.000580467;RO=0;SAF=49;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.883e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45454e-09;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:88:49:0:0:88:49:0:0 chr4 1244879 . A G 2178.7 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.071;QD=63.1508;RBI=0.0299762;REFB=0;REVB=0.00573923;RO=0;SAF=71;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50664e-05;OID=.;OPOS=1244879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:67:71:0:0:67:71:0:0 chr4 1330759 . T C,G 796.74 PASS AF=0.982456,0.0175439;AO=54,2;DP=56;FAO=56,1;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903225,0.0291243;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.6923,36.4665;QD=55.9117;RBI=0.0359276,0.0577291;REFB=0,0;REVB=0.0347737,0.049844;RO=0;SAF=26,1;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.52846e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000170757,-0.00242633;OID=.,.;OPOS=1330759,1330759;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:57:0:0:54,2:56,1:0.982456,0.0175439:28,1:26,1:0:0:29,1:27,0:0:0 chr4 1343405 . T C 3155.61 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168248;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.326;QD=63.7498;RBI=0.0188393;REFB=-0.0817344;REVB=0.00847607;RO=1;SAF=97;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0048848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6802e-05;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:198:1:0:198:198:1:101:97:1:0:101:97:0:0 chr4 1349029 . G A 836.26 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7356;QD=55.7509;RBI=0.0728777;REFB=-0.0808184;REVB=0.0717467;RO=1;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241769;STB=0.512191;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00204804;OID=.;OPOS=1349029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:58:59:0.983333:19:39:0:1:20:39:0:1 chr4 1374695 . C A 2335.94 PASS AF=0.987261;AO=153;DP=156;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00221328;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.549;QD=59.5143;RBI=0.0193445;REFB=-0.111596;REVB=0.0192175;RO=2;SAF=67;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0015476;STB=0.505681;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000400957;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:157:2:2:153:155:0.987261:86:67:1:1:87:68:0:2 chr4 1374774 . C T 1236.4 PASS AF=1;AO=66;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243084;FXX=0.0361402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.6728;QD=61.8199;RBI=0.0265298;REFB=0;REVB=-0.010627;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000678381;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:66:80:1:27:39:0:0:41:39:0:0 chr4 1377615 . A G 1178.57 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.016;QD=60.4393;RBI=0.0322273;REFB=0;REVB=0.0144394;RO=0;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349885;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:51:26:0:0:51:27:0:0 chr4 1388583 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.228;QD=55.097;RBI=0.0440217;REFB=0;REVB=0.0104783;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577412;OID=.;OPOS=1388583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr4 1685211 . T C 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.442;QD=59.6771;RBI=0.0255966;REFB=0;REVB=0.0246696;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96573e-05;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr4 1701317 . G A 1555.78 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.862;QD=58.7087;RBI=0.0243182;REFB=-0.0522016;REVB=0.0194548;RO=1;SAF=46;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102048;STB=0.505375;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000239029;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:59:46:1:0:59:46:1:0 chr4 1719361 . C T 572.02 PASS AF=0.426573;AO=61;DP=144;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.0202354;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.018;QD=16.0006;RBI=0.0236142;REFB=-0.00161702;REVB=-0.0121721;RO=82;SAF=27;SAR=34;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291678;STB=0.516319;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00268402;OID=.;OPOS=1719361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:82:82:61:61:0.426573:34:27:34:48:34:27:34:48 chr4 1737502 . C T 1696.43 PASS AF=0.960317;AO=115;DP=125;FAO=121;FDP=126;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00822684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.365;QD=53.8548;RBI=0.0297943;REFB=-0.126003;REVB=0.028636;RO=10;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816004;STB=0.520322;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00247072;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:125:126:10:5:115:121:0.960317:53:62:0:10:59:62:0:5 chr4 1739518 . CGCCATCCCTGCCATC CGCCATC,CGCCAT 854.88 PASS AF=0.847222,0.152778;AO=49,17;DP=100;FAO=61,11;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=17,10;FSAR=44,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129228,0.00827343;FXX=0.314256;HRUN=3,3;LEN=9,10;MLLD=267.288,258.438;QD=47.4931;RBI=0.0189495,0.0173733;REFB=0,0;REVB=0.0138595,0.0152768;RO=0;SAF=7,17;SAR=42,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.446729,0.446729;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00103715,-0.00373106;OID=.,.;OPOS=1739519,1739524;OREF=GCCATCCCT,CCCTGCCATC;OALT=-,-;OMAPALT=CGCCATC,CGCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.847222,0.152778:49,17:100:61,11:72:0:17,10:44,1:0:0:21:0:7,17:42,0:0:0 chr4 1739592 . A G 1677.17 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.862;QD=60.4384;RBI=0.0426108;REFB=0;REVB=-0.0425949;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.7559e-05;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:53:58:0:0:53:58:0:0 chr4 1807894 . G A 1190.03 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5839;QD=61.0273;RBI=0.0359969;REFB=0;REVB=-0.00332157;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178203;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:45:32:0:0:46:32:0:0 chr4 1809127 . CGTGTGTGTGTGTGTGTGTG CGTGTGTGTGTGTGTGTG,CGTGTGTGTGTGTGTGTGCA,TGCGTGTGTGTGTGTGTGTG 2504.24 PASS AF=0.922156,0.0359281,0.0419162;AO=109,8,22;DP=172;FAO=154,6,7;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=41,1,6;FSAR=113,5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744055,-0.0140758,-0.0017738;FXX=0.0773438;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,3;MLLD=87.0953,157.724,92.5331;QD=59.9818;RBI=0.0914252,0.024497,0.0273796;REFB=0,0,0;REVB=0.0531262,0.0200493,0.0273221;RO=0;SAF=27,2,8;SAR=82,6,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.73537e-08,-5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0185132,0.00468794,0.0238292;OID=.,.,.;OPOS=1809128,1809145,1809127;OREF=GT,TG,CGT;OALT=-,CA,TGC;OMAPALT=CGTGTGTGTGTGTGTGTG,CGTGTGTGTGTGTGTGTGCA,TGCGTGTGTGTGTGTGTGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:38:172:167:0:0:109,8,22:154,6,7:0.922156,0.0359281,0.0419162:82,6,14:27,2,8:0:0:113,5,1:41,1,6:0:0 chr4 1815990 . G A 958.85 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124548;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.273;QD=59.0063;RBI=0.0156085;REFB=0;REVB=0.00940761;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31158e-05;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr4 1818594 . C T 2363.1 PASS AF=0.987578;AO=152;DP=154;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0144542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.529;QD=58.7105;RBI=0.0524359;REFB=-0.10267;REVB=0.0504043;RO=2;SAF=72;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000651903;STB=0.500353;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000538308;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:154:161:2:2:152:159:0.987578:80:72:1:1:84:75:1:1 chr4 1954945 . A G 2409.0 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.053;QD=64.2401;RBI=0.0107267;REFB=0;REVB=-0.00168746;RO=0;SAF=74;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21408e-05;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:76:74:0:0:76:74:0:0 chr4 1986542 . C T 281.69 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0180808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2669;QD=17.0722;RBI=0.0200749;REFB=0.00300151;REVB=-0.00872262;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245782;STB=0.636642;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00376158;OID=.;OPOS=1986542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:16:15:8:27:16:15:8:27 chr4 1988188 . C CCT,CT,T 114.26 PASS AF=0.285714,0.114286,0;AO=6,5,4;DP=45;FAO=10,4,0;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5,0,0;FSAR=5,4,0;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0395033,0.0123752,-0.0131671;FXX=0.146306;HRUN=4,0,4;LEN=2,1,1;MLLD=101.83,102.4,105.767;QD=13.0578;RBI=0.0395394,0.0138311,0.016429;REFB=-0.00436819,-0.00150488,0.00119481;REVB=0.00168828,0.00617701,0.00982553;RO=29;SAF=1,1,3;SAR=5,4,1;SRF=12;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.341703,-0.280754,0.366666;STB=0.612689,0.996414,0.5;STBP=0.41,0.107,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.00763071,0.0254868,0;OID=.,.,.;OPOS=1988189,1988189,1988188;OREF=-,-,C;OALT=CT,T,T;OMAPALT=CCT,CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:35:29:21:6,5,4:10,4,0:0.285714,0.114286,0:5,4,1:1,1,3:12:17:5,4,0:5,0,0:7:14 chr4 1988193 . T C 158.37 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0148411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.612;QD=16.671;RBI=0.0155748;REFB=-0.0460886;REVB=0.0047239;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235652;STB=0.511931;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0420576;OID=.;OPOS=1988193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:11:5:7:14:11:6:7:14 chr4 2160894 . C T 198.04 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00742693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.78;QD=11.1573;RBI=0.0295277;REFB=-0.0124128;REVB=-0.0285784;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108373;STB=0.517781;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0195932;OID=.;OPOS=2160894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:46:25:25:0.352113:14:11:18:22:14:11:19:27 chr4 2175733 . A G 676.01 PASS AF=0.45625;AO=73;DP=160;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=0.0227037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.736;QD=16.9003;RBI=0.0227091;REFB=-0.00254696;REVB=-0.00049622;RO=87;SAF=42;SAR=31;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179491;STB=0.599565;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00310093;OID=.;OPOS=2175733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:87:87:73:73:0.45625:31:42:34:53:31:42:34:53 chr4 2176454 . G A 228.82 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0184712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.695;QD=16.0576;RBI=0.0485991;REFB=-0.013592;REVB=-0.0449521;RO=31;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138879;STB=0.578661;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0186006;OID=.;OPOS=2176454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:17:9:15:16:17:9:15:16 chr4 2181080 . T C 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0144929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.518;QD=14.4729;RBI=0.0285991;REFB=-0.00203647;REVB=0.0246549;RO=42;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176062;STB=0.599933;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00384584;OID=.;OPOS=2181080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:18:12:24:18:18:12:24:18 chr4 2194946 . C T 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.000235106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.439;QD=15.9154;RBI=0.0115574;REFB=-0.00751859;REVB=-0.0115551;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229465;STB=0.648548;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00429296;OID=.;OPOS=2194946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:34:28:28:0.451613:12:16:10:21:12:16:10:24 chr4 2194953 . G A 248.87 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.00834166;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.971;QD=16.0561;RBI=0.0281028;REFB=-0.00529632;REVB=-0.0268363;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303857;STB=0.681392;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.010145;OID=.;OPOS=2194953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:27:28:0.451613:11:16:9:24:11:17:9:25 chr4 2195024 . T G 371.71 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.046556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.514;QD=17.4921;RBI=0.0465565;REFB=-0.0143381;REVB=0.000215289;RO=46;SAF=21;SAR=18;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182959;STB=0.602099;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0259182;OID=.;OPOS=2195024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:18:21:16:30:18:21:16:30 chr4 2214791 . G T 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0369766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.486;QD=14.6962;RBI=0.0405714;REFB=0.00707883;REVB=-0.0166964;RO=30;SAF=2;SAR=19;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335295;STB=0.698294;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0122433;OID=.;OPOS=2214791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:19:2:8:22:19:2:8:22 chr4 2252174 . G C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0105001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.436;QD=11.8307;RBI=0.017471;REFB=0.00729898;REVB=0.0139637;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23631;STB=0.669074;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0181975;OID=.;OPOS=2252174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:2:9:11:6:2:9:11:7 chr4 2252201 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00602315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.358;QD=13.5051;RBI=0.0140757;REFB=-0.03035;REVB=0.0127219;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189151;STB=0.612045;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0399653;OID=.;OPOS=2252201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:3:9:10:7:3:9:10:7 chr4 2252975 . T TG 460.24 PASS AF=0.399533;AO=57;DP=476;FAO=171;FDP=428;FR=.;FRO=257;FSAF=83;FSAR=88;FSRF=124;FSRR=133;FWDB=-0.243415;FXX=0.0294778;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.099;QD=4.30127;RBI=0.266741;REFB=-0.0119724;REVB=-0.109086;RO=413;SAF=43;SAR=14;SRF=196;SRR=217;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356219;STB=0.501737;STBP=0.96;TYPE=ins;VARB=-0.0122117;OID=.;OPOS=2252976;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.399533:57:476:171:428:257:83:88:124:133:99:413:43:14:196:217 chr4 2275835 . G A 978.99 PASS AF=0.426357;AO=112;DP=258;FAO=110;FDP=258;FR=.;FRO=148;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=65;FSRR=83;FWDB=0.0975949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0374;QD=15.1781;RBI=0.0978973;REFB=-0.0227075;REVB=-0.00768869;RO=139;SAF=59;SAR=53;SRF=61;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876392;STB=0.550392;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0492824;OID=.;OPOS=2275835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:139:148:112:110:0.426357:53:59:61:78:52:58:65:83 chr4 2306053 . A G 606.77 PASS AF=0.561224;AO=53;DP=96;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00102473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.193;QD=24.7662;RBI=0.0202383;REFB=-0.00864609;REVB=-0.0202123;RO=38;SAF=32;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121306;STB=0.549982;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00514708;OID=.;OPOS=2306053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:38:43:53:55:0.561224:21:32:17:21:22:33:21:22 chr4 2341194 . T C 1871.89 PASS AF=0.536145;AO=178;DP=332;FAO=178;FDP=332;FR=.;FRO=154;FSAF=105;FSAR=73;FSRF=95;FSRR=59;FWDB=0.00743616;FXX=0.00300291;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.796;QD=22.5529;RBI=0.00744587;REFB=0.0102761;REVB=-0.000380037;RO=153;SAF=105;SAR=73;SRF=94;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215819;STB=0.512999;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00944343;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:153:154:178:178:0.536145:73:105:94:59:73:105:95:59 chr4 2451694 . T C 1555.63 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176653;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.031;QD=64.1497;RBI=0.0176661;REFB=0;REVB=0.000160271;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42336e-05;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:48:49:0:0:48:49:0:0 chr4 2460571 . C T 1719.98 PASS AF=0.991379;AO=113;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.144243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7248;QD=59.3098;RBI=0.147659;REFB=-0.0756456;REVB=0.0315793;RO=2;SAF=42;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220696;STB=0.505617;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00163309;OID=.;OPOS=2460571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:2:1:113:115:0.991379:71:42:2:0:71:44:1:0 chr4 2461888 . A G 2112.91 PASS AF=0.965035;AO=138;DP=143;FAO=138;FDP=143;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0154689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.247;QD=59.1022;RBI=0.0473369;REFB=-0.214491;REVB=0.044738;RO=4;SAF=65;SAR=73;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014967;STB=0.511525;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00200369;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:143:143:4:5:138:138:0.965035:73:65:3:1:73:65:4:1 chr4 2743999 . A G 4952.69 PASS AF=1;AO=316;DP=317;FAO=316;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014388;FXX=0.00628911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.076;QD=62.6923;RBI=0.0208527;REFB=0.0569057;REVB=-0.0150937;RO=0;SAF=129;SAR=187;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26105e-05;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:317:316:0:0:316:316:1:187:129:0:0:187:129:0:0 chr4 2744087 . G A 1401.14 PASS AF=0.589041;AO=129;DP=220;FAO=129;FDP=219;FR=.;FRO=90;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=0.018652;FXX=0.00454525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.5582;QD=25.5915;RBI=0.0212905;REFB=-0.0431697;REVB=-0.0102659;RO=89;SAF=65;SAR=64;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833801;STB=0.547216;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0194188;OID=.;OPOS=2744087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:89:90:129:129:0.589041:64:65:35:54:64:65:35:55 chr4 2746481 . C T 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0155346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.904;QD=12.7899;RBI=0.0261052;REFB=-0.0121141;REVB=0.0209799;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20862;STB=0.621458;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00803669;OID=.;OPOS=2746481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:16:7:7:7:16:7 chr4 2757858 . G A 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00697753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.592;QD=24.1899;RBI=0.0124218;REFB=-0.0435369;REVB=0.0102769;RO=6;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154316;STB=0.588073;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0161582;OID=.;OPOS=2757858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:10:2:2:4:10:2:2:4 chr4 2828630 . G T 1624.08 PASS AF=0.990826;AO=93;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.609;QD=59.5994;RBI=0.118823;REFB=0;REVB=0.028162;RO=0;SAF=27;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094282;OID=.;OPOS=2828630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:109:0:0:93:108:0.990826:66:27:0:0:79:29:0:0 chr4 2928413 . T C 1788.43 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0451839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.267;QD=60.1151;RBI=0.0517761;REFB=-0.0917436;REVB=0.025282;RO=0;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000158218;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:0:1:118:118:0.991597:59:59:0:0:59:59:0:1 chr4 3039150 . T C 2292.47 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050126;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.454;QD=60.7277;RBI=0.0504637;REFB=0;REVB=0.00582796;RO=0;SAF=81;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397726;OID=.;OPOS=3039150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:150:151:1:69:81:0:0:69:82:0:0 chr4 3219613 . A C 4092.67 PASS AF=1;AO=262;DP=262;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.889;QD=62.4834;RBI=0.0291629;REFB=0;REVB=0.0283219;RO=0;SAF=121;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.97526e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9102e-05;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:262:262:0:0:262:262:1:141:121:0:0:141:121:0:0 chr4 3231661 . G A 543.41 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0114517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.225;QD=15.3074;RBI=0.0146685;REFB=-0.00508327;REVB=-0.00916646;RO=83;SAF=34;SAR=25;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061323;STB=0.53445;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00679275;OID=.;OPOS=3231661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:83:83:59:59:0.415493:25:34:43:40:25:34:43:40 chr4 3318413 . A G 332.78 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0124417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.42;QD=19.0161;RBI=0.019372;REFB=-0.00200241;REVB=0.0148486;RO=35;SAF=13;SAR=22;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559207;STB=0.531066;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00193874;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:22:13:11:24:22:13:11:24 chr4 3319553 . C T 1062.29 PASS AF=0.431227;AO=116;DP=271;FAO=116;FDP=269;FR=.;FRO=153;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=61;FSRR=92;FWDB=0.0447777;FXX=0.0073798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3642;QD=15.7962;RBI=0.0462825;REFB=-0.0428944;REVB=-0.0117058;RO=152;SAF=52;SAR=64;SRF=60;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556099;STB=0.528671;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0678706;OID=.;OPOS=3319553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:269:152:153:116:116:0.431227:64:52:60:92:64:52:61:92 chr4 3417845 . G C 390.28 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.0214789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.675;QD=14.4548;RBI=0.0372588;REFB=-0.0195748;REVB=-0.0304446;RO=62;SAF=16;SAR=29;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324477;STB=0.677602;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0296314;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:62:63:45:45:0.416667:29:16:42:20:29:16:42:21 chr4 3424231 . C T 842.43 PASS AF=0.448276;AO=91;DP=203;FAO=91;FDP=203;FR=.;FRO=112;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=0.000545665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.22;QD=16.5995;RBI=0.0111585;REFB=-0.00410584;REVB=-0.0111452;RO=112;SAF=45;SAR=46;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320723;STB=0.517801;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00558164;OID=.;OPOS=3424231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:112:112:91:91:0.448276:46:45:59:53:46:45:59:53 chr4 3444503 . G A 447.02 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.000520208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3297;QD=18.4339;RBI=0.0258218;REFB=0.00835099;REVB=0.0258165;RO=52;SAF=24;SAR=21;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00495076;STB=0.502761;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00758934;OID=.;OPOS=3444503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:21:24:28:24:21:24:28:24 chr4 3446132 . C G 2419.13 PASS AF=1;AO=133;DP=165;FAO=162;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349016;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.987;QD=59.7317;RBI=0.0478042;REFB=0;REVB=0.0326668;RO=0;SAF=44;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158559;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:165:162:0:0:133:162:1:89:44:0:0:101:61:0:0 chr4 3449652 . G A 786.17 PASS AF=0.436842;AO=83;DP=191;FAO=83;FDP=190;FR=.;FRO=107;FSAF=21;FSAR=62;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.0115335;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2666;QD=16.551;RBI=0.0289256;REFB=0.0047354;REVB=-0.0265268;RO=106;SAF=21;SAR=62;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267771;STB=0.65315;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00793132;OID=.;OPOS=3449652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:106:107:83:83:0.436842:62:21:52:54:62:21:53:54 chr4 3475252 . T C 9608.91 PASS AF=0.990323;AO=612;DP=625;FAO=614;FDP=620;FR=.;FRO=6;FSAF=263;FSAR=351;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0130723;FXX=0.00799987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2949;QD=61.993;RBI=0.0274218;REFB=-0.00373533;REVB=-0.0241054;RO=6;SAF=261;SAR=351;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770106;STB=0.503997;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=6.39802e-05;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:625:620:6:6:612:614:0.990323:351:261:5:1:351:263:5:1 chr4 3494600 . A G 485.61 PASS AF=0.381944;AO=54;DP=144;FAO=55;FDP=144;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=59;FSRR=30;FWDB=-0.00323123;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.512;QD=13.4893;RBI=0.00648409;REFB=-0.0227516;REVB=0.00562163;RO=90;SAF=26;SAR=28;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191111;STB=0.605902;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0328259;OID=.;OPOS=3494600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:90:89:54:55:0.381944:28:26:59:31:28:27:59:30 chr4 3494826 . A C 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0187694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.642;QD=22.3751;RBI=0.018776;REFB=-0.0194926;REVB=-0.000498761;RO=27;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555664;STB=0.530595;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0131939;OID=.;OPOS=3494826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:14:21:18:9:14:21:18:9 chr4 3494847 . G A 329.66 PASS AF=0.611111;AO=32;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00481358;FXX=0.0181785;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.519;QD=24.419;RBI=0.0147979;REFB=-0.0238736;REVB=0.0139931;RO=21;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771474;STB=0.536564;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0106917;OID=.;OPOS=3494847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:32:33:0.611111:14:18:14:7:14:19:14:7 chr4 3494898 . C T 464.92 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00396566;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.608;QD=17.7114;RBI=0.00718318;REFB=0.00145292;REVB=-0.00598929;RO=55;SAF=19;SAR=31;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107556;STB=0.55985;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0013154;OID=.;OPOS=3494898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:31:19:27:28:31:19:27:28 chr4 3526786 . C T 334.95 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00288151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.132;QD=14.563;RBI=0.00782362;REFB=-0.0113647;REVB=-0.00727364;RO=55;SAF=23;SAR=14;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831846;STB=0.547259;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0150221;OID=.;OPOS=3526786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:14:23:30:25:14:23:30:25 chr4 3589689 . C A 816.28 PASS AF=0.544218;AO=64;DP=133;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.092971;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.872;QD=22.2117;RBI=0.100172;REFB=-0.0377069;REVB=0.037295;RO=67;SAF=29;SAR=35;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470554;STB=0.555429;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0279293;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:147:67:67:64:80:0.544218:35:29:27:40:38:42:27:40 chr4 3589690 . T A 30.22 PASS AF=0.0816327;AO=13;DP=147;FAO=12;FDP=147;FR=.;FRO=135;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=57;FSRR=78;FWDB=-0.0301267;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5901;QD=0.822189;RBI=0.0444938;REFB=-0.0084443;REVB=0.0327426;RO=133;SAF=12;SAR=1;SRF=55;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566425;STB=0.926762;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.223359;OID=.;OPOS=3589690;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:147:147:133:135:13:12:0.0816327:1:12:55:78:1:11:57:78 chr4 3589719 . CA C 558.32 PASS AF=0.529801;AO=79;DP=151;FAO=80;FDP=151;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0317343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.1594;QD=14.7899;RBI=0.092982;REFB=0.0211482;REVB=-0.087399;RO=68;SAF=41;SAR=38;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065677;STB=0.541477;STBP=0.28;TYPE=del;VARB=-0.0218524;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529801:79:151:80:151:71:42:38:31:40:99:68:41:38:30:38 chr4 3590683 . T G 656.87 PASS AF=0.52;AO=65;DP=125;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00905558;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.647;QD=21.0197;RBI=0.0111101;REFB=-0.000473653;REVB=0.00643673;RO=60;SAF=31;SAR=34;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926804;STB=0.55093;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000373278;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:60:60:65:65:0.52:34:31:35:25:34:31:35:25 chr4 3590711 . G T 606.47 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0612591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3421;QD=20.9127;RBI=0.0615839;REFB=-0.0306973;REVB=0.00631663;RO=55;SAF=27;SAR=34;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104343;STB=0.557358;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0267687;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:55:61:61:0.525862:34:27:31:24:34:27:31:24 chr4 3590730 . G A 531.27 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0122883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.148;QD=19.6765;RBI=0.0200251;REFB=-0.0013396;REVB=0.0158116;RO=52;SAF=25;SAR=30;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107578;STB=0.563735;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00150945;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:52:53:55:55:0.509259:30:25:30:22:30:25:31:22 chr4 3590817 . T C 298.43 PASS AF=0.492308;AO=30;DP=66;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00606997;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.761;QD=18.3649;RBI=0.0532537;REFB=-0.0491069;REVB=-0.0529066;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109114;STB=0.556062;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.050425;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:33:30:32:0.492308:12:18:16:17:13:19:16:17 chr4 3590823 . GACAC CACAG,G,GAC 508.38 PASS AF=0.0285714,0.657143,0.314286;AO=5,20,9;DP=45;FAO=1,23,11;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14,7;FSAR=0,9,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381146,0.0485992,0.0636672;FXX=0.204499;HRUN=1,1,1;LEN=5,4,2;MLLD=67.5084,86.8971,30.7075;QD=58.1006;RBI=0.0686428,0.0840473,0.0703033;REFB=0,0,0;REVB=0.0570886,0.0685717,0.0298167;RO=0;SAF=5,14,6;SAR=0,6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.5931e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.185869,0.0573279,0.104406;OID=.,.,.;OPOS=3590823,3590824,3590824;OREF=GACAC,ACAC,AC;OALT=CACAG,-,-;OMAPALT=CACAG,G,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:93:45:35:0:0:5,20,9:1,23,11:0.0285714,0.657143,0.314286:0,6,3:5,14,6:0:0:0,9,4:1,14,7:0:0 chr4 3590878 . C T 916.13 PASS AF=0.472906;AO=95;DP=203;FAO=96;FDP=203;FR=.;FRO=107;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=0.00431492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8746;QD=18.0518;RBI=0.030334;REFB=-0.038221;REVB=0.0300256;RO=107;SAF=53;SAR=42;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781368;STB=0.539862;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0374524;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:107:107:95:96:0.472906:42:53:51:56:43:53:51:56 chr4 3590911 . A C 1449.99 PASS AF=0.486486;AO=144;DP=296;FAO=144;FDP=296;FR=.;FRO=152;FSAF=83;FSAR=61;FSRF=59;FSRR=93;FWDB=0.00275283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5565;QD=19.5945;RBI=0.0426946;REFB=0.00259688;REVB=0.0426057;RO=152;SAF=83;SAR=61;SRF=59;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174922;STB=0.596051;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00202319;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:152:152:144:144:0.486486:61:83:59:93:61:83:59:93 chr4 3591015 . A C 1606.92 PASS AF=0.412037;AO=175;DP=431;FAO=178;FDP=432;FR=.;FRO=254;FSAF=88;FSAR=90;FSRF=103;FSRR=151;FWDB=-0.0230676;FXX=0.00230942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.741;QD=14.8789;RBI=0.0325918;REFB=-0.0056165;REVB=-0.0230241;RO=243;SAF=87;SAR=88;SRF=101;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852537;STB=0.552315;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00943443;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:431:432:243:254:175:178:0.412037:88:87:101:142:90:88:103:151 chr4 3591049 . C T 1321.85 PASS AF=0.404762;AO=150;DP=374;FAO=153;FDP=378;FR=.;FRO=225;FSAF=75;FSAR=78;FSRF=84;FSRR=141;FWDB=0.041508;FXX=0.00263845;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.7108;QD=13.9878;RBI=0.0514723;REFB=-0.0120353;REVB=0.0304381;RO=223;SAF=73;SAR=77;SRF=84;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118336;STB=0.569769;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0196441;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:378:223:225:150:153:0.404762:77:73:84:139:78:75:84:141 chr4 3591069 . C T 1219.0 PASS AF=0.402367;AO=137;DP=338;FAO=136;FDP=338;FR=.;FRO=202;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=78;FSRR=124;FWDB=-0.0187811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.729;QD=14.426;RBI=0.0346362;REFB=-0.00836283;REVB=-0.0291022;RO=192;SAF=65;SAR=72;SRF=72;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105201;STB=0.555231;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0102088;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:192:202:137:136:0.402367:72:65:72:120:71:65:78:124 chr4 3769798 . T C 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0345313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.258;QD=9.93224;RBI=0.0357374;REFB=-0.0116101;REVB=0.00920605;RO=33;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287432;STB=0.520633;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0297691;OID=.;OPOS=3769798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:35:15:15:0.3:6:9:19:14:6:9:20:15 chr4 4190595 . G C 40.61 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=49;FWDB=-0.0427906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4177;QD=2.08244;RBI=0.063108;REFB=-0.00380931;REVB=0.0463852;RO=66;SAF=7;SAR=2;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.555007;STB=0.86798;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0502002;OID=.;OPOS=4190595;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:66:69:9:9:0.115385:2:7:18:48:2:7:20:49 chr4 4199634 . A T 867.63 PASS AF=0.508772;AO=87;DP=171;FAO=87;FDP=171;FR=.;FRO=84;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.0365335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.895;QD=20.2955;RBI=0.0377194;REFB=-0.00214401;REVB=-0.0093839;RO=84;SAF=43;SAR=44;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694867;STB=0.538142;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00229814;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:84:84:87:87:0.508772:44:43:35:49:44:43:35:49 chr4 4204299 . T C 494.04 PASS AF=0.490566;AO=51;DP=108;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00931783;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.065;QD=18.6432;RBI=0.0145016;REFB=-0.00732725;REVB=-0.0111119;RO=57;SAF=31;SAR=20;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161812;STB=0.606373;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00756738;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:57:54:51:52:0.490566:20:31:25:32:20:32:22:32 chr4 4228273 . TCCACAGCAG T 50.0 PASS AO=130;DP=376;LEN=9;RO=246;SAF=74;SAR=61;SRF=110;SRR=131;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=4228274;OREF=CCACAGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:376:246:130:61:74:110:131 chr4 4237439 . T G 35.37 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00719536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.632;QD=2.3577;RBI=0.00774443;REFB=-0.00614869;REVB=-0.00286409;RO=53;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205297;STB=0.656101;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0477173;OID=.;OPOS=4237439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:53:53:7:7:0.116667:5:2:24:29:5:2:24:29 chr4 4237495 . A G 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0746056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.436;QD=3.44838;RBI=0.0746244;REFB=0.00451124;REVB=-0.00167371;RO=46;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217768;STB=0.655833;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0243137;OID=.;OPOS=4237495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:6:2:19:27:6:2:19:27 chr4 4237511 . C T 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.011578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.899;QD=3.78973;RBI=0.0237103;REFB=-0.00459563;REVB=-0.0206912;RO=43;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22501;STB=0.658916;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0270403;OID=.;OPOS=4237511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:6:2:18:25:6:2:18:25 chr4 4239587 . G T 146.43 PASS AF=0.174194;AO=27;DP=156;FAO=27;FDP=155;FR=.;FRO=128;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=75;FWDB=0.0230983;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7709;QD=3.77891;RBI=0.0344564;REFB=0.00469983;REVB=0.0255678;RO=127;SAF=17;SAR=10;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276516;STB=0.673535;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0205226;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:127:128:27:27:0.174194:10:17:52:75:10:17:53:75 chr4 4249297 . C T 1343.7 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0396531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.773;QD=61.0773;RBI=0.0415948;REFB=-0.0354147;REVB=0.0125601;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123057;STB=0.506492;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000206;OID=.;OPOS=4249297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:38:49:0:1:38:49:0:1 chr4 4249300 . T C 1307.81 PASS AF=0.956044;AO=88;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00620134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7461;QD=57.4862;RBI=0.00632003;REFB=-0.0221979;REVB=-0.00121908;RO=3;SAF=49;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281285;STB=0.519995;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00342075;OID=.;OPOS=4249300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:3:4:88:87:0.956044:39:49:3:0:39:48:4:0 chr4 4249855 . G A 842.14 PASS AF=0.5;AO=85;DP=172;FAO=85;FDP=170;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.0176836;FXX=0.0116272;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.631;QD=19.8151;RBI=0.0176837;REFB=-0.0366758;REVB=3.47205e-05;RO=81;SAF=36;SAR=49;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189625;STB=0.511999;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0432354;OID=.;OPOS=4249855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:81:85:85:85:0.5:49:36:36:45:49:36:38:47 chr4 4249909 . C T 1403.65 PASS AF=0.960784;AO=97;DP=101;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.101905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5366;QD=55.0452;RBI=0.107516;REFB=-0.153143;REVB=0.0342792;RO=4;SAF=43;SAR=54;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430732;STB=0.502021;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00542189;OID=.;OPOS=4249909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:102:4:4:97:98:0.960784:54:43:2:2:54:44:2:2 chr4 4276132 . T C 1688.95 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.708;QD=59.7857;RBI=0.037696;REFB=0;REVB=0.0241643;RO=1;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50694e-05;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:1:0:111:113:1:51:60:0:1:52:61:0:0 chr4 4304605 . G A 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00523448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.929;QD=25.5729;RBI=0.00547002;REFB=-0.0232013;REVB=0.00158788;RO=17;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219621;STB=0.512185;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0173344;OID=.;OPOS=4304605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:12:12:8:9:12:12:8:9 chr4 4322570 . G A 454.66 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0103763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.62;QD=15.1553;RBI=0.0132701;REFB=0.00232994;REVB=-0.00827199;RO=69;SAF=22;SAR=29;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16579;STB=0.592953;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00212053;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:69:51:51:0.425:29:22:41:28:29:22:41:28 chr4 4322665 . T C 602.58 PASS AF=0.443662;AO=62;DP=142;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.00865658;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.025;QD=16.974;RBI=0.0144013;REFB=-0.0160617;REVB=0.0115092;RO=77;SAF=21;SAR=41;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148425;STB=0.583909;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0257262;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:79:62:63:0.443662:41:21:37:40:41:22:39:40 chr4 4322770 . T C 588.47 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00456189;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.727;QD=22.6333;RBI=0.0143952;REFB=-0.0100198;REVB=0.0136532;RO=46;SAF=28;SAR=30;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056511;STB=0.530928;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00718009;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:30:28:19:27:30:28:19:27 chr4 4419197 . C A 654.13 PASS AF=0.485507;AO=63;DP=134;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.000476639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.65;QD=18.9604;RBI=0.00384714;REFB=-0.0117335;REVB=0.0038175;RO=71;SAF=17;SAR=46;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209568;STB=0.604326;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0139402;OID=.;OPOS=4419197;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:138:71:71:63:67:0.485507:46:17:33:38:48:19:33:38 chr4 5448429 . A G 902.89 PASS AF=0.447005;AO=97;DP=218;FAO=97;FDP=217;FR=.;FRO=120;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=0.00317468;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.676;QD=16.6432;RBI=0.0361787;REFB=-0.00905012;REVB=-0.0360391;RO=116;SAF=49;SAR=48;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038948;STB=0.530478;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0094966;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:116:120:97:97:0.447005:48:49:54:62:48:49:54:66 chr4 5570221 . G A 5676.53 PASS AF=1;AO=362;DP=365;FAO=363;FDP=363;FR=.;FRO=0;FSAF=226;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817733;FXX=0.0054793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.683;QD=62.5513;RBI=0.0248823;REFB=0.0195942;REVB=0.0235002;RO=1;SAF=226;SAR=136;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0021067;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05004e-05;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:365:363:1:0:362:363:1:136:226:1:0:137:226:0:0 chr4 5624670 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.676;QD=57.237;RBI=0.0659367;REFB=0;REVB=-0.00499032;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161948;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr4 5690902 . T A,C 1802.5 PASS AF=0.0409836,0.959016;AO=5,114;DP=120;FAO=5,117;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=5,57;FSAR=0,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00242519,-0.00132752;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.624,172.77;QD=59.0982;RBI=0.0292495,0.0321582;REFB=0,0;REVB=0.0291488,0.0321308;RO=0;SAF=5,56;SAR=0,58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.23074e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0495369,-0.00247416;OID=.,.;OPOS=5690902,5690902;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:120:122:0:0:5,114:5,117:0.0409836,0.959016:0,58:5,56:0:0:0,60:5,57:0:0 chr4 5743509 . C T 1698.13 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180305;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.797;QD=60.6474;RBI=0.0295267;REFB=0;REVB=0.0233822;RO=0;SAF=38;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.36255e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65568e-05;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:113:112:1:75:38:0:0:74:38:0:0 chr4 5743512 . T C 1573.19 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478067;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.179;QD=59.9311;RBI=0.0566484;REFB=0;REVB=0.0303903;RO=1;SAF=35;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150605;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:1:0:104:105:1:69:35:1:0:69:36:0:0 chr4 5749904 . T C 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3537;QD=59.6778;RBI=0.0511202;REFB=0;REVB=-0.0436215;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374929;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr4 5749961 . G C 1283.39 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6116;QD=61.8503;RBI=0.0494423;REFB=0;REVB=0.0483258;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256725;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:43:38:0:0:45:38:0:0 chr4 5755542 . C A 3804.62 PASS AF=1;AO=236;DP=240;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222882;FXX=0.0123452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.035;QD=63.4103;RBI=0.0301593;REFB=0;REVB=0.0203179;RO=0;SAF=131;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3527e-07;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:240:0:0:236:240:1:105:131:0:0:106:134:0:0 chr4 5795412 . C T 2276.72 PASS AF=0.993421;AO=148;DP=156;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101564;FXX=0.0256394;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3002;QD=59.9138;RBI=0.113304;REFB=0.09101;REVB=0.0502256;RO=2;SAF=59;SAR=89;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267867;STB=0.502793;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00120154;OID=.;OPOS=5795412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:152:2:1:148:151:0.993421:89:59:1:1:89:62:0:1 chr4 5838513 . C G 1163.29 PASS AF=0.478088;AO=120;DP=251;FAO=120;FDP=251;FR=.;FRO=131;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=68;FSRR=63;FWDB=0.0803066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6997;QD=18.5385;RBI=0.0812188;REFB=-0.00811327;REVB=-0.0121385;RO=129;SAF=59;SAR=61;SRF=66;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187816;STB=0.514304;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00893839;OID=.;OPOS=5838513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:129:131:120:120:0.478088:61:59:66:63:61:59:68:63 chr4 5841350 . A G 501.68 PASS AF=0.379747;AO=59;DP=156;FAO=60;FDP=158;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-0.0262572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.343;QD=12.7007;RBI=0.0492016;REFB=-0.0237586;REVB=-0.0416096;RO=96;SAF=32;SAR=27;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464333;STB=0.520703;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0302769;OID=.;OPOS=5841350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:96:98:59:60:0.379747:27:32:48:48:28:32:49:49 chr4 5975538 . G A 2237.84 PASS AF=0.986755;AO=148;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.016617;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.604;QD=59.2805;RBI=0.019046;REFB=-0.05909;REVB=0.00930735;RO=2;SAF=59;SAR=89;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158467;STB=0.508332;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000479227;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:2:2:148:149:0.986755:89:59:2:0:90:59:2:0 chr4 5990110 . C A 1082.6 PASS AF=0.484581;AO=110;DP=228;FAO=110;FDP=227;FR=.;FRO=117;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=0.0073435;FXX=0.00438577;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.659;QD=19.0766;RBI=0.00830888;REFB=-0.013934;REVB=-0.00388722;RO=117;SAF=59;SAR=51;SRF=46;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133453;STB=0.573396;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0157021;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:117:117:110:110:0.484581:51:59:46:71:51:59:46:71 chr4 5990339 . G A 2008.73 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.712;QD=62.2864;RBI=0.00279457;REFB=0;REVB=-0.00214805;RO=0;SAF=52;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49122e-07;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:129:0:0:121:129:1:69:52:0:0:74:55:0:0 chr4 5990551 . G A 319.71 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0139784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3251;QD=18.5337;RBI=0.0141747;REFB=0.00645599;REVB=-0.00235071;RO=35;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439241;STB=0.524517;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0108867;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:13:21:20:15:13:21:20:15 chr4 5990599 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00299824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.564;QD=62.6696;RBI=0.0345444;REFB=0;REVB=0.0344141;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157042;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr4 5990791 . A G 1717.56 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000509037;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.473;QD=60.7985;RBI=0.0423624;REFB=0;REVB=0.0423594;RO=0;SAF=66;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74766e-05;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:112:113:1:46:66:0:0:46:67:0:0 chr4 5991384 . T C 836.3 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0159831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1363;QD=55.7533;RBI=0.0288619;REFB=-0.080621;REVB=-0.0240323;RO=1;SAF=19;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241821;STB=0.512816;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000789872;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:40:19:1:0:40:19:1:0 chr4 5991476 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.468;QD=46.8473;RBI=0.0108207;REFB=0;REVB=-0.00151105;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51231e-05;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr4 6293696 . C G 8811.93 PASS AF=1;AO=556;DP=557;FAO=557;FDP=557;FR=.;FRO=0;FSAF=281;FSAR=276;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391068;FXX=0.00179208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.509;QD=63.2814;RBI=0.0391084;REFB=0;REVB=0.000350418;RO=0;SAF=280;SAR=276;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81962e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:557:557:0:0:556:557:1:276:280:0:0:276:281:0:0 chr4 6302519 . G A 1011.75 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362333;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.353;QD=59.5148;RBI=0.0429118;REFB=0;REVB=-0.0229908;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46141e-05;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:45:22:0:0:45:23:0:0 chr4 6302707 . C T 980.48 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384901;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.954;QD=59.4231;RBI=0.0192434;REFB=0;REVB=0.0188545;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127055;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr4 6303022 . C T 959.51 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195315;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.186;QD=59.0465;RBI=0.0228955;REFB=0;REVB=0.0119467;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15669e-05;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:25:39:0:0:26:39:0:0 chr4 6303955 . G A 1677.94 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.566;QD=59.9265;RBI=0.0169504;REFB=0;REVB=0.000521237;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130014;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:112:0:0:100:112:1:49:51:0:0:52:60:0:0 chr4 6304087 . A G 2758.46 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996999;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.585;QD=62.6922;RBI=0.0557218;REFB=0;REVB=-0.0548226;RO=0;SAF=93;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108387;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:176:176:1:83:93:0:0:83:93:0:0 chr4 6304242 . T C 1092.01 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0342351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9709;QD=58.2403;RBI=0.0448775;REFB=-0.0286281;REVB=-0.0290164;RO=1;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119765;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-3.22319e-05;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:39:35:0:1:39:35:0:1 chr4 6304286 . C T 990.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4134;QD=59.1354;RBI=0.0448064;REFB=0;REVB=-0.0184359;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11219e-05;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr4 6304344 . G A 2043.05 PASS AF=0.935065;AO=142;DP=154;FAO=144;FDP=154;FR=.;FRO=10;FSAF=75;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.00690387;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.442;QD=53.0662;RBI=0.00840582;REFB=-0.194052;REVB=-0.00479525;RO=0;SAF=75;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533779;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00170901;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:154:154:0:10:142:144:0.935065:67:75:0:0:69:75:0:10 chr4 6325086 . G A 3150.15 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.696;QD=61.7676;RBI=0.0437708;REFB=0;REVB=0.0416617;RO=0;SAF=71;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02183e-05;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:204:0:0:204:204:1:133:71:0:0:133:71:0:0 chr4 6382919 . C T 265.55 PASS AF=0.4;AO=23;DP=73;FAO=28;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0273713;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.854;QD=15.1741;RBI=0.0273872;REFB=-0.0028651;REVB=-0.00093145;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374353;STB=0.522372;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00123472;OID=.;OPOS=6382919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:70:41:39:23:28:0.4:11:12:20:21:14:14:18:21 chr4 6415618 . G A 497.89 PASS AF=0.458333;AO=46;DP=111;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00615988;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.532;QD=16.5962;RBI=0.00828732;REFB=-0.0251352;REVB=0.00554396;RO=60;SAF=8;SAR=38;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267306;STB=0.576458;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0273443;OID=.;OPOS=6415618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:120:60:65:46:55:0.458333:38:8:22:38:39:16:27:38 chr4 6536979 . G A 560.71 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00801985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.787;QD=17.66;RBI=0.0124548;REFB=-0.0285131;REVB=0.00952905;RO=68;SAF=26;SAR=33;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071624;STB=0.539809;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.029006;OID=.;OPOS=6536979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:68:59:59:0.464567:33:26:35:33:33:26:35:33 chr4 6576997 . G A 453.38 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00481684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.877;QD=16.3379;RBI=0.00594307;REFB=-0.0254195;REVB=0.00348112;RO=60;SAF=27;SAR=23;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16829;STB=0.597606;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0287555;OID=.;OPOS=6576997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:61:50:50:0.45045:23:27:22:38:23:27:22:39 chr4 6594947 . A C 926.68 PASS AF=0.525714;AO=86;DP=169;FAO=92;FDP=175;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0885226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9404;QD=21.1812;RBI=0.0927391;REFB=0.00116763;REVB=-0.0276458;RO=83;SAF=36;SAR=50;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1534;STB=0.573608;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00192959;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:175:83:83:86:92:0.525714:50:36:49:34:52:40:49:34 chr4 6596360 . G A 1431.58 PASS AF=0.442815;AO=151;DP=341;FAO=151;FDP=341;FR=.;FRO=190;FSAF=73;FSAR=78;FSRF=121;FSRR=69;FWDB=-0.00833724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.753;QD=16.7928;RBI=0.022617;REFB=-0.0127322;REVB=0.0210242;RO=186;SAF=73;SAR=78;SRF=119;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155556;STB=0.585072;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0140346;OID=.;OPOS=6596360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:341:186:190:151:151:0.442815:78:73:119:67:78:73:121:69 chr4 6600012 . A G 1930.01 PASS AF=0.501312;AO=186;DP=376;FAO=191;FDP=381;FR=.;FRO=190;FSAF=80;FSAR=111;FSRF=79;FSRR=111;FWDB=-0.00718787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.948;QD=20.2626;RBI=0.0132571;REFB=-0.0296044;REVB=-0.0111393;RO=190;SAF=75;SAR=111;SRF=79;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119995;STB=0.501567;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0260045;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:381:190:190:186:191:0.501312:111:75:79:111:111:80:79:111 chr4 6606864 . A G 299.46 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0193007;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.745;QD=13.6118;RBI=0.0193103;REFB=-0.0116045;REVB=0.000606061;RO=53;SAF=22;SAR=12;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191527;STB=0.615211;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0207284;OID=.;OPOS=6606864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:53:54:34:34:0.386364:12:22:25:28:12:22:25:29 chr4 6619165 . A G 1386.25 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.745;QD=62.3036;RBI=0.0168936;REFB=0;REVB=0.00825793;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18945e-05;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:42:46:0:0:42:47:0:0 chr4 6619204 . G A 1394.26 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.088;QD=62.6633;RBI=0.0541053;REFB=0;REVB=0.00291956;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200378;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:41:46:0:0:41:48:0:0 chr4 6698667 . T C 2233.42 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.841;QD=63.3594;RBI=0.0348145;REFB=0;REVB=0.0276239;RO=0;SAF=73;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27623e-06;OID=.;OPOS=6698667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:68:73:0:0:68:73:0:0 chr4 6698706 . A C 2333.93 PASS AF=0.993548;AO=152;DP=153;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00979211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.092;QD=60.2306;RBI=0.0321133;REFB=-0.0488827;REVB=-0.0305839;RO=1;SAF=77;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630036;STB=0.503225;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000162671;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:155:1:1:152:154:0.993548:75:77:0:1:77:77:0:1 chr4 6711295 . T C 565.12 PASS AF=0.554455;AO=53;DP=98;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0017622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.742;QD=22.3811;RBI=0.0209896;REFB=-0.0174678;REVB=0.0209155;RO=45;SAF=33;SAR=20;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394211;STB=0.505284;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0130614;OID=.;OPOS=6711295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:45:45:53:56:0.554455:20:33:26:19:23:33:26:19 chr4 6884329 . T C 1220.3 PASS AF=0.913043;AO=84;DP=92;FAO=84;FDP=92;FR=.;FRO=8;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00494028;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.541;QD=53.0567;RBI=0.00508802;REFB=0.0127038;REVB=0.00121723;RO=8;SAF=38;SAR=46;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788191;STB=0.504174;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.000570675;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:92:8:8:84:84:0.913043:46:38:4:4:46:38:4:4 chr4 6956059 . T C 1219.46 PASS AF=0.569231;AO=111;DP=195;FAO=111;FDP=195;FR=.;FRO=84;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.0193814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9499;QD=25.0146;RBI=0.0197386;REFB=-7.77668e-05;REVB=0.00373796;RO=83;SAF=56;SAR=55;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828935;STB=0.507067;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.000141518;OID=.;OPOS=6956059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:83:84:111:111:0.569231:55:56:41:42:55:56:41:43 chr4 7044357 . A G 438.43 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.037409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2499;QD=50.1062;RBI=0.0377982;REFB=0.0145818;REVB=-0.00541026;RO=2;SAF=8;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103249;STB=0.545425;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.000262228;OID=.;OPOS=7044357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:35:2:3:32:32:0.914286:24:8:2:0:24:8:2:1 chr4 7044380 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0120501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.565;QD=10.6346;RBI=0.0273338;REFB=-0.0224354;REVB=-0.0245343;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344702;STB=0.685717;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0211527;OID=.;OPOS=7044380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:11:13:8:8:0.380952:7:1:4:7:7:1:4:9 chr4 7044600 . G A 1770.27 PASS AF=0.509972;AO=175;DP=344;FAO=179;FDP=351;FR=.;FRO=172;FSAF=66;FSAR=113;FSRF=60;FSRR=112;FWDB=0.00316871;FXX=0.00284083;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8194;QD=20.1741;RBI=0.0325494;REFB=-0.0647919;REVB=0.0323948;RO=166;SAF=63;SAR=112;SRF=59;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443057;STB=0.510519;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0670924;OID=.;OPOS=7044600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:351:166:172:175:179:0.509972:112:63:59:107:113:66:60:112 chr4 7057106 . G C 1168.08 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.372;QD=60.6797;RBI=0.058018;REFB=0;REVB=0.00515845;RO=0;SAF=25;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43606e-05;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:50:25:0:0:51:26:0:0 chr4 7325840 . G T 1013.96 PASS AF=0.538889;AO=97;DP=180;FAO=97;FDP=180;FR=.;FRO=83;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0522121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.039;QD=22.5325;RBI=0.0556493;REFB=0.00117789;REVB=0.0192545;RO=82;SAF=47;SAR=50;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280026;STB=0.512332;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.000825286;OID=.;OPOS=7325840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:82:83:97:97:0.538889:50:47:37:45:50:47:38:45 chr4 7398094 . C G 1442.84 PASS AF=0.465839;AO=150;DP=322;FAO=150;FDP=322;FR=.;FRO=172;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=87;FSRR=85;FWDB=0.00632973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0097;QD=17.9234;RBI=0.0072393;REFB=-0.0183991;REVB=0.00351311;RO=170;SAF=74;SAR=76;SRF=87;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.506666;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0187337;OID=.;OPOS=7398094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:170:172:150:150:0.465839:76:74:87:83:76:74:87:85 chr4 7435194 . G A 462.54 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0297485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.3085;QD=27.208;RBI=0.0299399;REFB=0.0054139;REVB=-0.00337946;RO=25;SAF=18;SAR=25;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201492;STB=0.609706;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00135329;OID=.;OPOS=7435194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:25:18:18:7:25:18:18:7 chr4 7435379 . A G 2552.08 PASS AF=0.988166;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0428901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.164;QD=60.4042;RBI=0.0840037;REFB=-0.04416;REVB=-0.0722293;RO=1;SAF=96;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665571;STB=0.506944;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=4.86507e-05;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:168:169:1:2:167:167:0.988166:71:96:0:1:71:96:0:2 chr4 7461826 . C CCCA 1285.67 PASS AF=0.961165;AO=83;DP=128;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.021279;FXX=0.0636306;HRUN=3;LEN=3;MLLD=224.823;QD=49.9291;RBI=0.0277468;REFB=-0.0335306;REVB=0.0178069;RO=41;SAF=32;SAR=51;SRF=35;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282529;STB=0.521735;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.00253418;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961165:83:128:99:103:4:44:55:4:0:9:41:32:51:35:6 chr4 7655855 . C T 3353.95 PASS AF=0.982143;AO=219;DP=222;FAO=220;FDP=224;FR=.;FRO=4;FSAF=116;FSAR=104;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0163369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4825;QD=59.892;RBI=0.114333;REFB=-0.121577;REVB=0.11316;RO=2;SAF=116;SAR=103;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814325;STB=0.508474;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0026086;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:222:224:2:4:219:220:0.982143:103:116:2:0:104:116:4:0 chr4 7714490 . T C 1996.9 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0321545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9202;QD=60.5121;RBI=0.0368607;REFB=-0.0527738;REVB=-0.0180224;RO=2;SAF=38;SAR=92;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00720335;STB=0.50379;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00152254;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:2:2:130:130:0.984848:92:38:1:1:92:38:1:1 chr4 7716061 . C T 306.47 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0118693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.334;QD=13.0414;RBI=0.0216605;REFB=-0.0134538;REVB=-0.0181189;RO=59;SAF=12;SAR=23;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00472095;STB=0.502701;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0343789;OID=.;OPOS=7716061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:23:12:20:39:23:12:20:39 chr4 7716932 . T C 2377.85 PASS AF=0.993671;AO=147;DP=148;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0510684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.8;QD=60.1988;RBI=0.0592635;REFB=-0.0403234;REVB=0.0300697;RO=1;SAF=74;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638385;STB=0.503144;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000357159;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:148:158:1:1:147:157:0.993671:73:74:1:0:78:79:1:0 chr4 7770723 . G T 1600.43 PASS AF=0.467787;AO=167;DP=357;FAO=167;FDP=357;FR=.;FRO=190;FSAF=58;FSAR=109;FSRF=79;FSRR=111;FWDB=0.0171095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.148;QD=17.932;RBI=0.0187689;REFB=-0.00730998;REVB=0.00771604;RO=188;SAF=58;SAR=109;SRF=77;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644947;STB=0.539229;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00775544;OID=.;OPOS=7770723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:357:188:190:167:167:0.467787:109:58:77:111:109:58:79:111 chr4 7776580 . G A 857.46 PASS AF=0.470588;AO=88;DP=188;FAO=88;FDP=187;FR=.;FRO=99;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=0.00521248;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.94;QD=18.3414;RBI=0.0238307;REFB=-0.0036257;REVB=0.0232537;RO=99;SAF=48;SAR=40;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677887;STB=0.537479;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.004625;OID=.;OPOS=7776580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:99:99:88:88:0.470588:40:48:47:52:40:48:47:52 chr4 7783163 . G A 651.09 PASS AF=0.38342;AO=74;DP=192;FAO=74;FDP=193;FR=.;FRO=119;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=78;FWDB=0.0177185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.807;QD=13.494;RBI=0.0180264;REFB=-0.025554;REVB=-0.00331788;RO=118;SAF=34;SAR=40;SRF=41;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124577;STB=0.572143;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0401887;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:118:119:74:74:0.38342:40:34:41:77:40:34:41:78 chr4 7845067 . G A 343.2 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0120075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.845;QD=18.8056;RBI=0.0197024;REFB=-0.00288896;REVB=-0.0156207;RO=37;SAF=15;SAR=21;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880238;STB=0.548899;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00302001;OID=.;OPOS=7845067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:21:15:12:25:21:15:12:25 chr4 7941901 . A C 1661.41 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.263;QD=59.3361;RBI=0.028784;REFB=-0.118114;REVB=0.0189593;RO=1;SAF=50;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094005;STB=0.50495;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00140877;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:61:50:1:0:61:50:1:0 chr4 8031471 . A G 676.68 PASS AF=0.430233;AO=74;DP=171;FAO=74;FDP=172;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.0193326;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.262;QD=15.7367;RBI=0.0278699;REFB=0.00266054;REVB=-0.0200744;RO=97;SAF=38;SAR=36;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713027;STB=0.542505;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00291983;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:97:98:74:74:0.430233:36:38:43:54:36:38:43:55 chr4 8062689 . TG CA 1365.87 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219668;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=2;MLLD=212.719;QD=62.7988;RBI=0.00257755;REFB=0;REVB=0.00134847;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00025395;OID=.;OPOS=8062689;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:36:51:0:0:36:51:0:0 chr4 8207083 . A G 719.33 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.00402003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.553;QD=19.0551;RBI=0.0214127;REFB=-0.00236867;REVB=-0.0210319;RO=76;SAF=29;SAR=45;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227522;STB=0.508195;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00273918;OID=.;OPOS=8207083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:76:77:74:74:0.490066:45:29:28:48:45:29:29:48 chr4 8228731 . T C 4013.51 PASS AF=1;AO=248;DP=250;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.122;QD=61.7463;RBI=0.042019;REFB=0;REVB=0.0144868;RO=0;SAF=98;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82894e-05;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:250:260:0:0:248:260:1:150:98:0:0:152:108:0:0 chr4 8228894 . T C 3846.38 PASS AF=1;AO=237;DP=242;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130074;FXX=0.00823011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6287;QD=63.8403;RBI=0.0349106;REFB=0;REVB=0.0323969;RO=0;SAF=106;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30131e-05;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:241:0:0:237:241:1:131:106:0:0:134:107:0:0 chr4 8229218 . A G 3751.75 PASS AF=1;AO=236;DP=236;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.25;QD=63.3207;RBI=0.0280798;REFB=0;REVB=0.00338717;RO=0;SAF=115;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41172e-05;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:237:0:0:236:237:1:121:115:0:0:121:116:0:0 chr4 8229326 . T C 731.22 PASS AF=1;AO=45;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.393;QD=57.3506;RBI=0.033145;REFB=0;REVB=-0.00745845;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143703;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:45:51:1:26:19:0:0:26:25:0:0 chr4 8242466 . A G 5693.27 PASS AF=1;AO=356;DP=356;FAO=365;FDP=365;FR=.;FRO=0;FSAF=183;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.599;QD=62.392;RBI=0.0231021;REFB=0;REVB=0.00793352;RO=0;SAF=180;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25416e-05;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:356:365:0:0:356:365:1:176:180:0:0:182:183:0:0 chr4 8358361 . G A 145.96 PASS AF=0.3;AO=22;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0232479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5213;QD=8.34045;RBI=0.0237736;REFB=-0.0194419;REVB=-0.00497139;RO=47;SAF=15;SAR=7;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133967;STB=0.556646;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0780458;OID=.;OPOS=8358361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:49:22:21:0.3:7:15:27:20:7:14:29:20 chr4 8375342 . G A 1278.93 PASS AF=0.565421;AO=121;DP=214;FAO=121;FDP=214;FR=.;FRO=93;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.00697138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.229;QD=23.9052;RBI=0.0138579;REFB=-0.0101181;REVB=0.0119767;RO=93;SAF=54;SAR=67;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389137;STB=0.521154;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00767255;OID=.;OPOS=8375342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:93:93:121:121:0.565421:67:54:46:47:67:54:46:47 chr4 8394836 . G C 564.14 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=0.035147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.163;QD=16.5923;RBI=0.0356439;REFB=0.0123174;REVB=-0.00593127;RO=76;SAF=27;SAR=33;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154476;STB=0.586103;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0132723;OID=.;OPOS=8394836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:76:60:60:0.441176:33:27:46:30:33:27:46:30 chr4 8454639 . A G 355.35 PASS AF=0.380531;AO=42;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.00919778;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.668;QD=12.5789;RBI=0.0242985;REFB=-0.0125581;REVB=-0.0224904;RO=70;SAF=15;SAR=27;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345327;STB=0.504085;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0195021;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:42:43:0.380531:27:15:23:47:28:15:24:46 chr4 8589023 . G A 710.07 PASS AF=0.47619;AO=70;DP=148;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.00325926;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9271;QD=19.3216;RBI=0.0243263;REFB=-0.0325599;REVB=0.0241069;RO=75;SAF=41;SAR=29;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221148;STB=0.621536;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0298982;OID=.;OPOS=8589023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:75:77:70:70:0.47619:29:41:26:49:29:41:27:50 chr4 8594574 . T C 352.06 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=117;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=-0.0697879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0056;QD=12.0361;RBI=0.0754144;REFB=-0.0218061;REVB=-0.0285828;RO=74;SAF=18;SAR=25;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23634;STB=0.634457;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.043361;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:74:43:43:0.367521:25:18:47:27:25:18:47:27 chr4 8601278 . C T 293.55 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0122041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9098;QD=11.0773;RBI=0.0130096;REFB=-0.00854401;REVB=0.00450653;RO=67;SAF=16;SAR=22;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302933;STB=0.513178;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0183225;OID=.;OPOS=8601278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:68:38:38:0.358491:22:16:30:37:22:16:30:38 chr4 8601298 . G A 1472.55 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9071;QD=63.3354;RBI=0.0474337;REFB=0;REVB=-0.0212474;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261089;OID=.;OPOS=8601298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chr4 8602884 . T C 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8542;QD=63.052;RBI=0.0587408;REFB=0;REVB=-0.0112527;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349157;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr4 8602935 . A G 2646.78 PASS AF=0.994186;AO=169;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00834768;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.2;QD=61.553;RBI=0.0291159;REFB=-0.00659157;REVB=-0.0278935;RO=0;SAF=79;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503144;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000156764;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:172:0:1:169:171:0.994186:90:79:0:0:92:79:1:0 chr4 8616096 . T C 2291.8 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=147;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00340328;FXX=0.0201329;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.622;QD=62.7892;RBI=0.0923317;REFB=-0.0691255;REVB=-0.092269;RO=1;SAF=82;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576437;STB=0.502994;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000121992;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:146:1:1:144:145:0.993151:62:82:1:0:62:83:1:0 chr4 8616179 . T C 3347.47 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0353;QD=62.2785;RBI=0.0471894;REFB=0;REVB=0.0226423;RO=0;SAF=119;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57335e-05;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:215:215:1:96:119:0:0:96:119:0:0 chr4 8621194 . A G 2456.95 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0230129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7079;QD=60.6655;RBI=0.0281219;REFB=-0.0329988;REVB=0.0161632;RO=1;SAF=83;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569853;STB=0.502994;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=5.10081e-05;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:161:161:0.993827:78:83:1:0:78:83:1:0 chr4 8951506 . C G 43.21 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0313326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.763;QD=2.40069;RBI=0.0363541;REFB=0.000300524;REVB=-0.018436;RO=63;SAF=6;SAR=3;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15754;STB=0.615122;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00198733;OID=.;OPOS=8951506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:63:63:9:9:0.125:3:6:34:29:3:6:34:29 chr4 8951816 . A G,T 316.03 PASS AF=0.875,0.125;AO=21,3;DP=24;FAO=21,3;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000164212,-0.00551884;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.209,147.95;QD=52.6719;RBI=0.00695144,0.00662424;REFB=0,0;REVB=0.0069495,0.00366374;RO=0;SAF=10,3;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.51176e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000684093,0.0486006;OID=.,.;OPOS=8951816,8951816;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:24:24:0:0:21,3:21,3:0.875,0.125:11,0:10,3:0:0:11,0:10,3:0:0 chr4 8951845 . C A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.067312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.84;QD=18.0506;RBI=0.0705899;REFB=-0.00925836;REVB=-0.0212609;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371898;STB=0.71747;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0104558;OID=.;OPOS=8951845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:2:8:3:5:2:8:3:5 chr4 8952116 . G A 142.43 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0217676;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9033;QD=21.1006;RBI=0.0217679;REFB=-0.00952118;REVB=-0.000122683;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912176;STB=0.522358;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00262333;OID=.;OPOS=8952116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:11:12:15:15:0.555556:7:8:6:5:7:8:7:5 chr4 9370690 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1482;QD=56.1915;RBI=0.0546299;REFB=0;REVB=-0.0519349;RO=0;SAF=2;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011644;OID=.;OPOS=9370690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:26:2:0:0:26:2:0:0 chr4 9388888 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.627;QD=57.2026;RBI=0.0458505;REFB=0;REVB=-0.00572554;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110656;OID=.;OPOS=9388888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr4 9390660 . A G 183.05 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00580621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.017;QD=43.07;RBI=0.0249544;REFB=-0.0199536;REVB=0.0242696;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666403;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000315845;OID=.;OPOS=9390660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:0:1:15:16:0.941176:14:1:0:0:15:1:1:0 chr4 9446325 . AG A,AA 371.23 PASS AF=0.35,0.0333333;AO=39,6;DP=120;FAO=42,4;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=26,4;FSAR=16,0;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.00723288,0.00678424;FXX=0.0243883;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=305.93,309.94;QD=12.3742;RBI=0.0113044,0.0115453;REFB=-0.0119619,-0.0107084;REVB=-0.00868768,-0.00934172;RO=73;SAF=24,4;SAR=15,2;SRF=33;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.18559,0.226475;STB=0.6026,0.997573;STBP=0.101,0.024;TYPE=del,snp;VARB=0.0138045,0.0231115;OID=.,.;OPOS=9446326,9446326;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35,0.0333333:39,6:120:42,4:120:74:26,4:16,0:34:40:99:73:24,4:15,2:33:40 chr4 9784631 . C T 938.52 PASS AF=0.591549;AO=84;DP=142;FAO=84;FDP=142;FR=.;FRO=58;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=-0.0111296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.464;QD=26.4372;RBI=0.0176234;REFB=-0.0100169;REVB=-0.0136644;RO=57;SAF=47;SAR=37;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109161;STB=0.561946;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00931887;OID=.;OPOS=9784631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:57:58:84:84:0.591549:37:47:40:17:37:47:41:17 chr4 9784642 . C A 922.87 PASS AF=0.584507;AO=83;DP=142;FAO=83;FDP=142;FR=.;FRO=59;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=16;FWDB=-0.00210164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.584;QD=25.9963;RBI=0.013598;REFB=-0.0174714;REVB=-0.0134346;RO=57;SAF=46;SAR=37;SRF=41;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127408;STB=0.574577;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0113164;OID=.;OPOS=9784642;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:57:59:83:83:0.584507:37:46:41:16:37:46:43:16 chr4 9785134 . T C 357.22 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00134785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.759;QD=16.8103;RBI=0.0127779;REFB=-0.0318804;REVB=-0.0127066;RO=44;SAF=25;SAR=13;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114572;STB=0.58551;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0322305;OID=.;OPOS=9785134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:44:47:38:38:0.447059:13:25:24:20:13:25:24:23 chr4 9785265 . G T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0119229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.829;QD=15.1568;RBI=0.0121639;REFB=0.00203136;REVB=-0.00240951;RO=31;SAF=18;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863434;STB=0.542678;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00246386;OID=.;OPOS=9785265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:7:18:20:11:7:18:21:11 chr4 9785558 . G T 653.76 PASS AF=0.436364;AO=72;DP=165;FAO=72;FDP=165;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.00265543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9885;QD=15.8487;RBI=0.0139913;REFB=0.00667254;REVB=0.013737;RO=93;SAF=16;SAR=56;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26423;STB=0.648735;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00810816;OID=.;OPOS=9785558;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:93:93:72:72:0.436364:56:16:41:52:56:16:41:52 chr4 9909923 . G A 428.53 PASS AF=0.44;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.00918519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.09;QD=17.1411;RBI=0.00964993;REFB=-0.000688234;REVB=0.00295862;RO=55;SAF=25;SAR=19;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20075;STB=0.61654;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000613228;OID=.;OPOS=9909923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:55:56:44:44:0.44:19:25:20:35:19:25:20:36 chr4 9922130 . C T 832.07 PASS AF=0.455026;AO=86;DP=189;FAO=86;FDP=189;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.028326;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7887;QD=17.6099;RBI=0.0302856;REFB=-0.00662356;REVB=0.0107171;RO=102;SAF=40;SAR=46;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426133;STB=0.504824;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00998736;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:102:103:86:86:0.455026:46:40:47:55:46:40:47:56 chr4 9982330 . A G 740.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3995;QD=56.9441;RBI=0.0143331;REFB=0;REVB=-0.0135971;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140598;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr4 9998440 . C T 682.7 PASS AF=0.436047;AO=74;DP=172;FAO=75;FDP=172;FR=.;FRO=97;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=64;FSRR=33;FWDB=-0.000881735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.859;QD=15.8768;RBI=0.00344634;REFB=-0.00386827;REVB=-0.00333163;RO=96;SAF=48;SAR=26;SRF=64;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201605;STB=0.512192;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00563825;OID=.;OPOS=9998440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:96:97:74:75:0.436047:26:48:64:32:27:48:64:33 chr4 9998493 . A G 3886.55 PASS AF=0.987952;AO=245;DP=248;FAO=246;FDP=249;FR=.;FRO=3;FSAF=135;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0190211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.596;QD=62.4346;RBI=0.0256981;REFB=-0.0522504;REVB=0.0172798;RO=3;SAF=134;SAR=111;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496606;STB=0.502619;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000146639;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:248:249:3:3:245:246:0.987952:111:134:1:2:111:135:1:2 chr4 10022981 . C T 1995.61 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020378;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.159;QD=61.4034;RBI=0.0286615;REFB=-0.0989997;REVB=0.0201549;RO=0;SAF=48;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00016327;OID=.;OPOS=10022981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:129:129:0.992308:81:48:0:0:81:48:1:0 chr4 10090178 . T C 1990.46 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.566;QD=62.2019;RBI=0.00912921;REFB=0;REVB=-0.0086083;RO=0;SAF=63;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22516e-06;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:64:63:0:0:64:64:0:0 chr4 10441551 . C T 64.43 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0537683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4587;QD=9.9122;RBI=0.146914;REFB=-0.0226238;REVB=-0.136721;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908725;STB=0.555429;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0260008;OID=.;OPOS=10441551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:10:7:3:6:10:7 chr4 10442602 . C CTACTT,T 296.74 PASS AF=0.329545,0.0681818;AO=28,7;DP=90;FAO=29,6;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=13,6;FSAR=16,0;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00307109,-0.0175435;FXX=0.0222198;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=115.799,220.682;QD=13.4881;RBI=0.01777,0.0185326;REFB=0.00970391,-0.00782434;REVB=0.0175026,-0.00597355;RO=54;SAF=13,7;SAR=15,0;SRF=23;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0438994,0.66561;STB=0.509363,0.998365;STBP=0.921,0.003;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0177069,0.040395;OID=.,.;OPOS=10442603,10442602;OREF=-,C;OALT=TACTT,T;OMAPALT=CTACTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:54:53:28,7:29,6:0.329545,0.0681818:15,0:13,7:23:31:16,0:13,6:23:30 chr4 10446385 . C T 1525.31 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.994;QD=59.8161;RBI=0.0157193;REFB=0;REVB=0.00470713;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85289e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:56:46:0:0:56:46:0:0 chr4 10446906 . A G 382.98 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0155964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.175;QD=17.4083;RBI=0.019044;REFB=-0.000851059;REVB=0.0109283;RO=48;SAF=14;SAR=26;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151923;STB=0.585264;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00121934;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:26:14:24:24:26:14:24:24 chr4 10447168 . C G 1147.98 PASS AF=0.508929;AO=114;DP=224;FAO=114;FDP=224;FR=.;FRO=110;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=65;FSRR=45;FWDB=-0.0204097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.628;QD=20.4997;RBI=0.0229835;REFB=-0.0348918;REVB=-0.0105681;RO=110;SAF=64;SAR=50;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269409;STB=0.514762;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0265239;OID=.;OPOS=10447168;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:110:110:114:114:0.508929:50:64:65:45:50:64:65:45 chr4 10447985 . AT AA,A 250.29 PASS AF=0.0588235,0.411765;AO=4,26;DP=67;FAO=4,28;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=4,11;FSAR=0,17;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.134046,-0.141311;FXX=0.0144907;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.9914,24.4194;QD=14.723;RBI=0.13897,0.142764;REFB=-0.0108894,-0.0221357;REVB=-0.0366683,-0.020319;RO=35;SAF=4,11;SAR=0,15;SRF=7;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.734556,0.243484;STB=0.998502,0.605066;STBP=0.001,0.213;TYPE=snp,del;VARB=-0.0432622,0.03635;OID=.,.;OPOS=10447986,10447986;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0588235,0.411765:4,26:67:4,28:68:36:4,11:0,17:8:28:99:35:4,11:0,15:7:28 chr4 10502937 . T G 2178.27 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.652;QD=63.1382;RBI=0.0365058;REFB=0;REVB=0.00940756;RO=0;SAF=66;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24851e-05;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:72:66:0:0:72:66:0:0 chr4 10573410 . C A 274.13 PASS AF=0.372093;AO=31;DP=85;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00541164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.379;QD=12.7503;RBI=0.0136659;REFB=-0.0103199;REVB=-0.0125487;RO=52;SAF=11;SAR=20;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319888;STB=0.676825;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0185128;OID=.;OPOS=10573410;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:52:54:31:32:0.372093:20:11:34:18:21:11:34:20 chr4 10586530 . T C 290.39 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0124274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.203;QD=14.1654;RBI=0.0654989;REFB=-0.0244904;REVB=-0.0643091;RO=45;SAF=7;SAR=26;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405601;STB=0.714264;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0439784;OID=.;OPOS=10586530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:49:33:33:0.402439:26:7:26:19:26:7:26:23 chr4 10669462 . C G 116.28 PASS AF=0.120623;AO=38;DP=257;FAO=31;FDP=257;FR=.;FRO=226;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=86;FSRR=140;FWDB=0.0412641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5671;QD=1.80974;RBI=0.0637294;REFB=-0.0176473;REVB=-0.0485666;RO=217;SAF=30;SAR=8;SRF=79;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515795;STB=0.795897;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0900321;OID=.;OPOS=10669462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:217:226:38:31:0.120623:8:30:79:138:8:23:86:140 chr4 13545792 . G C,T 3871.35 PASS AF=0.0742188,0.925781;AO=18,236;DP=255;FAO=19,237;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=7,132;FSAR=12,105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000791611,0.00316202;FXX=0.0115826;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.254,116.015;QD=60.4899;RBI=0.0275941,0.036754;REFB=0,0;REVB=-0.0275827,0.0366177;RO=0;SAF=7,131;SAR=11,105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0600134,-0.00469792;OID=.,.;OPOS=13545792,13545792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:255:256:0:0:18,236:19,237:0.0742188,0.925781:11,105:7,131:0:0:12,105:7,132:0:0 chr4 13548796 . T G 1522.36 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.078;QD=58.5524;RBI=0.0321986;REFB=0.0103285;REVB=0.0177291;RO=1;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099887;STB=0.505262;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=5.21608e-05;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:47:56:0:1:47:56:0:1 chr4 13582680 . TAAAAAAAAAAAAT TAAAAAAAAAAAT,TAAAAAAAAAAATT,TAAAAAAAAAAT,TAAAAAAAAAATAA 386.5 PASS AF=0.157895,0,0.719298,0.122807;AO=12,3,15,3;DP=65;FAO=9,0,41,7;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,5,7;FSAR=7,0,36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171222,0.0462533,0.0122964,-0.0199334;FXX=0.149231;HRUN=12,12,12,12;LEN=1,1,2,3;MLLD=7.84438,9.73911,10.1389,154.869;QD=27.1228;RBI=0.171837,0.158118,0.0867498,0.0210156;REFB=-0.162663,-0.163313,-0.167353,-0.0664409;REVB=0.170982,0.151202,0.0858739,0.00665716;RO=14;SAF=1,1,3,3;SAR=11,2,12,0;SRF=2;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.150663,0.290823,0.0803503,0.770458;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=0.128409,0,0.129319,0.0051629;OID=.,.,.,.;OPOS=13582681,13582692,13582681,13582691;OREF=A,A,AA,AAT;OALT=-,T,-,TAA;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAT,TAAAAAAAAAAATT,TAAAAAAAAAAT,TAAAAAAAAAATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.157895,0,0.719298,0.122807:12,3,15,3:65:9,0,41,7:57:0:2,0,5,7:7,0,36,0:0:0:41:14:1,1,3,3:11,2,12,0:2:12 chr4 13601337 . G A 526.29 PASS AF=0.372781;AO=63;DP=168;FAO=63;FDP=169;FR=.;FRO=106;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=0.0194094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.83;QD=12.4566;RBI=0.0194252;REFB=-0.00294555;REVB=-0.000782702;RO=105;SAF=27;SAR=36;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949076;STB=0.551004;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00492367;OID=.;OPOS=13601337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:105:106:63:63:0.372781:36:27:54:51:36:27:54:52 chr4 13606576 . A T 2693.47 PASS AF=0.909953;AO=191;DP=211;FAO=192;FDP=211;FR=.;FRO=19;FSAF=82;FSAR=110;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0454543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0927;QD=51.061;RBI=0.0454653;REFB=0.0149254;REVB=-0.00100257;RO=15;SAF=81;SAR=110;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434508;STB=0.513914;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.010408;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:211:211:15:19:191:192:0.909953:110:81:11:4:110:82:11:8 chr4 15003488 . G C 60.5 PASS AF=0.0945274;AO=18;DP=200;FAO=19;FDP=201;FR=.;FRO=182;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=102;FSRR=80;FWDB=-0.010587;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.76;QD=1.20389;RBI=0.06571;REFB=-0.00129322;REVB=-0.0648515;RO=180;SAF=1;SAR=17;SRF=101;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.584753;STB=0.949333;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0717277;OID=.;OPOS=15003488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:200:201:180:182:18:19:0.0945274:17:1:101:79:18:1:102:80 chr4 15003721 . A G 1182.47 PASS AF=0.419048;AO=128;DP=312;FAO=132;FDP=315;FR=.;FRO=183;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=83;FSRR=100;FWDB=0.0284181;FXX=0.00630895;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1854;QD=15.0155;RBI=0.0300676;REFB=-0.00175646;REVB=-0.0098219;RO=182;SAF=70;SAR=58;SRF=81;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106857;STB=0.553306;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00201241;OID=.;OPOS=15003721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:315:182:183:128:132:0.419048:58:70:81:101:60:72:83:100 chr4 15003896 . C G 545.41 PASS AF=0.527778;AO=46;DP=101;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=0.0080964;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.753;QD=20.2002;RBI=0.01188;REFB=-0.0269227;REVB=-0.0086938;RO=50;SAF=9;SAR=37;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628932;STB=0.530399;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0337341;OID=.;OPOS=15003896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:108:50:51:46:57:0.527778:37:9:12:38:45:12:13:38 chr4 15004499 . C T 202.38 PASS AF=0.433962;AO=17;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=29;FWDB=0.0819667;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.896;QD=15.2743;RBI=0.084968;REFB=-0.0276188;REVB=-0.0223834;RO=15;SAF=1;SAR=16;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028414;STB=0.64748;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0303524;OID=.;OPOS=15004499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:15:30:17:23:0.433962:16:1:1:14:20:3:1:29 chr4 15004655 . G A 96.9 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6441;QD=38.7606;RBI=0.0994532;REFB=0;REVB=0.0236889;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00831316;OID=.;OPOS=15004655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:8:1:0:0:8:2:0:0 chr4 15042142 . T G 752.95 PASS AF=0.391892;AO=88;DP=222;FAO=87;FDP=222;FR=.;FRO=135;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=45;FSRR=90;FWDB=0.107914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6293;QD=13.5667;RBI=0.10793;REFB=0.00477093;REVB=0.00182838;RO=129;SAF=41;SAR=47;SRF=44;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134801;STB=0.584958;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00839179;OID=.;OPOS=15042142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:129:135:88:87:0.391892:47:41:44:85:46:41:45:90 chr4 15482360 . C T 1167.99 PASS AF=0.425249;AO=128;DP=301;FAO=128;FDP=301;FR=.;FRO=173;FSAF=81;FSAR=47;FSRF=88;FSRR=85;FWDB=-0.00920689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.222;QD=15.5215;RBI=0.0137676;REFB=-0.0139102;REVB=0.0102362;RO=173;SAF=81;SAR=47;SRF=88;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13226;STB=0.573747;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0163692;OID=.;OPOS=15482360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:173:173:128:128:0.425249:47:81:88:85:47:81:88:85 chr4 15690233 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.218;QD=37.4885;RBI=0.0789412;REFB=0;REVB=0.0390631;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596885;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr4 15818391 . G A 345.45 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.02567;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.248;QD=21.5906;RBI=0.0256776;REFB=-0.0225395;REVB=-0.000625166;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29083;STB=0.659071;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0160388;OID=.;OPOS=15818391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:18:17:4:25:18:17:4:25 chr4 15937731 . T C 3613.52 PASS AF=0.969231;AO=229;DP=243;FAO=252;FDP=260;FR=.;FRO=8;FSAF=130;FSAR=122;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0753672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1573;QD=55.5926;RBI=0.0797568;REFB=-0.0571187;REVB=0.0260946;RO=11;SAF=110;SAR=119;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215455;STB=0.503362;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00451641;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:243:260:11:8:229:252:0.969231:119:110:8:3:122:130:5:3 chr4 15964485 . G A 834.25 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.862;QD=57.5346;RBI=0.00680353;REFB=0;REVB=-0.00606246;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78912e-06;OID=.;OPOS=15964485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr4 15964573 . A G 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.574;QD=60.646;RBI=0.0454337;REFB=0;REVB=-0.0377399;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15401e-05;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:48:65:0:0:48:65:0:0 chr4 15992831 . C T 113.81 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0269361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.051;QD=5.55154;RBI=0.0291136;REFB=-0.0139642;REVB=-0.0110476;RO=64;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146398;STB=0.591298;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0429324;OID=.;OPOS=15992831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:64:18:18:0.219512:8:10:28:36:8:10:28:36 chr4 16164193 . T TTA 262.95 PASS AF=0.343434;AO=30;DP=106;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.00313191;FXX=0.0480723;HRUN=3;LEN=2;MLLD=334.297;QD=10.6242;RBI=0.02153;REFB=-0.00147281;REVB=-0.021301;RO=72;SAF=12;SAR=18;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313866;STB=0.550533;STBP=0.475;TYPE=ins;VARB=0.00286819;OID=.;OPOS=16164194;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.343434:30:106:34:99:65:14:20:22:43:99:72:12:18:27:45 chr4 16189980 . TAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAT 296.9 PASS AF=0.551724,0.448276;AO=11,12;DP=57;FAO=32,26;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=11,12;FSAR=21,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.259891,-0.072453;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=3.50352,24.7575;QD=20.4756;RBI=0.298956,0.137346;REFB=0.0598286,0.0511639;REVB=-0.147754,-0.116681;RO=10;SAF=4,4;SAR=7,8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0320029,-0.0579899;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.112617,-0.102966;OID=.,.;OPOS=16189981,16189991;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.551724,0.448276:11,12:57:32,26:58:0:11,12:21,14:0:0:99:10:4,4:7,8:4:6 chr4 16198378 . A G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.00630674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.965;QD=14.9039;RBI=0.01091;REFB=-0.0191928;REVB=0.00890248;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267015;STB=0.649895;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0280213;OID=.;OPOS=16198378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:13:13:8:26:13:13:8:26 chr4 16675898 . C A 685.76 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0238558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.538;QD=58.3625;RBI=0.039958;REFB=-0.154223;REVB=0.0320553;RO=1;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268394;STB=0.505514;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00109405;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:1:2:45:45:0.957447:17:28:0:1:17:28:1:1 chr4 17488286 . T G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.352;QD=55.4103;RBI=0.0295486;REFB=-0.0250501;REVB=0.0240983;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000450925;OID=.;OPOS=17488286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:30:27:1:0:30:27:1:0 chr4 17506042 . G A 2143.95 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403409;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.22;QD=63.0574;RBI=0.0433754;REFB=0;REVB=-0.0159385;RO=0;SAF=80;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06406e-05;OID=.;OPOS=17506042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:55:80:0:0:55:81:0:0 chr4 17511595 . A T 1268.87 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247916;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.242;QD=61.8962;RBI=0.0334527;REFB=0;REVB=-0.0224602;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34159e-05;OID=.;OPOS=17511595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr4 17511629 . AGGGGG AGGGG,AGGGGA 920.45 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=9,50;DP=68;FAO=2,66;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1144,0.140364;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=15.6032,24.3877;QD=54.1443;RBI=0.118033,0.140367;REFB=0,0;REVB=-0.0290561,0.000903207;RO=0;SAF=7,26;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.10374e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0846557,0.0045332;OID=.,.;OPOS=17511630,17511634;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=AGGGG,AGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:9,50:68:2,66:68:0:0,36:2,30:0:0:8:0:7,26:2,24:0:0 chr4 17517099 . A G 556.57 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5725;QD=60.1692;RBI=0.0854673;REFB=0;REVB=-0.0727685;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183367;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr4 17528480 . G A 1570.64 PASS AF=0.972973;AO=105;DP=110;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00774297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.16;QD=56.5997;RBI=0.0279252;REFB=-0.0184359;REVB=-0.0268302;RO=3;SAF=65;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342637;STB=0.516851;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000121917;OID=.;OPOS=17528480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:111:3:3:105:108:0.972973:40:65:0:3:43:65:0:3 chr4 17586703 . T C 1822.22 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.534;QD=61.2511;RBI=0.0147265;REFB=0;REVB=-0.0131969;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16199e-06;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:67:52:0:0:67:52:0:0 chr4 17625638 . ATT ATTA,AT 98.32 PASS AF=0.368421,0.631579;AO=2,5;DP=19;FAO=7,12;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306744,-0.0158974;FXX=0.0951928;HRUN=0,10;LEN=1,1;MLLD=165.474,5.57169;QD=20.6988;RBI=0.0318735,0.0527607;REFB=0.000820531,-0.049171;REVB=0.00866028,-0.0503087;RO=5;SAF=0,5;SAR=2,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.705406,0.706441;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,del;VARB=0.125778,0.0544512;OID=.,.;OPOS=17625641,17625639;OREF=-,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.368421,0.631579:2,5:19:7,12:19:0:0,10:7,2:0:0:44:5:0,5:2,0:4:1 chr4 17627294 . A G 1491.9 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.239;QD=62.1624;RBI=0.0254843;REFB=-0.123964;REVB=0.0134805;RO=1;SAF=28;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713089;STB=0.503703;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=3.58815e-05;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:94:95:0.989583:66:28:0:1:67:28:0:1 chr4 17627332 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372209;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.954;QD=60.0309;RBI=0.00387993;REFB=0;REVB=0.00109538;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04908e-06;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:45:26:0:0:46:26:0:0 chr4 17634213 . A G 1595.58 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0799;QD=63.8233;RBI=0.0888106;REFB=0;REVB=0.0855461;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205249;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:100:0:0:94:100:1:38:56:0:0:43:57:0:0 chr4 17643848 . G A 738.85 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0362583;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.236;QD=51.8489;RBI=0.0726763;REFB=-0.174252;REVB=0.0629855;RO=1;SAF=12;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376506;STB=0.555534;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0178472;OID=.;OPOS=17643848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:58:57:1:3:54:54:0.947368:42:12:1:0:42:12:3:0 chr4 17660082 . C T 1453.21 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.081;QD=63.1832;RBI=0.0330237;REFB=0;REVB=0.032645;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118017;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr4 17694943 . A G 1567.83 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3333;QD=63.9929;RBI=0.0503318;REFB=0;REVB=-0.049412;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259356;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:51:46:0:0:51:47:0:0 chr4 17711076 . T C 2680.88 PASS AF=0.484848;AO=272;DP=561;FAO=272;FDP=561;FR=.;FRO=289;FSAF=139;FSAR=133;FSRF=157;FSRR=132;FWDB=-0.00341116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.349;QD=19.115;RBI=0.0152436;REFB=-0.0154059;REVB=-0.014857;RO=288;SAF=139;SAR=133;SRF=157;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320392;STB=0.516619;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0153248;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:561:561:288:289:272:272:0.484848:133:139:157:131:133:139:157:132 chr4 17829990 . G C 861.2 PASS AF=0.497143;AO=87;DP=175;FAO=87;FDP=175;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0153215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0893;QD=19.6846;RBI=0.0269791;REFB=-0.0160489;REVB=0.0222063;RO=88;SAF=36;SAR=51;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380751;STB=0.520963;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0162093;OID=.;OPOS=17829990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:88:88:87:87:0.497143:51:36:40:48:51:36:40:48 chr4 17846522 . T C 496.93 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.023276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.576;QD=19.1126;RBI=0.023281;REFB=-0.00706647;REVB=0.000479023;RO=52;SAF=16;SAR=36;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205934;STB=0.511379;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00644829;OID=.;OPOS=17846522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:52:52:0.5:36:16:15:37:36:16:15:37 chr4 17847281 . A C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0189378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.6649;QD=11.4394;RBI=0.0750482;REFB=0.00683344;REVB=0.0726195;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435168;STB=0.76178;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0131699;OID=.;OPOS=17847281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:9:5:7:2:9:5 chr4 20492417 . G T 1946.63 PASS AF=1;AO=108;DP=133;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216182;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.107;QD=61.7976;RBI=0.0407237;REFB=0;REVB=0.0345119;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891102;OID=.;OPOS=20492417;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:133:126:0:0:108:126:1:61:47:0:0:71:55:0:0 chr4 20520993 . T C 1029.88 PASS AF=0.883721;AO=73;DP=83;FAO=76;FDP=86;FR=.;FRO=10;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0320202;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8537;QD=47.9015;RBI=0.0493755;REFB=-0.143864;REVB=0.0375853;RO=3;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555267;STB=0.54266;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.015255;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:83:86:3:10:73:76:0.883721:24:49:0:3:27:49:3:7 chr4 20520994 . AT CA 39.45 PASS AF=0.0786517;AO=7;DP=89;FAO=7;FDP=89;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=80;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.00301712;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=2;MLLD=45.2629;QD=1.77309;RBI=0.00387558;REFB=-0.00224354;REVB=-0.00243252;RO=54;SAF=2;SAR=5;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349808;STB=0.770893;STBP=0.174;TYPE=mnp;VARB=0.0189344;OID=.;OPOS=20520994;OREF=AT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:89:89:54:80:7:7:0.0786517:5:2:32:22:5:2:48:32 chr4 20611726 . C G 1043.04 PASS AF=0.446215;AO=109;DP=243;FAO=112;FDP=251;FR=.;FRO=139;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=64;FSRR=75;FWDB=-0.00583346;FXX=0.00790483;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.5147;QD=16.6221;RBI=0.0358535;REFB=-0.0193991;REVB=-0.0353758;RO=127;SAF=47;SAR=62;SRF=55;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00186253;STB=0.512857;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0246406;OID=.;OPOS=20611726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:251:127:139:109:112:0.446215:62:47:55:72:63:49:64:75 chr4 20852166 . A G 321.82 PASS AF=0.375;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00622275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.305;QD=12.3777;RBI=0.0104649;REFB=-0.0140408;REVB=0.00841382;RO=63;SAF=13;SAR=26;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162799;STB=0.584989;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0152409;OID=.;OPOS=20852166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:63:65:39:39:0.375:26:13:30:33:26:13:30:35 chr4 20852244 . A G 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0410615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.748;QD=16.4181;RBI=0.0411502;REFB=0.0099691;REVB=-0.00270123;RO=56;SAF=17;SAR=31;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146223;STB=0.573571;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00915383;OID=.;OPOS=20852244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:58:48:48:0.45283:31:17:28:28:31:17:28:30 chr4 21950259 . A G 11671.1 PASS AF=1;AO=705;DP=706;FAO=739;FDP=739;FR=.;FRO=0;FSAF=316;FSAR=423;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202427;FXX=0.00135133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.528;QD=63.1725;RBI=0.0203752;REFB=-0.0234337;REVB=0.00231978;RO=1;SAF=310;SAR=395;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012079;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91418e-05;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:706:739:1:0:705:739:1:395:310:0:1:423:316:0:0 chr4 22416195 . C G 817.69 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7317;QD=57.3818;RBI=0.157336;REFB=0;REVB=0.128794;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164439;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:32:25:0:0 chr4 22439914 . A C 3575.6 PASS AF=1;AO=227;DP=228;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237878;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.961;QD=63.0061;RBI=0.0301832;REFB=0;REVB=0.0185787;RO=0;SAF=115;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29076e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81646e-05;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:227:0:0:227:227:1:112:115:0:0:112:115:0:0 chr4 22444692 . C T 463.23 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0114926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.871;QD=52.9404;RBI=0.017422;REFB=-0.00694246;REVB=-0.0130937;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548779;STB=0.529394;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00076007;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:16:17:0:2:16:17:0:2 chr4 22457478 . C T 3116.22 PASS AF=1;AO=196;DP=197;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028044;FXX=0.00507588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6142;QD=63.5964;RBI=0.0345077;REFB=0.00210481;REVB=0.0201076;RO=0;SAF=87;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23137e-05;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:196:0:0:196:196:1:109:87:0:0:109:87:0:0 chr4 22820504 . A T 1858.77 PASS AF=0.97619;AO=123;DP=127;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0414558;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.746;QD=59.0085;RBI=0.0415471;REFB=-0.149008;REVB=-0.00275268;RO=3;SAF=54;SAR=69;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104334;STB=0.505494;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00165238;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:127:126:3:3:123:123:0.97619:69:54:2:1:69:54:2:1 chr4 23815522 . C T 967.95 PASS AF=0.494792;AO=95;DP=194;FAO=95;FDP=192;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=63;FSRF=28;FSRR=69;FWDB=-0.00466084;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.138;QD=20.1656;RBI=0.0148948;REFB=-0.0177286;REVB=-0.0141468;RO=96;SAF=32;SAR=63;SRF=28;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470646;STB=0.52773;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0230255;OID=.;OPOS=23815522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:192:96:97:95:95:0.494792:63:32:28:68:63:32:28:69 chr4 23815662 . C T 583.56 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.000372472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.681;QD=17.6837;RBI=0.0190521;REFB=0.00480171;REVB=-0.0190485;RO=70;SAF=26;SAR=35;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401368;STB=0.517605;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00790547;OID=.;OPOS=23815662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:71:61:61:0.462121:35:26:27:43:35:26:28:43 chr4 23815924 . T C 3119.93 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701725;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.697;QD=63.9987;RBI=0.0369344;REFB=0;REVB=0.0362617;RO=0;SAF=92;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61567e-05;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:195:0:0:193:195:1:101:92:0:0:101:94:0:0 chr4 24534687 . T C 566.71 PASS AF=0.5;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00568986;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7378;QD=19.5416;RBI=0.00799233;REFB=-0.0200889;REVB=-0.00561274;RO=56;SAF=22;SAR=36;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946444;STB=0.553487;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00810628;OID=.;OPOS=24534687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:116:56:58:58:58:0.5:36:22:27:29:36:22:28:30 chr4 24801315 . G A 322.89 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00501127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.932;QD=14.1928;RBI=0.0295788;REFB=-0.0100503;REVB=0.0291512;RO=55;SAF=13;SAR=23;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235193;STB=0.633728;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0161745;OID=.;OPOS=24801315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:23:13:32:23:23:13:32:23 chr4 24801354 . C T 368.56 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0109672;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.239;QD=17.344;RBI=0.0330429;REFB=0.000607522;REVB=0.0311697;RO=49;SAF=26;SAR=12;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281713;STB=0.628965;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.000424638;OID=.;OPOS=24801354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:49:46:38:39:0.458824:12:26:20:29:13:26:20:26 chr4 24801949 . C T 202.81 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0247501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6516;QD=12.2917;RBI=0.0269355;REFB=-0.0167788;REVB=0.010628;RO=40;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143786;STB=0.57482;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0267824;OID=.;OPOS=24801949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:11:14:17:23:11:14:18:23 chr4 24801976 . T C 460.54 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.00485962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.543;QD=14.5053;RBI=0.00784707;REFB=-0.00550451;REVB=0.00616122;RO=75;SAF=28;SAR=24;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796319;STB=0.544768;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00888916;OID=.;OPOS=24801976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:75:52:52:0.409449:24:28:46:29:24:28:46:29 chr4 24802323 . G C 2198.82 PASS AF=0.972603;AO=142;DP=146;FAO=142;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00915624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.378;QD=60.2417;RBI=0.028594;REFB=-0.0124223;REVB=0.0270884;RO=2;SAF=31;SAR=111;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108248;STB=0.50127;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=3.95904e-05;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:146:146:2:4:142:142:0.972603:111:31:1:1:111:31:1:3 chr4 24810094 . G A 1319.0 PASS AF=0.412256;AO=147;DP=358;FAO=148;FDP=359;FR=.;FRO=211;FSAF=93;FSAR=55;FSRF=116;FSRR=95;FWDB=0.00549993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.712;QD=14.6964;RBI=0.0234752;REFB=-0.0229016;REVB=0.0228218;RO=211;SAF=93;SAR=54;SRF=116;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914392;STB=0.548235;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0378399;OID=.;OPOS=24810094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:359:211:211:147:148:0.412256:54:93:116:95:55:93:116:95 chr4 24896688 . T C 70.61 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0396196;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.798;QD=14.8649;RBI=0.046031;REFB=-0.0324935;REVB=0.0234339;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241623;STB=0.642535;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.034253;OID=.;OPOS=24896688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:6:4:6:3:6:4 chr4 25001439 . T C 3313.04 PASS AF=0.986301;AO=215;DP=218;FAO=216;FDP=219;FR=.;FRO=3;FSAF=121;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0341948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7221;QD=60.5121;RBI=0.0348137;REFB=-0.0399734;REVB=-0.00653514;RO=3;SAF=121;SAR=94;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00610645;STB=0.503151;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00297213;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:218:219:3:3:215:216:0.986301:94:121:1:2:95:121:1:2 chr4 25005193 . G A 2613.21 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548297;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.438;QD=61.8512;RBI=0.0125389;REFB=-0.0485138;REVB=-0.0112765;RO=0;SAF=79;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56965e-05;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:170:169:0:0:169:169:1:90:79:0:0:90:79:0:0 chr4 25032135 . C T 1539.53 PASS AF=0.461988;AO=158;DP=344;FAO=158;FDP=342;FR=.;FRO=184;FSAF=82;FSAR=76;FSRF=109;FSRR=75;FWDB=-0.00813687;FXX=0.00581378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.141;QD=18.0062;RBI=0.0112454;REFB=-0.0248832;REVB=0.00776215;RO=184;SAF=82;SAR=76;SRF=109;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719522;STB=0.539663;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0297123;OID=.;OPOS=25032135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:342:184:184:158:158:0.461988:76:82:109:75:76:82:109:75 chr4 25253995 . C T 337.85 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00625023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.475;QD=15.0157;RBI=0.0372753;REFB=-0.00170125;REVB=-0.0367476;RO=52;SAF=21;SAR=16;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103725;STB=0.512188;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00323397;OID=.;OPOS=25253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:53:37:37:0.411111:16:21:29:23:16:21:29:24 chr4 25278988 . T C 570.73 PASS AF=0.522124;AO=57;DP=108;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0324419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5021;QD=20.2026;RBI=0.0561742;REFB=-0.0167078;REVB=-0.0458592;RO=51;SAF=23;SAR=34;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277802;STB=0.517129;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0153654;OID=.;OPOS=25278988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:113:51:54:57:59:0.522124:34:23:19:32:34:25:21:33 chr4 25363901 . T A 2285.87 PASS AF=0.974843;AO=152;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0394608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8044;QD=57.5061;RBI=0.0532813;REFB=-0.173401;REVB=0.0358013;RO=2;SAF=70;SAR=82;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013395;STB=0.505581;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00270136;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:159:159:2:4:152:155:0.974843:82:70:2:0:82:73:1:3 chr4 25366059 . GTTTTTTTTTTT GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTG 132.53 PASS AF=0,0.931373,0.0686275;AO=13,38,6;DP=106;FAO=0,95,7;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=0,88,7;FSAR=0,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.159738,-0.261702,-0.141028;FXX=0.0973365;HRUN=11,11,11;LEN=2,1,1;MLLD=6.41134,2.89483,15.5084;QD=5.19725;RBI=0.262499,0.415086,0.190584;REFB=0,0,0;REVB=0.208301,0.322193,0.128192;RO=23;SAF=13,35,6;SAR=0,3,0;SRF=19;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.751102,0.183909,0.624104;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0412911,-0.000176718,-0.192254;OID=.,.,.;OPOS=25366060,25366060,25366070;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.931373,0.0686275:13,38,6:106:0,95,7:102:0:0,88,7:0,7,0:0:0:5:23:13,35,6:0,3,0:19:4 chr4 25408516 . T A 457.84 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00237839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.624;QD=26.1623;RBI=0.00296483;REFB=0.00733147;REVB=0.00177017;RO=27;SAF=11;SAR=32;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159139;STB=0.587347;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00415197;OID=.;OPOS=25408516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:27:43:43:0.614286:32:11:12:15:32:11:12:15 chr4 25419283 . T C 931.63 PASS AF=0.486911;AO=93;DP=191;FAO=93;FDP=191;FR=.;FRO=98;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=-0.00898016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.979;QD=19.5106;RBI=0.00907346;REFB=-0.018257;REVB=0.00129787;RO=98;SAF=50;SAR=43;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110712;STB=0.560965;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0211771;OID=.;OPOS=25419283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:98:98:93:93:0.486911:43:50:41:57:43:50:41:57 chr4 25678199 . A G 2030.74 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212436;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.096;QD=62.4844;RBI=0.0213408;REFB=0;REVB=-0.00203463;RO=0;SAF=58;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114891;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:131:130:1:73:58:0:0:73:57:0:0 chr4 25749303 . C A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.896;QD=60.0309;RBI=0.0235287;REFB=0;REVB=0.00445566;RO=0;SAF=17;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23575e-05;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:55:17:0:0:55:17:0:0 chr4 25915648 . G A 452.14 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00421819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.89;QD=22.0558;RBI=0.00782481;REFB=-0.0134956;REVB=0.00659049;RO=38;SAF=11;SAR=33;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148005;STB=0.58205;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0134027;OID=.;OPOS=25915648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:33:11:15:23:33:11:15:23 chr4 25915858 . C A 1796.35 PASS AF=0.460976;AO=186;DP=407;FAO=189;FDP=410;FR=.;FRO=221;FSAF=105;FSAR=84;FSRF=127;FSRR=94;FWDB=0.0276514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.77;QD=17.5253;RBI=0.0356652;REFB=-0.0148242;REVB=0.0225256;RO=208;SAF=104;SAR=82;SRF=119;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126462;STB=0.51045;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0115403;OID=.;OPOS=25915858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:410:208:221:186:189:0.460976:82:104:119:89:84:105:127:94 chr4 26585881 . C T 496.36 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.00574912;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.017;QD=14.7071;RBI=0.0359305;REFB=-0.00983942;REVB=0.0354675;RO=78;SAF=30;SAR=25;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0073473;STB=0.502716;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0126119;OID=.;OPOS=26585881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:78:80:55:55:0.407407:25:30:42:36:25:30:44:36 chr4 26586850 . C T 175.27 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00121275;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.575;QD=11.6849;RBI=0.0155103;REFB=-0.00581447;REVB=-0.0154628;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540267;STB=0.521453;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.006772;OID=.;OPOS=26586850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:38:22:22:0.366667:10:12:22:15:10:12:22:16 chr4 26673761 . T A,TA 4215.36 PASS AF=0.986971,0.0130293;AO=208,34;DP=302;FAO=303,4;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=161,2;FSAR=142,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181677,-0.0963493;FXX=0.00324665;HRUN=9,2;LEN=1,1;MLLD=27.5146,19.3438;QD=54.9233;RBI=0.0181693,0.194248;REFB=0,0;REVB=-0.000238709,-0.168669;RO=47;SAF=124,11;SAR=84,23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0458119,-0.157936;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.011659,-0.0611954;OID=.,.;OPOS=26673761,26673762;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:302:307:47:0:208,34:303,4:0.986971,0.0130293:84,23:124,11:22:25:142,2:161,2:0:0 chr4 26673787 . A G 5985.4 PASS AF=0.97733;AO=382;DP=398;FAO=388;FDP=397;FR=.;FRO=9;FSAF=184;FSAR=204;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0320858;FXX=0.0025125;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.605;QD=60.3063;RBI=0.0326711;REFB=-0.142248;REVB=0.00615642;RO=6;SAF=183;SAR=199;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153852;STB=0.511936;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000453003;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:398:397:6:9:382:388:0.97733:199:183:6:0:204:184:9:0 chr4 27004011 . G A 1113.77 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.103605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2499;QD=58.6197;RBI=0.106153;REFB=-0.121758;REVB=-0.0231174;RO=2;SAF=25;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898943;STB=0.505049;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00215442;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:2:1:74:75:0.986842:49:25:1:1:49:26:0:1 chr4 28712912 . C G 936.31 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3312;QD=58.5192;RBI=0.0273482;REFB=0;REVB=0.00103975;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268217;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr4 28712968 . A G 1514.12 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00864185;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.283;QD=63.7522;RBI=0.0622356;REFB=0;REVB=-0.0616327;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142595;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:43:52:0:0:43:52:0:0 chr4 31146018 . A G 512.41 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00976883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9685;QD=21.575;RBI=0.0705736;REFB=-0.00491699;REVB=0.0698943;RO=46;SAF=15;SAR=34;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635361;STB=0.535155;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00405753;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:34:15:17:29:34:15:17:29 chr4 31147272 . A C 686.83 PASS AF=0.5;AO=69;DP=137;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00710273;FXX=0.00729874;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.082;QD=20.2009;RBI=0.0125524;REFB=-0.00563276;REVB=0.0103496;RO=67;SAF=33;SAR=36;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273773;STB=0.514778;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0047858;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:67:68:69:68:0.5:36:33:30:37:36:32:30:38 chr4 34967868 . G T 1342.53 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204646;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9062;QD=61.7256;RBI=0.0210089;REFB=0;REVB=-0.00475113;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364697;OID=.;OPOS=34967868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:42:42:0:0:45:42:0:0 chr4 36081878 . C T 1997.39 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.533;QD=61.9346;RBI=0.0385414;REFB=0;REVB=0.0144311;RO=0;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748686;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:129:0:0:124:129:1:60:64:0:0:63:66:0:0 chr4 36212049 . C A 642.41 PASS AF=0.435583;AO=72;DP=163;FAO=71;FDP=163;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=0.00322525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4203;QD=15.7647;RBI=0.101198;REFB=0.0289374;REVB=-0.101147;RO=91;SAF=31;SAR=41;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130054;STB=0.566377;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0387789;OID=.;OPOS=36212049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:91:92:72:71:0.435583:41:31:51:40:40:31:51:41 chr4 36230470 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00531902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.717;QD=14.6975;RBI=0.0159699;REFB=-0.00637344;REVB=-0.0150581;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183988;STB=0.60482;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00783021;OID=.;OPOS=36230470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:9:21:11:10:9:21 chr4 36258197 . T C 7162.35 PASS AF=0.980973;AO=460;DP=473;FAO=464;FDP=473;FR=.;FRO=9;FSAF=224;FSAR=240;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00886505;FXX=0.00210966;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.36;QD=60.5695;RBI=0.0338862;REFB=-0.168491;REVB=0.0327061;RO=7;SAF=223;SAR=237;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979387;STB=0.504965;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00112763;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:473:473:7:9:460:464:0.980973:237:223:1:6:240:224:2:7 chr4 36292018 . T A 1697.04 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.939;QD=59.5454;RBI=0.0580823;REFB=-0.0940685;REVB=0.0493767;RO=1;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714047;STB=0.503759;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000840081;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:66:47:0:1:66:47:0:1 chr4 36310049 . C T 848.79 PASS AF=0.472826;AO=86;DP=183;FAO=87;FDP=184;FR=.;FRO=97;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=0.00213898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.607;QD=18.4519;RBI=0.00402029;REFB=-0.00416111;REVB=0.00340404;RO=97;SAF=28;SAR=58;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700947;STB=0.540974;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00448059;OID=.;OPOS=36310049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:97:97:86:87:0.472826:58:28:38:59:59:28:38:59 chr4 36340753 . G A 1522.28 PASS AF=0.512111;AO=148;DP=289;FAO=148;FDP=289;FR=.;FRO=141;FSAF=92;FSAR=56;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=-0.0185248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.341;QD=21.0696;RBI=0.0223165;REFB=-0.0134059;REVB=-0.0124443;RO=139;SAF=92;SAR=56;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120491;STB=0.562913;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00991866;OID=.;OPOS=36340753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:139:141:148:148:0.512111:56:92:68:71:56:92:70:71 chr4 36345377 . G A 2240.38 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109214;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.981;QD=63.5569;RBI=0.0123911;REFB=0;REVB=0.00585328;RO=0;SAF=69;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55862e-05;OID=.;OPOS=36345377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:72:69:0:0:72:69:0:0 chr4 37327583 . A C 420.79 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0122877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.313;QD=20.5265;RBI=0.0256926;REFB=-0.0135587;REVB=0.0225637;RO=40;SAF=15;SAR=27;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558697;STB=0.530874;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.015613;OID=.;OPOS=37327583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:27:15:12:28:27:15:12:28 chr4 37445885 . T C 580.16 PASS AF=0.417722;AO=66;DP=158;FAO=66;FDP=158;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.0233267;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3744;QD=14.6876;RBI=0.0465621;REFB=-0.0197302;REVB=-0.0402976;RO=91;SAF=27;SAR=39;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123393;STB=0.5724;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0272377;OID=.;OPOS=37445885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:91:92:66:66:0.417722:39:27:48:43:39:27:49:43 chr4 37592128 . G A 240.42 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00946671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.709;QD=21.3709;RBI=0.00988071;REFB=-0.0459041;REVB=0.00283016;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290823;STB=0.662048;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0454483;OID=.;OPOS=37592128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:22:23:23:0.511111:8:15:6:14:8:15:7:15 chr4 37593173 . G A 416.13 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0162444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.377;QD=22.1934;RBI=0.0167017;REFB=-0.00403673;REVB=-0.00388134;RO=34;SAF=19;SAR=22;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167174;STB=0.59174;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00266442;OID=.;OPOS=37593173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:22:19:9:25:22:19:9:25 chr4 37612486 . T A 885.39 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.94;QD=58.0581;RBI=0.027917;REFB=0;REVB=0.00963282;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36663e-05;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:38:23:0:0 chr4 37903756 . T C 1460.07 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0558895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0221;QD=57.8245;RBI=0.0888246;REFB=-0.000274932;REVB=-0.0690375;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.000765635;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:0:1:100:100:0.990099:47:53:0:0:47:53:1:0 chr4 37904082 . T C 283.75 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0039397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2864;QD=17.4613;RBI=0.0143751;REFB=-0.0205938;REVB=0.0138247;RO=33;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890631;STB=0.557962;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00887777;OID=.;OPOS=37904082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:34:31:31:0.476923:18:13:17:16:18:13:18:16 chr4 37904089 . C T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0148972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.444;QD=16.4204;RBI=0.0310804;REFB=-0.00931318;REVB=-0.0272775;RO=33;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131419;STB=0.582532;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0159588;OID=.;OPOS=37904089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:18:11:17:16:18:11:18:16 chr4 37962186 . G C 796.41 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3783;QD=56.8863;RBI=0.0188993;REFB=0;REVB=0.0134445;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54293e-06;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr4 38016395 . T G 1233.71 PASS AF=0.543379;AO=116;DP=216;FAO=119;FDP=219;FR=.;FRO=100;FSAF=33;FSAR=86;FSRF=26;FSRR=74;FWDB=0.0132395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.515;QD=22.5336;RBI=0.0180597;REFB=-0.0329026;REVB=0.0122828;RO=100;SAF=32;SAR=84;SRF=26;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169888;STB=0.509946;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0272653;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:219:100:100:116:119:0.543379:84:32:26:74:86:33:26:74 chr4 38023302 . C G 562.98 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0306829;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.567;QD=23.9565;RBI=0.0335856;REFB=-0.0257259;REVB=0.0136582;RO=41;SAF=20;SAR=32;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856136;STB=0.553099;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0182023;OID=.;OPOS=38023302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:42:52:52:0.553191:32:20:20:21:32:20:21:21 chr4 38062233 . T A 423.77 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00516469;FXX=0.0624935;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.951;QD=18.8342;RBI=0.0058911;REFB=-0.0128261;REVB=-0.0028339;RO=36;SAF=20;SAR=22;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971116;STB=0.543111;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0149607;OID=.;OPOS=38062233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:90:36:48:42:42:0.466667:22:20:13:23:22:20:19:29 chr4 38258908 . G T 894.04 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0697984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9756;QD=55.018;RBI=0.0849849;REFB=0.0695209;REVB=0.0484831;RO=2;SAF=43;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121702;STB=0.506448;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0113395;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:20:43:1:1:20:43:1:1 chr4 38259004 . C CG 671.48 PASS AF=1;AO=7;DP=58;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292222;FXX=0.061212;HRUN=0;LEN=1;MLLD=135.391;QD=58.3892;RBI=0.0490042;REFB=0;REVB=0.039338;RO=43;SAF=7;SAR=0;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.63333;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.93552e-05;OID=.;OPOS=38259005;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:58:46:46:0:31:15:0:0:4:43:7:0:26:17 chr4 38259005 . T G 466.29 PASS AF=0.811321;AO=38;DP=48;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00517501;FXX=0.0185151;HRUN=8;LEN=1;MLLD=101.485;QD=35.1916;RBI=0.078113;REFB=-0.0254893;REVB=0.0779414;RO=9;SAF=23;SAR=15;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652198;STB=0.518955;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00141576;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:48:53:9:10:38:43:0.811321:15:23:7:2:17:26:7:3 chr4 38259006 . T G 46.58 PASS AF=0.148148;AO=7;DP=53;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00092555;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=91.0581;QD=3.45058;RBI=0.0349517;REFB=-0.0135146;REVB=0.0349394;RO=46;SAF=3;SAR=4;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264802;STB=0.723181;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0164366;OID=.;OPOS=38259006;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:53:54:46:46:7:8:0.148148:4:3:30:16:5:3:30:16 chr4 38259310 . T C 901.91 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9458;QD=58.1874;RBI=0.1279;REFB=0;REVB=-0.0232996;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141432;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr4 38628725 . C T 815.31 PASS AF=0.531034;AO=77;DP=145;FAO=77;FDP=145;FR=.;FRO=68;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0611721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0519;QD=22.4914;RBI=0.0626485;REFB=-0.0225315;REVB=0.0135206;RO=68;SAF=41;SAR=36;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278397;STB=0.515256;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0231893;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:68:68:77:77:0.531034:36:41:34:34:36:41:34:34 chr4 38699104 . CTTTTT CTTTCT,CTTTTC,CTTT 124.51 PASS AF=0.368421,0,0.631579;AO=2,2,5;DP=26;FAO=7,0,12;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,11;FSAR=7,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0687075,-0.0776596,-0.556753;FXX=0.296187;HRUN=14,14,14;LEN=1,1,2;MLLD=140.24,138.311,5.53793;QD=26.2129;RBI=0.0689093,0.077779,0.594291;REFB=-0.012406,-0.0182006,-0.0893925;REVB=-0.0052703,-0.00430765,-0.207865;RO=0;SAF=0,0,5;SAR=2,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0561727,0.067977,-0.122824;OID=.,.,.;OPOS=38699108,38699109,38699105;OREF=T,T,TT;OALT=C,C,-;OMAPALT=CTTTCT,CTTTTC,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.368421,0,0.631579:2,2,5:26:7,0,12:19:0:0,0,11:7,0,1:0:0:42:0:0,0,5:2,2,0:0:0 chr4 38702437 . A G 406.75 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00427554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.023;QD=17.4946;RBI=0.0222779;REFB=0.0091405;REVB=0.0218638;RO=50;SAF=13;SAR=29;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197365;STB=0.616963;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00894974;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:51:42:42:0.451613:29:13:25:25:29:13:26:25 chr4 38776070 . C T 502.16 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0784163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6932;QD=22.569;RBI=0.11054;REFB=-0.0146258;REVB=-0.07791;RO=40;SAF=22;SAR=26;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112341;STB=0.566227;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0111316;OID=.;OPOS=38776070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:40:41:48:48:0.539326:26:22:13:27:26:22:13:28 chr4 38798648 . C A 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.313;QD=61.1581;RBI=0.0142616;REFB=0;REVB=-0.0106604;RO=0;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24383e-06;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:67:51:0:0:67:51:0:0 chr4 38798935 . C T 168.58 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0344656;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.308;QD=15.3256;RBI=0.0345107;REFB=-6.18655e-05;REVB=0.00176405;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571009;STB=0.532958;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000187762;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:13:13:10:8:13:13 chr4 38799710 . T C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0348203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1275;QD=12.7911;RBI=0.0371472;REFB=0.0201915;REVB=-0.0129408;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421204;STB=0.745931;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0201306;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:4:10:7:16:4:10:7:16 chr4 38829832 . T C 214.19 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0204917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1585;QD=45.092;RBI=0.0397094;REFB=-0.0375639;REVB=-0.0340136;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00125376;OID=.;OPOS=38829832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:0:1:10:8:0:1 chr4 38830012 . G C 892.44 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0215038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.646;QD=52.4966;RBI=0.0215066;REFB=-0.0208547;REVB=-0.000350812;RO=4;SAF=31;SAR=33;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571343;STB=0.530294;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00092989;OID=.;OPOS=38830012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:68:4:4:64:64:0.941176:33:31:4:0:33:31:4:0 chr4 38830350 . A G 1008.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0959678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8104;QD=59.3165;RBI=0.0987558;REFB=0;REVB=-0.0232998;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662902;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr4 38937372 . T C 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0204179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.9176;QD=16.755;RBI=0.0451977;REFB=0.0214071;REVB=-0.040323;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182299;STB=0.510301;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.0252203;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:10:18:15:9:10:18 chr4 38972732 . C G 525.11 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00479174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0178;QD=18.9229;RBI=0.00810882;REFB=0.00508698;REVB=-0.00654158;RO=55;SAF=27;SAR=28;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328789;STB=0.513588;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00444877;OID=.;OPOS=38972732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:56:55:55:0.495495:28:27:29:26:28:27:29:27 chr4 38995374 . T C 2733.82 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.15;QD=62.4873;RBI=0.0251065;REFB=0;REVB=0.0160056;RO=0;SAF=98;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35521e-05;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:77:98:0:0:77:98:0:0 chr4 39064162 . A C 886.89 PASS AF=0.484536;AO=90;DP=200;FAO=94;FDP=194;FR=.;FRO=100;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.0164656;FXX=0.0717669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7926;QD=18.2864;RBI=0.0330647;REFB=-0.00863892;REVB=0.0286733;RO=79;SAF=53;SAR=37;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717609;STB=0.548547;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00523153;OID=.;OPOS=39064162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:194:79:100:90:94:0.484536:37:53:40:39:41:53:47:53 chr4 39064163 . T C 32.4 PASS AF=0.0636364;AO=9;DP=200;FAO=14;FDP=220;FR=.;FRO=206;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=104;FSRR=102;FWDB=-0.0138885;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.973;QD=0.589171;RBI=0.0139227;REFB=-0.00300878;REVB=0.000975501;RO=191;SAF=5;SAR=4;SRF=100;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292007;STB=0.638474;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0309683;OID=.;OPOS=39064163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:200:220:191:206:9:14:0.0636364:4:5:100:91:9:5:104:102 chr4 39094738 . G A 362.04 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0186765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.686;QD=15.406;RBI=0.0272348;REFB=-0.0074513;REVB=-0.0198222;RO=55;SAF=14;SAR=25;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845144;STB=0.547841;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0114009;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:25:14:24:31:25:14:24:31 chr4 39207318 . A G 424.91 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0241521;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.135;QD=15.1754;RBI=0.027279;REFB=0.00736592;REVB=0.0126814;RO=64;SAF=24;SAR=24;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477187;STB=0.526775;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00764802;OID=.;OPOS=39207318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:64:64:48:48:0.428571:24:24:29:35:24:24:29:35 chr4 39216221 . C T 695.77 PASS AF=0.354701;AO=82;DP=240;FAO=83;FDP=234;FR=.;FRO=151;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=50;FSRR=101;FWDB=-0.01589;FXX=0.0290444;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.58;QD=11.8936;RBI=0.0741231;REFB=-0.0226571;REVB=-0.0723998;RO=145;SAF=33;SAR=49;SRF=45;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110836;STB=0.545593;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0263906;OID=.;OPOS=39216221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:234:145:151:82:83:0.354701:49:33:45:100:50:33:50:101 chr4 39299266 . A G 1080.38 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3501;QD=60.0213;RBI=0.0381404;REFB=0;REVB=0.0322753;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415167;OID=.;OPOS=39299266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr4 39303925 . A G 669.58 PASS AF=0.414365;AO=71;DP=177;FAO=75;FDP=181;FR=.;FRO=106;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.0082469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.861;QD=14.7972;RBI=0.00844262;REFB=-0.0112718;REVB=0.00180735;RO=106;SAF=33;SAR=38;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00738911;STB=0.502958;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0159357;OID=.;OPOS=39303925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:181:106:106:71:75:0.414365:38:33:50:56:40:35:50:56 chr4 39448529 . G A 374.22 PASS AF=0.375;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=22;FWDB=0.000641592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.661;QD=12.4741;RBI=0.00172841;REFB=-0.0162684;REVB=0.00160492;RO=75;SAF=25;SAR=20;SRF=53;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172748;STB=0.59766;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0152499;OID=.;OPOS=39448529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:75:45:45:0.375:20:25:53:22:20:25:53:22 chr4 39448542 . C G 1607.02 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.888;QD=60.0754;RBI=0.0354623;REFB=0;REVB=-0.00237183;RO=0;SAF=69;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64604e-05;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:38:69:0:0:38:69:0:0 chr4 39450229 . C A 240.12 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00348557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.348;QD=16.5599;RBI=0.00352522;REFB=-0.0211171;REVB=-0.00052722;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287159;STB=0.503873;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0244265;OID=.;OPOS=39450229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:31:27:27:0.465517:15:12:12:17:15:12:14:17 chr4 39458051 . A G 1173.16 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431591;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.233;QD=60.9433;RBI=0.100376;REFB=0;REVB=0.0906238;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293552;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr4 39459724 . T C 2143.89 PASS AF=0.97973;AO=143;DP=151;FAO=145;FDP=148;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0306385;FXX=0.0198662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.208;QD=57.9429;RBI=0.0306507;REFB=-0.0459015;REVB=-0.000865158;RO=2;SAF=68;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125104;STB=0.50276;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00239551;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:151:148:2:3:143:145:0.97973:75:68:0:2:77:68:1:2 chr4 39460490 . C G 757.41 PASS AF=0.435484;AO=81;DP=185;FAO=81;FDP=186;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=64;FWDB=0.00221608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.973;QD=16.2884;RBI=0.00238054;REFB=-0.0240968;REVB=-0.00086946;RO=104;SAF=32;SAR=49;SRF=40;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110614;STB=0.50271;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0313434;OID=.;OPOS=39460490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:104:105:81:81:0.435484:49:32:40:64:49:32:41:64 chr4 39460797 . G A 415.49 PASS AF=0.395349;AO=42;DP=125;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=21;FWDB=0.0354199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5046;QD=12.8835;RBI=0.0628858;REFB=-0.0366141;REVB=0.0519621;RO=67;SAF=32;SAR=10;SRF=48;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064859;STB=0.527664;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0690975;OID=.;OPOS=39460797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:129:67:78:42:51:0.395349:10:32:48:19:12:39:57:21 chr4 39472842 . T A 355.8 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00728898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.713;QD=24.5378;RBI=0.0498001;REFB=-0.00050663;REVB=0.0492638;RO=23;SAF=28;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149224;STB=0.582473;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000458594;OID=.;OPOS=39472842;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:7:28:15:8:7:28:15:8 chr4 39501086 . G A 292.25 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0738043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2333;QD=14.6126;RBI=0.102965;REFB=0.0177363;REVB=0.0717967;RO=46;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264153;STB=0.519988;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0251136;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:20:13:17:29:20:13:17:30 chr4 39921942 . A G 359.3 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0269166;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.604;QD=22.4562;RBI=0.0306022;REFB=-0.028934;REVB=0.01456;RO=29;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110416;STB=0.558791;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0215831;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:28:35:36:0.5625:17:18:11:18:17:19:11:17 chr4 40045139 . T C 893.72 PASS AF=0.486486;AO=90;DP=185;FAO=90;FDP=185;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=-0.0173054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7558;QD=19.3237;RBI=0.0245219;REFB=-0.014264;REVB=-0.0173738;RO=94;SAF=35;SAR=55;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460574;STB=0.505985;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0138414;OID=.;OPOS=40045139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:94:95:90:90:0.486486:55:35:37:57:55:35:38:57 chr4 40079556 . C T 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00261035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.617;QD=20.072;RBI=0.00366973;REFB=-0.00992285;REVB=0.00257934;RO=31;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104985;STB=0.558106;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00949288;OID=.;OPOS=40079556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:19:15:10:21:19:15:10:21 chr4 40121562 . G A 1749.79 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.588;QD=60.8623;RBI=0.047082;REFB=0;REVB=-0.0236307;RO=0;SAF=65;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30875e-05;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:49:65:0:0:49:66:0:0 chr4 40138676 . A G 357.31 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0275531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5593;QD=14.4366;RBI=0.0277483;REFB=0.0109093;REVB=0.00328579;RO=60;SAF=17;SAR=22;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139048;STB=0.578907;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0172349;OID=.;OPOS=40138676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:22:17:34:26:22:17:34:26 chr4 40155927 . T C 378.37 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00252349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.519;QD=16.4506;RBI=0.00792493;REFB=-0.0012293;REVB=0.00751243;RO=52;SAF=15;SAR=25;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203929;STB=0.614696;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00191543;OID=.;OPOS=40155927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:25:15:30:22:25:15:30:22 chr4 40337908 . T C 2281.38 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.638;QD=63.3716;RBI=0.0321706;REFB=0;REVB=0.0175454;RO=0;SAF=74;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14397e-05;OID=.;OPOS=40337908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:69:74:0:0:70:74:0:0 chr4 40356422 . A G 698.98 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0497;QD=54.8216;RBI=0.0304624;REFB=-0.0382126;REVB=0.0250441;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.511107;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00178784;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:28:22:0:0:28:22:1:0 chr4 40428010 . T C 3111.65 PASS AF=1;AO=202;DP=206;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120666;FXX=0.0240373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.645;QD=61.3132;RBI=0.0336446;REFB=-0.0788173;REVB=0.0314063;RO=0;SAF=98;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15355e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315345;OID=.;OPOS=40428010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:206:203:0:0:202:203:1:104:98:0:0:104:99:0:0 chr4 40438576 . A G 2817.45 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295881;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.066;QD=62.6099;RBI=0.0295881;REFB=0;REVB=4.99675e-05;RO=0;SAF=93;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50546e-05;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:180:0:0:176:180:1:83:93:0:0:83:97:0:0 chr4 40440215 . T C 3004.5 PASS AF=1;AO=189;DP=192;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953425;FXX=0.0104161;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.879;QD=63.2526;RBI=0.0236784;REFB=0.00674419;REVB=0.021674;RO=1;SAF=87;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544196;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35355e-05;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:192:190:1:0:189:190:1:102:87:1:0:103:87:0:0 chr4 40440854 . G C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7691;QD=58.5851;RBI=0.0902631;REFB=0;REVB=0.048265;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164323;OID=.;OPOS=40440854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr4 40778146 . C T 655.35 PASS AF=0.417143;AO=73;DP=175;FAO=73;FDP=175;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=0.00281691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.63;QD=14.9795;RBI=0.00678335;REFB=-0.0137854;REVB=-0.0061708;RO=102;SAF=36;SAR=37;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132831;STB=0.507437;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.01935;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:102:102:73:73:0.417143:37:36:49:53:37:36:49:53 chr4 40778162 . T G 592.63 PASS AF=0.4;AO=68;DP=169;FAO=68;FDP=170;FR=.;FRO=102;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.0111659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.345;QD=13.9443;RBI=0.0137174;REFB=-0.00875213;REVB=-0.00796812;RO=98;SAF=30;SAR=38;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072863;STB=0.547176;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0129029;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:98:102:68:68:0.4:38:30:50:48:38:30:53:49 chr4 40810747 . A G 1480.22 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00518725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.445;QD=58.6224;RBI=0.0142442;REFB=-0.0421388;REVB=0.0132661;RO=1;SAF=54;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870439;STB=0.504586;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=3.08065e-05;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:46:54:1:0:46:54:1:0 chr4 41015823 . G A,T 3147.22 PASS AF=0.518868,0.481132;AO=109,102;DP=213;FAO=110,102;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=36,41;FSAR=74,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317,0.00585578;FXX=0.0139528;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=49.9034,216.221;QD=59.3814;RBI=0.0362562,0.013774;REFB=0,0;REVB=-0.0175962,-0.0124673;RO=0;SAF=36,41;SAR=73,61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.98939e-08,4.18616e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00603815,0.00808166;OID=.,.;OPOS=41015823,41015823;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:213:212:0:0:109,102:110,102:0.518868,0.481132:73,61:36,41:0:0:74,61:36,41:0:0 chr4 41015899 . C T 2839.02 PASS AF=1;AO=178;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000631163;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.635;QD=63.0893;RBI=0.00667705;REFB=0;REVB=0.00664715;RO=0;SAF=75;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02525e-05;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:178:180:1:103:75:0:0:104:76:0:0 chr4 41016484 . T C 81.01 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0244191;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.101;QD=8.30865;RBI=0.0275655;REFB=-0.0288535;REVB=-0.0127892;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158911;STB=0.518481;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0374325;OID=.;OPOS=41016484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:40:39:21:28:10:10:0.25641:7:3:4:17:7:3:9:19 chr4 41631718 . C T 474.55 PASS AF=0.448276;AO=50;DP=113;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=46;FWDB=-0.0209954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.407;QD=16.3638;RBI=0.0383264;REFB=-0.00411769;REVB=-0.032064;RO=63;SAF=17;SAR=33;SRF=17;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804265;STB=0.551414;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00517611;OID=.;OPOS=41631718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:63:64:50:52:0.448276:33:17:17:46:33:19:18:46 chr4 41633322 . C A 930.82 PASS AF=0.484375;AO=91;DP=190;FAO=93;FDP=192;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.0318143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.895;QD=19.3922;RBI=0.0349491;REFB=-0.0303145;REVB=0.0144668;RO=98;SAF=35;SAR=56;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120687;STB=0.573449;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0269193;OID=.;OPOS=41633322;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:98:99:91:93:0.484375:56:35:50:48:58:35:51:48 chr4 41634777 . G C 285.42 PASS AF=0.370787;AO=34;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=8;FWDB=-0.00286839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.383;QD=12.828;RBI=0.041703;REFB=-0.0108044;REVB=-0.0416043;RO=55;SAF=29;SAR=5;SRF=47;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346898;STB=0.510746;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0148233;OID=.;OPOS=41634777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:56:34:33:0.370787:5:29:47:8:5:28:48:8 chr4 41635034 . A G 432.24 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00140903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.043;QD=14.9048;RBI=0.0275369;REFB=-0.0136721;REVB=0.0275009;RO=67;SAF=22;SAR=27;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296218;STB=0.516648;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0174581;OID=.;OPOS=41635034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:67:49:49:0.422414:27:22:32:35:27:22:32:35 chr4 41673554 . CT C,CTT,TT 33.44 PASS AF=0.0492611,0.108374,0;AO=29,37,10;DP=210;FAO=10,22,0;FDP=203;FR=.;FRO=171;FSAF=6,9,0;FSAR=4,13,0;FSRF=99;FSRR=72;FWDB=-0.0813365,0.0540441,-0.00818375;FXX=0.0469462;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,1;MLLD=9.5192,8.216,186.611;QD=0.658999;RBI=0.129437,0.126695,0.0112906;REFB=0.0392017,-0.0322547,0.000909263;REVB=0.100689,-0.11459,-0.00777835;RO=98;SAF=14,19,1;SAR=15,18,9;SRF=59;SRR=39;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.150004,-0.109002,-0.550849;STB=0.520507,0.647174,0.5;STBP=0.928,0.156,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=-0.0832016,0.09435,-0.0303387;OID=.,.,.;OPOS=41673555,41673555,41673554;OREF=T,-,C;OALT=-,T,T;OMAPALT=C,CTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:210:203:98:171:29,37,10:10,22,0:0.0492611,0.108374,0:15,18,9:14,19,1:59:39:4,13,0:6,9,0:99:72 chr4 41984118 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.794;QD=59.8558;RBI=0.0113411;REFB=0;REVB=-0.00247169;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45435e-05;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr4 41985101 . A G 5327.71 PASS AF=1;AO=335;DP=335;FAO=335;FDP=335;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.966;QD=63.6144;RBI=0.0773;REFB=0;REVB=0.0346321;RO=0;SAF=165;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76504e-05;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:335:335:0:0:335:335:1:170:165:0:0:170:165:0:0 chr4 41985478 . A G 1098.89 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.439;QD=60.2131;RBI=0.0288304;REFB=0;REVB=0.0259116;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74814e-05;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:36:37:0:0 chr4 41985689 . C T 1303.15 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1658;QD=58.5686;RBI=0.184787;REFB=0;REVB=-0.0935533;RO=0;SAF=24;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289879;OID=.;OPOS=41985689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:89:0:0:80:89:1:56:24:0:0:56:33:0:0 chr4 41986857 . A G 1989.31 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2339;QD=62.1659;RBI=0.0626668;REFB=0;REVB=0.0458258;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021144;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:61:67:0:0:61:67:0:0 chr4 41987892 . G A 1329.23 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127709;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.482;QD=61.1139;RBI=0.0223794;REFB=-0.124443;REVB=0.0183778;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104125;STB=0.505493;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000377584;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:1:1:86:86:0.988506:41:45:1:0:41:45:1:0 chr4 41988385 . TACACAG TACA,TACAG 1220.03 PASS AF=0,1;AO=9,63;DP=80;FAO=0,80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=0,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068389,0.00458891;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=129.302,173.456;QD=61.0015;RBI=0.0121532,0.0303008;REFB=0,0;REVB=-0.0100464,0.0299513;RO=0;SAF=5,24;SAR=4,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.51964e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,7.01451e-05;OID=.,.;OPOS=41988389,41988386;OREF=CAG,AC;OALT=-,-;OMAPALT=TACA,TACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,63:80:0,80:80:0:0,33:0,47:0:0:7:0:5,24:4,39:0:0 chr4 41992677 . C G 16782.1 PASS AF=0.989852;AO=1065;DP=1084;FAO=1073;FDP=1084;FR=.;FRO=11;FSAF=520;FSAR=553;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0380949;FXX=0.0018416;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9823;QD=61.9267;RBI=0.0632068;REFB=-0.211914;REVB=0.0504369;RO=11;SAF=516;SAR=549;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004746;STB=0.501541;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00210851;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:1084:1084:11:11:1065:1073:0.989852:549:516:8:3:553:520:7:4 chr4 42003671 . A G 885.19 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.846;QD=58.0451;RBI=0.0177887;REFB=0;REVB=-0.0163586;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05556e-05;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr4 42020142 . A G 3068.79 PASS AF=0.990244;AO=202;DP=206;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0418074;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.756;QD=59.8789;RBI=0.044199;REFB=-0.151177;REVB=0.014342;RO=2;SAF=99;SAR=103;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095241;STB=0.500072;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000908307;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:206:205:2:2:202:203:0.990244:103:99:2:0:103:100:1:1 chr4 42022464 . C A 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.248;QD=63.0522;RBI=0.0158451;REFB=0;REVB=0.00311827;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23536e-05;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr4 42895423 . C T 816.04 PASS AF=0.472222;AO=84;DP=177;FAO=85;FDP=180;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=63;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.0371271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6562;QD=18.1341;RBI=0.0737599;REFB=-0.0109089;REVB=-0.0637346;RO=91;SAF=22;SAR=62;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294106;STB=0.661401;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0167283;OID=.;OPOS=42895423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:180:91:95:84:85:0.472222:62:22:50:41:63:22:51:44 chr4 44626641 . A G 1661.41 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0502453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.425;QD=59.336;RBI=0.0531338;REFB=-0.0260603;REVB=0.0172803;RO=1;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094005;STB=0.50495;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000334035;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:50:61:0:1:50:61:0:1 chr4 44652030 . C T 1090.06 PASS AF=0.532338;AO=107;DP=201;FAO=107;FDP=201;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=-0.00370812;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.321;QD=21.6928;RBI=0.046552;REFB=-0.00856648;REVB=-0.0464041;RO=94;SAF=41;SAR=66;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000179999;STB=0.500098;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0068525;OID=.;OPOS=44652030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:94:94:107:107:0.532338:66:41:36:58:66:41:36:58 chr4 44704757 . C T 1292.31 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185704;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.714;QD=62.28;RBI=0.0206745;REFB=0;REVB=0.00908718;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487963;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:55:27:0:0:55:28:0:0 chr4 44704938 . T A 479.79 PASS AF=0.5;AO=46;DP=98;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00545214;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.481;QD=18.8153;RBI=0.0273467;REFB=-0.0187495;REVB=0.0267977;RO=48;SAF=23;SAR=23;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202137;OID=.;OPOS=44704938;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:48:51:46:51:0.5:23:23:23:25:27:24:24:27 chr4 46086060 . T C 427.27 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.027584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6131;QD=15.5371;RBI=0.049621;REFB=-0.012737;REVB=0.0412476;RO=62;SAF=16;SAR=32;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606641;STB=0.5034;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0147299;OID=.;OPOS=46086060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:32:16:21:41:32:16:21:41 chr4 46314593 . T C 2368.18 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=161;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0041787;FXX=0.0124216;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.459;QD=59.5768;RBI=0.00780243;REFB=-0.0465317;REVB=-0.00658911;RO=2;SAF=63;SAR=94;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148613;STB=0.507691;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-1.66226e-06;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:159:2:2:157:157:0.987421:94:63:2:0:93:64:2:0 chr4 46334702 . A G 1959.37 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.025175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3452;QD=60.2883;RBI=0.0267174;REFB=-0.0414839;REVB=-0.00894645;RO=2;SAF=51;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309468;STB=0.501628;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000121186;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:2:2:128:128:0.984615:77:51:1:1:77:51:1:1 chr4 46928746 . A T 933.72 PASS AF=0.985507;AO=64;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.136905;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7117;QD=54.129;RBI=0.137608;REFB=-0.204294;REVB=0.013886;RO=3;SAF=18;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724401;STB=0.511108;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00723542;OID=.;OPOS=46928746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:70:69:3:1:64:68:0.985507:46:18:3:0:46:22:1:0 chr4 46928834 . C T 1750.64 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00520294;FXX=0.0249979;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.333;QD=59.851;RBI=0.00704848;REFB=-0.0763405;REVB=0.00475505;RO=1;SAF=53;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887576;STB=0.504586;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000226154;OID=.;OPOS=46928834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:1:1:115:116:0.991453:62:53:1:0:62:54:1:0 chr4 46995366 . G T 2785.55 PASS AF=0.958115;AO=183;DP=193;FAO=183;FDP=191;FR=.;FRO=8;FSAF=96;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0475831;FXX=0.0103622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.32;QD=58.3361;RBI=0.0523526;REFB=-0.0279863;REVB=-0.0218323;RO=8;SAF=96;SAR=87;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318453;STB=0.516748;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00126662;OID=.;OPOS=46995366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:193:191:8:8:183:183:0.958115:87:96:1:7:87:96:1:7 chr4 47034626 . C G 704.73 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.017896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.197;QD=18.6684;RBI=0.023746;REFB=-0.0313421;REVB=0.0156079;RO=78;SAF=46;SAR=27;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172633;STB=0.595498;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0317495;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:78:73:73:0.483444:27:46:35:43:27:46:35:43 chr4 47322190 . T C 1026.81 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.989;QD=59.5254;RBI=0.0205174;REFB=0;REVB=0.00273028;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103801;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:37:32:0:0 chr4 47428335 . C CT,T 459.1 PASS AF=0.435556,0;AO=74,11;DP=234;FAO=98,0;FDP=225;FR=.;FRO=127;FSAF=30,0;FSAR=68,0;FSRF=80;FSRR=47;FWDB=0.0681575,-0.00753042;FXX=0.0174665;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=11.5089,261.31;QD=8.1618;RBI=0.181286,0.0147591;REFB=-0.0522201,0.00288523;REVB=-0.167986,-0.0126935;RO=131;SAF=23,0;SAR=51,11;SRF=80;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.336534,-0.634045;STB=0.684317,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0242642,0;OID=.,.;OPOS=47428336,47428335;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:225:131:127:74,11:98,0:0.435556,0:51,11:23,0:80:51:68,0:30,0:80:47 chr4 47560015 . A G 397.8 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00728152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.724;QD=18.0818;RBI=0.0143028;REFB=0.00150488;REVB=-0.0123106;RO=47;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827698;STB=0.546187;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00212316;OID=.;OPOS=47560015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:20:21:20:27:20:21:20:27 chr4 47560163 . C A 1042.77 PASS AF=0.517949;AO=100;DP=194;FAO=101;FDP=195;FR=.;FRO=94;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.000821711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.548;QD=21.3901;RBI=0.0161852;REFB=-0.00317746;REVB=0.0161643;RO=94;SAF=44;SAR=56;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343627;STB=0.500258;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00320102;OID=.;OPOS=47560163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:94:94:100:101:0.517949:56:44:41:53:57:44:41:53 chr4 47584046 . G A 1484.47 PASS AF=0.454277;AO=154;DP=340;FAO=154;FDP=339;FR=.;FRO=185;FSAF=75;FSAR=79;FSRF=100;FSRR=85;FWDB=-0.0279225;FXX=0.00586493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.29;QD=17.5159;RBI=0.0299262;REFB=-0.0172247;REVB=-0.010766;RO=183;SAF=75;SAR=79;SRF=99;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530192;STB=0.529183;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.017686;OID=.;OPOS=47584046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:339:183:185:154:154:0.454277:79:75:99:84:79:75:100:85 chr4 47589203 . G A 967.35 PASS AF=0.449782;AO=102;DP=229;FAO=103;FDP=229;FR=.;FRO=126;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=57;FSRR=69;FWDB=-0.000997613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.351;QD=16.8969;RBI=0.0142699;REFB=-0.010453;REVB=-0.014235;RO=126;SAF=42;SAR=60;SRF=57;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413929;STB=0.519612;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0155657;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:126:126:102:103:0.449782:60:42:57:69:60:43:57:69 chr4 47667064 . T C 1121.71 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00838997;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6107;QD=59.0373;RBI=0.0808457;REFB=-0.0796907;REVB=0.0804092;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.509088;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00116551;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:0:1:75:75:0.986842:27:48:0:0:27:48:0:1 chr4 47839929 . C T 1028.64 PASS AF=0.455319;AO=107;DP=236;FAO=107;FDP=235;FR=.;FRO=128;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=59;FSRR=69;FWDB=-0.0219468;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9164;QD=17.5088;RBI=0.0258682;REFB=-0.0198065;REVB=0.0136932;RO=122;SAF=40;SAR=67;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10943;STB=0.549398;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0280079;OID=.;OPOS=47839929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:122:128:107:107:0.455319:67:40:59:63:67:40:59:69 chr4 47887536 . T C 532.08 PASS AF=0.417266;AO=57;DP=138;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.012383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.707;QD=15.3118;RBI=0.0217838;REFB=-0.00797672;REVB=-0.0179219;RO=80;SAF=30;SAR=27;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040361;STB=0.53089;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.009453;OID=.;OPOS=47887536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:80:81:57:58:0.417266:27:30:39:41:27:31:39:42 chr4 47887991 . G A 934.51 PASS AF=0.460465;AO=99;DP=216;FAO=99;FDP=215;FR=.;FRO=116;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=-0.0251563;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.968;QD=17.3862;RBI=0.0511965;REFB=-0.0376789;REVB=-0.0445897;RO=116;SAF=50;SAR=49;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385286;STB=0.521318;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0349375;OID=.;OPOS=47887991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:116:116:99:99:0.460465:49:50:54:62:49:50:54:62 chr4 47901476 . G A 428.5 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=119;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0279244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.665;QD=14.4034;RBI=0.0286803;REFB=0.00194929;REVB=-0.00654104;RO=70;SAF=23;SAR=26;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170856;STB=0.509625;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00314203;OID=.;OPOS=47901476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:70:70:49:49:0.411765:26:23:34:36:26:23:34:36 chr4 47945295 . C T 108.57 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0576831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.101;QD=13.1596;RBI=0.0698489;REFB=-0.0135413;REVB=-0.0393894;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199133;STB=0.624829;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0321459;OID=.;OPOS=47945295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:20:13:13:0.393939:5:8:15:4:5:8:16:4 chr4 47945455 . C G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00652221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.007;QD=11.1041;RBI=0.0188711;REFB=0.00854204;REVB=0.0177081;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237604;STB=0.648156;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00797568;OID=.;OPOS=47945455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:3:7:6:1:3:7 chr4 48037926 . A G 832.68 PASS AF=0.464865;AO=86;DP=185;FAO=86;FDP=185;FR=.;FRO=99;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=0.003491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.099;QD=18.0039;RBI=0.00436919;REFB=-0.00443408;REVB=0.00262731;RO=98;SAF=36;SAR=50;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497283;STB=0.530548;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00499951;OID=.;OPOS=48037926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:98:99:86:86:0.464865:50:36:46:52:50:36:47:52 chr4 48069696 . G C 838.68 PASS AF=0.553191;AO=77;DP=138;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.00778262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1799;QD=23.7922;RBI=0.0356992;REFB=-0.00181997;REVB=0.0348405;RO=61;SAF=37;SAR=40;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886028;STB=0.551711;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00151171;OID=.;OPOS=48069696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:61:63:77:78:0.553191:40:37:36:25:40:38:38:25 chr4 48069725 . G A 540.83 PASS AF=0.504505;AO=55;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=0.00272556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.501;QD=19.4893;RBI=0.0290804;REFB=-0.00383107;REVB=0.0289524;RO=55;SAF=24;SAR=31;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258888;STB=0.644787;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00448546;OID=.;OPOS=48069725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:55:56:0.504505:31:24:40:15:32:24:40:15 chr4 48088540 . G A 2019.54 PASS AF=0.507886;AO=160;DP=316;FAO=161;FDP=317;FR=.,HEALED;FRO=118;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=86;FSRR=32;FWDB=-0.024653;FXX=0.00314456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.536;QD=25.4831;RBI=0.0359597;REFB=-0.0114926;REVB=-0.0261788;RO=112;SAF=75;SAR=85;SRF=86;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225755;STB=0.61005;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0207859;OID=.;OPOS=48088540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:317:112:118:160:161:0.507886:85:75:86:26:86:75:86:32 chr4 48170669 . A G 219.86 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00840273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.076;QD=11.8842;RBI=0.00943116;REFB=-0.00842021;REVB=-0.00428263;RO=46;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736803;STB=0.550641;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0208359;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:47:27:27:0.364865:17:10:20:26:17:10:21:26 chr4 48172266 . G A 319.56 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0112745;FXX=0.107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.921;QD=15.4004;RBI=0.0769843;REFB=-0.00515947;REVB=-0.0761542;RO=48;SAF=19;SAR=15;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925077;STB=0.544637;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.011628;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:83:48:49:34:34:0.409639:15:19:31:17:15:19:31:18 chr4 48492434 . G C 1396.41 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.436;QD=62.76;RBI=0.158399;REFB=0;REVB=0.0272779;RO=0;SAF=5;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061629;OID=.;OPOS=48492434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:84:5:0:0:84:5:0:0 chr4 48582909 . G A 415.38 PASS AF=0.427273;AO=46;DP=109;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=0.0228978;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.492;QD=15.1048;RBI=0.023206;REFB=0.00973871;REVB=-0.00376963;RO=63;SAF=24;SAR=22;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150844;STB=0.578234;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0113299;OID=.;OPOS=48582909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:63:63:46:47:0.427273:22:24:42:21:22:25:42:21 chr4 48588742 . C T 502.03 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0120825;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.341;QD=17.4618;RBI=0.0150712;REFB=-0.00647458;REVB=0.00900865;RO=61;SAF=18;SAR=36;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116754;STB=0.506491;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0065514;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:36:18:21:40:36:18:21:40 chr4 48625211 . AAC A,AA,AAA 746.32 PASS AF=0.37037,0.62963,0;AO=15,17,18;DP=51;FAO=20,34,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3,0;FSAR=19,31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263791,0.0234677,0.0205444;FXX=0.0357079;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=281.024,281.163,275.356;QD=55.2832;RBI=0.0275151,0.0245104,0.0206683;REFB=0,0,0;REVB=0.00782464,0.00707293,0.00226;RO=0;SAF=1,0,3;SAR=14,17,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.32e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0132205,-0.00624897,0.0387977;OID=.,.,.;OPOS=48625212,48625213,48625213;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.37037,0.62963,0:15,17,18:51:20,34,0:54:0:1,3,0:19,31,0:0:0:32:0:1,0,3:14,17,15:0:0 chr4 48859370 . C A 38.08 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0159593;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8699;QD=2.6262;RBI=0.0951283;REFB=-0.00154727;REVB=-0.0937801;RO=48;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103023;STB=0.575031;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0760965;OID=.;OPOS=48859370;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:57:58:48:50:8:8:0.137931:5:3:22:26:5:3:23:27 chr4 48993993 . CTTG C 406.76 PASS AF=0.394444;AO=69;DP=181;FAO=71;FDP=180;FR=.;FRO=109;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.0149275;FXX=0.0374312;HRUN=2;LEN=3;MLLD=227.043;QD=9.039;RBI=0.0174414;REFB=-0.0048185;REVB=-0.00902074;RO=101;SAF=28;SAR=41;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853278;STB=0.533472;STBP=0.496;TYPE=del;VARB=0.00826852;OID=.;OPOS=48993994;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394444:69:181:71:180:109:30:41:52:57:99:101:28:41:49:52 chr4 49063872 . C A 277.46 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=109;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00391757;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.036;QD=10.0895;RBI=0.0135972;REFB=-0.00222638;REVB=-0.0130206;RO=71;SAF=25;SAR=11;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241308;STB=0.646013;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0031647;OID=.;OPOS=49063872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:71:74:36:36:0.327273:11:25:35:36:11:25:36:38 chr4 49550892 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00750363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.958;QD=8.2462;RBI=0.0159873;REFB=-0.0064082;REVB=0.014117;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11411;STB=0.571224;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0124489;OID=.;OPOS=49550892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:8:7:4:3:8:7 chr4 52714354 . A ATTTC,C 339.87 PASS AF=0.375,0.0416667;AO=27,5;DP=100;FAO=36,4;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=23,4;FSAR=13,0;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00253836,0.0130248;FXX=0.0204061;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=224.576,113.82;QD=14.1611;RBI=0.0232027,0.0207577;REFB=-0.00513441,0.00258349;REVB=-0.0230635,-0.0161628;RO=56;SAF=20,4;SAR=7,1;SRF=22;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.403342,0.418084;STB=0.658624,0.997923;STBP=0.012,0.014;TYPE=ins,snp;VARB=0.00466045,0.0991364;OID=.,.;OPOS=52714355,52714354;OREF=-,A;OALT=TTTC,C;OMAPALT=ATTTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:96:56:56:27,5:36,4:0.375,0.0416667:7,1:20,4:22:34:13,0:23,4:21:35 chr4 52752812 . A T 830.24 PASS AF=0.435;AO=87;DP=200;FAO=87;FDP=200;FR=.;FRO=113;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=0.00902274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.228;QD=16.6048;RBI=0.0266602;REFB=-0.0178993;REVB=0.025087;RO=113;SAF=31;SAR=56;SRF=49;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830478;STB=0.546331;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0198377;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:113:113:87:87:0.435:56:31:49:64:56:31:49:64 chr4 52780048 . G C 801.48 PASS AF=0.375494;AO=94;DP=253;FAO=95;FDP=253;FR=.;FRO=158;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=64;FSRR=94;FWDB=0.0155773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7094;QD=12.6715;RBI=0.0260254;REFB=-0.00132911;REVB=-0.0208487;RO=156;SAF=41;SAR=53;SRF=62;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043821;STB=0.51695;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00164218;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:156:158:94:95:0.375494:53:41:62:94:54:41:64:94 chr4 52889602 . T A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0275018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.626;QD=13.486;RBI=0.0306383;REFB=-0.0206464;REVB=0.0135039;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281248;STB=0.666296;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0146556;OID=.;OPOS=52889602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:7:4:6:3:7:4 chr4 52938243 . T C 516.28 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0166746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4012;QD=19.1216;RBI=0.0217888;REFB=-0.00459805;REVB=-0.0140253;RO=53;SAF=30;SAR=24;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108898;STB=0.555535;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00427195;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:54:54:54:0.5:24:30:23:30:24:30:24:30 chr4 53463164 . G C 2739.11 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103599;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.731;QD=62.2526;RBI=0.0298291;REFB=0.032809;REVB=-0.0298111;RO=1;SAF=98;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606387;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7183e-05;OID=.;OPOS=53463164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:176:1:0:176:176:1:78:98:0:1:78:98:0:0 chr4 53463803 . C A 360.03 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=62;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00983976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.823;QD=22.8589;RBI=0.00986043;REFB=-0.0159318;REVB=0.000638222;RO=26;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100143;STB=0.555525;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.014012;OID=.;OPOS=53463803;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:26:27:35:36:0.571429:17:18:10:16:18:18:10:17 chr4 53494241 . C T 1266.27 PASS AF=0.492366;AO=128;DP=261;FAO=129;FDP=262;FR=.;FRO=133;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=71;FSRR=62;FWDB=-0.00324065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3;QD=19.3324;RBI=0.00662108;REFB=0.000414335;REVB=0.00577381;RO=133;SAF=65;SAR=63;SRF=71;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241478;STB=0.511283;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000316725;OID=.;OPOS=53494241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:133:133:128:129:0.492366:63:65:71:62:63:66:71:62 chr4 53610272 . C T 360.83 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.00340905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.221;QD=20.6188;RBI=0.0306025;REFB=0.0119812;REVB=-0.030412;RO=33;SAF=14;SAR=22;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138081;STB=0.582122;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00716361;OID=.;OPOS=53610272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:36:37:0.528571:22:14:8:25:22:15:8:25 chr4 53610275 . T C 304.11 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00122006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.11;QD=17.3777;RBI=0.00957282;REFB=-0.000867197;REVB=0.00949475;RO=37;SAF=8;SAR=25;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185262;STB=0.604559;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00140693;OID=.;OPOS=53610275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:25:8:15:22:25:8:15:22 chr4 53610788 . CAAAAAAAAG CAAAAAAAGA 38.86 PASS AF=0.0985915;AO=3;DP=74;FAO=7;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=55;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0649373;FXX=0.0405351;HRUN=8;LEN=2;MLLD=17.5555;QD=2.1893;RBI=0.139744;REFB=-0.0711998;REVB=-0.123739;RO=24;SAF=0;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558418;STB=0.725357;STBP=0.277;TYPE=mnp;VARB=-0.0778551;OID=.;OPOS=53610796;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=CAAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0985915:3:74:7:71:55:1:6:18:37:24:24:0:3:11:13 chr4 53611668 . T C 73.43 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2631;QD=36.7166;RBI=0.0788367;REFB=0;REVB=0.00612137;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324191;OID=.;OPOS=53611668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:6:1:0:0:6:2:0:0 chr4 53652758 . A T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.646;QD=59.143;RBI=0.0152038;REFB=0;REVB=0.0136173;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43524e-06;OID=.;OPOS=53652758;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr4 53729429 . G A 412.29 PASS AF=0.362963;AO=49;DP=135;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=58;FWDB=0.0134632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.96;QD=12.2159;RBI=0.0282047;REFB=-0.00733672;REVB=0.0247841;RO=86;SAF=18;SAR=31;SRF=28;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510198;STB=0.52905;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0141227;OID=.;OPOS=53729429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:86:86:49:49:0.362963:31:18:28:58:31:18:28:58 chr4 53732943 . T A 335.43 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0295398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.344;QD=18.1316;RBI=0.0333656;REFB=-0.00132973;REVB=0.0155133;RO=38;SAF=19;SAR=16;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281586;STB=0.659741;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00212822;OID=.;OPOS=53732943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:38:35:36:0.486486:16:19:9:29:16:20:9:29 chr4 53751932 . C T 458.09 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00870381;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.638;QD=14.2043;RBI=0.0239445;REFB=-0.0112875;REVB=0.0223065;RO=77;SAF=20;SAR=32;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625111;STB=0.535302;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0183632;OID=.;OPOS=53751932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:32:20:34:43:32:20:34:43 chr4 53822307 . A G 898.37 PASS AF=0.55414;AO=85;DP=155;FAO=87;FDP=157;FR=.;FRO=70;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0191723;FXX=0.00632871;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.942;QD=22.8883;RBI=0.0508741;REFB=-0.0331296;REVB=0.0471232;RO=70;SAF=52;SAR=33;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118463;STB=0.562719;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0210936;OID=.;OPOS=53822307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:70:70:85:87:0.55414:33:52:33:37:34:53:33:37 chr4 54011603 . C T 1372.9 PASS AF=0.455975;AO=145;DP=317;FAO=145;FDP=318;FR=.;FRO=173;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=77;FSRR=96;FWDB=-0.00292182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.817;QD=17.2692;RBI=0.021717;REFB=-0.00362845;REVB=-0.0215196;RO=170;SAF=65;SAR=80;SRF=76;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120248;STB=0.501754;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00385583;OID=.;OPOS=54011603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:318:170:173:145:145:0.455975:80:65:76:94:80:65:77:96 chr4 54232110 . G A 481.21 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.00974609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.945;QD=16.0402;RBI=0.0484831;REFB=-0.0240731;REVB=-0.0474934;RO=56;SAF=18;SAR=31;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293479;STB=0.636775;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0153961;OID=.;OPOS=54232110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:62:49:49:0.408333:31:18:38:18:31:18:38:24 chr4 54310281 . T G 393.11 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00517418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7246;QD=13.7934;RBI=0.0233865;REFB=-0.0264125;REVB=0.022807;RO=61;SAF=20;SAR=26;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583434;STB=0.503874;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0571936;OID=.;OPOS=54310281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:68:46:46:0.403509:26:20:30:31:26:20:30:38 chr4 54352468 . GC G 321.49 PASS AF=0.524752;AO=51;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0316094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.3402;QD=12.7322;RBI=0.0317441;REFB=0.0279998;REVB=0.00292119;RO=48;SAF=31;SAR=20;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748456;STB=0.542297;STBP=0.416;TYPE=del;VARB=-0.02892;OID=.;OPOS=54352469;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.524752:51:101:53:101:48:32:21:33:15:99:48:31:20:33:15 chr4 54966643 . C T 1622.64 PASS AF=0.435443;AO=172;DP=395;FAO=172;FDP=395;FR=.;FRO=223;FSAF=69;FSAR=103;FSRF=125;FSRR=98;FWDB=7.1135e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.451;QD=16.4318;RBI=0.0176865;REFB=-0.0232659;REVB=0.0176863;RO=205;SAF=69;SAR=103;SRF=107;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120422;STB=0.590282;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0245022;OID=.;OPOS=54966643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:395:205:223:172:172:0.435443:103:69:107:98:103:69:125:98 chr4 54966667 . C T 4259.8 PASS AF=0.972125;AO=277;DP=288;FAO=279;FDP=287;FR=.;FRO=8;FSAF=124;FSAR=155;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0562893;FXX=0.0034721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.876;QD=59.3701;RBI=0.0574258;REFB=-0.245312;REVB=0.0113683;RO=5;SAF=122;SAR=155;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191362;STB=0.515624;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00215261;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:288:287:5:8:277:279:0.972125:155:122:5:0:155:124:8:0 chr4 54966830 . G A 3504.07 PASS AF=1;AO=223;DP=225;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203901;FXX=0.00888849;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.699;QD=62.8533;RBI=0.00817762;REFB=0;REVB=0.00791934;RO=0;SAF=106;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03298e-05;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:223:0:0:223:223:1:117:106:0:0:117:106:0:0 chr4 54966919 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.259;QD=57.106;RBI=0.00348139;REFB=0;REVB=0.00348139;RO=0;SAF=0;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72777e-06;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:54:0:0:0:55:0:0:0 chr4 55141055 . A G 3929.28 PASS AF=1;AO=242;DP=244;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404211;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.737;QD=63.6321;RBI=0.0462099;REFB=-0.107275;REVB=0.0223939;RO=2;SAF=103;SAR=139;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916376;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67039e-05;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:244:247:2:0:242:247:1:139:103:2:0:143:104:0:0 chr4 55161391 . T C 3935.35 PASS AF=1;AO=246;DP=246;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.801;QD=63.9894;RBI=0.0361995;REFB=0;REVB=0.0329813;RO=0;SAF=132;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41172e-05;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:246:246:0:0:246:246:1:114:132:0:0:114:132:0:0 chr4 55161517 . A G 5520.07 PASS AF=1;AO=344;DP=344;FAO=345;FDP=345;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=200;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.467;QD=64.0008;RBI=0.00980332;REFB=0;REVB=-0.00230284;RO=0;SAF=144;SAR=200;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2191e-06;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:344:345:0:0:344:345:1:200:144:0:0:200:145:0:0 chr4 55599436 . T C 387.66 PASS AF=0.42268;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.0686025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.3508;QD=15.9861;RBI=0.0914512;REFB=-0.00285201;REVB=-0.0604733;RO=54;SAF=9;SAR=31;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143061;STB=0.557095;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0033666;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:54:56:40:41:0.42268:31:9:18:36:31:10:18:38 chr4 55946081 . A G 3547.55 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.23;QD=62.7885;RBI=0.039289;REFB=0;REVB=0.0367744;RO=0;SAF=124;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69959e-05;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:226:0:0:220:226:1:96:124:0:0:102:124:0:0 chr4 55972974 . T A 1629.22 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000211694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.209;QD=58.1864;RBI=0.0328053;REFB=-0.131041;REVB=0.0328046;RO=2;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150661;STB=0.507935;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000531571;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:62:48:0:2:62:48:0:2 chr4 56291620 . CAA C 1629.72 PASS AF=1;AO=123;DP=150;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283986;FXX=0.139064;HRUN=2;LEN=2;MLLD=78.6164;QD=50.1453;RBI=0.028463;REFB=0;REVB=-0.00191346;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00256423;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:123:150:130:130:0:68:62:0:0:29:0:64:59:0:0 chr4 56300685 . C T 786.93 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0078037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.645;QD=55.223;RBI=0.0129681;REFB=0.0324717;REVB=-0.0103573;RO=1;SAF=18;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254704;STB=0.513509;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00030779;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:38:18:1:0:38:18:1:0 chr4 56301049 . G GA 947.9 PASS AF=0.989011;AO=83;DP=102;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.127477;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.7749;QD=41.6657;RBI=0.128384;REFB=0.0926795;REVB=0.0152357;RO=18;SAF=43;SAR=40;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312182;STB=0.505375;STBP=0.497;TYPE=ins;VARB=0.000557634;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989011:83:102:90:91:1:46:44:1:0:13:18:43:40:11:7 chr4 56306111 . G A 2162.5 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0175257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.459;QD=62.2303;RBI=0.017526;REFB=0.0182165;REVB=0.000106155;RO=1;SAF=47;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100073;STB=0.505262;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-3.40606e-05;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:91:47:1:0:91:47:1:0 chr4 56309992 . A G 1472.5 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.844;QD=63.3333;RBI=0.0528389;REFB=0;REVB=-0.00714793;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73621e-05;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:56:37:0:0:56:37:0:0 chr4 56318462 . G A 1146.54 PASS AF=0.929412;AO=79;DP=86;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00361093;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.762;QD=53.955;RBI=0.0521944;REFB=-0.00677122;REVB=-0.0520693;RO=6;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765327;STB=0.54053;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00412704;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:86:85:6:6:79:79:0.929412:34:45:0:6:34:45:0:6 chr4 56367796 . T G 675.97 PASS AF=1;AO=28;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.292;QD=62.8813;RBI=0.0924094;REFB=0;REVB=0.0222899;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00252518;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:28:43:1:17:11:0:0:20:23:0:0 chr4 56502307 . G T 1093.01 PASS AF=0.986667;AO=63;DP=77;FAO=74;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0870369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.91;QD=58.294;RBI=0.13314;REFB=-0.133476;REVB=0.100752;RO=4;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308318;STB=0.506171;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00216194;OID=.;OPOS=56502307;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:75:4:1:63:74:0.986667:30:33:1:3:40:34:0:1 chr4 56756531 . T C 518.53 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.011381;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.747;QD=17.8804;RBI=0.0115095;REFB=-0.0266088;REVB=0.00171504;RO=60;SAF=29;SAR=26;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569586;STB=0.527263;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0296013;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:60:61:55:55:0.474138:26:29:28:32:26:29:29:32 chr4 56771089 . G A 284.13 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0189229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.193;QD=15.1538;RBI=0.0191633;REFB=-0.0186192;REVB=-0.0030258;RO=43;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865359;STB=0.548783;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0254594;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:19:13:14:29:19:13:14:29 chr4 56874517 . A C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0482851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.707;QD=20.5427;RBI=0.0498615;REFB=0.0121233;REVB=0.0124385;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985021;STB=0.555508;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00994387;OID=.;OPOS=56874517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:9:15:13:12:9:15:13:12 chr4 57154755 . A ACTCTTC 224.89 PASS AF=0.273504;AO=32;DP=123;FAO=32;FDP=117;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.0576234;FXX=0.0409802;HRUN=1;LEN=6;MLLD=204.768;QD=7.68841;RBI=0.0608149;REFB=-0.0289871;REVB=-0.0194421;RO=88;SAF=4;SAR=28;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572774;STB=0.839095;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.066637;OID=.;OPOS=57154756;OREF=-;OALT=CTCTTC;OMAPALT=ACTCTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.273504:32:123:32:117:85:4:28:46:39:99:88:4:28:49:39 chr4 57180563 . G C 917.15 PASS AF=0.58042;AO=82;DP=142;FAO=83;FDP=143;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=63;FSRF=11;FSRR=49;FWDB=-0.00331043;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.943;QD=25.6546;RBI=0.0105954;REFB=-0.0304555;REVB=-0.010065;RO=59;SAF=20;SAR=62;SRF=10;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814246;STB=0.534216;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0190622;OID=.;OPOS=57180563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:59:60:82:83:0.58042:62:20:10:49:63:20:11:49 chr4 57181629 . C T 1297.99 PASS AF=0.379135;AO=149;DP=395;FAO=149;FDP=393;FR=.;FRO=244;FSAF=43;FSAR=106;FSRF=72;FSRR=172;FWDB=0.00436656;FXX=0.00506316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.932;QD=13.2111;RBI=0.026236;REFB=-0.00292632;REVB=0.0258701;RO=244;SAF=43;SAR=106;SRF=72;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00868154;STB=0.504887;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00440245;OID=.;OPOS=57181629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:393:244:244:149:149:0.379135:106:43:72:172:106:43:72:172 chr4 57181632 . G C 6245.67 PASS AF=1;AO=360;DP=360;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=280;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.96;QD=62.7706;RBI=0.0605688;REFB=0;REVB=0.0365167;RO=0;SAF=107;SAR=253;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14296e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880431;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:360:398:0:0:360:398:1:253:107:0:0:280:118:0:0 chr4 57181995 . C T 965.03 PASS AF=0.489796;AO=95;DP=195;FAO=96;FDP=196;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=66;FSRF=33;FSRR=67;FWDB=0.0132475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5791;QD=19.6945;RBI=0.0134394;REFB=0.0165552;REVB=0.00226271;RO=98;SAF=29;SAR=66;SRF=33;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336849;STB=0.510307;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0180858;OID=.;OPOS=57181995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:98:100:95:96:0.489796:66:29:33:65:66:30:33:67 chr4 57182647 . G A 587.36 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.00397411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.818;QD=18.0726;RBI=0.00933596;REFB=-0.0224867;REVB=0.00844788;RO=66;SAF=29;SAR=32;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230927;STB=0.509216;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0337446;OID=.;OPOS=57182647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:66:69:61:61:0.469231:32:29:33:33:32:29:34:35 chr4 57182758 . C T 1071.03 PASS AF=0.482456;AO=108;DP=226;FAO=110;FDP=228;FR=.;FRO=118;FSAF=35;FSAR=75;FSRF=43;FSRR=75;FWDB=0.00831695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.261;QD=18.7901;RBI=0.0116136;REFB=-0.0402895;REVB=0.00810583;RO=117;SAF=33;SAR=75;SRF=42;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577925;STB=0.527022;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0433247;OID=.;OPOS=57182758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:228:117:118:108:110:0.482456:75:33:42:75:75:35:43:75 chr4 57194329 . G T 1069.64 PASS AF=0.52451;AO=104;DP=201;FAO=107;FDP=204;FR=.;FRO=97;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=37;FSRR=60;FWDB=-0.0816716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0817;QD=20.9734;RBI=0.102934;REFB=0.0215447;REVB=-0.0626508;RO=97;SAF=48;SAR=56;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080754;STB=0.536855;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0309136;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:204:97:97:104:107:0.52451:56:48:36:61:58:49:37:60 chr4 57196155 . C T 288.72 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0124054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8254;QD=16.2658;RBI=0.0804222;REFB=-0.0328743;REVB=-0.0794596;RO=39;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237382;STB=0.513361;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0379189;OID=.;OPOS=57196155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:18:14:18:21:18:14:18:21 chr4 57197402 . T C 449.97 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=203;FAO=70;FDP=308;FR=.;FRO=238;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=184;FSRR=54;FWDB=-0.0326824;FXX=0.0344817;HRUN=13;LEN=1;MLLD=136.908;QD=5.8437;RBI=0.0394257;REFB=-0.021619;REVB=-0.022051;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.760125;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0383621;OID=.;OPOS=57197402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:308:0:238:15:70:0.227273:3:12:0:0:41:29:184:54 chr4 57204777 . A C 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00550267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2068;QD=17.0946;RBI=0.0144053;REFB=-0.00413197;REVB=0.0133129;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137183;STB=0.507688;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0043502;OID=.;OPOS=57204777;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:20:15:17:24:20:15:17:24 chr4 57204882 . CA C 35.34 PASS AF=0.423077;AO=8;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.131133;FXX=0.133289;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.6353;QD=5.43743;RBI=0.138642;REFB=-0.109687;REVB=-0.0450067;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912387;STB=0.561929;STBP=0.607;TYPE=del;VARB=0.130812;OID=.;OPOS=57204883;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:8:27:11:26:15:4:7:7:8:35:13:3:5:6:7 chr4 57211352 . T C 505.51 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00202352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.722;QD=17.7371;RBI=0.0102325;REFB=-0.00358358;REVB=0.0100304;RO=60;SAF=21;SAR=33;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759722;STB=0.542238;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00494442;OID=.;OPOS=57211352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:33:21:28:32:33:21:28:32 chr4 57219592 . G A 388.29 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=0.00807591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.636;QD=13.9923;RBI=0.0216576;REFB=-0.0215863;REVB=-0.0200956;RO=65;SAF=22;SAR=24;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163573;STB=0.591734;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0531428;OID=.;OPOS=57219592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:65:46:46:0.414414:24:22:21:44:24:22:21:44 chr4 57219613 . C T 421.34 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.0197949;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.127;QD=14.6553;RBI=0.0198035;REFB=-0.015973;REVB=0.000585057;RO=63;SAF=24;SAR=24;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120675;STB=0.582575;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0271328;OID=.;OPOS=57219613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:63:67:48:48:0.417391:24:24:24:39:24:24:24:43 chr4 57248613 . G A 38.17 PASS AF=0.0909091;AO=3;DP=46;FAO=4;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00784565;FXX=0.0638162;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.499;QD=3.46956;RBI=0.0505963;REFB=0.00085066;REVB=-0.0499843;RO=34;SAF=2;SAR=1;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112413;STB=0.524876;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0116744;OID=.;OPOS=57248613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:46:44:34:36:3:4:0.0909091:1:2:19:15:2:2:19:17 chr4 57270197 . T C 647.27 PASS AF=0.357466;AO=78;DP=220;FAO=79;FDP=221;FR=.;FRO=142;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=95;FWDB=0.00257958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.524;QD=11.7153;RBI=0.00769395;REFB=-0.013414;REVB=0.00724863;RO=141;SAF=34;SAR=44;SRF=47;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120566;STB=0.566313;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0218907;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:141:142:78:79:0.357466:44:34:47:94:45:34:47:95 chr4 57333822 . G T 3410.87 PASS AF=0.465699;AO=235;DP=748;FAO=353;FDP=758;FR=.;FRO=405;FSAF=195;FSAR=158;FSRF=228;FSRR=177;FWDB=0.0102061;FXX=0.00263154;HRUN=7;LEN=1;MLLD=200.003;QD=17.9993;RBI=0.0152297;REFB=-0.0163267;REVB=0.011304;RO=242;SAF=186;SAR=49;SRF=143;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236446;STB=0.505709;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.018072;OID=.;OPOS=57333822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:748:758:242:405:235:353:0.465699:49:186:143:99:158:195:228:177 chr4 57368807 . C T 289.29 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0243667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.187;QD=10.7146;RBI=0.0257902;REFB=-0.00739067;REVB=-0.0084499;RO=70;SAF=14;SAR=23;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759431;STB=0.549298;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0142921;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:71:37:37:0.342593:23:14:31:39:23:14:32:39 chr4 57516896 . G A 719.35 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0137988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.711;QD=19.0556;RBI=0.0138216;REFB=-0.0179386;REVB=-0.000794006;RO=77;SAF=30;SAR=44;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142223;STB=0.578509;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0151082;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:77:74:74:0.490066:44:30:43:34:44:30:43:34 chr4 57660802 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.943;QD=37.4883;RBI=0.0305006;REFB=0;REVB=0.0197253;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117474;OID=.;OPOS=57660802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr4 57797414 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9315;QD=60.9771;RBI=0.034583;REFB=0;REVB=-0.0207934;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61638e-05;OID=.;OPOS=57797414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr4 57798189 . G A 775.19 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00477925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.658;QD=53.4611;RBI=0.0497263;REFB=-0.124702;REVB=0.0494961;RO=2;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241716;STB=0.512816;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00321835;OID=.;OPOS=57798189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:38:18:0:2:38:18:0:2 chr4 57843320 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2903;QD=35.5759;RBI=0.0772929;REFB=0;REVB=-0.069434;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00296288;OID=.;OPOS=57843320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr4 57889677 . C T 1553.24 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0252469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.514;QD=62.7572;RBI=0.046093;REFB=-0.0217858;REVB=0.0385636;RO=1;SAF=34;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137446;STB=0.507245;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000102639;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:64:34:1:0:64:34:1:0 chr4 62383135 . C T 1011.68 PASS AF=0.452991;AO=106;DP=234;FAO=106;FDP=234;FR=.;FRO=128;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=0.0150698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.153;QD=17.2936;RBI=0.0151735;REFB=-0.023709;REVB=-0.00177042;RO=127;SAF=58;SAR=48;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194313;STB=0.50877;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0270885;OID=.;OPOS=62383135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:127:128:106:106:0.452991:48:58:67:60:48:58:68:60 chr4 62598689 . C T 2149.33 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157262;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.675;QD=62.2995;RBI=0.0160171;REFB=0.0306427;REVB=-0.00303853;RO=1;SAF=63;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638139;STB=0.503355;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-6.98853e-05;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:74:63:0:1:74:63:0:1 chr4 62800728 . T C 653.15 PASS AF=0.449664;AO=67;DP=149;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0278861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8594;QD=17.5341;RBI=0.0299064;REFB=0.0081997;REVB=0.0108054;RO=82;SAF=30;SAR=37;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039831;STB=0.522171;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00664658;OID=.;OPOS=62800728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:82:82:67:67:0.449664:37:30:40:42:37:30:40:42 chr4 62845388 . G C 3948.93 PASS AF=0.96679;AO=259;DP=273;FAO=262;FDP=271;FR=.;FRO=9;FSAF=123;FSAR=139;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0196757;FXX=0.0145449;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.168;QD=58.2868;RBI=0.0196758;REFB=-0.0141711;REVB=-6.18491e-05;RO=9;SAF=120;SAR=139;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273046;STB=0.513956;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000238045;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:273:271:9:9:259:262:0.96679:139:120:8:1:139:123:8:1 chr4 62845490 . A G 748.31 PASS AF=0.496599;AO=73;DP=147;FAO=73;FDP=147;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00495226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.11;QD=20.3622;RBI=0.00499143;REFB=-0.00426752;REVB=0.000624154;RO=74;SAF=24;SAR=49;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189797;STB=0.604909;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00487004;OID=.;OPOS=62845490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:74:74:73:73:0.496599:49:24:39:35:49:24:39:35 chr4 66197804 . C T 561.63 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00444201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.653;QD=17.8295;RBI=0.00715751;REFB=-0.00816614;REVB=0.00561235;RO=67;SAF=26;SAR=33;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500063;STB=0.527776;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.010076;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:67:59:59:0.468254:33:26:33:34:33:26:33:34 chr4 68374597 . C T 2714.42 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5597;QD=62.4004;RBI=0.0186427;REFB=0;REVB=-0.0101372;RO=0;SAF=73;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26403e-05;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:101:73:0:0:101:73:0:0 chr4 68376708 . T C 1266.16 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.185;QD=59.5841;RBI=0.0111215;REFB=-0.0544663;REVB=-0.00102585;RO=2;SAF=33;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278335;STB=0.507041;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000264766;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:2:1:82:84:0.988235:49:33:2:0:49:35:1:0 chr4 68380215 . G A 2802.33 PASS AF=0.983696;AO=177;DP=180;FAO=181;FDP=184;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0147247;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0895;QD=60.9202;RBI=0.0478952;REFB=-0.0652143;REVB=0.0455756;RO=3;SAF=93;SAR=84;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00449304;STB=0.502318;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00575575;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:180:184:3:3:177:181:0.983696:84:93:2:1:86:95:2:1 chr4 68384008 . C T 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.514;QD=61.852;RBI=0.0358934;REFB=0;REVB=0.033647;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74317e-05;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr4 68436883 . T C 900.8 PASS AF=0.569536;AO=86;DP=152;FAO=86;FDP=151;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0694563;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7766;QD=23.8622;RBI=0.0807328;REFB=-0.0238494;REVB=0.0411535;RO=65;SAF=40;SAR=46;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396321;STB=0.521572;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0163703;OID=.;OPOS=68436883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:65:65:86:86:0.569536:46:40:27:38:46:40:27:38 chr4 68780399 . A G 6143.74 PASS AF=1;AO=383;DP=386;FAO=389;FDP=389;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=221;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406975;FXX=0.00511496;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.894;QD=63.1747;RBI=0.0582245;REFB=-0.0703739;REVB=0.0416389;RO=3;SAF=165;SAR=218;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0014744;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430811;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:386:389:3:0:383:389:1:218:165:1:2:221:168:0:0 chr4 68784774 . T C 3067.96 PASS AF=0.990244;AO=200;DP=203;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0144662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.618;QD=59.8626;RBI=0.0209629;REFB=0.0241193;REVB=0.0151714;RO=1;SAF=90;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526276;STB=0.500411;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=8.55407e-05;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:203:205:1:2:200:203:0.990244:110:90:1:0:110:93:1:1 chr4 68812283 . C T 1809.82 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013714;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.618;QD=60.3272;RBI=0.0222396;REFB=-0.0556343;REVB=0.0175078;RO=1;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840652;STB=0.504424;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00117892;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:1:1:119:119:0.991667:56:63:0:1:56:63:0:1 chr4 68995529 . C T 2827.98 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5303;QD=62.8439;RBI=0.0388631;REFB=0;REVB=0.0175534;RO=0;SAF=90;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.46898e-05;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:90:90:0:0:90:90:0:0 chr4 69078113 . T C 1269.13 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000473705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.494;QD=61.1628;RBI=0.00717889;REFB=0;REVB=0.00716324;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313756;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:40:43:0:0 chr4 69094507 . T A 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.853;QD=58.0568;RBI=0.00737968;REFB=0;REVB=0.00661028;RO=0;SAF=15;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40808e-05;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:46:15:0:0:46:15:0:0 chr4 69094575 . T G 834.04 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.377;QD=57.5199;RBI=0.0425034;REFB=0;REVB=0.0401187;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170418;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:33:24:0:0:33:25:0:0 chr4 69095197 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.963;QD=58.781;RBI=0.0132546;REFB=0;REVB=0.0078287;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62931e-05;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:46:19:0:0:46:19:0:0 chr4 69179489 . GAAAAAAAC GAAAAAAACA,GAAAAAAC,GGAAAAAAC 59.95 PASS AF=0.131579,0.368421,0;AO=4,12,2;DP=39;FAO=5,14,0;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=1,6,0;FSAR=4,8,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.11932,0.120267,0.0776689;FXX=0.0256345;HRUN=3,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=8.90791,10.5792,23.0452;QD=6.31052;RBI=0.147755,0.120348,0.0906945;REFB=-0.172118,-0.0765032,-0.0296358;REVB=-0.0871451,0.00441823,0.0468298;RO=18;SAF=1,5,1;SAR=3,7,1;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.178715,0.0292886,0.111109;STB=0.704976,0.504418,0.5;STBP=0.373,0.99,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.170927,0.0858768,0;OID=.,.,.;OPOS=69179498,69179490,69179490;OREF=-,A,A;OALT=A,-,G;OMAPALT=GAAAAAAACA,GAAAAAAC,GGAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.131579,0.368421,0:4,12,2:39:5,14,0:38:19:1,6,0:4,8,0:8:11:58:18:1,5,1:3,7,1:7:11 chr4 69203080 . T C 586.59 PASS AF=0.430464;AO=65;DP=152;FAO=65;FDP=151;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.00827859;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.329;QD=15.5388;RBI=0.0299106;REFB=-0.0227289;REVB=-0.0287421;RO=84;SAF=38;SAR=27;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136676;STB=0.515438;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0299387;OID=.;OPOS=69203080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:84:86:65:65:0.430464:27:38:48:36:27:38:48:38 chr4 69203551 . A T 1327.23 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.509;QD=61.7316;RBI=0.0196488;REFB=0;REVB=-0.0107701;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383323;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr4 69340500 . A G 2188.74 PASS AF=0.985915;AO=138;DP=141;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0490937;FXX=0.0206882;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.328;QD=61.6545;RBI=0.0530931;REFB=-0.0470432;REVB=0.0202159;RO=1;SAF=71;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664936;STB=0.506756;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000475135;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:141:142:1:2:138:140:0.985915:67:71:1:0:67:73:2:0 chr4 69536084 . A C 422.52 PASS AF=0.448598;AO=47;DP=108;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-6.44223e-05;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.951;QD=15.7953;RBI=0.0415691;REFB=-0.015074;REVB=0.041569;RO=59;SAF=24;SAR=23;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133486;STB=0.579407;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0186719;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:59:59:47:48:0.448598:23:24:38:21:24:24:38:21 chr4 69687987 . C A 1595.71 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.351;QD=63.8284;RBI=0.00154657;REFB=0;REVB=0.00017073;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76409e-07;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:44:55:0:0:45:55:0:0 chr4 69795626 . C T 240.12 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0265386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.331;QD=16.5599;RBI=0.0270371;REFB=-0.0116873;REVB=0.00516804;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119175;STB=0.566881;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0105885;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:15:12:10:21:15:12:10:21 chr4 69964337 . AT TC 623.72 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00827082;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.066;QD=21.5076;RBI=0.0124607;REFB=-0.0275606;REVB=-0.00931996;RO=52;SAF=27;SAR=35;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576734;STB=0.504529;STBP=0.925;TYPE=mnp;VARB=0.0209493;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:52:54:62:62:0.534483:35:27:23:29:35:27:23:31 chr4 69972949 . C G 1433.47 PASS AF=0.558824;AO=133;DP=238;FAO=133;FDP=238;FR=.;FRO=105;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=0.00223544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.315;QD=24.0919;RBI=0.00254133;REFB=-0.0149957;REVB=-0.00120879;RO=105;SAF=64;SAR=69;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584086;STB=0.531739;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00986979;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:105:105:133:133:0.558824:69:64:43:62:69:64:43:62 chr4 69973913 . T C 716.33 PASS AF=0.414894;AO=76;DP=187;FAO=78;FDP=188;FR=.;FRO=110;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=0.000916333;FXX=0.0105258;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.53;QD=15.2411;RBI=0.0022085;REFB=-0.00909321;REVB=0.00200943;RO=109;SAF=28;SAR=48;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059363;STB=0.520543;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00738171;OID=.;OPOS=69973913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:109:110:76:78:0.414894:48:28:46:63:48:30:46:64 chr4 70079838 . T C 284.84 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0112219;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.178;QD=12.8017;RBI=0.0204096;REFB=0.00655359;REVB=0.0170476;RO=56;SAF=22;SAR=11;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208837;STB=0.62008;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.012271;OID=.;OPOS=70079838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:56:56:33:33:0.370787:11:22:27:29:11:22:27:29 chr4 70079963 . G A 1182.13 PASS AF=0.482213;AO=121;DP=252;FAO=122;FDP=253;FR=.;FRO=131;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=-0.00831356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.02;QD=18.6898;RBI=0.0102235;REFB=-0.00570036;REVB=0.00595021;RO=129;SAF=49;SAR=72;SRF=61;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651062;STB=0.541988;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00576607;OID=.;OPOS=70079963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:253:129:131:121:122:0.482213:72:49:61:68:73:49:63:68 chr4 70080093 . C T 623.76 PASS AF=0.492308;AO=63;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0265298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9382;QD=19.1926;RBI=0.0487259;REFB=-0.0136733;REVB=-0.0408702;RO=65;SAF=28;SAR=35;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300978;STB=0.524264;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0153885;OID=.;OPOS=70080093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:66:63:64:0.492308:35:28:31:34:36:28:32:34 chr4 70146230 . G A 711.27 PASS AF=0.486842;AO=71;DP=149;FAO=74;FDP=152;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.0079836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0695;QD=18.7176;RBI=0.0392043;REFB=-0.0077876;REVB=0.0383828;RO=78;SAF=27;SAR=44;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298189;STB=0.517237;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0110168;OID=.;OPOS=70146230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:78:78:71:74:0.486842:44:27:32:46:46:28:32:46 chr4 70146704 . G A 902.98 PASS AF=0.403922;AO=103;DP=255;FAO=103;FDP=255;FR=.;FRO=152;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=84;FSRR=68;FWDB=-0.0264254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.47;QD=14.1643;RBI=0.0295276;REFB=0.00224419;REVB=-0.0131748;RO=150;SAF=54;SAR=49;SRF=84;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380226;STB=0.516969;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00381292;OID=.;OPOS=70146704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:150:152:103:103:0.403922:49:54:84:66:49:54:84:68 chr4 70156313 . T A 292.01 PASS AF=0.327586;AO=38;DP=116;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.0156359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.306;QD=10.0694;RBI=0.0455072;REFB=-0.0132827;REVB=-0.0427367;RO=77;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172322;STB=0.594546;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0321171;OID=.;OPOS=70156313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:77:78:38:38:0.327586:18:20:29:48:18:20:30:48 chr4 70156392 . A G 380.85 PASS AF=0.279793;AO=51;DP=189;FAO=54;FDP=193;FR=.;FRO=139;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=64;FSRR=75;FWDB=0.0180836;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.367;QD=7.89331;RBI=0.0200403;REFB=-0.0196985;REVB=0.0086371;RO=136;SAF=26;SAR=25;SRF=61;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075327;STB=0.528487;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0552799;OID=.;OPOS=70156392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:193:136:139:51:54:0.279793:25:26:61:75:27:27:64:75 chr4 70160277 . T G 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0169088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.841;QD=20.7364;RBI=0.0610784;REFB=-0.0226356;REVB=0.0586913;RO=15;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059041;STB=0.553131;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0195169;OID=.;OPOS=70160277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:12:6:6:9:12:6:7:9 chr4 70160309 . C G 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00668826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.588;QD=16.6186;RBI=0.0152709;REFB=-0.0143049;REVB=-0.0137283;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153133;STB=0.587111;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0130642;OID=.;OPOS=70160309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:15:8:14:14:15:8:14:14 chr4 70296603 . A G 1252.89 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479623;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8611;QD=61.8709;RBI=0.0992663;REFB=0;REVB=-0.0869105;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431808;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr4 70296618 . G C 204.57 PASS AF=0.267857;AO=30;DP=112;FAO=30;FDP=112;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0348804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.362;QD=7.30607;RBI=0.0465706;REFB=-0.00302917;REVB=-0.0308573;RO=78;SAF=8;SAR=22;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270843;STB=0.64865;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0286813;OID=.;OPOS=70296618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:78:82:30:30:0.267857:22:8:37:41:22:8:37:45 chr4 70296641 . A G 240.77 PASS AF=0.280992;AO=34;DP=120;FAO=34;FDP=121;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.0426633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.644;QD=7.95918;RBI=0.0559198;REFB=-0.0201835;REVB=-0.0361506;RO=86;SAF=12;SAR=22;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126852;STB=0.571822;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0523937;OID=.;OPOS=70296641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:86:87:34:34:0.280992:22:12:39:47:22:12:39:48 chr4 70296644 . A G 265.15 PASS AF=0.302521;AO=36;DP=119;FAO=36;FDP=119;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0106642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.299;QD=8.91263;RBI=0.0361743;REFB=-0.0103215;REVB=-0.0345667;RO=83;SAF=13;SAR=23;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105074;STB=0.561763;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00987664;OID=.;OPOS=70296644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:83:83:36:36:0.302521:23:13:37:46:23:13:37:46 chr4 70296648 . T G 247.96 PASS AF=0.29661;AO=34;DP=117;FAO=35;FDP=118;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0060614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.738;QD=8.40541;RBI=0.014239;REFB=-0.00246545;REVB=-0.0128845;RO=81;SAF=12;SAR=22;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997361;STB=0.554404;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0137351;OID=.;OPOS=70296648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:81:83:34:35:0.29661:22:12:35:46:22:13:37:46 chr4 70296653 . GCCT TGGG 239.18 PASS AF=0.305556;AO=32;DP=110;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.0109193;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=4;MLLD=314.626;QD=8.8586;RBI=0.0141068;REFB=-0.00536365;REVB=0.0089315;RO=73;SAF=10;SAR=22;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110501;STB=0.559963;STBP=0.41;TYPE=mnp;VARB=0.0117943;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:73:75:32:33:0.305556:22:10:29:44:22:11:31:44 chr4 70296660 . A G 302.38 PASS AF=0.333333;AO=39;DP=117;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0102963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3074;QD=10.3377;RBI=0.0158738;REFB=-0.000604417;REVB=-0.0120816;RO=78;SAF=16;SAR=23;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453168;STB=0.526231;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.000963676;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:78:78:39:39:0.333333:23:16:35:43:23:16:35:43 chr4 70296662 . C T 808.21 PASS AF=0.634783;AO=73;DP=116;FAO=73;FDP=115;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00348397;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.295;QD=28.1117;RBI=0.0414497;REFB=-0.01886;REVB=0.041303;RO=39;SAF=31;SAR=42;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265234;STB=0.501462;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00666171;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:39:42:73:73:0.634783:42:31:15:24:42:31:18:24 chr4 70296734 . T C 265.57 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00404113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.138;QD=11.0654;RBI=0.00616439;REFB=0.000818202;REVB=0.00465501;RO=64;SAF=12;SAR=20;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110822;STB=0.564475;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00136078;OID=.;OPOS=70296734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:64:32:32:0.333333:20:12:30:34:20:12:30:34 chr4 70355211 . T C 1697.62 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.806;QD=59.5658;RBI=0.0120469;REFB=-0.127872;REVB=-0.00624234;RO=1;SAF=63;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747729;STB=0.503936;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00021581;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:114:1:1:112:113:0.991228:49:63:1:0:50:63:1:0 chr4 70513139 . C T 1492.57 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4966;QD=58.5323;RBI=0.0312455;REFB=-0.111171;REVB=-0.0233179;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.505154;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000772322;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:0:1:101:101:0.990196:48:53:0:0:48:53:0:1 chr4 70599952 . C T 2144.37 PASS AF=0.440385;AO=229;DP=522;FAO=229;FDP=520;FR=.;FRO=291;FSAF=104;FSAR=125;FSRF=140;FSRR=151;FWDB=-0.0293776;FXX=0.00383134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5664;QD=16.4952;RBI=0.0644573;REFB=-0.0187867;REVB=-0.0573734;RO=289;SAF=104;SAR=125;SRF=139;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271979;STB=0.515167;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0229195;OID=.;OPOS=70599952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:522:520:289:291:229:229:0.440385:125:104:139:150:125:104:140:151 chr4 70821025 . A G 463.04 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.020436;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3745;QD=17.4731;RBI=0.0724376;REFB=-0.0112182;REVB=0.0694951;RO=56;SAF=21;SAR=29;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799583;STB=0.544366;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0119944;OID=.;OPOS=70821025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:56:56:50:50:0.471698:29:21:19:37:29:21:19:37 chr4 70898907 . C T 805.48 PASS AF=0.535211;AO=75;DP=142;FAO=76;FDP=142;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.00918848;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.034;QD=22.6895;RBI=0.016692;REFB=-0.0121217;REVB=0.0139354;RO=65;SAF=32;SAR=43;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774732;STB=0.534964;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0102329;OID=.;OPOS=70898907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:65:66:75:76:0.535211:43:32:22:43:44:32:23:43 chr4 70898953 . C T 563.59 PASS AF=0.483607;AO=58;DP=121;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0276304;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8887;QD=18.4784;RBI=0.0396765;REFB=-0.00749142;REVB=-0.0284743;RO=61;SAF=19;SAR=39;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17643;STB=0.583426;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00972469;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:61:63:58:59:0.483607:39:19:31:30:39:20:31:32 chr4 70944452 . G A 4530.49 PASS AF=1;AO=284;DP=291;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108687;FXX=0.0240542;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.852;QD=63.8097;RBI=0.0245941;REFB=0;REVB=0.0220622;RO=0;SAF=122;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44926e-05;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:291:284:0:0:284:284:1:162:122:0:0:162:122:0:0 chr4 71114956 . G T 962.02 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.053;QD=58.3042;RBI=0.0242794;REFB=0;REVB=0.0238355;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120081;OID=.;OPOS=71114956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:42:23:0:0:42:24:0:0 chr4 71201388 . C T 759.06 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0207044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6002;QD=53.2675;RBI=0.0262205;REFB=-0.0741346;REVB=0.0160886;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516123;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00113252;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:0:2:55:55:0.964912:30:25:0:0:30:25:0:2 chr4 71201597 . C T 297.41 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00805406;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.29;QD=15.2517;RBI=0.0115291;REFB=-0.00439774;REVB=0.00824937;RO=45;SAF=15;SAR=18;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169736;STB=0.595786;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00734185;OID=.;OPOS=71201597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:45:33:33:0.423077:18:15:28:17:18:15:28:17 chr4 71232388 . G A 548.07 PASS AF=0.395062;AO=64;DP=162;FAO=64;FDP=162;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.00432767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.807;QD=13.5327;RBI=0.00774783;REFB=-0.00922444;REVB=-0.00642652;RO=98;SAF=47;SAR=17;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242324;STB=0.637551;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0177158;OID=.;OPOS=71232388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:98:98:64:64:0.395062:17:47:52:46:17:47:52:46 chr4 71232430 . T C 1525.54 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0444305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1805;QD=61.638;RBI=0.0482382;REFB=-0.180861;REVB=0.0187846;RO=1;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783967;STB=0.504064;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00297356;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:97:98:0.989899:60:37:0:1:61:37:0:1 chr4 71232701 . C T 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0216707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9412;QD=13.4543;RBI=0.0762682;REFB=-0.0286051;REVB=0.0731246;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.624759;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0506062;OID=.;OPOS=71232701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:8:3:6:8:8:3:7:8 chr4 71255767 . A G 594.34 PASS AF=0.567308;AO=58;DP=104;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.00971706;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.137;QD=22.8594;RBI=0.0423398;REFB=-0.0195253;REVB=0.0412097;RO=45;SAF=23;SAR=35;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111407;STB=0.55741;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0103336;OID=.;OPOS=71255767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:45:45:58:59:0.567308:35:23:12:33:36:23:12:33 chr4 71339723 . G A 285.87 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0104024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8453;QD=15.6641;RBI=0.0238792;REFB=-0.0305771;REVB=-0.0214943;RO=40;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377727;STB=0.527129;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0398954;OID=.;OPOS=71339723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:41:32:32:0.438356:18:14:16:24:18:14:16:25 chr4 71339728 . C T 314.87 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0169117;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.115;QD=17.0198;RBI=0.0399996;REFB=-0.0199177;REVB=-0.0362486;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652752;STB=0.536564;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0322554;OID=.;OPOS=71339728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:34:34:0.459459:19:15:15:25:19:15:15:25 chr4 71346701 . C G 208.02 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0182733;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=132.335;QD=15.6995;RBI=0.0192171;REFB=-0.0236102;REVB=-0.00594831;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204837;STB=0.633692;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0112802;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:25:29:24:24:0.45283:9:15:10:15:9:15:11:18 chr4 71384488 . C T 1692.22 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.907;QD=60.4363;RBI=0.043759;REFB=0;REVB=0.0134251;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4961e-05;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:112:0:0:105:112:1:47:58:0:0:47:65:0:0 chr4 71396989 . C T 723.59 PASS AF=0.481013;AO=76;DP=158;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0918177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9896;QD=18.3186;RBI=0.0923834;REFB=0.00630744;REVB=0.0102082;RO=81;SAF=26;SAR=50;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148856;STB=0.586051;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0044755;OID=.;OPOS=71396989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:81:82:76:76:0.481013:50:26:40:41:50:26:41:41 chr4 71657772 . G A 1987.76 PASS AF=0.992308;AO=127;DP=128;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00800374;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.672;QD=61.1618;RBI=0.0410775;REFB=-0.0685268;REVB=0.0402902;RO=0;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000369456;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:130:0:1:127:129:0.992308:68:59:0:0:70:59:0:1 chr4 71704965 . C T 1929.68 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.736;QD=61.7498;RBI=0.0939578;REFB=0;REVB=0.054708;RO=0;SAF=71;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203716;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:125:0:0:120:125:1:49:71:0:0:49:76:0:0 chr4 71849697 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.194;QD=59.1424;RBI=0.00865212;REFB=0;REVB=-0.00538901;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25181e-05;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr4 71849888 . G T 1569.9 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292225;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.262;QD=59.8059;RBI=0.0501143;REFB=0;REVB=0.0407123;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56995e-05;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:101:105:1:54:47:0:0:55:50:0:0 chr4 71853812 . GTTT GTTG,G,GT,GTT,TGTT 142.69 PASS AF=0.296296,0.037037,0.555556,0.0740741,0.037037;AO=2,4,3,6,2;DP=30;FAO=8,1,15,2,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1,14,2,1;FSAR=7,0,1,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151164,-0.028566,-0.0238426,-0.17069,0.0063653;FXX=0.0999667;HRUN=13,13,13,13,1;LEN=1,3,2,1,2;MLLD=166.572,8.0797,7.25874,2.90882,19.2934;QD=21.1387;RBI=0.0338509,0.0402952,0.0432109,0.18698,0.0978483;REFB=-0.0353813,-0.1067,-0.111655,-0.0643486,-0.0612512;REVB=0.0302882,0.0284198,0.0360377,0.0763309,-0.097641;RO=0;SAF=1,4,3,5,2;SAR=1,0,0,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,mnp;VARB=0.0200042,0.0159609,0.169697,-0.735216,-0.134839;OID=.,.,.,.,.;OPOS=71853815,71853813,71853813,71853813,71853812;OREF=T,TTT,TT,T,GT;OALT=G,-,-,-,TG;OMAPALT=GTTG,G,GT,GTT,TGTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:43:30:27:0:0:2,4,3,6,2:8,1,15,2,1:0.296296,0.037037,0.555556,0.0740741,0.037037:1,0,0,1,0:1,4,3,5,2:0:0:7,0,1,0,0:1,1,14,2,1:0:0 chr4 72425863 . C T 993.26 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0415996;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.57;QD=55.1813;RBI=0.055962;REFB=-0.115738;REVB=0.0374328;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512773;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00165088;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:73:72:0:3:69:69:0.958333:43:26:0:0:43:26:2:1 chr4 72433545 . A C 740.09 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=133;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0216296;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.334;QD=22.4268;RBI=0.0224793;REFB=-0.019499;REVB=0.00612217;RO=60;SAF=36;SAR=35;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00805157;STB=0.50811;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0199668;OID=.;OPOS=72433545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:60:61:71:71:0.537879:35:36:31:29:35:36:32:29 chr4 72433642 . TG T,TT 400.29 PASS AF=0.347826,0;AO=43,12;DP=146;FAO=48,0;FDP=138;FR=.;FRO=90;FSAF=22,0;FSAR=26,0;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.0265805,-0.0263921;FXX=0.0416638;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=259.043,260.636;QD=11.6026;RBI=0.0284485,0.0270138;REFB=-0.00965881,-0.00865346;REVB=0.0101387,0.00576228;RO=87;SAF=21,3;SAR=22,9;SRF=37;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0732919,-0.231576;STB=0.5238,0.5;STBP=0.698,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0190989,0;OID=.,.;OPOS=72433643,72433643;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826,0:43,12:146:48,0:138:90:22,0:26,0:38:52:99:87:21,3:22,9:37:50 chr4 72434406 . G C 384.67 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.0221779;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.338;QD=13.6167;RBI=0.0222396;REFB=-0.00574886;REVB=-0.00165459;RO=66;SAF=11;SAR=34;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135565;STB=0.581016;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00834282;OID=.;OPOS=72434406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:66:68:45:45:0.39823:34:11:23:43:34:11:24:44 chr4 72436804 . G A 2368.77 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.454;QD=61.1294;RBI=0.0416687;REFB=0;REVB=0.0392152;RO=0;SAF=76;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51355e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87197e-05;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:79:76:0:0:79:76:0:0 chr4 72618296 . T C 4242.08 PASS AF=1;AO=270;DP=272;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706025;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.606;QD=62.6137;RBI=0.0241095;REFB=-0.0571413;REVB=0.0230526;RO=1;SAF=115;SAR=155;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29166e-06;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:272:271:1:0:270:271:1:155:115:0:1:156:115:0:0 chr4 72618334 . A C 780.33 PASS AF=0.329932;AO=97;DP=294;FAO=97;FDP=294;FR=.;FRO=197;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=76;FSRR=121;FWDB=0.0207483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.661;QD=10.6167;RBI=0.022349;REFB=0.00239436;REVB=-0.00830572;RO=194;SAF=43;SAR=54;SRF=74;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738314;STB=0.53938;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00513794;OID=.;OPOS=72618334;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:194:197:97:97:0.329932:54:43:74:120:54:43:76:121 chr4 72649774 . G A 524.15 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0241119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8758;QD=21.3937;RBI=0.0241477;REFB=-0.0389674;REVB=0.00131423;RO=47;SAF=13;SAR=37;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246655;STB=0.633153;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0341966;OID=.;OPOS=72649774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:48:50:50:0.510204:37:13:24:23:37:13:24:24 chr4 73414286 . C T 1353.57 PASS AF=1;AO=64;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.674;QD=62.9566;RBI=0.0834496;REFB=0;REVB=0.0832254;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426416;OID=.;OPOS=73414286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:64:86:1:25:39:0:0:47:39:0:0 chr4 73433122 . GA G 338.41 PASS AF=0.504673;AO=52;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.141754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.5329;QD=12.651;RBI=0.145803;REFB=-0.0111732;REVB=-0.0341194;RO=53;SAF=21;SAR=31;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106215;STB=0.513567;STBP=0.785;TYPE=del;VARB=0.00666645;OID=.;OPOS=73433123;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.504673:52:107:54:107:53:21:33:22:31:99:53:21:31:22:31 chr4 73930552 . G A 579.28 PASS AF=0.513043;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.0173912;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.271;QD=20.1489;RBI=0.0288543;REFB=-0.0162463;REVB=-0.0230243;RO=56;SAF=22;SAR=37;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668341;STB=0.536745;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0126801;OID=.;OPOS=73930552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:56:56:59:59:0.513043:37:22:17:39:37:22:17:39 chr4 73956736 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00790087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.341;QD=12.8675;RBI=0.00826423;REFB=-0.015528;REVB=0.00242359;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140607;STB=0.583179;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.019483;OID=.;OPOS=73956736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:8:8:7:4:8:8 chr4 73991006 . T C 1752.82 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.41;QD=59.9254;RBI=0.0263906;REFB=-0.143349;REVB=0.0023298;RO=0;SAF=43;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=7.69352e-05;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:116:116:0.991453:73:43:0:0:73:43:0:1 chr4 74285239 . C T 146.84 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0279556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.001;QD=11.2957;RBI=0.0379966;REFB=-0.00504764;REVB=-0.0257337;RO=34;SAF=14;SAR=4;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282547;STB=0.668138;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0152805;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:4:14:19:15:4:14:19:15 chr4 74302071 . T A 454.14 PASS AF=0.517241;AO=43;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0047231;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.691;QD=20.8801;RBI=0.030728;REFB=-0.0214201;REVB=0.0303628;RO=41;SAF=23;SAR=20;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105688;STB=0.550436;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0172715;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:42:43:45:0.517241:20:23:17:24:21:24:18:24 chr4 74302870 . T C 555.49 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=142;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0274659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6183;QD=15.5381;RBI=0.03623;REFB=0.00191861;REVB=0.023627;RO=82;SAF=36;SAR=24;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921661;STB=0.548555;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00285643;OID=.;OPOS=74302870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:82:83:60:60:0.41958:24:36:42:40:24:36:43:40 chr4 74318330 . A G 1506.59 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0422912;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.402;QD=61.4934;RBI=0.0434929;REFB=-0.192027;REVB=0.0101532;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00141366;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:98:0:2:95:96:0.979592:40:55:0:0:40:56:2:0 chr4 74447510 . A C 3155.63 PASS AF=0.967742;AO=210;DP=217;FAO=210;FDP=217;FR=.;FRO=7;FSAF=103;FSAR=107;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00449942;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.815;QD=58.1684;RBI=0.0137507;REFB=0.0127365;REVB=-0.0129938;RO=7;SAF=103;SAR=107;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00380219;STB=0.501998;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.000140214;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:217:217:7:7:210:210:0.967742:107:103:3:4:107:103:3:4 chr4 74714098 . G A 1039.45 PASS AF=0.439689;AO=112;DP=259;FAO=113;FDP=257;FR=.;FRO=144;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=72;FSRR=72;FWDB=-0.0450821;FXX=0.00772171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.014;QD=16.1782;RBI=0.0463403;REFB=-0.0105567;REVB=-0.0107249;RO=144;SAF=66;SAR=46;SRF=73;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845929;STB=0.552858;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0159636;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:257:144:144:112:113:0.439689:46:66:73:71:46:67:72:72 chr4 74847598 . C T 2019.29 PASS AF=0.524064;AO=195;DP=374;FAO=196;FDP=374;FR=.;FRO=178;FSAF=104;FSAR=92;FSRF=110;FSRR=68;FWDB=0.0150708;FXX=0.00795735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4869;QD=21.5966;RBI=0.0533573;REFB=-0.016931;REVB=0.0511846;RO=177;SAF=103;SAR=92;SRF=109;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771082;STB=0.541947;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0171407;OID=.;OPOS=74847598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:374:177:178:195:196:0.524064:92:103:109:68:92:104:110:68 chr4 74863997 . T C 2356.15 PASS AF=0.97561;AO=155;DP=160;FAO=160;FDP=164;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0419238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0255;QD=57.467;RBI=0.0649367;REFB=-0.142469;REVB=0.04959;RO=5;SAF=76;SAR=79;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172582;STB=0.511763;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00340988;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:160:164:5:4:155:160:0.97561:79:76:1:4:83:77:0:4 chr4 74963049 . C T 365.69 PASS AF=0.37931;AO=42;DP=115;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0183332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.815;QD=12.6098;RBI=0.0221634;REFB=-0.0211781;REVB=-0.0124544;RO=72;SAF=25;SAR=17;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136094;STB=0.509603;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0403998;OID=.;OPOS=74963049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:72:72:42:44:0.37931:17:25:42:30:19:25:42:30 chr4 75023609 . T C 3667.94 PASS AF=1;AO=233;DP=233;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106987;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2059;QD=62.969;RBI=0.120757;REFB=0.0282401;REVB=-0.0560006;RO=0;SAF=158;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445543;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:233:233:0:0:233:233:1:75:158:0:0:75:158:0:0 chr4 75023709 . C T 1813.87 PASS AF=0.423077;AO=196;DP=463;FAO=198;FDP=468;FR=.;FRO=270;FSAF=115;FSAR=83;FSRF=162;FSRR=108;FWDB=0.00918163;FXX=0.0168064;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.041;QD=15.5032;RBI=0.0146029;REFB=-0.0177783;REVB=-0.0113553;RO=253;SAF=113;SAR=83;SRF=159;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546358;STB=0.51141;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0224414;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:468:253:270:196:198:0.423077:83:113:159:94:83:115:162:108 chr4 75025849 . CTTTTT CTTTTA,CTTTT 82.52 PASS AF=0.0625,0.178571;AO=8,29;DP=113;FAO=7,20;FDP=112;FR=.;FRO=85;FSAF=5,11;FSAR=2,9;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0752076,-0.122584;FXX=0.00884877;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=194.485,6.80941;QD=2.94709;RBI=0.075208,0.261182;REFB=-0.0151462,-0.164157;REVB=-0.000248043,0.230628;RO=57;SAF=6,19;SAR=2,10;SRF=17;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.502788,0.391372;STB=0.771882,0.619603;STBP=0.161,0.245;TYPE=snp,del;VARB=0.112883,0.0760662;OID=.,.;OPOS=75025854,75025850;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=CTTTTA,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0625,0.178571:8,29:113:7,20:112:85:5,11:2,9:34:51:40:57:6,19:2,10:17:40 chr4 75046465 . C G 1209.15 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8103;QD=60.4575;RBI=0.0253406;REFB=0;REVB=-0.0234237;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515056;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:77:80:1:36:41:0:0:36:44:0:0 chr4 75168785 . A G 628.4 PASS AF=0.588235;AO=60;DP=102;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0602991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.239;QD=24.643;RBI=0.0619301;REFB=-0.0210252;REVB=0.0141193;RO=42;SAF=30;SAR=30;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359557;STB=0.519601;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0191264;OID=.;OPOS=75168785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:42:42:60:60:0.588235:30:30:19:23:30:30:19:23 chr4 75248434 . A G 751.11 PASS AF=0.503448;AO=73;DP=145;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0354722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.712;QD=20.7204;RBI=0.0373437;REFB=0.00185394;REVB=-0.0116738;RO=71;SAF=34;SAR=39;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112329;STB=0.558176;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00130225;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:71:72:73:73:0.503448:39:34:42:29:39:34:42:30 chr4 75254282 . G A 801.99 PASS AF=0.427136;AO=84;DP=198;FAO=85;FDP=199;FR=.;FRO=114;FSAF=26;FSAR=59;FSRF=43;FSRR=71;FWDB=0.00214777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.532;QD=16.1204;RBI=0.00512127;REFB=-0.00671259;REVB=-0.00464914;RO=113;SAF=25;SAR=59;SRF=42;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871427;STB=0.546358;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00874373;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:113:114:84:85:0.427136:59:25:42:71:59:26:43:71 chr4 75675841 . A T 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00456083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.346;QD=21.9743;RBI=0.0122837;REFB=-0.0306025;REVB=0.0114056;RO=37;SAF=21;SAR=22;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046996;STB=0.525905;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0251405;OID=.;OPOS=75675841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:22:21:16:21:22:21:16:21 chr4 76407217 . A ACT,T 660.18 PASS AF=0.388535,0.0828025;AO=59,14;DP=161;FAO=61,13;FDP=157;FR=.;FRO=83;FSAF=27,11;FSAR=34,2;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.00518972,0.0161685;FXX=0.0248432;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=238.017,89.99;QD=16.82;RBI=0.0192336,0.0225514;REFB=0.0068668,-0.0165659;REVB=-0.0185203,0.0157209;RO=84;SAF=25,11;SAR=34,3;SRF=39;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0430559,0.403879;STB=0.505196,0.850968;STBP=0.922,0.014;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0116437,0.0317563;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:157:84:83:59,14:61,13:0.388535,0.0828025:34,3:25,11:39:45:34,2:27,11:36:47 chr4 76407219 . T C 669.04 PASS AF=0.442424;AO=73;DP=166;FAO=73;FDP=165;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.0075753;FXX=0.00602373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.466;QD=16.2192;RBI=0.0329194;REFB=-0.00463408;REVB=-0.0320359;RO=88;SAF=37;SAR=36;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849451;STB=0.540135;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00535595;OID=.;OPOS=76407219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:88:92:73:73:0.442424:36:37:37:51:36:37:40:52 chr4 76489582 . G A 2330.4 PASS AF=0.986667;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0203897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.368;QD=62.144;RBI=0.0238809;REFB=-0.0573981;REVB=0.0124321;RO=2;SAF=55;SAR=92;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102262;STB=0.505376;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-3.5542e-06;OID=.;OPOS=76489582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:150:2:2:147:148:0.986667:92:55:0:2:92:56:0:2 chr4 76720885 . T C 1629.5 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00708258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.409;QD=58.1965;RBI=0.0175206;REFB=0.00334542;REVB=0.0160252;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508063;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=2.38063e-05;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:0:2:110:110:0.982143:61:49:0:0:61:49:0:2 chr4 76722353 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4796;QD=56.1881;RBI=0.0746989;REFB=0;REVB=-0.0688269;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000851938;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr4 76787673 . T C 1587.28 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8066;QD=59.8974;RBI=0.111005;REFB=0;REVB=0.107162;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427502;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:106:0:0:102:106:1:61:41:0:0:65:41:0:0 chr4 76793228 . A G 2347.64 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184881;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.59;QD=63.8814;RBI=0.0984601;REFB=0;REVB=-0.0967088;RO=0;SAF=85;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38017e-05;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:146:147:1:61:85:0:0:62:85:0:0 chr4 76794345 . T G 2927.57 PASS AF=0.989691;AO=188;DP=192;FAO=192;FDP=194;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00404346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.499;QD=60.3622;RBI=0.0495879;REFB=-0.0239192;REVB=0.0494228;RO=3;SAF=92;SAR=96;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00466829;STB=0.500215;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00254097;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:192:194:3:2:188:192:0.989691:96:92:1:2:100:92:1:1 chr4 76805902 . C T 1796.0 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492122;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.795;QD=61.4017;RBI=0.0180175;REFB=0;REVB=0.0173324;RO=0;SAF=40;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012273;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:117:117:1:77:40:0:0:77:40:0:0 chr4 76807218 . C G 1434.0 PASS AF=0.697674;AO=120;DP=172;FAO=120;FDP=172;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=90;FSRF=12;FSRR=40;FWDB=-0.0195892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1601;QD=33.3489;RBI=0.0600575;REFB=-0.000584525;REVB=-0.0567729;RO=52;SAF=30;SAR=90;SRF=12;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145838;STB=0.507811;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=3.23648e-05;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:52:52:120:120:0.697674:90:30:12:40:90:30:12:40 chr4 76807249 . C G 1253.4 PASS AF=0.623596;AO=111;DP=178;FAO=111;FDP=178;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=86;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00787972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6698;QD=28.1662;RBI=0.00788539;REFB=0.0124368;REVB=0.000298928;RO=66;SAF=25;SAR=86;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163312;STB=0.59324;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0284461;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:66:67:111:111:0.623596:86:25:27:39:86:25:28:39 chr4 76807252 . C A 1198.18 PASS AF=0.608939;AO=107;DP=175;FAO=109;FDP=179;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=83;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.026884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4931;QD=26.775;RBI=0.0294914;REFB=-0.0431101;REVB=0.0121241;RO=68;SAF=24;SAR=83;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147879;STB=0.579653;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0295742;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:179:68:70:107:109:0.608939:83:24:26:42:83:26:28:42 chr4 76807270 . C T 1235.6 PASS AF=0.595745;AO=107;DP=184;FAO=112;FDP=188;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=86;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0155678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.466;QD=26.2893;RBI=0.01728;REFB=-0.0177714;REVB=0.00749941;RO=75;SAF=22;SAR=85;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252203;STB=0.613689;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.013606;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:188:75:76:107:112:0.595745:85:22:35:40:86:26:35:41 chr4 76807288 . A G 1206.15 PASS AF=0.569948;AO=110;DP=193;FAO=110;FDP=193;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=84;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0271988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.27;QD=24.9979;RBI=0.0272835;REFB=-0.017415;REVB=-0.00214731;RO=83;SAF=26;SAR=84;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260577;STB=0.642544;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00971999;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:83:83:110:110:0.569948:84:26:43:40:84:26:43:40 chr4 76807302 . A G 1192.57 PASS AF=0.56701;AO=109;DP=193;FAO=110;FDP=194;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=85;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.00660272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1;QD=24.5891;RBI=0.0279175;REFB=0.00942752;REVB=-0.0271254;RO=84;SAF=24;SAR=85;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279449;STB=0.647227;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0188634;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:84:84:109:110:0.56701:85:24:43:41:85:25:43:41 chr4 76807304 . A G 1191.47 PASS AF=0.564767;AO=109;DP=193;FAO=109;FDP=193;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=84;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0114204;FXX=0.00515437;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.524;QD=24.6937;RBI=0.0170684;REFB=0.00765045;REVB=-0.0126848;RO=84;SAF=25;SAR=84;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267201;STB=0.646344;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00604365;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:84:84:109:109:0.564767:84:25:43:41:84:25:43:41 chr4 76807313 . C A 1155.54 PASS AF=0.565445;AO=106;DP=192;FAO=108;FDP=191;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=82;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0293505;FXX=0.00520806;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.091;QD=24.1998;RBI=0.030102;REFB=-0.0295414;REVB=0.00668399;RO=84;SAF=24;SAR=82;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283826;STB=0.640742;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00720976;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:84:83:106:108:0.565445:82:24:44:40:82:26:43:40 chr4 76807325 . T A 590.11 PASS AF=0.416149;AO=67;DP=161;FAO=67;FDP=161;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.0025126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.3;QD=14.6611;RBI=0.00256688;REFB=-0.0120033;REVB=-0.000525073;RO=94;SAF=22;SAR=45;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240219;STB=0.63497;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.014085;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:94:94:67:67:0.416149:45:22:52:42:45:22:52:42 chr4 76807334 . T C 453.46 PASS AF=0.385185;AO=36;DP=136;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.0264328;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.114;QD=13.4359;RBI=0.0270712;REFB=-0.00417036;REVB=-0.00584442;RO=82;SAF=20;SAR=16;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651645;STB=0.611829;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0175466;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:82:83:36:52:0.385185:16:20:46:36:32:20:47:36 chr4 76809386 . A G 3901.09 PASS AF=1;AO=251;DP=251;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4149;QD=62.1688;RBI=0.0352862;REFB=0;REVB=0.0248869;RO=0;SAF=127;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.38803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77052e-05;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:251:251:0:0:251:251:1:124:127:0:0:124:127:0:0 chr4 76836137 . A G 712.17 PASS AF=0.503597;AO=70;DP=139;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0574485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9758;QD=20.4941;RBI=0.0581212;REFB=-0.0200577;REVB=-0.0088171;RO=68;SAF=33;SAR=37;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404838;STB=0.525536;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0240801;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:68:69:70:70:0.503597:37:33:29:39:37:33:29:40 chr4 76857309 . C T 473.23 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0191266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5644;QD=21.2689;RBI=0.0287374;REFB=0.00453258;REVB=-0.0214479;RO=43;SAF=25;SAR=21;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279703;STB=0.515457;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0051891;OID=.;OPOS=76857309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:21:25:22:21:21:25:22:21 chr4 76857388 . C T 300.62 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00421523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.699;QD=21.4728;RBI=0.00869197;REFB=-0.0201246;REVB=-0.00760146;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143873;STB=0.569416;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0136049;OID=.;OPOS=76857388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:25:31:31:0.553571:15:16:8:16:15:16:9:16 chr4 76878688 . G A 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00213918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.993;QD=14.3842;RBI=0.015303;REFB=-0.0258178;REVB=-0.0151527;RO=50;SAF=24;SAR=10;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362439;STB=0.705761;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0295792;OID=.;OPOS=76878688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:10:24:18:32:10:24:18:32 chr4 76878807 . T C 497.17 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0226385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.546;QD=16.7115;RBI=0.0231225;REFB=-0.0372258;REVB=0.0047062;RO=65;SAF=25;SAR=29;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777751;STB=0.543291;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0446828;OID=.;OPOS=76878807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:29:25:25:40:29:25:25:40 chr4 76942943 . C G 1914.92 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7683;QD=61.7717;RBI=0.0476461;REFB=0;REVB=-0.0445515;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275989;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:58:66:0:0:58:66:0:0 chr4 76943137 . G C 2512.66 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0855414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8983;QD=60.9129;RBI=0.0865946;REFB=-0.0879349;REVB=-0.0134646;RO=0;SAF=66;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.52816e-08;STB=0.503759;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000579099;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:0:1:164:164:0.993939:98:66:0:0:98:66:1:0 chr4 76955914 . T C 1345.87 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.339;QD=61.8789;RBI=0.0449607;REFB=0;REVB=0.0359916;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20866e-05;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:87:0:0:82:87:1:46:36:0:0:50:37:0:0 chr4 76956188 . T C 1855.47 PASS AF=0.97619;AO=123;DP=126;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-2.18743e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.542;QD=58.9038;RBI=0.00336781;REFB=-0.162394;REVB=0.00336774;RO=0;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60146e-08;STB=0.510947;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000331401;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:126:126:0:3:123:123:0.97619:67:56:0:0:67:56:0:3 chr4 77033590 . C T 840.78 PASS AF=0.425926;AO=92;DP=215;FAO=92;FDP=216;FR=.;FRO=124;FSAF=27;FSAR=65;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=-0.0327221;FXX=0.018181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.724;QD=15.57;RBI=0.0363882;REFB=-0.040233;REVB=-0.0159175;RO=121;SAF=27;SAR=65;SRF=55;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180633;STB=0.600356;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0459113;OID=.;OPOS=77033590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:121:124:92:92:0.425926:65:27:55:66:65:27:56:68 chr4 77055474 . A G 765.11 PASS AF=0.5;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=63;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.00809474;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.097;QD=20.6788;RBI=0.00815642;REFB=-0.0152634;REVB=0.00100116;RO=73;SAF=11;SAR=63;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268692;STB=0.656201;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0187348;OID=.;OPOS=77055474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:73:74:74:74:0.5:63:11:25:48:63:11:26:48 chr4 77057501 . A G 1033.02 PASS AF=0.49763;AO=105;DP=211;FAO=105;FDP=211;FR=.;FRO=106;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.00281862;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.417;QD=19.5833;RBI=0.0148721;REFB=-0.000304998;REVB=0.0146026;RO=106;SAF=51;SAR=54;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128286;STB=0.507049;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.000822728;OID=.;OPOS=77057501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:106:106:105:105:0.49763:54:51:50:56:54:51:50:56 chr4 77065318 . C CTGT,T 723.85 PASS AF=0.375,0.0909091;AO=62,16;DP=184;FAO=66,16;FDP=176;FR=.;FRO=94;FSAF=42,9;FSAR=24,7;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.0128781,-0.0285999;FXX=0.0056494;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=152.143,208.266;QD=16.4511;RBI=0.0171081,0.0356835;REFB=-0.0231547,-0.00760821;REVB=-0.0112624,-0.0213391;RO=104;SAF=40,9;SAR=22,7;SRF=55;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.133699,0.042218;STB=0.557652,0.51722;STBP=0.243,0.888;TYPE=ins,snp;VARB=0.0261716,0.0471269;OID=.,.;OPOS=77065319,77065318;OREF=-,C;OALT=TGT,T;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:176:104:94:62,16:66,16:0.375,0.0909091:22,7:40,9:55:49:24,7:42,9:51:43 chr4 77065580 . T C 496.04 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00791432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.243;QD=17.8752;RBI=0.0108012;REFB=-0.0240883;REVB=0.00735042;RO=58;SAF=20;SAR=33;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019532;STB=0.501084;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0233653;OID=.;OPOS=77065580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:33:20:22:36:33:20:22:36 chr4 77081814 . G C 233.65 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00795702;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.526;QD=12.6299;RBI=0.00835798;REFB=-0.0102493;REVB=0.00255769;RO=45;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813884;STB=0.551964;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0142184;OID=.;OPOS=77081814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:46:28:28:0.378378:16:12:16:29:16:12:16:30 chr4 77105911 . A G 102.78 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.022396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.958;QD=17.8754;RBI=0.0228757;REFB=-0.028967;REVB=0.00466027;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822389;STB=0.562393;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0275104;OID=.;OPOS=77105911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:4:7:6:5:4:8:6:5 chr4 77177570 . C T 823.64 PASS AF=0.442786;AO=87;DP=199;FAO=89;FDP=201;FR=.;FRO=112;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.0131094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1719;QD=16.3908;RBI=0.0413289;REFB=-0.000834855;REVB=0.0391946;RO=112;SAF=39;SAR=48;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00188823;STB=0.501695;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00108283;OID=.;OPOS=77177570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:112:112:87:89:0.442786:48:39:50:62:49:40:50:62 chr4 77631425 . T A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.203;QD=61.5363;RBI=0.0202292;REFB=0;REVB=0.000579874;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36211e-05;OID=.;OPOS=77631425;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr4 77637502 . A C 2027.18 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.49;QD=62.3747;RBI=0.0102783;REFB=0;REVB=-0.00661188;RO=0;SAF=63;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30537e-06;OID=.;OPOS=77637502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:67:63:0:0:67:63:0:0 chr4 77660162 . G C 1163.49 PASS AF=0.855769;AO=89;DP=103;FAO=89;FDP=104;FR=.;FRO=15;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0421942;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6678;QD=44.7494;RBI=0.0437057;REFB=-0.0493893;REVB=-0.0113947;RO=14;SAF=51;SAR=38;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110591;STB=0.554095;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0176719;OID=.;OPOS=77660162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:103:104:14:15:89:89:0.855769:38:51:2:12:38:51:3:12 chr4 77662231 . C T 953.27 PASS AF=0.502674;AO=94;DP=187;FAO=94;FDP=187;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=0.062661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7853;QD=20.3907;RBI=0.0661716;REFB=7.55431e-06;REVB=0.0212668;RO=92;SAF=37;SAR=57;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155837;STB=0.583153;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00050092;OID=.;OPOS=77662231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:92:93:94:94:0.502674:57:37:52:40:57:37:52:41 chr4 77675505 . C T 1734.35 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171852;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.973;QD=60.8543;RBI=0.0220058;REFB=0;REVB=0.0137449;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97454e-05;OID=.;OPOS=77675505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:113:114:1:52:61:0:0:53:61:0:0 chr4 78638730 . T C 1316.45 PASS AF=0.977528;AO=84;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0360737;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6876;QD=59.1661;RBI=0.13199;REFB=-0.0956414;REVB=0.126965;RO=2;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024913;STB=0.512192;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00114757;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:84:87:0.977528:37:47:0:2:40:47:0:2 chr4 78669454 . A G 798.14 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00633522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.543;QD=49.8839;RBI=0.0182109;REFB=-0.158529;REVB=0.0170734;RO=1;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122567;STB=0.537014;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00156803;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:64:64:1:5:59:59:0.921875:38:21:0:1:38:21:4:1 chr4 78740132 . G C 1529.51 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2641;QD=63.7296;RBI=0.0286556;REFB=0;REVB=0.0270502;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38974e-05;OID=.;OPOS=78740132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:43:53:0:0:43:53:0:0 chr4 78882331 . CAAA C,CAAC 199.52 PASS AF=0.571429,0.428571;AO=8,5;DP=39;FAO=16,12;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=16,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.06807e-05,0.000102237;FXX=0.299925;HRUN=15,15;LEN=3,1;MLLD=5.67918,94.1463;QD=28.5023;RBI=0.182101,0.108312;REFB=0,0;REVB=-0.182101,-0.108312;RO=0;SAF=0,0;SAR=8,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0461802,-0.0100736;OID=.,.;OPOS=78882332,78882334;OREF=AAA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.571429,0.428571:8,5:39:16,12:28:0:0,0:16,12:0:0:97:0:0,0:8,5:0:0 chr4 78987157 . A G 945.64 PASS AF=0.462963;AO=97;DP=214;FAO=100;FDP=216;FR=.;FRO=116;FSAF=31;FSAR=69;FSRF=39;FSRR=77;FWDB=0.00120186;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.954;QD=17.5118;RBI=0.0101356;REFB=-0.0208701;REVB=0.0100641;RO=114;SAF=31;SAR=66;SRF=39;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249876;STB=0.516243;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0254655;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:114:116:97:100:0.462963:66:31:39:75:69:31:39:77 chr4 79186047 . G A 482.66 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0910635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8172;QD=16.0886;RBI=0.0971582;REFB=0.0227096;REVB=-0.0338697;RO=65;SAF=19;SAR=34;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121864;STB=0.577748;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.029872;OID=.;OPOS=79186047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:67:53:53:0.441667:34:19:31:34:34:19:33:34 chr4 79186171 . G A 1896.34 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.614;QD=61.6695;RBI=0.0506006;REFB=0;REVB=0.0476826;RO=0;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010164;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:61:62:0:0:61:62:0:0 chr4 79205699 . T A 1040.28 PASS AF=0.518135;AO=100;DP=193;FAO=100;FDP=193;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.00785955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.66;QD=21.5601;RBI=0.00787367;REFB=-0.0167207;REVB=-0.0004714;RO=93;SAF=43;SAR=57;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668869;STB=0.53666;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0162405;OID=.;OPOS=79205699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:93:93:100:100:0.518135:57:43:47:46:57:43:47:46 chr4 79238649 . T C 1285.6 PASS AF=0.5;AO=130;DP=260;FAO=130;FDP=260;FR=.;FRO=130;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=54;FSRR=76;FWDB=-0.0344829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.789;QD=19.7785;RBI=0.034737;REFB=-0.00497146;REVB=-0.00419348;RO=129;SAF=59;SAR=71;SRF=53;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395587;STB=0.519463;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00451877;OID=.;OPOS=79238649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:129:130:130:130:0.5:71:59:53:76:71:59:54:76 chr4 79240063 . A G 568.13 PASS AF=0.39521;AO=66;DP=167;FAO=66;FDP=167;FR=.;FRO=101;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=-0.0271616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0532;QD=13.6078;RBI=0.0735125;REFB=-0.00155245;REVB=-0.0683106;RO=100;SAF=30;SAR=36;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483106;STB=0.529792;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00226847;OID=.;OPOS=79240063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:100:101:66:66:0.39521:36:30:41:59:36:30:41:60 chr4 79284694 . C T 826.62 PASS AF=0.522013;AO=83;DP=159;FAO=83;FDP=159;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0135206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.08;QD=20.7955;RBI=0.0135326;REFB=-0.0199439;REVB=0.000569235;RO=75;SAF=40;SAR=43;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364155;STB=0.52287;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0176331;OID=.;OPOS=79284694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:75:76:83:83:0.522013:43:40:33:42:43:40:33:43 chr4 79387464 . A G 2803.03 PASS AF=1;AO=171;DP=173;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659179;FXX=0.00540511;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1787;QD=60.9354;RBI=0.0823665;REFB=0;REVB=0.0493869;RO=2;SAF=84;SAR=87;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111962;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599959;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:184:2:0:171:184:1:87:84:2:0:87:97:0:0 chr4 79387586 . A G 1065.04 PASS AF=0.973333;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0749633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9661;QD=56.8021;RBI=0.0750704;REFB=0.105115;REVB=0.00400897;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500917;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00882235;OID=.;OPOS=79387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:75:0:2:71:73:0.973333:38:33:0:0:39:34:1:1 chr4 79432455 . A C 1274.6 PASS AF=0.492424;AO=130;DP=264;FAO=130;FDP=264;FR=.;FRO=134;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=67;FSRR=67;FWDB=0.0033305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.698;QD=19.3121;RBI=0.0249551;REFB=-0.0133212;REVB=-0.0247319;RO=133;SAF=54;SAR=76;SRF=67;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824464;STB=0.543556;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0144787;OID=.;OPOS=79432455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:133:134:130:130:0.492424:76:54:67:66:76:54:67:67 chr4 79443850 . G A 544.42 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00227575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.753;QD=17.0131;RBI=0.0122287;REFB=-0.00936436;REVB=0.012015;RO=70;SAF=39;SAR=19;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164448;STB=0.591892;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0124043;OID=.;OPOS=79443850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:70:58:58:0.453125:19:39:36:34:19:39:36:34 chr4 79455714 . C G 458.1 PASS AF=0.368056;AO=53;DP=144;FAO=53;FDP=144;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0276196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.344;QD=12.725;RBI=0.0346611;REFB=0.00138892;REVB=0.0209415;RO=90;SAF=32;SAR=21;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140656;STB=0.583632;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00415806;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:90:91:53:53:0.368056:21:32:43:47:21:32:43:48 chr4 79455733 . C T 416.07 PASS AF=0.374046;AO=49;DP=131;FAO=49;FDP=131;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.000652999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0471;QD=12.7044;RBI=0.000673212;REFB=-0.0173418;REVB=0.000163728;RO=81;SAF=32;SAR=17;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179954;STB=0.606639;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0210346;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:81:82:49:49:0.374046:17:32:40:41:17:32:40:42 chr4 79820010 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00986457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.4;QD=12.8607;RBI=0.0165292;REFB=-0.0200704;REVB=0.0132629;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00920446;OID=.;OPOS=79820010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:4:4:3:4:4:4 chr4 79845007 . C A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.624;QD=61.2132;RBI=0.0278631;REFB=0;REVB=0.0266115;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67128e-05;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr4 80329343 . T C 587.67 PASS AF=0.495868;AO=58;DP=123;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0604112;FXX=0.0241916;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.016;QD=19.4271;RBI=0.0604277;REFB=-0.0230737;REVB=0.00141461;RO=59;SAF=22;SAR=36;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584443;STB=0.540323;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0146183;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:59:61:58:60:0.495868:36:22:26:33:38:22:27:34 chr4 80827062 . T C 3057.72 PASS AF=0.980676;AO=203;DP=209;FAO=203;FDP=207;FR=.;FRO=4;FSAF=110;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00319187;FXX=0.00956892;HRUN=5;LEN=1;MLLD=317.392;QD=59.0864;RBI=0.00464067;REFB=0.0266905;REVB=0.00336865;RO=4;SAF=110;SAR=93;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00155129;STB=0.500815;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-9.24333e-06;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:209:207:4:4:203:203:0.980676:93:110:2:2:93:110:2:2 chr4 80828555 . G A 801.98 PASS AF=0.477011;AO=83;DP=174;FAO=83;FDP=174;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=33;FWDB=-0.00578356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.336;QD=18.4364;RBI=0.00823891;REFB=-0.00152738;REVB=0.00586772;RO=90;SAF=47;SAR=36;SRF=58;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759171;STB=0.538222;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00209558;OID=.;OPOS=80828555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:90:91:83:83:0.477011:36:47:58:32:36:47:58:33 chr4 80905990 . C G 161.3 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=1;FWDB=0.0220512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.315;QD=14.0259;RBI=0.0221281;REFB=-0.0179873;REVB=-0.00184367;RO=27;SAF=17;SAR=1;SRF=26;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102441;STB=0.564039;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0272334;OID=.;OPOS=80905990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:1:17:26:1:1:17:27:1 chr4 80977078 . T G 1939.99 PASS AF=1;AO=123;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5218;QD=61.102;RBI=0.0487021;REFB=0;REVB=0.0465784;RO=0;SAF=63;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281709;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:123:127:1:60:63:0:0:60:67:0:0 chr4 81124596 . G C 1963.42 PASS AF=0.51752;AO=192;DP=372;FAO=192;FDP=371;FR=.;FRO=179;FSAF=92;FSAR=100;FSRF=83;FSRR=96;FWDB=0.0224428;FXX=0.0026881;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1327;QD=21.169;RBI=0.0385074;REFB=-0.00805027;REVB=0.0312912;RO=178;SAF=92;SAR=100;SRF=81;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213064;STB=0.507485;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00846343;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:371:178:179:192:192:0.51752:100:92:81:97:100:92:83:96 chr4 81207963 . A G 90.42 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00149362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.398;QD=7.8622;RBI=0.0119776;REFB=-0.0040552;REVB=-0.0118841;RO=34;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132298;STB=0.508183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0133424;OID=.;OPOS=81207963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:4:8:23:11:4:8:23:11 chr4 81222462 . C A 510.94 PASS AF=0.416058;AO=52;DP=131;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=0.0082448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.247;QD=14.9179;RBI=0.0204398;REFB=-0.00986553;REVB=-0.0187032;RO=75;SAF=20;SAR=32;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07311;STB=0.532855;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0163519;OID=.;OPOS=81222462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:137:75:80:52:57:0.416058:32:20:24:51:34:23:28:52 chr4 81504292 . G A 2060.27 PASS AF=0.409982;AO=230;DP=561;FAO=230;FDP=561;FR=.;FRO=331;FSAF=112;FSAR=118;FSRF=147;FSRR=184;FWDB=-0.0588457;FXX=0.00177933;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.933;QD=14.69;RBI=0.0605442;REFB=0.000305384;REVB=-0.0142403;RO=331;SAF=112;SAR=118;SRF=147;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454784;STB=0.525329;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000495465;OID=.;OPOS=81504292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:561:561:331:331:230:230:0.409982:118:112:147:184:118:112:147:184 chr4 81529518 . T C 1746.11 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.828;QD=60.7343;RBI=0.0650082;REFB=0;REVB=0.0649145;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52897e-05;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:63:51:0:0:63:52:0:0 chr4 81884722 . G A 2811.27 PASS AF=0.994475;AO=180;DP=181;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=113;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0039086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.202;QD=62.1275;RBI=0.00526789;REFB=-0.0311724;REVB=-0.00353178;RO=1;SAF=67;SAR=113;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705238;STB=0.503703;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=3.49552e-05;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:181:1:1:180:180:0.994475:113:67:1:0:113:67:1:0 chr4 81967150 . G A 388.28 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00496333;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.656;QD=20.988;RBI=0.00513688;REFB=-0.00910199;REVB=-0.00132397;RO=36;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00930292;STB=0.502091;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00582705;OID=.;OPOS=81967150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:36:35:39:39:0.527027:18:21:19:17:18:21:19:16 chr4 81967188 . C T 1052.72 PASS AF=1;AO=56;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.216;QD=59.308;RBI=0.0900912;REFB=0;REVB=0.00675481;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296025;OID=.;OPOS=81967188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:56:71:1:38:18:0:0:38:33:0:0 chr4 81967502 . TA T 30.94 PASS AF=0.223881;AO=19;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.210875;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.4381;QD=1.84731;RBI=0.21404;REFB=-0.0483714;REVB=0.0366745;RO=42;SAF=1;SAR=18;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564397;STB=0.864087;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.0957251;OID=.;OPOS=81967503;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223881:19:67:15:67:52:1:14:20:32:30:42:1:18:14:28 chr4 81974809 . T C 441.8 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0166335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.925;QD=19.8563;RBI=0.030489;REFB=-0.0151347;REVB=0.025552;RO=45;SAF=13;SAR=30;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396286;STB=0.530672;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0175139;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:43:44:0.494382:30:13:12:33:30:14:12:33 chr4 81975088 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.955;QD=58.0603;RBI=0.0499642;REFB=0;REVB=0.0138222;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5406e-05;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr4 81977690 . C T 233.38 PASS AF=0.301887;AO=32;DP=105;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.00345757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.201;QD=8.80681;RBI=0.00628657;REFB=-0.0132259;REVB=-0.00525035;RO=69;SAF=5;SAR=27;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418135;STB=0.743129;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0259859;OID=.;OPOS=81977690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:69:74:32:32:0.301887:27:5:31:38:27:5:32:42 chr4 81977730 . A T 2136.08 PASS AF=0.978723;AO=137;DP=141;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0239868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.083;QD=60.5981;RBI=0.0244559;REFB=-0.051703;REVB=0.00476691;RO=1;SAF=48;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980062;STB=0.507206;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000187031;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:141:141:1:3:137:138:0.978723:89:48:1:0:89:49:2:1 chr4 82025509 . G T 726.78 PASS AF=0.41;AO=82;DP=201;FAO=82;FDP=200;FR=.;FRO=118;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=0.00968381;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.269;QD=14.5357;RBI=0.0123746;REFB=-0.00412984;REVB=0.00770415;RO=115;SAF=45;SAR=37;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283854;STB=0.518886;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00667336;OID=.;OPOS=82025509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:115:118:82:82:0.41:37:45:60:55:37:45:61:57 chr4 83274634 . C T 1306.04 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0973369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6724;QD=60.7461;RBI=0.0976804;REFB=0.0594358;REVB=0.00818454;RO=1;SAF=33;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141381;STB=0.507461;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000579392;OID=.;OPOS=83274634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:52:33:1:0:52:33:1:0 chr4 83551007 . G A 478.79 PASS AF=0.464286;AO=51;DP=111;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0403015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.694;QD=17.0997;RBI=0.0409362;REFB=-0.0181095;REVB=-0.00718052;RO=57;SAF=28;SAR=23;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550358;STB=0.522152;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0247271;OID=.;OPOS=83551007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:57:60:51:52:0.464286:23:28:28:29:23:29:31:29 chr4 83551119 . T C 329.75 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.133303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.641;QD=20.9362;RBI=0.133409;REFB=-0.0165257;REVB=0.00532961;RO=29;SAF=20;SAR=14;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228185;STB=0.626078;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0232499;OID=.;OPOS=83551119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:14:20:9:20:14:20:9:20 chr4 83582064 . G T 414.45 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00459042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.766;QD=21.8134;RBI=0.00464234;REFB=-0.0254383;REVB=0.000692385;RO=34;SAF=23;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122492;STB=0.57386;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0191416;OID=.;OPOS=83582064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:18:23:14:20:18:23:14:21 chr4 83582211 . C G 313.09 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0116545;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.594;QD=14.2314;RBI=0.0290736;REFB=-0.0169328;REVB=-0.0266354;RO=50;SAF=14;SAR=21;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146238;STB=0.58899;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0267611;OID=.;OPOS=83582211;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:50:53:35:35:0.397727:21:14:27:23:21:14:29:24 chr4 83778839 . T C 994.17 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00418697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.137;QD=57.6329;RBI=0.0318462;REFB=-0.0133296;REVB=0.0315698;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=7.66141e-05;OID=.;OPOS=83778839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:67:68:0.985507:41:26:0:0:42:26:0:1 chr4 83788344 . A T 2135.53 PASS AF=1;AO=135;DP=139;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515627;FXX=0.0287749;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.504;QD=63.2749;RBI=0.0422423;REFB=0;REVB=0.0419264;RO=0;SAF=69;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0528e-05;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:139:135:0:0:135:135:1:66:69:0:0:66:69:0:0 chr4 83792555 . C A 769.35 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0773159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0809;QD=56.9886;RBI=0.0827711;REFB=0;REVB=-0.0295517;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120973;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr4 83838217 . G A 3097.64 PASS AF=0.994898;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102212;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.427;QD=63.2172;RBI=0.0203301;REFB=0.0584753;REVB=-0.0175738;RO=1;SAF=92;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460141;STB=0.502415;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=1.04422e-05;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:196:1:1:195:195:0.994898:103:92:0:1:103:92:0:1 chr4 83839799 . A G 815.33 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0144101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.022;QD=52.6019;RBI=0.0144871;REFB=-0.0555049;REVB=0.00149218;RO=3;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694799;STB=0.503686;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00435332;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:3:3:59:59:0.951613:35:24:1:2:35:24:1:2 chr4 83848960 . TTTTTG ATTTTA,TTTTTA 2459.2 PASS AF=0.0609756,0.939024;AO=10,82;DP=168;FAO=10,154;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=0,87;FSAR=10,67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267159,-0.0723156;FXX=0.0238081;HRUN=6,1;LEN=6,1;MLLD=146.982,113.144;QD=59.9805;RBI=0.0197344,0.0745913;REFB=0,0;REVB=0.0195528,0.0182842;RO=0;SAF=0,68;SAR=10,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0293354,0.00824547;OID=.,.;OPOS=83848960,83848965;OREF=TTTTTG,G;OALT=ATTTTA,A;OMAPALT=ATTTTA,TTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:168:164:0:0:10,82:10,154:0.0609756,0.939024:10,14:0,68:0:0:10,67:0,87:0:0 chr4 83848976 . CAGAA C 2224.38 PASS AF=1;AO=139;DP=145;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144395;FXX=0.0209776;HRUN=1;LEN=4;MLLD=277.794;QD=63.5536;RBI=0.0316551;REFB=0;REVB=0.0281699;RO=0;SAF=65;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.64274e-05;OID=.;OPOS=83848977;OREF=AGAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:139:145:140:140:0:66:74:0:0:12:0:65:74:0:0 chr4 83900043 . A G 2271.72 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254685;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.279;QD=60.1781;RBI=0.0255294;REFB=-0.0451784;REVB=0.00176217;RO=1;SAF=54;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492937;STB=0.50259;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000125817;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:151:1:1:150:150:0.993377:96:54:0:1:96:54:0:1 chr4 84191031 . A G 733.95 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0220802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.974;QD=61.1625;RBI=0.0338674;REFB=-0.150953;REVB=0.02568;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00201453;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:25:22:0:0:25:22:1:0 chr4 84205872 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.747;QD=47.8224;RBI=0.066234;REFB=0;REVB=0.0530865;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297644;OID=.;OPOS=84205872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr4 84230619 . T C 527.07 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0481412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2968;QD=56.9803;RBI=0.0502344;REFB=-0.0849586;REVB=-0.0143501;RO=1;SAF=11;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406249;STB=0.519989;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0047953;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:37:1:1:35:36:0.972973:24:11:1:0:24:12:1:0 chr4 84364751 . A G 416.52 PASS AF=0.45;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00527396;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.484;QD=16.6608;RBI=0.0358585;REFB=0.00124003;REVB=0.0354686;RO=55;SAF=28;SAR=17;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417163;STB=0.523354;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00125712;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:55:55:45:45:0.45:17:28:32:23:17:28:32:23 chr4 84370091 . A G 334.37 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0162991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.771;QD=18.5761;RBI=0.0201371;REFB=-0.0178998;REVB=0.0118255;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108262;STB=0.542969;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0176486;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:36:35:36:0.5:21:14:14:20:22:14:17:19 chr4 84374480 . C T 521.57 PASS AF=0.382716;AO=62;DP=162;FAO=62;FDP=162;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=68;FWDB=-0.0342765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7893;QD=12.8783;RBI=0.03708;REFB=-0.0105989;REVB=0.014144;RO=99;SAF=20;SAR=42;SRF=32;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000810249;STB=0.501824;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0266715;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:99:100:62:62:0.382716:42:20:32:67:42:20:32:68 chr4 84376743 . A T 2884.9 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.037;QD=63.0579;RBI=0.0777749;REFB=0;REVB=0.00415624;RO=0;SAF=80;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1169e-05;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:183:0:0:182:183:1:102:80:0:0:102:81:0:0 chr4 84380955 . G T 418.41 PASS AF=0.417391;AO=44;DP=113;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=47;FWDB=0.00365076;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.025;QD=14.5533;RBI=0.0118678;REFB=-0.0113918;REVB=-0.0112923;RO=67;SAF=23;SAR=21;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238142;STB=0.617345;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0123664;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:67:67:44:48:0.417391:21:23:20:47:24:24:20:47 chr4 84382552 . A T 673.49 PASS AF=0.472222;AO=68;DP=144;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0275355;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.212;QD=18.7081;RBI=0.0295996;REFB=0.00185639;REVB=0.0108597;RO=75;SAF=26;SAR=42;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825999;STB=0.549816;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00162976;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:76:68:68:0.472222:42:26:35:40:42:26:36:40 chr4 84383810 . C T 613.14 PASS AF=0.418182;AO=68;DP=165;FAO=69;FDP=165;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0125442;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.119;QD=14.864;RBI=0.0127873;REFB=-0.0151915;REVB=-0.0024815;RO=93;SAF=37;SAR=31;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843135;STB=0.54525;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0212151;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:93:96:68:69:0.418182:31:37:43:50:32:37:44:52 chr4 85762385 . T C 1252.8 PASS AF=0.444068;AO=131;DP=296;FAO=131;FDP=295;FR=.;FRO=164;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=79;FSRR=85;FWDB=-0.0134347;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.33;QD=16.9871;RBI=0.0137481;REFB=-0.015071;REVB=0.00291831;RO=164;SAF=63;SAR=68;SRF=79;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000794704;STB=0.50044;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0198918;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:295:164:164:131:131:0.444068:68:63:79:85:68:63:79:85 chr4 86021741 . C T 1689.39 PASS AF=1;AO=99;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.747;QD=60.3353;RBI=0.0332912;REFB=0;REVB=0.0118201;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296372;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:99:112:1:43:56:0:0:47:65:0:0 chr4 86021765 . C T 2124.37 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5638;QD=61.576;RBI=0.0893109;REFB=-0.0970378;REVB=0.00393777;RO=2;SAF=71;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131997;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132469;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:135:138:2:0:133:138:1:62:71:2:0:63:75:0:0 chr4 86021800 . A T 538.69 PASS AF=0.403846;AO=63;DP=159;FAO=63;FDP=156;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=0.0125711;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7999;QD=13.8125;RBI=0.0240923;REFB=-0.0137047;REVB=0.0205525;RO=90;SAF=21;SAR=42;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237941;STB=0.643432;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0242247;OID=.;OPOS=86021800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:156:90:93:63:63:0.403846:42:21:50:40:42:21:53:40 chr4 86021967 . C T 1775.99 PASS AF=0.97561;AO=116;DP=118;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0121632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.482;QD=57.7559;RBI=0.0325803;REFB=-0.0545938;REVB=0.0302247;RO=1;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736305;STB=0.51079;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000736533;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:123:1:3:116:120:0.97561:64:52:0:1:68:52:0:3 chr4 86021976 . T A 222.59 PASS AF=0.392405;AO=28;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0852366;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.7947;QD=11.2706;RBI=0.0852371;REFB=-0.00184713;REVB=-0.000284417;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301581;STB=0.662077;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00754649;OID=.;OPOS=86021976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:43:28:31:0.392405:18:10:12:19:23:8:22:21 chr4 87024409 . T C 1256.67 PASS AF=1;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648295;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.022;QD=61.3008;RBI=0.0847161;REFB=0;REVB=0.0545339;RO=0;SAF=23;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804468;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:80:82:1:57:23:0:0:59:23:0:0 chr4 87684031 . A G 377.54 PASS AF=0.315436;AO=47;DP=148;FAO=47;FDP=149;FR=.;FRO=102;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=-0.00330741;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3945;QD=10.1354;RBI=0.0113795;REFB=-0.0132557;REVB=-0.0108883;RO=99;SAF=19;SAR=28;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188096;STB=0.611758;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0216481;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:99:102:47:47:0.315436:28:19:56:43:28:19:58:44 chr4 87809387 . G T 1264.43 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.82;QD=61.6795;RBI=0.0185307;REFB=0;REVB=-0.0121646;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60307e-06;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr4 88056925 . A G 412.94 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.211;QD=55.0582;RBI=0.00858835;REFB=0;REVB=0.00745301;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190812;OID=.;OPOS=88056925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:27:30:1:13:14:0:0:15:15:0:0 chr4 88057353 . G A 351.9 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=117;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.0122564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0192;QD=12.0307;RBI=0.0829629;REFB=0.00215758;REVB=-0.0820526;RO=72;SAF=21;SAR=22;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140827;STB=0.587022;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00474345;OID=.;OPOS=88057353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:74:43:43:0.367521:22:21:26:46:22:21:26:48 chr4 88059415 . G A 360.08 PASS AF=0.328571;AO=44;DP=136;FAO=46;FDP=140;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.0339561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8237;QD=10.2879;RBI=0.0357547;REFB=-0.0138222;REVB=0.0111972;RO=91;SAF=12;SAR=32;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252115;STB=0.635411;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0297207;OID=.;OPOS=88059415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:91:94:44:46:0.328571:32:12:43:48:33:13:44:50 chr4 88059642 . GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC 160.53 PASS AF=0.615385,0,0.384615;AO=6,2,2;DP=18;FAO=8,0,5;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,3;FSAR=7,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289235,-0.066588,0.121139;FXX=0.380771;HRUN=1,1,1;LEN=8,3,2;MLLD=237.676,60.7407,48.8825;QD=49.393;RBI=0.0594645,0.0685363,0.136338;REFB=0,0,0;REVB=0.0519563,0.0162254,0.062557;RO=0;SAF=1,2,1;SAR=5,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.18042e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0162453,0,0.0629754;OID=.,.,.;OPOS=88059643,88059673,88059643;OREF=GTGTGTGT,GTC,GT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.615385,0,0.384615:6,2,2:18:8,0,5:13:0:1,0,3:7,0,2:0:0:33:0:1,2,1:5,0,1:0:0 chr4 88061624 . ATATATTATATTATATTATATTATATAT ATATATTATATTATATTATATAT,ATATATTATATTATATTATATTATATA 83.76 PASS AF=0.666667,0;AO=9,2;DP=15;FAO=10,0;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=9,0;FSAR=1,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00607649,0.102723;FXX=0;HRUN=2,6;LEN=5,1;MLLD=267.155,7.32778;QD=22.3365;RBI=0.0166893,0.133576;REFB=-0.00497741,-0.000778625;REVB=-0.0155438,-0.0853847;RO=3;SAF=8,0;SAR=1,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.387747,-0.599865;STB=0.817409,0.5;STBP=0.01,1;TYPE=del,del;VARB=0.00177011,0.0528205;OID=.,.;OPOS=88061625,88061651;OREF=TATAT,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATATATTATATTATATTATATAT,ATATATTATATTATATTATATTATATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0:9,2:15:10,0:15:5:9,0:1,0:1:4:25:3:8,0:1,2:1:2 chr4 88116518 . A G 266.73 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0802883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2872;QD=15.924;RBI=0.0811679;REFB=0.0050469;REVB=-0.0119174;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770876;STB=0.534114;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00480017;OID=.;OPOS=88116518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:37:29:30:0.447761:14:15:22:15:14:16:22:15 chr4 88258483 . T C 958.02 PASS AF=1;AO=41;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344715;FXX=0.0294074;HRUN=6;LEN=1;MLLD=127.088;QD=58.0615;RBI=0.0344764;REFB=0;REVB=0.000578738;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995257;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:41:66:1:25:16:0:0:33:33:0:0 chr4 88308235 . G A 525.29 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0262582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.177;QD=21.6615;RBI=0.0291563;REFB=-0.0261423;REVB=0.0126728;RO=47;SAF=19;SAR=31;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190605;STB=0.605275;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0241268;OID=.;OPOS=88308235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:31:19:28:19:31:19:28:19 chr4 88333461 . C A 77.54 PASS AF=0.3125;AO=8;DP=34;FAO=10;FDP=32;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=22;FWDB=0;FXX=0.0588062;HRUN=8;LEN=1;MLLD=254.453;QD=9.6922;RBI=0.00371741;REFB=-0.00590198;REVB=-0.00371741;RO=10;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116849;OID=.;OPOS=88333461;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:34:32:10:22:8:10:0.3125:8:0:0:10:10:0:0:22 chr4 88401616 . A G 841.6 PASS AF=0.434579;AO=92;DP=214;FAO=93;FDP=214;FR=.;FRO=121;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=50;FSRR=71;FWDB=0.0385787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.736;QD=15.7307;RBI=0.0447863;REFB=-0.010577;REVB=0.0227486;RO=121;SAF=37;SAR=55;SRF=50;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116833;STB=0.509036;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0140722;OID=.;OPOS=88401616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:121:121:92:93:0.434579:55:37:50:71:56:37:50:71 chr4 88415636 . G C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0137176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.47;QD=16.9798;RBI=0.0200908;REFB=-0.00271817;REVB=-0.0146788;RO=29;SAF=5;SAR=21;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300192;STB=0.671256;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00349041;OID=.;OPOS=88415636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:21:5:13:16:21:5:13:16 chr4 88416188 . G T 909.04 PASS AF=0.441441;AO=98;DP=222;FAO=98;FDP=222;FR=.;FRO=124;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=-0.023571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.993;QD=16.379;RBI=0.0270816;REFB=-0.0170861;REVB=-0.0133351;RO=123;SAF=42;SAR=56;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116585;STB=0.562568;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0215036;OID=.;OPOS=88416188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:123:124:98:98:0.441441:56:42:67:56:56:42:67:57 chr4 88416223 . A G 1006.57 PASS AF=0.462555;AO=102;DP=223;FAO=105;FDP=227;FR=.;FRO=122;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=57;FSRR=65;FWDB=0.00678778;FXX=0.00873324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.084;QD=17.7369;RBI=0.0204466;REFB=-0.0135704;REVB=-0.019287;RO=121;SAF=38;SAR=64;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100174;STB=0.542505;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0181798;OID=.;OPOS=88416223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:227:121:122:102:105:0.462555:64:38:57:64:64:41:57:65 chr4 88534065 . G A 342.56 PASS AF=0.38;AO=37;DP=99;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.00608103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7567;QD=13.7023;RBI=0.0189865;REFB=-0.00833674;REVB=0.0179864;RO=61;SAF=10;SAR=27;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155147;STB=0.60117;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00822536;OID=.;OPOS=88534065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:61:62:37:38:0.38:27:10:24:37:28:10:25:37 chr4 88534235 . A G 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0325923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.591;QD=19.5219;RBI=0.0333024;REFB=-0.018407;REVB=-0.00684037;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179781;STB=0.601134;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0264207;OID=.;OPOS=88534235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:2:10:9:5:2:10 chr4 88536362 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0457158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7263;QD=17.1565;RBI=0.0770258;REFB=-0.0528626;REVB=-0.0619923;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792681;STB=0.563686;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0532997;OID=.;OPOS=88536362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:10:6:6:14:10:7:6:14 chr4 88536520 . T C 90.54 PASS AF=0.647059;AO=12;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.106828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1359;QD=21.3043;RBI=0.106839;REFB=-0.0488655;REVB=-0.00148967;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198498;STB=0.662866;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0486236;OID=.;OPOS=88536520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:5:6:12:11:0.647059:7:5:4:1:7:4:5:1 chr4 88583135 . A T 392.46 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0077705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.275;QD=14.6715;RBI=0.0223778;REFB=-0.019143;REVB=0.0209854;RO=62;SAF=24;SAR=21;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050929;STB=0.528666;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0241006;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:21:24:30:32:21:24:30:32 chr4 88732531 . T C 178.7 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0184498;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.068;QD=14.5875;RBI=0.0371467;REFB=-0.00978213;REVB=0.0322409;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101077;STB=0.548755;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0120551;OID=.;OPOS=88732531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:30:19:19:0.387755:8:11:14:15:8:11:15:15 chr4 88732692 . G A 210.8 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0297896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9797;QD=14.0535;RBI=0.0625255;REFB=-0.0110434;REVB=0.0549729;RO=35;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262714;STB=0.650151;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.01584;OID=.;OPOS=88732692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:17:8:20:15:17:8:20:15 chr4 88732746 . A G 322.77 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0192097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.042;QD=16.988;RBI=0.061576;REFB=-0.0213638;REVB=0.0585029;RO=41;SAF=14;SAR=20;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236797;STB=0.637229;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0336997;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:41:34:35:0.460526:20:14:27:14:21:14:27:14 chr4 88732918 . A T 394.6 PASS AF=0.5;AO=41;DP=81;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0232707;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0812;QD=19.7301;RBI=0.0238235;REFB=-0.0045883;REVB=0.00510256;RO=40;SAF=14;SAR=27;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125962;STB=0.593161;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00615351;OID=.;OPOS=88732918;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:40:40:41:40:0.5:27:14:19:21:27:13:20:20 chr4 88766701 . A C 141.81 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0324276;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1499;QD=10.7024;RBI=0.0400655;REFB=0.00229513;REVB=0.0235306;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295695;STB=0.690868;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00306402;OID=.;OPOS=88766701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:32:35:18:18:0.339623:8:10:9:23:8:10:9:26 chr4 88767008 . G A 510.93 PASS AF=0.657143;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00910665;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.057;QD=29.1961;RBI=0.0381508;REFB=-0.0171397;REVB=0.037048;RO=24;SAF=24;SAR=22;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170774;STB=0.592553;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0084443;OID=.;OPOS=88767008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:24:24:46:46:0.657143:22:24:6:18:22:24:6:18 chr4 88813503 . T C 7168.69 PASS AF=1;AO=449;DP=452;FAO=455;FDP=455;FR=.;FRO=0;FSAF=204;FSAR=251;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.195;QD=63.0214;RBI=0.0231058;REFB=0;REVB=0.0227941;RO=0;SAF=203;SAR=246;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96978e-06;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:452:455:0:0:449:455:1:246:203:0:0:251:204:0:0 chr4 88815163 . A ATTAGG 773.05 PASS AF=0.344203;AO=94;DP=285;FAO=95;FDP=276;FR=.;FRO=181;FSAF=23;FSAR=72;FSRF=83;FSRR=98;FWDB=-0.0187059;FXX=0.0212758;HRUN=2;LEN=5;MLLD=285.458;QD=11.2036;RBI=0.0191857;REFB=-0.00589104;REVB=-0.00426351;RO=184;SAF=23;SAR=71;SRF=85;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281381;STB=0.661201;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0108679;OID=.;OPOS=88815164;OREF=-;OALT=TTAGG;OMAPALT=ATTAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344203:94:285:95:276:181:23:72:83:98:99:184:23:71:85:99 chr4 88898941 . C T 429.68 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0367181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2628;QD=14.5656;RBI=0.0462949;REFB=-0.00541931;REVB=-0.0281957;RO=69;SAF=28;SAR=21;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112056;STB=0.563081;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0120801;OID=.;OPOS=88898941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:69:49:49:0.415254:21:28:32:37:21:28:32:37 chr4 88902692 . T C 333.87 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0127086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.706;QD=14.5159;RBI=0.0127086;REFB=-9.51353e-05;REVB=3.13463e-05;RO=55;SAF=21;SAR=16;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10018;STB=0.556834;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.000199981;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:16:21:26:29:16:21:26:29 chr4 88903853 . C T 649.34 PASS AF=0.423529;AO=72;DP=172;FAO=72;FDP=170;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=-0.0127235;FXX=0.0116272;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.084;QD=15.2786;RBI=0.0241127;REFB=-0.0206009;REVB=-0.0204826;RO=96;SAF=23;SAR=49;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864597;STB=0.550149;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0287714;OID=.;OPOS=88903853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:96:98:72:72:0.423529:49:23:38:58:49:23:39:59 chr4 88921446 . G C 349.15 PASS AF=0.358333;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0271018;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8207;QD=11.6382;RBI=0.0304892;REFB=0.00470315;REVB=0.0139672;RO=77;SAF=14;SAR=29;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237971;STB=0.636661;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00771179;OID=.;OPOS=88921446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:77:77:43:43:0.358333:29:14:41:36:29:14:41:36 chr4 88921512 . G A 343.41 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0364787;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.952;QD=12.0494;RBI=0.0376916;REFB=-0.0051698;REVB=-0.0094846;RO=72;SAF=15;SAR=27;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132169;STB=0.575681;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0109144;OID=.;OPOS=88921512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:72:72:42:42:0.368421:27:15:34:38:27:15:34:38 chr4 89182518 . T C 732.39 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0205094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8823;QD=51.396;RBI=0.0530156;REFB=-0.00023167;REVB=0.0488878;RO=3;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409364;STB=0.521731;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000240295;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:33:21:0:3:33:21:0:3 chr4 89319296 . T C 649.85 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.063877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.3576;QD=50.9686;RBI=0.0958306;REFB=-0.101003;REVB=0.0714369;RO=3;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282582;STB=0.502856;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00824704;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:3:2:48:49:0.960784:20:28:1:2:21:28:1:1 chr4 89397091 . A G 2304.9 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151055;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3487;QD=61.0571;RBI=0.0225465;REFB=0;REVB=-0.0167383;RO=0;SAF=81;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54132e-06;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:70:81:0:0:70:81:0:0 chr4 89415396 . T C 2516.63 PASS AF=0.982249;AO=166;DP=169;FAO=166;FDP=169;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0159625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9213;QD=59.5652;RBI=0.0260741;REFB=0.0191706;REVB=0.0206169;RO=3;SAF=73;SAR=93;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00776836;STB=0.504083;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00183898;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:169:169:3:3:166:166:0.982249:93:73:2:1:93:73:2:1 chr4 89504991 . G A 311.91 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00437814;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.316;QD=12.1128;RBI=0.00498886;REFB=-0.0133271;REVB=-0.00239178;RO=64;SAF=17;SAR=21;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15963;STB=0.595394;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0129716;OID=.;OPOS=89504991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:64:65:38:38:0.368932:21:17:38:26:21:17:39:26 chr4 89505014 . CA AT 280.09 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00468293;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=283.209;QD=11.7933;RBI=0.0127596;REFB=-0.00232557;REVB=-0.0118692;RO=57;SAF=13;SAR=20;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109201;STB=0.580596;STBP=0.265;TYPE=mnp;VARB=0.00342378;OID=.;OPOS=89505014;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:62:33:33:0.347368:20:13:28:29:20:13:32:30 chr4 89577214 . A T 632.04 PASS AF=0.415205;AO=71;DP=171;FAO=71;FDP=171;FR=.;FRO=100;FSAF=14;FSAR=57;FSRF=28;FSRR=72;FWDB=-0.0133869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.624;QD=14.7846;RBI=0.0146308;REFB=-0.00528176;REVB=0.00590345;RO=99;SAF=14;SAR=57;SRF=27;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11359;STB=0.569979;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00737878;OID=.;OPOS=89577214;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:99:100:71:71:0.415205:57:14:27:72:57:14:28:72 chr4 89617387 . A G 890.82 PASS AF=0.458937;AO=95;DP=209;FAO=95;FDP=207;FR=.;FRO=112;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.0424855;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.398;QD=17.2139;RBI=0.0454501;REFB=-0.0107148;REVB=0.0161462;RO=111;SAF=45;SAR=50;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650163;STB=0.53353;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00789193;OID=.;OPOS=89617387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:207:111:112:95:95:0.458937:50:45:60:51:50:45:60:52 chr4 89618837 . T C 3462.37 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751034;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.969;QD=62.6672;RBI=0.0152394;REFB=0;REVB=0.0132602;RO=0;SAF=144;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65389e-06;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:221:0:0:221:221:1:77:144:0:0:77:144:0:0 chr4 89619276 . A G 2518.99 PASS AF=1;AO=156;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197342;FXX=0.10555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.89;QD=62.5835;RBI=0.0356648;REFB=0;REVB=0.0297076;RO=0;SAF=63;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343027;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:156:161:1:93:63:0:0:95:66:0:0 chr4 89619277 . T G 61.53 PASS AF=0.103825;AO=16;DP=179;FAO=19;FDP=183;FR=.;FRO=164;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=68;FSRR=96;FWDB=0.0195336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5751;QD=1.34486;RBI=0.0264214;REFB=-0.028235;REVB=-0.0177913;RO=163;SAF=1;SAR=15;SRF=67;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481927;STB=0.771419;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.1095;OID=.;OPOS=89619277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:179:183:163:164:16:19:0.103825:15:1:67:96:16:3:68:96 chr4 89625427 . G C 555.59 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00169116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.239;QD=17.9222;RBI=0.0162588;REFB=-0.0128655;REVB=0.0161706;RO=65;SAF=26;SAR=33;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10695;STB=0.559302;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0146888;OID=.;OPOS=89625427;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:65:59:59:0.475806:33:26:36:29:33:26:36:29 chr4 89647798 . AAC AAA,AA,A 556.72 PASS AF=0,0,1;AO=22,7,18;DP=50;FAO=0,0,38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,27;FSAR=0,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183147,0.0208606,0.0236178;FXX=0.0499875;HRUN=1,1,7;LEN=1,1,2;MLLD=267.424,273.287,277.218;QD=58.6025;RBI=0.0236332,0.0254013,0.0273265;REFB=0,0,0;REVB=0.0149365,0.0144935,0.0137454;RO=0;SAF=14,6,12;SAR=8,1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0040157,0.00436311,0.000216309;OID=.,.,.;OPOS=89647800,89647800,89647799;OREF=C,C,AC;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:22,7,18:50:0,0,38:38:0:0,0,27:0,0,11:0:0:4:0:14,6,12:8,1,6:0:0 chr4 89653257 . G A 1189.58 PASS AF=0.547619;AO=115;DP=210;FAO=115;FDP=210;FR=.;FRO=95;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.0284742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0399;QD=22.6587;RBI=0.0383514;REFB=0.00197595;REVB=-0.0256915;RO=91;SAF=50;SAR=65;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022018;STB=0.517817;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00212729;OID=.;OPOS=89653257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:91:95:115:115:0.547619:65:50:42:49:65:50:45:50 chr4 89668859 . C T 930.76 PASS AF=0.436681;AO=100;DP=230;FAO=100;FDP=229;FR=.;FRO=129;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=57;FSRR=72;FWDB=0.00996128;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8816;QD=16.2578;RBI=0.0561309;REFB=0.00972067;REVB=-0.05524;RO=128;SAF=38;SAR=62;SRF=56;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605478;STB=0.536325;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0144667;OID=.;OPOS=89668859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:128:129:100:100:0.436681:62:38:56:72:62:38:57:72 chr4 89670155 . C T 2506.27 PASS AF=0.993976;AO=163;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.471;QD=60.3919;RBI=0.0107728;REFB=-0.0889598;REVB=-0.00210889;RO=0;SAF=55;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=6.26665e-05;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:166:0:1:163:165:0.993976:108:55:0:0:109:56:1:0 chr4 90034686 . A G 243.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0184352;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.321;QD=12.6444;RBI=0.0318081;REFB=-0.00508404;REVB=0.0259211;RO=48;SAF=10;SAR=19;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834898;STB=0.548043;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00839792;OID=.;OPOS=90034686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:48:48:29:29:0.376623:19:10:20:28:19:10:20:28 chr4 90168415 . A T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00049356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.047;QD=57.1062;RBI=0.0204794;REFB=0;REVB=0.0204735;RO=0;SAF=41;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15528e-05;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:14:41:0:0:14:41:0:0 chr4 90168572 . C T 1938.5 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4069;QD=61.5398;RBI=0.0369499;REFB=0;REVB=0.0320439;RO=0;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164075;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:124:126:1:64:60:0:0:65:61:0:0 chr4 90169925 . A G 923.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179501;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.298;QD=58.6185;RBI=0.0287788;REFB=0;REVB=0.0224946;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26214e-05;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr4 90170118 . A G 695.79 PASS AF=0.48366;AO=67;DP=147;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0568334;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.0302;QD=18.1906;RBI=0.0582499;REFB=-0.0333249;REVB=0.0127674;RO=78;SAF=36;SAR=31;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122624;STB=0.549006;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0346455;OID=.;OPOS=90170118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:153:78:79:67:74:0.48366:31:36:32:46:37:37:32:47 chr4 90874879 . T C 450.06 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0283529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.212;QD=24.3274;RBI=0.0283529;REFB=-0.0109151;REVB=-1.62593e-05;RO=30;SAF=21;SAR=22;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193145;STB=0.610571;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00736514;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:31:43:43:0.581081:22:21:7:23:22:21:7:24 chr4 91230579 . G A 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0296403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.118;QD=16.7687;RBI=0.0298638;REFB=-0.0157845;REVB=-0.00364675;RO=56;SAF=9;SAR=34;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288655;STB=0.663902;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0158171;OID=.;OPOS=91230579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:34:9:25:31:34:9:25:31 chr4 91584992 . A G 793.83 PASS AF=0.429268;AO=88;DP=205;FAO=88;FDP=205;FR=.;FRO=117;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=0.00549191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.876;QD=15.4893;RBI=0.0184598;REFB=-0.0084423;REVB=-0.0176239;RO=116;SAF=44;SAR=44;SRF=45;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11453;STB=0.560962;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00886896;OID=.;OPOS=91584992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:116:117:88:88:0.429268:44:44:45:71:44:44:46:71 chr4 91585060 . A T 408.33 PASS AF=0.377953;AO=47;DP=128;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=-0.0101247;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.394;QD=12.8607;RBI=0.0101293;REFB=-0.0221554;REVB=-0.000305519;RO=81;SAF=21;SAR=26;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129886;STB=0.577951;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0357235;OID=.;OPOS=91585060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:81:79:47:48:0.377953:26:21:27:54:27:21:25:54 chr4 91648353 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0132823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.231;QD=14.1699;RBI=0.0251414;REFB=0.0128177;REVB=-0.0213464;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393982;STB=0.734184;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0159858;OID=.;OPOS=91648353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:2:8:5:7:2:8:5:7 chr4 92240278 . A T 3118.0 PASS AF=1;AO=130;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=126;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246485;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.0567;QD=56.691;RBI=0.14386;REFB=-0.0286939;REVB=0.141732;RO=1;SAF=97;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177294;OID=.;OPOS=92240278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:220:220:1:0:130:220:1:33:97:1:0:94:126:0:0 chr4 92240802 . C T 1951.94 PASS AF=0.984375;AO=107;DP=130;FAO=126;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=76;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289399;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5355;QD=60.9981;RBI=0.00620645;REFB=0;REVB=-0.00549043;RO=1;SAF=72;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347446;OID=.;OPOS=92240802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:130:128:1:0:107:126:0.984375:35:72:1:0:50:76:0:0 chr4 92246344 . G A 3920.79 PASS AF=0.984615;AO=255;DP=261;FAO=256;FDP=260;FR=.;FRO=4;FSAF=116;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0344229;FXX=0.00383127;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.073;QD=60.3199;RBI=0.0372616;REFB=-0.100281;REVB=0.0142649;RO=4;SAF=115;SAR=140;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134226;STB=0.507042;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00160809;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:261:260:4:4:255:256:0.984615:140:115:0:4:140:116:0:4 chr4 94316763 . T G 1065.51 PASS AF=0.584795;AO=99;DP=170;FAO=100;FDP=171;FR=.;FRO=71;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0336313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5329;QD=24.9243;RBI=0.0493579;REFB=-0.00677606;REVB=-0.0361267;RO=71;SAF=49;SAR=50;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123647;STB=0.50877;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00515507;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:71:71:99:100:0.584795:50:49:34:37:50:50:34:37 chr4 94411803 . G A 5795.73 PASS AF=0.491915;AO=577;DP=1173;FAO=578;FDP=1175;FR=.;FRO=597;FSAF=280;FSAR=298;FSRF=283;FSRR=314;FWDB=0.0105606;FXX=0.00254667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.614;QD=19.7302;RBI=0.0171294;REFB=-0.00367556;REVB=0.0134867;RO=590;SAF=280;SAR=297;SRF=282;SRR=308;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00676086;STB=0.505287;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00432498;OID=.;OPOS=94411803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1173:1175:590:597:577:578:0.491915:297:280:282:308:298:280:283:314 chr4 95134165 . C G 964.89 PASS AF=1;AO=43;DP=72;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315066;FXX=0.0958773;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9576;QD=58.478;RBI=0.0590808;REFB=0;REVB=0.0499787;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00597099;OID=.;OPOS=95134165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:66:0:0:43:66:1:15:28:0:0:31:35:0:0 chr4 95169682 . G T 1974.67 PASS AF=0.924138;AO=132;DP=145;FAO=134;FDP=145;FR=.;FRO=11;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00570787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2106;QD=54.4735;RBI=0.0164509;REFB=-0.0109172;REVB=-0.015429;RO=12;SAF=57;SAR=75;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109492;STB=0.501676;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0101561;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:145:145:12:11:132:134:0.924138:75:57:6:6:76:58:5:6 chr4 95170839 . G A 2621.33 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.939;QD=62.0432;RBI=0.0305475;REFB=0;REVB=-0.008707;RO=0;SAF=74;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50393e-05;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:168:169:1:94:74:0:0:94:75:0:0 chr4 95173779 . T C 1478.41 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176748;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1301;QD=58.5509;RBI=0.0197317;REFB=-0.130617;REVB=0.00877155;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.505262;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000830579;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:0:1:99:100:0.990099:47:52:0:0:47:53:0:1 chr4 95186055 . A G 462.71 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00622966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.418;QD=16.2353;RBI=0.0156587;REFB=-0.00782605;REVB=-0.0143662;RO=63;SAF=13;SAR=37;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194044;STB=0.612362;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00898917;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:50:51:0.447368:37:13:27:36:38:13:27:36 chr4 95197520 . C T 2334.34 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0354978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.621;QD=63.0903;RBI=0.0374051;REFB=-0.104713;REVB=-0.0117918;RO=0;SAF=70;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00014861;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:0:1:147:147:0.993243:77:70:0:0:77:70:1:0 chr4 95211610 . T C 1278.64 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00537712;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.211;QD=59.4717;RBI=0.00997505;REFB=-0.139827;REVB=-0.00840168;RO=1;SAF=39;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119907;STB=0.512497;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=1.20934e-05;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:2:84:84:0.976744:45:39:1:0:45:39:2:0 chr4 95503902 . T C 1643.57 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0391032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3178;QD=59.2278;RBI=0.0535182;REFB=-0.0945652;REVB=0.0365395;RO=1;SAF=38;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654857;STB=0.503448;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000825902;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:72:38:0:1:72:38:0:1 chr4 95531417 . A G 2274.24 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.807;QD=63.6152;RBI=0.0358992;REFB=0;REVB=-0.0180336;RO=0;SAF=66;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32865e-05;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:77:66:0:0:77:66:0:0 chr4 95539215 . C T 895.06 PASS AF=0.48913;AO=90;DP=184;FAO=90;FDP=184;FR=.;FRO=94;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=0.00340817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.961;QD=19.4577;RBI=0.0062469;REFB=-0.00274567;REVB=0.00523528;RO=94;SAF=43;SAR=47;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109097;STB=0.560049;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00256553;OID=.;OPOS=95539215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:94:94:90:90:0.48913:47:43:56:38:47:43:56:38 chr4 95539267 . G A 2236.45 PASS AF=0.993007;AO=140;DP=141;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0440532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.106;QD=62.558;RBI=0.0440583;REFB=0.0780188;REVB=-0.000671045;RO=1;SAF=65;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725878;STB=0.503759;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=3.80042e-05;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:143:1:1:140:142:0.993007:75:65:1:0:76:66:1:0 chr4 95561459 . A G 1136.53 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00558264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.091;QD=59.0403;RBI=0.0264181;REFB=-0.0993024;REVB=0.0258215;RO=1;SAF=35;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133266;STB=0.506848;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00027084;OID=.;OPOS=95561459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:40:35:1:0:40:36:1:0 chr4 95578588 . G A 3515.02 PASS AF=1;AO=224;DP=228;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175675;FXX=0.0218331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.028;QD=62.7683;RBI=0.0211596;REFB=-0.0440973;REVB=-0.0117946;RO=1;SAF=124;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382741;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194336;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:228:224:1:0:224:224:1:100:124:1:0:100:124:0:0 chr4 95587587 . T C 2626.79 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330858;FXX=0.00581362;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.8251;QD=61.4454;RBI=0.0575678;REFB=-0.0870702;REVB=-0.0471103;RO=1;SAF=88;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576904;STB=0.50303;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000169289;OID=.;OPOS=95587587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:1:170:170:0.994152:82:88:0:1:82:88:0:1 chr4 96075965 . C T 865.15 PASS AF=0.46;AO=90;DP=199;FAO=92;FDP=200;FR=.;FRO=108;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=-0.00435474;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.072;QD=17.303;RBI=0.0239691;REFB=-0.0194849;REVB=0.0235702;RO=109;SAF=48;SAR=42;SRF=50;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736027;STB=0.548426;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0217642;OID=.;OPOS=96075965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:109:108:90:92:0.46:42:48:50:59:42:50:49:59 chr4 96106322 . A G 1273.79 PASS AF=0.518987;AO=122;DP=237;FAO=123;FDP=237;FR=.;FRO=114;FSAF=47;FSAR=76;FSRF=35;FSRR=79;FWDB=-0.000872345;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.6;QD=21.4985;RBI=0.00727642;REFB=-0.0147253;REVB=0.00722394;RO=113;SAF=46;SAR=76;SRF=35;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641723;STB=0.538945;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0115293;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:113:114:122:123:0.518987:76:46:35:78:76:47:35:79 chr4 96169733 . G T 1171.7 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5028;QD=60.8673;RBI=0.0348879;REFB=0;REVB=-0.0311179;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24197e-05;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr4 96256616 . A G 2550.11 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=172;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0837023;FXX=0.0289001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7305;QD=60.7168;RBI=0.0932341;REFB=-0.0705695;REVB=0.0410672;RO=2;SAF=93;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101235;STB=0.505319;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00100103;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:168:2:2:166:166:0.988095:73:93:2:0:73:93:2:0 chr4 96256673 . G A 3291.4 PASS AF=0.986239;AO=214;DP=217;FAO=215;FDP=218;FR=.;FRO=3;FSAF=109;FSAR=106;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00469394;FXX=0.004566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.695;QD=60.3926;RBI=0.0410714;REFB=-0.103544;REVB=-0.0408023;RO=3;SAF=109;SAR=105;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00414488;STB=0.502198;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000647658;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:217:218:3:3:214:215:0.986239:105:109:2:1:106:109:2:1 chr4 97270063 . C A 1493.7 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013699;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.231;QD=58.5766;RBI=0.0141287;REFB=0;REVB=0.00345779;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376206;OID=.;OPOS=97270063;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:102:0:0:98:102:1:56:42:0:0:56:46:0:0 chr4 98893437 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.228;QD=57.1763;RBI=0.0123397;REFB=0;REVB=-0.0117661;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25442e-05;OID=.;OPOS=98893437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr4 98893476 . C T 998.32 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.585;QD=57.8737;RBI=0.0131004;REFB=-0.0869504;REVB=0.00833526;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698857;OID=.;OPOS=98893476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:69:1:0:67:69:1:35:32:0:1:37:32:0:0 chr4 98902407 . A G 809.93 PASS AF=0.461957;AO=83;DP=183;FAO=85;FDP=184;FR=.;FRO=99;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=-0.022357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.411;QD=17.6072;RBI=0.0230215;REFB=-0.0210409;REVB=0.00549148;RO=96;SAF=29;SAR=54;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229687;STB=0.616661;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0218769;OID=.;OPOS=98902407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:96:99:83:85:0.461957:54:29:56:40:55:30:56:43 chr4 99218108 . G GA 1063.07 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165764;FXX=0.0224694;HRUN=0;LEN=1;MLLD=171.294;QD=48.8767;RBI=0.0173303;REFB=0;REVB=0.00505589;RO=2;SAF=50;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000191591;OID=.;OPOS=99218109;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:89:87:87:0:51:36:0:0:19:2:50:36:2:0 chr4 99802070 . A C 279.01 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00476675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.821;QD=41.3352;RBI=0.0222306;REFB=-0.0416374;REVB=0.0217135;RO=4;SAF=13;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180349;STB=0.509795;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0102705;OID=.;OPOS=99802070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:10:13:2:2:10:13:2:2 chr4 99850126 . A G 3398.24 PASS AF=0.899254;AO=241;DP=267;FAO=241;FDP=268;FR=.;FRO=27;FSAF=127;FSAR=114;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0168034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9243;QD=50.72;RBI=0.0218043;REFB=-0.0118782;REVB=-0.013895;RO=23;SAF=126;SAR=115;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217804;STB=0.519522;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00996699;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:267:268:23:27:241:241:0.899254:115:126:9:14:114:127:9:18 chr4 100045574 . T C 833.28 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.743;QD=57.4675;RBI=0.0432144;REFB=0;REVB=0.032381;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139257;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:30:28:0:0 chr4 100045616 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.237;QD=64.4152;RBI=0.0274379;REFB=0;REVB=-0.00274253;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162238;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr4 100045647 . A G 545.26 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0342054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.425;QD=57.3962;RBI=0.0511999;REFB=-0.139568;REVB=0.0380975;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301944;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00161339;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:22:15:1:0:22:15:1:0 chr4 100048414 . T C 2136.23 PASS AF=0.978723;AO=104;DP=140;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0155089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.396;QD=60.6023;RBI=0.0510671;REFB=-0.180212;REVB=0.0486552;RO=1;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759284;STB=0.509315;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00117762;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:140:141:1:3:104:138:0.978723:62:42:0:1:79:59:0:3 chr4 100052733 . C A 1017.64 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424364;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.585;QD=58.9938;RBI=0.0257296;REFB=0;REVB=0.0253772;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002785;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:38:31:0:0 chr4 100062819 . A G 1731.71 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.503;QD=60.7619;RBI=0.0338123;REFB=0;REVB=0.00955079;RO=0;SAF=46;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63196e-05;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:67:46:0:0:67:47:0:0 chr4 100064247 . G T 1990.32 PASS AF=0.984848;AO=131;DP=131;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0851874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5122;QD=60.3127;RBI=0.0933037;REFB=-0.00101487;REVB=-0.0380616;RO=0;SAF=55;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03346e-08;STB=0.501193;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.000630627;OID=.;OPOS=100064247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:132:0:2:131:130:0.984848:76:55:0:0:75:55:1:1 chr4 100064305 . C G 2273.16 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360067;FXX=0.0273954;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.083;QD=64.0327;RBI=0.0272042;REFB=0;REVB=0.0269648;RO=0;SAF=58;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120833;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:84:58:0:0:84:58:0:0 chr4 100140306 . A T 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.734;QD=61.5362;RBI=0.0185626;REFB=0;REVB=0.0176595;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50828e-05;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr4 100235053 . A G 4323.55 PASS AF=0.97561;AO=277;DP=286;FAO=280;FDP=287;FR=.;FRO=7;FSAF=140;FSAR=140;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0176255;FXX=0.00692018;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8448;QD=60.2585;RBI=0.0235417;REFB=0.0127908;REVB=-0.0156063;RO=7;SAF=138;SAR=139;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327017;STB=0.501742;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00147547;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:286:287:7:7:277:280:0.97561:139:138:3:4:140:140:3:4 chr4 100266133 . T C 5699.64 PASS AF=0.991914;AO=356;DP=362;FAO=368;FDP=371;FR=.;FRO=3;FSAF=173;FSAR=195;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0427603;FXX=0.00536179;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.382;QD=61.4517;RBI=0.0538748;REFB=-0.113843;REVB=0.0327728;RO=2;SAF=161;SAR=195;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00588985;STB=0.504298;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000768923;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:362:371:2:3:356:368:0.991914:195:161:2:0:195:173:3:0 chr4 100268190 . A C 5393.34 PASS AF=0.991304;AO=340;DP=343;FAO=342;FDP=345;FR=.;FRO=3;FSAF=190;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0886039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.852;QD=62.5315;RBI=0.0889229;REFB=-0.0291689;REVB=-0.00752524;RO=3;SAF=188;SAR=152;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00932152;STB=0.504886;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00141693;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:343:345:3:3:340:342:0.991304:152:188:0:3:152:190:0:3 chr4 100510859 . T C 1928.71 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.278;QD=61.7187;RBI=0.0868754;REFB=0;REVB=0.0198569;RO=0;SAF=52;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119652;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:125:0:0:122:125:1:70:52:0:0:72:53:0:0 chr4 100516022 . C G 2677.59 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00846889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.26;QD=62.2695;RBI=0.0389485;REFB=0;REVB=-0.0380166;RO=0;SAF=84;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70968e-05;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:88:84:0:0:88:84:0:0 chr4 100570681 . T A 2069.19 PASS AF=0.941558;AO=142;DP=150;FAO=145;FDP=154;FR=.;FRO=9;FSAF=53;FSAR=92;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0492611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0114;QD=53.7452;RBI=0.103269;REFB=-0.0537247;REVB=0.090763;RO=3;SAF=53;SAR=89;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261503;STB=0.502029;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00237332;OID=.;OPOS=100570681;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:150:154:3:9:142:145:0.941558:89:53:3:0:92:53:3:6 chr4 100574195 . A G 2770.09 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103507;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0884;QD=62.6008;RBI=0.0977244;REFB=0;REVB=-0.0977189;RO=0;SAF=85;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178541;OID=.;OPOS=100574195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:177:0:0:176:177:1:91:85:0:0:92:85:0:0 chr4 100574725 . TG T,TT 71.42 PASS AF=0.15,0.0291667;AO=67,9;DP=240;FAO=36,7;FDP=240;FR=.;FRO=197;FSAF=21,0;FSAR=15,7;FSRF=85;FSRR=112;FWDB=-0.0107985,0.0691803;FXX=0.0399984;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.7386,18.9937;QD=1.19027;RBI=0.0203114,0.0973425;REFB=-0.143784,-0.0888015;REVB=-0.0172031,0.068481;RO=135;SAF=32,0;SAR=35,9;SRF=61;SRR=74;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0300771,-0.514689;STB=0.626429,0.998339;STBP=0.106,0.003;TYPE=del,snp;VARB=0.0958678,-0.0367115;OID=.,.;OPOS=100574726,100574726;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15,0.0291667:67,9:240:36,7:240:197:21,0:15,7:85:112:52:135:32,0:35,9:61:74 chr4 100574821 . C G 909.08 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0130032;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.3003;QD=55.0958;RBI=0.0237587;REFB=-0.175375;REVB=0.0198844;RO=1;SAF=8;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00836183;STB=0.508769;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00237712;OID=.;OPOS=100574821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:1:2:64:64:0.969697:56:8:0:1:56:8:0:2 chr4 100575711 . C T 3520.25 PASS AF=0.991228;AO=226;DP=228;FAO=226;FDP=228;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=136;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0251435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.374;QD=61.7588;RBI=0.0258642;REFB=-0.126641;REVB=0.00606301;RO=2;SAF=90;SAR=136;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104699;STB=0.505494;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000333999;OID=.;OPOS=100575711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:228:228:2:2:226:226:0.991228:136:90:2:0:136:90:2:0 chr4 101331502 . A AT 32.61 PASS AF=0.072;AO=37;DP=252;FAO=18;FDP=250;FR=.;FRO=232;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=114;FSRR=118;FWDB=0.00613869;FXX=0.00398391;HRUN=0;LEN=1;MLLD=108.364;QD=0.521692;RBI=0.0642426;REFB=-0.00326884;REVB=-0.0639487;RO=208;SAF=6;SAR=31;SRF=113;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496403;STB=0.702314;STBP=0.089;TYPE=ins;VARB=0.0568666;OID=.;OPOS=101331503;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.072:37:252:18:250:232:5:13:114:118:32:208:6:31:113:95 chr4 101401161 . TAAC T 2703.35 PASS AF=0.954545;AO=226;DP=241;FAO=231;FDP=242;FR=.;FRO=11;FSAF=96;FSAR=135;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0113855;FXX=0.0319987;HRUN=2;LEN=3;MLLD=235.274;QD=44.6835;RBI=0.0115602;REFB=-0.0189476;REVB=-0.00200187;RO=0;SAF=96;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510293;STBP=0.145;TYPE=del;VARB=0.000871248;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.954545:226:241:231:242:11:96:135:7:4:4:0:96:130:0:0 chr4 102751276 . C T 895.53 PASS AF=0.461929;AO=91;DP=196;FAO=91;FDP=197;FR=.;FRO=106;FSAF=61;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=-0.00161306;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.104;QD=18.1834;RBI=0.0148456;REFB=0.00465844;REVB=-0.0147577;RO=105;SAF=61;SAR=30;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141567;STB=0.581626;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0040815;OID=.;OPOS=102751276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:105:106:91:91:0.461929:30:61:56:49:30:61:56:50 chr4 102816467 . C G 865.35 PASS AF=0.426009;AO=94;DP=223;FAO=95;FDP=223;FR=.;FRO=128;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=58;FSRR=70;FWDB=-0.00238921;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.333;QD=15.522;RBI=0.0355501;REFB=-0.00432134;REVB=0.0354697;RO=128;SAF=39;SAR=55;SRF=58;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403444;STB=0.525029;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00587131;OID=.;OPOS=102816467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:128:128:94:95:0.426009:55:39:58:70:56:39:58:70 chr4 102965043 . T C 1935.14 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014243;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.036;QD=61.9245;RBI=0.0142431;REFB=0;REVB=-4.84088e-05;RO=0;SAF=62;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175336;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:62:62:0:0:62:63:0:0 chr4 103225513 . T C 850.13 PASS AF=0.538462;AO=84;DP=156;FAO=84;FDP=156;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0348042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5215;QD=21.7983;RBI=0.0377359;REFB=0.00404615;REVB=-0.0145833;RO=71;SAF=39;SAR=45;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476786;STB=0.529324;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00322119;OID=.;OPOS=103225513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:71:72:84:84:0.538462:45:39:37:34:45:39:38:34 chr4 103228734 . C T 347.94 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00534986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6451;QD=12.6524;RBI=0.0326219;REFB=0.0101871;REVB=0.0321803;RO=68;SAF=19;SAR=23;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677937;STB=0.538577;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0181189;OID=.;OPOS=103228734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:68:68:42:42:0.381818:23:19:35:33:23:19:35:33 chr4 103514658 . T C 2354.33 PASS AF=0.993289;AO=146;DP=147;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=125;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00573465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.276;QD=63.2035;RBI=0.0267144;REFB=-0.0836213;REVB=0.0260916;RO=1;SAF=123;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385131;STB=0.501992;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=3.84959e-05;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:149:1:1:146:148:0.993289:23:123:1:0:23:125:1:0 chr4 103555992 . A G 1270.72 PASS AF=0.518987;AO=123;DP=237;FAO=123;FDP=237;FR=.;FRO=114;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.0692077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7589;QD=21.4467;RBI=0.0735479;REFB=0.00185594;REVB=-0.0248916;RO=114;SAF=71;SAR=52;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841072;STB=0.546033;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00201492;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:114:114:123:123:0.518987:52:71:55:59:52:71:55:59 chr4 103557077 . G A 421.3 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0184633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.87;QD=14.7824;RBI=0.0192385;REFB=-0.0131621;REVB=-0.00540617;RO=65;SAF=26;SAR=22;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00330253;STB=0.502208;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0162111;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:66:48:48:0.421053:22:26:35:30:22:26:36:30 chr4 103611845 . C T 510.88 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0126618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2212;QD=21.2866;RBI=0.0164499;REFB=-0.019751;REVB=-0.0105014;RO=46;SAF=31;SAR=18;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249068;STB=0.632599;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0194164;OID=.;OPOS=103611845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:47:49:49:0.510417:18:31:16:30:18:31:17:30 chr4 103808666 . C A 34.02 PASS AF=0.166667;AO=2;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0129497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.352;QD=3.77998;RBI=0.0159833;REFB=-0.0076165;REVB=-0.00936862;RO=30;SAF=1;SAR=1;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901879;STB=0.8471;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0667159;OID=.;OPOS=103808666;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:36:36:30:30:2:6:0.166667:1:1:12:18:1:5:12:18 chr4 103808862 . T C 111.05 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.011511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.118;QD=7.52906;RBI=0.0186674;REFB=-0.00793982;REVB=-0.0146958;RO=43;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139194;STB=0.508464;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0266576;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:8:8:22:21:8:8:22:21 chr4 103808915 . A G 36.45 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00487376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.99;QD=2.51363;RBI=0.0206652;REFB=0.00369389;REVB=0.0200823;RO=51;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366573;STB=0.784787;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.063314;OID=.;OPOS=103808915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:6:1:21:30:6:1:21:30 chr4 103822404 . G A 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0446481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.384;QD=2.64354;RBI=0.0449692;REFB=0.000257866;REVB=0.00536464;RO=43;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263786;STB=0.707173;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0020535;OID=.;OPOS=103822404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:5:1:15:28:5:1:15:28 chr4 103832687 . T C 31.81 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0391958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.538;QD=1.87115;RBI=0.050516;REFB=-0.00167353;REVB=-0.0318677;RO=61;SAF=5;SAR=2;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358081;STB=0.77004;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0324839;OID=.;OPOS=103832687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:61:61:7:7:0.102941:2:5:24:37:2:5:24:37 chr4 103911069 . C A,T 663.64 PASS AF=0.933333,0.0444444;AO=42,2;DP=45;FAO=42,2;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16,2;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153528,-0.0965475;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=150.323,22.2811;QD=58.9901;RBI=0.0153535,0.113399;REFB=-0.163093,0.0643435;REVB=-0.000146436,-0.0594797;RO=1;SAF=16,2;SAR=26,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0177147,0.697199;STB=0.509429,0.993266;STBP=0.519,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=0.000147996,0.221319;OID=.,.;OPOS=103911069,103911069;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:1:1:42,2:42,2:0.933333,0.0444444:26,0:16,2:0:1:26,0:16,2:0:1 chr4 106159644 . T A 508.39 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.17;QD=56.4879;RBI=0.028703;REFB=-0.100396;REVB=-0.0191856;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000257462;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:19:15:0:1:20:15:0:1 chr4 106160365 . A C 809.67 PASS AF=0.529801;AO=79;DP=151;FAO=80;FDP=151;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.00461673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.324;QD=21.4483;RBI=0.0110336;REFB=0.00224924;REVB=-0.0100213;RO=70;SAF=36;SAR=43;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111271;STB=0.560581;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00263348;OID=.;OPOS=106160365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:70:71:79:80:0.529801:43:36:23:47:44:36:23:48 chr4 106161484 . TTA T,TT,TTT 30.55 PASS AF=0.140845,0.0140845,0;AO=10,15,12;DP=79;FAO=10,1,0;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=6,1,0;FSAR=4,0,0;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00548936,0.0565097,0.0538967;FXX=0;HRUN=5,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=17.1376,8.25421,14.2421;QD=1.72105;RBI=0.24288,0.319304,0.0961421;REFB=-0.0326042,-0.0281817,0.00532923;REVB=-0.242818,-0.314264,-0.0796144;RO=31;SAF=4,6,1;SAR=6,9,11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.250362,-0.237481,-0.652785;STB=0.5998,0.990345,0.5;STBP=0.537,0.291,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.156328,0.0033402,0;OID=.,.,.;OPOS=106161485,106161486,106161486;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.140845,0.0140845,0:10,15,12:79:10,1,0:71:60:6,1,0:4,0,0:29:31:23:31:4,6,1:6,9,11:19:12 chr4 106163434 . G GT,T 63.47 PASS AF=0.297297,0.027027;AO=13,10;DP=99;FAO=22,2;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=7,2;FSAR=15,0;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=0.0526614,-0.00628346;FXX=0.0632831;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=8.44946,210.428;QD=3.43103;RBI=0.0573993,0.00670038;REFB=-0.0141739,-0.0033603;REVB=0.0228356,-0.00232661;RO=67;SAF=5,2;SAR=8,8;SRF=19;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.141631,-0.136064;STB=0.565493,0.997318;STBP=0.555,0.029;TYPE=ins,snp;VARB=0.00979164,0.0457855;OID=.,.;OPOS=106163435,106163434;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:99:74:67:50:13,10:22,2:0.297297,0.027027:8,8:5,2:19:48:15,0:7,2:12:38 chr4 106196951 . A G 195.16 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00704752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.4;QD=14.1933;RBI=0.0862336;REFB=-0.015944;REVB=0.0859452;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296895;STB=0.516948;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.016751;OID=.;OPOS=106196951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:10:13:19:13:10:13:19:13 chr4 106317429 . C G 715.82 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141002;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.618;QD=57.2654;RBI=0.0247591;REFB=0;REVB=0.0247189;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96138e-05;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr4 106328199 . TA T,TG 366.47 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=3,24;DP=27;FAO=3,24;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317458,-0.0264251;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=291.809,316.457;QD=54.2916;RBI=0.0328123,0.026889;REFB=0,0;REVB=-0.00829751,-0.00497345;RO=0;SAF=1,10;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0267367,0.00241002;OID=.,.;OPOS=106328200,106328200;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:3,24:27:3,24:27:0:1,10:2,14:0:0:13:0:1,10:2,14:0:0 chr4 106474096 . T C 1607.65 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.793;QD=60.0991;RBI=0.00149935;REFB=0;REVB=0.00107008;RO=0;SAF=31;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50672e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70001e-07;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:75:31:0:0:75:32:0:0 chr4 106580340 . A G 593.87 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.0149681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8359;QD=15.526;RBI=0.0420126;REFB=0.0275392;REVB=0.0392558;RO=87;SAF=32;SAR=34;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009574;STB=0.505349;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0355132;OID=.;OPOS=106580340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:87:87:66:66:0.431373:34:32:43:44:34:32:43:44 chr4 106861730 . A G 2360.33 PASS AF=0.964912;AO=155;DP=167;FAO=165;FDP=171;FR=.;FRO=6;FSAF=69;FSAR=96;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0757678;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.4;QD=55.2125;RBI=0.0760221;REFB=-0.115275;REVB=0.00621288;RO=8;SAF=59;SAR=96;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602578;STB=0.520831;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00512986;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:167:171:8:6:155:165:0.964912:96:59:8:0:96:69:6:0 chr4 106863575 . G A 327.44 PASS AF=0.413793;AO=34;DP=85;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0172746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.272;QD=15.0548;RBI=0.0190055;REFB=-0.0128611;REVB=0.00792433;RO=49;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167828;STB=0.590312;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0202993;OID=.;OPOS=106863575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:49:51:34:36:0.413793:16:18:18:31:17:19:19:32 chr4 107168431 . G C 2208.4 PASS AF=0.980132;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0369825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8518;QD=58.5006;RBI=0.0405128;REFB=-0.135779;REVB=0.0165403;RO=3;SAF=59;SAR=89;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00257449;STB=0.501354;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00222358;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:3:3:148:148:0.980132:89:59:1:2:89:59:1:2 chr4 108356274 . G A 216.25 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.000442101;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5553;QD=14.9135;RBI=0.00469852;REFB=0.0223146;REVB=0.00467768;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382709;STB=0.521722;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0457213;OID=.;OPOS=108356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:33:25:25:0.431034:15:10:12:21:15:10:12:21 chr4 108575989 . G A 1337.48 PASS AF=0.51145;AO=133;DP=263;FAO=134;FDP=262;FR=.;FRO=128;FSAF=50;FSAR=84;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=-0.073398;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.148;QD=20.4195;RBI=0.0737463;REFB=-0.0426295;REVB=0.00715857;RO=128;SAF=50;SAR=83;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142272;STB=0.579231;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0257073;OID=.;OPOS=108575989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:262:128:128:133:134:0.51145:83:50:68:60:84:50:68:60 chr4 108641300 . T C 4530.55 PASS AF=0.989761;AO=288;DP=292;FAO=290;FDP=293;FR=.;FRO=3;FSAF=158;FSAR=132;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0144499;FXX=0.0101348;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.678;QD=61.8505;RBI=0.0621675;REFB=-0.111253;REVB=-0.0604649;RO=3;SAF=157;SAR=131;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419645;STB=0.502182;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000275149;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:292:293:3:3:288:290:0.989761:131:157:1:2:132:158:1:2 chr4 108931039 . T C 1801.74 PASS AF=0.98374;AO=117;DP=119;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.100651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4854;QD=58.5933;RBI=0.101691;REFB=-0.158227;REVB=-0.0145128;RO=2;SAF=61;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153152;STB=0.507574;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0173109;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:119:123:2:2:117:121:0.98374:56:61:2:0:56:65:2:0 chr4 108969883 . G A 1377.63 PASS AF=0.529183;AO=134;DP=259;FAO=136;FDP=257;FR=.;FRO=121;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=45;FSRR=76;FWDB=0.0616414;FXX=0.0153251;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.729;QD=21.4417;RBI=0.0644691;REFB=-0.0162344;REVB=0.0188841;RO=118;SAF=61;SAR=73;SRF=43;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792516;STB=0.540127;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0134301;OID=.;OPOS=108969883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:257:118:121:134:136:0.529183:73:61:43:75:74:62:45:76 chr4 109541499 . C T 1099.9 PASS AF=0.519048;AO=105;DP=209;FAO=109;FDP=210;FR=.;FRO=101;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.0203662;FXX=0.00943352;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0991;QD=20.9504;RBI=0.0484627;REFB=0.0145065;REVB=0.0439756;RO=104;SAF=50;SAR=55;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022069;STB=0.52438;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0129595;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:104:101:105:109:0.519048:55:50:47:57:56:53:44:57 chr4 109541603 . T A 181.97 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0330815;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.758;QD=16.1753;RBI=0.0361866;REFB=-0.0225336;REVB=0.0146657;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296408;STB=0.668043;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0303436;OID=.;OPOS=109541603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:6:20:9:10:6:20 chr4 109674116 . A G 334.57 PASS AF=0.384615;AO=39;DP=103;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0208964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.161;QD=12.8682;RBI=0.0293481;REFB=-0.0146874;REVB=0.0206071;RO=63;SAF=17;SAR=22;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196576;STB=0.621268;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0217264;OID=.;OPOS=109674116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:63:64:39:40:0.384615:22:17:39:24:23:17:40:24 chr4 109735133 . T C 393.09 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0116532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.055;QD=19.6546;RBI=0.0356512;REFB=-0.0120096;REVB=0.0336929;RO=40;SAF=12;SAR=28;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773694;STB=0.543081;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0147036;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:28:12:15:25:28:12:15:25 chr4 109745336 . T G 532.95 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0187451;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.178;QD=22.9227;RBI=0.0188225;REFB=-0.00877869;REVB=-0.00170492;RO=42;SAF=28;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147961;STB=0.586291;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00982042;OID=.;OPOS=109745336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:42:43:50:50:0.537634:22:28:16:26:22:28:16:27 chr4 109769899 . C T 2102.59 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0121;QD=62.764;RBI=0.0238186;REFB=0;REVB=0.0231827;RO=0;SAF=72;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26833e-05;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:62:72:0:0:62:72:0:0 chr4 110581363 . T A 613.06 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7097;QD=61.3062;RBI=0.0659826;REFB=0;REVB=-0.0627723;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000680253;OID=.;OPOS=110581363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr4 110661937 . G A 584.47 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705998;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.878;QD=61.5227;RBI=0.0252;REFB=0;REVB=0.0241908;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04065e-06;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr4 110667590 . C T 487.21 PASS AF=0.418605;AO=54;DP=129;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.00716654;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.087;QD=15.1072;RBI=0.0239188;REFB=-0.0165331;REVB=-0.02282;RO=75;SAF=24;SAR=30;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132888;STB=0.574587;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0297823;OID=.;OPOS=110667590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:75:75:54:54:0.418605:30:24:43:32:30:24:43:32 chr4 110678925 . T C 1012.12 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089948;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3736;QD=58.6733;RBI=0.0911575;REFB=0;REVB=0.0148002;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864683;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:69:0:0:64:69:1:42:22:0:0:42:27:0:0 chr4 110681505 . C T 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0556125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.282;QD=14.7404;RBI=0.055923;REFB=0.009429;REVB=-0.00588496;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372541;STB=0.521113;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0113261;OID=.;OPOS=110681505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:15:15:22:19:15:15:22:19 chr4 110737389 . T C 3058.84 PASS AF=1;AO=199;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664696;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.992;QD=61.1768;RBI=0.0687692;REFB=-0.0644891;REVB=-0.0176351;RO=0;SAF=74;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.57577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258536;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:201:200:0:0:199:200:1:125:74:0:0:125:75:0:0 chr4 110740230 . A T 596.0 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=147;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.00188677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.269;QD=16.2177;RBI=0.00702107;REFB=-0.00442771;REVB=0.0067628;RO=84;SAF=40;SAR=23;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165785;STB=0.59289;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00601897;OID=.;OPOS=110740230;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:84:84:63:63:0.428571:23:40:40:44:23:40:40:44 chr4 110757224 . G A 906.1 PASS AF=0.4;AO=104;DP=260;FAO=104;FDP=260;FR=.;FRO=156;FSAF=69;FSAR=35;FSRF=80;FSRR=76;FWDB=0.014863;FXX=0.0262162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.552;QD=13.94;RBI=0.0252638;REFB=-0.00174852;REVB=-0.0204292;RO=145;SAF=69;SAR=35;SRF=75;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160257;STB=0.594901;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00288036;OID=.;OPOS=110757224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:145:156:104:104:0.4:35:69:75:70:35:69:80:76 chr4 110757287 . G A 615.05 PASS AF=0.371728;AO=70;DP=190;FAO=71;FDP=191;FR=.;FRO=120;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=0.00590706;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.4;QD=12.8805;RBI=0.0231578;REFB=0.000968877;REVB=0.0223917;RO=120;SAF=40;SAR=30;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134954;STB=0.571072;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00154014;OID=.;OPOS=110757287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:120:120:70:71:0.371728:30:40:54:66:31:40:54:66 chr4 110772874 . C G 849.92 PASS AF=0.538462;AO=84;DP=156;FAO=84;FDP=156;FR=.;FRO=72;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.00438091;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.805;QD=21.7927;RBI=0.0101777;REFB=-0.0234379;REVB=0.00918661;RO=72;SAF=50;SAR=34;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174087;STB=0.589531;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0176437;OID=.;OPOS=110772874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:72:72:84:84:0.538462:34:50:28:44:35:49:28:44 chr4 110773108 . C T 110.22 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0537052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0777;QD=15.2029;RBI=0.0559405;REFB=0.00487289;REVB=-0.0156553;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14236;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0129284;OID=.;OPOS=110773108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:12:13:0.448276:5:7:7:9:6:7:7:9 chr4 110791361 . G A 218.11 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0133514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6666;QD=13.6317;RBI=0.0133602;REFB=-0.0213468;REVB=0.00048514;RO=38;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124259;STB=0.579483;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0215469;OID=.;OPOS=110791361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:25:26:0.40625:16:9:18:20:17:9:18:20 chr4 110791413 . C T 195.58 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.000901233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.376;QD=12.6179;RBI=0.017487;REFB=-0.00740355;REVB=-0.0174638;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724084;STB=0.541632;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0123673;OID=.;OPOS=110791413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:11:13:18:20:11:13:18:20 chr4 110791414 . G A 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00611877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.026;QD=25.4137;RBI=0.00715846;REFB=-0.0210092;REVB=-0.0037154;RO=24;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480526;STB=0.526302;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00486947;OID=.;OPOS=110791414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:20:18:13:11:20:18:13:11 chr4 110791543 . C T 693.09 PASS AF=0.465409;AO=74;DP=160;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.00280513;FXX=0.00624961;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.478;QD=17.4361;RBI=0.0114821;REFB=0.00305307;REVB=-0.0111342;RO=85;SAF=36;SAR=38;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153509;STB=0.508507;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00338457;OID=.;OPOS=110791543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:85:85:74:74:0.465409:38:36:40:45:38:36:40:45 chr4 110901147 . A G 962.36 PASS AF=0.447368;AO=102;DP=230;FAO=102;FDP=228;FR=.;FRO=126;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=54;FSRR=72;FWDB=-0.00568999;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.604;QD=16.8834;RBI=0.017359;REFB=-0.00489601;REVB=-0.0164;RO=128;SAF=44;SAR=58;SRF=54;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971768;STB=0.501578;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00600328;OID=.;OPOS=110901147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:228:128:126:102:102:0.447368:58:44:54:74:58:44:54:72 chr4 110901198 . G A 4129.85 PASS AF=1;AO=264;DP=264;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.336;QD=62.5734;RBI=0.0143906;REFB=0;REVB=-0.000242671;RO=0;SAF=112;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12393e-06;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:264:264:0:0:264:264:1:152:112:0:0:152:112:0:0 chr4 110902111 . A T 899.69 PASS AF=0.454976;AO=96;DP=211;FAO=96;FDP=211;FR=.;FRO=115;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=38;FSRR=77;FWDB=-0.0442556;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0003;QD=17.0556;RBI=0.0490574;REFB=-0.00529583;REVB=-0.0211678;RO=113;SAF=45;SAR=51;SRF=37;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140315;STB=0.576388;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00702828;OID=.;OPOS=110902111;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:113:115:96:96:0.454976:51:45:37:76:51:45:38:77 chr4 110914427 . A T 2695.07 PASS AF=1;AO=171;DP=176;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493638;FXX=0.0223451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.061;QD=61.6016;RBI=0.053044;REFB=0;REVB=0.0194135;RO=1;SAF=98;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161333;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:176:175:1:0:171:175:1:73:98:0:1:77:98:0:0 chr4 110932389 . G GC 294.81 PASS AF=0.456647;AO=66;DP=174;FAO=79;FDP=173;FR=.;FRO=94;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=76;FSRR=18;FWDB=0.115974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.3191;QD=6.81649;RBI=0.115975;REFB=-0.0150659;REVB=0.000224786;RO=100;SAF=42;SAR=24;SRF=82;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23021;STB=0.596251;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.0158146;OID=.;OPOS=110932390;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456647:66:174:79:173:94:52:27:76:18:99:100:42:24:82:18 chr4 110971030 . G T 412.65 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=0.0101898;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2329;QD=14.8702;RBI=0.0541929;REFB=-0.0155639;REVB=-0.0532263;RO=60;SAF=36;SAR=11;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127159;STB=0.559092;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0279761;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:60:64:47:47:0.423423:11:36:40:20:11:36:44:20 chr4 111398208 . A G 625.5 PASS AF=0.442177;AO=64;DP=147;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.000319887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.747;QD=17.0204;RBI=0.0294898;REFB=-0.00419595;REVB=0.0294881;RO=82;SAF=25;SAR=39;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133373;STB=0.503875;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00476047;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:82:82:64:65:0.442177:39:25:31:51:40:25:31:51 chr4 112252643 . G T 755.79 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303295;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.937;QD=57.0405;RBI=0.030707;REFB=0;REVB=0.00480045;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380268;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr4 113108802 . C CTAA 1707.1 PASS AF=0.8;AO=130;DP=172;FAO=132;FDP=165;FR=.;FRO=33;FSAF=55;FSAR=77;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00464874;FXX=0.0517212;HRUN=1;LEN=3;MLLD=288.16;QD=41.3844;RBI=0.0125295;REFB=-0.0366153;REVB=0.0116352;RO=35;SAF=54;SAR=76;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00632278;STB=0.510947;STBP=0.581;TYPE=ins;VARB=0.00869472;OID=.;OPOS=113108803;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=CTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:130:172:132:165:33:55:77:12:21:99:35:54:76:14:21 chr4 113178894 . ATTTGT A 186.01 PASS AF=0.302326;AO=35;DP=134;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.00247459;FXX=0.0444412;HRUN=3;LEN=5;MLLD=235.765;QD=5.76778;RBI=0.022119;REFB=-0.0095565;REVB=0.0219801;RO=73;SAF=16;SAR=19;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894692;STB=0.547815;STBP=0.476;TYPE=del;VARB=0.0204143;OID=.;OPOS=113178895;OREF=TTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.302326:35:134:39:129:90:16:23:43:47:99:73:16:19:39:34 chr4 113190821 . T A 69.83 PASS AF=0.141593;AO=11;DP=109;FAO=16;FDP=113;FR=.;FRO=97;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.00397186;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0836;QD=2.4718;RBI=0.0643346;REFB=-0.00453976;REVB=-0.0642119;RO=96;SAF=1;SAR=10;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508515;STB=0.919317;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0737057;OID=.;OPOS=113190821;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:109:113:96:97:11:16:0.141593:10:1:48:48:15:1:48:49 chr4 113198805 . G C 327.11 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=120;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=56;FWDB=0.0456243;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.618;QD=11.0884;RBI=0.0514751;REFB=-0.016548;REVB=-0.023835;RO=76;SAF=14;SAR=27;SRF=21;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848012;STB=0.551471;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0143009;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:76:77:41:41:0.347458:27:14:21:55:27:14:21:56 chr4 113198889 . AC TT 117.43 PASS AF=0.254545;AO=29;DP=112;FAO=28;FDP=110;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.00275867;FXX=0.0434745;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.951;QD=4.2701;RBI=0.0373308;REFB=-0.0269762;REVB=0.0372287;RO=81;SAF=10;SAR=19;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662975;STB=0.556387;STBP=0.52;TYPE=mnp;VARB=0.14041;OID=.;OPOS=113198889;OREF=AC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:81:82:29:28:0.254545:19:10:32:49:19:9:32:50 chr4 113199075 . A G 809.86 PASS AF=0.529801;AO=80;DP=151;FAO=80;FDP=151;FR=.;FRO=71;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0300978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.877;QD=21.4532;RBI=0.0312726;REFB=-0.0016434;REVB=-0.00849095;RO=70;SAF=45;SAR=35;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169594;STB=0.506296;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0015506;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:70:71:80:80:0.529801:35:45:38:32:35:45:39:32 chr4 113344925 . C T 352.21 PASS AF=0.474359;AO=39;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00790552;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.464;QD=18.0622;RBI=0.00795047;REFB=-0.00612578;REVB=-0.000844249;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810252;STB=0.502091;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00658176;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:41:39:37:0.474359:23:16:19:19:20:17:19:22 chr4 113347609 . CTT CTC,CT 334.83 PASS AF=0.207921,0.792079;AO=13,24;DP=96;FAO=21,80;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=20,31;FSAR=1,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014767,-0.135568;FXX=0.0380916;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=182.008,3.81156;QD=13.2605;RBI=0.0275065,0.818611;REFB=-0.0345304,-0.0865821;REVB=-0.0232066,0.807308;RO=31;SAF=12,12;SAR=1,12;SRF=6;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.754951,0.308141;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0179846,0.0206602;OID=.,.;OPOS=113347611,113347610;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.207921,0.792079:13,24:96:21,80:101:0:20,31:1,49:0:0:99:31:12,12:1,12:6:25 chr4 113352397 . G A 685.76 PASS AF=0.476821;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00739225;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.572;QD=18.1659;RBI=0.00741095;REFB=-0.00230851;REVB=-0.000526141;RO=79;SAF=23;SAR=49;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163597;STB=0.590802;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00283445;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:79:79:72:72:0.476821:49:23:38:41:49:23:38:41 chr4 113352628 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.082;QD=53.9111;RBI=0.024739;REFB=0;REVB=0.0131313;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281888;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:14:10:0:0 chr4 113352899 . G A 638.05 PASS AF=0.448718;AO=69;DP=152;FAO=70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.00895258;FXX=0.0188667;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.538;QD=16.3603;RBI=0.0462588;REFB=-0.0198278;REVB=-0.0453842;RO=83;SAF=34;SAR=35;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343316;STB=0.512817;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0257875;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:156:83:86:69:70:0.448718:35:34:38:45:35:35:41:45 chr4 113353285 . T C 1951.73 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.131;QD=61.9598;RBI=0.0262309;REFB=0;REVB=-0.0257728;RO=0;SAF=51;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23523e-05;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:123:126:1:72:51:0:0:74:52:0:0 chr4 113353311 . G A 438.75 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0914398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.384;QD=15.6696;RBI=0.0914583;REFB=-0.0391753;REVB=-0.00184006;RO=62;SAF=15;SAR=34;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158386;STB=0.585466;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0380734;OID=.;OPOS=113353311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:63:49:49:0.4375:34:15:28:34:34:15:28:35 chr4 113353433 . A C 167.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0422046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5558;QD=23.0922;RBI=0.0422537;REFB=0.0121729;REVB=-0.00203495;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159474;STB=0.588689;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00292133;OID=.;OPOS=113353433;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:2:10:11:6:2:10 chr4 113353449 . A G 323.74 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0144367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.576;QD=34.9991;RBI=0.0149506;REFB=-0.0120051;REVB=0.00388612;RO=10;SAF=12;SAR=15;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124767;STB=0.567853;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0056357;OID=.;OPOS=113353449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:15:12:2:8:15:12:2:8 chr4 113359703 . A G 2524.15 PASS AF=1;AO=163;DP=166;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084942;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.641;QD=61.5647;RBI=0.0243592;REFB=0;REVB=0.0228302;RO=0;SAF=78;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69448e-05;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:164:0:0:163:164:1:85:78:0:0:86:78:0:0 chr4 113362316 . A G 459.87 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0150676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.46;QD=15.8577;RBI=0.0155358;REFB=-0.00985004;REVB=-0.00378504;RO=65;SAF=28;SAR=23;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261451;STB=0.51463;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0108617;OID=.;OPOS=113362316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:65:51:51:0.439655:23:28:34:31:23:28:34:31 chr4 113362609 . G A 632.59 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0204217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.13;QD=19.6153;RBI=0.0206303;REFB=-0.0396322;REVB=0.00292579;RO=63;SAF=25;SAR=39;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647474;STB=0.529004;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0370814;OID=.;OPOS=113362609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:65:64:64:0.496124:39:25:29:34:39:25:29:36 chr4 113362622 . C G 2088.88 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015021;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3025;QD=62.8235;RBI=0.0173248;REFB=0;REVB=0.00863229;RO=0;SAF=58;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175321;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:75:58:0:0:75:58:0:0 chr4 113436044 . T G 1208.56 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.557;QD=61.1928;RBI=0.0214412;REFB=0;REVB=0.0147942;RO=0;SAF=17;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48717e-06;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:61:17:0:0:62:17:0:0 chr4 113436546 . G A 842.13 PASS AF=0.483146;AO=86;DP=177;FAO=86;FDP=178;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.00813823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.137;QD=18.9243;RBI=0.0152679;REFB=-0.0229325;REVB=0.0129181;RO=88;SAF=35;SAR=51;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235071;STB=0.514801;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0249443;OID=.;OPOS=113436546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:88:92:86:86:0.483146:51:35:38:50:51:35:40:52 chr4 113462395 . T C 385.55 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00600902;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.6;QD=17.7266;RBI=0.0100247;REFB=-0.000746968;REVB=0.0080241;RO=47;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513729;STB=0.528721;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00091136;OID=.;OPOS=113462395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:47:47:40:40:0.45977:20:20:26:21:20:20:26:21 chr4 113462397 . G C 400.36 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0104114;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5604;QD=18.4075;RBI=0.0173181;REFB=0.00618813;REVB=-0.013839;RO=46;SAF=21;SAR=20;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503551;STB=0.528076;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0115747;OID=.;OPOS=113462397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:20:21:26:20:20:21:26:20 chr4 113505203 . A G 726.32 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0626149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.745;QD=20.7518;RBI=0.0713369;REFB=-0.0263463;REVB=0.0341809;RO=69;SAF=42;SAR=29;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506802;STB=0.527913;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0320843;OID=.;OPOS=113505203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:69:69:71:71:0.507143:29:42:37:32:29:42:37:32 chr4 113506711 . C T 244.37 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0219098;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5408;QD=12.8618;RBI=0.0241534;REFB=0.01038;REVB=0.0101661;RO=48;SAF=7;SAR=22;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405904;STB=0.728314;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0234109;OID=.;OPOS=113506711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:48:47:29:29:0.381579:22:7:29:19:22:7:28:19 chr4 113544993 . G T 484.09 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00710435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.983;QD=14.7813;RBI=0.010483;REFB=-0.0157638;REVB=-0.00770854;RO=75;SAF=25;SAR=29;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100292;STB=0.504977;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0222509;OID=.;OPOS=113544993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:75:77:54:54:0.412214:29:25:34:41:29:25:35:42 chr4 113575873 . C G 189.21 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.000370469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.043;QD=13.0489;RBI=0.00735192;REFB=0.00106239;REVB=0.00734258;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130914;STB=0.575276;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00202388;OID=.;OPOS=113575873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:14:9:18:17:14:9:18:17 chr4 114081490 . A G 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00437969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.885;QD=20.8992;RBI=0.0136452;REFB=0.00529971;REVB=-0.0129233;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056103;STB=0.531227;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00596486;OID=.;OPOS=114081490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:11:17:13:11:11:17:13:11 chr4 114309839 . C T 1393.83 PASS AF=0.496429;AO=138;DP=281;FAO=139;FDP=280;FR=.;FRO=141;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=-0.00312822;FXX=0.00355859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.658;QD=19.9118;RBI=0.0101439;REFB=-0.0146383;REVB=-0.00964946;RO=138;SAF=66;SAR=72;SRF=68;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132291;STB=0.507276;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0139084;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:280:138:141:138:139:0.496429:72:66:68:70:72:67:70:71 chr4 114341210 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.905;QD=57.2374;RBI=0.0207608;REFB=0;REVB=0.0173302;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16161e-05;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr4 114341631 . T C 609.62 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.68;QD=60.9624;RBI=0.155271;REFB=0;REVB=-0.00529004;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492527;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:36:40:1:24:12:0:0:24:16:0:0 chr4 114376933 . G A 1031.55 PASS AF=0.429658;AO=113;DP=265;FAO=113;FDP=263;FR=.;FRO=150;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=67;FSRR=83;FWDB=-0.00796924;FXX=0.00754688;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.162;QD=15.689;RBI=0.0317086;REFB=-0.0101093;REVB=-0.0306908;RO=148;SAF=60;SAR=53;SRF=66;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865419;STB=0.547974;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.011569;OID=.;OPOS=114376933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:263:148:150:113:113:0.429658:53:60:66:82:53:60:67:83 chr4 114822485 . G A 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.123;QD=61.3988;RBI=0.0255712;REFB=-0.0567746;REVB=-0.00410654;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000594919;OID=.;OPOS=114822485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:40:49:0:0:40:49:0:1 chr4 114823493 . CTT CTTCT,C,CT 41.83 PASS AF=0.206897,0,0.0689655;AO=4,3,10;DP=29;FAO=6,0,2;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=0,0,0;FSAR=6,0,2;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=0,0,0;FXX=0;HRUN=0,8,8;LEN=2,2,1;MLLD=119.164,12.9825,5.17156;QD=5.76922;RBI=0.103557,0.220906,0.425554;REFB=-0.0331783,-0.0320127,-0.0633529;REVB=-0.103557,-0.220906,-0.425554;RO=6;SAF=0,0,0;SAR=4,3,10;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,del;VARB=0.160635,0.077806,-0.0536529;OID=.,.,.;OPOS=114823495,114823494,114823494;OREF=-,TT,T;OALT=TC,-,-;OMAPALT=CTTCT,C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897,0,0.0689655:4,3,10:29:6,0,2:29:21:0,0,0:6,0,2:0:21:35:6:0,0,0:4,3,10:0:6 chr4 115544713 . CA CG,TG 2190.62 PASS AF=0.527778,0.472222;AO=76,70;DP=146;FAO=76,68;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=37,38;FSAR=39,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258425,0.0137473;FXX=0.0136977;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=87.577,121.015;QD=60.8506;RBI=0.0347002,0.0313383;REFB=0,0;REVB=-0.0231574,-0.028162;RO=0;SAF=37,38;SAR=39,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0167392,-0.00806196;OID=.,.;OPOS=115544714,115544713;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:146:144:0:0:76,70:76,68:0.527778,0.472222:39,32:37,38:0:0:39,30:37,38:0:0 chr4 115589302 . A G 2906.16 PASS AF=0.994624;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.602;QD=62.498;RBI=0.0418506;REFB=-0.0346996;REVB=0.0382938;RO=1;SAF=72;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419519;STB=0.502202;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00105012;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:186:1:1:185:185:0.994624:113:72:0:1:113:72:0:1 chr4 119237348 . T C 748.53 PASS AF=0.473054;AO=79;DP=166;FAO=79;FDP=167;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.0202211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.271;QD=17.9288;RBI=0.0225507;REFB=-0.0232056;REVB=-0.00998196;RO=87;SAF=41;SAR=38;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00925731;STB=0.501973;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0254188;OID=.;OPOS=119237348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:87:88:79:79:0.473054:38:41:46:41:38:41:46:42 chr4 119273712 . CTCG GGTC,GTCG 703.66 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,42;DP=51;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,39;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182042,-0.0250132;FXX=0.019604;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=46.1146,80.6648;QD=56.2927;RBI=0.0562119,0.0702838;REFB=0,0;REVB=-0.0531826,-0.0656822;RO=0;SAF=0,34;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.67012e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0035273,0.00148841;OID=.,.;OPOS=119273712,119273712;OREF=CTCG,C;OALT=GGTC,G;OMAPALT=GGTC,GTCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:50:0:0:2,42:2,48:0.04,0.96:2,8:0,34:0:0:2,9:0,39:0:0 chr4 119736796 . A C 1352.08 PASS AF=0.501859;AO=134;DP=273;FAO=135;FDP=269;FR=.;FRO=134;FSAF=52;FSAR=83;FSRF=38;FSRR=96;FWDB=0.0395098;FXX=0.0146515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3877;QD=20.1052;RBI=0.039522;REFB=-0.0144716;REVB=-0.000983904;RO=129;SAF=52;SAR=82;SRF=37;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980366;STB=0.554766;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0171971;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:269:129:134:134:135:0.501859:82:52:37:92:83:52:38:96 chr4 119944611 . G T 343.64 PASS AF=0.346774;AO=43;DP=124;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0245266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3944;QD=11.0852;RBI=0.0719631;REFB=-0.0212554;REVB=-0.0676546;RO=79;SAF=21;SAR=22;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598044;STB=0.504502;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0346597;OID=.;OPOS=119944611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:79:81:43:43:0.346774:22:21:39:40:22:21:39:42 chr4 119947961 . AAAG A 592.0 PASS AF=0.471503;AO=88;DP=196;FAO=91;FDP=193;FR=.;FRO=102;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=0.0139748;FXX=0.0445523;HRUN=3;LEN=3;MLLD=190.903;QD=12.2694;RBI=0.0140348;REFB=0.00244912;REVB=-0.00129658;RO=96;SAF=41;SAR=47;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369754;STB=0.521315;STBP=0.575;TYPE=del;VARB=-0.00268076;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471503:88:196:91:193:102:42:49:43:59:99:96:41:47:41:55 chr4 119947985 . G C 851.58 PASS AF=0.478022;AO=86;DP=182;FAO=87;FDP=182;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=61;FWDB=-0.0143812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1189;QD=18.7159;RBI=0.0150509;REFB=0.0074713;REVB=0.00443971;RO=92;SAF=38;SAR=48;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079908;STB=0.548152;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00931283;OID=.;OPOS=119947985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:92:95:86:87:0.478022:48:38:33:59:48:39:34:61 chr4 119951647 . A G 617.68 PASS AF=0.478261;AO=56;DP=128;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0849553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1763;QD=17.9038;RBI=0.0946356;REFB=-0.0458364;REVB=0.0416951;RO=72;SAF=38;SAR=18;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229847;STB=0.5697;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0525058;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:138:72:72:56:66:0.478261:18:38:33:39:27:39:33:39 chr4 120072078 . T C 1411.14 PASS AF=0.53937;AO=137;DP=254;FAO=137;FDP=254;FR=.;FRO=117;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=0.00939974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.653;QD=22.2227;RBI=0.00940297;REFB=-0.00775428;REVB=0.000246451;RO=116;SAF=61;SAR=76;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535996;STB=0.527346;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00629792;OID=.;OPOS=120072078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:116:117:137:137:0.53937:76:61:59:57:76:61:59:58 chr4 120133549 . T G 423.73 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0786096;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0915;QD=16.1421;RBI=0.0787322;REFB=0.00127646;REVB=-0.00439333;RO=59;SAF=19;SAR=28;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138217;STB=0.572566;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.000607702;OID=.;OPOS=120133549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:59:58:47:47:0.447619:28:19:32:27:28:19:31:27 chr4 120158685 . T G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.326;QD=60.8835;RBI=0.0270233;REFB=0;REVB=0.026144;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38648e-06;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr4 120181724 . A G 998.55 PASS AF=0.49;AO=98;DP=200;FAO=98;FDP=200;FR=.;FRO=102;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.00498936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.308;QD=19.971;RBI=0.0276796;REFB=-0.00828225;REVB=-0.0272262;RO=102;SAF=42;SAR=56;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577177;STB=0.531785;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00798423;OID=.;OPOS=120181724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:102:102:98:98:0.49:56:42:50:52:56:42:50:52 chr4 120214030 . T G 597.41 PASS AF=0.556604;AO=58;DP=105;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.108415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.254;QD=22.5436;RBI=0.109397;REFB=0.0333299;REVB=-0.0146253;RO=47;SAF=24;SAR=34;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804054;STB=0.508861;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.0255988;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:47:47:58:59:0.556604:34:24:19:28:34:25:19:28 chr4 120215314 . A G 951.26 PASS AF=0.471698;AO=94;DP=204;FAO=100;FDP=212;FR=.;FRO=112;FSAF=32;FSAR=68;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.00368522;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.979;QD=17.9483;RBI=0.00870135;REFB=-0.00665051;REVB=-0.00788243;RO=108;SAF=31;SAR=63;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146648;STB=0.582365;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00959454;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:212:108:112:94:100:0.471698:63:31:51:57:68:32:52:60 chr4 120239831 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.745;QD=64.4136;RBI=0.0379847;REFB=0;REVB=0.0127364;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157574;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr4 120239878 . G A 871.11 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156132;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.197;QD=58.0737;RBI=0.0156955;REFB=0;REVB=-0.00160596;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97624e-05;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr4 120240238 . T C 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.003;QD=59.677;RBI=0.0692863;REFB=0;REVB=0.0471428;RO=0;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367506;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:49:21:0:0:49:21:0:0 chr4 120241849 . A G 851.08 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.141;QD=57.7005;RBI=0.00661147;REFB=0;REVB=-0.00209508;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7873e-05;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr4 120241902 . T C 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.391;QD=64.2848;RBI=0.00685865;REFB=0;REVB=0.00296232;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20507e-06;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:57:43:0:0:57:43:0:0 chr4 120325630 . G A 1530.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.552;QD=63.7519;RBI=0.0242323;REFB=0;REVB=-0.0138742;RO=0;SAF=32;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79129e-06;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:64:32:0:0:64:32:0:0 chr4 120325654 . GC G 1322.93 PASS AF=1;AO=118;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.7657;QD=41.9978;RBI=0.0698513;REFB=0;REVB=0.0443503;RO=1;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736387;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000101702;OID=.;OPOS=120325655;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:118:125:126:126:0:55:71:0:0:25:1:54:64:0:1 chr4 120325732 . C A 3097.26 PASS AF=0.962963;AO=205;DP=218;FAO=208;FDP=216;FR=.;FRO=8;FSAF=94;FSAR=114;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0242641;FXX=0.0270258;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.774;QD=57.3567;RBI=0.0316091;REFB=-0.129009;REVB=0.020258;RO=8;SAF=92;SAR=113;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306743;STB=0.515766;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000410077;OID=.;OPOS=120325732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:218:216:8:8:205:208:0.962963:113:92:7:1:114:94:7:1 chr4 120325820 . T A 4972.44 PASS AF=1;AO=312;DP=312;FAO=316;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=183;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327901;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.57;QD=62.9423;RBI=0.0330477;REFB=0;REVB=0.00411797;RO=0;SAF=179;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5704e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66656e-05;OID=.;OPOS=120325820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:312:316:0:0:312:316:1:133:179:0:0:133:183:0:0 chr4 120330155 . C T 1392.24 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7363;QD=61.8773;RBI=0.0429388;REFB=0;REVB=-0.0428261;RO=1;SAF=37;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734576;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:52:37:1:0:52:38:0:0 chr4 120330272 . C G 519.15 PASS AF=0.972973;AO=33;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0567728;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2214;QD=56.1243;RBI=0.0598719;REFB=-0.0655188;REVB=0.0190132;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373388;STB=0.51612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00358149;OID=.;OPOS=120330272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:37:1:1:33:36:0.972973:21:12:1:0:21:15:1:0 chr4 120330448 . GC AA 554.64 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0254071;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.028;QD=55.464;RBI=0.0263493;REFB=-0.0188027;REVB=-0.00698302;RO=2;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00149098;OID=.;OPOS=120330448;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:19:19:1:1:19:19:1:1 chr4 120330539 . G A 972.75 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1334;QD=58.9544;RBI=0.117399;REFB=0;REVB=0.0930494;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130455;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr4 120423729 . T C 1098.34 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9661;QD=60.1832;RBI=0.0643833;REFB=0;REVB=0.0586253;RO=0;SAF=15;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339615;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:58:15:0:0:58:15:0:0 chr4 120474859 . A G 2151.57 PASS AF=1;AO=136;DP=139;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575475;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.961;QD=63.2814;RBI=0.0575789;REFB=0;REVB=-0.00190045;RO=0;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76944e-05;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:139:136:0:0:136:136:1:70:66:0:0:70:66:0:0 chr4 120528327 . G A 1365.54 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308025;FXX=0.0224694;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.78;QD=62.7837;RBI=0.0114143;REFB=0;REVB=0.0109909;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07132e-05;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr4 120868354 . C T 295.06 PASS AF=0.417722;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0222622;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.795;QD=14.9399;RBI=0.0289493;REFB=-0.0173462;REVB=0.0185056;RO=47;SAF=17;SAR=15;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159722;STB=0.592996;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0238365;OID=.;OPOS=120868354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:46:32:33:0.417722:15:17:32:15:16:17:31:15 chr4 121706201 . A G 582.45 PASS AF=0.424658;AO=62;DP=146;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.00084192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.536;QD=15.9577;RBI=0.00621262;REFB=0.00483926;REVB=0.00615531;RO=84;SAF=24;SAR=38;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11838;STB=0.566374;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00649886;OID=.;OPOS=121706201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:84:84:62:62:0.424658:38:24:42:42:38:24:42:42 chr4 121738049 . T C 401.85 PASS AF=0.5125;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00913255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.3511;QD=20.0927;RBI=0.0215669;REFB=-0.00051728;REVB=-0.0195378;RO=39;SAF=14;SAR=26;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217056;STB=0.610576;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000480875;OID=.;OPOS=121738049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:40:41:0.5125:26:14:23:16:26:15:23:16 chr4 121957051 . C T 1194.69 PASS AF=0.4;AO=134;DP=335;FAO=134;FDP=335;FR=.;FRO=201;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=106;FSRR=95;FWDB=-0.032214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.674;QD=14.2649;RBI=0.0408956;REFB=-0.0257119;REVB=-0.0251935;RO=200;SAF=69;SAR=65;SRF=105;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107922;STB=0.507472;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0430319;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:200:201:134:134:0.4:65:69:105:95:65:69:106:95 chr4 121957559 . G A 974.7 PASS AF=0.476636;AO=101;DP=211;FAO=102;FDP=214;FR=.;FRO=112;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.011418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8392;QD=18.2186;RBI=0.0302333;REFB=-0.021279;REVB=0.0279944;RO=109;SAF=51;SAR=50;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607913;STB=0.528032;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0233765;OID=.;OPOS=121957559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:214:109:112:101:102:0.476636:50:51:48:61:51:51:50:62 chr4 121957734 . T C 712.8 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=132;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0155187;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.887;QD=21.9323;RBI=0.017522;REFB=0.00985698;REVB=-0.0081356;RO=62;SAF=37;SAR=32;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452052;STB=0.536221;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00802152;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:62:61:69:69:0.530769:32:37:30:32:32:37:28:33 chr4 121958691 . T C 419.42 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00167851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.632;QD=20.2131;RBI=0.00822131;REFB=-0.0119295;REVB=0.00804814;RO=38;SAF=14;SAR=28;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431359;STB=0.522925;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00822069;OID=.;OPOS=121958691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:41:42:42:0.506024:28:14:11:27:28:14:12:29 chr4 121966807 . C T 465.1 PASS AF=0.42623;AO=50;DP=120;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.0102341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.429;QD=15.2493;RBI=0.0139209;REFB=0.00229835;REVB=-0.00943693;RO=70;SAF=22;SAR=28;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884021;STB=0.560797;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00303228;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:70:70:50:52:0.42623:28:22:25:45:28:24:25:45 chr4 122137662 . T G 214.69 PASS AF=0.43038;AO=17;DP=72;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0204956;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0916;QD=10.8704;RBI=0.0461558;REFB=-0.0580477;REVB=0.0413556;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148118;STB=0.582041;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0163229;OID=.;OPOS=122137662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:79:37:45:17:34:0.43038:10:7:20:17:20:14:25:20 chr4 122250272 . C G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.902;QD=59.6786;RBI=0.0313305;REFB=0;REVB=-0.000818061;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58299e-05;OID=.;OPOS=122250272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:48:22:0:0:48:22:0:0 chr4 122257950 . A G 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.623;QD=63.3359;RBI=0.00606051;REFB=0;REVB=0.0024785;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63208e-05;OID=.;OPOS=122257950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:39:54:0:0:39:54:0:0 chr4 122683007 . G A 715.49 PASS AF=0.383562;AO=82;DP=217;FAO=84;FDP=219;FR=.;FRO=135;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=75;FSRR=60;FWDB=-0.001587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.961;QD=13.0682;RBI=0.0281759;REFB=-0.000109855;REVB=-0.0281312;RO=134;SAF=40;SAR=42;SRF=75;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788892;STB=0.534238;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.000139134;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:219:134:135:82:84:0.383562:42:40:75:59:42:42:75:60 chr4 122687491 . G C 759.79 PASS AF=0.52518;AO=73;DP=139;FAO=73;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0156775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8097;QD=21.8644;RBI=0.033685;REFB=-0.00661838;REVB=-0.0298143;RO=66;SAF=34;SAR=39;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361923;STB=0.519852;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00517145;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:66:66:73:73:0.52518:39:34:28:38:39:34:28:38 chr4 122742217 . T C 2151.88 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0693282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.135;QD=61.9247;RBI=0.0893049;REFB=0.0137901;REVB=0.0562935;RO=1;SAF=72;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725792;STB=0.503759;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000194506;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:137:138:0.992806:65:72:0:1:66:72:0:1 chr4 122782720 . T A 405.48 PASS AF=0.321212;AO=53;DP=166;FAO=53;FDP=165;FR=.;FRO=112;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=72;FWDB=0.0250659;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3568;QD=9.82989;RBI=0.0326253;REFB=-0.0112014;REVB=0.0208833;RO=112;SAF=26;SAR=27;SRF=40;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157934;STB=0.590876;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0145749;OID=.;OPOS=122782720;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:112:112:53:53:0.321212:27:26:40:72:27:26:40:72 chr4 122800889 . C T 392.05 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00950034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.61;QD=16.8624;RBI=0.00950177;REFB=-0.00126562;REVB=-0.000164581;RO=52;SAF=21;SAR=20;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312904;STB=0.517558;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0014705;OID=.;OPOS=122800889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:20:21:25:27:20:21:25:27 chr4 123008808 . C T 830.41 PASS AF=0.525316;AO=83;DP=158;FAO=83;FDP=158;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0109898;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.274;QD=21.0229;RBI=0.0275278;REFB=-0.00609631;REVB=-0.025239;RO=74;SAF=43;SAR=40;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771596;STB=0.507256;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00752723;OID=.;OPOS=123008808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:74:75:83:83:0.525316:40:43:39:35:40:43:40:35 chr4 123145751 . T A 758.37 PASS AF=0.51773;AO=73;DP=140;FAO=73;FDP=141;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0049801;FXX=0.00704176;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.762;QD=21.5141;RBI=0.00929517;REFB=-0.00550489;REVB=-0.00784849;RO=66;SAF=33;SAR=40;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110687;STB=0.505299;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00568361;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:66:68:73:73:0.51773:40:33:29:37:40:33:30:38 chr4 123192383 . T C 643.77 PASS AF=0.451613;AO=70;DP=156;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=0.000737764;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.115;QD=16.6135;RBI=0.0456392;REFB=-0.0046998;REVB=0.0456332;RO=84;SAF=26;SAR=44;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150832;STB=0.510914;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00526101;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:84:85:70:70:0.451613:44:26:30:54:44:26:30:55 chr4 123229132 . C T 863.56 PASS AF=0.547945;AO=80;DP=146;FAO=80;FDP=146;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.0049024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.664;QD=23.6591;RBI=0.00774631;REFB=-0.000702123;REVB=0.00599765;RO=66;SAF=31;SAR=49;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343037;STB=0.518729;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000576629;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:66:66:80:80:0.547945:49:31:23:43:49:31:23:43 chr4 123302210 . CA C,CC 81.07 PASS AF=0.247619,0.0857143;AO=31,8;DP=110;FAO=26,9;FDP=105;FR=.;FRO=70;FSAF=11,0;FSAR=15,9;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0405351,-0.00024373;FXX=0.0454504;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.69764,27.4333;QD=3.08852;RBI=0.187492,0.0272563;REFB=-0.16654,-0.0559029;REVB=-0.183057,-0.0272552;RO=47;SAF=14,0;SAR=17,8;SRF=21;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0051283,-0.662249;STB=0.546081,0.998736;STBP=0.63,0;TYPE=del,snp;VARB=0.146019,0.023702;OID=.,.;OPOS=123302211,123302211;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.247619,0.0857143:31,8:110:26,9:105:70:11,0:15,9:34:36:47:47:14,0:17,8:21:26 chr4 123536963 . G A 2454.48 PASS AF=1;AO=136;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.089;QD=61.362;RBI=0.0235549;REFB=0;REVB=0.0150224;RO=0;SAF=51;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283227;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:136:160:1:85:51:0:0:98:62:0:0 chr4 123747942 . G A 579.22 PASS AF=0.408537;AO=62;DP=174;FAO=67;FDP=164;FR=.;FRO=97;FSAF=62;FSAR=5;FSRF=95;FSRR=2;FWDB=-0.00444672;FXX=0.0628536;HRUN=6;LEN=1;MLLD=186.576;QD=14.1273;RBI=0.162006;REFB=-0.0143556;REVB=0.161945;RO=72;SAF=62;SAR=0;SRF=72;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.643939;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0226326;OID=.;OPOS=123747942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:164:72:97:62:67:0.408537:0:62:72:0:5:62:95:2 chr4 123814308 . C T 716.03 PASS AF=0.447674;AO=75;DP=170;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.00972593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.866;QD=16.6519;RBI=0.0123268;REFB=0.00733776;REVB=0.0075734;RO=93;SAF=42;SAR=33;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107844;STB=0.551201;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00949137;OID=.;OPOS=123814308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:93:95:75:77:0.447674:33:42:42:51:35:42:43:52 chr4 123838758 . A G 3655.53 PASS AF=1;AO=231;DP=231;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267515;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.408;QD=62.7559;RBI=0.037522;REFB=0;REVB=0.0263107;RO=0;SAF=113;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012825;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:233:0:0:231:233:1:118:113:0:0:118:115:0:0 chr4 123843716 . T C 1013.29 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236825;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.539;QD=59.6052;RBI=0.0200088;REFB=0;REVB=0.0198682;RO=0;SAF=18;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330656;OID=.;OPOS=123843716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:50:18:0:0:50:18:0:0 chr4 123949556 . G A,T 716.76 PASS AF=0.978261,0.0217391;AO=43,3;DP=46;FAO=45,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248815,-0.0277272;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=117.635,23.385;QD=62.3269;RBI=0.0248858,0.0597101;REFB=0,0;REVB=-0.000458776,0.0528819;RO=0;SAF=21,2;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000695024,0.219573;OID=.,.;OPOS=123949556,123949556;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:46:46:0:0:43,3:45,1:0.978261,0.0217391:22,1:21,2:0:0:22,1:23,0:0:0 chr4 124323738 . T C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00841859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.919;QD=15.1969;RBI=0.0277037;REFB=-0.000442713;REVB=-0.0263936;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548562;STB=0.531868;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00071489;OID=.;OPOS=124323738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:12:6:4:10:12:6 chr4 124324221 . T G 408.93 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00182413;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.091;QD=20.7053;RBI=0.0182018;REFB=-0.0070549;REVB=0.0181101;RO=37;SAF=31;SAR=10;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116081;STB=0.574923;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00555429;OID=.;OPOS=124324221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:38:41:41:0.518987:10:31:24:13:10:31:24:14 chr4 124324242 . CCTT C 307.88 PASS AF=0.571429;AO=39;DP=76;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0107632;FXX=0.0666578;HRUN=2;LEN=3;MLLD=274.465;QD=17.5932;RBI=0.0119621;REFB=-0.0360833;REVB=0.00521965;RO=27;SAF=26;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174022;STB=0.594936;STBP=0.09;TYPE=del;VARB=0.0211765;OID=.;OPOS=124324243;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:39:76:40:70:30:27:13:14:16:99:27:26:13:12:15 chr4 126237971 . C T 297.37 PASS AF=0.551724;AO=23;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00779505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.0926;QD=20.5085;RBI=0.16841;REFB=-0.0677226;REVB=0.168229;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616294;STB=0.568063;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0631799;OID=.;OPOS=126237971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:25:23:32:0.551724:10:13:13:13:19:13:14:11 chr4 126238924 . A T 2292.82 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140536;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.207;QD=61.1418;RBI=0.0243786;REFB=0;REVB=0.0199202;RO=0;SAF=75;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61467e-05;OID=.;OPOS=126238924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:150:150:1:75:75:0:0:75:75:0:0 chr4 126239986 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.187;QD=59.6794;RBI=0.0231664;REFB=0;REVB=0.0119206;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81032e-05;OID=.;OPOS=126239986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr4 126240510 . T C 1556.41 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0512;QD=59.862;RBI=0.0358968;REFB=0;REVB=0.0299937;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243302;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:50:54:0:0:50:54:0:0 chr4 126241871 . C T 591.47 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.709;QD=60.6636;RBI=0.0217145;REFB=0;REVB=0.00764508;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21406e-05;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35:39:1:20:15:0:0:24:15:0:0 chr4 126329789 . T C 3038.96 PASS AF=1;AO=189;DP=193;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712792;FXX=0.0306107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.559;QD=63.978;RBI=0.0280883;REFB=0;REVB=0.0271689;RO=0;SAF=73;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93318e-05;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:190:0:0:189:190:1:116:73:0:0:117:73:0:0 chr4 126369872 . G C 2375.28 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190806;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.59;QD=64.1968;RBI=0.0203639;REFB=0;REVB=0.00711445;RO=0;SAF=73;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93991e-05;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:148:0:0:147:148:1:74:73:0:0:75:73:0:0 chr4 126372742 . G A 943.78 PASS AF=0.554878;AO=91;DP=164;FAO=91;FDP=164;FR=.;FRO=73;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=-0.0122153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.648;QD=23.0191;RBI=0.0142433;REFB=-0.00550053;REVB=0.00732519;RO=73;SAF=52;SAR=39;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163724;STB=0.589235;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00360754;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:73:73:91:91:0.554878:39:52:27:46:39:52:27:46 chr4 126372975 . A C 963.7 PASS AF=0.453333;AO=102;DP=225;FAO=102;FDP=225;FR=.;FRO=123;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=0.00387116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.597;QD=17.1325;RBI=0.013902;REFB=-0.0175572;REVB=0.0133521;RO=122;SAF=53;SAR=49;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112313;STB=0.508502;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0186978;OID=.;OPOS=126372975;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:122:123:102:102:0.453333:49:53:62:60:49:53:62:61 chr4 126373789 . G A 2179.11 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.807;QD=63.1627;RBI=0.0303409;REFB=0;REVB=0.0141363;RO=0;SAF=62;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04336e-05;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:136:138:1:74:62:0:0:74:64:0:0 chr4 126397321 . C T 729.88 PASS AF=0.410891;AO=80;DP=199;FAO=83;FDP=202;FR=.;FRO=119;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=0.0320735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.748;QD=14.4531;RBI=0.0349375;REFB=-0.0139289;REVB=-0.0138534;RO=118;SAF=40;SAR=40;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00899688;STB=0.518068;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0186601;OID=.;OPOS=126397321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:202:118:119:80:83:0.410891:40:40:58:60:40:43:58:61 chr4 126402890 . G A 483.51 PASS AF=0.428571;AO=52;DP=124;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.000390325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.816;QD=15.3496;RBI=0.0288133;REFB=-0.0297552;REVB=0.0288107;RO=71;SAF=15;SAR=37;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108538;STB=0.573893;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0316618;OID=.;OPOS=126402890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:71:72:52:54:0.428571:37:15:27:44:39:15:28:44 chr4 126412575 . A G 1171.87 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1653;QD=60.8761;RBI=0.028359;REFB=0;REVB=-0.0283341;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199079;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:49:28:0:0:49:28:0:0 chr4 129867280 . T A 505.5 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.00441555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.65;QD=17.7368;RBI=0.0168848;REFB=-0.0194514;REVB=0.0162972;RO=60;SAF=23;SAR=31;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745917;STB=0.541343;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0191296;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:31:23:21:39:31:23:21:39 chr4 129924977 . C A 1480.18 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0354933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3095;QD=58.6209;RBI=0.0356966;REFB=-0.0521918;REVB=0.00380482;RO=1;SAF=46;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102011;STB=0.505375;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000408716;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:54:46:1:0:54:46:1:0 chr4 130030652 . A G 1320.54 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.182;QD=62.1429;RBI=0.0527405;REFB=0;REVB=0.00603363;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103527;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr4 133367588 . T C 2968.43 PASS AF=0.970732;AO=198;DP=205;FAO=199;FDP=205;FR=.;FRO=6;FSAF=84;FSAR=115;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0141012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4587;QD=57.9206;RBI=0.0306822;REFB=-0.00376391;REVB=0.0272499;RO=3;SAF=84;SAR=114;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167021;STB=0.502334;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000187189;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:205:205:3:6:198:199:0.970732:114:84:3:0:115:84:3:3 chr4 134082967 . T C 5716.0 PASS AF=0.49913;AO=551;DP=1150;FAO=574;FDP=1150;FR=.;FRO=576;FSAF=218;FSAR=356;FSRF=254;FSRR=322;FWDB=-0.000985897;FXX=0.0254235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.834;QD=19.8817;RBI=0.0748133;REFB=-0.000774223;REVB=0.0748068;RO=535;SAF=208;SAR=343;SRF=245;SRR=290;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756346;STB=0.532022;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00153066;OID=.;OPOS=134082967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1150:1150:535:576:551:574:0.49913:343:208:245:290:356:218:254:322 chr4 134710268 . G A 1834.05 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.427;QD=61.1349;RBI=0.0449525;REFB=0;REVB=-0.000801154;RO=0;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021112;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:118:120:1:66:52:0:0:67:53:0:0 chr4 135121066 . T G 1876.39 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.516;QD=61.5209;RBI=0.0178468;REFB=0;REVB=-0.00933429;RO=0;SAF=70;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18e-06;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:50:70:0:0:52:70:0:0 chr4 135121368 . G T 1549.17 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.364;QD=63.8832;RBI=0.0407995;REFB=0;REVB=0.0224507;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05137e-05;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:60:37:0:0:60:37:0:0 chr4 135121601 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.726;QD=55.6561;RBI=0.0191746;REFB=0;REVB=0.0191464;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122441;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr4 135121643 . G C 174.08 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0128906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.743;QD=19.3424;RBI=0.0211271;REFB=0.00688454;REVB=0.0167387;RO=17;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840405;STB=0.573683;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00910742;OID=.;OPOS=135121643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:4:14:12:5:4:14:12:6 chr4 136236633 . T C 543.27 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.00636245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.609;QD=18.4158;RBI=0.00664961;REFB=-0.0177591;REVB=-0.00193301;RO=61;SAF=24;SAR=33;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107526;STB=0.505956;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0184545;OID=.;OPOS=136236633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:33:24:25:36:33:24:25:36 chr4 138449683 . A G 615.2 PASS AF=0.444444;AO=67;DP=154;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.00813905;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.563;QD=16.0836;RBI=0.00877492;REFB=-0.0257385;REVB=0.00327949;RO=85;SAF=38;SAR=29;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264255;STB=0.509915;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0245984;OID=.;OPOS=138449683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:85:85:67:68:0.444444:29:38:46:39:30:38:46:39 chr4 138453453 . G A 1323.9 PASS AF=0.473684;AO=135;DP=285;FAO=135;FDP=285;FR=.;FRO=150;FSAF=74;FSAR=61;FSRF=82;FSRR=68;FWDB=-0.0218935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.354;QD=18.5811;RBI=0.0283467;REFB=-0.0110729;REVB=0.0180058;RO=144;SAF=74;SAR=61;SRF=77;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126984;STB=0.500787;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0121977;OID=.;OPOS=138453453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:144:150:135:135:0.473684:61:74:77:67:61:74:82:68 chr4 139086246 . A G 1124.86 PASS AF=0.974684;AO=75;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00676457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.242;QD=56.9549;RBI=0.0699495;REFB=-0.0518444;REVB=0.0696216;RO=3;SAF=38;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126019;STB=0.500164;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000418059;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:3:2:75:77:0.974684:37:38:1:2:39:38:1:1 chr4 139100372 . C T 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.776;QD=55.6056;RBI=0.0137234;REFB=-0.0247222;REVB=0.0048879;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012925;STB=0.506847;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=2.78769e-05;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:22:36:1:0:22:36:1:0 chr4 139135799 . T C 8397.46 PASS AF=1;AO=528;DP=542;FAO=529;FDP=529;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=353;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042307;FXX=0.0381811;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.415;QD=63.4968;RBI=0.0429337;REFB=-0.0125342;REVB=0.00730936;RO=4;SAF=176;SAR=352;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107261;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338139;OID=.;OPOS=139135799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:542:529:4:0:528:529:1:352:176:4:0:353:176:0:0 chr4 140005294 . A G 3148.69 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212026;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1744;QD=61.4379;RBI=0.0504684;REFB=0.0770705;REVB=-0.0457986;RO=1;SAF=121;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00416827;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:206:205:1:0:205:205:1:84:121:0:1:84:121:0:0 chr4 140021554 . G A 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.023333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.725;QD=10.3796;RBI=0.0250457;REFB=-0.00866799;REVB=0.00910268;RO=36;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207086;STB=0.623143;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0187854;OID=.;OPOS=140021554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:13:5:16:20:13:5:16:20 chr4 140039107 . CA AC,C 76.08 PASS AF=0.368421,0.631579;AO=2,12;DP=24;FAO=7,12;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=7,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.60305e-07,-6.71978e-07;FXX=0.239904;HRUN=1,13;LEN=2,1;MLLD=85.7985,3.33033;QD=16.0158;RBI=0.0947475,0.630463;REFB=-0.0453695,-0.0712283;REVB=-0.0947475,-0.630463;RO=1;SAF=0,0;SAR=2,12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.110039,0.106672;OID=.,.;OPOS=140039107,140039108;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:24:19:1:0:2,12:7,12:0.368421,0.631579:2,12:0,0:0:1:7,12:0,0:0:0 chr4 140076485 . C T 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00322642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.079;QD=13.7268;RBI=0.0114605;REFB=-0.0259593;REVB=-0.010997;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206655;STB=0.511802;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0372449;OID=.;OPOS=140076485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:12:13:18:18:12:13:18:18 chr4 140310520 . T C 699.6 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.00409432;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.977;QD=20.1325;RBI=0.0204102;REFB=-0.0170283;REVB=-0.0199953;RO=70;SAF=33;SAR=36;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111572;STB=0.561419;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0262639;OID=.;OPOS=140310520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:70:70:69:69:0.496403:36:33:25:45:36:33:25:45 chr4 140417671 . G C 1863.0 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309973;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.333;QD=61.5869;RBI=0.0332509;REFB=0;REVB=0.0120327;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39411e-05;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:57:64:0:0:57:64:0:0 chr4 140606425 . G A 1606.59 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.622;QD=64.2637;RBI=0.0558366;REFB=0;REVB=-0.00336808;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319289;OID=.;OPOS=140606425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:51:49:0:0:51:49:0:0 chr4 140606447 . G T 1508.26 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.439;QD=63.5055;RBI=0.00559189;REFB=0;REVB=0.00515831;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70574e-06;OID=.;OPOS=140606447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:50:44:0:0:50:45:0:0 chr4 140640703 . G T 771.36 PASS AF=0.493243;AO=71;DP=149;FAO=73;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=0.0122568;FXX=0.00671096;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.036;QD=20.8477;RBI=0.0124849;REFB=-0.0344681;REVB=0.00237542;RO=52;SAF=39;SAR=32;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127269;STB=0.59885;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0246446;OID=.;OPOS=140640703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:52:72:71:73:0.493243:32:39:20:32:34:39:24:48 chr4 140651584 . TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC 498.25 PASS AF=0,1;AO=5,16;DP=35;FAO=0,34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442954,0.0439469;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=227.683,248.387;QD=58.6172;RBI=0.0679177,0.06803;REFB=0,0;REVB=0.0514852,0.0519303;RO=0;SAF=4,10;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000142848;OID=.,.;OPOS=140651609,140651585;OREF=CTGC,CTG;OALT=-,-;OMAPALT=TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,16:35:0,34:34:0:0,15:0,19:0:0:4:0:4,10:1,6:0:0 chr4 141264871 . A G 366.67 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0459254;FXX=0.0140825;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.319;QD=20.9524;RBI=0.050647;REFB=-0.0192278;REVB=-0.0213536;RO=25;SAF=17;SAR=19;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176304;STB=0.560408;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0139501;OID=.;OPOS=141264871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:25:33:36:37:0.528571:19:17:6:19:20:17:11:22 chr4 141317068 . G A 767.06 PASS AF=0.415;AO=81;DP=199;FAO=83;FDP=200;FR=.;FRO=117;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.0228799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2612;QD=15.3411;RBI=0.0268002;REFB=-0.0166339;REVB=0.0139556;RO=116;SAF=45;SAR=36;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856906;STB=0.544302;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0188849;OID=.;OPOS=141317068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:116:117:81:83:0.415:36:45:55:61:37:46:56:61 chr4 141499166 . G A 1001.61 PASS AF=0.490476;AO=103;DP=210;FAO=103;FDP=210;FR=.;FRO=107;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=29;FSRR=78;FWDB=-0.00376265;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.917;QD=19.0783;RBI=0.0214114;REFB=-0.0182272;REVB=0.0210782;RO=107;SAF=51;SAR=52;SRF=29;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209028;STB=0.614437;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0157961;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:107:107:103:103:0.490476:52:51:29:78:52:51:29:78 chr4 141543997 . G A 609.19 PASS AF=0.459854;AO=64;DP=138;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=7.19576e-05;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.129;QD=17.7865;RBI=0.00233027;REFB=-0.0320832;REVB=0.00232916;RO=74;SAF=23;SAR=41;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227587;STB=0.506781;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0329585;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:74:74:64:63:0.459854:41:23:25:49:41:22:25:49 chr4 141600320 . A G 239.98 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0185369;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.99;QD=16.5505;RBI=0.0267509;REFB=-0.0142944;REVB=0.0192871;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21764;STB=0.621431;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0155877;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:31:27:27:0.465517:15:12:7:24:15:12:7:24 chr4 141832504 . T C 521.6 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0173657;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3552;QD=16.8258;RBI=0.0334321;REFB=-0.000130319;REVB=-0.0285681;RO=65;SAF=23;SAR=33;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153254;STB=0.589254;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000555403;OID=.;OPOS=141832504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:65:68:56:56:0.451613:33:23:37:28:33:23:39:29 chr4 141974816 . A C 368.33 PASS AF=0.558824;AO=33;DP=63;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.000284785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.095;QD=21.6666;RBI=0.0857771;REFB=-0.0147961;REVB=0.0857766;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160022;STB=0.566633;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00955759;OID=.;OPOS=141974816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:30:30:33:38:0.558824:17:16:9:21:21:17:9:21 chr4 142654084 . C A 1685.56 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484224;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.621;QD=60.1987;RBI=0.00678548;REFB=0;REVB=0.00475347;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42823e-06;OID=.;OPOS=142654084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:112:0:0:100:112:1:60:40:0:0:70:42:0:0 chr4 143033826 . G A 593.74 PASS AF=0.488;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0338643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.201;QD=18.9998;RBI=0.0403222;REFB=-0.0211637;REVB=-0.0218881;RO=57;SAF=27;SAR=34;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349435;STB=0.513509;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.024506;OID=.;OPOS=143033826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:125:57:64:61:61:0.488:34:27:23:34:34:27:30:34 chr4 143235865 . C G 1012.18 PASS AF=0.394464;AO=114;DP=289;FAO=114;FDP=289;FR=.;FRO=175;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=80;FSRR=95;FWDB=0.00676882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.32;QD=14.0094;RBI=0.0119983;REFB=-0.00401452;REVB=-0.00990665;RO=175;SAF=52;SAR=62;SRF=80;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00108992;STB=0.500612;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00579958;OID=.;OPOS=143235865;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:175:175:114:114:0.394464:62:52:80:95:62:52:80:95 chr4 143268702 . A G 1211.73 PASS AF=0.429032;AO=131;DP=308;FAO=133;FDP=310;FR=.;FRO=177;FSAF=51;FSAR=82;FSRF=74;FSRR=103;FWDB=-0.00102137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.074;QD=15.6352;RBI=0.0197583;REFB=-0.00825631;REVB=-0.0197319;RO=177;SAF=49;SAR=82;SRF=74;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478421;STB=0.520698;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0125388;OID=.;OPOS=143268702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:310:177:177:131:133:0.429032:82:49:74:103:82:51:74:103 chr4 144135718 . G A 1194.9 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00602394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.675;QD=58.288;RBI=0.0135448;REFB=-0.100269;REVB=-0.0121315;RO=2;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242644;STB=0.512817;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.017208;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:38:42:0:2:38:42:0:2 chr4 144442611 . T C 445.24 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0359161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.4602;QD=52.3815;RBI=0.0548074;REFB=-0.0387629;REVB=-0.0413992;RO=2;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695581;STB=0.503729;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00108398;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:18:14:1:1:18:14:1:1 chr4 144442735 . C T 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.497;QD=59.8352;RBI=0.0652695;REFB=0;REVB=0.0649372;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970047;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr4 144449110 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAT,TCAAAAA 107.19 PASS AF=0.329897,0,0;AO=22,4,5;DP=97;FAO=32,0,0;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=12,0,0;FSAR=20,0,0;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00621333,0.0653325,0.0286434;FXX=0.0490148;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=12.3172,17.3554,24.9157;QD=4.42013;RBI=0.0691916,0.16966,0.029479;REFB=-0.0306451,-0.0164191,-0.0162936;REVB=-0.068912,-0.156577,0.00696915;RO=58;SAF=11,0,0;SAR=11,4,5;SRF=31;SRR=27;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0416141,-0.524858,-0.573057;STB=0.580424,0.5,0.5;STBP=0.257,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0273939,0.0881731,0;OID=.,.,.;OPOS=144449111,144449116,144449110;OREF=A,A,CA;OALT=-,T,TC;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT,TCAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:65:22,4,5:32,0,0:0.329897,0,0:11,4,5:11,0,0:31:27:20,0,0:12,0,0:32:33 chr4 144467104 . T C 1936.83 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472301;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.483;QD=61.9784;RBI=0.0248935;REFB=0;REVB=-0.0244414;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30299e-05;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr4 144617842 . G T 920.78 PASS AF=0.576159;AO=87;DP=151;FAO=87;FDP=151;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00648486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.186;QD=24.3916;RBI=0.00665578;REFB=-0.00734553;REVB=0.00149869;RO=64;SAF=43;SAR=44;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653073;STB=0.535516;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00494313;OID=.;OPOS=144617842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:64:64:87:87:0.576159:44:43:37:27:44:43:37:27 chr4 144618610 . G C 2652.76 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.994;QD=61.6921;RBI=0.0314153;REFB=0;REVB=-0.0121427;RO=0;SAF=92;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68907e-06;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:172:0:0:171:172:1:79:92:0:0:79:93:0:0 chr4 144620758 . C T 240.31 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00107428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.795;QD=12.4834;RBI=0.0365522;REFB=-0.000231807;REVB=-0.0365364;RO=47;SAF=17;SAR=12;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364036;STB=0.515141;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000326619;OID=.;OPOS=144620758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:12:17:26:21:12:17:27:21 chr4 144621779 . A G 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0063384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.235;QD=28.0219;RBI=0.0164139;REFB=-0.0275268;REVB=0.0151407;RO=19;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276518;STB=0.652711;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0270863;OID=.;OPOS=144621779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:20:9:13:6:20:9:13:6 chr4 144801662 . C G 1597.03 PASS AF=0.650718;AO=136;DP=283;FAO=136;FDP=209;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=93;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.0224265;FXX=0.261475;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.849;QD=30.5651;RBI=0.0307001;REFB=-0.0132639;REVB=-0.0209654;RO=73;SAF=43;SAR=93;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941513;STB=0.505065;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00810601;OID=.;OPOS=144801662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:209:73:73:136:136:0.650718:93:43:24:49:93:43:24:49 chr4 144920596 . G A 256.42 PASS AF=0.371795;AO=28;DP=77;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00573748;FXX=0.123582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.288;QD=13.1496;RBI=0.00768428;REFB=-0.00496078;REVB=-0.00511171;RO=46;SAF=11;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708433;STB=0.532325;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0148646;OID=.;OPOS=144920596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:46:49:28:29:0.371795:17:11:21:25:18:11:21:28 chr4 145041686 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1213;QD=42.1826;RBI=0.0569317;REFB=0;REVB=-0.00990468;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234305;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr4 145581059 . A G 393.48 PASS AF=0.367188;AO=47;DP=129;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.000580414;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1577;QD=12.2964;RBI=0.0016165;REFB=0.00485282;REVB=0.00150871;RO=81;SAF=25;SAR=22;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12395;STB=0.570596;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00599413;OID=.;OPOS=145581059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:81:81:47:47:0.367188:22:25:34:47:22:25:34:47 chr4 146054799 . G C 654.16 PASS AF=0.507812;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0191804;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8327;QD=20.4426;RBI=0.025046;REFB=-0.0229213;REVB=0.0161063;RO=61;SAF=31;SAR=34;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142382;STB=0.569629;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0320826;OID=.;OPOS=146054799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:61:63:65:65:0.507812:34:31:39:22:34:31:39:24 chr4 146479247 . C A 142.76 PASS AF=0.351852;AO=14;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0147683;FXX=0.0999833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.121;QD=10.5751;RBI=0.0176279;REFB=-0.0232572;REVB=0.009625;RO=39;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10976;STB=0.590448;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0502621;OID=.;OPOS=146479247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:39:35:14:19:0.351852:11:3:11:28:15:4:11:24 chr4 146576418 . G C 886.24 PASS AF=0.410042;AO=98;DP=242;FAO=98;FDP=239;FR=.;FRO=141;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=-0.000228451;FXX=0.0123962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9978;QD=14.8324;RBI=0.0203781;REFB=-0.00619972;REVB=0.0203768;RO=139;SAF=55;SAR=43;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683553;STB=0.538421;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0086517;OID=.;OPOS=146576418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:239:139:141:98:98:0.410042:43:55:69:70:43:55:70:71 chr4 146682299 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG 48.61 PASS AF=0.205882,0.0588235;AO=7,2;DP=39;FAO=7,2;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3,2;FSAR=4,0;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0664848,-0.00125041;FXX=0.149963;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=14.4414,131.175;QD=5.71899;RBI=0.113704,0.0242499;REFB=-0.0133874,0.0105552;REVB=0.0922405,-0.0242176;RO=23;SAF=3,2;SAR=4,0;SRF=18;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.413041,0.39596;STB=0.772515,0.991946;STBP=0.184,0.359;TYPE=del,mnp;VARB=0.0669677,0.0483322;OID=.,.;OPOS=146682300,146682304;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882,0.0588235:7,2:39:7,2:34:25:3,2:4,0:20:5:39:23:3,2:4,0:18:5 chr4 147177468 . T G 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00351541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.242;QD=11.1851;RBI=0.0156193;REFB=-0.0067102;REVB=-0.0152185;RO=35;SAF=13;SAR=6;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102573;STB=0.560279;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0116452;OID=.;OPOS=147177468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:6:13:21:14:6:13:21:14 chr4 147501225 . A G 613.23 PASS AF=0.396648;AO=70;DP=178;FAO=71;FDP=179;FR=.;FRO=108;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=64;FWDB=-0.00599285;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7282;QD=13.7035;RBI=0.00603359;REFB=-0.0200277;REVB=-0.000699986;RO=108;SAF=32;SAR=38;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542726;STB=0.534955;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0358917;OID=.;OPOS=147501225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:108:108:70:71:0.396648:38:32:44:64:38:33:44:64 chr4 147501301 . A G 870.16 PASS AF=0.380597;AO=102;DP=267;FAO=102;FDP=268;FR=.;FRO=166;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=76;FSRR=90;FWDB=0.0234857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.424;QD=12.9874;RBI=0.0242043;REFB=-0.00976512;REVB=-0.00585412;RO=163;SAF=39;SAR=63;SRF=76;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944479;STB=0.541884;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0148511;OID=.;OPOS=147501301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:268:163:166:102:102:0.380597:63:39:76:87:62:40:76:90 chr4 147560319 . G A 1970.18 PASS AF=0.457965;AO=201;DP=448;FAO=207;FDP=452;FR=.;FRO=245;FSAF=96;FSAR=111;FSRF=86;FSRR=159;FWDB=0.0317171;FXX=0.00220746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.48;QD=17.4352;RBI=0.0317207;REFB=0.00258656;REVB=-0.000478673;RO=244;SAF=91;SAR=110;SRF=86;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101725;STB=0.561982;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00339096;OID=.;OPOS=147560319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:452:244:245:201:207:0.457965:110:91:86:158:111:96:86:159 chr4 147788709 . C T 1932.46 PASS AF=0.470449;AO=198;DP=422;FAO=199;FDP=423;FR=.;FRO=224;FSAF=93;FSAR=106;FSRF=112;FSRR=112;FWDB=-0.00631781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.496;QD=18.2739;RBI=0.00937947;REFB=0.000551154;REVB=0.00693251;RO=219;SAF=92;SAR=106;SRF=110;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360173;STB=0.51733;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000609215;OID=.;OPOS=147788709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:423:219:224:198:199:0.470449:106:92:110:109:106:93:112:112 chr4 147824736 . G A 321.41 PASS AF=0.357143;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00896308;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.485;QD=11.479;RBI=0.0108253;REFB=-0.0221972;REVB=-0.00607043;RO=69;SAF=28;SAR=12;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271313;STB=0.661028;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0256007;OID=.;OPOS=147824736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:69:72:40:40:0.357143:12:28:32:37:12:28:33:39 chr4 147824864 . G A 354.18 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0293471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8427;QD=12.3193;RBI=0.0450565;REFB=0.00296657;REVB=-0.0341882;RO=72;SAF=21;SAR=22;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177513;STB=0.510117;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.006029;OID=.;OPOS=147824864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:72:72:43:43:0.373913:22:21:34:38:22:21:34:38 chr4 148461037 . T C 1117.19 PASS AF=0.427562;AO=121;DP=283;FAO=121;FDP=283;FR=.;FRO=162;FSAF=48;FSAR=73;FSRF=62;FSRR=100;FWDB=0.0242493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0058;QD=15.7907;RBI=0.037532;REFB=-0.00920787;REVB=0.0286465;RO=162;SAF=48;SAR=73;SRF=62;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150761;STB=0.508386;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0137355;OID=.;OPOS=148461037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:162:162:121:121:0.427562:73:48:62:100:73:48:62:100 chr4 148461073 . G A 1008.19 PASS AF=0.449153;AO=104;DP=234;FAO=106;FDP=236;FR=.;FRO=130;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=50;FSRR=80;FWDB=-0.0168958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.665;QD=17.088;RBI=0.0169829;REFB=-0.0146688;REVB=0.00171809;RO=129;SAF=40;SAR=64;SRF=49;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503488;STB=0.504244;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0177964;OID=.;OPOS=148461073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:236:129:130:104:106:0.449153:64:40:49:80:66:40:50:80 chr4 149000024 . C T 719.86 PASS AF=1;AO=37;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455233;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.796;QD=57.5886;RBI=0.0525286;REFB=0;REVB=0.0262083;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130487;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:37:50:1:23:14:0:0:24:26:0:0 chr4 149002016 . ATTTTTTTA ATTTTTA,ATTTTTTA,ATTTTTTAT,TATTTTTTA,TTATTTTTA 174.32 PASS AF=0.0810811,0.513514,0,0.27027,0.027027;AO=4,13,2,6,2;DP=39;FAO=3,19,0,10,1;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=2,9,0,2,0;FSAR=1,10,0,8,1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0830123,-0.128696,-0.13598,-0.0507684,-0.0304852;FXX=0.119019;HRUN=7,7,7,1,1;LEN=2,1,2,2,3;MLLD=10.0353,7.11011,10.326,16.4302,25.3623;QD=18.8459;RBI=0.107881,0.183537,0.143936,0.0878193,0.0487143;REFB=-0.00813169,-0.0128197,0.0564195,-0.00392332,-0.00235347;REVB=-0.0688998,-0.130855,-0.0471889,-0.0716575,-0.0379966;RO=5;SAF=2,8,0,2,0;SAR=2,5,2,4,2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.0874326,0.109421,-0.589598,-0.0553146,-0.589598;STB=0.599313,0.504582,0.5,0.61513,0.988136;STBP=0.678,0.917,1,0.28,0.488;TYPE=del,del,mnp,mnp,mnp;VARB=-0.0212261,0.00343963,0.0550894,0.00712068,0.0238685;OID=.,.,.,.,.;OPOS=149002017,149002017,149002023,149002016,149002016;OREF=TT,T,TA,AT,ATT;OALT=-,-,AT,TA,TTA;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTTTA,ATTTTTTAT,TATTTTTTA,TTATTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:43:39:37:5:4:4,13,2,6,2:3,19,0,10,1:0.0810811,0.513514,0,0.27027,0.027027:2,5,2,4,2:2,8,0,2,0:2:3:1,10,0,8,1:2,9,0,2,0:2:2 chr4 149356516 . A G 843.76 PASS AF=0.408696;AO=94;DP=231;FAO=94;FDP=230;FR=.;FRO=136;FSAF=28;FSAR=66;FSRF=86;FSRR=50;FWDB=0.0229531;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.148;QD=14.674;RBI=0.0274627;REFB=-0.00567285;REVB=-0.0150783;RO=130;SAF=28;SAR=66;SRF=80;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334292;STB=0.698435;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00634384;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:130:136:94:94:0.408696:66:28:80:50:66:28:86:50 chr4 149357475 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0110537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.309;QD=14.7416;RBI=0.0136786;REFB=0.00407148;REVB=-0.00805738;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518792;STB=0.530085;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00279283;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:11:6:10:15:11:6:10:15 chr4 149358014 . G C 174.89 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0121045;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.954;QD=18.9069;RBI=0.0128378;REFB=-0.0124233;REVB=0.00427688;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519108;STB=0.515135;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0128507;OID=.;OPOS=149358014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:19:18:18:0.486486:8:10:11:9:8:10:10:9 chr4 151120185 . C T 864.42 PASS AF=0.431193;AO=94;DP=220;FAO=94;FDP=218;FR=.;FRO=124;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.0176157;FXX=0.0180172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.713;QD=15.861;RBI=0.0221172;REFB=0.000507994;REVB=-0.0133737;RO=118;SAF=60;SAR=34;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143128;STB=0.581331;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000593508;OID=.;OPOS=151120185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:218:118:124:94:94:0.431193:34:60:59:59:34:60:62:62 chr4 151177340 . CC TG 1521.62 PASS AF=1;AO=91;DP=98;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178396;FXX=0.0306091;HRUN=3;LEN=2;MLLD=320.096;QD=64.0681;RBI=0.0307523;REFB=0;REVB=0.025049;RO=0;SAF=4;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.50173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.31744e-06;OID=.;OPOS=151177340;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:95:0:0:91:95:1:87:4:0:0:91:4:0:0 chr4 151199070 . C G 608.57 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=149;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0190507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.533;QD=16.3374;RBI=0.0258325;REFB=0.00400221;REVB=0.0174467;RO=84;SAF=27;SAR=37;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116045;STB=0.561651;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00529318;OID=.;OPOS=151199070;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:84:85:64:64:0.42953:37:27:45:39:37:27:45:40 chr4 151356766 . C A 582.66 PASS AF=0.421769;AO=61;DP=147;FAO=62;FDP=147;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0163773;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.316;QD=15.8547;RBI=0.0163773;REFB=0.0102068;REVB=2.03588e-05;RO=85;SAF=33;SAR=28;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120737;STB=0.501652;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.0125463;OID=.;OPOS=151356766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:85:85:61:62:0.421769:28:33:45:40:29:33:45:40 chr4 151505322 . T A 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.822;QD=62.0078;RBI=0.0236509;REFB=0;REVB=-0.0206019;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.18423e-05;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr4 151719263 . A G 420.58 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0108269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.701;QD=17.8971;RBI=0.0213094;REFB=-0.00662086;REVB=0.018354;RO=51;SAF=28;SAR=15;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124244;STB=0.569607;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0120823;OID=.;OPOS=151719263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:15:28:27:24:15:28:27:24 chr4 151769986 . C A 652.07 PASS AF=0.511811;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=59;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=6;FWDB=-0.0275727;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4328;QD=20.5378;RBI=0.0276408;REFB=-0.0111049;REVB=-0.00193937;RO=62;SAF=59;SAR=6;SRF=56;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116795;STB=0.506436;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00950339;OID=.;OPOS=151769986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:62:62:65:65:0.511811:6:59:56:6:6:59:56:6 chr4 152041502 . C G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.689;QD=59.3213;RBI=0.0202114;REFB=0;REVB=0.00811001;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0476e-05;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr4 152054218 . T A 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0045097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.135;QD=15.3562;RBI=0.00953903;REFB=0.00192851;REVB=0.0084057;RO=44;SAF=15;SAR=18;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215006;STB=0.620371;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00256271;OID=.;OPOS=152054218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:18:15:11:33:18:15:11:33 chr4 152070633 . T A 3382.74 PASS AF=0.982143;AO=218;DP=224;FAO=220;FDP=224;FR=.;FRO=4;FSAF=109;FSAR=111;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00590721;FXX=0.0175431;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.489;QD=60.4061;RBI=0.0123316;REFB=0.0482751;REVB=0.0108247;RO=4;SAF=107;SAR=111;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174741;STB=0.509008;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=1.43921e-05;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:224:224:4:4:218:220:0.982143:111:107:4:0:111:109:4:0 chr4 152201018 . G GCAGGT,T 1318.1 PASS AF=0.885906,0.0469799;AO=123,7;DP=149;FAO=132,7;FDP=149;FR=.;FRO=10;FSAF=60,6;FSAR=72,1;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00661674,0.000348316;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=5,1;MLLD=165.227,112.644;QD=35.3853;RBI=0.0515268,0.0485629;REFB=-0.0498021,-0.0290455;REVB=0.0511002,0.0485616;RO=15;SAF=53,6;SAR=70,1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00648032,0.526099;STB=0.525288,0.894549;STBP=0.033,0.032;TYPE=ins,snp;VARB=0.008198,0.00855894;OID=.,.;OPOS=152201019,152201018;OREF=-,G;OALT=CAGGT,T;OMAPALT=GCAGGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:149:149:15:10:123,7:132,7:0.885906,0.0469799:70,1:53,6:6:9:72,1:60,6:1:9 chr4 152212603 . T G 2124.74 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157302;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1225;QD=62.9553;RBI=0.084536;REFB=0;REVB=0.0830596;RO=0;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312549;OID=.;OPOS=152212603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:76:59:0:0:76:59:0:0 chr4 152498625 . C T 1047.67 PASS AF=0.507538;AO=100;DP=198;FAO=101;FDP=199;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.00142049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.74;QD=21.0586;RBI=0.0264973;REFB=-0.0119692;REVB=0.0264592;RO=98;SAF=39;SAR=61;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171279;STB=0.506223;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0127028;OID=.;OPOS=152498625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:98:98:100:101:0.507538:61:39:40:58:61:40:40:58 chr4 153690842 . T C 686.07 PASS AF=0.49635;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0117888;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.582;QD=20.0313;RBI=0.0297136;REFB=-0.00985491;REVB=0.0272749;RO=69;SAF=43;SAR=25;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118343;STB=0.565392;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0101347;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:69:69:68:68:0.49635:25:43:35:34:25:43:35:34 chr4 153896358 . C T 2153.34 PASS AF=0.411054;AO=238;DP=581;FAO=238;FDP=579;FR=.;FRO=341;FSAF=83;FSAR=155;FSRF=147;FSRR=194;FWDB=0.0211434;FXX=0.00344228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.11;QD=14.8762;RBI=0.0232849;REFB=0.00865909;REVB=0.00975415;RO=334;SAF=83;SAR=155;SRF=141;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822956;STB=0.551708;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0100801;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:581:579:334:341:238:238:0.411054:155:83:141:193:155:83:147:194 chr4 153896765 . G C 1238.86 PASS AF=0.472527;AO=128;DP=271;FAO=129;FDP=273;FR=.;FRO=144;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=65;FSRR=79;FWDB=-0.0620844;FXX=0.00727246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7556;QD=18.1518;RBI=0.102562;REFB=-0.0155589;REVB=-0.0816359;RO=143;SAF=60;SAR=68;SRF=66;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693287;STB=0.511375;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0150838;OID=.;OPOS=153896765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:273:143:144:128:129:0.472527:68:60:66:77:68:61:65:79 chr4 153897770 . G A 740.9 PASS AF=0.507042;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.0093504;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.327;QD=20.8704;RBI=0.0104846;REFB=-0.0199713;REVB=-0.0047432;RO=70;SAF=41;SAR=31;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176121;STB=0.596829;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0192639;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:70:70:72:72:0.507042:31:41:26:44:31:41:26:44 chr4 153898178 . A G 575.56 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6365;QD=60.5852;RBI=0.0589338;REFB=0;REVB=0.0459335;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127535;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr4 154215524 . G A 860.48 PASS AF=0.468085;AO=88;DP=189;FAO=88;FDP=188;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=60;FSRR=40;FWDB=-0.0291059;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.865;QD=18.3081;RBI=0.0743582;REFB=-0.00505114;REVB=-0.068425;RO=100;SAF=35;SAR=53;SRF=60;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194109;STB=0.607334;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00827868;OID=.;OPOS=154215524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:100:100:88:88:0.468085:53:35:60:40:53:35:60:40 chr4 154256204 . GTT G 733.65 PASS AF=0.534314;AO=105;DP=206;FAO=109;FDP=204;FR=.;FRO=95;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.0232871;FXX=0.00970827;HRUN=5;LEN=2;MLLD=26.9431;QD=14.3853;RBI=0.0597431;REFB=0.0120769;REVB=0.0550177;RO=80;SAF=45;SAR=60;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173404;STB=0.515107;STBP=0.65;TYPE=del;VARB=-0.00756935;OID=.;OPOS=154256205;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534314:105:206:109:204:95:47:62:44:51:99:80:45:60:36:44 chr4 154387597 . G C 807.97 PASS AF=0.513333;AO=77;DP=150;FAO=77;FDP=150;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.0315002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1973;QD=21.5459;RBI=0.0316054;REFB=0.0153036;REVB=0.00257584;RO=73;SAF=43;SAR=34;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400004;STB=0.521964;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0141059;OID=.;OPOS=154387597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:73:73:77:77:0.513333:34:43:44:29:34:43:44:29 chr4 154478222 . C T 979.54 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0606746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6164;QD=55.9739;RBI=0.0616354;REFB=0.065867;REVB=-0.01084;RO=1;SAF=18;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255292;STB=0.526308;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0143305;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:1:2:68:68:0.971429:50:18:1:0:50:18:2:0 chr4 154479430 . T C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.682;QD=57.5434;RBI=0.0175914;REFB=0;REVB=0.00646416;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30025e-05;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr4 154525458 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.777;QD=57.1062;RBI=0.0472121;REFB=0;REVB=-0.00318187;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27859e-05;OID=.;OPOS=154525458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr4 154631543 . A T 1916.41 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00727401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.504;QD=60.8384;RBI=0.0351723;REFB=-0.0322454;REVB=-0.0344119;RO=0;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-3.52819e-05;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:126:0:1:125:125:0.992063:64:61:0:0:64:61:1:0 chr4 154709856 . A C 2177.83 PASS AF=1;AO=135;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135528;FXX=0.0352088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.491;QD=63.5862;RBI=0.0290937;REFB=0;REVB=0.0257442;RO=0;SAF=66;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115152;OID=.;OPOS=154709856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:135:137:1:69:66:0:0:71:66:0:0 chr4 155156207 . G A 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.198;QD=60.0767;RBI=0.0200246;REFB=0;REVB=0.0133514;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.17744e-07;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:55:52:0:0:55:52:0:0 chr4 155241572 . G A 877.13 PASS AF=0.456311;AO=93;DP=206;FAO=94;FDP=206;FR=.;FRO=112;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=0.0141991;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.311;QD=17.0316;RBI=0.0302468;REFB=-0.0149716;REVB=-0.0267068;RO=110;SAF=34;SAR=59;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637045;STB=0.53717;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.016627;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:110:112:93:94:0.456311:59:34:47:63:59:35:49:63 chr4 155243573 . C T 2603.17 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8134;QD=61.9804;RBI=0.0335516;REFB=0;REVB=-0.0269646;RO=0;SAF=73;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011474;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:95:73:0:0:95:73:0:0 chr4 155243604 . T C 2143.36 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00378858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8139;QD=62.1265;RBI=0.0210055;REFB=-0.134265;REVB=0.020661;RO=1;SAF=54;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872215;STB=0.504587;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000881895;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:138:138:1:1:137:137:0.992754:83:54:1:0:83:54:1:0 chr4 155244401 . TTTTG T 208.78 PASS AF=0.434211;AO=29;DP=65;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0133192;FXX=0.0379699;HRUN=4;LEN=4;MLLD=237.306;QD=10.9885;RBI=0.0341361;REFB=-0.00227586;REVB=0.0314305;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.318807;SSSB=0;STB=0.500834;STBP=0.991;TYPE=del;VARB=0.0026615;OID=.;OPOS=155244402;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434211:29:65:33:76:43:20:13:26:17:99:0:18:11:0:0 chr4 155244475 . G T 896.64 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.577;QD=57.8476;RBI=0.0153655;REFB=0;REVB=3.90455e-05;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138422;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:27:33:0:0:29:33:0:0 chr4 155256177 . A G 539.06 PASS AF=0.401361;AO=59;DP=148;FAO=59;FDP=147;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.000838852;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.193;QD=14.6683;RBI=0.0137311;REFB=-0.0162626;REVB=-0.0137055;RO=87;SAF=25;SAR=34;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753618;STB=0.539292;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0229669;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:87:88:59:59:0.401361:34:25:43:44:34:25:43:45 chr4 155256205 . G A 1699.44 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.612;QD=60.1571;RBI=0.0567357;REFB=0;REVB=0.0355689;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50187e-05;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:113:0:0:108:113:1:62:46:0:0:65:48:0:0 chr4 155287535 . T C 578.05 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0455513;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.617;QD=19.9329;RBI=0.0455564;REFB=-0.0112329;REVB=0.000682793;RO=57;SAF=31;SAR=28;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148596;STB=0.508194;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0112787;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:57:59:59:0.508621:28:31:29:28:28:31:29:28 chr4 155295076 . A G 318.9 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00532298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6207;QD=15.7482;RBI=0.0429279;REFB=-0.011066;REVB=-0.0425966;RO=46;SAF=20;SAR=15;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506171;STB=0.528555;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.030735;OID=.;OPOS=155295076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:15:20:24:22:15:20:24:22 chr4 155407680 . A G 378.65 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0527407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2159;QD=50.4868;RBI=0.0851012;REFB=-0.166928;REVB=0.0667879;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0212638;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:30:0:1:28:29:0.966667:20:8:0:0:20:9:0:1 chr4 155410822 . G A 4238.81 PASS AF=1;AO=272;DP=275;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790332;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3806;QD=61.8804;RBI=0.0174059;REFB=-0.0448832;REVB=0.0155081;RO=0;SAF=145;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035643;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:275:274:0:0:272:274:1:127:145:0:0:127:147:0:0 chr4 155411065 . T C 4518.5 PASS AF=1;AO=285;DP=291;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184479;FXX=0.0206178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.921;QD=63.4176;RBI=0.0188296;REFB=-0.0506123;REVB=-0.00377187;RO=1;SAF=126;SAR=159;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91367e-05;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:291:285:1:0:285:285:1:159:126:1:0:159:126:0:0 chr4 155411104 . A C 4713.56 PASS AF=1;AO=304;DP=305;FAO=303;FDP=303;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210492;FXX=0.00655716;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.616;QD=62.2252;RBI=0.0254942;REFB=0.0449912;REVB=0.0143835;RO=1;SAF=152;SAR=152;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48333e-05;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:305:303:1:0:304:303:1:152:152:0:1:152:151:0:0 chr4 155468170 . T C 513.77 PASS AF=0.478632;AO=54;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00117586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.424;QD=17.5649;RBI=0.00243247;REFB=-0.0173519;REVB=0.00212939;RO=60;SAF=23;SAR=31;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252311;STB=0.519373;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0149337;OID=.;OPOS=155468170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:61:54:56:0.478632:31:23:24:36:31:25:25:36 chr4 155486381 . C T 551.34 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.000675488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.82;QD=24.2347;RBI=0.00876365;REFB=-0.00430942;REVB=0.00873758;RO=40;SAF=25;SAR=26;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052347;STB=0.52869;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00208318;OID=.;OPOS=155486381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:51:51:0.56044:26:25:17:23:26:25:17:23 chr4 155488821 . C T 413.59 PASS AF=0.4;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0102991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.838;QD=13.7863;RBI=0.0169624;REFB=0.000881744;REVB=-0.0134777;RO=72;SAF=26;SAR=22;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117533;STB=0.566363;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00103991;OID=.;OPOS=155488821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:72:48:48:0.4:22:26:31:41:22:26:31:41 chr4 155490832 . C T 823.68 PASS AF=0.494118;AO=84;DP=171;FAO=84;FDP=170;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.000899031;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.865;QD=19.3806;RBI=0.012201;REFB=-0.014381;REVB=0.0121678;RO=86;SAF=30;SAR=54;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178406;STB=0.598422;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0174409;OID=.;OPOS=155490832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:86:86:84:84:0.494118:54:30:47:39:54:30:47:39 chr4 155491759 . G A 941.91 PASS AF=0.471429;AO=98;DP=208;FAO=99;FDP=210;FR=.;FRO=111;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=0.0619612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0131;QD=17.9411;RBI=0.0619771;REFB=0.0129395;REVB=0.0014029;RO=110;SAF=38;SAR=60;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030424;STB=0.516946;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.0140164;OID=.;OPOS=155491759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:210:110:111:98:99:0.471429:60:38:46:64:61:38:46:65 chr4 155507590 . T C 503.67 PASS AF=0.402878;AO=55;DP=139;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0386892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2326;QD=14.494;RBI=0.0408782;REFB=-0.0269619;REVB=0.0131976;RO=83;SAF=23;SAR=32;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194745;STB=0.602815;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0326108;OID=.;OPOS=155507590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:83:83:55:56:0.402878:32:23:50:33:32:24:50:33 chr4 155511824 . T C 581.14 PASS AF=0.455224;AO=58;DP=132;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.00718104;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.862;QD=17.3475;RBI=0.0158139;REFB=-0.020689;REVB=0.0140894;RO=74;SAF=23;SAR=35;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625567;STB=0.538449;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0217078;OID=.;OPOS=155511824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:74:73:58:61:0.455224:35:23:25:49:36:25:25:48 chr4 155708333 . A C 209.22 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00396629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.876;QD=11.6235;RBI=0.0212516;REFB=-0.0307711;REVB=-0.0208782;RO=46;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156433;STB=0.590356;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0765438;OID=.;OPOS=155708333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:15:11:26:20:15:11:26:20 chr4 155720274 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.526;QD=63.8704;RBI=0.0162917;REFB=0;REVB=0.00756902;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70953e-05;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr4 155747891 . CTTTTTT CTTTTTC,C 241.16 PASS AF=0.318182,0.681818;AO=3,6;DP=33;FAO=7,15;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=7,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781004,-0.0168949;FXX=0.388781;HRUN=18,18;LEN=1,6;MLLD=117.881,16.5016;QD=43.847;RBI=0.296113,0.291941;REFB=0,0;REVB=-0.29601,-0.291452;RO=0;SAF=0,6;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0145016,0.0230175;OID=.,.;OPOS=155747897,155747892;OREF=T,TTTTTT;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.318182,0.681818:3,6:33:7,15:22:0:0,12:7,3:0:0:33:0:0,6:3,0:0:0 chr4 156135676 . C T 2887.18 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314888;FXX=0.00540511;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6548;QD=62.7647;RBI=0.0655244;REFB=-0.140337;REVB=0.0574622;RO=1;SAF=74;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430903;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919588;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:184:1:0:184:184:1:110:74:0:1:110:74:0:0 chr4 156136027 . C T 2157.41 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.662;QD=62.9902;RBI=0.0569304;REFB=0;REVB=0.0566688;RO=0;SAF=69;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81117e-05;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:67:69:0:0:67:70:0:0 chr4 156273768 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.91;QD=60.2045;RBI=0.0337449;REFB=0;REVB=0.0304605;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77934e-05;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr4 156274377 . T C 1292.05 PASS AF=0.935484;AO=87;DP=93;FAO=87;FDP=93;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00184067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3917;QD=55.5722;RBI=0.032623;REFB=-0.162454;REVB=0.032571;RO=6;SAF=45;SAR=42;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386604;STB=0.520441;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0114192;OID=.;OPOS=156274377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:93:93:6:6:87:87:0.935484:42:45:5:1:42:45:5:1 chr4 156276289 . C T 1067.07 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0956;QD=59.2814;RBI=0.0240543;REFB=0;REVB=0.0215832;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76379e-05;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:48:23:0:0:49:23:0:0 chr4 156276317 . A G 851.07 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8446;QD=57.6993;RBI=0.0253645;REFB=0;REVB=0.00817579;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.76562e-05;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr4 156281371 . T C 1115.94 PASS AF=0.464567;AO=118;DP=254;FAO=118;FDP=254;FR=.;FRO=136;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=60;FSRR=76;FWDB=0.0378461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.34;QD=17.5738;RBI=0.0387454;REFB=-0.0291485;REVB=0.00829917;RO=136;SAF=51;SAR=67;SRF=60;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884763;STB=0.504887;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0357855;OID=.;OPOS=156281371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:136:136:118:118:0.464567:67:51:60:76:67:51:60:76 chr4 156289900 . C T 1060.56 PASS AF=0.519231;AO=99;DP=202;FAO=108;FDP=208;FR=.;FRO=100;FSAF=23;FSAR=85;FSRF=33;FSRR=67;FWDB=0.010163;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.724;QD=20.3955;RBI=0.0103351;REFB=-0.0191272;REVB=-0.00187827;RO=90;SAF=23;SAR=76;SRF=23;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278227;STB=0.576535;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0131776;OID=.;OPOS=156289900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:208:90:100:99:108:0.519231:76:23:23:67:85:23:33:67 chr4 156376084 . TA T 274.24 PASS AF=0.469388;AO=44;DP=100;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0574786;FXX=0.019998;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.4913;QD=11.1933;RBI=0.0743434;REFB=0.0193671;REVB=0.0471503;RO=51;SAF=18;SAR=26;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766885;STB=0.559095;STBP=0.29;TYPE=del;VARB=-0.0147978;OID=.;OPOS=156376085;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469388:44:100:46:98:52:20:26:17:35:99:51:18:26:17:34 chr4 156380807 . T G 3169.5 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164148;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.301;QD=61.8438;RBI=0.00179111;REFB=0;REVB=0.000716669;RO=0;SAF=100;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.51154e-06;OID=.;OPOS=156380807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:206:205:0:0:205:205:1:105:100:0:0:105:100:0:0 chr4 156382707 . T A 2683.74 PASS AF=0.988636;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00514822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.284;QD=60.994;RBI=0.0191613;REFB=-0.102546;REVB=0.0184568;RO=1;SAF=81;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584036;STB=0.500394;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=6.08459e-05;OID=.;OPOS=156382707;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:176:176:1:2:174:174:0.988636:93:81:1:0:93:81:1:1 chr4 156632391 . A G 1494.98 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0148809;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=310.603;QD=56.4144;RBI=0.0155643;REFB=0.0418751;REVB=0.00456129;RO=2;SAF=44;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210762;STB=0.51648;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.000586548;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:2:3:103:103:0.971698:59:44:2:0:59:44:3:0 chr4 156680340 . G T 4120.1 PASS AF=1;AO=262;DP=265;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338735;FXX=0.0149807;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.4;QD=62.6631;RBI=0.0486163;REFB=0;REVB=0.0348731;RO=0;SAF=101;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96002e-05;OID=.;OPOS=156680340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:265:263:0:0:262:263:1:161:101:0:0:161:102:0:0 chr4 156706482 . G A 461.86 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00559454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6776;QD=21.482;RBI=0.00842598;REFB=-0.0249723;REVB=0.00630065;RO=38;SAF=18;SAR=27;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149715;STB=0.566008;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0153611;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:41:45:45:0.523256:27:18:22:16:27:18:22:19 chr4 156787340 . G A 1270.3 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188275;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.362;QD=61.9661;RBI=0.0188965;REFB=0;REVB=0.00161376;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111998;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:44:37:0:0:45:37:0:0 chr4 156847230 . A G 762.99 PASS AF=0.941176;AO=57;DP=69;FAO=64;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0138133;FXX=0.0144907;HRUN=8;LEN=1;MLLD=22.4096;QD=44.8817;RBI=0.0457483;REFB=-0.0737423;REVB=0.0436131;RO=6;SAF=28;SAR=29;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282834;STB=0.50677;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0100682;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:69:68:6:3:57:64:0.941176:29:28:2:4:33:31:1:2 chr4 156847236 . AAGG AAAG,AAG,AAGA,AG 703.5 PASS AF=0,0,0,1;AO=11,29,2,15;DP=57;FAO=0,0,0,58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,27;FSAR=0,0,0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.188691,0.101513,0.0139994,-0.0448632;FXX=0.0491723;HRUN=2,2,2,8;LEN=1,1,1,2;MLLD=8.18172,15.0245,8.5132,18.9722;QD=48.5174;RBI=0.196085,0.120958,0.0651171,0.0995656;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0533381,-0.065772,-0.0635944,-0.0888853;RO=0;SAF=5,10,2,10;SAR=6,19,0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,del;VARB=0.0154341,0.00821685,0,0.0170589;OID=.,.,.,.;OPOS=156847238,156847238,156847239,156847237;OREF=G,G,G,AG;OALT=A,-,A,-;OMAPALT=AAAG,AAG,AAGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 4/4:0,0,0,1:11,29,2,15:57:0,0,0,58:58:0:0,0,0,27:0,0,0,31:0:0:4:0:5,10,2,10:6,19,0,5:0:0 chr4 157684248 . T C 885.96 PASS AF=0.526627;AO=73;DP=153;FAO=89;FDP=169;FR=.;FRO=80;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.00511995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.647;QD=20.9694;RBI=0.0337004;REFB=-0.0323631;REVB=0.0333092;RO=77;SAF=48;SAR=25;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135395;STB=0.533838;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0305795;OID=.;OPOS=157684248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:169:77:80:73:89:0.526627:25:48:40:37:35:54:43:37 chr4 158043559 . C T 1699.01 PASS AF=0.982759;AO=112;DP=118;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0460266;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3179;QD=58.5867;RBI=0.0540358;REFB=-0.0992274;REVB=-0.0283093;RO=2;SAF=45;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139609;STB=0.507352;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00334682;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:116:2:2:112:114:0.982759:67:45:0:2:67:47:0:2 chr4 158065038 . T C 2961.85 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.487;QD=63.355;RBI=0.0394973;REFB=0;REVB=0.00979268;RO=0;SAF=95;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38586e-05;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:187:0:0:185:187:1:90:95:0:0:90:97:0:0 chr4 158238830 . T C 2082.49 PASS AF=0.452282;AO=216;DP=481;FAO=218;FDP=482;FR=.;FRO=264;FSAF=92;FSAR=126;FSRF=132;FSRR=132;FWDB=0.0153207;FXX=0.00207035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.045;QD=17.2821;RBI=0.0164809;REFB=-0.00389352;REVB=0.00607424;RO=264;SAF=91;SAR=125;SRF=132;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791972;STB=0.543183;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00481762;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:482:264:264:216:218:0.452282:125:91:132:132:126:92:132:132 chr4 159076826 . C T 3523.51 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.182;QD=62.6402;RBI=0.0166738;REFB=0;REVB=-0.00776627;RO=0;SAF=106;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01045e-05;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:0:0:225:225:1:119:106:0:0:119:106:0:0 chr4 159092633 . A G 2657.24 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3342;QD=62.1577;RBI=0.0508836;REFB=0;REVB=-0.0154517;RO=0;SAF=88;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89404e-05;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:83:88:0:0:83:88:0:0 chr4 159133980 . TCCT CTTC,TCC 68.18 PASS AF=0.117647,0.196078;AO=6,11;DP=54;FAO=6,10;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=0,2;FSAR=6,8;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0459979,-0.20281;FXX=0.0555453;HRUN=2,6;LEN=4,1;MLLD=170.681,10.953;QD=5.34721;RBI=0.0509994,0.231978;REFB=-0.0116292,-0.100812;REVB=-0.0220256,0.112613;RO=23;SAF=0,6;SAR=6,5;SRF=4;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.624104,0.41429;STB=0.997568,0.618786;STBP=0.049,0.454;TYPE=mnp,del;VARB=0.183147,0.0918147;OID=.,.;OPOS=159133980,159133983;OREF=TCCT,T;OALT=CTTC,-;OMAPALT=CTTC,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:54:51:23:35:6,11:6,10:0.117647,0.196078:6,5:0,6:4:19:6,8:0,2:11:24 chr4 159601676 . C T 1358.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00250323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.324;QD=62.4637;RBI=0.0601771;REFB=0;REVB=0.060125;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178074;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr4 159826773 . T G 642.55 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227515;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.041;QD=59.7724;RBI=0.0256445;REFB=-0.107615;REVB=0.0118326;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000210835;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:20:22:1:0:20:22:1:0 chr4 159894250 . C T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.523;QD=64.154;RBI=0.00612916;REFB=0;REVB=0.00359441;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83909e-06;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:47:52:0:0:47:52:0:0 chr4 159894305 . T C 1931.77 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118207;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.202;QD=60.3678;RBI=0.0209456;REFB=0;REVB=0.0172913;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209568;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:128:0:0:122:128:1:57:65:0:0:59:69:0:0 chr4 159894391 . G A 1560.38 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025456;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.079;QD=60.0145;RBI=0.0254561;REFB=0;REVB=6.32816e-05;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90664e-05;OID=.;OPOS=159894391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:104:104:1:55:49:0:0:55:49:0:0 chr4 160428588 . G A 1712.63 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646228;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.737;QD=60.6242;RBI=0.0216547;REFB=0;REVB=0.020668;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46732e-05;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:111:113:1:54:57:0:0:54:59:0:0 chr4 162307060 . G T 978.72 PASS AF=0.379538;AO=115;DP=303;FAO=115;FDP=303;FR=.;FRO=188;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=77;FSRR=111;FWDB=-0.00750306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.729;QD=12.9204;RBI=0.0199442;REFB=-0.00148604;REVB=-0.018479;RO=187;SAF=55;SAR=60;SRF=76;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795435;STB=0.54285;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00248791;OID=.;OPOS=162307060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:187:188:115:115:0.379538:60:55:76:111:60:55:77:111 chr4 164048199 . G C,T 2437.81 PASS AF=0.96988,0.0301205;AO=152,7;DP=160;FAO=161,5;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=91,0;FSAR=70,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333873,-0.000490038;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.5665,54.0786;QD=58.7425;RBI=0.034011,0.0036333;REFB=0,0;REVB=-0.00648378,-0.0036001;RO=0;SAF=83,2;SAR=69,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.68244e-08,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00514437,-0.00921688;OID=.,.;OPOS=164048199,164048199;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:160:166:0:0:152,7:161,5:0.96988,0.0301205:69,5:83,2:0:0:70,5:91,0:0:0 chr4 164085425 . T C 3168.88 PASS AF=0.972222;AO=207;DP=214;FAO=210;FDP=216;FR=.;FRO=6;FSAF=91;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0660034;FXX=0.00917389;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.543;QD=58.6829;RBI=0.0733684;REFB=-0.187678;REVB=0.0320387;RO=6;SAF=88;SAR=119;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234077;STB=0.512294;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00113938;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:214:216:6:6:207:210:0.972222:119:88:0:6:119:91:0:6 chr4 164393117 . T A 428.27 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0549667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6568;QD=14.3958;RBI=0.0969877;REFB=-0.0231437;REVB=-0.0799079;RO=67;SAF=29;SAR=20;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572457;STB=0.537961;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0312821;OID=.;OPOS=164393117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:67:70:49:49:0.411765:20:29:36:31:20:29:37:33 chr4 164466824 . C T 1261.04 PASS AF=0.472727;AO=129;DP=275;FAO=130;FDP=275;FR=.;FRO=145;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=61;FSRR=84;FWDB=0.0102083;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.899;QD=18.3425;RBI=0.0329307;REFB=-0.0145074;REVB=-0.0313084;RO=145;SAF=57;SAR=72;SRF=61;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206554;STB=0.509536;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0165516;OID=.;OPOS=164466824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:145:145:129:130:0.472727:72:57:61:84:73:57:61:84 chr4 165878335 . A G 3095.1 PASS AF=1;AO=131;DP=191;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5971;QD=63.8166;RBI=0.0392513;REFB=0;REVB=-0.00701057;RO=0;SAF=80;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49539e-05;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:191:194:0:0:131:194:1:51:80:0:0:114:80:0:0 chr4 166000194 . CA C,CC,CG 1252.7 PASS AF=0.0361446,0.0120482,0.951807;AO=10,3,69;DP=83;FAO=3,1,79;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,52;FSAR=3,0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273122,0.0353319,0.0252807;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=140.485,125.998,161.622;QD=60.3712;RBI=0.0359957,0.0392722,0.0481599;REFB=0,0,0;REVB=0.0234465,0.0171453,0.040991;RO=0;SAF=1,1,50;SAR=9,2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.8593e-08,0,-5.45441e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0152237,0.0837719,0.00134282;OID=.,.,.;OPOS=166000195,166000195,166000195;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0361446,0.0120482,0.951807:10,3,69:83:3,1,79:83:0:0,1,52:3,0,27:0:0:5:0:1,1,50:9,2,19:0:0 chr4 166021811 . G C 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0234917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.465;QD=23.0409;RBI=0.0237333;REFB=-0.00205257;REVB=0.00337762;RO=40;SAF=17;SAR=31;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167045;STB=0.592027;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00242128;OID=.;OPOS=166021811;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:31:17:22:18:31:17:22:18 chr4 166264119 . A G 846.21 PASS AF=0.485876;AO=85;DP=178;FAO=86;FDP=177;FR=.;FRO=91;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.00446949;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.321;QD=19.1233;RBI=0.00559632;REFB=-0.0172291;REVB=-0.00336786;RO=91;SAF=44;SAR=41;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833285;STB=0.548553;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0176769;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:91:91:85:86:0.485876:41:44:39:52:41:45:39:52 chr4 167012381 . G A 5186.95 PASS AF=1;AO=328;DP=331;FAO=329;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193129;FXX=0.00604211;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2256;QD=63.0633;RBI=0.0304398;REFB=-0.0147292;REVB=-0.0235286;RO=1;SAF=144;SAR=184;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04497e-05;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:331:329:1:0:328:329:1:184:144:1:0:185:144:0:0 chr4 167012480 . T C 3000.67 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.395;QD=63.172;RBI=0.025085;REFB=0;REVB=0.0210989;RO=0;SAF=84;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18215e-05;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:190:0:0:189:190:1:105:84:0:0:105:85:0:0 chr4 168584259 . T A 634.57 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259756;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.408;QD=61.9089;RBI=0.054125;REFB=0;REVB=0.0474846;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354082;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr4 169083694 . A C,G 2499.51 PASS AF=0.940476,0.0595238;AO=154,13;DP=167;FAO=158,10;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=102,6;FSAR=56,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647285,-0.0185505;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.323,11.4275;QD=59.5122;RBI=0.0348689,0.134984;REFB=0,0;REVB=0.0342628,-0.133703;RO=0;SAF=101,6;SAR=53,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00210655,0.174519;OID=.,.;OPOS=169083694,169083694;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:167:168:0:0:154,13:158,10:0.940476,0.0595238:53,7:101,6:0:0:56,4:102,6:0:0 chr4 169086441 . A G 885.9 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.652;QD=58.0919;RBI=0.0326576;REFB=0;REVB=0.0181839;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010034;OID=.;OPOS=169086441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:61:0:0:55:61:1:22:33:0:0:23:38:0:0 chr4 169158471 . T G 1013.54 PASS AF=0.421053;AO=112;DP=267;FAO=112;FDP=266;FR=.;FRO=154;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=62;FSRR=92;FWDB=-0.00134677;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5185;QD=15.2411;RBI=0.0748944;REFB=-0.00291506;REVB=0.0748823;RO=153;SAF=44;SAR=68;SRF=62;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133833;STB=0.505895;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00760274;OID=.;OPOS=169158471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:153:154:112:112:0.421053:68:44:62:91:68:44:62:92 chr4 169158489 . G C 1069.76 PASS AF=0.43609;AO=116;DP=268;FAO=116;FDP=266;FR=.;FRO=150;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=60;FSRR=90;FWDB=-0.0416013;FXX=0.00746241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0906;QD=16.0866;RBI=0.0464466;REFB=-0.00359945;REVB=-0.0206548;RO=144;SAF=45;SAR=71;SRF=60;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299769;STB=0.507142;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00593045;OID=.;OPOS=169158489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:266:144:150:116:116:0.43609:71:45:60:84:71:45:60:90 chr4 169158531 . T C 983.35 PASS AF=0.446352;AO=104;DP=233;FAO=104;FDP=233;FR=.;FRO=129;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=53;FSRR=76;FWDB=0.00809721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.684;QD=16.8816;RBI=0.0141899;REFB=-0.0101421;REVB=0.0116529;RO=129;SAF=40;SAR=64;SRF=53;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274415;STB=0.515233;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.012394;OID=.;OPOS=169158531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:129:129:104:104:0.446352:64:40:53:76:64:40:53:76 chr4 169176996 . G A 532.64 PASS AF=0.378531;AO=58;DP=173;FAO=67;FDP=177;FR=.;FRO=110;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=0.0107501;FXX=0.0380414;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.699;QD=12.037;RBI=0.0110872;REFB=-0.00606887;REVB=0.00271306;RO=95;SAF=21;SAR=37;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269973;STB=0.654019;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0119528;OID=.;OPOS=169176996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:177:95:110:58:67:0.378531:37:21:58:37:46:21:61:49 chr4 169195109 . C A 1078.3 PASS AF=0.478261;AO=110;DP=230;FAO=110;FDP=230;FR=.;FRO=120;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=65;FSRR=55;FWDB=0.0679187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8814;QD=18.7531;RBI=0.0721803;REFB=-0.0242164;REVB=0.0244343;RO=119;SAF=54;SAR=56;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442155;STB=0.526461;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.035648;OID=.;OPOS=169195109;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:119:120:110:110:0.478261:56:54:64:55:56:54:65:55 chr4 169197297 . C T 302.39 PASS AF=0.353535;AO=34;DP=98;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0179877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.686;QD=12.2177;RBI=0.0431924;REFB=0.00397316;REVB=-0.0392687;RO=64;SAF=13;SAR=21;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647545;STB=0.524986;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00870203;OID=.;OPOS=169197297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:64:64:34:35:0.353535:21:13:28:36:21:14:28:36 chr4 169299528 . T C 891.14 PASS AF=0.461165;AO=95;DP=206;FAO=95;FDP=206;FR=.;FRO=111;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.0182851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.561;QD=17.3037;RBI=0.0254852;REFB=-0.00175821;REVB=0.0177525;RO=110;SAF=53;SAR=42;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211007;STB=0.509455;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00196136;OID=.;OPOS=169299528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:110:111:95:95:0.461165:42:53:59:51:42:53:60:51 chr4 169315760 . C A 2076.32 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.831;QD=62.4458;RBI=0.0112767;REFB=0;REVB=-0.00511281;RO=0;SAF=48;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46157e-05;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:131:133:1:83:48:0:0:84:49:0:0 chr4 169327191 . C T 436.43 PASS AF=0.433628;AO=47;DP=111;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0121875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.077;QD=15.4488;RBI=0.0151954;REFB=-0.00755039;REVB=0.00907557;RO=64;SAF=20;SAR=27;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287825;STB=0.526091;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00899309;OID=.;OPOS=169327191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:64:64:47:49:0.433628:27:20:29:35:29:20:29:35 chr4 169336662 . T C 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7924;QD=64.4107;RBI=0.0228712;REFB=0;REVB=0.0159471;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313678;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr4 169341435 . A G 3456.65 PASS AF=0.991111;AO=221;DP=223;FAO=223;FDP=225;FR=.;FRO=2;FSAF=118;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00732485;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.799;QD=61.4516;RBI=0.0177755;REFB=-0.0739711;REVB=-0.0161961;RO=2;SAF=117;SAR=104;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090738;STB=0.504717;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00050735;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:223:225:2:2:221:223:0.991111:104:117:0:2:105:118:0:2 chr4 169362557 . C G 408.13 PASS AF=0.423423;AO=46;DP=110;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.00489167;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0602;QD=14.7073;RBI=0.0272055;REFB=-0.0130621;REVB=-0.0267621;RO=63;SAF=21;SAR=25;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622373;STB=0.535948;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0219274;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:63:64:46:47:0.423423:25:21:25:38:25:22:26:38 chr4 169369820 . T A 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00857813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.11;QD=11.2834;RBI=0.0259216;REFB=-0.000650323;REVB=0.0244611;RO=50;SAF=10;SAR=17;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170157;STB=0.598752;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00181311;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:17:10:26:24:17:10:26:24 chr4 169369853 . A T 203.41 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0572974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.918;QD=10.2994;RBI=0.0578499;REFB=-0.00545145;REVB=-0.0079759;RO=51;SAF=9;SAR=17;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190775;STB=0.62453;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00836716;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:53:26:26:0.329114:17:9:26:25:17:9:28:25 chr4 169369920 . C T 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0102157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.97;QD=10.7152;RBI=0.0102315;REFB=-2.76022e-05;REVB=-0.000568712;RO=29;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160888;STB=0.596869;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.000367153;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:10:4:12:17:10:4:12:17 chr4 169393595 . A G 463.44 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.045673;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5505;QD=17.4885;RBI=0.05441;REFB=-0.0333787;REVB=0.0295706;RO=53;SAF=25;SAR=25;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00874766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0352785;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:53:56:50:50:0.471698:25:25:26:27:25:25:28:28 chr4 169621191 . G A 1798.81 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0217784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4233;QD=59.4649;RBI=0.0255416;REFB=0.0749139;REVB=0.0133446;RO=0;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000780717;OID=.;OPOS=169621191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:120:121:0:1:119:120:0.991736:56:63:0:0:57:63:1:0 chr4 169630204 . T G 621.73 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00253198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.85;QD=19.7376;RBI=0.00914705;REFB=0.00332098;REVB=-0.00878963;RO=63;SAF=20;SAR=43;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140388;STB=0.57771;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0034082;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:63:63:63:0.5:43:20:29:34:43:20:29:34 chr4 169806527 . A G 830.68 PASS AF=0.485714;AO=85;DP=175;FAO=85;FDP=175;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.00877469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9262;QD=18.9869;RBI=0.0128812;REFB=-0.015827;REVB=0.00943028;RO=89;SAF=37;SAR=48;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291958;STB=0.518545;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0153915;OID=.;OPOS=169806527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:89:90:85:85:0.485714:48:37:36:53:48:37:36:54 chr4 169846359 . GCT G 1124.11 PASS AF=1;AO=64;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070457;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.964;QD=59.1636;RBI=0.0768982;REFB=0;REVB=0.0308082;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000158628;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:73:76:76:0:37:39:0:0:6:0:30:34:0:0 chr4 169928842 . G T 6412.27 PASS AF=1;AO=408;DP=412;FAO=408;FDP=408;FR=.;FRO=0;FSAF=227;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514276;FXX=0.0097085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.401;QD=62.8654;RBI=0.0514978;REFB=-0.053252;REVB=-0.00268768;RO=1;SAF=227;SAR=181;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209801;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.09808e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:412:408:1:0:408:408:1:181:227:1:0:181:227:0:0 chr4 170476978 . T C 649.9 PASS AF=0.511811;AO=64;DP=126;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0134988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.974;QD=20.4693;RBI=0.0138263;REFB=0.00371214;REVB=-0.00299122;RO=61;SAF=27;SAR=37;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627892;STB=0.534122;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.0030849;OID=.;OPOS=170476978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:61:62:64:65:0.511811:37:27:30:31:37:28:31:31 chr4 170581570 . G A 3102.05 PASS AF=1;AO=201;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795731;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9369;QD=61.124;RBI=0.0845061;REFB=0;REVB=-0.02845;RO=2;SAF=114;SAR=87;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400995;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:204:203:2:0:201:203:1:87:114:2:0:87:116:0:0 chr4 170663235 . C T 1078.04 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.007;QD=59.8911;RBI=0.0293206;REFB=0;REVB=0.0284719;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03122e-05;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:42:29:0:0:43:29:0:0 chr4 170678993 . T C 4265.09 PASS AF=0.996337;AO=243;DP=277;FAO=272;FDP=273;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=119;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652406;FXX=0.00727246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.56;QD=62.4921;RBI=0.0749818;REFB=0;REVB=0.0369584;RO=0;SAF=99;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.95017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236576;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:277:273:0:0:243:272:0.996337:144:99:0:0:153:119:0:0 chr4 170987636 . A G 1492.5 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140992;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=323.812;QD=58.5294;RBI=0.0148523;REFB=-0.0358;REVB=-0.00466953;RO=1;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811007;STB=0.504273;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-9.4333e-06;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:58:43:0:1:58:43:0:1 chr4 172735897 . C G 2792.3 PASS AF=0.994444;AO=178;DP=181;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00362759;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0751;QD=62.0511;RBI=0.018721;REFB=-0.0562209;REVB=-0.0183662;RO=1;SAF=77;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469039;STB=0.502439;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000346288;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:180:1:1:178:179:0.994444:101:77:0:1:102:77:0:1 chr4 174062875 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.062;QD=59.1429;RBI=0.0683295;REFB=0;REVB=0.068108;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346535;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr4 174090004 . G A 3799.06 PASS AF=0.987805;AO=241;DP=245;FAO=243;FDP=246;FR=.;FRO=3;FSAF=113;FSAR=130;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000571833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.909;QD=61.7733;RBI=0.0196627;REFB=-0.0784572;REVB=0.0196544;RO=3;SAF=113;SAR=128;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00318913;STB=0.501614;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.000315408;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:245:246:3:3:241:243:0.987805:128:113:1:2:130:113:1:2 chr4 174253178 . T C 949.27 PASS AF=0.513812;AO=91;DP=183;FAO=93;FDP=181;FR=.;FRO=88;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0167424;FXX=0.0320838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.987;QD=20.9783;RBI=0.0169136;REFB=-0.0283462;REVB=0.00240018;RO=85;SAF=46;SAR=45;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514433;STB=0.540917;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.02582;OID=.;OPOS=174253178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:85:88:91:93:0.513812:45:46:38:47:45:48:38:50 chr4 174537221 . T C 723.63 PASS AF=0.496689;AO=74;DP=150;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.000809048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.835;QD=19.169;RBI=0.00773811;REFB=-0.0255314;REVB=0.0076957;RO=76;SAF=31;SAR=43;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051162;STB=0.524008;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0295916;OID=.;OPOS=174537221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:76:76:74:75:0.496689:43:31:36:40:43:32:36:40 chr4 174537356 . T A 929.22 PASS AF=0.477833;AO=97;DP=203;FAO=97;FDP=203;FR=.;FRO=106;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=0.0121241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.111;QD=18.3098;RBI=0.0125171;REFB=-0.0195737;REVB=-0.00311217;RO=106;SAF=46;SAR=51;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473069;STB=0.526085;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0229814;OID=.;OPOS=174537356;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:106:106:97:97:0.477833:51:46:45:61:51:46:45:61 chr4 174537471 . G A 653.01 PASS AF=0.412429;AO=73;DP=177;FAO=73;FDP=177;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.0326314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.995;QD=14.7573;RBI=0.0335272;REFB=-0.00311843;REVB=-0.00769819;RO=103;SAF=41;SAR=32;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999877;STB=0.553266;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00412866;OID=.;OPOS=174537471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:103:104:73:73:0.412429:32:41:48:55:32:41:49:55 chr4 174537658 . C T 276.64 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0115667;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.051;QD=18.1403;RBI=0.0189657;REFB=-0.0212575;REVB=-0.0150303;RO=31;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765811;STB=0.542692;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0172318;OID=.;OPOS=174537658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:31:30:30:0.491803:11:19:22:9:11:19:22:9 chr4 175158212 . G T 379.54 PASS AF=0.353846;AO=46;DP=132;FAO=46;FDP=130;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0421939;FXX=0.0151504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2765;QD=11.6782;RBI=0.0443409;REFB=2.71631e-05;REVB=0.0136305;RO=86;SAF=25;SAR=21;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301695;STB=0.526055;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.000304698;OID=.;OPOS=175158212;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:86:84:46:46:0.353846:21:25:49:37:21:25:49:35 chr4 175158412 . T C 242.76 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00437522;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.038;QD=17.036;RBI=0.00456691;REFB=-0.0113275;REVB=0.00130922;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173283;STB=0.509746;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0137945;OID=.;OPOS=175158412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:30:27:27:0.473684:13:14:15:15:13:14:15:15 chr4 175225452 . G A 648.22 PASS AF=0.44375;AO=71;DP=161;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=-0.0207104;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.519;QD=16.2056;RBI=0.0213209;REFB=-0.0114381;REVB=-0.00506551;RO=88;SAF=36;SAR=35;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131299;STB=0.569401;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0146337;OID=.;OPOS=175225452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:88:89:71:71:0.44375:35:36:33:55:35:36:34:55 chr4 175237408 . T C 724.37 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=166;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.00165011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.152;QD=17.4548;RBI=0.0127095;REFB=-0.0216532;REVB=0.0126019;RO=87;SAF=32;SAR=45;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320312;STB=0.52467;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.024323;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:87:89:77:77:0.463855:45:32:39:48:45:32:41:48 chr4 175241132 . C A 651.45 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=125;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0300966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9918;QD=20.681;RBI=0.0416934;REFB=-0.00664229;REVB=-0.0288537;RO=60;SAF=28;SAR=37;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610042;STB=0.522245;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00606073;OID=.;OPOS=175241132;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:60:61:65:65:0.515873:37:28:30:30:36:29:30:31 chr4 175443156 . C T 632.91 PASS AF=0.450331;AO=67;DP=150;FAO=68;FDP=151;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.013669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.653;QD=16.7658;RBI=0.0145507;REFB=0.0142848;REVB=0.004988;RO=83;SAF=26;SAR=41;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957032;STB=0.556386;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.01838;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:83:83:67:68:0.450331:41:26:40:43:42:26:40:43 chr4 175598334 . T C 4509.96 PASS AF=0.989691;AO=282;DP=288;FAO=288;FDP=291;FR=.;FRO=3;FSAF=131;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00262746;FXX=0.00682571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.437;QD=61.9926;RBI=0.00405999;REFB=-0.135042;REVB=0.00309515;RO=2;SAF=128;SAR=154;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615227;STB=0.504732;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000274291;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:288:291:2:3:282:288:0.989691:154:128:0:2:157:131:0:3 chr4 175688138 . A G 486.92 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00346277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.503;QD=15.336;RBI=0.0147779;REFB=-0.00711196;REVB=0.0143665;RO=71;SAF=23;SAR=31;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400039;STB=0.515281;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00774068;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:71:73:54:54:0.425197:31:23:33:38:31:23:33:40 chr4 175688141 . G A 380.63 PASS AF=0.420635;AO=52;DP=125;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0491156;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.509;QD=12.0834;RBI=0.0506605;REFB=-0.0203421;REVB=0.0124157;RO=73;SAF=21;SAR=31;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513538;STB=0.521877;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0323288;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:73:73:52:53:0.420635:31:21:33:40:31:22:33:40 chr4 176555585 . A C 3010.42 PASS AF=0.994764;AO=190;DP=192;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=123;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133906;FXX=0.0103622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0766;QD=63.0455;RBI=0.0335596;REFB=-0.0799858;REVB=-0.0307724;RO=1;SAF=67;SAR=123;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705395;STB=0.503703;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000307943;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:192:191:1:1:190:190:0.994764:123:67:1:0:123:67:1:0 chr4 177073026 . G A 1452.7 PASS AF=1;AO=74;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.053;QD=62.4818;RBI=0.0373555;REFB=0;REVB=0.0373069;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99609e-06;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:74:93:1:40:34:0:0:45:48:0:0 chr4 177073027 . C A 57.57 PASS AF=0.170213;AO=15;DP=93;FAO=16;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.106618;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.544;QD=2.44975;RBI=0.140109;REFB=-0.0215089;REVB=-0.0909031;RO=75;SAF=14;SAR=1;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623661;STB=0.864914;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.224135;OID=.;OPOS=177073027;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:93:94:75:78:15:16:0.170213:1:14:35:40:2:14:35:43 chr4 177087322 . C T 1411.63 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000224989;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.16;QD=60.7152;RBI=0.0236499;REFB=-0.221869;REVB=0.0236488;RO=1;SAF=29;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077077;STB=0.508063;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00194974;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:1:2:90:91:0.978495:61:29:0:1:61:30:0:2 chr4 177113779 . T C 1715.55 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.075;QD=60.1948;RBI=0.0157379;REFB=0;REVB=0.0111646;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39752e-08;OID=.;OPOS=177113779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:112:114:1:61:51:0:0:63:51:0:0 chr4 177113956 . A G 3614.92 PASS AF=0.991597;AO=232;DP=239;FAO=236;FDP=238;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=157;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.125416;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.539;QD=60.755;RBI=0.126719;REFB=-0.107243;REVB=-0.018128;RO=6;SAF=75;SAR=157;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366028;STB=0.506249;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000914331;OID=.;OPOS=177113956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:239:238:6:2:232:236:0.991597:157:75:6:0:157:79:2:0 chr4 177137988 . C T 2445.51 PASS AF=0.964706;AO=164;DP=170;FAO=164;FDP=170;FR=.;FRO=6;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.062661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5092;QD=57.5414;RBI=0.0698688;REFB=0.0526368;REVB=-0.030907;RO=5;SAF=87;SAR=77;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152341;STB=0.504826;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0231669;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:170:170:5:6:164:164:0.964706:77:87:4:1:77:87:4:2 chr4 177605081 . CTCA C 1816.28 PASS AF=0.96063;AO=122;DP=127;FAO=122;FDP=127;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0037834;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=3;MLLD=298.202;QD=57.2057;RBI=0.013618;REFB=-0.015995;REVB=0.0130819;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505582;STBP=0.598;TYPE=del;VARB=5.34099e-06;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96063:122:127:122:127:5:66:56:2:3:9:0:66:56:0:0 chr4 178102691 . C G 1347.06 PASS AF=0.47079;AO=137;DP=290;FAO=137;FDP=291;FR=.;FRO=154;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=86;FSRR=68;FWDB=0.0567044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8902;QD=18.5163;RBI=0.074168;REFB=0.0272123;REVB=0.0478068;RO=153;SAF=62;SAR=75;SRF=85;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984897;STB=0.555937;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0300123;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:291:153:154:137:137:0.47079:75:62:85:68:75:62:86:68 chr4 178274835 . A C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0578272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6106;QD=18.0505;RBI=0.0610797;REFB=0.00338787;REVB=-0.0196658;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18104;STB=0.605828;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0104735;OID=.;OPOS=178274835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:8:2:3:5:8:2:3:5 chr4 178281754 . G A 2184.12 PASS AF=0.895954;AO=155;DP=173;FAO=155;FDP=173;FR=.;FRO=18;FSAF=90;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0220231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.22;QD=50.4998;RBI=0.0353718;REFB=-0.177624;REVB=0.0276794;RO=16;SAF=90;SAR=65;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103803;STB=0.549353;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00285274;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:173:173:16:18:155:155:0.895954:65:90:0:16:65:90:2:16 chr4 178359960 . G C 1749.36 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.286;QD=60.8474;RBI=0.0434202;REFB=0;REVB=-0.0125061;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50546e-05;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:112:115:1:51:61:0:0:52:63:0:0 chr4 178378317 . C A 431.77 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00323371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.717;QD=23.0276;RBI=0.0459238;REFB=0.00172833;REVB=-0.0458098;RO=33;SAF=23;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0017465;STB=0.50096;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00208606;OID=.;OPOS=178378317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:19:23:18:15:19:23:18:15 chr4 178881982 . G T 1355.52 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.711;QD=60.2452;RBI=0.0283582;REFB=-0.0552607;REVB=0.0117388;RO=1;SAF=54;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869552;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011109;OID=.;OPOS=178881982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:0:88:90:1:34:54:1:0:34:56:0:0 chr4 179037990 . C A,T 1322.15 PASS AF=0.467391,0.51087;AO=43,47;DP=92;FAO=43,47;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=22,20;FSAR=21,27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0248874,-0.00487288;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.5209,122.533;QD=57.4846;RBI=0.0369333,0.00487505;REFB=-0.105611,-0.0754074;REVB=0.0272889,0.000145576;RO=1;SAF=22,20;SAR=21,27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0218371,0.0171015;STB=0.522717,0.51785;STBP=0.258,0.251;TYPE=snp,snp;VARB=0.0212271,0.00541846;OID=.,.;OPOS=179037990,179037990;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:92:92:1:2:43,47:43,47:0.467391,0.51087:21,27:22,20:0:1:21,27:22,20:0:2 chr4 179038006 . A G 346.27 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0344995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.135;QD=16.8912;RBI=0.0354592;REFB=0.000665319;REVB=0.00819395;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811191;STB=0.54543;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.000820531;OID=.;OPOS=179038006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:20:17:17:28:20:17:17:28 chr4 179327856 . G A 2660.01 PASS AF=0.99422;AO=168;DP=169;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0746247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4351;QD=61.5031;RBI=0.085889;REFB=-0.0579413;REVB=-0.0425215;RO=1;SAF=97;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665593;STB=0.503496;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000876746;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:173:1:1:168:172:0.99422:71:97:0:1:71:101:0:1 chr4 183549831 . T G 710.43 PASS AF=0.45509;AO=76;DP=169;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.00424628;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.337;QD=17.0163;RBI=0.0364192;REFB=-0.0301553;REVB=0.0361708;RO=92;SAF=45;SAR=31;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706898;STB=0.547976;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.033796;OID=.;OPOS=183549831;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:92:91:76:76:0.45509:31:45:48:44:31:45:46:45 chr4 183601847 . T C 1223.85 PASS AF=0.47037;AO=126;DP=270;FAO=127;FDP=270;FR=.;FRO=143;FSAF=37;FSAR=90;FSRF=56;FSRR=87;FWDB=0.0457585;FXX=0.0036899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7301;QD=18.131;RBI=0.0621918;REFB=-0.00171246;REVB=0.0421187;RO=142;SAF=37;SAR=89;SRF=56;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110341;STB=0.56102;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00280529;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:142:143:126:127:0.47037:89:37:56:86:90:37:56:87 chr4 183652175 . T C 4527.48 PASS AF=1;AO=286;DP=287;FAO=286;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132222;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.456;QD=63.3214;RBI=0.0401867;REFB=-0.0853431;REVB=0.0379492;RO=0;SAF=135;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16701e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41541e-06;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:287:286:0:0:286:286:1:151:135:0:0:151:135:0:0 chr4 183674697 . C T 3076.0 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.508;QD=63.7514;RBI=0.00836106;REFB=0;REVB=0.00772978;RO=0;SAF=96;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84821e-06;OID=.;OPOS=183674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:193:0:0:192:193:1:96:96:0:0:96:97:0:0 chr4 184367558 . TCTG T 87.82 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0133935;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=3;MLLD=327.986;QD=12.5453;RBI=0.0152331;REFB=0.000966517;REVB=-0.00725673;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195548;STB=0.615182;STBP=0.355;TYPE=del;VARB=-0.00178533;OID=.;OPOS=184367559;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:11:29:11:28:17:6:5:6:11:87:17:6:5:6:11 chr4 184426387 . C T 1996.26 PASS AF=0.40395;AO=224;DP=556;FAO=225;FDP=557;FR=.;FRO=332;FSAF=61;FSAR=164;FSRF=127;FSRR=205;FWDB=0.0151262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.882;QD=14.3358;RBI=0.0160022;REFB=-0.0339747;REVB=-0.00522193;RO=330;SAF=60;SAR=164;SRF=126;SRR=204;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142755;STB=0.57801;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0452545;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:556:557:330:332:224:225:0.40395:164:60:126:204:164:61:127:205 chr4 184596309 . CT C 608.11 PASS AF=0.455882;AO=143;DP=345;FAO=155;FDP=340;FR=.;FRO=185;FSAF=97;FSAR=58;FSRF=88;FSRR=97;FWDB=0.0974075;FXX=0.0144923;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.3343;QD=7.15422;RBI=0.187052;REFB=0.0243539;REVB=0.159688;RO=171;SAF=92;SAR=51;SRF=81;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171871;STB=0.583533;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0240383;OID=.;OPOS=184596310;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455882:143:345:155:340:185:97:58:88:97:99:171:92:51:81:90 chr4 184596850 . A G 430.21 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0119271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2856;QD=22.6424;RBI=0.043285;REFB=0.00793672;REVB=0.0416094;RO=34;SAF=23;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334267;STB=0.518392;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00367135;OID=.;OPOS=184596850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:19:23:20:14:19:23:20:14 chr4 184600601 . A G 580.53 PASS AF=0.48;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0120371;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.775;QD=18.5769;RBI=0.0168474;REFB=-0.00772668;REVB=-0.0117874;RO=67;SAF=22;SAR=38;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953352;STB=0.559735;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00799475;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:67:65:60:60:0.48:38:22:31:36:38:22:31:34 chr4 184614874 . C T 601.39 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00502367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.735;QD=16.9404;RBI=0.022326;REFB=-0.00173121;REVB=-0.0217535;RO=78;SAF=27;SAR=36;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587964;STB=0.529522;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00182169;OID=.;OPOS=184614874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:78:79:63:63:0.443662:36:27:38:40:36:27:38:41 chr4 184931818 . G A 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00579608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.584;QD=16.5775;RBI=0.0183074;REFB=-0.0229828;REVB=0.0173657;RO=38;SAF=9;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230109;STB=0.630051;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0241264;OID=.;OPOS=184931818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:23:9:19:19:23:9:19:19 chr4 185012398 . T C 380.05 PASS AF=0.391304;AO=44;DP=114;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.00825966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4291;QD=13.219;RBI=0.0293325;REFB=-0.0142485;REVB=-0.0281455;RO=67;SAF=28;SAR=16;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27749;STB=0.671782;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0209705;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:67:70:44:45:0.391304:16:28:25:42:16:29:25:45 chr4 185200094 . G A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00851722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.526;QD=53.3628;RBI=0.00858551;REFB=-0.0744323;REVB=-0.00108067;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00052135;OID=.;OPOS=185200094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:0:1:15:14:0:1 chr4 185310218 . C T 415.12 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0218456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.844;QD=15.2338;RBI=0.0286741;REFB=0.00849396;REVB=-0.0185734;RO=62;SAF=25;SAR=22;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487075;STB=0.527332;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00831099;OID=.;OPOS=185310218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:22:25:30:32:22:25:30:32 chr4 185587165 . A G 1952.56 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.806;QD=61.986;RBI=0.0503218;REFB=0;REVB=0.0114775;RO=0;SAF=49;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33401e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:76:49:0:0:77:49:0:0 chr4 185622046 . C T 509.54 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.00751526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3197;QD=16.8443;RBI=0.0481372;REFB=-0.0213555;REVB=-0.047547;RO=66;SAF=29;SAR=26;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130008;STB=0.572342;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0287412;OID=.;OPOS=185622046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:66:55:55:0.454545:26:29:26:40:26:29:26:40 chr4 185652147 . G A 358.49 PASS AF=0.457831;AO=36;DP=81;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.0354904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.991;QD=17.2766;RBI=0.0358617;REFB=-0.0081762;REVB=0.00514685;RO=45;SAF=9;SAR=27;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735134;STB=0.513238;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0093822;OID=.;OPOS=185652147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:45:45:36:38:0.457831:27:9:11:34:28:10:11:34 chr4 185655171 . C T 1901.94 PASS AF=0.465721;AO=197;DP=423;FAO=197;FDP=423;FR=.;FRO=226;FSAF=112;FSAR=85;FSRF=99;FSRR=127;FWDB=0.0139565;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.975;QD=17.9853;RBI=0.020849;REFB=-0.023095;REVB=-0.0154886;RO=224;SAF=112;SAR=85;SRF=97;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130802;STB=0.56968;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0302943;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:423:224:226:197:197:0.465721:85:112:97:127:85:112:99:127 chr4 185655190 . C G 1503.29 PASS AF=0.460411;AO=134;DP=320;FAO=157;FDP=341;FR=.;FRO=184;FSAF=82;FSAR=75;FSRF=69;FSRR=115;FWDB=0.0155979;FXX=0.00583073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.336;QD=17.6339;RBI=0.0169522;REFB=-0.0349674;REVB=0.00663954;RO=184;SAF=65;SAR=69;SRF=71;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103679;STB=0.579065;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0411618;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:341:184:184:134:157:0.460411:69:65:71:113:75:82:69:115 chr4 185678110 . A G 829.93 PASS AF=0.482955;AO=84;DP=175;FAO=85;FDP=176;FR=.;FRO=91;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=0.0290944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.131;QD=18.862;RBI=0.0309502;REFB=-0.00792935;REVB=-0.0105562;RO=91;SAF=48;SAR=36;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103871;STB=0.559722;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0101684;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:91:91:84:85:0.482955:36:48:42:49:36:49:42:49 chr4 185678118 . C G 2549.95 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134728;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.352;QD=61.8169;RBI=0.0439643;REFB=0;REVB=0.041849;RO=0;SAF=85;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14401e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93897e-06;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:164:165:1:79:85:0:0:80:85:0:0 chr4 185686032 . C T 1264.12 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4548;QD=61.6645;RBI=0.0847773;REFB=0;REVB=0.0846622;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295051;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr4 185687863 . A G 420.46 PASS AF=0.444444;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0107002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.958;QD=16.9884;RBI=0.0728575;REFB=0.00183361;REVB=-0.0720675;RO=55;SAF=22;SAR=21;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521339;STB=0.535338;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00265774;OID=.;OPOS=185687863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:55:55:43:44:0.444444:21:22:31:24:22:22:31:24 chr4 185735054 . G A 370.12 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0141824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.696;QD=14.0998;RBI=0.0582344;REFB=-0.0257133;REVB=-0.056481;RO=62;SAF=19;SAR=24;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442353;STB=0.524988;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0440511;OID=.;OPOS=185735054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:24:19:30:32:24:19:30:32 chr4 185940991 . GAAAAA GAAAA,GAAAAG 1127.22 PASS AF=0.924242,0.0757576;AO=48,14;DP=131;FAO=122,10;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=68,10;FSAR=54,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.43096,0.0784366;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.0951,9.4731;QD=34.1582;RBI=0.779738,0.244904;REFB=-0.000243621,-0.0122229;REVB=0.649819,0.232004;RO=61;SAF=34,14;SAR=14,0;SRF=29;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0.329412,0;SSSB=0.247759,0.743323;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.036849,-0.0798278;OID=.,.;OPOS=185940992,185940996;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAAAA,GAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.924242,0.0757576:48,14:131:122,10:132:0:68,10:54,0:0:0:23:61:34,14:14,0:29:32 chr4 186091487 . G A 1525.94 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.481;QD=59.8406;RBI=0.0532218;REFB=0;REVB=-0.0523764;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09504e-05;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:50:51:0:0:50:52:0:0 chr4 186097045 . C T 1369.53 PASS AF=0.929293;AO=91;DP=99;FAO=92;FDP=99;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00599059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.245;QD=55.3347;RBI=0.00976763;REFB=-0.0276763;REVB=0.00771489;RO=8;SAF=41;SAR=50;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268238;STB=0.519137;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.000560033;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:99:99:8:7:91:92:0.929293:50:41:5:3:51:41:5:2 chr4 186294198 . C T 571.32 PASS AF=0.415094;AO=65;DP=158;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.103981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5649;QD=14.3728;RBI=0.136932;REFB=0.00861628;REVB=0.089097;RO=93;SAF=34;SAR=31;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523414;STB=0.533425;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0105045;OID=.;OPOS=186294198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:93:93:65:66:0.415094:31:34:44:49:31:35:44:49 chr4 186299260 . A G 262.92 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.015821;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.776;QD=12.6706;RBI=0.017891;REFB=-0.0104296;REVB=-0.00835362;RO=52;SAF=18;SAR=13;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613035;STB=0.535087;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0168271;OID=.;OPOS=186299260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:13:18:33:19:13:18:33:19 chr4 186339584 . A G 753.46 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.761;QD=61.5067;RBI=0.0244345;REFB=-0.0354639;REVB=-0.0104202;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000235602;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:0:1:48:48:0.979592:16:32:0:0:16:32:1:0 chr4 186347055 . G A 1606.7 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.003317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.201;QD=60.0636;RBI=0.0667214;REFB=0;REVB=0.0666389;RO=0;SAF=36;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111555;OID=.;OPOS=186347055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:71:36:0:0:71:36:0:0 chr4 186357523 . C G 1499.07 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000982883;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.3;QD=63.7904;RBI=0.0353254;REFB=0;REVB=-0.0353118;RO=0;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20514e-05;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:59:35:0:0:59:35:0:0 chr4 186361875 . TA CG,TG 509.34 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,33;DP=35;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570277,-0.0184488;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=164.332,130.356;QD=58.2103;RBI=0.00668654,0.0193248;REFB=0,0;REVB=-0.00349116,-0.00575238;RO=0;SAF=0,15;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.64315e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0162561,-0.00635635;OID=.,.;OPOS=186361875,186361876;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:2,33:2,33:0.0571429,0.942857:2,18:0,15:0:0:2,18:0,15:0:0 chr4 186379371 . G A 1752.62 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293105;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5897;QD=60.9608;RBI=0.0343874;REFB=0;REVB=-0.0179831;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000543219;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:58:57:0:0:58:57:0:0 chr4 186391868 . T C 1016.63 PASS AF=0.46087;AO=106;DP=230;FAO=106;FDP=230;FR=.;FRO=124;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=50;FSRR=74;FWDB=0.0100813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.409;QD=17.6805;RBI=0.0124386;REFB=-0.0283716;REVB=-0.00728594;RO=123;SAF=40;SAR=66;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298581;STB=0.514729;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0302708;OID=.;OPOS=186391868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:123:124:106:106:0.46087:66:40:50:73:66:40:50:74 chr4 186391898 . C T 922.92 PASS AF=0.467337;AO=93;DP=200;FAO=93;FDP=199;FR=.;FRO=106;FSAF=27;FSAR=66;FSRF=38;FSRR=68;FWDB=0.013171;FXX=0.00499975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.861;QD=18.5511;RBI=0.0160676;REFB=-0.0167771;REVB=0.00920284;RO=105;SAF=27;SAR=66;SRF=38;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799915;STB=0.542479;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0141664;OID=.;OPOS=186391898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:105:106:93:93:0.467337:66:27:38:67:66:27:38:68 chr4 186423637 . G A 2640.19 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9849;QD=62.1222;RBI=0.060238;REFB=0;REVB=-0.0542251;RO=0;SAF=72;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72394e-05;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:98:72:0:0:98:72:0:0 chr4 186507298 . AAT A 376.46 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.027764;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=2;MLLD=209.642;QD=43.0236;RBI=0.0343648;REFB=-0.0718649;REVB=0.020251;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531231;STBP=0.158;TYPE=del;VARB=0.0077846;OID=.;OPOS=186507299;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942857:32:36:33:35:2:18:15:0:2:5:0:17:15:0:0 chr4 186528433 . T C 368.39 PASS AF=0.40566;AO=42;DP=105;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=-0.00755941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.228;QD=13.9015;RBI=0.00768496;REFB=-0.00971817;REVB=0.00138347;RO=63;SAF=26;SAR=16;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916775;STB=0.545871;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0129376;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:63:63:42:43:0.40566:16:26:44:19:16:27:44:19 chr4 187004074 . C T 440.31 PASS AF=0.413223;AO=50;DP=121;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0151054;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.033;QD=14.5556;RBI=0.0160115;REFB=-0.007101;REVB=0.00530996;RO=71;SAF=27;SAR=23;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394525;STB=0.522195;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0200713;OID=.;OPOS=187004074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:71:71:50:50:0.413223:23:27:41:30:23:27:41:30 chr4 187004217 . C T 262.34 PASS AF=0.415584;AO=25;DP=71;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0654139;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2621;QD=13.628;RBI=0.0659825;REFB=-0.0252077;REVB=0.00864389;RO=45;SAF=9;SAR=16;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264332;STB=0.650272;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0149885;OID=.;OPOS=187004217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:45:45:25:32:0.415584:16:9:27:18:21:11:27:18 chr4 187026558 . C T 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=79.9121;QD=16.4532;RBI=0.0167521;REFB=-0.000324272;REVB=0.0167521;RO=4;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290144;OID=.;OPOS=187026558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:6:0:0:4:6:0:0:4 chr4 187074833 . A G 799.19 PASS AF=0.403587;AO=89;DP=222;FAO=90;FDP=223;FR=.;FRO=133;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=70;FSRR=63;FWDB=-0.000612919;FXX=0.0176204;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.829;QD=14.3353;RBI=0.00952764;REFB=-0.00436978;REVB=-0.00950791;RO=133;SAF=53;SAR=36;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753316;STB=0.538008;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0062483;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:133:133:89:90:0.403587:36:53:70:63:37:53:70:63 chr4 187077206 . A G 702.88 PASS AF=0.377273;AO=83;DP=219;FAO=83;FDP=220;FR=.;FRO=137;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=87;FWDB=-0.0256376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.138;QD=12.7797;RBI=0.0355791;REFB=-0.0259503;REVB=-0.0246696;RO=136;SAF=30;SAR=53;SRF=50;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736522;STB=0.502369;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0421555;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:136:137:83:83:0.377273:53:30:50:86:53:30:50:87 chr4 187078785 . A G 2345.5 PASS AF=0.453532;AO=244;DP=539;FAO=244;FDP=538;FR=.;FRO=294;FSAF=125;FSAR=119;FSRF=144;FSRR=150;FWDB=0.00389289;FXX=0.00370363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.549;QD=17.4387;RBI=0.0186916;REFB=-0.016847;REVB=0.0182817;RO=293;SAF=125;SAR=119;SRF=144;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205988;STB=0.512294;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0194936;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:539:538:293:294:244:244:0.453532:119:125:144:149:119:125:144:150 chr4 187078866 . C T 1174.58 PASS AF=0.427152;AO=129;DP=300;FAO=129;FDP=302;FR=.;FRO=173;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=71;FSRR=102;FWDB=-0.0173584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3958;QD=15.5573;RBI=0.017636;REFB=-0.0115418;REVB=-0.00311687;RO=169;SAF=62;SAR=67;SRF=68;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803509;STB=0.540403;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0247987;OID=.;OPOS=187078866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:302:169:173:129:129:0.427152:67:62:68:101:67:62:71:102 chr4 187079047 . A G 477.78 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0122255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2162;QD=22.2221;RBI=0.0243078;REFB=-0.0109223;REVB=-0.0210096;RO=40;SAF=25;SAR=21;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120633;STB=0.566437;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00911564;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:21:25:16:24:21:25:16:24 chr4 187113041 . C G 394.74 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.00698582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7899;QD=17.351;RBI=0.105086;REFB=-0.0400835;REVB=-0.104854;RO=30;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164879;STB=0.637088;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0357873;OID=.;OPOS=187113041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:30:50:40:41:0.450549:19:21:22:8:20:21:38:12 chr4 187120211 . C A 355.15 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0225585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.316;QD=18.9416;RBI=0.0358324;REFB=-0.01013;REVB=-0.0278401;RO=38;SAF=20;SAR=17;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226231;STB=0.625379;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0101215;OID=.;OPOS=187120211;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:17:20:11:27:17:20:11:27 chr4 187122319 . T G 376.38 PASS AF=0.419048;AO=43;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00133209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.827;QD=14.3383;RBI=0.0131809;REFB=-0.00890057;REVB=-0.0131135;RO=62;SAF=16;SAR=27;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137113;STB=0.586413;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.01074;OID=.;OPOS=187122319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:61:43:44:0.419048:27:16:31:31:28:16:31:30 chr4 187133576 . A C 628.87 PASS AF=0.543103;AO=60;DP=113;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0281823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.826;QD=21.685;RBI=0.0336897;REFB=-0.0276514;REVB=0.0184595;RO=53;SAF=25;SAR=35;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138058;STB=0.501128;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0194594;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:53:53:60:63:0.543103:35:25:22:31:37:26:22:31 chr4 187158034 . G A 281.2 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=105;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.0157016;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4868;QD=10.6111;RBI=0.103139;REFB=-0.000734063;REVB=-0.101937;RO=65;SAF=12;SAR=24;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528588;STB=0.514278;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.000532477;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:65:70:36:36:0.339623:24:12:19:46:24:12:22:48 chr4 187173012 . T G 647.2 PASS AF=0.5;AO=64;DP=131;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.011142;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.554;QD=19.9137;RBI=0.0358951;REFB=-0.00875466;REVB=-0.034122;RO=65;SAF=25;SAR=39;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164267;STB=0.585113;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.01168;OID=.;OPOS=187173012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:65:65:64:65:0.5:39:25:37:28:39:26:37:28 chr4 187179210 . T C 271.72 PASS AF=0.339806;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=53;FWDB=-0.0122091;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9047;QD=10.5522;RBI=0.0122325;REFB=0.00560678;REVB=-0.000756458;RO=67;SAF=8;SAR=27;SRF=14;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323483;STB=0.507529;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.024302;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:67:68:35:35:0.339806:27:8:14:53:27:8:15:53 chr4 187201211 . A G 438.18 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0110806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.982;QD=19.0513;RBI=0.023256;REFB=0.00749732;REVB=0.0204465;RO=47;SAF=28;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160304;STB=0.595098;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00504909;OID=.;OPOS=187201211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:48:44:44:0.478261:16:28:22:25:16:28:22:26 chr4 187205301 . T C 893.86 PASS AF=0.481283;AO=90;DP=189;FAO=90;FDP=187;FR=.;FRO=97;FSAF=28;FSAR=62;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=0.0237316;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2052;QD=19.12;RBI=0.0275563;REFB=-0.00752993;REVB=-0.0140058;RO=97;SAF=28;SAR=62;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954868;STB=0.552823;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00675786;OID=.;OPOS=187205301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:97:97:90:90:0.481283:62:28:39:58:62:28:39:58 chr4 187422331 . C A 786.81 PASS AF=0.471264;AO=82;DP=174;FAO=82;FDP=174;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.025099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8029;QD=18.0875;RBI=0.0297427;REFB=0.00929861;REVB=0.0159584;RO=92;SAF=29;SAR=53;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124708;STB=0.569121;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0101325;OID=.;OPOS=187422331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:92:92:82:82:0.471264:53:29:44:48:53:29:44:48 chr4 187510280 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.221;QD=59.1432;RBI=0.0277683;REFB=0;REVB=0.0143241;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20634e-05;OID=.;OPOS=187510280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr4 187516880 . A G 1915.61 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.481;QD=61.7937;RBI=0.0499128;REFB=0;REVB=0.0411326;RO=0;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81227e-05;OID=.;OPOS=187516880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:66:57:0:0:67:57:0:0 chr4 187517758 . G A 1651.5 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0217081;FXX=0.00877116;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.643;QD=58.4603;RBI=0.0391973;REFB=-0.0853575;REVB=0.0326372;RO=2;SAF=75;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256405;STB=0.513511;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000124368;OID=.;OPOS=187517758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:113:2:2:111:111:0.982301:36:75:0:2:36:75:0:2 chr4 187519206 . C G 3108.48 PASS AF=1;AO=199;DP=201;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488371;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.37;QD=61.2508;RBI=0.0345164;REFB=0;REVB=0.0341691;RO=0;SAF=90;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31456e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243901;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:203:0:0:199:203:1:109:90:0:0:111:92:0:0 chr4 187522528 . C T 2105.52 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.284;QD=61.9271;RBI=0.0376786;REFB=0.0204295;REVB=-0.0332763;RO=0;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503267;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00126512;OID=.;OPOS=187522528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:0:1:135:135:0.992647:76:59:0:0:76:59:0:1 chr4 187525020 . A C 801.2 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0938151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.523;QD=57.2282;RBI=0.0941841;REFB=0;REVB=-0.00832902;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300926;OID=.;OPOS=187525020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr4 187534363 . G A 2285.1 PASS AF=0.854271;AO=169;DP=200;FAO=170;FDP=199;FR=.;FRO=29;FSAF=68;FSAR=102;FSRF=29;FSRR=0;FWDB=0.0554722;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.441;QD=45.9317;RBI=0.0561644;REFB=-0.128213;REVB=0.0087906;RO=17;SAF=67;SAR=102;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106666;STB=0.587868;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00139008;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:17:29:169:170:0.854271:102:67:17:0:102:68:29:0 chr4 187534375 . A G 3459.64 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648748;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.618;QD=62.3358;RBI=0.0164733;REFB=-0.0446678;REVB=0.0151421;RO=1;SAF=110;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02791e-06;OID=.;OPOS=187534375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:223:222:1:0:222:222:1:112:110:1:0:112:110:0:0 chr4 187538330 . G A 1995.69 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.349;QD=61.8818;RBI=0.0197537;REFB=0;REVB=0.0178015;RO=0;SAF=49;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33714e-05;OID=.;OPOS=187538330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:128:129:1:79:49:0:0:80:49:0:0 chr4 187538940 . CTT CT,CTG 3819.74 PASS AF=0.0271318,0.972868;AO=33,201;DP=259;FAO=7,251;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=1,128;FSAR=6,123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043563,-0.0734967;FXX=0.00769201;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.7501,34.6118;QD=59.2207;RBI=0.0478853,0.0741603;REFB=0,0;REVB=-0.0198814,-0.00989907;RO=0;SAF=16,98;SAR=17,103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.60901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0330768,0.00782141;OID=.,.;OPOS=187538941,187538942;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0271318,0.972868:33,201:259:7,251:258:0:1,128:6,123:0:0:4:0:16,98:17,103:0:0 chr4 187539217 . G A 851.68 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.267;QD=57.7413;RBI=0.0493686;REFB=0;REVB=0.0469981;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346488;OID=.;OPOS=187539217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:30:29:0:0 chr4 187540150 . A G 618.84 PASS AF=0.554545;AO=61;DP=110;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0374663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9855;QD=22.5033;RBI=0.0393453;REFB=-2.709e-05;REVB=0.0120138;RO=49;SAF=23;SAR=38;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611813;STB=0.53353;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00028299;OID=.;OPOS=187540150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:49:49:61:61:0.554545:38:23:22:27:38:23:22:27 chr4 187540635 . T G 1149.36 PASS AF=1;AO=68;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.508;QD=60.4926;RBI=0.0427863;REFB=0;REVB=-0.000675105;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275576;OID=.;OPOS=187540635;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:68:76:1:44:24:0:0:46:30:0:0 chr4 187540654 . T A 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.658;QD=62.3139;RBI=0.0222528;REFB=0;REVB=-9.83544e-05;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97051e-05;OID=.;OPOS=187540654;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:52:34:0:0:52:34:0:0 chr4 187540918 . G C 821.12 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151522;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.241;QD=57.6223;RBI=0.02993;REFB=0;REVB=0.0258112;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703754;OID=.;OPOS=187540918;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr4 187541761 . G A 1792.53 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00157906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.666;QD=59.2573;RBI=0.0183286;REFB=-0.0134277;REVB=-0.0182605;RO=2;SAF=69;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135676;STB=0.507142;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-2.40628e-05;OID=.;OPOS=187541761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:119:119:0.983471:50:69:2:0:50:69:2:0 chr4 187542316 . T C 563.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000337095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.475;QD=59.3507;RBI=0.038226;REFB=0;REVB=0.0382245;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013136;OID=.;OPOS=187542316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:10:27:0:0:11:27:0:0 chr4 187542736 . T C 2049.3 PASS AF=0.992481;AO=130;DP=131;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.514;QD=61.6331;RBI=0.0332802;REFB=-0.106169;REVB=0.0285847;RO=1;SAF=72;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812366;STB=0.504132;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000272403;OID=.;OPOS=187542736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:133:1:1:130:132:0.992481:58:72:0:1:60:72:0:1 chr4 187549428 . C T 2271.75 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0599597;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.964;QD=60.1788;RBI=0.0660809;REFB=0.128798;REVB=0.0277761;RO=1;SAF=85;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556335;STB=0.502924;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000177925;OID=.;OPOS=187549428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:150:150:0.993377:65:85:1:0:65:85:1:0 chr4 187557893 . T C 5623.27 PASS AF=1;AO=359;DP=361;FAO=359;FDP=359;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223099;FXX=0.00554001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6162;QD=62.6548;RBI=0.0317841;REFB=-0.171158;REVB=0.0226385;RO=1;SAF=162;SAR=197;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51688e-05;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:361:359:1:0:359:359:1:197:162:1:0:197:162:0:0 chr4 188924979 . C T 557.39 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.956;QD=60.258;RBI=0.0104215;REFB=0;REVB=-0.0093187;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66886e-06;OID=.;OPOS=188924979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:22:15:0:0 chr4 188925176 . T TGAC 1412.54 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=104;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122571;FXX=0.0679546;HRUN=0;LEN=3;MLLD=317.205;QD=58.8557;RBI=0.0166966;REFB=-0.0858133;REVB=-0.0113375;RO=6;SAF=34;SAR=60;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370655;STB=0.504131;STBP=0.519;TYPE=ins;VARB=7.75989e-05;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989583:94:104:95:96:1:35:60:0:1:4:6:34:60:4:2 chr4 189012728 . G C 2527.05 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235643;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.122;QD=61.6353;RBI=0.0048798;REFB=0;REVB=-0.00427314;RO=0;SAF=79;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14401e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.57197e-07;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:85:79:0:0:85:79:0:0 chr4 189012809 . C T 1897.99 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00227799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.482;QD=60.7356;RBI=0.0229698;REFB=-0.0848173;REVB=0.0228565;RO=0;SAF=61;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=2.924e-05;OID=.;OPOS=189012809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:0:1:124:124:0.992:63:61:0:0:63:61:0:1 chr4 189022324 . C T 2402.61 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.462;QD=64.0697;RBI=0.0221913;REFB=0;REVB=0.0220747;RO=0;SAF=67;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30064e-05;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:150:0:0:147:150:1:80:67:0:0:82:68:0:0 chr4 189060983 . G C 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0249494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6036;QD=13.4154;RBI=0.0277611;REFB=-0.00785804;REVB=-0.0121741;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135682;STB=0.577313;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0147215;OID=.;OPOS=189060983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:13:12:13:24:13:12:13:24 chr4 190630715 . G A 83.28 PASS AF=0.0965251;AO=25;DP=259;FAO=25;FDP=259;FR=.;FRO=234;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=133;FSRR=101;FWDB=-0.0651332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1257;QD=1.28616;RBI=0.0699607;REFB=0.000722637;REVB=-0.0255375;RO=232;SAF=7;SAR=18;SRF=132;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340385;STB=0.751373;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00921231;OID=.;OPOS=190630715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:259:259:232:234:25:25:0.0965251:18:7:132:100:18:7:133:101 chr4 190630778 . GC AT 3320.63 PASS AF=0.656542;AO=278;DP=441;FAO=281;FDP=428;FR=.;FRO=147;FSAF=131;FSAR=150;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=-0.0132845;FXX=0.0316735;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.867;QD=31.034;RBI=0.0174247;REFB=-0.0395766;REVB=0.0112758;RO=132;SAF=131;SAR=147;SRF=77;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674136;STB=0.531479;STBP=0.075;TYPE=mnp;VARB=0.0210006;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:428:132:147:278:281:0.656542:147:131:77:55:150:131:82:65 chr4 190630786 . A G 3568.12 PASS AF=0.651064;AO=301;DP=467;FAO=306;FDP=470;FR=.;FRO=164;FSAF=140;FSAR=166;FSRF=83;FSRR=81;FWDB=0.0143773;FXX=0.0021231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.432;QD=30.367;RBI=0.015601;REFB=-0.0219372;REVB=-0.00605671;RO=164;SAF=137;SAR=164;SRF=83;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336519;STB=0.517025;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0154332;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:467:470:164:164:301:306:0.651064:164:137:83:81:166:140:83:81 chr4 190630805 . G C 178.6 PASS AF=0.106996;AO=52;DP=484;FAO=52;FDP=486;FR=.;FRO=434;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=222;FSRR=212;FWDB=-0.0376912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9848;QD=1.46993;RBI=0.0794654;REFB=-0.00274238;REVB=0.069958;RO=432;SAF=22;SAR=30;SRF=220;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106918;STB=0.5789;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0217598;OID=.;OPOS=190630805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:484:486:432:434:52:52:0.106996:30:22:220:212:30:22:222:212 chr4 190815066 . CAG C,CG,CGG,GCG 727.9 PASS AF=0,0.981132,0.0188679,0;AO=8,37,7,2;DP=55;FAO=0,52,1,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30,1,0;FSAR=0,22,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0804261,0.213178,0.239241,-0.0542213;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=37.41,48.2624,41.6639,77.2912;QD=54.9356;RBI=0.0804941,0.214703,0.243967,0.0542812;REFB=0,0,0,0;REVB=0.00330782,-0.0255442,-0.0477864,0.0025504;RO=1;SAF=6,20,2,2;SAR=2,17,5,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0679981,-0.0228411,-0.173072,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0,0.00148057,-0.0700533,0;OID=.,.,.,.;OPOS=190815067,190815067,190815067,190815066;OREF=AG,A,A,CA;OALT=-,-,G,GC;OMAPALT=C,CG,CGG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:6:55:53:1:0:8,37,7,2:0,52,1,0:0,0.981132,0.0188679,0:2,17,5,0:6,20,2,2:1:0:0,22,0,0:0,30,1,0:0:0 chr4 190874206 . T A 505.34 PASS AF=0.28125;AO=70;DP=254;FAO=72;FDP=256;FR=.;FRO=184;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=89;FSRR=95;FWDB=0.00396911;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.787;QD=7.89594;RBI=0.00897766;REFB=0.00508133;REVB=0.00805261;RO=183;SAF=31;SAR=39;SRF=88;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470619;STB=0.538518;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00873019;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:256:183:184:70:72:0.28125:39:31:88:95:41:31:89:95 chr4 190874234 . C T 666.58 PASS AF=0.288401;AO=92;DP=319;FAO=92;FDP=319;FR=.;FRO=227;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=113;FSRR=114;FWDB=-0.00678492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.117;QD=8.35832;RBI=0.0100377;REFB=-0.00836464;REVB=-0.00739729;RO=227;SAF=40;SAR=52;SRF=113;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772493;STB=0.545071;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0205462;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:227:227:92:92:0.288401:52:40:113:114:52:40:113:114 chr4 190874255 . A T 125.63 PASS AF=0.105263;AO=34;DP=340;FAO=36;FDP=342;FR=.;FRO=306;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=145;FSRR=161;FWDB=-0.0116816;FXX=0.00291537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.385;QD=1.4693;RBI=0.016717;REFB=-0.0059099;REVB=-0.0119582;RO=305;SAF=21;SAR=13;SRF=145;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172696;STB=0.597424;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0622607;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:342:305:306:34:36:0.105263:13:21:145:160:15:21:145:161 chr4 190874256 . C T 160.2 PASS AF=0.119534;AO=41;DP=343;FAO=41;FDP=343;FR=.;FRO=302;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=146;FSRR=156;FWDB=-0.00356688;FXX=0.00290689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.417;QD=1.86824;RBI=0.0305621;REFB=-0.00250406;REVB=-0.0303533;RO=300;SAF=20;SAR=21;SRF=145;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563239;STB=0.503841;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0229112;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:343:300:302:41:41:0.119534:21:20:145:155:21:20:146:156 chr4 190874290 . T A 238.8 PASS AF=0.149123;AO=51;DP=342;FAO=51;FDP=342;FR=.;FRO=291;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=135;FSRR=156;FWDB=-0.000588148;FXX=0.00291537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.376;QD=2.79293;RBI=0.0159201;REFB=-0.00289175;REVB=0.0159092;RO=290;SAF=28;SAR=23;SRF=134;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11169;STB=0.572053;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0185718;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:290:291:51:51:0.149123:23:28:134:156:23:28:135:156 chr4 190876192 . A C 167.17 PASS AF=0.138182;AO=38;DP=276;FAO=38;FDP=275;FR=.;FRO=237;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=110;FSRR=127;FWDB=-0.00419249;FXX=0.00362306;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.271;QD=2.43153;RBI=0.0112396;REFB=0.000561775;REVB=0.0104284;RO=237;SAF=20;SAR=18;SRF=110;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792506;STB=0.553407;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00622877;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:237:237:38:38:0.138182:18:20:110:127:18:20:110:127 chr4 190876195 . C T 1007.23 PASS AF=0.403571;AO=113;DP=280;FAO=113;FDP=280;FR=.;FRO=167;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=74;FSRR=93;FWDB=-0.000327048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.551;QD=14.3889;RBI=0.00401985;REFB=0.000696001;REVB=-0.00400652;RO=163;SAF=60;SAR=53;SRF=72;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094066;STB=0.552254;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00110917;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:163:167:113:113:0.403571:53:60:72:91:53:60:74:93 chr4 190876196 . G A 149.32 PASS AF=0.12766;AO=36;DP=284;FAO=36;FDP=282;FR=.;FRO=246;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=122;FSRR=124;FWDB=-0.00490102;FXX=0.0105259;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.359;QD=2.11806;RBI=0.0156304;REFB=-0.000249588;REVB=-0.0148422;RO=243;SAF=13;SAR=23;SRF=120;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169822;STB=0.618952;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00172015;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:282:243:246:36:36:0.12766:23:13:120:123:23:13:122:124 chr4 190876204 . G A 1878.2 PASS AF=0.597902;AO=158;DP=289;FAO=171;FDP=286;FR=.;FRO=115;FSAF=84;FSAR=87;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=0.00279904;FXX=0.0498322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2302;QD=26.2686;RBI=0.0602909;REFB=-0.00889654;REVB=0.0602259;RO=115;SAF=83;SAR=75;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433482;STB=0.508715;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00449614;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:286:115:115:158:171:0.597902:75:83:54:61:87:84:54:61 chr4 190876242 . G A 3199.0 PASS AF=0.685714;AO=263;DP=386;FAO=264;FDP=385;FR=.;FRO=121;FSAF=133;FSAR=131;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=-0.00601215;FXX=0.00259061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4192;QD=33.2364;RBI=0.0505419;REFB=-0.0124966;REVB=-0.050183;RO=120;SAF=133;SAR=130;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00334255;STB=0.502489;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00616765;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:385:120:121:263:264:0.685714:130:133:60:60:131:133:60:61 chr4 190876256 . C T 51.55 PASS AF=0.0652742;AO=25;DP=383;FAO=25;FDP=383;FR=.;FRO=358;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=185;FSRR=173;FWDB=-0.074906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.498;QD=0.538394;RBI=0.0749072;REFB=-0.000293272;REVB=-0.000432704;RO=358;SAF=12;SAR=13;SRF=185;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397272;STB=0.534293;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00537756;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:383:383:358:358:25:25:0.0652742:13:12:185:173:13:12:185:173 chr4 190876269 . T C 74.52 PASS AF=0.0767263;AO=30;DP=390;FAO=30;FDP=391;FR=.;FRO=361;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=186;FSRR=175;FWDB=0.0099326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.778;QD=0.762383;RBI=0.0239071;REFB=-0.000764653;REVB=0.0217461;RO=360;SAF=14;SAR=16;SRF=185;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538332;STB=0.544744;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0107442;OID=.;OPOS=190876269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:390:391:360:361:30:30:0.0767263:16:14:185:175:16:14:186:175 chr4 190876278 . G A 38.8 PASS AF=0.0575916;AO=22;DP=383;FAO=22;FDP=382;FR=.;FRO=360;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=184;FSRR=176;FWDB=-0.0265928;FXX=0.0026109;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.124;QD=0.406296;RBI=0.0275401;REFB=-0.000796822;REVB=-0.00716083;RO=360;SAF=11;SAR=11;SRF=185;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143356;STB=0.510462;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0136088;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:383:382:360:360:22:22:0.0575916:11:11:185:175:11:11:184:176 chr4 190876293 . C A 34.37 PASS AF=0.0557103;AO=20;DP=359;FAO=20;FDP=359;FR=.;FRO=339;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=169;FSRR=170;FWDB=-0.0445575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.223;QD=0.382919;RBI=0.0499531;REFB=-0.000479133;REVB=-0.0225819;RO=338;SAF=10;SAR=10;SRF=169;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501391;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00722176;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:359:359:338:339:20:20:0.0557103:10:10:169:169:10:10:169:170 chr4 190878563 . C A 217.36 PASS AF=0.183486;AO=39;DP=220;FAO=40;FDP=218;FR=.;FRO=178;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=69;FSRR=109;FWDB=-0.0247182;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3936;QD=3.9882;RBI=0.0253199;REFB=0.000218555;REVB=-0.00548731;RO=174;SAF=10;SAR=29;SRF=68;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196117;STB=0.630249;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00205907;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:218:174:178:39:40:0.183486:29:10:68:106:30:10:69:109 chr4 190878597 . C T 638.0 PASS AF=0.331933;AO=79;DP=239;FAO=79;FDP=238;FR=.;FRO=159;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=59;FSRR=100;FWDB=-0.0301037;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.041;QD=10.7227;RBI=0.0398675;REFB=-0.0189097;REVB=-0.0261378;RO=158;SAF=27;SAR=52;SRF=59;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402264;STB=0.52145;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0350811;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:158:159:79:79:0.331933:52:27:59:99:52:27:59:100 chr4 190878654 . C G 306.46 PASS AF=0.217391;AO=50;DP=229;FAO=50;FDP=230;FR=.;FRO=180;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=124;FWDB=-0.0701268;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6201;QD=5.32966;RBI=0.0868866;REFB=-0.00683671;REVB=-0.0512983;RO=178;SAF=16;SAR=34;SRF=56;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00793928;STB=0.508035;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0257058;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:178:180:50:50:0.217391:34:16:56:122:34:16:56:124 chr4 190881933 . A G 112.09 PASS AF=0.258065;AO=12;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.012391;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.0718;QD=7.23153;RBI=0.0761415;REFB=-0.00740458;REVB=-0.0751265;RO=26;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331516;STB=0.566425;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00377382;OID=.;OPOS=190881933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:46:12:16:0.258065:8:4:8:18:11:5:11:35 chr4 190881969 . G A 110.56 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0447239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.505;QD=4.96895;RBI=0.0465054;REFB=-0.00143378;REVB=-0.0127487;RO=71;SAF=5;SAR=13;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127084;STB=0.581435;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0102763;OID=.;OPOS=190881969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:71:71:18:18:0.202247:13:5:26:45:13:5:26:45 chr4 190881992 . T C 105.6 PASS AF=0.183673;AO=18;DP=98;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=-0.00972111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.918;QD=4.31018;RBI=0.014977;REFB=-0.00904224;REVB=0.0113935;RO=80;SAF=5;SAR=13;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122508;STB=0.579959;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0333949;OID=.;OPOS=190881992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:80:80:18:18:0.183673:13:5:29:51:13:5:29:51 chr4 190881997 . A G 114.94 PASS AF=0.188119;AO=19;DP=101;FAO=19;FDP=101;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=-0.00115462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.139;QD=4.5521;RBI=0.00730215;REFB=-0.0136556;REVB=-0.00721028;RO=80;SAF=5;SAR=14;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128691;STB=0.597452;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0538025;OID=.;OPOS=190881997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:80:82:19:19:0.188119:14:5:28:52:14:5:30:52 chr4 190904382 . A G 437.69 PASS AF=0.4375;AO=48;DP=113;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00265153;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.729;QD=15.6317;RBI=0.0222569;REFB=-0.00595995;REVB=-0.0220984;RO=64;SAF=34;SAR=14;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114797;STB=0.547687;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00698111;OID=.;OPOS=190904382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:64:63:48:49:0.4375:14:34:39:25:15:34:39:24 chr4 190906025 . G A 1160.05 PASS AF=0.304519;AO=154;DP=505;FAO=155;FDP=509;FR=.;FRO=354;FSAF=100;FSAR=55;FSRF=196;FSRR=158;FWDB=-0.0210959;FXX=0.00196075;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.107;QD=9.11628;RBI=0.0214877;REFB=-0.0201556;REVB=0.00408507;RO=351;SAF=99;SAR=55;SRF=193;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116896;STB=0.566782;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0424248;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:505:509:351:354:154:155:0.304519:55:99:193:158:55:100:196:158 chr4 190936390 . G T 45.3 PASS AF=0.0586907;AO=26;DP=443;FAO=26;FDP=443;FR=.;FRO=417;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=223;FSRR=194;FWDB=0.0222161;FXX=0.0022522;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.681;QD=0.408999;RBI=0.0222916;REFB=0.00111788;REVB=0.00183396;RO=412;SAF=17;SAR=9;SRF=221;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125197;STB=0.614952;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0220494;OID=.;OPOS=190936390;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:443:443:412:417:26:26:0.0586907:9:17:221:191:9:17:223:194 chr5 163205 . G C 231.46 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00432447;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.094;QD=16.5328;RBI=0.0155527;REFB=-0.0207849;REVB=0.0149394;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243506;STB=0.625924;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0226576;OID=.;OPOS=163205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:30:26:26:0.464286:14:12:21:8:14:12:21:9 chr5 163259 . GA G,GC,GG 760.07 PASS AF=0,0.938776,0.0612245;AO=5,41,3;DP=49;FAO=0,46,3;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,3;FSAR=0,21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396078,0.048997,0.0359528;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=105.311,119.712,86.391;QD=62.0466;RBI=0.0396086,0.0491734,0.0359573;REFB=0,0,0;REVB=0.000243455,-0.00416137,0.000570754;RO=0;SAF=4,21,3;SAR=1,20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.02085e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0356006,0.00211394,0.171021;OID=.,.,.;OPOS=163260,163260,163260;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.938776,0.0612245:5,41,3:49:0,46,3:49:0:0,25,3:0,21,0:0:0:7:0:4,21,3:1,20,0:0:0 chr5 163266 . C G 271.7 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0139864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.222;QD=20.8997;RBI=0.0289382;REFB=-0.0261768;REVB=0.0253338;RO=24;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290163;STB=0.660747;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0208098;OID=.;OPOS=163266;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:17:11:18:6:17:11:18:6 chr5 191928 . G A 1101.84 PASS AF=0.553763;AO=103;DP=186;FAO=103;FDP=186;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=74;FSRF=16;FSRR=67;FWDB=-0.0214443;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.423;QD=23.6955;RBI=0.0552152;REFB=-0.032442;REVB=0.0508809;RO=83;SAF=29;SAR=74;SRF=16;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942663;STB=0.551143;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0283137;OID=.;OPOS=191928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:83:83:103:103:0.553763:74:29:16:67:74:29:16:67 chr5 422955 . C G 179.35 PASS AF=0.347826;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0202397;FXX=0.0416609;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.9906;QD=10.3969;RBI=0.0628513;REFB=-0.0190797;REVB=-0.0595032;RO=38;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14163;STB=0.604308;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0634963;OID=.;OPOS=422955;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:38:45:23:24:0.347826:8:15:20:18:9:15:21:24 chr5 453567 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00930881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.75;QD=21.9709;RBI=0.0218427;REFB=-0.0196369;REVB=-0.0197598;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145815;STB=0.581318;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0108147;OID=.;OPOS=453567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:8:12:13:4:8:12:13:4 chr5 462465 . C A 1625.09 PASS AF=0.554348;AO=153;DP=276;FAO=153;FDP=276;FR=.;FRO=123;FSAF=71;FSAR=82;FSRF=47;FSRR=76;FWDB=-0.0154521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.234;QD=23.552;RBI=0.0178725;REFB=-0.0231024;REVB=0.00898102;RO=122;SAF=71;SAR=82;SRF=47;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650373;STB=0.536896;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0149457;OID=.;OPOS=462465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:122:123:153:153:0.554348:82:71:47:75:82:71:47:76 chr5 472951 . T C 2178.44 PASS AF=0.388545;AO=251;DP=653;FAO=251;FDP=646;FR=.;FRO=395;FSAF=165;FSAR=86;FSRF=272;FSRR=123;FWDB=0.0017676;FXX=0.0107196;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.225;QD=13.4888;RBI=0.0859906;REFB=0.00313897;REVB=-0.0859724;RO=392;SAF=165;SAR=86;SRF=272;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449075;STB=0.521485;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00582037;OID=.;OPOS=472951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:653:646:392:395:251:251:0.388545:86:165:272:120:86:165:272:123 chr5 475104 . A G 843.66 PASS AF=0.475138;AO=86;DP=181;FAO=86;FDP=181;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.00556098;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.027;QD=18.6444;RBI=0.0166276;REFB=-0.0172753;REVB=-0.0156701;RO=95;SAF=31;SAR=55;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112358;STB=0.562191;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0171259;OID=.;OPOS=475104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:95:95:86:86:0.475138:55:31:45:50:55:31:45:50 chr5 482186 . C G 967.25 PASS AF=0.420233;AO=108;DP=257;FAO=108;FDP=257;FR=.;FRO=149;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=61;FSRR=88;FWDB=0.0376434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7021;QD=15.0544;RBI=0.0479786;REFB=-0.00510143;REVB=0.0297477;RO=149;SAF=41;SAR=67;SRF=61;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325247;STB=0.518156;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00712187;OID=.;OPOS=482186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:149:149:108:108:0.420233:67:41:61:88:67:41:61:88 chr5 601966 . T A 4463.23 PASS AF=1;AO=281;DP=283;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471036;FXX=0.0140346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5471;QD=63.5335;RBI=0.0472461;REFB=0;REVB=0.0036679;RO=0;SAF=128;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322713;OID=.;OPOS=601966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:283:281:0:0:281:281:1:153:128:0:0:153:128:0:0 chr5 678062 . A G 1456.84 PASS AF=0.406566;AO=161;DP=398;FAO=161;FDP=396;FR=.;FRO=235;FSAF=81;FSAR=80;FSRF=126;FSRR=109;FWDB=-0.0234923;FXX=0.005025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.03;QD=14.7156;RBI=0.0244714;REFB=-0.0127871;REVB=-0.00685309;RO=236;SAF=81;SAR=80;SRF=126;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327837;STB=0.519625;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0191391;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:396:236:235:161:161:0.406566:80:81:126:110:80:81:126:109 chr5 716953 . C T 956.82 PASS AF=0.317073;AO=108;DP=391;FAO=130;FDP=410;FR=.;FRO=280;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=137;FSRR=143;FWDB=-0.00269295;FXX=0.00243303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4524;QD=9.33486;RBI=0.00739079;REFB=-0.0144069;REVB=-0.00688271;RO=279;SAF=48;SAR=60;SRF=137;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576541;STB=0.512567;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0326567;OID=.;OPOS=716953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:410:279:280:108:130:0.317073:60:48:137:142:64:66:137:143 chr5 741736 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.984;QD=55.6556;RBI=0.0149635;REFB=0;REVB=-0.00770896;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52627e-05;OID=.;OPOS=741736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr5 745306 . A C 78.95 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0151037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.797;QD=4.04861;RBI=0.0279921;REFB=-0.0049138;REVB=-0.0235677;RO=64;SAF=9;SAR=5;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290417;STB=0.688353;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0346145;OID=.;OPOS=745306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:64:64:14:14:0.179487:5:9:26:38:5:9:26:38 chr5 748594 . T C 565.42 PASS AF=0.409396;AO=60;DP=148;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.026741;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.611;QD=15.1791;RBI=0.0276989;REFB=-0.00874365;REVB=0.00722137;RO=88;SAF=15;SAR=45;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257615;STB=0.648651;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.012265;OID=.;OPOS=748594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:88:88:60:61:0.409396:45:15:41:47:46:15:41:47 chr5 748621 . C G 523.32 PASS AF=0.391892;AO=58;DP=148;FAO=58;FDP=148;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=0.0279623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6573;QD=14.1437;RBI=0.0393632;REFB=-0.0321644;REVB=-0.0277051;RO=90;SAF=15;SAR=43;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165068;STB=0.593888;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0391895;OID=.;OPOS=748621;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:90:90:58:58:0.391892:43:15:35:55:43:15:35:55 chr5 766910 . C T 3735.32 PASS AF=0.680435;AO=313;DP=462;FAO=313;FDP=460;FR=.;FRO=147;FSAF=129;FSAR=184;FSRF=76;FSRR=71;FWDB=0.00630397;FXX=0.00432891;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.295;QD=32.4811;RBI=0.00677437;REFB=-0.005185;REVB=0.00248032;RO=147;SAF=129;SAR=184;SRF=76;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638613;STB=0.534162;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0020089;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:462:460:147:147:313:313:0.680435:184:129:76:71:184:129:76:71 chr5 766939 . G A 1080.17 PASS AF=0.30819;AO=143;DP=464;FAO=143;FDP=464;FR=.;FRO=321;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=135;FSRR=186;FWDB=-0.0130385;FXX=0.00215049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.39;QD=9.31185;RBI=0.0199879;REFB=-0.0017898;REVB=0.0151497;RO=314;SAF=72;SAR=71;SRF=132;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993136;STB=0.557325;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00551396;OID=.;OPOS=766939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:464:314:321:143:143:0.30819:71:72:132:182:71:72:135:186 chr5 767033 . A C 1556.79 PASS AF=0.581673;AO=136;DP=244;FAO=146;FDP=251;FR=.;FRO=105;FSAF=65;FSAR=81;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.0135467;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.844;QD=24.8093;RBI=0.0168826;REFB=-0.0277298;REVB=0.0100751;RO=105;SAF=61;SAR=75;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376913;STB=0.521084;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0219882;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:251:105:105:136:146:0.581673:75:61:52:53:81:65:52:53 chr5 796221 . G A 40.38 PASS AF=0.212121;AO=6;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0249231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.691;QD=4.89467;RBI=0.0307595;REFB=-0.00817096;REVB=0.0180274;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132955;STB=0.657011;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0371006;OID=.;OPOS=796221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:33:33:25:26:6:7:0.212121:5:1:6:19:6:1:7:19 chr5 796272 . T A 32.26 PASS AF=0.235294;AO=6;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.219901;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.1822;QD=3.79505;RBI=0.228732;REFB=-0.0721347;REVB=-0.0629424;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927251;STB=0.644313;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.235523;OID=.;OPOS=796272;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:35:34:16:26:6:8:0.235294:5:1:2:14:7:1:6:20 chr5 796277 . T C 81.98 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0386836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.358;QD=8.62936;RBI=0.048425;REFB=-0.0213037;REVB=-0.02913;RO=25;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262624;STB=0.692632;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0326831;OID=.;OPOS=796277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:38:25:27:11:11:0.289474:10:1:5:20:10:1:6:21 chr5 796297 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0627927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.946;QD=11.3693;RBI=0.0628882;REFB=-0.0301243;REVB=0.00346511;RO=19;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344259;STB=0.713795;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0490589;OID=.;OPOS=796297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:10:1:5:14:10:1:5:14 chr5 796328 . T C 90.1 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.079756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5588;QD=16.382;RBI=0.0815816;REFB=-0.0144673;REVB=0.0171621;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272723;STB=0.680363;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00728669;OID=.;OPOS=796328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:23:22:11:10:9:9:0.409091:8:1:3:8:8:1:3:7 chr5 796333 . G A 46.77 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0571811;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.852;QD=8.90864;RBI=0.0596715;REFB=-0.00121929;REVB=-0.0170589;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134335;STB=0.585095;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00290619;OID=.;OPOS=796333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:3:11:6:1:3:11 chr5 825280 . C T 254.57 PASS AF=0.165017;AO=50;DP=304;FAO=50;FDP=303;FR=.;FRO=253;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=109;FSRR=144;FWDB=0.0238881;FXX=0.00328937;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.806;QD=3.36061;RBI=0.0409378;REFB=-0.00129101;REVB=-0.0332455;RO=248;SAF=21;SAR=29;SRF=109;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257341;STB=0.509249;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00780662;OID=.;OPOS=825280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:303:248:253:50:50:0.165017:29:21:109:139:29:21:109:144 chr5 825286 . G T 316.34 PASS AF=0.188312;AO=56;DP=306;FAO=58;FDP=308;FR=.;FRO=250;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=109;FSRR=141;FWDB=0.000287976;FXX=0.00323614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.899;QD=4.10833;RBI=0.0120827;REFB=-0.00981278;REVB=-0.0120793;RO=249;SAF=19;SAR=37;SRF=108;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128389;STB=0.562683;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0112905;OID=.;OPOS=825286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:308:249:250:56:58:0.188312:37:19:108:141:37:21:109:141 chr5 825297 . A G 394.48 PASS AF=0.208723;AO=66;DP=321;FAO=67;FDP=321;FR=.;FRO=254;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=108;FSRR=146;FWDB=-0.0121411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.497;QD=4.91568;RBI=0.0121507;REFB=-0.00172939;REVB=0.000484776;RO=254;SAF=22;SAR=44;SRF=108;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125486;STB=0.568757;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00942377;OID=.;OPOS=825297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:254:254:66:67:0.208723:44:22:108:146:44:23:108:146 chr5 837556 . T G 184.24 PASS AF=0.130058;AO=43;DP=343;FAO=45;FDP=346;FR=.;FRO=301;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=132;FSRR=169;FWDB=0.0379515;FXX=0.00574696;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9433;QD=2.1299;RBI=0.0388933;REFB=-0.00841577;REVB=-0.00850729;RO=298;SAF=16;SAR=27;SRF=131;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882378;STB=0.575301;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0576857;OID=.;OPOS=837556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:346:298:301:43:45:0.130058:27:16:131:167:29:16:132:169 chr5 840342 . A G 795.82 PASS AF=0.327974;AO=102;DP=313;FAO=102;FDP=311;FR=.;FRO=209;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=120;FSRR=89;FWDB=-0.0146438;FXX=0.00638957;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.184;QD=10.2357;RBI=0.0151287;REFB=-0.0191227;REVB=-0.00379929;RO=208;SAF=47;SAR=55;SRF=120;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135358;STB=0.575739;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0437838;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:311:208:209:102:102:0.327974:55:47:120:88:55:47:120:89 chr5 840506 . C T 72.98 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.0309625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.415;QD=3.999;RBI=0.0309936;REFB=-0.00201688;REVB=0.00138859;RO=60;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188773;STB=0.621857;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0116615;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:60:60:13:13:0.178082:7:6:19:41:7:6:19:41 chr5 843723 . C A 1589.93 PASS AF=0.280101;AO=220;DP=791;FAO=221;FDP=789;FR=.;FRO=568;FSAF=100;FSAR=121;FSRF=234;FSRR=334;FWDB=0.00571123;FXX=0.00252841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.394;QD=8.06049;RBI=0.0127583;REFB=-0.0224361;REVB=-0.0114086;RO=561;SAF=100;SAR=120;SRF=234;SRR=327;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468238;STB=0.529597;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0544499;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:791:789:561:568:220:221:0.280101:120:100:234:327:121:100:234:334 chr5 878525 . T A 176.25 PASS AF=0.115764;AO=47;DP=408;FAO=47;FDP=406;FR=.;FRO=359;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=179;FSRR=180;FWDB=-0.0296343;FXX=0.00490184;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.278;QD=1.73647;RBI=0.0303672;REFB=-0.00233756;REVB=-0.00663147;RO=361;SAF=13;SAR=34;SRF=181;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286344;STB=0.701094;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0163871;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:406:361:359:47:47:0.115764:34:13:181:180:34:13:179:180 chr5 1009145 . C G 1413.85 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.397;QD=59.5306;RBI=0.0345988;REFB=-0.0881895;REVB=0.0345988;RO=2;SAF=0;SAR=92;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401809;OID=.;OPOS=1009145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:2:3:92:92:0.968421:92:0:0:2:92:0:0:3 chr5 1009167 . G C,T 594.86 PASS AF=0.2,0.733333;AO=9,33;DP=45;FAO=9,33;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0;FSAR=9,33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.6171,75.2248;QD=52.8767;RBI=0.0219652,0.0162895;REFB=0.134819,0.0516003;REVB=0.0219652,0.0162895;RO=3;SAF=0,0;SAR=9,33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00415908,-0.000703801;OID=.,.;OPOS=1009167,1009167;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:61:45:45:3:3:9,33:9,33:0.2,0.733333:9,33:0,0:0:3:9,33:0,0:0:3 chr5 1009169 . G C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4041;QD=21.9445;RBI=0.0226466;REFB=0.0210584;REVB=0.0226466;RO=12;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0103194;OID=.;OPOS=1009169;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:16:0:0:12:16:0:0:12 chr5 1036900 . C T 519.09 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00397334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.318;QD=20.3565;RBI=0.00400027;REFB=-0.0131474;REVB=0.000463396;RO=48;SAF=22;SAR=31;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00139608;STB=0.506649;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0135379;OID=.;OPOS=1036900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:49:53:53:0.519608:31:22:20:28:31:22:21:28 chr5 1036962 . C A 279.14 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0132373;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7596;QD=18.3039;RBI=0.0132375;REFB=-0.0348201;REVB=6.18053e-05;RO=25;SAF=10;SAR=20;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123469;STB=0.544275;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0321943;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:31:30:30:0.491803:20:10:8:17:20:10:8:23 chr5 1038526 . A G 203.57 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.786;QD=47.8985;RBI=0.0283783;REFB=0;REVB=0.0191047;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390601;OID=.;OPOS=1038526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:13:3:0:0:14:3:0:0 chr5 1052360 . C T 975.76 PASS AF=0.492611;AO=100;DP=207;FAO=100;FDP=203;FR=.;FRO=103;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=0.0240384;FXX=0.0240373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1427;QD=19.2268;RBI=0.0240524;REFB=-0.0127405;REVB=-0.000819412;RO=94;SAF=51;SAR=49;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276402;STB=0.512459;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0118887;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:203:94:103:100:100:0.492611:49:51:45:49:49:51:50:53 chr5 1057615 . A G 593.56 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0251478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.694;QD=17.4577;RBI=0.0251498;REFB=-0.0123793;REVB=0.000321175;RO=74;SAF=32;SAR=30;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106726;STB=0.505936;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0146978;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:74:62:62:0.455882:30:32:39:35:30:32:39:35 chr5 1063998 . G A 2729.38 PASS AF=0.491071;AO=275;DP=561;FAO=275;FDP=560;FR=.;FRO=285;FSAF=175;FSAR=100;FSRF=117;FSRR=168;FWDB=0.012634;FXX=0.0017825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.522;QD=19.4956;RBI=0.0149539;REFB=-0.0068005;REVB=0.00800015;RO=284;SAF=175;SAR=100;SRF=116;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213635;STB=0.616286;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00799455;OID=.;OPOS=1063998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:561:560:284:285:275:275:0.491071:100:175:116:168:100:175:117:168 chr5 1065399 . C T 462.72 PASS AF=0.416;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.00108519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.773;QD=14.8071;RBI=0.0145515;REFB=-0.00716966;REVB=0.0145109;RO=73;SAF=30;SAR=22;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171411;STB=0.596294;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0101882;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:73:73:52:52:0.416:22:30:30:43:22:30:30:43 chr5 1081767 . C T 3253.05 PASS AF=1;AO=209;DP=211;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030213;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.22;QD=61.9629;RBI=0.0356329;REFB=0;REVB=0.0188913;RO=0;SAF=74;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282876;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:210:0:0:209:210:1:135:74:0:0:135:75:0:0 chr5 1216775 . A G 794.89 PASS AF=0.385593;AO=91;DP=236;FAO=91;FDP=236;FR=.;FRO=145;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=80;FSRR=65;FWDB=-0.0378156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9432;QD=13.4728;RBI=0.0419074;REFB=-0.0185602;REVB=-0.0180612;RO=145;SAF=44;SAR=47;SRF=80;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742877;STB=0.541828;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0354317;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:145:145:91:91:0.385593:47:44:80:65:47:44:80:65 chr5 1279439 . G A 1016.66 PASS AF=0.4;AO=114;DP=286;FAO=114;FDP=285;FR=.;FRO=171;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=92;FSRR=79;FWDB=0.00723997;FXX=0.00349638;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.003;QD=14.2688;RBI=0.0137415;REFB=-0.0210825;REVB=0.0116795;RO=170;SAF=64;SAR=50;SRF=92;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218717;STB=0.514198;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0334957;OID=.;OPOS=1279439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:285:170:171:114:114:0.4:50:64:92:78:50:64:92:79 chr5 1364242 . C G 432.17 PASS AF=0.542169;AO=37;DP=76;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0387135;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5542;QD=20.8277;RBI=0.0444089;REFB=-0.0496893;REVB=-0.0217581;RO=38;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654366;STB=0.568944;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0510715;OID=.;OPOS=1364242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:83:38:38:37:45:0.542169:23:14:17:21:31:14:17:21 chr5 1364617 . G C 675.02 PASS AF=0.536585;AO=66;DP=120;FAO=66;FDP=123;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.066897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7662;QD=21.9518;RBI=0.0686818;REFB=-0.0265583;REVB=0.0155558;RO=54;SAF=31;SAR=35;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097151;STB=0.501854;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0113229;OID=.;OPOS=1364617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:54:57:66:66:0.536585:35:31:26:28:35:31:27:30 chr5 1394815 . A G 468.54 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.000560772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.137;QD=18.0208;RBI=0.0045708;REFB=-0.00706075;REVB=0.00453627;RO=54;SAF=23;SAR=27;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106367;STB=0.559026;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00802191;OID=.;OPOS=1394815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:27:23:31:23:27:23:31:23 chr5 1411412 . T C 637.28 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0468421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6182;QD=18.6067;RBI=0.0494073;REFB=-0.00817977;REVB=0.0157129;RO=72;SAF=35;SAR=30;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102086;STB=0.556534;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0105849;OID=.;OPOS=1411412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:72:72:65:65:0.474453:30:35:31:41:30:35:31:41 chr5 1443088 . G A 635.04 PASS AF=0.4375;AO=67;DP=157;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.00493992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.167;QD=15.8759;RBI=0.00959682;REFB=0.00212947;REVB=-0.00822777;RO=89;SAF=33;SAR=34;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00188301;STB=0.50984;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00301849;OID=.;OPOS=1443088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:89:90:67:70:0.4375:34:33:44:45:37:33:44:46 chr5 1443253 . C T 388.04 PASS AF=0.47619;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0064699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.356;QD=18.4782;RBI=0.0101077;REFB=-0.0117341;REVB=0.00776568;RO=43;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866531;STB=0.559494;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0124877;OID=.;OPOS=1443253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:39:40:0.47619:19:20:26:17:20:20:27:17 chr5 1463203 . A T 260.95 PASS AF=0.652174;AO=22;DP=38;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.17407;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=17.4657;QD=22.691;RBI=0.254465;REFB=-0.108793;REVB=0.185613;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385497;STB=0.650047;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0946485;OID=.;OPOS=1463203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:38:46:16:16:22:30:0.652174:13:9:15:1:17:13:14:2 chr5 1466919 . G A 1168.45 PASS AF=0.518018;AO=115;DP=223;FAO=115;FDP=222;FR=.;FRO=107;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=0.018521;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.796;QD=21.0531;RBI=0.0262083;REFB=0.000332496;REVB=0.0185431;RO=106;SAF=60;SAR=55;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355972;STB=0.517238;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.000294317;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:106:107:115:115:0.518018:55:60:51:55:55:60:52:55 chr5 1467004 . A G 614.0 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0406628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.107;QD=20.2974;RBI=0.0456166;REFB=-0.0225755;REVB=-0.0206739;RO=59;SAF=22;SAR=40;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111379;STB=0.561462;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0237565;OID=.;OPOS=1467004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:59:62:62:0.512397:40:22:28:31:40:22:28:31 chr5 1708983 . G A 2222.57 PASS AF=0.993103;AO=132;DP=134;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0476598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.666;QD=61.3122;RBI=0.047662;REFB=-0.0313694;REVB=0.000459139;RO=1;SAF=53;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597897;STB=0.502958;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000266998;OID=.;OPOS=1708983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:134:145:1:1:132:144:0.993103:79:53:0:1:84:60:0:1 chr5 1814783 . T C 782.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.303;QD=63.8524;RBI=0.0389105;REFB=0;REVB=0.0377908;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012923;OID=.;OPOS=1814783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr5 1877638 . CAA C 650.96 PASS AF=0.542683;AO=88;DP=165;FAO=89;FDP=164;FR=.;FRO=75;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0179123;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=2;MLLD=175.68;QD=15.8771;RBI=0.0179124;REFB=-0.00451156;REVB=-3.80882e-05;RO=73;SAF=48;SAR=40;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020852;STB=0.501799;STBP=0.958;TYPE=del;VARB=0.00543882;OID=.;OPOS=1877639;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542683:88:165:89:164:75:49:40:41:34:99:73:48:40:40:33 chr5 1878212 . G A 971.82 PASS AF=0.490196;AO=100;DP=206;FAO=100;FDP=204;FR=.;FRO=104;FSAF=68;FSAR=32;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=-0.00336613;FXX=0.0144921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0586;QD=19.0552;RBI=0.04061;REFB=-0.0186026;REVB=0.0404702;RO=101;SAF=68;SAR=32;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11554;STB=0.562998;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0334443;OID=.;OPOS=1878212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:204:101:104:100:100:0.490196:32:68:57:44:32:68:59:45 chr5 2184901 . C T 1191.06 PASS AF=0.461255;AO=125;DP=271;FAO=125;FDP=271;FR=.;FRO=146;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=76;FSRR=70;FWDB=6.9813e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.859;QD=17.5802;RBI=0.0209944;REFB=-0.0210522;REVB=-0.0209942;RO=145;SAF=56;SAR=69;SRF=75;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675127;STB=0.539184;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0224615;OID=.;OPOS=2184901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:145:146:125:125:0.461255:69:56:75:70:69:56:76:70 chr5 2755485 . C T 33.49 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0817145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3678;QD=19.1351;RBI=0.0895922;REFB=0.00767676;REVB=-0.0367357;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0483079;OID=.;OPOS=2755485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr5 3600334 . T C 2663.78 PASS AF=0.551422;AO=251;DP=457;FAO=252;FDP=457;FR=.;FRO=205;FSAF=116;FSAR=136;FSRF=84;FSRR=121;FWDB=-0.0140346;FXX=0.0043572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8878;QD=23.3154;RBI=0.0465007;REFB=-0.0199994;REVB=-0.0443322;RO=203;SAF=116;SAR=135;SRF=83;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443322;STB=0.522906;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0134615;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:457:457:203:205:251:252:0.551422:135:116:83:120:136:116:84:121 chr5 3610658 . T C 2374.95 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233258;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6959;QD=64.1877;RBI=0.0408156;REFB=0;REVB=0.0334936;RO=0;SAF=70;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183446;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:78:70:0:0:78:70:0:0 chr5 5140632 . T C 773.15 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00886801;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.379;QD=55.2251;RBI=0.0104805;REFB=-0.134493;REVB=0.00558555;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020053;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00057134;OID=.;OPOS=5140632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:23:32:0:1:23:32:0:1 chr5 5146377 . T C 903.2 PASS AF=0.54321;AO=87;DP=162;FAO=88;FDP=162;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00167357;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.87;QD=22.3012;RBI=0.00452186;REFB=-0.0115181;REVB=0.00420076;RO=73;SAF=40;SAR=47;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508377;STB=0.527935;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0130808;OID=.;OPOS=5146377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:73:74:87:88:0.54321:47:40:38:35:47:41:39:35 chr5 5146395 . A G 685.88 PASS AF=0.431034;AO=75;DP=173;FAO=75;FDP=174;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=-0.0031971;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.261;QD=15.7673;RBI=0.0294293;REFB=-0.0113026;REVB=-0.0292551;RO=96;SAF=43;SAR=32;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147;STB=0.578926;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0161276;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:96:99:75:75:0.431034:32:43:41:55:32:43:43:56 chr5 5182385 . CAA CA,CAAC,C,CAC,CAG 489.38 PASS AF=0,0,0,0.0294118,0.970588;AO=4,9,7,7,3;DP=34;FAO=0,0,0,1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,0,0;FSAR=0,0,0,1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0,0,0;FXX=0;HRUN=4,0,4,4,4;LEN=1,1,2,1,1;MLLD=10.48,55.2843,23.938,47.1191,44.1637;QD=57.5741;RBI=0.360342,0.0224072,0.148461,0.00601723,0.290822;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.360342,-0.0224072,0.148461,0.00601723,0.290822;RO=0;SAF=0,0,0,0,0;SAR=4,9,7,7,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,ins,del,snp,snp;VARB=0.0111847,0,0,-0.0254196,0.0202897;OID=.,.,.,.,.;OPOS=5182386,5182388,5182386,5182387,5182387;OREF=A,-,AA,A,A;OALT=-,C,-,C,G;OMAPALT=CA,CAAC,C,CAC,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 4/5:0,0,0,0.0294118,0.970588:4,9,7,7,3:34:0,0,0,1,33:34:0:0,0,0,0,0:0,0,0,1,33:0:0:5:0:0,0,0,0,0:4,9,7,7,3:0:0 chr5 5200281 . C T 696.97 PASS AF=0.534351;AO=65;DP=129;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0124598;FXX=0.0437924;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.748;QD=21.2815;RBI=0.0125054;REFB=-0.0190334;REVB=0.00106687;RO=57;SAF=34;SAR=31;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116371;STB=0.575874;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00977781;OID=.;OPOS=5200281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:57:61:65:70:0.534351:31:34:22:35:31:39:24:37 chr5 5460569 . C T 1066.6 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00837142;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8481;QD=60.09;RBI=0.0174602;REFB=0;REVB=-0.0153224;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88223e-05;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr5 5460619 . G C 1271.99 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199425;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.252;QD=60.5712;RBI=0.0212647;REFB=-0.0748418;REVB=-0.00738142;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000504107;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:0:1:83:83:0.988095:44:39:0:0:44:39:0:1 chr5 5462148 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.002;QD=57.5451;RBI=0.0302921;REFB=0;REVB=-0.00256874;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21695e-05;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr5 6337241 . T A 805.44 PASS AF=0.459016;AO=81;DP=180;FAO=84;FDP=183;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=0.0299981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.016;QD=17.6051;RBI=0.0302651;REFB=-0.0274558;REVB=-0.00401177;RO=98;SAF=40;SAR=41;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00608664;STB=0.509172;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0323559;OID=.;OPOS=6337241;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:183:98:99:81:84:0.459016:41:40:49:49:41:43:49:50 chr5 6602544 . T C 2368.64 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1677;QD=61.1263;RBI=0.0568363;REFB=0;REVB=0.0451357;RO=0;SAF=71;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88175e-05;OID=.;OPOS=6602544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:84:71:0:0:84:71:0:0 chr5 6604787 . C T 511.99 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0147532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.227;QD=15.6333;RBI=0.0171427;REFB=-0.0151721;REVB=-0.00873022;RO=73;SAF=33;SAR=23;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000255481;STB=0.501547;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0251258;OID=.;OPOS=6604787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:75:56:56:0.427481:23:33:43:30:23:33:44:31 chr5 6633779 . C G 323.53 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00724788;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.961;QD=26.9612;RBI=0.0088684;REFB=-0.0652919;REVB=0.00511045;RO=20;SAF=7;SAR=21;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179621;STB=0.599924;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0422242;OID=.;OPOS=6633779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:20:20:28:28:0.583333:21:7:9:11:21:7:9:11 chr5 6645016 . A G 415.14 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.015211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6489;QD=19.3086;RBI=0.022287;REFB=-0.0172939;REVB=-0.0162892;RO=42;SAF=13;SAR=29;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226004;STB=0.616235;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0174365;OID=.;OPOS=6645016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:42:44:42:42:0.488372:29:13:23:19:29:13:23:21 chr5 6651970 . A G 336.89 PASS AF=0.368421;AO=41;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0197026;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.139;QD=11.8208;RBI=0.0198081;REFB=-0.00581719;REVB=-0.00204147;RO=71;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135836;STB=0.578911;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0104642;OID=.;OPOS=6651970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:71:72:41:42:0.368421:21:20:26:45:21:21:27:45 chr5 6652009 . G A 497.13 PASS AF=0.383117;AO=59;DP=154;FAO=59;FDP=154;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.0105718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5535;QD=12.9125;RBI=0.0160609;REFB=0.00819801;REVB=0.0120909;RO=95;SAF=30;SAR=29;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106677;STB=0.560296;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0154673;OID=.;OPOS=6652009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:95:95:59:59:0.383117:29:30:39:56:29:30:39:56 chr5 6656210 . G A 348.08 PASS AF=0.358333;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.00285291;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.0365;QD=11.6028;RBI=0.0359752;REFB=0.00670569;REVB=-0.0358619;RO=76;SAF=18;SAR=25;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737893;STB=0.545434;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.015054;OID=.;OPOS=6656210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:76:77:43:43:0.358333:25:18:27:49:25:18:27:50 chr5 6748659 . T C 950.71 PASS AF=0.522472;AO=93;DP=178;FAO=93;FDP=178;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=20;FSRR=65;FWDB=-0.031878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8828;QD=21.3642;RBI=0.0324684;REFB=0.00632695;REVB=-0.00616323;RO=85;SAF=39;SAR=54;SRF=20;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170578;STB=0.592929;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00576557;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:85:85:93:93:0.522472:54:39:20:65:54:39:20:65 chr5 7866821 . T C 627.54 PASS AF=0.54386;AO=61;DP=114;FAO=62;FDP=114;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00505934;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1717;QD=22.0188;RBI=0.00809779;REFB=-0.00949165;REVB=-0.00632276;RO=53;SAF=28;SAR=33;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102906;STB=0.556078;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00910435;OID=.;OPOS=7866821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:53:52:61:62:0.54386:33:28:18:35:33:29:18:34 chr5 7866967 . G C 777.58 PASS AF=0.476471;AO=81;DP=170;FAO=81;FDP=170;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.0101972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.123;QD=18.2961;RBI=0.0106078;REFB=-0.0179036;REVB=-0.0029228;RO=89;SAF=36;SAR=45;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385164;STB=0.521271;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0187833;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:89:89:81:81:0.476471:45:36:36:53:45:36:36:53 chr5 7867768 . CTT CTC,CT 144.97 PASS AF=0.0641026,0.474359;AO=5,26;DP=83;FAO=5,37;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=0,14;FSAR=5,23;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00877537,0.23358;FXX=0.0930124;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=160.469,8.1304;QD=7.43423;RBI=0.0614631,0.233594;REFB=-0.00221222,-0.0699656;REVB=-0.0608334,0.00261924;RO=35;SAF=0,8;SAR=5,18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.668601,-0.299961;STB=0.998054,0.602039;STBP=0.005,0.083;TYPE=snp,del;VARB=0.102633,0.109998;OID=.,.;OPOS=7867770,7867769;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0641026,0.474359:5,26:83:5,37:78:36:0,14:5,23:21:15:99:35:0,8:5,18:21:14 chr5 7868030 . T C 677.96 PASS AF=0.416667;AO=75;DP=180;FAO=75;FDP=180;FR=.;FRO=105;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=0.00124241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.948;QD=15.0657;RBI=0.00322303;REFB=-0.00496504;REVB=-0.00297395;RO=105;SAF=33;SAR=42;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425532;STB=0.523803;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00689884;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:105:105:75:75:0.416667:42:33:42:63:42:33:42:63 chr5 7878424 . T A 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0420416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8009;QD=20.902;RBI=0.0585089;REFB=-0.00683082;REVB=0.0406915;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184064;STB=0.60171;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00576668;OID=.;OPOS=7878424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:15:18:9:19:15:18:9:19 chr5 7889216 . G A 441.42 PASS AF=0.339394;AO=55;DP=165;FAO=56;FDP=165;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=-0.00402816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.213;QD=10.7012;RBI=0.0108215;REFB=-0.00426988;REVB=0.0100438;RO=108;SAF=34;SAR=21;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169793;STB=0.604863;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00699176;OID=.;OPOS=7889216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:108:109:55:56:0.339394:21:34:51:57:21:35:51:58 chr5 7889304 . C T 804.23 PASS AF=0.435644;AO=88;DP=202;FAO=88;FDP=202;FR=.;FRO=114;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=-0.0312175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.829;QD=15.9254;RBI=0.0339509;REFB=-0.00976192;REVB=-0.0133466;RO=114;SAF=42;SAR=46;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393746;STB=0.521911;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0110153;OID=.;OPOS=7889304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:114:114:88:88:0.435644:46:42:50:64:46:42:50:64 chr5 7891506 . C G 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.0124276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.205;QD=18.9039;RBI=0.0125308;REFB=0.000537488;REVB=-0.00160479;RO=41;SAF=14;SAR=25;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146839;STB=0.58117;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.000438876;OID=.;OPOS=7891506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:25:14:9:32:25:14:9:32 chr5 8619227 . C T 266.19 PASS AF=0.450704;AO=28;DP=67;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0085663;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.783;QD=14.9963;RBI=0.0221985;REFB=-0.0488345;REVB=0.0204791;RO=38;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768458;STB=0.588613;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0273101;OID=.;OPOS=8619227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:38:39:28:32:0.450704:18:10:11:27:18:14:11:28 chr5 8619258 . G A 286.52 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=73;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0208229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.564;QD=14.8842;RBI=0.020829;REFB=-0.0162462;REVB=0.00050332;RO=44;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12432;STB=0.591008;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0277524;OID=.;OPOS=8619258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:44:44:29:33:0.428571:18:11:12:32:19:14:12:32 chr5 9041924 . T C 863.77 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0172725;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.698;QD=52.3499;RBI=0.0576643;REFB=-0.0957424;REVB=0.0550167;RO=4;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.523248;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00278721;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:4:4:62:62:0.939394:41:21:0:4:41:21:0:4 chr5 9041935 . G A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.615;QD=59.322;RBI=0.0284117;REFB=0;REVB=-0.0212327;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74181e-06;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr5 9053945 . C T 688.42 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0004;QD=62.5836;RBI=0.0371831;REFB=0;REVB=0.00453099;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241297;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:24:18:0:0:24:20:0:0 chr5 9108333 . C T 667.76 PASS AF=0.458599;AO=72;DP=156;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.00760649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.567;QD=17.0129;RBI=0.0136931;REFB=0.0108882;REVB=0.011386;RO=84;SAF=34;SAR=38;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426197;STB=0.520094;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.0147077;OID=.;OPOS=9108333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:84:85:72:72:0.458599:38:34:36:48:38:34:37:48 chr5 9122926 . C T 1032.6 PASS AF=0.49763;AO=105;DP=195;FAO=105;FDP=211;FR=.;FRO=106;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=-0.046671;FXX=0.00938923;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.825;QD=19.5754;RBI=0.048008;REFB=-0.0510441;REVB=-0.0112513;RO=90;SAF=36;SAR=69;SRF=26;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515939;STB=0.529198;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0558873;OID=.;OPOS=9122926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:211:90:106:105:105:0.49763:69:36:26:64:69:36:42:64 chr5 9190404 . G A 1084.21 PASS AF=0.497738;AO=107;DP=222;FAO=110;FDP=221;FR=.;FRO=111;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=64;FSRR=47;FWDB=-0.00381038;FXX=0.017777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.759;QD=19.6238;RBI=0.00637035;REFB=-0.0205396;REVB=0.00510514;RO=115;SAF=55;SAR=52;SRF=64;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400527;STB=0.538455;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0218139;OID=.;OPOS=9190404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:221:115:111:107:110:0.497738:52:55:64:51:55:55:64:47 chr5 9265602 . C T 1380.1 PASS AF=0.511194;AO=137;DP=268;FAO=137;FDP=268;FR=.;FRO=131;FSAF=83;FSAR=54;FSRF=69;FSRR=62;FWDB=-0.0169914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.375;QD=20.5985;RBI=0.0505288;REFB=-0.00472469;REVB=-0.0475863;RO=131;SAF=83;SAR=54;SRF=69;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726457;STB=0.539801;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00361827;OID=.;OPOS=9265602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:131:131:137:137:0.511194:54:83:69:62:54:83:69:62 chr5 9280957 . C A 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.946;QD=60.3734;RBI=0.0241321;REFB=0;REVB=-0.0120033;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27132e-05;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr5 9761013 . C A 110.55 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0328706;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.16;QD=8.84416;RBI=0.0339736;REFB=-0.0059149;REVB=-0.0085867;RO=35;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882517;STB=0.565772;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0258145;OID=.;OPOS=9761013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:36:14:14:0.28:9:5:15:20:9:5:16:20 chr5 9761022 . C T 156.2 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.01452;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.24;QD=10.961;RBI=0.0155142;REFB=-0.00720166;REVB=-0.00546441;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10523;STB=0.561343;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0144383;OID=.;OPOS=9761022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:37:37:20:20:0.350877:10:10:15:22:10:10:15:22 chr5 10237036 . A G 310.75 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00355209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.872;QD=16.5735;RBI=0.00618387;REFB=0.000998906;REVB=-0.0050619;RO=41;SAF=12;SAR=22;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136757;STB=0.577003;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00134853;OID=.;OPOS=10237036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:22:12:20:21:22:12:20:21 chr5 10239261 . G A 568.33 PASS AF=0.517857;AO=57;DP=111;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.000986436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.89;QD=20.2975;RBI=0.0021361;REFB=-0.00821331;REVB=0.0018947;RO=54;SAF=39;SAR=18;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221941;STB=0.614824;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00671344;OID=.;OPOS=10239261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:54:54:57:58:0.517857:18:39:24:30:19:39:24:30 chr5 10239278 . C T 594.2 PASS AF=0.488;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00553398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.455;QD=19.0143;RBI=0.00636378;REFB=-0.00683726;REVB=0.00314209;RO=62;SAF=37;SAR=24;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113983;STB=0.563732;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0103133;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:62:64:61:61:0.488:24:37:30:32:24:37:31:33 chr5 10250430 . G A 3562.83 PASS AF=0.992337;AO=241;DP=259;FAO=259;FDP=261;FR=.;FRO=2;FSAF=114;FSAR=145;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0791901;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.1788;QD=54.6027;RBI=0.179208;REFB=-0.177649;REVB=0.160762;RO=11;SAF=112;SAR=129;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160497;STB=0.504348;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00772414;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:259:261:11:2:241:259:0.992337:129:112:3:8:145:114:2:0 chr5 10250443 . T C 4341.18 PASS AF=1;AO=276;DP=278;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736899;FXX=0.00719399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.195;QD=62.9157;RBI=0.0172133;REFB=0.00811978;REVB=0.0155562;RO=1;SAF=117;SAR=159;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405799;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.18247e-06;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:278:276:1:0:276:276:1:159:117:1:0:159:117:0:0 chr5 10254817 . A G 2311.45 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.531;QD=63.7641;RBI=0.0225384;REFB=0;REVB=0.02137;RO=0;SAF=45;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44014e-05;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:145:0:0:139:145:1:94:45:0:0:100:45:0:0 chr5 10256161 . T C 2695.45 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.13;QD=62.3226;RBI=0.0298724;REFB=0;REVB=0.0277849;RO=0;SAF=77;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7456e-05;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:96:77:0:0:96:77:0:0 chr5 10261966 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2795;QD=56.9565;RBI=0.0258363;REFB=0;REVB=-0.0227984;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.86166e-05;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:39:13:0:0:39:13:0:0 chr5 10564846 . C T 7920.49 PASS AF=1;AO=505;DP=508;FAO=507;FDP=507;FR=.;FRO=0;FSAF=241;FSAR=266;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241505;FXX=0.0039292;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4904;QD=62.4891;RBI=0.0555118;REFB=-0.116349;REVB=0.0499832;RO=2;SAF=240;SAR=265;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00358981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119359;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:508:507:2:0:505:507:1:265:240:0:2:266:241:0:0 chr5 10624866 . T G 534.04 PASS AF=0.342105;AO=65;DP=191;FAO=65;FDP=190;FR=.;FRO=125;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=67;FSRR=58;FWDB=0.0195491;FXX=0.00523533;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.492;QD=11.243;RBI=0.0275158;REFB=0.000732427;REVB=0.0193636;RO=121;SAF=37;SAR=28;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02747;STB=0.522146;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00133705;OID=.;OPOS=10624866;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:121:125:65:65:0.342105:28:37:66:55:28:37:67:58 chr5 10624887 . T C 2993.07 PASS AF=1;AO=187;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000407157;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.716;QD=63.012;RBI=0.00757107;REFB=0.0598509;REVB=-0.00756012;RO=1;SAF=99;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82795e-06;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:190:1:0:187:190:1:88:99:1:0:90:100:0:0 chr5 10638180 . T C 2749.63 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149776;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.766;QD=62.1386;RBI=0.023845;REFB=0.00776288;REVB=0.0237979;RO=0;SAF=96;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35383e-05;OID=.;OPOS=10638180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:177:0:0:173:177:1:77:96:0:0:78:99:0:0 chr5 10649412 . G C 1857.22 PASS AF=0.459716;AO=194;DP=422;FAO=194;FDP=422;FR=.;FRO=228;FSAF=115;FSAR=79;FSRF=132;FSRR=96;FWDB=-0.0270785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.561;QD=17.604;RBI=0.0273719;REFB=-0.00876973;REVB=0.00399664;RO=223;SAF=115;SAR=79;SRF=130;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00985348;STB=0.507719;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0110554;OID=.;OPOS=10649412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:422:223:228:194:194:0.459716:79:115:130:93:79:115:132:96 chr5 10649784 . G A 1270.41 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0646108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.234;QD=60.4959;RBI=0.104907;REFB=-0.0885743;REVB=0.0826492;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.506665;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00084187;OID=.;OPOS=10649784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:0:1:83:83:0.988095:46:37:0:0:46:37:1:0 chr5 10650150 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00914212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.022;QD=45.8068;RBI=0.0144631;REFB=0;REVB=0.0112073;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45579e-06;OID=.;OPOS=10650150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr5 10761182 . A G 816.63 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2388;QD=57.3076;RBI=0.0232421;REFB=0;REVB=-0.000447548;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102061;OID=.;OPOS=10761182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr5 10973239 . C T 275.2 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0497964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3101;QD=13.1045;RBI=0.0498168;REFB=-0.011046;REVB=0.00142375;RO=51;SAF=11;SAR=21;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244197;STB=0.634356;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0125266;OID=.;OPOS=10973239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:52:32:32:0.380952:21:11:29:22:21:11:29:23 chr5 13701525 . T C 367.94 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0126193;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.149;QD=21.0253;RBI=0.0126489;REFB=-0.000882177;REVB=0.000864326;RO=33;SAF=9;SAR=28;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000947311;STB=0.500524;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869221;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:70:33:33:37:37:0.528571:28:9:8:25:28:9:8:25 chr5 13701536 . T C 277.59 PASS AF=0.537037;AO=20;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00928343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.657;QD=20.5621;RBI=0.0105068;REFB=-0.0238992;REVB=0.00492053;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550698;STB=0.551111;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0271048;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:20:29:0.537037:15:5:5:19:24:5:6:19 chr5 13717471 . T C 867.06 PASS AF=0.391129;AO=96;DP=247;FAO=97;FDP=248;FR=.;FRO=151;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=95;FWDB=-0.00804562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.265;QD=13.9849;RBI=0.0222005;REFB=0.00126443;REVB=-0.0206913;RO=148;SAF=59;SAR=37;SRF=55;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258869;STB=0.648512;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00299857;OID=.;OPOS=13717471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:148:151:96:97:0.391129:37:59:55:93:37:60:56:95 chr5 13719022 . T G 865.2 PASS AF=0.435556;AO=93;DP=220;FAO=98;FDP=225;FR=.;FRO=127;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=57;FSRR=70;FWDB=-0.00904874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1663;QD=15.3813;RBI=0.0191256;REFB=0.00863981;REVB=0.0168495;RO=127;SAF=44;SAR=49;SRF=57;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252481;STB=0.500092;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010806;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:225:127:127:93:98:0.435556:49:44:57:70:54:44:57:70 chr5 13719089 . G A 929.67 PASS AF=0.476923;AO=92;DP=194;FAO=93;FDP=195;FR=.;FRO=102;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.0152259;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.578;QD=19.0702;RBI=0.0169796;REFB=-0.013381;REVB=0.00751519;RO=99;SAF=48;SAR=44;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251882;STB=0.519201;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0151001;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:99:102:92:93:0.476923:44:48:49:50:44:49:50:52 chr5 13766279 . GC AG,GG 2481.2 PASS AF=0.0393258,0.955056;AO=7,58;DP=162;FAO=7,170;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=0,79;FSAR=7,91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0557276,0.974758;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=96.968,34.1465;QD=55.7573;RBI=0.0620464,1.0216;REFB=0.0908488,-0.257569;REVB=0.0272799,0.305796;RO=87;SAF=0,0;SAR=7,58;SRF=79;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.811839,-0.895849;STB=0.5,0.502732;STBP=1,0.522;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0778746,0.0285041;OID=.,.;OPOS=13766279,13766280;OREF=GC,C;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:162:178:87:1:7,58:7,170:0.0393258,0.955056:7,58:0,0:79:8:7,91:0,79:0:1 chr5 13809150 . T C 920.89 PASS AF=0.517045;AO=91;DP=177;FAO=91;FDP=176;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.00337277;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.462;QD=20.9294;RBI=0.0359216;REFB=-0.000858086;REVB=-0.0357629;RO=85;SAF=45;SAR=46;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833821;STB=0.545683;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000541259;OID=.;OPOS=13809150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:85:85:91:91:0.517045:46:45:34:51:46:45:34:51 chr5 13811775 . T C 1081.49 PASS AF=0.520202;AO=103;DP=198;FAO=103;FDP=198;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=0.0077534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9764;QD=21.8483;RBI=0.012798;REFB=-0.00352927;REVB=0.0101821;RO=95;SAF=38;SAR=65;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386622;STB=0.521187;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00326598;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:95:95:103:103:0.520202:65:38:39:56:65:38:39:56 chr5 13829799 . G A 935.07 PASS AF=0.516854;AO=91;DP=177;FAO=92;FDP=178;FR=.;FRO=86;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.0297672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.028;QD=21.0128;RBI=0.0303291;REFB=-0.00477514;REVB=-0.00581111;RO=86;SAF=48;SAR=43;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480562;STB=0.528944;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00387049;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:86:86:91:92:0.516854:43:48:50:36:44:48:50:36 chr5 13845045 . G A 721.47 PASS AF=0.458333;AO=77;DP=168;FAO=77;FDP=168;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.023185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.128;QD=17.1778;RBI=0.0262871;REFB=-0.0260475;REVB=-0.0123881;RO=91;SAF=31;SAR=46;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589919;STB=0.532754;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0269476;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:91:91:77:77:0.458333:46:31:42:49:46:31:42:49 chr5 13865980 . T C 306.66 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00889685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.417;QD=13.0494;RBI=0.0277052;REFB=-0.0239863;REVB=0.0262378;RO=58;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136011;STB=0.571127;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0350608;OID=.;OPOS=13865980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:59:35:35:0.37234:18:17:21:37:18:17:22:37 chr5 13882841 . A G 215.45 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0308498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9256;QD=13.0578;RBI=0.0702554;REFB=-0.0180664;REVB=-0.0631198;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933606;STB=0.553447;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0331037;OID=.;OPOS=13882841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:12:14:18:22:12:14:18:22 chr5 13894894 . T A 924.85 PASS AF=0.514124;AO=91;DP=172;FAO=91;FDP=177;FR=.;FRO=86;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0174001;FXX=0.0111726;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.6611;QD=20.9006;RBI=0.0174698;REFB=-0.0225164;REVB=-0.0015595;RO=80;SAF=44;SAR=47;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717199;STB=0.537313;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0191845;OID=.;OPOS=13894894;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:177:80:86:91:91:0.514124:47:44:32:48:47:44:35:51 chr5 13900345 . A G 3781.95 PASS AF=1;AO=238;DP=238;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.887;QD=63.5621;RBI=0.0325646;REFB=0;REVB=0.0307777;RO=0;SAF=120;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06404e-05;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:238:0:0:238:238:1:118:120:0:0:118:120:0:0 chr5 13902220 . T C 389.36 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0370381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.83;QD=24.3353;RBI=0.0383159;REFB=0.00915616;REVB=0.00981251;RO=26;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854724;STB=0.546851;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.005327;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:19:19:16:10:19:19:16:10 chr5 13913885 . A G 3868.97 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169014;FXX=0.00793619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.766;QD=61.9035;RBI=0.0298328;REFB=0.0277148;REVB=-0.0245833;RO=1;SAF=90;SAR=159;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298871;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40108e-05;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:250:250:1:0:249:250:1:159:90:0:1:159:91:0:0 chr5 13931340 . C T 1743.97 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0893;QD=60.6598;RBI=0.0299502;REFB=0;REVB=0.0280539;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204546;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:61:54:0:0:61:54:0:0 chr5 13944512 . A C 1594.38 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00815162;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2971;QD=59.0511;RBI=0.0176486;REFB=-0.136934;REVB=-0.0156533;RO=0;SAF=77;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503225;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00115664;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:0:1:107:107:0.990741:30:77:0:0:30:77:1:0 chr5 14184022 . G A,T 1286.28 PASS AF=0.934783,0.0543478;AO=76,6;DP=87;FAO=86,5;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42,0;FSAR=44,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00471074,-0.00995143;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.011,30.7418;QD=55.9252;RBI=0.00473638,0.0433984;REFB=-0.0514807,-0.182875;REVB=0.000492153,-0.0422421;RO=1;SAF=38,0;SAR=38,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0122906,-0.782178;STB=0.505881,0.996613;STBP=0.333,0.075;TYPE=snp,snp;VARB=-5.07223e-05,-0.0104136;OID=.,.;OPOS=14184022,14184022;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:87:92:1:1:76,6:86,5:0.934783,0.0543478:38,6:38,0:1:0:44,5:42,0:1:0 chr5 14184079 . G A 1606.77 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.083;QD=60.066;RBI=0.0380756;REFB=0;REVB=-0.027704;RO=0;SAF=44;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147741;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:62:44:0:0:63:44:0:0 chr5 14420027 . A C 877.37 PASS AF=0.481081;AO=89;DP=184;FAO=89;FDP=185;FR=.;FRO=96;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=61;FWDB=-0.0730748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2227;QD=18.9702;RBI=0.0739192;REFB=-0.0113914;REVB=0.0111414;RO=95;SAF=41;SAR=48;SRF=34;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978064;STB=0.550562;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0124301;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:95:96:89:89:0.481081:48:41:34:61:48:41:35:61 chr5 14709412 . A AT 374.67 PASS AF=1;AO=37;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0938696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.2456;QD=36.5534;RBI=0.154781;REFB=0;REVB=0.123068;RO=3;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800463;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00470526;OID=.;OPOS=14709413;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:41:41:41:0:22:19:0:0:7:3:21:16:0:3 chr5 16666180 . A G 109.23 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0392572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4627;QD=8.56706;RBI=0.0858469;REFB=0.0184046;REVB=0.076345;RO=37;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125901;STB=0.577147;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0409993;OID=.;OPOS=16666180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:9:5:17:20:9:5:17:20 chr5 16673975 . C G 1214.78 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799313;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.098;QD=61.508;RBI=0.0848823;REFB=0;REVB=0.0285656;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302206;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:79:0:0:76:79:1:44:32:0:0:45:34:0:0 chr5 16769273 . G A 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0346452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4443;QD=13.7412;RBI=0.0355655;REFB=-0.0124853;REVB=-0.00803827;RO=43;SAF=6;SAR=23;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295921;STB=0.670815;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.012133;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:23:6:19:24:23:6:19:24 chr5 17276080 . A C 68.8 PASS AF=0.555556;AO=11;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.10675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.9108;QD=15.2896;RBI=0.115382;REFB=-0.1796;REVB=-0.0437886;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273278;STB=0.681541;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.164812;OID=.;OPOS=17276080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:18:7:8:11:10:0.555556:8:3:0:7:7:3:0:8 chr5 19721490 . T C 5124.98 PASS AF=0.982249;AO=326;DP=335;FAO=332;FDP=338;FR=.;FRO=6;FSAF=127;FSAR=205;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0568639;FXX=0.00294977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.78;QD=60.6506;RBI=0.0611329;REFB=-0.115189;REVB=-0.0224437;RO=6;SAF=122;SAR=204;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107268;STB=0.505325;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00864083;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:335:338:6:6:326:332:0.982249:204:122:4:2:205:127:4:2 chr5 21751367 . CTT C 338.23 PASS AF=0.54023;AO=43;DP=89;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0352054;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=2;MLLD=40.6125;QD=15.5508;RBI=0.0387859;REFB=-0.00158793;REVB=0.0162765;RO=36;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055511;STB=0.55076;STBP=0.329;TYPE=del;VARB=0.00129876;OID=.;OPOS=21751368;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54023:43:89:47:87:40:24:23:16:24:99:36:22:21:16:20 chr5 21752050 . A G 1333.73 PASS AF=0.397368;AO=147;DP=380;FAO=151;FDP=380;FR=.;FRO=229;FSAF=54;FSAR=97;FSRF=120;FSRR=109;FWDB=-0.000416807;FXX=0.00523546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.609;QD=14.0393;RBI=0.000832638;REFB=-0.00789125;REVB=-0.000720804;RO=231;SAF=53;SAR=94;SRF=122;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186022;STB=0.602729;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00967353;OID=.;OPOS=21752050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:380:231:229:147:151:0.397368:94:53:122:109:97:54:120:109 chr5 21752056 . A G 1261.61 PASS AF=0.38874;AO=145;DP=374;FAO=145;FDP=373;FR=.;FRO=228;FSAF=53;FSAR=92;FSRF=118;FSRR=110;FWDB=0.0121073;FXX=0.00267373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.898;QD=13.5293;RBI=0.0130481;REFB=-0.00123425;REVB=-0.00486462;RO=227;SAF=53;SAR=92;SRF=117;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166579;STB=0.595039;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00183875;OID=.;OPOS=21752056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:373:227:228:145:145:0.38874:92:53:117:110:92:53:118:110 chr5 21842436 . A G 615.04 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=0.00523658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7344;QD=17.2039;RBI=0.0200655;REFB=-0.000812373;REVB=0.0193702;RO=78;SAF=24;SAR=40;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169519;STB=0.512191;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000909193;OID=.;OPOS=21842436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:78:79:64:64:0.447552:40:24:28:50:40:24:28:51 chr5 23526987 . C G 65.8 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.00699615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4631;QD=5.72211;RBI=0.0314667;REFB=-0.0361736;REVB=0.0306791;RO=36;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31445;STB=0.695321;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.175401;OID=.;OPOS=23526987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:46:46:36:36:10:10:0.217391:5:5:27:9:5:5:27:9 chr5 24537505 . G A 491.66 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00631988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.65;QD=15.8599;RBI=0.00841941;REFB=-0.00914997;REVB=-0.00556287;RO=70;SAF=33;SAR=21;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563917;STB=0.531587;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0111155;OID=.;OPOS=24537505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:70:54:54:0.435484:21:33:39:31:21:33:39:31 chr5 26198575 . G T 1261.48 PASS AF=0.430818;AO=136;DP=319;FAO=137;FDP=318;FR=.;FRO=181;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=96;FSRR=85;FWDB=0.0292275;FXX=0.0093455;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.625;QD=15.8677;RBI=0.029573;REFB=0.000545084;REVB=-0.00450749;RO=181;SAF=63;SAR=73;SRF=96;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689466;STB=0.535971;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0010181;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:318:181:181:136:137:0.430818:73:63:96:85:73:64:96:85 chr5 26198591 . C T 1368.2 PASS AF=0.450311;AO=144;DP=321;FAO=145;FDP=322;FR=.;FRO=177;FSAF=64;FSAR=81;FSRF=95;FSRR=82;FWDB=-0.0143228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.11;QD=16.9963;RBI=0.0146716;REFB=-0.0206619;REVB=0.00318007;RO=176;SAF=64;SAR=80;SRF=94;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892157;STB=0.552479;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0207561;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:322:176:177:144:145:0.450311:80:64:94:82:81:64:95:82 chr5 26903557 . G A,T 1422.77 PASS AF=0.940594,0.039604;AO=95,4;DP=101;FAO=95,4;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=56,0;FSAR=39,4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00148714,-0.0401564;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=216.024,15.4128;QD=56.3474;RBI=0.00356399,0.0527126;REFB=0.0208065,-0.00477465;REVB=-0.0032389,-0.0341479;RO=2;SAF=56,0;SAR=39,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.016633,-0.767801;STB=0.50877,0.996649;STBP=0.302,0.036;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000460041,0.148777;OID=.,.;OPOS=26903557,26903557;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:101:101:2:2:95,4:95,4:0.940594,0.039604:39,4:56,0:2:0:39,4:56,0:2:0 chr5 31299727 . G C 248.99 PASS AF=0.336735;AO=22;DP=89;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0180885;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6359;QD=10.1629;RBI=0.0192949;REFB=-0.0166374;REVB=-0.00671565;RO=67;SAF=5;SAR=17;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335782;STB=0.51548;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0352892;OID=.;OPOS=31299727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:98:67:65:22:33:0.336735:17:5:32:35:17:16:30:35 chr5 31401447 . A G 326.31 PASS AF=0.344538;AO=40;DP=119;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.014589;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.272;QD=10.9683;RBI=0.0167585;REFB=0.00270973;REVB=0.00824674;RO=77;SAF=20;SAR=20;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00741096;STB=0.516385;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00506728;OID=.;OPOS=31401447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:77:78:40:41:0.344538:20:20:39:38:21:20:40:38 chr5 31423007 . T C 1133.2 PASS AF=0.558511;AO=105;DP=189;FAO=105;FDP=188;FR=.;FRO=83;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00550934;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.888;QD=24.1105;RBI=0.0086586;REFB=-0.0104049;REVB=-0.00667971;RO=83;SAF=58;SAR=47;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768097;STB=0.541828;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0100421;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:83:83:105:105:0.558511:47:58:38:45:47:58:38:45 chr5 32058115 . A G 398.55 PASS AF=0.43299;AO=40;DP=95;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0176435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.789;QD=16.4349;RBI=0.0298877;REFB=-0.0169579;REVB=-0.0241243;RO=54;SAF=15;SAR=25;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738188;STB=0.528953;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0330055;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:54:55:40:42:0.43299:25:15:24:30:25:17:25:30 chr5 32087253 . A G 1656.17 PASS AF=0.437653;AO=178;DP=408;FAO=179;FDP=409;FR=.;FRO=230;FSAF=93;FSAR=86;FSRF=124;FSRR=106;FWDB=0.00664729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.815;QD=16.1973;RBI=0.0113941;REFB=-0.0180503;REVB=-0.00925411;RO=229;SAF=93;SAR=85;SRF=124;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193605;STB=0.511034;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0260494;OID=.;OPOS=32087253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:409:229:230:178:179:0.437653:85:93:124:105:86:93:124:106 chr5 32087374 . A G 952.08 PASS AF=0.448889;AO=100;DP=229;FAO=101;FDP=225;FR=.;FRO=124;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.00231237;FXX=0.0174665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.691;QD=16.9258;RBI=0.0023836;REFB=-0.00858151;REVB=-0.000578337;RO=121;SAF=50;SAR=50;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285728;STB=0.511613;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0080077;OID=.;OPOS=32087374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:225:121:124:100:101:0.448889:50:50:57:64:50:51:60:64 chr5 32087802 . A G 210.97 PASS AF=0.512195;AO=18;DP=37;FAO=21;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0206391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.708;QD=20.5827;RBI=0.0229489;REFB=-0.0264665;REVB=-0.0100339;RO=13;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161584;STB=0.583843;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0207512;OID=.;OPOS=32087802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:41:13:20:18:21:0.512195:6:12:6:7:8:13:9:11 chr5 32229677 . G A 253.96 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.009739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.636;QD=21.6133;RBI=0.0102011;REFB=-0.025364;REVB=-0.00303546;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925597;STB=0.551928;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0114022;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:12:11:14:10:12:11 chr5 32403346 . C T 3682.11 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305082;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8276;QD=63.2121;RBI=0.0311207;REFB=0;REVB=-0.00614425;RO=0;SAF=99;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121695;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:233:0:0:231:233:1:132:99:0:0:132:101:0:0 chr5 32789852 . T C 399.49 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=44;FWDB=0.0200587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.393;QD=15.9796;RBI=0.0212672;REFB=-0.00192193;REVB=0.00706691;RO=58;SAF=29;SAR=13;SRF=14;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44209;STB=0.747178;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00283628;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:13:29:14:44:13:29:14:44 chr5 32790616 . T C 1034.33 PASS AF=0.486239;AO=105;DP=217;FAO=106;FDP=218;FR=.;FRO=112;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=-0.00791908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.001;QD=18.9785;RBI=0.0104016;REFB=-0.013476;REVB=-0.00674404;RO=112;SAF=51;SAR=54;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452911;STB=0.527296;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0134545;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:112:112:105:106:0.486239:54:51:49:63:54:52:49:63 chr5 33278049 . T C 1594.82 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489724;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.058;QD=60.1818;RBI=0.0532529;REFB=0;REVB=0.0209185;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67786e-06;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:106:106:1:52:54:0:0:52:54:0:0 chr5 33462034 . G A 1154.27 PASS AF=0.546341;AO=112;DP=203;FAO=112;FDP=205;FR=.;FRO=93;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=0.00747063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.299;QD=22.5224;RBI=0.00925166;REFB=-0.00447741;REVB=-0.00545738;RO=90;SAF=67;SAR=45;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180327;STB=0.60521;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00276848;OID=.;OPOS=33462034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:205:90:93:112:112:0.546341:45:67:34:56:45:67:34:59 chr5 33535060 . G A 1116.79 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.895;QD=60.3672;RBI=0.1255;REFB=0;REVB=-0.0117596;RO=0;SAF=9;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43815e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0004785;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:65:9:0:0:65:9:0:0 chr5 33624430 . A G 1205.69 PASS AF=0.481928;AO=120;DP=249;FAO=120;FDP=249;FR=.;FRO=129;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=0.0052904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.025;QD=19.3685;RBI=0.00618631;REFB=0.000660563;REVB=0.00320658;RO=128;SAF=51;SAR=69;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416639;STB=0.521123;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000869912;OID=.;OPOS=33624430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:128:129:120:120:0.481928:69:51:60:68:69:51:60:69 chr5 33751454 . A T 294.71 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0125806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.032;QD=22.2419;RBI=0.0774736;REFB=-0.00965398;REVB=0.0764453;RO=23;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917941;STB=0.55783;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0132721;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:29:30:0.566038:12:17:16:7:13:17:16:7 chr5 33938447 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.974;QD=61.5363;RBI=0.0351872;REFB=0;REVB=0.0308344;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86364e-05;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr5 33954511 . T C 803.88 PASS AF=0.519231;AO=80;DP=155;FAO=81;FDP=156;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0191339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.953;QD=20.6123;RBI=0.0191601;REFB=-0.00728225;REVB=-0.00100189;RO=75;SAF=44;SAR=36;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618675;STB=0.530449;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00666236;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:75:75:80:81:0.519231:36:44:36:39:37:44:36:39 chr5 33963870 . C T 597.87 PASS AF=0.409639;AO=68;DP=166;FAO=68;FDP=166;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=-0.0261441;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.551;QD=14.4065;RBI=0.0267459;REFB=-0.00661007;REVB=-0.00564176;RO=95;SAF=32;SAR=36;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00775769;STB=0.500711;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00881665;OID=.;OPOS=33963870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:95:98:68:68:0.409639:36:32:44:51:36:32:46:52 chr5 33989518 . C T 1902.55 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324943;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.972;QD=61.8714;RBI=0.0514146;REFB=0;REVB=0.0398445;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84961e-05;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:121:123:1:57:64:0:0:58:65:0:0 chr5 33994116 . A T 548.95 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=150;FAO=55;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.00121334;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.54;QD=14.6386;RBI=0.0234918;REFB=-0.016075;REVB=0.0234604;RO=79;SAF=21;SAR=23;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242811;STB=0.503404;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.019871;OID=.;OPOS=33994116;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:79:86:44:55:0.366667:23:21:36:43:31:24:38:48 chr5 33998883 . A G 1569.91 PASS AF=0.964286;AO=108;DP=112;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0112444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5295;QD=56.0681;RBI=0.0157745;REFB=-0.0260724;REVB=-0.0110634;RO=4;SAF=59;SAR=49;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316156;STB=0.501667;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.000539905;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:112:112:4:4:108:108:0.964286:49:59:2:2:49:59:2:2 chr5 34004707 . C T 511.8 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0271904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.086;QD=24.0845;RBI=0.0330018;REFB=0.00343254;REVB=0.018703;RO=37;SAF=22;SAR=26;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439;STB=0.52408;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00362501;OID=.;OPOS=34004707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:26:22:19:18:26:22:19:18 chr5 34008100 . C T 1192.54 PASS AF=0.397626;AO=133;DP=337;FAO=134;FDP=337;FR=.;FRO=203;FSAF=54;FSAR=80;FSRF=94;FSRR=109;FWDB=0.0839939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1216;QD=14.1548;RBI=0.0842132;REFB=-0.00655129;REVB=-0.00607449;RO=202;SAF=53;SAR=80;SRF=94;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736911;STB=0.537053;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0109204;OID=.;OPOS=34008100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:337:202:203:133:134:0.397626:80:53:94:108:80:54:94:109 chr5 34020277 . C T 406.87 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0263742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.386;QD=15.9556;RBI=0.0331982;REFB=-0.0192176;REVB=-0.0201625;RO=57;SAF=15;SAR=30;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281496;STB=0.657824;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.023853;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:30:15:35:22:30:15:35:22 chr5 34038537 . A G 1657.2 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0398947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.285;QD=57.6416;RBI=0.0460294;REFB=0.00350303;REVB=-0.0229591;RO=3;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235269;STB=0.508195;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.000136271;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:3:2:112:113:0.982609:59:53:0:3:60:53:0:2 chr5 34802384 . A G 885.77 PASS AF=0.540373;AO=87;DP=161;FAO=87;FDP=161;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0204899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.722;QD=22.0066;RBI=0.0259011;REFB=0.00466019;REVB=-0.0158439;RO=73;SAF=39;SAR=48;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262268;STB=0.517684;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00347423;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:73:74:87:87:0.540373:48:39:35:38:48:39:36:38 chr5 34811154 . G T 382.92 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0466044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5008;QD=17.4056;RBI=0.0564305;REFB=-0.031646;REVB=0.0318188;RO=48;SAF=25;SAR=15;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203924;STB=0.614228;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0337022;OID=.;OPOS=34811154;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:15:25:20:28:15:25:20:28 chr5 34998877 . C A 654.31 PASS AF=0.449367;AO=71;DP=162;FAO=71;FDP=158;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=-0.0200501;FXX=0.0246898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.565;QD=16.5648;RBI=0.0286801;REFB=-0.00843369;REVB=-0.0205071;RO=87;SAF=38;SAR=33;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142243;STB=0.579;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00979056;OID=.;OPOS=34998877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:158:87:87:71:71:0.449367:33:38:34:53:33:38:34:53 chr5 35010138 . A G 4616.76 PASS AF=1;AO=291;DP=296;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642858;FXX=0.0066223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.871;QD=61.5569;RBI=0.0647781;REFB=0;REVB=-0.0079711;RO=2;SAF=134;SAR=157;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00706405;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36291e-05;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:296:300:2:0:291:300:1:157:134:2:0:157:143:0:0 chr5 35033605 . G A 1147.64 PASS AF=1;AO=76;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105471;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.003;QD=58.8535;RBI=0.0353238;REFB=-0.0345929;REVB=0.0337125;RO=2;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201293;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155132;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:78:2:0:76:78:1:46:30:0:2:48:30:0:0 chr5 35037115 . C T 868.82 PASS AF=0.457711;AO=91;DP=196;FAO=92;FDP=201;FR=.;FRO=109;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.00933857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.822;QD=17.2899;RBI=0.0179725;REFB=-0.00884353;REVB=0.0153559;RO=103;SAF=46;SAR=45;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378947;STB=0.528255;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0101419;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:201:103:109:91:92:0.457711:45:46:48:55:45:47:50:59 chr5 35641582 . A C 789.0 PASS AF=0.412037;AO=88;DP=216;FAO=89;FDP=216;FR=.;FRO=127;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=55;FSRR=72;FWDB=-0.0221059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.924;QD=14.6111;RBI=0.0297714;REFB=-0.0097773;REVB=0.0199416;RO=127;SAF=41;SAR=47;SRF=55;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348971;STB=0.516369;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0125112;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:127:127:88:89:0.412037:47:41:55:72:48:41:55:72 chr5 35643634 . A G 338.75 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0225205;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.016;QD=15.2245;RBI=0.0228057;REFB=-0.0158272;REVB=-0.00359567;RO=52;SAF=10;SAR=27;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940504;STB=0.553411;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0219466;OID=.;OPOS=35643634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:27:10:18:34:27:10:18:34 chr5 35644621 . T C 1190.27 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0739089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1873;QD=61.0395;RBI=0.083781;REFB=0;REVB=0.0394555;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176085;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr5 35654711 . C T 1476.85 PASS AF=0.459459;AO=152;DP=333;FAO=153;FDP=333;FR=.;FRO=180;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=77;FSRR=103;FWDB=-0.0321576;FXX=0.00596997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.667;QD=17.74;RBI=0.0342034;REFB=0.013493;REVB=-0.0116516;RO=179;SAF=67;SAR=85;SRF=77;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105664;STB=0.505569;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.0168671;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:179:180:152:153:0.459459:85:67:77:102:86:67:77:103 chr5 35700598 . T C 35.03 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0179332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.588;QD=5.00424;RBI=0.0216531;REFB=-0.00663628;REVB=-0.0121349;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533155;STB=0.535596;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.052605;OID=.;OPOS=35700598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:3:3:12:10:3:3:12:10 chr5 35702306 . A G 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0257965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.302;QD=21.7158;RBI=0.0259659;REFB=0.0150303;REVB=0.00296078;RO=39;SAF=14;SAR=30;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110024;STB=0.560888;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0139727;OID=.;OPOS=35702306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:30:14:17:22:30:14:17:22 chr5 35709095 . C T 2456.62 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.797;QD=60.6573;RBI=0.015542;REFB=0;REVB=0.00980844;RO=0;SAF=68;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169842;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:152:162:0:0:152:162:1:84:68:0:0:92:70:0:0 chr5 35709184 . G C 2271.84 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5872;QD=63.5479;RBI=0.055833;REFB=0;REVB=0.0183995;RO=0;SAF=42;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137231;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:101:42:0:0:101:42:0:0 chr5 35764696 . C T 1245.49 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.626;QD=61.5055;RBI=0.0484016;REFB=0;REVB=0.0347031;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00047e-06;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr5 35788565 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.023;QD=57.2013;RBI=0.0343773;REFB=0;REVB=0.0319247;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220804;OID=.;OPOS=35788565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr5 35800081 . G GT 32.92 PASS AF=0.141791;AO=19;DP=134;FAO=19;FDP=134;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=73;FWDB=0.00048795;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.735;QD=0.982591;RBI=0.00453865;REFB=-0.00164237;REVB=0.00451234;RO=112;SAF=15;SAR=4;SRF=40;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513387;STB=0.756571;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.118562;OID=.;OPOS=35800082;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.141791:19:134:19:134:115:13:6:42:73:32:112:15:4:40:72 chr5 35910529 . C T 822.98 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205108;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.985;QD=55.7951;RBI=0.0435783;REFB=-0.117052;REVB=0.0384497;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000357654;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:27:31:1:0:27:31:1:0 chr5 35962984 . A G 414.43 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114389;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.314;QD=57.1626;RBI=0.0553782;REFB=0;REVB=0.0541839;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421899;OID=.;OPOS=35962984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:23:5:0:0:24:5:0:0 chr5 35965970 . A C 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00179749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.337;QD=9.41468;RBI=0.0025932;REFB=-0.00193151;REVB=-0.00186915;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00818261;STB=0.503242;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00432378;OID=.;OPOS=35965970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:34:14:14:0.291667:9:5:12:21:9:5:12:22 chr5 36155318 . C CTT,CTTT 180.13 PASS AF=0.402597,0;AO=21,9;DP=86;FAO=31,0;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=11,0;FSAR=20,0;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0162803,0.0105172;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=26.5461,28.314;QD=9.35722;RBI=0.176638,0.123221;REFB=-0.0188114,-0.0130992;REVB=-0.175886,-0.122771;RO=53;SAF=10,0;SAR=11,9;SRF=25;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00538305,-0.675576;STB=0.576872,0.5;STBP=0.272,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0169495,0;OID=.,.;OPOS=36155319,36155319;OREF=-,-;OALT=TT,TTT;OMAPALT=CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402597,0:21,9:86:31,0:77:46:11,0:20,0:22:24:99:53:10,0:11,9:25:28 chr5 36171780 . A G 1003.83 PASS AF=0.492823;AO=103;DP=208;FAO=103;FDP=209;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.00815553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.788;QD=19.212;RBI=0.00853266;REFB=-0.0175302;REVB=0.00250871;RO=105;SAF=38;SAR=65;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120002;STB=0.568791;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0175194;OID=.;OPOS=36171780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:105:106:103:103:0.492823:65:38:52:53:65:38:53:53 chr5 36184111 . TAAA TAA,TAAC 46.97 PASS AF=0.363636,0.0909091;AO=7,2;DP=22;FAO=8,2;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5,0;FSAR=3,2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.215472,0.00550858;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.4049,185.234;QD=8.53998;RBI=0.237773,0.0359098;REFB=-0.0369349,-0.011763;REVB=-0.100537,-0.0354848;RO=11;SAF=3,0;SAR=4,2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0.313433,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.381916,-0.711767;STB=0.583139,0.996437;STBP=0.61,0.047;TYPE=del,snp;VARB=0.0904363,0.0493106;OID=.,.;OPOS=36184112,36184114;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TAA,TAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0.0909091:7,2:22:8,2:22:12:5,0:3,2:9:3:35:11:3,0:4,2:9:2 chr5 36193223 . CAG C 82.97 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=38;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0421982;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.021;QD=8.97007;RBI=0.0805185;REFB=-0.0116624;REVB=-0.068575;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27426;STB=0.68869;STBP=0.161;TYPE=del;VARB=0.0419258;OID=.;OPOS=36193224;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297:10:38:11:37:26:6:5:7:19:82:26:5:5:7:19 chr5 36193232 . T C 82.24 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00854393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.195;QD=8.89039;RBI=0.0167863;REFB=-0.0188621;REVB=-0.0144493;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27426;STB=0.68869;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0411414;OID=.;OPOS=36193232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:10:11:0.297297:5:5:7:19:5:6:7:19 chr5 36257018 . A G 1645.27 PASS AF=0.942149;AO=114;DP=121;FAO=114;FDP=121;FR=.;FRO=7;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.015276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2894;QD=54.3892;RBI=0.0165492;REFB=-0.149673;REVB=0.00636549;RO=7;SAF=51;SAR=63;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451924;STB=0.523847;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00813546;OID=.;OPOS=36257018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:121:121:7:7:114:114:0.942149:63:51:6:1:63:51:6:1 chr5 36269551 . G C 2064.92 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.393;QD=62.5734;RBI=0.0189997;REFB=0;REVB=0.0181826;RO=0;SAF=57;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00337e-05;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:74:57:0:0:75:57:0:0 chr5 36984973 . TAAAAAAG TAAAAAG,TAAAAAGA 40.16 PASS AF=0.166667,0.0333333;AO=24,4;DP=100;FAO=15,3;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=6,3;FSAR=9,0;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.239058,-0.106332;FXX=0.0816243;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.8602,139.413;QD=1.78503;RBI=0.249125,0.111309;REFB=-0.0777451,-0.00450106;REVB=-0.0701037,-0.0329125;RO=49;SAF=7,3;SAR=17,1;SRF=17;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0735385,0.397182;STB=0.52171,0.997345;STBP=0.891,0.035;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0202198,-0.205373;OID=.,.;OPOS=36984974,36984979;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=TAAAAAG,TAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.0333333:24,4:100:15,3:90:72:6,3:9,0:27:45:32:49:7,3:17,1:17:32 chr5 36985303 . A G 54.62 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00089962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.855;QD=9.10358;RBI=0.00266407;REFB=-0.0121341;REVB=0.00250758;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276263;STB=0.666296;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0186993;OID=.;OPOS=36985303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:4:12:4:4:4:12 chr5 37057334 . GT G 148.15 PASS AF=0.333333;AO=45;DP=111;FAO=37;FDP=111;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0312987;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3097;QD=5.33888;RBI=0.13659;REFB=-0.0483759;REVB=-0.132956;RO=52;SAF=16;SAR=29;SRF=17;SRR=35;SSEN=0.580645;SSEP=0;SSSB=0.0303397;STB=0.765491;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0520783;OID=.;OPOS=37057335;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:45:111:37:111:74:6:31:37:37:99:52:16:29:17:35 chr5 37226961 . G A 218.33 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0168422;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.043;QD=11.3418;RBI=0.0639139;REFB=-0.0059178;REVB=-0.0616549;RO=50;SAF=8;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240922;STB=0.640341;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0142877;OID=.;OPOS=37226961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:19:8:25:25:19:8:25:25 chr5 37244479 . CAT CAG,CA,CTA,TCA 123.45 PASS AF=0,0.551724,0,0.0172414;AO=3,17,3,10;DP=61;FAO=0,32,0,1;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=0,14,0,0;FSAR=0,18,0,1;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0197202,0.0390047,0.00830018,0.0483518;FXX=0.0491723;HRUN=6,6,1,1;LEN=1,1,2,3;MLLD=82.4955,9.57828,63.5675,24.6466;QD=8.51396;RBI=0.024323,0.0405427,0.0515502,0.0674425;REFB=-0.00572884,-0.146338,-0.016264,-0.0717293;REVB=-0.0142381,-0.0110608,-0.0508776,-0.047017;RO=21;SAF=3,9,0,0;SAR=0,8,3,10;SRF=18;SRR=3;SSEN=0,0.33042,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.479708,-0.330201,-0.763432,-0.844836;STB=0.5,0.638627,0.5,0.994655;STBP=1,0.029,1,0.155;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=-0.0241425,0.171771,0,-0.10164;OID=.,.,.,.;OPOS=37244481,37244481,37244480,37244479;OREF=T,T,AT,CAT;OALT=G,-,TA,TCA;OMAPALT=CAG,CA,CTA,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:61:58:21:25:3,17,3,10:0,32,0,1:0,0.551724,0,0.0172414:0,8,3,10:3,9,0,0:18:3:0,18,0,1:0,14,0,0:19:6 chr5 37294473 . T C 2234.8 PASS AF=0.986207;AO=141;DP=144;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0153538;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.92;QD=61.6496;RBI=0.0430021;REFB=-0.108328;REVB=0.0401677;RO=0;SAF=81;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000309372;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:144:145:0:2:141:143:0.986207:60:81:0:0:62:81:0:2 chr5 37309371 . TAGA T 165.48 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00608278;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=3;MLLD=246.732;QD=12.7293;RBI=0.0138439;REFB=-0.0314574;REVB=0.0124359;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269787;STB=0.643261;STBP=0.127;TYPE=del;VARB=0.0373753;OID=.;OPOS=37309372;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:20:54:20:52:32:9:11:22:10:99:31:9:11:22:9 chr5 37364443 . C T 951.33 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.896;QD=58.5434;RBI=0.0182057;REFB=0;REVB=0.0175864;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40379e-06;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:35:30:0:0 chr5 37700516 . C T 3133.66 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.65;QD=63.9523;RBI=0.0168294;REFB=0;REVB=-0.0126473;RO=0;SAF=95;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69572e-05;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:101:95:0:0:101:95:0:0 chr5 38475507 . G A 409.99 PASS AF=0.355072;AO=49;DP=138;FAO=49;FDP=138;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.0103329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5625;QD=11.8836;RBI=0.0403132;REFB=0.00423768;REVB=-0.0389664;RO=89;SAF=27;SAR=22;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640264;STB=0.536571;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00825236;OID=.;OPOS=38475507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:89:89:49:49:0.355072:22:27:54:35:22:27:54:35 chr5 38820695 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0259745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.903;QD=14.6538;RBI=0.0318165;REFB=5.58718e-05;REVB=-0.0183743;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108737;STB=0.564352;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.000933768;OID=.;OPOS=38820695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:4:4:3:5:4:4 chr5 38822040 . A G 670.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8669;QD=62.3412;RBI=0.114447;REFB=0;REVB=-0.0525203;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150393;OID=.;OPOS=38822040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr5 38823254 . C T 1529.9 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.215;QD=63.7456;RBI=0.0471623;REFB=0;REVB=0.0059991;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001791;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:48:48:0:0:48:48:0:0 chr5 38823306 . A G 508.91 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.043944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.34;QD=20.1548;RBI=0.0531098;REFB=-0.0218898;REVB=-0.0298257;RO=49;SAF=31;SAR=21;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182863;STB=0.600873;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0625322;OID=.;OPOS=38823306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:21:31:19:30:21:31:19:30 chr5 38884071 . T G 963.07 PASS AF=0.519337;AO=93;DP=181;FAO=94;FDP=181;FR=.;FRO=87;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.00950689;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.166;QD=21.2834;RBI=0.0196299;REFB=0.00229112;REVB=-0.0171741;RO=87;SAF=59;SAR=34;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157932;STB=0.577227;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00182891;OID=.;OPOS=38884071;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:87:87:93:94:0.519337:34:59:40:47:35:59:41:46 chr5 38921788 . G A 1307.04 PASS AF=0.391076;AO=147;DP=379;FAO=149;FDP=381;FR=.;FRO=232;FSAF=65;FSAR=84;FSRF=93;FSRR=139;FWDB=0.0047375;FXX=0.00261773;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.318;QD=13.7223;RBI=0.00639256;REFB=-0.0141464;REVB=-0.00429196;RO=232;SAF=63;SAR=84;SRF=93;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310176;STB=0.52202;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0220959;OID=.;OPOS=38921788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:381:232:232:147:149:0.391076:84:63:93:139:84:65:93:139 chr5 38942090 . T A,C 1453.76 PASS AF=0.02,0.94;AO=4,94;DP=100;FAO=2,94;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=0,42;FSAR=2,52;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0184312,-0.0203775;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.544,179.347;QD=58.1505;RBI=0.027136,0.0835183;REFB=-0.0970656,-0.15459;REVB=-0.0199162,0.0809942;RO=2;SAF=0,42;SAR=4,52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0178856;STB=0.5,0.518515;STBP=1,0.112;TYPE=snp,snp;VARB=0.214082,0.000690665;OID=.,.;OPOS=38942090,38942090;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:8:100:100:2:4:4,94:2,94:0.02,0.94:4,52:0,42:0:2:2,52:0,42:0:4 chr5 38950776 . G A 1273.73 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128815;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.95;QD=60.6539;RBI=0.0135571;REFB=-0.0388244;REVB=0.0042266;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108876;STB=0.505746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00097903;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:43:40:0:1:43:40:0:1 chr5 39108309 . A G 314.46 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00096641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.336;QD=14.7982;RBI=0.00191575;REFB=0.00276424;REVB=0.00165413;RO=47;SAF=25;SAR=10;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244944;STB=0.658269;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00272507;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:50:35:35:0.411765:10:25:23:24:10:25:23:27 chr5 39108322 . A G 316.47 PASS AF=0.433735;AO=34;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0111665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.892;QD=15.2516;RBI=0.0123289;REFB=-0.00752842;REVB=0.00522606;RO=46;SAF=23;SAR=11;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251869;STB=0.65735;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00930047;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:47:34:36:0.433735:11:23:20:26:11:25:20:27 chr5 39119723 . C A 439.03 PASS AF=0.52439;AO=41;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.017925;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.728;QD=21.4162;RBI=0.0195001;REFB=-0.0178489;REVB=0.00767771;RO=39;SAF=14;SAR=27;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157854;STB=0.569345;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0139501;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:39:39:41:43:0.52439:27:14:20:19:28:15:19:20 chr5 39341378 . G A 457.18 PASS AF=0.409449;AO=51;DP=128;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=11;FSRR=64;FWDB=-0.0650183;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8622;QD=14.3992;RBI=0.0792412;REFB=-0.00669656;REVB=-0.0452967;RO=73;SAF=10;SAR=41;SRF=11;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798657;STB=0.545812;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00957195;OID=.;OPOS=39341378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:73:75:51:52:0.409449:41:10:11:62:42:10:11:64 chr5 40692940 . G A 348.25 PASS AF=0.303226;AO=48;DP=155;FAO=47;FDP=155;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=-0.0214341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3943;QD=8.98706;RBI=0.0502847;REFB=0.00562318;REVB=-0.0454876;RO=107;SAF=23;SAR=25;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364096;STB=0.51007;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00786527;OID=.;OPOS=40692940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:107:108:48:47:0.303226:25:23:48:59:25:22:49:59 chr5 40852451 . C G 2565.39 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1405;QD=61.8167;RBI=0.0405774;REFB=0;REVB=-0.0401353;RO=0;SAF=72;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120416;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:94:72:0:0:94:72:0:0 chr5 40853048 . C T 483.03 PASS AF=0.48;AO=46;DP=97;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0223359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7542;QD=19.3212;RBI=0.0244058;REFB=-0.0329367;REVB=-0.00983626;RO=46;SAF=20;SAR=26;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788613;STB=0.51172;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0238925;OID=.;OPOS=40853048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:46:52:46:48:0.48:26:20:24:22:26:22:25:27 chr5 40964852 . A C 3932.59 PASS AF=1;AO=244;DP=245;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339681;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8858;QD=63.9445;RBI=0.0385766;REFB=0;REVB=0.0182844;RO=0;SAF=96;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20004e-05;OID=.;OPOS=40964852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:246:0:0:244:246:1:148:96:0:0:149:97:0:0 chr5 40972111 . C T 6204.64 PASS AF=1;AO=387;DP=391;FAO=390;FDP=390;FR=.;FRO=0;FSAF=199;FSAR=191;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263333;FXX=0.0151511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.799;QD=63.6373;RBI=0.0386419;REFB=-0.0522869;REVB=-0.02828;RO=1;SAF=196;SAR=191;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00242872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241733;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:391:390:1:0:387:390:1:191:196:1:0:191:199:0:0 chr5 40998196 . T C 292.79 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0214296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.214;QD=17.2231;RBI=0.0254521;REFB=-0.0144048;REVB=-0.0137325;RO=36;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144065;STB=0.588531;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.023201;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:19:12:9:27:19:13:9:27 chr5 40998235 . C T 361.04 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0828033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.281;QD=20.3401;RBI=0.0829772;REFB=-0.00907915;REVB=-0.00536848;RO=34;SAF=13;SAR=24;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846621;STB=0.546757;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00966442;OID=.;OPOS=40998235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:24:13:9:25:24:13:9:25 chr5 41000343 . G A 461.47 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0277051;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.596;QD=17.2511;RBI=0.0328394;REFB=-0.0120033;REVB=0.0176311;RO=57;SAF=25;SAR=25;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126147;STB=0.570066;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0106999;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:57:57:50:50:0.46729:25:25:36:21:25:25:36:21 chr5 41008780 . A G 3107.51 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000860616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.599;QD=63.7438;RBI=0.0351219;REFB=0;REVB=0.0351113;RO=0;SAF=89;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21048e-05;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:189:195:0:0:189:195:1:100:89:0:0:106:89:0:0 chr5 41033163 . T C 383.85 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.023277;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.68;QD=19.9401;RBI=0.0424018;REFB=-0.00933385;REVB=0.0354414;RO=38;SAF=14;SAR=25;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153506;STB=0.585355;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0118067;OID=.;OPOS=41033163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:38:39:39:0.506494:25:14:20:18:25:14:20:18 chr5 41033931 . C T 40.51 PASS AF=0.545455;AO=4;DP=13;FAO=6;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0187929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.566;QD=14.7318;RBI=0.0888634;REFB=-0.0594397;REVB=0.0868535;RO=7;SAF=2;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366604;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0681108;OID=.;OPOS=41033931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:13:11:7:5:4:6:0.545455:2:2:6:1:3:3:4:1 chr5 41042284 . G T 1641.28 PASS AF=0.982301;AO=104;DP=106;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0645025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0326;QD=58.0983;RBI=0.102564;REFB=-0.0649608;REVB=0.0797421;RO=2;SAF=38;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00518747;STB=0.503092;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0032795;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:113:2:2:104:111:0.982301:66:38:1:1:73:38:1:1 chr5 41049389 . T C 523.74 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0104859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.025;QD=17.3136;RBI=0.0117326;REFB=-0.00702965;REVB=-0.0052631;RO=64;SAF=30;SAR=26;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138537;STB=0.572493;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0128232;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:64:65:56:56:0.46281:26:30:25:39:26:30:26:39 chr5 41049397 . C T 478.79 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0183483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.527;QD=15.5704;RBI=0.018672;REFB=-0.0391214;REVB=-0.00346168;RO=68;SAF=27;SAR=26;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832661;STB=0.537834;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0382825;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:70:53:53:0.430894:26:27:29:39:26:27:31:39 chr5 41061715 . CA TG 609.27 PASS AF=0.413174;AO=69;DP=167;FAO=69;FDP=167;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=0.00672032;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=242.343;QD=14.5933;RBI=0.0109341;REFB=0.000703685;REVB=0.00862509;RO=97;SAF=32;SAR=37;SRF=56;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117946;STB=0.562914;STBP=0.181;TYPE=mnp;VARB=-0.00109404;OID=.;OPOS=41061715;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:97:98:69:69:0.413174:37:32:56:41:37:32:56:42 chr5 41064588 . C T 229.96 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0182245;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.309;QD=9.89059;RBI=0.0321523;REFB=-0.0210356;REVB=-0.0264884;RO=64;SAF=17;SAR=12;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119999;STB=0.570421;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0388459;OID=.;OPOS=41064588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:64:29:29:0.311828:12:17:31:33:12:17:31:33 chr5 41158863 . G A 2305.53 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264823;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.071;QD=61.0737;RBI=0.0281463;REFB=0;REVB=-0.00953438;RO=0;SAF=54;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75374e-05;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:97:54:0:0:97:54:0:0 chr5 41199959 . G T 417.19 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0287338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.013;QD=15.4516;RBI=0.0340129;REFB=0.00342779;REVB=0.0182001;RO=61;SAF=22;SAR=25;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106129;STB=0.559457;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00466989;OID=.;OPOS=41199959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:25:22:35:26:25:22:35:26 chr5 41310957 . C G 421.2 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.00454801;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.885;QD=25.9201;RBI=0.0131845;REFB=-0.0067586;REVB=0.0123753;RO=25;SAF=15;SAR=25;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203538;STB=0.61034;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00423784;OID=.;OPOS=41310957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:25:25:40:40:0.615385:25:15:3:22:25:15:3:22 chr5 41312164 . A C 559.94 PASS AF=0.398773;AO=65;DP=163;FAO=65;FDP=163;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=72;FSRR=26;FWDB=-0.00371882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.325;QD=13.7409;RBI=0.00448334;REFB=-0.0240142;REVB=0.00250414;RO=98;SAF=42;SAR=23;SRF=72;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107555;STB=0.560239;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0307011;OID=.;OPOS=41312164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:98:98:65:65:0.398773:23:42:72:26:23:42:72:26 chr5 41312206 . TA AT 51.23 PASS AF=0.163043;AO=9;DP=86;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=21;FWDB=-0.090272;FXX=0.0212743;HRUN=12;LEN=2;MLLD=41.1096;QD=2.22719;RBI=0.091392;REFB=-0.0722819;REVB=0.0142641;RO=62;SAF=3;SAR=6;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399233;STB=0.666474;STBP=0.203;TYPE=mnp;VARB=0.100586;OID=.;OPOS=41312206;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:92:62:77:9:15:0.163043:6:3:42:20:7:8:56:21 chr5 42700044 . A G 1651.05 PASS AF=0.991071;AO=105;DP=106;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0654249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0997;QD=58.9659;RBI=0.0956716;REFB=-0.0231334;REVB=0.0698043;RO=1;SAF=46;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102048;STB=0.505375;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000590008;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:112:1:1:105:111:0.991071:59:46:1:0:65:46:1:0 chr5 42719239 . A C 1295.78 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085321;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.067;QD=61.7039;RBI=0.0292028;REFB=0;REVB=0.0279286;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139883;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:81:84:1:48:33:0:0:49:35:0:0 chr5 42720068 . T TA 595.3 PASS AF=0.945455;AO=47;DP=56;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00830485;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.262;QD=43.2944;RBI=0.0208309;REFB=-0.0628349;REVB=0.0191038;RO=9;SAF=22;SAR=25;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595877;STB=0.509087;STBP=0.718;TYPE=ins;VARB=0.00437085;OID=.;OPOS=42720069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.945455:47:56:52:55:3:26:26:2:1:5:9:22:25:6:3 chr5 43120098 . A G 446.92 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.483;QD=57.6665;RBI=0.0936796;REFB=0;REVB=-0.0927277;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000877731;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr5 43492978 . G A 710.81 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.402;QD=61.8092;RBI=0.0433417;REFB=0;REVB=0.0401943;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278344;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:33:12:0:0:33:13:0:0 chr5 43509348 . T A 2590.15 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4289;QD=61.3052;RBI=0.0262372;REFB=-0.0709302;REVB=0.0260725;RO=0;SAF=86;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.98948e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209347;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:169:169:0:0:168:169:1:82:86:0:0:83:86:0:0 chr5 43527135 . A C 1926.36 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0073572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.831;QD=59.2725;RBI=0.0231303;REFB=-0.0167445;REVB=0.021929;RO=1;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772643;STB=0.511998;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000775002;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:130:1:3:127:127:0.976923:61:66:0:1:61:66:0:3 chr5 43609343 . C T 1785.4 PASS AF=0.47644;AO=181;DP=382;FAO=182;FDP=382;FR=.;FRO=200;FSAF=79;FSAR=103;FSRF=98;FSRR=102;FWDB=-0.014138;FXX=0.0026109;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.606;QD=18.6953;RBI=0.0161582;REFB=-0.0127383;REVB=0.00782325;RO=198;SAF=79;SAR=102;SRF=97;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512141;STB=0.529567;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0140831;OID=.;OPOS=43609343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:382:198:200:181:182:0.47644:102:79:97:101:103:79:98:102 chr5 43613046 . A G 1110.69 PASS AF=0.509174;AO=111;DP=218;FAO=111;FDP=218;FR=.;FRO=107;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=37;FSRR=70;FWDB=0.00611613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.91;QD=20.3797;RBI=0.0170664;REFB=-0.00714863;REVB=-0.0159328;RO=107;SAF=53;SAR=58;SRF=37;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119045;STB=0.565134;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00729426;OID=.;OPOS=43613046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:107:107:111:111:0.509174:58:53:37:70:58:53:37:70 chr5 43647996 . C CAA 88.18 PASS AF=0.3;AO=16;DP=61;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.034018;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=2;MLLD=41.2684;QD=5.87885;RBI=0.0355451;REFB=-0.00685994;REVB=-0.010307;RO=44;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102409;STB=0.555494;STBP=0.603;TYPE=ins;VARB=0.0170235;OID=.;OPOS=43647997;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:16:61:18:60:42:10:8:20:22:88:44:9:7:21:23 chr5 43653243 . C T 789.55 PASS AF=0.496454;AO=63;DP=141;FAO=70;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=14;FWDB=0.100987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3762;QD=22.3985;RBI=0.111253;REFB=-0.0541913;REVB=-0.0466786;RO=53;SAF=22;SAR=41;SRF=42;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359464;STB=0.658493;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0641505;OID=.;OPOS=43653243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:53:58:63:70:0.496454:41:22:42:11:42:28:44:14 chr5 43705149 . CT C 41.59 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0179333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.9895;QD=7.56259;RBI=0.237751;REFB=-0.0183167;REVB=0.237074;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576917;STB=0.877043;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.0598587;OID=.;OPOS=43705150;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:7:22:7:22:15:6:1:4:11:41:13:6:1:4:9 chr5 44066809 . G A 360.02 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0414144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.396;QD=15.0008;RBI=0.0464065;REFB=-0.024027;REVB=-0.0209382;RO=55;SAF=11;SAR=28;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216275;STB=0.63518;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0284211;OID=.;OPOS=44066809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:55:57:39:39:0.40625:28:11:26:29:28:11:28:29 chr5 44809162 . G C 365.08 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00374587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.675;QD=17.3846;RBI=0.008094;REFB=-0.00287733;REVB=0.00717505;RO=45;SAF=24;SAR=14;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969721;STB=0.503874;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00360426;OID=.;OPOS=44809162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:45:38:39:0.464286:14:24:28:17:15:24:28:17 chr5 49698180 . G A 3076.01 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.743;QD=63.7514;RBI=0.0456935;REFB=0;REVB=-0.00972165;RO=0;SAF=103;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63118e-05;OID=.;OPOS=49698180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:193:0:0:193:193:1:90:103:0:0:90:103:0:0 chr5 50040593 . T C 525.07 PASS AF=0.39726;AO=58;DP=146;FAO=58;FDP=146;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0143164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.181;QD=14.3856;RBI=0.0186766;REFB=-0.00791934;REVB=-0.011994;RO=87;SAF=24;SAR=34;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498964;STB=0.525088;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0103518;OID=.;OPOS=50040593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:87:88:58:58:0.39726:34:24:40:47:34:24:40:48 chr5 50053015 . G A 1503.81 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000617069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.449;QD=62.0129;RBI=0.00611979;REFB=-0.084449;REVB=0.00608861;RO=0;SAF=34;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12276e-08;STB=0.504064;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000422696;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:97:0:1:94:96:0.989691:60:34:0:0:61:35:0:1 chr5 50463442 . T G 417.23 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0105759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.851;QD=17.2053;RBI=0.0106853;REFB=-0.00282016;REVB=-0.00152546;RO=52;SAF=20;SAR=22;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424777;STB=0.529737;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00291399;OID=.;OPOS=50463442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:54:42:43:0.443299:22:20:27:25:23:20:28:26 chr5 52087584 . T A,TCA 593.79 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,37;DP=41;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955008,-0.0180769;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,2;MLLD=144.369,241.793;QD=59.3792;RBI=0.0142462,0.0253513;REFB=0,0;REVB=0.0105712,0.017774;RO=1;SAF=2,7;SAR=0,30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0622689;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0536801,-0.000504084;OID=.,.;OPOS=52087584,52087585;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:40:1:0:2,37:2,38:0.05,0.95:0,30:2,7:1:0:0,30:2,8:0:0 chr5 52096889 . C A 3865.98 PASS AF=1;AO=249;DP=252;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572521;FXX=0.00793619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.462;QD=61.8557;RBI=0.0299467;REFB=0.100679;REVB=0.0293943;RO=0;SAF=112;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.5295e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35184e-05;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:252:250:0:0:249:250:1:137:112:0:0:138:112:0:0 chr5 52157374 . T C 913.47 PASS AF=0.494565;AO=91;DP=184;FAO=91;FDP=184;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=26;FSRR=67;FWDB=0.0554313;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1207;QD=19.8581;RBI=0.0604877;REFB=-0.00543258;REVB=0.0242101;RO=93;SAF=27;SAR=64;SRF=26;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019024;STB=0.510461;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00511276;OID=.;OPOS=52157374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:93:93:91:91:0.494565:64:27:26:67:64:27:26:67 chr5 52193287 . C T 234.61 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00728919;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1396;QD=15.1358;RBI=0.0133256;REFB=0.00682263;REVB=0.0111552;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893996;STB=0.550618;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00814724;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:35:27:27:0.435484:13:14:15:20:13:14:15:20 chr5 52248291 . T C 234.38 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0197724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.582;QD=13.2046;RBI=0.0292276;REFB=-0.0185956;REVB=0.0215246;RO=42;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069433;STB=0.549463;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0146669;OID=.;OPOS=52248291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:19:9:16:26:19:9:17:26 chr5 52347369 . C T 527.56 PASS AF=0.56044;AO=48;DP=90;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0158565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3641;QD=23.1895;RBI=0.0211463;REFB=0.000725261;REVB=-0.0139906;RO=40;SAF=23;SAR=25;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241729;STB=0.52626;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-4.46025e-05;OID=.;OPOS=52347369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:40:40:48:51:0.56044:25:23:18:22:25:26:18:22 chr5 52351413 . G A 1306.15 PASS AF=0.457237;AO=134;DP=294;FAO=139;FDP=304;FR=.;FRO=165;FSAF=69;FSAR=70;FSRF=86;FSRR=79;FWDB=-0.00940902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.822;QD=17.1861;RBI=0.0148186;REFB=-0.0123119;REVB=-0.0114482;RO=132;SAF=69;SAR=65;SRF=86;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124509;STB=0.513462;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0129764;OID=.;OPOS=52351413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:304:132:165:134:139:0.457237:65:69:86:46:70:69:86:79 chr5 52379277 . C T 462.61 PASS AF=0.368421;AO=54;DP=150;FAO=56;FDP=152;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.0530591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.844;QD=12.174;RBI=0.0574131;REFB=-0.0024597;REVB=-0.0219317;RO=96;SAF=20;SAR=34;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786725;STB=0.541222;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00655193;OID=.;OPOS=52379277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:96:96:54:56:0.368421:34:20:42:54:35:21:42:54 chr5 52389428 . A G 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0337014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9749;QD=10.1406;RBI=0.0342563;REFB=0.00734701;REVB=0.00614038;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518065;STB=0.531201;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00837931;OID=.;OPOS=52389428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:12:16:8:5:12:16 chr5 52389455 . A G 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00729819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.429;QD=12.5793;RBI=0.00861126;REFB=0.00420374;REVB=-0.00457059;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447419;STB=0.526285;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00739166;OID=.;OPOS=52389455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:14:17:10:7:14:17 chr5 52389811 . T TAAAG 239.35 PASS AF=0.465517;AO=25;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0741115;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=4;MLLD=208.088;QD=16.5073;RBI=0.074313;REFB=-0.016969;REVB=0.00546786;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18737;STB=0.575779;STBP=0.3;TYPE=ins;VARB=0.0191808;OID=.;OPOS=52389812;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465517:25:59:27:58:31:11:16:17:14:99:31:9:16:17:14 chr5 52390026 . A AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT 64.69 PASS AF=0.180328;AO=10;DP=81;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0121857;FXX=0.0468677;HRUN=2;LEN=25;MLLD=807.649;QD=4.24182;RBI=0.0141548;REFB=0.000137424;REVB=-0.00720187;RO=70;SAF=3;SAR=7;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307517;STB=0.5485;STBP=0.741;TYPE=ins;VARB=-0.000577424;OID=.;OPOS=52390027;OREF=-;OALT=ATTATATAAACAACTTTGTAGGACT;OMAPALT=AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180328:10:81:11:61:50:4:7:21:29:64:70:3:7:39:31 chr5 52778870 . CG C,GC 411.65 PASS AF=0.707071,0.040404;AO=51,10;DP=111;FAO=70,4;FDP=99;FR=.;FRO=25;FSAF=8,0;FSAR=62,4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.130902,-0.0363465;FXX=0.131567;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=9.41625,93.8901;QD=16.6324;RBI=0.132184,0.0540809;REFB=-0.0635858,-0.0167804;REVB=-0.018366,-0.0400459;RO=27;SAF=7,0;SAR=44,10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.279165,-0.742346;STB=0.644293,0.996737;STBP=0.002,0.076;TYPE=del,mnp;VARB=0.0863034,0.230796;OID=.,.;OPOS=52778871,52778870;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:111:99:27:25:51,10:70,4:0.707071,0.040404:44,10:7,0:11:16:62,4:8,0:10:15 chr5 52778877 . GCC GC,GCG 935.55 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=64,6;DP=106;FAO=106,6;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=89,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.60804,0.00436583;FXX=0.00884877;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.3158,201.974;QD=33.4125;RBI=0.649933,0.0151885;REFB=0.0172785,0.000858493;REVB=0.229564,-0.0145475;RO=27;SAF=3,0;SAR=61,6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.461726,-0.643691;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0100089,0.0144327;OID=.,.;OPOS=52778878,52778879;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.946429,0.0535714:64,6:106:106,6:112:0:17,0:89,6:0:0:16:27:3,0:61,6:9:18 chr5 52856502 . G C 422.3 PASS AF=0.359712;AO=50;DP=139;FAO=50;FDP=139;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.00953323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.848;QD=12.1524;RBI=0.00963615;REFB=-0.0141737;REVB=0.00140457;RO=87;SAF=22;SAR=28;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933452;STB=0.513382;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0276229;OID=.;OPOS=52856502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:87:89:50:50:0.359712:28:22:39:48:28:22:41:48 chr5 52856504 . G C 2254.89 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0285;QD=63.5179;RBI=0.0347212;REFB=0;REVB=0.0216194;RO=0;SAF=66;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113119;OID=.;OPOS=52856504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:76:66:0:0:76:66:0:0 chr5 52942083 . A C 747.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.779;QD=63.5741;RBI=0.0409351;REFB=0;REVB=-0.00968655;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09934e-05;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr5 52942197 . A G 1980.15 PASS AF=0.984848;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0285534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.14;QD=60.0046;RBI=0.0405392;REFB=-0.114573;REVB=0.0287772;RO=2;SAF=64;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146176;STB=0.507691;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00105298;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:132:2:2:129:130:0.984848:65:64:2:0:66:64:2:0 chr5 52979097 . G A 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0274632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.369;QD=21.6644;RBI=0.0314993;REFB=0.00190493;REVB=-0.0154266;RO=33;SAF=13;SAR=26;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108364;STB=0.559968;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00224002;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:26:13:15:18:26:13:15:18 chr5 53344135 . T C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.00463145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.872;QD=22.144;RBI=0.00595759;REFB=-0.0121067;REVB=0.00374734;RO=13;SAF=1;SAR=16;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588228;STB=0.533291;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00456184;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:16:1:1:12:16:1:1:12 chr5 53606295 . T C 1824.34 PASS AF=0.563934;AO=171;DP=304;FAO=172;FDP=305;FR=.;FRO=133;FSAF=88;FSAR=84;FSRF=59;FSRR=74;FWDB=0.0171839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7648;QD=23.9258;RBI=0.0427225;REFB=0.0368474;REVB=-0.0391143;RO=133;SAF=87;SAR=84;SRF=59;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052494;STB=0.529632;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0286273;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:305:133:133:171:172:0.563934:84:87:59:74:84:88:59:74 chr5 53813830 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.553;QD=40.7623;RBI=0.0419438;REFB=0;REVB=-0.00504441;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327291;OID=.;OPOS=53813830;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr5 53814394 . T C 1577.01 PASS AF=0.95614;AO=109;DP=114;FAO=109;FDP=114;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.026361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.706;QD=55.3335;RBI=0.0302077;REFB=-0.0521382;REVB=-0.0147514;RO=5;SAF=71;SAR=38;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040755;STB=0.521507;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00321619;OID=.;OPOS=53814394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:114:114:5:5:109:109:0.95614:38:71:1:4:38:71:1:4 chr5 53815495 . A C 2433.36 PASS AF=0.975904;AO=162;DP=166;FAO=162;FDP=166;FR=.;FRO=4;FSAF=78;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0376287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.805;QD=58.6352;RBI=0.0393822;REFB=-0.0954385;REVB=-0.0116207;RO=3;SAF=78;SAR=84;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179462;STB=0.506475;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00285503;OID=.;OPOS=53815495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:166:166:3:4:162:162:0.975904:84:78:3:0:84:78:3:1 chr5 53815721 . G C 1915.0 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.34;QD=61.7741;RBI=0.0185779;REFB=0;REVB=0.00644126;RO=0;SAF=51;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74604e-05;OID=.;OPOS=53815721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:73:51:0:0:73:51:0:0 chr5 53815918 . A C 637.56 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00998712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.962;QD=59.3081;RBI=0.0126349;REFB=0.13859;REVB=-0.00773938;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00069664;OID=.;OPOS=53815918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:20:22:0:0:20:22:0:1 chr5 53816341 . G A 516.87 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.00904543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.597;QD=22.4725;RBI=0.0105259;REFB=-0.0160261;REVB=0.0053828;RO=39;SAF=10;SAR=39;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480026;STB=0.773765;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0161425;OID=.;OPOS=53816341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:43:49:49:0.532609:39:10:30:9:39:10:33:10 chr5 53816782 . T C 1698.33 PASS AF=0.937008;AO=115;DP=123;FAO=119;FDP=127;FR=.;FRO=8;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.019525;FXX=0.0230751;HRUN=6;LEN=1;MLLD=118.291;QD=53.4908;RBI=0.0415562;REFB=-0.0441784;REVB=0.0366837;RO=8;SAF=49;SAR=66;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929675;STB=0.505151;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00138704;OID=.;OPOS=53816782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:123:127:8:8:115:119:0.937008:66:49:4:4:69:50:4:4 chr5 54252345 . T C 386.71 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.021307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.513;QD=20.9035;RBI=0.0297952;REFB=-0.00203733;REVB=0.0208271;RO=35;SAF=14;SAR=25;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420959;STB=0.523253;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00161493;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:25:14:11:24:25:14:11:24 chr5 54253555 . A G 559.19 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0558941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0443;QD=20.5206;RBI=0.0558952;REFB=0.0150527;REVB=0.000350689;RO=51;SAF=27;SAR=30;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534892;STB=0.533516;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0199517;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:52:57:57:0.522936:30:27:21:30:30:27:21:31 chr5 54253581 . A G 622.43 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0111932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.105;QD=21.463;RBI=0.0247438;REFB=-0.0136683;REVB=0.0220673;RO=54;SAF=28;SAR=34;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970285;STB=0.505326;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0109388;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:54:62:62:0.534483:34:28:25:29:34:28:25:29 chr5 54403957 . T C 1030.7 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471455;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.649;QD=59.7509;RBI=0.0391044;REFB=0;REVB=0.0388191;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219121;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr5 54404013 . GAC AGT,GAT 1592.11 PASS AF=0.0280374,0.971963;AO=4,99;DP=112;FAO=3,104;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=3,44;FSAR=0,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174815,0.0495221;FXX=0.0446389;HRUN=5,1;LEN=3,1;MLLD=90.5572,94.9003;QD=59.5182;RBI=0.0230861,0.0521746;REFB=0,0;REVB=0.0150786,0.0164239;RO=0;SAF=4,39;SAR=0,60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.47126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0747392,-0.000350751;OID=.,.;OPOS=54404013,54404015;OREF=GAC,C;OALT=AGT,T;OMAPALT=AGT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:112:107:0:0:4,99:3,104:0.0280374,0.971963:0,60:4,39:0:0:0,60:3,44:0:0 chr5 54404057 . C G 543.11 PASS AF=0.430657;AO=53;DP=129;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=0.00149078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.131;QD=15.8573;RBI=0.00460259;REFB=-0.00570988;REVB=0.00435447;RO=75;SAF=25;SAR=28;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160877;STB=0.582996;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00834594;OID=.;OPOS=54404057;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:137:75:78:53:59:0.430657:28:25:24:51:30:29:27:51 chr5 54410099 . G A 471.18 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0241431;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.852;QD=15.7059;RBI=0.0244287;REFB=-0.0107595;REVB=-0.00372452;RO=63;SAF=26;SAR=26;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233735;STB=0.50833;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0132217;OID=.;OPOS=54410099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:120:63:68:52:52:0.433333:26:26:33:30:26:26:33:35 chr5 54410120 . A C 1659.23 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8953;QD=60.3356;RBI=0.024668;REFB=0;REVB=0.00477421;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41811e-05;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:54:56:0:0:54:56:0:0 chr5 54420799 . A C 689.54 PASS AF=0.53125;AO=67;DP=128;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0158954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9179;QD=21.5482;RBI=0.0199865;REFB=0.0165994;REVB=-0.012116;RO=60;SAF=30;SAR=37;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194681;STB=0.50278;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0143649;OID=.;OPOS=54420799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:60:60:67:68:0.53125:37:30:27:33:37:31:27:33 chr5 54439466 . G A 575.36 PASS AF=0.46875;AO=59;DP=127;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.00338322;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.803;QD=17.9799;RBI=0.00352409;REFB=-0.00873287;REVB=-0.0009864;RO=68;SAF=31;SAR=28;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137323;STB=0.571072;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0110249;OID=.;OPOS=54439466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:68:68:59:60:0.46875:28:31:26:42:29:31:26:42 chr5 54459961 . A G 442.75 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0218037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3329;QD=17.1942;RBI=0.100718;REFB=-0.0135751;REVB=-0.0983299;RO=55;SAF=18;SAR=30;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131809;STB=0.573535;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.011809;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:30:18:28:27:30:18:28:27 chr5 54466544 . A G 700.67 PASS AF=0.678161;AO=59;DP=87;FAO=59;FDP=87;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00505752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.569;QD=32.2148;RBI=0.0492663;REFB=-0.0208065;REVB=0.049006;RO=28;SAF=21;SAR=38;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225807;STB=0.512191;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0100941;OID=.;OPOS=54466544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:28:28:59:59:0.678161:38:21:9:19:38:21:9:19 chr5 54572163 . T C 1213.02 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00957591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.844;QD=59.9023;RBI=0.0267022;REFB=-0.161872;REVB=0.024926;RO=1;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106396;STB=0.505617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000305874;OID=.;OPOS=54572163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:44:36:0:1:44:36:0:1 chr5 54645411 . G A 647.95 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.553;QD=61.7095;RBI=0.048814;REFB=0;REVB=0.0381042;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43547e-05;OID=.;OPOS=54645411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:26:14:0:0:26:16:0:0 chr5 54674296 . A G 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.115;QD=61.6948;RBI=0.0136271;REFB=0;REVB=0.0099128;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0257e-05;OID=.;OPOS=54674296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr5 54941617 . A G 184.82 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00449742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.385;QD=12.1195;RBI=0.00814244;REFB=0.00294615;REVB=0.00678767;RO=38;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19538;STB=0.613394;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00386302;OID=.;OPOS=54941617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:7:16:20:18:7:16:20:18 chr5 54960609 . A G 1271.34 PASS AF=0.5;AO=124;DP=248;FAO=124;FDP=248;FR=.;FRO=124;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=71;FSRR=53;FWDB=-0.0187558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.337;QD=20.5055;RBI=0.0227932;REFB=-0.0288477;REVB=0.0129519;RO=123;SAF=55;SAR=69;SRF=70;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113834;STB=0.564389;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0267499;OID=.;OPOS=54960609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:123:124:124:124:0.5:69:55:70:53:69:55:71:53 chr5 54960673 . C G 533.43 PASS AF=0.386503;AO=63;DP=163;FAO=63;FDP=163;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=-0.0249255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.03;QD=13.0902;RBI=0.0252373;REFB=0.0131364;REVB=-0.00395504;RO=100;SAF=20;SAR=43;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121473;STB=0.568906;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0200997;OID=.;OPOS=54960673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:100:100:63:63:0.386503:43:20:42:58:43:20:42:58 chr5 54960687 . C T 416.15 PASS AF=0.371212;AO=49;DP=132;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=-0.0139024;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.475;QD=12.6105;RBI=0.0155634;REFB=-0.0182493;REVB=-0.00699583;RO=83;SAF=14;SAR=35;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823221;STB=0.547054;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0254961;OID=.;OPOS=54960687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:83:83:49:49:0.371212:35:14:29:54:35:14:29:54 chr5 54990005 . C T 125.87 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0163003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.199;QD=18.6466;RBI=0.0462947;REFB=-0.010516;REVB=0.0433301;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675494;STB=0.555477;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0111739;OID=.;OPOS=54990005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:7:7:5:7:7:7:5:8 chr5 55058992 . C A 1418.66 PASS AF=0.96875;AO=90;DP=93;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0650581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1021;QD=59.1109;RBI=0.0652411;REFB=0.00882441;REVB=0.00488379;RO=3;SAF=52;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265584;STB=0.513511;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000127712;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:96:3:3:90:93:0.96875:38:52:3:0:39:54:3:0 chr5 55062764 . T C 425.83 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0389573;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.782;QD=18.7179;RBI=0.039181;REFB=-0.0107201;REVB=-0.00418134;RO=48;SAF=11;SAR=32;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219759;STB=0.623315;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00907772;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:48:48:43:43:0.472527:32:11:22:26:32:11:22:26 chr5 55063821 . G A 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00921535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.887;QD=16.9209;RBI=0.0138258;REFB=-0.00181516;REVB=0.0103068;RO=50;SAF=18;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049699;STB=0.527888;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00228795;OID=.;OPOS=55063821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:22:18:25:25:22:18:25:25 chr5 55081694 . A G 447.51 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0194651;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.612;QD=18.2656;RBI=0.0196115;REFB=-0.0157661;REVB=0.00239154;RO=53;SAF=21;SAR=24;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125089;STB=0.569625;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0188295;OID=.;OPOS=55081694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:53:53:45:45:0.459184:24:21:18:35:24:21:18:35 chr5 55082474 . C T 2456.52 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.37;QD=61.4129;RBI=0.0387365;REFB=0;REVB=0.0315623;RO=0;SAF=67;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68689e-06;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:93:67:0:0:93:67:0:0 chr5 55149407 . T C 1047.12 PASS AF=0.514706;AO=105;DP=203;FAO=105;FDP=204;FR=.;FRO=99;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=0.030628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.735;QD=20.5317;RBI=0.0307283;REFB=-0.0208495;REVB=0.00248093;RO=98;SAF=48;SAR=57;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043683;STB=0.521095;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0139908;OID=.;OPOS=55149407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:98:99:105:105:0.514706:57:48:40:58:57:48:41:58 chr5 55155402 . C T 596.74 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0786969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6744;QD=16.4618;RBI=0.0839537;REFB=-0.0215356;REVB=0.029241;RO=81;SAF=30;SAR=33;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196098;STB=0.507244;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0278188;OID=.;OPOS=55155402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:81:82:63:63:0.434483:33:30:37:44:33:30:38:44 chr5 55246001 . A G 526.35 PASS AF=0.975;AO=35;DP=36;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0562665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.9515;QD=52.6348;RBI=0.0778657;REFB=-0.0632211;REVB=0.0538252;RO=1;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199081;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0323819;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:40:1:1:35:39:0.975:23:12:0:1:26:13:0:1 chr5 55406952 . T C 288.52 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.00462892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.625;QD=13.739;RBI=0.00479012;REFB=-0.00903165;REVB=-0.00123221;RO=51;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11501;STB=0.56518;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0102374;OID=.;OPOS=55406952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:20:13:15:36:20:13:15:36 chr5 55407542 . C T 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0260346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.709;QD=10.1572;RBI=0.0374786;REFB=-0.00761625;REVB=-0.0269601;RO=31;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185179;STB=0.611489;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0129209;OID=.;OPOS=55407542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:5:9:15:16:5:9:15:16 chr5 55421592 . AT A,TA 40.73 PASS AF=0.161765,0.0735294;AO=10,8;DP=72;FAO=11,5;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=1,0;FSAR=10,5;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.086994,-0.0100242;FXX=0.0555478;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=13.1079,26.0456;QD=2.39568;RBI=0.101494,0.0158909;REFB=-0.0481929,-0.0275522;REVB=0.0522798,-0.0123303;RO=48;SAF=1,0;SAR=9,8;SRF=18;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0.301887,0;SSSB=-0.443191,-0.637911;STB=0.811259,0.997274;STBP=0.053,0.043;TYPE=del,mnp;VARB=0.0855458,0.0681917;OID=.,.;OPOS=55421593,55421592;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:72:68:48:52:10,8:11,5:0.161765,0.0735294:9,8:1,0:18:30:10,5:1,0:18:34 chr5 55421598 . TAAAA ATAAA,TAAA,TAAAT 87.72 PASS AF=0.0425532,0.276596,0.0638298;AO=2,21,2;DP=47;FAO=2,13,3;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=0,2,1;FSAR=2,11,2;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0730122,0.0666012,-0.105166;FXX=0;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=26.9899,15.3691,27.5593;QD=7.46534;RBI=0.100588,0.194683,0.112315;REFB=-0.0435514,-0.0598278,-0.03476;REVB=-0.0691887,-0.182937,-0.0394317;RO=16;SAF=0,2,0;SAR=2,19,2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.534299,-0.48564,-0.534299;STB=0.993617,0.711065,0.545146;STBP=0.231,0.114,0.915;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0050144,0.0906977,0.163996;OID=.,.,.;OPOS=55421598,55421599,55421602;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,T;OMAPALT=ATAAA,TAAA,TAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:63:47:47:16:29:2,21,2:2,13,3:0.0425532,0.276596,0.0638298:2,19,2:0,2,0:8:8:2,11,2:0,2,1:11:18 chr5 55421610 . T A 244.78 PASS AF=0.343434;AO=33;DP=94;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=53;FWDB=0.0243243;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=21.6045;QD=9.89001;RBI=0.0348799;REFB=-0.0576843;REVB=0.0249988;RO=58;SAF=1;SAR=32;SRF=9;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488691;STB=0.832717;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.13654;OID=.;OPOS=55421610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:99:58:65:33:34:0.343434:32:1:9:49:33:1:12:53 chr5 55760879 . C T 364.32 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0167523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.54;QD=21.1198;RBI=0.0184501;REFB=-0.0221487;REVB=-0.00773098;RO=32;SAF=9;SAR=27;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216309;STB=0.623883;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.023183;OID=.;OPOS=55760879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:32:36:37:0.536232:27:9:15:17:28:9:15:17 chr5 55831021 . A G 1630.2 PASS AF=0.476056;AO=168;DP=355;FAO=169;FDP=355;FR=.;FRO=186;FSAF=63;FSAR=106;FSRF=95;FSRR=91;FWDB=0.00325036;FXX=0.00837965;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.711;QD=18.3684;RBI=0.0221804;REFB=-0.00336638;REVB=-0.0219409;RO=184;SAF=62;SAR=106;SRF=94;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138688;STB=0.574359;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00372319;OID=.;OPOS=55831021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:355:184:186:168:169:0.476056:106:62:94:90:106:63:95:91 chr5 56161787 . G A 1659.54 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.761;QD=60.3467;RBI=0.0337345;REFB=0;REVB=0.0248782;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49206e-05;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:62:48:0:0:62:48:0:0 chr5 56177743 . G A 1896.37 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4535;QD=61.6705;RBI=0.0179598;REFB=0;REVB=0.00579603;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24975e-05;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:57:66:0:0:57:66:0:0 chr5 56177848 . TCAA T 173.13 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028986;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=213.992;QD=46.1681;RBI=0.0942132;REFB=0;REVB=0.0896434;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000925381;OID=.;OPOS=56177849;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:16:15:15:0:8:7:0:0:4:0:8:5:0:0 chr5 56178217 . A C 422.18 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2132;QD=56.29;RBI=0.0501459;REFB=0;REVB=-0.0143961;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071579;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:19:10:0:0:19:11:0:0 chr5 56526565 . G T 811.81 PASS AF=1;AO=47;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.853;QD=56.9693;RBI=0.0664195;REFB=0;REVB=0.047916;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245037;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:47:57:1:28:19:0:0:33:24:0:0 chr5 56526783 . G A 1532.39 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0033846;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.421;QD=57.8262;RBI=0.0139183;REFB=-0.1634;REVB=0.0135005;RO=2;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160805;STB=0.504201;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0014238;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:107:106:2:1:104:105:0.990566:58:46:0:2:59:46:0:1 chr5 57750267 . A C 2200.48 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0208553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3216;QD=62.4248;RBI=0.02406;REFB=-0.0953414;REVB=-0.0119976;RO=1;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684118;STB=0.503597;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00538411;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:69:71:0:1:69:71:0:1 chr5 57750350 . C G 553.41 PASS AF=0.483333;AO=55;DP=117;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.000570778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.25;QD=18.4471;RBI=0.000943145;REFB=-0.00921193;REVB=0.000750823;RO=62;SAF=18;SAR=37;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233239;STB=0.626741;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00952315;OID=.;OPOS=57750350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:62:62:55:58:0.483333:37:18:35:27:39:19:35:27 chr5 57754132 . G C 962.05 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149471;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.998;QD=57.4361;RBI=0.0259784;REFB=-0.00805072;REVB=-0.0212477;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000190341;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:0:1:66:66:0.985075:37:29:0:0:37:29:0:1 chr5 57754808 . G A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0625;QD=58.9627;RBI=0.0481255;REFB=0;REVB=-0.0462072;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380855;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr5 57754851 . A G 651.04 PASS AF=0.511811;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0234598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0352;QD=20.5052;RBI=0.0368284;REFB=0.0101443;REVB=-0.0283896;RO=62;SAF=35;SAR=30;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105317;STB=0.557953;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0097405;OID=.;OPOS=57754851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:62:62:65:65:0.511811:30:35:26:36:30:35:26:36 chr5 57755703 . C T 574.84 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0260863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.393;QD=23.7046;RBI=0.028969;REFB=-0.0372891;REVB=0.012598;RO=43;SAF=19;SAR=34;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524032;STB=0.535419;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0308824;OID=.;OPOS=57755703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:44:53:53:0.546392:34:19:18:25:34:19:19:25 chr5 57825920 . A G 100.06 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00432831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.613;QD=11.1174;RBI=0.0181109;REFB=-0.013939;REVB=0.017586;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411408;STB=0.738637;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0324276;OID=.;OPOS=57825920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:5:18:5:8:5:18 chr5 58267557 . C T 1844.66 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223321;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.494;QD=61.4885;RBI=0.0152359;REFB=0;REVB=-0.0150714;RO=0;SAF=68;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174316;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:52:68:0:0:52:68:0:0 chr5 58489384 . G A 2354.09 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732964;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5566;QD=64.0568;RBI=0.0857627;REFB=0;REVB=-0.0445296;RO=0;SAF=73;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488096;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:147:147:1:74:73:0:0:74:73:0:0 chr5 59984897 . A T 1756.23 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364319;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.58;QD=60.042;RBI=0.037069;REFB=-0.153816;REVB=0.00684288;RO=0;SAF=53;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14374e-08;STB=0.504672;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000237196;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:0:1:116:116:0.991453:63:53:0:0:63:53:1:0 chr5 60050522 . G A 939.68 PASS AF=0.548193;AO=91;DP=166;FAO=91;FDP=166;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.00591876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.166;QD=22.643;RBI=0.0109518;REFB=-0.00439794;REVB=-0.00921468;RO=75;SAF=44;SAR=47;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291363;STB=0.50159;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00333212;OID=.;OPOS=60050522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:75:75:91:91:0.548193:47:44:36:39:47:44:36:39 chr5 60241142 . G A 2456.16 PASS AF=0.987805;AO=137;DP=164;FAO=162;FDP=164;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=53;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0207357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0337;QD=59.9062;RBI=0.167834;REFB=-0.068013;REVB=0.166548;RO=2;SAF=52;SAR=85;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034939;STB=0.50239;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00170166;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:164:164:2:2:137:162:0.987805:85:52:1:1:109:53:1:1 chr5 60839907 . C A 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0152855;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.101;QD=15.9158;RBI=0.0182181;REFB=-0.000624434;REVB=0.00991228;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783935;STB=0.545384;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00102874;OID=.;OPOS=60839907;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:8:7:5:8:8:7 chr5 60982841 . G A 693.82 PASS AF=0.391304;AO=81;DP=206;FAO=81;FDP=207;FR=.;FRO=126;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.0206293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0242;QD=13.4071;RBI=0.0338151;REFB=-0.0122519;REVB=-0.0267935;RO=125;SAF=48;SAR=33;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139312;STB=0.576142;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0194578;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:125:126:81:81:0.391304:33:48:58:67:33:48:59:67 chr5 61684882 . GA G 159.1 PASS AF=0.75;AO=26;DP=41;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.138483;FXX=0.0243843;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.7702;QD=15.9104;RBI=0.166412;REFB=0.0142274;REVB=0.092278;RO=10;SAF=12;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.37037;SSSB=-0.0196278;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.032128;OID=.;OPOS=61684883;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:26:41:30:40:10:15:15:5:5:29:10:12:14:5:5 chr5 61694379 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.957;QD=59.5015;RBI=0.0307736;REFB=0;REVB=0.00952389;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91923e-05;OID=.;OPOS=61694379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr5 61697859 . C T 905.63 PASS AF=0.915493;AO=57;DP=71;FAO=65;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0386136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.09;QD=51.0214;RBI=0.0574724;REFB=-0.0859829;REVB=0.0425684;RO=5;SAF=36;SAR=21;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611327;STB=0.530855;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00103474;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:71:71:5:5:57:65:0.915493:21:36:5:0:27:38:5:0 chr5 63905068 . A G 1540.02 PASS AF=0.506579;AO=154;DP=305;FAO=154;FDP=304;FR=.;FRO=150;FSAF=65;FSAR=89;FSRF=72;FSRR=78;FWDB=-0.0167006;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9725;QD=20.2634;RBI=0.0275307;REFB=-0.00363056;REVB=-0.0218867;RO=150;SAF=65;SAR=89;SRF=72;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529868;STB=0.529023;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00353408;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:304:150:150:154:154:0.506579:89:65:72:78:89:65:72:78 chr5 63907999 . TC T 76.62 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0465988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.0963;QD=7.29761;RBI=0.092647;REFB=0.00492179;REVB=0.0800751;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236241;STB=0.639808;STBP=0.197;TYPE=del;VARB=-0.00365496;OID=.;OPOS=63908000;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:14:42:14:42:28:6:8:18:10:76:28:6:8:18:10 chr5 64018730 . A G 620.27 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00355222;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7825;QD=19.3833;RBI=0.0318732;REFB=-0.00035479;REVB=0.0316747;RO=66;SAF=24;SAR=39;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849756;STB=0.54249;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.000624482;OID=.;OPOS=64018730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:66:65:63:63:0.492188:39:24:31:35:39:24:30:35 chr5 64019300 . A C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0115776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.102;QD=12.8691;RBI=0.0115788;REFB=-0.0226708;REVB=0.000164354;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426365;STB=0.534726;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0345436;OID=.;OPOS=64019300;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:9:12:17:15:9:12:17:16 chr5 64020241 . T C 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0194555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.368;QD=11.2668;RBI=0.0204596;REFB=0.00225419;REVB=0.00633072;RO=36;SAF=6;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232343;STB=0.636222;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00306622;OID=.;OPOS=64020241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:14:6:18:18:14:6:18:18 chr5 64023924 . C A 466.38 PASS AF=0.346154;AO=51;DP=172;FAO=63;FDP=182;FR=.;FRO=119;FSAF=51;FSAR=12;FSRF=93;FSRR=26;FWDB=-0.00119775;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6241;QD=10.2501;RBI=0.00636755;REFB=-0.00975368;REVB=0.00625388;RO=94;SAF=44;SAR=7;SRF=73;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173115;STB=0.528632;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0144581;OID=.;OPOS=64023924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:182:94:119:51:63:0.346154:7:44:73:21:12:51:93:26 chr5 64023981 . C T 954.21 PASS AF=0.37931;AO=101;DP=289;FAO=110;FDP=290;FR=.;FRO=180;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=78;FSRR=102;FWDB=0.000111475;FXX=0.0300993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.249;QD=13.1615;RBI=0.00633502;REFB=-0.0125475;REVB=-0.00633404;RO=171;SAF=62;SAR=39;SRF=76;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188985;STB=0.597543;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0226832;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:290:171:180:101:110:0.37931:39:62:76:95:45:65:78:102 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=58;DP=253;LEN=9;RO=195;SAF=53;SAR=37;SRF=77;SRR=86;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:253:195:58:37:53:77:86 chr5 64097145 . C G 704.94 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=-0.029491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.494;QD=21.2011;RBI=0.0296457;REFB=-0.0117682;REVB=0.00302465;RO=64;SAF=30;SAR=39;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125421;STB=0.568701;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0159968;OID=.;OPOS=64097145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:64:64:69:69:0.518797:39:30:19:45:39:30:19:45 chr5 64103617 . GT G 31.81 PASS AF=0.466667;AO=4;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.127249;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=12.1659;QD=8.48397;RBI=0.137871;REFB=-0.0944043;REVB=0.0530689;RO=8;SAF=3;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149602;STB=0.68509;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.122933;OID=.;OPOS=64103618;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:4:15:7:15:8:6:1:5:3:31:8:3:1:5:3 chr5 64267595 . T C 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0153338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.743;QD=19.4774;RBI=0.0212481;REFB=-0.0373834;REVB=-0.0147091;RO=42;SAF=15;SAR=26;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126382;STB=0.570349;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0332698;OID=.;OPOS=64267595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:26:15:21:21:26:15:21:21 chr5 64552788 . T C 36.62 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00257086;FXX=0.049975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.322;QD=7.70967;RBI=0.0305171;REFB=-0.0402005;REVB=-0.0304086;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253419;STB=0.760797;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0484102;OID=.;OPOS=64552788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:20:19:10:13:5:5:0.263158:1:4:6:4:1:4:6:7 chr5 64553490 . T A 581.03 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.0205177;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.847;QD=18.7429;RBI=0.0226305;REFB=0.000638089;REVB=-0.00954803;RO=64;SAF=38;SAR=22;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231686;STB=0.512816;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.000727985;OID=.;OPOS=64553490;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:64:64:60:60:0.483871:22:38:42:22:22:38:42:22 chr5 64584140 . C T 35.36 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0406754;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.537;QD=8.31911;RBI=0.0422849;REFB=-0.0303026;REVB=0.0115554;RO=13;SAF=5;SAR=0;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.688115;STB=0.675005;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0358335;OID=.;OPOS=64584140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:19:17:13:11:5:6:0.352941:0:5:8:5:1:5:7:4 chr5 64766859 . T G 359.37 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00398953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.685;QD=13.822;RBI=0.0101709;REFB=-0.0117831;REVB=-0.00935579;RO=61;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677911;STB=0.542941;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.013263;OID=.;OPOS=64766859;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:61:62:42:42:0.403846:20:22:28:33:20:22:28:34 chr5 64814436 . C T 385.94 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.000857434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.348;QD=14.8439;RBI=0.0323236;REFB=-0.0148317;REVB=-0.0323122;RO=60;SAF=24;SAR=20;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637649;STB=0.535886;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0165834;OID=.;OPOS=64814436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:20:24:29:31:20:24:29:31 chr5 64881936 . A G 368.25 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0560065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.701;QD=16.7388;RBI=0.0560076;REFB=0.000292357;REVB=-0.000357518;RO=49;SAF=11;SAR=28;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163945;STB=0.592543;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000157861;OID=.;OPOS=64881936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:28:11:21:28:28:11:21:28 chr5 64892939 . T G 972.53 PASS AF=0.480952;AO=90;DP=210;FAO=101;FDP=210;FR=.;FRO=109;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=0.00571856;FXX=0.00473911;HRUN=5;LEN=1;MLLD=307.186;QD=18.5243;RBI=0.0074869;REFB=-0.00350323;REVB=0.00483236;RO=85;SAF=52;SAR=38;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224365;STB=0.502721;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00378073;OID=.;OPOS=64892939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:85:109:90:101:0.480952:38:52:47:38:45:56:61:48 chr5 64926104 . A G 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0176106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.669;QD=20.4858;RBI=0.0216411;REFB=0.00416914;REVB=0.0125779;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204611;STB=0.511611;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00235609;OID=.;OPOS=64926104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:5:6:8:6:5:6 chr5 64926174 . C T 209.31 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.110952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3417;QD=15.797;RBI=0.11324;REFB=-0.018348;REVB=-0.0226494;RO=28;SAF=4;SAR=19;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643398;STB=0.526536;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0314758;OID=.;OPOS=64926174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:29:23:24:0.45283:19:4:6:22:19:5:7:22 chr5 64926315 . G A 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00248436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.2;QD=19.0784;RBI=0.00715792;REFB=-0.00862562;REVB=0.00671295;RO=31;SAF=7;SAR=25;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382963;STB=0.714927;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00990346;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:25:7:19:12:25:7:19:12 chr5 64926500 . ATTTTTT ATTTTT,ATTTTTA 159.59 PASS AF=0.333333,0.358974;AO=6,14;DP=39;FAO=13,14;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=11,13;FSAR=2,1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00850009,-0.0187742;FXX=0.0487686;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.17869,10.21;QD=16.3677;RBI=0.238697,0.13794;REFB=0.0398374,-0.0860497;REVB=0.238546,0.136656;RO=11;SAF=6,13;SAR=0,1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.318584,0;SSSB=0.705658,0.361245;STB=0.578814,0.70233;STBP=0.523,0.134;TYPE=del,snp;VARB=-0.105207,0.120682;OID=.,.;OPOS=64926501,64926506;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.358974:6,14:39:13,14:39:12:11,13:2,1:9:3:40:11:6,13:0,1:8:3 chr5 65317181 . C T 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.000951889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.686;QD=8.64039;RBI=0.0160939;REFB=-0.00203139;REVB=-0.0160657;RO=34;SAF=4;SAR=9;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446273;STB=0.767922;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00905355;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:9:4:24:10:9:4:24:10 chr5 65350374 . A G 903.2 PASS AF=0.477157;AO=94;DP=202;FAO=94;FDP=197;FR=.;FRO=103;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0119886;FXX=0.0247512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.188;QD=18.3391;RBI=0.0228038;REFB=0.00802281;REVB=-0.0193981;RO=106;SAF=54;SAR=40;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811381;STB=0.556991;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00733929;OID=.;OPOS=65350374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:197:106:103:94:94:0.477157:40:54:52:54:40:54:48:55 chr5 65350481 . C T 262.57 PASS AF=0.369048;AO=30;DP=83;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00366916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.41;QD=12.5033;RBI=0.0129122;REFB=-0.00502979;REVB=0.0123799;RO=53;SAF=10;SAR=20;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758748;STB=0.528034;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0102538;OID=.;OPOS=65350481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:53:53:30:31:0.369048:20:10:21:32:20:11:21:32 chr5 66166614 . G A 272.41 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0242933;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.719;QD=14.7248;RBI=0.0280722;REFB=0.00507097;REVB=-0.0140672;RO=42;SAF=8;SAR=23;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174493;STB=0.608886;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00628816;OID=.;OPOS=66166614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:43:31:31:0.418919:23:8:17:25:23:8:18:25 chr5 66459878 . G C 588.4 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00284706;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9471;QD=23.7736;RBI=0.00465978;REFB=-0.0052446;REVB=0.00368888;RO=45;SAF=28;SAR=26;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104978;STB=0.547351;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00345489;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:54:54:0.545455:26:28:29:16:26:28:28:17 chr5 66462464 . AG A,GC 3419.76 PASS AF=0.964539,0.035461;AO=39,10;DP=244;FAO=272,10;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=180,0;FSAR=92,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.681468,-0.00286795;FXX=0.0105259;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=18.4834,172.591;QD=48.5072;RBI=0.688274,0.132481;REFB=-0.0211047,0.0709971;REVB=0.0965547,-0.13245;RO=160;SAF=28,0;SAR=11,10;SRF=147;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.247059,0;SSSB=-0.415811,-0.812204;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00608465,0.162942;OID=.,.;OPOS=66462465,66462464;OREF=G,AG;OALT=-,GC;OMAPALT=A,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:244:282:160:0:39,10:272,10:0.964539,0.035461:11,10:28,0:147:13:92,10:180,0:0:0 chr5 66480004 . T C 1003.97 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.148;QD=57.3695;RBI=0.0204491;REFB=-0.0840902;REVB=0.0168511;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.50769;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00380817;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:0:1:68:69:0.985714:36:32:0:0:37:32:1:0 chr5 67494070 . A T 417.19 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0272622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2356;QD=15.743;RBI=0.0538734;REFB=-0.0076906;REVB=0.0464663;RO=58;SAF=25;SAR=22;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196717;STB=0.505847;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0141195;OID=.;OPOS=67494070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:59:47:47:0.443396:22:25:32:26:22:25:32:27 chr5 67522722 . C T 593.41 PASS AF=0.431373;AO=65;DP=152;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=0.00337203;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.217;QD=15.5141;RBI=0.00609511;REFB=0.00318678;REVB=-0.00507738;RO=84;SAF=29;SAR=36;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921341;STB=0.534958;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00459963;OID=.;OPOS=67522722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:84:87:65:66:0.431373:36:29:30:54:37:29:33:54 chr5 68266553 . A T 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.226;QD=58.7802;RBI=0.0541607;REFB=0;REVB=-0.00351362;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199558;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr5 68417643 . C T 1629.54 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00602013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.704;QD=58.1978;RBI=0.0257827;REFB=0.038553;REVB=0.02507;RO=1;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713918;STB=0.507461;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000116902;OID=.;OPOS=68417643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:1:2:110:110:0.982143:66:44:0:1:66:44:0:2 chr5 68419054 . A T 769.39 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00788355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.037;QD=56.9915;RBI=0.0501791;REFB=0;REVB=-0.0495559;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128895;OID=.;OPOS=68419054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr5 68616331 . C T 837.06 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0461198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.87;QD=55.8043;RBI=0.063758;REFB=-0.0905689;REVB=0.0440233;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.507934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0010906;OID=.;OPOS=68616331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:0:1:58:59:0.983333:31:27:0:0:31:28:0:1 chr5 68688608 . T C 222.0 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00120857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.934;QD=14.5575;RBI=0.0736974;REFB=0.0300752;REVB=0.0736875;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819476;STB=0.546564;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0623371;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:16:19:12:14:16:19 chr5 68715310 . C T 205.02 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00194373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.354;QD=16.4018;RBI=0.00194536;REFB=-0.0044824;REVB=-7.97199e-05;RO=29;SAF=5;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17451;STB=0.600836;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0101636;OID=.;OPOS=68715310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:16:5:11:18:16:5:11:18 chr5 68720419 . T G 308.25 PASS AF=0.485294;AO=34;DP=69;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00611723;FXX=0.0144907;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.636;QD=18.1323;RBI=0.00866767;REFB=-0.00780267;REVB=0.00614068;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792277;STB=0.544457;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00845454;OID=.;OPOS=68720419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:35:34:33:0.485294:17:17:14:20:16:17:15:20 chr5 68774966 . A G 591.29 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.021765;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.885;QD=20.215;RBI=0.0257842;REFB=-0.00583876;REVB=0.0138242;RO=57;SAF=26;SAR=34;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189105;STB=0.604027;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00388898;OID=.;OPOS=68774966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:57:57:60:60:0.512821:34:26:37:20:34:26:37:20 chr5 68775065 . C T 66.81 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0109054;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.039;QD=22.2708;RBI=0.015827;REFB=-0.0292153;REVB=0.0114702;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788369;STB=0.545344;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0207022;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:13:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:3:1:3:5:3:1 chr5 70308251 . C T 1266.3 PASS AF=0.708333;AO=102;DP=144;FAO=102;FDP=144;FR=.;FRO=42;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00861078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.487;QD=35.1751;RBI=0.0245303;REFB=-0.011334;REVB=-0.0229693;RO=42;SAF=44;SAR=58;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548446;STB=0.529373;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00376738;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:42:42:102:102:0.708333:58:44:14:28:58:44:14:28 chr5 70751818 . T G 1238.06 PASS AF=0.434084;AO=134;DP=310;FAO=135;FDP=311;FR=.;FRO=176;FSAF=54;FSAR=81;FSRF=96;FSRR=80;FWDB=-0.0295727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.133;QD=15.9236;RBI=0.0312839;REFB=-0.0148451;REVB=0.0102046;RO=171;SAF=54;SAR=80;SRF=92;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137502;STB=0.582889;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0209036;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:311:171:176:134:135:0.434084:80:54:92:79:81:54:96:80 chr5 70800538 . G A 316.63 PASS AF=0.347826;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0119306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.711;QD=11.0132;RBI=0.0127266;REFB=-0.00319889;REVB=-0.00443033;RO=74;SAF=20;SAR=20;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305191;STB=0.521728;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00555912;OID=.;OPOS=70800538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:75:40:40:0.347826:20:20:35:39:20:20:35:40 chr5 70806457 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0280551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.199;QD=14.3344;RBI=0.029054;REFB=-0.0297438;REVB=0.00755304;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149134;STB=0.587049;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.048623;OID=.;OPOS=70806457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:11:15:12:5:11:15 chr5 70806649 . T A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.145943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.919;QD=7.46485;RBI=0.145979;REFB=-0.0120116;REVB=0.00325986;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381716;STB=0.749167;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0256879;OID=.;OPOS=70806649;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:6:1:7:10:6:1:7:10 chr5 70806958 . G A 201.47 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00218964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.817;QD=13.8944;RBI=0.00567458;REFB=0.0030642;REVB=-0.0052351;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257136;STB=0.514694;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00401425;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:10:14:19:15:10:14:19:15 chr5 70809169 . A G 370.59 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0166948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.569;QD=17.2369;RBI=0.0177921;REFB=-0.0090576;REVB=0.00615173;RO=46;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225405;STB=0.517652;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0148263;OID=.;OPOS=70809169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:22:17:19:27:22:17:19:28 chr5 70837295 . A C 185.57 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00761573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1308;QD=13.7458;RBI=0.0150481;REFB=0.00169759;REVB=0.0129787;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142987;STB=0.581866;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00297334;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:10:12:13:19:10:12:13:19 chr5 70840233 . C T 610.61 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0089583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6525;QD=19.8571;RBI=0.0247458;REFB=-0.00828189;REVB=-0.0230674;RO=59;SAF=19;SAR=43;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207003;STB=0.615799;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00628431;OID=.;OPOS=70840233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:59:61:62:62:0.504065:43:19:31:28:43:19:32:29 chr5 70849021 . G T 362.09 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00782654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.505;QD=15.408;RBI=0.0186369;REFB=-0.00335624;REVB=-0.0169139;RO=54;SAF=16;SAR=23;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934749;STB=0.558469;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00412863;OID=.;OPOS=70849021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:55:39:39:0.414894:23:16:27:27:23:16:28:27 chr5 70932002 . G A 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0277629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.121;QD=12.7895;RBI=0.0280158;REFB=-0.0296506;REVB=0.00375646;RO=45;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414808;STB=0.523792;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0403535;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:12:16:24:21:12:16:24:21 chr5 70945075 . A G 755.78 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519282;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.251;QD=57.0404;RBI=0.0589648;REFB=0;REVB=0.027934;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288663;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:39:14:0:0:39:14:0:0 chr5 71146741 . T G 343.86 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000638248;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.747;QD=49.1227;RBI=0.000638248;REFB=0.033066;REVB=0;RO=2;SAF=26;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00214708;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:28:2:2:26:26:0.928571:0:26:2:0:0:26:2:0 chr5 71146757 . T C 1324.0 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0316688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0388;QD=60.8737;RBI=0.0338502;REFB=-0.00191776;REVB=-0.0119552;RO=1;SAF=50;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938213;STB=0.504949;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000165349;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:36:50:1:0:36:50:1:0 chr5 71146882 . T C 6134.45 PASS AF=0.955294;AO=401;DP=428;FAO=406;FDP=425;FR=.;FRO=19;FSAF=217;FSAR=189;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00129686;FXX=0.00700918;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.248;QD=57.736;RBI=0.0141919;REFB=-0.0133988;REVB=0.0141325;RO=19;SAF=216;SAR=185;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563102;STB=0.50273;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000463755;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:428:425:19:19:401:406:0.955294:185:216:9:10:189:217:9:10 chr5 71146889 . A G 5806.98 PASS AF=0.944444;AO=391;DP=414;FAO=391;FDP=414;FR=.;FRO=23;FSAF=215;FSAR=176;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0140475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.398;QD=56.1061;RBI=0.0179271;REFB=-0.0291169;REVB=0.0111377;RO=23;SAF=215;SAR=176;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122819;STB=0.506449;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00125116;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:414:414:23:23:391:391:0.944444:176:215:10:13:176:215:10:13 chr5 71465361 . T A 753.17 PASS AF=0.488095;AO=67;DP=152;FAO=82;FDP=168;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.0128389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1718;QD=17.9326;RBI=0.0130873;REFB=-0.0186229;REVB=-0.00253776;RO=82;SAF=32;SAR=35;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582612;STB=0.542867;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0218694;OID=.;OPOS=71465361;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:168:82:86:67:82:0.488095:35:32:44:38:45:37:46:40 chr5 71490962 . A G 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.037078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7001;QD=12.4019;RBI=0.056362;REFB=0.00745275;REVB=0.0424488;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209485;STB=0.622079;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.020901;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:8:8:9:20:8:8:9:20 chr5 71495041 . T C 662.71 PASS AF=0.468531;AO=59;DP=143;FAO=67;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.00239227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1566;QD=18.5372;RBI=0.0240433;REFB=-0.0257231;REVB=-0.023924;RO=56;SAF=29;SAR=30;SRF=42;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228697;STB=0.559176;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0277446;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:56:75:59:67:0.468531:30:29:42:14:37:30:42:33 chr5 71756102 . G A 6091.88 PASS AF=1;AO=384;DP=387;FAO=386;FDP=386;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=212;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153376;FXX=0.0102561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9929;QD=63.1283;RBI=0.0786083;REFB=-0.0726382;REVB=0.0770975;RO=3;SAF=174;SAR=210;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00676788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558341;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:387:386:3:0:384:386:1:210:174:0:3:212:174:0:0 chr5 71756670 . C T 570.56 PASS AF=0.684932;AO=42;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0471273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.481;QD=31.2633;RBI=0.0483902;REFB=-0.0158475;REVB=0.0109835;RO=20;SAF=20;SAR=22;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754779;STB=0.547926;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00775719;OID=.;OPOS=71756670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:20:23:42:50:0.684932:22:20:7:13:25:25:8:15 chr5 72144209 . C T 817.89 PASS AF=0.421296;AO=91;DP=217;FAO=91;FDP=216;FR=.;FRO=125;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=56;FSRR=69;FWDB=-0.013378;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.468;QD=15.1462;RBI=0.0185225;REFB=-0.0113634;REVB=-0.0128106;RO=125;SAF=41;SAR=50;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00266889;STB=0.50149;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0152147;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:125:125:91:91:0.421296:50:41:56:69:50:41:56:69 chr5 72174432 . C G 3124.01 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6466;QD=60.9563;RBI=0.0323069;REFB=0;REVB=-0.0322216;RO=0;SAF=79;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374223;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:205:0:0:201:205:1:122:79:0:0:124:81:0:0 chr5 72184098 . C T 1290.81 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183487;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2764;QD=60.7442;RBI=0.0186728;REFB=0.00197186;REVB=-0.00346383;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011412;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-6.02272e-05;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:41:42:0:1:41:43:0:1 chr5 72347223 . A G 396.22 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.00638707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.486;QD=17.8075;RBI=0.0134607;REFB=-0.00778886;REVB=0.0118489;RO=46;SAF=19;SAR=22;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175614;STB=0.605995;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0102615;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:46:48:41:41:0.460674:22:19:13:33:22:19:13:35 chr5 72351905 . A G 116.63 PASS AF=0.35;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0184267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.148;QD=11.6632;RBI=0.021965;REFB=0.00388956;REVB=-0.0119549;RO=24;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381134;STB=0.730117;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0491508;OID=.;OPOS=72351905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:26:14:14:0.35:11:3:13:11:11:3:14:12 chr5 72384255 . A G 316.92 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.000168873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.219;QD=25.8707;RBI=0.0584719;REFB=-0.0281347;REVB=0.0584716;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651959;STB=0.536057;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0137868;OID=.;OPOS=72384255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:15:13:8:13:15:13:8:13 chr5 72385914 . A G 328.95 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00420561;FXX=0.0493766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.245;QD=17.0881;RBI=0.0486698;REFB=-0.0148773;REVB=0.0484878;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101438;STB=0.549268;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00948149;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:77:37:42:35:35:0.454545:16:19:16:21:16:19:19:23 chr5 72395915 . G A 666.79 PASS AF=0.467105;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.00652035;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.358;QD=17.5472;RBI=0.00816617;REFB=-0.0156215;REVB=-0.00491644;RO=80;SAF=34;SAR=37;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825998;STB=0.507976;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0180855;OID=.;OPOS=72395915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:80:81:71:71:0.467105:37:34:39:41:37:34:40:41 chr5 72419410 . A G 2659.69 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.52;QD=61.8532;RBI=0.00686527;REFB=0;REVB=0.00663032;RO=0;SAF=97;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24173e-06;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:172:0:0:170:172:1:73:97:0:0:75:97:0:0 chr5 72419456 . C G 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0153518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3429;QD=15.2435;RBI=0.064077;REFB=0.000345682;REVB=-0.0622108;RO=61;SAF=27;SAR=20;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676924;STB=0.541616;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00106599;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:20:27:39:22:20:27:40:22 chr5 72419617 . C A 799.99 PASS AF=0.433498;AO=87;DP=203;FAO=88;FDP=203;FR=.;FRO=115;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.0120032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.35;QD=15.7633;RBI=0.0174279;REFB=-0.00571813;REVB=0.0126355;RO=113;SAF=45;SAR=42;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667945;STB=0.528576;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00690309;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:113:115:87:88:0.433498:42:45:51:62:43:45:53:62 chr5 72744119 . C G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0077224;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.472;QD=17.56;RBI=0.0110981;REFB=-0.0200997;REVB=0.00797072;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294619;STB=0.666496;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0219142;OID=.;OPOS=72744119;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:5:16:8:10:5:16 chr5 72795160 . AATCTC A 324.2 PASS AF=0.471154;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0193365;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=5;MLLD=321.679;QD=12.4693;RBI=0.0194921;REFB=-0.00138646;REVB=-0.00245787;RO=55;SAF=9;SAR=39;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229524;STB=0.632092;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.00154486;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471154:48:105:49:104:55:9:40:20:35:99:55:9:39:20:35 chr5 72795176 . G A 426.51 PASS AF=0.451923;AO=46;DP=103;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0149688;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.455;QD=16.4044;RBI=0.0150962;REFB=-0.0138071;REVB=-0.00195692;RO=56;SAF=10;SAR=36;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156987;STB=0.58855;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0114669;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:56:57:46:47:0.451923:36:10:19:37:37:10:19:38 chr5 72798845 . A G 403.28 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00868622;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5942;QD=18.7573;RBI=0.00958313;REFB=-0.020722;REVB=0.00404796;RO=42;SAF=11;SAR=30;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121789;STB=0.581121;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0241115;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:42:45:41:41:0.476744:30:11:16:26:30:11:18:27 chr5 72874907 . A C 646.71 PASS AF=0.403315;AO=73;DP=181;FAO=73;FDP=181;FR=.;FRO=108;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=-0.000631259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6764;QD=14.292;RBI=0.00375392;REFB=-0.0067947;REVB=0.00370046;RO=107;SAF=36;SAR=37;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670685;STB=0.540153;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00944887;OID=.;OPOS=72874907;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:107:108:73:73:0.403315:37:36:46:61:37:36:46:62 chr5 73072354 . T C 1694.91 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181455;FXX=0.0588186;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.885;QD=60.5325;RBI=0.0183332;REFB=0;REVB=0.00261659;RO=0;SAF=27;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39078e-05;OID=.;OPOS=73072354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:108:112:1:81:27:0:0:81:31:0:0 chr5 73076511 . C A 3933.58 PASS AF=0.988417;AO=255;DP=258;FAO=256;FDP=259;FR=.;FRO=3;FSAF=125;FSAR=131;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0107885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.289;QD=60.7503;RBI=0.0558398;REFB=-0.031263;REVB=-0.0547877;RO=0;SAF=125;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501796;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00163065;OID=.;OPOS=73076511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:258:259:0:3:255:256:0.988417:130:125:0:0:131:125:1:2 chr5 73090261 . T C 2273.79 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.55;QD=63.6026;RBI=0.0267447;REFB=0;REVB=0.0240854;RO=0;SAF=56;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37449e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30736e-05;OID=.;OPOS=73090261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:86:56:0:0:87:56:0:0 chr5 73091228 . C T 1833.13 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000628776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.481;QD=60.1028;RBI=0.00762681;REFB=0.0728192;REVB=0.00760085;RO=1;SAF=58;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811967;STB=0.504201;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000579059;OID=.;OPOS=73091228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:120:121:0.991803:62:58:1:0:62:59:1:0 chr5 73136566 . A G 377.38 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00380972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0858;QD=16.2313;RBI=0.0274452;REFB=0.0135067;REVB=0.0271795;RO=53;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900079;STB=0.550506;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00913031;OID=.;OPOS=73136566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:23:17:18:35:23:17:18:35 chr5 73144845 . A G 2210.69 PASS AF=0.966216;AO=139;DP=145;FAO=143;FDP=148;FR=.;FRO=5;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0166487;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.184;QD=59.7484;RBI=0.0600101;REFB=-0.0977043;REVB=0.0576544;RO=5;SAF=66;SAR=73;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314514;STB=0.516554;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00310587;OID=.;OPOS=73144845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:145:148:5:5:139:143:0.966216:73:66:0:5:73:70:0:5 chr5 73163831 . C T 684.54 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=149;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.00897834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.333;QD=18.3768;RBI=0.00969238;REFB=-0.0132417;REVB=0.00365126;RO=80;SAF=37;SAR=32;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109129;STB=0.506055;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0171116;OID=.;OPOS=73163831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:80:80:69:69:0.463087:32:37:42:38:32:37:42:38 chr5 73163965 . C A 655.14 PASS AF=0.488889;AO=66;DP=135;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0384277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3018;QD=19.4116;RBI=0.039114;REFB=0.00303917;REVB=-0.007295;RO=69;SAF=30;SAR=36;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354958;STB=0.519615;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00337217;OID=.;OPOS=73163965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:69:69:66:66:0.488889:36:30:34:35:36:30:34:35 chr5 73179672 . C T 746.39 PASS AF=0.459302;AO=79;DP=172;FAO=79;FDP=172;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=0.00926295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.003;QD=17.358;RBI=0.0182632;REFB=0.00361563;REVB=-0.0157398;RO=93;SAF=34;SAR=45;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032521;STB=0.518022;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00380203;OID=.;OPOS=73179672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:93:93:79:79:0.459302:45:34:37:56:45:34:37:56 chr5 73207372 . T A 765.65 PASS AF=0.45;AO=81;DP=181;FAO=81;FDP=180;FR=.;FRO=99;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=-0.00737783;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.893;QD=17.0145;RBI=0.0150043;REFB=0.00380813;REVB=-0.0130651;RO=99;SAF=37;SAR=44;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087703;STB=0.548707;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00501615;OID=.;OPOS=73207372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:99:99:81:81:0.45:44:37:54:45:44:37:54:45 chr5 73471334 . G C 2334.5 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355607;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3375;QD=63.959;RBI=0.0465476;REFB=0;REVB=-0.0300353;RO=0;SAF=92;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77975e-05;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:146:146:1:54:92:0:0:54:92:0:0 chr5 73613858 . A G 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.372;QD=62.3135;RBI=0.031051;REFB=0;REVB=0.0298553;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77282e-05;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr5 73613972 . G C 1951.66 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.265;QD=61.9576;RBI=0.036549;REFB=0;REVB=0.0314855;RO=0;SAF=46;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94605e-05;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:80:46:0:0:80:46:0:0 chr5 73930751 . C T 419.33 PASS AF=0.417391;AO=47;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00911855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3143;QD=14.5853;RBI=0.034543;REFB=-0.0185677;REVB=0.0333177;RO=67;SAF=28;SAR=19;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124299;STB=0.562018;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0205646;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:47:48:0.417391:19:28:32:35:20:28:32:35 chr5 73931246 . T C 771.3 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0738192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.429;QD=53.1928;RBI=0.0738195;REFB=-0.123441;REVB=0.000198093;RO=1;SAF=16;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285458;STB=0.513509;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00138332;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:58:1:1:55:57:0.982759:39:16:1:0:39:18:1:0 chr5 73932315 . T C 1556.58 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00852697;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.752;QD=62.8921;RBI=0.00866032;REFB=-0.104675;REVB=-0.0015139;RO=1;SAF=28;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166344;STB=0.50877;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000201355;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:97:98:0.989899:69:28:1:0:70:28:1:0 chr5 73981270 . T C 1810.74 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0386574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.957;QD=59.3685;RBI=0.0489503;REFB=-0.00761976;REVB=0.0300288;RO=2;SAF=51;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182606;STB=0.509614;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=3.68527e-05;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:2:2:120:120:0.983607:69:51:2:0:69:51:2:0 chr5 73992881 . A G 257.5 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0208674;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.447;QD=13.2052;RBI=0.0213924;REFB=-0.00434891;REVB=0.00471024;RO=46;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318282;STB=0.668232;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0108947;OID=.;OPOS=73992881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:46:48:30:30:0.384615:11:19:15:31:11:19:17:31 chr5 74046474 . A C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0488974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2215;QD=16.1562;RBI=0.0505481;REFB=0.00768062;REVB=0.0128122;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602054;STB=0.533993;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0102157;OID=.;OPOS=74046474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:16:11:15:17:16:11:15:17 chr5 74066629 . G C 477.57 PASS AF=0.468468;AO=51;DP=110;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0690511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2163;QD=17.2096;RBI=0.0812628;REFB=-0.0143754;REVB=0.0428438;RO=59;SAF=7;SAR=44;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388672;STB=0.699333;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0181473;OID=.;OPOS=74066629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:59:51:52:0.468468:44:7:25:34:44:8:25:34 chr5 74078764 . G GC 45.11 PASS AF=0.106061;AO=19;DP=136;FAO=14;FDP=132;FR=.;FRO=118;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=71;FSRR=47;FWDB=-0.0410589;FXX=0.00751823;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.1259;QD=1.36708;RBI=0.0453109;REFB=-0.00833797;REVB=-0.0191638;RO=117;SAF=19;SAR=0;SRF=69;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.677231;STB=0.880699;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.077288;OID=.;OPOS=74078765;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.106061:19:136:14:132:118:13:1:71:47:45:117:19:0:69:48 chr5 74323529 . G C 443.58 PASS AF=0.473684;AO=44;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=0.0285424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4249;QD=18.6769;RBI=0.0386656;REFB=-0.0234631;REVB=0.0260837;RO=49;SAF=11;SAR=33;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645757;STB=0.503175;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0221574;OID=.;OPOS=74323529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:50:44:45:0.473684:33:11:12:37:34:11:12:38 chr5 74324548 . G A 585.98 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.017531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.111;QD=19.6969;RBI=0.0358502;REFB=-0.0031147;REVB=-0.0312714;RO=59;SAF=35;SAR=25;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834798;STB=0.546084;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00277651;OID=.;OPOS=74324548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:59:60:60:0.504202:25:35:29:30:25:35:29:30 chr5 74324902 . C T 294.04 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0076621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9163;QD=12.6468;RBI=0.0621238;REFB=-0.00211487;REVB=-0.0616494;RO=59;SAF=17;SAR=17;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140949;STB=0.580599;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00271599;OID=.;OPOS=74324902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:17:17:37:22:17:17:37:22 chr5 74951901 . G A 1663.86 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526905;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0088;QD=60.504;RBI=0.0540022;REFB=0;REVB=-0.0118297;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145876;OID=.;OPOS=74951901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr5 74970024 . T C 1240.2 PASS AF=0.878505;AO=93;DP=108;FAO=94;FDP=107;FR=.;FRO=13;FSAF=65;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00136932;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.399;QD=46.3626;RBI=0.0486935;REFB=-0.169544;REVB=0.0486743;RO=13;SAF=65;SAR=28;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140554;STB=0.572293;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00110632;OID=.;OPOS=74970024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:108:107:13:13:93:94:0.878505:28:65:2:11:29:65:2:11 chr5 75001582 . A G 1480.5 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0796113;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.926;QD=62.3369;RBI=0.0813198;REFB=-0.0802448;REVB=0.0165818;RO=1;SAF=51;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092068;STB=0.504853;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000318418;OID=.;OPOS=75001582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:1:1:94:94:0.989474:43:51:1:0:43:51:1:0 chr5 75003678 . T C 3807.64 PASS AF=1;AO=239;DP=241;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337209;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.186;QD=63.7262;RBI=0.0328706;REFB=0;REVB=0.0326972;RO=0;SAF=135;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37796e-05;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:241:239:0:0:239:239:1:104:135:0:0:104:135:0:0 chr5 75591710 . C G 565.57 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0070715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4339;QD=18.3924;RBI=0.0207433;REFB=-0.0146585;REVB=0.0195008;RO=63;SAF=25;SAR=34;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644778;STB=0.531981;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0164287;OID=.;OPOS=75591710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:64:59:59:0.479675:34:25:31:32:34:25:31:33 chr5 75594743 . G A 634.85 PASS AF=0.467626;AO=52;DP=139;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0157386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2073;QD=18.2692;RBI=0.0158898;REFB=0.0176559;REVB=0.00218679;RO=61;SAF=21;SAR=31;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118288;STB=0.535989;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00939121;OID=.;OPOS=75594743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:61:74:52:65:0.467626:31:21:32:29:36:29:38:36 chr5 75884734 . G A 1123.57 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789753;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0241;QD=60.7335;RBI=0.0126696;REFB=0;REVB=0.00990702;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110692;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr5 75913949 . T C 540.75 PASS AF=0.520408;AO=49;DP=96;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0105005;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.263;QD=22.0716;RBI=0.0618209;REFB=-0.0183328;REVB=0.0609226;RO=46;SAF=21;SAR=28;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073218;STB=0.535745;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0147151;OID=.;OPOS=75913949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:46:47:49:51:0.520408:28:21:16:30:30:21:16:31 chr5 75923294 . T G 1258.49 PASS AF=0.519149;AO=119;DP=232;FAO=122;FDP=235;FR=.;FRO=113;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=-0.00600694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.505;QD=21.4211;RBI=0.0070273;REFB=-0.00509009;REVB=-0.00364687;RO=112;SAF=59;SAR=60;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012094;STB=0.514574;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00438299;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:235:112:113:119:122:0.519149:60:59:54:58:60:62:54:59 chr5 75923307 . A G 3580.35 PASS AF=0.97479;AO=231;DP=238;FAO=232;FDP=238;FR=.;FRO=6;FSAF=119;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0252621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.223;QD=60.1739;RBI=0.0284731;REFB=-0.150098;REVB=0.0131356;RO=0;SAF=119;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51293;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000415457;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:238:238:0:6:231:232:0.97479:112:119:0:0:113:119:0:6 chr5 75960865 . T A,C 761.51 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=2,53;DP=55;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=2,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124306,0.0168234;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.3,95.3264;QD=55.3824;RBI=0.0322996,0.0715155;REFB=0,0;REVB=-0.0298117,0.0695085;RO=0;SAF=0,25;SAR=2,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.22461,-0.000502644;OID=.,.;OPOS=75960865,75960865;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:55:0:0:2,53:2,53:0.0363636,0.963636:2,28:0,25:0:0:2,28:0,25:0:0 chr5 76003246 . A AT 382.36 PASS AF=1;AO=16;DP=117;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036758;FXX=0.0392118;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.57704;QD=15.6063;RBI=0.203064;REFB=0.0343333;REVB=-0.203031;RO=94;SAF=4;SAR=12;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276362;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0118068;OID=.;OPOS=76003247;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:117:98:98:0:40:58:0:0:4:94:4:12:43:51 chr5 76003254 . AAAAC TAAAT 1512.67 PASS AF=1;AO=87;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240848;FXX=0;HRUN=4;LEN=5;MLLD=263.127;QD=58.1795;RBI=0.0242284;REFB=0;REVB=0.00263421;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000130529;OID=.;OPOS=76003254;OREF=AAAAC;OALT=TAAAT;OMAPALT=TAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:87:104:1:57:30:0:0:65:39:0:0 chr5 76128521 . G A 946.91 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0408393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.115;QD=55.7005;RBI=0.043037;REFB=-0.0136818;REVB=-0.0135769;RO=2;SAF=31;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295067;STB=0.51562;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000316688;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:35:31:2:0:35:31:2:0 chr5 76129053 . T C 892.84 PASS AF=0.90411;AO=66;DP=73;FAO=66;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0455373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0973;QD=48.9229;RBI=0.0457743;REFB=-0.0865963;REVB=0.0046519;RO=7;SAF=31;SAR=35;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698805;STB=0.53711;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0156085;OID=.;OPOS=76129053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:73:73:7:7:66:66:0.90411:35:31:6:1:35:31:6:1 chr5 76173624 . CT C 281.86 PASS AF=0.463158;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0246765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.593;QD=11.8678;RBI=0.026153;REFB=0.0223948;REVB=0.00866292;RO=51;SAF=15;SAR=28;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104959;STB=0.549273;STBP=0.401;TYPE=del;VARB=-0.0262212;OID=.;OPOS=76173625;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463158:43:95:44:95:51:16:28:23:28:99:51:15:28:23:28 chr5 76704849 . T C 1530.75 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.169;QD=63.7812;RBI=0.00980671;REFB=0;REVB=0.00697875;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86935e-07;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:46:47:0:0:49:47:0:0 chr5 76708987 . A G,T 3559.59 PASS AF=0.876404,0.0599251;AO=235,16;DP=267;FAO=234,16;FDP=267;FR=.;FRO=17;FSAF=120,1;FSAR=114,15;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.000499913,-0.000879565;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=105.587,24.6444;QD=53.3271;RBI=0.00789202,0.0445337;REFB=-0.0177246,-0.0148402;REVB=0.00787617,-0.044525;RO=14;SAF=121,1;SAR=114,15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0137012,-0.654673;STB=0.509101,0.894921;STBP=0.27,0.002;TYPE=snp,snp;VARB=0.00706914,0.0719404;OID=.,.;OPOS=76708987,76708987;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:267:267:14:17:235,16:234,16:0.876404,0.0599251:114,15:121,1:9:5:114,15:120,1:11:6 chr5 76722443 . G A 1282.92 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.241;QD=61.8277;RBI=0.0507445;REFB=0;REVB=0.0463771;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358201;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr5 76722891 . T C 281.25 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0145404;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.454;QD=27.4394;RBI=0.0257783;REFB=0.0126291;REVB=-0.0212861;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162791;STB=0.589407;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0107576;OID=.;OPOS=76722891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:16:16:25:25:0.609756:15:10:3:13:15:10:3:13 chr5 76722895 . A G 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0149778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.855;QD=14.4906;RBI=0.0373646;REFB=0.00307372;REVB=0.0342313;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981841;STB=0.557081;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00391144;OID=.;OPOS=76722895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:13:6:12:18:13:6:12:18 chr5 76734084 . C T 2790.27 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.784;QD=62.7028;RBI=0.0411106;REFB=0;REVB=0.0276012;RO=0;SAF=72;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07253e-05;OID=.;OPOS=76734084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:177:178:1:105:72:0:0:106:72:0:0 chr5 76916335 . G GC 394.13 PASS AF=0.484375;AO=61;DP=130;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0198518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.8946;QD=12.3166;RBI=0.0713957;REFB=0.00334552;REVB=0.0685802;RO=68;SAF=30;SAR=31;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105555;STB=0.562794;STBP=0.194;TYPE=ins;VARB=-0.00123924;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484375:61:130:62:128:66:30:32:40:26:99:68:30:31:41:27 chr5 76926578 . T C 3781.7 PASS AF=0.976562;AO=250;DP=256;FAO=250;FDP=256;FR=.;FRO=6;FSAF=107;FSAR=143;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0226207;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.713;QD=59.0891;RBI=0.0255181;REFB=-0.033642;REVB=-0.01181;RO=2;SAF=107;SAR=143;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00661968;STB=0.506265;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=8.1396e-06;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:256:256:2:6:250:250:0.976562:143:107:0:2:143:107:1:5 chr5 77412011 . A G 522.55 PASS AF=0.495495;AO=53;DP=109;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0563004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.266;QD=18.8307;RBI=0.0567411;REFB=0.00470201;REVB=-0.00705788;RO=56;SAF=26;SAR=27;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409627;STB=0.531576;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00394409;OID=.;OPOS=77412011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:56:56:53:55:0.495495:27:26:25:31:27:28:25:31 chr5 77425028 . A T 1210.22 PASS AF=0.475472;AO=121;DP=260;FAO=126;FDP=265;FR=.;FRO=139;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=75;FSRR=64;FWDB=-0.0030323;FXX=0.0111936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.789;QD=18.2675;RBI=0.00528787;REFB=-0.00242203;REVB=0.00433206;RO=138;SAF=55;SAR=66;SRF=74;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788675;STB=0.545741;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00329207;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:265:138:139:121:126:0.475472:66:55:74:64:69:57:75:64 chr5 77473165 . A G 269.8 PASS AF=0.397436;AO=27;DP=76;FAO=31;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00231791;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.401;QD=13.8361;RBI=0.0227302;REFB=-0.0124458;REVB=0.0226117;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19557;STB=0.522845;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0210139;OID=.;OPOS=77473165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:29:47:27:31:0.397436:15:12:7:22:17:14:23:24 chr5 77745852 . GC CA,GCA 532.93 PASS AF=0,1;AO=2,32;DP=50;FAO=0,47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774498,0.0322578;FXX=0.020829;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=5.17084,15.0616;QD=45.3557;RBI=0.0884596,0.178188;REFB=0,0;REVB=0.0427391,0.175244;RO=12;SAF=1,28;SAR=1,4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0855427,0.362068;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.00226006;OID=.,.;OPOS=77745852,77745854;OREF=GC,-;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:50:47:12:0:2,32:0,47:0,1:1,4:1,28:5:7:0,12:0,35:0:0 chr5 77781152 . TTACAA T 367.96 PASS AF=0.432836;AO=57;DP=141;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=-0.00211842;FXX=0.0289834;HRUN=3;LEN=5;MLLD=247.134;QD=10.9838;RBI=0.0131946;REFB=-0.0166182;REVB=0.0130234;RO=77;SAF=29;SAR=28;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14501;STB=0.582062;STBP=0.132;TYPE=del;VARB=0.0192895;OID=.;OPOS=77781153;OREF=TACAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432836:57:141:58:134:76:29:29:49:27:99:77:29:28:50:27 chr5 77781390 . G A 194.57 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0108574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.656;QD=10.3771;RBI=0.0117469;REFB=-0.00144124;REVB=0.00448406;RO=50;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911247;STB=0.553149;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00227846;OID=.;OPOS=77781390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:12:13:22:28:12:13:22:28 chr5 77781785 . C CT,T 1390.82 PASS AF=0.978947,0.0210526;AO=80,4;DP=97;FAO=93,2;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=65,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622207,-0.0416917;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.8581,7.85252;QD=58.561;RBI=0.123944,0.0789455;REFB=0,0;REVB=0.107195,0.0670387;RO=13;SAF=26,3;SAR=54,1;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0285624,0.531518;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00159817,-0.0310922;OID=.,.;OPOS=77781786,77781785;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:97:95:13:0:80,4:93,2:0.978947,0.0210526:54,1:26,3:3:10:65,0:28,2:0:0 chr5 77782396 . T TTTTACTA 624.78 PASS AF=0.307692;AO=72;DP=282;FAO=84;FDP=273;FR=.;FRO=189;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=102;FSRR=87;FWDB=-0.0122754;FXX=0.0108692;HRUN=5;LEN=7;MLLD=293.962;QD=9.15432;RBI=0.018575;REFB=-0.0148356;REVB=-0.0139408;RO=195;SAF=39;SAR=33;SRF=102;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023115;STB=0.535665;STBP=0.414;TYPE=ins;VARB=0.0283089;OID=.;OPOS=77782397;OREF=-;OALT=TTTACTA;OMAPALT=TTTTACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:72:282:84:273:189:41:43:102:87:99:195:39:33:102:93 chr5 77784433 . T C 940.85 PASS AF=0.431624;AO=101;DP=234;FAO=101;FDP=234;FR=.;FRO=133;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=90;FWDB=0.0249328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1708;QD=16.0829;RBI=0.0429981;REFB=-0.00359571;REVB=-0.0350313;RO=132;SAF=48;SAR=53;SRF=43;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15444;STB=0.587303;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00582251;OID=.;OPOS=77784433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:132:133:101:101:0.431624:53:48:43:89:53:48:43:90 chr5 77784438 . T A 946.34 PASS AF=0.444934;AO=100;DP=226;FAO=101;FDP=227;FR=.;FRO=126;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=40;FSRR=86;FWDB=-0.0215061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1391;QD=16.6756;RBI=0.0336752;REFB=-0.0144308;REVB=-0.0259134;RO=126;SAF=47;SAR=53;SRF=40;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155866;STB=0.588551;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0153327;OID=.;OPOS=77784438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:126:126:100:101:0.444934:53:47:40:86:53:48:40:86 chr5 77784738 . A G 429.71 PASS AF=0.392308;AO=47;DP=127;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0150769;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.998;QD=13.2218;RBI=0.0395365;REFB=-0.00039955;REVB=0.0365489;RO=72;SAF=22;SAR=25;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932688;STB=0.56104;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00398204;OID=.;OPOS=77784738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:72:79:47:51:0.392308:25:22:40:32:29:22:42:37 chr5 78181477 . C T 861.22 PASS AF=0.455446;AO=92;DP=202;FAO=92;FDP=202;FR=.;FRO=110;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=41;FSRR=69;FWDB=-0.00112641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.409;QD=17.0539;RBI=0.0202469;REFB=-0.000456665;REVB=-0.0202156;RO=109;SAF=39;SAR=53;SRF=41;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482966;STB=0.528778;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.000569617;OID=.;OPOS=78181477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:109:110:92:92:0.455446:53:39:41:68:53:39:41:69 chr5 78320085 . T C 474.87 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.00432755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.356;QD=14.9565;RBI=0.00829789;REFB=-0.0273435;REVB=0.00708006;RO=72;SAF=29;SAR=24;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133342;STB=0.574314;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0269832;OID=.;OPOS=78320085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:72:74:53:53:0.417323:24:29:30:42:24:29:31:43 chr5 78340257 . C G 2621.77 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.125;QD=62.0538;RBI=0.0102777;REFB=0;REVB=-0.00824277;RO=0;SAF=69;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.66607e-06;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:168:169:1:99:69:0:0:100:69:0:0 chr5 78340286 . A G 2606.71 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124668;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.339;QD=62.0645;RBI=0.0428662;REFB=0;REVB=0.0410133;RO=0;SAF=73;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39035e-05;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:167:168:1:94:73:0:0:94:74:0:0 chr5 78351636 . A C 1621.27 PASS AF=0.990991;AO=92;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0648047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8616;QD=58.4242;RBI=0.0650322;REFB=-0.043338;REVB=-0.00543409;RO=1;SAF=45;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104184;STB=0.504064;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.003518;OID=.;OPOS=78351636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:1:1:92:110:0.990991:47:45:1:0:49:61:1:0 chr5 78373431 . C T 528.02 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.00439371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.236;QD=14.7698;RBI=0.0131864;REFB=-0.00183157;REVB=0.0124329;RO=85;SAF=26;SAR=32;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646413;STB=0.536333;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00235299;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:85:85:58:58:0.405594:32:26:33:52:32:26:33:52 chr5 78532658 . C T 91.38 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0198483;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4678;QD=15.8918;RBI=0.0328555;REFB=-0.0413427;REVB=0.0261826;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105136;STB=0.574344;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0228004;OID=.;OPOS=78532658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:11:12:11:11:0.478261:8:3:2:9:8:3:2:10 chr5 78573790 . A T 354.09 PASS AF=0.34375;AO=44;DP=128;FAO=44;FDP=128;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.0093762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8205;QD=11.0654;RBI=0.0249924;REFB=-0.00277126;REVB=-0.023167;RO=84;SAF=18;SAR=26;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00511247;STB=0.50294;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00524765;OID=.;OPOS=78573790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:84:84:44:44:0.34375:26:18:34:50:26:18:34:50 chr5 78596044 . T C 1108.54 PASS AF=0.447368;AO=117;DP=265;FAO=119;FDP=266;FR=.;FRO=147;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=63;FSRR=84;FWDB=0.00645223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.656;QD=16.6698;RBI=0.00753094;REFB=-0.00944194;REVB=0.00388378;RO=146;SAF=44;SAR=73;SRF=62;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510368;STB=0.524207;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0119525;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:146:147:117:119:0.447368:73:44:62:84:73:46:63:84 chr5 78617534 . T G 385.08 PASS AF=0.34058;AO=47;DP=139;FAO=47;FDP=138;FR=.;FRO=91;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.00200849;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.543;QD=11.1618;RBI=0.0122867;REFB=-0.0132568;REVB=-0.0121214;RO=91;SAF=20;SAR=27;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671261;STB=0.538637;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0237157;OID=.;OPOS=78617534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:91:91:47:47:0.34058:27:20:44:47:27:20:44:47 chr5 78985833 . G A 5639.25 PASS AF=0.505936;AO=551;DP=1093;FAO=554;FDP=1095;FR=.;FRO=541;FSAF=222;FSAR=332;FSRF=198;FSRR=343;FWDB=0.00733143;FXX=0.0009124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7468;QD=20.6;RBI=0.0724173;REFB=-0.0353552;REVB=0.0720453;RO=524;SAF=221;SAR=330;SRF=198;SRR=326;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217265;STB=0.517992;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0412689;OID=.;OPOS=78985833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1093:1095:524:541:551:554:0.505936:330:221:198:326:332:222:198:343 chr5 79024779 . A G 1124.08 PASS AF=0.526066;AO=111;DP=211;FAO=111;FDP=211;FR=.;FRO=100;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=-0.00233663;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.533;QD=21.3095;RBI=0.0147067;REFB=-0.016002;REVB=0.0145199;RO=99;SAF=49;SAR=62;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262464;STB=0.504108;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0161117;OID=.;OPOS=79024779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:99:100:111:111:0.526066:62:49:44:55:62:49:45:55 chr5 79025085 . A G 112.99 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0699863;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.887;QD=9.4159;RBI=0.0707768;REFB=-0.000473837;REVB=0.0105486;RO=33;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177222;STB=0.59985;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.000667591;OID=.;OPOS=79025085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:34:14:14:0.291667:10:4:14:19:10:4:14:20 chr5 79025317 . A G 225.67 PASS AF=0.5;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00525551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9341;QD=20.5153;RBI=0.0167633;REFB=-0.0205477;REVB=-0.0159182;RO=18;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243816;STB=0.614957;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0198178;OID=.;OPOS=79025317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:18:22:22:22:0.5:14:8:12:6:14:8:13:9 chr5 79025634 . G A 353.28 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0681042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.916;QD=23.951;RBI=0.0706103;REFB=-0.0334434;REVB=0.0186449;RO=24;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728746;STB=0.539978;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0258025;OID=.;OPOS=79025634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:15:20:16:8:15:20:16:8 chr5 79026360 . G A 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0201563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.948;QD=11.491;RBI=0.0205886;REFB=0.000992917;REVB=0.00419698;RO=32;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210769;STB=0.624844;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00331598;OID=.;OPOS=79026360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:6:10:14:18:6:10:14:18 chr5 79026370 . T G 125.64 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0358041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1179;QD=10.6931;RBI=0.0872074;REFB=0.0110006;REVB=0.0795186;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184453;STB=0.610023;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0178417;OID=.;OPOS=79026370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:14:18:6:9:14:18 chr5 79026539 . A C 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0398758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4955;QD=9.47542;RBI=0.0399117;REFB=-0.0101582;REVB=-0.00169353;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221961;STB=0.513487;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0296849;OID=.;OPOS=79026539;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:8:13:6:4:8:13 chr5 79027605 . T C 188.76 PASS AF=0.438596;AO=18;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0130736;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.411;QD=13.2465;RBI=0.0150312;REFB=-0.0242548;REVB=0.00741742;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961317;STB=0.598481;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0367122;OID=.;OPOS=79027605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:27:32:18:25:0.438596:9:9:16:11:16:9:17:15 chr5 79027700 . T C 423.8 PASS AF=0.625;AO=39;DP=63;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.025699;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.1529;QD=26.4878;RBI=0.079127;REFB=0.0240908;REVB=-0.0748374;RO=24;SAF=13;SAR=26;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291593;STB=0.649925;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0131736;OID=.;OPOS=79027700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:24:24:39:40:0.625:26:13:18:6:26:14:18:6 chr5 79028472 . C T 479.69 PASS AF=0.522222;AO=42;DP=85;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00611635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.303;QD=21.3197;RBI=0.0239979;REFB=-0.00212016;REVB=0.0232054;RO=41;SAF=19;SAR=23;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750866;STB=0.531103;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00234339;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:90:41:43:42:47:0.522222:23:19:22:19:26:21:22:21 chr5 79028513 . A G 391.3 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.000736683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.891;QD=19.3234;RBI=0.00467964;REFB=-0.00367699;REVB=-0.00462129;RO=39;SAF=17;SAR=23;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146295;STB=0.580982;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0022442;OID=.;OPOS=79028513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:41:40:40:0.493827:23:17:23:16:23:17:24:17 chr5 79028586 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0142837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.122;QD=14.3348;RBI=0.014718;REFB=0.0176991;REVB=0.00354864;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189915;STB=0.609632;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.024146;OID=.;OPOS=79028586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:9:17:8:9:9:17 chr5 79029288 . C A 444.52 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0282916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.688;QD=16.4636;RBI=0.0325565;REFB=-0.00582875;REVB=-0.0161092;RO=58;SAF=24;SAR=25;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768605;STB=0.547151;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00636494;OID=.;OPOS=79029288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:59:49:49:0.453704:25:24:33:25:25:24:34:25 chr5 79029383 . T G 399.32 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00128679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.084;QD=15.9727;RBI=0.0135297;REFB=-0.00654707;REVB=-0.0134684;RO=58;SAF=21;SAR=21;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532343;STB=0.529986;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00982383;OID=.;OPOS=79029383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:21:21:32:26:21:21:32:26 chr5 79029749 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00307593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.408;QD=14.0437;RBI=0.0315045;REFB=-0.00227094;REVB=-0.0313539;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.571155;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00273833;OID=.;OPOS=79029749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:3:1:2:3:3:1 chr5 79030045 . A G 239.66 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00867882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.283;QD=18.0879;RBI=0.0100736;REFB=0.000950866;REVB=0.00511428;RO=27;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117794;STB=0.565988;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00106154;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:13:13:17:10:13:13:17:10 chr5 79030338 . A G 308.44 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00562716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.107;QD=24.1912;RBI=0.0238663;REFB=-0.049765;REVB=0.0231935;RO=19;SAF=17;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264923;STB=0.651245;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.028222;OID=.;OPOS=79030338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:19:21:29:30:0.588235:12:17:4:15:13:17:4:17 chr5 79030346 . A G 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.000395665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.368;QD=22.3902;RBI=0.0208148;REFB=-0.0404867;REVB=0.020811;RO=26;SAF=20;SAR=14;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303571;STB=0.666574;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0265662;OID=.;OPOS=79030346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:14:20:5:21:14:20:5:21 chr5 79031372 . G C 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0208754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.569;QD=17.6896;RBI=0.0210908;REFB=-0.000662528;REVB=-0.00300715;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118492;STB=0.56687;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000998419;OID=.;OPOS=79031372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:15:6:5:21:15:6:5:21 chr5 79032666 . C T 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0161338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.615;QD=8.99461;RBI=0.0167965;REFB=-0.00804225;REVB=-0.00467175;RO=29;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116902;STB=0.571309;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0273176;OID=.;OPOS=79032666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:7:5:15:14:7:5:15:14 chr5 79032711 . G A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0165014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.967;QD=6.5451;RBI=0.0189246;REFB=-0.00817882;REVB=0.00926521;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0144201;OID=.;OPOS=79032711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:12:12:4:4:12:12 chr5 79033306 . A C 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0198727;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.935;QD=24.5166;RBI=0.0231029;REFB=-0.00735414;REVB=0.0117823;RO=22;SAF=4;SAR=23;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191628;STB=0.51063;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00636534;OID=.;OPOS=79033306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:23:4:3:19:23:4:3:19 chr5 79034662 . C G 375.08 PASS AF=0.631579;AO=35;DP=56;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000304363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.064;QD=26.3216;RBI=0.0159397;REFB=-0.0280573;REVB=-0.0159368;RO=21;SAF=13;SAR=22;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108132;STB=0.551073;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0189855;OID=.;OPOS=79034662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:21:21:35:36:0.631579:22:13:11:10:22:14:11:10 chr5 79048562 . C T 659.21 PASS AF=0.503817;AO=58;DP=123;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0106029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.92;QD=20.1286;RBI=0.0125501;REFB=-0.0069328;REVB=0.0067145;RO=65;SAF=22;SAR=36;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154011;STB=0.556986;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00816842;OID=.;OPOS=79048562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:131:65:65:58:66:0.503817:36:22:35:30:38:28:35:30 chr5 79277817 . A C 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.493;QD=60.6009;RBI=0.0136623;REFB=0;REVB=0.00994338;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47547e-05;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr5 79286568 . C T 1377.87 PASS AF=0.926606;AO=96;DP=104;FAO=101;FDP=109;FR=.;FRO=8;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.131369;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.1709;QD=50.5639;RBI=0.201689;REFB=-0.136021;REVB=0.153038;RO=8;SAF=56;SAR=40;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494187;STB=0.525918;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00865857;OID=.;OPOS=79286568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:104:109:8:8:96:101:0.926606:40:56:2:6:41:60:2:6 chr5 79616083 . G C 1522.76 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505869;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.975;QD=63.4485;RBI=0.050848;REFB=0;REVB=-0.00514662;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42441e-05;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:93:96:1:58:35:0:0:58:38:0:0 chr5 79617357 . T C 462.92 PASS AF=0.586667;AO=41;DP=73;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00533433;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.608;QD=24.6889;RBI=0.005484;REFB=-0.0177974;REVB=-0.0012725;RO=29;SAF=19;SAR=22;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908238;STB=0.546646;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00639585;OID=.;OPOS=79617357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:29:31:41:44:0.586667:22:19:10:19:22:22:12:19 chr5 79617568 . GTTTTTTTTG GTTTTTTTG,GTTTTTTTGT 133.54 PASS AF=0.606061,0;AO=23,4;DP=66;FAO=40,0;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=30,0;FSAR=10,0;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.128802,-0.0702601;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.5772,19.0334;QD=8.09328;RBI=0.289338,0.0985911;REFB=-0.0918447,-0.0562202;REVB=0.259088,0.0691644;RO=31;SAF=19,4;SAR=4,0;SRF=21;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.214795,0.540895;STB=0.548052,0.5;STBP=0.363,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.115665,0;OID=.,.;OPOS=79617569,79617576;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=GTTTTTTTG,GTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.606061,0:23,4:66:40,0:66:26:30,0:10,0:17:9:52:31:19,4:4,0:21:10 chr5 79617616 . G T 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0191815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.123;QD=9.67062;RBI=0.038973;REFB=-0.00415301;REVB=-0.0339258;RO=35;SAF=15;SAR=1;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596911;STB=0.878712;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0144065;OID=.;OPOS=79617616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:35:36:16:16:0.307692:1:15:20:15:1:15:20:16 chr5 79733079 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.695;QD=44.6898;RBI=0.0436202;REFB=0;REVB=-0.0142407;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375195;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr5 79734297 . T C 361.95 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042311;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.498;QD=55.684;RBI=0.0671176;REFB=0;REVB=0.0521013;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101097;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr5 79734409 . G A 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00729605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.399;QD=61.8138;RBI=0.0259773;REFB=0.00933032;REVB=0.0249317;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184525;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000146644;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:25:24:0:1:25:24:0:1 chr5 79735858 . A G 1937.39 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314305;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.395;QD=61.9966;RBI=0.0352272;REFB=0;REVB=0.0159085;RO=0;SAF=45;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228659;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:80:45:0:0:80:45:0:0 chr5 79745469 . A G 1680.74 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0589573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1833;QD=58.4605;RBI=0.0590069;REFB=0.0266424;REVB=0.00241922;RO=1;SAF=48;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978854;STB=0.501174;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.000787656;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:115:1:2:112:113:0.982609:64:48:1:0:64:49:1:1 chr5 79815658 . T C 1590.12 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.993;QD=58.3531;RBI=0.0623579;REFB=-0.0890361;REVB=0.0571307;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114203;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:109:0:0:107:109:1:51:56:0:0:53:56:0:0 chr5 79855372 . A G 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00238842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.196;QD=54.8825;RBI=0.0718313;REFB=0.033229;REVB=-0.0717916;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219106;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00038131;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:33:21:1:0:33:21:1:0 chr5 79966029 . G A 434.41 PASS AF=0.463158;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0144853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.898;QD=18.2909;RBI=0.0158049;REFB=-0.0067292;REVB=0.00632231;RO=51;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103323;STB=0.500244;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00775484;OID=.;OPOS=79966029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:51:51:43:44:0.463158:24:19:22:29:25:19:22:29 chr5 80149981 . A G 920.4 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.949;QD=58.4379;RBI=0.0561398;REFB=0;REVB=-0.01011;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18678e-05;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:31:32:0:0 chr5 80168937 . G A 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2028;QD=61.6946;RBI=0.00565638;REFB=0;REVB=0.00370547;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39951e-05;OID=.;OPOS=80168937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr5 80388649 . AG GA 92.93 PASS AF=0.168831;AO=24;DP=154;FAO=26;FDP=154;FR=.;FRO=128;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=82;FSRR=46;FWDB=-0.0585619;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=40.8586;QD=2.41385;RBI=0.0713138;REFB=-0.0924456;REVB=0.040696;RO=113;SAF=1;SAR=23;SRF=74;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.734186;STB=0.934757;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0912419;OID=.;OPOS=80388649;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:154:154:113:128:24:26:0.168831:23:1:74:39:24:2:82:46 chr5 80502736 . C G 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00139638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.019;QD=12.9421;RBI=0.00703658;REFB=-0.00283389;REVB=0.00689664;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077181;STB=0.545393;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0108554;OID=.;OPOS=80502736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:10:5:10:15:10:5:10:15 chr5 80736444 . A G 1509.25 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.519;QD=59.7723;RBI=0.0320892;REFB=0;REVB=0.0300942;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16294e-05;OID=.;OPOS=80736444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:42:57:0:0:44:57:0:0 chr5 80756855 . A T 2756.05 PASS AF=0.978836;AO=60;DP=202;FAO=185;FDP=189;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=2;FSAF=92;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0636005;FXX=0.0689621;HRUN=8;LEN=1;MLLD=128.376;QD=58.329;RBI=0.0788494;REFB=-0.139216;REVB=0.0466069;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500029;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00213104;OID=.;OPOS=80756855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:202:189:0:2:60:185:0.978836:32:28:0:0:93:92:1:1 chr5 81549216 . C T 1924.69 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309302;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.433;QD=62.0868;RBI=0.0318809;REFB=0;REVB=-0.00772751;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10641e-05;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:58:66:0:0:58:66:0:0 chr5 81549240 . C A 1422.61 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141812;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.544;QD=61.8526;RBI=0.0143319;REFB=-0.0454969;REVB=-0.00207331;RO=1;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126384;STB=0.506665;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=3.29994e-06;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:91:91:0.98913:37:54:0:1:37:54:0:1 chr5 81572184 . G C 1713.71 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499113;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.439;QD=59.6074;RBI=0.0503573;REFB=0;REVB=0.00668746;RO=0;SAF=46;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00440116;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:115:0:0:111:115:1:65:46:0:0:66:49:0:0 chr5 82648943 . G A 391.4 PASS AF=0.38843;AO=45;DP=120;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0287617;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9996;QD=12.9387;RBI=0.0483107;REFB=-0.01146;REVB=-0.0388162;RO=72;SAF=19;SAR=26;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084979;STB=0.540885;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0195135;OID=.;OPOS=82648943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:72:74:45:47:0.38843:26:19:36:36:26:21:38:36 chr5 82648977 . T G 609.46 PASS AF=0.409639;AO=67;DP=173;FAO=68;FDP=166;FR=.;FRO=98;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.00262102;FXX=0.056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.44;QD=14.6857;RBI=0.0497738;REFB=-0.002471;REVB=0.0497048;RO=83;SAF=27;SAR=40;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091973;STB=0.537694;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00376818;OID=.;OPOS=82648977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:166:83:98:67:68:0.409639:40:27:41:42:41:27:45:53 chr5 82808072 . C T 1293.51 PASS AF=0.471631;AO=132;DP=283;FAO=133;FDP=282;FR=.;FRO=149;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=64;FSRR=85;FWDB=0.0102191;FXX=0.00704201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6667;QD=18.3477;RBI=0.0524115;REFB=0.00946696;REVB=0.0514056;RO=146;SAF=65;SAR=67;SRF=61;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071272;STB=0.53133;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00780504;OID=.;OPOS=82808072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:282:146:149:132:133:0.471631:67:65:61:85:68:65:64:85 chr5 82833145 . G A 212.46 PASS AF=0.393939;AO=24;DP=64;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0371176;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.865;QD=12.8766;RBI=0.0378359;REFB=-0.0144293;REVB=-0.00733723;RO=40;SAF=4;SAR=20;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178916;STB=0.536249;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0242594;OID=.;OPOS=82833145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:40:40:24:26:0.393939:20:4:11:29:20:6:11:29 chr5 82833369 . A G 374.42 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00639742;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=263.056;QD=15.6007;RBI=0.00705337;REFB=-0.0178929;REVB=-0.00297036;RO=56;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553655;STB=0.531234;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.019548;OID=.;OPOS=82833369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:20:20:25:31:20:20:25:31 chr5 82834299 . G A 964.14 PASS AF=0.490099;AO=99;DP=202;FAO=99;FDP=202;FR=.;FRO=103;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=41;FSRR=62;FWDB=-0.0105408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.159;QD=19.0918;RBI=0.020528;REFB=-0.0234239;REVB=0.0176151;RO=102;SAF=47;SAR=52;SRF=40;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076764;STB=0.539352;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0268119;OID=.;OPOS=82834299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:102:103:99:99:0.490099:52:47:40:62:52:47:41:62 chr5 82834630 . T C 350.05 PASS AF=0.6;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0516328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.787;QD=28.0038;RBI=0.0573168;REFB=-0.00579896;REVB=-0.0248852;RO=20;SAF=18;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129189;STB=0.560935;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00399439;OID=.;OPOS=82834630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:29:30:0.6:11:18:9:11:12:18:9:11 chr5 82835545 . A G 603.65 PASS AF=0.567308;AO=59;DP=104;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00209105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.162;QD=23.2171;RBI=0.00393062;REFB=-0.0033207;REVB=0.00332826;RO=44;SAF=29;SAR=30;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243836;STB=0.508472;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00256308;OID=.;OPOS=82835545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:44:45:59:59:0.567308:30:29:23:21:30:29:23:22 chr5 82835724 . T A 157.7 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0256724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.202;QD=16.6;RBI=0.0344184;REFB=-0.00952829;REVB=0.0229249;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108793;STB=0.562426;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0127884;OID=.;OPOS=82835724;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:7:10:10:11:7:10:10:11 chr5 82837631 . G T 521.82 PASS AF=0.526316;AO=47;DP=93;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0277303;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7752;QD=21.9715;RBI=0.0308853;REFB=-0.0461796;REVB=-0.0135989;RO=45;SAF=24;SAR=23;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792808;STB=0.538056;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0280021;OID=.;OPOS=82837631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:45:45:47:50:0.526316:23:24:27:18:24:26:27:18 chr5 82875800 . C T 2493.79 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0691926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.664;QD=60.8241;RBI=0.0709323;REFB=-0.062188;REVB=-0.0156132;RO=2;SAF=62;SAR=100;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00287799;STB=0.502487;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000600138;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:2:1:162:163:0.993902:100:62:1:1:100:63:0:1 chr5 82940273 . C G 1176.16 PASS AF=0.422713;AO=118;DP=324;FAO=134;FDP=317;FR=.,HEALED;FRO=183;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=102;FSRR=81;FWDB=-0.125324;FXX=0.0216043;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.7124;QD=14.8411;RBI=0.149691;REFB=-0.0388566;REVB=-0.0818606;RO=119;SAF=56;SAR=62;SRF=58;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117434;STB=0.550225;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.048933;OID=.;OPOS=82940273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:317:119:183:118:134:0.422713:62:56:58:61:71:63:102:81 chr5 85582712 . T C 994.5 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00174194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.192;QD=57.6519;RBI=0.0659148;REFB=-0.104396;REVB=0.0658918;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000656214;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:43:25:0:0:43:25:0:1 chr5 85583507 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2815;QD=55.0983;RBI=0.0762822;REFB=0;REVB=-0.0148876;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797627;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr5 85586831 . C T 1525.08 PASS AF=0.487421;AO=154;DP=317;FAO=155;FDP=318;FR=.;FRO=163;FSAF=65;FSAR=90;FSRF=78;FSRR=85;FWDB=0.00393184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.089;QD=19.1834;RBI=0.00506144;REFB=-0.00519788;REVB=-0.00318729;RO=163;SAF=64;SAR=90;SRF=78;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599213;STB=0.530827;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00440437;OID=.;OPOS=85586831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:318:163:163:154:155:0.487421:90:64:78:85:90:65:78:85 chr5 86513974 . A G 4157.45 PASS AF=0.945205;AO=273;DP=292;FAO=276;FDP=292;FR=.;FRO=16;FSAF=77;FSAR=199;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.00687669;FXX=0.00680249;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4482;QD=56.9513;RBI=0.0594936;REFB=-0.0220951;REVB=-0.0590949;RO=15;SAF=77;SAR=196;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843226;STB=0.547055;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0010624;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:292:292:15:16:273:276:0.945205:196:77:15:0:199:77:16:0 chr5 87497977 . C T 765.15 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0698767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.609;QD=51.8748;RBI=0.0724695;REFB=-0.0633453;REVB=-0.0192114;RO=3;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376859;STB=0.519993;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000794573;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:36:20:0:3:36:20:0:3 chr5 87498849 . G A 3394.33 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.713;QD=62.2813;RBI=0.0348171;REFB=0;REVB=0.00292055;RO=0;SAF=90;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12928e-05;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:210:218:0:0:210:218:1:120:90:0:0:124:94:0:0 chr5 87502320 . TG AT 45.73 PASS AF=0.0955414;AO=20;DP=158;FAO=15;FDP=157;FR=.;FRO=142;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=93;FWDB=0.00202552;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.254;QD=1.16504;RBI=0.0173813;REFB=-0.000443481;REVB=-0.0172629;RO=130;SAF=18;SAR=2;SRF=40;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.665173;STB=0.908306;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=-0.00227183;OID=.;OPOS=87502320;OREF=TG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:158:157:130:142:20:15:0.0955414:2:18:40:90:2:13:49:93 chr5 87968864 . A G 4549.94 PASS AF=0.484244;AO=459;DP=952;FAO=461;FDP=952;FR=.;FRO=491;FSAF=239;FSAR=222;FSRF=250;FSRR=241;FWDB=-0.0114181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.186;QD=19.1174;RBI=0.0196209;REFB=-0.0145858;REVB=0.0159565;RO=490;SAF=239;SAR=220;SRF=250;SRR=240;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990099;STB=0.504787;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0153829;OID=.;OPOS=87968864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:952:952:490:491:459:461:0.484244:220:239:250:240:222:239:250:241 chr5 89769646 . GG AC,GA 1143.47 PASS AF=0.16092,0.793103;AO=14,67;DP=88;FAO=14,69;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=14,19;FSAR=0,50;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0316488,0.0778355;FXX=0.0113623;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=31.5671,44.1412;QD=52.5735;RBI=0.0321443,0.0779182;REFB=-0.0661725,-0.0438973;REVB=-0.00562207,-0.00358976;RO=6;SAF=14,17;SAR=0,50;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.140848;STB=0.5,0.547605;STBP=1,0.005;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00905744,-0.00384496;OID=.,.;OPOS=89769646,89769647;OREF=GG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:68:88:87:6:4:14,67:14,69:0.16092,0.793103:0,50:14,17:6:0:0,50:14,19:4:0 chr5 89769728 . T C 766.97 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2388;QD=56.8126;RBI=0.0929339;REFB=0;REVB=0.0892741;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508097;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:16:37:0:0:16:38:0:0 chr5 89810077 . G A 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0335979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9935;QD=13.9502;RBI=0.0368511;REFB=0.0145592;REVB=-0.0151389;RO=46;SAF=9;SAR=22;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120498;STB=0.568919;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0159662;OID=.;OPOS=89810077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:22:9:18:28:22:9:18:28 chr5 89812725 . CACTG C 157.88 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0187779;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=4;MLLD=248.733;QD=14.6866;RBI=0.0268046;REFB=-0.030453;REVB=-0.0191279;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166384;STB=0.541499;STBP=0.728;TYPE=del;VARB=0.0350594;OID=.;OPOS=89812726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395349:17:45:17:43:26:7:10:9:17:99:21:7:10:9:12 chr5 89816299 . C A 1694.66 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.056;QD=60.5234;RBI=0.0512509;REFB=0;REVB=0.00260375;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49154e-05;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:63:49:0:0:63:49:0:0 chr5 89816309 . A AT 108.94 PASS AF=0.40566;AO=38;DP=115;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0529752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.9744;QD=4.11083;RBI=0.0655227;REFB=-0.0588987;REVB=0.0385597;RO=72;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973499;STB=0.513348;STBP=0.836;TYPE=ins;VARB=0.000622275;OID=.;OPOS=89816310;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40566:38:115:43:106:63:18:25:25:38:99:72:18:20:28:44 chr5 89820984 . T C 1779.93 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.013349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.217;QD=58.3582;RBI=0.0384426;REFB=-0.11241;REVB=-0.0360505;RO=0;SAF=48;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.16314e-08;STB=0.515149;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000635954;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:122:0:3:119:119:0.97541:71:48:0:0:71:48:3:0 chr5 89943571 . G T 294.37 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0754726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1217;QD=28.0351;RBI=0.075598;REFB=-0.0373948;REVB=-0.00435298;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653582;STB=0.543693;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0150678;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:16:25:26:0.619048:15:10:5:11:15:11:5:11 chr5 89979589 . G A 637.64 PASS AF=0.440252;AO=70;DP=160;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0058286;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.294;QD=16.0413;RBI=0.00628801;REFB=-0.00303052;REVB=0.00235934;RO=89;SAF=34;SAR=36;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251878;STB=0.514035;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0046381;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:89:89:70:70:0.440252:36:34:41:48:36:34:41:48 chr5 89979698 . C T 701.35 PASS AF=0.544;AO=68;DP=125;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00845722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4319;QD=22.4432;RBI=0.00856172;REFB=-0.024902;REVB=-0.00133365;RO=56;SAF=35;SAR=33;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562827;STB=0.526679;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0242834;OID=.;OPOS=89979698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:56:57:68:68:0.544:33:35:25:31:33:35:26:31 chr5 89979846 . A G 378.72 PASS AF=0.368;AO=46;DP=125;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.00930872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1196;QD=12.1191;RBI=0.0357819;REFB=0.00946576;REVB=0.0345499;RO=78;SAF=21;SAR=25;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373449;STB=0.524805;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0138971;OID=.;OPOS=89979846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:78:79:46:46:0.368:25:21:33:45:25:21:33:46 chr5 89985746 . A G 815.79 PASS AF=0.50303;AO=83;DP=165;FAO=83;FDP=165;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.020991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.372;QD=19.7768;RBI=0.0287657;REFB=-0.00584126;REVB=0.0196684;RO=82;SAF=31;SAR=52;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733907;STB=0.540415;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00562404;OID=.;OPOS=89985746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:82:82:83:83:0.50303:52:31:37:45:52:31:37:45 chr5 89985882 . A G 487.18 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=142;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.00250659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.986;QD=13.7233;RBI=0.0074431;REFB=-0.0162386;REVB=-0.00700833;RO=87;SAF=13;SAR=42;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252352;STB=0.644154;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0204568;OID=.;OPOS=89985882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:87:87:55:55:0.387324:42:13:38:49:42:13:38:49 chr5 89988504 . A G 936.16 PASS AF=0.47;AO=94;DP=200;FAO=94;FDP=200;FR=.;FRO=106;FSAF=81;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=29;FWDB=-0.00164286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0993;QD=18.7233;RBI=0.00453618;REFB=0.000296904;REVB=-0.00422823;RO=105;SAF=81;SAR=13;SRF=76;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223234;STB=0.623504;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.000357495;OID=.;OPOS=89988504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:105:106:94:94:0.47:13:81:76:29:13:81:77:29 chr5 89989779 . G A 1545.75 PASS AF=0.459155;AO=164;DP=345;FAO=163;FDP=355;FR=.;FRO=192;FSAF=82;FSAR=81;FSRF=94;FSRR=98;FWDB=0.0342519;FXX=0.00560208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6598;QD=17.4168;RBI=0.0564183;REFB=-0.0102529;REVB=-0.0448312;RO=180;SAF=82;SAR=82;SRF=96;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317057;STB=0.507292;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0135822;OID=.;OPOS=89989779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:355:180:192:164:163:0.459155:82:82:96:84:81:82:94:98 chr5 89990324 . A G 132.73 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.032258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7152;QD=15.1695;RBI=0.0356894;REFB=-0.00390182;REVB=0.0152693;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28963;STB=0.666455;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00994192;OID=.;OPOS=89990324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:6:14:6:9:6:14 chr5 90020923 . T G 859.83 PASS AF=0.576642;AO=64;DP=139;FAO=79;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0170713;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.967;QD=25.1044;RBI=0.0187797;REFB=-0.0279027;REVB=0.00782604;RO=56;SAF=39;SAR=25;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110456;STB=0.524291;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0194105;OID=.;OPOS=90020923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:56:58:64:79:0.576642:25:39:27:29:35:44:29:29 chr5 90020924 . A G 51.88 PASS AF=0.1;AO=14;DP=130;FAO=14;FDP=140;FR=.;FRO=126;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=71;FSRR=55;FWDB=-0.00706902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.0293;QD=1.48226;RBI=0.0125282;REFB=-0.00351998;REVB=0.0103434;RO=116;SAF=4;SAR=10;SRF=69;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361555;STB=0.74224;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0196868;OID=.;OPOS=90020924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:130:140:116:126:14:14:0.1:10:4:69:47:10:4:71:55 chr5 90024735 . G A 1168.35 PASS AF=0.506494;AO=104;DP=220;FAO=117;FDP=231;FR=.;FRO=114;FSAF=37;FSAR=80;FSRF=42;FSRR=72;FWDB=0.00175371;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.101;QD=20.2311;RBI=0.0105811;REFB=-0.0226212;REVB=-0.0104347;RO=108;SAF=29;SAR=75;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998516;STB=0.529131;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0230172;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:231:108:114:104:117:0.506494:75:29:40:68:80:37:42:72 chr5 90052289 . G A 597.47 PASS AF=0.437086;AO=65;DP=152;FAO=66;FDP=151;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.0257301;FXX=0.0194793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.035;QD=15.827;RBI=0.0436928;REFB=-0.0142807;REVB=-0.0353132;RO=87;SAF=23;SAR=42;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101884;STB=0.562795;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0160954;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:87:85:65:66:0.437086:42:23:39:48:42:24:40:45 chr5 90052372 . C T 631.36 PASS AF=0.453947;AO=68;DP=151;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.00197456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.647;QD=16.6146;RBI=0.00601559;REFB=-0.00406571;REVB=-0.00568229;RO=82;SAF=26;SAR=42;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456835;STB=0.525749;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00408545;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:82:83:68:69:0.453947:42:26:35:47:43:26:35:48 chr5 90107108 . A G 2689.32 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573614;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.516;QD=62.1808;RBI=0.0766531;REFB=0;REVB=0.0508466;RO=0;SAF=65;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93898e-05;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:166:173:0:0:166:173:1:101:65:0:0:106:67:0:0 chr5 90119293 . C T 478.16 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0569614;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1215;QD=15.4244;RBI=0.0995099;REFB=-0.00779885;REVB=0.0815942;RO=72;SAF=30;SAR=23;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965534;STB=0.558075;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0180171;OID=.;OPOS=90119293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:72:71:53:53:0.427419:23:30:34:38:23:30:33:38 chr5 90119324 . G A 1513.15 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.211;QD=59.9266;RBI=0.0122569;REFB=0;REVB=0.00293518;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81688e-06;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr5 90151589 . G A 576.07 PASS AF=0.365591;AO=68;DP=186;FAO=68;FDP=186;FR=.;FRO=118;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=0.0209327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.817;QD=12.3886;RBI=0.0233989;REFB=-0.00255588;REVB=-0.010456;RO=114;SAF=33;SAR=35;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259434;STB=0.52007;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00332332;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:114:118:68:68:0.365591:35:33:58:56:35:33:61:57 chr5 90449154 . G A 783.39 PASS AF=0.441489;AO=83;DP=188;FAO=83;FDP=188;FR=.;FRO=105;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.0237726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.841;QD=16.6679;RBI=0.0240371;REFB=-0.00779285;REVB=0.00355626;RO=104;SAF=30;SAR=53;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949527;STB=0.55608;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00749335;OID=.;OPOS=90449154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:104:105:83:83:0.441489:53:30:47:57:53:30:48:57 chr5 90666524 . C T 51.76 PASS AF=0.114504;AO=15;DP=131;FAO=15;FDP=131;FR=.;FRO=116;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=72;FWDB=-0.0343356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.208;QD=1.58038;RBI=0.0343514;REFB=-0.000386782;REVB=-0.00104111;RO=109;SAF=13;SAR=2;SRF=37;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.595727;STB=0.893581;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0693078;OID=.;OPOS=90666524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:131:131:109:116:15:15:0.114504:2:13:37:72:2:13:44:72 chr5 92956623 . T TCGA 475.81 PASS AF=0.425197;AO=52;DP=128;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.00551214;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.206;QD=14.986;RBI=0.0172144;REFB=-0.0245342;REVB=-0.0163081;RO=73;SAF=27;SAR=25;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00136974;STB=0.501168;STBP=0.966;TYPE=ins;VARB=0.0333399;OID=.;OPOS=92956624;OREF=-;OALT=CGA;OMAPALT=TCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425197:52:128:54:127:73:28:26:38:35:99:73:27:25:38:35 chr5 93731985 . A G 3234.84 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010124;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.495;QD=61.6161;RBI=0.0101974;REFB=0.0201158;REVB=0.00122162;RO=1;SAF=105;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451521;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53378e-05;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:208:210:1:0:207:210:1:102:105:1:0:104:106:0:0 chr5 93752765 . T C 126.01 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0264889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7138;QD=9.33385;RBI=0.0550832;REFB=-0.0193546;REVB=0.048296;RO=35;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247989;STB=0.649832;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0232931;OID=.;OPOS=93752765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:35:36:17:18:0.333333:6:11:15:20:6:12:16:20 chr5 93987532 . C A 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0138788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.291;QD=12.4668;RBI=0.0194333;REFB=-0.00331792;REVB=-0.0136026;RO=33;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355026;STB=0.520528;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00446154;OID=.;OPOS=93987532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:14:6:9:24:14:6:9:24 chr5 94749723 . G A 869.73 PASS AF=0.488889;AO=88;DP=180;FAO=88;FDP=180;FR=.;FRO=92;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=33;FWDB=-0.00198547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.823;QD=19.3272;RBI=0.022075;REFB=0.00714743;REVB=-0.0219856;RO=89;SAF=49;SAR=39;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782861;STB=0.544176;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00729946;OID=.;OPOS=94749723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:89:92:88:88:0.488889:39:49:57:32:39:49:59:33 chr5 94772540 . C T 1297.09 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0472888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9561;QD=60.3297;RBI=0.0472889;REFB=-0.0348398;REVB=2.69141e-05;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106419;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000886948;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:86:1:1:82:85:0.988372:44:38:0:1:44:41:0:1 chr5 94785958 . G A 220.22 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0544103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0883;QD=14.4404;RBI=0.0549672;REFB=-0.0215788;REVB=-0.00780484;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177341;STB=0.502536;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.029526;OID=.;OPOS=94785958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:25:26:0.42623:11:14:19:16:12:14:19:16 chr5 94860194 . G C 451.77 PASS AF=0.368794;AO=52;DP=142;FAO=52;FDP=141;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.00867181;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1008;QD=12.8163;RBI=0.0370459;REFB=-0.0109365;REVB=-0.0360166;RO=83;SAF=26;SAR=26;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719292;STB=0.538992;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0202426;OID=.;OPOS=94860194;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:83:89:52:52:0.368794:26:26:47:36:26:26:50:39 chr5 94957676 . A T 870.95 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0414368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8593;QD=56.1904;RBI=0.0424067;REFB=0.0253651;REVB=-0.00901819;RO=1;SAF=20;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230134;STB=0.512191;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00105353;OID=.;OPOS=94957676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:41:20:1:0:41:20:1:0 chr5 95084131 . G A 2442.99 PASS AF=0.98773;AO=160;DP=163;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0194825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.958;QD=59.9507;RBI=0.0206119;REFB=0.0623988;REVB=-0.00672903;RO=2;SAF=67;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00195963;STB=0.505318;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.000148065;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:163:2:2:160:161:0.98773:93:67:1:1:93:68:0:2 chr5 95091194 . C T 2334.39 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142328;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.922;QD=62.6682;RBI=0.0610306;REFB=-0.0991893;REVB=0.061014;RO=1;SAF=54;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208274;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:148:149:1:0:146:149:1:92:54:0:1:95:54:0:0 chr5 95091201 . A G 2244.22 PASS AF=0.966667;AO=145;DP=150;FAO=145;FDP=150;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0129414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.004;QD=59.8458;RBI=0.0136744;REFB=-0.00114991;REVB=0.00441672;RO=4;SAF=56;SAR=89;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208906;STB=0.506565;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.000135601;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:150:150:4:5:145:145:0.966667:89:56:0:4:89:56:1:4 chr5 95152313 . A G 380.46 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0127651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.221;QD=16.9094;RBI=0.0232537;REFB=-0.00432053;REVB=0.0194367;RO=50;SAF=26;SAR=14;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134631;STB=0.575719;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00448421;OID=.;OPOS=95152313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:14:26:26:24:14:26:26:24 chr5 95194571 . T C 3174.4 PASS AF=0.981221;AO=211;DP=213;FAO=209;FDP=213;FR=.;FRO=4;FSAF=99;FSAR=110;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0471424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2017;QD=59.6132;RBI=0.0861653;REFB=0.0262745;REVB=-0.0721252;RO=1;SAF=101;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431127;STB=0.5052;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00253667;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:213:213:1:4:211:209:0.981221:110:101:0:1:110:99:3:1 chr5 95194593 . G T 3490.67 PASS AF=1;AO=219;DP=221;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162598;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.133;QD=62.6129;RBI=0.0171676;REFB=0;REVB=-0.00550877;RO=0;SAF=109;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77603e-05;OID=.;OPOS=95194593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:223:0:0:219:223:1:110:109:0:0:114:109:0:0 chr5 95222277 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.47;QD=62.4651;RBI=0.0228432;REFB=0;REVB=-0.0127734;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56972e-06;OID=.;OPOS=95222277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr5 95224783 . T C 192.67 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00557565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.77;QD=23.3542;RBI=0.0207556;REFB=0.030273;REVB=0.0199927;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089129;STB=0.549788;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0152217;OID=.;OPOS=95224783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:10:9:5:9:10:9:5:9 chr5 95234350 . A G 81.57 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00139537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.064;QD=6.04217;RBI=0.04117;REFB=-0.00871878;REVB=-0.0411463;RO=38;SAF=11;SAR=1;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.663561;STB=0.926659;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0362395;OID=.;OPOS=95234350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:38:42:12:12:0.222222:1:11:14:24:1:11:14:28 chr5 95234377 . C T 161.68 PASS AF=0.224138;AO=24;DP=115;FAO=26;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=65;FWDB=0.0023813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7971;QD=5.57523;RBI=0.011139;REFB=-0.000662499;REVB=0.0108814;RO=60;SAF=15;SAR=9;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265716;STB=0.721372;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00316913;OID=.;OPOS=95234377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:60:90:24:26:0.224138:9:15:24:36:11:15:25:65 chr5 95234392 . A C 329.42 PASS AF=0.296552;AO=43;DP=145;FAO=43;FDP=145;FR=.;FRO=102;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=70;FWDB=0.0260178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.376;QD=9.08753;RBI=0.0320255;REFB=-0.0108857;REVB=-0.0186738;RO=93;SAF=18;SAR=25;SRF=32;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919616;STB=0.577668;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0355118;OID=.;OPOS=95234392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:93:102:43:43:0.296552:25:18:32:61:25:18:32:70 chr5 95236415 . G A 401.99 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0530241;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.179;QD=15.6113;RBI=0.0532727;REFB=-0.0069504;REVB=-0.00514071;RO=57;SAF=27;SAR=18;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228558;STB=0.632126;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0147091;OID=.;OPOS=95236415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:57:58:45:45:0.436893:18:27:21:36:18:27:21:37 chr5 95236459 . C T 295.97 PASS AF=0.390805;AO=33;DP=88;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00229638;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.437;QD=13.608;RBI=0.00897193;REFB=-0.0134602;REVB=-0.00867307;RO=53;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219845;STB=0.614393;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0181343;OID=.;OPOS=95236459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:53:53:33:34:0.390805:15:18:18:35:16:18:18:35 chr5 95728440 . A G 867.64 PASS AF=0.544872;AO=85;DP=156;FAO=85;FDP=156;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0385412;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8592;QD=22.2471;RBI=0.0744976;REFB=0.0188272;REVB=0.0637532;RO=71;SAF=43;SAR=42;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811128;STB=0.544293;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0119904;OID=.;OPOS=95728440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:71:71:85:85:0.544872:42:43:29:42:42:43:29:42 chr5 95728898 . C G 832.36 PASS AF=0.509091;AO=84;DP=165;FAO=84;FDP=165;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0420365;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.748;QD=20.1783;RBI=0.0420984;REFB=-0.0150755;REVB=0.00228228;RO=79;SAF=33;SAR=51;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135547;STB=0.574861;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0152696;OID=.;OPOS=95728898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:79:81:84:84:0.509091:51:33:43:36:51:33:44:37 chr5 95728974 . G C 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0082027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.942;QD=12.9979;RBI=0.00823082;REFB=-0.0143772;REVB=0.000679755;RO=57;SAF=20;SAR=14;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107038;STB=0.561321;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0210255;OID=.;OPOS=95728974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:14:20:28:29:14:20:28:29 chr5 95865526 . G A 346.16 PASS AF=0.201365;AO=59;DP=293;FAO=59;FDP=293;FR=.;FRO=234;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=85;FSRR=149;FWDB=0.0459531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0464;QD=4.72567;RBI=0.0930531;REFB=0.00468748;REVB=0.0809148;RO=233;SAF=21;SAR=38;SRF=85;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124018;STB=0.506346;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0173437;OID=.;OPOS=95865526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:233:234:59:59:0.201365:38:21:85:148:38:21:85:149 chr5 96231000 . G T 4721.94 PASS AF=1;AO=297;DP=299;FAO=297;FDP=297;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000954469;FXX=0.00668874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.87;QD=63.5952;RBI=0.0150915;REFB=0.0197739;REVB=-0.0150613;RO=2;SAF=153;SAR=144;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000193444;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55646e-06;OID=.;OPOS=96231000;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:299:297:2:0:297:297:1:144:153:1:1:144:153:0:0 chr5 96232142 . T A 1698.36 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.905;QD=60.1188;RBI=0.112631;REFB=0;REVB=0.00762903;RO=0;SAF=17;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115729;OID=.;OPOS=96232142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:110:113:1:93:17:0:0:95:18:0:0 chr5 96235896 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.896;QD=57.8845;RBI=0.0309379;REFB=0;REVB=0.0309006;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83062e-05;OID=.;OPOS=96235896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr5 96237326 . G A 3247.75 PASS AF=0.981735;AO=208;DP=212;FAO=215;FDP=219;FR=.;FRO=4;FSAF=104;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00951039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6858;QD=59.3196;RBI=0.0594754;REFB=-0.0428558;REVB=0.0587101;RO=4;SAF=104;SAR=104;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179652;STB=0.508849;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00106887;OID=.;OPOS=96237326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:212:219:4:4:208:215:0.981735:104:104:0:4:111:104:0:4 chr5 96245343 . C T 2351.93 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.165;QD=61.089;RBI=0.0150631;REFB=0;REVB=-0.0134438;RO=0;SAF=75;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50765e-05;OID=.;OPOS=96245343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:79:75:0:0:79:75:0:0 chr5 96245439 . C T 1695.29 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.291;QD=60.5459;RBI=0.0120227;REFB=0;REVB=0.00318594;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93583e-06;OID=.;OPOS=96245439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:57:55:0:0:57:55:0:0 chr5 96249115 . C T 2456.8 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.815;QD=61.4201;RBI=0.00918704;REFB=0;REVB=0.00608003;RO=0;SAF=84;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04833e-05;OID=.;OPOS=96249115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:76:84:0:0:76:84:0:0 chr5 96315555 . A AC 53.61 PASS AF=0.189189;AO=9;DP=75;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0612615;FXX=0.0133316;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.5978;QD=2.89782;RBI=0.0717136;REFB=-0.00484877;REVB=-0.0372809;RO=63;SAF=0;SAR=9;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.700267;STB=0.931473;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0775615;OID=.;OPOS=96315556;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189189:9:75:14:74:60:1:13:37:23:53:63:0:9:38:25 chr5 96350710 . G A 2446.79 PASS AF=1;AO=159;DP=161;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738893;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5871;QD=61.5545;RBI=0.0228182;REFB=0;REVB=-0.0215888;RO=0;SAF=72;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18455e-05;OID=.;OPOS=96350710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:159:0:0:159:159:1:87:72:0:0:87:72:0:0 chr5 96498783 . G A 1362.71 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192784;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.915;QD=62.6533;RBI=0.0485664;REFB=0;REVB=0.0445762;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05854e-05;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:85:87:1:40:45:0:0:42:45:0:0 chr5 96503523 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00425771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.231;QD=51.5083;RBI=0.0125652;REFB=0.0275102;REVB=0.0118218;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.523791;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=4.33088e-05;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:10:16:0:0:10:16:0:1 chr5 96512865 . T A 1564.53 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.103;QD=63.8583;RBI=0.0350018;REFB=0;REVB=0.0346294;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81856e-05;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:42:53:0:0:45:53:0:0 chr5 96512871 . T A 1496.5 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260044;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.493;QD=59.8599;RBI=0.0310457;REFB=0;REVB=0.0169591;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79724e-05;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr5 96513471 . G C 1329.75 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9181;QD=61.8487;RBI=0.0107611;REFB=0;REVB=-0.00997985;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150396;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:37:48:0:0:37:49:0:0 chr5 96518792 . T G 1733.81 PASS AF=0.991525;AO=108;DP=111;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0249624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5488;QD=58.7732;RBI=0.0859788;REFB=-0.0130734;REVB=0.0822753;RO=2;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169456;STB=0.503936;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00112948;OID=.;OPOS=96518792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:111:118:2:1:108:117:0.991525:55:53:0:2:63:54:0:1 chr5 97014421 . T C 521.12 PASS AF=0.4;AO=52;DP=142;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.0120727;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.4087;QD=14.3758;RBI=0.0211405;REFB=0.00682992;REVB=0.0173543;RO=67;SAF=20;SAR=32;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194061;STB=0.515115;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0105656;OID=.;OPOS=97014421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:67:87:52:58:0.4:32:20:27:40:38:20:32:55 chr5 98115828 . A G 633.57 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00170366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.943;QD=18.102;RBI=0.013658;REFB=-0.0111273;REVB=-0.0135513;RO=74;SAF=25;SAR=40;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478193;STB=0.530883;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.015655;OID=.;OPOS=98115828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:75:65:65:0.464286:40:25:32:42:40:25:33:42 chr5 98131450 . GAGT G 173.62 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00490637;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=3;MLLD=287.546;QD=14.4685;RBI=0.00903542;REFB=-0.00356765;REVB=-0.00758725;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132711;STB=0.546997;STBP=0.624;TYPE=del;VARB=0.00461315;OID=.;OPOS=98131451;OREF=AGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395833:18:48:19:48:29:9:10:16:13:99:28:8:10:16:12 chr5 98131505 . A G 272.75 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0410756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.142;QD=14.9451;RBI=0.0411916;REFB=-0.0196559;REVB=0.00308891;RO=40;SAF=10;SAR=21;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850369;STB=0.552059;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0215348;OID=.;OPOS=98131505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:42:31:31:0.424658:21:10:16:24:21:10:17:25 chr5 99921841 . G C 396.18 PASS AF=0.301136;AO=53;DP=176;FAO=53;FDP=176;FR=.;FRO=123;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=66;FWDB=-0.0178601;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.869;QD=9.00411;RBI=0.0562682;REFB=-0.00798086;REVB=-0.0533585;RO=118;SAF=31;SAR=22;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170579;STB=0.584874;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0196969;OID=.;OPOS=99921841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:118:123:53:53:0.301136:22:31:52:66:22:31:57:66 chr5 100068875 . C T 1097.02 PASS AF=0.470588;AO=112;DP=238;FAO=112;FDP=238;FR=.;FRO=126;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=-0.0280417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9017;QD=18.4372;RBI=0.0377258;REFB=-0.0339091;REVB=-0.0252369;RO=126;SAF=60;SAR=52;SRF=52;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117582;STB=0.564842;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0367119;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:126:126:112:112:0.470588:52:60:52:74:52:60:52:74 chr5 100145388 . A C 366.99 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.0159833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5273;QD=14.3916;RBI=0.0290846;REFB=-0.0194136;REVB=0.0242991;RO=60;SAF=25;SAR=17;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975469;STB=0.554871;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0371277;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:60:42:42:0.411765:17:25:41:19:17:25:41:19 chr5 100146447 . G T 537.18 PASS AF=0.387879;AO=61;DP=161;FAO=64;FDP=165;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=70;FWDB=-0.0187211;FXX=0.0119753;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.041;QD=13.0225;RBI=0.0222695;REFB=-0.0290091;REVB=-0.0120603;RO=97;SAF=27;SAR=34;SRF=27;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18647;STB=0.59181;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0232335;OID=.;OPOS=100146447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:165:97:101:61:64:0.387879:34:27:27:70:35:29:31:70 chr5 101466768 . C G 2508.69 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.381;QD=61.563;RBI=0.125649;REFB=0;REVB=0.107279;RO=0;SAF=84;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196907;OID=.;OPOS=101466768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:163:0:0:160:163:1:76:84:0:0:79:84:0:0 chr5 101575091 . C T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0740917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2075;QD=58.9611;RBI=0.0789189;REFB=0;REVB=0.0271774;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421318;OID=.;OPOS=101575091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr5 102365186 . G A 1508.75 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3011;QD=63.5261;RBI=0.0515433;REFB=0;REVB=-0.00856473;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236612;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:50:44:0:0:51:44:0:0 chr5 102365426 . C CAG 1154.9 PASS AF=0.728682;AO=91;DP=130;FAO=94;FDP=129;FR=.;FRO=35;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.014915;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.074;QD=35.8108;RBI=0.0181701;REFB=-0.0124587;REVB=0.0103777;RO=36;SAF=48;SAR=43;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160553;STB=0.584001;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.00259746;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.728682:91:130:94:129:35:48:46:7:28:99:36:48:43:8:28 chr5 102365429 . T A 138.64 PASS AF=0.196721;AO=24;DP=123;FAO=24;FDP=122;FR=.;FRO=98;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.0321722;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0729;QD=4.54557;RBI=0.0593308;REFB=-0.00112736;REVB=0.0498507;RO=98;SAF=2;SAR=22;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597008;STB=0.887294;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00645934;OID=.;OPOS=102365429;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:98:98:24:24:0.196721:22:2:49:49:22:2:49:49 chr5 102365432 . A G 46.38 PASS AF=0.1;AO=12;DP=123;FAO=12;FDP=120;FR=.;FRO=108;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=-0.0115719;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.018;QD=1.54612;RBI=0.011602;REFB=-0.00435055;REVB=0.000835219;RO=105;SAF=2;SAR=10;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371518;STB=0.786518;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0559932;OID=.;OPOS=102365432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:123:120:105:108:12:12:0.1:10:2:48:57:10:2:49:59 chr5 102512570 . C CA 1762.26 PASS AF=1;AO=146;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0920704;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.2441;QD=45.773;RBI=0.172437;REFB=0;REVB=-0.1458;RO=1;SAF=69;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00185844;OID=.;OPOS=102512571;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:146:155:154:154:0:72:82:0:0:32:1:69:77:1:0 chr5 102614327 . C T 1106.63 PASS AF=0.327869;AO=142;DP=428;FAO=140;FDP=427;FR=.;FRO=287;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=178;FSRR=109;FWDB=-0.0647387;FXX=0.00697658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.243;QD=10.3665;RBI=0.0757594;REFB=-0.000462713;REVB=0.0393496;RO=285;SAF=65;SAR=77;SRF=176;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185328;STB=0.612932;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00126918;OID=.;OPOS=102614327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:427:285:287:142:140:0.327869:77:65:176:109:77:63:178:109 chr5 102891695 . A G 2723.01 PASS AF=1;AO=175;DP=178;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219651;FXX=0.016853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.655;QD=62.2402;RBI=0.025305;REFB=-0.0662632;REVB=0.012565;RO=0;SAF=71;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86198e-05;OID=.;OPOS=102891695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:175:0:0:175:175:1:104:71:0:0:104:71:0:0 chr5 105889178 . T C 995.62 PASS AF=0.435685;AO=104;DP=229;FAO=105;FDP=241;FR=.;FRO=136;FSAF=33;FSAR=72;FSRF=60;FSRR=76;FWDB=-0.00648361;FXX=0.0163259;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.766;QD=16.5248;RBI=0.0248879;REFB=-0.0101444;REVB=-0.0240285;RO=124;SAF=33;SAR=71;SRF=57;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150957;STB=0.578223;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0144876;OID=.;OPOS=105889178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:241:124:136:104:105:0.435685:71:33:57:67:72:33:60:76 chr5 107197420 . G A 1320.76 PASS AF=0.501887;AO=133;DP=265;FAO=133;FDP=265;FR=.;FRO=132;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=0.0290789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0082;QD=19.936;RBI=0.0321314;REFB=-0.0454301;REVB=0.0136693;RO=132;SAF=63;SAR=70;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312988;STB=0.517156;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0450337;OID=.;OPOS=107197420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:132:132:133:133:0.501887:70:63:58:74:70:63:58:74 chr5 107197502 . G A 1492.08 PASS AF=0.531365;AO=142;DP=263;FAO=144;FDP=271;FR=.;FRO=127;FSAF=54;FSAR=90;FSRF=45;FSRR=82;FWDB=-0.00439104;FXX=0.00732574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.368;QD=22.0233;RBI=0.0112453;REFB=-0.0406675;REVB=0.0103526;RO=121;SAF=54;SAR=88;SRF=41;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375082;STB=0.510384;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.030874;OID=.;OPOS=107197502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:271:121:127:142:144:0.531365:88:54:41:80:90:54:45:82 chr5 108672755 . T A 3458.54 PASS AF=0.978261;AO=223;DP=228;FAO=225;FDP=230;FR=.;FRO=5;FSAF=103;FSAR=122;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00864552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.246;QD=60.1484;RBI=0.00882491;REFB=0.110048;REVB=0.00177035;RO=5;SAF=103;SAR=120;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225637;STB=0.511847;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000222849;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:228:230:5:5:223:225:0.978261:120:103:5:0:122:103:5:0 chr5 108672946 . C T 411.59 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=45;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.00665788;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6106;QD=13.3849;RBI=0.0767127;REFB=3.25108e-05;REVB=-0.0764233;RO=70;SAF=45;SAR=3;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551884;STB=0.840442;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000566657;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:70:75:48:48:0.390244:3:45:45:25:3:45:46:29 chr5 108713970 . C T 820.89 PASS AF=0.42723;AO=91;DP=213;FAO=91;FDP=213;FR=.;FRO=122;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=-0.000856567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6024;QD=15.4157;RBI=0.037227;REFB=-0.014034;REVB=-0.0372171;RO=122;SAF=31;SAR=60;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943028;STB=0.552707;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.01801;OID=.;OPOS=108713970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:122:122:91:91:0.42723:60:31:52:70:60:31:52:70 chr5 109035302 . T TAAAG 1399.43 PASS AF=0.98913;AO=87;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00432285;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=258.024;QD=60.8446;RBI=0.0312148;REFB=-0.0877492;REVB=0.030914;RO=1;SAF=51;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920098;STB=0.504761;STBP=0.509;TYPE=ins;VARB=0.000414082;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.98913:87:92:91:92:1:52:39:1:0:4:1:51:36:1:0 chr5 109035496 . A G 772.55 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0160176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.335;QD=61.8036;RBI=0.0299547;REFB=-0.0540389;REVB=0.0253125;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000607927;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:28:21:0:0:28:21:1:0 chr5 109117171 . A G 3668.48 PASS AF=0.953668;AO=244;DP=265;FAO=247;FDP=259;FR=.;FRO=12;FSAF=170;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0229869;FXX=0.0226407;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3748;QD=56.6561;RBI=0.0233083;REFB=-0.0518793;REVB=-0.00385755;RO=9;SAF=169;SAR=75;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538338;STB=0.531871;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0132432;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:265:259:9:12:244:247:0.953668:75:169:0:9:77:170:1:11 chr5 109181682 . A T 3015.44 PASS AF=1;AO=186;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.015;QD=63.4829;RBI=0.0321092;REFB=0;REVB=0.0261102;RO=0;SAF=93;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9286e-05;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:190:0:0:186:190:1:93:93:0:0:94:96:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 3417.5 PASS AF=1;AO=215;DP=217;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305865;FXX=0.0180172;HRUN=1;LEN=3;MLLD=165.158;QD=62.7064;RBI=0.0306786;REFB=0;REVB=-0.00237659;RO=0;SAF=95;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.43475e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:215:217:218:218:0:98:120:0:0:19:0:95:120:0:0 chr5 109960989 . A G 276.44 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0012967;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.053;QD=13.009;RBI=0.0514497;REFB=-0.0104641;REVB=0.0514334;RO=51;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861342;STB=0.560402;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0330977;OID=.;OPOS=109960989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:51:53:32:32:0.376471:15:17:23:28:15:17:23:30 chr5 109973902 . T G 433.04 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0334709;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8303;QD=16.1883;RBI=0.0368669;REFB=0.0104065;REVB=0.0154553;RO=58;SAF=22;SAR=26;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00992989;STB=0.509815;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0121473;OID=.;OPOS=109973902;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:58:59:48:48:0.448598:26:22:26:32:26:22:26:33 chr5 110079450 . T C 391.64 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0043007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.753;QD=22.0644;RBI=0.0274843;REFB=0.00592746;REVB=0.0271457;RO=32;SAF=16;SAR=23;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13965;STB=0.57665;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00340022;OID=.;OPOS=110079450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:23:16:8:24:23:16:8:24 chr5 110784822 . A G 4095.6 PASS AF=1;AO=262;DP=263;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272984;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0328;QD=62.5283;RBI=0.0346347;REFB=0;REVB=-0.0213157;RO=0;SAF=123;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97854e-06;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:263:262:0:0:262:262:1:139:123:0:0:139:123:0:0 chr5 110819753 . G C 1970.34 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.811;QD=62.058;RBI=0.0210028;REFB=0;REVB=0.0203177;RO=0;SAF=47;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08323e-05;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:79:47:0:0:80:47:0:0 chr5 111065696 . C CAAAG 237.22 PASS AF=0.3625;AO=27;DP=81;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0231155;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=4;MLLD=240.064;QD=11.8612;RBI=0.0320835;REFB=-0.0119009;REVB=-0.0222492;RO=51;SAF=14;SAR=13;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566975;STB=0.532849;STBP=0.655;TYPE=ins;VARB=0.0175136;OID=.;OPOS=111065697;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3625:27:81:29:80:51:15:14:29:22:99:51:14:13:29:22 chr5 111065764 . C T 351.27 PASS AF=0.493333;AO=35;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00633055;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5531;QD=18.7344;RBI=0.00637173;REFB=-0.0439227;REVB=-0.000723289;RO=33;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290381;STB=0.507688;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0275229;OID=.;OPOS=111065764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:38:35:37:0.493333:16:19:19:14:16:21:21:17 chr5 111066697 . T C 953.71 PASS AF=0.5;AO=93;DP=189;FAO=94;FDP=188;FR=.;FRO=94;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.0169649;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.465;QD=20.2917;RBI=0.0182765;REFB=-0.0225043;REVB=-0.00679867;RO=96;SAF=45;SAR=48;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434515;STB=0.510646;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.022782;OID=.;OPOS=111066697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:96:94:93:94:0.5:48:45:46:50:48:46:44:50 chr5 111500816 . C CTAAAA 813.36 PASS AF=0.449735;AO=79;DP=198;FAO=85;FDP=189;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=68;FSRF=72;FSRR=32;FWDB=-0.0140682;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=5;MLLD=254.382;QD=17.214;RBI=0.014567;REFB=-0.0143386;REVB=-0.00377928;RO=110;SAF=16;SAR=63;SRF=75;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50861;STB=0.780634;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0149817;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449735:79:198:85:189:104:17:68:72:32:99:110:16:63:75:35 chr5 111504479 . C T 3837.3 PASS AF=1;AO=246;DP=249;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374019;FXX=0.039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.495;QD=62.3952;RBI=0.0379067;REFB=0;REVB=0.006166;RO=0;SAF=109;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.54862e-05;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:246:0:0:246:246:1:137:109:0:0:137:109:0:0 chr5 111506069 . G A 1560.79 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00714367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.516;QD=59.4587;RBI=0.00970388;REFB=0;REVB=0.00656759;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23928e-05;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:55:49:0:0:55:50:0:0 chr5 111519740 . T C 4282.13 PASS AF=0.947883;AO=289;DP=311;FAO=291;FDP=307;FR=.;FRO=16;FSAF=165;FSAR=126;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0170542;FXX=0.0128613;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.882;QD=55.7932;RBI=0.0606436;REFB=-0.0544396;REVB=0.0581962;RO=15;SAF=165;SAR=124;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416771;STB=0.52331;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000843913;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:311:307:15:16:289:291:0.947883:124:165:2:13:126:165:2:14 chr5 111530284 . A G 1138.36 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265152;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4412;QD=60.7125;RBI=0.0415846;REFB=0;REVB=0.0320347;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.26033e-06;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr5 111545670 . C G 2105.58 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0155376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.868;QD=61.9289;RBI=0.01932;REFB=0.0166678;REVB=-0.0114823;RO=0;SAF=50;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502924;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000143363;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:0:1:135:135:0.992647:85:50:0:0:85:50:0:1 chr5 111611076 . A G 517.16 PASS AF=0.495495;AO=54;DP=107;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.0173482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.533;QD=18.6363;RBI=0.0173697;REFB=-0.0217648;REVB=-0.000863906;RO=53;SAF=23;SAR=31;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116227;STB=0.570223;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0110108;OID=.;OPOS=111611076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:53:56:54:55:0.495495:31:23:16:37:32:23:16:40 chr5 112162854 . T C 1250.06 PASS AF=0.521552;AO=121;DP=234;FAO=121;FDP=232;FR=.;FRO=111;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=-0.00820204;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.655;QD=21.5527;RBI=0.053762;REFB=-0.00616401;REVB=0.0531326;RO=110;SAF=51;SAR=70;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132506;STB=0.505359;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00617239;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:232:110:111:121:121:0.521552:70:51:48:62:70:51:48:63 chr5 112164561 . G A 1855.85 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5998;QD=61.3505;RBI=0.0478466;REFB=0;REVB=0.046843;RO=0;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105229;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:74:46:0:0:75:46:0:0 chr5 112175770 . G A 1479.63 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269001;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.991;QD=63.6399;RBI=0.0286444;REFB=0;REVB=-0.009843;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.57289e-05;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:92:93:1:46:46:0:0:47:46:0:0 chr5 112176325 . G A 958.66 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.463;QD=57.2336;RBI=0.0256155;REFB=-0.0223581;REVB=0.0158337;RO=1;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101608;STB=0.505375;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000525791;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:46:19:0:1:46:20:0:1 chr5 112176559 . T G 1556.69 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0625105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.452;QD=58.7429;RBI=0.0758788;REFB=-0.0075564;REVB=0.043012;RO=1;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903847;STB=0.504761;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000517635;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:52:52:0:1:52:53:0:1 chr5 112176756 . T A 1257.49 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5792;QD=61.341;RBI=0.0702993;REFB=0;REVB=0.0699321;RO=0;SAF=27;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404459;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:54:27:0:0:54:28:0:0 chr5 112177171 . G A 317.03 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00720174;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.296;QD=50.7252;RBI=0.0280311;REFB=-0.148981;REVB=0.0270901;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517227;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000728003;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:0:1:24:24:0.96:14:10:0:0:14:10:0:1 chr5 112179909 . C A 215.25 PASS AF=0.393939;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00623089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6327;QD=13.0452;RBI=0.00838243;REFB=-0.0125148;REVB=-0.00560725;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855466;STB=0.538818;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0111579;OID=.;OPOS=112179909;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:25:26:0.393939:15:10:13:27:16:10:13:27 chr5 112197082 . C T 884.63 PASS AF=0.46875;AO=90;DP=192;FAO=90;FDP=192;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=-0.00300864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.947;QD=18.4298;RBI=0.010092;REFB=-0.0286936;REVB=-0.00963307;RO=101;SAF=38;SAR=52;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00626257;STB=0.505702;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0340838;OID=.;OPOS=112197082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:101:102:90:90:0.46875:52:38:42:59:52:38:42:60 chr5 112200098 . A G 617.56 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0824406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5389;QD=20.7582;RBI=0.0825053;REFB=-0.0166009;REVB=0.00326578;RO=57;SAF=27;SAR=35;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441502;STB=0.524264;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0145889;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:57:62:62:0.521008:35:27:22:35:35:27:22:35 chr5 112203564 . T A 454.73 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.00979345;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.262;QD=19.9879;RBI=0.00981462;REFB=0.00276533;REVB=0.000644282;RO=46;SAF=19;SAR=26;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704134;STB=0.53899;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00291483;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:26:19:16:30:26:19:16:30 chr5 112228670 . G A 936.85 PASS AF=0.470588;AO=50;DP=204;FAO=96;FDP=204;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=-0.0108486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6002;QD=18.3696;RBI=0.0676244;REFB=-0.0657428;REVB=0.0667485;RO=64;SAF=3;SAR=47;SRF=3;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623;STB=0.534307;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0627162;OID=.;OPOS=112228670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:64:108:50:96:0.470588:47:3:3:61:48:48:47:61 chr5 112228765 . C A 702.05 PASS AF=0.473333;AO=71;DP=150;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.00562199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9388;QD=18.7212;RBI=0.0254725;REFB=-0.0271225;REVB=-0.0248443;RO=74;SAF=33;SAR=38;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808764;STB=0.538509;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0417526;OID=.;OPOS=112228765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:74:79:71:71:0.473333:38:33:28:46:38:33:31:48 chr5 112312676 . T C 3340.73 PASS AF=0.981982;AO=218;DP=222;FAO=218;FDP=222;FR=.;FRO=4;FSAF=119;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0340274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.99;QD=60.1934;RBI=0.0391813;REFB=-0.105368;REVB=0.0194245;RO=3;SAF=119;SAR=99;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553988;STB=0.500833;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00105472;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:222:222:3:4:218:218:0.981982:99:119:1:2:99:119:2:2 chr5 112328377 . A G 1980.26 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.35;QD=61.8831;RBI=0.0434316;REFB=0;REVB=0.0335141;RO=0;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138004;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:68:59:0:0:68:60:0:0 chr5 112346432 . G T 32.77 PASS AF=0.318182;AO=2;DP=18;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00726754;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.469;QD=5.95736;RBI=0.0274532;REFB=-0.00636552;REVB=0.0264738;RO=12;SAF=1;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855427;STB=0.637842;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0608761;OID=.;OPOS=112346432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:18:22:12:15:2:7:0.318182:1:1:7:5:1:6:11:4 chr5 112349070 . T C 976.66 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00802333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.429;QD=57.4503;RBI=0.0267423;REFB=-0.113339;REVB=-0.0255104;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.509801;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000304624;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:25:42:0:0:25:42:0:1 chr5 112349297 . T C 832.58 PASS AF=0.532051;AO=83;DP=156;FAO=83;FDP=156;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=60;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0636698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4913;QD=21.3482;RBI=0.0762174;REFB=0.000526472;REVB=-0.0418957;RO=70;SAF=23;SAR=60;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120314;STB=0.573058;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00037153;OID=.;OPOS=112349297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:70:73:83:83:0.532051:60:23:28:42:60:23:30:43 chr5 112349379 . T C 521.08 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00512577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.423;QD=19.6633;RBI=0.0140564;REFB=-0.0140224;REVB=-0.0130885;RO=51;SAF=17;SAR=37;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574161;STB=0.528142;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0115825;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:51:52:54:54:0.509434:37:17:19:32:37:17:19:33 chr5 112350707 . G A 276.74 PASS AF=0.310924;AO=37;DP=119;FAO=37;FDP=119;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=-0.0840294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.93;QD=9.302;RBI=0.0850212;REFB=-0.00997108;REVB=-0.0129488;RO=80;SAF=22;SAR=15;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267333;STB=0.653869;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0246958;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:80:82:37:37:0.310924:15:22:29:51:15:22:30:52 chr5 112351785 . TTA T,TT,TTT 91.6 PASS AF=0.235955,0.0337079,0;AO=14,19,5;DP=97;FAO=21,3,0;FDP=89;FR=.;FRO=65;FSAF=3,1,0;FSAR=18,2,0;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.216429,0.351904,0.0853184;FXX=0.0219756;HRUN=5,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=16.8415,7.92468,13.3315;QD=4.1168;RBI=0.255791,0.388227,0.0910535;REFB=-0.0405785,-0.0782338,-0.032193;REVB=-0.136337,-0.163963,-0.0318043;RO=43;SAF=0,8,0;SAR=14,11,5;SRF=20;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.760727,-0.0520831,-0.590006;STB=0.832404,0.703453,0.5;STBP=0.001,0.581,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.114222,0.0398698,0;OID=.,.,.;OPOS=112351786,112351787,112351787;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235955,0.0337079,0:14,19,5:97:21,3,0:89:65:3,1,0:18,2,0:36:29:67:43:0,8,0:14,11,5:20:23 chr5 112357922 . T C 285.35 PASS AF=0.346154;AO=34;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.00739886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.889;QD=10.9748;RBI=0.0125852;REFB=-0.00274979;REVB=-0.0101806;RO=68;SAF=12;SAR=22;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018635;STB=0.503595;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00520429;OID=.;OPOS=112357922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:68:34:36:0.346154:22:12:23:45:24:12:23:45 chr5 112358131 . T C 364.18 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0108936;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.604;QD=20.8103;RBI=0.0219918;REFB=-0.00457892;REVB=-0.0191042;RO=33;SAF=12;SAR=25;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246678;STB=0.636867;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00323068;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:33:37:37:0.528571:25:12:20:13:25:12:20:13 chr5 112379289 . G A 664.19 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.0027336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.552;QD=17.3644;RBI=0.0149849;REFB=-0.00278772;REVB=0.0147335;RO=79;SAF=29;SAR=42;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214774;STB=0.503424;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00358041;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:79:82:71:71:0.464052:42:29:34:45:42:29:34:48 chr5 112384802 . G A 2796.03 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0822032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6269;QD=62.4811;RBI=0.0822066;REFB=0;REVB=0.000750415;RO=0;SAF=88;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592829;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:178:179:1:90:88:0:0:90:89:0:0 chr5 112399791 . G A 2837.71 PASS AF=0.994898;AO=175;DP=187;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0481509;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.633;QD=57.9125;RBI=0.147799;REFB=-0.253073;REVB=0.139736;RO=10;SAF=94;SAR=81;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044979;STB=0.502487;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00748859;OID=.;OPOS=112399791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:187:196:10:1:175:195:0.994898:81:94:1:9:100:95:0:1 chr5 112439941 . T C 3119.79 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1227;QD=61.1724;RBI=0.0963944;REFB=0;REVB=0.0933311;RO=0;SAF=101;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:203:204:0:0:203:204:1:102:101:0:0:102:102:0:0 chr5 112479004 . T C 2083.5 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.035;QD=62.6615;RBI=0.0137485;REFB=0;REVB=0.00663541;RO=0;SAF=78;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14053e-05;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:55:78:0:0:55:78:0:0 chr5 112823998 . C T 2964.0 PASS AF=0.454545;AO=302;DP=683;FAO=310;FDP=682;FR=.;FRO=372;FSAF=148;FSAR=162;FSRF=176;FSRR=196;FWDB=0.0127772;FXX=0.0130244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.977;QD=17.3841;RBI=0.0153026;REFB=-0.0195588;REVB=0.00842094;RO=381;SAF=143;SAR=159;SRF=184;SRR=197;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953724;STB=0.502351;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0208683;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:683:682:381:372:302:310:0.454545:159:143:184:197:162:148:176:196 chr5 112824039 . T C 4079.68 PASS AF=0.950877;AO=269;DP=283;FAO=271;FDP=285;FR=.;FRO=14;FSAF=118;FSAR=153;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.073446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.064;QD=57.2586;RBI=0.0968504;REFB=-0.128897;REVB=0.0631323;RO=14;SAF=117;SAR=152;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349913;STB=0.518268;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00360547;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:283:285:14:14:269:271:0.950877:152:117:1:13:153:118:1:13 chr5 112824045 . C T 1400.61 PASS AF=0.564655;AO=130;DP=232;FAO=131;FDP=232;FR=.;FRO=101;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.0160121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.778;QD=24.1485;RBI=0.0289931;REFB=-0.0462974;REVB=-0.0241705;RO=101;SAF=62;SAR=68;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253314;STB=0.512124;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0522606;OID=.;OPOS=112824045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:101:101:130:131:0.564655:68:62:45:56:69:62:45:56 chr5 112824054 . C T 1085.38 PASS AF=0.551351;AO=102;DP=185;FAO=102;FDP=185;FR=.;FRO=83;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0142881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.234;QD=23.4677;RBI=0.0144976;REFB=-0.0525122;REVB=0.00245594;RO=83;SAF=53;SAR=49;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705734;STB=0.538462;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0268116;OID=.;OPOS=112824054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:83:83:102:102:0.551351:49:53:36:47:49:53:36:47 chr5 112824060 . C T 733.35 PASS AF=0.496552;AO=72;DP=145;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.00856222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.406;QD=20.2302;RBI=0.0138232;REFB=-0.0367114;REVB=-0.0108521;RO=73;SAF=42;SAR=30;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15721;STB=0.586658;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0260489;OID=.;OPOS=112824060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:73:73:72:72:0.496552:30:42:30:43:30:42:30:43 chr5 112824069 . T C 173.96 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=-0.00888549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.851;QD=16.182;RBI=0.0140351;REFB=-0.0348893;REVB=0.0108643;RO=24;SAF=1;SAR=17;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114231;STB=0.574379;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0316212;OID=.;OPOS=112824069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:24:18:19:0.44186:17:1:2:22:18:1:2:22 chr5 112889370 . G C 1069.45 PASS AF=0.466102;AO=110;DP=236;FAO=110;FDP=236;FR=.;FRO=126;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=0.00331509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2641;QD=18.1262;RBI=0.0148947;REFB=0.0104917;REVB=-0.0145211;RO=126;SAF=46;SAR=64;SRF=52;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054506;STB=0.503011;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0117556;OID=.;OPOS=112889370;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:126:126:110:110:0.466102:64:46:52:74:64:46:52:74 chr5 113589389 . T A 627.63 PASS AF=0.448276;AO=65;DP=145;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=0.00107316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.534;QD=17.3139;RBI=0.0101049;REFB=0.00179628;REVB=-0.0100478;RO=74;SAF=26;SAR=39;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217248;STB=0.521733;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00206344;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:74:80:65:65:0.448276:39:26:28:46:39:26:29:51 chr5 113698544 . G C 3292.49 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.166;QD=62.1225;RBI=0.0143133;REFB=0;REVB=0.00750631;RO=0;SAF=122;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39875e-06;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:212:0:0:212:212:1:90:122:0:0:90:122:0:0 chr5 113698631 . T TGCC 3724.36 PASS AF=0.887789;AO=234;DP=354;FAO=269;FDP=303;FR=.;FRO=34;FSAF=145;FSAR=124;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.00659783;FXX=0.056073;HRUN=1;LEN=3;MLLD=173.453;QD=49.1664;RBI=0.0489801;REFB=-0.0857753;REVB=0.0485336;RO=92;SAF=129;SAR=105;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366688;STB=0.528927;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.010214;OID=.;OPOS=113698632;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=TGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.887789:234:354:269:303:34:145:124:27:7:99:92:129:105:57:35 chr5 113829121 . A G 1539.54 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0530025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.692;QD=58.649;RBI=0.0551756;REFB=-0.0492563;REVB=0.0153325;RO=1;SAF=35;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133637;STB=0.507041;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000841271;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:69:35:1:0:69:35:1:0 chr5 114460539 . T C 2160.25 PASS AF=0.992806;AO=134;DP=134;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00994804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.078;QD=62.1655;RBI=0.0362447;REFB=-0.0294756;REVB=0.0348527;RO=0;SAF=69;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00011133;OID=.;OPOS=114460539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:139:0:1:134:138:0.992806:65:69:0:0:67:71:1:0 chr5 114462355 . C T 1934.36 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000761581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.695;QD=61.4083;RBI=0.0155194;REFB=0;REVB=0.0155007;RO=0;SAF=49;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82506e-06;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:126:0:0:123:126:1:74:49:0:0:76:50:0:0 chr5 114469724 . T C 749.73 PASS AF=0.464706;AO=79;DP=170;FAO=79;FDP=170;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0221678;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6983;QD=17.6407;RBI=0.022585;REFB=-0.00807774;REVB=-0.00432125;RO=90;SAF=37;SAR=42;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304854;STB=0.514026;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0079808;OID=.;OPOS=114469724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:90:91:79:79:0.464706:42:37:45:45:42:37:45:46 chr5 114480364 . C T 1078.11 PASS AF=0.421429;AO=118;DP=280;FAO=118;FDP=280;FR=.;FRO=162;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=85;FSRR=77;FWDB=0.00700316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.429;QD=15.4015;RBI=0.02171;REFB=0.00188589;REVB=-0.0205495;RO=161;SAF=52;SAR=66;SRF=85;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905563;STB=0.548723;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00275222;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:161:162:118:118:0.421429:66:52:85:76:66:52:85:77 chr5 114860161 . G A 576.17 PASS AF=0.411043;AO=63;DP=159;FAO=67;FDP=163;FR=.;FRO=96;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=62;FWDB=0.0134945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3269;QD=14.1392;RBI=0.0204254;REFB=-0.0164609;REVB=-0.0153328;RO=96;SAF=27;SAR=36;SRF=34;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826158;STB=0.530218;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0208845;OID=.;OPOS=114860161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:163:96:96:63:67:0.411043:36:27:34:62:40:27:34:62 chr5 115110090 . A C 633.15 PASS AF=0.4375;AO=70;DP=160;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0185757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1896;QD=15.8288;RBI=0.0219701;REFB=0.00606045;REVB=0.0117315;RO=89;SAF=26;SAR=44;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817757;STB=0.549371;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00899502;OID=.;OPOS=115110090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:89:90:70:70:0.4375:44:26:40:49:44:26:41:49 chr5 115176589 . A G 862.35 PASS AF=0.537975;AO=85;DP=159;FAO=85;FDP=158;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00469075;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.891;QD=21.8318;RBI=0.0242279;REFB=-0.016426;REVB=-0.0237695;RO=73;SAF=44;SAR=41;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206977;STB=0.51132;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0119409;OID=.;OPOS=115176589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:73:73:85:85:0.537975:41:44:36:37:41:44:36:37 chr5 115188660 . A G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0192808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4085;QD=13.4057;RBI=0.0256605;REFB=-0.00701931;REVB=0.0169327;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682366;STB=0.539136;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0125527;OID=.;OPOS=115188660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:10:13:17:17:10:13:17:17 chr5 115249078 . C T 209.77 PASS AF=0.260504;AO=31;DP=119;FAO=31;FDP=119;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.00988669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.271;QD=7.05097;RBI=0.0109448;REFB=-0.000643144;REVB=-0.00469494;RO=86;SAF=11;SAR=20;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275288;STB=0.664063;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00204896;OID=.;OPOS=115249078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:86:88:31:31:0.260504:20:11:50:36:20:11:51:37 chr5 115249271 . G A 1268.68 PASS AF=0.44898;AO=132;DP=295;FAO=132;FDP=294;FR=.;FRO=162;FSAF=49;FSAR=83;FSRF=66;FSRR=96;FWDB=0.0022686;FXX=0.00338972;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2657;QD=17.2609;RBI=0.00237234;REFB=-0.0194777;REVB=0.000693849;RO=162;SAF=49;SAR=83;SRF=66;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381236;STB=0.521126;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0252012;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:294:162:162:132:132:0.44898:83:49:66:96:83:49:66:96 chr5 115298232 . G C 1287.56 PASS AF=0.505837;AO=123;DP=251;FAO=130;FDP=257;FR=.;FRO=127;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=0.0508241;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.116;QD=20.0398;RBI=0.0522596;REFB=-0.0215721;REVB=-0.0121645;RO=127;SAF=62;SAR=61;SRF=66;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144429;STB=0.509392;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0208195;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:257:127:127:123:130:0.505837:61:62:66:61:61:69:65:62 chr5 115298364 . T C 1167.14 PASS AF=0.568421;AO=95;DP=178;FAO=108;FDP=190;FR=.;FRO=82;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0235095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8388;QD=24.5713;RBI=0.0475966;REFB=-0.0415648;REVB=0.0413853;RO=82;SAF=49;SAR=46;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280188;STB=0.513089;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0258447;OID=.;OPOS=115298364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:190:82:82:95:108:0.568421:46:49:45:37:52:56:45:37 chr5 115298378 . C T 654.91 PASS AF=0.421965;AO=56;DP=173;FAO=73;FDP=173;FR=.,HEALED;FRO=99;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.0218418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.225;QD=15.1425;RBI=0.0232034;REFB=-0.0485607;REVB=0.00783137;RO=77;SAF=38;SAR=18;SRF=53;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115756;STB=0.505196;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0541211;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:77:99:56:73:0.421965:18:38:53:24:34:39:52:47 chr5 115298475 . T C 610.01 PASS AF=0.457143;AO=63;DP=140;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.0344958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.814;QD=17.4289;RBI=0.0346025;REFB=-0.00152282;REVB=0.0027156;RO=76;SAF=46;SAR=17;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157255;STB=0.579111;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00355629;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:76:76:63:64:0.457143:17:46:45:31:18:46:45:31 chr5 115298518 . A G 626.26 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00210633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1997;QD=18.6942;RBI=0.0279927;REFB=-0.0417363;REVB=0.0279134;RO=69;SAF=41;SAR=23;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156843;STB=0.591033;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0315686;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:69:70:64:64:0.477612:23:41:33:36:23:41:33:37 chr5 115298977 . C T 2376.13 PASS AF=0.402402;AO=263;DP=658;FAO=268;FDP=666;FR=.;FRO=398;FSAF=147;FSAR=121;FSRF=200;FSRR=198;FWDB=0.00401772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9264;QD=14.271;RBI=0.0302173;REFB=-0.00713386;REVB=0.0299491;RO=395;SAF=143;SAR=120;SRF=198;SRR=197;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457816;STB=0.527597;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0107488;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:658:666:395:398:263:268:0.402402:120:143:198:197:121:147:200:198 chr5 115341611 . G T 3307.66 PASS AF=1;AO=214;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406459;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.583;QD=61.5379;RBI=0.0230842;REFB=-0.0732467;REVB=0.0227236;RO=0;SAF=101;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74831e-05;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:216:215:0:0:214:215:1:113:101:0:0:114:101:0:0 chr5 115341638 . G C 3459.29 PASS AF=1;AO=221;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8222;QD=62.6116;RBI=0.00997349;REFB=0;REVB=0.00432487;RO=0;SAF=103;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45381e-06;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:221:0:0:221:221:1:118:103:0:0:118:103:0:0 chr5 115362148 . A G 2098.8 PASS AF=0.91411;AO=149;DP=163;FAO=149;FDP=163;FR=.;FRO=14;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0468492;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.3722;QD=51.5043;RBI=0.0489373;REFB=-0.157328;REVB=0.0141425;RO=0;SAF=74;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524818;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0118004;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:163:163:0:14:149:149:0.91411:75:74:0:0:75:74:11:3 chr5 115394551 . C T 1292.72 PASS AF=0.510204;AO=125;DP=246;FAO=125;FDP=245;FR=.;FRO=120;FSAF=45;FSAR=80;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=-0.00390012;FXX=0.00406488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.741;QD=21.1057;RBI=0.00484401;REFB=-0.0161331;REVB=-0.00287289;RO=120;SAF=45;SAR=80;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11521;STB=0.563216;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0128819;OID=.;OPOS=115394551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:120:120:125:125:0.510204:80:45:58:62:80:45:58:62 chr5 115394626 . G T 1085.98 PASS AF=0.506912;AO=105;DP=213;FAO=110;FDP=217;FR=.;FRO=107;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=-0.00769721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.166;QD=20.018;RBI=0.00868044;REFB=-0.014215;REVB=-0.00401285;RO=105;SAF=43;SAR=62;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879816;STB=0.529327;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0147946;OID=.;OPOS=115394626;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:217:105:107:105:110:0.506912:62:43:53:52:62:48:53:54 chr5 115428381 . T G 726.65 PASS AF=0.445714;AO=77;DP=175;FAO=78;FDP=175;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0252727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.357;QD=16.6091;RBI=0.0261047;REFB=-0.0125922;REVB=-0.00653794;RO=97;SAF=35;SAR=42;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000946477;STB=0.502737;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0199322;OID=.;OPOS=115428381;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:97:97:77:78:0.445714:42:35:44:53:43:35:44:53 chr5 115628117 . C T 52.09 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0301117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.542;QD=6.314;RBI=0.124764;REFB=-0.00665751;REVB=0.121076;RO=25;SAF=7;SAR=1;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084978;STB=0.555406;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0384631;OID=.;OPOS=115628117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:1:7:21:4:1:7:21:4 chr5 115811220 . T C 391.98 PASS AF=0.5;AO=36;DP=77;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0100238;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.849;QD=18.6657;RBI=0.0166562;REFB=-0.0250096;REVB=0.0133023;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426014;STB=0.511913;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0328802;OID=.;OPOS=115811220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:84:39:42:36:42:0.5:21:15:18:21:22:20:21:21 chr5 115813726 . A G 2238.94 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=146;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0509478;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5395;QD=62.1927;RBI=0.0519044;REFB=-0.0862313;REVB=0.00991878;RO=2;SAF=71;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000923658;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:144:2:1:142:143:0.993056:71:71:1:1:72:71:1:0 chr5 118484804 . G A 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.761;QD=61.6929;RBI=0.0387284;REFB=0;REVB=-0.0213508;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36543e-05;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr5 118506603 . A C 306.95 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00573118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5713;QD=18.0556;RBI=0.0129691;REFB=-0.0177319;REVB=-0.0116341;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184664;STB=0.602777;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0169959;OID=.;OPOS=118506603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:16:17:11:24:16:17:11:24 chr5 118506685 . G A 489.47 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.031559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.438;QD=18.2979;RBI=0.0315759;REFB=-0.00979409;REVB=0.00103087;RO=55;SAF=29;SAR=23;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956967;STB=0.553056;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0116584;OID=.;OPOS=118506685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:23:29:25:30:23:29:25:30 chr5 118506805 . A T 200.67 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0212875;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.713;QD=16.381;RBI=0.0257571;REFB=-0.00534436;REVB=0.0145008;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309681;STB=0.670563;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00335314;OID=.;OPOS=118506805;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:28:20:21:0.428571:15:5:14:12:15:6:16:12 chr5 118583582 . G GT,T 33.13 PASS AF=0.148649,0;AO=10,3;DP=80;FAO=11,0;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0707497,-0.0197595;FXX=0.0632831;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=17.1056,243.701;QD=1.79062;RBI=0.116863,0.0222547;REFB=-0.0351548,-0.00179205;REVB=-0.0930136,-0.0102388;RO=66;SAF=4,2;SAR=6,1;SRF=31;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0859917,0.162008;STB=0.598365,0.5;STBP=0.531,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.152635,0;OID=.,.;OPOS=118583583,118583582;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:80:74:66:63:10,3:11,0:0.148649,0:6,1:4,2:31:35:5,0:6,0:27:36 chr5 118811533 . G A 413.73 PASS AF=0.4;AO=47;DP=121;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0202851;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.353;QD=13.7911;RBI=0.0244883;REFB=-0.0145112;REVB=-0.0137184;RO=69;SAF=21;SAR=26;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124328;STB=0.54991;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0222003;OID=.;OPOS=118811533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:69:72:47:48:0.4:26:21:39:30:26:22:39:33 chr5 118827842 . T C 1015.27 PASS AF=0.541899;AO=96;DP=179;FAO=97;FDP=179;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.0390702;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.149;QD=22.6875;RBI=0.0411501;REFB=-0.018158;REVB=0.0129169;RO=80;SAF=36;SAR=60;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329829;STB=0.521798;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0125452;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:80:82:96:97:0.541899:60:36:33:47:60:37:35:47 chr5 118832317 . A G 301.92 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0599765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5338;QD=20.4692;RBI=0.0823582;REFB=0.0329414;REVB=0.056442;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606902;STB=0.511175;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0247675;OID=.;OPOS=118832317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:27:31:32:0.542373:14:17:15:12:15:17:15:12 chr5 118845139 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1106;QD=42.1825;RBI=0.0800677;REFB=0;REVB=0.0441125;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00623501;OID=.;OPOS=118845139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr5 118861713 . A G 376.91 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0155952;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.433;QD=18.3857;RBI=0.0207167;REFB=-0.0103188;REVB=0.013637;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01709;STB=0.515508;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0132828;OID=.;OPOS=118861713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:43:38:39:0.47561:22:16:18:23:22:17:20:23 chr5 118969960 . C T 411.75 PASS AF=0.466667;AO=43;DP=91;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.027613;FXX=0.0109878;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.072;QD=18.3002;RBI=0.0287877;REFB=-0.00289043;REVB=0.00813967;RO=47;SAF=10;SAR=33;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238936;STB=0.638333;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00315181;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:48:43:42:0.466667:33:10:21:26:32:10:22:26 chr5 120021819 . G A,C 1588.94 PASS AF=0.972973,0.018018;AO=103,5;DP=110;FAO=108,2;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=45,0;FSAR=63,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00251819,-0.0186041;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.315,19.9552;QD=57.259;RBI=0.0274393,0.0756255;REFB=-0.00391292,-0.129148;REVB=0.0273235,-0.0733015;RO=0;SAF=44,0;SAR=59,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.03381e-08,0;STB=0.505494,0.993266;STBP=0.282,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.00054502,0.234626;OID=.,.;OPOS=120021819,120021819;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:110:111:0:1:103,5:108,2:0.972973,0.018018:59,5:44,0:0:0:63,2:45,0:1:0 chr5 121413208 . C T 2228.79 PASS AF=0.473904;AO=227;DP=483;FAO=227;FDP=479;FR=.;FRO=252;FSAF=97;FSAR=130;FSRF=121;FSRR=131;FWDB=0.0158372;FXX=0.0082814;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.735;QD=18.612;RBI=0.0191323;REFB=-0.00905392;REVB=0.0107344;RO=249;SAF=97;SAR=130;SRF=119;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488057;STB=0.528167;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00980797;OID=.;OPOS=121413208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:483:479:249:252:227:227:0.473904:130:97:119:130:130:97:121:131 chr5 121518309 . G A 6272.0 PASS AF=1;AO=390;DP=390;FAO=393;FDP=393;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=223;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.392;QD=63.8372;RBI=0.0261496;REFB=0;REVB=-0.0213643;RO=0;SAF=169;SAR=221;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66946e-06;OID=.;OPOS=121518309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:390:393:0:0:390:393:1:221:169:0:0:223:170:0:0 chr5 122435627 . G A 2029.21 PASS AF=0.446764;AO=217;DP=483;FAO=214;FDP=479;FR=.;FRO=265;FSAF=93;FSAR=121;FSRF=124;FSRR=141;FWDB=0.000212797;FXX=0.0164268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8474;QD=16.9454;RBI=0.0388913;REFB=-0.0287913;REVB=0.0388908;RO=252;SAF=96;SAR=121;SRF=111;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189806;STB=0.518676;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0268028;OID=.;OPOS=122435627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:483:479:252:265:217:214:0.446764:121:96:111:141:121:93:124:141 chr5 122758268 . G C 2171.18 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.346;QD=62.9327;RBI=0.0900214;REFB=0;REVB=0.026237;RO=0;SAF=50;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40314e-05;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:124:138:0:0:123:138:1:73:50:0:0:74:64:0:0 chr5 122950330 . G C 1396.26 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3248;QD=62.7534;RBI=0.027382;REFB=0;REVB=-0.02071;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98469e-05;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:56:33:0:0:56:33:0:0 chr5 122950911 . G A 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00315574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.368;QD=55.6055;RBI=0.0165436;REFB=-0.0391576;REVB=0.0162398;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00165256;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:30:28:0:1:30:28:0:1 chr5 122990902 . A T 1229.4 PASS AF=0.954023;AO=82;DP=88;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0138772;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.454;QD=56.524;RBI=0.0139509;REFB=-0.133566;REVB=0.0014318;RO=4;SAF=44;SAR=38;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411239;STB=0.521272;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000564537;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:87:4:4:82:83:0.954023:38:44:4:0:38:45:4:0 chr5 123983915 . G T 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7425;QD=57.6782;RBI=0.0306077;REFB=0;REVB=0.0195896;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57808e-05;OID=.;OPOS=123983915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr5 123984682 . G C 32.14 PASS AF=0.101266;AO=9;DP=80;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=60;FWDB=-0.0645402;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.074;QD=1.62714;RBI=0.0667562;REFB=-0.00451232;REVB=-0.0170574;RO=68;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347195;STB=0.735439;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.138598;OID=.;OPOS=123984682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:80:79:68:71:9:8:0.101266:6:3:9:59:5:3:11:60 chr5 123984763 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.564;QD=64.4136;RBI=0.0459502;REFB=0;REVB=0.0316899;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173656;OID=.;OPOS=123984763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:36:14:0:0:36:14:0:0 chr5 124686701 . C T 764.13 PASS AF=0.517241;AO=63;DP=133;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=18;FSRR=52;FWDB=0.0803326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4443;QD=21.0794;RBI=0.0822041;REFB=-0.0457957;REVB=0.0174411;RO=68;SAF=27;SAR=36;SRF=17;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17673;STB=0.555541;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0527183;OID=.;OPOS=124686701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:145:68:70:63:75:0.517241:36:27:17:51:48:27:18:52 chr5 125696140 . G A 1498.78 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187907;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.704;QD=59.9511;RBI=0.0191875;REFB=0;REVB=-0.0038822;RO=0;SAF=35;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05791e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:65:35:0:0:65:35:0:0 chr5 125828803 . A G 2019.43 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.539;QD=62.1364;RBI=0.0373301;REFB=0;REVB=0.0360455;RO=0;SAF=39;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19591e-05;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:130:0:0:121:130:1:82:39:0:0:90:40:0:0 chr5 125887715 . T G 651.05 PASS AF=0.431138;AO=72;DP=168;FAO=72;FDP=167;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.0275781;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1962;QD=15.5941;RBI=0.0276803;REFB=-0.00411496;REVB=0.00237582;RO=92;SAF=23;SAR=49;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202693;STB=0.617505;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00956559;OID=.;OPOS=125887715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:92:95:72:72:0.431138:49:23:47:45:49:23:49:46 chr5 125930943 . A AC 98.82 PASS AF=0.310811;AO=17;DP=79;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.010966;FXX=0.0133316;HRUN=0;LEN=1;MLLD=93.0047;QD=5.34184;RBI=0.0529701;REFB=-0.00227881;REVB=-0.0518226;RO=57;SAF=0;SAR=17;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.729244;STB=0.858098;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.0475748;OID=.;OPOS=125930944;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310811:17:79:23:74:51:1:22:15:36:98:57:0:17:18:39 chr5 125939409 . C T 708.44 PASS AF=0.432584;AO=77;DP=178;FAO=77;FDP=178;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.00729097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.152;QD=15.9201;RBI=0.00831681;REFB=0.00029947;REVB=0.00400139;RO=101;SAF=36;SAR=41;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280471;STB=0.515644;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00040882;OID=.;OPOS=125939409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:101:101:77:77:0.432584:41:36:50:51:41:36:50:51 chr5 126171999 . T C 734.58 PASS AF=0.503497;AO=72;DP=141;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.0286846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9431;QD=20.5478;RBI=0.0302884;REFB=-0.0266371;REVB=-0.00972545;RO=69;SAF=28;SAR=44;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158463;STB=0.594335;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0294971;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:69:71:72:72:0.503497:44:28:39:30:44:28:41:30 chr5 126674869 . G A 1016.72 PASS AF=0.442149;AO=108;DP=242;FAO=107;FDP=242;FR=.;FRO=135;FSAF=36;FSAR=71;FSRF=42;FSRR=93;FWDB=0.00252918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9901;QD=16.8052;RBI=0.0041513;REFB=-0.00950085;REVB=0.00329189;RO=133;SAF=36;SAR=72;SRF=41;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283868;STB=0.515991;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0116563;OID=.;OPOS=126674869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:133:135:108:107:0.442149:72:36:41:92:71:36:42:93 chr5 126746277 . C T 2273.97 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0762;QD=63.6077;RBI=0.0320399;REFB=0;REVB=0.00138879;RO=1;SAF=52;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00905602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104288;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:1:0:142:143:1:90:52:1:0:90:53:0:0 chr5 126887569 . G A 486.93 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0306042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.9167;QD=18.0343;RBI=0.0314649;REFB=-0.0396514;REVB=-0.00730917;RO=54;SAF=21;SAR=31;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209755;STB=0.51324;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0355491;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:54:56:52:52:0.481481:31:21:23:31:31:21:24:32 chr5 126890472 . C T 171.23 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00882203;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8169;QD=10.8718;RBI=0.0823002;REFB=-0.0270946;REVB=-0.081826;RO=41;SAF=19;SAR=3;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516017;STB=0.806138;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0185061;OID=.;OPOS=126890472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:41:41:22:22:0.349206:3:19:19:22:3:19:19:22 chr5 126890541 . T C 157.87 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0111273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.617;QD=12.1434;RBI=0.01401;REFB=-0.0173364;REVB=0.00851253;RO=33;SAF=16;SAR=3;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47818;STB=0.782886;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.031674;OID=.;OPOS=126890541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:3:16:15:18:3:16:15:18 chr5 126993249 . G C 1951.44 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192943;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.666;QD=60.9826;RBI=0.00563701;REFB=0;REVB=0.00529652;RO=0;SAF=51;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19702e-06;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:128:0:0:119:128:1:68:51:0:0:74:54:0:0 chr5 126993263 . A T 2403.91 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.816;QD=60.4756;RBI=0.024887;REFB=-0.0769546;REVB=0.00295518;RO=1;SAF=64;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737585;STB=0.503875;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=1.01686e-05;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:1:1:158:158:0.993711:94:64:1:0:94:64:1:0 chr5 126993282 . G A 3081.79 PASS AF=0.994872;AO=194;DP=196;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0350913;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.205;QD=63.2162;RBI=0.0352297;REFB=-0.103855;REVB=0.00312003;RO=1;SAF=85;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434928;STB=0.502283;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000161572;OID=.;OPOS=126993282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:195:1:1:194:194:0.994872:109:85:0:1:109:85:0:1 chr5 126993958 . C T 1256.65 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0236832;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.584;QD=57.1205;RBI=0.0242628;REFB=-0.0639207;REVB=-0.00527142;RO=3;SAF=34;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00484216;STB=0.507318;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000303765;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:89:88:3:4:84:84:0.954545:50:34:1:2:50:34:1:3 chr5 127614472 . A G 3038.89 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392732;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4849;QD=63.6417;RBI=0.0486127;REFB=0;REVB=-0.0286498;RO=0;SAF=86;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115631;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:191:0:0:191:191:1:105:86:0:0:105:86:0:0 chr5 127622491 . T C 2199.17 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.285;QD=62.3878;RBI=0.011509;REFB=-0.0506473;REVB=0.00496933;RO=1;SAF=60;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785842;STB=0.504132;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-5.45245e-06;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:80:60:1:0:80:60:1:0 chr5 127666298 . C T 1176.32 PASS AF=0.513089;AO=97;DP=195;FAO=98;FDP=191;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=16;FSRR=60;FWDB=0.022843;FXX=0.0205118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.02;QD=24.635;RBI=0.0337862;REFB=0.00567388;REVB=0.024894;RO=71;SAF=52;SAR=45;SRF=12;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28221;STB=0.641841;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0068598;OID=.;OPOS=127666298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:191:71:76:97:98:0.513089:45:52:12:59:45:53:16:60 chr5 127685135 . C T 1269.0 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264749;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.582;QD=61.9022;RBI=0.00955157;REFB=0;REVB=0.00917732;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4718e-05;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:42:38:0:0:42:40:0:0 chr5 128430757 . T C 6394.69 PASS AF=1;AO=405;DP=408;FAO=408;FDP=408;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=226;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354334;FXX=0.00729909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.018;QD=62.6931;RBI=0.0431784;REFB=-0.0809223;REVB=0.0246749;RO=1;SAF=180;SAR=225;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264419;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105063;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:408:408:1:0:405:408:1:225:180:1:0:226:182:0:0 chr5 128797105 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.349;QD=42.1826;RBI=0.0232819;REFB=0;REVB=0.0171141;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270499;OID=.;OPOS=128797105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr5 128797156 . C G 2660.29 PASS AF=0.977528;AO=174;DP=179;FAO=174;FDP=178;FR=.;FRO=4;FSAF=113;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0255893;FXX=0.00558628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.643;QD=59.7818;RBI=0.0256306;REFB=-0.0636296;REVB=0.00145382;RO=3;SAF=113;SAR=61;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124679;STB=0.508695;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000206581;OID=.;OPOS=128797156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:179:178:3:4:174:174:0.977528:61:113:3:0:61:113:4:0 chr5 128797315 . T TCCCGGC 1649.19 PASS AF=0.35182;AO=184;DP=637;FAO=203;FDP=577;FR=.;FRO=374;FSAF=46;FSAR=157;FSRF=301;FSRR=73;FWDB=-0.0349715;FXX=0.0617876;HRUN=3;LEN=6;MLLD=214;QD=11.4329;RBI=0.0359098;REFB=-0.0130336;REVB=-0.00815543;RO=421;SAF=42;SAR=142;SRF=336;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619587;STB=0.83735;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0188576;OID=.;OPOS=128797316;OREF=-;OALT=CCCGGC;OMAPALT=TCCCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35182:184:637:203:577:374:46:157:301:73:99:421:42:142:336:85 chr5 128863471 . A G 1679.34 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00761099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.044;QD=59.4456;RBI=0.0124369;REFB=0.00878067;REVB=-0.00983618;RO=1;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759679;STB=0.503999;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-6.81969e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:62:50:0:1:62:50:0:1 chr5 129072943 . G T 967.67 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.126175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4559;QD=55.2953;RBI=0.126535;REFB=0.054276;REVB=-0.00954013;RO=2;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236133;STB=0.512192;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.014411;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:66:68:0.971429:39:27:0:2:40:28:0:2 chr5 129520679 . G A 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0120359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.262;QD=11.7808;RBI=0.0223891;REFB=-0.00839656;REVB=-0.0188787;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900649;STB=0.553126;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0156739;OID=.;OPOS=129520679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:8:8:13:18:8:8:13:18 chr5 129521126 . A G 263.78 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0286416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.584;QD=12.8671;RBI=0.029805;REFB=-0.000393668;REVB=-0.00824588;RO=51;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078664;STB=0.544995;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00070321;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:16:15:21:30:16:15:21:30 chr5 129521440 . C T 1215.33 PASS AF=0.444828;AO=125;DP=287;FAO=129;FDP=290;FR=.;FRO=161;FSAF=47;FSAR=82;FSRF=79;FSRR=82;FWDB=-0.00535033;FXX=0.00343631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.824;QD=16.7632;RBI=0.0143448;REFB=-0.01004;REVB=0.0133096;RO=160;SAF=44;SAR=81;SRF=79;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149075;STB=0.572716;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0142624;OID=.;OPOS=129521440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:290:160:161:125:129:0.444828:81:44:79:81:82:47:79:82 chr5 130766662 . T C 1130.16 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.195;QD=60.2751;RBI=0.0385417;REFB=0;REVB=0.0373515;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46615e-05;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:40:34:0:0:40:35:0:0 chr5 130805475 . C T 276.56 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.000135366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.048;QD=10.2431;RBI=0.0605035;REFB=-0.01696;REVB=-0.0605034;RO=72;SAF=15;SAR=21;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016377;STB=0.509488;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0415533;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:72:72:36:36:0.333333:21:15:31:41:21:15:31:41 chr5 130808198 . T C 454.8 PASS AF=0.425;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0296335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.986;QD=15.16;RBI=0.0354268;REFB=-0.0140138;REVB=0.0194143;RO=67;SAF=31;SAR=20;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103823;STB=0.567361;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0246397;OID=.;OPOS=130808198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:67:69:51:51:0.425:20:31:34:33:20:31:34:35 chr5 130979332 . A G 125.17 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0154142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.09;QD=10.4311;RBI=0.030365;REFB=-0.00977436;REVB=0.0261618;RO=33;SAF=14;SAR=1;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619028;STB=0.88413;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0116646;OID=.;OPOS=130979332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:1:14:17:16:1:14:17:16 chr5 131008194 . T C 451.8 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.393;QD=56.4748;RBI=0.0433277;REFB=0;REVB=-0.00469616;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268644;OID=.;OPOS=131008194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:18:12:0:0:18:14:0:0 chr5 131066725 . C A 1577.02 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0376104;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.922;QD=58.954;RBI=0.0376484;REFB=0.0331153;REVB=-0.00168955;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=7.81493e-06;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:0:1:106:106:0.990654:60:46:0:0:60:46:1:0 chr5 131283376 . C T 500.86 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00121439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.102;QD=19.4508;RBI=0.00494323;REFB=0.000370634;REVB=0.00479174;RO=51;SAF=19;SAR=33;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690286;STB=0.503815;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.000301715;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:33:19:19:32:33:19:19:32 chr5 131396478 . C T 2285.88 PASS AF=0.980769;AO=152;DP=155;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=99;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0122405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.417;QD=58.6123;RBI=0.0255224;REFB=0.0577842;REVB=-0.0223956;RO=2;SAF=98;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960838;STB=0.507462;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.000332159;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:155:156:2:3:152:153:0.980769:54:98:2:0:54:99:3:0 chr5 131411460 . T C 3602.89 PASS AF=0.991379;AO=230;DP=233;FAO=230;FDP=232;FR=.;FRO=2;FSAF=116;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00616835;FXX=0.00854664;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.859;QD=62.1188;RBI=0.0624054;REFB=-0.0820692;REVB=0.0620998;RO=2;SAF=116;SAR=114;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.13853e-05;STB=0.500037;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0013242;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:233:232:2:2:230:230:0.991379:114:116:1:1:114:116:1:1 chr5 131411466 . C A 889.37 PASS AF=0.418699;AO=90;DP=231;FAO=103;FDP=246;FR=.;FRO=143;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=68;FSRR=75;FWDB=-0.0153195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0816;QD=14.4613;RBI=0.145094;REFB=-0.0262708;REVB=-0.144283;RO=141;SAF=42;SAR=48;SRF=68;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169717;STB=0.533974;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0474601;OID=.;OPOS=131411466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:246:141:143:90:103:0.418699:48:42:68:73:48:55:68:75 chr5 131534013 . C G 1066.79 PASS AF=0.460251;AO=108;DP=237;FAO=110;FDP=239;FR=.;FRO=129;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=-0.0395802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0174;QD=17.8542;RBI=0.0505296;REFB=-0.00153739;REVB=0.0314109;RO=128;SAF=54;SAR=54;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306274;STB=0.523718;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00119492;OID=.;OPOS=131534013;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:128:129:108:110:0.460251:54:54:68:60:56:54:69:60 chr5 131553428 . T TA 1163.87 PASS AF=0.511111;AO=110;DP=232;FAO=115;FDP=225;FR=.;FRO=110;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=-0.00014613;FXX=0.0217382;HRUN=0;LEN=1;MLLD=291.83;QD=20.691;RBI=0.00456561;REFB=-0.00651093;REVB=0.00456327;RO=120;SAF=45;SAR=65;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794767;STB=0.532;STBP=0.326;TYPE=ins;VARB=0.00640577;OID=.;OPOS=131553429;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511111:110:232:115:225:110:47:68:52:58:99:120:45:65:59:61 chr5 131602166 . T C 371.8 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0069642;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.458;QD=13.2784;RBI=0.00999433;REFB=-0.000295225;REVB=0.00716843;RO=68;SAF=17;SAR=27;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123997;STB=0.57039;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-5.45779e-05;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:68:44:44:0.392857:27:17:34:34:27:17:34:34 chr5 131607080 . A G 2754.73 PASS AF=0.994382;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00992972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4746;QD=61.9041;RBI=0.0430736;REFB=-0.0915883;REVB=-0.0419135;RO=0;SAF=92;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502702;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-6.96229e-06;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:178:0:1:177:177:0.994382:85:92:0:0:85:92:1:0 chr5 131607282 . C G 635.71 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0206419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.907;QD=20.0223;RBI=0.0233979;REFB=-0.0261546;REVB=0.011017;RO=63;SAF=33;SAR=31;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354651;STB=0.519551;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0264536;OID=.;OPOS=131607282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:63:64:64:0.503937:31:33:30:33:31:33:30:33 chr5 131607297 . A G 1852.71 PASS AF=0.97619;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0109752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4875;QD=58.8162;RBI=0.031333;REFB=0.00337618;REVB=-0.029348;RO=3;SAF=62;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224288;STB=0.511626;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-4.2419e-05;OID=.;OPOS=131607297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:126:3:3:122:123:0.97619:60:62:3:0:60:63:3:0 chr5 131607320 . C T 711.13 PASS AF=0.534884;AO=69;DP=129;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.00156841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.059;QD=22.0504;RBI=0.00348773;REFB=-0.0231443;REVB=0.00311518;RO=60;SAF=32;SAR=37;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12914;STB=0.570738;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0252911;OID=.;OPOS=131607320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:60:60:69:69:0.534884:37:32:37:23:37:32:37:23 chr5 131607494 . C T 403.46 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00606578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.342;QD=16.8109;RBI=0.00948124;REFB=-0.00570494;REVB=0.00728699;RO=53;SAF=17;SAR=25;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299186;STB=0.512289;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00885336;OID=.;OPOS=131607494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:54:42:42:0.4375:25:17:23:30:25:17:23:31 chr5 131607588 . G T 224.16 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0148598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.119;QD=26.3721;RBI=0.0170588;REFB=-0.0422758;REVB=-0.0083779;RO=13;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13928;STB=0.583252;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0290543;OID=.;OPOS=131607588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:7:13:6:7:7:14:6:7 chr5 131701279 . T C 629.39 PASS AF=0.481203;AO=63;DP=131;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.000269526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.074;QD=18.9291;RBI=0.0431603;REFB=-0.0291622;REVB=-0.0431595;RO=68;SAF=27;SAR=36;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201113;STB=0.500843;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0342202;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:68:69:63:64:0.481203:36:27:29:39:37:27:29:40 chr5 131705949 . T C 2736.78 PASS AF=0.978142;AO=178;DP=182;FAO=179;FDP=183;FR=.;FRO=4;FSAF=98;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0146456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9703;QD=59.8203;RBI=0.0715866;REFB=-0.0348238;REVB=-0.0700725;RO=4;SAF=97;SAR=81;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124198;STB=0.506553;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00127405;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:182:183:4:4:178:179:0.978142:81:97:1:3:81:98:1:3 chr5 131721174 . A G 3957.09 PASS AF=1;AO=247;DP=248;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0684022;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.354;QD=64.0824;RBI=0.0685507;REFB=0;REVB=-0.00450914;RO=0;SAF=115;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04729e-05;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:248:247:0:0:247:247:1:132:115:0:0:132:115:0:0 chr5 131731304 . A T 519.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.233;QD=59.4252;RBI=0.0525106;REFB=0;REVB=-0.000331018;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96373e-05;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr5 131755651 . C T 348.1 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0289109;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.908;QD=22.1012;RBI=0.0300143;REFB=-0.0250921;REVB=0.00806333;RO=28;SAF=11;SAR=24;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664697;STB=0.503671;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0162681;OID=.;OPOS=131755651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:28:35:35:0.555556:24:11:9:19:24:11:9:19 chr5 131796498 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.998;QD=63.583;RBI=0.016309;REFB=0;REVB=-0.00788899;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79159e-06;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr5 131805735 . C T 1201.96 PASS AF=0.447183;AO=127;DP=284;FAO=127;FDP=284;FR=.;FRO=157;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=89;FSRR=68;FWDB=0.00950804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.791;QD=16.929;RBI=0.00952103;REFB=-0.0104932;REVB=0.000497145;RO=156;SAF=56;SAR=71;SRF=89;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128619;STB=0.569434;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0111319;OID=.;OPOS=131805735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:156:157:127:127:0.447183:71:56:89:67:71:56:89:68 chr5 131818828 . CT C 331.59 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0272694;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.6332;QD=11.4341;RBI=0.0272787;REFB=0.00890669;REVB=-0.00071351;RO=62;SAF=27;SAR=25;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760669;STB=0.532611;STBP=0.54;TYPE=del;VARB=-0.0105786;OID=.;OPOS=131818829;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:52:117:52:116:64:27:25:37:27:99:62:27:25:37:25 chr5 131819126 . C T 467.76 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0134297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.384;QD=15.089;RBI=0.0438638;REFB=-0.00570489;REVB=0.0417573;RO=71;SAF=27;SAR=26;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244243;STB=0.501369;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00679458;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:71:71:53:53:0.427419:26:27:36:35:26:27:36:35 chr5 131822055 . T C 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0297258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.855;QD=17.4902;RBI=0.0366356;REFB=-0.029637;REVB=0.0214136;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423586;STB=0.523792;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0321739;OID=.;OPOS=131822055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:18:10:12:18:18:10:12:18 chr5 131822072 . A G 215.7 PASS AF=0.471698;AO=22;DP=49;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0608535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8235;QD=16.279;RBI=0.0667975;REFB=-0.0621025;REVB=-0.0275456;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125903;STB=0.546246;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0683243;OID=.;OPOS=131822072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:27:28:22:25:0.471698:11:11:10:17:13:12:11:17 chr5 131822133 . T C 80.91 PASS AF=0.241379;AO=5;DP=27;FAO=7;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0151119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.529;QD=11.1601;RBI=0.0152783;REFB=-0.0289188;REVB=-0.00224897;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33945;STB=0.551576;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0492382;OID=.;OPOS=131822133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:27:29:17:18:5:7:0.241379:4:1:8:9:4:3:9:9 chr5 131822224 . T C 229.39 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0196134;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.779;QD=17.645;RBI=0.0215314;REFB=-0.0238489;REVB=-0.00888362;RO=28;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263574;STB=0.639888;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0217303;OID=.;OPOS=131822224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:27:24:25:0.480769:16:8:17:11:16:9:17:10 chr5 131892357 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9751;QD=56.9562;RBI=0.0305853;REFB=0;REVB=0.0304287;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311472;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr5 131995964 . A G 459.05 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0150658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.696;QD=20.8659;RBI=0.020661;REFB=-0.00495612;REVB=0.0141385;RO=41;SAF=13;SAR=32;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291614;STB=0.53459;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00416654;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:43:45:45:0.511364:32:13:13:28:32:13:15:28 chr5 131996500 . A C 745.15 PASS AF=0.503311;AO=73;DP=147;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.00870316;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.37;QD=19.7391;RBI=0.0174149;REFB=-0.0174483;REVB=0.0150842;RO=72;SAF=35;SAR=38;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695231;STB=0.555927;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0155723;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:151:72:75:73:76:0.503311:38:35:29:43:36:40:31:44 chr5 132030414 . T A 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2372;QD=57.1032;RBI=0.100656;REFB=0;REVB=-0.0737981;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.19642e-05;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr5 132031972 . T C 452.39 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0928788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8929;QD=51.7012;RBI=0.114067;REFB=-0.100419;REVB=0.0662173;RO=1;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176253;STB=0.529393;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00831404;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:35:1:2:32:33:0.942857:26:6:0:1:27:6:1:1 chr5 132042146 . C T 3400.12 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00043496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.311;QD=62.3876;RBI=0.00117513;REFB=0;REVB=-0.00109167;RO=0;SAF=75;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3092e-06;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:215:218:0:0:215:218:1:140:75:0:0:142:76:0:0 chr5 132091792 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0613227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.033;QD=12.3289;RBI=0.0629588;REFB=-0.0217438;REVB=0.0142597;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2224;STB=0.632838;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0223135;OID=.;OPOS=132091792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:8:9:8:3:8:9 chr5 132098242 . A G 3634.29 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298045;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0376;QD=62.9315;RBI=0.0189562;REFB=-0.0193209;REVB=-0.0187204;RO=1;SAF=126;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451699;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71902e-05;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:232:231:1:0:231:231:1:105:126:0:1:105:126:0:0 chr5 132099999 . A G 3158.56 PASS AF=1;AO=204;DP=208;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581491;FXX=0.0192298;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.495;QD=61.9326;RBI=0.00588108;REFB=0;REVB=-0.000879733;RO=0;SAF=84;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363613;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:208:204:0:0:204:204:1:120:84:0:0:120:84:0:0 chr5 132150948 . T G 3619.15 PASS AF=0.991416;AO=231;DP=234;FAO=231;FDP=233;FR=.;FRO=2;FSAF=125;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0213979;FXX=0.00427332;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.413;QD=62.1314;RBI=0.0216749;REFB=-0.0734686;REVB=0.00345392;RO=1;SAF=125;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447459;STB=0.500355;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=6.79218e-05;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:234:233:1:2:231:231:0.991416:106:125:0:1:106:125:1:1 chr5 132198199 . G A 1283.4 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.811;QD=61.8507;RBI=0.0293653;REFB=0;REVB=-0.0143682;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22093e-05;OID=.;OPOS=132198199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr5 132534059 . T G 1425.44 PASS AF=0.491349;AO=140;DP=286;FAO=142;FDP=289;FR=.;FRO=147;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=66;FSRR=81;FWDB=0.0128895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.882;QD=19.7293;RBI=0.0276839;REFB=-0.0222896;REVB=0.0245002;RO=146;SAF=60;SAR=80;SRF=66;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221929;STB=0.510039;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0224234;OID=.;OPOS=132534059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:289:146:147:140:142:0.491349:80:60:66:80:81:61:66:81 chr5 132535046 . G A 613.88 PASS AF=0.435897;AO=68;DP=156;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=0.00950599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.412;QD=15.7406;RBI=0.0319258;REFB=-0.00385586;REVB=0.0304777;RO=87;SAF=33;SAR=35;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839148;STB=0.549569;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00512549;OID=.;OPOS=132535046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:87:88:68:68:0.435897:35:33:35:52:35:33:35:53 chr5 133186592 . G A 347.65 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0609484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6404;QD=51.5039;RBI=0.0623966;REFB=-0.0600964;REVB=0.0133654;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00483451;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:0:1:12:14:0:1 chr5 133186603 . A C 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.858;QD=55.649;RBI=0.0192785;REFB=0;REVB=0.0100036;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13439e-05;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr5 133316638 . AT A,TA 50.36 PASS AF=0.234899,0;AO=41,7;DP=154;FAO=35,0;FDP=149;FR=.;FRO=114;FSAF=15,0;FSAR=20,0;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=0.106027,-0.000138797;FXX=0.0387072;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=6.50356,123.893;QD=1.35192;RBI=0.11145,0.0525889;REFB=-0.12958,-0.00533388;REVB=0.0343433,-0.0525887;RO=83;SAF=13,7;SAR=28,0;SRF=37;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.159448,0.593618;STB=0.507808,0.5;STBP=0.928,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.113225,0.0550083;OID=.,.;OPOS=133316639,133316638;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:154:149:83:114:41,7:35,0:0.234899,0:28,0:13,7:37:46:20,0:15,0:50:64 chr5 133477802 . C T 705.61 PASS AF=0.395939;AO=78;DP=198;FAO=78;FDP=197;FR=.;FRO=119;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=70;FSRR=49;FWDB=0.00725533;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.875;QD=14.327;RBI=0.0133838;REFB=-0.0138777;REVB=-0.0112467;RO=118;SAF=37;SAR=41;SRF=70;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126836;STB=0.568468;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0234611;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:118:119:78:78:0.395939:41:37:70:48:41:37:70:49 chr5 133481467 . G A 489.2 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00602953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.054;QD=21.9865;RBI=0.00836903;REFB=-0.0172316;REVB=0.00580391;RO=42;SAF=28;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123885;STB=0.568361;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0175502;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:19:28:19:23:19:28:19:23 chr5 133481986 . G T 329.89 PASS AF=0.428571;AO=34;DP=82;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0108692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.726;QD=15.7088;RBI=0.0357081;REFB=-0.00426805;REVB=0.0340137;RO=48;SAF=18;SAR=16;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144236;STB=0.580278;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00643644;OID=.;OPOS=133481986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:48:48:34:36:0.428571:16:18:32:16:17:19:32:16 chr5 133861425 . TGG TG,T,TTG 1933.87 PASS AF=0.254606,0.125628,0.423786;AO=72,54,130;DP=459;FAO=152,75,253;FDP=597;FR=.;FRO=117;FSAF=59,11,133;FSAR=93,64,120;FSRF=75;FSRR=42;FWDB=0.102241,0.0514269,0.0565508;FXX=0.00830551;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=6.30238,9.69907,8.58798;QD=12.9573;RBI=0.400157,0.197837,0.147669;REFB=-0.000431881,0.000596741,-0.0543432;REVB=-0.386876,-0.191036,0.136412;RO=104;SAF=31,11,97;SAR=41,43,33;SRF=70;SRR=34;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.251348,-0.53129,0.0753876;STB=0.61006,0.825095,0.536702;STBP=0,0,0.047;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0142301,-0.00874094,0.0505102;OID=.,.,.;OPOS=133861426,133861426,133861426;OREF=G,GG,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TG,T,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.254606,0.125628,0.423786:72,54,130:459:152,75,253:597:117:59,11,133:93,64,120:75:42:99:104:31,11,97:41,43,33:70:34 chr5 133909475 . G A 497.75 PASS AF=0.358824;AO=60;DP=170;FAO=61;FDP=170;FR=.;FRO=109;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=0.00828288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6377;QD=11.7118;RBI=0.0886493;REFB=-0.0110047;REVB=0.0882615;RO=108;SAF=24;SAR=36;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072597;STB=0.543024;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0218643;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:108:109:60:61:0.358824:36:24:50:58:37:24:50:59 chr5 133956668 . G A 600.3 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00365166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.01;QD=22.8684;RBI=0.0043494;REFB=-0.00560425;REVB=0.00236277;RO=46;SAF=22;SAR=37;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340184;STB=0.518626;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0043409;OID=.;OPOS=133956668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:46:59:59:0.561905:37:22:19:27:37:22:19:27 chr5 134165902 . T TTA 65.67 PASS AF=0.391304;AO=7;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.14023;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=28.6435;QD=11.4209;RBI=0.145412;REFB=-0.0725642;REVB=0.0384713;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448782;STB=0.691844;STBP=0.186;TYPE=ins;VARB=0.115179;OID=.;OPOS=134165903;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:7:23:9:23:14:2:7:7:7:65:14:1:6:7:7 chr5 134193894 . G A 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00862466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.045;QD=16.0894;RBI=0.00961474;REFB=-0.0187875;REVB=-0.00424953;RO=50;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159829;STB=0.589941;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0285461;OID=.;OPOS=134193894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:16:22:21:29:16:22:21:29 chr5 134195058 . TTC T,TT,TTT 325.94 PASS AF=0.868421,0,0;AO=14,9,2;DP=41;FAO=33,0,0;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=16,0,0;FSAR=17,0,0;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.268977,-0.222172,-0.478528;FXX=0.0256345;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=17.9986,10.041,7.37998;QD=34.309;RBI=0.280529,0.263977,0.48512;REFB=-0.127202,-0.0138225,0.107698;REVB=0.0796731,0.142559,0.0797008;RO=9;SAF=3,7,1;SAR=11,2,1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0.52381,0.449198,0;SSEP=0,0.722222,0;SSSB=-0.112725,0.400241,0.174857;STB=0.511175,0.5,0.5;STBP=0.747,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0328702,0,0;OID=.,.,.;OPOS=134195059,134195060,134195060;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.868421,0,0:14,9,2:41:33,0,0:38:5:16,0,0:17,0,0:2:3:20:9:3,7,1:11,2,1:3:6 chr5 134235613 . A C 508.51 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.00795572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.152;QD=23.3797;RBI=0.0215689;REFB=-0.00413824;REVB=0.0200481;RO=39;SAF=25;SAR=23;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194004;STB=0.606234;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00276912;OID=.;OPOS=134235613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:23:25:11:28:23:25:11:28 chr5 134262271 . C A 710.36 PASS AF=0.414894;AO=78;DP=188;FAO=78;FDP=188;FR=.;FRO=110;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=70;FWDB=-0.0375697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.956;QD=15.114;RBI=0.0382484;REFB=-0.0234958;REVB=-0.00717303;RO=110;SAF=33;SAR=45;SRF=40;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644241;STB=0.536008;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0348016;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:110:110:78:78:0.414894:45:33:40:70:45:33:40:70 chr5 134343799 . A G 2227.91 PASS AF=0.993007;AO=138;DP=140;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00191029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.529;QD=62.3191;RBI=0.00388708;REFB=-0.144719;REVB=0.00338529;RO=1;SAF=63;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748681;STB=0.503875;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000671712;OID=.;OPOS=134343799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:143:1:1:138:142:0.993007:75:63:1:0:78:64:1:0 chr5 134364518 . C G 196.09 PASS AF=0.326531;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0516207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8522;QD=16.0075;RBI=0.0597537;REFB=0.0155361;REVB=-0.0300967;RO=27;SAF=13;SAR=2;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49759;STB=0.738802;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000129515;OID=.;OPOS=134364518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:15:16:0.326531:2:13:13:14:3:13:13:14 chr5 134368721 . CA C 227.31 PASS AF=0.830508;AO=40;DP=59;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0889598;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.21141;QD=15.4105;RBI=0.101616;REFB=0.127913;REVB=-0.0491123;RO=10;SAF=19;SAR=21;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083439;STB=0.522152;STBP=0.446;TYPE=del;VARB=0.0229427;OID=.;OPOS=134368722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.830508:40:59:49:59:10:23:26:6:4:14:10:19:21:7:3 chr5 134782414 . G T 729.01 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0183493;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.654;QD=53.0187;RBI=0.0189371;REFB=-0.0874289;REVB=-0.00468152;RO=2;SAF=20;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448028;STB=0.5238;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000570401;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:55:2:2:53:53:0.963636:33:20:2:0:33:20:2:0 chr5 134782450 . T A 1172.71 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.089;QD=60.92;RBI=0.076895;REFB=0;REVB=0.0725509;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400504;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:33:43:0:0:34:43:0:0 chr5 134782510 . T C 1753.94 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=122;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00319463;FXX=0.0406471;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.372;QD=59.4557;RBI=0.00343734;REFB=0.1598;REVB=0.00126873;RO=2;SAF=66;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141723;STB=0.507461;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0001881;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:118:2:2:116:116:0.983051:50:66:2:0:50:66:2:0 chr5 134782576 . T G 2318.77 PASS AF=0.987421;AO=153;DP=157;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.091243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.4324;QD=58.3338;RBI=0.152559;REFB=0.0476207;REVB=0.122265;RO=3;SAF=85;SAR=68;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205202;STB=0.506848;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.000303446;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:159:3:2:153:157:0.987421:68:85:0:3:72:85:0:2 chr5 134785511 . C T 828.67 PASS AF=0.525316;AO=67;DP=156;FAO=83;FDP=158;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00651242;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.956;QD=20.979;RBI=0.0158466;REFB=-0.0213623;REVB=0.0144465;RO=57;SAF=33;SAR=34;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600481;STB=0.502421;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0161499;OID=.;OPOS=134785511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:57:75:67:83:0.525316:34:33:24:33:48:35:32:43 chr5 134871440 . A C 875.7 PASS AF=0.470899;AO=84;DP=186;FAO=89;FDP=189;FR=.;FRO=100;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=60;FWDB=-0.00343249;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3054;QD=18.5333;RBI=0.0254187;REFB=-0.0319283;REVB=-0.0251858;RO=98;SAF=45;SAR=39;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13328;STB=0.555807;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0418829;OID=.;OPOS=134871440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:189:98:100:84:89:0.470899:39:45:39:59:44:45:40:60 chr5 134907552 . G A 174.06 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=88;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=0.00984033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.814;QD=7.91162;RBI=0.00985764;REFB=0.00115665;REVB=-0.000583977;RO=64;SAF=3;SAR=21;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322454;STB=0.6998;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00374224;OID=.;OPOS=134907552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:64:24:24:0.272727:21:3:19:45:21:3:19:45 chr5 134986196 . C T 310.67 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0236336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.451;QD=16.3512;RBI=0.0252391;REFB=-0.00780412;REVB=0.00885808;RO=41;SAF=6;SAR=28;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198456;STB=0.608625;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0126464;OID=.;OPOS=134986196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:42:34:34:0.447368:28:6:13:28:28:6:13:29 chr5 135178124 . T C 1915.84 PASS AF=0.969466;AO=127;DP=131;FAO=127;FDP=131;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7244;QD=58.4989;RBI=0.0399688;REFB=-0.0895336;REVB=0.0117585;RO=4;SAF=61;SAR=66;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00114303;STB=0.500602;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00330686;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:131:131:4:4:127:127:0.969466:66:61:2:2:66:61:2:2 chr5 135207187 . G A 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00987755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.493;QD=12.5627;RBI=0.0183499;REFB=-0.0127726;REVB=-0.0154646;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333148;STB=0.519213;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0174756;OID=.;OPOS=135207187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:12:10:17:18:12:10:17:18 chr5 135207382 . C T 1970.92 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.229;QD=62.0763;RBI=0.0362789;REFB=0;REVB=0.0195403;RO=0;SAF=61;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29998e-05;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:66:61:0:0:66:61:0:0 chr5 135258105 . G A 828.45 PASS AF=0.435407;AO=91;DP=202;FAO=91;FDP=209;FR=.;FRO=118;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=-0.00650323;FXX=0.00476168;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.159;QD=15.8555;RBI=0.0065329;REFB=-0.00996123;REVB=-0.000621936;RO=109;SAF=33;SAR=58;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430071;STB=0.53655;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0132871;OID=.;OPOS=135258105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:209:109:118:91:91:0.435407:58:33:44:65:58:33:50:68 chr5 135276201 . AGTT A 332.06 PASS AF=0.385417;AO=31;DP=97;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0174273;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=3;MLLD=260.593;QD=13.8358;RBI=0.0187598;REFB=-0.011453;REVB=-0.00694396;RO=49;SAF=15;SAR=16;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115493;STB=0.561134;STBP=0.369;TYPE=del;VARB=0.0203223;OID=.;OPOS=135276202;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385417:31:97:37:96:59:17:20:33:26:99:49:15:16:29:20 chr5 135276314 . C T 548.03 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=137;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.0396799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.957;QD=16.0009;RBI=0.0397267;REFB=-0.00878689;REVB=-0.00192702;RO=78;SAF=26;SAR=33;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583661;STB=0.532614;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0117;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:78:59:59:0.430657:33:26:30:48:33:26:30:48 chr5 135276847 . T C 934.54 PASS AF=0.42437;AO=100;DP=237;FAO=101;FDP=238;FR=.;FRO=137;FSAF=34;FSAR=67;FSRF=57;FSRR=80;FWDB=0.019472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.347;QD=15.7065;RBI=0.0287606;REFB=-0.00865593;REVB=0.0211663;RO=136;SAF=34;SAR=66;SRF=56;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800665;STB=0.549517;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0119104;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:238:136:137:100:101:0.42437:66:34:56:80:67:34:57:80 chr5 135282630 . C T 1051.78 PASS AF=0.554945;AO=96;DP=180;FAO=101;FDP=182;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.00969152;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2731;QD=23.1161;RBI=0.0125426;REFB=-0.00725626;REVB=-0.00796192;RO=79;SAF=38;SAR=58;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188416;STB=0.505275;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00679183;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:79:81:96:101:0.554945:58:38:33:46:61:40:33:48 chr5 135287029 . T C 744.42 PASS AF=0.517986;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0229544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.482;QD=21.4222;RBI=0.0230362;REFB=0.00681851;REVB=-0.00193945;RO=66;SAF=32;SAR=40;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486774;STB=0.523343;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00694004;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:66:67:72:72:0.517986:40:32:33:33:40:32:33:34 chr5 135382989 . G C 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000735309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.941;QD=61.158;RBI=0.00583291;REFB=0;REVB=-0.00578638;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87606e-06;OID=.;OPOS=135382989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:57:61:0:0:57:61:0:0 chr5 135513085 . T TC 1964.32 PASS AF=1;AO=124;DP=132;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527624;FXX=0.00775134;HRUN=0;LEN=1;MLLD=75.3555;QD=61.3851;RBI=0.0553797;REFB=0;REVB=0.0168236;RO=4;SAF=61;SAR=63;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00029289;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:124:132:128:128:0:64:64:0:0:11:4:61:63:3:1 chr5 136304985 . T C 1187.22 PASS AF=0.484127;AO=118;DP=249;FAO=122;FDP=252;FR=.;FRO=130;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=64;FSRR=66;FWDB=0.0223689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.931;QD=18.8447;RBI=0.0398021;REFB=-0.0343564;REVB=0.0329218;RO=130;SAF=51;SAR=67;SRF=64;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576984;STB=0.534486;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0375701;OID=.;OPOS=136304985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:252:130:130:118:122:0.484127:67:51:64:66:70:52:64:66 chr5 136312039 . A G 610.03 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.00677301;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.324;QD=18.2099;RBI=0.0631762;REFB=-0.000612358;REVB=0.0628121;RO=69;SAF=27;SAR=36;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474716;STB=0.534472;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00143601;OID=.;OPOS=136312039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:69:71:63:63:0.470149:36:27:33:36:36:27:35:36 chr5 137028029 . T C 2506.06 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=167;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0287041;FXX=0.0238081;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0346;QD=61.1234;RBI=0.0500943;REFB=-0.0523306;REVB=0.041055;RO=1;SAF=89;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531691;STB=0.502793;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00115821;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:167:164:1:1:163:163:0.993902:74:89:1:0:74:89:1:0 chr5 137206560 . A C 1015.1 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0536553;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3975;QD=58.0055;RBI=0.0807885;REFB=-0.0921684;REVB=-0.0603978;RO=2;SAF=47;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196884;STB=0.505153;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00404208;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:2:1:68:69:0.985714:21:47:2:0:21:48:1:0 chr5 137244517 . G A 1394.61 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275576;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.958;QD=62.6792;RBI=0.0283173;REFB=0;REVB=-0.00651497;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39359e-05;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chr5 137259179 . T C 4848.17 PASS AF=1;AO=308;DP=309;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8906;QD=62.557;RBI=0.00512286;REFB=0;REVB=-0.00296456;RO=0;SAF=130;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74263e-07;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:309:310:0:0:308:310:1:178:130:0:0:180:130:0:0 chr5 137347498 . G A 2034.52 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0222552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.01;QD=60.732;RBI=0.0232736;REFB=0.00611931;REVB=0.00680938;RO=2;SAF=43;SAR=89;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00561368;STB=0.502954;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-3.94849e-05;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:89:43:1:1:89:43:1:1 chr5 137372207 . A T 1395.54 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.045;QD=62.7208;RBI=0.0390458;REFB=0;REVB=0.021537;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168224;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr5 137426447 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0197182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.2;QD=17.3212;RBI=0.0197193;REFB=-0.016382;REVB=-0.000205877;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184693;STB=0.606161;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0137513;OID=.;OPOS=137426447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:9:9:11:5:9:9 chr5 137475787 . C T 1856.56 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.45;QD=61.3738;RBI=0.0171982;REFB=0;REVB=-0.000547899;RO=0;SAF=49;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37791e-06;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:71:49:0:0:72:49:0:0 chr5 137476416 . T C 2374.46 PASS AF=0.981366;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0226836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6588;QD=58.9928;RBI=0.0227027;REFB=-0.10071;REVB=0.00093069;RO=0;SAF=69;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4361e-08;STB=0.501958;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.000878658;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:161:0:3:158:158:0.981366:89:69:0:0:89:69:1:2 chr5 137492962 . T C 283.0 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0113804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2104;QD=14.8947;RBI=0.0156475;REFB=0.00448866;REVB=-0.0107392;RO=43;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569925;STB=0.51265;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00606583;OID=.;OPOS=137492962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:21:11:15:28:21:11:16:28 chr5 137677566 . G A 988.28 PASS AF=0.381579;AO=116;DP=304;FAO=116;FDP=304;FR=.;FRO=188;FSAF=74;FSAR=42;FSRF=91;FSRR=97;FWDB=0.00309243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.098;QD=13.0037;RBI=0.00346036;REFB=-0.0209558;REVB=0.00155273;RO=188;SAF=74;SAR=42;SRF=91;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172767;STB=0.59745;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0349026;OID=.;OPOS=137677566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:188:188:116:116:0.381579:42:74:91:97:42:74:91:97 chr5 137708434 . C T 3091.76 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232872;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.515;QD=61.8353;RBI=0.0241804;REFB=0;REVB=0.00651125;RO=0;SAF=81;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31342e-05;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:200:0:0:200:200:1:119:81:0:0:119:81:0:0 chr5 137717213 . G A 1469.02 PASS AF=0.989474;AO=88;DP=88;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0708641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.219;QD=61.8535;RBI=0.0903702;REFB=-0.130233;REVB=0.0560808;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00134256;OID=.;OPOS=137717213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:95:0:1:88:94:0.989474:46:42:0:0:47:47:0:1 chr5 137717265 . G A 1556.57 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515018;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.539;QD=59.8682;RBI=0.0515271;REFB=0;REVB=0.00161288;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34441e-05;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:102:104:1:53:49:0:0:55:49:0:0 chr5 137754695 . T C 2495.58 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102912;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.838;QD=61.6193;RBI=0.0272752;REFB=0;REVB=0.0252593;RO=0;SAF=83;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21923e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315994;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:79:83:0:0:79:83:0:0 chr5 137781792 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.829;QD=47.8208;RBI=0.126626;REFB=0;REVB=0.0280276;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207004;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr5 137802522 . GCCCCCCAT CGCCCCCAT,GCCCCCATC 262.49 PASS AF=0.360465,0;AO=24,10;DP=84;FAO=31,0;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=2,0;FSAR=29,0;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0560516,-0.297019;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=2,3;MLLD=22.518,14.8216;QD=12.2087;RBI=0.0692637,0.298831;REFB=-0.0330346,-0.0633237;REVB=-0.0406901,-0.0328614;RO=26;SAF=0,10;SAR=24,0;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.840809,0.763579;STB=0.911647,0.5;STBP=0,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0755622,0;OID=.,.;OPOS=137802522,137802528;OREF=GC,CAT;OALT=CG,ATC;OMAPALT=CGCCCCCAT,GCCCCCATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:26:41:24,10:31,0:0.360465,0:24,0:0,10:13:13:29,0:2,0:28:13 chr5 137892170 . G A 1377.52 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.04;QD=62.6144;RBI=0.0215739;REFB=0;REVB=0.0149844;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38903e-05;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:42:45:0:0:42:46:0:0 chr5 137902339 . T C 1624.33 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.501;QD=60.1604;RBI=0.0150975;REFB=0;REVB=-0.0106109;RO=0;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28904e-05;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:64:44:0:0:64:44:0:0 chr5 138614666 . ATT ATA,AT 85.83 PASS AF=0.132075,0.188679;AO=7,14;DP=56;FAO=7,10;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=0,7;FSAR=7,3;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.00214265,0.173349;FXX=0.0701631;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=173.642,8.44498;QD=6.47742;RBI=0.0276875,0.175007;REFB=-0.00518012,-0.104057;REVB=-0.0276044,0.0240279;RO=25;SAF=0,8;SAR=7,6;SRF=21;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.819895,-0.321799;STB=0.999004,0.576782;STBP=0,0.685;TYPE=snp,del;VARB=0.0866051,0.043952;OID=.,.;OPOS=138614668,138614667;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.132075,0.188679:7,14:56:7,10:53:36:0,7:7,3:28:8:34:25:0,8:7,6:21:4 chr5 138632030 . G T 189.6 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=27;FWDB=-0.0251655;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.571;QD=15.168;RBI=0.0285881;REFB=-0.00209501;REVB=-0.0135638;RO=29;SAF=3;SAR=18;SRF=2;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178124;STB=0.59992;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00342924;OID=.;OPOS=138632030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:29:21:21:0.42:18:3:2:27:18:3:2:27 chr5 138665756 . G A 365.08 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.027511;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.749;QD=13.5213;RBI=0.0378474;REFB=-0.0107707;REVB=-0.0259916;RO=64;SAF=18;SAR=25;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305679;STB=0.521148;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0213794;OID=.;OPOS=138665756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:64:65:43:43:0.398148:25:18:25:39:25:18:25:40 chr5 138705188 . C CATT 1262.01 PASS AF=0.914894;AO=83;DP=97;FAO=86;FDP=94;FR=.;FRO=8;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00197885;FXX=0.0504999;HRUN=1;LEN=3;MLLD=296.169;QD=53.7027;RBI=0.00245338;REFB=-0.0139073;REVB=0.00145024;RO=9;SAF=51;SAR=32;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101947;STB=0.502821;STBP=0.863;TYPE=ins;VARB=-0.000512219;OID=.;OPOS=138705189;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.914894:83:97:86:94:8:51:35:5:3:30:9:51:32:6:3 chr5 138713959 . A C 2143.44 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393315;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.522;QD=63.0424;RBI=0.0472131;REFB=0;REVB=0.0261172;RO=0;SAF=70;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37144e-05;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:66:70:0:0:66:70:0:0 chr5 138720108 . C T 559.86 PASS AF=0.409396;AO=58;DP=146;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=0.0523974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.822;QD=15.0297;RBI=0.1028;REFB=-0.00390123;REVB=0.0884438;RO=88;SAF=30;SAR=28;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914101;STB=0.546185;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00760558;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:88:88:58:61:0.409396:28:30:53:35:29:32:53:35 chr5 138720156 . C T 1135.14 PASS AF=0.564516;AO=105;DP=187;FAO=105;FDP=186;FR=.;FRO=81;FSAF=68;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.00766604;FXX=0.0106377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.317;QD=24.4116;RBI=0.0241174;REFB=-0.00991155;REVB=0.0228666;RO=80;SAF=68;SAR=37;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11319;STB=0.564881;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00621636;OID=.;OPOS=138720156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:80:81:105:105:0.564516:37:68:41:39:37:68:41:40 chr5 138728483 . A G 3095.01 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.752;QD=63.8146;RBI=0.0423554;REFB=0;REVB=0.027576;RO=0;SAF=98;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1311e-06;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:194:194:1:96:98:0:0:96:98:0:0 chr5 138728533 . C T 863.12 PASS AF=0.478261;AO=88;DP=184;FAO=88;FDP=184;FR=.;FRO=96;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=0.0327663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7213;QD=18.7634;RBI=0.0497602;REFB=-0.0263444;REVB=0.0374493;RO=94;SAF=45;SAR=43;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703398;STB=0.543897;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0235307;OID=.;OPOS=138728533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:94:96:88:88:0.478261:43:45:41:53:43:45:41:55 chr5 138730037 . T C 160.23 PASS AF=0.391304;AO=15;DP=43;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0233814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.818;QD=13.9328;RBI=0.0447787;REFB=-0.0507976;REVB=0.0381896;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263309;STB=0.512182;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0531073;OID=.;OPOS=138730037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:28:28:15:18:0.391304:8:7:13:15:10:8:13:15 chr5 138732579 . C T 644.82 PASS AF=0.418605;AO=72;DP=172;FAO=72;FDP=172;FR=.;FRO=100;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=3.66028e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.715;QD=14.9958;RBI=0.0196258;REFB=-0.0158666;REVB=0.0196258;RO=100;SAF=31;SAR=41;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000588239;STB=0.500329;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.022316;OID=.;OPOS=138732579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:100:100:72:72:0.418605:41:31:43:57:41:31:43:57 chr5 138773090 . A G 547.77 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.000880486;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6609;QD=17.1179;RBI=0.00683817;REFB=-0.0105865;REVB=0.00678125;RO=70;SAF=34;SAR=24;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996372;STB=0.555536;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0139014;OID=.;OPOS=138773090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:70:70:58:58:0.453125:24:34:34:36:24:34:34:36 chr5 138856982 . C T 596.14 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=0.0208921;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.395;QD=15.6878;RBI=0.0219872;REFB=-0.00187524;REVB=0.00685265;RO=85;SAF=37;SAR=29;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405731;STB=0.52544;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00254561;OID=.;OPOS=138856982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:85:86:66:66:0.434211:29:37:51:34:29:37:52:34 chr5 138857919 . T C 3156.38 PASS AF=1;AO=204;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000146575;FXX=0.0144224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.332;QD=61.5879;RBI=0.0213235;REFB=-0.0722049;REVB=0.021323;RO=0;SAF=80;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156054;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:206:205:0:0:204:205:1:124:80:0:0:125:80:0:0 chr5 138857925 . C G 873.59 PASS AF=0.439815;AO=95;DP=215;FAO=95;FDP=216;FR=.;FRO=121;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=48;FSRR=73;FWDB=0.024483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.987;QD=16.1775;RBI=0.0357905;REFB=-0.00406031;REVB=-0.0261063;RO=120;SAF=39;SAR=56;SRF=48;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109476;STB=0.508026;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00573396;OID=.;OPOS=138857925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:120:121:95:95:0.439815:56:39:48:72:56:39:48:73 chr5 138861078 . C T 566.91 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.000853226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.216;QD=18.5873;RBI=0.0110178;REFB=-0.0101236;REVB=0.0109847;RO=63;SAF=37;SAR=22;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237721;STB=0.513153;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0119843;OID=.;OPOS=138861078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:63:59:59:0.483607:22:37:41:22:22:37:41:22 chr5 138861146 . C G 796.29 PASS AF=0.517007;AO=76;DP=147;FAO=76;FDP=147;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0430242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.71;QD=21.6679;RBI=0.0433158;REFB=0.000703186;REVB=0.00501749;RO=71;SAF=35;SAR=41;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162081;STB=0.508902;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.000682625;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:71:71:76:76:0.517007:41:35:34:37:41:35:34:37 chr5 139007275 . T C 368.24 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.010638;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.218;QD=19.1294;RBI=0.109768;REFB=-0.0151179;REVB=0.109251;RO=38;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237658;STB=0.519221;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0124618;OID=.;OPOS=139007275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:20:18:17:21:20:18:17:22 chr5 139713682 . T C 1004.85 PASS AF=0.462555;AO=105;DP=227;FAO=105;FDP=227;FR=.;FRO=122;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=57;FSRR=65;FWDB=-0.0201107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.579;QD=17.7065;RBI=0.0202128;REFB=-0.00827345;REVB=0.00202856;RO=121;SAF=47;SAR=58;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229028;STB=0.510622;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0108497;OID=.;OPOS=139713682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:121:122:105:105:0.462555:58:47:57:64:58:47:57:65 chr5 139722345 . G A 605.28 PASS AF=0.521368;AO=60;DP=116;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0135503;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7309;QD=20.6934;RBI=0.0219906;REFB=-0.0382647;REVB=-0.0173199;RO=54;SAF=39;SAR=21;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866711;STB=0.534553;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0548812;OID=.;OPOS=139722345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:54:56:60:61:0.521368:21:39:30:24:22:39:32:24 chr5 139740367 . A G 308.38 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00873592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.295;QD=18.4107;RBI=0.01312;REFB=-0.00453607;REVB=0.00978872;RO=34;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397967;STB=0.522199;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00631515;OID=.;OPOS=139740367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:17:16:15:19:17:16:15:19 chr5 139745154 . T C 346.92 PASS AF=0.394231;AO=40;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0150162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.468;QD=13.3431;RBI=0.0152412;REFB=0.00987507;REVB=0.00260944;RO=63;SAF=12;SAR=28;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203547;STB=0.620733;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0118991;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:40:41:0.394231:28:12:30:33:29:12:30:33 chr5 139838290 . A G 603.48 PASS AF=0.398844;AO=69;DP=174;FAO=69;FDP=173;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.0109211;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2544;QD=13.9533;RBI=0.0451258;REFB=0.00484538;REVB=0.0437843;RO=103;SAF=34;SAR=35;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054199;STB=0.533223;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00897845;OID=.;OPOS=139838290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:103:104:69:69:0.398844:35:34:56:47:35:34:57:47 chr5 139936760 . G T 527.38 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00575972;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5524;QD=23.972;RBI=0.034551;REFB=-0.0342241;REVB=-0.0340675;RO=38;SAF=27;SAR=22;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165188;STB=0.584489;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0310416;OID=.;OPOS=139936760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:38:39:49:49:0.556818:22:27:13:25:22:27:14:25 chr5 139936980 . A G 736.0 PASS AF=0.484277;AO=77;DP=159;FAO=77;FDP=159;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0133688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.4;QD=18.5156;RBI=0.0148467;REFB=-0.0142859;REVB=0.00645735;RO=82;SAF=39;SAR=38;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174517;STB=0.509635;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0136034;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:82:82:77:77:0.484277:38:39:40:42:38:39:40:42 chr5 139940233 . G A 908.03 PASS AF=0.497268;AO=91;DP=183;FAO=91;FDP=183;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=58;FSRR=34;FWDB=-0.0160947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.366;QD=19.8475;RBI=0.0165431;REFB=-0.00775614;REVB=0.00382568;RO=91;SAF=34;SAR=57;SRF=58;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23918;STB=0.6289;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0071169;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:91:92:91:91:0.497268:57:34:58:33:57:34:58:34 chr5 139940302 . G A 913.68 PASS AF=0.471795;AO=91;DP=194;FAO=92;FDP=195;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=0.0155548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.227;QD=18.7421;RBI=0.0157426;REFB=-0.00323199;REVB=0.00242459;RO=103;SAF=36;SAR=55;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179827;STB=0.60132;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00290637;OID=.;OPOS=139940302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:103:103:91:92:0.471795:55:36:60:43:56:36:60:43 chr5 139941228 . A G 1232.86 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0352839;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.3556;QD=59.4149;RBI=0.0366868;REFB=0.0670538;REVB=0.010048;RO=1;SAF=30;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155191;STB=0.50769;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00038871;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:83:1:1:80:82:0.987952:50:30:1:0:50:32:1:0 chr5 139948616 . T A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.011765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.281;QD=13.9591;RBI=0.016917;REFB=-0.0181537;REVB=0.0121561;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125462;STB=0.574264;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0164406;OID=.;OPOS=139948616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:5:2:3:4:5:2 chr5 140047900 . C A 572.9 PASS AF=0.465116;AO=60;DP=130;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0166426;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.116;QD=17.7642;RBI=0.025204;REFB=-0.0135919;REVB=-0.0189279;RO=58;SAF=32;SAR=28;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197355;STB=0.560227;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0182823;OID=.;OPOS=140047900;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:58:69:60:60:0.465116:28:32:18:40:28:32:29:40 chr5 140048209 . T C 793.82 PASS AF=0.608333;AO=73;DP=120;FAO=73;FDP=120;FR=.;FRO=47;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00443363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3518;QD=26.4605;RBI=0.0209001;REFB=-0.0213808;REVB=0.0204244;RO=47;SAF=45;SAR=28;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790048;STB=0.542926;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0256047;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:47:47:73:73:0.608333:28:45:24:23:28:45:24:23 chr5 140048267 . T C 2351.08 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.269;QD=63.9749;RBI=0.0270835;REFB=0;REVB=0.0234527;RO=0;SAF=74;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13308e-05;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:73:74:0:0:73:74:0:0 chr5 140049101 . CAAAAAAAAG CAAAAAAA,CAAAAAAAG 46.82 PASS AF=0.0322581,0.306452;AO=8,12;DP=70;FAO=2,19;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=2,12;FSAR=0,7;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.2605,-0.1286;FXX=0.114269;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=17.7872,7.06097;QD=3.02084;RBI=0.287643,0.157039;REFB=-0.032669,-0.0807899;REVB=0.121976,0.0901299;RO=29;SAF=8,6;SAR=0,6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.759276,0.140543;STB=0.995614,0.646803;STBP=0.103,0.149;TYPE=del,del;VARB=0.0989509,0.0145702;OID=.,.;OPOS=140049109,140049102;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0322581,0.306452:8,12:70:2,19:62:41:2,12:0,7:17:24:43:29:8,6:0,6:11:18 chr5 140052271 . A G 290.46 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00948093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.041;QD=14.1688;RBI=0.0144495;REFB=-0.00876186;REVB=-0.0109041;RO=49;SAF=9;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268805;STB=0.653748;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0115203;OID=.;OPOS=140052271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:24:9:25:24:24:9:25:24 chr5 140167463 . C T 527.64 PASS AF=0.438462;AO=56;DP=129;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.0295916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.827;QD=16.2352;RBI=0.0296464;REFB=-0.0026513;REVB=0.00180128;RO=73;SAF=30;SAR=26;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124451;STB=0.502312;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00339671;OID=.;OPOS=140167463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:73:73:56:57:0.438462:26:30:40:33:26:31:40:33 chr5 140167770 . G A 449.83 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0164083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.79;QD=24.315;RBI=0.0164624;REFB=-0.0124514;REVB=-0.00133389;RO=31;SAF=12;SAR=31;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17681;STB=0.597383;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00812731;OID=.;OPOS=140167770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:31:12:15:16:31:12:15:16 chr5 140168070 . A G 476.46 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0162188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0887;QD=18.6848;RBI=0.0897988;REFB=-0.0273924;REVB=-0.088322;RO=51;SAF=24;SAR=26;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265278;STB=0.519268;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0323109;OID=.;OPOS=140168070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:52:50:50:0.490196:26:24:23:28:26:24:23:29 chr5 140168151 . G T 448.31 PASS AF=0.462264;AO=47;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0377097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.826;QD=16.9173;RBI=0.0388949;REFB=-0.0284135;REVB=0.00952834;RO=57;SAF=31;SAR=16;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851495;STB=0.555532;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0373541;OID=.;OPOS=140168151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:57:57:47:49:0.462264:16:31:33:24:16:33:33:24 chr5 140174622 . G A 964.71 PASS AF=0.471963;AO=101;DP=214;FAO=101;FDP=214;FR=.;FRO=113;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=0.106288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7058;QD=18.032;RBI=0.161713;REFB=0.0159503;REVB=0.121877;RO=112;SAF=42;SAR=59;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896793;STB=0.552011;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0154924;OID=.;OPOS=140174622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:112:113:101:101:0.471963:59:42:57:55:59:42:58:55 chr5 140174865 . G C 813.68 PASS AF=0.464481;AO=83;DP=183;FAO=85;FDP=183;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=64;FWDB=0.021219;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9318;QD=17.7853;RBI=0.0298891;REFB=0.0107222;REVB=0.0210503;RO=99;SAF=37;SAR=46;SRF=35;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092742;STB=0.554841;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0109683;OID=.;OPOS=140174865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:99:98:83:85:0.464481:46:37:35:64:47:38:34:64 chr5 140181734 . A G 362.03 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.000330162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.9274;QD=17.8779;RBI=0.0254365;REFB=-0.0274507;REVB=-0.0254344;RO=43;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126839;STB=0.570837;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0195337;OID=.;OPOS=140181734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:17:21:18:25:17:21:18:25 chr5 140181892 . T C 401.66 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00214944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.461;QD=13.5012;RBI=0.0325055;REFB=-0.0146615;REVB=-0.0324344;RO=72;SAF=19;SAR=28;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591584;STB=0.533514;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0207634;OID=.;OPOS=140181892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:72:72:47:47:0.394958:28:19:33:39:28:19:33:39 chr5 140182101 . G T 742.55 PASS AF=0.49359;AO=77;DP=157;FAO=77;FDP=156;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=0.0583453;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.061;QD=19.0397;RBI=0.0583513;REFB=-0.00509699;REVB=0.000837867;RO=75;SAF=40;SAR=37;SRF=25;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166412;STB=0.576808;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00540606;OID=.;OPOS=140182101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:75:79:77:77:0.49359:37:40:25:50:37:40:29:50 chr5 140183058 . G A 239.66 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0110585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.225;QD=11.9828;RBI=0.0152391;REFB=-0.000336189;REVB=0.0104852;RO=51;SAF=10;SAR=19;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187692;STB=0.608464;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000423112;OID=.;OPOS=140183058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:19:10:26:25:19:10:26:25 chr5 140186937 . G T 295.18 PASS AF=0.314516;AO=39;DP=124;FAO=39;FDP=124;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.00105187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.083;QD=9.52181;RBI=0.00128977;REFB=-0.0184226;REVB=0.000746383;RO=85;SAF=21;SAR=18;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189316;STB=0.609761;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0328722;OID=.;OPOS=140186937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:85:85:39:39:0.314516:18:21:32:53:18:21:32:53 chr5 140187048 . G C 140.63 PASS AF=0.212963;AO=23;DP=108;FAO=23;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.0265216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.901;QD=5.20847;RBI=0.0274364;REFB=-0.00788975;REVB=-0.00702544;RO=85;SAF=10;SAR=13;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076014;STB=0.547223;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0276255;OID=.;OPOS=140187048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:85:85:23:23:0.212963:13:10:32:53:13:10:32:53 chr5 140187102 . A G 339.97 PASS AF=0.330769;AO=43;DP=130;FAO=43;FDP=130;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.0256441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.926;QD=10.4606;RBI=0.0411038;REFB=-0.00782084;REVB=-0.0321232;RO=87;SAF=14;SAR=29;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137767;STB=0.579962;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.022767;OID=.;OPOS=140187102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:87:87:43:43:0.330769:29:14:38:49:29:14:38:49 chr5 140187322 . C T 1063.08 PASS AF=0.509524;AO=107;DP=210;FAO=107;FDP=210;FR=.;FRO=103;FSAF=75;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=0.0462811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.971;QD=20.2491;RBI=0.0469854;REFB=0.00384712;REVB=0.00810477;RO=103;SAF=75;SAR=32;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155585;STB=0.585631;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00716315;OID=.;OPOS=140187322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:103:103:107:107:0.509524:32:75:56:47:32:75:56:47 chr5 140188383 . T G 672.03 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0294405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.765;QD=23.3749;RBI=0.0303365;REFB=-0.00573077;REVB=-0.00731815;RO=50;SAF=30;SAR=35;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494873;STB=0.527019;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00544023;OID=.;OPOS=140188383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:50:65:65:0.565217:35:30:20:30:35:30:20:30 chr5 140188401 . A G 393.51 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0170159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8435;QD=19.6754;RBI=0.0325682;REFB=0.00507586;REVB=-0.0277695;RO=40;SAF=22;SAR=18;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200557;STB=0.611057;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0105014;OID=.;OPOS=140188401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:18:22:13:27:18:22:13:27 chr5 140188575 . G C 1193.34 PASS AF=0.561576;AO=114;DP=203;FAO=114;FDP=203;FR=.;FRO=89;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.0723436;FXX=0.00490172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0243;QD=23.5141;RBI=0.0731176;REFB=-0.00579397;REVB=0.0106111;RO=89;SAF=46;SAR=68;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473435;STB=0.520744;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00489929;OID=.;OPOS=140188575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:89:89:114:114:0.561576:68:46:41:48:68:46:40:49 chr5 140201420 . T C 533.41 PASS AF=0.386503;AO=63;DP=163;FAO=63;FDP=163;FR=.;FRO=100;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=-0.0430175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.698;QD=13.0898;RBI=0.0446365;REFB=-0.0211791;REVB=-0.0119129;RO=100;SAF=32;SAR=31;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628507;STB=0.535502;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0355895;OID=.;OPOS=140201420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:100:100:63:63:0.386503:31:32:45:55:31:32:45:55 chr5 140203432 . C T 200.3 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0077759;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.243;QD=13.5799;RBI=0.0181533;REFB=-0.0164518;REVB=-0.0164036;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775123;STB=0.517817;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0208847;OID=.;OPOS=140203432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:35:24:24:0.40678:11:13:18:11:11:13:20:15 chr5 140209467 . T G 789.01 PASS AF=0.560606;AO=74;DP=133;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0105848;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2947;QD=23.9093;RBI=0.0480746;REFB=0.00324097;REVB=-0.0468949;RO=58;SAF=39;SAR=35;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118385;STB=0.564499;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0041254;OID=.;OPOS=140209467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:58:58:74:74:0.560606:35:39:39:19:35:39:39:19 chr5 140214381 . G A 283.11 PASS AF=0.282609;AO=38;DP=136;FAO=39;FDP=138;FR=.;FRO=99;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=67;FWDB=-0.0368182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7951;QD=8.20612;RBI=0.0653217;REFB=0.00455307;REVB=-0.0539569;RO=98;SAF=14;SAR=24;SRF=31;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699002;STB=0.547509;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.0210237;OID=.;OPOS=140214381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:98:99:38:39:0.282609:24:14:31:67:24:15:32:67 chr5 140221139 . G A 462.66 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=101;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00737073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.544;QD=18.1434;RBI=0.0278084;REFB=0.0102804;REVB=0.0268138;RO=52;SAF=22;SAR=26;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125628;STB=0.558078;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00988509;OID=.;OPOS=140221139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:52:53:48:49:0.480392:26:22:17:35:27:22:18:35 chr5 140222157 . A C 650.98 PASS AF=0.360731;AO=79;DP=219;FAO=79;FDP=219;FR=.;FRO=140;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=67;FSRR=73;FWDB=-0.0182709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.954;QD=11.89;RBI=0.0246554;REFB=-0.0122837;REVB=-0.0165549;RO=140;SAF=46;SAR=33;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117237;STB=0.56663;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.023622;OID=.;OPOS=140222157;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:140:140:79:79:0.360731:33:46:67:73:33:46:67:73 chr5 140222641 . A G 693.5 PASS AF=0.553719;AO=67;DP=112;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.016054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.01;QD=22.9257;RBI=0.121877;REFB=-0.0294016;REVB=-0.120815;RO=45;SAF=39;SAR=28;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998995;STB=0.504823;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.020874;OID=.;OPOS=140222641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:121:45:54:67:67:0.553719:28:39:32:13:28:39:32:22 chr5 140228164 . C A 284.16 PASS AF=0.392857;AO=31;DP=85;FAO=33;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0104501;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.59;QD=13.5316;RBI=0.0186452;REFB=-0.0206209;REVB=0.0154415;RO=42;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233693;STB=0.571385;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.038577;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:42:51:31:33:0.392857:12:19:16:26:13:20:25:26 chr5 140229086 . C G 699.96 PASS AF=0.397059;AO=81;DP=205;FAO=81;FDP=204;FR=.;FRO=123;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=0.0206487;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3017;QD=13.7247;RBI=0.0340246;REFB=0.00194638;REVB=-0.0270426;RO=123;SAF=33;SAR=48;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130664;STB=0.5735;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00360418;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:123:123:81:81:0.397059:48:33:65:58:48:33:65:58 chr5 140229368 . G C 633.04 PASS AF=0.403409;AO=71;DP=168;FAO=71;FDP=176;FR=.;FRO=105;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=0.00870126;FXX=0.0329652;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.195;QD=14.3874;RBI=0.0284052;REFB=-0.0295266;REVB=-0.0270396;RO=97;SAF=44;SAR=27;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999235;STB=0.564641;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0506656;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:176:97:105:71:71:0.403409:27:44:51:46:27:44:54:51 chr5 140229526 . T G 1925.39 PASS AF=0.463869;AO=196;DP=427;FAO=199;FDP=429;FR=.;FRO=230;FSAF=87;FSAR=112;FSRF=133;FSRR=97;FWDB=-0.0373576;FXX=0.00464026;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.902;QD=17.9524;RBI=0.0373576;REFB=-0.0355823;REVB=-3.00593e-05;RO=229;SAF=87;SAR=109;SRF=132;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129132;STB=0.575384;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0315876;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:429:229:230:196:199:0.463869:109:87:132:97:112:87:133:97 chr5 140230370 . AA CC 995.23 PASS AF=0.492754;AO=101;DP=207;FAO=102;FDP=207;FR=.;FRO=105;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.00603855;FXX=0.00956892;HRUN=2;LEN=2;MLLD=111.552;QD=19.2315;RBI=0.0229383;REFB=-0.0108395;REVB=-0.0221292;RO=104;SAF=49;SAR=52;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00404225;STB=0.507108;STBP=0.849;TYPE=mnp;VARB=0.0113456;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:104:105:101:102:0.492754:52:49:50:54:52:50:50:55 chr5 140231237 . T C 1342.71 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0363502;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0112;QD=61.0321;RBI=0.118581;REFB=-0.0401697;REVB=0.112872;RO=1;SAF=37;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126324;STB=0.506665;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00126706;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:88:1:1:86:87:0.988636:49:37:1:0:50:37:1:0 chr5 140232950 . G C 286.96 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.062354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8265;QD=24.9531;RBI=0.0908975;REFB=-0.0147221;REVB=0.0661388;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157922;STB=0.593788;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00563183;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:20:25:26:0.565217:14:11:5:15:14:12:5:15 chr5 140235901 . G A 467.34 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0141156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.384;QD=16.841;RBI=0.0178677;REFB=-0.0279282;REVB=0.0109548;RO=60;SAF=17;SAR=34;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104556;STB=0.558418;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0326411;OID=.;OPOS=140235901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:34:17:26:34:34:17:26:34 chr5 140236950 . C G 1540.8 PASS AF=0.522807;AO=148;DP=284;FAO=149;FDP=285;FR=.;FRO=136;FSAF=56;FSAR=93;FSRF=46;FSRR=90;FWDB=-0.0317046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.966;QD=21.6252;RBI=0.0332721;REFB=-0.0108734;REVB=0.010092;RO=135;SAF=56;SAR=92;SRF=45;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423295;STB=0.519304;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00985719;OID=.;OPOS=140236950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:285:135:136:148:149:0.522807:92:56:45:90:93:56:46:90 chr5 140237109 . T G 2838.53 PASS AF=0.557895;AO=264;DP=477;FAO=265;FDP=475;FR=.;FRO=210;FSAF=110;FSAR=155;FSRF=108;FSRR=102;FWDB=-0.024452;FXX=0.00419278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1645;QD=23.9034;RBI=0.0248721;REFB=-0.0128324;REVB=-0.00455158;RO=210;SAF=110;SAR=154;SRF=108;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080777;STB=0.54447;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0111143;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:477:475:210:210:264:265:0.557895:154:110:108:102:155:110:108:102 chr5 140237387 . T G 644.1 PASS AF=0.614583;AO=44;DP=96;FAO=59;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0620109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5382;QD=26.8376;RBI=0.0648745;REFB=-0.0762911;REVB=0.0190617;RO=33;SAF=21;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415887;STB=0.502262;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0566824;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:33:37:44:59:0.614583:23:21:14:19:37:22:14:23 chr5 140237548 . A G 648.78 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.00159409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.974;QD=18.5365;RBI=0.00776647;REFB=-0.0028729;REVB=-0.00760111;RO=74;SAF=22;SAR=44;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885795;STB=0.549208;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00313519;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:74:66:66:0.471429:44:22:31:43:44:22:31:43 chr5 140242451 . GC G 303.18 PASS AF=0.454545;AO=52;DP=123;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0290342;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.5001;QD=10.0224;RBI=0.0889225;REFB=-0.0216597;REVB=-0.0840489;RO=62;SAF=23;SAR=29;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918569;STB=0.50673;STBP=0.909;TYPE=del;VARB=0.0221017;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:52:123:55:121:66:24:31:28:38:99:62:23:29:28:34 chr5 140242479 . T A 620.59 PASS AF=0.414201;AO=70;DP=169;FAO=70;FDP=169;FR=.;FRO=99;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=0.00392261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.111;QD=14.6885;RBI=0.0544395;REFB=-0.00904615;REVB=-0.054298;RO=98;SAF=29;SAR=41;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583875;STB=0.53603;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0125799;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:98:99:70:70:0.414201:41:29:46:52:41:29:47:52 chr5 140250252 . T C 1359.95 PASS AF=0.47099;AO=138;DP=290;FAO=138;FDP=293;FR=.;FRO=155;FSAF=47;FSAR=91;FSRF=56;FSRR=99;FWDB=0.00564708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.396;QD=18.5658;RBI=0.00919924;REFB=-0.0175136;REVB=0.00726198;RO=152;SAF=47;SAR=91;SRF=53;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855779;STB=0.5121;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.021951;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:293:152:155:138:138:0.47099:91:47:53:99:91:47:56:99 chr5 140255271 . G C 442.51 PASS AF=0.650794;AO=42;DP=64;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00619323;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.1829;QD=28.0959;RBI=0.0351875;REFB=0.0462592;REVB=-0.0346382;RO=22;SAF=19;SAR=23;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115907;STB=0.544449;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0189944;OID=.;OPOS=140255271;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:22:22:42:41:0.650794:23:19:14:8:22:19:13:9 chr5 140255792 . C A 434.74 PASS AF=0.689655;AO=34;DP=58;FAO=40;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0781234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0506;QD=29.9818;RBI=0.20759;REFB=-0.0490318;REVB=-0.192329;RO=12;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23382;STB=0.58774;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0123064;OID=.;OPOS=140255792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:12:18:34:40:0.689655:22:12:10:2:28:12:10:8 chr5 140263290 . T G 1243.77 PASS AF=0.492248;AO=126;DP=258;FAO=127;FDP=258;FR=.;FRO=131;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=58;FSRR=73;FWDB=-0.00407548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.072;QD=19.2832;RBI=0.0475823;REFB=-0.022988;REVB=-0.0474074;RO=130;SAF=71;SAR=55;SRF=58;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108548;STB=0.559046;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0241559;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:130:131:126:127:0.492248:55:71:58:72:56:71:58:73 chr5 140307284 . G A 995.2 PASS AF=0.575758;AO=94;DP=164;FAO=95;FDP=165;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=63;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00864537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.703;QD=24.1262;RBI=0.00902822;REFB=0.00900857;REVB=-0.0026012;RO=70;SAF=32;SAR=62;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748779;STB=0.54234;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00818095;OID=.;OPOS=140307284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:70:70:94:95:0.575758:62:32:30:40:63:32:30:40 chr5 140307746 . C G 537.53 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00572531;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.093;QD=21.5012;RBI=0.0264103;REFB=-0.003564;REVB=-0.0257822;RO=49;SAF=21;SAR=30;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106456;STB=0.558835;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.002939;OID=.;OPOS=140307746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:30:21:26:23:30:21:26:23 chr5 140307969 . C G 645.75 PASS AF=0.440994;AO=70;DP=160;FAO=71;FDP=161;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.0305495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1414;QD=16.0434;RBI=0.0655473;REFB=-0.00915729;REVB=-0.0579929;RO=89;SAF=35;SAR=35;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564106;STB=0.502275;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0121743;OID=.;OPOS=140307969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:89:90:70:71:0.440994:35:35:45:44:35:36:46:44 chr5 140309016 . C T 687.75 PASS AF=0.454545;AO=74;DP=164;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0101513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.072;QD=16.6728;RBI=0.0108874;REFB=-0.00151034;REVB=0.00393535;RO=90;SAF=30;SAR=44;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116576;STB=0.559945;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00195419;OID=.;OPOS=140309016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:90:90:74:75:0.454545:44:30:47:43:44:31:47:43 chr5 140309124 . G A 126.45 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.013028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0406;QD=11.2398;RBI=0.0917402;REFB=0.0067152;REVB=-0.0908104;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151722;STB=0.615227;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0365612;OID=.;OPOS=140309124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:28:30:15:15:0.333333:5:10:15:13:5:10:15:15 chr5 140346468 . T A 1977.9 PASS AF=0.461024;AO=206;DP=448;FAO=207;FDP=449;FR=.;FRO=242;FSAF=115;FSAR=92;FSRF=126;FSRR=116;FWDB=0.0045943;FXX=0.00882983;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.124;QD=17.6205;RBI=0.0164256;REFB=-0.0224943;REVB=0.01577;RO=237;SAF=115;SAR=91;SRF=122;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425649;STB=0.51896;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0276394;OID=.;OPOS=140346468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:449:237:242:206:207:0.461024:91:115:122:115:92:115:126:116 chr5 140346712 . T C 1686.9 PASS AF=0.498507;AO=165;DP=331;FAO=167;FDP=335;FR=.;FRO=168;FSAF=73;FSAR=94;FSRF=72;FSRR=96;FWDB=0.00528653;FXX=0.0029761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.44;QD=20.1421;RBI=0.0389461;REFB=-0.0181371;REVB=-0.0385856;RO=165;SAF=72;SAR=93;SRF=71;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562619;STB=0.504363;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0193575;OID=.;OPOS=140346712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:335:165:168:165:167:0.498507:93:72:71:94:94:73:72:96 chr5 140347053 . C T 372.33 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0655722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4782;QD=13.6635;RBI=0.0833175;REFB=9.21697e-06;REVB=0.0514012;RO=65;SAF=25;SAR=19;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207503;STB=0.616978;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00198005;OID=.;OPOS=140347053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:19:25:24:41:19:25:24:41 chr5 140475852 . T C 234.95 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0404293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9536;QD=15.4067;RBI=0.0416811;REFB=-0.0448404;REVB=-0.0101381;RO=34;SAF=6;SAR=21;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236538;STB=0.513359;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0520344;OID=.;OPOS=140475852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:21:6:7:27:21:6:7:27 chr5 140476653 . GC AA 327.71 PASS AF=0.418605;AO=35;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0132993;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=2;MLLD=272.113;QD=15.2422;RBI=0.0132998;REFB=-0.00432829;REVB=-0.000120802;RO=50;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331053;STB=0.525677;STBP=0.718;TYPE=mnp;VARB=0.00818302;OID=.;OPOS=140476653;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:50:50:35:36:0.418605:20:15:23:27:21:15:23:27 chr5 140476920 . AGT AG,TAG 38.46 PASS AF=0.180952,0;AO=32,5;DP=106;FAO=19,0;FDP=105;FR=.;FRO=86;FSAF=12,0;FSAR=7,0;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.240408,-0.0364172;FXX=0.00943307;HRUN=7,1;LEN=1,3;MLLD=6.81407,137.32;QD=1.46521;RBI=0.270712,0.134357;REFB=-0.0892801,-0.00373675;REVB=-0.124455,-0.129328;RO=48;SAF=16,0;SAR=16,5;SRF=23;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0219529,-0.579248;STB=0.678843,0.5;STBP=0.094,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0672075,0.0646794;OID=.,.;OPOS=140476922,140476920;OREF=T,AGT;OALT=-,TAG;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:105:48:86:32,5:19,0:0.180952,0:16,5:16,0:23:25:7,0:12,0:35:51 chr5 140480852 . G A 212.73 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.081787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7788;QD=20.2602;RBI=0.081803;REFB=0.0227549;REVB=-0.00161912;RO=21;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202691;STB=0.615266;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0193901;OID=.;OPOS=140480852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:16:5:9:12:16:5:9:12 chr5 140481475 . A T 324.87 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0124817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.364;QD=19.6888;RBI=0.0238028;REFB=-0.0250249;REVB=0.0202678;RO=32;SAF=12;SAR=21;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152358;STB=0.589595;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0215893;OID=.;OPOS=140481475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:32:33:34:0.515152:21:12:17:15:22:12:17:15 chr5 140482483 . G A 269.38 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00922425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.012;QD=25.0584;RBI=0.0165701;REFB=-0.0211328;REVB=-0.0137652;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215242;STB=0.60894;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00931997;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:18:24:25:0.581395:12:12:4:14:13:12:4:14 chr5 140502341 . GCCC GCTT 580.48 PASS AF=0.491525;AO=56;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0124616;FXX=0.00840265;HRUN=5;LEN=2;MLLD=274.781;QD=19.6772;RBI=0.0124893;REFB=-0.0285304;REVB=-0.000831681;RO=40;SAF=26;SAR=30;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843457;STB=0.508194;STBP=0.893;TYPE=mnp;VARB=0.0199449;OID=.;OPOS=140502343;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=GCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491525:56:119:58:118:56:27:31:27:29:99:40:26:30:23:17 chr5 140503237 . A G 420.35 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.00474653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.527;QD=17.8871;RBI=0.0169999;REFB=-0.0127696;REVB=0.0163239;RO=51;SAF=21;SAR=22;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172932;STB=0.59631;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0201505;OID=.;OPOS=140503237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:22:21:34:17:22:21:34:17 chr5 140516407 . G A 62.17 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0160592;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.995;QD=15.5414;RBI=0.0182092;REFB=-0.0238128;REVB=0.0085837;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226064;STB=0.617308;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0272889;OID=.;OPOS=140516407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:16:7:8:8:8:0.5:7:1:2:5:7:1:2:6 chr5 140517174 . T C 605.61 PASS AF=0.591398;AO=53;DP=91;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0393727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.609;QD=26.0477;RBI=0.039727;REFB=-0.0181651;REVB=0.00529414;RO=37;SAF=29;SAR=24;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254869;STB=0.526244;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0124315;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:37:38:53:55:0.591398:24:29:19:18:24:31:19:19 chr5 140531174 . GT G,GC 1232.71 PASS AF=0.0121951,0.987805;AO=13,64;DP=82;FAO=1,81;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653262,0.0628615;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.9358,81.7701;QD=60.132;RBI=0.0737022,0.0656706;REFB=0,0;REVB=0.0341249,0.0190015;RO=0;SAF=9,14;SAR=4,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0241809,0.0077441;OID=.,.;OPOS=140531175,140531175;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0121951,0.987805:13,64:82:1,81:82:0:1,22:0,59:0:0:4:0:9,14:4,50:0:0 chr5 140559532 . G C 151.56 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00679319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6182;QD=10.1037;RBI=0.022212;REFB=-0.0185438;REVB=0.0211477;RO=40;SAF=12;SAR=6;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14268;STB=0.608582;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0216534;OID=.;OPOS=140559532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:18:20:0.333333:6:12:22:18:6:14:22:18 chr5 140559596 . T G 1700.52 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.268;QD=59.6674;RBI=0.00801596;REFB=-0.0966289;REVB=-0.000419036;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012492;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:114:114:0:0:113:114:1:55:58:0:0:56:58:0:0 chr5 140559914 . T C 700.7 PASS AF=0.397059;AO=81;DP=202;FAO=81;FDP=204;FR=.;FRO=123;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=76;FWDB=-0.0328532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.114;QD=13.7392;RBI=0.0332726;REFB=-0.0135207;REVB=0.00526653;RO=121;SAF=31;SAR=50;SRF=45;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122484;STB=0.500384;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0175959;OID=.;OPOS=140559914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:121:123:81:81:0.397059:50:31:45:76:50:31:47:76 chr5 140563574 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.501;QD=49.5985;RBI=0.0153695;REFB=0;REVB=0.0153695;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210611;OID=.;OPOS=140563574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:18:0:0:0:18:0:0:0 chr5 140567608 . C T 1314.98 PASS AF=0.947917;AO=70;DP=97;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0975065;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.9331;QD=54.7907;RBI=0.114632;REFB=-0.142948;REVB=-0.0602733;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517681;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00824709;OID=.;OPOS=140567608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:97:96:0:5:70:91:0.947917:41:29:0:0:42:49:1:4 chr5 140568034 . C A,CA 1465.37 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=5,91;DP=108;FAO=4,102;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=3,56;FSAR=1,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132328,0.0489607;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.644,25.2012;QD=55.2969;RBI=0.0158834,0.191691;REFB=0,0;REVB=-0.00878496,-0.185333;RO=8;SAF=4,50;SAR=1,41;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.216791,-0.0116657;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.06463,-0.000337714;OID=.,.;OPOS=140568034,140568035;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:108:106:8:0:5,91:4,102:0.0377358,0.962264:1,41:4,50:5:3:1,46:3,56:0:0 chr5 140568796 . A G 774.76 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0540496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.246;QD=53.4317;RBI=0.0663256;REFB=-0.0250872;REVB=0.0384412;RO=2;SAF=21;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428023;STB=0.522719;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000924809;OID=.;OPOS=140568796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:35:21:2:0:35:21:2:0 chr5 140573844 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0206138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.662;QD=11.1041;RBI=0.0225521;REFB=-0.0117759;REVB=-0.0091471;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283636;STB=0.517192;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0166662;OID=.;OPOS=140573844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:4:6:4:3:4:6 chr5 140574860 . T C 452.8 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0219936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9394;QD=27.8645;RBI=0.0723008;REFB=-0.00969472;REVB=0.0688744;RO=22;SAF=25;SAR=17;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14711;STB=0.587761;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0086064;OID=.;OPOS=140574860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:22:23:42:42:0.646154:17:25:8:14:17:25:8:15 chr5 140683265 . G A 772.09 PASS AF=0.513158;AO=78;DP=152;FAO=78;FDP=152;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=-0.0286738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.021;QD=20.3183;RBI=0.0289847;REFB=-0.00718429;REVB=-0.00423366;RO=74;SAF=35;SAR=43;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100611;STB=0.555159;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00712161;OID=.;OPOS=140683265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:74:74:78:78:0.513158:43:35:25:49:43:35:25:49 chr5 140710705 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00328391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.672;QD=16.4079;RBI=0.0202841;REFB=-0.000413546;REVB=-0.0200165;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158774;STB=0.590823;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000455312;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:12:9:17:12:12:9:17:12 chr5 140720516 . C G 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.0179503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.339;QD=24.8186;RBI=0.0197505;REFB=-0.00724639;REVB=0.00823838;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256656;STB=0.640922;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00617842;OID=.;OPOS=140720516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:10:14:16:2:10:14:16:2 chr5 140725828 . C T 469.54 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=138;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0706422;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5372;QD=13.9123;RBI=0.0719386;REFB=-0.00726353;REVB=0.0135955;RO=79;SAF=32;SAR=21;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118502;STB=0.564093;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0121945;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:135:79:82:53:53:0.392593:21:32:39:40:21:32:41:41 chr5 140729869 . A G 491.09 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0322143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.244;QD=17.2314;RBI=0.0322605;REFB=0.00763415;REVB=0.00172601;RO=61;SAF=29;SAR=24;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041918;STB=0.523306;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00723372;OID=.;OPOS=140729869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:53:53:0.464912:24:29:36:25:24:29:36:25 chr5 140739779 . C G 845.33 PASS AF=0.462766;AO=87;DP=189;FAO=87;FDP=188;FR=.;FRO=101;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=-0.0101881;FXX=0.00529073;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.85;QD=17.9858;RBI=0.0187055;REFB=-0.0121204;REVB=-0.0156875;RO=100;SAF=41;SAR=46;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951668;STB=0.549879;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.014635;OID=.;OPOS=140739779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:100:101:87:87:0.462766:46:41:57:43:46:41:57:44 chr5 140750044 . T C 8558.04 PASS AF=1;AO=535;DP=539;FAO=538;FDP=538;FR=.;FRO=0;FSAF=245;FSAR=293;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447451;FXX=0.00370363;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.417;QD=63.6285;RBI=0.0479325;REFB=-0.0583629;REVB=0.0171871;RO=0;SAF=243;SAR=292;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07522e-05;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:539:538:0:0:535:538:1:292:243:0:0:293:245:0:0 chr5 140751128 . C G 147.07 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00633731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5251;QD=9.19184;RBI=0.0653026;REFB=-0.016329;REVB=0.0649944;RO=44;SAF=7;SAR=13;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228513;STB=0.63551;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0107626;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:13:7:24:20:13:7:24:20 chr5 140763029 . A G 383.97 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0290577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7328;QD=13.7132;RBI=0.0475312;REFB=-0.0152815;REVB=0.0376147;RO=65;SAF=22;SAR=23;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934399;STB=0.542543;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0222666;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:65:67:45:45:0.401786:23:22:26:39:23:22:28:39 chr5 140763100 . C T 191.99 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.091033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3353;QD=11.8148;RBI=0.114936;REFB=-0.0121246;REVB=0.0701654;RO=41;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588155;STB=0.53399;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0242679;OID=.;OPOS=140763100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:11:13:20:21:11:13:20:21 chr5 140763628 . GAA CAG,GA 742.17 PASS AF=0.0759494,0.924051;AO=8,18;DP=76;FAO=6,73;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41;FSAR=6,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113802,0.888405;FXX=0.0124984;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=124.69,11.6869;QD=37.5782;RBI=0.171652,0.956805;REFB=0,0;REVB=-0.128505,-0.355264;RO=40;SAF=0,0;SAR=8,18;SRF=40;SRR=0;SSEN=0,0.433735;SSEP=0,0;SSSB=-0.889608,-0.894021;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.271715,-0.0269576;OID=.,.;OPOS=140763628,140763629;OREF=GAA,A;OALT=CAG,-;OMAPALT=CAG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:76:79:40:0:8,18:6,73:0.0759494,0.924051:8,18:0,0:40:0:6,32:0,41:0:0 chr5 140768941 . G A 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00333675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.841;QD=16.8944;RBI=0.00428461;REFB=-0.0024489;REVB=0.00268775;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185709;STB=0.60433;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00321706;OID=.;OPOS=140768941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:20:12:21:16:20:12:21:16 chr5 140772904 . A C 51.99 PASS AF=0.1;AO=15;DP=152;FAO=15;FDP=150;FR=.;FRO=135;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=76;FSRR=59;FWDB=-0.0896607;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.698;QD=1.38633;RBI=0.0972143;REFB=-0.00721765;REVB=-0.0375709;RO=126;SAF=1;SAR=14;SRF=76;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.615652;STB=0.936009;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.142953;OID=.;OPOS=140772904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:152:150:126:135:15:15:0.1:14:1:76:50:14:1:76:59 chr5 140773388 . G T 334.25 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00733967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.371;QD=16.7124;RBI=0.00972766;REFB=-0.00864063;REVB=-0.0063841;RO=44;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262009;STB=0.514698;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00793083;OID=.;OPOS=140773388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:22:14:16:28:22:14:16:28 chr5 140774288 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.585;QD=58.9627;RBI=0.0268495;REFB=0;REVB=0.0250575;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26157e-05;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr5 140778256 . G A 331.67 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00760375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.914;QD=21.3979;RBI=0.117751;REFB=-0.00725469;REVB=-0.117505;RO=28;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00905362;STB=0.505007;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00919123;OID=.;OPOS=140778256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:13:21:17:11:13:21:17:11 chr5 140783596 . C T 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0143038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.279;QD=13.9503;RBI=0.023093;REFB=-0.0105078;REVB=-0.0181298;RO=46;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397132;STB=0.522616;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0175829;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:18:13:21:25:18:13:21:25 chr5 140784055 . T C 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0103779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.411;QD=16.0289;RBI=0.0155109;REFB=-0.00956929;REVB=-0.0115278;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775915;STB=0.543825;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0152194;OID=.;OPOS=140784055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:18:12:12:13:18:12 chr5 140784427 . T C 396.73 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=3.65805e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.075;QD=21.7386;RBI=0.0129599;REFB=-0.0306604;REVB=0.0129599;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445815;STB=0.518154;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0275431;OID=.;OPOS=140784427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:33:39:40:0.547945:21:18:17:16:21:19:17:16 chr5 140788264 . C T 277.77 PASS AF=0.390244;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0119968;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.894;QD=13.5497;RBI=0.0156697;REFB=-0.0101086;REVB=-0.0100804;RO=50;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604754;STB=0.543352;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0173011;OID=.;OPOS=140788264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:50:31:32:0.390244:15:16:23:27:15:17:23:27 chr5 140789933 . G A 1075.25 PASS AF=0.454918;AO=108;DP=241;FAO=111;FDP=244;FR=.;FRO=133;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=-0.00810832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.614;QD=17.627;RBI=0.0279002;REFB=-0.00658468;REVB=0.026696;RO=132;SAF=49;SAR=59;SRF=53;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525578;STB=0.519666;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00535979;OID=.;OPOS=140789933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:244:132:133:108:111:0.454918:59:49:53:79:62:49:54:79 chr5 140793007 . A G 1023.63 PASS AF=0.509901;AO=102;DP=202;FAO=103;FDP=202;FR=.;FRO=99;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.00734676;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.095;QD=20.2699;RBI=0.0151461;REFB=-0.000373559;REVB=0.0132449;RO=98;SAF=41;SAR=61;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617542;STB=0.533577;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000140748;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:98:99:102:103:0.509901:61:41:46:52:62:41:46:53 chr5 140797630 . G T 1069.64 PASS AF=0.523077;AO=102;DP=195;FAO=102;FDP=195;FR=.;FRO=93;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0315621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.193;QD=21.9413;RBI=0.0341948;REFB=-0.0244449;REVB=0.0131573;RO=92;SAF=41;SAR=61;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096046;STB=0.550272;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0208863;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:92:93:102:102:0.523077:61:41:47:45:61:41:47:46 chr5 140801104 . T C 324.8 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0262153;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.299;QD=17.0949;RBI=0.0336517;REFB=-0.0112493;REVB=-0.0210996;RO=22;SAF=15;SAR=19;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124527;STB=0.536565;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0101356;OID=.;OPOS=140801104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:22:41:34:35:0.460526:19:15:6:16:19:16:16:25 chr5 140801298 . C A 929.19 PASS AF=0.532164;AO=91;DP=171;FAO=91;FDP=171;FR=.;FRO=80;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0143162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.957;QD=21.7354;RBI=0.0296315;REFB=-0.0074976;REVB=0.0259436;RO=79;SAF=44;SAR=47;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00212982;STB=0.503989;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00835366;OID=.;OPOS=140801298;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:79:80:91:91:0.532164:47:44:38:41:47:44:38:42 chr5 140803241 . C A 227.05 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0440207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5602;QD=21.121;RBI=0.0590444;REFB=-0.00886055;REVB=0.0393501;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107592;STB=0.560291;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00775584;OID=.;OPOS=140803241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:7:14:12:10:7:14 chr5 140807256 . A C 598.54 PASS AF=0.476923;AO=61;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00399835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2964;QD=18.4165;RBI=0.022368;REFB=-0.0143928;REVB=-0.0220077;RO=68;SAF=32;SAR=29;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652243;STB=0.539898;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0134427;OID=.;OPOS=140807256;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:68:68:61:62:0.476923:29:32:31:37:29:33:31:37 chr5 140857798 . T C 398.43 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0472736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.988;QD=13.0631;RBI=0.0473303;REFB=-0.0127217;REVB=0.00231634;RO=74;SAF=29;SAR=18;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19938;STB=0.616971;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0320897;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:75:47:47:0.385246:18:29:32:42:18:29:32:43 chr5 140858245 . C T 949.37 PASS AF=0.519553;AO=93;DP=179;FAO=93;FDP=179;FR=.;FRO=86;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.010408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.947;QD=21.2149;RBI=0.0104171;REFB=-0.0171864;REVB=-0.00043542;RO=86;SAF=43;SAR=50;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181051;STB=0.50992;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0161437;OID=.;OPOS=140858245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:86:86:93:93:0.519553:50:43:38:48:50:43:38:48 chr5 140859053 . A T 753.27 PASS AF=0.490909;AO=66;DP=150;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.039928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6361;QD=18.261;RBI=0.0496326;REFB=-0.0383999;REVB=0.0294814;RO=83;SAF=18;SAR=48;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182814;STB=0.511108;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0405049;OID=.;OPOS=140859053;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:165:83:84:66:81:0.490909:48:18:36:47:48:33:36:48 chr5 141014494 . T C 1135.04 PASS AF=0.46748;AO=115;DP=247;FAO=115;FDP=246;FR=.;FRO=131;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=81;FWDB=0.0143555;FXX=0.00404842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.103;QD=18.4559;RBI=0.0240467;REFB=-0.00422433;REVB=-0.0192915;RO=130;SAF=57;SAR=58;SRF=49;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114449;STB=0.560751;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00423736;OID=.;OPOS=141014494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:130:131:115:115:0.46748:58:57:49:81:58:57:50:81 chr5 141016288 . T G 1361.74 PASS AF=0.47099;AO=138;DP=291;FAO=138;FDP=293;FR=.;FRO=155;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=68;FSRR=87;FWDB=-0.00231172;FXX=0.00340124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.387;QD=18.5904;RBI=0.00297104;REFB=-0.015765;REVB=0.00186628;RO=146;SAF=68;SAR=70;SRF=62;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637909;STB=0.528615;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0158074;OID=.;OPOS=141016288;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:293:146:155:138:138:0.47099:70:68:62:84:70:68:68:87 chr5 141019110 . C A 461.13 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.000130396;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.09;QD=17.2384;RBI=0.0194261;REFB=-0.0113576;REVB=0.0194256;RO=57;SAF=21;SAR=29;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20064;STB=0.611499;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00773873;OID=.;OPOS=141019110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:57:57:50:50:0.46729:29:21:36:21:29:21:36:21 chr5 141019568 . T TC 253.57 PASS AF=0.592593;AO=7;DP=56;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.012599;FXX=0.0181785;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.31;QD=18.7832;RBI=0.0148987;REFB=-0.0235205;REVB=-0.00795219;RO=46;SAF=7;SAR=0;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643737;STB=0.619485;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.0166893;OID=.;OPOS=141019569;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.592593:7:56:32:54:22:24:8:11:11:99:46:7:0:25:21 chr5 141019569 . G C 231.12 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0254037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.474;QD=16.5083;RBI=0.026121;REFB=-0.0465932;REVB=-0.00607922;RO=30;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213322;STB=0.512039;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0271524;OID=.;OPOS=141019569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:9:17:19:11:9:17:19:11 chr5 141019604 . TG T 33.71 PASS AF=0.292683;AO=8;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0432064;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.9673;QD=3.28917;RBI=0.215177;REFB=-0.0581035;REVB=-0.210795;RO=26;SAF=6;SAR=2;SRF=24;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358396;STB=0.639803;STBP=0.368;TYPE=del;VARB=0.0588471;OID=.;OPOS=141019605;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:8:41:12:41:29:8:4:24:5:33:26:6:2:24:2 chr5 141019830 . C G 506.26 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0190422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.215;QD=25.6332;RBI=0.0209292;REFB=0.00205312;REVB=-0.00868472;RO=31;SAF=15;SAR=32;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522854;STB=0.517883;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00142654;OID=.;OPOS=141019830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:31:32:47:47:0.594937:32:15:8:23:32:15:9:23 chr5 141023974 . G A 500.96 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0331888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.346;QD=17.1267;RBI=0.0337864;REFB=-0.0039143;REVB=0.00632642;RO=63;SAF=26;SAR=28;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255922;STB=0.514244;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00414194;OID=.;OPOS=141023974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:28:26:32:31:28:26:32:31 chr5 141029021 . G C 720.05 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=166;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=0.0388349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8459;QD=17.3505;RBI=0.0418848;REFB=-0.0143927;REVB=0.0156903;RO=89;SAF=34;SAR=43;SRF=58;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201175;STB=0.61122;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.022154;OID=.;OPOS=141029021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:89:89:77:77:0.463855:43:34:58:31:43:34:58:31 chr5 141029072 . G A 517.18 PASS AF=0.5;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0328255;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4427;QD=19.1547;RBI=0.04165;REFB=-0.0210044;REVB=0.0256362;RO=55;SAF=24;SAR=30;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12492;STB=0.564658;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0165411;OID=.;OPOS=141029072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:55:54:54:54:0.5:30:24:32:23:30:24:31:23 chr5 141059157 . TCG TC,TGC,TG,TGG 899.61 PASS AF=0.468085,0,0.468085,0.0638298;AO=13,11,19,25;DP=94;FAO=44,0,44,6;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0,19,1;FSAR=30,0,25,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.855631,0.0592345,0.024975,-0.391676;FXX=0;HRUN=5,1,1,1;LEN=1,2,1,1;MLLD=9.53078,114.067,98.6663,100.952;QD=38.2813;RBI=0.878446,0.0919908,0.0319229,0.39346;REFB=0,0,0,0;REVB=0.198905,-0.0703816,-0.0198826,-0.0374229;RO=16;SAF=1,0,4,13;SAR=12,11,15,12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.340909,0,0,0;SSSB=-0.66671,-0.822595,-0.419388,-0.119251;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=0.0117727,0,0.0773514,0.0678007;OID=.,.,.,.;OPOS=141059159,141059158,141059158,141059158;OREF=G,CG,C,C;OALT=-,GC,-,G;OMAPALT=TC,TGC,TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.468085,0,0.468085,0.0638298:13,11,19,25:94:44,0,44,6:94:0:14,0,19,1:30,0,25,5:0:0:99:16:1,0,4,13:12,11,15,12:11:5 chr5 141243646 . A G 2034.25 PASS AF=0.522546;AO=198;DP=378;FAO=197;FDP=377;FR=.;FRO=180;FSAF=90;FSAR=107;FSRF=71;FSRR=109;FWDB=-0.00946448;FXX=0.00264543;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.422;QD=21.5836;RBI=0.0131049;REFB=-0.0153803;REVB=0.00906433;RO=177;SAF=91;SAR=107;SRF=70;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056197;STB=0.530174;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0127283;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:377:177:180:198:197:0.522546:107:91:70:107:107:90:71:109 chr5 141309824 . G A 290.32 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0521541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6156;QD=14.6998;RBI=0.0583765;REFB=-0.0366523;REVB=0.0262252;RO=46;SAF=19;SAR=14;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058176;STB=0.532891;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0479649;OID=.;OPOS=141309824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:14:19:29:17:14:19:29:17 chr5 141324955 . C CCTGCTGCTG 644.86 PASS AF=0.29;AO=85;DP=373;FAO=87;FDP=300;FR=.;FRO=213;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=106;FSRR=107;FWDB=-0.0651187;FXX=0.212593;HRUN=2;LEN=9;MLLD=291.18;QD=8.59806;RBI=0.0821407;REFB=-0.0236568;REVB=-0.0500665;RO=280;SAF=38;SAR=47;SRF=175;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224357;STB=0.535171;STBP=0.434;TYPE=ins;VARB=0.0568712;OID=.;OPOS=141324956;OREF=-;OALT=CTGCTGCTG;OMAPALT=CCTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.29:85:373:87:300:213:39:48:106:107:99:280:38:47:175:105 chr5 141325249 . T C 5076.68 PASS AF=1;AO=322;DP=329;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927453;FXX=0.0182365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.591;QD=62.8691;RBI=0.0210227;REFB=-0.0947535;REVB=0.0188662;RO=0;SAF=136;SAR=186;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21606e-05;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:329:323:0:0:322:323:1:186:136:0:0:186:137:0:0 chr5 141335241 . A G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.020098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.562;QD=13.4591;RBI=0.0247969;REFB=-0.00723701;REVB=-0.0145243;RO=26;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361498;STB=0.712224;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00769213;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:12:4:15:11:12:4:15:11 chr5 141335284 . G A 456.02 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0230676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.32;QD=20.7281;RBI=0.0578314;REFB=-0.00474573;REVB=0.0530316;RO=41;SAF=21;SAR=23;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157494;STB=0.578279;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00808252;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:41:43:44:45:0.511364:23:21:27:14:24:21:27:16 chr5 141335498 . C T 664.21 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.0419302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.348;QD=17.365;RBI=0.0425229;REFB=-0.0117217;REVB=0.00707501;RO=81;SAF=31;SAR=40;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10261;STB=0.560145;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0102869;OID=.;OPOS=141335498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:81:82:71:71:0.464052:40:31:44:37:40:31:45:37 chr5 141336264 . G T 327.84 PASS AF=0.380952;AO=38;DP=104;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0193172;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.324;QD=12.4893;RBI=0.021998;REFB=-0.00103075;REVB=0.0105242;RO=66;SAF=22;SAR=16;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207503;STB=0.513336;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00188214;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:66:65:38:40:0.380952:16:22:37:29:17:23:36:29 chr5 141337126 . C T 660.69 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=131;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0630499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.132;QD=20.1736;RBI=0.0637614;REFB=-0.0269822;REVB=0.00949887;RO=65;SAF=26;SAR=40;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118217;STB=0.565218;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0249478;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:65:65:66:66:0.503817:40:26:34:31:40:26:34:31 chr5 141337225 . A G 1127.08 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0504754;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.699;QD=59.32;RBI=0.0504791;REFB=-0.0792837;REVB=-0.000611084;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150114;STB=0.507461;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00164568;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:76:1:1:72:75:0.986842:41:31:1:0:42:33:1:0 chr5 141391532 . G A 3082.64 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282081;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8709;QD=61.3461;RBI=0.0306552;REFB=0.0259504;REVB=-0.0120018;RO=1;SAF=109;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102553;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:201:1:0:201:201:1:92:109:0:1:92:109:0:0 chr5 141531735 . C T 1006.91 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.058;QD=59.23;RBI=0.0254792;REFB=0;REVB=0.00820977;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12338e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:41:25:0:0:41:27:0:0 chr5 141774022 . G A 1893.78 PASS AF=0.392405;AO=217;DP=554;FAO=217;FDP=553;FR=.;FRO=336;FSAF=130;FSAR=87;FSRF=169;FSRR=167;FWDB=-0.00425789;FXX=0.00360354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.644;QD=13.6982;RBI=0.00480849;REFB=-0.0112409;REVB=-0.00223427;RO=335;SAF=130;SAR=87;SRF=168;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107399;STB=0.559343;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.016419;OID=.;OPOS=141774022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:554:553:335:336:217:217:0.392405:87:130:168:167:87:130:169:167 chr5 141774052 . G A 2378.98 PASS AF=0.397341;AO=268;DP=676;FAO=269;FDP=677;FR=.;FRO=408;FSAF=145;FSAR=124;FSRF=185;FSRR=223;FWDB=-0.00592872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.19;QD=14.056;RBI=0.0349801;REFB=0.00451362;REVB=0.034474;RO=407;SAF=144;SAR=124;SRF=184;SRR=223;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917989;STB=0.551484;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00686913;OID=.;OPOS=141774052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:676:677:407:408:268:269:0.397341:124:144:184:223:124:145:185:223 chr5 141973349 . C G 818.35 PASS AF=0.538462;AO=77;DP=143;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0145789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6008;QD=22.8909;RBI=0.0150183;REFB=-0.00438047;REVB=0.0036063;RO=66;SAF=25;SAR=52;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144954;STB=0.579564;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00226954;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:66:66:77:77:0.538462:52:25:32:34:52:25:32:34 chr5 141973501 . T C 730.52 PASS AF=0.551181;AO=70;DP=127;FAO=70;FDP=127;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.018698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.541;QD=23.0085;RBI=0.0255596;REFB=-0.00744662;REVB=0.0174264;RO=57;SAF=24;SAR=46;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693737;STB=0.538001;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00580085;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:57:57:70:70:0.551181:46:24:24:33:46:24:24:33 chr5 142254679 . A G 1695.14 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.085;QD=60.5408;RBI=0.0234275;REFB=0;REVB=-0.022533;RO=0;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75608e-05;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:52:60:0:0:52:60:0:0 chr5 142593652 . C T 2182.34 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000221347;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.6;QD=63.2563;RBI=0.0033475;REFB=0;REVB=-0.00334017;RO=0;SAF=94;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.48604e-05;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:44:94:0:0:44:94:0:0 chr5 145199583 . TA CT,T 40.43 PASS AF=0.00840336,0.201681;AO=6,22;DP=126;FAO=1,24;FDP=119;FR=.;FRO=94;FSAF=1,12;FSAR=0,12;FSRF=31;FSRR=63;FWDB=-0.0335573,-0.183142;FXX=0.0555511;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=30.3949,7.54159;QD=1.35889;RBI=0.0410577,0.185679;REFB=-0.0670207,-0.161063;REVB=-0.0236567,0.0305863;RO=75;SAF=3,14;SAR=3,8;SRF=18;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.305728,0.470543;STB=0.993347,0.635489;STBP=0.241,0.155;TYPE=mnp,del;VARB=0.0562067,0.139726;OID=.,.;OPOS=145199583,145199584;OREF=TA,A;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:126:119:75:94:6,22:1,24:0.00840336,0.201681:3,8:3,14:18:57:0,12:1,12:31:63 chr5 145246085 . T G 5696.18 PASS AF=1;AO=354;DP=357;FAO=369;FDP=369;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=209;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186074;FXX=0.00270263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.924;QD=61.7472;RBI=0.0193205;REFB=-0.0528033;REVB=0.00520077;RO=1;SAF=153;SAR=201;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00236798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29531e-05;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:357:369:1:0:354:369:1:201:153:0:1:209:160:0:0 chr5 145393364 . C T 491.85 PASS AF=0.40146;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0238863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.389;QD=14.3604;RBI=0.025375;REFB=-0.00236614;REVB=0.00856354;RO=82;SAF=20;SAR=35;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174098;STB=0.598335;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00386255;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:82:82:55:55:0.40146:35:20:43:39:35:20:43:39 chr5 145439647 . T C 2659.06 PASS AF=1;AO=168;DP=174;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570045;FXX=0.0284075;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.431;QD=62.2001;RBI=0.00591105;REFB=0;REVB=-0.00156375;RO=0;SAF=49;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818999;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:174:171:0:0:168:171:1:119:49:0:0:121:50:0:0 chr5 145442203 . G C 505.54 PASS AF=0.509804;AO=51;DP=101;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00793647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.879;QD=19.8253;RBI=0.012757;REFB=0.02214;REVB=-0.00998772;RO=50;SAF=24;SAR=27;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00951866;STB=0.5102;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0165968;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:50:50:51:52:0.509804:27:24:23:27:27:25:23:27 chr5 145477855 . T C 882.23 PASS AF=0.511494;AO=79;DP=165;FAO=89;FDP=174;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.000678414;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.275;QD=20.2812;RBI=0.0036187;REFB=-0.0265553;REVB=-0.00355454;RO=86;SAF=30;SAR=49;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384686;STB=0.513155;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0260973;OID=.;OPOS=145477855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:174:86:85:79:89:0.511494:49:30:36:50:50:39:35:50 chr5 145483844 . A T 371.08 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00182574;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.521;QD=13.2528;RBI=0.00188919;REFB=-0.0164583;REVB=-0.000485534;RO=67;SAF=22;SAR=22;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00795051;STB=0.508925;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0219194;OID=.;OPOS=145483844;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:68:44:44:0.392857:22:22:33:34:22:22:33:35 chr5 145499996 . C T 845.11 PASS AF=0.44;AO=88;DP=200;FAO=88;FDP=200;FR=.;FRO=112;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=61;FSRR=51;FWDB=-0.0516794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4989;QD=16.9022;RBI=0.0620675;REFB=0.007179;REVB=-0.0343746;RO=110;SAF=42;SAR=46;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068075;STB=0.537667;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0105907;OID=.;OPOS=145499996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:110:112:88:88:0.44:46:42:60:50:46:42:61:51 chr5 145508340 . A G 739.67 PASS AF=0.42328;AO=80;DP=189;FAO=80;FDP=189;FR=.;FRO=109;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=67;FWDB=0.0143706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.038;QD=15.6543;RBI=0.0174185;REFB=-0.00708772;REVB=0.00984321;RO=109;SAF=30;SAR=50;SRF=42;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113224;STB=0.506328;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0105958;OID=.;OPOS=145508340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:109:109:80:80:0.42328:50:30:42:67:50:30:42:67 chr5 145508636 . TA CC 423.82 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00283069;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=132.836;QD=21.1908;RBI=0.00753726;REFB=-0.00208456;REVB=-0.00698552;RO=37;SAF=18;SAR=24;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201225;STB=0.503648;STBP=0.949;TYPE=mnp;VARB=0.00198064;OID=.;OPOS=145508636;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:38:42:42:0.525:24:18:15:22:24:18:16:22 chr5 145519821 . G A 607.78 PASS AF=0.555556;AO=59;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0070156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.646;QD=22.5104;RBI=0.00971989;REFB=-0.019029;REVB=-0.00672738;RO=47;SAF=25;SAR=34;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106448;STB=0.548371;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0200867;OID=.;OPOS=145519821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:48:59:60:0.555556:34:25:14:33:35:25:15:33 chr5 145523105 . G A 281.07 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0122822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5553;QD=14.4136;RBI=0.0125769;REFB=0.00721468;REVB=-0.00270689;RO=45;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0116965;OID=.;OPOS=145523105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:45:46:32:32:0.410256:16:16:23:22:16:16:23:23 chr5 145537108 . C T 465.06 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00471294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.804;QD=19.5813;RBI=0.00471495;REFB=-0.0156053;REVB=-0.000137902;RO=49;SAF=21;SAR=25;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499507;STB=0.527753;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0143091;OID=.;OPOS=145537108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:25:21:25:24:25:21:25:24 chr5 145539996 . T G 263.09 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00918137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.339;QD=17.5396;RBI=0.00930857;REFB=-0.0160124;REVB=0.0015336;RO=31;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193074;STB=0.608464;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0138408;OID=.;OPOS=145539996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:19:10:17:14:19:10:17:14 chr5 145543972 . G A 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.000901557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.251;QD=19.8556;RBI=0.0575602;REFB=-0.00530762;REVB=-0.0575532;RO=38;SAF=13;SAR=26;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345966;STB=0.519221;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00512633;OID=.;OPOS=145543972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:26:13:14:24:26:13:14:24 chr5 145668695 . GAAAAAAAAAAG GAAAAAAAAAGA 59.49 PASS AF=0.555556;AO=3;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00135137;FXX=0;HRUN=10;LEN=2;MLLD=8.67877;QD=13.2206;RBI=0.274258;REFB=0.042595;REVB=0.274255;RO=4;SAF=2;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149914;STB=0.642594;STBP=0.131;TYPE=mnp;VARB=0.0442635;OID=.;OPOS=145668705;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GAAAAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:3:18:10:18:4:5:5:4:0:11:4:2:1:2:2 chr5 145890028 . A G 1495.38 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300531;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.474;QD=63.6332;RBI=0.0304762;REFB=0;REVB=-0.00506025;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115179;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:56:38:0:0:56:38:0:0 chr5 145894896 . G C 332.16 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0329811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.484;QD=13.8402;RBI=0.0521602;REFB=-0.0340416;REVB=-0.0404097;RO=59;SAF=17;SAR=20;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711326;STB=0.540519;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0480426;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:20:17:31:28:20:17:31:28 chr5 145935658 . G A 1200.04 PASS AF=0.468401;AO=125;DP=268;FAO=126;FDP=269;FR=.;FRO=143;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=49;FSRR=94;FWDB=1.60377e-05;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.372;QD=17.8444;RBI=0.0130664;REFB=0.000958744;REVB=-0.0130664;RO=138;SAF=54;SAR=71;SRF=45;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104625;STB=0.543099;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000830009;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:269:138:143:125:126:0.468401:71:54:45:93:73:53:49:94 chr5 146080644 . C T 33.62 PASS AF=0.0542169;AO=18;DP=337;FAO=18;FDP=332;FR=.,HEALED;FRO=314;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=139;FSRR=175;FWDB=0.108812;FXX=0.0148364;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.4918;QD=0.405019;RBI=0.151926;REFB=-0.0116357;REVB=0.106025;RO=245;SAF=8;SAR=10;SRF=89;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926904;STB=0.501693;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.112135;OID=.;OPOS=146080644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:337:332:245:314:18:18:0.0542169:10:8:89:156:10:8:139:175 chr5 146722556 . T C 417.82 PASS AF=0.447619;AO=46;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00882874;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.478;QD=15.9171;RBI=0.0147816;REFB=-0.0126533;REVB=0.0118553;RO=55;SAF=20;SAR=26;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374025;STB=0.529519;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0126326;OID=.;OPOS=146722556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:58:46:47:0.447619:26:20:26:29:26:21:29:29 chr5 146773682 . G A 379.45 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0379865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.091;QD=19.2126;RBI=0.0385357;REFB=-0.00499439;REVB=-0.00648288;RO=40;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372264;STB=0.507688;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00402155;OID=.;OPOS=146773682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:38:39:0.493671:22:16:17:23:23:16:17:23 chr5 146798035 . G A 604.79 PASS AF=0.466667;AO=61;DP=132;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.00486761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3283;QD=17.9198;RBI=0.0351631;REFB=0.015574;REVB=0.0348246;RO=71;SAF=30;SAR=31;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945935;STB=0.54686;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.016855;OID=.;OPOS=146798035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:71:72:61:63:0.466667:31:30:28:43:33:30:28:44 chr5 147286013 . A T 445.04 PASS AF=0.395349;AO=50;DP=130;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.00513686;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9435;QD=13.7997;RBI=0.0282764;REFB=-0.0137986;REVB=0.0278059;RO=79;SAF=25;SAR=25;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615819;STB=0.552332;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0294272;OID=.;OPOS=147286013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:79:78:50:51:0.395349:25:25:44:35:26:25:45:33 chr5 147468614 . A G 461.98 PASS AF=0.369427;AO=57;DP=158;FAO=58;FDP=157;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=64;FWDB=-0.0133372;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0421;QD=11.7701;RBI=0.0203329;REFB=-0.0284622;REVB=-0.0153475;RO=99;SAF=33;SAR=24;SRF=34;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258081;STB=0.633339;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.05229;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:99:99:57:58:0.369427:24:33:34:65:25:33:35:64 chr5 147480080 . G A 689.59 PASS AF=0.474026;AO=73;DP=154;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.0126404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.381;QD=17.9114;RBI=0.0204692;REFB=-0.0200717;REVB=-0.0161;RO=81;SAF=42;SAR=31;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15902;STB=0.587961;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0166357;OID=.;OPOS=147480080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:81:81:73:73:0.474026:31:42:33:48:31:42:33:48 chr5 147499891 . G T 464.93 PASS AF=0.516854;AO=45;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0319197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.099;QD=20.896;RBI=0.0331042;REFB=-0.0234253;REVB=0.00877625;RO=43;SAF=9;SAR=36;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128178;STB=0.556426;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0164854;OID=.;OPOS=147499891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:45:46:0.516854:36:9:13:30:36:10:13:30 chr5 147516598 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.22;QD=58.9623;RBI=0.0186468;REFB=0;REVB=0.017419;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38255e-05;OID=.;OPOS=147516598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:35:29:0:0:35:31:0:0 chr5 147554889 . A C 1373.8 PASS AF=0.454545;AO=145;DP=319;FAO=145;FDP=319;FR=.;FRO=174;FSAF=75;FSAR=70;FSRF=97;FSRR=77;FWDB=0.0230666;FXX=0.0031249;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.011;QD=17.2264;RBI=0.0302377;REFB=-0.017843;REVB=0.0195512;RO=173;SAF=75;SAR=70;SRF=96;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371899;STB=0.522;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0175309;OID=.;OPOS=147554889;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:173:174:145:145:0.454545:70:75:96:77:70:75:97:77 chr5 147593497 . C A 1327.63 PASS AF=0.478723;AO=135;DP=282;FAO=135;FDP=282;FR=.;FRO=147;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=62;FSRR=85;FWDB=-0.0025176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.9;QD=18.8317;RBI=0.0240787;REFB=-0.00468583;REVB=-0.0239467;RO=147;SAF=69;SAR=66;SRF=62;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845152;STB=0.546492;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00466599;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:147:147:135:135:0.478723:66:69:62:85:66:69:62:85 chr5 147665537 . ATCTTCT ATCTTC,ATCT 262.93 PASS AF=0.0490196,0.401961;AO=20,27;DP=107;FAO=5,41;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=1,24;FSAR=4,17;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.064092,0.0130053;FXX=0.0467246;HRUN=7,2;LEN=1,3;MLLD=6.69219,247.726;QD=10.3111;RBI=0.227406,0.0134948;REFB=-0.0936538,-0.0318983;REVB=-0.218188,-0.00360162;RO=33;SAF=3,17;SAR=17,10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.384215,0.201372;STB=0.643431,0.648898;STBP=0.59,0.018;TYPE=del,del;VARB=0.0252556,0.02967;OID=.,.;OPOS=147665543,147665538;OREF=T,TCT;OALT=-,-;OMAPALT=ATCTTC,ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0490196,0.401961:20,27:107:5,41:102:56:1,24:4,17:18:38:99:33:3,17:17,10:14:19 chr5 147665620 . A G 304.8 PASS AF=0.402299;AO=33;DP=85;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0538133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.401;QD=14.0136;RBI=0.0541492;REFB=-0.025061;REVB=0.0060223;RO=52;SAF=8;SAR=25;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160924;STB=0.578189;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0367367;OID=.;OPOS=147665620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:52:52:33:35:0.402299:25:8:19:33:26:9:19:33 chr5 147692967 . G T 233.22 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0210087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.416;QD=12.7794;RBI=0.0257656;REFB=-0.00230156;REVB=-0.0149164;RO=43;SAF=8;SAR=20;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783971;STB=0.534858;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00363412;OID=.;OPOS=147692967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:45:28:28:0.383562:20:8:15:28:20:8:15:30 chr5 147703416 . C T 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00541812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.564;QD=15.5755;RBI=0.0114573;REFB=-0.00160575;REVB=-0.0100952;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114853;STB=0.506507;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00217279;OID=.;OPOS=147703416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:11:14:17:14:11:14:17:14 chr5 147778631 . A G 1480.68 PASS AF=0.481013;AO=152;DP=316;FAO=152;FDP=316;FR=.;FRO=164;FSAF=51;FSAR=101;FSRF=77;FSRR=87;FWDB=0.0299616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3938;QD=18.7427;RBI=0.03114;REFB=-0.0284782;REVB=0.00848528;RO=163;SAF=51;SAR=101;SRF=76;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13108;STB=0.574159;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0269229;OID=.;OPOS=147778631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:163:164:152:152:0.481013:101:51:76:87:101:51:77:87 chr5 147822069 . A T 2281.67 PASS AF=0.986395;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00237235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.6;QD=62.0863;RBI=0.00309545;REFB=0.0226571;REVB=0.00198841;RO=0;SAF=64;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500711;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-3.92165e-07;OID=.;OPOS=147822069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:147:0:2:144:145:0.986395:80:64:0:0:80:65:1:1 chr5 147856333 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.241;QD=61.2132;RBI=0.00894145;REFB=0;REVB=-0.00142521;RO=0;SAF=17;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93168e-06;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:62:17:0:0:62:17:0:0 chr5 148042230 . G T 342.98 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0417041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.057;QD=16.3324;RBI=0.0461605;REFB=-0.0155545;REVB=-0.0197879;RO=47;SAF=21;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13741;STB=0.583019;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0222257;OID=.;OPOS=148042230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:47:36:37:0.440476:15:21:21:26:15:22:21:26 chr5 148206440 . G A 2102.68 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.928;QD=62.7665;RBI=0.0139778;REFB=0;REVB=0.00171792;RO=0;SAF=73;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.72667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46254e-06;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:61:73:0:0:61:73:0:0 chr5 148206473 . G C 1998.94 PASS AF=0.930556;AO=133;DP=147;FAO=134;FDP=144;FR=.;FRO=10;FSAF=78;FSAR=56;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0165126;FXX=0.0204068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.875;QD=55.5262;RBI=0.0766843;REFB=-0.0578326;REVB=0.0748854;RO=9;SAF=78;SAR=55;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311762;STB=0.512938;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00228719;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:147:144:9:10:133:134:0.930556:55:78:3:6:56:78:4:6 chr5 148207447 . G C 1095.85 PASS AF=0.46281;AO=112;DP=243;FAO=112;FDP=242;FR=.;FRO=130;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=51;FSRR=79;FWDB=0.00799124;FXX=0.00411506;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.911;QD=18.1132;RBI=0.00867801;REFB=-0.00146248;REVB=0.00338347;RO=130;SAF=45;SAR=67;SRF=51;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00960257;STB=0.505306;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00162117;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:130:130:112:112:0.46281:67:45:51:79:67:45:51:79 chr5 148207633 . G A 792.74 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147684;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.784;QD=57.6535;RBI=0.0191493;REFB=0;REVB=0.0190923;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84286e-05;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr5 148386525 . T G 430.51 PASS AF=0.4375;AO=45;DP=110;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.00744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.259;QD=15.3754;RBI=0.00894041;REFB=-0.0203758;REVB=-0.00495756;RO=61;SAF=31;SAR=14;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198099;STB=0.511037;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0205219;OID=.;OPOS=148386525;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:61:63:45:49:0.4375:14:31:41:20:18:31:41:22 chr5 148406386 . T C 504.18 PASS AF=0.388158;AO=59;DP=152;FAO=59;FDP=152;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=63;FWDB=0.000349653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.65;QD=13.2678;RBI=0.00649028;REFB=-0.0163314;REVB=-0.00648085;RO=93;SAF=28;SAR=31;SRF=30;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167328;STB=0.5941;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0291657;OID=.;OPOS=148406386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:93:93:59:59:0.388158:31:28:30:63:31:28:30:63 chr5 148407708 . A C 1330.18 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.809;QD=61.8687;RBI=0.0211584;REFB=0;REVB=0.000857036;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126367;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:42:43:0:0:43:43:0:0 chr5 148408101 . A G 229.2 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0100735;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.874;QD=11.6051;RBI=0.0144535;REFB=-0.00635266;REVB=-0.0103647;RO=51;SAF=10;SAR=18;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195384;STB=0.613178;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00961648;OID=.;OPOS=148408101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:51:51:28:28:0.35443:18:10:27:24:18:10:27:24 chr5 148610276 . C A 6051.42 PASS AF=1;AO=375;DP=376;FAO=383;FDP=383;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=242;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050472;FXX=0.0026041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.611;QD=63.2002;RBI=0.0504909;REFB=0.018846;REVB=0.0013799;RO=1;SAF=139;SAR=236;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94002e-06;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:376:383:1:0:375:383:1:236:139:0:1:242:141:0:0 chr5 148627252 . G A 2457.86 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00405227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.71;QD=60.6879;RBI=0.0321868;REFB=-0.113786;REVB=-0.0319307;RO=1;SAF=78;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569853;STB=0.502994;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00021681;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:161:161:0.993827:83:78:0:1:83:78:0:1 chr5 148699940 . A C 550.63 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.000186376;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.464;QD=18.9872;RBI=0.0103347;REFB=-0.00913305;REVB=0.010333;RO=50;SAF=35;SAR=22;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125406;STB=0.511107;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00812262;OID=.;OPOS=148699940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:116:50:59:57:57:0.491379:22:35:30:20:22:35:35:24 chr5 148700031 . A T 362.39 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=0.0210478;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.178;QD=16.8553;RBI=0.0221941;REFB=0.00113782;REVB=-0.0070405;RO=48;SAF=21;SAR=17;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204617;STB=0.614013;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00378298;OID=.;OPOS=148700031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:48:48:38:38:0.44186:17:21:36:12:17:21:36:12 chr5 148720087 . T G 551.16 PASS AF=0.4;AO=63;DP=159;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=0.0748248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.623;QD=13.7791;RBI=0.0765446;REFB=-0.0248191;REVB=0.0161347;RO=96;SAF=28;SAR=35;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416613;STB=0.528517;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0345719;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:96:96:63:64:0.4:35:28:39:57:35:29:39:57 chr5 148986244 . G C 479.34 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00967062;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6998;QD=16.9678;RBI=0.0319059;REFB=-0.00802791;REVB=-0.0304051;RO=61;SAF=31;SAR=21;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708332;STB=0.53949;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00828124;OID=.;OPOS=148986244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:61:61:52:52:0.460177:21:31:32:29:21:31:32:29 chr5 148989122 . C T 323.61 PASS AF=0.311594;AO=30;DP=128;FAO=43;FDP=138;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0220025;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.29;QD=9.38004;RBI=0.023989;REFB=-0.0210447;REVB=0.00955836;RO=97;SAF=13;SAR=17;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387264;STB=0.555071;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0519243;OID=.;OPOS=148989122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:138:97:95:30:43:0.311594:17:13:45:52:26:17:45:50 chr5 148989216 . C T 598.0 PASS AF=0.389831;AO=69;DP=177;FAO=69;FDP=177;FR=.;FRO=108;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.00534942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.267;QD=13.5142;RBI=0.0141047;REFB=-0.0147408;REVB=0.0130509;RO=108;SAF=27;SAR=42;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119596;STB=0.567548;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.019068;OID=.;OPOS=148989216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:108:108:69:69:0.389831:42:27:54:54:42:27:54:54 chr5 148996328 . G A 219.79 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00786699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.129;QD=17.5834;RBI=0.00888217;REFB=0.00108415;REVB=-0.00412352;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107117;STB=0.571363;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00127065;OID=.;OPOS=148996328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:22:22:0.44:13:9:14:13:13:9:15:13 chr5 149001551 . A C 430.89 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0159633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.506;QD=15.9588;RBI=0.018254;REFB=-0.0117534;REVB=-0.00885336;RO=60;SAF=24;SAR=24;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496547;STB=0.527766;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0135267;OID=.;OPOS=149001551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:24:24:33:27:24:24:33:27 chr5 149006640 . C T 257.84 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0386076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5862;QD=23.4398;RBI=0.039252;REFB=-0.0626629;REVB=-0.00708318;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688524;STB=0.538429;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0419768;OID=.;OPOS=149006640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:10:14:10:10:10:14:10:10 chr5 149006837 . A G 315.51 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0374059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.862;QD=25.2406;RBI=0.0376319;REFB=-0.00923561;REVB=-0.00411788;RO=22;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.564472;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00726025;OID=.;OPOS=149006837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:18:10:5:17:18:10:5:17 chr5 149008403 . A G 2376.1 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.31;QD=63.3628;RBI=0.0203746;REFB=-0.0741871;REVB=0.00343694;RO=1;SAF=80;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51371e-05;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:150:150:1:0:148:150:1:68:80:1:0:69:81:0:0 chr5 149008484 . G A 811.62 PASS AF=0.428571;AO=90;DP=209;FAO=90;FDP=210;FR=.;FRO=120;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=67;FWDB=0.00390128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.147;QD=15.4593;RBI=0.0114077;REFB=-0.00298501;REVB=-0.0107199;RO=119;SAF=39;SAR=51;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125025;STB=0.504841;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00342347;OID=.;OPOS=149008484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:119:120:90:90:0.428571:51:39:53:66:51:39:53:67 chr5 149008521 . A G 2436.68 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.443;QD=61.3;RBI=0.0398722;REFB=0;REVB=-0.0036452;RO=0;SAF=69;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59167e-05;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:90:69:0:0:90:69:0:0 chr5 149212243 . G C 844.66 PASS AF=0.428571;AO=93;DP=218;FAO=93;FDP=217;FR=.;FRO=124;FSAF=88;FSAR=5;FSRF=110;FSRR=14;FWDB=-0.0152333;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3388;QD=15.5698;RBI=0.0428413;REFB=0.0152408;REVB=0.0400415;RO=122;SAF=88;SAR=5;SRF=108;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22922;STB=0.628066;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.018761;OID=.;OPOS=149212243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:122:124:93:93:0.428571:5:88:108:14:5:88:110:14 chr5 149212430 . G A 1306.59 PASS AF=0.507752;AO=131;DP=258;FAO=131;FDP=258;FR=.;FRO=127;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=68;FSRR=59;FWDB=-0.0017826;FXX=0.00769201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.389;QD=20.2573;RBI=0.0183281;REFB=-0.0217047;REVB=-0.0182412;RO=123;SAF=72;SAR=59;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437978;STB=0.507041;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0216841;OID=.;OPOS=149212430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:123:127:131:131:0.507752:59:72:67:56:59:72:68:59 chr5 149212471 . G A 554.23 PASS AF=0.384615;AO=65;DP=170;FAO=65;FDP=169;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=-0.000831848;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.672;QD=13.1178;RBI=0.00133949;REFB=-0.00357198;REVB=-0.00104988;RO=99;SAF=19;SAR=46;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168388;STB=0.613908;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00457578;OID=.;OPOS=149212471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:99:104:65:65:0.384615:46:19:43:56:46:19:48:56 chr5 149212472 . T A 76.72 PASS AF=0.115152;AO=17;DP=160;FAO=19;FDP=165;FR=.;FRO=146;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=100;FWDB=-0.0313801;FXX=0.00602373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.013;QD=1.85994;RBI=0.0315955;REFB=-0.00577472;REVB=-0.0036829;RO=142;SAF=15;SAR=2;SRF=42;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.634323;STB=0.931896;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0267501;OID=.;OPOS=149212472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:160:165:142:146:17:19:0.115152:2:15:42:100:2:17:46:100 chr5 149216256 . C T 516.89 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0373215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0028;QD=25.2141;RBI=0.0373246;REFB=-0.0262125;REVB=0.000485309;RO=31;SAF=24;SAR=24;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174462;STB=0.609713;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0155275;OID=.;OPOS=149216256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:34:48:48:0.585366:24:24:8:23:24:24:8:26 chr5 149216304 . C T 528.38 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0265872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.266;QD=24.865;RBI=0.0265875;REFB=-0.0404272;REVB=-0.000105333;RO=34;SAF=24;SAR=25;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147517;STB=0.590128;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0238233;OID=.;OPOS=149216304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:36:49:49:0.576471:25:24:10:24:25:24:10:26 chr5 149360877 . T C 1740.11 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.907;QD=59.4908;RBI=0.0150795;REFB=-0.109765;REVB=-0.0136601;RO=1;SAF=47;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169467;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:117:117:1:0:115:117:1:68:47:0:1:69:48:0:0 chr5 149374879 . CT C 325.35 PASS AF=0.5;AO=47;DP=103;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0619672;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.8791;QD=12.7589;RBI=0.0656716;REFB=-0.00574364;REVB=-0.0217445;RO=35;SAF=14;SAR=33;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186714;STB=0.52173;STBP=0.692;TYPE=del;VARB=0.00508785;OID=.;OPOS=149374880;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:47:103:51:102:51:17:34:19:32:99:35:14:33:4:31 chr5 149374932 . T C 486.09 PASS AF=0.418605;AO=54;DP=129;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.023794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.949;QD=15.0725;RBI=0.0280055;REFB=-0.00461861;REVB=-0.0147701;RO=75;SAF=20;SAR=34;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179744;STB=0.5101;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00567213;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:75:75:54:54:0.418605:34:20:29:46:34:20:29:46 chr5 149406271 . C T 428.36 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0052399;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.254;QD=14.2786;RBI=0.00654319;REFB=-0.0220883;REVB=0.00391878;RO=70;SAF=14;SAR=35;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296039;STB=0.664091;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0206127;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:70:71:49:49:0.408333:35:14:39:31:35:14:39:32 chr5 149433397 . GAGGGGGGGGT AGGCGGGGGTG,GAGGCGGGGGGT,GAGGCGGGGGT,GAGGGGGGGT,GAGGGGGGGTG 381.11 PASS AF=0.0487805,0.195122,0.146341,0.341463,0.0731707;AO=4,10,3,10,5;DP=85;FAO=4,16,12,28,6;FDP=82;FR=.;FRO=16;FSAF=4,12,10,19,6;FSAR=0,4,2,9,0;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00445377,0.00769658,0.0110065,0.220144,0.0131895;FXX=0.0238067;HRUN=4,0,8,8,8;LEN=11,1,1,1,2;MLLD=207.173,202.718,203.143,4.09854,14.2333;QD=18.5907;RBI=0.0367115,0.0438146,0.0364053,0.233874,0.041036;REFB=-0.0302645,-0.0316697,-0.0323089,-0.102916,-0.090835;REVB=-0.0364404,-0.0431333,-0.0347016,0.0789536,-0.0388586;RO=14;SAF=4,9,2,5,5;SAR=0,1,1,5,0;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.638343,0.40571,0.0287373,-0.141152,0.677099;STB=0.99676,0.610962,0.702737,0.546728,0.99773;STBP=0.05,0.255,0.101,0.418,0.023;TYPE=mnp,ins,snp,del,mnp;VARB=0.0272084,0.0174255,0.0226716,0.163345,0.000144781;OID=.,.,.,.,.;OPOS=149433397,149433401,149433401,149433399,149433406;OREF=GAGGGGGGGGT,-,G,G,GT;OALT=AGGCGGGGGTG,C,C,-,TG;OMAPALT=AGGCGGGGGTG,GAGGCGGGGGGT,GAGGCGGGGGT,GAGGGGGGGT,GAGGGGGGGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:84:85:82:14:16:4,10,3,10,5:4,16,12,28,6:0.0487805,0.195122,0.146341,0.341463,0.0731707:0,1,1,5,0:4,9,2,5,5:9:5:0,4,2,9,0:4,12,10,19,6:9:7 chr5 149440465 . G A 476.98 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.00268359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.157;QD=16.7362;RBI=0.0732591;REFB=-0.0171554;REVB=0.0732099;RO=62;SAF=26;SAR=26;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126099;STB=0.570149;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0157548;OID=.;OPOS=149440465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:62:52:52:0.45614:26:26:23:39:26:26:23:39 chr5 149450132 . T C 456.12 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0527193;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.452;QD=20.0493;RBI=0.0554487;REFB=-0.0122078;REVB=0.0171826;RO=46;SAF=14;SAR=31;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604029;STB=0.533577;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0140196;OID=.;OPOS=149450132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:46:46:45:45:0.494505:31:14:17:29:31:14:17:29 chr5 149456811 . G A 1662.43 PASS AF=0.530405;AO=157;DP=299;FAO=157;FDP=296;FR=.;FRO=139;FSAF=88;FSAR=69;FSRF=89;FSRR=50;FWDB=-0.00736552;FXX=0.0100331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.359;QD=22.4652;RBI=0.0209817;REFB=-0.0327669;REVB=-0.0196464;RO=141;SAF=88;SAR=69;SRF=88;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056432;STB=0.538369;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.028729;OID=.;OPOS=149456811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:296:141:139:157:157:0.530405:69:88:88:53:69:88:89:50 chr5 149460343 . G A 224.8 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00775077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.106;QD=13.0317;RBI=0.0216864;REFB=-0.00264874;REVB=0.0202541;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134362;STB=0.576866;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00361769;OID=.;OPOS=149460343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:12:15:18:24:12:15:18:24 chr5 149460445 . G A 432.45 PASS AF=0.422414;AO=48;DP=117;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0378042;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.783;QD=14.912;RBI=0.0397442;REFB=-0.00393746;REVB=0.0122655;RO=68;SAF=21;SAR=27;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501393;STB=0.528667;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00486068;OID=.;OPOS=149460445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:68:67:48:49:0.422414:27:21:33:35:28:21:32:35 chr5 149493472 . C A,T 1193.42 PASS AF=0.025,0.975;AO=3,74;DP=77;FAO=2,78;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=2,28;FSAR=0,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023984,0.0584239;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.1904,90.5417;QD=59.6708;RBI=0.0247552,0.0655282;REFB=0,0;REVB=-0.00613083,0.0296746;RO=0;SAF=3,25;SAR=0,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0990867,0.00165139;OID=.,.;OPOS=149493472,149493472;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:77:80:0:0:3,74:2,78:0.025,0.975:0,49:3,25:0:0:0,50:2,28:0:0 chr5 149495050 . T C 6566.89 PASS AF=1;AO=421;DP=428;FAO=421;FDP=421;FR=.;FRO=0;FSAF=241;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165797;FXX=0.0163548;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.289;QD=62.3933;RBI=0.0159168;REFB=-0.0450283;REVB=0.0158302;RO=6;SAF=241;SAR=180;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110946;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39763e-06;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:428:421:6:0:421:421:1:180:241:1:5:180:241:0:0 chr5 149563715 . T C 1953.89 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0616917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2397;QD=61.0591;RBI=0.0683064;REFB=0.00415997;REVB=-0.0293241;RO=1;SAF=63;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748315;STB=0.503936;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.000578863;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:64:63:1:0:64:63:1:0 chr5 149583300 . T C 242.63 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.047862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4366;QD=12.7702;RBI=0.0512659;REFB=0.00694147;REVB=-0.0183692;RO=47;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249436;STB=0.643084;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0150271;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:10:19:20:27:10:19:20:27 chr5 149583336 . T C 172.99 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0178661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.313;QD=11.3439;RBI=0.0180116;REFB=-0.0106657;REVB=0.00228462;RO=39;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251069;STB=0.645128;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0183028;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:9:13:14:25:9:13:14:25 chr5 149585025 . A C 2319.44 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.987;QD=61.0379;RBI=0.0149838;REFB=0;REVB=0.0146781;RO=0;SAF=80;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88835e-06;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:71:80:0:0:71:81:0:0 chr5 149597160 . A G 573.32 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.015435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4876;QD=19.6008;RBI=0.0157098;REFB=0.00170461;REVB=0.00292572;RO=58;SAF=28;SAR=31;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237179;STB=0.513085;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.0014454;OID=.;OPOS=149597160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:31:28:26:32:31:28:26:32 chr5 149602608 . A G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.38;QD=60.7154;RBI=0.0205301;REFB=0;REVB=0.0164589;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15393e-06;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr5 149644597 . T G 5548.8 PASS AF=1;AO=355;DP=355;FAO=355;FDP=355;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019304;FXX=0.00280891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.571;QD=62.5217;RBI=0.0196998;REFB=0.057177;REVB=0.00392876;RO=0;SAF=187;SAR=168;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.41607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010716;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:355:355:0:0:355:355:1:168:187:0:0:169:186:0:0 chr5 149677851 . A G 2046.05 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.94;QD=62.4749;RBI=0.0246935;REFB=0;REVB=0.0192343;RO=0;SAF=54;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06009e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84096e-05;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:77:54:0:0:77:54:0:0 chr5 149824223 . T C 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00345527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=361.907;QD=13.0537;RBI=0.00346018;REFB=-0.000283285;REVB=-0.000184271;RO=35;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170141;STB=0.598733;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000399599;OID=.;OPOS=149824223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:18:5:12:23:18:5:12:23 chr5 149826526 . C T 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0166328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.984;QD=19.7363;RBI=0.0179479;REFB=-0.00621307;REVB=-0.00674367;RO=37;SAF=20;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832363;STB=0.546194;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00532153;OID=.;OPOS=149826526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:18:20:16:21:18:20:16:21 chr5 149919739 . G C 2324.79 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.253;QD=60.779;RBI=0.00255176;REFB=0;REVB=0.000837924;RO=0;SAF=89;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51224e-06;OID=.;OPOS=149919739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:63:89:0:0:64:89:0:0 chr5 149923178 . A G 1504.88 PASS AF=0.560784;AO=142;DP=254;FAO=143;FDP=255;FR=.;FRO=112;FSAF=86;FSAR=57;FSRF=72;FSRR=40;FWDB=0.00140806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.462;QD=23.606;RBI=0.0315083;REFB=-0.0182696;REVB=0.0314769;RO=112;SAF=85;SAR=57;SRF=72;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376937;STB=0.519135;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0167454;OID=.;OPOS=149923178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:112:112:142:143:0.560784:57:85:72:40:57:86:72:40 chr5 149998128 . G A 524.33 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00493894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.598;QD=17.3332;RBI=0.00513231;REFB=-0.0104486;REVB=0.00139551;RO=65;SAF=31;SAR=25;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118292;STB=0.56577;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00774372;OID=.;OPOS=149998128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:25:31:28:37:25:31:28:37 chr5 150051779 . G C 515.06 PASS AF=0.39375;AO=60;DP=155;FAO=63;FDP=160;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=67;FSRR=30;FWDB=-0.028639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.199;QD=12.8766;RBI=0.0297236;REFB=-0.0208769;REVB=0.00795585;RO=95;SAF=21;SAR=39;SRF=65;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352451;STB=0.68179;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0232791;OID=.;OPOS=150051779;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:160:95:97:60:63:0.39375:39:21:65:30:39:24:67:30 chr5 150051958 . T C 6286.19 PASS AF=1;AO=386;DP=386;FAO=402;FDP=402;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=209;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.519;QD=62.5492;RBI=0.0367147;REFB=0;REVB=0.0344879;RO=0;SAF=187;SAR=199;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.218e-06;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:386:402:0:0:386:402:1:199:187:0:0:209:193:0:0 chr5 150056296 . C T 317.82 PASS AF=0.291667;AO=41;DP=143;FAO=42;FDP=144;FR=.;FRO=102;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=65;FSRR=37;FWDB=0.0137116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.684;QD=8.82845;RBI=0.0139746;REFB=-0.00727731;REVB=-0.00269831;RO=100;SAF=21;SAR=20;SRF=65;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168168;STB=0.597178;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0201684;OID=.;OPOS=150056296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:100:102:41:42:0.291667:20:21:65:35:21:21:65:37 chr5 150056307 . C A 219.23 PASS AF=0.228758;AO=34;DP=152;FAO=35;FDP=153;FR=.;FRO=118;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.0524897;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7896;QD=5.73145;RBI=0.0529847;REFB=-0.00224499;REVB=0.00722566;RO=116;SAF=20;SAR=14;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112125;STB=0.555315;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0116013;OID=.;OPOS=150056307;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:116:118:34:35:0.228758:14:20:58:58:15:20:59:59 chr5 150088545 . G A 208.66 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00455368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.077;QD=11.4332;RBI=0.00481779;REFB=-0.0180992;REVB=-0.00157327;RO=46;SAF=7;SAR=18;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615227;STB=0.555229;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0286073;OID=.;OPOS=150088545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:46:47:25:26:0.356164:18:7:15:31:19:7:16:31 chr5 150089766 . G A 190.91 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0133723;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.983;QD=14.6852;RBI=0.0159774;REFB=0.00158928;REVB=-0.00874415;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630218;STB=0.512356;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00235218;OID=.;OPOS=150089766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:30:22:22:0.423077:10:12:16:13:10:12:17:13 chr5 150090781 . C T 927.47 PASS AF=0.54878;AO=90;DP=164;FAO=90;FDP=164;FR=.;FRO=74;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0094889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.237;QD=22.6213;RBI=0.00970362;REFB=-0.00380379;REVB=-0.00203003;RO=72;SAF=48;SAR=42;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072375;STB=0.545444;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00288309;OID=.;OPOS=150090781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:72:74:90:90:0.54878:42:48:32:40:42:48:32:42 chr5 150097883 . G C 241.13 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00500834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.269;QD=14.6137;RBI=0.00515215;REFB=-0.00721138;REVB=-0.00120879;RO=38;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177848;STB=0.600787;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0130976;OID=.;OPOS=150097883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:12:16:15:23:12:16:15:23 chr5 150158164 . C G 914.54 PASS AF=0.472906;AO=95;DP=202;FAO=96;FDP=203;FR=.;FRO=107;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=0.0031713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.014;QD=18.0205;RBI=0.0150506;REFB=-0.0196829;REVB=-0.0147127;RO=107;SAF=53;SAR=42;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122428;STB=0.569746;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0152919;OID=.;OPOS=150158164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:107:107:95:96:0.472906:42:53:46:61:42:54:46:61 chr5 150158199 . C T 881.69 PASS AF=0.460784;AO=95;DP=205;FAO=94;FDP=204;FR=.;FRO=110;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=0.0553516;FXX=0.00487781;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2999;QD=17.288;RBI=0.0624097;REFB=-0.00055295;REVB=0.0288299;RO=108;SAF=48;SAR=47;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674198;STB=0.539992;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000911382;OID=.;OPOS=150158199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:108:110:95:94:0.460784:47:48:47:61:46:48:48:62 chr5 150158226 . A C 751.14 PASS AF=0.4875;AO=78;DP=158;FAO=78;FDP=160;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0165878;FXX=0.0123449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.092;QD=18.7786;RBI=0.0166602;REFB=-0.0206803;REVB=-0.00155087;RO=79;SAF=41;SAR=37;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109809;STB=0.550499;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0230804;OID=.;OPOS=150158226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:79:82:78:78:0.4875:37:41:32:47:37:41:35:47 chr5 150227966 . C A 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00257497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.251;QD=17.379;RBI=0.00463723;REFB=-0.011336;REVB=0.00385661;RO=37;SAF=8;SAR=25;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378041;STB=0.712836;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0168404;OID=.;OPOS=150227966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:25:8:23:14:25:8:23:14 chr5 150227998 . C T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0279925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1146;QD=16.755;RBI=0.0365078;REFB=-9.76135e-05;REVB=0.0234359;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207786;STB=0.616995;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-2.4558e-06;OID=.;OPOS=150227998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:9:19:11:13:9:19 chr5 150257616 . A G 237.9 PASS AF=0.41791;AO=22;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0641535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6459;QD=14.203;RBI=0.0643638;REFB=0.0108629;REVB=0.00519944;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268159;STB=0.507457;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0134512;OID=.;OPOS=150257616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:39:22:28:0.41791:14:8:9:14:14:14:19:20 chr5 150275787 . C T 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0156638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.493;QD=13.5746;RBI=0.0426266;REFB=-0.00500676;REVB=-0.0396443;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061658;STB=0.554371;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0220916;OID=.;OPOS=150275787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:19:13:13:0.40625:8:5:8:10:8:5:9:10 chr5 150311773 . T C 481.85 PASS AF=0.350877;AO=57;DP=169;FAO=60;FDP=171;FR=.;FRO=111;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=64;FSRR=47;FWDB=-0.00433969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4143;QD=11.2714;RBI=0.0100431;REFB=-0.00101501;REVB=0.00905706;RO=111;SAF=31;SAR=26;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381148;STB=0.517481;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00306801;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:111:111:57:60:0.350877:26:31:64:47:27:33:64:47 chr5 150323428 . A G 898.7 PASS AF=0.471503;AO=91;DP=193;FAO=91;FDP=193;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=0.0218687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.279;QD=18.6259;RBI=0.0224588;REFB=-0.0074408;REVB=0.00511438;RO=102;SAF=38;SAR=53;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00391502;STB=0.502164;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00805019;OID=.;OPOS=150323428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:102:102:91:91:0.471503:53:38:43:59:53:38:43:59 chr5 150407455 . T TC 1817.18 PASS AF=1;AO=37;DP=323;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102563;FXX=0.291916;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.217;QD=31.8804;RBI=0.113804;REFB=0;REVB=-0.0493167;RO=283;SAF=5;SAR=32;SRF=174;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567116;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00749765;OID=.;OPOS=150407456;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:323:228:228:0:89:139:0:0:43:283:5:32:174:109 chr5 150407456 . T C 5028.76 PASS AF=1;AO=315;DP=325;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193114;FXX=0.0123073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.984;QD=62.6637;RBI=0.0502541;REFB=-0.0494441;REVB=0.0463955;RO=1;SAF=175;SAR=140;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339501;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90168e-05;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:325:321:1:0:315:321:1:140:175:0:1:141:180:0:0 chr5 150408215 . C A 229.02 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=49;FWDB=0.0665226;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.3637;QD=11.897;RBI=0.0693918;REFB=-0.00140064;REVB=0.0197476;RO=44;SAF=1;SAR=27;SRF=0;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414917;STB=0.737771;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00338945;OID=.;OPOS=150408215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:49:28:28:0.363636:27:1:0:44:27:1:0:49 chr5 150415196 . G A 591.4 PASS AF=0.517241;AO=58;DP=114;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0200948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.093;QD=20.3931;RBI=0.034741;REFB=-0.0215974;REVB=0.0283396;RO=55;SAF=37;SAR=21;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10227;STB=0.549381;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0213972;OID=.;OPOS=150415196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:55:56:58:60:0.517241:21:37:29:26:22:38:30:26 chr5 150429444 . G A 709.58 PASS AF=0.526718;AO=69;DP=132;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00502907;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.154;QD=21.6665;RBI=0.0169406;REFB=0.000645016;REVB=0.0161769;RO=57;SAF=39;SAR=30;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00320474;STB=0.50744;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.000453876;OID=.;OPOS=150429444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:57:62:69:69:0.526718:30:39:32:25:30:39:36:26 chr5 150429452 . G A 735.16 PASS AF=0.529851;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0170638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0223;QD=21.945;RBI=0.0423042;REFB=0.0220088;REVB=-0.0387101;RO=62;SAF=42;SAR=29;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236587;STB=0.50975;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0154033;OID=.;OPOS=150429452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:62:63:71:71:0.529851:29:42:35:27:29:42:36:27 chr5 150484787 . C T 1025.14 PASS AF=0.426415;AO=113;DP=264;FAO=113;FDP=265;FR=.;FRO=152;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=-0.00315464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1973;QD=15.4739;RBI=0.00500495;REFB=-0.00526578;REVB=-0.00388559;RO=151;SAF=47;SAR=66;SRF=77;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975069;STB=0.556295;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00794658;OID=.;OPOS=150484787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:265:151:152:113:113:0.426415:66:47:77:74:66:47:78:74 chr5 150489390 . A G 517.42 PASS AF=0.3875;AO=56;DP=155;FAO=62;FDP=160;FR=.;FRO=98;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.00831742;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.031;QD=12.9354;RBI=0.0193867;REFB=-0.0101047;REVB=0.0175119;RO=95;SAF=22;SAR=34;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443778;STB=0.52644;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0158078;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:160:95:98:56:62:0.3875:34:22:41:54:38:24:42:56 chr5 150518988 . G A 722.01 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.00131041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.999;QD=18.876;RBI=0.00214125;REFB=0.0131744;REVB=0.00169345;RO=78;SAF=39;SAR=36;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408991;STB=0.522554;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0158308;OID=.;OPOS=150518988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:78:78:75:75:0.490196:36:39:44:34:36:39:44:34 chr5 150565008 . C T 223.7 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0698415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0319;QD=12.9682;RBI=0.0928595;REFB=-0.0148242;REVB=0.0611968;RO=42;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231541;STB=0.513264;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0205604;OID=.;OPOS=150565008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:16:11:18:24:16:11:18:24 chr5 150632832 . G A 153.34 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00604333;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2827;QD=11.5728;RBI=0.0411088;REFB=-0.0132535;REVB=0.0406621;RO=29;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181067;STB=0.609969;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0363099;OID=.;OPOS=150632832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:34:19:19:0.358491:14:5:12:17:14:5:14:20 chr5 150639409 . A G 1180.87 PASS AF=0.517857;AO=114;DP=222;FAO=116;FDP=224;FR=.;FRO=108;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=0.0267866;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.633;QD=21.087;RBI=0.0292199;REFB=-0.008076;REVB=-0.011674;RO=108;SAF=55;SAR=59;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320229;STB=0.513081;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00853924;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:108:108:114:116:0.517857:59:55:56:52:59:57:56:52 chr5 150639439 . A G 2658.9 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8952;QD=62.1965;RBI=0.0532676;REFB=0;REVB=-0.0499605;RO=0;SAF=93;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121047;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:78:93:0:0:78:93:0:0 chr5 150647012 . A G 926.17 PASS AF=0.5;AO=92;DP=184;FAO=92;FDP=184;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.0338616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.48;QD=20.1341;RBI=0.0338658;REFB=-0.0219524;REVB=0.000535804;RO=91;SAF=36;SAR=56;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125297;STB=0.571825;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.017001;OID=.;OPOS=150647012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:91:92:92:92:0.5:56:36:48:43:56:36:49:43 chr5 150657130 . G T 701.23 PASS AF=0.472973;AO=69;DP=145;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0239654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.654;QD=18.9522;RBI=0.0376435;REFB=-0.0272665;REVB=-0.0290291;RO=76;SAF=31;SAR=38;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606732;STB=0.529403;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0294115;OID=.;OPOS=150657130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:76:78:69:70:0.472973:38:31:39:37:38:32:40:38 chr5 150657173 . T C 657.94 PASS AF=0.507692;AO=63;DP=129;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00534259;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.078;QD=20.2444;RBI=0.00897574;REFB=-0.013337;REVB=0.00721253;RO=64;SAF=32;SAR=31;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070182;STB=0.515147;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0120671;OID=.;OPOS=150657173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:64:64:63:66:0.507692:31:32:33:31:34:32:33:31 chr5 150664201 . G T 745.75 PASS AF=0.417526;AO=81;DP=194;FAO=81;FDP=194;FR=.;FRO=113;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=-0.0375937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8646;QD=15.3764;RBI=0.0378205;REFB=-0.00293325;REVB=0.00413599;RO=113;SAF=44;SAR=37;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312989;STB=0.51751;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00427095;OID=.;OPOS=150664201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:113:113:81:81:0.417526:37:44:58:55:37:44:58:55 chr5 150666843 . A C 319.64 PASS AF=0.430233;AO=33;DP=85;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0345495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3251;QD=14.8669;RBI=0.0395201;REFB=-0.0179954;REVB=0.0191876;RO=49;SAF=13;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144963;STB=0.604984;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0379147;OID=.;OPOS=150666843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:49:49:33:37:0.430233:20:13:26:23:24:13:26:23 chr5 150667016 . T C 3770.94 PASS AF=0.972763;AO=250;DP=258;FAO=250;FDP=257;FR=.;FRO=7;FSAF=88;FSAR=162;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0039825;FXX=0.00387582;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.363;QD=58.6917;RBI=0.00706995;REFB=-0.156706;REVB=-0.00584157;RO=5;SAF=88;SAR=162;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101219;STB=0.502283;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.000318693;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:258:257:5:7:250:250:0.972763:162:88:3:2:162:88:3:4 chr5 150695279 . A C 337.62 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0627556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7624;QD=17.5389;RBI=0.0796772;REFB=0.0169311;REVB=0.0490938;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340101;STB=0.525372;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0179883;OID=.;OPOS=150695279;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:41:35:36:0.467532:20:15:19:22:21:15:19:22 chr5 150695791 . G T 543.21 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0406899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1879;QD=18.414;RBI=0.0729355;REFB=0.00852933;REVB=-0.0605303;RO=61;SAF=30;SAR=27;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108352;STB=0.559979;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00912625;OID=.;OPOS=150695791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:27:30:25:36:27:30:25:36 chr5 150696447 . C T 1102.96 PASS AF=0.461224;AO=113;DP=245;FAO=113;FDP=245;FR=.;FRO=132;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=0.0539226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0236;QD=18.0075;RBI=0.0638313;REFB=0.00712108;REVB=-0.0341583;RO=130;SAF=52;SAR=61;SRF=56;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287389;STB=0.511287;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00830592;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:130:132:113:113:0.461224:61:52:56:74:61:52:58:74 chr5 150696498 . G A 895.97 PASS AF=0.420601;AO=98;DP=233;FAO=98;FDP=233;FR=.;FRO=135;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=63;FSRR=72;FWDB=-0.0246582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.725;QD=15.3814;RBI=0.0274962;REFB=-0.0119346;REVB=0.0121661;RO=135;SAF=48;SAR=50;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240332;STB=0.513411;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.017497;OID=.;OPOS=150696498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:135:135:98:98:0.420601:50:48:63:72:50:48:63:72 chr5 150696540 . C T 613.8 PASS AF=0.375661;AO=71;DP=189;FAO=71;FDP=189;FR=.;FRO=118;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=67;FWDB=0.00674742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.648;QD=12.9905;RBI=0.0291259;REFB=-0.00237067;REVB=-0.0283335;RO=117;SAF=40;SAR=31;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148907;STB=0.581493;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00315718;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:117:118:71:71:0.375661:31:40:50:67:31:40:51:67 chr5 150723747 . C T 1163.06 PASS AF=0.450549;AO=123;DP=276;FAO=123;FDP=273;FR=.;FRO=150;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=66;FSRR=84;FWDB=-0.00659132;FXX=0.0108692;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.834;QD=17.0412;RBI=0.0087978;REFB=-0.00751314;REVB=-0.00582716;RO=149;SAF=71;SAR=52;SRF=66;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133013;STB=0.575435;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00769379;OID=.;OPOS=150723747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:273:149:150:123:123:0.450549:52:71:66:83:52:71:66:84 chr5 150723806 . G A 3990.94 PASS AF=0.97048;AO=264;DP=270;FAO=263;FDP=271;FR=.;FRO=8;FSAF=106;FSAR=157;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0327426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9423;QD=58.9068;RBI=0.0379584;REFB=0.035565;REVB=-0.0192032;RO=6;SAF=107;SAR=157;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018726;STB=0.514395;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00815413;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:270:271:6:8:264:263:0.97048:157:107:5:1:157:106:7:1 chr5 150886725 . G A 1287.37 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000662183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2505;QD=60.5823;RBI=0.138215;REFB=-0.101124;REVB=-0.138213;RO=1;SAF=53;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088545;STB=0.504672;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00037571;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:31:53:1:0:31:53:1:0 chr5 150886882 . G A 5142.97 PASS AF=0.965318;AO=331;DP=345;FAO=334;FDP=346;FR=.;FRO=12;FSAF=147;FSAR=187;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00864265;FXX=0.00288176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.043;QD=59.4563;RBI=0.0427372;REFB=-0.0639098;REVB=0.0418542;RO=9;SAF=147;SAR=184;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170515;STB=0.509644;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000309741;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:345:346:9:12:331:334:0.965318:184:147:1:8:187:147:2:10 chr5 150891733 . A G 1890.12 PASS AF=0.992;AO=119;DP=124;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0443978;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.392;QD=60.4838;RBI=0.0788866;REFB=-0.114992;REVB=-0.0652069;RO=1;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772339;STB=0.504064;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000171633;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:125:1:1:119:124:0.992:61:58:0:1:61:63:0:1 chr5 150901111 . A G 2849.69 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240942;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.09;QD=62.9767;RBI=0.0274582;REFB=0;REVB=0.0131691;RO=0;SAF=102;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29753e-05;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:181:0:0:181:181:1:79:102:0:0:79:102:0:0 chr5 150901261 . C T 904.15 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200078;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.177;QD=58.3322;RBI=0.0224975;REFB=0;REVB=0.0102872;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138499;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr5 150901300 . G A 798.42 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.387;QD=57.0299;RBI=0.0375582;REFB=0;REVB=0.0373202;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012796;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr5 150901613 . A G 814.97 PASS AF=0.925373;AO=58;DP=63;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.031733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6341;QD=48.6551;RBI=0.046587;REFB=-0.0802681;REVB=0.0341082;RO=5;SAF=31;SAR=27;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702339;STB=0.537301;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00265417;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:63:67:5:5:58:62:0.925373:27:31:5:0:31:31:5:0 chr5 150901615 . A G 34.53 PASS AF=0.114754;AO=6;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0188807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7199;QD=2.26419;RBI=0.0886791;REFB=-0.0164202;REVB=-0.0866458;RO=55;SAF=5;SAR=1;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333959;STB=0.805481;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0835528;OID=.;OPOS=150901615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:55:54:6:7:0.114754:1:5:31:24:1:6:30:24 chr5 150905485 . C T 1157.11 PASS AF=0.432056;AO=124;DP=287;FAO=124;FDP=287;FR=.;FRO=163;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=81;FSRR=82;FWDB=0.000869529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.296;QD=16.127;RBI=0.00470916;REFB=-0.00015536;REVB=0.00462818;RO=162;SAF=55;SAR=69;SRF=81;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578403;STB=0.530494;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000214854;OID=.;OPOS=150905485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:162:163:124:124:0.432056:69:55:81:81:69:55:81:82 chr5 150914184 . A T 2090.61 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.261;QD=62.4062;RBI=0.0142104;REFB=0;REVB=7.07409e-05;RO=0;SAF=26;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98511e-05;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:107:26:0:0:108:26:0:0 chr5 150923405 . A G 2046.54 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5185;QD=62.4899;RBI=0.0804784;REFB=0;REVB=-0.0684428;RO=0;SAF=54;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000523853;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:76:54:0:0:77:54:0:0 chr5 150924769 . G A 295.74 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00830648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0025;QD=20.3959;RBI=0.0547741;REFB=-0.0101069;REVB=-0.0541406;RO=27;SAF=20;SAR=11;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903597;STB=0.549969;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00699016;OID=.;OPOS=150924769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:11:20:20:7:11:20:20:7 chr5 150925144 . A G 895.58 PASS AF=0.969231;AO=60;DP=62;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000150566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.072;QD=55.1125;RBI=0.0383699;REFB=-0.0397991;REVB=0.0383696;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154718;STB=0.516124;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000168213;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:65:1:2:60:63:0.969231:30:30:1:0:33:30:2:0 chr5 150930186 . C T 824.41 PASS AF=0.51875;AO=83;DP=160;FAO=83;FDP=160;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.00264858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.17;QD=20.6103;RBI=0.00611715;REFB=-0.0161891;REVB=0.00551403;RO=76;SAF=44;SAR=39;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606311;STB=0.530113;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0150723;OID=.;OPOS=150930186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:76:77:83:83:0.51875:39:44:35:41:39:44:36:41 chr5 150930345 . C T 1241.45 PASS AF=0.493927;AO=122;DP=247;FAO=122;FDP=247;FR=.;FRO=125;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=59;FSRR=66;FWDB=0.0250351;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.421;QD=20.1045;RBI=0.0317366;REFB=-0.00908442;REVB=-0.0195054;RO=123;SAF=54;SAR=68;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267045;STB=0.515011;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00848213;OID=.;OPOS=150930345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:123:125:122:122:0.493927:68:54:58:65:68:54:59:66 chr5 150942919 . A G 1270.29 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487362;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.984;QD=61.9654;RBI=0.00993077;REFB=0;REVB=0.00865263;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234804;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:37:43:0:0:39:43:0:0 chr5 150946966 . G A 1179.74 PASS AF=0.445902;AO=120;DP=278;FAO=136;FDP=305;FR=.;FRO=169;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=74;FSRR=95;FWDB=-0.0245403;FXX=0.00326787;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.7533;QD=15.472;RBI=0.0327116;REFB=-0.0384936;REVB=0.0216291;RO=157;SAF=73;SAR=47;SRF=71;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160433;STB=0.554645;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0232258;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:305:157:169:120:136:0.445902:47:73:71:86:63:73:74:95 chr5 150946967 . G A 32.25 PASS AF=0.0588235;AO=18;DP=306;FAO=18;FDP=306;FR=.;FRO=288;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=147;FSRR=141;FWDB=-0.00734129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.732;QD=0.42152;RBI=0.00797691;REFB=-0.00127935;REVB=-0.00312034;RO=288;SAF=1;SAR=17;SRF=147;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478744;STB=0.940409;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.115485;OID=.;OPOS=150946967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:306:306:288:288:18:18:0.0588235:17:1:147:141:17:1:147:141 chr5 150948016 . C T 314.83 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0277756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9973;QD=14.8157;RBI=0.0479051;REFB=0.00202348;REVB=0.0390309;RO=49;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833364;STB=0.554202;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00178417;OID=.;OPOS=150948016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:50:35:35:0.411765:22:13:22:27:22:13:23:27 chr5 151083909 . T C 317.53 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0132837;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.103;QD=18.9571;RBI=0.047648;REFB=-0.0070218;REVB=0.0457589;RO=34;SAF=22;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491245;STB=0.538513;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00781156;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:33:33:34:0.507463:11:22:21:13:11:23:20:13 chr5 151084036 . T C 595.15 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00290254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.639;QD=20.8823;RBI=0.0235027;REFB=-0.0260554;REVB=0.0233228;RO=52;SAF=28;SAR=32;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768705;STB=0.542042;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0164133;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:52:54:60:60:0.526316:32:28:29:23:32:28:30:24 chr5 151167380 . A T 188.84 PASS AF=0.347826;AO=22;DP=66;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00262435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.213;QD=10.9473;RBI=0.0026256;REFB=-0.0151566;REVB=8.08557e-05;RO=44;SAF=16;SAR=6;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175484;STB=0.615282;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0207481;OID=.;OPOS=151167380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:44:45:22:24:0.347826:6:16:26:18:6:18:27:18 chr5 151255217 . C T 1731.24 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.584;QD=60.7453;RBI=0.022211;REFB=0;REVB=-0.0213566;RO=0;SAF=37;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6832e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04558e-05;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:77:37:0:0:77:37:0:0 chr5 151771817 . C T 4925.1 PASS AF=1;AO=313;DP=313;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156788;FXX=0.00316446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.292;QD=62.5409;RBI=0.0363122;REFB=0;REVB=0.0327529;RO=0;SAF=129;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62833e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:313:315:0:0:313:315:1:184:129:0:0:185:130:0:0 chr5 151784183 . G A 519.47 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0101343;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.722;QD=20.3715;RBI=0.0103042;REFB=-0.034704;REVB=0.00186367;RO=49;SAF=23;SAR=30;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491333;STB=0.527093;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.03334;OID=.;OPOS=151784183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:30:23:24:25:30:23:24:25 chr5 151784506 . CA AC,C 159.38 PASS AF=0.0673077,0.375;AO=11,27;DP=105;FAO=7,39;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=1,14;FSAR=6,25;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00828648,-0.0337013;FXX=0.0095229;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=22.8472,8.82356;QD=6.13015;RBI=0.0516351,0.0363253;REFB=-0.0309792,-0.152174;REVB=-0.0509658,0.0135555;RO=52;SAF=1,12;SAR=10,15;SRF=31;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.619535,-0.170483;STB=0.880633,0.645682;STBP=0.059,0.025;TYPE=mnp,del;VARB=-0.00169436,0.195544;OID=.,.;OPOS=151784506,151784507;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:105:104:52:58:11,27:7,39:0.0673077,0.375:10,15:1,12:31:21:6,25:1,14:35:23 chr5 153029960 . T C 853.16 PASS AF=0.440758;AO=93;DP=212;FAO=93;FDP=211;FR=.;FRO=118;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=-0.00689704;FXX=0.00471676;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.397;QD=16.1736;RBI=0.0256414;REFB=-0.00606964;REVB=-0.0246964;RO=118;SAF=46;SAR=47;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116442;STB=0.506472;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00693503;OID=.;OPOS=153029960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:118:118:93:93:0.440758:47:46:57:61:47:46:57:61 chr5 153413390 . C T 1684.21 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240135;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.699;QD=60.6923;RBI=0.0026905;REFB=0;REVB=-0.00121341;RO=0;SAF=74;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84961e-06;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:111:111:1:37:74:0:0:37:74:0:0 chr5 153429459 . T C 2762.84 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683103;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8085;QD=62.437;RBI=0.0754312;REFB=0;REVB=0.0319933;RO=0;SAF=67;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441634;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:177:0:0:175:177:1:108:67:0:0:109:68:0:0 chr5 153432733 . T C 991.04 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.088;QD=59.1663;RBI=0.100072;REFB=0;REVB=0.0967412;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342748;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:33:31:0:0:36:31:0:0 chr5 153432970 . C T 1648.03 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00584213;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.023;QD=59.3886;RBI=0.00610319;REFB=-0.119053;REVB=-0.00176591;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.504586;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000542721;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:111:0:1:110:110:0.990991:54:56:0:0:54:56:0:1 chr5 153729217 . A G 419.97 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.0230863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.692;QD=14.6076;RBI=0.0230864;REFB=-0.00642205;REVB=-6.77979e-05;RO=67;SAF=25;SAR=23;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167802;STB=0.594128;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0091785;OID=.;OPOS=153729217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:23:25:24:43:23:25:24:43 chr5 153783753 . C T 737.37 PASS AF=0.340741;AO=92;DP=272;FAO=92;FDP=270;FR=.;FRO=178;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=63;FSRR=115;FWDB=-0.0286509;FXX=0.0109886;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.276;QD=10.9239;RBI=0.0289402;REFB=-0.0111635;REVB=-0.00408141;RO=177;SAF=35;SAR=57;SRF=63;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302348;STB=0.518693;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0181357;OID=.;OPOS=153783753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:270:177:178:92:92:0.340741:57:35:63:114:57:35:63:115 chr5 153798056 . C T 559.68 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00368662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.355;QD=19.1345;RBI=0.00964964;REFB=-0.0043921;REVB=-0.00891764;RO=59;SAF=27;SAR=31;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228093;STB=0.512603;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00539244;OID=.;OPOS=153798056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:58:58:0.495726:31:27:26:33:31:27:26:33 chr5 154193919 . AT AG,A 108.97 PASS AF=0.129032,0.580645;AO=2,15;DP=32;FAO=4,18;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=4,11;FSAR=0,7;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0133005,0.127613;FXX=0.0312402;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=41.1217,9.75061;QD=14.0604;RBI=0.0133932,0.174558;REFB=-0.0117599,-0.0316952;REVB=-0.00157314,0.119103;RO=9;SAF=2,8;SAR=0,7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.694553,0.206195;STB=0.998075,0.662476;STBP=0.001,0.024;TYPE=snp,del;VARB=0.0242331,0.122107;OID=.,.;OPOS=154193920,154193920;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=AG,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.129032,0.580645:2,15:32:4,18:31:9:4,11:0,7:1:8:35:9:2,8:0,7:2:7 chr5 154194459 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG 80.87 PASS AF=0.454545,0.545455;AO=2,2;DP=11;FAO=5,6;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151464,0.0138388;FXX=0.153728;HRUN=16,16;LEN=4,1;MLLD=8.24437,127.324;QD=29.406;RBI=0.382151,0.117623;REFB=0,0;REVB=-0.381851,-0.116806;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00958264,-0.000404485;OID=.,.;OPOS=154194460,154194470;OREF=AAAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.454545,0.545455:2,2:11:5,6:11:0:0,6:5,0:0:0:32:0:0,2:2,0:0:0 chr5 154268902 . C T 2239.01 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4297;QD=63.0708;RBI=0.0918905;REFB=0;REVB=0.0891845;RO=0;SAF=81;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671544;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:131:142:0:0:131:142:1:50:81:0:0:60:82:0:0 chr5 154271948 . G A 2238.3 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211645;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.768;QD=63.4979;RBI=0.0229853;REFB=0;REVB=0.0089659;RO=0;SAF=87;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48387e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62415e-07;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:54:87:0:0:54:87:0:0 chr5 154291409 . C T 1684.22 PASS AF=0.991379;AO=113;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.05;QD=58.0766;RBI=0.0579028;REFB=-0.106886;REVB=0.0471968;RO=3;SAF=48;SAR=65;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214078;STB=0.503703;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000962539;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:116:116:3:1:113:115:0.991379:65:48:0:3:67:48:0:1 chr5 154300940 . A C 1933.49 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0777637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4964;QD=61.8718;RBI=0.0935636;REFB=0;REVB=0.0520283;RO=0;SAF=45;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127307;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:80:45:0:0:80:45:0:0 chr5 154306972 . T C 2276.24 PASS AF=0.973333;AO=146;DP=150;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=88;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0277362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6218;QD=60.6998;RBI=0.0465069;REFB=-0.139277;REVB=0.0373309;RO=0;SAF=88;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516664;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00187852;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:150:150:0:4:146:146:0.973333:58:88:0:0:58:88:0:4 chr5 154395158 . G T 624.6 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0345036;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.829;QD=23.1334;RBI=0.0375705;REFB=0.0039187;REVB=-0.0148674;RO=48;SAF=30;SAR=31;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233562;STB=0.517445;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00306213;OID=.;OPOS=154395158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:48:47:61:61:0.564815:31:30:25:23:31:30:25:22 chr5 154395458 . G A 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0238895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.837;QD=22.3901;RBI=0.0239089;REFB=-0.0350171;REVB=-0.000963413;RO=26;SAF=12;SAR=22;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394431;STB=0.521726;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0258719;OID=.;OPOS=154395458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:22:12:8:18:22:12:8:18 chr5 154395682 . G A 680.4 PASS AF=0.418994;AO=75;DP=180;FAO=75;FDP=179;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=-0.0155919;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.572;QD=15.2044;RBI=0.0156259;REFB=-0.0104312;REVB=-0.00102934;RO=104;SAF=35;SAR=40;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658974;STB=0.536832;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0122178;OID=.;OPOS=154395682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:104:104:75:75:0.418994:40:35:42:62:40:35:42:62 chr5 154396505 . G A 599.61 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=146;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0216864;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1966;QD=16.5411;RBI=0.0543563;REFB=0.000192913;REVB=-0.0498428;RO=81;SAF=42;SAR=21;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206072;STB=0.619009;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.000478899;OID=.;OPOS=154396505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:81:82:63:63:0.434483:21:42:38:43:21:42:38:44 chr5 154397106 . C T 710.65 PASS AF=0.5;AO=70;DP=141;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0168959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.613;QD=20.0182;RBI=0.0169228;REFB=-0.0126594;REVB=-0.000954272;RO=71;SAF=30;SAR=40;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110515;STB=0.556423;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0102952;OID=.;OPOS=154397106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:71:71:70:71:0.5:40:30:39:32:40:31:39:32 chr5 154788287 . C CAGG 639.32 PASS AF=0.445946;AO=66;DP=148;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.00722476;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=203.562;QD=17.279;RBI=0.00748139;REFB=0.00390557;REVB=-0.00194267;RO=82;SAF=26;SAR=40;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03395;STB=0.518922;STBP=0.714;TYPE=ins;VARB=-0.00452461;OID=.;OPOS=154788288;OREF=-;OALT=AGG;OMAPALT=CAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445946:66:148:66:148:82:26:40:35:47:99:82:26:40:35:47 chr5 155771579 . T C 3833.75 PASS AF=1;AO=248;DP=256;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235859;FXX=0.0350181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.301;QD=61.8347;RBI=0.0255823;REFB=-0.0615642;REVB=0.00990759;RO=0;SAF=103;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06535e-05;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:256:248:0:0:248:248:1:145:103:0:0:145:103:0:0 chr5 156346464 . G A 627.12 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=156;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.0129374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.146;QD=16.08;RBI=0.0129468;REFB=0.00973776;REVB=0.000494571;RO=85;SAF=45;SAR=24;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923841;STB=0.546255;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0101873;OID=.;OPOS=156346464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:85:87:69:69:0.442308:24:45:48:37:24:45:50:37 chr5 156376703 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.476;QD=52.6132;RBI=0.00565016;REFB=0;REVB=0.00418348;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00153e-05;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr5 156479424 . A C 3955.67 PASS AF=1;AO=245;DP=245;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.544;QD=64.0594;RBI=0.0420225;REFB=0;REVB=0.0289219;RO=0;SAF=114;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1669e-05;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:247:0:0:245:247:1:131:114:0:0:133:114:0:0 chr5 156479426 . T C 1190.4 PASS AF=0.482353;AO=123;DP=254;FAO=123;FDP=255;FR=.;FRO=132;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=62;FSRR=70;FWDB=0.00762514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.608;QD=18.6729;RBI=0.0128648;REFB=-0.0104817;REVB=0.0103615;RO=130;SAF=59;SAR=64;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00257495;STB=0.505175;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0106027;OID=.;OPOS=156479426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:130:132:123:123:0.482353:64:59:62:68:64:59:62:70 chr5 156479508 . CAGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT C 50.0 PASS AO=60;DP=377;LEN=66;RO=317;SAF=28;SAR=116;SRF=130;SRR=103;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=156479509;OREF=AGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:377:317:60:116:28:130:103 chr5 156479509 . A G 5424.17 PASS AF=1;AO=338;DP=339;FAO=339;FDP=339;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148752;FXX=0.0116615;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.324;QD=64.002;RBI=0.0282961;REFB=0;REVB=0.0240707;RO=0;SAF=135;SAR=203;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13368e-05;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:339:339:0:0:338:339:1:203:135:0:0:204:135:0:0 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG 2884.06 PASS AF=0.318408,0.577114,0.104478;AO=63,98,19;DP=228;FAO=64,116,21;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=18,22,1;FSAR=46,94,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150523,0.0150359,0.0128521;FXX=0.122265;HRUN=2,1,1;LEN=15,3,5;MLLD=119.849,269.68,81.5603;QD=57.3942;RBI=0.0266736,0.0151693,0.021509;REFB=0,0,0;REVB=-0.0220206,0.00200749,-0.0172471;RO=0;SAF=18,15,1;SAR=45,83,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.18913e-08,-4.20096e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.000538097,0.0195163,0.0129805;OID=.,.,.;OPOS=156479558,156479569,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,-,CGTCA;OALT=-,GTT,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.318408,0.577114,0.104478:63,98,19:228:64,116,21:201:0:18,22,1:46,94,20:0:0:99:0:18,15,1:45,83,18:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=95;DP=377;LEN=69;RO=282;SAF=28;SAR=116;SRF=130;SRR=103;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:377:282:95:116:28:130:103 chr5 156482459 . G T 1850.92 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0620671;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1616;QD=60.6858;RBI=0.0799947;REFB=0;REVB=-0.0504661;RO=1;SAF=63;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812005;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181004;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:122:122:1:0:121:122:1:58:63:0:1:59:63:0:0 chr5 156531736 . C A 2421.28 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.727;QD=60.9126;RBI=0.0169278;REFB=0;REVB=0.0162979;RO=0;SAF=55;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123218;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:159:0:0:157:159:1:102:55:0:0:103:56:0:0 chr5 156533653 . A AT 55.37 PASS AF=0.1;AO=22;DP=171;FAO=17;FDP=170;FR=.;FRO=153;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=97;FSRR=56;FWDB=-0.00934157;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=208.705;QD=1.30277;RBI=0.0317342;REFB=-0.000647704;REVB=-0.0303281;RO=148;SAF=7;SAR=15;SRF=95;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389898;STB=0.82597;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.093;OID=.;OPOS=156533654;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1:22:171:17:170:153:4:13:97:56:55:148:7:15:95:53 chr5 156721863 . T TC 2486.11 PASS AF=1;AO=199;DP=247;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.2579;QD=41.9596;RBI=0.0597356;REFB=0;REVB=-0.00104309;RO=38;SAF=102;SAR=97;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068154;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000330844;OID=.;OPOS=156721864;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:199:247:237:237:0:126:111:0:0:46:38:102:97:28:10 chr5 156898690 . A G 3218.47 PASS AF=1;AO=177;DP=210;FAO=209;FDP=209;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=105;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.366;QD=61.5975;RBI=0.0545722;REFB=0;REVB=0.0532536;RO=0;SAF=99;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316776;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:209:0:0:177:209:1:78:99:0:0:104:105:0:0 chr5 156899869 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.834;QD=48.7357;RBI=0.0459155;REFB=0;REVB=0.00940306;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503958;OID=.;OPOS=156899869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr5 156904633 . C T 1679.36 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0745145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.129;QD=59.4463;RBI=0.0750274;REFB=-0.112622;REVB=-0.00875772;RO=1;SAF=45;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104336;STB=0.505494;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=9.80137e-05;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:67:45:1:0:67:45:1:0 chr5 157164962 . T C 325.73 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0203009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6892;QD=14.8058;RBI=0.0499751;REFB=-0.0093852;REVB=0.045666;RO=52;SAF=17;SAR=19;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289933;STB=0.516426;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.013404;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:19:17:26:26:19:17:26:26 chr5 157183739 . G A 270.91 PASS AF=0.413333;AO=28;DP=73;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0454593;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.9322;QD=14.4486;RBI=0.0460374;REFB=-0.0014038;REVB=0.00727291;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941356;STB=0.541747;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00176387;OID=.;OPOS=157183739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:30:44:28:31:0.413333:15:13:17:13:17:14:23:21 chr5 157183770 . C T 191.08 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0927964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9132;QD=13.4091;RBI=0.119691;REFB=-0.0161405;REVB=-0.0755956;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281512;STB=0.516115;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0177822;OID=.;OPOS=157183770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:15:8:11:23:15:8:11:23 chr5 157213497 . A G 3500.98 PASS AF=1;AO=220;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102508;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.608;QD=62.5175;RBI=0.102887;REFB=-0.0469069;REVB=0.00882375;RO=1;SAF=94;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00504187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164575;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:224:224:1:0:220:224:1:126:94:1:0:126:98:0:0 chr5 158204425 . A G 3002.56 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561762;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.588;QD=63.5463;RBI=0.0120471;REFB=0;REVB=0.0106571;RO=0;SAF=91;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28452e-06;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:98:91:0:0:98:91:0:0 chr5 159505208 . C A 1018.35 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.736;QD=59.0347;RBI=0.0434856;REFB=0;REVB=-0.0421886;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.42613e-05;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:42:27:0:0 chr5 159659273 . C T 555.12 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0356799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4993;QD=22.4292;RBI=0.03568;REFB=0.00960954;REVB=0.000102125;RO=47;SAF=15;SAR=37;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227252;STB=0.625742;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00764827;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:37:15:25:22:37:15:25:22 chr5 159665599 . G A 1862.32 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410143;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7458;QD=61.5643;RBI=0.0465786;REFB=0;REVB=-0.0220769;RO=0;SAF=69;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222501;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:52:69:0:0:52:69:0:0 chr5 159681336 . AAG A 34.58 PASS AF=0.140845;AO=21;DP=150;FAO=20;FDP=142;FR=.;FRO=122;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=76;FWDB=0.00714146;FXX=0.00699252;HRUN=4;LEN=2;MLLD=29.9007;QD=0.974;RBI=0.025712;REFB=-0.0217115;REVB=-0.0247003;RO=113;SAF=16;SAR=5;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429377;STB=0.837388;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.129463;OID=.;OPOS=159681337;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.140845:21:150:20:142:122:16:4:46:76:34:113:16:5:47:66 chr5 159775741 . G A 2472.61 PASS AF=1;AO=154;DP=157;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400803;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5977;QD=61.4314;RBI=0.0495185;REFB=0;REVB=-0.0290801;RO=0;SAF=73;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.23997e-05;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:161:0:0:154:161:1:81:73:0:0:85:76:0:0 chr5 159776047 . A G 773.91 PASS AF=0.965517;AO=57;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0342655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.191;QD=53.3734;RBI=0.0342883;REFB=-0.0626272;REVB=0.00125043;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.501237;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00118324;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:0:2:57:56:0.965517:31:26:0:0:30:26:1:1 chr5 159776637 . C T 1632.81 PASS AF=0.991525;AO=113;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0663403;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.3769;QD=55.3494;RBI=0.0826473;REFB=-0.150809;REVB=-0.0492905;RO=3;SAF=53;SAR=60;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00668864;STB=0.504586;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00632387;OID=.;OPOS=159776637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:3:1:113:117:0.991525:60:53:1:2:63:54:1:0 chr5 159831803 . A G 460.69 PASS AF=0.416;AO=51;DP=124;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0357582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.865;QD=14.7419;RBI=0.0358252;REFB=-0.0115983;REVB=-0.00219023;RO=71;SAF=21;SAR=30;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412248;STB=0.50911;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0150653;OID=.;OPOS=159831803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:71:73:51:52:0.416:30:21:32:39:30:22:32:41 chr5 159835658 . A G 3550.82 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.917;QD=62.8465;RBI=0.0604223;REFB=0;REVB=0.0299047;RO=0;SAF=114;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50642e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37765e-05;OID=.;OPOS=159835658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:226:0:0:220:226:1:106:114:0:0:106:120:0:0 chr5 159901408 . C A 619.35 PASS AF=0.411765;AO=70;DP=170;FAO=70;FDP=170;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.00949713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.43;QD=14.573;RBI=0.0107192;REFB=-0.0177733;REVB=-0.00497049;RO=99;SAF=42;SAR=28;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798012;STB=0.548063;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0235791;OID=.;OPOS=159901408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:99:100:70:70:0.411765:28:42:52:47:28:42:52:48 chr5 159912418 . C G 741.38 PASS AF=0.546154;AO=71;DP=130;FAO=71;FDP=130;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0472264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1878;QD=22.8116;RBI=0.0473385;REFB=0.0163672;REVB=-0.00325532;RO=59;SAF=28;SAR=43;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19299;STB=0.605604;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0121073;OID=.;OPOS=159912418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:59:59:71:71:0.546154:43:28:37:22:43:28:37:22 chr5 159992771 . G T 790.62 PASS AF=0.456044;AO=82;DP=182;FAO=83;FDP=182;FR=.;FRO=99;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.00666774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.175;QD=17.3762;RBI=0.0100342;REFB=-0.0187941;REVB=-0.00749843;RO=99;SAF=45;SAR=37;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730487;STB=0.543321;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0243797;OID=.;OPOS=159992771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:99:99:82:83:0.456044:37:45:47:52:37:46:47:52 chr5 160097496 . A G 1952.23 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7674;QD=61.9756;RBI=0.018405;REFB=0;REVB=-0.0169094;RO=0;SAF=65;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.764e-05;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:61:65:0:0:61:65:0:0 chr5 160097632 . G A 1419.4 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.932;QD=61.7131;RBI=0.0325424;REFB=-0.137382;REVB=-0.00907805;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000890898;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:57:34:0:0:57:34:0:1 chr5 160212590 . T C 407.63 PASS AF=0.347518;AO=49;DP=141;FAO=49;FDP=141;FR=.;FRO=92;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.0131409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.356;QD=11.564;RBI=0.0133177;REFB=-0.0199764;REVB=-0.002163;RO=90;SAF=17;SAR=32;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178428;STB=0.596293;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0412537;OID=.;OPOS=160212590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:90:92:49:49:0.347518:32:17:45:45:32:17:45:47 chr5 160716397 . ATTTTTTTTTT ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTC 203.73 PASS AF=0.861538,0.138462;AO=14,6;DP=72;FAO=56,9;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36,7;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.21835,0.179084;FXX=0.121605;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=4.77575,11.912;QD=12.537;RBI=0.513393,0.221621;REFB=-0.0392505,-0.0870909;REVB=0.464645,0.130556;RO=26;SAF=10,6;SAR=4,0;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.123508,0.661131;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0351499,-0.188531;OID=.,.;OPOS=160716398,160716407;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.861538,0.138462:14,6:72:56,9:65:0:36,7:20,2:0:0:30:26:10,6:4,0:16:10 chr5 160721347 . G A 616.21 PASS AF=0.366337;AO=74;DP=202;FAO=74;FDP=202;FR=.;FRO=128;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=0.0162943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.912;QD=12.2021;RBI=0.0207871;REFB=-0.010163;REVB=-0.0129073;RO=128;SAF=35;SAR=39;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00401815;STB=0.50228;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0171922;OID=.;OPOS=160721347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:128:128:74:74:0.366337:39:35:61:67:39:35:61:67 chr5 160721388 . AT A,TA 53.68 PASS AF=0.154839,0.0258065;AO=45,6;DP=156;FAO=24,4;FDP=155;FR=.;FRO=127;FSAF=14,2;FSAR=10,2;FSRF=54;FSRR=73;FWDB=-0.132131,-0.0385635;FXX=0.012738;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=7.79751,110.17;QD=1.38538;RBI=0.216101,0.0549335;REFB=-0.157319,-0.0142974;REVB=0.171001,-0.0391221;RO=90;SAF=33,2;SAR=12,4;SRF=33;SRR=57;SSEN=0.391304,0;SSEP=0,0;SSSB=0.419727,-0.0365729;STB=0.63073,0.572166;STBP=0.187,0.812;TYPE=del,mnp;VARB=0.178123,-0.00270567;OID=.,.;OPOS=160721389,160721388;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:156:155:90:127:45,6:24,4:0.154839,0.0258065:12,4:33,2:33:57:10,2:14,2:54:73 chr5 161113004 . G A 1438.31 PASS AF=0.512727;AO=140;DP=276;FAO=141;FDP=275;FR=.;FRO=134;FSAF=58;FSAR=83;FSRF=54;FSRR=80;FWDB=0.0155895;FXX=0.0143364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.987;QD=20.9209;RBI=0.0200121;REFB=-0.00968449;REVB=0.012548;RO=128;SAF=58;SAR=82;SRF=52;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724696;STB=0.504213;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00925057;OID=.;OPOS=161113004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:128:134:140:141:0.512727:82:58:52:76:83:58:54:80 chr5 161114522 . T C 598.99 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0102012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.21;QD=21.3925;RBI=0.0116269;REFB=-0.00515394;REVB=-0.00557854;RO=52;SAF=32;SAR=28;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109139;STB=0.559885;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00508594;OID=.;OPOS=161114522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:28:32:21:31:28:32:21:31 chr5 161119071 . G T 3237.76 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.309;QD=61.9668;RBI=0.0210079;REFB=0;REVB=0.00963262;RO=0;SAF=110;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90495e-05;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:209:209:1:99:110:0:0:99:110:0:0 chr5 161119125 . C G 733.45 PASS AF=0.398104;AO=84;DP=216;FAO=84;FDP=211;FR=.;FRO=127;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=55;FSRR=72;FWDB=-0.00308101;FXX=0.0231471;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.582;QD=13.9042;RBI=0.049077;REFB=-0.0197986;REVB=-0.0489802;RO=115;SAF=34;SAR=50;SRF=45;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014493;STB=0.517558;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0318113;OID=.;OPOS=161119125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:211:115:127:84:84:0.398104:50:34:45:70:50:34:55:72 chr5 161128761 . C G 1861.88 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0603455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7849;QD=60.5489;RBI=0.074604;REFB=-0.0906071;REVB=-0.0438654;RO=0;SAF=45;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03226e-08;STB=0.503225;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000366199;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:0:1:122:122:0.99187:77:45:0:0:77:45:0:1 chr5 161128914 . C T 502.23 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00757104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.083;QD=22.0762;RBI=0.00810792;REFB=0.00348123;REVB=-0.00290135;RO=43;SAF=14;SAR=34;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262917;STB=0.645506;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00248623;OID=.;OPOS=161128914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:34:14:25:18:34:14:25:18 chr5 161325934 . A C 1343.72 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.958;QD=61.078;RBI=0.0332706;REFB=-0.102609;REVB=0.0168731;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.506328;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000350176;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:87:87:0.988636:39:48:0:0:39:48:0:1 chr5 161528280 . C T 2032.12 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.752;QD=62.0493;RBI=0.00701705;REFB=0;REVB=0.00570756;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11607e-06;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:131:0:0:127:131:1:61:66:0:0:64:67:0:0 chr5 161582493 . CAT C 2876.98 PASS AF=1;AO=171;DP=180;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418811;FXX=0.0368402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.854;QD=62.8847;RBI=0.0175014;REFB=0;REVB=0.0169929;RO=0;SAF=82;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.78894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.8672e-05;OID=.;OPOS=161582494;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:171:180:183:183:0:82:101:0:0:16:0:82:89:0:0 chr5 161904930 . A G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0361044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.043;QD=9.4953;RBI=0.0417676;REFB=-0.00823857;REVB=0.021;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289569;STB=0.674818;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0161854;OID=.;OPOS=161904930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:9:15:4:7:9:15 chr5 162210532 . A G 1108.18 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.518;QD=59.9018;RBI=0.0385445;REFB=0;REVB=0.0100484;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33189e-05;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:41:30:0:0:44:30:0:0 chr5 162870726 . C G 626.38 PASS AF=0.529412;AO=62;DP=120;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0615943;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.202;QD=21.0549;RBI=0.0625437;REFB=0.0275505;REVB=-0.0108562;RO=55;SAF=18;SAR=44;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733423;STB=0.530275;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0215646;OID=.;OPOS=162870726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:55:56:62:63:0.529412:44:18:20:35:44:19:20:36 chr5 162890953 . G A 1624.36 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.164;QD=60.1616;RBI=0.0238378;REFB=0;REVB=0.00729164;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54226e-05;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:58:50:0:0:58:50:0:0 chr5 162902516 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.141;QD=57.1057;RBI=0.0339508;REFB=0;REVB=0.0161803;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82493e-05;OID=.;OPOS=162902516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr5 167489093 . A T 426.86 PASS AF=0.448598;AO=46;DP=105;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0109866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.093;QD=15.9572;RBI=0.014403;REFB=-0.01462;REVB=-0.0093135;RO=59;SAF=27;SAR=19;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196146;STB=0.61745;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0275877;OID=.;OPOS=167489093;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:59:59:46:48:0.448598:19:27:23:36:19:29:23:36 chr5 167645888 . T C 849.67 PASS AF=0.44898;AO=88;DP=194;FAO=88;FDP=196;FR=.;FRO=108;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=-0.0350469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8212;QD=17.3402;RBI=0.0476466;REFB=-0.00530221;REVB=-0.0322787;RO=103;SAF=41;SAR=47;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662424;STB=0.544223;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0061476;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:103:108:88:88:0.44898:47:41:55:48:47:41:59:49 chr5 167690942 . T A,TA 35.21 PASS AF=0,0.173077;AO=4,6;DP=60;FAO=0,9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=0,2;FSAR=0,7;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0148296,-0.247934;FXX=0.0188644;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=201.206,11.3087;QD=2.70864;RBI=0.0156888,0.252082;REFB=0.003135,-0.0129346;REVB=0.00512062,0.0455424;RO=50;SAF=2,2;SAR=2,4;SRF=22;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0616091,-0.127098;STB=0.5,0.702863;STBP=1,0.226;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.025917;OID=.,.;OPOS=167690942,167690943;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:60:52:50:43:4,6:0,9:0,0.173077:2,4:2,2:22:28:0,7:0,2:19:24 chr5 167850748 . A G 7093.58 PASS AF=1;AO=437;DP=437;FAO=451;FDP=451;FR=.;FRO=0;FSAF=241;FSAR=210;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300206;FXX=0.00221234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.95;QD=62.9143;RBI=0.0303496;REFB=0;REVB=0.00445655;RO=0;SAF=232;SAR=205;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46251e-05;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:437:451:0:0:437:451:1:205:232:0:0:210:241:0:0 chr5 167858370 . TGT TTG 3413.55 PASS AF=1;AO=197;DP=228;FAO=223;FDP=223;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=111;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784116;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=2;MLLD=64.7548;QD=61.2296;RBI=0.0856345;REFB=0;REVB=0.0344221;RO=0;SAF=83;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00123481;OID=.;OPOS=167858371;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:197:228:223:223:0:111:112:0:0:19:0:83:114:0:0 chr5 167868779 . A G 3721.57 PASS AF=0.991667;AO=237;DP=240;FAO=238;FDP=240;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.130554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.017;QD=62.0261;RBI=0.132965;REFB=-0.00537812;REVB=0.0252066;RO=2;SAF=115;SAR=122;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00774821;STB=0.504032;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=2.27326e-05;OID=.;OPOS=167868779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:240:240:2:2:237:238:0.991667:122:115:0:2:123:115:0:2 chr5 167868809 . C T 2755.82 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307525;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.518;QD=62.6322;RBI=0.034925;REFB=0;REVB=-0.0165541;RO=0;SAF=83;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12954e-05;OID=.;OPOS=167868809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:176:176:1:93:83:0:0:93:83:0:0 chr5 167895953 . T C 871.95 PASS AF=0.419214;AO=96;DP=228;FAO=96;FDP=229;FR=.;FRO=133;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=68;FSRR=65;FWDB=0.000564835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.55;QD=15.2306;RBI=0.000583814;REFB=-0.00604856;REVB=0.000147648;RO=131;SAF=47;SAR=49;SRF=67;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022613;STB=0.512596;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00898381;OID=.;OPOS=167895953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:131:133:96:96:0.419214:49:47:67:64:49:47:68:65 chr5 167913510 . G A 1396.41 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.978;QD=62.76;RBI=0.0469421;REFB=0;REVB=0.0301796;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98186e-05;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr5 167943827 . G A 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.12;QD=63.0521;RBI=0.00874966;REFB=0;REVB=0.00506427;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47719e-06;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr5 167957055 . G A 3011.0 PASS AF=0.984615;AO=190;DP=194;FAO=192;FDP=195;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=133;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0294601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.666;QD=61.7642;RBI=0.0296083;REFB=-0.177819;REVB=-0.0029594;RO=1;SAF=58;SAR=132;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813874;STB=0.512395;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000455217;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:194:195:1:3:190:192:0.984615:132:58:1:0:133:59:3:0 chr5 168093302 . ATTTTTTG ATTT,ATTTTTG 183.97 PASS AF=0.405405,0;AO=21,10;DP=77;FAO=30,0;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14,0;FSAR=16,0;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0116484,-0.128469;FXX=0.038956;HRUN=6,6;LEN=4,1;MLLD=195.082,9.43649;QD=9.94437;RBI=0.0120053,0.141026;REFB=-0.0341651,-0.142508;REVB=0.00290576,0.0581732;RO=30;SAF=7,6;SAR=14,4;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0.340157,0.340157;SSSB=-0.144581,0.15862;STB=0.533311,0.5;STBP=0.664,1;TYPE=del,del;VARB=0.03241,0.0937837;OID=.,.;OPOS=168093306,168093303;OREF=TTTG,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTT,ATTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405405,0:21,10:77:30,0:74:44:14,0:16,0:23:21:99:30:7,6:14,4:14:16 chr5 168093522 . G A 1111.53 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00945842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.664;QD=58.5014;RBI=0.0577897;REFB=-0.0217189;REVB=0.0570104;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000244964;OID=.;OPOS=168093522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:74:75:0.986842:32:42:0:0:33:42:0:1 chr5 168098463 . A G 1572.65 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.199;QD=59.9104;RBI=0.0249105;REFB=0;REVB=-0.00229815;RO=0;SAF=28;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83267e-05;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:77:28:0:0:77:28:0:0 chr5 168212951 . A G 1086.39 PASS AF=1;AO=61;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.198604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.311;QD=59.5284;RBI=0.200947;REFB=0;REVB=0.0305971;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727716;OID=.;OPOS=168212951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:61:73:1:33:28:0:0:34:39:0:0 chr5 168233474 . G A 663.78 PASS AF=0.515625;AO=65;DP=127;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0333938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.455;QD=20.7431;RBI=0.0382923;REFB=0.000249311;REVB=0.0187391;RO=62;SAF=34;SAR=31;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00617059;STB=0.506883;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-2.13952e-05;OID=.;OPOS=168233474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:62:62:65:66:0.515625:31:34:32:30:31:35:32:30 chr5 168250350 . C G 93.31 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.129878;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.567;QD=9.10366;RBI=0.129878;REFB=-0.0179212;REVB=-0.000171137;RO=28;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270587;STB=0.679682;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0268794;OID=.;OPOS=168250350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:42:41:28:29:12:12:0.292683:9:3:13:15:9:3:14:15 chr5 168671698 . A T 4813.64 PASS AF=1;AO=306;DP=308;FAO=308;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785017;FXX=0.00323614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.393;QD=62.5148;RBI=0.0575114;REFB=0;REVB=-0.0569731;RO=0;SAF=155;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63121e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04042e-05;OID=.;OPOS=168671698;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:308:308:0:0:306:308:1:151:155:0:0:151:157:0:0 chr5 168690612 . A G 10081.8 PASS AF=1;AO=633;DP=633;FAO=634;FDP=634;FR=.;FRO=0;FSAF=316;FSAR=318;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192472;FXX=0.0031446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.686;QD=63.6073;RBI=0.0142125;REFB=-0.00529922;REVB=-0.0140816;RO=0;SAF=315;SAR=318;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15781e-06;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:633:634:0:0:633:634:1:318:315:0:0:318:316:0:0 chr5 169021610 . C T 414.57 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00904084;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.745;QD=21.2601;RBI=0.0359664;REFB=-0.0482127;REVB=0.0348116;RO=38;SAF=13;SAR=28;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170201;STB=0.586839;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0362416;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:38:37:41:41:0.525641:28:13:19:19:28:13:18:19 chr5 169028481 . T C 267.91 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0114614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.216;QD=16.2367;RBI=0.0197475;REFB=-0.00564143;REVB=0.0160811;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380951;STB=0.521458;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00552232;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:13:17:19:17:13:17:19:17 chr5 169031150 . T C 928.36 PASS AF=0.4329;AO=100;DP=232;FAO=100;FDP=231;FR=.;FRO=131;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=-0.00269298;FXX=0.00431016;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.632;QD=16.0755;RBI=0.00813777;REFB=0.00515271;REVB=0.00767926;RO=129;SAF=46;SAR=54;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445441;STB=0.529222;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00522509;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:129:131:100:100:0.4329:54:46:65:64:54:46:67:64 chr5 169129422 . A G 747.41 PASS AF=0.484472;AO=78;DP=161;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0197607;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.719;QD=18.5691;RBI=0.0258901;REFB=0.00313525;REVB=0.0167276;RO=83;SAF=37;SAR=41;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267975;STB=0.514789;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00289172;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:83:83:78:78:0.484472:41:37:37:46:41:37:37:46 chr5 169267784 . G A 587.96 PASS AF=0.411043;AO=67;DP=163;FAO=67;FDP=163;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=-0.0188172;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3442;QD=14.4284;RBI=0.020107;REFB=0.0114159;REVB=-0.0070855;RO=96;SAF=30;SAR=37;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780233;STB=0.543709;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0156547;OID=.;OPOS=169267784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:96:96:67:67:0.411043:37:30:36:60:37:30:36:60 chr5 169435713 . A C 1316.28 PASS AF=0.473498;AO=134;DP=284;FAO=134;FDP=283;FR=.;FRO=149;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=84;FSRR=65;FWDB=0.00398547;FXX=0.0070173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.838;QD=18.6046;RBI=0.0206826;REFB=-0.0136331;REVB=-0.020295;RO=149;SAF=62;SAR=72;SRF=84;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963685;STB=0.553081;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0160441;OID=.;OPOS=169435713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:283:149:149:134:134:0.473498:72:62:84:65:72:62:84:65 chr5 169454941 . C G 1948.43 PASS AF=1;AO=104;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480032;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5748;QD=59.494;RBI=0.122065;REFB=0;REVB=0.11223;RO=0;SAF=73;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248936;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:104:131:1:31:73:0:0:58:73:0:0 chr5 169461547 . C T 1767.59 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1385;QD=60.9514;RBI=0.0470381;REFB=0;REVB=-0.0162641;RO=0;SAF=47;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106778;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:69:47:0:0:69:47:0:0 chr5 169504743 . T C 1606.79 PASS AF=0.468391;AO=158;DP=341;FAO=163;FDP=348;FR=.;FRO=185;FSAF=77;FSAR=86;FSRF=114;FSRR=71;FWDB=-0.00990009;FXX=0.00286525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.003;QD=18.4689;RBI=0.0120917;REFB=-0.0111157;REVB=-0.00694241;RO=180;SAF=72;SAR=86;SRF=109;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144027;STB=0.576038;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0148425;OID=.;OPOS=169504743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:348:180:185:158:163:0.468391:86:72:109:71:86:77:114:71 chr5 169535522 . T C 3801.7 PASS AF=0.991968;AO=245;DP=248;FAO=247;FDP=249;FR=.;FRO=2;FSAF=117;FSAR=130;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0297286;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.518;QD=61.0715;RBI=0.0511563;REFB=-0.079171;REVB=0.0416314;RO=2;SAF=116;SAR=129;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000410638;STB=0.500212;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000281898;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:248:249:2:2:245:247:0.991968:129:116:1:1:130:117:1:1 chr5 169695446 . C T 211.45 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00122269;FXX=0.0985777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.504;QD=13.2155;RBI=0.0120081;REFB=0.000339701;REVB=0.0119456;RO=38;SAF=22;SAR=3;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301015;STB=0.672324;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00047076;OID=.;OPOS=169695446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:64:38:39:25:25:0.390625:3:22:27:11:3:22:28:11 chr5 169715038 . A G 527.58 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0164634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6591;QD=16.2334;RBI=0.0164646;REFB=-0.00396166;REVB=-0.000200232;RO=72;SAF=19;SAR=38;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119001;STB=0.571403;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00559387;OID=.;OPOS=169715038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:73:57:57:0.438462:38:19:32:40:38:19:33:40 chr5 169910084 . G T 1572.37 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3924;QD=59.9;RBI=0.0692229;REFB=0;REVB=-0.0690711;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431652;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr5 170294132 . G A 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00350639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.252;QD=60.2415;RBI=0.00365921;REFB=0.0121645;REVB=0.00104645;RO=1;SAF=29;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160483;STB=0.508473;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-2.37913e-05;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:53:29:1:0:53:29:1:0 chr5 170338106 . G A 367.12 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0263937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2167;QD=14.3969;RBI=0.0263938;REFB=0.00803085;REVB=4.33453e-05;RO=59;SAF=20;SAR=22;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684303;STB=0.533566;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.0121603;OID=.;OPOS=170338106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:60:42:42:0.411765:22:20:32:27:22:20:32:28 chr5 170395512 . A T 2166.34 PASS AF=0.985816;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0385749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.904;QD=61.4565;RBI=0.0387566;REFB=-0.136017;REVB=0.00374851;RO=0;SAF=52;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509433;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000818961;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:141:141:0:2:139:139:0.985816:87:52:0:0:87:52:2:0 chr5 171201499 . G C 731.87 PASS AF=0.434066;AO=79;DP=182;FAO=79;FDP=182;FR=.;FRO=103;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=27;FSRR=76;FWDB=-0.027935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6636;QD=16.085;RBI=0.0376877;REFB=0.00317246;REVB=0.0252982;RO=101;SAF=31;SAR=48;SRF=27;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137208;STB=0.579945;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00322996;OID=.;OPOS=171201499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:101:103:79:79:0.434066:48:31:27:74:48:31:27:76 chr5 171472417 . A G 641.78 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.2773;QD=58.3435;RBI=0.0958365;REFB=-0.0626094;REVB=0.0947824;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522167;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:44:1:0:41:44:1:19:22:0:1:21:23:0:0 chr5 171481606 . A G 1951.82 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.317;QD=61.9625;RBI=0.0181164;REFB=0;REVB=0.0165174;RO=0;SAF=71;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84649e-05;OID=.;OPOS=171481606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:55:71:0:0:55:71:0:0 chr5 171533629 . A G 840.52 PASS AF=0.544828;AO=77;DP=147;FAO=79;FDP=145;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0118904;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.244;QD=23.1866;RBI=0.0119669;REFB=-0.0248528;REVB=0.00135134;RO=65;SAF=31;SAR=46;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110902;STB=0.516107;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.020568;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:65:66:77:79:0.544828:46:31:27:38:47:32:29:37 chr5 171533656 . C T 1197.46 PASS AF=0.572917;AO=108;DP=192;FAO=110;FDP=192;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=70;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.0126515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.39;QD=24.947;RBI=0.0315885;REFB=-0.00677484;REVB=0.0289443;RO=81;SAF=39;SAR=69;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287367;STB=0.517727;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00664961;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:81:82:108:110:0.572917:69:39:32:49:70:40:33:49 chr5 171533782 . T C 847.39 PASS AF=0.452736;AO=89;DP=198;FAO=91;FDP=201;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=-0.00711522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9615;QD=16.8635;RBI=0.00770201;REFB=-0.000757416;REVB=0.00294867;RO=109;SAF=32;SAR=57;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845532;STB=0.549337;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000468087;OID=.;OPOS=171533782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:201:109:110:89:91:0.452736:57:32:48:61:59:32:48:62 chr5 171621212 . C G 907.96 PASS AF=0.553459;AO=88;DP=159;FAO=88;FDP=159;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0100389;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7337;QD=22.8418;RBI=0.0120549;REFB=-0.00948099;REVB=-0.00667383;RO=71;SAF=41;SAR=47;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022198;STB=0.512112;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0066419;OID=.;OPOS=171621212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:71:71:88:88:0.553459:47:41:35:36:47:41:35:36 chr5 171636926 . C T 735.92 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000452388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.298;QD=60.0752;RBI=0.0379472;REFB=-0.0548673;REVB=0.0379445;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200022;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000383451;OID=.;OPOS=171636926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:46:48:0.979592:23:23:0:1:25:23:0:1 chr5 171760569 . A G 436.53 PASS AF=0.483516;AO=42;DP=89;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0283006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.847;QD=19.188;RBI=0.0589064;REFB=-0.0471382;REVB=-0.0516627;RO=47;SAF=12;SAR=30;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149755;STB=0.561027;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0563747;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:47:47:42:44:0.483516:30:12:20:27:30:14:20:27 chr5 171800780 . G C 337.85 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0154207;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.167;QD=16.4805;RBI=0.0155247;REFB=-0.0109063;REVB=0.0017944;RO=44;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111455;STB=0.573131;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0108013;OID=.;OPOS=171800780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:44:46:36:36:0.439024:18:18:17:27:18:18:17:29 chr5 171849471 . G A 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.614;QD=58.7778;RBI=0.0191315;REFB=0;REVB=0.014338;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01726e-05;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr5 172196711 . G T 1563.09 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.601;QD=63.7994;RBI=0.0751587;REFB=0;REVB=0.0522942;RO=0;SAF=34;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100015;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:62:34:0:0:63:35:0:0 chr5 172261462 . G A 210.9 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0149192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.097;QD=14.0603;RBI=0.0191989;REFB=-0.0117006;REVB=0.0120837;RO=33;SAF=18;SAR=7;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638282;STB=0.562448;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0279758;OID=.;OPOS=172261462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:35:25:25:0.416667:7:18:22:11:7:18:22:13 chr5 172294194 . G T 1872.03 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0122999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7894;QD=58.9615;RBI=0.023533;REFB=-0.0906255;REVB=0.0200628;RO=1;SAF=63;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748208;STB=0.504127;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000740091;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:127:1:3:124:124:0.976378:61:63:1:0:61:63:1:2 chr5 172342668 . C T 1568.37 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1001;QD=64.015;RBI=0.0228272;REFB=0;REVB=0.0115745;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142428;OID=.;OPOS=172342668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:52:45:0:0:52:46:0:0 chr5 172381973 . A AGGT 2672.51 PASS AF=0.946524;AO=174;DP=193;FAO=177;FDP=187;FR=.;FRO=10;FSAF=86;FSAR=91;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0147892;FXX=0.045916;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.203;QD=57.1661;RBI=0.0173428;REFB=-0.0371228;REVB=-0.00905826;RO=12;SAF=83;SAR=91;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130439;STB=0.500756;STBP=0.946;TYPE=ins;VARB=0.00186561;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.946524:174:193:177:187:10:86:91:5:5:20:12:83:91:7:5 chr5 172447762 . G A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.848;QD=59.3219;RBI=0.0219296;REFB=0;REVB=-0.0100479;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4956e-05;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr5 172631051 . T G 272.63 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0118045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0411;QD=22.2558;RBI=0.0273184;REFB=-0.0402234;REVB=0.0246363;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184917;STB=0.524571;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0354219;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:23:25:26:0.530612:9:16:13:8:10:16:13:10 chr5 172660519 . A T 106.19 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.057492;FXX=0.0249938;HRUN=14;LEN=1;MLLD=113.458;QD=10.891;RBI=0.0577904;REFB=-0.0472604;REVB=0.00586564;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304537;STB=0.596854;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0190367;OID=.;OPOS=172660519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:26:12:13:0.333333:10:2:9:15:10:3:9:17 chr5 172660523 . T A 412.21 PASS AF=0.96875;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.118745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.978;QD=51.5263;RBI=0.126311;REFB=-0.0175785;REVB=0.0430606;RO=1;SAF=5;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842652;STB=0.545423;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000849844;OID=.;OPOS=172660523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:32:1:1:28:31:0.96875:23:5:1:0:26:5:1:0 chr5 172660527 . TA AA,AT 68.47 PASS AF=0.310345,0;AO=4,3;DP=27;FAO=9,0;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.106081,-0.0341731;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=199.693,29.0224;QD=9.44466;RBI=0.106122,0.0359345;REFB=-0.00733923,-0.0283113;REVB=-0.00294176,-0.0111125;RO=20;SAF=0,1;SAR=4,2;SRF=3;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.551434,0.282257;STB=0.578157,0.5;STBP=0.718,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.015301,0;OID=.,.;OPOS=172660527,172660527;OREF=T,TA;OALT=A,AT;OMAPALT=AA,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:27:29:20:20:4,3:9,0:0.310345,0:4,2:0,1:3:17:7,0:2,0:3:17 chr5 172662024 . T C 861.55 PASS AF=0.593985;AO=78;DP=133;FAO=79;FDP=133;FR=.;FRO=54;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00503731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.728;QD=25.9112;RBI=0.0337079;REFB=-0.0138254;REVB=-0.0333294;RO=54;SAF=50;SAR=28;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970119;STB=0.554557;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00550453;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:54:54:78:79:0.593985:28:50:28:26:28:51:28:26 chr5 172681229 . G A 1525.95 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9242;QD=62.2837;RBI=0.0817215;REFB=0.0293644;REVB=-0.0766559;RO=1;SAF=32;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735314;STB=0.503816;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.000760105;OID=.;OPOS=172681229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:96:97:0.989796:64:32:0:1:65:32:0:1 chr5 172750436 . G A 527.97 PASS AF=0.411348;AO=55;DP=140;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.046191;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.112;QD=14.9778;RBI=0.0501389;REFB=-0.0112117;REVB=-0.0195013;RO=84;SAF=35;SAR=20;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187115;STB=0.601064;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0250282;OID=.;OPOS=172750436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:84:83:55:58:0.411348:20:35:39:45:21:37:39:44 chr5 173376506 . A G 500.51 PASS AF=0.427481;AO=53;DP=134;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=0.00950543;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2444;QD=15.2829;RBI=0.0111387;REFB=0.00980769;REVB=0.0058067;RO=70;SAF=29;SAR=24;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219692;STB=0.619313;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0079173;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:131:70:75:53:56:0.427481:24:29:23:47:24:32:27:48 chr5 174156168 . T C 1246.03 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.127;QD=61.5323;RBI=0.0125639;REFB=0;REVB=-0.0111007;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24514e-05;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr5 174178774 . G A 665.42 PASS AF=0.927273;AO=47;DP=52;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.123246;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.776;QD=48.3939;RBI=0.127255;REFB=-0.0699819;REVB=0.031689;RO=3;SAF=17;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367731;STB=0.526966;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00167712;OID=.;OPOS=174178774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:52:55:3:4:47:51:0.927273:30:17:2:1:31:20:3:1 chr5 174422374 . C T 723.11 PASS AF=0.392523;AO=84;DP=214;FAO=84;FDP=214;FR=.;FRO=130;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=74;FWDB=0.0300084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.319;QD=13.516;RBI=0.0320885;REFB=0.000129445;REVB=-0.0113653;RO=130;SAF=51;SAR=33;SRF=56;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190382;STB=0.607117;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000164268;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:130:130:84:84:0.392523:33:51:56:74:33:51:56:74 chr5 174541854 . A G 2387.13 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821431;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.866;QD=61.2085;RBI=0.0211402;REFB=0;REVB=0.019479;RO=0;SAF=71;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30057e-05;OID=.;OPOS=174541854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:155:156:1:84:71:0:0:85:71:0:0 chr5 174542146 . G A 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00459183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.788;QD=50.6202;RBI=0.0408215;REFB=0.0217086;REVB=0.0405624;RO=2;SAF=23;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388108;STB=0.520819;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00151468;OID=.;OPOS=174542146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:6:23:2:0:6:23:2:0 chr5 174542179 . A G 393.37 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0389204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7131;QD=50.7574;RBI=0.0648821;REFB=-0.115222;REVB=-0.0519123;RO=2;SAF=22;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404935;STB=0.521724;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00699172;OID=.;OPOS=174542179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:31:31:2:2:29:29:0.935484:7:22:2:0:7:22:2:0 chr5 174868840 . T C 1990.17 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143971;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.404;QD=62.1929;RBI=0.0202644;REFB=0;REVB=0.0142608;RO=0;SAF=71;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137222;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:127:128:1:56:71:0:0:57:71:0:0 chr5 174870150 . C T 1268.4 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0230671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.813;QD=60.3998;RBI=0.0242425;REFB=-0.0263385;REVB=0.00745706;RO=1;SAF=48;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976474;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=7.81268e-05;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:34:48:1:0:35:48:1:0 chr5 174937193 . C T 484.76 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.017462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.292;QD=21.0766;RBI=0.018683;REFB=-0.0025585;REVB=-0.00664316;RO=45;SAF=17;SAR=30;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939568;STB=0.551756;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00368577;OID=.;OPOS=174937193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:30:17:12:33:30:17:12:33 chr5 175055271 . G A 356.0 PASS AF=0.360656;AO=44;DP=121;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0432335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.573;QD=11.6722;RBI=0.0434654;REFB=-0.0049579;REVB=0.00448333;RO=77;SAF=20;SAR=24;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579371;STB=0.529135;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00738988;OID=.;OPOS=175055271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:77:78:44:44:0.360656:24:20:39:38:24:20:39:39 chr5 175307256 . T C 82.44 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0756186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8416;QD=9.15987;RBI=0.0809057;REFB=-0.00735023;REVB=-0.0287673;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372491;STB=0.72686;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.01261;OID=.;OPOS=175307256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:15:10:8:3:15:10 chr5 175307373 . G A 909.58 PASS AF=0.494565;AO=91;DP=184;FAO=91;FDP=184;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.0281406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8565;QD=19.7734;RBI=0.030409;REFB=0.0036951;REVB=0.0115245;RO=93;SAF=42;SAR=49;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191348;STB=0.510528;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00453861;OID=.;OPOS=175307373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:93:93:91:91:0.494565:49:42:41:52:49:42:41:52 chr5 175308022 . A G 252.57 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0143856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.797;QD=12.6283;RBI=0.0205601;REFB=0.00288855;REVB=-0.0146893;RO=50;SAF=12;SAR=18;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448505;STB=0.525756;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00498126;OID=.;OPOS=175308022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:18:12:22:28:18:12:22:28 chr5 175387011 . G A 102.93 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0173711;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.973;QD=9.1494;RBI=0.0280533;REFB=-0.00214306;REVB=0.022028;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449609;STB=0.527355;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00296729;OID=.;OPOS=175387011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:7:6:16:16:7:6:16:16 chr5 175811094 . C CGT 1527.22 PASS AF=0.880952;AO=106;DP=135;FAO=111;FDP=126;FR=.;FRO=15;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0454176;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.087;QD=48.4831;RBI=0.0747703;REFB=-0.0899205;REVB=0.0593956;RO=26;SAF=51;SAR=55;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638635;STB=0.521437;STBP=0.169;TYPE=ins;VARB=0.00696514;OID=.;OPOS=175811095;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.880952:106:135:111:126:15:54:57:10:5:63:26:51:55:17:9 chr5 175954622 . G A 67.88 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00262265;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1073;QD=12.3416;RBI=0.0708779;REFB=-0.0159432;REVB=0.0708294;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268092;STB=0.533258;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0420543;OID=.;OPOS=175954622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:14:13:9:9:0.409091:6:3:5:9:6:3:5:8 chr5 175955814 . A G 259.93 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138119;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.323;QD=51.9861;RBI=0.0919089;REFB=0;REVB=0.0908652;RO=0;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707595;OID=.;OPOS=175955814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:2:18:0:0:2:18:0:0 chr5 175956271 . A C 1661.32 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00998427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.117;QD=59.3327;RBI=0.0108832;REFB=-0.0500742;REVB=0.00433097;RO=0;SAF=42;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=7.92673e-05;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:0:1:110:111:0.991071:68:42:0:0:69:42:1:0 chr5 176002144 . A C 1442.77 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00614952;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.489;QD=62.0547;RBI=0.0402776;REFB=-0.000160418;REVB=-0.0398054;RO=1;SAF=77;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305498;STB=0.516125;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-4.09202e-06;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:15:77:0:1:15:77:0:1 chr5 176004476 . T C,G 879.05 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=57,4;DP=61;FAO=58,4;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39,4;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680657,0.0124747;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.1894,140.852;QD=56.713;RBI=0.061084,0.0288012;REFB=0,0;REVB=0.0607036,0.0259594;RO=0;SAF=39,4;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0312046,0.0566103;OID=.,.;OPOS=176004476,176004476;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:61:62:0:0:57,4:58,4:0.935484,0.0645161:18,0:39,4:0:0:19,0:39,4:0:0 chr5 176005477 . C T 1483.03 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170513;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.846;QD=63.7864;RBI=0.070441;REFB=0;REVB=0.0683461;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135959;OID=.;OPOS=176005477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr5 176011264 . T C 955.97 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.669;QD=58.8292;RBI=0.0561337;REFB=0;REVB=0.0207391;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155996;OID=.;OPOS=176011264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:33:30:0:0:33:32:0:0 chr5 176017455 . C T 1641.8 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.881;QD=60.2495;RBI=0.0339814;REFB=0;REVB=0.00908724;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41398e-05;OID=.;OPOS=176017455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:61:48:0:0:61:48:0:0 chr5 176024880 . C T 1504.82 PASS AF=0.91453;AO=107;DP=120;FAO=107;FDP=117;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=90;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.018402;FXX=0.0249979;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.195;QD=51.4468;RBI=0.0274148;REFB=-0.123616;REVB=0.020321;RO=5;SAF=17;SAR=90;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663295;STB=0.589913;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000935421;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:120:117:5:10:107:107:0.91453:90:17:3:2:90:17:8:2 chr5 176025938 . T C 727.0 PASS AF=0.903226;AO=55;DP=59;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0177791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.218;QD=46.9031;RBI=0.0353861;REFB=-0.171366;REVB=-0.0305955;RO=1;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254644;STB=0.568157;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00401889;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:59:62:1:6:55:56:0.903226:18:37:0:1:19:37:0:6 chr5 176026146 . C T 80.95 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.816;QD=35.9771;RBI=0.0922077;REFB=0;REVB=0.0822177;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00424613;OID=.;OPOS=176026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr5 176069831 . G A 3985.99 PASS AF=1;AO=250;DP=252;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103717;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2604;QD=62.0388;RBI=0.0150931;REFB=0;REVB=0.010965;RO=0;SAF=122;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85845e-05;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:252:257:0:0:250:257:1:128:122:0:0:130:127:0:0 chr5 176081907 . C T 924.85 PASS AF=0.502732;AO=91;DP=184;FAO=92;FDP=183;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.0442145;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6796;QD=20.2153;RBI=0.0488681;REFB=0.0050639;REVB=0.0208127;RO=91;SAF=36;SAR=55;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101913;STB=0.552318;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00459214;OID=.;OPOS=176081907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:91:91:91:92:0.502732:55:36:46:45:55:37:46:45 chr5 176297545 . C T 838.48 PASS AF=0.450777;AO=86;DP=192;FAO=87;FDP=193;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=66;FWDB=0.0121375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.676;QD=17.3779;RBI=0.0162006;REFB=-0.0224208;REVB=0.0107304;RO=105;SAF=40;SAR=46;SRF=40;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844126;STB=0.552044;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0254091;OID=.;OPOS=176297545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:105:106:86:87:0.450777:46:40:40:65:46:41:40:66 chr5 176338400 . TAAAAA TAAAA,TAAAAT 86.33 PASS AF=0.238938,0.0265487;AO=30,5;DP=121;FAO=27,3;FDP=113;FR=.;FRO=83;FSAF=18,3;FSAR=9,0;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=-0.0768607,-0.121862;FXX=0.0661102;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.2195,190.177;QD=3.05576;RBI=0.154284,0.126337;REFB=-0.0847772,-0.00636931;REVB=-0.133776,-0.0333244;RO=65;SAF=11,5;SAR=19,0;SRF=26;SRR=39;SSEN=0.34252,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0413295,0.586052;STB=0.728166,0.997529;STBP=0.007,0.018;TYPE=del,snp;VARB=0.0443121,0.308419;OID=.,.;OPOS=176338401,176338405;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAA,TAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238938,0.0265487:30,5:121:27,3:113:83:18,3:9,0:29:54:68:65:11,5:19,0:26:39 chr5 176492207 . T C 777.7 PASS AF=0.536232;AO=74;DP=137;FAO=74;FDP=138;FR=.;FRO=64;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00738389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.615;QD=22.542;RBI=0.0153555;REFB=-0.0158351;REVB=0.0134636;RO=63;SAF=46;SAR=28;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112038;STB=0.558236;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00835888;OID=.;OPOS=176492207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:63:64:74:74:0.536232:28:46:31:32:28:46:32:32 chr5 176517170 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.798;QD=60.6102;RBI=0.0178115;REFB=0;REVB=-0.00641081;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75826e-05;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr5 176517292 . A G 1870.14 PASS AF=0.992126;AO=121;DP=123;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015635;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.353;QD=58.902;RBI=0.0620008;REFB=-0.0579105;REVB=-0.0599971;RO=2;SAF=58;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160967;STB=0.504201;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000170387;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:127:2:1:121:126:0.992126:63:58:2:0:67:59:1:0 chr5 176517326 . T C 1713.26 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.879;QD=60.6462;RBI=0.0279683;REFB=0;REVB=0.0152421;RO=0;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03921e-05;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:57:56:0:0:57:56:0:0 chr5 176517461 . T G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.062;QD=56.9991;RBI=0.0338225;REFB=0;REVB=0.00813376;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91156e-05;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr5 176517797 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.077;QD=60.2046;RBI=0.0210458;REFB=0;REVB=0.0158975;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35508e-05;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr5 176518784 . C T 2918.22 PASS AF=1;AO=182;DP=184;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.154;QD=62.7574;RBI=0.0304485;REFB=0;REVB=0.0105737;RO=0;SAF=82;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15407e-05;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:186:0:0:182:186:1:100:82:0:0:103:83:0:0 chr5 176520243 . G A 1228.24 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.347;QD=61.4118;RBI=0.0378218;REFB=0;REVB=0.0358194;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95714e-05;OID=.;OPOS=176520243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:45:34:0:0:46:34:0:0 chr5 176636882 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.791;QD=62.0216;RBI=0.0155371;REFB=0;REVB=-0.00867251;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3429e-06;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr5 176637149 . G A 1569.03 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.471;QD=64.0422;RBI=0.0235628;REFB=0;REVB=0.00520289;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1147e-05;OID=.;OPOS=176637149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:54:43:0:0:55:43:0:0 chr5 176637240 . G T 1311.95 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0309883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1235;QD=59.6339;RBI=0.0525815;REFB=-0.0945223;REVB=0.0424799;RO=2;SAF=42;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000500785;STB=0.500264;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.016694;OID=.;OPOS=176637240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:44:42:1:1:44:42:1:1 chr5 176637576 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.676;QD=53.9105;RBI=0.0552977;REFB=0;REVB=0.0463039;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126464;OID=.;OPOS=176637576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr5 176815124 . T C 1137.29 PASS AF=0.451493;AO=120;DP=267;FAO=121;FDP=268;FR=.;FRO=147;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=0.0118965;FXX=0.00371733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.818;QD=16.9745;RBI=0.0136485;REFB=-0.00775824;REVB=-0.00668988;RO=145;SAF=61;SAR=59;SRF=80;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429447;STB=0.529461;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00978356;OID=.;OPOS=176815124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:268:145:147:120:121:0.451493:59:61:80:65:60:61:82:65 chr5 176831826 . C G 5229.3 PASS AF=1;AO=328;DP=332;FAO=332;FDP=332;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156762;FXX=0.00895496;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.657;QD=63.0036;RBI=0.0256821;REFB=-0.0371171;REVB=0.0256342;RO=0;SAF=162;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17149e-05;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:332:332:0:0:328:332:1:166:162:0:0:169:163:0:0 chr5 176883688 . A C 50.86 PASS AF=0.28125;AO=5;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=-0.0807779;FXX=0.0302939;HRUN=28;LEN=1;MLLD=122.59;QD=6.35801;RBI=0.0807779;REFB=0.0126795;REVB=0.000102283;RO=23;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585911;STB=0.651923;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0225333;OID=.;OPOS=176883688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:32:32:23:23:5:9:0.28125:3:2:1:22:8:1:1:22 chr5 176885178 . A G 809.57 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8139;QD=56.8122;RBI=0.0261673;REFB=0;REVB=0.0111431;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145344;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:30:25:0:0:32:25:0:0 chr5 176915143 . C T 167.04 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0206746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2587;QD=8.24891;RBI=0.0311261;REFB=-0.0118174;REVB=-0.0232679;RO=58;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151537;STB=0.509042;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0225457;OID=.;OPOS=176915143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:14:9:22:36:14:9:22:36 chr5 176917078 . T C 376.22 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0364355;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.881;QD=18.1312;RBI=0.0470736;REFB=-0.0319994;REVB=-0.0298056;RO=43;SAF=24;SAR=15;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227443;STB=0.62101;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0241088;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:15:24:16:27:15:24:17:27 chr5 176930135 . G A 1767.32 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000675751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.285;QD=60.942;RBI=0.0674677;REFB=0;REVB=0.0674643;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59637e-05;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:61:54:0:0:62:54:0:0 chr5 176930171 . AGAG A 663.49 PASS AF=0.475524;AO=63;DP=141;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.00687033;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=3;MLLD=247.477;QD=18.5591;RBI=0.0392849;REFB=-0.0407214;REVB=0.0386794;RO=69;SAF=23;SAR=40;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165257;STB=0.579241;STBP=0.085;TYPE=del;VARB=0.0479801;OID=.;OPOS=176930172;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475524:63:141:68:143:75:27:41:41:34:99:69:23:40:37:32 chr5 176936590 . T C 520.42 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0180544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.875;QD=16.7876;RBI=0.0216397;REFB=0.00249879;REVB=-0.0119295;RO=68;SAF=31;SAR=25;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138853;STB=0.577336;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00305791;OID=.;OPOS=176936590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:25:31:28:40:25:31:28:40 chr5 176936650 . T C 940.34 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316222;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8765;QD=58.771;RBI=0.0404459;REFB=0;REVB=0.0252172;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012149;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr5 176936819 . C G 174.21 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0460741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.531;QD=12.9041;RBI=0.0504742;REFB=-0.0230575;REVB=0.0206113;RO=33;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146979;STB=0.613921;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0556855;OID=.;OPOS=176936819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:20:21:0.388889:14:6:14:19:15:6:15:18 chr5 176951276 . A G 3173.26 PASS AF=0.995169;AO=166;DP=210;FAO=206;FDP=207;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=107;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192349;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.683;QD=61.319;RBI=0.062925;REFB=0;REVB=0.059913;RO=0;SAF=89;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08121e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191469;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:210:207:0:0:166:206:0.995169:77:89:0:0:99:107:0:0 chr5 176951522 . G C 34.2 PASS AF=0.0967742;AO=22;DP=190;FAO=18;FDP=186;FR=.,HEALED;FRO=168;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=84;FSRR=84;FWDB=-0.047096;FXX=0.0261766;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.9691;QD=0.735585;RBI=0.051142;REFB=-0.0172324;REVB=0.0199367;RO=119;SAF=7;SAR=15;SRF=61;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249544;STB=0.600728;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.151543;OID=.;OPOS=176951522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:190:186:119:168:22:18:0.0967742:15:7:61:58:11:7:84:84 chr5 177022652 . A G 603.2 PASS AF=0.893617;AO=42;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0206812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0989;QD=51.3363;RBI=0.038021;REFB=-0.0207064;REVB=-0.0319044;RO=4;SAF=34;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772462;STB=0.564922;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0278666;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:47:47:4:5:42:42:0.893617:8:34:2:2:8:34:2:3 chr5 177031348 . T C 1621.6 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0769044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.07;QD=60.0591;RBI=0.0890954;REFB=0;REVB=0.0449855;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45552e-05;OID=.;OPOS=177031348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr5 177032050 . C G 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5;QD=62.3367;RBI=0.0545187;REFB=0;REVB=0.0536975;RO=0;SAF=6;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309578;OID=.;OPOS=177032050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:37:6:0:0:37:6:0:0 chr5 177035964 . T C 3220.0 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0649846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.051;QD=61.923;RBI=0.0652727;REFB=0;REVB=-0.00612548;RO=0;SAF=103;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8406e-05;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:208:0:0:206:208:1:103:103:0:0:103:105:0:0 chr5 177158620 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.388;QD=64.4154;RBI=0.0371262;REFB=0;REVB=-0.00216535;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96295e-05;OID=.;OPOS=177158620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr5 177161891 . A G 173.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7085;QD=46.2173;RBI=0.0679659;REFB=0;REVB=-0.0677812;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503776;OID=.;OPOS=177161891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:7:8:0:0 chr5 177180236 . G A 1900.33 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300246;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.137;QD=61.7993;RBI=0.0176235;REFB=0;REVB=-0.0173658;RO=0;SAF=70;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07751e-05;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:53:70:0:0:53:70:0:0 chr5 177220348 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0983218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4312;QD=35.5751;RBI=0.12302;REFB=0;REVB=-0.0739367;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183805;OID=.;OPOS=177220348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr5 177302645 . GT G,GC 116.12 PASS AF=1,0;AO=8,2;DP=11;FAO=11,0;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680134,-0.0690993;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.868,91.8465;QD=42.2259;RBI=0.0700673,0.074029;REFB=0,0;REVB=0.0168407,-0.0265628;RO=0;SAF=7,1;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000152604,0;OID=.,.;OPOS=177302646,177302646;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:8,2:11:11,0:11:0:8,0:3,0:0:0:4:0:7,1:1,1:0:0 chr5 177310717 . A G 315.69 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584599;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1257;QD=54.9031;RBI=0.0604148;REFB=0;REVB=-0.0152443;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000928983;OID=.;OPOS=177310717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr5 177422876 . T C 3949.72 PASS AF=1;AO=254;DP=254;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.613;QD=62.2003;RBI=0.00191404;REFB=0;REVB=-0.00017256;RO=0;SAF=125;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29675e-06;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:254:0:0:254:254:1:129:125:0:0:129:125:0:0 chr5 177422908 . A G 3446.64 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.661;QD=62.3826;RBI=0.0244114;REFB=0;REVB=0.0242074;RO=0;SAF=105;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36612e-05;OID=.;OPOS=177422908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:221:0:0:220:221:1:115:105:0:0:116:105:0:0 chr5 177547247 . T A,C 1704.34 PASS AF=0.0608696,0.93913;AO=6,109;DP=115;FAO=7,108;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=7,12;FSAR=0,96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160166,-0.00737563;FXX=0.00861995;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.4819,268.17;QD=59.2813;RBI=0.0597345,0.0073864;REFB=0,0;REVB=0.0575472,-0.000398631;RO=0;SAF=6,14;SAR=0,95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00537592,0.000493507;OID=.,.;OPOS=177547247,177547247;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:115:115:0:0:6,109:7,108:0.0608696,0.93913:0,95:6,14:0:0:0,96:7,12:0:0 chr5 177550723 . T C 2060.12 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=135;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=133;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224552;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.051;QD=61.4961;RBI=0.0224552;REFB=-0.108424;REVB=0;RO=1;SAF=132;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135324;OID=.;OPOS=177550723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:134:1:1:132:133:0.992537:0:132:1:0:0:133:1:0 chr5 177612734 . T C 2132.48 PASS AF=0.960784;AO=146;DP=153;FAO=147;FDP=153;FR=.;FRO=6;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0133805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.613;QD=55.751;RBI=0.0177294;REFB=-0.0133635;REVB=0.0116316;RO=6;SAF=78;SAR=68;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151183;STB=0.507757;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.000268055;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:153:153:6:6:146:147:0.960784:68:78:2:4:69:78:2:4 chr5 177612744 . A G 2353.93 PASS AF=0.993289;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00322882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.521;QD=63.1927;RBI=0.00375484;REFB=0.0054073;REVB=0.00191665;RO=1;SAF=76;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621698;STB=0.503225;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-1.60613e-05;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:147:148:0.993289:71:76:1:0:71:77:1:0 chr5 177612983 . G A 1513.93 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.663;QD=59.9577;RBI=0.0518693;REFB=0;REVB=0.0504879;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109685;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:43:57:0:0:44:57:0:0 chr5 177613123 . T C 1507.25 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0211737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.1647;QD=58.5339;RBI=0.0315907;REFB=0.0440597;REVB=0.0234445;RO=1;SAF=58;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811065;STB=0.504273;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000281915;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:44:58:1:0:44:58:1:0 chr5 177613168 . C T 1915.21 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026093;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8078;QD=61.781;RBI=0.0769756;REFB=0;REVB=0.0724183;RO=0;SAF=71;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053087;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:53:71:0:0:53:71:0:0 chr5 177613296 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0645667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.56;QD=56.9379;RBI=0.0647352;REFB=0;REVB=-0.00466786;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152689;OID=.;OPOS=177613296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr5 177614001 . T C 1267.28 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00356456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.515;QD=60.3469;RBI=0.0321284;REFB=-0.0524828;REVB=0.03193;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.504949;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000874406;OID=.;OPOS=177614001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:33:50:0:0:33:50:1:0 chr5 177614090 . G C 1051.35 PASS AF=0.986111;AO=72;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00485136;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.835;QD=58.4086;RBI=0.0211664;REFB=-0.035346;REVB=0.020603;RO=1;SAF=45;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103952;STB=0.505616;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00066864;OID=.;OPOS=177614090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:72:71:0.986111:27:45:1:0:27:44:1:0 chr5 177614094 . C G 910.47 PASS AF=0.916667;AO=65;DP=72;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0644611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6809;QD=50.5814;RBI=0.0676338;REFB=-0.161336;REVB=0.0204719;RO=1;SAF=40;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011665;STB=0.534873;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00606076;OID=.;OPOS=177614094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:72:72:1:6:65:66:0.916667:25:40:1:0:26:40:6:0 chr5 177614137 . C T 742.17 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00925305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.661;QD=53.0119;RBI=0.0372877;REFB=-0.00464682;REVB=0.0361214;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132766;STB=0.513884;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=8.16887e-06;OID=.;OPOS=177614137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:19:35:1:0:19:35:2:0 chr5 177614183 . T C 598.88 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.563;QD=61.4238;RBI=0.0538893;REFB=0;REVB=0.0310505;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239927;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:29:39:1:21:8:0:0:21:18:0:0 chr5 177669413 . T G 2567.23 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00736016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.724;QD=61.1246;RBI=0.00826492;REFB=-0.0781673;REVB=-0.00375991;RO=0;SAF=77;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=1.3896e-06;OID=.;OPOS=177669413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:168:0:1:167:167:0.994048:90:77:0:0:89:78:0:1 chr5 177675180 . CA AC 30.04 PASS AF=0.0614035;AO=25;DP=345;FAO=21;FDP=342;FR=.;FRO=321;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=115;FSRR=206;FWDB=-0.0318826;FXX=0.0086954;HRUN=7;LEN=2;MLLD=68.4986;QD=0.351378;RBI=0.0734932;REFB=-0.00265401;REVB=-0.0662175;RO=290;SAF=20;SAR=5;SRF=94;SRR=196;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507903;STB=0.936156;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.17389;OID=.;OPOS=177675180;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:345:342:290:321:25:21:0.0614035:5:20:94:196:2:19:115:206 chr5 177715291 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0114677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.982;QD=14.904;RBI=0.0225806;REFB=-0.0149669;REVB=-0.0194519;RO=34;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039295;STB=0.522329;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0168135;OID=.;OPOS=177715291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:17:9:13:21:17:9:13:21 chr5 177715581 . T C 903.31 PASS AF=0.407801;AO=87;DP=257;FAO=115;FDP=282;FR=.;FRO=167;FSAF=73;FSAR=42;FSRF=79;FSRR=88;FWDB=0.0156916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.232;QD=12.8128;RBI=0.0179781;REFB=-0.0351136;REVB=0.008774;RO=164;SAF=59;SAR=28;SRF=79;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232603;STB=0.597816;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0484672;OID=.;OPOS=177715581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:282:164:167:87:115:0.407801:28:59:79:85:42:73:79:88 chr5 177989153 . G A 124.51 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0209474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.817;QD=18.4459;RBI=0.023304;REFB=-0.0122832;REVB=0.010212;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361503;STB=0.66642;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0125844;OID=.;OPOS=177989153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:13:13:14:0.518519:10:3:8:5:10:4:8:5 chr5 178049444 . C G 876.9 PASS AF=0.5;AO=87;DP=177;FAO=88;FDP=176;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=0.00449941;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.099;QD=19.9296;RBI=0.00693206;REFB=0.00883357;REVB=0.0052734;RO=88;SAF=30;SAR=57;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188818;STB=0.506201;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00808472;OID=.;OPOS=178049444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:88:88:87:88:0.5:57:30:32:56:57:31:32:56 chr5 178138657 . A ATTCATTTGTAT 50.0 PASS AF=0.135135;AO=9;DP=87;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00196379;FXX=0.0749906;HRUN=0;LEN=11;MLLD=274.687;QD=2.70244;RBI=0.0134953;REFB=-0.000584515;REVB=-0.0133516;RO=77;SAF=5;SAR=4;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103136;STB=0.586782;STBP=0.579;TYPE=ins;VARB=0.00453962;OID=.;OPOS=178138658;OREF=-;OALT=TTCATTTGTAT;OMAPALT=ATTCATTTGTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.135135:9:87:10:74:64:6:4:32:32:49:77:5:4:36:41 chr5 178139442 . T G 568.33 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00346959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.371;QD=20.2976;RBI=0.00848464;REFB=-0.0197389;REVB=-0.00774281;RO=54;SAF=22;SAR=36;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924886;STB=0.551003;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0185257;OID=.;OPOS=178139442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:36:22:26:28:36:22:26:28 chr5 178139706 . GA G 66.85 PASS AF=0.6;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.136261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.5983;QD=17.8275;RBI=0.246974;REFB=-0.0735556;REVB=0.205984;RO=7;SAF=0;SAR=8;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.824501;STB=0.84124;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.131387;OID=.;OPOS=178139707;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:8:15:9:15:6:1:8:5:1:21:7:0:8:6:1 chr5 178140090 . C T 527.52 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=4.76605e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.987;QD=20.8919;RBI=0.055056;REFB=-0.0199906;REVB=-0.055056;RO=48;SAF=26;SAR=27;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458477;STB=0.525243;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0167558;OID=.;OPOS=178140090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:48:53:53:0.524752:27:26:21:27:27:26:21:27 chr5 178310446 . C T 360.38 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.0340604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.551;QD=15.174;RBI=0.0341116;REFB=0.00290929;REVB=0.00186869;RO=56;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249112;STB=0.640143;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00548754;OID=.;OPOS=178310446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:17:22:18:38:17:22:18:38 chr5 178359136 . A G 97.89 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.000914851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.49;QD=13.5015;RBI=0.00564528;REFB=-0.00961506;REVB=-0.00557066;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336532;STB=0.691567;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0129383;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:2:15:7:5:2:15 chr5 178359989 . T C 1512.46 PASS AF=0.607143;AO=136;DP=224;FAO=136;FDP=224;FR=.;FRO=88;FSAF=55;FSAR=81;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.00319572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.275;QD=27.0082;RBI=0.00622692;REFB=-0.0179637;REVB=0.00534433;RO=88;SAF=55;SAR=81;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958358;STB=0.551822;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0138309;OID=.;OPOS=178359989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:88:88:136:136:0.607143:81:55:47:41:81:55:47:41 chr5 178368465 . C CCAAA 1287.02 PASS AF=0.48;AO=123;DP=300;FAO=132;FDP=275;FR=.;FRO=143;FSAF=53;FSAR=79;FSRF=62;FSRR=81;FWDB=0.00340006;FXX=0.0178565;HRUN=3;LEN=4;MLLD=310.743;QD=18.7203;RBI=0.00896122;REFB=-0.0178335;REVB=0.00829115;RO=168;SAF=51;SAR=72;SRF=74;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274275;STB=0.517219;STBP=0.598;TYPE=ins;VARB=0.0187255;OID=.;OPOS=178368466;OREF=-;OALT=CAAA;OMAPALT=CCAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:123:300:132:275:143:53:79:62:81:99:168:51:72:74:94 chr5 178373452 . G A 458.97 PASS AF=0.46;AO=45;DP=97;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0101175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.713;QD=18.3589;RBI=0.0213858;REFB=-0.0162919;REVB=-0.0188411;RO=52;SAF=18;SAR=27;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114961;STB=0.544167;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0280229;OID=.;OPOS=178373452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:52:54:45:46:0.46:27:18:15:37:28:18:17:37 chr5 178391902 . A C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.804;QD=60.7161;RBI=0.0394343;REFB=0;REVB=0.0294484;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22396e-05;OID=.;OPOS=178391902;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:50:26:0:0:50:26:0:0 chr5 178395849 . C A 2928.59 PASS AF=1;AO=186;DP=188;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374908;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.75;QD=62.9804;RBI=0.0375151;REFB=-0.0458181;REVB=-0.00134924;RO=1;SAF=86;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550444;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83926e-05;OID=.;OPOS=178395849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:186:1:0:186:186:1:100:86:1:0:100:86:0:0 chr5 178395883 . C T 1680.41 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525922;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.272;QD=60.5554;RBI=0.0551616;REFB=0;REVB=0.016639;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154683;OID=.;OPOS=178395883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:59:52:0:0:59:52:0:0 chr5 178408835 . C T 2282.91 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=153;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.10782;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8864;QD=60.0765;RBI=0.107879;REFB=-0.101485;REVB=0.00356135;RO=0;SAF=53;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502564;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000634891;OID=.;OPOS=178408835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:152:0:1:150:151:0.993421:97:53:0:0:97:54:0:1 chr5 178410151 . C T 1840.38 PASS AF=0.953846;AO=124;DP=130;FAO=124;FDP=130;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0489377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.784;QD=56.6272;RBI=0.0494644;REFB=-0.239436;REVB=0.00719941;RO=6;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474244;STB=0.524996;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00226082;OID=.;OPOS=178410151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:130:130:6:6:124:124:0.953846:57:67:0:6:57:67:0:6 chr5 178410213 . T C 1358.71 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.462;QD=61.7595;RBI=0.0223926;REFB=0;REVB=0.0212628;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02635e-05;OID=.;OPOS=178410213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:88:0:0:83:88:1:41:42:0:0:44:44:0:0 chr5 178410234 . A G 1343.67 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0181357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9583;QD=61.0758;RBI=0.0274054;REFB=0.0419001;REVB=-0.0205463;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123057;STB=0.506492;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00051644;OID=.;OPOS=178410234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:38:49:0:1:38:49:0:1 chr5 178410437 . G A 1507.92 PASS AF=0.979798;AO=95;DP=98;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00969645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.764;QD=60.9259;RBI=0.0101887;REFB=-0.0980068;REVB=0.00312858;RO=1;SAF=36;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129888;STB=0.502534;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000537943;OID=.;OPOS=178410437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:99:1:2:95:97:0.979798:59:36:1:0:60:37:1:1 chr5 178410469 . G A 1141.5 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.485;QD=60.0791;RBI=0.0227401;REFB=0;REVB=-0.00674781;RO=0;SAF=23;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010904;OID=.;OPOS=178410469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:52:23:0:0:52:24:0:0 chr5 178410519 . T G 763.64 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.774;QD=56.5662;RBI=0.0240541;REFB=0;REVB=0.0121736;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28493e-05;OID=.;OPOS=178410519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:38:15:0:0:39:15:0:0 chr5 178412667 . G A 216.92 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00863286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.819;QD=22.2483;RBI=0.0330571;REFB=-0.0218122;REVB=-0.0319099;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846433;STB=0.530583;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0154652;OID=.;OPOS=178412667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:18:20:21:0.538462:7:13:10:8:8:13:10:8 chr5 178413816 . T C 1223.93 PASS AF=0.443686;AO=127;DP=289;FAO=130;FDP=293;FR=.;FRO=163;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=97;FSRR=66;FWDB=0.00203365;FXX=0.0101348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.203;QD=16.709;RBI=0.00204153;REFB=-0.00780789;REVB=0.000179224;RO=156;SAF=67;SAR=60;SRF=95;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817837;STB=0.544499;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.011733;OID=.;OPOS=178413816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:293:156:163:127:130:0.443686:60:67:95:61:63:67:97:66 chr5 178413947 . T C 523.84 PASS AF=0.403974;AO=59;DP=151;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.000776108;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.363;QD=13.8766;RBI=0.00214762;REFB=0.00131824;REVB=-0.00200248;RO=90;SAF=23;SAR=36;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964271;STB=0.544831;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00214606;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:90:90:59:61:0.403974:36:23:43:47:37:24:42:48 chr5 178415937 . A G 90.97 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00761098;FXX=0.117612;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.295;QD=12.1292;RBI=0.0330901;REFB=0.0042972;REVB=0.032203;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241378;STB=0.642612;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00429377;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:34:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:6:13:5:6:6:13 chr5 178415982 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.716;QD=60.8834;RBI=0.0173857;REFB=0;REVB=-0.00966187;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35935e-06;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr5 178416063 . G A 718.94 PASS AF=0.486301;AO=71;DP=146;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.000689304;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.767;QD=19.6971;RBI=0.0179386;REFB=-0.00391092;REVB=0.0179253;RO=73;SAF=37;SAR=34;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000532645;STB=0.506283;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00408257;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:73:75:71:71:0.486301:34:37:38:35:34:37:40:35 chr5 178416288 . G A 915.68 PASS AF=0.477387;AO=95;DP=200;FAO=95;FDP=199;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.00752297;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.167;QD=18.4056;RBI=0.0226351;REFB=-0.0326387;REVB=0.0213484;RO=103;SAF=34;SAR=61;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152708;STB=0.587161;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0273151;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:103:104:95:95:0.477387:61:34:53:50:61:34:54:50 chr5 178419278 . TGGT TGGG,TGGGCAAGGTCT,TGGGCAAGGTCTGT,TGT 241.61 PASS AF=0.1,0.35,0.5,0.05;AO=2,7,8,4;DP=24;FAO=2,7,10,1;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,9,1;FSAR=2,6,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107617,0.00581207,0.00512544,-0.0193875;FXX=0.166597;HRUN=1,2,2,2;LEN=1,8,10,1;MLLD=116.147,312.301,321.163,21.4445;QD=48.3224;RBI=0.0530365,0.0529259,0.0517775,0.0705006;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0519332,0.0526058,0.0515232,0.0677824;RO=0;SAF=0,2,8,4;SAR=2,5,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-3.27427e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,ins,ins,del;VARB=0.121873,0.012607,0.0107627,0.0303259;OID=.,.,.,.;OPOS=178419281,178419281,178419280,178419279;OREF=T,-,-,G;OALT=G,GCAAGGTC,GGCAAGGTCT,-;OMAPALT=TGGG,TGGGCAAGGTCT,TGGGCAAGGTCTGT,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.1,0.35,0.5,0.05:2,7,8,4:24:2,7,10,1:20:0:0,1,9,1:2,6,1,0:0:0:50:0:0,2,8,4:2,5,0,0:0:0 chr5 178419288 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0972;QD=56.7064;RBI=0.0345795;REFB=0;REVB=0.004677;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578503;OID=.;OPOS=178419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr5 178419396 . A AC,ACC 275.05 PASS AF=1,0;AO=23,7;DP=37;FAO=35,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.089449,-0.0411226;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.1628,9.14422;QD=31.4337;RBI=0.253008,0.131572;REFB=0,0;REVB=-0.236669,-0.124981;RO=5;SAF=13,2;SAR=10,5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.148658,-0.477379;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0163332,0.0125892;OID=.,.;OPOS=178419397,178419397;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=AC,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:23,7:37:35,0:35:0:18,0:17,0:0:0:6:5:13,2:10,5:5:0 chr5 178459283 . A G 602.38 PASS AF=0.417178;AO=66;DP=163;FAO=68;FDP=163;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=63;FWDB=0.0197177;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1598;QD=14.7823;RBI=0.0197439;REFB=-0.00564439;REVB=0.00101674;RO=95;SAF=31;SAR=35;SRF=32;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141982;STB=0.578925;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00991841;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:95:95:66:68:0.417178:35:31:32:63:36:32:32:63 chr5 178459426 . A C 732.53 PASS AF=0.478261;AO=77;DP=161;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=58;FWDB=0.00114433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.623;QD=18.1995;RBI=0.00243333;REFB=-0.0134119;REVB=-0.00214746;RO=80;SAF=38;SAR=39;SRF=24;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179931;STB=0.596223;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0113529;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:80:84:77:77:0.478261:39:38:24:56:39:38:26:58 chr5 178507069 . T C 1245.23 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00602783;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.478;QD=55.9654;RBI=0.00605949;REFB=-0.00789396;REVB=0.000618608;RO=4;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420443;STB=0.516203;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00020888;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:89:89:4:5:84:84:0.94382:43:41:0:4:43:41:1:4 chr5 178507090 . G A 1084.48 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00469203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.398;QD=58.6206;RBI=0.00490542;REFB=-0.141949;REVB=-0.00143108;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.506171;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000107027;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:40:33:0:0:40:33:0:1 chr5 178540975 . G A 914.24 PASS AF=0.367698;AO=107;DP=291;FAO=107;FDP=291;FR=.;FRO=184;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=68;FSRR=116;FWDB=0.00536061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.622;QD=12.5669;RBI=0.00598251;REFB=-0.0150732;REVB=0.00265599;RO=181;SAF=46;SAR=61;SRF=67;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686504;STB=0.539341;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0258945;OID=.;OPOS=178540975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:181:184:107:107:0.367698:61:46:67:114:61:46:68:116 chr5 178581859 . G A 741.99 PASS AF=0.5;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0096922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.278;QD=19.5261;RBI=0.021531;REFB=-0.00833474;REVB=0.0192262;RO=75;SAF=25;SAR=51;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239073;STB=0.629032;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00629127;OID=.;OPOS=178581859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:75:76:76:76:0.5:51:25:44:31:51:25:44:32 chr5 178634619 . C T 2368.78 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.298;QD=61.1297;RBI=0.0160746;REFB=0;REVB=0.00984205;RO=0;SAF=112;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56478e-05;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:43:112:0:0:43:112:0:0 chr5 178634672 . C T 615.69 PASS AF=0.444444;AO=64;DP=145;FAO=64;FDP=144;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=26;FWDB=0.00142566;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.928;QD=17.1024;RBI=0.0128611;REFB=-0.0349041;REVB=-0.0127819;RO=80;SAF=42;SAR=22;SRF=54;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208734;STB=0.511624;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0452847;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:80:80:64:64:0.444444:22:42:54:26:22:42:54:26 chr5 178770981 . A G 10930.4 PASS AF=1;AO=682;DP=686;FAO=684;FDP=684;FR=.;FRO=0;FSAF=327;FSAR=357;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142592;FXX=0.00291541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.41;QD=63.9204;RBI=0.0161773;REFB=0;REVB=-0.0076407;RO=0;SAF=325;SAR=357;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60432e-07;OID=.;OPOS=178770981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:59:686:684:0:0:682:684:1:357:325:0:0:357:327:0:0 chr5 178949560 . AG GT 844.77 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01575;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.11;QD=57.2725;RBI=0.0282834;REFB=0;REVB=0.0234923;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00122165;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:36:22:0:0:37:22:0:0 chr5 178949580 . C T 543.32 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.014919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.612;QD=22.6383;RBI=0.0151154;REFB=-0.0135033;REVB=0.00242836;RO=45;SAF=22;SAR=29;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304661;STB=0.516778;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00888996;OID=.;OPOS=178949580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:29:22:21:24:29:22:21:24 chr5 178949781 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.731;QD=53.9106;RBI=0.0728917;REFB=0;REVB=-0.0122443;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000689738;OID=.;OPOS=178949781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr5 178951598 . G A 940.07 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3746;QD=56.9738;RBI=0.0226388;REFB=-0.162291;REVB=-0.00402708;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0016612;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:26:39:0:0:26:39:1:0 chr5 179036433 . G A 1026.68 PASS AF=0.414545;AO=114;DP=275;FAO=114;FDP=275;FR=.;FRO=161;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=82;FSRR=79;FWDB=-0.0108197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.465;QD=14.9336;RBI=0.0215228;REFB=-0.00526309;REVB=0.0186055;RO=160;SAF=62;SAR=52;SRF=82;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329455;STB=0.520304;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00827262;OID=.;OPOS=179036433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:160:161:114:114:0.414545:52:62:82:78:52:62:82:79 chr5 179069468 . A G 66.68 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0873262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4446;QD=3.37614;RBI=0.10088;REFB=-0.00885054;REVB=-0.0505073;RO=65;SAF=6;SAR=7;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782777;STB=0.544311;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0562881;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:79:79:65:66:13:13:0.164557:7:6:26:39:7:6:27:39 chr5 179071866 . A G 854.97 PASS AF=0.560284;AO=79;DP=140;FAO=79;FDP=141;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0217553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6977;QD=24.2546;RBI=0.0218153;REFB=-0.02403;REVB=0.00161664;RO=61;SAF=42;SAR=37;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565639;STB=0.506843;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0186194;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:61:62:79:79:0.560284:37:42:32:29:37:42:32:30 chr5 179071958 . C G 51.26 PASS AF=0.125;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.00322645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.328;QD=2.33022;RBI=0.0107116;REFB=-0.00678958;REVB=-0.0102141;RO=76;SAF=2;SAR=9;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391092;STB=0.781193;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0354548;OID=.;OPOS=179071958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:88:76:77:11:11:0.125:9:2:37:39:9:2:37:40 chr5 179078940 . T C 1745.43 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.833;QD=60.7105;RBI=0.0412954;REFB=0;REVB=0.0402532;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85853e-05;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:51:62:0:0:52:63:0:0 chr5 179079104 . G A 186.81 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00532988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3214;QD=19.6646;RBI=0.0443447;REFB=0.00287142;REVB=0.0440233;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578687;STB=0.532836;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00155302;OID=.;OPOS=179079104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:14:5:6:13:14:5:6:13 chr5 179126090 . C T 5078.96 PASS AF=0.963173;AO=336;DP=353;FAO=340;FDP=353;FR=.;FRO=13;FSAF=134;FSAR=206;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0240897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.224;QD=57.552;RBI=0.0251062;REFB=0.0122474;REVB=-0.00707158;RO=11;SAF=131;SAR=205;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074523;STB=0.506315;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-6.28749e-05;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:353:353:11:13:336:340:0.963173:205:131:3:8:206:134:3:10 chr5 179203933 . A G 1495.88 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531805;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.994;QD=63.6544;RBI=0.0588297;REFB=0;REVB=0.0251548;RO=0;SAF=33;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029432;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:61:33:0:0:61:33:0:0 chr5 179260153 . C T 1723.26 PASS AF=0.967213;AO=116;DP=121;FAO=118;FDP=122;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.02229;FXX=0.00812942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.6017;QD=56.5002;RBI=0.0224437;REFB=-0.08731;REVB=-0.00262189;RO=4;SAF=54;SAR=62;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338811;STB=0.517854;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.001248;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:121:122:4:4:116:118:0.967213:62:54:4:0:64:54:4:0 chr5 179260213 . G A 1589.76 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0687138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5406;QD=58.8799;RBI=0.0690002;REFB=-0.0348719;REVB=0.00628053;RO=1;SAF=47;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999141;STB=0.505262;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00290824;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:60:47:1:0:60:47:1:0 chr5 179264731 . T C 2208.12 PASS AF=0.972603;AO=142;DP=148;FAO=142;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0156809;FXX=0.0266649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.502;QD=60.4966;RBI=0.0159265;REFB=-0.0842849;REVB=0.00278635;RO=1;SAF=69;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684167;STB=0.500386;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=2.95908e-05;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:148:146:1:4:142:142:0.972603:73:69:1:0:73:69:2:2 chr5 179264734 . G A 800.89 PASS AF=0.526316;AO=80;DP=152;FAO=80;FDP=152;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0142162;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.817;QD=21.076;RBI=0.0243382;REFB=-0.0110654;REVB=-0.0197548;RO=66;SAF=39;SAR=41;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353902;STB=0.519068;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0100805;OID=.;OPOS=179264734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:66:72:80:80:0.526316:41:39:35:31:41:39:38:34 chr5 179267949 . T C 1932.13 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.587;QD=61.8283;RBI=0.0326493;REFB=0;REVB=0.0195147;RO=0;SAF=71;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36898e-05;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:53:71:0:0:54:71:0:0 chr5 179280379 . T C 2296.12 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.198;QD=62.9073;RBI=0.0142522;REFB=-0.0369465;REVB=0.00998855;RO=1;SAF=66;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598201;STB=0.503144;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000120507;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:1:1:145:145:0.993151:79:66:0:1:79:66:0:1 chr5 179285752 . G A 6135.34 PASS AF=0.987374;AO=390;DP=397;FAO=391;FDP=396;FR=.;FRO=5;FSAF=182;FSAR=209;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0473661;FXX=0.00251883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.401;QD=61.9731;RBI=0.0626778;REFB=-0.112754;REVB=0.0410483;RO=3;SAF=181;SAR=209;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0029658;STB=0.501706;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00168462;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:397:396:3:5:390:391:0.987374:209:181:2:1:209:182:3:2 chr5 179287576 . C G 1371.61 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000288065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.979;QD=60.2906;RBI=0.0281823;REFB=-0.176597;REVB=0.0281808;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000260186;OID=.;OPOS=179287576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:91:91:0:1:89:90:0.989011:43:46:0:0:43:47:1:0 chr5 179287585 . GC CT 1363.11 PASS AF=1;AO=85;DP=92;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801208;FXX=0.0543419;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.556;QD=62.6718;RBI=0.00944806;REFB=0;REVB=0.00500724;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.95104e-05;OID=.;OPOS=179287585;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:87:0:0:85:87:1:41:44:0:0:43:44:0:0 chr5 179287622 . G GTA 956.33 PASS AF=0.875;AO=67;DP=82;FAO=70;FDP=80;FR=.;FRO=10;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0239296;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.447;QD=47.8162;RBI=0.0382392;REFB=-0.0257283;REVB=0.0298264;RO=11;SAF=37;SAR=30;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471362;STB=0.51985;STBP=0.345;TYPE=ins;VARB=0.00267149;OID=.;OPOS=179287623;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:67:82:70:80:10:38:32:7:3:46:11:37:30:8:3 chr5 179287871 . C T 438.13 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=19;FWDB=-0.00342521;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.557;QD=15.5088;RBI=0.0711171;REFB=-0.0169874;REVB=-0.0710346;RO=62;SAF=26;SAR=23;SRF=44;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182614;STB=0.599228;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0228219;OID=.;OPOS=179287871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:62:64:49:49:0.433628:23:26:44:18:23:26:45:19 chr5 179287973 . T C 691.25 PASS AF=0.417582;AO=76;DP=181;FAO=76;FDP=182;FR=.;FRO=106;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=0.0199603;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.504;QD=15.1924;RBI=0.0219885;REFB=-0.00428128;REVB=0.00922404;RO=104;SAF=36;SAR=40;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272194;STB=0.509847;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00829143;OID=.;OPOS=179287973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:104:106:76:76:0.417582:40:36:52:52:40:36:52:54 chr5 179290845 . T G 3543.35 PASS AF=0.991379;AO=226;DP=232;FAO=230;FDP=232;FR=.;FRO=2;FSAF=140;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000877057;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.061;QD=61.0923;RBI=0.0247175;REFB=-0.0895117;REVB=0.0247019;RO=3;SAF=137;SAR=89;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0015813;STB=0.503546;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=9.98857e-05;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:232:232:3:2:226:230:0.991379:89:137:2:1:90:140:2:0 chr5 179529124 . G A 375.44 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.0930327;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.292;QD=13.7775;RBI=0.0931197;REFB=-0.0313537;REVB=0.00402502;RO=64;SAF=12;SAR=32;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891824;STB=0.547261;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0292813;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:64:65:44:44:0.40367:32:12:22:42:32:12:22:43 chr5 179555407 . T C 867.78 PASS AF=0.412017;AO=96;DP=233;FAO=96;FDP=233;FR=.;FRO=137;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=67;FSRR=70;FWDB=-0.0121346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.96;QD=14.8975;RBI=0.0125744;REFB=-0.0057404;REVB=0.00329629;RO=137;SAF=37;SAR=59;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11151;STB=0.562458;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00703746;OID=.;OPOS=179555407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:137:137:96:96:0.412017:59:37:67:70:59:37:67:70 chr5 179563435 . T C 3170.17 PASS AF=1;AO=197;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282946;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9175;QD=63.722;RBI=0.0342591;REFB=0.0433337;REVB=-0.0193157;RO=1;SAF=93;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455763;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000619797;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:199:1:0:197:199:1:104:93:0:1:104:95:0:0 chr5 179727706 . A G 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0105608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.933;QD=13.9456;RBI=0.0110925;REFB=-0.00854817;REVB=-0.0033931;RO=48;SAF=18;SAR=14;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109756;STB=0.562461;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0152077;OID=.;OPOS=179727706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:14:18:22:26:14:18:22:26 chr5 179729519 . A G 1805.91 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.062677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9676;QD=60.1968;RBI=0.0630108;REFB=-0.140435;REVB=0.00647653;RO=1;SAF=46;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646281;STB=0.503401;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00110431;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:73:46:0:1:73:46:0:1 chr5 179740827 . T C 3943.15 PASS AF=0.420488;AO=429;DP=1023;FAO=431;FDP=1025;FR=.;FRO=594;FSAF=193;FSAR=238;FSRF=254;FSRR=340;FWDB=0.00256467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.776;QD=15.3879;RBI=0.0135653;REFB=-0.0143035;REVB=0.0133207;RO=593;SAF=193;SAR=236;SRF=253;SRR=340;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246136;STB=0.511856;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0213917;OID=.;OPOS=179740827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1023:1025:593:594:429:431:0.420488:236:193:253:340:238:193:254:340 chr5 179996111 . C T 1533.15 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00430939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.767;QD=62.5774;RBI=0.0185658;REFB=-0.113287;REVB=-0.0180588;RO=1;SAF=51;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092091;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000288245;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:46:51:1:0:46:51:1:0 chr5 180046344 . G C 3641.1 PASS AF=0.493861;AO=362;DP=733;FAO=362;FDP=733;FR=.;FRO=371;FSAF=215;FSAR=147;FSRF=205;FSRR=166;FWDB=-0.00402098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.773;QD=19.8696;RBI=0.00679615;REFB=-0.0316841;REVB=0.005479;RO=371;SAF=215;SAR=147;SRF=205;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393186;STB=0.521524;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.034069;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:733:733:371:371:362:362:0.493861:147:215:205:166:147:215:205:166 chr5 180046492 . CAG C 346.83 PASS AF=0.307692;AO=40;DP=144;FAO=44;FDP=143;FR=.;FRO=99;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=0.00361586;FXX=0.0337815;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.271;QD=9.70149;RBI=0.0365441;REFB=-0.0134799;REVB=-0.0363647;RO=82;SAF=25;SAR=15;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335781;STB=0.50178;STBP=0.981;TYPE=del;VARB=0.0293724;OID=.;OPOS=180046493;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:40:144:44:143:99:25:19:56:43:99:82:25:15:49:33 chr5 180120192 . G T 266.33 PASS AF=0.382716;AO=30;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0441831;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.293;QD=13.1522;RBI=0.0443226;REFB=-0.0161552;REVB=-0.00351342;RO=51;SAF=13;SAR=17;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841363;STB=0.529957;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0230564;OID=.;OPOS=180120192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:50:30:31:0.382716:17:13:26:25:17:14:25:25 chr5 180166141 . C T 509.06 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00286877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.833;QD=19.3929;RBI=0.00298778;REFB=-0.0252314;REVB=0.000834876;RO=51;SAF=23;SAR=30;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00234127;STB=0.505492;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0244292;OID=.;OPOS=180166141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:52:53:53:0.504762:30:23:22:29:30:23:22:30 chr5 180166461 . C G 727.22 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283434;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.977;QD=57.0369;RBI=0.0295304;REFB=0;REVB=0.0082882;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75796e-05;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr5 180218668 . A G 734.36 PASS AF=0.472727;AO=78;DP=164;FAO=78;FDP=165;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.0011664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.137;QD=17.8026;RBI=0.00973309;REFB=-0.00566322;REVB=0.00966294;RO=85;SAF=35;SAR=43;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762626;STB=0.536234;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00743092;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:85:87:78:78:0.472727:43:35:45:40:43:35:45:42 chr5 180276402 . C T 1785.9 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00602459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3365;QD=60.0302;RBI=0.0647751;REFB=-0.0326799;REVB=0.0644943;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000666281;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:0:1:118:118:0.991597:65:53:0:0:64:54:0:1 chr5 180278393 . C G 538.05 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.198;QD=59.7828;RBI=0.0574341;REFB=0;REVB=-0.00898085;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021056;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr5 180329359 . T C 943.23 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9856;QD=58.0452;RBI=0.0560293;REFB=0;REVB=0.0544854;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107465;OID=.;OPOS=180329359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:28:36:0:0:28:37:0:0 chr5 180335743 . C T 1172.58 PASS AF=0.522727;AO=114;DP=219;FAO=115;FDP=220;FR=.;FRO=105;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=0.00927284;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.724;QD=21.3196;RBI=0.0213949;REFB=-0.00788469;REVB=0.019281;RO=103;SAF=58;SAR=56;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218981;STB=0.505142;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00796659;OID=.;OPOS=180335743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:103:105:114:115:0.522727:56:58:55:48:56:59:55:50 chr5 180336849 . C T 617.49 PASS AF=0.428571;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=161;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.0114141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.11;QD=15.3415;RBI=0.054668;REFB=-0.0142621;REVB=-0.0534631;RO=88;SAF=32;SAR=37;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364981;STB=0.508313;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0141759;OID=.;OPOS=180336849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:161:88:92:69:69:0.428571:37:32:44:44:37:32:44:48 chr5 180338368 . A G 2438.7 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.559;QD=61.3509;RBI=0.109565;REFB=0;REVB=0.0124395;RO=0;SAF=80;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11116e-05;OID=.;OPOS=180338368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:79:80:0:0:79:80:0:0 chr5 180374523 . G A 631.59 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00206482;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.955;QD=22.5568;RBI=0.00279595;REFB=-0.0148321;REVB=0.00188516;RO=51;SAF=39;SAR=23;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185906;STB=0.504309;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00943321;OID=.;OPOS=180374523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:51:50:62:62:0.553571:23:39:31:20:23:39:31:19 chr5 180374534 . G A 1886.57 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000253029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9242;QD=59.8912;RBI=0.04188;REFB=-0.0740863;REVB=0.0418792;RO=2;SAF=76;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193813;STB=0.510202;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00120529;OID=.;OPOS=180374534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:126:2:2:124:124:0.984127:48:76:0:2:48:76:0:2 chr5 180376208 . T G 1340.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.773;QD=61.652;RBI=0.030375;REFB=0;REVB=0.0289568;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41212e-05;OID=.;OPOS=180376208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:46:39:0:0:48:39:0:0 chr5 180376223 . G C 1419.8 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.031618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3924;QD=61.7302;RBI=0.0316188;REFB=-0.127876;REVB=-0.000221004;RO=1;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920437;STB=0.504853;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00094442;OID=.;OPOS=180376223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:51:40:0:1:51:40:0:1 chr5 180376972 . C G 457.87 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118329;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.094;QD=55.4989;RBI=0.0170426;REFB=0.0435393;REVB=-0.0122652;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000438605;OID=.;OPOS=180376972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:0:1:32:32:0.969697:17:15:0:0:17:15:1:0 chr5 180376974 . T G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000849216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.171;QD=59.0185;RBI=0.0086339;REFB=0;REVB=-0.00859204;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93813e-05;OID=.;OPOS=180376974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr5 180377331 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.132;QD=56.9559;RBI=0.0494817;REFB=0;REVB=0.0484935;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107848;OID=.;OPOS=180377331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr5 180377470 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.50497e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.653;QD=51.9167;RBI=0.0245791;REFB=0;REVB=0.0245791;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109284;OID=.;OPOS=180377470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr5 180430895 . G A 824.3 PASS AF=0.447917;AO=86;DP=192;FAO=86;FDP=192;FR=.;FRO=106;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=71;FSRR=35;FWDB=0.0317959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7207;QD=17.1729;RBI=0.0332887;REFB=0.00178963;REVB=-0.00985694;RO=105;SAF=43;SAR=43;SRF=71;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1751;STB=0.593729;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00149928;OID=.;OPOS=180430895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:105:106:86:86:0.447917:43:43:71:34:43:43:71:35 chr5 180432416 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.125;QD=57.1775;RBI=0.0135304;REFB=0;REVB=-0.00333176;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11361e-05;OID=.;OPOS=180432416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chr5 180472498 . C T 1237.47 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0183515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.154;QD=58.9271;RBI=0.0807018;REFB=-0.0569454;REVB=-0.0785876;RO=2;SAF=49;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00456713;STB=0.502412;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000838288;OID=.;OPOS=180472498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:33:49:1:1:33:49:1:1 chr5 180472513 . A G 1525.91 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369367;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.865;QD=59.8397;RBI=0.0427879;REFB=0;REVB=-0.0215982;RO=1;SAF=59;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0392e-05;OID=.;OPOS=180472513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:1:0:99:102:1:40:59:0:1:42:60:0:0 chr5 180482899 . C T 388.44 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=7;FWDB=-0.049625;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.044;QD=17.6562;RBI=0.055302;REFB=-0.0152193;REVB=-0.0244063;RO=45;SAF=37;SAR=3;SRF=38;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214034;STB=0.612517;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0212669;OID=.;OPOS=180482899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:45:48:40:40:0.454545:3:37:38:7:3:37:41:7 chr5 180486247 . G T 1126.78 PASS AF=0.463035;AO=119;DP=259;FAO=119;FDP=257;FR=.;FRO=138;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=66;FSRR=72;FWDB=0.0186482;FXX=0.00772171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.77;QD=17.5375;RBI=0.0189669;REFB=-0.00514101;REVB=-0.00346243;RO=138;SAF=49;SAR=70;SRF=66;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657957;STB=0.536374;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00343062;OID=.;OPOS=180486247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:257:138:138:119:119:0.463035:70:49:66:72:70:49:66:72 chr5 180486785 . G C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00178504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.336;QD=14.3349;RBI=0.0158979;REFB=-0.0120959;REVB=-0.0157974;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705817;STB=0.540935;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0191246;OID=.;OPOS=180486785;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:14:12:9:8:14:12 chr5 180551462 . G A 644.78 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0141267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7229;QD=19.6879;RBI=0.0163934;REFB=0.0225125;REVB=-0.0083175;RO=65;SAF=33;SAR=32;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139423;STB=0.503875;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.026305;OID=.;OPOS=180551462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:65:66:65:65:0.496183:32:33:32:33:32:33:33:33 chr5 180600638 . T C 2679.51 PASS AF=0.994253;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00153706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.983;QD=61.5978;RBI=0.0427428;REFB=0.0076418;REVB=0.0427152;RO=0;SAF=87;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64744e-08;STB=0.50289;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=2.0003e-05;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:0:1:173:173:0.994253:86:87:0:0:86:87:0:1 chr5 180600702 . G C 2152.9 PASS AF=0.937888;AO=145;DP=159;FAO=151;FDP=161;FR=.;FRO=10;FSAF=66;FSAR=85;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0230058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.37;QD=53.4881;RBI=0.0232984;REFB=0.00743238;REVB=0.00368109;RO=10;SAF=61;SAR=84;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718376;STB=0.535207;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000142903;OID=.;OPOS=180600702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:159:161:10:10:145:151:0.937888:84:61:10:0:85:66:10:0 chr5 180600703 . T C 39.48 PASS AF=0.0880503;AO=10;DP=155;FAO=14;FDP=159;FR=.;FRO=145;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=63;FSRR=82;FWDB=-0.0938907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2471;QD=0.993091;RBI=0.0962687;REFB=-0.0116584;REVB=-0.0212651;RO=145;SAF=10;SAR=0;SRF=63;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574521;STB=0.933603;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.156239;OID=.;OPOS=180600703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:155:159:145:145:10:14:0.0880503:0:10:63:82:1:13:63:82 chr5 180615933 . T C 2046.05 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.56;QD=62.4747;RBI=0.0212646;REFB=0;REVB=0.0198479;RO=0;SAF=42;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.62864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87481e-05;OID=.;OPOS=180615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:89:42:0:0:89:42:0:0 chr5 180618713 . A AC 2045.34 PASS AF=0.994924;AO=174;DP=201;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=111;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.174828;FXX=0.00505025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.8147;QD=41.5298;RBI=0.19794;REFB=0.0491368;REVB=-0.0928193;RO=25;SAF=91;SAR=83;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758567;STB=0.502924;STBP=0.309;TYPE=ins;VARB=0.000544;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.994924:174:201:196:197:1:111:85:0:1:31:25:91:83:21:4 chr5 180626927 . A G 3824.43 PASS AF=0.958801;AO=252;DP=269;FAO=256;FDP=267;FR=.;FRO=11;FSAF=109;FSAR=147;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00949714;FXX=0.00743467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.898;QD=57.2948;RBI=0.00969289;REFB=0.00343637;REVB=-0.00193811;RO=10;SAF=109;SAR=143;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344231;STB=0.520236;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000153963;OID=.;OPOS=180626927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:269:267:10:11:252:256:0.958801:143:109:9:1:147:109:10:1 chr5 180645350 . G T 621.92 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00124127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.225;QD=18.1582;RBI=0.00975679;REFB=0.000462894;REVB=-0.00967751;RO=72;SAF=40;SAR=24;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280415;STB=0.512569;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.000728622;OID=.;OPOS=180645350;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:72:73:64:64:0.467153:24:40:43:29:24:40:44:29 chr5 180648971 . C A 823.07 PASS AF=0.445596;AO=86;DP=193;FAO=86;FDP=193;FR=.;FRO=107;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=68;FSRR=39;FWDB=0.00104006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.822;QD=17.0585;RBI=0.00249463;REFB=-0.00457379;REVB=0.00226747;RO=106;SAF=41;SAR=45;SRF=68;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163126;STB=0.587476;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00839017;OID=.;OPOS=180648971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:106:107:86:86:0.445596:45:41:68:38:45:41:68:39 chr5 180651231 . G A 120.15 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0333982;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.784;QD=24.0297;RBI=0.0649807;REFB=0.00041204;REVB=0.055741;RO=7;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218747;STB=0.620538;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.000345615;OID=.;OPOS=180651231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:2:11:7:0:2:11:7:0 chr5 180662357 . G A 455.1 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00435316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.684;QD=18.0238;RBI=0.0105331;REFB=-0.0162458;REVB=0.00959147;RO=53;SAF=20;SAR=28;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167248;STB=0.509302;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0200524;OID=.;OPOS=180662357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:28:20:23:30:28:20:23:30 chr6 203878 . C T 481.38 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0254037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.76;QD=15.9134;RBI=0.0254445;REFB=-0.00206474;REVB=-0.00143913;RO=68;SAF=26;SAR=27;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348798;STB=0.519506;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00211586;OID=.;OPOS=203878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:68:53:53:0.438017:27:26:31:37:27:26:31:37 chr6 203909 . A G 402.77 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0109087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.847;QD=13.6533;RBI=0.010974;REFB=-0.0154904;REVB=-0.00119499;RO=71;SAF=24;SAR=23;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487408;STB=0.527556;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0164753;OID=.;OPOS=203909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:71:47:47:0.398305:23:24:33:38:23:24:33:38 chr6 204072 . G T 713.22 PASS AF=0.477707;AO=74;DP=160;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0121527;FXX=0.0308623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.13;QD=18.1711;RBI=0.027023;REFB=-0.00835129;REVB=-0.0241361;RO=84;SAF=37;SAR=37;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457052;STB=0.528384;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00836821;OID=.;OPOS=204072;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:157:84:82:74:75:0.477707:37:37:46:38:37:38:46:36 chr6 335175 . A T 843.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.78;QD=57.1588;RBI=0.0244287;REFB=0;REVB=0.0243309;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24583e-05;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:55:59:1:20:35:0:0:22:37:0:0 chr6 348906 . G A 239.01 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.00354712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.268;QD=9.7554;RBI=0.00808575;REFB=-0.00350675;REVB=-0.00726618;RO=68;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588282;STB=0.53446;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00962278;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:68:68:30:30:0.306122:18:12:24:44:18:12:24:44 chr6 350829 . G A 1394.3 PASS AF=0.595349;AO=128;DP=215;FAO=128;FDP=215;FR=.;FRO=87;FSAF=72;FSAR=56;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.00322488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.844;QD=25.9405;RBI=0.00640413;REFB=-0.000695232;REVB=0.00553291;RO=86;SAF=72;SAR=56;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294787;STB=0.513829;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00045712;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:86:87:128:128:0.595349:56:72:45:41:56:72:46:41 chr6 350940 . T TA 218.44 PASS AF=0.338462;AO=42;DP=140;FAO=44;FDP=130;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0478934;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.2945;QD=6.7213;RBI=0.0544372;REFB=-0.00804241;REVB=-0.0258772;RO=97;SAF=19;SAR=23;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996907;STB=0.537798;STBP=0.56;TYPE=ins;VARB=0.0149546;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338462:42:140:44:130:86:20:24:44:42:99:97:19:23:52:45 chr6 553928 . T C 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.00972201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.141;QD=16.7315;RBI=0.0136348;REFB=-0.0408172;REVB=-0.00955987;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172638;STB=0.596272;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0347339;OID=.;OPOS=553928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:9:27:18:13:9:27 chr6 564145 . A G 318.18 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=33;FWDB=0.00136495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6794;QD=18.182;RBI=0.0262927;REFB=0.0243886;REVB=0.0262572;RO=36;SAF=5;SAR=29;SRF=3;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130324;STB=0.571918;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0252762;OID=.;OPOS=564145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:29:5:3:33:29:5:3:33 chr6 656143 . C A 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.281;QD=62.0075;RBI=0.0255435;REFB=0;REVB=-0.00532989;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.77018e-05;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr6 1395043 . T C 1207.06 PASS AF=0.402985;AO=136;DP=335;FAO=135;FDP=335;FR=.;FRO=200;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=113;FSRR=87;FWDB=-0.0136224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.912;QD=14.4127;RBI=0.0136224;REFB=-0.003868;REVB=-3.41408e-05;RO=197;SAF=68;SAR=68;SRF=110;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618466;STB=0.540988;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00601117;OID=.;OPOS=1395043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:197:200:136:135:0.402985:68:68:110:87:68:67:113:87 chr6 1523145 . C A,G 1325.92 PASS AF=0.486957,0.4;AO=56,46;DP=114;FAO=56,46;FDP=115;FR=.;FRO=13;FSAF=47,33;FSAR=9,13;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0184205,-0.0186501;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=160.807,33.9773;QD=46.119;RBI=0.0207732,0.0191706;REFB=0.0371545,0.0148815;REVB=-0.00960275,-0.00443663;RO=0;SAF=47,33;SAR=9,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.04056e-08,5.94744e-08;STB=0.69548,0.651076;STBP=0,0.001;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0100221,-0.0177376;OID=.,.;OPOS=1523145,1523145;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:114:115:0:13:56,46:56,46:0.486957,0.4:9,13:47,33:0:0:9,13:47,33:1:12 chr6 1742794 . A G 1751.26 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1469;QD=60.9133;RBI=0.0872843;REFB=0;REVB=0.0227648;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034873;OID=.;OPOS=1742794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:115:0:0:112:115:1:51:61:0:0:51:64:0:0 chr6 2623820 . G A 883.59 PASS AF=0.554839;AO=86;DP=155;FAO=86;FDP=155;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=19;FSRR=50;FWDB=-0.00245163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8593;QD=22.8024;RBI=0.0710719;REFB=-0.00909766;REVB=0.0710296;RO=67;SAF=33;SAR=53;SRF=19;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871268;STB=0.552222;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00950973;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:67:69:86:86:0.554839:53:33:19:48:53:33:19:50 chr6 2624053 . T A 668.32 PASS AF=0.456376;AO=68;DP=149;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.00916943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.057;QD=17.9414;RBI=0.00960544;REFB=-0.0174638;REVB=0.0028611;RO=81;SAF=30;SAR=38;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460522;STB=0.525566;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0199972;OID=.;OPOS=2624053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:81:81:68:68:0.456376:38:30:32:49:38:30:32:49 chr6 2664375 . C A 183.04 PASS AF=0.4;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0288031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.792;QD=13.3121;RBI=0.0351043;REFB=-0.00114864;REVB=-0.0200673;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100007;STB=0.569555;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00153733;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:33:22:22:0.4:15:7:13:19:15:7:14:19 chr6 2667031 . A G 396.59 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0154362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.555;QD=17.8244;RBI=0.0180068;REFB=-0.00154941;REVB=0.00927187;RO=46;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527111;STB=0.5178;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00150249;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:48:41:41:0.460674:21:20:25:21:21:20:25:23 chr6 2679676 . G A 367.75 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.00357168;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.915;QD=12.7914;RBI=0.00819958;REFB=-0.0101151;REVB=0.0073808;RO=70;SAF=14;SAR=30;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00486354;STB=0.504085;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0168138;OID=.;OPOS=2679676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:71:44:44:0.382609:30:14:22:48:30:14:23:48 chr6 2749381 . C T 1152.43 PASS AF=0.477366;AO=116;DP=243;FAO=116;FDP=243;FR=.;FRO=127;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=0.00483304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.792;QD=18.9701;RBI=0.0323826;REFB=-0.0070548;REVB=-0.03202;RO=126;SAF=66;SAR=50;SRF=66;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431981;STB=0.521923;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00775402;OID=.;OPOS=2749381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:126:127:116:116:0.477366:50:66:66:60:50:66:67:60 chr6 2766465 . T C 411.28 PASS AF=0.344371;AO=51;DP=152;FAO=52;FDP=151;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=33;FWDB=-0.0596023;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8184;QD=10.8949;RBI=0.0893868;REFB=-0.0129719;REVB=-0.066615;RO=99;SAF=43;SAR=8;SRF=66;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288356;STB=0.647944;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0394757;OID=.;OPOS=2766465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:99:99:51:52:0.344371:8:43:66:33:9:43:66:33 chr6 2889071 . A C 242.37 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00759305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.046;QD=29.3787;RBI=0.0123458;REFB=0.00804385;REVB=0.00973466;RO=11;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582042;STB=0.532134;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00641595;OID=.;OPOS=2889071;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:14:8:5:6:14:8:5:6 chr6 2955802 . T C 955.22 PASS AF=0.437768;AO=102;DP=234;FAO=102;FDP=233;FR=.;FRO=131;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=-0.00758705;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.751;QD=16.3986;RBI=0.0138374;REFB=-0.00105401;REVB=-0.011572;RO=132;SAF=45;SAR=57;SRF=60;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137234;STB=0.509577;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00189581;OID=.;OPOS=2955802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:132:131:102:102:0.437768:57:45:60:72:57:45:60:71 chr6 2959513 . C T 426.66 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0215244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5869;QD=16.4102;RBI=0.0306515;REFB=-0.00136243;REVB=-0.0218224;RO=55;SAF=23;SAR=24;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689863;STB=0.54715;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00160155;OID=.;OPOS=2959513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:57:47:47:0.451923:24:23:23:32:24:23:23:34 chr6 2994218 . C T 263.89 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0211708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.919;QD=19.5477;RBI=0.0965746;REFB=0.00953411;REVB=0.0942255;RO=26;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510882;STB=0.534566;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00999357;OID=.;OPOS=2994218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:26:27:28:0.518519:19:8:9:17:20:8:9:17 chr6 3010390 . C T 1982.16 PASS AF=0.984848;AO=129;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0562508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7117;QD=60.0654;RBI=0.0565295;REFB=-0.145225;REVB=0.00560628;RO=1;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674106;STB=0.500586;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00168038;OID=.;OPOS=3010390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:1:2:129:130:0.984848:70:59:0:1:70:60:1:1 chr6 3015790 . A G 4091.61 PASS AF=1;AO=262;DP=264;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912021;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.646;QD=62.2298;RBI=0.00989093;REFB=0.0266905;REVB=-0.00382782;RO=1;SAF=130;SAR=132;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00365329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38923e-05;OID=.;OPOS=3015790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:264:263:1:0:262:263:1:132:130:1:0:133:130:0:0 chr6 3015865 . C T 1195.29 PASS AF=0.48374;AO=119;DP=245;FAO=119;FDP=246;FR=.;FRO=127;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=46;FSRR=81;FWDB=-0.030047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.361;QD=19.4356;RBI=0.0313468;REFB=-0.00584366;REVB=0.00893325;RO=126;SAF=49;SAR=70;SRF=45;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053305;STB=0.526652;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00740191;OID=.;OPOS=3015865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:246:126:127:119:119:0.48374:70:49:45:81:70:49:46:81 chr6 3077141 . T C 3938.71 PASS AF=0.973684;AO=259;DP=269;FAO=259;FDP=266;FR=.;FRO=7;FSAF=116;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.028466;FXX=0.011152;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.979;QD=59.2287;RBI=0.0391264;REFB=-0.0631333;REVB=-0.0268433;RO=7;SAF=116;SAR=143;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227596;STB=0.511945;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000519635;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:269:266:7:7:259:259:0.973684:143:116:0:7:143:116:0:7 chr6 3154871 . A C 388.35 PASS AF=0.212418;AO=64;DP=307;FAO=65;FDP=306;FR=.;FRO=241;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=99;FSRR=142;FWDB=0.0187891;FXX=0.00325722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1537;QD=5.07641;RBI=0.0216088;REFB=-0.00250857;REVB=-0.0106728;RO=237;SAF=36;SAR=28;SRF=99;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184296;STB=0.611227;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0133469;OID=.;OPOS=3154871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:306:237:241:64:65:0.212418:28:36:99:138:29:36:99:142 chr6 3225759 . C A 109.8 PASS AF=0.166667;AO=21;DP=126;FAO=21;FDP=126;FR=.;FRO=105;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=-0.0178247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.309;QD=3.4856;RBI=0.0189323;REFB=-0.00483321;REVB=-0.00638053;RO=104;SAF=12;SAR=9;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18689;STB=0.61734;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0408102;OID=.;OPOS=3225759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:104:105:21:21:0.166667:9:12:44:60:9:12:45:60 chr6 3255327 . G A 691.11 PASS AF=0.443787;AO=75;DP=169;FAO=75;FDP=169;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=-0.0113933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2481;QD=16.3575;RBI=0.0623585;REFB=0.00779368;REVB=-0.0613089;RO=94;SAF=36;SAR=39;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869019;STB=0.548298;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00951819;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:94:94:75:75:0.443787:39:36:37:57:39:36:37:57 chr6 3255340 . A C 873.63 PASS AF=0.451923;AO=92;DP=208;FAO=94;FDP=208;FR=.;FRO=114;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=47;FSRR=67;FWDB=0.0228859;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.808;QD=16.8006;RBI=0.0274952;REFB=-0.00931798;REVB=-0.0152387;RO=116;SAF=46;SAR=46;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952513;STB=0.548067;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0110931;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:116:114:92:94:0.451923:46:46:47:69:47:47:47:67 chr6 3264440 . C G 731.88 PASS AF=0.406091;AO=80;DP=197;FAO=80;FDP=197;FR=.;FRO=117;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=-0.0343579;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1977;QD=14.8605;RBI=0.0469507;REFB=-0.0121853;REVB=-0.0319985;RO=116;SAF=36;SAR=44;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295184;STB=0.513621;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0209605;OID=.;OPOS=3264440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:116:117:80:80:0.406091:44:36:49:67:44:36:50:67 chr6 3264487 . T C 620.58 PASS AF=0.365854;AO=75;DP=206;FAO=75;FDP=205;FR=.;FRO=130;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=61;FSRR=69;FWDB=0.0645927;FXX=0.0284347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.476;QD=12.1089;RBI=0.0653544;REFB=-0.017981;REVB=0.0099488;RO=118;SAF=33;SAR=42;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285912;STB=0.518718;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0198168;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:118:130:75:75:0.365854:42:33:55:63:42:33:61:69 chr6 3264502 . G C 685.64 PASS AF=0.382075;AO=81;DP=211;FAO=81;FDP=212;FR=.;FRO=131;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=58;FSRR=73;FWDB=0.00880395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.626;QD=12.9366;RBI=0.00891354;REFB=0.00408779;REVB=-0.00139345;RO=130;SAF=38;SAR=43;SRF=58;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252415;STB=0.516397;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00609111;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:130:131:81:81:0.382075:43:38:58:72:43:38:58:73 chr6 3264527 . T C 488.39 PASS AF=0.361446;AO=59;DP=165;FAO=60;FDP=166;FR=.;FRO=106;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0545144;FXX=0.0119041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4721;QD=11.7685;RBI=0.0652213;REFB=-0.026007;REVB=-0.0358049;RO=104;SAF=28;SAR=31;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177304;STB=0.504621;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0473861;OID=.;OPOS=3264527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:104:106:59:60:0.361446:31:28:51:53:31:29:52:54 chr6 3438738 . G A 455.93 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00643587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.783;QD=15.3255;RBI=0.022094;REFB=-0.0036404;REVB=0.0211359;RO=67;SAF=20;SAR=31;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073503;STB=0.546052;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00552082;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:68:51:51:0.428571:31:20:31:36:31:20:32:36 chr6 3439595 . G GA 259.28 PASS AF=0.541176;AO=43;DP=88;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0330512;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.0863;QD=12.2012;RBI=0.041967;REFB=0.03769;REVB=-0.0258622;RO=43;SAF=18;SAR=25;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084733;STB=0.536067;STBP=0.493;TYPE=ins;VARB=-0.0340232;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541176:43:88:46:85:39:20:26:20:19:99:43:18:25:22:21 chr6 3727811 . C G 1010.91 PASS AF=0.436508;AO=110;DP=251;FAO=110;FDP=252;FR=.;FRO=142;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=72;FSRR=70;FWDB=-0.0192811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.215;QD=16.0463;RBI=0.0195918;REFB=-0.0106022;REVB=-0.00347572;RO=139;SAF=45;SAR=65;SRF=70;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962854;STB=0.555911;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0131135;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:139:142:110:110:0.436508:65:45:70:69:65:45:72:70 chr6 4031998 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0536578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.514;QD=44.6887;RBI=0.0536584;REFB=0;REVB=-0.00024126;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368181;OID=.;OPOS=4031998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr6 4069166 . C T 1065.9 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193527;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3056;QD=60.0505;RBI=0.0269569;REFB=0;REVB=-0.0187655;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043543;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:48:23:0:0:48:23:0:0 chr6 4074612 . A C 3158.95 PASS AF=0.938596;AO=209;DP=223;FAO=214;FDP=228;FR=.;FRO=14;FSAF=98;FSAR=116;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.048043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.237;QD=55.4201;RBI=0.0481211;REFB=-0.103815;REVB=-0.00273989;RO=3;SAF=93;SAR=116;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00604421;STB=0.515809;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00124281;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:223:228:3:14:209:214:0.938596:116:93:2:1:116:98:10:4 chr6 4428223 . C G 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0175351;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.328;QD=8.56752;RBI=0.0210992;REFB=-0.00717621;REVB=0.0117344;RO=37;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160392;STB=0.50979;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0203267;OID=.;OPOS=4428223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:7:7:18:19:7:7:18:19 chr6 5086069 . C CG 149.89 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015761;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.41;QD=22.206;RBI=0.126653;REFB=0;REVB=-0.125668;RO=24;SAF=1;SAR=2;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0177471;OID=.;OPOS=5086070;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:27:27:27:0:10:17:0:0:4:24:1:2:9:15 chr6 5086070 . A G 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.186;QD=55.6483;RBI=0.0504024;REFB=0;REVB=-0.0461066;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270914;OID=.;OPOS=5086070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr6 5086211 . G C 1410.75 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.639;QD=62.7001;RBI=0.0333902;REFB=0;REVB=0.0320865;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67492e-05;OID=.;OPOS=5086211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:57:32:0:0:57:33:0:0 chr6 5086558 . C A 4841.21 PASS AF=1;AO=311;DP=313;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119413;FXX=0.00638957;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.108;QD=62.2664;RBI=0.0454339;REFB=-0.147986;REVB=0.0438365;RO=0;SAF=186;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208995;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:313:311:0:0:311:311:1:125:186:0:0:125:186:0:0 chr6 5109650 . C T 815.69 PASS AF=0.48;AO=84;DP=175;FAO=84;FDP=175;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.0263978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.419;QD=18.6444;RBI=0.0841814;REFB=0.0102897;REVB=-0.0799354;RO=89;SAF=36;SAR=48;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00152844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0111533;OID=.;OPOS=5109650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:89:91:84:84:0.48:48:36:38:51:48:36:39:52 chr6 5139012 . C A 365.94 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0642223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8638;QD=52.2779;RBI=0.0809923;REFB=-0.125558;REVB=-0.0493483;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238509;STB=0.512811;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00405141;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:1:1:27:27:0.964286:19:8:0:1:19:8:0:1 chr6 5431340 . A G 2275.02 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00183921;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.979;QD=61.0743;RBI=0.0392607;REFB=0;REVB=0.0392176;RO=0;SAF=76;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192535;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:150:149:0:0:148:149:1:72:76:0:0:73:76:0:0 chr6 6003985 . C T 2456.01 PASS AF=0.493042;AO=247;DP=503;FAO=248;FDP=503;FR=.;FRO=255;FSAF=117;FSAR=131;FSRF=132;FSRR=123;FWDB=0.0616426;FXX=0.00396032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.507;QD=19.5309;RBI=0.0626634;REFB=-0.0258732;REVB=0.0112645;RO=255;SAF=116;SAR=131;SRF=132;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445458;STB=0.523267;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.024847;OID=.;OPOS=6003985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:503:503:255:255:247:248:0.493042:131:116:132:123:131:117:132:123 chr6 6145726 . A G 745.97 PASS AF=0.393665;AO=78;DP=212;FAO=87;FDP=221;FR=.;FRO=134;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=74;FSRR=60;FWDB=-0.0118567;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.145;QD=13.5018;RBI=0.0118679;REFB=-0.0152123;REVB=0.000516846;RO=134;SAF=56;SAR=22;SRF=74;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203681;STB=0.558391;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0212445;OID=.;OPOS=6145726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:221:134:134:78:87:0.393665:22:56:74:60:31:56:74:60 chr6 6174866 . G A 852.18 PASS AF=0.502924;AO=86;DP=170;FAO=86;FDP=171;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.00506725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.693;QD=19.9341;RBI=0.0126324;REFB=-0.00833595;REVB=-0.0115716;RO=84;SAF=39;SAR=47;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444117;STB=0.526948;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00754789;OID=.;OPOS=6174866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:84:85:86:86:0.502924:47:39:34:50:47:39:34:51 chr6 6320808 . T G 6628.1 PASS AF=1;AO=412;DP=414;FAO=421;FDP=421;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=236;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2264;QD=62.9748;RBI=0.0709007;REFB=0;REVB=-0.030995;RO=0;SAF=183;SAR=229;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105812;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:414:421:0:0:412:421:1:229:183:0:0:236:185:0:0 chr6 6938928 . C T 885.15 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.5335;QD=58.0428;RBI=0.0456646;REFB=0;REVB=0.0455567;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268581;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr6 7229346 . T C 369.45 PASS AF=0.36;AO=45;DP=125;FAO=45;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.0979089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.606;QD=11.8223;RBI=0.0979281;REFB=0.00713657;REVB=0.00194032;RO=80;SAF=18;SAR=27;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208309;STB=0.618995;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00857779;OID=.;OPOS=7229346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:80:80:45:45:0.36:27:18:47:33:27:18:47:33 chr6 7230680 . G T 438.11 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0191834;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.36;QD=19.0484;RBI=0.0246271;REFB=0.0026747;REVB=0.0154432;RO=48;SAF=27;SAR=17;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498454;STB=0.527765;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00304155;OID=.;OPOS=7230680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:17:27:27:21:17:27:27:21 chr6 7231843 . G A 327.19 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0680586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0611;QD=17.6859;RBI=0.0795119;REFB=-0.00580546;REVB=-0.0411117;RO=38;SAF=11;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109708;STB=0.570417;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00674956;OID=.;OPOS=7231843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:24:11:16:22:24:11:17:22 chr6 7246778 . T C 813.22 PASS AF=0.39485;AO=92;DP=234;FAO=92;FDP=233;FR=.;FRO=141;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=60;FSRR=81;FWDB=-0.00800008;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.83;QD=13.9608;RBI=0.012338;REFB=-0.016011;REVB=-0.00939282;RO=142;SAF=40;SAR=52;SRF=62;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00201637;STB=0.512352;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0330639;OID=.;OPOS=7246778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:142:141:92:92:0.39485:52:40:62:80:51:41:60:81 chr6 7247248 . T C 541.04 PASS AF=0.442748;AO=51;DP=124;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0446863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.079;QD=16.5202;RBI=0.046279;REFB=-0.0194779;REVB=0.0120367;RO=73;SAF=18;SAR=33;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648345;STB=0.562368;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0201342;OID=.;OPOS=7247248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:131:73:73:51:58:0.442748:33:18:30:43:40:18:30:43 chr6 7288544 . A C 135.02 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0377007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7077;QD=11.7409;RBI=0.0653724;REFB=-0.00194297;REVB=0.0534061;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257285;STB=0.664693;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0108256;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:15:16:0.347826:6:9:11:19:6:10:11:19 chr6 7289957 . CCA C 287.83 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00381915;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=2;MLLD=234.786;QD=12.6518;RBI=0.00445095;REFB=-0.00218032;REVB=-0.00228583;RO=46;SAF=13;SAR=30;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136484;STB=0.567628;STBP=0.268;TYPE=del;VARB=0.00257827;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472527:43:92:43:91:48:13:30:20:28:99:46:13:30:20:26 chr6 7295283 . T A 197.26 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0230545;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4746;QD=14.6115;RBI=0.0343114;REFB=-0.0415158;REVB=-0.0254118;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00565179;STB=0.503223;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0575532;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:12:11:15:16:12:11:15:16 chr6 7374207 . T G 195.21 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0142785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.168;QD=12.5939;RBI=0.0144813;REFB=-0.00894194;REVB=0.00241458;RO=38;SAF=15;SAR=9;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222626;STB=0.51281;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0137499;OID=.;OPOS=7374207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:9:15:23:15:9:15:23:15 chr6 7387236 . G A 367.28 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00265764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.554;QD=16.5068;RBI=0.0124611;REFB=-0.00381047;REVB=0.0121744;RO=50;SAF=23;SAR=16;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130357;STB=0.573296;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00520541;OID=.;OPOS=7387236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:16:23:23:27:16:23:23:27 chr6 7393452 . C T 262.3 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0342151;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1242;QD=14.7776;RBI=0.0795821;REFB=-0.0189342;REVB=-0.0718515;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080489;STB=0.535691;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0273561;OID=.;OPOS=7393452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:41:30:30:0.422535:12:18:27:13:12:18:27:14 chr6 7563983 . T G 3994.98 PASS AF=1;AO=256;DP=260;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219103;FXX=0.015384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8414;QD=62.4216;RBI=0.0228987;REFB=0;REVB=0.00665495;RO=0;SAF=93;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90295e-05;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:260:256:0:0:256:256:1:163:93:0:0:163:93:0:0 chr6 7572262 . A G 1510.66 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.439;QD=62.9441;RBI=0.0321703;REFB=0;REVB=0.0193932;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74915e-05;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:96:0:0:87:96:1:48:39:0:0:55:41:0:0 chr6 7576527 . G A 1438.38 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00055749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2079;QD=61.8659;RBI=0.132658;REFB=-0.107138;REVB=-0.132657;RO=0;SAF=60;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44018e-08;STB=0.504131;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000198707;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:32:60:0:0:32:60:1:0 chr6 7580958 . A G 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7942;QD=61.6773;RBI=0.0412601;REFB=0;REVB=-0.0401149;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341591;OID=.;OPOS=7580958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr6 7585967 . G C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.764;QD=62.0209;RBI=0.0460702;REFB=0;REVB=0.00493709;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130463;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr6 7601720 . C T 1952.12 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.082765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8638;QD=61.972;RBI=0.0839627;REFB=0;REVB=0.0141313;RO=0;SAF=53;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319419;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:73:53:0:0:73:53:0:0 chr6 7727522 . G C,GAGC 378.36 PASS AF=0.0471698,0.386792;AO=5,39;DP=114;FAO=5,41;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=3,24;FSAR=2,17;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0383625,-0.00810524;FXX=0.045041;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=134.981,158.968;QD=14.2778;RBI=0.0450249,0.0372024;REFB=-0.0417848,-0.0514502;REVB=0.0235702,0.0363087;RO=68;SAF=3,24;SAR=2,15;SRF=40;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0124311,0.0315238;STB=0.5,0.508978;STBP=1,0.903;TYPE=snp,ins;VARB=0.0957931,0.0699781;OID=.,.;OPOS=7727522,7727523;OREF=G,-;OALT=C,AGC;OMAPALT=C,GAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:114:106:68:60:5,39:5,41:0.0471698,0.386792:2,15:3,24:40:28:2,17:3,24:36:24 chr6 7862631 . G C 3622.32 PASS AF=1;AO=189;DP=232;FAO=231;FDP=231;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=120;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818173;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.838;QD=62.7242;RBI=0.0857196;REFB=0;REVB=0.0255689;RO=0;SAF=78;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00797512;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:231:0:0:189:231:1:111:78:0:0:111:120:0:0 chr6 7881864 . AG CC 250.19 PASS AF=0.224719;AO=40;DP=178;FAO=40;FDP=178;FR=.;FRO=138;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=68;FSRR=70;FWDB=0.00775213;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=130.463;QD=5.62231;RBI=0.0182001;REFB=-0.00690588;REVB=-0.0164666;RO=136;SAF=18;SAR=22;SRF=66;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448768;STB=0.533242;STBP=0.641;TYPE=mnp;VARB=0.0169107;OID=.;OPOS=7881864;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:136:138:40:40:0.224719:22:18:66:70:22:18:68:70 chr6 7881931 . T C 498.02 PASS AF=0.384106;AO=58;DP=151;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=-0.0094228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.139;QD=13.1926;RBI=0.032069;REFB=-0.00354292;REVB=0.0306534;RO=91;SAF=21;SAR=37;SRF=33;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000664328;STB=0.502344;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0105725;OID=.;OPOS=7881931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:91:93:58:58:0.384106:37:21:33:58:37:21:34:59 chr6 7883073 . C T 489.44 PASS AF=0.510638;AO=47;DP=93;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0136472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.112;QD=20.8271;RBI=0.0200203;REFB=-0.00957727;REVB=-0.014648;RO=45;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380987;STB=0.5102;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0122024;OID=.;OPOS=7883073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:45:46:47:48:0.510638:22:25:22:23:23:25:23:23 chr6 7986847 . G A 2383.14 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7335;QD=63.977;RBI=0.110022;REFB=0;REVB=0.00440084;RO=0;SAF=42;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282465;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:147:149:1:105:42:0:0:105:44:0:0 chr6 7988189 . T C 2141.74 PASS AF=0.943396;AO=148;DP=158;FAO=150;FDP=159;FR=.;FRO=9;FSAF=63;FSAR=87;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0324356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.941;QD=53.8803;RBI=0.0329634;REFB=-0.0117404;REVB=-0.00587522;RO=1;SAF=61;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00773302;STB=0.533329;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00142512;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:158:159:1:9:148:150:0.943396:87:61:1:0:87:63:9:0 chr6 8015129 . T C 1208.74 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.972;QD=61.2019;RBI=0.0579312;REFB=0;REVB=0.00201585;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104808;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr6 8428136 . TA GT,TAAGT 270.53 PASS AF=0.04,0.52;AO=2,24;DP=52;FAO=2,26;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=2,20;FSAR=0,6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00706193,0.00903208;FXX=0.0384541;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=68.4806,202.37;QD=21.6422;RBI=0.0572524,0.0188938;REFB=0.00810296,-0.0228133;REVB=0.0568152,-0.0165951;RO=21;SAF=2,19;SAR=0,5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.494107,0.274504;STB=0.994219,0.624896;STBP=0.19,0.081;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0904817,0.0163796;OID=.,.;OPOS=8428136,8428138;OREF=TA,-;OALT=GT,AGT;OMAPALT=GT,TAAGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:52:50:21:22:2,24:2,26:0.04,0.52:0,5:2,19:11:10:0,6:2,20:12:10 chr6 8430049 . G A 635.06 PASS AF=0.330544;AO=80;DP=240;FAO=79;FDP=239;FR=.;FRO=160;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=81;FSRR=79;FWDB=-0.0856267;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3853;QD=10.6285;RBI=0.0881395;REFB=-0.0149564;REVB=-0.020896;RO=159;SAF=31;SAR=49;SRF=81;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143402;STB=0.577238;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.027623;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:159:160:80:79:0.330544:49:31:81:78:48:31:81:79 chr6 8435454 . T C 1190.5 PASS AF=0.466912;AO=98;DP=244;FAO=127;FDP=272;FR=.;FRO=145;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=46;FSRR=99;FWDB=0.16365;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.395;QD=17.5073;RBI=0.163887;REFB=-0.043501;REVB=-0.00879529;RO=122;SAF=21;SAR=77;SRF=30;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454121;STB=0.547639;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0445388;OID=.;OPOS=8435454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:272:122:145:98:127:0.466912:77:21:30:92:76:51:46:99 chr6 9776058 . G A 445.94 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0216288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1862;QD=15.3772;RBI=0.0384303;REFB=-0.0116793;REVB=-0.0317661;RO=62;SAF=25;SAR=25;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319467;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204922;OID=.;OPOS=9776058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:66:50:50:0.431034:25:25:33:29:25:25:33:33 chr6 10439968 . T C 857.19 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.876;QD=57.146;RBI=0.0600086;REFB=0;REVB=-0.00240556;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144349;OID=.;OPOS=10439968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:60:0:0:53:60:1:30:23:0:0:30:30:0:0 chr6 10587038 . C G 1450.65 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246495;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4736;QD=63.765;RBI=0.00886642;REFB=0;REVB=0.00851689;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345482;OID=.;OPOS=10587038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr6 10729020 . C T 617.23 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0622511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8422;QD=20.0724;RBI=0.0659365;REFB=0.00620918;REVB=-0.0217355;RO=60;SAF=19;SAR=44;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219305;STB=0.621222;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00805535;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:60:60:63:63:0.512195:44:19:32:28:44:19:32:28 chr6 10753107 . T A 3095.11 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.831;QD=63.8168;RBI=0.0529193;REFB=0;REVB=0.0408444;RO=0;SAF=93;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118193;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:194:194:1:101:93:0:0:101:93:0:0 chr6 10763312 . G A 702.24 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.007;QD=62.4213;RBI=0.0186482;REFB=0;REVB=0.0186206;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60312e-05;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:22:20:0:0:24:21:0:0 chr6 10764727 . A G 2102.59 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.721;QD=62.7638;RBI=0.0111836;REFB=0;REVB=-0.00945916;RO=0;SAF=61;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.72667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13062e-06;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:73:61:0:0:73:61:0:0 chr6 10891781 . C T 1556.43 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.554;QD=59.8628;RBI=0.0101067;REFB=0;REVB=0.00064016;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36208e-05;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chr6 10955408 . C T 1990.35 PASS AF=0.992308;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.064813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0353;QD=61.2417;RBI=0.0649781;REFB=-0.0267773;REVB=-0.00462971;RO=1;SAF=49;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597794;STB=0.503144;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000539137;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:130:1:1:128:129:0.992308:79:49:0:1:79:50:0:1 chr6 10981053 . G A 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00864439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.946;QD=14.7663;RBI=0.0330597;REFB=-0.00575154;REVB=-0.0319096;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382528;STB=0.514274;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.007869;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:15:10:14:18:15:10:14:19 chr6 11185257 . A T 591.86 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0680213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4845;QD=56.3675;RBI=0.13479;REFB=-0.159407;REVB=-0.116368;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177001;STB=0.507809;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00215579;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:26:14:0:1:26:14:1:1 chr6 11185533 . G A 1079.78 PASS AF=0.449612;AO=116;DP=258;FAO=116;FDP=258;FR=.;FRO=142;FSAF=35;FSAR=81;FSRF=61;FSRR=81;FWDB=-0.00761307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.277;QD=16.7408;RBI=0.00893627;REFB=-0.0140649;REVB=0.00467954;RO=142;SAF=35;SAR=81;SRF=61;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140787;STB=0.578299;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0165144;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:142:142:116:116:0.449612:81:35:61:81:81:35:61:81 chr6 11190626 . A G 2604.0 PASS AF=0.988372;AO=169;DP=172;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00665766;FXX=0.0114936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.155;QD=60.558;RBI=0.00667143;REFB=-0.0763367;REVB=0.000428466;RO=2;SAF=83;SAR=86;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109384;STB=0.505746;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=6.0513e-05;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:172:172:2:2:169:170:0.988372:86:83:0:2:86:84:0:2 chr6 11192575 . C T 2332.35 PASS AF=0.993548;AO=152;DP=153;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0224338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3972;QD=60.1896;RBI=0.0227672;REFB=-0.0294143;REVB=0.00388222;RO=0;SAF=71;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66707e-08;STB=0.50303;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-4.04759e-05;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:155:0:1:152:154:0.993548:81:71:0:0:82:72:0:1 chr6 11576130 . T C 1916.75 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0930331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3432;QD=58.977;RBI=0.107391;REFB=0.030891;REVB=0.0536437;RO=1;SAF=41;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549405;STB=0.509014;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0001287;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:130:1:3:127:127:0.976923:86:41:0:1:86:41:2:1 chr6 11581374 . T C 437.88 PASS AF=0.4;AO=51;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.0175732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8516;QD=14.0123;RBI=0.0212481;REFB=-0.0160846;REVB=0.0119442;RO=72;SAF=30;SAR=21;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2194;STB=0.634017;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0219399;OID=.;OPOS=11581374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:75:51:50:0.4:21:30:27:45:20:30:28:47 chr6 11644302 . T C 262.91 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.100485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.548;QD=47.8017;RBI=0.101228;REFB=-0.0327868;REVB=0.0122373;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0057628;OID=.;OPOS=11644302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:1:0:13:8:1:0 chr6 11644518 . C T 1501.29 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599314;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1324;QD=60.0515;RBI=0.0615975;REFB=0;REVB=0.0142295;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772148;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:48:51:0:0:48:52:0:0 chr6 12122645 . A G 1679.32 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.092;QD=59.4451;RBI=0.0217148;REFB=0.038518;REVB=0.001887;RO=1;SAF=53;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088742;STB=0.504672;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-6.19321e-05;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:59:53:1:0:59:53:1:0 chr6 12122773 . T C 321.95 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00723637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.968;QD=16.5101;RBI=0.0128857;REFB=0.00538879;REVB=0.010662;RO=43;SAF=12;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162514;STB=0.579337;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00550829;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:43:34:35:0.448718:22:12:22:21:22:13:22:21 chr6 12124587 . C G 385.25 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0507814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.66;QD=23.3483;RBI=0.0547947;REFB=-0.0270307;REVB=0.0205842;RO=28;SAF=17;SAR=21;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146876;STB=0.508073;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0205506;OID=.;OPOS=12124587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:21:17:12:16:21:17:12:16 chr6 12294258 . A G 2230.05 PASS AF=0.979452;AO=142;DP=146;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00115101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.104;QD=61.0972;RBI=0.00673039;REFB=-0.0444871;REVB=-0.00663124;RO=3;SAF=75;SAR=67;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768323;STB=0.503935;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-1.93432e-05;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:146:146:3:3:142:143:0.979452:67:75:1:2:68:75:1:2 chr6 12296255 . G T 2913.67 PASS AF=1;AO=184;DP=186;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851062;FXX=0.0212755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.751;QD=63.3406;RBI=0.0406094;REFB=0;REVB=-0.0397075;RO=0;SAF=93;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9405e-05;OID=.;OPOS=12296255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:184:0:0:184:184:1:91:93:0:0:91:93:0:0 chr6 13053654 . A AC 188.52 PASS AF=0.471264;AO=32;DP=92;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0138409;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.8847;QD=8.66744;RBI=0.0807101;REFB=-0.0510253;REVB=0.0795144;RO=59;SAF=0;SAR=32;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.803462;STB=0.892567;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0593025;OID=.;OPOS=13053655;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471264:32:92:41:87:46:1:40:14:32:99:59:0:32:19:40 chr6 13288648 . A G 285.8 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0049205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.642;QD=13.1401;RBI=0.0100765;REFB=0.00362528;REVB=-0.00879338;RO=52;SAF=14;SAR=19;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613052;STB=0.535944;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00530559;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:54:33:33:0.37931:19:14:25:27:19:14:26:28 chr6 13288679 . GCT G 178.46 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0039933;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.771;QD=10.6544;RBI=0.0039933;REFB=-0.0447752;REVB=5.56676e-06;RO=39;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129551;STB=0.603125;STBP=0.218;TYPE=del;VARB=0.0723064;OID=.;OPOS=13288680;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.343284:23:67:23:67:44:8:15:22:22:99:39:8:15:18:21 chr6 13295502 . T C 485.42 PASS AF=0.317949;AO=61;DP=194;FAO=62;FDP=195;FR=.;FRO=133;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=72;FSRR=61;FWDB=0.00549508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.132;QD=9.95738;RBI=0.0081427;REFB=-0.0151227;REVB=-0.00600896;RO=132;SAF=27;SAR=34;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121248;STB=0.561036;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0237114;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:132:133:61:62:0.317949:34:27:72:60:34:28:72:61 chr6 13295515 . A C 553.12 PASS AF=0.343284;AO=69;DP=203;FAO=69;FDP=201;FR=.;FRO=132;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=0.0381868;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.389;QD=11.0073;RBI=0.0383768;REFB=-0.00573507;REVB=0.00381443;RO=132;SAF=30;SAR=39;SRF=68;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925189;STB=0.548009;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00906079;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:201:132:132:69:69:0.343284:39:30:68:64:39:30:67:65 chr6 13295536 . C T 577.28 PASS AF=0.345;AO=69;DP=200;FAO=69;FDP=200;FR=.;FRO=131;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=0.0611886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0358;QD=11.5455;RBI=0.0631499;REFB=0.000125907;REVB=0.015616;RO=130;SAF=28;SAR=41;SRF=66;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117594;STB=0.569841;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000540605;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:130:131:69:69:0.345:41:28:66:64:41:28:67:64 chr6 13361088 . A G 1507.28 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.683;QD=58.5352;RBI=0.0311757;REFB=-0.064902;REVB=-0.00908405;RO=1;SAF=46;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102019;STB=0.505262;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000506544;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:1:1:101:102:0.990291:55:46:1:0:55:47:1:0 chr6 13470113 . A T 1283.17 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.768;QD=61.8393;RBI=0.0758152;REFB=0;REVB=0.0731544;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435829;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr6 13487087 . G A 359.19 PASS AF=0.463415;AO=35;DP=79;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0336083;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.418;QD=17.5213;RBI=0.0381258;REFB=-0.0243254;REVB=0.0180018;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153955;STB=0.560944;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0378736;OID=.;OPOS=13487087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:44:44:35:38:0.463415:16:19:17:27:19:19:17:27 chr6 13547958 . C T 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8193;QD=60.5452;RBI=0.0192292;REFB=0;REVB=0.0172045;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39602e-05;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:32:43:0:0:32:43:0:0 chr6 13548165 . A G 660.88 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.014907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.438;QD=48.9537;RBI=0.0218547;REFB=-0.0764261;REVB=-0.0159814;RO=4;SAF=13;SAR=37;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124809;STB=0.566639;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00153426;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:4:4:50:50:0.925926:37:13:4:0:37:13:4:0 chr6 13794110 . C A 240.15 PASS AF=0.465517;AO=28;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0101326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.113;QD=16.5617;RBI=0.010216;REFB=0.0133141;REVB=0.00130267;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127236;STB=0.592524;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0197693;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:28:27:0.465517:16:12:17:13:16:11:18:13 chr6 13801615 . T C 213.47 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.012974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3694;QD=16.1108;RBI=0.0400606;REFB=0.0165995;REVB=0.0379016;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775123;STB=0.543824;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0193691;OID=.;OPOS=13801615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:11:13:18:11:11:13:18:11 chr6 13978275 . A C 726.99 PASS AF=0.403846;AO=83;DP=208;FAO=84;FDP=208;FR=.;FRO=124;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=0.00939236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5876;QD=13.9805;RBI=0.0447302;REFB=-0.00449533;REVB=0.043733;RO=124;SAF=36;SAR=47;SRF=52;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156533;STB=0.505617;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00647593;OID=.;OPOS=13978275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:124:124:83:84:0.403846:47:36:52:72:48:36:52:72 chr6 13978618 . C G 575.99 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00573532;FXX=0.0190458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.269;QD=22.3687;RBI=0.00643612;REFB=-0.0161352;REVB=-0.00292057;RO=45;SAF=19;SAR=38;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590077;STB=0.528561;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0132046;OID=.;OPOS=13978618;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:45:46:57:57:0.553398:38:19:18:27:38:19:18:28 chr6 13978802 . TCTC T 302.01 PASS AF=0.368421;AO=34;DP=100;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0142455;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.544;QD=12.716;RBI=0.0237256;REFB=-0.0367853;REVB=-0.0189729;RO=62;SAF=17;SAR=17;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180824;STB=0.501504;STBP=0.957;TYPE=del;VARB=0.0590793;OID=.;OPOS=13978803;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:34:100:35:95:60:18:17:31:29:99:62:17:17:32:30 chr6 13978837 . G T 281.73 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0249522;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.304;QD=12.1172;RBI=0.0250395;REFB=-0.018958;REVB=0.00208908;RO=60;SAF=18;SAR=15;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136602;STB=0.507869;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0550604;OID=.;OPOS=13978837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:60:60:33:33:0.354839:15:18:32:28:15:18:32:28 chr6 13978854 . G T 602.15 PASS AF=0.593407;AO=54;DP=90;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0175264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.475;QD=26.4681;RBI=0.0384316;REFB=-0.0113889;REVB=-0.0342026;RO=36;SAF=27;SAR=27;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1429;STB=0.582388;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00742457;OID=.;OPOS=13978854;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:36:37:54:54:0.593407:27:27:25:11:27:27:26:11 chr6 13979526 . A G 258.67 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00230779;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=235.114;QD=16.4236;RBI=0.00722718;REFB=-0.00611794;REVB=0.00684881;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301048;STB=0.668328;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00715488;OID=.;OPOS=13979526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:17:12:25:9:17:12:25:9 chr6 13980527 . G A 214.11 PASS AF=0.22;AO=33;DP=150;FAO=33;FDP=150;FR=.;FRO=117;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=80;FSRR=37;FWDB=-0.0127249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.455;QD=5.70969;RBI=0.012725;REFB=-0.00875274;REVB=2.71232e-05;RO=111;SAF=21;SAR=12;SRF=79;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107231;STB=0.540806;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0319116;OID=.;OPOS=13980527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:111:117:33:33:0.22:12:21:79:32:12:21:80:37 chr6 14131804 . G A 1063.4 PASS AF=0.475983;AO=109;DP=229;FAO=109;FDP=229;FR=.;FRO=120;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=47;FSRR=73;FWDB=0.0123088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.291;QD=18.5747;RBI=0.0224182;REFB=-0.0218318;REVB=0.0187369;RO=120;SAF=51;SAR=58;SRF=47;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731796;STB=0.540308;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0220213;OID=.;OPOS=14131804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:120:120:109:109:0.475983:58:51:47:73:58:51:47:73 chr6 15513482 . G A 972.74 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2676;QD=58.9537;RBI=0.00993724;REFB=0;REVB=0.00246283;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14841e-05;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr6 15523316 . A G 832.8 PASS AF=0.47027;AO=71;DP=170;FAO=87;FDP=185;FR=.;FRO=98;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=-0.00466931;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2668;QD=18.0064;RBI=0.0236049;REFB=-0.0136106;REVB=0.0231385;RO=93;SAF=34;SAR=37;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718243;STB=0.51487;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0174351;OID=.;OPOS=15523316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:185:93:98:71:87:0.47027:37:34:38:55:50:37:39:59 chr6 15586009 . G T 1952.07 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.465;QD=61.9706;RBI=0.0288878;REFB=0;REVB=-0.0167988;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3038e-06;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:62:64:0:0:62:64:0:0 chr6 16145325 . A G 2143.57 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00441502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.252;QD=62.1325;RBI=0.0126698;REFB=-0.0551395;REVB=0.0118757;RO=1;SAF=67;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674335;STB=0.503546;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=3.97092e-06;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:70:67:0:1:70:67:0:1 chr6 16148176 . G A 824.37 PASS AF=0.494118;AO=84;DP=170;FAO=84;FDP=170;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.00230767;FXX=0.00584761;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.409;QD=19.397;RBI=0.00961994;REFB=-0.00777855;REVB=-0.00933905;RO=85;SAF=37;SAR=47;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015739;STB=0.511251;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00777782;OID=.;OPOS=16148176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:85:86:84:84:0.494118:47:37:36:49:47:37:36:50 chr6 16290761 . T A 2935.68 PASS AF=0.984772;AO=193;DP=197;FAO=194;FDP=197;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0294783;FXX=0.0198995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.367;QD=59.6077;RBI=0.0327222;REFB=-0.082649;REVB=0.0142046;RO=3;SAF=84;SAR=109;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00302167;STB=0.501546;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.000295224;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:197:197:3:3:193:194:0.984772:109:84:1:2:110:84:1:2 chr6 16305343 . TGTTTTTG GTTTTTTG,TGTTTTTT,TGTTTTTTG 42.91 PASS AF=0,0.0263158,0.342105;AO=2,2,5;DP=39;FAO=0,1,13;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=0,0,6;FSAR=0,1,7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00927189,0.00217803,0.138971;FXX=0;HRUN=8,1,5;LEN=2,1,1;MLLD=13.3133,206.486,9.59178;QD=4.51679;RBI=0.167475,0.00238684,0.290372;REFB=-0.0769673,-0.0153058,-0.101286;REVB=-0.167218,0.000976314,-0.254956;RO=19;SAF=0,0,4;SAR=2,2,1;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.576337,-0.576337,0.235877;STB=0.5,0.990558,0.551788;STBP=1,0.282,0.648;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0,0.272997,0.119707;OID=.,.,.;OPOS=16305343,16305350,16305345;OREF=TG,G,-;OALT=GT,T,T;OMAPALT=GTTTTTTG,TGTTTTTT,TGTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:39:39:38:19:24:2,2,5:0,1,13:0,0.0263158,0.342105:2,2,1:0,0,4:12:7:0,1,7:0,0,6:13:11 chr6 16306866 . G A 1191.86 PASS AF=0.558824;AO=114;DP=205;FAO=114;FDP=204;FR=.;FRO=90;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.00709802;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.298;QD=23.3698;RBI=0.0136581;REFB=-0.00923442;REVB=-0.0116689;RO=90;SAF=50;SAR=64;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681769;STB=0.537111;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00575416;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:90:90:114:114:0.558824:64:50:47:43:64:50:47:43 chr6 16327330 . T C 728.87 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4471;QD=57.1662;RBI=0.0184556;REFB=0;REVB=-0.00247919;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253558;OID=.;OPOS=16327330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr6 16327615 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.003;QD=57.5442;RBI=0.0566454;REFB=0;REVB=0.0554316;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144341;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr6 16327654 . G A 102.74 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00189415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.48;QD=6.04342;RBI=0.00972496;REFB=-0.00217233;REVB=-0.00953872;RO=52;SAF=12;SAR=4;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237967;STB=0.649799;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0152661;OID=.;OPOS=16327654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:4:12:30:22:4:12:30:22 chr6 17293563 . G C 990.42 PASS AF=0.45815;AO=104;DP=227;FAO=104;FDP=227;FR=.;FRO=123;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=0.0523806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.143;QD=17.4522;RBI=0.0562043;REFB=-0.0187715;REVB=0.0203764;RO=123;SAF=43;SAR=61;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579209;STB=0.532078;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0230471;OID=.;OPOS=17293563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:123:123:104:104:0.45815:61:43:58:65:61:43:58:65 chr6 17543302 . A G 2167.92 PASS AF=0.955128;AO=148;DP=156;FAO=149;FDP=156;FR=.;FRO=7;FSAF=66;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00961125;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=288.34;QD=55.5878;RBI=0.0249142;REFB=-0.0574061;REVB=-0.0229856;RO=6;SAF=65;SAR=83;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796087;STB=0.507159;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.000183209;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:156:156:6:7:148:149:0.955128:83:65:2:4:83:66:2:5 chr6 17629616 . G A 1381.54 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.387;QD=61.4018;RBI=0.0177496;REFB=-0.0976233;REVB=-9.90409e-05;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.505881;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000223423;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:42:47:0:0:42:47:0:1 chr6 17633061 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.474;QD=62.9812;RBI=0.0568033;REFB=0;REVB=0.00351386;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018874;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:26:19:0:0 chr6 17665479 . G C 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0388348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.822;QD=22.0562;RBI=0.0409309;REFB=-0.0156108;REVB=-0.0129303;RO=38;SAF=27;SAR=17;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159668;STB=0.508799;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0115486;OID=.;OPOS=17665479;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:17:27:24:14:17:27:24:14 chr6 17675246 . T C 369.44 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.046683;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.192;QD=12.9628;RBI=0.0510834;REFB=-0.00815733;REVB=-0.0207415;RO=70;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835162;STB=0.547304;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0168716;OID=.;OPOS=17675246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:70:70:44:44:0.385965:25:19:25:45:25:19:25:45 chr6 17688798 . G A 443.11 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00195896;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.863;QD=14.8945;RBI=0.00610715;REFB=0.00451583;REVB=-0.00578443;RO=69;SAF=25;SAR=25;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673017;STB=0.5378;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00551144;OID=.;OPOS=17688798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:69:69:50:50:0.420168:25:25:39:30:25:25:39:30 chr6 17731096 . A G 544.42 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00521824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.405;QD=17.013;RBI=0.0396076;REFB=-0.00591045;REVB=0.0392623;RO=70;SAF=28;SAR=30;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252008;STB=0.514034;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00600869;OID=.;OPOS=17731096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:70:58:58:0.453125:30:28:32:38:30:28:32:38 chr6 17737690 . T A 170.88 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.032705;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.3484;QD=12.4278;RBI=0.0364735;REFB=-0.00429102;REVB=0.0161463;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00781564;STB=0.514717;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00770319;OID=.;OPOS=17737690;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:34:21:21:0.381818:10:11:17:15:10:11:17:17 chr6 17764530 . C T 1643.35 PASS AF=0.990991;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.013009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4078;QD=59.2199;RBI=0.0221819;REFB=-0.0323567;REVB=-0.0179666;RO=2;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155578;STB=0.503999;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00172656;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:2:1:108:110:0.990991:60:48:0:2:62:48:0:1 chr6 17794494 . G A 2999.58 PASS AF=1;AO=185;DP=190;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126819;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.492;QD=63.4832;RBI=0.0219971;REFB=0;REVB=0.0179733;RO=0;SAF=94;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298853;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:189:0:0:185:189:1:91:94:0:0:94:95:0:0 chr6 17951668 . TAAAAA TAA,TA,TAAAAT 122.7 PASS AF=0,0.666667,0.277778;AO=3,4,2;DP=23;FAO=0,12,5;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,0;FSAR=0,12,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-2.1035e-06,-2.80466e-06,-4.92675e-06;FXX=0.249896;HRUN=16,16,16;LEN=3,4,1;MLLD=7.9545,9.96399,120.397;QD=27.2666;RBI=0.00812586,0.00611592,0.0232271;REFB=0.0426374,0.0338808,0.0108762;REVB=-0.00812586,-0.00611592,-0.0232271;RO=1;SAF=0,0,0;SAR=3,4,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0376644,-0.0393187,0.117202;OID=.,.,.;OPOS=17951669,17951669,17951673;OREF=AAA,AAAA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAA,TA,TAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.666667,0.277778:3,4,2:23:0,12,5:18:1:0,0,0:0,12,5:0:1:26:1:0,0,0:3,4,2:0:1 chr6 18122506 . G A 409.12 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00754977;FXX=0.00980296;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.521;QD=16.2028;RBI=0.00853;REFB=-0.0160875;REVB=0.00397014;RO=54;SAF=23;SAR=22;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830455;STB=0.555531;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.020418;OID=.;OPOS=18122506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:54:56:45:45:0.445545:22:23:23:31:22:23:23:33 chr6 18139214 . G A 306.56 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0061388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.516;QD=13.0452;RBI=0.0154219;REFB=-0.00949014;REVB=-0.0141474;RO=59;SAF=12;SAR=23;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754356;STB=0.543282;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.013134;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:23:12:24:35:23:12:24:35 chr6 18161563 . G A 282.2 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0161604;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.475;QD=14.8529;RBI=0.0197848;REFB=-0.0137185;REVB=-0.0114139;RO=45;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157903;STB=0.523241;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.017699;OID=.;OPOS=18161563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:45:44:31:32:0.421053:17:14:21:24:18:14:21:23 chr6 18188091 . T C 797.77 PASS AF=0.42381;AO=89;DP=210;FAO=89;FDP=210;FR=.;FRO=121;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=74;FSRR=47;FWDB=0.0028872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.822;QD=15.1957;RBI=0.00620431;REFB=-0.0125936;REVB=-0.00549159;RO=121;SAF=51;SAR=38;SRF=74;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409519;STB=0.522835;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0153391;OID=.;OPOS=18188091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:121:121:89:89:0.42381:38:51:74:47:38:51:74:47 chr6 18215303 . T C 7093.21 PASS AF=1;AO=442;DP=446;FAO=443;FDP=443;FR=.;FRO=0;FSAF=201;FSAR=242;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394107;FXX=0.00672631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.25;QD=64.0471;RBI=0.0582596;REFB=0;REVB=-0.0429067;RO=0;SAF=200;SAR=242;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51996e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29932e-05;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:446:443:0:0:442:443:1:242:200:0:0:242:201:0:0 chr6 18466675 . TAA TA,TAT,TTA 1504.22 PASS AF=0,0.971154,0.0288462;AO=13,80,5;DP=104;FAO=0,101,3;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=0,47,2;FSAR=0,54,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654987,0.0719465,0.0322427;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=22.9551,35.885,6.46824;QD=57.8548;RBI=0.0800973,0.0729986,0.081587;REFB=0,0,0;REVB=0.0461031,-0.012349,-0.0749456;RO=0;SAF=10,36,3;SAR=3,44,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.28538e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,-0.000234576,0.0837805;OID=.,.,.;OPOS=18466676,18466677,18466676;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TA,TAT,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.971154,0.0288462:13,80,5:104:0,101,3:104:0:0,47,2:0,54,1:0:0:7:0:10,36,3:3,44,2:0:0 chr6 18466750 . C T 706.58 PASS AF=0.449704;AO=76;DP=170;FAO=76;FDP=169;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=61;FWDB=0.000209262;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.509;QD=16.7237;RBI=0.0030721;REFB=-0.00989966;REVB=0.00306496;RO=93;SAF=37;SAR=39;SRF=32;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142413;STB=0.578919;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0107805;OID=.;OPOS=18466750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:93:93:76:76:0.449704:39:37:32:61:39:37:32:61 chr6 18836419 . G C 541.61 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0098028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.637;QD=24.9014;RBI=0.0102392;REFB=0.00668846;REVB=-0.00295729;RO=35;SAF=21;SAR=29;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114652;STB=0.57436;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00576526;OID=.;OPOS=18836419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:37:50:50:0.574713:29:21:20:15:29:21:22:15 chr6 19838862 . C T 5812.47 PASS AF=0.478438;AO=588;DP=1231;FAO=588;FDP=1229;FR=.;FRO=641;FSAF=348;FSAR=240;FSRF=399;FSRR=242;FWDB=-0.00252344;FXX=0.00243505;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.286;QD=18.9177;RBI=0.00252344;REFB=-0.016225;REVB=4.14317e-06;RO=640;SAF=348;SAR=240;SRF=399;SRR=241;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03131;STB=0.516633;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0182066;OID=.;OPOS=19838862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1231:1229:640:641:588:588:0.478438:240:348:399:241:240:348:399:242 chr6 20282269 . T C 708.75 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.679;QD=60.3187;RBI=0.0377132;REFB=0;REVB=0.0314168;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109935;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:43:47:1:21:22:0:0:21:26:0:0 chr6 20599619 . C T 1007.26 PASS AF=0.527174;AO=96;DP=184;FAO=97;FDP=184;FR=.;FRO=87;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.00120295;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.108;QD=21.8969;RBI=0.0235494;REFB=-0.01628;REVB=-0.0235187;RO=84;SAF=54;SAR=42;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128755;STB=0.518334;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0165094;OID=.;OPOS=20599619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:84:87:96:97:0.527174:42:54:46:38:42:55:46:41 chr6 20599628 . C T 789.02 PASS AF=0.453552;AO=84;DP=183;FAO=83;FDP=183;FR=.;FRO=100;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.0343928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.628;QD=17.2464;RBI=0.0346824;REFB=-0.0188598;REVB=0.00447247;RO=97;SAF=40;SAR=44;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877131;STB=0.542577;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0206979;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:97:100:84:83:0.453552:44:40:55:42:43:40:56:44 chr6 20758807 . CGTTTTT CGTTTTG,CGTTT,CGTTTT,TCGTTTT 340.98 PASS AF=0.179104,0.58209,0.238806,0;AO=3,15,16,4;DP=66;FAO=12,39,16,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33,16,0;FSAR=12,6,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312042,-0.0757004,-0.280159,-0.0267723;FXX=0.0945818;HRUN=13,13,13,1;LEN=1,2,1,3;MLLD=110.688,8.60825,3.39828,11.5167;QD=20.3572;RBI=0.0893478,0.130365,0.504567,0.251448;REFB=-0.00698577,-0.0934248,-0.05918,-0.0511189;REVB=0.0837218,0.106135,0.41964,0.250019;RO=2;SAF=0,15,15,4;SAR=3,0,1,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.74993,0,-0.0572014,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.0373469,0.0906467,-0.389557,0;OID=.,.,.,.;OPOS=20758813,20758809,20758809,20758807;OREF=T,TT,T,CGT;OALT=G,-,-,TCG;OMAPALT=CGTTTTG,CGTTT,CGTTTT,TCGTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:74:66:67:2:0:3,15,16,4:12,39,16,0:0.179104,0.58209,0.238806,0:3,0,1,0:0,15,15,4:2:0:12,6,0,0:0,33,16,0:0:0 chr6 21201493 . G A 1190.54 PASS AF=0.515419;AO=117;DP=227;FAO=117;FDP=227;FR=.;FRO=110;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=0.00930159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.965;QD=20.9787;RBI=0.0093735;REFB=-0.00356212;REVB=0.00115883;RO=110;SAF=57;SAR=60;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369945;STB=0.52025;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00352387;OID=.;OPOS=21201493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:110:110:117:117:0.515419:60:57:49:61:60:57:49:61 chr6 21598045 . ATT A,AT,TAT 1400.44 PASS AF=0,0.888889,0.0972222;AO=17,25,14;DP=139;FAO=0,128,14;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=0,79,0;FSAR=0,49,14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.446973,0.884371,0.058496;FXX=0.00689608;HRUN=3,3,2;LEN=2,1,2;MLLD=10.0144,13.8132,163.126;QD=38.9012;RBI=0.481618,0.952427,0.0822415;REFB=-0.00234063,-0.00341635,0.0228035;REVB=-0.179363,-0.353559,-0.057809;RO=70;SAF=0,1,0;SAR=17,24,14;SRF=66;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.880833,-0.859362,-0.875927;STB=0.5,0.509998,0.5;STBP=1,0.103,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.00424166,0.11298;OID=.,.,.;OPOS=21598046,21598046,21598045;OREF=TT,T,AT;OALT=-,-,TA;OMAPALT=A,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:31:139:144:70:2:17,25,14:0,128,14:0,0.888889,0.0972222:17,24,14:0,1,0:66:4:0,49,14:0,79,0:0:2 chr6 22287745 . C T 900.96 PASS AF=0.47644;AO=90;DP=191;FAO=91;FDP=191;FR=.;FRO=100;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=31;FSRR=69;FWDB=0.00289065;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.749;QD=18.8682;RBI=0.0144499;REFB=-0.0169915;REVB=0.0141579;RO=100;SAF=30;SAR=60;SRF=31;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252611;STB=0.518068;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0198838;OID=.;OPOS=22287745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:100:100:90:91:0.47644:60:30:31:69:60:31:31:69 chr6 22570064 . C T 1578.22 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231091;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.348;QD=60.1225;RBI=0.0231254;REFB=0;REVB=0.000869866;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30387e-06;OID=.;OPOS=22570064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr6 24147409 . C A 459.55 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0819843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1898;QD=17.1793;RBI=0.0829955;REFB=0.00661462;REVB=-0.0129161;RO=54;SAF=26;SAR=24;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159662;STB=0.505986;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00704441;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:54:57:50:50:0.46729:24:26:29:25:24:26:29:28 chr6 24174955 . G C 2625.18 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00475079;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4433;QD=62.1345;RBI=0.00510062;REFB=0;REVB=-0.00185643;RO=0;SAF=72;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32999e-05;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:169:0:0:168:169:1:96:72:0:0:97:72:0:0 chr6 24291203 . T C 644.81 PASS AF=0.6;AO=55;DP=93;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.028134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3772;QD=27.1498;RBI=0.0488945;REFB=-0.00384843;REVB=0.0399894;RO=38;SAF=32;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819157;STB=0.535304;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00322471;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:38:38:55:57:0.6:23:32:18:20:25:32:18:20 chr6 24358002 . G A 1434.0 PASS AF=0.558824;AO=133;DP=238;FAO=133;FDP=238;FR=.;FRO=105;FSAF=48;FSAR=85;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=-0.00464849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.063;QD=24.1008;RBI=0.0166926;REFB=-0.0217464;REVB=-0.0160322;RO=105;SAF=48;SAR=85;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421758;STB=0.52295;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0150318;OID=.;OPOS=24358002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:105:105:133:133:0.558824:85:48:43:62:85:48:43:62 chr6 24358202 . G A 333.96 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00547655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.85;QD=14.2112;RBI=0.0068207;REFB=-0.0198552;REVB=0.00406564;RO=57;SAF=22;SAR=15;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553822;STB=0.531509;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0314651;OID=.;OPOS=24358202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:15:22:31:26:15:22:31:26 chr6 24403455 . C T 1614.19 PASS AF=0.461749;AO=169;DP=366;FAO=169;FDP=366;FR=.;FRO=197;FSAF=84;FSAR=85;FSRF=98;FSRR=99;FWDB=0.0166241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.826;QD=17.6414;RBI=0.0170181;REFB=-0.0147941;REVB=-0.00364065;RO=197;SAF=84;SAR=85;SRF=98;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000410262;STB=0.500226;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0160269;OID=.;OPOS=24403455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:366:197:197:169:169:0.461749:85:84:98:99:85:84:98:99 chr6 24411018 . A G 873.47 PASS AF=0.494382;AO=84;DP=176;FAO=88;FDP=178;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=0.05089;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.227;QD=19.6284;RBI=0.0536103;REFB=-0.0141757;REVB=-0.0168604;RO=91;SAF=40;SAR=44;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869357;STB=0.561862;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0178024;OID=.;OPOS=24411018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:91:90:84:88:0.494382:44:40:35:56:45:43:33:57 chr6 24418786 . T C 664.05 PASS AF=0.478571;AO=65;DP=140;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.00962678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.246;QD=18.9728;RBI=0.0105234;REFB=-0.00523113;REVB=-0.00425062;RO=72;SAF=29;SAR=36;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513324;STB=0.531745;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00602914;OID=.;OPOS=24418786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:72:73:65:67:0.478571:36:29:36:36:38:29:36:37 chr6 24424231 . G T 320.45 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00348127;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.913;QD=29.1315;RBI=0.020706;REFB=0.0109857;REVB=-0.0204113;RO=16;SAF=12;SAR=15;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135658;STB=0.579153;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0035332;OID=.;OPOS=24424231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:27:28:0.636364:15:12:4:12:15:13:4:12 chr6 24425609 . T A 407.77 PASS AF=0.487805;AO=36;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0215563;FXX=0.0120467;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.5754;QD=19.8914;RBI=0.0493534;REFB=-0.00570981;REVB=-0.044397;RO=28;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634442;STB=0.511852;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0211782;OID=.;OPOS=24425609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:28:36:36:40:0.487805:17:19:17:11:21:19:18:18 chr6 24425671 . A G 433.39 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0217009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6071;QD=16.5101;RBI=0.0331703;REFB=0.0157993;REVB=-0.0250866;RO=57;SAF=22;SAR=26;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540106;STB=0.530108;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0188326;OID=.;OPOS=24425671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:26:22:23:34:26:22:23:34 chr6 24425690 . A G 459.66 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0215596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.5;QD=18.5721;RBI=0.0238026;REFB=-0.00834337;REVB=-0.0100871;RO=53;SAF=20;SAR=26;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378853;STB=0.521105;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00918027;OID=.;OPOS=24425690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:26:20:21:32:26:20:21:32 chr6 24433483 . T C 646.7 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00325152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.057;QD=21.5567;RBI=0.0036431;REFB=-0.00337043;REVB=0.0016431;RO=55;SAF=35;SAR=29;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123312;STB=0.563324;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00177277;OID=.;OPOS=24433483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:56:64:64:0.533333:29:35:22:33:29:35:23:33 chr6 24437445 . G A 2285.86 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=154;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0440336;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.634;QD=60.1542;RBI=0.0463211;REFB=0.0393868;REVB=0.0143767;RO=1;SAF=81;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583649;STB=0.503067;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000161808;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:152:1:1:151:151:0.993421:70:81:1:0:70:81:1:0 chr6 24445829 . G A 514.6 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0101292;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.115;QD=17.1535;RBI=0.0136058;REFB=-0.003515;REVB=-0.00908393;RO=65;SAF=24;SAR=31;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247909;STB=0.513807;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00505775;OID=.;OPOS=24445829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:31:24:30:35:31:24:30:35 chr6 24463020 . G C 624.61 PASS AF=0.422619;AO=70;DP=168;FAO=71;FDP=168;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=0.0215424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7299;QD=14.8718;RBI=0.0252523;REFB=-0.0129747;REVB=-0.0131759;RO=97;SAF=35;SAR=35;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267319;STB=0.518935;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0191353;OID=.;OPOS=24463020;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:97:97:70:71:0.422619:35:35:46:51:35:36:46:51 chr6 24588884 . C T 634.23 PASS AF=0.372549;AO=76;DP=207;FAO=76;FDP=204;FR=.;FRO=128;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=67;FSRR=61;FWDB=-0.00412046;FXX=0.0144921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0456;QD=12.4359;RBI=0.0199629;REFB=-0.019081;REVB=-0.019533;RO=122;SAF=49;SAR=27;SRF=67;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109472;STB=0.579237;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0359306;OID=.;OPOS=24588884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:204:122:128:76:76:0.372549:27:49:67:55:27:49:67:61 chr6 24596478 . T G 1388.28 PASS AF=0.962264;AO=94;DP=102;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0620964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.67;QD=52.3878;RBI=0.0648277;REFB=-0.0831309;REVB=0.0186191;RO=6;SAF=43;SAR=51;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142127;STB=0.501488;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00114549;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:106:6:4:94:102:0.962264:51:43:2:4:55:47:2:2 chr6 24653273 . G C 501.99 PASS AF=0.397163;AO=55;DP=141;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.00961975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.352;QD=14.241;RBI=0.0214234;REFB=-0.0141798;REVB=0.0191422;RO=84;SAF=25;SAR=30;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12458;STB=0.567298;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0206538;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:84:85:55:56:0.397163:30:25:48:36:30:26:49:36 chr6 24653376 . G A 1587.75 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.975;QD=64.1514;RBI=0.0453781;REFB=0;REVB=-0.00159017;RO=0;SAF=62;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104674;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:37:62:0:0:37:62:0:0 chr6 24705301 . GAAAAAAAAAAAAAC GAAAAAAAAAAAAC,GAAAAAAAAAAACAA,GAAAAAAAAAAC,GAACAAAAAAAAAAC 318.11 PASS AF=0.0285714,0.314286,0.571429,0.0857143;AO=6,2,4,2;DP=38;FAO=1,11,20,3;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11,7,0;FSAR=0,0,13,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366966,-0.0708575,-0.0122084,-0.0158529;FXX=0.0789266;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,3,3,1;MLLD=3.33781,79.9229,12.8456,59.1342;QD=36.3551;RBI=0.601934,0.0711295,0.178077,0.087509;REFB=-0.158841,-0.210732,-0.240089,-0.0794949;REVB=0.600815,0.00621488,0.177658,0.0860611;RO=0;SAF=1,2,1,0;SAR=5,0,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=3.18042e-08,0,-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=-0.185826,-0.00234246,0.0512228,0.0690107;OID=.,.,.,.;OPOS=24705302,24705313,24705302,24705304;OREF=A,AAC,AAA,A;OALT=-,CAA,-,C;OMAPALT=GAAAAAAAAAAAAC,GAAAAAAAAAAACAA,GAAAAAAAAAAC,GAACAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0285714,0.314286,0.571429,0.0857143:6,2,4,2:38:1,11,20,3:35:0:1,11,7,0:0,0,13,3:0:0:79:0:1,2,1,0:5,0,3,2:0:0 chr6 24804808 . G C 920.08 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.963;QD=58.418;RBI=0.0268151;REFB=0;REVB=0.0239815;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37002e-05;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:35:26:0:0:37:26:0:0 chr6 24805826 . GATA GTA,GTAT,GTTA 1455.21 PASS AF=0.989691,0,0;AO=85,5,4;DP=97;FAO=96,0,0;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=43,0,0;FSAR=53,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00977101,-0.00224201,0.0107644;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=113.466,98.6956,93.8325;QD=60.0086;RBI=0.0130608,0.00227247,0.0118788;REFB=-0.0559271,-0.0511302,-0.093551;REVB=0.00866663,-0.000370811,-0.00502331;RO=1;SAF=39,3,0;SAR=46,2,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0101877,0.169284,0;STB=0.504672,0.5,0.5;STBP=0.523,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.000542308,0,0;OID=.,.,.;OPOS=24805827,24805827,24805827;OREF=A,ATA,A;OALT=-,TAT,T;OMAPALT=GTA,GTAT,GTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989691,0,0:85,5,4:97:96,0,0:97:1:43,0,0:53,0,0:0:1:4:1:39,3,0:46,2,4:0:1 chr6 24825511 . A G 2403.13 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0217;QD=61.2263;RBI=0.0559701;REFB=0;REVB=-0.0558852;RO=0;SAF=47;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229825;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:109:47:0:0:109:48:0:0 chr6 24828490 . C T 2305.42 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03943;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.6984;QD=61.0708;RBI=0.0461962;REFB=0;REVB=0.02407;RO=0;SAF=62;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07072e-05;OID=.;OPOS=24828490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:89:62:0:0:89:62:0:0 chr6 24869300 . T C 191.99 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0108383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.951;QD=11.815;RBI=0.0124832;REFB=-0.00917518;REVB=-0.00619381;RO=39;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310972;STB=0.503223;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.013729;OID=.;OPOS=24869300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:39:41:24:24:0.369231:11:13:20:19:11:13:22:19 chr6 25042112 . A G 1174.61 PASS AF=0.491597;AO=115;DP=238;FAO=117;FDP=238;FR=.;FRO=121;FSAF=29;FSAR=88;FSRF=49;FSRR=72;FWDB=0.00077795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.869;QD=19.7414;RBI=0.0104504;REFB=-0.0119187;REVB=-0.0104214;RO=120;SAF=29;SAR=86;SRF=49;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172957;STB=0.596644;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00991454;OID=.;OPOS=25042112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:120:121:115:117:0.491597:86:29:49:71:88:29:49:72 chr6 25084718 . A G 966.21 PASS AF=0.457399;AO=102;DP=223;FAO=102;FDP=223;FR=.;FRO=121;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=0.0239356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6128;QD=17.3311;RBI=0.063655;REFB=-0.0136634;REVB=0.0589834;RO=121;SAF=53;SAR=49;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00103382;STB=0.500572;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0169928;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:121:121:102:102:0.457399:49:53:63:58:49:53:63:58 chr6 25106745 . A G 378.9 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0302233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.956;QD=14.1646;RBI=0.0303198;REFB=-0.0135376;REVB=0.00241701;RO=62;SAF=16;SAR=28;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784062;STB=0.540376;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0181006;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:63:44:44:0.411215:28:16:27:35:28:16:27:36 chr6 25106783 . G A 257.91 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0561122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9705;QD=23.4462;RBI=0.0561729;REFB=-0.00858999;REVB=0.00260967;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277624;STB=0.515491;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00268001;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:14:10:9:11:14:10:9:11 chr6 25420344 . C G 3220.34 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152011;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.867;QD=61.6333;RBI=0.0154037;REFB=-0.0925554;REVB=-0.0153285;RO=1;SAF=121;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0039209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09747e-05;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:209:1:0:209:209:1:88:121:1:0:88:121:0:0 chr6 25420350 . A C 807.07 PASS AF=0.422535;AO=90;DP=213;FAO=90;FDP=213;FR=.;FRO=123;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=77;FSRR=46;FWDB=0.013636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.439;QD=15.1562;RBI=0.0261726;REFB=-0.00828216;REVB=-0.0223397;RO=121;SAF=47;SAR=43;SRF=75;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101234;STB=0.560365;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00959157;OID=.;OPOS=25420350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:121:123:90:90:0.422535:43:47:75:46:43:47:77:46 chr6 25426768 . G A 369.83 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0103431;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.999;QD=17.0037;RBI=0.0172682;REFB=0.00535987;REVB=0.0138279;RO=45;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469745;STB=0.537795;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00754902;OID=.;OPOS=25426768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:48:39:39:0.448276:26:13:17:28:26:13:19:29 chr6 25435758 . A G 425.2 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0106508;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9088;QD=18.6903;RBI=0.0577607;REFB=0.0125039;REVB=-0.0567702;RO=47;SAF=18;SAR=25;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106954;STB=0.565232;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0181722;OID=.;OPOS=25435758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:48:43:43:0.472527:25:18:25:22:25:18:26:22 chr6 25511008 . C CA,CAT 271.03 PASS AF=0,0.557692;AO=8,13;DP=58;FAO=0,29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=0,13;FSAR=0,16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0389662,0.0960427;FXX=0.0188644;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=164.767,172.516;QD=20.8482;RBI=0.0391197,0.096416;REFB=-0.0100841,-0.0129234;REVB=0.00346292,0.00847607;RO=29;SAF=3,4;SAR=5,9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.131311,-0.21048;STB=0.5,0.51336;STBP=1,0.84;TYPE=ins,ins;VARB=0.00010758,0.00975025;OID=.,.;OPOS=25511009,25511009;OREF=-,-;OALT=A,AT;OMAPALT=CA,CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.557692:8,13:58:0,29:52:23:0,13:0,16:11:12:99:29:3,4:5,9:14:15 chr6 25605091 . G A 549.72 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.00726838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1736;QD=17.8769;RBI=0.0579444;REFB=-0.00177802;REVB=0.0574867;RO=63;SAF=26;SAR=32;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339207;STB=0.509366;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00197534;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:63:65:58:58:0.471545:32:26:26:37:32:26:28:37 chr6 25726621 . C T 1359.83 PASS AF=0.501845;AO=136;DP=271;FAO=136;FDP=271;FR=.;FRO=135;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=52;FSRR=83;FWDB=-0.0219481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.143;QD=20.0713;RBI=0.0282561;REFB=-0.0192551;REVB=-0.0177957;RO=135;SAF=68;SAR=68;SRF=52;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104434;STB=0.557187;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0173762;OID=.;OPOS=25726621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:135:135:136:136:0.501845:68:68:52:83:68:68:52:83 chr6 25726675 . G A 712.13 PASS AF=0.503597;AO=70;DP=139;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.00489382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.837;QD=20.4929;RBI=0.00779735;REFB=-0.0203781;REVB=-0.00607035;RO=69;SAF=25;SAR=45;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178897;STB=0.598704;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0187598;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:69:69:70:70:0.503597:45:25:38:31:45:25:38:31 chr6 25727265 . C T 813.45 PASS AF=0.494048;AO=83;DP=170;FAO=83;FDP=168;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=21;FSRR=64;FWDB=0.00178771;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.476;QD=19.3679;RBI=0.0224417;REFB=-0.032259;REVB=-0.0223704;RO=87;SAF=28;SAR=55;SRF=22;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908661;STB=0.552833;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.027845;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:87:85:83:83:0.494048:55:28:22:65:55:28:21:64 chr6 25727334 . C T 1204.92 PASS AF=0.517544;AO=118;DP=228;FAO=118;FDP=228;FR=.;FRO=110;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=38;FSRR=72;FWDB=-0.0256174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0734;QD=21.139;RBI=0.0530653;REFB=0.00705947;REVB=-0.0464723;RO=106;SAF=49;SAR=69;SRF=36;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683695;STB=0.535078;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00670404;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:106:110:118:118:0.517544:69:49:36:70:69:49:38:72 chr6 25727517 . G A 291.98 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00961873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.486;QD=21.6284;RBI=0.0100258;REFB=0.00615975;REVB=0.0028279;RO=23;SAF=5;SAR=25;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392146;STB=0.730594;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00331251;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:25:5:13:10:25:5:14:10 chr6 25769349 . T C 527.22 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.066215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.907;QD=16.222;RBI=0.100049;REFB=-0.0236776;REVB=-0.0750029;RO=67;SAF=21;SAR=36;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181288;STB=0.587521;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0287643;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:130:67:73:57:57:0.438462:36:21:37:30:36:21:38:35 chr6 25813150 . G A 1396.16 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2128;QD=62.749;RBI=0.0166917;REFB=0;REVB=-0.00477304;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96901e-05;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr6 25849620 . A G 1582.23 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0271306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4811;QD=57.0172;RBI=0.0291153;REFB=0.010536;REVB=0.0105657;RO=1;SAF=45;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104311;STB=0.502318;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.000123895;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:111:111:1:3:108:108:0.972973:63:45:1:0:63:45:1:2 chr6 25850845 . C T 374.61 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00514475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.691;QD=12.5918;RBI=0.00802251;REFB=0.0076245;REVB=0.00615567;RO=73;SAF=15;SAR=30;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210206;STB=0.624221;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00887299;OID=.;OPOS=25850845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:73:74:45:45:0.378151:30:15:38:35:30:15:39:35 chr6 25862466 . C T 1859.37 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.078;QD=61.4667;RBI=0.0222953;REFB=0;REVB=0.0138991;RO=0;SAF=54;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0769e-06;OID=.;OPOS=25862466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:67:54:0:0:67:54:0:0 chr6 25914801 . G A 689.9 PASS AF=0.476821;AO=72;DP=151;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.0149712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.569;QD=18.2754;RBI=0.0835691;REFB=-0.00179481;REVB=-0.0822171;RO=76;SAF=46;SAR=26;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216984;STB=0.629635;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000967207;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:76:79:72:72:0.476821:26:46:31:45:26:46:31:48 chr6 25914853 . G A 905.79 PASS AF=0.532934;AO=89;DP=167;FAO=89;FDP=167;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0142487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.154;QD=21.6955;RBI=0.0234233;REFB=-0.00829857;REVB=-0.0185909;RO=78;SAF=34;SAR=55;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147006;STB=0.580516;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0105465;OID=.;OPOS=25914853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:78:78:89:89:0.532934:55:34:43:35:55:34:43:35 chr6 25914901 . G A 642.04 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.01316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.787;QD=19.4558;RBI=0.0132318;REFB=-0.0135962;REVB=0.00137655;RO=67;SAF=28;SAR=37;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261435;STB=0.514431;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0162393;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:37:28:27:40:37:28:27:40 chr6 25916979 . C T 502.76 PASS AF=0.38961;AO=59;DP=160;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.00762161;FXX=0.0434756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.203;QD=13.0588;RBI=0.028241;REFB=-0.0050222;REVB=-0.0271931;RO=91;SAF=32;SAR=27;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867566;STB=0.55266;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0108428;OID=.;OPOS=25916979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:154:91:94:59:60:0.38961:27:32:42:49:28:32:42:52 chr6 25925987 . G A 1321.85 PASS AF=0.489051;AO=133;DP=275;FAO=134;FDP=274;FR=.;FRO=140;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=75;FSRR=65;FWDB=-0.00439345;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9659;QD=19.2971;RBI=0.0162255;REFB=0.0186919;REVB=-0.0156194;RO=140;SAF=69;SAR=64;SRF=75;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158153;STB=0.510637;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0203041;OID=.;OPOS=25925987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:274:140:140:133:134:0.489051:64:69:75:65:65:69:75:65 chr6 26017542 . T C 812.85 PASS AF=0.474576;AO=84;DP=177;FAO=84;FDP=177;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=0.0175162;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=308.748;QD=18.3694;RBI=0.0175618;REFB=-0.0152089;REVB=-0.00126464;RO=93;SAF=32;SAR=52;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382763;STB=0.521169;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0177616;OID=.;OPOS=26017542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:93:93:84:84:0.474576:52:32:39:54:52:32:39:54 chr6 26027433 . G A 492.37 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0116938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.6;QD=20.0967;RBI=0.0117278;REFB=-0.00544412;REVB=-0.000892598;RO=50;SAF=25;SAR=23;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110843;STB=0.561415;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00509667;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:23:25:20:30:23:25:20:30 chr6 26033506 . G A 2356.86 PASS AF=0.993333;AO=146;DP=148;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.71;QD=62.8497;RBI=0.0125825;REFB=-0.073095;REVB=-0.00697479;RO=1;SAF=75;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629909;STB=0.503184;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=4.21848e-05;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:150:1:1:146:149:0.993333:71:75:1:0:71:78:1:0 chr6 26044369 . A G 2235.69 PASS AF=0.980392;AO=150;DP=153;FAO=150;FDP=153;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00973458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.234;QD=58.4494;RBI=0.0260264;REFB=-0.0795767;REVB=0.0241373;RO=3;SAF=53;SAR=97;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000816122;STB=0.500429;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00153622;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:153:153:3:3:150:150:0.980392:97:53:1:2:97:53:1:2 chr6 26044373 . C T 953.47 PASS AF=0.589404;AO=89;DP=151;FAO=89;FDP=151;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=16;FSRR=46;FWDB=-0.0230795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8378;QD=25.2574;RBI=0.069012;REFB=0.0250326;REVB=-0.0650384;RO=62;SAF=38;SAR=51;SRF=16;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133661;STB=0.572345;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0183576;OID=.;OPOS=26044373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:62:62:89:89:0.589404:51:38:16:46:51:38:16:46 chr6 26045905 . G C 634.42 PASS AF=0.471014;AO=64;DP=137;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.00774588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7271;QD=18.389;RBI=0.149704;REFB=0.00971123;REVB=0.149504;RO=73;SAF=43;SAR=21;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180576;STB=0.593421;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00979324;OID=.;OPOS=26045905;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:73:73:64:65:0.471014:21:43:36:37:22:43:36:37 chr6 26045929 . T C 2140.61 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7079;QD=62.9591;RBI=0.0183583;REFB=0;REVB=-0.0175339;RO=0;SAF=79;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.07376e-05;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:57:79:0:0:57:79:0:0 chr6 26056549 . A G 3116.58 PASS AF=0.994924;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000409481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.034;QD=63.2809;RBI=0.00419602;REFB=-0.0832935;REVB=0.00417599;RO=0;SAF=102;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502439;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=3.65061e-05;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:197:0:1:196:196:0.994924:94:102:0:0:94:102:1:0 chr6 26091179 . C G 682.3 PASS AF=0.38835;AO=80;DP=206;FAO=80;FDP=206;FR=.;FRO=126;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=73;FWDB=-0.0337824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8278;QD=13.2486;RBI=0.0338784;REFB=-0.00620884;REVB=-0.00254784;RO=126;SAF=45;SAR=35;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153165;STB=0.586227;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00948153;OID=.;OPOS=26091179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:126:126:80:80:0.38835:35:45:53:73:35:45:53:73 chr6 26093180 . T C 486.52 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=41;FWDB=0.0312684;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7036;QD=18.8939;RBI=0.032519;REFB=-0.045788;REVB=0.00893177;RO=51;SAF=15;SAR=36;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089196;STB=0.552348;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0530467;OID=.;OPOS=26093180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:51:52:51:51:0.495146:36:15:11:40:36:15:11:41 chr6 26096748 . G C 440.83 PASS AF=0.408;AO=49;DP=123;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0147812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.05;QD=14.1066;RBI=0.01852;REFB=-0.0117777;REVB=-0.0111582;RO=70;SAF=19;SAR=30;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595869;STB=0.528914;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0148865;OID=.;OPOS=26096748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:70:74:49:51:0.408:30:19:31:39:32:19:31:43 chr6 26104355 . G A 801.97 PASS AF=0.436548;AO=85;DP=194;FAO=86;FDP=197;FR=.;FRO=111;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=-0.00958909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.275;QD=16.2837;RBI=0.0487925;REFB=-0.00230189;REVB=-0.047841;RO=106;SAF=36;SAR=49;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123708;STB=0.545573;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00228385;OID=.;OPOS=26104355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:197:106:111:85:86:0.436548:49:36:58:48:48:38:58:53 chr6 26184041 . A G 458.68 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0349335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.1692;QD=20.8492;RBI=0.0519564;REFB=0.00653092;REVB=-0.0384592;RO=43;SAF=32;SAR=13;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386492;STB=0.521415;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00965286;OID=.;OPOS=26184041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:13:32:29:14:13:32:29:14 chr6 26184102 . G A 728.35 PASS AF=0.487179;AO=76;DP=154;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.00804378;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204;QD=18.6755;RBI=0.0219544;REFB=-0.0342677;REVB=0.0204278;RO=78;SAF=44;SAR=32;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378688;STB=0.521644;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0408004;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:78:80:76:76:0.487179:32:44:42:36:32:44:43:37 chr6 26189305 . C T 650.14 PASS AF=0.47482;AO=65;DP=138;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0124518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.81;QD=18.7089;RBI=0.0164962;REFB=-0.00197402;REVB=0.0108202;RO=73;SAF=32;SAR=33;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384425;STB=0.517251;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00169741;OID=.;OPOS=26189305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:73:73:65:66:0.47482:33:32:33:40:34:32:33:40 chr6 26199222 . G A 1414.16 PASS AF=0.520599;AO=137;DP=265;FAO=139;FDP=267;FR=.;FRO=128;FSAF=57;FSAR=82;FSRF=51;FSRR=77;FWDB=0.0614185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2079;QD=21.186;RBI=0.0614717;REFB=0.0212222;REVB=0.00255779;RO=127;SAF=56;SAR=81;SRF=51;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654775;STB=0.505775;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0196668;OID=.;OPOS=26199222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:267:127:128:137:139:0.520599:81:56:51:76:82:57:51:77 chr6 26199822 . A G 856.91 PASS AF=0.460733;AO=89;DP=192;FAO=88;FDP=191;FR=.;FRO=103;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.00162567;FXX=0.00520806;HRUN=6;LEN=1;MLLD=284.452;QD=17.9458;RBI=0.00271617;REFB=-0.0143227;REVB=-0.00217596;RO=102;SAF=39;SAR=50;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694795;STB=0.538646;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0171325;OID=.;OPOS=26199822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:102:103:89:88:0.460733:50:39:52:50:49:39:53:50 chr6 26200083 . A G 692.92 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010681;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.441;QD=62.9927;RBI=0.0132787;REFB=0;REVB=0.00788921;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06622e-05;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr6 26200256 . C T 383.17 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00441105;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.017;QD=17.2212;RBI=0.0868096;REFB=0.00556703;REVB=-0.0866975;RO=47;SAF=29;SAR=11;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187165;STB=0.608334;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.005055;OID=.;OPOS=26200256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:47:49:40:40:0.449438:11:29:26:21:11:29:27:22 chr6 26200677 . A G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00298789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.495;QD=18.2488;RBI=0.0066453;REFB=-0.0150123;REVB=0.0059357;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308565;STB=0.674456;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0185902;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:2:10:6:7:2:10 chr6 26205204 . C T 871.71 PASS AF=0.520958;AO=86;DP=168;FAO=87;FDP=167;FR=.;FRO=80;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0311699;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.276;QD=20.8793;RBI=0.0314822;REFB=-0.0115008;REVB=0.00442363;RO=80;SAF=45;SAR=41;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861529;STB=0.544095;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00755452;OID=.;OPOS=26205204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:80:80:86:87:0.520958:41:45:34:46:42:45:34:46 chr6 26205293 . G A 591.76 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00133258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.227;QD=56.3577;RBI=0.00463768;REFB=0.00940077;REVB=0.0044421;RO=2;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683707;STB=0.503648;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-6.06966e-05;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:23:17:1:1:23:17:1:1 chr6 26205356 . T A 52.12 PASS AF=0.210526;AO=9;DP=39;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.033376;FXX=0.0256345;HRUN=12;LEN=1;MLLD=183.661;QD=5.48629;RBI=0.0462534;REFB=-0.0173896;REVB=-0.0320222;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902426;STB=0.605012;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0406369;OID=.;OPOS=26205356;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:39:38:27:30:9:8:0.210526:5:4:10:17:4:4:11:19 chr6 26205500 . C T 201.49 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00681491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1843;QD=13.8958;RBI=0.0302943;REFB=0.0121156;REVB=-0.0295178;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120938;STB=0.568909;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0162067;OID=.;OPOS=26205500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:12:12:13:21:12:12:13:21 chr6 26205604 . C T 634.68 PASS AF=0.563636;AO=61;DP=109;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00661319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.59;QD=23.0794;RBI=0.024996;REFB=-0.00880888;REVB=0.0241053;RO=48;SAF=33;SAR=28;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330974;STB=0.52122;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0078879;OID=.;OPOS=26205604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:48:48:61:62:0.563636:28:33:24:24:28:34:24:24 chr6 26205718 . T C 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.00198686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.26;QD=14.2151;RBI=0.00730974;REFB=-0.00644775;REVB=-0.00703454;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18157;STB=0.602674;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0132511;OID=.;OPOS=26205718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:15:15:14:29:15:15:14:29 chr6 26205939 . A AG 417.88 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0396605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.2675;QD=16.884;RBI=0.048533;REFB=-0.0114087;REVB=-0.0279731;RO=44;SAF=34;SAR=22;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698313;STB=0.532427;STBP=0.472;TYPE=ins;VARB=0.00603957;OID=.;OPOS=26205940;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565657:56:100:56:99:43:34:22:23:20:99:44:34:22:23:21 chr6 26216656 . T C 978.5 PASS AF=0.476636;AO=102;DP=214;FAO=102;FDP=214;FR=.;FRO=112;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.0431959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5434;QD=18.2896;RBI=0.0476893;REFB=-0.00773904;REVB=0.0202085;RO=112;SAF=56;SAR=46;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088852;STB=0.54901;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0100993;OID=.;OPOS=26216656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:112:112:102:102:0.476636:46:56:51:61:46:56:51:61 chr6 26234883 . A G 660.4 PASS AF=0.447205;AO=71;DP=161;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.0203548;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.299;QD=16.4075;RBI=0.0219688;REFB=-0.00945491;REVB=0.00826507;RO=90;SAF=34;SAR=37;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909445;STB=0.543988;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.010985;OID=.;OPOS=26234883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:90:89:71:72:0.447205:37:34:35:55:38:34:35:54 chr6 26234952 . A G 532.42 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0232541;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.04;QD=16.638;RBI=0.0244911;REFB=-0.0149752;REVB=-0.00768504;RO=71;SAF=29;SAR=28;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576746;STB=0.532172;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0190057;OID=.;OPOS=26234952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:71:71:57:57:0.445312:28:29:32:39:28:29:32:39 chr6 26247198 . A G 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0234015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.924;QD=18.6755;RBI=0.0238656;REFB=-0.0141753;REVB=0.00468375;RO=31;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719797;STB=0.550282;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0142082;OID=.;OPOS=26247198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:21:11:13:18:21:11:14:18 chr6 26285503 . C T 3191.55 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.357;QD=64.1518;RBI=0.019754;REFB=0;REVB=-0.00635551;RO=0;SAF=91;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30666e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98831e-06;OID=.;OPOS=26285503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:199:0:0:199:199:1:108:91:0:0:108:91:0:0 chr6 26285560 . A G 3034.5 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.316;QD=63.2188;RBI=0.0415712;REFB=0;REVB=0.0252902;RO=0;SAF=94;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90746e-05;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:191:192:1:97:94:0:0:97:95:0:0 chr6 26285683 . T C 1986.08 PASS AF=0.984733;AO=90;DP=130;FAO=129;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=44;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.124569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.817;QD=60.6435;RBI=0.127004;REFB=-0.204922;REVB=0.0247498;RO=2;SAF=8;SAR=82;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104793;STB=0.511109;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00390986;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:131:2:2:90:129:0.984733:82:8:2:0:85:44:2:0 chr6 26285759 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.322;QD=63.5812;RBI=0.107159;REFB=0;REVB=-0.0176786;RO=0;SAF=4;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402853;OID=.;OPOS=26285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:43:4:0:0:43:4:0:0 chr6 26286748 . C T 1624.39 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.398;QD=60.1626;RBI=0.0363114;REFB=0;REVB=-0.0351016;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50344e-05;OID=.;OPOS=26286748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:49:58:0:0:49:59:0:0 chr6 26299900 . C G,T 7763.41 PASS AF=0.0661626,0.933837;AO=33,458;DP=492;FAO=35,494;FDP=529;FR=.;FRO=0;FSAF=25,238;FSAR=10,256;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176219,0.000745726;FXX=0.00188676;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=183.734,55.159;QD=58.7025;RBI=0.0176583,0.00759498;REFB=0,0;REVB=-0.00113409,-0.00755828;RO=0;SAF=23,235;SAR=10,223;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.25154e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00975676,0.00537621;OID=.,.;OPOS=26299900,26299900;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:62:492:529:0:0:33,458:35,494:0.0661626,0.933837:10,223:23,235:0:0:10,256:25,238:0:0 chr6 26299901 . G T 82.24 PASS AF=0.0708955;AO=38;DP=536;FAO=38;FDP=536;FR=.;FRO=498;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=259;FSRR=239;FWDB=0.00381332;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.4823;QD=0.61374;RBI=0.0350874;REFB=-0.0103149;REVB=0.0348795;RO=498;SAF=4;SAR=34;SRF=259;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467768;STB=0.890962;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0262185;OID=.;OPOS=26299901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:536:536:498:498:38:38:0.0708955:34:4:259:239:34:4:259:239 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 1024.78 PASS AF=0.674419;AO=85;DP=133;FAO=87;FDP=129;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00904389;FXX=0.0227256;HRUN=2;LEN=16;MLLD=399.512;QD=31.7762;RBI=0.0096209;REFB=0.00445487;REVB=-0.00328172;RO=44;SAF=33;SAR=52;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186591;STB=0.598043;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=-0.00173213;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.674419:85:133:87:129:42:34:53:29:13:99:44:33:52:30:14 chr6 26305796 . C G,T 1482.42 PASS AF=0,0.945455;AO=4,105;DP=110;FAO=0,104;FDP=110;FR=.;FRO=6;FSAF=0,36;FSAR=0,68;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00462741,0.0844129;FXX=0.0265463;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=136.463,65.9462;QD=53.9063;RBI=0.0191395,0.0856485;REFB=0.00435155,-0.00206532;REVB=-0.0185717,0.014496;RO=1;SAF=0,36;SAR=4,69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0068289;STB=0.5,0.521123;STBP=1,0.092;TYPE=snp,snp;VARB=0,0.0019254;OID=.,.;OPOS=26305796,26305796;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:110:110:1:6:4,105:0,104:0,0.945455:4,69:0,36:0:1:0,68:0,36:0:6 chr6 26305801 . C G 1623.73 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=115;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0686218;FXX=0.0347796;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.417;QD=58.5128;RBI=0.0740824;REFB=-0.0777774;REVB=0.0279152;RO=2;SAF=35;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699677;STB=0.503686;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000728228;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:111:2:2:109:109:0.981982:74:35:1:1:74:35:1:1 chr6 26311503 . G A 1089.21 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00244596;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.296;QD=58.876;RBI=0.0119048;REFB=-0.122264;REVB=0.0116508;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.506665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00018521;OID=.;OPOS=26311503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:36:37:1:0:36:37:1:0 chr6 26319404 . G A 3137.24 PASS AF=1;AO=196;DP=197;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138073;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.572;QD=64.0253;RBI=0.0144181;REFB=0;REVB=-0.00415199;RO=0;SAF=89;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.44382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69778e-05;OID=.;OPOS=26319404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:196:0:0:196:196:1:107:89:0:0:107:89:0:0 chr6 26327810 . G C 2254.54 PASS AF=0.956522;AO=154;DP=161;FAO=154;FDP=161;FR=.;FRO=7;FSAF=79;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00367207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5434;QD=56.0134;RBI=0.00798316;REFB=-0.0493898;REVB=0.00708849;RO=6;SAF=79;SAR=75;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128056;STB=0.503672;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0015661;OID=.;OPOS=26327810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:161:161:6:7:154:154:0.956522:75:79:2:4:75:79:3:4 chr6 26353267 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTT 73.58 PASS AF=0.371429,0.285714,0.0285714;AO=6,3,4;DP=37;FAO=13,10,1;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=10,6,1;FSAR=3,4,0;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.3514,-0.111451,-0.0230488;FXX=0.0789266;HRUN=11,11,11;LEN=1,1,1;MLLD=3.2684,12.7764,6.88337;QD=8.40886;RBI=0.857338,0.144341,0.219968;REFB=-0.114863,-0.0324187,-0.072689;REVB=0.782014,0.091722,-0.218758;RO=6;SAF=6,1,3;SAR=0,2,1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.740222,-0.317885,0.0959372;STB=0.526274,0.571292,0.985328;STBP=0.834,0.599,0.563;TYPE=del,snp,ins;VARB=0.0909915,-0.00592858,-0.0400185;OID=.,.,.;OPOS=26353268,26353278,26353268;OREF=T,T,-;OALT=-,A,T;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.371429,0.285714,0.0285714:6,3,4:37:13,10,1:35:11:10,6,1:3,4,0:8:3:41:6:6,1,3:0,2,1:4:2 chr6 26365595 . T C 463.9 PASS AF=0.416;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=0.00841054;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.937;QD=14.8449;RBI=0.00909652;REFB=-0.00508186;REVB=-0.00346547;RO=73;SAF=29;SAR=23;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771435;STB=0.543291;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00718444;OID=.;OPOS=26365595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:73:73:52:52:0.416:23:29:46:27:23:29:46:27 chr6 26368938 . C T 555.86 PASS AF=0.368715;AO=66;DP=179;FAO=66;FDP=179;FR=.;FRO=113;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=71;FWDB=-0.0165728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.294;QD=12.4215;RBI=0.016995;REFB=0.000521338;REVB=0.00376434;RO=113;SAF=19;SAR=47;SRF=42;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10722;STB=0.561147;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.000761661;OID=.;OPOS=26368938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:113:113:66:66:0.368715:47:19:42:71:47:19:42:71 chr6 26370605 . T C 1098.68 PASS AF=0.46063;AO=112;DP=251;FAO=117;FDP=254;FR=.;FRO=137;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=73;FSRR=64;FWDB=0.00341637;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.998;QD=17.302;RBI=0.0131249;REFB=-0.00167367;REVB=-0.0126724;RO=138;SAF=61;SAR=51;SRF=73;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156887;STB=0.512365;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00196785;OID=.;OPOS=26370605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:254:138:137:112:117:0.46063:51:61:73:65:52:65:73:64 chr6 26370707 . T C 1051.91 PASS AF=0.430712;AO=115;DP=267;FAO=115;FDP=267;FR=.;FRO=152;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=65;FSRR=87;FWDB=0.0113728;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.857;QD=15.759;RBI=0.0222884;REFB=-0.0174071;REVB=0.0191685;RO=152;SAF=63;SAR=52;SRF=65;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12258;STB=0.568145;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0233304;OID=.;OPOS=26370707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:152:152:115:115:0.430712:52:63:65:87:52:63:65:87 chr6 26370748 . G A 673.89 PASS AF=0.377358;AO=79;DP=213;FAO=80;FDP=212;FR=.;FRO=132;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=76;FWDB=-0.0107073;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.628;QD=12.7149;RBI=0.0114834;REFB=-0.0211871;REVB=0.00415;RO=134;SAF=50;SAR=29;SRF=56;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238515;STB=0.633095;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0280616;OID=.;OPOS=26370748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:134:132:79:80:0.377358:29:50:56:78:29:51:56:76 chr6 26374549 . T C 536.09 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0197163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.569;QD=20.2298;RBI=0.0225355;REFB=-0.00919009;REVB=0.010914;RO=51;SAF=29;SAR=26;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151506;STB=0.583332;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00943585;OID=.;OPOS=26374549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:26:29:18:33:26:29:18:33 chr6 26390963 . C T 753.65 PASS AF=0.361111;AO=91;DP=252;FAO=91;FDP=252;FR=.;FRO=161;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=94;FSRR=67;FWDB=-0.019581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.449;QD=11.9626;RBI=0.0669814;REFB=-0.00502153;REVB=-0.0640554;RO=160;SAF=40;SAR=51;SRF=94;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165162;STB=0.591464;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0114531;OID=.;OPOS=26390963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:160:161:91:91:0.361111:51:40:94:66:51:40:94:67 chr6 26391005 . C A 1181.14 PASS AF=0.420382;AO=118;DP=304;FAO=132;FDP=314;FR=.;FRO=182;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=96;FSRR=86;FWDB=0.00284764;FXX=0.0156735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.922;QD=15.0464;RBI=0.01159;REFB=-0.00914067;REVB=0.0112347;RO=186;SAF=72;SAR=46;SRF=98;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929711;STB=0.510488;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0127682;OID=.;OPOS=26391005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:314:186:182:118:132:0.420382:46:72:98:88:60:72:96:86 chr6 26393021 . G A 3133.64 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.209;QD=61.7466;RBI=0.0430192;REFB=0;REVB=-0.0402929;RO=0;SAF=114;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84868e-05;OID=.;OPOS=26393021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:203:0:0:203:203:1:89:114:0:0:89:114:0:0 chr6 26405835 . G A 545.02 PASS AF=0.410596;AO=62;DP=152;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=0.044509;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9233;QD=14.4375;RBI=0.060279;REFB=-0.0293831;REVB=0.0406511;RO=89;SAF=25;SAR=37;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189254;STB=0.606265;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0477011;OID=.;OPOS=26405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:89:89:62:62:0.410596:37:25:52:37:37:25:52:37 chr6 26406255 . G A 170.23 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0207348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.075;QD=17.919;RBI=0.0264443;REFB=-0.0215749;REVB=0.0164126;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168577;STB=0.60682;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.025877;OID=.;OPOS=26406255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:17:18:0.473684:8:9:7:13:8:10:7:13 chr6 26410227 . G A 771.28 PASS AF=0.460674;AO=81;DP=177;FAO=82;FDP=178;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.00565377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8337;QD=17.3321;RBI=0.0578811;REFB=-0.0158036;REVB=0.0576043;RO=93;SAF=30;SAR=51;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713271;STB=0.552226;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0221834;OID=.;OPOS=26410227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:93:96:81:82:0.460674:51:30:41:52:52:30:44:52 chr6 26413744 . C A 563.32 PASS AF=0.384615;AO=63;DP=160;FAO=65;FDP=169;FR=.;FRO=104;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=67;FWDB=0.001748;FXX=0.0815173;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.441;QD=13.333;RBI=0.0585577;REFB=-0.00692981;REVB=-0.0585317;RO=92;SAF=26;SAR=37;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234096;STB=0.547663;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0118267;OID=.;OPOS=26413744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:169:92:104:63:65:0.384615:37:26:36:56:37:28:37:67 chr6 26422336 . T C 217.39 PASS AF=0.279661;AO=29;DP=114;FAO=33;FDP=118;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=0.00286447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.208;QD=7.36922;RBI=0.0299275;REFB=-0.0154175;REVB=-0.0297901;RO=85;SAF=26;SAR=3;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468068;STB=0.646998;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0609945;OID=.;OPOS=26422336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:118:85:85:29:33:0.279661:3:26:53:32:7:26:53:32 chr6 26422354 . C T 223.9 PASS AF=0.278261;AO=32;DP=115;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.00354359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.467;QD=7.78775;RBI=0.0389821;REFB=-0.00579253;REVB=-0.0388208;RO=82;SAF=25;SAR=7;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263484;STB=0.655631;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0240539;OID=.;OPOS=26422354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:82:83:32:32:0.278261:7:25:49:33:7:25:50:33 chr6 26422389 . C T 31.93 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0389674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1294;QD=2.55415;RBI=0.0479586;REFB=-0.00574784;REVB=-0.0279566;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119931;STB=0.591236;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0425401;OID=.;OPOS=26422389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:50:44:44:6:6:0.12:2:4:25:19:2:4:25:19 chr6 26423317 . G A 1422.44 PASS AF=0.458462;AO=148;DP=325;FAO=149;FDP=325;FR=.;FRO=176;FSAF=51;FSAR=98;FSRF=63;FSRR=113;FWDB=0.00452415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.006;QD=17.507;RBI=0.028504;REFB=-0.037675;REVB=-0.0281426;RO=174;SAF=51;SAR=97;SRF=63;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187949;STB=0.509368;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0428661;OID=.;OPOS=26423317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:325:174:176:148:149:0.458462:97:51:63:111:98:51:63:113 chr6 26426487 . G A 517.16 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0180094;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.234;QD=17.8329;RBI=0.0181929;REFB=-0.00288513;REVB=0.00257745;RO=60;SAF=27;SAR=28;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117352;STB=0.568665;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00323;OID=.;OPOS=26426487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:61:55:55:0.474138:28:27:22:38:28:27:22:39 chr6 26426513 . C T 666.33 PASS AF=0.471429;AO=64;DP=136;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00313237;FXX=0.0666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.709;QD=19.0379;RBI=0.00773869;REFB=-0.00805809;REVB=0.00707641;RO=63;SAF=25;SAR=39;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10782;STB=0.571407;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00994348;OID=.;OPOS=26426513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:63:74:64:66:0.471429:39:25:32:31:40:26:39:35 chr6 26426514 . G T 36.68 PASS AF=0.0784314;AO=11;DP=147;FAO=12;FDP=153;FR=.;FRO=141;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=77;FWDB=-0.00961702;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.7717;QD=0.958907;RBI=0.00980844;REFB=0.000383921;REVB=-0.00192832;RO=136;SAF=4;SAR=7;SRF=61;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095723;STB=0.615188;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00389245;OID=.;OPOS=26426514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:147:153:136:141:11:12:0.0784314:7:4:61:75:8:4:64:77 chr6 26430981 . A G 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.00243479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.028;QD=17.0627;RBI=0.0163268;REFB=-0.00651709;REVB=0.0161442;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276121;STB=0.659824;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00692356;OID=.;OPOS=26430981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:15:13:23:7:15:13:24:7 chr6 26431340 . A G 469.45 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0137717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.291;QD=18.5922;RBI=0.022056;REFB=-0.00836838;REVB=-0.0172282;RO=52;SAF=24;SAR=25;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00946552;STB=0.505252;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00820459;OID=.;OPOS=26431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:25:24:26:26:25:24:26:26 chr6 26443853 . C A 521.16 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.012828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.967;QD=19.6664;RBI=0.0131084;REFB=-0.0421629;REVB=0.00269668;RO=52;SAF=26;SAR=28;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676358;STB=0.53732;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0385321;OID=.;OPOS=26443853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:28:26:29:23:28:26:29:23 chr6 26446209 . C T 411.56 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0284257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.595;QD=18.4969;RBI=0.0392866;REFB=-0.0085998;REVB=-0.0271187;RO=47;SAF=18;SAR=24;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235996;STB=0.513152;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00926584;OID=.;OPOS=26446209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:24:18:19:28:24:18:19:28 chr6 26466225 . A C 2600.34 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2653;QD=61.9129;RBI=0.0111091;REFB=0;REVB=-0.00677975;RO=0;SAF=86;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31629e-06;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:81:86:0:0:81:87:0:0 chr6 26501897 . T C 1155.14 PASS AF=0.478088;AO=115;DP=248;FAO=120;FDP=251;FR=.;FRO=131;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=81;FSRR=50;FWDB=-0.00999131;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.565;QD=18.4086;RBI=0.0106452;REFB=-0.0181571;REVB=0.00367343;RO=132;SAF=54;SAR=61;SRF=82;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146041;STB=0.578657;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0179932;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:251:132:131:115:120:0.478088:61:54:82:50:64:56:81:50 chr6 26505362 . G A 289.33 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0299642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4872;QD=11.6902;RBI=0.0300151;REFB=0.0121287;REVB=0.00174676;RO=64;SAF=11;SAR=23;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138294;STB=0.586308;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0264728;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:65:34:34:0.343434:23:11:28:36:23:11:29:36 chr6 26505403 . C A 119.41 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0129067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.93;QD=8.84493;RBI=0.0197723;REFB=-0.00149351;REVB=0.0149787;RO=38;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042687;STB=0.525669;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00279864;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:9:7:18:20:9:7:18:20 chr6 26509330 . C G 565.49 PASS AF=0.418301;AO=63;DP=151;FAO=64;FDP=153;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=56;FWDB=-0.00856135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1743;QD=14.7842;RBI=0.0139539;REFB=-0.011487;REVB=-0.0110188;RO=78;SAF=24;SAR=39;SRF=23;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931355;STB=0.512181;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.018367;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:78:89:63:64:0.418301:39:24:23:55:39:25:33:56 chr6 26521435 . C G 1322.27 PASS AF=0.417614;AO=147;DP=354;FAO=147;FDP=352;FR=.;FRO=205;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=105;FSRR=100;FWDB=-0.00120946;FXX=0.00564956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.192;QD=15.0258;RBI=0.0147329;REFB=-0.00798592;REVB=-0.0146831;RO=207;SAF=70;SAR=77;SRF=105;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325882;STB=0.520971;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0108569;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:352:207:205:147:147:0.417614:77:70:105:102:77:70:105:100 chr6 26521520 . T C 1245.77 PASS AF=0.41896;AO=137;DP=327;FAO=137;FDP=327;FR=.;FRO=190;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=88;FSRR=102;FWDB=0.0176169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.923;QD=15.2388;RBI=0.0263714;REFB=-0.00930151;REVB=0.0196238;RO=190;SAF=57;SAR=80;SRF=88;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050029;STB=0.527892;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00921332;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:327:190:190:137:137:0.41896:80:57:88:102:80:57:88:102 chr6 26538268 . T C 349.77 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=0.0019153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.672;QD=15.2075;RBI=0.0445667;REFB=-0.00846369;REVB=0.0445256;RO=53;SAF=18;SAR=19;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259849;STB=0.643997;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0172136;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:53:54:37:38:0.413043:19:18:39:14:20:18:39:15 chr6 26545632 . G A 365.11 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0198264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3239;QD=16.0486;RBI=0.0247599;REFB=-0.0125654;REVB=-0.0148313;RO=51;SAF=12;SAR=27;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176883;STB=0.606501;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.015031;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:52:39:39:0.428571:27:12:24:27:27:12:25:27 chr6 26546048 . C T 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00611654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.21;QD=21.0642;RBI=0.0193039;REFB=-0.0145604;REVB=-0.0183092;RO=41;SAF=27;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189601;STB=0.510477;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.013952;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:17:27:26:15:17:27:26:15 chr6 26546808 . T C 353.95 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0200126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.572;QD=16.0887;RBI=0.0229561;REFB=0.00158733;REVB=0.0112462;RO=49;SAF=21;SAR=17;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263475;STB=0.640775;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00188717;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:49:50:38:38:0.431818:17:21:14:35:17:21:15:35 chr6 26553815 . C G 440.17 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0171167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4505;QD=16.9298;RBI=0.0195394;REFB=-0.0186961;REVB=0.00942376;RO=55;SAF=17;SAR=31;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480368;STB=0.519478;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0217798;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:56:48:48:0.461538:31:17:17:38:31:17:18:38 chr6 26554426 . T C 635.39 PASS AF=0.4;AO=72;DP=180;FAO=72;FDP=180;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=0.00920023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2285;QD=14.1197;RBI=0.0394074;REFB=-0.0116998;REVB=0.0383184;RO=108;SAF=37;SAR=35;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739979;STB=0.541591;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0178092;OID=.;OPOS=26554426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:108:108:72:72:0.4:35:37:48:60:35:37:48:60 chr6 26555484 . A G 791.95 PASS AF=0.456044;AO=83;DP=183;FAO=83;FDP=182;FR=.;FRO=99;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=0.00330798;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.468;QD=17.4055;RBI=0.0342435;REFB=-0.00897888;REVB=0.0340833;RO=98;SAF=42;SAR=41;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955422;STB=0.549915;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.009184;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:98:99:83:83:0.456044:41:42:40:58:41:42:41:58 chr6 26556769 . G T 1257.3 PASS AF=0.451724;AO=131;DP=290;FAO=131;FDP=290;FR=.;FRO=159;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=69;FSRR=90;FWDB=-0.00234755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.229;QD=17.3421;RBI=0.00310268;REFB=-0.0248892;REVB=-0.00202869;RO=159;SAF=62;SAR=69;SRF=69;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391706;STB=0.521667;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0315943;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:159:159:131:131:0.451724:69:62:69:90:69:62:69:90 chr6 26572165 . G T 1026.56 PASS AF=0.518325;AO=99;DP=190;FAO=99;FDP=191;FR=.;FRO=92;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.006793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.184;QD=21.4986;RBI=0.00680874;REFB=-0.00566179;REVB=0.000462744;RO=80;SAF=46;SAR=53;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852355;STB=0.532741;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00357303;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:80:92:99:99:0.518325:53:46:38:42:53:46:49:43 chr6 26575798 . CT C 688.98 PASS AF=0.488372;AO=106;DP=257;FAO=126;FDP=258;FR=.;FRO=132;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=65;FSRR=67;FWDB=-0.0494771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.6221;QD=10.6818;RBI=0.0695578;REFB=0.082383;REVB=0.0488907;RO=130;SAF=47;SAR=59;SRF=64;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489051;STB=0.511998;STBP=0.689;TYPE=del;VARB=-0.0900312;OID=.;OPOS=26575799;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:106:257:126:258:132:65:61:65:67:99:130:47:59:64:66 chr6 26577326 . C A 1223.39 PASS AF=0.468635;AO=127;DP=271;FAO=127;FDP=271;FR=.;FRO=144;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=-0.0185408;FXX=0.00367634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.1;QD=18.0575;RBI=0.0263143;REFB=-0.0215062;REVB=0.018673;RO=144;SAF=57;SAR=70;SRF=69;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294327;STB=0.51624;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0247976;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:144:144:127:127:0.468635:70:57:69:75:70:57:69:75 chr6 26577370 . C T 1696.05 PASS AF=0.487324;AO=172;DP=354;FAO=173;FDP=355;FR=.;FRO=182;FSAF=86;FSAR=87;FSRF=81;FSRR=101;FWDB=0.00851685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.904;QD=19.1104;RBI=0.0276727;REFB=-0.0144482;REVB=0.0263295;RO=180;SAF=85;SAR=87;SRF=79;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515741;STB=0.526693;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0146609;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:355:180:182:172:173:0.487324:87:85:79:101:87:86:81:101 chr6 26595168 . T C 1612.88 PASS AF=0.402626;AO=170;DP=443;FAO=184;FDP=457;FR=.;FRO=273;FSAF=64;FSAR=120;FSRF=121;FSRR=152;FWDB=0.0212163;FXX=0.0043572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3254;QD=14.1171;RBI=0.029857;REFB=-0.022999;REVB=-0.0210074;RO=273;SAF=50;SAR=120;SRF=121;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179641;STB=0.560486;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.041662;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:457:273:273:170:184:0.402626:120:50:121:152:120:64:121:152 chr6 26597333 . A G 979.74 PASS AF=0.457778;AO=103;DP=226;FAO=103;FDP=225;FR=.;FRO=122;FSAF=33;FSAR=70;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=-0.0157233;FXX=0.00442458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.331;QD=17.4176;RBI=0.0161597;REFB=-0.00337748;REVB=-0.00373024;RO=122;SAF=33;SAR=70;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162477;STB=0.590234;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00433646;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:122:122:103:103:0.457778:70:33:58:64:70:33:58:64 chr6 26598188 . A G 878.6 PASS AF=0.461165;AO=82;DP=209;FAO=95;FDP=206;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.0463589;FXX=0.0143534;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.5486;QD=17.0602;RBI=0.0927771;REFB=-0.0329534;REVB=-0.0803645;RO=84;SAF=39;SAR=43;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000534555;STB=0.502387;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0147517;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:206:84:109:82:95:0.461165:43:39:40:44:51:44:50:59 chr6 26638739 . T C 37.68 PASS AF=0.307692;AO=4;DP=13;FAO=4;FDP=13;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.115805;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.8134;QD=11.5938;RBI=0.233818;REFB=-0.0661211;REVB=0.203126;RO=5;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15474;STB=0.704804;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00547611;OID=.;OPOS=26638739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:13:13:5:5:4:4:0.307692:3:1:2:3:3:1:3:2 chr6 26701786 . C T 1258.56 PASS AF=0.453287;AO=130;DP=288;FAO=131;FDP=289;FR=.;FRO=158;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=67;FSRR=91;FWDB=0.0363696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.076;QD=17.4196;RBI=0.0382345;REFB=-0.00150561;REVB=0.0117954;RO=158;SAF=59;SAR=71;SRF=67;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298885;STB=0.514579;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00154808;OID=.;OPOS=26701786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:289:158:158:130:131:0.453287:71:59:67:91:72:59:67:91 chr6 26745250 . A G 72.92 PASS AF=0.120567;AO=17;DP=142;FAO=17;FDP=141;FR=.;FRO=124;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=71;FSRR=53;FWDB=-0.0184687;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2909;QD=2.0687;RBI=0.021842;REFB=-0.000327336;REVB=-0.0116612;RO=118;SAF=11;SAR=6;SRF=71;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597664;STB=0.568717;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000724566;OID=.;OPOS=26745250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:142:141:118:124:17:17:0.120567:6:11:71:47:6:11:71:53 chr6 26745257 . G A 71.24 PASS AF=0.115646;AO=17;DP=149;FAO=17;FDP=147;FR=.;FRO=130;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=75;FSRR=55;FWDB=0.0122712;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.692;QD=1.93864;RBI=0.0346402;REFB=-0.0155824;REVB=-0.0323938;RO=129;SAF=13;SAR=4;SRF=74;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255638;STB=0.6852;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0301392;OID=.;OPOS=26745257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:149:147:129:130:17:17:0.115646:4:13:74:55:4:13:75:55 chr6 26745260 . A G 68.48 PASS AF=0.11039;AO=17;DP=155;FAO=17;FDP=154;FR=.;FRO=137;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=81;FSRR=56;FWDB=0.00999225;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.748;QD=1.77876;RBI=0.0178581;REFB=-0.00146764;REVB=-0.0148009;RO=133;SAF=13;SAR=4;SRF=81;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214653;STB=0.674519;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0160887;OID=.;OPOS=26745260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:155:154:133:137:17:17:0.11039:4:13:81:52:4:13:81:56 chr6 26745262 . T C 67.68 PASS AF=0.108974;AO=17;DP=156;FAO=17;FDP=156;FR=.;FRO=139;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=81;FSRR=58;FWDB=0.00298773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4425;QD=1.73531;RBI=0.0114539;REFB=0.00290819;REVB=0.0110573;RO=138;SAF=13;SAR=4;SRF=80;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246177;STB=0.681665;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0123265;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:156:156:138:139:17:17:0.108974:4:13:80:58:4:13:81:58 chr6 26745286 . A G 263.49 PASS AF=0.21875;AO=42;DP=192;FAO=42;FDP=192;FR=.;FRO=150;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=84;FSRR=66;FWDB=0.0662403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.867;QD=5.48937;RBI=0.0668343;REFB=-0.000710602;REVB=0.00889123;RO=149;SAF=14;SAR=28;SRF=84;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291156;STB=0.675779;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00516762;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:149:150:42:42:0.21875:28:14:84:65:28:14:84:66 chr6 26745312 . A G 335.7 PASS AF=0.246231;AO=49;DP=199;FAO=49;FDP=199;FR=.;FRO=150;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=83;FSRR=67;FWDB=-0.00345815;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.762;QD=6.74776;RBI=0.0324622;REFB=-0.00115165;REVB=0.0322775;RO=150;SAF=14;SAR=35;SRF=83;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338911;STB=0.703835;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00215765;OID=.;OPOS=26745312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:150:150:49:49:0.246231:35:14:83:67:35:14:83:67 chr6 27059510 . C T 426.27 PASS AF=0.395161;AO=47;DP=125;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0172282;FXX=0.0236202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.918;QD=13.7506;RBI=0.0589788;REFB=-0.00250133;REVB=-0.0564065;RO=72;SAF=8;SAR=39;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419368;STB=0.718054;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00627574;OID=.;OPOS=27059510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:72:75:47:49:0.395161:39:8:36:36:39:10:39:36 chr6 27114374 . G A 671.19 PASS AF=0.337449;AO=82;DP=244;FAO=82;FDP=243;FR=.;FRO=161;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=70;FSRR=91;FWDB=0.00679174;FXX=0.00816293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5117;QD=11.0485;RBI=0.0133578;REFB=0.0157739;REVB=0.0115023;RO=160;SAF=40;SAR=42;SRF=69;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655814;STB=0.535203;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.024599;OID=.;OPOS=27114374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:160:161:82:82:0.337449:42:40:69:91:42:40:70:91 chr6 27114425 . G A 206.41 PASS AF=0.155235;AO=43;DP=266;FAO=43;FDP=277;FR=.;FRO=234;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=87;FSRR=147;FWDB=-0.00247412;FXX=0.00359699;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.594;QD=2.98064;RBI=0.00527879;REFB=-0.00186645;REVB=-0.00466309;RO=223;SAF=27;SAR=16;SRF=85;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310317;STB=0.706899;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0115108;OID=.;OPOS=27114425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:277:223:234:43:43:0.155235:16:27:85:138:16:27:87:147 chr6 27181610 . G A 1085.55 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.012;QD=59.4823;RBI=0.102862;REFB=0;REVB=0.052005;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47041e-05;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:73:0:0:66:73:1:45:21:0:0:50:23:0:0 chr6 27181701 . T C 1362.63 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0621781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0577;QD=61.2417;RBI=0.0639377;REFB=-0.100154;REVB=0.0148971;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.504503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00055754;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:55:33:0:0:55:33:0:1 chr6 27277402 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.726;QD=57.5452;RBI=0.00967183;REFB=0;REVB=0.00746126;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84237e-06;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr6 27356867 . A G 1735.4 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.61;QD=59.8412;RBI=0.0269573;REFB=-0.139401;REVB=0.0135589;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.504761;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000260652;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:116:116:0:1:115:115:0.991379:63:52:0:0:63:52:1:0 chr6 27356902 . A G 1374.89 PASS AF=0.95098;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0367003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8809;QD=53.9173;RBI=0.044163;REFB=-0.0314791;REVB=-0.0245654;RO=5;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398015;STB=0.521004;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.017298;OID=.;OPOS=27356902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:102:102:5:5:97:97:0.95098:57:40:0:5:57:40:0:5 chr6 27356925 . T G 1284.62 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.997;QD=61.9092;RBI=0.0636634;REFB=0;REVB=0.0579928;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98068e-05;OID=.;OPOS=27356925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:80:83:1:50:30:0:0:53:30:0:0 chr6 27369873 . C T 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.634;QD=57.1935;RBI=0.00264785;REFB=0;REVB=0.00147262;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67504e-06;OID=.;OPOS=27369873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr6 27369892 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9844;QD=55.0985;RBI=0.0512569;REFB=0;REVB=0.00699358;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000934532;OID=.;OPOS=27369892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr6 27370046 . T G 1116.4 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.386;QD=60.3461;RBI=0.0538182;REFB=0;REVB=0.0532308;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129259;OID=.;OPOS=27370046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr6 27370473 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0861;QD=40.7629;RBI=0.0365978;REFB=0;REVB=-0.0340069;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00268072;OID=.;OPOS=27370473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr6 27371011 . C T 769.31 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1147;QD=56.9861;RBI=0.0282979;REFB=0;REVB=0.0278616;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07741e-05;OID=.;OPOS=27371011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:23:30:0:0:24:30:0:0 chr6 27371193 . G A 1840.86 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2042;QD=61.362;RBI=0.0120307;REFB=0;REVB=0.000811227;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84621e-05;OID=.;OPOS=27371193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:63:57:0:0:63:57:0:0 chr6 27425185 . C A 2204.61 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184644;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.04;QD=63.442;RBI=0.0134652;REFB=0;REVB=0.013338;RO=0;SAF=71;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.40555e-05;OID=.;OPOS=27425185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:139:0:0:139:139:1:68:71:0:0:68:71:0:0 chr6 27435707 . G A 1311.4 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0529924;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.1978;QD=59.609;RBI=0.0538653;REFB=0.0611248;REVB=0.00965772;RO=1;SAF=28;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809968;STB=0.504498;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00875695;OID=.;OPOS=27435707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:88:1:2:86:86:0.977273:58:28:0:1:58:28:1:1 chr6 27471515 . A G 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.378;QD=61.8754;RBI=0.0122403;REFB=0;REVB=0.0114157;RO=0;SAF=77;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81746e-06;OID=.;OPOS=27471515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:48:77:0:0:48:77:0:0 chr6 27515519 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.961;QD=56.9569;RBI=0.0464744;REFB=0;REVB=0.0386897;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135594;OID=.;OPOS=27515519;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:32:19:0:0:33:19:0:0 chr6 27551315 . AC AA,AG 3422.81 PASS AF=0.260684,0.551282;AO=67,99;DP=229;FAO=61,129;FDP=234;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32,45;FSAR=29,84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212953,0.025539;FXX=0.024999;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.851,74.4268;QD=58.5096;RBI=0.0438573,0.0263596;REFB=-0.0334331,-0.0918351;REVB=0.0383402,0.00652615;RO=1;SAF=34,31;SAR=33,68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0141052,0.00692557;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0460424,0.0057783;OID=.,.;OPOS=27551316,27551316;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=AA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.260684,0.551282:67,99:229:61,129:234:0:32,45:29,84:0:0:99:1:34,31:33,68:0:1 chr6 27551317 . A G 58.11 PASS AF=0.0826446;AO=19;DP=241;FAO=20;FDP=242;FR=.;FRO=222;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=70;FSRR=152;FWDB=-0.0340375;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=160.458;QD=0.960505;RBI=0.071125;REFB=-0.00664738;REVB=-0.0624517;RO=222;SAF=10;SAR=9;SRF=70;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248009;STB=0.70822;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0282541;OID=.;OPOS=27551317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:241:242:222:222:19:20:0.0826446:9:10:70:152:9:11:70:152 chr6 27560587 . A G 1191.05 PASS AF=0.921348;AO=82;DP=89;FAO=82;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00263236;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=279.628;QD=53.5305;RBI=0.00396117;REFB=-0.0589245;REVB=0.00295999;RO=6;SAF=45;SAR=37;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037158;STB=0.513173;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.000266677;OID=.;OPOS=27560587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:89:89:6:7:82:82:0.921348:37:45:5:1:37:45:5:2 chr6 27573463 . G A 1741.78 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.163;QD=60.0612;RBI=0.0415648;REFB=0;REVB=0.00872664;RO=0;SAF=37;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106119;OID=.;OPOS=27573463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:116:0:0:110:116:1:73:37:0:0:73:43:0:0 chr6 27792221 . C T 1481.55 PASS AF=0.964602;AO=105;DP=113;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00204841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.7269;QD=52.4442;RBI=0.0196257;REFB=-0.0903874;REVB=0.0195185;RO=8;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061092;STB=0.506252;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0223203;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:113:8:4:105:109:0.964602:58:47:0:8:63:46:1:3 chr6 27792228 . T C 1713.12 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.571;QD=60.6413;RBI=0.0150212;REFB=0;REVB=0.0148775;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28206e-06;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:65:47:0:0:66:47:0:0 chr6 27858421 . A G 433.94 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.035237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3192;QD=17.0174;RBI=0.0483293;REFB=-0.00656435;REVB=-0.0330768;RO=55;SAF=22;SAR=25;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571992;STB=0.531901;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00932028;OID=.;OPOS=27858421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:25:22:29:26:25:22:29:26 chr6 27879397 . T C 127.7 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0306152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7948;QD=8.10787;RBI=0.031251;REFB=-0.00574361;REVB=0.00627196;RO=45;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222771;OID=.;OPOS=27879397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:12:6:15:30:12:6:15:30 chr6 28059020 . G A 1024.97 PASS AF=0.436;AO=105;DP=247;FAO=109;FDP=250;FR=.;FRO=141;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=-0.000256297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6142;QD=16.3996;RBI=0.0056316;REFB=1.66292e-05;REVB=0.00562576;RO=141;SAF=62;SAR=43;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979428;STB=0.557202;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=6.26372e-05;OID=.;OPOS=28059020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:250:141:141:105:109:0.436:43:62:70:71:44:65:70:71 chr6 28059217 . G C 706.83 PASS AF=0.452381;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.0026891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.13;QD=16.8293;RBI=0.0203887;REFB=-0.0137644;REVB=0.0202106;RO=92;SAF=29;SAR=47;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436555;STB=0.524272;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0158464;OID=.;OPOS=28059217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:92:92:76:76:0.452381:47:29:39:53:47:29:39:53 chr6 28104634 . G T 1516.25 PASS AF=0.453521;AO=161;DP=359;FAO=161;FDP=355;FR=.;FRO=194;FSAF=78;FSAR=83;FSRF=92;FSRR=102;FWDB=0.0170435;FXX=0.0111418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.018;QD=17.0845;RBI=0.0171535;REFB=-0.0113655;REVB=-0.00193956;RO=192;SAF=78;SAR=83;SRF=90;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155053;STB=0.505605;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0111199;OID=.;OPOS=28104634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:355:192:194:161:161:0.453521:83:78:90:102:83:78:92:102 chr6 28120898 . G A 386.59 PASS AF=0.512821;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0101604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.254;QD=19.8249;RBI=0.0111827;REFB=-0.012997;REVB=-0.00467111;RO=38;SAF=12;SAR=27;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353077;STB=0.509429;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0146164;OID=.;OPOS=28120898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:38:38:39:40:0.512821:27:12:13:25:27:13:13:25 chr6 28121278 . A G 252.71 PASS AF=0.5;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.000958813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.686;QD=21.0589;RBI=0.00212436;REFB=-0.012199;REVB=-0.00189568;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209108;STB=0.608603;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00702885;OID=.;OPOS=28121278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:24:24:24:0.5:8:16:10:13:8:16:11:13 chr6 28198122 . C T 611.32 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.00618561;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.963;QD=17.4663;RBI=0.0776871;REFB=-0.00921628;REVB=-0.0774405;RO=76;SAF=30;SAR=34;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689868;STB=0.538347;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0112907;OID=.;OPOS=28198122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:76:76:64:64:0.457143:34:30:41:35:34:30:41:35 chr6 28228342 . A G 934.06 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.084;QD=56.6096;RBI=0.0538069;REFB=0.0015889;REVB=0.0030226;RO=2;SAF=27;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03369;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239546;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:66:2:0:62:66:1:35:27:2:0:35:31:0:0 chr6 28239915 . G A 423.82 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00876306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.043;QD=21.1912;RBI=0.015688;REFB=0.00725738;REVB=0.0130124;RO=38;SAF=16;SAR=26;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594726;STB=0.532903;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00485872;OID=.;OPOS=28239915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:26:16:17:21:26:16:17:21 chr6 28239932 . T TG 760.19 PASS AF=1;AO=69;DP=74;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445041;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.1184;QD=42.8277;RBI=0.062691;REFB=0;REVB=0.0441536;RO=5;SAF=28;SAR=41;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00238207;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:74:71:71:0:28:43:0:0:15:5:28:41:3:2 chr6 28239943 . G A 366.03 PASS AF=0.544118;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00240167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.005;QD=21.5314;RBI=0.0126425;REFB=0.00143841;REVB=-0.0124123;RO=31;SAF=15;SAR=21;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255591;STB=0.50868;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00183605;OID=.;OPOS=28239943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:36:37:0.544118:21:15:12:19:22:15:12:19 chr6 28269663 . A G 499.2 PASS AF=0.375;AO=59;DP=160;FAO=60;FDP=160;FR=.;FRO=100;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=67;FWDB=0.0064937;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.833;QD=12.48;RBI=0.0191546;REFB=-0.0299173;REVB=0.0180202;RO=97;SAF=32;SAR=27;SRF=32;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230786;STB=0.635092;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.037927;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:97:100:59:60:0.375:27:32:32:65:27:33:33:67 chr6 28294550 . T C 2249.26 PASS AF=0.979592;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.017308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.217;QD=61.2043;RBI=0.0192037;REFB=-0.130367;REVB=0.00831972;RO=1;SAF=76;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694209;STB=0.51079;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000305155;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:147:147:1:3:144:144:0.979592:68:76:0:1:68:76:0:3 chr6 28297313 . T A 1055.6 PASS AF=0.46383;AO=108;DP=237;FAO=109;FDP=235;FR=.;FRO=126;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=-0.0413687;FXX=0.00843846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9008;QD=17.9676;RBI=0.0446601;REFB=-0.0262947;REVB=-0.0168271;RO=126;SAF=52;SAR=56;SRF=52;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673001;STB=0.539539;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0263347;OID=.;OPOS=28297313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:235:126:126:108:109:0.46383:56:52:52:74:56:53:52:74 chr6 28327371 . G C 356.28 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0384746;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.763;QD=16.3804;RBI=0.046078;REFB=-0.00828618;REVB=0.0253552;RO=49;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696448;STB=0.539195;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0119055;OID=.;OPOS=28327371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:49:49:38:38:0.436782:22:16:24:25:22:16:24:25 chr6 28331573 . T A 511.58 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.0858008;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.707;QD=18.4352;RBI=0.0859054;REFB=0.0127744;REVB=-0.00423643;RO=56;SAF=17;SAR=37;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314447;STB=0.50993;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0127322;OID=.;OPOS=28331573;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:56:57:54:54:0.486486:37:17:16:40:37:17:17:40 chr6 28359170 . A G 2083.81 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.06;QD=62.671;RBI=0.0121761;REFB=0;REVB=-0.00565322;RO=0;SAF=58;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78192e-06;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:75:58:0:0:75:58:0:0 chr6 28359186 . C T 616.15 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.00808308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8896;QD=17.3563;RBI=0.0484984;REFB=-0.00554213;REVB=-0.0478201;RO=78;SAF=32;SAR=32;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506072;STB=0.52816;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00693483;OID=.;OPOS=28359186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:78:78:64:64:0.450704:32:32:35:43:32:32:35:43 chr6 28456854 . AC GC,GT 886.58 PASS AF=0.587302,0.412698;AO=37,26;DP=63;FAO=37,26;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21,11;FSAR=16,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353405,0.0473779;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=94.4739,71.1903;QD=56.2905;RBI=0.0896511,0.0491401;REFB=0,0;REVB=0.0823916,0.0130416;RO=0;SAF=21,11;SAR=16,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.7558e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00807802,-0.0179268;OID=.,.;OPOS=28456854,28456854;OREF=A,AC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:63:63:0:0:37,26:37,26:0.587302,0.412698:16,15:21,11:0:0:16,15:21,11:0:0 chr6 28478555 . A T 576.39 PASS AF=0.446043;AO=57;DP=135;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=54;FSRF=8;FSRR=69;FWDB=-0.00971601;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.085;QD=16.5866;RBI=0.0149796;REFB=-0.00553328;REVB=0.0114012;RO=76;SAF=8;SAR=49;SRF=8;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794508;STB=0.532458;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00656349;OID=.;OPOS=28478555;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:139:76:77:57:62:0.446043:49:8:8:68:54:8:8:69 chr6 28483482 . A C 3461.28 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134174;FXX=0.0044841;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.07;QD=62.3653;RBI=0.0153733;REFB=-0.115658;REVB=-0.00750406;RO=1;SAF=110;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427335;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14942e-05;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:222:222:1:0:221:222:1:111:110:0:1:111:111:0:0 chr6 28497339 . G A 1155.46 PASS AF=0.554404;AO=107;DP=193;FAO=107;FDP=193;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=27;FSRR=59;FWDB=-0.00800682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.594;QD=23.9473;RBI=0.00896317;REFB=-0.00199388;REVB=0.00402856;RO=86;SAF=38;SAR=69;SRF=27;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372446;STB=0.520266;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00175818;OID=.;OPOS=28497339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:86:86:107:107:0.554404:69:38:27:59:69:38:27:59 chr6 28503705 . G A 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0275309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.347;QD=10.9517;RBI=0.0286785;REFB=-0.0125432;REVB=-0.00803141;RO=46;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167516;STB=0.60257;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.034729;OID=.;OPOS=28503705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:12:13:17:29:12:13:17:30 chr6 28510975 . C T 1031.31 PASS AF=0.509804;AO=104;DP=205;FAO=104;FDP=204;FR=.;FRO=100;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=60;FWDB=-0.003003;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.012;QD=20.2218;RBI=0.0217292;REFB=0.0019802;REVB=-0.0215207;RO=98;SAF=45;SAR=59;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314737;STB=0.51639;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00219332;OID=.;OPOS=28510975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:98:100:104:104:0.509804:59:45:39:59:59:45:40:60 chr6 28542424 . G A 1381.18 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8267;QD=61.3858;RBI=0.0148531;REFB=-0.0188106;REVB=-0.00531031;RO=1;SAF=62;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172266;STB=0.509089;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00106002;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:27:62:0:1:27:62:0:1 chr6 28542520 . C T 2735.8 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.388;QD=62.1773;RBI=0.0143256;REFB=0;REVB=0.0126102;RO=0;SAF=104;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12435e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77816e-05;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:169:176:0:0:169:176:1:65:104:0:0:68:108:0:0 chr6 28543089 . G T 461.46 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.0205158;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.793;QD=21.4634;RBI=0.0270885;REFB=-0.00854607;REVB=-0.0176887;RO=40;SAF=10;SAR=35;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00341793;STB=0.519076;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00710648;OID=.;OPOS=28543089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:40:41:45:45:0.523256:35:10:9:31:35:10:8:33 chr6 28601934 . A T 1461.1 PASS AF=0.980392;AO=97;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0304954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.312;QD=57.2981;RBI=0.030792;REFB=-0.0750717;REVB=0.00426327;RO=1;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854568;STB=0.508927;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000682279;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:1:2:97:100:0.980392:55:42:0:1:55:45:0:2 chr6 28611289 . C T 479.04 PASS AF=0.371069;AO=58;DP=158;FAO=59;FDP=159;FR=.;FRO=100;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.00492982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.307;QD=12.0514;RBI=0.0097968;REFB=-0.0153747;REVB=0.00846606;RO=100;SAF=26;SAR=32;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319336;STB=0.513228;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0265182;OID=.;OPOS=28611289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:100:100:58:59:0.371069:32:26:42:58:33:26:42:58 chr6 28616066 . T A 2474.27 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.897;QD=61.4725;RBI=0.0926183;REFB=0;REVB=0.0897025;RO=0;SAF=61;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.92023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09552e-05;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:100:61:0:0:100:61:0:0 chr6 28626098 . G A,T 1683.23 PASS AF=0.964602,0.0353982;AO=109,4;DP=113;FAO=109,4;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=54,0;FSAR=55,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114373,-0.0768419;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.072,73.6741;QD=59.5835;RBI=0.0188831,0.0772235;REFB=0,0;REVB=-0.0150253,-0.00766847;RO=0;SAF=54,0;SAR=55,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000864756,-0.00048064;OID=.,.;OPOS=28626098,28626098;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:113:113:0:0:109,4:109,4:0.964602,0.0353982:55,4:54,0:0:0:55,4:54,0:0:0 chr6 28663716 . A G 2282.34 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176642;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1137;QD=63.3983;RBI=0.0174368;REFB=0;REVB=-0.0173471;RO=0;SAF=90;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5607e-05;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:53:90:0:0:53:91:0:0 chr6 28663754 . T C 2640.19 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.376;QD=62.1221;RBI=0.0458351;REFB=0;REVB=0.0176153;RO=0;SAF=93;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89798e-05;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:77:93:0:0:77:93:0:0 chr6 28678357 . T C 415.19 PASS AF=0.597015;AO=41;DP=66;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0469938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.255;QD=24.7873;RBI=0.0472573;REFB=-0.0142572;REVB=-0.00498349;RO=25;SAF=14;SAR=27;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238967;STB=0.654963;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00739;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:25:27:41:40:0.597015:27:14:17:8:27:13:19:8 chr6 28687542 . T C 1452.92 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.265;QD=63.1703;RBI=0.0104427;REFB=0;REVB=-0.00723083;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46445e-05;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr6 28697086 . C T 2568.44 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014015;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.354;QD=61.8901;RBI=0.016318;REFB=0;REVB=-0.008358;RO=0;SAF=95;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012372;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:71:95:0:0:71:95:0:0 chr6 28703244 . T C 2829.85 PASS AF=0.994505;AO=179;DP=180;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00921487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.333;QD=62.1945;RBI=0.0103542;REFB=0.150976;REVB=0.00472181;RO=1;SAF=66;SAR=113;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715824;STB=0.503703;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000147574;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:180:182:1:1:179:181:0.994505:113:66:1:0:114:67:1:0 chr6 28715537 . T C 562.59 PASS AF=0.37931;AO=66;DP=176;FAO=66;FDP=174;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=0.0157614;FXX=0.011363;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.075;QD=12.933;RBI=0.0194285;REFB=0.00156108;REVB=0.0113598;RO=107;SAF=43;SAR=23;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205669;STB=0.619494;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00264798;OID=.;OPOS=28715537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:174:107:108:66:66:0.37931:23:43:50:57:23:43:50:58 chr6 28715564 . C G 638.85 PASS AF=0.4;AO=71;DP=179;FAO=72;FDP=180;FR=.;FRO=108;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=0.00332988;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.758;QD=14.1966;RBI=0.0194796;REFB=-0.00505391;REVB=-0.0191929;RO=104;SAF=44;SAR=27;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169237;STB=0.609213;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00284631;OID=.;OPOS=28715564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:104:108:71:72:0.4:27:44:48:56:27:45:48:60 chr6 28715604 . G C 2604.97 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00395526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4987;QD=61.2935;RBI=0.00397363;REFB=0.0371878;REVB=0.000381716;RO=1;SAF=89;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591211;STB=0.503105;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00209229;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:170:1:1:169:169:0.994118:80:89:0:1:80:89:0:1 chr6 28726169 . C G 495.69 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0512633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.687;QD=20.8713;RBI=0.0512942;REFB=0.0024998;REVB=-0.00178093;RO=45;SAF=20;SAR=28;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642486;STB=0.54705;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0022263;OID=.;OPOS=28726169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:47:48:48:0.505263:28:20:22:23:28:20:24:23 chr6 28731385 . A G 439.62 PASS AF=0.445455;AO=44;DP=105;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00321088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.606;QD=15.9863;RBI=0.0281958;REFB=-0.00606855;REVB=0.0280124;RO=60;SAF=19;SAR=25;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703923;STB=0.535419;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0066755;OID=.;OPOS=28731385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:110:60:61:44:49:0.445455:25:19:30:30:28:21:30:31 chr6 28732220 . G T 790.73 PASS AF=0.535714;AO=75;DP=137;FAO=75;FDP=140;FR=.;FRO=65;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.00649213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.829;QD=22.5923;RBI=0.00676052;REFB=-0.012401;REVB=0.00188596;RO=62;SAF=44;SAR=31;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787174;STB=0.528751;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0113248;OID=.;OPOS=28732220;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:62:65:75:75:0.535714:31:44:42:20:31:44:42:23 chr6 28746625 . C A 894.03 PASS AF=0.45283;AO=96;DP=213;FAO=96;FDP=212;FR=.;FRO=116;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=0.0180711;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4456;QD=16.8686;RBI=0.0180834;REFB=-0.00984377;REVB=-0.000665998;RO=110;SAF=40;SAR=56;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00150427;STB=0.508063;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0143125;OID=.;OPOS=28746625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:110:116:96:96:0.45283:56:40:46:64:56:40:50:66 chr6 28757551 . G A 698.8 PASS AF=0.582609;AO=66;DP=113;FAO=67;FDP=115;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00396592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6703;QD=24.306;RBI=0.0133079;REFB=-0.00375009;REVB=0.0127032;RO=47;SAF=34;SAR=32;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068313;STB=0.529174;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00317337;OID=.;OPOS=28757551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:47:48:66:67:0.582609:32:34:20:27:33:34:21:27 chr6 28757560 . G T 413.73 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=122;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00531432;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.601;QD=13.677;RBI=0.022396;REFB=-0.00986191;REVB=0.0217564;RO=73;SAF=20;SAR=28;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385076;STB=0.521791;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00859291;OID=.;OPOS=28757560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:73:73:48:48:0.396694:28:20:33:40:28:20:33:40 chr6 28757573 . A G 762.75 PASS AF=0.592;AO=65;DP=118;FAO=74;FDP=125;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00702296;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.037;QD=24.408;RBI=0.00702729;REFB=-0.0103184;REVB=0.000246574;RO=51;SAF=29;SAR=36;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603584;STB=0.530492;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00818693;OID=.;OPOS=28757573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:125:51:51:65:74:0.592:36:29:19:32:41:33:19:32 chr6 28757630 . A T 574.66 PASS AF=0.542056;AO=54;DP=106;FAO=58;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0024815;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=301.373;QD=21.4826;RBI=0.00279728;REFB=-0.00987662;REVB=0.0012911;RO=30;SAF=20;SAR=34;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665731;STB=0.535199;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00569082;OID=.;OPOS=28757630;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:30:48:54:58:0.542056:34:20:14:16:38:20:20:28 chr6 28758526 . C T 456.91 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=59;FWDB=0.00747975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.244;QD=14.1676;RBI=0.00843686;REFB=0.000111;REVB=-0.00390307;RO=76;SAF=19;SAR=33;SRF=17;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17077;STB=0.588719;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000132639;OID=.;OPOS=28758526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:76:77:52:52:0.403101:33:19:17:59:33:19:18:59 chr6 28758580 . T C 679.31 PASS AF=0.393035;AO=77;DP=199;FAO=79;FDP=201;FR=.;FRO=122;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=87;FWDB=0.0182029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.388;QD=13.5187;RBI=0.0208093;REFB=-0.00796611;REVB=0.0100839;RO=120;SAF=35;SAR=42;SRF=34;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191657;STB=0.59815;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0110474;OID=.;OPOS=28758580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:120:122:77:79:0.393035:42:35:34:86:44:35:35:87 chr6 28763736 . C T 557.43 PASS AF=0.457364;AO=58;DP=128;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-3.02569e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1078;QD=17.2847;RBI=0.0043042;REFB=-0.00862737;REVB=-0.00430409;RO=69;SAF=23;SAR=35;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192585;STB=0.596923;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0131957;OID=.;OPOS=28763736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:69:70:58:59:0.457364:35:23:41:28:35:24:41:29 chr6 28763800 . G A 833.38 PASS AF=0.557971;AO=70;DP=132;FAO=77;FDP=138;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0714182;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.763;QD=24.156;RBI=0.0728179;REFB=-0.033922;REVB=0.0142089;RO=61;SAF=34;SAR=36;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786804;STB=0.549903;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.020149;OID=.;OPOS=28763800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:138:61:61:70:77:0.557971:36:34:24:37:38:39:24:37 chr6 28763825 . G A 458.38 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0154734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.433;QD=14.2132;RBI=0.0186287;REFB=-0.00982206;REVB=-0.0103731;RO=76;SAF=20;SAR=32;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964414;STB=0.558801;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0185996;OID=.;OPOS=28763825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:77:52:52:0.403101:32:20:36:40:32:20:37:40 chr6 28770593 . C T 522.1 PASS AF=0.455285;AO=55;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0297556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4408;QD=16.9789;RBI=0.0348689;REFB=-0.00583433;REVB=-0.0181782;RO=64;SAF=32;SAR=23;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169035;STB=0.575379;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00580012;OID=.;OPOS=28770593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:67:55:56:0.455285:23:32:26:38:24:32:29:38 chr6 28770596 . A AC 1181.24 PASS AF=1;AO=103;DP=125;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.272427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.8319;QD=38.7292;RBI=0.276397;REFB=-0.0566305;REVB=-0.0466791;RO=17;SAF=44;SAR=59;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00396127;OID=.;OPOS=28770597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:103:125:122:122:0:60:62:0:0:15:17:44:59:15:2 chr6 28775667 . A G 1022.19 PASS AF=0.5;AO=104;DP=209;FAO=104;FDP=208;FR=.;FRO=104;FSAF=32;FSAR=72;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.0112277;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.191;QD=19.6574;RBI=0.0174942;REFB=-0.0119295;REVB=0.0134159;RO=99;SAF=32;SAR=72;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143504;STB=0.594184;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0100582;OID=.;OPOS=28775667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:99:104:104:104:0.5:72:32:45:54:72:32:50:54 chr6 28779881 . T C 522.76 PASS AF=0.389262;AO=58;DP=149;FAO=58;FDP=149;FR=.;FRO=91;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=62;FWDB=-0.0464262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3863;QD=14.0338;RBI=0.0465074;REFB=-0.0084031;REVB=-0.00274713;RO=89;SAF=20;SAR=38;SRF=27;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501703;STB=0.51786;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00774644;OID=.;OPOS=28779881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:89:91:58:58:0.389262:38:20:27:62:38:20:29:62 chr6 28779928 . G A 511.42 PASS AF=0.374233;AO=55;DP=158;FAO=61;FDP=163;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=70;FWDB=0.0318639;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.072;QD=12.5503;RBI=0.0327634;REFB=-0.000543947;REVB=0.00762463;RO=103;SAF=17;SAR=38;SRF=32;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211474;STB=0.532405;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000975724;OID=.;OPOS=28779928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:163:103:102:55:61:0.374233:38:17:32:71:39:22:32:70 chr6 28785085 . C T 1743.9 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=120;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0151676;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1693;QD=59.1153;RBI=0.0201733;REFB=-0.0084003;REVB=0.0133006;RO=1;SAF=44;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655085;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000189354;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:118:1:2:116:116:0.983051:72:44:0:1:72:44:0:2 chr6 28791134 . G A 1530.98 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255495;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.595;QD=59.4556;RBI=0.0372495;REFB=0;REVB=0.0271063;RO=0;SAF=35;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61671e-05;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:105:103:0:0:102:103:1:67:35:0:0:68:35:0:0 chr6 28806217 . GGA G,GAA 750.64 PASS AF=0.285714,0.714286;AO=13,34;DP=48;FAO=14,35;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=6,11;FSAR=8,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810136,-0.0749687;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=18.8866,39.5907;QD=61.2766;RBI=0.0965533,0.0755601;REFB=0,0;REVB=0.0525294,0.00943477;RO=0;SAF=5,10;SAR=8,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.60098e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0171303,0.00574067;OID=.,.;OPOS=28806218,28806218;OREF=GA,G;OALT=-,A;OMAPALT=G,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.285714,0.714286:13,34:48:14,35:49:0:6,11:8,24:0:0:99:0:5,10:8,24:0:0 chr6 28806297 . T C 465.49 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00841127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.143;QD=17.733;RBI=0.0666209;REFB=-0.00780541;REVB=-0.0660878;RO=55;SAF=20;SAR=30;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913188;STB=0.550588;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0102435;OID=.;OPOS=28806297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:30:20:17:38:30:20:17:38 chr6 28831451 . A G 414.11 PASS AF=0.525;AO=41;DP=73;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0628446;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.3733;QD=20.7052;RBI=0.101324;REFB=-0.00654928;REVB=-0.0794796;RO=32;SAF=15;SAR=26;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783112;STB=0.506326;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00180234;OID=.;OPOS=28831451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:80:32:38:41:42:0.525:26:15:12:20:26:16:14:24 chr6 28849157 . T C 1049.29 PASS AF=0.418773;AO=116;DP=277;FAO=116;FDP=277;FR=.;FRO=161;FSAF=75;FSAR=41;FSRF=99;FSRR=62;FWDB=-0.00717092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5482;QD=15.1522;RBI=0.0356074;REFB=0.00793404;REVB=-0.0348779;RO=154;SAF=75;SAR=41;SRF=97;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185822;STB=0.519883;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0116495;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:154:161:116:116:0.418773:41:75:97:57:41:75:99:62 chr6 28908873 . C T 738.1 PASS AF=0.46988;AO=77;DP=165;FAO=78;FDP=166;FR=.;FRO=88;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.00371042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.103;QD=17.7854;RBI=0.00763259;REFB=0.00401874;REVB=-0.00667002;RO=86;SAF=47;SAR=30;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854015;STB=0.544571;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0046135;OID=.;OPOS=28908873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:86:88:77:78:0.46988:30:47:45:41:30:48:47:41 chr6 28911802 . G A 2276.09 PASS AF=0.973333;AO=146;DP=150;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=83;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0542454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.34;QD=60.6958;RBI=0.0922113;REFB=-0.182331;REVB=0.0745679;RO=4;SAF=83;SAR=63;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164102;STB=0.508634;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00596962;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:150:150:4:4:146:146:0.973333:63:83:1:3:63:83:1:3 chr6 28945386 . T TG 75.54 PASS AF=0.155556;AO=24;DP=231;FAO=35;FDP=225;FR=.;FRO=190;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=83;FSRR=107;FWDB=-0.0152064;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=68.3302;QD=1.34295;RBI=0.0362599;REFB=-0.00490593;REVB=-0.0329172;RO=187;SAF=2;SAR=22;SRF=87;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523611;STB=0.908958;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.105953;OID=.;OPOS=28945387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.155556:24:231:35:225:190:2:33:83:107:75:187:2:22:87:100 chr6 28963248 . T G 5772.9 PASS AF=0.991935;AO=369;DP=372;FAO=369;FDP=372;FR=.;FRO=3;FSAF=180;FSAR=189;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0115777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6074;QD=62.0742;RBI=0.0489054;REFB=0.0145843;REVB=0.0475152;RO=3;SAF=180;SAR=189;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788552;STB=0.504132;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-5.45851e-06;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:372:372:3:3:369:369:0.991935:189:180:3:0:189:180:3:0 chr6 29068745 . T C 817.02 PASS AF=0.454545;AO=85;DP=188;FAO=85;FDP=187;FR=.;FRO=102;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=0.00961149;FXX=0.00531887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.774;QD=17.4764;RBI=0.0160605;REFB=-0.0124429;REVB=-0.012867;RO=101;SAF=42;SAR=43;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865398;STB=0.544963;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0159833;OID=.;OPOS=29068745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:101:102:85:85:0.454545:43:42:41:60:43:42:42:60 chr6 29068759 . C A 3114.42 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0045;QD=63.8856;RBI=0.0402945;REFB=0;REVB=-0.00659264;RO=0;SAF=89;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127297;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:194:195:1:105:89:0:0:106:89:0:0 chr6 29069337 . A T 6313.38 PASS AF=1;AO=356;DP=404;FAO=404;FDP=404;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=208;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.469;QD=62.5087;RBI=0.10448;REFB=0;REVB=0.104289;RO=0;SAF=205;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295608;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:404:404:0:0:356:404:1:151:205:0:0:196:208:0:0 chr6 29080004 . A G 3775.08 PASS AF=0.577114;AO=346;DP=601;FAO=348;FDP=603;FR=.;FRO=255;FSAF=160;FSAR=188;FSRF=120;FSRR=135;FWDB=-0.0100532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.753;QD=25.042;RBI=0.0433102;REFB=-0.00830088;REVB=0.0421273;RO=255;SAF=159;SAR=187;SRF=120;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872217;STB=0.504601;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00589949;OID=.;OPOS=29080004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:601:603:255:255:346:348:0.577114:187:159:120:135:188:160:120:135 chr6 29080344 . G A 881.23 PASS AF=0.367491;AO=103;DP=282;FAO=104;FDP=283;FR=.;FRO=179;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=104;FSRR=75;FWDB=-0.00878942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7501;QD=12.4556;RBI=0.0176491;REFB=-0.00306238;REVB=0.0153048;RO=178;SAF=49;SAR=54;SRF=103;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114878;STB=0.569145;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00524928;OID=.;OPOS=29080344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:283:178:179:103:104:0.367491:54:49:103:75:55:49:104:75 chr6 29080349 . A G 4414.5 PASS AF=1;AO=279;DP=280;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602566;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.058;QD=63.2903;RBI=0.0177933;REFB=0;REVB=0.0167419;RO=0;SAF=150;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48635e-05;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:280:279:0:0:279:279:1:129:150:0:0:129:150:0:0 chr6 29080386 . T C 876.84 PASS AF=0.361111;AO=104;DP=288;FAO=104;FDP=288;FR=.;FRO=184;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=96;FSRR=88;FWDB=0.0132971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.669;QD=12.1783;RBI=0.0312968;REFB=0.00366347;REVB=0.0283316;RO=182;SAF=53;SAR=51;SRF=94;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772021;STB=0.507749;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00610439;OID=.;OPOS=29080386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:182:184:104:104:0.361111:51:53:94:88:51:53:96:88 chr6 29080450 . G A 3904.58 PASS AF=1;AO=251;DP=251;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000421562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5737;QD=62.2244;RBI=0.00268763;REFB=0;REVB=-0.00265436;RO=0;SAF=125;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.38735e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06693e-06;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:251:251:0:0:251:251:1:126:125:0:0:126:125:0:0 chr6 29141507 . T C 1166.55 PASS AF=0.472868;AO=122;DP=258;FAO=122;FDP=258;FR=.;FRO=136;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=51;FSRR=85;FWDB=0.0328192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6566;QD=18.086;RBI=0.0423207;REFB=-0.0186328;REVB=0.0267197;RO=136;SAF=51;SAR=71;SRF=51;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426376;STB=0.523486;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0253838;OID=.;OPOS=29141507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:136:136:122:122:0.472868:71:51:51:85:71:51:51:85 chr6 29141743 . A G 8024.02 PASS AF=1;AO=508;DP=511;FAO=509;FDP=509;FR=.;FRO=0;FSAF=211;FSAR=298;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688147;FXX=0.00391382;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0168;QD=63.0571;RBI=0.0695132;REFB=0.00379788;REVB=0.00982984;RO=1;SAF=210;SAR=298;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00159964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80903e-05;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:511:509:1:0:508:509:1:298:210:0:1:298:211:0:0 chr6 29141772 . A G 7818.13 PASS AF=1;AO=486;DP=490;FAO=491;FDP=491;FR=.;FRO=0;FSAF=194;FSAR=297;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223172;FXX=0.00808064;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.335;QD=63.6915;RBI=0.0247075;REFB=-0.0936678;REVB=0.0106019;RO=2;SAF=194;SAR=292;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000822351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2697e-05;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:490:491:2:0:486:491:1:292:194:1:1:297:194:0:0 chr6 29142317 . C T 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00255809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.099;QD=16.2362;RBI=0.00898421;REFB=-0.00675313;REVB=-0.00861233;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512385;STB=0.528888;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00595218;OID=.;OPOS=29142317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:11:19:21:15:11:19:21:15 chr6 29274486 . T C 762.35 PASS AF=0.470588;AO=79;DP=170;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.0148144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1503;QD=17.9376;RBI=0.0691025;REFB=0.00577755;REVB=0.0674958;RO=88;SAF=45;SAR=34;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884435;STB=0.550872;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00460852;OID=.;OPOS=29274486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:88:90:79:80:0.470588:34:45:42:46:35:45:42:48 chr6 29275499 . A T 283.14 PASS AF=0.342857;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00887495;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.207;QD=10.7864;RBI=0.0273113;REFB=0.00109581;REVB=0.0258291;RO=69;SAF=22;SAR=14;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201198;STB=0.511621;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00162353;OID=.;OPOS=29275499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:69:69:36:36:0.342857:14:22:41:28:14:22:41:28 chr6 29275507 . T C 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.995;QD=64.1532;RBI=0.024314;REFB=0;REVB=0.016758;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98419e-05;OID=.;OPOS=29275507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:43:56:0:0:43:56:0:0 chr6 29323076 . T C 379.29 PASS AF=0.41;AO=39;DP=98;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0107505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4625;QD=15.1716;RBI=0.0320007;REFB=-0.0282878;REVB=-0.0301408;RO=59;SAF=16;SAR=23;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331006;STB=0.50099;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0397857;OID=.;OPOS=29323076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:59:59:39:41:0.41:23:16:26:33:23:18:26:33 chr6 29323259 . G A 1264.28 PASS AF=1;AO=76;DP=87;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548619;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.212;QD=61.6721;RBI=0.056302;REFB=0;REVB=0.056034;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226923;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:82:1:0:76:82:1:35:41:0:1:42:40:0:0 chr6 29323276 . C T 315.76 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00682336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.276;QD=15.0362;RBI=0.0136462;REFB=-0.0168108;REVB=-0.0118178;RO=49;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590868;STB=0.533405;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0259265;OID=.;OPOS=29323276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:18:17:21:28:18:17:21:28 chr6 29323655 . G A 43.26 PASS AF=0.28;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0305269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.029;QD=6.92166;RBI=0.0343799;REFB=-0.013219;REVB=-0.0158141;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703916;STB=0.628856;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0340725;OID=.;OPOS=29323655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:24:25:16:18:6:7:0.28:3:3:7:9:3:4:7:11 chr6 29323838 . A C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00839801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.528;QD=14.6494;RBI=0.00952708;REFB=-0.000885497;REVB=-0.00449873;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260571;STB=0.51513;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.000964069;OID=.;OPOS=29323838;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:10:9:7:7:10:9 chr6 29364787 . C T 3597.22 PASS AF=1;AO=229;DP=231;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0859013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5299;QD=62.021;RBI=0.096528;REFB=-0.0612694;REVB=0.0440298;RO=2;SAF=118;SAR=111;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00800762;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593275;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:231:232:2:0:229:232:1:111:118:2:0:112:120:0:0 chr6 29365325 . A G 571.12 PASS AF=0.354167;AO=68;DP=192;FAO=68;FDP=192;FR=.;FRO=124;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=71;FWDB=0.00581924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.421;QD=11.8982;RBI=0.0285562;REFB=0.0076731;REVB=0.027957;RO=124;SAF=36;SAR=32;SRF=53;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115165;STB=0.56557;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0156441;OID=.;OPOS=29365325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:124:124:68:68:0.354167:32:36:53:71:32:36:53:71 chr6 29365423 . A T 1963.14 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.815;QD=61.8313;RBI=0.0118219;REFB=0;REVB=0.0110325;RO=0;SAF=44;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527083;OID=.;OPOS=29365423;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:82:44:0:0:83:44:0:0 chr6 29385237 . T C 3317.45 PASS AF=0.986301;AO=214;DP=218;FAO=216;FDP=219;FR=.;FRO=3;FSAF=108;FSAR=108;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0326719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6864;QD=60.5926;RBI=0.0330346;REFB=-0.00615192;REVB=-0.00488147;RO=3;SAF=108;SAR=106;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426665;STB=0.502283;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.000218282;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:218:219:3:3:214:216:0.986301:106:108:2:1:108:108:2:1 chr6 29395180 . A G 721.42 PASS AF=0.458333;AO=77;DP=168;FAO=77;FDP=168;FR=.;FRO=91;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.00341708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.147;QD=17.1766;RBI=0.00403241;REFB=-0.00283369;REVB=-0.00214101;RO=90;SAF=39;SAR=38;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103465;STB=0.554032;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00348063;OID=.;OPOS=29395180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:90:91:77:77:0.458333:38:39:36:54:38:39:37:54 chr6 29395499 . C G 448.07 PASS AF=0.455357;AO=48;DP=108;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=-0.0085437;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.871;QD=16.0026;RBI=0.0197896;REFB=-0.010001;REVB=0.0178503;RO=60;SAF=15;SAR=33;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145381;STB=0.500632;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00976204;OID=.;OPOS=29395499;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:60:61:48:51:0.455357:33:15:18:42:36:15:18:43 chr6 29407893 . A G 813.17 PASS AF=0.388186;AO=92;DP=235;FAO=92;FDP=237;FR=.;FRO=145;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=80;FSRR=65;FWDB=-0.0262931;FXX=0.00836785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7814;QD=13.7244;RBI=0.0707807;REFB=-0.0287363;REVB=-0.0657159;RO=137;SAF=44;SAR=48;SRF=74;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06592;STB=0.544846;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.045631;OID=.;OPOS=29407893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:237:137:145:92:92:0.388186:48:44:74:63:48:44:80:65 chr6 29408270 . C T 1166.81 PASS AF=0.518018;AO=115;DP=222;FAO=115;FDP=222;FR=.;FRO=107;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=-0.00555449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.193;QD=21.0236;RBI=0.00695584;REFB=-0.0275817;REVB=0.00418705;RO=103;SAF=60;SAR=55;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274562;STB=0.518865;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0238787;OID=.;OPOS=29408270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:103:107:115:115:0.518018:55:60:57:46:55:60:60:47 chr6 29408528 . A G 4122.5 PASS AF=1;AO=258;DP=261;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606732;FXX=0.0112778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.746;QD=62.6997;RBI=0.061874;REFB=0;REVB=0.0121306;RO=0;SAF=136;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012989;OID=.;OPOS=29408528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:261:263:0:0:258:263:1:122:136:0:0:122:141:0:0 chr6 29408554 . A C 1121.04 PASS AF=0.456929;AO=99;DP=248;FAO=122;FDP=267;FR=.;FRO=145;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=82;FSRR=63;FWDB=-0.00933792;FXX=0.0147596;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.87;QD=16.7947;RBI=0.0238975;REFB=-0.0285814;REVB=0.0219976;RO=148;SAF=61;SAR=38;SRF=82;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687893;STB=0.531164;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0374014;OID=.;OPOS=29408554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:267:148:145:99:122:0.456929:38:61:82:66:60:62:82:63 chr6 29408717 . C A 776.05 PASS AF=0.407407;AO=88;DP=214;FAO=88;FDP=216;FR=.;FRO=128;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=80;FWDB=-0.0135848;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.559;QD=14.3713;RBI=0.0141217;REFB=-0.00261237;REVB=-0.00385681;RO=126;SAF=41;SAR=47;SRF=48;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905372;STB=0.554514;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00556883;OID=.;OPOS=29408717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:126:128:88:88:0.407407:47:41:48:78:47:41:48:80 chr6 29408720 . A G 774.27 PASS AF=0.40367;AO=87;DP=217;FAO=88;FDP=218;FR=.;FRO=130;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=82;FWDB=0.0356548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9597;QD=14.2068;RBI=0.0366661;REFB=-0.0143272;REVB=-0.00855222;RO=130;SAF=41;SAR=46;SRF=48;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110286;STB=0.55837;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0255333;OID=.;OPOS=29408720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:130:130:87:88:0.40367:46:41:48:82:47:41:48:82 chr6 29429732 . TG CA 1760.23 PASS AF=0.465296;AO=179;DP=390;FAO=181;FDP=389;FR=.;FRO=208;FSAF=94;FSAR=87;FSRF=100;FSRR=108;FWDB=0.0202063;FXX=0.00765287;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.105;QD=18.1001;RBI=0.0223777;REFB=-0.00712832;REVB=0.00961582;RO=206;SAF=94;SAR=85;SRF=100;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385559;STB=0.520618;STBP=0.439;TYPE=mnp;VARB=0.00806165;OID=.;OPOS=29429732;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:389:206:208:179:181:0.465296:85:94:100:106:87:94:100:108 chr6 29429765 . A G 2072.62 PASS AF=0.511222;AO=205;DP=400;FAO=205;FDP=401;FR=.;FRO=196;FSAF=100;FSAR=105;FSRF=103;FSRR=93;FWDB=0.00317769;FXX=0.0024875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.595;QD=20.6745;RBI=0.0110332;REFB=-0.00222822;REVB=0.0105657;RO=194;SAF=100;SAR=105;SRF=101;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029203;STB=0.518422;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0021639;OID=.;OPOS=29429765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:401:194:196:205:205:0.511222:105:100:101:93:105:100:103:93 chr6 29430170 . T C 1412.81 PASS AF=0.540856;AO=109;DP=263;FAO=139;FDP=257;FR=.,HEALED;FRO=118;FSAF=77;FSAR=62;FSRF=78;FSRR=40;FWDB=0.0295607;FXX=0.00772171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.901;QD=21.9892;RBI=0.0303493;REFB=-0.0511026;REVB=0.00687317;RO=120;SAF=54;SAR=55;SRF=81;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170892;STB=0.550268;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0400389;OID=.;OPOS=29430170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:257:120:118:109:139:0.540856:55:54:81:39:62:77:78:40 chr6 29430524 . C A 563.83 PASS AF=0.415584;AO=62;DP=155;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=-0.0252318;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.005;QD=14.645;RBI=0.0268368;REFB=-0.00420953;REVB=-0.00914174;RO=88;SAF=22;SAR=40;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100006;STB=0.50173;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00705033;OID=.;OPOS=29430524;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:88:90:62:64:0.415584:40:22:32:56:40:24:34:56 chr6 29430891 . A G 1451.44 PASS AF=0.489796;AO=143;DP=293;FAO=144;FDP=294;FR=.;FRO=150;FSAF=81;FSAR=63;FSRF=72;FSRR=78;FWDB=0.00406114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.572;QD=19.7475;RBI=0.00594626;REFB=-0.0218194;REVB=-0.00434341;RO=150;SAF=80;SAR=63;SRF=72;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743309;STB=0.542302;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0226951;OID=.;OPOS=29430891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:294:150:150:143:144:0.489796:63:80:72:78:63:81:72:78 chr6 29431450 . TA T 780.49 PASS AF=0.432836;AO=80;DP=201;FAO=87;FDP=201;FR=.;FRO=114;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=64;FSRR=50;FWDB=-0.0122569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.84;QD=15.5321;RBI=0.013707;REFB=-0.0131206;REVB=-0.00613604;RO=114;SAF=24;SAR=56;SRF=64;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283852;STB=0.618146;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0125973;OID=.;OPOS=29431451;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432836:80:201:87:201:114:31:56:64:50:99:114:24:56:64:50 chr6 29431698 . A G 1891.29 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880353;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2806;QD=61.0093;RBI=0.0916082;REFB=-0.014458;REVB=0.0253347;RO=1;SAF=61;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835247;OID=.;OPOS=29431698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:125:124:1:0:122:124:1:61:61:1:0:61:63:0:0 chr6 29523670 . C A 554.06 PASS AF=0.479339;AO=57;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.011728;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.168;QD=18.316;RBI=0.0225155;REFB=-0.0179741;REVB=-0.0192198;RO=64;SAF=31;SAR=26;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863557;STB=0.547616;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0168649;OID=.;OPOS=29523670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:63:57:58:0.479339:26:31:29:35:26:32:29:34 chr6 29523676 . C G 2104.9 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433011;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.089;QD=62.8328;RBI=0.0756099;REFB=0;REVB=-0.0619829;RO=0;SAF=72;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14417e-05;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:133:134:1:61:72:0:0:62:72:0:0 chr6 29523859 . G C 1182.4 PASS AF=0.502146;AO=115;DP=233;FAO=117;FDP=233;FR=.;FRO=116;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=64;FSRR=52;FWDB=-0.0178076;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.51;QD=20.2987;RBI=0.0203294;REFB=-0.0171115;REVB=0.0098068;RO=117;SAF=49;SAR=66;SRF=64;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111389;STB=0.566488;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0138567;OID=.;OPOS=29523859;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:117:116:115:117:0.502146:66:49:64:53:68:49:64:52 chr6 29523872 . A G 1253.97 PASS AF=0.492308;AO=127;DP=259;FAO=128;FDP=260;FR=.;FRO=132;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=72;FSRR=60;FWDB=-0.00584806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.268;QD=19.2919;RBI=0.0103561;REFB=-0.0161669;REVB=0.00854683;RO=132;SAF=59;SAR=68;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749559;STB=0.542876;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0125295;OID=.;OPOS=29523872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:260:132:132:127:128:0.492308:68:59:72:60:69:59:72:60 chr6 29524003 . A G 1693.76 PASS AF=0.490028;AO=172;DP=345;FAO=172;FDP=351;FR=.;FRO=179;FSAF=86;FSAR=86;FSRF=80;FSRR=99;FWDB=0.00524893;FXX=0.00284083;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.069;QD=19.3021;RBI=0.0115833;REFB=-0.020414;REVB=-0.0103258;RO=172;SAF=86;SAR=86;SRF=75;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583892;STB=0.527062;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0175845;OID=.;OPOS=29524003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:351:172:179:172:172:0.490028:86:86:75:97:86:86:80:99 chr6 29555809 . C T 4609.14 PASS AF=0.989831;AO=292;DP=295;FAO=292;FDP=295;FR=.;FRO=3;FSAF=133;FSAR=159;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0795068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7309;QD=62.4968;RBI=0.0948343;REFB=-0.0226199;REVB=0.0516934;RO=3;SAF=133;SAR=159;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412679;STB=0.502164;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00111446;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:295:295:3:3:292:292:0.989831:159:133:2:1:159:133:2:1 chr6 29555864 . C T 1236.85 PASS AF=0.465704;AO=129;DP=278;FAO=129;FDP=277;FR=.;FRO=148;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=86;FSRR=62;FWDB=0.00691871;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.167;QD=17.8607;RBI=0.0100577;REFB=-0.018409;REVB=-0.00729987;RO=148;SAF=62;SAR=67;SRF=86;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970509;STB=0.553525;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0192308;OID=.;OPOS=29555864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:277:148:148:129:129:0.465704:67:62:86:62:67:62:86:62 chr6 29556692 . G C 780.09 PASS AF=0.369048;AO=92;DP=251;FAO=93;FDP=252;FR=.;FRO=159;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=71;FSRR=88;FWDB=0.0173753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.425;QD=12.3823;RBI=0.0191771;REFB=-0.00686079;REVB=0.00811539;RO=159;SAF=40;SAR=52;SRF=71;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133475;STB=0.510542;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0126057;OID=.;OPOS=29556692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:159:159:92:93:0.369048:52:40:71:88:53:40:71:88 chr6 29570753 . G A 446.83 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00546116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7046;QD=14.0735;RBI=0.00843402;REFB=-0.00670449;REVB=0.00642716;RO=76;SAF=19;SAR=32;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124667;STB=0.570491;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0105816;OID=.;OPOS=29570753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:76:76:51:51:0.401575:32:19:37:39:32:19:37:39 chr6 29570841 . A G 596.99 PASS AF=0.457143;AO=61;DP=137;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0179289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.081;QD=17.0569;RBI=0.018662;REFB=-0.0329197;REVB=-0.00517946;RO=76;SAF=16;SAR=45;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196482;STB=0.617608;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0501613;OID=.;OPOS=29570841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:76:76:61:64:0.457143:45:16:33:43:48:16:33:43 chr6 29571043 . G A 1113.36 PASS AF=0.460938;AO=117;DP=256;FAO=118;FDP=256;FR=.;FRO=138;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=37;FSRR=101;FWDB=-0.00397341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0098;QD=17.3962;RBI=0.00955501;REFB=-0.00839793;REVB=0.00868966;RO=137;SAF=45;SAR=72;SRF=37;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122259;STB=0.57111;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0135527;OID=.;OPOS=29571043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:137:138:117:118:0.460938:72:45:37:100:72:46:37:101 chr6 29576393 . A G 574.04 PASS AF=0.435714;AO=58;DP=137;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.0754697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.393;QD=16.4011;RBI=0.0943097;REFB=-0.0179953;REVB=0.0565565;RO=79;SAF=26;SAR=32;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770606;STB=0.501886;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0264558;OID=.;OPOS=29576393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:79:79:58:61:0.435714:32:26:36:43:33:28:36:43 chr6 29581041 . A G 1379.48 PASS AF=0.416894;AO=152;DP=367;FAO=153;FDP=367;FR=.;FRO=214;FSAF=61;FSAR=92;FSRF=100;FSRR=114;FWDB=-0.00471788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9804;QD=15.0352;RBI=0.0323081;REFB=-0.00592793;REVB=-0.0319618;RO=213;SAF=61;SAR=91;SRF=99;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680585;STB=0.541013;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00795084;OID=.;OPOS=29581041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:367:213:214:152:153:0.416894:91:61:99:114:92:61:100:114 chr6 29581110 . A G 1679.26 PASS AF=0.417808;AO=183;DP=440;FAO=183;FDP=438;FR=.;FRO=255;FSAF=76;FSAR=107;FSRF=110;FSRR=145;FWDB=0.0062803;FXX=0.00454535;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.212;QD=15.3357;RBI=0.0121391;REFB=-0.00704367;REVB=-0.0103882;RO=252;SAF=76;SAR=107;SRF=109;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184136;STB=0.509601;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0144436;OID=.;OPOS=29581110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:440:438:252:255:183:183:0.417808:107:76:109:143:107:76:110:145 chr6 29581113 . A G 1654.55 PASS AF=0.414188;AO=180;DP=437;FAO=181;FDP=437;FR=.;FRO=256;FSAF=77;FSAR=104;FSRF=109;FSRR=147;FWDB=-0.00386037;FXX=0.00681803;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.679;QD=15.1446;RBI=0.00587663;REFB=-0.0042687;REVB=-0.00443084;RO=254;SAF=77;SAR=103;SRF=107;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070022;STB=0.50022;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00603321;OID=.;OPOS=29581113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:437:254:256:180:181:0.414188:103:77:107:147:104:77:109:147 chr6 29625001 . A G 1472.38 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7525;QD=63.3284;RBI=0.0167537;REFB=0;REVB=-0.014051;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09168e-05;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:37:56:0:0:37:56:0:0 chr6 29634003 . G C 1172.31 PASS AF=0.556701;AO=108;DP=195;FAO=108;FDP=194;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=73;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.00457471;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.771;QD=24.1714;RBI=0.0715625;REFB=-0.00394763;REVB=-0.0714161;RO=86;SAF=35;SAR=73;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644666;STB=0.535161;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00340921;OID=.;OPOS=29634003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:86:86:108:108:0.556701:73:35:34:52:73:35:34:52 chr6 29634012 . A G 2981.52 PASS AF=0.989637;AO=190;DP=193;FAO=191;FDP=193;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0104182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.919;QD=61.7932;RBI=0.0144271;REFB=-0.0614278;REVB=0.00998017;RO=3;SAF=68;SAR=122;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000790947;STB=0.504065;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000662141;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:193:193:3:2:190:191:0.989637:122:68:1:2:122:69:0:2 chr6 29691857 . C G 440.81 PASS AF=0.413223;AO=49;DP=122;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.0156594;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.817;QD=14.5723;RBI=0.0181289;REFB=-0.0122134;REVB=0.00913463;RO=71;SAF=33;SAR=16;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463667;STB=0.530448;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0172605;OID=.;OPOS=29691857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:71:71:49:50:0.413223:16:33:45:26:16:34:45:26 chr6 29693011 . C T 1487.66 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266835;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3828;QD=63.3049;RBI=0.0293776;REFB=0;REVB=0.0122897;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127697;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:44:49:0:0:44:50:0:0 chr6 29695854 . G A 543.26 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0283153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6158;QD=15.3032;RBI=0.0830779;REFB=0.00913508;REVB=0.0781037;RO=83;SAF=24;SAR=35;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129301;STB=0.572641;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0107743;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:83:83:59:59:0.415493:35:24:44:39:35:24:44:39 chr6 29695859 . G C 844.2 PASS AF=0.565217;AO=77;DP=137;FAO=78;FDP=138;FR=.;FRO=60;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0226923;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.191;QD=24.4696;RBI=0.0401166;REFB=0.0156061;REVB=0.0330818;RO=60;SAF=41;SAR=36;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106007;STB=0.554451;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.010979;OID=.;OPOS=29695859;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:60:60:77:78:0.565217:36:41:24:36:37:41:24:36 chr6 29718220 . G A 402.02 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.026903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.669;QD=21.7307;RBI=0.0286582;REFB=-0.0317415;REVB=0.00987543;RO=34;SAF=25;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827897;STB=0.545751;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.024971;OID=.;OPOS=29718220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:15:25:18:16:15:25:18:16 chr6 29759517 . G A 302.75 PASS AF=0.333333;AO=39;DP=118;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00224108;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.357;QD=10.3504;RBI=0.0120303;REFB=-0.0119482;REVB=-0.0118198;RO=78;SAF=17;SAR=22;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.508666;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0210197;OID=.;OPOS=29759517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:78:78:39:39:0.333333:22:17:35:43:22:17:35:43 chr6 29759811 . C G 135.83 PASS AF=0.205357;AO=18;DP=112;FAO=23;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.00934685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.308;QD=4.85088;RBI=0.0145507;REFB=-0.0116963;REVB=-0.0111516;RO=74;SAF=8;SAR=10;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120617;STB=0.547444;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0603964;OID=.;OPOS=29759811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:74:89:18:23:0.205357:10:8:40:34:14:9:40:49 chr6 29759823 . TT CC 146.58 PASS AF=0.216216;AO=24;DP=112;FAO=24;FDP=111;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.00264461;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=2;MLLD=222.921;QD=5.28222;RBI=0.0101875;REFB=-0.00246384;REVB=-0.00983826;RO=87;SAF=10;SAR=14;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00372758;STB=0.502316;STBP=0.992;TYPE=mnp;VARB=0.00996216;OID=.;OPOS=29759823;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:87:87:24:24:0.216216:14:10:36:51:14:10:36:51 chr6 29759876 . G A 151.49 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00482446;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.135;QD=8.4162;RBI=0.010288;REFB=-0.00151543;REVB=-0.00908668;RO=51;SAF=9;SAR=12;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187743;STB=0.61166;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00651263;OID=.;OPOS=29759876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:51:51:21:21:0.291667:12:9:30:21:12:9:30:21 chr6 29759885 . G A 161.5 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00303958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.8469;QD=8.84925;RBI=0.0317329;REFB=-0.022656;REVB=0.031587;RO=50;SAF=11;SAR=11;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117521;STB=0.561589;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0239328;OID=.;OPOS=29759885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:51:22:22:0.30137:11:11:30:20:11:11:30:21 chr6 29759923 . T C 165.96 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0117654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5544;QD=10.058;RBI=0.0299484;REFB=-0.0178158;REVB=0.0275405;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230395;STB=0.63403;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0335906;OID=.;OPOS=29759923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:12:10:29:15:12:10:29:15 chr6 29759996 . T C 367.48 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0156613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.94;QD=21.9393;RBI=0.104709;REFB=0.00521412;REVB=-0.103531;RO=29;SAF=19;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519509;STB=0.535839;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00820448;OID=.;OPOS=29759996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:30:37:37:0.552239:18:19:13:16:18:19:13:17 chr6 29760352 . CGCGGGCGCCGTGGATGGAGCA C 107.74 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0135158;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=21;MLLD=480.748;QD=7.98061;RBI=0.0268362;REFB=-0.019464;REVB=-0.0231842;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181622;STB=0.563824;STBP=0.581;TYPE=del;VARB=0.0415817;OID=.;OPOS=29760353;OREF=GCGGGCGCCGTGGATGGAGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:15:57:15:54:39:9:6:20:19:99:24:9:6:14:10 chr6 29764938 . TT CA 127.82 PASS AF=0.159236;AO=25;DP=157;FAO=25;FDP=157;FR=.;FRO=132;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=0.00392616;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=219.67;QD=3.25645;RBI=0.0141859;REFB=0.00249474;REVB=0.0136317;RO=132;SAF=14;SAR=11;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152956;STB=0.600325;STBP=0.284;TYPE=mnp;VARB=-0.0107252;OID=.;OPOS=29764938;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:132:132:25:25:0.159236:11:14:58:74:11:14:58:74 chr6 29764955 . A T 131.25 PASS AF=0.153409;AO=27;DP=175;FAO=27;FDP=176;FR=.;FRO=149;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=84;FWDB=0.00187725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.352;QD=2.98286;RBI=0.0390165;REFB=-0.00239715;REVB=-0.0389713;RO=147;SAF=14;SAR=13;SRF=64;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106139;STB=0.569341;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0122418;OID=.;OPOS=29764955;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:147:149:27:27:0.153409:13:14:64:83:13:14:65:84 chr6 29764971 . A G 165.75 PASS AF=0.163265;AO=32;DP=196;FAO=32;FDP=196;FR=.;FRO=164;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=73;FSRR=91;FWDB=0.0353923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7969;QD=3.38265;RBI=0.0451644;REFB=0.00313889;REVB=-0.0280572;RO=163;SAF=19;SAR=13;SRF=73;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18588;STB=0.622875;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0134903;OID=.;OPOS=29764971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:163:164:32:32:0.163265:13:19:73:90:13:19:73:91 chr6 29764995 . TC GA 185.8 PASS AF=0.177083;AO=34;DP=193;FAO=34;FDP=192;FR=.;FRO=158;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=75;FSRR=83;FWDB=-0.00450597;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=2;MLLD=220.217;QD=3.87081;RBI=0.0311062;REFB=-0.00375322;REVB=0.0307781;RO=157;SAF=19;SAR=15;SRF=75;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104085;STB=0.56903;STBP=0.367;TYPE=mnp;VARB=0.0142061;OID=.;OPOS=29764995;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:157:158:34:34:0.177083:15:19:75:82:15:19:75:83 chr6 29765001 . G A 406.66 PASS AF=0.283505;AO=55;DP=192;FAO=55;FDP=194;FR=.;FRO=139;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=70;FSRR=69;FWDB=-0.0242569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5338;QD=8.38467;RBI=0.0444523;REFB=-0.0125195;REVB=0.0372506;RO=137;SAF=25;SAR=30;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509666;STB=0.535198;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0328232;OID=.;OPOS=29765001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:194:137:139:55:55:0.283505:30:25:68:69:30:25:70:69 chr6 29794860 . C T 393.18 PASS AF=0.4;AO=45;DP=114;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.00860818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.698;QD=13.6757;RBI=0.0152125;REFB=-0.00602138;REVB=-0.0125427;RO=69;SAF=23;SAR=22;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268707;STB=0.52173;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00602423;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:69:69:45:46:0.4:22:23:37:32:23:23:37:32 chr6 29795636 . G A 748.87 PASS AF=0.357724;AO=88;DP=247;FAO=88;FDP=246;FR=.;FRO=158;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=77;FSRR=81;FWDB=-0.00487679;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0968;QD=12.1768;RBI=0.0407627;REFB=-0.00745984;REVB=0.0404699;RO=149;SAF=37;SAR=51;SRF=71;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631228;STB=0.543456;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.012459;OID=.;OPOS=29795636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:149:158:88:88:0.357724:51:37:71:78:51:37:77:81 chr6 29795657 . G A 594.88 PASS AF=0.334821;AO=74;DP=223;FAO=75;FDP=224;FR=.;FRO=149;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=66;FSRR=83;FWDB=0.00347552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9859;QD=10.6228;RBI=0.0104639;REFB=-0.00321427;REVB=0.00986986;RO=146;SAF=27;SAR=47;SRF=65;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971102;STB=0.557914;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0102739;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:146:149:74:75:0.334821:47:27:65:81:48:27:66:83 chr6 29795993 . G A 383.45 PASS AF=0.370968;AO=46;DP=124;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.00362193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.857;QD=12.3693;RBI=0.00484268;REFB=-0.0181944;REVB=-0.00321452;RO=74;SAF=22;SAR=24;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352168;STB=0.534869;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0323224;OID=.;OPOS=29795993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:74:78:46:46:0.370968:24:22:33:41:24:22:33:45 chr6 29796327 . C T 1145.31 PASS AF=0.461832;AO=121;DP=262;FAO=121;FDP=262;FR=.;FRO=141;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=96;FSRR=45;FWDB=0.0233931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.775;QD=17.4856;RBI=0.0234174;REFB=0.00321029;REVB=0.00106667;RO=139;SAF=65;SAR=56;SRF=96;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151818;STB=0.578641;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00330636;OID=.;OPOS=29796327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:139:141:121:121:0.461832:56:65:96:43:56:65:96:45 chr6 29796434 . AC A 706.61 PASS AF=0.523077;AO=99;DP=197;FAO=102;FDP=195;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0971216;FXX=0.0151508;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.1679;QD=14.4945;RBI=0.14507;REFB=0.0106787;REVB=0.107762;RO=93;SAF=39;SAR=60;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623335;STB=0.539635;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=-0.00708672;OID=.;OPOS=29796435;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.523077:99:197:102:195:93:39:63:43:50:99:93:39:60:43:50 chr6 29797639 . C T 860.42 PASS AF=0.470588;AO=88;DP=187;FAO=88;FDP=187;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=-0.014054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.625;QD=18.4047;RBI=0.0140913;REFB=-0.00168201;REVB=0.00102563;RO=99;SAF=43;SAR=45;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326903;STB=0.518068;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00185827;OID=.;OPOS=29797639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:99:99:88:88:0.470588:45:43:45:54:45:43:45:54 chr6 29797696 . A G 982.07 PASS AF=0.481132;AO=102;DP=210;FAO=102;FDP=212;FR=.;FRO=110;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=-0.0201111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6117;QD=18.5296;RBI=0.0373139;REFB=0.00142609;REVB=-0.0314304;RO=108;SAF=47;SAR=55;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503987;STB=0.527098;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00411815;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:212:108:110:102:102:0.481132:55:47:44:64:55:47:45:65 chr6 29798140 . A G 528.9 PASS AF=0.455285;AO=55;DP=125;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00480992;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.967;QD=17.2001;RBI=0.00525015;REFB=-0.000981805;REVB=0.00210446;RO=65;SAF=21;SAR=34;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139947;STB=0.571656;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00126709;OID=.;OPOS=29798140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:65:67:55:56:0.455285:34:21:34:31:34:22:35:32 chr6 29855580 . GCCCTGACCCT GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT 3952.81 PASS AF=0.758364,0.189591,0.0520446;AO=185,38,13;DP=267;FAO=204,51,14;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=78,34,8;FSAR=126,17,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452169,0.0754413,-0.145253;FXX=0.0392843;HRUN=1,1,1;LEN=6,1,1;MLLD=240.98,76.9327,134.649;QD=58.7779;RBI=0.0481628,0.0754443,0.14545;REFB=0,0,0;REVB=0.016586,0.000670553,0.00757615;RO=0;SAF=65,29,8;SAR=120,9,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=5.42175e-08,0,3.60098e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00614553,0.0050653,0.0178241;OID=.,.,.;OPOS=29855581,29855590,29855586;OREF=CCCTGA,T,A;OALT=-,A,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.758364,0.189591,0.0520446:185,38,13:267:204,51,14:269:0:78,34,8:126,17,6:0:0:99:0:65,29,8:120,9,5:0:0 chr6 29855849 . A C 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0125139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7065;QD=23.442;RBI=0.0954881;REFB=-0.0297144;REVB=-0.0946646;RO=21;SAF=23;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186736;STB=0.616281;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0137223;OID=.;OPOS=29855849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:22:31:31:0.584906:8:23:11:10:8:23:11:11 chr6 29855858 . C A 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0218798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.238;QD=20.1559;RBI=0.044533;REFB=-0.0227451;REVB=-0.0387874;RO=25;SAF=20;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18282;STB=0.602333;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0365397;OID=.;OPOS=29855858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:8:20:13:12:8:20:13:12 chr6 29855862 . AGA GAT 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.019982;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=245.677;QD=20.1561;RBI=0.0289561;REFB=-0.0224918;REVB=-0.0209565;RO=25;SAF=20;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18282;STB=0.602333;STBP=0.135;TYPE=mnp;VARB=0.0131061;OID=.;OPOS=29855862;OREF=AGA;OALT=GAT;OMAPALT=GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:8:20:13:12:8:20:13:12 chr6 29855901 . A G 905.79 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601183;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.737;QD=58.4381;RBI=0.0192876;REFB=0;REVB=0.0183267;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79049e-05;OID=.;OPOS=29855901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr6 29855940 . G A 216.88 PASS AF=0.36;AO=26;DP=74;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0262032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4918;QD=11.5669;RBI=0.0327696;REFB=-0.00151094;REVB=-0.0196785;RO=48;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271126;STB=0.504501;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00213586;OID=.;OPOS=29855940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:48:26:27:0.36:14:12:21:27:15:12:21:27 chr6 29855945 . A G 218.92 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0362309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.128;QD=11.6756;RBI=0.0446486;REFB=-0.0174182;REVB=-0.0260925;RO=47;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263274;STB=0.508975;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0377889;OID=.;OPOS=29855945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:15:12:21:26:15:12:22:26 chr6 29856279 . G T 723.12 PASS AF=0.393162;AO=79;DP=220;FAO=92;FDP=234;FR=.;FRO=142;FSAF=64;FSAR=28;FSRF=66;FSRR=76;FWDB=0.00534069;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.336;QD=12.361;RBI=0.0606113;REFB=-0.0255186;REVB=0.0603755;RO=131;SAF=61;SAR=18;SRF=62;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360602;STB=0.646432;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0369597;OID=.;OPOS=29856279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:234:131:142:79:92:0.393162:18:61:62:69:28:64:66:76 chr6 29856285 . C T 80.59 PASS AF=0.097166;AO=24;DP=238;FAO=24;FDP=247;FR=.;FRO=223;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=126;FSRR=97;FWDB=-0.0401964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.418;QD=1.30515;RBI=0.0436358;REFB=-0.00800866;REVB=-0.0169804;RO=213;SAF=6;SAR=18;SRF=119;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367693;STB=0.774731;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0711079;OID=.;OPOS=29856285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:238:247:213:223:24:24:0.097166:18:6:119:94:18:6:126:97 chr6 29856287 . C G 54.68 PASS AF=0.0809717;AO=30;DP=251;FAO=20;FDP=247;FR=.;FRO=227;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=129;FSRR=98;FWDB=-0.0859479;FXX=0.0159356;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3835;QD=0.885521;RBI=0.147729;REFB=-0.00778557;REVB=-0.120154;RO=214;SAF=8;SAR=22;SRF=126;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392625;STB=0.651201;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0591896;OID=.;OPOS=29856287;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:251:247:214:227:30:20:0.0809717:22:8:126:88:12:8:129:98 chr6 29856330 . G A 1079.62 PASS AF=0.406143;AO=119;DP=292;FAO=119;FDP=293;FR=.;FRO=174;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=92;FSRR=82;FWDB=-0.0183286;FXX=0.00340124;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.903;QD=14.7388;RBI=0.0187577;REFB=-0.0194711;REVB=0.00398914;RO=173;SAF=58;SAR=61;SRF=91;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408953;STB=0.524532;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0310802;OID=.;OPOS=29856330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:293:173:174:119:119:0.406143:61:58:91:82:61:58:92:82 chr6 29856347 . C T 3264.31 PASS AF=0.843972;AO=238;DP=282;FAO=238;FDP=282;FR=.;FRO=44;FSAF=129;FSAR=109;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0227158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.615;QD=46.3023;RBI=0.0287783;REFB=-0.0244453;REVB=0.0176686;RO=44;SAF=129;SAR=109;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052769;STB=0.527897;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00416368;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:44:44:238:238:0.843972:109:129:16:28:109:129:16:28 chr6 29856368 . C T 155.48 PASS AF=0.136719;AO=35;DP=256;FAO=35;FDP=256;FR=.;FRO=221;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=118;FSRR=103;FWDB=0.0333317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3755;QD=2.4294;RBI=0.0574541;REFB=-0.000376212;REVB=0.0467972;RO=220;SAF=14;SAR=21;SRF=117;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167263;STB=0.614842;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0036889;OID=.;OPOS=29856368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:220:221:35:35:0.136719:21:14:117:103:21:14:118:103 chr6 29856389 . A G 167.96 PASS AF=0.152838;AO=35;DP=229;FAO=35;FDP=229;FR=.;FRO=194;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=96;FSRR=98;FWDB=-0.0402566;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.077;QD=2.93387;RBI=0.0418144;REFB=-0.00425398;REVB=-0.0113074;RO=193;SAF=15;SAR=20;SRF=95;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820085;STB=0.556359;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0246459;OID=.;OPOS=29856389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:193:194:35:35:0.152838:20:15:95:98:20:15:96:98 chr6 29856402 . A C 161.69 PASS AF=0.156398;AO=33;DP=211;FAO=33;FDP=211;FR=.;FRO=178;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=84;FSRR=94;FWDB=-0.0545076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4016;QD=3.06521;RBI=0.0545362;REFB=-0.00315153;REVB=0.00176804;RO=178;SAF=16;SAR=17;SRF=84;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166255;STB=0.510926;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.016464;OID=.;OPOS=29856402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:178:178:33:33:0.156398:17:16:84:94:17:16:84:94 chr6 29856426 . C T 89.39 PASS AF=0.125749;AO=21;DP=172;FAO=21;FDP=167;FR=.;FRO=146;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=78;FWDB=0.0106789;FXX=0.0290681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.369;QD=2.14115;RBI=0.0157247;REFB=-0.00427547;REVB=-0.0115424;RO=144;SAF=12;SAR=9;SRF=66;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140732;STB=0.59175;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0263024;OID=.;OPOS=29856426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:172:167:144:146:21:21:0.125749:9:12:66:78:9:12:68:78 chr6 29856427 . G A 525.33 PASS AF=0.384146;AO=62;DP=163;FAO=63;FDP=164;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.00159173;FXX=0.017963;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.746;QD=12.8129;RBI=0.00245046;REFB=-0.0317254;REVB=0.0018631;RO=100;SAF=28;SAR=34;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420566;STB=0.515347;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0648603;OID=.;OPOS=29856427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:100:101:62:63:0.384146:34:28:49:51:34:29:49:52 chr6 29856438 . C T 104.43 PASS AF=0.151079;AO=21;DP=139;FAO=21;FDP=139;FR=.;FRO=118;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=58;FSRR=60;FWDB=0.101343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.858;QD=3.00524;RBI=0.101354;REFB=0.00466697;REVB=-0.00153177;RO=118;SAF=14;SAR=7;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224038;STB=0.650341;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0436297;OID=.;OPOS=29856438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:118:118:21:21:0.151079:7:14:58:60:7:14:58:60 chr6 29856439 . T G 442.83 PASS AF=0.389313;AO=51;DP=131;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0645783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.802;QD=13.5215;RBI=0.0663513;REFB=-0.00763441;REVB=-0.0152361;RO=80;SAF=21;SAR=30;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14923;STB=0.584499;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00903825;OID=.;OPOS=29856439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:80:80:51:51:0.389313:30:21:44:36:30:21:44:36 chr6 29856445 . C T 388.45 PASS AF=0.393162;AO=45;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0405809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2298;QD=13.2802;RBI=0.0696517;REFB=-0.0223233;REVB=-0.0566088;RO=51;SAF=19;SAR=26;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283216;STB=0.560985;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0203869;OID=.;OPOS=29856445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:51:71:45:46:0.393162:26:19:37:14:26:20:38:33 chr6 29856550 . C G 1593.02 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141653;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.252;QD=60.1138;RBI=0.0188928;REFB=0;REVB=0.0125012;RO=1;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811295;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45603e-05;OID=.;OPOS=29856550;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:1:0:106:106:1:58:48:0:1:58:48:0:0 chr6 29856552 . C T 463.49 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0190181;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.032;QD=17.4902;RBI=0.0193519;REFB=-0.00969019;REVB=-0.00357905;RO=56;SAF=18;SAR=32;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171085;STB=0.59531;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00869427;OID=.;OPOS=29856552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:32:18:30:26:32:18:30:26 chr6 29856633 . T C 2171.4 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5076;QD=62.939;RBI=0.0350717;REFB=0;REVB=-0.0333573;RO=0;SAF=65;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189892;OID=.;OPOS=29856633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:72:65:0:0:73:65:0:0 chr6 29856686 . C G 2336.27 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00580012;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.565;QD=60.2909;RBI=0.0279919;REFB=-0.0242294;REVB=0.0273844;RO=1;SAF=79;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630084;STB=0.503311;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000321643;OID=.;OPOS=29856686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:155:1:1:154:154:0.993548:75:79:0:1:75:79:0:1 chr6 29856693 . C T 871.98 PASS AF=0.56;AO=84;DP=151;FAO=84;FDP=150;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.011165;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.352;QD=23.2529;RBI=0.0119181;REFB=-0.0094693;REVB=0.00416963;RO=67;SAF=38;SAR=46;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105284;STB=0.547608;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00700429;OID=.;OPOS=29856693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:67:66:84:84:0.56:46:38:39:28:46:38:37:29 chr6 29856718 . G C 2240.03 PASS AF=0.986755;AO=148;DP=150;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0330956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.795;QD=59.3386;RBI=0.0498983;REFB=-0.142539;REVB=0.0373433;RO=1;SAF=75;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647089;STB=0.500133;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00144235;OID=.;OPOS=29856718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:151:1:2:148:149:0.986755:73:75:0:1:73:76:1:1 chr6 29910336 . C G 174.02 PASS AF=0.153846;AO=36;DP=234;FAO=36;FDP=234;FR=.;FRO=198;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=89;FSRR=109;FWDB=0.0554062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9927;QD=2.97466;RBI=0.0584872;REFB=0.0032314;REVB=-0.0187326;RO=198;SAF=19;SAR=17;SRF=89;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100315;STB=0.565921;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0134948;OID=.;OPOS=29910336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:198:198:36:36:0.153846:17:19:89:109:17:19:89:109 chr6 29910340 . A G 175.45 PASS AF=0.155172;AO=36;DP=232;FAO=36;FDP=232;FR=.;FRO=196;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=87;FSRR=109;FWDB=-0.00537798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.787;QD=3.02502;RBI=0.0061886;REFB=-0.00761964;REVB=0.00306204;RO=195;SAF=19;SAR=17;SRF=87;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104646;STB=0.570505;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0293854;OID=.;OPOS=29910340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:195:196:36:36:0.155172:17:19:87:108:17:19:87:109 chr6 29910358 . C G 626.85 PASS AF=0.354839;AO=77;DP=217;FAO=77;FDP=217;FR=.;FRO=140;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=83;FWDB=-0.00334083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0256;QD=11.5549;RBI=0.0311346;REFB=-0.00970392;REVB=0.0309548;RO=140;SAF=42;SAR=35;SRF=57;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155779;STB=0.588506;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0222197;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:140:140:77:77:0.354839:35:42:57:83:35:42:57:83 chr6 29910378 . C T 465.03 PASS AF=0.327778;AO=59;DP=180;FAO=59;FDP=180;FR=.;FRO=121;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=74;FWDB=-0.0194194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.709;QD=10.334;RBI=0.0196954;REFB=-0.00789506;REVB=-0.00328581;RO=119;SAF=31;SAR=28;SRF=45;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170459;STB=0.59144;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.017637;OID=.;OPOS=29910378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:119:121:59:59:0.327778:28:31:45:74:28:31:47:74 chr6 29910538 . C T 215.12 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00582203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.832;QD=21.5119;RBI=0.0137343;REFB=-0.0196542;REVB=-0.0124393;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171111;STB=0.596397;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0155259;OID=.;OPOS=29910538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:7:14:9:10:7:14:9:10 chr6 29910558 . T C 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0108496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7658;QD=15.7815;RBI=0.0430454;REFB=0.0151395;REVB=-0.0416557;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232604;STB=0.620985;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0224282;OID=.;OPOS=29910558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:13:10:19:9:13:10:19:10 chr6 29910581 . C A 175.41 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00655365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.36;QD=11.8922;RBI=0.0256268;REFB=-0.00691144;REVB=0.0247747;RO=35;SAF=7;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32846;STB=0.703298;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.018102;OID=.;OPOS=29910581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:37:22:22:0.372881:15:7:22:13:15:7:24:13 chr6 29910583 . C T 161.41 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0411627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7903;QD=10.5842;RBI=0.0786423;REFB=-0.0175776;REVB=0.0670092;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245471;STB=0.659188;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0190712;OID=.;OPOS=29910583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:40:21:21:0.344262:14:7:20:16:14:7:23:17 chr6 29910586 . G A 169.11 PASS AF=0.375;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0127573;FXX=0.0344768;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.791;QD=12.079;RBI=0.0128584;REFB=-0.0137757;REVB=-0.0016093;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183351;STB=0.605961;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0434199;OID=.;OPOS=29910586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:35:35:21:21:0.375:12:9:21:14:12:9:21:14 chr6 29910604 . C A 948.63 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00813602;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.274;QD=57.4929;RBI=0.0370057;REFB=-0.0688503;REVB=0.0361003;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014534;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000751816;OID=.;OPOS=29910604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:66:1:1:65:65:0.984848:32:33:0:1:32:33:0:1 chr6 29910688 . A G 39.39 PASS AF=0.0952381;AO=10;DP=105;FAO=10;FDP=105;FR=.;FRO=95;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.0445948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.51;QD=1.5007;RBI=0.0555461;REFB=-0.00493596;REVB=-0.0331161;RO=95;SAF=3;SAR=7;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273065;STB=0.711446;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.064814;OID=.;OPOS=29910688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:105:105:95:95:10:10:0.0952381:7:3:51:44:7:3:51:44 chr6 29910698 . G A 614.58 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0225807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.178;QD=21.9494;RBI=0.0232242;REFB=-0.0300176;REVB=-0.00542892;RO=51;SAF=39;SAR=22;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192551;STB=0.6057;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.015414;OID=.;OPOS=29910698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:51:61:61:0.544643:22:39:21:30:22:39:21:30 chr6 29910699 . G A 31.37 PASS AF=0.0810811;AO=9;DP=111;FAO=9;FDP=111;FR=.;FRO=102;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.00985572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.1396;QD=1.13055;RBI=0.0121314;REFB=-0.00798348;REVB=-0.00707362;RO=102;SAF=3;SAR=6;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247603;STB=0.701321;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0308478;OID=.;OPOS=29910699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:111:111:102:102:9:9:0.0810811:6:3:57:45:6:3:57:45 chr6 29910700 . G T 322.62 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.0517185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.812;QD=11.7315;RBI=0.0565843;REFB=-0.0140741;REVB=-0.022956;RO=69;SAF=18;SAR=22;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174285;STB=0.594548;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0177542;OID=.;OPOS=29910700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:70:40:40:0.363636:22:18:42:27:22:18:42:28 chr6 29910703 . G T 585.52 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0156675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.289;QD=21.0997;RBI=0.0157406;REFB=-0.0206995;REVB=-0.00151563;RO=52;SAF=37;SAR=22;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160623;STB=0.58837;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0285644;OID=.;OPOS=29910703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:52:59:59:0.531532:22:37:23:29:22:37:23:29 chr6 29910716 . CA CG,GG 261.61 PASS AF=0.04,0.29;AO=4,29;DP=100;FAO=4,29;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=2,9;FSAR=2,20;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.0074555,-0.0144085;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=193.456,221.444;QD=10.4644;RBI=0.0204863,0.0223993;REFB=-0.00648406,-0.00648288;REVB=0.0190815,0.01715;RO=67;SAF=2,9;SAR=2,20;SRF=43;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.138221,-0.382727;STB=0.633184,0.724085;STBP=0.679,0.005;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00272167,0.0116273;OID=.,.;OPOS=29910717,29910716;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:100:100:67:67:4,29:4,29:0.04,0.29:2,20:2,9:43:24:2,20:2,9:43:24 chr6 29910730 . T A 160.45 PASS AF=0.25;AO=22;DP=91;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0357393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.224;QD=6.9761;RBI=0.03592;REFB=-0.00438335;REVB=0.00359935;RO=69;SAF=7;SAR=15;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352028;STB=0.690448;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0151822;OID=.;OPOS=29910730;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:69:69:22:23:0.25:15:7:42:27:15:8:42:27 chr6 29910742 . G C 150.93 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.00713823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.283;QD=6.70815;RBI=0.0140738;REFB=-0.00247742;REVB=0.0121292;RO=67;SAF=9;SAR=13;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281395;STB=0.67402;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00859093;OID=.;OPOS=29910742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:67:68:22:22:0.244444:13:9:43:24:13:9:44:24 chr6 29910752 . G C 141.85 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.0106305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.122;QD=6.52169;RBI=0.0161672;REFB=0.000831145;REVB=-0.0121807;RO=65;SAF=8;SAR=13;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336298;STB=0.706932;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00421289;OID=.;OPOS=29910752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:65:66:21:21:0.241379:13:8:43:22:13:8:44:22 chr6 29911056 . A G 193.21 PASS AF=0.254386;AO=29;DP=115;FAO=29;FDP=114;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.000706349;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.675;QD=6.77912;RBI=0.00303335;REFB=-0.010271;REVB=-0.00294997;RO=84;SAF=15;SAR=14;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082091;STB=0.553155;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0237327;OID=.;OPOS=29911056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:84:85:29:29:0.254386:14:15:49:35:14:15:50:35 chr6 29911063 . TA GG 199.67 PASS AF=0.26087;AO=29;DP=115;FAO=30;FDP=115;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.0313715;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=2;MLLD=100.95;QD=6.94498;RBI=0.0478468;REFB=-0.00771483;REVB=-0.0361269;RO=84;SAF=16;SAR=13;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547335;STB=0.540957;STBP=0.635;TYPE=mnp;VARB=0.0228402;OID=.;OPOS=29911063;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:84:85:29:30:0.26087:13:16:50:34:14:16:50:35 chr6 29911092 . G T 254.58 PASS AF=0.29661;AO=35;DP=117;FAO=35;FDP=118;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0196975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.892;QD=8.62979;RBI=0.0198167;REFB=-0.00485117;REVB=0.00217073;RO=82;SAF=16;SAR=19;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123373;STB=0.567946;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0125672;OID=.;OPOS=29911092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:82:83:35:35:0.29661:19:16:46:36:19:16:46:37 chr6 29911112 . CCGG CCAC,TGAA 1541.97 PASS AF=0.308411,0.691589;AO=31,73;DP=108;FAO=33,74;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=11,43;FSAR=22,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461652,0.0194179;FXX=0.0272702;HRUN=2,2;LEN=2,4;MLLD=43.2747,146.889;QD=57.6437;RBI=0.0509481,0.0247842;REFB=0,0;REVB=-0.021552,0.0154013;RO=0;SAF=9,42;SAR=22,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.15349e-08,-3.98661e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00430803,0.0037496;OID=.,.;OPOS=29911114,29911112;OREF=GG,CCGG;OALT=AC,TGAA;OMAPALT=CCAC,TGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:108:107:0:0:31,73:33,74:0.308411,0.691589:22,31:9,42:0:0:22,31:11,43:0:0 chr6 29911119 . G C,T 1579.11 PASS AF=0.684685,0.306306;AO=74,34;DP=110;FAO=76,34;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=44,12;FSAR=32,22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0620526,-0.0162118;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=151.52,99.3618;QD=56.905;RBI=0.0631109,0.0167169;REFB=-0.144521,-0.162966;REVB=-0.0115089,-0.00407806;RO=1;SAF=42,12;SAR=32,22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0145539,0.0207798;STB=0.50769,0.511105;STBP=0.304,0.545;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000271276,0.0267389;OID=.,.;OPOS=29911119,29911119;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:110:111:1:1:74,34:76,34:0.684685,0.306306:32,22:42,12:0:1:32,22:44,12:0:1 chr6 29911154 . C A 243.22 PASS AF=0.305556;AO=31;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0233167;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6493;QD=9.0081;RBI=0.0290719;REFB=0.00167991;REVB=0.017364;RO=77;SAF=14;SAR=17;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971864;STB=0.566645;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0025764;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:77:75:31:33:0.305556:17:14:41:36:19:14:39:36 chr6 29911190 . G A 132.63 PASS AF=0.279412;AO=18;DP=67;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00335428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.389;QD=7.80193;RBI=0.0116542;REFB=-0.000544943;REVB=0.0111611;RO=49;SAF=14;SAR=4;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370992;STB=0.688317;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00316535;OID=.;OPOS=29911190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:49:49:18:19:0.279412:4:14:24:25:5:14:24:25 chr6 29911198 . T C 166.48 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00976161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.16;QD=9.93891;RBI=0.0240842;REFB=-0.0121974;REVB=-0.0220173;RO=42;SAF=15;SAR=7;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187202;STB=0.620429;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0261088;OID=.;OPOS=29911198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:45:22:22:0.328358:7:15:22:20:7:15:23:22 chr6 29911203 . A C 442.44 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00284603;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9959;QD=27.6524;RBI=0.0189819;REFB=-0.0300454;REVB=0.0187674;RO=23;SAF=19;SAR=22;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123926;STB=0.567494;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0180684;OID=.;OPOS=29911203;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:23:23:41:41:0.640625:22:19:15:8:22:19:15:8 chr6 29911207 . G A 198.04 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00441439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.724;QD=11.1571;RBI=0.00927448;REFB=-0.0245433;REVB=0.00815654;RO=46;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252382;STB=0.646348;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0141945;OID=.;OPOS=29911207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:9:16:19:27:9:16:19:27 chr6 29911218 . G A 197.03 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.017593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.203;QD=10.9459;RBI=0.028892;REFB=-0.0151306;REVB=0.022918;RO=46;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275961;STB=0.664739;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0379437;OID=.;OPOS=29911218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:10:15:16:30:10:15:16:31 chr6 29911225 . A G 148.15 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0364008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.306;QD=9.4066;RBI=0.048873;REFB=0.00343636;REVB=-0.0326121;RO=43;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122553;STB=0.572878;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0064576;OID=.;OPOS=29911225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:14:6:17:26:14:6:17:26 chr6 29911239 . TT CA,TG 548.96 PASS AF=0.295775,0.408451;AO=21,29;DP=71;FAO=21,29;FDP=71;FR=.;FRO=21;FSAF=4,15;FSAR=17,14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0218752,-0.0424524;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=102.956,45.7828;QD=30.9275;RBI=0.0275036,0.0681846;REFB=0.0256403,0.0242191;REVB=-0.016671,-0.0533566;RO=21;SAF=4,15;SAR=17,14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.177533,0.139364;STB=0.60118,0.576871;STBP=0.298,0.216;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0264675,-0.0120162;OID=.,.;OPOS=29911239,29911240;OREF=TT,T;OALT=CA,G;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:71:71:21:21:21,29:21,29:0.295775,0.408451:17,14:4,15:7:14:17,14:4,15:7:14 chr6 29911256 . T G 1156.18 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.551;QD=59.2911;RBI=0.0368648;REFB=-0.0312209;REVB=0.0346718;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000725859;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:76:77:0.987179:49:27:0:0:50:27:1:0 chr6 29911296 . G A 214.0 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0187713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.255;QD=10.5678;RBI=0.021383;REFB=-0.0144133;REVB=0.0102408;RO=54;SAF=8;SAR=19;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245151;STB=0.643645;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0246823;OID=.;OPOS=29911296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:54:27:27:0.333333:19:8:27:27:19:8:27:27 chr6 29911306 . C T 219.89 PASS AF=0.36;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0238538;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.011;QD=11.7276;RBI=0.0239837;REFB=-0.0148541;REVB=-0.00249262;RO=48;SAF=8;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171192;STB=0.599488;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0402211;OID=.;OPOS=29911306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:48:48:27:27:0.36:19:8:21:27:19:8:21:27 chr6 29911319 . G T 241.37 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0130802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.457;QD=12.3781;RBI=0.0141096;REFB=-0.0112404;REVB=0.00529053;RO=47;SAF=8;SAR=21;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291772;STB=0.669671;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0438605;OID=.;OPOS=29911319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:47:49:29:29:0.371795:21:8:25:22:21:8:26:23 chr6 29912087 . G T 96.02 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00384049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.573;QD=6.85883;RBI=0.0356587;REFB=-0.00664445;REVB=0.0354513;RO=39;SAF=3;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330595;STB=0.687207;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0226987;OID=.;OPOS=29912087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:39:42:14:14:0.25:11:3:18:21:11:3:18:24 chr6 29912108 . G C 433.86 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0652861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8318;QD=23.4521;RBI=0.0917453;REFB=0.0124629;REVB=0.0644587;RO=32;SAF=14;SAR=28;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036348;STB=0.51999;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00647452;OID=.;OPOS=29912108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:28:14:12:20:28:14:12:20 chr6 29912147 . C T 194.06 PASS AF=0.27957;AO=26;DP=93;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.0239539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.956;QD=8.34672;RBI=0.0239616;REFB=-0.0131834;REVB=-0.000610348;RO=67;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165557;STB=0.597902;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.025226;OID=.;OPOS=29912147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:67:67:26:26:0.27957:14:12:22:45:14:12:22:45 chr6 29912280 . T C 350.24 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.0100546;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.337;QD=15.0642;RBI=0.0121666;REFB=-0.0152512;REVB=-0.00685063;RO=55;SAF=23;SAR=15;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302145;STB=0.670063;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0222431;OID=.;OPOS=29912280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:55:55:38:38:0.408602:15:23:17:38:15:23:17:38 chr6 29912315 . A C 124.25 PASS AF=0.189655;AO=22;DP=116;FAO=22;FDP=116;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=0.00381775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.547;QD=4.28455;RBI=0.0252247;REFB=-0.00447045;REVB=-0.0249341;RO=91;SAF=15;SAR=7;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135077;STB=0.584666;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0177493;OID=.;OPOS=29912315;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:91:94:22:22:0.189655:7:15:53:38:7:15:55:39 chr6 29912333 . C T 393.21 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=-0.0154994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1108;QD=12.892;RBI=0.0381635;REFB=-0.0127323;REVB=-0.0348744;RO=74;SAF=36;SAR=11;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124596;STB=0.568305;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.020326;OID=.;OPOS=29912333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:75:47:47:0.385246:11:36:50:24:11:36:51:24 chr6 29912348 . A G 153.6 PASS AF=0.2;AO=26;DP=132;FAO=26;FDP=130;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=77;FSRR=27;FWDB=-0.0400159;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2133;QD=4.72602;RBI=0.0580916;REFB=-0.0145727;REVB=-0.0421113;RO=103;SAF=19;SAR=7;SRF=77;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276578;STB=0.509856;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0506048;OID=.;OPOS=29912348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:103:104:26:26:0.2:7:19:77:26:7:19:77:27 chr6 29912368 . C T 425.23 PASS AF=0.364964;AO=50;DP=138;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=65;FSRR=22;FWDB=0.0145555;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.886;QD=12.4154;RBI=0.0577718;REFB=-0.0118494;REVB=-0.0559082;RO=87;SAF=39;SAR=11;SRF=65;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513675;STB=0.5294;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0215745;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:87:87:50:50:0.364964:11:39:65:22:11:39:65:22 chr6 29912398 . A G 356.7 PASS AF=0.348837;AO=42;DP=128;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=67;FSRR=17;FWDB=-0.0168186;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.34;QD=11.0604;RBI=0.025581;REFB=-0.0170229;REVB=0.019275;RO=84;SAF=35;SAR=7;SRF=67;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696824;STB=0.502414;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0330828;OID=.;OPOS=29912398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:84:84:42:45:0.348837:7:35:67:17:9:36:67:17 chr6 29912413 . TG T 106.3 PASS AF=0.301724;AO=36;DP=116;FAO=35;FDP=116;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=70;FSRR=11;FWDB=0.0562405;FXX=0.00854628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.5048;QD=3.66541;RBI=0.246624;REFB=-0.0148092;REVB=-0.240125;RO=73;SAF=27;SAR=9;SRF=67;SRR=6;SSEN=0.361702;SSEP=0;SSSB=-0.314952;STB=0.510198;STBP=0.918;TYPE=del;VARB=0.00634215;OID=.;OPOS=29912414;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301724:36:116:35:116:81:30:5:70:11:99:73:27:9:67:6 chr6 29912830 . T C 637.51 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=139;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.00739052;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.02;QD=18.4785;RBI=0.00833069;REFB=-0.0191583;REVB=-0.00384456;RO=74;SAF=35;SAR=30;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00200697;STB=0.502241;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0201281;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:74:73:65:65:0.471014:30:35:40:34:30:35:39:34 chr6 29912852 . T C 529.39 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=-0.00390193;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.924;QD=16.289;RBI=0.0167336;REFB=-0.0180562;REVB=0.0162723;RO=71;SAF=31;SAR=26;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766546;STB=0.549229;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0208579;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:71:73:57:57:0.438462:26:31:44:27:26:31:46:27 chr6 29912856 . A T 555.03 PASS AF=0.44697;AO=58;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=0.00158586;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.136;QD=16.8192;RBI=0.00268384;REFB=-0.00925072;REVB=-0.00216518;RO=73;SAF=32;SAR=26;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941443;STB=0.557046;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0283476;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:73:58:59:0.44697:26:32:47:26:27:32:47:26 chr6 29913042 . C T 3314.23 PASS AF=0.990783;AO=215;DP=217;FAO=215;FDP=217;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=128;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0134963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.645;QD=61.0918;RBI=0.0219203;REFB=-0.116799;REVB=0.0172728;RO=2;SAF=87;SAR=128;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173691;STB=0.500912;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000147333;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:217:217:2:2:215:215:0.990783:128:87:1:1:128:87:1:1 chr6 29913067 . T C 1179.83 PASS AF=0.547739;AO=109;DP=200;FAO=109;FDP=199;FR=.;FRO=90;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.00112748;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7915;QD=23.7153;RBI=0.0391928;REFB=0.0292738;REVB=0.0391766;RO=90;SAF=47;SAR=62;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00180939;STB=0.500986;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0270322;OID=.;OPOS=29913067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:90:90:109:109:0.547739:62:47:39:51:62:47:39:51 chr6 29913070 . G C 304.29 PASS AF=0.235897;AO=46;DP=195;FAO=46;FDP=195;FR=.;FRO=149;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=60;FSRR=89;FWDB=-0.0114498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.678;QD=6.24179;RBI=0.0155833;REFB=-0.00735167;REVB=0.0105709;RO=149;SAF=24;SAR=22;SRF=60;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150057;STB=0.590387;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0182279;OID=.;OPOS=29913070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:149:149:46:46:0.235897:22:24:60:89:22:24:60:89 chr6 29913074 . A G 1118.44 PASS AF=0.560847;AO=101;DP=186;FAO=106;FDP=189;FR=.;FRO=83;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.0403844;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.038;QD=23.6708;RBI=0.0403856;REFB=-0.0186498;REVB=-0.000312847;RO=78;SAF=45;SAR=56;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182452;STB=0.525883;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0129094;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:189:78:83:101:106:0.560847:56:45:33:45:59:47:32:51 chr6 29913078 . A G 1086.43 PASS AF=0.551351;AO=101;DP=185;FAO=102;FDP=185;FR=.;FRO=83;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.00278108;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.734;QD=23.4905;RBI=0.0229493;REFB=-0.0205523;REVB=-0.0227802;RO=83;SAF=47;SAR=54;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667074;STB=0.534142;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.013078;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:83:83:101:102:0.551351:54:47:32:51:55:47:32:51 chr6 29976838 . A G 2549.37 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.016416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7229;QD=61.0626;RBI=0.0183452;REFB=-0.0513656;REVB=0.00818907;RO=1;SAF=80;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550177;STB=0.50289;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000555104;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:166:166:0.994012:86:80:0:1:86:80:0:1 chr6 29976842 . T G 976.44 PASS AF=0.546512;AO=94;DP=170;FAO=94;FDP=172;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0200584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8583;QD=22.708;RBI=0.0241208;REFB=-0.030109;REVB=-0.0133967;RO=76;SAF=40;SAR=54;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725485;STB=0.539991;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0268636;OID=.;OPOS=29976842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:76:78:94:94:0.546512:54:40:39:37:54:40:40:38 chr6 29977350 . T G 816.81 PASS AF=0.525641;AO=81;DP=153;FAO=82;FDP=156;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.004748;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.2243;QD=20.9438;RBI=0.0606719;REFB=-0.0166679;REVB=-0.0604858;RO=69;SAF=38;SAR=43;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167827;STB=0.501886;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0195504;OID=.;OPOS=29977350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:69:74:81:82:0.525641:43:38:31:38:44:38:34:40 chr6 29977357 . A C 861.75 PASS AF=0.544872;AO=83;DP=156;FAO=85;FDP=156;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00555282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.904;QD=22.0962;RBI=0.00555489;REFB=-0.0136141;REVB=0.000151875;RO=69;SAF=40;SAR=43;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151129;STB=0.508007;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0107973;OID=.;OPOS=29977357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:69:71:83:85:0.544872:43:40:32:37:44:41:33:38 chr6 29977359 . G GC 570.82 PASS AF=0.538961;AO=82;DP=159;FAO=83;FDP=154;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0313876;FXX=0.0374977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.8031;QD=14.8265;RBI=0.0480888;REFB=-0.0242286;REVB=0.0364328;RO=74;SAF=39;SAR=43;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094287;STB=0.50141;STBP=0.973;TYPE=ins;VARB=0.0155788;OID=.;OPOS=29977360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538961:82:159:83:154:71:40:43:34:37:99:74:39:43:36:38 chr6 30003797 . A G 672.8 PASS AF=0.468966;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.0220926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.922;QD=18.56;RBI=0.029178;REFB=-0.0166494;REVB=-0.0190597;RO=76;SAF=36;SAR=32;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984466;STB=0.557361;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.019158;OID=.;OPOS=30003797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:77:68:68:0.468966:32:36:48:28:32:36:49:28 chr6 30025179 . G A 627.03 PASS AF=0.450331;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=151;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0153099;FXX=0.0258048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.721;QD=16.6101;RBI=0.0154198;REFB=-0.00788783;REVB=0.00183746;RO=81;SAF=31;SAR=37;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357579;STB=0.525727;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00800154;OID=.;OPOS=30025179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:151:81:83:68:68:0.450331:37:31:34:47:37:31:34:49 chr6 30025285 . C T 170.26 PASS AF=0.3;AO=23;DP=78;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.0229111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.301;QD=8.51316;RBI=0.0310271;REFB=-0.00655036;REVB=-0.0209228;RO=55;SAF=5;SAR=18;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142591;STB=0.590314;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0168299;OID=.;OPOS=30025285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:55:56:23:24:0.3:18:5:17:38:19:5:17:39 chr6 30032495 . A G 393.5 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0347911;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.066;QD=13.569;RBI=0.0378339;REFB=-0.00580975;REVB=0.0148657;RO=70;SAF=26;SAR=20;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204373;STB=0.615336;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0113046;OID=.;OPOS=30032495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:70:70:46:46:0.396552:20:26:26:44:20:26:26:44 chr6 30036471 . C A 792.12 PASS AF=0.456044;AO=83;DP=183;FAO=83;FDP=182;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=0.016845;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7765;QD=17.4093;RBI=0.029342;REFB=0.000610475;REVB=-0.0240249;RO=99;SAF=33;SAR=50;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774948;STB=0.543025;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00102895;OID=.;OPOS=30036471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:99:99:83:83:0.456044:50:33:47:52:50:33:47:52 chr6 30038712 . C T 954.26 PASS AF=0.3879;AO=109;DP=282;FAO=109;FDP=281;FR=.;FRO=172;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=55;FSRR=117;FWDB=-0.00926586;FXX=0.00706689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.504;QD=13.5838;RBI=0.00928355;REFB=-0.00971767;REVB=-0.000572925;RO=166;SAF=41;SAR=68;SRF=53;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665532;STB=0.537441;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0157848;OID=.;OPOS=30038712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:281:166:172:109:109:0.3879:68:41:53:113:68:41:55:117 chr6 30038720 . C T 989.06 PASS AF=0.391608;AO=112;DP=287;FAO=112;FDP=286;FR=.;FRO=174;FSAF=43;FSAR=69;FSRF=58;FSRR=116;FWDB=-0.0328635;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.017;QD=13.833;RBI=0.0336271;REFB=-0.00137187;REVB=-0.00712556;RO=171;SAF=43;SAR=69;SRF=58;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517113;STB=0.533028;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0021553;OID=.;OPOS=30038720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:286:171:174:112:112:0.391608:69:43:58:113:69:43:58:116 chr6 30038823 . A G 1318.14 PASS AF=0.463918;AO=135;DP=292;FAO=135;FDP=291;FR=.;FRO=156;FSAF=49;FSAR=86;FSRF=51;FSRR=105;FWDB=-0.0176886;FXX=0.00682571;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.73;QD=18.1187;RBI=0.0244482;REFB=-0.00150223;REVB=-0.0168768;RO=156;SAF=49;SAR=86;SRF=51;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383272;STB=0.521128;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00255525;OID=.;OPOS=30038823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:291:156:156:135:135:0.463918:86:49:51:105:86:49:51:105 chr6 30038830 . C G 1209.28 PASS AF=0.453571;AO=127;DP=280;FAO=127;FDP=280;FR=.;FRO=153;FSAF=42;FSAR=85;FSRF=55;FSRR=98;FWDB=-0.0063855;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.485;QD=17.2754;RBI=0.0333703;REFB=-0.000477974;REVB=-0.0327537;RO=152;SAF=42;SAR=85;SRF=55;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034152;STB=0.517542;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000551712;OID=.;OPOS=30038830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:152:153:127:127:0.453571:85:42:55:97:85:42:55:98 chr6 30039098 . T C 316.28 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00544372;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.716;QD=14.8836;RBI=0.0259617;REFB=-0.0192876;REVB=-0.0253845;RO=50;SAF=17;SAR=18;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148318;STB=0.508401;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0291759;OID=.;OPOS=30039098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:50:50:35:35:0.411765:18:17:25:25:18:17:25:25 chr6 30039240 . G T 1795.55 PASS AF=0.525836;AO=173;DP=331;FAO=173;FDP=329;FR=.;FRO=156;FSAF=82;FSAR=91;FSRF=76;FSRR=80;FWDB=0.0107442;FXX=0.00903587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0805;QD=21.8303;RBI=0.0120439;REFB=-0.0116036;REVB=0.00544231;RO=153;SAF=82;SAR=91;SRF=75;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139781;STB=0.506267;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0124647;OID=.;OPOS=30039240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:329:153:156:173:173:0.525836:91:82:75:78:91:82:76:80 chr6 30039364 . C A 789.15 PASS AF=0.528169;AO=73;DP=141;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0232399;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.352;QD=22.2295;RBI=0.0271887;REFB=-0.00596806;REVB=0.0141113;RO=67;SAF=23;SAR=50;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16646;STB=0.579978;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00463161;OID=.;OPOS=30039364;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:67:67:73:75:0.528169:50:23:33:34:50:25:33:34 chr6 30041009 . A G 439.1 PASS AF=0.348993;AO=51;DP=148;FAO=52;FDP=149;FR=.;FRO=97;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.000941713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.931;QD=11.788;RBI=0.0162828;REFB=-0.0187627;REVB=-0.0162555;RO=97;SAF=21;SAR=30;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487865;STB=0.520223;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0332122;OID=.;OPOS=30041009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:97:97:51:52:0.348993:30:21:44:53:30:22:44:53 chr6 30043486 . T C 638.09 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.112608;FXX=0.00684885;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3794;QD=17.6024;RBI=0.123037;REFB=-0.0123406;REVB=-0.0495734;RO=74;SAF=27;SAR=39;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10079;STB=0.546831;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0133115;OID=.;OPOS=30043486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:145:74:79:66:66:0.455172:39:27:38:36:39:27:39:40 chr6 30071330 . C T 508.64 PASS AF=0.448;AO=55;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=49;FWDB=0.0195429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7629;QD=16.2766;RBI=0.070288;REFB=-0.00184631;REVB=0.0675165;RO=70;SAF=23;SAR=32;SRF=20;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140554;STB=0.570626;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00233968;OID=.;OPOS=30071330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:69:55:56:0.448:32:23:20:50:33:23:20:49 chr6 30075843 . T C 328.68 PASS AF=0.369369;AO=28;DP=112;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0427898;FXX=0.00892777;HRUN=7;LEN=1;MLLD=129.677;QD=11.8443;RBI=0.0428669;REFB=-0.00494722;REVB=-0.00256909;RO=46;SAF=14;SAR=14;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117896;STB=0.639292;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00381577;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:46:70:28:41:0.369369:14:14:28:18:25:16:43:27 chr6 30075864 . A G 614.88 PASS AF=0.443709;AO=66;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00862139;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7144;QD=16.2882;RBI=0.031408;REFB=-0.013575;REVB=-0.0302016;RO=84;SAF=33;SAR=33;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119511;STB=0.502471;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0209547;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:84:84:66:67:0.443709:33:33:43:41:33:34:43:41 chr6 30122154 . T C 2036.19 PASS AF=0.901235;AO=146;DP=162;FAO=146;FDP=162;FR=.;FRO=16;FSAF=88;FSAR=58;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0119635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.238;QD=50.2762;RBI=0.0218353;REFB=-0.00726537;REVB=-0.0182662;RO=16;SAF=88;SAR=58;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066385;STB=0.535012;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0014444;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:162:162:16:16:146:146:0.901235:58:88:15:1:58:88:15:1 chr6 30122155 . T G 43.89 PASS AF=0.0848485;AO=15;DP=165;FAO=14;FDP=165;FR=.;FRO=151;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=91;FSRR=60;FWDB=0.00920798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.836;QD=1.06392;RBI=0.00986181;REFB=-0.000377962;REVB=0.00353108;RO=137;SAF=14;SAR=1;SRF=87;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457933;STB=0.883401;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0888239;OID=.;OPOS=30122155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:165:165:137:151:15:14:0.0848485:1:14:87:50:1:13:91:60 chr6 30131515 . C A 1031.13 PASS AF=0.469298;AO=106;DP=228;FAO=107;FDP=228;FR=.;FRO=121;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=67;FSRR=54;FWDB=-0.0180837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.625;QD=18.09;RBI=0.11469;REFB=-0.0116326;REVB=0.113256;RO=121;SAF=52;SAR=54;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529236;STB=0.535898;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0116841;OID=.;OPOS=30131515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:121:121:106:107:0.469298:54:52:66:55:55:52:67:54 chr6 30131527 . G T 1058.52 PASS AF=0.488688;AO=108;DP=221;FAO=108;FDP=221;FR=.;FRO=113;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=0.0325424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.562;QD=19.1586;RBI=0.034674;REFB=-0.0260867;REVB=-0.0119698;RO=112;SAF=50;SAR=58;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673289;STB=0.539279;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0235064;OID=.;OPOS=30131527;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:112:113:108:108:0.488688:58:50:60:52:58:50:61:52 chr6 30131546 . A G 1119.36 PASS AF=0.5;AO=112;DP=224;FAO=112;FDP=224;FR=.;FRO=112;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=-0.00221061;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.359;QD=19.9886;RBI=0.00834993;REFB=-0.0174109;REVB=-0.008052;RO=101;SAF=63;SAR=49;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760319;STB=0.566878;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.017053;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:101:112:112:112:0.5:49:63:48:53:49:63:48:64 chr6 30140342 . T C 2696.15 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.299;QD=62.3388;RBI=0.0424234;REFB=0;REVB=0.0423428;RO=0;SAF=92;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06267e-05;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:81:92:0:0:81:92:0:0 chr6 30154199 . T C 581.71 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00535189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.593;QD=20.5914;RBI=0.00609954;REFB=-0.0194305;REVB=0.00292604;RO=50;SAF=23;SAR=36;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776331;STB=0.527094;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0163042;OID=.;OPOS=30154199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:50:54:59:59:0.522124:36:23:24:26:36:23:24:30 chr6 30166266 . C T 530.08 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.0177602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.749;QD=15.0376;RBI=0.0368545;REFB=-0.0225788;REVB=-0.0322929;RO=83;SAF=32;SAR=26;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160319;STB=0.589974;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.026219;OID=.;OPOS=30166266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:83:58:58:0.411348:26:32:33:50:26:32:33:50 chr6 30227583 . C G 222.41 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0130238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4256;QD=12.5301;RBI=0.0499132;REFB=0.00564837;REVB=0.0481841;RO=44;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884985;STB=0.550982;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00715046;OID=.;OPOS=30227583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:18:9:18:26:18:9:18:26 chr6 30228230 . A C 702.32 PASS AF=0.482759;AO=68;DP=143;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.00858028;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.859;QD=19.3742;RBI=0.0144052;REFB=-0.0314438;REVB=0.011571;RO=75;SAF=32;SAR=36;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802728;STB=0.536945;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0329368;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:75:75:68:70:0.482759:36:32:29:46:38:32:29:46 chr6 30228379 . A G 399.99 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00648209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.214;QD=18.6041;RBI=0.0602114;REFB=-0.0271232;REVB=-0.0598614;RO=45;SAF=20;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427093;STB=0.523798;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0296102;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:21:20:24:21:21:20:24:21 chr6 30228398 . CG C 169.4 PASS AF=0.45679;AO=35;DP=82;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0468819;FXX=0.0121936;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.6516;QD=8.36563;RBI=0.0483416;REFB=-0.00557826;REVB=0.01179;RO=41;SAF=16;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764103;STB=0.534384;STBP=0.602;TYPE=del;VARB=0.0231218;OID=.;OPOS=30228399;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45679:35:82:37:81:44:17:20:23:21:99:41:16:19:22:19 chr6 30229013 . A G 182.69 PASS AF=0.352941;AO=23;DP=69;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0122351;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.697;QD=10.7467;RBI=0.0233532;REFB=-0.0177328;REVB=0.0198916;RO=42;SAF=9;SAR=14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249595;STB=0.639311;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0221775;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:42:44:23:24:0.352941:14:9:26:16:14:10:28:16 chr6 30229034 . C CT 115.36 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0395804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.1303;QD=6.49898;RBI=0.0675953;REFB=0.0351748;REVB=0.0547952;RO=48;SAF=11;SAR=12;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967274;STB=0.556728;STBP=0.517;TYPE=ins;VARB=-0.0606269;OID=.;OPOS=30229035;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323944:23:71:23:71:48:11:12:27:21:99:48:11:12:27:21 chr6 30229401 . C T 758.1 PASS AF=0.481707;AO=79;DP=163;FAO=79;FDP=164;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.0316719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3866;QD=18.4902;RBI=0.0355341;REFB=-0.0300466;REVB=0.0161108;RO=82;SAF=38;SAR=41;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502418;STB=0.517643;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.022173;OID=.;OPOS=30229401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:82:85:79:79:0.481707:41:38:35:47:41:38:38:47 chr6 30229457 . C T 775.71 PASS AF=0.47093;AO=81;DP=173;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=59;FSRR=32;FWDB=-0.0224176;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5945;QD=18.0397;RBI=0.0641745;REFB=-0.0294807;REVB=-0.0601316;RO=91;SAF=37;SAR=44;SRF=59;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181756;STB=0.600317;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0458466;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:91:91:81:81:0.47093:44:37:59:32:44:37:59:32 chr6 30229463 . G A 776.24 PASS AF=0.473684;AO=80;DP=170;FAO=81;FDP=171;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=59;FSRR=31;FWDB=0.00784252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.761;QD=18.1577;RBI=0.00980388;REFB=-0.0151155;REVB=0.00588311;RO=90;SAF=37;SAR=43;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183373;STB=0.60349;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0220461;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:90:90:80:81:0.473684:43:37:59:31:44:37:59:31 chr6 30230085 . T C 310.21 PASS AF=0.310606;AO=31;DP=122;FAO=41;FDP=132;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.0432409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.406;QD=9.40014;RBI=0.0432409;REFB=-0.0301228;REVB=-2.15422e-05;RO=91;SAF=8;SAR=23;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234805;STB=0.507325;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0654254;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:132:91:91:31:41:0.310606:23:8:39:52:23:18:39:52 chr6 30231071 . G A 497.57 PASS AF=0.433071;AO=54;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=0.0158482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0749;QD=15.6714;RBI=0.0245026;REFB=-0.00349543;REVB=-0.0186873;RO=72;SAF=31;SAR=23;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241767;STB=0.638154;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00363927;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:72:72:54:55:0.433071:23:31:24:48:23:32:24:48 chr6 30231108 . G T 894.54 PASS AF=0.539877;AO=88;DP=163;FAO=88;FDP=163;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0529452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7461;QD=21.9519;RBI=0.0554723;REFB=-0.0383224;REVB=-0.0165523;RO=75;SAF=47;SAR=41;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112489;STB=0.561453;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0316038;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:75:75:88:88:0.539877:41:47:30:45:41:47:30:45 chr6 30297529 . T C 725.16 PASS AF=0.496732;AO=75;DP=154;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.000286742;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.797;QD=18.9584;RBI=0.00680162;REFB=-0.00928775;REVB=0.00679557;RO=78;SAF=26;SAR=49;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757833;STB=0.532502;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00823558;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:78:77:75:76:0.496732:49:26:33:45:49:27:32:45 chr6 30309508 . T C 1066.97 PASS AF=0.545946;AO=100;DP=184;FAO=101;FDP=185;FR=.;FRO=84;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.00105274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.17;QD=23.0695;RBI=0.0212257;REFB=-0.00243548;REVB=0.0211996;RO=83;SAF=56;SAR=44;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256991;STB=0.514308;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00206956;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:83:84:100:101:0.545946:44:56:49:34:44:57:50:34 chr6 30313247 . A G 2146.63 PASS AF=0.522388;AO=210;DP=407;FAO=210;FDP=402;FR=.;FRO=192;FSAF=96;FSAR=114;FSRF=91;FSRR=101;FWDB=-0.0251931;FXX=0.0122847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8198;QD=21.3595;RBI=0.0384448;REFB=-0.0185038;REVB=0.0290397;RO=191;SAF=96;SAR=114;SRF=90;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123566;STB=0.508079;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0129933;OID=.;OPOS=30313247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:402:191:192:210:210:0.522388:114:96:90:101:114:96:91:101 chr6 30313340 . G C 747.96 PASS AF=0.415385;AO=81;DP=195;FAO=81;FDP=195;FR=.;FRO=114;FSAF=20;FSAR=61;FSRF=33;FSRR=81;FWDB=0.00207737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.537;QD=15.3427;RBI=0.0022248;REFB=-0.0150524;REVB=0.000796418;RO=112;SAF=20;SAR=61;SRF=31;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406247;STB=0.532348;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0185838;OID=.;OPOS=30313340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:112:114:81:81:0.415385:61:20:31:81:61:20:33:81 chr6 30314566 . TC GA 573.98 PASS AF=0.39521;AO=66;DP=171;FAO=66;FDP=167;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=65;FWDB=0.00243683;FXX=0.0233904;HRUN=1;LEN=2;MLLD=281.944;QD=13.7481;RBI=0.00322666;REFB=-0.0212606;REVB=-0.00211499;RO=101;SAF=26;SAR=40;SRF=36;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426217;STB=0.523985;STBP=0.603;TYPE=mnp;VARB=0.0298506;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:167:101:101:66:66:0.39521:40:26:36:65:40:26:36:65 chr6 30457732 . T C 624.32 PASS AF=0.5;AO=47;DP=127;FAO=63;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00117639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.825;QD=19.8196;RBI=0.015064;REFB=-0.0403261;REVB=0.015018;RO=48;SAF=27;SAR=20;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12786;STB=0.555791;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0387802;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:48:63:47:63:0.5:20:27:34:14:36:27:34:29 chr6 30458064 . G A 1145.68 PASS AF=0.485232;AO=114;DP=233;FAO=115;FDP=237;FR=.;FRO=122;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=73;FSRR=49;FWDB=0.00840366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2109;QD=19.3363;RBI=0.0145975;REFB=-0.0302185;REVB=0.0119359;RO=117;SAF=59;SAR=55;SRF=73;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986666;STB=0.544042;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0338695;OID=.;OPOS=30458064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:237:117:122:114:115:0.485232:55:59:73:44:56:59:73:49 chr6 30520371 . A AC,C 40.0 PASS AF=0.118421,0;AO=10,3;DP=77;FAO=9,0;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.0813861,-0.0394906;FXX=0.0129853;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=33.4583,192.672;QD=2.105;RBI=0.128701,0.0454985;REFB=-0.0169325,-0.00345611;REVB=-0.0997011,-0.0225967;RO=64;SAF=1,0;SAR=9,3;SRF=24;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.427111,-0.377743;STB=0.79602,0.5;STBP=0.122,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.101034,0;OID=.,.;OPOS=30520372,30520371;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:77:76:64:67:10,3:9,0:0.118421,0:9,3:1,0:24:40:8,0:1,0:24:43 chr6 30521137 . G A 559.66 PASS AF=0.495726;AO=57;DP=115;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.00208152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.341;QD=19.1338;RBI=0.0252366;REFB=-0.026149;REVB=-0.0251506;RO=57;SAF=30;SAR=27;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158044;STB=0.589323;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0225893;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:57:59:57:58:0.495726:27:30:20:37:27:31:21:38 chr6 30530245 . T C 618.86 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.00437035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.027;QD=16.3937;RBI=0.00693997;REFB=-0.0176567;REVB=-0.00539104;RO=84;SAF=42;SAR=25;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222031;STB=0.623725;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.016393;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:84:84:67:67:0.443709:25:42:34:50:25:42:34:50 chr6 30558477 . G GA 614.37 PASS AF=0.429719;AO=104;DP=259;FAO=107;FDP=249;FR=.;FRO=142;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=53;FSRR=89;FWDB=0.104199;FXX=0.0158097;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.2447;QD=9.86946;RBI=0.137679;REFB=-0.0250195;REVB=0.0899892;RO=153;SAF=40;SAR=64;SRF=60;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00844624;STB=0.500361;STBP=0.997;TYPE=ins;VARB=0.0390946;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.429719:104:259:107:249:142:40:67:53:89:99:153:40:64:60:93 chr6 30569333 . AG A,GA 77.23 PASS AF=0.296296,0.0864198;AO=24,6;DP=81;FAO=24,7;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=9,0;FSAR=15,7;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0869809,0.00630235;FXX=0.0121936;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.3651,199.943;QD=3.81402;RBI=0.292337,0.0795661;REFB=-0.156488,-0.00861372;REVB=-0.279098,-0.0793161;RO=42;SAF=11,0;SAR=13,6;SRF=32;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.330449,-0.751369;STB=0.697897,0.998848;STBP=0.026,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.154626,0.11882;OID=.,.;OPOS=30569334,30569333;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:81:81:42:50:24,6:24,7:0.296296,0.0864198:13,6:11,0:32:10:15,7:9,0:34:16 chr6 30570382 . C G 35.64 PASS AF=0.0927152;AO=13;DP=155;FAO=14;FDP=151;FR=.;FRO=137;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=88;FWDB=-0.014321;FXX=0.0258048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6693;QD=0.943996;RBI=0.0143592;REFB=-0.0109437;REVB=-0.00104687;RO=136;SAF=12;SAR=1;SRF=48;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602878;STB=0.948601;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.111221;OID=.;OPOS=30570382;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:155:151:136:137:13:14:0.0927152:1:12:48:88:1:13:49:88 chr6 30575603 . A G 992.02 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0170627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8614;QD=57.5085;RBI=0.036448;REFB=-0.075513;REVB=-0.0322074;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126017;STB=0.506492;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00109833;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:37:30:0:1:38:30:0:1 chr6 30672463 . G A 500.61 PASS AF=0.461538;AO=53;DP=116;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.0343295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.946;QD=17.115;RBI=0.0372947;REFB=-0.0421082;REVB=0.0145732;RO=60;SAF=22;SAR=31;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081812;STB=0.551084;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.04628;OID=.;OPOS=30672463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:60:63:53:54:0.461538:31:22:20:40:32:22:20:43 chr6 30693163 . C T 508.63 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0121136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8428;QD=19.3763;RBI=0.0132541;REFB=-0.00754722;REVB=0.00537882;RO=51;SAF=24;SAR=29;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158817;STB=0.504346;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0088689;OID=.;OPOS=30693163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:52:53:53:0.504762:29:24:24:27:29:24:24:28 chr6 30711805 . C G 1821.34 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.134;QD=61.2215;RBI=0.0527749;REFB=0;REVB=0.05265;RO=0;SAF=39;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84033e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17464e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:119:0:0:109:119:1:70:39:0:0:79:40:0:0 chr6 30782105 . T C 816.07 PASS AF=0.485549;AO=84;DP=173;FAO=84;FDP=173;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0379744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.645;QD=18.8686;RBI=0.038345;REFB=-0.0105435;REVB=-0.00531861;RO=89;SAF=42;SAR=42;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261965;STB=0.514447;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00974168;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:89:89:84:84:0.485549:42:42:42:47:42:42:42:47 chr6 30782235 . G A 598.03 PASS AF=0.412121;AO=68;DP=165;FAO=68;FDP=165;FR=.;FRO=97;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.00769358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.824;QD=14.4978;RBI=0.0145006;REFB=-0.000465936;REVB=0.0122913;RO=97;SAF=38;SAR=30;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673373;STB=0.537789;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.000671559;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:97:97:68:68:0.412121:30:38:48:49:30:38:48:49 chr6 30782245 . G A 825.2 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=154;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00277136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.825;QD=21.4338;RBI=0.00952645;REFB=-0.0118992;REVB=0.00911443;RO=72;SAF=41;SAR=41;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355749;STB=0.519476;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.010611;OID=.;OPOS=30782245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:72:72:82:82:0.532468:41:41:39:33:41:41:39:33 chr6 30782303 . C T 236.17 PASS AF=0.340909;AO=22;DP=85;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=0.00927358;FXX=0.0537577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.438;QD=10.735;RBI=0.00937736;REFB=-0.0173148;REVB=-0.00139122;RO=57;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421083;STB=0.723284;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0280883;OID=.;OPOS=30782303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:57:58:22:30:0.340909:7:15:18:39:11:19:16:42 chr6 30782361 . G A 209.14 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0161204;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.609;QD=11.4599;RBI=0.0284535;REFB=0.000931912;REVB=-0.0234464;RO=47;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258468;STB=0.648706;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00218711;OID=.;OPOS=30782361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:47:47:26:26:0.356164:11:15:16:31:11:15:16:31 chr6 30782407 . A G 436.15 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00485287;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.943;QD=20.5246;RBI=0.00983334;REFB=-0.0383014;REVB=-0.00855244;RO=42;SAF=24;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136229;STB=0.575442;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0362895;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:42:42:43:43:0.505882:19:24:17:25:19:24:17:25 chr6 30857072 . G C 1623.23 PASS AF=0.965217;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0141987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.158;QD=56.4601;RBI=0.0159429;REFB=0.0186092;REVB=0.00725068;RO=4;SAF=41;SAR=70;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263549;STB=0.513886;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000820171;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:115:115:4:4:111:111:0.965217:70:41:0:4:70:41:0:4 chr6 30858857 . C T 4896.17 PASS AF=1;AO=311;DP=313;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104512;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8009;QD=62.7714;RBI=0.0104626;REFB=0;REVB=0.000488723;RO=0;SAF=116;SAR=195;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06418e-06;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:313:312:0:0:311:312:1:195:116:0:0:195:117:0:0 chr6 30864829 . T C 2752.5 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.888;QD=62.5568;RBI=0.0305414;REFB=0;REVB=0.0253753;RO=0;SAF=93;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51372e-05;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:175:176:1:82:93:0:0:82:94:0:0 chr6 30876238 . G A 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.166;QD=60.3487;RBI=0.0595748;REFB=0;REVB=0.0348447;RO=0;SAF=36;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41853e-05;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:74:36:0:0:74:36:0:0 chr6 30877760 . A C 2736.56 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.51915e-06;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.071;QD=62.5499;RBI=0.0166198;REFB=0;REVB=0.0166198;RO=0;SAF=98;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05459e-05;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:174:175:1:76:98:0:0:77:98:0:0 chr6 30881103 . C A 487.52 PASS AF=0.373418;AO=59;DP=157;FAO=59;FDP=158;FR=.;FRO=99;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=0.0726577;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.9149;QD=12.3422;RBI=0.0745725;REFB=-0.000279112;REVB=0.0167905;RO=87;SAF=23;SAR=36;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246512;STB=0.503952;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00116415;OID=.;OPOS=30881103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:87:99:59:59:0.373418:36:23:32:55:36:23:38:61 chr6 30882203 . T C 804.67 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6108;QD=64.3734;RBI=0.0616151;REFB=0;REVB=-0.0606182;RO=1;SAF=38;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000366003;OID=.;OPOS=30882203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:11:38:1:0:11:39:0:0 chr6 30887972 . C T 1162.83 PASS AF=0.439716;AO=124;DP=282;FAO=124;FDP=282;FR=.;FRO=158;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=86;FSRR=72;FWDB=0.00419264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.042;QD=16.494;RBI=0.00672537;REFB=-0.0244889;REVB=-0.00525856;RO=157;SAF=61;SAR=63;SRF=86;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562023;STB=0.529316;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0272171;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:157:158:124:124:0.439716:63:61:86:71:63:61:86:72 chr6 30888161 . T C 730.85 PASS AF=0.496552;AO=71;DP=146;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.00341645;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.513;QD=20.1613;RBI=0.00409735;REFB=-0.0136276;REVB=0.0022619;RO=70;SAF=39;SAR=32;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714731;STB=0.503184;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00967458;OID=.;OPOS=30888161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:70:73:71:72:0.496552:32:39:39:31:33:39:40:33 chr6 30889389 . T C 602.33 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.031844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4084;QD=18.6769;RBI=0.0340236;REFB=0.00351387;REVB=-0.0119819;RO=66;SAF=35;SAR=27;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396088;STB=0.517236;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00343082;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:67:62:62:0.48062:27:35:40:26:27:35:40:27 chr6 30893127 . G A 722.84 PASS AF=0.493421;AO=74;DP=151;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.020749;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3671;QD=19.022;RBI=0.0209363;REFB=-0.00880569;REVB=0.00279464;RO=77;SAF=40;SAR=34;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315724;STB=0.513629;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00820745;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:77:77:74:75:0.493421:34:40:39:38:35:40:39:38 chr6 30893728 . C T 1457.43 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8333;QD=62.0184;RBI=0.037731;REFB=-0.10798;REVB=0.0273921;RO=1;SAF=39;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012001;STB=0.506328;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0016528;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:54:39:1:0:54:39:1:0 chr6 30893941 . G A 450.56 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0261966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.28;QD=15.9492;RBI=0.026441;REFB=0.00585876;REVB=-0.00358638;RO=60;SAF=32;SAR=18;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220301;STB=0.627623;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00779927;OID=.;OPOS=30893941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:60:63:50:50:0.442478:18:32:25:35:18:32:26:37 chr6 30899524 . T C 518.28 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=12;FWDB=0.00363635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.8778;QD=19.3749;RBI=0.0388761;REFB=-0.0131751;REVB=-0.0387057;RO=52;SAF=30;SAR=24;SRF=40;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198169;STB=0.612031;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0118881;OID=.;OPOS=30899524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:52:53:54:54:0.504673:24:30:40:12:24:30:41:12 chr6 30900427 . TAGA GAGA,T 1316.5 PASS AF=0.534091,0.465909;AO=47,41;DP=89;FAO=47,41;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=19,21;FSAR=28,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431325,0.00632519;FXX=0.0222198;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=83.7938,126.04;QD=59.8408;RBI=0.0301606,0.0334227;REFB=0,0;REVB=0.0298506,0.0328187;RO=0;SAF=19,21;SAR=28,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.02085e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.000819931,0.0178833;OID=.,.;OPOS=30900427,30900428;OREF=T,AGA;OALT=G,-;OMAPALT=GAGA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:89:88:0:0:47,41:47,41:0.534091,0.465909:28,20:19,21:0:0:28,20:19,21:0:0 chr6 30919391 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0140739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.123;QD=10.1733;RBI=0.0189048;REFB=-0.00766095;REVB=-0.012622;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637077;STB=0.881272;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0261545;OID=.;OPOS=30919391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:1:8:1:5:1:8 chr6 30920124 . G A 510.0 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00392491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0611;QD=26.4936;RBI=0.00392819;REFB=-0.0263099;REVB=0.000160367;RO=30;SAF=31;SAR=16;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020693;STB=0.511296;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00969854;OID=.;OPOS=30920124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:16:31:19:11:16:31:19:11 chr6 30954245 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.471;QD=52.6117;RBI=0.0719742;REFB=0;REVB=0.0617553;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359715;OID=.;OPOS=30954245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr6 30993377 . T A 416.24 PASS AF=0.403361;AO=47;DP=120;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0584287;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5797;QD=13.9913;RBI=0.0598446;REFB=-0.00218105;REVB=-0.0129407;RO=70;SAF=24;SAR=23;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190012;STB=0.521;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00149415;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:70:71:47:48:0.403361:23:24:37:33:24:24:38:33 chr6 30993499 . C T 354.9 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.0319546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.522;QD=13.3923;RBI=0.0345197;REFB=-0.0100501;REVB=0.0130582;RO=63;SAF=24;SAR=18;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123072;STB=0.562996;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0201298;OID=.;OPOS=30993499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:64:42:42:0.396226:18:24:43:20:18:24:43:21 chr6 30993533 . A G 397.51 PASS AF=0.457447;AO=37;DP=90;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0111709;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.181;QD=16.9151;RBI=0.0277939;REFB=-0.0307972;REVB=0.0254502;RO=49;SAF=20;SAR=17;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524847;STB=0.518436;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0356671;OID=.;OPOS=30993533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:49:51:37:43:0.457447:17:20:29:20:20:23:29:22 chr6 30993567 . G T 574.8 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0123933;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.81;QD=19.3211;RBI=0.0512686;REFB=-0.020311;REVB=-0.0497482;RO=60;SAF=37;SAR=22;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735504;STB=0.540696;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0201774;OID=.;OPOS=30993567;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:60:60:59:59:0.495798:22:37:33:27:22:37:33:27 chr6 30993776 . A T 131.96 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0380183;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.804;QD=21.9927;RBI=0.049811;REFB=-0.00417986;REVB=-0.032183;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018083;STB=0.519203;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00081647;OID=.;OPOS=30993776;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:9:10:14:14:0.583333:9:5:3:6:9:5:4:6 chr6 30993958 . A G 899.73 PASS AF=0.5;AO=88;DP=178;FAO=90;FDP=180;FR=.;FRO=90;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.00126713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9017;QD=19.9941;RBI=0.0185578;REFB=-0.0105572;REVB=-0.0185144;RO=87;SAF=52;SAR=36;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887083;STB=0.539584;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0140337;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:87:90:88:90:0.5:36:52:43:44:37:53:46:44 chr6 30996487 . GACC G 87.43 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0619996;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=3;MLLD=124.595;QD=13.4506;RBI=0.0636581;REFB=-0.059561;REVB=0.0144359;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160312;STB=0.507029;STBP=0.956;TYPE=del;VARB=0.122181;OID=.;OPOS=30996488;OREF=ACC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:10:28:11:26:15:5:6:7:8:87:12:4:6:5:7 chr6 30997692 . G C 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00809381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.351;QD=19.5835;RBI=0.0103858;REFB=-0.030208;REVB=-0.00650815;RO=48;SAF=25;SAR=21;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116255;STB=0.55908;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0244179;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:49:46:46:0.484211:21:25:20:28:21:25:21:28 chr6 31002452 . A G 629.06 PASS AF=0.448276;AO=64;DP=146;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.00178936;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.621;QD=17.3533;RBI=0.00591459;REFB=-0.0132187;REVB=-0.00563743;RO=78;SAF=31;SAR=33;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479728;STB=0.514902;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0152013;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:78:80:64:65:0.448276:33:31:34:44:34:31:36:44 chr6 31002527 . A G 1387.79 PASS AF=0.476821;AO=144;DP=301;FAO=144;FDP=302;FR=.;FRO=158;FSAF=63;FSAR=81;FSRF=69;FSRR=89;FWDB=-0.0777386;FXX=0.00330022;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5854;QD=18.3813;RBI=0.0788724;REFB=-0.00783993;REVB=-0.013325;RO=157;SAF=64;SAR=80;SRF=69;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00475679;STB=0.50042;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00827129;OID=.;OPOS=31002527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:302:157:158:144:144:0.476821:80:64:69:88:81:63:69:89 chr6 31084075 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6726;QD=49.5992;RBI=0.0332419;REFB=0;REVB=0.00954923;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000668657;OID=.;OPOS=31084075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr6 31084163 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.424;QD=54.5167;RBI=0.113235;REFB=0;REVB=0.00148174;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000718814;OID=.;OPOS=31084163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr6 31084191 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0188992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.539;QD=17.8274;RBI=0.0355151;REFB=-0.0332128;REVB=-0.0300689;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302688;STB=0.658254;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0174351;OID=.;OPOS=31084191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:3:9:4:6:3:9:5:6 chr6 31084288 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.152;QD=35.5759;RBI=0.0538627;REFB=0;REVB=-0.00974185;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371363;OID=.;OPOS=31084288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr6 31084684 . G A 206.87 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.186;QD=48.6743;RBI=0.04452;REFB=0;REVB=0.0348943;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610503;OID=.;OPOS=31084684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr6 31084792 . C T 955.02 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.708;QD=58.7702;RBI=0.0649612;REFB=0;REVB=0.064877;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01036e-05;OID=.;OPOS=31084792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:65:0:0:58:65:1:25:33:0:0:32:33:0:0 chr6 31088202 . A G 2648.28 PASS AF=1;AO=166;DP=170;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332799;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5201;QD=61.2319;RBI=0.0445496;REFB=0;REVB=-0.029616;RO=0;SAF=47;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197414;OID=.;OPOS=31088202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:173:0:0:166:173:1:119:47:0:0:121:52:0:0 chr6 31097453 . T G 2187.91 PASS AF=0.965986;AO=141;DP=146;FAO=142;FDP=147;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0644307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2674;QD=59.535;RBI=0.07915;REFB=-0.0719528;REVB=0.0459719;RO=3;SAF=71;SAR=70;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674031;STB=0.503401;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00429057;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:146:147:3:5:141:142:0.965986:70:71:1:2:71:71:2:3 chr6 31105891 . A G 130.75 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.916;QD=43.5843;RBI=0.0447765;REFB=0;REVB=0.0429698;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257424;OID=.;OPOS=31105891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:6:4:0:0:8:4:0:0 chr6 31106268 . A G 526.57 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0162637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.438;QD=24.7796;RBI=0.02381;REFB=-0.00155912;REVB=0.0173899;RO=36;SAF=16;SAR=33;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767725;STB=0.542113;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00126118;OID=.;OPOS=31106268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:36:49:49:0.576471:33:16:15:21:33:16:15:21 chr6 31110391 . G C 875.87 PASS AF=0.473404;AO=89;DP=189;FAO=89;FDP=188;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=0.0108351;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.425;QD=18.6355;RBI=0.0176425;REFB=-0.00356637;REVB=0.0139233;RO=99;SAF=35;SAR=54;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174634;STB=0.59652;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00309194;OID=.;OPOS=31110391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:99:99:89:89:0.473404:54:35:57:42:54:35:57:42 chr6 31111180 . T C 852.79 PASS AF=0.478261;AO=84;DP=184;FAO=88;FDP=184;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=0.00245165;FXX=0.0264536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0228;QD=18.5389;RBI=0.0306464;REFB=-0.0141342;REVB=-0.0305482;RO=93;SAF=33;SAR=51;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18893;STB=0.596132;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0148309;OID=.;OPOS=31111180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:93:96:84:88:0.478261:51:33:55:38:52:36:57:39 chr6 31112602 . G C 761.57 PASS AF=0.5625;AO=72;DP=127;FAO=72;FDP=128;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00352561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.795;QD=23.799;RBI=0.0140973;REFB=-0.00434092;REVB=0.0136493;RO=55;SAF=37;SAR=35;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250901;STB=0.509558;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00337483;OID=.;OPOS=31112602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:55:56:72:72:0.5625:35:37:30:25:35:37:30:26 chr6 31112737 . C A 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0123999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.535;QD=14.6164;RBI=0.0248699;REFB=-0.0244886;REVB=-0.0215581;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463095;STB=0.526297;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0371166;OID=.;OPOS=31112737;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:16:12:18:20:16:12:18:20 chr6 31113030 . A G 523.29 PASS AF=0.391892;AO=58;DP=148;FAO=58;FDP=148;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.0074487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.198;QD=14.143;RBI=0.0132787;REFB=-0.0223572;REVB=-0.0109927;RO=90;SAF=25;SAR=33;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866265;STB=0.548952;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0327031;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:90:90:58:58:0.391892:33:25:46:44:33:25:46:44 chr6 31113052 . G A 486.78 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=142;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0164498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.456;QD=13.7121;RBI=0.016893;REFB=-0.00925093;REVB=-0.00384445;RO=87;SAF=24;SAR=31;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754668;STB=0.542724;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0190072;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:87:87:55:55:0.387324:31:24:44:43:31:24:44:43 chr6 31113275 . AG GA 228.08 PASS AF=0.436782;AO=30;DP=83;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=40;FWDB=0.0471708;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=2;MLLD=81.714;QD=10.4865;RBI=0.0892149;REFB=-0.144693;REVB=0.0757245;RO=46;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177328;STB=0.591884;STBP=0.216;TYPE=mnp;VARB=0.0184463;OID=.;OPOS=31113275;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:46:49:30:38:0.436782:20:10:9:37:26:12:9:40 chr6 31116246 . G A 599.48 PASS AF=0.42236;AO=65;DP=159;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.00338745;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4556;QD=14.8939;RBI=0.00594106;REFB=-0.0117648;REVB=0.00488072;RO=88;SAF=27;SAR=38;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145465;STB=0.56437;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0203586;OID=.;OPOS=31116246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:88:93:65:68:0.42236:38:27:49:39:39:29:50:43 chr6 31118565 . C G 434.01 PASS AF=0.420168;AO=48;DP=116;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0122444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.906;QD=14.5887;RBI=0.0122486;REFB=0.00214689;REVB=0.000320909;RO=67;SAF=29;SAR=19;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396288;STB=0.524488;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00317929;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:67:69:48:50:0.420168:19:29:38:29:19:31:40:29 chr6 31122315 . G C 775.42 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0792786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.626;QD=22.3143;RBI=0.0982794;REFB=0.00551328;REVB=-0.0580838;RO=65;SAF=25;SAR=49;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11292;STB=0.562027;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00718019;OID=.;OPOS=31122315;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:65:65:74:74:0.532374:49:25:30:35:49:25:30:35 chr6 31122482 . G A 373.07 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=122;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.00977307;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.771;QD=12.2317;RBI=0.0232445;REFB=0.00139176;REVB=0.0210901;RO=76;SAF=19;SAR=26;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199751;STB=0.6094;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00241204;OID=.;OPOS=31122482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:76:77:45:45:0.368852:26:19:46:30:26:19:46:31 chr6 31122500 . G A 459.48 PASS AF=0.40625;AO=50;DP=126;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00876562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.467;QD=14.3587;RBI=0.0187588;REFB=-0.0146894;REVB=0.0165848;RO=76;SAF=20;SAR=30;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135931;STB=0.56157;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0237525;OID=.;OPOS=31122500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:76:76:50:52:0.40625:30:20:40:36:30:22:40:36 chr6 31124849 . C T 493.77 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.021586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7274;QD=16.1891;RBI=0.0244618;REFB=-0.0164922;REVB=0.0115077;RO=67;SAF=19;SAR=35;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202803;STB=0.617603;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0214909;OID=.;OPOS=31124849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:67:68:54:54:0.442623:35:19:37:30:35:19:38:30 chr6 31125158 . C T 968.11 PASS AF=0.487805;AO=100;DP=206;FAO=100;FDP=205;FR=.;FRO=105;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=0.00452876;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.851;QD=18.89;RBI=0.022814;REFB=-0.027669;REVB=0.02236;RO=104;SAF=57;SAR=43;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065472;STB=0.504223;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0295471;OID=.;OPOS=31125158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:104:105:100:100:0.487805:43:57:60:44:43:57:59:46 chr6 31129616 . A G 667.11 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.0252482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.5617;QD=17.7896;RBI=0.0282905;REFB=-0.015734;REVB=-0.0127625;RO=82;SAF=26;SAR=42;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580093;STB=0.532288;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0187298;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:82:82:68:68:0.453333:42:26:36:46:42:26:36:46 chr6 31129642 . A C 649.7 PASS AF=0.423529;AO=69;DP=168;FAO=72;FDP=170;FR=.;FRO=98;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.00753814;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.901;QD=15.287;RBI=0.0208378;REFB=-0.0225333;REVB=0.0194265;RO=98;SAF=27;SAR=42;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184207;STB=0.520181;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0310456;OID=.;OPOS=31129642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:98:98:69:72:0.423529:42:27:40:58:45:27:40:58 chr6 31132414 . G A 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0282068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9512;QD=20.7379;RBI=0.0544858;REFB=0.0033099;REVB=-0.0466163;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384389;STB=0.521715;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00447098;OID=.;OPOS=31132414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:6:12:10:6:6:12:10:6 chr6 31133943 . C A 977.77 PASS AF=0.5;AO=96;DP=192;FAO=96;FDP=192;FR=.;FRO=96;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=58;FWDB=0.00224948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.077;QD=20.3702;RBI=0.00529836;REFB=-0.0197024;REVB=0.00479713;RO=96;SAF=49;SAR=47;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104118;STB=0.557168;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0135685;OID=.;OPOS=31133943;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:96:96:96:96:0.5:47:49:38:58:47:49:38:58 chr6 31134118 . C CGAG 329.46 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=94;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0104665;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.507;QD=14.1703;RBI=0.0175039;REFB=-0.0124991;REVB=0.01403;RO=57;SAF=13;SAR=23;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199194;STB=0.623677;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=0.0174538;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397849:36:94:37:93:56:13:24:31:25:99:57:13:23:31:26 chr6 31138107 . G A 645.65 PASS AF=0.440994;AO=71;DP=161;FAO=71;FDP=161;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=32;FWDB=0.00921337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3085;QD=16.041;RBI=0.0158331;REFB=-0.0134515;REVB=-0.0128764;RO=88;SAF=36;SAR=35;SRF=58;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152042;STB=0.576969;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0130205;OID=.;OPOS=31138107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:88:90:71:71:0.440994:35:36:58:30:35:36:58:32 chr6 31138211 . ATGGGGG ATGGGG,ATGGGGC,GATGGGG 86.78 PASS AF=0.214286,0.107143,0;AO=10,7,8;DP=86;FAO=18,9,0;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=8,0,0;FSAR=10,9,0;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0386452,-0.0231874,-0.0151326;FXX=0.0232531;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,3;MLLD=9.4876,143.625,63.177;QD=4.13216;RBI=0.162703,0.0236399,0.0468435;REFB=-0.124869,-0.0105721,-0.00847849;REVB=0.158047,-0.00460331,0.0443319;RO=46;SAF=9,0,0;SAR=1,7,8;SRF=31;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0.354839,0,0;SSSB=0.399265,-0.724384,-0.742665;STB=0.613912,0.998924,0.5;STBP=0.271,0,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.121567,0.220362,0;OID=.,.,.;OPOS=31138213,31138217,31138211;OREF=G,G,ATG;OALT=-,C,GAT;OMAPALT=ATGGGG,ATGGGGC,GATGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:86:84:46:57:10,7,8:18,9,0:0.214286,0.107143,0:1,7,8:9,0,0:31:15:10,9,0:8,0,0:34:23 chr6 31138310 . C T 1068.43 PASS AF=0.452381;AO=114;DP=251;FAO=114;FDP=252;FR=.;FRO=138;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=61;FSRR=77;FWDB=-0.0120216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.757;QD=16.9592;RBI=0.013387;REFB=-0.0121083;REVB=0.00588993;RO=136;SAF=45;SAR=69;SRF=60;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472007;STB=0.526789;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0146109;OID=.;OPOS=31138310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:136:138:114:114:0.452381:69:45:60:76:69:45:61:77 chr6 31138377 . C T 1409.02 PASS AF=0.442136;AO=149;DP=337;FAO=149;FDP=337;FR=.;FRO=188;FSAF=55;FSAR=94;FSRF=83;FSRR=105;FWDB=-0.00620982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.957;QD=16.7243;RBI=0.00801744;REFB=0.00678307;REVB=0.00507124;RO=188;SAF=55;SAR=94;SRF=83;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763536;STB=0.54237;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00765352;OID=.;OPOS=31138377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:337:188:188:149:149:0.442136:94:55:83:105:94:55:83:105 chr6 31165566 . T C 1147.02 PASS AF=0.543689;AO=112;DP=206;FAO=112;FDP=206;FR=.;FRO=94;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.0252667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6306;QD=22.2721;RBI=0.0352217;REFB=-0.0163044;REVB=-0.0245391;RO=94;SAF=56;SAR=56;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177998;STB=0.509707;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0137421;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:94:94:112:112:0.543689:56:56:49:45:56:56:49:45 chr6 31165962 . G A 1017.28 PASS AF=0.548023;AO=97;DP=177;FAO=97;FDP=177;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=27;FSRR=53;FWDB=0.0122697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.587;QD=22.9894;RBI=0.0129881;REFB=-0.0201218;REVB=-0.00425982;RO=79;SAF=38;SAR=59;SRF=26;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548555;STB=0.526011;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0173064;OID=.;OPOS=31165962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:79:80:97:97:0.548023:59:38:26:53:59:38:27:53 chr6 31170228 . G C 602.78 PASS AF=0.376344;AO=70;DP=185;FAO=70;FDP=186;FR=.;FRO=116;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.0350444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.034;QD=12.963;RBI=0.0408917;REFB=-0.0104726;REVB=-0.0210717;RO=114;SAF=44;SAR=26;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106058;STB=0.566234;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0204789;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:114:116:70:70:0.376344:26:44:61:53:26:44:61:55 chr6 31236853 . G A 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0422227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6413;QD=17.8589;RBI=0.0480469;REFB=-0.00668776;REVB=0.0229293;RO=37;SAF=11;SAR=23;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234928;STB=0.63168;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0117998;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:23:11:21:16:23:11:21:16 chr6 31237124 . T C 202.09 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0164674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2323;QD=12.2482;RBI=0.0273116;REFB=-0.025679;REVB=-0.0217887;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034717;STB=0.519984;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0415829;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:13:12:21:20:13:12:21:20 chr6 31237162 . C G 117.53 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0201851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0409;QD=7.5824;RBI=0.0234469;REFB=0.016261;REVB=-0.0119298;RO=45;SAF=8;SAR=9;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749839;STB=0.545401;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0425031;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:9:8:24:21:9:8:24:21 chr6 31237255 . G A 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0174172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.881;QD=13.0312;RBI=0.0182373;REFB=-0.0105527;REVB=0.00540728;RO=41;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787144;STB=0.501667;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.019092;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:42:27:27:0.391304:16:11:17:24:16:11:17:25 chr6 31237323 . A G 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0144637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8538;QD=12.7896;RBI=0.0270881;REFB=-0.0020781;REVB=-0.0229034;RO=45;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358273;STB=0.520533;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0055638;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:14:14:21:24:14:14:21:24 chr6 31237333 . T A 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0183045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.501;QD=12.07;RBI=0.0215449;REFB=0.00500839;REVB=0.0113634;RO=43;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079307;STB=0.552591;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00778011;OID=.;OPOS=31237333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:12:14:20:23:12:14:20:24 chr6 31237833 . T C 49.21 PASS AF=0.2;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0695047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0079;QD=4.92141;RBI=0.0696526;REFB=-0.00384359;REVB=-0.00453618;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620516;STB=0.574817;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0299671;OID=.;OPOS=31237833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:39:40:29:32:8:8:0.2:4:4:13:16:4:4:13:19 chr6 31237991 . G T 68.46 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=-0.0248718;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.923;QD=4.08706;RBI=0.0315116;REFB=-0.00640276;REVB=-0.0193488;RO=51;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283057;STB=0.643222;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0381676;OID=.;OPOS=31237991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:51:55:12:12:0.179104:7:5:11:40:7:5:14:41 chr6 31238010 . T G 69.23 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.0596923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1148;QD=3.41856;RBI=0.0600636;REFB=0.00602921;REVB=-0.00666825;RO=66;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909879;STB=0.54186;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.0300646;OID=.;OPOS=31238010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:66:68:13:13:0.160494:8:5:21:45:8:5:23:45 chr6 31238029 . T C 49.51 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=-0.0175411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0493;QD=2.71294;RBI=0.0190947;REFB=-0.00180987;REVB=0.0075442;RO=63;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879393;STB=0.561285;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00978304;OID=.;OPOS=31238029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:63:63:10:10:0.136986:6:4:21:42:6:4:21:42 chr6 31238053 . G C 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0394465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0514;QD=2.58559;RBI=0.0544981;REFB=-0.000484724;REVB=-0.0376034;RO=60;SAF=4;SAR=5;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551522;STB=0.539387;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.000636165;OID=.;OPOS=31238053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:5:4:24:36:5:4:24:36 chr6 31238135 . G A 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0197225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.835;QD=5.70342;RBI=0.0363167;REFB=-0.00654526;REVB=-0.0304947;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129245;STB=0.583171;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0246931;OID=.;OPOS=31238135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:5:5:15:23:5:5:15:23 chr6 31238138 . C T 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0134518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.143;QD=5.42449;RBI=0.0236332;REFB=-0.00338931;REVB=-0.0194313;RO=39;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110208;STB=0.579844;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0202253;OID=.;OPOS=31238138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:39:40:10:10:0.2:5:5:16:23:5:5:16:24 chr6 31238147 . C G 79.88 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0146764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.551;QD=5.8094;RBI=0.0374763;REFB=-0.00668025;REVB=-0.034483;RO=41;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104599;STB=0.563532;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0205014;OID=.;OPOS=31238147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:41:43:12:12:0.218182:6:6:17:24:6:6:18:25 chr6 31238230 . GGGGG CGGGA 143.06 PASS AF=0.571429;AO=14;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0148627;FXX=0;HRUN=5;LEN=5;MLLD=189.956;QD=20.4376;RBI=0.0339415;REFB=-0.0256705;REVB=-0.0305144;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126876;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0276131;OID=.;OPOS=31238230;OREF=GGGGG;OALT=CGGGA;OMAPALT=CGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:8:12:14:16:0.571429:6:8:3:5:8:8:6:6 chr6 31238259 . G T 145.2 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0139653;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.963;QD=22.3381;RBI=0.0271483;REFB=-0.015602;REVB=-0.023281;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00956155;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:26:26:7:10:14:15:0.576923:8:6:3:4:9:6:4:6 chr6 31238490 . T C 297.66 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0178185;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.672;QD=13.2294;RBI=0.0179621;REFB=-0.0140798;REVB=0.00226726;RO=56;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738689;STB=0.542144;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0204574;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:19:15:21:35:19:15:21:35 chr6 31238492 . C A 290.34 PASS AF=0.369565;AO=31;DP=89;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0117646;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.918;QD=12.6235;RBI=0.0161209;REFB=-0.0087739;REVB=0.0110217;RO=57;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130716;STB=0.551152;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0164986;OID=.;OPOS=31238492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:57:58:31:34:0.369565:16:15:21:36:19:15:21:37 chr6 31238851 . T C 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0171875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.865;QD=16.2724;RBI=0.0199308;REFB=-0.0323046;REVB=0.0100909;RO=39;SAF=23;SAR=9;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267781;STB=0.651459;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0408918;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:9:23:18:21:9:23:18:21 chr6 31238942 . G T 91.84 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.024198;FXX=0.104462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.034;QD=6.12272;RBI=0.0247983;REFB=-0.0108577;REVB=0.00542327;RO=46;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152099;STB=0.595449;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0352068;OID=.;OPOS=31238942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:67:60:46:46:14:14:0.233333:5:9:24:22:5:9:24:22 chr6 31238957 . A C 272.47 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00576487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0302;QD=12.5272;RBI=0.020334;REFB=-0.00380107;REVB=-0.0194996;RO=55;SAF=16;SAR=16;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100049;STB=0.505744;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00570752;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:16:16:28:27:16:16:28:27 chr6 31238983 . G C 394.57 PASS AF=0.329032;AO=51;DP=156;FAO=51;FDP=155;FR=.;FRO=104;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=68;FSRR=36;FWDB=0.00850375;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2404;QD=10.1825;RBI=0.0167466;REFB=0.0132111;REVB=-0.0144268;RO=104;SAF=23;SAR=28;SRF=68;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233363;STB=0.633781;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0286374;OID=.;OPOS=31238983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:104:104:51:51:0.329032:28:23:68:36:28:23:68:36 chr6 31239101 . G T 730.01 PASS AF=0.367521;AO=85;DP=234;FAO=86;FDP=234;FR=.;FRO=148;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=67;FSRR=81;FWDB=0.0364373;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.321;QD=12.4788;RBI=0.0435099;REFB=-0.0164189;REVB=0.023779;RO=146;SAF=27;SAR=58;SRF=66;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160727;STB=0.594659;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.014778;OID=.;OPOS=31239101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:146:148:85:86:0.367521:58:27:66:80:59:27:67:81 chr6 31239108 . T A 723.99 PASS AF=0.377778;AO=85;DP=225;FAO=85;FDP=225;FR=.;FRO=140;FSAF=26;FSAR=59;FSRF=62;FSRR=78;FWDB=-0.016184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.872;QD=12.8709;RBI=0.0296257;REFB=-0.00660953;REVB=0.0248145;RO=139;SAF=26;SAR=59;SRF=61;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159237;STB=0.593077;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0127108;OID=.;OPOS=31239108;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:139:140:85:85:0.377778:59:26:61:78:59:26:62:78 chr6 31239407 . G T 782.77 PASS AF=0.460674;AO=82;DP=179;FAO=82;FDP=178;FR=.;FRO=96;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=0.00639356;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6382;QD=17.5903;RBI=0.0643519;REFB=0.0264837;REVB=0.0640335;RO=94;SAF=45;SAR=37;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163913;STB=0.509525;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0312281;OID=.;OPOS=31239407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:94:96:82:82:0.460674:37:45:50:44:37:45:51:45 chr6 31239417 . C T 910.36 PASS AF=0.469388;AO=91;DP=195;FAO=92;FDP=196;FR=.;FRO=104;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=0.0152183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.902;QD=18.5787;RBI=0.0152993;REFB=-0.0154974;REVB=-0.00157315;RO=104;SAF=51;SAR=40;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307744;STB=0.51365;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0191466;OID=.;OPOS=31239417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:104:104:91:92:0.469388:40:51:55:49:41:51:55:49 chr6 31239506 . C G 447.72 PASS AF=0.419355;AO=45;DP=117;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.00848059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.27;QD=14.4427;RBI=0.0134974;REFB=-0.0308655;REVB=0.0105004;RO=72;SAF=19;SAR=26;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245497;STB=0.509996;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0438042;OID=.;OPOS=31239506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:124:72:72:45:52:0.419355:26:19:32:40:28:24:32:40 chr6 31239722 . A C 281.39 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00475539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.796;QD=20.4645;RBI=0.0370267;REFB=-0.0458007;REVB=-0.03672;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138663;STB=0.57348;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0367645;OID=.;OPOS=31239722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:24:25:29:30:0.545455:12:17:10:14:12:18:11:14 chr6 31239752 . C T 522.66 PASS AF=0.542553;AO=47;DP=90;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0171751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.046;QD=22.241;RBI=0.0419387;REFB=-0.0306767;REVB=0.0382606;RO=41;SAF=29;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132505;STB=0.576958;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0234586;OID=.;OPOS=31239752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:41:43:47:51:0.542553:18:29:19:22:20:31:19:24 chr6 31239802 . C G 737.68 PASS AF=0.572581;AO=68;DP=120;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0401179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1081;QD=23.7961;RBI=0.0578864;REFB=-0.0378847;REVB=0.04173;RO=52;SAF=39;SAR=29;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283041;STB=0.509043;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0283846;OID=.;OPOS=31239802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:124:52:53:68:71:0.572581:29:39:28:24:32:39:28:25 chr6 31239821 . G T 820.05 PASS AF=0.542254;AO=76;DP=142;FAO=77;FDP=142;FR=.;FRO=65;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0170518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.866;QD=23.1;RBI=0.038053;REFB=-0.0308098;REVB=0.0340187;RO=64;SAF=44;SAR=32;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405594;STB=0.522443;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.022771;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:64:65:76:77:0.542254:32:44:34:30:33:44:34:31 chr6 31239827 . C T 835.11 PASS AF=0.541667;AO=76;DP=143;FAO=78;FDP=144;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0133268;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.181;QD=23.1974;RBI=0.0207887;REFB=-0.0143394;REVB=0.0159552;RO=67;SAF=42;SAR=34;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132186;STB=0.502697;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0140764;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:67:66:76:78:0.541667:34:42:36:31:35:43:36:30 chr6 31322470 . C G 335.82 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=-0.021437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.72;QD=14.601;RBI=0.0240272;REFB=-0.0160825;REVB=-0.0108516;RO=55;SAF=13;SAR=24;SRF=15;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942018;STB=0.553164;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0269451;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:24:13:15:40:24:13:15:40 chr6 31322888 . A G 556.57 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00536818;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.395;QD=25.0145;RBI=0.0162299;REFB=-0.0295138;REVB=-0.0153165;RO=38;SAF=15;SAR=36;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112731;STB=0.561908;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0315961;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:38:38:51:51:0.573034:36:15:16:22:36:15:16:22 chr6 31322996 . C T 779.47 PASS AF=0.512987;AO=78;DP=153;FAO=79;FDP=154;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0350854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.199;QD=20.2459;RBI=0.036926;REFB=-0.0171358;REVB=0.0115129;RO=74;SAF=36;SAR=42;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101811;STB=0.505379;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00748497;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:74:75:78:79:0.512987:42:36:35:39:43:36:35:40 chr6 31323296 . A G 472.96 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0174291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.029;QD=17.5169;RBI=0.0175992;REFB=-0.0247114;REVB=0.00244158;RO=57;SAF=25;SAR=26;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657867;STB=0.536545;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.025893;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:26:25:24:33:26:25:24:33 chr6 31323945 . A C 141.89 PASS AF=0.214953;AO=23;DP=106;FAO=23;FDP=107;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.02022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.997;QD=5.30422;RBI=0.0242231;REFB=-0.0120179;REVB=-0.0133384;RO=83;SAF=14;SAR=9;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218091;STB=0.639304;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0243673;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:83:84:23:23:0.214953:9:14:36:47:9:14:36:48 chr6 31323953 . C G 139.42 PASS AF=0.211009;AO=23;DP=108;FAO=23;FDP=109;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.0165335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.751;QD=5.11649;RBI=0.0165344;REFB=-0.00492598;REVB=-0.000178677;RO=85;SAF=14;SAR=9;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21661;STB=0.63022;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0300461;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:85:86:23:23:0.211009:9:14:37:48:9:14:38:48 chr6 31323958 . T G 130.25 PASS AF=0.201835;AO=22;DP=108;FAO=22;FDP=109;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.00643335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.329;QD=4.77982;RBI=0.0199459;REFB=-0.00331762;REVB=-0.0188799;RO=86;SAF=13;SAR=9;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158574;STB=0.604055;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0212251;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:86:87:22:22:0.201835:9:13:40:46:9:13:40:47 chr6 31323960 . G C 130.37 PASS AF=0.201835;AO=22;DP=109;FAO=22;FDP=109;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.00416932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.213;QD=4.78418;RBI=0.0560582;REFB=-0.00648975;REVB=-0.055903;RO=87;SAF=13;SAR=9;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165231;STB=0.604055;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0215855;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:87:87:22:22:0.201835:9:13:40:47:9:13:40:47 chr6 31324003 . TC GT 53.06 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.00286479;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.203;QD=2.02121;RBI=0.0186982;REFB=0.00169751;REVB=-0.0184774;RO=93;SAF=11;SAR=1;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479787;STB=0.87056;STBP=0.013;TYPE=mnp;VARB=-0.00973177;OID=.;OPOS=31324003;OREF=TC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:105:93:93:12:12:0.114286:1:11:54:39:1:11:54:39 chr6 31324024 . C A 990.77 PASS AF=0.78125;AO=75;DP=96;FAO=75;FDP=96;FR=.;FRO=21;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0414779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.39;QD=41.2822;RBI=0.0556451;REFB=-0.0325242;REVB=0.037094;RO=20;SAF=46;SAR=29;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152933;STB=0.512364;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00289949;OID=.;OPOS=31324024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:20:21:75:75:0.78125:29:46:13:7:29:46:14:7 chr6 31324025 . G A 98.29 PASS AF=0.177083;AO=17;DP=96;FAO=17;FDP=96;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.053111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.136;QD=4.09529;RBI=0.0605339;REFB=0.0172252;REVB=0.0290443;RO=79;SAF=13;SAR=4;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242331;STB=0.660812;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0273037;OID=.;OPOS=31324025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:96:96:79:79:17:17:0.177083:4:13:47:32:4:13:47:32 chr6 31324036 . T A 957.7 PASS AF=0.762887;AO=74;DP=97;FAO=74;FDP=97;FR=.;FRO=23;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0018731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.195;QD=39.493;RBI=0.0249731;REFB=-0.0467641;REVB=0.0249027;RO=23;SAF=45;SAR=29;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827862;STB=0.544224;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0210762;OID=.;OPOS=31324036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:23:23:74:74:0.762887:29:45:18:5:29:45:18:5 chr6 31324051 . C A 531.88 PASS AF=0.590361;AO=50;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.00775538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3649;QD=25.6329;RBI=0.0394119;REFB=0.00242313;REVB=0.0386413;RO=33;SAF=29;SAR=21;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136413;STB=0.582702;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00119625;OID=.;OPOS=31324051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:34:50:49:0.590361:21:29:25:8:21:28:26:8 chr6 31324057 . C A 37.57 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=24;FWDB=0.0100013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.604;QD=1.70757;RBI=0.0113529;REFB=-0.00227361;REVB=0.00537245;RO=79;SAF=4;SAR=5;SRF=55;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299314;STB=0.71735;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0186643;OID=.;OPOS=31324057;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:79:79:9:9:0.102273:5:4:55:24:5:4:55:24 chr6 31324064 . T A 685.31 PASS AF=0.674419;AO=57;DP=87;FAO=58;FDP=86;FR=.;FRO=28;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0117563;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.691;QD=31.875;RBI=0.0164944;REFB=-0.0308656;REVB=0.0115697;RO=28;SAF=37;SAR=20;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943453;STB=0.553602;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0154537;OID=.;OPOS=31324064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:28:28:57:58:0.674419:20:37:22:6:21:37:22:6 chr6 31324151 . C T 1489.41 PASS AF=0.954128;AO=104;DP=109;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0128682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.217;QD=54.6574;RBI=0.0172072;REFB=-0.0381539;REVB=0.0114235;RO=5;SAF=47;SAR=57;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129735;STB=0.506846;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-3.21813e-06;OID=.;OPOS=31324151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:109:109:5:5:104:104:0.954128:57:47:3:2:57:47:3:2 chr6 31324200 . G C 1511.31 PASS AF=1;AO=96;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227532;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.062;QD=59.8538;RBI=0.033671;REFB=0;REVB=0.0248199;RO=0;SAF=36;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221555;OID=.;OPOS=31324200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:96:101:1:60:36:0:0:65:36:0:0 chr6 31324516 . C A 145.15 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2135;QD=44.6624;RBI=0.162387;REFB=0;REVB=0.159116;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00870662;OID=.;OPOS=31324516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 31324525 . CC TG 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532201;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=2;MLLD=288.167;QD=41.0879;RBI=0.0594033;REFB=0;REVB=0.026389;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000717376;OID=.;OPOS=31324525;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr6 31324531 . C T 101.76 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.1;QD=40.7043;RBI=0.0421054;REFB=0;REVB=0.0288479;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93346e-05;OID=.;OPOS=31324531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:6:4:0:0 chr6 31324536 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7983;QD=40.7629;RBI=0.0684822;REFB=0;REVB=0.055701;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359563;OID=.;OPOS=31324536;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr6 31324547 . G C 74.91 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7761;QD=37.4572;RBI=0.0468767;REFB=0;REVB=0.00981914;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00178835;OID=.;OPOS=31324547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 31324549 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.143001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1702;QD=35.5757;RBI=0.153635;REFB=0;REVB=-0.0561658;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0151013;OID=.;OPOS=31324549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 31324615 . C T 88.18 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.463;QD=39.1918;RBI=0.0240374;REFB=0;REVB=-0.00406647;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802991;OID=.;OPOS=31324615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr6 31324664 . T G 122.94 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0991231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.53;QD=37.8266;RBI=0.10356;REFB=-0.134374;REVB=0.0299893;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571302;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0100071;OID=.;OPOS=31324664;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:0:1:12:12:0.923077:9:3:0:0:9:3:1:0 chr6 31324666 . A T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.613;QD=44.6885;RBI=0.118677;REFB=0;REVB=0.0438518;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00703741;OID=.;OPOS=31324666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr6 31324702 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.288;QD=44.6896;RBI=0.0463985;REFB=0;REVB=0.00675213;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426235;OID=.;OPOS=31324702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr6 31324705 . A C 143.29 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.951;QD=44.0876;RBI=0.127746;REFB=0;REVB=-0.0103433;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896344;OID=.;OPOS=31324705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:11:1:0:0:11:2:0:0 chr6 31324742 . TG CC,CG 169.98 PASS AF=0.266667,0.733333;AO=8,5;DP=15;FAO=4,11;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572691,0.0821035;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=125.368,74.7715;QD=45.3268;RBI=0.0749165,0.0821092;REFB=0,0;REVB=-0.0482984,0.000969682;RO=0;SAF=2,0;SAR=6,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00748738,0.00113484;OID=.,.;OPOS=31324742,31324742;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:15:15:0:0:8,5:4,11:0.266667,0.733333:6,5:2,0:0:0:2,11:2,0:0:0 chr6 31324764 . C A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0115783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.653;QD=19.6461;RBI=0.0249805;REFB=-0.03001;REVB=0.0221353;RO=8;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787203;STB=0.545367;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0177335;OID=.;OPOS=31324764;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:9:2:2:6:9:2:2:6 chr6 31324788 . T C 253.4 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.666;QD=50.6797;RBI=0.0469204;REFB=0;REVB=0.0373862;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171867;OID=.;OPOS=31324788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:13:5:0:0:14:6:0:0 chr6 31324790 . A C,G 251.99 PASS AF=0.15,0.85;AO=3,17;DP=20;FAO=3,17;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=2,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532917,-0.0124983;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.187,219.906;QD=50.3975;RBI=0.0533957,0.0125675;REFB=0,0;REVB=-0.00333136,-0.00131636;RO=0;SAF=1,5;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.012685,-0.00242135;OID=.,.;OPOS=31324790,31324790;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:20:20:0:0:3,17:3,17:0.15,0.85:2,12:1,5:0:0:2,12:1,5:0:0 chr6 31324825 . T TC 245.1 PASS AF=1;AO=5;DP=42;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841148;FXX=0.404666;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.7619;QD=39.2152;RBI=0.115602;REFB=0;REVB=-0.0793007;RO=37;SAF=2;SAR=3;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00642385;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000766025;OID=.;OPOS=31324826;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:42:25:25:0:15:10:0:0:5:37:2:3:15:22 chr6 31324829 . GG AC,CA 675.96 PASS AF=0.0681818,0.931818;AO=3,41;DP=45;FAO=3,41;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=3,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000616969,0.018424;FXX=0.0222173;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=115.313,149.87;QD=61.4506;RBI=0.0203012,0.0286951;REFB=0,0;REVB=0.0202918,0.0219992;RO=0;SAF=0,19;SAR=3,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0248493,0.000718162;OID=.,.;OPOS=31324829,31324829;OREF=GG,GG;OALT=AC,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:45:44:0:0:3,41:3,41:0.0681818,0.931818:3,22:0,19:0:0:3,22:0,19:0:0 chr6 31324851 . A AT 173.32 PASS AF=0.411765;AO=18;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00657492;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=105.806;QD=13.5935;RBI=0.0163074;REFB=-0.0224696;REVB=0.0149232;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240491;STB=0.522705;STBP=0.81;TYPE=ins;VARB=0.0230226;OID=.;OPOS=31324852;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:18:51:21:51:30:9:12:14:16:99:30:8:10:14:16 chr6 31324887 . GG CT 181.89 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00898179;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=2;MLLD=302.029;QD=15.8164;RBI=0.012282;REFB=-0.0271569;REVB=-0.00837699;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135953;STB=0.568647;STBP=0.419;TYPE=mnp;VARB=0.0238149;OID=.;OPOS=31324887;OREF=GG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:12:7:13:13:12:7:13:14 chr6 31324892 . G C 177.86 PASS AF=0.413043;AO=15;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0320592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.616;QD=15.4661;RBI=0.0321585;REFB=-0.0245985;REVB=-0.00252432;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14584;STB=0.568647;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0340354;OID=.;OPOS=31324892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:15:19:0.413043:10:5:12:14:12:7:13:14 chr6 31324895 . G C 186.66 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0150433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3346;QD=16.5916;RBI=0.0154831;REFB=-0.017079;REVB=-0.00366379;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795058;STB=0.545409;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00409133;OID=.;OPOS=31324895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:12:13:12:8:12:13 chr6 31324911 . C G 209.93 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-8.02843e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.839;QD=18.6605;RBI=0.0114708;REFB=-0.0287102;REVB=-0.0114706;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115994;STB=0.565154;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00659234;OID=.;OPOS=31324911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:23:24:20:21:0.466667:12:8:12:11:13:8:12:12 chr6 31324921 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0778938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.595;QD=21.5105;RBI=0.0786252;REFB=0.00275507;REVB=0.0106996;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866726;STB=0.548647;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00179223;OID=.;OPOS=31324921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:8:11:10:11:8:11 chr6 31324925 . A G 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.463;QD=60.9697;RBI=0.0190625;REFB=0;REVB=0.00503298;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69717e-05;OID=.;OPOS=31324925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr6 31324931 . A C 556.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.819;QD=60.1594;RBI=0.0870951;REFB=0;REVB=0.000540167;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274205;OID=.;OPOS=31324931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:20:17:0:0 chr6 31371430 . T C 528.73 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.021472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8521;QD=16.3948;RBI=0.0399827;REFB=0.00963953;REVB=-0.0337279;RO=71;SAF=31;SAR=26;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133957;STB=0.57063;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0130746;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:72:57:57:0.44186:26:31:29:42:26:31:30:42 chr6 31466051 . T A 712.01 PASS AF=0.530303;AO=67;DP=128;FAO=70;FDP=132;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00926366;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.629;QD=21.5761;RBI=0.00969039;REFB=-0.0273154;REVB=0.00284397;RO=58;SAF=28;SAR=39;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142546;STB=0.577959;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0260961;OID=.;OPOS=31466051;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:132:58:62:67:70:0.530303:39:28:34:24:42:28:35:27 chr6 31473546 . A G 1818.71 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0328537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.218;QD=58.6679;RBI=0.034553;REFB=-0.179202;REVB=0.0107028;RO=2;SAF=41;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554347;STB=0.508799;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000503207;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:124:124:2:3:121:121:0.975806:80:41:1:1:80:41:2:1 chr6 31477681 . A G 2197.34 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.331;QD=63.2328;RBI=0.0456639;REFB=0;REVB=-0.0374304;RO=0;SAF=62;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86966e-05;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:77:62:0:0:77:62:0:0 chr6 31496791 . C G 362.09 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0165655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.347;QD=15.4081;RBI=0.0524257;REFB=-0.0075761;REVB=0.0497397;RO=55;SAF=19;SAR=20;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790761;STB=0.54464;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0114283;OID=.;OPOS=31496791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:20:19:31:24:20:19:31:24 chr6 31496915 . G A 273.66 PASS AF=0.336634;AO=32;DP=99;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0140391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.274;QD=10.8382;RBI=0.020492;REFB=-0.00517419;REVB=-0.0149273;RO=66;SAF=8;SAR=24;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342957;STB=0.667371;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00924105;OID=.;OPOS=31496915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:66:67:32:34:0.336634:24:8:35:31:24:10:36:31 chr6 31496925 . G A 1428.9 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.858;QD=62.8089;RBI=0.030801;REFB=0;REVB=-0.0111501;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29881e-05;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:47:42:0:0:48:43:0:0 chr6 31497706 . C T 4916.93 PASS AF=1;AO=316;DP=322;FAO=320;FDP=320;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=201;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854443;FXX=0.00621099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.398;QD=61.4617;RBI=0.0854983;REFB=-0.127914;REVB=0.00303777;RO=5;SAF=115;SAR=201;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020282;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704385;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:322:320:5:0:316:320:1:201:115:5:0:201:119:0:0 chr6 31506624 . T C 1899.6 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258264;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.099;QD=61.7756;RBI=0.0265265;REFB=0;REVB=-0.00605387;RO=0;SAF=49;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87736e-05;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:73:49:0:0:74:49:0:0 chr6 31506648 . G T 1491.5 PASS AF=0.980769;AO=100;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0642575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6954;QD=57.3654;RBI=0.0686804;REFB=-0.0337115;REVB=-0.0242481;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.508063;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000827702;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:0:2:100:102:0.980769:59:41:0:0:61:41:0:2 chr6 31506801 . G A 352.26 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0271532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.283;QD=18.2992;RBI=0.0291018;REFB=0.000611443;REVB=-0.0104698;RO=39;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00192565;STB=0.508111;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.000688011;OID=.;OPOS=31506801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:20:17:18:21:20:17:19:21 chr6 31509432 . G A 1914.27 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00758637;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.091;QD=60.7706;RBI=0.0324002;REFB=-0.0911747;REVB=-0.0314995;RO=1;SAF=60;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785333;STB=0.504132;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000243324;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:126:1:1:125:125:0.992063:65:60:1:0:65:60:1:0 chr6 31510105 . A G 2575.44 PASS AF=1;AO=165;DP=168;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238663;FXX=0.0177504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2607;QD=62.0587;RBI=0.0424973;REFB=0;REVB=-0.0351628;RO=0;SAF=82;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543427;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:166:0:0:165:166:1:83:82:0:0:83:83:0:0 chr6 31525448 . C T 708.85 PASS AF=0.561983;AO=68;DP=121;FAO=68;FDP=121;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0331746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.097;QD=23.4329;RBI=0.0332162;REFB=-0.027451;REVB=0.00166275;RO=53;SAF=37;SAR=31;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00246643;STB=0.501347;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0228901;OID=.;OPOS=31525448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:53:53:68:68:0.561983:31:37:29:24:31:37:29:24 chr6 31525912 . C T 1902.78 PASS AF=0.984252;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00860498;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.358;QD=59.93;RBI=0.0143654;REFB=-0.0196592;REVB=0.011503;RO=1;SAF=56;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840865;STB=0.500698;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=6.59658e-05;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:127:1:2:124:125:0.984252:68:56:1:0:68:57:1:1 chr6 31528326 . G C 401.84 PASS AF=0.401709;AO=46;DP=116;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00564304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.754;QD=13.7381;RBI=0.00720173;REFB=-0.00761467;REVB=0.00447448;RO=70;SAF=17;SAR=29;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127564;STB=0.56308;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.016675;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:70:70:46:47:0.401709:29:17:34:36:29:18:34:36 chr6 31540556 . T C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0184145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.097;QD=13.0885;RBI=0.0216273;REFB=-0.022386;REVB=-0.0113424;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139475;STB=0.581296;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0359432;OID=.;OPOS=31540556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:17:10:8:8:17:10 chr6 31555130 . A G 1061.81 PASS AF=0.534392;AO=99;DP=189;FAO=101;FDP=189;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.024682;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.259;QD=22.4723;RBI=0.0289008;REFB=-0.030367;REVB=0.0150351;RO=90;SAF=40;SAR=59;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656145;STB=0.533521;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0296538;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:90:88:99:101:0.534392:59:40:43:47:61:40:41:47 chr6 31556581 . T A 566.85 PASS AF=0.487603;AO=56;DP=118;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0960746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8909;QD=18.7389;RBI=0.0960823;REFB=0.00889963;REVB=-0.00121847;RO=62;SAF=24;SAR=32;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052953;STB=0.505214;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00830031;OID=.;OPOS=31556581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:62:62:56:59:0.487603:32:24:30:32:32:27:29:33 chr6 31556656 . A T 207.04 PASS AF=0.404255;AO=16;DP=51;FAO=19;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.126546;FXX=0.078416;HRUN=8;LEN=1;MLLD=21.9061;QD=17.6208;RBI=0.18075;REFB=0.0240853;REVB=-0.129061;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132778;STB=0.592924;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.0495385;OID=.;OPOS=31556656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:51:47:13:18:16:19:0.404255:10:6:7:6:12:7:10:8 chr6 31590898 . C T 933.68 PASS AF=0.559006;AO=89;DP=159;FAO=90;FDP=161;FR=.;FRO=71;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0121285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7907;QD=23.197;RBI=0.0272664;REFB=-0.0224111;REVB=-0.0244204;RO=67;SAF=44;SAR=45;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00145547;STB=0.503105;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.02287;OID=.;OPOS=31590898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:67:71:89:90:0.559006:45:44:33:34:45:45:35:36 chr6 31594628 . T A 2362.43 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135349;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3716;QD=63.8493;RBI=0.0279679;REFB=0;REVB=0.0244746;RO=0;SAF=58;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32674e-05;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:148:0:0:147:148:1:89:58:0:0:89:59:0:0 chr6 31595882 . C A 1660.19 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720839;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.089;QD=60.3706;RBI=0.0724202;REFB=0;REVB=0.00697109;RO=1;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48908e-05;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:1:0:107:110:1:56:51:0:1:58:52:0:0 chr6 31598489 . A G 872.04 PASS AF=0.390805;AO=100;DP=260;FAO=102;FDP=261;FR=.;FRO=159;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=69;FSRR=90;FWDB=0.00430642;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.059;QD=13.3646;RBI=0.0179726;REFB=-0.0075166;REVB=-0.017449;RO=155;SAF=48;SAR=52;SRF=65;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659464;STB=0.522445;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0131563;OID=.;OPOS=31598489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:155:159:100:102:0.390805:52:48:65:90:54:48:69:90 chr6 31601344 . T C 1345.52 PASS AF=0.92381;AO=97;DP=106;FAO=97;FDP=105;FR=.;FRO=8;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0556185;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8209;QD=51.2578;RBI=0.0556322;REFB=0.0199207;REVB=-0.00123195;RO=8;SAF=55;SAR=42;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851914;STB=0.504504;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0459066;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:106:105:8:8:97:97:0.92381:42:55:5:3:42:55:5:3 chr6 31602967 . G A 1038.82 PASS AF=0.507246;AO=105;DP=207;FAO=105;FDP=207;FR=.;FRO=102;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.0241072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.456;QD=20.0739;RBI=0.0244488;REFB=-0.0120837;REVB=0.00407265;RO=102;SAF=53;SAR=52;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218823;STB=0.512004;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0118634;OID=.;OPOS=31602967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:102:102:105:105:0.507246:52:53:49:53:52:53:49:53 chr6 31603770 . A G 957.82 PASS AF=0.531429;AO=93;DP=177;FAO=93;FDP=175;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=0.00210527;FXX=0.0112988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5787;QD=21.8929;RBI=0.0244695;REFB=0.00178359;REVB=0.0243788;RO=82;SAF=35;SAR=58;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208202;STB=0.511384;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0017674;OID=.;OPOS=31603770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:82:82:93:93:0.531429:58:35:29:53:58:35:29:53 chr6 31604010 . C G 291.75 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=32;FWDB=-0.017737;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.9768;QD=16.4365;RBI=0.0288531;REFB=-0.0083177;REVB=0.0227574;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=4;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276786;STB=0.640078;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00249459;OID=.;OPOS=31604010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:33:38:33:33:0.464789:20:13:4:29:20:13:6:32 chr6 31604044 . T G 1520.69 PASS AF=0.990385;AO=99;DP=100;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3116;QD=58.4882;RBI=0.0274054;REFB=0.0566203;REVB=-0.021293;RO=1;SAF=38;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123185;STB=0.506172;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-1.34866e-05;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:104:1:1:99:103:0.990385:61:38:1:0:63:40:1:0 chr6 31604591 . C T 354.85 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0998077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0901;QD=18.925;RBI=0.106932;REFB=0.0214067;REVB=0.0383781;RO=38;SAF=5;SAR=32;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204271;STB=0.615314;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0190582;OID=.;OPOS=31604591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:32:5:10:28:32:5:10:28 chr6 31610686 . A G 1630.31 PASS AF=0.473389;AO=169;DP=357;FAO=169;FDP=357;FR=.;FRO=188;FSAF=86;FSAR=83;FSRF=102;FSRR=86;FWDB=-0.00128631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.788;QD=18.2668;RBI=0.00948604;REFB=-0.0113352;REVB=-0.00939842;RO=186;SAF=86;SAR=83;SRF=100;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274145;STB=0.51775;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0124458;OID=.;OPOS=31610686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:357:186:188:169:169:0.473389:83:86:100:86:83:86:102:86 chr6 31617063 . TCCC CCCT,GTCC,TCC 94.65 PASS AF=0.0188679,0,0.349057;AO=5,5,26;DP=111;FAO=2,0,37;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=2,0,20;FSAR=0,0,17;FSRF=18;FSRR=49;FWDB=-0.108325,-0.0650845,-0.211368;FXX=0.0619414;HRUN=1,1,5;LEN=4,2,1;MLLD=191.544,148.242,7.80902;QD=3.57185;RBI=0.109015,0.0665145,0.212688;REFB=-0.00302931,-0.00485021,-0.177661;REVB=-0.0122475,-0.0137181,-0.0236554;RO=48;SAF=5,5,6;SAR=0,0,20;SRF=8;SRR=40;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.381818;SSSB=0.760593,0.760593,0.108891;STB=0.997114,0.5,0.67133;STBP=0.039,1,0.021;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0.197669,-0.0220958,0.180788;OID=.,.,.;OPOS=31617063,31617063,31617064;OREF=TCCC,TC,C;OALT=CCCT,GT,-;OMAPALT=CCCT,GTCC,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:89:111:106:48:67:5,5,26:2,0,37:0.0188679,0,0.349057:0,0,20:5,5,6:8:40:0,0,17:2,0,20:18:49 chr6 31627523 . C T 5531.42 PASS AF=1;AO=355;DP=358;FAO=355;FDP=355;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029501;FXX=0.00837965;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.9899;QD=62.3258;RBI=0.0295984;REFB=-0.031524;REVB=0.00239899;RO=0;SAF=188;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50505e-05;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:358:355:0:0:355:355:1:167:188:0:0:167:188:0:0 chr6 31630241 . C T 621.09 PASS AF=0.433962;AO=69;DP=159;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.0165909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.876;QD=15.625;RBI=0.0188335;REFB=-0.023894;REVB=-0.00891313;RO=90;SAF=30;SAR=39;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327173;STB=0.518267;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0302042;OID=.;OPOS=31630241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:90:90:69:69:0.433962:39:30:42:48:39:30:42:48 chr6 31632134 . C A 734.46 PASS AF=0.496774;AO=76;DP=154;FAO=77;FDP=155;FR=.;FRO=78;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0112299;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4493;QD=18.9538;RBI=0.0282859;REFB=-0.0264406;REVB=0.0259612;RO=76;SAF=44;SAR=32;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485572;STB=0.529843;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0506269;OID=.;OPOS=31632134;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:76:78:76:77:0.496774:32:44:40:36:33:44:40:38 chr6 31634758 . G A 3437.28 PASS AF=1;AO=216;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201643;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.167;QD=62.496;RBI=0.0450782;REFB=0;REVB=0.0403169;RO=0;SAF=110;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05185e-05;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:220:0:0:216:220:1:106:110:0:0:110:110:0:0 chr6 31639979 . C T 1431.19 PASS AF=0.512727;AO=141;DP=275;FAO=141;FDP=275;FR=.;FRO=134;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=61;FSRR=73;FWDB=0.00859931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.94;QD=20.8173;RBI=0.00981946;REFB=-0.0323264;REVB=0.00474065;RO=133;SAF=66;SAR=75;SRF=60;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151249;STB=0.506297;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0297493;OID=.;OPOS=31639979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:133:134:141:141:0.512727:75:66:60:73:75:66:61:73 chr6 31655438 . G A 662.32 PASS AF=0.52381;AO=65;DP=125;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00515886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.559;QD=21.026;RBI=0.00524623;REFB=-0.00886873;REVB=-0.000953434;RO=59;SAF=34;SAR=31;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566227;STB=0.530294;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00689135;OID=.;OPOS=31655438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:59:60:65:66:0.52381:31:34:27:32:31:35:28:32 chr6 31657413 . T C 2410.66 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.304;QD=61.0293;RBI=0.0516389;REFB=0;REVB=0.0514172;RO=0;SAF=75;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52254e-05;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:158:0:0:153:158:1:78:75:0:0:81:77:0:0 chr6 31661164 . C T 682.3 PASS AF=0.448485;AO=74;DP=165;FAO=74;FDP=165;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=0.0200301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.936;QD=16.5407;RBI=0.0202732;REFB=-0.0106287;REVB=-0.00313028;RO=91;SAF=26;SAR=48;SRF=33;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122216;STB=0.506798;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0143483;OID=.;OPOS=31661164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:91:91:74:74:0.448485:48:26:33:58:48:26:33:58 chr6 31675501 . G A 1354.95 PASS AF=0.459807;AO=143;DP=311;FAO=143;FDP=311;FR=.;FRO=168;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=68;FSRR=100;FWDB=0.0208968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.61;QD=17.4271;RBI=0.0282723;REFB=-0.0117596;REVB=-0.0190432;RO=167;SAF=59;SAR=84;SRF=68;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544277;STB=0.504367;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0128369;OID=.;OPOS=31675501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:167:168:143:143:0.459807:84:59:68:99:84:59:68:100 chr6 31687008 . G A 640.13 PASS AF=0.411429;AO=71;DP=175;FAO=72;FDP=175;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=60;FWDB=0.0118553;FXX=0.0223451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.716;QD=14.6315;RBI=0.0241115;REFB=-0.00304025;REVB=0.0209956;RO=102;SAF=37;SAR=34;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104376;STB=0.556596;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00660065;OID=.;OPOS=31687008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:102:103:71:72:0.411429:34:37:43:59:35:37:43:60 chr6 31691657 . G A 798.56 PASS AF=0.491018;AO=83;DP=168;FAO=82;FDP=167;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.00430107;FXX=0.00595203;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.76;QD=19.1273;RBI=0.00430253;REFB=-0.0199692;REVB=-0.000112354;RO=82;SAF=46;SAR=37;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160847;STB=0.516239;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0178207;OID=.;OPOS=31691657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:82:85:83:82:0.491018:37:46:44:38:36:46:45:40 chr6 31733650 . G A 910.39 PASS AF=0.494565;AO=91;DP=184;FAO=91;FDP=184;FR=.;FRO=93;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0392321;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.576;QD=19.7912;RBI=0.0395182;REFB=-0.0276609;REVB=0.00474708;RO=93;SAF=52;SAR=39;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907985;STB=0.549989;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0319401;OID=.;OPOS=31733650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:93:93:91:91:0.494565:39:52:44:49:39:52:44:49 chr6 31745284 . C T 561.26 PASS AF=0.441176;AO=59;DP=135;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0193413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.218;QD=16.5076;RBI=0.0689599;REFB=-0.021931;REVB=0.066192;RO=74;SAF=36;SAR=23;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177981;STB=0.58577;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0330287;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:74:76:59:60:0.441176:23:36:32:42:24:36:34:42 chr6 31762843 . GG CT 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0190708;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=269.655;QD=12.7389;RBI=0.0215807;REFB=0.00725982;REVB=0.0101009;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562132;STB=0.533254;STBP=0.861;TYPE=mnp;VARB=-0.00830378;OID=.;OPOS=31762843;OREF=GG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:1:7:9:1:1:7:9:1 chr6 31777946 . C T 614.52 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=152;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.00819233;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.993;QD=16.2787;RBI=0.0398865;REFB=-0.00780969;REVB=-0.0390362;RO=85;SAF=41;SAR=26;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18944;STB=0.608758;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00896294;OID=.;OPOS=31777946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:85:84:67:67:0.443709:26:41:36:49:26:41:35:49 chr6 31778272 . G A 1381.37 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.112402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.812;QD=61.3942;RBI=0.115224;REFB=0.00545173;REVB=0.025345;RO=1;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133461;STB=0.507041;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000293192;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:88:89:0.988889:35:53:0:1:35:54:0:1 chr6 31779309 . G A 521.12 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00944452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.964;QD=26.0558;RBI=0.0105541;REFB=0.00743257;REVB=-0.00471055;RO=32;SAF=32;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153509;STB=0.584035;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00478477;OID=.;OPOS=31779309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:16:32:15:17:16:32:15:17 chr6 31795550 . C T 451.18 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0131793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.074;QD=14.6724;RBI=0.0179189;REFB=-0.011985;REVB=0.0121405;RO=69;SAF=27;SAR=24;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375763;STB=0.517235;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0150808;OID=.;OPOS=31795550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:72:51:51:0.414634:24:27:34:35:24:27:36:36 chr6 31797587 . C G 328.14 PASS AF=0.486111;AO=33;DP=70;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0069377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.077;QD=18.2301;RBI=0.0101299;REFB=-0.0272688;REVB=0.00738132;RO=37;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256493;STB=0.624538;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0290486;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:37:37:33:35:0.486111:15:18:10:27:17:18:10:27 chr6 31797769 . A AAAGTT 306.36 PASS AF=0.282895;AO=42;DP=162;FAO=43;FDP=152;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-0.0332473;FXX=0.0379723;HRUN=3;LEN=5;MLLD=263.86;QD=8.06217;RBI=0.034167;REFB=-0.0190315;REVB=-0.00787397;RO=115;SAF=12;SAR=30;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346677;STB=0.687925;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.0408602;OID=.;OPOS=31797770;OREF=-;OALT=AAGTT;OMAPALT=AAAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282895:42:162:43:152:109:12:31:58:51:99:115:12:30:65:50 chr6 31797927 . T G 148.58 PASS AF=0.363636;AO=22;DP=47;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0086563;FXX=0.119976;HRUN=24;LEN=1;MLLD=167.379;QD=13.5069;RBI=0.0448346;REFB=-0.0268164;REVB=-0.043991;RO=25;SAF=18;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186091;STB=0.583223;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0120974;OID=.;OPOS=31797927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:25:28:22:16:0.363636:4:18:17:8:4:12:18:10 chr6 31797935 . T G 32.24 PASS AF=0.176471;AO=3;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0100581;FXX=0;HRUN=24;LEN=1;MLLD=134.758;QD=3.79324;RBI=0.121896;REFB=-0.0144565;REVB=-0.121481;RO=28;SAF=2;SAR=1;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223398;STB=0.846678;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0257724;OID=.;OPOS=31797935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:34:34:28:28:3:6:0.176471:1:2:23:5:4:2:23:5 chr6 31830555 . T TC 45.06 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.123207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.3707;QD=5.46126;RBI=0.12641;REFB=-0.0771375;REVB=0.0282778;RO=29;SAF=0;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.715682;STB=0.817411;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.13093;OID=.;OPOS=31830556;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:9:38:10:33:23:1:9:10:13:45:29:0:9:11:18 chr6 31838441 . T C 2331.86 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.211;QD=63.8866;RBI=0.0110089;REFB=0;REVB=-0.000560769;RO=0;SAF=71;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53064e-05;OID=.;OPOS=31838441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:75:71:0:0:75:71:0:0 chr6 31838713 . G A 1589.85 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.791;QD=59.9944;RBI=0.029135;REFB=0;REVB=0.00605434;RO=0;SAF=38;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93779e-05;OID=.;OPOS=31838713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:68:38:0:0:68:38:0:0 chr6 31839309 . C T 2340.38 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283342;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9868;QD=61.1865;RBI=0.0313621;REFB=0;REVB=0.0134443;RO=0;SAF=64;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59655e-05;OID=.;OPOS=31839309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:153:0:0:153:153:1:89:64:0:0:89:64:0:0 chr6 31839331 . C T 1741.42 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200944;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.6167;QD=59.5357;RBI=0.0247;REFB=-0.0714171;REVB=0.0143633;RO=1;SAF=44;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664209;STB=0.503496;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000316191;OID=.;OPOS=31839331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:115:116:0.991453:71:44:0:1:71:45:0:1 chr6 31860337 . T C 1674.84 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144174;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.631;QD=60.3545;RBI=0.0318592;REFB=0;REVB=0.0284104;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10828e-06;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:51:59:0:0:52:59:0:0 chr6 31860526 . A C 425.1 PASS AF=0.364964;AO=50;DP=137;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.037794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8687;QD=12.4117;RBI=0.0426704;REFB=-0.000673352;REVB=0.0198084;RO=86;SAF=26;SAR=24;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350893;STB=0.516349;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.000886731;OID=.;OPOS=31860526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:86:87:50:50:0.364964:24:26:42:44:24:26:43:44 chr6 31864547 . G T 383.99 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0617447;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.7618;QD=18.5054;RBI=0.105689;REFB=-0.0121303;REVB=-0.0857773;RO=41;SAF=28;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25022;STB=0.629752;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0182745;OID=.;OPOS=31864547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:43:40:40:0.481928:12:28:18:23:12:28:20:23 chr6 31914935 . A G 2474.99 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.994;QD=61.4903;RBI=0.0195289;REFB=0;REVB=-0.00619181;RO=0;SAF=89;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68476e-06;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:160:161:1:71:89:0:0:71:90:0:0 chr6 31915819 . C T 713.45 PASS AF=0.480769;AO=75;DP=157;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0167843;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.813;QD=18.2935;RBI=0.0170751;REFB=-0.00927347;REVB=-0.00313794;RO=80;SAF=34;SAR=41;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203754;STB=0.514699;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00964912;OID=.;OPOS=31915819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:80:81:75:75:0.480769:41:34:38:42:41:34:39:42 chr6 31928799 . T C 1510.43 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5133;QD=63.5971;RBI=0.0891243;REFB=0;REVB=-0.0869931;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000699719;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr6 31929014 . A C 3221.06 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166276;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3131;QD=61.9434;RBI=0.0226553;REFB=0;REVB=0.0153879;RO=0;SAF=126;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110123;OID=.;OPOS=31929014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:208:0:0:208:208:1:82:126:0:0:82:126:0:0 chr6 31936668 . T C 1469.16 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0596744;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.874;QD=58.1844;RBI=0.0620983;REFB=-0.144154;REVB=0.0171805;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0005999;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:101:0:1:100:100:0.990099:47:53:0:0:47:53:1:0 chr6 31938412 . G T 471.72 PASS AF=0.375;AO=54;DP=144;FAO=54;FDP=144;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.00654778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.887;QD=13.1034;RBI=0.00849418;REFB=-0.00620218;REVB=-0.00541088;RO=90;SAF=29;SAR=25;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408198;STB=0.523187;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0105148;OID=.;OPOS=31938412;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:90:90:54:54:0.375:25:29:45:45:25:29:45:45 chr6 31938451 . T C 289.93 PASS AF=0.288889;AO=39;DP=134;FAO=39;FDP=135;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.0121872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9211;QD=8.59049;RBI=0.0261132;REFB=-0.0185379;REVB=-0.0230948;RO=86;SAF=24;SAR=15;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837103;STB=0.553963;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0534953;OID=.;OPOS=31938451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:86:96:39:39:0.288889:15:24:47:39:15:24:52:44 chr6 31973511 . G A 822.09 PASS AF=0.512346;AO=83;DP=162;FAO=83;FDP=162;FR=.;FRO=79;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.00149274;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.185;QD=20.2984;RBI=0.0985242;REFB=-0.0271724;REVB=0.0985129;RO=70;SAF=45;SAR=38;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073385;STB=0.532301;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0316369;OID=.;OPOS=31973511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:70:79:83:83:0.512346:38:45:44:26:38:45:48:31 chr6 31974671 . G A 336.27 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0104804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.357;QD=28.0221;RBI=0.0108209;REFB=-0.00581491;REVB=-0.00269288;RO=19;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073669;STB=0.540513;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00269672;OID=.;OPOS=31974671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:17:12:6:13:17:12:6:13 chr6 31975151 . T G 254.45 PASS AF=0.233918;AO=40;DP=171;FAO=40;FDP=171;FR=.;FRO=131;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=72;FWDB=-0.0261509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.383;QD=5.95201;RBI=0.0450637;REFB=-0.0123379;REVB=-0.0366997;RO=131;SAF=13;SAR=27;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166448;STB=0.601619;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0359245;OID=.;OPOS=31975151;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:131:131:40:40:0.233918:27:13:59:72:27:13:59:72 chr6 31977391 . C T 1548.21 PASS AF=0.631336;AO=137;DP=217;FAO=137;FDP=217;FR=.;FRO=80;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=51;FSRR=29;FWDB=0.00210732;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.725;QD=28.5385;RBI=0.0263875;REFB=-0.036474;REVB=0.0263032;RO=80;SAF=62;SAR=75;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126056;STB=0.567905;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.016505;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:80:80:137:137:0.631336:75:62:51:29:75:62:51:29 chr6 31977528 . C G 104.91 PASS AF=0.0987654;AO=32;DP=325;FAO=32;FDP=324;FR=.;FRO=292;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=148;FSRR=144;FWDB=-0.00526382;FXX=0.00307683;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.348;QD=1.29514;RBI=0.00988745;REFB=-0.00253706;REVB=-0.00836982;RO=291;SAF=16;SAR=16;SRF=147;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00625683;STB=0.506169;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0245313;OID=.;OPOS=31977528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:324:291:292:32:32:0.0987654:16:16:147:144:16:16:148:144 chr6 31977548 . G A 1094.72 PASS AF=0.400641;AO=125;DP=312;FAO=125;FDP=312;FR=.;FRO=187;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=89;FSRR=98;FWDB=-0.0015374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.576;QD=14.0348;RBI=0.0116132;REFB=-0.0110579;REVB=0.011511;RO=186;SAF=63;SAR=62;SRF=89;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272446;STB=0.516814;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0157852;OID=.;OPOS=31977548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:312:186:187:125:125:0.400641:62:63:89:97:62:63:89:98 chr6 31977552 . C G 37.77 PASS AF=0.0607029;AO=19;DP=313;FAO=19;FDP=313;FR=.;FRO=294;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=140;FSRR=154;FWDB=-0.0106093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.389;QD=0.482665;RBI=0.0209405;REFB=-0.000725007;REVB=-0.018054;RO=294;SAF=13;SAR=6;SRF=140;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217116;STB=0.693594;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00927926;OID=.;OPOS=31977552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:313:313:294:294:19:19:0.0607029:6:13:140:154:6:13:140:154 chr6 31978746 . G A 1191.67 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825716;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.426;QD=59.5835;RBI=0.0261856;REFB=0;REVB=0.0248497;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411191;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:80:0:0:75:80:1:34:41:0:0:36:44:0:0 chr6 32006317 . C T 1755.97 PASS AF=0.991597;AO=116;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0661865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1812;QD=59.0242;RBI=0.0683579;REFB=-0.098155;REVB=-0.0170923;RO=2;SAF=36;SAR=80;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025648;STB=0.506492;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000659082;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:2:1:116:118:0.991597:80:36:2:0:80:38:1:0 chr6 32006337 . C A 1331.43 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557894;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.979;QD=61.2151;RBI=0.0927779;REFB=0;REVB=0.0926101;RO=3;SAF=18;SAR=66;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791827;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:3:0:84:87:1:66:18:1:2:68:19:0:0 chr6 32006858 . C A 1130.03 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0996959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5342;QD=59.4753;RBI=0.117051;REFB=0;REVB=0.0613323;RO=1;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125187;OID=.;OPOS=32006858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:1:0:74:76:1:33:41:0:1:34:42:0:0 chr6 32024395 . C T 558.1 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.000442539;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7513;QD=17.1722;RBI=0.0118158;REFB=-0.01714;REVB=0.0118075;RO=71;SAF=21;SAR=38;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111969;STB=0.562478;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.043264;OID=.;OPOS=32024395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:71:71:59:59:0.453846:38:21:33:38:38:21:33:38 chr6 32025980 . G A 443.69 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00655492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.318;QD=17.2308;RBI=0.0179483;REFB=-0.0207716;REVB=0.0167085;RO=55;SAF=18;SAR=30;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19951;STB=0.6112;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0131406;OID=.;OPOS=32025980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:30:18:32:23:30:18:32:23 chr6 32026107 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0103438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.554;QD=11.9196;RBI=0.0170343;REFB=-0.00259959;REVB=-0.0135342;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00628595;OID=.;OPOS=32026107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:4:5:4:3:4:5 chr6 32029226 . A G 921.07 PASS AF=0.545455;AO=89;DP=165;FAO=90;FDP=165;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=50;FSRR=25;FWDB=-0.0113846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.123;QD=22.3289;RBI=0.022269;REFB=-0.00748388;REVB=-0.0191389;RO=75;SAF=34;SAR=55;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23697;STB=0.630703;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00451673;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:75:75:89:90:0.545455:55:34:50:25:56:34:50:25 chr6 32029415 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0245487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.445;QD=11.1978;RBI=0.0472559;REFB=-0.0109238;REVB=-0.0403792;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136128;OID=.;OPOS=32029415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:11:11:6:6:11:11 chr6 32029431 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.024024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.131;QD=9.44414;RBI=0.0352715;REFB=0.00138833;REVB=0.0258249;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00647338;OID=.;OPOS=32029431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:4:6:2:4:4:6 chr6 32032743 . G A 271.56 PASS AF=0.324324;AO=21;DP=114;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0182944;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.943;QD=9.7859;RBI=0.0208524;REFB=-0.0253886;REVB=-0.0100068;RO=68;SAF=2;SAR=19;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460736;STB=0.521373;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0407345;OID=.;OPOS=32032743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:111:68:75:21:36:0.324324:19:2:24:44:20:16:31:44 chr6 32049423 . C T 280.26 PASS AF=0.537037;AO=17;DP=58;FAO=29;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0341047;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.891;QD=20.76;RBI=0.0341619;REFB=-0.0314708;REVB=0.00197469;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161694;STB=0.517229;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0241992;OID=.;OPOS=32049423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:54:15:25:17:29:0.537037:9:8:10:5:15:14:13:12 chr6 32050067 . T C 545.58 PASS AF=0.390244;AO=64;DP=165;FAO=64;FDP=164;FR=.;FRO=100;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=60;FWDB=-0.0320762;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.096;QD=13.3067;RBI=0.0341101;REFB=-0.00934345;REVB=-0.0116024;RO=99;SAF=38;SAR=26;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213188;STB=0.617033;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0231452;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:99:100:64:64:0.390244:26:38:39:60:26:38:40:60 chr6 32064450 . A AC 44.51 PASS AF=0.220588;AO=14;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0769368;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=21.1718;QD=2.61849;RBI=0.082192;REFB=-0.0279702;REVB=-0.0289178;RO=53;SAF=11;SAR=3;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263875;STB=0.61505;STBP=0.348;TYPE=ins;VARB=0.139376;OID=.;OPOS=32064451;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220588:14:68:15:68:53:11:4:32:21:44:53:11:3:32:21 chr6 32097290 . C T 977.27 PASS AF=0.546512;AO=94;DP=171;FAO=94;FDP=172;FR=.;FRO=78;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0251195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.912;QD=22.7273;RBI=0.0256172;REFB=-0.00126595;REVB=-0.00502514;RO=77;SAF=45;SAR=49;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00148465;STB=0.501983;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00121928;OID=.;OPOS=32097290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:77:78:94:94:0.546512:49:45:37:40:49:45:37:41 chr6 32119898 . T C 10380.8 PASS AF=0.991058;AO=659;DP=669;FAO=665;FDP=671;FR=.;FRO=6;FSAF=285;FSAR=380;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00320644;FXX=0.00297172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.69;QD=61.8824;RBI=0.00641048;REFB=-0.0410872;REVB=-0.00555095;RO=7;SAF=282;SAR=377;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00878678;STB=0.503691;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000797167;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:669:671:7:6:659:665:0.991058:377:282:6:1:380:285:5:1 chr6 32122385 . GC G,GG 2395.84 PASS AF=1,0;AO=66,94;DP=160;FAO=156,0;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=62,0;FSAR=94,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731008,-0.0854913;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.969,177.514;QD=61.4317;RBI=0.0747404,0.0854953;REFB=0,0;REVB=0.0155692,-0.000828962;RO=0;SAF=1,61;SAR=65,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.97532e-08,-5.19147e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000614169,-0.020352;OID=.,.;OPOS=32122386,32122386;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:66,94:160:156,0:156:0:62,0:94,0:0:0:13:0:1,61:65,33:0:0 chr6 32122472 . C A 677.98 PASS AF=0.48227;AO=68;DP=141;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=55;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.00756411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.446;QD=19.2336;RBI=0.0130835;REFB=-0.012664;REVB=0.0106753;RO=73;SAF=13;SAR=55;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33229;STB=0.685831;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0137046;OID=.;OPOS=32122472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:73:73:68:68:0.48227:55:13:35:38:55:13:35:38 chr6 32134510 . G A 744.56 PASS AF=0.473054;AO=76;DP=164;FAO=79;FDP=167;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=0.1227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7552;QD=17.8336;RBI=0.146016;REFB=-0.00926279;REVB=0.0791543;RO=88;SAF=34;SAR=42;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489008;STB=0.530949;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.011212;OID=.;OPOS=32134510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:167:88:88:76:79:0.473054:42:34:35:53:43:36:35:53 chr6 32147696 . G A 1177.12 PASS AF=0.452899;AO=124;DP=278;FAO=125;FDP=276;FR=.;FRO=151;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=65;FSRR=86;FWDB=0.00995747;FXX=0.00719399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.771;QD=17.0597;RBI=0.010705;REFB=-0.0157354;REVB=0.00393004;RO=151;SAF=56;SAR=68;SRF=65;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021225;STB=0.509717;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0161479;OID=.;OPOS=32147696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:276:151:151:124:125:0.452899:68:56:65:86:69:56:65:86 chr6 32148031 . A G 433.36 PASS AF=0.461538;AO=46;DP=103;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0100503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.973;QD=16.6676;RBI=0.0168709;REFB=-0.0148064;REVB=0.0135507;RO=55;SAF=18;SAR=28;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168953;STB=0.583299;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0172077;OID=.;OPOS=32148031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:55:56:46:48:0.461538:28:18:31:24:28:20:32:24 chr6 32151690 . TGGGGGC TGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC 1139.0 PASS AF=0,0.984127,0,0;AO=19,26,33,14;DP=149;FAO=0,124,0,0;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=0,86,0,0;FSAR=0,38,0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.205052,0.176603,0.409186,0.282295;FXX=0.023254;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,2,1,1;MLLD=9.46755,16.0483,9.09882,5.08174;QD=36.1586;RBI=0.330874,0.247934,0.634343,0.733024;REFB=-0.047022,-0.00351793,-0.0701843,-0.089535;REVB=-0.259675,0.174019,-0.484725,-0.676486;RO=32;SAF=0,25,26,14;SAR=19,1,7,0;SRF=30;SRR=2;SSEN=0.305263,0.305263,0.305263,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.881004,0.133725,-0.230897,0.717163;STB=0.5,0.505746,0.5,0.5;STBP=1,0.427,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0,0.00344106,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=32151691,32151695,32151691,32151695;OREF=GG,GC,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=TGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.984127,0,0:19,26,33,14:149:0,124,0,0:126:2:0,86,0,0:0,38,0,0:2:0:4:32:0,25,26,14:19,1,7,0:30:2 chr6 32151994 . A T 1807.43 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282526;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.64;QD=61.2687;RBI=0.0379489;REFB=0;REVB=-0.025336;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38531e-07;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:61:57:0:0:61:57:0:0 chr6 32154998 . C T 663.26 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=156;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00206944;FXX=0.0192295;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3087;QD=17.3401;RBI=0.011595;REFB=-0.00277981;REVB=0.0114088;RO=75;SAF=39;SAR=32;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892258;STB=0.558969;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00367374;OID=.;OPOS=32154998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:153:75:82:71:71:0.464052:32:39:34:41:32:39:36:46 chr6 32159956 . T C 215.49 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0119093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.739;QD=13.0599;RBI=0.0124412;REFB=-0.0304866;REVB=0.00359866;RO=40;SAF=6;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215794;STB=0.624896;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0311043;OID=.;OPOS=32159956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:20:6:16:24:20:6:16:24 chr6 32163541 . A C 495.56 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0143772;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3423;QD=23.0494;RBI=0.0153662;REFB=-0.0101411;REVB=-0.00542362;RO=38;SAF=24;SAR=23;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941659;STB=0.545435;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00933719;OID=.;OPOS=32163541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:38:39:47:47:0.546512:23:24:15:23:23:24:16:23 chr6 32168771 . G T 400.35 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0015768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.032;QD=13.3451;RBI=0.0318687;REFB=-0.0212593;REVB=-0.0318297;RO=71;SAF=17;SAR=30;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144015;STB=0.59077;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0339374;OID=.;OPOS=32168771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:71:73:47:47:0.391667:30:17:35:36:30:17:37:36 chr6 32172065 . T G 3218.01 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00932771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.85;QD=61.8848;RBI=0.0189179;REFB=0;REVB=-0.0164585;RO=0;SAF=114;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79736e-05;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:94:114:0:0:94:114:0:0 chr6 32184705 . G A 1494.59 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=104;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0546033;FXX=0.0377323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1083;QD=58.6112;RBI=0.063711;REFB=-0.121397;REVB=0.0328263;RO=1;SAF=46;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102003;STB=0.505375;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000922549;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:102:1:1:99:101:0.990196:53:46:1:0:55:46:1:0 chr6 32188383 . T C 206.4 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00108268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.661;QD=8.97405;RBI=0.00442713;REFB=-0.000389296;REVB=-0.0042927;RO=65;SAF=22;SAR=5;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333231;STB=0.701028;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0012474;OID=.;OPOS=32188383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:65:65:27:27:0.293478:5:22:38:27:5:22:38:27 chr6 32190390 . T G 825.51 PASS AF=0.47486;AO=86;DP=179;FAO=85;FDP=179;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=62;FWDB=-0.0572417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4787;QD=18.4473;RBI=0.0643583;REFB=-0.0123386;REVB=-0.0294174;RO=92;SAF=33;SAR=53;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359073;STB=0.526737;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0117098;OID=.;OPOS=32190390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:92:94:86:85:0.47486:53:33:32:60:52:33:32:62 chr6 32190406 . A G 736.78 PASS AF=0.441341;AO=79;DP=179;FAO=79;FDP=179;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=66;FWDB=-0.00383506;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.855;QD=16.4643;RBI=0.0111694;REFB=-0.0240781;REVB=0.0104903;RO=99;SAF=30;SAR=49;SRF=34;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038977;STB=0.523832;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0330425;OID=.;OPOS=32190406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:99:100:79:79:0.441341:49:30:34:65:49:30:34:66 chr6 32191620 . C T 2056.62 PASS AF=0.918239;AO=145;DP=159;FAO=146;FDP=159;FR=.;FRO=13;FSAF=86;FSAR=60;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.030447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8668;QD=51.739;RBI=0.0346611;REFB=-0.187047;REVB=0.0165641;RO=1;SAF=85;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785993;STB=0.504264;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0062633;OID=.;OPOS=32191620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:159:159:1:13:145:146:0.918239:60:85:0:1:60:86:7:6 chr6 32191658 . T TAGC 390.64 PASS AF=0.427184;AO=33;DP=181;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=5;FWDB=-0.0201647;FXX=0.264267;HRUN=1;LEN=3;MLLD=139.928;QD=15.1705;RBI=0.067013;REFB=-0.0562095;REVB=0.0639072;RO=121;SAF=14;SAR=19;SRF=81;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305937;STB=0.778852;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0700323;OID=.;OPOS=32191659;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.427184:33:181:44:103:59:17:27:54:5:99:121:14:19:81:40 chr6 32223531 . A C 480.73 PASS AF=0.375;AO=39;DP=129;FAO=48;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0269642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.772;QD=15.0228;RBI=0.0270864;REFB=-0.0348817;REVB=-0.00256984;RO=74;SAF=17;SAR=22;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579165;STB=0.5167;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0724925;OID=.;OPOS=32223531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:74:73:39:48:0.375:22:17:36:38:23:25:36:37 chr6 32261770 . GA GG,GT 1827.0 PASS AF=0.814516,0.185484;AO=82,23;DP=127;FAO=101,23;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55,7;FSAR=46,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198804,0.0192831;FXX=0.00799936;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=239.556,215.583;QD=58.9355;RBI=0.0492103,0.0469866;REFB=0,0;REVB=0.0450158,0.0428474;RO=0;SAF=44,7;SAR=38,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.11453e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000214244,0.00510357;OID=.,.;OPOS=32261771,32261771;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.814516,0.185484:82,23:127:101,23:124:0:55,7:46,16:0:0:99:0:44,7:38,16:0:0 chr6 32261772 . T G 71.89 PASS AF=0.142857;AO=19;DP=132;FAO=19;FDP=133;FR=.;FRO=114;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=-0.0265644;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=80.1722;QD=2.16209;RBI=0.0316833;REFB=-0.00485434;REVB=-0.0172674;RO=113;SAF=11;SAR=8;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159846;STB=0.611474;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.194626;OID=.;OPOS=32261772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:132:133:113:114:19:19:0.142857:8:11:51:62:8:11:51:63 chr6 32268501 . A T 1677.26 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.314;QD=60.4417;RBI=0.029222;REFB=0;REVB=0.0155617;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60456e-05;OID=.;OPOS=32268501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:53:58:0:0:53:58:0:0 chr6 32290927 . G T 2999.27 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2527;QD=63.4766;RBI=0.0102058;REFB=0;REVB=-0.00740353;RO=0;SAF=79;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36225e-05;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:110:79:0:0:110:79:0:0 chr6 32291270 . CAG C 1378.34 PASS AF=0.988764;AO=85;DP=95;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00228716;FXX=0.0729091;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.339;QD=61.948;RBI=0.0434009;REFB=0.0679545;REVB=0.0433406;RO=1;SAF=33;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141381;STB=0.507245;STBP=0.265;TYPE=del;VARB=-0.00108999;OID=.;OPOS=32291271;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988764:85:95:88:89:1:34:54:1:0:4:1:33:52:1:0 chr6 32291359 . T G 2062.95 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2103;QD=62.5136;RBI=0.00230365;REFB=0;REVB=-0.00113858;RO=1;SAF=53;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605486;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38484e-05;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:1:0:131:132:1:78:53:0:1:79:53:0:0 chr6 32298372 . A G 1860.97 PASS AF=0.99187;AO=118;DP=119;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0759295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.414;QD=60.5195;RBI=0.0779158;REFB=-0.0801137;REVB=0.0174808;RO=1;SAF=55;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855746;STB=0.504424;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=7.94122e-05;OID=.;OPOS=32298372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:123:1:1:118:122:0.99187:63:55:1:0:66:56:1:0 chr6 32301804 . G C 1790.73 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00359349;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.456;QD=60.1927;RBI=0.0165481;REFB=-0.0491474;REVB=-0.0161532;RO=1;SAF=61;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772287;STB=0.504064;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-6.93524e-05;OID=.;OPOS=32301804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:119:1:1:118:118:0.991597:57:61:1:0:57:61:1:0 chr6 32303219 . GT GG,G 113.46 PASS AF=0.1,0.12381;AO=19,47;DP=207;FAO=21,26;FDP=210;FR=.;FRO=163;FSAF=0,8;FSAR=21,18;FSRF=89;FSRR=74;FWDB=0.0198587,-0.0593372;FXX=0.00943352;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=27.0397,7.51597;QD=2.16117;RBI=0.104225,0.0644894;REFB=-0.0821059,-0.170121;REVB=0.102316,0.0252581;RO=127;SAF=0,21;SAR=19,26;SRF=71;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0.347107;SSSB=-0.712763,-0.137556;STB=0.999509,0.70331;STBP=0,0.031;TYPE=snp,del;VARB=0.0778077,0.191655;OID=.,.;OPOS=32303220,32303220;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.1,0.12381:19,47:207:21,26:210:163:0,8:21,18:89:74:34:127:0,21:19,26:71:56 chr6 32303672 . T A 316.53 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0183562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.867;QD=12.4128;RBI=0.0187756;REFB=-0.00654371;REVB=0.00394655;RO=64;SAF=16;SAR=22;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358453;STB=0.520494;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0116075;OID=.;OPOS=32303672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:64:38:38:0.372549:22:16:29:35:22:16:29:35 chr6 32307260 . T G 1453.35 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.723;QD=63.1892;RBI=0.0432844;REFB=0;REVB=0.0402744;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17839e-05;OID=.;OPOS=32307260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:40:52:0:0:40:52:0:0 chr6 32307382 . G A 1046.22 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0623813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9978;QD=58.1235;RBI=0.0667119;REFB=-0.0712514;REVB=0.0236443;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171851;STB=0.509088;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000865439;OID=.;OPOS=32307382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:72:1:1:69:71:0.986111:42:27:1:0:44:27:1:0 chr6 32310986 . C G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.889;QD=57.1771;RBI=0.0649539;REFB=0;REVB=-0.0549532;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49738e-05;OID=.;OPOS=32310986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr6 32317922 . TTTTC T 1049.22 PASS AF=0.857143;AO=92;DP=102;FAO=102;FDP=119;FR=.;FRO=17;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0372027;FXX=0.0403193;HRUN=4;LEN=4;MLLD=261.137;QD=35.2679;RBI=0.0450611;REFB=-0.0385387;REVB=0.0254255;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.316456;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.526658;STBP=0.149;TYPE=del;VARB=0.00446761;OID=.;OPOS=32317923;OREF=TTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:92:102:102:119:17:55:47:6:11:40:0:47:45:0:0 chr6 32333093 . A G 1971.19 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=131;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301719;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.346;QD=61.1222;RBI=0.0329512;REFB=-0.0403044;REVB=0.0132452;RO=1;SAF=63;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748315;STB=0.503875;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000208908;OID=.;OPOS=32333093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:131:129:1:1:127:128:0.992248:64:63:1:0:64:64:1:0 chr6 32333098 . C T 2081.62 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.914;QD=62.6052;RBI=0.013342;REFB=0;REVB=0.00891265;RO=0;SAF=65;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17893e-05;OID=.;OPOS=32333098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:68:65:0:0:68:65:0:0 chr6 32333955 . T C 1052.0 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171881;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0782;QD=58.4446;RBI=0.13486;REFB=-0.134292;REVB=0.13376;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013701;STB=0.506847;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00293893;OID=.;OPOS=32333955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:72:1:1:69:71:0.986111:34:35:0:1:36:35:0:1 chr6 32334224 . C G 678.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.142;QD=61.6478;RBI=0.0164554;REFB=0;REVB=0.0146669;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168709;OID=.;OPOS=32334224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr6 32336586 . A G 3708.44 PASS AF=1;AO=234;DP=235;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155626;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.447;QD=63.3922;RBI=0.0158918;REFB=0;REVB=0.00321793;RO=0;SAF=117;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0346e-05;OID=.;OPOS=32336586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:234:0:0:234:234:1:117:117:0:0:117:117:0:0 chr6 32337686 . A G 1756.62 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338718;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.537;QD=61.0997;RBI=0.0436012;REFB=0;REVB=0.0274548;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028232;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:56:58:0:0:57:58:0:0 chr6 32363816 . T C 284.85 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=0.0124449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5461;QD=12.9479;RBI=0.0129514;REFB=0.041915;REVB=-0.00358645;RO=55;SAF=15;SAR=18;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274559;STB=0.655783;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0493274;OID=.;OPOS=32363816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:18:15:39:16:18:15:39:16 chr6 32363844 . C T 344.34 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.0103266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5116;QD=13.1178;RBI=0.018714;REFB=0.0148145;REVB=0.0156069;RO=63;SAF=21;SAR=20;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149204;STB=0.588194;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0239487;OID=.;OPOS=32363844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:64:41:41:0.390476:20:21:41:22:20:21:42:22 chr6 32363955 . T C 762.76 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=170;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0105686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.809;QD=17.9472;RBI=0.0246603;REFB=0.00129538;REVB=-0.0222808;RO=90;SAF=45;SAR=35;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405178;STB=0.502242;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00180233;OID=.;OPOS=32363955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:90:90:80:80:0.470588:35:45:51:39:35:45:51:39 chr6 32370835 . T C 977.9 PASS AF=0.487923;AO=101;DP=207;FAO=101;FDP=207;FR=.;FRO=106;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.0261278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.645;QD=18.8966;RBI=0.0273829;REFB=-0.00711668;REVB=-0.00819534;RO=106;SAF=49;SAR=52;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565591;STB=0.531121;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0084743;OID=.;OPOS=32370835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:106:106:101:101:0.487923:52:49:45:61:52:49:45:61 chr6 32410987 . A G 2059.0 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.036;QD=61.0073;RBI=0.0553341;REFB=-0.156677;REVB=0.0521008;RO=2;SAF=71;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131997;STB=0.503448;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00099834;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:135:135:2:1:133:134:0.992593:62:71:2:0:62:72:1:0 chr6 32411035 . A C 2584.69 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.323;QD=61.9088;RBI=0.0167215;REFB=0;REVB=-0.00793073;RO=0;SAF=91;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50032e-05;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:76:91:0:0:76:91:0:0 chr6 32411646 . T G 3572.2 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1249;QD=62.9462;RBI=0.0341387;REFB=0;REVB=-0.0178324;RO=0;SAF=100;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.15822e-05;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:227:0:0:227:227:1:127:100:0:0:127:100:0:0 chr6 32412480 . G A 2333.85 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.086;QD=60.2285;RBI=0.0362513;REFB=-0.0712386;REVB=-0.030321;RO=1;SAF=76;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606006;STB=0.503184;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=9.18627e-05;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:154:154:0.993548:78:76:0:1:78:76:0:1 chr6 32487170 . G A 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0450266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.679;QD=19.9275;RBI=0.0543882;REFB=0.00355616;REVB=-0.0305072;RO=8;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204835;STB=0.648383;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00568589;OID=.;OPOS=32487170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:3:9:4:4:3:9:4:5 chr6 32487172 . C T 66.79 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0030003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.022;QD=12.7212;RBI=0.0251453;REFB=-0.0166913;REVB=-0.0249657;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289502;STB=0.669755;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0222814;OID=.;OPOS=32487172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:9:3:5:4:9:3 chr6 32487175 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0119994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.159;QD=14.9786;RBI=0.0572087;REFB=0.0101255;REVB=0.0559361;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151801;STB=0.589287;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00349976;OID=.;OPOS=32487175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:6:5:3:7:6:5 chr6 32487205 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0283915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7875;QD=15.8815;RBI=0.0358572;REFB=-0.0143259;REVB=-0.0219011;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0118125;OID=.;OPOS=32487205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:6:4:3:7:6:4 chr6 32487214 . T C 208.21 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0171032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6446;QD=41.6419;RBI=0.0469867;REFB=0.0205032;REVB=-0.0437634;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541621;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0153589;OID=.;OPOS=32487214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:0:2:18:18:0.9:7:11:0:0:7:11:2:0 chr6 32487229 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0456934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.723;QD=11.257;RBI=0.0457886;REFB=-0.00457792;REVB=-0.00295208;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252187;STB=0.649658;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00429221;OID=.;OPOS=32487229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:9:3:4:4:9:3 chr6 32487268 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0613;QD=51.916;RBI=0.0307724;REFB=0;REVB=0.02266;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24736e-05;OID=.;OPOS=32487268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr6 32487277 . T C 55.24 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0215469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.168;QD=10.0438;RBI=0.0216306;REFB=-0.00303531;REVB=-0.00190104;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226511;STB=0.636048;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0129137;OID=.;OPOS=32487277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:10:4:4:4:10:4 chr6 32487309 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2363;QD=39.2061;RBI=0.056011;REFB=0;REVB=0.021548;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000848251;OID=.;OPOS=32487309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr6 32489749 . G C 1455.6 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315409;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.168;QD=58.8121;RBI=0.0394846;REFB=-0.00494366;REVB=0.0237531;RO=1;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109026;STB=0.505746;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000174001;OID=.;OPOS=32489749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:1:1:98:98:0.989899:43:55:0:1:43:55:0:1 chr6 32489791 . AG CT 1016.79 PASS AF=1;AO=64;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238607;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.987;QD=58.9446;RBI=0.0295451;REFB=0;REVB=0.0174236;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000287278;OID=.;OPOS=32489791;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:69:0:0:64:69:1:32:32:0:0:33:36:0:0 chr6 32489794 . G A 1027.66 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027019;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.094;QD=59.5744;RBI=0.0277818;REFB=0;REVB=0.0064654;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94552e-05;OID=.;OPOS=32489794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr6 32489825 . T A 499.67 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.994;QD=58.7843;RBI=0.0845845;REFB=0;REVB=0.000921676;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319305;OID=.;OPOS=32489825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:30:34:1:19:11:0:0:20:14:0:0 chr6 32489853 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.074;QD=45.8063;RBI=0.0273786;REFB=0;REVB=-0.0262581;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000615333;OID=.;OPOS=32489853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr6 32489856 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0249;QD=40.7625;RBI=0.0237821;REFB=0;REVB=0.0235198;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131128;OID=.;OPOS=32489856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 32497901 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00789969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.036;QD=15.5714;RBI=0.0187924;REFB=0.00204902;REVB=-0.0170513;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347389;STB=0.705461;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00276165;OID=.;OPOS=32497901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:9:2:6:6:9:2:6:6 chr6 32497904 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00812012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.995;QD=7.83708;RBI=0.0269466;REFB=-0.012008;REVB=-0.025694;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135555;STB=0.584187;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0120839;OID=.;OPOS=32497904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:5:11:4:3:5:11 chr6 32497905 . G A 92.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00911904;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.737;QD=16.7906;RBI=0.0316778;REFB=-0.00134885;REVB=0.0303369;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5401;STB=0.822802;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00386957;OID=.;OPOS=32497905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:11:11:11:11:0.5:10:1:6:5:10:1:6:5 chr6 32497914 . C T 93.28 PASS AF=0.52381;AO=9;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0324998;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.411;QD=17.7676;RBI=0.0418006;REFB=-0.0180934;REVB=0.0262879;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249071;STB=0.799313;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0126848;OID=.;OPOS=32497914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:7:10:9:11:0.52381:8:1:2:5:10:1:5:5 chr6 32497943 . A G 173.15 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0326437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.983;QD=36.4518;RBI=0.0369862;REFB=-0.0613687;REVB=0.0173886;RO=3;SAF=2;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382088;STB=0.713962;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00239956;OID=.;OPOS=32497943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:14:2:3:0:14:2:3:0 chr6 32497961 . TT GC 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079134;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=295.847;QD=47.8224;RBI=0.0239719;REFB=0;REVB=0.022628;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.32575e-05;OID=.;OPOS=32497961;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr6 32517807 . T C 392.21 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0166838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4866;QD=44.824;RBI=0.0301465;REFB=-0.00129125;REVB=-0.025109;RO=5;SAF=15;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264757;STB=0.514276;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=5.61122e-05;OID=.;OPOS=32517807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:30:30:0.857143:15:15:2:3:15:15:2:3 chr6 32546684 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.241;QD=23.2186;RBI=0.0440477;REFB=-0.0795814;REVB=-0.0308242;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00424135;OID=.;OPOS=32546684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr6 32546697 . GG AA 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00405765;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=169.657;QD=30.5927;RBI=0.00913292;REFB=0.0100096;REVB=-0.00818203;RO=2;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177568;STB=0.599799;STBP=0.215;TYPE=mnp;VARB=-0.00288229;OID=.;OPOS=32546697;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:6:4:2:0:6:4:2:0 chr6 32546743 . C T 198.43 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.909;QD=44.0956;RBI=0.028637;REFB=-0.135531;REVB=-0.0228203;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00315028;OID=.;OPOS=32546743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:7:10:0:0:7:10:0:1 chr6 32546795 . T A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9055;QD=47.8198;RBI=0.0292994;REFB=0;REVB=-0.00137515;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011897;OID=.;OPOS=32546795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr6 32546798 . CAA CA,CAG 187.36 PASS AF=0.125,0.875;AO=2,13;DP=16;FAO=2,14;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787779,0.0393542;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=32.6239,58.8955;QD=46.8397;RBI=0.108296,0.0474474;REFB=0,0;REVB=-0.0743106,-0.0265048;RO=0;SAF=1,10;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00728908,-0.00681793;OID=.,.;OPOS=32546799,32546800;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CA,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:2,13:16:2,14:16:0:1,10:1,4:0:0:10:0:1,10:1,3:0:0 chr6 32546828 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.372;QD=46.8476;RBI=0.0384373;REFB=0;REVB=0.0292076;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413492;OID=.;OPOS=32546828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 32546846 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0773558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1699;QD=42.1812;RBI=0.0784248;REFB=0;REVB=0.0129042;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00339205;OID=.;OPOS=32546846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 32547982 . G A 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00833196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.186;QD=7.89738;RBI=0.0499537;REFB=-0.0119495;REVB=-0.0492539;RO=29;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485073;STB=0.515667;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0324116;OID=.;OPOS=32547982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:29:30:11:11:0.268293:5:6:17:12:5:6:17:13 chr6 32547988 . T C 370.31 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00799983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.565;QD=36.1274;RBI=0.0124067;REFB=-0.00116764;REVB=-0.00948302;RO=11;SAF=17;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106283;STB=0.505781;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00033267;OID=.;OPOS=32547988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:11:11:30:30:0.731707:13:17:6:5:13:17:6:5 chr6 32547990 . TG AA,TA 607.1 PASS AF=0.268293,0.731707;AO=11,30;DP=41;FAO=11,30;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=6,17;FSAR=5,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150946,-0.0233004;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=138.861,88.6791;QD=59.2288;RBI=0.0277031,0.0318196;REFB=0,0;REVB=0.0232296,0.0216698;RO=0;SAF=6,17;SAR=5,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.63861e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00149602,0.00245499;OID=.,.;OPOS=32547990,32547991;OREF=TG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:80:41:41:0:0:11,30:11,30:0.268293,0.731707:5,13:6,17:0:0:5,13:6,17:0:0 chr6 32547997 . T G 81.54 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0179509;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.234;QD=7.76569;RBI=0.0181588;REFB=-0.00897968;REVB=0.00274003;RO=31;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00350616;STB=0.502179;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0219653;OID=.;OPOS=32547997;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:43:42:31:31:11:11:0.261905:5:6:17:14:5:6:17:14 chr6 32548026 . G C 355.56 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0154521;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.571;QD=34.6886;RBI=0.0181339;REFB=-0.0239821;REVB=0.00949059;RO=12;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279444;STB=0.515244;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0035267;OID=.;OPOS=32548026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:13:16:6:6:13:16:6:6 chr6 32548066 . G T 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0162328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.309;QD=28.2831;RBI=0.0178619;REFB=0.0140708;REVB=-0.0074529;RO=12;SAF=15;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12651;STB=0.570109;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0136546;OID=.;OPOS=32548066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:7:15:6:6:7:15:6:6 chr6 32548520 . C T 136.7 PASS AF=0.170068;AO=24;DP=146;FAO=25;FDP=147;FR=.;FRO=122;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=71;FSRR=51;FWDB=0.0110663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.05;QD=3.71974;RBI=0.0174382;REFB=-0.00178994;REVB=-0.0134769;RO=122;SAF=9;SAR=15;SRF=71;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259747;STB=0.647885;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0104613;OID=.;OPOS=32548520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:122:122:24:25:0.170068:15:9:71:51:15:10:71:51 chr6 32548534 . C T 120.53 PASS AF=0.150602;AO=25;DP=166;FAO=25;FDP=166;FR=.;FRO=141;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=76;FSRR=65;FWDB=-0.0391973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1232;QD=2.90428;RBI=0.0921745;REFB=-0.00611124;REVB=0.0834249;RO=141;SAF=13;SAR=12;SRF=76;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242798;STB=0.516178;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0192172;OID=.;OPOS=32548534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:141:141:25:25:0.150602:12:13:76:65:12:13:76:65 chr6 32548544 . TG GA 60.34 PASS AF=0.0982659;AO=17;DP=173;FAO=17;FDP=173;FR=.;FRO=156;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=84;FSRR=72;FWDB=-0.0196409;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.629;QD=1.39508;RBI=0.0260383;REFB=-0.00462512;REVB=-0.0170948;RO=153;SAF=7;SAR=10;SRF=83;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155691;STB=0.613076;STBP=0.33;TYPE=mnp;VARB=0.0344818;OID=.;OPOS=32548544;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:173:173:153:156:17:17:0.0982659:10:7:83:70:10:7:84:72 chr6 32548550 . G A 161.61 PASS AF=0.175439;AO=30;DP=171;FAO=30;FDP=171;FR=.;FRO=141;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=71;FSRR=70;FWDB=0.0170384;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.304;QD=3.78038;RBI=0.0245799;REFB=-0.0227789;REVB=0.0177163;RO=140;SAF=16;SAR=14;SRF=70;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427582;STB=0.524574;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0608804;OID=.;OPOS=32548550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:140:141:30:30:0.175439:14:16:70:70:14:16:71:70 chr6 32548554 . G C 164.83 PASS AF=0.184049;AO=30;DP=170;FAO=30;FDP=163;FR=.;FRO=133;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=68;FSRR=65;FWDB=0.00632136;FXX=0.0411741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2483;QD=4.04485;RBI=0.0173006;REFB=0.000430943;REVB=-0.0161043;RO=131;SAF=14;SAR=16;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475744;STB=0.536362;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00197831;OID=.;OPOS=32548554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:163:131:133:30:30:0.184049:16:14:66:65:16:14:68:65 chr6 32548556 . C T 229.62 PASS AF=0.224242;AO=36;DP=166;FAO=37;FDP=165;FR=.,HEALED;FRO=128;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=65;FSRR=63;FWDB=-0.0231298;FXX=0.0119753;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.224;QD=5.56647;RBI=0.0245378;REFB=-0.00898314;REVB=-0.00819242;RO=104;SAF=17;SAR=19;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252754;STB=0.516532;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0391427;OID=.;OPOS=32548556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:104:128:36:37:0.224242:19:17:47:57:19:18:65:63 chr6 32548581 . A G 233.65 PASS AF=0.22093;AO=38;DP=171;FAO=38;FDP=172;FR=.;FRO=134;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=64;FSRR=70;FWDB=-0.0115673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.199;QD=5.43377;RBI=0.040522;REFB=-0.0140628;REVB=-0.0388359;RO=133;SAF=20;SAR=18;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571964;STB=0.537877;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0481365;OID=.;OPOS=32548581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:133:134:38:38:0.22093:18:20:64:69:18:20:64:70 chr6 32548628 . G A 79.42 PASS AF=0.11875;AO=19;DP=160;FAO=19;FDP=160;FR=.;FRO=141;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=65;FSRR=76;FWDB=-0.0582336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.732;QD=1.98557;RBI=0.0590905;REFB=-0.004706;REVB=-0.0100262;RO=140;SAF=9;SAR=10;SRF=65;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116742;STB=0.511217;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0525119;OID=.;OPOS=32548628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:160:160:140:141:19:19:0.11875:10:9:65:75:10:9:65:76 chr6 32548632 . T A 203.44 PASS AF=0.214286;AO=33;DP=154;FAO=33;FDP=154;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=-0.0244722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.124;QD=5.28409;RBI=0.0282115;REFB=-0.00541277;REVB=0.0140357;RO=119;SAF=11;SAR=22;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210874;STB=0.63103;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0254502;OID=.;OPOS=32548632;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:119:121:33:33:0.214286:22:11:59:60:22:11:60:61 chr6 32549396 . C G 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00609694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.574;QD=4.30362;RBI=0.0150982;REFB=-0.0034392;REVB=0.0138124;RO=26;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516049;STB=0.848886;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.010854;OID=.;OPOS=32549396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:5:1:16:10:5:1:16:10 chr6 32549401 . TC CC,CT 283.74 PASS AF=0.774194,0;AO=24,7;DP=31;FAO=24,0;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=16,0;FSAR=8,0;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0106487,-0.0426547;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=68.7914,172.192;QD=36.6111;RBI=0.0450796,0.0471248;REFB=0.00149869,-0.0374697;REVB=-0.0438039,-0.020033;RO=0;SAF=16,1;SAR=8,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.622118,0.5;STBP=0.019,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00199942,0;OID=.,.;OPOS=32549401,32549401;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:0:7:24,7:24,0:0.774194,0:8,6:16,1:0:0:8,0:16,0:1:6 chr6 32549424 . C T 109.71 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00945409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.914;QD=6.09523;RBI=0.0330884;REFB=-0.000574398;REVB=-0.031709;RO=55;SAF=7;SAR=10;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120414;STB=0.574624;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00202121;OID=.;OPOS=32549424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:55:55:17:17:0.236111:10:7:28:27:10:7:28:27 chr6 32549428 . G T 104.2 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00836471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.652;QD=5.08308;RBI=0.0252338;REFB=-0.00505571;REVB=-0.0238071;RO=65;SAF=7;SAR=10;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824768;STB=0.552264;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0213918;OID=.;OPOS=32549428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:65:65:17:17:0.207317:10:7:31:34:10:7:31:34 chr6 32549452 . C G 180.36 PASS AF=0.192771;AO=32;DP=166;FAO=32;FDP=166;FR=.;FRO=134;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=57;FSRR=77;FWDB=-0.0114056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.973;QD=4.34593;RBI=0.0536843;REFB=-0.00129156;REVB=0.0524587;RO=134;SAF=14;SAR=18;SRF=57;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158169;STB=0.509963;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00449765;OID=.;OPOS=32549452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:134:134:32:32:0.192771:18:14:57:77:18:14:57:77 chr6 32549464 . T C 98.7 PASS AF=0.118812;AO=24;DP=202;FAO=24;FDP=202;FR=.;FRO=178;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=82;FSRR=96;FWDB=0.00386513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.313;QD=1.95439;RBI=0.0342734;REFB=-0.00143552;REVB=-0.0340547;RO=178;SAF=11;SAR=13;SRF=82;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293106;STB=0.502075;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0143303;OID=.;OPOS=32549464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:202:202:178:178:24:24:0.118812:13:11:82:96:13:11:82:96 chr6 32549475 . T C 3522.11 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00480309;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.288;QD=62.3383;RBI=0.0469357;REFB=-0.0305994;REVB=0.0466892;RO=0;SAF=101;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29553e-05;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:221:226:0:0:220:226:1:119:101:0:0:122:104:0:0 chr6 32549481 . C T 235.38 PASS AF=0.174603;AO=44;DP=251;FAO=44;FDP=252;FR=.;FRO=208;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=86;FSRR=122;FWDB=-0.0306032;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.366;QD=3.7362;RBI=0.0334044;REFB=-0.0062669;REVB=-0.0133904;RO=207;SAF=22;SAR=22;SRF=85;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115897;STB=0.571397;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0328405;OID=.;OPOS=32549481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:207:208:44:44:0.174603:22:22:85:122:22:22:86:122 chr6 32549497 . G A 931.92 PASS AF=0.347561;AO=114;DP=328;FAO=114;FDP=328;FR=.;FRO=214;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=90;FSRR=124;FWDB=0.00842719;FXX=0.00303942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.62;QD=11.3649;RBI=0.0236363;REFB=-0.0165317;REVB=-0.022083;RO=209;SAF=48;SAR=66;SRF=88;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36919e-08;STB=0.500329;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0266692;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:328:209:214:114:114:0.347561:66:48:88:121:66:48:90:124 chr6 32549501 . A C,T 5060.88 PASS AF=0.797619,0.202381;AO=257,68;DP=326;FAO=268,68;FDP=336;FR=.;FRO=0;FSAF=118,26;FSAR=150,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540127,-0.0227071;FXX=0.00591698;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.496,127.274;QD=60.2485;RBI=0.024346,0.0276995;REFB=0,0;REVB=0.0237393,0.0158634;RO=0;SAF=118,26;SAR=139,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.17428e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00913212,-0.0131377;OID=.,.;OPOS=32549501,32549501;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:326:336:0:0:257,68:268,68:0.797619,0.202381:139,42:118,26:0:0:150,42:118,26:0:0 chr6 32549525 . C G 294.25 PASS AF=0.14442;AO=65;DP=448;FAO=66;FDP=457;FR=.;FRO=391;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=151;FSRR=240;FWDB=-0.0397289;FXX=0.00218336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5681;QD=2.57548;RBI=0.0489978;REFB=-0.00426585;REVB=-0.0286775;RO=381;SAF=32;SAR=33;SRF=151;SRR=230;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125053;STB=0.597346;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0249472;OID=.;OPOS=32549525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:457:381:391:65:66:0.14442:33:32:151:230:33:33:151:240 chr6 32549531 . T C 289.79 PASS AF=0.139004;AO=67;DP=483;FAO=67;FDP=482;FR=.;FRO=415;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=158;FSRR=257;FWDB=-0.00596855;FXX=0.00207035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.007;QD=2.40491;RBI=0.0224461;REFB=-0.000427928;REVB=-0.021638;RO=415;SAF=34;SAR=33;SRF=158;SRR=257;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164304;STB=0.608761;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00217723;OID=.;OPOS=32549531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:483:482:415:415:67:67:0.139004:33:34:158:257:33:34:158:257 chr6 32549540 . C T 378.3 PASS AF=0.157171;AO=78;DP=507;FAO=80;FDP=509;FR=.;FRO=429;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=178;FSRR=251;FWDB=-0.0037092;FXX=0.00196075;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.353;QD=2.97292;RBI=0.00958579;REFB=-0.00429763;REVB=0.00883907;RO=424;SAF=27;SAR=51;SRF=174;SRR=250;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882185;STB=0.569636;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0226533;OID=.;OPOS=32549540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:507:509:424:429:78:80:0.157171:51:27:174:250:53:27:178:251 chr6 32549548 . G A 455.63 PASS AF=0.173152;AO=89;DP=515;FAO=89;FDP=514;FR=.;FRO=425;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=164;FSRR=261;FWDB=-0.0415532;FXX=0.00194171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.594;QD=3.54573;RBI=0.0426157;REFB=-0.00643401;REVB=0.00945666;RO=423;SAF=41;SAR=48;SRF=162;SRR=261;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103294;STB=0.562828;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0289029;OID=.;OPOS=32549548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:515:514:423:425:89:89:0.173152:48:41:162:261:48:41:164:261 chr6 32549581 . G A 157.65 PASS AF=0.0971429;AO=51;DP=525;FAO=51;FDP=525;FR=.;FRO=474;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=183;FSRR=291;FWDB=-0.0012832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.02;QD=1.20118;RBI=0.028221;REFB=-0.0048251;REVB=-0.0281918;RO=473;SAF=23;SAR=28;SRF=182;SRR=291;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830579;STB=0.55984;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0461145;OID=.;OPOS=32549581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:525:525:473:474:51:51:0.0971429:28:23:182:291:28:23:183:291 chr6 32549582 . GTC TCT 374.11 PASS AF=0.156371;AO=80;DP=520;FAO=81;FDP=518;FR=.;FRO=437;FSAF=24;FSAR=57;FSRF=178;FSRR=259;FWDB=-0.0167746;FXX=0.00384608;HRUN=3;LEN=3;MLLD=53.2189;QD=2.88891;RBI=0.0353246;REFB=-0.00481461;REVB=-0.0310876;RO=420;SAF=24;SAR=56;SRF=169;SRR=251;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144796;STB=0.602864;STBP=0.046;TYPE=mnp;VARB=0.0526815;OID=.;OPOS=32549582;OREF=GTC;OALT=TCT;OMAPALT=TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:520:518:420:437:80:81:0.156371:56:24:169:251:57:24:178:259 chr6 32549587 . T G 161.62 PASS AF=0.0992218;AO=52;DP=514;FAO=51;FDP=514;FR=.;FRO=463;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=169;FSRR=294;FWDB=-0.0145486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.2551;QD=1.25771;RBI=0.0234531;REFB=-0.000768058;REVB=-0.0183953;RO=456;SAF=25;SAR=27;SRF=167;SRR=289;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144496;STB=0.59648;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0144766;OID=.;OPOS=32549587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:514:514:456:463:52:51:0.0992218:27:25:167:289:27:24:169:294 chr6 32549588 . G A 300.8 PASS AF=0.138402;AO=68;DP=510;FAO=71;FDP=513;FR=.;FRO=442;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=163;FSRR=279;FWDB=-0.00436144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.105;QD=2.34538;RBI=0.00504721;REFB=-0.00374627;REVB=0.00254011;RO=434;SAF=29;SAR=39;SRF=160;SRR=274;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077475;STB=0.535822;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0206601;OID=.;OPOS=32549588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:510:513:434:442:68:71:0.138402:39:29:160:274:42:29:163:279 chr6 32549589 . A C 1047.01 PASS AF=0.286561;AO=144;DP=503;FAO=145;FDP=506;FR=.;FRO=361;FSAF=54;FSAR=91;FSRF=137;FSRR=224;FWDB=-0.0152056;FXX=0.00393693;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.072;QD=8.27675;RBI=0.0168768;REFB=-0.00930131;REVB=-0.00732225;RO=357;SAF=54;SAR=90;SRF=136;SRR=221;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00775472;STB=0.505393;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0308195;OID=.;OPOS=32549589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:503:506:357:361:144:145:0.286561:90:54:136:221:91:54:137:224 chr6 32549596 . T C 7611.51 PASS AF=0.98778;AO=484;DP=492;FAO=485;FDP=491;FR=.;FRO=6;FSAF=180;FSAR=305;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0148849;FXX=0.00203248;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3959;QD=62.0082;RBI=0.023486;REFB=-0.0658405;REVB=0.0181668;RO=2;SAF=179;SAR=305;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00109692;STB=0.50386;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00119475;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:492:491:2:6:484:485:0.98778:305:179:1:1:305:180:4:2 chr6 32549607 . T G 572.49 PASS AF=0.21709;AO=94;DP=482;FAO=94;FDP=433;FR=.;FRO=339;FSAF=32;FSAR=62;FSRF=124;FSRR=215;FWDB=-0.0182038;FXX=0.101658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.888;QD=5.2886;RBI=0.0202596;REFB=-0.00597617;REVB=-0.00889227;RO=337;SAF=32;SAR=62;SRF=124;SRR=213;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386939;STB=0.521791;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0247405;OID=.;OPOS=32549607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:482:433:337:339:94:94:0.21709:62:32:124:213:62:32:124:215 chr6 32549611 . T A 3433.67 PASS AF=0.634043;AO=298;DP=471;FAO=298;FDP=470;FR=.;FRO=172;FSAF=115;FSAR=183;FSRF=56;FSRR=116;FWDB=-0.00167064;FXX=0.00634236;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.603;QD=29.2227;RBI=0.00331072;REFB=-0.00722626;REVB=-0.0028583;RO=172;SAF=115;SAR=183;SRF=56;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438549;STB=0.523538;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00492282;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:471:470:172:172:298:298:0.634043:183:115:56:116:183:115:56:116 chr6 32551928 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0385287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1495;QD=26.0262;RBI=0.0593377;REFB=0.0317383;REVB=0.0451276;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0066688;OID=.;OPOS=32551928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr6 32551948 . G T 57.07 PASS AF=0.875;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.001;QD=28.5373;RBI=0.0652336;REFB=-0.0332671;REVB=0.0599075;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0172755;OID=.;OPOS=32551948;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:8:1:1:6:7:0.875:3:3:1:0:3:4:1:0 chr6 32551957 . GC CT 54.44 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00608331;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.633;QD=36.2905;RBI=0.00625405;REFB=0;REVB=-0.00145141;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000238236;OID=.;OPOS=32551957;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 32551970 . T A,G 111.42 PASS AF=0.411765,0.294118;AO=5,7;DP=18;FAO=7,5;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=2,3;FSAR=5,2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0153531,0.00134842;FXX=0.0555247;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.116,157.523;QD=26.2157;RBI=0.0970271,0.00890785;REFB=0.0170277,0.0320796;REVB=0.0958047,0.0088052;RO=5;SAF=2,3;SAR=3,4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.162496,-0.121017;STB=0.640603,0.5;STBP=0.331,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0142803,-0.0343489;OID=.,.;OPOS=32551970,32551970;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:18:17:5:5:5,7:7,5:0.411765,0.294118:3,4:2,3:3:2:5,2:2,3:3:2 chr6 32551995 . AG CT,GG 114.15 PASS AF=0.333333,0.285714;AO=7,6;DP=21;FAO=7,6;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4,3;FSAR=3,3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0124062,-0.0204682;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=181.443,93.1183;QD=21.7426;RBI=0.0359169,0.024948;REFB=-0.00146251,-0.0231577;REVB=-0.0337062,0.0142639;RO=8;SAF=4,3;SAR=3,3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.172968,0.116777;STB=0.603481,0.571195;STBP=0.494,0.708;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00355079,-0.00330517;OID=.,.;OPOS=32551995,32551995;OREF=AG,A;OALT=CT,G;OMAPALT=CT,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:21:8:8:7,6:7,6:0.333333,0.285714:3,3:4,3:3:5:3,3:4,3:3:5 chr6 32551998 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00168365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.865;QD=14.9787;RBI=0.0111885;REFB=-0.0290124;REVB=0.0110611;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406606;STB=0.523762;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0148761;OID=.;OPOS=32551998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:5:6:5:5:5:6 chr6 32552029 . A T 79.37 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0434218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.813;QD=15.8734;RBI=0.0434445;REFB=0.00300862;REVB=-0.00140366;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171427;STB=0.5998;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0104913;OID=.;OPOS=32552029;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:6:4:6:4:6:4 chr6 32552059 . G A,T 202.2 PASS AF=0.3,0.6;AO=6,12;DP=20;FAO=6,12;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=3,6;FSAR=3,6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0369457,-0.0248853;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=39.0564,109.115;QD=40.4405;RBI=0.0532469,0.0626123;REFB=-0.0225316,-0.0186878;REVB=-0.0383438,-0.0574545;RO=1;SAF=3,6;SAR=3,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.123249,0.069361;STB=0.624607,0.571312;STBP=0.311,0.223;TYPE=snp,snp;VARB=0.0103626,0.00119507;OID=.,.;OPOS=32552059,32552059;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:20:20:1:2:6,12:6,12:0.3,0.6:3,6:3,6:0:1:3,6:3,6:0:2 chr6 32552067 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0133047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4633;QD=15.882;RBI=0.0192317;REFB=0.0207107;REVB=0.0138868;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253163;STB=0.646773;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0430475;OID=.;OPOS=32552067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:3:7:4:6:3:7 chr6 32552085 . G T 53.64 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0169135;FXX=0.166574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.817;QD=14.3037;RBI=0.0184706;REFB=-0.0124374;REVB=0.0074228;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490059;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0182605;OID=.;OPOS=32552085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:18:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:5:3:3:4:5:3 chr6 32552095 . C T 36.34 PASS AF=0.25;AO=4;DP=16;FAO=4;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00348145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.495;QD=9.08398;RBI=0.0317973;REFB=-0.00176014;REVB=0.0316062;RO=10;SAF=3;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282644;STB=0.691294;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0127605;OID=.;OPOS=32552095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:16:16:10:10:4:4:0.25:1:3:5:5:1:3:5:5 chr6 32557435 . A C 137.16 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0998793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9033;QD=42.2019;RBI=0.141269;REFB=0;REVB=0.0999059;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114394;OID=.;OPOS=32557435;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10:13:1:4:6:0:0:6:7:0:0 chr6 32557478 . CG AA,AG 192.4 PASS AF=0.357143,0.321429;AO=10,9;DP=28;FAO=10,9;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=6,3;FSAR=4,6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00644008,-0.0705721;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=177.336,131.798;QD=27.4862;RBI=0.0077718,0.074196;REFB=-0.022014,8.32633e-05;REVB=0.00435044,0.0229045;RO=9;SAF=6,3;SAR=4,6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0373874,-0.195767;STB=0.521695,0.615121;STBP=0.919,0.368;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0166231,0.0223683;OID=.,.;OPOS=32557478,32557478;OREF=CG,C;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:80:28:28:9:9:10,9:10,9:0.357143,0.321429:4,6:6,3:5:4:4,6:6,3:5:4 chr6 32557483 . T C 375.57 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0539;QD=55.6394;RBI=0.0191245;REFB=0;REVB=0.0102906;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294258;OID=.;OPOS=32557483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr6 32557506 . T C 123.96 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0619431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8842;QD=17.0972;RBI=0.115015;REFB=-0.0284824;REVB=-0.0969101;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517217;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0215393;OID=.;OPOS=32557506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:7:7:7:7:7:7:8:7 chr6 32605234 . G A 169.45 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0140475;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8105;QD=21.1817;RBI=0.0475567;REFB=-0.0312064;REVB=0.0454346;RO=15;SAF=3;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412924;STB=0.749687;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0288119;OID=.;OPOS=32605234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:14:17:18:0.5625:14:3:9:6:15:3:9:5 chr6 32605257 . C A 660.83 PASS AF=0.96;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000482739;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.77;QD=52.8661;RBI=0.0226225;REFB=-0.160705;REVB=0.0226173;RO=2;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335788;STB=0.51785;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000956891;OID=.;OPOS=32605257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:50:2:2:48:48:0.96:27:21:0:2:27:21:0:2 chr6 32605266 . G A 67.45 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00407055;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.0687;QD=4.65162;RBI=0.0134853;REFB=-0.00209357;REVB=0.0128563;RO=45;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288529;STB=0.662304;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0115579;OID=.;OPOS=32605266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:45:47:11:11:0.189655:5:6:14:31:5:6:16:31 chr6 32605271 . C T 98.25 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.00350025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.649;QD=6.33853;RBI=0.0144624;REFB=-0.00558829;REVB=-0.0140324;RO=47;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428667;STB=0.759694;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.032569;OID=.;OPOS=32605271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:5:10:14:33:5:10:14:33 chr6 32605274 . T C 946.52 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000177777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.032;QD=58.2473;RBI=0.0226952;REFB=0;REVB=0.0226945;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33162e-05;OID=.;OPOS=32605274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:37:26:0:0:38:27:0:0 chr6 32605295 . C T 697.83 PASS AF=0.76;AO=57;DP=75;FAO=57;FDP=75;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00282566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1897;QD=37.2175;RBI=0.0288069;REFB=0.0127611;REVB=0.028668;RO=18;SAF=17;SAR=40;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18069;STB=0.597287;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00395102;OID=.;OPOS=32605295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:18:18:57:57:0.76:40:17:12:6:40:17:12:6 chr6 32605325 . C T 97.77 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.0217385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.947;QD=5.14586;RBI=0.0382847;REFB=-0.00295436;REVB=-0.0315143;RO=59;SAF=12;SAR=4;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48579;STB=0.804534;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0312963;OID=.;OPOS=32605325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:59:60:16:16:0.210526:4:12:20:39:4:12:20:40 chr6 32605326 . A G 738.52 PASS AF=0.789474;AO=59;DP=76;FAO=60;FDP=76;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00411276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.209;QD=38.8697;RBI=0.0102137;REFB=-0.0448458;REVB=-0.00934901;RO=16;SAF=20;SAR=39;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146721;STB=0.592561;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00690862;OID=.;OPOS=32605326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:16:16:59:60:0.789474:39:20:11:5:40:20:12:4 chr6 32606711 . C T 65.86 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=90;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0360908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2198;QD=2.92696;RBI=0.0400811;REFB=0.00660878;REVB=-0.0174342;RO=77;SAF=3;SAR=10;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298186;STB=0.708613;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0373138;OID=.;OPOS=32606711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:90:90:77:77:13:13:0.144444:10:3:35:42:10:3:35:42 chr6 32606717 . TAGAG T 50.88 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0356579;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=4;MLLD=291.185;QD=2.26115;RBI=0.0374093;REFB=-0.00235767;REVB=-0.0113126;RO=76;SAF=2;SAR=9;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354023;STB=0.766291;STBP=0.087;TYPE=del;VARB=0.0196928;OID=.;OPOS=32606718;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.122222:11:90:11:90:79:2:9:36:43:50:76:2:9:34:42 chr6 32606728 . AG A 999.43 PASS AF=0.862069;AO=74;DP=88;FAO=75;FDP=87;FR=.;FRO=12;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0151806;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3122;QD=45.9506;RBI=0.0159693;REFB=0.0530167;REVB=0.00495658;RO=12;SAF=31;SAR=43;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458996;STB=0.523409;STBP=0.279;TYPE=del;VARB=-0.000951369;OID=.;OPOS=32606729;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.862069:74:88:75:87:12:31:44:3:9:56:12:31:43:3:9 chr6 32606732 . G A 1050.11 PASS AF=0.863636;AO=76;DP=88;FAO=76;FDP=88;FR=.;FRO=12;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0204269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.253;QD=47.7322;RBI=0.0239385;REFB=-0.00972777;REVB=-0.0124819;RO=12;SAF=32;SAR=44;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677432;STB=0.535971;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00164975;OID=.;OPOS=32606732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:88:12:12:76:76:0.863636:44:32:2:10:44:32:2:10 chr6 32609097 . T C 269.53 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0154725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.463;QD=18.9143;RBI=0.0401722;REFB=-0.00597872;REVB=0.037073;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168268;STB=0.58531;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00314385;OID=.;OPOS=32609097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:28:29:0.508772:12:16:21:7:12:17:21:7 chr6 32609105 . GT AC,AT 778.4 PASS AF=0.464286,0.535714;AO=26,30;DP=58;FAO=26,30;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20,18;FSAR=6,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585823,0.0320089;FXX=0.0344768;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=147.747,47.5832;QD=55.6002;RBI=0.0406926,0.0454507;REFB=0,0;REVB=0.0402687,0.0322676;RO=0;SAF=20,18;SAR=6,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.14057e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00467429,0.00895773;OID=.,.;OPOS=32609105,32609105;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:56:0:0:26,30:26,30:0.464286,0.535714:6,12:20,18:0:0:6,12:20,18:0:0 chr6 32609126 . T C 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00932042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.177;QD=61.5112;RBI=0.0197447;REFB=0.0237027;REVB=0.0174065;RO=1;SAF=31;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149366;STB=0.507933;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000317832;OID=.;OPOS=32609126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:17:31:1:0:17:31:1:0 chr6 32609147 . A T 139.48 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00430121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.671;QD=12.3978;RBI=0.0262439;REFB=-0.00496681;REVB=-0.025889;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965433;STB=0.571772;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0148109;OID=.;OPOS=32609147;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:29:16:16:0.355556:5:11:17:11:5:11:17:12 chr6 32609169 . T C 44.42 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0392151;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.526;QD=5.3837;RBI=0.0398958;REFB=-0.0156466;REVB=-0.00733851;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26455;STB=0.671813;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0335953;OID=.;OPOS=32609169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:35:33:26:26:7:7:0.212121:4:3:17:9:4:3:17:9 chr6 32609173 . C G 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0335232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.393;QD=8.40201;RBI=0.0396909;REFB=-0.0206269;REVB=-0.02125;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249999;STB=0.650867;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0153285;OID=.;OPOS=32609173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:16:5:4:5:16:5 chr6 32609181 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0172479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.867;QD=8.73828;RBI=0.026663;REFB=-0.00444397;REVB=-0.0203329;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23176;STB=0.639722;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0234388;OID=.;OPOS=32609181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:15:5:4:5:15:5 chr6 32609192 . A G 157.8 PASS AF=0.64;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00043973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.202;QD=25.2484;RBI=0.00493477;REFB=0.00776967;REVB=0.00491514;RO=9;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806815;STB=0.553004;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00559165;OID=.;OPOS=32609192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:9:9:15:16:0.64:5:10:5:4:5:11:5:4 chr6 32609207 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.216;QD=46.8476;RBI=0.0343457;REFB=0;REVB=0.0322178;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416592;OID=.;OPOS=32609207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr6 32609746 . C T 307.62 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0147797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1647;QD=34.1797;RBI=0.0579222;REFB=-0.0335535;REVB=0.0560048;RO=8;SAF=17;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715216;STB=0.545835;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0354758;OID=.;OPOS=32609746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:36:36:8:10:26:26:0.722222:9:17:4:4:9:17:5:5 chr6 32609806 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00287268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.402;QD=17.4274;RBI=0.0185612;REFB=-0.00496297;REVB=0.0183376;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129043;STB=0.57349;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00245588;OID=.;OPOS=32609806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:14:9:10:9:14:9 chr6 32609813 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.183;QD=61.684;RBI=0.0283799;REFB=0;REVB=-0.00879151;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0857e-05;OID=.;OPOS=32609813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr6 32609855 . A C 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0196781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.451;QD=5.68928;RBI=0.0229515;REFB=-0.0011828;REVB=0.0118128;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44328;STB=0.796042;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.004205;OID=.;OPOS=32609855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:1:5:9:10:1:5:9:10 chr6 32609873 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.969;QD=51.1843;RBI=0.0332195;REFB=0;REVB=0.0286871;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499255;OID=.;OPOS=32609873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr6 32609952 . T C 207.82 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0238789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5353;QD=17.6868;RBI=0.0293722;REFB=-0.0106691;REVB=-0.0171033;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150411;STB=0.586121;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0155799;OID=.;OPOS=32609952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:15:11:6:15:15:11 chr6 32609969 . T G 224.32 PASS AF=0.440678;AO=24;DP=57;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00557439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.116;QD=15.2082;RBI=0.0111061;REFB=-0.00724824;REVB=0.00960584;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994971;STB=0.523143;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0135153;OID=.;OPOS=32609969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:33:33:24:26:0.440678:8:16:19:14:10:16:19:14 chr6 32609974 . T G 216.28 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0094096;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.493;QD=14.9161;RBI=0.0298921;REFB=-0.0135971;REVB=-0.0283724;RO=32;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808274;STB=0.538768;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.019671;OID=.;OPOS=32609974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:33:25:25:0.431034:9:16:18:14:9:16:19:14 chr6 32610002 . C A 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00712732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5751;QD=16.7138;RBI=0.00734975;REFB=-0.0068883;REVB=0.00179447;RO=44;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00495869;STB=0.502784;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00464509;OID=.;OPOS=32610002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:17:19:23:21:17:19:23:21 chr6 32610008 . CC CA,TG 1186.84 PASS AF=0.444444,0.555556;AO=36,44;DP=81;FAO=36,45;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=19,24;FSAR=17,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013303,-0.00966433;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=29.9925,231.006;QD=58.6095;RBI=0.0185024,0.013744;REFB=0,0;REVB=-0.0184545,-0.00977227;RO=0;SAF=19,24;SAR=17,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.30465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0341626,-0.00237497;OID=.,.;OPOS=32610009,32610008;OREF=C,CC;OALT=A,TG;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:81:81:0:0:36,44:36,45:0.444444,0.555556:17,20:19,24:0:0:17,21:19,24:0:0 chr6 32610044 . T C 333.3 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00935943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8699;QD=14.183;RBI=0.0215826;REFB=0.0170483;REVB=-0.0194477;RO=56;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143279;STB=0.502875;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0432037;OID=.;OPOS=32610044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:57:37:37:0.393617:18:19:28:28:18:19:29:28 chr6 32610047 . T C 1410.77 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00380344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.783;QD=59.401;RBI=0.0622638;REFB=0.0624039;REVB=0.0621475;RO=2;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210581;STB=0.51648;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.000292893;OID=.;OPOS=32610047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:2:3:92:92:0.968421:44:48:0:2:44:48:0:3 chr6 32610050 . T C 245.42 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00477453;FXX=0.0210504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.186;QD=10.5558;RBI=0.0380566;REFB=-0.0064256;REVB=-0.0377559;RO=55;SAF=15;SAR=15;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917514;STB=0.516118;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0102024;OID=.;OPOS=32610050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:93:55:63:30:30:0.322581:15:15:32:23:15:15:33:30 chr6 32610059 . T G 1319.63 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0133375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.56;QD=58.6501;RBI=0.0144898;REFB=-0.030249;REVB=0.00566268;RO=2;SAF=44;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210484;STB=0.505364;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.000592193;OID=.;OPOS=32610059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:2:3:87:87:0.966667:43:44:2:0:43:44:2:1 chr6 32610099 . TC T 150.9 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0278326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.1787;QD=12.318;RBI=0.0483856;REFB=-0.00253813;REVB=-0.0395792;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183911;STB=0.58434;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.00129161;OID=.;OPOS=32610100;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469388:22:49:23:49:26:8:15:13:13:99:26:7:15:13:13 chr6 32610105 . A G 223.5 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0079449;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.798;QD=18.6248;RBI=0.0122126;REFB=-0.00514118;REVB=-0.00927503;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1344;STB=0.5764;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0136789;OID=.;OPOS=32610105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:26:22:22:0.458333:14:8:13:13:14:8:13:13 chr6 32610109 . A C 591.79 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155718;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.5585;QD=57.7358;RBI=0.032514;REFB=0.0566169;REVB=0.0285427;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000796062;OID=.;OPOS=32610109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:41:1:1:38:40:0.97561:24:14:0:1:24:16:0:1 chr6 32610134 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00472737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.897;QD=14.1699;RBI=0.00714493;REFB=-0.0110125;REVB=-0.00535743;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943118;STB=0.555443;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0103859;OID=.;OPOS=32610134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:6:6:6:4:6:6 chr6 32610146 . G T 61.92 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=373.375;QD=35.3803;RBI=0.0184474;REFB=0;REVB=0.0180157;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5834e-05;OID=.;OPOS=32610146;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:5:7:1:5:0:0:0:6:1:0:0 chr6 32610403 . C A 619.39 PASS AF=0.411765;AO=70;DP=170;FAO=70;FDP=170;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.00617165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.846;QD=14.5738;RBI=0.0148045;REFB=-0.00623478;REVB=-0.0134568;RO=99;SAF=42;SAR=28;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903651;STB=0.548063;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00789328;OID=.;OPOS=32610403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:99:100:70:70:0.411765:28:42:51:48:28:42:52:48 chr6 32610436 . T C 1103.8 PASS AF=0.582857;AO=102;DP=175;FAO=102;FDP=175;FR=.;FRO=73;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0842844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.922;QD=25.2297;RBI=0.0857895;REFB=-0.0406642;REVB=0.0159992;RO=72;SAF=54;SAR=48;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306927;STB=0.519266;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0276424;OID=.;OPOS=32610436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:72:73:102:102:0.582857:48:54:41:31:48:54:42:31 chr6 32610461 . A G 2421.06 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.215;QD=61.2927;RBI=0.0317723;REFB=0;REVB=0.0272;RO=0;SAF=87;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23099e-05;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:71:87:0:0:71:87:0:0 chr6 32610478 . C G 370.42 PASS AF=0.328571;AO=45;DP=139;FAO=46;FDP=140;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.0398498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.248;QD=10.5835;RBI=0.0401109;REFB=-0.0101263;REVB=-0.00456935;RO=94;SAF=23;SAR=22;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243191;STB=0.506846;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0155745;OID=.;OPOS=32610478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:94:94:45:46:0.328571:22:23:50:44:22:24:50:44 chr6 32610481 . T C 370.07 PASS AF=0.330935;AO=45;DP=138;FAO=46;FDP=139;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.0338001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9971;QD=10.6496;RBI=0.036955;REFB=-0.0179963;REVB=0.0149407;RO=93;SAF=23;SAR=22;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309325;STB=0.51066;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0141342;OID=.;OPOS=32610481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:93:93:45:46:0.330935:22:23:50:43:22:24:50:43 chr6 32610487 . C G 294.51 PASS AF=0.309524;AO=39;DP=126;FAO=39;FDP=126;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0898363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5968;QD=9.34949;RBI=0.0920616;REFB=0.0125968;REVB=0.0201191;RO=85;SAF=21;SAR=18;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052223;STB=0.522632;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0247615;OID=.;OPOS=32610487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:85:87:39:39:0.309524:18:21:42:43:18:21:44:43 chr6 32610495 . A G 1658.22 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0946723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4837;QD=59.222;RBI=0.114083;REFB=0.0328775;REVB=-0.0636566;RO=1;SAF=57;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825659;STB=0.504347;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00235035;OID=.;OPOS=32610495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:54:57:1:0:54:57:1:0 chr6 32610535 . A C 1057.85 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.291;QD=59.597;RBI=0.0720669;REFB=0;REVB=0.0307641;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142735;OID=.;OPOS=32610535;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:35:34:0:0:35:36:0:0 chr6 32610695 . C A,T 716.78 PASS AF=0.12,0.84;AO=6,42;DP=50;FAO=6,42;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=0,12;FSAR=6,30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0223653,0.026189;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.9347,277.687;QD=57.3421;RBI=0.0428992,0.026747;REFB=-0.0173605,-0.104853;REVB=0.0366078,-0.00543519;RO=2;SAF=0,12;SAR=6,30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.794076,-0.0719999;STB=0.997484,0.538443;STBP=0.009,0.056;TYPE=snp,snp;VARB=0.0218263,0.0019891;OID=.,.;OPOS=32610695,32610695;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:50:50:2:2:6,42:6,42:0.12,0.84:6,30:0,12:2:0:6,30:0,12:2:0 chr6 32610704 . TG CC,CG 777.87 PASS AF=0.12,0.88;AO=6,44;DP=50;FAO=6,44;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=6,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556151,-0.0621644;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=27.6396,92.4204;QD=62.2297;RBI=0.059351,0.0626108;REFB=0,0;REVB=0.0207246,0.00746305;RO=0;SAF=0,14;SAR=6,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0181466,0.00525694;OID=.,.;OPOS=32610704,32610704;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:50:50:0:0:6,44:6,44:0.12,0.88:6,30:0,14:0:0:6,30:0,14:0:0 chr6 32610718 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000773283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.281;QD=63.5828;RBI=0.0288122;REFB=0;REVB=0.0288019;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106161;OID=.;OPOS=32610718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr6 32610736 . G A 480.01 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0424905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4463;QD=48.0006;RBI=0.0439072;REFB=0.0678188;REVB=-0.0110636;RO=5;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914875;STB=0.548993;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0110007;OID=.;OPOS=32610736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:23:12:0:5:23:12:0:5 chr6 32610747 . G C 457.23 PASS AF=0.85;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0319145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.025;QD=45.7232;RBI=0.0323839;REFB=0.00676408;REVB=-0.00549352;RO=6;SAF=11;SAR=23;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509694;STB=0.527381;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00137911;OID=.;OPOS=32610747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:6:6:34:34:0.85:23:11:1:5:23:11:1:5 chr6 32610751 . A G 404.8 PASS AF=0.837838;AO=30;DP=36;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00861635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.856;QD=43.7625;RBI=0.00868409;REFB=-0.0636015;REVB=0.00108258;RO=6;SAF=9;SAR=21;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501043;STB=0.529513;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0252827;OID=.;OPOS=32610751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:37:6:6:30:31:0.837838:21:9:1:5:21:10:1:5 chr6 32610757 . A G 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0203911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.863;QD=56.4869;RBI=0.0226786;REFB=-0.0400035;REVB=-0.00992584;RO=1;SAF=10;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444824;STB=0.523796;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.000150563;OID=.;OPOS=32610757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:25:10:1:0:25:10:1:0 chr6 32610769 . A C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.4;QD=57.2026;RBI=0.0408869;REFB=0;REVB=0.0255302;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59568e-05;OID=.;OPOS=32610769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr6 32627967 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.135;QD=33.4285;RBI=0.0665665;REFB=0;REVB=-0.0196491;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123088;OID=.;OPOS=32627967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 32627969 . C T 62.25 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.652;QD=35.5706;RBI=0.211596;REFB=0;REVB=0.206667;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330838;OID=.;OPOS=32627969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:4:3:0:0 chr6 32627976 . G A 102.1 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.149;QD=40.8384;RBI=0.0381585;REFB=0;REVB=0.0255047;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374813;OID=.;OPOS=32627976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:6:4:0:0 chr6 32627992 . T C 171.37 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.447;QD=45.6983;RBI=0.0267727;REFB=0;REVB=-0.0265754;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333273;OID=.;OPOS=32627992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:10:5:0:0 chr6 32628022 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9893;QD=46.8461;RBI=0.025693;REFB=0;REVB=-0.0246252;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000676952;OID=.;OPOS=32628022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr6 32628045 . CAT GGA 75.05 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214008;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=218.666;QD=37.5237;RBI=0.0287859;REFB=0;REVB=0.0192519;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000541048;OID=.;OPOS=32628045;OREF=CAT;OALT=GGA;OMAPALT=GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:5:1:0:0:7:1:0:0 chr6 32628064 . TC CG 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996905;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.585;QD=37.4885;RBI=0.035717;REFB=0;REVB=0.0342975;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000423822;OID=.;OPOS=32628064;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr6 32628602 . G GC 941.97 PASS AF=1;AO=75;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910123;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.7496;QD=46.5172;RBI=0.250112;REFB=0;REVB=0.232965;RO=7;SAF=39;SAR=36;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00473364;OID=.;OPOS=32628603;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:82:81:81:0:45:36:0:0:17:7:39:36:6:1 chr6 32628621 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.459;QD=61.3753;RBI=0.0396561;REFB=0;REVB=0.0384132;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30905e-05;OID=.;OPOS=32628621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr6 32629137 . T G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.932;QD=59.8394;RBI=0.0169668;REFB=0;REVB=-0.00256648;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87176e-05;OID=.;OPOS=32629137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr6 32629141 . C T 472.12 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.161;QD=55.5432;RBI=0.0209518;REFB=-0.00825295;REVB=-0.00889864;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-5.31834e-05;OID=.;OPOS=32629141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:16:17:0:0:16:17:0:1 chr6 32629146 . G A 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0286419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1313;QD=13.6597;RBI=0.0535357;REFB=0.00603974;REVB=0.0452295;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024428;STB=0.514265;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00330449;OID=.;OPOS=32629146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:10:11:7:7:10:11 chr6 32629161 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.752;QD=59.4356;RBI=0.010076;REFB=0;REVB=0.00958083;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53833e-05;OID=.;OPOS=32629161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr6 32629170 . C G 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0220622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.009;QD=16.7268;RBI=0.0235737;REFB=-0.0308657;REVB=0.00830529;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345603;STB=0.519831;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0291776;OID=.;OPOS=32629170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:10:9:7:9:10:9 chr6 32629193 . C T 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0565005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.42;QD=53.9322;RBI=0.0671203;REFB=-0.0413228;REVB=0.0362329;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00336847;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:12:18:1:0:12:18:1:0 chr6 32629764 . C T 205.92 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0257767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.304;QD=16.8102;RBI=0.0301327;REFB=-0.01849;REVB=-0.0156058;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158818;STB=0.579632;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.030802;OID=.;OPOS=32629764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:27:28:20:21:0.428571:6:14:15:12:7:14:15:13 chr6 32629802 . A G 1456.83 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114696;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.76;QD=63.3405;RBI=0.0114885;REFB=0;REVB=-0.000657858;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85412e-05;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr6 32629809 . C T 588.14 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0131341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.709;QD=23.7631;RBI=0.0144499;REFB=-0.0112656;REVB=0.00602464;RO=45;SAF=24;SAR=30;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554746;STB=0.530463;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00720417;OID=.;OPOS=32629809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:54:54:0.545455:30:24:23:22:30:24:23:22 chr6 32629847 . A G 1688.66 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0544051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2897;QD=58.7359;RBI=0.0852826;REFB=-0.0823539;REVB=-0.065675;RO=1;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784829;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=6.10411e-05;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:113:114:0.991304:60:53:0:1:61:53:0:1 chr6 32629859 . A G 597.11 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0102229;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.72;QD=19.4181;RBI=0.0103703;REFB=-0.0125189;REVB=-0.00174268;RO=62;SAF=32;SAR=29;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110421;STB=0.560936;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00719116;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:62:62:61:61:0.495935:29:32:25:37:29:32:25:37 chr6 32629889 . G A 462.98 PASS AF=0.480392;AO=47;DP=100;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00975967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.375;QD=18.1562;RBI=0.0806651;REFB=0.00433847;REVB=0.0800725;RO=53;SAF=19;SAR=28;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136953;STB=0.583907;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00766608;OID=.;OPOS=32629889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:53:53:47:49:0.480392:28:19:29:24:30:19:29:24 chr6 32629891 . C T 520.52 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=101;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0102622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1519;QD=20.4127;RBI=0.0280968;REFB=0.000388164;REVB=0.0261556;RO=49;SAF=29;SAR=23;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148635;STB=0.57613;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.000250771;OID=.;OPOS=32629891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:49:49:52:53:0.519608:23:29:19:30:24:29:19:30 chr6 32629904 . AT GC,GT 1369.1 PASS AF=0.461538,0.538462;AO=42,49;DP=91;FAO=42,49;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=15,29;FSAR=27,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201409,0.0307564;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=144.262,137.803;QD=60.1803;RBI=0.0219757,0.0312856;REFB=0,0;REVB=-0.0087906,-0.00573013;RO=0;SAF=15,29;SAR=27,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.13648e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00828137,0.0179261;OID=.,.;OPOS=32629904,32629904;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:91:91:0:0:42,49:42,49:0.461538,0.538462:27,20:15,29:0:0:27,20:15,29:0:0 chr6 32629935 . C G 1131.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7161;QD=60.3713;RBI=0.030254;REFB=0;REVB=0.0146159;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324249;OID=.;OPOS=32629935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:37:37:0:0:38:37:0:0 chr6 32629955 . C T 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00434877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.849;QD=18.9132;RBI=0.00893902;REFB=0.00356884;REVB=-0.00780988;RO=28;SAF=20;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325837;STB=0.681969;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00560589;OID=.;OPOS=32629955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:9:20:9:19:9:20:9:19 chr6 32632605 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7737;QD=35.5758;RBI=0.0270905;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00209526;OID=.;OPOS=32632605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr6 32632608 . C G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.248;QD=35.5723;RBI=0.00604641;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296319;OID=.;OPOS=32632608;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr6 32632650 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.524;QD=60.2307;RBI=0.015774;REFB=0;REVB=0.0148424;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85712e-05;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr6 32632687 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.669;QD=62.6704;RBI=0.0239683;REFB=0;REVB=0.0175554;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50892e-06;OID=.;OPOS=32632687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr6 32632694 . C G 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00675034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0492;QD=60.1561;RBI=0.0259715;REFB=-0.035362;REVB=0.0250789;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00913966;OID=.;OPOS=32632694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:1:0:24:20:1:0 chr6 32632700 . T A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00299762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.491;QD=62.9823;RBI=0.00866562;REFB=0;REVB=0.00813063;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22526e-06;OID=.;OPOS=32632700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr6 32632714 . G C 804.39 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.601;QD=64.351;RBI=0.0110779;REFB=0;REVB=-0.0103605;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27593e-05;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr6 32632724 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272382;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.464;QD=64.1539;RBI=0.0324891;REFB=0;REVB=0.0177094;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11928e-05;OID=.;OPOS=32632724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr6 32632744 . C T 685.91 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0400862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.575;QD=58.3753;RBI=0.0408957;REFB=-0.0691183;REVB=0.00809683;RO=2;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493883;STB=0.526304;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00568548;OID=.;OPOS=32632744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:18:27:0:2:18:27:0:2 chr6 32632781 . AG TA 528.54 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0429806;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=120.869;QD=52.854;RBI=0.0446112;REFB=-0.087963;REVB=-0.0119513;RO=3;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376622;STB=0.520156;STBP=0.397;TYPE=mnp;VARB=0.0132555;OID=.;OPOS=32632781;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:15:22:1:2:15:22:1:2 chr6 32632820 . C G 224.2 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.109827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.86;QD=42.7055;RBI=0.109839;REFB=0.0472825;REVB=0.00160168;RO=2;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101867;STB=0.555497;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00253947;OID=.;OPOS=32632820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:8:11:0:2:8:11:0:2 chr6 32632832 . A T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.365;QD=49.5985;RBI=0.0376802;REFB=0;REVB=-0.00523971;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174406;OID=.;OPOS=32632832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr6 32634300 . G C 436.94 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0131218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7831;QD=49.936;RBI=0.028603;REFB=-0.0942139;REVB=0.0254155;RO=3;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755361;STB=0.540515;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00692168;OID=.;OPOS=32634300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:3:3:32:32:0.914286:17:15:0:3:17:15:0:3 chr6 32634302 . A G 503.72 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331573;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.856;QD=59.2608;RBI=0.0479687;REFB=0;REVB=0.0346639;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483416;OID=.;OPOS=32634302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr6 32634306 . A T 530.4 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363358;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8513;QD=57.3407;RBI=0.0528351;REFB=-0.0261393;REVB=0.038357;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208029;STB=0.511105;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00479395;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:0:1:22:14:0:1 chr6 32634318 . C A 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0193965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4264;QD=7.48178;RBI=0.0314372;REFB=-0.0142741;REVB=0.0247401;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00878403;STB=0.505484;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.024917;OID=.;OPOS=32634318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:6:4:11:17:6:4:11:17 chr6 32634331 . G A,C 523.79 PASS AF=0.710526,0.263158;AO=27,10;DP=38;FAO=27,10;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=11,4;FSAR=16,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315615,-0.00753613;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.059,128.887;QD=55.1359;RBI=0.0315797,0.00934982;REFB=0.0531584,0.0367199;REVB=0.00107046,-0.00553406;RO=1;SAF=11,4;SAR=16,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0281787,0.0687795;STB=0.51514,0.538386;STBP=0.533,0.523;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0111728,0.0113197;OID=.,.;OPOS=32634331,32634331;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:72:38:38:1:1:27,10:27,10:0.710526,0.263158:16,6:11,4:0:1:16,6:11,4:0:1 chr6 32634341 . A G 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0532581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.476;QD=56.9469;RBI=0.0532587;REFB=0.0117486;REVB=0.000252088;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199188;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=2.18924e-05;OID=.;OPOS=32634341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:23:13:0:1:23:13:0:1 chr6 32634350 . T C 485.49 PASS AF=0.972973;AO=32;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0192237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5974;QD=52.4856;RBI=0.10886;REFB=-0.107733;REVB=0.107149;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239419;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0166752;OID=.;OPOS=32634350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:32:36:0.972973:19:13:0:1:23:13:0:1 chr6 32634373 . C T 538.92 PASS AF=0.973684;AO=32;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0316169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.683;QD=56.7281;RBI=0.0341361;REFB=-0.0522774;REVB=0.0128702;RO=1;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207543;STB=0.509429;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00213646;OID=.;OPOS=32634373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:32:37:0.973684:22:10:0:1:26:11:0:1 chr6 32634387 . C T 576.26 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.708;QD=60.659;RBI=0.0591005;REFB=0;REVB=0.0151598;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560632;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:28:9:0:0:28:10:0:0 chr6 32636021 . G A 88.16 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.097;QD=39.1815;RBI=0.0101706;REFB=0;REVB=-0.00296796;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417194;OID=.;OPOS=32636021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 32636038 . A T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=364.048;QD=37.4885;RBI=0.00488146;REFB=0;REVB=-0.00272063;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34451e-06;OID=.;OPOS=32636038;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 32636040 . TG CT 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344708;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.551;QD=37.4885;RBI=0.0517915;REFB=0;REVB=0.0386539;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00235494;OID=.;OPOS=32636040;OREF=TG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 32636073 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.159237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.275;QD=35.5759;RBI=0.159269;REFB=0;REVB=0.00319542;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00238489;OID=.;OPOS=32636073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 32636376 . C G 147.7 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0402071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4136;QD=26.8539;RBI=0.0550529;REFB=-0.0196028;REVB=0.037606;RO=7;SAF=13;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160735;STB=0.590773;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0194035;OID=.;OPOS=32636376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:2:13:5:2:2:13:5:2 chr6 32636434 . A G 289.55 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0320251;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.815;QD=46.3287;RBI=0.0428446;REFB=-0.119106;REVB=-0.0284614;RO=1;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709998;STB=0.524207;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00108938;OID=.;OPOS=32636434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:6:17:0:1:6:17:1:1 chr6 32709309 . A G 2368.74 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.65;QD=61.1287;RBI=0.0555723;REFB=0;REVB=0.0479441;RO=0;SAF=59;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17942e-05;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:96:59:0:0:96:59:0:0 chr6 32713030 . T C 5620.54 PASS AF=1;AO=363;DP=369;FAO=363;FDP=363;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=198;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215821;FXX=0.0215628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.186;QD=61.9343;RBI=0.0229389;REFB=-0.0206437;REVB=-0.00777218;RO=5;SAF=165;SAR=198;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0608e-05;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:369:363:5:0:363:363:1:198:165:5:0:198:165:0:0 chr6 32713598 . T C 61.74 PASS AF=0.0836653;AO=21;DP=251;FAO=21;FDP=251;FR=.;FRO=230;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=125;FSRR=105;FWDB=0.00208926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.648;QD=0.98383;RBI=0.0143241;REFB=-0.00314664;REVB=-0.0141709;RO=230;SAF=15;SAR=6;SRF=125;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205258;STB=0.664508;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0308375;OID=.;OPOS=32713598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:251:251:230:230:21:21:0.0836653:6:15:125:105:6:15:125:105 chr6 32713602 . T C 62.01 PASS AF=0.0826772;AO=21;DP=254;FAO=21;FDP=254;FR=.;FRO=233;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=128;FSRR=105;FWDB=-0.00989431;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.675;QD=0.976539;RBI=0.0143379;REFB=-0.00508472;REVB=0.0103768;RO=233;SAF=15;SAR=6;SRF=128;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19835;STB=0.65977;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0265253;OID=.;OPOS=32713602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:254:254:233:233:21:21:0.0826772:6:15:128:105:6:15:128:105 chr6 32713608 . G A 97.87 PASS AF=0.103704;AO=28;DP=270;FAO=28;FDP=270;FR=.;FRO=242;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=132;FSRR=110;FWDB=-0.0186548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.153;QD=1.44991;RBI=0.0189048;REFB=0.000771664;REVB=-0.00306402;RO=242;SAF=22;SAR=6;SRF=132;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312558;STB=0.733999;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0171788;OID=.;OPOS=32713608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:270:270:242:242:28:28:0.103704:6:22:132:110:6:22:132:110 chr6 32713625 . C T 70.76 PASS AF=0.0830565;AO=25;DP=298;FAO=25;FDP=301;FR=.;FRO=276;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=145;FSRR=131;FWDB=-0.000153105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.019;QD=0.94035;RBI=0.0367727;REFB=-0.00262527;REVB=-0.0367724;RO=273;SAF=18;SAR=7;SRF=145;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226428;STB=0.685089;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0358602;OID=.;OPOS=32713625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:298:301:273:276:25:25:0.0830565:7:18:145:128:7:18:145:131 chr6 32713827 . C T 235.34 PASS AF=0.162069;AO=47;DP=290;FAO=47;FDP=290;FR=.;FRO=243;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=138;FSRR=105;FWDB=0.0112893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.988;QD=3.24605;RBI=0.0230435;REFB=-0.000116156;REVB=-0.0200887;RO=242;SAF=28;SAR=19;SRF=137;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392623;STB=0.523986;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.000535922;OID=.;OPOS=32713827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:242:243:47:47:0.162069:19:28:137:105:19:28:138:105 chr6 32724258 . C T 1266.66 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442664;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.464;QD=61.7885;RBI=0.045036;REFB=0;REVB=-0.00829045;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05469e-05;OID=.;OPOS=32724258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:43:38:0:0:43:39:0:0 chr6 32725062 . T A 1620.0 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=112;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241293;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.469;QD=59.4494;RBI=0.0902154;REFB=-0.0641666;REVB=0.0869286;RO=1;SAF=61;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771784;STB=0.503999;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000258349;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:109:1:1:107:108:0.990826:46:61:1:0:46:62:1:0 chr6 32725559 . C T 97.04 PASS AF=0.125;AO=23;DP=184;FAO=23;FDP=184;FR=.;FRO=161;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=75;FSRR=86;FWDB=-0.0220173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.805;QD=2.10954;RBI=0.0364828;REFB=-0.00653939;REVB=-0.0290901;RO=161;SAF=4;SAR=19;SRF=75;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393251;STB=0.7811;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0450663;OID=.;OPOS=32725559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:184:184:161:161:23:23:0.125:19:4:75:86:19:4:75:86 chr6 32725567 . C T 78.73 PASS AF=0.105528;AO=21;DP=199;FAO=21;FDP=199;FR=.;FRO=178;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=81;FSRR=97;FWDB=-0.0122989;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.863;QD=1.58258;RBI=0.0125739;REFB=-0.00121006;REVB=0.00261517;RO=167;SAF=4;SAR=17;SRF=81;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378507;STB=0.75986;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0110681;OID=.;OPOS=32725567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:199:199:167:178:21:21:0.105528:17:4:81:86:17:4:81:97 chr6 32725619 . TG CA 2855.94 PASS AF=0.889868;AO=202;DP=227;FAO=202;FDP=227;FR=.;FRO=25;FSAF=92;FSAR=110;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0351266;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.665;QD=50.3249;RBI=0.0499421;REFB=-0.0118324;REVB=-0.0355012;RO=25;SAF=92;SAR=110;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455447;STB=0.524017;STBP=0.049;TYPE=mnp;VARB=0.00329955;OID=.;OPOS=32725619;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:227:227:25:25:202:202:0.889868:110:92:6:19:110:92:6:19 chr6 32725625 . T C 3048.58 PASS AF=0.891213;AO=212;DP=238;FAO=213;FDP=239;FR=.;FRO=26;FSAF=102;FSAR=111;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0100229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.545;QD=51.0223;RBI=0.0113808;REFB=-0.0259768;REVB=0.00539111;RO=26;SAF=101;SAR=111;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431087;STB=0.522889;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00396589;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:238:239:26:26:212:213:0.891213:111:101:7:19:111:102:7:19 chr6 32726769 . A G 82.82 PASS AF=0.0860534;AO=29;DP=337;FAO=29;FDP=337;FR=.;FRO=308;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=142;FSRR=166;FWDB=0.00275808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.182;QD=0.983064;RBI=0.00821134;REFB=0.000704794;REVB=0.00773428;RO=308;SAF=12;SAR=17;SRF=142;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561657;STB=0.5438;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00914263;OID=.;OPOS=32726769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:337:337:308:308:29:29:0.0860534:17:12:142:166:17:12:142:166 chr6 32726772 . G A 45.35 PASS AF=0.0637681;AO=22;DP=342;FAO=22;FDP=345;FR=.;FRO=323;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=148;FSRR=175;FWDB=0.00556193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.354;QD=0.525811;RBI=0.0289989;REFB=0.000950844;REVB=0.0284605;RO=320;SAF=10;SAR=12;SRF=148;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00859074;STB=0.503449;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0155951;OID=.;OPOS=32726772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:342:345:320:323:22:22:0.0637681:12:10:148:172:12:10:148:175 chr6 32726788 . T C 237.72 PASS AF=0.14026;AO=54;DP=386;FAO=54;FDP=385;FR=.;FRO=331;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=155;FSRR=176;FWDB=-0.0161189;FXX=0.00259061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.309;QD=2.46983;RBI=0.0162867;REFB=-0.00018617;REVB=0.00233211;RO=329;SAF=23;SAR=31;SRF=154;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546862;STB=0.536809;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00253724;OID=.;OPOS=32726788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:385:329:331:54:54:0.14026:31:23:154:175:31:23:155:176 chr6 32726803 . C T 3656.74 PASS AF=0.729798;AO=289;DP=396;FAO=289;FDP=396;FR=.;FRO=107;FSAF=132;FSAR=157;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.00304972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.613;QD=36.9368;RBI=0.0206032;REFB=0.00822756;REVB=0.0203762;RO=104;SAF=132;SAR=157;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168204;STB=0.510483;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00283452;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:396:104:107:289:289:0.729798:157:132:51:53:157:132:53:54 chr6 32726838 . C T 4243.34 PASS AF=0.79803;AO=324;DP=406;FAO=324;FDP=406;FR=.;FRO=82;FSAF=144;FSAR=180;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.00789628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.721;QD=41.8063;RBI=0.0182306;REFB=0.031183;REVB=0.0164318;RO=80;SAF=144;SAR=180;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256827;STB=0.513811;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00663373;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:406:80:82:324:324:0.79803:180:144:41:39:180:144:42:40 chr6 32729459 . C T 2535.53 PASS AF=1;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183756;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.583;QD=61.8423;RBI=0.0353559;REFB=0;REVB=0.0302056;RO=0;SAF=87;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101594;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:164:0:0:164:164:1:77:87:0:0:77:87:0:0 chr6 32729642 . G C 3377.72 PASS AF=0.986486;AO=210;DP=215;FAO=219;FDP=222;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0220766;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.709;QD=60.8598;RBI=0.0557322;REFB=-0.0831542;REVB=0.0511733;RO=3;SAF=103;SAR=107;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00421765;STB=0.501918;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.000714736;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:215:222:3:3:210:219:0.986486:107:103:1:2:115:104:1:2 chr6 32796653 . C A 1225.7 PASS AF=0.433657;AO=133;DP=307;FAO=134;FDP=309;FR=.;FRO=175;FSAF=101;FSAR=33;FSRF=124;FSRR=51;FWDB=-0.00360673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.42;QD=15.8666;RBI=0.00420203;REFB=-0.0143244;REVB=0.00215606;RO=171;SAF=101;SAR=32;SRF=123;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537294;STB=0.533278;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0170066;OID=.;OPOS=32796653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:309:171:175:133:134:0.433657:32:101:123:48:33:101:124:51 chr6 32796685 . A G 1121.43 PASS AF=0.373596;AO=133;DP=356;FAO=133;FDP=356;FR=.;FRO=223;FSAF=119;FSAR=14;FSRF=141;FSRR=82;FWDB=-0.00820083;FXX=0.00280104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.093;QD=12.6003;RBI=0.0317261;REFB=-0.0178511;REVB=-0.0306478;RO=221;SAF=119;SAR=14;SRF=138;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453402;STB=0.758316;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0229074;OID=.;OPOS=32796685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:356:221:223:133:133:0.373596:14:119:138:83:14:119:141:82 chr6 32796751 . T C 2257.67 PASS AF=0.511574;AO=217;DP=426;FAO=221;FDP=432;FR=.;FRO=211;FSAF=96;FSAR=125;FSRF=112;FSRR=99;FWDB=-0.0488541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4739;QD=20.9043;RBI=0.0494144;REFB=-0.0291017;REVB=0.00741971;RO=207;SAF=95;SAR=122;SRF=109;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796927;STB=0.547318;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.025704;OID=.;OPOS=32796751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:432:207:211:217:221:0.511574:122:95:109:98:125:96:112:99 chr6 32797297 . T C 360.18 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00999008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2295;QD=18.0091;RBI=0.0326612;REFB=-0.0133214;REVB=-0.0310958;RO=41;SAF=9;SAR=29;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968507;STB=0.549972;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0265153;OID=.;OPOS=32797297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:38:38:0.475:29:9:13:28:29:9:13:29 chr6 32800224 . C A 372.45 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0209333;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.899;QD=15.202;RBI=0.0211579;REFB=-0.0153427;REVB=0.00307441;RO=58;SAF=26;SAR=14;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126705;STB=0.571852;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0183367;OID=.;OPOS=32800224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:14:26:31:27:14:26:31:27 chr6 32800412 . C T 987.98 PASS AF=0.476852;AO=103;DP=216;FAO=103;FDP=216;FR=.;FRO=113;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=71;FSRR=42;FWDB=0.00962224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.17;QD=18.296;RBI=0.0535066;REFB=-0.0251041;REVB=0.0526343;RO=113;SAF=48;SAR=55;SRF=71;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153105;STB=0.584307;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0349064;OID=.;OPOS=32800412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:113:113:103:103:0.476852:55:48:71:42:55:48:71:42 chr6 32811629 . G T 500.84 PASS AF=0.418033;AO=35;DP=124;FAO=51;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=48;FSAR=3;FSRF=62;FSRR=4;FWDB=0.0310679;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.356;QD=16.4211;RBI=0.0318281;REFB=-0.00736431;REVB=-0.00691444;RO=60;SAF=32;SAR=3;SRF=56;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721348;STB=0.504503;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0396463;OID=.;OPOS=32811629;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:60:66:35:51:0.418033:3:32:56:4:3:48:62:4 chr6 32826233 . A G 884.86 PASS AF=0.517647;AO=88;DP=170;FAO=88;FDP=170;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.0135361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.304;QD=20.8203;RBI=0.0135627;REFB=-0.0112921;REVB=-0.000849697;RO=82;SAF=36;SAR=52;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503541;STB=0.502762;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00907032;OID=.;OPOS=32826233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:82:82:88:88:0.517647:52:36:34:48:52:36:34:48 chr6 32904981 . G A 1075.8 PASS AF=0.407534;AO=118;DP=291;FAO=119;FDP=292;FR=.;FRO=173;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=91;FSRR=82;FWDB=0.0167983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.704;QD=14.737;RBI=0.0179495;REFB=-0.0010588;REVB=0.0063246;RO=173;SAF=57;SAR=61;SRF=91;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456237;STB=0.522863;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00148718;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:292:173:173:118:119:0.407534:61:57:91:82:61:58:91:82 chr6 32917544 . C T 519.05 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=51;FWDB=0.000975458;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.13;QD=16.2202;RBI=0.00386727;REFB=-0.00447469;REVB=0.00374223;RO=71;SAF=21;SAR=35;SRF=21;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868881;STB=0.551264;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00460547;OID=.;OPOS=32917544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:72:56:56:0.4375:35:21:21:50:35:21:21:51 chr6 32939894 . G T 617.02 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348097;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.344;QD=61.7024;RBI=0.0360853;REFB=0;REVB=-0.00950965;RO=0;SAF=4;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65711e-05;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:36:4:0:0:36:4:0:0 chr6 32942302 . G A 761.7 PASS AF=0.506849;AO=66;DP=138;FAO=74;FDP=146;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.0136437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.119;QD=20.8686;RBI=0.0152997;REFB=-0.0248564;REVB=0.00692312;RO=72;SAF=28;SAR=38;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175073;STB=0.574354;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0223029;OID=.;OPOS=32942302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:146:72:72:66:74:0.506849:38:28:44:28:40:34:44:28 chr6 32946034 . T C 745.13 PASS AF=0.459302;AO=79;DP=172;FAO=79;FDP=172;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=61;FWDB=-0.0139705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.094;QD=17.3286;RBI=0.015165;REFB=-0.0107897;REVB=0.0058992;RO=93;SAF=34;SAR=45;SRF=32;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871295;STB=0.548208;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0121514;OID=.;OPOS=32946034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:93:93:79:79:0.459302:45:34:32:61:45:34:32:61 chr6 32948607 . C CT,T 762.0 PASS AF=0.372881,0.59322;AO=13,16;DP=61;FAO=22,35;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=8,4;FSAR=14,31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141753,0.011291;FXX=0.0483793;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=241.893,234.389;QD=51.6609;RBI=0.0144208,0.0114901;REFB=0.00788779,-0.13309;REVB=-0.00264996,-0.00212979;RO=0;SAF=2,2;SAR=11,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.512184,0.547674;STBP=0.771,0.149;TYPE=ins,snp;VARB=0.00969985,-0.00625702;OID=.,.;OPOS=32948608,32948607;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:61:59:0:2:13,16:22,35:0.372881,0.59322:11,14:2,2:0:0:14,31:8,4:1:1 chr6 32948804 . C T 2608.12 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=171;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176066;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.79;QD=61.3676;RBI=0.0177763;REFB=0.00768207;REVB=-0.00245022;RO=1;SAF=81;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583971;STB=0.503067;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-1.60603e-05;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:170:1:1:169:169:0.994118:88:81:1:0:88:81:1:0 chr6 32974551 . G T 303.35 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0186692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.063;QD=22.062;RBI=0.0189216;REFB=-0.0137616;REVB=0.0030805;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217788;STB=0.501204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112885;OID=.;OPOS=32974551;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:18:13:10:14:18:13:10:14 chr6 32974934 . G A 503.51 PASS AF=0.36747;AO=61;DP=166;FAO=61;FDP=166;FR=.;FRO=105;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.0064662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3304;QD=12.1327;RBI=0.0193376;REFB=-0.011482;REVB=-0.0182244;RO=104;SAF=23;SAR=38;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128763;STB=0.570593;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0112336;OID=.;OPOS=32974934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:104:105:61:61:0.36747:38:23:51:53:38:23:51:54 chr6 32975014 . T C 371.27 PASS AF=0.333333;AO=46;DP=138;FAO=46;FDP=138;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.022549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.217;QD=10.7615;RBI=0.0315589;REFB=-0.0107721;REVB=0.0220795;RO=91;SAF=18;SAR=28;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830271;STB=0.552013;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0165459;OID=.;OPOS=32975014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:91:92:46:46:0.333333:28:18:42:49:28:18:43:49 chr6 32975257 . C T 1082.92 PASS AF=0.448;AO=112;DP=250;FAO=112;FDP=250;FR=.;FRO=138;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=53;FSRR=85;FWDB=0.0433138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7738;QD=17.3268;RBI=0.0489292;REFB=-0.00226121;REVB=0.0227593;RO=138;SAF=53;SAR=59;SRF=53;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896328;STB=0.54961;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0028835;OID=.;OPOS=32975257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:138:138:112:112:0.448:59:53:53:85:59:53:53:85 chr6 32975869 . G A 706.38 PASS AF=0.435233;AO=74;DP=177;FAO=84;FDP=193;FR=.;FRO=109;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=0.00180591;FXX=0.0153053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9186;QD=14.64;RBI=0.059422;REFB=-0.0350561;REVB=0.0593945;RO=97;SAF=33;SAR=41;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561785;STB=0.51813;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.083671;OID=.;OPOS=32975869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:193:97:109:74:84:0.435233:41:33:38:59:42:42:51:58 chr6 33036435 . T G 412.45 PASS AF=1;AO=23;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225245;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9251;QD=56.89;RBI=0.0341301;REFB=0;REVB=-0.0256419;RO=0;SAF=22;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028766;OID=.;OPOS=33036435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:23:29:1:1:22:0:0:1:28:0:0 chr6 33036505 . G C 1955.49 PASS AF=1;AO=117;DP=121;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.796;QD=61.1091;RBI=0.0680337;REFB=0;REVB=0.0615397;RO=0;SAF=34;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501047;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:128:0:0:117:128:1:83:34:0:0:88:40:0:0 chr6 33036853 . A C 3171.56 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.99;QD=64.072;RBI=0.00836031;REFB=0;REVB=-0.00754159;RO=0;SAF=86;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39404e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24694e-05;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:198:198:1:112:86:0:0:112:86:0:0 chr6 33036950 . CA CG,TG 2971.92 PASS AF=0.461538,0.538462;AO=89,105;DP=196;FAO=90,105;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=46,42;FSAR=44,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084276,0.0159608;FXX=0.0101518;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=84.0397,99.2075;QD=60.9625;RBI=0.0092429,0.0175252;REFB=0,0;REVB=0.00379563,0.00723783;RO=0;SAF=45,42;SAR=44,63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.9592e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00819159,-0.00768036;OID=.,.;OPOS=33036951,33036950;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:196:195:0:0:89,105:90,105:0.461538,0.538462:44,63:45,42:0:0:44,63:46,42:0:0 chr6 33036959 . G A 3180.77 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980354;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.002;QD=64.258;RBI=0.0103432;REFB=0;REVB=-0.00329744;RO=0;SAF=91;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29413e-05;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:197:198:1:106:91:0:0:107:91:0:0 chr6 33036971 . C T 3256.56 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565579;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.242;QD=61.7358;RBI=0.0632165;REFB=0.0316311;REVB=-0.0282406;RO=1;SAF=94;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139714;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:211:1:0:211:211:1:117:94:0:1:117:94:0:0 chr6 33036977 . G A 883.75 PASS AF=0.452381;AO=95;DP=209;FAO=95;FDP=210;FR=.;FRO=115;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=0.0171874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.736;QD=16.8334;RBI=0.0205758;REFB=-0.00599165;REVB=0.0113119;RO=110;SAF=39;SAR=56;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526135;STB=0.528188;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00609631;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:110:115:95:95:0.452381:56:39:51:59:56:39:53:62 chr6 33036999 . T C 2958.18 PASS AF=0.984456;AO=186;DP=191;FAO=190;FDP=193;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=113;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0266824;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2168;QD=61.3095;RBI=0.0712891;REFB=-0.0634426;REVB=0.0661074;RO=3;SAF=76;SAR=110;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184201;STB=0.509553;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00563241;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:191:193:3:3:186:190:0.984456:110:76:3:0:113:77:3:0 chr6 33037061 . G C 636.99 PASS AF=0.42515;AO=71;DP=167;FAO=71;FDP=167;FR=.;FRO=96;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0951224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.752;QD=15.2572;RBI=0.0963588;REFB=0.00337216;REVB=-0.0153864;RO=96;SAF=26;SAR=45;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988081;STB=0.555344;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00569109;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:96:96:71:71:0.42515:45:26:44:52:45:26:44:52 chr6 33037080 . G A 2230.32 PASS AF=0.979452;AO=143;DP=146;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0326128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.727;QD=61.1046;RBI=0.033467;REFB=-0.209777;REVB=0.00751298;RO=0;SAF=67;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13784e-08;STB=0.509676;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000388616;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:146:146:0:3:143:143:0.979452:76:67:0:0:76:67:0:3 chr6 33037419 . G A 3502.26 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380808;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.109;QD=62.8208;RBI=0.00458025;REFB=0;REVB=-0.00254503;RO=0;SAF=123;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47996e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87667e-05;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:223:0:0:222:223:1:99:123:0:0:100:123:0:0 chr6 33037424 . T C 3736.14 PASS AF=1;AO=233;DP=236;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8896;QD=63.3244;RBI=0.0851498;REFB=0;REVB=0.084237;RO=1;SAF=128;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451712;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252357;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:236:1:0:233:236:1:105:128:0:1:106:130:0:0 chr6 33037522 . T C 3757.0 PASS AF=0.991701;AO=235;DP=238;FAO=239;FDP=241;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=116;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0355227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.916;QD=62.3569;RBI=0.0368629;REFB=0.0642523;REVB=0.00984941;RO=1;SAF=120;SAR=115;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395506;STB=0.504032;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.000140892;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:238:241:1:2:235:239:0.991701:115:120:1:0:116:123:2:0 chr6 33037557 . C T 857.21 PASS AF=0.451777;AO=80;DP=189;FAO=89;FDP=197;FR=.;FRO=108;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.0277521;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.942;QD=17.4052;RBI=0.0310301;REFB=-0.00597145;REVB=0.0138812;RO=109;SAF=32;SAR=48;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118931;STB=0.526683;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00664866;OID=.;OPOS=33037557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:197:109:108:80:89:0.451777:48:32:56:53:48:41:55:53 chr6 33037560 . G A 824.7 PASS AF=0.445596;AO=85;DP=193;FAO=86;FDP=193;FR=.;FRO=107;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=-0.0413657;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.213;QD=17.0921;RBI=0.042181;REFB=-0.0137855;REVB=-0.00825329;RO=106;SAF=40;SAR=45;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048214;STB=0.532297;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00576407;OID=.;OPOS=33037560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:106:107:85:86:0.445596:45:40:55:51:46:40:56:51 chr6 33037579 . AT TG 2459.92 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.056671;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.479;QD=60.3661;RBI=0.0602224;REFB=0.0131308;REVB=0.0203749;RO=0;SAF=70;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502702;STBP=0.494;TYPE=mnp;VARB=5.03611e-05;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:0:1:162:162:0.993865:92:70:0:0:92:70:0:1 chr6 33037611 . C T 373.78 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0107973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.722;QD=13.5921;RBI=0.0142735;REFB=-0.0178911;REVB=-0.00933553;RO=66;SAF=15;SAR=29;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159484;STB=0.590512;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0245173;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:44:44:0.4:29:15:32:34:29:15:32:34 chr6 33037626 . C G 1494.49 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148556;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.665;QD=63.5953;RBI=0.0270802;REFB=0;REVB=0.0226417;RO=1;SAF=40;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29809e-05;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:1:0:90:94:1:50:40:1:0:51:43:0:0 chr6 33037639 . GC AT 217.91 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0104501;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.572;QD=11.3198;RBI=0.0186858;REFB=-0.0185676;REVB=-0.0154904;RO=49;SAF=7;SAR=20;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300206;STB=0.670024;STBP=0.038;TYPE=mnp;VARB=0.0275364;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:49:50:27:27:0.350649:20:7:25:24:20:7:25:25 chr6 33048457 . C G 463.35 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0378063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.242;QD=14.9469;RBI=0.0399113;REFB=0.00862049;REVB=0.0127903;RO=67;SAF=17;SAR=35;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352126;STB=0.531022;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0495411;OID=.;OPOS=33048457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:72:52:52:0.419355:35:17:24:43:35:17:27:45 chr6 33048459 . TTT GCA 450.06 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.00108949;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=274.769;QD=14.5181;RBI=0.00401085;REFB=0.000897134;REVB=-0.00386004;RO=73;SAF=17;SAR=34;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576647;STB=0.532531;STBP=0.58;TYPE=mnp;VARB=-0.00190574;OID=.;OPOS=33048459;OREF=TTT;OALT=GCA;OMAPALT=GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:73:73:51:51:0.41129:34:17:28:45:34:17:28:45 chr6 33048464 . AGGG AGTT 577.48 PASS AF=0.404959;AO=40;DP=119;FAO=49;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0423611;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=2;MLLD=96.733;QD=19.0902;RBI=0.0443856;REFB=-0.0659429;REVB=-0.0132521;RO=39;SAF=6;SAR=34;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539869;STB=0.622871;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=0.0299696;OID=.;OPOS=33048466;OREF=GG;OALT=TT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404959:40:119:49:121:53:15:34:28:25:99:39:6:34:27:12 chr6 33048538 . T C 923.61 PASS AF=0.542169;AO=90;DP=166;FAO=90;FDP=166;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=22;FSRR=54;FWDB=0.0190816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.591;QD=22.2557;RBI=0.0190872;REFB=-0.00416081;REVB=-0.000461738;RO=75;SAF=41;SAR=49;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138313;STB=0.577685;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00472632;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:75:76:90:90:0.542169:49:41:22:53:49:41:22:54 chr6 33048542 . C T 2407.59 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934953;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.046;QD=61.3398;RBI=0.021255;REFB=0;REVB=0.0190882;RO=0;SAF=62;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74301e-05;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:95:62:0:0:95:62:0:0 chr6 33048599 . CT AG,AT 2227.63 PASS AF=0.578947,0.421053;AO=88,60;DP=153;FAO=88,64;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=35,16;FSAR=53,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630196,0.0081721;FXX=0.00653552;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=158.956,121.435;QD=58.6219;RBI=0.043184,0.0191336;REFB=0,0;REVB=-0.0427217,-0.0173006;RO=0;SAF=35,15;SAR=53,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00152375,0.00284064;OID=.,.;OPOS=33048599,33048599;OREF=CT,C;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:153:152:0:0:88,60:88,64:0.578947,0.421053:53,45:35,15:0:0:53,48:35,16:0:0 chr6 33048602 . C A 514.58 PASS AF=0.386076;AO=61;DP=158;FAO=61;FDP=158;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=-0.00394582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1973;QD=13.0272;RBI=0.0335047;REFB=-0.0137302;REVB=-0.0332715;RO=97;SAF=16;SAR=45;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14018;STB=0.579754;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0164727;OID=.;OPOS=33048602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:97:97:61:61:0.386076:45:16:36:61:45:16:36:61 chr6 33048606 . G C 494.53 PASS AF=0.380645;AO=58;DP=155;FAO=59;FDP=155;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=0.00522194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.902;QD=12.7622;RBI=0.0195245;REFB=-0.0291408;REVB=-0.0188132;RO=96;SAF=16;SAR=42;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126767;STB=0.575668;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0274511;OID=.;OPOS=33048606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:96:96:58:59:0.380645:42:16:36:60:43:16:36:60 chr6 33048640 . A G 407.51 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=-0.036721;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8493;QD=13.6978;RBI=0.0784353;REFB=0.00423607;REVB=-0.0693085;RO=72;SAF=15;SAR=33;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420414;STB=0.517484;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00851783;OID=.;OPOS=33048640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:72:71:48:48:0.403361:33:15:25:47:33:15:24:47 chr6 33048686 . G A 1098.65 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.8678;QD=60.1999;RBI=0.0326684;REFB=0;REVB=0.0324656;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138881;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr6 33048689 . G A 1030.76 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.602;QD=58.9004;RBI=0.0182897;REFB=0;REVB=0.015758;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244344;OID=.;OPOS=33048689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:41:28:0:0:42:28:0:0 chr6 33048694 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000691829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.932;QD=59.3226;RBI=0.0142072;REFB=0;REVB=-0.0141904;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98363e-05;OID=.;OPOS=33048694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr6 33052736 . G A 143.11 PASS AF=0.208696;AO=24;DP=113;FAO=24;FDP=115;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.00917184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7967;QD=4.97781;RBI=0.010149;REFB=-0.00790372;REVB=-0.00434512;RO=89;SAF=10;SAR=14;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563896;STB=0.536052;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0173274;OID=.;OPOS=33052736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:89:91:24:24:0.208696:14:10:41:48:14:10:42:49 chr6 33052743 . T C 179.51 PASS AF=0.237288;AO=28;DP=118;FAO=28;FDP=118;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.00405183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.184;QD=6.08513;RBI=0.00954992;REFB=0.00479454;REVB=-0.00864775;RO=90;SAF=12;SAR=16;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620372;STB=0.53787;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0168539;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:90:90:28:28:0.237288:16:12:43:47:16:12:43:47 chr6 33052768 . T C 300.42 PASS AF=0.280255;AO=40;DP=154;FAO=44;FDP=157;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.034377;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7294;QD=7.65402;RBI=0.048322;REFB=-0.0133563;REVB=-0.0339593;RO=113;SAF=20;SAR=20;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00547274;STB=0.519539;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0311523;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:113:113:40:44:0.280255:20:20:56:57:21:23:56:57 chr6 33052803 . G A 414.57 PASS AF=0.302198;AO=55;DP=182;FAO=55;FDP=182;FR=.;FRO=127;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=72;FSRR=55;FWDB=-0.033758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.5;QD=9.11138;RBI=0.0345997;REFB=-0.0020094;REVB=0.00758527;RO=127;SAF=30;SAR=25;SRF=72;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260182;STB=0.515146;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00488527;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:127:127:55:55:0.302198:25:30:72:55:25:30:72:55 chr6 33052950 . T C 777.66 PASS AF=0.468208;AO=81;DP=176;FAO=81;FDP=173;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0184513;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.676;QD=17.9806;RBI=0.0266231;REFB=-0.012138;REVB=-0.0191922;RO=91;SAF=38;SAR=43;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243085;STB=0.510657;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0168534;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:173:91:92:81:81:0.468208:43:38:45:46:43:38:45:47 chr6 33052958 . C T 800.39 PASS AF=0.471591;AO=83;DP=175;FAO=83;FDP=176;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.00871794;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.515;QD=18.1907;RBI=0.00872281;REFB=-0.000690833;REVB=-0.000291312;RO=92;SAF=37;SAR=46;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414914;STB=0.520271;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000611581;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:92:93:83:83:0.471591:46:37:45:47:46:37:45:48 chr6 33052986 . T C 692.31 PASS AF=0.465409;AO=74;DP=159;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0239889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.016;QD=17.4165;RBI=0.0272436;REFB=-4.45591e-05;REVB=-0.012913;RO=84;SAF=35;SAR=39;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309585;STB=0.505025;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-1.30546e-05;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:84:85:74:74:0.465409:39:35:40:44:39:35:41:44 chr6 33053609 . G A 1014.42 PASS AF=0.437008;AO=110;DP=253;FAO=111;FDP=254;FR=.;FRO=143;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=71;FSRR=72;FWDB=0.0640531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.901;QD=15.9752;RBI=0.0656422;REFB=-0.0185456;REVB=-0.0143564;RO=139;SAF=45;SAR=65;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818666;STB=0.552132;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0179261;OID=.;OPOS=33053609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:139:143:110:111:0.437008:65:45:68:71:66:45:71:72 chr6 33053682 . G A 558.32 PASS AF=0.34359;AO=67;DP=195;FAO=67;FDP=195;FR=.;FRO=128;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=71;FWDB=-0.0302424;FXX=0.0101518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6743;QD=11.4527;RBI=0.054227;REFB=-0.00140652;REVB=0.0450107;RO=128;SAF=22;SAR=45;SRF=58;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15191;STB=0.582094;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00263444;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:128:128:67:67:0.34359:45:22:58:70:45:22:57:71 chr6 33053968 . T A 156.03 PASS AF=0.188811;AO=27;DP=143;FAO=27;FDP=143;FR=.;FRO=116;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=70;FSRR=46;FWDB=0.00786013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2135;QD=4.36452;RBI=0.0110077;REFB=0.00356436;REVB=-0.0077064;RO=116;SAF=21;SAR=6;SRF=70;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257281;STB=0.666532;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0168421;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:116:116:27:27:0.188811:6:21:70:46:6:21:70:46 chr6 33053971 . T C 145.82 PASS AF=0.178082;AO=26;DP=146;FAO=26;FDP=146;FR=.;FRO=120;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=69;FSRR=51;FWDB=-0.00218605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.219;QD=3.99512;RBI=0.0182449;REFB=-0.00310351;REVB=0.0181135;RO=118;SAF=22;SAR=4;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404908;STB=0.768508;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0130645;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:118:120:26:26:0.178082:4:22:68:50:4:22:69:51 chr6 33053982 . G C 216.5 PASS AF=0.226027;AO=33;DP=147;FAO=33;FDP=146;FR=.;FRO=113;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=-0.0475905;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.126;QD=5.93144;RBI=0.0508917;REFB=-0.00326375;REVB=-0.0180309;RO=105;SAF=24;SAR=9;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225949;STB=0.630622;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0181604;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:105:113:33:33:0.226027:9:24:59:46:9:24:65:48 chr6 33054046 . T G 156.71 PASS AF=0.19708;AO=17;DP=132;FAO=27;FDP=137;FR=.;FRO=110;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=66;FSRR=44;FWDB=0.0105178;FXX=0.0419551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.512;QD=4.57548;RBI=0.0214326;REFB=-0.00838703;REVB=-0.0186744;RO=107;SAF=15;SAR=2;SRF=65;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421499;STB=0.755946;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0322042;OID=.;OPOS=33054046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:137:107:110:17:27:0.19708:2:15:65:42:4:23:66:44 chr6 33054057 . G A 156.64 PASS AF=0.179012;AO=29;DP=162;FAO=29;FDP=162;FR=.;FRO=133;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=67;FSRR=66;FWDB=0.0206914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.277;QD=3.8677;RBI=0.0206963;REFB=-0.0078894;REVB=0.00045099;RO=132;SAF=20;SAR=9;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248134;STB=0.656919;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0273656;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:132:133:29:29:0.179012:9:20:66:66:9:20:67:66 chr6 33080359 . CT TG 490.52 PASS AF=0.45;AO=53;DP=121;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0211037;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.233;QD=16.3505;RBI=0.0229142;REFB=-0.00361269;REVB=0.00892715;RO=66;SAF=25;SAR=28;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00199315;STB=0.503721;STBP=0.95;TYPE=mnp;VARB=0.00530209;OID=.;OPOS=33080359;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:66:66:53:54:0.45:28:25:31:35:29:25:31:35 chr6 33136310 . G T 472.86 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0129965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.624;QD=16.3055;RBI=0.0261608;REFB=-0.00589855;REVB=-0.0227041;RO=62;SAF=29;SAR=23;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250527;STB=0.506038;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00654781;OID=.;OPOS=33136310;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:64:52:52:0.448276:23:29:33:29:23:29:35:29 chr6 33138955 . G A 503.97 PASS AF=0.421053;AO=50;DP=129;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.00297587;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.078;QD=15.1571;RBI=0.0105936;REFB=-0.0222926;REVB=0.010167;RO=77;SAF=30;SAR=20;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599861;STB=0.505671;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0266564;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:133:77:77:50:56:0.421053:20:30:42:35:26:30:42:35 chr6 33141161 . A G 2416.67 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234295;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.345;QD=61.1815;RBI=0.023463;REFB=0;REVB=0.00125363;RO=0;SAF=63;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22333e-05;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:157:158:1:94:63:0:0:95:63:0:0 chr6 33141475 . C T 179.65 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.000615983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.132;QD=15.622;RBI=0.0285575;REFB=-0.00919674;REVB=0.0285509;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832917;STB=0.547895;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0239153;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:15:12:10:9:15:12 chr6 33141920 . G C 745.28 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.443;QD=63.4283;RBI=0.0493702;REFB=0;REVB=0.0213484;RO=0;SAF=6;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84424e-05;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:43:47:1:37:6:0:0:40:7:0:0 chr6 33144243 . T A 1973.24 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153566;FXX=0.0303007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.242;QD=61.6637;RBI=0.0191684;REFB=-0.108968;REVB=0.0114718;RO=1;SAF=46;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583096;STB=0.503067;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00123643;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:128:1:1:127:127:0.992188:81:46:0:1:81:46:0:1 chr6 33163451 . G A 2027.78 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.313;QD=61.9168;RBI=0.0568577;REFB=0;REVB=0.046513;RO=0;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37288e-05;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:131:0:0:121:131:1:63:58:0:0:67:64:0:0 chr6 33176958 . C T 2216.8 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8134;QD=63.337;RBI=0.0229296;REFB=0;REVB=-0.021111;RO=0;SAF=65;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.97509e-05;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:75:65:0:0:75:65:0:0 chr6 33234454 . G A 578.77 PASS AF=0.4125;AO=65;DP=159;FAO=66;FDP=160;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=62;FWDB=0.0273737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.166;QD=14.4692;RBI=0.0280252;REFB=-0.00862624;REVB=0.00600764;RO=93;SAF=23;SAR=42;SRF=32;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112326;STB=0.514847;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00798558;OID=.;OPOS=33234454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:93:94:65:66:0.4125:42:23:32:61:42:24:32:62 chr6 33235755 . G A 1153.23 PASS AF=0.533019;AO=113;DP=212;FAO=113;FDP=212;FR=.;FRO=99;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=0.0204781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.334;QD=21.759;RBI=0.0204782;REFB=-0.023825;REVB=4.75453e-05;RO=98;SAF=53;SAR=60;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000308389;STB=0.50268;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0175185;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:98:99:113:113:0.533019:60:53:46:52:60:53:47:52 chr6 33239423 . C G 293.12 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0485591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9012;QD=12.473;RBI=0.048884;REFB=-0.0071499;REVB=0.00562684;RO=60;SAF=21;SAR=13;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777191;STB=0.54472;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0141698;OID=.;OPOS=33239423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:13:21:33:27:13:21:33:27 chr6 33239479 . G A 729.9 PASS AF=0.483221;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.033538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.105;QD=19.5947;RBI=0.034052;REFB=-0.0169616;REVB=0.00589455;RO=77;SAF=39;SAR=33;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693511;STB=0.538322;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0165773;OID=.;OPOS=33239479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:77:77:72:72:0.483221:33:39:36:41:33:39:36:41 chr6 33256397 . G A 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0122057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.443;QD=13.9183;RBI=0.0153308;REFB=-0.00575489;REVB=-0.00927664;RO=37;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204644;STB=0.61693;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0110056;OID=.;OPOS=33256397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:9:17:17:20:9:17:17:20 chr6 33256441 . CGGGGGC CGGGG,CGGGGAC,CGGGGC 47.84 PASS AF=0,0,0.333333;AO=6,3,6;DP=45;FAO=0,0,14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=0,0,7;FSAR=0,0,7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00636479,-0.115824,-0.00761538;FXX=0.0232504;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=236.206,74.6059,10.7152;QD=4.55594;RBI=0.00946629,0.115841,0.0487205;REFB=-0.00132407,-0.0007197,-0.0866363;REVB=0.00700715,-0.00195302,-0.0481217;RO=28;SAF=0,3,5;SAR=6,0,1;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.665535,0.586033,0.480192;STB=0.5,0.5,0.547552;STBP=1,1,0.695;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0,0.0928931;OID=.,.,.;OPOS=33256446,33256446,33256442;OREF=GC,G,G;OALT=-,A,-;OMAPALT=CGGGG,CGGGGAC,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.333333:6,3,6:45:0,0,14:42:28:0,0,7:0,0,7:12:16:50:28:0,3,5:6,0,1:12:16 chr6 33256471 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.098;QD=59.8369;RBI=0.0268484;REFB=0;REVB=0.0132311;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95619e-05;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr6 33272855 . G C 729.27 PASS AF=0.514493;AO=70;DP=138;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0119005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8266;QD=21.1382;RBI=0.0119392;REFB=-0.0067339;REVB=-0.000960408;RO=66;SAF=38;SAR=32;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245673;STB=0.520421;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0105481;OID=.;OPOS=33272855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:66:67:70:71:0.514493:32:38:34:32:32:39:34:33 chr6 33283766 . T C 856.67 PASS AF=0.431193;AO=94;DP=218;FAO=94;FDP=218;FR=.;FRO=124;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.0110954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.73;QD=15.7188;RBI=0.0320062;REFB=-0.011466;REVB=-0.0300214;RO=124;SAF=55;SAR=39;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104278;STB=0.558116;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0173321;OID=.;OPOS=33283766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:124:124:94:94:0.431193:39:55:60:64:39:55:60:64 chr6 33333446 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0107484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.275;QD=14.4116;RBI=0.0131876;REFB=-0.0143128;REVB=0.00764096;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353748;STB=0.704006;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0242711;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:6:12:9:19:6:12:9:19 chr6 33333876 . G C 335.22 PASS AF=0.507246;AO=32;DP=64;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0211888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.622;QD=19.4329;RBI=0.0215937;REFB=-0.0284446;REVB=0.00416212;RO=32;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520946;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0263246;OID=.;OPOS=33333876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:32:34:32:35:0.507246:14:18:18:14:14:21:19:15 chr6 33333916 . G T 222.03 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00832798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.911;QD=17.4137;RBI=0.00841123;REFB=-0.00732271;REVB=0.00118048;RO=27;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09777;STB=0.538429;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00779455;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:27:23:24:0.470588:8:15:15:12:9:15:15:12 chr6 33373341 . C T 1121.98 PASS AF=0.466403;AO=118;DP=254;FAO=118;FDP=253;FR=.;FRO=135;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=70;FSRR=65;FWDB=-0.0164642;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.223;QD=17.7388;RBI=0.0207186;REFB=-0.0152844;REVB=0.0125773;RO=134;SAF=56;SAR=62;SRF=70;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460564;STB=0.523448;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0165278;OID=.;OPOS=33373341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:134:135:118:118:0.466403:62:56:70:64:62:56:70:65 chr6 33377484 . G C 347.65 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=45;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00573103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1836;QD=29.5874;RBI=0.00705222;REFB=-0.0529458;REVB=0.00410964;RO=15;SAF=15;SAR=14;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155422;STB=0.574419;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.034114;OID=.;OPOS=33377484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:15:17:29:30:0.638298:14:15:4:11:15:15:5:12 chr6 33382288 . G A 2558.51 PASS AF=0.982955;AO=158;DP=162;FAO=173;FDP=176;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=117;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0129624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.331;QD=58.148;RBI=0.0388072;REFB=-0.089971;REVB=0.0365783;RO=4;SAF=50;SAR=108;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036545;STB=0.513042;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00765006;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:162:176:4:3:158:173:0.982955:108:50:4:0:117:56:3:0 chr6 33384061 . G C 273.3 PASS AF=0.324324;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=52;FWDB=-0.0142788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0932;QD=9.84873;RBI=0.0651399;REFB=-0.0138144;REVB=-0.0635557;RO=72;SAF=10;SAR=26;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577462;STB=0.523796;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0324373;OID=.;OPOS=33384061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:72:75:36:36:0.324324:26:10:23:49:26:10:23:52 chr6 33385953 . A G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00948071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.802;QD=17.6895;RBI=0.0464444;REFB=-0.0150168;REVB=0.0454664;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878716;STB=0.539839;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0177814;OID=.;OPOS=33385953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:9:12:12:13:9:12:13:13 chr6 33406556 . A G 410.18 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0145624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5044;QD=15.6259;RBI=0.0156304;REFB=-0.000888161;REVB=-0.00567854;RO=56;SAF=15;SAR=31;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909162;STB=0.549773;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.000576024;OID=.;OPOS=33406556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:59:46:46:0.438095:31:15:23:33:31:15:24:35 chr6 33408542 . G A 364.56 PASS AF=0.475;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.023026;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.008;QD=18.2278;RBI=0.0302712;REFB=0.00348276;REVB=0.0196507;RO=41;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216726;STB=0.613578;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00318011;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:41:42:38:38:0.475:17:21:13:28:17:21:14:28 chr6 33420212 . TGGGGGGGC CTGGGGGGC,TGGGGGGCG 72.11 PASS AF=0,0.220588;AO=3,11;DP=72;FAO=0,15;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=0,13;FSAR=0,2;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.087175,-0.0685301;FXX=0.0422476;HRUN=1,7;LEN=2,2;MLLD=25.2425,90.2987;QD=4.24189;RBI=0.128705,0.0762445;REFB=-0.0888954,-0.011684;REVB=0.0946866,0.0334193;RO=34;SAF=0,9;SAR=3,2;SRF=9;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.445249,0.608214;STB=0.5,0.903284;STBP=1,0.002;TYPE=mnp,mnp;VARB=0,0.109599;OID=.,.;OPOS=33420212,33420219;OREF=TG,GC;OALT=CT,CG;OMAPALT=CTGGGGGGC,TGGGGGGCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:72:68:34:51:3,11:0,15:0,0.220588:3,2:0,9:9:25:0,2:0,13:14:37 chr6 33422976 . T G 1694.36 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1554;QD=60.513;RBI=0.102524;REFB=0;REVB=0.0981915;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673604;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:56:56:0:0:56:56:0:0 chr6 33425001 . C A 706.07 PASS AF=0.557377;AO=68;DP=122;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0989165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5942;QD=23.1499;RBI=0.10051;REFB=-0.0189181;REVB=-0.0178282;RO=54;SAF=28;SAR=40;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117359;STB=0.564183;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0287124;OID=.;OPOS=33425001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:54:54:68:68:0.557377:40:28:30:24:40:28:30:24 chr6 33541507 . A G 85.14 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.02244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.281;QD=5.08324;RBI=0.027815;REFB=-0.00691312;REVB=-0.0164354;RO=53;SAF=6;SAR=8;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305307;STB=0.519453;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.027936;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:53:53:14:14:0.208955:8:6:24:29:8:6:24:29 chr6 33560896 . A G 332.48 PASS AF=0.397849;AO=34;DP=89;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0354495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.235;QD=14.3002;RBI=0.0355206;REFB=-0.0327325;REVB=-0.0022455;RO=53;SAF=19;SAR=15;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329164;STB=0.536247;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0588047;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:53:56:34:37:0.397849:15:19:28:25:15:22:30:26 chr6 33636907 . C T 670.93 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.948;QD=62.4123;RBI=0.0439101;REFB=0;REVB=0.00468083;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200423;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:19:24:0:0 chr6 33638180 . C T 638.25 PASS AF=0.44586;AO=70;DP=158;FAO=70;FDP=157;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.016163;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.466;QD=16.2611;RBI=0.0208015;REFB=-0.0119041;REVB=-0.0130943;RO=86;SAF=37;SAR=33;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643805;STB=0.532151;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.017039;OID=.;OPOS=33638180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:86:87:70:70:0.44586:33:37:51:35:33:37:51:36 chr6 33641379 . T C 1711.32 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.717;QD=60.5777;RBI=0.00893417;REFB=0;REVB=-0.00144127;RO=0;SAF=68;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40659e-06;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:44:68:0:0:45:68:0:0 chr6 33643558 . G A 2688.26 PASS AF=0.511494;AO=200;DP=525;FAO=267;FDP=522;FR=.;FRO=255;FSAF=143;FSAR=124;FSRF=133;FSRR=122;FWDB=0.0810636;FXX=0.00760442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1089;QD=20.5997;RBI=0.115044;REFB=-0.0431916;REVB=0.0816315;RO=245;SAF=76;SAR=124;SRF=127;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14063;STB=0.506872;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0439861;OID=.;OPOS=33643558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:525:522:245:255:200:267:0.511494:124:76:127:118:124:143:133:122 chr6 33648228 . C T 2605.2 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=346.98;QD=61.2988;RBI=0.0346521;REFB=-0.103561;REVB=0.0313854;RO=1;SAF=87;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543931;STB=0.502857;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=4.56664e-05;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:170:1:1:169:169:0.994118:82:87:1:0:82:87:1:0 chr6 33651129 . C T 806.31 PASS AF=0.40991;AO=91;DP=222;FAO=91;FDP=222;FR=.;FRO=131;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=0.0363202;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=144.235;QD=14.5281;RBI=0.0365498;REFB=-0.0170861;REVB=-0.00409095;RO=127;SAF=45;SAR=46;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00658484;STB=0.50802;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0199117;OID=.;OPOS=33651129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:127:131:91:91:0.40991:46:45:62:65:46:45:63:68 chr6 33653448 . C T 1711.09 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.25851e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.091;QD=60.5695;RBI=0.0651182;REFB=0;REVB=0.0651182;RO=0;SAF=66;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39546e-05;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:113:0:0:110:113:1:44:66:0:0:46:67:0:0 chr6 33659472 . C G 1916.52 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7639;QD=60.3629;RBI=0.0581736;REFB=0;REVB=0.0558874;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371145;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:117:127:0:0:116:127:1:58:58:0:0:66:61:0:0 chr6 33690796 . CA TG 1833.06 PASS AF=1;AO=118;DP=123;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553579;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.458;QD=61.1019;RBI=0.0203322;REFB=0;REVB=0.0195641;RO=0;SAF=38;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000158479;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:120:0:0:118:120:1:80:38:0:0:82:38:0:0 chr6 33739960 . A G 2696.69 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0224544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3478;QD=61.6387;RBI=0.0347508;REFB=-0.0914812;REVB=0.026522;RO=1;SAF=96;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060635;STB=0.503184;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00239029;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:175:1:1:174:174:0.994286:78:96:0:1:78:96:0:1 chr6 33740025 . C T 293.9 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=0;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=36;FWDB=0;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2568;QD=17.2883;RBI=0.0722419;REFB=-0.0106359;REVB=0.0722419;RO=37;SAF=0;SAR=32;SRF=0;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138841;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:36:32:32:0.470588:32:0:0:37:32:0:0:36 chr6 33762625 . A G 318.87 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.011709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.425;QD=26.5728;RBI=0.0178724;REFB=-0.00287475;REVB=0.0135027;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741951;STB=0.533719;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00258136;OID=.;OPOS=33762625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:20:20:27:28:0.583333:12:15:13:7:12:16:13:7 chr6 33768897 . A G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0143779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.76;QD=15.1662;RBI=0.0147218;REFB=-0.0120054;REVB=-0.00316348;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448457;STB=0.525513;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0153682;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:13:17:12:11:13:17 chr6 33990447 . T C 407.06 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0104715;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.641;QD=17.1395;RBI=0.0106248;REFB=-0.0189626;REVB=0.00179876;RO=51;SAF=12;SAR=30;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255111;STB=0.645089;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.029871;OID=.;OPOS=33990447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:53:42:42:0.442105:30:12:27:24:30:12:28:25 chr6 34003685 . T C 615.6 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0228453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4191;QD=20.5201;RBI=0.0396493;REFB=-0.00845425;REVB=-0.0324062;RO=57;SAF=36;SAR=26;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171426;STB=0.514281;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00829474;OID=.;OPOS=34003685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:58:62:62:0.516667:26:36:32:25:26:36:32:26 chr6 34008006 . A G 1098.63 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.005;QD=60.1988;RBI=0.0068946;REFB=0;REVB=0.00211177;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93024e-05;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr6 34078463 . G A 47.17 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0138817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5118;QD=11.0987;RBI=0.0348932;REFB=-0.00208585;REVB=0.032013;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101245;STB=0.562306;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00975895;OID=.;OPOS=34078463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:2:8:6:1:2:8 chr6 34212743 . A G 1908.94 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1656;QD=62.0794;RBI=0.0156036;REFB=0;REVB=-0.0156036;RO=0;SAF=0;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101508;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:123:123:1:123:0:0:0:123:0:0:0 chr6 34213296 . T C 936.31 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.2;QD=58.5196;RBI=0.00594624;REFB=0;REVB=0.00550102;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40893e-06;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:32:30:0:0:32:32:0:0 chr6 34213868 . A G 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.686;QD=51.9096;RBI=0.00522109;REFB=0;REVB=-6.95387e-06;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26158e-05;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr6 34214322 . C G 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00626535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.046;QD=60.2416;RBI=0.00772362;REFB=0.0493346;REVB=0.0045166;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114095;STB=0.506023;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-9.96925e-05;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:81:82:0.987952:40:41:1:0:41:41:1:0 chr6 34502687 . T C 4275.17 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233484;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.048;QD=62.6398;RBI=0.0524425;REFB=-0.0699383;REVB=0.0469581;RO=0;SAF=105;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02738e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:259:273:0:0:258:273:1:153:105:0:0:158:115:0:0 chr6 34507311 . A G 400.06 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00204264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.314;QD=15.8438;RBI=0.0020445;REFB=-0.00601437;REVB=8.71907e-05;RO=55;SAF=12;SAR=32;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146308;STB=0.575017;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00751743;OID=.;OPOS=34507311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:55:57:44:44:0.435644:32:12:22:33:32:12:22:35 chr6 34557374 . A G 739.72 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0324056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.649;QD=50.1508;RBI=0.0384613;REFB=0.0115561;REVB=-0.0207159;RO=4;SAF=23;SAR=32;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221266;STB=0.511757;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.000226474;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:4:4:55:55:0.932203:32:23:1:3:32:23:1:3 chr6 34949607 . C T 2894.02 PASS AF=1;AO=184;DP=187;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187294;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.547;QD=62.9134;RBI=0.0189084;REFB=0.043735;REVB=0.00259588;RO=1;SAF=80;SAR=104;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94328e-05;OID=.;OPOS=34949607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:184:1:0:184:184:1:104:80:1:0:104:80:0:0 chr6 34977663 . C A 446.9 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6202;QD=57.6649;RBI=0.0406399;REFB=0;REVB=-0.0326458;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000784162;OID=.;OPOS=34977663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr6 34985252 . C T 1068.06 PASS AF=0.447471;AO=115;DP=257;FAO=115;FDP=257;FR=.;FRO=142;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=64;FSRR=78;FWDB=0.00723716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.388;QD=16.6235;RBI=0.017179;REFB=-0.0394998;REVB=-0.0155801;RO=140;SAF=52;SAR=63;SRF=64;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496724;STB=0.50082;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0508215;OID=.;OPOS=34985252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:140:142:115:115:0.447471:63:52:64:76:63:52:64:78 chr6 35027927 . T C 3934.46 PASS AF=0.992218;AO=255;DP=258;FAO=255;FDP=257;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=156;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0077364;FXX=0.00387582;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.06;QD=61.2368;RBI=0.0244001;REFB=-0.0396105;REVB=-0.0231411;RO=1;SAF=99;SAR=156;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00479082;STB=0.500915;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=6.2614e-05;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:258:257:1:2:255:255:0.992218:156:99:1:0:156:99:1:1 chr6 35050506 . G A 1762.46 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7925;QD=59.2423;RBI=0.0542574;REFB=0;REVB=0.038351;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384553;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:119:0:0:114:119:1:54:60:0:0:56:63:0:0 chr6 35108989 . TC T 155.03 PASS AF=0.491803;AO=28;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.173404;FXX=0.0161264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.1498;QD=10.1658;RBI=0.174286;REFB=-0.00720572;REVB=0.0175126;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0.304348;SSSB=0.279316;STB=0.621952;STBP=0.087;TYPE=del;VARB=0.0165563;OID=.;OPOS=35108990;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491803:28:62:30:61:31:16:14:9:22:99:27:14:14:5:22 chr6 35109032 . CGCGGCCTG C 123.24 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0125111;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=8;MLLD=273.837;QD=14.4984;RBI=0.0125604;REFB=-0.0316542;REVB=0.00111132;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193277;STB=0.58683;STBP=0.456;TYPE=del;VARB=0.042754;OID=.;OPOS=35109033;OREF=GCGGCCTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:14:34:14:34:20:5:9:10:10:99:16:5:9:9:7 chr6 35203203 . T G 888.26 PASS AF=0.886076;AO=52;DP=79;FAO=70;FDP=79;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00563291;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=156.502;QD=44.9751;RBI=0.0299072;REFB=0.0223267;REVB=0.0293719;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.509602;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000778041;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:79:79:0:9:52:70:0.886076:29:23:0:0:37:33:5:4 chr6 35216740 . G A 191.26 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0657687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1574;QD=9.80828;RBI=0.0660036;REFB=0.00478417;REVB=-0.00556341;RO=52;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537355;STB=0.539685;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00272933;OID=.;OPOS=35216740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:52:53:25:25:0.320513:16:9:21:31:16:9:22:31 chr6 35260503 . C T 1139.17 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506464;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.954;QD=60.7556;RBI=0.0509062;REFB=0;REVB=0.00513656;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101408;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:34:40:0:0:35:40:0:0 chr6 35260530 . C T 1008.31 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0508;QD=59.3121;RBI=0.11411;REFB=0;REVB=0.0416239;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131544;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr6 35263555 . A G 1552.22 PASS AF=0.963964;AO=107;DP=111;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0169834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4495;QD=55.9359;RBI=0.0294991;REFB=-0.145026;REVB=0.0241198;RO=4;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036463;STB=0.519227;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00507168;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:111:4:4:107:107:0.963964:50:57:0:4:50:57:0:4 chr6 35285719 . AA AC,GC 1150.11 PASS AF=0.961039,0.038961;AO=74,3;DP=77;FAO=74,3;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48,2;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127473,0.00283086;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=52.6212,24.7501;QD=59.7458;RBI=0.033718,0.0259605;REFB=0,0;REVB=-0.0312155,-0.0258057;RO=0;SAF=48,2;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.16077e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00189885,0.0483408;OID=.,.;OPOS=35285720,35285719;OREF=A,AA;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:77:77:0:0:74,3:74,3:0.961039,0.038961:26,1:48,2:0:0:26,1:48,2:0:0 chr6 35391787 . C T 484.82 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0372031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.544;QD=21.079;RBI=0.0377213;REFB=-0.00166369;REVB=0.0062311;RO=45;SAF=11;SAR=36;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648364;STB=0.535964;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00129121;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:36:11:13:32:36:11:13:32 chr6 35395010 . C T 1274.2 PASS AF=0.523404;AO=123;DP=235;FAO=123;FDP=235;FR=.;FRO=112;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=0.0133899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.219;QD=21.6885;RBI=0.01399;REFB=-0.021657;REVB=0.00405347;RO=109;SAF=64;SAR=59;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922736;STB=0.547869;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0214183;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:109:112:123:123:0.523404:59:64:45:64:59:64:47:65 chr6 35395795 . G C 1239.39 PASS AF=0.424699;AO=124;DP=312;FAO=141;FDP=332;FR=.;FRO=191;FSAF=53;FSAR=88;FSRF=61;FSRR=130;FWDB=-0.00143995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9055;QD=14.9324;RBI=0.0104686;REFB=-0.0123938;REVB=0.0103691;RO=180;SAF=48;SAR=76;SRF=58;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739476;STB=0.535249;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0196805;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:332:180:191:124:141:0.424699:76:48:58:122:88:53:61:130 chr6 35423662 . A C 650.53 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.723;QD=61.9556;RBI=0.00279375;REFB=0;REVB=-0.000551159;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16593e-06;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:21:21:0:0 chr6 35441516 . CAAAAAA ACAAAAA,CAAAAA,CAAAA,CAAAAAT 574.84 PASS AF=0,0.948718,0,0.0512821;AO=17,48,15,6;DP=126;FAO=0,111,0,6;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27,0,0;FSAR=0,84,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.188144,-0.329766,-0.176945,-0.122268;FXX=0.0999923;HRUN=1,7,7,7;LEN=2,1,2,1;MLLD=11.7654,6.57809,9.93156,159.416;QD=19.6528;RBI=0.269181,0.330267,0.177197,0.128753;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.19251,-0.0181869,-0.00944966,-0.0403467;RO=16;SAF=0,5,4,2;SAR=17,43,11,4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.825321,-0.301745,-0.176662,-0.123829;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.0287521,0.00251793,-0.0295769,0.0046976;OID=.,.,.,.;OPOS=35441516,35441517,35441517,35441522;OREF=CA,A,AA,A;OALT=AC,-,-,T;OMAPALT=ACAAAAA,CAAAAA,CAAAA,CAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:18:126:117:16:0:17,48,15,6:0,111,0,6:0,0.948718,0,0.0512821:17,43,11,4:0,5,4,2:7:9:0,84,0,6:0,27,0,0:0:0 chr6 35442122 . C T 627.3 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0585819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.412;QD=18.866;RBI=0.0614611;REFB=-0.0318183;REVB=0.0185909;RO=63;SAF=42;SAR=22;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154567;STB=0.56613;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0475173;OID=.;OPOS=35442122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:133:63:69:64:64:0.481203:22:42:31:32:22:42:37:32 chr6 35442679 . G A 434.24 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00985896;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.994;QD=17.0291;RBI=0.00998988;REFB=-0.0240746;REVB=0.00161201;RO=55;SAF=18;SAR=29;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124561;STB=0.569569;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0335432;OID=.;OPOS=35442679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:29:18:28:27:29:18:28:27 chr6 35447913 . A G 589.63 PASS AF=0.411043;AO=67;DP=162;FAO=67;FDP=163;FR=.;FRO=96;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.00371655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.55;QD=14.4695;RBI=0.0197941;REFB=-0.0387346;REVB=0.019442;RO=94;SAF=25;SAR=42;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199991;STB=0.606522;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0564926;OID=.;OPOS=35447913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:94:96:67:67:0.411043:42:25:53:41:42:25:53:43 chr6 35452346 . C T 889.47 PASS AF=0.446512;AO=96;DP=215;FAO=96;FDP=215;FR=.;FRO=119;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=84;FWDB=-0.0155607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.338;QD=16.5482;RBI=0.0242974;REFB=-0.0248473;REVB=0.0186609;RO=117;SAF=47;SAR=49;SRF=34;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199069;STB=0.608704;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0321029;OID=.;OPOS=35452346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:117:119:96:96:0.446512:49:47:34:83:49:47:35:84 chr6 35465786 . A C 945.1 PASS AF=0.417004;AO=100;DP=245;FAO=103;FDP=247;FR=.;FRO=144;FSAF=33;FSAR=70;FSRF=82;FSRR=62;FWDB=0.0240939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3619;QD=15.3053;RBI=0.0325163;REFB=-0.00150893;REVB=-0.0218356;RO=138;SAF=30;SAR=70;SRF=76;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271406;STB=0.64885;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00240082;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:247:138:144:100:103:0.417004:70:30:76:62:70:33:82:62 chr6 35477025 . C G 854.11 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216874;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8009;QD=57.9059;RBI=0.0468746;REFB=0;REVB=0.0415558;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41175e-05;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:43:16:0:0:43:16:0:0 chr6 35479574 . G C 1208.75 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.419;QD=61.2024;RBI=0.0263294;REFB=0;REVB=0.0222189;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25187e-06;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:0:0:74:79:1:45:29:0:0:49:30:0:0 chr6 35543445 . C T 950.81 PASS AF=0.47619;AO=100;DP=209;FAO=100;FDP=210;FR=.;FRO=110;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=65;FSRR=45;FWDB=-0.00342144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.676;QD=18.1106;RBI=0.0214494;REFB=-0.0174158;REVB=0.0211748;RO=109;SAF=48;SAR=52;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101101;STB=0.557907;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0226682;OID=.;OPOS=35543445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:109:110:100:100:0.47619:52:48:64:45:52:48:65:45 chr6 35610590 . A G 731.2 PASS AF=0.584746;AO=69;DP=118;FAO=69;FDP=118;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00416846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.566;QD=24.7865;RBI=0.028781;REFB=0.00326659;REVB=-0.0284775;RO=49;SAF=35;SAR=34;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754878;STB=0.541092;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00218419;OID=.;OPOS=35610590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:49:49:69:69:0.584746:34:35:20:29:34:35:20:29 chr6 35705892 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.461;QD=63.2866;RBI=0.0115533;REFB=0;REVB=-0.0108245;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15444e-05;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr6 35715085 . G A 680.77 PASS AF=0.489209;AO=68;DP=139;FAO=68;FDP=139;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0189257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.446;QD=19.5904;RBI=0.0201208;REFB=-0.0111577;REVB=0.00683135;RO=71;SAF=21;SAR=47;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143761;STB=0.579682;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0110205;OID=.;OPOS=35715085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:71:71:68:68:0.489209:47:21:32:39:47:21:32:39 chr6 35745655 . C T 328.22 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0128213;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3042;QD=12.8713;RBI=0.0146278;REFB=-0.00299678;REVB=-0.00704179;RO=60;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755261;STB=0.526435;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0070114;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:63:39:39:0.382353:20:19:25:35:20:19:28:35 chr6 35748931 . T C 770.43 PASS AF=0.462857;AO=81;DP=174;FAO=81;FDP=175;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=0.0309302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3512;QD=17.6099;RBI=0.0404674;REFB=-0.0198824;REVB=-0.0260946;RO=93;SAF=36;SAR=45;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120785;STB=0.569603;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0306495;OID=.;OPOS=35748931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:93:94:81:81:0.462857:45:36:53:40:45:36:54:40 chr6 35755658 . A G 231.81 PASS AF=0.248175;AO=34;DP=139;FAO=34;FDP=137;FR=.;FRO=103;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.0197675;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.275;QD=6.76831;RBI=0.0351765;REFB=-0.00636919;REVB=-0.0290969;RO=102;SAF=15;SAR=19;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012393;STB=0.510688;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0147763;OID=.;OPOS=35755658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:102:103:34:34:0.248175:19:15:44:58:19:15:44:59 chr6 35923246 . T C 528.68 PASS AF=0.401316;AO=61;DP=155;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.000563214;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.392;QD=13.9127;RBI=0.0103869;REFB=0.00116074;REVB=0.0103716;RO=90;SAF=22;SAR=39;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811392;STB=0.543012;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00173841;OID=.;OPOS=35923246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:152:90:91:61:61:0.401316:39:22:39:51:39:22:39:52 chr6 35992332 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00774715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.727;QD=8.25462;RBI=0.0241679;REFB=-0.0319753;REVB=0.0228926;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223205;STB=0.635977;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0659672;OID=.;OPOS=35992332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:10:2:2:4:10:2 chr6 36098410 . A C 487.72 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0664606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.385;QD=55.739;RBI=0.0674661;REFB=-0.18285;REVB=0.0116043;RO=1;SAF=5;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846392;STB=0.545426;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00307036;OID=.;OPOS=36098410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:29:5:1:0:29:5:1:0 chr6 36198577 . G A,C 2102.35 PASS AF=0.0719424,0.920863;AO=10,128;DP=139;FAO=10,128;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=0,65;FSAR=10,63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140693,-0.0020446;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.1097,140;QD=60.4994;RBI=0.0320248,0.0317263;REFB=0.00102436,0.00922582;REVB=-0.0287687,-0.0316604;RO=1;SAF=0,65;SAR=10,63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.00748343;STB=0.5,0.503936;STBP=1,0.324;TYPE=snp,snp;VARB=0.0550562,0.000996017;OID=.,.;OPOS=36198577,36198577;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:139:139:1:1:10,128:10,128:0.0719424,0.920863:10,63:0,65:0:1:10,63:0,65:0:1 chr6 36260858 . C T 656.87 PASS AF=0.591837;AO=56;DP=96;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0138719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.404;QD=26.811;RBI=0.0738763;REFB=-0.0210873;REVB=0.0725622;RO=40;SAF=33;SAR=23;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889473;STB=0.548656;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0104773;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:40:40:56:58:0.591837:23:33:28:12:24:34:28:12 chr6 36260914 . C T 415.32 PASS AF=0.428571;AO=43;DP=107;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0144955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.12;QD=14.833;RBI=0.0212632;REFB=-0.0350237;REVB=-0.0155565;RO=64;SAF=20;SAR=23;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698481;STB=0.529727;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0367501;OID=.;OPOS=36260914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:64:64:43:48:0.428571:23:20:34:30:25:23:34:30 chr6 36261978 . TG GT,T 47.97 PASS AF=0.0218069,0.0965732;AO=22,63;DP=323;FAO=7,31;FDP=321;FR=.;FRO=283;FSAF=0,6;FSAR=7,25;FSRF=158;FSRR=125;FWDB=-0.0132256,-0.0332494;FXX=0.0123073;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=39.9139,10.4485;QD=0.597796;RBI=0.0720458,0.0736452;REFB=-0.0218757,-0.0816799;REVB=-0.0708214,-0.0657121;RO=220;SAF=1,24;SAR=21,39;SRF=133;SRR=87;SSEN=0,0;SSEP=0,0.5625;SSSB=-0.624114,-0.280195;STB=0.998701,0.819799;STBP=0,0.001;TYPE=mnp,del;VARB=0.177062,0.0977214;OID=.,.;OPOS=36261978,36261979;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:323:321:220:283:22,63:7,31:0.0218069,0.0965732:21,39:1,24:133:87:7,25:0,6:158:125 chr6 36262153 . G A 887.14 PASS AF=0.456731;AO=95;DP=208;FAO=95;FDP=208;FR=.;FRO=113;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=-0.00292514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.186;QD=17.0603;RBI=0.00752737;REFB=-0.000805377;REVB=-0.00693576;RO=112;SAF=42;SAR=53;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306752;STB=0.519604;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00096735;OID=.;OPOS=36262153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:112:113:95:95:0.456731:53:42:53:59:53:42:54:59 chr6 36270130 . C A 332.54 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00210542;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.29;QD=31.6704;RBI=0.0026632;REFB=-0.0257298;REVB=0.0016309;RO=14;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440104;STB=0.524121;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0152375;OID=.;OPOS=36270130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:14:14:28:28:0.666667:16:12:7:7:16:12:7:7 chr6 36393816 . A G 2338.7 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125777;FXX=0.0129024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.359;QD=61.1424;RBI=0.0241587;REFB=0;REVB=0.0206263;RO=0;SAF=61;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2516e-06;OID=.;OPOS=36393816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:153:0:0:153:153:1:92:61:0:0:92:61:0:0 chr6 36418781 . T TG 183.98 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.014297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.2495;QD=10.5131;RBI=0.0349427;REFB=0.0519641;REVB=0.031884;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101033;STB=0.557105;STBP=0.475;TYPE=ins;VARB=-0.0673996;OID=.;OPOS=36418782;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:30:70:30:70:40:15:15:24:16:99:40:15:15:24:16 chr6 36446975 . G C 452.95 PASS AF=0.458716;AO=49;DP=108;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0431431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5747;QD=16.622;RBI=0.0472597;REFB=0.00660148;REVB=-0.0192911;RO=58;SAF=18;SAR=31;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198132;STB=0.609821;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00796806;OID=.;OPOS=36446975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:58:59:49:50:0.458716:31:18:33:25:32:18:33:26 chr6 36455838 . C T 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0365826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.237;QD=17.4971;RBI=0.0557002;REFB=-0.00921612;REVB=-0.0420027;RO=46;SAF=26;SAR=13;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614638;STB=0.534465;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00708226;OID=.;OPOS=36455838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:13:26:28:18:13:26:28:18 chr6 36490133 . G A 479.87 PASS AF=0.488636;AO=39;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00593397;FXX=0.0222198;HRUN=7;LEN=1;MLLD=303.208;QD=21.8121;RBI=0.00688845;REFB=-0.0168831;REVB=0.00349839;RO=25;SAF=12;SAR=27;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135551;STB=0.568687;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00350809;OID=.;OPOS=36490133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:25:34:39:43:0.488636:27:12:12:13:30:13:15:19 chr6 36645696 . A G 1341.76 PASS AF=0.460317;AO=133;DP=308;FAO=145;FDP=315;FR=.;FRO=170;FSAF=72;FSAR=73;FSRF=81;FSRR=89;FWDB=0.00486752;FXX=0.0125388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.134;QD=17.0383;RBI=0.0087179;REFB=-0.00861402;REVB=0.0072325;RO=169;SAF=66;SAR=67;SRF=81;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171049;STB=0.510838;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0102898;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:315:169:170:133:145:0.460317:67:66:81:88:73:72:81:89 chr6 36651971 . C A 459.86 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.00566598;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.204;QD=15.7216;RBI=0.00621338;REFB=-0.00305061;REVB=-0.00255003;RO=64;SAF=27;SAR=24;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152963;STB=0.575971;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00391445;OID=.;OPOS=36651971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:64:66:51:51:0.435897:24:27:24:40:24:27:26:40 chr6 36653597 . C T 801.75 PASS AF=0.427136;AO=85;DP=199;FAO=85;FDP=199;FR=.;FRO=114;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=-0.00024194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.07;QD=16.1157;RBI=0.00186759;REFB=-0.00143005;REVB=0.00185185;RO=114;SAF=40;SAR=45;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751252;STB=0.541903;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.002209;OID=.;OPOS=36653597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:114:114:85:85:0.427136:45:40:62:52:45:40:62:52 chr6 36713263 . A G 2734.59 PASS AF=0.526733;AO=265;DP=506;FAO=266;FDP=505;FR=.;FRO=239;FSAF=76;FSAR=190;FSRF=88;FSRR=151;FWDB=-0.0373212;FXX=0.00197625;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1807;QD=21.6601;RBI=0.050005;REFB=-0.013693;REVB=-0.033281;RO=238;SAF=75;SAR=190;SRF=87;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845546;STB=0.545935;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0132155;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:506:505:238:239:265:266:0.526733:190:75:87:151:190:76:88:151 chr6 36766292 . C T 599.44 PASS AF=0.421384;AO=67;DP=167;FAO=67;FDP=159;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.00273832;FXX=0.0479013;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.855;QD=15.0802;RBI=0.00345343;REFB=-0.0171907;REVB=-0.00210423;RO=91;SAF=28;SAR=39;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457225;STB=0.529133;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.019197;OID=.;OPOS=36766292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:159:91:92:67:67:0.421384:39:28:42:49:39:28:43:49 chr6 36789940 . C CG 157.96 PASS AF=0.441989;AO=62;DP=200;FAO=80;FDP=181;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=0.0635045;FXX=0.0109284;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.7989;QD=3.49082;RBI=0.0857441;REFB=-0.0548262;REVB=0.0576128;RO=110;SAF=26;SAR=36;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710026;STB=0.543096;STBP=0.321;TYPE=ins;VARB=0.0496578;OID=.;OPOS=36789941;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441989:62:200:80:181:101:29:51:44:57:99:110:26:36:53:57 chr6 36824399 . C T 736.18 PASS AF=0.490446;AO=72;DP=153;FAO=77;FDP=157;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0190928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.207;QD=18.7563;RBI=0.0373347;REFB=-0.0361327;REVB=0.0320834;RO=80;SAF=37;SAR=35;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224811;STB=0.515805;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.038621;OID=.;OPOS=36824399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:80:80:72:77:0.490446:35:37:43:37:38:39:43:37 chr6 36867369 . GAC CGA 39.38 PASS AF=0.0769231;AO=5;DP=81;FAO=6;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.0374043;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=3;MLLD=76.2628;QD=2.01971;RBI=0.0524012;REFB=-0.00483427;REVB=-0.0366988;RO=36;SAF=0;SAR=5;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562719;STB=0.730121;STBP=0.299;TYPE=mnp;VARB=0.145907;OID=.;OPOS=36867369;OREF=GAC;OALT=CGA;OMAPALT=CGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:81:78:36:65:5:6:0.0769231:5:0:11:25:5:1:24:41 chr6 36922684 . A C 3900.94 PASS AF=1;AO=241;DP=243;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111771;FXX=0.00809684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4047;QD=63.6888;RBI=0.038728;REFB=0;REVB=-0.03708;RO=0;SAF=105;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54499e-05;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:245:0:0:241:245:1:136:105:0:0:139:106:0:0 chr6 36931162 . A G 594.77 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.462;QD=59.4771;RBI=0.0727273;REFB=0;REVB=-0.0710697;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94258e-05;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:17:22:1:0:17:23:0:0 chr6 36976637 . G C 2922.22 PASS AF=0.979592;AO=186;DP=194;FAO=192;FDP=196;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0169433;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.201;QD=59.6371;RBI=0.0328783;REFB=-0.169731;REVB=0.0281764;RO=1;SAF=90;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526123;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128164;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:194:196:1:4:186:192:0.979592:96:90:1:0:96:96:2:2 chr6 36978834 . A G 1080.5 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.678;QD=60.0277;RBI=0.0233053;REFB=0;REVB=0.0226337;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33789e-05;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:41:30:0:0:41:31:0:0 chr6 36995222 . G A 680.13 PASS AF=0.473333;AO=71;DP=151;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.00380731;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.642;QD=18.1367;RBI=0.0137693;REFB=-0.0175734;REVB=0.0132325;RO=79;SAF=33;SAR=38;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051591;STB=0.528563;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0221814;OID=.;OPOS=36995222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:79:79:71:71:0.473333:38:33:41:38:38:33:41:38 chr6 37180237 . G A 396.57 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0210691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9113;QD=17.8232;RBI=0.0225401;REFB=0.0222367;REVB=-0.00800913;RO=48;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920338;STB=0.551397;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0196592;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:21:20:28:20:21:20:28:20 chr6 37180355 . G A 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0112126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.747;QD=19.0439;RBI=0.0250792;REFB=-0.017139;REVB=-0.0224331;RO=41;SAF=18;SAR=22;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124298;STB=0.561068;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0175869;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:22:18:13:28:22:18:14:28 chr6 37180523 . A G 1076.41 PASS AF=0.539683;AO=102;DP=189;FAO=102;FDP=189;FR=.;FRO=87;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.0142968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0804;QD=22.7811;RBI=0.0146998;REFB=0.0365025;REVB=0.00341852;RO=85;SAF=44;SAR=58;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267523;STB=0.508265;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0305563;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:85:87:102:102:0.539683:58:44:34:51:58:44:36:51 chr6 37250112 . A G 247.43 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00814715;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.933;QD=13.5579;RBI=0.0125185;REFB=-0.0179189;REVB=0.0095046;RO=44;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897244;STB=0.551395;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0231092;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:44:29:29:0.39726:20:9:17:27:20:9:17:27 chr6 37252210 . C T 553.43 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0291292;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.006;QD=20.884;RBI=0.0311065;REFB=-0.000707326;REVB=0.0109134;RO=50;SAF=26;SAR=30;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209632;STB=0.511529;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00114197;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:50:50:56:56:0.528302:30:26:22:28:30:26:22:28 chr6 37288036 . A G 558.16 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0454491;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.558;QD=23.5014;RBI=0.0489928;REFB=-0.0241185;REVB=0.0182941;RO=44;SAF=24;SAR=27;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909932;STB=0.540968;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0171846;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:43:51:52:0.547368:27:24:16:28:28:24:16:27 chr6 37329001 . A G 689.49 PASS AF=0.544715;AO=62;DP=118;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00924597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.495;QD=22.4225;RBI=0.0211831;REFB=-0.026644;REVB=0.0190588;RO=55;SAF=23;SAR=39;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748785;STB=0.535021;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0213908;OID=.;OPOS=37329001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:55:56:62:67:0.544715:39:23:25:30:42:25:25:31 chr6 37349033 . G A 783.8 PASS AF=0.487952;AO=81;DP=166;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.0117705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.549;QD=18.8866;RBI=0.0126485;REFB=0.00344213;REVB=-0.00463038;RO=85;SAF=35;SAR=46;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361889;STB=0.519965;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00475099;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:85:85:81:81:0.487952:46:35:40:45:46:35:40:45 chr6 37450914 . T C 295.79 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=112;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.0040607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.187;QD=10.5638;RBI=0.0101269;REFB=0.00491721;REVB=-0.00927707;RO=73;SAF=24;SAR=14;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176448;STB=0.507039;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00745288;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:73:74:38:38:0.339286:14:24:46:27:14:24:46:28 chr6 37603102 . TG CA 478.08 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0290785;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.615;QD=16.7747;RBI=0.0351102;REFB=-0.0261158;REVB=0.0196765;RO=62;SAF=27;SAR=25;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658747;STB=0.536711;STBP=0.494;TYPE=mnp;VARB=0.0274923;OID=.;OPOS=37603102;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:62:62:52:52:0.45614:25:27:28:34:25:27:28:34 chr6 37604885 . A G 542.12 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=137;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=-0.011059;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.358;QD=15.9447;RBI=0.0110653;REFB=-0.00994788;REVB=0.000372645;RO=78;SAF=15;SAR=44;SRF=27;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114845;STB=0.567195;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0109115;OID=.;OPOS=37604885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:78:77:59:59:0.433824:44:15:27:51:44:15:27:50 chr6 37623566 . C T 1788.0 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0654444;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.27;QD=61.1281;RBI=0.0671062;REFB=0;REVB=0.0148416;RO=0;SAF=71;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64421e-05;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:46:71:0:0:46:71:0:0 chr6 37800789 . A C 724.56 PASS AF=0.538462;AO=69;DP=130;FAO=70;FDP=130;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00431962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.02;QD=22.2942;RBI=0.0166444;REFB=-0.0147961;REVB=-0.0160741;RO=60;SAF=39;SAR=30;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839831;STB=0.541894;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.015085;OID=.;OPOS=37800789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:60:60:69:70:0.538462:30:39:28:32:31:39:28:32 chr6 38110010 . G A 1183.75 PASS AF=0.400602;AO=133;DP=332;FAO=133;FDP=332;FR=.;FRO=199;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=96;FSRR=103;FWDB=-0.00323971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.974;QD=14.2621;RBI=0.00488148;REFB=-0.0192918;REVB=-0.00365146;RO=199;SAF=70;SAR=63;SRF=96;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470073;STB=0.526312;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0290917;OID=.;OPOS=38110010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:199:199:133:133:0.400602:63:70:96:103:63:70:96:103 chr6 38120660 . C T 260.3 PASS AF=0.491525;AO=27;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.093564;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.925;QD=17.6476;RBI=0.0935985;REFB=-0.0368498;REVB=0.00253985;RO=26;SAF=3;SAR=24;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940023;STB=0.536457;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0276745;OID=.;OPOS=38120660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:30:27:29:0.491525:24:3:3:23:24:5:4:26 chr6 38121211 . A G 799.4 PASS AF=0.526316;AO=79;DP=151;FAO=80;FDP=152;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00374675;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.341;QD=21.0369;RBI=0.00937745;REFB=-0.0239079;REVB=-0.00859642;RO=72;SAF=26;SAR=53;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133412;STB=0.575265;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0147267;OID=.;OPOS=38121211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:72:72:79:80:0.526316:53:26:34:38:54:26:34:38 chr6 38750888 . A G 2322.76 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.343;QD=63.6372;RBI=0.011549;REFB=0;REVB=0.00394599;RO=0;SAF=42;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06619e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7479e-05;OID=.;OPOS=38750888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:146:0:0:141:146:1:99:42:0:0:103:43:0:0 chr6 38773293 . G A 1556.33 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6486;QD=59.8588;RBI=0.0822301;REFB=0;REVB=-0.0533238;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000676504;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:62:42:0:0:62:42:0:0 chr6 38781866 . C G 1092.99 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0134553;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2;QD=57.5258;RBI=0.0152421;REFB=0.0181079;REVB=-0.00716083;RO=2;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205583;STB=0.510635;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000183991;OID=.;OPOS=38781866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:76:2:2:73:74:0.973684:45:28:0:2:46:28:0:2 chr6 38800209 . T C 542.58 PASS AF=0.471545;AO=48;DP=124;FAO=58;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0482219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.555;QD=17.6448;RBI=0.0715146;REFB=-0.0365289;REVB=-0.0528108;RO=47;SAF=23;SAR=25;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17966;STB=0.524544;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0554475;OID=.;OPOS=38800209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:47:65:48:58:0.471545:25:23:32:15:33:25:31:34 chr6 38825329 . C T 574.32 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.0399759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3093;QD=18.0887;RBI=0.0507759;REFB=-0.0268557;REVB=-0.0313068;RO=67;SAF=24;SAR=36;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00295414;STB=0.501639;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.036963;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:67:60:60:0.472441:36:24:27:40:36:24:27:40 chr6 38841101 . G A 157.88 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00057457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.635;QD=10.353;RBI=0.00941671;REFB=-0.0109994;REVB=-0.00939917;RO=40;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51561;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0215333;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:40:20:21:0.344262:10:10:20:20:10:11:20:20 chr6 38843426 . C T 1051.07 PASS AF=0.376147;AO=123;DP=326;FAO=123;FDP=327;FR=.;FRO=204;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=94;FSRR=110;FWDB=-0.0164193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6058;QD=12.8572;RBI=0.0321469;REFB=-0.00148897;REVB=-0.0276375;RO=201;SAF=68;SAR=55;SRF=93;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992526;STB=0.557368;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0021473;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:327:201:204:123:123:0.376147:55:68:93:108:55:68:94:110 chr6 38951998 . C T 499.97 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00560075;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.164;QD=18.1806;RBI=0.0299432;REFB=-0.0039845;REVB=-0.0294148;RO=57;SAF=26;SAR=27;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486215;STB=0.526957;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00419662;OID=.;OPOS=38951998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:57:57:53:53:0.481818:27:26:25:32:27:26:25:32 chr6 39033602 . A G 2381.34 PASS AF=0.97546;AO=159;DP=163;FAO=159;FDP=163;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.021863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.196;QD=58.4377;RBI=0.0303827;REFB=-0.0488662;REVB=0.0210978;RO=4;SAF=51;SAR=108;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379441;STB=0.501995;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.000829544;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:163:163:4:4:159:159:0.97546:108:51:1:3:108:51:1:3 chr6 39041502 . A C 928.63 PASS AF=0.415638;AO=101;DP=243;FAO=101;FDP=243;FR=.;FRO=142;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=53;FSRR=89;FWDB=-0.0251062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.601;QD=15.2861;RBI=0.027094;REFB=-0.0326157;REVB=0.0101864;RO=142;SAF=46;SAR=55;SRF=53;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875847;STB=0.548835;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0286058;OID=.;OPOS=39041502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:142:142:101:101:0.415638:55:46:53:89:55:46:53:89 chr6 39158824 . T TG 40.44 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=98;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=56;FWDB=-0.0133357;FXX=0.0103082;HRUN=0;LEN=1;MLLD=172.183;QD=1.68485;RBI=0.0323242;REFB=-0.000361189;REVB=-0.0294451;RO=82;SAF=13;SAR=3;SRF=26;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574568;STB=0.873189;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0355454;OID=.;OPOS=39158825;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:16:98:16:96:80:13:3:24:56:40:82:13:3:26:56 chr6 39282036 . T C 1504.85 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139219;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3591;QD=59.5979;RBI=0.0213165;REFB=0;REVB=0.0161423;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223363;OID=.;OPOS=39282036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:55:45:0:0:56:45:0:0 chr6 39282806 . G T 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.739;QD=60.2308;RBI=0.0325959;REFB=0;REVB=0.0323262;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56699e-05;OID=.;OPOS=39282806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr6 39283083 . G A 2072.34 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0117539;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.841;QD=61.8608;RBI=0.0127345;REFB=-0.105124;REVB=-0.00490031;RO=0;SAF=52;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000495724;OID=.;OPOS=39283083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:135:134:0:1:133:133:0.992537:81:52:0:0:81:52:1:0 chr6 39284050 . G T 3305.83 PASS AF=1;AO=207;DP=212;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145065;FXX=0.0137608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.876;QD=61.5038;RBI=0.0514556;REFB=0;REVB=0.0493685;RO=0;SAF=41;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616556;OID=.;OPOS=39284050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:215:0:0:207:215:1:166:41:0:0:173:42:0:0 chr6 39284184 . A G 8046.0 PASS AF=1;AO=506;DP=508;FAO=509;FDP=509;FR=.;FRO=0;FSAF=261;FSAR=248;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179998;FXX=0.00196075;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.617;QD=63.2298;RBI=0.0328895;REFB=0;REVB=0.0275268;RO=0;SAF=260;SAR=246;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04547e-05;OID=.;OPOS=39284184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:508:509:0:0:506:509:1:246:260:0:0:248:261:0:0 chr6 39325078 . A G 1784.58 PASS AF=0.505682;AO=178;DP=352;FAO=178;FDP=352;FR=.;FRO=174;FSAF=93;FSAR=85;FSRF=71;FSRR=103;FWDB=-0.00187822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.613;QD=20.2794;RBI=0.00392037;REFB=-0.0112955;REVB=-0.00344116;RO=170;SAF=93;SAR=85;SRF=70;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986924;STB=0.556384;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00863313;OID=.;OPOS=39325078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:170:174:178:178:0.505682:85:93:70:100:85:93:71:103 chr6 39585500 . T C 479.34 PASS AF=0.567901;AO=45;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00549307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.55;QD=23.6713;RBI=0.130844;REFB=-0.0244396;REVB=0.130728;RO=35;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833052;STB=0.549576;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0295064;OID=.;OPOS=39585500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:45:46:0.567901:24:21:20:15:25:21:20:15 chr6 39851818 . G A 1453.06 PASS AF=1;AO=63;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.243;QD=63.1767;RBI=0.0455995;REFB=0;REVB=0.00258759;RO=0;SAF=16;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.70165e-05;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:63:92:1:47:16:0:0:48:44:0:0 chr6 39865047 . T C 594.35 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.201;QD=60.9594;RBI=0.026017;REFB=0;REVB=0.0168081;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165707;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr6 41102353 . C T 385.32 PASS AF=0.455556;AO=39;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0939568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9689;QD=17.1255;RBI=0.098155;REFB=0.0097305;REVB=-0.0283993;RO=38;SAF=19;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354538;STB=0.547596;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.0101562;OID=.;OPOS=41102353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:49:39:41:0.455556:20:19:17:21:22:19:27:22 chr6 41162518 . T C 1027.47 PASS AF=0.42803;AO=113;DP=265;FAO=113;FDP=264;FR=.;FRO=151;FSAF=38;FSAR=75;FSRF=56;FSRR=95;FWDB=0.0188129;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.715;QD=15.5677;RBI=0.0207361;REFB=-0.005875;REVB=0.00872133;RO=149;SAF=38;SAR=75;SRF=55;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370537;STB=0.521832;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00783395;OID=.;OPOS=41162518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:264:149:151:113:113:0.42803:75:38:55:94:75:38:56:95 chr6 41165899 . G A 609.52 PASS AF=0.391061;AO=70;DP=179;FAO=70;FDP=179;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=66;FSRR=43;FWDB=0.00193549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.945;QD=13.6205;RBI=0.00329453;REFB=0.00174477;REVB=0.00266605;RO=108;SAF=35;SAR=35;SRF=66;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119855;STB=0.564228;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00231213;OID=.;OPOS=41165899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:108:109:70:70:0.391061:35:35:66:42:35:35:66:43 chr6 41196156 . C T 2028.85 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490024;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.967;QD=62.426;RBI=0.0537654;REFB=0;REVB=0.0535416;RO=0;SAF=70;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36122e-05;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:59:70:0:0:59:71:0:0 chr6 41196492 . C A 646.16 PASS AF=0.468085;AO=65;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0146389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9712;QD=18.3308;RBI=0.0527505;REFB=-0.0229447;REVB=-0.0506785;RO=76;SAF=30;SAR=35;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163947;STB=0.582935;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0253699;OID=.;OPOS=41196492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:76:75:65:66:0.468085:35:30:48:28:35:31:47:28 chr6 41196605 . T C 2317.06 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.654;QD=63.4812;RBI=0.038168;REFB=0;REVB=-0.00845587;RO=0;SAF=78;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.18654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54877e-05;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:146:0:0:144:146:1:66:78:0:0:66:80:0:0 chr6 41196727 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.99;QD=62.6711;RBI=0.0281647;REFB=0;REVB=-0.0136672;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020818;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr6 41197785 . T C 2016.52 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0240461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.509;QD=60.6473;RBI=0.0712144;REFB=-0.153393;REVB=0.0670319;RO=0;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507575;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000261166;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:0:2:131:131:0.984962:65:66:0:0:65:66:0:2 chr6 41197857 . C T 1769.93 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.285;QD=59.9977;RBI=0.0377807;REFB=0.00912377;REVB=0.0287623;RO=0;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10611e-08;STB=0.504761;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=2.28836e-05;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:0:1:117:117:0.991525:52:65:0:0:52:65:0:1 chr6 41270223 . C T 1138.57 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345955;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2733;QD=60.7235;RBI=0.07589;REFB=0;REVB=-0.0675459;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000632176;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr6 41303592 . T C 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.944;QD=57.8832;RBI=0.0411384;REFB=0;REVB=0.00456118;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100613;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr6 41309552 . T C 1519.33 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.102;QD=63.3053;RBI=0.0304156;REFB=0;REVB=0.0033833;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1372e-05;OID=.;OPOS=41309552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:96:0:0:89:96:1:53:36:0:0:54:42:0:0 chr6 41318438 . A G 1662.46 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251399;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.661;QD=60.4531;RBI=0.0258252;REFB=0;REVB=-0.00590969;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27973e-05;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:60:50:0:0:60:50:0:0 chr6 41621618 . A G 716.6 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.76;QD=56.2035;RBI=0.0269893;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=48;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011111;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:0:48:0:0:0:51:0:0 chr6 41621625 . G A 590.32 PASS AF=0.87037;AO=45;DP=53;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0239122;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.958;QD=43.7271;RBI=0.0239122;REFB=0.0144949;REVB=0;RO=0;SAF=45;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109132;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:54:0:7:45:47:0.87037:0:45:0:0:0:47:7:0 chr6 41652514 . C T 126.21 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00235343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.914;QD=10.9745;RBI=0.00802023;REFB=0.000236967;REVB=0.00766717;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178529;STB=0.576372;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000458176;OID=.;OPOS=41652514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:31:15:15:0.326087:7:8:20:9:7:8:20:11 chr6 41721634 . A T 986.68 PASS AF=0.492386;AO=97;DP=197;FAO=97;FDP=197;FR=.;FRO=100;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=73;FWDB=0.000782531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0112;QD=20.0342;RBI=0.0195388;REFB=0.00690577;REVB=0.0195231;RO=99;SAF=45;SAR=52;SRF=26;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189547;STB=0.600365;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00433283;OID=.;OPOS=41721634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:99:100:97:97:0.492386:52:45:26:73:52:45:27:73 chr6 41721682 . G GT 636.37 PASS AF=0.456522;AO=102;DP=232;FAO=105;FDP=230;FR=.;FRO=125;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=36;FSRR=89;FWDB=-0.00894797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.3548;QD=11.0672;RBI=0.0146134;REFB=-0.0247;REVB=0.0115535;RO=129;SAF=48;SAR=54;SRF=39;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172459;STB=0.598802;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.0307292;OID=.;OPOS=41721683;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:102:232:105:230:125:49:56:36:89:99:129:48:54:39:90 chr6 41753084 . C T 946.35 PASS AF=0.497354;AO=91;DP=186;FAO=94;FDP=189;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=0.000361355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.631;QD=20.0286;RBI=0.03025;REFB=-0.0261526;REVB=0.0302478;RO=95;SAF=35;SAR=56;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353333;STB=0.525841;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0240824;OID=.;OPOS=41753084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:189:95:95:91:94:0.497354:56:35:40:55:59:35:40:55 chr6 41754576 . C T 356.56 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.027193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.022;QD=19.2736;RBI=0.0288673;REFB=-0.0236175;REVB=0.00968822;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731467;STB=0.540638;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0204694;OID=.;OPOS=41754576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:19:18:15:22:19:18:15:22 chr6 41773576 . G C 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0040856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.51;QD=26.514;RBI=0.014876;REFB=-0.00180691;REVB=0.014304;RO=19;SAF=2;SAR=25;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078018;STB=0.543444;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00136331;OID=.;OPOS=41773576;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:25:2:2:17:25:2:2:17 chr6 41800629 . T C 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00994556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.942;QD=12.2435;RBI=0.0167813;REFB=-0.00436141;REVB=0.0135166;RO=59;SAF=8;SAR=25;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402791;STB=0.732643;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0085881;OID=.;OPOS=41800629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:25:8:35:24:25:8:35:24 chr6 41889409 . C A 471.18 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0110718;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.198;QD=14.3873;RBI=0.0141693;REFB=-0.0253619;REVB=0.00884214;RO=77;SAF=24;SAR=29;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137678;STB=0.573489;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0271201;OID=.;OPOS=41889409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:77:78:53:53:0.40458:29:24:45:32:29:24:45:33 chr6 41903782 . A C 495.54 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0281924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5303;QD=20.6473;RBI=0.0416949;REFB=-0.0188477;REVB=-0.0307189;RO=46;SAF=25;SAR=23;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00080305;STB=0.510421;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0163987;OID=.;OPOS=41903782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:48:48:48:0.5:23:25:24:22:23:25:24:24 chr6 42044945 . G A 1520.83 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0162845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.327;QD=61.4477;RBI=0.0176937;REFB=-0.00420889;REVB=-0.00691969;RO=2;SAF=41;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00303283;STB=0.501599;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.000145774;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:56:41:1:1:56:41:1:1 chr6 42073438 . AGGGGGA AGGGGA,AGGGGAG 2014.68 PASS AF=0.96861,0.0313901;AO=74,14;DP=228;FAO=216,7;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=85,7;FSAR=131,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592838,-0.0785438;FXX=0.0176204;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.4165,155.948;QD=36.1378;RBI=0.79455,0.096678;REFB=0,0;REVB=0.792335,0.0563694;RO=104;SAF=68,14;SAR=6,0;SRF=0;SRR=104;SSEN=0.414179,0;SSEP=0,0;SSSB=0.818826,0.905219;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00221109,0.128158;OID=.,.;OPOS=42073439,42073443;OREF=G,GA;OALT=-,AG;OMAPALT=AGGGGA,AGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.96861,0.0313901:74,14:228:216,7:223:0:85,7:131,0:0:0:6:104:68,14:6,0:0:104 chr6 42123317 . A C 5012.92 PASS AF=1;AO=316;DP=316;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.114;QD=62.858;RBI=0.0173172;REFB=0;REVB=0.00284069;RO=0;SAF=154;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40742e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75157e-06;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:316:319:0:0:316:319:1:162:154:0:0:164:155:0:0 chr6 42162388 . A G 3142.71 PASS AF=1;AO=202;DP=206;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032349;FXX=0.0192298;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.579;QD=61.6218;RBI=0.0364396;REFB=0.0571879;REVB=0.0167746;RO=1;SAF=110;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83169e-05;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:206:204:1:0:202:204:1:92:110:0:1:94:110:0:0 chr6 42185564 . A C 1892.28 PASS AF=0.444944;AO=195;DP=444;FAO=198;FDP=445;FR=.;FRO=247;FSAF=83;FSAR=115;FSRF=135;FSRR=112;FWDB=-0.00114011;FXX=0.00447417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.468;QD=17.0092;RBI=0.0215549;REFB=-0.0188567;REVB=-0.0215247;RO=246;SAF=81;SAR=114;SRF=137;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142878;STB=0.57092;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0261015;OID=.;OPOS=42185564;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:444:445:246:247:195:198:0.444944:114:81:137:109:115:83:135:112 chr6 42600319 . A G 2506.72 PASS AF=0.976471;AO=166;DP=170;FAO=166;FDP=170;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=96;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0107683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.12;QD=58.9817;RBI=0.0109995;REFB=-0.0102756;REVB=-0.0022432;RO=4;SAF=70;SAR=96;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150243;STB=0.507899;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-4.41994e-05;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:170:170:4:4:166:166:0.976471:96:70:3:1:96:70:3:1 chr6 42666061 . T C 2288.39 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4017;QD=63.5665;RBI=0.0689275;REFB=0;REVB=0.0672279;RO=0;SAF=71;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173567;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:144:0:0:142:144:1:71:71:0:0:72:72:0:0 chr6 42666145 . C T 2891.87 PASS AF=0.994652;AO=185;DP=187;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0982;QD=61.8581;RBI=0.0888885;REFB=-0.15595;REVB=0.0834429;RO=1;SAF=82;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577116;STB=0.50303;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00545435;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:187:187:1:1:185:186:0.994652:103:82:1:0:104:82:1:0 chr6 42666164 . G C 2366.83 PASS AF=0.969512;AO=158;DP=163;FAO=159;FDP=164;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=90;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0494771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.675;QD=57.7275;RBI=0.0622368;REFB=-0.0272336;REVB=0.037755;RO=5;SAF=69;SAR=89;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214657;STB=0.511322;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00104233;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:163:164:5:5:158:159:0.969512:89:69:4:1:90:69:4:1 chr6 42689755 . A G 1208.24 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0004;QD=61.1768;RBI=0.0421972;REFB=0;REVB=-0.0156489;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188736;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:50:27:0:0:51:28:0:0 chr6 42713618 . A G 2819.71 PASS AF=0.994536;AO=181;DP=183;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00878956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.635;QD=61.633;RBI=0.0300486;REFB=-0.0635606;REVB=0.0287343;RO=1;SAF=108;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647698;STB=0.503355;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00016231;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:183:183:1:1:181:182:0.994536:73:108:0:1:74:108:0:1 chr6 42836128 . TAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAT 112.04 PASS AF=0.434783,0.173913,0.391304;AO=9,4,2;DP=28;FAO=10,4,9;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,9;FSAR=10,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.220994,0.0541858,-0.0145624;FXX=0.178508;HRUN=13,13,13;LEN=1,2,1;MLLD=3.03256,8.71885,166.572;QD=19.4845;RBI=0.573775,0.173033,0.0408027;REFB=0,0,0;REVB=-0.529509,-0.16433,-0.0381156;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=9,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.348125,0.144932,0.0210703;OID=.,.,.;OPOS=42836129,42836129,42836139;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.434783,0.173913,0.391304:9,4,2:28:10,4,9:23:0:0,0,9:10,4,0:0:0:34:0:0,0,2:9,4,0:0:0 chr6 42932200 . G T 1037.39 PASS AF=0.428571;AO=114;DP=265;FAO=114;FDP=266;FR=.;FRO=152;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=65;FSRR=87;FWDB=0.0158842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4973;QD=15.5998;RBI=0.0424588;REFB=0.00851461;REVB=-0.0393756;RO=151;SAF=54;SAR=60;SRF=64;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513699;STB=0.526458;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0123257;OID=.;OPOS=42932200;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:151:152:114:114:0.428571:60:54:64:87:60:54:65:87 chr6 42932202 . C T 1043.52 PASS AF=0.432331;AO=114;DP=265;FAO=115;FDP=266;FR=.;FRO=151;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=65;FSRR=86;FWDB=0.00749918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.975;QD=15.692;RBI=0.00772753;REFB=-0.0115639;REVB=-0.00186466;RO=151;SAF=54;SAR=60;SRF=65;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445213;STB=0.522336;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0163888;OID=.;OPOS=42932202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:151:151:114:115:0.432331:60:54:65:86:61:54:65:86 chr6 42942779 . A G 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00867843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.397;QD=18.4581;RBI=0.0204527;REFB=0.00526317;REVB=0.0185202;RO=40;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141666;STB=0.585062;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0054121;OID=.;OPOS=42942779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:41:38:38:0.481013:16:22:17:23:16:22:17:24 chr6 42989057 . T C 1002.09 PASS AF=0.985714;AO=66;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0794824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.714;QD=57.2621;RBI=0.084736;REFB=-0.0886614;REVB=0.0293726;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000261223;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:70:0:1:66:69:0.985714:43:23:0:0:45:24:0:1 chr6 43014298 . TT CC 414.97 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166382;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=2;MLLD=120.694;QD=57.2373;RBI=0.0545822;REFB=0;REVB=0.0519845;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000279966;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr6 43034266 . G A 120.75 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0112058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.914;QD=14.6363;RBI=0.0153331;REFB=-0.00110655;REVB=0.0104659;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208253;STB=0.599867;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00121148;OID=.;OPOS=43034266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:7:6:5:14:8:6:5:14 chr6 43148987 . G C 877.76 PASS AF=0.428571;AO=96;DP=224;FAO=96;FDP=224;FR=.;FRO=128;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=48;FSRR=80;FWDB=-0.0105938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.495;QD=15.6742;RBI=0.0134767;REFB=-0.0224325;REVB=0.00833031;RO=127;SAF=35;SAR=61;SRF=48;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146783;STB=0.5064;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0305965;OID=.;OPOS=43148987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:127:128:96:96:0.428571:61:35:48:79:61:35:48:80 chr6 43152573 . A G 287.59 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0124857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.176;QD=15.977;RBI=0.0265231;REFB=-0.00267925;REVB=-0.0234005;RO=40;SAF=22;SAR=10;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395856;STB=0.722088;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00631916;OID=.;OPOS=43152573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:10:22:11:29:10:22:11:29 chr6 43154091 . C G 1453.49 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.634;QD=63.1954;RBI=0.0259604;REFB=0;REVB=0.025418;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83349e-05;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:54:37:0:0:55:37:0:0 chr6 43184132 . A C 395.27 PASS AF=0.612903;AO=35;DP=59;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0150682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.339;QD=25.5014;RBI=0.0151828;REFB=-0.0273529;REVB=0.00186199;RO=23;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260047;STB=0.536653;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0166668;OID=.;OPOS=43184132;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:23:24:35:38:0.612903:14:21:13:10:14:24:13:11 chr6 43220479 . GA AG,G 39.88 PASS AF=0.0694444,0.138889;AO=6,10;DP=75;FAO=5,10;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=0,3;FSAR=5,7;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.014405,0.00477409;FXX=0.0399947;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=84.2191,14.4927;QD=2.21579;RBI=0.0394461,0.0472891;REFB=-0.00934018,-0.0727832;REVB=-0.0367218,0.0470475;RO=53;SAF=0,4;SAR=6,6;SRF=27;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.613572,-0.135047;STB=0.997878,0.680484;STBP=0.014,0.263;TYPE=mnp,del;VARB=0.187472,0.0836932;OID=.,.;OPOS=43220479,43220480;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:75:72:53:57:6,10:5,10:0.0694444,0.138889:6,6:0,4:27:26:5,7:0,3:29:28 chr6 43230970 . G C 405.72 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0493262;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0815;QD=15.167;RBI=0.0511405;REFB=0.0149532;REVB=0.0135012;RO=60;SAF=11;SAR=35;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140009;STB=0.586552;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0181652;OID=.;OPOS=43230970;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:60:61:46:46:0.429907:35:11:21:39:35:11:22:39 chr6 43251912 . A G 269.91 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0464292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9634;QD=23.4703;RBI=0.0935083;REFB=-0.0753007;REVB=-0.0811673;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166505;STB=0.58125;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0548134;OID=.;OPOS=43251912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:14:11:13:7:14:11:13:8 chr6 43270097 . T C 2285.82 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0562067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1458;QD=60.1533;RBI=0.0564395;REFB=-0.116077;REVB=0.00512136;RO=1;SAF=71;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665254;STB=0.503496;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00032142;OID=.;OPOS=43270097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:151:151:0.993421:80:71:1:0:80:71:1:0 chr6 43270151 . C T 588.31 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00419284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.596;QD=19.9427;RBI=0.0188326;REFB=-0.0338246;REVB=0.01836;RO=57;SAF=30;SAR=30;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387791;STB=0.516944;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.028951;OID=.;OPOS=43270151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:57:58:60:60:0.508475:30:30:26:31:30:30:27:31 chr6 43273604 . A G 494.12 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.00405798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.728;QD=16.2007;RBI=0.0164458;REFB=-0.0154737;REVB=0.0159373;RO=68;SAF=26;SAR=28;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106252;STB=0.5593;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0197959;OID=.;OPOS=43273604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:28:26:40:28:28:26:40:28 chr6 43306346 . A G 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.074;QD=61.467;RBI=0.0280834;REFB=0;REVB=0.0278395;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75479e-05;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:62:59:0:0:62:59:0:0 chr6 43488144 . A G 381.9 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00273308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.684;QD=19.8387;RBI=0.0546555;REFB=-0.00446162;REVB=-0.0545871;RO=38;SAF=24;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174167;STB=0.596724;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00364759;OID=.;OPOS=43488144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:15:24:16:22:15:24:16:22 chr6 43492578 . G A 1175.85 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00838179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.574;QD=59.5367;RBI=0.00933706;REFB=-0.0874924;REVB=-0.00411416;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129667;STB=0.506848;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000826512;OID=.;OPOS=43492578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:36:42:0:1:36:42:0:1 chr6 44081718 . G A 2475.49 PASS AF=0.994083;AO=149;DP=152;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00279502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5338;QD=58.5916;RBI=0.153356;REFB=-0.0874311;REVB=0.15333;RO=3;SAF=78;SAR=71;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196693;STB=0.502762;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00110874;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:152:169:3:1:149:168:0.994083:71:78:0:3:90:78:0:1 chr6 44115169 . G A 425.72 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=-0.0186254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.764;QD=15.3413;RBI=0.0323029;REFB=-0.00516419;REVB=0.0263927;RO=63;SAF=19;SAR=29;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672887;STB=0.537649;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00663971;OID=.;OPOS=44115169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:29:19:21:42:29:19:21:42 chr6 44117607 . C T 145.05 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.00740543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6243;QD=16.1171;RBI=0.0391686;REFB=0.00120867;REVB=0.0384622;RO=20;SAF=2;SAR=14;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523333;STB=0.530263;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00122079;OID=.;OPOS=44117607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:14:2:3:17:14:2:3:17 chr6 44117664 . C T 126.22 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0167021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.33;QD=13.2862;RBI=0.043824;REFB=-0.0445656;REVB=0.0405164;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666552;STB=0.525391;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0516535;OID=.;OPOS=44117664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:23:14:15:0.394737:11:3:4:19:12:3:4:19 chr6 44119676 . A G 606.9 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00263709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2318;QD=23.569;RBI=0.0157151;REFB=0.000874825;REVB=-0.0154922;RO=33;SAF=20;SAR=39;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417582;STB=0.553173;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.000566078;OID=.;OPOS=44119676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:33:44:59:59:0.572816:39:20:11:22:39:20:20:24 chr6 44123216 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.000131186;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.058;QD=10.034;RBI=0.000978169;REFB=-0.00355439;REVB=0.000969332;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090044;STB=0.555348;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00369176;OID=.;OPOS=44123216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:1:6:4:1:1:6 chr6 44137663 . A G 448.96 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0222512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8165;QD=21.3789;RBI=0.0461422;REFB=0.0316212;REVB=0.0404226;RO=39;SAF=25;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353569;STB=0.50331;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0148599;OID=.;OPOS=44137663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:19:25:22:17:19:25:23:17 chr6 44145063 . T C 923.4 PASS AF=0.494624;AO=91;DP=186;FAO=92;FDP=186;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.0517897;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0883;QD=19.858;RBI=0.056899;REFB=-0.0141313;REVB=-0.0235654;RO=95;SAF=36;SAR=55;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445777;STB=0.529063;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0134656;OID=.;OPOS=44145063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:95:94:91:92:0.494624:55:36:42:53:56:36:42:52 chr6 44218120 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0189648;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.092;QD=13.4417;RBI=0.0218187;REFB=-0.0202356;REVB=0.0107885;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261385;STB=0.651897;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00959534;OID=.;OPOS=44218120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:3:10:5:5:3:10 chr6 44223010 . G T 519.14 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00283393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.84;QD=25.6367;RBI=0.0118439;REFB=-0.020141;REVB=0.0114998;RO=33;SAF=18;SAR=30;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386936;STB=0.521164;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0164058;OID=.;OPOS=44223010;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:30:18:14:19:30:18:14:19 chr6 44247951 . T G 2239.65 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.799;QD=62.6476;RBI=0.0313529;REFB=-0.143749;REVB=-0.0190266;RO=0;SAF=67;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000258798;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:0:1:142:142:0.993007:75:67:0:0:75:67:1:0 chr6 44250165 . A G 1433.51 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180619;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.717;QD=63.0115;RBI=0.0200087;REFB=0;REVB=-0.00860906;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00716159;OID=.;OPOS=44250165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:50:40:0:0:51:40:0:0 chr6 44253749 . A G 1142.41 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0482077;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5966;QD=59.346;RBI=0.0490476;REFB=-0.107868;REVB=-0.00903789;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011684;STB=0.506171;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00160843;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:36:40:1:0:36:40:1:0 chr6 44255459 . G A 3952.82 PASS AF=0.984791;AO=258;DP=263;FAO=259;FDP=263;FR=.;FRO=4;FSAF=116;FSAR=143;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0295736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.322;QD=60.119;RBI=0.0420786;REFB=-0.0152726;REVB=0.0299335;RO=4;SAF=116;SAR=142;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.001481;STB=0.500801;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000136362;OID=.;OPOS=44255459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:263:263:4:4:258:259:0.984791:142:116:2:2:143:116:2:2 chr6 44268135 . C T 2244.69 PASS AF=0.986207;AO=142;DP=144;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0271492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.698;QD=61.9226;RBI=0.0280391;REFB=-0.157726;REVB=-0.00700823;RO=1;SAF=66;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621591;STB=0.506409;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000884742;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:144:145:1:2:142:143:0.986207:76:66:0:1:77:66:0:2 chr6 44268371 . T C 2353.0 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.138;QD=62.7465;RBI=0.0637172;REFB=0;REVB=0.0631151;RO=0;SAF=63;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67931e-05;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:150:150:0:0:148:150:1:85:63:0:0:87:63:0:0 chr6 44269192 . TC T,TT 803.92 PASS AF=1,0;AO=14,34;DP=48;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043136,-0.0527505;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.852,245.377;QD=64.3136;RBI=0.0452871,0.0574427;REFB=0,0;REVB=-0.0137916,-0.0227386;RO=0;SAF=7,17;SAR=7,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000911495,0;OID=.,.;OPOS=44269193,44269193;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:14,34:48:50,0:50:0:26,0:24,0:0:0:4:0:7,17:7,17:0:0 chr6 44275011 . T C 3049.56 PASS AF=1;AO=197;DP=201;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162404;FXX=0.0198995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.988;QD=61.92;RBI=0.0170182;REFB=0;REVB=0.00508606;RO=0;SAF=85;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22094e-05;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:197:0:0:197:197:1:112:85:0:0:112:85:0:0 chr6 44310854 . G A 2341.66 PASS AF=1;AO=146;DP=149;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105359;FXX=0.0201329;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.996;QD=64.155;RBI=0.0470263;REFB=0;REVB=0.0458308;RO=0;SAF=74;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2271e-05;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:146:0:0:146:146:1:72:74:0:0:72:74:0:0 chr6 44320548 . T A 2442.11 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173072;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5603;QD=61.4368;RBI=0.0278414;REFB=0;REVB=0.0218083;RO=0;SAF=76;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104354;OID=.;OPOS=44320548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:158:159:1:82:76:0:0:83:76:0:0 chr6 44371714 . C T 1530.03 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.207;QD=63.7512;RBI=0.00619608;REFB=0;REVB=0.00248309;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71957e-06;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:55:40:0:0:56:40:0:0 chr6 44403438 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000386014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.833;QD=62.022;RBI=0.0121328;REFB=0;REVB=-0.0121267;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45601e-05;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr6 44413463 . T A 1720.28 PASS AF=0.848684;AO=125;DP=161;FAO=129;FDP=152;FR=.;FRO=23;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00112536;FXX=0.0617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.201;QD=45.2704;RBI=0.022025;REFB=0.0153877;REVB=0.0219962;RO=0;SAF=50;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509883;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00142586;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:152:0:23:125:129:0.848684:75:50:0:0:76:53:8:15 chr6 44982593 . G A 750.52 PASS AF=0.568;AO=71;DP=125;FAO=71;FDP=125;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0449124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1015;QD=24.0167;RBI=0.0497865;REFB=-0.00190461;REVB=-0.0214841;RO=54;SAF=32;SAR=39;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019853;STB=0.510829;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.000709387;OID=.;OPOS=44982593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:54:54:71:71:0.568:39:32:23:31:39:32:23:31 chr6 46107752 . C G 481.65 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00106226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5996;QD=20.4956;RBI=0.0317928;REFB=-0.0190501;REVB=0.031775;RO=46;SAF=23;SAR=23;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785014;STB=0.542632;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0156417;OID=.;OPOS=46107752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:46:47:46:47:0.5:23:23:19:27:24:23:19:28 chr6 46108083 . A G 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0308885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.937;QD=29.5625;RBI=0.0328633;REFB=-0.0186801;REVB=-0.0112204;RO=17;SAF=9;SAR=20;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162864;STB=0.588729;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0129071;OID=.;OPOS=46108083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:20:9:2:15:20:9:2:15 chr6 46128688 . G C 323.68 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00245049;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.87;QD=16.5989;RBI=0.0060908;REFB=-0.0153132;REVB=-0.0055761;RO=43;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166345;STB=0.593266;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0195548;OID=.;OPOS=46128688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:16:19:16:27:16:19:16:27 chr6 46128745 . C T 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0220055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7285;QD=14.9198;RBI=0.0934995;REFB=-0.00927614;REVB=-0.090873;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296221;STB=0.666555;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0109802;OID=.;OPOS=46128745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:12:16:10:27:12:16:10:27 chr6 46129345 . G A 538.54 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.00759997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.505;QD=16.1966;RBI=0.00831785;REFB=-0.0126894;REVB=0.00338041;RO=75;SAF=26;SAR=32;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515243;STB=0.50288;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0132715;OID=.;OPOS=46129345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:75:75:58:58:0.43609:32:26:34:41:32:26:34:41 chr6 46135489 . T C 135.4 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00602513;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.972;QD=15.929;RBI=0.0102098;REFB=-0.0126996;REVB=0.00824247;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577034;STB=0.533289;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0380937;OID=.;OPOS=46135489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:9:10:7:8:9:10 chr6 46135984 . G T 359.74 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0473007;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0426;QD=17.1303;RBI=0.0491586;REFB=-0.00577529;REVB=-0.013387;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188576;STB=0.607089;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0135276;OID=.;OPOS=46135984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:43:46:38:38:0.452381:19:19:13:30:19:19:14:32 chr6 46190377 . A C 279.53 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00849113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3797;QD=19.2777;RBI=0.0127911;REFB=-0.0076831;REVB=0.00956619;RO=28;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180441;STB=0.600634;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00973073;OID=.;OPOS=46190377;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:11:19:12:16:11:19:12:16 chr6 46517742 . C T 295.93 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=14;FWDB=0.0187722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.238;QD=13.1526;RBI=0.0324611;REFB=-0.0111988;REVB=-0.0264826;RO=56;SAF=16;SAR=18;SRF=42;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302593;STB=0.670861;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0235478;OID=.;OPOS=46517742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:18:16:42:14:18:16:42:14 chr6 46620252 . C G 611.71 PASS AF=0.438356;AO=65;DP=146;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0286884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7764;QD=16.7592;RBI=0.033781;REFB=0.0204713;REVB=-0.0178362;RO=81;SAF=27;SAR=38;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420705;STB=0.532856;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0218768;OID=.;OPOS=46620252;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:81:82:65:64:0.438356:38:27:37:44:38:26:38:44 chr6 46623698 . T C 2314.03 PASS AF=1;AO=136;DP=143;FAO=151;FDP=151;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.946;QD=61.2988;RBI=0.0568522;REFB=0;REVB=0.0534689;RO=0;SAF=41;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3644e-05;OID=.;OPOS=46623698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:143:151:0:0:136:151:1:95:41:0:0:98:53:0:0 chr6 46656731 . G T 41.11 PASS AF=0.108911;AO=10;DP=102;FAO=11;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.0799564;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.6488;QD=1.6282;RBI=0.0985417;REFB=-0.0199712;REVB=0.0575972;RO=71;SAF=10;SAR=0;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.703583;STB=0.922109;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.15143;OID=.;OPOS=46656731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:102:101:71:90:10:11:0.108911:0:10:28:43:1:10:36:54 chr6 46656735 . C G 100.87 PASS AF=0.112245;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=54;FWDB=-0.0179108;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.7539;QD=4.11709;RBI=0.0491737;REFB=-0.00116959;REVB=-0.0457958;RO=74;SAF=10;SAR=1;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.674125;STB=0.941145;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00707829;OID=.;OPOS=46656735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:100:98:74:78:11:11:0.112245:1:10:21:53:1:10:24:54 chr6 46657057 . A G 3206.42 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.6;QD=61.6619;RBI=0.0190616;REFB=0;REVB=0.0182283;RO=0;SAF=72;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132594;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:203:208:0:0:203:208:1:131:72:0:0:133:75:0:0 chr6 46657457 . A G 1146.14 PASS AF=0.467742;AO=116;DP=248;FAO=116;FDP=248;FR=.;FRO=132;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=59;FSRR=73;FWDB=0.00879432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.823;QD=18.4861;RBI=0.00888916;REFB=-0.00270231;REVB=-0.00129508;RO=131;SAF=44;SAR=72;SRF=58;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635599;STB=0.537541;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00262815;OID=.;OPOS=46657457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:131:132:116:116:0.467742:72:44:58:73:72:44:59:73 chr6 46658905 . C G 359.82 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0170004;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2514;QD=17.1341;RBI=0.0619058;REFB=8.95177e-05;REVB=-0.0595257;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126839;STB=0.587641;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.000961431;OID=.;OPOS=46658905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:43:46:38:38:0.452381:21:17:25:18:21:17:28:18 chr6 46672943 . A G 3311.84 PASS AF=1;AO=214;DP=215;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175423;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.339;QD=61.9035;RBI=0.0381487;REFB=-0.0323714;REVB=0.0381084;RO=0;SAF=108;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38657e-05;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:215:214:0:0:214:214:1:106:108:0:0:106:108:0:0 chr6 46684222 . C T 666.07 PASS AF=0.458599;AO=72;DP=157;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.00625416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9051;QD=16.9699;RBI=0.0900477;REFB=-0.0468089;REVB=-0.0898303;RO=81;SAF=33;SAR=39;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340446;STB=0.525804;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0487853;OID=.;OPOS=46684222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:81:85:72:72:0.458599:39:33:40:41:39:33:43:42 chr6 46766321 . TTA T,TTT 191.34 PASS AF=0.662338,0;AO=33,23;DP=128;FAO=51,0;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=49,0;FSAR=2,0;FSRF=26;FSRR=0;FWDB=-0.0884746,0.0112288;FXX=0.172025;HRUN=7,8;LEN=2,1;MLLD=10.9351,8.87115;QD=9.93994;RBI=0.0886421,0.107982;REFB=-0.0975005,0.113859;REVB=0.00544553,-0.107396;RO=49;SAF=33,5;SAR=0,18;SRF=45;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.792711,-0.696261;STB=0.604805,0.5;STBP=0.311,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0962942,-0.0074644;OID=.,.;OPOS=46766322,46766323;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.662338,0:33,23:128:51,0:77:26:49,0:2,0:26:0:99:49:33,5:0,18:45:4 chr6 46824448 . A G 473.12 PASS AF=0.918919;AO=30;DP=36;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0623617;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.562;QD=51.148;RBI=0.0657053;REFB=0.143969;REVB=0.0206932;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535295;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00822128;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:37:0:3:30:34:0.918919:9:21:0:0:10:24:1:2 chr6 46826508 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.358;QD=59.5014;RBI=0.0233606;REFB=0;REVB=-0.0220104;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20566e-05;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr6 46826715 . T A 3184.59 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.299;QD=61.8367;RBI=0.0315239;REFB=0;REVB=0.00332611;RO=0;SAF=104;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79148e-05;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:206:206:1:102:104:0:0:102:104:0:0 chr6 46826844 . T C 3330.44 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324043;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.674;QD=61.9618;RBI=0.0387982;REFB=-0.110352;REVB=0.0213368;RO=1;SAF=100;SAR=115;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412501;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113283;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:216:215:1:0:215:215:1:115:100:0:1:115:100:0:0 chr6 46826910 . G A 2668.89 PASS AF=0.983051;AO=174;DP=177;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=108;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0111678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.013;QD=60.3139;RBI=0.0154828;REFB=0.0242406;REVB=0.0107237;RO=1;SAF=108;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715733;STB=0.51111;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-6.03256e-05;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:177:177:1:3:174:174:0.983051:66:108:0:1:66:108:0:3 chr6 46826979 . A G 1264.62 PASS AF=0.461268;AO=131;DP=284;FAO=131;FDP=284;FR=.;FRO=153;FSAF=56;FSAR=75;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=-0.00355889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.019;QD=17.8116;RBI=0.011105;REFB=-0.0127907;REVB=0.0105193;RO=152;SAF=56;SAR=75;SRF=70;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326467;STB=0.520006;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0133082;OID=.;OPOS=46826979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:152:153:131:131:0.461268:75:56:70:82:75:56:71:82 chr6 46827073 . A G 1447.55 PASS AF=0.5;AO=143;DP=287;FAO=143;FDP=286;FR=.;FRO=143;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=68;FSRR=75;FWDB=-0.00273375;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.918;QD=20.2455;RBI=0.0105448;REFB=-0.0234791;REVB=0.0101843;RO=140;SAF=59;SAR=84;SRF=66;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542056;STB=0.532092;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0205869;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:286:140:143:143:143:0.5:84:59:66:74:84:59:68:75 chr6 46827126 . C T 2865.8 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.654;QD=62.9847;RBI=0.0222325;REFB=0;REVB=0.00358607;RO=0;SAF=78;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12574e-05;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:104:78:0:0:104:78:0:0 chr6 46832813 . G A 761.06 PASS AF=0.442623;AO=79;DP=181;FAO=81;FDP=183;FR=.;FRO=102;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=-0.0101438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.717;QD=16.6353;RBI=0.0134531;REFB=-0.00824651;REVB=0.00883682;RO=102;SAF=42;SAR=37;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376662;STB=0.528019;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0105412;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:183:102:102:79:81:0.442623:37:42:58:44:39:42:58:44 chr6 46834685 . G A 2532.56 PASS AF=0.976608;AO=167;DP=172;FAO=167;FDP=171;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00427208;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.754;QD=59.2411;RBI=0.00759054;REFB=-0.137176;REVB=0.0062742;RO=3;SAF=77;SAR=90;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181772;STB=0.512657;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00135557;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:172:171:3:4:167:167:0.976608:90:77:3:0:90:77:4:0 chr6 46856100 . G A 2210.44 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0200658;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.393;QD=61.8304;RBI=0.0236901;REFB=-0.0356302;REVB=0.0125931;RO=2;SAF=76;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144035;STB=0.507575;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000257928;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:2:2:141:141:0.986014:65:76:0:2:65:76:0:2 chr6 47563692 . C T 2602.25 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1999;QD=60.8712;RBI=0.0267386;REFB=-0.0912939;REVB=0.0226943;RO=0;SAF=58;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.62035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885212;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:169:171:0:0:168:171:1:110:58:0:0:111:60:0:0 chr6 47594302 . T C 1589.82 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.528;QD=59.9934;RBI=0.0121409;REFB=0;REVB=-0.00438546;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05693e-06;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:103:106:1:49:54:0:0:51:55:0:0 chr6 47594722 . G A 372.29 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00184158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.06;QD=13.4157;RBI=0.00812497;REFB=-0.0100506;REVB=0.00791352;RO=67;SAF=25;SAR=19;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128153;STB=0.572564;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0152421;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:67:44:44:0.396396:19:25:30:37:19:25:30:37 chr6 47624239 . A G 308.38 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00653621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.891;QD=18.411;RBI=0.0533852;REFB=-0.00626211;REVB=-0.0529835;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506845;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00581466;OID=.;OPOS=47624239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:18:15:15:18:18:15:15:19 chr6 47624299 . A G 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0162414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.926;QD=16.0919;RBI=0.0165183;REFB=0.0149073;REVB=0.00301154;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788062;STB=0.544276;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0175042;OID=.;OPOS=47624299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:18:13:13:25:18:13:13:25 chr6 47626833 . C A 693.75 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.00311427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.517;QD=19.964;RBI=0.00818799;REFB=-0.0111517;REVB=0.00757261;RO=63;SAF=33;SAR=36;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945324;STB=0.568205;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00357555;OID=.;OPOS=47626833;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:63:70:69:69:0.496403:36:33:37:26:36:33:43:27 chr6 47646842 . A G 571.11 PASS AF=0.42069;AO=60;DP=146;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.00191691;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.943;QD=15.7548;RBI=0.00198876;REFB=-0.00682511;REVB=-0.000529723;RO=85;SAF=26;SAR=34;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867321;STB=0.5414;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00868597;OID=.;OPOS=47646842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:85:84:60:61:0.42069:34:26:30:55:35:26:30:54 chr6 47649222 . T G 380.9 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0169535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.729;QD=15.0852;RBI=0.0170157;REFB=-0.00977386;REVB=0.00145422;RO=58;SAF=25;SAR=18;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101394;STB=0.557076;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.012697;OID=.;OPOS=47649222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:18:25:28:30:18:25:28:30 chr6 47649265 . T A 560.51 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.000643877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.91;QD=17.6539;RBI=0.0314189;REFB=-0.0198799;REVB=-0.0314123;RO=68;SAF=30;SAR=29;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201843;STB=0.511214;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0239891;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:68:59:59:0.464567:29:30:36:32:29:30:36:32 chr6 47649573 . CA TG 245.46 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0230699;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.371;QD=22.3145;RBI=0.0245836;REFB=0.0012592;REVB=0.0084932;RO=21;SAF=5;SAR=18;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224011;STB=0.626745;STBP=0.126;TYPE=mnp;VARB=-0.00123357;OID=.;OPOS=47649573;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:21:23:23:0.522727:18:5:9:12:18:5:9:12 chr6 47649694 . A G 757.09 PASS AF=0.440217;AO=81;DP=185;FAO=81;FDP=184;FR=.;FRO=103;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=64;FSRR=39;FWDB=-0.0012618;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0327;QD=16.4585;RBI=0.00530014;REFB=-0.00915164;REVB=0.00514775;RO=100;SAF=54;SAR=27;SRF=62;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511114;STB=0.527993;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00624769;OID=.;OPOS=47649694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:100:103:81:81:0.440217:27:54:62:38:27:54:64:39 chr6 47654742 . A T 730.08 PASS AF=0.429348;AO=79;DP=183;FAO=79;FDP=184;FR=.;FRO=105;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.0201649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.579;QD=15.8713;RBI=0.0210603;REFB=-0.0109339;REVB=-0.00607562;RO=104;SAF=33;SAR=46;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553456;STB=0.528432;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0181387;OID=.;OPOS=47654742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:104:105:79:79:0.429348:46:33:49:55:46:33:49:56 chr6 47682604 . A C 3966.23 PASS AF=1;AO=257;DP=259;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168773;FXX=0.00772171;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.207;QD=61.7312;RBI=0.0176315;REFB=0.0108208;REVB=0.00510146;RO=2;SAF=142;SAR=115;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000781909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15629e-05;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:259:257:2:0:257:257:1:115:142:1:1:115:142:0:0 chr6 47684591 . G A 1002.14 PASS AF=0.532967;AO=96;DP=180;FAO=97;FDP=182;FR=.;FRO=85;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.00710461;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.252;QD=22.025;RBI=0.00717796;REFB=-0.00872924;REVB=-0.00102353;RO=82;SAF=49;SAR=47;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06015;STB=0.542855;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00552976;OID=.;OPOS=47684591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:82:85:96:97:0.532967:47:49:36:46:47:50:36:49 chr6 47791205 . G A 461.87 PASS AF=0.366667;AO=55;DP=151;FAO=55;FDP=150;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.00850949;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.529;QD=12.3165;RBI=0.00899173;REFB=0.00699636;REVB=-0.00290513;RO=93;SAF=23;SAR=32;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735139;STB=0.535684;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.011174;OID=.;OPOS=47791205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:93:95:55:55:0.366667:32:23:45:48:32:23:45:50 chr6 47847179 . A G 541.55 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.0829381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9154;QD=18.2034;RBI=0.0904015;REFB=0.0128601;REVB=0.0359683;RO=61;SAF=24;SAR=33;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907838;STB=0.553487;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0156271;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:62:57:57:0.478992:33:24:20:41:33:24:20:42 chr6 47847401 . A G 328.2 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=34;FWDB=-0.00827926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.929;QD=17.9838;RBI=0.0105376;REFB=-0.00622599;REVB=-0.00651878;RO=38;SAF=8;SAR=26;SRF=4;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192313;STB=0.614978;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00834125;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:34:35:0.479452:26:8:4:34:26:9:4:34 chr6 49403282 . T C 1157.86 PASS AF=0.504386;AO=115;DP=228;FAO=115;FDP=228;FR=.;FRO=113;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=-0.0296886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.655;QD=20.3133;RBI=0.0322543;REFB=-0.0241677;REVB=0.0126066;RO=113;SAF=50;SAR=65;SRF=49;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00106099;STB=0.500582;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0216121;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:113:113:115:115:0.504386:65:50:49:64:65:50:49:64 chr6 49411477 . G C 656.11 PASS AF=0.367442;AO=79;DP=215;FAO=79;FDP=215;FR=.;FRO=136;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=58;FSRR=78;FWDB=0.00682496;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5344;QD=12.2067;RBI=0.018066;REFB=-0.0109666;REVB=-0.0167273;RO=136;SAF=34;SAR=45;SRF=58;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00445055;STB=0.502523;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.014365;OID=.;OPOS=49411477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:136:136:79:79:0.367442:45:34:58:78:45:34:58:78 chr6 49412433 . C T 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0562372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.842;QD=17.9909;RBI=0.0574561;REFB=0.0127179;REVB=-0.0117719;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445277;STB=0.524892;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00830183;OID=.;OPOS=49412433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:17:12:11:19:17:12:11:19 chr6 49425521 . C T 669.87 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0122663;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.003;QD=21.2657;RBI=0.0126168;REFB=-0.0161846;REVB=0.0029534;RO=58;SAF=35;SAR=31;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698422;STB=0.522381;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0115284;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:58:60:66:66:0.52381:31:35:26:32:31:35:29:31 chr6 49439805 . G A 287.6 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0208342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.841;QD=15.9777;RBI=0.0365491;REFB=-0.0154033;REVB=-0.0300295;RO=40;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00618052;STB=0.503482;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0261677;OID=.;OPOS=49439805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:17:15:19:21:17:15:19:21 chr6 49459978 . A G 835.62 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1764;QD=54.7947;RBI=0.00933157;REFB=-0.110057;REVB=-0.00160165;RO=2;SAF=34;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269469;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122627;OID=.;OPOS=49459978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:2:0:59:61:1:25:34:2:0:25:36:0:0 chr6 49460152 . A G 803.33 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0581938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2136;QD=55.4017;RBI=0.0582023;REFB=-0.0126707;REVB=-0.000992513;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000785111;OID=.;OPOS=49460152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:29:28:0:0:29:28:0:1 chr6 49485266 . C A 582.47 PASS AF=0.379888;AO=62;DP=174;FAO=68;FDP=179;FR=.;FRO=111;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=71;FWDB=-0.0208773;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.585;QD=13.0161;RBI=0.0210036;REFB=-0.010792;REVB=-0.00230004;RO=112;SAF=26;SAR=36;SRF=40;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732326;STB=0.514532;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0157663;OID=.;OPOS=49485266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:179:112:111:62:68:0.379888:36:26:40:72:42:26:40:71 chr6 49518914 . C G 3815.87 PASS AF=1;AO=241;DP=248;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324997;FXX=0.0459752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.751;QD=61.2992;RBI=0.0332083;REFB=0;REVB=0.0068237;RO=0;SAF=79;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331693;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:248:249:0:0:241:249:1:162:79:0:0:163:86:0:0 chr6 49580194 . C T 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0026415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.516;QD=24.8187;RBI=0.00265136;REFB=-0.00938566;REVB=-0.000228497;RO=17;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657428;STB=0.545418;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00673771;OID=.;OPOS=49580194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:15:9:5:12:15:9:5:13 chr6 49580247 . C T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0111112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.726;QD=26.3418;RBI=0.0133564;REFB=-0.0376216;REVB=0.00741178;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022539;STB=0.512532;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0203851;OID=.;OPOS=49580247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:11:8:5:6:11:8:5:6 chr6 49696473 . G T 428.04 PASS AF=0.378788;AO=48;DP=129;FAO=50;FDP=132;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=-0.0040122;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2983;QD=12.9709;RBI=0.0332513;REFB=0.00388461;REVB=-0.0330083;RO=80;SAF=26;SAR=22;SRF=25;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249221;STB=0.640469;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00547024;OID=.;OPOS=49696473;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:80:82:48:50:0.378788:22:26:25:55:22:28:27:55 chr6 49701523 . A G 1698.79 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.69;QD=60.671;RBI=0.070671;REFB=0;REVB=0.068861;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76292e-05;OID=.;OPOS=49701523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:112:0:0:103:112:1:61:42:0:0:68:44:0:0 chr6 50683009 . T C 190.02 PASS AF=0.27957;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0292542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.567;QD=8.17278;RBI=0.0306004;REFB=-0.0110105;REVB=0.00897647;RO=64;SAF=9;SAR=17;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133914;STB=0.629268;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0341605;OID=.;OPOS=50683009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:64:67:26:26:0.27957:17:9:29:35:18:8:32:35 chr6 51480486 . G T 380.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0136294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.986;QD=19.5283;RBI=0.0380455;REFB=-0.00438271;REVB=-0.0355204;RO=39;SAF=15;SAR=24;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140729;STB=0.578273;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00566072;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:24:15:21:18:24:15:21:18 chr6 51483961 . T C 862.22 PASS AF=0.521212;AO=85;DP=165;FAO=86;FDP=165;FR=.;FRO=79;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.00139907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.315;QD=20.9023;RBI=0.0177775;REFB=-0.0119427;REVB=-0.0177224;RO=78;SAF=44;SAR=41;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744675;STB=0.534497;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0122223;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:78:79:85:86:0.521212:41:44:47:31:41:45:47:32 chr6 51491884 . T C 611.83 PASS AF=0.453901;AO=63;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.00189508;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.867;QD=17.3569;RBI=0.0134374;REFB=-0.017352;REVB=0.0133031;RO=74;SAF=31;SAR=32;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712332;STB=0.53768;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0204584;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:77:63:64:0.453901:32:31:31:43:33:31:32:45 chr6 51524403 . G A 436.51 PASS AF=0.431034;AO=48;DP=114;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.00323073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.768;QD=15.0519;RBI=0.0110224;REFB=-0.00688723;REVB=0.0105383;RO=66;SAF=20;SAR=28;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00800743;STB=0.509113;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00881392;OID=.;OPOS=51524403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:66:66:48:50:0.431034:28:20:28:38:28:22:28:38 chr6 51586771 . G A 1659.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000392593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.949;QD=60.3497;RBI=0.0431242;REFB=0;REVB=0.0431224;RO=0;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7598e-05;OID=.;OPOS=51586771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:46:64:0:0:46:64:0:0 chr6 51613177 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9373;QD=61.6835;RBI=0.0283424;REFB=0;REVB=0.0159575;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51176e-05;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr6 51720838 . T C 1671.7 PASS AF=0.965812;AO=113;DP=121;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0247017;FXX=0.0330551;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.459;QD=57.1522;RBI=0.0305066;REFB=-0.0333671;REVB=0.0179019;RO=3;SAF=48;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121224;STB=0.502629;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.000127789;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:121:117:3:4:113:113:0.965812:65:48:2:1:65:48:2:2 chr6 51875250 . A C 1860.53 PASS AF=0.97619;AO=123;DP=128;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0278312;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.237;QD=59.0646;RBI=0.0279113;REFB=-0.0611343;REVB=0.00211253;RO=1;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736582;STB=0.504457;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00316056;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:128:126:1:3:123:123:0.97619:64:59:0:1:64:59:2:1 chr6 51890823 . G A 2771.71 PASS AF=0.498175;AO=269;DP=544;FAO=273;FDP=548;FR=.;FRO=275;FSAF=149;FSAR=124;FSRF=116;FSRR=159;FWDB=0.0280306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.464;QD=20.2315;RBI=0.0349042;REFB=-0.0168544;REVB=0.0207988;RO=272;SAF=149;SAR=120;SRF=116;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116848;STB=0.56202;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0156669;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:544:548:272:275:269:273:0.498175:120:149:116:156:124:149:116:159 chr6 51914956 . G A 624.4 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0254076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.576;QD=21.7181;RBI=0.038719;REFB=0.00159573;REVB=0.0292167;RO=53;SAF=23;SAR=39;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225715;STB=0.512388;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00123255;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:53:62:62:0.53913:39:23:21:32:39:23:21:32 chr6 51924774 . A G 1858.62 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9625;QD=61.4421;RBI=0.022931;REFB=0;REVB=-0.0142893;RO=0;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149495;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:63:58:0:0:63:58:0:0 chr6 51947237 . G A 602.41 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.00168237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.708;QD=18.6795;RBI=0.0178052;REFB=-0.00719365;REVB=0.0177255;RO=65;SAF=30;SAR=32;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135692;STB=0.56559;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00769517;OID=.;OPOS=51947237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:67:62:62:0.48062:32:30:22:43:32:30:24:43 chr6 52272033 . C T 436.25 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00951249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5008;QD=15.4426;RBI=0.0315976;REFB=-0.0127364;REVB=-0.0301317;RO=63;SAF=21;SAR=28;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484031;STB=0.531956;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0212611;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:64:49:49:0.433628:28:21:30:33:28:21:31:33 chr6 52272467 . C CTTGA 72.81 PASS AF=0.346154;AO=7;DP=44;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0209207;FXX=0.235225;HRUN=2;LEN=4;MLLD=217.751;QD=11.202;RBI=0.0227383;REFB=-0.0115638;REVB=0.0089082;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238247;STB=0.631281;STBP=0.371;TYPE=ins;VARB=0.0355712;OID=.;OPOS=52272468;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=CTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:7:44:9:26:17:3:6:9:8:72:35:3:4:22:13 chr6 52272471 . C A 50.89 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0357161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.901;QD=5.21941;RBI=0.035774;REFB=0.00191371;REVB=-0.0020344;RO=31;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297214;STB=0.698109;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0140321;OID=.;OPOS=52272471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:2:6:16:15:2:6:16:15 chr6 52360283 . T A 2440.39 PASS AF=0.993789;AO=154;DP=156;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165695;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.45;QD=60.6309;RBI=0.0373106;REFB=0.0208682;REVB=0.0334295;RO=2;SAF=92;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246796;STB=0.502617;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000291877;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:161:2:1:154:160:0.993789:62:92:1:1:65:95:1:0 chr6 52360331 . G A 505.1 PASS AF=0.364706;AO=59;DP=167;FAO=62;FDP=170;FR=.;FRO=108;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.00183802;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.019;QD=11.8846;RBI=0.00645293;REFB=-0.00553838;REVB=0.00618563;RO=108;SAF=40;SAR=19;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210117;STB=0.618099;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0134026;OID=.;OPOS=52360331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:108:108:59:62:0.364706:19:40:54:54:20:42:54:54 chr6 52362844 . T A 184.26 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0266287;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.5753;QD=11.0007;RBI=0.0294218;REFB=-0.0117531;REVB=0.0125123;RO=36;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133858;STB=0.589278;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0545467;OID=.;OPOS=52362844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:36:43:24:24:0.358209:15:9:18:18:15:9:22:21 chr6 52374319 . T C,TAC 2684.84 PASS AF=0.0362694,0.911917;AO=7,174;DP=194;FAO=7,176;FDP=193;FR=.;FRO=10;FSAF=6,83;FSAR=1,93;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0181071,-0.00745489;FXX=0.00515437;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=65.4884,177.766;QD=55.6444;RBI=0.0344756,0.0188057;REFB=-0.0175255,-0.0662102;REVB=0.0293377,0.0172649;RO=11;SAF=6,81;SAR=1,93;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.583505,0.021913;STB=0.869953,0.514672;STBP=0.021,0.09;TYPE=snp,ins;VARB=0.0149244,0.0044435;OID=.,.;OPOS=52374319,52374320;OREF=T,-;OALT=C,AC;OMAPALT=C,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:194:193:11:10:7,174:7,176:0.0362694,0.911917:1,93:6,81:3:8:1,93:6,83:2:8 chr6 52617731 . C G 2495.8 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169942;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.077;QD=61.6247;RBI=0.0260001;REFB=0;REVB=-0.0196775;RO=0;SAF=65;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113906;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:161:162:1:96:65:0:0:97:65:0:0 chr6 52659054 . A G 712.71 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0947959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.249;QD=20.8091;RBI=0.111283;REFB=-0.0317015;REVB=0.0582884;RO=67;SAF=27;SAR=43;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118344;STB=0.506509;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.031858;OID=.;OPOS=52659054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:67:70:70:0.510949:43:27:25:42:43:27:25:42 chr6 52701143 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.44;QD=57.1056;RBI=0.0231447;REFB=0;REVB=-0.0225608;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27708e-05;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr6 52843131 . G T 401.89 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0320618;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4668;QD=13.9786;RBI=0.0825198;REFB=-0.0316285;REVB=0.0760366;RO=65;SAF=27;SAR=20;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377121;STB=0.527015;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0398534;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:65:68:47:47:0.408696:20:27:35:30:20:27:36:32 chr6 52844045 . G A 586.59 PASS AF=0.54;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0109322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.159;QD=23.4635;RBI=0.0198405;REFB=-0.034063;REVB=0.0165569;RO=45;SAF=30;SAR=24;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164433;STB=0.594679;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0274471;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:45:46:54:54:0.54:24:30:16:29:24:30:16:30 chr6 52878637 . T C 1106.83 PASS AF=0.506667;AO=113;DP=224;FAO=114;FDP=225;FR=.;FRO=111;FSAF=41;FSAR=73;FSRF=38;FSRR=73;FWDB=0.0197458;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2794;QD=19.677;RBI=0.0342279;REFB=-0.0770042;REVB=0.0279581;RO=108;SAF=41;SAR=72;SRF=38;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106239;STB=0.509315;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0578371;OID=.;OPOS=52878637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:108:111:113:114:0.506667:72:41:38:70:73:41:38:73 chr6 52963071 . A G 212.65 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00330544;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.4;QD=19.3321;RBI=0.0152839;REFB=-0.00676838;REVB=-0.0149222;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518517;STB=0.529383;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00642816;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:13:10:8:13:13:10 chr6 53363487 . GGGCT G 1249.39 PASS AF=0.981132;AO=98;DP=103;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0345926;FXX=0.0363603;HRUN=3;LEN=4;MLLD=238.95;QD=47.1467;RBI=0.0634792;REFB=-0.101611;REVB=0.0532256;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.38835;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.50073;STBP=0.862;TYPE=del;VARB=0.00191177;OID=.;OPOS=53363488;OREF=GGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.981132:98:103:104:106:2:56:48:1:1:11:0:55:43:0:0 chr6 53370107 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.013;QD=58.1413;RBI=0.0533245;REFB=0;REVB=0.0448293;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356851;OID=.;OPOS=53370107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr6 53514843 . T C 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00763277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3786;QD=7.79829;RBI=0.0713039;REFB=-0.0130541;REVB=0.0708942;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889948;STB=0.555432;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0372744;OID=.;OPOS=53514843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:12:11:5:4:12:11 chr6 53516876 . T G 8710.04 PASS AF=1;AO=549;DP=550;FAO=552;FDP=552;FR=.;FRO=0;FSAF=288;FSAR=264;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113309;FXX=0.00180829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.295;QD=63.1162;RBI=0.0333154;REFB=0;REVB=-0.0313293;RO=0;SAF=285;SAR=264;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39805e-06;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:550:552:0:0:549:552:1:264:285:0:0:264:288:0:0 chr6 53519062 . A G 1075.05 PASS AF=0.453061;AO=111;DP=246;FAO=111;FDP=245;FR=.;FRO=134;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=54;FSRR=80;FWDB=0.00715187;FXX=0.00406488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0996;QD=17.5519;RBI=0.00967228;REFB=0.00934306;REVB=-0.00651182;RO=132;SAF=63;SAR=48;SRF=53;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162116;STB=0.589458;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0120489;OID=.;OPOS=53519062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:132:134:111:111:0.453061:48:63:53:79:48:63:54:80 chr6 53519605 . C T 1022.01 PASS AF=0.469027;AO=106;DP=226;FAO=106;FDP=226;FR=.;FRO=120;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=0.00546692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.768;QD=18.0888;RBI=0.0604154;REFB=-0.0207954;REVB=-0.0601675;RO=117;SAF=42;SAR=64;SRF=55;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721206;STB=0.538454;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0241312;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:117:120:106:106:0.469027:64:42:55:62:64:42:56:64 chr6 53519857 . G A 542.15 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0121631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.208;QD=15.1649;RBI=0.0373161;REFB=0.0052722;REVB=-0.0352782;RO=83;SAF=27;SAR=32;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128269;STB=0.503936;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00796133;OID=.;OPOS=53519857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:83:84:59:59:0.412587:32:27:39:44:32:27:39:45 chr6 53660063 . C T 675.29 PASS AF=0.5;AO=67;DP=135;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0134991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7082;QD=19.8614;RBI=0.0291091;REFB=-0.00047242;REVB=0.0257898;RO=68;SAF=30;SAR=37;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748699;STB=0.507441;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00121568;OID=.;OPOS=53660063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:68:68:67:68:0.5:37:30:31:37:38:30:31:37 chr6 53764673 . G A 882.14 PASS AF=0.463918;AO=90;DP=194;FAO=90;FDP=194;FR=.;FRO=104;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=70;FWDB=-0.0130311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2721;QD=18.1885;RBI=0.0180459;REFB=0.00413159;REVB=-0.0124839;RO=104;SAF=42;SAR=48;SRF=34;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137757;STB=0.575995;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00521874;OID=.;OPOS=53764673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:104:104:90:90:0.463918:48:42:34:70:48:42:34:70 chr6 53787793 . ATTTTT ATTTAT,ATTTTA,AT,ATT,ATTT 369.72 PASS AF=0.204545,0.0909091,0.0454545,0.545455,0.113636;AO=3,2,7,6,12;DP=43;FAO=9,4,2,24,5;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,2,20,5;FSAR=9,4,0,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174599,-0.0192345,-0.0286279,-0.0309809,-0.0832561;FXX=0.153817;HRUN=14,14,14,14,14;LEN=1,1,4,3,2;MLLD=194.471,190.075,12.7545,12.6262,6.92636;QD=33.6105;RBI=0.0456256,0.0420144,0.0936438,0.104955,0.253121;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.0421527,-0.037353,-0.0891606,-0.100278,-0.239037;RO=0;SAF=0,0,5,5,12;SAR=3,2,2,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,3.27427e-08,-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,del,del;VARB=0.00853851,0.0171009,0.0217081,0.116593,-0.336685;OID=.,.,.,.,.;OPOS=53787797,53787798,53787794,53787794,53787794;OREF=T,T,TTTT,TTT,TT;OALT=A,A,-,-,-;OMAPALT=ATTTAT,ATTTTA,AT,ATT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.204545,0.0909091,0.0454545,0.545455,0.113636:3,2,7,6,12:43:9,4,2,24,5:44:0:0,0,2,20,5:9,4,0,4,0:0:0:48:0:0,0,5,5,12:3,2,2,1,0:0:0 chr6 53989526 . G A 1767.58 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.217;QD=60.9509;RBI=0.045248;REFB=0;REVB=0.0276188;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182835;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:66:50:0:0:66:50:0:0 chr6 54002335 . T A 506.42 PASS AF=0.504762;AO=51;DP=104;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00488739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.422;QD=19.2921;RBI=0.00819528;REFB=0.00253716;REVB=-0.00657845;RO=52;SAF=16;SAR=35;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146442;STB=0.564491;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0025749;OID=.;OPOS=54002335;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:52:52:51:53:0.504762:35:16:24:28:35:18:24:28 chr6 54054686 . T A 1561.6 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.633;QD=63.7388;RBI=0.068596;REFB=0;REVB=0.0372989;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148137;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:46:51:0:0:46:52:0:0 chr6 54079968 . G A 3692.09 PASS AF=1;AO=234;DP=236;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03767;FXX=0.00847422;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.203;QD=63.1126;RBI=0.0403519;REFB=-0.0627817;REVB=0.0144655;RO=1;SAF=116;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23078e-07;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:236:234:1:0:234:234:1:118:116:0:1:118:116:0:0 chr6 54186147 . T C 699.01 PASS AF=0.436782;AO=76;DP=174;FAO=76;FDP=174;FR=.;FRO=98;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=0.0718457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5553;QD=16.0692;RBI=0.0718525;REFB=0.0218737;REVB=0.000989391;RO=98;SAF=39;SAR=37;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116242;STB=0.564689;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0270324;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:98:98:76:76:0.436782:37:39:39:59:37:39:39:59 chr6 54191970 . T A 421.3 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0580586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9014;QD=15.898;RBI=0.0609552;REFB=0.00341179;REVB=-0.018567;RO=59;SAF=28;SAR=19;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154658;STB=0.586587;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00452617;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:19:28:26:33:19:28:26:33 chr6 55142337 . A G 3973.07 PASS AF=1;AO=256;DP=257;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.906;QD=61.598;RBI=0.055859;REFB=0;REVB=-0.0012807;RO=1;SAF=117;SAR=139;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405709;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96881e-05;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:257:258:1:0:256:258:1:139:117:1:0:140:118:0:0 chr6 55196587 . C T 436.44 PASS AF=0.369565;AO=51;DP=138;FAO=51;FDP=138;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.00863144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.048;QD=12.6504;RBI=0.0319083;REFB=-0.00749785;REVB=-0.0307187;RO=86;SAF=19;SAR=32;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066625;STB=0.542356;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0100997;OID=.;OPOS=55196587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:86:87:51:51:0.369565:32:19:37:49:32:19:38:49 chr6 55266625 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0635801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.309;QD=62.0212;RBI=0.0637231;REFB=0;REVB=0.00426565;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373604;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr6 55428657 . G GC 421.85 PASS AF=1;AO=14;DP=93;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297432;FXX=0.38632;HRUN=0;LEN=1;MLLD=128.198;QD=31.248;RBI=0.0988355;REFB=0;REVB=0.0942538;RO=77;SAF=10;SAR=4;SRF=55;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91131e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00142239;OID=.;OPOS=55428658;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:93:54:54:0:53:1:0:0:3:77:10:4:55:22 chr6 55428658 . A C,G 1318.9 PASS AF=0.863636,0.136364;AO=72,14;DP=86;FAO=76,12;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50,10;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156579,0.00803179;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=183.393,57.7596;QD=59.95;RBI=0.0325773,0.0210853;REFB=0,0;REVB=0.0285677,-0.0194956;RO=0;SAF=50,10;SAR=22,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.63386e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.001621,0.0938782;OID=.,.;OPOS=55428658,55428658;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:52:86:88:0:0:72,14:76,12:0.863636,0.136364:22,4:50,10:0:0:26,2:50,10:0:0 chr6 55428724 . A C 261.98 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0308487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7584;QD=12.4754;RBI=0.0351708;REFB=-0.00667631;REVB=0.0168921;RO=53;SAF=17;SAR=14;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104765;STB=0.559962;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0107848;OID=.;OPOS=55428724;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:14:17:34:19:14:17:34:19 chr6 55739553 . A G 708.23 PASS AF=0.45509;AO=76;DP=167;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=0.00885238;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.04;QD=16.9637;RBI=0.0156501;REFB=-0.00352173;REVB=0.0129059;RO=89;SAF=39;SAR=37;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619079;STB=0.528098;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00376241;OID=.;OPOS=55739553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:89:91:76:76:0.45509:37:39:40:49:37:39:42:49 chr6 55925801 . G T 516.28 PASS AF=0.403974;AO=60;DP=154;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=50;FSRF=19;FSRR=71;FWDB=-0.0843046;FXX=0.0194793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8668;QD=13.6762;RBI=0.0843922;REFB=-0.00903489;REVB=-0.00384492;RO=89;SAF=10;SAR=50;SRF=19;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832084;STB=0.529838;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0113668;OID=.;OPOS=55925801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:151:89:90:60:61:0.403974:50:10:19:70:50:11:19:71 chr6 55933913 . T C 486.87 PASS AF=0.445378;AO=48;DP=115;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=0.0128856;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.538;QD=16.3655;RBI=0.0129612;REFB=-0.0180572;REVB=0.001398;RO=67;SAF=17;SAR=31;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644766;STB=0.543608;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0202603;OID=.;OPOS=55933913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:67:66:48:53:0.445378:31:17:20:47:34:19:19:47 chr6 56044578 . T C 922.23 PASS AF=0.477612;AO=96;DP=200;FAO=96;FDP=201;FR=.;FRO=105;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=65;FWDB=0.000313315;FXX=0.00495025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.135;QD=18.3528;RBI=0.00769046;REFB=-0.00392294;REVB=0.00768408;RO=104;SAF=48;SAR=48;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118023;STB=0.562176;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00333323;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:104:105:96:96:0.477612:48:48:39:65:48:48:40:65 chr6 56323875 . C T 1518.16 PASS AF=0.467066;AO=155;DP=336;FAO=156;FDP=334;FR=.;FRO=178;FSAF=69;FSAR=87;FSRF=82;FSRR=96;FWDB=-0.0060759;FXX=0.0059522;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.46;QD=18.1816;RBI=0.0157245;REFB=-0.00926952;REVB=-0.0145033;RO=179;SAF=68;SAR=87;SRF=84;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300166;STB=0.509896;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00912465;OID=.;OPOS=56323875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:334:179:178:155:156:0.467066:87:68:84:95:87:69:82:96 chr6 56351972 . G C 1889.44 PASS AF=0.529412;AO=179;DP=339;FAO=180;FDP=340;FR=.;FRO=160;FSAF=123;FSAR=57;FSRF=74;FSRR=86;FWDB=0.0124271;FXX=0.00293247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.173;QD=22.2288;RBI=0.0181717;REFB=-0.00275084;REVB=0.0132582;RO=159;SAF=123;SAR=56;SRF=73;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208631;STB=0.610335;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00201565;OID=.;OPOS=56351972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:340:159:160:179:180:0.529412:56:123:73:86:57:123:74:86 chr6 56417282 . C T 2210.94 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299737;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.659;QD=62.7218;RBI=0.0303621;REFB=0;REVB=0.00484081;RO=0;SAF=69;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61385e-05;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:142:141:0:0:140:141:1:71:69:0:0:72:69:0:0 chr6 56417545 . T C 789.27 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000340914;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.305;QD=64.4301;RBI=0.0280446;REFB=0;REVB=0.0280425;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7161e-05;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr6 56810539 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.953;QD=59.8394;RBI=0.012695;REFB=0;REVB=-0.00844127;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49692e-06;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr6 57244780 . G A 720.52 PASS AF=0.400966;AO=83;DP=207;FAO=83;FDP=207;FR=.;FRO=124;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=63;FSRR=61;FWDB=0.018488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.629;QD=13.9231;RBI=0.0190977;REFB=-0.00336388;REVB=0.00478734;RO=122;SAF=35;SAR=48;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838452;STB=0.552165;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00355186;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:122:124:83:83:0.400966:48:35:61:61:48:35:63:61 chr6 57246884 . A G 1742.72 PASS AF=0.43287;AO=188;DP=434;FAO=187;FDP=432;FR=.;FRO=245;FSAF=99;FSAR=88;FSRF=91;FSRR=154;FWDB=-0.0012191;FXX=0.00460819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.061;QD=16.1363;RBI=0.0130973;REFB=-0.00655497;REVB=-0.0130405;RO=242;SAF=100;SAR=88;SRF=91;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157486;STB=0.588958;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00587647;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:432:242:245:188:187:0.43287:88:100:91:151:88:99:91:154 chr6 57246969 . G A 1070.9 PASS AF=0.36338;AO=129;DP=355;FAO=129;FDP=355;FR=.;FRO=226;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=85;FSRR=141;FWDB=-0.0242745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.923;QD=12.0664;RBI=0.0264791;REFB=-0.00913228;REVB=-0.0105778;RO=225;SAF=53;SAR=76;SRF=85;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387342;STB=0.523031;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0177643;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:355:225:226:129:129:0.36338:76:53:85:140:76:53:85:141 chr6 57246982 . G T 939.42 PASS AF=0.345345;AO=114;DP=333;FAO=115;FDP=333;FR=.;FRO=218;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=76;FSRR=142;FWDB=-0.0510039;FXX=0.00299392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.737;QD=11.2843;RBI=0.051067;REFB=-0.000863005;REVB=-0.00253722;RO=216;SAF=45;SAR=69;SRF=77;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466076;STB=0.535527;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0014716;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:216:218:114:115:0.345345:69:45:77:139:69:46:76:142 chr6 57254927 . A G 490.73 PASS AF=0.316327;AO=62;DP=196;FAO=62;FDP=196;FR=.;FRO=134;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=80;FSRR=54;FWDB=-0.00482477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.195;QD=10.0149;RBI=0.0123369;REFB=-0.00159193;REVB=0.0113543;RO=129;SAF=28;SAR=34;SRF=80;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19571;STB=0.598404;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00392997;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:129:134:62:62:0.316327:34:28:80:49:34:28:80:54 chr6 57254950 . A AT 82.27 PASS AF=0.278788;AO=36;DP=181;FAO=46;FDP=165;FR=.;FRO=119;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=78;FSRR=41;FWDB=-0.174294;FXX=0.0350857;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.9522;QD=1.99451;RBI=0.205316;REFB=-0.0733705;REVB=-0.108518;RO=137;SAF=12;SAR=24;SRF=90;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396341;STB=0.712754;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0909576;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.278788:36:181:46:165:119:16:30:78:41:82:137:12:24:90:47 chr6 57254955 . G A 160.68 PASS AF=0.168;AO=19;DP=138;FAO=21;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.0164269;FXX=0.137922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.169;QD=5.14168;RBI=0.05641;REFB=-0.0115057;REVB=-0.0539652;RO=46;SAF=10;SAR=9;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178473;STB=0.575038;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0725949;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:125:46:91:19:21:0.168:9:10:31:15:10:11:56:35 chr6 57254986 . G A 143.92 PASS AF=0.210526;AO=24;DP=114;FAO=24;FDP=114;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.056765;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4018;QD=5.0498;RBI=0.0855447;REFB=-0.0170025;REVB=-0.063997;RO=81;SAF=13;SAR=11;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489482;STB=0.515406;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0555456;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:81:90:24:24:0.210526:11:13:47:34:11:13:47:43 chr6 57255001 . C A 82.43 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=94;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0237519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.33;QD=3.43456;RBI=0.0678407;REFB=-0.000481115;REVB=-0.0635469;RO=79;SAF=13;SAR=2;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508799;STB=0.855085;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00102371;OID=.;OPOS=57255001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:94:96:79:80:15:16:0.166667:2:13:38:41:2:14:38:42 chr6 57372361 . C A 1992.57 PASS AF=0.606897;AO=176;DP=290;FAO=176;FDP=290;FR=.;FRO=114;FSAF=82;FSAR=94;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=-0.00632391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4729;QD=27.4837;RBI=0.00635794;REFB=-0.00296664;REVB=0.000656895;RO=113;SAF=82;SAR=94;SRF=48;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300133;STB=0.517756;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00138021;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:113:114:176:176:0.606897:94:82:48:65:94:82:48:66 chr6 57393112 . T C 454.7 PASS AF=0.38806;AO=52;DP=135;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0096993;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.725;QD=13.5731;RBI=0.0153606;REFB=0.00289451;REVB=-0.0119109;RO=83;SAF=26;SAR=26;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00653399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00329072;OID=.;OPOS=57393112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:83:82:52:52:0.38806:26:26:41:42:26:26:41:41 chr6 57393125 . A G 906.5 PASS AF=0.529762;AO=88;DP=168;FAO=89;FDP=168;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.0159855;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.118;QD=21.5834;RBI=0.0251979;REFB=-0.0262299;REVB=0.0194782;RO=79;SAF=40;SAR=48;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775533;STB=0.544653;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0219122;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:79:79:88:89:0.529762:48:40:43:36:49:40:43:36 chr6 57393144 . A T 776.19 PASS AF=0.455556;AO=80;DP=180;FAO=82;FDP=180;FR=.;FRO=98;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.00431195;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.892;QD=17.2486;RBI=0.0137641;REFB=-0.0139281;REVB=-0.0130712;RO=95;SAF=45;SAR=35;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107568;STB=0.560961;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0220611;OID=.;OPOS=57393144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:95:98:80:82:0.455556:35:45:43:52:36:46:44:54 chr6 57393160 . G A 177.52 PASS AF=0.170854;AO=31;DP=199;FAO=34;FDP=199;FR=.;FRO=165;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=83;FSRR=82;FWDB=0.0112753;FXX=0.0148508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.174;QD=3.56823;RBI=0.0233571;REFB=-0.00113911;REVB=-0.0204553;RO=166;SAF=7;SAR=24;SRF=83;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365117;STB=0.6779;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00446792;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:166:165:31:34:0.170854:24:7:83:83:24:10:83:82 chr6 57398154 . T C 855.0 PASS AF=0.3861;AO=100;DP=258;FAO=100;FDP=259;FR=.;FRO=159;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=67;FSRR=92;FWDB=0.0333567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3432;QD=13.2046;RBI=0.0572357;REFB=-0.00624162;REVB=-0.0465109;RO=158;SAF=40;SAR=60;SRF=66;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199897;STB=0.513597;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.011972;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:158:159:100:100:0.3861:60:40:66:92:60:40:67:92 chr6 57398157 . A G 915.27 PASS AF=0.397004;AO=105;DP=266;FAO=106;FDP=267;FR=.;FRO=161;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=69;FSRR=92;FWDB=0.00856616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.2;QD=13.7118;RBI=0.0117957;REFB=-0.0180968;REVB=0.00810927;RO=161;SAF=44;SAR=61;SRF=69;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105205;STB=0.502492;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0312274;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:161:161:105:106:0.397004:61:44:69:92:61:45:69:92 chr6 57398163 . A G 1014.85 PASS AF=0.398601;AO=114;DP=286;FAO=114;FDP=286;FR=.;FRO=172;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=76;FSRR=96;FWDB=0.00333081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.449;QD=14.1937;RBI=0.0053791;REFB=-0.00387495;REVB=0.00422379;RO=172;SAF=48;SAR=66;SRF=76;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227913;STB=0.51278;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00862642;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:172:172:114:114:0.398601:66:48:76:96:66:48:76:96 chr6 57398186 . G GA 54.11 PASS AF=0.14;AO=54;DP=354;FAO=49;FDP=350;FR=.;FRO=301;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=120;FSRR=181;FWDB=0.140418;FXX=0.00568166;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.3875;QD=0.618431;RBI=0.151697;REFB=-0.0131687;REVB=-0.0573991;RO=281;SAF=26;SAR=28;SRF=106;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137071;STB=0.57862;STBP=0.247;TYPE=ins;VARB=0.0207286;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.14:54:354:49:350:301:24:25:120:181:54:281:26:28:106:175 chr6 57398201 . T C 1629.96 PASS AF=0.442159;AO=172;DP=389;FAO=172;FDP=389;FR=.;FRO=217;FSAF=69;FSAR=103;FSRF=96;FSRR=121;FWDB=-0.0138431;FXX=0.00256404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6492;QD=16.7605;RBI=0.0145275;REFB=-0.000486019;REVB=-0.00440642;RO=217;SAF=69;SAR=103;SRF=96;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427889;STB=0.52371;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.000817702;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:389:217:217:172:172:0.442159:103:69:96:121:103:69:96:121 chr6 57398207 . G T 61.75 PASS AF=0.0694789;AO=28;DP=403;FAO=28;FDP=403;FR=.;FRO=375;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=163;FSRR=212;FWDB=0.0279263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9902;QD=0.612914;RBI=0.035075;REFB=-6.61886e-05;REVB=-0.0212221;RO=374;SAF=13;SAR=15;SRF=162;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348664;STB=0.527793;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00215506;OID=.;OPOS=57398207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:403:403:374:375:28:28:0.0694789:15:13:162:212:15:13:163:212 chr6 57398226 . T G 882.12 PASS AF=0.332335;AO=110;DP=410;FAO=111;FDP=334;FR=.;FRO=223;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=107;FSRR=116;FWDB=-0.035637;FXX=0.191279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0163;QD=10.5642;RBI=0.0516633;REFB=-0.00245534;REVB=0.0374045;RO=221;SAF=41;SAR=69;SRF=106;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128154;STB=0.57599;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00348128;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:334:221:223:110:111:0.332335:69:41:106:115:70:41:107:116 chr6 57398264 . A G 1745.57 PASS AF=0.479784;AO=178;DP=371;FAO=178;FDP=371;FR=.;FRO=193;FSAF=71;FSAR=107;FSRF=97;FSRR=96;FWDB=0.00106169;FXX=0.0026881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.834;QD=18.8202;RBI=0.0207353;REFB=-0.00386072;REVB=0.0207081;RO=192;SAF=71;SAR=107;SRF=97;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102211;STB=0.554997;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00429823;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:371:192:193:178:178:0.479784:107:71:97:95:107:71:97:96 chr6 57398270 . C T 370.66 PASS AF=0.187328;AO=68;DP=363;FAO=68;FDP=363;FR=.;FRO=295;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=134;FSRR=161;FWDB=-0.0268049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.688;QD=4.08442;RBI=0.0322233;REFB=-0.0025123;REVB=-0.017884;RO=294;SAF=32;SAR=36;SRF=134;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192788;STB=0.513351;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0122864;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:363:294:295:68:68:0.187328:36:32:134:160:36:32:134:161 chr6 57467084 . A G 424.72 PASS AF=0.223301;AO=69;DP=309;FAO=69;FDP=309;FR=.;FRO=240;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=129;FSRR=111;FWDB=-0.0117545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.747;QD=5.49796;RBI=0.0149867;REFB=-0.00225309;REVB=-0.0092969;RO=237;SAF=28;SAR=41;SRF=128;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170909;STB=0.601953;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00801762;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:237:240:69:69:0.223301:41:28:128:109:41:28:129:111 chr6 57467093 . A G 405.95 PASS AF=0.213166;AO=68;DP=320;FAO=68;FDP=319;FR=.;FRO=251;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=133;FSRR=118;FWDB=0.0144558;FXX=0.0031249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.938;QD=5.09032;RBI=0.024198;REFB=-0.00141969;REVB=0.0194055;RO=250;SAF=26;SAR=42;SRF=133;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192132;STB=0.616131;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00270289;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:319:250:251:68:68:0.213166:42:26:133:117:42:26:133:118 chr6 57467100 . G C 1909.77 PASS AF=0.552147;AO=178;DP=325;FAO=180;FDP=326;FR=.;FRO=146;FSAF=86;FSAR=94;FSRF=75;FSRR=71;FWDB=0.0108391;FXX=0.00305801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.921;QD=23.4328;RBI=0.0108392;REFB=-0.0143097;REVB=3.9575e-05;RO=145;SAF=86;SAR=92;SRF=75;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028162;STB=0.516094;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0108149;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:326:145:146:178:180:0.552147:92:86:75:70:94:86:75:71 chr6 57467107 . C T 504.48 PASS AF=0.239264;AO=78;DP=326;FAO=78;FDP=326;FR=.;FRO=248;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=132;FSRR=116;FWDB=-0.0199106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.651;QD=6.18989;RBI=0.0298868;REFB=-0.00379893;REVB=-0.0222888;RO=248;SAF=30;SAR=48;SRF=132;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187337;STB=0.612448;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0186679;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:248:248:78:78:0.239264:48:30:132:116:48:30:132:116 chr6 57467175 . A G 580.02 PASS AF=0.296992;AO=79;DP=266;FAO=79;FDP=266;FR=.;FRO=187;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=90;FSRR=97;FWDB=-0.0045469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.997;QD=8.72208;RBI=0.0109065;REFB=-0.0048106;REVB=-0.00991351;RO=186;SAF=42;SAR=37;SRF=89;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641238;STB=0.535379;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00908852;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:186:187:79:79:0.296992:37:42:89:97:37:42:90:97 chr6 57512476 . G A 2541.95 PASS AF=0.54195;AO=238;DP=440;FAO=239;FDP=441;FR=.;FRO=202;FSAF=121;FSAR=118;FSRF=91;FSRR=111;FWDB=0.00351629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.33;QD=23.0562;RBI=0.00411607;REFB=0.00495019;REVB=0.00213958;RO=200;SAF=120;SAR=118;SRF=91;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413254;STB=0.525536;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00439454;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:440:441:200:202:238:239:0.54195:118:120:91:109:118:121:91:111 chr6 57512510 . T G 7480.95 PASS AF=0.971888;AO=480;DP=496;FAO=484;FDP=498;FR=.;FRO=14;FSAF=230;FSAR=254;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00499997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.894;QD=60.0879;RBI=0.0420034;REFB=-0.0754313;REVB=0.0417048;RO=11;SAF=227;SAR=253;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124892;STB=0.509374;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000670336;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:496:498:11:14:480:484:0.971888:253:227:2:9:254:230:2:12 chr6 57512529 . C A 668.43 PASS AF=0.219368;AO=109;DP=504;FAO=111;FDP=506;FR=.;FRO=395;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=191;FSRR=204;FWDB=-0.0139403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.064;QD=5.28401;RBI=0.0305471;REFB=-0.00221416;REVB=-0.0271807;RO=390;SAF=49;SAR=60;SRF=189;SRR=201;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452901;STB=0.53306;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00768308;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:504:506:390:395:109:111:0.219368:60:49:189:201:62:49:191:204 chr6 57512565 . T C 2436.09 PASS AF=0.575448;AO=194;DP=363;FAO=225;FDP=391;FR=.;FRO=166;FSAF=108;FSAR=117;FSRF=73;FSRR=93;FWDB=0.0609085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.816;QD=24.9216;RBI=0.0618355;REFB=-0.00320409;REVB=-0.0106669;RO=166;SAF=78;SAR=116;SRF=73;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329612;STB=0.517134;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00269804;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:391:166:166:194:225:0.575448:116:78:73:93:117:108:73:93 chr6 57512678 . G A 583.77 PASS AF=0.626506;AO=52;DP=83;FAO=52;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0114598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4514;QD=28.1333;RBI=0.012762;REFB=-0.0480491;REVB=-0.00561629;RO=31;SAF=21;SAR=31;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110282;STB=0.505999;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0266305;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:31:31:52:52:0.626506:31:21:13:18:31:21:13:18 chr6 58141869 . C T 503.46 PASS AF=0.321429;AO=63;DP=196;FAO=63;FDP=196;FR=.;FRO=133;FSAF=46;FSAR=17;FSRF=70;FSRR=63;FWDB=0.0083943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.035;QD=10.2748;RBI=0.0257699;REFB=-0.0074787;REVB=-0.0243644;RO=130;SAF=46;SAR=17;SRF=69;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253786;STB=0.651046;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0112323;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:130:133:63:63:0.321429:17:46:69:61:17:46:70:63 chr6 58141876 . C T 1623.64 PASS AF=0.686567;AO=137;DP=200;FAO=138;FDP=201;FR=.;FRO=63;FSAF=75;FSAR=63;FSRF=46;FSRR=17;FWDB=0.00602165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.318;QD=32.3113;RBI=0.0225117;REFB=-0.016407;REVB=0.0216914;RO=62;SAF=74;SAR=63;SRF=46;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119477;STB=0.55956;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0124161;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:62:63:137:138:0.686567:63:74:46:16:63:75:46:17 chr6 58141878 . A G 469.64 PASS AF=0.305825;AO=63;DP=206;FAO=63;FDP=206;FR=.;FRO=143;FSAF=46;FSAR=17;FSRF=77;FSRR=66;FWDB=0.00282297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.446;QD=9.11918;RBI=0.0112918;REFB=-0.0109753;REVB=0.0109332;RO=143;SAF=46;SAR=17;SRF=77;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249628;STB=0.646084;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0276411;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:143:143:63:63:0.305825:17:46:77:66:17:46:77:66 chr6 58141886 . G C 2867.92 PASS AF=0.933962;AO=198;DP=212;FAO=198;FDP=212;FR=.;FRO=14;FSAF=118;FSAR=80;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00703978;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.82;QD=54.1116;RBI=0.00801628;REFB=-0.00442704;REVB=0.00383435;RO=14;SAF=118;SAR=80;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00611627;STB=0.503219;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=8.46369e-05;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:212:212:14:14:198:198:0.933962:80:118:9:5:80:118:9:5 chr6 58141920 . G C 361.59 PASS AF=0.255924;AO=54;DP=211;FAO=54;FDP=211;FR=.;FRO=157;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=81;FSRR=76;FWDB=0.0213409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.544;QD=6.85477;RBI=0.0255051;REFB=-0.00699859;REVB=-0.0139671;RO=157;SAF=42;SAR=12;SRF=81;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355765;STB=0.714532;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0223488;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:157:157:54:54:0.255924:12:42:81:76:12:42:81:76 chr6 58141935 . T C 192.39 PASS AF=0.19209;AO=33;DP=176;FAO=34;FDP=177;FR=.;FRO=143;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=73;FSRR=70;FWDB=0.0105406;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1089;QD=4.34767;RBI=0.0438181;REFB=0.0064137;REVB=-0.0425315;RO=143;SAF=28;SAR=5;SRF=74;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467897;STB=0.809856;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0269334;OID=.;OPOS=58141935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:143:143:33:34:0.19209:5:28:74:69:5:29:73:70 chr6 58141946 . C T 1551.95 PASS AF=0.802632;AO=121;DP=152;FAO=122;FDP=152;FR=.;FRO=30;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=29;FSRR=1;FWDB=0.0551275;FXX=0.00653552;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5136;QD=40.8409;RBI=0.0913041;REFB=-0.0623023;REVB=0.0727832;RO=30;SAF=59;SAR=62;SRF=29;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178598;STB=0.594835;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0161639;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:30:30:121:122:0.802632:62:59:29:1:63:59:29:1 chr6 61944740 . C A 905.83 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0622366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1575;QD=56.6141;RBI=0.0775625;REFB=-0.0893075;REVB=-0.0462876;RO=1;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140954;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000607687;OID=.;OPOS=61944740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:30:33:1:0:30:33:1:0 chr6 62284356 . CA C 3196.38 PASS AF=1;AO=261;DP=269;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587939;FXX=0.00367634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.1784;QD=47.179;RBI=0.0609093;REFB=0;REVB=-0.0159127;RO=2;SAF=126;SAR=135;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00750651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000227779;OID=.;OPOS=62284357;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:261:269:271:271:0:131:140:0:0:58:2:126:135:2:0 chr6 62284512 . T C 5360.53 PASS AF=1;AO=332;DP=334;FAO=337;FDP=337;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498872;FXX=0.00589953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.692;QD=63.6265;RBI=0.0435644;REFB=0;REVB=0.0432778;RO=0;SAF=163;SAR=169;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20207e-05;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:334:337:0:0:332:337:1:169:163:0:0:173:164:0:0 chr6 62442604 . A G 1977.91 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016143;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0646;QD=62.2964;RBI=0.0174338;REFB=0;REVB=0.0065835;RO=0;SAF=67;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192678;OID=.;OPOS=62442604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:127:0:0:127:127:1:60:67:0:0:60:67:0:0 chr6 62887099 . C T 734.39 PASS AF=0.48125;AO=77;DP=160;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.0502751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3688;QD=18.3598;RBI=0.0614284;REFB=-0.00677301;REVB=-0.0352968;RO=83;SAF=40;SAR=37;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897669;STB=0.549522;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00591292;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:83:83:77:77:0.48125:37:40:51:32:37:40:51:32 chr6 64694354 . C T 471.35 PASS AF=0.360248;AO=58;DP=161;FAO=58;FDP=161;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.014795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.355;QD=11.7106;RBI=0.0182946;REFB=-0.00557055;REVB=-0.010761;RO=103;SAF=18;SAR=40;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154036;STB=0.588204;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0139298;OID=.;OPOS=64694354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:103:103:58:58:0.360248:40:18:45:58:40:18:45:58 chr6 65016977 . TGA T 232.2 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0276398;FXX=0.0937354;HRUN=1;LEN=2;MLLD=87.341;QD=16.0136;RBI=0.0397858;REFB=-0.14774;REVB=0.0286174;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229959;STB=0.559954;STBP=0.41;TYPE=del;VARB=0.131364;OID=.;OPOS=65016978;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:25:63:26:58:32:11:15:17:15:99:28:11:14:13:15 chr6 65149185 . T A 515.09 PASS AF=0.395973;AO=59;DP=146;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.116743;FXX=0.0132442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.526;QD=13.8279;RBI=0.116876;REFB=-0.00284496;REVB=0.00556806;RO=87;SAF=21;SAR=38;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186919;STB=0.615844;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00305223;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:87:90:59:59:0.395973:38:21:46:41:38:21:49:41 chr6 65300143 . G C 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.010069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5086;QD=19.9753;RBI=0.0551792;REFB=-0.00794806;REVB=0.0542527;RO=38;SAF=24;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135409;STB=0.581592;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00933054;OID=.;OPOS=65300143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:16:24:17:21:16:24:17:22 chr6 65301167 . C T 515.71 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=134;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.00443782;FXX=0.0223864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6448;QD=15.7469;RBI=0.08127;REFB=-0.0351974;REVB=0.0811487;RO=78;SAF=20;SAR=36;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164384;STB=0.518207;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0417623;OID=.;OPOS=65301167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:131:78:75:56:56:0.427481:36:20:29:49:36:20:29:46 chr6 65301211 . T C 591.81 PASS AF=0.452555;AO=61;DP=136;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=0.00818327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.569;QD=17.2792;RBI=0.0127159;REFB=-0.00055073;REVB=0.00973286;RO=74;SAF=23;SAR=38;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561855;STB=0.52232;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.000755513;OID=.;OPOS=65301211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:74:75:61:62:0.452555:38:23:24:50:39:23:25:50 chr6 65301217 . G A 568.74 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=0.0194757;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2091;QD=16.9774;RBI=0.0296678;REFB=0.00290252;REVB=0.0223803;RO=74;SAF=23;SAR=37;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048331;STB=0.526896;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00350754;OID=.;OPOS=65301217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:74:74:60:60:0.447761:37:23:25:49:37:23:25:49 chr6 65301408 . A G 911.76 PASS AF=0.472637;AO=95;DP=201;FAO=95;FDP=201;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=40;FSRR=66;FWDB=-0.0397183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.361;QD=18.1445;RBI=0.0458209;REFB=-0.0105328;REVB=-0.0228477;RO=106;SAF=38;SAR=57;SRF=40;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226406;STB=0.512497;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00919814;OID=.;OPOS=65301408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:106:106:95:95:0.472637:57:38:40:66:57:38:40:66 chr6 65301504 . A G 3024.17 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114632;FXX=0.0103622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.899;QD=63.3334;RBI=0.0210838;REFB=-0.0421582;REVB=0.0176953;RO=1;SAF=68;SAR=123;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81035e-05;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:192:191:1:0:191:191:1:123:68:0:1:123:68:0:0 chr6 65301679 . T C 398.75 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00259631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.3877;QD=14.3694;RBI=0.00267964;REFB=0.00652141;REVB=0.000663051;RO=65;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691903;STB=0.538987;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00864598;OID=.;OPOS=65301679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:65:46:46:0.414414:21:25:31:34:21:25:31:34 chr6 65301734 . G A 684.76 PASS AF=0.428571;AO=75;DP=175;FAO=75;FDP=175;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.0326555;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.004;QD=15.6517;RBI=0.0403197;REFB=-0.0162565;REVB=-0.0236494;RO=99;SAF=35;SAR=40;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802046;STB=0.541846;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0184589;OID=.;OPOS=65301734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:99:100:75:75:0.428571:40:35:54:45:40:35:54:46 chr6 65301787 . G C 621.08 PASS AF=0.367347;AO=72;DP=196;FAO=72;FDP=196;FR=.;FRO=124;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=64;FSRR=60;FWDB=0.0261794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1439;QD=12.6751;RBI=0.0308584;REFB=0.00497831;REVB=0.0163365;RO=124;SAF=34;SAR=38;SRF=64;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489428;STB=0.52777;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0094556;OID=.;OPOS=65301787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:124:124:72:72:0.367347:38:34:64:60:38:34:64:60 chr6 65301824 . T C 474.25 PASS AF=0.36478;AO=58;DP=159;FAO=58;FDP=159;FR=.;FRO=101;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=-0.00747471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.513;QD=11.9308;RBI=0.00955278;REFB=0.00258659;REVB=-0.00594847;RO=100;SAF=24;SAR=34;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107883;STB=0.564663;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0041077;OID=.;OPOS=65301824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:100:101:58:58:0.36478:34:24:51:49:34:24:52:49 chr6 65301854 . G A 375.23 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0239256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1587;QD=12.6126;RBI=0.0373406;REFB=-0.0141654;REVB=0.0286686;RO=74;SAF=20;SAR=25;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903046;STB=0.551379;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0234129;OID=.;OPOS=65301854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:74:74:45:45:0.378151:25:20:39:35:25:20:39:35 chr6 65303100 . T C 823.75 PASS AF=0.467033;AO=83;DP=182;FAO=85;FDP=182;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=0.0253513;FXX=0.010869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7881;QD=18.1044;RBI=0.0296677;REFB=-0.0170017;REVB=0.0154104;RO=97;SAF=34;SAR=49;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741068;STB=0.53295;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0271618;OID=.;OPOS=65303100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:97:97:83:85:0.467033:49:34:47:50:49:36:47:50 chr6 65622463 . A G 321.14 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=0.0391373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2138;QD=11.5725;RBI=0.0394331;REFB=-0.0159833;REVB=0.00482134;RO=69;SAF=11;SAR=29;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397887;STB=0.537896;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0311114;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:71:40:40:0.36036:29:11:21:48:29:11:23:48 chr6 66005888 . C T 4020.95 PASS AF=1;AO=260;DP=262;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333325;FXX=0.0076333;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.094;QD=61.8607;RBI=0.0144157;REFB=0.0198992;REVB=-0.014025;RO=2;SAF=126;SAR=134;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00750643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02471e-05;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:262:260:2:0:260:260:1:134:126:2:0:134:126:0:0 chr6 66005970 . G A 1952.25 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.651;QD=61.9763;RBI=0.0494936;REFB=0;REVB=-0.0274987;RO=0;SAF=54;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35669e-05;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:72:54:0:0:72:54:0:0 chr6 66012587 . AT A 131.83 PASS AF=0.27027;AO=14;DP=70;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0121491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.045;QD=7.12571;RBI=0.0266986;REFB=-0.00497736;REVB=-0.0237742;RO=46;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188419;STB=0.628866;STBP=0.202;TYPE=del;VARB=0.0108835;OID=.;OPOS=66012588;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:14:70:20:74:54:11:9:20:34:99:46:7:7:16:30 chr6 66044927 . T C 455.1 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0284406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.156;QD=18.0238;RBI=0.08385;REFB=-0.00668012;REVB=0.0788794;RO=53;SAF=31;SAR=17;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203663;STB=0.613426;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00603845;OID=.;OPOS=66044927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:17:31:23:30:17:31:23:30 chr6 66063513 . G A 226.68 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00896587;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.903;QD=20.1492;RBI=0.0241889;REFB=-0.0197135;REVB=-0.0224659;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817596;STB=0.546298;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0205475;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:16:6:8:15:16:6:8:15 chr6 68599166 . A G 3836.37 PASS AF=0.988189;AO=249;DP=255;FAO=251;FDP=254;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0140804;FXX=0.00781219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.131;QD=60.4153;RBI=0.0166112;REFB=0.00403895;REVB=-0.00881319;RO=3;SAF=74;SAR=175;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810062;STB=0.504201;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000105018;OID=.;OPOS=68599166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:255:254:3:3:249:251:0.988189:175:74:0:3:177:74:0:3 chr6 68599169 . A T 1439.31 PASS AF=0.546559;AO=126;DP=238;FAO=135;FDP=247;FR=.;FRO=112;FSAF=37;FSAR=98;FSRF=37;FSRR=75;FWDB=0.0134143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.45;QD=23.3086;RBI=0.0187477;REFB=-0.0223372;REVB=0.013097;RO=112;SAF=37;SAR=89;SRF=37;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374253;STB=0.531161;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0185594;OID=.;OPOS=68599169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:247:112:112:126:135:0.546559:89:37:37:75:98:37:37:75 chr6 69666684 . A G 2319.64 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0276649;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.808;QD=60.2503;RBI=0.0351933;REFB=0.0169337;REVB=-0.0217537;RO=1;SAF=52;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468702;STB=0.502463;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000152917;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:154:1:1:153:153:0.993506:101:52:0:1:101:52:0:1 chr6 70071173 . G A 772.5 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021884;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.093;QD=57.2221;RBI=0.0363577;REFB=0;REVB=0.029034;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109878;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr6 70407465 . A T 1914.96 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.113;QD=61.7729;RBI=0.0344284;REFB=0;REVB=0.0142887;RO=0;SAF=62;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65056e-05;OID=.;OPOS=70407465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:62:62:0:0:62:62:0:0 chr6 70778378 . GC CT 369.52 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0245754;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=2;MLLD=113.042;QD=15.2381;RBI=0.0439092;REFB=0.00120353;REVB=0.0363877;RO=55;SAF=16;SAR=25;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104671;STB=0.56465;STBP=0.29;TYPE=mnp;VARB=-0.00234964;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:97:55:56:41:41:0.42268:25:16:27:28:25:16:28:28 chr6 70812123 . A G 570.03 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0176433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.147;QD=22.801;RBI=0.0186151;REFB=-0.00383381;REVB=0.00593594;RO=47;SAF=22;SAR=31;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858863;STB=0.54716;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00296307;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:31:22:15:32:31:22:15:32 chr6 70890224 . G A 1070.56 PASS AF=0.5;AO=107;DP=217;FAO=109;FDP=218;FR=.;FRO=109;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.0203462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.849;QD=19.6433;RBI=0.0218207;REFB=-0.00354041;REVB=-0.00788502;RO=107;SAF=48;SAR=59;SRF=44;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345431;STB=0.518528;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00386847;OID=.;OPOS=70890224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:107:109:107:109:0.5:59:48:44:63:59:50:46:63 chr6 70916888 . A C 822.82 PASS AF=0.518519;AO=75;DP=157;FAO=84;FDP=162;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.00248503;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.304;QD=20.3166;RBI=0.00277738;REFB=-0.0175078;REVB=-0.00124035;RO=79;SAF=30;SAR=45;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135386;STB=0.571264;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0156809;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:162:79:78:75:84:0.518519:45:30:43:36:49:35:44:34 chr6 70917559 . A AT 410.24 PASS AF=1;AO=32;DP=43;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204042;FXX=0.0285633;HRUN=0;LEN=1;MLLD=112.911;QD=48.264;RBI=0.0217352;REFB=0;REVB=0.00748921;RO=10;SAF=13;SAR=19;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.66162e-05;OID=.;OPOS=70917560;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:43:34:34:0:13:21:0:0:7:10:13:19:8:2 chr6 70944257 . T C 721.5 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00662919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.643;QD=23.4633;RBI=0.0107608;REFB=-0.0199815;REVB=0.00847632;RO=53;SAF=26;SAR=43;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000463121;STB=0.503014;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0149024;OID=.;OPOS=70944257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:53:54:69:69:0.560976:43:26:20:33:43:26:20:34 chr6 71012575 . T C 567.19 PASS AF=0.427632;AO=52;DP=140;FAO=65;FDP=152;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.00461297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.438;QD=14.9261;RBI=0.0120541;REFB=-0.0230136;REVB=-0.0111365;RO=86;SAF=12;SAR=40;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339851;STB=0.577296;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0290274;OID=.;OPOS=71012575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:152:86:87:52:65:0.427632:40:12:44:42:40:25:45:42 chr6 71238105 . A G 668.28 PASS AF=0.555556;AO=63;DP=115;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0315394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.753;QD=22.8473;RBI=0.0369349;REFB=-0.0381557;REVB=0.0192212;RO=52;SAF=30;SAR=33;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378627;STB=0.501712;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.027558;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:52:52:63:65:0.555556:33:30:25:27:34:31:25:27 chr6 71546702 . C T 722.08 PASS AF=0.496503;AO=71;DP=143;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=18;FSRR=54;FWDB=0.0218819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8892;QD=20.198;RBI=0.025239;REFB=0.000991137;REVB=-0.0125773;RO=72;SAF=24;SAR=47;SRF=18;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931281;STB=0.551146;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00105519;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:72:72:71:71:0.496503:47:24:18:54:47:24:18:54 chr6 71547572 . A T 628.79 PASS AF=0.451389;AO=64;DP=143;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=-0.0201642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.342;QD=17.4664;RBI=0.0219186;REFB=-0.00346463;REVB=-0.00859258;RO=76;SAF=15;SAR=49;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118855;STB=0.56592;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00559851;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:76:79:64:65:0.451389:49:15:25:51:49:16:27:52 chr6 71665986 . G A 734.67 PASS AF=0.577586;AO=54;DP=109;FAO=67;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00247553;FXX=0.0413189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.505;QD=25.3335;RBI=0.121073;REFB=-0.0265729;REVB=0.121048;RO=31;SAF=25;SAR=29;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295144;STB=0.54695;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0250502;OID=.;OPOS=71665986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:116:31:46:54:67:0.577586:29:25:13:18:41:26:23:23 chr6 72889471 . T TG 3334.17 PASS AF=1;AO=33;DP=279;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162542;FXX=0.0036899;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.787;QD=49.3952;RBI=0.164304;REFB=0;REVB=0.0239941;RO=229;SAF=0;SAR=33;SRF=113;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.695044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000170993;OID=.;OPOS=72889472;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:279:270:270:0:125:145:0:0:22:229:0:33:113:116 chr6 72889472 . A G 3345.71 PASS AF=0.881919;AO=237;DP=272;FAO=239;FDP=271;FR=.;FRO=32;FSAF=127;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=32;FWDB=0.00221458;FXX=0.00732574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.889;QD=49.3831;RBI=0.0101683;REFB=-0.0264007;REVB=0.00992425;RO=32;SAF=125;SAR=112;SRF=0;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118532;STB=0.562495;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0101924;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:32:32:237:239:0.881919:112:125:0:32:112:127:0:32 chr6 72892257 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.677;QD=64.4149;RBI=0.061171;REFB=0;REVB=-0.0115125;RO=0;SAF=11;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208595;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:39:11:0:0:39:11:0:0 chr6 73111492 . A G 857.17 PASS AF=0.488764;AO=87;DP=178;FAO=87;FDP=178;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=0.00494297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.312;QD=19.2623;RBI=0.0118353;REFB=-0.00448828;REVB=-0.0107537;RO=91;SAF=38;SAR=49;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129516;STB=0.507138;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00426045;OID=.;OPOS=73111492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:91:91:87:87:0.488764:49:38:41:50:49:38:41:50 chr6 73935135 . G C 1073.48 PASS AF=0.578035;AO=100;DP=173;FAO=100;FDP=173;FR=.;FRO=73;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0126287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6754;QD=24.8203;RBI=0.0597331;REFB=-0.0216969;REVB=-0.0583829;RO=73;SAF=45;SAR=55;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199249;STB=0.510823;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0178296;OID=.;OPOS=73935135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:73:73:100:100:0.578035:55:45:31:42:55:45:31:42 chr6 74019376 . T C 508.41 PASS AF=0.387755;AO=57;DP=147;FAO=57;FDP=147;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.00575804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.161;QD=13.8342;RBI=0.0318587;REFB=-0.0184626;REVB=0.0313341;RO=90;SAF=26;SAR=31;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107312;STB=0.560664;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0309188;OID=.;OPOS=74019376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:90:90:57:57:0.387755:31:26:50:40:31:26:50:40 chr6 74079041 . A C 3404.12 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240095;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7747;QD=61.8932;RBI=0.0709586;REFB=-0.059562;REVB=0.0709179;RO=0;SAF=110;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382047;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:221:220:0:0:220:220:1:110:110:0:0:109:111:0:0 chr6 74079464 . C T 423.0 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0129967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.881;QD=18.3915;RBI=0.0165184;REFB=-0.00883145;REVB=-0.0101952;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236234;STB=0.513178;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00960768;OID=.;OPOS=74079464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:23:20:24:25:23:20:24:25 chr6 74135016 . C T 785.63 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.491;QD=64.1333;RBI=0.0229547;REFB=0;REVB=-0.00395829;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00028685;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr6 74155346 . G T 2083.73 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000496725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.419;QD=62.6686;RBI=0.0181915;REFB=0;REVB=-0.0181847;RO=0;SAF=59;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41931e-05;OID=.;OPOS=74155346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:74:59:0:0:74:59:0:0 chr6 74161503 . A G 1235.62 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.651;QD=61.0182;RBI=0.0636738;REFB=0;REVB=0.0397999;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91455e-05;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:81:0:0:75:81:1:35:40:0:0:38:43:0:0 chr6 74161801 . G T 2475.07 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0117392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5949;QD=60.7379;RBI=0.0206206;REFB=-0.00029566;REVB=0.0169529;RO=1;SAF=69;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684624;STB=0.503597;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=3.08812e-05;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:1:1:162:162:0.993865:93:69:1:0:93:69:1:0 chr6 74466377 . C T 1529.85 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.741;QD=63.7436;RBI=0.0574865;REFB=0;REVB=0.0229235;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130597;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:53:43:0:0:53:43:0:0 chr6 74493432 . A C 928.59 PASS AF=0.414343;AO=103;DP=250;FAO=104;FDP=251;FR=.;FRO=147;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=86;FSRR=61;FWDB=-0.0105262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.177;QD=14.7983;RBI=0.0307464;REFB=0.000640765;REVB=0.0288885;RO=147;SAF=45;SAR=58;SRF=86;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154984;STB=0.58868;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.000978169;OID=.;OPOS=74493432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:251:147:147:103:104:0.414343:58:45:86:61:59:45:86:61 chr6 74497009 . A G 779.91 PASS AF=0.510204;AO=75;DP=147;FAO=75;FDP=147;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00199897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.91;QD=21.222;RBI=0.0633585;REFB=-0.00944968;REVB=0.063327;RO=72;SAF=41;SAR=34;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169378;STB=0.509314;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00823392;OID=.;OPOS=74497009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:72:72:75:75:0.510204:34:41:38:34:34:41:38:34 chr6 74497152 . G A 418.29 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0117091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.843;QD=17.4288;RBI=0.0177416;REFB=-0.0153797;REVB=0.013329;RO=53;SAF=19;SAR=24;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158613;STB=0.588704;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0236693;OID=.;OPOS=74497152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:24:19:32:21:24:19:32:21 chr6 74521947 . C T 399.39 PASS AF=0.398305;AO=46;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0165389;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.874;QD=13.5387;RBI=0.0178694;REFB=-0.00859272;REVB=-0.00676589;RO=69;SAF=18;SAR=28;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634536;STB=0.550816;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.01339;OID=.;OPOS=74521947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:71:46:47:0.398305:28:18:31:38:29:18:33:38 chr6 74533192 . T G 1659.28 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.237;QD=60.3374;RBI=0.0269942;REFB=0;REVB=-0.0168747;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19759e-06;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:61:49:0:0:61:49:0:0 chr6 75797302 . C T 721.92 PASS AF=0.455621;AO=77;DP=171;FAO=77;FDP=169;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.0027288;FXX=0.0116952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8688;QD=17.0868;RBI=0.0335111;REFB=-0.00940958;REVB=0.0333999;RO=94;SAF=45;SAR=32;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740141;STB=0.5347;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.015403;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:169:94:92:77:77:0.455621:32:45:48:46:32:45:48:44 chr6 75841722 . A T 1396.79 PASS AF=0.487805;AO=140;DP=289;FAO=140;FDP=287;FR=.;FRO=147;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=66;FSRR=81;FWDB=-0.0109365;FXX=0.00692018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.876;QD=19.4674;RBI=0.0115688;REFB=-0.0148288;REVB=0.00377234;RO=145;SAF=64;SAR=76;SRF=65;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828215;STB=0.504215;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.015743;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:287:145:147:140:140:0.487805:76:64:65:80:76:64:66:81 chr6 75848181 . A G 1369.6 PASS AF=0.526316;AO=130;DP=247;FAO=130;FDP=247;FR=.;FRO=117;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=53;FSRR=64;FWDB=0.00439343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.124;QD=22.1798;RBI=0.0284104;REFB=-0.0116671;REVB=-0.0280687;RO=117;SAF=70;SAR=60;SRF=53;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740831;STB=0.540467;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0112481;OID=.;OPOS=75848181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:117:117:130:130:0.526316:60:70:53:64:60:70:53:64 chr6 76138146 . C CAG 606.11 PASS AF=0.382514;AO=68;DP=185;FAO=70;FDP=183;FR=.;FRO=113;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.00223972;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=2;MLLD=317.473;QD=13.2483;RBI=0.00317331;REFB=-0.0147187;REVB=0.00224801;RO=114;SAF=25;SAR=43;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168788;STB=0.593698;STBP=0.063;TYPE=ins;VARB=0.0245876;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382514:68:185:70:183:113:25:45:57:56:99:114:25:43:59:55 chr6 76369054 . A G 2631.46 PASS AF=0.97191;AO=172;DP=179;FAO=173;FDP=178;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=93;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0208496;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.219;QD=59.1339;RBI=0.0374677;REFB=-0.159561;REVB=0.0311307;RO=6;SAF=79;SAR=93;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347809;STB=0.51515;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0014223;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:179:178:6:5:172:173:0.97191:93:79:6:0:93:80:5:0 chr6 76425594 . A C 1007.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000586664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.999;QD=59.2724;RBI=0.0417338;REFB=0;REVB=0.0417296;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3081e-05;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:38:30:0:0 chr6 76570815 . ATG A 254.67 PASS AF=0.491525;AO=20;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00149508;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.956;QD=17.2655;RBI=0.00783895;REFB=-0.0192031;REVB=0.00769506;RO=22;SAF=4;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200944;STB=0.579737;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.031173;OID=.;OPOS=76570816;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491525:20:59:29:59:30:7:22:11:19:99:22:4:16:8:14 chr6 76604573 . T G 306.5 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0202465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.619;QD=13.0427;RBI=0.0204827;REFB=-0.0140208;REVB=-0.00310123;RO=58;SAF=17;SAR=18;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220598;STB=0.517651;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0187451;OID=.;OPOS=76604573;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:59:35:35:0.37234:18:17:27:31:18:17:27:32 chr6 76625079 . T C 526.46 PASS AF=0.398693;AO=61;DP=153;FAO=61;FDP=153;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.0136669;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=311.885;QD=13.7636;RBI=0.0164263;REFB=-0.00260459;REVB=-0.00911273;RO=92;SAF=23;SAR=38;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02828;STB=0.515949;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0037143;OID=.;OPOS=76625079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:92:92:61:61:0.398693:38:23:37:55:38:23:37:55 chr6 76626756 . T C 804.22 PASS AF=0.431472;AO=85;DP=194;FAO=85;FDP=197;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.0110135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1482;QD=16.3293;RBI=0.0158644;REFB=-0.0155004;REVB=-0.0114185;RO=109;SAF=48;SAR=37;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520287;STB=0.501275;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0229503;OID=.;OPOS=76626756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:197:109:112:85:85:0.431472:37:48:61:48:37:48:63:49 chr6 76631823 . C T 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0058721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.687;QD=18.8072;RBI=0.0100158;REFB=-0.00235153;REVB=-0.00811385;RO=37;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111829;STB=0.562275;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00215554;OID=.;OPOS=76631823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:20:16:21:16:20:16:21:16 chr6 76640781 . C T 968.92 PASS AF=0.412879;AO=109;DP=264;FAO=109;FDP=264;FR=.;FRO=155;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=77;FSRR=78;FWDB=-0.0921108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6939;QD=14.6806;RBI=0.108493;REFB=-0.0249688;REVB=0.0573265;RO=153;SAF=54;SAR=55;SRF=76;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00137969;STB=0.500799;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0392214;OID=.;OPOS=76640781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:153:155:109:109:0.412879:55:54:76:77:55:54:77:78 chr6 78172260 . C G 551.27 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=45;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=3;FWDB=-0.00406653;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4771;QD=20.8026;RBI=0.0141987;REFB=-0.0036295;REVB=-0.0136039;RO=50;SAF=45;SAR=11;SRF=47;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214747;STB=0.616287;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00407705;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:50:50:56:56:0.528302:11:45:47:3:11:45:47:3 chr6 78172992 . G A 1239.65 PASS AF=0.445205;AO=130;DP=292;FAO=130;FDP=292;FR=.;FRO=162;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=63;FSRR=99;FWDB=0.0118172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.63;QD=16.9816;RBI=0.012711;REFB=-0.0220185;REVB=0.00468226;RO=162;SAF=66;SAR=64;SRF=63;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118895;STB=0.565784;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0245664;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:162:162:130:130:0.445205:64:66:63:99:64:66:63:99 chr6 79577384 . A G 923.61 PASS AF=0.414634;AO=91;DP=235;FAO=102;FDP=246;FR=.;FRO=144;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=75;FSRR=69;FWDB=0.0159277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.53;QD=15.018;RBI=0.0220438;REFB=-0.0222963;REVB=-0.0152393;RO=144;SAF=35;SAR=56;SRF=75;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15024;STB=0.58862;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0246285;OID=.;OPOS=79577384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:246:144:144:91:102:0.414634:56:35:75:69:64:38:75:69 chr6 79595167 . A ACTTAT 475.31 PASS AF=0.68254;AO=43;DP=63;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0414108;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=283.074;QD=30.1782;RBI=0.0482433;REFB=-0.0195358;REVB=-0.02475;RO=20;SAF=18;SAR=25;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722912;STB=0.539153;STBP=0.393;TYPE=ins;VARB=0.00692451;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.68254:43:63:43:63:20:18:25:6:14:99:20:18:25:6:14 chr6 79595172 . A T 44.51 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0243275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.408;QD=3.12362;RBI=0.0278829;REFB=0.0108305;REVB=0.0136246;RO=49;SAF=1;SAR=7;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369755;STB=0.776956;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0258716;OID=.;OPOS=79595172;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:7:1:18:31:7:1:18:31 chr6 79612800 . G A 391.02 PASS AF=0.431373;AO=42;DP=100;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00330084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.93;QD=15.3341;RBI=0.0142509;REFB=-0.0196911;REVB=-0.0138634;RO=57;SAF=24;SAR=18;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100314;STB=0.548813;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0247808;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:57:58:42:44:0.431373:18:24:27:30:19:25:28:30 chr6 79650276 . T G 45.25 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=-0.0060706;FXX=0;HRUN=23;LEN=1;MLLD=180.153;QD=2.62312;RBI=0.150413;REFB=-0.0151782;REVB=-0.15029;RO=54;SAF=7;SAR=2;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893941;STB=0.533555;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0335982;OID=.;OPOS=79650276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:69:69:54:60:9:9:0.130435:2:7:39:15:2:7:45:15 chr6 79650277 . T G 35.49 PASS AF=0.112676;AO=7;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=14;FWDB=-0.0248557;FXX=0;HRUN=23;LEN=1;MLLD=94.4316;QD=1.9995;RBI=0.106756;REFB=-0.0208075;REVB=-0.103823;RO=59;SAF=3;SAR=4;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399301;STB=0.819627;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0688073;OID=.;OPOS=79650277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:71:71:59:63:7:8:0.112676:4:3:45:14:5:3:49:14 chr6 79650278 . T G 82.03 PASS AF=0.189189;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.0196228;FXX=0.0133316;HRUN=23;LEN=1;MLLD=136.871;QD=4.43411;RBI=0.150152;REFB=-0.0251745;REVB=-0.148865;RO=58;SAF=11;SAR=3;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15435;STB=0.607872;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0392914;OID=.;OPOS=79650278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:75:74:58:60:14:14:0.189189:3:11:40:18:3:11:41:19 chr6 79656477 . T G 880.72 PASS AF=0.456853;AO=90;DP=199;FAO=90;FDP=197;FR=.;FRO=107;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=0.00590904;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.311;QD=17.8826;RBI=0.098857;REFB=-0.00560697;REVB=0.0986803;RO=107;SAF=43;SAR=47;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286966;STB=0.515899;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00608863;OID=.;OPOS=79656477;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:197:107:107:90:90:0.456853:47:43:48:59:47:43:48:59 chr6 79657391 . G A 714.8 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0207605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.789;QD=20.87;RBI=0.0247922;REFB=-0.00886418;REVB=-0.013552;RO=66;SAF=31;SAR=39;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050748;STB=0.524473;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00947967;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:66:67:70:70:0.510949:39:31:33:33:39:31:33:34 chr6 79679577 . A G 1226.99 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.111;QD=61.3497;RBI=0.0249877;REFB=0;REVB=0.0132673;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64314e-05;OID=.;OPOS=79679577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:50:29:0:0:51:29:0:0 chr6 79707184 . C A 975.6 PASS AF=0.453744;AO=103;DP=227;FAO=103;FDP=227;FR=.;FRO=124;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=46;FSRR=78;FWDB=0.0539994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0062;QD=17.1912;RBI=0.0546206;REFB=0.00810094;REVB=0.00821471;RO=124;SAF=47;SAR=56;SRF=46;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856317;STB=0.547358;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00996648;OID=.;OPOS=79707184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:124:124:103:103:0.453744:56:47:46:78:56:47:46:78 chr6 79708000 . A C 1753.94 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0190553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8233;QD=58.9561;RBI=0.0275088;REFB=-0.0326568;REVB=-0.01984;RO=2;SAF=65;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143876;STB=0.507574;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00289111;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:52:65:2:0:52:65:2:0 chr6 79918309 . G A 1469.49 PASS AF=1;AO=70;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195794;FXX=0.0210504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6944;QD=63.2039;RBI=0.196589;REFB=0;REVB=-0.0176689;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247469;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:70:93:1:45:25:0:0:54:39:0:0 chr6 80196498 . T C 1253.5 PASS AF=0.946237;AO=84;DP=92;FAO=88;FDP=93;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0168276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.256;QD=53.9138;RBI=0.0362865;REFB=-0.128698;REVB=0.0321487;RO=6;SAF=53;SAR=31;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616808;STB=0.523197;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0353566;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:92:93:6:5:84:88:0.946237:31:53:1:5:34:54:1:4 chr6 80228541 . A G 5201.17 PASS AF=0.982456;AO=333;DP=341;FAO=336;FDP=342;FR=.;FRO=6;FSAF=137;FSAR=199;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0631663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.277;QD=60.8324;RBI=0.0640515;REFB=-0.0868088;REVB=0.0106119;RO=2;SAF=134;SAR=199;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115549;STB=0.507707;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000737125;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:341:342:2:6:333:336:0.982456:199:134:1:1:199:137:5:1 chr6 80411572 . C A 1457.35 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0155384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2588;QD=62.0147;RBI=0.0455793;REFB=0.123053;REVB=-0.0428489;RO=1;SAF=50;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093882;STB=0.504949;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00197842;OID=.;OPOS=80411572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:43:50:1:0:43:50:1:0 chr6 80513565 . G C,GCTCTCTGATATGCCATC 901.34 PASS AF=0.0144928,0.913043;AO=7,58;DP=77;FAO=1,63;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=1,40;FSAR=0,23;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00264974,0.0142041;FXX=0.168654;HRUN=1,1;LEN=1,17;MLLD=134.494,534.715;QD=52.2517;RBI=0.00644729,0.0348227;REFB=0.0090211,-0.0477609;REVB=0.00587762,0.0317941;RO=5;SAF=6,38;SAR=1,20;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.258845,-0.0581357;STB=0.5,0.529403;STBP=1,0.126;TYPE=snp,ins;VARB=0.104018,0.000486025;OID=.,.;OPOS=80513565,80513566;OREF=G,-;OALT=C,CTCTCTGATATGCCATC;OMAPALT=C,GCTCTCTGATATGCCATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:77:69:5:5:7,58:1,63:0.0144928,0.913043:1,20:6,38:5:0:0,23:1,40:5:0 chr6 80580038 . T G 3075.25 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422264;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.598;QD=61.8141;RBI=0.0547572;REFB=0;REVB=0.0348609;RO=0;SAF=80;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08329e-05;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:199:0:0:198:199:1:118:80:0:0:119:80:0:0 chr6 80626375 . T C 1876.64 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4882;QD=61.5292;RBI=0.0544078;REFB=0;REVB=0.0503932;RO=0;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203896;OID=.;OPOS=80626375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:71:50:0:0:72:50:0:0 chr6 80837253 . GA AA,AT,TA 460.47 PASS AF=0.0277778,0,0.972222;AO=4,3,19;DP=27;FAO=1,0,35;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,18;FSAR=1,0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148517,0.0167333,0.126865;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=18.1565,23.6985,28.0258;QD=51.1634;RBI=0.027239,0.0183654,0.154828;REFB=0,0,0;REVB=0.022834,0.00756871,0.0887521;RO=0;SAF=0,0,10;SAR=4,3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.33753e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.0580602,0,0.0826024;OID=.,.,.;OPOS=80837253,80837253,80837253;OREF=G,GA,G;OALT=A,AT,T;OMAPALT=AA,AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:4:27:36:0:0:4,3,19:1,0,35:0.0277778,0,0.972222:4,3,9:0,0,10:0:0:1,0,17:0,0,18:0:0 chr6 82457147 . C G 336.83 PASS AF=0.430233;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00272138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.207;QD=15.6663;RBI=0.00276979;REFB=-0.0102292;REVB=-0.000515595;RO=46;SAF=13;SAR=23;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185166;STB=0.599437;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0151544;OID=.;OPOS=82457147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:49:36:37:0.430233:23:13:25:21:23:14:27:22 chr6 82458639 . G T 464.77 PASS AF=0.349398;AO=58;DP=167;FAO=58;FDP=166;FR=.;FRO=108;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=-0.0416391;FXX=0.0177504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2368;QD=11.1992;RBI=0.061691;REFB=-0.0369894;REVB=-0.0455188;RO=106;SAF=28;SAR=30;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00883994;STB=0.523248;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0755222;OID=.;OPOS=82458639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:106:108:58:58:0.349398:30:28:52:54:30:28:56:52 chr6 82900811 . G A 457.3 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=153;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.00083336;FXX=0.0387072;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.693;QD=12.2765;RBI=0.00243397;REFB=-0.00274713;REVB=-0.00228686;RO=88;SAF=31;SAR=24;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572135;STB=0.533682;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00243769;OID=.;OPOS=82900811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:149:88:94:55:55:0.369128:24:31:45:43:24:31:48:46 chr6 82933309 . C T 246.87 PASS AF=0.432836;AO=24;DP=62;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0531393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.211;QD=14.7383;RBI=0.0573445;REFB=-0.00365644;REVB=0.0215546;RO=37;SAF=6;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249848;STB=0.681343;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00428141;OID=.;OPOS=82933309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:37:38:24:29:0.432836:18:6:17:20:23:6:18:20 chr6 83075914 . G A 413.04 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00556626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9186;QD=15.886;RBI=0.0483762;REFB=-0.0189739;REVB=-0.0480549;RO=54;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600682;STB=0.524318;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0210793;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:54:58:46:46:0.442308:25:21:28:26:25:21:29:29 chr6 83078381 . C T 546.51 PASS AF=0.479675;AO=57;DP=115;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0416416;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.9233;QD=17.7725;RBI=0.0518089;REFB=-0.0272201;REVB=-0.0308243;RO=58;SAF=26;SAR=31;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871166;STB=0.555292;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0317304;OID=.;OPOS=83078381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:123:58:64:57:59:0.479675:31:26:32:26:33:26:35:29 chr6 83080386 . C CTTTG 334.11 PASS AF=0.279762;AO=45;DP=174;FAO=47;FDP=168;FR=.;FRO=121;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=65;FWDB=-0.00227935;FXX=0.045452;HRUN=3;LEN=4;MLLD=260.711;QD=7.95506;RBI=0.0132994;REFB=-0.0011131;REVB=-0.0131026;RO=115;SAF=16;SAR=29;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154051;STB=0.592316;STBP=0.139;TYPE=ins;VARB=0.00275344;OID=.;OPOS=83080387;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.279762:45:174:47:168:121:16:31:56:65:99:115:16:29:55:60 chr6 83667045 . C T 536.21 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0120631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.418;QD=17.4376;RBI=0.0148713;REFB=-0.0217228;REVB=0.00869694;RO=66;SAF=27;SAR=30;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385842;STB=0.502145;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0188759;OID=.;OPOS=83667045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:66:57:57:0.463415:30:27:31:35:30:27:31:35 chr6 83839889 . G C 808.08 PASS AF=0.435897;AO=86;DP=195;FAO=85;FDP=195;FR=.;FRO=110;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=71;FWDB=-0.00633173;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.572;QD=16.5759;RBI=0.0234294;REFB=-0.00764695;REVB=-0.0225576;RO=108;SAF=36;SAR=50;SRF=37;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794726;STB=0.533704;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00942132;OID=.;OPOS=83839889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:108:110:86:85:0.435897:50:36:37:71:50:35:39:71 chr6 83949261 . T C 463.65 PASS AF=0.35119;AO=49;DP=158;FAO=59;FDP=168;FR=.;FRO=109;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=0.0172762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.189;QD=11.0394;RBI=0.0203763;REFB=-0.0236466;REVB=-0.0108039;RO=109;SAF=18;SAR=31;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207528;STB=0.543188;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0442461;OID=.;OPOS=83949261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:168:109:109:49:59:0.35119:31:18:59:50:31:28:59:50 chr6 84233831 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.839;QD=40.7629;RBI=0.00975644;REFB=0;REVB=-0.00324124;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158878;OID=.;OPOS=84233831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr6 84303342 . T C 780.78 PASS AF=0.5;AO=80;DP=161;FAO=80;FDP=160;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.0119637;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.956;QD=19.5194;RBI=0.0150802;REFB=-0.0122543;REVB=0.00918049;RO=80;SAF=31;SAR=49;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011919;STB=0.506562;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0106927;OID=.;OPOS=84303342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:80:80:80:80:0.5:49:31:32:48:49:31:32:48 chr6 84563147 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0338837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.273;QD=18.2503;RBI=0.0343183;REFB=-0.0113031;REVB=0.00544405;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00860533;OID=.;OPOS=84563147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:8:7:7:8:8:7 chr6 84563410 . G A 1947.97 PASS AF=0.42515;AO=212;DP=518;FAO=213;FDP=501;FR=.;FRO=288;FSAF=65;FSAR=148;FSRF=125;FSRR=163;FWDB=-0.0505929;FXX=0.0346814;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7309;QD=15.5527;RBI=0.0554947;REFB=-0.0363744;REVB=-0.0228039;RO=267;SAF=64;SAR=148;SRF=105;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103866;STB=0.581765;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0398396;OID=.;OPOS=84563410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:518:501:267:288:212:213:0.42515:148:64:105:162:148:65:125:163 chr6 85473644 . C CCGGCCCAGACGT 290.03 PASS AF=0.141053;AO=64;DP=484;FAO=67;FDP=475;FR=.;FRO=408;FSAF=9;FSAR=58;FSRF=201;FSRR=207;FWDB=-0.0776766;FXX=0.0021008;HRUN=2;LEN=12;MLLD=275.846;QD=2.44234;RBI=0.0776882;REFB=-0.00570279;REVB=0.00134669;RO=416;SAF=8;SAR=56;SRF=207;SRR=209;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507806;STB=0.836143;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0346445;OID=.;OPOS=85473645;OREF=-;OALT=CGGCCCAGACGT;OMAPALT=CCGGCCCAGACGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.141053:64:484:67:475:408:9:58:201:207:99:416:8:56:207:209 chr6 85473659 . C G 372.98 PASS AF=0.177305;AO=81;DP=382;FAO=75;FDP=423;FR=.;FRO=348;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=137;FSRR=211;FWDB=-0.0892603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4669;QD=3.52695;RBI=0.0898187;REFB=-0.0199874;REVB=0.0100001;RO=299;SAF=37;SAR=44;SRF=94;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190726;STB=0.516764;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0851441;OID=.;OPOS=85473659;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:423:299:348:81:75:0.177305:44:37:94:205:44:31:137:211 chr6 86199233 . A G 1052.17 PASS AF=0.448413;AO=113;DP=253;FAO=113;FDP=252;FR=.;FRO=139;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=0.00142248;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.55;QD=16.701;RBI=0.0280477;REFB=-0.00272407;REVB=0.0280116;RO=138;SAF=51;SAR=62;SRF=62;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00205607;STB=0.502944;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00317631;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:138:139:113:113:0.448413:62:51:62:76:62:51:62:77 chr6 86205323 . T G 147.54 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0100016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.716;QD=10.5385;RBI=0.0716309;REFB=-0.00966013;REVB=0.0709292;RO=35;SAF=15;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344943;STB=0.707916;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0107421;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:37:19:19:0.339286:4:15:18:17:4:15:19:18 chr6 86303091 . G A 756.7 PASS AF=0.437838;AO=78;DP=182;FAO=81;FDP=185;FR=.;FRO=104;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=62;FSRR=42;FWDB=0.071977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7559;QD=16.3611;RBI=0.0776873;REFB=-0.0136546;REVB=-0.0292341;RO=104;SAF=50;SAR=28;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490617;STB=0.527572;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0188774;OID=.;OPOS=86303091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:185:104:104:78:81:0.437838:28:50:62:42:29:52:62:42 chr6 86445651 . A G 526.36 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.084123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3355;QD=16.0721;RBI=0.0857454;REFB=0.00067879;REVB=0.0166008;RO=74;SAF=26;SAR=31;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444309;STB=0.52485;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.000188099;OID=.;OPOS=86445651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:74:74:57:57:0.435115:31:26:37:37:31:26:37:37 chr6 86445706 . C T 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00705413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.689;QD=15.2438;RBI=0.00706131;REFB=0.00583596;REVB=0.000318324;RO=62;SAF=20;SAR=27;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761395;STB=0.542749;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00723735;OID=.;OPOS=86445706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:27:20:31:31:27:20:31:31 chr6 87796233 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00862916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.596;QD=11.8306;RBI=0.0109856;REFB=-0.00355571;REVB=0.00679865;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666957;STB=0.539924;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00663073;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:9:2:4:14:9:2:4:14 chr6 87965528 . T C 674.96 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.010019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.941;QD=20.4532;RBI=0.024562;REFB=-0.000787104;REVB=-0.0224256;RO=65;SAF=36;SAR=31;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127831;STB=0.50704;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.000926075;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:65:67:67:0.507576:31:36:34:31:31:36:34:31 chr6 87968565 . A G 163.68 PASS AF=0.338462;AO=21;DP=67;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0269632;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.561;QD=10.0725;RBI=0.0287903;REFB=-0.00572373;REVB=0.0100927;RO=42;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815802;STB=0.537781;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0111497;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:42:43:21:22:0.338462:12:9:21:21:12:10:22:21 chr6 87969737 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0136985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.444;QD=15.9168;RBI=0.0156835;REFB=0.017397;REVB=-0.00763696;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162267;STB=0.606587;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0173187;OID=.;OPOS=87969737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:7:6:4:10:7:6:4:11 chr6 87970301 . C G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0300723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.695;QD=18.444;RBI=0.0335549;REFB=-0.0192616;REVB=0.0148857;RO=9;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355197;STB=0.707439;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0191584;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:2:9:4:5:2:9:4:5 chr6 87994015 . A G 187.66 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00070012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8927;QD=12.7228;RBI=0.117035;REFB=0.00510131;REVB=0.117033;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189124;STB=0.616639;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00496058;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:9:14:15:20:9:14:15:21 chr6 87994572 . G A 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00306165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.076;QD=16.3496;RBI=0.00782664;REFB=-0.026533;REVB=-0.00720296;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156815;STB=0.588183;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0309516;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:20:14:24:18:20:14:24:18 chr6 88108048 . AGAT A 369.16 PASS AF=0.5;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00960508;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=3;MLLD=226.567;QD=19.4293;RBI=0.0219744;REFB=-0.0334403;REVB=0.019764;RO=37;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974846;STB=0.566029;STBP=0.266;TYPE=del;VARB=0.0297897;OID=.;OPOS=88108049;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:37:78:38:76:38:16:22:21:17:99:37:16:21:20:17 chr6 88182704 . G C 1128.18 PASS AF=0.655172;AO=84;DP=145;FAO=95;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=74;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0107201;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.886;QD=31.1221;RBI=0.0734356;REFB=-0.0365788;REVB=-0.0726489;RO=26;SAF=65;SAR=19;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731866;STB=0.547125;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0150858;OID=.;OPOS=88182704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:26:46:84:95:0.655172:19:65:23:3:21:74:31:15 chr6 88221892 . T G 484.82 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0181812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.247;QD=17.9563;RBI=0.0194274;REFB=-0.022344;REVB=0.00684588;RO=56;SAF=27;SAR=25;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845604;STB=0.54689;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0165949;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:25:27:24:32:25:27:24:32 chr6 88224164 . T C 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0181097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.8769;QD=15.5748;RBI=0.0323945;REFB=0.0163049;REVB=-0.0268597;RO=31;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384064;STB=0.521792;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0329173;OID=.;OPOS=88224164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:17:8:11:20:17:8:11:20 chr6 88315741 . TA T 266.2 PASS AF=0.361111;AO=79;DP=226;FAO=78;FDP=216;FR=.;FRO=138;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=64;FSRR=74;FWDB=-0.0463471;FXX=0.0442458;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.7201;QD=4.92954;RBI=0.0471295;REFB=-0.0259304;REVB=0.0085518;RO=125;SAF=32;SAR=47;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566719;STB=0.534875;STBP=0.434;TYPE=del;VARB=0.0354162;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:79:226:78:216:138:32:46:64:74:99:125:32:47:57:68 chr6 88366708 . C T 527.16 PASS AF=0.5;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00773176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.441;QD=19.1695;RBI=0.0286887;REFB=-0.00200278;REVB=0.0276272;RO=54;SAF=24;SAR=31;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107004;STB=0.554652;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00170189;OID=.;OPOS=88366708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:54:55:55:55:0.5:31:24:30:24:31:24:30:25 chr6 89388023 . T C 732.92 PASS AF=0.559055;AO=67;DP=122;FAO=71;FDP=127;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0128368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.086;QD=23.0839;RBI=0.0661823;REFB=-0.0372156;REVB=0.0649254;RO=55;SAF=30;SAR=37;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507522;STB=0.528193;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0326254;OID=.;OPOS=89388023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:127:55:56:67:71:0.559055:37:30:28:27:40:31:28:28 chr6 89675453 . GCCCC GCCCA,GCCC 324.13 PASS AF=0.0425532,0.93617;AO=2,29;DP=45;FAO=2,44;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=2,14;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0157695,0.088414;FXX=0.020829;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=179.383,10.7233;QD=27.5855;RBI=0.050697,0.1246;REFB=0.0230918,0.0460147;REVB=-0.048182,0.0877959;RO=7;SAF=2,12;SAR=0,17;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.67228,0.0478414;STB=0.993266,0.508193;STBP=0.227,0.608;TYPE=snp,del;VARB=0.0265638,-0.00602287;OID=.,.;OPOS=89675457,89675454;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=GCCCA,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0425532,0.93617:2,29:45:2,44:47:1:2,14:0,30:0:1:9:7:2,12:0,17:2:5 chr6 89676206 . T G 371.77 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0280826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6982;QD=17.4949;RBI=0.0386373;REFB=-0.00978515;REVB=-0.0265369;RO=46;SAF=22;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659043;STB=0.536824;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0104836;OID=.;OPOS=89676206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:17:22:29:17:17:22:29:17 chr6 89676500 . G C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0978473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0601;QD=11.0197;RBI=0.101183;REFB=0.010381;REVB=-0.0257669;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264432;STB=0.66603;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0335056;OID=.;OPOS=89676500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:3:5:5:1:3:5 chr6 89793894 . G C 364.43 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0166143;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.753;QD=13.4974;RBI=0.0166365;REFB=-0.00749615;REVB=-0.000860259;RO=66;SAF=16;SAR=27;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00763043;STB=0.508027;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.012352;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:66:65:43:43:0.398148:27:16:25:41:27:16:25:40 chr6 89806689 . T C 246.68 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0456846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.614;QD=15.9147;RBI=0.046938;REFB=-0.0144457;REVB=0.0107747;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264642;STB=0.649655;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0320283;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:19:9:20:14:19:9:20:14 chr6 89806992 . A C 469.03 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00640995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.452;QD=20.3926;RBI=0.0319229;REFB=-0.000790119;REVB=-0.0312727;RO=45;SAF=16;SAR=30;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190868;STB=0.611601;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00100036;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:46:46:46:0.5:30:16:25:20:30:16:26:20 chr6 89888744 . C T 626.17 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=107;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0314907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5884;QD=23.4081;RBI=0.0315549;REFB=0.00552222;REVB=0.00201263;RO=46;SAF=25;SAR=36;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151164;STB=0.508256;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00498367;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:46:61:61:0.570093:36:25:18:28:36:25:18:28 chr6 89907873 . G A 4283.14 PASS AF=1;AO=270;DP=274;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261922;FXX=0.00727246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.615;QD=62.7566;RBI=0.0261922;REFB=-0.0247667;REVB=-2.75989e-05;RO=1;SAF=124;SAR=146;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382962;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49143e-05;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:274:273:1:0:270:273:1:146:124:1:0:146:127:0:0 chr6 89913209 . C T 2042.21 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.63;QD=61.8852;RBI=0.0315206;REFB=0;REVB=0.01456;RO=1;SAF=39;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00513862;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62539e-06;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:1:0:131:132:1:92:39:0:1:93:39:0:0 chr6 89913218 . T A 1460.41 PASS AF=0.898305;AO=106;DP=118;FAO=106;FDP=118;FR=.;FRO=12;FSAF=32;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.00425095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4486;QD=49.5053;RBI=0.00989781;REFB=-0.0545865;REVB=-0.00893846;RO=12;SAF=32;SAR=74;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509559;STB=0.526923;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0201882;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:118:118:12:12:106:106:0.898305:74:32:1:11:74:32:1:11 chr6 89926962 . T C 617.1 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0254284;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7201;QD=20.3999;RBI=0.025578;REFB=0.0263863;REVB=-0.00276275;RO=59;SAF=26;SAR=36;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583062;STB=0.532069;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0303018;OID=.;OPOS=89926962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:59:59:62:62:0.512397:36:26:21:38:36:26:21:38 chr6 89967498 . G A 318.93 PASS AF=0.353982;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0356729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.099;QD=11.2894;RBI=0.0357632;REFB=-0.00111765;REVB=-0.00253971;RO=72;SAF=18;SAR=22;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941918;STB=0.510254;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00267543;OID=.;OPOS=89967498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:72:73:40:40:0.353982:22:18:33:39:22:18:34:39 chr6 89981413 . T C 1731.28 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.996;QD=60.7467;RBI=0.0544749;REFB=0;REVB=-0.0544175;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108727;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:60:54:0:0:60:54:0:0 chr6 90039670 . G C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.842;QD=60.8833;RBI=0.00980286;REFB=0;REVB=0.00232695;RO=0;SAF=21;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98346e-05;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:56:21:0:0:56:21:0:0 chr6 90315789 . A G 1251.71 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.414;QD=61.0591;RBI=0.0807794;REFB=0;REVB=0.00043562;RO=0;SAF=27;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026303;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:80:82:1:53:27:0:0:53:29:0:0 chr6 90326360 . C T 858.94 PASS AF=0.536913;AO=80;DP=148;FAO=80;FDP=149;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00172313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.937;QD=23.0588;RBI=0.0392698;REFB=-0.00441856;REVB=-0.039232;RO=68;SAF=36;SAR=44;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174277;STB=0.50643;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00381418;OID=.;OPOS=90326360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:68:69:80:80:0.536913:44:36:32:36:44:36:32:37 chr6 90327873 . G A 1556.46 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6058;QD=59.8639;RBI=0.0605407;REFB=0;REVB=0.0553801;RO=0;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012421;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:64:40:0:0:64:40:0:0 chr6 90333599 . A G,T 1693.89 PASS AF=0.956897,0.0431034;AO=105,6;DP=113;FAO=111,5;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=41,3;FSAR=70,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178957,0.00260122;FXX=0.0333306;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.405,72.9606;QD=58.41;RBI=0.0448357,0.0292237;REFB=0,0;REVB=0.0411094,0.0291077;RO=0;SAF=41,3;SAR=64,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.99239e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00262989,0.00541172;OID=.,.;OPOS=90333599,90333599;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:113:116:0:0:105,6:111,5:0.956897,0.0431034:64,3:41,3:0:0:70,2:41,3:0:0 chr6 90334263 . A G 288.83 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00873206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.275;QD=16.272;RBI=0.00887272;REFB=-0.00745129;REVB=-0.00157363;RO=39;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1264;STB=0.559285;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0110334;OID=.;OPOS=90334263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:19:12:20:19:19:13:20:19 chr6 90340276 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.536;QD=62.0081;RBI=0.0318434;REFB=0;REVB=0.0265862;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38909e-05;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr6 90362783 . A C 3207.07 PASS AF=1;AO=201;DP=204;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340112;FXX=0.0322566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.293;QD=61.0871;RBI=0.0404135;REFB=0;REVB=0.0402701;RO=0;SAF=102;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19198e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013646;OID=.;OPOS=90362783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:204:210:0:0:201:210:1:99:102:0:0:103:107:0:0 chr6 90371202 . G A 3230.23 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2548;QD=61.5282;RBI=0.0347818;REFB=0;REVB=-0.0162267;RO=0;SAF=113;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266634;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:210:0:0:206:210:1:93:113:0:0:96:114:0:0 chr6 90383870 . G A 207.38 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0116947;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.963;QD=20.2325;RBI=0.0144273;REFB=-0.0057216;REVB=0.00844865;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523046;STB=0.512808;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00945708;OID=.;OPOS=90383870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:20:20:21:0.512195:9:11:11:7:10:11:11:9 chr6 90388368 . A AT 34.19 PASS AF=0.136585;AO=21;DP=210;FAO=28;FDP=205;FR=.;FRO=177;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=134;FWDB=-0.16766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.3642;QD=0.667119;RBI=0.17239;REFB=0.0167934;REVB=-0.0401046;RO=172;SAF=3;SAR=18;SRF=49;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245719;STB=0.809328;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=-0.307604;OID=.;OPOS=90388369;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.136585:21:210:28:205:177:18:10:43:134:34:172:3:18:49:123 chr6 90390443 . C A 787.84 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0473623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.561;QD=55.2871;RBI=0.0482587;REFB=-0.106341;REVB=-0.00925856;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200576;STB=0.510634;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00047675;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:33:23:1:0:33:23:1:0 chr6 90402482 . G A 1769.97 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.059;QD=59.999;RBI=0.0401522;REFB=0.0229034;REVB=0.0360408;RO=1;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811835;STB=0.504273;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-9.64974e-05;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:58:59:0:1:58:59:0:1 chr6 90402840 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.239;QD=58.5878;RBI=0.0246385;REFB=0;REVB=0.0106187;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140593;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr6 90418262 . C T 4059.01 PASS AF=1;AO=259;DP=260;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741262;FXX=0.00383127;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.945;QD=62.4463;RBI=0.0196357;REFB=0;REVB=0.0181828;RO=0;SAF=126;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11482e-06;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:260:260:0:0:259:260:1:133:126:0:0:133:127:0:0 chr6 90448092 . C T 2308.06 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821439;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.581;QD=61.1407;RBI=0.0257199;REFB=0;REVB=0.0243729;RO=0;SAF=80;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26036e-05;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:71:80:0:0:71:80:0:0 chr6 90455084 . A G 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.397;QD=61.1579;RBI=0.049953;REFB=0;REVB=0.00473934;RO=0;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123974;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:59:59:0:0:59:59:0:0 chr6 90459454 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.198;QD=60.3766;RBI=0.0332469;REFB=0;REVB=-0.00765018;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79014e-05;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr6 90638390 . G A 377.91 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0576221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6519;QD=24.3814;RBI=0.0588912;REFB=-0.00280423;REVB=-0.0121602;RO=25;SAF=23;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136452;STB=0.574959;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00179371;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:14:23:11:14:14:23:11:14 chr6 90638553 . T G 437.08 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0245499;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6822;QD=23.6261;RBI=0.037432;REFB=0.00965682;REVB=0.028257;RO=32;SAF=23;SAR=19;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13829;STB=0.575723;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00692894;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:32:32:42:42:0.567568:19:23:23:9:19:23:23:9 chr6 90641522 . T C 1607.83 PASS AF=0.490909;AO=158;DP=331;FAO=162;FDP=330;FR=.;FRO=168;FSAF=77;FSAR=85;FSRF=89;FSRR=79;FWDB=-0.00519817;FXX=0.0119757;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.155;QD=19.4888;RBI=0.0262385;REFB=-0.00669646;REVB=0.0257184;RO=167;SAF=77;SAR=81;SRF=89;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426264;STB=0.52771;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00584967;OID=.;OPOS=90641522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:330:167:168:158:162:0.490909:81:77:89:78:85:77:89:79 chr6 90660754 . G A 172.13 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00539983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.204;QD=26.4821;RBI=0.00601457;REFB=-0.0154155;REVB=0.00264894;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527584;STB=0.529377;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0104833;OID=.;OPOS=90660754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:8:9:4:5:8:9:4:5 chr6 93967851 . C T 3888.86 PASS AF=1;AO=240;DP=242;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360878;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.221;QD=63.7517;RBI=0.038179;REFB=0;REVB=-0.012462;RO=0;SAF=133;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.95993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28985e-05;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:244:0:0:240:244:1:107:133:0:0:108:136:0:0 chr6 93982124 . A G 2409.02 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.447;QD=64.2406;RBI=0.0602444;REFB=0;REVB=0.0209795;RO=0;SAF=53;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18131e-05;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:97:53:0:0:97:53:0:0 chr6 94067981 . C T 2498.62 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00180614;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.034;QD=61.6943;RBI=0.0466634;REFB=0;REVB=0.0466284;RO=0;SAF=87;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63676e-05;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:162:0:0:161:162:1:74:87:0:0:74:88:0:0 chr6 96035175 . T C 1041.57 PASS AF=0.377709;AO=120;DP=322;FAO=122;FDP=323;FR=.;FRO=201;FSAF=75;FSAR=47;FSRF=83;FSRR=118;FWDB=-0.00471557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.472;QD=12.8987;RBI=0.0291174;REFB=-0.00840619;REVB=0.028733;RO=200;SAF=74;SAR=46;SRF=82;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227845;STB=0.624948;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0101977;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:323:200:201:120:122:0.377709:46:74:82:118:47:75:83:118 chr6 96055915 . G C 2428.95 PASS AF=0.412844;AO=269;DP=654;FAO=270;FDP=654;FR=.;FRO=384;FSAF=112;FSAR=158;FSRF=211;FSRR=173;FWDB=-0.0220898;FXX=0.00304873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.813;QD=14.856;RBI=0.0516968;REFB=-0.031558;REVB=0.0467397;RO=382;SAF=111;SAR=158;SRF=210;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144869;STB=0.579228;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0496567;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:654:654:382:384:269:270:0.412844:158:111:210:172:158:112:211:173 chr6 96386151 . G A 4198.45 PASS AF=0.985455;AO=271;DP=276;FAO=271;FDP=275;FR=.;FRO=4;FSAF=111;FSAR=160;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00307664;FXX=0.00362306;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.815;QD=61.0684;RBI=0.00624931;REFB=-0.00749658;REVB=0.00543949;RO=4;SAF=111;SAR=160;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00457893;STB=0.502402;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=8.03408e-05;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:276:275:4:4:271:271:0.985455:160:111:1:3:160:111:1:3 chr6 96651740 . A G 1514.65 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875251;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1169;QD=59.3981;RBI=0.0562259;REFB=0;REVB=0.0555405;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084471;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:100:102:1:49:51:0:0:51:51:0:0 chr6 96652371 . T C 587.22 PASS AF=0.938776;AO=36;DP=47;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00422561;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=147.809;QD=47.9366;RBI=0.0201324;REFB=-0.139498;REVB=0.019684;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.538445;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00192497;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:47:49:0:3:36:46:0.938776:11:25:0:0:18:28:0:3 chr6 96652582 . G T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.857;QD=57.1061;RBI=0.0104998;REFB=0;REVB=0.00813832;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36703e-05;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr6 96652706 . G A 1372.01 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00212391;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.865;QD=60.3082;RBI=0.0299711;REFB=-0.0275601;REVB=0.0298957;RO=2;SAF=40;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231016;STB=0.511902;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00012093;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:91:2:2:88:89:0.978022:48:40:2:0:48:41:2:0 chr6 96653038 . T C 6379.27 PASS AF=0.992908;AO=380;DP=396;FAO=420;FDP=423;FR=.;FRO=3;FSAF=181;FSAR=239;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0651476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2072;QD=60.3241;RBI=0.0765029;REFB=-0.13351;REVB=0.0401058;RO=5;SAF=171;SAR=209;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112773;STB=0.503118;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000670779;OID=.;OPOS=96653038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:396:423:5:3:380:420:0.992908:209:171:0:5:239:181:0:3 chr6 96653208 . C G 1624.24 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0413;QD=60.157;RBI=0.0496549;REFB=0;REVB=-0.0402328;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000377201;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:63:45:0:0:63:45:0:0 chr6 96661315 . T C 272.89 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0080528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.185;QD=45.4824;RBI=0.0186254;REFB=-0.134991;REVB=-0.0167946;RO=2;SAF=17;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574896;STB=0.531221;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0140881;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:5:17:1:1:5:17:1:1 chr6 96661410 . A G 771.61 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004947;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.611;QD=57.156;RBI=0.0146599;REFB=0;REVB=0.0138;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344566;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr6 96730731 . G C 478.51 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197046;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.927;QD=58.0014;RBI=0.0230545;REFB=-0.0758715;REVB=-0.0229702;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424342;OID=.;OPOS=96730731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr6 96974255 . G T 222.65 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00312387;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0784;QD=10.2369;RBI=0.0253349;REFB=0.0163656;REVB=-0.0251415;RO=60;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115756;STB=0.56282;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0348247;OID=.;OPOS=96974255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:60:59:28:28:0.321839:15:13:22:38:15:13:22:37 chr6 96999725 . C T 1609.6 PASS AF=0.521173;AO=153;DP=301;FAO=160;FDP=307;FR=.;FRO=147;FSAF=83;FSAR=77;FSRF=66;FSRR=81;FWDB=-0.0526268;FXX=0.00647228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9042;QD=20.9721;RBI=0.0574833;REFB=-0.00254146;REVB=-0.0231245;RO=136;SAF=75;SAR=78;SRF=63;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232763;STB=0.533367;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00112646;OID=.;OPOS=96999725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:307:136:147:153:160:0.521173:78:75:63:73:77:83:66:81 chr6 97058553 . A G 852.03 PASS AF=0.502924;AO=85;DP=170;FAO=86;FDP=171;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.0104052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.917;QD=19.9305;RBI=0.0110077;REFB=-0.0066342;REVB=0.00359196;RO=85;SAF=46;SAR=39;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960461;STB=0.549391;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00653954;OID=.;OPOS=97058553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:85:85:85:86:0.502924:39:46:37:48:40:46:37:48 chr6 97063522 . C G 1169.86 PASS AF=0.522727;AO=114;DP=219;FAO=115;FDP=220;FR=.;FRO=105;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.029695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0844;QD=21.2702;RBI=0.0408337;REFB=0.0215956;REVB=-0.0280285;RO=105;SAF=52;SAR=62;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343996;STB=0.516459;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0193615;OID=.;OPOS=97063522;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:105:105:114:115:0.522727:62:52:52:53:62:53:52:53 chr6 97063555 . A G 1043.19 PASS AF=0.481982;AO=107;DP=223;FAO=107;FDP=222;FR=.;FRO=115;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=-0.0279566;FXX=0.0044841;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.7966;QD=18.7963;RBI=0.0331447;REFB=-0.0112287;REVB=-0.0178046;RO=115;SAF=55;SAR=52;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000917535;STB=0.500506;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00945631;OID=.;OPOS=97063555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:115:115:107:107:0.481982:52:55:59:56:52:55:59:56 chr6 97339078 . A G 2106.15 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346328;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.628;QD=62.87;RBI=0.0528243;REFB=0;REVB=0.0398871;RO=0;SAF=74;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87549e-05;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:60:74:0:0:60:74:0:0 chr6 97339088 . C T 2252.39 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0699838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0671;QD=63.4475;RBI=0.0756057;REFB=0;REVB=-0.0286093;RO=0;SAF=78;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000370277;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:64:78:0:0:64:78:0:0 chr6 99283376 . T G 631.53 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4162;QD=58.747;RBI=0.0180572;REFB=-0.0149493;REVB=0.0129975;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000436555;OID=.;OPOS=99283376;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:0:1:41:42:0.976744:24:17:0:0:25:17:1:0 chr6 99284532 . T C 1832.97 PASS AF=0.960938;AO=122;DP=128;FAO=123;FDP=128;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0156817;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9439;QD=57.2802;RBI=0.0393993;REFB=-0.080485;REVB=0.036144;RO=2;SAF=60;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155701;STB=0.512193;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00112932;OID=.;OPOS=99284532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:128:128:2:5:122:123:0.960938:62:60:2:0:63:60:4:1 chr6 99771540 . T C 1377.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.903;QD=62.6108;RBI=0.0110239;REFB=0;REVB=0.00718217;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69563e-06;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr6 99817419 . T TC 1223.37 PASS AF=1;AO=78;DP=88;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231495;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=297.676;QD=60.4131;RBI=0.0292983;REFB=0;REVB=0.0179581;RO=7;SAF=26;SAR=52;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-9.31898e-06;OID=.;OPOS=99817420;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:88:81:81:0:28:53:0:0:7:7:26:52:4:3 chr6 99817601 . A G 929.34 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0140701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.696;QD=55.4828;RBI=0.0143147;REFB=-0.0591873;REVB=-0.00263478;RO=2;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255209;STB=0.513509;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00016706;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:36:29:0:2:36:29:0:2 chr6 99819379 . T C 754.21 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2643;QD=56.9217;RBI=0.0490074;REFB=0;REVB=0.0467581;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069625;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr6 99825348 . T C 534.85 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.109368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3317;QD=17.978;RBI=0.119184;REFB=0.0369006;REVB=-0.0473656;RO=62;SAF=30;SAR=27;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360759;STB=0.519993;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0386804;OID=.;OPOS=99825348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:62:62:57:57:0.478992:27:30:35:27:27:30:35:27 chr6 99842056 . C A 755.28 PASS AF=0.514085;AO=73;DP=142;FAO=73;FDP=142;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=0.0194648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.043;QD=21.2754;RBI=0.019465;REFB=-0.0283728;REVB=9.80082e-05;RO=68;SAF=38;SAR=35;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988765;STB=0.557266;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0241383;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:68:69:73:73:0.514085:35:38:43:25:35:38:44:25 chr6 99883694 . T C 487.24 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0082297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.258;QD=20.3018;RBI=0.0154687;REFB=-0.0126434;REVB=0.0130978;RO=47;SAF=13;SAR=35;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218494;STB=0.617595;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0175256;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:48:48:48:0.5:35:13:23:24:35:13:23:25 chr6 99883704 . T C 1437.7 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194309;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.513;QD=63.1954;RBI=0.033185;REFB=0;REVB=0.0269014;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04787e-05;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:56:35:0:0:56:35:0:0 chr6 99893938 . T C 320.87 PASS AF=0.330645;AO=39;DP=123;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.000975733;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.797;QD=10.3507;RBI=0.00339912;REFB=-0.00473166;REVB=0.00325606;RO=83;SAF=17;SAR=22;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963126;STB=0.577477;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0111701;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:83:83:39:41:0.330645:22:17:43:40:24:17:44:39 chr6 99956560 . T C 638.64 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.00526506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.359;QD=18.7836;RBI=0.0146941;REFB=-0.00779937;REVB=0.0137185;RO=71;SAF=34;SAR=31;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147357;STB=0.581434;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00911388;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:71:65:65:0.477941:31:34:26:45:31:34:26:45 chr6 100868721 . G A 1174.29 PASS AF=0.409938;AO=130;DP=322;FAO=132;FDP=322;FR=.;FRO=190;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=70;FSRR=120;FWDB=0.0178257;FXX=0.00617265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2372;QD=14.5875;RBI=0.01783;REFB=0.0034008;REVB=0.000390459;RO=165;SAF=60;SAR=70;SRF=61;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940728;STB=0.551716;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0085696;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:165:190:130:132:0.409938:70:60:61:104:72:60:70:120 chr6 100868779 . G T 1167.93 PASS AF=0.387755;AO=131;DP=342;FAO=133;FDP=343;FR=.;FRO=210;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=75;FSRR=135;FWDB=0.00364522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6208;QD=13.6202;RBI=0.020991;REFB=-0.00115082;REVB=0.020672;RO=207;SAF=57;SAR=74;SRF=74;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873804;STB=0.549756;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.001676;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:343:207:210:131:133:0.387755:74:57:74:133:75:58:75:135 chr6 100964147 . G C 954.72 PASS AF=0.505376;AO=94;DP=186;FAO=94;FDP=186;FR=.;FRO=92;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.00102829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.99;QD=20.5317;RBI=0.00636337;REFB=-0.00486907;REVB=0.00627974;RO=92;SAF=46;SAR=48;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877932;STB=0.548185;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00435707;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:92:92:94:94:0.505376:48:46:54:38:48:46:54:38 chr6 101094554 . A G 2518.17 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245983;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.347;QD=61.4189;RBI=0.0390874;REFB=0;REVB=0.0303768;RO=0;SAF=83;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32047e-05;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:156:164:0:0:155:164:1:72:83:0:0:81:83:0:0 chr6 101296389 . G A 762.11 PASS AF=0.470588;AO=79;DP=169;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.0239423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.889;QD=17.932;RBI=0.0263223;REFB=0.00207308;REVB=-0.0109375;RO=90;SAF=28;SAR=51;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805988;STB=0.539672;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0023028;OID=.;OPOS=101296389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:90:90:79:80:0.470588:51:28:39:51:51:29:39:51 chr6 101405050 . T G 357.1 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=0.0227961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.26;QD=16.8047;RBI=0.0238895;REFB=-0.000875362;REVB=0.00714475;RO=47;SAF=17;SAR=21;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242873;STB=0.634836;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00144885;OID=.;OPOS=101405050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:21:17:10:37:21:17:10:37 chr6 102503317 . G A 514.47 PASS AF=0.393103;AO=57;DP=147;FAO=57;FDP=145;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.00396705;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.364;QD=14.1923;RBI=0.00784368;REFB=-0.0242841;REVB=0.00676652;RO=88;SAF=34;SAR=23;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117152;STB=0.559409;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0398322;OID=.;OPOS=102503317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:88:88:57:57:0.393103:23:34:43:45:23:34:44:44 chr6 104031012 . G A 500.32 PASS AF=0.360947;AO=61;DP=169;FAO=61;FDP=169;FR=.;FRO=108;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.00716967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.665;QD=11.8419;RBI=0.0127105;REFB=-0.00826484;REVB=-0.0104954;RO=106;SAF=28;SAR=33;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142236;STB=0.514415;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0132388;OID=.;OPOS=104031012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:106:108:61:61:0.360947:33:28:50:56:33:28:52:56 chr6 104031076 . A C 588.13 PASS AF=0.28223;AO=81;DP=286;FAO=81;FDP=287;FR=.;FRO=206;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=97;FSRR=109;FWDB=0.00709997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.239;QD=8.19692;RBI=0.00904827;REFB=-0.00257005;REVB=0.00560906;RO=205;SAF=35;SAR=46;SRF=97;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507941;STB=0.528131;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00727428;OID=.;OPOS=104031076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:287:205:206:81:81:0.28223:46:35:97:108:46:35:97:109 chr6 105300250 . A G 211.16 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00594265;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.662;QD=25.5945;RBI=0.00845224;REFB=-0.000794109;REVB=0.00601042;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12452;STB=0.5887;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000243745;OID=.;OPOS=105300250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:13:20:20:0.606061:11:9:4:10:11:9:3:10 chr6 105300252 . TAAAAAAAAAC TAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAACAG,TAAAAAAAAC 68.33 PASS AF=0,0.321429,0;AO=3,5,6;DP=28;FAO=0,9,0;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=0,1,0;FSAR=0,8,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.259326,-0.0350689,0.251793;FXX=0;HRUN=9,3,9;LEN=1,2,1;MLLD=3.72707,227.68,4.48747;QD=9.76129;RBI=0.325527,0.0351959,0.303502;REFB=0.178084,-0.0275297,-0.163137;REVB=0.196769,-0.00298678,-0.169451;RO=10;SAF=3,1,1;SAR=0,4,5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.679145,-0.253419,-0.303669;STB=0.5,0.790427,0.5;STBP=1,0.082,1;TYPE=ins,ins,del;VARB=-0.00117783,0.0551774,0.0282396;OID=.,.,.;OPOS=105300253,105300263,105300253;OREF=-,-,A;OALT=A,AG,-;OMAPALT=TAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAACAG,TAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.321429,0:3,5,6:28:0,9,0:28:19:0,1,0:0,8,0:8:11:64:10:3,1,1:0,4,5:4:6 chr6 105307435 . G A 166.03 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.684;QD=22.137;RBI=0.000583786;REFB=-0.00840805;REVB=0.000583786;RO=13;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103889;OID=.;OPOS=105307435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:17:0:0:13:17:0:0:13 chr6 105526774 . G T 277.95 PASS AF=0.4;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0066446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.861;QD=13.8976;RBI=0.00698366;REFB=-0.00767848;REVB=-0.0021496;RO=46;SAF=11;SAR=21;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14626;STB=0.572681;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0140519;OID=.;OPOS=105526774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:48:32:32:0.4:21:11:22:24:21:11:22:26 chr6 105530994 . GTA G,GTG 663.37 PASS AF=0.362319,0.144928;AO=42,21;DP=149;FAO=50,20;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=30,12;FSAR=20,8;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00957315,0.0880804;FXX=0.0482725;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=250.563,56.481;QD=19.2281;RBI=0.0154632,0.0894428;REFB=-0.00613635,-0.0267322;REVB=0.0121435,-0.0155518;RO=71;SAF=24,11;SAR=18,10;SRF=29;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.178096,0.143604;STB=0.5918,0.621501;STBP=0.099,0.252;TYPE=del,snp;VARB=0.00857161,0.0404001;OID=.,.;OPOS=105530995,105530996;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362319,0.144928:42,21:149:50,20:138:68:30,12:20,8:30:38:99:71:24,11:18,10:29:42 chr6 105726036 . C T 947.05 PASS AF=0.508197;AO=93;DP=183;FAO=93;FDP=183;FR=.;FRO=90;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.00163923;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.841;QD=20.7006;RBI=0.0167397;REFB=-0.00981137;REVB=-0.0166592;RO=90;SAF=51;SAR=42;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633959;STB=0.53481;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00856533;OID=.;OPOS=105726036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:90:90:93:93:0.508197:42:51:43:47:42:51:43:47 chr6 106352263 . C T 186.58 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0102657;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.751;QD=18.6575;RBI=0.0307257;REFB=-0.0437427;REVB=-0.02896;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231994;STB=0.526288;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0350793;OID=.;OPOS=106352263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:10:9:10:11:10:9:11:10 chr6 106352349 . T C 626.28 PASS AF=0.54386;AO=62;DP=114;FAO=62;FDP=114;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00734675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.371;QD=21.9747;RBI=0.0233528;REFB=-0.012938;REVB=0.0221671;RO=51;SAF=32;SAR=30;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536189;STB=0.524879;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00987747;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:52:62:62:0.54386:30:32:23:28:30:32:24:28 chr6 106959424 . A G 261.48 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.13458;FXX=0.042851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.355;QD=15.6106;RBI=0.135872;REFB=-0.023625;REVB=-0.0186908;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015296;STB=0.526748;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0224235;OID=.;OPOS=106959424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:38:28:29:0.432836:17:11:14:23:17:12:14:24 chr6 106959961 . A G 1444.62 PASS AF=1;AO=63;DP=86;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3616;QD=62.8097;RBI=0.190434;REFB=0;REVB=0.113027;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268448;OID=.;OPOS=106959961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:92:0:0:63:92:1:24:39:0:0:39:53:0:0 chr6 106959999 . C G 1735.83 PASS AF=0.959677;AO=117;DP=124;FAO=119;FDP=124;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00794771;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.551;QD=55.9946;RBI=0.0192531;REFB=-0.212983;REVB=0.0175361;RO=4;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316279;STB=0.511929;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000656684;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:124:124:4:5:117:119:0.959677:58:59:0:4:60:59:1:4 chr6 106960039 . G A 655.44 PASS AF=0.471831;AO=64;DP=136;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.000672519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8987;QD=18.463;RBI=0.0219152;REFB=-0.0161405;REVB=0.0219048;RO=72;SAF=29;SAR=35;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449167;STB=0.524205;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0148814;OID=.;OPOS=106960039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:142:72:75:64:67:0.471831:35:29:36:36:37:30:37:38 chr6 106960447 . G A 225.11 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0151338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.65;QD=15.2619;RBI=0.0231414;REFB=-0.0174283;REVB=-0.0175069;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948309;STB=0.564265;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.024589;OID=.;OPOS=106960447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:17:9:14:18:17:9:15:18 chr6 106967185 . A C 308.24 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0200223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2299;QD=28.022;RBI=0.0730935;REFB=0.00970534;REVB=0.0702978;RO=17;SAF=20;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128834;STB=0.571373;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00627422;OID=.;OPOS=106967185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:7:20:10:7:7:20:10:7 chr6 106987370 . A C 3220.01 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.064;QD=61.9232;RBI=0.0149864;REFB=0;REVB=-0.00958001;RO=0;SAF=100;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61598e-06;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:108:100:0:0:108:100:0:0 chr6 106992464 . A G 1701.88 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112522;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.063;QD=59.7151;RBI=0.0149878;REFB=-0.116609;REVB=0.00990071;RO=0;SAF=48;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=3.72028e-05;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:114:0:1:113:113:0.991228:65:48:0:0:65:48:0:1 chr6 106999822 . G A 484.04 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0113472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.38;QD=16.6911;RBI=0.0113613;REFB=-0.000485947;REVB=0.000567626;RO=63;SAF=24;SAR=29;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396415;STB=0.522075;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.000647741;OID=.;OPOS=106999822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:29:24:26:37:29:24:26:37 chr6 107113715 . G A 1157.85 PASS AF=0.472656;AO=121;DP=256;FAO=121;FDP=256;FR=.;FRO=135;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=67;FSRR=68;FWDB=-0.0291693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.495;QD=18.0913;RBI=0.029916;REFB=-0.00234157;REVB=-0.00664216;RO=132;SAF=63;SAR=58;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195823;STB=0.512855;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00264295;OID=.;OPOS=107113715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:132:135:121:121:0.472656:58:63:66:66:58:63:67:68 chr6 107351293 . G T 257.76 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0100743;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3055;QD=13.39;RBI=0.140391;REFB=-0.0261198;REVB=-0.140029;RO=45;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131266;STB=0.581579;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0710029;OID=.;OPOS=107351293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:12:19:22:23:12:19:22:24 chr6 107388504 . C T 933.77 PASS AF=0.422594;AO=101;DP=240;FAO=101;FDP=239;FR=.;FRO=138;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=74;FSRR=64;FWDB=-0.0273629;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.776;QD=15.628;RBI=0.0313255;REFB=-0.00874426;REVB=-0.01525;RO=138;SAF=41;SAR=60;SRF=74;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135743;STB=0.575753;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0157545;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:138:138:101:101:0.422594:60:41:74:64:60:41:74:64 chr6 107391396 . G A 259.55 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0048544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4725;QD=11.9334;RBI=0.00712457;REFB=-0.00316534;REVB=0.00521481;RO=56;SAF=17;SAR=14;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108083;STB=0.562082;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0036541;OID=.;OPOS=107391396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:14:17:36:20:14:17:36:20 chr6 107454303 . A C 1227.66 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.758;QD=59.1644;RBI=0.0227174;REFB=-0.125001;REVB=0.0200097;RO=1;SAF=59;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795935;STB=0.511108;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000404687;OID=.;OPOS=107454303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:81:82:0.987952:22:59:1:0:22:60:0:1 chr6 107565060 . T C 2589.64 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.447;QD=61.6581;RBI=0.0309288;REFB=0;REVB=-0.0044482;RO=0;SAF=67;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1834e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41392e-05;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:166:168:1:99:67:0:0:99:69:0:0 chr6 108026146 . C T 842.43 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.965;QD=57.114;RBI=0.0399636;REFB=0;REVB=0.0374868;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114946;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:24:33:0:0:24:35:0:0 chr6 108026317 . G T 4289.85 PASS AF=1;AO=253;DP=253;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.833;QD=62.6256;RBI=0.0729965;REFB=0;REVB=0.0552835;RO=0;SAF=101;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78408e-05;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:253:274:0:0:253:274:1:152:101:0:0:160:114:0:0 chr6 108026402 . A C 2693.45 PASS AF=0.881279;AO=191;DP=219;FAO=193;FDP=219;FR=.;FRO=26;FSAF=75;FSAR=118;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0164329;FXX=0.0135129;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.446;QD=49.1955;RBI=0.018423;REFB=-0.0939287;REVB=-0.0083287;RO=5;SAF=74;SAR=117;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108414;STB=0.519889;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000945955;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:219:219:5:26:191:193:0.881279:117:74:3:2:118:75:6:20 chr6 108026455 . A G 2302.96 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.39;QD=63.53;RBI=0.0136571;REFB=0;REVB=0.0059151;RO=0;SAF=61;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43072e-05;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:145:0:0:143:145:1:82:61:0:0:84:61:0:0 chr6 108029109 . T C 726.11 PASS AF=0.522059;AO=69;DP=134;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0204292;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.743;QD=21.3561;RBI=0.0248662;REFB=-0.00877735;REVB=-0.0141766;RO=63;SAF=22;SAR=47;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133534;STB=0.563667;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0082897;OID=.;OPOS=108029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:63:65:69:71:0.522059:47:22:29:34:48:23:29:36 chr6 108068003 . C T 1629.65 PASS AF=0.52459;AO=160;DP=305;FAO=160;FDP=305;FR=.;FRO=145;FSAF=61;FSAR=99;FSRF=59;FSRR=86;FWDB=0.00420825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9523;QD=21.3725;RBI=0.0103807;REFB=-0.0139332;REVB=-0.00948947;RO=144;SAF=61;SAR=99;SRF=58;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196932;STB=0.512841;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0114496;OID=.;OPOS=108068003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:144:145:160:160:0.52459:99:61:58:86:99:61:59:86 chr6 108233929 . G A,T 1002.56 PASS AF=0.914286,0.0857143;AO=62,6;DP=68;FAO=64,6;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=29,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477461,-0.00108436;FXX=0.0140825;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.353,88.1768;QD=57.289;RBI=0.0157899,0.0103126;REFB=0,0;REVB=0.0150507,-0.0102554;RO=0;SAF=35,0;SAR=27,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.46408e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00207187,0.00796302;OID=.,.;OPOS=108233929,108233929;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:68:70:0:0:62,6:64,6:0.914286,0.0857143:27,6:35,0:0:0:29,6:35,0:0:0 chr6 108277287 . C A 4563.29 PASS AF=0.986799;AO=296;DP=304;FAO=299;FDP=303;FR=.;FRO=4;FSAF=143;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.02963;FXX=0.00328937;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.011;QD=60.2415;RBI=0.0298885;REFB=0.0259298;REVB=-0.00392225;RO=5;SAF=140;SAR=156;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00867512;STB=0.506329;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.000424662;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:304:303:5:4:296:299:0.986799:156:140:1:4:156:143:0:4 chr6 108882570 . C T 335.52 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0231547;FXX=0.0744602;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.31;QD=15.4262;RBI=0.0233271;REFB=-0.0157199;REVB=0.00283085;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179674;STB=0.522032;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0239365;OID=.;OPOS=108882570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:87:49:51:36:36:0.413793:17:19:25:24:17:19:25:26 chr6 109197379 . T C 199.67 PASS AF=0.305882;AO=25;DP=85;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0121271;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.377;QD=9.39639;RBI=0.0144224;REFB=-0.0123826;REVB=0.0078063;RO=57;SAF=7;SAR=18;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142046;STB=0.609011;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0364679;OID=.;OPOS=109197379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:59:25:26:0.305882:18:7:22:35:19:7:24:35 chr6 109197433 . C T 472.89 PASS AF=0.619718;AO=43;DP=70;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0071383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.834;QD=26.6419;RBI=0.0151633;REFB=3.94822e-05;REVB=-0.013378;RO=27;SAF=17;SAR=26;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888337;STB=0.508402;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-3.69559e-05;OID=.;OPOS=109197433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:27:27:43:44:0.619718:26:17:11:16:27:17:11:16 chr6 109233725 . T C 773.77 PASS AF=0.490798;AO=80;DP=163;FAO=80;FDP=163;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.00526518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.33;QD=18.9883;RBI=0.0160009;REFB=0.0100843;REVB=0.0151098;RO=82;SAF=39;SAR=41;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226806;STB=0.515561;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00706581;OID=.;OPOS=109233725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:82:83:80:80:0.490798:41:39:42:40:41:39:43:40 chr6 109583186 . A G 1060.19 PASS AF=0.484305;AO=108;DP=223;FAO=108;FDP=223;FR=.;FRO=115;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=0.00419249;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.123;QD=19.0169;RBI=0.0338829;REFB=0.003575;REVB=0.0336225;RO=113;SAF=55;SAR=53;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127155;STB=0.511498;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0026932;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:113:115:108:108:0.484305:53:55:56:57:53:55:56:59 chr6 109586062 . C T 1116.41 PASS AF=0.454198;AO=119;DP=262;FAO=119;FDP=262;FR=.;FRO=143;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=70;FSRR=73;FWDB=-0.00934542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.194;QD=17.0444;RBI=0.012392;REFB=-0.00631925;REVB=-0.00813794;RO=143;SAF=60;SAR=59;SRF=70;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144865;STB=0.508017;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00649848;OID=.;OPOS=109586062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:143:143:119:119:0.454198:59:60:70:73:59:60:70:73 chr6 109591433 . T C 244.7 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0392585;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.303;QD=22.7631;RBI=0.0400905;REFB=-0.00439449;REVB=-0.00812513;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147834;STB=0.556403;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00280013;OID=.;OPOS=109591433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:18:20:23:23:0.534884:11:12:6:12:11:12:8:12 chr6 109665191 . C T 236.57 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00329591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.125;QD=15.7711;RBI=0.0102239;REFB=-0.00698177;REVB=0.00967809;RO=33;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18451;STB=0.604571;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00820377;OID=.;OPOS=109665191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:9:18:16:17:9:18:16:17 chr6 109674055 . C T 441.09 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0142304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.451;QD=22.3335;RBI=0.0147383;REFB=0.00028944;REVB=-0.00383603;RO=36;SAF=18;SAR=25;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181142;STB=0.59972;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000170986;OID=.;OPOS=109674055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:25:18:23:13:25:18:23:13 chr6 109689431 . A G 1323.83 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.621;QD=60.8659;RBI=0.0118828;REFB=0.151596;REVB=0.00611566;RO=1;SAF=50;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938119;STB=0.504949;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=1.49076e-05;OID=.;OPOS=109689431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:85:86:0.988506:35:50:1:0:36:50:1:0 chr6 109761437 . A G 452.29 PASS AF=0.358491;AO=57;DP=159;FAO=57;FDP=159;FR=.;FRO=102;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=66;FWDB=0.0334639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.054;QD=11.3783;RBI=0.0682783;REFB=-0.00897139;REVB=0.0595155;RO=101;SAF=20;SAR=37;SRF=36;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00682251;STB=0.501452;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0219848;OID=.;OPOS=109761437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:101:102:57:57:0.358491:37:20:36:65:37:20:36:66 chr6 109762332 . C T 2277.11 PASS AF=0.548969;AO=213;DP=388;FAO=213;FDP=388;FR=.;FRO=175;FSAF=67;FSAR=146;FSRF=23;FSRR=152;FWDB=-0.0101412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.608;QD=23.4753;RBI=0.0124842;REFB=-0.013462;REVB=-0.00728092;RO=174;SAF=67;SAR=146;SRF=22;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196484;STB=0.603084;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00845387;OID=.;OPOS=109762332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:388:174:175:213:213:0.548969:146:67:22:152:146:67:23:152 chr6 109764535 . G T 599.01 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.00318807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.54;QD=21.3933;RBI=0.0109847;REFB=-0.0113258;REVB=-0.0105119;RO=52;SAF=30;SAR=30;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130297;STB=0.571405;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00651107;OID=.;OPOS=109764535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:30:30:18:34:30:30:18:34 chr6 109766660 . G A 804.04 PASS AF=0.5;AO=82;DP=165;FAO=82;FDP=164;FR=.;FRO=82;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.00229675;FXX=0.0120475;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.776;QD=19.6106;RBI=0.0101817;REFB=-0.0267385;REVB=0.00991925;RO=81;SAF=43;SAR=39;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138615;STB=0.572807;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0299261;OID=.;OPOS=109766660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:81:82:82:82:0.5:39:43:30:51:39:43:31:51 chr6 109767930 . GC TT 784.49 PASS AF=0.432039;AO=78;DP=195;FAO=89;FDP=206;FR=.;FRO=117;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=69;FWDB=-0.00830727;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.046;QD=15.2328;RBI=0.0142785;REFB=-0.0232634;REVB=0.0116131;RO=117;SAF=52;SAR=26;SRF=48;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275832;STB=0.604802;STBP=0.018;TYPE=mnp;VARB=0.0211379;OID=.;OPOS=109767930;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:206:117:117:78:89:0.432039:26:52:48:69:36:53:48:69 chr6 109768295 . G A 342.03 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00432191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.976;QD=16.2869;RBI=0.06814;REFB=-0.00395626;REVB=0.0680028;RO=47;SAF=15;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126882;STB=0.57139;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00654111;OID=.;OPOS=109768295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:22:15:25:22:22:15:25:22 chr6 109775436 . T C 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00716439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.623;QD=17.0703;RBI=0.00717707;REFB=-0.0379419;REVB=0.00042645;RO=35;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516059;STB=0.529006;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.029089;OID=.;OPOS=109775436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:21:10:13:22:21:10:13:22 chr6 109827716 . C T 523.55 PASS AF=0.46281;AO=55;DP=120;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=49;FWDB=-0.0208189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9371;QD=17.3073;RBI=0.0488152;REFB=-0.0297182;REVB=-0.0441531;RO=65;SAF=17;SAR=38;SRF=16;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074185;STB=0.537536;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0262325;OID=.;OPOS=109827716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:65:65:55:56:0.46281:38:17:16:49:39:17:16:49 chr6 109885479 . T C 364.22 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0264435;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2745;QD=20.8124;RBI=0.0330178;REFB=0.0111842;REVB=-0.0197717;RO=33;SAF=22;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120414;STB=0.566708;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00670513;OID=.;OPOS=109885479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:33:37:37:0.528571:15:22:15:18:15:22:15:18 chr6 109906329 . GCTTCTTCTTCTTCT GCTTCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCT 579.1 PASS AF=0.19697,0.560606;AO=16,17;DP=141;FAO=26,74;FDP=132;FR=.;FRO=32;FSAF=15,45;FSAR=11,29;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.136502,0.0321747;FXX=0.089649;HRUN=9,2;LEN=1,3;MLLD=4.75908,172.13;QD=17.5484;RBI=0.352559,0.0665035;REFB=-0.177882,-0.0448637;REVB=-0.325062,0.0582022;RO=16;SAF=9,17;SAR=7,0;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.172481,0.809013;STB=0.525587,0.52408;STBP=0.749,0.455;TYPE=del,del;VARB=0.101149,0.0326225;OID=.,.;OPOS=109906343,109906330;OREF=T,CTT;OALT=-,-;OMAPALT=GCTTCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.19697,0.560606:16,17:141:26,74:132:32:15,45:11,29:17:15:80:16:9,17:7,0:12:4 chr6 109954252 . C T 555.28 PASS AF=0.461538;AO=56;DP=132;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00234247;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2859;QD=17.0855;RBI=0.0404153;REFB=-0.00392489;REVB=-0.0403474;RO=63;SAF=19;SAR=37;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167998;STB=0.589897;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00502291;OID=.;OPOS=109954252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:63:70:56:60:0.461538:37:19:32:31:41:19:33:37 chr6 110064928 . A T 641.14 PASS AF=0.448718;AO=70;DP=155;FAO=70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=-0.0343164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.005;QD=16.4394;RBI=0.0360331;REFB=-0.00533718;REVB=-0.0109894;RO=85;SAF=23;SAR=47;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269244;STB=0.512548;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00852096;OID=.;OPOS=110064928;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:85:86:70:70:0.448718:47:23:30:55:47:23:30:56 chr6 110074412 . C T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00694972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.552;QD=23.8205;RBI=0.00831459;REFB=-0.0210715;REVB=0.0045644;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104181;STB=0.558087;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0165117;OID=.;OPOS=110074412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:7:10:10:12:7:10 chr6 110106234 . A G 809.53 PASS AF=0.491124;AO=83;DP=170;FAO=83;FDP=169;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.00683141;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.309;QD=19.1605;RBI=0.0122476;REFB=-0.0215097;REVB=0.0101654;RO=85;SAF=35;SAR=48;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935774;STB=0.501401;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0249128;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:85:86:83:83:0.491124:48:35:35:50:49:34:35:51 chr6 110107517 . T C 657.47 PASS AF=0.462069;AO=67;DP=145;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0171043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9848;QD=18.1372;RBI=0.0213542;REFB=-0.0162503;REVB=0.0127845;RO=77;SAF=19;SAR=48;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208888;STB=0.620652;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0198314;OID=.;OPOS=110107517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:77:78:67:67:0.462069:48:19:37:40:48:19:38:40 chr6 110146303 . G A 680.16 PASS AF=0.441558;AO=67;DP=156;FAO=68;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=-0.0299416;FXX=0.0128197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.84;QD=17.6664;RBI=0.030774;REFB=-0.0455286;REVB=0.00710945;RO=61;SAF=37;SAR=30;SRF=13;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289341;STB=0.606189;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0377328;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:61:76:67:68:0.441558:30:37:13:48:30:38:27:49 chr6 110301661 . A G 213.1 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0112701;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.273;QD=16.083;RBI=0.0302198;REFB=-0.00840125;REVB=-0.0280396;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236853;STB=0.513417;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00909132;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:11:13:15:14:11:13:15:14 chr6 110421361 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8913;QD=58.9625;RBI=0.0822021;REFB=0;REVB=-0.0815183;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000460885;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr6 110746526 . T C 961.16 PASS AF=0.534091;AO=92;DP=175;FAO=94;FDP=176;FR=.;FRO=82;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0594466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7272;QD=21.8444;RBI=0.061011;REFB=-0.0124025;REVB=-0.0137278;RO=82;SAF=53;SAR=39;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662792;STB=0.540266;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00996862;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:82:82:92:94:0.534091:39:53:41:41:39:55:41:41 chr6 110777962 . A G 551.66 PASS AF=0.405405;AO=60;DP=148;FAO=60;FDP=148;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0032576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5561;QD=14.9096;RBI=0.0143236;REFB=-0.00686108;REVB=-0.0139482;RO=88;SAF=33;SAR=27;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100717;STB=0.556661;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00902314;OID=.;OPOS=110777962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:88:88:60:60:0.405405:27:33:40:48:27:33:40:48 chr6 110778128 . T C 597.01 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0128485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.834;QD=19.574;RBI=0.0132476;REFB=-0.0196721;REVB=0.00322687;RO=61;SAF=23;SAR=38;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467561;STB=0.525832;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0206106;OID=.;OPOS=110778128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:61:61:61:0.5:38:23:26:35:38:23:26:35 chr6 110797702 . GCCG GCGC 4673.69 PASS AF=0.984568;AO=69;DP=331;FAO=319;FDP=324;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=130;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752487;FXX=0.0240957;HRUN=2;LEN=2;MLLD=31.1326;QD=57.6998;RBI=0.299576;REFB=0;REVB=-0.299481;RO=6;SAF=61;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0111054;OID=.;OPOS=110797704;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984568:69:331:319:324:0:130:189:0:0:4:6:61:8:1:5 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCAC,CCCA 4886.95 PASS AF=0.798193,0.13253,0.0692771;AO=226,54,29;DP=315;FAO=265,44,23;FDP=332;FR=.;FRO=0;FSAF=87,38,10;FSAR=178,6,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428896,0.0360709,0.0268552;FXX=0.00300291;HRUN=4,4,4;LEN=4,4,4;MLLD=145.281,125.694,105.671;QD=58.879;RBI=0.0429775,0.0361509,0.0269115;REFB=0,0,0;REVB=0.00274664,0.00240301,0.00173972;RO=0;SAF=49,48,16;SAR=177,6,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.88679e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.00388833,-0.00709595,0.0144108;OID=.,.,.;OPOS=110797707,110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCAC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCAC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:97:315:332:0:0:226,54,29:265,44,23:0.798193,0.13253,0.0692771:177,6,13:49,48,16:0:0:178,6,13:87,38,10:0:0 chr6 110797713 . C T 3669.54 PASS AF=0.798295;AO=281;DP=353;FAO=281;FDP=352;FR=.;FRO=71;FSAF=99;FSAR=182;FSRF=54;FSRR=17;FWDB=0.0145638;FXX=0.00283278;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.439;QD=41.6994;RBI=0.0186058;REFB=-0.0375541;REVB=0.0115789;RO=53;SAF=99;SAR=182;SRF=41;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132674;STB=0.585646;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00510753;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:352:53:71:281:281:0.798295:182:99:41:12:182:99:54:17 chr6 110964409 . G A 157.12 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0176731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3139;QD=9.66863;RBI=0.0473905;REFB=-0.000481972;REVB=-0.0439718;RO=44;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159477;STB=0.593798;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000652429;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:9:12:19:25:9:12:19:25 chr6 111280038 . C T 516.29 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0737546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.46;QD=16.2611;RBI=0.0738762;REFB=-0.00876411;REVB=0.00423663;RO=71;SAF=25;SAR=31;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821509;STB=0.545804;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0150251;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:71:71:56:56:0.440945:31:25:26:45:31:25:26:45 chr6 111283592 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2617;QD=61.334;RBI=0.0924772;REFB=0;REVB=-0.0919856;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111197;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr6 111587266 . T C 378.92 PASS AF=0.411215;AO=43;DP=106;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.014444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.202;QD=14.1654;RBI=0.0226567;REFB=-0.00386667;REVB=0.0174555;RO=63;SAF=27;SAR=16;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627192;STB=0.543608;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00626732;OID=.;OPOS=111587266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:63:63:43:44:0.411215:16:27:43:20:17:27:43:20 chr6 111589293 . A C 402.77 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00153021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0543;QD=19.8899;RBI=0.0471538;REFB=-0.0444713;REVB=0.047129;RO=38;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811644;STB=0.531065;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0438207;OID=.;OPOS=111589293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:38:40:41:41:0.506173:21:20:15:23:21:20:17:23 chr6 111620758 . G A 173.76 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00236256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.342;QD=11.5841;RBI=0.00382206;REFB=-0.00897919;REVB=0.0030044;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287293;STB=0.516652;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0115451;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:11:11:20:18:11:11:20:18 chr6 111695073 . C T 176.8 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00838655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.418;QD=13.3436;RBI=0.010494;REFB=-0.0097016;REVB=-0.00630791;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127336;STB=0.573458;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.010678;OID=.;OPOS=111695073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:8:13:16:16:8:13:16:16 chr6 111695268 . C T 537.71 PASS AF=0.39375;AO=63;DP=160;FAO=63;FDP=160;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.0182136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.507;QD=13.4427;RBI=0.0182493;REFB=-0.0178514;REVB=0.00114198;RO=96;SAF=35;SAR=28;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115052;STB=0.5617;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0230658;OID=.;OPOS=111695268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:96:97:63:63:0.39375:28:35:43:53:28:35:44:53 chr6 111695887 . G A 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0371983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5562;QD=8.89979;RBI=0.0407143;REFB=-0.0102399;REVB=0.0165513;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28415;STB=0.672771;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0172929;OID=.;OPOS=111695887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:7:4:16:10:7:4:16:10 chr6 111696257 . G A 926.48 PASS AF=0.472081;AO=93;DP=196;FAO=93;FDP=197;FR=.;FRO=104;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.023392;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6265;QD=18.8118;RBI=0.0269934;REFB=0.00911842;REVB=0.0134706;RO=103;SAF=44;SAR=49;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762788;STB=0.53951;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00950687;OID=.;OPOS=111696257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:103:104:93:93:0.472081:49:44:57:46:49:44:57:47 chr6 111696852 . T C 417.8 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0299828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8607;QD=15.474;RBI=0.0315863;REFB=-0.00626496;REVB=-0.00993624;RO=61;SAF=21;SAR=26;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192123;STB=0.607432;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0101933;OID=.;OPOS=111696852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:26:21:39:22:26:21:39:22 chr6 111901453 . G T 2299.97 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00705685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.193;QD=60.1301;RBI=0.0168518;REFB=-0.00714968;REVB=0.0153031;RO=0;SAF=67;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-3.2922e-06;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:153:153:0:1:152:152:0.993464:85:67:0:0:85:67:1:0 chr6 112408581 . G C 1391.42 PASS AF=0.496429;AO=138;DP=280;FAO=139;FDP=280;FR=.;FRO=141;FSAF=83;FSAR=56;FSRF=53;FSRR=88;FWDB=0.00983192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.286;QD=19.8774;RBI=0.0108301;REFB=-0.0244872;REVB=-0.00454145;RO=136;SAF=82;SAR=56;SRF=50;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20391;STB=0.610777;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0277203;OID=.;OPOS=112408581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:136:141:138:139:0.496429:56:82:50:86:56:83:53:88 chr6 112457390 . C T 3329.73 PASS AF=1;AO=214;DP=217;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354607;FXX=0.00921617;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.453;QD=61.9484;RBI=0.00357499;REFB=0.0362751;REVB=0.000453758;RO=0;SAF=104;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56442e-05;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:215:0:0:214:215:1:110:104:0:0:111:104:0:0 chr6 112493872 . A G 1197.26 PASS AF=0.453237;AO=125;DP=277;FAO=126;FDP=278;FR=.;FRO=152;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=71;FSRR=81;FWDB=0.00444612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.158;QD=17.2268;RBI=0.00994689;REFB=-0.000481111;REVB=-0.00889791;RO=152;SAF=63;SAR=62;SRF=71;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365626;STB=0.517983;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000605248;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:278:152:152:125:126:0.453237:62:63:71:81:63:63:71:81 chr6 112506481 . C T 1007.76 PASS AF=0.430233;AO=111;DP=258;FAO=111;FDP=258;FR=.;FRO=147;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=75;FSRR=72;FWDB=-0.0751458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2509;QD=15.6243;RBI=0.0760711;REFB=0.018262;REVB=-0.0118289;RO=147;SAF=53;SAR=58;SRF=75;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335162;STB=0.51865;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0245345;OID=.;OPOS=112506481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:147:147:111:111:0.430233:58:53:75:72:58:53:75:72 chr6 112508769 . TG GT 1552.04 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.08378;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.542;QD=39.0451;RBI=0.123707;REFB=0;REVB=0.0910178;RO=0;SAF=78;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00123048;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:159:159:0:0:158:159:1:80:78:0:0:80:79:0:0 chr6 112521387 . A C 1023.85 PASS AF=0.515;AO=102;DP=200;FAO=103;FDP=200;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=0.0711359;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.697;QD=20.4769;RBI=0.0711494;REFB=-0.00575983;REVB=0.00138568;RO=94;SAF=40;SAR=62;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105976;STB=0.557995;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00494886;OID=.;OPOS=112521387;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:94:97:102:103:0.515:62:40:48:46:62:41:50:47 chr6 112671933 . G A 420.46 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0021421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.297;QD=16.4887;RBI=0.00262328;REFB=-0.00374081;REVB=-0.00151426;RO=54;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128146;STB=0.580118;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00454433;OID=.;OPOS=112671933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:56:46:46:0.45098:22:24:21:33:22:24:21:35 chr6 114378970 . C T 439.73 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0534093;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4914;QD=16.9126;RBI=0.0553592;REFB=0.00127848;REVB=0.0145631;RO=57;SAF=21;SAR=27;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137138;STB=0.581306;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00142408;OID=.;OPOS=114378970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:57:56:48:48:0.461538:27:21:33:24:27:21:33:23 chr6 116262976 . G A 287.74 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00940652;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.54;QD=15.7663;RBI=0.0142226;REFB=-0.000236017;REVB=-0.0106677;RO=35;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425018;STB=0.516785;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.000212438;OID=.;OPOS=116262976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:35:41:32:32:0.438356:15:17:17:18:15:17:23:18 chr6 116263095 . AGA AAA,AA,AG 104.12 PASS AF=0.0454545,0.409091,0.363636;AO=3,6,3;DP=24;FAO=1,9,8;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=0,4,3;FSAR=1,5,5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0123818,0.0142798,0.405947;FXX=0;HRUN=1,1,9;LEN=1,1,1;MLLD=196.528,195.813,4.39034;QD=18.9307;RBI=0.0209219,0.0176289,0.441806;REFB=-0.0154536,-0.0166001,-0.0627809;REVB=0.0168646,0.0103377,-0.174355;RO=7;SAF=2,2,1;SAR=1,4,2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.240731,-0.090705,-0.102358;STB=0.98415,0.561271,0.545344;STBP=0.544,0.526,0.747;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0147864,0.0075927,0.268982;OID=.,.,.;OPOS=116263096,116263096,116263097;OREF=G,G,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0454545,0.409091,0.363636:3,6,3:24:1,9,8:22:4:0,4,3:1,5,5:1:3:38:7:2,2,1:1,4,2:3:4 chr6 116263181 . T C 361.36 PASS AF=0.714286;AO=29;DP=41;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00325136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.272;QD=34.4149;RBI=0.00817507;REFB=-0.021101;REVB=0.0075007;RO=12;SAF=10;SAR=19;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068381;STB=0.510302;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0114044;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:42:12:12:29:30:0.714286:19:10:4:8:19:11:4:8 chr6 116325142 . C T 1486.14 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159546;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.597;QD=58.2801;RBI=0.0313162;REFB=-0.0982735;REVB=-0.0269473;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000156426;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:0:1:99:101:0.990196:46:53:0:0:46:55:0:1 chr6 116442355 . T G 480.77 PASS AF=0.4;AO=54;DP=136;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00367964;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.383;QD=14.2449;RBI=0.00589604;REFB=-0.00605325;REVB=0.0046069;RO=80;SAF=32;SAR=22;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861337;STB=0.545235;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00873241;OID=.;OPOS=116442355;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:80:81:54:54:0.4:22:32:41:39:22:32:42:39 chr6 116499416 . A G 978.63 PASS AF=0.524862;AO=95;DP=180;FAO=95;FDP=181;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.00679276;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7854;QD=21.6273;RBI=0.0228565;REFB=-0.0265563;REVB=-0.0218237;RO=83;SAF=39;SAR=56;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103147;STB=0.565178;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0279843;OID=.;OPOS=116499416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:83:86:95:95:0.524862:56:39:44:39:56:39:47:39 chr6 116571255 . G A 905.9 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0158121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.747;QD=56.619;RBI=0.0393466;REFB=-0.0948659;REVB=-0.0360296;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129354;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000622377;OID=.;OPOS=116571255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:36:26:0:1:37:26:0:1 chr6 116574455 . G A 632.08 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6137;QD=61.6663;RBI=0.0362623;REFB=0;REVB=0.0168325;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453496;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr6 116575083 . C A 2450.27 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=164;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319842;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.451;QD=60.5005;RBI=0.0320207;REFB=-0.0448902;REVB=-0.00152821;RO=1;SAF=77;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056984;STB=0.502958;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000112671;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:162:1:1:160:161:0.993827:83:77:0:1:84:77:0:1 chr6 116599665 . T C 792.13 PASS AF=0.897059;AO=60;DP=68;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0341834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.459;QD=46.5956;RBI=0.034195;REFB=0.013282;REVB=0.000889163;RO=7;SAF=46;SAR=14;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252049;STB=0.512781;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.014843;OID=.;OPOS=116599665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:68:68:7:7:60:61:0.897059:14:46:6:1:14:47:6:1 chr6 116600465 . T TCAC 767.04 PASS AF=0.904762;AO=55;DP=70;FAO=57;FDP=63;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00551899;FXX=0.0869439;HRUN=1;LEN=3;MLLD=228.549;QD=48.7009;RBI=0.0101252;REFB=-0.0705965;REVB=0.00848879;RO=11;SAF=35;SAR=20;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030916;STB=0.505298;STBP=0.838;TYPE=ins;VARB=0.00679041;OID=.;OPOS=116600466;OREF=-;OALT=CAC;OMAPALT=TCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.904762:55:70:57:63:6:35:22:4:2:27:11:35:20:8:3 chr6 116600774 . C G 718.14 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.85;QD=62.4472;RBI=0.0400025;REFB=0;REVB=0.0388325;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250669;OID=.;OPOS=116600774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:29:17:0:0 chr6 116600810 . G A 1038.67 PASS AF=0.894118;AO=76;DP=86;FAO=76;FDP=85;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0925327;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4075;QD=48.8785;RBI=0.101134;REFB=-0.146831;REVB=0.0408144;RO=10;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906991;STB=0.543678;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.063907;OID=.;OPOS=116600810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:86:85:10:9:76:76:0.894118:47:29:0:10:47:29:0:9 chr6 116757557 . T C,G 353.08 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=24,2;DP=26;FAO=25,1;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000620222,-0.00382906;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.4651,111.664;QD=54.3195;RBI=0.0360826,0.0557733;REFB=0,0;REVB=0.0360773,0.0556417;RO=0;SAF=12,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0288849,0.0652732;OID=.,.;OPOS=116757557,116757557;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:26:26:0:0:24,2:25,1:0.961538,0.0384615:12,0:12,2:0:0:12,0:13,1:0:0 chr6 116783330 . G A 719.09 PASS AF=0.487013;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.0170959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.207;QD=18.6776;RBI=0.0216197;REFB=-0.0147899;REVB=0.0132341;RO=78;SAF=28;SAR=47;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111004;STB=0.503508;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.015563;OID=.;OPOS=116783330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:78:79:75:75:0.487013:47:28:30:48:47:28:30:49 chr6 116783390 . A G 369.62 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.177;QD=52.8024;RBI=0.0412173;REFB=-0.0861072;REVB=-0.0129979;RO=0;SAF=2;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222507;OID=.;OPOS=116783390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:0:0:27:28:1:25:2:0:0:25:3:0:0 chr6 116875427 . G A 3167.81 PASS AF=0.990431;AO=207;DP=209;FAO=207;FDP=209;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=129;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0130804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.818;QD=60.6279;RBI=0.0146377;REFB=-0.127574;REVB=0.00657016;RO=1;SAF=78;SAR=129;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606788;STB=0.506328;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000217843;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:209:209:1:2:207:207:0.990431:129:78:1:0:129:78:2:0 chr6 116875493 . T C 344.0 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0281196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.621;QD=16.3808;RBI=0.0285801;REFB=0.010496;REVB=0.00511005;RO=47;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119744;STB=0.506729;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0127632;OID=.;OPOS=116875493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:24:13:16:31:24:13:16:31 chr6 116911546 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.056899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0584;QD=14.0791;RBI=0.057434;REFB=0.00868581;REVB=-0.0078207;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201473;STB=0.617454;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00773306;OID=.;OPOS=116911546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:10:6:7:5:10:6 chr6 116950734 . G A 235.02 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0221861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1999;QD=15.4108;RBI=0.0659089;REFB=0.000225557;REVB=-0.0620625;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443704;STB=0.502511;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.0022199;OID=.;OPOS=116950734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:16:11:14:20:16:11:14:20 chr6 116950833 . T C 288.82 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0232208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.122;QD=13.7531;RBI=0.0259415;REFB=-0.000532772;REVB=-0.0115653;RO=51;SAF=7;SAR=25;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109318;STB=0.568544;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.000379419;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:32:33:0.392857:25:7:15:36:26:7:15:36 chr6 116973182 . T C 598.21 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=152;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.0257788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6244;QD=15.7422;RBI=0.0275275;REFB=0.0305273;REVB=0.00965489;RO=86;SAF=40;SAR=26;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223591;STB=0.624715;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0328765;OID=.;OPOS=116973182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:86:86:66:66:0.434211:26:40:33:53:26:40:33:53 chr6 117113653 . T C 805.67 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685571;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.891;QD=57.5475;RBI=0.00848429;REFB=0;REVB=0.00499824;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83694e-05;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr6 117114025 . G A 613.8 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8779;QD=61.3798;RBI=0.115517;REFB=0;REVB=-0.111219;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113534;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:15:25:0:0 chr6 117114223 . T A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2641;QD=59.3221;RBI=0.0296861;REFB=0;REVB=0.0282884;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128125;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr6 117114403 . G A 1717.03 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437037;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6866;QD=60.7799;RBI=0.046484;REFB=0;REVB=-0.0158349;RO=0;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124025;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:64:49:0:0:64:49:0:0 chr6 117121894 . G A 1650.61 PASS AF=0.982301;AO=109;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00618021;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.347;QD=58.4288;RBI=0.00881291;REFB=-0.0920124;REVB=0.0062827;RO=1;SAF=59;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797819;STB=0.500885;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000340731;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:1:2:109:111:0.982301:50:59:1:0:50:61:1:1 chr6 117130704 . G A 1662.4 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301697;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2668;QD=60.4508;RBI=0.0302176;REFB=0;REVB=-0.00170052;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148974;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:63:47:0:0:63:47:0:0 chr6 117679105 . T A 437.22 PASS AF=0.4375;AO=46;DP=110;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00250016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.328;QD=15.6148;RBI=0.0241208;REFB=-0.0157236;REVB=0.0239909;RO=63;SAF=21;SAR=25;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455953;STB=0.509135;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0232656;OID=.;OPOS=117679105;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:63:63:46:49:0.4375:25:21:26:37:28:21:26:37 chr6 117708971 . C T 555.37 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0100832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.834;QD=16.9578;RBI=0.0132246;REFB=-0.0103013;REVB=-0.00855688;RO=71;SAF=22;SAR=37;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175517;STB=0.594384;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0124927;OID=.;OPOS=117708971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:72:59:59:0.450382:37:22:39:32:37:22:39:33 chr6 117724379 . C T 588.94 PASS AF=0.442857;AO=62;DP=140;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0362665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.92;QD=16.8268;RBI=0.0388609;REFB=0.000844221;REVB=0.0139612;RO=78;SAF=23;SAR=39;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680061;STB=0.537984;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.000599462;OID=.;OPOS=117724379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:78:78:62:62:0.442857:39:23:34:44:39:23:34:44 chr6 117725578 . T A 1834.44 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.863;QD=61.148;RBI=0.0284952;REFB=0;REVB=0.0220847;RO=0;SAF=56;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35542e-05;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:63:56:0:0:64:56:0:0 chr6 117730819 . G A 471.01 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=44;FWDB=-0.0132854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.619;QD=17.2848;RBI=0.0228877;REFB=-0.0200313;REVB=-0.0186372;RO=57;SAF=13;SAR=38;SRF=14;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116846;STB=0.509557;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0214733;OID=.;OPOS=117730819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:58:51:51:0.46789:38:13:14:43:38:13:14:44 chr6 117842669 . T A 624.73 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0536318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4246;QD=20.1525;RBI=0.0936108;REFB=-0.0179522;REVB=0.0767242;RO=61;SAF=32;SAR=31;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728827;STB=0.540141;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0175614;OID=.;OPOS=117842669;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:61:63:63:0.508065:31:32:26:35:31:32:26:35 chr6 117869286 . G T 500.19 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00289631;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.785;QD=18.3555;RBI=0.0105389;REFB=-0.034583;REVB=-0.0101331;RO=55;SAF=39;SAR=14;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110325;STB=0.568486;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0307876;OID=.;OPOS=117869286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:109:55:56:53:53:0.486239:14:39:35:20:14:39:35:21 chr6 117869424 . G A 568.2 PASS AF=0.451852;AO=56;DP=130;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=-0.0144939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9433;QD=16.8356;RBI=0.0145149;REFB=-0.0149939;REVB=-0.000781643;RO=73;SAF=24;SAR=32;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119864;STB=0.583675;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0142321;OID=.;OPOS=117869424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:135:73:74:56:61:0.451852:32:24:23:50:32:29:24:50 chr6 117869491 . G A 2701.02 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137808;FXX=0.0057468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.554;QD=62.4513;RBI=0.0142306;REFB=0;REVB=0.00354958;RO=0;SAF=76;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12528e-05;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:173:0:0:173:173:1:97:76:0:0:97:76:0:0 chr6 119149149 . C G 1822.5 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.832;QD=61.2604;RBI=0.02198;REFB=0;REVB=-0.000971853;RO=0;SAF=60;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38711e-05;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:59:60:0:0:59:60:0:0 chr6 119510941 . C A 2706.76 PASS AF=0.957219;AO=179;DP=187;FAO=179;FDP=187;FR=.;FRO=8;FSAF=94;FSAR=85;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0114188;FXX=0.00531887;HRUN=6;LEN=1;MLLD=116.869;QD=57.8986;RBI=0.0117251;REFB=-0.103966;REVB=-0.00266229;RO=2;SAF=94;SAR=85;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100203;STB=0.509652;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00039259;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:187:187:2:8:179:179:0.957219:85:94:2:0:85:94:6:2 chr6 119669877 . C T 1573.65 PASS AF=0.418269;AO=174;DP=416;FAO=174;FDP=416;FR=.;FRO=242;FSAF=94;FSAR=80;FSRF=125;FSRR=117;FWDB=0.0696084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0592;QD=15.1313;RBI=0.0730325;REFB=0.00555865;REVB=0.0221002;RO=239;SAF=94;SAR=80;SRF=123;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267202;STB=0.513845;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00639185;OID=.;OPOS=119669877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:416:239:242:174:174:0.418269:80:94:123:116:80:94:125:117 chr6 120336327 . C A 1683.64 PASS AF=0.391129;AO=181;DP=481;FAO=194;FDP=496;FR=.;FRO=302;FSAF=112;FSAR=82;FSRF=169;FSRR=133;FWDB=-0.00166808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4577;QD=13.5778;RBI=0.0182063;REFB=-0.0182367;REVB=-0.0181298;RO=298;SAF=109;SAR=72;SRF=167;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476895;STB=0.511013;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.023755;OID=.;OPOS=120336327;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:496:298:302:181:194:0.391129:72:109:167:131:82:112:169:133 chr6 120336384 . G A 1609.23 PASS AF=0.336667;AO=201;DP=587;FAO=202;FDP=600;FR=.;FRO=398;FSAF=108;FSAR=94;FSRF=194;FSRR=204;FWDB=-0.0254805;FXX=0.00826433;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.012;QD=10.7282;RBI=0.0435249;REFB=-0.0186371;REVB=-0.0352869;RO=383;SAF=107;SAR=94;SRF=185;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569253;STB=0.531332;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0415858;OID=.;OPOS=120336384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:587:600:383:398:201:202:0.336667:94:107:185:198:94:108:194:204 chr6 120583498 . G A 93.43 PASS AF=0.220588;AO=14;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0163372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5847;QD=5.4961;RBI=0.0295499;REFB=-0.0205377;REVB=0.024623;RO=53;SAF=6;SAR=8;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171379;STB=0.512179;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0167858;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:14:15:0.220588:8:6:22:31:9:6:22:31 chr6 120583501 . T G 93.35 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0217775;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.013;QD=5.65737;RBI=0.0265827;REFB=-0.00633117;REVB=0.0152439;RO=52;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294358;STB=0.509421;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0262346;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:67:66:52:51:15:15:0.227273:9:6:22:30:9:6:21:30 chr6 120583509 . A G 87.38 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00277824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.245;QD=5.46116;RBI=0.00294114;REFB=-0.00833149;REVB=-0.000965231;RO=50;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036322;STB=0.522903;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0372296;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:8:6:20:30:8:6:20:30 chr6 120583521 . A T 93.29 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0252297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.578;QD=6.43391;RBI=0.0331815;REFB=-0.00129251;REVB=-0.0215516;RO=43;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123901;STB=0.502509;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.015361;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:43:44:14:14:0.241379:8:6:18:25:8:6:19:25 chr6 120583526 . C G 89.04 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.020256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.137;QD=6.47543;RBI=0.0252751;REFB=-0.0203659;REVB=0.015117;RO=42;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112359;STB=0.507031;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0123779;OID=.;OPOS=120583526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:55:55:42:42:13:13:0.236364:7:6:19:23:7:6:19:23 chr6 120583533 . A G 67.19 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00838809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.873;QD=5.26965;RBI=0.0139167;REFB=-0.00650441;REVB=0.0111047;RO=41;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749177;STB=0.548923;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.013673;OID=.;OPOS=120583533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:5:5:18:23:5:5:18:23 chr6 121577370 . T C 686.37 PASS AF=0.45122;AO=74;DP=165;FAO=74;FDP=164;FR=.;FRO=90;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=57;FSRR=33;FWDB=-0.0211976;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.353;QD=16.7407;RBI=0.0214619;REFB=-0.00518366;REVB=0.00335764;RO=90;SAF=46;SAR=28;SRF=57;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123344;STB=0.506852;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00553441;OID=.;OPOS=121577370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:90:90:74:74:0.45122:28:46:57:33:28:46:57:33 chr6 121620608 . G T 1433.42 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.201;QD=63.0076;RBI=0.0240111;REFB=0;REVB=-0.0114256;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.761e-05;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:88:91:1:43:45:0:0:46:45:0:0 chr6 121629167 . G A 935.03 PASS AF=0.471154;AO=98;DP=211;FAO=98;FDP=208;FR=.;FRO=110;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=-0.0464242;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8308;QD=17.9814;RBI=0.0555594;REFB=0.0025121;REVB=-0.0305229;RO=107;SAF=57;SAR=41;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737597;STB=0.548502;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00279262;OID=.;OPOS=121629167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:208:107:110:98:98:0.471154:41:57:54:53:41:57:54:56 chr6 121632008 . T A 2481.74 PASS AF=0.987879;AO=163;DP=166;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000425807;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4829;QD=60.1634;RBI=0.0547424;REFB=-0.0987622;REVB=0.0547408;RO=0;SAF=76;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19272e-08;STB=0.505681;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00100224;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:165:0:2:163:163:0.987879:87:76:0:0:87:76:0:2 chr6 121901599 . A G 670.04 PASS AF=0.475862;AO=60;DP=136;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0969983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7993;QD=18.484;RBI=0.111379;REFB=-0.0413715;REVB=0.0547415;RO=76;SAF=19;SAR=41;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100812;STB=0.533971;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0534076;OID=.;OPOS=121901599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:145:76:76:60:69:0.475862:41:19:31:45:45:24:31:45 chr6 123066514 . T C 796.44 PASS AF=0.513514;AO=76;DP=149;FAO=76;FDP=148;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00167202;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.547;QD=21.5255;RBI=0.00761456;REFB=0.0013768;REVB=0.00742872;RO=73;SAF=34;SAR=42;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532417;STB=0.525744;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00161124;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:73:72:76:76:0.513514:42:34:37:36:42:34:36:36 chr6 123066585 . G A 594.55 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00155247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3867;QD=22.2261;RBI=0.00784849;REFB=-0.0335355;REVB=0.00769342;RO=47;SAF=22;SAR=37;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115226;STB=0.568463;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0274923;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:48:59:59:0.551402:37:22:24:23:37:22:25:23 chr6 123101544 . C T 639.5 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00624721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.089;QD=23.6853;RBI=0.0209376;REFB=-0.0278512;REVB=-0.0199839;RO=44;SAF=24;SAR=38;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00058802;STB=0.501886;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0180232;OID=.;OPOS=123101544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:44:46:62:62:0.574074:38:24:17:27:38:24:18:28 chr6 123101647 . A G 1098.82 PASS AF=1;AO=23;DP=78;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.369;QD=61.0456;RBI=0.169918;REFB=0;REVB=0.164243;RO=17;SAF=22;SAR=1;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.796333;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007902;OID=.;OPOS=123101647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:72:17:0:23:72:1:1:22:0:17:29:43:0:0 chr6 123594510 . T TA 3585.99 PASS AF=1;AO=335;DP=500;FAO=429;FDP=429;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=304;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159303;FXX=0.00694428;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.879;QD=33.4358;RBI=0.161937;REFB=0.00539155;REVB=0.0290896;RO=158;SAF=98;SAR=237;SRF=69;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995459;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00377812;OID=.;OPOS=123594511;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:335:500:429:429:0:125:304:0:0:54:158:98:237:69:89 chr6 123658825 . G T 8640.84 PASS AF=1;AO=540;DP=545;FAO=541;FDP=541;FR=.;FRO=0;FSAF=245;FSAR=296;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021585;FXX=0.00733931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5077;QD=63.8879;RBI=0.023787;REFB=-0.0128387;REVB=-0.00999542;RO=1;SAF=244;SAR=296;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00195307;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55059e-07;OID=.;OPOS=123658825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:545:541:1:0:540:541:1:296:244:1:0:296:245:0:0 chr6 123687288 . A C,T 3276.47 PASS AF=0.931034,0.0258621;AO=211,10;DP=232;FAO=216,6;FDP=232;FR=.;FRO=10;FSAF=107,1;FSAR=109,5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.037531,0.0291916;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=132.198,12.3681;QD=56.4909;RBI=0.0382351,0.0530148;REFB=-0.0201994,0.0256595;REVB=0.00730408,-0.044254;RO=1;SAF=107,1;SAR=104,9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00443163,-0.290714;STB=0.50422,0.693701;STBP=0.619,0.28;TYPE=snp,snp;VARB=0.00275707,0.182523;OID=.,.;OPOS=123687288,123687288;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:232:232:1:10:211,10:216,6:0.931034,0.0258621:104,9:107,1:1:0:109,5:107,1:4:6 chr6 123702499 . G A 2281.28 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00724584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144;QD=60.0337;RBI=0.0241416;REFB=0.00276955;REVB=-0.0230285;RO=1;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605931;STB=0.503184;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-5.12055e-05;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:150:151:0.993421:78:72:0:1:78:73:0:1 chr6 123758492 . C T 807.11 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.1;QD=56.6395;RBI=0.0114206;REFB=0;REVB=0.0102709;RO=0;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02605e-05;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:57:57:1:16:41:0:0:16:41:0:0 chr6 123758515 . T C 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=0.024011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.059;QD=13.3415;RBI=0.0452507;REFB=-0.00851069;REVB=-0.0383549;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232101;STB=0.631469;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.018387;OID=.;OPOS=123758515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:8:13:26:6:8:13:26:6 chr6 123833457 . G C 2746.47 PASS AF=1;AO=175;DP=182;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171386;FXX=0.0329652;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.358;QD=62.4199;RBI=0.0241211;REFB=0.0263174;REVB=0.0169734;RO=1;SAF=100;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630456;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698247;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:182:176:1:0:175:176:1:75:100:0:1:75:101:0:0 chr6 124603378 . A G 582.09 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00382311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.719;QD=19.0849;RBI=0.00904918;REFB=-0.0256385;REVB=0.00820192;RO=62;SAF=22;SAR=38;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126748;STB=0.570191;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0227846;OID=.;OPOS=124603378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:38:22:31:31:38:22:31:31 chr6 124603390 . A G 1736.09 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0201991;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.1512;QD=58.8507;RBI=0.0213104;REFB=-0.16782;REVB=0.00679175;RO=2;SAF=54;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172617;STB=0.509089;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00197743;OID=.;OPOS=124603390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:118:2:2:116:116:0.983051:62:54:2:0:62:54:2:0 chr6 124759053 . C T 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.000162662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.157;QD=7.7595;RBI=0.13924;REFB=-0.0121701;REVB=-0.13924;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177981;STB=0.631171;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0248841;OID=.;OPOS=124759053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:19:12:13:6:6:0.315789:3:3:4:8:3:3:4:9 chr6 125284457 . T C 3617.59 PASS AF=1;AO=229;DP=231;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129437;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.533;QD=63.1893;RBI=0.0290404;REFB=0;REVB=0.0259963;RO=0;SAF=144;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46313e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83259e-06;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:229:0:0:229:229:1:85:144:0:0:85:144:0:0 chr6 125573194 . A G 674.55 PASS AF=0.485507;AO=68;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.000107825;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.268;QD=19.552;RBI=0.00171768;REFB=-0.0171125;REVB=0.0017143;RO=68;SAF=38;SAR=30;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135472;STB=0.520832;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0179467;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:68:71:68:67:0.485507:30:38:39:29:31:36:41:30 chr6 126210395 . T G 42.24 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0587992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2288;QD=24.1347;RBI=0.126677;REFB=0.0520853;REVB=0.112204;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413629;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00598793;OID=.;OPOS=126210395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:7:2:1:5:6:0.857143:1:4:0:2:2:4:0:1 chr6 126250396 . TTT AAA,TAA 129.07 PASS AF=0.0434783,0.608696;AO=3,4;DP=17;FAO=1,14;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=0,6;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0337256,-0.0404285;FXX=0;HRUN=13,13;LEN=3,2;MLLD=29.8194,28.9657;QD=22.4469;RBI=0.0365414,0.050786;REFB=0.0334598,0.0552609;REVB=0.0140663,0.0307368;RO=0;SAF=1,2;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.666464;STBP=1,0.098;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0736971,-0.0173108;OID=.,.;OPOS=126250396,126250397;OREF=TTT,TT;OALT=AAA,AA;OMAPALT=AAA,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:17:23:0:8:3,4:1,14:0.0434783,0.608696:2,2:1,2:0:0:1,8:0,6:0:8 chr6 126278230 . G C 6214.92 PASS AF=1;AO=399;DP=401;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=223;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025959;FXX=0.00748111;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8026;QD=62.4615;RBI=0.0436872;REFB=-0.0441717;REVB=-0.0351383;RO=0;SAF=223;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06057e-05;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:401:398:0:0:399:398:1:176:223:0:0:175:223:0:0 chr6 127476516 . G A 939.41 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0816673;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6546;QD=58.7132;RBI=0.0864652;REFB=0;REVB=0.0284023;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264362;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:44:20:0:0:44:20:0:0 chr6 127609691 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.559;QD=51.9165;RBI=0.00972606;REFB=0;REVB=0.000559363;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105512;OID=.;OPOS=127609691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:18:3:0:0:18:3:0:0 chr6 127768472 . G A 372.93 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00701801;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.657;QD=19.8895;RBI=0.00713773;REFB=0.00141633;REVB=-0.0013018;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107435;STB=0.572395;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00287842;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:39:37:38:38:0.506667:22:16:21:18:22:16:21:16 chr6 127768762 . G A 384.82 PASS AF=0.435644;AO=43;DP=106;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00183047;FXX=0.0648088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.459;QD=15.2404;RBI=0.0201441;REFB=-0.0154978;REVB=-0.0200608;RO=51;SAF=27;SAR=16;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246607;STB=0.627569;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0127527;OID=.;OPOS=127768762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:101:51:57:43:44:0.435644:16:27:19:32:17:27:22:35 chr6 127771452 . T G 352.69 PASS AF=0.520548;AO=35;DP=70;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00273218;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.355;QD=19.3254;RBI=0.0486844;REFB=-0.0268133;REVB=0.0486077;RO=35;SAF=11;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19104;STB=0.572241;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0423484;OID=.;OPOS=127771452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:35:35:35:38:0.520548:24:11:18:17:24:14:18:17 chr6 127797341 . C T 879.85 PASS AF=0.448113;AO=95;DP=212;FAO=95;FDP=212;FR=.;FRO=117;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=0.0136186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.866;QD=16.6009;RBI=0.0177497;REFB=-0.0165642;REVB=0.0113837;RO=117;SAF=35;SAR=60;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113625;STB=0.563163;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0211012;OID=.;OPOS=127797341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:117:117:95:95:0.448113:60:35:56:61:60:35:56:61 chr6 128388799 . G T 949.68 PASS AF=0.412879;AO=109;DP=264;FAO=109;FDP=264;FR=.;FRO=155;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=44;FSRR=111;FWDB=0.0152102;FXX=0.00377344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=74.4754;QD=14.3891;RBI=0.0170415;REFB=-0.0335115;REVB=-0.00768522;RO=129;SAF=54;SAR=55;SRF=42;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167212;STB=0.624474;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0349244;OID=.;OPOS=128388799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:129:155:109:109:0.412879:55:54:42:87:55:54:44:111 chr6 128403745 . A G 2876.89 PASS AF=0.974359;AO=180;DP=188;FAO=190;FDP=195;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=126;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0841869;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.1032;QD=59.0131;RBI=0.0891831;REFB=-0.194213;REVB=-0.029431;RO=8;SAF=58;SAR=122;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612676;STB=0.518795;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00865553;OID=.;OPOS=128403745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:188:195:8:5:180:190:0.974359:122:58:8:0:126:64:5:0 chr6 129381026 . C A 1466.23 PASS AF=0.962264;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00482901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.556;QD=55.3295;RBI=0.019732;REFB=-0.00322633;REVB=0.019132;RO=4;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344662;STB=0.518178;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=4.87346e-05;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:106:4:4:102:102:0.962264:53:49:0:4:53:49:0:4 chr6 129571330 . G A 533.49 PASS AF=0.42963;AO=57;DP=134;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00551595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.074;QD=15.807;RBI=0.0478026;REFB=-0.0065611;REVB=0.0474833;RO=77;SAF=30;SAR=27;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203494;STB=0.506133;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0103476;OID=.;OPOS=129571330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:77:77:57:58:0.42963:27:30:39:38:28:30:39:38 chr6 129612808 . A G 1843.49 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00440807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.397;QD=60.4423;RBI=0.00751318;REFB=-0.113534;REVB=0.00608415;RO=1;SAF=60;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785179;STB=0.504132;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000186432;OID=.;OPOS=129612808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:61:60:1:0:61:60:1:0 chr6 129635800 . G A 803.29 PASS AF=0.479769;AO=83;DP=173;FAO=83;FDP=173;FR=.;FRO=90;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0134599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1541;QD=18.5731;RBI=0.0514794;REFB=-0.00860996;REVB=-0.0496886;RO=89;SAF=46;SAR=37;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563553;STB=0.534127;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00893931;OID=.;OPOS=129635800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:89:90:83:83:0.479769:37:46:44:45:37:46:44:46 chr6 129722389 . A G 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.878;QD=59.8935;RBI=0.0374504;REFB=-0.057391;REVB=0.0247183;RO=1;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996796;STB=0.505262;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000329849;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:47:33:0:1:47:33:0:1 chr6 129722425 . G A 1473.75 PASS AF=0.979381;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.034699;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1267;QD=60.773;RBI=0.064463;REFB=-0.0565124;REVB=0.0543274;RO=2;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178841;STB=0.509257;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00224511;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:97:2:2:93:95:0.979381:52:41:0:2:53:42:0:2 chr6 129762112 . G A 772.17 PASS AF=0.468208;AO=79;DP=171;FAO=81;FDP=173;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.00569954;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.002;QD=17.8536;RBI=0.00710277;REFB=0.000638092;REVB=-0.00423847;RO=91;SAF=30;SAR=49;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161839;STB=0.510891;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-5.16165e-05;OID=.;OPOS=129762112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:91:92:79:81:0.468208:49:30:36:55:50:31:37:55 chr6 129807629 . C T 321.8 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00413241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.754;QD=13.9914;RBI=0.0479739;REFB=-0.00242576;REVB=-0.0477956;RO=54;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508574;STB=0.526301;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00344586;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:56:36:36:0.391304:21:15:20:34:21:15:21:35 chr6 129807699 . G C 346.06 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0407767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.786;QD=14.4192;RBI=0.0412685;REFB=0.00629577;REVB=-0.00635208;RO=58;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108636;STB=0.50617;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00723269;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:22:16:25:33:22:16:25:33 chr6 129807714 . G A 634.94 PASS AF=0.608696;AO=56;DP=92;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0105804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7943;QD=27.606;RBI=0.0254355;REFB=-0.0115983;REVB=-0.0231305;RO=36;SAF=24;SAR=32;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116206;STB=0.506327;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00702869;OID=.;OPOS=129807714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:36:36:56:56:0.608696:32:24:16:20:32:24:16:20 chr6 129814566 . G A 553.11 PASS AF=0.310345;AO=72;DP=232;FAO=72;FDP=232;FR=.;FRO=160;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=72;FSRR=88;FWDB=-0.0190937;FXX=0.00854664;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.857;QD=9.53632;RBI=0.0249227;REFB=-0.00731692;REVB=-0.0160179;RO=159;SAF=32;SAR=40;SRF=71;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00252414;STB=0.503875;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0150497;OID=.;OPOS=129814566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:159:160:72:72:0.310345:40:32:71:88:40:32:72:88 chr6 129927014 . A G 779.6 PASS AF=0.43;AO=86;DP=201;FAO=86;FDP=200;FR=.;FRO=114;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=-0.00363548;FXX=0.0099005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.032;QD=15.592;RBI=0.00643732;REFB=-0.00474318;REVB=-0.00531248;RO=113;SAF=40;SAR=46;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401139;STB=0.519921;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00810103;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:113:114:86:86:0.43:46:40:57:56:46:40:57:57 chr6 130031215 . T C 4517.45 PASS AF=1;AO=282;DP=282;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9441;QD=63.4028;RBI=0.0838098;REFB=0;REVB=0.0793666;RO=0;SAF=143;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5794e-05;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:282:285:0:0:282:285:1:139:143:0:0:142:143:0:0 chr6 130374102 . C A 1285.36 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255545;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5636;QD=61.9452;RBI=0.101158;REFB=0;REVB=-0.0978766;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000720174;OID=.;OPOS=130374102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:55:27:0:0:55:28:0:0 chr6 130381246 . T C 2405.56 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108718;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.662;QD=61.2881;RBI=0.0113163;REFB=0;REVB=0.00314061;RO=0;SAF=72;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100605;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:155:157:1:83:72:0:0:83:74:0:0 chr6 130537005 . G A 455.56 PASS AF=0.390977;AO=51;DP=134;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.00200302;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.7;QD=13.7009;RBI=0.0116103;REFB=-0.00493715;REVB=-0.0114362;RO=82;SAF=25;SAR=26;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082411;STB=0.55637;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00663802;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:82:81:51:52:0.390977:26:25:34:48:26:26:33:48 chr6 130763610 . AT A,TA 160.2 PASS AF=0.672727,0;AO=24,2;DP=56;FAO=37,0;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=23,0;FSAR=14,0;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.103888,-0.0635208;FXX=0.017854;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=8.59639,19.4508;QD=11.651;RBI=0.265849,0.125521;REFB=-0.147603,-0.0507336;REVB=0.24471,0.108261;RO=23;SAF=15,0;SAR=9,2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.204803,-0.450372;STB=0.559805,0.5;STBP=0.208,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.113995,0;OID=.,.;OPOS=130763611,130763610;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:56:55:23:18:24,2:37,0:0.672727,0:9,2:15,0:9:14:14,0:23,0:8:10 chr6 131160876 . G T 1961.07 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.782;QD=61.7661;RBI=0.047197;REFB=0;REVB=0.0445677;RO=0;SAF=76;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31803e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:125:127:1:49:76:0:0:50:77:0:0 chr6 131161504 . T C 178.94 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0320556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.742;QD=22.368;RBI=0.0325984;REFB=-0.0174895;REVB=0.00592386;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602254;STB=0.548455;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0121363;OID=.;OPOS=131161504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:11:6:4:10:11:7:4:10 chr6 131184770 . T G 187.65 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0231166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.883;QD=12.7221;RBI=0.023649;REFB=-0.00813269;REVB=-0.00499002;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987513;STB=0.556819;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0152265;OID=.;OPOS=131184770;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:10:13:17:19:10:13:17:19 chr6 131995313 . A G 3973.57 PASS AF=1;AO=245;DP=245;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.53;QD=64.0899;RBI=0.00993978;REFB=0;REVB=0.00570678;RO=0;SAF=123;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28878e-06;OID=.;OPOS=131995313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:248:0:0:245:248:1:122:123:0:0:124:124:0:0 chr6 132022419 . G A 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185544;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.236;QD=53.9638;RBI=0.0203063;REFB=0;REVB=0.00825087;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26754e-05;OID=.;OPOS=132022419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr6 132030966 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.455;QD=42.1808;RBI=0.0684577;REFB=0;REVB=0.0226225;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698407;OID=.;OPOS=132030966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 132212742 . A C 1881.53 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062229;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.347;QD=61.6897;RBI=0.0157321;REFB=0;REVB=-0.014449;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09616e-05;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:58:64:0:0:58:64:0:0 chr6 132212808 . C T 1434.15 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0784;QD=63.0394;RBI=0.0252575;REFB=0;REVB=0.0125908;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51489e-05;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr6 132271952 . G C 8198.65 PASS AF=0.992453;AO=520;DP=527;FAO=526;FDP=530;FR=.;FRO=4;FSAF=269;FSAR=257;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0332602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.94;QD=61.8766;RBI=0.0442578;REFB=-0.0905392;REVB=0.0291978;RO=6;SAF=265;SAR=255;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00384019;STB=0.500086;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000708356;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:527:530:6:4:520:526:0.992453:255:265:2:4:257:269:2:2 chr6 132271959 . T G 8047.03 PASS AF=1;AO=511;DP=516;FAO=511;FDP=511;FR=.;FRO=0;FSAF=262;FSAR=249;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562011;FXX=0.015414;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6555;QD=62.9904;RBI=0.0576636;REFB=-0.130656;REVB=0.0129049;RO=0;SAF=262;SAR=249;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486459;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:516:511:0:0:511:511:1:249:262:0:0:249:262:0:0 chr6 132271980 . T G 7802.04 PASS AF=1;AO=369;DP=490;FAO=492;FDP=492;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=233;FSAR=259;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380292;FXX=0.0040485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4414;QD=63.4312;RBI=0.0658169;REFB=0;REVB=0.0537182;RO=0;SAF=210;SAR=159;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382051;OID=.;OPOS=132271980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:490:492:0:0:369:492:1:159:210:0:0:259:233:0:0 chr6 132791117 . C T 240.36 PASS AF=0.297297;AO=32;DP=110;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00715204;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.918;QD=8.6617;RBI=0.0190615;REFB=-0.0135138;REVB=-0.0176688;RO=78;SAF=15;SAR=17;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375431;STB=0.510643;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0306924;OID=.;OPOS=132791117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:78:78:32:33:0.297297:17:15:39:39:17:16:39:39 chr6 132859609 . T A 4088.93 PASS AF=1;AO=260;DP=260;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.853;QD=62.4264;RBI=0.0559174;REFB=0;REVB=0.0452853;RO=0;SAF=112;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31864e-05;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:260:262:0:0:260:262:1:148:112:0:0:149:113:0:0 chr6 132938842 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000208776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2411;QD=58.5875;RBI=0.0134251;REFB=0;REVB=0.0134234;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101663;OID=.;OPOS=132938842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr6 133015227 . C T 1502.69 PASS AF=0.498361;AO=152;DP=305;FAO=152;FDP=305;FR=.;FRO=153;FSAF=57;FSAR=95;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=-0.0349872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.865;QD=19.7074;RBI=0.0385132;REFB=-0.0139256;REVB=-0.0160986;RO=153;SAF=57;SAR=95;SRF=71;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847704;STB=0.546535;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0158379;OID=.;OPOS=133015227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:153:153:152:152:0.498361:95:57:71:82:95:57:71:82 chr6 133070995 . G T 2587.82 PASS AF=1;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200507;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.819;QD=61.9836;RBI=0.020051;REFB=0;REVB=-0.000106912;RO=0;SAF=76;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122391;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:167:0:0:167:167:1:91:76:0:0:91:76:0:0 chr6 133594108 . A G 31.33 PASS AF=0.06;AO=15;DP=250;FAO=15;FDP=250;FR=.;FRO=235;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=73;FSRR=162;FWDB=-0.0088007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2602;QD=0.501296;RBI=0.0319851;REFB=-0.000865235;REVB=-0.0307506;RO=234;SAF=9;SAR=6;SRF=72;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308593;STB=0.754212;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0157713;OID=.;OPOS=133594108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:250:250:234:235:15:15:0.06:6:9:72:162:6:9:73:162 chr6 133594112 . T C 31.64 PASS AF=0.0604839;AO=15;DP=248;FAO=15;FDP=248;FR=.;FRO=233;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=73;FSRR=160;FWDB=0.0224888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.379;QD=0.510251;RBI=0.0235251;REFB=-6.50249e-06;REVB=-0.0069051;RO=213;SAF=9;SAR=6;SRF=73;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275795;STB=0.751987;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00112973;OID=.;OPOS=133594112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:248:248:213:233:15:15:0.0604839:6:9:73:140:6:9:73:160 chr6 133789728 . G A 245.46 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0229538;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.123;QD=13.2683;RBI=0.0261338;REFB=-0.020616;REVB=-0.0124939;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182041;STB=0.503729;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0259629;OID=.;OPOS=133789728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:44:45:29:29:0.391892:15:14:22:22:15:14:22:23 chr6 133849966 . C T 609.01 PASS AF=0.43038;AO=68;DP=158;FAO=68;FDP=158;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.00471623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.443;QD=15.4179;RBI=0.0249592;REFB=-0.00587107;REVB=-0.0245095;RO=90;SAF=27;SAR=41;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09549;STB=0.553406;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00917765;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:90:90:68:68:0.43038:41:27:44:46:41:27:44:46 chr6 133850246 . AC A 428.6 PASS AF=0.512397;AO=60;DP=120;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0445172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.1481;QD=14.1686;RBI=0.0514109;REFB=-0.00658746;REVB=0.0257157;RO=58;SAF=33;SAR=27;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=0.136171;STB=0.584698;STBP=0.064;TYPE=del;VARB=0.00777134;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512397:60:120:62:121:59:35:27:23:36:99:58:33:27:23:35 chr6 133850668 . ACA AAA,AC,TAA 97.27 PASS AF=0.193548,0.677419,0.129032;AO=4,5,2;DP=28;FAO=6,21,4;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,0;FSAR=6,19,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046624,0.837804,0.0518248;FXX=0.0605877;HRUN=1,11,8;LEN=1,1,2;MLLD=130.457,3.73797,61.5709;QD=12.5514;RBI=0.0507934,0.998799,0.0646897;REFB=0.00805076,-0.0496298,-0.00842427;REVB=0.0201536,-0.543768,0.0387163;RO=6;SAF=0,0,0;SAR=4,5,2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.65814,-0.694502,-0.524163;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.108084,0.523468,-0.048928;OID=.,.,.;OPOS=133850669,133850670,133850668;OREF=C,A,AC;OALT=A,-,TA;OMAPALT=AAA,AC,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:28:31:6:0:4,5,2:6,21,4:0.193548,0.677419,0.129032:4,5,2:0,0,0:1:5:6,19,4:0,2,0:0:0 chr6 133852127 . A T 259.9 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0715385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8533;QD=16.7675;RBI=0.0724569;REFB=-0.0220364;REVB=0.0114997;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111728;STB=0.5626;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0215549;OID=.;OPOS=133852127;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:16:13:11:22:16:13:11:22 chr6 134311339 . T A 1258.46 PASS AF=0.453287;AO=131;DP=289;FAO=131;FDP=289;FR=.;FRO=158;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=67;FSRR=91;FWDB=0.00597714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0538;QD=17.4181;RBI=0.0128315;REFB=-0.0194038;REVB=0.0113543;RO=158;SAF=58;SAR=73;SRF=67;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187708;STB=0.510381;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0248346;OID=.;OPOS=134311339;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:158:158:131:131:0.453287:73:58:67:91:73:58:67:91 chr6 134582981 . ATTTTTTG ATTTTTG,ATTTTTGG,TTTGGTTT 40.11 PASS AF=0.309524,0,0;AO=13,4,2;DP=49;FAO=13,0,0;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0772544,0.111844,0.0202217;FXX=0.10636;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,8;MLLD=9.34698,14.7836,138.114;QD=3.82014;RBI=0.115506,0.117509,0.0227384;REFB=-0.0697534,-0.0850441,-0.00508552;REVB=-0.0858685,-0.0360459,-0.0103979;RO=22;SAF=2,3,2;SAR=11,1,0;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.309356,0.420767,0.563482;STB=0.606587,0.5,0.5;STBP=0.371,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0865769,0,0;OID=.,.,.;OPOS=134582982,134582987,134582981;OREF=T,T,ATTTTTTG;OALT=-,G,TTTGGTTT;OMAPALT=ATTTTTG,ATTTTTGG,TTTGGTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:49:42:22:29:13,4,2:13,0,0:0.309524,0,0:11,1,0:2,3,2:8:14:7,0,0:6,0,0:9:20 chr6 135286230 . T C 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0257911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.084;QD=10.1679;RBI=0.026594;REFB=-0.0148016;REVB=0.00648535;RO=38;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272554;STB=0.660845;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0323609;OID=.;OPOS=135286230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:13:6:21:17:13:6:21:17 chr6 135287533 . A G 599.4 PASS AF=0.466165;AO=61;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00671;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.616;QD=18.0269;RBI=0.00827655;REFB=-0.00784676;REVB=-0.00484532;RO=71;SAF=25;SAR=36;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1088;STB=0.554777;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00920637;OID=.;OPOS=135287533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:71:61:62:0.466165:36:25:37:34:36:26:37:34 chr6 135358567 . T G 638.76 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.63;QD=59.4191;RBI=0.0397798;REFB=-0.0888226;REVB=0.0356872;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000571114;OID=.;OPOS=135358567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:26:16:0:1:26:16:0:1 chr6 135358916 . G A 526.5 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0467079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0359;QD=19.1455;RBI=0.0574058;REFB=-0.00309677;REVB=0.0333737;RO=55;SAF=26;SAR=29;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328241;OID=.;OPOS=135358916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:29:26:26:29:29:26:26:29 chr6 135375762 . G A 1051.09 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00220315;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.046;QD=58.3937;RBI=0.0065214;REFB=-0.00402315;REVB=-0.00613798;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116725;STB=0.506171;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=5.21744e-05;OID=.;OPOS=135375762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:72:1:1:69:71:0.986111:40:29:0:1:40:31:0:1 chr6 135523774 . A G 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0017643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.752;QD=17.331;RBI=0.0018777;REFB=-0.010969;REVB=0.000642654;RO=50;SAF=19;SAR=22;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152721;STB=0.585377;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0153518;OID=.;OPOS=135523774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:22:19:31:19:22:19:31:19 chr6 135539911 . ATTTTTTTT ATTTTTTT,ATTTTTTTC 310.86 PASS AF=0.924731,0.0752688;AO=28,10;DP=101;FAO=86,7;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51,3;FSAR=35,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.489227,0.253184;FXX=0.0882266;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=5.0992,16.9133;QD=13.3703;RBI=0.50732,0.25537;REFB=0.041118,0.0157932;REVB=0.134279,0.0333409;RO=36;SAF=8,6;SAR=20,4;SRF=30;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.509869,-0.337116;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0233358,-0.0546474;OID=.,.;OPOS=135539912,135539919;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.924731,0.0752688:28,10:101:86,7:93:0:51,3:35,4:0:0:10:36:8,6:20,4:30:6 chr6 135813322 . G GA 77.52 PASS AF=0.340909;AO=28;DP=87;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=52;FSRR=6;FWDB=-0.0150597;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.418;QD=3.52347;RBI=0.0637961;REFB=-0.00287297;REVB=-0.0619931;RO=55;SAF=13;SAR=15;SRF=50;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509634;STB=0.826507;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.12315;OID=.;OPOS=135813323;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909:28:87:30:88:58:10:20:52:6:77:55:13:15:50:5 chr6 136359280 . C CG 362.18 PASS AF=0.452107;AO=107;DP=268;FAO=118;FDP=261;FR=.;FRO=143;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=72;FSRR=71;FWDB=-0.0985913;FXX=0.00760427;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.31352;QD=5.55064;RBI=0.0985987;REFB=-0.011259;REVB=-0.00120616;RO=141;SAF=62;SAR=45;SRF=74;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566342;STB=0.535537;STBP=0.317;TYPE=ins;VARB=-0.0262186;OID=.;OPOS=136359281;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452107:107:268:118:261:143:67:51:72:71:99:141:62:45:74:67 chr6 136359323 . T TAGC 279.46 PASS AF=0.274648;AO=35;DP=208;FAO=39;FDP=142;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=-0.0390741;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=3;MLLD=206.523;QD=7.87215;RBI=0.0394327;REFB=-0.0383087;REVB=0.00530606;RO=169;SAF=17;SAR=18;SRF=83;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00696113;STB=0.600808;STBP=0.171;TYPE=ins;VARB=0.0852047;OID=.;OPOS=136359324;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.274648:35:208:39:142:103:18:21:62:41:99:169:17:18:83:86 chr6 136359446 . A C 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0198192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.217;QD=14.8063;RBI=0.0199179;REFB=-0.0280226;REVB=-0.00197998;RO=52;SAF=16;SAR=20;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381455;STB=0.521616;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0399163;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:20:16:25:27:20:16:25:27 chr6 136513481 . TA AT,T 71.95 PASS AF=0.0277778,0.472222;AO=2,17;DP=37;FAO=1,17;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=0,9;FSAR=1,8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0652408,0.0401263;FXX=0.0270197;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=23.9998,10.1707;QD=7.99496;RBI=0.078539,0.0466211;REFB=-0.0230923,-0.0803437;REVB=-0.0437265,0.0237362;RO=17;SAF=0,10;SAR=2,7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.540081,0.0527849;STB=0.990673,0.513498;STBP=0.274,0.902;TYPE=mnp,del;VARB=0.0388508,0.120473;OID=.,.;OPOS=136513481,136513482;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:37:36:17:18:2,17:1,17:0.0277778,0.472222:2,7:0,10:9:8:1,8:0,9:10:8 chr6 136516257 . T C 586.25 PASS AF=0.449275;AO=50;DP=138;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.010335;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.591;QD=16.9927;RBI=0.0106651;REFB=-0.00744681;REVB=0.00263258;RO=66;SAF=17;SAR=33;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430955;STB=0.513978;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0124543;OID=.;OPOS=136516257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:66:76:50:62:0.449275:33:17:25:41:36:26:30:46 chr6 136554628 . G A 185.78 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00887241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.462;QD=19.0539;RBI=0.0171168;REFB=-0.00142273;REVB=0.0146378;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252995;STB=0.643282;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00279526;OID=.;OPOS=136554628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:13:7:12:7:13:7 chr6 136582417 . G A 184.17 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.012251;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.092;QD=8.00755;RBI=0.0123184;REFB=-0.010658;REVB=-0.00128633;RO=66;SAF=12;SAR=13;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791561;STB=0.55243;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0292756;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:66:67:25:25:0.271739:13:12:36:30:13:12:37:30 chr6 136582497 . G T 495.03 PASS AF=0.252595;AO=73;DP=289;FAO=73;FDP=289;FR=.;FRO=216;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=113;FSRR=103;FWDB=-0.00046191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.487;QD=6.85166;RBI=0.0282238;REFB=-0.00262612;REVB=-0.02822;RO=210;SAF=40;SAR=33;SRF=108;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422386;STB=0.518633;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00804587;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:210:216:73:73:0.252595:33:40:108:102:33:40:113:103 chr6 136590613 . T C 32.78 PASS AF=0.0705882;AO=12;DP=171;FAO=12;FDP=170;FR=.;FRO=158;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=94;FSRR=64;FWDB=0.0226849;FXX=0.00584761;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.214;QD=0.771379;RBI=0.0231658;REFB=0.00177233;REVB=-0.00469591;RO=157;SAF=8;SAR=4;SRF=94;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784602;STB=0.571306;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0351159;OID=.;OPOS=136590613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:171:170:157:158:12:12:0.0705882:4:8:94:63:4:8:94:64 chr6 136590640 . A C 77.54 PASS AF=0.103448;AO=20;DP=202;FAO=21;FDP=203;FR=.;FRO=182;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=98;FSRR=84;FWDB=0.00815072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.072;QD=1.52782;RBI=0.0370481;REFB=-0.000971374;REVB=-0.0361404;RO=179;SAF=10;SAR=10;SRF=97;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505743;STB=0.51317;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00858906;OID=.;OPOS=136590640;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:202:203:179:182:20:21:0.103448:10:10:97:82:10:11:98:84 chr6 136590698 . C T 51.73 PASS AF=0.0883978;AO=15;DP=181;FAO=16;FDP=181;FR=.;FRO=165;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=67;FSRR=98;FWDB=0.00231083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.156;QD=1.14318;RBI=0.101443;REFB=-0.0166343;REVB=-0.101416;RO=165;SAF=6;SAR=9;SRF=67;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721124;STB=0.529292;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0755814;OID=.;OPOS=136590698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:181:181:165:165:15:16:0.0883978:9:6:67:98:9:7:67:98 chr6 136590712 . C T 49.64 PASS AF=0.0887574;AO=15;DP=168;FAO=15;FDP=169;FR=.;FRO=154;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=93;FWDB=-0.016401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.087;QD=1.1748;RBI=0.0274234;REFB=-0.00124729;REVB=-0.0219784;RO=153;SAF=7;SAR=8;SRF=61;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808973;STB=0.565063;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0114223;OID=.;OPOS=136590712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:168:169:153:154:15:15:0.0887574:8:7:61:92:8:7:61:93 chr6 136597004 . A G 111.12 PASS AF=0.134409;AO=25;DP=186;FAO=25;FDP=186;FR=.;FRO=161;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=65;FSRR=96;FWDB=-0.00429286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.655;QD=2.38957;RBI=0.0216079;REFB=-0.0043277;REVB=0.0211771;RO=151;SAF=8;SAR=17;SRF=64;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139684;STB=0.57849;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0317321;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:151:161:25:25:0.134409:17:8:64:87:17:8:65:96 chr6 136597262 . T C 370.28 PASS AF=0.30303;AO=50;DP=167;FAO=50;FDP=165;FR=.;FRO=115;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=0.0113247;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.093;QD=8.97639;RBI=0.0124642;REFB=-0.0159893;REVB=-0.00520644;RO=116;SAF=23;SAR=27;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078795;STB=0.542992;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0190835;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:116:115:50:50:0.30303:27:23:61:55:27:23:60:55 chr6 136597281 . A T 262.79 PASS AF=0.266187;AO=37;DP=139;FAO=37;FDP=139;FR=.;FRO=102;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.00147532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.868;QD=7.56228;RBI=0.0278477;REFB=0.000851035;REVB=-0.0278086;RO=102;SAF=18;SAR=19;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407355;STB=0.524278;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00215867;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:102:102:37:37:0.266187:19:18:53:49:19:18:53:49 chr6 136597288 . A C 208.09 PASS AF=0.252033;AO=31;DP=126;FAO=31;FDP=123;FR=.;FRO=92;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0222309;FXX=0.0238076;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.358;QD=6.7672;RBI=0.0224531;REFB=-0.00247593;REVB=0.00315073;RO=92;SAF=15;SAR=16;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200009;STB=0.512059;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0316894;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:92:92:31:31:0.252033:16:15:46:46:16:15:46:46 chr6 136599393 . G C 234.42 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0192732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.181;QD=13.0232;RBI=0.0221726;REFB=-0.00698064;REVB=-0.010962;RO=44;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677358;STB=0.538827;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00885202;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:17:11:20:24:17:11:20:24 chr6 136599404 . T C 337.87 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.025898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.951;QD=17.5519;RBI=0.0333343;REFB=-0.0197696;REVB=0.0209874;RO=41;SAF=12;SAR=24;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178084;STB=0.599943;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0204696;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:24:12:21:20:24:12:21:20 chr6 136599822 . C G 210.88 PASS AF=0.218543;AO=33;DP=151;FAO=33;FDP=151;FR=.;FRO=118;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=-0.00534317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.362;QD=5.58627;RBI=0.00786607;REFB=-0.00927022;REVB=0.00577284;RO=118;SAF=19;SAR=14;SRF=60;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858281;STB=0.552918;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0344083;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:118:118:33:33:0.218543:14:19:60:58:14:19:60:58 chr6 136599836 . G A 193.43 PASS AF=0.206667;AO=32;DP=151;FAO=31;FDP=150;FR=.;FRO=119;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=-0.0532089;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.176;QD=5.15801;RBI=0.0659725;REFB=-0.0134605;REVB=-0.0390024;RO=115;SAF=17;SAR=15;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451399;STB=0.541747;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0498723;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:115:119:32:31:0.206667:15:17:57:58:14:17:59:60 chr6 136599842 . G A 177.49 PASS AF=0.210145;AO=29;DP=138;FAO=29;FDP=138;FR=.;FRO=109;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=-0.0745135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7098;QD=5.14476;RBI=0.0771521;REFB=-0.00615443;REVB=-0.0200044;RO=109;SAF=18;SAR=11;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160442;STB=0.59993;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0371063;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:109:109:29:29:0.210145:11:18:54:55:11:18:54:55 chr6 136682172 . G A 2985.51 PASS AF=1;AO=188;DP=190;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409248;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7413;QD=63.5216;RBI=0.0888662;REFB=0;REVB=0.0788819;RO=0;SAF=116;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0644e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101471;OID=.;OPOS=136682172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:188:0:0:188:188:1:72:116:0:0:72:116:0:0 chr6 136934321 . T C 620.81 PASS AF=0.436709;AO=68;DP=158;FAO=69;FDP=158;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=53;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=0.0290038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.5597;QD=15.7166;RBI=0.0345192;REFB=-0.00889499;REVB=0.0187177;RO=89;SAF=15;SAR=53;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217842;STB=0.612196;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0121864;OID=.;OPOS=136934321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:89:89:68:69:0.436709:53:15:35:54:53:16:35:54 chr6 136944063 . A G 871.46 PASS AF=0.534161;AO=85;DP=159;FAO=86;FDP=161;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0216172;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.149;QD=21.6511;RBI=0.0222287;REFB=-0.00988243;REVB=0.00517817;RO=74;SAF=38;SAR=47;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337669;STB=0.517931;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00757205;OID=.;OPOS=136944063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:74:75:85:86:0.534161:47:38:36:38:48:38:36:39 chr6 136977382 . A G 260.78 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0164948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.359;QD=11.9897;RBI=0.0522728;REFB=-0.0185564;REVB=0.0496021;RO=54;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225375;STB=0.629056;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0225548;OID=.;OPOS=136977382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:54:56:31:31:0.356322:12:19:22:32:12:19:23:33 chr6 137325847 . C T 1445.85 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238134;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3433;QD=63.5537;RBI=0.0428167;REFB=0;REVB=0.0355836;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312375;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:54:37:0:0:54:37:0:0 chr6 137815503 . T C 518.14 PASS AF=0.431818;AO=55;DP=131;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0165399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.083;QD=15.7011;RBI=0.016727;REFB=-0.00419009;REVB=0.00249488;RO=75;SAF=25;SAR=30;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569372;STB=0.532316;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00547008;OID=.;OPOS=137815503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:75:75:55:57:0.431818:30:25:30:45:31:26:30:45 chr6 138413269 . A G 1572.66 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9047;QD=62.9065;RBI=0.0216489;REFB=-0.0133403;REVB=-0.0159207;RO=1;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810884;STB=0.504273;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.000416445;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:58:41:0:1:58:41:0:1 chr6 138413333 . G C 1449.88 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0206687;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.262;QD=59.7888;RBI=0.0427445;REFB=-0.129495;REVB=0.0374152;RO=3;SAF=31;SAR=63;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022042;STB=0.511625;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00091117;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:97:3:3:94:94:0.969072:63:31:0:3:63:31:0:3 chr6 138539183 . A AG 129.63 PASS AF=0.390244;AO=29;DP=83;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.029014;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.468;QD=6.32345;RBI=0.13379;REFB=0.0557359;REVB=0.130606;RO=51;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122988;STB=0.554666;STBP=0.446;TYPE=ins;VARB=-0.0947019;OID=.;OPOS=138539184;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:29:83:32:82:50:15:17:19:31:99:51:14:15:19:32 chr6 138539315 . A G 1053.31 PASS AF=0.441767;AO=110;DP=249;FAO=110;FDP=249;FR=.;FRO=139;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=71;FSRR=68;FWDB=-0.00579053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1356;QD=16.9206;RBI=0.0398987;REFB=-0.00344431;REVB=0.0394762;RO=138;SAF=50;SAR=60;SRF=70;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529872;STB=0.531473;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00445932;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:138:139:110:110:0.441767:60:50:70:68:60:50:71:68 chr6 138539556 . T C 513.63 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.069756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.029;QD=21.8564;RBI=0.0720137;REFB=-0.00135406;REVB=0.0178906;RO=45;SAF=22;SAR=27;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235245;STB=0.512973;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00151288;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:27:22:19:26:27:22:19:26 chr6 138584685 . T G 1201.04 PASS AF=0.444056;AO=126;DP=285;FAO=127;FDP=286;FR=.;FRO=159;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=84;FSRR=75;FWDB=-0.0438417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.537;QD=16.7978;RBI=0.0479757;REFB=-0.0202914;REVB=-0.0194826;RO=158;SAF=64;SAR=62;SRF=83;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017449;STB=0.513547;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0196764;OID=.;OPOS=138584685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:286:158:159:126:127:0.444056:62:64:83:75:63:64:84:75 chr6 138733235 . G A 31.17 PASS AF=0.0687831;AO=13;DP=190;FAO=13;FDP=189;FR=.;FRO=176;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=81;FSRR=95;FWDB=-0.0361724;FXX=0.00526288;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3938;QD=0.659605;RBI=0.0375096;REFB=-0.00997762;REVB=-0.00992613;RO=171;SAF=9;SAR=4;SRF=78;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254453;STB=0.781699;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.137484;OID=.;OPOS=138733235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:190:189:171:176:13:13:0.0687831:4:9:78:93:3:10:81:95 chr6 138753337 . C T 1610.39 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.212;QD=64.4157;RBI=0.0628828;REFB=0;REVB=0.0561786;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03538e-05;OID=.;OPOS=138753337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:100:0:0:96:100:1:49:47:0:0:51:49:0:0 chr6 138754323 . A G 2353.87 PASS AF=1;AO=152;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132183;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.678;QD=61.1395;RBI=0.0152572;REFB=0;REVB=-0.00761973;RO=0;SAF=81;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108085;OID=.;OPOS=138754323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:152:154:1:71:81:0:0:73:81:0:0 chr6 139013015 . G A 478.09 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00918416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.677;QD=19.715;RBI=0.020022;REFB=-0.0178203;REVB=-0.0177913;RO=50;SAF=25;SAR=22;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158685;STB=0.587942;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0233189;OID=.;OPOS=139013015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:22:25:18:32:22:25:18:32 chr6 139013227 . TC T 237.88 PASS AF=0.416667;AO=47;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00488592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.6209;QD=7.92939;RBI=0.0552914;REFB=-0.0227285;REVB=0.0550751;RO=67;SAF=29;SAR=18;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0.329741;SSSB=0.177767;STB=0.600642;STBP=0.075;TYPE=del;VARB=0.0435248;OID=.;OPOS=139013228;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:47:120:50:120:70:32:18:33:37:99:67:29:18:30:37 chr6 139013263 . A C 283.45 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00233043;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.209;QD=12.4594;RBI=0.0107436;REFB=0.00664331;REVB=-0.0104878;RO=59;SAF=21;SAR=12;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127831;STB=0.578464;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00853718;OID=.;OPOS=139013263;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:59:58:33:33:0.362637:12:21:31:28:12:21:30:28 chr6 139013283 . T TC 98.69 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0355173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.662;QD=5.48257;RBI=0.0363877;REFB=-0.0172114;REVB=-0.00791128;RO=53;SAF=16;SAR=6;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353362;STB=0.704473;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.0363692;OID=.;OPOS=139013284;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:22:75:22:72:50:16:6:22:28:98:53:16:6:23:30 chr6 139017815 . A G 4083.48 PASS AF=0.98155;AO=265;DP=271;FAO=266;FDP=271;FR=.;FRO=5;FSAF=119;FSAR=147;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0385671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.642;QD=60.2728;RBI=0.100118;REFB=-0.1108;REVB=-0.0923916;RO=6;SAF=118;SAR=147;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236198;STB=0.510287;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00553803;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:271:271:6:5:265:266:0.98155:147:118:6:0:147:119:5:0 chr6 139017832 . C T 1129.79 PASS AF=0.47012;AO=118;DP=252;FAO=118;FDP=251;FR=.;FRO=133;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=-0.0163784;FXX=0.0039681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.632;QD=18.0046;RBI=0.0171392;REFB=-0.00492706;REVB=0.00504968;RO=131;SAF=48;SAR=70;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721322;STB=0.536226;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0042531;OID=.;OPOS=139017832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:131:133:118:118:0.47012:70:48:63:68:70:48:63:70 chr6 139094637 . GAA GAG,GA,GGA,GTA 1103.58 PASS AF=0.0238095,0.0357143,0.928571,0.0119048;AO=3,13,59,3;DP=81;FAO=2,3,78,1;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2,43,0;FSAR=0,1,35,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587483,-0.0245538,0.0127198,0.0121171;FXX=0.0117633;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,1,1,1;MLLD=66.7836,17.2627,21.8756,9.02969;QD=52.5515;RBI=0.0696298,0.158045,0.0286043,0.130893;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0373757,-0.156126,0.0256206,-0.130331;RO=0;SAF=3,1,41,0;SAR=0,12,18,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,3.00075e-08,3.49224e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,snp;VARB=-0.0401642,-0.0439973,0.0674439,0.031316;OID=.,.,.,.;OPOS=139094639,139094638,139094638,139094638;OREF=A,A,A,A;OALT=G,-,G,T;OMAPALT=GAG,GA,GGA,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0238095,0.0357143,0.928571,0.0119048:3,13,59,3:81:2,3,78,1:84:0:2,2,43,0:0,1,35,1:0:0:9:0:3,1,41,0:0,12,18,3:0:0 chr6 139113869 . T TTAAC 310.75 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0215549;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=4;MLLD=268.136;QD=16.1431;RBI=0.0225894;REFB=-0.0080093;REVB=0.00675759;RO=45;SAF=14;SAR=20;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145337;STB=0.581881;STBP=0.21;TYPE=ins;VARB=0.00890346;OID=.;OPOS=139113870;OREF=-;OALT=TAAC;OMAPALT=TTAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441558:34:79:34:77:43:14:20:24:19:99:45:14:20:25:20 chr6 139180200 . T C 393.2 PASS AF=0.315152;AO=52;DP=165;FAO=52;FDP=165;FR=.;FRO=113;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.00897257;FXX=0.00602373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6596;QD=9.53211;RBI=0.0220418;REFB=0.00526682;REVB=0.0201329;RO=112;SAF=20;SAR=32;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117359;STB=0.571401;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0116346;OID=.;OPOS=139180200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:112:113:52:52:0.315152:32:20:54:58:32:20:55:58 chr6 139206937 . A G 505.54 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.000586134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.172;QD=20.2215;RBI=0.00365593;REFB=0.00120468;REVB=0.00360863;RO=51;SAF=19;SAR=30;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602363;STB=0.533432;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00123996;OID=.;OPOS=139206937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:30:19:23:28:30:19:23:28 chr6 139266402 . G A 911.64 PASS AF=0.523256;AO=89;DP=171;FAO=90;FDP=172;FR=.;FRO=82;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.0169689;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2615;QD=21.2009;RBI=0.0170482;REFB=-0.048766;REVB=-0.00164192;RO=81;SAF=49;SAR=40;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113492;STB=0.561277;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0475916;OID=.;OPOS=139266402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:81:82:89:90:0.523256:40:49:34:47:40:50:35:47 chr6 139562440 . G C 289.78 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00218732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.719;QD=16.559;RBI=0.0313664;REFB=-0.00423682;REVB=0.0312901;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950612;STB=0.553276;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00875919;OID=.;OPOS=139562440;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:14:18:25:13:14:18:25:13 chr6 139563914 . C G 1259.53 PASS AF=0.424855;AO=110;DP=348;FAO=147;FDP=346;FR=.,HEALED;FRO=185;FSAF=54;FSAR=93;FSRF=73;FSRR=112;FWDB=0.00138812;FXX=0.00574696;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4329;QD=14.561;RBI=0.0819791;REFB=-0.0325466;REVB=0.0819674;RO=174;SAF=18;SAR=92;SRF=63;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299152;STB=0.51619;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0852807;OID=.;OPOS=139563914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:346:174:185:110:147:0.424855:92:18:63:111:93:54:73:112 chr6 139609755 . T C 680.94 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00180995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.21;QD=21.2793;RBI=0.00423334;REFB=-0.0163811;REVB=0.00382691;RO=61;SAF=34;SAR=33;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420016;STB=0.52307;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0233675;OID=.;OPOS=139609755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:61:67:67:0.523438:33:34:28:33:33:34:28:33 chr6 141004964 . G GT,T 4242.18 PASS AF=0.976271,0.0237288;AO=231,42;DP=314;FAO=288,7;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=107,6;FSAR=181,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420585,-0.152222;FXX=0.0199329;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=31.9218,13.1139;QD=57.521;RBI=0.0136541,0.152287;REFB=0,0;REVB=0.0129902,-0.00444667;RO=16;SAF=52,40;SAR=179,2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0877251,0.356969;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00253106,0.138216;OID=.,.;OPOS=141004965,141004964;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:314:295:16:0:231,42:288,7:0.976271,0.0237288:179,2:52,40:12:4:181,1:107,6:0:0 chr6 141807392 . G A 1099.71 PASS AF=0.527919;AO=104;DP=196;FAO=104;FDP=197;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.00218787;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.096;QD=22.3291;RBI=0.0088648;REFB=-0.015248;REVB=0.00859057;RO=91;SAF=49;SAR=55;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460487;STB=0.529724;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0102792;OID=.;OPOS=141807392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:91:93:104:104:0.527919:55:49:38:53:55:49:38:55 chr6 142688969 . A G 643.41 PASS AF=0.451613;AO=70;DP=155;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.000827298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0468;QD=16.6042;RBI=0.0329019;REFB=0.0305102;REVB=0.0328915;RO=85;SAF=27;SAR=43;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745256;STB=0.541488;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0370963;OID=.;OPOS=142688969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:85:85:70:70:0.451613:43:27:39:46:43:27:39:46 chr6 142691549 . A C 303.48 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0088979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.699;QD=22.0715;RBI=0.0137986;REFB=-0.0193539;REVB=0.0105466;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455643;STB=0.525189;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0159628;OID=.;OPOS=142691549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:15:16:11:13:15:16:11:13 chr6 142703137 . C T 429.8 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.00222003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.522;QD=16.6913;RBI=0.013989;REFB=-0.00546388;REVB=0.0138117;RO=56;SAF=27;SAR=20;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507987;STB=0.528322;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0114141;OID=.;OPOS=142703137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:20:27:35:21:20:27:35:21 chr6 142714117 . G A 843.15 PASS AF=0.508982;AO=85;DP=167;FAO=85;FDP=167;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.000309141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.732;QD=20.1953;RBI=0.000460511;REFB=-0.00733958;REVB=0.000341324;RO=82;SAF=39;SAR=46;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028871;STB=0.515855;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00719662;OID=.;OPOS=142714117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:82:82:85:85:0.508982:46:39:35:47:46:39:35:47 chr6 142718801 . G A 2247.55 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=146;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0306571;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.228;QD=62.0015;RBI=0.0326394;REFB=0.00552695;REVB=0.0112015;RO=2;SAF=57;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00277176;STB=0.501458;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000188061;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:145:2:2:143:143:0.986207:86:57:1:1:86:57:1:1 chr6 142738314 . CTTCTT C,CTTCAT 790.73 PASS AF=0.482759,0.0551724;AO=68,12;DP=153;FAO=70,8;FDP=145;FR=.;FRO=67;FSAF=36,2;FSAR=34,6;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.00970322,0.0112485;FXX=0.00684885;HRUN=2,4;LEN=5,1;MLLD=265.397,106.036;QD=21.8133;RBI=0.0102908,0.0144645;REFB=-0.0078337,0.00284307;REVB=0.00342742,-0.00909368;RO=67;SAF=34,3;SAR=34,9;SRF=27;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.08744,-0.211813;STB=0.561547,0.640844;STBP=0.167,0.432;TYPE=del,snp;VARB=0.00536982,0.0506873;OID=.,.;OPOS=142738315,142738318;OREF=TTCTT,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759,0.0551724:68,12:153:70,8:145:67:36,2:34,6:26:41:99:67:34,3:34,9:27:40 chr6 142758631 . A G 1822.48 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8134;QD=61.2597;RBI=0.0512783;REFB=0;REVB=-0.0438983;RO=0;SAF=48;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44757e-05;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:70:48:0:0:71:48:0:0 chr6 143074700 . T C 2371.59 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2134;QD=60.81;RBI=0.0362405;REFB=0;REVB=0.0328291;RO=0;SAF=77;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336676;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:154:156:1:77:77:0:0:78:78:0:0 chr6 143091263 . A G 1903.99 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.063;QD=61.4192;RBI=0.0153248;REFB=0;REVB=0.0135274;RO=0;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94646e-06;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:122:124:1:60:62:0:0:62:62:0:0 chr6 143382110 . T C 2444.56 PASS AF=0.406528;AO=271;DP=665;FAO=274;FDP=674;FR=.;FRO=400;FSAF=118;FSAR=156;FSRF=190;FSRR=210;FWDB=-0.0362715;FXX=0.00148146;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5246;QD=14.5078;RBI=0.0717092;REFB=-0.0150115;REVB=-0.0618594;RO=394;SAF=117;SAR=154;SRF=190;SRR=204;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542303;STB=0.526632;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0233556;OID=.;OPOS=143382110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:665:674:394:400:271:274:0.406528:154:117:190:204:156:118:190:210 chr6 143745915 . A G 1767.54 PASS AF=0.924242;AO=125;DP=132;FAO=122;FDP=132;FR=.;FRO=10;FSAF=40;FSAR=82;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.038417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2499;QD=53.5618;RBI=0.0422629;REFB=-0.0309499;REVB=0.0176149;RO=5;SAF=43;SAR=82;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205557;STB=0.539467;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0100484;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:132:132:5:10:125:122:0.924242:82:43:3:2:82:40:8:2 chr6 143792675 . T C 104.83 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00103587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.489;QD=10.7522;RBI=0.0182844;REFB=-8.60751e-05;REVB=0.018255;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140134;STB=0.584281;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.000335287;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:9:4:11:15:9:4:11:15 chr6 143816859 . C T 1704.53 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00419089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.66;QD=59.2882;RBI=0.00429039;REFB=-0.0264318;REVB=0.000918638;RO=2;SAF=46;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00317565;STB=0.503703;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-2.33515e-05;OID=.;OPOS=143816859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:2:1:113:114:0.991304:67:46:1:1:67:47:0:1 chr6 143823112 . G A 877.03 PASS AF=0.497175;AO=88;DP=177;FAO=88;FDP=177;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.00756058;FXX=0.0111726;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.679;QD=19.8198;RBI=0.0170509;REFB=0.000328519;REVB=-0.015283;RO=88;SAF=39;SAR=49;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502537;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.000441988;OID=.;OPOS=143823112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:88:89:88:88:0.497175:49:39:39:49:49:39:39:50 chr6 143823157 . T C 933.74 PASS AF=0.484375;AO=93;DP=192;FAO=93;FDP=192;FR=.;FRO=99;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=-0.00249;FXX=0.0103087;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.669;QD=19.4529;RBI=0.012696;REFB=-0.00814097;REVB=0.0124494;RO=97;SAF=38;SAR=55;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00361107;STB=0.508316;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00771187;OID=.;OPOS=143823157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:97:99:93:93:0.484375:55:38:40:57:55:38:42:57 chr6 144151306 . CTTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTAA,CTTTTTTTA 264.05 PASS AF=0.228571,0.0857143,0.6;AO=8,3,11;DP=37;FAO=8,3,21;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=0,1,4;FSAR=8,2,17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.132509,-0.00226909,-0.000713239;FXX=0.0789266;HRUN=8,8,8;LEN=2,2,1;MLLD=12.6652,14.3001,11.968;QD=30.1766;RBI=0.137513,0.0583903,0.122517;REFB=-0.098413,-0.0629859,-0.105397;REVB=0.036757,0.0583462,0.122515;RO=4;SAF=1,1,1;SAR=7,2,10;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.196883,0.413613,0.150097;STB=0.5,0.713247,0.540504;STBP=1,0.737,0.52;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0668778,-0.043978,0.0530969;OID=.,.,.;OPOS=144151307,144151313,144151314;OREF=TT,TT,T;OALT=-,AA,A;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTAA,CTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.228571,0.0857143,0.6:8,3,11:37:8,3,21:35:3:0,1,4:8,2,17:0:3:34:4:1,1,1:7,2,10:0:4 chr6 144262783 . G T 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0094282;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.701;QD=18.0735;RBI=0.00957459;REFB=-0.019715;REVB=0.0016679;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139223;STB=0.577416;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0226045;OID=.;OPOS=144262783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:18:12:8:23:18:12:8:23 chr6 144537771 . T C 442.77 PASS AF=0.354839;AO=55;DP=155;FAO=55;FDP=155;FR=.;FRO=100;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=84;FWDB=-0.0340252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.705;QD=11.4264;RBI=0.0347208;REFB=-0.00774875;REVB=0.00691522;RO=98;SAF=14;SAR=41;SRF=16;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147888;STB=0.58722;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0126568;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:98:100:55:55:0.354839:41:14:16:82:41:14:16:84 chr6 144869785 . A G 1869.69 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109805;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.916;QD=61.3012;RBI=0.0168713;REFB=0;REVB=0.0168356;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121596;OID=.;OPOS=144869785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:121:122:1:62:59:0:0:62:60:0:0 chr6 144876008 . C T 482.92 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.000996809;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.624;QD=18.5739;RBI=0.00606845;REFB=0.0066587;REVB=-0.00598602;RO=53;SAF=33;SAR=18;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166537;STB=0.592469;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00816393;OID=.;OPOS=144876008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:53:53:51:51:0.490385:18:33:25:28:18:33:25:28 chr6 144878337 . G T 3044.53 PASS AF=0.994845;AO=180;DP=182;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0652991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.989;QD=62.7737;RBI=0.0755993;REFB=-0.0905517;REVB=0.0380957;RO=1;SAF=82;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577057;STB=0.502702;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000241784;OID=.;OPOS=144878337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:182:194:1:1:180:193:0.994845:98:82:1:0:101:92:1:0 chr6 145051594 . G A 2200.59 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=123;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0202117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.067;QD=62.4281;RBI=0.02676;REFB=0.016968;REVB=-0.0175381;RO=0;SAF=16;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35072e-08;STB=0.514284;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-2.20339e-05;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:0:1:139:140:0.992908:123:16:0:0:123:17:1:0 chr6 145172505 . A G 2962.52 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012305;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.73;QD=63.0323;RBI=0.0220196;REFB=-0.0980597;REVB=0.0182605;RO=1;SAF=80;SAR=107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442948;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75215e-06;OID=.;OPOS=145172505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:188:1:0:187:188:1:107:80:0:1:108:80:0:0 chr6 145822992 . A G 350.63 PASS AF=0.364407;AO=44;DP=118;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.047979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1798;QD=11.8856;RBI=0.0480228;REFB=-0.0108244;REVB=0.00205161;RO=74;SAF=22;SAR=22;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892886;STB=0.539294;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0238181;OID=.;OPOS=145822992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:74:75:44:43:0.364407:22:22:31:43:22:21:32:43 chr6 145823642 . G A 412.8 PASS AF=0.442308;AO=45;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00364922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.698;QD=15.877;RBI=0.0172709;REFB=-0.00273282;REVB=0.016881;RO=58;SAF=20;SAR=25;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213528;STB=0.517351;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00290502;OID=.;OPOS=145823642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:45:46:0.442308:25:20:27:31:26:20:27:31 chr6 146112348 . T C 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6276;QD=59.4303;RBI=0.0735035;REFB=0;REVB=0.0535011;RO=0;SAF=1;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9065e-05;OID=.;OPOS=146112348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:34:1:0:0:34:1:0:0 chr6 146234644 . G A 1268.15 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536945;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4708;QD=61.8609;RBI=0.00845369;REFB=0;REVB=-0.00652946;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142487;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr6 146243916 . T C 651.6 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=146;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=13;FSRR=66;FWDB=-0.00190921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.7347;QD=17.8519;RBI=0.0282149;REFB=-0.000176337;REVB=0.0281502;RO=79;SAF=14;SAR=53;SRF=13;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686127;STB=0.537929;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000789334;OID=.;OPOS=146243916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:79:79:67:67:0.458904:53:14:13:66:53:14:13:66 chr6 146755140 . G A 340.89 PASS AF=0.393939;AO=38;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00349534;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.052;QD=13.7732;RBI=0.0135129;REFB=-0.0108998;REVB=0.013053;RO=59;SAF=20;SAR=18;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000956676;STB=0.502332;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0128339;OID=.;OPOS=146755140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:60:38:39:0.393939:18:20:31:28:19:20:31:29 chr6 146755324 . T C 353.48 PASS AF=0.387387;AO=42;DP=109;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.0222756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.063;QD=12.738;RBI=0.0232237;REFB=-0.0195491;REVB=-0.00656796;RO=65;SAF=15;SAR=27;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219468;STB=0.502917;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0395919;OID=.;OPOS=146755324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:65:68:42:43:0.387387:27:15:22:43:27:16:25:43 chr6 146755515 . T G 3870.53 PASS AF=1;AO=232;DP=232;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.43;QD=61.437;RBI=0.0386662;REFB=0;REVB=0.0270683;RO=0;SAF=107;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16965e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81295e-05;OID=.;OPOS=146755515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:232:252:0:0:232:252:1:125:107:0:0:133:119:0:0 chr6 146755566 . G A 1103.11 PASS AF=0.541667;AO=101;DP=191;FAO=104;FDP=192;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=76;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=0.0367866;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.884;QD=22.9815;RBI=0.0423184;REFB=-0.0220092;REVB=-0.0209187;RO=88;SAF=25;SAR=76;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166716;STB=0.575742;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0140733;OID=.;OPOS=146755566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:88:88:101:104:0.541667:76:25:36:52:76:28:36:52 chr6 146755842 . C A 1562.61 PASS AF=0.463277;AO=164;DP=354;FAO=164;FDP=354;FR=.;FRO=190;FSAF=86;FSAR=78;FSRF=92;FSRR=98;FWDB=0.0233916;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.159;QD=17.6566;RBI=0.0248362;REFB=-0.00783189;REVB=0.00834679;RO=182;SAF=86;SAR=78;SRF=85;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547828;STB=0.521569;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00948844;OID=.;OPOS=146755842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:182:190:164:164:0.463277:78:86:85:97:78:86:92:98 chr6 147049868 . G A 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.661;QD=63.3361;RBI=0.0185868;REFB=0;REVB=-0.0171032;RO=0;SAF=28;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.40733e-06;OID=.;OPOS=147049868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:65:28:0:0:65:28:0:0 chr6 147136212 . A T 1033.6 PASS AF=0.486239;AO=106;DP=218;FAO=106;FDP=218;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.0233048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.247;QD=18.9651;RBI=0.0243175;REFB=-0.00132067;REVB=-0.00694464;RO=112;SAF=48;SAR=58;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603101;STB=0.50332;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00175612;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:112:112:106:106:0.486239:58:48:50:62:58:48:50:62 chr6 147136244 . A G 985.85 PASS AF=0.507853;AO=96;DP=191;FAO=97;FDP=191;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.00726614;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9688;QD=20.6462;RBI=0.00980727;REFB=-0.00381818;REVB=0.00658679;RO=94;SAF=42;SAR=54;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047133;STB=0.528033;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0194588;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:94:94:96:97:0.507853:54:42:46:48:55:42:46:48 chr6 147635385 . C G 356.41 PASS AF=0.3125;AO=45;DP=146;FAO=45;FDP=144;FR=.;FRO=99;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.00365012;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.953;QD=9.90037;RBI=0.00365724;REFB=-0.00479236;REVB=-0.000228171;RO=99;SAF=15;SAR=30;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11499;STB=0.567133;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0129217;OID=.;OPOS=147635385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:99:99:45:45:0.3125:30:15:42:57:30:15:42:57 chr6 147635413 . A G 376.73 PASS AF=0.320261;AO=49;DP=153;FAO=49;FDP=153;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.02082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.959;QD=9.84924;RBI=0.023995;REFB=0.00604034;REVB=-0.0119285;RO=104;SAF=17;SAR=32;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106478;STB=0.561855;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0130686;OID=.;OPOS=147635413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:104:104:49:49:0.320261:32:17:45:59:32:17:45:59 chr6 147680359 . A G 926.86 PASS AF=0.502732;AO=92;DP=183;FAO=92;FDP=183;FR=.;FRO=91;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0107374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7418;QD=20.2591;RBI=0.0457671;REFB=-0.0181054;REVB=-0.0444897;RO=91;SAF=49;SAR=43;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00466478;STB=0.502564;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0187538;OID=.;OPOS=147680359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:91:91:92:92:0.502732:43:49:48:43:43:49:48:43 chr6 147830073 . C T 3481.47 PASS AF=0.497143;AO=347;DP=701;FAO=348;FDP=700;FR=.;FRO=352;FSAF=178;FSAR=170;FSRF=165;FSRR=187;FWDB=0.0319786;FXX=0.00142651;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.204;QD=19.8941;RBI=0.0323095;REFB=-0.0133107;REVB=0.00461253;RO=347;SAF=177;SAR=170;SRF=161;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421574;STB=0.521483;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0124389;OID=.;OPOS=147830073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:701:700:347:352:347:348:0.497143:170:177:161:186:170:178:165:187 chr6 147886107 . C G 751.45 PASS AF=0.470238;AO=79;DP=169;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=0.0149196;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5002;QD=17.8917;RBI=0.0178104;REFB=-0.0429388;REVB=0.00972707;RO=89;SAF=34;SAR=45;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475899;STB=0.526309;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0487835;OID=.;OPOS=147886107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:89:89:79:79:0.470238:45:34:34:55:45:34:34:55 chr6 148792617 . A G 394.12 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=0.0807125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3298;QD=17.7131;RBI=0.0810412;REFB=-0.0208914;REVB=0.00729131;RO=48;SAF=14;SAR=26;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161147;STB=0.584044;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0257239;OID=.;OPOS=148792617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:48:40:41:0.460674:26:14:10:38:27:14:10:38 chr6 149068636 . GCCCCT GCCCTG 114.77 PASS AF=0.0790274;AO=28;DP=323;FAO=26;FDP=329;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=284;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=126;FSRR=158;FWDB=-0.0419254;FXX=0.00604211;HRUN=4;LEN=2;MLLD=160.011;QD=1.39536;RBI=0.0504278;REFB=-0.00988188;REVB=-0.0280218;RO=162;SAF=2;SAR=26;SRF=82;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.60082;STB=0.893718;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.22795;OID=.;OPOS=149068640;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=GCCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0790274:28:323:26:329:284:2:24:126:158:43:162:2:26:82:80 chr6 149700491 . G A 432.35 PASS AF=0.44898;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0164133;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.861;QD=17.6469;RBI=0.021085;REFB=-0.00618604;REVB=-0.0132356;RO=54;SAF=20;SAR=23;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114324;STB=0.55763;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0153182;OID=.;OPOS=149700491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:43:44:0.44898:23:20:19:35:24:20:19:35 chr6 149721690 . G A 216.41 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00196835;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.811;QD=13.116;RBI=0.0209766;REFB=-0.0161345;REVB=-0.0208841;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280922;STB=0.50819;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0181686;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:41:40:26:26:0.393939:14:12:20:21:14:12:19:21 chr6 149721965 . T C 194.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0317642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9317;QD=12.5541;RBI=0.0337206;REFB=0.00150024;REVB=0.0113189;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170592;STB=0.519215;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00137366;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:24:24:0.387097:10:14:21:16:10:14:21:17 chr6 149722040 . A G 707.75 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.228;QD=62.911;RBI=0.0200913;REFB=0;REVB=-0.0197914;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30214e-05;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr6 149730846 . G A 595.91 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0277331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0735;QD=17.7884;RBI=0.0475568;REFB=-0.0343002;REVB=-0.0386332;RO=72;SAF=39;SAR=23;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232199;STB=0.628991;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0327624;OID=.;OPOS=149730846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:72:72:62:62:0.462687:23:39:28:44:23:39:28:44 chr6 149953981 . C T 2773.49 PASS AF=0.994413;AO=175;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.023052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.117;QD=61.9773;RBI=0.0306431;REFB=-0.0114179;REVB=0.0201892;RO=1;SAF=85;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556739;STB=0.502924;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=3.06089e-05;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:179:1:1:175:178:0.994413:90:85:1:0:93:85:1:0 chr6 149983216 . G A 920.84 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3892;QD=57.5524;RBI=0.0194168;REFB=0;REVB=0.00530845;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194057;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:32:30:0:0:33:31:0:0 chr6 150004779 . A G 1687.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.273;QD=60.2714;RBI=0.024318;REFB=0;REVB=-0.0109286;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35578e-05;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:66:44:0:0:68:44:0:0 chr6 150039123 . C T 247.67 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0438547;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.266;QD=24.1633;RBI=0.0457329;REFB=-0.0295332;REVB=0.0129718;RO=18;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122749;STB=0.568658;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0229994;OID=.;OPOS=150039123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:18:23:23:0.560976:16:7:8:10:16:7:8:10 chr6 150039148 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.417;QD=51.9144;RBI=0.0131414;REFB=0;REVB=0.0110705;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1306e-05;OID=.;OPOS=150039148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr6 150067675 . A G 1952.22 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.588;QD=61.9751;RBI=0.029279;REFB=0;REVB=0.00228166;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28366e-05;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:63:63:0:0:63:63:0:0 chr6 150093678 . C T 596.08 PASS AF=0.931818;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0131796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.944;QD=54.1893;RBI=0.0330772;REFB=-0.0494534;REVB=0.0303381;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.515687;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00546547;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:44:0:3:39:41:0.931818:19:20:0:0:23:18:2:1 chr6 150093682 . C T 593.41 PASS AF=0.931818;AO=39;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.15485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4229;QD=53.9463;RBI=0.156842;REFB=-0.0219361;REVB=-0.0249188;RO=3;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623867;STB=0.533317;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.017163;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:39:41:0.931818:21:18:0:3:21:20:0:3 chr6 150114745 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.82;QD=57.1053;RBI=0.0223964;REFB=0;REVB=0.0215301;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87212e-05;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:27:28:0:0 chr6 150209717 . C G 560.95 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0489829;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3678;QD=20.5854;RBI=0.0607404;REFB=-0.00207097;REVB=0.0359177;RO=52;SAF=33;SAR=24;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525515;STB=0.52894;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00224807;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:52:57:57:0.522936:24:33:27:25:24:33:27:25 chr6 150210681 . G A 700.48 PASS AF=0.507353;AO=69;DP=136;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00328705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.99;QD=20.6022;RBI=0.00942528;REFB=-0.00879865;REVB=-0.00883353;RO=66;SAF=40;SAR=29;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984866;STB=0.55076;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0181179;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:66:67:69:69:0.507353:29:40:31:35:29:40:32:35 chr6 150210685 . C T 696.82 PASS AF=0.53125;AO=68;DP=128;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.003383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.783;QD=21.7757;RBI=0.0229346;REFB=-0.0144058;REVB=-0.0226837;RO=60;SAF=38;SAR=30;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506024;STB=0.52777;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0100816;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:60:60:68:68:0.53125:30:38:30:30:30:38:30:30 chr6 150210723 . C T 499.57 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00203357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.302;QD=16.9347;RBI=0.0141306;REFB=-0.00720067;REVB=-0.0139835;RO=64;SAF=26;SAR=28;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180364;STB=0.510047;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00804895;OID=.;OPOS=150210723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:28:26:32:32:28:26:32:32 chr6 150211100 . T C 678.99 PASS AF=0.418994;AO=75;DP=179;FAO=75;FDP=179;FR=.;FRO=104;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=0.0359965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.47;QD=15.173;RBI=0.0365465;REFB=-0.0127705;REVB=0.00631656;RO=104;SAF=37;SAR=38;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468322;STB=0.526199;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00650543;OID=.;OPOS=150211100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:104:104:75:75:0.418994:38:37:56:48:38:37:56:48 chr6 150211123 . A T 748.0 PASS AF=0.43956;AO=79;DP=182;FAO=80;FDP=182;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=0.00363477;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.379;QD=16.4395;RBI=0.00733725;REFB=-0.0148899;REVB=0.00637367;RO=103;SAF=37;SAR=42;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861727;STB=0.541405;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0181825;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:103:102:79:80:0.43956:42:37:57:46:42:38:56:46 chr6 150267527 . A C 1884.25 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=127;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0257129;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6222;QD=59.8176;RBI=0.085328;REFB=-0.0411013;REVB=0.0813616;RO=1;SAF=53;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673909;STB=0.507041;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00114692;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:126:1:2:123:124:0.984127:70:53:0:1:70:54:0:2 chr6 150716533 . T A 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00337946;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.459;QD=9.93988;RBI=0.028054;REFB=-0.010307;REVB=-0.0278497;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127028;STB=0.507456;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0188094;OID=.;OPOS=150716533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:11:11:23:22:11:11:23:22 chr6 150716696 . TG CA,CG 919.73 PASS AF=0.430769,0.569231;AO=28,37;DP=65;FAO=28,37;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=15,19;FSAR=13,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142311,-0.00966094;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=188.106,164.696;QD=56.5986;RBI=0.0140092,0.0143002;REFB=0,0;REVB=0.0139367,0.0105434;RO=0;SAF=15,19;SAR=13,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.68991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0165016,-0.00643572;OID=.,.;OPOS=150716696,150716696;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:65:65:0:0:28,37:28,37:0.430769,0.569231:13,18:15,19:0:0:13,18:15,19:0:0 chr6 150722187 . T C 3107.04 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374216;FXX=0.00490172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.204;QD=61.2225;RBI=0.0478799;REFB=0;REVB=0.0298682;RO=1;SAF=83;SAR=119;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398595;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51654e-05;OID=.;OPOS=150722187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:204:203:1:0:202:203:1:119:83:0:1:120:83:0:0 chr6 151055031 . C T 1040.28 PASS AF=0.514851;AO=104;DP=202;FAO=104;FDP=202;FR=.;FRO=98;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.0121827;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.782;QD=20.5997;RBI=0.0177942;REFB=-0.0151981;REVB=0.0129698;RO=97;SAF=46;SAR=58;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283867;STB=0.518252;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0124048;OID=.;OPOS=151055031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:97:98:104:104:0.514851:58:46:46:51:58:46:47:51 chr6 151121915 . G A 799.15 PASS AF=0.42381;AO=89;DP=212;FAO=89;FDP=210;FR=.;FRO=121;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=-0.00824762;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.599;QD=15.2218;RBI=0.00847774;REFB=-0.0166142;REVB=-0.00196182;RO=123;SAF=49;SAR=40;SRF=68;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00239664;STB=0.502971;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0212731;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:210:123:121:89:89:0.42381:40:49:68:55:40:49:66:55 chr6 151152257 . A G 2437.87 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00159291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.473;QD=60.1943;RBI=0.0125776;REFB=0.0297293;REVB=0.0124763;RO=0;SAF=73;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32308e-08;STB=0.503355;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=6.56241e-05;OID=.;OPOS=151152257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:0:1:160:161:0.993827:87:73:0:0:87:74:1:0 chr6 151152656 . T C 1930.24 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.182;QD=61.2773;RBI=0.019527;REFB=0;REVB=0.0143229;RO=0;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91423e-05;OID=.;OPOS=151152656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:113:126:0:0:113:126:1:61:52:0:0:67:59:0:0 chr6 151336739 . C G 4794.28 PASS AF=0.987342;AO=312;DP=316;FAO=312;FDP=316;FR=.;FRO=4;FSAF=130;FSAR=182;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0135588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.904;QD=60.6871;RBI=0.0424615;REFB=-0.0506839;REVB=-0.0402385;RO=2;SAF=130;SAR=182;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00104133;STB=0.501085;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00101229;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:316:316:2:4:312:312:0.987342:182:130:1:1:182:130:2:2 chr6 151669875 . A G 886.42 PASS AF=0.558442;AO=86;DP=151;FAO=86;FDP=154;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=71;FSRF=18;FSRR=50;FWDB=0.0128737;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.04;QD=23.0239;RBI=0.0349911;REFB=-0.00329151;REVB=0.0325369;RO=65;SAF=15;SAR=71;SRF=17;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109577;STB=0.563476;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00417852;OID=.;OPOS=151669875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:65:68:86:86:0.558442:71:15:17:48:71:15:18:50 chr6 151670897 . T C 740.05 PASS AF=0.448864;AO=79;DP=176;FAO=79;FDP=176;FR=.;FRO=97;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.00586558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.687;QD=16.8193;RBI=0.0114247;REFB=-0.0173351;REVB=0.009804;RO=97;SAF=30;SAR=49;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233262;STB=0.512969;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0198576;OID=.;OPOS=151670897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:97:97:79:79:0.448864:49:30:39:58:49:30:39:58 chr6 151671182 . C T 861.09 PASS AF=0.449275;AO=93;DP=207;FAO=93;FDP=207;FR=.;FRO=114;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=0.0253612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.262;QD=16.6394;RBI=0.0292244;REFB=-0.0183305;REVB=0.0145215;RO=113;SAF=50;SAR=43;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765417;STB=0.540027;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0243711;OID=.;OPOS=151671182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:113:114:93:93:0.449275:43:50:52:61:43:50:53:61 chr6 151672812 . G A 395.26 PASS AF=0.370079;AO=44;DP=124;FAO=47;FDP=127;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.0259122;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.373;QD=12.449;RBI=0.0318332;REFB=-0.00787797;REVB=-0.0184908;RO=80;SAF=21;SAR=23;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102016;STB=0.564343;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0163746;OID=.;OPOS=151672812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:80:80:44:47:0.370079:23:21:31:49:24:23:31:49 chr6 151674116 . T TGAG 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0142028;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.205;QD=18.0355;RBI=0.0193025;REFB=-0.0157362;REVB=0.0130716;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142375;STB=0.580932;STBP=0.325;TYPE=ins;VARB=0.0253217;OID=.;OPOS=151674117;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44898:22:49:22:49:27:13:9:12:15:99:27:13:9:12:15 chr6 151674593 . G T 443.73 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00585012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9151;QD=17.2322;RBI=0.0165279;REFB=0.00976043;REVB=-0.0154579;RO=55;SAF=30;SAR=18;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148956;STB=0.583091;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0127543;OID=.;OPOS=151674593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:18:30:26:29:18:30:26:29 chr6 151894505 . T C 1362.44 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0044038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1299;QD=61.2333;RBI=0.0728294;REFB=0.0866665;REVB=-0.0726962;RO=2;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175436;STB=0.504586;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0135805;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:2:1:87:88:0.988764:53:34:0:2:54:34:0:1 chr6 151936677 . G A 1471.36 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3418;QD=63.2843;RBI=0.0593233;REFB=0;REVB=-0.0592853;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306862;OID=.;OPOS=151936677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr6 151939181 . G A 1843.21 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.514;QD=60.433;RBI=0.0348586;REFB=-0.075962;REVB=-0.0307079;RO=0;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00160313;OID=.;OPOS=151939181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:0:1:121:121:0.991803:55:66:0:0:55:66:1:0 chr6 152201875 . T C 2855.63 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759462;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.953;QD=62.0789;RBI=0.0141843;REFB=0;REVB=0.0119798;RO=0;SAF=73;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083507;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:179:184:0:0:177:184:1:104:73:0:0:104:80:0:0 chr6 152265522 . G C 943.34 PASS AF=0.444444;AO=83;DP=214;FAO=104;FDP=234;FR=.;FRO=130;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=-0.00390312;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.677;QD=16.1255;RBI=0.00854008;REFB=-0.00671707;REVB=0.00759596;RO=129;SAF=32;SAR=51;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130252;STB=0.559941;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0111566;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:234:129:130:83:104:0.444444:51:32:65:64:63:41:65:65 chr6 152420095 . G A 621.15 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.000278215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.712;QD=22.7943;RBI=0.0139659;REFB=-0.0225153;REVB=0.0139631;RO=48;SAF=27;SAR=34;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296795;STB=0.516241;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.017703;OID=.;OPOS=152420095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:48:61:61:0.559633:34:27:23:25:34:27:23:25 chr6 152422335 . C T 1970.33 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.958;QD=62.0576;RBI=0.0183924;REFB=0;REVB=0.0105828;RO=0;SAF=76;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31804e-06;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:50:76:0:0:51:76:0:0 chr6 152464839 . A G 1037.1 PASS AF=0.451883;AO=108;DP=238;FAO=108;FDP=239;FR=.;FRO=131;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=83;FWDB=0.00294871;FXX=0.00416649;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.171;QD=17.3573;RBI=0.0106516;REFB=-0.00372664;REVB=0.0102353;RO=128;SAF=56;SAR=52;SRF=46;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155526;STB=0.582958;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00423909;OID=.;OPOS=152464839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:128:131:108:108:0.451883:52:56:46:82:52:56:48:83 chr6 152466674 . T C 616.3 PASS AF=0.5;AO=62;DP=128;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0219903;FXX=0.0156238;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.083;QD=19.5649;RBI=0.0223981;REFB=-0.00908061;REVB=0.00425439;RO=62;SAF=24;SAR=38;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153299;STB=0.516688;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0109757;OID=.;OPOS=152466674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:62:63:62:63:0.5:38:24:25:37:39:24:26:37 chr6 152469188 . C G 441.86 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0358414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6855;QD=19.8587;RBI=0.0377689;REFB=0.0146695;REVB=0.0119116;RO=45;SAF=28;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138733;STB=0.577131;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0147046;OID=.;OPOS=152469188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:16:28:22:23:16:28:22:23 chr6 152469331 . C T 835.07 PASS AF=0.425234;AO=91;DP=224;FAO=91;FDP=214;FR=.;FRO=123;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.00518746;FXX=0.0446409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.694;QD=15.6087;RBI=0.00966707;REFB=-0.00337998;REVB=-0.00815736;RO=111;SAF=45;SAR=46;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615505;STB=0.531908;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00338771;OID=.;OPOS=152469331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:214:111:123:91:91:0.425234:46:45:48:63:46:45:54:69 chr6 152470773 . T G 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0931819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0685;QD=17.067;RBI=0.0983242;REFB=0.0178393;REVB=-0.031381;RO=46;SAF=30;SAR=8;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453963;STB=0.755827;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0205038;OID=.;OPOS=152470773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:8:30:16:30:8:30:16:30 chr6 152489294 . T C 426.93 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.010294;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.74;QD=16.4204;RBI=0.0241322;REFB=-0.00666748;REVB=0.0218265;RO=56;SAF=22;SAR=25;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484842;STB=0.531901;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00868389;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:57:47:47:0.451923:25:22:29:27:25:22:30:27 chr6 152529260 . G A 1650.7 PASS AF=0.504644;AO=167;DP=328;FAO=163;FDP=323;FR=.;FRO=160;FSAF=78;FSAR=85;FSRF=85;FSRR=75;FWDB=0.0198971;FXX=0.0212115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9883;QD=20.4421;RBI=0.0208969;REFB=-0.0170094;REVB=0.00638634;RO=160;SAF=77;SAR=90;SRF=85;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628154;STB=0.526103;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0206281;OID=.;OPOS=152529260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:323:160:160:167:163:0.504644:90:77:85:75:85:78:85:75 chr6 152540278 . A C 2838.22 PASS AF=0.973545;AO=186;DP=191;FAO=184;FDP=189;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=115;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.013324;FXX=0.0104707;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.426;QD=60.0681;RBI=0.0145905;REFB=-0.0830095;REVB=0.00594589;RO=5;SAF=71;SAR=115;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219446;STB=0.51192;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-3.82037e-05;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:191:189:5:5:186:184:0.973545:115:71:4:1:115:69:4:1 chr6 152558009 . G A 1098.69 PASS AF=0.524038;AO=109;DP=208;FAO=109;FDP=208;FR=.;FRO=99;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=60;FSRR=39;FWDB=-0.00445247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.704;QD=21.1286;RBI=0.0126223;REFB=-0.011782;REVB=0.011811;RO=98;SAF=51;SAR=58;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115738;STB=0.565469;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00665442;OID=.;OPOS=152558009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:98:99:109:109:0.524038:58:51:59:39:58:51:60:39 chr6 152615200 . G A 1809.81 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00297947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.773;QD=59.3381;RBI=0.0201341;REFB=-0.0845454;REVB=0.0199124;RO=2;SAF=58;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160959;STB=0.508473;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000259285;OID=.;OPOS=152615200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:2:2:120:120:0.983607:62:58:2:0:62:58:2:0 chr6 152647681 . A T 2387.4 PASS AF=0.981481;AO=158;DP=162;FAO=159;FDP=162;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00399093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1117;QD=58.948;RBI=0.0737645;REFB=0.0118196;REVB=-0.0736565;RO=3;SAF=69;SAR=89;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00372547;STB=0.501897;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.000783773;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:162:162:3:3:158:159:0.981481:89:69:1:2:90:69:1:2 chr6 152651759 . C G 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00220526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.365;QD=21.6258;RBI=0.0161945;REFB=-0.0170372;REVB=0.0160437;RO=38;SAF=26;SAR=17;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096458;STB=0.553076;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.014483;OID=.;OPOS=152651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:17:26:27:11:17:26:27:11 chr6 152652034 . A T 1973.64 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.31;QD=61.1982;RBI=0.0166824;REFB=-0.0504303;REVB=0.0110784;RO=1;SAF=53;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888165;STB=0.504672;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00065563;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:75:53:1:0:75:53:1:0 chr6 152658142 . T C 839.76 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0420438;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0568;QD=55.9843;RBI=0.0577645;REFB=0.0184897;REVB=0.0396114;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000553057;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:58:59:0.983333:33:25:1:0:34:25:1:0 chr6 152660451 . G A 638.36 PASS AF=0.427711;AO=71;DP=166;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.00701304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3292;QD=15.3822;RBI=0.0165091;REFB=0.0298092;REVB=0.0149455;RO=95;SAF=36;SAR=35;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182202;STB=0.501018;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0336283;OID=.;OPOS=152660451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:95:95:71:71:0.427711:35:36:48:47:35:36:48:47 chr6 152665261 . C A 1033.37 PASS AF=0.448133;AO=108;DP=241;FAO=108;FDP=241;FR=.;FRO=133;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=72;FSRR=61;FWDB=-0.00865971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.068;QD=17.1513;RBI=0.0147531;REFB=-0.00455178;REVB=-0.0119441;RO=133;SAF=60;SAR=48;SRF=72;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142838;STB=0.50792;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00563194;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:133:133:108:108:0.448133:48:60:72:61:48:60:72:61 chr6 152675854 . A G 1567.55 PASS AF=0.483483;AO=153;DP=326;FAO=161;FDP=333;FR=.;FRO=172;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=69;FSRR=103;FWDB=-0.0231488;FXX=0.00299392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.366;QD=18.8294;RBI=0.0232335;REFB=-0.0199986;REVB=-0.00198307;RO=170;SAF=80;SAR=73;SRF=68;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117111;STB=0.549473;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0273207;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:333:170:172:153:161:0.483483:73:80:68:102:81:80:69:103 chr6 152683413 . G T 2280.2 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189304;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.925;QD=63.7818;RBI=0.0204161;REFB=0;REVB=-0.0203281;RO=0;SAF=68;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56853e-05;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:75:68:0:0:75:68:0:0 chr6 152694184 . T C 1056.69 PASS AF=0.437262;AO=114;DP=262;FAO=115;FDP=263;FR=.;FRO=148;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=77;FSRR=71;FWDB=0.00331296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.104;QD=16.0713;RBI=0.0270496;REFB=-0.00459955;REVB=0.026846;RO=148;SAF=55;SAR=59;SRF=77;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038421;STB=0.523632;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00506644;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:263:148:148:114:115:0.437262:59:55:77:71:60:55:77:71 chr6 152708310 . G A 1992.14 PASS AF=0.438923;AO=212;DP=483;FAO=212;FDP=483;FR=.;FRO=271;FSAF=105;FSAR=107;FSRF=132;FSRR=139;FWDB=-0.00345117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9946;QD=16.4981;RBI=0.00649002;REFB=0.00196705;REVB=0.00549634;RO=269;SAF=105;SAR=107;SRF=131;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838187;STB=0.5046;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00235966;OID=.;OPOS=152708310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:483:483:269:271:212:212:0.438923:107:105:131:138:107:105:132:139 chr6 152772264 . A G 3060.31 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290087;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5957;QD=63.7565;RBI=0.0483174;REFB=0;REVB=0.0386402;RO=0;SAF=92;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23478e-05;OID=.;OPOS=152772264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:191:192:1:99:92:0:0:100:92:0:0 chr6 152776750 . G A 964.23 PASS AF=0.519337;AO=94;DP=181;FAO=94;FDP=181;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=60;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0913351;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8893;QD=21.3089;RBI=0.0914164;REFB=-0.0128601;REVB=0.00385583;RO=86;SAF=34;SAR=60;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843268;STB=0.54963;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00899185;OID=.;OPOS=152776750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:86:87:94:94:0.519337:60:34:39:47:60:34:40:47 chr6 152777819 . G A 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.022;QD=59.8635;RBI=0.00789214;REFB=0;REVB=-0.00410797;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78285e-06;OID=.;OPOS=152777819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chr6 153080061 . T C 647.47 PASS AF=0.488889;AO=65;DP=134;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00574409;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8512;QD=19.1842;RBI=0.0196645;REFB=-0.0206193;REVB=0.0188069;RO=66;SAF=27;SAR=38;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505138;STB=0.536071;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0312667;OID=.;OPOS=153080061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:66:69:65:66:0.488889:38:27:31:35:39:27:33:36 chr6 153296541 . G C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.616;QD=62.008;RBI=0.0309114;REFB=0;REVB=-0.0190984;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66294e-05;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:53:31:0:0:53:31:0:0 chr6 153315744 . T A 1097.82 PASS AF=0.462151;AO=116;DP=254;FAO=116;FDP=251;FR=.;FRO=135;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=54;FSRR=81;FWDB=0.00191966;FXX=0.0118106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2118;QD=17.4951;RBI=0.00853975;REFB=-0.0172775;REVB=0.00832119;RO=133;SAF=55;SAR=61;SRF=52;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081108;STB=0.540141;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0219455;OID=.;OPOS=153315744;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:251:133:135:116:116:0.462151:61:55:52:81:61:55:54:81 chr6 153315921 . G A 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.869;QD=59.4311;RBI=0.0180153;REFB=0;REVB=-0.0127244;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145219;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr6 153323594 . C T 1929.4 PASS AF=0.435789;AO=206;DP=475;FAO=207;FDP=475;FR=.;FRO=268;FSAF=103;FSAR=104;FSRF=137;FSRR=131;FWDB=-0.00843383;FXX=0.0021008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.6204;QD=16.2475;RBI=0.019431;REFB=-0.00524669;REVB=-0.0175053;RO=265;SAF=102;SAR=104;SRF=137;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221749;STB=0.507677;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00768252;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:475:475:265:268:206:207:0.435789:104:102:137:128:104:103:137:131 chr6 153323709 . T C 101.65 PASS AF=0.142857;AO=21;DP=147;FAO=21;FDP=147;FR=.;FRO=126;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=72;FWDB=-0.126397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6436;QD=2.76598;RBI=0.126401;REFB=-0.00131163;REVB=0.00100798;RO=122;SAF=8;SAR=13;SRF=51;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488153;STB=0.542355;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0201989;OID=.;OPOS=153323709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:122:126:21:21:0.142857:13:8:51:71:13:8:54:72 chr6 153365100 . A C 736.11 PASS AF=0.413793;AO=83;DP=203;FAO=84;FDP=203;FR=.;FRO=119;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=0.0440348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.919;QD=14.5046;RBI=0.0453857;REFB=-0.00473723;REVB=-0.0109907;RO=119;SAF=39;SAR=44;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960961;STB=0.501645;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00725712;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:119:119:83:84:0.413793:44:39:57:62:44:40:57:62 chr6 153741613 . G C 1468.71 PASS AF=0.525735;AO=143;DP=272;FAO=143;FDP=272;FR=.;FRO=129;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=54;FSRR=75;FWDB=0.030174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5852;QD=21.5987;RBI=0.0429096;REFB=0.00748988;REVB=0.0305084;RO=129;SAF=64;SAR=79;SRF=54;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255018;STB=0.51392;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00670903;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:129:129:143:143:0.525735:79:64:54:75:79:64:54:75 chr6 153987576 . G A 258.26 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0485706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8954;QD=13.9597;RBI=0.0495443;REFB=-0.0161753;REVB=-0.00977397;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299856;STB=0.670084;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0243748;OID=.;OPOS=153987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:19:11:29:15:19:11:29:15 chr6 154414446 . A T 5480.77 PASS AF=1;AO=343;DP=347;FAO=344;FDP=344;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185543;FXX=0.00864528;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.564;QD=63.7299;RBI=0.0728959;REFB=-0.0878472;REVB=-0.070495;RO=1;SAF=163;SAR=180;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291804;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423937;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:347:344:1:0:343:344:1:180:163:1:0:181:163:0:0 chr6 154414563 . A G 1992.84 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.308;QD=62.2764;RBI=0.0379077;REFB=0;REVB=0.0202174;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40103e-05;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:119:128:0:0:119:128:1:65:54:0:0:69:59:0:0 chr6 154414573 . C T 1635.53 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0548635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2554;QD=57.8947;RBI=0.0610624;REFB=-0.102305;REVB=0.0268069;RO=1;SAF=49;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959032;STB=0.509998;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00506357;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:113:113:1:2:111:111:0.982301:62:49:1:0:62:49:2:0 chr6 154771277 . A G 2529.36 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4275;QD=61.6918;RBI=0.0432265;REFB=0;REVB=-0.0222559;RO=0;SAF=77;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219723;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:164:0:0:162:164:1:85:77:0:0:85:79:0:0 chr6 155451352 . G A 211.22 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923233;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.605;QD=49.6994;RBI=0.0160399;REFB=0;REVB=-0.0131165;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49761e-05;OID=.;OPOS=155451352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr6 155485554 . G A 2563.69 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00596548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5998;QD=61.7756;RBI=0.0830702;REFB=0;REVB=-0.0828558;RO=0;SAF=92;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10158e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152687;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:74:92:0:0:74:92:0:0 chr6 155561760 . T C 3170.53 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.52;QD=64.051;RBI=0.0509426;REFB=0;REVB=0.0499589;RO=0;SAF=70;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64179e-05;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:198:0:0:195:198:1:125:70:0:0:128:70:0:0 chr6 155577823 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.896;QD=61.3754;RBI=0.0249679;REFB=0;REVB=0.0227277;RO=0;SAF=25;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91522e-05;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:55:25:0:0:55:25:0:0 chr6 155578592 . A AT 442.18 PASS AF=1;AO=14;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0538614;FXX=0.0129853;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.19644;QD=23.2727;RBI=0.259573;REFB=0;REVB=-0.253923;RO=61;SAF=6;SAR=8;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180043;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00517036;OID=.;OPOS=155578593;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:77:76:76:0:41:35:0:0:9:61:6:8:35:26 chr6 155578599 . A T 978.33 PASS AF=0.915663;AO=68;DP=78;FAO=76;FDP=83;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.045427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=26.3641;QD=47.1482;RBI=0.0481048;REFB=-0.0633105;REVB=-0.015826;RO=8;SAF=36;SAR=32;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306365;STB=0.520299;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00894747;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:78:83:8:7:68:76:0.915663:32:36:3:5:36:40:2:5 chr6 155578756 . A T 711.53 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0297411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.508;QD=52.7057;RBI=0.030414;REFB=-0.127318;REVB=-0.00636221;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518511;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00274381;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:0:2:52:52:0.962963:26:26:0:0:26:26:2:0 chr6 155596901 . T C 2040.27 PASS AF=1;AO=126;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136013;FXX=0.036762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.215;QD=62.2984;RBI=0.0325605;REFB=0;REVB=0.0295836;RO=0;SAF=79;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231082;OID=.;OPOS=155596901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:126:131:1:47:79:0:0:48:83:0:0 chr6 155597147 . C T 3483.52 PASS AF=0.99115;AO=224;DP=226;FAO=224;FDP=226;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=145;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0157271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.904;QD=61.6551;RBI=0.0157783;REFB=-0.105468;REVB=-0.00126919;RO=0;SAF=79;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501426;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000252085;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:226:226:0:2:224:224:0.99115:145:79:0:0:145:79:1:1 chr6 155606325 . C T 1752.57 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179751;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.103;QD=60.959;RBI=0.0180696;REFB=0;REVB=0.00184572;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84023e-05;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:114:115:1:67:47:0:0:67:48:0:0 chr6 155750035 . C T 1694.03 PASS AF=0.966387;AO=114;DP=119;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0543673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2624;QD=56.9422;RBI=0.0562812;REFB=-0.00435947;REVB=0.0145523;RO=3;SAF=82;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424516;STB=0.51871;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00102618;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:119:3:4:114:115:0.966387:32:82:0:3:33:82:1:3 chr6 155761246 . G T 184.21 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0150583;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.728;QD=11.8845;RBI=0.0160596;REFB=-0.00468075;REVB=0.00558184;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310715;STB=0.510539;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00904137;OID=.;OPOS=155761246;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:40:39:23:23:0.370968:11:12:22:18:11:12:21:18 chr6 157405930 . G A 1967.39 PASS AF=0.497436;AO=192;DP=390;FAO=194;FDP=390;FR=.;FRO=196;FSAF=112;FSAR=82;FSRF=116;FSRR=80;FWDB=-0.00928144;FXX=0.00255748;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.598;QD=20.1784;RBI=0.02404;REFB=-0.0121319;REVB=0.022176;RO=195;SAF=112;SAR=80;SRF=116;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109373;STB=0.507491;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0135768;OID=.;OPOS=157405930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:390:195:196:192:194:0.497436:80:112:116:79:82:112:116:80 chr6 157801040 . T A 1822.38 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.115;QD=61.2563;RBI=0.0964172;REFB=0;REVB=0.00174013;RO=0;SAF=5;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55321e-05;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:114:5:0:0:114:5:0:0 chr6 157801186 . G A 1074.45 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0122363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.29;QD=57.3042;RBI=0.0223946;REFB=-0.131371;REVB=0.0187561;RO=2;SAF=17;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186393;STB=0.509861;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.000871701;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:75:2:2:73:73:0.973333:56:17:1:1:56:17:1:1 chr6 157801516 . A G 3610.45 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.956;QD=63.0646;RBI=0.0185969;REFB=0;REVB=0.0100071;RO=0;SAF=108;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2437e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81696e-06;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:229:0:0:229:229:1:121:108:0:0:121:108:0:0 chr6 158132992 . G A 588.56 PASS AF=0.41358;AO=67;DP=162;FAO=67;FDP=162;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.0134202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3601;QD=14.5323;RBI=0.0483869;REFB=0.0210212;REVB=0.0464886;RO=95;SAF=32;SAR=35;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179181;STB=0.510051;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0280432;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:95:95:67:67:0.41358:35:32:47:48:35:32:47:48 chr6 158133074 . A AT 245.74 PASS AF=0.373016;AO=46;DP=130;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.000803407;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.2424;QD=7.80132;RBI=0.0406477;REFB=-0.0191519;REVB=0.0406397;RO=82;SAF=24;SAR=22;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166723;STB=0.508127;STBP=0.882;TYPE=ins;VARB=0.0316854;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373016:46:130:47:126:79:25:22:41:38:99:82:24:22:44:38 chr6 158497717 . T C 440.29 PASS AF=0.442308;AO=43;DP=111;FAO=46;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.035696;FXX=0.0630574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8063;QD=16.9342;RBI=0.0565992;REFB=-0.00112131;REVB=-0.0439234;RO=54;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00723048;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:104:54:54:43:46:0.442308:23:20:27:27:23:23:27:27 chr6 158499302 . G T 1219.27 PASS AF=0.538813;AO=117;DP=218;FAO=118;FDP=219;FR=.;FRO=101;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.00191553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.995;QD=22.2698;RBI=0.0415325;REFB=-0.0110767;REVB=-0.0414883;RO=100;SAF=67;SAR=50;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620347;STB=0.537901;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00859196;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:100:101:117:118:0.538813:50:67:50:50:50:68:50:51 chr6 158505088 . A G 794.78 PASS AF=0.493976;AO=81;DP=165;FAO=82;FDP=166;FR=.;FRO=84;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.000821718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.56;QD=19.1514;RBI=0.00629543;REFB=-0.00120918;REVB=-0.00624157;RO=84;SAF=49;SAR=32;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131598;STB=0.568226;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00130568;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:84:84:81:82:0.493976:32:49:39:45:33:49:39:45 chr6 158507981 . G A 856.51 PASS AF=0.560284;AO=78;DP=142;FAO=79;FDP=141;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.00452239;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2352;QD=24.2982;RBI=0.0186598;REFB=-0.0268512;REVB=0.0181035;RO=59;SAF=40;SAR=38;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137103;STB=0.580625;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0298909;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:59:62:78:79:0.560284:38:40:20:39:39:40:20:42 chr6 158509750 . A G 700.48 PASS AF=0.492958;AO=64;DP=136;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.145677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1681;QD=19.7318;RBI=0.14632;REFB=-0.033581;REVB=0.0137;RO=72;SAF=18;SAR=46;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13351;STB=0.541415;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0364282;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:142:72:72:64:70:0.492958:46:18:29:43:47:23:29:43 chr6 158517308 . A G 234.88 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0486813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.488;QD=18.7904;RBI=0.0540552;REFB=7.61405e-05;REVB=-0.0234967;RO=27;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261162;STB=0.649539;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000568611;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:18:5:12:15:18:5:12:15 chr6 158571501 . G A 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7369;QD=59.14;RBI=0.0564567;REFB=0;REVB=-0.0544959;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402632;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr6 158735087 . C T 1785.37 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0633;QD=61.0384;RBI=0.0402554;REFB=0;REVB=-0.0400167;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226546;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:61:56:0:0:61:56:0:0 chr6 158735090 . T C 1661.42 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00242307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.645;QD=59.3364;RBI=0.0254598;REFB=-0.00417994;REVB=-0.0253442;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-3.07265e-05;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:55:56:0:0:55:56:0:1 chr6 158870081 . A G 759.65 PASS AF=0.52518;AO=73;DP=139;FAO=73;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.0208309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2911;QD=21.8604;RBI=0.0377956;REFB=0.0148709;REVB=-0.031537;RO=66;SAF=37;SAR=36;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136995;STB=0.575034;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0139698;OID=.;OPOS=158870081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:66:66:73:73:0.52518:36:37:23:43:36:37:23:43 chr6 158914622 . G A 2597.94 PASS AF=0.40249;AO=291;DP=728;FAO=291;FDP=723;FR=.;FRO=432;FSAF=177;FSAR=114;FSRF=223;FSRR=209;FWDB=-0.023001;FXX=0.00823034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.893;QD=14.3731;RBI=0.0298509;REFB=-0.0143902;REVB=-0.0190272;RO=417;SAF=177;SAR=114;SRF=218;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926326;STB=0.556291;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0184294;OID=.;OPOS=158914622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:728:723:417:432:291:291:0.40249:114:177:218:199:114:177:223:209 chr6 158923434 . G C 913.6 PASS AF=0.445455;AO=98;DP=222;FAO=98;FDP=220;FR=.;FRO=122;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=75;FSRR=47;FWDB=-0.00974734;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2463;QD=16.611;RBI=0.0178102;REFB=-0.0168876;REVB=-0.0149062;RO=117;SAF=45;SAR=53;SRF=71;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144275;STB=0.585618;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0217274;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:220:117:122:98:98:0.445455:53:45:71:46:53:45:75:47 chr6 158924088 . T C 1127.73 PASS AF=0.950617;AO=76;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00118737;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.969;QD=55.6904;RBI=0.0580151;REFB=-0.101161;REVB=0.058003;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114027;STB=0.522721;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000721547;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:81:81:1:4:76:77:0.950617:41:35:0:1:42:35:0:4 chr6 158924595 . A G 70.24 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0748274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.447;QD=13.3794;RBI=0.0779229;REFB=-0.039694;REVB=-0.0217447;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34898;STB=0.533262;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0445979;OID=.;OPOS=158924595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:21:21:9:11:9:9:0.428571:7:2:0:9:7:2:2:9 chr6 158932817 . G C 422.53 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0112457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9314;QD=15.9446;RBI=0.0531827;REFB=-0.0138888;REVB=0.0519801;RO=59;SAF=21;SAR=26;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447093;STB=0.52503;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0168465;OID=.;OPOS=158932817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:26:21:29:30:26:21:29:30 chr6 159065758 . C G 1475.85 PASS AF=0.456973;AO=154;DP=337;FAO=154;FDP=337;FR=.;FRO=183;FSAF=65;FSAR=89;FSRF=126;FSRR=57;FWDB=-0.0125664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.289;QD=17.5176;RBI=0.0126672;REFB=-0.0230875;REVB=-0.00159462;RO=183;SAF=65;SAR=89;SRF=126;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257509;STB=0.64172;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0291516;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:337:183:183:154:154:0.456973:89:65:126:57:89:65:126:57 chr6 159178345 . C T 3024.74 PASS AF=0.984772;AO=179;DP=182;FAO=194;FDP=197;FR=.;FRO=3;FSAF=99;FSAR=95;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0870354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5432;QD=61.416;RBI=0.0870714;REFB=-0.150776;REVB=0.00250451;RO=3;SAF=85;SAR=94;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165024;STB=0.507462;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0104471;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:182:197:3:3:179:194:0.984772:94:85:3:0:95:99:3:0 chr6 159398633 . T C 530.61 PASS AF=0.401316;AO=61;DP=152;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.00399349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.353;QD=13.9634;RBI=0.00790718;REFB=-0.0289957;REVB=0.00682462;RO=91;SAF=30;SAR=31;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090858;STB=0.551096;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0457558;OID=.;OPOS=159398633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:91:91:61:61:0.401316:31:30:37:54:31:30:37:54 chr6 159398700 . C T 457.2 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0135896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.789;QD=15.4982;RBI=0.020393;REFB=0.00128611;REVB=-0.0152052;RO=67;SAF=28;SAR=23;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185999;STB=0.51042;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00183193;OID=.;OPOS=159398700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:23:28:38:29:23:28:38:29 chr6 159398764 . G A 725.57 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=168;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=-0.00763352;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0967;QD=17.4837;RBI=0.0211826;REFB=0.0142189;REVB=-0.0197593;RO=89;SAF=47;SAR=30;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263726;STB=0.514623;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0168612;OID=.;OPOS=159398764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:166:89:89:77:77:0.463855:30:47:52:37:30:47:52:37 chr6 159399348 . A G 332.33 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00653357;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2504;QD=18.4627;RBI=0.0138835;REFB=-0.0180959;REVB=-0.01225;RO=36;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130489;STB=0.571388;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0225026;OID=.;OPOS=159399348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:34:35:0.486111:19:15:21:15:20:15:21:16 chr6 159407446 . C T 733.29 PASS AF=0.458824;AO=78;DP=170;FAO=78;FDP=170;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.00791842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.057;QD=17.2538;RBI=0.00809391;REFB=0.0147687;REVB=-0.00167627;RO=91;SAF=26;SAR=52;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547974;STB=0.534474;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0158234;OID=.;OPOS=159407446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:91:92:78:78:0.458824:52:26:35:56:52:26:36:56 chr6 159414899 . T C 421.31 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00613347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.468;QD=15.8985;RBI=0.0179602;REFB=-0.0153075;REVB=-0.0168805;RO=59;SAF=27;SAR=20;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663109;STB=0.537134;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0112738;OID=.;OPOS=159414899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:20:27:30:29:20:27:30:29 chr6 159420574 . T C 624.5 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=114;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0392952;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.659;QD=21.7218;RBI=0.0465954;REFB=-0.0210078;REVB=-0.0250403;RO=51;SAF=38;SAR=24;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167214;STB=0.592038;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0203303;OID=.;OPOS=159420574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:51:53:62:62:0.53913:24:38:21:30:24:38:22:31 chr6 159650978 . A G 3695.96 PASS AF=1;AO=236;DP=238;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249123;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.543;QD=62.117;RBI=0.024972;REFB=-0.0187452;REVB=-0.00172571;RO=2;SAF=119;SAR=117;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.78639e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125998;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:238:238:2:0:236:238:1:117:119:1:1:117:121:0:0 chr6 159670100 . A G 1153.56 PASS AF=0.87;AO=85;DP=101;FAO=87;FDP=100;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.00125557;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.677;QD=46.1426;RBI=0.0456375;REFB=-0.0201673;REVB=0.0456202;RO=0;SAF=27;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.59418;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00112603;OID=.;OPOS=159670100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:101:100:0:13:85:87:0.87:58:27:0:0:59:28:13:0 chr6 159692405 . C T 4732.31 PASS AF=1;AO=302;DP=305;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400435;FXX=0.00324665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.251;QD=61.6588;RBI=0.0428579;REFB=0;REVB=0.0152746;RO=0;SAF=162;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69173e-05;OID=.;OPOS=159692405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:305:307:0:0:302:307:1:140:162:0:0:142:165:0:0 chr6 160114168 . T C 1063.07 PASS AF=0.444;AO=112;DP=250;FAO=111;FDP=250;FR=.;FRO=139;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=63;FSRR=76;FWDB=-0.0857891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1163;QD=17.0091;RBI=0.145669;REFB=-0.008171;REVB=-0.117727;RO=134;SAF=59;SAR=53;SRF=62;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630246;STB=0.543458;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00988212;OID=.;OPOS=160114168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:134:139:112:111:0.444:53:59:62:72:52:59:63:76 chr6 160169258 . G T 858.7 PASS AF=0.568345;AO=79;DP=139;FAO=79;FDP=139;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00703468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.2;QD=24.7107;RBI=0.00841741;REFB=-0.01226;REVB=-0.00462236;RO=60;SAF=42;SAR=37;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514724;STB=0.528054;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00860309;OID=.;OPOS=160169258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:60:60:79:79:0.568345:37:42:28:32:37:42:28:32 chr6 160182617 . C T 832.9 PASS AF=0.429907;AO=92;DP=214;FAO=92;FDP=214;FR=.;FRO=122;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=27;FSRR=95;FWDB=0.0018146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.061;QD=15.5682;RBI=0.0293847;REFB=-0.0352677;REVB=0.0293286;RO=121;SAF=35;SAR=57;SRF=27;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179735;STB=0.600838;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0545197;OID=.;OPOS=160182617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:121:122:92:92:0.429907:57:35:27:94:57:35:27:95 chr6 160198359 . C T 722.15 PASS AF=0.496503;AO=71;DP=143;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0597595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.21;QD=20.2001;RBI=0.0627226;REFB=-0.00444033;REVB=-0.0190507;RO=71;SAF=37;SAR=34;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127909;STB=0.510644;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00425284;OID=.;OPOS=160198359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:71:72:71:71:0.496503:34:37:36:35:34:37:36:36 chr6 160201295 . C A 376.72 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0152471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.89;QD=18.6035;RBI=0.040815;REFB=-0.0215415;REVB=-0.0378601;RO=42;SAF=15;SAR=24;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426638;STB=0.523797;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.022347;OID=.;OPOS=160201295;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:24:15:18:24:24:15:18:24 chr6 160206716 . T C 300.39 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00858904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7978;QD=24.5216;RBI=0.0165593;REFB=-0.011873;REVB=-0.0141577;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587174;STB=0.532601;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00548453;OID=.;OPOS=160206716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:14:13:9:13:14:13:9:13 chr6 160211636 . G A 1235.21 PASS AF=0.327083;AO=152;DP=479;FAO=157;FDP=480;FR=.;FRO=323;FSAF=84;FSAR=73;FSRF=161;FSRR=162;FWDB=0.00109841;FXX=0.00414929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.998;QD=10.2934;RBI=0.0193074;REFB=-0.00753408;REVB=0.0192761;RO=318;SAF=84;SAR=68;SRF=159;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623531;STB=0.524648;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0109317;OID=.;OPOS=160211636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:479:480:318:323:152:157:0.327083:68:84:159:159:73:84:161:162 chr6 160211645 . GGTT G 676.44 PASS AF=0.322222;AO=107;DP=430;FAO=145;FDP=450;FR=.;FRO=305;FSAF=74;FSAR=71;FSRF=151;FSRR=154;FWDB=0.0132063;FXX=0.0131576;HRUN=5;LEN=3;MLLD=284.845;QD=6.0128;RBI=0.0155215;REFB=-0.00584431;REVB=0.00815543;RO=295;SAF=61;SAR=46;SRF=142;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110647;STB=0.510343;STBP=0.775;TYPE=del;VARB=0.010538;OID=.;OPOS=160211646;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322222:107:430:145:450:305:74:71:151:154:99:295:61:46:142:153 chr6 160224346 . T C 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0141796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.155;QD=11.734;RBI=0.0397312;REFB=-0.00572959;REVB=0.0371148;RO=50;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838834;STB=0.548412;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00859234;OID=.;OPOS=160224346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:13:15:23:27:13:15:23:27 chr6 160234625 . G C 1087.36 PASS AF=0.474359;AO=110;DP=233;FAO=111;FDP=234;FR=.;FRO=123;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=51;FSRR=72;FWDB=-0.0267982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2845;QD=18.5874;RBI=0.0813227;REFB=-0.00459195;REVB=0.0767804;RO=123;SAF=50;SAR=60;SRF=51;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386658;STB=0.519082;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00550529;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:123:123:110:111:0.474359:60:50:51:72:61:50:51:72 chr6 160328620 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000705984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.934;QD=64.1538;RBI=0.000908688;REFB=0;REVB=-0.000572101;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80137e-06;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr6 160448324 . C G 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00282699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.1;QD=15.4716;RBI=0.00430351;REFB=-0.0099324;REVB=0.00324474;RO=49;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523569;STB=0.529515;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00849535;OID=.;OPOS=160448324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:21:15:18:31:21:15:18:31 chr6 160453978 . A G 320.19 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0240049;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.764;QD=18.2967;RBI=0.0240291;REFB=-0.00818054;REVB=0.00107856;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118234;STB=0.558789;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00634031;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:35:36:34:34:0.485714:15:19:15:20:15:19:16:20 chr6 160464289 . G A 1319.13 PASS AF=0.545852;AO=125;DP=230;FAO=125;FDP=229;FR=.;FRO=104;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=38;FSRR=66;FWDB=0.0108245;FXX=0.00434764;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.79;QD=23.0416;RBI=0.0129614;REFB=-0.026872;REVB=0.00712929;RO=100;SAF=57;SAR=68;SRF=36;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797159;STB=0.541772;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0184897;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:100:104:125:125:0.545852:68:57:36:64:68:57:38:66 chr6 160468278 . A G 2216.58 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=144;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00417672;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.769;QD=62.0024;RBI=0.0344928;REFB=-0.0955035;REVB=0.034239;RO=1;SAF=70;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674443;STB=0.507041;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000105451;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:144:143:1:2:141:141:0.986014:71:70:1:0:71:70:2:0 chr6 160494409 . A G 2549.87 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207868;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.284;QD=61.815;RBI=0.0282131;REFB=0;REVB=0.0190759;RO=0;SAF=84;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.36235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69807e-05;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:165:0:0:163:165:1:79:84:0:0:81:84:0:0 chr6 160505199 . C G 1593.81 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.374;QD=59.0299;RBI=0.0399338;REFB=-0.0736912;REVB=0.0252947;RO=1;SAF=47;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999141;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173089;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:108:108:1:0:107:108:1:60:47:1:0:60:48:0:0 chr6 160505207 . A G 589.8 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0026863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.871;QD=24.0736;RBI=0.0234648;REFB=-0.0121003;REVB=0.0233105;RO=43;SAF=23;SAR=31;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605813;STB=0.507743;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00851106;OID=.;OPOS=160505207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:43:44:54:54:0.55102:31:23:18:25:31:23:18:26 chr6 160517481 . C T 904.62 PASS AF=0.441441;AO=97;DP=221;FAO=98;FDP=222;FR=.;FRO=124;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.0463449;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.182;QD=16.2994;RBI=0.0482235;REFB=-0.010379;REVB=-0.0133288;RO=123;SAF=59;SAR=38;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115117;STB=0.564109;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0102997;OID=.;OPOS=160517481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:123:124:97:98:0.441441:38:59:61:62:38:60:62:62 chr6 160524773 . T A 387.79 PASS AF=0.47561;AO=29;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0181114;FXX=0.0238067;HRUN=9;LEN=1;MLLD=25.0497;QD=18.9165;RBI=0.0209819;REFB=-0.0929318;REVB=0.0105932;RO=22;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130157;STB=0.552889;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0213828;OID=.;OPOS=160524773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:22:36:29:39:0.47561:11:18:14:8:16:23:25:11 chr6 160526904 . TCAAA T 217.77 PASS AF=0.3;AO=28;DP=103;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0119854;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=4;MLLD=238.945;QD=8.71086;RBI=0.0120621;REFB=-0.00443763;REVB=0.00135761;RO=67;SAF=16;SAR=12;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411987;STB=0.516881;STBP=0.823;TYPE=del;VARB=0.0107614;OID=.;OPOS=160526905;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:28:103:30:100:70:17:13:38:32:99:67:16:12:36:31 chr6 160543122 . GT G,GC 694.96 PASS AF=0.595238,0.0238095;AO=38,40;DP=130;FAO=75,3;FDP=126;FR=.;FRO=48;FSAF=28,3;FSAR=47,0;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=0.0312619,0.0856383;FXX=0.0156238;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.3576,38.1159;QD=22.0623;RBI=0.0313553,0.109345;REFB=-0.0266938,0.0741813;REVB=-0.00241761,-0.0679875;RO=50;SAF=23,8;SAR=15,32;SRF=11;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.374866,-0.0302361;STB=0.571273,0.998303;STBP=0.08,0.005;TYPE=del,snp;VARB=0.021068,0.0676028;OID=.,.;OPOS=160543123,160543123;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.595238,0.0238095:38,40:130:75,3:126:48:28,3:47,0:10:38:99:50:23,8:15,32:11:39 chr6 160551204 . G C 4048.4 PASS AF=1;AO=260;DP=264;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260879;FXX=0.0188672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7845;QD=62.2831;RBI=0.0383266;REFB=-0.0287731;REVB=0.0280776;RO=1;SAF=114;SAR=146;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132205;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:264:260:1:0:260:260:1:146:114:0:1:146:114:0:0 chr6 160560845 . A G 3137.58 PASS AF=1;AO=194;DP=197;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477845;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.108;QD=64.0322;RBI=0.04921;REFB=0;REVB=0.0117586;RO=0;SAF=111;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99853e-05;OID=.;OPOS=160560845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:196:0:0:194:196:1:83:111:0:0:83:113:0:0 chr6 160560897 . CTGGTAAGT C 1075.82 PASS AF=0.825243;AO=82;DP=93;FAO=85;FDP=103;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.00483091;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=8;MLLD=273.245;QD=41.7795;RBI=0.0197267;REFB=-0.043249;REVB=-0.019126;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.609101;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.00538704;OID=.;OPOS=160560898;OREF=TGGTAAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.825243:82:93:85:103:18:29:56:17:1:99:0:27:55:0:0 chr6 160645832 . C T 972.03 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0216786;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.012;QD=55.5446;RBI=0.0219325;REFB=-0.0943628;REVB=-0.00332739;RO=2;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255251;STB=0.513154;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00109587;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:2:2:66:68:0.971429:36:30:0:2:37:31:0:2 chr6 160670282 . A C 2281.77 PASS AF=0.452652;AO=239;DP=522;FAO=239;FDP=528;FR=.;FRO=289;FSAF=107;FSAR=132;FSRF=140;FSRR=149;FWDB=0.00258468;FXX=0.00189032;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.851;QD=17.2861;RBI=0.00259562;REFB=-0.0291578;REVB=0.000238114;RO=283;SAF=107;SAR=132;SRF=136;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325446;STB=0.520239;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0291704;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:522:528:283:289:239:239:0.452652:132:107:136:147:132:107:140:149 chr6 160769811 . C T 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0142928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.71;QD=10.5945;RBI=0.016241;REFB=-0.0133361;REVB=-0.00771271;RO=41;SAF=17;SAR=5;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247075;STB=0.640272;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0216413;OID=.;OPOS=160769811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:42:22:22:0.34375:5:17:24:17:5:17:25:17 chr6 160858188 . G A 1237.0 PASS AF=0.457447;AO=129;DP=282;FAO=129;FDP=282;FR=.;FRO=153;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=67;FSRR=86;FWDB=-0.0159507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.786;QD=17.5461;RBI=0.0177614;REFB=-0.00661978;REVB=-0.00781282;RO=153;SAF=56;SAR=73;SRF=67;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379275;STB=0.502097;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00615119;OID=.;OPOS=160858188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:153:153:129:129:0.457447:73:56:67:86:73:56:67:86 chr6 160872151 . C T 648.17 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=129;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.0077833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.036;QD=20.0982;RBI=0.0105232;REFB=-0.020157;REVB=-0.00708217;RO=64;SAF=34;SAR=31;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146769;STB=0.580759;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0226059;OID=.;OPOS=160872151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:64:65:65:0.503876:31:34:23:41:31:34:23:41 chr6 160961137 . T C 716.28 PASS AF=0.423913;AO=77;DP=184;FAO=78;FDP=184;FR=.;FRO=106;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=69;FWDB=-0.00973114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.512;QD=15.5713;RBI=0.0249587;REFB=-0.00449145;REVB=0.0229835;RO=106;SAF=34;SAR=43;SRF=37;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098628;STB=0.558708;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00579238;OID=.;OPOS=160961137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:106:106:77:78:0.423913:43:34:37:69:43:35:37:69 chr6 161007496 . G C 675.08 PASS AF=0.364444;AO=80;DP=225;FAO=82;FDP=225;FR=.;FRO=143;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=65;FSRR=78;FWDB=0.00492524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.689;QD=12.0014;RBI=0.00499623;REFB=-0.0144081;REVB=-0.000839291;RO=132;SAF=25;SAR=55;SRF=54;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117155;STB=0.584882;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0262124;OID=.;OPOS=161007496;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:132:143:80:82:0.364444:55:25:54:78:55:27:65:78 chr6 161007538 . G C 835.9 PASS AF=0.376426;AO=99;DP=264;FAO=99;FDP=263;FR=.;FRO=164;FSAF=28;FSAR=71;FSRF=73;FSRR=91;FWDB=-0.0313161;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.036;QD=12.7133;RBI=0.034734;REFB=-0.012787;REVB=0.0150251;RO=161;SAF=28;SAR=71;SRF=70;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185772;STB=0.612516;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0380427;OID=.;OPOS=161007538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:161:164:99:99:0.376426:71:28:70:91:71:28:73:91 chr6 161032668 . A G 213.43 PASS AF=0.208092;AO=36;DP=171;FAO=36;FDP=173;FR=.;FRO=137;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=63;FSRR=74;FWDB=-0.00929167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.541;QD=4.93478;RBI=0.00929172;REFB=-0.000200954;REVB=2.91421e-05;RO=134;SAF=15;SAR=21;SRF=62;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594873;STB=0.53475;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00066281;OID=.;OPOS=161032668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:134:137:36:36:0.208092:21:15:62:72:21:15:63:74 chr6 161085267 . C T 327.76 PASS AF=0.285714;AO=46;DP=161;FAO=46;FDP=161;FR=.;FRO=115;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=69;FWDB=0.00205368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.742;QD=8.14307;RBI=0.0063506;REFB=-0.00440431;REVB=-0.00600937;RO=115;SAF=22;SAR=24;SRF=46;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958975;STB=0.556257;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0117631;OID=.;OPOS=161085267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:115:115:46:46:0.285714:24:22:46:69:24:22:46:69 chr6 161173946 . T G 6856.7 PASS AF=1;AO=423;DP=428;FAO=435;FDP=435;FR=.;FRO=0;FSAF=204;FSAR=231;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013122;FXX=0.00457655;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.185;QD=63.0501;RBI=0.0320767;REFB=-0.0385963;REVB=0.0292699;RO=2;SAF=195;SAR=228;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93261e-06;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:428:435:2:0:423:435:1:228:195:2:0:231:204:0:0 chr6 161469774 . G A 1281.11 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131935;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3792;QD=61.005;RBI=0.0169848;REFB=0;REVB=-0.0106965;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070532;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:81:84:1:44:37:0:0:46:38:0:0 chr6 161519349 . CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGC,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT 581.5 PASS AF=0,0.179487,0.820513;AO=22,7,8;DP=40;FAO=0,7,32;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,16;FSAR=0,0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319259,0.088164,0.0746741;FXX=0.0249938;HRUN=1,1,3;LEN=3,4,4;MLLD=165.01,168.751,174.973;QD=59.641;RBI=0.0445686,0.0934852,0.075596;REFB=0,0,0;REVB=-0.0310983,-0.0310901,0.0117698;RO=0;SAF=14,7,0;SAR=8,0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0.319328;SSEP=0,0,0.453333;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=-0.010925,0.0164964,0.0301153;OID=.,.,.;OPOS=161519351,161519381,161519350;OREF=CTG,CTGT,CCTG;OALT=-,TTGC,-;OMAPALT=CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGC,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.179487,0.820513:22,7,8:40:0,7,32:39:0:0,7,16:0,0,16:0:0:42:0:14,7,0:8,0,8:0:0 chr6 161538250 . G A 4351.09 PASS AF=1;AO=274;DP=280;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273184;FXX=0.0212758;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.788;QD=63.0592;RBI=0.0653093;REFB=0;REVB=0.0593212;RO=0;SAF=156;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14609e-05;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:280:276:0:0:274:276:1:118:156:0:0:120:156:0:0 chr6 161790964 . C T 1126.18 PASS AF=0.476987;AO=113;DP=238;FAO=114;FDP=239;FR=.;FRO=125;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=70;FSRR=55;FWDB=-0.0186088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.427;QD=18.8483;RBI=0.0246301;REFB=-0.00172909;REVB=-0.0161355;RO=125;SAF=56;SAR=57;SRF=70;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613448;STB=0.535928;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00161855;OID=.;OPOS=161790964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:125:125:113:114:0.476987:57:56:70:55:58:56:70:55 chr6 161807855 . C G 5183.35 PASS AF=1;AO=291;DP=333;FAO=329;FDP=329;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=130;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858413;FXX=0.00903587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.194;QD=63.0194;RBI=0.0569134;REFB=-0.0586499;REVB=0.0562624;RO=2;SAF=126;SAR=165;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00750875;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202502;OID=.;OPOS=161807855;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:333:329:2:0:291:329:1:165:126:2:0:199:130:0:0 chr6 162137099 . CATCTT C 995.32 PASS AF=0.470852;AO=96;DP=223;FAO=105;FDP=223;FR=.;FRO=118;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=-0.00478;FXX=0.0219289;HRUN=1;LEN=5;MLLD=298.699;QD=17.8532;RBI=0.00506245;REFB=-0.0164154;REVB=-0.00166734;RO=115;SAF=41;SAR=55;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509726;STB=0.524671;STBP=0.464;TYPE=del;VARB=0.0174457;OID=.;OPOS=162137100;OREF=ATCTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470852:96:223:105:223:118:45:60:56:62:99:115:41:55:55:60 chr6 163587146 . C G 1098.75 PASS AF=0.465021;AO=108;DP=239;FAO=113;FDP=243;FR=.;FRO=130;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=74;FSRR=56;FWDB=-0.0255422;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.767;QD=18.0864;RBI=0.0260986;REFB=-0.0232494;REVB=0.0053603;RO=129;SAF=62;SAR=46;SRF=74;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00043284;STB=0.511126;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0327006;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:243:129:130:108:113:0.465021:46:62:74:55:51:62:74:56 chr6 163587266 . C A 1113.83 PASS AF=0.480687;AO=112;DP=235;FAO=112;FDP=233;FR=.;FRO=121;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=0.0271302;FXX=0.0210075;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.985;QD=19.1215;RBI=0.0290652;REFB=-0.0185728;REVB=0.0104276;RO=120;SAF=57;SAR=55;SRF=57;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318569;STB=0.519647;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0193281;OID=.;OPOS=163587266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:233:120:121:112:112:0.480687:55:57:57:63:55:57:57:64 chr6 163612783 . C A 332.35 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=44;FWDB=0.0522769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0934;QD=14.2946;RBI=0.0904953;REFB=-0.00280781;REVB=0.0738682;RO=53;SAF=11;SAR=26;SRF=9;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173313;STB=0.562834;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00902232;OID=.;OPOS=163612783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:56:37:37:0.397849:26:11:9:44:26:11:12:44 chr6 163736204 . T C 367.45 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0092852;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.42;QD=16.3309;RBI=0.0257144;REFB=-0.00899969;REVB=-0.0239795;RO=52;SAF=16;SAR=23;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922107;STB=0.557064;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0157342;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:52:51:39:39:0.433333:23:16:26:26:23:16:26:25 chr6 166308198 . A G 2681.0 PASS AF=0.483986;AO=272;DP=564;FAO=272;FDP=562;FR=.;FRO=290;FSAF=105;FSAR=167;FSRF=117;FSRR=173;FWDB=0.00276779;FXX=0.00354604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.241;QD=19.0818;RBI=0.00967664;REFB=-0.0102469;REVB=0.00927237;RO=292;SAF=105;SAR=167;SRF=119;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212824;STB=0.509439;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0100571;OID=.;OPOS=166308198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:562:292:290:272:272:0.483986:167:105:119:173:167:105:117:173 chr6 166309245 . A T 893.95 PASS AF=0.915493;AO=65;DP=71;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00284981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.852;QD=50.3635;RBI=0.00285307;REFB=-0.0242497;REVB=0.000136303;RO=6;SAF=38;SAR=27;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408525;STB=0.521694;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00311913;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:71:71:6:6:65:65:0.915493:27:38:2:4:27:38:2:4 chr6 166309249 . G T 1047.43 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9811;QD=58.1904;RBI=0.0643863;REFB=-0.0153881;REVB=-0.0625917;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122822;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000219532;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:33:38:1:0:33:38:1:0 chr6 166309288 . T C 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.531;QD=62.4641;RBI=0.0115798;REFB=0;REVB=-0.00280278;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1133e-05;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr6 166309667 . G C 304.7 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=48;FWDB=-0.0155382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.757;QD=11.9488;RBI=0.0162343;REFB=-0.00608167;REVB=0.0047026;RO=65;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201446;STB=0.6143;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0102642;OID=.;OPOS=166309667;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:65:65:37:37:0.362745:21:16:17:48:21:16:17:48 chr6 166571157 . G A 1064.82 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01588;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.504;QD=59.1565;RBI=0.0232967;REFB=0;REVB=0.0170459;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226134;OID=.;OPOS=166571157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:33:37:0:0:34:38:0:0 chr6 166571164 . T G 1030.38 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0615462;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.908;QD=58.0494;RBI=0.0617885;REFB=-0.142964;REVB=-0.00546577;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000429248;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:0:1:69:70:0.985915:34:35:0:0:35:35:1:0 chr6 166572005 . T C 2658.6 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.721;QD=62.1894;RBI=0.0649035;REFB=0;REVB=-0.0639222;RO=0;SAF=77;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05357e-05;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:171:0:0:170:171:1:93:77:0:0:93:78:0:0 chr6 166579270 . C T 600.82 PASS AF=0.433962;AO=66;DP=151;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=58;FWDB=-0.00999121;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.888;QD=15.1151;RBI=0.0319411;REFB=0.00694533;REVB=-0.0303383;RO=84;SAF=40;SAR=26;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235612;STB=0.624965;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00629054;OID=.;OPOS=166579270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:159:84:90:66:69:0.433962:26:40:31:53:29:40:32:58 chr6 166580188 . G A 651.1 PASS AF=0.457516;AO=69;DP=153;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0278755;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.284;QD=17.0223;RBI=0.0320881;REFB=-0.0154861;REVB=0.0158934;RO=83;SAF=36;SAR=33;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391003;STB=0.517545;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0175626;OID=.;OPOS=166580188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:83:83:69:70:0.457516:33:36:40:43:34:36:40:43 chr6 166721211 . G T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637473;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.744;QD=61.684;RBI=0.00679741;REFB=0;REVB=-0.00235957;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35656e-05;OID=.;OPOS=166721211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr6 166721224 . C G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.999;QD=61.684;RBI=0.0196627;REFB=0;REVB=0.0194116;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09501e-05;OID=.;OPOS=166721224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr6 166736362 . C T 522.78 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00221729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.394;QD=21.1223;RBI=0.0265989;REFB=-0.00664885;REVB=0.0265064;RO=48;SAF=26;SAR=24;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000739764;STB=0.505261;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00771123;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:49:50:50:0.505051:24:26:25:23:24:26:26:23 chr6 166739646 . T C 119.51 PASS AF=0.4;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00198756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.26;QD=13.6578;RBI=0.0103291;REFB=-0.0175509;REVB=-0.0101361;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021973;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0381257;OID=.;OPOS=166739646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:21:14:14:0.4:8:6:9:11:8:6:9:12 chr6 166739684 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.76;QD=52.6131;RBI=0.0132889;REFB=0;REVB=0.0102604;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54857e-06;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr6 166755975 . T C 4262.77 PASS AF=1;AO=249;DP=252;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210752;FXX=0.00360998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.743;QD=61.7792;RBI=0.021253;REFB=-0.0896357;REVB=0.00274408;RO=1;SAF=102;SAR=147;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465035;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60971e-05;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:252:276:1:0:249:276:1:147:102:1:0:148:128:0:0 chr6 166755979 . A C 4233.08 PASS AF=1;AO=264;DP=265;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258865;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.665;QD=62.4808;RBI=0.0262131;REFB=-0.072932;REVB=-0.00412491;RO=0;SAF=124;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.88988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3327e-05;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:265:271:0:0:264:271:1:140:124:0:0:141:130:0:0 chr6 166778678 . A AG 957.94 PASS AF=0.987179;AO=9;DP=80;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0170822;FXX=0.0126566;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.5639;QD=49.1251;RBI=0.212587;REFB=-0.0110918;REVB=0.2119;RO=67;SAF=3;SAR=6;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259079;STB=0.506665;STBP=0.326;TYPE=ins;VARB=-0.000179972;OID=.;OPOS=166778679;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987179:9:80:77:78:1:37:40:1:0:3:67:3:6:37:30 chr6 166778679 . T G 940.02 PASS AF=0.894737;AO=65;DP=76;FAO=68;FDP=76;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0103876;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3559;QD=49.4747;RBI=0.086216;REFB=-0.0188076;REVB=0.085588;RO=8;SAF=35;SAR=30;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851311;STB=0.540946;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00297931;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:8:8:65:68:0.894737:30:35:1:7:33:35:1:7 chr6 166826255 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.745;QD=59.5017;RBI=0.0265884;REFB=0;REVB=-0.0158968;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88266e-06;OID=.;OPOS=166826255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr6 166826304 . T C 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.706;QD=61.048;RBI=0.032336;REFB=0;REVB=-0.016937;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73002e-05;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr6 166952264 . G A 1704.25 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2849;QD=60.3275;RBI=0.0280876;REFB=0;REVB=0.0275557;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05389e-05;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:56:56:0:0:56:57:0:0 chr6 167040463 . A G 1485.95 PASS AF=0.5;AO=146;DP=292;FAO=146;FDP=292;FR=.;FRO=146;FSAF=78;FSAR=68;FSRF=92;FSRR=54;FWDB=0.019009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4171;QD=20.3555;RBI=0.0192774;REFB=-0.00112306;REVB=-0.00320565;RO=146;SAF=78;SAR=68;SRF=92;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885687;STB=0.548485;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00128219;OID=.;OPOS=167040463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:146:146:146:146:0.5:68:78:92:54:68:78:92:54 chr6 167271711 . T C 650.85 PASS AF=0.407821;AO=72;DP=179;FAO=73;FDP=179;FR=.;FRO=106;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=-0.0308411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.308;QD=14.5441;RBI=0.0315211;REFB=-0.0174292;REVB=0.00651191;RO=101;SAF=30;SAR=42;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307572;STB=0.525369;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0304705;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:101:106:72:73:0.407821:42:30:45:56:43:30:48:58 chr6 167271716 . T C 579.01 PASS AF=0.39881;AO=59;DP=161;FAO=67;FDP=168;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.00181427;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.05;QD=13.786;RBI=0.0069962;REFB=-0.0178126;REVB=0.00675687;RO=101;SAF=25;SAR=34;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035809;STB=0.513787;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0283227;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:168:101:101:59:67:0.39881:34:25:46:55:38:29:46:55 chr6 167352104 . C A,T 2125.98 PASS AF=0.902098,0.0839161;AO=131,10;DP=143;FAO=129,12;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=84,0;FSAR=45,12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0209358,-0.036915;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=104.418,8.54865;QD=59.468;RBI=0.047949,0.0522958;REFB=-0.0413859,0.0405261;REVB=0.0431369,0.0370422;RO=1;SAF=84,0;SAR=47,10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0100043,0;STB=0.510868,0.5;STBP=0.078,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00263614,0.235213;OID=.,.;OPOS=167352104,167352104;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:143:143:1:2:131,10:129,12:0.902098,0.0839161:47,10:84,0:0:1:45,12:84,0:0:2 chr6 167549775 . T C 560.37 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0166459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.319;QD=17.7895;RBI=0.0209898;REFB=0.000581533;REVB=0.0127863;RO=66;SAF=33;SAR=26;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997555;STB=0.559302;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.000666184;OID=.;OPOS=167549775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:67:59:59:0.468254:26:33:30:36:26:33:30:37 chr6 167550042 . C T 2703.89 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.046;QD=61.8031;RBI=0.0705659;REFB=0;REVB=0.0705074;RO=0;SAF=75;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184384;OID=.;OPOS=167550042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:175:175:0:0:174:175:1:99:75:0:0:100:75:0:0 chr6 167571048 . T C 3167.12 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2981;QD=61.7974;RBI=0.0185708;REFB=0;REVB=0.0123954;RO=0;SAF=109;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04624e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48868e-05;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:205:0:0:205:205:1:96:109:0:0:96:109:0:0 chr6 167590541 . G A 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2314;QD=59.8289;RBI=0.0686914;REFB=0;REVB=-0.0674352;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165378;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr6 167590574 . G C 1309.41 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378396;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.113;QD=61.6192;RBI=0.0411694;REFB=0;REVB=0.0162198;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020577;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:83:85:1:44:39:0:0:45:40:0:0 chr6 167591956 . C T 400.09 PASS AF=0.19888;AO=69;DP=356;FAO=71;FDP=357;FR=.;FRO=286;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=79;FSRR=207;FWDB=-0.00941759;FXX=0.00279322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7772;QD=4.48278;RBI=0.104492;REFB=0.0034361;REVB=0.104066;RO=283;SAF=30;SAR=39;SRF=78;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221198;STB=0.624706;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0149864;OID=.;OPOS=167591956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:357:283:286:69:71:0.19888:39:30:78:205:41:30:79:207 chr6 167592524 . T C 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.538;QD=59.9237;RBI=0.0291769;REFB=0;REVB=0.0229406;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58122e-05;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:51:54:0:0:51:54:0:0 chr6 167592576 . G A 2102.65 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9528;QD=62.7658;RBI=0.057439;REFB=0;REVB=-0.0340189;RO=0;SAF=66;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74793e-05;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:67:66:0:0:67:67:0:0 chr6 167719436 . G A 763.02 PASS AF=0.445055;AO=81;DP=183;FAO=81;FDP=182;FR=.;FRO=101;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=-0.0221333;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3538;QD=16.7697;RBI=0.030783;REFB=-0.0130245;REVB=0.0213942;RO=99;SAF=39;SAR=42;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468424;STB=0.519995;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.023399;OID=.;OPOS=167719436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:99:101:81:81:0.445055:42:39:43:56:42:39:45:56 chr6 167728774 . TGT CAC,CGT 889.79 PASS AF=0.439394,0.545455;AO=29,31;DP=67;FAO=29,36;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=15,18;FSAR=14,18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00774234,-0.00608998;FXX=0.0571347;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=128.953,97.1732;QD=53.9266;RBI=0.0127853,0.0138106;REFB=-0.177999,-0.171656;REVB=0.0101745,0.0123954;RO=1;SAF=15,16;SAR=14,15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.03211,0.0300873;STB=0.517229,0.513506;STBP=0.548,0.509;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00255901,0.00846251;OID=.,.;OPOS=167728774,167728774;OREF=TGT,T;OALT=CAC,C;OMAPALT=CAC,CGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:67:66:1:1:29,31:29,36:0.439394,0.545455:14,15:15,16:0:1:14,18:15,18:0:1 chr6 167753691 . C T 1837.24 PASS AF=0.47449;AO=186;DP=392;FAO=186;FDP=392;FR=.;FRO=206;FSAF=65;FSAR=121;FSRF=95;FSRR=111;FWDB=0.0426278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7066;QD=18.7473;RBI=0.0426579;REFB=-0.0197164;REVB=-0.00160041;RO=206;SAF=65;SAR=121;SRF=95;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11272;STB=0.56213;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0174655;OID=.;OPOS=167753691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:392:206:206:186:186:0.47449:121:65:95:111:121:65:95:111 chr6 167754661 . A G 1661.53 PASS AF=0.99115;AO=106;DP=106;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00649812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.818;QD=58.8154;RBI=0.0191896;REFB=0.00545405;REVB=0.0180559;RO=0;SAF=43;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-4.13876e-05;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:113:0:1:106:112:0.99115:63:43:0:0:65:47:1:0 chr6 167754702 . C T 1988.44 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3109;QD=62.1387;RBI=0.0284354;REFB=0;REVB=-0.0140856;RO=0;SAF=63;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115187;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:65:63:0:0:65:63:0:0 chr6 167796280 . C T 1020.14 PASS AF=0.507389;AO=103;DP=203;FAO=103;FDP=203;FR=.;FRO=100;FSAF=69;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-2.42322e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.369;QD=20.1013;RBI=0.00609951;REFB=-0.0128898;REVB=-0.00609946;RO=100;SAF=69;SAR=34;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106822;STB=0.558751;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0107663;OID=.;OPOS=167796280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:100:100:103:103:0.507389:34:69:56:44:34:69:56:44 chr6 167796309 . C T 1081.7 PASS AF=0.502304;AO=109;DP=217;FAO=109;FDP=217;FR=.;FRO=108;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.0180511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.568;QD=19.9392;RBI=0.0201966;REFB=-0.0193242;REVB=-0.00905872;RO=106;SAF=69;SAR=40;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896146;STB=0.550035;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0193976;OID=.;OPOS=167796309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:106:108:109:109:0.502304:40:69:57:49:40:69:58:50 chr6 167796319 . T C 1133.87 PASS AF=0.523364;AO=109;DP=213;FAO=112;FDP=214;FR=.;FRO=102;FSAF=71;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.014639;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.779;QD=21.1939;RBI=0.0147922;REFB=-0.00163641;REVB=-0.00212313;RO=101;SAF=70;SAR=39;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815963;STB=0.542596;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00622182;OID=.;OPOS=167796319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:101:102:109:112:0.523364:39:70:56:45:41:71:56:46 chr6 167797844 . C T 2320.82 PASS AF=0.981013;AO=155;DP=158;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0194915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.074;QD=58.755;RBI=0.0195074;REFB=-0.10116;REVB=0.000787008;RO=2;SAF=89;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0018379;STB=0.504669;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000186534;OID=.;OPOS=167797844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:158:158:2:3:155:155:0.981013:66:89:1:1:66:89:1:2 chr6 168323664 . A G 461.03 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.541;QD=16.0358;RBI=0.0445812;REFB=-0.00542479;REVB=-0.038069;RO=64;SAF=24;SAR=27;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962408;STB=0.553698;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00632717;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:27:24:24:40:27:24:24:40 chr6 168343838 . T C 707.46 PASS AF=0.412698;AO=77;DP=189;FAO=78;FDP=189;FR=.;FRO=111;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=74;FWDB=0.0135684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1721;QD=14.9727;RBI=0.023269;REFB=-0.00953452;REVB=0.0189036;RO=110;SAF=32;SAR=45;SRF=36;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974659;STB=0.554882;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0143681;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:110:111:77:78:0.412698:45:32:36:74:45:33:37:74 chr6 168349011 . C T 495.82 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0477672;FXX=0.0086949;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9729;QD=17.3973;RBI=0.0538759;REFB=-0.0319904;REVB=0.0249179;RO=50;SAF=28;SAR=25;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775682;STB=0.528291;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0482543;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:114:50:61:53:53:0.464912:25:28:22:28:25:28:29:32 chr6 168352105 . G A 360.94 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0140469;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.149;QD=17.3948;RBI=0.0165301;REFB=0.00349022;REVB=0.00871378;RO=45;SAF=8;SAR=30;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254049;STB=0.643796;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00420087;OID=.;OPOS=168352105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:45:45:38:38:0.457831:30:8:19:26:30:8:19:26 chr6 168376866 . T C 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.042335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.827;QD=9.47596;RBI=0.0426561;REFB=-0.00587706;REVB=0.00522412;RO=21;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450474;STB=0.785697;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0175869;OID=.;OPOS=168376866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:9:1:8:13:9:1:8:13 chr6 168376869 . C T 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0010321;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.245;QD=4.81088;RBI=0.0151881;REFB=-0.0102697;REVB=0.015153;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321363;STB=0.723786;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.040982;OID=.;OPOS=168376869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:5:1:9:14:5:1:9:14 chr6 168377309 . G A 77.23 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00644861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.064;QD=13.4318;RBI=0.00932205;REFB=-0.00506807;REVB=0.00673171;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11072;STB=0.565089;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00899765;OID=.;OPOS=168377309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:8:5:5:5:8:5 chr6 168440826 . C T 289.42 PASS AF=0.322034;AO=38;DP=118;FAO=38;FDP=118;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.069628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5094;QD=9.81096;RBI=0.0716016;REFB=-0.00249008;REVB=-0.016695;RO=79;SAF=15;SAR=23;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00283932;STB=0.503726;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00551859;OID=.;OPOS=168440826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:79:80:38:38:0.322034:23:15:31:48:23:15:32:48 chr6 168457801 . A G 563.7 PASS AF=0.394118;AO=59;DP=161;FAO=67;FDP=170;FR=.;FRO=103;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=64;FWDB=-0.00680828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.829;QD=13.2634;RBI=0.0130339;REFB=-0.0151629;REVB=0.0111144;RO=100;SAF=23;SAR=36;SRF=38;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011474;STB=0.533725;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0233683;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:170:100:103:59:67:0.394118:36:23:38:62:45:22:39:64 chr6 168457966 . G A 458.52 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00732217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.432;QD=15.6757;RBI=0.00984797;REFB=-0.0108827;REVB=-0.00658547;RO=66;SAF=24;SAR=27;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601131;STB=0.533655;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.014431;OID=.;OPOS=168457966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:27:24:35:31:27:24:35:31 chr6 168459790 . G T 913.48 PASS AF=0.489362;AO=90;DP=173;FAO=92;FDP=188;FR=.;FRO=96;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=75;FSRR=21;FWDB=0.0140946;FXX=0.015706;HRUN=7;LEN=1;MLLD=49.798;QD=19.4357;RBI=0.071497;REFB=-0.0257471;REVB=0.0700939;RO=83;SAF=54;SAR=36;SRF=69;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223105;STB=0.606062;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0223909;OID=.;OPOS=168459790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:188:83:96:90:92:0.489362:36:54:69:14:38:54:75:21 chr6 168459792 . G A 850.8 PASS AF=0.44878;AO=91;DP=204;FAO=92;FDP=205;FR=.;FRO=113;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=76;FSRR=37;FWDB=-0.000699375;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=241.794;QD=16.601;RBI=0.0171343;REFB=-0.00789517;REVB=-0.01712;RO=113;SAF=55;SAR=36;SRF=76;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724385;STB=0.543559;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00891211;OID=.;OPOS=168459792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:113:113:91:92:0.44878:36:55:76:37:37:55:76:37 chr6 168459845 . G C 1337.03 PASS AF=0.453674;AO=142;DP=311;FAO=142;FDP=313;FR=.;FRO=171;FSAF=77;FSAR=65;FSRF=96;FSRR=75;FWDB=-0.024963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.081;QD=17.0867;RBI=0.0251812;REFB=-0.0245462;REVB=0.00330752;RO=169;SAF=77;SAR=65;SRF=96;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256129;STB=0.510555;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.028988;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:313:169:171:142:142:0.453674:65:77:96:73:65:77:96:75 chr6 168479604 . G A 1523.82 PASS AF=0.505085;AO=148;DP=294;FAO=149;FDP=295;FR=.;FRO=146;FSAF=92;FSAR=57;FSRF=83;FSRR=63;FWDB=0.00360092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.427;QD=20.662;RBI=0.0103241;REFB=-0.0194817;REVB=0.00967578;RO=145;SAF=91;SAR=57;SRF=82;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464786;STB=0.525336;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0180047;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:295:145:146:148:149:0.505085:57:91:82:63:57:92:83:63 chr6 168482110 . C T 813.54 PASS AF=0.507538;AO=81;DP=180;FAO=101;FDP=199;FR=.;FRO=98;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=0.00431181;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.175;QD=16.3525;RBI=0.0104161;REFB=-0.0421021;REVB=-0.00948176;RO=79;SAF=43;SAR=38;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121237;STB=0.516753;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0732794;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:199:79:98:81:101:0.507538:38:43:43:36:58:43:45:53 chr6 168694594 . C T 3819.62 PASS AF=1;AO=240;DP=240;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0558964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8772;QD=63.6603;RBI=0.0577829;REFB=0;REVB=-0.0146443;RO=0;SAF=97;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131796;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:240:0:0:240:240:1:143:97:0:0:143:97:0:0 chr6 168695309 . C T 4181.65 PASS AF=0.99262;AO=268;DP=272;FAO=269;FDP=271;FR=.;FRO=2;FSAF=182;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0103618;FXX=0.00367634;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9562;QD=61.7217;RBI=0.0372249;REFB=-0.0301142;REVB=-0.0357537;RO=3;SAF=183;SAR=85;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165258;STB=0.501487;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.000534521;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:272:271:3:2:268:269:0.99262:85:183:0:3:87:182:1:1 chr6 168695345 . G A 5859.45 PASS AF=1;AO=370;DP=371;FAO=372;FDP=372;FR=.;FRO=0;FSAF=218;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140632;FXX=0.00268089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6992;QD=63.0048;RBI=0.0453257;REFB=-0.0511598;REVB=0.0430888;RO=1;SAF=218;SAR=152;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218398;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109558;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:371:372:1:0:370:372:1:152:218:1:0:154:218:0:0 chr6 168708751 . A G 240.3 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0215912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.767;QD=10.0126;RBI=0.0216402;REFB=-0.00147856;REVB=-0.00145544;RO=66;SAF=7;SAR=23;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324292;STB=0.691992;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00450572;OID=.;OPOS=168708751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:66:30:30:0.3125:23:7:32:34:23:7:32:34 chr6 168708793 . C G 181.99 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00772685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.659;QD=9.57865;RBI=0.0375999;REFB=-0.0195806;REVB=-0.0367974;RO=52;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141534;STB=0.583264;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0444157;OID=.;OPOS=168708793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:52:24:24:0.315789:10:14:24:28:10:14:24:28 chr6 168708816 . T G 173.88 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=82;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00936694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.841;QD=8.28007;RBI=0.0118854;REFB=-0.0152099;REVB=0.0073159;RO=56;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247664;STB=0.645039;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0362353;OID=.;OPOS=168708816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:56:60:22:24:0.285714:8:14:24:32:8:16:28:32 chr6 168709385 . T C 1504.09 PASS AF=0.496667;AO=143;DP=294;FAO=149;FDP=300;FR=.;FRO=151;FSAF=73;FSAR=76;FSRF=67;FSRR=84;FWDB=0.000330217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.123;QD=20.0546;RBI=0.00377756;REFB=-0.0208106;REVB=-0.0037631;RO=151;SAF=71;SAR=72;SRF=67;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493733;STB=0.523294;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0206237;OID=.;OPOS=168709385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:300:151:151:143:149:0.496667:72:71:67:84:76:73:67:84 chr6 168842113 . T G 196.71 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0607798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.935;QD=18.2984;RBI=0.0615987;REFB=-0.0234981;REVB=-0.010011;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115994;STB=0.565971;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0396192;OID=.;OPOS=168842113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:11:12:8:12:11:12 chr6 169619933 . T TTTCCTTCC 166.83 PASS AF=0.384615;AO=17;DP=67;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0241007;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=8;MLLD=275.758;QD=12.8328;RBI=0.0242103;REFB=-0.0211485;REVB=-0.00230113;RO=46;SAF=2;SAR=15;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.635762;STB=0.848651;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0292402;OID=.;OPOS=169619934;OREF=-;OALT=TTCCTTCC;OMAPALT=TTTCCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:17:67:20:52:32:2:18:18:14:99:46:2:15:30:16 chr6 169619943 . G T 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.101151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.923;QD=2.28067;RBI=0.107586;REFB=-0.00874771;REVB=-0.0366501;RO=47;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334319;STB=0.759902;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0869169;OID=.;OPOS=169619943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:47:48:6:6:0.111111:5:1:20:27:5:1:20:28 chr6 169620425 . C G 451.63 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0576943;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.871;QD=17.8862;RBI=0.0598382;REFB=-0.011202;REVB=0.0158741;RO=52;SAF=22;SAR=26;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151219;STB=0.502908;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00803818;OID=.;OPOS=169620425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:52:53:48:48:0.475248:26:22:23:29:26:22:24:29 chr6 169621536 . A G 593.89 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0424773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.836;QD=15.5265;RBI=0.0429897;REFB=-0.00954954;REVB=0.00661778;RO=86;SAF=34;SAR=32;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506532;STB=0.531451;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.011927;OID=.;OPOS=169621536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:86:87:66:66:0.431373:32:34:40:46:32:34:40:47 chr6 169622490 . G A 667.6 PASS AF=0.55;AO=65;DP=119;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00581245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7271;QD=22.2534;RBI=0.0630288;REFB=0.0211006;REVB=-0.0627602;RO=54;SAF=29;SAR=36;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048296;STB=0.523189;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0216439;OID=.;OPOS=169622490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:54:54:65:66:0.55:36:29:21:33:37:29:21:33 chr6 169632219 . G A 806.32 PASS AF=0.417431;AO=87;DP=214;FAO=91;FDP=218;FR=.,HEALED;FRO=127;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=71;FWDB=0.0663351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1627;QD=14.7948;RBI=0.0742728;REFB=-0.0251665;REVB=-0.0334081;RO=85;SAF=54;SAR=33;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00271334;STB=0.60225;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0597346;OID=.;OPOS=169632219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:218:85:127:87:91:0.417431:33:54:53:32:35:56:56:71 chr6 169637763 . G C 944.63 PASS AF=0.46729;AO=99;DP=213;FAO=100;FDP=214;FR=.;FRO=114;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.00124272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0112;QD=17.6567;RBI=0.0099038;REFB=0.000926242;REVB=-0.00982552;RO=114;SAF=49;SAR=50;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133764;STB=0.509998;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00100589;OID=.;OPOS=169637763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:114:114:99:100:0.46729:50:49:58:56:51:49:58:56 chr6 170033086 . G A 3098.23 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105415;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.867;QD=63.881;RBI=0.0108839;REFB=0;REVB=-0.00270822;RO=0;SAF=91;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78418e-05;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:194:0:0:194:194:1:103:91:0:0:103:91:0:0 chr6 170059627 . G A 1530.03 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.766;QD=63.7513;RBI=0.0502233;REFB=0;REVB=0.013149;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77436e-05;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:96:0:0:92:96:1:48:44:0:0:49:47:0:0 chr6 170068180 . A G 4452.95 PASS AF=1;AO=280;DP=282;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486704;FXX=0.00354597;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8118;QD=63.3872;RBI=0.104771;REFB=0;REVB=-0.0927805;RO=0;SAF=127;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332033;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:282:281:0:0:280:281:1:153:127:0:0:153:128:0:0 chr6 170070723 . A G 937.94 PASS AF=1;AO=58;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.135;QD=58.6212;RBI=0.0640699;REFB=0;REVB=0.04901;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113853;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:58:64:1:27:31:0:0:28:36:0:0 chr6 170102267 . A G 2712.37 PASS AF=0.994318;AO=171;DP=172;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8933;QD=61.6447;RBI=0.0476598;REFB=-0.133008;REVB=-0.0456162;RO=0;SAF=88;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502857;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000736808;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:172:176:0:1:171:175:0.994318:83:88:0:0:87:88:0:1 chr6 170103508 . G GT 869.81 PASS AF=1;AO=68;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611943;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.7915;QD=47.0165;RBI=0.0724989;REFB=0;REVB=-0.038876;RO=6;SAF=30;SAR=38;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000449029;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:76:74:74:0:33:41:0:0:16:6:30:38:4:2 chr6 170159124 . T C 620.72 PASS AF=0.387978;AO=71;DP=184;FAO=71;FDP=183;FR=.;FRO=112;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.0174566;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.813;QD=13.5677;RBI=0.0283447;REFB=-0.000919124;REVB=0.0223313;RO=112;SAF=40;SAR=31;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107533;STB=0.560673;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.001115;OID=.;OPOS=170159124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:112:112:71:71:0.387978:31:40:52:60:31:40:52:60 chr6 170190200 . G A 4282.31 PASS AF=1;AO=268;DP=273;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436067;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5743;QD=61.3952;RBI=0.0738863;REFB=0.0398656;REVB=0.059646;RO=5;SAF=131;SAR=137;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170786;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37563e-05;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:273:279:5:0:268:279:1:137:131:0:5:147:132:0:0 chr6 170190418 . T G 431.44 PASS AF=0.445455;AO=46;DP=107;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0207431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.269;QD=15.6889;RBI=0.0219164;REFB=-0.0199429;REVB=-0.0070747;RO=61;SAF=22;SAR=24;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195909;STB=0.505775;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0248192;OID=.;OPOS=170190418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:61:61:46:49:0.445455:24:22:28:33:26:23:28:33 chr6 170190659 . G T 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0136572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.749;QD=17.8004;RBI=0.0147087;REFB=-0.0108996;REVB=-0.00546142;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156069;STB=0.588153;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0189416;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:12:8:6:18:12:8:6:18 chr6 170592945 . C T 417.2 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00500441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.725;QD=15.4518;RBI=0.00953952;REFB=-0.017552;REVB=-0.00812147;RO=60;SAF=21;SAR=26;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00322875;STB=0.502391;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0188656;OID=.;OPOS=170592945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:61:47:47:0.435185:26:21:27:33:26:21:27:34 chr6 170597276 . C T 400.81 PASS AF=0.423729;AO=36;DP=128;FAO=50;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0122251;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.401;QD=13.5868;RBI=0.0301019;REFB=-0.0317578;REVB=-0.0275076;RO=74;SAF=24;SAR=12;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184571;STB=0.54839;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0477144;OID=.;OPOS=170597276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:118:74:68:36:50:0.423729:12:24:38:36:27:23:37:31 chr6 170597305 . C T 849.81 PASS AF=0.548611;AO=78;DP=143;FAO=79;FDP=144;FR=.;FRO=65;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0457846;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7571;QD=23.6058;RBI=0.0459682;REFB=-0.0235028;REVB=0.00410494;RO=63;SAF=42;SAR=36;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897437;STB=0.544293;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0339166;OID=.;OPOS=170597305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:63:65:78:79:0.548611:36:42:27:36:36:43:29:36 chr6 170598352 . C T 1613.52 PASS AF=0.432432;AO=175;DP=407;FAO=176;FDP=407;FR=.;FRO=231;FSAF=72;FSAR=104;FSRF=121;FSRR=110;FWDB=-0.00968261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.662;QD=15.8577;RBI=0.0103682;REFB=-0.0192723;REVB=0.00370759;RO=231;SAF=71;SAR=104;SRF=121;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12221;STB=0.56572;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0243993;OID=.;OPOS=170598352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:407:231:231:175:176:0.432432:104:71:121:110:104:72:121:110 chr6 170598368 . TCTC T 693.91 PASS AF=0.318182;AO=90;DP=263;FAO=91;FDP=286;FR=.;FRO=195;FSAF=23;FSAR=68;FSRF=98;FSRR=97;FWDB=-0.023558;FXX=0.0592086;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.727;QD=9.70509;RBI=0.0289249;REFB=-0.0261958;REVB=-0.0167831;RO=137;SAF=23;SAR=67;SRF=62;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239417;STB=0.684312;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0638128;OID=.;OPOS=170598369;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:90:263:91:286:195:23:68:98:97:99:137:23:67:62:75 chr6 170627651 . G A 37.57 PASS AF=0.189189;AO=6;DP=36;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0170523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.232;QD=4.06183;RBI=0.0172973;REFB=-0.0328607;REVB=0.00290085;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944876;STB=0.638991;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.132348;OID=.;OPOS=170627651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:36:37:30:30:6:7:0.189189:4:2:8:22:4:3:8:22 chr6 170713682 . A T 556.63 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00585782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.25;QD=22.7198;RBI=0.00666489;REFB=-0.0060127;REVB=0.00317912;RO=46;SAF=19;SAR=33;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431977;STB=0.5238;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00548506;OID=.;OPOS=170713682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:33:19:19:27:33:19:19:27 chr6 170845354 . A G 198.98 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0152414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4107;QD=15.6059;RBI=0.0659892;REFB=-0.0341406;REVB=0.0642049;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448264;STB=0.516114;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0405271;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:10:12:14:14:10:12:15:14 chr6 170862300 . G C 1186.23 PASS AF=0.454545;AO=125;DP=275;FAO=125;FDP=275;FR=.;FRO=150;FSAF=33;FSAR=92;FSRF=53;FSRR=97;FWDB=-0.0779858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.489;QD=17.2542;RBI=0.0782084;REFB=-0.0039299;REVB=-0.00589621;RO=147;SAF=33;SAR=92;SRF=50;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908808;STB=0.559182;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00457711;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:147:150:125:125:0.454545:92:33:50:97:92:33:53:97 chr6 170871040 . A G 169.23 PASS AF=0.53125;AO=14;DP=34;FAO=17;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.131126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1034;QD=21.1539;RBI=0.134984;REFB=-0.0439885;REVB=-0.0320416;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185034;STB=0.618628;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0608649;OID=.;OPOS=170871040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:34:32:13:14:14:17:0.53125:11:3:5:8:14:3:5:9 chr6 170878793 . T C 1180.74 PASS AF=0.448029;AO=125;DP=279;FAO=125;FDP=279;FR=.;FRO=154;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=73;FSRR=81;FWDB=0.0305952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.902;QD=16.9281;RBI=0.0311073;REFB=-0.0120513;REVB=-0.00562101;RO=154;SAF=63;SAR=62;SRF=73;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298601;STB=0.516539;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0219622;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:154:154:125:125:0.448029:62:63:73:81:62:63:73:81 chr6 170887693 . G C 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0192567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.817;QD=19.1553;RBI=0.0195872;REFB=-0.00314652;REVB=-0.0035827;RO=23;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294442;STB=0.668132;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00503026;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:16:5:12:11:16:5:12:11 chr7 228527 . TG GT,T 649.31 PASS AF=0.522222,0.277778;AO=37,27;DP=89;FAO=47,25;FDP=90;FR=.;FRO=18;FSAF=2,11;FSAR=45,14;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0329607,0.00943415;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=73.2846,12.0027;QD=28.8582;RBI=0.064083,0.0396707;REFB=-0.0153229,-0.0511672;REVB=0.0549565,-0.0385326;RO=17;SAF=1,8;SAR=36,19;SRF=14;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0.516484;SSSB=-0.771356,-0.369206;STB=0.888275,0.660497;STBP=0,0.027;TYPE=mnp,del;VARB=0.0383296,0.0672993;OID=.,.;OPOS=228527,228528;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:89:90:17:18:37,27:47,25:0.522222,0.277778:36,19:1,8:14:3:45,14:2,11:15:3 chr7 299850 . G T 1379.04 PASS AF=0.474403;AO=137;DP=292;FAO=139;FDP=293;FR=.;FRO=154;FSAF=62;FSAR=77;FSRF=75;FSRR=79;FWDB=0.00969923;FXX=0.00677943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.553;QD=18.8265;RBI=0.0106612;REFB=-0.0140748;REVB=0.00442567;RO=155;SAF=60;SAR=77;SRF=76;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508225;STB=0.521682;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0154;OID=.;OPOS=299850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:293:155:154:137:139:0.474403:77:60:76:79:77:62:75:79 chr7 299881 . A G 1527.71 PASS AF=0.495238;AO=152;DP=309;FAO=156;FDP=315;FR=.;FRO=159;FSAF=63;FSAR=93;FSRF=75;FSRR=84;FWDB=-0.0407281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8618;QD=19.3994;RBI=0.0431639;REFB=-0.00948101;REVB=-0.0142949;RO=156;SAF=63;SAR=89;SRF=72;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044353;STB=0.53508;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00933915;OID=.;OPOS=299881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:315:156:159:152:156:0.495238:89:63:72:84:93:63:75:84 chr7 470239 . A G 3117.69 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.204;QD=61.7364;RBI=0.0340274;REFB=0;REVB=-0.0119836;RO=0;SAF=77;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06619e-05;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:125:77:0:0:125:77:0:0 chr7 470281 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.088;QD=61.0492;RBI=0.0175864;REFB=0;REVB=0.0109801;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18191e-06;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:50:28:0:0:50:28:0:0 chr7 470316 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1036;QD=40.7629;RBI=0.0114526;REFB=0;REVB=0.0058449;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872838;OID=.;OPOS=470316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr7 540741 . G A 1030.06 PASS AF=0.49763;AO=105;DP=211;FAO=105;FDP=211;FR=.;FRO=106;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=0.00243838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.425;QD=19.5271;RBI=0.0291223;REFB=-0.0183563;REVB=-0.0290201;RO=106;SAF=58;SAR=47;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395038;STB=0.521711;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0213237;OID=.;OPOS=540741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:106:106:105:105:0.49763:47:58:54:52:47:58:54:52 chr7 590199 . A G 427.54 PASS AF=0.342282;AO=51;DP=149;FAO=51;FDP=149;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.0104416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.448;QD=11.4776;RBI=0.0141226;REFB=-0.00612045;REVB=-0.00950901;RO=97;SAF=20;SAR=31;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107523;STB=0.558761;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.012233;OID=.;OPOS=590199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:97:98:51:51:0.342282:31:20:47:50:31:20:47:51 chr7 624221 . T G 6727.88 PASS AF=0.997685;AO=293;DP=440;FAO=431;FDP=432;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=221;FSAR=210;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046553;FXX=0.015945;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.414;QD=62.2952;RBI=0.0478463;REFB=0;REVB=0.0110494;RO=0;SAF=129;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132026;OID=.;OPOS=624221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:440:432:0:0:293:431:0.997685:164:129:0:0:210:221:0:0 chr7 624222 . A G 926.14 PASS AF=0.300683;AO=124;DP=426;FAO=132;FDP=439;FR=.;FRO=307;FSAF=87;FSAR=45;FSRF=134;FSRR=173;FWDB=0.0200947;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.9744;QD=8.4386;RBI=0.0477739;REFB=-0.032662;REVB=-0.0433423;RO=302;SAF=80;SAR=44;SRF=133;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249676;STB=0.65599;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.126361;OID=.;OPOS=624222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:439:302:307:124:132:0.300683:44:80:133:169:45:87:134:173 chr7 772174 . G A 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.694;QD=58.2381;RBI=0.0541583;REFB=0;REVB=-0.00430888;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22552e-05;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr7 808810 . C G 295.37 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0209765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.155;QD=15.3438;RBI=0.021059;REFB=-0.016207;REVB=0.00186226;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782669;STB=0.504422;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0219635;OID=.;OPOS=808810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:19:14:19:25:19:14:19:25 chr7 810219 . T C 1940.71 PASS AF=0.520548;AO=190;DP=365;FAO=190;FDP=365;FR=.;FRO=175;FSAF=89;FSAR=101;FSRF=85;FSRR=90;FWDB=-0.03868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3633;QD=21.2681;RBI=0.0408431;REFB=-0.0233663;REVB=0.0131153;RO=173;SAF=89;SAR=101;SRF=83;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994494;STB=0.508315;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0178105;OID=.;OPOS=810219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:365:173:175:190:190:0.520548:101:89:83:90:101:89:85:90 chr7 814788 . G A 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2187;QD=60.0286;RBI=0.0643243;REFB=0;REVB=-0.0322934;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204866;OID=.;OPOS=814788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr7 881668 . C T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.306;QD=61.8526;RBI=0.0600666;REFB=0;REVB=0.0307441;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145307;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr7 882895 . C G 792.86 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00576279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7924;QD=54.6801;RBI=0.0480969;REFB=-0.00121162;REVB=0.0477504;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000240829;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:56:57:0.982759:32:24:0:0:33:24:0:1 chr7 926827 . T C 2369.55 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.615;QD=64.0419;RBI=0.0267534;REFB=0;REVB=0.00914807;RO=0;SAF=68;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17667e-05;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:148:0:0:144:148:1:76:68:0:0:78:70:0:0 chr7 933369 . T C 220.29 PASS AF=0.291262;AO=30;DP=103;FAO=30;FDP=103;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.00747733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.089;QD=8.55512;RBI=0.0155333;REFB=-0.0141644;REVB=0.0136152;RO=73;SAF=24;SAR=6;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271572;STB=0.663294;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0296283;OID=.;OPOS=933369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:73:73:30:30:0.291262:6:24:45:28:6:24:45:28 chr7 940181 . C T 1884.69 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0287502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.248;QD=59.8315;RBI=0.0333933;REFB=-0.040226;REVB=0.0169865;RO=1;SAF=51;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646449;STB=0.506756;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000445721;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:1:2:124:124:0.984127:73:51:0:1:73:51:0:2 chr7 940258 . G GGGCAAAGGCA 284.91 PASS AF=0.302326;AO=33;DP=140;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-0.0304076;FXX=0.0227256;HRUN=4;LEN=10;MLLD=305.737;QD=8.8345;RBI=0.034485;REFB=-0.0167336;REVB=-0.0162663;RO=101;SAF=11;SAR=22;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973636;STB=0.530544;STBP=0.643;TYPE=ins;VARB=0.0366518;OID=.;OPOS=940259;OREF=-;OALT=GGCAAAGGCA;OMAPALT=GGGCAAAGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.302326:33:140:39:129:90:14:25:36:54:99:101:11:22:41:60 chr7 960450 . C T 681.43 PASS AF=0.421348;AO=75;DP=178;FAO=75;FDP=178;FR=.;FRO=103;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=64;FWDB=-0.0124564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.715;QD=15.3129;RBI=0.0298059;REFB=-0.0109738;REVB=0.0270782;RO=103;SAF=25;SAR=50;SRF=39;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516199;STB=0.528918;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0123364;OID=.;OPOS=960450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:103:103:75:75:0.421348:50:25:39:64:50:25:39:64 chr7 994943 . G C 383.6 PASS AF=0.481928;AO=37;DP=81;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-2.79352e-05;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.586;QD=18.4867;RBI=0.0252439;REFB=-0.0185199;REVB=-0.0252439;RO=42;SAF=12;SAR=25;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154098;STB=0.548565;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0192266;OID=.;OPOS=994943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:42:43:37:40:0.481928:25:12:20:22:25:15:20:23 chr7 995003 . G C 186.79 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.027974;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.636;QD=12.4524;RBI=0.0637617;REFB=-0.0134469;REVB=0.0572975;RO=37;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149917;STB=0.58725;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0299621;OID=.;OPOS=995003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:18:5:12:25:18:5:12:25 chr7 1023013 . C T 1897.12 PASS AF=1;AO=99;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5745;QD=60.7079;RBI=0.0375606;REFB=0;REVB=-0.0356307;RO=0;SAF=36;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30473e-05;OID=.;OPOS=1023013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:99:125:1:63:36:0:0:82:43:0:0 chr7 1024902 . G A 264.43 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.131793;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5747;QD=16.7893;RBI=0.131796;REFB=-0.0146714;REVB=-0.000780147;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091965;STB=0.558815;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.046331;OID=.;OPOS=1024902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:33:33:29:30:0.47619:16:13:18:15:17:13:18:15 chr7 1098233 . CAGA C 82.22 PASS AF=0.275;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00403343;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=3;MLLD=235.046;QD=8.22209;RBI=0.0346357;REFB=-0.00862881;REVB=0.0344001;RO=29;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175922;STB=0.607294;STBP=0.451;TYPE=del;VARB=0.0216055;OID=.;OPOS=1098234;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275:11:41:11:40:29:6:5:20:9:82:29:6:5:20:9 chr7 1098404 . C T 515.43 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0121697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.372;QD=17.6217;RBI=0.0155443;REFB=-0.013821;REVB=0.00967079;RO=59;SAF=19;SAR=36;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280067;STB=0.514806;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0172415;OID=.;OPOS=1098404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:62:55:55:0.470085:36:19:22:37:36:19:23:39 chr7 1131378 . C T 572.88 PASS AF=0.504202;AO=56;DP=116;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.109791;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3618;QD=19.2566;RBI=0.126044;REFB=-0.0126929;REVB=0.0619121;RO=60;SAF=27;SAR=29;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632526;STB=0.521001;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0164352;OID=.;OPOS=1131378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:60:59:56:60:0.504202:29:27:33:27:30:30:32:27 chr7 1131394 . G A 497.28 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00486792;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.658;QD=19.1259;RBI=0.00628946;REFB=-0.0433055;REVB=0.00398255;RO=52;SAF=26;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0369626;OID=.;OPOS=1131394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:52:52:52:52:0.5:26:26:26:26:26:26:26:26 chr7 1132153 . G A 429.04 PASS AF=0.426087;AO=48;DP=114;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0136729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.322;QD=14.923;RBI=0.0248507;REFB=-0.0222102;REVB=-0.0207511;RO=65;SAF=11;SAR=37;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245616;STB=0.648122;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0377382;OID=.;OPOS=1132153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:65:66:48:49:0.426087:37:11:28:37:38:11:29:37 chr7 1132671 . C G 266.29 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0216125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.328;QD=21.3035;RBI=0.0293498;REFB=-0.0304009;REVB=0.0198573;RO=24;SAF=7;SAR=18;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975736;STB=0.569774;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0300458;OID=.;OPOS=1132671;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:18:7:9:15:18:7:10:15 chr7 1132691 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=19;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00584315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8272;QD=17.5596;RBI=0.0359545;REFB=-0.0078613;REVB=0.0354765;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204864;STB=0.646899;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0105557;OID=.;OPOS=1132691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:19:18:0.461538:8:11:7:13:7:11:7:14 chr7 1132823 . TTTC T,TT 66.98 PASS AF=0,0.473684;AO=2,6;DP=19;FAO=0,9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00844546,-0.00126193;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=221.252,217.505;QD=14.1017;RBI=0.00925155,0.00478673;REFB=-0.0154398,-0.0233174;REVB=-0.00377694,-0.0046174;RO=10;SAF=2,2;SAR=0,4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.463326,-0.530397;STB=0.5,0.691009;STBP=1,0.21;TYPE=del,del;VARB=0,0.0142551;OID=.,.;OPOS=1132824,1132825;OREF=TTC,TC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.473684:2,6:19:0,9:19:10:0,5:0,4:9:1:63:10:2,2:0,4:9:1 chr7 1133171 . G T 499.28 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0013225;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.527;QD=20.5888;RBI=0.0837826;REFB=-0.0219858;REVB=0.0837722;RO=48;SAF=22;SAR=26;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377365;STB=0.515955;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0294441;OID=.;OPOS=1133171;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:48:49:48:48:0.494845:26:22:24:24:26:22:24:25 chr7 1133305 . C G 1949.02 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00889115;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2578;QD=60.9067;RBI=0.0113225;REFB=0.010193;REVB=0.00701049;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-5.76428e-05;OID=.;OPOS=1133305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:128:0:1:126:127:0.992188:63:63:0:0:64:63:1:0 chr7 1481919 . C A 2162.02 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=144;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0370287;FXX=0.0277759;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.79;QD=61.7721;RBI=0.0409711;REFB=-0.11517;REVB=0.0175357;RO=1;SAF=48;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980112;STB=0.502392;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.000177022;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:144:140:1:2:138:138:0.985714:90:48:1:0:90:48:1:1 chr7 1482009 . G C 574.96 PASS AF=0.419355;AO=65;DP=155;FAO=65;FDP=155;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=60;FWDB=-0.0272334;FXX=0.012738;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.545;QD=14.8377;RBI=0.0276995;REFB=-0.000435935;REVB=-0.00505991;RO=90;SAF=30;SAR=35;SRF=30;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135667;STB=0.575735;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00080019;OID=.;OPOS=1482009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:90:90:65:65:0.419355:35:30:30:60:35:30:30:60 chr7 1484572 . A G 475.8 PASS AF=1;AO=17;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.168935;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8286;QD=57.6727;RBI=0.174532;REFB=0;REVB=0.0438469;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000507403;OID=.;OPOS=1484572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:17:33:1:5:12:0:0:16:17:0:0 chr7 1484948 . G A 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0178601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.888;QD=16.6319;RBI=0.0179991;REFB=-0.000175268;REVB=0.00223283;RO=39;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839573;STB=0.536113;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000215196;OID=.;OPOS=1484948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:41:34:34:0.453333:22:12:17:22:22:12:17:24 chr7 1533513 . A G 3073.62 PASS AF=0.884774;AO=215;DP=245;FAO=215;FDP=243;FR=.;FRO=28;FSAF=101;FSAR=114;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00734741;FXX=0.00816293;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.076;QD=50.5945;RBI=0.0137662;REFB=-0.00999138;REVB=-0.0116415;RO=27;SAF=101;SAR=114;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044828;STB=0.525492;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000804564;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:243:27:28:215:215:0.884774:114:101:7:20:114:101:7:21 chr7 1533514 . A G 75.32 PASS AF=0.0942623;AO=23;DP=244;FAO=23;FDP=244;FR=.;FRO=221;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=105;FSRR=116;FWDB=-0.0191957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.766;QD=1.23481;RBI=0.0231671;REFB=-0.0551927;REVB=-0.0129708;RO=220;SAF=4;SAR=19;SRF=105;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380569;STB=0.792912;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.075355;OID=.;OPOS=1533514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:244:244:220:221:23:23:0.0942623:19:4:105:115:19:4:105:116 chr7 1538614 . G A 2851.27 PASS AF=0.983871;AO=182;DP=186;FAO=183;FDP=186;FR=.;FRO=3;FSAF=100;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00708251;FXX=0.0362676;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.866;QD=61.3176;RBI=0.0308575;REFB=-0.0178921;REVB=0.0300337;RO=3;SAF=99;SAR=83;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654791;STB=0.503465;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.000290764;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:186:186:3:3:182:183:0.983871:83:99:1:2:83:100:1:2 chr7 1542697 . G A 1701.33 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0297186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.617;QD=58.6666;RBI=0.0519254;REFB=-0.0175519;REVB=0.04258;RO=2;SAF=55;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000574984;STB=0.500303;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000383173;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:59:55:1:1:59:55:1:1 chr7 1542814 . T C 716.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.819;QD=60.9507;RBI=0.0233337;REFB=0;REVB=0.0230591;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800051;OID=.;OPOS=1542814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:47:0:0:41:47:1:14:27:0:0:16:31:0:0 chr7 1543981 . C A 2303.47 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.503;QD=60.6177;RBI=0.060922;REFB=0;REVB=0.0394095;RO=1;SAF=71;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590892;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111304;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:1:0:151:152:1:80:71:0:1:81:71:0:0 chr7 1544128 . G T 708.69 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.738;QD=62.9946;RBI=0.0541265;REFB=0;REVB=0.0478376;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224881;OID=.;OPOS=1544128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:29:15:0:0:29:16:0:0 chr7 1586653 . A AGCC 535.51 PASS AF=0.87234;AO=33;DP=50;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0152927;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=268.852;QD=45.5756;RBI=0.018632;REFB=-0.0889658;REVB=0.0106437;RO=13;SAF=21;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540374;STB=0.540461;STBP=0.15;TYPE=ins;VARB=0.00783768;OID=.;OPOS=1586654;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.87234:33:50:41:47:6:26:15:2:4:29:13:21:12:7:6 chr7 1586662 . T C 729.98 PASS AF=0.981481;AO=48;DP=52;FAO=53;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00722697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.498;QD=54.0725;RBI=0.0702794;REFB=-0.0988498;REVB=0.0699068;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209034;STB=0.510634;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00156527;OID=.;OPOS=1586662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:54:1:1:48:53:0.981481:22:26:0:1:23:30:0:1 chr7 1588391 . A G 801.07 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276118;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7963;QD=57.2195;RBI=0.0332872;REFB=0;REVB=-0.018591;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012162;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr7 1588549 . G A,C 515.49 PASS AF=0.918919,0.0540541;AO=34,2;DP=37;FAO=34,2;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18,2;FSAR=16,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00469462,0.0795979;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=146.211,15.0392;QD=55.7286;RBI=0.00469463,0.0906845;REFB=0.0407494,0.0658643;REVB=7.71608e-06,-0.0434495;RO=1;SAF=18,2;SAR=16,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0252651,0;STB=0.513506,0.5;STBP=0.526,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00127926,0.126962;OID=.,.;OPOS=1588549,1588549;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:1:1:34,2:34,2:0.918919,0.0540541:16,0:18,2:1:0:16,0:18,2:1:0 chr7 1588768 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.304;QD=62.3505;RBI=0.0821407;REFB=0;REVB=0.0503203;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779485;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr7 1595068 . G A 798.48 PASS AF=0.618644;AO=73;DP=118;FAO=73;FDP=118;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0169817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.642;QD=27.0671;RBI=0.0179405;REFB=-0.0118162;REVB=0.00578632;RO=44;SAF=32;SAR=41;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206814;STB=0.514904;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00664225;OID=.;OPOS=1595068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:44:45:73:73:0.618644:41:32:18:26:41:32:18:27 chr7 1878377 . A G 1804.08 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.956;QD=61.1552;RBI=0.0163962;REFB=0;REVB=-0.0142846;RO=0;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75534e-06;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:55:63:0:0:55:63:0:0 chr7 1937784 . A G 577.37 PASS AF=0.513043;AO=57;DP=113;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0134108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.22;QD=20.0825;RBI=0.0437483;REFB=-0.0222946;REVB=0.0416421;RO=55;SAF=26;SAR=31;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310835;STB=0.520374;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0183935;OID=.;OPOS=1937784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:55:56:57:59:0.513043:31:26:27:28:33:26:27:29 chr7 1976457 . C T 1558.99 PASS AF=0.44504;AO=166;DP=373;FAO=166;FDP=373;FR=.;FRO=207;FSAF=62;FSAR=104;FSRF=101;FSRR=106;FWDB=0.0431015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.49;QD=16.7184;RBI=0.0438177;REFB=-0.0312788;REVB=0.00788971;RO=207;SAF=62;SAR=104;SRF=101;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11831;STB=0.565587;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0309555;OID=.;OPOS=1976457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:373:207:207:166:166:0.44504:104:62:101:106:104:62:101:106 chr7 2257612 . G A 656.39 PASS AF=0.397849;AO=73;DP=185;FAO=74;FDP=186;FR=.;FRO=112;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=71;FWDB=0.0592211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6813;QD=14.116;RBI=0.06279;REFB=0.0101264;REVB=0.0208673;RO=112;SAF=33;SAR=40;SRF=41;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944587;STB=0.54917;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0142485;OID=.;OPOS=2257612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:112:112:73:74:0.397849:40:33:41:71:41:33:41:71 chr7 2297006 . A G 1473.95 PASS AF=0.514286;AO=144;DP=280;FAO=144;FDP=280;FR=.;FRO=136;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=50;FSRR=86;FWDB=-0.0117767;FXX=0.00355859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.408;QD=21.0565;RBI=0.0268014;REFB=-0.00742115;REVB=-0.0240754;RO=134;SAF=66;SAR=78;SRF=50;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762545;STB=0.54468;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00755252;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:134:136:144:144:0.514286:78:66:50:84:78:66:50:86 chr7 2303986 . T C 310.07 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0184319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1906;QD=13.781;RBI=0.0438567;REFB=-0.00974952;REVB=-0.0397954;RO=54;SAF=20;SAR=15;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135132;STB=0.571388;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0123547;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:55:35:35:0.388889:15:20:24:30:15:20:25:30 chr7 2394991 . C T 168.86 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0552014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.558;QD=24.123;RBI=0.0615826;REFB=-0.00894772;REVB=0.0272987;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121332;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00838443;OID=.;OPOS=2394991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:9:11:17:17:0.607143:8:9:3:6:8:9:5:6 chr7 2472429 . C A 365.85 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.025174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.08;QD=13.6768;RBI=0.0326206;REFB=-0.0266734;REVB=-0.0207454;RO=60;SAF=21;SAR=22;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808119;STB=0.525618;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0459584;OID=.;OPOS=2472429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:64:43:43:0.401869:22:21:34:26:22:21:34:30 chr7 2472455 . A T 310.02 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0118191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0129;QD=13.7785;RBI=0.0180406;REFB=-0.00748813;REVB=0.0136298;RO=55;SAF=17;SAR=18;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025062;STB=0.514278;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0109035;OID=.;OPOS=2472455;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:18:17:28:27:18:17:28:27 chr7 2473804 . G T 346.82 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0155679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.615;QD=17.5605;RBI=0.0454784;REFB=-0.00996656;REVB=0.0427309;RO=40;SAF=25;SAR=12;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269436;STB=0.50544;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0161493;OID=.;OPOS=2473804;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:42:37:37:0.468354:12:25:26:14:12:25:28:14 chr7 2552881 . AGATG A 459.87 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0244219;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=4;MLLD=226.326;QD=22.7095;RBI=0.0279942;REFB=-0.0602995;REVB=0.0136838;RO=31;SAF=16;SAR=28;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116737;STB=0.547243;STBP=0.4;TYPE=del;VARB=0.0405751;OID=.;OPOS=2552882;OREF=GATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54321:44:84:44:81:37:16:28:10:27:99:31:16:28:7:24 chr7 2559861 . CAAAAA CAAAAC,CAAAA 177.72 PASS AF=0,0.368132;AO=11,44;DP=189;FAO=0,67;FDP=182;FR=.;FRO=115;FSAF=0,14;FSAR=0,53;FSRF=93;FSRR=22;FWDB=-0.0634162,0.135798;FXX=0.0569919;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=88.4881,9.32763;QD=3.90598;RBI=0.135122,0.224723;REFB=-0.0148398,-0.107764;REVB=-0.119316,-0.179051;RO=96;SAF=1,9;SAR=10,35;SRF=87;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.79989,-0.707528;STB=0.5,0.843683;STBP=1,0;TYPE=snp,del;VARB=0,0.117298;OID=.,.;OPOS=2559866,2559862;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=CAAAAC,CAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.368132:11,44:189:0,67:182:115:0,14:0,53:93:22:99:96:1,9:10,35:87:9 chr7 2611878 . T C 2460.01 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383584;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.46;QD=61.5002;RBI=0.00455695;REFB=0;REVB=-0.00246011;RO=0;SAF=81;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29815e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95716e-05;OID=.;OPOS=2611878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:160:0:0:160:160:1:79:81:0:0:79:81:0:0 chr7 2613042 . G C 1535.73 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004574;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.469;QD=59.6401;RBI=0.00503111;REFB=0;REVB=-0.00209537;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171278;OID=.;OPOS=2613042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:101:103:1:57:44:0:0:59:44:0:0 chr7 2623351 . G A 604.48 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.0650024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1244;QD=18.8901;RBI=0.0824029;REFB=-0.00168249;REVB=0.0506451;RO=62;SAF=20;SAR=42;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308396;STB=0.677362;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00152548;OID=.;OPOS=2623351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:62:66:62:62:0.484375:42:20:41:21:42:20:44:22 chr7 2636689 . C T 536.28 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.123511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3927;QD=23.8348;RBI=0.124599;REFB=-0.0386688;REVB=0.0164322;RO=39;SAF=27;SAR=23;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830933;STB=0.539984;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0343018;OID=.;OPOS=2636689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:40:50:50:0.555556:23:27:17:22:23:27:18:22 chr7 2752487 . G A 485.05 PASS AF=1;AO=25;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.752;QD=57.0645;RBI=0.0909449;REFB=0;REVB=-0.0069065;RO=0;SAF=2;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34264e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083057;OID=.;OPOS=2752487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:25:34:1:23:2:0:0:26:8:0:0 chr7 2946338 . G A 924.13 PASS AF=0.413655;AO=103;DP=251;FAO=103;FDP=249;FR=.;FRO=146;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=73;FSRR=73;FWDB=0.0027814;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.976;QD=14.8454;RBI=0.0188062;REFB=-0.000883896;REVB=-0.0185994;RO=145;SAF=59;SAR=44;SRF=72;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804278;STB=0.543065;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00112135;OID=.;OPOS=2946338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:249:145:146:103:103:0.413655:44:59:72:73:44:59:73:73 chr7 2946460 . GT G,GC 783.32 PASS AF=0.192982,0.807018;AO=8,47;DP=56;FAO=11,46;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=8,16;FSAR=3,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768308,0.0536655;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.489,165.605;QD=54.9701;RBI=0.0781703,0.0551653;REFB=0,0;REVB=-0.0144091,-0.0127756;RO=0;SAF=7,16;SAR=1,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00924001,-0.00385167;OID=.,.;OPOS=2946461,2946461;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.192982,0.807018:8,47:56:11,46:57:0:8,16:3,30:0:0:62:0:7,16:1,31:0:0 chr7 2946463 . G C 56.57 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0273827;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.7641;QD=3.90117;RBI=0.0358548;REFB=-0.0213867;REVB=0.0231464;RO=48;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.537518;STB=0.849385;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.134424;OID=.;OPOS=2946463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:58:58:48:48:10:10:0.172414:2:8:16:32:2:8:16:32 chr7 2959080 . G A 610.95 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.015596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.777;QD=19.8682;RBI=0.059923;REFB=-0.00125465;REVB=0.0578579;RO=61;SAF=33;SAR=29;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951076;STB=0.552429;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00114638;OID=.;OPOS=2959080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:61:61:62:62:0.504065:29:33:26:35:29:33:26:35 chr7 4189075 . G C 550.97 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00147889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2857;QD=20.7913;RBI=0.033422;REFB=-0.0192992;REVB=0.0333893;RO=50;SAF=20;SAR=36;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178405;STB=0.598302;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0166714;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:50:56:56:0.528302:36:20:28:22:36:20:28:22 chr7 4213877 . T C 769.96 PASS AF=0.414286;AO=87;DP=210;FAO=87;FDP=210;FR=.;FRO=123;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=72;FWDB=-0.0208224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.337;QD=14.6659;RBI=0.0210426;REFB=0.00524265;REVB=0.00303663;RO=121;SAF=39;SAR=48;SRF=51;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282817;STB=0.519995;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00642484;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:121:123:87:87:0.414286:48:39:51:70:48:39:51:72 chr7 4213940 . T C 646.79 PASS AF=0.398907;AO=73;DP=183;FAO=73;FDP=183;FR=.;FRO=110;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=68;FWDB=-0.0127433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.396;QD=14.1375;RBI=0.0175528;REFB=0.00186887;REVB=-0.012071;RO=110;SAF=34;SAR=39;SRF=42;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909091;STB=0.551031;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00318984;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:110:110:73:73:0.398907:39:34:42:68:39:34:42:68 chr7 4213975 . A G 427.33 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0118591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.321;QD=14.2445;RBI=0.0172775;REFB=0.000138628;REVB=-0.0125647;RO=71;SAF=24;SAR=25;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130474;STB=0.57335;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.000314255;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:25:24:26:45:25:24:26:45 chr7 4304937 . C A 622.01 PASS AF=0.594059;AO=58;DP=100;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0387159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6158;QD=24.6341;RBI=0.039714;REFB=0.00217653;REVB=0.00884735;RO=41;SAF=38;SAR=20;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235067;STB=0.521919;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00106964;OID=.;OPOS=4304937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:41:41:58:60:0.594059:20:38:28:13:22:38:28:13 chr7 4714912 . C T 894.26 PASS AF=0.483871;AO=86;DP=184;FAO=90;FDP=186;FR=.;FRO=96;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.053087;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5628;QD=19.2314;RBI=0.0531565;REFB=-0.00899757;REVB=-0.00271869;RO=96;SAF=54;SAR=32;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145374;STB=0.5819;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.013327;OID=.;OPOS=4714912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:96:96:86:90:0.483871:32:54:46:50:33:57:46:50 chr7 4780514 . G T 4805.23 PASS AF=1;AO=303;DP=305;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319037;FXX=0.00647228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.981;QD=62.6089;RBI=0.0341515;REFB=0;REVB=0.0121852;RO=0;SAF=166;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66201e-05;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:305:307:0:0:303:307:1:137:166:0:0:137:170:0:0 chr7 4802029 . T G 1691.2 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420342;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.265;QD=60.3998;RBI=0.0463113;REFB=0;REVB=0.0194386;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42451e-05;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:108:112:1:53:55:0:0:53:59:0:0 chr7 4823396 . C T 1314.74 PASS AF=0.443396;AO=141;DP=318;FAO=141;FDP=318;FR=.;FRO=177;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=88;FSRR=89;FWDB=0.0108915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.613;QD=16.5376;RBI=0.0173596;REFB=-0.0247577;REVB=-0.0135178;RO=174;SAF=68;SAR=73;SRF=85;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622774;STB=0.508301;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0334562;OID=.;OPOS=4823396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:174:177:141:141:0.443396:73:68:85:89:73:68:88:89 chr7 4841470 . T C 4033.5 PASS AF=1;AO=259;DP=263;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163952;FXX=0.0114064;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.725;QD=62.0538;RBI=0.0191387;REFB=-0.015599;REVB=0.00987361;RO=1;SAF=124;SAR=135;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0035183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93306e-05;OID=.;OPOS=4841470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:263:260:1:0:259:260:1:135:124:0:1:135:125:0:0 chr7 4959807 . G A 410.13 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.00469378;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.902;QD=20.2531;RBI=0.00824812;REFB=-0.0128335;REVB=0.00678232;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195183;STB=0.607577;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0145042;OID=.;OPOS=4959807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:40:40:41:41:0.506173:22:19:10:30:22:19:10:30 chr7 5096958 . T C 451.12 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00469981;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.781;QD=18.9946;RBI=0.00768169;REFB=-0.0099215;REVB=-0.00607619;RO=49;SAF=15;SAR=30;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135737;STB=0.571396;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.010602;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:49:50:45:45:0.473684:30:15:23:26:30:15:23:27 chr7 5104275 . G A 222.73 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0111113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.931;QD=12.5481;RBI=0.0178629;REFB=-0.0209454;REVB=-0.0139865;RO=44;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045458;STB=0.50261;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0245207;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:14:13:21:23:14:13:21:23 chr7 5104359 . G A 258.01 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0249251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.284;QD=18.429;RBI=0.0283963;REFB=-0.0512872;REVB=-0.0136049;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319064;STB=0.517844;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0240788;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:14:14:13:15:14:14:13:15 chr7 5112035 . C T 1144.37 PASS AF=0.520737;AO=112;DP=216;FAO=113;FDP=217;FR=.;FRO=104;FSAF=73;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=0.00548694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.266;QD=21.0943;RBI=0.0794249;REFB=-0.0299995;REVB=0.0792352;RO=104;SAF=73;SAR=39;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148316;STB=0.577822;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0229454;OID=.;OPOS=5112035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:104:104:112:113:0.520737:39:73:51:53:40:73:51:53 chr7 5161512 . G T 489.19 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883808;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.707;QD=59.2954;RBI=0.0424591;REFB=0;REVB=0.0415291;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48817e-05;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:14:19:0:0 chr7 5166500 . A G 505.07 PASS AF=0.566265;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0575438;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9983;QD=24.3409;RBI=0.0659956;REFB=-0.00281286;REVB=-0.032313;RO=30;SAF=29;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736082;STB=0.576327;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00516355;OID=.;OPOS=5166500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:83:30:36:46:47:0.566265:17:29:16:14:18:29:16:20 chr7 5254227 . C G 3628.2 PASS AF=1;AO=227;DP=233;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118847;FXX=0.0213666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2158;QD=63.3748;RBI=0.124099;REFB=0;REVB=0.0357196;RO=0;SAF=75;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038491;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:233:229:0:0:227:229:1:152:75:0:0:154:75:0:0 chr7 5271656 . GCTTCC G 972.12 PASS AF=0.847059;AO=65;DP=78;FAO=72;FDP=85;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00564179;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=5;MLLD=212.038;QD=45.7468;RBI=0.033648;REFB=-0.0216984;REVB=0.0331716;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.582709;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.00577353;OID=.;OPOS=5271657;OREF=CTTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.847059:65:78:72:85:13:18:54:9:4:68:0:19:46:0:0 chr7 5327564 . G A 413.14 PASS AF=0.466667;AO=39;DP=87;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0340063;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7215;QD=18.3616;RBI=0.0833384;REFB=-0.01793;REVB=0.0760846;RO=48;SAF=24;SAR=15;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116128;STB=0.517907;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0212825;OID=.;OPOS=5327564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:48:48:39:42:0.466667:15:24:29:19:18:24:29:19 chr7 5346735 . T C,G 489.39 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=31,3;DP=34;FAO=31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28,3;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719924,0.00345655;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.957,172.419;QD=57.5747;RBI=0.0425339,0.0070019;REFB=0,0;REVB=0.0419202,0.00608924;RO=0;SAF=28,3;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.7166e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0150473,0.049376;OID=.,.;OPOS=5346735,5346735;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:34:34:0:0:31,3:31,3:0.911765,0.0882353:3,0:28,3:0:0:3,0:28,3:0:0 chr7 5372406 . G T 1172.59 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.088;QD=60.9136;RBI=0.0592021;REFB=0;REVB=0.0517939;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014808;OID=.;OPOS=5372406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:35:40:0:0:37:40:0:0 chr7 5427517 . G A 999.13 PASS AF=0.488263;AO=103;DP=213;FAO=104;FDP=213;FR=.;FRO=109;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=47;FWDB=0.00952989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3384;QD=18.763;RBI=0.068109;REFB=-0.0260923;REVB=0.067439;RO=110;SAF=59;SAR=44;SRF=62;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00877664;STB=0.500782;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0194583;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:110:109:103:104:0.488263:44:59:62:48:45:59:62:47 chr7 5427652 . G A 528.14 PASS AF=0.5;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0656289;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.339;QD=19.205;RBI=0.0656409;REFB=-0.00611983;REVB=0.00125539;RO=54;SAF=18;SAR=37;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130873;STB=0.568798;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00456392;OID=.;OPOS=5427652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:54:55:55:55:0.5:37:18:25:29:37:18:25:30 chr7 5427720 . A G 1132.38 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117517;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.707;QD=60.3935;RBI=0.012363;REFB=0;REVB=0.00383922;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496961;OID=.;OPOS=5427720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:25:49:0:0:25:50:0:0 chr7 5427942 . C CGGT 41.39 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0315369;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=148.346;QD=3.8502;RBI=0.0403819;REFB=-0.0242917;REVB=-0.0252215;RO=39;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16166;STB=0.604967;STBP=0.567;TYPE=ins;VARB=0.0705488;OID=.;OPOS=5427943;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=CGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162791:7:46:7:43:36:4:3:16:20:41:39:4:3:17:22 chr7 5434135 . A G 1635.56 PASS AF=0.991071;AO=107;DP=110;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0438299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4244;QD=58.4128;RBI=0.0443018;REFB=-0.0879419;REVB=0.00644899;RO=2;SAF=56;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000815332;STB=0.504347;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000350362;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:112:2:1:107:111:0.991071:51:56:1:1:54:57:1:0 chr7 5460550 . C T 2178.0 PASS AF=0.488889;AO=220;DP=451;FAO=220;FDP=450;FR=.;FRO=230;FSAF=105;FSAR=115;FSRF=112;FSRR=118;FWDB=-0.00228053;FXX=0.00221725;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.013;QD=19.36;RBI=0.00228162;REFB=-0.0108453;REVB=7.06372e-05;RO=229;SAF=105;SAR=115;SRF=111;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693614;STB=0.504957;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0120649;OID=.;OPOS=5460550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:450:229:230:220:220:0.488889:115:105:111:118:115:105:112:118 chr7 5468376 . T G 48.98 PASS AF=0.131579;AO=9;DP=77;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=0.00372119;FXX=0.0129853;HRUN=27;LEN=1;MLLD=134.451;QD=2.57781;RBI=0.0224773;REFB=0.000432799;REVB=-0.0221671;RO=65;SAF=6;SAR=3;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804001;STB=0.512633;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00139372;OID=.;OPOS=5468376;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:76:65:66:9:10:0.131579:3:6:47:18:3:7:47:19 chr7 5487423 . C G 502.1 PASS AF=0.463415;AO=46;DP=112;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.00781947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0362;QD=16.3283;RBI=0.00807826;REFB=-0.0320002;REVB=0.00202835;RO=60;SAF=35;SAR=11;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100553;STB=0.559631;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0131537;OID=.;OPOS=5487423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:123:60:66:46:57:0.463415:11:35:41:19:14:43:44:22 chr7 5487457 . CT AC,CC 1719.8 PASS AF=0.413223,0.586777;AO=48,64;DP=125;FAO=50,71;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=38,53;FSAR=12,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336635,0.012173;FXX=0.0546832;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=211.974,110.71;QD=56.853;RBI=0.0362781,0.0341625;REFB=0,0;REVB=0.0361215,0.0319201;RO=0;SAF=36,49;SAR=12,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00554295,0.00861311;OID=.,.;OPOS=5487457,5487458;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:125:121:0:0:48,64:50,71:0.413223,0.586777:12,15:36,49:0:0:12,18:38,53:0:0 chr7 5487459 . G C 40.66 PASS AF=0.0992366;AO=5;DP=124;FAO=13;FDP=131;FR=.;FRO=118;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=85;FSRR=33;FWDB=-0.0343193;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.7258;QD=1.24158;RBI=0.0343673;REFB=-0.0107293;REVB=0.00181661;RO=118;SAF=3;SAR=2;SRF=85;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117982;STB=0.604535;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0121384;OID=.;OPOS=5487459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:124:131:118:118:5:13:0.0992366:2:3:85:33:5:8:85:33 chr7 5515624 . T G 2336.06 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.734;QD=61.0735;RBI=0.00271954;REFB=0;REVB=0.00173788;RO=0;SAF=66;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1595e-06;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:86:66:0:0:87:66:0:0 chr7 5518331 . A G 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8282;QD=55.6465;RBI=0.0536838;REFB=0;REVB=-0.0184303;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580966;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr7 5518333 . A T 153.46 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.049428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.326;QD=21.9227;RBI=0.0497659;REFB=-0.0213959;REVB=-0.00578968;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14855;STB=0.583234;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0178737;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:3:9:9:7:3:9 chr7 5528883 . G A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0107002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.876;QD=17.1669;RBI=0.0187349;REFB=-0.0146291;REVB=0.0153786;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103485;STB=0.558021;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.012753;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:15:14:19:13:15:14:19:13 chr7 5529758 . G A 137.1 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0124167;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.946;QD=15.6689;RBI=0.0169976;REFB=-0.0305903;REVB=-0.0116078;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265355;STB=0.627277;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0289776;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:20:15:15:0.428571:5:10:7:11:5:10:9:11 chr7 5540769 . A C 3202.1 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000535925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.13;QD=61.8763;RBI=0.00715652;REFB=0;REVB=-0.00713642;RO=0;SAF=78;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20834e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.70486e-06;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:207:0:0:207:207:1:129:78:0:0:129:78:0:0 chr7 5541657 . G A 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0104911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.769;QD=15.6445;RBI=0.0213631;REFB=-0.0352699;REVB=0.0186096;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140021;STB=0.580195;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0349323;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:7:15:16:13:7:15:16:13 chr7 5643145 . T C 314.07 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0679165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.2112;QD=30.6405;RBI=0.0681898;REFB=0.0219762;REVB=0.0060993;RO=14;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329958;STB=0.518103;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0156293;OID=.;OPOS=5643145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:14:13:6:8:14:13:6:8 chr7 5911403 . G A 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0213399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.556;QD=26.3386;RBI=0.0236204;REFB=-0.00828913;REVB=-0.0101259;RO=15;SAF=20;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408428;STB=0.730657;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00376734;OID=.;OPOS=5911403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:3:20:7:8:3:20:7:8 chr7 5965258 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0782317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.985;QD=7.95477;RBI=0.0782638;REFB=0.00166433;REVB=-0.00224031;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142215;STB=0.587425;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00398129;OID=.;OPOS=5965258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:14:5:3:5:14:5 chr7 5965334 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00451505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.046;QD=22.1441;RBI=0.0303704;REFB=-0.0390468;REVB=0.0300329;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667668;STB=0.537506;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0300612;OID=.;OPOS=5965334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:8:5:8:9:8:5 chr7 5983012 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0205895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.104;QD=15.9167;RBI=0.0257028;REFB=-0.00183185;REVB=0.0153853;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25507;STB=0.649101;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00202344;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:10:3:7:8:10:3:7:8 chr7 6013049 . C G 31.36 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0826294;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.0946;QD=9.65046;RBI=0.0850705;REFB=-0.0205719;REVB=0.0202328;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5176;STB=0.822299;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0310304;OID=.;OPOS=6013049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:13:8:8:5:5:0.384615:4:1:6:2:4:1:6:2 chr7 6026775 . T C 1007.53 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0096992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.909;QD=55.2071;RBI=0.0127253;REFB=0.0148688;REVB=0.00823764;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015007;STB=0.509297;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.000386913;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:73:73:1:3:70:70:0.958904:39:31:1:0:39:31:2:1 chr7 6026988 . G A 2090.13 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0065842;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.676;QD=61.9297;RBI=0.00692951;REFB=-0.0921812;REVB=-0.00216019;RO=1;SAF=75;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629613;STB=0.503311;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-3.15825e-05;OID=.;OPOS=6026988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:135:1:1:134:134:0.992593:59:75:1:0:59:75:1:0 chr7 6036980 . G C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9719;QD=56.1864;RBI=0.0403608;REFB=0;REVB=0.0316685;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119399;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr7 6063283 . C T 911.75 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0201658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.672;QD=55.2574;RBI=0.0205671;REFB=0.0437575;REVB=-0.00404271;RO=2;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224828;STB=0.511901;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00109368;OID=.;OPOS=6063283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:41:23:0:2:41:23:0:2 chr7 6071060 . G A 1331.24 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255631;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.143;QD=61.9183;RBI=0.0284198;REFB=0;REVB=0.0124183;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489568;OID=.;OPOS=6071060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:83:86:1:46:37:0:0:47:39:0:0 chr7 6075523 . G A 355.28 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00166495;FXX=0.0289813;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.493;QD=21.2108;RBI=0.0589643;REFB=-0.00101673;REVB=0.0589408;RO=31;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117229;STB=0.564787;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00102541;OID=.;OPOS=6075523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:31:31:36:36:0.537313:19:17:19:12:19:17:19:12 chr7 6075823 . A T 1822.79 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.928;QD=61.2702;RBI=0.0210803;REFB=0;REVB=0.0209902;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84441e-05;OID=.;OPOS=6075823;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:63:55:0:0:64:55:0:0 chr7 6189780 . T C 2083.09 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.074162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5066;QD=62.6494;RBI=0.0973015;REFB=0;REVB=-0.0629887;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000529209;OID=.;OPOS=6189780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:72:61:0:0:72:61:0:0 chr7 6193464 . T G 4429.59 PASS AF=1;AO=277;DP=277;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.984;QD=63.2799;RBI=0.0379932;REFB=0;REVB=0.00979339;RO=0;SAF=123;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4624e-06;OID=.;OPOS=6193464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:277:280:0:0:277:280:1:154:123:0:0:155:125:0:0 chr7 6193521 . G C 1420.8 PASS AF=1;AO=81;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.689;QD=62.4525;RBI=0.0732283;REFB=0;REVB=0.0191968;RO=1;SAF=15;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376335;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:91:1:0:81:91:1:66:15:1:0:71:20:0:0 chr7 6194274 . T C 1548.36 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201267;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.616;QD=63.85;RBI=0.0201536;REFB=0;REVB=0.00104038;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26852e-05;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:94:97:1:51:43:0:0:51:46:0:0 chr7 6199072 . G C 1778.9 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083341;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.82;QD=60.3016;RBI=0.0232451;REFB=0;REVB=0.0216997;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649585;OID=.;OPOS=6199072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:115:118:1:53:62:0:0:53:65:0:0 chr7 6202413 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4704;QD=61.336;RBI=0.0174516;REFB=0;REVB=-0.0163428;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154154;OID=.;OPOS=6202413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr7 6204999 . A C 1320.87 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.45;QD=62.1586;RBI=0.0250473;REFB=0;REVB=0.0203187;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11795e-05;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr7 6370077 . C T 364.11 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.018375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.007;QD=15.8308;RBI=0.0185792;REFB=-0.0115983;REVB=-0.00274699;RO=52;SAF=18;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505048;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0147034;OID=.;OPOS=6370077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:53:39:39:0.423913:21:18:24:28:21:18:24:29 chr7 6370144 . G A 769.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00801942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.109;QD=56.9784;RBI=0.0123893;REFB=0;REVB=0.00944376;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33073e-06;OID=.;OPOS=6370144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr7 6370194 . C T 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6095;QD=57.5403;RBI=0.0180334;REFB=0;REVB=0.00514757;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190023;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr7 6370305 . C G,T 791.98 PASS AF=0.912281,0.0877193;AO=50,5;DP=55;FAO=52,5;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30,4;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232265,-0.00163066;FXX=0.0172384;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.935,69.493;QD=55.5774;RBI=0.0170139,0.0179446;REFB=0,0;REVB=0.0168546,0.0178703;RO=0;SAF=30,4;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00319806,0.0210067;OID=.,.;OPOS=6370305,6370305;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:55:57:0:0:50,5:52,5:0.912281,0.0877193:20,1:30,4:0:0:22,1:30,4:0:0 chr7 6370406 . C T 457.33 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0170735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.746;QD=50.8145;RBI=0.023917;REFB=-0.064471;REVB=0.0167487;RO=3;SAF=26;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02764;STB=0.514842;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0004975;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:36:36:3:3:33:33:0.916667:7:26:2:1:7:26:2:1 chr7 6370575 . C T 312.82 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.106334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.0849;QD=19.8619;RBI=0.106373;REFB=-0.00882811;REVB=0.00287078;RO=29;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136533;STB=0.567943;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00739934;OID=.;OPOS=6370575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:14:19:12:17:14:19:13:17 chr7 6456302 . C T 4301.15 PASS AF=1;AO=272;DP=278;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00055649;FXX=0.0245605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2888;QD=61.887;RBI=0.0563819;REFB=-0.0621112;REVB=0.0563791;RO=1;SAF=132;SAR=140;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339369;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033097;OID=.;OPOS=6456302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:278:278:1:0:272:278:1:140:132:0:1:144:134:0:0 chr7 6461534 . C T 285.6 PASS AF=0.365591;AO=32;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0453495;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8907;QD=12.284;RBI=0.0513525;REFB=-0.0132163;REVB=-0.0240935;RO=58;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154953;STB=0.502073;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0196477;OID=.;OPOS=6461534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:59:32:34:0.365591:20:12:21:37:22:12:21:38 chr7 6656830 . G A 1806.65 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00835101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.204;QD=60.2217;RBI=0.0143792;REFB=-0.122879;REVB=0.0117056;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.503999;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=4.77814e-06;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:57:62:0:0:57:62:1:0 chr7 6656897 . A G 1769.21 PASS AF=0.97541;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0343916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3666;QD=58.0069;RBI=0.10235;REFB=-0.0125231;REVB=-0.0963988;RO=3;SAF=60;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231526;STB=0.512193;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00242152;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:122:3:3:118:119:0.97541:58:60:3:0:59:60:3:0 chr7 6660790 . G A 1299.31 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.228;QD=60.433;RBI=0.0545563;REFB=0;REVB=-0.0022676;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133394;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206357;OID=.;OPOS=6660790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:86:1:0:83:86:1:48:35:1:0:48:38:0:0 chr7 6713936 . C T 190.67 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00469094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.645;QD=15.2539;RBI=0.0353308;REFB=-0.00521388;REVB=0.035018;RO=30;SAF=4;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417623;STB=0.7431;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.022198;OID=.;OPOS=6713936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:16:4:17:13:16:4:17:13 chr7 6713940 . CAG C 150.12 PASS AF=0.34;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0130877;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.49;QD=12.0099;RBI=0.0142828;REFB=-0.0299716;REVB=-0.00571948;RO=30;SAF=2;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583803;STB=0.854469;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0290777;OID=.;OPOS=6713941;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34:17:52:17:50:33:2:15:20:13:99:30:2:15:18:12 chr7 6713985 . A G 490.2 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0254;QD=56.023;RBI=0.028017;REFB=-0.1224;REVB=0.0246652;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022804;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00176417;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:0:1:20:14:0:1 chr7 6714028 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00518306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.949;QD=11.3693;RBI=0.016882;REFB=-0.0201067;REVB=0.0160666;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.572193;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0306232;OID=.;OPOS=6714028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:9:10:7:4:9:10 chr7 6776956 . A G 474.38 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.00095876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.843;QD=14.9412;RBI=0.0286647;REFB=-0.00447514;REVB=-0.0286487;RO=74;SAF=37;SAR=16;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296973;STB=0.667315;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00581507;OID=.;OPOS=6776956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:74:53:53:0.417323:16:37:31:43:16:37:31:43 chr7 6777043 . C T 407.48 PASS AF=0.408696;AO=46;DP=116;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0105706;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7242;QD=14.1733;RBI=0.0184371;REFB=-0.00357991;REVB=-0.0151059;RO=67;SAF=30;SAR=16;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218381;STB=0.631641;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00763298;OID=.;OPOS=6777043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:67:68:46:47:0.408696:16:30:30:37:16:31:30:38 chr7 6803602 . C T 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0261211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.345;QD=5.85745;RBI=0.0266978;REFB=-0.00489134;REVB=-0.00551889;RO=32;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253316;STB=0.661043;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0140239;OID=.;OPOS=6803602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:4:5:11:21:4:5:11:21 chr7 7283569 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0016;QD=62.6711;RBI=0.0447929;REFB=0;REVB=-0.0197497;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000705007;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr7 7495735 . T C 1995.28 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.075;QD=61.8692;RBI=0.0306507;REFB=0;REVB=0.0137201;RO=0;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78379e-05;OID=.;OPOS=7495735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:127:129:1:71:56:0:0:72:57:0:0 chr7 7514235 . C G 1627.46 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2749;QD=59.1802;RBI=0.0372511;REFB=-0.0703574;REVB=0.0247356;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000778149;OID=.;OPOS=7514235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:110:0:1:109:109:0.990909:61:48:0:0:61:48:1:0 chr7 7571094 . G C 2211.64 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.991;QD=63.1898;RBI=0.0174233;REFB=0;REVB=0.0134304;RO=0;SAF=68;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79126e-05;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:140:0:0:137:140:1:69:68:0:0:71:69:0:0 chr7 7646651 . G T 1830.31 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284856;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.166;QD=61.5229;RBI=0.0286382;REFB=0;REVB=0.00295308;RO=0;SAF=66;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125451;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:53:66:0:0:53:66:0:0 chr7 7646687 . A G 2535.44 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.28;QD=61.4651;RBI=0.00310114;REFB=0;REVB=-0.00197444;RO=0;SAF=88;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26554e-05;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:165:0:0:163:165:1:75:88:0:0:76:89:0:0 chr7 8125964 . C T 948.11 PASS AF=0.516667;AO=92;DP=180;FAO=93;FDP=180;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0137532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.542;QD=21.069;RBI=0.0149555;REFB=-0.0112469;REVB=-0.00587499;RO=87;SAF=42;SAR=50;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289859;STB=0.503976;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0102413;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:87:87:92:93:0.516667:50:42:40:47:51:42:40:47 chr7 8132252 . T C 643.69 PASS AF=0.451613;AO=70;DP=155;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.00153467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.212;QD=16.6114;RBI=0.00169475;REFB=-0.00185944;REVB=0.000719014;RO=85;SAF=34;SAR=36;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893705;STB=0.549655;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0024028;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:85:85:70:70:0.451613:36:34:49:36:36:34:49:36 chr7 8153053 . T C 218.78 PASS AF=0.287129;AO=29;DP=100;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0118985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.335;QD=8.66448;RBI=0.0274985;REFB=-0.00217972;REVB=-0.024791;RO=71;SAF=12;SAR=17;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621236;STB=0.532337;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00520124;OID=.;OPOS=8153053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:71:72:29:29:0.287129:17:12:33:38:17:12:33:39 chr7 8196529 . A T 1456.45 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000108873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.527;QD=62.6428;RBI=0.0210356;REFB=0;REVB=-0.0210353;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68646e-05;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:53:38:0:0:53:40:0:0 chr7 8475410 . A G 474.26 PASS AF=0.541176;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0193632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5312;QD=22.3182;RBI=0.0215069;REFB=-0.0170476;REVB=-0.00936026;RO=37;SAF=27;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275153;STB=0.522753;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0231837;OID=.;OPOS=8475410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:37:39:45:46:0.541176:18:27:21:16:19:27:21:18 chr7 8792148 . T C 1989.19 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.121;QD=62.1622;RBI=0.00307679;REFB=0;REVB=0.00204244;RO=0;SAF=53;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.07194e-07;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:126:128:1:73:53:0:0:73:55:0:0 chr7 11142367 . T A 37.02 PASS AF=0.0786517;AO=7;DP=89;FAO=7;FDP=89;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=70;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00117414;FXX=0.0111099;HRUN=8;LEN=1;MLLD=24.2672;QD=1.66369;RBI=0.0312498;REFB=0.00616693;REVB=0.0312277;RO=46;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212739;STB=0.651721;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00781761;OID=.;OPOS=11142367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:89:89:46:70:7:7:0.0786517:2:5:25:21:2:5:39:31 chr7 11509561 . G C 765.69 PASS AF=0.45;AO=81;DP=181;FAO=81;FDP=180;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=-0.0152855;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4238;QD=17.0154;RBI=0.0538601;REFB=-0.00339657;REVB=-0.0516456;RO=98;SAF=33;SAR=48;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04205;STB=0.526576;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00320715;OID=.;OPOS=11509561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:98:99:81:81:0.45:48:33:44:54:48:33:45:54 chr7 11521542 . T C 347.11 PASS AF=0.398058;AO=40;DP=100;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00515633;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5178;QD=13.4801;RBI=0.00656766;REFB=-0.010049;REVB=-0.00406773;RO=57;SAF=21;SAR=19;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125909;STB=0.589243;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0240595;OID=.;OPOS=11521542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:57:62:40:41:0.398058:19:21:23:34:19:22:24:38 chr7 11581121 . T C 3084.78 PASS AF=0.989848;AO=195;DP=198;FAO=195;FDP=197;FR=.;FRO=2;FSAF=101;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00853251;FXX=0.00505025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.619;QD=62.6351;RBI=0.0161803;REFB=-0.0554031;REVB=0.0137477;RO=2;SAF=101;SAR=94;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933622;STB=0.504901;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-4.06392e-07;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:198:197:2:2:195:195:0.989848:94:101:2:0:94:101:2:0 chr7 11581134 . T C 872.87 PASS AF=0.460396;AO=92;DP=202;FAO=93;FDP=202;FR=.;FRO=109;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=0.00120889;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.904;QD=17.2846;RBI=0.0240533;REFB=-0.0182195;REVB=-0.0240229;RO=107;SAF=47;SAR=45;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306024;STB=0.509476;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0198989;OID=.;OPOS=11581134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:107:109:92:93:0.460396:45:47:55:52:46:47:57:52 chr7 11582681 . T C 767.76 PASS AF=0.5;AO=79;DP=158;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0264389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6331;QD=19.4369;RBI=0.026475;REFB=-0.0209119;REVB=0.00138316;RO=76;SAF=34;SAR=45;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109306;STB=0.563387;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0219398;OID=.;OPOS=11582681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:76:79:79:79:0.5:45:34:42:34:45:34:44:35 chr7 11675855 . C T 856.22 PASS AF=0.463158;AO=89;DP=190;FAO=88;FDP=190;FR=.;FRO=102;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0945488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5992;QD=18.0256;RBI=0.113452;REFB=-0.0284113;REVB=-0.0627045;RO=101;SAF=47;SAR=42;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222762;STB=0.518337;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.035866;OID=.;OPOS=11675855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:101:102:89:88:0.463158:42:47:51:50:41:47:51:51 chr7 11676065 . G C 225.51 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0165212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.329;QD=11.0002;RBI=0.0198696;REFB=-0.00931311;REVB=-0.0110385;RO=53;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195711;STB=0.618474;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0178088;OID=.;OPOS=11676065;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:28:28:0.341463:12:16:21:32:12:16:21:33 chr7 12269417 . C G 1376.5 PASS AF=0.951456;AO=97;DP=105;FAO=98;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0457276;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.873;QD=53.4564;RBI=0.0488589;REFB=0.0436525;REVB=0.0172099;RO=5;SAF=39;SAR=58;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570122;STB=0.530114;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.000370848;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:105:103:5:5:97:98:0.951456:58:39:5:0:59:39:5:0 chr7 12271997 . G A 728.52 PASS AF=1;AO=39;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9449;QD=57.1387;RBI=0.0903783;REFB=0;REVB=-0.0671339;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115834;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:39:51:1:14:25:0:0:23:28:0:0 chr7 12370794 . T C 728.01 PASS AF=0.448276;AO=77;DP=174;FAO=78;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.0452906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8763;QD=16.7358;RBI=0.0881988;REFB=-0.0204737;REVB=0.0756821;RO=93;SAF=37;SAR=40;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350693;STB=0.512817;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0373327;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:93:96:77:78:0.448276:40:37:48:45:40:38:49:47 chr7 12376811 . A C 500.72 PASS AF=0.32;AO=64;DP=199;FAO=64;FDP=200;FR=.;FRO=136;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=57;FSRR=79;FWDB=-0.0122685;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.43;QD=10.0143;RBI=0.0123306;REFB=-0.0020911;REVB=-0.00123573;RO=134;SAF=41;SAR=23;SRF=56;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260088;STB=0.649736;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00585086;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:134:136:64:64:0.32:23:41:56:78:23:41:57:79 chr7 12391319 . G T 299.28 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0173661;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.971;QD=11.6223;RBI=0.0186179;REFB=-0.00870862;REVB=-0.00671152;RO=65;SAF=16;SAR=21;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201171;STB=0.6099;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0158602;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:65:66:37:37:0.359223:21:16:40:25:21:16:40:26 chr7 12393966 . A G 1197.66 PASS AF=0.952941;AO=80;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00531878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1679;QD=56.3604;RBI=0.0719518;REFB=-0.0750525;REVB=0.071755;RO=5;SAF=43;SAR=37;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519332;STB=0.521734;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0043553;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:5:4:80:81:0.952941:37:43:5:0:37:44:4:0 chr7 12393974 . A C 1479.37 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.452;QD=62.9518;RBI=0.0202629;REFB=0;REVB=0.0196204;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82068e-05;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:39:53:0:0:40:54:0:0 chr7 12394053 . G T 1627.06 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333741;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.689;QD=60.2614;RBI=0.0460024;REFB=0;REVB=-0.0316605;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010944;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:51:57:0:0:51:57:0:0 chr7 12395813 . T C 1840.86 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5588;QD=61.3622;RBI=0.0421168;REFB=0;REVB=-0.0401864;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131524;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:66:54:0:0:66:54:0:0 chr7 12399246 . A C 289.74 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0497531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4295;QD=12.1996;RBI=0.0880607;REFB=-0.015711;REVB=0.0726589;RO=61;SAF=18;SAR=16;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105789;STB=0.560666;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0396477;OID=.;OPOS=12399246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:16:18:38:23:16:18:38:23 chr7 12400837 . G A 1714.05 PASS AF=0.991228;AO=108;DP=112;FAO=113;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.927;QD=60.142;RBI=0.0303519;REFB=0;REVB=0.0226151;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164292;OID=.;OPOS=12400837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:112:114:0:0:108:113:0.991228:52:56:0:0:57:56:0:0 chr7 12406989 . C G 2211.01 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508652;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.272;QD=62.2819;RBI=0.0984764;REFB=0;REVB=0.098345;RO=0;SAF=86;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.11213e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953037;OID=.;OPOS=12406989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:127:142:0:0:126:142:1:40:86:0:0:56:86:0:0 chr7 12410112 . G A 246.88 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0146922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.092;QD=13.5275;RBI=0.0190001;REFB=-0.00420906;REVB=0.0120474;RO=44;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116216;STB=0.552545;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00631264;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:44:44:28:29:0.39726:17:11:22:22:17:12:22:22 chr7 12417407 . C T 1065.73 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918407;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.533;QD=60.0409;RBI=0.0092309;REFB=0;REVB=-0.000928675;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21476e-05;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr7 12419108 . A T 678.36 PASS AF=0.55;AO=66;DP=120;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00442749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.369;QD=22.6119;RBI=0.029664;REFB=-0.0213593;REVB=-0.0293317;RO=54;SAF=34;SAR=32;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124596;STB=0.50682;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0133653;OID=.;OPOS=12419108;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:54:54:66:66:0.55:32:34:27:27:32:34:27:27 chr7 12428608 . C A 419.63 PASS AF=0.561644;AO=38;DP=70;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00013019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.628;QD=22.9935;RBI=0.00766088;REFB=0.00231424;REVB=0.00765977;RO=31;SAF=24;SAR=14;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250696;STB=0.627704;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00165613;OID=.;OPOS=12428608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:31:32:38:41:0.561644:14:24:10:21:15:26:11:21 chr7 12428803 . G A 645.93 PASS AF=0.422857;AO=64;DP=166;FAO=74;FDP=175;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=0.0115778;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.08;QD=14.7641;RBI=0.0116024;REFB=-0.0180273;REVB=0.000754689;RO=100;SAF=24;SAR=40;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116743;STB=0.530725;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0275961;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:175:100:101:64:74:0.422857:40:24:48:52:42:32:49:52 chr7 12610594 . A G 835.1 PASS AF=0.515337;AO=84;DP=164;FAO=84;FDP=163;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0287879;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.492;QD=20.4931;RBI=0.043491;REFB=-0.0336825;REVB=-0.0325994;RO=79;SAF=35;SAR=49;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577795;STB=0.53173;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0193156;OID=.;OPOS=12610594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:79:79:84:84:0.515337:49:35:38:41:49:35:38:41 chr7 12611252 . T C 1110.78 PASS AF=0.491228;AO=112;DP=227;FAO=112;FDP=228;FR=.;FRO=116;FSAF=37;FSAR=75;FSRF=40;FSRR=76;FWDB=0.0363644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.992;QD=19.4873;RBI=0.0475455;REFB=-0.0218584;REVB=0.0306302;RO=110;SAF=37;SAR=75;SRF=36;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315167;STB=0.508272;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0218386;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:110:116:112:112:0.491228:75:37:36:74:75:37:40:76 chr7 12620804 . C T 641.33 PASS AF=0.361111;AO=78;DP=216;FAO=78;FDP=216;FR=.;FRO=138;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=68;FSRR=70;FWDB=0.00200463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.772;QD=11.8766;RBI=0.00557531;REFB=0.00146094;REVB=0.00520246;RO=137;SAF=35;SAR=43;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536599;STB=0.528261;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00223034;OID=.;OPOS=12620804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:137:138:78:78:0.361111:43:35:68:69:43:35:68:70 chr7 12636026 . T C 833.6 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0072317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.306;QD=54.6625;RBI=0.062002;REFB=-0.144681;REVB=0.0615788;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00200726;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:58:60:0.983607:27:31:0:0:27:33:0:1 chr7 12729604 . T G 545.88 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00527386;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.197;QD=22.9843;RBI=0.0880978;REFB=-0.0427212;REVB=-0.0879398;RO=28;SAF=28;SAR=23;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321831;STB=0.605674;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.045324;OID=.;OPOS=12729604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:28:44:51:51:0.536842:23:28:14:14:23:28:14:30 chr7 12730362 . A G 806.44 PASS AF=0.431472;AO=85;DP=198;FAO=85;FDP=197;FR=.;FRO=112;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=-0.0124819;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.3;QD=16.3743;RBI=0.0165836;REFB=0.000622013;REVB=0.0109187;RO=111;SAF=32;SAR=53;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405729;STB=0.525801;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.000871548;OID=.;OPOS=12730362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:111:112:85:85:0.431472:53:32:46:65:53:32:47:65 chr7 14025727 . C T 1804.14 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.7;QD=61.1572;RBI=0.0307515;REFB=0;REVB=-0.0303344;RO=0;SAF=67;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59538e-05;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:51:67:0:0:51:67:0:0 chr7 14025766 . T A 2326.9 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7869;QD=60.8339;RBI=0.0611529;REFB=0;REVB=-0.044514;RO=0;SAF=82;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294005;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:152:153:1:70:82:0:0:71:82:0:0 chr7 14758273 . C T 3493.58 PASS AF=0.974359;AO=227;DP=233;FAO=228;FDP=234;FR=.;FRO=6;FSAF=84;FSAR=144;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00452185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9671;QD=59.7192;RBI=0.0239237;REFB=-0.118461;REVB=-0.0234925;RO=5;SAF=84;SAR=143;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018826;STB=0.512721;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00269266;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:233:234:5:6:227:228:0.974359:143:84:4:1:144:84:5:1 chr7 15433724 . CAA C 219.58 PASS AF=0.492537;AO=31;DP=69;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.021027;FXX=0.042851;HRUN=4;LEN=2;MLLD=34.3966;QD=13.1092;RBI=0.0693149;REFB=0.032001;REVB=0.0660486;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=0.0133803;STB=0.523883;STBP=0.693;TYPE=del;VARB=-0.031481;OID=.;OPOS=15433725;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492537:31:69:33:67:34:19:14:18:16:99:30:17:14:16:14 chr7 15651692 . T C 449.39 PASS AF=0.432;AO=47;DP=111;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=0.0014733;FXX=0.0157468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4103;QD=14.3804;RBI=0.00499098;REFB=-0.0209719;REVB=0.00476856;RO=64;SAF=15;SAR=32;SRF=17;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065028;STB=0.541418;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0188102;OID=.;OPOS=15651692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:125:64:71:47:54:0.432:32:15:17:47:32:22:24:47 chr7 15651770 . C T 751.34 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479107;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6195;QD=63.9439;RBI=0.0727486;REFB=0;REVB=0.0547442;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657622;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:30:16:0:0:31:16:0:0 chr7 15652068 . T G 1089.58 PASS AF=0.456693;AO=115;DP=254;FAO=116;FDP=254;FR=.;FRO=138;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=81;FSRR=57;FWDB=-0.000302866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.584;QD=17.1587;RBI=0.0235692;REFB=-0.000291275;REVB=0.0235673;RO=137;SAF=61;SAR=54;SRF=80;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529864;STB=0.533391;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000364692;OID=.;OPOS=15652068;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:137:138:115:116:0.456693:54:61:80:57:55:61:81:57 chr7 16129083 . T C 41.02 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0502654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.573;QD=3.72937;RBI=0.114138;REFB=-0.00659421;REVB=0.102474;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06671;STB=0.56372;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0141967;OID=.;OPOS=16129083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:36:37:7:7:0.159091:5:2:12:24:5:2:13:24 chr7 16129085 . T G 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0345711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.656;QD=3.73338;RBI=0.0531871;REFB=0.000129275;REVB=0.0404192;RO=37;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903107;STB=0.56372;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.000500338;OID=.;OPOS=16129085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:5:2:13:24:5:2:13:24 chr7 16129172 . A G 714.97 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.139507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.539;QD=60.8482;RBI=0.144721;REFB=-0.0770945;REVB=0.0384972;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.526304;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00128857;OID=.;OPOS=16129172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:37:9:0:0:37:9:1:0 chr7 16566645 . C G 1133.64 PASS AF=0.468504;AO=119;DP=254;FAO=119;FDP=254;FR=.;FRO=135;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=78;FSRR=57;FWDB=0.0195743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.467;QD=17.8526;RBI=0.0400807;REFB=0.00566539;REVB=0.0349759;RO=135;SAF=67;SAR=52;SRF=78;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144672;STB=0.507982;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00770864;OID=.;OPOS=16566645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:135:135:119:119:0.468504:52:67:78:57:52:67:78:57 chr7 16639615 . A C 616.63 PASS AF=0.406977;AO=70;DP=172;FAO=70;FDP=172;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=0.0321374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7297;QD=14.3401;RBI=0.0524376;REFB=-0.0152119;REVB=0.0414354;RO=102;SAF=38;SAR=32;SRF=41;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147946;STB=0.582952;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0278016;OID=.;OPOS=16639615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:102:102:70:70:0.406977:32:38:41:61:32:38:41:61 chr7 16666725 . C T 764.18 PASS AF=0.503401;AO=74;DP=147;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0180814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.98;QD=20.7941;RBI=0.0274758;REFB=-0.0137848;REVB=-0.0206877;RO=71;SAF=37;SAR=37;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313486;STB=0.517002;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0189294;OID=.;OPOS=16666725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:71:73:74:74:0.503401:37:37:33:38:37:37:34:39 chr7 16666741 . T G 664.9 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=142;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0251107;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5796;QD=18.7296;RBI=0.028459;REFB=-0.000918191;REVB=0.0133928;RO=74;SAF=32;SAR=35;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172503;STB=0.505794;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0018929;OID=.;OPOS=16666741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:74:75:67:67:0.471831:35:32:34:40:35:32:35:40 chr7 16666759 . G C 580.11 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.000151199;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.564;QD=17.3167;RBI=0.00649153;REFB=0.00112913;REVB=0.00648977;RO=73;SAF=30;SAR=31;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523981;STB=0.520269;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00132108;OID=.;OPOS=16666759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:73:61:61:0.455224:31:30:32:41:32:29:32:41 chr7 16816000 . T C 1216.23 PASS AF=0.495868;AO=120;DP=242;FAO=120;FDP=242;FR=.;FRO=122;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=-0.0110148;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.69;QD=20.103;RBI=0.0274011;REFB=-0.0138302;REVB=-0.0250897;RO=113;SAF=56;SAR=64;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136621;STB=0.520529;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0134685;OID=.;OPOS=16816000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:113:122:120:120:0.495868:64:56:51:62:64:56:52:70 chr7 16832382 . T A 328.44 PASS AF=0.309353;AO=43;DP=139;FAO=43;FDP=139;FR=.;FRO=96;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.00181388;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.346;QD=9.45164;RBI=0.0047507;REFB=-0.00289492;REVB=0.00439078;RO=94;SAF=25;SAR=18;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109097;STB=0.57082;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00842149;OID=.;OPOS=16832382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:94:96:43:43:0.309353:18:25:46:48:18:25:46:50 chr7 16834551 . C A 3384.73 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.846;QD=62.3913;RBI=0.0110733;REFB=0;REVB=-0.00694311;RO=0;SAF=117;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42499e-07;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:217:0:0:217:217:1:100:117:0:0:100:117:0:0 chr7 16872913 . G A 689.56 PASS AF=0.45679;AO=73;DP=163;FAO=74;FDP=162;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0157288;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9711;QD=17.0262;RBI=0.0313458;REFB=0.0121944;REVB=-0.0271139;RO=88;SAF=35;SAR=38;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904452;STB=0.508523;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0119324;OID=.;OPOS=16872913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:88:88:73:74:0.45679:38:35:43:45:39:35:43:45 chr7 16899197 . C T 337.81 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=2.85727e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.986;QD=17.5486;RBI=0.00995355;REFB=-0.00450147;REVB=-0.00995351;RO=41;SAF=14;SAR=22;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733544;STB=0.540936;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00622265;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:22:14:13:28:22:14:13:28 chr7 16913394 . A G 975.69 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0230892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6999;QD=57.3938;RBI=0.0419438;REFB=-0.0757205;REVB=0.0350167;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00621717;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:32:35:1:0:32:35:1:0 chr7 17831764 . CAA ACA,CA,C 238.8 PASS AF=0.118519,0.37037,0.0592593;AO=6,36,18;DP=133;FAO=16,50,8;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=0,18,0;FSAR=16,32,8;FSRF=48;FSRR=13;FWDB=-0.054733,-0.00592389,-0.00300988;FXX=0.0492923;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=136.966,8.45489,16.1144;QD=7.07565;RBI=0.0918847,0.297484,0.177636;REFB=-0.00597967,-0.171443,-0.0831131;REVB=-0.0738044,-0.297425,-0.177611;RO=51;SAF=1,19,1;SAR=5,17,17;SRF=44;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.707015,-0.363348,-0.812153;STB=0.999529,0.722711,0.999239;STBP=0,0,0;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0276679,0.0332732,-0.0982327;OID=.,.,.;OPOS=17831764,17831765,17831765;OREF=CA,A,AA;OALT=AC,-,-;OMAPALT=ACA,CA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:133:135:51:61:6,36,18:16,50,8:0.118519,0.37037,0.0592593:5,17,17:1,19,1:44:7:16,32,8:0,18,0:48:13 chr7 17831806 . C T 1772.66 PASS AF=0.983471;AO=115;DP=117;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0173391;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.06;QD=58.6004;RBI=0.0329136;REFB=0.0679847;REVB=-0.027976;RO=2;SAF=45;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133737;STB=0.506943;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000368872;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:121:2:2:115:119:0.983471:70:45:0:2:71:48:0:2 chr7 17854532 . G T 616.53 PASS AF=0.453947;AO=66;DP=142;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.00031292;FXX=0.00653552;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.279;QD=16.2245;RBI=0.00503762;REFB=-0.00765674;REVB=-0.00502789;RO=74;SAF=28;SAR=38;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018445;STB=0.501927;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00833612;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:152:74:83:66:69:0.453947:38:28:30:44:38:31:37:46 chr7 18767343 . A G 853.71 PASS AF=0.446701;AO=88;DP=197;FAO=88;FDP=197;FR=.;FRO=109;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=0.0148384;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.176;QD=17.3342;RBI=0.0183697;REFB=0.000455235;REVB=0.0108291;RO=107;SAF=39;SAR=49;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116052;STB=0.552983;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.000381959;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:107:109:88:88:0.446701:49:39:60:47:48:40:60:49 chr7 18977653 . G A 647.66 PASS AF=0.398907;AO=72;DP=184;FAO=73;FDP=183;FR=.;FRO=110;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=-0.0373155;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5412;QD=14.1565;RBI=0.037651;REFB=-0.0164457;REVB=-0.00501534;RO=109;SAF=35;SAR=37;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688419;STB=0.53149;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0262278;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:109:110:72:73:0.398907:37:35:46:63:38:35:47:63 chr7 18993870 . C T 1226.38 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.952;QD=61.3189;RBI=0.0205245;REFB=0;REVB=0.0128928;RO=1;SAF=16;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286516;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51691e-06;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:1:0:76:80:1:60:16:1:0:63:17:0:0 chr7 19155074 . T C 421.15 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0315225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.181;QD=14.7773;RBI=0.0315239;REFB=-0.0257721;REVB=0.000300765;RO=66;SAF=23;SAR=25;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725827;STB=0.540762;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0326513;OID=.;OPOS=19155074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:66:48:48:0.421053:25:23:27:39:25:23:27:39 chr7 19184732 . C A 1054.13 PASS AF=0.49537;AO=107;DP=216;FAO=107;FDP=216;FR=.;FRO=109;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=0.0509833;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9567;QD=19.5208;RBI=0.0673117;REFB=-0.0228717;REVB=0.0439497;RO=108;SAF=64;SAR=43;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057324;STB=0.529485;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0236565;OID=.;OPOS=19184732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:108:109:107:107:0.49537:43:64:58:50:43:64:59:50 chr7 19760985 . A G 1182.43 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0565121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.001;QD=58.3918;RBI=0.0748218;REFB=-0.040747;REVB=0.0490376;RO=2;SAF=32;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459753;STB=0.502429;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00345753;OID=.;OPOS=19760985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:79:79:0.975309:47:32:1:1:47:32:1:1 chr7 20178174 . GC G,GT 348.44 PASS AF=0.229885,0.218391;AO=20,18;DP=88;FAO=20,19;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=14,11;FSAR=6,8;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00707341,-0.0062121;FXX=0.0543419;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.342,173.113;QD=16.0205;RBI=0.00988183,0.0140097;REFB=-0.0173473,-0.0143508;REVB=0.00690053,0.0125572;RO=42;SAF=13,12;SAR=7,6;SRF=22;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.15006,0.174193;STB=0.647995,0.556902;STBP=0.125,0.579;TYPE=del,snp;VARB=0.00903483,0.0365528;OID=.,.;OPOS=20178175,20178175;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229885,0.218391:20,18:88:20,19:87:48:14,11:6,8:24:24:72:42:13,12:7,6:22:20 chr7 20180717 . C G 548.56 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00897063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.888;QD=20.507;RBI=0.0185428;REFB=-0.0151075;REVB=-0.0162284;RO=51;SAF=27;SAR=29;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747574;STB=0.541138;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0161023;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:56:56:0.523364:29:27:29:22:29:27:29:22 chr7 20198440 . G A 722.09 PASS AF=0.402913;AO=83;DP=205;FAO=83;FDP=206;FR=.;FRO=123;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.0165948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.815;QD=14.0212;RBI=0.0260198;REFB=-0.00583995;REVB=-0.020041;RO=121;SAF=53;SAR=30;SRF=54;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20591;STB=0.620403;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0166892;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:121:123:83:83:0.402913:30:53:54:67:30:53:54:69 chr7 20201395 . G C 681.64 PASS AF=0.531746;AO=64;DP=125;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.00238175;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.121;QD=21.6394;RBI=0.0265339;REFB=0.00267428;REVB=-0.0264268;RO=56;SAF=36;SAR=28;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544287;STB=0.542543;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00113097;OID=.;OPOS=20201395;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:56:59:64:67:0.531746:28:36:35:21:31:36:37:22 chr7 20666235 . G C 252.44 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.126641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0551;QD=14.8495;RBI=0.126661;REFB=-0.0132143;REVB=-0.00228894;RO=39;SAF=5;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403015;STB=0.703376;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0190182;OID=.;OPOS=20666235;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:39:28:29:0.426471:23:5:20:19:23:6:20:19 chr7 20685484 . C A 646.52 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=154;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0561462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0801;QD=16.7926;RBI=0.0565811;REFB=0.025765;REVB=-0.00700159;RO=84;SAF=22;SAR=48;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147087;STB=0.582029;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0319092;OID=.;OPOS=20685484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:84:70:70:0.454545:48:22:38:46:48:22:38:46 chr7 20687181 . C T 624.95 PASS AF=0.43949;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0220832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.655;QD=15.9222;RBI=0.044725;REFB=-0.00309897;REVB=-0.0388929;RO=88;SAF=32;SAR=37;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250743;STB=0.51398;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00397062;OID=.;OPOS=20687181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:88:88:69:69:0.43949:37:32:43:45:37:32:43:45 chr7 20691047 . T C 1157.64 PASS AF=0.535545;AO=113;DP=212;FAO=113;FDP=211;FR=.;FRO=98;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.0282481;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.969;QD=21.9459;RBI=0.0348818;REFB=-0.0135505;REVB=0.0204644;RO=98;SAF=61;SAR=52;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252944;STB=0.513812;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0111509;OID=.;OPOS=20691047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:98:98:113:113:0.535545:52:61:50:48:52:61:50:48 chr7 20698270 . A G 1037.61 PASS AF=0.451883;AO=107;DP=237;FAO=108;FDP=239;FR=.;FRO=131;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=81;FWDB=-0.0047891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.042;QD=17.3658;RBI=0.00569364;REFB=-0.0174461;REVB=-0.00307929;RO=130;SAF=49;SAR=58;SRF=49;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815034;STB=0.54509;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.017766;OID=.;OPOS=20698270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:130:131:107:108:0.451883:58:49:49:81:58:50:50:81 chr7 20706430 . G A 282.62 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0302125;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.178;QD=19.4909;RBI=0.0311791;REFB=0.00481669;REVB=-0.00770363;RO=28;SAF=6;SAR=24;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190647;STB=0.510631;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00597393;OID=.;OPOS=20706430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:28:30:30:0.517241:24:6:6:22:24:6:6:22 chr7 20721245 . C G 1559.07 PASS AF=0.48318;AO=158;DP=327;FAO=158;FDP=327;FR=.;FRO=169;FSAF=58;FSAR=100;FSRF=71;FSRR=98;FWDB=-0.0846083;FXX=0.00304869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3359;QD=19.0712;RBI=0.084928;REFB=0.00342011;REVB=-0.00736242;RO=167;SAF=58;SAR=100;SRF=69;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457191;STB=0.529032;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00412306;OID=.;OPOS=20721245;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:327:167:169:158:158:0.48318:100:58:69:98:100:58:71:98 chr7 20768013 . G A 897.24 PASS AF=0.517442;AO=89;DP=172;FAO=89;FDP=172;FR=.;FRO=83;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.00202684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.687;QD=20.866;RBI=0.00682544;REFB=-0.0134498;REVB=-0.00651755;RO=83;SAF=50;SAR=39;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600778;STB=0.532957;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0152609;OID=.;OPOS=20768013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:83:83:89:89:0.517442:39:50:41:42:39:50:41:42 chr7 20778646 . G A 3587.7 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.02;QD=62.3948;RBI=0.0274027;REFB=0;REVB=0.0156749;RO=1;SAF=96;SAR=116;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493668;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77762e-05;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:230:1:0:212:230:1:116:96:1:0:121:109:0:0 chr7 20793027 . C T 570.05 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.0338249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3216;QD=17.4062;RBI=0.0441417;REFB=-0.02374;REVB=-0.0283613;RO=70;SAF=28;SAR=32;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934459;STB=0.54731;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0162734;OID=.;OPOS=20793027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:70:71:60:60:0.458015:32:28:26:44:32:28:27:44 chr7 20822196 . A AC 870.48 PASS AF=1;AO=71;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.0967;QD=47.053;RBI=0.169505;REFB=0;REVB=0.0859802;RO=5;SAF=25;SAR=46;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00385871;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:76:74:74:0:27:47:0:0:16:5:25:46:4:1 chr7 20822304 . C CA 226.32 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.2706;QD=37.7206;RBI=0.114352;REFB=0;REVB=-0.112651;RO=4;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00356;OID=.;OPOS=20822305;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:24:24:24:0:12:12:0:0:5:4:12:8:0:4 chr7 20824614 . C T 5466.93 PASS AF=1;AO=277;DP=348;FAO=349;FDP=349;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297065;FXX=0.00285706;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.511;QD=62.6582;RBI=0.0292833;REFB=-0.0985707;REVB=0.0291322;RO=1;SAF=165;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00288126;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356765;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:348:349:1:0:277:349:1:112:165:1:0:173:176:0:0 chr7 20826452 . T G 2266.75 PASS AF=0.819905;AO=149;DP=199;FAO=173;FDP=211;FR=.;FRO=38;FSAF=87;FSAR=86;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=0.00603385;FXX=0.00938923;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.401;QD=42.9716;RBI=0.0168994;REFB=0.00708677;REVB=0.0157855;RO=0;SAF=78;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.556384;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000894316;OID=.;OPOS=20826452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:211:0:38:149:173:0.819905:71:78:0:0:86:87:31:7 chr7 21603886 . A G 200.58 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.069141;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.562;QD=14.3273;RBI=0.0697848;REFB=-0.0549531;REVB=0.00945665;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100952;STB=0.501885;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0326113;OID=.;OPOS=21603886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:30:21:22:0.392857:13:8:9:14:14:8:11:19 chr7 21628237 . C T 3086.34 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.382;QD=63.6359;RBI=0.0493403;REFB=0;REVB=0.00942616;RO=0;SAF=108;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63262e-05;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:194:0:0:192:194:1:84:108:0:0:86:108:0:0 chr7 21630982 . A G 560.14 PASS AF=0.375;AO=66;DP=177;FAO=66;FDP=176;FR=.;FRO=110;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=-0.0142805;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6487;QD=12.7305;RBI=0.0192537;REFB=-0.00504969;REVB=-0.0129139;RO=110;SAF=24;SAR=42;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183549;STB=0.604178;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00617607;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:110:110:66:66:0.375:42:24:58:52:42:24:58:52 chr7 21640405 . A G 1315.53 PASS AF=0.545852;AO=125;DP=229;FAO=125;FDP=229;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=84;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=0.00470113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3375;QD=22.9786;RBI=0.0566799;REFB=-0.002416;REVB=0.0564846;RO=104;SAF=41;SAR=84;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867711;STB=0.54737;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00262157;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:104:104:125:125:0.545852:84:41:44:60:84:41:44:60 chr7 21659645 . T C 648.34 PASS AF=0.426036;AO=72;DP=169;FAO=72;FDP=169;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=-0.023211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6464;QD=15.3453;RBI=0.0312128;REFB=-0.000494755;REVB=0.0208683;RO=95;SAF=39;SAR=33;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133006;STB=0.57379;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000640751;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:95:97:72:72:0.426036:33:39:39:56:33:39:40:57 chr7 21723431 . G A 903.82 PASS AF=0.526627;AO=89;DP=170;FAO=89;FDP=169;FR=.;FRO=80;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0060677;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3058;QD=21.3922;RBI=0.0125513;REFB=-0.0234344;REVB=-0.0109872;RO=80;SAF=49;SAR=40;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108338;STB=0.559318;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0157327;OID=.;OPOS=21723431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:80:80:89:89:0.526627:40:49:34:46:40:49:34:46 chr7 21778449 . C T 632.83 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.01155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0241;QD=19.6226;RBI=0.0161864;REFB=-0.00387729;REVB=-0.0113401;RO=63;SAF=31;SAR=33;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935437;STB=0.550459;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00424923;OID=.;OPOS=21778449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:65:64:64:0.496124:33:31:24:39:33:31:25:40 chr7 21856151 . G A 982.97 PASS AF=0.481132;AO=102;DP=212;FAO=102;FDP=212;FR=.;FRO=110;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=0.00215994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.738;QD=18.5466;RBI=0.0246564;REFB=0.00430983;REVB=-0.0245616;RO=109;SAF=46;SAR=56;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100586;STB=0.507668;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00421241;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:109:110:102:102:0.481132:56:46:48:61:56:46:48:62 chr7 21901566 . T C 3387.44 PASS AF=1;AO=217;DP=219;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260565;FXX=0.009132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.89;QD=62.4414;RBI=0.020901;REFB=0;REVB=0.020738;RO=0;SAF=98;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96568e-05;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:219:217:0:0:217:217:1:119:98:0:0:119:98:0:0 chr7 21924014 . A G 2165.12 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=140;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333122;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.749;QD=62.3056;RBI=0.0470978;REFB=-0.00499579;REVB=0.0332941;RO=1;SAF=43;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109266;STB=0.505617;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00010781;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:139:1:1:137:138:0.992806:94:43:1:0:94:44:1:0 chr7 21932044 . C T 1512.65 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.37;QD=59.9071;RBI=0.0221355;REFB=0;REVB=0.0215521;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48933e-05;OID=.;OPOS=21932044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:44:56:0:0:45:56:0:0 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 1505.52 PASS AF=0.879032;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=124;FR=.;FRO=15;FSAF=40;FSAR=69;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0339392;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=7;MLLD=323.793;QD=48.565;RBI=0.035341;REFB=-0.00545624;REVB=0.00985498;RO=0;SAF=40;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79859e-08;STB=0.554721;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.000657906;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.879032:109:112:109:124:15:40:69:12:3:63:0:40:69:0:0 chr7 22197507 . A G 2090.71 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0322599;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9125;QD=61.9468;RBI=0.0344723;REFB=-0.0617482;REVB=0.0121506;RO=1;SAF=63;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664825;STB=0.503496;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000131068;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:71:63:0:1:71:63:0:1 chr7 22202117 . G A 2091.43 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0149432;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.156;QD=61.9684;RBI=0.0156163;REFB=-0.077585;REVB=-0.00453538;RO=1;SAF=64;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736947;STB=0.503875;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000131983;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:70:64:1:0:70:64:1:0 chr7 22478207 . G T 791.56 PASS AF=0.43299;AO=83;DP=195;FAO=84;FDP=194;FR=.;FRO=110;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=69;FWDB=-0.0589867;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3329;QD=16.3209;RBI=0.0597908;REFB=-0.00362237;REVB=0.00977287;RO=111;SAF=41;SAR=42;SRF=42;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118964;STB=0.572148;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00542661;OID=.;OPOS=22478207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:111:110:83:84:0.43299:42:41:42:69:42:42:41:69 chr7 22532260 . A G 455.49 PASS AF=0.38806;AO=52;DP=134;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.0207941;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.351;QD=13.5968;RBI=0.0208689;REFB=0.00925091;REVB=0.00176525;RO=80;SAF=25;SAR=27;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871496;STB=0.540642;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0206763;OID=.;OPOS=22532260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:80:82:52:52:0.38806:27:25:32:48:27:25:34:48 chr7 22533452 . C T 316.85 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.108241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.015;QD=15.2699;RBI=0.108377;REFB=-0.0142961;REVB=-0.00541059;RO=47;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874403;STB=0.553816;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0176427;OID=.;OPOS=22533452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:48:35:35:0.421687:21:14:15:32:21:14:15:33 chr7 22787205 . G T 3090.24 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706695;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3264;QD=61.8048;RBI=0.0343467;REFB=0;REVB=-0.0336118;RO=0;SAF=99;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23086e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:200:0:0:200:200:1:101:99:0:0:101:99:0:0 chr7 22857682 . A G 320.11 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.087733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.944;QD=13.6218;RBI=0.0878264;REFB=-0.011421;REVB=-0.00404945;RO=58;SAF=21;SAR=15;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235928;STB=0.634074;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0365365;OID=.;OPOS=22857682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:15:21:21:37:15:21:21:37 chr7 22984395 . T C 455.76 PASS AF=0.425;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0274413;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0334;QD=15.1921;RBI=0.0292116;REFB=-0.00807578;REVB=0.0100146;RO=69;SAF=16;SAR=35;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562981;STB=0.531666;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0163329;OID=.;OPOS=22984395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:69:69:51:51:0.425:35:16:25:44:35:16:25:44 chr7 23015831 . T C 545.3 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=28;FWDB=-0.000637517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1916;QD=15.5799;RBI=0.02304;REFB=0.000309424;REVB=0.0230311;RO=80;SAF=22;SAR=37;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280582;STB=0.659876;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000659384;OID=.;OPOS=23015831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:81:59:59:0.421429:37:22:52:28:37:22:53:28 chr7 23164526 . C G 889.01 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349066;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4476;QD=58.2957;RBI=0.0409873;REFB=0;REVB=-0.0214824;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125941;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:32:29:0:0 chr7 23164701 . C T 366.2 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00849042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.945;QD=16.2756;RBI=0.0101921;REFB=-0.0091325;REVB=-0.0056385;RO=51;SAF=19;SAR=20;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062212;STB=0.534985;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0111485;OID=.;OPOS=23164701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:20:19:28:23:20:19:28:23 chr7 23351346 . CATT C 209.33 PASS AF=0.46;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00307581;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=3;MLLD=331.727;QD=16.7463;RBI=0.0206416;REFB=0.000382658;REVB=0.0204111;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755847;STB=0.534678;STBP=0.693;TYPE=del;VARB=-0.000394709;OID=.;OPOS=23351347;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46:23:52:23:50:27:15:8:16:11:99:26:15:8:15:11 chr7 23357321 . C T 1794.96 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138566;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.809;QD=61.3661;RBI=0.0201347;REFB=0;REVB=0.0146082;RO=0;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42011e-05;OID=.;OPOS=23357321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:117:117:1:69:48:0:0:69:48:0:0 chr7 23544598 . CA AC,C 50.98 PASS AF=0.0555556,0.5;AO=3,6;DP=18;FAO=1,9;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=0,1;FSAR=1,8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0184741,0.157787;FXX=0;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=16.0237,11.3246;QD=11.329;RBI=0.129818,0.159125;REFB=-0.0554923,-0.073151;REVB=-0.128497,-0.0205881;RO=7;SAF=0,1;SAR=3,5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.360263;STB=0.982442,0.516092;STBP=0.588,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.054229,0.0689717;OID=.,.;OPOS=23544598,23544599;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:18:18:7:8:3,6:1,9:0.0555556,0.5:3,5:0,1:0:7:1,8:0,1:1:7 chr7 23624887 . G A 1435.38 PASS AF=0.444118;AO=150;DP=339;FAO=151;FDP=340;FR=.;FRO=189;FSAF=83;FSAR=68;FSRF=117;FSRR=72;FWDB=0.00261634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.326;QD=16.8868;RBI=0.05586;REFB=-0.0157741;REVB=-0.0557987;RO=188;SAF=82;SAR=68;SRF=116;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718871;STB=0.539249;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0208047;OID=.;OPOS=23624887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:340:188:189:150:151:0.444118:68:82:116:72:68:83:117:72 chr7 23757162 . G C 2456.99 PASS AF=0.970414;AO=164;DP=169;FAO=164;FDP=169;FR=.;FRO=5;FSAF=83;FSAR=81;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0338881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4988;QD=58.1537;RBI=0.0381104;REFB=0.0178999;REVB=0.0174357;RO=5;SAF=83;SAR=81;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165402;STB=0.508697;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00305015;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:169:169:5:5:164:164:0.970414:81:83:4:1:81:83:4:1 chr7 23794029 . G A 827.75 PASS AF=0.455026;AO=86;DP=189;FAO=86;FDP=189;FR=.;FRO=103;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.0323403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9245;QD=17.5185;RBI=0.0338193;REFB=-0.00265585;REVB=-0.00989194;RO=102;SAF=39;SAR=47;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218859;STB=0.514496;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00284277;OID=.;OPOS=23794029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:102:103:86:86:0.455026:47:39:44:58:47:39:44:59 chr7 23808718 . G T 783.9 PASS AF=0.503145;AO=80;DP=160;FAO=80;FDP=159;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.00625328;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.419;QD=19.7207;RBI=0.0225705;REFB=-0.0192754;REVB=0.021687;RO=78;SAF=39;SAR=41;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927506;STB=0.547378;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0233624;OID=.;OPOS=23808718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:78:79:80:80:0.503145:41:39:30:48:41:39:31:48 chr7 23854838 . G GA 313.29 PASS AF=0.472727;AO=46;DP=118;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0937171;FXX=0.0350846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.4304;QD=11.3922;RBI=0.102453;REFB=0.00827096;REVB=0.0413972;RO=71;SAF=24;SAR=22;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121012;STB=0.543893;STBP=0.41;TYPE=ins;VARB=-0.00856843;OID=.;OPOS=23854839;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472727:46:118:52:110:58:24:28:22:36:99:71:24:22:29:42 chr7 24325009 . G A 860.42 PASS AF=0.572464;AO=79;DP=138;FAO=79;FDP=138;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0324398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.825;QD=24.9397;RBI=0.0355553;REFB=-0.0106124;REVB=0.0145547;RO=59;SAF=36;SAR=43;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028255;STB=0.515393;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00808922;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:59:59:79:79:0.572464:43:36:29:30:43:36:29:30 chr7 24329133 . C T 326.04 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0159694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.575;QD=17.3889;RBI=0.0177213;REFB=0.00224135;REVB=0.00768281;RO=40;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00347295;STB=0.501944;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00278022;OID=.;OPOS=24329133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:20:15:17:23:20:15:17:23 chr7 24703298 . G A 490.17 PASS AF=0.404412;AO=53;DP=136;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.00167905;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.743;QD=14.4169;RBI=0.0212976;REFB=-0.0266619;REVB=0.0212314;RO=83;SAF=32;SAR=21;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150532;STB=0.504586;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0320546;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:83:81:53:55:0.404412:21:32:49:34:22:33:48:33 chr7 24742436 . T C 864.54 PASS AF=0.52439;AO=86;DP=164;FAO=86;FDP=164;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=-0.037709;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5032;QD=21.0864;RBI=0.0384173;REFB=-0.00523989;REVB=0.00734332;RO=77;SAF=31;SAR=55;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920715;STB=0.50741;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00517989;OID=.;OPOS=24742436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:77:78:86:86:0.52439:55:31:27:50:55:31:27:51 chr7 24756643 . A G 1044.28 PASS AF=0.497653;AO=106;DP=215;FAO=106;FDP=213;FR=.;FRO=107;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=41;FSRR=66;FWDB=-0.0309028;FXX=0.00930189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.028;QD=19.6109;RBI=0.0309043;REFB=-0.0120611;REVB=-0.000309044;RO=105;SAF=46;SAR=60;SRF=41;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040372;STB=0.526139;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.012664;OID=.;OPOS=24756643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:105:107:106:106:0.497653:60:46:41:64:60:46:41:66 chr7 24756841 . A G 61.22 PASS AF=0.134021;AO=12;DP=96;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.011521;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.376;QD=2.52468;RBI=0.0149188;REFB=-0.00857383;REVB=-0.00947833;RO=81;SAF=5;SAR=7;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950548;STB=0.590549;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0458548;OID=.;OPOS=24756841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:96:97:81:84:12:13:0.134021:7:5:40:41:8:5:41:43 chr7 24756951 . C T 600.3 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00109355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.6;QD=22.8684;RBI=0.0142486;REFB=-0.00260262;REVB=-0.0142065;RO=46;SAF=28;SAR=31;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124336;STB=0.567962;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00146309;OID=.;OPOS=24756951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:46:59:59:0.561905:31:28:29:17:31:28:29:17 chr7 24758753 . C T 570.87 PASS AF=0.4;AO=66;DP=165;FAO=66;FDP=165;FR=.;FRO=99;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.0413732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.381;QD=13.8393;RBI=0.0468973;REFB=-0.013255;REVB=-0.022082;RO=97;SAF=26;SAR=40;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151686;STB=0.579686;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0167406;OID=.;OPOS=24758753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:97:99:66:66:0.4:40:26:52:45:40:26:52:47 chr7 24758795 . T C 2168.58 PASS AF=0.992806;AO=140;DP=141;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.119292;FXX=0.0141834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6969;QD=62.4051;RBI=0.122278;REFB=0.0656261;REVB=0.0268571;RO=1;SAF=67;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646902;STB=0.503401;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00397909;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:139:1:1:140:138:0.992806:73:67:0:1:73:65:0:1 chr7 24758818 . G T 432.13 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.00260529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.576;QD=13.5039;RBI=0.0288632;REFB=-0.00812041;REVB=-0.0287454;RO=78;SAF=14;SAR=36;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3053;STB=0.673598;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0152609;OID=.;OPOS=24758818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:78:50:50:0.390625:36:14:43:35:36:14:43:35 chr7 24854765 . G A 1989.66 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000344976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4886;QD=62.1767;RBI=0.0242479;REFB=0;REVB=-0.0242455;RO=0;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12417e-05;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:63:65:0:0:63:65:0:0 chr7 25266400 . G A 1110.77 PASS AF=0.489083;AO=112;DP=230;FAO=112;FDP=229;FR=.;FRO=117;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=66;FWDB=0.00549331;FXX=0.00434764;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.026;QD=19.4021;RBI=0.00685584;REFB=-0.00631937;REVB=-0.00410197;RO=117;SAF=66;SAR=46;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142968;STB=0.578661;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00760121;OID=.;OPOS=25266400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:117:117:112:112:0.489083:46:66:51:66:46:66:51:66 chr7 25266569 . TTAA T 203.7 PASS AF=0.375;AO=35;DP=105;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.00546879;FXX=0.111101;HRUN=2;LEN=3;MLLD=172.931;QD=8.48748;RBI=0.00832052;REFB=-0.0147059;REVB=0.00627085;RO=55;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155498;STB=0.57139;STBP=0.301;TYPE=del;VARB=0.0245675;OID=.;OPOS=25266570;OREF=TAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:35:105:36:96:60:16:20:20:40:99:55:15:20:16:39 chr7 25267934 . T C 380.24 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0189657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7841;QD=24.9337;RBI=0.051809;REFB=0.0125299;REVB=0.0482128;RO=23;SAF=18;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246734;STB=0.521689;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00715967;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:24:37:37:0.606557:19:18:12:11:19:18:13:11 chr7 25267963 . G C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.137;QD=58.9621;RBI=0.0237117;REFB=0;REVB=0.0225201;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232649;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr7 25304395 . A G 777.76 PASS AF=0.453039;AO=82;DP=181;FAO=82;FDP=181;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.0115076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.251;QD=17.1881;RBI=0.0115361;REFB=-0.00811855;REVB=-0.000810753;RO=98;SAF=44;SAR=38;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957708;STB=0.550284;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.011159;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:98:99:82:82:0.453039:38:44:43:55:38:44:44:55 chr7 26251843 . C T 70.5 PASS AF=0.171053;AO=11;DP=84;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=49;FWDB=0.0242436;FXX=0.116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.348;QD=3.71029;RBI=0.0267239;REFB=-0.0124572;REVB=-0.0112436;RO=72;SAF=4;SAR=7;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603531;STB=0.651975;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0528247;OID=.;OPOS=26251843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:84:76:72:63:11:13:0.171053:7:4:23:49:8:5:14:49 chr7 26252932 . CTGG C 284.14 PASS AF=0.276596;AO=38;DP=143;FAO=39;FDP=141;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=-0.0233475;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=302.166;QD=8.06064;RBI=0.0248185;REFB=-0.0138838;REVB=-0.00841728;RO=101;SAF=21;SAR=17;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16622;STB=0.602037;STBP=0.137;TYPE=del;VARB=0.0358274;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276596:38:143:39:141:102:22:17:43:59:99:101:21:17:42:59 chr7 26252959 . T A 32.78 PASS AF=0.0849057;AO=9;DP=106;FAO=9;FDP=106;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.0193463;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.989;QD=1.23687;RBI=0.0220563;REFB=-0.00118036;REVB=-0.0105926;RO=97;SAF=4;SAR=5;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045278;STB=0.53676;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0171852;OID=.;OPOS=26252959;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:106:106:97:97:9:9:0.0849057:5:4:47:50:5:4:47:50 chr7 26386122 . T A 608.04 PASS AF=0.496;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0225908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.798;QD=19.4574;RBI=0.0226563;REFB=-0.0121579;REVB=-0.00172241;RO=63;SAF=27;SAR=35;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229606;STB=0.512682;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0134656;OID=.;OPOS=26386122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:63:63:62:62:0.496:35:27:29:34:35:27:29:34 chr7 26678856 . A G 992.76 PASS AF=0.582822;AO=66;DP=165;FAO=95;FDP=163;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0326297;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.318;QD=24.3623;RBI=0.129003;REFB=-0.0829231;REVB=0.124808;RO=70;SAF=39;SAR=27;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991583;STB=0.531849;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0769612;OID=.;OPOS=26678856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:70:68:66:95:0.582822:27:39:34:36:56:39:33:35 chr7 26685934 . T C 633.64 PASS AF=0.45098;AO=69;DP=153;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.0204566;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2786;QD=16.5657;RBI=0.0623339;REFB=-0.0229842;REVB=0.0588816;RO=82;SAF=37;SAR=32;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473914;STB=0.526458;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0232843;OID=.;OPOS=26685934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:82:84:69:69:0.45098:32:37:40:42:32:37:41:43 chr7 26778406 . A G 842.1 PASS AF=0.911765;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00925291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.404;QD=49.5351;RBI=0.04938;REFB=-0.00469473;REVB=0.0485053;RO=6;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706488;STB=0.537488;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00029211;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:68:68:6:6:62:62:0.911765:37:25:0:6:37:25:0:6 chr7 27135314 . C T 816.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7613;QD=57.3126;RBI=0.0326148;REFB=0;REVB=0.0170947;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50136e-05;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr7 27169093 . T G 2964.45 PASS AF=1;AO=185;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725581;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.36;QD=63.4107;RBI=0.010618;REFB=0;REVB=0.00775211;RO=0;SAF=116;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28357e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.982e-05;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:187:0:0:185:187:1:69:116:0:0:71:116:0:0 chr7 27196069 . A C 3142.49 PASS AF=0.937778;AO=211;DP=238;FAO=211;FDP=225;FR=.;FRO=14;FSAF=82;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0999509;FXX=0.0546196;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0844;QD=55.8664;RBI=0.101686;REFB=-0.188719;REVB=0.0187069;RO=14;SAF=82;SAR=129;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489439;STB=0.525733;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00370131;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:238:225:14:14:211:211:0.937778:129:82:0:14:129:82:0:14 chr7 27196113 . C T 4902.73 PASS AF=0.945087;AO=324;DP=343;FAO=327;FDP=346;FR=.;FRO=19;FSAF=114;FSAR=213;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0230606;FXX=0.00288176;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.0379;QD=56.6789;RBI=0.0257517;REFB=-0.0672308;REVB=0.0114612;RO=19;SAF=114;SAR=210;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102869;STB=0.505183;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00334359;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:343:346:19:19:324:327:0.945087:210:114:5:14:213:114:5:14 chr7 27202289 . A G 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.454;QD=54.8826;RBI=0.080933;REFB=0.0171263;REVB=0.0800994;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=9.83034e-05;OID=.;OPOS=27202289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:0:1:27:27:0:1 chr7 27221305 . G C 409.18 PASS AF=0.461538;AO=39;DP=89;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0315144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.516;QD=17.9859;RBI=0.0319467;REFB=-0.0169237;REVB=0.00523729;RO=47;SAF=14;SAR=25;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00288671;STB=0.532695;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.017222;OID=.;OPOS=27221305;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:47:49:39:42:0.461538:25:14:17:30:25:17:17:32 chr7 27279191 . T G 2157.76 PASS AF=0.441683;AO=228;DP=519;FAO=231;FDP=523;FR=.;FRO=292;FSAF=123;FSAR=108;FSRF=149;FSRR=143;FWDB=-0.00929968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.09;QD=16.503;RBI=0.0137176;REFB=-0.0109303;REVB=0.010084;RO=288;SAF=121;SAR=107;SRF=145;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275205;STB=0.512422;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0129079;OID=.;OPOS=27279191;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:519:523:288:292:228:231:0.441683:107:121:145:143:108:123:149:143 chr7 27284713 . GAC CGA 42.84 PASS AF=0.102041;AO=18;DP=149;FAO=15;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=132;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=79;FWDB=-0.0310911;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=3;MLLD=54.0729;QD=1.1657;RBI=0.0368472;REFB=-0.0147946;REVB=-0.0197751;RO=103;SAF=4;SAR=14;SRF=35;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180498;STB=0.710802;STBP=0.112;TYPE=mnp;VARB=0.196178;OID=.;OPOS=27284713;OREF=GAC;OALT=CGA;OMAPALT=CGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:149:147:103:132:18:15:0.102041:14:4:35:68:12:3:53:79 chr7 27702390 . C A 2950.93 PASS AF=0.491722;AO=297;DP=603;FAO=297;FDP=604;FR=.;FRO=307;FSAF=139;FSAR=158;FSRF=173;FSRR=134;FWDB=-0.0221841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.274;QD=19.5426;RBI=0.0257054;REFB=-0.00760783;REVB=0.0129859;RO=306;SAF=139;SAR=158;SRF=173;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900486;STB=0.548437;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00791933;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:603:604:306:307:297:297:0.491722:158:139:173:133:158:139:173:134 chr7 27886171 . A G 2184.84 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688601;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.566;QD=62.873;RBI=0.0933841;REFB=0;REVB=0.0630783;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159161;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:129:139:0:0:128:139:1:64:64:0:0:75:64:0:0 chr7 27953035 . A G 1787.6 PASS AF=0.489189;AO=182;DP=369;FAO=181;FDP=370;FR=.;FRO=189;FSAF=81;FSAR=100;FSRF=86;FSRR=103;FWDB=-0.0619906;FXX=0.00269535;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3232;QD=19.3254;RBI=0.0708109;REFB=0.00159591;REVB=-0.034225;RO=186;SAF=82;SAR=100;SRF=84;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000990037;STB=0.503877;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00211317;OID=.;OPOS=27953035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:370:186:189:182:181:0.489189:100:82:84:102:100:81:86:103 chr7 28319007 . T A 678.26 PASS AF=0.478873;AO=68;DP=142;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0147983;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.719;QD=19.1058;RBI=0.0453501;REFB=0.0107782;REVB=0.0428678;RO=73;SAF=37;SAR=31;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149439;STB=0.578816;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00918461;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:73:74:68:68:0.478873:31:37:28:45:31:37:29:45 chr7 28319234 . A C 472.19 PASS AF=0.481132;AO=50;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0249344;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5299;QD=17.8184;RBI=0.0368957;REFB=-0.0075637;REVB=-0.027195;RO=56;SAF=19;SAR=31;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482645;STB=0.5238;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00867932;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:55:50:51:0.481132:31:19:24:32:31:20:24:31 chr7 28319282 . C T 657.68 PASS AF=0.496241;AO=64;DP=131;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0537331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4676;QD=19.7798;RBI=0.0762111;REFB=0.0207482;REVB=0.0540452;RO=67;SAF=26;SAR=38;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111514;STB=0.512573;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0197154;OID=.;OPOS=28319282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:67:67:64:66:0.496241:38:26:28:39:40:26:28:39 chr7 28450207 . A G 482.95 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0177093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.183;QD=16.0983;RBI=0.0220654;REFB=-0.0153904;REVB=0.0131629;RO=66;SAF=27;SAR=26;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244024;STB=0.50943;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.016328;OID=.;OPOS=28450207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:67:53:53:0.441667:26:27:32:34:26:27:33:34 chr7 28996944 . T C 487.92 PASS AF=0.575;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0200328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.848;QD=24.3958;RBI=0.0200358;REFB=-0.0337758;REVB=-0.000347062;RO=32;SAF=22;SAR=24;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101656;STB=0.566237;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0215657;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:32:34:46:46:0.575:24:22:11:21:24:22:11:23 chr7 28997497 . GCCA GCA,GCAG 1916.2 PASS AF=1,0;AO=123,5;DP=129;FAO=129,0;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=89,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160083,-0.0535002;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=26.332,7.41242;QD=59.4171;RBI=0.0570331,0.0751308;REFB=0,0;REVB=-0.0547404,-0.052748;RO=0;SAF=37,3;SAR=86,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=5.23974e-05,0.037515;OID=.,.;OPOS=28997498,28997499;OREF=C,CA;OALT=-,AG;OMAPALT=GCA,GCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:123,5:129:129,0:129:0:40,0:89,0:0:0:11:0:37,3:86,2:0:0 chr7 28997596 . G GC 199.84 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0958564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.541;QD=44.4081;RBI=0.0980157;REFB=0;REVB=-0.0204605;RO=4;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00544612;OID=.;OPOS=28997597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:20:18:18:0:6:12:0:0:4:4:5:11:3:1 chr7 29070320 . C T 448.88 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0119073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7676;QD=16.9388;RBI=0.0159391;REFB=-0.00729537;REVB=-0.0105958;RO=57;SAF=27;SAR=22;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915236;STB=0.551;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00754771;OID=.;OPOS=29070320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:22:27:26:31:22:27:26:31 chr7 29186256 . A G 725.39 PASS AF=0.441989;AO=77;DP=178;FAO=80;FDP=181;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.000710169;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.435;QD=16.0308;RBI=0.00370594;REFB=-0.0015769;REVB=-0.00363725;RO=100;SAF=29;SAR=48;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108047;STB=0.550392;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00183697;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:181:100:101:77:80:0.441989:48:29:48:52:49:31:48:53 chr7 29186576 . A G 3442.22 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132182;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.76;QD=62.3027;RBI=0.0183341;REFB=-0.0837888;REVB=0.012705;RO=0;SAF=117;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144273;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:220:221:0:0:219:221:1:102:117:0:0:104:117:0:0 chr7 29523563 . G A 751.76 PASS AF=0.424084;AO=80;DP=189;FAO=81;FDP=191;FR=.;FRO=110;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=66;FSRR=44;FWDB=-0.00546189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.152;QD=15.7436;RBI=0.0304158;REFB=-0.0049531;REVB=-0.0299214;RO=108;SAF=39;SAR=41;SRF=66;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126989;STB=0.561049;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00756775;OID=.;OPOS=29523563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:191:108:110:80:81:0.424084:41:39:66:42:41:40:66:44 chr7 29552213 . T C 865.54 PASS AF=0.480874;AO=88;DP=183;FAO=88;FDP=183;FR=.;FRO=95;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.00248364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.591;QD=18.919;RBI=0.0125015;REFB=-0.00543602;REVB=0.0122524;RO=94;SAF=45;SAR=43;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192619;STB=0.513238;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00734305;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:94:95:88:88:0.480874:43:45:50:44:43:45:51:44 chr7 29605975 . C G 592.82 PASS AF=0.421384;AO=67;DP=159;FAO=67;FDP=159;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.0335233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0315;QD=14.9138;RBI=0.0536332;REFB=-0.0421403;REVB=0.0418654;RO=89;SAF=23;SAR=44;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675024;STB=0.550096;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0298445;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:89:92:67:67:0.421384:44:23:36:53:44:23:39:53 chr7 29952207 . C G 2369.21 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8238;QD=64.0328;RBI=0.100837;REFB=0;REVB=0.0469742;RO=0;SAF=75;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036378;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:73:75:0:0:73:75:0:0 chr7 30157551 . A T 400.57 PASS AF=0.318471;AO=48;DP=155;FAO=50;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=100;FSAF=47;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=71;FWDB=-0.0203086;FXX=0.00632871;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.3945;QD=10.2055;RBI=0.0285944;REFB=-0.00810089;REVB=0.0201296;RO=95;SAF=47;SAR=1;SRF=29;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.820335;STB=0.938301;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0186305;OID=.;OPOS=30157551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:95:100:48:50:0.318471:1:47:29:66:3:47:29:71 chr7 30177278 . C T 1055.41 PASS AF=0.441767;AO=111;DP=250;FAO=110;FDP=249;FR=.;FRO=139;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=0.00455305;FXX=0.00399984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5996;QD=16.9544;RBI=0.00823434;REFB=0.0209942;REVB=0.00686106;RO=139;SAF=50;SAR=61;SRF=62;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00446236;STB=0.504789;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.022261;OID=.;OPOS=30177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:249:139:139:111:110:0.441767:61:50:62:77:60:50:62:77 chr7 30491311 . C T 239.85 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00809671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.551;QD=11.9925;RBI=0.00942436;REFB=-0.0139273;REVB=-0.00482305;RO=51;SAF=18;SAR=11;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125382;STB=0.572387;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0176544;OID=.;OPOS=30491311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:11:18:26:25:11:18:26:25 chr7 30492237 . C T 38.58 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.000763429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.231;QD=11.0235;RBI=0.0662743;REFB=-0.00250757;REVB=0.0662699;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303121;STB=0.734403;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00139344;OID=.;OPOS=30492237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:1:5:4:3:1:5:4:4 chr7 30492550 . G A 294.16 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00763518;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.544;QD=17.3034;RBI=0.0154752;REFB=0.00484471;REVB=0.0134605;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295483;STB=0.516564;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00565543;OID=.;OPOS=30492550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:36:32:32:0.470588:15:17:18:18:15:17:18:18 chr7 30496382 . G C 485.3 PASS AF=0.377483;AO=57;DP=151;FAO=57;FDP=151;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.00353791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.007;QD=12.8555;RBI=0.0453171;REFB=-0.00506079;REVB=-0.0451788;RO=94;SAF=30;SAR=27;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289016;STB=0.516393;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00743272;OID=.;OPOS=30496382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:94:94:57:57:0.377483:27:30:47:47:27:30:47:47 chr7 30538651 . T C 849.51 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.035972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.058;QD=50.717;RBI=0.0365526;REFB=-0.0532399;REVB=0.006489;RO=3;SAF=26;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220115;STB=0.528884;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0139768;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:67:67:3:5:62:62:0.925373:36:26:2:1:36:26:4:1 chr7 30634630 . G C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.25;QD=55.6555;RBI=0.0574219;REFB=0;REVB=0.0175868;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530644;OID=.;OPOS=30634630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr7 30634661 . C G 181.37 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0126133;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.402;QD=32.9759;RBI=0.0272681;REFB=-0.0793917;REVB=0.0241754;RO=4;SAF=3;SAR=14;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358954;STB=0.685067;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0149125;OID=.;OPOS=30634661;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:4:5:17:17:0.772727:14:3:4:0:14:3:4:1 chr7 30671996 . GAC CGA 72.61 PASS AF=0.105528;AO=28;DP=202;FAO=21;FDP=199;FR=.,HEALED;FRO=174;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=114;FWDB=-0.00134459;FXX=0.0148508;HRUN=1;LEN=3;MLLD=108.224;QD=1.45959;RBI=0.00861808;REFB=-0.00663856;REVB=-0.00851255;RO=129;SAF=2;SAR=26;SRF=46;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516009;STB=0.81542;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=0.168784;OID=.;OPOS=30671996;OREF=GAC;OALT=CGA;OMAPALT=CGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:202:199:129:174:28:21:0.105528:26:2:46:83:19:2:60:114 chr7 30695202 . C T 1625.88 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.878;QD=59.1228;RBI=0.0324055;REFB=-0.0837232;REVB=-0.00492668;RO=0;SAF=41;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000170304;OID=.;OPOS=30695202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:109:109:0.990909:68:41:0:0:68:41:1:0 chr7 30705159 . A G 191.04 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0100938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.217;QD=13.4062;RBI=0.0116358;REFB=-0.0186769;REVB=0.0057884;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387223;STB=0.522186;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.022246;OID=.;OPOS=30705159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:15:19:12:11:15:19 chr7 30728452 . C T 335.2 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0112195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3265;QD=14.2639;RBI=0.0273122;REFB=0.00776224;REVB=0.0249013;RO=56;SAF=17;SAR=20;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514683;STB=0.502026;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.011489;OID=.;OPOS=30728452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:57:37:37:0.393617:20:17:26:30:20:17:26:31 chr7 30728472 . C G 360.8 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.00605492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.52;QD=13.1198;RBI=0.00612842;REFB=0.00563008;REVB=-0.000946277;RO=67;SAF=19;SAR=24;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706729;STB=0.540109;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00787444;OID=.;OPOS=30728472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:67:43:43:0.390909:24:19:34:33:24:19:34:33 chr7 30728557 . A G 337.28 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0119744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.067;QD=13.0981;RBI=0.012511;REFB=0.00873401;REVB=0.00362453;RO=63;SAF=19;SAR=21;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524764;STB=0.529825;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0104895;OID=.;OPOS=30728557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:40:40:0.38835:21:19:33:30:21:19:33:30 chr7 30795331 . A G 4147.78 PASS AF=1;AO=260;DP=260;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.253;QD=62.608;RBI=0.0369371;REFB=0;REVB=0.0304075;RO=0;SAF=117;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.07305e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1287e-05;OID=.;OPOS=30795331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:260:265:0:0:260:265:1:143:117:0:0:147:118:0:0 chr7 30795436 . T G 1590.71 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.605;QD=58.9151;RBI=0.0234856;REFB=-0.0968726;REVB=0.00678025;RO=1;SAF=32;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00628724;STB=0.503311;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000124163;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:75:32:0:1:75:32:0:1 chr7 31592733 . C A 755.79 PASS AF=0.521429;AO=67;DP=140;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0174063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.759;QD=21.594;RBI=0.0175916;REFB=-0.0351982;REVB=0.00254685;RO=51;SAF=40;SAR=27;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132319;STB=0.582613;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0294717;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:51:67:67:73:0.521429:27:40:22:29:32:41:26:41 chr7 31617733 . T C 766.31 PASS AF=0.892308;AO=58;DP=64;FAO=58;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0122463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9965;QD=47.1573;RBI=0.0230639;REFB=-0.0711196;REVB=0.0195441;RO=5;SAF=35;SAR=23;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315005;STB=0.503596;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00555607;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:64:65:5:7:58:58:0.892308:23:35:2:3:23:35:4:3 chr7 31618008 . A G 727.75 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.316;QD=63.283;RBI=0.0589886;REFB=0;REVB=0.0378248;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360887;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr7 31682453 . C T 716.02 PASS AF=0.447674;AO=77;DP=172;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=0.0269999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3088;QD=16.6517;RBI=0.0273025;REFB=-0.00604982;REVB=0.00405334;RO=95;SAF=28;SAR=49;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494989;STB=0.527552;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00678211;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:95:95:77:77:0.447674:49:28:39:56:49:28:39:56 chr7 31682601 . T C 479.97 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0261236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.774;QD=17.1418;RBI=0.0313095;REFB=-0.00575124;REVB=0.0172581;RO=60;SAF=23;SAR=29;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912706;STB=0.550685;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00621777;OID=.;OPOS=31682601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:29:23:21:39:29:23:21:39 chr7 31682853 . T C 723.12 PASS AF=0.596491;AO=68;DP=114;FAO=68;FDP=114;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0207361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.805;QD=25.3726;RBI=0.0249737;REFB=-0.00376001;REVB=-0.0139176;RO=46;SAF=26;SAR=42;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407048;STB=0.522156;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00225818;OID=.;OPOS=31682853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:46:46:68:68:0.596491:42:26:20:26:42:26:20:26 chr7 31683054 . G T 549.34 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00451253;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.959;QD=20.536;RBI=0.00452819;REFB=0.000569021;REVB=-0.000376284;RO=50;SAF=27;SAR=29;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117907;STB=0.559713;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00038404;OID=.;OPOS=31683054;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:50:51:56:56:0.523364:29:27:31:19:29:27:31:20 chr7 31683410 . G A 568.98 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.014791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.317;QD=15.6961;RBI=0.0216849;REFB=-0.017963;REVB=-0.0158576;RO=83;SAF=40;SAR=21;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981788;STB=0.559421;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0192791;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:84:61:61:0.42069:21:40:47:36:21:40:47:37 chr7 31855578 . G A 2249.31 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454415;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.542;QD=60.7922;RBI=0.0581381;REFB=0;REVB=0.0362644;RO=0;SAF=71;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226383;OID=.;OPOS=31855578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:148:0:0:133:148:1:62:71:0:0:72:76:0:0 chr7 32209425 . A G 2334.68 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.477;QD=61.0375;RBI=0.029937;REFB=0;REVB=0.0255664;RO=0;SAF=85;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85099e-05;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:153:0:0:150:153:1:65:85:0:0:68:85:0:0 chr7 32209459 . C T 3098.39 PASS AF=0.994898;AO=187;DP=188;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00220265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.86;QD=63.2324;RBI=0.0415415;REFB=-0.074853;REVB=0.041483;RO=1;SAF=108;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598913;STB=0.502924;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000111344;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:188:196:1:1:187:195:0.994898:79:108:0:1:85:110:0:1 chr7 32338337 . G A 1542.36 PASS AF=0.435696;AO=164;DP=382;FAO=166;FDP=381;FR=.;FRO=215;FSAF=51;FSAR=115;FSRF=92;FSRR=123;FWDB=0.0199244;FXX=0.00261773;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9806;QD=16.1928;RBI=0.0537439;REFB=-0.00576206;REVB=0.0499142;RO=205;SAF=50;SAR=114;SRF=82;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107023;STB=0.575333;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00819824;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:381:205:215:164:166:0.435696:114:50:82:123:115:51:92:123 chr7 32529936 . G C 374.2 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0352713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1671;QD=18.0339;RBI=0.0399966;REFB=-0.0171209;REVB=-0.0188591;RO=44;SAF=23;SAR=16;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210411;STB=0.511755;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0130503;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:16:23:25:19:16:23:25:19 chr7 32530105 . G C 430.6 PASS AF=0.354167;AO=51;DP=135;FAO=51;FDP=144;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=34;FWDB=-0.0109269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.284;QD=11.9611;RBI=0.0689373;REFB=-0.0256824;REVB=-0.0680658;RO=84;SAF=25;SAR=26;SRF=58;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219859;STB=0.592799;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0442797;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:144:84:93:51:51:0.354167:26:25:58:26:26:25:59:34 chr7 32530198 . AA TC 413.82 PASS AF=0.34;AO=51;DP=148;FAO=51;FDP=150;FR=.;FRO=99;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.0165303;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=2;MLLD=108.526;QD=11.0352;RBI=0.0167814;REFB=-0.00660226;REVB=-0.00289207;RO=96;SAF=20;SAR=31;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774026;STB=0.549095;STBP=0.407;TYPE=mnp;VARB=0.0114399;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:96:99:51:51:0.34:31:20:44:52:31:20:46:53 chr7 32598630 . T A 526.14 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0140792;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.501;QD=18.9599;RBI=0.0219303;REFB=0.00183613;REVB=0.0168141;RO=56;SAF=34;SAR=21;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943738;STB=0.552265;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00220417;OID=.;OPOS=32598630;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:56:56:55:55:0.495495:21:34:29:27:21:34:29:27 chr7 32598656 . C T 491.06 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00927683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.028;QD=19.8408;RBI=0.0103963;REFB=-0.0180202;REVB=-0.00469287;RO=51;SAF=28;SAR=20;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509323;STB=0.52829;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0150815;OID=.;OPOS=32598656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:20:28:27:24:20:28:27:24 chr7 32623477 . C G 675.23 PASS AF=0.45625;AO=72;DP=160;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=0.0621364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9224;QD=16.8808;RBI=0.0679941;REFB=0.00893916;REVB=0.027609;RO=86;SAF=47;SAR=25;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630822;STB=0.526918;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00606184;OID=.;OPOS=32623477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:86:87:72:73:0.45625:25:47:51:35:26:47:52:35 chr7 32623796 . C T 577.36 PASS AF=0.402439;AO=59;DP=158;FAO=66;FDP=164;FR=.;FRO=98;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.012642;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.386;QD=14.0819;RBI=0.0153957;REFB=-0.0139904;REVB=-0.00878681;RO=98;SAF=17;SAR=42;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160187;STB=0.528293;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0194642;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:164:98:98:59:66:0.402439:42:17:41:57:42:24:40:58 chr7 32908135 . C G 419.39 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0370674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.7941;QD=17.6586;RBI=0.0423204;REFB=-0.0108494;REVB=-0.0204211;RO=51;SAF=17;SAR=26;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435322;STB=0.517269;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0106814;OID=.;OPOS=32908135;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:52:43:43:0.452632:26:17:18:33:26:17:19:33 chr7 32908287 . T C 1472.49 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.375;QD=63.3329;RBI=0.0116144;REFB=0;REVB=0.0113714;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6615e-05;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:59:34:0:0:59:34:0:0 chr7 32956941 . C T 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0271575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5134;QD=21.0638;RBI=0.038746;REFB=0.00513474;REVB=-0.0276356;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925597;STB=0.542218;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0057822;OID=.;OPOS=32956941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:10:14:11:12:10:14:12:12 chr7 33003171 . G A 241.53 PASS AF=0.302752;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=109;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00511072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.385;QD=8.86362;RBI=0.00679224;REFB=-0.00231147;REVB=0.00447382;RO=75;SAF=12;SAR=21;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157096;STB=0.59721;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00663626;OID=.;OPOS=33003171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:75:76:33:33:0.302752:21:12:37:38:21:12:38:38 chr7 33385852 . C T 1324.1 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146574;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.989;QD=62.3106;RBI=0.0335212;REFB=0;REVB=-0.0301468;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64439e-05;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:31:54:0:0:31:54:0:0 chr7 33391094 . A T 322.4 PASS AF=0.5;AO=29;DP=63;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0211627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.458;QD=18.9649;RBI=0.021448;REFB=-0.0276687;REVB=0.00348656;RO=34;SAF=5;SAR=24;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210887;STB=0.536459;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0268405;OID=.;OPOS=33391094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:34:34:29:34:0.5:24:5:11:23:25:9:11:23 chr7 33979637 . A G 204.45 PASS AF=0.380952;AO=14;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0092185;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.746;QD=19.4709;RBI=0.0108682;REFB=-0.0194291;REVB=-0.0057564;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324157;STB=0.612104;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0182382;OID=.;OPOS=33979637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:21:14:16:0.380952:4:10:8:12:6:10:9:12 chr7 33979639 . T G 35.17 PASS AF=0.166667;AO=5;DP=34;FAO=5;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0424181;FXX=0.142816;HRUN=10;LEN=1;MLLD=14.5501;QD=4.68891;RBI=0.0689957;REFB=-0.132409;REVB=0.0544161;RO=13;SAF=3;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177233;STB=0.509055;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0688668;OID=.;OPOS=33979639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:34:30:13:18:5:5:0.166667:2:3:8:5:2:3:11:7 chr7 34009946 . C T 1572.6 PASS AF=0.463483;AO=165;DP=356;FAO=165;FDP=356;FR=.;FRO=191;FSAF=52;FSAR=113;FSRF=78;FSRR=113;FWDB=-0.0663284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.243;QD=17.6697;RBI=0.070494;REFB=-0.00273832;REVB=-0.0238733;RO=190;SAF=52;SAR=113;SRF=78;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102451;STB=0.555549;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00289683;OID=.;OPOS=34009946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:356:190:191:165:165:0.463483:113:52:78:112:113:52:78:113 chr7 34192762 . G C 2336.86 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.006;QD=61.0945;RBI=0.0583594;REFB=0;REVB=0.0313263;RO=0;SAF=71;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97057e-05;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:153:0:0:151:153:1:80:71:0:0:81:72:0:0 chr7 34685696 . A T 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00264031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4957;QD=9.75876;RBI=0.0756152;REFB=0.0153327;REVB=-0.075569;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0491243;OID=.;OPOS=34685696;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:5:7:4:3:5:7 chr7 34793057 . C T 474.27 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0163196;FXX=0.0319115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2182;QD=20.8471;RBI=0.0348461;REFB=0.00688561;REVB=0.0307883;RO=48;SAF=25;SAR=21;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191654;STB=0.592097;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00922236;OID=.;OPOS=34793057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:48:45:46:46:0.505495:21:25:16:32:21:25:16:29 chr7 34818113 . A T 574.72 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.0123427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6279;QD=16.5387;RBI=0.0302075;REFB=0.00918072;REVB=-0.0275708;RO=77;SAF=23;SAR=38;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405106;STB=0.519635;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0149117;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:77:78:61:61:0.438849:38:23:32:45:38:23:32:46 chr7 34851393 . C G 424.94 PASS AF=0.401639;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00530951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.991;QD=13.9323;RBI=0.0832047;REFB=-0.00461812;REVB=0.0830351;RO=72;SAF=22;SAR=27;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112112;STB=0.559094;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00738641;OID=.;OPOS=34851393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:72:73:49:49:0.401639:27:22:40:32:27:22:40:33 chr7 34874038 . C G 774.44 PASS AF=0.438144;AO=83;DP=193;FAO=85;FDP=194;FR=.;FRO=109;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=0.00739757;FXX=0.0443328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.532;QD=15.9678;RBI=0.0116995;REFB=-0.0125004;REVB=0.00906385;RO=101;SAF=37;SAR=46;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400711;STB=0.507599;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0177657;OID=.;OPOS=34874038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:101:109:83:85:0.438144:46:37:41:60:48:37:46:63 chr7 35840898 . G C,GC 5758.96 PASS AF=0.00761421,0.992386;AO=31,352;DP=424;FAO=3,391;FDP=394;FR=.;FRO=0;FSAF=3,143;FSAR=0,248;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169925,0.0194854;FXX=0.0199;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=85.6219,102.779;QD=58.4666;RBI=0.0648737,0.0206846;REFB=-0.0640023,-0.0296653;REVB=-0.0626087,-0.00694062;RO=30;SAF=3,136;SAR=28,216;SRF=21;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.632402,-0.0487952;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0449683,0.000714115;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:424:394:30:0:31,352:3,391:0.00761421,0.992386:28,216:3,136:21:9:0,248:3,143:0:0 chr7 35925500 . G A 290.09 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0309219;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.558;QD=11.3762;RBI=0.0391533;REFB=-0.00968753;REVB=-0.024017;RO=66;SAF=12;SAR=24;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161112;STB=0.583286;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0145253;OID=.;OPOS=35925500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:66:66:36:36:0.352941:24:12:31:35:24:12:30:36 chr7 36124292 . G A 652.12 PASS AF=0.511811;AO=64;DP=127;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00704133;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0687;QD=20.5391;RBI=0.0245483;REFB=-0.000584297;REVB=0.0235168;RO=61;SAF=33;SAR=31;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225115;STB=0.511996;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000546271;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:62:64:65:0.511811:31:33:33:28:32:33:33:29 chr7 36320821 . G A 3954.84 PASS AF=1;AO=247;DP=247;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.553;QD=64.046;RBI=0.00570317;REFB=0;REVB=0.000720084;RO=0;SAF=126;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03581e-06;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:247:0:0:247:247:1:121:126:0:0:121:126:0:0 chr7 36338749 . T C 3966.72 PASS AF=1;AO=255;DP=255;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.123;QD=62.223;RBI=0.0205049;REFB=0;REVB=-0.000594433;RO=0;SAF=103;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.42046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28531e-06;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:255:0:0:255:255:1:152:103:0:0:152:103:0:0 chr7 36339269 . C G 1093.36 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0979228;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6207;QD=59.1007;RBI=0.108439;REFB=0;REVB=0.0465856;RO=1;SAF=34;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137762;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:1:0:71:74:1:37:34:1:0:37:37:0:0 chr7 36438709 . C G 417.7 PASS AF=0.45;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0144336;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.117;QD=16.708;RBI=0.0175488;REFB=0.00855082;REVB=0.00998145;RO=55;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139259;STB=0.570891;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0102099;OID=.;OPOS=36438709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:55:55:44:45:0.45:21:23:21:34:22:23:21:34 chr7 36445856 . G A 2454.84 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283578;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.428;QD=60.6133;RBI=0.0283791;REFB=0.0726359;REVB=-0.00109892;RO=0;SAF=83;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30228e-08;STB=0.503225;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-2.58897e-05;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:0:1:160:161:0.993827:77:83:0:0:77:84:0:1 chr7 36446121 . A G 1358.97 PASS AF=0.566964;AO=127;DP=224;FAO=127;FDP=224;FR=.;FRO=97;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=0.0231574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.978;QD=24.2674;RBI=0.02495;REFB=-0.016018;REVB=0.00928637;RO=97;SAF=55;SAR=72;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337137;STB=0.518305;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0131377;OID=.;OPOS=36446121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:97:97:127:127:0.566964:72:55:38:59:72:55:38:59 chr7 36447349 . A ACTT 1448.46 PASS AF=0.944444;AO=101;DP=112;FAO=102;FDP=108;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000987466;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.227;QD=53.6465;RBI=0.0366282;REFB=-0.0845143;REVB=0.0366149;RO=7;SAF=66;SAR=35;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826074;STB=0.510947;STBP=0.412;TYPE=ins;VARB=0.00578496;OID=.;OPOS=36447350;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:101:112:102:108:6:67:35:5:1:16:7:66:35:5:2 chr7 36455477 . T C 428.11 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=127;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0106536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.564;QD=13.4839;RBI=0.021085;REFB=-0.00386716;REVB=-0.0181955;RO=77;SAF=21;SAR=29;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148167;STB=0.583798;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00664376;OID=.;OPOS=36455477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:77:77:50:50:0.393701:29:21:43:34:29:21:43:34 chr7 36465606 . CTTTTT CTTCTT,CTTTTA,CTT 170.22 PASS AF=0.0952381,0.428571,0.47619;AO=2,2,6;DP=26;FAO=2,9,10;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,10;FSAR=2,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00655445,-0.0077314,-0.0380291;FXX=0.22214;HRUN=15,15,15;LEN=1,1,3;MLLD=130.842,129.864,7.55894;QD=32.4231;RBI=0.0461907,0.0343201,0.0521131;REFB=-0.0199236,-0.0230751,-0.0843069;REVB=0.0457233,0.0334379,0.0356309;RO=0;SAF=0,0,6;SAR=2,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=-0.0856612,0.0321162,0.108549;OID=.,.,.;OPOS=36465609,36465611,36465607;OREF=T,T,TTT;OALT=C,A,-;OMAPALT=CTTCTT,CTTTTA,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0952381,0.428571,0.47619:2,2,6:26:2,9,10:21:0:0,0,10:2,9,0:0:0:68:0:0,0,6:2,2,0:0:0 chr7 36492212 . C T 642.41 PASS AF=0.456954;AO=69;DP=152;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0230502;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.727;QD=17.0176;RBI=0.0237556;REFB=-0.0140214;REVB=-0.00574604;RO=81;SAF=39;SAR=30;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954341;STB=0.502341;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0155144;OID=.;OPOS=36492212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:81:82:69:69:0.456954:30:39:45:36:30:39:46:36 chr7 36552790 . G GT,T 2620.93 PASS AF=0.98895,0.0110497;AO=167,10;DP=192;FAO=179,2;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=91,2;FSAR=88,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112615,0.0261869;FXX=0.0163035;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=23.7914,5.1772;QD=57.9211;RBI=0.0695185,0.0863775;REFB=0,0;REVB=-0.0686003,-0.0823123;RO=11;SAF=91,2;SAR=76,8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.43648e-05,-0.355177;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00084948,-0.111778;OID=.,.;OPOS=36552791,36552790;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:192:181:11:0:167,10:179,2:0.98895,0.0110497:76,8:91,2:6:5:88,0:91,2:0:0 chr7 36729757 . T C 1804.02 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.639;QD=61.1533;RBI=0.0420301;REFB=0;REVB=0.0372637;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135477;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:67:50:0:0:68:50:0:0 chr7 36763672 . C T 955.32 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00865699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.41;QD=58.7887;RBI=0.0266944;REFB=0;REVB=0.0252517;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4706e-05;OID=.;OPOS=36763672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:27:37:0:0:28:37:0:0 chr7 37209284 . G A 347.35 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0408422;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.311;QD=22.0542;RBI=0.0409863;REFB=-0.00175899;REVB=0.00343342;RO=27;SAF=14;SAR=21;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362277;STB=0.529395;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000973045;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:27:28:35:35:0.555556:21:14:12:15:21:14:13:15 chr7 37355590 . C CT 449.73 PASS AF=1;AO=44;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0691214;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.1043;QD=32.7075;RBI=0.203686;REFB=0;REVB=-0.191599;RO=8;SAF=19;SAR=25;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560256;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00410347;OID=.;OPOS=37355591;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:56:55:55:0:25:30:0:0:10:8:19:25:5:3 chr7 37907304 . T C 741.8 PASS AF=0.427807;AO=80;DP=187;FAO=80;FDP=187;FR=.;FRO=107;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=73;FWDB=0.0259787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.4;QD=15.8673;RBI=0.028418;REFB=-0.00825508;REVB=0.011519;RO=105;SAF=41;SAR=39;SRF=34;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191935;STB=0.610856;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0163285;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:105:107:80:80:0.427807:39:41:34:71:39:41:34:73 chr7 37916455 . A G 683.53 PASS AF=0.428571;AO=74;DP=174;FAO=75;FDP=175;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=0.00213476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.133;QD=15.6235;RBI=0.0384558;REFB=0.00817406;REVB=0.0383965;RO=99;SAF=35;SAR=39;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0108949;OID=.;OPOS=37916455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:99:100:74:75:0.428571:39:35:48:51:39:36:48:52 chr7 37947103 . C T 1063.6 PASS AF=0.394822;AO=115;DP=306;FAO=122;FDP=309;FR=.;FRO=187;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=71;FSRR=116;FWDB=-0.00713256;FXX=0.0127791;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.71;QD=13.7683;RBI=0.00739107;REFB=-0.0228254;REVB=-0.00193768;RO=190;SAF=45;SAR=70;SRF=72;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143861;STB=0.51899;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0339885;OID=.;OPOS=37947103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:309:190:187:115:122:0.394822:70:45:72:118:72:50:71:116 chr7 37947164 . G T 3696.38 PASS AF=0.991561;AO=235;DP=240;FAO=235;FDP=237;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=144;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0291223;FXX=0.0124995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6403;QD=62.3861;RBI=0.0398328;REFB=0.0682933;REVB=-0.0271762;RO=1;SAF=91;SAR=144;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00329824;STB=0.501002;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.000372229;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:240:237:1:2:235:235:0.991561:144:91:0:1:144:91:1:1 chr7 37953840 . C T 2731.44 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6945;QD=62.433;RBI=0.0265618;REFB=0;REVB=-0.0258619;RO=0;SAF=61;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42261e-05;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:173:175:1:112:61:0:0:113:62:0:0 chr7 37961001 . C A 2227.97 PASS AF=0.439479;AO=236;DP=540;FAO=236;FDP=537;FR=.;FRO=301;FSAF=94;FSAR=142;FSRF=135;FSRR=166;FWDB=0.0154244;FXX=0.00922492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.312;QD=16.5957;RBI=0.0247372;REFB=-0.0403371;REVB=-0.0193395;RO=292;SAF=94;SAR=142;SRF=130;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483927;STB=0.529004;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0453058;OID=.;OPOS=37961001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:540:537:292:301:236:236:0.439479:142:94:130:162:142:94:135:166 chr7 37988589 . C T 468.54 PASS AF=0.37415;AO=54;DP=152;FAO=55;FDP=147;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=0.0351095;FXX=0.0636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.194;QD=12.7495;RBI=0.0358772;REFB=-0.00222088;REVB=0.00738204;RO=74;SAF=22;SAR=32;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407179;STB=0.503307;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00329326;OID=.;OPOS=37988589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:147:74:92:54:55:0.37415:32:22:33:41:32:23:38:54 chr7 37991129 . C A 2709.56 PASS AF=0.978022;AO=164;DP=173;FAO=178;FDP=182;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=85;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00285759;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.21;QD=59.5508;RBI=0.0146982;REFB=-0.13524;REVB=0.0144177;RO=1;SAF=74;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525833;STB=0.502674;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000952939;OID=.;OPOS=37991129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:173:182:1:1:164:178:0.978022:90:74:0:1:93:85:0:1 chr7 38268395 . C T 300.63 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0108424;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.487;QD=16.0334;RBI=0.0136111;REFB=-0.0284962;REVB=0.00822817;RO=41;SAF=10;SAR=23;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121218;STB=0.511576;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0279196;OID=.;OPOS=38268395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:23:10:12:29:23:10:12:30 chr7 38269668 . G A 715.67 PASS AF=0.461078;AO=71;DP=162;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.0241702;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.926;QD=17.1419;RBI=0.0306076;REFB=-0.0117791;REVB=-0.0187783;RO=91;SAF=40;SAR=31;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917869;STB=0.571185;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0153916;OID=.;OPOS=38269668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:167:91:90:71:77:0.461078:31:40:43:48:31:46:42:48 chr7 38284794 . C T 82.79 PASS AF=0.104545;AO=23;DP=220;FAO=23;FDP=220;FR=.;FRO=197;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=87;FSRR=110;FWDB=-0.0320407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6049;QD=1.50528;RBI=0.032041;REFB=0.00147125;REVB=0.00014486;RO=195;SAF=11;SAR=12;SRF=86;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457502;STB=0.532934;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00839452;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:220:220:195:197:23:23:0.104545:12:11:86:109:12:11:87:110 chr7 38284804 . T C 92.71 PASS AF=0.108696;AO=25;DP=231;FAO=25;FDP=230;FR=.;FRO=205;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=90;FSRR=115;FWDB=0.0706307;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.184;QD=1.61235;RBI=0.0706707;REFB=-0.00337853;REVB=0.00237705;RO=205;SAF=12;SAR=13;SRF=90;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507002;STB=0.536659;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0193508;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:231:230:205:205:25:25:0.108696:13:12:90:115:13:12:90:115 chr7 38284808 . A C 84.04 PASS AF=0.102128;AO=24;DP=235;FAO=24;FDP=235;FR=.;FRO=211;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=95;FSRR=116;FWDB=0.0390972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9893;QD=1.43052;RBI=0.0537817;REFB=0.00557511;REVB=-0.0369307;RO=202;SAF=13;SAR=11;SRF=89;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123252;STB=0.581476;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0386181;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:235:235:202:211:24:24:0.102128:11:13:89:113:11:13:95:116 chr7 38284834 . A G 103.1 PASS AF=0.1125;AO=26;DP=239;FAO=27;FDP=240;FR=.;FRO=213;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=96;FSRR=117;FWDB=-0.0105534;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.144;QD=1.7183;RBI=0.0121303;REFB=-0.00381839;REVB=-0.00598091;RO=211;SAF=15;SAR=11;SRF=96;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149355;STB=0.6243;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0243563;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:211:213:26:27:0.1125:11:15:96:115:11:16:96:117 chr7 38284854 . C T 81.27 PASS AF=0.105263;AO=22;DP=209;FAO=22;FDP=209;FR=.;FRO=187;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=84;FSRR=103;FWDB=0.00281076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.765;QD=1.55531;RBI=0.00897773;REFB=-0.000768136;REVB=-0.00852639;RO=186;SAF=13;SAR=9;SRF=84;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168657;STB=0.625049;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00698475;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:209:209:186:187:22:22:0.105263:9:13:84:102:9:13:84:103 chr7 38289121 . C T 917.69 PASS AF=0.484211;AO=91;DP=190;FAO=92;FDP=190;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=-0.0203133;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3025;QD=19.3197;RBI=0.0308269;REFB=-0.0288106;REVB=-0.0231877;RO=97;SAF=31;SAR=60;SRF=37;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417979;STB=0.516721;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0262724;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:97:98:91:92:0.484211:60:31:37:60:60:32:37:61 chr7 38295958 . C T 295.33 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.053313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8885;QD=15.3416;RBI=0.0604432;REFB=-0.00880603;REVB=-0.0284798;RO=43;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065003;STB=0.530707;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0103781;OID=.;OPOS=38295958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:19:14:21:22:19:14:21:23 chr7 38299727 . T C 475.47 PASS AF=0.406015;AO=53;DP=132;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=59;FWDB=0.0107831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.475;QD=14.3;RBI=0.0108177;REFB=-0.0163571;REVB=0.00086468;RO=76;SAF=17;SAR=36;SRF=17;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12321;STB=0.555536;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0167353;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:76:79:53:54:0.406015:36:17:17:59:36:18:20:59 chr7 38305043 . T C 169.51 PASS AF=0.140741;AO=38;DP=270;FAO=38;FDP=270;FR=.;FRO=232;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=127;FSRR=105;FWDB=-0.00376903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.435;QD=2.51128;RBI=0.00751814;REFB=-0.00244165;REVB=-0.00650514;RO=229;SAF=22;SAR=16;SRF=126;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373391;STB=0.527532;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0147124;OID=.;OPOS=38305043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:229:232:38:38:0.140741:16:22:126:103:16:22:127:105 chr7 38309102 . A C 645.18 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0485452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5323;QD=19.7;RBI=0.0559105;REFB=-0.000156433;REVB=0.0277372;RO=65;SAF=38;SAR=27;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143117;STB=0.504586;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.000102619;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:65:66:65:65:0.496183:27:38:37:28:27:38:38:28 chr7 38331416 . C T 648.15 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0040655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.442;QD=18.787;RBI=0.0205512;REFB=-0.00520802;REVB=-0.0201451;RO=72;SAF=31;SAR=35;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286015;STB=0.515833;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00583856;OID=.;OPOS=38331416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:72:72:66:66:0.478261:35:31:36:36:35:31:36:36 chr7 38357075 . T C 463.42 PASS AF=0.384058;AO=53;DP=138;FAO=53;FDP=138;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0240152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.592;QD=13.4325;RBI=0.0285043;REFB=-0.00327601;REVB=0.0153546;RO=82;SAF=29;SAR=24;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282726;STB=0.503588;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00537558;OID=.;OPOS=38357075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:82:85:53:53:0.384058:24:29:47:35:24:29:47:38 chr7 38370202 . T C 1227.56 PASS AF=0.548837;AO=118;DP=214;FAO=118;FDP=215;FR=.;FRO=97;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=0.0137878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.799;QD=22.8384;RBI=0.0150152;REFB=-0.0120667;REVB=-0.00594589;RO=95;SAF=57;SAR=61;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770192;STB=0.536666;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.013331;OID=.;OPOS=38370202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:95:97:118:118:0.548837:61:57:37:58:61:57:39:58 chr7 38389410 . G C 430.73 PASS AF=0.270742;AO=61;DP=227;FAO=62;FDP=229;FR=.;FRO=167;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=66;FSRR=101;FWDB=0.00973786;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7771;QD=7.52371;RBI=0.0258099;REFB=0.00637909;REVB=-0.0239024;RO=158;SAF=22;SAR=39;SRF=58;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852567;STB=0.51875;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0135994;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:229:158:167:61:62:0.270742:39:22:58:100:39:23:66:101 chr7 38398565 . G C 76.07 PASS AF=0.108696;AO=20;DP=184;FAO=20;FDP=184;FR=.;FRO=164;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=112;FWDB=0.0158277;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3098;QD=1.65365;RBI=0.0410516;REFB=0.00183893;REVB=-0.0378777;RO=163;SAF=10;SAR=10;SRF=51;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237068;STB=0.662898;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00992332;OID=.;OPOS=38398565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:184:184:163:164:20:20:0.108696:10:10:51:112:10:10:52:112 chr7 38402496 . A G 459.03 PASS AF=0.370629;AO=53;DP=143;FAO=53;FDP=143;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.00653729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.474;QD=12.8399;RBI=0.00679589;REFB=-0.00641858;REVB=0.00185684;RO=90;SAF=22;SAR=31;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206807;STB=0.511768;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0110249;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:90:90:53:53:0.370629:31:22:39:51:31:22:39:51 chr7 38402517 . C T 661.29 PASS AF=0.426901;AO=70;DP=168;FAO=73;FDP=171;FR=.;FRO=98;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.0163179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4484;QD=15.4687;RBI=0.0189446;REFB=0.00171564;REVB=-0.00962406;RO=98;SAF=31;SAR=39;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151003;STB=0.513615;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00370195;OID=.;OPOS=38402517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:98:98:70:73:0.426901:39:31:42:56:40:33:42:56 chr7 38431436 . C T 1363.66 PASS AF=0.519231;AO=135;DP=260;FAO=135;FDP=260;FR=.;FRO=125;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=78;FSRR=47;FWDB=0.0365587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.692;QD=20.9794;RBI=0.0430339;REFB=-0.0175591;REVB=-0.0227019;RO=122;SAF=72;SAR=63;SRF=76;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787554;STB=0.544035;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0141998;OID=.;OPOS=38431436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:122:125:135:135:0.519231:63:72:76:46:63:72:78:47 chr7 38431481 . C A 1482.78 PASS AF=0.508772;AO=145;DP=287;FAO=145;FDP=285;FR=.;FRO=140;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=81;FSRR=59;FWDB=0.0104627;FXX=0.0069684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.819;QD=20.8109;RBI=0.0289858;REFB=-0.0115411;REVB=0.0270317;RO=140;SAF=78;SAR=67;SRF=81;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368013;STB=0.520138;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0107943;OID=.;OPOS=38431481;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:285:140:140:145:145:0.508772:67:78:81:59:67:78:81:59 chr7 38467842 . A G 1492.47 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.724;QD=58.5284;RBI=0.0215385;REFB=0.00877712;REVB=0.0178337;RO=1;SAF=49;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958391;STB=0.505049;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00027884;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:52:49:1:0:52:49:1:0 chr7 38467923 . A G 1026.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.899;QD=59.4983;RBI=0.0274035;REFB=0;REVB=0.0218312;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145612;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr7 38468463 . C T 1473.86 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409791;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.267;QD=63.3918;RBI=0.0424271;REFB=0;REVB=-0.0109895;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.914e-05;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:42:50:0:0:42:51:0:0 chr7 38468695 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.304;QD=43.4858;RBI=0.067792;REFB=0;REVB=-0.0102112;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489618;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr7 38725804 . C T 787.54 PASS AF=0.552239;AO=74;DP=136;FAO=74;FDP=134;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00287246;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.935;QD=23.5087;RBI=0.00345911;REFB=0.00685567;REVB=-0.00192728;RO=62;SAF=35;SAR=39;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627753;STB=0.52702;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00413432;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:62:60:74:74:0.552239:39:35:34:28:39:35:32:28 chr7 38780883 . C T 3101.16 PASS AF=1;AO=202;DP=205;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165734;FXX=0.0146334;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.949;QD=61.4091;RBI=0.022248;REFB=0.0163972;REVB=-0.0221862;RO=0;SAF=95;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87738e-05;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:202:0:0:202:202:1:107:95:0:0:107:95:0:0 chr7 38780924 . T C 3949.43 PASS AF=1;AO=254;DP=259;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190177;FXX=0.015384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.531;QD=61.7099;RBI=0.019307;REFB=0.0533465;REVB=-0.00332993;RO=1;SAF=102;SAR=152;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62298e-06;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:259:256:1:0:254:256:1:152:102:1:0:152:104:0:0 chr7 38796570 . G A 669.52 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0766336;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.887;QD=19.548;RBI=0.0773827;REFB=-0.00375875;REVB=-0.0107406;RO=70;SAF=28;SAR=39;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344698;STB=0.501904;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0042319;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:70:70:67:67:0.489051:39:28:29:41:39:28:29:41 chr7 39379325 . C T 140.8 PASS AF=1;AO=7;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168388;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.412;QD=40.2295;RBI=0.170455;REFB=-0.0803287;REVB=0.0264684;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0043809;OID=.;OPOS=39379325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:14:14:0:0:7:14:1:6:1:0:0:6:8:0:0 chr7 39472681 . C T 793.76 PASS AF=0.529801;AO=79;DP=150;FAO=80;FDP=151;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=14;FWDB=0.0174798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0209;QD=21.0269;RBI=0.0226227;REFB=0.0175627;REVB=0.0143612;RO=68;SAF=37;SAR=42;SRF=55;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285104;STB=0.652139;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0127611;OID=.;OPOS=39472681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:68:71:79:80:0.529801:42:37:55:13:42:38:57:14 chr7 39472708 . A G 2750.44 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.115;QD=62.1569;RBI=0.0237625;REFB=0;REVB=-0.00428668;RO=0;SAF=102;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25198e-06;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:161:177:0:0:160:177:1:58:102:0:0:70:107:0:0 chr7 39472846 . G A 394.95 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.101353;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9917;QD=13.8577;RBI=0.121714;REFB=-0.0163374;REVB=-0.067393;RO=67;SAF=16;SAR=30;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142422;STB=0.576889;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0228089;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:68:46:46:0.403509:30:16:32:35:30:16:32:36 chr7 39649275 . G A 1777.14 PASS AF=0.495845;AO=179;DP=363;FAO=179;FDP=361;FR=.;FRO=182;FSAF=101;FSAR=78;FSRF=111;FSRR=71;FWDB=-0.0144618;FXX=0.00550949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.819;QD=19.6913;RBI=0.0164641;REFB=-0.0193663;REVB=0.00786904;RO=182;SAF=101;SAR=78;SRF=111;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429762;STB=0.523537;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0192824;OID=.;OPOS=39649275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:361:182:182:179:179:0.495845:78:101:111:71:78:101:111:71 chr7 39649456 . G C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0675822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9941;QD=11.0924;RBI=0.0677744;REFB=-0.0128741;REVB=-0.00510151;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0077028;OID=.;OPOS=39649456;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:5:1:2:3:5:1 chr7 40174059 . T TC 118.51 PASS AF=0.178899;AO=59;DP=223;FAO=39;FDP=218;FR=.;FRO=179;FSAF=2;FSAR=37;FSRF=90;FSRR=89;FWDB=0.00418901;FXX=0.0090905;HRUN=0;LEN=1;MLLD=44.0777;QD=2.17455;RBI=0.120591;REFB=-0.0120705;REVB=-0.120519;RO=154;SAF=3;SAR=56;SRF=90;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.727009;STB=0.930822;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.162799;OID=.;OPOS=40174060;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178899:59:223:39:218:179:2:37:90:89:99:154:3:56:90:64 chr7 40229127 . ATTTTTTA ATATTTTT,ATTTTTA 54.76 PASS AF=0,0.357143;AO=6,16;DP=62;FAO=0,20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=0,5;FSAR=0,15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00660936,0.117613;FXX=0.13844;HRUN=6,6;LEN=6,1;MLLD=142.308,8.59458;QD=3.91175;RBI=0.0978357,0.147932;REFB=-0.003522,-0.104912;REVB=-0.0976122,-0.0897279;RO=33;SAF=2,4;SAR=4,12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0.34252;SSSB=-0.315521,-0.406872;STB=0.5,0.721993;STBP=1,0.02;TYPE=mnp,del;VARB=0.134887,0.126186;OID=.,.;OPOS=40229129,40229128;OREF=TTTTTA,T;OALT=ATTTTT,-;OMAPALT=ATATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.357143:6,16:62:0,20:56:36:0,5:0,15:21:15:55:33:2,4:4,12:20:13 chr7 40314165 . G A 531.55 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0204408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.678;QD=18.3294;RBI=0.0606778;REFB=-0.00537214;REVB=0.0571311;RO=60;SAF=25;SAR=31;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600478;STB=0.533238;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00526716;OID=.;OPOS=40314165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:31:25:23:37:31:25:23:37 chr7 40314243 . A G 432.16 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00557896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.327;QD=23.0486;RBI=0.0375143;REFB=-0.0136779;REVB=-0.0370972;RO=33;SAF=16;SAR=26;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061322;STB=0.533759;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0217507;OID=.;OPOS=40314243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:26:16:15:18:26:16:15:18 chr7 40899967 . G C 2869.59 PASS AF=0.994565;AO=146;DP=185;FAO=183;FDP=184;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=88;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471519;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.698;QD=62.3825;RBI=0.0493438;REFB=0;REVB=0.0145432;RO=0;SAF=73;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030995;OID=.;OPOS=40899967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:185:184:0:0:146:183:0.994565:73:73:0:0:95:88:0:0 chr7 42005678 . G A 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.159;QD=48.7335;RBI=0.0717808;REFB=0;REVB=0.0622658;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000923016;OID=.;OPOS=42005678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr7 42088222 . T C 540.65 PASS AF=0.398734;AO=62;DP=162;FAO=63;FDP=158;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=0.0220183;FXX=0.0424217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9411;QD=13.6873;RBI=0.0286573;REFB=-0.00496861;REVB=0.0183422;RO=84;SAF=33;SAR=29;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819279;STB=0.555271;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0101307;OID=.;OPOS=42088222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:158:84:95:62:63:0.398734:29:33:38:46:30:33:41:54 chr7 42950640 . C T 2034.48 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0261578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.0127;QD=60.7309;RBI=0.0353866;REFB=-0.0661708;REVB=-0.0238324;RO=2;SAF=59;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128426;STB=0.506756;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00124323;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:73:59:0:2:73:59:0:2 chr7 42970733 . C T 1568.13 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8809;QD=64.0054;RBI=0.0524246;REFB=0;REVB=0.0279427;RO=0;SAF=26;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13079e-05;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:72:26:0:0:72:26:0:0 chr7 42976789 . A G 3236.52 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.479;QD=61.9429;RBI=0.0546101;REFB=0;REVB=0.0493581;RO=0;SAF=89;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87332e-05;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:209:0:0:208:209:1:119:89:0:0:120:89:0:0 chr7 42977091 . G A 1625.85 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0271352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.78;QD=59.1219;RBI=0.0296676;REFB=0.0864986;REVB=-0.0119936;RO=1;SAF=45;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104317;STB=0.505493;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000701854;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:64:45:1:0:64:45:1:0 chr7 43484136 . A G 217.17 PASS AF=0.617647;AO=19;DP=32;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00945653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.412;QD=25.5492;RBI=0.030469;REFB=-0.0289893;REVB=0.0289644;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065238;STB=0.553022;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.011768;OID=.;OPOS=43484136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:13:13:19:21:0.617647:9:10:8:5:11:10:8:5 chr7 43506059 . A G 361.92 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0367685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9891;QD=11.4896;RBI=0.0456886;REFB=-0.0120391;REVB=-0.0271206;RO=78;SAF=21;SAR=24;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034422;STB=0.514371;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0520505;OID=.;OPOS=43506059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:78:81:45:45:0.357143:24:21:34:44:24:21:36:45 chr7 43506158 . T C 442.14 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0239874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.446;QD=14.8619;RBI=0.0324937;REFB=0.00474638;REVB=0.0219191;RO=69;SAF=13;SAR=37;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279174;STB=0.657954;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00947735;OID=.;OPOS=43506158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:69:50:50:0.420168:37:13:35:34:37:13:35:34 chr7 43664280 . A G 814.86 PASS AF=0.518987;AO=81;DP=157;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00928057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.76;QD=20.6293;RBI=0.0209881;REFB=-0.00370484;REVB=0.0188248;RO=76;SAF=33;SAR=48;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106129;STB=0.554294;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00256014;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:76:76:81:82:0.518987:48:33:40:36:48:34:40:36 chr7 43810764 . G A 466.81 PASS AF=0.365385;AO=57;DP=156;FAO=57;FDP=156;FR=.;FRO=99;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=69;FWDB=-0.0464957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.939;QD=11.9696;RBI=0.0468386;REFB=-0.0132654;REVB=-0.00565691;RO=98;SAF=26;SAR=31;SRF=30;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171988;STB=0.599598;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.032163;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:98:99:57:57:0.365385:31:26:30:68:31:26:30:69 chr7 43846603 . A G 872.55 PASS AF=0.517857;AO=87;DP=168;FAO=87;FDP=168;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0108936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.517;QD=20.7749;RBI=0.0120645;REFB=-0.000580084;REVB=0.00518495;RO=81;SAF=36;SAR=51;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605716;STB=0.533242;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.000513675;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:81:81:87:87:0.517857:51:36:39:42:51:36:39:42 chr7 43906513 . A G 331.43 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0195923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6642;QD=18.6723;RBI=0.0206223;REFB=-0.0235627;REVB=0.00643596;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165478;STB=0.591852;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0355633;OID=.;OPOS=43906513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:18:17:11:25:18:17:11:25 chr7 43916128 . C CCT 2904.16 PASS AF=1;AO=170;DP=212;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543941;FXX=0.0615353;HRUN=3;LEN=2;MLLD=306.124;QD=63.4789;RBI=0.00589115;REFB=0;REVB=0.0022624;RO=31;SAF=83;SAR=87;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457035;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.54763e-05;OID=.;OPOS=43916129;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:170:212:183:183:0:89:94:0:0:16:31:83:87:20:11 chr7 43916138 . C G 3080.53 PASS AF=0.989848;AO=194;DP=196;FAO=195;FDP=197;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0324723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.062;QD=62.5488;RBI=0.0365646;REFB=0.0316197;REVB=0.0168082;RO=2;SAF=99;SAR=95;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991922;STB=0.505154;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-2.63313e-05;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:197:2:2:194:195:0.989848:95:99:0:2:96:99:0:2 chr7 43916727 . T G 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.000288203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7266;QD=30.1267;RBI=0.0110047;REFB=-0.0111084;REVB=0.0110009;RO=12;SAF=9;SAR=15;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271338;STB=0.514913;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00180567;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:15:9:4:8:15:9:4:8 chr7 43917013 . G A 1019.14 PASS AF=0.404255;AO=114;DP=282;FAO=114;FDP=282;FR=.;FRO=168;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=100;FSRR=68;FWDB=0.0339033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.542;QD=14.4559;RBI=0.0363396;REFB=-0.000406889;REVB=-0.0130817;RO=168;SAF=55;SAR=59;SRF=100;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119773;STB=0.566944;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00082244;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:168:168:114:114:0.404255:59:55:100:68:59:55:100:68 chr7 43917274 . A G 2175.07 PASS AF=1;AO=101;DP=142;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019538;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5835;QD=63.0456;RBI=0.0225785;REFB=0;REVB=-0.0113162;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558388;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:138:0:0:101:138:1:47:54:0:0:73:65:0:0 chr7 43966161 . C A 4083.68 PASS AF=0.473265;AO=414;DP=880;FAO=416;FDP=879;FR=.;FRO=463;FSAF=237;FSAR=179;FSRF=257;FSRR=206;FWDB=-0.00758319;FXX=0.00113635;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.878;QD=18.5833;RBI=0.0173439;REFB=0.00711701;REVB=0.0155983;RO=456;SAF=237;SAR=177;SRF=257;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00863829;STB=0.507845;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00790322;OID=.;OPOS=43966161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:880:879:456:463:414:416:0.473265:177:237:257:199:179:237:257:206 chr7 43982482 . A C 3520.44 PASS AF=1;AO=218;DP=218;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.66;QD=62.5856;RBI=0.0381291;REFB=0;REVB=0.0378945;RO=0;SAF=91;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.33194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75711e-05;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:225:0:0:218:225:1:127:91:0:0:131:94:0:0 chr7 44027348 . A G 3219.67 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5443;QD=61.9166;RBI=0.0536066;REFB=0;REVB=0.00233202;RO=0;SAF=106;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143878;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:102:106:0:0:102:106:0:0 chr7 44047066 . T C 524.5 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00649961;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.235;QD=18.7321;RBI=0.0236216;REFB=-0.00773324;REVB=-0.0227098;RO=57;SAF=18;SAR=37;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597472;STB=0.533129;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00799385;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:57:57:55:55:0.491071:37:18:22:35:37:18:22:35 chr7 44099664 . T C 2127.9 PASS AF=0.495327;AO=210;DP=426;FAO=212;FDP=428;FR=.;FRO=216;FSAF=102;FSAR=110;FSRF=79;FSRR=137;FWDB=-0.0319211;FXX=0.00233095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.568;QD=19.8869;RBI=0.0722689;REFB=-0.0275445;REVB=0.064837;RO=211;SAF=102;SAR=108;SRF=76;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115607;STB=0.55857;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0273049;OID=.;OPOS=44099664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:428:211:216:210:212:0.495327:108:102:76:135:110:102:79:137 chr7 44104788 . A C 647.54 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0158029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.978;QD=18.3699;RBI=0.0275166;REFB=-0.00414733;REVB=-0.0225263;RO=75;SAF=31;SAR=35;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991283;STB=0.554944;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00406017;OID=.;OPOS=44104788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:75:66:66:0.468085:35:31:43:32:35:31:43:32 chr7 44112694 . C T 1255.19 PASS AF=0.495968;AO=123;DP=248;FAO=123;FDP=248;FR=.;FRO=125;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=0.0485866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.5399;QD=20.245;RBI=0.0501895;REFB=-0.0148582;REVB=-0.0125826;RO=124;SAF=62;SAR=61;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184656;STB=0.508095;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0167366;OID=.;OPOS=44112694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:124:125:123:123:0.495968:61:62:60:64:61:62:61:64 chr7 44112873 . G T 483.52 PASS AF=0.429688;AO=53;DP=117;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00191664;FXX=0.0153834;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.4646;QD=15.1101;RBI=0.0240937;REFB=-0.0066934;REVB=-0.0240174;RO=64;SAF=35;SAR=18;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102775;STB=0.576442;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0134188;OID=.;OPOS=44112873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:128:64:73:53:55:0.429688:18:35:36:28:20:35:37:36 chr7 44121936 . C A 2535.52 PASS AF=0.45913;AO=264;DP=575;FAO=264;FDP=575;FR=.;FRO=311;FSAF=131;FSAR=133;FSRF=178;FSRR=133;FWDB=0.0815479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4875;QD=17.6384;RBI=0.1089;REFB=-0.010328;REVB=-0.0721746;RO=305;SAF=131;SAR=133;SRF=176;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078708;STB=0.541153;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.015503;OID=.;OPOS=44121936;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:575:575:305:311:264:264:0.45913:133:131:176:129:133:131:178:133 chr7 44148553 . A G 1136.21 PASS AF=0.479167;AO=114;DP=239;FAO=115;FDP=240;FR=.;FRO=125;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=-0.00941904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.164;QD=18.9368;RBI=0.0185953;REFB=-0.0457466;REVB=-0.0160333;RO=124;SAF=56;SAR=58;SRF=69;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616333;STB=0.533834;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0486339;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:124:125:114:115:0.479167:58:56:69:55:59:56:69:56 chr7 44149685 . C CG 42.48 PASS AF=0.106918;AO=39;DP=159;FAO=17;FDP=159;FR=.;FRO=142;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=83;FSRR=59;FWDB=-0.104677;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.8784;QD=1.06857;RBI=0.12093;REFB=-0.0146231;REVB=-0.060554;RO=118;SAF=22;SAR=17;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486967;STB=0.946647;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0883553;OID=.;OPOS=44149686;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.106918:39:159:17:159:142:1:16:83:59:42:118:22:17:62:56 chr7 44153780 . A G 135.9 PASS AF=0.291667;AO=19;DP=69;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.034979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5592;QD=7.55003;RBI=0.0669005;REFB=-0.0399463;REVB=-0.0570276;RO=44;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270271;STB=0.659354;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.134012;OID=.;OPOS=44153780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:44:51:19:21:0.291667:9:10:13:31:11:10:13:38 chr7 44180079 . A AG 963.53 PASS AF=1;AO=87;DP=107;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.3715;QD=39.7333;RBI=0.0350781;REFB=0;REVB=9.6056e-05;RO=18;SAF=35;SAR=52;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324942;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00067843;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:107:97:97:0:39:58:0:0:20:18:35:52:9:9 chr7 44258955 . T G 42.98 PASS AF=0.0795455;AO=14;DP=176;FAO=14;FDP=176;FR=.;FRO=162;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=150;FSRR=12;FWDB=-0.0177585;FXX=0.0112353;HRUN=20;LEN=1;MLLD=165.57;QD=0.976897;RBI=0.0207932;REFB=-0.00342733;REVB=-0.0108164;RO=155;SAF=13;SAR=1;SRF=143;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245752;STB=0.509023;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00978332;OID=.;OPOS=44258955;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:176:176:155:162:14:14:0.0795455:1:13:143:12:1:13:150:12 chr7 44258964 . G T 1106.13 PASS AF=0.705882;AO=56;DP=94;FAO=96;FDP=136;FR=.;FRO=40;FSAF=85;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=5;FWDB=0.049379;FXX=0.0555517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.277;QD=32.5332;RBI=0.0578513;REFB=-0.0506956;REVB=0.030141;RO=25;SAF=45;SAR=11;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383738;STB=0.507461;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0342724;OID=.;OPOS=44258964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:136:25:40:56:96:0.705882:11:45:19:6:11:85:35:5 chr7 44268686 . C T 1283.04 PASS AF=0.516667;AO=124;DP=242;FAO=124;FDP=240;FR=.;FRO=116;FSAF=31;FSAR=93;FSRF=47;FSRR=69;FWDB=0.0711799;FXX=0.00826412;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.592;QD=21.3841;RBI=0.0711932;REFB=-0.00626472;REVB=0.00137616;RO=116;SAF=31;SAR=93;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165198;STB=0.590894;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00493591;OID=.;OPOS=44268686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:240:116:116:124:124:0.516667:93:31:47:69:93:31:47:69 chr7 44282868 . A G 548.45 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0558161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.492;QD=16.013;RBI=0.057396;REFB=-0.00939161;REVB=0.0133743;RO=75;SAF=29;SAR=30;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418807;STB=0.51941;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00691044;OID=.;OPOS=44282868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:75:78:59:59:0.430657:30:29:40:35:30:29:41:37 chr7 44282877 . A G 592.06 PASS AF=0.449275;AO=61;DP=137;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.013624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.584;QD=17.1612;RBI=0.0251369;REFB=-0.00618046;REVB=-0.0211247;RO=72;SAF=29;SAR=32;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509502;STB=0.516124;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0064843;OID=.;OPOS=44282877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:72:76:61:62:0.449275:32:29:38:34:32:30:39:37 chr7 44282928 . G A 512.35 PASS AF=0.466102;AO=54;DP=117;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.000232494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.977;QD=17.3677;RBI=0.0208185;REFB=-0.0197189;REVB=-0.0208172;RO=60;SAF=28;SAR=26;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963208;STB=0.552532;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0166488;OID=.;OPOS=44282928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:60:63:54:55:0.466102:26:28:25:35:26:29:27:36 chr7 44284564 . A G 1503.78 PASS AF=0.465465;AO=155;DP=333;FAO=155;FDP=333;FR=.;FRO=178;FSAF=55;FSAR=100;FSRF=72;FSRR=106;FWDB=0.00517704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.733;QD=18.0635;RBI=0.00616817;REFB=0.00281673;REVB=-0.00335328;RO=178;SAF=55;SAR=100;SRF=72;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516251;STB=0.528502;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00307062;OID=.;OPOS=44284564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:178:178:155:155:0.465465:100:55:72:106:100:55:72:106 chr7 44442296 . A C 1396.39 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.05;QD=62.7593;RBI=0.0239773;REFB=0;REVB=0.0208436;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77431e-05;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:47:42:0:0 chr7 44579180 . G C 1415.39 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0606;QD=62.9061;RBI=0.0649829;REFB=0;REVB=0.0639498;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332288;OID=.;OPOS=44579180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:50:40:0:0:50:40:0:0 chr7 44606098 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.582;QD=39.2062;RBI=0.0602793;REFB=0;REVB=-0.0386284;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143572;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr7 44612229 . G A 704.68 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00513691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.049;QD=18.6669;RBI=0.00761533;REFB=-0.00468956;REVB=-0.00562187;RO=77;SAF=43;SAR=30;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536948;STB=0.53341;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00474551;OID=.;OPOS=44612229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:78:73:73:0.483444:30:43:41:36:30:43:41:37 chr7 44620836 . C A,G 595.85 PASS AF=0.9,0.1;AO=36,4;DP=40;FAO=36,4;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10,4;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221454,0.0180954;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=256.342,202.557;QD=59.5848;RBI=0.022161,0.0195088;REFB=0,0;REVB=0.000830585,0.00729044;RO=0;SAF=10,4;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00711646,-0.0329234;OID=.,.;OPOS=44620836,44620836;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:40:40:0:0:36,4:36,4:0.9,0.1:26,0:10,4:0:0:26,0:10,4:0:0 chr7 44706339 . C T 390.49 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00626411;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.002;QD=13.237;RBI=0.00632235;REFB=-0.00644324;REVB=-0.00085617;RO=73;SAF=14;SAR=32;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216616;STB=0.618731;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00964289;OID=.;OPOS=44706339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:73:72:46:46:0.389831:32:14:36:37:32:14:35:37 chr7 44802545 . C G 816.3 PASS AF=0.491329;AO=68;DP=166;FAO=85;FDP=173;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.0110964;FXX=0.0280883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2423;QD=18.874;RBI=0.0164646;REFB=-0.00308275;REVB=0.0121636;RO=76;SAF=37;SAR=31;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296274;STB=0.522279;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00510482;OID=.;OPOS=44802545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:173:76:88:68:85:0.491329:31:37:39:37:35:50:48:40 chr7 44836314 . A G 1782.07 PASS AF=0.514881;AO=173;DP=337;FAO=173;FDP=336;FR=.;FRO=163;FSAF=81;FSAR=92;FSRF=81;FSRR=82;FWDB=0.0109554;FXX=0.00296727;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.925;QD=21.2152;RBI=0.0240404;REFB=-0.00804405;REVB=0.0213991;RO=162;SAF=81;SAR=92;SRF=81;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281941;STB=0.513965;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00867708;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:336:162:163:173:173:0.514881:92:81:81:81:92:81:81:82 chr7 44919200 . G A 154.05 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0182627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0751;QD=14.3302;RBI=0.0324002;REFB=0.0369023;REVB=-0.0267628;RO=25;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158923;STB=0.610598;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0581852;OID=.;OPOS=44919200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:13:4:9:16:13:4:10:16 chr7 44924627 . A C 168.19 PASS AF=0.225;AO=27;DP=121;FAO=27;FDP=120;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=58;FWDB=-0.113146;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4613;QD=5.60628;RBI=0.113437;REFB=-0.0163416;REVB=-0.0081118;RO=93;SAF=6;SAR=21;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231265;STB=0.644827;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0209197;OID=.;OPOS=44924627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:93:93:27:27:0.225:21:6:35:58:21:6:35:58 chr7 45004063 . T C 1428.41 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184707;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.536;QD=62.7872;RBI=0.0257041;REFB=0;REVB=0.0178756;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74035e-06;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:88:91:1:42:46:0:0:44:47:0:0 chr7 45009325 . G A 530.61 PASS AF=0.401316;AO=61;DP=152;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=60;FWDB=0.0129541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.42;QD=13.9634;RBI=0.0517189;REFB=-0.0137189;REVB=0.0500703;RO=91;SAF=25;SAR=36;SRF=31;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773804;STB=0.543464;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0186822;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:91:91:61:61:0.401316:36:25:31:60:36:25:31:60 chr7 45009341 . A G 2474.64 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2759;QD=61.4818;RBI=0.0980395;REFB=0;REVB=-0.0978043;RO=0;SAF=58;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291141;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:103:58:0:0:103:58:0:0 chr7 45009723 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.542;QD=63.2866;RBI=0.0412043;REFB=0;REVB=0.0350625;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118752;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr7 45023503 . T A 573.04 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00143046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.55;QD=22.6945;RBI=0.00801296;REFB=-0.00318664;REVB=-0.00788424;RO=43;SAF=36;SAR=20;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16442;STB=0.581468;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00234649;OID=.;OPOS=45023503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:45:56:56:0.554455:20:36:19:24:20:36:21:24 chr7 45113170 . G A 454.37 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00156931;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.618;QD=19.7553;RBI=0.0017001;REFB=-0.0044078;REVB=-0.000653914;RO=47;SAF=13;SAR=32;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560331;STB=0.531182;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00482788;OID=.;OPOS=45113170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:32:13:16:31:32:13:16:31 chr7 45148667 . G A 577.91 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0129796;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.581;QD=21.404;RBI=0.0135555;REFB=-0.0247675;REVB=0.00390923;RO=49;SAF=26;SAR=32;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000593378;STB=0.503875;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0166971;OID=.;OPOS=45148667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:50:58:58:0.537037:32:26:22:27:32:26:22:28 chr7 45148773 . C A 648.25 PASS AF=0.566372;AO=61;DP=110;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.00257075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.144;QD=22.9469;RBI=0.0259208;REFB=-0.0219896;REVB=-0.025793;RO=48;SAF=25;SAR=36;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100497;STB=0.539131;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0143546;OID=.;OPOS=45148773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:48:49:61:64:0.566372:36:25:14:34:39:25:15:34 chr7 45217015 . T C 1057.25 PASS AF=0.461864;AO=109;DP=237;FAO=109;FDP=236;FR=.;FRO=127;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=-0.0203539;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5261;QD=17.9195;RBI=0.0203584;REFB=-0.0255266;REVB=0.000428523;RO=126;SAF=51;SAR=58;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235036;STB=0.510951;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0234011;OID=.;OPOS=45217015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:126:127:109:109:0.461864:58:51:62:64:58:51:62:65 chr7 45225838 . AA TC 321.27 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0141275;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.231;QD=16.2667;RBI=0.0142454;REFB=-0.000291156;REVB=-0.00182956;RO=42;SAF=11;SAR=24;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236133;STB=0.622353;STBP=0.071;TYPE=mnp;VARB=0.00031049;OID=.;OPOS=45225838;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:44:35:35:0.443038:24:11:23:19:24:11:23:21 chr7 45765234 . G T 350.0 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0115944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.679;QD=13.5921;RBI=0.0336719;REFB=-0.00450145;REVB=0.0316127;RO=62;SAF=18;SAR=23;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564751;STB=0.531961;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00718119;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:23:18:24:38:23:18:24:38 chr7 45883240 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00829437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.146;QD=19.646;RBI=0.0298481;REFB=-0.00980964;REVB=0.0286725;RO=8;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200183;STB=0.616203;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0105195;OID=.;OPOS=45883240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:9:2:3:5:9:2:3:5 chr7 45932669 . A G 618.14 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0362986;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4074;QD=22.2752;RBI=0.0408;REFB=-0.00702168;REVB=0.0186294;RO=49;SAF=14;SAR=47;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235354;STB=0.635991;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.006814;OID=.;OPOS=45932669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:49:50:61:61:0.54955:47:14:23:26:47:14:24:26 chr7 46732428 . A G 3062.41 PASS AF=0.985366;AO=201;DP=204;FAO=202;FDP=205;FR=.;FRO=3;FSAF=111;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0156388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.183;QD=59.7543;RBI=0.0174467;REFB=-0.0438153;REVB=0.00773414;RO=0;SAF=111;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2373e-08;STB=0.501732;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-2.62472e-05;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:204:205:0:3:201:202:0.985366:90:111:0:0:91:111:2:1 chr7 47317581 . T A 667.86 PASS AF=0.403226;AO=75;DP=186;FAO=75;FDP=186;FR=.;FRO=111;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=-0.00793545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.089;QD=14.3626;RBI=0.0543816;REFB=-0.0070458;REVB=0.0537995;RO=111;SAF=34;SAR=41;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419171;STB=0.523527;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00828159;OID=.;OPOS=47317581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:111:111:75:75:0.403226:41:34:46:65:41:34:46:65 chr7 47323456 . A G 1384.52 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.004;QD=62.2258;RBI=0.0203087;REFB=0;REVB=-0.0202733;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214417;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:87:89:1:53:34:0:0:55:34:0:0 chr7 47333332 . G A 377.19 PASS AF=0.527778;AO=36;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00642693;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.567;QD=20.9548;RBI=0.0248362;REFB=-0.0172649;REVB=-0.0239902;RO=34;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853082;STB=0.547921;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0133177;OID=.;OPOS=47333332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:34:36:38:0.527778:21:15:11:23:22:16:11:23 chr7 47408029 . A G 1115.06 PASS AF=0.433099;AO=117;DP=289;FAO=123;FDP=284;FR=.;FRO=161;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=71;FSRR=90;FWDB=-0.0192131;FXX=0.0173004;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.739;QD=15.705;RBI=0.0261472;REFB=-0.0226411;REVB=-0.0177351;RO=160;SAF=53;SAR=64;SRF=71;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967438;STB=0.522;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0276865;OID=.;OPOS=47408029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:284:160:161:117:123:0.433099:64:53:71:89:64:59:71:90 chr7 47408974 . T A 493.85 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0386758;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.261;QD=19.5585;RBI=0.0388723;REFB=-0.00390245;REVB=-0.00390296;RO=48;SAF=31;SAR=20;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186563;STB=0.612509;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00554812;OID=.;OPOS=47408974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:48:50:51:51:0.50495:20:31:19:29:20:31:19:31 chr7 47481602 . G A 310.38 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0133887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.531;QD=21.4057;RBI=0.0737557;REFB=-0.0412259;REVB=-0.0725303;RO=26;SAF=16;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311413;STB=0.517231;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0185401;OID=.;OPOS=47481602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:16:16:12:14:16:16:12:14 chr7 47546544 . TGGGAA TGAGAA,TGG,TGGA,TGGAA,TGGAAA 201.82 PASS AF=0,0.0625,0.9375,0,0;AO=2,4,4,4,8;DP=25;FAO=0,1,15,0,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7,0,0;FSAR=0,1,8,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118302,-0.0356334,-0.0357622,-0.0115295,0.0136706;FXX=0.237982;HRUN=3,3,3,3,3;LEN=1,3,2,1,1;MLLD=142.425,21.7141,22.9371,20.8826,13.305;QD=50.4537;RBI=0.111325,0.0358233,0.0551972,0.20075,0.199336;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.110694,0.00368295,-0.0420452,-0.200419,-0.198867;RO=0;SAF=0,2,2,2,5;SAR=2,2,2,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,4.46938e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,snp;VARB=0,0.0112008,-0.0158506,0.00371564,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=47546546,47546547,47546547,47546545,47546547;OREF=G,GAA,GA,G,G;OALT=A,-,-,-,A;OMAPALT=TGAGAA,TGG,TGGA,TGGAA,TGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0625,0.9375,0,0:2,4,4,4,8:25:0,1,15,0,0:16:0:0,0,7,0,0:0,1,8,0,0:0:0:13:0:0,2,2,2,5:2,2,2,2,3:0:0 chr7 47568718 . C T 459.99 PASS AF=0.364238;AO=55;DP=151;FAO=55;FDP=151;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=61;FWDB=-0.0663764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.814;QD=12.1853;RBI=0.0664174;REFB=0.00195137;REVB=-0.00233447;RO=95;SAF=22;SAR=33;SRF=35;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369407;STB=0.523668;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.0029468;OID=.;OPOS=47568718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:95:96:55:55:0.364238:33:22:35:60:33:22:35:61 chr7 47698685 . A G 581.69 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0423448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.659;QD=20.5907;RBI=0.0437089;REFB=-0.0114016;REVB=0.0108343;RO=54;SAF=36;SAR=23;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161419;STB=0.588882;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.01214;OID=.;OPOS=47698685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:54:59:59:0.522124:23:36:23:31:23:36:23:31 chr7 47851623 . C T 611.45 PASS AF=0.565657;AO=54;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0281137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5811;QD=24.7051;RBI=0.0281973;REFB=-0.0189522;REVB=0.00217003;RO=37;SAF=15;SAR=39;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326115;STB=0.50064;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00967272;OID=.;OPOS=47851623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:37:43:54:56:0.565657:39:15:9:28:39:17:13:30 chr7 47852837 . C T 1187.04 PASS AF=0.478764;AO=121;DP=259;FAO=124;FDP=259;FR=.;FRO=135;FSAF=43;FSAR=81;FSRF=58;FSRR=77;FWDB=0.00486468;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.043;QD=18.3327;RBI=0.011035;REFB=-0.00146783;REVB=-0.00990487;RO=133;SAF=40;SAR=81;SRF=57;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100961;STB=0.546303;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00169769;OID=.;OPOS=47852837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:133:135:121:124:0.478764:81:40:57:76:81:43:58:77 chr7 47854956 . C T 2260.98 PASS AF=0.527845;AO=215;DP=420;FAO=218;FDP=413;FR=.;FRO=195;FSAF=120;FSAR=98;FSRF=90;FSRR=105;FWDB=0.0179183;FXX=0.0282346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.8;QD=21.8981;RBI=0.0306682;REFB=-0.0209984;REVB=0.0248891;RO=176;SAF=120;SAR=95;SRF=86;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057936;STB=0.542052;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0146619;OID=.;OPOS=47854956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:413:176:195:215:218:0.527845:95:120:86:90:98:120:90:105 chr7 47872845 . A G 2402.44 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6982;QD=61.2087;RBI=0.0324183;REFB=0;REVB=0.0309175;RO=0;SAF=60;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76617e-05;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:155:157:1:95:60:0:0:97:60:0:0 chr7 47879049 . G A 2107.54 PASS AF=0.5;AO=208;DP=416;FAO=210;FDP=420;FR=.;FRO=210;FSAF=108;FSAR=102;FSRF=121;FSRR=89;FWDB=0.00334851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.589;QD=20.0718;RBI=0.0150396;REFB=-0.00573035;REVB=-0.0146621;RO=204;SAF=108;SAR=100;SRF=119;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582872;STB=0.53103;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00639535;OID=.;OPOS=47879049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:420:204:210:208:210:0.5:100:108:119:85:102:108:121:89 chr7 47898481 . T C 586.39 PASS AF=0.459259;AO=61;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0106422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.8;QD=17.3744;RBI=0.0130472;REFB=-0.00834352;REVB=-0.00754794;RO=73;SAF=37;SAR=24;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727787;STB=0.543915;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0114672;OID=.;OPOS=47898481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:61:62:0.459259:24:37:39:34:24:38:39:34 chr7 47906069 . C T 717.29 PASS AF=0.487013;AO=74;DP=153;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0462186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.711;QD=18.6309;RBI=0.0468948;REFB=-0.0069451;REVB=0.00793514;RO=78;SAF=38;SAR=36;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482723;STB=0.519642;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00816442;OID=.;OPOS=47906069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:78:79:74:75:0.487013:36:38:36:42:37:38:37:42 chr7 47913579 . T C 2038.8 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.525;QD=62.2534;RBI=0.0244781;REFB=0;REVB=0.0184964;RO=0;SAF=69;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71767e-05;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:62:69:0:0:62:69:0:0 chr7 47921682 . A T 655.63 PASS AF=0.418848;AO=64;DP=177;FAO=80;FDP=191;FR=.;FRO=111;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=76;FWDB=-0.0280318;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.427;QD=13.7305;RBI=0.0399869;REFB=-0.0330021;REVB=0.0285161;RO=111;SAF=37;SAR=27;SRF=35;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287297;STB=0.593885;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.065171;OID=.;OPOS=47921682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:191:111:111:64:80:0.418848:27:37:35:76:42:38:35:76 chr7 47925331 . C G 710.0 PASS AF=0.460606;AO=70;DP=161;FAO=76;FDP=165;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=0.0142006;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.922;QD=17.2121;RBI=0.0272067;REFB=-0.0293568;REVB=-0.0232066;RO=91;SAF=30;SAR=40;SRF=32;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807207;STB=0.562122;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.030588;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:165:91:89:70:76:0.460606:40:30:32:59:40:36:32:57 chr7 47968927 . C A 450.45 PASS AF=0.471154;AO=45;DP=100;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00908123;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.598;QD=17.3249;RBI=0.0141383;REFB=-0.00487391;REVB=-0.0108361;RO=54;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367814;STB=0.515487;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00542833;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:54:55:45:49:0.471154:25:20:22:32:28:21:22:33 chr7 47971575 . A G 815.91 PASS AF=0.452128;AO=85;DP=189;FAO=85;FDP=188;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.00964027;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.588;QD=17.3598;RBI=0.0217427;REFB=-0.00751924;REVB=-0.0194887;RO=103;SAF=37;SAR=48;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113309;STB=0.506289;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0103588;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:103:103:85:85:0.452128:48:37:46:57:48:37:46:57 chr7 47971626 . G A 773.03 PASS AF=0.47929;AO=78;DP=166;FAO=81;FDP=169;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=58;FSRF=26;FSRR=62;FWDB=-0.0296991;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.214;QD=18.2967;RBI=0.031877;REFB=-0.00879701;REVB=-0.0115806;RO=88;SAF=21;SAR=57;SRF=26;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313505;STB=0.507317;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0111132;OID=.;OPOS=47971626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:169:88:88:78:81:0.47929:57:21:26:62:58:23:26:62 chr7 48004962 . C T 460.43 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0519156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.683;QD=23.9183;RBI=0.052148;REFB=-0.012055;REVB=0.00491789;RO=33;SAF=23;SAR=21;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295889;STB=0.516236;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0068021;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:21:23:16:17:21:23:16:17 chr7 48086077 . C T 508.82 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00416995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.022;QD=18.172;RBI=0.00948285;REFB=0.00660735;REVB=-0.00851681;RO=57;SAF=19;SAR=35;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685845;STB=0.543769;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00690392;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:58:54:54:0.482143:35:19:24:33:35:19:25:33 chr7 48086161 . T C 246.09 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0354249;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.831;QD=15.6246;RBI=0.0359318;REFB=-0.00416359;REVB=0.0060144;RO=35;SAF=7;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233307;STB=0.632926;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00368692;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:35:28:28:0.444444:21:7:16:19:21:7:16:19 chr7 48089542 . T C 651.75 PASS AF=0.414773;AO=68;DP=170;FAO=73;FDP=176;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=0.0242463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1974;QD=14.8125;RBI=0.0275926;REFB=-0.020659;REVB=-0.0131707;RO=102;SAF=28;SAR=40;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166917;STB=0.570347;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0380378;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:176:102:103:68:73:0.414773:40:28:58:44:40:33:59:44 chr7 48089571 . C A 483.81 PASS AF=0.361963;AO=45;DP=161;FAO=59;FDP=163;FR=.;FRO=104;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=-0.0252873;FXX=0.00609719;HRUN=7;LEN=1;MLLD=183.073;QD=11.8726;RBI=0.0269177;REFB=-0.00260043;REVB=0.0092257;RO=61;SAF=13;SAR=32;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287262;STB=0.61885;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00344991;OID=.;OPOS=48089571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:61:104:45:59:0.361963:32:13:34:27:36:23:60:44 chr7 48092486 . T C 154.06 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.018677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.216;QD=14.3308;RBI=0.0187629;REFB=-0.0206566;REVB=0.0017925;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992387;STB=0.557211;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0368106;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:7:19:11:6:7:19 chr7 48092644 . C T 386.52 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0248048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.402;QD=18.1891;RBI=0.0307148;REFB=-0.00746055;REVB=0.018114;RO=44;SAF=24;SAR=16;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133823;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0126268;OID=.;OPOS=48092644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:44:45:40:40:0.470588:16:24:27:17:16:24:27:18 chr7 48285485 . C T 926.82 PASS AF=0.408907;AO=101;DP=246;FAO=101;FDP=247;FR=.;FRO=146;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=83;FWDB=-0.00667787;FXX=0.0040321;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.216;QD=15.0093;RBI=0.0357752;REFB=-0.0123072;REVB=-0.0351464;RO=142;SAF=65;SAR=36;SRF=63;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212047;STB=0.626646;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.018384;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:142:146:101:101:0.408907:36:65:63:79:36:65:63:83 chr7 48312674 . G A 1256.16 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154001;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.237;QD=62.0326;RBI=0.0160617;REFB=0;REVB=0.00456249;RO=0;SAF=22;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181059;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:58:22:0:0:58:23:0:0 chr7 48313757 . G A 210.79 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00997469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.699;QD=14.0526;RBI=0.0123833;REFB=-0.000829119;REVB=-0.00733831;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189858;STB=0.615802;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00138715;OID=.;OPOS=48313757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:10:15:14:20:10:15:14:21 chr7 48313881 . T C 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0187037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.753;QD=15.7819;RBI=0.0300148;REFB=-0.00645674;REVB=-0.0234746;RO=29;SAF=6;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20929;STB=0.619851;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0128842;OID=.;OPOS=48313881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:17:6:13:16:17:6:13:16 chr7 48315719 . GAGTTCA G 155.29 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0132842;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=6;MLLD=223.056;QD=14.1176;RBI=0.0172729;REFB=-0.0163191;REVB=0.0110401;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165113;STB=0.609951;STBP=0.277;TYPE=del;VARB=0.0238716;OID=.;OPOS=48315720;OREF=AGTTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:16:44:17:44:27:7:10:16:11:99:27:7:9:16:11 chr7 48315796 . C A 1195.93 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.315;QD=60.5533;RBI=0.0457666;REFB=0;REVB=0.0293791;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206665;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:39:37:0:0:40:39:0:0 chr7 48317708 . A C 1146.51 PASS AF=0.535;AO=106;DP=200;FAO=107;FDP=200;FR=.;FRO=93;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.000346791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.086;QD=22.9303;RBI=0.00580584;REFB=-0.0126012;REVB=0.00579547;RO=89;SAF=45;SAR=61;SRF=55;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161242;STB=0.579424;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00925358;OID=.;OPOS=48317708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:89:93:106:107:0.535:61:45:55:34:62:45:55:38 chr7 48318811 . C T 602.46 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170236;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.245;QD=61.7912;RBI=0.0180122;REFB=0;REVB=0.00588514;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09133e-05;OID=.;OPOS=48318811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr7 48336844 . C T 1921.37 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0835993;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.421;QD=61.9797;RBI=0.0841043;REFB=0;REVB=0.00920299;RO=0;SAF=63;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.15037e-05;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:123:124:1:60:63:0:0:61:63:0:0 chr7 48443570 . G A 507.79 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.035176;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3647;QD=17.8173;RBI=0.0428066;REFB=0.0142827;REVB=-0.0243937;RO=60;SAF=12;SAR=42;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209962;STB=0.6176;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00961979;OID=.;OPOS=48443570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:60:60:54:54:0.473684:42:12:24:36:42:12:24:36 chr7 48450157 . T C 3901.23 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116459;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.494;QD=62.1709;RBI=0.023343;REFB=0;REVB=0.0202304;RO=0;SAF=122;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73606e-06;OID=.;OPOS=48450157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:251:251:0:0:250:251:1:128:122:0:0:129:122:0:0 chr7 48506566 . A G 1089.22 PASS AF=0.457143;AO=111;DP=244;FAO=112;FDP=245;FR=.;FRO=133;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=60;FSRR=73;FWDB=-0.00545193;FXX=0.00809684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.327;QD=17.7833;RBI=0.00618976;REFB=-0.00731453;REVB=-0.0029308;RO=132;SAF=50;SAR=61;SRF=59;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345169;STB=0.502315;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00647912;OID=.;OPOS=48506566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:132:133:111:112:0.457143:61:50:59:73:61:51:60:73 chr7 48506642 . A G 844.46 PASS AF=0.488636;AO=86;DP=176;FAO=86;FDP=176;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.0143667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.957;QD=19.1923;RBI=0.0169912;REFB=0.00765188;REVB=-0.0090718;RO=89;SAF=34;SAR=52;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725936;STB=0.537532;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00709335;OID=.;OPOS=48506642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:89:90:86:86:0.488636:52:34:42:47:52:34:42:48 chr7 48545976 . A G 2368.22 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=156;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00904572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.934;QD=60.3368;RBI=0.0106577;REFB=-0.0204506;REVB=-0.00563567;RO=1;SAF=69;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684477;STB=0.503546;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=2.61166e-06;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:157:1:1:155:156:0.993631:86:69:1:0:86:70:1:0 chr7 48684250 . A G 850.54 PASS AF=0.44878;AO=92;DP=205;FAO=92;FDP=205;FR=.;FRO=113;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=41;FSRR=72;FWDB=-0.0186241;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.012;QD=16.5958;RBI=0.0188046;REFB=-0.0188762;REVB=0.00259977;RO=113;SAF=38;SAR=54;SRF=41;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052;STB=0.528821;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0209883;OID=.;OPOS=48684250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:113:113:92:92:0.44878:54:38:41:72:54:38:41:72 chr7 48964322 . G T 1479.17 PASS AF=0.466102;AO=144;DP=333;FAO=165;FDP=354;FR=.;FRO=189;FSAF=81;FSAR=84;FSRF=83;FSRR=106;FWDB=0.0285608;FXX=0.00281682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.378;QD=16.7138;RBI=0.0305609;REFB=-0.0154985;REVB=-0.0108742;RO=187;SAF=73;SAR=71;SRF=83;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641897;STB=0.527666;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.021754;OID=.;OPOS=48964322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:354:187:189:144:165:0.466102:71:73:83:104:84:81:83:106 chr7 48964751 . G A 375.49 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.02887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.127;QD=18.3167;RBI=0.0316064;REFB=0.0167294;REVB=-0.0128642;RO=42;SAF=25;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136083;STB=0.582858;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0160888;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:14:25:21:21:14:25:21:22 chr7 48965000 . G A 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0358484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.115;QD=18.6452;RBI=0.0358501;REFB=-0.00477551;REVB=-0.00035004;RO=47;SAF=30;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228435;STB=0.623232;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00825255;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:47:48:43:43:0.472527:13:30:22:25:13:30:23:25 chr7 48965141 . A G 86.79 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00735532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4949;QD=6.19935;RBI=0.0079902;REFB=-0.00241925;REVB=-0.00312131;RO=42;SAF=7;SAR=6;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25676;STB=0.643869;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0102366;OID=.;OPOS=48965141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:56:56:42:43:13:13:0.232143:6:7:31:11:6:7:31:12 chr7 50173777 . A G 1546.34 PASS AF=0.972477;AO=92;DP=108;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0198752;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.616;QD=56.7463;RBI=0.0213844;REFB=-0.0348696;REVB=0.00789122;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504847;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000174775;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:109:0:3:92:106:0.972477:50:42:0:0:54:52:2:1 chr7 50175681 . C T 4829.52 PASS AF=1;AO=307;DP=312;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128989;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.548;QD=62.116;RBI=0.027883;REFB=0;REVB=0.02472;RO=0;SAF=149;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.22033e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24841e-05;OID=.;OPOS=50175681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:312:311:0:0:307:311:1:158:149:0:0:160:151:0:0 chr7 50435777 . T G 894.34 PASS AF=0.45283;AO=96;DP=211;FAO=96;FDP=212;FR=.;FRO=116;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=-0.0131549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.528;QD=16.8743;RBI=0.0168401;REFB=-0.0159632;REVB=0.0105137;RO=115;SAF=38;SAR=58;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744174;STB=0.5392;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0202791;OID=.;OPOS=50435777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:115:116:96:96:0.45283:58:38:54:61:58:38:54:62 chr7 50436033 . A G 648.42 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00892089;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.915;QD=19.6492;RBI=0.0131357;REFB=0.003572;REVB=-0.0096418;RO=67;SAF=31;SAR=34;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417739;STB=0.52307;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00330498;OID=.;OPOS=50436033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:34:31:35:32:34:31:35:32 chr7 50611735 . T C 3915.61 PASS AF=1;AO=245;DP=245;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9063;QD=63.9284;RBI=0.0315128;REFB=0;REVB=0.00415543;RO=0;SAF=128;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56244e-05;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:245:0:0:245:245:1:117:128:0:0:117:128:0:0 chr7 50660438 . T C 2351.94 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.334;QD=61.0892;RBI=0.0221496;REFB=0;REVB=0.0206442;RO=0;SAF=71;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02681e-05;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:82:71:0:0:83:71:0:0 chr7 50673029 . T C 2089.22 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0267844;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.962;QD=61.9028;RBI=0.0297087;REFB=-0.018053;REVB=0.0128531;RO=0;SAF=48;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=8.22584e-05;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:135:0:1:134:134:0.992593:86:48:0:0:86:48:1:0 chr7 50742180 . C T 1660.5 PASS AF=0.531148;AO=155;DP=305;FAO=162;FDP=305;FR=.;FRO=143;FSAF=90;FSAR=72;FSRF=76;FSRR=67;FWDB=-0.0177087;FXX=0.034809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.468;QD=21.777;RBI=0.0188753;REFB=-0.00841348;REVB=0.00653278;RO=130;SAF=88;SAR=67;SRF=73;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00529012;STB=0.511404;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00692501;OID=.;OPOS=50742180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:130:143:155:162:0.531148:67:88:73:57:72:90:76:67 chr7 51093013 . A T 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00975248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9034;QD=30.1271;RBI=0.0147598;REFB=-0.0410354;REVB=-0.0110789;RO=12;SAF=6;SAR=18;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124669;STB=0.568905;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0190661;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:36:12:12:24:24:0.666667:18:6:5:7:18:6:5:7 chr7 51096974 . C T 1133.58 PASS AF=0.487179;AO=114;DP=234;FAO=114;FDP=234;FR=.;FRO=120;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=85;FSRR=35;FWDB=-0.00414078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.105;QD=19.3774;RBI=0.00421584;REFB=-0.0123892;REVB=-0.000791994;RO=120;SAF=59;SAR=55;SRF=85;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180012;STB=0.598623;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0102459;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:120:120:114:114:0.487179:55:59:85:35:55:59:85:35 chr7 51097063 . T G 3105.75 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.89;QD=61.8059;RBI=0.0461002;REFB=0;REVB=0.03003;RO=0;SAF=108;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16002e-05;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:201:0:0:200:201:1:92:108:0:0:92:109:0:0 chr7 51098567 . GTCTTCT GTCT,GTCTTCA 780.47 PASS AF=0.42,0.02;AO=77,8;DP=203;FAO=84,4;FDP=200;FR=.;FRO=112;FSAF=38,1;FSAR=46,3;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=0.00322618,0.00335594;FXX=0.0147776;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=229.839,129.587;QD=15.6093;RBI=0.0124708,0.0223627;REFB=-0.00266199,-0.00257803;REVB=0.0120463,-0.0221094;RO=110;SAF=32,3;SAR=45,5;SRF=58;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.117895,-0.159513;STB=0.542548,0.761428;STBP=0.312,0.347;TYPE=del,snp;VARB=0.00354407,0.0875835;OID=.,.;OPOS=51098568,51098573;OREF=TCT,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTCT,GTCTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42,0.02:77,8:203:84,4:200:112:38,1:46,3:59:53:99:110:32,3:45,5:58:52 chr7 51287470 . A G 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2442;QD=64.0204;RBI=0.0688591;REFB=0;REVB=-0.0644182;RO=0;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155744;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:40:58:0:0:40:58:0:0 chr7 53103554 . C G 2506.53 PASS AF=0.495088;AO=251;DP=509;FAO=252;FDP=509;FR=.;FRO=257;FSAF=128;FSAR=124;FSRF=133;FSRR=124;FWDB=0.0785803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.291;QD=19.6977;RBI=0.0816216;REFB=-0.00673438;REVB=0.0220732;RO=255;SAF=128;SAR=123;SRF=133;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010693;STB=0.504835;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00733119;OID=.;OPOS=53103554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:509:509:255:257:251:252:0.495088:123:128:133:122:124:128:133:124 chr7 53103571 . G A 1770.59 PASS AF=0.461347;AO=185;DP=401;FAO=185;FDP=401;FR=.;FRO=216;FSAF=98;FSAR=87;FSRF=104;FSRR=112;FWDB=-0.0190801;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.3727;QD=17.6617;RBI=0.0594075;REFB=-0.00913319;REVB=0.0562601;RO=211;SAF=98;SAR=87;SRF=99;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585368;STB=0.525998;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0117628;OID=.;OPOS=53103571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:401:401:211:216:185:185:0.461347:87:98:99:112:87:98:104:112 chr7 53103673 . C A 805.48 PASS AF=0.482558;AO=83;DP=173;FAO=83;FDP=172;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.00748064;FXX=0.00578001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.841;QD=18.7321;RBI=0.0105424;REFB=-0.0138888;REVB=-0.00742847;RO=84;SAF=40;SAR=43;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379821;STB=0.51685;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0160385;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:84:89:83:83:0.482558:43:40:37:47:43:40:40:49 chr7 53103946 . G C 1722.13 PASS AF=0.512121;AO=170;DP=330;FAO=169;FDP=330;FR=.;FRO=161;FSAF=57;FSAR=112;FSRF=53;FSRR=108;FWDB=-0.0346336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3913;QD=20.8743;RBI=0.0846871;REFB=-0.00897644;REVB=0.0772814;RO=156;SAF=57;SAR=113;SRF=51;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825616;STB=0.504424;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0089286;OID=.;OPOS=53103946;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:156:161:170:169:0.512121:113:57:51:105:112:57:53:108 chr7 53433863 . G A 540.32 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0131347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.892;QD=22.0538;RBI=0.0151886;REFB=-0.00673859;REVB=0.00762703;RO=47;SAF=28;SAR=23;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601442;STB=0.533131;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0062501;OID=.;OPOS=53433863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:23:28:29:18:23:28:29:18 chr7 53557963 . A G 2024.8 PASS AF=0.992537;AO=126;DP=127;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.376;QD=60.4419;RBI=0.034129;REFB=-0.0660662;REVB=0.0256851;RO=1;SAF=85;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555798;STB=0.502857;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000958277;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:127:134:1:1:126:133:0.992537:41:85:1:0:46:87:1:0 chr7 53558015 . G T 2895.37 PASS AF=0.984127;AO=185;DP=189;FAO=186;FDP=189;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000971678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.647;QD=61.2776;RBI=0.0437773;REFB=-0.086172;REVB=0.0437665;RO=1;SAF=101;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563467;STB=0.50867;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000180373;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:189:189:1:3:185:186:0.984127:84:101:0:1:85:101:0:3 chr7 54614698 . C CG 558.06 PASS AF=0.358349;AO=170;DP=597;FAO=191;FDP=533;FR=.;FRO=342;FSAF=73;FSAR=118;FSRF=145;FSRR=197;FWDB=0.15863;FXX=0.00744865;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.6351;QD=4.18809;RBI=0.163856;REFB=-0.0468076;REVB=-0.0410552;RO=386;SAF=56;SAR=114;SRF=187;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194272;STB=0.528005;STBP=0.358;TYPE=ins;VARB=0.0296536;OID=.;OPOS=54614699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358349:170:597:191:533:342:73:118:145:197:99:386:56:114:187:199 chr7 55214348 . C T 451.27 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0230396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5399;QD=17.1913;RBI=0.0269479;REFB=0.00432931;REVB=-0.0139773;RO=54;SAF=28;SAR=21;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679702;STB=0.538446;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00389034;OID=.;OPOS=55214348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:54:56:49:49:0.466667:21:28:27:27:21:28:28:28 chr7 55229255 . G A 1170.65 PASS AF=0.391176;AO=135;DP=339;FAO=133;FDP=340;FR=.;FRO=207;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=77;FSRR=130;FWDB=-0.032541;FXX=0.00293247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7861;QD=13.7724;RBI=0.0347235;REFB=0.0113162;REVB=0.0121163;RO=204;SAF=66;SAR=69;SRF=74;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136439;STB=0.566916;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0188706;OID=.;OPOS=55229255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:340:204:207:135:133:0.391176:69:66:74:130:69:64:77:130 chr7 55238874 . T A 436.9 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0213382;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.732;QD=17.303;RBI=0.0311505;REFB=0.00476688;REVB=-0.0226944;RO=54;SAF=29;SAR=18;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235109;STB=0.630907;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00299682;OID=.;OPOS=55238874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:18:29:20:34:18:29:20:34 chr7 55266417 . T C 2762.61 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132696;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.977;QD=62.432;RBI=0.00605756;REFB=0;REVB=0.00591043;RO=0;SAF=93;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93967e-05;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:177:0:0:176:177:1:83:93:0:0:83:94:0:0 chr7 55268916 . C T 623.34 PASS AF=0.436242;AO=65;DP=149;FAO=65;FDP=149;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0120821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.41;QD=16.7339;RBI=0.0139474;REFB=-0.0102872;REVB=-0.00696796;RO=83;SAF=30;SAR=35;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068924;STB=0.541783;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0156061;OID=.;OPOS=55268916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:83:84:65:65:0.436242:35:30:44:39:35:30:45:39 chr7 55459563 . A G 726.49 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.17;QD=63.1731;RBI=0.0260122;REFB=0;REVB=0.0202288;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6576e-05;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr7 55499058 . A G 843.0 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0208328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.009;QD=54.387;RBI=0.0253872;REFB=-0.0483772;REVB=0.0145087;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.516661;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000251893;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:1:2:60:60:0.967742:31:29:1:0:31:29:2:0 chr7 55540707 . G A 993.83 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0578535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.255;QD=57.6131;RBI=0.0580861;REFB=-0.0699176;REVB=-0.00519232;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00018937;OID=.;OPOS=55540707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:0:1:67:68:0.985507:40:27:0:0:41:27:1:0 chr7 55750390 . A G 2102.74 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.942;QD=62.7684;RBI=0.0184519;REFB=0;REVB=0.00885155;RO=0;SAF=64;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17193e-05;OID=.;OPOS=55750390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:70:64:0:0:70:64:0:0 chr7 56007576 . C T 280.81 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00395939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9505;QD=20.0578;RBI=0.0460422;REFB=-0.0202797;REVB=-0.0458716;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130618;STB=0.571382;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0332791;OID=.;OPOS=56007576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:26:29:30:0.535714:14:15:9:16:15:15:9:17 chr7 56047572 . C T 647.36 PASS AF=0.590476;AO=61;DP=103;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0722501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1543;QD=24.6611;RBI=0.0876821;REFB=-0.00511666;REVB=-0.0496798;RO=42;SAF=37;SAR=24;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981345;STB=0.503554;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00365729;OID=.;OPOS=56047572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:42:43:61:62:0.590476:24:37:26:16:24:38:26:17 chr7 56087374 . C T 45.44 PASS AF=0.0853659;AO=14;DP=165;FAO=14;FDP=164;FR=.;FRO=150;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=82;FWDB=0.00719073;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8036;QD=1.10825;RBI=0.00836973;REFB=-0.00483982;REVB=0.00428319;RO=149;SAF=6;SAR=8;SRF=68;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323882;STB=0.522935;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.010973;OID=.;OPOS=56087374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:165:164:149:150:14:14:0.0853659:8:6:68:81:8:6:68:82 chr7 56087379 . T C 38.03 PASS AF=0.077381;AO=13;DP=168;FAO=13;FDP=168;FR=.;FRO=155;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=73;FSRR=82;FWDB=-0.0129627;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.669;QD=0.905418;RBI=0.0284046;REFB=-0.00368137;REVB=-0.0252743;RO=154;SAF=5;SAR=8;SRF=73;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101241;STB=0.58088;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0357646;OID=.;OPOS=56087379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:168:168:154:155:13:13:0.077381:8:5:73:81:8:5:73:82 chr7 56087399 . G A 42.71 PASS AF=0.0809249;AO=14;DP=173;FAO=14;FDP=173;FR=.;FRO=159;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=71;FSRR=88;FWDB=0.00243687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.935;QD=0.987503;RBI=0.0251941;REFB=0.00159651;REVB=0.025076;RO=159;SAF=6;SAR=8;SRF=71;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206837;STB=0.516755;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.0156499;OID=.;OPOS=56087399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:173:173:159:159:14:14:0.0809249:8:6:71:88:8:6:71:88 chr7 56088780 . G A 64.14 PASS AF=0.110345;AO=16;DP=145;FAO=16;FDP=145;FR=.;FRO=129;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=-0.0103822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.923;QD=1.76936;RBI=0.0116205;REFB=-0.00282568;REVB=-0.00521978;RO=128;SAF=5;SAR=11;SRF=56;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159634;STB=0.614883;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0357214;OID=.;OPOS=56088780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:145:145:128:129:16:16:0.110345:11:5:56:72:11:5:56:73 chr7 56088786 . A T 63.75 PASS AF=0.108844;AO=16;DP=147;FAO=16;FDP=147;FR=.;FRO=131;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=-0.00834267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.156;QD=1.73478;RBI=0.022956;REFB=-0.00075832;REVB=-0.0213863;RO=131;SAF=5;SAR=11;SRF=55;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138247;STB=0.602607;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00787592;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:147:147:131:131:16:16:0.108844:11:5:55:76:11:5:55:76 chr7 56088789 . G A 63.85 PASS AF=0.108844;AO=16;DP=147;FAO=16;FDP=147;FR=.;FRO=131;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=77;FWDB=0.0159177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.841;QD=1.73732;RBI=0.0643629;REFB=0.0020607;REVB=-0.0623635;RO=124;SAF=6;SAR=10;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362117;STB=0.534715;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.0199672;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:147:147:124:131:16:16:0.108844:10:6:50:74:10:6:54:77 chr7 56088811 . T C 56.03 PASS AF=0.0993377;AO=16;DP=151;FAO=15;FDP=151;FR=.;FRO=136;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=83;FWDB=0.00855067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9591;QD=1.48416;RBI=0.020062;REFB=-0.00165922;REVB=0.0181485;RO=135;SAF=6;SAR=10;SRF=53;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224299;STB=0.509682;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0175146;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:151:151:135:136:16:15:0.0993377:10:6:53:82:9:6:53:83 chr7 56088825 . T A 69.04 PASS AF=0.111111;AO=17;DP=153;FAO=17;FDP=153;FR=.;FRO=136;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=86;FWDB=0.0221841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5304;QD=1.80489;RBI=0.0573048;REFB=0.00611261;REVB=0.0528366;RO=136;SAF=7;SAR=10;SRF=50;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567336;STB=0.541016;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.027281;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:153:153:136:136:17:17:0.111111:10:7:50:86:10:7:50:86 chr7 56088902 . C T 36.19 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=59;FWDB=-0.0446481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.958;QD=1.55652;RBI=0.0446483;REFB=-0.00730186;REVB=0.000128932;RO=83;SAF=3;SAR=6;SRF=25;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432836;STB=0.53711;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0467498;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:83:84:9:9:0.0967742:6:3:25:58:6:3:25:59 chr7 56088907 . GC CT 38.04 PASS AF=0.0909091;AO=7;DP=80;FAO=7;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=52;FWDB=-0.0907476;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.879;QD=1.9762;RBI=0.0924298;REFB=-0.00844857;REVB=-0.0175541;RO=63;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418199;STB=0.688087;STBP=0.382;TYPE=mnp;VARB=0.0643196;OID=.;OPOS=56088907;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:80:77:63:68:7:7:0.0909091:4:3:9:54:4:3:16:52 chr7 56122076 . A T 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0149319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.093;QD=13.9458;RBI=0.0293608;REFB=-0.00771345;REVB=-0.0252803;RO=48;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164634;STB=0.593691;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0130657;OID=.;OPOS=56122076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:13:19:21:27:13:19:21:27 chr7 56126360 . T C 285.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0750681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.642;QD=15.6391;RBI=0.0760454;REFB=-0.0233045;REVB=-0.0121527;RO=41;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255583;STB=0.643979;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0596278;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:12:20:15:26:12:20:15:26 chr7 56136260 . C A 2876.83 PASS AF=1;AO=174;DP=177;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224991;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.692;QD=63.2271;RBI=0.061589;REFB=0;REVB=0.0573323;RO=0;SAF=101;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48658e-05;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:177:182:0:0:174:182:1:73:101:0:0:79:103:0:0 chr7 56174115 . A C 1722.54 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.386;QD=59.9146;RBI=0.0752967;REFB=0;REVB=-0.0145752;RO=1;SAF=39;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120182;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206406;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:115:1:0:113:115:1:74:39:1:0:74:41:0:0 chr7 56871760 . C T 413.84 PASS AF=0.241509;AO=64;DP=265;FAO=64;FDP=265;FR=.;FRO=201;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=123;FSRR=78;FWDB=0.000136963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.297;QD=6.2467;RBI=0.00918257;REFB=-0.00789906;REVB=-0.00918155;RO=198;SAF=34;SAR=30;SRF=121;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102226;STB=0.561899;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0256004;OID=.;OPOS=56871760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:198:201:64:64:0.241509:30:34:121:77:30:34:123:78 chr7 57188016 . A G 353.26 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.6;QD=52.3346;RBI=0.0453635;REFB=-0.0589612;REVB=0.0221296;RO=1;SAF=18;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228316;OID=.;OPOS=57188016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:1:0:26:27:1:8:18:1:0:8:19:0:0 chr7 57188362 . C A 445.2 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.852;QD=57.4446;RBI=0.0453077;REFB=0;REVB=0.0236821;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216436;OID=.;OPOS=57188362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:12:19:0:0 chr7 57188718 . T C 3168.2 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956125;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.762;QD=61.8186;RBI=0.0517065;REFB=0;REVB=0.0508148;RO=0;SAF=104;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134929;OID=.;OPOS=57188718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:205:0:0:205:205:1:101:104:0:0:101:104:0:0 chr7 57238635 . G A 566.24 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=134;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00106261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.004;QD=16.9025;RBI=0.00445492;REFB=-0.00197299;REVB=0.00432634;RO=74;SAF=36;SAR=24;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019427;STB=0.510832;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00299612;OID=.;OPOS=57238635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:74:74:60:60:0.447761:24:36:43:31:24:36:43:31 chr7 57257162 . A C 883.04 PASS AF=0.530488;AO=87;DP=164;FAO=87;FDP=164;FR=.;FRO=77;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0116516;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.512;QD=21.5376;RBI=0.0116533;REFB=-0.0148894;REVB=0.000200758;RO=75;SAF=54;SAR=33;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420534;STB=0.530569;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0117006;OID=.;OPOS=57257162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:75:77:87:87:0.530488:33:54:43:32:33:54:43:34 chr7 57257226 . G A 46.02 PASS AF=0.0790698;AO=17;DP=215;FAO=17;FDP=215;FR=.;FRO=198;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=115;FSRR=83;FWDB=-0.0166787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1469;QD=0.856253;RBI=0.0461381;REFB=-0.0102421;REVB=-0.043018;RO=193;SAF=7;SAR=10;SRF=114;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202691;STB=0.651886;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0695306;OID=.;OPOS=57257226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:215:215:193:198:17:17:0.0790698:10:7:114:79:10:7:115:83 chr7 57509966 . C A 1026.09 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.864;QD=59.4833;RBI=0.018428;REFB=0;REVB=0.0107497;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32421e-05;OID=.;OPOS=57509966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr7 57510054 . CGT C,CGA 560.16 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=33,5;DP=38;FAO=34,4;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=22,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162975,0.0689481;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=228.754,48.824;QD=58.9638;RBI=0.0779612,0.0696849;REFB=0,0;REVB=0.0762387,0.0101062;RO=0;SAF=12,1;SAR=21,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00193533,0.0122056;OID=.,.;OPOS=57510055,57510056;OREF=GT,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.894737,0.105263:33,5:38:34,4:38:0:12,1:22,3:0:0:19:0:12,1:21,4:0:0 chr7 57528997 . T C 413.06 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.425;QD=56.9743;RBI=0.018022;REFB=0;REVB=0.0132719;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158163;OID=.;OPOS=57528997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:10:15:0:0:14:15:0:0 chr7 57529392 . A C 305.84 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0505515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1357;QD=47.0522;RBI=0.0547898;REFB=-0.146939;REVB=-0.0211297;RO=2;SAF=10;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840195;STB=0.545416;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0136756;OID=.;OPOS=57529392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:14:10:2:0:14:10:2:0 chr7 63225682 . A G 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0246636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.728;QD=30.5927;RBI=0.0258693;REFB=-0.0110902;REVB=-0.00780561;RO=2;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680994;STB=0.538382;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00290757;OID=.;OPOS=63225682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:3:7:1:1:3:7:1:1 chr7 63225725 . C T 235.12 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0525215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.029;QD=40.8896;RBI=0.121131;REFB=-0.106382;REVB=-0.109152;RO=2;SAF=18;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158199;STB=0.654359;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00726398;OID=.;OPOS=63225725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:2:3:20:20:0.869565:2:18:1:1:2:18:1:2 chr7 63225803 . T A,G 721.91 PASS AF=0.958333,0.0208333;AO=44,3;DP=48;FAO=46,1;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20,0;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120323,0.00900267;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=199.513,116.505;QD=60.1592;RBI=0.0481568,0.0241258;REFB=-0.0660147,-0.0456873;REVB=0.0466294,-0.0223831;RO=1;SAF=20,0;SAR=24,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0191734,0;STB=0.50943,0.5;STBP=0.504,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00188577,0.0994888;OID=.,.;OPOS=63225803,63225803;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:48:48:1:1:44,3:46,1:0.958333,0.0208333:24,3:20,0:0:1:26,1:20,0:0:1 chr7 63225821 . A G,T 808.82 PASS AF=0.0338983,0.949153;AO=3,55;DP=59;FAO=2,56;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=2,19;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0416401,0.0150252;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.8332,133.795;QD=54.8349;RBI=0.0618012,0.0646695;REFB=-0.0120199,-0.168951;REVB=-0.0456671,0.0628998;RO=1;SAF=2,19;SAR=1,36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266641,0.0129164;STB=0.993266,0.506664;STBP=0.227,0.625;TYPE=snp,snp;VARB=0.0498946,0.00445434;OID=.,.;OPOS=63225821,63225821;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:59:59:1:1:3,55:2,56:0.0338983,0.949153:1,36:2,19:0:1:0,37:2,19:0:1 chr7 63225842 . A T 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2082;QD=59.8544;RBI=0.00665327;REFB=0;REVB=0.00226435;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21707e-05;OID=.;OPOS=63225842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:49:22:0:0:49:22:0:0 chr7 63225873 . C T 952.0 PASS AF=0.970588;AO=64;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0462263;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.812;QD=56;RBI=0.0476496;REFB=-0.0246977;REVB=0.0115593;RO=2;SAF=17;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523692;STB=0.527769;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000390618;OID=.;OPOS=63225873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:2:2:64:66:0.970588:47:17:2:0:49:17:2:0 chr7 63529956 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.534;QD=56.9382;RBI=0.0362928;REFB=0;REVB=0.0196474;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43379e-05;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr7 63537849 . G A 1789.04 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349717;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.265;QD=61.1638;RBI=0.00749483;REFB=0;REVB=0.0066289;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39879e-06;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:67:50:0:0:67:50:0:0 chr7 63565953 . A C 1034.16 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0271421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.303;QD=54.4295;RBI=0.0446953;REFB=-0.0522839;REVB=0.0355102;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122839;STB=0.501466;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00115769;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:76:1:4:72:72:0.947368:34:38:1:0:34:38:2:2 chr7 63566387 . A ATGT 842.56 PASS AF=0.911765;AO=58;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0035792;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.097;QD=49.5623;RBI=0.0273177;REFB=-0.0344336;REVB=0.0270822;RO=6;SAF=27;SAR=31;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234484;STB=0.510553;STBP=0.606;TYPE=ins;VARB=0.00198112;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911765:58:68:62:68:6:28:34:2:4:25:6:27:31:2:4 chr7 63568887 . A ATAACT,T 691.04 PASS AF=0.753247,0.025974;AO=51,4;DP=82;FAO=58,2;FDP=77;FR=.;FRO=17;FSAF=47,2;FSAR=11,0;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0306305,0.00669508;FXX=0.0374953;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=106.739,257.509;QD=35.8982;RBI=0.0307078,0.0110048;REFB=-0.00835175,-0.00631032;REVB=0.00217773,0.00873396;RO=25;SAF=44,2;SAR=7,2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.263057,-0.114302;STB=0.57431,0.993741;STBP=0.057,0.185;TYPE=ins,snp;VARB=0.000796628,0.0558801;OID=.,.;OPOS=63568888,63568887;OREF=-,A;OALT=TAACT,T;OMAPALT=ATAACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:77:25:17:51,4:58,2:0.753247,0.025974:7,2:44,2:15:10:11,0:47,2:10:7 chr7 63570733 . T C 1444.71 PASS AF=0.980583;AO=99;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0577692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.137;QD=56.1052;RBI=0.0590161;REFB=-0.153182;REVB=0.0120672;RO=3;SAF=45;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119111;STB=0.500676;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000728476;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:3:2:99:101:0.980583:54:45:2:1:54:47:1:1 chr7 63572047 . A G 867.01 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.148;QD=57.8007;RBI=0.187118;REFB=0;REVB=0.1866;RO=0;SAF=58;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024353;OID=.;OPOS=63572047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:0:58:0:0:2:58:0:0 chr7 63679733 . A G 2443.69 PASS AF=0.98773;AO=154;DP=156;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.010456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.086;QD=59.9678;RBI=0.068571;REFB=-0.136069;REVB=0.0677691;RO=0;SAF=80;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506172;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00136343;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:156:163:0:2:154:161:0.98773:74:80:0:0:80:81:0:2 chr7 63680133 . T A 165.03 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0056163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.483;QD=14.0449;RBI=0.0057641;REFB=-0.00627883;REVB=-0.0012969;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185438;STB=0.60736;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0108416;OID=.;OPOS=63680133;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:18:11:10:8:18:11 chr7 63796744 . T C 2890.29 PASS AF=0.994595;AO=184;DP=186;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0250128;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.85;QD=62.4928;RBI=0.0408435;REFB=-0.092683;REVB=0.0322886;RO=0;SAF=67;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39442e-08;STB=0.502127;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=6.43961e-05;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:185:0:1:184:184:0.994595:117:67:0:0:117:67:0:1 chr7 63808867 . C A 689.27 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0746719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.182;QD=62.661;RBI=0.0761438;REFB=0;REVB=0.0148995;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111452;OID=.;OPOS=63808867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr7 63981563 . A G 613.56 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492067;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5513;QD=61.3557;RBI=0.0619463;REFB=0;REVB=0.0376304;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265274;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr7 64152353 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.005685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.53;QD=8.69805;RBI=0.00927087;REFB=-0.0210121;REVB=-0.00732324;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226678;STB=0.639616;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0413247;OID=.;OPOS=64152353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:5:9:3:4:5:9 chr7 64169019 . G A 909.76 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.374;QD=57.7624;RBI=0.0700565;REFB=0;REVB=0.0173519;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164035;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:39:22:0:0:41:22:0:0 chr7 64254901 . T C 810.52 PASS AF=0.951613;AO=56;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=56;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0242011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1046;QD=52.2913;RBI=0.0432415;REFB=-0.0217403;REVB=0.0358348;RO=3;SAF=53;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259486;STB=0.513039;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00364641;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:3:3:56:59:0.951613:3:53:3:0:3:56:3:0 chr7 64291333 . T A 2388.71 PASS AF=0.9875;AO=157;DP=160;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00816287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.671;QD=59.7178;RBI=0.0160386;REFB=-0.0893022;REVB=-0.0138059;RO=2;SAF=84;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111918;STB=0.505882;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-2.45748e-05;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:160:160:2:2:157:158:0.9875:73:84:2:0:74:84:2:0 chr7 64291991 . T A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000222627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.038;QD=62.022;RBI=0.0141725;REFB=0;REVB=0.0141708;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81002e-05;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr7 64389089 . A C 240.44 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0356423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9289;QD=21.3724;RBI=0.0395802;REFB=-0.027673;REVB=0.017211;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177586;STB=0.599911;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0299246;OID=.;OPOS=64389089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:15:8:12:10:15:8:12:10 chr7 64438667 . G A 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.822;QD=58.9618;RBI=0.0180468;REFB=0;REVB=0.0115387;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16307e-06;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr7 64439613 . T G 635.43 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0427912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.817;QD=47.0692;RBI=0.0716718;REFB=-0.0124425;REVB=0.0574958;RO=5;SAF=26;SAR=23;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823232;STB=0.543842;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000816037;OID=.;OPOS=64439613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:5:5:49:49:0.907407:23:26:5:0:23:26:5:0 chr7 64439701 . C T 1589.87 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.068;QD=59.9951;RBI=0.0218896;REFB=0;REVB=0.0105605;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31796e-05;OID=.;OPOS=64439701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr7 64451656 . G A 2286.77 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298726;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8081;QD=60.1781;RBI=0.0356805;REFB=-0.0879007;REVB=-0.019512;RO=0;SAF=67;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74685e-08;STB=0.503759;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000514399;OID=.;OPOS=64451656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:152:152:0:1:151:151:0.993421:84:67:0:0:85:66:1:0 chr7 64451699 . T C 2756.88 PASS AF=0.972973;AO=180;DP=185;FAO=180;FDP=185;FR=.;FRO=5;FSAF=75;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00143754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.801;QD=59.6082;RBI=0.00459228;REFB=0.0469653;REVB=0.00436148;RO=5;SAF=75;SAR=105;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221265;STB=0.511627;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00146196;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:185:185:5:5:180:180:0.972973:105:75:0:5:105:75:0:5 chr7 64451963 . T C 2105.57 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00935707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.377;QD=61.9284;RBI=0.0377792;REFB=0.0530018;REVB=0.0366021;RO=1;SAF=71;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736987;STB=0.503875;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00014115;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:64:71:0:1:64:71:0:1 chr7 64453136 . G A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000799273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.313;QD=59.1425;RBI=0.00743121;REFB=0;REVB=0.0073881;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12031e-05;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr7 64453615 . T C 1306.82 PASS AF=0.967033;AO=86;DP=90;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0161456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3375;QD=57.4425;RBI=0.0738602;REFB=-0.192327;REVB=0.0720739;RO=3;SAF=35;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388872;STB=0.519476;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0105104;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:90:91:3:3:86:88:0.967033:51:35:3:0:51:37:3:0 chr7 64483597 . T C 1741.42 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5199;QD=60.5711;RBI=0.0709819;REFB=0;REVB=0.0267714;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004926;OID=.;OPOS=64483597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:54:60:0:0:54:61:0:0 chr7 65279676 . A T 548.02 PASS AF=0.298755;AO=72;DP=244;FAO=72;FDP=241;FR=.;FRO=169;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=99;FSRR=70;FWDB=0.0103497;FXX=0.0163259;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.813;QD=9.09584;RBI=0.0385569;REFB=-0.0102289;REVB=-0.0371419;RO=169;SAF=43;SAR=29;SRF=99;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142583;STB=0.508296;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0235668;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:241:169:169:72:72:0.298755:29:43:99:70:29:43:99:70 chr7 65279757 . A T 474.8 PASS AF=0.238095;AO=38;DP=192;FAO=40;FDP=168;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=45;FWDB=-0.00213405;FXX=0.129527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.273;QD=11.3048;RBI=0.00315265;REFB=-0.00560433;REVB=0.00232057;RO=121;SAF=21;SAR=17;SRF=79;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130373;STB=0.512599;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0225897;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:168:121:108:38:40:0.238095:17:21:79:42:16:24:63:45 chr7 65425894 . A G 1514.04 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00910483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1815;QD=62.4348;RBI=0.098488;REFB=-0.134562;REVB=-0.0980662;RO=0;SAF=35;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000193956;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:61:35:0:0:61:35:0:1 chr7 65557782 . C T 777.34 PASS AF=0.503356;AO=75;DP=149;FAO=75;FDP=149;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.00242743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.619;QD=20.8682;RBI=0.0176759;REFB=-0.0144113;REVB=-0.0175084;RO=73;SAF=34;SAR=41;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726095;STB=0.536659;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0165047;OID=.;OPOS=65557782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:73:74:75:75:0.503356:41:34:39:34:41:34:39:35 chr7 65579838 . A G 1860.27 PASS AF=1;AO=65;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.844;QD=62.53;RBI=0.14407;REFB=0;REVB=0.142942;RO=0;SAF=54;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35335e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306519;OID=.;OPOS=65579838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:65:119:1:11:54:0:0:65:54:0:0 chr7 65842543 . C CAT,T 355.2 PASS AF=0.388235,0.0705882;AO=33,6;DP=88;FAO=33,6;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=11,1;FSAR=22,5;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0099566,0.0222259;FXX=0.034087;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=231.871,70.4154;QD=16.7152;RBI=0.017953,0.0254199;REFB=-0.00237048,0.0124339;REVB=0.0149391,0.0123363;RO=49;SAF=11,1;SAR=22,5;SRF=23;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.151042,-0.3704;STB=0.576529,0.784681;STBP=0.27,0.201;TYPE=ins,snp;VARB=0.00753772,-0.00241985;OID=.,.;OPOS=65842544,65842543;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:49:46:33,6:33,6:0.388235,0.0705882:22,5:11,1:23:26:22,5:11,1:21:25 chr7 65842545 . T C 367.28 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0157707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2848;QD=16.5068;RBI=0.0165178;REFB=-0.000755057;REVB=-0.00491147;RO=50;SAF=12;SAR=27;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185004;STB=0.604422;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00114268;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:27:12:24:26:27:12:24:26 chr7 65860213 . T TAGAG 194.7 PASS AF=0.375;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0103933;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=4;MLLD=328.462;QD=12.169;RBI=0.0106061;REFB=-0.002049;REVB=-0.00211412;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452134;STB=0.526088;STBP=0.765;TYPE=ins;VARB=0.00327799;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:24:66:24:64:40:13:11:20:20:99:40:13:11:20:20 chr7 65860264 . CCATATG C,CCATATT,CG 198.33 PASS AF=0,0.0344828,0.396552;AO=7,3,13;DP=58;FAO=0,2,23;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=0,0,11;FSAR=0,2,12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0182517,-0.0172351,-0.0169146;FXX=0.0333278;HRUN=2,1,2;LEN=6,1,5;MLLD=189.68,84.5202,192.283;QD=13.6777;RBI=0.0343912,0.0175505,0.0285505;REFB=-0.0235667,-0.0123067,-0.0242224;REVB=-0.0291484,-0.00331218,-0.0230006;RO=27;SAF=6,0,5;SAR=1,3,8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.479529,-0.552625,-0.111237;STB=0.5,0.994621,0.503885;STBP=1,0.187,0.956;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.234163,0.0258138;OID=.,.,.;OPOS=65860265,65860270,65860265;OREF=CATATG,G,CATAT;OALT=-,T,-;OMAPALT=C,CCATATT,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0344828,0.396552:7,3,13:58:0,2,23:58:33:0,0,11:0,2,12:16:17:99:27:6,0,5:1,3,8:13:14 chr7 66015630 . C G 393.41 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0216242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.223;QD=22.4808;RBI=0.030691;REFB=-0.038642;REVB=0.0217791;RO=31;SAF=24;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00210485;STB=0.50116;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0320608;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:15:24:19:12:15:24:19:12 chr7 66105163 . C G 613.42 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=50;FSRF=21;FSRR=49;FWDB=-0.00667822;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.223;QD=18.4488;RBI=0.00840173;REFB=-0.0112567;REVB=0.00509807;RO=70;SAF=13;SAR=50;SRF=21;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123865;STB=0.569109;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0183686;OID=.;OPOS=66105163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:70:70:63:63:0.473684:50:13:21:49:50:13:21:49 chr7 66147057 . T C 5838.62 PASS AF=1;AO=366;DP=375;FAO=377;FDP=377;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231065;FXX=0.0130887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.542;QD=61.9482;RBI=0.0342238;REFB=-0.0728417;REVB=0.0252459;RO=2;SAF=180;SAR=186;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.50156e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212975;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:375:377:2:0:366:377:1:186:180:1:1:197:180:0:0 chr7 66147101 . G A 1828.07 PASS AF=0.568027;AO=166;DP=294;FAO=167;FDP=294;FR=.;FRO=127;FSAF=66;FSAR=101;FSRF=80;FSRR=47;FWDB=0.00580935;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=250.674;QD=24.8717;RBI=0.00587578;REFB=-0.0234097;REVB=0.000881011;RO=121;SAF=65;SAR=101;SRF=74;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172301;STB=0.601522;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0148468;OID=.;OPOS=66147101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:121:127:166:167:0.568027:101:65:74:47:101:66:80:47 chr7 66147110 . C A 1709.5 PASS AF=0.588235;AO=142;DP=256;FAO=160;FDP=272;FR=.;FRO=112;FSAF=66;FSAR=94;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.0057159;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.989;QD=25.1398;RBI=0.0129364;REFB=-0.0188225;REVB=0.0116051;RO=102;SAF=64;SAR=78;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684306;STB=0.562318;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0236067;OID=.;OPOS=66147110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:272:102:112:142:160:0.588235:78:64:55:47:94:66:63:49 chr7 66147149 . A G 2163.59 PASS AF=0.932099;AO=151;DP=162;FAO=151;FDP=162;FR=.;FRO=11;FSAF=55;FSAR=96;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0350225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.296;QD=53.4219;RBI=0.0395852;REFB=-0.0499199;REVB=0.0184503;RO=11;SAF=55;SAR=96;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861624;STB=0.545448;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00287506;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:162:162:11:11:151:151:0.932099:96:55:11:0:96:55:11:0 chr7 66147178 . C T 750.78 PASS AF=0.591667;AO=70;DP=122;FAO=71;FDP=120;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0584455;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4272;QD=25.026;RBI=0.0624846;REFB=-0.0319319;REVB=0.0221009;RO=48;SAF=25;SAR=45;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476877;STB=0.524708;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0171218;OID=.;OPOS=66147178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:48:49:70:71:0.591667:45:25:20:28:46:25:20:29 chr7 66147656 . G C 2607.96 PASS AF=0.519588;AO=252;DP=486;FAO=252;FDP=485;FR=.;FRO=233;FSAF=142;FSAR=110;FSRF=124;FSRR=109;FWDB=0.0104315;FXX=0.00205757;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.542;QD=21.509;RBI=0.0121511;REFB=-0.0122535;REVB=0.00623165;RO=233;SAF=142;SAR=110;SRF=124;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279112;STB=0.515225;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0110909;OID=.;OPOS=66147656;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:486:485:233:233:252:252:0.519588:110:142:124:109:110:142:124:109 chr7 66147746 . C G 1057.16 PASS AF=0.45082;AO=111;DP=245;FAO=110;FDP=244;FR=.;FRO=134;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=39;FSRR=95;FWDB=-0.0108698;FXX=0.00408147;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9364;QD=17.3305;RBI=0.0461369;REFB=-0.0132369;REVB=-0.0448382;RO=133;SAF=50;SAR=61;SRF=38;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167628;STB=0.587443;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0155811;OID=.;OPOS=66147746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:133:134:111:110:0.45082:61:50:38:95:61:49:39:95 chr7 66774604 . G C 741.55 PASS AF=0.4875;AO=77;DP=160;FAO=78;FDP=160;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.00591351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.022;QD=18.5389;RBI=0.00897979;REFB=-0.00311775;REVB=-0.00675773;RO=79;SAF=37;SAR=40;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469383;STB=0.525298;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00347396;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:79:82:77:78:0.4875:40:37:42:37:40:38:44:38 chr7 69599579 . CAT C 875.49 PASS AF=0.462687;AO=92;DP=201;FAO=93;FDP=201;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=33;FSRR=75;FWDB=0.0155291;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.718;QD=17.4227;RBI=0.0177792;REFB=-0.0167694;REVB=0.00865706;RO=101;SAF=37;SAR=55;SRF=32;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858838;STB=0.552858;STBP=0.19;TYPE=del;VARB=0.0213869;OID=.;OPOS=69599580;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462687:92:201:93:201:108:37:56:33:75:99:101:37:55:32:69 chr7 70597522 . C A 8614.35 PASS AF=1;AO=540;DP=551;FAO=548;FDP=548;FR=.;FRO=0;FSAF=257;FSAR=291;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188125;FXX=0.0196776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1567;QD=62.8784;RBI=0.0442948;REFB=0;REVB=0.0401014;RO=0;SAF=255;SAR=285;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152051;OID=.;OPOS=70597522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:551:548:0:0:540:548:1:285:255:0:0:291:257:0:0 chr7 70597675 . T C 1151.75 PASS AF=0.453532;AO=122;DP=269;FAO=122;FDP=269;FR=.;FRO=147;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=84;FSRR=63;FWDB=-0.0434102;FXX=0.00370357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.189;QD=17.1264;RBI=0.0456298;REFB=0.00579706;REVB=-0.0140581;RO=146;SAF=71;SAR=51;SRF=84;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00669406;STB=0.505906;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00948066;OID=.;OPOS=70597675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:146:147:122:122:0.453532:51:71:84:62:51:71:84:63 chr7 70598059 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5965;QD=59.0185;RBI=0.0644626;REFB=0;REVB=-0.0639747;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000682851;OID=.;OPOS=70598059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr7 70885993 . C T 700.62 PASS AF=0.452381;AO=75;DP=171;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.000527661;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.769;QD=16.6813;RBI=0.0038458;REFB=-0.0133346;REVB=-0.00380943;RO=90;SAF=38;SAR=37;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392695;STB=0.52504;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.015091;OID=.;OPOS=70885993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:168:90:92:75:76:0.452381:37:38:42:48:37:39:43:49 chr7 71150706 . A T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.009;QD=57.884;RBI=0.0414323;REFB=0;REVB=-0.0410269;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117163;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr7 71248676 . C T 1787.64 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0295558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3702;QD=60.0888;RBI=0.031002;REFB=-0.100736;REVB=0.00935815;RO=1;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772249;STB=0.504064;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000472243;OID=.;OPOS=71248676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:117:118:0.991597:61:56:0:1:61:57:0:1 chr7 71252189 . A AG 593.18 PASS AF=1;AO=47;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.207475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.2871;QD=39.5454;RBI=0.218902;REFB=0;REVB=-0.0698007;RO=11;SAF=11;SAR=36;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00509738;OID=.;OPOS=71252190;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:60:60:60:0:19:41:0:0:11:11:11:36:6:5 chr7 72093957 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5146;QD=59.3222;RBI=0.0719156;REFB=0;REVB=-0.0428998;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112502;OID=.;OPOS=72093957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr7 72178756 . C A 473.9 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0622625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.893;QD=16.3414;RBI=0.0626715;REFB=-0.0183601;REVB=-0.00714896;RO=63;SAF=25;SAR=27;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888407;STB=0.553551;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0182014;OID=.;OPOS=72178756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:63:64:52:52:0.448276:27:25:36:27:27:25:37:27 chr7 72193864 . T C 1773.16 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00558358;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.914;QD=60.1072;RBI=0.0221177;REFB=-0.119783;REVB=0.0214013;RO=0;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07878e-08;STB=0.503999;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-4.62317e-05;OID=.;OPOS=72193864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:118:0:1:117:117:0.991525:55:62:0:0:55:62:1:0 chr7 72193868 . G A 1810.83 PASS AF=1;AO=117;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369054;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.08;QD=60.8682;RBI=0.0382431;REFB=0;REVB=-0.0100264;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141332;OID=.;OPOS=72193868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:117:119:1:54:63:0:0:54:65:0:0 chr7 72209527 . CA C 685.55 PASS AF=0.538462;AO=97;DP=182;FAO=98;FDP=182;FR=.;FRO=84;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.0742545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.2675;QD=15.0671;RBI=0.0965151;REFB=0.0110156;REVB=-0.0616559;RO=84;SAF=48;SAR=49;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650027;STB=0.53296;STBP=0.338;TYPE=del;VARB=-0.010948;OID=.;OPOS=72209528;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:97:182:98:182:84:49:49:48:36:99:84:48:49:48:36 chr7 72286028 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0118868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.419;QD=17.0333;RBI=0.0118898;REFB=0.000764099;REVB=-0.000264374;RO=22;SAF=15;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495999;STB=0.786691;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00129581;OID=.;OPOS=72286028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:3:15:8:14:3:15:8:14 chr7 72413443 . G A 70.56 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00778138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.277;QD=17.6392;RBI=0.1268;REFB=-0.000714501;REVB=0.126561;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381184;STB=0.719537;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0104064;OID=.;OPOS=72413443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:6:1:6:3:6:1 chr7 72413487 . G A 43.85 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00267756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.467;QD=3.02384;RBI=0.0376457;REFB=-0.00307827;REVB=0.0375504;RO=50;SAF=7;SAR=1;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432356;STB=0.82052;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0185177;OID=.;OPOS=72413487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:1:7:28:22:1:7:28:22 chr7 72413494 . G A 56.81 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00707667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.274;QD=3.72517;RBI=0.0201699;REFB=-0.0060752;REVB=-0.0188877;RO=45;SAF=8;SAR=2;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310867;STB=0.72132;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.034673;OID=.;OPOS=72413494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:45:51:10:10:0.163934:2:8:26:19:2:8:29:22 chr7 72413581 . G A 91.5 PASS AF=0.156522;AO=18;DP=115;FAO=18;FDP=115;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=-0.021579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.873;QD=3.18244;RBI=0.0267991;REFB=-0.00440061;REVB=-0.0158915;RO=96;SAF=10;SAR=8;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357885;STB=0.527529;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0202927;OID=.;OPOS=72413581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:115:115:96:97:18:18:0.156522:8:10:56:40:8:10:57:40 chr7 72413593 . T C 81.94 PASS AF=0.144068;AO=17;DP=118;FAO=17;FDP=118;FR=.;FRO=101;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=-0.00948925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.313;QD=2.7775;RBI=0.0237884;REFB=-0.0024074;REVB=-0.0218139;RO=99;SAF=12;SAR=5;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187522;STB=0.630065;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0243287;OID=.;OPOS=72413593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:118:118:99:101:17:17:0.144068:5:12:56:43:5:12:57:44 chr7 72413874 . T C 46.17 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00835178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.647;QD=2.25208;RBI=0.0125411;REFB=-0.00240436;REVB=-0.00935563;RO=72;SAF=5;SAR=5;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101354;STB=0.573028;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0109048;OID=.;OPOS=72413874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:82:72:72:10:10:0.121951:5:5:30:42:5:5:30:42 chr7 72418963 . T C 245.88 PASS AF=0.340909;AO=29;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0664098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7313;QD=11.1764;RBI=0.0798568;REFB=0.0144955;REVB=-0.0443491;RO=59;SAF=16;SAR=13;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304539;STB=0.500761;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0352735;OID=.;OPOS=72418963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:58:29:30:0.340909:13:16:31:28:14:16:31:27 chr7 72419499 . G A 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00966166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.582;QD=16.0922;RBI=0.0246055;REFB=-0.00484192;REVB=0.0226292;RO=38;SAF=15;SAR=16;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169768;STB=0.595289;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00452482;OID=.;OPOS=72419499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:16:15:25:13:16:15:25:13 chr7 72738749 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000337182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.988;QD=57.5449;RBI=0.0105395;REFB=0;REVB=0.0105341;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41172e-05;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr7 72738762 . CA TG 773.37 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267098;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=2;MLLD=180.841;QD=64.4473;RBI=0.0317845;REFB=0;REVB=0.0172291;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000151035;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr7 72891754 . C T 232.71 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.00895043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.669;QD=10.459;RBI=0.00906605;REFB=-0.00224837;REVB=0.00144325;RO=60;SAF=21;SAR=8;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14262;STB=0.583796;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00558228;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:60:29:29:0.325843:8:21:37:23:8:21:37:23 chr7 72951204 . G A 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0187225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.988;QD=16.5778;RBI=0.0262021;REFB=-0.0130614;REVB=0.0183308;RO=38;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117071;STB=0.565843;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0178666;OID=.;OPOS=72951204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:19:13:20:18:19:13:20:18 chr7 73020301 . T C 3369.01 PASS AF=1;AO=213;DP=214;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122461;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.368;QD=62.3891;RBI=0.012885;REFB=0;REVB=0.00400709;RO=0;SAF=75;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46981e-06;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:216:0:0:213:216:1:138:75:0:0:138:78:0:0 chr7 73085611 . C T 338.23 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=58;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0300286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.55;QD=22.9311;RBI=0.030854;REFB=-0.0153895;REVB=0.00708867;RO=24;SAF=8;SAR=25;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496197;STB=0.547339;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0153955;OID=.;OPOS=73085611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:25:33:34:0.576271:25:8:7:17:26:8:8:17 chr7 73097654 . C T 1668.06 PASS AF=0.444162;AO=176;DP=394;FAO=175;FDP=394;FR=.;FRO=219;FSAF=72;FSAR=103;FSRF=118;FSRR=101;FWDB=0.0331464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8694;QD=16.9346;RBI=0.0478878;REFB=0.0198019;REVB=0.0345624;RO=217;SAF=72;SAR=104;SRF=118;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135212;STB=0.571245;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0250547;OID=.;OPOS=73097654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:394:217:219:176:175:0.444162:104:72:118:99:103:72:118:101 chr7 73097948 . G C 420.7 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0367498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6634;QD=13.3555;RBI=0.10584;REFB=0.012972;REVB=0.0992551;RO=77;SAF=28;SAR=21;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0237869;OID=.;OPOS=73097948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:77:77:49:49:0.388889:21:28:44:33:21:28:44:33 chr7 73117765 . G A 249.88 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00722246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.708;QD=18.5096;RBI=0.0283846;REFB=-0.0255629;REVB=0.0274504;RO=27;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072571;STB=0.540511;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0243331;OID=.;OPOS=73117765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:17:10:8:19:17:10:8:19 chr7 73122923 . A G 799.5 PASS AF=0.429293;AO=80;DP=192;FAO=85;FDP=198;FR=.;FRO=113;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=0.00409421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.943;QD=16.1514;RBI=0.0363953;REFB=-0.0183075;REVB=-0.0361643;RO=112;SAF=33;SAR=47;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119923;STB=0.542922;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0280972;OID=.;OPOS=73122923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:198:112:113:80:85:0.429293:47:33:59:53:47:38:59:54 chr7 73246461 . A G 591.06 PASS AF=0.434483;AO=62;DP=144;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.00259421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.046;QD=16.305;RBI=0.0196701;REFB=-0.0210062;REVB=0.0194983;RO=81;SAF=20;SAR=42;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243305;STB=0.625552;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0355063;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:81:82:62:63:0.434483:42:20:45:36:42:21:45:37 chr7 73246496 . C T 807.19 PASS AF=0.438144;AO=85;DP=194;FAO=85;FDP=194;FR=.;FRO=109;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.0105321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.576;QD=16.6431;RBI=0.0197309;REFB=-0.00415742;REVB=0.0166848;RO=109;SAF=32;SAR=53;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150687;STB=0.583984;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00274008;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:109:109:85:85:0.438144:53:32:57:52:53:32:57:52 chr7 73246555 . C G 877.69 PASS AF=0.409283;AO=97;DP=237;FAO=97;FDP=237;FR=.;FRO=140;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=64;FSRR=76;FWDB=-0.0181422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.196;QD=14.8133;RBI=0.0204549;REFB=-0.0152193;REVB=-0.00944791;RO=138;SAF=35;SAR=62;SRF=63;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105127;STB=0.559615;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0221832;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:138:140:97:97:0.409283:62:35:63:75:62:35:64:76 chr7 73249165 . T A 437.89 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0668097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2314;QD=21.6241;RBI=0.0672058;REFB=-0.0141751;REVB=-0.00728573;RO=38;SAF=20;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151714;STB=0.508373;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0133923;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:23:20:17:21:23:20:17:21 chr7 73249299 . G C 417.07 PASS AF=0.45098;AO=45;DP=101;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0444773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.041;QD=16.3555;RBI=0.044508;REFB=-0.0165816;REVB=0.00165344;RO=56;SAF=21;SAR=24;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559231;STB=0.537259;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0201994;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:56:56:45:46:0.45098:24:21:23:33:24:22:23:33 chr7 73254812 . T C 585.47 PASS AF=0.516393;AO=59;DP=120;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0170422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9613;QD=19.1957;RBI=0.0196099;REFB=-0.0321469;REVB=0.00970095;RO=55;SAF=12;SAR=47;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169259;STB=0.579853;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0317049;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:55:59:59:63:0.516393:47:12:19:36:47:16:23:36 chr7 73275565 . T A 568.69 PASS AF=0.975;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.496;QD=56.8689;RBI=0.0172609;REFB=-0.0286161;REVB=0.00184157;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283678;STB=0.514278;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00126886;OID=.;OPOS=73275565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:37:39:0.975:16:21:0:1:17:22:0:1 chr7 73279482 . T C 743.11 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341771;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.967;QD=63.2433;RBI=0.0640024;REFB=0;REVB=0.0639111;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233905;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:22:25:0:0 chr7 73753250 . T C 1456.72 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234201;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.502;QD=63.3358;RBI=0.0237531;REFB=0;REVB=0.00396306;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82278e-05;OID=.;OPOS=73753250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:39:53:0:0:39:53:0:0 chr7 73814749 . G C 4506.46 PASS AF=1;AO=276;DP=278;FAO=288;FDP=288;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.911;QD=62.5897;RBI=0.086606;REFB=0;REVB=-0.0650287;RO=1;SAF=172;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00456272;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59463e-05;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:278:288:1:0:276:288:1:104:172:0:1:107:181:0:0 chr7 73929823 . G A 383.65 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00763279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.903;QD=20.1922;RBI=0.00970592;REFB=-0.0336107;REVB=-0.00599545;RO=37;SAF=20;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468133;STB=0.525948;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0312374;OID=.;OPOS=73929823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:19:20:17:20:19:20:17:20 chr7 73944185 . T C 676.07 PASS AF=0.617647;AO=64;DP=103;FAO=63;FDP=102;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.01015;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.347;QD=26.5127;RBI=0.0354641;REFB=0.0109011;REVB=-0.0339806;RO=39;SAF=33;SAR=31;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019844;STB=0.514014;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00572081;OID=.;OPOS=73944185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:39:39:64:63:0.617647:31:33:19:20:30:33:19:20 chr7 73949411 . T C 445.18 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0329824;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.713;QD=16.4882;RBI=0.0359592;REFB=-0.00356205;REVB=0.0143258;RO=57;SAF=25;SAR=24;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664872;STB=0.536146;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00418379;OID=.;OPOS=73949411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:57:59:49:49:0.453704:24:25:33:24:24:25:34:25 chr7 73969541 . A G 367.41 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.0185575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.305;QD=12.8916;RBI=0.0188805;REFB=-0.0224185;REVB=-0.00347738;RO=70;SAF=26;SAR=18;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219441;STB=0.624354;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0580948;OID=.;OPOS=73969541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:70:44:44:0.385965:18:26:27:43:18:26:27:43 chr7 73969564 . C T 147.19 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0348719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5555;QD=10.5135;RBI=0.0527337;REFB=-0.00708455;REVB=-0.0395575;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354864;STB=0.764417;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0236614;OID=.;OPOS=73969564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:37:19:19:0.339286:4:15:13:14:4:15:15:22 chr7 74119475 . ATTTTTTTTTTTTG ATTTATTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTTGT 193.25 PASS AF=0.205882,0.470588,0.235294,0.0882353;AO=2,8,8,2;DP=34;FAO=7,16,8,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,8,3;FSAR=7,2,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134418,0.000566625,0.0349353,0.0165185;FXX=0.0285633;HRUN=12,12,12,12;LEN=1,2,1,2;MLLD=180.849,9.25825,7.53447,10.8744;QD=22.7355;RBI=0.0160773,0.0520695,0.0699124,0.0438681;REFB=0,0,0,0;REVB=0.00882033,0.0520664,0.0605579,0.0406392;RO=5;SAF=0,8,8,2;SAR=2,0,0,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.78221,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.0202113,0.0373193,0.0156902,-0.00839314;OID=.,.,.,.;OPOS=74119479,74119476,74119476,74119487;OREF=T,TT,T,TG;OALT=A,-,-,GT;OMAPALT=ATTTATTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.205882,0.470588,0.235294,0.0882353:2,8,8,2:34:7,16,8,3:34:0:0,14,8,3:7,2,0,0:0:0:43:5:0,8,8,2:2,0,0,0:5:0 chr7 74193668 . G A 173.81 PASS AF=0.190184;AO=31;DP=161;FAO=31;FDP=163;FR=.;FRO=132;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=72;FWDB=-0.056092;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.215;QD=4.26528;RBI=0.0598472;REFB=0.00115961;REVB=-0.0208654;RO=129;SAF=24;SAR=7;SRF=60;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404242;STB=0.763113;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00927843;OID=.;OPOS=74193668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:129:132:31:31:0.190184:7:24:60:69:7:24:60:72 chr7 74197598 . T A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8274;QD=37.4841;RBI=0.0624133;REFB=0;REVB=0.0624021;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215628;OID=.;OPOS=74197598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr7 74212048 . C T 413.08 PASS AF=0.403361;AO=40;DP=111;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0167473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.253;QD=13.885;RBI=0.0200601;REFB=-0.00742131;REVB=-0.0110424;RO=68;SAF=23;SAR=17;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162867;STB=0.566604;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0160126;OID=.;OPOS=74212048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:119:68:71:40:48:0.403361:17:23:29:39:21:27:32:39 chr7 74489486 . T C 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0948747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7766;QD=14.04;RBI=0.0951176;REFB=0.0375857;REVB=-0.00679403;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651584;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00660767;OID=.;OPOS=74489486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:1:3:2:3:1:3 chr7 75051290 . C G 309.2 PASS AF=0.384615;AO=34;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00473333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.37;QD=13.591;RBI=0.012005;REFB=-0.00540572;REVB=-0.0110325;RO=55;SAF=17;SAR=17;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294999;STB=0.519763;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00692812;OID=.;OPOS=75051290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:56:34:35:0.384615:17:17:29:26:18:17:29:27 chr7 75051311 . T C 296.85 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0666087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.799;QD=13.1933;RBI=0.07157;REFB=-0.00283033;REVB=-0.0261828;RO=53;SAF=16;SAR=18;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415379;STB=0.540446;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00391651;OID=.;OPOS=75051311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:53:56:34:34:0.377778:18:16:27:26:18:16:30:26 chr7 75051368 . T C 129.21 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00459301;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.602;QD=11.7462;RBI=0.0174949;REFB=-0.00575748;REVB=-0.0168812;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170694;STB=0.509421;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0152072;OID=.;OPOS=75051368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:29:14:15:0.340909:6:8:17:12:6:9:17:12 chr7 75124551 . G A 50.1 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0357093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8828;QD=15.4138;RBI=0.0387146;REFB=-0.0436392;REVB=-0.0149554;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477379;STB=0.79926;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0630092;OID=.;OPOS=75124551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:13:13:5:6:7:7:0.538462:2:5:0:5:2:5:0:6 chr7 75145495 . G A 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0164862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7818;QD=19.1071;RBI=0.0644705;REFB=-0.0122854;REVB=-0.062327;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225813;OID=.;OPOS=75145495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:4:2:3:6:4:2 chr7 75401418 . G A 533.15 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0200115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.134;QD=18.5445;RBI=0.0208663;REFB=-0.0183153;REVB=-0.00591133;RO=59;SAF=28;SAR=28;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392521;STB=0.521731;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0220981;OID=.;OPOS=75401418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:59:56:56:0.486957:28:28:27:32:28:28:27:32 chr7 75442723 . G A 479.62 PASS AF=0.477064;AO=49;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00881612;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.063;QD=17.6006;RBI=0.025621;REFB=-0.0333;REVB=0.0240564;RO=60;SAF=23;SAR=26;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302004;STB=0.534928;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0288162;OID=.;OPOS=75442723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:57:49:52:0.477064:26:23:30:30:29:23:29:28 chr7 75442730 . T G 538.93 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0461803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5664;QD=21.997;RBI=0.0520678;REFB=-0.0238496;REVB=-0.0240508;RO=46;SAF=25;SAR=26;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477613;STB=0.520825;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0479486;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:46:47:51:51:0.520408:26:25:20:26:26:25:21:26 chr7 75513062 . A G 1376.85 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369898;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.024;QD=59.863;RBI=0.0388348;REFB=-0.163745;REVB=-0.0118278;RO=3;SAF=58;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238815;STB=0.504131;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00159091;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:92:3:1:89:91:0.98913:31:58:3:0:31:60:1:0 chr7 75614953 . T C 1538.97 PASS AF=0.515571;AO=141;DP=281;FAO=149;FDP=289;FR=.;FRO=140;FSAF=86;FSAR=63;FSRF=58;FSRR=82;FWDB=-0.0368486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8991;QD=21.3006;RBI=0.0699498;REFB=-0.0312717;REVB=0.0594572;RO=138;SAF=86;SAR=55;SRF=57;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178656;STB=0.578859;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0305925;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:289:138:140:141:149:0.515571:55:86:57:81:63:86:58:82 chr7 75615006 . C T 1353.25 PASS AF=0.490975;AO=135;DP=277;FAO=136;FDP=277;FR=.;FRO=141;FSAF=81;FSAR=55;FSRF=66;FSRR=75;FWDB=0.00975646;FXX=0.0107139;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.504;QD=19.5415;RBI=0.0168921;REFB=-0.0137027;REVB=-0.0137897;RO=138;SAF=81;SAR=54;SRF=65;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120342;STB=0.565663;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0166521;OID=.;OPOS=75615006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:138:141:135:136:0.490975:54:81:65:73:55:81:66:75 chr7 75621827 . A G 1449.32 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00115508;FXX=0.0309246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.483;QD=61.6732;RBI=0.0197548;REFB=-0.0573371;REVB=-0.019721;RO=2;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263151;STB=0.506848;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00115557;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:2:1:92:93:0.989362:35:57:0:2:36:57:0:1 chr7 75629778 . T C 2019.17 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.35;QD=62.1282;RBI=0.050099;REFB=0;REVB=0.0422529;RO=0;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18453e-05;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:130:0:0:125:130:1:70:55:0:0:71:59:0:0 chr7 75630274 . T C 841.3 PASS AF=0.911765;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0216088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6038;QD=49.4883;RBI=0.0473709;REFB=-0.0356171;REVB=-0.0421552;RO=6;SAF=47;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204408;STB=0.510866;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0438043;OID=.;OPOS=75630274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:68:68:6:6:62:62:0.911765:15:47:4:2:15:47:4:2 chr7 75659815 . T C 893.94 PASS AF=0.463415;AO=95;DP=205;FAO=95;FDP=205;FR=.;FRO=110;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=0.00191279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.462;QD=17.4426;RBI=0.0148226;REFB=-0.00769469;REVB=0.0146987;RO=109;SAF=37;SAR=58;SRF=50;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690611;STB=0.536116;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00915087;OID=.;OPOS=75659815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:109:110:95:95:0.463415:58:37:50:59:58:37:50:60 chr7 75677504 . C T 1689.91 PASS AF=0.465426;AO=175;DP=376;FAO=175;FDP=376;FR=.;FRO=201;FSAF=74;FSAR=101;FSRF=102;FSRR=99;FWDB=0.0539946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1183;QD=17.9778;RBI=0.054051;REFB=-0.0277104;REVB=-0.00246833;RO=197;SAF=74;SAR=101;SRF=99;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774218;STB=0.545673;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0386869;OID=.;OPOS=75677504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:376:197:201:175:175:0.465426:101:74:99:98:101:74:102:99 chr7 75716765 . C T 38.56 PASS AF=0.088;AO=11;DP=125;FAO=11;FDP=125;FR=.;FRO=114;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=-0.00377269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.338;QD=1.23382;RBI=0.0299307;REFB=-0.00127664;REVB=-0.029692;RO=114;SAF=8;SAR=3;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298875;STB=0.736266;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00881722;OID=.;OPOS=75716765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:125:125:114:114:11:11:0.088:3:8:53:61:3:8:53:61 chr7 75716781 . G A 905.51 PASS AF=0.609023;AO=81;DP=133;FAO=81;FDP=133;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0185212;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.162;QD=27.2335;RBI=0.0224343;REFB=-0.0325526;REVB=0.0126596;RO=52;SAF=41;SAR=40;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183118;STB=0.509929;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0252408;OID=.;OPOS=75716781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:52:52:81:81:0.609023:40:41:25:27:40:41:25:27 chr7 75716789 . C A 34.79 PASS AF=0.0791367;AO=11;DP=139;FAO=11;FDP=139;FR=.;FRO=128;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=60;FSRR=68;FWDB=-0.00380458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.237;QD=1.00123;RBI=0.0125797;REFB=-1.05279e-05;REVB=-0.0119906;RO=128;SAF=8;SAR=3;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287161;STB=0.735328;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0147811;OID=.;OPOS=75716789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:139:139:128:128:11:11:0.0791367:3:8:60:68:3:8:60:68 chr7 75914934 . G GC 2606.36 PASS AF=1;AO=222;DP=251;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0671487;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.06;QD=42.2082;RBI=0.224033;REFB=0;REVB=0.213733;RO=27;SAF=128;SAR=94;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.001241;OID=.;OPOS=75914935;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:222:251:247:247:0:133:114:0:0:45:27:128:94:9:18 chr7 75959188 . G A 153.58 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0136902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.789;QD=21.9404;RBI=0.0172311;REFB=-0.017988;REVB=-0.0104638;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883617;STB=0.549936;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0206172;OID=.;OPOS=75959188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:11:5:5:7:11:5:5:7 chr7 76023029 . T C 102.94 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0243057;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5264;QD=17.1558;RBI=0.0657465;REFB=-0.00372974;REVB=0.0610887;RO=11;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189204;STB=0.687108;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00258595;OID=.;OPOS=76023029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:23:24:11:12:11:12:0.5:1:10:9:2:1:11:9:3 chr7 76029695 . C T 668.04 PASS AF=0.442424;AO=73;DP=165;FAO=73;FDP=165;FR=.;FRO=92;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=0.110303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.669;QD=16.1948;RBI=0.110883;REFB=-0.0168141;REVB=-0.0113303;RO=92;SAF=49;SAR=24;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114623;STB=0.564011;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0218974;OID=.;OPOS=76029695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:92:92:73:73:0.442424:24:49:52:40:24:49:52:40 chr7 76069811 . T C 659.94 PASS AF=0.492537;AO=65;DP=135;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00466439;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.738;QD=19.6998;RBI=0.00611444;REFB=-0.0158575;REVB=0.00395346;RO=70;SAF=33;SAR=32;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473387;STB=0.522597;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0160253;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:70:68:65:66:0.492537:32:33:32:38:32:34:32:36 chr7 76111835 . G A 961.19 PASS AF=0.449339;AO=102;DP=227;FAO=102;FDP=227;FR=.;FRO=125;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=52;FSRR=73;FWDB=0.0015764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.171;QD=16.9373;RBI=0.0251118;REFB=-0.0200812;REVB=-0.0250622;RO=124;SAF=38;SAR=64;SRF=52;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488065;STB=0.525255;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0240656;OID=.;OPOS=76111835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:124:125:102:102:0.449339:64:38:52:72:64:38:52:73 chr7 76112060 . C T 215.79 PASS AF=0.364865;AO=26;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.000675241;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.512;QD=11.6642;RBI=0.0221583;REFB=-0.0109362;REVB=0.022148;RO=48;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662903;STB=0.555514;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0177195;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:47:26:27:0.364865:14:12:25:23:15:12:25:22 chr7 76126737 . C T 47.2 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.207;QD=11.1048;RBI=0.0037758;REFB=-0.0159933;REVB=0.0037758;RO=9;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0219038;OID=.;OPOS=76126737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:7:0:0:9:7:0:0:10 chr7 76131645 . A G 1645.43 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=115;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00234089;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.896;QD=58.7653;RBI=0.0174361;REFB=-0.132535;REVB=0.0172782;RO=1;SAF=57;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825611;STB=0.504273;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000183119;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:112:1:1:110:111:0.991071:53:57:1:0:53:58:1:0 chr7 76131650 . G A 614.05 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00491447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.202;QD=20.2992;RBI=0.0225761;REFB=0.00347609;REVB=0.0220347;RO=59;SAF=33;SAR=29;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211045;STB=0.511624;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.0023899;OID=.;OPOS=76131650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:59:62:62:0.512397:29:33:30:29:29:33:30:29 chr7 76131695 . A G 1952.26 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.903;QD=61.9766;RBI=0.0142287;REFB=0;REVB=-0.00871453;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00127e-05;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:62:64:0:0:62:64:0:0 chr7 76132898 . T C 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.024286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.485;QD=12.5692;RBI=0.0258986;REFB=-0.0157318;REVB=-0.00899592;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12118;STB=0.561319;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0349742;OID=.;OPOS=76132898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:10:5:11:14:10:5:11:15 chr7 76135134 . G A 391.95 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0638645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2536;QD=14.6524;RBI=0.0720603;REFB=0.00109663;REVB=0.0333768;RO=62;SAF=21;SAR=24;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177579;STB=0.509996;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.000317458;OID=.;OPOS=76135134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:24:21:30:32:24:21:30:32 chr7 76140186 . T C 574.1 PASS AF=0.298113;AO=77;DP=263;FAO=79;FDP=265;FR=.;FRO=186;FSAF=15;FSAR=64;FSRF=75;FSRR=111;FWDB=-0.00980679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.989;QD=8.66573;RBI=0.0102084;REFB=-0.00644229;REVB=-0.00283509;RO=185;SAF=13;SAR=64;SRF=74;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353232;STB=0.686888;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0114651;OID=.;OPOS=76140186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:265:185:186:77:79:0.298113:64:13:74:111:64:15:75:111 chr7 76144455 . A C 3292.32 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.843;QD=62.1192;RBI=0.0299143;REFB=0;REVB=0.0234299;RO=0;SAF=62;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55433e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0902e-05;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:212:0:0:212:212:1:150:62:0:0:150:62:0:0 chr7 76144483 . A G 552.79 PASS AF=0.354839;AO=66;DP=187;FAO=66;FDP=186;FR=.;FRO=120;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=93;FWDB=-0.0126563;FXX=0.0106377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.313;QD=11.888;RBI=0.0189461;REFB=-0.0149378;REVB=-0.0140987;RO=118;SAF=28;SAR=38;SRF=26;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248411;STB=0.63699;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0257847;OID=.;OPOS=76144483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:118:120:66:66:0.354839:38:28:26:92:38:28:27:93 chr7 76144560 . T C,G 1656.24 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=106,6;DP=112;FAO=106,6;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=25,5;FSAR=81,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02309,-0.0671053;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.61,74.1567;QD=59.1513;RBI=0.0306963,0.0697926;REFB=0,0;REVB=0.0202266,0.0191804;RO=0;SAF=25,5;SAR=81,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000539271,0.0231095;OID=.,.;OPOS=76144560,76144560;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:112:112:0:0:106,6:106,6:0.946429,0.0535714:81,1:25,5:0:0:81,1:25,5:0:0 chr7 76239503 . G C,GC 427.95 PASS AF=0.0384615,0.615385;AO=4,57;DP=105;FAO=4,64;FDP=104;FR=.;FRO=36;FSAF=1,37;FSAR=3,27;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0510898,-0.00716761;FXX=0.0188661;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=24.0997,11.5876;QD=16.4595;RBI=0.105299,0.0354184;REFB=0.0177926,0.0307896;REVB=-0.092074,-0.0346855;RO=38;SAF=0,33;SAR=4,24;SRF=23;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.62073,-0.0198825;STB=0.766992,0.508304;STBP=0.363,0.831;TYPE=snp,ins;VARB=0.0812646,-0.0018802;OID=.,.;OPOS=76239503,76239504;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:105:104:38:36:4,57:4,64:0.0384615,0.615385:4,24:0,33:23:15:3,27:1,37:20:16 chr7 76240785 . CA C 1399.88 PASS AF=0.647368;AO=120;DP=190;FAO=123;FDP=190;FR=.;FRO=67;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.0185342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.707;QD=29.4712;RBI=0.0220349;REFB=-0.0266447;REVB=-0.0119172;RO=66;SAF=67;SAR=53;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098432;STB=0.552837;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.0165324;OID=.;OPOS=76240786;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647368:120:190:123:190:67:68:55:27:40:99:66:67:53:27:39 chr7 76240888 . A G 1121.67 PASS AF=0.543147;AO=102;DP=193;FAO=107;FDP=197;FR=.;FRO=90;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0585209;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.094;QD=22.7751;RBI=0.0604792;REFB=-0.00841071;REVB=0.0152657;RO=88;SAF=62;SAR=40;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1414;STB=0.566469;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0092683;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:197:88:90:102:107:0.543147:40:62:39:49:44:63:40:50 chr7 76247668 . G A 148.73 PASS AF=0.220183;AO=24;DP=109;FAO=24;FDP=109;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.0275298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.336;QD=5.45793;RBI=0.0578721;REFB=0.00222783;REVB=0.0509047;RO=85;SAF=10;SAR=14;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686563;STB=0.5426;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00413484;OID=.;OPOS=76247668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:85:85:24:24:0.220183:14:10:40:45:14:10:40:45 chr7 76885769 . A AG,G 570.42 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=5,34;DP=39;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244078,0.078843;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=33.1732,60.7642;QD=58.5048;RBI=0.0444515,0.0894107;REFB=0,0;REVB=0.0371509,0.042167;RO=0;SAF=5,12;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.75716e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0727632,0.00344229;OID=.,.;OPOS=76885770,76885769;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:39:39:0:0:5,34:1,38:0.025641,0.974359:0,22:5,12:0:0:0,22:1,16:0:0 chr7 77035392 . T C 958.02 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000341917;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.925;QD=55.5374;RBI=0.0307867;REFB=-0.165834;REVB=0.0307848;RO=2;SAF=23;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393265;STB=0.520827;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000738421;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:70:69:2:2:67:67:0.971014:44:23:2:0:44:23:2:0 chr7 77053084 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.032652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3621;QD=15.3789;RBI=0.0627031;REFB=0.028516;REVB=0.0535306;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218591;STB=0.651902;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0313022;OID=.;OPOS=77053084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:9:3:6:7:9:3:7:7 chr7 77247821 . G A 589.91 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00216464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7324;QD=20.1678;RBI=0.0123825;REFB=0.00790946;REVB=-0.0121919;RO=57;SAF=33;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676256;STB=0.537263;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0118992;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:27:33:27:30:27:33:27:30 chr7 77256713 . A G 186.78 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0268606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.843;QD=19.1569;RBI=0.026876;REFB=-0.00751569;REVB=-0.000908591;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787433;STB=0.564906;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00545599;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:20:19:19:0.487179:11:8:6:12:11:8:6:14 chr7 77552127 . G A,T 1187.27 PASS AF=0.962025,0.0379747;AO=76,3;DP=79;FAO=76,3;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=39,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00795666,-0.0669093;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.556,21.4979;QD=60.1148;RBI=0.00931053,0.0950945;REFB=0,0;REVB=0.00483502,-0.0675731;RO=0;SAF=37,0;SAR=39,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000395343,0.124758;OID=.,.;OPOS=77552127,77552127;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:79:79:0:0:76,3:76,3:0.962025,0.0379747:39,3:37,0:0:0:39,3:37,0:0:0 chr7 77648671 . G C 495.01 PASS AF=0.5;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0137227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.822;QD=20.6253;RBI=0.0185716;REFB=-0.0206015;REVB=0.0125137;RO=46;SAF=19;SAR=29;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206802;STB=0.614041;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00993712;OID=.;OPOS=77648671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:46:48:48:48:0.5:29:19:29:17:29:19:30:18 chr7 77756580 . T C 1511.57 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.22;QD=63.6452;RBI=0.0120814;REFB=0;REVB=0.00969479;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16473e-06;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:39:54:0:0:39:56:0:0 chr7 77756724 . C T 2456.83 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.14;QD=61.4208;RBI=0.0290051;REFB=0;REVB=0.0226301;RO=0;SAF=73;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32308e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66432e-05;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:87:73:0:0:87:73:0:0 chr7 77789403 . A G 2254.8 PASS AF=0.993421;AO=148;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00515848;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.58;QD=59.337;RBI=0.0256709;REFB=-0.111699;REVB=-0.0251472;RO=1;SAF=85;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556289;STB=0.50289;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000970367;OID=.;OPOS=77789403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:148:151:0.993421:63:85:1:0:65:86:1:0 chr7 79842157 . T C 352.52 PASS AF=0.473684;AO=31;DP=79;FAO=36;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0259817;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.281;QD=18.5535;RBI=0.0280042;REFB=-0.0157249;REVB=-0.0104492;RO=39;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678509;STB=0.505573;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0214856;OID=.;OPOS=79842157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:76:39:39:31:36:0.473684:18:13:19:20:19:17:18:21 chr7 80088041 . G A 735.85 PASS AF=0.410891;AO=83;DP=201;FAO=83;FDP=202;FR=.;FRO=119;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=0.00169692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.419;QD=14.5712;RBI=0.00294173;REFB=-0.0124517;REVB=-0.00240296;RO=116;SAF=37;SAR=46;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657087;STB=0.539483;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0177379;OID=.;OPOS=80088041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:116:119:83:83:0.410891:46:37:59:57:46:37:61:58 chr7 80374342 . A G 4395.85 PASS AF=0.992908;AO=280;DP=282;FAO=280;FDP=282;FR=.;FRO=2;FSAF=145;FSAR=135;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0106529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.295;QD=62.3525;RBI=0.0151939;REFB=-0.0196451;REVB=0.0108338;RO=0;SAF=145;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500127;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000237337;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:282:282:0:2:280:280:0.992908:135:145:0:0:135:145:1:1 chr7 80374438 . T C 2961.5 PASS AF=1;AO=182;DP=185;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.391;QD=62.3474;RBI=0.0488789;REFB=0;REVB=0.0484889;RO=1;SAF=83;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478504;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09706e-05;OID=.;OPOS=80374438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:185:190:1:0:182:190:1:99:83:0:1:104:86:0:0 chr7 80378319 . G C 4373.9 PASS AF=1;AO=277;DP=277;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.533;QD=63.1611;RBI=0.00610017;REFB=0;REVB=-0.00539674;RO=0;SAF=110;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47146e-07;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:277:277:0:0:277:277:1:167:110:0:0:167:110:0:0 chr7 80387766 . C T 955.84 PASS AF=0.508108;AO=94;DP=185;FAO=94;FDP=185;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.0318495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1354;QD=20.6668;RBI=0.0331903;REFB=0.014995;REVB=-0.0093383;RO=91;SAF=35;SAR=59;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161808;STB=0.588941;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0151533;OID=.;OPOS=80387766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:91:91:94:94:0.508108:59:35:50:41:59:35:50:41 chr7 80962963 . A T 6540.38 PASS AF=1;AO=418;DP=426;FAO=419;FDP=419;FR=.;FRO=0;FSAF=184;FSAR=235;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103585;FXX=0.0164315;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175;QD=62.438;RBI=0.0103665;REFB=-0.0652116;REVB=0.000406146;RO=2;SAF=183;SAR=235;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000574321;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51153e-05;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:426:419:2:0:418:419:1:235:183:1:1:235:184:0:0 chr7 82453708 . A C 2511.09 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.845;QD=61.6219;RBI=0.0209778;REFB=0;REVB=0.0179308;RO=0;SAF=83;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.35852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93711e-05;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:80:83:0:0:80:83:0:0 chr7 82455895 . A G 1573.48 PASS AF=0.990654;AO=107;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00493229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=365.427;QD=58.8218;RBI=0.0328729;REFB=0.0275754;REVB=-0.0325008;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.000192889;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:107:106:0.990654:58:49:0:0:58:48:1:0 chr7 82544987 . A G 2072.43 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0406215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.088;QD=60.9537;RBI=0.0487835;REFB=-0.102459;REVB=0.0270134;RO=0;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507462;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000575042;OID=.;OPOS=82544987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:0:2:134:134:0.985294:68:66:0:0:68:66:2:0 chr7 82581488 . T TTCA 866.73 PASS AF=0.772727;AO=59;DP=98;FAO=68;FDP=88;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00854161;FXX=0.0537577;HRUN=5;LEN=3;MLLD=284.791;QD=39.3968;RBI=0.0150602;REFB=-0.0298521;REVB=0.0124036;RO=30;SAF=23;SAR=36;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708459;STB=0.555113;STBP=0.071;TYPE=ins;VARB=0.00581236;OID=.;OPOS=82581489;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.772727:59:98:68:88:20:25:43:12:8:99:30:23:36:15:15 chr7 82581494 . T A 66.57 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0165341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.274;QD=3.02575;RBI=0.0221713;REFB=-0.00407364;REVB=-0.0147713;RO=75;SAF=9;SAR=4;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368041;STB=0.747153;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0301777;OID=.;OPOS=82581494;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:88:88:75:75:13:13:0.147727:4:9:29:46:4:9:29:46 chr7 82581859 . C T 272.24 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.467;QD=51.8557;RBI=0.034059;REFB=0;REVB=0.030215;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176479;OID=.;OPOS=82581859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr7 82582846 . C T 1899.41 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00208007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.523;QD=60.7811;RBI=0.0165942;REFB=0.0141858;REVB=0.0164633;RO=1;SAF=75;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959722;STB=0.50505;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000129473;OID=.;OPOS=82582846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:49:75:0:1:49:75:0:1 chr7 82764425 . C G 991.63 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.245;QD=59.2018;RBI=0.0343155;REFB=0;REVB=0.0332378;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53937e-05;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:42:21:0:0:46:21:0:0 chr7 82785097 . T C 1459.59 PASS AF=0.490132;AO=149;DP=303;FAO=149;FDP=304;FR=.;FRO=155;FSAF=43;FSAR=106;FSRF=40;FSRR=115;FWDB=0.0126915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.697;QD=19.2051;RBI=0.0128181;REFB=-0.0187467;REVB=0.00179748;RO=154;SAF=43;SAR=106;SRF=39;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406705;STB=0.519259;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0177327;OID=.;OPOS=82785097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:304:154:155:149:149:0.490132:106:43:39:115:106:43:40:115 chr7 83023587 . TACACACACACACACAC TACACACACACACAC,TACACACACACACACAG 1846.4 PASS AF=0.944444,0.047619;AO=107,5;DP=125;FAO=119,6;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=43,1;FSAR=76,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0534325,0.0807056;FXX=0.038165;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=182.714,62.2675;QD=58.616;RBI=0.126577,0.104036;REFB=-0.176603,-0.0107054;REVB=0.114747,0.0656507;RO=1;SAF=38,1;SAR=69,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00682978,0.0951258;STB=0.503267,0.54531;STBP=0.501,0.659;TYPE=del,snp;VARB=0.00470287,0.12011;OID=.,.;OPOS=83023588,83023603;OREF=AC,C;OALT=-,G;OMAPALT=TACACACACACACAC,TACACACACACACACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.944444,0.047619:107,5:125:119,6:126:1:43,1:76,5:0:1:13:1:38,1:69,4:0:1 chr7 83034754 . T A 2169.98 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000637805;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.775;QD=62.898;RBI=0.00354365;REFB=0;REVB=-0.00348578;RO=2;SAF=55;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121845;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4998e-05;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:138:2:0:132:138:1:77:55:0:2:82:56:0:0 chr7 83037751 . C A 1381.19 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406861;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.773;QD=62.7814;RBI=0.0462505;REFB=0;REVB=0.0460712;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201548;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr7 83590852 . T C 1563.07 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0186141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8567;QD=56.8391;RBI=0.0187282;REFB=-0.0717133;REVB=0.00206375;RO=2;SAF=33;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126548;STB=0.509932;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0030173;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:110:110:2:3:107:107:0.972727:74:33:0:2:74:33:0:3 chr7 83606518 . G A 1540.66 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.432;QD=63.5323;RBI=0.0367871;REFB=0;REVB=0.0190441;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6458e-05;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:93:97:1:45:48:0:0:48:49:0:0 chr7 86800351 . A G 1754.34 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441313;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.407;QD=59.9773;RBI=0.0632029;REFB=-0.0264499;REVB=0.0452441;RO=0;SAF=42;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236846;OID=.;OPOS=86800351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:117:117:0:0:115:117:1:73:42:0:0:75:42:0:0 chr7 86813831 . C G 665.72 PASS AF=0.389744;AO=69;DP=188;FAO=76;FDP=195;FR=.;FRO=119;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=0.00567757;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8085;QD=13.6559;RBI=0.0480591;REFB=-0.00619545;REVB=0.0477225;RO=117;SAF=27;SAR=42;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108459;STB=0.57491;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0127239;OID=.;OPOS=86813831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:195:117:119:69:76:0.389744:42:27:57:60:48:28:58:61 chr7 86823221 . A G 335.87 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0319008;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4387;QD=16.3841;RBI=0.0451958;REFB=-0.0159304;REVB=0.0320156;RO=46;SAF=21;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839941;STB=0.547299;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0148801;OID=.;OPOS=86823221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:46:46:36:36:0.439024:15:21:23:23:15:21:23:23 chr7 86825442 . T C 282.98 PASS AF=0.259259;AO=42;DP=162;FAO=42;FDP=162;FR=.;FRO=120;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=0.00543824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4863;QD=6.98713;RBI=0.0267823;REFB=0.0039357;REVB=0.0262243;RO=120;SAF=20;SAR=22;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192106;STB=0.511472;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.012686;OID=.;OPOS=86825442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:120:120:42:42:0.259259:22:20:59:61:22:20:59:61 chr7 86825466 . A G 396.49 PASS AF=0.319728;AO=29;DP=152;FAO=47;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=56;FWDB=-0.0399179;FXX=0.0328926;HRUN=9;LEN=1;MLLD=24.8043;QD=10.789;RBI=0.0518911;REFB=-0.0599813;REVB=-0.0331548;RO=48;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116525;STB=0.553376;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0844698;OID=.;OPOS=86825466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:147:48:83:29:47:0.319728:17:12:15:33:28:19:27:56 chr7 86847966 . G A 232.82 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0349794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.219;QD=21.1653;RBI=0.0367337;REFB=-0.0259275;REVB=0.0112164;RO=20;SAF=5;SAR=17;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997101;STB=0.519271;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0112626;OID=.;OPOS=86847966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:22:23:0.522727:17:5:3:17:18:5:4:17 chr7 87082292 . G A 844.41 PASS AF=0.432558;AO=93;DP=215;FAO=93;FDP=215;FR=.;FRO=122;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=57;FSRR=65;FWDB=-0.00593896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0959;QD=15.7099;RBI=0.0139673;REFB=-0.00624183;REVB=0.0126418;RO=121;SAF=42;SAR=51;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114644;STB=0.508919;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00740923;OID=.;OPOS=87082292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:121:122:93:93:0.432558:51:42:56:65:51:42:57:65 chr7 87138645 . A G 1154.79 PASS AF=0.479339;AO=116;DP=239;FAO=116;FDP=242;FR=.;FRO=126;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.0215133;FXX=0.00411506;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6885;QD=19.0875;RBI=0.0557572;REFB=-0.00505373;REVB=-0.0514397;RO=122;SAF=60;SAR=56;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389656;STB=0.525487;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00563386;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:242:122:126:116:116:0.479339:56:60:58:64:56:60:59:67 chr7 87160618 . A T 768.74 PASS AF=0.460227;AO=81;DP=175;FAO=81;FDP=176;FR=.;FRO=95;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0195651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.292;QD=17.4713;RBI=0.020008;REFB=-0.000799389;REVB=-0.00418651;RO=94;SAF=46;SAR=35;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971002;STB=0.55108;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000733395;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:94:95:81:81:0.460227:35:46:44:50:35:46:45:50 chr7 87179601 . A G 793.8 PASS AF=0.564885;AO=74;DP=132;FAO=74;FDP=131;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00453519;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.894;QD=24.2382;RBI=0.0266488;REFB=-0.00699608;REVB=0.02626;RO=55;SAF=34;SAR=40;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00387023;STB=0.509149;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00597781;OID=.;OPOS=87179601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:55:57:74:74:0.564885:40:34:25:30:40:34:25:32 chr7 87229501 . T C 2383.3 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0211385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1879;QD=60.3368;RBI=0.0541077;REFB=-0.0184851;REVB=-0.0498077;RO=0;SAF=73;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44084e-08;STB=0.503448;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000139502;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:158:0:1:157:157:0.993671:84:73:0:0:85:72:1:0 chr7 87476339 . T G 356.33 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0242669;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.2;QD=16.3831;RBI=0.0254983;REFB=-0.00857761;REVB=0.0078282;RO=49;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631071;STB=0.5355;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00989142;OID=.;OPOS=87476339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:49:49:38:38:0.436782:21:17:25:24:21:17:25:24 chr7 87537190 . A G 745.71 PASS AF=0.496774;AO=77;DP=155;FAO=77;FDP=155;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=-0.0188611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.757;QD=19.244;RBI=0.018903;REFB=0.00432881;REVB=0.00125769;RO=78;SAF=39;SAR=38;SRF=27;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146466;STB=0.580511;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00487352;OID=.;OPOS=87537190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:78:78:77:77:0.496774:38:39:27:51:38:39:27:51 chr7 87564277 . A C 703.7 PASS AF=0.34375;AO=88;DP=256;FAO=88;FDP=256;FR=.;FRO=168;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=69;FSRR=99;FWDB=0.0150962;FXX=0.0228999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.848;QD=10.9954;RBI=0.0231085;REFB=-0.0271139;REVB=-0.017496;RO=161;SAF=35;SAR=53;SRF=66;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144282;STB=0.508861;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0442366;OID=.;OPOS=87564277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:161:168:88:88:0.34375:53:35:66:95:53:35:69:99 chr7 87564388 . G A 319.67 PASS AF=0.366972;AO=39;DP=108;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=50;FWDB=0.00941708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.015;QD=11.731;RBI=0.019176;REFB=0.000520539;REVB=0.0167044;RO=69;SAF=12;SAR=27;SRF=19;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431991;STB=0.518838;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.000645405;OID=.;OPOS=87564388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:69:69:39:40:0.366972:27:12:19:50:28:12:19:50 chr7 87564497 . C G 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0142587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2031;QD=19.107;RBI=0.0148553;REFB=-0.0175807;REVB=-0.00416767;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057902;STB=0.533262;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0107971;OID=.;OPOS=87564497;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:1:5:7:2:1:5 chr7 87704972 . C T 1049.56 PASS AF=0.507177;AO=106;DP=209;FAO=106;FDP=209;FR=.;FRO=103;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.00288746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.578;QD=20.0874;RBI=0.0299105;REFB=-0.00266486;REVB=-0.0297708;RO=103;SAF=52;SAR=54;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482908;STB=0.526482;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00271315;OID=.;OPOS=87704972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:103:103:106:106:0.507177:54:52:45:58:54:52:45:58 chr7 87774727 . T C 1268.6 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00483017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.635;QD=60.4095;RBI=0.0162658;REFB=0.0240748;REVB=0.015532;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-4.16761e-05;OID=.;OPOS=87774727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:41:42:1:0:41:42:1:0 chr7 87778380 . A T 596.52 PASS AF=0.435374;AO=60;DP=143;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.021522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7065;QD=16.2319;RBI=0.0305816;REFB=-0.0263588;REVB=0.0217265;RO=82;SAF=31;SAR=29;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297307;STB=0.517002;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0327545;OID=.;OPOS=87778380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:147:82:83:60:64:0.435374:29:31:40:42:32:32:39:44 chr7 87813635 . C T 3028.94 PASS AF=0.984694;AO=192;DP=195;FAO=193;FDP=196;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00651732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.432;QD=61.8151;RBI=0.0440077;REFB=-0.148483;REVB=0.0435224;RO=2;SAF=93;SAR=99;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00952222;STB=0.507388;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00030045;OID=.;OPOS=87813635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:195:196:2:3:192:193:0.984694:99:93:0:2:100:93:0:3 chr7 87840263 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.591;QD=60.9776;RBI=0.0110167;REFB=0;REVB=-0.00958336;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27554e-05;OID=.;OPOS=87840263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr7 88423881 . T C 340.77 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00247362;FXX=0.0602337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.044;QD=17.4753;RBI=0.00443629;REFB=-0.0121344;REVB=0.00368265;RO=33;SAF=12;SAR=23;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00926243;STB=0.528286;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.021054;OID=.;OPOS=88423881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:33:42:35:36:0.461538:23:12:11:22:24:12:16:26 chr7 88956699 . A G 2351.67 PASS AF=0.514739;AO=227;DP=445;FAO=227;FDP=441;FR=.;FRO=214;FSAF=104;FSAR=123;FSRF=81;FSRR=133;FWDB=0.0189411;FXX=0.00898856;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.43;QD=21.3304;RBI=0.0330282;REFB=-0.0154734;REVB=0.0270573;RO=218;SAF=104;SAR=123;SRF=81;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788471;STB=0.539173;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0133241;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:441:218:214:227:227:0.514739:123:104:81:137:123:104:81:133 chr7 88963039 . G A 86.82 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.147043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.023;QD=12.8628;RBI=0.14747;REFB=-0.0375998;REVB=0.011219;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140607;STB=0.583179;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0219816;OID=.;OPOS=88963039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:8:8:7:4:8:8 chr7 88964000 . C T 263.0 PASS AF=0.413333;AO=27;DP=72;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00722712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.347;QD=14.0267;RBI=0.00723642;REFB=-0.00477508;REVB=-0.000366861;RO=44;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444587;STB=0.541747;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00638356;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:44:44:27:31:0.413333:13:14:21:23:14:17:21:23 chr7 88964196 . T A 555.47 PASS AF=0.408163;AO=60;DP=146;FAO=60;FDP=147;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0129144;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.197;QD=15.1148;RBI=0.0130036;REFB=-0.0120492;REVB=0.00152023;RO=82;SAF=21;SAR=39;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135354;STB=0.575278;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0165855;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:82:87:60:60:0.408163:39:21:39:43:39:21:41:46 chr7 89797144 . G T 4058.71 PASS AF=1;AO=259;DP=264;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254878;FXX=0.0151509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.168;QD=62.4417;RBI=0.0255789;REFB=0;REVB=0.00215777;RO=0;SAF=155;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47139e-05;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:264:260:0:0:259:260:1:104:155:0:0:105:155:0:0 chr7 89854446 . T G 911.4 PASS AF=0.520231;AO=90;DP=173;FAO=90;FDP=173;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.0113816;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=150.352;QD=21.0728;RBI=0.0307614;REFB=0.00110409;REVB=0.0285783;RO=83;SAF=35;SAR=55;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408445;STB=0.522403;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00106213;OID=.;OPOS=89854446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:83:83:90:90:0.520231:55:35:36:47:55:35:36:47 chr7 89856608 . C T 899.79 PASS AF=0.422414;AO=98;DP=233;FAO=98;FDP=232;FR=.;FRO=134;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=80;FSRR=54;FWDB=0.0414831;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.243;QD=15.5135;RBI=0.0530315;REFB=-0.0121815;REVB=-0.0330377;RO=135;SAF=46;SAR=52;SRF=81;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135015;STB=0.573314;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0135823;OID=.;OPOS=89856608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:135:134:98:98:0.422414:52:46:81:54:52:46:80:54 chr7 89861832 . G A 446.05 PASS AF=0.53012;AO=41;DP=81;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00158315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.78;QD=21.4962;RBI=0.00904612;REFB=-0.00841388;REVB=-0.00890651;RO=37;SAF=15;SAR=26;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084208;STB=0.535946;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00756669;OID=.;OPOS=89861832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:37:39:41:44:0.53012:26:15:17:20:28:16:17:22 chr7 89861890 . G T 593.21 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3193;QD=60.8422;RBI=0.0424912;REFB=0;REVB=-0.0101102;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045249;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr7 89867446 . T TCTG 1343.46 PASS AF=0.551724;AO=120;DP=249;FAO=128;FDP=232;FR=.;FRO=104;FSAF=77;FSAR=51;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.00877848;FXX=0.0210962;HRUN=1;LEN=3;MLLD=259.172;QD=23.1631;RBI=0.0101451;REFB=-0.0443674;REVB=0.00508537;RO=122;SAF=75;SAR=45;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103166;STB=0.546581;STBP=0.116;TYPE=ins;VARB=0.0397776;OID=.;OPOS=89867447;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551724:120:249:128:232:104:77:51:52:52:99:122:75:45:63:59 chr7 89881239 . G C 406.83 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0193975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.662;QD=15.9541;RBI=0.024041;REFB=0.0102074;REVB=0.0142023;RO=56;SAF=22;SAR=23;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286745;STB=0.520897;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0131217;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:57:45:45:0.441176:23:22:29:27:23:22:30:27 chr7 89912301 . G A 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.27;QD=64.1528;RBI=0.0256772;REFB=0;REVB=0.0119367;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19888e-05;OID=.;OPOS=89912301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr7 89937168 . G A 434.54 PASS AF=0.414634;AO=48;DP=120;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0342204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7576;QD=14.1313;RBI=0.0349776;REFB=-0.00909923;REVB=-0.00723884;RO=72;SAF=16;SAR=32;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801975;STB=0.557894;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.010733;OID=.;OPOS=89937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:72:72:48:51:0.414634:32:16:29:43:35:16:29:43 chr7 89938588 . C G 1974.0 PASS AF=0.984962;AO=128;DP=131;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0780222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1504;QD=59.3683;RBI=0.106423;REFB=-0.197305;REVB=0.0723765;RO=3;SAF=65;SAR=63;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214243;STB=0.507245;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0072654;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:131:133:3:2:128:131:0.984962:63:65:3:0:63:68:2:0 chr7 89938680 . C T 618.25 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0572315;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.706;QD=18.5941;RBI=0.0641909;REFB=-0.0170608;REVB=0.0290693;RO=68;SAF=29;SAR=34;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373071;STB=0.520941;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0226519;OID=.;OPOS=89938680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:68:70:63:63:0.473684:34:29:34:34:34:29:35:35 chr7 89939427 . T C 828.35 PASS AF=0.422018;AO=92;DP=218;FAO=92;FDP=218;FR=.;FRO=126;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=39;FSRR=87;FWDB=-0.00272544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.604;QD=15.199;RBI=0.0228262;REFB=0.00803171;REVB=0.0226629;RO=126;SAF=39;SAR=53;SRF=39;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124287;STB=0.569091;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0118724;OID=.;OPOS=89939427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:126:126:92:92:0.422018:53:39:39:87:53:39:39:87 chr7 89969831 . A G 1177.04 PASS AF=0.475806;AO=118;DP=248;FAO=118;FDP=248;FR=.;FRO=130;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=53;FSRR=77;FWDB=0.0025157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.536;QD=18.9845;RBI=0.00836967;REFB=-0.0212178;REVB=0.00798265;RO=130;SAF=47;SAR=71;SRF=53;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929071;STB=0.505122;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0216094;OID=.;OPOS=89969831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:130:130:118:118:0.475806:71:47:53:77:71:47:53:77 chr7 89969878 . A G 910.53 PASS AF=0.459716;AO=97;DP=211;FAO=97;FDP=211;FR=.;FRO=114;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=-0.0627846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4882;QD=17.2613;RBI=0.0631892;REFB=0.018459;REVB=-0.00713859;RO=112;SAF=35;SAR=62;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873172;STB=0.544412;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0220349;OID=.;OPOS=89969878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:112:114:97:97:0.459716:62:35:50:62:62:35:50:64 chr7 89983808 . T G 243.59 PASS AF=0.394737;AO=28;DP=74;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00801518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.201;QD=12.8203;RBI=0.0164968;REFB=-0.0030755;REVB=0.0144187;RO=46;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145583;STB=0.501886;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00543222;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:46:46:28:30:0.394737:18:10:17:29:19:11:17:29 chr7 89984409 . A G 433.29 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.000487014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.775;QD=18.0537;RBI=0.0303497;REFB=0.00807503;REVB=0.0303458;RO=52;SAF=22;SAR=22;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372889;STB=0.520824;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00667663;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:22:22:24:28:22:22:24:28 chr7 90014408 . G A 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0349236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1672;QD=9.33411;RBI=0.0880848;REFB=-0.0118128;REVB=-0.0808658;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178226;STB=0.608848;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.020018;OID=.;OPOS=90014408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:9:4:14:17:9:4:14:17 chr7 90043304 . C T 813.71 PASS AF=0.558824;AO=76;DP=136;FAO=76;FDP=136;FR=.;FRO=60;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0187795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.822;QD=23.9326;RBI=0.0187958;REFB=-0.00162078;REVB=0.000781661;RO=60;SAF=41;SAR=35;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454593;STB=0.524819;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00197193;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:60:60:76:76:0.558824:35:41:29:31:35:41:29:31 chr7 90043314 . C T 1976.6 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163426;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.649;QD=62.2551;RBI=0.0176994;REFB=0;REVB=-0.00679616;RO=0;SAF=67;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185216;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:60:67:0:0:60:67:0:0 chr7 90044945 . G A 774.43 PASS AF=0.443243;AO=82;DP=185;FAO=82;FDP=185;FR=.;FRO=103;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.0352837;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9977;QD=16.7444;RBI=0.0358929;REFB=0.000374687;REVB=-0.00658539;RO=101;SAF=45;SAR=37;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535514;STB=0.529965;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00130093;OID=.;OPOS=90044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:101:103:82:82:0.443243:37:45:50:51:37:45:51:52 chr7 90236415 . A G 1426.16 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=100;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0120148;FXX=0.009999;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.669;QD=57.6228;RBI=0.0246969;REFB=-0.0579666;REVB=0.0215773;RO=4;SAF=39;SAR=55;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265444;STB=0.509594;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000687007;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:100:99:4:5:94:94:0.949495:55:39:3:1:55:39:3:2 chr7 90836916 . C A 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.015355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.875;QD=19.3452;RBI=0.0199593;REFB=-0.02006;REVB=-0.0127513;RO=41;SAF=17;SAR=23;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966915;STB=0.505374;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0232236;OID=.;OPOS=90836916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:23:17:17:24:23:17:17:24 chr7 90837216 . G A 327.83 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.00699297;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.342;QD=11.2078;RBI=0.00704364;REFB=-0.0171089;REVB=0.000843364;RO=75;SAF=20;SAR=21;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994;STB=0.552045;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0312543;OID=.;OPOS=90837216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:75:76:41:41:0.350427:21:20:30:45:21:20:31:45 chr7 90838866 . G A 472.33 PASS AF=0.528736;AO=45;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00487792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.924;QD=21.7162;RBI=0.00674866;REFB=-0.0224297;REVB=0.00466372;RO=41;SAF=13;SAR=32;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189476;STB=0.607991;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0135508;OID=.;OPOS=90838866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:45:46:0.528736:32:13:20:21:33:13:20:21 chr7 90838869 . G C 1377.37 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1563;QD=62.6075;RBI=0.0396712;REFB=0;REVB=-0.028634;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79882e-06;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:54:34:0:0:54:34:0:0 chr7 90894984 . G C 45.81 PASS AF=0.107843;AO=24;DP=202;FAO=22;FDP=204;FR=.,HEALED;FRO=182;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=112;FSRR=70;FWDB=-0.0517938;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=21.8685;QD=0.898202;RBI=0.058226;REFB=-0.0295691;REVB=0.026602;RO=114;SAF=5;SAR=19;SRF=63;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442046;STB=0.820281;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.140757;OID=.;OPOS=90894984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:202:204:114:182:24:22:0.107843:19:5:63:51:17:5:112:70 chr7 90896831 . T C 378.56 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00151949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.049;QD=16.4593;RBI=0.00599821;REFB=-0.0117419;REVB=0.00580256;RO=52;SAF=18;SAR=22;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697156;STB=0.539196;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0110638;OID=.;OPOS=90896831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:22:18:27:25:22:18:27:25 chr7 90897731 . A C 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00999942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.71;QD=12.2437;RBI=0.0130639;REFB=0.00116152;REVB=0.00840701;RO=59;SAF=14;SAR=19;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944042;STB=0.554344;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00181133;OID=.;OPOS=90897731;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:19:14:30:29:19:14:30:29 chr7 91632306 . C T 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.00124497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.405;QD=16.8917;RBI=0.0186141;REFB=-0.0171592;REVB=-0.0185724;RO=45;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170447;STB=0.594993;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0196737;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:21:16:12:33:21:16:12:33 chr7 91708898 . A G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0852112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.827;QD=21.7465;RBI=0.0852213;REFB=-0.0211586;REVB=-0.00131055;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122105;STB=0.568005;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0187038;OID=.;OPOS=91708898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:15:7:4:16:15:7:4:16 chr7 91714911 . C T 3757.79 PASS AF=0.983607;AO=239;DP=243;FAO=240;FDP=244;FR=.;FRO=4;FSAF=116;FSAR=124;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00208087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.325;QD=61.6031;RBI=0.0118267;REFB=0.0707438;REVB=-0.0116422;RO=4;SAF=115;SAR=124;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726314;STB=0.50383;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.000494054;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:243:244:4:4:239:240:0.983607:124:115:1:3:124:116:1:3 chr7 91842554 . T C 468.54 PASS AF=0.463636;AO=46;DP=105;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0319238;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.48;QD=17.0377;RBI=0.0353087;REFB=-0.033805;REVB=-0.0150855;RO=58;SAF=21;SAR=25;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256389;STB=0.546084;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0371117;OID=.;OPOS=91842554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:110:58:59:46:51:0.463636:25:21:25:33:25:26:25:34 chr7 92027537 . C G 457.4 PASS AF=0.393939;AO=51;DP=134;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0101769;FXX=0.0149243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8091;QD=13.8605;RBI=0.0406433;REFB=0.00648674;REVB=0.0393486;RO=78;SAF=20;SAR=31;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103721;STB=0.559114;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00959826;OID=.;OPOS=92027537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:78:80:51:52:0.393939:31:20:38:40:31:21:40:40 chr7 92028039 . C A 149.11 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0142961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.033;QD=18.6383;RBI=0.0160715;REFB=0.00519192;REVB=0.00734278;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112984;STB=0.564434;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00489333;OID=.;OPOS=92028039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:8:8:10:6:8:8 chr7 92029302 . G A 2045.5 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0691;QD=62.458;RBI=0.0189308;REFB=0;REVB=-0.00620165;RO=0;SAF=48;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70496e-05;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:83:48:0:0:83:48:0:0 chr7 92098776 . C T 558.69 PASS AF=0.425532;AO=60;DP=141;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.00283659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.491;QD=15.8493;RBI=0.0213848;REFB=0.00467872;REVB=-0.0211958;RO=81;SAF=26;SAR=34;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533312;STB=0.52983;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00697395;OID=.;OPOS=92098776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:81:60:60:0.425532:34:26:31:50:34:26:31:50 chr7 92131289 . G T 1486.0 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095234;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.977;QD=63.9141;RBI=0.00952855;REFB=0;REVB=-0.000313238;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87258e-05;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr7 92140266 . T C 480.75 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0163123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.588;QD=25.64;RBI=0.0324358;REFB=-0.0132097;REVB=0.0280355;RO=30;SAF=27;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502036;STB=0.52746;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00819129;OID=.;OPOS=92140266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:18:27:16:14:18:27:16:14 chr7 92241633 . G C 344.13 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0209525;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.347;QD=16.0061;RBI=0.021013;REFB=-0.0087585;REVB=0.00159289;RO=46;SAF=20;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901633;STB=0.553258;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.010417;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:49:37:37:0.430233:17:20:29:17:17:20:31:18 chr7 92600509 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.51;QD=60.0309;RBI=0.0233225;REFB=0;REVB=0.0172982;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39056e-05;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr7 92733975 . G A 211.73 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0111418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.388;QD=19.6962;RBI=0.013277;REFB=-0.0107484;REVB=0.00722076;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103559;STB=0.558444;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0126303;OID=.;OPOS=92733975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:9:13:10:11:9:13 chr7 92734051 . C T 335.26 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00351551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.671;QD=15.9648;RBI=0.0128879;REFB=-0.00516292;REVB=0.0123992;RO=46;SAF=13;SAR=23;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995873;STB=0.556585;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00635118;OID=.;OPOS=92734051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:47:36:37:0.440476:23:13:21:25:24:13:21:26 chr7 92734451 . A G 1078.25 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327123;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.9695;QD=59.0824;RBI=0.0327362;REFB=-0.117205;REVB=0.00125063;RO=0;SAF=19;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286113;OID=.;OPOS=92734451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:73:0:0:72:73:1:53:19:0:0:53:20:0:0 chr7 92762681 . A G 620.49 PASS AF=0.460432;AO=62;DP=138;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0808914;FXX=0.00714235;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.2009;QD=17.8559;RBI=0.0952228;REFB=-0.00177997;REVB=0.050239;RO=74;SAF=30;SAR=32;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504692;STB=0.508357;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00199879;OID=.;OPOS=92762681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:74:75:62:64:0.460432:32:30:32:42:34:30:34:41 chr7 92764489 . C T 805.15 PASS AF=0.459016;AO=84;DP=183;FAO=84;FDP=183;FR=.;FRO=99;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=65;FWDB=-0.0157776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.801;QD=17.5988;RBI=0.0404711;REFB=-0.0115899;REVB=-0.037269;RO=99;SAF=49;SAR=35;SRF=34;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231069;STB=0.627773;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0107969;OID=.;OPOS=92764489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:99:99:84:84:0.459016:35:49:34:65:35:49:34:65 chr7 92764982 . C T 515.28 PASS AF=0.367816;AO=52;DP=163;FAO=64;FDP=174;FR=.;FRO=110;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=-0.00226646;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.969;QD=11.8455;RBI=0.00320011;REFB=-0.0127973;REVB=0.00225918;RO=106;SAF=24;SAR=28;SRF=42;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770746;STB=0.576762;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0244228;OID=.;OPOS=92764982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:174:106:110:52:64:0.367816:28:24:42:64:30:34:45:65 chr7 92900512 . GTTTT GTCTG,GTTTG,GTT 195.92 PASS AF=0.0833333,0.625,0.291667;AO=2,6,3;DP=28;FAO=2,15,7;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8,7;FSAR=0,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135717,0.0290919,0.113257;FXX=0.142806;HRUN=14,14,14;LEN=3,1,2;MLLD=122.859,176.03,3.21801;QD=32.654;RBI=0.0260494,0.0423073,0.173276;REFB=-0.195964,-0.2285,-1.55949;REVB=-0.0222346,-0.0307175,-0.131139;RO=0;SAF=2,5,3;SAR=0,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.0317496,-0.000858506,-0.750943;OID=.,.,.;OPOS=92900514,92900516,92900513;OREF=TTT,T,TT;OALT=CTG,G,-;OMAPALT=GTCTG,GTTTG,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0833333,0.625,0.291667:2,6,3:28:2,15,7:24:0:2,8,7:0,7,0:0:0:29:0:2,5,3:0,1,0:0:0 chr7 92970847 . C T 3095.12 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.842;QD=63.8168;RBI=0.0225353;REFB=0;REVB=0.00243509;RO=0;SAF=86;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20163e-05;OID=.;OPOS=92970847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:194:194:1:108:86:0:0:108:86:0:0 chr7 92985252 . T C 465.11 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=94;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0124126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.659;QD=19.5834;RBI=0.0174457;REFB=0.0119341;REVB=0.0122589;RO=49;SAF=36;SAR=9;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378699;STB=0.714873;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00839432;OID=.;OPOS=92985252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:49:49:45:46:0.484211:9:36:22:27:9:37:22:27 chr7 93054885 . A T 30.4 PASS AF=0.0764706;AO=18;DP=155;FAO=13;FDP=170;FR=.;FRO=157;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=59;FSRR=98;FWDB=-0.0685887;FXX=0.0116272;HRUN=5;LEN=1;MLLD=23.6734;QD=0.715291;RBI=0.0689228;REFB=-0.00280254;REVB=-0.0067784;RO=127;SAF=17;SAR=1;SRF=40;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.696693;STB=0.943024;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0158057;OID=.;OPOS=93054885;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:155:170:127:157:18:13:0.0764706:1:17:40:87:1:12:59:98 chr7 93055753 . A G 1695.2 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.844;QD=60.543;RBI=0.030993;REFB=0;REVB=0.0297506;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3801e-05;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:50:62:0:0:50:62:0:0 chr7 93116299 . A G 381.41 PASS AF=0.442105;AO=39;DP=92;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00738122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.269;QD=16.0594;RBI=0.00738335;REFB=-0.00651226;REVB=-0.000177258;RO=46;SAF=22;SAR=17;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413663;STB=0.534938;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0110976;OID=.;OPOS=93116299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:46:53:39:42:0.442105:17:22:24:22:18:24:27:26 chr7 93515993 . T G 478.26 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=41;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.010795;FXX=0.0731529;HRUN=6;LEN=1;MLLD=130.105;QD=50.3434;RBI=0.0117091;REFB=-0.00869718;REVB=0.00453562;RO=4;SAF=4;SAR=30;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237087;STB=0.628654;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000460036;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:41:38:4:4:34:34:0.894737:30:4:3:1:30:4:3:1 chr7 93623458 . A G 471.16 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0169816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.557;QD=15.9715;RBI=0.0205982;REFB=-0.00765055;REVB=0.011658;RO=66;SAF=24;SAR=28;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173644;STB=0.596863;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0108948;OID=.;OPOS=93623458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:28:24:42:24:28:24:42:24 chr7 94027699 . T C 6893.68 PASS AF=0.986842;AO=433;DP=444;FAO=450;FDP=456;FR=.;FRO=6;FSAF=249;FSAR=201;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.036549;FXX=0.0151185;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.589;QD=60.4709;RBI=0.0430338;REFB=-0.0631203;REVB=0.0227173;RO=6;SAF=236;SAR=197;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143124;STB=0.50514;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000139095;OID=.;OPOS=94027699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:444:456:6:6:433:450:0.986842:197:236:0:6:201:249:1:5 chr7 94030899 . T C 13467.1 PASS AF=1;AO=843;DP=847;FAO=844;FDP=844;FR=.;FRO=0;FSAF=475;FSAR=369;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197133;FXX=0.00471693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.225;QD=63.8252;RBI=0.0246735;REFB=-0.0155274;REVB=0.014838;RO=2;SAF=474;SAR=369;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00201166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18877e-05;OID=.;OPOS=94030899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:55:847:844:2:0:843:844:1:369:474:2:0:369:475:0:0 chr7 94038934 . C T 6137.59 PASS AF=1;AO=387;DP=390;FAO=387;FDP=387;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=214;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203292;FXX=0.00769211;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6768;QD=63.4376;RBI=0.0347052;REFB=-0.0416307;REVB=0.0281278;RO=2;SAF=173;SAR=214;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443907;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128884;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:390:387:2:0:387:387:1:214:173:0:2:214:173:0:0 chr7 94039032 . C T 4023.45 PASS AF=0.992366;AO=256;DP=262;FAO=260;FDP=262;FR=.;FRO=2;FSAF=148;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0162174;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.14;QD=61.4266;RBI=0.0181456;REFB=-0.132719;REVB=0.00814;RO=0;SAF=144;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26201e-08;STB=0.504424;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000154369;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:262:262:0:2:256:260:0.992366:112:144:0:0:112:148:0:2 chr7 94043239 . C G 2551.33 PASS AF=0.966102;AO=170;DP=177;FAO=171;FDP=177;FR=.;FRO=6;FSAF=75;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0143976;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=317.662;QD=57.6571;RBI=0.0266924;REFB=-0.0576414;REVB=0.0224765;RO=4;SAF=75;SAR=95;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260765;STB=0.503626;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.000587616;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:177:177:4:6:170:171:0.966102:95:75:2:2:96:75:2:4 chr7 94047050 . G T 4148.96 PASS AF=0.98913;AO=261;DP=267;FAO=273;FDP=276;FR=.;FRO=3;FSAF=123;FSAR=150;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.102154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4314;QD=60.1298;RBI=0.155159;REFB=-0.147806;REVB=0.116785;RO=6;SAF=120;SAR=141;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232351;STB=0.506024;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0185453;OID=.;OPOS=94047050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:267:276:6:3:261:273:0.98913:141:120:6:0:150:123:3:0 chr7 94059899 . C T 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0135006;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.403;QD=17.2247;RBI=0.0136029;REFB=-0.0171505;REVB=-0.00166485;RO=39;SAF=19;SAR=15;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283354;STB=0.657663;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0133001;OID=.;OPOS=94059899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:15:19:10:29:15:19:10:29 chr7 94174854 . T C 1311.56 PASS AF=0.473498;AO=134;DP=283;FAO=134;FDP=283;FR=.;FRO=149;FSAF=74;FSAR=60;FSRF=61;FSRR=88;FWDB=0.00242913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8392;QD=18.5379;RBI=0.0947717;REFB=-0.00868968;REVB=0.0947405;RO=147;SAF=74;SAR=60;SRF=61;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129931;STB=0.574837;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00720772;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:147:149:134:134:0.473498:60:74:61:86:60:74:61:88 chr7 94186068 . A G 36.97 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0145036;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.559;QD=6.42913;RBI=0.0159049;REFB=-0.00215151;REVB=-0.00652767;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38793;STB=0.738515;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0133731;OID=.;OPOS=94186068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:14:3:3:3:14:3 chr7 94295183 . T A 929.76 PASS AF=0.486772;AO=83;DP=192;FAO=92;FDP=189;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.0627237;FXX=0.0207243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.971;QD=19.6775;RBI=0.0643546;REFB=-0.0205102;REVB=0.014396;RO=69;SAF=37;SAR=46;SRF=17;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171782;STB=0.511163;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0212992;OID=.;OPOS=94295183;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:189:69:92:83:92:0.486772:46:37:17:52:53:39:37:55 chr7 94296769 . T C 532.35 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00237724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.441;QD=16.8999;RBI=0.022299;REFB=0.0023054;REVB=0.0221719;RO=69;SAF=36;SAR=21;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538174;STB=0.530025;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00258411;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:69:57:57:0.452381:21:36:40:29:21:36:40:29 chr7 94297293 . GTTTTTTTG GTTTTTTG,GTTTTTTGT 226.15 PASS AF=0.603448,0;AO=56,5;DP=120;FAO=70,0;FDP=116;FR=.;FRO=46;FSAF=41,0;FSAR=29,0;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.126693,-0.0175379;FXX=0.0569059;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.67906,17.3516;QD=7.79826;RBI=0.14582,0.117858;REFB=-0.00325447,0.00315468;REVB=-0.0721957,-0.116546;RO=38;SAF=32,5;SAR=24,0;SRF=26;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0866477,0.55794;STB=0.536475,0.5;STBP=0.365,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0492047,0.0224424;OID=.,.;OPOS=94297294,94297300;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=GTTTTTTG,GTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.603448,0:56,5:120:70,0:116:46:41,0:29,0:31:15:99:38:32,5:24,0:26:12 chr7 94898811 . G A 72.16 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00559037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.023;QD=9.31042;RBI=0.0119529;REFB=-0.00944824;REVB=0.010565;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269229;STB=0.687084;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0352648;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:30:31:21:21:9:10:0.322581:7:2:9:12:8:2:9:12 chr7 94903420 . G A 556.06 PASS AF=0.530612;AO=50;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0209612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.606;QD=22.6964;RBI=0.0266913;REFB=-0.0214135;REVB=0.0165243;RO=46;SAF=22;SAR=28;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127342;STB=0.576894;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0265068;OID=.;OPOS=94903420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:50:52:0.530612:28:22:27:19:30:22:27:19 chr7 94919525 . A G 439.66 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00480153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.436;QD=19.3256;RBI=0.0068444;REFB=-0.0177651;REVB=0.00487761;RO=47;SAF=15;SAR=29;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638496;STB=0.535562;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.015482;OID=.;OPOS=94919525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:29:15:19:28:29:15:19:28 chr7 94924538 . G T 354.97 PASS AF=0.346457;AO=44;DP=127;FAO=44;FDP=127;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.0177948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.919;QD=11.18;RBI=0.0182155;REFB=-0.00410541;REVB=-0.00389207;RO=83;SAF=24;SAR=20;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207347;STB=0.618592;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00950228;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:83:83:44:44:0.346457:20:24:30:53:20:24:30:53 chr7 94937446 . T C 2235.95 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.624;QD=63.4312;RBI=0.0354795;REFB=0;REVB=0.0238954;RO=0;SAF=52;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96064e-07;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:89:52:0:0:89:52:0:0 chr7 94940782 . T C 478.13 PASS AF=0.424;AO=51;DP=126;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.00765748;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.924;QD=15.3002;RBI=0.00771902;REFB=-0.0100102;REVB=0.000972819;RO=72;SAF=22;SAR=29;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453996;STB=0.537409;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0115062;OID=.;OPOS=94940782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:72:72:51:53:0.424:29:22:28:44:29:24:28:44 chr7 95001555 . C T 3050.83 PASS AF=0.989796;AO=192;DP=198;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0459832;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.751;QD=62.2617;RBI=0.0485607;REFB=-0.0979565;REVB=0.0156104;RO=0;SAF=86;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64112e-08;STB=0.504587;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00173361;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:198:196:0:2:192:194:0.989796:106:86:0:0:108:86:0:2 chr7 95024046 . A G 1521.56 PASS AF=0.887097;AO=110;DP=124;FAO=110;FDP=124;FR=.;FRO=14;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0494459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.085;QD=49.0825;RBI=0.0499304;REFB=-0.0152877;REVB=-0.00693923;RO=14;SAF=47;SAR=63;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07856;STB=0.541533;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00105832;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:124:124:14:14:110:110:0.887097:63:47:1:13:63:47:1:13 chr7 95024047 . C G 51.26 PASS AF=0.105691;AO=13;DP=123;FAO=13;FDP=123;FR=.;FRO=110;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=-0.00293235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8869;QD=1.66699;RBI=0.0206571;REFB=-0.0383147;REVB=-0.0204479;RO=110;SAF=1;SAR=12;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488329;STB=0.884101;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0949684;OID=.;OPOS=95024047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:123:123:110:110:13:13:0.105691:12:1:47:63:12:1:47:63 chr7 95213059 . G A 1593.24 PASS AF=1;AO=64;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.498;QD=65.0304;RBI=0.062804;REFB=0;REVB=0.0598956;RO=0;SAF=48;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566338;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:64:98:1:16:48:0:0:50:48:0:0 chr7 95213953 . A C 1733.86 PASS AF=0.991379;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.185;QD=59.7882;RBI=0.0728008;REFB=-0.0546334;REVB=0.0704034;RO=1;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825764;STB=0.504273;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000279799;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:116:1:1:113:115:0.991379:57:56:0:1:58:57:0:1 chr7 95216394 . T G 1753.41 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4236;QD=59.9455;RBI=0.0591516;REFB=-0.093252;REVB=0.0539714;RO=1;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132457;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:117:117:1:0:116:117:1:55:61:0:1:56:61:0:0 chr7 95499234 . A G 1030.15 PASS AF=0.5;AO=101;DP=200;FAO=100;FDP=200;FR=.;FRO=100;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=0.027226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3294;QD=20.603;RBI=0.0272509;REFB=0.019663;REVB=-0.00116372;RO=98;SAF=50;SAR=51;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230358;STB=0.519996;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.01924;OID=.;OPOS=95499234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:98:100:101:100:0.5:51:50:46:52:50:50:46:54 chr7 95668664 . C A 3751.72 PASS AF=0.987603;AO=239;DP=242;FAO=239;FDP=242;FR=.;FRO=3;FSAF=110;FSAR=129;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0261089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.957;QD=62.012;RBI=0.0686977;REFB=-0.0186351;REVB=-0.0635429;RO=3;SAF=110;SAR=129;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00301826;STB=0.501584;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=2.09728e-05;OID=.;OPOS=95668664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:242:242:3:3:239:239:0.987603:129:110:1:2:129:110:1:2 chr7 97488569 . A T 1529.99 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.989;QD=63.7496;RBI=0.0470956;REFB=0;REVB=0.0437345;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28646e-05;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:54:42:0:0:54:42:0:0 chr7 97498451 . C T 129.38 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0165439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.14;QD=13.2697;RBI=0.0398895;REFB=-0.0135448;REVB=0.036297;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201691;STB=0.6314;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0277319;OID=.;OPOS=97498451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:10:5:12:11:10:5:13:11 chr7 97854393 . G A 1472.49 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.234;QD=63.3327;RBI=0.0376444;REFB=0;REVB=0.0342721;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05658e-05;OID=.;OPOS=97854393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr7 97863145 . G A 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.848;QD=56.9958;RBI=0.0269485;REFB=0;REVB=0.0269132;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21201e-05;OID=.;OPOS=97863145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr7 97923436 . TAAAG T 376.64 PASS AF=0.368421;AO=69;DP=193;FAO=70;FDP=190;FR=.;FRO=120;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=81;FWDB=0.00234576;FXX=0.0206175;HRUN=3;LEN=4;MLLD=275.617;QD=7.92916;RBI=0.0120683;REFB=-0.0126348;REVB=-0.0118381;RO=118;SAF=22;SAR=47;SRF=38;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00407941;STB=0.507802;STBP=0.901;TYPE=del;VARB=0.0231798;OID=.;OPOS=97923437;OREF=AAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:69:193:70:190:120:22:48:39:81:99:118:22:47:38:80 chr7 98258748 . A T 671.84 PASS AF=0.568966;AO=61;DP=111;FAO=66;FDP=116;FR=.;FRO=50;FSAF=57;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.000241743;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.245;QD=23.1667;RBI=0.010835;REFB=-0.014488;REVB=0.0108323;RO=49;SAF=55;SAR=6;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255092;STB=0.583305;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0154141;OID=.;OPOS=98258748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:116:49:50:61:66:0.568966:6:55:37:12:9:57:38:12 chr7 98460824 . C A 1593.05 PASS AF=0.92562;AO=111;DP=120;FAO=112;FDP=121;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0556254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7459;QD=52.6629;RBI=0.0558894;REFB=-0.048386;REVB=-0.00542571;RO=9;SAF=39;SAR=72;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978102;STB=0.550553;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0300881;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:120:121:9:9:111:112:0.92562:72:39:9:0:72:40:9:0 chr7 98650051 . G C 919.93 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2489;QD=58.408;RBI=0.0581947;REFB=0;REVB=-0.00158548;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466589;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr7 98782750 . C T 501.56 PASS AF=0.379747;AO=60;DP=158;FAO=60;FDP=158;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.0264685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.739;QD=12.6978;RBI=0.0531526;REFB=-0.0231632;REVB=-0.0460936;RO=97;SAF=22;SAR=38;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527489;STB=0.527296;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0390075;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:97:98:60:60:0.379747:38:22:40:57:38:22:40:58 chr7 99306685 . C G 2321.9 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=156;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0368383;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3953;QD=59.9201;RBI=0.0377692;REFB=-0.054972;REVB=0.00833351;RO=0;SAF=94;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502617;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-8.71264e-05;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:155:0:1:153:154:0.993548:59:94:0:0:59:95:1:0 chr7 99361626 . A G 490.97 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.016324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.846;QD=19.2538;RBI=0.0191338;REFB=-0.0149047;REVB=-0.00998153;RO=51;SAF=24;SAR=27;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105996;STB=0.558598;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0153039;OID=.;OPOS=99361626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:27:24:30:21:27:24:30:21 chr7 99453289 . T A 42.5 PASS AF=0.169492;AO=11;DP=56;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.130795;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.6017;QD=2.88109;RBI=0.135066;REFB=-0.00531077;REVB=-0.0336996;RO=40;SAF=10;SAR=1;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.687239;STB=0.933016;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0180038;OID=.;OPOS=99453289;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:56:59:40:49:11:10:0.169492:1:10:12:28:1:9:14:35 chr7 99500899 . T C 280.79 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0140389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.421;QD=12.0769;RBI=0.0189851;REFB=-0.00296323;REVB=-0.0127806;RO=60;SAF=19;SAR=14;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103917;STB=0.559885;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0073793;OID=.;OPOS=99500899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:60:33:33:0.354839:14:19:29:31:14:19:29:31 chr7 99500911 . A G 268.55 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00959048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.443;QD=11.676;RBI=0.0115249;REFB=-0.0112245;REVB=-0.00639114;RO=60;SAF=19;SAR=13;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125502;STB=0.572557;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0203749;OID=.;OPOS=99500911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:13:19:29:31:13:19:29:31 chr7 99569394 . G A 918.24 PASS AF=0.477612;AO=94;DP=199;FAO=96;FDP=201;FR=.;FRO=105;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=0.001341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.059;QD=18.2734;RBI=0.0117235;REFB=-0.0120397;REVB=-0.0116466;RO=105;SAF=51;SAR=43;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463342;STB=0.520358;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0139884;OID=.;OPOS=99569394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:105:105:94:96:0.477612:43:51:62:43:43:53:62:43 chr7 99578411 . T C 266.58 PASS AF=0.183824;AO=49;DP=271;FAO=50;FDP=272;FR=.;FRO=222;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=104;FSRR=118;FWDB=0.00160595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.062;QD=3.92035;RBI=0.00230742;REFB=-0.00596915;REVB=-0.00165683;RO=222;SAF=26;SAR=23;SRF=104;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801573;STB=0.541968;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0179181;OID=.;OPOS=99578411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:272:222:222:49:50:0.183824:23:26:104:118:24:26:104:118 chr7 99580907 . C G 382.23 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0195071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.573;QD=19.8562;RBI=0.028448;REFB=0.0130236;REVB=-0.0207066;RO=38;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134437;STB=0.507459;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0153049;OID=.;OPOS=99580907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:22:17:16:22:22:17:16:22 chr7 99654689 . G A 157.75 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0820971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3385;QD=12.1345;RBI=0.122324;REFB=-0.00450288;REVB=0.0906821;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225582;STB=0.631992;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0133287;OID=.;OPOS=99654689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:6:13:16:17:6:13:16:17 chr7 99662511 . GTAGT G 249.65 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.024328;FXX=0.0624902;HRUN=1;LEN=4;MLLD=308.452;QD=16.6435;RBI=0.0250077;REFB=-0.0206546;REVB=0.00579081;RO=37;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124656;STB=0.573715;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=0.0216654;OID=.;OPOS=99662512;OREF=TAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:27:65:28:60:32:8:20:13:19:99:37:8:19:15:22 chr7 99669402 . C T 33.56 PASS AF=0.117647;AO=11;DP=88;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0070413;FXX=0.0449388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2912;QD=1.57945;RBI=0.0592318;REFB=-0.0181075;REVB=-0.0588118;RO=75;SAF=0;SAR=11;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.662799;STB=0.867813;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.116025;OID=.;OPOS=99669402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:88:85:75:75:11:10:0.117647:11:0:35:40:9:1:35:40 chr7 99691252 . C T 293.2 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0363673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8356;QD=22.9963;RBI=0.103194;REFB=-0.0499721;REVB=0.0965737;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116191;STB=0.56406;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0433756;OID=.;OPOS=99691252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:17:12:6:16:17:12:6:16 chr7 99693078 . G A 643.94 PASS AF=0.456954;AO=67;DP=149;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0198848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9733;QD=17.058;RBI=0.0791835;REFB=-0.00440218;REVB=0.0766461;RO=81;SAF=33;SAR=34;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473797;STB=0.5292;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00598774;OID=.;OPOS=99693078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:81:82:67:69:0.456954:34:33:36:45:35:34:36:46 chr7 99711040 . G A 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00567904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2245;QD=24.5157;RBI=0.0524876;REFB=-0.0134947;REVB=0.0521795;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584047;STB=0.503244;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00798188;OID=.;OPOS=99711040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:17:10:8:14:17:10:8:14 chr7 99747130 . G A 2255.09 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.747;QD=63.5235;RBI=0.0603294;REFB=0;REVB=0.0561547;RO=0;SAF=73;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65857e-05;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:69:73:0:0:69:73:0:0 chr7 99751281 . G T 556.37 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.781;QD=60.148;RBI=0.0625779;REFB=0;REVB=-0.048569;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149624;OID=.;OPOS=99751281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr7 99752121 . CAAAAAAAAAAAAAT CAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAATAAAA,CAAAAAAAAATAAAT 441.47 PASS AF=0.0727273,0.381818,0.545455,0;AO=7,6,3,5;DP=59;FAO=4,21,30,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,30,0;FSAR=4,21,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108773,-0.0262762,0.0207421,0.00824049;FXX=0.112885;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,2,5,1;MLLD=3.19721,10.8022,168.205,159.429;QD=32.1072;RBI=0.336828,0.0921702,0.0335677,0.0273001;REFB=-0.0736251,-0.132286,-0.0671791,-0.0682187;REVB=-0.318782,-0.0883454,-0.0263924,-0.0260267;RO=0;SAF=0,0,3,5;SAR=7,6,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=-0.350723,0.0827201,0.00036812,0;OID=.,.,.,.;OPOS=99752122,99752122,99752131,99752131;OREF=A,AA,AAAAT,A;OALT=-,-,TAAAA,T;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAATAAAA,CAAAAAAAAATAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0727273,0.381818,0.545455,0:7,6,3,5:59:4,21,30,0:55:0:0,0,30,0:4,21,0,0:0:0:99:0:0,0,3,5:7,6,0,0:0:0 chr7 99757612 . G A 1529.93 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.693;QD=63.7473;RBI=0.0522148;REFB=0;REVB=0.0499741;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99426e-05;OID=.;OPOS=99757612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr7 99757655 . G A 450.74 PASS AF=0.379562;AO=52;DP=137;FAO=52;FDP=137;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.00661022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.449;QD=13.1602;RBI=0.00991985;REFB=0.00362374;REVB=0.00739652;RO=85;SAF=18;SAR=34;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253221;STB=0.643811;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0126543;OID=.;OPOS=99757655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:85:85:52:52:0.379562:34:18:49:36:34:18:49:36 chr7 99758136 . T G 902.69 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.093;QD=58.2377;RBI=0.0208212;REFB=0;REVB=0.00343398;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93342e-05;OID=.;OPOS=99758136;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:29:33:0:0 chr7 99768957 . C T 2707.74 PASS AF=0.46633;AO=275;DP=593;FAO=277;FDP=594;FR=.;FRO=317;FSAF=110;FSAR=167;FSRF=143;FSRR=174;FWDB=0.0173632;FXX=0.00168064;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9712;QD=18.2339;RBI=0.0412836;REFB=-0.0147782;REVB=0.0374547;RO=316;SAF=110;SAR=165;SRF=143;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525091;STB=0.529718;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0149037;OID=.;OPOS=99768957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:593:594:316:317:275:277:0.46633:165:110:143:173:167:110:143:174 chr7 99772298 . A C 2374.8 PASS AF=1;AO=131;DP=157;FAO=155;FDP=155;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297115;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.027;QD=61.2852;RBI=0.0464745;REFB=0;REVB=0.0357367;RO=0;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131365;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:155:0:0:131:155:1:65:66:0:0:83:72:0:0 chr7 99778227 . G T 518.2 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=140;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.000201502;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.738;QD=15.1298;RBI=0.0131553;REFB=-0.0145782;REVB=-0.0131538;RO=83;SAF=24;SAR=33;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649398;STB=0.546567;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0164555;OID=.;OPOS=99778227;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:137:83:80:57:57:0.416058:33:24:40:43:33:24:40:40 chr7 99778285 . A C 427.52 PASS AF=0.41129;AO=40;DP=113;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.04051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.282;QD=13.7909;RBI=0.0405245;REFB=-0.017075;REVB=0.00108423;RO=73;SAF=10;SAR=30;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299004;STB=0.548585;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0326463;OID=.;OPOS=99778285;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:124:73:73:40:51:0.41129:30:10:36:37:30:21:36:37 chr7 99796146 . A C 2863.27 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231585;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.492;QD=62.5852;RBI=0.023247;REFB=-0.0752774;REVB=-0.00202575;RO=0;SAF=82;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95387e-05;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:174:183:0:0:173:183:1:91:82:0:0:91:92:0:0 chr7 99799845 . T A 568.72 PASS AF=0.421053;AO=64;DP=153;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.00338915;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.158;QD=14.9664;RBI=0.00347599;REFB=-0.00634723;REVB=0.000772141;RO=84;SAF=25;SAR=39;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769823;STB=0.551482;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00802947;OID=.;OPOS=99799845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:84:88:64:64:0.421053:39:25:39:45:39:25:42:46 chr7 99816272 . A G 471.89 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3456;QD=57.1989;RBI=0.148942;REFB=0;REVB=0.0447096;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00440496;OID=.;OPOS=99816272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:20:13:0:0 chr7 99816275 . G C 464.18 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.296;QD=58.0218;RBI=0.0487001;REFB=0;REVB=0.0448393;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040933;OID=.;OPOS=99816275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:29:32:1:18:11:0:0:19:13:0:0 chr7 99817585 . G T 2060.45 PASS AF=0.506143;AO=205;DP=406;FAO=206;FDP=407;FR=.;FRO=201;FSAF=84;FSAR=122;FSRF=77;FSRR=124;FWDB=0.0126875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.52;QD=20.2501;RBI=0.0138027;REFB=-0.00773126;REVB=-0.00543547;RO=198;SAF=83;SAR=122;SRF=76;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197068;STB=0.512677;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00831032;OID=.;OPOS=99817585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:407:198:201:205:206:0.506143:122:83:76:122:122:84:77:124 chr7 99817859 . A G 214.15 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0169361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1651;QD=14.7689;RBI=0.0334806;REFB=-0.033391;REVB=-0.0288811;RO=33;SAF=18;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266613;STB=0.659169;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0331453;OID=.;OPOS=99817859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:33:24:25:0.431034:6:18:17:16:6:19:17:16 chr7 99821685 . C T 433.39 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.00758181;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.286;QD=16.2014;RBI=0.0222847;REFB=-0.019269;REVB=-0.0209553;RO=59;SAF=20;SAR=28;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801649;STB=0.544697;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0234683;OID=.;OPOS=99821685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:59:59:48:48:0.448598:28:20:20:39:28:20:20:39 chr7 99917416 . G A 274.03 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0338511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.649;QD=17.679;RBI=0.0339101;REFB=-0.00501413;REVB=0.00199976;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190649;STB=0.598016;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00383559;OID=.;OPOS=99917416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:17:13:20:11:17:13:20:12 chr7 99954393 . G A 713.66 PASS AF=0.461078;AO=66;DP=157;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=65;FWDB=0.148396;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3522;QD=17.0937;RBI=0.16325;REFB=0.00760388;REVB=0.0680387;RO=87;SAF=23;SAR=43;SRF=22;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111751;STB=0.578452;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00424014;OID=.;OPOS=99954393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:167:87:90:66:77:0.461078:43:23:22:65:45:32:25:65 chr7 99954457 . G T 666.95 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=58;FWDB=0.000779913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.531;QD=17.7854;RBI=0.00178488;REFB=0.0114705;REVB=-0.00160547;RO=81;SAF=31;SAR=37;SRF=23;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173266;STB=0.59134;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0152461;OID=.;OPOS=99954457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:82:68:68:0.453333:37:31:23:58:37:31:24:58 chr7 99955866 . G A 507.56 PASS AF=0.371951;AO=61;DP=165;FAO=61;FDP=164;FR=.;FRO=103;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.00472824;FXX=0.00606024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.718;QD=12.3795;RBI=0.00977587;REFB=-0.0061535;REVB=-0.00855636;RO=94;SAF=23;SAR=38;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201539;STB=0.611387;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0160389;OID=.;OPOS=99955866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:94:103:61:61:0.371951:38:23:53:41:38:23:57:46 chr7 99957128 . GCCT G 137.59 PASS AF=0.415094;AO=19;DP=51;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0156331;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=3;MLLD=128.556;QD=10.3838;RBI=0.0159205;REFB=-0.0382864;REVB=-0.00301129;RO=26;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=-0.00946124;STB=0.553298;STBP=0.554;TYPE=del;VARB=0.0480307;OID=.;OPOS=99957129;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094:19:51:22:53:31:13:9:21:10:99:26:13:6:18:8 chr7 99971313 . T C 1469.3 PASS AF=0.520548;AO=134;DP=272;FAO=152;FDP=292;FR=.;FRO=140;FSAF=75;FSAR=77;FSRF=65;FSRR=75;FWDB=-0.0143968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.6794;QD=20.1274;RBI=0.0613374;REFB=-0.0293336;REVB=0.0596239;RO=137;SAF=64;SAR=70;SRF=63;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163989;STB=0.513975;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0371277;OID=.;OPOS=99971313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:292:137:140:134:152:0.520548:70:64:63:74:77:75:65:75 chr7 99971834 . A G 2494.61 PASS AF=0.576531;AO=224;DP=390;FAO=226;FDP=392;FR=.;FRO=166;FSAF=67;FSAR=159;FSRF=60;FSRR=106;FWDB=-0.00108619;FXX=0.00254446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.665;QD=25.4552;RBI=0.00804793;REFB=-0.0184865;REVB=0.00797429;RO=166;SAF=67;SAR=157;SRF=60;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569011;STB=0.53212;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.013116;OID=.;OPOS=99971834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:392:166:166:224:226:0.576531:157:67:60:106:159:67:60:106 chr7 99972122 . A G 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00647186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.438;QD=27.2313;RBI=0.0367254;REFB=-0.0210186;REVB=0.0361507;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359317;STB=0.51984;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0150089;OID=.;OPOS=99972122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:12:14:10:7:12:14:10:7 chr7 100017454 . G A 915.19 PASS AF=0.502762;AO=91;DP=181;FAO=91;FDP=181;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.0194816;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.367;QD=20.2253;RBI=0.0199027;REFB=0.00578238;REVB=0.00407232;RO=90;SAF=34;SAR=57;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252909;STB=0.513907;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0059161;OID=.;OPOS=100017454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:90:90:91:91:0.502762:57:34:36:54:57:34:36:54 chr7 100028187 . C T 196.54 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0323187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7809;QD=18.2828;RBI=0.0325466;REFB=-0.0086198;REVB=0.00384465;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326779;STB=0.527246;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00716586;OID=.;OPOS=100028187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:13:7:7:15:13:7:7:16 chr7 100028484 . T C 301.78 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00871081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.433;QD=15.6767;RBI=0.0164352;REFB=-0.0105039;REVB=-0.0139369;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103844;STB=0.571387;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0103022;OID=.;OPOS=100028484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:43:33:34:0.441558:17:16:16:26:17:17:16:27 chr7 100031612 . G A 460.76 PASS AF=0.375887;AO=53;DP=141;FAO=53;FDP=141;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0139022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.644;QD=13.0712;RBI=0.0149364;REFB=-0.0157518;REVB=-0.00546117;RO=83;SAF=29;SAR=24;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833369;STB=0.550663;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.025257;OID=.;OPOS=100031612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:88:53:53:0.375887:24:29:39:44:24:29:41:47 chr7 100064719 . A G 277.61 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0116895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.441;QD=16.0934;RBI=0.0116907;REFB=-0.00840022;REVB=0.000169384;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149306;STB=0.583976;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00942773;OID=.;OPOS=100064719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:14:17:15:23:14:17:15:23 chr7 100065443 . A T 331.64 PASS AF=0.402174;AO=30;DP=90;FAO=37;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00216489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2355;QD=14.4192;RBI=0.0344001;REFB=-0.019841;REVB=0.034332;RO=47;SAF=14;SAR=16;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696017;STB=0.529396;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0314496;OID=.;OPOS=100065443;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:47:54:30:37:0.402174:16:14:25:22:21:16:26:28 chr7 100065639 . A AC 41.61 PASS AF=0.170213;AO=48;DP=192;FAO=32;FDP=188;FR=.;FRO=156;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=97;FWDB=-0.0242224;FXX=0.00529073;HRUN=0;LEN=1;MLLD=72.3284;QD=0.885338;RBI=0.141745;REFB=-0.00452767;REVB=-0.13966;RO=140;SAF=15;SAR=33;SRF=59;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146624;STB=0.524324;STBP=0.754;TYPE=ins;VARB=0.141566;OID=.;OPOS=100065640;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170213:48:192:32:188:156:13:19:59:97:41:140:15:33:59:81 chr7 100072031 . T C 171.93 PASS AF=0.352113;AO=20;DP=67;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0136142;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.849;QD=9.68618;RBI=0.0168827;REFB=-0.0207893;REVB=-0.00998392;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282508;STB=0.684068;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0433695;OID=.;OPOS=100072031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:43:46:20:25:0.352113:11:9:30:13:16:9:30:16 chr7 100088640 . C G 1656.71 PASS AF=0.533113;AO=161;DP=302;FAO=161;FDP=302;FR=.;FRO=141;FSAF=84;FSAR=77;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=0.0403153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3487;QD=21.9432;RBI=0.0784556;REFB=-0.0117622;REVB=0.0673049;RO=140;SAF=84;SAR=77;SRF=70;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185694;STB=0.511814;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0123353;OID=.;OPOS=100088640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:140:141:161:161:0.533113:77:84:70:70:77:84:70:71 chr7 100160264 . T C 323.53 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0359318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.092;QD=16.8065;RBI=0.0399136;REFB=-0.0181361;REVB=-0.0173782;RO=40;SAF=7;SAR=28;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317073;STB=0.695528;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0285745;OID=.;OPOS=100160264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:42:35:35:0.454545:28:7:19:21:28:7:21:21 chr7 100175473 . T C 769.59 PASS AF=1;AO=42;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.905;QD=55.9702;RBI=0.0611182;REFB=0;REVB=0.0608393;RO=0;SAF=40;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089938;OID=.;OPOS=100175473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:42:55:1:2:40:0:0:5:50:0:0 chr7 100198386 . C T 451.07 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.00479797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.644;QD=14.669;RBI=0.0250775;REFB=-0.0107012;REVB=-0.0246142;RO=69;SAF=18;SAR=33;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580227;STB=0.531334;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0145292;OID=.;OPOS=100198386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:69:72:51:51:0.414634:33:18:28:41:33:18:29:43 chr7 100210459 . GC G,GG 54.93 PASS AF=0.138462,0.0923077;AO=13,7;DP=66;FAO=9,6;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=1,0;FSAR=8,6;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0402892,-0.0684039;FXX=0.0151492;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.7457,25.054;QD=3.38056;RBI=0.0462491,0.0692153;REFB=-0.0587703,-0.0369988;REVB=0.0227102,-0.0105675;RO=37;SAF=6,0;SAR=7,7;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.30137,0;SSSB=-0.158553,-0.714746;STB=0.891334,0.998396;STBP=0.02,0.003;TYPE=del,snp;VARB=0.114744,0.0750643;OID=.,.;OPOS=100210460,100210460;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.138462,0.0923077:13,7:66:9,6:65:50:1,0:8,6:29:21:22:37:6,0:7,7:22:15 chr7 100212754 . C T 673.32 PASS AF=0.592233;AO=51;DP=106;FAO=61;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0271807;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.889;QD=26.1484;RBI=0.0343485;REFB=-0.0197655;REVB=0.0210007;RO=39;SAF=12;SAR=39;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125304;STB=0.501628;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0132555;OID=.;OPOS=100212754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:103:39:39:51:61:0.592233:39:12:14:25:44:17:11:28 chr7 100225031 . G A 425.79 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0419992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7547;QD=19.3539;RBI=0.0559098;REFB=-0.0163351;REVB=0.0369049;RO=45;SAF=16;SAR=27;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386169;STB=0.521431;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0133763;OID=.;OPOS=100225031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:27:16:15:30:27:16:15:30 chr7 100276038 . C T 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.015564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.026;QD=11.5905;RBI=0.0160655;REFB=-0.0124991;REVB=0.00398283;RO=44;SAF=7;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326713;STB=0.689664;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0225982;OID=.;OPOS=100276038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:18:7:25:19:18:7:25:19 chr7 100278657 . A G 1153.09 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000285186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.015;QD=60.6889;RBI=0.0261847;REFB=0;REVB=-0.0261832;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29349e-05;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr7 100281768 . T C 934.13 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4771;QD=57.485;RBI=0.0891913;REFB=0;REVB=0.0735385;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260378;OID=.;OPOS=100281768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:39:24:0:0:41:24:0:0 chr7 100285476 . C T 1825.99 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0372173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.09;QD=60.3635;RBI=0.0379541;REFB=-0.138199;REVB=0.00744224;RO=0;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000374175;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:74:46:0:0:74:46:0:1 chr7 100348384 . T C 1608.23 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0141572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9927;QD=59.0177;RBI=0.0431678;REFB=-0.180753;REVB=-0.0407803;RO=0;SAF=64;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72235e-08;STB=0.503875;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00504689;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:0:1:108:108:0.990826:44:64:0:0:44:64:1:0 chr7 100371358 . G A 1479.26 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0611943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.342;QD=58.5845;RBI=0.0722795;REFB=-0.0351386;REVB=0.0384653;RO=1;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104252;STB=0.505493;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00013041;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:1:100:100:0.990099:45:55:0:1:45:55:0:1 chr7 100371474 . G A 1171.73 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.641;QD=60.8692;RBI=0.0629594;REFB=0;REVB=0.0193554;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179469;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr7 100371476 . T TG 950.72 PASS AF=1;AO=72;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244869;FXX=0.0129853;HRUN=0;LEN=1;MLLD=236.084;QD=50.038;RBI=0.0466408;REFB=0;REVB=0.0396958;RO=2;SAF=34;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00142359;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.79634e-05;OID=.;OPOS=100371477;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:77:76:76:0:37:39:0:0:17:2:34:38:1:1 chr7 100373077 . C G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9551;QD=57.8842;RBI=0.025345;REFB=0;REVB=0.0240087;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00191e-05;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr7 100373367 . G C 1452.15 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.515;QD=63.1368;RBI=0.0153927;REFB=0;REVB=-0.00929711;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02926e-06;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:47:44:0:0:47:45:0:0 chr7 100383685 . T C 886.78 PASS AF=0.442396;AO=95;DP=217;FAO=96;FDP=217;FR=.;FRO=121;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=-0.0233473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.003;QD=16.3462;RBI=0.0287674;REFB=0.00266935;REVB=-0.0168067;RO=121;SAF=50;SAR=45;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109948;STB=0.503326;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00298051;OID=.;OPOS=100383685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:121:121:95:96:0.442396:45:50:65:56:45:51:65:56 chr7 100386900 . T C 1503.24 PASS AF=0.989796;AO=91;DP=94;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00747694;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3013;QD=61.3566;RBI=0.0163722;REFB=-0.110802;REVB=0.0145652;RO=1;SAF=44;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106514;STB=0.505154;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00586001;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:98:1:1:91:97:0.989796:47:44:1:0:49:48:1:0 chr7 100391644 . T C 4451.2 PASS AF=1;AO=281;DP=282;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000932914;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.246;QD=63.1376;RBI=0.00214895;REFB=-0.0283614;REVB=-0.00193589;RO=0;SAF=133;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09146e-05;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:282:282:0:0:281:282:1:148:133:0:0:148:134:0:0 chr7 100411278 . T C 1587.4 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8901;QD=64.1372;RBI=0.0252991;REFB=0;REVB=0.0248906;RO=0;SAF=22;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104471;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:77:22:0:0:77:22:0:0 chr7 100416139 . T C 1553.39 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0417453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.775;QD=62.7632;RBI=0.0421214;REFB=-0.0754956;REVB=0.00561672;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.505746;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000139834;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:55:43:0:0:55:43:1:0 chr7 100416250 . A G 2319.01 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000122575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.195;QD=61.0267;RBI=0.00782164;REFB=0;REVB=-0.00782068;RO=0;SAF=74;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08287e-05;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:78:74:0:0:78:74:0:0 chr7 100424587 . G C 3151.94 PASS AF=1;AO=175;DP=179;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.424;QD=63.6756;RBI=0.170413;REFB=0;REVB=0.050948;RO=0;SAF=18;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17607e-05;OID=.;OPOS=100424587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:179:198:0:0:175:198:1:157:18:0:0:176:22:0:0 chr7 100458795 . T C 3604.83 PASS AF=1;AO=226;DP=226;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.846;QD=62.9665;RBI=0.0288315;REFB=0;REVB=0.0247881;RO=0;SAF=98;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37876e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94866e-05;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:226:229:0:0:226:229:1:128:98:0:0:128:101:0:0 chr7 100460331 . G A 607.13 PASS AF=0.426667;AO=64;DP=150;FAO=64;FDP=150;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=50;FSRF=12;FSRR=74;FWDB=-0.00192326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.37;QD=16.1902;RBI=0.0181165;REFB=-0.0129407;REVB=-0.0180142;RO=85;SAF=14;SAR=50;SRF=11;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147193;STB=0.571785;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0104211;OID=.;OPOS=100460331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:85:86:64:64:0.426667:50:14:11:74:50:14:12:74 chr7 100465761 . C CG 155.1 PASS AF=0.173375;AO=64;DP=342;FAO=56;FDP=323;FR=.;FRO=267;FSAF=53;FSAR=3;FSRF=131;FSRR=136;FWDB=-0.0722504;FXX=0.0182365;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.2624;QD=1.92072;RBI=0.074919;REFB=-0.00397518;REVB=-0.0198176;RO=265;SAF=55;SAR=9;SRF=136;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495992;STB=0.930122;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-0.0420585;OID=.;OPOS=100465762;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173375:64:342:56:323:267:53:3:131:136:99:265:55:9:136:129 chr7 100466441 . G A 1862.42 PASS AF=0.519886;AO=183;DP=352;FAO=183;FDP=352;FR=.;FRO=169;FSAF=84;FSAR=99;FSRF=75;FSRR=94;FWDB=-0.0167248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.849;QD=21.1638;RBI=0.0222615;REFB=-0.0325522;REVB=0.014692;RO=168;SAF=84;SAR=99;SRF=74;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163939;STB=0.507369;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0286274;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:168:169:183:183:0.519886:99:84:74:94:99:84:75:94 chr7 100468284 . A G 3740.29 PASS AF=1;AO=235;DP=240;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04277;FXX=0.0248952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6382;QD=63.6645;RBI=0.0753513;REFB=0;REVB=-0.0620367;RO=0;SAF=84;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000543189;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:240:235:0:0:235:235:1:151:84:0:0:151:84:0:0 chr7 100482026 . T C 1075.88 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2211;QD=59.7711;RBI=0.0451206;REFB=0;REVB=-0.0450368;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356521;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:44:27:0:0:44:28:0:0 chr7 100486656 . T G 1511.14 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186419;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.063;QD=59.8471;RBI=0.0239248;REFB=0;REVB=0.0238521;RO=0;SAF=24;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.81264e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00829e-05;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:99:101:1:75:24:0:0:76:25:0:0 chr7 100488712 . AG A,GA 47.25 PASS AF=0.177778,0.111111;AO=6,10;DP=46;FAO=8,5;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=2,0;FSAR=6,5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.216672,-0.066056;FXX=0.0217344;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.6629,65.1678;QD=4.20009;RBI=0.223619,0.0826041;REFB=-0.0737596,-0.00682049;REVB=0.0553063,-0.0495987;RO=26;SAF=5,0;SAR=1,10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0.4,0;SSEP=0,0;SSSB=0.454381,-0.75581;STB=0.68869,0.997629;STBP=0.27,0.019;TYPE=del,mnp;VARB=0.105956,0.227381;OID=.,.;OPOS=100488713,100488712;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:46:45:26:32:6,10:8,5:0.177778,0.111111:1,10:5,0:12:14:6,5:2,0:15:17 chr7 100494222 . G GC 3465.05 PASS AF=1;AO=276;DP=300;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873252;FXX=0.0206889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.3416;QD=48.8036;RBI=0.00876258;REFB=0;REVB=-0.000725235;RO=16;SAF=92;SAR=184;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487864;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.97308e-05;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:276:300:284:284:0:96:188:0:0:62:16:92:184:6:10 chr7 100549505 . T C 213.54 PASS AF=0.28;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0147092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.804;QD=8.54155;RBI=0.0214763;REFB=-0.00545188;REVB=-0.0156484;RO=72;SAF=16;SAR=12;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244708;STB=0.501457;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0162689;OID=.;OPOS=100549505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:72:72:28:28:0.28:12:16:41:31:12:16:41:31 chr7 100549512 . A T 162.78 PASS AF=0.261364;AO=23;DP=88;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0333262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.563;QD=7.39909;RBI=0.0474981;REFB=-0.00125871;REVB=-0.0338443;RO=64;SAF=13;SAR=10;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160526;STB=0.503016;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0114865;OID=.;OPOS=100549512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:65:23:23:0.261364:10:13:37:27:10:13:37:28 chr7 100549516 . C A 111.89 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0833959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.155;QD=5.2655;RBI=0.0861867;REFB=-0.00234273;REVB=0.0217548;RO=62;SAF=10;SAR=8;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900896;STB=0.509273;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0147859;OID=.;OPOS=100549516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:62:67:18:18:0.211765:8:10:34:28:8:10:38:29 chr7 100549527 . A G 78.04 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0107243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.62;QD=3.90176;RBI=0.0216261;REFB=-0.00882623;REVB=-0.0187798;RO=66;SAF=5;SAR=9;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269773;STB=0.676328;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0322202;OID=.;OPOS=100549527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:80:80:66:66:14:14:0.175:9:5:38:28:9:5:38:28 chr7 100549530 . A G 40.45 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00262328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.136;QD=2.04796;RBI=0.0261718;REFB=-0.00706308;REVB=-0.02604;RO=69;SAF=5;SAR=4;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047216;STB=0.527161;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0374876;OID=.;OPOS=100549530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:69:70:9:9:0.113924:4:5:41:28:4:5:41:29 chr7 100549573 . G T 47.74 PASS AF=0.128205;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0201328;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0162;QD=2.44809;RBI=0.0560033;REFB=-0.0133238;REVB=-0.0522594;RO=68;SAF=4;SAR=6;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208486;STB=0.647954;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0483041;OID=.;OPOS=100549573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:78:68:68:10:10:0.128205:6:4:39:29:6:4:39:29 chr7 100549583 . G A 69.26 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0215599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.316;QD=3.42031;RBI=0.0219404;REFB=-0.00141102;REVB=-0.00406841;RO=68;SAF=7;SAR=6;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443176;STB=0.529705;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00629355;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:68:68:13:13:0.160494:6:7:39:29:6:7:39:29 chr7 100549592 . TT AA 141.85 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0057629;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=222.874;QD=6.52182;RBI=0.0172651;REFB=0.00440519;REVB=0.0162749;RO=65;SAF=12;SAR=9;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220558;STB=0.508353;STBP=0.933;TYPE=mnp;VARB=-0.0158148;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:65:66:21:21:0.241379:9:12:36:29:9:12:37:29 chr7 100549650 . A G 663.89 PASS AF=0.466667;AO=70;DP=151;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=49;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0177984;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.107;QD=17.7036;RBI=0.0343474;REFB=-0.0120618;REVB=0.0293762;RO=80;SAF=49;SAR=21;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158922;STB=0.588469;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00869156;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:80:80:70:70:0.466667:21:49:44:36:21:49:44:36 chr7 100549697 . A G 887.79 PASS AF=0.458937;AO=95;DP=207;FAO=95;FDP=207;FR=.;FRO=112;FSAF=64;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=0.0161134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.391;QD=17.1554;RBI=0.0165037;REFB=-0.0168504;REVB=0.00356798;RO=109;SAF=64;SAR=31;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119196;STB=0.560271;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0310843;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:109:112:95:95:0.458937:31:64:61:48:31:64:64:48 chr7 100549703 . C T 941.87 PASS AF=0.471429;AO=99;DP=210;FAO=99;FDP=210;FR=.;FRO=111;FSAF=67;FSAR=32;FSRF=62;FSRR=49;FWDB=0.0299982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.335;QD=17.9404;RBI=0.0302907;REFB=-0.0214233;REVB=-0.00419936;RO=111;SAF=67;SAR=32;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122704;STB=0.567961;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0391444;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:111:111:99:99:0.471429:32:67:62:49:32:67:62:49 chr7 100549787 . CA TG 511.13 PASS AF=0.393103;AO=55;DP=144;FAO=57;FDP=145;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.00414815;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=2;MLLD=289.303;QD=14.1002;RBI=0.00840193;REFB=0.00271197;REVB=0.00730653;RO=87;SAF=31;SAR=24;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506427;STB=0.534598;STBP=0.52;TYPE=mnp;VARB=-0.00450689;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:87:88:55:57:0.393103:24:31:45:42:24:33:46:42 chr7 100549840 . C T 112.87 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00296245;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.317;QD=5.37463;RBI=0.0146663;REFB=-0.00866658;REVB=-0.014364;RO=66;SAF=11;SAR=7;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176779;STB=0.610988;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0335097;OID=.;OPOS=100549840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:66:66:18:18:0.214286:7:11:31:35:7:11:31:35 chr7 100549873 . G A 175.28 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0159508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.426;QD=10.0162;RBI=0.0203581;REFB=-0.00892276;REVB=0.0126501;RO=46;SAF=11;SAR=12;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123445;STB=0.578425;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0135263;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:46:47:23:23:0.328571:12:11:27:19:12:11:28:19 chr7 100549884 . C T 170.6 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.000536764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.883;QD=10.8321;RBI=0.0119912;REFB=-0.000918009;REVB=0.0119791;RO=41;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996532;STB=0.505809;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00199467;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:10:12:22:19:10:12:22:19 chr7 100549894 . T C 164.16 PASS AF=0.355932;AO=19;DP=57;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00315787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.625;QD=11.1296;RBI=0.00561918;REFB=-0.0167628;REVB=0.0046479;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774475;STB=0.535681;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0174964;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:37:38:19:21:0.355932:9:10:22:15:10:11:22:16 chr7 100549896 . G C 183.97 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00727358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2422;QD=12.0633;RBI=0.0465926;REFB=-0.0224564;REVB=-0.0460214;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151006;STB=0.508713;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0220315;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:10:13:22:16:10:13:22:16 chr7 100549902 . C T 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00440162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.235;QD=12.0713;RBI=0.0245255;REFB=8.81534e-05;REVB=-0.0241273;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03649;STB=0.521035;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.000267819;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:11:13:23:17:11:13:23:17 chr7 100549914 . G A 193.91 PASS AF=0.375;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00501;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.69;QD=12.1194;RBI=0.0377139;REFB=-0.00593184;REVB=-0.0373797;RO=41;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055777;STB=0.510462;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00961801;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:41:40:24:24:0.375:11:13:22:19:11:13:21:19 chr7 100549935 . T G 262.91 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.015571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.221;QD=15.2411;RBI=0.0290245;REFB=-0.0226917;REVB=0.0244942;RO=39;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101083;STB=0.564662;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.028868;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:29:30:0.434783:12:17:19:20:12:18:19:20 chr7 100549942 . T C 280.1 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.017251;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.637;QD=16.4765;RBI=0.0296254;REFB=-0.00585149;REVB=0.0240846;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18387;STB=0.589332;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00527438;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:11:20:17:20:11:20:18:19 chr7 100549979 . C T 388.13 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0229998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.052;QD=21.2676;RBI=0.0315666;REFB=-0.011474;REVB=0.0216208;RO=33;SAF=21;SAR=18;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14434;STB=0.585731;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0089185;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:18:21:12:21:18:21:12:22 chr7 100550032 . C CCCT 276.7 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00303463;FXX=0.0399947;HRUN=3;LEN=3;MLLD=224.658;QD=15.3721;RBI=0.00312573;REFB=-0.0245408;REVB=-0.000749164;RO=42;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179902;STB=0.616196;STBP=0.099;TYPE=ins;VARB=0.0351579;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430556:30:75:31:72:41:17:14:14:27:99:42:16:14:15:27 chr7 100550079 . A C 382.09 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.044362;FXX=0.199975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.444;QD=23.8803;RBI=0.0447684;REFB=-0.0469435;REVB=0.00601792;RO=28;SAF=19;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106722;STB=0.558791;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0231794;OID=.;OPOS=100550079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:64:28:28:36:36:0.5625:17:19:11:17:17:19:11:17 chr7 100550133 . A G 169.14 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=0.00196243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.683;QD=12.0812;RBI=0.0316964;REFB=-0.0181608;REVB=0.0316356;RO=35;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261787;STB=0.648528;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0398564;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:13:8:6:29:13:8:6:29 chr7 100550138 . C T 132.8 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.0422825;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.832;QD=9.00367;RBI=0.0434084;REFB=-0.0102937;REVB=0.00982235;RO=41;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129893;STB=0.576363;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0114358;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:13:5:8:33:13:5:8:33 chr7 100550184 . C A 67.46 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=38;FWDB=0.0283298;FXX=0.0806322;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3065;QD=4.73426;RBI=0.0286906;REFB=-0.000593421;REVB=-0.00453567;RO=45;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166577;STB=0.610446;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00337809;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:62:57:45:46:11:11:0.192982:8:3:8:37:8:3:8:38 chr7 100550191 . C T 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.0164698;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.134;QD=10.8512;RBI=0.0199033;REFB=-0.0119025;REVB=-0.0111752;RO=43;SAF=4;SAR=19;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103956;STB=0.561124;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.022424;OID=.;OPOS=100550191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:19:4:10:33:19:4:10:33 chr7 100550203 . T A 83.16 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=-0.0508301;FXX=0.0483793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.845;QD=5.63794;RBI=0.0523957;REFB=-0.0137452;REVB=-0.0127125;RO=45;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133325;STB=0.588112;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0454394;OID=.;OPOS=100550203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:62:59:45:46:13:13:0.220339:9:4:10:35:9:4:10:36 chr7 100550205 . A C 65.39 PASS AF=0.183333;AO=12;DP=61;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=-0.095445;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9714;QD=4.35934;RBI=0.0954508;REFB=-0.00672145;REVB=0.00105355;RO=48;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158139;STB=0.52936;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0326068;OID=.;OPOS=100550205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:61:60:48:49:12:11:0.183333:8:4:11:37:8:3:12:37 chr7 100550241 . G T 32.35 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0408252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.488;QD=2.64063;RBI=0.0416797;REFB=-0.00279843;REVB=-0.00839641;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418951;STB=0.531149;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.04298;OID=.;OPOS=100550241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:4:2:13:30:4:2:13:30 chr7 100550252 . A G 42.53 PASS AF=0.166667;AO=5;DP=43;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=8.72947e-05;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.964;QD=4.05029;RBI=0.0119961;REFB=-0.00725785;REVB=0.0119958;RO=35;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359987;STB=0.625574;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0322007;OID=.;OPOS=100550252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:43:42:35:35:5:7:0.166667:2:3:10:25:4:3:10:25 chr7 100551502 . A C 194.97 PASS AF=0.337838;AO=23;DP=72;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00771047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.029;QD=10.5387;RBI=0.00779956;REFB=-0.0261085;REVB=0.0011755;RO=49;SAF=7;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290678;STB=0.655882;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0402571;OID=.;OPOS=100551502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:49:49:23:25:0.337838:16:7:27:22:17:8:27:22 chr7 100551565 . AT GC 124.37 PASS AF=0.189655;AO=22;DP=117;FAO=22;FDP=116;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.00112546;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=2;MLLD=231.165;QD=4.28852;RBI=0.0058071;REFB=-0.00339451;REVB=0.005697;RO=93;SAF=15;SAR=7;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190761;STB=0.62693;STBP=0.205;TYPE=mnp;VARB=0.0121815;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:93:94:22:22:0.189655:7:15:50:43:7:15:50:44 chr7 100551578 . T G 117.37 PASS AF=0.171875;AO=22;DP=129;FAO=22;FDP=128;FR=.;FRO=106;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=-0.0191398;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3954;QD=3.66771;RBI=0.0191635;REFB=0.00369453;REVB=-0.000953643;RO=106;SAF=14;SAR=8;SRF=62;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687445;STB=0.544869;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.0288808;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:106:106:22:22:0.171875:8:14:62:44:8:14:62:44 chr7 100551626 . T C 180.93 PASS AF=0.18232;AO=33;DP=181;FAO=33;FDP=181;FR=.;FRO=148;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=89;FSRR=59;FWDB=-0.00544122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.588;QD=3.99837;RBI=0.00851502;REFB=-0.00540446;REVB=-0.00654971;RO=148;SAF=24;SAR=9;SRF=89;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179981;STB=0.616007;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0131557;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:148:148:33:33:0.18232:9:24:89:59:9:24:89:59 chr7 100551637 . C CCAA 109.25 PASS AF=0.138122;AO=23;DP=191;FAO=25;FDP=181;FR=.;FRO=156;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=94;FSRR=62;FWDB=-0.0126561;FXX=0.0109284;HRUN=4;LEN=3;MLLD=243.872;QD=2.41441;RBI=0.0218366;REFB=-0.00629514;REVB=-0.0177949;RO=165;SAF=18;SAR=5;SRF=99;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257571;STB=0.655703;STBP=0.109;TYPE=ins;VARB=0.0331877;OID=.;OPOS=100551638;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.138122:23:191:25:181:156:19:6:94:62:99:165:18:5:99:66 chr7 100551646 . A G 150.64 PASS AF=0.157895;AO=30;DP=190;FAO=30;FDP=190;FR=.;FRO=160;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=92;FSRR=68;FWDB=0.0233375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.594;QD=3.17127;RBI=0.0240934;REFB=-0.00214451;REVB=-0.00598769;RO=147;SAF=20;SAR=10;SRF=84;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12882;STB=0.582033;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00406886;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:147:160:30:30:0.157895:10:20:84:63:10:20:92:68 chr7 100551662 . C T 183.39 PASS AF=0.1875;AO=33;DP=176;FAO=33;FDP=176;FR=.;FRO=143;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=75;FSRR=68;FWDB=0.0176105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.355;QD=4.16799;RBI=0.0263786;REFB=0.00395713;REVB=-0.0196393;RO=142;SAF=23;SAR=10;SRF=74;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233922;STB=0.646628;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0149802;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:142:143:33:33:0.1875:10:23:74:68:10:23:75:68 chr7 100551666 . A T 178.95 PASS AF=0.190476;AO=32;DP=167;FAO=32;FDP=168;FR=.;FRO=136;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=67;FWDB=-0.0221108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.722;QD=4.26068;RBI=0.027806;REFB=-0.00599401;REVB=-0.0168607;RO=134;SAF=22;SAR=10;SRF=67;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245534;STB=0.650441;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0269255;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:134:136:32:32:0.190476:10:22:67:67:10:22:69:67 chr7 100551687 . T C 185.25 PASS AF=0.239669;AO=29;DP=121;FAO=29;FDP=121;FR=.;FRO=92;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=70;FWDB=-0.00248148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.825;QD=6.1239;RBI=0.0154887;REFB=-0.00491853;REVB=-0.0152887;RO=91;SAF=19;SAR=10;SRF=22;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485017;STB=0.787403;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0306648;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:91:92:29:29:0.239669:10:19:22:69:10:19:22:70 chr7 100551692 . C T 196.44 PASS AF=0.243902;AO=30;DP=123;FAO=30;FDP=123;FR=.;FRO=93;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=71;FWDB=-0.00452429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.358;QD=6.3883;RBI=0.0224605;REFB=-0.010112;REVB=-0.0220001;RO=93;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469235;STB=0.77536;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0215623;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:93:93:30:30:0.243902:11:19:22:71:11:19:22:71 chr7 100551719 . C T 279.87 PASS AF=0.292308;AO=38;DP=130;FAO=38;FDP=130;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=70;FWDB=0.0194945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.922;QD=8.61142;RBI=0.0198035;REFB=-0.00500999;REVB=-0.00348435;RO=91;SAF=21;SAR=17;SRF=22;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368162;STB=0.714134;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00901188;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:91:92:38:38:0.292308:17:21:22:69:17:21:22:70 chr7 100551729 . C T 277.86 PASS AF=0.285714;AO=38;DP=133;FAO=38;FDP=133;FR=.;FRO=95;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=69;FWDB=0.0151882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.518;QD=8.35678;RBI=0.0210609;REFB=-0.00741866;REVB=-0.0145904;RO=94;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329048;STB=0.693192;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0170262;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:94:95:38:38:0.285714:17:21:26:68:17:21:26:69 chr7 100551773 . C A 263.01 PASS AF=0.318182;AO=35;DP=111;FAO=35;FDP=110;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=52;FWDB=0.000462179;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.742;QD=9.56399;RBI=0.0307665;REFB=-0.00778415;REVB=-0.030763;RO=76;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233431;STB=0.640462;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0174147;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:76:75:35:35:0.318182:17:18:24:52:17:18:23:52 chr7 100551778 . G A 264.31 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.00696662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9489;QD=9.69929;RBI=0.0283295;REFB=-0.00453798;REVB=0.0274596;RO=73;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199803;STB=0.60995;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0138545;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:73:74:35:35:0.321101:17:18:25:48:17:18:26:48 chr7 100551793 . G T 262.86 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=-0.0443949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.114;QD=9.64636;RBI=0.0485752;REFB=-0.00418089;REVB=-0.0197141;RO=73;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248151;STB=0.637095;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00634543;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:73:74:35:35:0.321101:17:18:22:51:17:18:23:51 chr7 100551840 . T A 129.12 PASS AF=0.247525;AO=47;DP=122;FAO=25;FDP=101;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0450693;FXX=0.178847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.827;QD=5.11363;RBI=0.0458807;REFB=-0.0269778;REVB=-0.00859031;RO=75;SAF=22;SAR=25;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452175;STB=0.864242;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0600402;OID=.;OPOS=100551840;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:101:75:76:47:25:0.247525:25:22:32:43:3:22:32:44 chr7 100551842 . CT TC 401.97 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0366954;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=2;MLLD=103.25;QD=13.3991;RBI=0.0466698;REFB=-0.0151443;REVB=0.0288361;RO=72;SAF=21;SAR=26;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255605;STB=0.505204;STBP=0.941;TYPE=mnp;VARB=0.00377235;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:72:73:47:47:0.391667:26:21:32:40:26:21:32:41 chr7 100551849 . A T 540.9 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.00839938;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.823;QD=16.391;RBI=0.00840322;REFB=-0.0305588;REVB=-0.000253915;RO=74;SAF=27;SAR=31;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334531;STB=0.511037;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0274665;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:74:74:58:58:0.439394:31:27:32:42:31:27:33:41 chr7 100552017 . C T 156.5 PASS AF=0.230769;AO=24;DP=104;FAO=24;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.0123936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.992;QD=6.0191;RBI=0.0168667;REFB=-0.011731;REVB=-0.0114405;RO=79;SAF=15;SAR=9;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557732;STB=0.540167;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.02442;OID=.;OPOS=100552017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:79:80:24:24:0.230769:9:15:46:33:9:15:46:34 chr7 100552018 . T G 371.29 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.00541354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.748;QD=15.0014;RBI=0.00552224;REFB=-0.00943593;REVB=-0.00109028;RO=59;SAF=20;SAR=20;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134115;STB=0.575721;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0615622;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:59:40:40:0.40404:20:20:37:22:20:20:37:22 chr7 100552020 . C T 384.85 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.00127654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.006;QD=15.3939;RBI=0.0447389;REFB=-0.014129;REVB=-0.0447207;RO=58;SAF=20;SAR=21;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155631;STB=0.581876;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0221341;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:59:41:41:0.41:21:20:37:21:21:20:37:22 chr7 100552044 . T G 395.77 PASS AF=0.450549;AO=39;DP=89;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.060198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1767;QD=17.3966;RBI=0.0785402;REFB=-0.0242447;REVB=0.0504455;RO=49;SAF=21;SAR=18;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136747;STB=0.56883;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0266132;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:49:50:39:41:0.450549:18:21:33:16:19:22:33:17 chr7 100552094 . G C 433.68 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0758585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2761;QD=23.4422;RBI=0.0843584;REFB=0.00552946;REVB=-0.0369028;RO=32;SAF=23;SAR=19;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112636;STB=0.561732;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00634369;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:19:23:22:10:19:23:22:10 chr7 100552117 . G T 479.38 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00985745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.766;QD=22.5588;RBI=0.0149815;REFB=-0.0299625;REVB=-0.0112816;RO=38;SAF=24;SAR=22;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909792;STB=0.555074;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0219448;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:39:46:46:0.541176:22:24:24:14:22:24:25:14 chr7 100552135 . T C 570.02 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0459902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9132;QD=22.8008;RBI=0.0573878;REFB=-0.0290419;REVB=-0.0343259;RO=47;SAF=28;SAR=25;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058011;STB=0.531903;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0245136;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:25:28:28:19:25:28:28:19 chr7 100552251 . T C 934.04 PASS AF=0.683333;AO=73;DP=111;FAO=82;FDP=120;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0277029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.07;QD=31.1346;RBI=0.0368268;REFB=-0.03865;REVB=0.0242644;RO=38;SAF=26;SAR=47;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962718;STB=0.540244;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0188055;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:120:38:38:73:82:0.683333:47:26:19:19:51:31:19:19 chr7 100552311 . C T 579.76 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=0.0390071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.798;QD=24.6705;RBI=0.0398235;REFB=-0.0191751;REVB=0.00802226;RO=38;SAF=22;SAR=31;SRF=3;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281335;STB=0.625819;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0129406;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:41:53:53:0.56383:31:22:3:35:31:22:6:35 chr7 100552338 . C T 461.87 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.00706085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.013;QD=21.4823;RBI=0.0146263;REFB=-0.0135046;REVB=0.0128091;RO=41;SAF=18;SAR=27;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145587;STB=0.579966;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0164627;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:27:18:10:31:27:18:10:31 chr7 100552358 . C G 530.29 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.044153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.146;QD=25.2517;RBI=0.0590596;REFB=-0.0284846;REVB=0.0392242;RO=35;SAF=21;SAR=28;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160077;STB=0.587155;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0145089;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:28:21:8:27:28:21:8:27 chr7 100552371 . C G 515.44 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00712223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.199;QD=24.8404;RBI=0.0100433;REFB=-0.025449;REVB=0.00708109;RO=35;SAF=22;SAR=26;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135884;STB=0.574177;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0155437;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:26:22:10:25:26:22:10:25 chr7 100552384 . A G 480.95 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0431069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.246;QD=22.9024;RBI=0.0431741;REFB=-0.00754829;REVB=-0.00240784;RO=38;SAF=25;SAR=21;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164442;STB=0.59031;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00372763;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:21:25:13:25:21:25:13:25 chr7 100552390 . T C 449.06 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0183022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8351;QD=21.384;RBI=0.0337583;REFB=-0.0102857;REVB=0.0283664;RO=40;SAF=24;SAR=20;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188387;STB=0.603808;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00941696;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:20:24:13:27:20:24:13:27 chr7 100552412 . T C 398.96 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.000898134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.543;QD=20.9979;RBI=0.00495294;REFB=0.00435421;REVB=-0.00487082;RO=36;SAF=22;SAR=18;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160668;STB=0.588729;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00553545;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:18:22:13:23:18:22:13:23 chr7 100552435 . TC AT 397.44 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00210141;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.604;QD=20.6462;RBI=0.0021144;REFB=-0.00506695;REVB=-0.000233971;RO=37;SAF=24;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191834;STB=0.606165;STBP=0.071;TYPE=mnp;VARB=0.00178283;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:16:24:14:23:16:24:14:23 chr7 100552440 . C T 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00354849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.988;QD=21.6259;RBI=0.00354965;REFB=-0.00331204;REVB=-9.07969e-05;RO=38;SAF=27;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199832;STB=0.610383;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00274949;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:16:27:15:23:16:27:15:23 chr7 100552535 . GT AC 916.1 PASS AF=0.546012;AO=89;DP=165;FAO=89;FDP=163;FR=.;FRO=74;FSAF=65;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00955009;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.888;QD=22.481;RBI=0.0100505;REFB=-0.00241585;REVB=-0.00313183;RO=74;SAF=65;SAR=24;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16927;STB=0.592873;STBP=0.01;TYPE=mnp;VARB=0.00197813;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:74:74:89:89:0.546012:24:65:41:33:24:65:41:33 chr7 100552549 . CT AC 910.64 PASS AF=0.564103;AO=83;DP=167;FAO=88;FDP=156;FR=.;FRO=68;FSAF=62;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0190541;FXX=0.0658643;HRUN=5;LEN=2;MLLD=141.274;QD=23.3498;RBI=0.0223381;REFB=-0.020842;REVB=0.011659;RO=65;SAF=57;SAR=26;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143723;STB=0.578567;STBP=0.04;TYPE=mnp;VARB=0.0154616;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:156:65:68:83:88:0.564103:26:57:34:31:26:62:37:31 chr7 100552644 . C A 562.17 PASS AF=0.7;AO=49;DP=70;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=-0.165528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.911;QD=32.1242;RBI=0.165551;REFB=-0.0169925;REVB=-0.00276918;RO=21;SAF=2;SAR=47;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171083;STB=0.591273;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00518724;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:21:21:49:49:0.7:47:2:0:21:47:2:0:21 chr7 100552657 . A G 339.24 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=39;FWDB=0.00799148;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.599;QD=17.6226;RBI=0.0231314;REFB=0.0264695;REVB=0.0217071;RO=40;SAF=3;SAR=33;SRF=2;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114884;STB=0.566896;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0054069;OID=.;OPOS=100552657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:40:41:36:36:0.467532:33:3:2:38:33:3:2:39 chr7 100552659 . T C 350.77 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=39;FWDB=-0.0256287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.52;QD=17.988;RBI=0.0283135;REFB=-0.0103131;REVB=-0.0120342;RO=37;SAF=3;SAR=34;SRF=2;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889667;STB=0.562952;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.029764;OID=.;OPOS=100552659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:41:37:37:0.474359:34:3:2:35:34:3:2:39 chr7 100552673 . C T 98.99 PASS AF=0.216216;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=50;FWDB=0.00483502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5659;QD=5.35083;RBI=0.00777062;REFB=0.00630672;REVB=0.00608318;RO=58;SAF=2;SAR=14;SRF=8;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03528;STB=0.522359;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0326623;OID=.;OPOS=100552673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:74:74:58:58:16:16:0.216216:14:2:8:50:14:2:8:50 chr7 100552675 . C T 311.84 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=-0.00628552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.168;QD=16.6316;RBI=0.0241196;REFB=-0.00866134;REVB=-0.0232862;RO=41;SAF=4;SAR=30;SRF=6;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631834;STB=0.535692;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00919432;OID=.;OPOS=100552675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:30:4:6:35:30:4:6:35 chr7 100552711 . T A 200.05 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00392428;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.006;QD=10.6695;RBI=0.022735;REFB=-0.0604028;REVB=0.0223938;RO=47;SAF=8;SAR=20;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1213;STB=0.570123;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0291693;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:47:47:28:28:0.373333:20:8:18:29:20:8:18:29 chr7 100552713 . AC GC,GT 193.27 PASS AF=0.202703,0.148649;AO=15,11;DP=74;FAO=15,11;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=4,4;FSAR=11,7;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00433645,0.0217027;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=67.2122,140.131;QD=10.4472;RBI=0.00439164,0.0230772;REFB=0.0059921,-0.0124313;REVB=0.00069403,-0.00784527;RO=47;SAF=4,4;SAR=11,7;SRF=19;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.188797,-0.0529732;STB=0.612432,0.527818;STBP=0.359,0.852;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0175418,0.0180345;OID=.,.;OPOS=100552713,100552713;OREF=A,AC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:48:15,11:15,11:0.202703,0.148649:11,7:4,4:19:28:11,7:4,4:19:29 chr7 100552727 . G C 202.86 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00428221;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.344;QD=9.89538;RBI=0.00429021;REFB=-0.00331493;REVB=0.000261777;RO=58;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566762;STB=0.52271;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00711168;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:58:56:26:26:0.317073:14:12:24:34:14:12:24:32 chr7 100552738 . CA TG 242.36 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00151009;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=308.833;QD=10.4239;RBI=0.00276465;REFB=-0.011909;REVB=0.0023158;RO=63;SAF=16;SAR=14;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121106;STB=0.570567;STBP=0.366;TYPE=mnp;VARB=0.0249729;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:63:30:30:0.322581:14:16:27:36:14:16:27:36 chr7 100552915 . A C 4474.62 PASS AF=1;AO=281;DP=282;FAO=283;FDP=283;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.602;QD=63.2455;RBI=0.00558456;REFB=0;REVB=0.00118231;RO=0;SAF=129;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8272e-06;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:282:283:0:0:281:283:1:152:129:0:0:154:129:0:0 chr7 100552978 . T C 1099.34 PASS AF=0.47234;AO=110;DP=235;FAO=111;FDP=235;FR=.;FRO=124;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=-0.00483459;FXX=0.0329205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.704;QD=18.7121;RBI=0.00856256;REFB=-0.0069622;REVB=0.00706712;RO=111;SAF=51;SAR=59;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209639;STB=0.50417;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0108832;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:111:124:110:111:0.47234:59:51:54:57:60:51:56:68 chr7 100552984 . T C 1061.88 PASS AF=0.471861;AO=109;DP=232;FAO=109;FDP=231;FR=.;FRO=122;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=54;FSRR=68;FWDB=0.0244885;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6387;QD=18.3876;RBI=0.0311035;REFB=-0.0168882;REVB=0.0191765;RO=123;SAF=49;SAR=60;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102153;STB=0.503694;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0189383;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:123:122:109:109:0.471861:60:49:54:69:60:49:54:68 chr7 100553002 . A G 827.74 PASS AF=0.455026;AO=85;DP=189;FAO=86;FDP=189;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.00483059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.504;QD=17.5184;RBI=0.00738017;REFB=-0.0174294;REVB=-0.00557963;RO=103;SAF=39;SAR=46;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167712;STB=0.505805;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0219172;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:103:103:85:86:0.455026:46:39:49:54:46:40:49:54 chr7 100607851 . C G 687.7 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0239123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.77;QD=20.5283;RBI=0.0284931;REFB=-0.00872078;REVB=0.0154937;RO=66;SAF=34;SAR=34;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813558;STB=0.544763;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.010487;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:66:68:68:0.507463:34:34:39:27:34:34:39:27 chr7 100607871 . C T 192.1 PASS AF=0.252174;AO=29;DP=115;FAO=29;FDP=115;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.00976798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.219;QD=6.68161;RBI=0.0131847;REFB=-0.00649788;REVB=0.00885571;RO=86;SAF=14;SAR=15;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500964;STB=0.530237;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0192461;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:86:86:29:29:0.252174:15:14:45:41:15:14:45:41 chr7 100608370 . A C 739.7 PASS AF=0.503497;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00392182;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.687;QD=20.6909;RBI=0.00593548;REFB=-0.0141542;REVB=-0.00445525;RO=70;SAF=34;SAR=38;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264261;STB=0.517762;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0133456;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:70:71:72:72:0.503497:38:34:31:39:38:34:31:40 chr7 100608375 . G A 649.61 PASS AF=0.488889;AO=66;DP=135;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.000363428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.347;QD=19.2476;RBI=0.00253839;REFB=0.00292851;REVB=-0.00251223;RO=68;SAF=30;SAR=36;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124027;STB=0.510201;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00389534;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:68:69:66:66:0.488889:36:30:30:38:36:30:30:39 chr7 100608778 . TC CT 568.87 PASS AF=0.494624;AO=81;DP=185;FAO=92;FDP=186;FR=.;FRO=94;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.0509437;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.108;QD=12.2336;RBI=0.050975;REFB=-0.0397549;REVB=0.00178759;RO=94;SAF=41;SAR=40;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678328;STB=0.554118;STBP=0.129;TYPE=mnp;VARB=0.0726841;OID=.;OPOS=100608778;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:94:94:81:92:0.494624:40:41:41:53:42:50:41:53 chr7 100608823 . G T 287.27 PASS AF=0.255952;AO=43;DP=164;FAO=43;FDP=168;FR=.;FRO=125;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=66;FWDB=-0.00662366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.302;QD=6.8397;RBI=0.0261044;REFB=-0.00233696;REVB=-0.0252501;RO=121;SAF=24;SAR=19;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117706;STB=0.563974;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00422411;OID=.;OPOS=100608823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:168:121:125:43:43:0.255952:19:24:56:65:19:24:59:66 chr7 100608826 . C G 731.51 PASS AF=0.512346;AO=77;DP=157;FAO=83;FDP=162;FR=.;FRO=79;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0302772;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.433;QD=18.062;RBI=0.038028;REFB=-0.0364111;REVB=0.023009;RO=80;SAF=46;SAR=31;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159793;STB=0.572263;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0532595;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:162:80:79:77:83:0.512346:31:46:34:46:35:48:34:45 chr7 100608868 . A G 481.66 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00951718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.564;QD=17.3573;RBI=0.00966249;REFB=-0.0180288;REVB=-0.0016694;RO=58;SAF=31;SAR=21;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157117;STB=0.591773;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0206264;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:59:52:52:0.468468:21:31:25:33:21:31:25:34 chr7 100608884 . G A 409.06 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0382217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3069;QD=17.9805;RBI=0.0436254;REFB=-0.0131327;REVB=0.0210305;RO=49;SAF=25;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103003;STB=0.557593;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0194189;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:17:25:24:25:17:25:24:25 chr7 100610069 . C T 592.2 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0036702;FXX=0.157881;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.953;QD=24.675;RBI=0.0232896;REFB=-0.0115484;REVB=-0.0229986;RO=40;SAF=26;SAR=30;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820959;STB=0.504483;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00794673;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:96:40:40:56:56:0.583333:30:26:19:21:30:26:19:21 chr7 100612898 . T C 291.74 PASS AF=0.302326;AO=37;DP=128;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.00951215;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.436;QD=9.04609;RBI=0.0095987;REFB=-0.00434583;REVB=0.00128617;RO=87;SAF=19;SAR=18;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319906;STB=0.506562;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0120034;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:87:90:37:39:0.302326:18:19:47:40:19:20:47:43 chr7 100612945 . C T 264.63 PASS AF=0.295082;AO=36;DP=123;FAO=36;FDP=122;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.0155276;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.106;QD=8.6765;RBI=0.0161569;REFB=-0.00965088;REVB=-0.0044651;RO=86;SAF=19;SAR=17;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543265;STB=0.503195;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0340204;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:86:86:36:36:0.295082:17:19:45:41:17:19:45:41 chr7 100612952 . G A 233.03 PASS AF=0.282051;AO=33;DP=117;FAO=33;FDP=117;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00971368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.579;QD=7.96676;RBI=0.0151303;REFB=-0.00717982;REVB=0.0116004;RO=84;SAF=16;SAR=17;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327554;STB=0.519408;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.016736;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:84:84:33:33:0.282051:17:16:43:41:17:16:43:41 chr7 100612955 . A ACTG 204.37 PASS AF=0.265487;AO=30;DP=114;FAO=30;FDP=113;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00969769;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=305.755;QD=7.23437;RBI=0.0102997;REFB=-0.0158444;REVB=-0.00346953;RO=84;SAF=14;SAR=16;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555628;STB=0.528906;STBP=0.705;TYPE=ins;VARB=0.0319115;OID=.;OPOS=100612956;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265487:30:114:30:113:83:14:16:42:41:99:84:14:16:43:41 chr7 100612961 . G C 198.31 PASS AF=0.266055;AO=29;DP=109;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.000630836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.764;QD=7.27724;RBI=0.032972;REFB=-0.00119706;REVB=-0.0329659;RO=80;SAF=14;SAR=15;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00581061;STB=0.503481;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00562174;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:80:80:29:29:0.266055:15:14:39:41:15:14:39:41 chr7 100612969 . A G 202.29 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0240485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.796;QD=8.17328;RBI=0.024648;REFB=-0.00260227;REVB=-0.00540323;RO=70;SAF=14;SAR=13;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913815;STB=0.553692;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.011889;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:70:72:27:27:0.272727:13:14:31:39:13:14:32:40 chr7 100615387 . C T 128.54 PASS AF=0.201923;AO=20;DP=103;FAO=21;FDP=104;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.00646623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5874;QD=4.94379;RBI=0.00886506;REFB=-0.0133264;REVB=0.00606443;RO=82;SAF=8;SAR=12;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320722;STB=0.5254;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0379711;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:82:83:20:21:0.201923:12:8:33:49:12:9:33:50 chr7 100615445 . A G 58.64 PASS AF=0.12037;AO=13;DP=108;FAO=13;FDP=108;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=63;FWDB=-0.00991531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.455;QD=2.17199;RBI=0.011076;REFB=-0.000199764;REVB=-0.00493594;RO=95;SAF=4;SAR=9;SRF=32;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406023;STB=0.529366;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00151564;OID=.;OPOS=100615445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:108:108:95:95:13:13:0.12037:9:4:32:63:9:4:32:63 chr7 100615449 . C G 52.56 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=62;FWDB=-0.0629843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3326;QD=1.98357;RBI=0.0638099;REFB=-0.00185822;REVB=0.0102309;RO=94;SAF=4;SAR=8;SRF=32;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957253;STB=0.50703;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0158879;OID=.;OPOS=100615449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:106:106:94:94:12:12:0.113208:8:4:32:62:8:4:32:62 chr7 100624718 . G C 2488.11 PASS AF=0.97093;AO=166;DP=171;FAO=167;FDP=172;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.000446588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7244;QD=57.8631;RBI=0.0615165;REFB=-0.196694;REVB=0.0615149;RO=5;SAF=64;SAR=102;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109172;STB=0.505648;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00612565;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:171:172:5:5:166:167:0.97093:102:64:1:4:103:64:1:4 chr7 100634476 . C G 984.1 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0804626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0985;QD=57.0494;RBI=0.117922;REFB=-0.116381;REVB=0.086206;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00445428;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:67:68:0.985507:24:43:0:0:24:44:1:0 chr7 100634640 . T G 1938.01 PASS AF=1;AO=107;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.792;QD=61.5241;RBI=0.0739805;REFB=0;REVB=0.0469471;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121141;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:126:0:0:107:126:1:63:44:0:0:65:61:0:0 chr7 100634964 . C A 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0228987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.199;QD=21.43;RBI=0.0241241;REFB=-0.00766271;REVB=0.00759075;RO=29;SAF=12;SAR=23;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623796;STB=0.534394;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00719994;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:23:12:8:21:23:12:8:21 chr7 100635205 . C T 368.67 PASS AF=0.262626;AO=52;DP=198;FAO=52;FDP=198;FR=.;FRO=146;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=82;FSRR=64;FWDB=-0.0124855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.044;QD=7.44796;RBI=0.0124862;REFB=-0.00651548;REVB=-0.000131889;RO=146;SAF=25;SAR=27;SRF=82;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100168;STB=0.559427;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0231855;OID=.;OPOS=100635205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:146:146:52:52:0.262626:27:25:82:64:27:25:82:64 chr7 100635375 . A C 527.34 PASS AF=0.8;AO=36;DP=55;FAO=44;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.131945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.474;QD=38.3522;RBI=0.132374;REFB=-0.0471801;REVB=0.0106548;RO=11;SAF=12;SAR=24;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577178;STB=0.504624;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0102917;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:11:11:36:44:0.8:24:12:5:6:25:19:5:6 chr7 100635591 . C A 1024.3 PASS AF=0.679688;AO=87;DP=128;FAO=87;FDP=128;FR=.;FRO=41;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.015212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.364;QD=32.0095;RBI=0.0154558;REFB=-0.0245243;REVB=-0.00273453;RO=40;SAF=37;SAR=50;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914914;STB=0.552227;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.01163;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:40:41:87:87:0.679688:50:37:11:29:50:37:11:30 chr7 100635661 . T C 2771.74 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.062;QD=62.6383;RBI=0.0128997;REFB=0;REVB=0.0127761;RO=0;SAF=97;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55938e-06;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:177:0:0:176:177:1:79:97:0:0:79:98:0:0 chr7 100635679 . C G 1922.96 PASS AF=0.762376;AO=154;DP=203;FAO=154;FDP=202;FR=.;FRO=48;FSAF=91;FSAR=63;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00319334;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.417;QD=38.0785;RBI=0.0305136;REFB=-0.0249483;REVB=0.030346;RO=48;SAF=91;SAR=63;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791438;STB=0.542158;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00818306;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:48:48:154:154:0.762376:63:91:20:28:63:91:20:28 chr7 100637338 . G C 357.96 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.264;QD=55.0713;RBI=0.0353945;REFB=0;REVB=-0.0119941;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129915;OID=.;OPOS=100637338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:15:11:0:0 chr7 100637465 . C T 417.67 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.133784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9974;QD=53.8931;RBI=0.135211;REFB=-0.0900342;REVB=0.0195898;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00777519;OID=.;OPOS=100637465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:12:18:1:0:12:18:1:0 chr7 100638828 . C T 289.42 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0370797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.2329;QD=13.948;RBI=0.0384763;REFB=-0.00675811;REVB=-0.0102722;RO=50;SAF=18;SAR=15;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586141;STB=0.533313;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0137996;OID=.;OPOS=100638828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:15:18:30:20:15:18:30:20 chr7 100638856 . A G 1716.69 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0498551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.598;QD=59.7111;RBI=0.0526067;REFB=-0.14565;REVB=0.0167908;RO=1;SAF=74;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063743;STB=0.503355;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0013577;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:115:1:1:114:114:0.991304:40:74:1:0:40:74:1:0 chr7 100639012 . C T 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8682;QD=56.9521;RBI=0.138364;REFB=0;REVB=0.0429341;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011327;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr7 100639040 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.199;QD=55.6561;RBI=0.0258455;REFB=0;REVB=0.0221336;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108575;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr7 100639049 . G C 296.37 PASS AF=0.958333;AO=19;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0731895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.133;QD=49.3955;RBI=0.0747853;REFB=-0.0354998;REVB=-0.0153665;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.529386;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=3.42064e-05;OID=.;OPOS=100639049;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:19:23:0.958333:8:11:0:0:8:15:0:1 chr7 100639054 . G A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0126374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.511;QD=22.5809;RBI=0.0182091;REFB=0.00406868;REVB=0.0131097;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148255;STB=0.583205;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0022536;OID=.;OPOS=100639054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:4:8:6:1:4:8:6:1 chr7 100639066 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00608716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.464;QD=40.7629;RBI=0.0155551;REFB=0;REVB=0.0143146;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015158;OID=.;OPOS=100639066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr7 100643477 . A C 305.79 PASS AF=0.170029;AO=58;DP=348;FAO=59;FDP=347;FR=.;FRO=288;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=165;FSRR=123;FWDB=-0.0160956;FXX=0.00287348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.618;QD=3.52492;RBI=0.0222113;REFB=-0.00663464;REVB=-0.015306;RO=275;SAF=35;SAR=23;SRF=155;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530089;STB=0.532027;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0271636;OID=.;OPOS=100643477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:347:275:288:58:59:0.170029:23:35:155:120:23:36:165:123 chr7 100643783 . G C 71.25 PASS AF=0.0995025;AO=20;DP=201;FAO=20;FDP=201;FR=.;FRO=181;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=69;FSRR=112;FWDB=-0.0183148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.636;QD=1.41793;RBI=0.0292015;REFB=-0.00557054;REVB=-0.0227442;RO=181;SAF=4;SAR=16;SRF=69;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251765;STB=0.695022;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0448664;OID=.;OPOS=100643783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:201:201:181:181:20:20:0.0995025:16:4:69:112:16:4:69:112 chr7 100643791 . G A 285.83 PASS AF=0.225;AO=43;DP=200;FAO=45;FDP=200;FR=.;FRO=155;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=101;FWDB=-0.0122982;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.173;QD=5.71665;RBI=0.0281143;REFB=-0.0167105;REVB=-0.0252818;RO=154;SAF=17;SAR=26;SRF=53;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697374;STB=0.542354;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0658225;OID=.;OPOS=100643791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:154:155:43:45:0.225:26:17:53:101:27:18:54:101 chr7 100643832 . C G 32.84 PASS AF=0.0673575;AO=12;DP=192;FAO=13;FDP=193;FR=.;FRO=180;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=115;FWDB=-0.0387487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3544;QD=0.680542;RBI=0.0456153;REFB=-0.000815601;REVB=0.0240686;RO=180;SAF=4;SAR=8;SRF=65;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031781;STB=0.555865;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00824203;OID=.;OPOS=100643832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:192:193:180:180:12:13:0.0673575:8:4:65:115:9:4:65:115 chr7 100643843 . G A 50.36 PASS AF=0.0939597;AO=14;DP=135;FAO=14;FDP=149;FR=.;FRO=135;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=99;FWDB=-0.0860776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.561;QD=1.35208;RBI=0.0919929;REFB=-0.00274836;REVB=-0.0324553;RO=119;SAF=1;SAR=13;SRF=26;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32568;STB=0.810547;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0373694;OID=.;OPOS=100643843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:135:149:119:135:14:14:0.0939597:13:1:26:93:13:1:36:99 chr7 100643876 . C T 37.65 PASS AF=0.0909091;AO=10;DP=110;FAO=10;FDP=110;FR=.;FRO=100;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=71;FWDB=0.0321169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8529;QD=1.36914;RBI=0.0350534;REFB=0.00326329;REVB=0.0140443;RO=100;SAF=2;SAR=8;SRF=29;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135371;STB=0.610595;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0174989;OID=.;OPOS=100643876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:110:110:100:100:10:10:0.0909091:8:2:29:71:8:2:29:71 chr7 100647819 . C T 313.47 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.000943734;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.892;QD=16.7183;RBI=0.00308351;REFB=-0.0457974;REVB=-0.00293554;RO=41;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026284;STB=0.514756;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0517362;OID=.;OPOS=100647819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:41:34:34:0.453333:19:15:17:24:19:15:17:24 chr7 100647875 . C A 332.86 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00677994;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.322;QD=18.7529;RBI=0.00950467;REFB=-0.0175677;REVB=0.00666117;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378084;STB=0.524241;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0192782;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:34:36:35:35:0.492958:22:13:14:20:22:13:15:21 chr7 100647920 . A C 365.57 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0474698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1888;QD=21.5042;RBI=0.0476509;REFB=-0.0160702;REVB=0.00414975;RO=30;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328366;STB=0.524114;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0110845;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:30:31:37:37:0.544118:22:15:11:19:22:15:11:20 chr7 100648029 . G A 676.75 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00418928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8439;QD=60.1552;RBI=0.0795474;REFB=-0.0351714;REVB=-0.0794371;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240823;STB=0.512815;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-3.48927e-05;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:19:25:0:1:19:25:0:1 chr7 100648117 . C G 242.53 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0212397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2722;QD=22.5612;RBI=0.0526142;REFB=-0.00426376;REVB=0.0481366;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756885;STB=0.504234;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00431222;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:12:8:9:14:12:8 chr7 100675976 . G A 469.42 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0236533;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.867;QD=19.9752;RBI=0.0274407;REFB=-0.00647263;REVB=-0.0139109;RO=48;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117455;STB=0.565189;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00760708;OID=.;OPOS=100675976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:48:48:46:46:0.489362:20:26:21:27:20:26:21:27 chr7 100678086 . T C 1767.48 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9797;QD=60.9476;RBI=0.0243475;REFB=0;REVB=-0.00128407;RO=0;SAF=69;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109988;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:47:69:0:0:47:69:0:0 chr7 100679902 . A G 226.62 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0501362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1022;QD=14.1635;RBI=0.0551965;REFB=-0.0138983;REVB=-0.0230872;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151646;STB=0.580587;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0289248;OID=.;OPOS=100679902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:37:26:27:0.421875:12:14:14:22:13:14:14:23 chr7 100681359 . C G 110.63 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00708053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2341;QD=15.2591;RBI=0.0181247;REFB=-0.0247448;REVB=0.0166844;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356893;STB=0.706492;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0264388;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:5:11:4:9:5:11 chr7 100681762 . A G 343.21 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0259119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.435;QD=18.8061;RBI=0.0310992;REFB=-0.00982274;REVB=0.017197;RO=37;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385187;STB=0.52146;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00899721;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:16:20:19:18:16:20:19:18 chr7 100682852 . A G 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.024788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.125;QD=21.5109;RBI=0.025338;REFB=-0.000862191;REVB=0.00525099;RO=19;SAF=16;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187765;STB=0.606305;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000851563;OID=.;OPOS=100682852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:5:16:11:8:5:16:11:8 chr7 100692680 . T G 1390.78 PASS AF=0.546218;AO=130;DP=242;FAO=130;FDP=238;FR=.;FRO=108;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=-0.00435526;FXX=0.0165282;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.945;QD=23.3745;RBI=0.008916;REFB=0.000636245;REVB=-0.0077799;RO=108;SAF=63;SAR=67;SRF=42;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800963;STB=0.54359;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00079413;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:238:108:108:130:130:0.546218:67:63:42:66:67:63:42:66 chr7 100701610 . T A 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00338278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.645;QD=16.8738;RBI=0.0464577;REFB=-0.0140641;REVB=-0.0463343;RO=26;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173827;STB=0.599896;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0184194;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:6:14:14:12:6:14:14:12 chr7 100731505 . C G 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00427209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3583;QD=17.8592;RBI=0.0305348;REFB=-0.00443971;REVB=-0.0302345;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525073;STB=0.529394;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00870328;OID=.;OPOS=100731505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:22:12:15:22:22:12:15:22 chr7 100731776 . C T 1071.12 PASS AF=0.372024;AO=123;DP=336;FAO=125;FDP=336;FR=.;FRO=211;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=89;FSRR=122;FWDB=0.00329338;FXX=0.00296727;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.538;QD=12.7514;RBI=0.0138934;REFB=-0.0379966;REVB=-0.0134974;RO=206;SAF=50;SAR=73;SRF=85;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702413;STB=0.514178;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.056139;OID=.;OPOS=100731776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:336:206:211:123:125:0.372024:73:50:85:121:75:50:89:122 chr7 100731829 . T C 2370.97 PASS AF=0.557252;AO=218;DP=393;FAO=219;FDP=393;FR=.;FRO=174;FSAF=74;FSAR=145;FSRF=62;FSRR=112;FWDB=0.00314972;FXX=0.00506316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.371;QD=24.132;RBI=0.0180891;REFB=-0.0282527;REVB=0.0178128;RO=172;SAF=74;SAR=144;SRF=60;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848125;STB=0.50906;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0215793;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:172:174:218:219:0.557252:144:74:60:112:145:74:62:112 chr7 100733100 . G A 161.43 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00117824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6767;QD=18.9922;RBI=0.0458063;REFB=-0.0426598;REVB=0.0457912;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160346;STB=0.591288;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0501487;OID=.;OPOS=100733100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:6:11:8:9:6:11:8:9 chr7 100782338 . AT TC 61.31 PASS AF=0.111111;AO=18;DP=153;FAO=17;FDP=153;FR=.;FRO=136;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=77;FSRR=59;FWDB=0.00642329;FXX=0.0129024;HRUN=5;LEN=2;MLLD=34.8945;QD=1.60283;RBI=0.0738624;REFB=-0.0157052;REVB=0.0735826;RO=129;SAF=1;SAR=17;SRF=76;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.642346;STB=0.942799;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.131384;OID=.;OPOS=100782338;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:153:153:129:136:18:17:0.111111:17:1:76:53:16:1:77:59 chr7 100804240 . T TACCTCC 438.26 PASS AF=0.825;AO=33;DP=43;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.025648;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=6;MLLD=346.653;QD=43.8263;RBI=0.0278858;REFB=-0.0413048;REVB=0.0109453;RO=10;SAF=9;SAR=24;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206683;STB=0.589417;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.00862477;OID=.;OPOS=100804241;OREF=-;OALT=ACCTCC;OMAPALT=TACCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.825:33:43:33:40:7:9:24:5:2:42:10:9:24:7:3 chr7 100850135 . C T 1123.39 PASS AF=0.435252;AO=121;DP=276;FAO=121;FDP=278;FR=.;FRO=157;FSAF=38;FSAR=83;FSRF=60;FSRR=97;FWDB=-0.00296227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.637;QD=16.1638;RBI=0.0104945;REFB=-0.0263923;REVB=-0.0100678;RO=155;SAF=38;SAR=83;SRF=59;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755378;STB=0.543201;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0308991;OID=.;OPOS=100850135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:278:155:157:121:121:0.435252:83:38:59:96:83:38:60:97 chr7 100853911 . G C 363.76 PASS AF=0.412371;AO=37;DP=94;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0467432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8647;QD=15.0003;RBI=0.0532012;REFB=-0.0166154;REVB=-0.0254055;RO=57;SAF=20;SAR=17;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604624;STB=0.542273;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0269981;OID=.;OPOS=100853911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:57:57:37:40:0.412371:17:20:34:23:19:21:34:23 chr7 101006376 . C T 1953.41 PASS AF=0.493766;AO=197;DP=402;FAO=198;FDP=401;FR=.;FRO=203;FSAF=118;FSAR=80;FSRF=90;FSRR=113;FWDB=0.0737606;FXX=0.0024875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.575;QD=19.4854;RBI=0.0752323;REFB=-0.0266535;REVB=-0.0148083;RO=198;SAF=117;SAR=80;SRF=88;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137717;STB=0.577807;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0392498;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:401:198:203:197:198:0.493766:80:117:88:110:80:118:90:113 chr7 101006382 . C T 1896.25 PASS AF=0.482587;AO=189;DP=399;FAO=194;FDP=402;FR=.;FRO=208;FSAF=116;FSAR=78;FSRF=90;FSRR=118;FWDB=0.0861012;FXX=0.00985197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3323;QD=18.8681;RBI=0.148582;REFB=-0.0219327;REVB=0.121091;RO=209;SAF=111;SAR=78;SRF=91;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145367;STB=0.58591;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0263627;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:402:209:208:189:194:0.482587:78:111:91:118:78:116:90:118 chr7 101200669 . A AG 1813.87 PASS AF=1;AO=163;DP=185;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377364;FXX=0.0169482;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.0729;QD=41.6982;RBI=0.0678326;REFB=0;REVB=-0.0563669;RO=17;SAF=91;SAR=72;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000433262;OID=.;OPOS=101200670;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:163:185:174:174:0:98:76:0:0:34:17:91:72:12:5 chr7 101200727 . G A 720.75 PASS AF=0.450292;AO=78;DP=172;FAO=77;FDP=171;FR=.;FRO=94;FSAF=54;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0131473;FXX=0.0228558;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.23;QD=16.8596;RBI=0.0154955;REFB=-0.0201285;REVB=-0.00820106;RO=93;SAF=55;SAR=23;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21159;STB=0.613606;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.013897;OID=.;OPOS=101200727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:93:94:78:77:0.450292:23:55:47:46:23:54:48:46 chr7 101256833 . T C 1772.21 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396397;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.457;QD=61.1109;RBI=0.0396423;REFB=0;REVB=-0.000452105;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13626e-05;OID=.;OPOS=101256833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:115:116:1:62:53:0:0:63:53:0:0 chr7 101286843 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.697;QD=35.5757;RBI=0.0870183;REFB=0;REVB=0.0162538;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269406;OID=.;OPOS=101286843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr7 101882661 . C T 790.54 PASS AF=0.523179;AO=79;DP=152;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=0.0182499;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7484;QD=20.9414;RBI=0.0474434;REFB=0.00537328;REVB=0.0437929;RO=72;SAF=36;SAR=43;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158225;STB=0.586667;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00425161;OID=.;OPOS=101882661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:72:72:79:79:0.523179:43:36:46:26:43:36:46:26 chr7 101892121 . G A 207.3 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5978;QD=48.7771;RBI=0.0964213;REFB=0;REVB=0.0780234;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00432027;OID=.;OPOS=101892121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:2:14:0:0:2:15:0:0 chr7 101892833 . C T 1495.11 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0425189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9332;QD=62.2962;RBI=0.0564326;REFB=-0.104076;REVB=0.037105;RO=1;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797015;STB=0.504201;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00852488;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:59:36:0:1:59:36:0:1 chr7 101916647 . A G 1473.18 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0063094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.262;QD=62.0287;RBI=0.0265668;REFB=0.0409581;REVB=-0.0258067;RO=1;SAF=49;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957781;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-4.16566e-05;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:44:49:1:0:45:49:1:0 chr7 101917521 . G A 1403.69 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0480147;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.475;QD=61.7008;RBI=0.0522293;REFB=-0.0102578;REVB=0.0205546;RO=1;SAF=28;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166228;STB=0.50877;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000297087;OID=.;OPOS=101917521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:89:90:0.989011:61:28:1:0:62:28:1:0 chr7 101928495 . G C 634.18 PASS AF=0.445946;AO=63;DP=145;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=0.0286602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.617;QD=17.1399;RBI=0.0287032;REFB=-0.0281454;REVB=0.00156916;RO=81;SAF=33;SAR=30;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10767;STB=0.549985;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0340633;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:81:82:63:66:0.445946:30:33:51:30:30:36:52:30 chr7 101943825 . G A 412.97 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.009671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9471;QD=24.6548;RBI=0.0202705;REFB=-0.0183604;REVB=0.0178147;RO=27;SAF=19;SAR=21;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105191;STB=0.557534;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0114212;OID=.;OPOS=101943825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:21:19:9:18:21:19:9:18 chr7 102038153 . CTGTG CG,C 421.66 PASS AF=0,1;AO=5,16;DP=35;FAO=0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236651,0.0228493;FXX=0.357058;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=148.41,169.031;QD=62.469;RBI=0.085731,0.097782;REFB=0,0;REVB=0.0824001,0.0950749;RO=0;SAF=0,14;SAR=5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000385365;OID=.,.;OPOS=102038154,102038154;OREF=TGT,TGTG;OALT=-,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:5,16:35:0,27:27:0:0,18:0,9:0:0:3:0:0,14:5,2:0:0 chr7 102063527 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.442;QD=54.5176;RBI=0.0256652;REFB=0;REVB=0.0048653;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136624;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr7 102066539 . A G 265.76 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.412;QD=50.6199;RBI=0.0088989;REFB=0;REVB=0.00813113;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73627e-05;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr7 102087202 . T C 583.39 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.0210055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0098;QD=16.0936;RBI=0.0369736;REFB=0.00142538;REVB=-0.0304272;RO=83;SAF=30;SAR=32;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126226;STB=0.570448;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00175968;OID=.;OPOS=102087202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:83:62:62:0.427586:32:30:30:53:32:30:30:53 chr7 102098010 . G A 603.74 PASS AF=0.453237;AO=62;DP=138;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00807477;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1567;QD=17.3738;RBI=0.0729431;REFB=-0.00727963;REVB=0.0724947;RO=74;SAF=26;SAR=36;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265594;STB=0.51774;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0203949;OID=.;OPOS=102098010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:74:76:62:63:0.453237:36:26:33:41:36:27:35:41 chr7 102106201 . G A 469.21 PASS AF=0.421875;AO=48;DP=125;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=47;FSRF=21;FSRR=53;FWDB=-0.0253094;FXX=0.0303007;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.829;QD=14.6628;RBI=0.0299263;REFB=-0.0226547;REVB=-0.0159693;RO=58;SAF=1;SAR=47;SRF=15;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.665336;STB=0.652712;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0293565;OID=.;OPOS=102106201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:58:74:48:54:0.421875:47:1:15:43:47:7:21:53 chr7 102108152 . C T 605.36 PASS AF=0.420732;AO=68;DP=164;FAO=69;FDP=164;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=0.132017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1884;QD=14.7647;RBI=0.142575;REFB=-0.0046607;REVB=0.0538432;RO=94;SAF=35;SAR=33;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399674;STB=0.521016;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00810384;OID=.;OPOS=102108152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:94:95:68:69:0.420732:33:35:52:42:33:36:53:42 chr7 102108532 . G A 1558.72 PASS AF=0.427136;AO=168;DP=399;FAO=170;FDP=398;FR=.;FRO=228;FSAF=105;FSAR=65;FSRF=150;FSRR=78;FWDB=-0.0155269;FXX=0.00748111;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.898;QD=15.6655;RBI=0.0157117;REFB=-0.0146716;REVB=-0.00240272;RO=225;SAF=105;SAR=63;SRF=149;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414379;STB=0.524688;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0237742;OID=.;OPOS=102108532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:398:225:228:168:170:0.427136:63:105:149:76:65:105:150:78 chr7 102111980 . C T 377.09 PASS AF=0.351145;AO=46;DP=131;FAO=46;FDP=131;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=68;FWDB=0.0124676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.145;QD=11.514;RBI=0.0341669;REFB=-0.0265746;REVB=-0.031811;RO=84;SAF=12;SAR=34;SRF=17;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903638;STB=0.553824;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.041069;OID=.;OPOS=102111980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:84:85:46:46:0.351145:34:12:17:67:34:12:17:68 chr7 102114087 . C T 291.53 PASS AF=0.492063;AO=27;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0268243;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.9655;QD=18.5099;RBI=0.194002;REFB=-4.62566e-05;REVB=-0.192139;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997665;STB=0.602787;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0043115;OID=.;OPOS=102114087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:23:32:27:31:0.492063:12:15:10:13:15:16:10:22 chr7 102147148 . T C 286.98 PASS AF=0.590909;AO=21;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00608859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.836;QD=26.0888;RBI=0.0270437;REFB=-0.026203;REVB=-0.0263494;RO=18;SAF=20;SAR=1;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337338;STB=0.714062;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0273001;OID=.;OPOS=102147148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:21:26:0.590909:1:20:15:3:1:25:15:3 chr7 102210320 . G C 110.63 PASS AF=0.2;AO=18;DP=91;FAO=18;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0114645;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2736;QD=4.91677;RBI=0.0213339;REFB=-0.00598185;REVB=0.0179916;RO=72;SAF=6;SAR=12;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245989;STB=0.656541;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0339496;OID=.;OPOS=102210320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:72:72:18:18:0.2:12:6:38:34:12:6:38:34 chr7 102279621 . C T 528.33 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.000694328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.155;QD=22.4819;RBI=0.00128399;REFB=-0.00685426;REVB=0.00108006;RO=35;SAF=23;SAR=22;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202156;STB=0.594055;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0101201;OID=.;OPOS=102279621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:35:39:45:45:0.478723:22:23:9:26:22:23:12:27 chr7 102389710 . A T 544.44 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0141091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.597;QD=19.9794;RBI=0.0908506;REFB=-0.0411043;REVB=-0.0897484;RO=47;SAF=29;SAR=27;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117042;STB=0.522429;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0411569;OID=.;OPOS=102389710;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:47:53:56:56:0.513761:27:29:25:22:27:29:25:28 chr7 102389833 . G C 1590.68 PASS AF=0.990741;AO=87;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00819973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.553;QD=58.9141;RBI=0.0339087;REFB=0.0171363;REVB=0.0329024;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.50495;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-8.88585e-05;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:0:1:87:107:0.990741:57:30:0:0:57:50:1:0 chr7 102412901 . T C 80.93 PASS AF=0.116279;AO=19;DP=171;FAO=20;FDP=172;FR=.;FRO=152;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=89;FWDB=-0.00445509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.022;QD=1.88198;RBI=0.0209528;REFB=-0.00132776;REVB=0.0204737;RO=152;SAF=8;SAR=11;SRF=63;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828119;STB=0.531883;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0112263;OID=.;OPOS=102412901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:171:172:152:152:19:20:0.116279:11:8:63:89:11:9:63:89 chr7 102462636 . T C 627.9 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0306887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.152;QD=20.587;RBI=0.0323776;REFB=-0.00645004;REVB=-0.0103205;RO=58;SAF=38;SAR=25;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000249113;STB=0.503537;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00603655;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:59:63:63:0.516393:25:38:35:23:25:38:36:23 chr7 102497902 . T C 108.59 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0230838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.438;QD=13.5742;RBI=0.0409166;REFB=-0.0205948;REVB=0.0337832;RO=19;SAF=11;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304709;STB=0.682432;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0350722;OID=.;OPOS=102497902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:2:11:12:7:2:11:12:7 chr7 102574715 . A G 725.94 PASS AF=0.591837;AO=53;DP=99;FAO=58;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0227719;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.886;QD=29.63;RBI=0.0362626;REFB=0.0128322;REVB=-0.0282208;RO=19;SAF=21;SAR=32;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217357;STB=0.580125;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00890979;OID=.;OPOS=102574715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:19:25:53:58:0.591837:32:21:16:3:36:22:16:9 chr7 102574999 . TGAA T 410.73 PASS AF=0.518987;AO=38;DP=80;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00897487;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=3;MLLD=324.15;QD=20.7962;RBI=0.0133225;REFB=-0.00731138;REVB=0.00984582;RO=32;SAF=24;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112938;STB=0.592977;STBP=0.092;TYPE=del;VARB=0.00572775;OID=.;OPOS=102575000;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518987:38:80:41:79:38:27:14:18:20:99:32:24:14:16:16 chr7 102665620 . C G 621.18 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.00620996;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.588;QD=17.8757;RBI=0.0111934;REFB=0.00660815;REVB=-0.00931284;RO=75;SAF=36;SAR=28;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156924;STB=0.587104;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00655329;OID=.;OPOS=102665620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:75:75:64:64:0.460432:28:36:30:45:28:36:30:45 chr7 102668001 . A C 1624.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.959;QD=60.1636;RBI=0.018802;REFB=0;REVB=0.0124663;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49218e-05;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:62:46:0:0:62:46:0:0 chr7 102696108 . A G 325.86 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00205137;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.727;QD=19.7489;RBI=0.00680426;REFB=0.0146751;REVB=0.00648767;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025694;STB=0.500894;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0140053;OID=.;OPOS=102696108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:32:34:34:0.515152:18:16:16:16:18:16:15:17 chr7 102715804 . C T 380.0 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=0.00306939;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.661;QD=16.5217;RBI=0.0176003;REFB=0.0121312;REVB=0.0173306;RO=49;SAF=27;SAR=13;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933648;STB=0.536831;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0149338;OID=.;OPOS=102715804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:49:52:40:40:0.434783:13:27:37:12:13:27:38:14 chr7 102740683 . G A 681.77 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00173717;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.822;QD=53.4719;RBI=0.0379476;REFB=0.0473091;REVB=-0.0379078;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149366;STB=0.507689;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000232557;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:48:50:0.980392:31:17:0:1:32:18:0:1 chr7 102741698 . T G 391.63 PASS AF=0.364341;AO=47;DP=129;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.00223049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.974;QD=12.1437;RBI=0.00330846;REFB=-5.43958e-05;REVB=0.00244353;RO=81;SAF=23;SAR=24;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636908;STB=0.539818;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=8.62575e-05;OID=.;OPOS=102741698;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:81:82:47:47:0.364341:24:23:35:46:24:23:35:47 chr7 102742144 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.695;QD=57.1055;RBI=0.00477031;REFB=0;REVB=0.00435517;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81856e-06;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr7 102743893 . C T 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2326;QD=58.4172;RBI=0.0440461;REFB=0;REVB=0.0206517;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349751;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr7 102948040 . T C 451.49 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.000437269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.761;QD=17.1997;RBI=0.00453503;REFB=-0.0114847;REVB=-0.0045139;RO=54;SAF=14;SAR=35;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237168;STB=0.624946;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0103585;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:56:49:49:0.466667:35:14:28:26:35:14:28:28 chr7 103007949 . A C 2084.93 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.073;QD=62.7045;RBI=0.0279051;REFB=0;REVB=0.0116535;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6678e-05;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:133:0:0:131:133:1:64:67:0:0:66:67:0:0 chr7 103124785 . T C 511.21 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.00169281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.966;QD=17.0404;RBI=0.0151016;REFB=0.00508938;REVB=0.0150064;RO=64;SAF=33;SAR=22;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215826;STB=0.623718;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00684544;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:65:55:55:0.458333:22:33:24:40:22:33:24:41 chr7 103124788 . C T 493.04 PASS AF=0.439024;AO=55;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.019857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.952;QD=16.0338;RBI=0.0280216;REFB=-0.00360015;REVB=-0.0197715;RO=68;SAF=33;SAR=22;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241643;STB=0.645281;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00399318;OID=.;OPOS=103124788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:69:55:54:0.439024:22:33:24:44:21:33:24:45 chr7 103155705 . A G 1646.41 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00635822;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.743;QD=59.3301;RBI=0.0237163;REFB=-0.045143;REVB=-0.0228481;RO=1;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855347;STB=0.504504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000144786;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:111:1:1:110:110:0.990991:55:55:0:1:55:55:0:1 chr7 103179595 . A G 1315.82 PASS AF=0.492593;AO=132;DP=270;FAO=133;FDP=270;FR=.;FRO=137;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=75;FSRR=62;FWDB=-0.0053046;FXX=0.0036899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.155;QD=19.4936;RBI=0.0484395;REFB=0.00366539;REVB=-0.0481482;RO=137;SAF=71;SAR=61;SRF=75;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0089262;STB=0.503114;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00362898;OID=.;OPOS=103179595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:137:137:132:133:0.492593:61:71:75:62:61:72:75:62 chr7 103180872 . A G 562.95 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0213465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.673;QD=23.9552;RBI=0.0263071;REFB=0.00195033;REVB=-0.015375;RO=42;SAF=29;SAR=23;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666544;STB=0.536581;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.0023159;OID=.;OPOS=103180872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:23:29:20:22:23:29:20:22 chr7 103292224 . T C 763.27 PASS AF=0.42268;AO=81;DP=194;FAO=82;FDP=194;FR=.;FRO=112;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=77;FWDB=0.00663049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.217;QD=15.7375;RBI=0.00962274;REFB=-9.63064e-05;REVB=0.00697379;RO=111;SAF=35;SAR=46;SRF=34;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13589;STB=0.568791;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000108917;OID=.;OPOS=103292224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:111:112:81:82:0.42268:46:35:34:77:47:35:35:77 chr7 104263425 . T C 483.65 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.335;QD=58.6237;RBI=0.0557912;REFB=0;REVB=-0.00152663;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230864;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:17:16:0:0 chr7 104717517 . C T 234.97 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0186991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1036;QD=18.7974;RBI=0.0375913;REFB=-0.0273364;REVB=-0.0326106;RO=27;SAF=17;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333522;STB=0.689864;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0243768;OID=.;OPOS=104717517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:6:17:11:16:6:17:11:16 chr7 104785779 . T G 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0121011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.19;QD=26.3156;RBI=0.0200464;REFB=-0.0116865;REVB=-0.0159819;RO=13;SAF=9;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127346;STB=0.550487;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00673723;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:13:9:3:10:13:9:4:10 chr7 105135603 . G A 720.87 PASS AF=0.407216;AO=77;DP=192;FAO=79;FDP=194;FR=.;FRO=115;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=0.00858749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.142;QD=14.8634;RBI=0.00924949;REFB=-0.0169192;REVB=-0.00343629;RO=115;SAF=39;SAR=38;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228718;STB=0.501174;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0260834;OID=.;OPOS=105135603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:194:115:115:77:79:0.407216:38:39:58:57:39:40:58:57 chr7 105245754 . A G 666.87 PASS AF=0.541667;AO=65;DP=121;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0179945;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.338;QD=22.2291;RBI=0.0184589;REFB=-0.00117904;REVB=0.00411465;RO=54;SAF=32;SAR=33;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217071;STB=0.516017;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00113481;OID=.;OPOS=105245754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:54:55:65:65:0.541667:33:32:28:26:33:32:29:26 chr7 105245877 . G A 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0236508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.836;QD=21.8935;RBI=0.0237076;REFB=-0.018287;REVB=0.00163977;RO=36;SAF=26;SAR=16;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120299;STB=0.566058;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0124382;OID=.;OPOS=105245877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:16:26:27:9:16:26:27:9 chr7 105621512 . G T 838.14 PASS AF=0.526667;AO=75;DP=146;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0197042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.232;QD=22.3503;RBI=0.0218568;REFB=-0.0220025;REVB=0.00945857;RO=71;SAF=34;SAR=41;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010212;STB=0.507693;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0191405;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:71:71:75:79:0.526667:41:34:33:38:41:38:33:38 chr7 105671267 . T C 801.99 PASS AF=0.477011;AO=83;DP=174;FAO=83;FDP=174;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.00263489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.552;QD=18.4366;RBI=0.00586184;REFB=-0.00184983;REVB=0.00523627;RO=90;SAF=32;SAR=51;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469006;STB=0.529405;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00192805;OID=.;OPOS=105671267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:90:91:83:83:0.477011:51:32:39:51:51:32:40:51 chr7 105848638 . T C 279.67 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0555286;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.743;QD=11.653;RBI=0.0570393;REFB=-0.0130981;REVB=0.0130407;RO=63;SAF=11;SAR=22;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115681;STB=0.567122;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0267004;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:63:33:33:0.34375:22:11:27:36:22:11:27:36 chr7 105903904 . T C 2199.8 PASS AF=0.972603;AO=142;DP=146;FAO=142;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0347168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3136;QD=60.2685;RBI=0.0522469;REFB=-0.121032;REVB=0.0390446;RO=3;SAF=61;SAR=81;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00386401;STB=0.505026;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0128781;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:146:146:3:4:142:142:0.972603:81:61:1:2:81:61:1:3 chr7 105917482 . A G 265.16 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0203285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.847;QD=15.5975;RBI=0.0476711;REFB=-0.00444004;REVB=0.0431194;RO=37;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112675;STB=0.571381;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00529985;OID=.;OPOS=105917482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:12:18:18:19:12:18:18:20 chr7 106508978 . A G 5645.49 PASS AF=1;AO=361;DP=365;FAO=361;FDP=361;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253782;FXX=0.0109586;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3802;QD=62.5539;RBI=0.0706358;REFB=-0.175429;REVB=-0.0659193;RO=1;SAF=181;SAR=180;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262898;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686063;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:365:361:1:0:361:361:1:180:181:1:0:180:181:0:0 chr7 106508987 . T C 5840.7 PASS AF=1;AO=369;DP=376;FAO=371;FDP=371;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00914388;FXX=0.0159147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0514;QD=62.9725;RBI=0.0254294;REFB=0;REVB=0.0237285;RO=1;SAF=182;SAR=187;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254502;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463649;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:376:371:1:0:369:371:1:187:182:0:1:189:182:0:0 chr7 106513011 . C T 391.99 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0263062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.783;QD=16.8599;RBI=0.0344211;REFB=-0.0150015;REVB=-0.022199;RO=52;SAF=16;SAR=25;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731584;STB=0.541105;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0177126;OID=.;OPOS=106513011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:25:16:24:28:25:16:24:28 chr7 106799997 . G A 249.9 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.000896404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.209;QD=16.6601;RBI=0.0348717;REFB=-0.00537378;REVB=-0.0348601;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066429;STB=0.538434;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00435338;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:32:28:28:0.466667:12:16:15:15:12:16:16:16 chr7 107002806 . A G 779.4 PASS AF=0.453039;AO=82;DP=182;FAO=82;FDP=181;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.00441737;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3066;QD=17.2243;RBI=0.0109381;REFB=0.000556764;REVB=0.0100064;RO=98;SAF=31;SAR=51;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415512;STB=0.52651;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000535221;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:98:99:82:82:0.453039:51:31:41:57:51:31:42:57 chr7 107188719 . G T 617.03 PASS AF=0.576923;AO=59;DP=103;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0209285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.158;QD=23.732;RBI=0.0614182;REFB=-0.0244467;REVB=-0.0577425;RO=43;SAF=19;SAR=40;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174802;STB=0.594562;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0224592;OID=.;OPOS=107188719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:43:44:59:60:0.576923:40:19:23:20:40:20:24:20 chr7 107208250 . T C 384.01 PASS AF=0.47619;AO=36;DP=80;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0146368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.368;QD=18.2863;RBI=0.0146545;REFB=-0.0183607;REVB=-0.000718712;RO=44;SAF=12;SAR=24;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214286;STB=0.576884;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0175851;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:44:44:36:40:0.47619:24:12:24:20:24:16:24:20 chr7 107211632 . G A 1116.14 PASS AF=0.578652;AO=103;DP=179;FAO=103;FDP=178;FR=.;FRO=75;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0640531;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7434;QD=25.0819;RBI=0.0640532;REFB=-0.0140974;REVB=8.96323e-05;RO=74;SAF=45;SAR=58;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00707521;STB=0.507025;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0100755;OID=.;OPOS=107211632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:74:75:103:103:0.578652:58:45:33:41:58:45:34:41 chr7 107414419 . A G 1917.62 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00143052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.96;QD=60.8769;RBI=0.0028109;REFB=0.00320444;REVB=0.00241967;RO=1;SAF=51;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637804;STB=0.503355;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-2.46077e-05;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:74:51:0:1:74:51:0:1 chr7 107423773 . G A 654.53 PASS AF=0.58;AO=58;DP=100;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0155693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.177;QD=26.1813;RBI=0.0155695;REFB=-0.00875422;REVB=-8.20479e-05;RO=42;SAF=28;SAR=30;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602184;STB=0.532861;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00449643;OID=.;OPOS=107423773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:42:58:58:0.58:30:28:17:25:30:28:17:25 chr7 107427322 . A C 775.98 PASS AF=0.5;AO=76;DP=150;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.0332899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.497;QD=20.6927;RBI=0.0337003;REFB=7.55789e-05;REVB=-0.0052435;RO=74;SAF=33;SAR=43;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263932;STB=0.506825;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-6.17832e-05;OID=.;OPOS=107427322;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:74:75:76:75:0.5:43:33:30:44:43:32:31:44 chr7 107559911 . G A 1819.68 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0199019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1451;QD=59.6615;RBI=0.0199091;REFB=-0.0727294;REVB=-0.000532652;RO=2;SAF=59;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000259598;STB=0.504201;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00105876;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:122:122:2:1:120:121:0.991803:61:59:1:1:62:59:1:0 chr7 107564510 . G A 465.46 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.110907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3845;QD=18.4339;RBI=0.111619;REFB=-0.028875;REVB=-0.0125872;RO=51;SAF=20;SAR=29;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094771;STB=0.557897;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0359343;OID=.;OPOS=107564510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:52:49:49:0.485149:29:20:26:25:29:20:27:25 chr7 107593989 . T C 566.16 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802227;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.087;QD=61.2062;RBI=0.00926372;REFB=0;REVB=-0.00463246;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335375;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:37:0:0:38:37:1:21:17:0:0:20:17:0:0 chr7 107640330 . C T 414.68 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0213718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.42;QD=16.4228;RBI=0.0296531;REFB=-0.0235403;REVB=-0.0205561;RO=55;SAF=18;SAR=26;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277908;STB=0.513689;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0265123;OID=.;OPOS=107640330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:55:56:44:45:0.445545:26:18:24:31:26:19:25:31 chr7 107642217 . G A 365.19 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0250755;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.917;QD=21.1707;RBI=0.0250755;REFB=-0.0132044;REVB=3.47895e-05;RO=33;SAF=24;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112363;STB=0.572479;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0102288;OID=.;OPOS=107642217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:32:36:37:0.536232:12:24:18:15:12:25:17:15 chr7 107642259 . G C 114.08 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00790766;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.559;QD=18.2521;RBI=0.010706;REFB=-0.0526572;REVB=0.00721709;RO=10;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638491;STB=0.51161;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0341694;OID=.;OPOS=107642259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:10:12:13:13:0.52:2:11:8:2:2:11:10:2 chr7 107738882 . G A 1336.32 PASS AF=0.396325;AO=150;DP=381;FAO=151;FDP=381;FR=.;FRO=230;FSAF=72;FSAR=79;FSRF=107;FSRR=123;FWDB=-0.00741293;FXX=0.0052218;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.403;QD=14.0296;RBI=0.00932858;REFB=-0.0117581;REVB=0.00566311;RO=230;SAF=72;SAR=78;SRF=107;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160073;STB=0.507024;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.01673;OID=.;OPOS=107738882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:381:230:230:150:151:0.396325:78:72:107:123:79:72:107:123 chr7 107738948 . G A 1671.84 PASS AF=0.468835;AO=173;DP=368;FAO=173;FDP=369;FR=.;FRO=196;FSAF=73;FSAR=100;FSRF=83;FSRR=113;FWDB=-0.00202796;FXX=0.00270263;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.978;QD=18.1229;RBI=0.00821309;REFB=-0.00977489;REVB=-0.00795878;RO=194;SAF=73;SAR=100;SRF=82;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000703586;STB=0.500819;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0127503;OID=.;OPOS=107738948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:369:194:196:173:173:0.468835:100:73:82:112:100:73:83:113 chr7 107743664 . A G 555.72 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00305972;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9267;QD=19.8471;RBI=0.0406611;REFB=0.0101833;REVB=-0.0405458;RO=55;SAF=29;SAR=28;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158972;STB=0.508769;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0103611;OID=.;OPOS=107743664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:55:55:57:57:0.508929:28:29:27:28:28:29:27:28 chr7 107818851 . T C 1325.21 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00800674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.71;QD=60.9294;RBI=0.0276289;REFB=-0.102531;REVB=0.0264433;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000213368;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:0:1:86:86:0.988506:54:32:0:0:54:32:0:1 chr7 107824677 . TA T,TG 2164.71 PASS AF=0.0359712,0.964029;AO=17,121;DP=139;FAO=5,134;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=5,103;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747401,0.0716051;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.975,131.462;QD=62.2937;RBI=0.0751425,0.0775946;REFB=0,0;REVB=-0.0077654,0.0298936;RO=0;SAF=16,91;SAR=1,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.04775,-0.0004213;OID=.,.;OPOS=107824678,107824678;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0359712,0.964029:17,121:139:5,134:139:0:5,103:0,31:0:0:6:0:16,91:1,30:0:0 chr7 107824889 . C G 740.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.969;QD=56.9346;RBI=0.0449464;REFB=0;REVB=0.0240235;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168501;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:16:34:0:0:16:36:0:0 chr7 107834613 . G C 1809.25 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.106521;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.591;QD=60.3084;RBI=0.1066;REFB=-0.0410645;REVB=0.00410343;RO=1;SAF=51;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922233;STB=0.504854;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000269445;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:1:1:119:119:0.991667:68:51:1:0:68:51:1:0 chr7 107834734 . C T 1982.14 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.228;QD=61.9419;RBI=0.0302572;REFB=0;REVB=0.024921;RO=0;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69422e-05;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:126:128:1:57:69:0:0:58:70:0:0 chr7 107838464 . G T 1860.61 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124069;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.659;QD=61.5077;RBI=0.0748214;REFB=0;REVB=-0.0737856;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150764;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:66:55:0:0:66:55:0:0 chr7 107849907 . CG C,CA 2165.45 PASS AF=0.057554,0.942446;AO=23,99;DP=139;FAO=8,131;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=8,43;FSAR=0,88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053345,-0.0265577;FXX=0.00714235;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.782,84.6494;QD=62.3151;RBI=0.0440605,0.0346853;REFB=0,0;REVB=-0.0437364,0.0223105;RO=0;SAF=1,43;SAR=22,56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.47154e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0184164,0.0088827;OID=.,.;OPOS=107849908,107849908;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.057554,0.942446:23,99:139:8,131:139:0:8,43:0,88:0:0:19:0:1,43:22,56:0:0 chr7 107849909 . T A 138.78 PASS AF=0.177305;AO=23;DP=138;FAO=25;FDP=141;FR=.;FRO=116;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=0.00907028;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=89.7971;QD=3.93711;RBI=0.0379155;REFB=-0.01247;REVB=0.0368146;RO=115;SAF=1;SAR=22;SRF=50;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621689;STB=0.93108;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0225548;OID=.;OPOS=107849909;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:115:116:23:25:0.177305:22:1:50:65:24:1:50:66 chr7 107864246 . TA AT,T 89.18 PASS AF=0.0548387,0.0741935;AO=14,36;DP=321;FAO=17,23;FDP=310;FR=.;FRO=270;FSAF=0,3;FSAR=17,20;FSRF=149;FSRR=121;FWDB=-0.0128337,0.0565195;FXX=0.0432085;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=174.663,11.024;QD=1.15073;RBI=0.0299332,0.100134;REFB=-0.00232263,-0.0358191;REVB=-0.0270424,-0.0826575;RO=221;SAF=0,14;SAR=14,22;SRF=121;SRR=100;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.556454,-0.200941;STB=0.999434,0.877532;STBP=0,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.164336,-0.0643112;OID=.,.;OPOS=107864246,107864247;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:321:310:221:270:14,36:17,23:0.0548387,0.0741935:14,22:0,14:121:100:17,20:0,3:149:121 chr7 107872816 . G A 930.56 PASS AF=0.505495;AO=92;DP=183;FAO=92;FDP=182;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.00362772;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.474;QD=20.4518;RBI=0.0306734;REFB=-0.0201987;REVB=0.0304581;RO=89;SAF=38;SAR=54;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113995;STB=0.560045;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0151164;OID=.;OPOS=107872816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:89:90:92:92:0.505495:54:38:48:41:54:38:48:42 chr7 107875170 . T C 1300.87 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0157249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.256;QD=58.4659;RBI=0.0163281;REFB=-0.0122007;REVB=0.00439707;RO=2;SAF=22;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137012;STB=0.517865;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000132739;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:2:3:86:86:0.966292:64:22:1:1:64:22:2:1 chr7 112101907 . ATTT ATAT,ATTA,ATTTA,AT,ATT 525.68 PASS AF=0.229508,0.213115,0.0819672,0.311475,0.163934;AO=8,5,7,8,9;DP=64;FAO=14,13,5,19,10;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2,0,18,10;FSAR=7,11,5,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159295,-0.0185618,-0.0213735,-0.0111487,-0.0265009;FXX=0.115925;HRUN=11,11,1,11,11;LEN=1,1,1,2,1;MLLD=158.9,154.047,149.397,7.71306,4.20666;QD=34.471;RBI=0.200096,0.0361893,0.0575486,0.139991,0.248;REFB=-0.00397043,-0.00443543,-0.00588916,0.0184835,0.0152595;REVB=0.19946,0.0310664,-0.0534324,-0.139547,-0.24658;RO=3;SAF=8,2,0,8,9;SAR=0,3,7,0,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,-0.361596,-0.812474,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,snp,ins,del,del;VARB=0.015812,-0.0039679,-0.0546573,0.0336572,0.0246471;OID=.,.,.,.,.;OPOS=112101909,112101910,112101911,112101908,112101908;OREF=T,T,-,TT,T;OALT=A,A,A,-,-;OMAPALT=ATAT,ATTA,ATTTA,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.229508,0.213115,0.0819672,0.311475,0.163934:8,5,7,8,9:64:14,13,5,19,10:61:0:7,2,0,18,10:7,11,5,1,0:0:0:99:3:8,2,0,8,9:0,3,7,0,0:3:0 chr7 112722278 . A AC,C 331.62 PASS AF=0.52,0.48;AO=11,12;DP=27;FAO=13,12;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5,7;FSAR=8,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415746,0.0431596;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=84.6685,84.8423;QD=53.0591;RBI=0.0518638,0.0560057;REFB=0,0;REVB=0.0310066,0.0356915;RO=2;SAF=4,6;SAR=7,6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.178335,-0.128507;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00342054,0.0407018;OID=.,.;OPOS=112722279,112722278;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:27:25:2:0:11,12:13,12:0.52,0.48:7,6:4,6:2:0:8,5:5,7:0:0 chr7 112724417 . A G 1348.34 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0477391;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3655;QD=61.2881;RBI=0.0555218;REFB=-0.154842;REVB=0.0283487;RO=0;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00429e-08;STB=0.507935;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00218378;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:88:0:1:87:87:0.988636:56:31:0:0:56:31:1:0 chr7 112724525 . A G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.617;QD=55.4104;RBI=0.0267191;REFB=0.0297207;REVB=0.0131565;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000225412;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:30:27:1:0:30:27:1:0 chr7 113518434 . C A 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5609;QD=57.193;RBI=0.0294341;REFB=0;REVB=0.0158916;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521093;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr7 113518502 . A T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.496;QD=61.6952;RBI=0.0254195;REFB=0;REVB=0.0199424;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78881e-05;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr7 113519719 . A T 2416.06 PASS AF=1;AO=137;DP=164;FAO=159;FDP=159;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859371;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.811;QD=60.7815;RBI=0.0416714;REFB=0;REVB=0.0407757;RO=0;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875934;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:164:159:0:0:137:159:1:73:64:0:0:78:81:0:0 chr7 113519796 . C T 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9744;QD=61.3746;RBI=0.0248583;REFB=0;REVB=-0.0183852;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128767;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr7 114296545 . A C 552.16 PASS AF=0.408163;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=147;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.0321212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0151;QD=15.0248;RBI=0.05319;REFB=-0.0066789;REVB=0.0423958;RO=84;SAF=35;SAR=25;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087546;STB=0.539687;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00968918;OID=.;OPOS=114296545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:84:87:60:60:0.408163:25:35:42:42:25:35:45:42 chr7 114619598 . C A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.505;QD=57.1775;RBI=0.0145347;REFB=0;REVB=0.0078909;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74302e-05;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr7 115578124 . G T 1264.25 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7518;QD=61.6707;RBI=0.067463;REFB=0;REVB=-0.067399;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278759;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr7 115890510 . C T 484.93 PASS AF=0.415385;AO=44;DP=130;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.055786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7428;QD=14.9209;RBI=0.058526;REFB=-0.0126583;REVB=0.0176979;RO=61;SAF=13;SAR=31;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775834;STB=0.508232;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0174016;OID=.;OPOS=115890510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:76:44:54:0.415385:31:13:22:39:32:22:32:44 chr7 115892650 . T G 660.08 PASS AF=0.524194;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0197701;FXX=0.0236202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.821;QD=21.2928;RBI=0.0198139;REFB=-0.00336716;REVB=-0.00131702;RO=59;SAF=27;SAR=38;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535769;STB=0.529403;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0033601;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:124:59:59:65:65:0.524194:38:27:21:38:38:27:21:38 chr7 115897392 . G C 864.08 PASS AF=0.52439;AO=86;DP=164;FAO=86;FDP=164;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=0.00374503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.167;QD=21.0752;RBI=0.0140715;REFB=-0.00178955;REVB=0.013564;RO=78;SAF=42;SAR=44;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112848;STB=0.561739;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00149441;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:78:78:86:86:0.52439:44:42:28:50:44:42:28:50 chr7 116146127 . C T 944.06 PASS AF=0.441048;AO=100;DP=229;FAO=101;FDP=229;FR=.;FRO=128;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=59;FSRR=69;FWDB=-0.0204982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.158;QD=16.4901;RBI=0.0311097;REFB=-0.00265345;REVB=-0.0234017;RO=127;SAF=39;SAR=61;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692873;STB=0.537318;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00293215;OID=.;OPOS=116146127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:127:128:100:101:0.441048:61:39:58:69:61:40:59:69 chr7 116165360 . A C 1778.47 PASS AF=1;AO=114;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119463;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.989;QD=61.3266;RBI=0.0119647;REFB=0;REVB=-0.000663551;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96914e-05;OID=.;OPOS=116165360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:114:116:1:56:58:0:0:57:59:0:0 chr7 116165463 . T C 1753.29 PASS AF=0.845679;AO=123;DP=149;FAO=137;FDP=162;FR=.;FRO=25;FSAF=87;FSAR=50;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00865983;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8463;QD=43.291;RBI=0.0169367;REFB=-0.0129364;REVB=0.0145554;RO=25;SAF=78;SAR=45;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914911;STB=0.544672;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0271033;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:162:25:25:123:137:0.845679:45:78:9:16:50:87:9:16 chr7 116165464 . T C 105.64 PASS AF=0.145455;AO=24;DP=166;FAO=24;FDP=165;FR=.;FRO=141;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=88;FSRR=53;FWDB=-0.0106718;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.005;QD=2.56089;RBI=0.0439092;REFB=-0.00208793;REVB=-0.0425927;RO=140;SAF=8;SAR=16;SRF=88;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362238;STB=0.735451;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.128066;OID=.;OPOS=116165464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:140:141:24:24:0.145455:16:8:88:52:16:8:88:53 chr7 116364823 . CA C 457.23 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0100516;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.946;QD=17.4183;RBI=0.0101018;REFB=-0.0150717;REVB=0.00100576;RO=55;SAF=19;SAR=31;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164424;STB=0.509132;STBP=0.877;TYPE=del;VARB=0.0236502;OID=.;OPOS=116364824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:50:106:50:105:55:19:31:20:35:99:55:19:31:20:35 chr7 116435768 . C T 3080.46 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.784;QD=63.1889;RBI=0.0283836;REFB=-0.0935048;REVB=-0.0153732;RO=0;SAF=95;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136219;OID=.;OPOS=116435768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:195:195:0:0:194:195:1:99:95:0:0:99:96:0:0 chr7 116436022 . G A 3152.86 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.182;QD=64.0175;RBI=0.0328022;REFB=0;REVB=0.013142;RO=0;SAF=108;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22506e-05;OID=.;OPOS=116436022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:89:108:0:0:89:108:0:0 chr7 116436097 . G A 4339.14 PASS AF=1;AO=275;DP=276;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013443;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9699;QD=63.1147;RBI=0.0168573;REFB=0;REVB=0.0101713;RO=0;SAF=136;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76758e-05;OID=.;OPOS=116436097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:276:275:0:0:275:275:1:139:136:0:0:139:136:0:0 chr7 116437606 . G A 3374.49 PASS AF=1;AO=216;DP=219;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389673;FXX=0.0136357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.996;QD=62.2026;RBI=0.00722986;REFB=-0.0609637;REVB=0.00608986;RO=0;SAF=85;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80454e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20351e-05;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:219:217:0:0:216:217:1:131:85:0:0:131:86:0:0 chr7 116558716 . G A 469.14 PASS AF=0.386861;AO=53;DP=140;FAO=53;FDP=137;FR=.;FRO=84;FSAF=43;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=27;FWDB=-0.000192483;FXX=0.021427;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.561;QD=13.6974;RBI=0.0222906;REFB=-0.0059077;REVB=-0.0222898;RO=82;SAF=43;SAR=10;SRF=57;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176237;STB=0.614001;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0121234;OID=.;OPOS=116558716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:137:82:84:53:53:0.386861:10:43:57:25:10:43:57:27 chr7 116596697 . A G 2759.83 PASS AF=1;AO=175;DP=179;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507997;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.173;QD=62.0185;RBI=0.0148192;REFB=-0.0574249;REVB=0.0139213;RO=1;SAF=69;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684861;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542208;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:179:178:1:0:175:178:1:106:69:1:0:106:72:0:0 chr7 116598724 . C T 958.42 PASS AF=0.478469;AO=100;DP=210;FAO=100;FDP=209;FR=.;FRO=109;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=0.00642113;FXX=0.00476168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.379;QD=18.343;RBI=0.0160181;REFB=0.00627606;REVB=-0.0146748;RO=108;SAF=48;SAR=52;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536768;STB=0.527156;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00589685;OID=.;OPOS=116598724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:108:109:100:100:0.478469:52:48:58:50:52:48:58:51 chr7 116598735 . A G 907.21 PASS AF=0.489247;AO=91;DP=186;FAO=91;FDP=186;FR=.;FRO=95;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0259496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1312;QD=19.5099;RBI=0.0259929;REFB=-0.0143638;REVB=0.00149912;RO=95;SAF=50;SAR=41;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411731;STB=0.522684;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0160988;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:95:95:91:91:0.489247:41:50:48:47:41:50:48:47 chr7 117024820 . T G 441.54 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0883018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.0022;QD=19.8445;RBI=0.0909794;REFB=-0.0162683;REVB=0.0219097;RO=45;SAF=24;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071822;STB=0.539859;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0163313;OID=.;OPOS=117024820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:20:24:21:24:20:24:21:24 chr7 117160988 . A G 393.37 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0102342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9723;QD=22.4781;RBI=0.0103036;REFB=-0.0273683;REVB=0.00119358;RO=31;SAF=11;SAR=28;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574988;STB=0.531583;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0282751;OID=.;OPOS=117160988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:28:11:7:24:28:11:7:24 chr7 117170774 . G A 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00973482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.07;QD=5.18121;RBI=0.0124325;REFB=-0.0112339;REVB=0.00773307;RO=49;SAF=9;SAR=4;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160067;STB=0.603052;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0343471;OID=.;OPOS=117170774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:4:9:28:21:4:9:28:21 chr7 117188736 . C A 114.87 PASS AF=0.257576;AO=16;DP=67;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0155747;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.199;QD=6.96202;RBI=0.0155878;REFB=-0.0088104;REVB=-0.000638554;RO=51;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823604;STB=0.518497;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0255635;OID=.;OPOS=117188736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:51:49:16:17:0.257576:9:7:19:32:10:7:19:30 chr7 117188850 . G T 32.62 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00377002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.769;QD=1.9771;RBI=0.0263669;REFB=-0.00306447;REVB=-0.026096;RO=59;SAF=4;SAR=3;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189594;STB=0.643675;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0265274;OID=.;OPOS=117188850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:3:4:24:35:3:4:24:35 chr7 117199533 . G A 789.64 PASS AF=0.425121;AO=88;DP=207;FAO=88;FDP=207;FR=.;FRO=119;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=0.00597598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.196;QD=15.2587;RBI=0.0176356;REFB=0.00275747;REVB=-0.0165922;RO=119;SAF=42;SAR=46;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00177398;STB=0.50099;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00437497;OID=.;OPOS=117199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:119:119:88:88:0.425121:46:42:57:62:46:42:57:62 chr7 117235055 . T G 1161.53 PASS AF=0.469231;AO=120;DP=258;FAO=122;FDP=260;FR=.;FRO=138;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=56;FSRR=82;FWDB=-0.00702307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.873;QD=17.8697;RBI=0.0160674;REFB=0.00582172;REVB=0.0144513;RO=138;SAF=55;SAR=65;SRF=56;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515184;STB=0.532874;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00646747;OID=.;OPOS=117235055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:260:138:138:120:122:0.469231:65:55:56:82:65:57:56:82 chr7 117351602 . G T 555.7 PASS AF=0.333333;AO=68;DP=214;FAO=71;FDP=213;FR=.;FRO=142;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=94;FWDB=0.00863992;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.516;QD=10.4356;RBI=0.0103335;REFB=-0.00434509;REVB=-0.00566858;RO=130;SAF=29;SAR=39;SRF=44;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105463;STB=0.549443;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00812008;OID=.;OPOS=117351602;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:130:142:68:71:0.333333:39:29:44:86:42:29:48:94 chr7 117825681 . A G 816.61 PASS AF=0.440594;AO=88;DP=201;FAO=89;FDP=202;FR=.;FRO=113;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=0.0507144;FXX=0.00980344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7407;QD=16.1706;RBI=0.0518826;REFB=0.0262483;REVB=0.0109478;RO=113;SAF=40;SAR=48;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861045;STB=0.55055;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0320349;OID=.;OPOS=117825681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:113:113:88:89:0.440594:48:40:61:52:49:40:61:52 chr7 120428799 . C A 3634.98 PASS AF=0.983193;AO=233;DP=238;FAO=234;FDP=238;FR=.;FRO=4;FSAF=110;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0168981;FXX=0.00418393;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.603;QD=61.0922;RBI=0.0280515;REFB=-0.0547499;REVB=0.0223906;RO=4;SAF=110;SAR=123;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152425;STB=0.507936;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=7.25301e-05;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:238:238:4:4:233:234:0.983193:123:110:0:4:124:110:0:4 chr7 120704289 . C T 1584.51 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.542;QD=63.3805;RBI=0.0121466;REFB=0;REVB=0.00335631;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138029;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:48:51:0:0:48:52:0:0 chr7 120740103 . G T 3708.54 PASS AF=1;AO=233;DP=238;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010778;FXX=0.0291655;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.572;QD=63.666;RBI=0.0181803;REFB=0;REVB=0.014641;RO=0;SAF=113;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13325e-05;OID=.;OPOS=120740103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:233:0:0:233:233:1:120:113:0:0:120:113:0:0 chr7 120764477 . G C 1042.98 PASS AF=0.960526;AO=71;DP=75;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0209983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8408;QD=54.8939;RBI=0.0330528;REFB=-0.0389327;REVB=0.0255257;RO=3;SAF=34;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111718;STB=0.505254;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.012849;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:76:3:3:71:73:0.960526:37:34:1:2:39:34:1:2 chr7 120765954 . T C 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.583;QD=64.1536;RBI=0.0113806;REFB=0;REVB=-0.00495405;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72198e-06;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr7 120773954 . A G 114.77 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0233096;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.9214;QD=11.197;RBI=0.0238837;REFB=-0.00315327;REVB=0.00520512;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338584;STB=0.697734;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0082003;OID=.;OPOS=120773954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:27:14:14:0.341463:6:8:7:20:6:8:7:20 chr7 120776097 . C G 636.89 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128991;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.585;QD=62.1358;RBI=0.0226673;REFB=0;REVB=0.0186392;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103467;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:25:16:0:0 chr7 121616250 . G A 769.1 PASS AF=0.612069;AO=71;DP=116;FAO=71;FDP=116;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0102834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.014;QD=26.5205;RBI=0.0115186;REFB=-0.013137;REVB=-0.00518938;RO=44;SAF=36;SAR=35;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271083;STB=0.510201;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00768363;OID=.;OPOS=121616250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:44:45:71:71:0.612069:35:36:24:20:35:36:24:21 chr7 121653177 . A G 575.69 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.000630605;FXX=0.0504159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.248;QD=20.3785;RBI=0.0166668;REFB=-0.000525292;REVB=0.0166549;RO=54;SAF=25;SAR=33;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609318;STB=0.538306;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.000898031;OID=.;OPOS=121653177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:113:54:55:58:58:0.513274:33:25:27:27:33:25:28:27 chr7 121653250 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.025398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.855;QD=13.486;RBI=0.0254447;REFB=-0.00565768;REVB=-0.00154163;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333612;STB=0.650867;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00715907;OID=.;OPOS=121653250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:5:4:1:9:5:4:2:9 chr7 121653398 . G A 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0174268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.433;QD=13.7207;RBI=0.0254447;REFB=-0.00340257;REVB=-0.0185402;RO=46;SAF=19;SAR=12;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464489;STB=0.502616;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00378682;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:47:31:31:0.397436:12:19:28:18:12:19:29:18 chr7 122303321 . C T 457.56 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00672351;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.135;QD=16.7913;RBI=0.0504021;REFB=-0.00502533;REVB=-0.0499517;RO=59;SAF=17;SAR=33;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202502;STB=0.61315;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00696395;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:33:17:32:27:33:17:32:27 chr7 122342885 . T C 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0307794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.2;QD=16.1154;RBI=0.0316858;REFB=-0.00269526;REVB=-0.00752448;RO=29;SAF=5;SAR=19;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921654;STB=0.552527;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00348459;OID=.;OPOS=122342885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:19:5:8:21:19:5:8:21 chr7 122635024 . C T 1547.35 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.198;QD=63.8082;RBI=0.0182512;REFB=0;REVB=-0.0167849;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14648e-05;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:52:45:0:0:52:45:0:0 chr7 122809234 . T C 627.75 PASS AF=0.448276;AO=65;DP=145;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.017527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.774;QD=17.3173;RBI=0.0175349;REFB=-0.0146732;REVB=0.000524389;RO=80;SAF=28;SAR=37;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583226;STB=0.503247;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0153597;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:80:80:65:65:0.448276:37:28:34:46:37:28:34:46 chr7 123197005 . TAAAAAAAT ATTAAAAAA,TAAAAAAT 46.71 PASS AF=0.0731707,0.292683;AO=3,7;DP=48;FAO=3,12;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=0,5;FSAR=3,7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0424772,0.0773222;FXX=0.127632;HRUN=1,7;LEN=9,1;MLLD=45.6447,8.41257;QD=4.55699;RBI=0.124938,0.0833818;REFB=-0.00447711,-0.134202;REVB=-0.117496,0.0312058;RO=23;SAF=0,3;SAR=3,4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.555009,-0.00743092;STB=0.995659,0.52269;STBP=0.122,0.872;TYPE=mnp,del;VARB=0.111992,0.158683;OID=.,.;OPOS=123197005,123197006;OREF=TAAAAAAAT,A;OALT=ATTAAAAAA,-;OMAPALT=ATTAAAAAA,TAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:48:41:23:26:3,7:3,12:0.0731707,0.292683:3,4:0,3:10:13:3,7:0,5:10:16 chr7 123256427 . C T 616.56 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0541784;FXX=0.0314936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2298;QD=20.0508;RBI=0.0541931;REFB=-0.0026687;REVB=0.00126224;RO=65;SAF=23;SAR=39;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101813;STB=0.570245;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00282251;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:123:65:61:62:62:0.504065:39:23:31:34:39:23:31:30 chr7 123264804 . C T 964.63 PASS AF=0.471963;AO=101;DP=214;FAO=101;FDP=214;FR=.;FRO=113;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=0.0170559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.347;QD=18.0304;RBI=0.0171095;REFB=0.0134045;REVB=-0.00135366;RO=113;SAF=41;SAR=60;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359288;STB=0.519848;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0137863;OID=.;OPOS=123264804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:113:113:101:101:0.471963:60:41:50:63:60:41:50:63 chr7 123269118 . G C 602.04 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0362557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4956;QD=18.668;RBI=0.0636335;REFB=0.0135191;REVB=0.0522948;RO=65;SAF=28;SAR=34;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235772;STB=0.521361;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0177108;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:67:62:62:0.48062:34:28:31:34:34:28:33:34 chr7 123301940 . A G 253.41 PASS AF=0.320388;AO=34;DP=103;FAO=33;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0463507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4822;QD=9.84123;RBI=0.0541035;REFB=-0.0177642;REVB=0.0279071;RO=67;SAF=18;SAR=16;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592723;STB=0.52967;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0301315;OID=.;OPOS=123301940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:67:70:34:33:0.320388:16:18:32:35:16:17:33:37 chr7 123321978 . C A 248.41 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0249856;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.005;QD=13.8007;RBI=0.0337359;REFB=-0.022157;REVB=0.0226679;RO=43;SAF=20;SAR=9;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729078;STB=0.541682;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0305338;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:43:43:29:29:0.402778:9:20:27:16:9:20:27:16 chr7 123324546 . AATATATATATATATATA AATATATATATATATA,AATATATATATATATAT 105.4 PASS AF=1,0;AO=6,3;DP=13;FAO=10,0;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.223337,0.192052;FXX=0.0908265;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=199.434,18.8567;QD=42.1583;RBI=0.230414,0.192657;REFB=0,0;REVB=0.0566647,0.0152467;RO=1;SAF=6,0;SAR=0,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.782178,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00354755,0;OID=.,.;OPOS=123324547,123324563;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=AATATATATATATATA,AATATATATATATATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:6,3:13:10,0:10:0:9,0:1,0:0:0:4:1:6,0:0,3:0:1 chr7 123388732 . G A 3086.66 PASS AF=0.512411;AO=275;DP=572;FAO=289;FDP=564;FR=.,HEALED;FRO=255;FSAF=125;FSAR=164;FSRF=139;FSRR=116;FWDB=-0.00708438;FXX=0.0139858;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.574;QD=21.8912;RBI=0.0254848;REFB=-0.0252662;REVB=-0.0244804;RO=192;SAF=125;SAR=150;SRF=134;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183736;STB=0.552975;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0203741;OID=.;OPOS=123388732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:572:564:192:255:275:289:0.512411:150:125:134:58:164:125:139:116 chr7 124116470 . A G 356.55 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00667453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.624;QD=19.2727;RBI=0.0170989;REFB=-0.0121736;REVB=0.0157424;RO=36;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869997;STB=0.540638;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0138733;OID=.;OPOS=124116470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:18:19:22:14:18:19:22:15 chr7 124387092 . C G 842.15 PASS AF=0.518293;AO=84;DP=164;FAO=85;FDP=164;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.0516538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9459;QD=20.5403;RBI=0.0632162;REFB=-0.0150792;REVB=0.0364441;RO=79;SAF=32;SAR=52;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686215;STB=0.539835;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0136364;OID=.;OPOS=124387092;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:79:79:84:85:0.518293:52:32:36:43:53:32:36:43 chr7 124387374 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5241;QD=37.4844;RBI=0.0800922;REFB=0;REVB=-0.0751876;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00737841;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr7 124486980 . T C 2212.6 PASS AF=1;AO=105;DP=155;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251285;FXX=0.032256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.806;QD=59.0026;RBI=0.0870007;REFB=0;REVB=0.0832927;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152038;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:155:150:0:0:105:150:1:49:56:0:0:69:81:0:0 chr7 124540841 . A C 456.95 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00147434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4295;QD=23.1365;RBI=0.0387587;REFB=-0.0129653;REVB=0.0387306;RO=34;SAF=25;SAR=19;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888777;STB=0.540586;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0111367;OID=.;OPOS=124540841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:34:35:44:44:0.556962:19:25:23:11:19:25:23:12 chr7 124540872 . C T 888.96 PASS AF=0.574468;AO=81;DP=141;FAO=81;FDP=141;FR=.;FRO=60;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0145094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.006;QD=25.2188;RBI=0.0244981;REFB=-0.0221471;REVB=0.0197392;RO=60;SAF=52;SAR=29;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352576;STB=0.519211;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0211219;OID=.;OPOS=124540872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:60:60:81:81:0.574468:29:52:36:24:29:52:36:24 chr7 126078883 . ATT A,AT 265.7 PASS AF=0.0172414,0.982759;AO=14,34;DP=60;FAO=1,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573795,-0.114343;FXX=0.0333278;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.33585,6.77925;QD=18.3239;RBI=0.0991313,0.193339;REFB=0.0966263,0.0818854;REVB=-0.0808369,-0.155903;RO=7;SAF=5,10;SAR=9,24;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.214765,-0.14914;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0095355,-0.0332443;OID=.,.;OPOS=126078884,126078884;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0172414,0.982759:14,34:60:1,57:58:0:0,23:1,34:0:0:4:7:5,10:9,24:5:2 chr7 127222157 . G A 1694.05 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3151;QD=60.5019;RBI=0.00676949;REFB=0;REVB=-0.000305076;RO=0;SAF=35;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64137e-05;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:76:35:0:0:77:35:0:0 chr7 127224286 . A G 1500.55 PASS AF=1;AO=85;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.77;QD=63.1809;RBI=0.0389005;REFB=0;REVB=0.0290149;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381633;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:85:95:1:42:43:0:0:45:50:0:0 chr7 127250907 . T C 494.87 PASS AF=0.478261;AO=46;DP=106;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.0198048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7019;QD=17.213;RBI=0.0601376;REFB=-0.0451485;REVB=0.056783;RO=60;SAF=36;SAR=10;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192202;STB=0.51214;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0511294;OID=.;OPOS=127250907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:115:60:60:46:55:0.478261:10:36:38:22:19:36:38:22 chr7 127251188 . T G 449.1 PASS AF=0.458716;AO=47;DP=106;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00502893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.403;QD=16.4806;RBI=0.0112832;REFB=-0.0150423;REVB=-0.0101005;RO=58;SAF=21;SAR=26;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187074;STB=0.579224;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0184648;OID=.;OPOS=127251188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:58:59:47:50:0.458716:26:21:37:21:26:24:37:22 chr7 127253550 . C T 888.42 PASS AF=0.438356;AO=96;DP=218;FAO=96;FDP=219;FR=.;FRO=123;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=73;FSRR=50;FWDB=-0.00555408;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.84;QD=16.2268;RBI=0.00823585;REFB=-0.00411435;REVB=-0.00608123;RO=122;SAF=45;SAR=51;SRF=72;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121797;STB=0.56971;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00396454;OID=.;OPOS=127253550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:122:123:96:96:0.438356:51:45:72:50:51:45:73:50 chr7 127253829 . T C 1185.13 PASS AF=0.524887;AO=115;DP=220;FAO=116;FDP=221;FR=.;FRO=105;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=71;FSRR=34;FWDB=0.0159113;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.151;QD=21.4504;RBI=0.0160473;REFB=-0.0147045;REVB=0.00208511;RO=105;SAF=66;SAR=49;SRF=71;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927912;STB=0.552678;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0117177;OID=.;OPOS=127253829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:105:105:115:116:0.524887:49:66:71:34:50:66:71:34 chr7 127669584 . T C 999.73 PASS AF=0.492462;AO=98;DP=199;FAO=98;FDP=199;FR=.;FRO=101;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=0.00169033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.066;QD=20.0951;RBI=0.00608123;REFB=-0.00163038;REVB=0.00584159;RO=98;SAF=45;SAR=53;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933647;STB=0.513235;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00184625;OID=.;OPOS=127669584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:98:101:98:98:0.492462:53:45:46:52:53:45:49:52 chr7 127669857 . A T 868.01 PASS AF=0.457711;AO=92;DP=201;FAO=92;FDP=201;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=0.0144508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.471;QD=17.2738;RBI=0.0144522;REFB=-0.0210956;REVB=-0.000203689;RO=107;SAF=34;SAR=58;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135075;STB=0.580369;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0230965;OID=.;OPOS=127669857;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:107:109:92:92:0.457711:58:34:54:53:58:34:56:53 chr7 127721507 . T C 594.85 PASS AF=0.424051;AO=65;DP=156;FAO=67;FDP=158;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.000457489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.192;QD=15.0595;RBI=0.0106722;REFB=-0.0181999;REVB=0.0106624;RO=91;SAF=22;SAR=43;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202818;STB=0.59997;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0249163;OID=.;OPOS=127721507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:91:91:65:67:0.424051:43:22:48:43:43:24:48:43 chr7 127732268 . G A 143.59 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0240997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.4113;QD=15.1148;RBI=0.0310936;REFB=-0.00994481;REVB=0.0196474;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216029;STB=0.624844;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0175037;OID=.;OPOS=127732268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:13:9:10:6:13:9 chr7 127990657 . G T 265.35 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00401959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.994;QD=17.9899;RBI=0.0301843;REFB=-0.0146313;REVB=0.0299154;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519399;STB=0.542758;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00921026;OID=.;OPOS=127990657;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:30:29:29:0.491525:17:12:10:18:17:12:10:20 chr7 127991090 . T C 56.86 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0538238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.14;QD=11.9701;RBI=0.0540619;REFB=-0.00256317;REVB=-0.00506812;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.578755;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00292769;OID=.;OPOS=127991090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:19:10:11:8:8:0.421053:4:4:5:5:4:4:7:4 chr7 127992437 . C G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00815987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.523;QD=20.8928;RBI=0.0367709;REFB=-0.0117029;REVB=-0.035854;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444069;STB=0.756209;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0206548;OID=.;OPOS=127992437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:2:8:1:5:2:8:1:5 chr7 128034629 . C T 581.34 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0467588;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.378;QD=24.4776;RBI=0.0474072;REFB=-0.00738777;REVB=-0.00781432;RO=42;SAF=28;SAR=25;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00363246;STB=0.501991;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00553757;OID=.;OPOS=128034629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:42:42:53:53:0.557895:25:28:22:20:25:28:22:20 chr7 128133984 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.173;QD=60.6093;RBI=0.0556358;REFB=0;REVB=-0.0553518;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210147;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr7 128312450 . C A,T 868.47 PASS AF=0.0491803,0.95082;AO=3,58;DP=61;FAO=3,58;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=3,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0694619,0.0106187;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.19481,178.878;QD=56.9489;RBI=0.0695254,0.0256556;REFB=0,0;REVB=-0.00297027,0.0233549;RO=0;SAF=0,15;SAR=3,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.213721,-0.000489058;OID=.,.;OPOS=128312450,128312450;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:61:61:0:0:3,58:3,58:0.0491803,0.95082:3,43:0,15:0:0:3,43:0,15:0:0 chr7 128312541 . G T 414.04 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0184819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8674;QD=19.0366;RBI=0.0187254;REFB=0.000111552;REVB=-0.00300987;RO=45;SAF=11;SAR=31;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817836;STB=0.545678;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.000376486;OID=.;OPOS=128312541;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:31:11:15:30:31:11:15:30 chr7 128371206 . G A 2131.1 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00968941;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.477;QD=62.222;RBI=0.0129931;REFB=-0.107597;REVB=0.0086565;RO=0;SAF=65;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62647e-08;STB=0.503816;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000279674;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:137:0:1:135:136:0.992701:70:65:0:0:71:65:1:0 chr7 128371298 . C T 355.27 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0132994;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.748;QD=16.1484;RBI=0.0237351;REFB=-0.010703;REVB=-0.0196592;RO=49;SAF=19;SAR=19;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920334;STB=0.545431;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0113793;OID=.;OPOS=128371298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:50:38:38:0.431818:19:19:29:20:19:19:29:21 chr7 128441545 . G C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0633877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.025;QD=16.9794;RBI=0.0637869;REFB=0.00398636;REVB=0.00712537;RO=29;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355618;STB=0.519985;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00683227;OID=.;OPOS=128441545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:18:8:8:21:18:8:8:21 chr7 128441556 . G C 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0107998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.502;QD=19.2749;RBI=0.011641;REFB=-0.00116929;REVB=0.00434493;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114588;STB=0.57137;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00129118;OID=.;OPOS=128441556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:15:8:6:19:15:8:6:20 chr7 128451352 . CC CCAGAGAGCCTGGGA,GA 903.21 PASS AF=0.90625,0.09375;AO=56,6;DP=68;FAO=58,6;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27,6;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225315,-0.00729286;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=13,2;MLLD=450.556,103.196;QD=56.4504;RBI=0.0259272,0.0087556;REFB=0,0;REVB=0.0128279,0.00484507;RO=4;SAF=26,6;SAR=30,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0671936,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000443092,0.021345;OID=.,.;OPOS=128451354,128451352;OREF=-,CC;OALT=AGAGAGCCTGGGA,GA;OMAPALT=CCAGAGAGCCTGGGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:68:64:4:0:56,6:58,6:0.90625,0.09375:30,0:26,6:4:0:31,0:27,6:0:0 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 50.0 PASS AO=57;DP=74;LEN=13;RO=17;SAF=27;SAR=31;SRF=10;SRR=6;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:74:17:57:31:27:10:6 chr7 128454866 . G A 842.97 PASS AF=0.528302;AO=84;DP=159;FAO=84;FDP=159;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.0212753;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.526;QD=21.2067;RBI=0.0213147;REFB=-0.0104617;REVB=0.001294;RO=75;SAF=26;SAR=58;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367866;STB=0.520175;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0086011;OID=.;OPOS=128454866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:75:75:84:84:0.528302:58:26:26:49:58:26:26:49 chr7 128455767 . C G 800.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.764;QD=57.1543;RBI=0.0593334;REFB=0;REVB=0.00584449;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60519e-05;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:40:16:0:0:40:16:0:0 chr7 128455916 . G A 923.37 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3607;QD=56.8228;RBI=0.0464019;REFB=-0.125321;REVB=0.044136;RO=1;SAF=23;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200902;STB=0.510635;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00863341;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:41:23:1:0:41:23:1:0 chr7 128478103 . C T 657.33 PASS AF=0.426901;AO=73;DP=171;FAO=73;FDP=171;FR=.;FRO=98;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.0122324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.27;QD=15.3761;RBI=0.0147757;REFB=-0.0261567;REVB=-0.00828786;RO=97;SAF=36;SAR=37;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754287;STB=0.538968;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0286067;OID=.;OPOS=128478103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:97:98:73:73:0.426901:37:36:55:42:37:36:55:43 chr7 128480123 . C A 463.5 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00997324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1338;QD=15.1969;RBI=0.0105202;REFB=-0.0153408;REVB=-0.00334788;RO=68;SAF=19;SAR=33;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804931;STB=0.546701;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0204873;OID=.;OPOS=128480123;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:70:52:52:0.42623:33:19:30:38:33:19:31:39 chr7 128484816 . A G 3820.26 PASS AF=1;AO=240;DP=240;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.164;QD=63.6709;RBI=0.0238844;REFB=0;REVB=-0.00722586;RO=0;SAF=103;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01061e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37261e-06;OID=.;OPOS=128484816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:240:0:0:240:240:1:137:103:0:0:137:103:0:0 chr7 128485143 . G A 713.49 PASS AF=0.442529;AO=77;DP=174;FAO=77;FDP=174;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.000176905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.901;QD=16.402;RBI=0.0216578;REFB=0.00155604;REVB=0.021657;RO=97;SAF=43;SAR=34;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176675;STB=0.500983;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00195481;OID=.;OPOS=128485143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:97:97:77:77:0.442529:34:43:54:43:34:43:54:43 chr7 128486363 . C T 524.24 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00126598;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.365;QD=15.4188;RBI=0.00126669;REFB=-0.0122016;REVB=-4.22558e-05;RO=79;SAF=32;SAR=25;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122284;STB=0.568608;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.014665;OID=.;OPOS=128486363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:79:57:57:0.419118:25:32:35:44:25:32:35:44 chr7 128486446 . C T 828.76 PASS AF=0.441748;AO=91;DP=206;FAO=91;FDP=206;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.0261287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.263;QD=16.0923;RBI=0.0267521;REFB=-0.00595849;REVB=0.00574159;RO=113;SAF=41;SAR=50;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185673;STB=0.50581;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00630983;OID=.;OPOS=128486446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:113:115:91:91:0.441748:50:41:53:60:50:41:53:62 chr7 128487866 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.542;QD=57.237;RBI=0.012356;REFB=0;REVB=0.0118805;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26772e-05;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr7 128487893 . G A 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.071;QD=60.2232;RBI=0.0178892;REFB=0;REVB=0.01646;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76697e-05;OID=.;OPOS=128487893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr7 128491603 . T C 2849.23 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025659;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.093;QD=62.9663;RBI=0.0261127;REFB=0;REVB=0.00484694;RO=0;SAF=98;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62859e-06;OID=.;OPOS=128491603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:181:0:0:181:181:1:83:98:0:0:83:98:0:0 chr7 128495338 . C T 2458.4 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0461807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5075;QD=60.7012;RBI=0.0618826;REFB=-0.0371469;REVB=0.0411923;RO=1;SAF=86;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550078;STB=0.50289;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00019656;OID=.;OPOS=128495338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:162:1:1:160:161:0.993827:74:86:1:0:75:86:1:0 chr7 128498517 . C T 31.83 PASS AF=0.102564;AO=7;DP=77;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.0313943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.812;QD=1.63209;RBI=0.0316471;REFB=-0.000564137;REVB=0.00399196;RO=69;SAF=5;SAR=2;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130148;STB=0.523589;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0213955;OID=.;OPOS=128498517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:77:78:69:70:7:8:0.102564:2:5:42:27:3:5:42:28 chr7 128498520 . T C 34.72 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0137905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.155;QD=1.80343;RBI=0.0213538;REFB=-0.00171817;REVB=-0.0163036;RO=69;SAF=5;SAR=3;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200557;STB=0.515425;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0226026;OID=.;OPOS=128498520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:3:5:42:27:3:5:42:27 chr7 128505838 . C T 1225.86 PASS AF=0.473881;AO=126;DP=266;FAO=127;FDP=268;FR=.;FRO=141;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=61;FSRR=80;FWDB=0.029559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0027;QD=18.2964;RBI=0.0463185;REFB=-0.00870068;REVB=0.0356605;RO=140;SAF=57;SAR=69;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160889;STB=0.508624;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00968685;OID=.;OPOS=128505838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:268:140:141:126:127:0.473881:69:57:61:79:70:57:61:80 chr7 128520441 . G C 1549.75 PASS AF=0.455556;AO=164;DP=360;FAO=164;FDP=360;FR=.;FRO=196;FSAF=60;FSAR=104;FSRF=42;FSRR=154;FWDB=-0.0309116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.582;QD=17.2195;RBI=0.032945;REFB=-0.0172194;REVB=-0.0113948;RO=195;SAF=60;SAR=104;SRF=42;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168658;STB=0.593366;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.018483;OID=.;OPOS=128520441;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:360:195:196:164:164:0.455556:104:60:42:153:104:60:42:154 chr7 128525182 . T C 502.14 PASS AF=0.381818;AO=55;DP=156;FAO=63;FDP=165;FR=.;FRO=102;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0199493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4548;QD=12.1731;RBI=0.0418704;REFB=-0.00148502;REVB=0.0368125;RO=100;SAF=20;SAR=35;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101746;STB=0.540592;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00591808;OID=.;OPOS=128525182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:165:100:102:55:63:0.381818:35:20:45:55:38:25:47:55 chr7 128532980 . T C 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0519465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9568;QD=13.6593;RBI=0.0536255;REFB=-0.0131583;REVB=0.0133139;RO=21;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159853;STB=0.594448;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0078787;OID=.;OPOS=128532980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:3:11:14:7:3:11:14:7 chr7 128544133 . G T 469.19 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=50;FWDB=0.0752676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7155;QD=15.7712;RBI=0.0844971;REFB=-0.0176312;REVB=-0.0383999;RO=66;SAF=19;SAR=33;SRF=16;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138991;STB=0.570318;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0236006;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:67:52:52:0.436975:33:19:16:50:33:19:17:50 chr7 128550680 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG 4520.21 PASS AF=1,0;AO=294,15;DP=347;FAO=348,0;FDP=348;FR=.;FRO=0;FSAF=166,0;FSAR=182,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106048,-0.158628;FXX=0.0141639;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=18.7304,5.799;QD=51.9565;RBI=0.106337,0.168861;REFB=0.00121426,-0.00631586;REVB=-0.00784027,-0.0578881;RO=4;SAF=131,15;SAR=163,0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0.323529,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00506887,0.846254;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000299475,0;OID=.,.;OPOS=128550681,128550685;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:294,15:347:348,0:348:0:166,0:182,0:0:0:22:4:131,15:163,0:1:3 chr7 128587374 . G A 95.36 PASS AF=0.27907;AO=11;DP=42;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00573666;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4631;QD=8.87049;RBI=0.0482868;REFB=-0.0142375;REVB=0.0479448;RO=31;SAF=10;SAR=1;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600995;STB=0.797788;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0259793;OID=.;OPOS=128587374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:42:43:31:31:11:12:0.27907:1:10:14:17:2:10:14:17 chr7 128587381 . T C 69.88 PASS AF=0.305556;AO=7;DP=33;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0764933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9621;QD=7.76456;RBI=0.0776038;REFB=-0.0588543;REVB=-0.0130811;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511756;STB=0.876421;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0953922;OID=.;OPOS=128587381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:33:36:25:25:7:11:0.305556:6:1:14:11:10:1:14:11 chr7 128607384 . G A 1275.88 PASS AF=0.438486;AO=138;DP=316;FAO=139;FDP=317;FR=.;FRO=178;FSAF=92;FSAR=47;FSRF=103;FSRR=75;FWDB=-0.0156658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0602;QD=16.0994;RBI=0.0244785;REFB=-8.65549e-05;REVB=-0.018809;RO=177;SAF=92;SAR=46;SRF=102;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989581;STB=0.550485;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.000700028;OID=.;OPOS=128607384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:317:177:178:138:139:0.438486:46:92:102:75:47:92:103:75 chr7 128630227 . C T 1770.04 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00937336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.475;QD=60.5144;RBI=0.0187028;REFB=0;REVB=0.0161844;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12789e-05;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:64:52:0:0:64:53:0:0 chr7 128743760 . CTTT C,TTTC 79.08 PASS AF=0.454545,0.545455;AO=2,2;DP=17;FAO=5,6;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=3,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664281,0.00119431;FXX=0.475964;HRUN=14,2;LEN=3,4;MLLD=11.7406,86.9982;QD=28.7553;RBI=0.0684282,0.0187065;REFB=-0.564405,-0.14073;REVB=0.0164233,-0.0186683;RO=0;SAF=1,0;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.19135,0.00314946;OID=.,.;OPOS=128743761,128743760;OREF=TTT,CTTT;OALT=-,TTTC;OMAPALT=C,TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:17:11:0:0:2,2:5,6:0.454545,0.545455:1,2:1,0:0:0:3,6:2,0:0:0 chr7 128767410 . A G 2910.73 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7188;QD=62.9348;RBI=0.0217385;REFB=0;REVB=0.0144588;RO=0;SAF=111;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37692e-05;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:185:0:0:184:185:1:73:111:0:0:74:111:0:0 chr7 128767490 . T C 1908.24 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207666;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.893;QD=61.556;RBI=0.0236505;REFB=0;REVB=-0.0113179;RO=0;SAF=52;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292066;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:122:124:1:70:52:0:0:70:54:0:0 chr7 128767506 . T G 1609.94 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0938147;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1797;QD=60.1849;RBI=0.0940326;REFB=0;REVB=0.00639783;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323744;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:59:48:0:0:59:48:0:0 chr7 128804780 . C G 1282.38 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4728;QD=61.8017;RBI=0.112754;REFB=0;REVB=0.0309855;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695046;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr7 128846207 . G A 860.49 PASS AF=0.547945;AO=80;DP=146;FAO=80;FDP=146;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0164572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7317;QD=23.5752;RBI=0.0621268;REFB=-0.046415;REVB=0.0599074;RO=65;SAF=30;SAR=50;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611732;STB=0.530568;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0382469;OID=.;OPOS=128846207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:65:66:80:80:0.547945:50:30:29:36:50:30:29:37 chr7 128846328 . G C 1455.59 PASS AF=0.482315;AO=148;DP=311;FAO=150;FDP=311;FR=.;FRO=161;FSAF=64;FSAR=86;FSRF=66;FSRR=95;FWDB=-0.00465632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.503;QD=18.7214;RBI=0.0122085;REFB=-0.0124249;REVB=0.0112857;RO=161;SAF=64;SAR=84;SRF=66;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217752;STB=0.508872;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0135331;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:161:161:148:150:0.482315:84:64:66:95:86:64:66:95 chr7 128850875 . T C 1331.62 PASS AF=0.519685;AO=131;DP=253;FAO=132;FDP=254;FR=.;FRO=122;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=70;FSRR=52;FWDB=-0.0402006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.201;QD=20.9704;RBI=0.0425797;REFB=-0.00558275;REVB=-0.0140334;RO=120;SAF=63;SAR=68;SRF=69;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821498;STB=0.542633;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00620494;OID=.;OPOS=128850875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:120:122:131:132:0.519685:68:63:69:51:68:64:70:52 chr7 128853303 . T G 451.77 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.0145564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.346;QD=16.1345;RBI=0.0185665;REFB=-0.00744028;REVB=0.011525;RO=62;SAF=18;SAR=32;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230595;STB=0.512875;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00709719;OID=.;OPOS=128853303;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:32:18:21:41:32:18:21:41 chr7 129067053 . T C 653.34 PASS AF=0.515873;AO=64;DP=125;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0108428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.732;QD=20.7408;RBI=0.016258;REFB=-0.0315566;REVB=0.0121143;RO=61;SAF=35;SAR=29;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835014;STB=0.54949;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0271841;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:61:61:64:65:0.515873:29:35:39:22:30:35:39:22 chr7 129098165 . G A 911.57 PASS AF=0.514286;AO=91;DP=176;FAO=90;FDP=175;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.00375777;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.836;QD=20.836;RBI=0.0167638;REFB=0.00309203;REVB=-0.0163372;RO=82;SAF=46;SAR=45;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480618;STB=0.519996;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0028124;OID=.;OPOS=129098165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:82:85:91:90:0.514286:45:46:46:36:45:45:46:39 chr7 129142694 . C G 3337.65 PASS AF=0.875;AO=243;DP=280;FAO=245;FDP=280;FR=.;FRO=35;FSAF=99;FSAR=146;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0345997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4871;QD=47.6808;RBI=0.0347622;REFB=-0.180974;REVB=-0.00335682;RO=35;SAF=100;SAR=143;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419559;STB=0.51055;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0140883;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:35:35:243:245:0.875:143:100:15:20:146:99:17:18 chr7 129297332 . T G 1335.26 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300731;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.513;QD=62.8359;RBI=0.0429145;REFB=0;REVB=0.0306146;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171651;OID=.;OPOS=129297332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr7 129474470 . G A 826.66 PASS AF=0.477528;AO=85;DP=177;FAO=85;FDP=178;FR=.;FRO=93;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.00641342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.756;QD=18.5766;RBI=0.0298018;REFB=-0.0195198;REVB=-0.0291035;RO=92;SAF=44;SAR=41;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243744;STB=0.510461;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0211982;OID=.;OPOS=129474470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:92:93:85:85:0.477528:41:44:50:42:41:44:50:43 chr7 129504866 . C G 564.23 PASS AF=0.468254;AO=58;DP=128;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0290051;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5266;QD=17.9119;RBI=0.031245;REFB=-0.0159481;REVB=-0.0116169;RO=66;SAF=15;SAR=43;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185034;STB=0.603087;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0167017;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:66:67:58:59:0.468254:43:15:28:38:44:15:28:39 chr7 129664312 . T C 462.54 PASS AF=0.474227;AO=45;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00649586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.696;QD=19.0739;RBI=0.00920648;REFB=-0.00313049;REVB=0.00652404;RO=51;SAF=19;SAR=26;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00892058;STB=0.509899;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00390431;OID=.;OPOS=129664312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:45:46:0.474227:26:19:22:29:27:19:22:29 chr7 129813738 . T C 1510.75 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4206;QD=63.6106;RBI=0.168304;REFB=0;REVB=0.166431;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666549;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:92:95:1:57:35:0:0:60:35:0:0 chr7 129913534 . TG GT,TT 64.45 PASS AF=0,0.204082;AO=7,3;DP=45;FAO=0,10;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=0,6;FSAR=0,4;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0331821,0.0175154;FXX=0;HRUN=18,1;LEN=2,1;MLLD=27.7239,123.285;QD=5.26099;RBI=0.062708,0.0368187;REFB=-0.285431,-0.0116032;REVB=-0.0532094,-0.0323856;RO=28;SAF=2,2;SAR=5,1;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.409976,0.0273668;STB=0.5,0.559202;STBP=1,0.671;TYPE=mnp,snp;VARB=0.149353,0.0553053;OID=.,.;OPOS=129913534,129913535;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:45:49:28:38:7,3:0,10:0,0.204082:5,1:2,2:18:10:0,4:0,6:20:18 chr7 129916515 . T C 2305.79 PASS AF=0.981013;AO=154;DP=158;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00354194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.797;QD=58.3743;RBI=0.0647124;REFB=-0.0931515;REVB=0.0646154;RO=2;SAF=70;SAR=84;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133959;STB=0.504118;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00195822;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:158:158:2:3:154:155:0.981013:84:70:2:0:85:70:2:1 chr7 129944402 . C A 884.34 PASS AF=0.463918;AO=90;DP=194;FAO=90;FDP=194;FR=.;FRO=104;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=38;FSRR=66;FWDB=0.00949929;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.587;QD=18.2338;RBI=0.0313022;REFB=-0.00563969;REVB=-0.029826;RO=104;SAF=37;SAR=53;SRF=38;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461969;STB=0.525537;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00553252;OID=.;OPOS=129944402;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:104:104:90:90:0.463918:53:37:38:66:53:37:38:66 chr7 129962360 . A G 1607.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.601;QD=60.075;RBI=0.0585512;REFB=0;REVB=-0.00629194;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03066e-05;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:59:48:0:0:59:48:0:0 chr7 129962682 . A G 1697.45 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00393011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.439;QD=59.5598;RBI=0.0302357;REFB=-0.103267;REVB=0.0299791;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.503999;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000142353;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:0:1:113:113:0.991228:51:62:0:0:51:62:1:0 chr7 129984274 . A G 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8247;QD=58.9603;RBI=0.0723493;REFB=0;REVB=-0.00723927;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503202;OID=.;OPOS=129984274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr7 129986338 . C T 1824.88 PASS AF=0.968254;AO=122;DP=126;FAO=122;FDP=126;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00804558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.906;QD=57.9328;RBI=0.0518185;REFB=-0.183724;REVB=0.0511901;RO=4;SAF=70;SAR=52;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351447;STB=0.518515;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000413138;OID=.;OPOS=129986338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:126:126:4:4:122:122:0.968254:52:70:0:4:52:70:0:4 chr7 129989878 . T C 1873.76 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230628;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.49;QD=61.4349;RBI=0.0290382;REFB=0;REVB=0.0176444;RO=0;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133707;OID=.;OPOS=129989878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:71:50:0:0:71:51:0:0 chr7 130002317 . T C 714.41 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.060149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.655;QD=48.4343;RBI=0.069048;REFB=-0.0577324;REVB=0.0339075;RO=5;SAF=30;SAR=24;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723243;STB=0.538447;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00438445;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:59:59:5:5:54:54:0.915254:24:30:5:0:24:30:5:0 chr7 130021488 . G C 6907.85 PASS AF=0.966457;AO=455;DP=477;FAO=461;FDP=477;FR=.;FRO=16;FSAF=247;FSAR=214;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0253581;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.9373;QD=57.9275;RBI=0.0409202;REFB=-0.0822176;REVB=-0.032116;RO=16;SAF=245;SAR=210;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138002;STB=0.509341;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00218721;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:477:477:16:16:455:461:0.966457:210:245:12:4:214:247:13:3 chr7 130080812 . T G 5023.59 PASS AF=1;AO=322;DP=329;FAO=325;FDP=325;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184578;FXX=0.0121577;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.22;QD=61.8288;RBI=0.0040602;REFB=-0.0607932;REVB=-0.00361639;RO=0;SAF=170;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3718e-05;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:329:325:0:0:322:325:1:152:170:0:0:152:173:0:0 chr7 130295954 . G C 491.04 PASS AF=0.48;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.00321905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.735;QD=19.6414;RBI=0.00651979;REFB=-0.00230695;REVB=-0.00566969;RO=50;SAF=14;SAR=34;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013068;STB=0.51428;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00219422;OID=.;OPOS=130295954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:50:52:48:48:0.48:34:14:14:36:34:14:14:38 chr7 131185995 . C A 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00743775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.843;QD=18.0814;RBI=0.0226808;REFB=-0.0218255;REVB=-0.0214266;RO=47;SAF=16;SAR=25;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00731187;STB=0.504082;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0266941;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:25:16:18:29:25:16:18:29 chr7 131190696 . T C 1248.45 PASS AF=0.438127;AO=131;DP=300;FAO=131;FDP=299;FR=.;FRO=168;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=85;FSRR=83;FWDB=-0.0282075;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.278;QD=16.7017;RBI=0.0295115;REFB=-0.00340339;REVB=-0.00867541;RO=168;SAF=67;SAR=64;SRF=85;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556808;STB=0.50309;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00431846;OID=.;OPOS=131190696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:299:168:168:131:131:0.438127:64:67:85:83:64:67:85:83 chr7 131193739 . C T 269.2 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0239094;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.553;QD=13.8051;RBI=0.0256172;REFB=-0.00961222;REVB=-0.00919678;RO=46;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284497;STB=0.524122;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0148819;OID=.;OPOS=131193739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:46:47:31:31:0.397436:19:12:19:27:19:12:20:27 chr7 131241085 . G A 308.79 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00568157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.557;QD=28.0715;RBI=0.00723078;REFB=-0.0292597;REVB=0.00447257;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214914;STB=0.621803;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0224275;OID=.;OPOS=131241085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:17:17:26:27:0.613636:12:14:4:13:12:15:4:13 chr7 131812922 . T C 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0047;QD=60.3734;RBI=0.00880595;REFB=0;REVB=0.00499258;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03508e-05;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr7 131814185 . A G 3122.09 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.407;QD=61.8237;RBI=0.0973207;REFB=0;REVB=0.0955771;RO=0;SAF=102;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84222e-05;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:202:0:0:193:202:1:91:102:0:0:100:102:0:0 chr7 131814529 . G A 901.14 PASS AF=0.928571;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00630591;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.493;QD=51.4937;RBI=0.0129133;REFB=-0.0788538;REVB=0.0112689;RO=5;SAF=37;SAR=28;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023141;STB=0.512278;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00107711;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:70:70:5:5:65:65:0.928571:28:37:2:3:28:37:2:3 chr7 131815310 . A G 2317.54 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224969;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3862;QD=63.9321;RBI=0.0241475;REFB=0;REVB=-0.00877437;RO=0;SAF=73;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221275;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:72:73:0:0:72:73:0:0 chr7 131864591 . T C 2038.76 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.233;QD=62.2522;RBI=0.0174738;REFB=0;REVB=0.00982263;RO=0;SAF=61;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05477e-06;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:69:61:0:0:70:61:0:0 chr7 132707171 . C T 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00157804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.029;QD=12.7242;RBI=0.00994457;REFB=-0.00243195;REVB=0.00981857;RO=34;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232722;STB=0.52053;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00359765;OID=.;OPOS=132707171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:36:23:23:0.389831:16:7:11:23:16:7:12:24 chr7 132767617 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.225;QD=43.4858;RBI=0.0611202;REFB=0;REVB=-0.0302627;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108954;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr7 133749164 . G A 671.12 PASS AF=0.496296;AO=66;DP=135;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00570853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.426;QD=19.8849;RBI=0.00666455;REFB=-0.0150852;REVB=0.00343933;RO=68;SAF=32;SAR=34;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538097;STB=0.533309;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0144089;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:68:68:66:67:0.496296:34:32:29:39:34:33:29:39 chr7 133848257 . G T 1539.48 PASS AF=0.477204;AO=157;DP=329;FAO=157;FDP=329;FR=.;FRO=172;FSAF=81;FSAR=76;FSRF=71;FSRR=101;FWDB=-0.0179404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7708;QD=18.7171;RBI=0.0182217;REFB=0.010828;REVB=0.00318956;RO=172;SAF=81;SAR=76;SRF=71;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978249;STB=0.55378;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0147997;OID=.;OPOS=133848257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:329:172:172:157:157:0.477204:76:81:71:101:76:81:71:101 chr7 133868507 . C T 4280.63 PASS AF=1;AO=273;DP=274;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691482;FXX=0.0036495;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.242;QD=62.7199;RBI=0.0259448;REFB=-0.0142349;REVB=0.0250064;RO=1;SAF=127;SAR=146;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05214e-05;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:274:273:1:0:273:273:1:146:127:0:1:146:127:0:0 chr7 133906669 . C T 334.3 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0514086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2931;QD=20.8937;RBI=0.0557811;REFB=-0.0344008;REVB=-0.0216491;RO=28;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702957;STB=0.522923;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0442746;OID=.;OPOS=133906669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:29:34:35:0.546875:19:15:10:18:20:15:11:18 chr7 134225787 . TC T,TT 550.92 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=6,30;DP=36;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208569,0.0183127;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.868,267.122;QD=59.5588;RBI=0.0224063,0.0185732;REFB=0,0;REVB=-0.00818722,-0.00309934;RO=0;SAF=4,20;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0651358,-0.000672395;OID=.,.;OPOS=134225788,134225788;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:6,30:36:1,36:37:0:0,24:1,12:0:0:6:0:4,20:2,10:0:0 chr7 134225827 . A G 867.62 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.033;QD=57.8414;RBI=0.0423831;REFB=0;REVB=-0.0173345;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37694e-05;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr7 134261097 . C G 2035.24 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423197;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.095;QD=62.1447;RBI=0.0449111;REFB=0;REVB=0.015035;RO=0;SAF=70;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09599e-05;OID=.;OPOS=134261097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:130:131:1:60:70:0:0:61:70:0:0 chr7 134576441 . T C 1977.34 PASS AF=0.937063;AO=133;DP=138;FAO=134;FDP=143;FR=.;FRO=9;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.00669956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0807;QD=55.3102;RBI=0.0496921;REFB=-0.129924;REVB=0.0492384;RO=4;SAF=69;SAR=64;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287788;STB=0.532842;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00341057;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:138:143:4:9:133:134:0.937063:64:69:0:4:64:70:0:9 chr7 134618710 . A G 74.49 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.000140448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.644;QD=10.6416;RBI=0.00909148;REFB=0.000916313;REVB=0.00909039;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162053;STB=0.599771;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.000943089;OID=.;OPOS=134618710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:9:1:3:15:9:1:3:15 chr7 134653930 . T C 233.42 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00167532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.893;QD=16.9761;RBI=0.0016754;REFB=-0.0108243;REVB=1.59973e-05;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126582;STB=0.571373;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0250579;OID=.;OPOS=134653930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:10:16:14:15:10:16:14:15 chr7 134678253 . T A 481.32 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00862101;FXX=0.00812942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.705;QD=15.7811;RBI=0.0156776;REFB=-0.00756365;REVB=0.0130945;RO=69;SAF=29;SAR=24;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048213;STB=0.526966;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00714281;OID=.;OPOS=134678253;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:69:69:53:53:0.434426:24:29:41:28:24:29:41:28 chr7 134701856 . G C 4498.28 PASS AF=0.993031;AO=284;DP=289;FAO=285;FDP=287;FR=.;FRO=2;FSAF=125;FSAR=160;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00366479;FXX=0.00692018;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.288;QD=62.6938;RBI=0.0234068;REFB=-0.0187735;REVB=-0.0231181;RO=2;SAF=125;SAR=159;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00756786;STB=0.503968;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000108459;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:289:287:2:2:284:285:0.993031:159:125:2:0:160:125:2:0 chr7 134719551 . C G 3529.29 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853821;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4398;QD=62.743;RBI=0.00866997;REFB=0;REVB=-0.00150578;RO=0;SAF=101;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067548;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:0:0:224:225:1:123:101:0:0:124:101:0:0 chr7 134849280 . T A 2683.14 PASS AF=0.988636;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0103035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.68;QD=60.9806;RBI=0.0408448;REFB=-0.070875;REVB=0.0395239;RO=0;SAF=84;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505494;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000373019;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:176:176:0:2:174:174:0.988636:90:84:0:0:90:84:0:2 chr7 134850465 . C T 1549.17 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.946;QD=63.8831;RBI=0.106332;REFB=0;REVB=0.104266;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196764;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:39:57:0:0:40:57:0:0 chr7 134850469 . A G 1540.55 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.832;QD=59.827;RBI=0.0128323;REFB=0;REVB=0.00337777;RO=0;SAF=63;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15547e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92092e-05;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:40:63:0:0:40:63:0:0 chr7 134871775 . C T 820.91 PASS AF=0.441026;AO=86;DP=195;FAO=86;FDP=195;FR=.;FRO=109;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=0.0201962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.031;QD=16.8392;RBI=0.0204627;REFB=-0.0158722;REVB=0.00329205;RO=109;SAF=29;SAR=57;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101484;STB=0.556584;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0187204;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:109:109:86:86:0.441026:57:29:47:62:57:29:47:62 chr7 134879830 . G A 543.35 PASS AF=0.456693;AO=57;DP=126;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0131668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.585;QD=17.1133;RBI=0.0268819;REFB=-0.0176997;REVB=-0.0234366;RO=69;SAF=28;SAR=29;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555619;STB=0.535421;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0299144;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:69:69:57:58:0.456693:29:28:30:39:29:29:30:39 chr7 134889141 . G A 814.22 PASS AF=0.477273;AO=84;DP=176;FAO=84;FDP=176;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.0431688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3722;QD=18.505;RBI=0.0622445;REFB=0.0158479;REVB=0.0448423;RO=92;SAF=42;SAR=42;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720317;STB=0.539763;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0163842;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:92:92:84:84:0.477273:42:42:39:53:42:42:39:53 chr7 134891961 . G A 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00778077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.566;QD=12.8368;RBI=0.00985057;REFB=-0.00286547;REVB=-0.00604098;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349392;STB=0.504377;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00502756;OID=.;OPOS=134891961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:39:25:25:0.390625:12:13:18:19:12:13:20:19 chr7 134925411 . G A 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0139754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3336;QD=19.401;RBI=0.0605983;REFB=-0.00713689;REVB=0.0589648;RO=38;SAF=11;SAR=27;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108743;STB=0.56067;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00736068;OID=.;OPOS=134925411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:27:11:15:23:27:11:15:23 chr7 135047703 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6556;QD=51.9142;RBI=0.0752115;REFB=0;REVB=0.0501927;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163228;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr7 135095270 . A G 3131.88 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.363;QD=63.916;RBI=0.054663;REFB=0;REVB=0.0251175;RO=0;SAF=96;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51397e-05;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:100:96:0:0:100:96:0:0 chr7 135304273 . G C 3123.31 PASS AF=0.994924;AO=196;DP=199;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296174;FXX=0.0100497;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.798;QD=63.4175;RBI=0.0299872;REFB=-0.107398;REVB=0.00469462;RO=1;SAF=87;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544273;STB=0.502857;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000266621;OID=.;OPOS=135304273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:197:1:1:196:196:0.994924:109:87:1:0:109:87:1:0 chr7 135312726 . T A 822.3 PASS AF=0.412556;AO=92;DP=223;FAO=92;FDP=223;FR=.;FRO=131;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=0.00239154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.705;QD=14.7497;RBI=0.0323025;REFB=-0.00862371;REVB=0.0322139;RO=131;SAF=47;SAR=45;SRF=61;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474515;STB=0.526541;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0118054;OID=.;OPOS=135312726;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:131:131:92:92:0.412556:45:47:61:70:45:47:61:70 chr7 135329690 . T C 736.8 PASS AF=0.421053;AO=79;DP=189;FAO=80;FDP=190;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.00368562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.758;QD=15.5115;RBI=0.00424314;REFB=-0.00564679;REVB=-0.00210249;RO=110;SAF=31;SAR=48;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761693;STB=0.537787;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00852875;OID=.;OPOS=135329690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:110:110:79:80:0.421053:48:31:51:59:48:32:51:59 chr7 135387656 . G A 322.37 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0202909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0253;QD=16.5319;RBI=0.042516;REFB=0.00662513;REVB=-0.0373616;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133541;STB=0.56816;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00992592;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:19:16:25:17:19:16:25:18 chr7 135392876 . T C 1951.97 PASS AF=0.438155;AO=196;DP=469;FAO=209;FDP=477;FR=.;FRO=268;FSAF=108;FSAR=101;FSRF=122;FSRR=146;FWDB=0.0125192;FXX=0.0124221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.751;QD=16.3687;RBI=0.0140942;REFB=-0.0180196;REVB=-0.00647423;RO=272;SAF=102;SAR=94;SRF=126;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596722;STB=0.534522;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0203938;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:469:477:272:268:196:209:0.438155:94:102:126:146:101:108:122:146 chr7 135645474 . A T 1045.36 PASS AF=0.469565;AO=108;DP=230;FAO=108;FDP=230;FR=.;FRO=122;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=0.0174417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.925;QD=18.1802;RBI=0.0184777;REFB=-0.017642;REVB=0.00610016;RO=121;SAF=62;SAR=46;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075557;STB=0.544028;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0158473;OID=.;OPOS=135645474;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:121:122:108:108:0.469565:46:62:60:61:46:62:60:62 chr7 136701563 . G C 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0110653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.977;QD=19.6929;RBI=0.0113674;REFB=-0.0177863;REVB=-0.00260322;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525473;STB=0.529389;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0155538;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:11:14:13:13:11:14 chr7 136703707 . C T 1822.22 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0063887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2715;QD=61.2512;RBI=0.0461474;REFB=0;REVB=-0.045703;RO=0;SAF=69;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140062;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:49:69:0:0:49:70:0:0 chr7 137075847 . T A 528.49 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0204228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4084;QD=18.0679;RBI=0.0689504;REFB=-0.0214572;REVB=-0.0658564;RO=60;SAF=17;SAR=39;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101355;STB=0.553076;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0228647;OID=.;OPOS=137075847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:60:61:56:56:0.478632:39:17:24:36:39:17:24:37 chr7 137128830 . T C 1401.37 PASS AF=0.470968;AO=146;DP=310;FAO=146;FDP=310;FR=.;FRO=164;FSAF=86;FSAR=60;FSRF=76;FSRR=88;FWDB=0.0256601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0852;QD=18.0822;RBI=0.0344792;REFB=-0.0216741;REVB=0.0230298;RO=164;SAF=86;SAR=60;SRF=76;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121512;STB=0.56699;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0237097;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:164:164:146:146:0.470968:60:86:76:88:60:86:76:88 chr7 137561077 . C CGT 46.69 PASS AF=0.4;AO=7;DP=57;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0673573;FXX=0.354724;HRUN=1;LEN=2;MLLD=47.8773;QD=9.33832;RBI=0.0714211;REFB=-0.0669068;REVB=0.0237479;RO=44;SAF=0;SAR=7;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.696163;STB=0.874062;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.271719;OID=.;OPOS=137561078;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:7:57:8:20:12:1:7:9:3:46:44:0:7:26:18 chr7 137564501 . C G 2389.66 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.435;QD=64.1519;RBI=0.0149462;REFB=0;REVB=0.0144588;RO=0;SAF=57;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97308e-05;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:92:57:0:0:92:57:0:0 chr7 137600690 . C T 5121.85 PASS AF=1;AO=324;DP=325;FAO=326;FDP=326;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475482;FXX=0.00609737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0576;QD=62.8448;RBI=0.0571405;REFB=-0.0628738;REVB=0.0316891;RO=0;SAF=161;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524944;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:325:326:0:0:324:326:1:163:161:0:0:164:162:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 2364.43 PASS AF=0.921348;AO=161;DP=167;FAO=164;FDP=178;FR=.;FRO=14;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00456482;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=3;MLLD=295.122;QD=53.1333;RBI=0.0289466;REFB=-0.0467513;REVB=0.0285844;RO=0;SAF=86;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27235e-08;STB=0.520196;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.00145219;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.921348:161:167:164:178:14:87:77:11:3:40:0:86:75:0:0 chr7 137801413 . A C 536.79 PASS AF=0.422535;AO=54;DP=138;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0171218;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.312;QD=15.121;RBI=0.0242654;REFB=-0.0268086;REVB=0.0171946;RO=80;SAF=23;SAR=31;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393067;STB=0.547799;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0339745;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:142:80:82:54:60:0.422535:31:23:37:43:37:23:38:44 chr7 138270657 . G A 415.33 PASS AF=0.337662;AO=52;DP=156;FAO=52;FDP=154;FR=.;FRO=102;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=-0.00601565;FXX=0.0666626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.771;QD=10.7879;RBI=0.00965734;REFB=-0.00959097;REVB=-0.00755487;RO=86;SAF=21;SAR=31;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206031;STB=0.620874;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0193696;OID=.;OPOS=138270657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:86:102:52:52:0.337662:31:21:51:35:31:21:60:42 chr7 138305806 . T C 372.54 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00984606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.246;QD=16.9336;RBI=0.00987787;REFB=-0.0180066;REVB=0.000792023;RO=46;SAF=13;SAR=26;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837495;STB=0.554766;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0206556;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:48:39:40:0.454545:26:13:19:27:27:13:20:28 chr7 138309842 . C A 225.39 PASS AF=0.349398;AO=22;DP=76;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0131775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.342;QD=10.862;RBI=0.0183428;REFB=-0.021041;REVB=-0.0127598;RO=53;SAF=14;SAR=8;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197156;STB=0.615959;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0352053;OID=.;OPOS=138309842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:83:53:54:22:29:0.349398:8:14:25:28:10:19:26:28 chr7 138329572 . G A 474.54 PASS AF=0.47;AO=46;DP=94;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0252715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.233;QD=18.9816;RBI=0.0558764;REFB=-0.0180468;REVB=-0.049835;RO=47;SAF=18;SAR=28;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167938;STB=0.556588;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.02004;OID=.;OPOS=138329572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:100:47:53:46:47:0.47:28:18:27:20:28:19:27:26 chr7 138347869 . C T 162.99 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0349996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.144;QD=9.18276;RBI=0.036214;REFB=0.000717543;REVB=-0.00929968;RO=49;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118747;STB=0.570258;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00157887;OID=.;OPOS=138347869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:13:9:25:24:13:9:25:24 chr7 138363767 . A G 884.35 PASS AF=0.419913;AO=96;DP=229;FAO=97;FDP=231;FR=.;FRO=134;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=82;FWDB=-0.0259424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.043;QD=15.3133;RBI=0.029417;REFB=-0.0162787;REVB=-0.0138691;RO=132;SAF=41;SAR=55;SRF=52;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353486;STB=0.520703;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0239568;OID=.;OPOS=138363767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:231:132:134:96:97:0.419913:55:41:52:80:56:41:52:82 chr7 138417718 . A G 2478.92 PASS AF=0.987879;AO=163;DP=165;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0354715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.361;QD=60.0951;RBI=0.0381232;REFB=-0.149952;REVB=-0.0139696;RO=2;SAF=53;SAR=110;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176142;STB=0.509258;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00104309;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:165:2:2:163:163:0.987879:110:53:2:0:110:53:2:0 chr7 138418910 . G A 894.9 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.048;QD=57.7354;RBI=0.056548;REFB=0;REVB=0.0564864;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48154e-05;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:62:0:0:56:62:1:29:27:0:0:32:30:0:0 chr7 138455988 . A G 322.31 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=55;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0217966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.476;QD=23.0221;RBI=0.0282366;REFB=-0.00152632;REVB=0.0179504;RO=23;SAF=14;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357773;STB=0.513896;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00242091;OID=.;OPOS=138455988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:23:32:33:0.589286:18:14:9:14:19:14:9:14 chr7 138486096 . G C 1417.73 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.65;QD=61.6405;RBI=0.0562003;REFB=0;REVB=-0.0255612;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401123;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:88:92:1:33:55:0:0:33:59:0:0 chr7 138561175 . C G 437.56 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0125993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6672;QD=21.608;RBI=0.0177966;REFB=0.000791088;REVB=0.0125689;RO=36;SAF=24;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713327;STB=0.552017;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000617907;OID=.;OPOS=138561175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:38:43:43:0.530864:19:24:17:19:19:24:17:21 chr7 138583840 . C A 735.22 PASS AF=0.438889;AO=77;DP=180;FAO=79;FDP=180;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.000632876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.396;QD=16.3381;RBI=0.00500213;REFB=1.88198e-05;REVB=0.00496193;RO=100;SAF=34;SAR=43;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291;STB=0.511033;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-1.84648e-05;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:100:101:77:79:0.438889:43:34:47:53:43:36:48:53 chr7 138596064 . G A 244.59 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0208797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.687;QD=17.4705;RBI=0.0231415;REFB=-0.00998985;REVB=-0.00997838;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113757;STB=0.571187;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0041351;OID=.;OPOS=138596064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:29:27:27:0.482143:14:13:10:18:14:13:10:19 chr7 138601826 . G A 3210.14 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.13;QD=64.2028;RBI=0.0248142;REFB=0;REVB=-0.0216432;RO=0;SAF=79;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.817e-06;OID=.;OPOS=138601826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:200:0:0:199:200:1:120:79:0:0:120:80:0:0 chr7 138602417 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.029;QD=61.3362;RBI=0.0497514;REFB=0;REVB=-0.047424;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197988;OID=.;OPOS=138602417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr7 138602523 . T C 959.2 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218678;FXX=0.0714184;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.649;QD=59.0279;RBI=0.0443894;REFB=0;REVB=0.0443355;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867136;OID=.;OPOS=138602523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:34:31:0:0 chr7 138602916 . G C 425.21 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00216095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.007;QD=24.2977;RBI=0.0121302;REFB=-0.0150597;REVB=0.0119361;RO=29;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333647;STB=0.518301;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0105858;OID=.;OPOS=138602916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:18:23:15:14:18:23:15:14 chr7 138603282 . T C 321.77 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=47;FWDB=-0.00761939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.915;QD=12.3756;RBI=0.00851116;REFB=-0.015326;REVB=-0.00379271;RO=65;SAF=10;SAR=29;SRF=18;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289099;STB=0.516531;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0267082;OID=.;OPOS=138603282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:29:10:18:47:29:10:18:47 chr7 138710903 . C G 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0276129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9109;QD=15.575;RBI=0.0332579;REFB=0.0246248;REVB=-0.0185368;RO=31;SAF=6;SAR=19;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237988;STB=0.513503;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0296378;OID=.;OPOS=138710903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:19:6:8:23:19:6:8:23 chr7 138731687 . A G 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.968;QD=52.1518;RBI=0.0296223;REFB=-0.0444045;REVB=0.00144758;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00189461;OID=.;OPOS=138731687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:0:1:14:13:0:1 chr7 138732457 . G A 1800.34 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0048359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.936;QD=61.0284;RBI=0.0498052;REFB=0;REVB=0.0495699;RO=0;SAF=63;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11578e-05;OID=.;OPOS=138732457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:53:63:0:0:55:63:0:0 chr7 138732497 . G A 1509.81 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281567;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7686;QD=63.571;RBI=0.012048;REFB=0;REVB=-0.0117144;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02648e-05;OID=.;OPOS=138732497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:93:95:1:44:49:0:0:46:49:0:0 chr7 138740037 . G C 1601.57 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425086;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5235;QD=59.3175;RBI=0.0482556;REFB=0;REVB=-0.022839;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150118;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:108:108:0:0:106:108:1:60:46:0:0:61:47:0:0 chr7 138874416 . C G 752.19 PASS AF=0.423469;AO=83;DP=200;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=-0.000495714;FXX=0.0248744;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.755;QD=15.3507;RBI=0.00049579;REFB=-0.00629776;REVB=8.70615e-06;RO=110;SAF=42;SAR=41;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052587;STB=0.526413;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00720652;OID=.;OPOS=138874416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:196:110:113:83:83:0.423469:41:42:50:60:41:42:52:61 chr7 139252780 . T C 1484.42 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154895;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.936;QD=59.9767;RBI=0.0362557;REFB=0;REVB=0.0327804;RO=0;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27425e-05;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:98:99:1:40:58:0:0:41:58:0:0 chr7 139257355 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC,TCTTTTTTTTTT 173.79 PASS AF=0.855556,0.0777778,0.0666667;AO=30,6,4;DP=91;FAO=77,7,6;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50,2,3;FSAR=27,5,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.168738,-0.024546,-0.00559718;FXX=0.052626;HRUN=11,11,1;LEN=1,1,2;MLLD=3.76637,14.5747,70.747;QD=7.72412;RBI=0.296252,0.0804295,0.0271541;REFB=0.00613698,-0.00697551,-0.000130812;REVB=0.243502,0.0765924,-0.0265709;RO=26;SAF=20,1,1;SAR=10,5,3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0472792,-0.516049,-0.397605;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0773861,-0.0707107,-0.383937;OID=.,.,.;OPOS=139257356,139257366,139257355;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC,TCTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:91:90:26:0:30,6,4:77,7,6:0.855556,0.0777778,0.0666667:10,5,3:20,1,1:16:10:27,5,3:50,2,3:0:0 chr7 139268736 . C CG 89.86 PASS AF=0.153846;AO=29;DP=178;FAO=26;FDP=169;FR=.;FRO=143;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=114;FWDB=-0.000273866;FXX=0.0174408;HRUN=0;LEN=1;MLLD=118.215;QD=2.12688;RBI=0.0300357;REFB=-0.00267947;REVB=-0.0300345;RO=145;SAF=24;SAR=5;SRF=33;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.670659;STB=0.94498;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.090074;OID=.;OPOS=139268737;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:29:178:26:169:143:23:3:29:114:89:145:24:5:33:112 chr7 139653196 . A C 1539.54 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00719734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4556;QD=58.6493;RBI=0.03829;REFB=0.0116192;REVB=0.0376075;RO=1;SAF=40;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117148;STB=0.506172;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=2.97238e-05;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:64:40:1:0:64:40:1:0 chr7 139784641 . A G 1573.39 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.366;QD=58.8181;RBI=0.0324835;REFB=-0.0911588;REVB=0.0222553;RO=1;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839996;STB=0.504424;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000111779;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:56:50:0:1:56:50:0:1 chr7 139785189 . C CA,CCA 168.71 PASS AF=0.0487805,0.439024;AO=5,14;DP=49;FAO=2,18;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=0,0;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=0,0;FXX=0.0465008;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=15.1869,25.0777;QD=16.4598;RBI=0.0548387,0.0184121;REFB=-0.043,-0.0521773;REVB=-0.0548387,0.0184121;RO=27;SAF=0,0;SAR=5,14;SRF=3;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.552239,-0.73989;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00130491,0.0641662;OID=.,.;OPOS=139785190,139785190;OREF=-,-;OALT=A,CA;OMAPALT=CA,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0487805,0.439024:5,14:49:2,18:41:21:0,0:2,18:0:21:99:27:0,0:5,14:3:24 chr7 139785200 . A C 89.16 PASS AF=0.206897;AO=22;DP=76;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=64;FWDB=-0.0259002;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=21.1908;QD=4.09936;RBI=0.0673395;REFB=-0.0139655;REVB=-0.0621594;RO=54;SAF=2;SAR=20;SRF=5;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006021;STB=0.588152;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0673877;OID=.;OPOS=139785200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:76:87:54:69:22:18:0.206897:20:2:5:49:16:2:5:64 chr7 139790969 . TCCT CTTC,TCC 45.69 PASS AF=0.0307692,0.1;AO=7,24;DP=134;FAO=4,13;FDP=130;FR=.;FRO=113;FSAF=0,6;FSAR=4,7;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=-0.0142186,-0.011615;FXX=0.0441144;HRUN=2,7;LEN=4,1;MLLD=221.215,9.56544;QD=1.40587;RBI=0.135139,0.074362;REFB=-0.00339339,-0.0542109;REVB=-0.134389,0.0734493;RO=91;SAF=0,14;SAR=7,10;SRF=47;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.560857,0.0852773;STB=0.997658,0.577552;STBP=0.019,0.576;TYPE=mnp,del;VARB=0.104621,0.037666;OID=.,.;OPOS=139790969,139790972;OREF=TCCT,T;OALT=CTTC,-;OMAPALT=CTTC,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:134:130:91:113:7,24:4,13:0.0307692,0.1:7,10:0,14:47:44:4,7:0,6:62:51 chr7 140051091 . G A 362.06 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0597728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.078;QD=15.4067;RBI=0.0636368;REFB=-0.0188103;REVB=0.021837;RO=55;SAF=24;SAR=15;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168006;STB=0.594992;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0256694;OID=.;OPOS=140051091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:15:24:25:30:15:24:25:30 chr7 140080087 . C G 1804.14 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0577231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9384;QD=61.1571;RBI=0.0764152;REFB=0;REVB=0.0500733;RO=0;SAF=45;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71361e-05;OID=.;OPOS=140080087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:73:45:0:0:73:45:0:0 chr7 140158851 . C G 260.15 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00556884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.852;QD=16.784;RBI=0.013226;REFB=-0.0272024;REVB=-0.0119964;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573308;STB=0.532297;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0331939;OID=.;OPOS=140158851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:20:9:12:21:20:9:12:21 chr7 140258000 . T C 1541.04 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237849;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.918;QD=63.5479;RBI=0.0129622;REFB=0;REVB=-0.0127421;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154131;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:55:41:0:0:55:42:0:0 chr7 140285497 . C T 632.63 PASS AF=0.432927;AO=70;DP=163;FAO=71;FDP=164;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0614825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8356;QD=15.43;RBI=0.065544;REFB=0.00872027;REVB=0.0227138;RO=93;SAF=36;SAR=34;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00188391;STB=0.505153;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0143796;OID=.;OPOS=140285497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:93:93:70:71:0.432927:34:36:48:45:35:36:48:45 chr7 140301731 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00145446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.683;QD=58.4197;RBI=0.0250159;REFB=0;REVB=0.0249736;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96892e-05;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr7 140774467 . C G 1095.76 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0570088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3673;QD=60.0416;RBI=0.0762397;REFB=0;REVB=0.0506211;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21413e-05;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr7 141176928 . G A 797.76 PASS AF=0.405405;AO=88;DP=223;FAO=90;FDP=222;FR=.;FRO=132;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=69;FSRR=63;FWDB=0.0114133;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.772;QD=14.374;RBI=0.0120175;REFB=-0.00916355;REVB=0.00376272;RO=131;SAF=49;SAR=39;SRF=69;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323583;STB=0.512983;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0162894;OID=.;OPOS=141176928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:131:132:88:90:0.405405:39:49:69:62:41:49:69:63 chr7 141364712 . G A 1122.09 PASS AF=0.468;AO=117;DP=250;FAO=117;FDP=250;FR=.;FRO=133;FSAF=70;FSAR=47;FSRF=60;FSRR=73;FWDB=0.00919711;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3783;QD=17.9534;RBI=0.0530097;REFB=-0.0124204;REVB=0.0522058;RO=131;SAF=70;SAR=47;SRF=60;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13551;STB=0.578898;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00961909;OID=.;OPOS=141364712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:131:133:117:117:0.468:47:70:60:71:47:70:60:73 chr7 141418991 . A T 1045.3 PASS AF=0.50237;AO=105;DP=210;FAO=106;FDP=211;FR=.;FRO=105;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=37;FSRR=68;FWDB=-0.00225672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.197;QD=19.8162;RBI=0.014433;REFB=-0.0278068;REVB=0.0142555;RO=105;SAF=49;SAR=56;SRF=37;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105486;STB=0.555445;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0308367;OID=.;OPOS=141418991;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:105:105:105:106:0.50237:56:49:37:68:57:49:37:68 chr7 141420768 . A G 2562.49 PASS AF=0.976879;AO=169;DP=173;FAO=169;FDP=173;FR=.;FRO=4;FSAF=97;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0133192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.875;QD=59.2482;RBI=0.0261449;REFB=0.0256294;REVB=0.0224978;RO=4;SAF=97;SAR=72;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257024;STB=0.513512;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000506969;OID=.;OPOS=141420768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:173:173:4:4:169:169:0.976879:72:97:0:4:72:97:0:4 chr7 141490742 . CTT C 370.28 PASS AF=0.474576;AO=55;DP=123;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0161043;FXX=0.0406471;HRUN=3;LEN=2;MLLD=39.3395;QD=12.552;RBI=0.0162616;REFB=-0.00318037;REVB=-0.00225628;RO=61;SAF=27;SAR=28;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163702;STB=0.508472;STBP=0.876;TYPE=del;VARB=0.0036879;OID=.;OPOS=141490743;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.474576:55:123:56:118:62:28:28:32:30:99:61:27:28:31:30 chr7 141672604 . T C 1266.47 PASS AF=0.988636;AO=53;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.189195;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4109;QD=57.5667;RBI=0.190136;REFB=-0.015781;REVB=0.0188966;RO=1;SAF=10;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108339;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00783129;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:88:1:1:53:87:0.988636:43:10:0:1:43:44:0:1 chr7 141673345 . C G 729.3 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0756;QD=57.2;RBI=0.0594948;REFB=0;REVB=0.053047;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918415;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:24:26:0:0:24:27:0:0 chr7 141724852 . C T 801.98 PASS AF=0.477011;AO=83;DP=174;FAO=83;FDP=174;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.00194265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5473;QD=18.4364;RBI=0.0584602;REFB=-0.00373795;REVB=-0.0584279;RO=91;SAF=32;SAR=51;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531757;STB=0.529405;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00385918;OID=.;OPOS=141724852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:91:91:83:83:0.477011:51:32:40:51:51:32:40:51 chr7 141727526 . G T 643.97 PASS AF=0.451613;AO=70;DP=156;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0221197;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.855;QD=16.6186;RBI=0.0409552;REFB=-0.0044016;REVB=-0.034468;RO=85;SAF=36;SAR=34;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198896;STB=0.511059;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00385676;OID=.;OPOS=141727526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:85:85:70:70:0.451613:34:36:42:43:34:36:42:43 chr7 141747658 . A G 1247.98 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0093701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2561;QD=58.0458;RBI=0.0185813;REFB=0.114623;REVB=0.0160458;RO=3;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350432;STB=0.512192;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00419984;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:86:86:3:2:83:84:0.976744:39:44:0:3:40:44:0:2 chr7 141767153 . C T 2328.9 PASS AF=0.987261;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0236775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.667;QD=59.3349;RBI=0.0472264;REFB=-0.0231579;REVB=0.0408621;RO=2;SAF=58;SAR=96;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00980705;STB=0.505154;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000183461;OID=.;OPOS=141767153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:157:2:2:154:155:0.987261:96:58:0:2:96:59:0:2 chr7 141796131 . G A 2041.46 PASS AF=0.964286;AO=134;DP=143;FAO=135;FDP=140;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0246694;FXX=0.0209776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.208;QD=58.3275;RBI=0.029398;REFB=0.00235002;REVB=-0.0159895;RO=6;SAF=72;SAR=62;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00305181;STB=0.505055;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=4.53523e-05;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:143:140:6:5:134:135:0.964286:62:72:3:3:62:73:2:3 chr7 141838362 . C G,T 3313.85 PASS AF=0.94958,0.0168067;AO=216,9;DP=237;FAO=226,4;FDP=238;FR=.;FRO=8;FSAF=90,3;FSAR=136,1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0228758,-0.0072876;FXX=0.00833299;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=158.643,20.5477;QD=55.695;RBI=0.0251136,0.119974;REFB=-0.0823351,0.0199178;REVB=0.0103629,-0.119752;RO=3;SAF=84,3;SAR=132,6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00152563,0;STB=0.503624,0.680854;STBP=0.59,0.441;TYPE=snp,snp;VARB=0.00165359,0.143851;OID=.,.;OPOS=141838362,141838362;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:237:238:3:8:216,9:226,4:0.94958,0.0168067:132,6:84,3:1:2:136,1:90,3:4:4 chr7 141857846 . A G 5213.61 PASS AF=1;AO=329;DP=331;FAO=330;FDP=330;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273507;FXX=0.00302106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.62;QD=63.1952;RBI=0.0288631;REFB=-0.0659038;REVB=-0.00922051;RO=1;SAF=168;SAR=161;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0028312;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0023e-06;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:331:330:1:0:329:330:1:161:168:1:0:161:169:0:0 chr7 141889244 . C G 1269.02 PASS AF=0.56872;AO=120;DP=211;FAO=120;FDP=211;FR=.;FRO=91;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.00202866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.716;QD=24.0572;RBI=0.0026796;REFB=0.0120834;REVB=0.00175066;RO=91;SAF=67;SAR=53;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597296;STB=0.532459;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00889623;OID=.;OPOS=141889244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:91:91:120:120:0.56872:53:67:44:47:53:67:44:47 chr7 141898522 . T A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00111262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.814;QD=57.8849;RBI=0.0203074;REFB=0;REVB=0.0202769;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29857e-05;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr7 141920378 . A T 401.65 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00475624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.966;QD=16.9117;RBI=0.00646713;REFB=-0.00493963;REVB=0.004382;RO=53;SAF=30;SAR=12;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308985;STB=0.673896;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00260837;OID=.;OPOS=141920378;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:12:30:22:31:12:30:22:31 chr7 141957504 . A G 1218.69 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.255;QD=59.4482;RBI=0.0582779;REFB=0;REVB=0.042324;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127066;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:82:0:0:75:82:1:39:36:0:0:43:39:0:0 chr7 142001030 . A G 3150.17 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.948;QD=61.7681;RBI=0.0477323;REFB=0;REVB=0.0360299;RO=0;SAF=100;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14277e-05;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:204:0:0:204:204:1:104:100:0:0:104:100:0:0 chr7 142008803 . C T 31.14 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=113;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.0283721;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.474;QD=1.10219;RBI=0.0289753;REFB=-0.00436096;REVB=-0.00588176;RO=103;SAF=5;SAR=4;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777951;STB=0.559789;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0470513;OID=.;OPOS=142008803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:113:113:103:104:9:9:0.079646:4:5:50:53:4:5:51:53 chr7 142013384 . G C 2813.54 PASS AF=1;AO=170;DP=176;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755273;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.43;QD=61.4981;RBI=0.0819589;REFB=0;REVB=0.0318258;RO=0;SAF=82;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001632;OID=.;OPOS=142013384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:183:0:0:170:183:1:88:82:0:0:93:90:0:0 chr7 142045613 . G T 197.58 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.000657217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.291;QD=9.08405;RBI=0.0283004;REFB=-0.000210964;REVB=-0.0282928;RO=60;SAF=8;SAR=18;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272888;STB=0.656811;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.000315867;OID=.;OPOS=142045613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:61:26:26:0.298851:18:8:32:28:18:8:32:29 chr7 142045678 . ACT GTC 267.67 PASS AF=0.307692;AO=36;DP=118;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0116592;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=3;MLLD=261.878;QD=9.15103;RBI=0.0149651;REFB=-0.00372558;REVB=-0.00938173;RO=78;SAF=16;SAR=20;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154482;STB=0.601448;STBP=0.163;TYPE=mnp;VARB=0.0101066;OID=.;OPOS=142045678;OREF=ACT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:78:81:36:36:0.307692:20:16:45:33:20:16:48:33 chr7 142045683 . A G 299.55 PASS AF=0.325;AO=39;DP=120;FAO=39;FDP=120;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.00583934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.338;QD=9.98505;RBI=0.00844661;REFB=0.00257736;REVB=0.00610305;RO=81;SAF=19;SAR=20;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136894;STB=0.579177;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0048073;OID=.;OPOS=142045683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:81:81:39:39:0.325:20:19:49:32:20:19:49:32 chr7 142045690 . A G 311.58 PASS AF=0.333333;AO=40;DP=120;FAO=40;FDP=120;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=0.00645512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.036;QD=10.386;RBI=0.0125676;REFB=-0.00568628;REVB=-0.0107831;RO=80;SAF=19;SAR=21;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157965;STB=0.591015;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00993936;OID=.;OPOS=142045690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:80:80:40:40:0.333333:21:19:49:31:21:19:49:31 chr7 142045692 . AC GT 308.12 PASS AF=0.322581;AO=40;DP=124;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.00699728;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.482;QD=9.93927;RBI=0.0191256;REFB=-0.0144387;REVB=-0.0177996;RO=84;SAF=19;SAR=21;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12603;STB=0.572998;STBP=0.266;TYPE=mnp;VARB=0.0254393;OID=.;OPOS=142045692;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:84:84:40:40:0.322581:21:19:49:35:21:19:49:35 chr7 142045802 . T C 302.8 PASS AF=0.254237;AO=45;DP=177;FAO=45;FDP=177;FR=.;FRO=132;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=-0.0823217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0431;QD=6.84298;RBI=0.0834062;REFB=-0.00738496;REVB=-0.0134066;RO=132;SAF=19;SAR=26;SRF=67;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106764;STB=0.563906;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0238636;OID=.;OPOS=142045802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:132:132:45:45:0.254237:26:19:67:65:26:19:67:65 chr7 142045848 . T C 2611.58 PASS AF=0.994152;AO=168;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00956457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.982;QD=61.0896;RBI=0.0271907;REFB=-0.124973;REVB=0.025453;RO=2;SAF=62;SAR=106;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151018;STB=0.503937;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000118017;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:2:1:168:170:0.994152:106:62:2:0:107:63:1:0 chr7 142045899 . A G 141.6 PASS AF=0.205128;AO=24;DP=117;FAO=24;FDP=117;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=63;FWDB=-0.0118574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1563;QD=4.84117;RBI=0.0470117;REFB=0.0210585;REVB=0.0454918;RO=91;SAF=5;SAR=19;SRF=28;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164234;STB=0.618496;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0659407;OID=.;OPOS=142045899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:91:93:24:24:0.205128:19:5:28:63:19:5:30:63 chr7 142045912 . A G 91.05 PASS AF=0.160377;AO=17;DP=106;FAO=17;FDP=106;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=60;FWDB=-0.0119563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.168;QD=3.43589;RBI=0.0242401;REFB=-0.00284858;REVB=-0.0210863;RO=89;SAF=5;SAR=12;SRF=29;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466892;STB=0.531212;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.027917;OID=.;OPOS=142045912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:106:106:89:89:17:17:0.160377:12:5:29:60:12:5:29:60 chr7 142045924 . A G 1122.9 PASS AF=0.869565;AO=80;DP=93;FAO=80;FDP=92;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0419191;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.483;QD=48.8219;RBI=0.0427118;REFB=-0.0309239;REVB=-0.00819101;RO=13;SAF=27;SAR=53;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137854;STB=0.500608;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00349317;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:93:92:13:12:80:80:0.869565:53:27:5:8:53:27:4:8 chr7 142099484 . G C 87.42 PASS AF=0.12426;AO=21;DP=170;FAO=21;FDP=169;FR=.,HEALED;FRO=148;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=82;FSRR=66;FWDB=-0.208548;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5522;QD=2.06905;RBI=0.208582;REFB=0.000572592;REVB=-0.00378762;RO=108;SAF=9;SAR=12;SRF=42;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521468;STB=0.608594;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00937205;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:170:169:108:148:21:21:0.12426:12:9:42:66:12:9:82:66 chr7 142099512 . T G 47.35 PASS AF=0.08;AO=16;DP=192;FAO=16;FDP=200;FR=.;FRO=184;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=109;FSRR=75;FWDB=-0.0327672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.171;QD=0.947013;RBI=0.0327816;REFB=-0.00110301;REVB=0.000969892;RO=176;SAF=9;SAR=7;SRF=101;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133059;STB=0.528098;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00703703;OID=.;OPOS=142099512;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:192:200:176:184:16:16:0.08:7:9:101:75:7:9:109:75 chr7 142099537 . G T 35.94 PASS AF=0.0693069;AO=14;DP=202;FAO=14;FDP=202;FR=.;FRO=188;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=108;FSRR=80;FWDB=-0.0233938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.154;QD=0.711693;RBI=0.0251;REFB=-0.000480832;REVB=-0.00909625;RO=187;SAF=7;SAR=7;SRF=108;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085055;STB=0.56921;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0032672;OID=.;OPOS=142099537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:202:202:187:188:14:14:0.0693069:7:7:108:79:7:7:108:80 chr7 142099541 . T C 30.85 PASS AF=0.0637255;AO=13;DP=204;FAO=13;FDP=204;FR=.;FRO=191;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=109;FSRR=82;FWDB=-0.0339582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.092;QD=0.604827;RBI=0.0350588;REFB=-0.0010665;REVB=-0.00871546;RO=191;SAF=6;SAR=7;SRF=109;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115238;STB=0.601044;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0147792;OID=.;OPOS=142099541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:204:204:191:191:13:13:0.0637255:7:6:109:82:7:6:109:82 chr7 142119831 . G A 2476.52 PASS AF=0.95977;AO=165;DP=172;FAO=167;FDP=174;FR=.;FRO=7;FSAF=82;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0215658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.949;QD=56.9314;RBI=0.0234889;REFB=-0.025254;REVB=0.00930815;RO=7;SAF=81;SAR=84;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269454;STB=0.514016;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00265693;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:172:174:7:7:165:167:0.95977:84:81:1:6:85:82:1:6 chr7 142124170 . C T 2616.65 PASS AF=0.982759;AO=170;DP=175;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=91;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0144716;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.348;QD=60.1528;RBI=0.0145151;REFB=-0.0328086;REVB=0.00112333;RO=3;SAF=79;SAR=91;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177274;STB=0.509201;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000456682;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:174:3:3:170:171:0.982759:91:79:3:0:91:80:3:0 chr7 142124424 . T G 3567.64 PASS AF=0.960317;AO=235;DP=246;FAO=242;FDP=252;FR=.;FRO=10;FSAF=93;FSAR=149;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00624042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.725;QD=56.6293;RBI=0.0345876;REFB=0.0548791;REVB=0.03402;RO=11;SAF=92;SAR=143;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137027;STB=0.50484;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00175563;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:246:252:11:10:235:242:0.960317:143:92:6:5:149:93:5:5 chr7 142124492 . C T 82.21 PASS AF=0.10628;AO=22;DP=207;FAO=22;FDP=207;FR=.;FRO=185;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=73;FSRR=112;FWDB=0.0144953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.315;QD=1.58861;RBI=0.0184535;REFB=-0.001393;REVB=0.0114201;RO=183;SAF=11;SAR=11;SRF=73;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124838;STB=0.59412;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00579201;OID=.;OPOS=142124492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:207:207:183:185:22:22:0.10628:11:11:73:110:11:11:73:112 chr7 142124539 . C T 114.43 PASS AF=0.129353;AO=26;DP=202;FAO=26;FDP=201;FR=.;FRO=175;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=60;FSRR=115;FWDB=-0.00808013;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1366;QD=2.27729;RBI=0.0230826;REFB=-0.00609466;REVB=-0.0216222;RO=170;SAF=12;SAR=14;SRF=58;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15798;STB=0.605558;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0471574;OID=.;OPOS=142124539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:170:175:26:26:0.129353:14:12:58:112:14:12:60:115 chr7 142131832 . C T 204.18 PASS AF=0.217949;AO=30;DP=152;FAO=34;FDP=156;FR=.;FRO=122;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=75;FWDB=0.0103588;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.343;QD=5.23526;RBI=0.0216743;REFB=-0.0110372;REVB=0.0190386;RO=122;SAF=6;SAR=24;SRF=47;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282573;STB=0.608628;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0370051;OID=.;OPOS=142131832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:156:122:122:30:34:0.217949:24:6:47:75:25:9:47:75 chr7 142131836 . C G 228.76 PASS AF=0.230769;AO=36;DP=156;FAO=36;FDP=156;FR=.;FRO=120;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=73;FWDB=-0.0561022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.748;QD=5.86564;RBI=0.0562093;REFB=-0.00528674;REVB=0.00346844;RO=120;SAF=10;SAR=26;SRF=47;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161624;STB=0.599456;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0100227;OID=.;OPOS=142131836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:120:120:36:36:0.230769:26:10:47:73:26:10:47:73 chr7 142131858 . C A 119.37 PASS AF=0.158621;AO=22;DP=144;FAO=23;FDP=145;FR=.;FRO=122;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=75;FWDB=0.0285532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.514;QD=3.29304;RBI=0.0365086;REFB=-0.00517534;REVB=-0.0227507;RO=122;SAF=8;SAR=14;SRF=47;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292562;STB=0.505358;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0445638;OID=.;OPOS=142131858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:122:122:22:23:0.158621:14:8:47:75:14:9:47:75 chr7 142131868 . C T 46.73 PASS AF=0.0942029;AO=13;DP=139;FAO=13;FDP=138;FR=.;FRO=125;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=81;FWDB=-0.0170358;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.286;QD=1.3545;RBI=0.0186344;REFB=-0.00311739;REVB=0.00755115;RO=119;SAF=8;SAR=5;SRF=41;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315284;STB=0.72543;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0295704;OID=.;OPOS=142131868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:139:138:119:125:13:13:0.0942029:5:8:41:78:5:8:44:81 chr7 142131872 . G T 30.97 PASS AF=0.0757576;AO=10;DP=132;FAO=10;FDP=132;FR=.;FRO=122;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=82;FWDB=-0.00105396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.086;QD=0.938448;RBI=0.0260692;REFB=1.26518e-05;REVB=0.0260479;RO=118;SAF=6;SAR=4;SRF=38;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308543;STB=0.736737;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00177692;OID=.;OPOS=142131872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:132:132:118:122:10:10:0.0757576:4:6:38:80:4:6:40:82 chr7 142139348 . C T 3107.58 PASS AF=1;AO=195;DP=198;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765174;FXX=0.0200995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.085;QD=63.7452;RBI=0.0109724;REFB=0.0475745;REVB=-0.00786408;RO=1;SAF=79;SAR=116;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17379e-05;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:195:1:0:195:195:1:116:79:0:1:116:79:0:0 chr7 142139783 . C A,G 1512.87 PASS AF=0.9,0.09;AO=90,9;DP=100;FAO=90,9;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=26,6;FSAR=64,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105519,-0.0197316;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=268.366,21.1963;QD=60.5146;RBI=0.0107262,0.0311838;REFB=-0.107116,-0.0449136;REVB=-0.00192598,0.0241473;RO=1;SAF=26,6;SAR=64,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00734938,0.126211;STB=0.503875,0.571265;STBP=0.596,0.286;TYPE=snp,snp;VARB=-3.91511e-05,-0.0294046;OID=.,.;OPOS=142139783,142139783;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:100:100:1:1:90,9:90,9:0.9,0.09:64,3:26,6:0:1:64,3:26,6:0:1 chr7 142143804 . A C 3930.45 PASS AF=0.977273;AO=257;DP=263;FAO=258;FDP=264;FR=.;FRO=6;FSAF=115;FSAR=143;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00622535;FXX=0.00751851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.625;QD=59.5522;RBI=0.0160615;REFB=0.00691943;REVB=-0.0148059;RO=5;SAF=115;SAR=142;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00174597;STB=0.501247;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.000134764;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:263:264:5:6:257:258:0.977273:142:115:2:3:143:115:3:3 chr7 142143879 . A T 195.83 PASS AF=0.137615;AO=45;DP=329;FAO=45;FDP=327;FR=.;FRO=282;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=135;FSRR=147;FWDB=0.0360753;FXX=0.00607884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.977;QD=2.39547;RBI=0.0389051;REFB=-0.0187218;REVB=0.0145663;RO=282;SAF=19;SAR=26;SRF=135;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728146;STB=0.549148;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0472552;OID=.;OPOS=142143879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:327:282:282:45:45:0.137615:26:19:135:147:26:19:135:147 chr7 142143906 . GT CC 389.14 PASS AF=0.213816;AO=65;DP=306;FAO=65;FDP=304;FR=.;FRO=239;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=115;FSRR=124;FWDB=0.0069586;FXX=0.00977167;HRUN=1;LEN=2;MLLD=318.743;QD=5.12028;RBI=0.00880512;REFB=-0.00263007;REVB=0.00539519;RO=238;SAF=31;SAR=34;SRF=115;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00805708;STB=0.503345;STBP=0.959;TYPE=mnp;VARB=0.00846284;OID=.;OPOS=142143906;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:304:238:239:65:65:0.213816:34:31:115:123:34:31:115:124 chr7 142143941 . T C 723.3 PASS AF=0.313531;AO=94;DP=302;FAO=95;FDP=303;FR=.;FRO=208;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=113;FSRR=95;FWDB=-0.0124815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.76;QD=9.54857;RBI=0.0126187;REFB=-0.00125252;REVB=0.0018556;RO=208;SAF=41;SAR=53;SRF=113;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127481;STB=0.569246;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00277477;OID=.;OPOS=142143941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:303:208:208:94:95:0.313531:53:41:113:95:53:42:113:95 chr7 142144022 . T C 744.25 PASS AF=0.367089;AO=83;DP=232;FAO=87;FDP=237;FR=.;FRO=150;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=83;FSRR=67;FWDB=-0.0224209;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.321;QD=12.5612;RBI=0.0234743;REFB=-0.015384;REVB=0.00695304;RO=148;SAF=34;SAR=49;SRF=82;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162731;STB=0.588232;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0232099;OID=.;OPOS=142144022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:237:148:150:83:87:0.367089:49:34:82:66:51:36:83:67 chr7 142144059 . A C 409.88 PASS AF=0.280952;AO=41;DP=195;FAO=59;FDP=210;FR=.;FRO=151;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=71;FSRR=80;FWDB=0.00597885;FXX=0.0140838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.951;QD=7.8073;RBI=0.0113923;REFB=-0.0148776;REVB=-0.00969731;RO=152;SAF=7;SAR=34;SRF=71;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424738;STB=0.54641;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0344967;OID=.;OPOS=142144059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:210:152:151:41:59:0.280952:34:7:71:81:35:24:71:80 chr7 142144091 . GG AA 227.48 PASS AF=0.20765;AO=38;DP=183;FAO=38;FDP=183;FR=.;FRO=145;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=64;FSRR=81;FWDB=0.00658374;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=245.527;QD=4.97219;RBI=0.00658426;REFB=0.00026803;REVB=-8.21355e-05;RO=145;SAF=15;SAR=23;SRF=64;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612285;STB=0.538031;STBP=0.611;TYPE=mnp;VARB=-0.000993126;OID=.;OPOS=142144091;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:145:145:38:38:0.20765:23:15:64:81:23:15:64:81 chr7 142144101 . C T 126.25 PASS AF=0.152941;AO=26;DP=170;FAO=26;FDP=170;FR=.;FRO=144;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=82;FWDB=0.00719659;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4393;QD=2.97068;RBI=0.0161033;REFB=-0.0063843;REVB=-0.0144058;RO=138;SAF=14;SAR=12;SRF=61;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122723;STB=0.590596;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.01126;OID=.;OPOS=142144101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:138:144:26:26:0.152941:12:14:61:77:12:14:62:82 chr7 142149160 . T G 5713.37 PASS AF=1;AO=363;DP=365;FAO=364;FDP=364;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=200;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225664;FXX=0.00273965;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.647;QD=62.7843;RBI=0.0225974;REFB=0.0356381;REVB=-0.00118399;RO=1;SAF=164;SAR=199;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290067;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07185e-05;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:365:364:1:0:363:364:1:199:164:1:0:200:164:0:0 chr7 142149349 . A C 2325.38 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454939;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.011;QD=60.7944;RBI=0.0458241;REFB=0;REVB=0.0054918;RO=0;SAF=59;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88019e-05;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:153:0:0:150:153:1:91:59:0:0:91:62:0:0 chr7 142162001 . A C 5938.38 PASS AF=1;AO=374;DP=374;FAO=375;FDP=375;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=242;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.464;QD=63.3427;RBI=0.0246644;REFB=0;REVB=0.0246055;RO=0;SAF=133;SAR=241;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02227e-05;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:374:375:0:0:374:375:1:241:133:0:0:242:133:0:0 chr7 142162148 . C T 4210.66 PASS AF=0.992647;AO=270;DP=272;FAO=270;FDP=272;FR=.;FRO=2;FSAF=122;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00670191;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.472;QD=61.9214;RBI=0.00722896;REFB=-0.0914154;REVB=0.00270966;RO=1;SAF=122;SAR=148;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321081;STB=0.503355;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000218437;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:272:272:1:2:270:270:0.992647:148:122:0:1:148:122:0:2 chr7 142162306 . A G 1725.04 PASS AF=0.97479;AO=115;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00708559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.38;QD=57.9845;RBI=0.0161033;REFB=0.00173424;REVB=0.0144607;RO=3;SAF=51;SAR=64;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271115;STB=0.514016;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-4.93559e-05;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:119:3:3:115:116:0.97479:64:51:3:0:64:52:3:0 chr7 142168414 . G C 89.61 PASS AF=0.152542;AO=18;DP=118;FAO=18;FDP=118;FR=.;FRO=100;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=59;FSRR=41;FWDB=-0.0001902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.602;QD=3.03747;RBI=0.00590172;REFB=-0.00329952;REVB=-0.00589865;RO=98;SAF=13;SAR=5;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167662;STB=0.624072;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0198453;OID=.;OPOS=142168414;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:118:118:98:100:18:18:0.152542:5:13:59:39:5:13:59:41 chr7 142168429 . A G 2083.78 PASS AF=1;AO=116;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=79;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.875;QD=62.67;RBI=0.0114154;REFB=0;REVB=0.0089658;RO=0;SAF=62;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9294e-05;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:116:133:1:54:62:0:0:54:79:0:0 chr7 142168452 . C A 2412.23 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170032;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.78;QD=61.458;RBI=0.0171254;REFB=0;REVB=0.00204234;RO=0;SAF=88;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010513;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:69:88:0:0:69:88:0:0 chr7 142168466 . A C 72.06 PASS AF=0.107955;AO=19;DP=176;FAO=19;FDP=176;FR=.;FRO=157;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=84;FSRR=73;FWDB=-0.010846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.57;QD=1.63767;RBI=0.0131787;REFB=-0.000907825;REVB=0.00748609;RO=157;SAF=14;SAR=5;SRF=84;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256392;STB=0.690057;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00690068;OID=.;OPOS=142168466;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:176:176:157:157:19:19:0.107955:5:14:84:73:5:14:84:73 chr7 142168474 . G A 67.9 PASS AF=0.0994764;AO=18;DP=193;FAO=19;FDP=191;FR=.;FRO=172;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=94;FSRR=78;FWDB=-0.0204907;FXX=0.0154631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.292;QD=1.42206;RBI=0.0380252;REFB=-0.00251375;REVB=-0.032032;RO=175;SAF=14;SAR=4;SRF=94;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299081;STB=0.682525;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0227324;OID=.;OPOS=142168474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:193:191:175:172:18:19:0.0994764:4:14:94:81:5:14:94:78 chr7 142168662 . CG TC 2492.09 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=167;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0402303;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.413;QD=60.7827;RBI=0.0557164;REFB=0.0519719;REVB=0.0385466;RO=0;SAF=77;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.32;TYPE=mnp;VARB=-3.43035e-05;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:164:0:1:162:163:0.993902:85:77:0:0:85:78:1:0 chr7 142168818 . C T 62.78 PASS AF=0.10596;AO=16;DP=151;FAO=16;FDP=151;FR=.;FRO=135;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=66;FSRR=69;FWDB=-0.0325568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.62;QD=1.66311;RBI=0.0326508;REFB=-0.00512258;REVB=0.00247664;RO=133;SAF=1;SAR=15;SRF=65;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556088;STB=0.922287;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0312891;OID=.;OPOS=142168818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:151:151:133:135:16:16:0.10596:15:1:65:68:15:1:66:69 chr7 142168819 . G A 500.37 PASS AF=0.386667;AO=58;DP=150;FAO=58;FDP=150;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.00393288;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.642;QD=13.3433;RBI=0.00930195;REFB=-0.0317343;REVB=-0.00842963;RO=90;SAF=32;SAR=26;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173922;STB=0.597417;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0480008;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:90:92:58:58:0.386667:26:32:35:55:26:32:36:56 chr7 142168825 . C A 63.16 PASS AF=0.107383;AO=16;DP=149;FAO=16;FDP=149;FR=.;FRO=133;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=66;FSRR=67;FWDB=-0.0411137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.087;QD=1.69563;RBI=0.0412934;REFB=0.000140767;REVB=-0.00384779;RO=133;SAF=1;SAR=15;SRF=66;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560526;STB=0.923988;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00295891;OID=.;OPOS=142168825;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:149:149:133:133:16:16:0.107383:15:1:66:67:15:1:66:67 chr7 142168832 . GCCCA GCCTG 58.95 PASS AF=0.105634;AO=15;DP=145;FAO=15;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=127;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=63;FSRR=64;FWDB=-0.0447872;FXX=0.0138879;HRUN=3;LEN=2;MLLD=200.153;QD=1.66046;RBI=0.0463819;REFB=0.0010865;REVB=0.0120575;RO=102;SAF=1;SAR=14;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529403;STB=0.919313;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=-0.016102;OID=.;OPOS=142168835;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=GCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.105634:15:145:15:142:127:1:14:63:64:59:102:1:14:43:59 chr7 142168839 . G T 57.75 PASS AF=0.104167;AO=15;DP=144;FAO=15;FDP=144;FR=.;FRO=129;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=64;FSRR=65;FWDB=-0.0196542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.084;QD=1.60406;RBI=0.0362804;REFB=-0.00203649;REVB=-0.0304956;RO=126;SAF=1;SAR=14;SRF=63;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554114;STB=0.919516;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0638848;OID=.;OPOS=142168839;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:144:144:126:129:15:15:0.104167:14:1:63:63:14:1:64:65 chr7 142168856 . C G 1614.26 PASS AF=0.874074;AO=91;DP=135;FAO=118;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.135377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4579;QD=47.83;RBI=0.140066;REFB=-0.0894665;REVB=0.0359384;RO=17;SAF=36;SAR=55;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106996;STB=0.553668;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0143642;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:135:135:17:17:91:118:0.874074:55:36:1:16:61:57:1:16 chr7 142168862 . A G 67.08 PASS AF=0.117647;AO=16;DP=136;FAO=16;FDP=136;FR=.;FRO=120;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=-0.0157704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2027;QD=1.97307;RBI=0.0159938;REFB=-0.00109398;REVB=-0.0026641;RO=117;SAF=1;SAR=15;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565341;STB=0.921552;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00776807;OID=.;OPOS=142168862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:136:136:117:120:16:16:0.117647:15:1:56:61:15:1:59:61 chr7 142176378 . A G 2409.04 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.089;QD=64.2412;RBI=0.0470904;REFB=0;REVB=0.0442361;RO=0;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62172e-05;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:78:72:0:0:78:72:0:0 chr7 142180646 . AG CT 144.72 PASS AF=0.101351;AO=42;DP=443;FAO=45;FDP=444;FR=.;FRO=399;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=195;FSRR=204;FWDB=-0.00205578;FXX=0.00224714;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.794;QD=1.30381;RBI=0.0180158;REFB=-0.00289169;REVB=-0.0178981;RO=388;SAF=30;SAR=12;SRF=195;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260973;STB=0.701678;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.0286251;OID=.;OPOS=142180646;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:444:388:399:42:45:0.101351:12:30:195:193:13:32:195:204 chr7 142180704 . G T 964.74 PASS AF=0.276074;AO=135;DP=489;FAO=135;FDP=489;FR=.;FRO=354;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=159;FSRR=195;FWDB=-0.00434765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.334;QD=7.89156;RBI=0.00651315;REFB=-0.00369301;REVB=-0.00484965;RO=352;SAF=68;SAR=67;SRF=159;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642585;STB=0.539464;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00768743;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:489:489:352:354:135:135:0.276074:67:68:159:193:67:68:159:195 chr7 142180737 . T A 978.06 PASS AF=0.291759;AO=131;DP=450;FAO=131;FDP=449;FR=.;FRO=318;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=147;FSRR=171;FWDB=-0.0127539;FXX=0.00222217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.41;QD=8.71323;RBI=0.0148772;REFB=-0.00337897;REVB=-0.00765947;RO=316;SAF=66;SAR=65;SRF=146;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508785;STB=0.529413;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0218445;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:450:449:316:318:131:131:0.291759:65:66:146:170:65:66:147:171 chr7 142180770 . T C 960.57 PASS AF=0.321149;AO=122;DP=382;FAO=123;FDP=383;FR=.;FRO=260;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=128;FSRR=132;FWDB=0.00315851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.743;QD=10.0321;RBI=0.00810009;REFB=-0.00548865;REVB=-0.0074589;RO=256;SAF=61;SAR=61;SRF=127;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461058;STB=0.502462;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0121894;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:383:256:260:122:123:0.321149:61:61:127:129:62:61:128:132 chr7 142206617 . G A 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00693796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.451;QD=16.533;RBI=0.00770723;REFB=-0.00441662;REVB=0.00335649;RO=43;SAF=23;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149513;STB=0.584246;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00468323;OID=.;OPOS=142206617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:12:23:22:21:12:23:22:21 chr7 142231701 . G T 756.64 PASS AF=0.42;AO=84;DP=198;FAO=84;FDP=200;FR=.;FRO=116;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=-0.0357098;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.305;QD=15.1329;RBI=0.0394663;REFB=-0.0107395;REVB=-0.0168048;RO=114;SAF=49;SAR=35;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104822;STB=0.553859;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0142095;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:114:116:84:84:0.42:35:49:55:59:35:49:57:59 chr7 142242469 . G T 41.86 PASS AF=0.0604396;AO=22;DP=364;FAO=22;FDP=364;FR=.;FRO=342;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=182;FSRR=160;FWDB=0.0406706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.564;QD=0.459962;RBI=0.0453339;REFB=-0.00411082;REVB=-0.0200265;RO=341;SAF=3;SAR=19;SRF=181;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412323;STB=0.867143;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0423938;OID=.;OPOS=142242469;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:364:364:341:342:22:22:0.0604396:19:3:181:160:19:3:182:160 chr7 142242478 . C G 43.94 PASS AF=0.0611702;AO=23;DP=380;FAO=23;FDP=376;FR=.;FRO=353;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=178;FSRR=175;FWDB=-0.0288329;FXX=0.010526;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.568;QD=0.467401;RBI=0.0418282;REFB=-0.00063479;REVB=-0.0303028;RO=355;SAF=4;SAR=19;SRF=180;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354516;STB=0.816441;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0303529;OID=.;OPOS=142242478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:380:376:355:353:23:23:0.0611702:19:4:180:175:19:4:178:175 chr7 142242511 . A G 55.98 PASS AF=0.0675325;AO=27;DP=385;FAO=26;FDP=385;FR=.;FRO=359;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=178;FSRR=181;FWDB=-0.0202869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5189;QD=0.581649;RBI=0.0477526;REFB=0.00202773;REVB=-0.043229;RO=358;SAF=7;SAR=20;SRF=177;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264081;STB=0.752973;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0285888;OID=.;OPOS=142242511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:385:385:358:359:27:26:0.0675325:20:7:177:181:20:6:178:181 chr7 142242552 . G T 55.4 PASS AF=0.0703812;AO=24;DP=342;FAO=24;FDP=341;FR=.;FRO=317;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=153;FSRR=164;FWDB=-0.0389579;FXX=0.00292389;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.37;QD=0.649824;RBI=0.0390128;REFB=-0.00180007;REVB=-0.00206871;RO=317;SAF=5;SAR=19;SRF=153;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312193;STB=0.766172;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0159961;OID=.;OPOS=142242552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:342:341:317:317:24:24:0.0703812:19:5:153:164:19:5:153:164 chr7 142247134 . T C 728.23 PASS AF=0.484277;AO=76;DP=159;FAO=77;FDP=159;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0174947;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.56;QD=18.3201;RBI=0.0249144;REFB=-0.00430646;REVB=0.0177387;RO=81;SAF=38;SAR=38;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403697;STB=0.522202;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00307016;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:81:82:76:77:0.484277:38:38:37:44:38:39:38:44 chr7 142247263 . G A 198.14 PASS AF=0.247934;AO=27;DP=119;FAO=30;FDP=121;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=0.00759652;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.258;QD=6.55009;RBI=0.0103493;REFB=-0.00410519;REVB=-0.0070286;RO=88;SAF=7;SAR=20;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264875;STB=0.68346;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0188077;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:88:91:27:30:0.247934:20:7:40:48:23:7:41:50 chr7 142247270 . TG CA 256.96 PASS AF=0.276923;AO=36;DP=130;FAO=36;FDP=130;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.0243515;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.57;QD=7.90649;RBI=0.0321645;REFB=-0.013486;REVB=-0.0210132;RO=93;SAF=13;SAR=23;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088031;STB=0.556918;STBP=0.461;TYPE=mnp;VARB=0.0119939;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:93:94:36:36:0.276923:23:13:40:53:23:13:41:53 chr7 142247285 . G C 96.26 PASS AF=0.143885;AO=20;DP=138;FAO=20;FDP=139;FR=.;FRO=119;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=70;FWDB=-0.0496793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0348;QD=2.76997;RBI=0.0596691;REFB=0.00306967;REVB=-0.0330509;RO=118;SAF=8;SAR=12;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889019;STB=0.510437;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0212616;OID=.;OPOS=142247285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:138:139:118:119:20:20:0.143885:12:8:48:70:12:8:49:70 chr7 142247288 . T C 344.27 PASS AF=0.312057;AO=44;DP=141;FAO=44;FDP=141;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.00697537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.866;QD=9.76664;RBI=0.0102348;REFB=-0.00773389;REVB=-0.00748973;RO=97;SAF=18;SAR=26;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016544;STB=0.50963;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0187008;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:97:97:44:44:0.312057:26:18:41:56:26:18:41:56 chr7 142247347 . AT CC 374.39 PASS AF=0.365854;AO=43;DP=122;FAO=45;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.0128804;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.746;QD=12.1752;RBI=0.0660514;REFB=-0.0117431;REVB=-0.0647833;RO=59;SAF=20;SAR=23;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271867;STB=0.522049;STBP=0.727;TYPE=mnp;VARB=0.0174956;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:59:78:43:45:0.365854:23:20:29:30:25:20:32:46 chr7 142247380 . T A 259.77 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0147789;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.5;QD=12.0823;RBI=0.0149169;REFB=-0.0103029;REVB=0.00202399;RO=55;SAF=18;SAR=13;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100298;STB=0.557786;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0189628;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:55:55:31:31:0.360465:13:18:27:28:13:18:27:28 chr7 142247396 . A T 112.49 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0333431;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.78;QD=6.42811;RBI=0.0843854;REFB=-0.00619175;REVB=-0.0775186;RO=51;SAF=10;SAR=7;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120168;STB=0.574237;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0195851;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:70:51:53:17:17:0.242857:7:10:25:26:7:10:26:27 chr7 142247530 . G A 61.27 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0557461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9396;QD=3.02557;RBI=0.0572912;REFB=0.0018243;REVB=0.0132153;RO=69;SAF=7;SAR=5;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18263;STB=0.624543;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00513872;OID=.;OPOS=142247530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:12:12:0.148148:5:7:30:39:5:7:30:39 chr7 142247539 . TGC CAC,CAT 56.15 PASS AF=0.0375,0.1125;AO=3,9;DP=81;FAO=3,9;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=1,6;FSAR=2,3;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0392407,-0.0360812;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=107.991,201.663;QD=2.80739;RBI=0.0501186,0.0367085;REFB=-0.00805059,-0.00380261;REVB=0.0311776,-0.00675774;RO=59;SAF=1,6;SAR=2,3;SRF=26;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0952928,0.27027;STB=0.607109,0.694494;STBP=0.695,0.234;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0592074,0.0477326;OID=.,.;OPOS=142247539,142247539;OREF=TG,TGC;OALT=CA,CAT;OMAPALT=CAC,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:81:80:59:68:3,9:3,9:0.0375,0.1125:2,3:1,6:26:33:2,3:1,6:30:38 chr7 142247546 . C A 37.0 PASS AF=0.1;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0363299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.612;QD=1.64437;RBI=0.0450544;REFB=-0.00366119;REVB=-0.0266465;RO=79;SAF=4;SAR=5;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281622;STB=0.511197;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0425946;OID=.;OPOS=142247546;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:90:79:81:9:9:0.1:5:4:37:42:5:4:37:44 chr7 142247554 . C G 42.55 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.141769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6121;QD=1.87049;RBI=0.149517;REFB=-0.0218383;REVB=-0.0475056;RO=80;SAF=6;SAR=4;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206544;STB=0.646267;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.163093;OID=.;OPOS=142247554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:90:91:80:81:10:10:0.10989:4:6:34:46:4:6:35:46 chr7 142247567 . A G 138.27 PASS AF=0.230769;AO=19;DP=89;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0618221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.896;QD=6.07797;RBI=0.0705727;REFB=-0.0112189;REVB=-0.0340372;RO=69;SAF=9;SAR=10;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674573;STB=0.583689;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0344676;OID=.;OPOS=142247567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:69:70:19:21:0.230769:10:9:29:40:10:11:29:41 chr7 142247571 . A G 139.84 PASS AF=0.230769;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.00907417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.365;QD=6.14682;RBI=0.0147356;REFB=-0.0133737;REVB=0.0116102;RO=70;SAF=11;SAR=10;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13612;STB=0.583689;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0404706;OID=.;OPOS=142247571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:70:70:21:21:0.230769:10:11:29:41:10:11:29:41 chr7 142250938 . T G 2121.66 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.399;QD=62.8641;RBI=0.0368206;REFB=0;REVB=0.0121828;RO=0;SAF=56;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01517e-05;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:79:56:0:0:79:56:0:0 chr7 142250988 . G A 1517.16 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307261;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5901;QD=63.8802;RBI=0.0312761;REFB=0;REVB=-0.00584004;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399397;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:47:47:0:0:47:48:0:0 chr7 142251132 . G T 993.14 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.691;QD=58.4202;RBI=0.0303443;REFB=0;REVB=0.0170572;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010256;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:37:29:0:0:37:31:0:0 chr7 142326607 . C T 3153.26 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.562;QD=61.5271;RBI=0.03357;REFB=0;REVB=0.0298156;RO=0;SAF=75;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321135;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:189:205:0:0:189:205:1:114:75:0:0:122:83:0:0 chr7 142326909 . C G 2246.97 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300378;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2059;QD=63.7439;RBI=0.084712;REFB=0;REVB=0.0792077;RO=0;SAF=63;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296154;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:141:0:0:141:141:1:78:63:0:0:78:63:0:0 chr7 142334648 . A T 3175.27 PASS AF=1;AO=204;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163162;FXX=0.0144224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.443;QD=61.9565;RBI=0.0345291;REFB=0;REVB=-0.0344906;RO=0;SAF=114;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37139e-05;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:206:205:0:0:204:205:1:90:114:0:0:91:114:0:0 chr7 142378633 . G A 1445.65 PASS AF=0.969072;AO=92;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0138908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3334;QD=59.6146;RBI=0.0426915;REFB=-0.142684;REVB=0.0403684;RO=2;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189544;STB=0.514283;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0076786;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:2:3:92:94:0.969072:49:43:0:2:51:43:0:3 chr7 142378831 . C G 1271.97 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.511;QD=61.2995;RBI=0.065384;REFB=0;REVB=0.06459;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105867;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:83:0:0:73:83:1:34:39:0:0:44:39:0:0 chr7 142423562 . C T 2439.33 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9153;QD=60.6044;RBI=0.0220623;REFB=4.70524e-05;REVB=0.0124386;RO=1;SAF=86;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638654;STB=0.503355;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=8.75543e-05;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:1:1:160:160:0.993789:74:86:0:1:74:86:0:1 chr7 142458451 . A T 211.73 PASS AF=0.12035;AO=54;DP=457;FAO=55;FDP=457;FR=.;FRO=402;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=208;FSRR=194;FWDB=0.0134592;FXX=0.00218336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.323;QD=1.8532;RBI=0.0143508;REFB=-0.000351682;REVB=-0.00497946;RO=402;SAF=33;SAR=21;SRF=208;SRR=194;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119271;STB=0.589864;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00597427;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:457:457:402:402:54:55:0.12035:21:33:208:194:21:34:208:194 chr7 142458697 . T A 51.61 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=55;FWDB=-0.0358619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.341;QD=2.37268;RBI=0.0470798;REFB=-0.00217775;REVB=-0.0305029;RO=76;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234757;STB=0.66135;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0190076;OID=.;OPOS=142458697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:76:76:11:11:0.126437:6:5:21:55:6:5:21:55 chr7 142458700 . G T 51.27 PASS AF=0.125;AO=11;DP=88;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=56;FWDB=-0.00869282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.887;QD=2.33068;RBI=0.041745;REFB=-0.00570695;REVB=-0.0408298;RO=77;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239796;STB=0.664976;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0392211;OID=.;OPOS=142458700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:88:88:77:77:11:11:0.125:6:5:21:56:6:5:21:56 chr7 142458737 . C G 79.93 PASS AF=0.153061;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=98;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=-0.0114021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.464;QD=3.26245;RBI=0.0127017;REFB=-0.00149046;REVB=0.00559691;RO=81;SAF=6;SAR=9;SRF=28;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729075;STB=0.545396;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0153939;OID=.;OPOS=142458737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:96:98:81:83:15:15:0.153061:9:6:28:53:9:6:29:54 chr7 142458739 . T C 41.37 PASS AF=0.15;AO=15;DP=100;FAO=15;FDP=100;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=0.0125709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.271;QD=1.65471;RBI=0.0143892;REFB=-0.0124283;REVB=0.00700149;RO=84;SAF=6;SAR=9;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571207;STB=0.531604;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0889963;OID=.;OPOS=142458739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:100:100:84:85:15:15:0.15:9:6:30:54:9:6:31:54 chr7 142458829 . A G 112.43 PASS AF=0.147436;AO=23;DP=156;FAO=23;FDP=156;FR=.;FRO=133;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=83;FWDB=-0.0246077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.571;QD=2.88282;RBI=0.0270555;REFB=-0.00232629;REVB=-0.0112453;RO=133;SAF=6;SAR=17;SRF=50;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166058;STB=0.613297;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0141525;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:133:133:23:23:0.147436:17:6:50:83:17:6:50:83 chr7 142458837 . A T 91.83 PASS AF=0.131579;AO=20;DP=152;FAO=20;FDP=152;FR=.;FRO=132;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=80;FWDB=0.0379332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.57;QD=2.41651;RBI=0.0405158;REFB=-0.00145641;REVB=-0.0142338;RO=132;SAF=6;SAR=14;SRF=52;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128483;STB=0.590022;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0118349;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:152:152:132:132:20:20:0.131579:14:6:52:80:14:6:52:80 chr7 142458929 . G C 38.36 PASS AF=0.0925926;AO=10;DP=108;FAO=10;FDP=108;FR=.;FRO=98;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.0132534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8328;QD=1.42076;RBI=0.0142774;REFB=-0.00492878;REVB=0.00530966;RO=98;SAF=2;SAR=8;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335648;STB=0.768064;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00781385;OID=.;OPOS=142458929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:108:108:98:98:10:10:0.0925926:8:2:47:51:8:2:47:51 chr7 142458938 . T A 46.05 PASS AF=0.104762;AO=11;DP=105;FAO=11;FDP=105;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.00785144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=344.247;QD=1.75426;RBI=0.00803705;REFB=0.00108703;REVB=-0.00171732;RO=94;SAF=3;SAR=8;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240476;STB=0.68329;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00919617;OID=.;OPOS=142458938;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:105:105:94:94:11:11:0.104762:8:3:44:50:8:3:44:50 chr7 142458967 . A T 40.04 PASS AF=0.0970874;AO=10;DP=101;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0399234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.638;QD=1.555;RBI=0.0625751;REFB=-0.0061154;REVB=-0.0481847;RO=89;SAF=5;SAR=5;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728789;STB=0.553293;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0449454;OID=.;OPOS=142458967;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:101:103:89:93:10:10:0.0970874:5:5:39:50:5:5:41:52 chr7 142458972 . T C 30.25 PASS AF=0.0816327;AO=8;DP=97;FAO=8;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0253463;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.84;QD=1.23483;RBI=0.0271522;REFB=-0.00485908;REVB=-0.0097368;RO=61;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443682;STB=0.652891;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0372504;OID=.;OPOS=142458972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:97:98:61:90:8:8:0.0816327:3:5:15:46:3:5:41:49 chr7 142458987 . C G 43.02 PASS AF=0.108696;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.0156528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.59;QD=1.87059;RBI=0.0292783;REFB=-0.00258267;REVB=-0.0247429;RO=82;SAF=6;SAR=4;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133402;STB=0.5998;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0246078;OID=.;OPOS=142458987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:92:92:82:82:10:10:0.108696:4:6:40:42:4:6:40:42 chr7 142460335 . A G 694.76 PASS AF=0.258974;AO=101;DP=390;FAO=101;FDP=390;FR=.;FRO=289;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=167;FSRR=122;FWDB=-0.0118896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9498;QD=7.12578;RBI=0.0140691;REFB=0.00135813;REVB=-0.00752174;RO=289;SAF=52;SAR=49;SRF=167;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793171;STB=0.546849;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00481304;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:390:289:289:101:101:0.258974:49:52:167:122:49:52:167:122 chr7 142460369 . G A 517.78 PASS AF=0.222222;AO=83;DP=378;FAO=84;FDP=378;FR=.;FRO=294;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=155;FSRR=139;FWDB=0.0175787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.53;QD=5.47911;RBI=0.0204298;REFB=-0.000406894;REVB=-0.01041;RO=294;SAF=44;SAR=39;SRF=155;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00374321;STB=0.502652;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00147542;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:378:294:294:83:84:0.222222:39:44:155:139:40:44:155:139 chr7 142460394 . T C 305.2 PASS AF=0.168571;AO=59;DP=350;FAO=59;FDP=350;FR=.;FRO=291;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=151;FSRR=140;FWDB=0.0683524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2597;QD=3.48802;RBI=0.0695569;REFB=0.00279116;REVB=-0.0128883;RO=290;SAF=29;SAR=30;SRF=150;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333088;STB=0.522742;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.017016;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:350:290:291:59:59:0.168571:30:29:150:140:30:29:151:140 chr7 142460412 . A C 110.84 PASS AF=0.106897;AO=31;DP=290;FAO=31;FDP=290;FR=.;FRO=259;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=144;FSRR=115;FWDB=-0.0367404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.122;QD=1.52883;RBI=0.0401924;REFB=-0.00606541;REVB=-0.0162964;RO=257;SAF=13;SAR=18;SRF=142;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162964;STB=0.620341;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0358541;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:257:259:31:31:0.106897:18:13:142:115:18:13:144:115 chr7 142460415 . T C 105.63 PASS AF=0.106383;AO=30;DP=282;FAO=30;FDP=282;FR=.;FRO=252;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=138;FSRR=114;FWDB=-0.0272744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.959;QD=1.49828;RBI=0.0313325;REFB=-0.000619807;REVB=0.0154218;RO=251;SAF=13;SAR=17;SRF=137;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137629;STB=0.601104;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0260291;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:251:252:30:30:0.106383:17:13:137:114:17:13:138:114 chr7 142479915 . T C 1761.34 PASS AF=0.991525;AO=96;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=72;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0291717;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.976;QD=59.7064;RBI=0.0344971;REFB=0.0560226;REVB=0.0184136;RO=1;SAF=64;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735314;STB=0.503448;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0030068;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:118:1:1:96:117:0.991525:32:64:1:0:45:72:1:0 chr7 142479954 . C T 3069.35 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268151;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.258;QD=61.3871;RBI=0.0279163;REFB=-0.0756531;REVB=0.00776345;RO=1;SAF=124;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119518;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:201:200:1:0:200:200:1:76:124:1:0:76:124:0:0 chr7 142480002 . C A 3763.85 PASS AF=1;AO=237;DP=238;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132739;FXX=0.00418393;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.642;QD=63.258;RBI=0.0191631;REFB=0.0347681;REVB=0.0138214;RO=1;SAF=144;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509706;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17582e-05;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:238:1:0:237:238:1:93:144:0:1:93:145:0:0 chr7 142480067 . C T 2029.7 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000359606;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.418;QD=62.4523;RBI=0.024997;REFB=0;REVB=0.0249944;RO=0;SAF=78;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45585e-05;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:52:78:0:0:52:78:0:0 chr7 142494038 . CGGG C,CTTC 104.38 PASS AF=0.2,0.8;AO=2,8;DP=11;FAO=2,8;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326526,-0.00358248;FXX=0.0908265;HRUN=3,3;LEN=3,3;MLLD=109.013,227.432;QD=41.7501;RBI=0.00326526,0.00358248;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.26935,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0198299,-0.0014437;OID=.,.;OPOS=142494039,142494039;OREF=GGG,GGG;OALT=-,TTC;OMAPALT=C,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:2,8:11:2,8:10:0:2,8:0,0:0:0:11:0:2,8:0,0:0:0 chr7 142494043 . CAGAAA ACTGTG 220.39 PASS AF=1;AO=6;DP=21;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018689;FXX=0.142789;HRUN=2;LEN=6;MLLD=284.885;QD=48.9754;RBI=0.018689;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00062546;OID=.;OPOS=142494043;OREF=CAGAAA;OALT=ACTGTG;OMAPALT=ACTGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:18:0:0:6:18:1:0:6:0:0:0:18:0:0 chr7 142498735 . A C 101.48 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=88;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0134617;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.006;QD=4.61258;RBI=0.0136985;REFB=-0.00101279;REVB=-0.00253642;RO=71;SAF=6;SAR=11;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144866;STB=0.593249;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00441029;OID=.;OPOS=142498735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:71:71:17:17:0.193182:11:6:33:38:11:6:33:38 chr7 142498738 . C G 119.03 PASS AF=0.206522;AO=18;DP=91;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00666023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.872;QD=5.17508;RBI=0.00669617;REFB=-0.00124599;REVB=0.000692917;RO=73;SAF=7;SAR=11;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132573;STB=0.600591;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00742144;OID=.;OPOS=142498738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:73:73:18:19:0.206522:11:7:36:37:12:7:36:37 chr7 142498833 . A T 764.12 PASS AF=0.358779;AO=93;DP=260;FAO=94;FDP=262;FR=.;FRO=168;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=84;FSRR=84;FWDB=0.0409012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8772;QD=11.6659;RBI=0.0414215;REFB=-0.00490242;REVB=-0.00654439;RO=152;SAF=52;SAR=41;SRF=78;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509037;STB=0.541161;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00821751;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:262:152:168:93:94:0.358779:41:52:78:74:41:53:84:84 chr7 142498837 . C T 803.28 PASS AF=0.364662;AO=97;DP=266;FAO=97;FDP=266;FR=.;FRO=169;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=85;FSRR=84;FWDB=0.0233578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.319;QD=12.0794;RBI=0.0256442;REFB=-0.00482869;REVB=0.0105849;RO=167;SAF=54;SAR=43;SRF=85;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536262;STB=0.534313;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00557918;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:167:169:97:97:0.364662:43:54:85:82:43:54:85:84 chr7 142498896 . CA CG,TG 717.85 PASS AF=0.193798,0.170543;AO=48,44;DP=259;FAO=50,44;FDP=258;FR=.;FRO=164;FSAF=27,28;FSAR=23,16;FSRF=76;FSRR=88;FWDB=0.00698671,0.00709661;FXX=0.00386085;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=199.558,185.362;QD=11.1294;RBI=0.0245799,0.0263192;REFB=-0.00578753,-0.00199071;REVB=0.023566,0.0253444;RO=163;SAF=25,28;SAR=23,16;SRF=75;SRR=88;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0769816,0.224967;STB=0.558493,0.636302;STBP=0.367,0.054;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0222562,0.00770702;OID=.,.;OPOS=142498897,142498896;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:163:164:48,44:50,44:0.193798,0.170543:23,16:25,28:75:88:23,16:27,28:76:88 chr7 142499071 . T C 1061.94 PASS AF=0.444;AO=110;DP=243;FAO=111;FDP=250;FR=.;FRO=139;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=72;FSRR=67;FWDB=-0.069333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.891;QD=16.9911;RBI=0.0697463;REFB=-0.0171705;REVB=0.00758123;RO=132;SAF=53;SAR=57;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179204;STB=0.522518;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0142288;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:250:132:139:110:111:0.444:57:53:66:66:58:53:72:67 chr7 142499836 . T C 41.62 PASS AF=0.079096;AO=14;DP=176;FAO=14;FDP=177;FR=.;FRO=163;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=65;FSRR=98;FWDB=-0.0104042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5916;QD=0.940652;RBI=0.0491217;REFB=0.0018012;REVB=-0.0480072;RO=162;SAF=7;SAR=7;SRF=65;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112998;STB=0.593092;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0266117;OID=.;OPOS=142499836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:176:177:162:163:14:14:0.079096:7:7:65:97:7:7:65:98 chr7 142499854 . T C 49.39 PASS AF=0.0921053;AO=14;DP=152;FAO=14;FDP=152;FR=.;FRO=138;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=85;FWDB=-0.0839175;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3954;QD=1.29971;RBI=0.0854248;REFB=-0.000379395;REVB=-0.0159768;RO=138;SAF=7;SAR=7;SRF=54;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12897;STB=0.60512;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.000562147;OID=.;OPOS=142499854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:152:152:138:138:14:14:0.0921053:7:7:54:84:7:7:53:85 chr7 142499862 . C T 45.7 PASS AF=0.0915493;AO=13;DP=143;FAO=13;FDP=142;FR=.;FRO=129;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=77;FWDB=-0.0280643;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.848;QD=1.28742;RBI=0.0389928;REFB=-0.00433701;REVB=-0.0270708;RO=129;SAF=6;SAR=7;SRF=52;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695577;STB=0.553765;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0486319;OID=.;OPOS=142499862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:143:142:129:129:13:13:0.0915493:7:6:52:77:7:6:52:77 chr7 142499874 . T C 41.77 PASS AF=0.0895522;AO=12;DP=134;FAO=12;FDP=134;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=74;FWDB=-0.0231807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.129;QD=1.24685;RBI=0.0268423;REFB=-0.0030356;REVB=-0.0135337;RO=122;SAF=7;SAR=5;SRF=48;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217889;STB=0.667612;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0301321;OID=.;OPOS=142499874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:134:134:122:122:12:12:0.0895522:5:7:48:74:5:7:48:74 chr7 142499880 . C T 37.5 PASS AF=0.0852713;AO=11;DP=130;FAO=11;FDP=129;FR=.;FRO=118;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=72;FWDB=0.00688771;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.11;QD=1.16265;RBI=0.04536;REFB=0.000326487;REVB=-0.044834;RO=118;SAF=6;SAR=5;SRF=46;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177724;STB=0.639649;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00620301;OID=.;OPOS=142499880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:130:129:118:118:11:11:0.0852713:5:6:46:72:5:6:46:72 chr7 142499884 . C T 43.85 PASS AF=0.0944882;AO=12;DP=127;FAO=12;FDP=127;FR=.;FRO=115;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=69;FWDB=-0.00849808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.638;QD=1.38126;RBI=0.0387891;REFB=-0.00186476;REVB=-0.0378467;RO=113;SAF=7;SAR=5;SRF=46;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205037;STB=0.661303;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0371188;OID=.;OPOS=142499884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:127:127:113:115:12:12:0.0944882:5:7:46:67:5:7:46:69 chr7 142562144 . G A 730.1 PASS AF=0.388128;AO=85;DP=219;FAO=85;FDP=219;FR=.;FRO=134;FSAF=73;FSAR=12;FSRF=119;FSRR=15;FWDB=-0.0149954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.505;QD=13.3352;RBI=0.015011;REFB=-8.71061e-05;REVB=0.000684789;RO=132;SAF=73;SAR=12;SRF=117;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064969;STB=0.538939;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000146943;OID=.;OPOS=142562144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:132:134:85:85:0.388128:12:73:117:15:12:73:119:15 chr7 142562397 . GCCCCCCCA GCCCCCCAG 34.47 PASS AF=0.0493827;AO=8;DP=167;FAO=8;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=143;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=60;FSRR=83;FWDB=0.0629793;FXX=0.0299383;HRUN=7;LEN=2;MLLD=28.0635;QD=0.851011;RBI=0.106967;REFB=-0.0437934;REVB=0.0864616;RO=97;SAF=7;SAR=1;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498515;STB=0.896807;STBP=0.029;TYPE=mnp;VARB=0.100965;OID=.;OPOS=142562404;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=GCCCCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0493827:8:167:8:162:143:7:1:60:83:14:97:7:1:38:59 chr7 142881069 . T C 1036.94 PASS AF=0.535135;AO=98;DP=184;FAO=99;FDP=185;FR=.;FRO=86;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.0231496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8294;QD=22.4203;RBI=0.0231912;REFB=0.00202018;REVB=-0.00138833;RO=86;SAF=47;SAR=51;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373197;STB=0.522551;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00120112;OID=.;OPOS=142881069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:86:86:98:99:0.535135:51:47:45:41:52:47:45:41 chr7 143017807 . G T 3859.37 PASS AF=0.962547;AO=255;DP=265;FAO=257;FDP=267;FR=.;FRO=10;FSAF=133;FSAR=124;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0106659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.493;QD=57.8183;RBI=0.0171001;REFB=-0.103151;REVB=0.0133661;RO=8;SAF=132;SAR=123;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134852;STB=0.503094;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000370116;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:265:267:8:10:255:257:0.962547:123:132:6:2:124:133:6:4 chr7 143042837 . C T 5509.59 PASS AF=1;AO=350;DP=353;FAO=352;FDP=352;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=208;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936877;FXX=0.00845047;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.853;QD=62.6089;RBI=0.0147241;REFB=0;REVB=0.0113589;RO=0;SAF=144;SAR=206;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135919;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:353:352:0:0:350:352:1:206:144:0:0:208:144:0:0 chr7 143053260 . A G 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.496;QD=62.762;RBI=0.0273459;REFB=0;REVB=0.0174255;RO=0;SAF=16;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.4678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85968e-05;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:73:16:0:0:73:16:0:0 chr7 143053723 . C T 62.38 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0162296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.178;QD=7.79742;RBI=0.0375025;REFB=-0.0126832;REVB=-0.0338088;RO=23;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329763;STB=0.7308;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0349907;OID=.;OPOS=143053723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:23:23:8:9:0.28125:2:6:11:12:2:7:11:12 chr7 143088823 . T C 1398.52 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869565;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.09;QD=62.8546;RBI=0.0270781;REFB=0;REVB=0.0256439;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04362e-05;OID=.;OPOS=143088823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:44:44:0:0:45:44:0:0 chr7 143088867 . T C 1044.73 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.165;QD=59.6987;RBI=0.0330103;REFB=0;REVB=0.0306761;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78872e-05;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:36:33:0:0:36:34:0:0 chr7 143093538 . G A 2969.79 PASS AF=0.990338;AO=196;DP=202;FAO=205;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=117;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0294115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.523;QD=57.3872;RBI=0.0355391;REFB=-0.202935;REVB=-0.0199498;RO=6;SAF=85;SAR=111;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013379;STB=0.500697;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00653665;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:202:207:6:2:196:205:0.990338:111:85:4:2:117:88:1:1 chr7 143097100 . A G 1199.09 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9355;QD=60.7135;RBI=0.0705305;REFB=0;REVB=-0.0238841;RO=1;SAF=21;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275639;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:1:0:78:79:1:57:21:1:0:57:22:0:0 chr7 143141475 . T C 1190.95 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00341073;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1601;QD=61.0742;RBI=0.0391533;REFB=0;REVB=0.0390045;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305056;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:48:29:0:0:49:29:0:0 chr7 143208968 . A G 989.15 PASS AF=0.45614;AO=104;DP=228;FAO=104;FDP=228;FR=.;FRO=124;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=-0.015731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.176;QD=17.3536;RBI=0.0385259;REFB=0.00976929;REVB=-0.0351679;RO=124;SAF=49;SAR=55;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00458314;STB=0.502538;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0112206;OID=.;OPOS=143208968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:124:124:104:104:0.45614:55:49:59:65:55:49:59:65 chr7 143270172 . A G 2111.24 PASS AF=0.992857;AO=134;DP=137;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230319;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7375;QD=60.3212;RBI=0.0643802;REFB=-0.0893967;REVB=-0.0601194;RO=2;SAF=42;SAR=92;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220926;STB=0.505746;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00205095;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:137:140:2:1:134:139:0.992857:92:42:2:0:96:43:1:0 chr7 143421544 . G T 38.75 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8685;QD=11.9243;RBI=0.0145864;REFB=-0.0550102;REVB=-0.0145864;RO=6;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0705056;OID=.;OPOS=143421544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:6:0:0:6:6:0:0:7 chr7 143556202 . C T 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00225692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.154;QD=4.55552;RBI=0.0665152;REFB=-0.000146534;REVB=0.0664769;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085884;STB=0.557973;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00288637;OID=.;OPOS=143556202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:4:3:15:15:4:3:15:15 chr7 143632618 . C T 1153.75 PASS AF=0.504386;AO=115;DP=228;FAO=115;FDP=228;FR=.;FRO=113;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=0.0523631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.396;QD=20.2412;RBI=0.0550166;REFB=-0.00334382;REVB=0.01688;RO=111;SAF=58;SAR=57;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240701;STB=0.517499;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00503025;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:111:113:115:115:0.504386:57:58:53:58:57:58:53:60 chr7 143633297 . A G 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00509207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.545;QD=17.1666;RBI=0.00562627;REFB=0.00557325;REVB=0.00239286;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16153;STB=0.590162;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00675645;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:16:13:9:23:16:13:9:23 chr7 143657801 . A G 1164.41 PASS AF=0.495726;AO=114;DP=232;FAO=116;FDP=234;FR=.;FRO=118;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=0.0012602;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.009;QD=19.9044;RBI=0.032643;REFB=-0.0242623;REVB=-0.0326186;RO=116;SAF=53;SAR=61;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480883;STB=0.517327;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0225722;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:234:116:118:114:116:0.495726:61:53:60:56:61:55:60:58 chr7 143748364 . T C 693.8 PASS AF=0.449102;AO=73;DP=167;FAO=75;FDP=167;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0118418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.07;QD=16.6179;RBI=0.0278174;REFB=-0.0152131;REVB=0.025171;RO=91;SAF=33;SAR=40;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107818;STB=0.562932;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0199245;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:91:92:73:75:0.449102:40:33:51:40:42:33:51:41 chr7 143771408 . G C 303.0 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=107;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.00646952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.609;QD=11.327;RBI=0.0145854;REFB=-0.00935743;REVB=0.0130721;RO=69;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171614;STB=0.598081;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0283968;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:69:69:38:38:0.35514:19:19:24:45:19:19:24:45 chr7 143771536 . G A 717.54 PASS AF=0.419355;AO=76;DP=186;FAO=78;FDP=186;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=0.0109167;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.824;QD=15.431;RBI=0.0184269;REFB=-0.0126995;REVB=-0.0148451;RO=106;SAF=37;SAR=39;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387653;STB=0.50331;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0215967;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:106:108:76:78:0.419355:39:37:52:54:40:38:52:56 chr7 143771937 . G C 561.55 PASS AF=0.406667;AO=62;DP=148;FAO=61;FDP=150;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.0119463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.034;QD=14.9747;RBI=0.0140465;REFB=-0.0069353;REVB=0.00738836;RO=81;SAF=29;SAR=33;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363796;STB=0.504092;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00948298;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:81:89:62:61:0.406667:33:29:35:46:34:27:40:49 chr7 143807515 . T G 508.68 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0107667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.859;QD=18.1672;RBI=0.0408508;REFB=-0.0137864;REVB=0.0394065;RO=55;SAF=27;SAR=27;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414534;STB=0.535701;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0143526;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:58:54:54:0.482143:27:27:25:30:27:27:25:33 chr7 143807518 . T C 512.43 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00643869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.488;QD=18.6339;RBI=0.0189409;REFB=-0.00319372;REVB=-0.0178129;RO=55;SAF=27;SAR=27;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746502;STB=0.545438;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00330862;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:56:54:54:0.490909:27:27:23:32:27:27:23:33 chr7 143826603 . G T 428.53 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0106798;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.079;QD=19.0456;RBI=0.0672383;REFB=0.00593573;REVB=-0.0663847;RO=47;SAF=24;SAR=19;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359303;STB=0.519991;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00671206;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:47:43:43:0.477778:19:24:28:19:19:24:28:19 chr7 143826697 . C G 295.94 PASS AF=0.358209;AO=34;DP=137;FAO=48;FDP=134;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0262329;FXX=0.0218962;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.5206;QD=8.83407;RBI=0.0392901;REFB=-0.0389719;REVB=0.0292497;RO=83;SAF=5;SAR=29;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481947;STB=0.57522;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.120124;OID=.;OPOS=143826697;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:134:83:86:34:48:0.358209:29:5:41:42:29:19:44:42 chr7 143826729 . ACTT A 342.71 PASS AF=0.362069;AO=41;DP=120;FAO=42;FDP=116;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.000346105;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=3;MLLD=278.128;QD=11.8176;RBI=0.0134347;REFB=-0.0153324;REVB=0.0134302;RO=73;SAF=11;SAR=30;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242652;STB=0.641013;STBP=0.04;TYPE=del;VARB=0.022611;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362069:41:120:42:116:74:11:31:34:40:99:73:11:30:34:39 chr7 143882673 . C T 182.78 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00546009;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4779;QD=16.6161;RBI=0.0621965;REFB=-0.000978656;REVB=0.0619564;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143955;STB=0.566401;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00288991;OID=.;OPOS=143882673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:25:19:19:0.431818:5:14:16:10:5:14:16:9 chr7 143956122 . G A 53.39 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0242713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.355;QD=3.2356;RBI=0.0246781;REFB=-0.00377073;REVB=0.00446235;RO=56;SAF=3;SAR=7;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168464;STB=0.617402;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0187835;OID=.;OPOS=143956122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:56:56:10:10:0.151515:7:3:24:32:7:3:24:32 chr7 144015434 . A G 1449.46 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603748;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8374;QD=57.9782;RBI=0.0789318;REFB=-0.0295487;REVB=0.050844;RO=1;SAF=48;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038109;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:100:1:0:95:100:1:47:48:1:0:47:53:0:0 chr7 144015437 . C T 1476.88 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0246853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.2109;QD=56.2619;RBI=0.0348258;REFB=-0.196058;REVB=-0.0245658;RO=2;SAF=55;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169388;STB=0.503665;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00304441;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:2:3:102:102:0.971429:47:55:2:0:47:55:2:1 chr7 144060802 . C T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00907313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.839;QD=44.0922;RBI=0.019786;REFB=-0.0211222;REVB=-0.017583;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538415;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000368459;OID=.;OPOS=144060802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:6:11:0:0:6:11:0:1 chr7 144095600 . A G 431.78 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00282055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1754;QD=47.9756;RBI=0.034249;REFB=0.00168668;REVB=-0.0341327;RO=4;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979744;STB=0.552599;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00261014;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:4:4:32:32:0.888889:17:15:0:4:17:15:0:4 chr7 144098992 . G A 1799.89 PASS AF=0.96124;AO=119;DP=126;FAO=124;FDP=129;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0393566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9955;QD=55.8106;RBI=0.0624439;REFB=-0.12181;REVB=0.0484798;RO=7;SAF=41;SAR=78;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068747;STB=0.506302;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00681324;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:126:129:7:5:119:124:0.96124:78:41:2:5:81:43:1:4 chr7 147674978 . A G 690.88 PASS AF=0.54918;AO=66;DP=121;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00295819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.453;QD=22.6519;RBI=0.0708392;REFB=-0.0144801;REVB=0.0707774;RO=55;SAF=29;SAR=37;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582181;STB=0.534672;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0119876;OID=.;OPOS=147674978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:55:55:66:67:0.54918:37:29:28:27:38:29:28:27 chr7 148106477 . C G 522.63 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0148215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.758;QD=17.1353;RBI=0.0335985;REFB=-0.0132944;REVB=0.0301527;RO=66;SAF=24;SAR=32;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025649;STB=0.514281;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00435757;OID=.;OPOS=148106477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:32:24:30:36:32:24:30:36 chr7 148106490 . G A 611.03 PASS AF=0.470149;AO=62;DP=132;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0276326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.003;QD=18.2398;RBI=0.0281644;REFB=-0.0105031;REVB=-0.00544744;RO=69;SAF=29;SAR=33;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176367;STB=0.505128;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0110877;OID=.;OPOS=148106490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:69:71:62:63:0.470149:33:29:31:38:34:29:32:39 chr7 148113623 . ATAGTT A 630.76 PASS AF=1;AO=34;DP=43;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339507;FXX=0.148904;HRUN=1;LEN=5;MLLD=238.486;QD=63.076;RBI=0.0361305;REFB=0;REVB=-0.0123599;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.23028e-05;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:43:40:40:0:23:17:0:0:3:0:19:15:0:0 chr7 148143136 . A G 9311.31 PASS AF=1;AO=583;DP=585;FAO=584;FDP=584;FR=.;FRO=0;FSAF=284;FSAR=300;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679344;FXX=0.00341291;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3426;QD=63.7761;RBI=0.103083;REFB=0;REVB=-0.0775307;RO=0;SAF=283;SAR=300;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129011;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:585:584:0:0:583:584:1:300:283:0:0:300:284:0:0 chr7 148481488 . G A 2347.47 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140637;FXX=0.0249984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.089;QD=60.1914;RBI=0.0223796;REFB=0;REVB=0.0174086;RO=0;SAF=71;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696987;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:155:156:0:0:153:156:1:82:71:0:0:82:74:0:0 chr7 148638572 . G A 970.99 PASS AF=0.465753;AO=102;DP=219;FAO=102;FDP=219;FR=.;FRO=117;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=70;FWDB=-0.0519416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3188;QD=17.7349;RBI=0.056874;REFB=0.0230104;REVB=0.0231673;RO=116;SAF=50;SAR=52;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821274;STB=0.547371;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.026995;OID=.;OPOS=148638572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:116:117:102:102:0.465753:52:50:47:69:52:50:47:70 chr7 148700542 . A C 81.26 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0121427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.726;QD=8.12563;RBI=0.019341;REFB=-0.016799;REVB=-0.0150542;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838598;STB=0.538391;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0289348;OID=.;OPOS=148700542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:27:29:11:11:0.275:7:4:10:17:7:4:12:17 chr7 148712092 . G A 489.9 PASS AF=0.48;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0291646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.26;QD=19.596;RBI=0.0327189;REFB=-0.0036427;REVB=0.0148308;RO=51;SAF=20;SAR=28;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509323;STB=0.5238;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00270176;OID=.;OPOS=148712092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:51:52:48:48:0.48:28:20:24:27:28:20:24:28 chr7 148801091 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.448;QD=53.9111;RBI=0.00384229;REFB=0;REVB=0.000495624;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54081e-06;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr7 148801658 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.43;QD=64.4154;RBI=0.00618452;REFB=0;REVB=-0.00434295;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21902e-05;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr7 148822810 . C T 3901.08 PASS AF=1;AO=244;DP=245;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.636;QD=62.1687;RBI=0.0706602;REFB=0;REVB=0.0356574;RO=0;SAF=108;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.77538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56735e-05;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:251:0:0:244:251:1:136:108:0:0:139:112:0:0 chr7 148848358 . G A 866.82 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0202309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.32;QD=53.3429;RBI=0.0424856;REFB=-0.0404551;REVB=0.0373595;RO=1;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113779;STB=0.500277;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00110593;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:1:3:62:62:0.953846:41:21:0:1:41:21:1:2 chr7 148851213 . G A 1075.73 PASS AF=0.925926;AO=75;DP=81;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0367402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.447;QD=53.1225;RBI=0.047765;REFB=-0.253856;REVB=0.0305231;RO=6;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725896;STB=0.538451;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00332531;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:81:81:6:6:75:75:0.925926:36:39:0:6:36:39:0:6 chr7 148937136 . C A 432.15 PASS AF=0.353333;AO=51;DP=149;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=63;FWDB=0.034056;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.448;QD=11.5239;RBI=0.0340904;REFB=-0.00298894;REVB=0.00153246;RO=98;SAF=19;SAR=32;SRF=35;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189862;STB=0.53128;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00570054;OID=.;OPOS=148937136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:98:97:51:53:0.353333:32:19:35:63:32:21:34:63 chr7 148979649 . G T 858.08 PASS AF=0.463158;AO=88;DP=191;FAO=88;FDP=190;FR=.;FRO=102;FSAF=26;FSAR=62;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.0235484;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.101;QD=18.0649;RBI=0.0310767;REFB=-0.00936425;REVB=-0.0202789;RO=97;SAF=26;SAR=62;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125228;STB=0.58175;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0107943;OID=.;OPOS=148979649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:97:102:88:88:0.463158:62:26:40:57:62:26:44:58 chr7 148991712 . A G 446.09 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0232594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.435;QD=18.2076;RBI=0.0240196;REFB=-0.0300589;REVB=-0.00599497;RO=53;SAF=20;SAR=24;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353459;STB=0.525103;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0367471;OID=.;OPOS=148991712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:53:53:44:45:0.459184:24:20:26:27:25:20:26:27 chr7 149112306 . A G 803.49 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00357863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.826;QD=55.413;RBI=0.00605708;REFB=-0.127901;REVB=0.00488688;RO=1;SAF=17;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269235;STB=0.514281;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000645155;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:39:17:1:0:40:17:1:0 chr7 149152770 . A G 770.04 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556395;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.81;QD=64.1699;RBI=0.0568107;REFB=0;REVB=0.0114759;RO=0;SAF=36;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02184e-05;OID=.;OPOS=149152770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:12:36:0:0:12:36:0:0 chr7 149152906 . G A 2369.3 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0132514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.743;QD=60.3643;RBI=0.0143284;REFB=-0.121261;REVB=-0.00545005;RO=0;SAF=76;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46995e-08;STB=0.503268;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-7.8422e-05;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:0:1:156:156:0.993631:80:76:0:0:80:76:1:0 chr7 149191415 . C T 598.12 PASS AF=0.525424;AO=60;DP=117;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0254997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5987;QD=20.2751;RBI=0.0544543;REFB=-0.0143904;REVB=0.0481148;RO=57;SAF=30;SAR=30;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542995;STB=0.517802;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0128095;OID=.;OPOS=149191415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:57:56:60:62:0.525424:30:30:32:25:30:32:31:25 chr7 149191460 . G A 2727.37 PASS AF=0.988764;AO=176;DP=178;FAO=176;FDP=178;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00685963;FXX=0.0111105;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.014;QD=61.2892;RBI=0.0108701;REFB=0.00979853;REVB=-0.0084324;RO=2;SAF=80;SAR=96;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000980239;STB=0.500515;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=6.61539e-05;OID=.;OPOS=149191460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:178:178:2:2:176:176:0.988764:96:80:1:1:96:80:1:1 chr7 149317053 . T C 1005.69 PASS AF=0.413284;AO=112;DP=270;FAO=112;FDP=271;FR=.;FRO=159;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=74;FSRR=85;FWDB=0.0138583;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5832;QD=14.8442;RBI=0.0322607;REFB=-6.77445e-06;REVB=-0.0291324;RO=158;SAF=52;SAR=60;SRF=74;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00428368;STB=0.500662;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.000638965;OID=.;OPOS=149317053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:158:159:112:112:0.413284:60:52:74:84:60:52:74:85 chr7 149318375 . C T 146.12 PASS AF=0.516129;AO=14;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00291509;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.334;QD=18.854;RBI=0.0119986;REFB=-0.0206195;REVB=-0.0116391;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355542;STB=0.580547;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.011634;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:8:15:14:16:0.516129:8:6:3:5:8:8:5:10 chr7 149318471 . C T 521.5 PASS AF=0.470588;AO=53;DP=117;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0445824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.3555;QD=17.5293;RBI=0.0904041;REFB=-0.026255;REVB=0.0786467;RO=64;SAF=29;SAR=24;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107313;STB=0.548215;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.029349;OID=.;OPOS=149318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:64:63:53:56:0.470588:24:29:28:36:26:30:28:35 chr7 149332825 . C T 776.36 PASS AF=0.628319;AO=71;DP=113;FAO=71;FDP=113;FR=.;FRO=42;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00139264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.309;QD=27.4818;RBI=0.00431379;REFB=-0.019986;REVB=-0.00408281;RO=42;SAF=42;SAR=29;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195974;STB=0.510613;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0114919;OID=.;OPOS=149332825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:42:42:71:71:0.628319:29:42:26:16:29:42:26:16 chr7 149332845 . C T 759.94 PASS AF=0.623762;AO=58;DP=104;FAO=63;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0218775;FXX=0.0288434;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.669;QD=30.0968;RBI=0.0225589;REFB=-0.0412105;REVB=0.00550233;RO=23;SAF=32;SAR=26;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219489;STB=0.616357;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0171397;OID=.;OPOS=149332845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:101:23:23:58:63:0.623762:26:32:3:20:27:36:3:20 chr7 149335542 . C T 551.65 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=-0.0170868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9111;QD=16.4671;RBI=0.0246427;REFB=-0.00700856;REVB=-0.0177568;RO=74;SAF=20;SAR=39;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164103;STB=0.503535;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0082759;OID=.;OPOS=149335542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:74:75:59:59:0.440299:39:20:24:50:39:20:25:50 chr7 149344105 . A G 941.0 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.461;QD=57.0304;RBI=0.027661;REFB=-0.0384873;REVB=0.000392525;RO=1;SAF=10;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851385;STB=0.504503;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=1.90297e-05;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:55:10:0:1:55:10:0:1 chr7 149388271 . G C 364.99 PASS AF=0.404255;AO=31;DP=104;FAO=38;FDP=94;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=35;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=-0.0121148;FXX=0.0784237;HRUN=7;LEN=1;MLLD=22.1671;QD=15.5317;RBI=0.266445;REFB=-0.079745;REVB=-0.266169;RO=30;SAF=27;SAR=4;SRF=29;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227143;STB=0.510323;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0392319;OID=.;OPOS=149388271;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:94:30:35:31:38:0.404255:4:27:29:1:7:31:29:6 chr7 149426305 . G GC 1948.75 PASS AF=1;AO=180;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490436;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.1834;QD=39.5685;RBI=0.118328;REFB=0;REVB=0.107686;RO=14;SAF=100;SAR=80;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000656436;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:180:198:197:197:0:110:87:0:0:36:14:100:80:10:4 chr7 149427409 . T G 6006.63 PASS AF=1;AO=378;DP=378;FAO=379;FDP=379;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=260;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000357126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.157;QD=63.3946;RBI=0.00459242;REFB=0;REVB=0.00457851;RO=0;SAF=118;SAR=260;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12288e-06;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:378:379:0:0:378:379:1:260:118:0:0:260:119:0:0 chr7 149475053 . C T 578.94 PASS AF=0.365591;AO=68;DP=183;FAO=68;FDP=186;FR=.;FRO=118;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=74;FWDB=-0.0603183;FXX=0.0158722;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.887;QD=12.4504;RBI=0.060936;REFB=-0.0126076;REVB=-0.00865508;RO=113;SAF=24;SAR=44;SRF=39;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00945332;STB=0.513732;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0208153;OID=.;OPOS=149475053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:186:113:118:68:68:0.365591:44:24:39:74:44:24:44:74 chr7 149484798 . C T 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0234712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1751;QD=19.9731;RBI=0.0234725;REFB=-0.00755052;REVB=0.000254419;RO=35;SAF=25;SAR=12;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039227;STB=0.521728;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00347151;OID=.;OPOS=149484798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:12:25:25:10:12:25:25:10 chr7 149500798 . C CG 75.04 PASS AF=0.111111;AO=33;DP=268;FAO=29;FDP=261;FR=.;FRO=232;FSAF=27;FSAR=2;FSRF=133;FSRR=99;FWDB=-0.0552366;FXX=0.00760427;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.7664;QD=1.15003;RBI=0.0595966;REFB=-0.00843502;REVB=-0.0223755;RO=232;SAF=33;SAR=0;SRF=131;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.674501;STB=0.894657;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.108832;OID=.;OPOS=149500799;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.111111:33:268:29:261:232:27:2:133:99:75:232:33:0:131:101 chr7 149503843 . T G 1401.45 PASS AF=0.462264;AO=144;DP=314;FAO=147;FDP=318;FR=.;FRO=171;FSAF=72;FSAR=75;FSRF=92;FSRR=79;FWDB=0.0135774;FXX=0.0031347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8117;QD=17.6283;RBI=0.0570911;REFB=-0.00342717;REVB=-0.0554531;RO=169;SAF=69;SAR=75;SRF=91;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579263;STB=0.525907;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00377691;OID=.;OPOS=149503843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:318:169:171:144:147:0.462264:75:69:91:78:75:72:92:79 chr7 149503916 . GGATA G 810.62 PASS AF=0.395028;AO=133;DP=348;FAO=143;FDP=362;FR=.;FRO=219;FSAF=86;FSAR=57;FSRF=109;FSRR=110;FWDB=-0.00420986;FXX=0.0163039;HRUN=3;LEN=4;MLLD=264.327;QD=8.95709;RBI=0.0144201;REFB=-0.0186276;REVB=0.0137919;RO=187;SAF=82;SAR=51;SRF=84;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176736;STB=0.563715;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.0295725;OID=.;OPOS=149503917;OREF=GATA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395028:133:348:143:362:219:86:57:109:110:99:187:82:51:84:103 chr7 149506211 . G GC 7625.84 PASS AF=1;AO=646;DP=695;FAO=667;FDP=667;FR=.;FRO=0;FSAF=320;FSAR=347;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147717;FXX=0.0162239;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.8928;QD=45.7322;RBI=0.150837;REFB=0;REVB=-0.0305176;RO=42;SAF=312;SAR=334;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00475466;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000199041;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:646:695:667:667:0:320:347:0:0:99:42:312:334:22:20 chr7 149511985 . A G 687.7 PASS AF=0.507463;AO=67;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00496177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.15;QD=20.5284;RBI=0.00822175;REFB=-0.0148132;REVB=-0.00655576;RO=65;SAF=32;SAR=35;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282228;STB=0.515167;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0168285;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:66:67:68:0.507463:35:32:29:36:35:33:30:36 chr7 149513152 . C T 243.81 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0618639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.152;QD=23.2198;RBI=0.0630216;REFB=-0.0107305;REVB=-0.0120243;RO=19;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018252;STB=0.510195;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0128041;OID=.;OPOS=149513152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:15:8:7:12:15:8:7:12 chr7 149513560 . T C 1835.13 PASS AF=0.484293;AO=185;DP=382;FAO=185;FDP=382;FR=.;FRO=197;FSAF=85;FSAR=100;FSRF=108;FSRR=89;FWDB=-0.0271905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.316;QD=19.2161;RBI=0.0327915;REFB=-0.0352169;REVB=0.0183291;RO=196;SAF=85;SAR=100;SRF=108;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857101;STB=0.545732;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0351979;OID=.;OPOS=149513560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:382:196:197:185:185:0.484293:100:85:108:88:100:85:108:89 chr7 149515103 . C T 792.23 PASS AF=0.539568;AO=75;DP=139;FAO=75;FDP=139;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0159634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.472;QD=22.7979;RBI=0.0196106;REFB=-0.0522753;REVB=-0.0113906;RO=63;SAF=39;SAR=36;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036546;STB=0.516403;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0420169;OID=.;OPOS=149515103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:63:64:75:75:0.539568:36:39:30:33:36:39:31:33 chr7 149515188 . TA T 138.11 PASS AF=0.438596;AO=22;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0626754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.6506;QD=9.69206;RBI=0.0641357;REFB=-0.00545066;REVB=0.0136082;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134913;STB=0.619547;STBP=0.145;TYPE=del;VARB=0.0190384;OID=.;OPOS=149515189;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438596:22:57:25:57:32:14:11:11:21:99:30:11:11:11:19 chr7 149515754 . A G 304.16 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00925787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.04;QD=12.5428;RBI=0.0158594;REFB=-0.00225559;REVB=-0.0128769;RO=58;SAF=15;SAR=20;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040826;STB=0.525359;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0043846;OID=.;OPOS=149515754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:62:35:35:0.360825:20:15:27:31:20:15:29:33 chr7 149515775 . C G 446.78 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=126;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0058926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.334;QD=14.0718;RBI=0.0884307;REFB=-0.00971544;REVB=0.0882341;RO=75;SAF=31;SAR=20;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150367;STB=0.581218;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0138035;OID=.;OPOS=149515775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:75:76:51:51:0.401575:20:31:35:40:20:31:36:40 chr7 149515796 . C T 643.45 PASS AF=0.435583;AO=71;DP=164;FAO=71;FDP=163;FR=.;FRO=92;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.0162416;FXX=0.00609719;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.168;QD=15.7902;RBI=0.0164048;REFB=-0.00265981;REVB=-0.00230827;RO=91;SAF=43;SAR=28;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128501;STB=0.51098;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00410537;OID=.;OPOS=149515796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:91:92:71:71:0.435583:28:43:54:37:28:43:54:38 chr7 149516486 . A G 1041.87 PASS AF=0.330846;AO=124;DP=392;FAO=133;FDP=402;FR=.;FRO=269;FSAF=54;FSAR=79;FSRF=118;FSRR=151;FWDB=-0.00793602;FXX=0.00495037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.097;QD=10.3668;RBI=0.00945854;REFB=-0.0245427;REVB=-0.00514622;RO=266;SAF=47;SAR=77;SRF=117;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749184;STB=0.522451;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0503063;OID=.;OPOS=149516486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:402:266:269:124:133:0.330846:77:47:117:149:79:54:118:151 chr7 149516881 . G T 1599.24 PASS AF=0.553114;AO=150;DP=273;FAO=151;FDP=273;FR=.;FRO=122;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=0.0202428;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.423;QD=23.4321;RBI=0.02558;REFB=-0.0226251;REVB=0.0156386;RO=121;SAF=73;SAR=77;SRF=59;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000769573;STB=0.500776;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0168154;OID=.;OPOS=149516881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:121:122:150:151:0.553114:77:73:59:62:77:74:60:62 chr7 149518148 . A G 439.71 PASS AF=0.380597;AO=51;DP=134;FAO=51;FDP=134;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=58;FWDB=-0.0957775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1254;QD=13.1256;RBI=0.100518;REFB=-0.00508842;REVB=-0.0305051;RO=81;SAF=9;SAR=42;SRF=24;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189339;STB=0.613353;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00698494;OID=.;OPOS=149518148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:81:83:51:51:0.380597:42:9:24:57:42:9:25:58 chr7 149518532 . TC T 715.28 PASS AF=0.455696;AO=144;DP=317;FAO=144;FDP=316;FR=.;FRO=172;FSAF=80;FSAR=64;FSRF=97;FSRR=75;FWDB=-0.0667813;FXX=0.00315447;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.7084;QD=9.0542;RBI=0.0674382;REFB=-0.044363;REVB=0.0093897;RO=160;SAF=84;SAR=60;SRF=89;SRR=71;SSEN=0.227976;SSEP=0;SSSB=0.026478;STB=0.504632;STBP=0.887;TYPE=del;VARB=0.0590079;OID=.;OPOS=149518533;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455696:144:317:144:316:172:80:64:97:75:99:160:84:60:89:71 chr7 149518961 . T C 2920.87 PASS AF=0.463636;AO=299;DP=651;FAO=306;FDP=660;FR=.;FRO=354;FSAF=141;FSAR=165;FSRF=180;FSRR=174;FWDB=-0.0101991;FXX=0.00151284;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7934;QD=17.7023;RBI=0.013931;REFB=-0.0216082;REVB=0.0094896;RO=351;SAF=140;SAR=159;SRF=180;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437597;STB=0.525633;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0243853;OID=.;OPOS=149518961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:651:660:351:354:299:306:0.463636:159:140:180:171:165:141:180:174 chr7 149519184 . C T 896.52 PASS AF=0.435556;AO=95;DP=222;FAO=98;FDP=225;FR=.;FRO=127;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=54;FSRR=73;FWDB=0.0187152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.1;QD=15.9381;RBI=0.0192258;REFB=-0.0253418;REVB=-0.00440154;RO=127;SAF=48;SAR=47;SRF=54;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082163;STB=0.547898;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0273362;OID=.;OPOS=149519184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:225:127:127:95:98:0.435556:47:48:54:73:48:50:54:73 chr7 149521183 . G A 945.78 PASS AF=0.423237;AO=102;DP=242;FAO=102;FDP=241;FR=.;FRO=139;FSAF=36;FSAR=66;FSRF=58;FSRR=81;FWDB=-0.00566877;FXX=0.00413206;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.133;QD=15.6977;RBI=0.0132318;REFB=-0.00826649;REVB=0.011956;RO=135;SAF=36;SAR=66;SRF=58;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083366;STB=0.539658;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00876499;OID=.;OPOS=149521183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:135:139:102:102:0.423237:66:36:58:77:66:36:58:81 chr7 149521544 . C T 966.29 PASS AF=0.373333;AO=110;DP=299;FAO=112;FDP=300;FR=.;FRO=188;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=113;FSRR=75;FWDB=0.0881623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.534;QD=12.8838;RBI=0.0886537;REFB=-0.0244356;REVB=0.00932083;RO=182;SAF=63;SAR=47;SRF=109;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297111;STB=0.519058;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0328852;OID=.;OPOS=149521544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:300:182:188:110:112:0.373333:47:63:109:73:48:64:113:75 chr7 149522162 . G T 3484.24 PASS AF=0.51938;AO=325;DP=638;FAO=335;FDP=645;FR=.;FRO=310;FSAF=172;FSAR=163;FSRF=134;FSRR=176;FWDB=0.0345327;FXX=0.00769219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0509;QD=21.6077;RBI=0.0608342;REFB=-0.00353;REVB=0.0500828;RO=307;SAF=167;SAR=158;SRF=132;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746138;STB=0.538958;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00297381;OID=.;OPOS=149522162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:638:645:307:310:325:335:0.51938:158:167:132:175:163:172:134:176 chr7 149522366 . T G 557.79 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0309041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.596;QD=17.2959;RBI=0.0365846;REFB=-0.00870998;REVB=-0.0195798;RO=70;SAF=40;SAR=19;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155903;STB=0.587043;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0128341;OID=.;OPOS=149522366;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:70:59:59:0.457364:19:40:37:33:19:40:37:33 chr7 149523277 . A G 1602.43 PASS AF=0.438144;AO=163;DP=384;FAO=170;FDP=388;FR=.;FRO=218;FSAF=69;FSAR=101;FSRF=86;FSRR=132;FWDB=-0.00606556;FXX=0.0127223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.487;QD=16.5199;RBI=0.019802;REFB=-0.0247885;REVB=-0.0188501;RO=213;SAF=63;SAR=100;SRF=83;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034067;STB=0.506649;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0319474;OID=.;OPOS=149523277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:388:213:218:163:170:0.438144:100:63:83:130:101:69:86:132 chr7 149528262 . C T 910.62 PASS AF=0.476923;AO=86;DP=188;FAO=93;FDP=195;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0768815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0322;QD=18.6794;RBI=0.0776878;REFB=0.000846677;REVB=-0.0111637;RO=102;SAF=25;SAR=61;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193281;STB=0.576625;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000249996;OID=.;OPOS=149528262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:195:102:102:86:93:0.476923:61:25:48:54:62:31:48:54 chr7 149530894 . G A 491.8 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00835628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.607;QD=18.5585;RBI=0.00848614;REFB=-0.00522867;REVB=0.00147894;RO=54;SAF=30;SAR=22;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323908;STB=0.51793;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00642691;OID=.;OPOS=149530894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:22:30:33:21:22:30:33:21 chr7 149558409 . G C 316.95 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0124029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.313;QD=17.8561;RBI=0.0181793;REFB=-0.0123767;REVB=0.0132911;RO=37;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425543;STB=0.523795;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0128915;OID=.;OPOS=149558409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:15:19:19:18:15:19:19:18 chr7 149559273 . C T 466.73 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0029757;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.915;QD=16.669;RBI=0.00307037;REFB=-0.0112348;REVB=-0.000756569;RO=62;SAF=27;SAR=24;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123567;STB=0.564828;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0115541;OID=.;OPOS=149559273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:62:61:51:51:0.455357:24:27:25:37:24:27:25:36 chr7 149559465 . C T 617.74 PASS AF=0.43125;AO=69;DP=161;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0121169;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1291;QD=15.4436;RBI=0.0202625;REFB=-0.00256355;REVB=0.0162403;RO=91;SAF=31;SAR=38;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908031;STB=0.55071;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00349509;OID=.;OPOS=149559465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:91:91:69:69:0.43125:38:31:49:42:38:31:49:42 chr7 149562627 . CCGA CA,CCAC 311.96 PASS AF=0.312977,0;AO=32,6;DP=133;FAO=41,0;FDP=131;FR=.;FRO=90;FSAF=34,0;FSAR=7,0;FSRF=70;FSRR=20;FWDB=-0.0271719,-0.0441192;FXX=0.00757518;HRUN=4,1;LEN=2,2;MLLD=144.356,147.873;QD=9.52548;RBI=0.0552091,0.0483926;REFB=-0.0278823,-0.0206967;REVB=-0.0480597,-0.0198832;RO=87;SAF=25,6;SAR=7,0;SRF=67;SRR=20;SSEN=0.402516,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0196351,0.431376;STB=0.557686,0.5;STBP=0.498,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0568953,0;OID=.,.;OPOS=149562628,149562629;OREF=CG,GA;OALT=-,AC;OMAPALT=CA,CCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.312977,0:32,6:133:41,0:131:90:34,0:7,0:70:20:99:87:25,6:7,0:67:20 chr7 149576818 . A G 223.85 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0287322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.528;QD=19.4653;RBI=0.0321514;REFB=-0.0136752;REVB=-0.0144282;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735939;STB=0.541448;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0193886;OID=.;OPOS=149576818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:7:17:14:8:7:17 chr7 150028958 . A G 1532.93 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084897;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.244;QD=63.872;RBI=0.0105625;REFB=0;REVB=0.00628413;RO=0;SAF=37;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70577e-05;OID=.;OPOS=150028958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:59:37:0:0:59:37:0:0 chr7 150034184 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.751;QD=62.6706;RBI=0.0269854;REFB=0;REVB=0.0132829;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108441;OID=.;OPOS=150034184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr7 150034378 . A G 1393.99 PASS AF=0.95098;AO=94;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00649508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.041;QD=54.6663;RBI=0.00649862;REFB=-0.0287246;REVB=0.000214456;RO=4;SAF=50;SAR=44;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247678;STB=0.501852;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000389582;OID=.;OPOS=150034378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:102:4:4:94:97:0.95098:44:50:2:2:44:53:2:2 chr7 150035183 . C T 912.24 PASS AF=0.786517;AO=70;DP=89;FAO=70;FDP=89;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=-0.0105763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.034;QD=40.9997;RBI=0.0224449;REFB=-0.107102;REVB=0.0197968;RO=19;SAF=18;SAR=52;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321832;STB=0.672675;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00181322;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:19:19:70:70:0.786517:52:18:19:0:52:18:19:0 chr7 150035459 . T G 782.77 PASS AF=1;AO=43;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102204;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8931;QD=63.8994;RBI=0.0769545;REFB=0;REVB=0.0762728;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00471418;OID=.;OPOS=150035459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:43:49:1:18:25:0:0:24:25:0:0 chr7 150035500 . C G 743.06 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00506876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5004;QD=61.9216;RBI=0.0213941;REFB=0;REVB=0.020785;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889568;OID=.;OPOS=150035500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr7 150035526 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.249;QD=60.9786;RBI=0.0266375;REFB=0;REVB=0.0265935;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45906e-05;OID=.;OPOS=150035526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr7 150037660 . A G 5067.65 PASS AF=1;AO=322;DP=324;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549127;FXX=0.0182365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.151;QD=62.7573;RBI=0.0557379;REFB=0.012508;REVB=-0.00955566;RO=2;SAF=134;SAR=188;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00504751;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14278e-06;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:324:323:2:0:322:323:1:188:134:0:2:188:135:0:0 chr7 150066900 . A G 796.03 PASS AF=0.576923;AO=73;DP=129;FAO=75;FDP=130;FR=.;FRO=55;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.00970508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.532;QD=24.4932;RBI=0.0113166;REFB=-0.0128667;REVB=-0.00582031;RO=55;SAF=40;SAR=33;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144451;STB=0.576973;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00844858;OID=.;OPOS=150066900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:55:55:73:75:0.576923:33:40:20:35:34:41:20:35 chr7 150068371 . T C 1999.06 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440127;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.123;QD=61.9863;RBI=0.0542818;REFB=0;REVB=0.0317709;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110821;OID=.;OPOS=150068371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:126:129:1:71:55:0:0:72:57:0:0 chr7 150068605 . G A 1560.35 PASS AF=0.469914;AO=161;DP=350;FAO=164;FDP=349;FR=.;FRO=185;FSAF=89;FSAR=75;FSRF=90;FSRR=95;FWDB=0.0977981;FXX=0.00569784;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.473;QD=17.8837;RBI=0.0978856;REFB=-0.0180527;REVB=0.00413798;RO=181;SAF=86;SAR=75;SRF=89;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408463;STB=0.529851;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0303574;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:349:181:185:161:164:0.469914:75:86:89:92:75:89:90:95 chr7 150068620 . C T 1314.73 PASS AF=0.463816;AO=139;DP=283;FAO=141;FDP=304;FR=.;FRO=163;FSAF=77;FSAR=64;FSRF=101;FSRR=62;FWDB=0.0493865;FXX=0.00977167;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.5605;QD=17.2991;RBI=0.0598347;REFB=-0.0358487;REVB=-0.0337811;RO=144;SAF=76;SAR=63;SRF=91;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803846;STB=0.540053;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0494752;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:304:144:163:139:141:0.463816:63:76:91:53:64:77:101:62 chr7 150068933 . T C 2764.13 PASS AF=0.994475;AO=169;DP=171;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383162;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.633;QD=61.0858;RBI=0.0537245;REFB=-0.0303732;REVB=0.0376589;RO=1;SAF=95;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638816;STB=0.502924;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000856606;OID=.;OPOS=150068933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:181:1:1:169:180:0.994475:74:95:0:1:85:95:0:1 chr7 150070630 . A G 463.05 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0401579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8325;QD=52.9198;RBI=0.0411345;REFB=-0.0130241;REVB=0.00890987;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217319;STB=0.508375;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00270655;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:21:12:0:1:21:12:1:1 chr7 150070663 . T C 555.59 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.46;QD=60.0635;RBI=0.0687641;REFB=0;REVB=-0.0678428;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187426;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:15:20:0:0:15:22:0:0 chr7 150070814 . G A 3116.26 PASS AF=0.994924;AO=195;DP=197;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=104;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0237542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2928;QD=63.2743;RBI=0.0249935;REFB=-0.0775719;REVB=0.00777276;RO=1;SAF=104;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455746;STB=0.502392;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000348675;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:197:1:1:195:196:0.994924:91:104:1:0:92:104:1:0 chr7 150093701 . A C 1545.87 PASS AF=0.478528;AO=156;DP=324;FAO=156;FDP=326;FR=.;FRO=170;FSAF=98;FSAR=58;FSRF=89;FSRR=81;FWDB=-0.0204238;FXX=0.0210204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.172;QD=18.9678;RBI=0.0242818;REFB=-0.00874103;REVB=0.0131329;RO=157;SAF=98;SAR=58;SRF=81;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106505;STB=0.55672;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00765046;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:326:157:170:156:156:0.478528:58:98:81:76:58:98:89:81 chr7 150217248 . A G 572.12 PASS AF=0.429577;AO=61;DP=142;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=-0.00143137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.51;QD=16.116;RBI=0.0104657;REFB=-0.0113766;REVB=0.0103674;RO=81;SAF=28;SAR=33;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104895;STB=0.558536;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0145689;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:81:81:61:61:0.429577:33:28:29:52:33:28:29:52 chr7 150217309 . C T 556.13 PASS AF=0.479339;AO=57;DP=122;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00293719;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0386;QD=18.3843;RBI=0.0128078;REFB=-0.0340546;REVB=-0.0124665;RO=60;SAF=32;SAR=25;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103261;STB=0.539415;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0352348;OID=.;OPOS=150217309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:60:63:57:58:0.479339:25:32:27:33:26:32:30:33 chr7 150218007 . ATAGT A 442.94 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00972169;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=4;MLLD=275.543;QD=20.3648;RBI=0.00976158;REFB=-0.0124811;REVB=0.000881581;RO=43;SAF=15;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516956;STBP=0.781;TYPE=del;VARB=0.0116414;OID=.;OPOS=150218008;OREF=TAGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505747:43:88:44:87:43:15:29:16:27:99:43:15:28:15:28 chr7 150269542 . G T 710.83 PASS AF=0.598214;AO=66;DP=111;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0533664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.656;QD=25.3868;RBI=0.0665285;REFB=-0.0242657;REVB=0.0397249;RO=45;SAF=31;SAR=35;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474145;STB=0.528414;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0170744;OID=.;OPOS=150269542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:45:45:66:67:0.598214:35:31:24:21:36:31:24:21 chr7 150325175 . C T 259.11 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0519026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.752;QD=24.1036;RBI=0.0540171;REFB=-0.0122355;REVB=0.0149657;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428114;STB=0.534855;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00795129;OID=.;OPOS=150325175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:12:12:8:10:12:12:8:11 chr7 150326562 . T G 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00532977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.291;QD=15.1954;RBI=0.0216659;REFB=0.00166645;REVB=0.0210002;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134978;STB=0.577803;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00236545;OID=.;OPOS=150326562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:15:11:10:8:15:11 chr7 150326819 . C T 400.84 PASS AF=0.326316;AO=27;DP=97;FAO=31;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00230602;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.848;QD=16.8774;RBI=0.007992;REFB=-0.0221628;REVB=0.00765208;RO=51;SAF=24;SAR=3;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502735;STB=0.656494;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0291111;OID=.;OPOS=150326819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:51:50:27:31:0.326316:3:24:28:23:7:24:28:22 chr7 150327024 . C T 1329.44 PASS AF=0.462046;AO=140;DP=304;FAO=140;FDP=303;FR=.;FRO=163;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=80;FSRR=83;FWDB=-0.0283454;FXX=0.0162332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.324;QD=17.5504;RBI=0.0656721;REFB=-0.0289214;REVB=-0.0592398;RO=156;SAF=73;SAR=67;SRF=77;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266427;STB=0.516483;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.034936;OID=.;OPOS=150327024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:303:156:163:140:140:0.462046:67:73:77:79:67:73:80:83 chr7 150389677 . G C 275.15 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00297601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.003;QD=10.8972;RBI=0.0140935;REFB=-0.0184883;REVB=-0.0137757;RO=67;SAF=14;SAR=20;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421309;STB=0.524419;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.037858;OID=.;OPOS=150389677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:67:34:34:0.336634:20:14:30:37:20:14:30:37 chr7 150446936 . A G 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00216895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.783;QD=16.661;RBI=0.016708;REFB=-0.0186824;REVB=0.0165666;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216698;STB=0.512186;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0184386;OID=.;OPOS=150446936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:12:16:19:13:12:16:19:13 chr7 150488616 . A G 677.53 PASS AF=0.470588;AO=72;DP=154;FAO=72;FDP=153;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=26;FSRR=55;FWDB=-0.0131479;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.962;QD=17.7132;RBI=0.0208117;REFB=-0.0153049;REVB=-0.0161326;RO=82;SAF=26;SAR=46;SRF=26;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465745;STB=0.52331;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0173668;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:82:81:72:72:0.470588:46:26:26:56:46:26:26:55 chr7 150490376 . C T 176.2 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0141528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8344;QD=20.73;RBI=0.0204041;REFB=-0.0176927;REVB=-0.0146978;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068284;STB=0.53842;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0147959;OID=.;OPOS=150490376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:5:11:11:7:5:11 chr7 150491084 . T G 375.2 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.00748538;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.325;QD=20.5591;RBI=0.0413095;REFB=-0.00291084;REVB=-0.0406257;RO=33;SAF=20;SAR=18;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224865;STB=0.605211;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00379714;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:33:35:38:38:0.520548:18:20:26:7:18:20:26:9 chr7 150500729 . A G 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0147538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.197;QD=21.0082;RBI=0.0175929;REFB=0.00423624;REVB=-0.00958302;RO=25;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633553;STB=0.535187;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00400381;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:11:19:14:11:11:19:14:11 chr7 150554887 . G A 597.92 PASS AF=0.469697;AO=61;DP=131;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0100157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.915;QD=18.1187;RBI=0.0361902;REFB=-0.00872335;REVB=0.0347767;RO=70;SAF=36;SAR=25;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00441992;STB=0.502762;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00907737;OID=.;OPOS=150554887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:70:70:61:62:0.469697:25:36:41:29:26:36:41:29 chr7 150555915 . A G 1486.12 PASS AF=0.498294;AO=146;DP=293;FAO=146;FDP=293;FR=.;FRO=147;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=70;FSRR=77;FWDB=-0.0190811;FXX=0.00340124;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.991;QD=20.2883;RBI=0.044811;REFB=-0.0314177;REVB=-0.0405455;RO=145;SAF=85;SAR=61;SRF=70;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913218;STB=0.553686;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0265807;OID=.;OPOS=150555915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:145:147:146:146:0.498294:61:85:70:75:61:85:70:77 chr7 150556002 . T C 1224.69 PASS AF=0.508475;AO=119;DP=236;FAO=120;FDP=236;FR=.;FRO=116;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=0.000751601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.04;QD=20.7575;RBI=0.00503637;REFB=-0.00530962;REVB=-0.00497997;RO=115;SAF=72;SAR=47;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688083;STB=0.533095;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00462355;OID=.;OPOS=150556002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:115:116:119:120:0.508475:47:72:61:54:48:72:62:54 chr7 150556055 . CG GC 2318.84 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317702;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.236;QD=60.2297;RBI=0.0319545;REFB=0;REVB=-0.00342722;RO=0;SAF=73;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000275268;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:150:154:1:77:73:0:0:77:77:0:0 chr7 150557622 . G A 1440.73 PASS AF=0.542636;AO=139;DP=257;FAO=140;FDP=258;FR=.;FRO=118;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=67;FSRR=51;FWDB=0.0055085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.838;QD=22.3369;RBI=0.0151888;REFB=-0.00996273;REVB=0.0141547;RO=118;SAF=65;SAR=74;SRF=67;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842634;STB=0.547257;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0102094;OID=.;OPOS=150557622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:258:118:118:139:140:0.542636:74:65:67:51:75:65:67:51 chr7 150557665 . C G 856.06 PASS AF=0.468421;AO=80;DP=181;FAO=89;FDP=190;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=63;FSRR=38;FWDB=0.024408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.065;QD=18.0223;RBI=0.0246023;REFB=-0.0176667;REVB=0.00308641;RO=99;SAF=22;SAR=58;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349855;STB=0.660093;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0210364;OID=.;OPOS=150557665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:190:99:101:80:89:0.468421:58:22:61:38:60:29:63:38 chr7 150648198 . A G 2076.22 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.957;QD=62.4426;RBI=0.0535157;REFB=0;REVB=0.0495848;RO=0;SAF=45;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88504e-05;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:133:0:0:129:133:1:84:45:0:0:87:46:0:0 chr7 150648789 . T C 568.49 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0240588;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.632;QD=18.4875;RBI=0.0401004;REFB=-0.0130454;REVB=-0.0320814;RO=64;SAF=34;SAR=25;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576858;STB=0.54012;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0126768;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:64:64:59:59:0.479675:25:34:33:31:25:34:32:32 chr7 150649531 . G A 696.54 PASS AF=0.409574;AO=73;DP=183;FAO=77;FDP=188;FR=.;FRO=111;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=52;FWDB=-0.0270709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.071;QD=14.82;RBI=0.0560053;REFB=-0.0188005;REVB=0.0490282;RO=109;SAF=42;SAR=31;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368693;STB=0.508274;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0219293;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:188:109:111:73:77:0.409574:31:42:59:50:35:42:59:52 chr7 150649603 . G A 1028.22 PASS AF=0.400697;AO=114;DP=285;FAO=115;FDP=287;FR=.;FRO=172;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=83;FSRR=89;FWDB=0.0143609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.782;QD=14.3306;RBI=0.0356056;REFB=-0.0110882;REVB=0.0325811;RO=170;SAF=58;SAR=56;SRF=81;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034504;STB=0.518262;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.014407;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:287:170:172:114:115:0.400697:56:58:81:89:56:59:83:89 chr7 150656678 . TGGGGGGGC TGGGGGC,TGGGGGG,TGGGGGGG,TGGTGGGGC 1246.21 PASS AF=0.892405,0,0,0.107595;AO=22,28,20,14;DP=161;FAO=141,0,0,17;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=87,0,0,0;FSAR=54,0,0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.828292,0.666764,-0.469897,0.0782947;FXX=0.0424217;HRUN=7,7,4,7;LEN=2,2,1,1;MLLD=10.3466,8.91269,13.7722,194.518;QD=31.5495;RBI=0.838852,0.67667,0.470381,0.117615;REFB=-0.0353697,-0.00767382,0.0114401,-0.0450122;REVB=-0.132685,-0.115361,-0.0213255,-0.0877683;RO=29;SAF=0,28,20,0;SAR=22,0,0,14;SRF=29;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.435374,0;SSSB=-0.891103,0,0,-0.886689;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0063032,0,0,0.152173;OID=.,.,.,.;OPOS=150656679,150656685,150656686,150656681;OREF=GG,GC,C,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGG,TGGGGGGG,TGGTGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.892405,0,0,0.107595:22,28,20,14:161:141,0,0,17:158:0:87,0,0,0:54,0,0,17:0:0:51:29:0,28,20,0:22,0,0,14:29:0 chr7 150695726 . T C 620.15 PASS AF=0.516667;AO=60;DP=123;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0529825;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.281;QD=20.6717;RBI=0.0536996;REFB=-0.00767764;REVB=-0.00874653;RO=58;SAF=26;SAR=34;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445382;STB=0.531137;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00589167;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:120:58:58:60:62:0.516667:34:26:28:30:36:26:28:30 chr7 150696111 . T G 2025.32 PASS AF=0.40493;AO=223;DP=592;FAO=230;FDP=568;FR=.;FRO=338;FSAF=109;FSAR=121;FSRF=140;FSRR=198;FWDB=0.00465769;FXX=0.0703753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.153;QD=14.2628;RBI=0.0203332;REFB=-0.0158408;REVB=0.0197926;RO=279;SAF=107;SAR=116;SRF=116;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647113;STB=0.53576;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0177197;OID=.;OPOS=150696111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:592:568:279:338:223:230:0.40493:116:107:116:163:121:109:140:198 chr7 150715817 . A G 491.09 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.545;QD=56.1251;RBI=0.0307562;REFB=0;REVB=0.00117764;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712675;OID=.;OPOS=150715817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:35:0:0:33:35:1:22:11:0:0:22:13:0:0 chr7 150730927 . G T 539.15 PASS AF=0.5;AO=54;DP=112;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0152214;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.641;QD=18.5913;RBI=0.0152257;REFB=-0.0192058;REVB=-0.000365234;RO=58;SAF=20;SAR=34;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257762;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188909;OID=.;OPOS=150730927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:58:58:54:58:0.5:34:20:20:38:38:20:20:38 chr7 150732812 . C T 917.1 PASS AF=0.481675;AO=92;DP=194;FAO=92;FDP=191;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=0.0010012;FXX=0.0154631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.611;QD=19.2063;RBI=0.00163676;REFB=-0.0016407;REVB=-0.00129483;RO=102;SAF=43;SAR=49;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124157;STB=0.501429;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00174801;OID=.;OPOS=150732812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:191:102:99:92:92:0.481675:49:43:49:53:49:43:46:53 chr7 150733025 . T A 862.74 PASS AF=0.475676;AO=88;DP=185;FAO=88;FDP=185;FR=.;FRO=97;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=60;FSRR=37;FWDB=0.00347529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9531;QD=18.6538;RBI=0.031561;REFB=-0.0158313;REVB=0.0313691;RO=97;SAF=47;SAR=41;SRF=60;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811428;STB=0.544756;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0225873;OID=.;OPOS=150733025;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:97:97:88:88:0.475676:41:47:60:37:41:47:60:37 chr7 150733115 . G A 222.88 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0186594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6424;QD=18.9682;RBI=0.0399953;REFB=-0.0112117;REVB=0.0353758;RO=25;SAF=2;SAR=20;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163305;STB=0.593962;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00684689;OID=.;OPOS=150733115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:20:2:4:21:20:2:4:21 chr7 150734364 . G T 1176.29 PASS AF=0.553299;AO=109;DP=198;FAO=109;FDP=197;FR=.;FRO=88;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.0401538;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9415;QD=23.884;RBI=0.041637;REFB=0.0108634;REVB=-0.0110141;RO=87;SAF=59;SAR=50;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102874;STB=0.503233;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00988625;OID=.;OPOS=150734364;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:87:88:109:109:0.553299:50:59:46:41:50:59:47:41 chr7 150734380 . T C 769.94 PASS AF=0.462857;AO=81;DP=174;FAO=81;FDP=175;FR=.;FRO=94;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=-0.0265695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6492;QD=17.5985;RBI=0.0576395;REFB=-0.0266814;REVB=-0.0511505;RO=91;SAF=47;SAR=34;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193679;STB=0.509023;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0326464;OID=.;OPOS=150734380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:91:94:81:81:0.462857:34:47:51:40:34:47:53:41 chr7 150742408 . G T 939.08 PASS AF=0.376667;AO=109;DP=299;FAO=113;FDP=300;FR=.;FRO=187;FSAF=36;FSAR=77;FSRF=90;FSRR=97;FWDB=-0.0230309;FXX=0.0163929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7623;QD=12.521;RBI=0.0233229;REFB=-0.00230305;REVB=0.00367891;RO=168;SAF=32;SAR=77;SRF=73;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168276;STB=0.607647;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00299866;OID=.;OPOS=150742408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:300:168:187:109:113:0.376667:77:32:73:95:77:36:90:97 chr7 150747650 . G T 1423.08 PASS AF=0.478827;AO=146;DP=307;FAO=147;FDP=307;FR=.;FRO=160;FSAF=92;FSAR=55;FSRF=85;FSRR=75;FWDB=-0.00270329;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.043;QD=18.5417;RBI=0.0114618;REFB=-0.00880567;REVB=-0.0111385;RO=155;SAF=91;SAR=55;SRF=84;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792991;STB=0.551272;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00871452;OID=.;OPOS=150747650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:155:160:146:147:0.478827:55:91:84:71:55:92:85:75 chr7 150761680 . C A 937.88 PASS AF=0.466981;AO=99;DP=212;FAO=99;FDP=212;FR=.;FRO=113;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=68;FWDB=-0.00346897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2663;QD=17.6958;RBI=0.045526;REFB=-0.0122783;REVB=0.0453937;RO=113;SAF=48;SAR=51;SRF=45;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839205;STB=0.546332;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0147361;OID=.;OPOS=150761680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:113:113:99:99:0.466981:51:48:45:68:51:48:45:68 chr7 150763655 . T A 400.94 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0095397;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1805;QD=14.5796;RBI=0.0152874;REFB=-0.0161264;REVB=-0.0119456;RO=64;SAF=22;SAR=24;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707954;STB=0.539841;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0232025;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:64:64:46:46:0.418182:24:22:35:29:24:22:35:29 chr7 150765065 . T C 5695.39 PASS AF=1;AO=360;DP=360;FAO=362;FDP=362;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.506;QD=62.9325;RBI=0.039382;REFB=0;REVB=0.0236294;RO=0;SAF=179;SAR=181;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22754e-05;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:360:362:0:0:360:362:1:181:179:0:0:182:180:0:0 chr7 150773165 . C T 818.38 PASS AF=0.512346;AO=81;DP=160;FAO=83;FDP=162;FR=.;FRO=79;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=-0.0166903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.845;QD=20.2069;RBI=0.0227444;REFB=-0.0292311;REVB=-0.0154512;RO=78;SAF=42;SAR=39;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164785;STB=0.591149;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0436524;OID=.;OPOS=150773165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:78:79:81:83:0.512346:39:42:26:52:39:44:27:52 chr7 150773287 . T C 445.5 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0436192;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.466;QD=13.8139;RBI=0.0436705;REFB=0.00633081;REVB=0.00211619;RO=76;SAF=12;SAR=39;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313436;STB=0.693776;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00868203;OID=.;OPOS=150773287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:76:78:51:51:0.395349:39:12:38:38:39:12:41:37 chr7 150773807 . A T 3190.92 PASS AF=0.990385;AO=193;DP=208;FAO=206;FDP=208;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=83;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157505;FXX=0.00952336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.114;QD=61.3639;RBI=0.0494568;REFB=0.0239167;REVB=0.0468817;RO=1;SAF=81;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584297;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63089e-05;OID=.;OPOS=150773807;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:208:208:1:0:193:206:0.990385:112:81:1:0:123:83:0:0 chr7 150774308 . G A 505.51 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0165046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.517;QD=19.824;RBI=0.0238555;REFB=-0.00675176;REVB=0.0172245;RO=50;SAF=22;SAR=30;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039448;STB=0.521765;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0114401;OID=.;OPOS=150774308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:30:22:19:31:30:22:19:31 chr7 150774868 . C CG,G 35.13 PASS AF=0.235294,0;AO=8,2;DP=37;FAO=8,0;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=5,0;FSAR=3,0;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0221636,-0.0300723;FXX=0.0555401;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=93.1702,95.8608;QD=4.13338;RBI=0.0226565,0.0328711;REFB=-0.000339433,0.00192127;REVB=-0.00470054,-0.0132727;RO=27;SAF=5,1;SAR=3,1;SRF=7;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.419137,0.243975;STB=0.77647,0.5;STBP=0.1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0831744,0.00458344;OID=.,.;OPOS=150774869,150774868;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:37:34:27:26:8,2:8,0:0.235294,0:3,1:5,1:7:20:3,0:5,0:6:20 chr7 150864240 . G C 679.51 PASS AF=0.462025;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.0340539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2914;QD=17.2028;RBI=0.0392997;REFB=-0.00837062;REVB=0.0196163;RO=83;SAF=26;SAR=47;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102719;STB=0.564598;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00997915;OID=.;OPOS=150864240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:83:85:73:73:0.462025:47:26:38:45:47:26:40:45 chr7 150873754 . G A 680.6 PASS AF=0.445783;AO=74;DP=166;FAO=74;FDP=166;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=0.0673733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0126;QD=16.4001;RBI=0.0828703;REFB=-0.0175789;REVB=0.0482528;RO=90;SAF=25;SAR=49;SRF=30;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00497942;STB=0.50616;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0242741;OID=.;OPOS=150873754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:90:92:74:74:0.445783:49:25:30:60:49:25:32:60 chr7 150878260 . C G 2276.88 PASS AF=0.986395;AO=130;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0851;QD=61.9558;RBI=0.108672;REFB=0;REVB=-0.0626626;RO=0;SAF=42;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00529235;OID=.;OPOS=150878260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:0:0:130:145:0.986395:88:42:0:0:88:57:0:0 chr7 150878332 . G A 892.08 PASS AF=0.467662;AO=94;DP=199;FAO=94;FDP=201;FR=.;FRO=107;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=66;FWDB=0.0126473;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7174;QD=17.7528;RBI=0.0707676;REFB=-0.0058002;REVB=0.0696283;RO=105;SAF=45;SAR=49;SRF=39;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10333;STB=0.551166;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00600036;OID=.;OPOS=150878332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:105:107:94:94:0.467662:49:45:39:66:49:45:41:66 chr7 150883593 . G A 1552.21 PASS AF=0.477341;AO=158;DP=331;FAO=158;FDP=331;FR=.;FRO=173;FSAF=83;FSAR=75;FSRF=73;FSRR=100;FWDB=0.00627879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.981;QD=18.7579;RBI=0.0151243;REFB=-0.0116722;REVB=0.0137594;RO=173;SAF=83;SAR=75;SRF=73;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979461;STB=0.553854;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0125934;OID=.;OPOS=150883593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:173:173:158:158:0.477341:75:83:73:100:75:83:73:100 chr7 150916228 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.653;QD=58.7816;RBI=0.0207556;REFB=0;REVB=0.015489;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12046e-06;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr7 150921950 . A G 3462.53 PASS AF=0.982533;AO=223;DP=229;FAO=225;FDP=229;FR=.;FRO=4;FSAF=107;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0347282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.858;QD=60.4808;RBI=0.0356055;REFB=-0.0698129;REVB=0.00785528;RO=4;SAF=105;SAR=118;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158748;STB=0.508333;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000439083;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:229:229:4:4:223:225:0.982533:118:105:0:4:118:107:0:4 chr7 150931268 . C G 2407.6 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6425;QD=64.2026;RBI=0.0554005;REFB=0;REVB=0.0157019;RO=0;SAF=60;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100885;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:90:60:0:0:90:60:0:0 chr7 150934975 . C G 2776.7 PASS AF=0.994413;AO=178;DP=180;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00637096;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.438;QD=62.0492;RBI=0.0106383;REFB=0.0179542;REVB=-0.00851963;RO=1;SAF=79;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478459;STB=0.502512;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-8.89275e-05;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:179:1:1:178:178:0.994413:99:79:0:1:99:79:0:1 chr7 151049231 . C T 1747.08 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00314401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.586;QD=59.2229;RBI=0.0127821;REFB=0.0845774;REVB=-0.0123894;RO=1;SAF=56;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840513;STB=0.504347;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000126935;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:118:1:1:116:117:0.991525:60:56:1:0:60:57:1:0 chr7 151064064 . C T 707.07 PASS AF=0.557377;AO=68;DP=122;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0144063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.167;QD=23.1828;RBI=0.0181182;REFB=-0.0175877;REVB=-0.0109877;RO=54;SAF=30;SAR=38;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278308;STB=0.515207;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0137566;OID=.;OPOS=151064064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:54:54:68:68:0.557377:38:30:22:32:38:30:22:32 chr7 151074296 . A G 307.03 PASS AF=0.6;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00297647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.806;QD=27.2919;RBI=0.00663755;REFB=-0.00657766;REVB=0.00593276;RO=17;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136778;STB=0.567112;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00433137;OID=.;OPOS=151074296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:18:27:27:0.6:19:8:8:9:19:8:8:10 chr7 151093102 . G A 2636.92 PASS AF=0.504854;AO=259;DP=507;FAO=260;FDP=515;FR=.;FRO=255;FSAF=123;FSAR=137;FSRF=123;FSRR=132;FWDB=0.00417546;FXX=0.0171752;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.793;QD=20.481;RBI=0.00936465;REFB=-0.0218479;REVB=0.00838226;RO=229;SAF=123;SAR=136;SRF=101;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293089;STB=0.504604;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0187375;OID=.;OPOS=151093102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:507:515:229:255:259:260:0.504854:136:123:101:128:137:123:123:132 chr7 151097314 . A G 2104.56 PASS AF=0.482143;AO=214;DP=455;FAO=216;FDP=448;FR=.;FRO=232;FSAF=93;FSAR=123;FSRF=87;FSRR=145;FWDB=-0.0323247;FXX=0.0153843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.746;QD=18.7908;RBI=0.0331102;REFB=-0.0137926;REVB=-0.00716912;RO=224;SAF=91;SAR=123;SRF=82;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570234;STB=0.529574;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0133757;OID=.;OPOS=151097314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:455:448:224:232:214:216:0.482143:123:91:82:142:123:93:87:145 chr7 151097323 . A G 6539.11 PASS AF=1;AO=412;DP=415;FAO=414;FDP=414;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=249;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319935;FXX=0.00480758;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.598;QD=63.1798;RBI=0.0178538;REFB=0;REVB=-0.0175648;RO=0;SAF=164;SAR=248;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18721e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14574e-05;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:415:414:0:0:412:414:1:248:164:0:0:249:165:0:0 chr7 151106066 . C T 692.91 PASS AF=0.492857;AO=66;DP=137;FAO=69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0155842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.393;QD=19.7973;RBI=0.0156693;REFB=-0.0117626;REVB=0.00163098;RO=71;SAF=46;SAR=20;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205046;STB=0.592937;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0119496;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:71:71:66:69:0.492857:20:46:35:36:23:46:35:36 chr7 151133271 . G A 1540.59 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.388;QD=59.8289;RBI=0.03491;REFB=0;REVB=0.0335952;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47066e-05;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:56:46:0:0:56:47:0:0 chr7 151164251 . AT A,CA,TC 567.85 PASS AF=0.940594,0,0.0594059;AO=28,5,8;DP=94;FAO=95,0,6;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0,0;FSAR=56,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.753433,0.279882,0.0651007;FXX=0.00980296;HRUN=6,1,1;LEN=1,2,2;MLLD=7.21584,14.4744,111.583;QD=22.4892;RBI=0.857238,0.34428,0.0729605;REFB=0.0382144,0.0149207,0.0169729;REVB=0.408895,0.200486,-0.0329414;RO=45;SAF=13,0,0;SAR=15,5,8;SRF=23;SRR=22;SSEN=0.409091,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.050362,-0.601263,-0.687765;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.047892,0,0.135916;OID=.,.,.;OPOS=151164252,151164251,151164251;OREF=T,AT,AT;OALT=-,CA,TC;OMAPALT=A,CA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:14:94:101:45:0:28,5,8:95,0,6:0.940594,0,0.0594059:15,5,8:13,0,0:23:22:56,0,6:39,0,0:0:0 chr7 151168534 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.465;QD=59.5013;RBI=0.014593;REFB=0;REVB=-0.0116587;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06737e-06;OID=.;OPOS=151168534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr7 151504459 . G A 458.78 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00418501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.245;QD=16.9919;RBI=0.00468873;REFB=-0.00833356;REVB=0.0021142;RO=58;SAF=20;SAR=30;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195437;STB=0.608813;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00850152;OID=.;OPOS=151504459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:30:20:35:23:30:20:35:23 chr7 151504498 . C T 463.46 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0126349;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.83;QD=16.2618;RBI=0.0309617;REFB=-0.016278;REVB=-0.0282663;RO=61;SAF=25;SAR=26;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144462;STB=0.501032;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0149308;OID=.;OPOS=151504498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:63:51:51:0.447368:26:25:29:32:26:25:31:32 chr7 151597368 . G A 718.48 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7865;QD=62.4763;RBI=0.117114;REFB=0;REVB=0.00926229;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116224;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr7 151680072 . T C 3123.43 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2294;QD=63.7436;RBI=0.116278;REFB=0;REVB=0.115733;RO=0;SAF=119;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61841e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002289;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:77:119:0:0:77:119:0:0 chr7 151684256 . A G 581.27 PASS AF=0.556701;AO=53;DP=93;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00925013;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.9024;QD=23.9699;RBI=0.0184888;REFB=0.00465125;REVB=0.0160085;RO=40;SAF=24;SAR=29;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221141;STB=0.530263;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00195518;OID=.;OPOS=151684256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:40:43:53:54:0.556701:29:24:17:23:29:25:17:26 chr7 151722338 . G A 2310.75 PASS AF=0.445652;AO=246;DP=552;FAO=246;FDP=552;FR=.;FRO=306;FSAF=145;FSAR=101;FSRF=172;FSRR=134;FWDB=0.0154974;FXX=0.00180829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.219;QD=16.7445;RBI=0.0181933;REFB=-0.00986201;REVB=0.00953038;RO=305;SAF=145;SAR=101;SRF=172;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026237;STB=0.515568;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0132731;OID=.;OPOS=151722338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:552:552:305:306:246:246:0.445652:101:145:172:133:101:145:172:134 chr7 151722388 . A G 2488.7 PASS AF=0.469203;AO=249;DP=543;FAO=259;FDP=552;FR=.;FRO=293;FSAF=140;FSAR=119;FSRF=159;FSRR=134;FWDB=0.00770563;FXX=0.0107525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.065;QD=18.0341;RBI=0.00777681;REFB=-0.0227247;REVB=-0.00104973;RO=283;SAF=130;SAR=119;SRF=150;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770148;STB=0.501134;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0222955;OID=.;OPOS=151722388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:543:552:283:293:249:259:0.469203:119:130:150:133:119:140:159:134 chr7 151859683 . G A 1275.8 PASS AF=0.42638;AO=138;DP=325;FAO=139;FDP=326;FR=.;FRO=187;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=88;FSRR=99;FWDB=-0.00304495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.819;QD=15.654;RBI=0.0438859;REFB=0.00326984;REVB=0.0437802;RO=186;SAF=67;SAR=71;SRF=88;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128008;STB=0.506565;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00394022;OID=.;OPOS=151859683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:326:186:187:138:139:0.42638:71:67:88:98:72:67:88:99 chr7 151873853 . C T 281.86 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.107868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5373;QD=14.6422;RBI=0.108394;REFB=0.0213862;REVB=-0.0106678;RO=45;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129467;STB=0.57299;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.033417;OID=.;OPOS=151873853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:19:13:13:32:19:13:13:32 chr7 151874498 . C T 519.38 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0108949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.571;QD=25.6485;RBI=0.0112836;REFB=-0.0242915;REVB=-0.00293619;RO=33;SAF=16;SAR=32;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1211;STB=0.566343;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0138732;OID=.;OPOS=151874498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:32:16:16:17:32:16:16:17 chr7 151882651 . G C 53.99 PASS AF=0.111111;AO=13;DP=117;FAO=13;FDP=117;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=63;FWDB=0.0187555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.005;QD=1.84566;RBI=0.0433441;REFB=-0.000143472;REVB=-0.0390761;RO=104;SAF=6;SAR=7;SRF=41;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831917;STB=0.560656;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00383702;OID=.;OPOS=151882651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:117:117:104:104:13:13:0.111111:7:6:41:63:7:6:41:63 chr7 151882657 . T G 177.31 PASS AF=0.231405;AO=28;DP=121;FAO=28;FDP=121;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=0.050644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.214;QD=5.86159;RBI=0.0971886;REFB=0.00615079;REVB=0.0829507;RO=93;SAF=14;SAR=14;SRF=36;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142407;STB=0.586717;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0213884;OID=.;OPOS=151882657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:93:93:28:28:0.231405:14:14:36:57:14:14:36:57 chr7 151927021 . C A 68.01 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00334276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.323;QD=14.317;RBI=0.00963648;REFB=-0.0166357;REVB=-0.00903813;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20901;STB=0.581216;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0225526;OID=.;OPOS=151927021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:10:10:8:9:0.473684:3:5:4:6:4:5:4:6 chr7 151927026 . T C 57.02 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00518288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.375;QD=12.0038;RBI=0.00655322;REFB=-0.0149892;REVB=0.00401029;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263271;STB=0.648983;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00932352;OID=.;OPOS=151927026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:19:9:11:7:8:0.421053:2:5:4:5:3:5:4:7 chr7 151935831 . G A 63.77 PASS AF=0.0989011;AO=18;DP=185;FAO=18;FDP=182;FR=.;FRO=164;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=79;FSRR=85;FWDB=-0.00588757;FXX=0.0162153;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.09;QD=1.40146;RBI=0.0200256;REFB=-0.00140743;REVB=-0.0191406;RO=164;SAF=11;SAR=7;SRF=79;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154707;STB=0.616193;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.013318;OID=.;OPOS=151935831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:185:182:164:164:18:18:0.0989011:7:11:79:85:7:11:79:85 chr7 151935853 . T C 101.38 PASS AF=0.133721;AO=23;DP=172;FAO=23;FDP=172;FR=.;FRO=149;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=69;FSRR=80;FWDB=-0.0122138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8083;QD=2.3576;RBI=0.0149172;REFB=0.00349155;REVB=-0.0085643;RO=148;SAF=7;SAR=16;SRF=68;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203436;STB=0.643938;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0283548;OID=.;OPOS=151935853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:148:149:23:23:0.133721:16:7:68:80:16:7:69:80 chr7 151935866 . G A 36.73 PASS AF=0.0774194;AO=12;DP=155;FAO=12;FDP=155;FR=.;FRO=143;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=82;FWDB=-0.000145557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=337.053;QD=0.947775;RBI=0.0243622;REFB=-0.000716928;REVB=0.0243618;RO=143;SAF=7;SAR=5;SRF=61;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173641;STB=0.641501;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00937853;OID=.;OPOS=151935866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:155:155:143:143:12:12:0.0774194:5:7:61:82:5:7:61:82 chr7 151935871 . C A 32.78 PASS AF=0.0743243;AO=11;DP=148;FAO=11;FDP=148;FR=.;FRO=137;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=57;FSRR=80;FWDB=-0.0297108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0497;QD=0.885918;RBI=0.0502497;REFB=-0.00272386;REVB=-0.0405253;RO=134;SAF=7;SAR=4;SRF=56;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23785;STB=0.696345;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0386466;OID=.;OPOS=151935871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:148:148:134:137:11:11:0.0743243:4:7:56:78:4:7:57:80 chr7 151945007 . C T 1077.78 PASS AF=0.333333;AO=133;DP=399;FAO=133;FDP=399;FR=.;FRO=266;FSAF=130;FSAR=3;FSRF=256;FSRR=10;FWDB=-0.00835899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.151;QD=10.8048;RBI=0.0401554;REFB=-0.00545917;REVB=0.0392758;RO=266;SAF=130;SAR=3;SRF=256;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160006;STB=0.593382;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00954403;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:399:266:266:133:133:0.333333:3:130:256:10:3:130:256:10 chr7 151945051 . A G 207.19 PASS AF=0.0826129;AO=81;DP=1038;FAO=86;FDP=1041;FR=.;FRO=955;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=449;FSRR=506;FWDB=-0.00131701;FXX=0.00191753;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.441;QD=0.796103;RBI=0.0255943;REFB=7.2203e-05;REVB=-0.0255604;RO=886;SAF=27;SAR=54;SRF=417;SRR=469;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165343;STB=0.647972;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00077034;OID=.;OPOS=151945051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1038:1041:886:955:81:86:0.0826129:54:27:417:469:59:27:449:506 chr7 151945060 . G A 36.1 PASS AF=0.0421743;AO=45;DP=1064;FAO=45;FDP=1067;FR=.;FRO=1022;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=454;FSRR=568;FWDB=-0.0224444;FXX=0.00466414;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4253;QD=0.135324;RBI=0.0230981;REFB=-0.00070519;REVB=-0.00545605;RO=1008;SAF=14;SAR=31;SRF=446;SRR=562;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124677;STB=0.65698;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0142336;OID=.;OPOS=151945060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:1064:1067:1008:1022:45:45:0.0421743:31:14:446:562:32:13:454:568 chr7 151945071 . G GT 1189.83 PASS AF=0.292802;AO=282;DP=1045;FAO=301;FDP=1028;FR=.;FRO=727;FSAF=127;FSAR=174;FSRF=318;FSRR=409;FWDB=0.0372409;FXX=0.00387593;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.3183;QD=4.62969;RBI=0.0663588;REFB=0.0106886;REVB=-0.0549237;RO=755;SAF=124;SAR=158;SRF=329;SRR=426;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499822;STB=0.511186;STBP=0.645;TYPE=ins;VARB=-0.0292393;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292802:282:1045:301:1028:727:127:174:318:409:99:755:124:158:329:426 chr7 151945101 . G C 368.64 PASS AF=0.115084;AO=102;DP=892;FAO=103;FDP=895;FR=.;FRO=792;FSAF=24;FSAR=79;FSRF=357;FSRR=435;FWDB=-0.0160825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2402;QD=1.64756;RBI=0.0212233;REFB=-0.00345872;REVB=0.0138485;RO=789;SAF=24;SAR=78;SRF=356;SRR=433;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290005;STB=0.709254;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0295578;OID=.;OPOS=151945101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:892:895:789:792:102:103:0.115084:78:24:356:433:79:24:357:435 chr7 151945140 . C T 327.4 PASS AF=0.140713;AO=75;DP=536;FAO=75;FDP=533;FR=.;FRO=458;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=183;FSRR=275;FWDB=-0.0401438;FXX=0.00744865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3414;QD=2.45702;RBI=0.051143;REFB=-0.00636552;REVB=-0.0316873;RO=456;SAF=29;SAR=46;SRF=182;SRR=274;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168156;STB=0.511617;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0338018;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:536:533:456:458:75:75:0.140713:46:29:182:274:46:29:183:275 chr7 151945167 . G T 572.61 PASS AF=0.267742;AO=83;DP=310;FAO=83;FDP=310;FR=.;FRO=227;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=88;FSRR=139;FWDB=-0.0089939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.536;QD=7.38849;RBI=0.0106079;REFB=-0.00646952;REVB=-0.00562463;RO=227;SAF=42;SAR=41;SRF=88;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147279;STB=0.586481;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0182899;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:227:227:83:83:0.267742:41:42:88:139:41:42:88:139 chr7 151945204 . G A 113.65 PASS AF=0.186275;AO=18;DP=101;FAO=19;FDP=102;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0888464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6858;QD=4.45675;RBI=0.103483;REFB=-0.00980964;REVB=0.0530571;RO=82;SAF=12;SAR=6;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298761;STB=0.667169;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0340834;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:82:83:18:19:0.186275:6:12:35:47:7:12:35:48 chr7 151949052 . C T 425.22 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00361089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7375;QD=18.8988;RBI=0.101731;REFB=-0.0477498;REVB=0.101667;RO=47;SAF=22;SAR=21;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190422;STB=0.5106;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0608323;OID=.;OPOS=151949052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:21:22:25:22:21:22:25:22 chr7 151949068 . C G 583.2 PASS AF=0.54;AO=52;DP=99;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0275604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4759;QD=23.3281;RBI=0.0278896;REFB=-0.0100253;REVB=0.00427226;RO=45;SAF=26;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046855;STB=0.528487;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00898438;OID=.;OPOS=151949068;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:45:46:52:54:0.54:26:26:25:20:28:26:25:21 chr7 151962176 . T A 1122.2 PASS AF=0.318376;AO=140;DP=465;FAO=149;FDP=468;FR=.;FRO=319;FSAF=54;FSAR=95;FSRF=123;FSRR=196;FWDB=-0.0106669;FXX=0.0084744;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.819;QD=9.59148;RBI=0.0149206;REFB=-0.00968489;REVB=-0.0104328;RO=319;SAF=53;SAR=87;SRF=124;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129201;STB=0.516921;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0197884;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:465:468:319:319:140:149:0.318376:87:53:124:195:95:54:123:196 chr7 151962257 . C T 36.81 PASS AF=0.0569106;AO=21;DP=367;FAO=21;FDP=369;FR=.;FRO=348;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=154;FSRR=194;FWDB=-0.0300762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.568;QD=0.39906;RBI=0.0300894;REFB=-0.000933921;REVB=0.000893369;RO=343;SAF=10;SAR=11;SRF=150;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404932;STB=0.531885;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0167677;OID=.;OPOS=151962257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:367:369:343:348:21:21:0.0569106:11:10:150:193:11:10:154:194 chr7 151962265 . C T 51.55 PASS AF=0.0684524;AO=23;DP=338;FAO=23;FDP=336;FR=.;FRO=313;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=139;FSRR=174;FWDB=0.069814;FXX=0.00591698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.957;QD=0.613642;RBI=0.0698567;REFB=8.06837e-06;REVB=0.00244268;RO=312;SAF=10;SAR=13;SRF=139;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119334;STB=0.508792;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.000135975;OID=.;OPOS=151962265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:338:336:312:313:23:23:0.0684524:13:10:139:173:13:10:139:174 chr7 151970856 . T A 6850.51 PASS AF=0.712629;AO=553;DP=777;FAO=553;FDP=776;FR=.;FRO=223;FSAF=272;FSAR=281;FSRF=87;FSRR=136;FWDB=-0.0230949;FXX=0.00128698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.841;QD=35.3119;RBI=0.0250457;REFB=-0.0329079;REVB=0.0096909;RO=223;SAF=272;SAR=281;SRF=87;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549663;STB=0.529268;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0109488;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:777:776:223:223:553:553:0.712629:281:272:87:136:281:272:87:136 chr7 151970859 . C T 86.98 PASS AF=0.0640523;AO=49;DP=774;FAO=49;FDP=765;FR=.;FRO=716;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=329;FSRR=387;FWDB=-0.012804;FXX=0.0129031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122;QD=0.454818;RBI=0.0295703;REFB=-0.00179423;REVB=-0.0266545;RO=701;SAF=27;SAR=22;SRF=323;SRR=378;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983033;STB=0.585025;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0252258;OID=.;OPOS=151970859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:774:765:701:716:49:49:0.0640523:22:27:323:378:22:27:329:387 chr7 151970877 . G A 236.14 PASS AF=0.106447;AO=70;DP=667;FAO=71;FDP=667;FR=.;FRO=596;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=275;FSRR=321;FWDB=-0.0334488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.663;QD=1.41615;RBI=0.0429284;REFB=0.00252296;REVB=-0.0269076;RO=594;SAF=29;SAR=41;SRF=274;SRR=320;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05902;STB=0.548087;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0209691;OID=.;OPOS=151970877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:667:667:594:596:70:71:0.106447:41:29:274:320:42:29:275:321 chr7 151970931 . G A 103.83 PASS AF=0.126904;AO=23;DP=194;FAO=25;FDP=197;FR=.;FRO=172;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=72;FSRR=100;FWDB=-0.0615132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3452;QD=2.10816;RBI=0.0615846;REFB=0.00521226;REVB=0.00296377;RO=171;SAF=4;SAR=19;SRF=72;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346281;STB=0.767068;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.044833;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:197:171:172:23:25:0.126904:19:4:72:99:21:4:72:100 chr7 152099906 . T A 1969.75 PASS AF=0.670635;AO=169;DP=253;FAO=169;FDP=252;FR=.;FRO=83;FSAF=92;FSAR=77;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00308789;FXX=0.00787371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.207;QD=31.2658;RBI=0.0151819;REFB=-0.0108191;REVB=0.0148646;RO=82;SAF=92;SAR=77;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122604;STB=0.504729;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0051861;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:82:83:169:169:0.670635:77:92:43:39:77:92:44:39 chr7 152099917 . G A 1944.43 PASS AF=0.662602;AO=160;DP=243;FAO=163;FDP=246;FR=.;FRO=83;FSAF=87;FSAR=76;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.00516899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.855;QD=31.6167;RBI=0.0147856;REFB=-0.0216964;REVB=-0.0138526;RO=81;SAF=85;SAR=75;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079982;STB=0.505307;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0102408;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:246:81:83:160:163:0.662602:75:85:42:39:76:87:43:40 chr7 152099924 . T C 1855.94 PASS AF=0.654167;AO=156;DP=241;FAO=157;FDP=240;FR=.;FRO=83;FSAF=82;FSAR=75;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0119197;FXX=0.00414921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.368;QD=30.9324;RBI=0.0137342;REFB=-0.0214233;REVB=0.0068228;RO=83;SAF=81;SAR=75;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704921;STB=0.502713;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0115058;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:83:83:156:157:0.654167:75:81:44:39:75:82:44:39 chr7 152099948 . C A 68.87 PASS AF=0.09375;AO=21;DP=224;FAO=21;FDP=224;FR=.;FRO=203;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=107;FSRR=96;FWDB=-0.0160802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.812;QD=1.2299;RBI=0.0295653;REFB=-0.00336228;REVB=-0.02481;RO=203;SAF=9;SAR=12;SRF=107;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116842;STB=0.588749;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0339645;OID=.;OPOS=152099948;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:224:224:203:203:21:21:0.09375:12:9:107:96:12:9:107:96 chr7 154429560 . C T 2384.56 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106172;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.47;QD=61.1427;RBI=0.0123645;REFB=0;REVB=0.00633674;RO=0;SAF=76;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60889e-06;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:80:76:0:0:80:76:0:0 chr7 154461112 . A G 3972.56 PASS AF=0.98855;AO=259;DP=262;FAO=259;FDP=262;FR=.;FRO=3;FSAF=107;FSAR=152;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0809368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0824;QD=60.6498;RBI=0.0809786;REFB=-0.0608731;REVB=0.00260123;RO=0;SAF=107;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500942;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.000184248;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:262:262:0:3:259:259:0.98855:152:107:0:0:152:107:1:2 chr7 154561188 . C T 708.44 PASS AF=0.474684;AO=75;DP=158;FAO=75;FDP=158;FR=.;FRO=83;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.040371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.594;QD=17.9351;RBI=0.0498465;REFB=-0.00861724;REVB=0.0292379;RO=82;SAF=46;SAR=29;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395578;STB=0.525754;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00881765;OID=.;OPOS=154561188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:82:83:75:75:0.474684:29:46:47:35:29:46:47:36 chr7 154667628 . A G 2121.06 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4522;QD=62.8461;RBI=0.0388795;REFB=0;REVB=-0.0296894;RO=0;SAF=32;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96279e-06;OID=.;OPOS=154667628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:133:135:1:101:32:0:0:102:33:0:0 chr7 154672662 . C T 1606.98 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.421;QD=60.0742;RBI=0.0557206;REFB=0;REVB=0.0130562;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136969;OID=.;OPOS=154672662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:67:40:0:0:67:40:0:0 chr7 154679447 . G A 2510.49 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.391;QD=61.6072;RBI=0.045653;REFB=0;REVB=0.00678526;RO=0;SAF=76;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73201e-05;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:87:76:0:0:87:76:0:0 chr7 154681050 . C T 1508.83 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0237065;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.806;QD=62.2198;RBI=0.0250434;REFB=0.10101;REVB=0.00807304;RO=1;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129899;STB=0.506848;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000186762;OID=.;OPOS=154681050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:1:1:96:96:0.989691:36:60:0:1:36:60:0:1 chr7 154681216 . G A 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.922;QD=60.5103;RBI=0.034406;REFB=-0.0760538;REVB=0.0102814;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177343;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000274415;OID=.;OPOS=154681216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:26:19:0:1:26:19:0:1 chr7 154684153 . T C 2236.66 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.014;QD=63.4514;RBI=0.0500539;REFB=0;REVB=0.0440726;RO=0;SAF=64;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36056e-05;OID=.;OPOS=154684153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:76:64:0:0:77:64:0:0 chr7 154685562 . T C 1480.41 PASS AF=0.969697;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0127173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8515;QD=59.8146;RBI=0.0409832;REFB=-0.133453;REVB=0.0389602;RO=3;SAF=48;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287134;STB=0.514848;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0017232;OID=.;OPOS=154685562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:98:99:3:3:95:96:0.969697:47:48:3:0:47:49:3:0 chr7 154685612 . G T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9531;QD=58.2394;RBI=0.0163478;REFB=0;REVB=-0.0126634;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217623;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr7 154760369 . A G 696.26 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0351781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.487;QD=52.5478;RBI=0.0930744;REFB=-0.0732752;REVB=-0.0861705;RO=2;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037631;STB=0.519992;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00423857;OID=.;OPOS=154760369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:24:27:0:2:24:27:0:2 chr7 154862621 . T A 662.59 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.000972633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6162;QD=22.4607;RBI=0.0415599;REFB=-0.0182408;REVB=0.0415485;RO=53;SAF=36;SAR=29;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113637;STB=0.562188;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0124895;OID=.;OPOS=154862621;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:53:65:65:0.550847:29:36:22:31:29:36:22:31 chr7 154989054 . C T 751.22 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=159;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.0060128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2285;QD=18.8985;RBI=0.0392968;REFB=0.00371254;REVB=-0.038834;RO=79;SAF=30;SAR=48;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016987;STB=0.50769;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00416207;OID=.;OPOS=154989054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:79:81:78:78:0.490566:48:30:29:50:48:30:30:51 chr7 154990003 . C T 525.52 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0125344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4072;QD=21.671;RBI=0.012776;REFB=0.0100533;REVB=-0.002473;RO=46;SAF=23;SAR=27;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177646;STB=0.601396;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.011061;OID=.;OPOS=154990003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:47:50:50:0.515464:27:23:12:34:27:23:12:35 chr7 155100685 . G A 818.69 PASS AF=0.3875;AO=93;DP=240;FAO=93;FDP=240;FR=.;FRO=147;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=78;FSRR=69;FWDB=-0.0286423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.586;QD=13.6449;RBI=0.028785;REFB=-0.00367303;REVB=-0.00286266;RO=145;SAF=36;SAR=57;SRF=77;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157517;STB=0.588888;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00513098;OID=.;OPOS=155100685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:145:147:93:93:0.3875:57:36:77:68:57:36:78:69 chr7 155150390 . T C 331.43 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00949388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.867;QD=13.6674;RBI=0.00949396;REFB=0.0014802;REVB=3.92151e-05;RO=60;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569961;STB=0.503251;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00283829;OID=.;OPOS=155150390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:23:14:23:37:23:14:23:37 chr7 155150472 . G A 655.49 PASS AF=0.551724;AO=64;DP=116;FAO=64;FDP=116;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0124993;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.108;QD=22.603;RBI=0.0534955;REFB=-0.0143132;REVB=0.0520148;RO=50;SAF=28;SAR=36;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145806;STB=0.570946;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0112697;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:50:52:64:64:0.551724:36:28:31:19:36:28:31:21 chr7 155150560 . A G 896.58 PASS AF=0.508475;AO=89;DP=177;FAO=90;FDP=177;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=-0.00415265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9736;QD=20.2617;RBI=0.0253413;REFB=-0.0186157;REVB=-0.0249988;RO=86;SAF=38;SAR=51;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178597;STB=0.596934;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0136103;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:86:87:89:90:0.508475:51:38:54:32:52:38:54:33 chr7 155150602 . T C 726.92 PASS AF=0.503497;AO=65;DP=137;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.000957972;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.146;QD=20.3335;RBI=0.023396;REFB=-0.0102971;REVB=0.0233764;RO=72;SAF=31;SAR=34;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113776;STB=0.572735;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0112458;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:143:72:71:65:72:0.503497:34:31:43:29:40:32:42:29 chr7 155150765 . C T 420.46 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.0123773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.712;QD=16.4885;RBI=0.0125007;REFB=-0.0116309;REVB=-0.00175223;RO=56;SAF=35;SAR=11;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10371;STB=0.558279;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0152456;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:11:35:38:18:11:35:38:18 chr7 155151018 . G A 791.88 PASS AF=0.525974;AO=73;DP=154;FAO=81;FDP=154;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=15;FWDB=0.0614615;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7863;QD=20.5684;RBI=0.131986;REFB=-0.0138903;REVB=0.116802;RO=75;SAF=42;SAR=31;SRF=60;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220734;STB=0.622539;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0141047;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:75:73:73:81:0.525974:31:42:60:15:37:44:58:15 chr7 155151095 . T C 528.52 PASS AF=0.377246;AO=62;DP=167;FAO=63;FDP=167;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=64;FSRR=40;FWDB=0.00541646;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.534;QD=12.6592;RBI=0.0169339;REFB=-0.0150526;REVB=-0.0160443;RO=105;SAF=33;SAR=29;SRF=65;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974149;STB=0.547788;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0307125;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:105:104:62:63:0.377246:29:33:65:40:29:34:64:40 chr7 155151194 . G A 1073.25 PASS AF=0.472103;AO=110;DP=233;FAO=110;FDP=233;FR=.;FRO=123;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=0.0190412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.138;QD=18.425;RBI=0.0317396;REFB=-0.00806474;REVB=0.0253935;RO=123;SAF=56;SAR=54;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185376;STB=0.510228;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0107646;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:123:123:110:110:0.472103:54:56:65:58:54:56:65:58 chr7 155151244 . G GC 42.29 PASS AF=0.116667;AO=24;DP=187;FAO=21;FDP=180;FR=.;FRO=159;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=61;FSRR=98;FWDB=-0.0490417;FXX=0.0109884;HRUN=0;LEN=1;MLLD=61.2881;QD=0.939779;RBI=0.0659902;REFB=-0.0151881;REVB=0.0441545;RO=156;SAF=21;SAR=3;SRF=57;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.601589;STB=0.88434;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.205178;OID=.;OPOS=155151245;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.116667:24:187:21:180:159:18:3:61:98:42:156:21:3:57:99 chr7 155151307 . A G 886.42 PASS AF=0.463918;AO=90;DP=194;FAO=90;FDP=194;FR=.;FRO=104;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=-0.0101902;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.024;QD=18.2767;RBI=0.015604;REFB=-0.0158735;REVB=-0.0118172;RO=100;SAF=42;SAR=48;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255696;STB=0.513137;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0137231;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:100:104:90:90:0.463918:48:42:44:56:48:42:46:58 chr7 155151367 . G T 816.27 PASS AF=0.440594;AO=89;DP=203;FAO=89;FDP=202;FR=.;FRO=113;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=-0.0128116;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.025;QD=16.1638;RBI=0.016361;REFB=-0.00743495;REVB=0.0101756;RO=105;SAF=54;SAR=35;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453544;STB=0.518326;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0275998;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:105:113:89:89:0.440594:35:54:59:46:35:54:65:48 chr7 155151369 . C T 814.01 PASS AF=0.438424;AO=89;DP=203;FAO=89;FDP=203;FR=.;FRO=114;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=66;FSRR=48;FWDB=-0.00141882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.948;QD=16.0397;RBI=0.0167724;REFB=-0.00871773;REVB=0.0167123;RO=114;SAF=54;SAR=35;SRF=66;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291689;STB=0.516237;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00830328;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:114:114:89:89:0.438424:35:54:66:48:35:54:66:48 chr7 155151433 . T C 267.34 PASS AF=0.316239;AO=33;DP=113;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.0345617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.657;QD=9.13998;RBI=0.0355842;REFB=-0.0201106;REVB=-0.00846885;RO=80;SAF=19;SAR=14;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299549;STB=0.515586;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0369355;OID=.;OPOS=155151433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:80:80:33:37:0.316239:14:19:48:32:14:23:48:32 chr7 155151437 . G A 236.7 PASS AF=0.292035;AO=33;DP=113;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.0672549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0787;QD=8.37885;RBI=0.067971;REFB=0.00394864;REVB=0.00984065;RO=80;SAF=22;SAR=11;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865729;STB=0.55125;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00988228;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:80:80:33:33:0.292035:11:22:48:32:11:22:48:32 chr7 155499603 . G A 814.81 PASS AF=0.537931;AO=74;DP=141;FAO=78;FDP=145;FR=.;FRO=67;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0167193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.396;QD=22.4774;RBI=0.0172669;REFB=-0.0277957;REVB=-0.00431404;RO=67;SAF=37;SAR=37;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646135;STB=0.515309;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0263809;OID=.;OPOS=155499603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:145:67:67:74:78:0.537931:37:37:33:34:37:41:33:34 chr7 155503920 . A T 4084.79 PASS AF=1;AO=261;DP=263;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0956709;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3767;QD=62.1261;RBI=0.0962611;REFB=-0.0487772;REVB=0.0106431;RO=0;SAF=104;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719773;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:263:263:0:0:261:263:1:157:104:0:0:158:105:0:0 chr7 155596114 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0455715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.271;QD=19.1342;RBI=0.0974671;REFB=-0.0648912;REVB=0.0861572;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00792624;OID=.;OPOS=155596114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:1:1:4:1:1:1 chr7 155757502 . T C 1556.44 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.527;QD=59.8631;RBI=0.0125356;REFB=0;REVB=0.0108472;RO=0;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01606e-05;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:58:46:0:0:58:46:0:0 chr7 156432955 . G A 1830.13 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.053003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.463;QD=59.5164;RBI=0.0549263;REFB=-0.0959312;REVB=-0.0144075;RO=1;SAF=43;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109185;STB=0.511362;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00069168;OID=.;OPOS=156432955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:123:123:1:2:121:121:0.98374:78:43:1:0:78:43:2:0 chr7 156801700 . G T 1063.92 PASS AF=0.432836;AO=116;DP=268;FAO=116;FDP=268;FR=.;FRO=152;FSAF=48;FSAR=68;FSRF=70;FSRR=82;FWDB=-0.0125761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.253;QD=15.8794;RBI=0.0176568;REFB=0.0116526;REVB=0.0123938;RO=152;SAF=48;SAR=68;SRF=70;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486379;STB=0.527058;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.0140755;OID=.;OPOS=156801700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:152:152:116:116:0.432836:68:48:70:82:68:48:70:82 chr7 157061474 . T C 2320.61 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348278;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.998;QD=61.0687;RBI=0.0348278;REFB=0;REVB=1.17918e-05;RO=0;SAF=68;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61185e-05;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:152:0:0:152:152:1:84:68:0:0:84:68:0:0 chr7 157162068 . T C 2833.47 PASS AF=0.989189;AO=178;DP=186;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0198165;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.89;QD=61.2642;RBI=0.0211326;REFB=-0.0306685;REVB=0.00734104;RO=2;SAF=85;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000476335;STB=0.500148;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000191978;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:186:185:2:2:178:183:0.989189:93:85:1:1:94:89:1:1 chr7 157162103 . A G 2810.81 PASS AF=0.994475;AO=179;DP=180;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1326;QD=62.1173;RBI=0.0274134;REFB=-0.00693853;REVB=-0.0152955;RO=0;SAF=87;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28142e-08;STB=0.502825;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=4.24846e-05;OID=.;OPOS=157162103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:181:0:1:179:180:0.994475:92:87:0:0:92:88:1:0 chr7 157178324 . G A 33.94 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.011914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4115;QD=2.1552;RBI=0.0223914;REFB=0.00143661;REVB=0.0189587;RO=56;SAF=5;SAR=2;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326739;STB=0.744941;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0111366;OID=.;OPOS=157178324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:56:56:7:7:0.111111:2:5:24:32:2:5:24:32 chr7 157318712 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000645173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.475;QD=61.3756;RBI=0.0181825;REFB=0;REVB=0.018171;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.234e-05;OID=.;OPOS=157318712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr7 157414064 . G A 1130.32 PASS AF=0.5;AO=113;DP=227;FAO=113;FDP=226;FR=.;FRO=113;FSAF=40;FSAR=73;FSRF=35;FSRR=78;FWDB=-0.00150478;FXX=0.00440509;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.733;QD=20.0056;RBI=0.0124115;REFB=-0.012931;REVB=-0.0123199;RO=113;SAF=40;SAR=73;SRF=35;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447464;STB=0.524529;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.014259;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:113:113:113:113:0.5:73:40:35:78:73:40:35:78 chr7 157931091 . C T 2058.67 PASS AF=0.533693;AO=198;DP=371;FAO=198;FDP=371;FR=.;FRO=173;FSAF=92;FSAR=106;FSRF=94;FSRR=79;FWDB=-0.00404921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.043;QD=22.1959;RBI=0.0218172;REFB=-0.0162887;REVB=-0.0214382;RO=172;SAF=92;SAR=106;SRF=94;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698617;STB=0.536691;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0117846;OID=.;OPOS=157931091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:371:172:173:198:198:0.533693:106:92:94:78:106:92:94:79 chr7 157931119 . A G 1599.33 PASS AF=0.456522;AO=168;DP=369;FAO=168;FDP=368;FR=.;FRO=200;FSAF=97;FSAR=71;FSRF=97;FSRR=103;FWDB=0.00129555;FXX=0.00540526;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.335;QD=17.3841;RBI=0.00298788;REFB=-0.0137504;REVB=-0.0026924;RO=201;SAF=97;SAR=71;SRF=97;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094184;STB=0.550627;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.014379;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:368:201:200:168:168:0.456522:71:97:97:104:71:97:97:103 chr7 157931144 . C T 1265.17 PASS AF=0.419162;AO=138;DP=331;FAO=140;FDP=334;FR=.;FRO=194;FSAF=85;FSAR=55;FSRF=94;FSRR=100;FWDB=0.0334678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.712;QD=15.1518;RBI=0.0428763;REFB=-0.0336132;REVB=0.0268008;RO=179;SAF=84;SAR=54;SRF=93;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929146;STB=0.572318;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00945191;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:334:179:194:138:140:0.419162:54:84:93:86:55:85:94:100 chr7 157959636 . G A 639.38 PASS AF=0.44586;AO=69;DP=156;FAO=70;FDP=157;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.00237877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.366;QD=16.2899;RBI=0.0452529;REFB=-0.0131057;REVB=0.0451903;RO=86;SAF=47;SAR=22;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213438;STB=0.615687;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0092962;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:86:87:69:70:0.44586:22:47:41:45:23:47:41:46 chr7 157959911 . A G 2422.23 PASS AF=0.982036;AO=146;DP=150;FAO=164;FDP=167;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=90;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0282004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3489;QD=58.0174;RBI=0.0764368;REFB=-0.0529036;REVB=0.0710445;RO=3;SAF=70;SAR=76;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019942;STB=0.509933;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000312561;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:167:3:3:146:164:0.982036:76:70:3:0:90:74:3:0 chr7 157959965 . C T 406.41 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.035432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7567;QD=14.1358;RBI=0.0376138;REFB=0.00674088;REVB=0.0126243;RO=68;SAF=17;SAR=30;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439894;STB=0.524766;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00914003;OID=.;OPOS=157959965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:68:47:47:0.408696:30:17:22:46:30:17:22:46 chr7 157985149 . C G 1046.84 PASS AF=0.543956;AO=99;DP=184;FAO=99;FDP=182;FR=.;FRO=83;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0189474;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4227;QD=23.0074;RBI=0.0633695;REFB=-0.00408698;REVB=0.0604706;RO=82;SAF=48;SAR=51;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279753;STB=0.517848;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00344302;OID=.;OPOS=157985149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:182:82:83:99:99:0.543956:51:48:37:45:51:48:37:46 chr7 158263331 . T C 276.1 PASS AF=0.370787;AO=32;DP=86;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00688346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.1638;QD=12.409;RBI=0.0442096;REFB=-0.0114066;REVB=-0.0436704;RO=54;SAF=12;SAR=20;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159598;STB=0.578863;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0194444;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:54:56:32:33:0.370787:20:12:28:26:20:13:29:27 chr7 158263336 . G C 293.1 PASS AF=0.407407;AO=31;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00940254;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.7;QD=14.4742;RBI=0.00941599;REFB=-0.0233019;REVB=-0.000503107;RO=49;SAF=13;SAR=18;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763316;STB=0.551692;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0314923;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:48:31:33:0.407407:18:13:24:25:20:13:23:25 chr7 158263344 . T A 1217.97 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0465998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7492;QD=58.6974;RBI=0.0546959;REFB=-0.175574;REVB=0.0286375;RO=1;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101833;STB=0.501666;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00674583;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:81:81:0.975904:46:35:0:1:46:35:1:1 chr7 158384305 . CTGTG C,CTGTC 1146.42 PASS AF=0.935065,0.0649351;AO=71,6;DP=78;FAO=72,5;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36,2;FSAR=36,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000554002,0.0343384;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=285.218,55.9685;QD=59.5544;RBI=0.0476249,0.050888;REFB=0,0;REVB=0.0476216,0.0375561;RO=0;SAF=35,2;SAR=36,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.11607e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00149344,-0.00463983;OID=.,.;OPOS=158384306,158384309;OREF=TGTG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.935065,0.0649351:71,6:78:72,5:77:0:36,2:36,3:0:0:18:0:35,2:36,4:0:0 chr7 158524504 . G A 1576.17 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.149;QD=63.047;RBI=0.0160814;REFB=0;REVB=-0.00764376;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3879e-05;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:97:100:1:53:44:0:0:55:45:0:0 chr7 158526495 . G A 1547.74 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6862;QD=63.8245;RBI=0.0664701;REFB=0;REVB=-0.0313827;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91117e-05;OID=.;OPOS=158526495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:51:45:0:0:51:46:0:0 chr7 158526880 . G A 1061.41 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00805838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4576;QD=55.8636;RBI=0.0722466;REFB=-0.0332162;REVB=0.0717958;RO=1;SAF=13;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034992;STB=0.551709;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00129601;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:1:3:73:73:0.960526:60:13:1:0:60:13:3:0 chr7 158528233 . A G 1822.43 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9884;QD=61.258;RBI=0.0746387;REFB=0;REVB=-0.0746016;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270215;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:65:54:0:0:65:54:0:0 chr7 158531809 . C T 562.87 PASS AF=0.402439;AO=65;DP=164;FAO=66;FDP=164;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.027016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1559;QD=13.7285;RBI=0.0299016;REFB=0.00332883;REVB=-0.0128155;RO=98;SAF=23;SAR=42;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171749;STB=0.599931;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00709887;OID=.;OPOS=158531809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:98:98:65:66:0.402439:42:23:50:48:43:23:50:48 chr7 158534372 . G A 1071.06 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4863;QD=57.895;RBI=0.026782;REFB=0.0208879;REVB=0.00996641;RO=2;SAF=32;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028636;STB=0.507461;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-2.89501e-05;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:74:2:1:71:73:0.986486:39:32:2:0:40:33:1:0 chr7 158534381 . G C 884.27 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00888038;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.631;QD=53.592;RBI=0.0334993;REFB=-0.0295253;REVB=-0.0323008;RO=2;SAF=31;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294914;STB=0.507934;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=8.96771e-05;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:2:3:63:63:0.954545:32:31:2:0:32:31:2:1 chr7 158536267 . T C 1690.72 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.374;QD=60.3829;RBI=0.0334958;REFB=0;REVB=0.000604794;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4628e-05;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:58:53:0:0:59:53:0:0 chr7 158536334 . G A 1160.99 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0188764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.374;QD=55.9513;RBI=0.0220587;REFB=-0.0405828;REVB=-0.0114136;RO=3;SAF=35;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00769868;STB=0.509443;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00184594;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:83:3:4:79:79:0.951807:44:35:1:2:44:35:1:3 chr7 158536345 . A G 1040.76 PASS AF=1;AO=51;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551204;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.3921;QD=57.8198;RBI=0.0310044;REFB=0;REVB=0.0305105;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000881224;OID=.;OPOS=158536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:51:72:1:22:29:0:0:42:30:0:0 chr7 158536376 . A C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.099;QD=64.4154;RBI=0.0194883;REFB=0;REVB=0.0180308;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1975e-05;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr7 158536388 . A C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00823137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.222;QD=60.6098;RBI=0.0332793;REFB=0;REVB=-0.0322453;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018848;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr7 158536408 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.333;QD=53.9112;RBI=0.0182521;REFB=0;REVB=-0.00481019;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47923e-05;OID=.;OPOS=158536408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr7 158536411 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.758;QD=53.9112;RBI=0.0260694;REFB=0;REVB=0.0227431;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06275e-05;OID=.;OPOS=158536411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr7 158672476 . C G 706.6 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020823;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.967;QD=62.8092;RBI=0.0378095;REFB=0;REVB=0.0315588;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686108;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr7 158672619 . A G 249.9 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0148394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.075;QD=16.6602;RBI=0.0172332;REFB=-0.0229322;REVB=-0.00876213;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255639;STB=0.514378;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0247093;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:14:18:15:13:14:18 chr7 158715219 . A G 2044.02 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0574663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7292;QD=61.0155;RBI=0.093391;REFB=-0.0345976;REVB=0.0736173;RO=2;SAF=56;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123426;STB=0.503225;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000503921;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:134:134:2:1:132:133:0.992537:76:56:0:2:77:56:0:1 chr7 158719084 . C T 1263.84 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.632;QD=60.9078;RBI=0.00133449;REFB=0;REVB=0.000564437;RO=0;SAF=54;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14249e-05;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:79:83:1:25:54:0:0:28:55:0:0 chr7 158827326 . G A 1007.28 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.551;QD=58.3932;RBI=0.0493894;REFB=0;REVB=0.0105818;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436113;OID=.;OPOS=158827326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:34:33:0:0:34:35:0:0 chr7 158835804 . G A 959.99 PASS AF=0.615942;AO=84;DP=137;FAO=85;FDP=138;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0149993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.433;QD=27.8259;RBI=0.0184514;REFB=-0.0225706;REVB=0.0107459;RO=53;SAF=35;SAR=49;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126685;STB=0.50877;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0147843;OID=.;OPOS=158835804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:53:53:84:85:0.615942:49:35:23:30:50:35:23:30 chr7 158851234 . T G 851.21 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.648;QD=57.7092;RBI=0.0210199;REFB=0;REVB=0.0130672;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83352e-05;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:37:21:0:0:37:22:0:0 chr8 363192 . G A 328.96 PASS AF=0.318519;AO=42;DP=134;FAO=43;FDP=135;FR=.;FRO=92;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.0100023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.81;QD=9.74698;RBI=0.0187245;REFB=-0.00463286;REVB=-0.0158291;RO=88;SAF=15;SAR=27;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506108;STB=0.539041;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00908299;OID=.;OPOS=363192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:88:92:42:43:0.318519:27:15:35:53:28:15:37:55 chr8 382957 . T C 392.1 PASS AF=0.420561;AO=44;DP=106;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0182462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.891;QD=14.6578;RBI=0.0186661;REFB=-0.033564;REVB=0.00393687;RO=62;SAF=17;SAR=27;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000801578;STB=0.507809;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0477075;OID=.;OPOS=382957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:62:62:44:45:0.420561:27:17:24:38:27:18:24:38 chr8 565232 . C G 353.02 PASS AF=0.361345;AO=39;DP=121;FAO=43;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0377785;FXX=0.0165276;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4885;QD=11.8663;RBI=0.0998059;REFB=-0.013026;REVB=-0.0923796;RO=61;SAF=23;SAR=16;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744517;STB=0.502946;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0209412;OID=.;OPOS=565232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:61:76:39:43:0.361345:16:23:40:21:20:23:41:35 chr8 566618 . GAGAG GA,GGAG,GGGAG 217.4 PASS AF=0.222222,0.777778,0;AO=3,8,6;DP=18;FAO=4,14,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,0;FSAR=4,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353779,0.0141117,-0.0110131;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=210.824,228.933,220.533;QD=48.3104;RBI=0.0749491,0.0518661,0.0389706;REFB=0,0,0;REVB=0.066074,0.0499094,0.0373821;RO=0;SAF=0,6,6;SAR=3,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0104153,-0.00134735,0;OID=.,.,.;OPOS=566620,566619,566619;OREF=GAG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GA,GGAG,GGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.222222,0.777778,0:3,8,6:18:4,14,0:18:0:0,12,0:4,2,0:0:0:18:0:0,6,6:3,2,0:0:0 chr8 577101 . A G 603.41 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00549823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.333;QD=19.9473;RBI=0.0228686;REFB=-0.0105708;REVB=-0.0221978;RO=59;SAF=37;SAR=25;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494598;STB=0.527259;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0196093;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:59:62:62:0.512397:25:37:32:27:25:37:32:27 chr8 607766 . C G 1320.89 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6173;QD=62.1593;RBI=0.0443726;REFB=0;REVB=-0.0441481;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274463;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:46:38:0:0:46:39:0:0 chr8 608018 . C T 276.99 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.0292993;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.017;QD=11.1913;RBI=0.0317176;REFB=-0.000141952;REVB=0.0121475;RO=66;SAF=6;SAR=27;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236505;STB=0.639499;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000126713;OID=.;OPOS=608018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:66:66:33:33:0.333333:27:6:22:44:27:6:22:44 chr8 608034 . T C 1572.5 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262657;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.993;QD=64.1836;RBI=0.0104758;REFB=0;REVB=0.0101412;RO=0;SAF=28;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09094e-06;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:69:28:0:0:70:28:0:0 chr8 609776 . GT G,GG 50.38 PASS AF=1,0;AO=3,3;DP=6;FAO=6,0;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611434,-0.0929647;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.122,81.975;QD=33.5874;RBI=0.130324,0.093775;REFB=0,0;REVB=0.11509,-0.0123009;RO=0;SAF=1,1;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00118643,0;OID=.,.;OPOS=609777,609777;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:3,3:6:6,0:6:0:2,0:4,0:0:0:4:0:1,1:2,2:0:0 chr8 609833 . C G 91.53 PASS AF=0.55;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00495054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.953;QD=18.3052;RBI=0.0250983;REFB=-0.0107796;REVB=0.0246052;RO=8;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258419;STB=0.713794;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00701538;OID=.;OPOS=609833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:19:20:8:9:11:11:0.55:1:10:6:2:1:10:6:3 chr8 609879 . AT CC,GC 2465.45 PASS AF=0.455621,0.538462;AO=76,91;DP=170;FAO=77,91;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=34,33;FSAR=43,58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00827312,-0.0226004;FXX=0.00588201;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=101.241,179.732;QD=58.3538;RBI=0.017123,0.0246047;REFB=-0.0305062,-0.046616;REVB=0.0149917,0.0097271;RO=0;SAF=34,33;SAR=42,58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.6391e-08,5.45581e-08;STB=0.505746,0.504273;STBP=0.517,0.534;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00658213,0.0114;OID=.,.;OPOS=609879,609879;OREF=AT,AT;OALT=CC,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:170:169:0:1:76,91:77,91:0.455621,0.538462:42,58:34,33:0:0:43,58:34,33:0:1 chr8 618728 . A G 2351.06 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.42;QD=63.9744;RBI=0.0467368;REFB=0;REVB=0.00492983;RO=0;SAF=61;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109899;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:86:61:0:0:86:61:0:0 chr8 943494 . T C 158.38 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0115356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.941;QD=13.7721;RBI=0.0295746;REFB=-0.0190472;REVB=0.0272321;RO=26;SAF=4;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38938;STB=0.710978;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0451449;OID=.;OPOS=943494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:18:18:0.391304:14:4:15:11:14:4:15:13 chr8 943504 . G C 930.34 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.02;QD=58.1462;RBI=0.041328;REFB=0;REVB=0.0278103;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128634;OID=.;OPOS=943504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:36:28:0:0 chr8 943508 . C T 812.16 PASS AF=0.849315;AO=62;DP=73;FAO=62;FDP=73;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0187967;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.884;QD=44.5018;RBI=0.0197665;REFB=-0.0630996;REVB=0.00611556;RO=11;SAF=27;SAR=35;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737052;STB=0.539252;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000933016;OID=.;OPOS=943508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:73:73:11:11:62:62:0.849315:35:27:2:9:35:27:2:9 chr8 977316 . A G 435.71 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.617;QD=54.464;RBI=0.0399984;REFB=-0.0246932;REVB=-0.0363049;RO=1;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443701;STB=0.523794;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000110528;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:10:21:0:1:10:21:0:1 chr8 1616718 . A G 442.61 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00727316;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.456;QD=19.6717;RBI=0.00734985;REFB=-0.00949864;REVB=0.00105895;RO=46;SAF=16;SAR=28;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272458;STB=0.515145;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0105657;OID=.;OPOS=1616718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:46:46:44:44:0.488889:28:16:18:28:28:16:18:28 chr8 1649960 . G A 514.14 PASS AF=0.486726;AO=54;DP=112;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0264704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7473;QD=18.1997;RBI=0.0435648;REFB=-0.00747812;REVB=-0.0346007;RO=58;SAF=28;SAR=26;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112377;STB=0.557303;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00755318;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:58:58:54:55:0.486726:26:28:37:21:26:29:37:21 chr8 1650536 . A C 331.6 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0152229;FXX=0.0958773;HRUN=9;LEN=1;MLLD=191.624;QD=20.097;RBI=0.0182739;REFB=-0.0140179;REVB=-0.0101094;RO=36;SAF=2;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586206;STB=0.612803;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0112316;OID=.;OPOS=1650536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:66:36:31:24:24:0.363636:22:2:18:18:18:6:13:18 chr8 1651129 . G A,T 1169.29 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=73,4;DP=78;FAO=74,4;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=37,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738729,-0.00353273;FXX=0.0126566;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.683,171.278;QD=59.9635;RBI=0.00773014,0.0215116;REFB=0,0;REVB=-0.00227661,-0.0212196;RO=0;SAF=37,0;SAR=36,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.89682e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00425204,0.00791824;OID=.,.;OPOS=1651129,1651129;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:78:78:0:0:73,4:74,4:0.948718,0.0512821:36,4:37,0:0:0:37,4:37,0:0:0 chr8 1749320 . C T 544.26 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00471392;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.706;QD=19.9726;RBI=0.0742697;REFB=0.00659424;REVB=-0.0741199;RO=53;SAF=37;SAR=19;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268636;STB=0.648211;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00579479;OID=.;OPOS=1749320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:53:53:56:56:0.513761:19:37:19:34:19:37:19:34 chr8 1817367 . G A 1187.85 PASS AF=0.513158;AO=116;DP=227;FAO=117;FDP=228;FR=.;FRO=111;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=-0.0563014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2736;QD=20.8396;RBI=0.0568043;REFB=0.00346531;REVB=-0.00754204;RO=111;SAF=53;SAR=63;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301878;STB=0.514561;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00490443;OID=.;OPOS=1817367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:111:111:116:117:0.513158:63:53:47:64:64:53:47:64 chr8 1833801 . G C 3851.1 PASS AF=1;AO=241;DP=243;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378005;FXX=0.0122946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5081;QD=63.9186;RBI=0.0386214;REFB=0;REVB=0.00792051;RO=0;SAF=124;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84636e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20613e-05;OID=.;OPOS=1833801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:241:0:0:241:241:1:117:124:0:0:117:124:0:0 chr8 1876631 . C T 965.23 PASS AF=0.52514;AO=94;DP=179;FAO=94;FDP=179;FR=.;FRO=85;FSAF=63;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.0243247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.895;QD=21.5693;RBI=0.0246733;REFB=0.00568686;REVB=0.00413285;RO=83;SAF=63;SAR=31;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149857;STB=0.577597;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00610909;OID=.;OPOS=1876631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:83:85:94:94:0.52514:31:63:42:41:31:63:44:41 chr8 1900911 . C T 864.86 PASS AF=0.453659;AO=93;DP=205;FAO=93;FDP=205;FR=.;FRO=112;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.0354206;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.886;QD=16.8753;RBI=0.0358945;REFB=-0.00954575;REVB=0.00581382;RO=112;SAF=50;SAR=43;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00190231;STB=0.501055;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0107534;OID=.;OPOS=1900911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:112:112:93:93:0.453659:43:50:60:52:43:50:60:52 chr8 1906630 . G T 2011.24 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00497283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.489;QD=61.412;RBI=0.0439662;REFB=-0.0119182;REVB=0.0436841;RO=1;SAF=68;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693819;STB=0.503649;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=4.66071e-05;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:62:68:1:0:62:68:1:0 chr8 1953194 . T G 596.53 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.649;QD=56.8128;RBI=0.0440138;REFB=-0.15624;REVB=0.0342794;RO=2;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585022;STB=0.515144;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00182689;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:2:1:40:41:0.97619:15:25:0:2:16:25:0:1 chr8 1953223 . C T 1065.42 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.389;QD=59.1902;RBI=0.0639848;REFB=0;REVB=0.0616309;RO=0;SAF=47;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144904;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:72:0:0:64:72:1:17:47:0:0:23:49:0:0 chr8 1953567 . C A 2773.27 PASS AF=0.994505;AO=166;DP=167;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.654;QD=60.951;RBI=0.0488058;REFB=-0.019184;REVB=0.00205514;RO=1;SAF=85;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055661;STB=0.502487;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000541243;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:167:182:1:1:166:181:0.994505:81:85:1:0:81:100:1:0 chr8 1953642 . CAGAG CAG,CAGA 1337.87 PASS AF=0.897727,0.102273;AO=68,12;DP=87;FAO=79,9;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49,9;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016596,0.0134197;FXX=0.0222198;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=245.256,230.141;QD=60.8124;RBI=0.0469973,0.0445282;REFB=0,0;REVB=0.0439695,0.0424579;RO=0;SAF=41,11;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.6787e-08,3.23983e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00276209,-0.0349193;OID=.,.;OPOS=1953643,1953646;OREF=AG,G;OALT=-,-;OMAPALT=CAG,CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.897727,0.102273:68,12:87:79,9:88:0:49,9:30,0:0:0:26:0:41,11:27,1:0:0 chr8 1953759 . A T 1519.12 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458237;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1556;QD=62.6443;RBI=0.0460293;REFB=-0.0830311;REVB=0.00434561;RO=1;SAF=37;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126438;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023687;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:97:1:0:96:97:1:59:37:1:0:59:38:0:0 chr8 1954237 . G C 2434.03 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.696;QD=61.2334;RBI=0.0321234;REFB=0;REVB=0.0316129;RO=0;SAF=71;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89159e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:159:0:0:158:159:1:87:71:0:0:87:72:0:0 chr8 1954587 . G A 534.9 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.47;QD=59.4337;RBI=0.0706156;REFB=0;REVB=0.0670545;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128901;OID=.;OPOS=1954587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:29:36:1:18:11:0:0:19:17:0:0 chr8 1954588 . T A 41.88 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0114851;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.285;QD=4.295;RBI=0.0609478;REFB=-0.0152594;REVB=0.0598559;RO=32;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580381;STB=0.884914;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00277964;OID=.;OPOS=1954588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:1:6:11:21:1:6:11:21 chr8 2005883 . C T 775.94 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0247332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.338;QD=22.3291;RBI=0.0271075;REFB=-0.00749658;REVB=-0.0110944;RO=65;SAF=37;SAR=37;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985259;STB=0.553942;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00728515;OID=.;OPOS=2005883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:65:65:74:74:0.532374:37:37:25:40:37:37:25:40 chr8 2037833 . G C 856.73 PASS AF=0.463158;AO=87;DP=189;FAO=88;FDP=190;FR=.;FRO=102;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.0584105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.214;QD=18.0364;RBI=0.124045;REFB=0.00538285;REVB=0.109432;RO=102;SAF=53;SAR=34;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108618;STB=0.562486;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00635015;OID=.;OPOS=2037833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:102:102:87:88:0.463158:34:53:51:51:34:54:51:51 chr8 2037875 . G A 911.71 PASS AF=0.472637;AO=95;DP=200;FAO=95;FDP=201;FR=.;FRO=106;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=0.0140917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.902;QD=18.1435;RBI=0.0199658;REFB=-0.0197095;REVB=0.0141442;RO=104;SAF=57;SAR=38;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123516;STB=0.573425;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0222722;OID=.;OPOS=2037875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:104:106:95:95:0.472637:38:57:49:55:38:57:49:57 chr8 2040337 . T C 3369.76 PASS AF=0.990909;AO=218;DP=220;FAO=218;FDP=220;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.120222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0955;QD=61.2684;RBI=0.125952;REFB=-0.0129918;REVB=-0.0375583;RO=1;SAF=102;SAR=116;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408977;STB=0.504273;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.000338979;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:220:220:1:2:218:218:0.990909:116:102:0:1:116:102:0:2 chr8 2046700 . C T 1225.66 PASS AF=0.526549;AO=119;DP=227;FAO=119;FDP=226;FR=.;FRO=107;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=0.0045786;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.74;QD=21.693;RBI=0.0288829;REFB=-0.0010244;REVB=-0.0285177;RO=106;SAF=65;SAR=54;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562691;STB=0.53302;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000989008;OID=.;OPOS=2046700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:106:107:119:119:0.526549:54:65:51:55:54:65:51:56 chr8 2048811 . A C 2574.38 PASS AF=0.988235;AO=168;DP=170;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0165458;FXX=0.00584761;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.751;QD=60.5736;RBI=0.0468677;REFB=-0.0802897;REVB=0.0438499;RO=1;SAF=72;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493202;STB=0.500858;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.000206745;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:170:1:2:168:168:0.988235:96:72:0:1:96:72:1:1 chr8 2048831 . A G 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.484;QD=63.245;RBI=0.0253526;REFB=0;REVB=-0.00262173;RO=0;SAF=59;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21193e-05;OID=.;OPOS=2048831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:80:59:0:0:80:59:0:0 chr8 2054066 . A G 797.7 PASS AF=0.433498;AO=88;DP=203;FAO=88;FDP=203;FR=.;FRO=115;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=50;FSRR=65;FWDB=-0.0438506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1389;QD=15.7182;RBI=0.0438908;REFB=-0.0250406;REVB=0.00187798;RO=114;SAF=38;SAR=50;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699204;STB=0.50171;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0293001;OID=.;OPOS=2054066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:114:115:88:88:0.433498:50:38:50:64:50:38:50:65 chr8 2056569 . C T 508.73 PASS AF=0.405797;AO=56;DP=139;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0484249;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1322;QD=14.7458;RBI=0.0498419;REFB=-0.000120797;REVB=-0.0118;RO=82;SAF=26;SAR=30;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398653;STB=0.522435;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.000134442;OID=.;OPOS=2056569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:82:82:56:56:0.405797:30:26:35:47:30:26:35:47 chr8 2057298 . C T 700.6 PASS AF=0.5;AO=69;DP=139;FAO=69;FDP=138;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.023023;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8433;QD=20.3073;RBI=0.0240421;REFB=-0.00720678;REVB=-0.00692567;RO=69;SAF=32;SAR=37;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933277;STB=0.551357;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00663452;OID=.;OPOS=2057298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:69:69:69:69:0.5:37:32:25:44:37:32:25:44 chr8 2148550 . G A 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.41;QD=62.4642;RBI=0.0273552;REFB=0;REVB=0.0263121;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57421e-05;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr8 2148771 . C T 1940.99 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.771;QD=61.1336;RBI=0.0214185;REFB=-0.0659533;REVB=-0.00402053;RO=0;SAF=51;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042671;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:127:127:0:0:126:127:1:75:51:0:0:76:51:0:0 chr8 2795835 . T C 393.01 PASS AF=0.326923;AO=51;DP=156;FAO=51;FDP=156;FR=.;FRO=105;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=-0.0454108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.149;QD=10.0772;RBI=0.0493177;REFB=-0.00810464;REVB=0.0192377;RO=105;SAF=31;SAR=20;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186732;STB=0.607801;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0181087;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:105:105:51:51:0.326923:20:31:47:58:20:31:47:58 chr8 2820745 . G C 1049.42 PASS AF=0.394137;AO=121;DP=307;FAO=121;FDP=307;FR=.;FRO=186;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=96;FSRR=90;FWDB=0.0140278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.223;QD=13.6732;RBI=0.0144841;REFB=-0.0045473;REVB=0.00360686;RO=186;SAF=59;SAR=62;SRF=96;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307974;STB=0.517276;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00685534;OID=.;OPOS=2820745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:186:186:121:121:0.394137:62:59:96:90:62:59:96:90 chr8 2832139 . C G 1561.5 PASS AF=0.579365;AO=147;DP=253;FAO=146;FDP=252;FR=.;FRO=106;FSAF=57;FSAR=89;FSRF=41;FSRR=65;FWDB=0.0405825;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.53;QD=24.7857;RBI=0.040987;REFB=-0.0276478;REVB=-0.00574457;RO=106;SAF=57;SAR=90;SRF=41;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000783927;STB=0.5016;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0188261;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:106:106:147:146:0.579365:90:57:41:65:89:57:41:65 chr8 2909992 . G A 962.97 PASS AF=0.449339;AO=101;DP=229;FAO=102;FDP=227;FR=.;FRO=125;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=0.00640335;FXX=0.0130429;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.11;QD=16.9685;RBI=0.0289293;REFB=0.00517481;REVB=0.0282118;RO=120;SAF=53;SAR=48;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00794385;STB=0.5086;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00622486;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:227:120:125:101:102:0.449339:48:53:62:58:49:53:63:62 chr8 2910020 . A G 3618.55 PASS AF=0.975709;AO=239;DP=253;FAO=241;FDP=247;FR=.;FRO=6;FSAF=132;FSAR=109;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0334883;FXX=0.027558;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.896;QD=58.6;RBI=0.0393508;REFB=-0.0403471;REVB=0.0206645;RO=4;SAF=131;SAR=108;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00152309;STB=0.50525;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000178185;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:253:247:4:6:239:241:0.975709:108:131:2:2:109:132:2:4 chr8 2965244 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.594;QD=60.8835;RBI=0.0198869;REFB=0;REVB=-0.0012708;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58038e-05;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr8 3063087 . GT TG 134.74 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=60;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=40;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0235171;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=2;MLLD=55.5297;QD=8.98235;RBI=0.0616727;REFB=-0.0152328;REVB=-0.0570129;RO=30;SAF=13;SAR=1;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.699625;STB=0.94146;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.0214108;OID=.;OPOS=3063087;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:61:60:30:40:14:14:0.233333:1:13:10:20:1:13:11:29 chr8 3076959 . T C 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0182538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.895;QD=20.5629;RBI=0.0309893;REFB=-0.00594016;REVB=0.0250427;RO=25;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083855;STB=0.546729;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00804832;OID=.;OPOS=3076959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:20:9:10:15:20:9:10:15 chr8 3200877 . C T 1643.74 PASS AF=0.44473;AO=172;DP=388;FAO=173;FDP=389;FR=.;FRO=216;FSAF=83;FSAR=90;FSRF=113;FSRR=103;FWDB=0.00108978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.626;QD=16.9022;RBI=0.00315389;REFB=-0.0138137;REVB=-0.00295963;RO=212;SAF=83;SAR=89;SRF=112;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456357;STB=0.524077;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0173941;OID=.;OPOS=3200877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:389:212:216:172:173:0.44473:89:83:112:100:90:83:113:103 chr8 3253768 . C T 1354.9 PASS AF=0.479021;AO=137;DP=287;FAO=137;FDP=286;FR=.;FRO=149;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=57;FSRR=92;FWDB=0.00696593;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.772;QD=18.9496;RBI=0.00788401;REFB=-0.00838242;REVB=0.00369236;RO=149;SAF=57;SAR=80;SRF=57;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328544;STB=0.51807;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00803537;OID=.;OPOS=3253768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:286:149:149:137:137:0.479021:80:57:57:92:80:57:57:92 chr8 3558050 . G A 3716.99 PASS AF=0.9875;AO=236;DP=240;FAO=237;FDP=240;FR=.;FRO=3;FSAF=102;FSAR=135;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0305153;FXX=0.00414921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.547;QD=61.9499;RBI=0.0310966;REFB=0.0407792;REVB=-0.0059843;RO=2;SAF=102;SAR=134;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705959;STB=0.501237;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.000326238;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:240:240:2:3:236:237:0.9875:134:102:0:2:135:102:1:2 chr8 3807528 . C T 884.94 PASS AF=0.554839;AO=86;DP=156;FAO=86;FDP=155;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00514728;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.941;QD=22.8372;RBI=0.0203716;REFB=-0.0160935;REVB=0.0197106;RO=67;SAF=31;SAR=55;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617792;STB=0.535165;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0129928;OID=.;OPOS=3807528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:67:69:86:86:0.554839:55:31:29:38:55:31:30:39 chr8 5768667 . A T 929.4 PASS AF=0.567568;AO=84;DP=149;FAO=84;FDP=148;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.0414802;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.173;QD=25.119;RBI=0.0415291;REFB=-0.0323707;REVB=0.00201357;RO=63;SAF=39;SAR=45;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917974;STB=0.552774;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0289486;OID=.;OPOS=5768667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:63:64:84:84:0.567568:45:39:22:41:45:39:22:42 chr8 6272399 . G T 2030.73 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0051035;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6628;QD=61.5372;RBI=0.00978452;REFB=-0.0411401;REVB=-0.00834813;RO=0;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00243489;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:0:1:131:131:0.992424:65:66:0:0:65:66:0:1 chr8 6296550 . G T 1914.98 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.688;QD=61.7735;RBI=0.036406;REFB=0;REVB=0.031425;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2159e-05;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:69:55:0:0:69:55:0:0 chr8 6302183 . G C 683.51 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0475502;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1463;QD=54.681;RBI=0.0522247;REFB=-0.130716;REVB=0.0215961;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.510634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0014631;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:25:23:1:0:26:23:1:0 chr8 6302418 . A G 880.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7687;QD=57.7206;RBI=0.0618019;REFB=0;REVB=-0.0437078;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90147e-06;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:39:21:0:0:39:22:0:0 chr8 6389889 . C A,G 3740.16 PASS AF=0.616279,0.372093;AO=157,95;DP=257;FAO=159,96;FDP=258;FR=.;FRO=3;FSAF=85,28;FSAR=74,68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0309128,-0.00864194;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=101.473,27.9381;QD=57.987;RBI=0.0493813,0.0195788;REFB=-0.141446,-0.0496815;REVB=0.0385086,0.0175684;RO=3;SAF=84,28;SAR=73,67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00471925,-0.0256458;STB=0.503743,0.501526;STBP=0.483,0.947;TYPE=snp,snp;VARB=0.00126444,0.00227863;OID=.,.;OPOS=6389889,6389889;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:257:258:3:3:157,95:159,96:0.616279,0.372093:73,67:84,28:2:1:74,68:85,28:1:2 chr8 6474473 . C G 982.09 PASS AF=0.507937;AO=96;DP=189;FAO=96;FDP=189;FR=.;FRO=93;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.00289042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.856;QD=20.785;RBI=0.0100985;REFB=-0.0154808;REVB=0.00967604;RO=93;SAF=51;SAR=45;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135922;STB=0.507461;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0171136;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:93:93:96:96:0.507937:45:51:48:45:45:51:48:45 chr8 6478986 . C T 656.1 PASS AF=0.421965;AO=73;DP=173;FAO=73;FDP=173;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=0.0654658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2837;QD=15.17;RBI=0.0700879;REFB=-0.00419321;REVB=0.0250309;RO=98;SAF=42;SAR=31;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254036;STB=0.509047;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00629985;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:98:100:73:73:0.421965:31:42:54:44:31:42:56:44 chr8 6479042 . C T 837.56 PASS AF=0.422727;AO=93;DP=220;FAO=93;FDP=220;FR=.;FRO=127;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=0.114308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.215;QD=15.2283;RBI=0.114545;REFB=-0.0140675;REVB=0.00736196;RO=124;SAF=32;SAR=61;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141804;STB=0.578063;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0140766;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:124:127:93:93:0.422727:61:32:59:65:61:32:60:67 chr8 6500544 . C T 540.83 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0142699;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.804;QD=16.5139;RBI=0.0143938;REFB=-0.0150188;REVB=0.00188424;RO=73;SAF=17;SAR=41;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228955;STB=0.628395;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0198925;OID=.;OPOS=6500544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:73:58:58:0.442748:41:17:37:36:41:17:37:36 chr8 6615158 . A G 729.64 PASS AF=0.440678;AO=77;DP=176;FAO=78;FDP=177;FR=.;FRO=99;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0227599;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.194;QD=16.4891;RBI=0.0250373;REFB=-0.0221698;REVB=0.0104332;RO=97;SAF=24;SAR=53;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18526;STB=0.612272;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0258467;OID=.;OPOS=6615158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:97:99:77:78:0.440678:53:24:47:50:54:24:49:50 chr8 6615165 . A G 670.45 PASS AF=0.445122;AO=73;DP=165;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0130857;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9951;QD=16.3525;RBI=0.0203261;REFB=-0.00768019;REVB=0.0155536;RO=90;SAF=21;SAR=52;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217399;STB=0.619127;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00810105;OID=.;OPOS=6615165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:90:91:73:73:0.445122:52:21:44:46:52:21:44:47 chr8 6615663 . A G 658.21 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4929;QD=59.8368;RBI=0.0243166;REFB=-0.164192;REVB=0.0217811;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00217917;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:1:0:20:23:1:0 chr8 6615754 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00173891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.981;QD=18.6418;RBI=0.017711;REFB=-0.0135948;REVB=0.0176255;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144158;STB=0.588539;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00809161;OID=.;OPOS=6615754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:13:12:8:17:13:12:8:18 chr8 6617029 . T C 421.43 PASS AF=0.357143;AO=50;DP=140;FAO=50;FDP=140;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=0.0097568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.995;QD=12.0408;RBI=0.0226535;REFB=-0.00849592;REVB=0.0204447;RO=87;SAF=15;SAR=35;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719448;STB=0.556795;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0219928;OID=.;OPOS=6617029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:87:90:50:50:0.357143:35:15:31:56:35:15:34:56 chr8 6673377 . CA C 1231.96 PASS AF=1;AO=80;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.233;QD=57.3003;RBI=0.0452326;REFB=0;REVB=0.00747418;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00109483;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:86:86:86:0:31:55:0:0:7:0:29:51:0:0 chr8 6735300 . T A 1609.54 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232481;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.098;QD=60.1696;RBI=0.024657;REFB=0;REVB=0.00821571;RO=0;SAF=61;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07918e-05;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:46:61:0:0:46:61:0:0 chr8 6793540 . C T 324.76 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0266533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.483;QD=12.6119;RBI=0.0410869;REFB=-0.00892299;REVB=0.0312687;RO=62;SAF=18;SAR=21;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110708;STB=0.562468;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0149384;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:64:39:39:0.378641:21:18:35:27:21:18:36:28 chr8 6793581 . A G 251.11 PASS AF=0.320388;AO=33;DP=104;FAO=33;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0244656;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8223;QD=9.75178;RBI=0.0435821;REFB=0.0163825;REVB=0.0360671;RO=69;SAF=6;SAR=27;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425817;STB=0.75583;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.029176;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:69:70:33:33:0.320388:27:6:35:34:27:6:36:34 chr8 6913031 . G A 1134.27 PASS AF=0.394495;AO=129;DP=326;FAO=129;FDP=327;FR=.;FRO=198;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=85;FSRR=113;FWDB=-0.00349051;FXX=0.00304869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.809;QD=13.8748;RBI=0.00349679;REFB=0.00518675;REVB=0.000209467;RO=195;SAF=61;SAR=68;SRF=85;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399478;STB=0.526535;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00711909;OID=.;OPOS=6913031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:327:195:198:129:129:0.394495:68:61:85:110:68:61:85:113 chr8 7154917 . A C 1976.27 PASS AF=0.94964;AO=133;DP=139;FAO=132;FDP=139;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00951009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3302;QD=56.8709;RBI=0.0124512;REFB=-0.0810067;REVB=-0.00803682;RO=5;SAF=44;SAR=89;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010203;STB=0.502299;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00408944;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:139:139:5:7:133:132:0.94964:89:44:1:4:89:43:2:5 chr8 7308386 . T C 839.08 PASS AF=0.543046;AO=81;DP=150;FAO=82;FDP=151;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0309556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.588;QD=22.2274;RBI=0.0334872;REFB=-0.0223261;REVB=0.0127729;RO=68;SAF=31;SAR=50;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100777;STB=0.548161;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0198493;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:68:69:81:82:0.543046:50:31:34:34:50:32:34:35 chr8 7308729 . G C 1557.97 PASS AF=0.419512;AO=172;DP=416;FAO=172;FDP=410;FR=.;FRO=238;FSAF=96;FSAR=76;FSRF=104;FSRR=134;FWDB=0.0240611;FXX=0.0144227;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.679;QD=15.1997;RBI=0.0246476;REFB=-0.00482903;REVB=0.00534491;RO=235;SAF=96;SAR=76;SRF=102;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128479;STB=0.570128;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00734637;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:410:235:238:172:172:0.419512:76:96:102:133:76:96:104:134 chr8 8098577 . G A 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.76;QD=59.8291;RBI=0.0153493;REFB=0;REVB=-0.0117001;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80322e-05;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:46:57:0:0:46:57:0:0 chr8 8099618 . T C 43.82 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0835332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4458;QD=3.02202;RBI=0.0837576;REFB=0.00427006;REVB=0.00612606;RO=50;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486033;STB=0.830075;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0169228;OID=.;OPOS=8099618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:2:6:16:34:2:6:16:34 chr8 8176221 . C T 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00207775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.708;QD=19.1726;RBI=0.0290872;REFB=-0.0247265;REVB=-0.0290129;RO=31;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00829944;STB=0.510632;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0187074;OID=.;OPOS=8176221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:21:12:11:20:21:12:11:21 chr8 8176378 . G A 33.96 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00333003;FXX=0.0999001;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.841;QD=15.0936;RBI=0.00333003;REFB=-0.0380092;REVB=0;RO=4;SAF=5;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0247105;OID=.;OPOS=8176378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:10:9:4:4:5:5:0.555556:0:5:4:0:0:5:4:0 chr8 8176384 . A G 78.55 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00851813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.981;QD=17.4559;RBI=0.00851813;REFB=-0.0266004;REVB=0;RO=8;SAF=7;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166988;OID=.;OPOS=8176384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:18:8:8:7:7:0.388889:0:7:8:0:0:7:8:0 chr8 8176387 . C G 113.91 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0132753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.106;QD=18.2256;RBI=0.0132753;REFB=-0.0222174;REVB=0;RO=12;SAF=13;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0177342;OID=.;OPOS=8176387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:0:13:12:0:0:13:12:0 chr8 8176554 . C T 3153.46 PASS AF=0.52972;AO=303;DP=572;FAO=303;FDP=572;FR=.;FRO=269;FSAF=141;FSAR=162;FSRF=133;FSRR=136;FWDB=0.00228648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.308;QD=22.0522;RBI=0.00249629;REFB=-0.0181631;REVB=-0.00100174;RO=269;SAF=141;SAR=162;SRF=133;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251956;STB=0.513713;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0160632;OID=.;OPOS=8176554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:572:572:269:269:303:303:0.52972:162:141:133:136:162:141:133:136 chr8 8234077 . G C 1116.56 PASS AF=0.987013;AO=72;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0284601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.738;QD=58.0031;RBI=0.0724432;REFB=-0.00591566;REVB=0.0666186;RO=3;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304889;STB=0.505153;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00104636;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:77:3:1:72:76:0.987013:45:27:0:3:48:28:0:1 chr8 8234192 . G C 1061.6 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2469;QD=59.8085;RBI=0.00904892;REFB=0;REVB=-0.00882967;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.48178e-05;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:49:22:0:0:49:22:0:0 chr8 8234218 . CG TA 1562.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321549;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.02;QD=59.5239;RBI=0.0330255;REFB=0;REVB=-0.00753289;RO=0;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.0157e-05;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:58:46:0:0:59:46:0:0 chr8 8234714 . C T 1191.17 PASS AF=0.901099;AO=82;DP=96;FAO=82;FDP=91;FR=.;FRO=9;FSAF=68;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00206476;FXX=0.0520779;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.548;QD=52.359;RBI=0.00723357;REFB=-0.0204775;REVB=0.00693262;RO=6;SAF=68;SAR=14;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104196;STB=0.544957;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000125972;OID=.;OPOS=8234714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:96:91:6:9:82:82:0.901099:14:68:2:4:14:68:5:4 chr8 8234867 . GC CT,GCGCCGCT 405.2 PASS AF=0.0454545,0.704545;AO=2,28;DP=43;FAO=2,31;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=2,18;FSAR=0,13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0395055,-0.00343139;FXX=0.0638162;HRUN=2,1;LEN=2,6;MLLD=99.0874,188.592;QD=36.836;RBI=0.0397755,0.00809164;REFB=-0.0212855,-0.0472744;REVB=-0.0046261,-0.00732805;RO=4;SAF=2,15;SAR=0,13;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.109123;STB=0.993132,0.515046;STBP=0.33,0.771;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0311489,0.0111219;OID=.,.;OPOS=8234867,8234869;OREF=GC,-;OALT=CT,GCCGCT;OMAPALT=CT,GCGCCGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:81:43:44:4:11:2,28:2,31:0.0454545,0.704545:0,13:2,15:4:0:0,13:2,18:7:4 chr8 8234868 . C CGCCGCT 50.0 PASS AO=29;DP=51;LEN=6;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=6;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=8234869;OREF=-;OALT=GCCGCT;OMAPALT=CGCCGCT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:51:22:29:13:16:16:6 chr8 8439879 . A G 868.93 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081779;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5104;QD=57.9289;RBI=0.0867835;REFB=0;REVB=-0.0863973;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000928366;OID=.;OPOS=8439879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr8 8643582 . C G 1289.07 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0894889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5477;QD=59.9565;RBI=0.0919834;REFB=0.145278;REVB=0.0212761;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.506665;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00328175;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:83:85:0.988372:46:37:0:0:48:37:1:0 chr8 8747894 . A G 2273.07 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0183;QD=60.2137;RBI=0.0295198;REFB=0.0182485;REVB=-0.00468198;RO=0;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000994419;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:0:1:150:150:0.993377:78:72:0:0:78:72:0:1 chr8 8860620 . T C 1015.1 PASS AF=0.394464;AO=113;DP=289;FAO=114;FDP=289;FR=.;FRO=175;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=67;FSRR=108;FWDB=0.0170901;FXX=0.00687262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.429;QD=14.0498;RBI=0.0214814;REFB=-0.0345221;REVB=-0.0130145;RO=175;SAF=65;SAR=48;SRF=68;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200047;STB=0.617246;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0533317;OID=.;OPOS=8860620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:175:175:113:114:0.394464:48:65:68:107:48:66:67:108 chr8 8887542 . TAAC T 341.43 PASS AF=0.390728;AO=61;DP=150;FAO=59;FDP=151;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.00481105;FXX=0.0320492;HRUN=2;LEN=3;MLLD=272.764;QD=9.04447;RBI=0.0048216;REFB=-0.00714847;REVB=-0.000318706;RO=84;SAF=25;SAR=36;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019919;STB=0.502909;STBP=0.966;TYPE=del;VARB=0.0112719;OID=.;OPOS=8887543;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390728:61:150:59:151:92:24:35:37:55:99:84:25:36:36:48 chr8 9145082 . T C 662.09 PASS AF=0.45;AO=72;DP=160;FAO=72;FDP=160;FR=.;FRO=88;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=30;FSRR=58;FWDB=-0.00824419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.808;QD=16.5522;RBI=0.0199542;REFB=-0.00646328;REVB=0.0181715;RO=87;SAF=18;SAR=54;SRF=29;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102622;STB=0.562482;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0074967;OID=.;OPOS=9145082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:87:88:72:72:0.45:54:18:29:58:54:18:30:58 chr8 9414049 . G A 1572.86 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.314;QD=59.9185;RBI=0.0378544;REFB=0;REVB=0.0353152;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17512e-05;OID=.;OPOS=9414049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:51:54:0:0:51:54:0:0 chr8 9414159 . G C 1374.95 PASS AF=0.947917;AO=90;DP=96;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=70;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0252337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.792;QD=57.2896;RBI=0.0289183;REFB=-0.0433996;REVB=0.0141255;RO=3;SAF=70;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975987;STB=0.502262;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00114181;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:96:96:3:5:90:91:0.947917:20:70:2:1:21:70:4:1 chr8 9414237 . C T 1008.34 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.518;QD=59.3141;RBI=0.0439629;REFB=0;REVB=-0.0109279;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116353;OID=.;OPOS=9414237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr8 9414503 . T C 1242.1 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0875059;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8312;QD=61.3385;RBI=0.0877129;REFB=0;REVB=0.00602279;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927464;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:41:37:0:0:42:39:0:0 chr8 9415168 . G A 1753.19 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235806;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.936;QD=60.9804;RBI=0.0295013;REFB=0;REVB=0.017728;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91406e-05;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:113:115:1:52:61:0:0:52:63:0:0 chr8 9415390 . G A 1786.5 PASS AF=0.967742;AO=120;DP=124;FAO=120;FDP=124;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00254673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.618;QD=57.6291;RBI=0.0391054;REFB=-0.102881;REVB=0.0390223;RO=3;SAF=42;SAR=78;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179173;STB=0.512498;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00121284;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:124:124:3:4:120:120:0.967742:78:42:0:3:78:42:0:4 chr8 9416258 . G C 1138.73 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0398159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.625;QD=59.1546;RBI=0.0406775;REFB=-0.122058;REVB=0.00832787;RO=1;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099631;STB=0.505262;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000854815;OID=.;OPOS=9416258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:47:29:0:1:47:29:0:1 chr8 9577940 . T C 2320.46 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.975;QD=61.0647;RBI=0.0157487;REFB=0;REVB=0.000450976;RO=0;SAF=75;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34818e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:77:75:0:0:77:75:0:0 chr8 9609331 . G A 165.73 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00391498;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.252;QD=13.8109;RBI=0.0259773;REFB=-0.0130797;REVB=-0.0256806;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130602;STB=0.575953;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0216075;OID=.;OPOS=9609331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:8:10:13:17:8:10:13:17 chr8 9734267 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.46;QD=56.9569;RBI=0.00829748;REFB=0;REVB=-0.00536731;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57531e-07;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr8 9734284 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.706;QD=60.9786;RBI=0.0159541;REFB=0;REVB=0.0152469;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81971e-05;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr8 10285825 . T G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.548;QD=53.9098;RBI=0.0103963;REFB=0;REVB=0.00683512;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07627e-05;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr8 10333799 . G A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00626423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.322;QD=13.7843;RBI=0.0103758;REFB=-0.0126846;REVB=-0.00827148;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379565;STB=0.52172;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0143263;OID=.;OPOS=10333799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:11:12:16:17:11:12:16:17 chr8 10383138 . G A 2388.83 PASS AF=0.9875;AO=158;DP=160;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.029505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.763;QD=59.7206;RBI=0.0353104;REFB=-0.00477769;REVB=0.0193979;RO=1;SAF=83;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630165;STB=0.500317;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-1.25667e-05;OID=.;OPOS=10383138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:160:160:1:2:158:158:0.9875:75:83:0:1:75:83:1:1 chr8 10396054 . A C 2405.75 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00190376;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.751;QD=60.5219;RBI=0.0152054;REFB=0.0751322;REVB=-0.0150857;RO=1;SAF=74;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638598;STB=0.503355;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000426901;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:159:1:1:157:158:0.993711:83:74:1:0:84:74:1:0 chr8 10464755 . C G,T 751.37 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=48;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,31;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131828,0.0201048;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=72.2842,164.239;QD=62.6142;RBI=0.024063,0.0204453;REFB=0,0;REVB=-0.0201306,0.00371573;RO=0;SAF=2,31;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.111523,0.000777835;OID=.,.;OPOS=10464755,10464755;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:0,15:2,31:0:0:0,15:2,31:0:0 chr8 10464885 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.104;QD=62.4653;RBI=0.0587851;REFB=0;REVB=0.0535444;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100603;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:35:52:0:0:35:52:0:0 chr8 10465748 . T C 256.4 PASS AF=0.913043;AO=18;DP=20;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0261683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.159;QD=44.5914;RBI=0.033102;REFB=-0.118453;REVB=0.0202723;RO=2;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130434;STB=0.562439;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00681477;OID=.;OPOS=10465748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:23:2:2:18:21:0.913043:12:6:2:0:14:7:2:0 chr8 10465771 . G T 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446207;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.13;QD=53.334;RBI=0.0684654;REFB=0;REVB=0.0519279;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715894;OID=.;OPOS=10465771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr8 10465942 . T A 388.06 PASS AF=0.761905;AO=27;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0705082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.544;QD=36.9583;RBI=0.0711417;REFB=-0.172605;REVB=0.00947322;RO=8;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102517;STB=0.553474;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0128044;OID=.;OPOS=10465942;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:42:42:8:9:27:32:0.761905:18:9:1:7:22:10:1:8 chr8 10467124 . G C 4951.2 PASS AF=0.967456;AO=324;DP=338;FAO=327;FDP=338;FR=.;FRO=11;FSAF=164;FSAR=163;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0233334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.454;QD=58.5941;RBI=0.0248907;REFB=-0.0905713;REVB=0.00866604;RO=11;SAF=162;SAR=162;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312876;STB=0.513264;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000468846;OID=.;OPOS=10467124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:338:338:11:11:324:327:0.967456:162:162:11:0:163:164:10:1 chr8 10467207 . C A 5108.07 PASS AF=1;AO=313;DP=317;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305406;FXX=0.00920217;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.016;QD=63.2578;RBI=0.0820028;REFB=0;REVB=0.0761034;RO=1;SAF=150;SAR=163;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17429e-05;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:317:323:1:0:313:323:1:163:150:0:1:172:151:0:0 chr8 10467576 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.953;QD=35.5757;RBI=0.0826032;REFB=0;REVB=0.0463051;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231336;OID=.;OPOS=10467576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr8 10467652 . G C 448.63 PASS AF=1;AO=23;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.274;QD=57.8877;RBI=0.0934107;REFB=0;REVB=0.0433778;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010449;OID=.;OPOS=10467652;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:23:31:1:19:4:0:0:22:9:0:0 chr8 10468172 . G A 370.99 PASS AF=0.4;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00751823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.865;QD=14.8398;RBI=0.012279;REFB=0.00056319;REVB=0.00970831;RO=59;SAF=22;SAR=18;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462189;STB=0.530473;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.000921371;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:59:60:40:40:0.4:18:22:35:24:18:22:36:24 chr8 10469817 . G A 2603.6 PASS AF=0.508911;AO=252;DP=503;FAO=257;FDP=505;FR=.;FRO=248;FSAF=136;FSAR=121;FSRF=109;FSRR=139;FWDB=-0.000258315;FXX=0.0117415;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.749;QD=20.6226;RBI=0.0200627;REFB=-0.0236201;REVB=0.020061;RO=242;SAF=136;SAR=116;SRF=107;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873779;STB=0.543955;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.024769;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:503:505:242:248:252:257:0.508911:116:136:107:135:121:136:109:139 chr8 10474042 . T G 743.22 PASS AF=0.454023;AO=75;DP=171;FAO=79;FDP=174;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.00126665;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.094;QD=17.0855;RBI=0.00853422;REFB=-0.0311839;REVB=-0.00843969;RO=94;SAF=36;SAR=39;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518415;STB=0.523554;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0400891;OID=.;OPOS=10474042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:174:94:95:75:79:0.454023:39:36:50:44:40:39:51:44 chr8 10530218 . C T 1564.9 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.37;QD=63.2282;RBI=0.0506204;REFB=0;REVB=0.00132274;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101869;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:94:99:1:53:41:0:0:55:44:0:0 chr8 10754511 . C T 3097.03 PASS AF=1;AO=199;DP=201;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0610147;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7216;QD=61.3273;RBI=0.0657832;REFB=-0.0414877;REVB=0.0245894;RO=1;SAF=81;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00401942;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84844e-05;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:201:202:1:0:199:202:1:118:81:0:1:120:82:0:0 chr8 11162496 . A C 850.35 PASS AF=0.472826;AO=87;DP=182;FAO=87;FDP=184;FR=.;FRO=97;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=37;FWDB=-0.0439384;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.848;QD=18.486;RBI=0.0516607;REFB=0.011111;REVB=0.0271706;RO=94;SAF=47;SAR=40;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063058;STB=0.541831;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0175929;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:94:97:87:87:0.472826:40:47:57:37:40:47:60:37 chr8 11184937 . G A 969.45 PASS AF=0.497382;AO=93;DP=190;FAO=95;FDP=191;FR=.;FRO=96;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=0.0054536;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2623;QD=20.3026;RBI=0.0122056;REFB=-0.011429;REVB=0.0109194;RO=95;SAF=41;SAR=52;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865355;STB=0.502304;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0152052;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:95:96:93:95:0.497382:52:41:41:54:54:41:41:55 chr8 11188743 . C T 609.75 PASS AF=0.365979;AO=69;DP=190;FAO=71;FDP=194;FR=.;FRO=123;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=64;FWDB=-0.000934584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.77;QD=12.5721;RBI=0.0138975;REFB=-0.00513225;REVB=0.0138661;RO=121;SAF=34;SAR=35;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243031;STB=0.517342;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00993901;OID=.;OPOS=11188743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:194:121:123:69:71:0.365979:35:34:57:64:35:36:59:64 chr8 11188752 . G A 551.31 PASS AF=0.356757;AO=65;DP=187;FAO=66;FDP=185;FR=.;FRO=119;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=0.0248776;FXX=0.0106946;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.046;QD=11.9201;RBI=0.025881;REFB=-0.0209134;REVB=0.00713661;RO=117;SAF=35;SAR=30;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674846;STB=0.532985;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0496557;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:117:119:65:66:0.356757:30:35:56:61:31:35:57:62 chr8 11189184 . C T 38.61 PASS AF=0.0704225;AO=15;DP=213;FAO=15;FDP=213;FR=.;FRO=198;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=108;FSRR=90;FWDB=-0.000266099;FXX=0.00467268;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.853;QD=0.725158;RBI=0.0185817;REFB=0.000433838;REVB=-0.0185798;RO=197;SAF=11;SAR=4;SRF=107;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216145;STB=0.684512;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00596453;OID=.;OPOS=11189184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:213:213:197:198:15:15:0.0704225:4:11:107:90:4:11:108:90 chr8 11189215 . C A 38.03 PASS AF=0.0751445;AO=13;DP=167;FAO=13;FDP=173;FR=.;FRO=160;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=88;FSRR=72;FWDB=-0.0123362;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.848;QD=0.87924;RBI=0.0217759;REFB=-0.0067394;REVB=-0.0179446;RO=153;SAF=9;SAR=4;SRF=82;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180115;STB=0.637841;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0422499;OID=.;OPOS=11189215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:167:173:153:160:13:13:0.0751445:4:9:82:71:4:9:88:72 chr8 11189316 . G C 715.46 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475912;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9319;QD=57.2369;RBI=0.0504951;REFB=0;REVB=0.0168771;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252178;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr8 11189488 . T C 786.49 PASS AF=0.365385;AO=95;DP=260;FAO=95;FDP=260;FR=.;FRO=165;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=99;FSRR=66;FWDB=0.0593744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.019;QD=12.0998;RBI=0.059408;REFB=-0.00359757;REVB=-0.00199846;RO=165;SAF=41;SAR=54;SRF=99;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187057;STB=0.605747;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00551874;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:165:165:95:95:0.365385:54:41:99:66:54:41:99:66 chr8 11189535 . T C 366.65 PASS AF=0.292398;AO=49;DP=171;FAO=50;FDP=171;FR=.;FRO=121;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=81;FSRR=40;FWDB=-0.00737309;FXX=0.0172404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6707;QD=8.57657;RBI=0.0942346;REFB=0.0263492;REVB=0.0939457;RO=122;SAF=26;SAR=23;SRF=82;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176044;STB=0.606765;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0621025;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:122:121:49:50:0.292398:23:26:82:40:24:26:81:40 chr8 11189591 . C T 72.66 PASS AF=0.120567;AO=17;DP=141;FAO=17;FDP=141;FR=.;FRO=124;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=81;FSRR=43;FWDB=-0.0185881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.135;QD=2.06119;RBI=0.0188566;REFB=0.000791223;REVB=-0.00317063;RO=122;SAF=5;SAR=12;SRF=80;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425858;STB=0.789297;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00510534;OID=.;OPOS=11189591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:141:141:122:124:17:17:0.120567:12:5:80:42:12:5:81:43 chr8 11204165 . C T 263.25 PASS AF=0.323232;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0550563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.182;QD=10.6362;RBI=0.0561704;REFB=0.00286485;REVB=0.0111316;RO=67;SAF=16;SAR=16;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043331;STB=0.525237;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00816697;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:67:67:32:32:0.323232:16:16:36:31:16:16:36:31 chr8 11204184 . G A 266.67 PASS AF=0.340426;AO=31;DP=93;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0222505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.093;QD=11.3476;RBI=0.0223153;REFB=-0.00567908;REVB=-0.00169924;RO=62;SAF=17;SAR=14;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186305;STB=0.500667;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0124393;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:62:62:31:32:0.340426:14:17:33:29:15:17:33:29 chr8 11236964 . C T 397.46 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00993077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.373;QD=20.6473;RBI=0.0128561;REFB=-0.0321075;REVB=0.00816447;RO=36;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430237;STB=0.517638;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0284942;OID=.;OPOS=11236964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:18:22:18:18:18:22:19:18 chr8 11236975 . A G 492.41 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00668931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.461;QD=20.0982;RBI=0.00672995;REFB=0.0156887;REVB=-0.000738473;RO=48;SAF=28;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762309;STB=0.553242;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0121649;OID=.;OPOS=11236975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:50:48:48:0.489796:20:28:24:24:20:28:24:26 chr8 11301753 . A C 12500.7 PASS AF=1;AO=783;DP=785;FAO=784;FDP=784;FR=.;FRO=0;FSAF=414;FSAR=370;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125606;FXX=0.0025445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1956;QD=63.779;RBI=0.0490047;REFB=-0.0228472;REVB=-0.0473677;RO=0;SAF=413;SAR=370;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59432e-05;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:62:785:784:0:0:783:784:1:370:413:0:0:370:414:0:0 chr8 11414237 . T C 2158.01 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5318;QD=63.0077;RBI=0.0606477;REFB=0;REVB=-0.0240911;RO=0;SAF=78;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336756;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:59:78:0:0:59:78:0:0 chr8 11418385 . G A 1843.42 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000226196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.164;QD=60.4399;RBI=0.02858;REFB=-0.0295146;REVB=0.0285791;RO=1;SAF=60;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785179;STB=0.504132;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000200312;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:61:60:1:0:61:60:1:0 chr8 11418773 . C T 2471.94 PASS AF=0.993865;AO=161;DP=162;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225464;FXX=0.00609719;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.7179;QD=60.661;RBI=0.0420652;REFB=0.0975052;REVB=-0.0355126;RO=1;SAF=62;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761251;STB=0.503937;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-4.43137e-05;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:163:1:1:161:162:0.993865:99:62:1:0:99:63:1:0 chr8 11421793 . C T 1609.17 PASS AF=0.964912;AO=107;DP=114;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00553984;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.644;QD=56.4621;RBI=0.0593605;REFB=-0.213645;REVB=0.0591014;RO=4;SAF=55;SAR=52;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018045;STB=0.50877;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.000601513;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:114:114:4:4:107:110:0.964912:52:55:1:3:55:55:1:3 chr8 11619163 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.524;QD=60.0309;RBI=0.0236371;REFB=0;REVB=-0.016446;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29078e-07;OID=.;OPOS=11619163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:45:27:0:0:45:27:0:0 chr8 11619261 . T A 2192.86 PASS AF=0.993289;AO=143;DP=146;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0417025;FXX=0.0261421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7155;QD=58.8687;RBI=0.155816;REFB=-0.104852;REVB=0.150132;RO=1;SAF=60;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569518;STB=0.503999;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00238407;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:146:149:1:1:143:148:0.993289:83:60:0:1:86:62:1:0 chr8 11619334 . C T 3443.82 PASS AF=0.991071;AO=221;DP=223;FAO=222;FDP=224;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=122;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0191593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4265;QD=61.4967;RBI=0.0198205;REFB=-0.188934;REVB=0.00507683;RO=1;SAF=100;SAR=121;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474093;STB=0.500447;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00102826;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:223:224:1:2:221:222:0.991071:121:100:1:0:122:100:1:1 chr8 11619504 . T A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.422;QD=57.8846;RBI=0.0212065;REFB=0;REVB=0.00320979;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32304e-05;OID=.;OPOS=11619504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr8 11619634 . C CA 318.73 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0971816;FXX=0.0322477;HRUN=0;LEN=1;MLLD=130.033;QD=42.4976;RBI=0.131659;REFB=0;REVB=-0.0888253;RO=27;SAF=1;SAR=2;SRF=25;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.677411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000864607;OID=.;OPOS=11619635;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:30:30:0:26:4:0:0:6:27:1:2:25:2 chr8 11619635 . T A 446.41 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00039359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.742;QD=57.6015;RBI=0.0459487;REFB=0;REVB=0.045947;RO=0;SAF=26;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140939;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:4:26:0:0:4:27:0:0 chr8 11620053 . GAA GA,GAAC 72.9 PASS AF=0.0952381,0.52381;AO=3,8;DP=23;FAO=2,11;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=0,6;FSAR=2,5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0235974,-0.0515223;FXX=0.124948;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=11.4394,60.8656;QD=13.8865;RBI=0.109706,0.0518339;REFB=-0.199782,-0.103749;REVB=0.107139,0.00567471;RO=8;SAF=1,5;SAR=2,3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.296653,0;STB=0.99502,0.533919;STBP=0.184,0.785;TYPE=del,ins;VARB=0.163694,0.139978;OID=.,.;OPOS=11620054,11620056;OREF=A,-;OALT=-,C;OMAPALT=GA,GAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0952381,0.52381:3,8:23:2,11:21:8:0,6:2,5:5:3:57:8:1,5:2,3:5:3 chr8 11620077 . G C 49.66 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0925878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0376;QD=5.51751;RBI=0.235489;REFB=-0.0488349;REVB=-0.216523;RO=28;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232212;STB=0.650315;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.18966;OID=.;OPOS=11620077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:36:36:28:28:8:8:0.222222:3:5:12:16:3:5:12:16 chr8 11620315 . T C 668.38 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.00524001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.621;QD=21.2183;RBI=0.00540176;REFB=-0.00590904;REVB=-0.00131199;RO=60;SAF=29;SAR=37;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138691;STB=0.576163;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00553691;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:60:66:66:0.52381:37:29:36:24:37:29:36:24 chr8 11621351 . C G 1184.58 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120358;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7973;QD=60.7479;RBI=0.027567;REFB=0;REVB=-0.0248007;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35957e-05;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:74:78:1:30:44:0:0:32:46:0:0 chr8 11666218 . GTCCCAC G 1061.93 PASS AF=0.794643;AO=73;DP=97;FAO=89;FDP=112;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=84;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0960122;FXX=0.0588186;HRUN=1;LEN=6;MLLD=197.29;QD=37.9259;RBI=0.10182;REFB=-0.0743849;REVB=0.0338978;RO=0;SAF=0;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.646565;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0257156;OID=.;OPOS=11666219;OREF=TCCCAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.794643:73:97:89:112:23:5:84:6:17:99:0:0:73:0:0 chr8 11667179 . C T 1347.76 PASS AF=0.570136;AO=126;DP=221;FAO=126;FDP=221;FR=.;FRO=95;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.0134522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.036;QD=24.3939;RBI=0.0212114;REFB=0.00510611;REVB=0.0164;RO=95;SAF=64;SAR=62;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187774;STB=0.510197;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00409173;OID=.;OPOS=11667179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:95:95:126:126:0.570136:62:64:46:49:62:64:46:49 chr8 11683653 . T C 1917.67 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0304564;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=344.245;QD=60.8783;RBI=0.0312246;REFB=-0.0322205;REVB=-0.00688345;RO=1;SAF=32;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508232;STB=0.502673;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000184211;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:93:32:0:1:93:32:0:1 chr8 11689119 . G C 568.98 PASS AF=0.42069;AO=60;DP=144;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.020643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0559;QD=15.696;RBI=0.0210837;REFB=0.00474968;REVB=-0.0042884;RO=84;SAF=20;SAR=40;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676723;STB=0.541476;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0048996;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:84:84:60:61:0.42069:40:20:33:51:41:20:33:51 chr8 11701842 . A C 1284.62 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00677671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.145;QD=59.0629;RBI=0.020922;REFB=-0.0165988;REVB=-0.0197941;RO=2;SAF=38;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233037;STB=0.50123;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000192586;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:47:38:1:1:47:38:1:1 chr8 11701887 . CTG C,CTA 511.84 PASS AF=0.470588,0;AO=50,5;DP=124;FAO=56,0;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=28,0;FSAR=28,0;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.000968207,-0.0163404;FXX=0.0555511;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=221.26,39.8701;QD=17.2046;RBI=0.0141892,0.0244942;REFB=0.00916791,-0.00633755;REVB=0.0141561,0.0182471;RO=61;SAF=26,1;SAR=24,4;SRF=31;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0116245,-0.32704;STB=0.5042,0.5;STBP=0.959,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00926819,0;OID=.,.;OPOS=11701888,11701889;OREF=TG,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588,0:50,5:124:56,0:119:63:28,0:28,0:31:32:99:61:26,1:24,4:31:30 chr8 11702542 . T C 625.77 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0261775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.543;QD=18.6797;RBI=0.0262397;REFB=-0.0165245;REVB=0.00180593;RO=70;SAF=24;SAR=40;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080662;STB=0.544733;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0185737;OID=.;OPOS=11702542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:70:70:64:64:0.477612:40:24:32:38:40:24:32:38 chr8 11702705 . C T 653.58 PASS AF=0.460526;AO=71;DP=151;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0617683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3156;QD=17.1995;RBI=0.0953065;REFB=0.0168432;REVB=-0.072581;RO=80;SAF=35;SAR=36;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00522007;STB=0.506577;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.0212514;OID=.;OPOS=11702705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:80:82:71:70:0.460526:36:35:39:41:35:35:40:42 chr8 11705677 . C G 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00575728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.594;QD=17.239;RBI=0.00923868;REFB=0.0078189;REVB=-0.00722544;RO=46;SAF=26;SAR=13;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10565;STB=0.566631;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.008389;OID=.;OPOS=11705677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:13:26:26:20:13:26:26:21 chr8 11706581 . T G 936.09 PASS AF=0.5625;AO=90;DP=160;FAO=90;FDP=160;FR=.;FRO=70;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.00777053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.045;QD=23.4023;RBI=0.0123404;REFB=-0.0162038;REVB=0.00958661;RO=70;SAF=52;SAR=38;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131493;STB=0.571651;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00894277;OID=.;OPOS=11706581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:70:70:90:90:0.5625:38:52:29:41:38:52:29:41 chr8 11708479 . T C 390.09 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0973595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2693;QD=19.0288;RBI=0.0978175;REFB=-0.0105141;REVB=0.0094539;RO=39;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342173;STB=0.524378;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00642006;OID=.;OPOS=11708479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:42:40:40:0.487805:20:20:18:21:20:20:19:23 chr8 11710888 . G C 406.7 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0228171;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.587;QD=15.949;RBI=0.027858;REFB=-0.0144331;REVB=0.0159827;RO=55;SAF=15;SAR=30;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180677;STB=0.593061;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.024214;OID=.;OPOS=11710888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:55:57:45:45:0.441176:30:15:28:27:30:15:28:29 chr8 11793447 . T C 3907.75 PASS AF=1;AO=253;DP=255;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312127;FXX=0.00784283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7818;QD=61.7826;RBI=0.0340075;REFB=0.00441522;REVB=0.0135009;RO=1;SAF=101;SAR=152;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11849e-05;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:255:253:1:0:253:253:1:152:101:1:0:152:101:0:0 chr8 11832079 . A G 961.43 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01202;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.169;QD=56.5546;RBI=0.0145474;REFB=-0.0681556;REVB=0.0081942;RO=2;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277737;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79872e-05;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:68:2:0:66:68:1:33:33:0:2:35:33:0:0 chr8 11872239 . C A 3090.1 PASS AF=0.98995;AO=196;DP=199;FAO=197;FDP=199;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=126;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.046144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5047;QD=62.1125;RBI=0.0602355;REFB=-0.127944;REVB=0.0387174;RO=3;SAF=71;SAR=125;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000898313;STB=0.50152;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00129557;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:199:199:3:2:196:197:0.98995:125:71:1:2:126:71:1:1 chr8 11872314 . T C 1258.53 PASS AF=0.988095;AO=76;DP=77;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.754;QD=59.9299;RBI=0.0476875;REFB=-0.104862;REVB=0.0137379;RO=1;SAF=4;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652879;STB=0.503311;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000157284;OID=.;OPOS=11872314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:84:1:1:76:83:0.988095:72:4:0:1:75:8:0:1 chr8 11994863 . C T 61.79 PASS AF=0.25;AO=8;DP=35;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0292425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.958;QD=6.86533;RBI=0.0457404;REFB=0.00590223;REVB=-0.0351718;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129007;STB=0.615122;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0132414;OID=.;OPOS=11994863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:36:27:27:8:9:0.25:3:5:14:13:3:6:14:13 chr8 11994957 . T C 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00524878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=371.256;QD=20.7548;RBI=0.00527363;REFB=0.0148232;REVB=0.000511296;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264335;STB=0.649798;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00901056;OID=.;OPOS=11994957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:10:5:8:4:10:5:8:4 chr8 11995062 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0132314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.993;QD=6.81337;RBI=0.0446806;REFB=-0.00435567;REVB=-0.0426765;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335034;STB=0.713674;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0175929;OID=.;OPOS=11995062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:8:11:2:5:8:11 chr8 11995274 . G A 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000206417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.161;QD=62.3398;RBI=0.00757042;REFB=0;REVB=0.00756761;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37671e-05;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr8 12285102 . TC CT 676.98 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00144744;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=326.374;QD=60.1759;RBI=0.0228159;REFB=-0.114482;REVB=0.0227699;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=mnp;VARB=0.000448795;OID=.;OPOS=12285102;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:23:21:0:1:23:21:0:1 chr8 12285161 . T C 854.09 PASS AF=0.983607;AO=45;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00103011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.997;QD=56.0059;RBI=0.0147848;REFB=0.0334044;REVB=0.0147489;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00156637;OID=.;OPOS=12285161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:45:60:0.983607:23:22:0:0:32:28:0:1 chr8 12458862 . G C 333.29 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=44;FWDB=0.0476638;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8534;QD=13.8872;RBI=0.0527338;REFB=-0.0141248;REVB=-0.0225614;RO=59;SAF=10;SAR=27;SRF=15;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222031;STB=0.512629;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0232173;OID=.;OPOS=12458862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:59:59:37:37:0.385417:27:10:15:44:27:10:15:44 chr8 12516729 . T G 3844.8 PASS AF=1;AO=241;DP=243;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282729;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.118;QD=63.5504;RBI=0.0403265;REFB=-0.022572;REVB=0.0287553;RO=0;SAF=92;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09378e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108277;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:243:242:0:0:241:242:1:149:92:0:0:150:92:0:0 chr8 12516857 . T C 5518.32 PASS AF=1;AO=351;DP=352;FAO=352;FDP=352;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0958866;FXX=0.00283278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.535;QD=62.7082;RBI=0.0998205;REFB=0;REVB=0.0277472;RO=0;SAF=185;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50132e-05;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:352:352:0:0:351:352:1:166:185:0:0:167:185:0:0 chr8 12580049 . G A 413.81 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000524673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.299;QD=55.175;RBI=0.0165995;REFB=0;REVB=-0.0165912;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00462197;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:10:18:0:0:10:20:0:0 chr8 12809667 . A T 4472.67 PASS AF=0.483351;AO=449;DP=931;FAO=450;FDP=931;FR=.;FRO=481;FSAF=233;FSAR=217;FSRF=260;FSRR=221;FWDB=0.0100988;FXX=0.00107295;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.582;QD=19.2166;RBI=0.0113109;REFB=-0.00123537;REVB=-0.00509427;RO=481;SAF=233;SAR=216;SRF=260;SRR=221;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204445;STB=0.511785;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00115648;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:931:931:481:481:449:450:0.483351:216:233:260:221:217:233:260:221 chr8 12809700 . G A 4536.37 PASS AF=0.467066;AO=465;DP=1002;FAO=468;FDP=1002;FR=.;FRO=534;FSAF=257;FSAR=211;FSRF=290;FSRR=244;FWDB=-0.0140921;FXX=0.00298504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.37;QD=18.1093;RBI=0.0208276;REFB=-0.010526;REVB=0.0153363;RO=531;SAF=255;SAR=210;SRF=289;SRR=242;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0040434;STB=0.503266;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0101203;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1002:1002:531:534:465:468:0.467066:210:255:289:242:211:257:290:244 chr8 12878637 . A G 1624.38 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.801;QD=60.1621;RBI=0.0290444;REFB=0;REVB=0.0290242;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76546e-05;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:57:51:0:0:57:51:0:0 chr8 12878677 . T C 652.7 PASS AF=0.458599;AO=69;DP=155;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.00723574;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.677;QD=16.6293;RBI=0.033041;REFB=-0.0113456;REVB=0.032239;RO=85;SAF=27;SAR=42;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057165;STB=0.523287;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0124085;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:85:85:69:72:0.458599:42:27:38:47:42:30:39:46 chr8 12878807 . T G 764.39 PASS AF=0.42487;AO=82;DP=193;FAO=82;FDP=193;FR=.;FRO=111;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=66;FWDB=0.00546489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.073;QD=15.8422;RBI=0.00567841;REFB=-0.00105186;REVB=-0.00154251;RO=110;SAF=34;SAR=48;SRF=44;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155217;STB=0.505476;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00109672;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:110:111:82:82:0.42487:48:34:44:66:48:34:45:66 chr8 12879062 . T C 477.78 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00889662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.527;QD=22.2223;RBI=0.0177107;REFB=-0.0131459;REVB=-0.015314;RO=40;SAF=23;SAR=23;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210933;STB=0.511623;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0128889;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:23:23:19:21:23:23:19:21 chr8 12879099 . G A 518.71 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00165791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.328;QD=19.3911;RBI=0.0303483;REFB=-0.0137999;REVB=-0.0303029;RO=53;SAF=26;SAR=28;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597771;STB=0.532997;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0119405;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:28:26:22:31:28:26:22:31 chr8 12879198 . A T 374.13 PASS AF=0.506494;AO=36;DP=73;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0813525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.544;QD=19.4352;RBI=0.0821198;REFB=-0.0426973;REVB=0.0112002;RO=37;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110783;STB=0.520151;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0333473;OID=.;OPOS=12879198;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:37:38:36:39:0.506494:20:16:16:21:21:18:16:22 chr8 12879334 . T C 557.52 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0402417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1111;QD=22.0801;RBI=0.0807524;REFB=-0.00730631;REVB=0.070011;RO=46;SAF=15;SAR=40;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246754;STB=0.636131;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00937159;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:55:55:0.544554:40:15:25:21:40:15:25:21 chr8 12888743 . A G 569.22 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00761474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.977;QD=21.6844;RBI=0.0243816;REFB=0.00848289;REVB=0.023162;RO=48;SAF=30;SAR=27;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911147;STB=0.549983;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00724102;OID=.;OPOS=12888743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:48:57:57:0.542857:27:30:20:28:27:30:20:28 chr8 12888908 . T G 1942.26 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00144965;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.638;QD=61.1734;RBI=0.0031003;REFB=-0.104384;REVB=-0.0027405;RO=1;SAF=53;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888075;STB=0.504672;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000139519;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:127:1:1:126:126:0.992126:73:53:1:0:73:53:1:0 chr8 12941709 . C A 288.72 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0164725;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.055;QD=24.0596;RBI=0.0216548;REFB=-0.0189807;REVB=-0.0140566;RO=24;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101745;STB=0.533307;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0141989;OID=.;OPOS=12941709;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:24:22:26:26:0.541667:16:10:12:12:16:10:10:12 chr8 12943065 . T C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0110949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.519;QD=20.4858;RBI=0.0139384;REFB=-0.0372625;REVB=0.00843698;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150655;STB=0.585674;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0232767;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:9:5:6:5:9:5:6:5 chr8 12958025 . C A 1418.27 PASS AF=0.980198;AO=97;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0525047;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8803;QD=56.169;RBI=0.115833;REFB=-0.0724258;REVB=0.10325;RO=4;SAF=55;SAR=42;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241337;STB=0.501113;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00919862;OID=.;OPOS=12958025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:4:2:97:99:0.980198:42:55:1:3:44:55:1:1 chr8 12990422 . A G 181.97 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0149216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.321;QD=16.9272;RBI=0.0222616;REFB=-0.012754;REVB=0.0165203;RO=23;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494088;STB=0.54814;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0183341;OID=.;OPOS=12990422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:24:19:19:0.44186:14:5:7:16:14:5:8:16 chr8 12990518 . T A 200.73 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0161216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.082;QD=17.8429;RBI=0.029311;REFB=-0.00714258;REVB=0.0244792;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119924;STB=0.578873;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00858648;OID=.;OPOS=12990518;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:20:21:0.466667:10:10:9:15:10:11:9:15 chr8 13072177 . C T 2799.01 PASS AF=0.994475;AO=172;DP=173;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00264782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.667;QD=61.8566;RBI=0.019119;REFB=-0.0254159;REVB=0.0189347;RO=1;SAF=96;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622174;STB=0.503144;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=5.00922e-05;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:181:1:1:172:180:0.994475:76:96:0:1:79:101:0:1 chr8 13356818 . T C 982.44 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0148576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.205;QD=56.1393;RBI=0.01575;REFB=-0.0760015;REVB=0.00522631;RO=2;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325639;STB=0.517236;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=7.33204e-06;OID=.;OPOS=13356818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:28:40:0:2:28:40:0:2 chr8 13424583 . C T 2083.55 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.238;QD=62.6633;RBI=0.0236186;REFB=0;REVB=0.0143614;RO=0;SAF=52;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71908e-06;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:133:0:0:131:133:1:79:52:0:0:81:52:0:0 chr8 13425353 . T A 822.57 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380319;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.373;QD=57.7243;RBI=0.0418006;REFB=0;REVB=-0.0173454;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75537e-05;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr8 15095085 . C G 5312.28 PASS AF=0.979827;AO=339;DP=346;FAO=340;FDP=347;FR=.;FRO=7;FSAF=173;FSAR=167;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00276932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3022;QD=61.2366;RBI=0.132577;REFB=-0.169053;REVB=0.132548;RO=4;SAF=172;SAR=167;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000164095;STB=0.504501;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0100707;OID=.;OPOS=15095085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:346:347:4:7:339:340:0.979827:167:172:2:2:167:173:2:5 chr8 15978063 . C T 2296.67 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.858;QD=62.9225;RBI=0.0237482;REFB=-0.130621;REVB=0.0192305;RO=0;SAF=80;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05277e-08;STB=0.503816;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-6.13477e-06;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:0:1:145:145:0.993151:65:80:0:0:65:80:0:1 chr8 16012648 . G C 910.44 PASS AF=0.424893;AO=99;DP=233;FAO=99;FDP=233;FR=.;FRO=134;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=70;FSRR=64;FWDB=-0.0109909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.928;QD=15.6298;RBI=0.0110645;REFB=0.0115488;REVB=0.00127403;RO=134;SAF=40;SAR=59;SRF=70;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12328;STB=0.568785;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0119;OID=.;OPOS=16012648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:134:134:99:99:0.424893:59:40:70:64:59:40:70:64 chr8 16043667 . C T 314.9 PASS AF=0.378641;AO=38;DP=102;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00416441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.582;QD=12.2292;RBI=0.160232;REFB=-0.00956231;REVB=-0.160178;RO=62;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810526;STB=0.562468;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0104493;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:62:64:38:39:0.378641:18:20:28:34:18:21:28:36 chr8 16043686 . G C 365.79 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00503322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1831;QD=12.6134;RBI=0.0267592;REFB=-0.0104401;REVB=0.0262815;RO=72;SAF=22;SAR=22;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106212;STB=0.560318;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0278753;OID=.;OPOS=16043686;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:72:44:44:0.37931:22:22:29:43:22:22:29:43 chr8 16927250 . A C 805.6 PASS AF=0.48538;AO=81;DP=171;FAO=83;FDP=171;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.15186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.856;QD=18.8445;RBI=0.152478;REFB=-0.0224207;REVB=-0.01371;RO=89;SAF=30;SAR=51;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121333;STB=0.554576;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0238425;OID=.;OPOS=16927250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:89:88:81:83:0.48538:51:30:44:45:51:32:43:45 chr8 17079358 . A G 319.56 PASS AF=0.455696;AO=32;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.000962371;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.786;QD=16.1801;RBI=0.00925754;REFB=0.0040065;REVB=0.00920738;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550506;STB=0.527206;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00438241;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:43:32:36:0.455696:13:19:24:13:16:20:26:17 chr8 17092164 . G T 2420.6 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0472;QD=61.281;RBI=0.0374831;REFB=0;REVB=-0.0373337;RO=0;SAF=69;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145789;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:157:158:1:88:69:0:0:88:70:0:0 chr8 17125768 . T C 351.86 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0255556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6753;QD=15.638;RBI=0.0825914;REFB=-0.00932716;REVB=-0.0785382;RO=52;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421536;STB=0.523797;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0124661;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:22:16:24:28:22:16:24:28 chr8 17142065 . C T 206.61 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.016734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.834;QD=11.0191;RBI=0.0418911;REFB=-0.00578255;REVB=-0.0384037;RO=48;SAF=6;SAR=20;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244555;STB=0.638705;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0153432;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:49:26:26:0.346667:20:6:20:28:20:6:20:29 chr8 17152857 . T G 120.14 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0319126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.3681;QD=14.1345;RBI=0.0355308;REFB=0.00499005;REVB=0.0156214;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760533;STB=0.544489;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00326949;OID=.;OPOS=17152857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:13:7:4:10:13:7 chr8 17157259 . G A 437.04 PASS AF=0.398438;AO=47;DP=125;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00645573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.396;QD=13.6575;RBI=0.019789;REFB=-0.00869229;REVB=-0.0187064;RO=77;SAF=32;SAR=15;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200157;STB=0.601052;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0119765;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:77:77:47:51:0.398438:15:32:39:38:17:34:39:38 chr8 17206588 . G A 1132.22 PASS AF=0.570652;AO=104;DP=182;FAO=105;FDP=184;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.00309585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.224;QD=24.6135;RBI=0.00346964;REFB=-0.0183709;REVB=-0.00156655;RO=77;SAF=42;SAR=62;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614775;STB=0.535707;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0147119;OID=.;OPOS=17206588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:77:79:104:105:0.570652:62:42:37:40:63:42:38:41 chr8 17230644 . G C 2295.62 PASS AF=0.96875;AO=155;DP=160;FAO=155;FDP=160;FR=.;FRO=5;FSAF=81;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000874253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.079;QD=57.3904;RBI=0.0198424;REFB=-0.0430028;REVB=0.0198231;RO=5;SAF=81;SAR=74;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460912;STB=0.502425;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=8.18809e-05;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:160:160:5:5:155:155:0.96875:74:81:3:2:74:81:3:2 chr8 17270763 . G C 8804.96 PASS AF=1;AO=558;DP=560;FAO=559;FDP=559;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=396;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451833;FXX=0.00533798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.171;QD=63.005;RBI=0.0502345;REFB=-0.0272439;REVB=0.0219539;RO=2;SAF=161;SAR=397;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175539;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90869e-05;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:560:559:2:0:558:559:1:397:161:1:1:396:163:0:0 chr8 17270787 . A G 8713.52 PASS AF=1;AO=543;DP=547;FAO=544;FDP=544;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=405;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133053;FXX=0.00548436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.07;QD=64.07;RBI=0.0136798;REFB=0;REVB=-0.0136149;RO=0;SAF=139;SAR=404;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27232e-06;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:547:544:0:0:543:544:1:404:139:0:0:405:139:0:0 chr8 17270837 . G C 5328.93 PASS AF=0.969863;AO=350;DP=364;FAO=354;FDP=365;FR=.;FRO=11;FSAF=65;FSAR=289;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.075491;FXX=0.00273217;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5167;QD=58.3992;RBI=0.0755045;REFB=-0.0254233;REVB=-0.00142543;RO=13;SAF=62;SAR=288;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578327;STB=0.522117;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00287314;OID=.;OPOS=17270837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:364:365:13:11:350:354:0.969863:288:62:9:4:289:65:7:4 chr8 17412140 . G C 864.92 PASS AF=0.453659;AO=93;DP=205;FAO=93;FDP=205;FR=.;FRO=112;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=-0.00863692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.569;QD=16.8765;RBI=0.0106846;REFB=-0.00169017;REVB=-0.00628994;RO=112;SAF=44;SAR=49;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528652;STB=0.529307;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00188716;OID=.;OPOS=17412140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:112:112:93:93:0.453659:49:44:59:53:49:44:59:53 chr8 17424920 . T C 559.88 PASS AF=0.95;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.025292;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.446;QD=55.9882;RBI=0.0258722;REFB=-0.139048;REVB=0.00544843;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.521728;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00142081;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:41:40:1:2:38:38:0.95:22:16:0:1:22:16:0:2 chr8 17425296 . C T 626.6 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.0103674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.704;QD=17.1672;RBI=0.0338225;REFB=-0.014864;REVB=-0.0321944;RO=80;SAF=36;SAR=29;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163471;STB=0.505961;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0216695;OID=.;OPOS=17425296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:80:81:65:65:0.445205:29:36:43:37:29:36:44:37 chr8 17486282 . T C 2049.68 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037996;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.17;QD=62.5856;RBI=0.0404569;REFB=0;REVB=0.013895;RO=0;SAF=51;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27033e-06;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:80:51:0:0:80:51:0:0 chr8 17500223 . T C 759.62 PASS AF=0.440217;AO=81;DP=184;FAO=81;FDP=184;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=64;FWDB=-0.0176252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5547;QD=16.5134;RBI=0.0352995;REFB=0.00495706;REVB=0.0305844;RO=103;SAF=38;SAR=43;SRF=39;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920812;STB=0.55116;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00622577;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:103:103:81:81:0.440217:43:38:39:64:43:38:39:64 chr8 17502900 . CTGAT C 261.97 PASS AF=0.369048;AO=29;DP=87;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0109549;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=4;MLLD=228.712;QD=12.4748;RBI=0.0111953;REFB=-0.0086156;REVB=-0.00230767;RO=48;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183005;STB=0.580593;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=0.0125001;OID=.;OPOS=17502901;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369048:29:87:31:84:53:18:13:24:29:99:48:17:12:20:28 chr8 17503125 . C T 3173.94 PASS AF=0.972477;AO=210;DP=218;FAO=212;FDP=218;FR=.;FRO=6;FSAF=129;FSAR=83;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.03034;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.6293;QD=58.2374;RBI=0.0314491;REFB=-0.108154;REVB=-0.00827834;RO=2;SAF=127;SAR=83;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00744256;STB=0.501681;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00242289;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:218:218:2:6:210:212:0.972477:83:127:2:0:83:129:4:2 chr8 17503205 . G A 855.43 PASS AF=0.449275;AO=90;DP=205;FAO=93;FDP=207;FR=.;FRO=114;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=63;FSRR=51;FWDB=-0.00218671;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.223;QD=16.5301;RBI=0.0131239;REFB=0.00186329;REVB=-0.0129404;RO=113;SAF=55;SAR=35;SRF=62;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646578;STB=0.521906;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00203939;OID=.;OPOS=17503205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:113:114:90:93:0.449275:35:55:62:51:38:55:63:51 chr8 17503270 . G C 3457.92 PASS AF=1;AO=215;DP=224;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.058586;FXX=0.034933;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8723;QD=62.5869;RBI=0.0759426;REFB=0;REVB=0.0483214;RO=0;SAF=104;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232625;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:221:0:0:215:221:1:111:104:0:0:117:104:0:0 chr8 17503501 . G A 2066.67 PASS AF=0.463362;AO=215;DP=462;FAO=215;FDP=464;FR=.;FRO=249;FSAF=92;FSAR=123;FSRF=125;FSRR=124;FWDB=-0.000371695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.654;QD=17.8161;RBI=0.0205894;REFB=-0.0093524;REVB=0.0205861;RO=241;SAF=92;SAR=123;SRF=124;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838128;STB=0.540136;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0102285;OID=.;OPOS=17503501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:462:464:241:249:215:215:0.463362:123:92:124:117:123:92:125:124 chr8 17541999 . T C 439.88 PASS AF=0.392593;AO=48;DP=128;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.0124687;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.016;QD=13.0335;RBI=0.0165614;REFB=-0.026797;REVB=-0.0109002;RO=79;SAF=24;SAR=24;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623519;STB=0.546705;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0406587;OID=.;OPOS=17541999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:135:79:82:48:53:0.392593:24:24:44:35:28:25:45:37 chr8 17581155 . C T 1117.52 PASS AF=0.502242;AO=112;DP=222;FAO=112;FDP=223;FR=.;FRO=111;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=-0.000417087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.88;QD=20.0452;RBI=0.000605146;REFB=-0.00410644;REVB=-0.000438452;RO=110;SAF=48;SAR=64;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569263;STB=0.529178;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0035543;OID=.;OPOS=17581155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:110:111:112:112:0.502242:64:48:54:56:64:48:54:57 chr8 17611886 . G A 630.31 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0102715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.935;QD=22.5112;RBI=0.0162416;REFB=-0.00650999;REVB=0.0125812;RO=49;SAF=33;SAR=29;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998546;STB=0.549984;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00616463;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:49:50:62:62:0.553571:29:33:20:29:29:33:21:29 chr8 17611959 . T G 794.2 PASS AF=0.485207;AO=82;DP=169;FAO=82;FDP=169;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.0104652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.021;QD=18.7977;RBI=0.0374126;REFB=-0.00418782;REVB=0.0359191;RO=87;SAF=38;SAR=44;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735762;STB=0.504059;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00463721;OID=.;OPOS=17611959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:87:87:82:82:0.485207:44:38:41:46:44:38:41:46 chr8 17612456 . C T 373.28 PASS AF=0.416667;AO=41;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.00840052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5429;QD=15.5532;RBI=0.0458062;REFB=-0.0200338;REVB=-0.0450293;RO=53;SAF=23;SAR=18;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182676;STB=0.625067;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0437036;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:56:41:40:0.416667:18:23:20:33:17:23:20:36 chr8 17612639 . T C 182.97 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00524276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.371;QD=17.4255;RBI=0.0100536;REFB=-0.0229416;REVB=0.00857839;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138241;STB=0.578864;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0234531;OID=.;OPOS=17612639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:13:10:11:8:13:10 chr8 17612875 . A G 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0291902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.891;QD=18.9387;RBI=0.0298503;REFB=-0.0147147;REVB=0.00624275;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140238;STB=0.577931;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0193275;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:16:14:9:20:16:14:9:20 chr8 17739538 . T C 360.05 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00290381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.869;QD=17.5634;RBI=0.0495399;REFB=-0.00997998;REVB=0.0494547;RO=43;SAF=21;SAR=17;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730138;STB=0.533316;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00920184;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:17:21:27:16:17:21:27:17 chr8 17743020 . G A 430.97 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0307323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.784;QD=17.5906;RBI=0.0307598;REFB=-0.00886684;REVB=-0.00130111;RO=54;SAF=22;SAR=22;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182276;STB=0.510199;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0153243;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:22:22:26:28:22:22:26:28 chr8 17796382 . AC CC,GT 361.61 PASS AF=0.0363636,0.363636;AO=7,34;DP=114;FAO=4,40;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=2,23;FSAR=2,17;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0512836,-0.0143083;FXX=0.0350846;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=22.8066,198.465;QD=13.1495;RBI=0.0872321,0.0160672;REFB=-0.0253012,-0.0192302;REVB=-0.0705651,0.00730926;RO=35;SAF=2,23;SAR=5,11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.368047,0.0768143;STB=0.52843,0.565719;STBP=0.912,0.29;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00410594,0.0225378;OID=.,.;OPOS=17796382,17796382;OREF=A,AC;OALT=C,GT;OMAPALT=CC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:114:110:35:66:7,34:4,40:0.0363636,0.363636:5,11:2,23:21:14:2,17:2,23:31:35 chr8 17814915 . A G 455.03 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00289045;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.109;QD=19.784;RBI=0.00556084;REFB=-0.00167856;REVB=-0.00475061;RO=46;SAF=15;SAR=30;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16017;STB=0.584577;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00182137;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:46:47:45:45:0.48913:30:15:23:23:30:15:23:24 chr8 17817553 . G T 260.68 PASS AF=0.360465;AO=30;DP=85;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00710175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.958;QD=12.1247;RBI=0.0146188;REFB=-0.0150786;REVB=-0.0127779;RO=54;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11124;STB=0.566885;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0284278;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:54:55:30:31:0.360465:19:11:25:29:20:11:25:30 chr8 17820714 . A T 329.56 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0526908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5577;QD=13.3156;RBI=0.0562684;REFB=-0.01008;REVB=-0.0197435;RO=62;SAF=13;SAR=24;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422646;STB=0.52419;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0174116;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:24:13:24:38:24:13:24:38 chr8 17885371 . GTTTTTTTTTTTTTC GTTTTCTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTTC,TGTTTTTTTTTTTTC 110.11 PASS AF=0.333333,0.62963,0;AO=2,4,2;DP=28;FAO=9,17,0;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=1,10,0;FSAR=8,7,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.129719,-1.52167,-0.77725;FXX=0.0999667;HRUN=13,13,1;LEN=10,1,2;MLLD=124.461,1.99232,13.658;QD=16.312;RBI=0.218992,2.08461,1.14682;REFB=-0.0981689,-1.1823,-0.670313;REVB=-0.176439,-1.42482,-0.84326;RO=0;SAF=0,4,1;SAR=2,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.666218,0.523782,0.5;STBP=0.087,0.524,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0943701,-0.974558,-0.164541;OID=.,.,.;OPOS=17885376,17885372,17885371;OREF=TTTTTTTTTC,T,GT;OALT=CTTTTTTTTT,-,TG;OMAPALT=GTTTTCTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTTC,TGTTTTTTTTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:67:28:27:0:1:2,4,2:9,17,0:0.333333,0.62963,0:2,0,1:0,4,1:0:0:8,7,0:1,10,0:1:0 chr8 17885406 . C G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0648872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.622;QD=13.753;RBI=0.0649394;REFB=-0.0031068;REVB=0.00260149;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275505;STB=0.516107;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00257608;OID=.;OPOS=17885406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:12:3:5:18:12:3:5:18 chr8 17918934 . A G 9003.51 PASS AF=1;AO=563;DP=567;FAO=568;FDP=568;FR=.;FRO=0;FSAF=318;FSAR=250;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063475;FXX=0.00525385;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9596;QD=63.405;RBI=0.0639625;REFB=0;REVB=0.00788188;RO=0;SAF=318;SAR=245;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10149e-05;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:49:567:568:0:0:563:568:1:245:318:0:0:250:318:0:0 chr8 18077007 . G C 1463.32 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0284871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.831;QD=60.9718;RBI=0.036106;REFB=-0.0349379;REVB=0.0221839;RO=2;SAF=24;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126188;STB=0.506658;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000976634;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:70:24:1:1:70:24:1:1 chr8 18080644 . A T 401.79 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0026159;FXX=0.0571265;HRUN=6;LEN=1;MLLD=168.519;QD=48.7019;RBI=0.0302683;REFB=-0.188503;REVB=0.0301551;RO=2;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120839;STB=0.506325;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0017321;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:33:33:2:3:30:30:0.909091:18:12:1:1:18:12:1:2 chr8 18080651 . A C 483.86 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360484;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3558;QD=58.6492;RBI=0.0415441;REFB=0;REVB=-0.02065;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219513;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:19:14:0:0 chr8 18080747 . T G 1553.48 PASS AF=1;AO=68;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825311;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0372;QD=64.7284;RBI=0.296652;REFB=0;REVB=0.296537;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198718;OID=.;OPOS=18080747;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:68:96:1:23:45:0:0:50:46:0:0 chr8 18080923 . G A 1934.07 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1054;QD=61.8901;RBI=0.0018816;REFB=0;REVB=-0.000993849;RO=0;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03579e-06;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:68:56:0:0:69:56:0:0 chr8 18257795 . C T 673.77 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131286;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.735;QD=62.676;RBI=0.0259639;REFB=0;REVB=-0.0224001;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8914e-05;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr8 18258103 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2282;QD=58.137;RBI=0.0979779;REFB=0;REVB=-0.0842591;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432331;OID=.;OPOS=18258103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr8 18258316 . G A 1212.42 PASS AF=1;AO=62;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.816;QD=61.3883;RBI=0.0670182;REFB=0;REVB=0.0313217;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498599;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:62:79:1:38:24:0:0:38:41:0:0 chr8 18388195 . CTTTTTTTTTTTTTTTC CTTTTCTTTTTTTTTTC,CTTTTTCTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTCTTT,CTTTTTTTTTTTTTC 387.56 PASS AF=0.229167,0.0833333,0.604167,0.0833333,0;AO=4,3,17,2,7;DP=52;FAO=11,4,29,4,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,29,4,0;FSAR=11,4,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315791,-0.0353943,-0.120166,-0.0867869,-0.168518;FXX=0.12725;HRUN=15,15,15,15,15;LEN=1,1,3,4,2;MLLD=160.246,154.427,8.60554,22.9285,6.63145;QD=32.2964;RBI=0.0346766,0.037724,0.125471,0.104436,0.176792;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.0143255,-0.0130516,-0.0360988,-0.0580936,-0.0534526;RO=0;SAF=0,0,17,2,7;SAR=4,3,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,mnp,del;VARB=-0.0216358,0.0298127,-0.0172359,0.117872,0.143347;OID=.,.,.,.,.;OPOS=18388200,18388201,18388196,18388208,18388196;OREF=T,T,TTT,TTTC,TT;OALT=C,C,-,CTTT,-;OMAPALT=CTTTTCTTTTTTTTTTC,CTTTTTCTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTCTTT,CTTTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.229167,0.0833333,0.604167,0.0833333,0:4,3,17,2,7:52:11,4,29,4,0:48:0:0,0,29,4,0:11,4,0,0,0:0:0:54:0:0,0,17,2,7:4,3,0,0,0:0:0 chr8 18457957 . A G 510.27 PASS AF=0.547009;AO=50;DP=106;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0413034;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.6011;QD=17.4453;RBI=0.0600144;REFB=-0.0606027;REVB=-0.0435402;RO=28;SAF=22;SAR=28;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180145;STB=0.565886;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.017462;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:117:28:53:50:64:0.547009:28:22:5:23:33:31:18:35 chr8 18513220 . C A 561.63 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00948939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.833;QD=17.8294;RBI=0.0165866;REFB=-0.00681755;REVB=-0.0136039;RO=66;SAF=29;SAR=30;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00635421;STB=0.5074;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00915375;OID=.;OPOS=18513220;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:67:59:59:0.468254:30:29:32:34:30:29:32:35 chr8 18656805 . G A 531.22 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00458831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.193;QD=19.6748;RBI=0.0171903;REFB=-0.018619;REVB=0.0165667;RO=52;SAF=25;SAR=30;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114973;STB=0.557441;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0197972;OID=.;OPOS=18656805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:53:55:55:0.509259:30:25:17:35:30:25:18:35 chr8 18729459 . T C 1026.58 PASS AF=0.492958;AO=105;DP=213;FAO=105;FDP=213;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=-0.000516847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.899;QD=19.2784;RBI=0.025865;REFB=-0.0263293;REVB=-0.0258599;RO=108;SAF=43;SAR=62;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101705;STB=0.555968;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0297707;OID=.;OPOS=18729459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:108:108:105:105:0.492958:62:43:56:52:62:43:56:52 chr8 18729496 . G A 667.59 PASS AF=0.515625;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00336324;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.213;QD=20.8623;RBI=0.00615317;REFB=-0.0141747;REVB=-0.00515268;RO=61;SAF=26;SAR=40;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101907;STB=0.560368;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.012493;OID=.;OPOS=18729496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:61:62:66:66:0.515625:40:26:31:30:40:26:32:30 chr8 18729817 . GT AG 1763.15 PASS AF=0.96748;AO=119;DP=124;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00866991;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.303;QD=57.3381;RBI=0.0298693;REFB=0.0697515;REVB=0.0285834;RO=4;SAF=55;SAR=64;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00234689;STB=0.501236;STBP=0.914;TYPE=mnp;VARB=-0.000314396;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:124:123:4:4:119:119:0.96748:64:55:2:2:64:55:2:2 chr8 19221664 . G C 413.71 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.000348967;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=347.851;QD=15.0438;RBI=0.00354914;REFB=-0.0195912;REVB=0.00353194;RO=63;SAF=25;SAR=22;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569734;STB=0.531968;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0245456;OID=.;OPOS=19221664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:63:47:47:0.427273:22:25:37:26:22:25:37:26 chr8 19252189 . G A 284.89 PASS AF=0.330357;AO=37;DP=112;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0370859;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.447;QD=10.1747;RBI=0.0371418;REFB=-0.0172996;REVB=-0.00203707;RO=75;SAF=14;SAR=23;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101419;STB=0.505879;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0297204;OID=.;OPOS=19252189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:75:75:37:37:0.330357:23:14:29:46:23:14:29:46 chr8 19263441 . G A 1279.07 PASS AF=0.478102;AO=131;DP=274;FAO=131;FDP=274;FR=.;FRO=143;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=69;FSRR=74;FWDB=-0.0174821;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.794;QD=18.6725;RBI=0.0565718;REFB=-0.0157051;REVB=0.0538029;RO=143;SAF=62;SAR=69;SRF=69;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00877273;STB=0.50483;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0181461;OID=.;OPOS=19263441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:143:143:131:131:0.478102:69:62:69:74:69:62:69:74 chr8 19316086 . G A 4568.76 PASS AF=0.993266;AO=290;DP=296;FAO=295;FDP=297;FR=.;FRO=2;FSAF=128;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0249697;FXX=0.0165557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1826;QD=61.5321;RBI=0.0505615;REFB=0.00438668;REVB=0.0439656;RO=1;SAF=127;SAR=163;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291688;STB=0.502976;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-3.96812e-05;OID=.;OPOS=19316086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:296:297:1:2:290:295:0.993266:163:127:0:1:167:128:0:2 chr8 19362768 . C T 2320.51 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.621;QD=61.0661;RBI=0.0327555;REFB=0;REVB=0.0316062;RO=0;SAF=79;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.3138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1045e-05;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:73:79:0:0:73:79:0:0 chr8 19677915 . G A 1047.31 PASS AF=0.488584;AO=107;DP=219;FAO=107;FDP=219;FR=.;FRO=112;FSAF=35;FSAR=72;FSRF=35;FSRR=77;FWDB=0.0139157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.748;QD=19.1289;RBI=0.0140125;REFB=0.00194297;REVB=-0.00164458;RO=112;SAF=35;SAR=72;SRF=35;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155125;STB=0.508531;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00192627;OID=.;OPOS=19677915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:112:112:107:107:0.488584:72:35:35:77:72:35:35:77 chr8 19818436 . C A 437.52 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.0197603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.942;QD=14.2281;RBI=0.0198056;REFB=-0.00865987;REVB=0.00133892;RO=73;SAF=20;SAR=30;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180998;STB=0.5102;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0149402;OID=.;OPOS=19818436;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:73:50:50:0.406504:30:20:28:45:30:20:28:45 chr8 19822830 . G A 736.56 PASS AF=0.503497;AO=71;DP=142;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0113865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.702;QD=20.603;RBI=0.0257506;REFB=-0.00168913;REVB=0.0230963;RO=70;SAF=24;SAR=47;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609383;STB=0.540805;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00168339;OID=.;OPOS=19822830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:70:71:71:72:0.503497:47:24:28:42:48:24:29:42 chr8 19824667 . C T 928.24 PASS AF=0.479381;AO=93;DP=194;FAO=93;FDP=194;FR=.;FRO=101;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=30;FSRR=71;FWDB=0.00535714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.568;QD=19.139;RBI=0.0127432;REFB=-0.00473313;REVB=-0.0115625;RO=100;SAF=43;SAR=50;SRF=30;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155981;STB=0.587692;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00482758;OID=.;OPOS=19824667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:100:101:93:93:0.479381:50:43:30:70:50:43:30:71 chr8 19824669 . C A 886.94 PASS AF=0.473684;AO=89;DP=189;FAO=90;FDP=190;FR=.;FRO=100;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=70;FWDB=-0.0107703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.465;QD=18.6724;RBI=0.0125772;REFB=-0.00694431;REVB=-0.00649507;RO=100;SAF=42;SAR=47;SRF=30;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167455;STB=0.59452;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0101246;OID=.;OPOS=19824669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:100:100:89:90:0.473684:47:42:30:70:47:43:30:70 chr8 20008206 . G A 354.54 PASS AF=0.37069;AO=35;DP=109;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=57;FWDB=0.0319693;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.354;QD=12.2257;RBI=0.0410646;REFB=-0.0262268;REVB=0.0257735;RO=74;SAF=4;SAR=31;SRF=16;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226732;STB=0.590664;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0415918;OID=.;OPOS=20008206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:116:74:73:35:43:0.37069:31:4:16:58:37:6:16:57 chr8 20036713 . A G 2846.41 PASS AF=0.994595;AO=182;DP=185;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0887412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.623;QD=61.5441;RBI=0.0890226;REFB=-0.118893;REVB=0.00707219;RO=1;SAF=68;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694969;STB=0.503546;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00013218;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:185:1:1:182:184:0.994595:114:68:1:0:114:70:1:0 chr8 20038466 . T G 153.49 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0167136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1849;QD=8.89799;RBI=0.0196731;REFB=0.00954019;REVB=-0.0103772;RO=47;SAF=5;SAR=16;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382803;STB=0.72281;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0100499;OID=.;OPOS=20038466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:48:21:21:0.304348:16:5:26:21:16:5:26:22 chr8 20054931 . C CG 39.74 PASS AF=0.100973;AO=153;DP=818;FAO=83;FDP=822;FR=.;FRO=739;FSAF=18;FSAR=65;FSRF=330;FSRR=409;FWDB=-0.134942;FXX=0.0132051;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.5703;QD=0.19338;RBI=0.221203;REFB=-0.0483165;REVB=-0.175275;RO=655;SAF=44;SAR=109;SRF=312;SRR=343;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256841;STB=0.726059;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.109001;OID=.;OPOS=20054932;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.100973:153:818:83:822:739:18:65:330:409:39:655:44:109:312:343 chr8 20061469 . G C 480.76 PASS AF=0.484848;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0108531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.115;QD=19.4245;RBI=0.0136444;REFB=-0.00548666;REVB=0.00826917;RO=51;SAF=20;SAR=27;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109304;STB=0.565814;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00503716;OID=.;OPOS=20061469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:47:48:0.484848:27:20:16:35:27:21:16:35 chr8 20068163 . T G 3048.23 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.438;QD=63.5048;RBI=0.0906516;REFB=0;REVB=0.0428542;RO=0;SAF=106;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70931e-05;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:192:0:0:187:192:1:81:106:0:0:83:109:0:0 chr8 20082778 . CTTTT CTTTC,CTT,CTTT,TCTTT 369.34 PASS AF=0.125,0.859375,0,0.015625;AO=3,17,15,3;DP=60;FAO=8,55,0,1;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31,0,1;FSAR=8,24,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112922,0.229023,0.434863,-4.6218e-05;FXX=0.0724533;HRUN=11,11,11,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=182.155,6.92315,3.88149,13.0626;QD=23.084;RBI=0.0118014,0.297897,0.565554,0.0368348;REFB=-0.0502774,-0.0366515,-0.0227307,-0.043576;REVB=-0.00342916,0.190503,0.361588,-0.0368348;RO=6;SAF=0,5,10,3;SAR=3,12,5,0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.672276,-0.110583,0.0925989,0.672276;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.0508878,0.0406172,0.165056,-0.627411;OID=.,.,.,.;OPOS=20082782,20082779,20082779,20082778;OREF=T,TT,T,CT;OALT=C,-,-,TC;OMAPALT=CTTTC,CTT,CTTT,TCTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:60:64:6:0:3,17,15,3:8,55,0,1:0.125,0.859375,0,0.015625:3,12,5,0:0,5,10,3:3:3:8,24,0,0:0,31,0,1:0:0 chr8 20110641 . C T 1969.5 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=126;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000915079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.102;QD=61.0698;RBI=0.0122217;REFB=-0.0948227;REVB=-0.0121874;RO=0;SAF=35;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30074e-08;STB=0.507041;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000198619;OID=.;OPOS=20110641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:129:0:1:126:128:0.992248:91:35:0:0:93:35:1:0 chr8 21455993 . C T 229.42 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=4;FWDB=0.000231901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.562;QD=14.1183;RBI=0.00369125;REFB=-0.0307437;REVB=0.00368396;RO=37;SAF=20;SAR=6;SRF=33;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203554;STB=0.611041;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0492447;OID=.;OPOS=21455993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:38:26:27:0.415385:6:20:33:4:6:21:34:4 chr8 21456116 . G A 385.38 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00332913;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.707;QD=14.8221;RBI=0.0234489;REFB=-0.00330362;REVB=0.0232114;RO=60;SAF=12;SAR=32;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316448;STB=0.678882;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00648577;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:32:12:34:26:32:12:34:26 chr8 21550800 . A T 425.08 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0139358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.05;QD=24.2901;RBI=0.0264548;REFB=-0.00667952;REVB=0.0224866;RO=29;SAF=13;SAR=28;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365064;STB=0.51999;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00421998;OID=.;OPOS=21550800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:28:13:8:21:28:13:8:21 chr8 21640374 . C A 357.95 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00588483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.958;QD=12.7839;RBI=0.00592236;REFB=-0.0185405;REVB=0.000665707;RO=68;SAF=22;SAR=21;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191989;STB=0.506232;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0279158;OID=.;OPOS=21640374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:69:43:43:0.383929:21:22:36:32:21:22:36:33 chr8 21640652 . G A 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00929812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.909;QD=19.1094;RBI=0.0102445;REFB=-0.0192736;REVB=0.00430045;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141832;STB=0.507931;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0198894;OID=.;OPOS=21640652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:16:11:11:15:16:11:11:15 chr8 21766900 . G A 1584.15 PASS AF=0.591667;AO=142;DP=240;FAO=142;FDP=240;FR=.;FRO=98;FSAF=58;FSAR=84;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.0188228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.094;QD=26.4025;RBI=0.019361;REFB=-0.0149925;REVB=0.00453327;RO=98;SAF=58;SAR=84;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392718;STB=0.521265;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0122441;OID=.;OPOS=21766900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:98:98:142:142:0.591667:84:58:45:53:84:58:45:53 chr8 21767275 . C G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00582643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.824;QD=14.5587;RBI=0.0664676;REFB=-0.0108967;REVB=-0.0662118;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117671;STB=0.575776;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0109311;OID=.;OPOS=21767275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:10:16:17:17:10:16:17:18 chr8 21833965 . C T 480.84 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00532558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.611;QD=22.8972;RBI=0.00584135;REFB=-0.027089;REVB=0.0023999;RO=37;SAF=23;SAR=23;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109571;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188721;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:38:46:46:0.547619:23:23:18:19:23:23:19:19 chr8 21846586 . G C 377.48 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0260704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.182;QD=16.2355;RBI=0.0283209;REFB=-0.00449949;REVB=0.0110637;RO=52;SAF=26;SAR=14;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230783;STB=0.625073;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0058288;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:14:26:22:30:14:26:23:30 chr8 21862551 . A G 170.31 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0364853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5816;QD=17.0307;RBI=0.0630213;REFB=0.00807004;REVB=0.0513859;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479068;STB=0.503468;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00900885;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:22:18:18:0.45:13:5:5:16:13:5:6:16 chr8 21894202 . G A 268.53 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00421363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.456;QD=13.9496;RBI=0.0882157;REFB=-0.0019467;REVB=0.088115;RO=46;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163687;STB=0.592964;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0023511;OID=.;OPOS=21894202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:14:17:18:28:14:17:18:28 chr8 21927460 . C G 1231.67 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.577;QD=60.0815;RBI=0.0176396;REFB=-0.0846357;REVB=-0.00534336;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.505153;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-4.51386e-05;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:48:33:0:0:48:33:0:1 chr8 21939435 . C T 3542.92 PASS AF=0.962656;AO=232;DP=241;FAO=232;FDP=241;FR=.;FRO=9;FSAF=53;FSAR=179;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0486324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0331;QD=58.8037;RBI=0.0583442;REFB=-0.0883968;REVB=0.0322325;RO=8;SAF=53;SAR=179;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208182;STB=0.512261;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0100854;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:241:241:8:9:232:232:0.962656:179:53:0:8:179:53:0:9 chr8 21939778 . ACCCCCCCA ACCCCCACA,ACCCCCCA,ACCCCCCAC 520.01 PASS AF=0.110092,0.889908,0;AO=10,31,5;DP=110;FAO=12,97,0;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=11,34,0;FSAR=1,63,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112774,0.199981,0.0606006;FXX=0.00909008;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=145.134,6.48644,14.6949;QD=19.0828;RBI=0.0605939,0.713971,0.122624;REFB=0.065361,0.06929,0.0865292;REVB=0.0595352,0.685392,0.106603;RO=45;SAF=10,10,0;SAR=0,21,5;SRF=14;SRR=31;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.776396,0.0137461,-0.530723;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0306935,0.0407817,0;OID=.,.,.;OPOS=21939784,21939779,21939785;OREF=C,C,CA;OALT=A,-,AC;OMAPALT=ACCCCCACA,ACCCCCCA,ACCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.110092,0.889908,0:10,31,5:110:12,97,0:109:0:11,34,0:1,63,0:0:0:47:45:10,10,0:0,21,5:14:31 chr8 21953890 . T C 790.46 PASS AF=0.516129;AO=80;DP=155;FAO=80;FDP=155;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.022432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.94;QD=20.3988;RBI=0.0226862;REFB=-0.00178717;REVB=-0.00338672;RO=74;SAF=47;SAR=33;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00579027;STB=0.500416;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00174879;OID=.;OPOS=21953890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:74:75:80:80:0.516129:33:47:43:31:33:47:44:31 chr8 21955116 . C T 355.18 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0182636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2407;QD=20.2961;RBI=0.0615748;REFB=-0.0339205;REVB=0.0588039;RO=32;SAF=24;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391836;STB=0.506326;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0349185;OID=.;OPOS=21955116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:32:33:36:37:0.528571:12:24:20:12:13:24:21:12 chr8 21956108 . A G 850.23 PASS AF=0.494253;AO=86;DP=175;FAO=86;FDP=174;FR=.;FRO=88;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.00310855;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.374;QD=19.5456;RBI=0.0100461;REFB=-0.0135168;REVB=0.00955306;RO=87;SAF=51;SAR=35;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172613;STB=0.512948;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.013594;OID=.;OPOS=21956108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:87:88:86:86:0.494253:35:51:50:37:35:51:50:38 chr8 21961834 . G A 688.35 PASS AF=0.475862;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0130232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5686;QD=18.989;RBI=0.0133756;REFB=0.00352648;REVB=-0.00304989;RO=76;SAF=26;SAR=43;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132254;STB=0.573312;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00371476;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:76:69:69:0.475862:43:26:39:37:43:26:39:37 chr8 21965113 . T C 675.76 PASS AF=0.602041;AO=58;DP=98;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0893698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8031;QD=27.5819;RBI=0.089376;REFB=0.00676068;REVB=-0.00105404;RO=39;SAF=31;SAR=27;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110225;STB=0.555843;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0040158;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:39:39:58:59:0.602041:27:31:15:24:28:31:15:24 chr8 21967304 . C T 1502.3 PASS AF=0.412888;AO=170;DP=417;FAO=173;FDP=419;FR=.;FRO=246;FSAF=63;FSAR=110;FSRF=118;FSRR=128;FWDB=0.0318498;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.6893;QD=14.3417;RBI=0.0318893;REFB=-0.0135179;REVB=-0.00158575;RO=231;SAF=60;SAR=110;SRF=106;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115343;STB=0.570413;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0219171;OID=.;OPOS=21967304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:419:231:246:170:173:0.412888:110:60:106:125:110:63:118:128 chr8 21967309 . A C 1714.69 PASS AF=0.460396;AO=189;DP=402;FAO=186;FDP=404;FR=.;FRO=218;FSAF=75;FSAR=111;FSRF=92;FSRR=126;FWDB=-0.0667253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2901;QD=16.9771;RBI=0.0671003;REFB=-0.016313;REVB=-0.00708431;RO=201;SAF=79;SAR=110;SRF=77;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033897;STB=0.510491;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0190688;OID=.;OPOS=21967309;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:404:201:218:189:186:0.460396:110:79:77:124:111:75:92:126 chr8 21984650 . A G 803.15 PASS AF=0.506098;AO=77;DP=167;FAO=83;FDP=164;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.122282;FXX=0.017963;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.2766;QD=19.589;RBI=0.126699;REFB=-0.00650353;REVB=-0.0331638;RO=55;SAF=42;SAR=35;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419247;STB=0.525483;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00430135;OID=.;OPOS=21984650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:164:55:81:77:83:0.506098:35:42:27:28:37:46:49:32 chr8 21984945 . C T 304.73 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0070215;FXX=0.0104156;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.95;QD=12.8309;RBI=0.025631;REFB=-0.00270353;REVB=-0.0246505;RO=58;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218462;STB=0.513754;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00412718;OID=.;OPOS=21984945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:58:60:35:35:0.368421:20:15:26:32:20:15:27:33 chr8 22021037 . C A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00261449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.8;QD=17.289;RBI=0.0269099;REFB=-0.0142849;REVB=0.0267825;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215268;STB=0.62036;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0103309;OID=.;OPOS=22021037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:13:17:11:22:13:17:11:22 chr8 22021517 . G A 316.85 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00800379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.276;QD=15.2698;RBI=0.0134464;REFB=-0.0106046;REVB=-0.0108048;RO=48;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147164;STB=0.582689;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0130916;OID=.;OPOS=22021517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:20:15:14:34:20:15:14:34 chr8 22021883 . G A 371.82 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=129;FAO=45;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0129962;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.445;QD=11.8037;RBI=0.0175099;REFB=-0.0144853;REVB=-0.0117343;RO=60;SAF=34;SAR=11;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189135;STB=0.698537;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0292908;OID=.;OPOS=22021883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:60:81:45:45:0.357143:11:34:36:24:11:34:38:43 chr8 22021934 . G A 409.97 PASS AF=0.355072;AO=49;DP=138;FAO=49;FDP=138;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.0425522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4161;QD=11.8832;RBI=0.087418;REFB=-0.00807395;REVB=0.0763625;RO=86;SAF=22;SAR=27;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211978;STB=0.521756;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0169173;OID=.;OPOS=22021934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:86:89:49:49:0.355072:27:22:37:49:27:22:37:52 chr8 22034501 . CGGGGGC CGGGC,CGGGG,CGGGGCC 263.37 PASS AF=0.217391,0.252174,0;AO=24,23,15;DP=149;FAO=25,29,0;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=0,26,0;FSAR=25,3,0;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.0240187,-0.0941517,0.145798;FXX=0.178559;HRUN=5,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=15.3274,16.8168,11.0098;QD=9.16052;RBI=0.160149,0.196641,0.190405;REFB=-0.105253,-0.0965679,-0.135585;REVB=-0.158338,-0.172636,-0.122462;RO=33;SAF=0,20,13;SAR=24,3,2;SRF=30;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.881921,-0.0980873,-0.11819;STB=0.999591,0.73691,0.5;STBP=0,0.017,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.112949,0.0384626,0.0579239;OID=.,.,.;OPOS=22034502,22034506,22034506;OREF=GG,GC,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=CGGGC,CGGGG,CGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.217391,0.252174,0:24,23,15:149:25,29,0:115:61:0,26,0:25,3,0:42:19:99:33:0,20,13:24,3,2:30:3 chr8 22079355 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.58;QD=57.2375;RBI=0.0198653;REFB=0;REVB=0.0139068;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.59368e-07;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr8 22105502 . T C 674.22 PASS AF=0.559322;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-1.62163e-05;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.88;QD=22.8548;RBI=0.00394733;REFB=-0.0281955;REVB=0.0039473;RO=52;SAF=34;SAR=32;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277094;STB=0.523607;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0276423;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:52:52:66:66:0.559322:32:34:25:27:32:34:24:28 chr8 22108611 . A C 586.24 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.046275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6781;QD=19.2211;RBI=0.0599998;REFB=-0.0420276;REVB=0.0381916;RO=58;SAF=26;SAR=35;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434149;STB=0.508356;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0341671;OID=.;OPOS=22108611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:61:61:61:0.5:35:26:25:33:35:26:27:34 chr8 22262228 . AGCTGCT A 413.2 PASS AF=0.357664;AO=48;DP=138;FAO=49;FDP=137;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.000300124;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=6;MLLD=311.376;QD=12.0643;RBI=0.0113699;REFB=-0.000723918;REVB=0.0113659;RO=76;SAF=30;SAR=18;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179694;STB=0.601755;STBP=0.089;TYPE=del;VARB=0.00110439;OID=.;OPOS=22262229;OREF=GCTGCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357664:48:138:49:137:88:30:19:40:48:99:76:30:18:35:41 chr8 22262321 . T C 3159.68 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.561;QD=61.353;RBI=0.0108613;REFB=0;REVB=-0.0106461;RO=0;SAF=115;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28014e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92675e-06;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:206:0:0:201:206:1:86:115:0:0:88:118:0:0 chr8 22262379 . C T 1004.1 PASS AF=0.470588;AO=104;DP=223;FAO=104;FDP=221;FR=.;FRO=117;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=-0.0286448;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4061;QD=18.1738;RBI=0.0447185;REFB=-0.0155703;REVB=-0.0343398;RO=117;SAF=58;SAR=46;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515446;STB=0.528468;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.019472;OID=.;OPOS=22262379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:221:117:117:104:104:0.470588:46:58:59:58:46:58:59:58 chr8 22262418 . A G 3087.33 PASS AF=0.984925;AO=196;DP=199;FAO=196;FDP=199;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=98;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0362635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.135;QD=62.0569;RBI=0.03852;REFB=-0.152502;REVB=0.0129902;RO=3;SAF=98;SAR=98;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143532;STB=0.507537;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000229958;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:199:199:3:3:196:196:0.984925:98:98:3:0:98:98:3:0 chr8 22279010 . G GGGA 257.23 PASS AF=0.394737;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.011412;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=3;MLLD=159.849;QD=13.5382;RBI=0.0117319;REFB=0.00164202;REVB=-0.00272082;RO=50;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279514;STB=0.620944;STBP=0.107;TYPE=ins;VARB=-0.00401217;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:29:80:30:76:46:19:11:20:26:99:50:19:10:20:30 chr8 22388857 . G A 372.76 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0165529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.268;QD=14.3369;RBI=0.0168389;REFB=0.00622679;REVB=0.00308996;RO=61;SAF=20;SAR=23;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448244;STB=0.52529;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00724263;OID=.;OPOS=22388857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:23:20:31:30:23:20:31:30 chr8 22428658 . T C 1753.48 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.577;QD=60.465;RBI=0.0220917;REFB=0;REVB=-0.0123017;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36595e-06;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:116:0:0:111:116:1:66:45:0:0:68:48:0:0 chr8 22432377 . C A 120.07 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0374731;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.86;QD=21.83;RBI=0.0439447;REFB=0.000107391;REVB=0.0229543;RO=9;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474473;STB=0.778659;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00203784;OID=.;OPOS=22432377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:9:9:13:13:0.590909:12:1:4:5:12:1:4:5 chr8 22442661 . A G 1171.33 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.376;QD=60.8485;RBI=0.0858039;REFB=0;REVB=-0.0373812;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130854;OID=.;OPOS=22442661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:47:29:0:0:48:29:0:0 chr8 22463623 . C T 1238.7 PASS AF=0.397695;AO=138;DP=346;FAO=138;FDP=347;FR=.;FRO=209;FSAF=76;FSAR=62;FSRF=103;FSRR=106;FWDB=-0.0114751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.29;QD=14.2789;RBI=0.0166724;REFB=-0.00799076;REVB=-0.012095;RO=208;SAF=76;SAR=62;SRF=102;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649549;STB=0.534982;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.018692;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:347:208:209:138:138:0.397695:62:76:102:106:62:76:103:106 chr8 22471824 . G A 650.21 PASS AF=0.464789;AO=65;DP=143;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00127158;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.927;QD=18.3157;RBI=0.0187299;REFB=-0.00130725;REVB=-0.0186867;RO=72;SAF=29;SAR=36;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513324;STB=0.510306;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00147953;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:72:76:65:66:0.464789:36:29:36:36:36:30:36:40 chr8 22472256 . G T 50.21 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.00129201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.329;QD=2.78946;RBI=0.00533039;REFB=-0.00286643;REVB=-0.00517144;RO=62;SAF=9;SAR=1;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.631855;STB=0.925739;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.015523;OID=.;OPOS=22472256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:72:62:62:10:10:0.138889:1:9:21:41:1:9:21:41 chr8 22473158 . C T 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.005467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.138;QD=15.947;RBI=0.0165765;REFB=-0.0049817;REVB=0.015649;RO=43;SAF=13;SAR=23;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592264;STB=0.563295;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00805988;OID=.;OPOS=22473158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:47:36:36:0.433735:23:13:18:25:23:13:22:25 chr8 22473465 . T C 496.97 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.00267768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.174;QD=15.0596;RBI=0.0086664;REFB=-0.0388499;REVB=-0.00824236;RO=77;SAF=25;SAR=30;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110288;STB=0.561776;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0607649;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:77:55:55:0.416667:30:25:27:50:30:25:27:50 chr8 22473850 . T C 421.14 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.015317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.996;QD=15.8922;RBI=0.0388324;REFB=0.00907248;REVB=0.0356839;RO=59;SAF=22;SAR=25;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233561;STB=0.513073;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0111018;OID=.;OPOS=22473850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:25:22:29:30:25:22:29:30 chr8 22477131 . ACAT A 674.85 PASS AF=0.564103;AO=63;DP=114;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0136426;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=165.162;QD=23.0719;RBI=0.0158732;REFB=-0.0159;REVB=0.00811407;RO=49;SAF=25;SAR=38;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772703;STB=0.527983;STBP=0.506;TYPE=del;VARB=0.0152319;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564103:63:114:66:117:51:26:40:17:34:99:49:25:38:15:34 chr8 22481449 . A G 9474.4 PASS AF=0.988854;AO=494;DP=622;FAO=621;FDP=628;FR=.;FRO=7;FSAF=246;FSAR=375;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.119902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.579;QD=60.3465;RBI=0.120325;REFB=-0.0657746;REVB=0.010085;RO=0;SAF=151;SAR=343;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504623;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00028093;OID=.;OPOS=22481449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:622:628:0:7:494:621:0.988854:343:151:0:0:375:246:0:7 chr8 22482851 . A C 1635.34 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.221;QD=58.9311;RBI=0.0521099;REFB=0;REVB=0.0147989;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168991;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:111:0:0:105:111:1:57:48:0:0:57:54:0:0 chr8 22491980 . G T 1208.8 PASS AF=0.42953;AO=127;DP=297;FAO=128;FDP=298;FR=.;FRO=170;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=83;FSRR=87;FWDB=-0.00369189;FXX=0.00666644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.525;QD=16.2255;RBI=0.0222247;REFB=-0.00393723;REVB=0.0219159;RO=167;SAF=67;SAR=60;SRF=83;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312555;STB=0.520085;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00645457;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:298:167:170:127:128:0.42953:60:67:83:84:61:67:83:87 chr8 22492052 . G A 882.89 PASS AF=0.398374;AO=98;DP=246;FAO=98;FDP=246;FR=.;FRO=148;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=75;FSRR=73;FWDB=-0.0140589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.837;QD=14.356;RBI=0.0142169;REFB=0.00359817;REVB=-0.00211411;RO=148;SAF=48;SAR=50;SRF=75;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181814;STB=0.510202;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00587502;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:148:148:98:98:0.398374:50:48:75:73:50:48:75:73 chr8 22548790 . G T 424.15 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00857908;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.868;QD=20.6901;RBI=0.068149;REFB=-0.0175583;REVB=0.0676068;RO=40;SAF=22;SAR=19;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125495;STB=0.574409;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0168409;OID=.;OPOS=22548790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:40:40:41:42:0.512195:19:22:27:13:20:22:27:13 chr8 22570901 . C T 1190.82 PASS AF=0.481781;AO=118;DP=247;FAO=119;FDP=247;FR=.;FRO=128;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=60;FSRR=68;FWDB=-0.00691612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.511;QD=19.2845;RBI=0.0253121;REFB=-0.02598;REVB=-0.0243489;RO=126;SAF=53;SAR=65;SRF=60;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025551;STB=0.507811;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0322626;OID=.;OPOS=22570901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:126:128:118:119:0.481781:65:53:60:66:65:54:60:68 chr8 22570907 . GT G 574.49 PASS AF=0.534884;AO=127;DP=261;FAO=138;FDP=258;FR=.;FRO=120;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=49;FSRR=71;FWDB=-0.00122644;FXX=0.0152666;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.7814;QD=8.90684;RBI=0.0715663;REFB=-0.0515831;REVB=-0.0715558;RO=103;SAF=68;SAR=59;SRF=39;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=0.12845;STB=0.555933;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=0.0646221;OID=.;OPOS=22570908;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534884:127:261:138:258:120:73:65:49:71:99:103:68:59:39:64 chr8 22570935 . T C 1604.73 PASS AF=0.470423;AO=167;DP=355;FAO=167;FDP=355;FR=.;FRO=188;FSAF=72;FSAR=95;FSRF=75;FSRR=113;FWDB=-0.0102142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3664;QD=18.0814;RBI=0.0129127;REFB=-0.00628975;REVB=-0.0078999;RO=187;SAF=72;SAR=95;SRF=75;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295501;STB=0.517465;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00697112;OID=.;OPOS=22570935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:355:187:188:167:167:0.470423:95:72:75:112:95:72:75:113 chr8 22571018 . A G 1358.24 PASS AF=0.482394;AO=136;DP=284;FAO=137;FDP=284;FR=.;FRO=147;FSAF=56;FSAR=81;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=-0.017575;FXX=0.00350865;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.788;QD=19.1302;RBI=0.0187054;REFB=0.00944324;REVB=0.00640393;RO=145;SAF=55;SAR=81;SRF=67;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554531;STB=0.524945;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0103407;OID=.;OPOS=22571018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:145:147:136:137:0.482394:81:55:67:78:81:56:67:80 chr8 22864622 . T C 2668.0 PASS AF=0.983051;AO=174;DP=177;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=108;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0709409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8189;QD=60.2939;RBI=0.0711335;REFB=-0.00730258;REVB=0.00523097;RO=3;SAF=108;SAR=66;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130369;STB=0.506849;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000513126;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:177:177:3:3:174:174:0.983051:66:108:3:0:66:108:3:0 chr8 22875909 . A G 113.37 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0038372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.102;QD=9.85862;RBI=0.0265579;REFB=-0.00855779;REVB=-0.0262793;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17295;STB=0.592461;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0252112;OID=.;OPOS=22875909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:32:14:14:0.304348:8:6:18:13:8:6:18:14 chr8 22886020 . A G 2042.5 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.15;QD=62.3663;RBI=0.0164964;REFB=0;REVB=0.0144268;RO=0;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19006e-05;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:131:0:0:125:131:1:67:58:0:0:71:60:0:0 chr8 22926313 . G A 1044.52 PASS AF=0.484163;AO=107;DP=221;FAO=107;FDP=221;FR=.;FRO=114;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=74;FSRR=40;FWDB=-0.011617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.469;QD=18.9054;RBI=0.013303;REFB=-0.0367167;REVB=-0.00648205;RO=112;SAF=60;SAR=47;SRF=74;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956967;STB=0.546788;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0315285;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:112:114:107:107:0.484163:47:60:74:38:47:60:74:40 chr8 22960704 . G C 7637.65 PASS AF=1;AO=448;DP=464;FAO=486;FDP=486;FR=.;FRO=0;FSAF=238;FSAR=248;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0989671;FXX=0.0101831;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2794;QD=62.8613;RBI=0.102067;REFB=-0.0346304;REVB=0.0249652;RO=15;SAF=208;SAR=240;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320387;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:464:486:15:0:448:486:1:240:208:13:2:248:238:0:0 chr8 22960873 . G C 1552.75 PASS AF=0.963964;AO=106;DP=111;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0189362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.706;QD=55.9549;RBI=0.0290392;REFB=-0.0932219;REVB=0.0220158;RO=2;SAF=87;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473651;STB=0.545446;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000313787;OID=.;OPOS=22960873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:111:111:2:4:106:107:0.963964:19:87:0:2:20:87:0:4 chr8 22974188 . A G 495.76 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0115845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7595;QD=16.3889;RBI=0.0284818;REFB=-0.0151889;REVB=-0.0260194;RO=65;SAF=32;SAR=22;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389605;STB=0.531317;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0146314;OID=.;OPOS=22974188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:65:67:54:54:0.446281:22:32:36:29:22:32:36:31 chr8 22974325 . G A 166.99 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.025917;FXX=0.0714031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.402;QD=25.691;RBI=0.0278713;REFB=-0.0569033;REVB=0.0102527;RO=8;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231207;STB=0.6427;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0156349;OID=.;OPOS=22974325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:8:9:17:17:0.653846:9:8:7:1:9:8:8:1 chr8 22974450 . T C 519.94 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.842;QD=59.4213;RBI=0.067566;REFB=0;REVB=-0.00464584;RO=0;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428885;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:29:6:0:0:29:6:0:0 chr8 23001988 . A G 1469.57 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.759;QD=58.2008;RBI=0.0679728;REFB=-0.142329;REVB=-0.0639016;RO=1;SAF=45;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104245;STB=0.505493;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000952429;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:101:1:1:99:100:0.990099:54:45:1:0:55:45:1:0 chr8 23021346 . G A 539.46 PASS AF=0.378698;AO=64;DP=169;FAO=64;FDP=169;FR=.;FRO=105;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=-0.0170896;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.005;QD=12.7683;RBI=0.0181834;REFB=0.00102188;REVB=-0.0062114;RO=102;SAF=28;SAR=36;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152406;STB=0.576984;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00148904;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:102:105:64:64:0.378698:36:28:59:43:36:28:59:46 chr8 23049292 . C T 1832.15 PASS AF=1;AO=106;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913829;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.921;QD=61.5849;RBI=0.0657391;REFB=0;REVB=0.0651008;RO=0;SAF=65;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0862e-05;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:106:119:1:41:65:0:0:53:66:0:0 chr8 23059324 . C G 2099.78 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560525;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1836;QD=62.6799;RBI=0.0591594;REFB=0;REVB=0.0189196;RO=0;SAF=55;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114682;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:77:55:0:0:78:56:0:0 chr8 23060256 . T C 2213.16 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0497114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.202;QD=62.3426;RBI=0.0703103;REFB=-0.0131184;REVB=0.0497224;RO=1;SAF=64;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737156;STB=0.503875;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000479539;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:77:64:1:0:77:64:1:0 chr8 23118304 . C T 292.25 PASS AF=0.353535;AO=34;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.000313186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.172;QD=11.808;RBI=0.0217383;REFB=-0.0156059;REVB=-0.0217361;RO=63;SAF=18;SAR=16;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083992;STB=0.543619;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0256759;OID=.;OPOS=23118304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:64:34:35:0.353535:16:18:38:25:16:19:39:25 chr8 23147564 . G A 326.95 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0749987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6429;QD=15.2069;RBI=0.117753;REFB=-0.0164565;REVB=0.0907791;RO=50;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660817;STB=0.537381;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0231912;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:21:15:24:26:21:15:24:26 chr8 23148930 . A G 936.61 PASS AF=0.442478;AO=99;DP=224;FAO=100;FDP=226;FR=.;FRO=126;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=0.0340846;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.634;QD=16.5771;RBI=0.0352613;REFB=-0.000712639;REVB=0.00903335;RO=123;SAF=51;SAR=48;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108263;STB=0.554141;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000439018;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:226:123:126:99:100:0.442478:48:51:50:73:49:51:52:74 chr8 23148940 . G A 1135.44 PASS AF=0.46371;AO=116;DP=248;FAO=115;FDP=248;FR=.;FRO=133;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=57;FSRR=76;FWDB=0.0102283;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.403;QD=18.3135;RBI=0.0108559;REFB=-0.0126853;REVB=0.00363768;RO=132;SAF=63;SAR=53;SRF=56;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114242;STB=0.559095;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0134257;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:132:133:116:115:0.46371:53:63:56:76:53:62:57:76 chr8 23150878 . T G 1672.86 PASS AF=0.548951;AO=157;DP=286;FAO=157;FDP=286;FR=.;FRO=129;FSAF=76;FSAR=81;FSRF=57;FSRR=72;FWDB=0.0029234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.94;QD=23.3966;RBI=0.00403875;REFB=-0.0326762;REVB=-0.00278661;RO=118;SAF=76;SAR=81;SRF=46;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748766;STB=0.519082;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.010698;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:118:129:157:157:0.548951:81:76:46:72:81:76:57:72 chr8 23152334 . A G 3201.28 PASS AF=1;AO=205;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906027;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.518;QD=61.563;RBI=0.0274789;REFB=0;REVB=0.0259423;RO=0;SAF=86;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36687e-05;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:208:0:0:205:208:1:119:86:0:0:119:89:0:0 chr8 23153022 . T C 882.24 PASS AF=0.489011;AO=87;DP=180;FAO=89;FDP=182;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=28;FSRR=65;FWDB=0.00659281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.655;QD=19.39;RBI=0.0163288;REFB=-0.0028911;REVB=0.0149387;RO=89;SAF=35;SAR=52;SRF=28;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854695;STB=0.556009;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00276449;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:89:93:87:89:0.489011:52:35:28:61:53:36:28:65 chr8 23154989 . T G 155.78 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0130011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.284;QD=10.9317;RBI=0.123524;REFB=-0.0132633;REVB=-0.122837;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811725;STB=0.557085;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0380938;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:12:8:17:19:12:8:18:19 chr8 23167353 . T G 2010.45 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241833;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.139;QD=62.3396;RBI=0.0303256;REFB=0;REVB=0.0182979;RO=0;SAF=49;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141535;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:128:129:1:79:49:0:0:79:50:0:0 chr8 23186007 . T C 2529.86 PASS AF=0.993976;AO=163;DP=165;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0619661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.15;QD=60.9605;RBI=0.062275;REFB=0.085592;REVB=0.00619505;RO=1;SAF=85;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556564;STB=0.50289;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000312633;OID=.;OPOS=23186007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:166:1:1:163:165:0.993976:78:85:1:0:79:86:1:0 chr8 23190941 . T C 546.65 PASS AF=0.392638;AO=64;DP=163;FAO=64;FDP=163;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=0.0114945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.865;QD=13.4147;RBI=0.0243905;REFB=-0.00599086;REVB=-0.0215122;RO=99;SAF=33;SAR=31;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656798;STB=0.537036;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00873519;OID=.;OPOS=23190941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:99:99:64:64:0.392638:31:33:45:54:31:33:45:54 chr8 23225745 . C T 358.71 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00784865;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.386;QD=17.0812;RBI=0.00784953;REFB=-0.0060405;REVB=-0.000117492;RO=44;SAF=26;SAR=11;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239232;STB=0.523868;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00633856;OID=.;OPOS=23225745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:46:37:38:0.452381:11:26:30:14:11:27:31:15 chr8 23290451 . C T 1573.9 PASS AF=0.508091;AO=157;DP=304;FAO=157;FDP=309;FR=.;FRO=152;FSAF=65;FSAR=92;FSRF=58;FSRR=94;FWDB=0.0045012;FXX=0.00643066;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.451;QD=20.3741;RBI=0.00460766;REFB=-0.0102601;REVB=-0.000984742;RO=137;SAF=65;SAR=92;SRF=55;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110815;STB=0.516532;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0102445;OID=.;OPOS=23290451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:309:137:152:157:157:0.508091:92:65:55:82:92:65:58:94 chr8 23292985 . A G 314.21 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00403988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.169;QD=17.2169;RBI=0.0226253;REFB=-0.0155973;REVB=0.0222617;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13336;STB=0.568141;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0152938;OID=.;OPOS=23292985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:20:14:21:17:20:14:21:18 chr8 23392733 . C T 762.52 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=170;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0441749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6523;QD=17.9416;RBI=0.0539209;REFB=0.00276162;REVB=0.0309199;RO=89;SAF=41;SAR=39;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363068;STB=0.516932;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00272669;OID=.;OPOS=23392733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:89:90:80:80:0.470588:39:41:49:40:39:41:49:41 chr8 23423758 . G A 780.29 PASS AF=0.42439;AO=87;DP=203;FAO=87;FDP=205;FR=.;FRO=118;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=0.00656664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.578;QD=15.2253;RBI=0.0154292;REFB=-0.0150012;REVB=-0.0139621;RO=116;SAF=36;SAR=51;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717616;STB=0.535608;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0177516;OID=.;OPOS=23423758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:205:116:118:87:87:0.42439:51:36:56:60:51:36:56:62 chr8 23431407 . A G 497.16 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0269635;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.038;QD=23.3958;RBI=0.0270088;REFB=-0.0168652;REVB=0.00156454;RO=38;SAF=17;SAR=30;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028816;STB=0.515845;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0146486;OID=.;OPOS=23431407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:38:38:47:47:0.552941:30:17:15:23:30:17:15:23 chr8 23432314 . T C 353.77 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0266012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.9;QD=18.6194;RBI=0.0304508;REFB=-0.00985119;REVB=-0.01482;RO=38;SAF=10;SAR=27;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717121;STB=0.526302;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0040265;OID=.;OPOS=23432314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:39:37:37:0.486842:27:10:8:30:27:10:9:30 chr8 23432326 . T A 1378.63 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=94;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0138065;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.2;QD=59.2958;RBI=0.0156363;REFB=-0.0147132;REVB=-0.0073399;RO=3;SAF=31;SAR=59;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000751772;STB=0.500397;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.000193783;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:93:3:3:90:90:0.967742:59:31:1:2:59:31:1:2 chr8 23432332 . C T 496.46 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0178283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.285;QD=20.9037;RBI=0.0189338;REFB=-0.00802264;REVB=-0.00637487;RO=47;SAF=15;SAR=33;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709843;STB=0.539359;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00727119;OID=.;OPOS=23432332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:33:15:18:29:33:15:18:29 chr8 23432776 . A C 2494.36 PASS AF=0.988095;AO=164;DP=168;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00502497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.569;QD=59.3896;RBI=0.0269389;REFB=-0.016431;REVB=0.0264661;RO=1;SAF=80;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591132;STB=0.506172;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000101829;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:168:168:1:2:164:166:0.988095:84:80:1:0:86:80:2:0 chr8 24171051 . C T 924.45 PASS AF=0.502762;AO=91;DP=168;FAO=91;FDP=181;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0049629;FXX=0.0320838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.185;QD=20.4298;RBI=0.0933517;REFB=-0.0333708;REVB=-0.0932196;RO=71;SAF=44;SAR=47;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980365;STB=0.502673;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0373937;OID=.;OPOS=24171051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:181:71:90:91:91:0.502762:47:44:43:28:47:44:44:46 chr8 24199218 . C A 728.65 PASS AF=0.398104;AO=84;DP=213;FAO=84;FDP=211;FR=.;FRO=127;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=-0.000272385;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.836;QD=13.8133;RBI=0.00491191;REFB=-0.00221695;REVB=-0.00490435;RO=129;SAF=41;SAR=43;SRF=63;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000298255;STB=0.504686;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0032122;OID=.;OPOS=24199218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:211:129:127:84:84:0.398104:43:41:63:66:43:41:61:66 chr8 24207399 . G C 1088.04 PASS AF=0.421986;AO=116;DP=277;FAO=119;FDP=282;FR=.;FRO=163;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=87;FSRR=76;FWDB=0.0115093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.526;QD=15.4332;RBI=0.0131237;REFB=-0.0247729;REVB=0.00630623;RO=148;SAF=51;SAR=65;SRF=76;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748882;STB=0.551107;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0293865;OID=.;OPOS=24207399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:282:148:163:116:119:0.421986:65:51:76:72:66:53:87:76 chr8 24207438 . G A 1373.66 PASS AF=0.466019;AO=144;DP=310;FAO=144;FDP=309;FR=.;FRO=165;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=72;FSRR=93;FWDB=-0.0741704;FXX=0.0032257;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.065;QD=17.7821;RBI=0.0742622;REFB=-0.00031019;REVB=0.00369065;RO=165;SAF=67;SAR=77;SRF=72;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028194;STB=0.515546;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00028974;OID=.;OPOS=24207438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:309:165:165:144:144:0.466019:77:67:72:93:77:67:72:93 chr8 24211278 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.852;QD=63.2862;RBI=0.00458922;REFB=0;REVB=0.0041168;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87086e-06;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr8 24211331 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00068554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.205;QD=56.9381;RBI=0.00864536;REFB=0;REVB=0.00861813;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96165e-05;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr8 24211869 . G T 337.15 PASS AF=0.346774;AO=42;DP=124;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0350841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.302;QD=10.8757;RBI=0.0382822;REFB=-0.0200068;REVB=-0.0153176;RO=80;SAF=12;SAR=30;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285224;STB=0.655152;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0537929;OID=.;OPOS=24211869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:80:81:42:43:0.346774:30:12:42:38:30:13:43:38 chr8 24211884 . A ATGTC 857.52 PASS AF=0.616;AO=77;DP=128;FAO=77;FDP=125;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0123244;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=4;MLLD=272.796;QD=27.4407;RBI=0.0123397;REFB=-0.0174384;REVB=0.000612683;RO=48;SAF=35;SAR=42;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175509;STB=0.509514;STBP=0.817;TYPE=ins;VARB=0.00876335;OID=.;OPOS=24211885;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=ATGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.616:77:128:77:125:48:35:42:23:25:99:48:35:42:23:25 chr8 24211888 . C CTGTCT 232.75 PASS AF=0.304;AO=14;DP=133;FAO=38;FDP=125;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.0273421;FXX=0.0157468;HRUN=6;LEN=5;MLLD=254.4;QD=7.44808;RBI=0.0298296;REFB=-0.0332943;REVB=0.0119254;RO=117;SAF=3;SAR=11;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315188;STB=0.51379;STBP=0.842;TYPE=ins;VARB=0.0901032;OID=.;OPOS=24211889;OREF=-;OALT=TGTCT;OMAPALT=CTGTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304:14:133:38:125:87:15:23:36:51:99:117:3:11:54:63 chr8 24211889 . T TGTC 132.13 PASS AF=0.192;AO=23;DP=137;FAO=24;FDP=125;FR=.;FRO=101;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=62;FWDB=-0.00894877;FXX=0.00793588;HRUN=0;LEN=3;MLLD=272.857;QD=4.22825;RBI=0.0114231;REFB=-0.00929584;REVB=0.00709982;RO=112;SAF=11;SAR=12;SRF=45;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986663;STB=0.623833;STBP=0.202;TYPE=ins;VARB=0.0320191;OID=.;OPOS=24211890;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.192:23:137:24:125:101:13:11:39:62:99:112:11:12:45:67 chr8 24256052 . C T 328.19 PASS AF=0.292517;AO=43;DP=144;FAO=43;FDP=147;FR=.;FRO=104;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=-0.0394449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.587;QD=8.93031;RBI=0.0416612;REFB=-0.00827107;REVB=-0.0134073;RO=101;SAF=24;SAR=19;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134336;STB=0.56815;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0174609;OID=.;OPOS=24256052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:101:104:43:43:0.292517:19:24:45:56:19:24:48:56 chr8 24256470 . C T 899.67 PASS AF=0.444954;AO=97;DP=218;FAO=97;FDP=218;FR=.;FRO=121;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=0.0746781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.987;QD=16.5078;RBI=0.0748158;REFB=-0.0128424;REVB=0.00453697;RO=119;SAF=41;SAR=56;SRF=58;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650589;STB=0.54108;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0154957;OID=.;OPOS=24256470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:119:121:97:97:0.444954:56:41:58:61:56:41:60:61 chr8 24261526 . A G 1097.08 PASS AF=0.46473;AO=112;DP=243;FAO=112;FDP=241;FR=.;FRO=129;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=58;FSRR=71;FWDB=-0.00971857;FXX=0.00823011;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.299;QD=18.2088;RBI=0.0162089;REFB=-0.011508;REVB=0.0129722;RO=129;SAF=42;SAR=70;SRF=58;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753857;STB=0.541704;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0140451;OID=.;OPOS=24261526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:241:129:129:112:112:0.46473:70:42:58:71:70:42:58:71 chr8 24323243 . A G 1806.76 PASS AF=0.514706;AO=175;DP=340;FAO=175;FDP=340;FR=.;FRO=165;FSAF=67;FSAR=108;FSRF=67;FSRR=98;FWDB=0.00344966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.613;QD=21.256;RBI=0.0038766;REFB=-0.00779293;REVB=-0.00176857;RO=164;SAF=67;SAR=108;SRF=66;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182529;STB=0.511847;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00771043;OID=.;OPOS=24323243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:340:164:165:175:175:0.514706:108:67:66:98:108:67:67:98 chr8 24339679 . G A 323.82 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0733113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.241;QD=14.3918;RBI=0.0747984;REFB=-0.00237749;REVB=-0.0148412;RO=54;SAF=18;SAR=18;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587095;STB=0.533315;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00570969;OID=.;OPOS=24339679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:18:18:24:30:18:18:24:30 chr8 24356818 . A C 619.28 PASS AF=0.525424;AO=61;DP=117;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0211469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2915;QD=20.9925;RBI=0.137864;REFB=0.0341788;REVB=0.136232;RO=56;SAF=18;SAR=43;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130802;STB=0.574602;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0290874;OID=.;OPOS=24356818;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:56:56:61:62:0.525424:43:18:24:32:44:18:24:32 chr8 24359068 . G A 555.12 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.00356886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.8;QD=18.5039;RBI=0.0402075;REFB=0.00430541;REVB=-0.0400488;RO=61;SAF=30;SAR=28;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129509;STB=0.575246;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00437683;OID=.;OPOS=24359068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:62:58:58:0.483333:28:30:23:38:28:30:23:39 chr8 24366020 . T C 519.94 PASS AF=0.407143;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=140;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0105382;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.599;QD=14.8555;RBI=0.0203611;REFB=-0.0156281;REVB=0.0174218;RO=83;SAF=29;SAR=28;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979919;STB=0.505515;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0213417;OID=.;OPOS=24366020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:83:83:57:57:0.407143:28:29:43:40:28:29:43:40 chr8 24774683 . C A 1469.19 PASS AF=0.971963;AO=100;DP=104;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0273798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.353;QD=54.9231;RBI=0.0304702;REFB=-0.0668849;REVB=-0.013371;RO=4;SAF=44;SAR=56;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411889;STB=0.516126;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00297684;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:104:107:4:3:100:104:0.971963:56:44:4:0:59:45:3:0 chr8 24776423 . C T 261.94 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0209231;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3106;QD=13.263;RBI=0.0338182;REFB=-0.00440095;REVB=-0.0265686;RO=48;SAF=10;SAR=20;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967172;STB=0.540043;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0108634;OID=.;OPOS=24776423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:48:48:30:31:0.392405:20:10:20:28:20:11:20:28 chr8 24810088 . T A 687.7 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0254256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9235;QD=20.5282;RBI=0.0326816;REFB=-0.0145777;REVB=-0.0205336;RO=66;SAF=27;SAR=41;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107483;STB=0.55924;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0124584;OID=.;OPOS=24810088;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:66:68:68:0.507463:41:27:34:32:41:27:34:32 chr8 24811064 . AGG A,AG 949.06 PASS AF=0,1;AO=58,86;DP=154;FAO=0,152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=0,142;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.131037,-0.256581;FXX=0.0129862;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=8.89075,8.76619;QD=24.9752;RBI=0.146476,0.286526;REFB=0,0;REVB=-0.0654573,-0.127527;RO=6;SAF=55,82;SAR=3,4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0934915,0.0769986;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00382865;OID=.,.;OPOS=24811065,24811065;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:58,86:154:0,152:152:0:0,142:0,10:0:0:15:6:55,82:3,4:5:1 chr8 25159885 . G A 1472.52 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00355456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5279;QD=63.3343;RBI=0.042973;REFB=0;REVB=0.0428257;RO=0;SAF=31;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153671;OID=.;OPOS=25159885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:62:31:0:0:62:31:0:0 chr8 25182969 . C T 1290.07 PASS AF=0.88785;AO=95;DP=111;FAO=95;FDP=107;FR=.;FRO=12;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.000892185;FXX=0.0360328;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.553;QD=48.2269;RBI=0.00843429;REFB=-0.00869728;REVB=-0.00838697;RO=11;SAF=35;SAR=60;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554942;STB=0.535262;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0013266;OID=.;OPOS=25182969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:111:107:11:12:95:95:0.88785:60:35:7:4:60:35:8:4 chr8 25182970 . A T 42.87 PASS AF=0.0982143;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=112;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=0.00744435;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.8471;QD=1.53098;RBI=0.00832216;REFB=-0.000987898;REVB=0.00372022;RO=101;SAF=7;SAR=4;SRF=40;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276657;STB=0.707269;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00109303;OID=.;OPOS=25182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:112:112:101:101:11:11:0.0982143:4:7:40:61:4:7:40:61 chr8 25203022 . A G 2224.5 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.415;QD=62.6619;RBI=0.0402333;REFB=-0.0603592;REVB=0.0180485;RO=0;SAF=65;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223749;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:138:142:0:0:138:142:1:73:65:0:0:74:68:0:0 chr8 25222165 . A G 1418.45 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000133222;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.331;QD=63.0421;RBI=0.00411604;REFB=0;REVB=-0.00411388;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171239;OID=.;OPOS=25222165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:55:32:0:0:56:34:0:0 chr8 25230168 . C T 2842.46 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3937;QD=62.8169;RBI=0.0480876;REFB=0;REVB=0.0418379;RO=0;SAF=92;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46788e-05;OID=.;OPOS=25230168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:181:0:0:178:181:1:86:92:0:0:89:92:0:0 chr8 25234858 . A G 2747.76 PASS AF=0.943299;AO=183;DP=194;FAO=183;FDP=194;FR=.;FRO=11;FSAF=90;FSAR=93;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0496336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.689;QD=56.6549;RBI=0.0520464;REFB=-0.0427499;REVB=-0.015663;RO=10;SAF=90;SAR=93;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204987;STB=0.508196;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0217708;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:194:194:10:11:183:183:0.943299:93:90:7:3:93:90:7:4 chr8 25267622 . A G 1181.07 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348483;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.477;QD=60.5675;RBI=0.0435767;REFB=0;REVB=-0.0261633;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63636e-06;OID=.;OPOS=25267622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:39:38:0:0:39:39:0:0 chr8 25280800 . C G 1679.18 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.738;QD=59.4399;RBI=0.0251349;REFB=-0.0609679;REVB=-0.013593;RO=0;SAF=48;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46823e-08;STB=0.505154;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000163802;OID=.;OPOS=25280800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:111:112:0.99115:63:48:0:0:64:48:1:0 chr8 25323777 . T C 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.022;QD=60.7153;RBI=0.0480654;REFB=0;REVB=0.0153643;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9826e-05;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr8 25323790 . G A 329.54 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.054201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.611;QD=18.3077;RBI=0.0544408;REFB=-0.0199374;REVB=0.00510356;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735518;STB=0.540961;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0247321;OID=.;OPOS=25323790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:20:15:13:24:20:15:13:24 chr8 26221331 . T C 389.95 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0373694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.056;QD=21.6641;RBI=0.0373756;REFB=-0.024632;REVB=0.000684769;RO=33;SAF=13;SAR=26;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134086;STB=0.574218;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0207859;OID=.;OPOS=26221331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:26:13:16:17:26:13:16:17 chr8 26240646 . A G 9890.09 PASS AF=1;AO=620;DP=628;FAO=621;FDP=621;FR=.;FRO=0;FSAF=288;FSAR=333;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113584;FXX=0.041666;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.46;QD=63.7043;RBI=0.0486614;REFB=-0.0483062;REVB=-0.0486482;RO=4;SAF=287;SAR=333;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000456691;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692441;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:628:621:4:0:620:621:1:333:287:2:2:333:288:0:0 chr8 26269191 . C T 1376.07 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.557;QD=62.5487;RBI=0.0406524;REFB=0;REVB=-0.000214365;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15692e-05;OID=.;OPOS=26269191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr8 26362201 . A T 1079.13 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0100148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.22;QD=56.0589;RBI=0.0369375;REFB=0.0551067;REVB=0.035554;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521733;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.000751081;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:0:3:74:74:0.961039:33:41:0:0:33:41:0:3 chr8 26365716 . C T 638.31 PASS AF=0.432927;AO=71;DP=164;FAO=71;FDP=164;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.00790344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7013;QD=15.5685;RBI=0.0490083;REFB=0.00929468;REVB=0.0483668;RO=93;SAF=49;SAR=22;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199917;STB=0.612017;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0129844;OID=.;OPOS=26365716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:93:93:71:71:0.432927:22:49:47:46:22:49:47:46 chr8 26481771 . T C 3073.49 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052171;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.746;QD=61.7787;RBI=0.0574889;REFB=0;REVB=0.0241486;RO=0;SAF=85;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235503;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:199:0:0:199:199:1:114:85:0:0:114:85:0:0 chr8 26510792 . T C 5010.98 PASS AF=1;AO=314;DP=315;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355409;FXX=0.0031347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.406;QD=63.0312;RBI=0.0425269;REFB=0;REVB=0.0233534;RO=0;SAF=141;SAR=173;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37946e-05;OID=.;OPOS=26510792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:315:318:0:0:314:318:1:173:141:0:0:174:144:0:0 chr8 26515138 . C T 154.09 PASS AF=0.395349;AO=18;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00398291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.714;QD=14.3341;RBI=0.0185935;REFB=-0.0325628;REVB=0.0181619;RO=24;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14358;STB=0.557072;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0437112;OID=.;OPOS=26515138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:26:18:17:0.395349:4:14:16:8:4:13:18:8 chr8 26628028 . A G 638.56 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0179586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.1;QD=18.7812;RBI=0.0238749;REFB=-0.0143527;REVB=0.0157321;RO=71;SAF=27;SAR=38;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205212;STB=0.511365;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0150266;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:71:65:65:0.477941:38:27:31:40:38:27:31:40 chr8 26636925 . T C 405.9 PASS AF=0.403361;AO=45;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=52;FWDB=0.0315834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9101;QD=13.6436;RBI=0.037966;REFB=0.00276259;REVB=0.0210691;RO=72;SAF=18;SAR=27;SRF=20;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14334;STB=0.605655;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00641275;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:72:71:45:48:0.403361:27:18:20:52:27:21:19:52 chr8 27101204 . T A 4494.76 PASS AF=0.986254;AO=286;DP=293;FAO=287;FDP=291;FR=.;FRO=4;FSAF=114;FSAR=173;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00299906;FXX=0.00682571;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.869;QD=61.7837;RBI=0.023067;REFB=-0.0867576;REVB=0.0228712;RO=3;SAF=114;SAR=172;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00552721;STB=0.505052;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00048375;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:293:291:3:4:286:287:0.986254:172:114:2:1:173:114:3:1 chr8 27101206 . A C 4664.31 PASS AF=1;AO=292;DP=293;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183918;FXX=0.00677943;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0401;QD=63.6766;RBI=0.0735121;REFB=-0.0995293;REVB=-0.0711743;RO=1;SAF=119;SAR=173;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00399071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102231;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:293:293:1:0:292:293:1:173:119:1:0:174:119:0:0 chr8 27101279 . C T 1677.08 PASS AF=0.571429;AO=156;DP=273;FAO=156;FDP=273;FR=.;FRO=117;FSAF=49;FSAR=107;FSRF=45;FSRR=72;FWDB=0.000656126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.749;QD=24.5726;RBI=0.0474272;REFB=-0.0126035;REVB=-0.0474226;RO=117;SAF=49;SAR=107;SRF=45;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629037;STB=0.534172;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0101081;OID=.;OPOS=27101279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:117:117:156:156:0.571429:107:49:45:72:107:49:45:72 chr8 27324822 . T C 2758.22 PASS AF=0.978022;AO=178;DP=186;FAO=178;FDP=182;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=91;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00890979;FXX=0.042103;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.665;QD=60.6203;RBI=0.0114485;REFB=-0.0365069;REVB=0.00718913;RO=4;SAF=87;SAR=91;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109275;STB=0.505742;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=7.99559e-05;OID=.;OPOS=27324822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:186:182:4:4:178:178:0.978022:91:87:3:1:91:87:3:1 chr8 27324844 . G A 2519.88 PASS AF=0.976608;AO=166;DP=170;FAO=167;FDP=171;FR=.;FRO=4;FSAF=79;FSAR=88;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0627935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5919;QD=58.9445;RBI=0.0765674;REFB=-0.0363989;REVB=0.0438126;RO=3;SAF=79;SAR=87;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177255;STB=0.506492;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00327138;OID=.;OPOS=27324844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:170:171:3:4:166:167:0.976608:87:79:3:0:88:79:3:1 chr8 27327468 . C G 33.98 PASS AF=0.0991736;AO=13;DP=121;FAO=12;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=-0.0678337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.216;QD=1.12344;RBI=0.0846055;REFB=-0.0178788;REVB=-0.0505636;RO=84;SAF=13;SAR=0;SRF=27;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.751209;STB=0.926701;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.22007;OID=.;OPOS=27327468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:121:121:84:109:13:12:0.0991736:0:13:27:57:1:11:45:64 chr8 27328511 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.878;QD=59.8558;RBI=0.0078035;REFB=0;REVB=0.00690742;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61861e-06;OID=.;OPOS=27328511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr8 27373865 . G A 539.9 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0102877;FXX=0.0168053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.637;QD=18.4581;RBI=0.022602;REFB=-0.000415882;REVB=-0.020125;RO=60;SAF=26;SAR=31;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213331;STB=0.520788;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00134487;OID=.;OPOS=27373865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:57:57:0.487179:31:26:26:34:30:27:26:34 chr8 27401964 . A C 300.41 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0656149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3984;QD=16.4606;RBI=0.114729;REFB=0.00451713;REVB=0.0941136;RO=40;SAF=8;SAR=24;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227049;STB=0.633441;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00493957;OID=.;OPOS=27401964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:40:32:33:0.452055:24:8:18:22:25:8:18:22 chr8 27462481 . A G 779.08 PASS AF=0.47929;AO=81;DP=169;FAO=81;FDP=169;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0131641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0736;QD=18.4399;RBI=0.0438884;REFB=-0.0142007;REVB=-0.0418677;RO=86;SAF=35;SAR=46;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00177455;STB=0.506186;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0137245;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:86:88:81:81:0.47929:46:35:37:49:46:35:37:51 chr8 27469093 . C A 221.97 PASS AF=0.6;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.030045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.744;QD=25.3674;RBI=0.0376144;REFB=-0.022306;REVB=0.0226305;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622494;STB=0.519981;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0132614;OID=.;OPOS=27469093;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:20:21:0.6:13:7:6:8:13:8:6:8 chr8 27516955 . G A 127.16 PASS AF=0.260274;AO=18;DP=72;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00400567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.921;QD=6.96755;RBI=0.011757;REFB=-0.00210572;REVB=0.0110535;RO=54;SAF=7;SAR=11;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236442;STB=0.530455;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00978439;OID=.;OPOS=27516955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:54:54:18:19:0.260274:11:7:22:32:12:7:22:32 chr8 27559214 . G A 739.26 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=132;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0240395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.004;QD=22.4017;RBI=0.0241706;REFB=-0.0291693;REVB=0.00251418;RO=61;SAF=39;SAR=32;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762376;STB=0.541771;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0200561;OID=.;OPOS=27559214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:61:61:71:71:0.537879:32:39:28:33:32:39:28:33 chr8 27634064 . C T 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.365;QD=59.4268;RBI=0.0271415;REFB=0;REVB=-0.0196359;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108316;OID=.;OPOS=27634064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr8 27661318 . C A 696.42 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0224502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.763;QD=56.8508;RBI=0.0262605;REFB=0.00801164;REVB=0.0136236;RO=2;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261126;STB=0.507856;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.000109176;OID=.;OPOS=27661318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:2:3:46:46:0.938776:35:11:0:2:35:11:1:2 chr8 27667969 . C G 1278.6 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.717;QD=60.8859;RBI=0.0223947;REFB=0;REVB=0.0201543;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213321;OID=.;OPOS=27667969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:84:0:0:79:84:1:50:29:0:0:54:30:0:0 chr8 27679981 . T C 1344.27 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.682;QD=61.1033;RBI=0.0244245;REFB=-0.0521996;REVB=-0.0192876;RO=1;SAF=47;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997443;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00324117;OID=.;OPOS=27679981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:1:1:86:87:0.988636:39:47:1:0:40:47:1:0 chr8 27690557 . A C 630.9 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.225;QD=60.0852;RBI=0.0382665;REFB=0;REVB=-0.0033833;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48435e-05;OID=.;OPOS=27690557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:38:42:1:12:26:0:0:15:27:0:0 chr8 27729532 . G A 2018.22 PASS AF=1;AO=115;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.687;QD=62.5806;RBI=0.0324972;REFB=0;REVB=-0.00814776;RO=0;SAF=47;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49003e-05;OID=.;OPOS=27729532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:115:129:1:68:47:0:0:69:60:0:0 chr8 27737198 . A G 3862.25 PASS AF=1;AO=242;DP=243;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040608;FXX=0.00411506;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.508;QD=63.8388;RBI=0.00830691;REFB=0;REVB=-0.0072467;RO=0;SAF=138;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91014e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168702;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:242:0:0:242:242:1:104:138:0:0:104:138:0:0 chr8 27767171 . G A 704.88 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0198762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7643;QD=21.1993;RBI=0.0216225;REFB=0.000235594;REVB=0.00851287;RO=64;SAF=38;SAR=31;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171893;STB=0.509448;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-2.57157e-05;OID=.;OPOS=27767171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:64:64:69:69:0.518797:31:38:34:30:31:38:34:30 chr8 27767231 . C G 534.15 PASS AF=0.406667;AO=60;DP=147;FAO=61;FDP=150;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=55;FSRR=34;FWDB=0.00214916;FXX=0.013157;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.336;QD=14.2441;RBI=0.0273791;REFB=-0.00416591;REVB=0.0272946;RO=86;SAF=30;SAR=30;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134373;STB=0.565273;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00747273;OID=.;OPOS=27767231;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:86:89:60:61:0.406667:30:30:54:32:30:31:55:34 chr8 27779545 . C T 1156.79 PASS AF=1;AO=73;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697792;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5467;QD=54.4371;RBI=0.291137;REFB=-0.173408;REVB=0.282651;RO=1;SAF=51;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210118;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0288652;OID=.;OPOS=27779545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:0:73:85:1:22:51:0:1:34:51:0:0 chr8 27903069 . C T 938.22 PASS AF=0.45045;AO=100;DP=222;FAO=100;FDP=222;FR=.;FRO=122;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=50;FSRR=72;FWDB=-0.00284554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.437;QD=16.9049;RBI=0.00497714;REFB=-0.0125225;REVB=0.00408349;RO=121;SAF=46;SAR=54;SRF=49;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550278;STB=0.527863;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0152869;OID=.;OPOS=27903069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:121:122:100:100:0.45045:54:46:49:72:54:46:50:72 chr8 27915830 . T C 4410.31 PASS AF=0.976589;AO=289;DP=296;FAO=292;FDP=299;FR=.;FRO=7;FSAF=110;FSAR=182;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0353909;FXX=0.0164468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.3887;QD=59.0008;RBI=0.0463912;REFB=0.0128793;REVB=-0.0299938;RO=7;SAF=107;SAR=182;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110232;STB=0.505846;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000976742;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:296:299:7:7:289:292:0.976589:182:107:1:6:182:110:1:6 chr8 27918057 . T C 1324.88 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00363321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.597;QD=60.9142;RBI=0.0477691;REFB=0.0203033;REVB=0.0476308;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000257859;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:41:45:0:0:41:45:1:0 chr8 27925204 . T C 1270.16 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.6;QD=60.4838;RBI=0.0703522;REFB=0;REVB=0.042423;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142253;OID=.;OPOS=27925204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:79:84:1:42:37:0:0:42:42:0:0 chr8 27925796 . A T 809.74 PASS AF=0.581395;AO=75;DP=129;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00679794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.859;QD=25.1081;RBI=0.00863038;REFB=-0.0154016;REVB=-0.00531709;RO=53;SAF=41;SAR=34;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140739;STB=0.504062;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0127542;OID=.;OPOS=27925796;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:53:54:75:75:0.581395:34:41:28:25:34:41:29:25 chr8 27927849 . C G 1171.82 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.878;QD=60.8739;RBI=0.0348571;REFB=0;REVB=0.0162184;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120532;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:48:29:0:0:48:29:0:0 chr8 27931875 . A G 695.87 PASS AF=0.405263;AO=77;DP=190;FAO=77;FDP=190;FR=.;FRO=113;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=70;FSRR=43;FWDB=-0.00435566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.176;QD=14.6498;RBI=0.00726724;REFB=0.00057818;REVB=0.0058173;RO=113;SAF=40;SAR=37;SRF=70;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106803;STB=0.55982;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.000830845;OID=.;OPOS=27931875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:113:113:77:77:0.405263:37:40:70:43:37:40:70:43 chr8 27967964 . TTA T,TT 89.03 PASS AF=0.078125,0.421875;AO=10,16;DP=66;FAO=5,27;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=0,20;FSAR=5,7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.152959,-0.0798162;FXX=0;HRUN=5,6;LEN=2,1;MLLD=15.8233,9.38027;QD=5.56465;RBI=0.193431,0.141037;REFB=0.011656,-0.0770005;REVB=0.118402,0.116279;RO=24;SAF=10,8;SAR=0,8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0.392857;SSEP=0,0;SSSB=0.744796,-0.12938;STB=0.998166,0.575698;STBP=0.005,0.351;TYPE=del,del;VARB=0.0586242,0.101127;OID=.,.;OPOS=27967965,27967966;OREF=TA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.078125,0.421875:10,16:66:5,27:64:32:0,20:5,7:20:12:55:24:10,8:0,8:15:9 chr8 28286174 . T G 1695.09 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.446;QD=60.5388;RBI=0.0426195;REFB=0;REVB=0.0349758;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34949e-05;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:64:48:0:0:64:48:0:0 chr8 28304769 . C T 1526.6 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730992;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7959;QD=59.8666;RBI=0.00923067;REFB=0;REVB=0.00563652;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157185;OID=.;OPOS=28304769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:100:102:1:59:41:0:0:61:41:0:0 chr8 28384712 . A G 3028.6 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00250854;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.221;QD=63.0957;RBI=0.0167449;REFB=-0.0166961;REVB=0.016556;RO=0;SAF=117;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64997e-06;OID=.;OPOS=28384712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:192:192:0:0:191:192:1:74:117:0:0:74:118:0:0 chr8 28574803 . G A 402.75 PASS AF=0.333333;AO=49;DP=147;FAO=49;FDP=147;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.0119335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.404;QD=10.9593;RBI=0.0134683;REFB=-0.0115934;REVB=-0.00624395;RO=97;SAF=26;SAR=23;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10045;STB=0.554242;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0167083;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:97:98:49:49:0.333333:23:26:43:54:23:26:44:54 chr8 28638455 . G A 707.67 PASS AF=0.534884;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.00944085;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5707;QD=21.9432;RBI=0.0177131;REFB=0.00401918;REVB=0.0149875;RO=59;SAF=29;SAR=40;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00296599;STB=0.50173;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00267089;OID=.;OPOS=28638455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:59:60:69:69:0.534884:40:29:25:34:40:29:25:35 chr8 28908874 . T TAACC 913.92 PASS AF=0.763441;AO=65;DP=160;FAO=71;FDP=93;FR=.;FRO=22;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=0.0156462;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=4;MLLD=270.506;QD=39.3083;RBI=0.0241445;REFB=-0.0525695;REVB=0.0183889;RO=94;SAF=33;SAR=32;SRF=66;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206643;STB=0.592636;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.00912002;OID=.;OPOS=28908875;OREF=-;OALT=AACC;OMAPALT=TAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.763441:65:160:71:93:22:37:34:20:2:99:94:33:32:66:28 chr8 28984042 . T C 530.41 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0230586;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.911;QD=24.9602;RBI=0.0240655;REFB=-0.0192023;REVB=0.00688836;RO=35;SAF=20;SAR=29;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146664;STB=0.586105;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0152473;OID=.;OPOS=28984042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:35:36:49:49:0.576471:29:20:21:14:29:20:22:14 chr8 29005093 . A G 536.02 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.0460788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0863;QD=18.9743;RBI=0.0501234;REFB=-0.0175736;REVB=-0.0197256;RO=57;SAF=14;SAR=42;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566659;STB=0.531417;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0188117;OID=.;OPOS=29005093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:42:14:17:40:42:14:17:40 chr8 29197672 . A G 439.47 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00201769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.921;QD=21.9736;RBI=0.159791;REFB=-0.000647031;REVB=-0.159779;RO=37;SAF=33;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384455;STB=0.698426;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000213945;OID=.;OPOS=29197672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:42:43:0.5375:9:33:14:23:10:33:14:23 chr8 29927300 . C G 1712.73 PASS AF=0.975;AO=113;DP=118;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0426551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.997;QD=57.091;RBI=0.0434565;REFB=-0.149668;REVB=-0.00830748;RO=1;SAF=46;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703472;STB=0.510637;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.000892462;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:120:1:3:113:117:0.975:67:46:0:1:69:48:0:3 chr8 29927321 . A G 1522.5 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0571958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.677;QD=58.5578;RBI=0.0620499;REFB=-0.0525468;REVB=0.0240589;RO=1;SAF=37;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126496;STB=0.506665;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000464333;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:102:103:0.990385:65:37:1:0:66:37:1:0 chr8 29965519 . T C 632.12 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8661;QD=61.6701;RBI=0.0396793;REFB=0;REVB=0.0392247;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663495;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr8 29989564 . A G 1397.09 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.784;QD=62.7907;RBI=0.0589018;REFB=0;REVB=0.0374139;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246068;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:43:45:0:0:43:46:0:0 chr8 29996158 . A G 1362.96 PASS AF=0.988764;AO=84;DP=85;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.763;QD=61.2566;RBI=0.0646263;REFB=-0.0271006;REVB=0.0612717;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.504853;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000383774;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:89:0:1:84:88:0.988764:37:47:0:0:37:51:1:0 chr8 29996256 . T C 1283.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.541;QD=61.8313;RBI=0.0111;REFB=0;REVB=-0.000922677;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99322e-05;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:41:40:0:0:41:42:0:0 chr8 30423886 . C CAG 2644.19 PASS AF=0.907767;AO=186;DP=215;FAO=187;FDP=206;FR=.;FRO=19;FSAF=79;FSAR=108;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.0041569;FXX=0.0236956;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.2;QD=51.3434;RBI=0.00629496;REFB=-0.0469479;REVB=-0.00472723;RO=24;SAF=78;SAR=108;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815826;STB=0.544019;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00480308;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.907767:186:215:187:206:19:79:108:17:2:63:24:78:108:19:5 chr8 30494732 . CTTGT C 75.96 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0264368;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=195.054;QD=10.852;RBI=0.085712;REFB=-0.0238883;REVB=-0.0815331;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574537;STB=0.524651;STBP=0.852;TYPE=del;VARB=0.0322021;OID=.;OPOS=30494733;OREF=TTGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:12:28:12:28:16:7:5:10:6:75:14:7:5:9:5 chr8 30501232 . C T 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00423212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.689;QD=27.2216;RBI=0.0619639;REFB=0.00468064;REVB=-0.0618192;RO=15;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00320299;OID=.;OPOS=30501232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:15:10:6:9:15:10:7:9 chr8 30503371 . C T 309.14 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.00713914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0458;QD=16.0591;RBI=0.00865341;REFB=-0.0166041;REVB=-0.00489021;RO=43;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22833;STB=0.628027;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0213157;OID=.;OPOS=30503371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:15:19:14:29:15:19:14:29 chr8 30565624 . G A 968.95 PASS AF=0.422764;AO=104;DP=246;FAO=104;FDP=246;FR=.;FRO=142;FSAF=34;FSAR=70;FSRF=87;FSRR=55;FWDB=-0.0415144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4067;QD=15.7552;RBI=0.0453949;REFB=-0.00638649;REVB=0.0183644;RO=142;SAF=34;SAR=70;SRF=87;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297269;STB=0.665848;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00845201;OID=.;OPOS=30565624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:142:142:104:104:0.422764:70:34:87:55:70:34:87:55 chr8 30608976 . C T 2307.07 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6684;QD=61.1145;RBI=0.0163957;REFB=0;REVB=0.0110021;RO=0;SAF=63;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74642e-06;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:151:0:0:146:151:1:83:63:0:0:88:63:0:0 chr8 30620840 . G GT 798.33 PASS AF=1;AO=78;DP=91;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.0518;QD=36.2877;RBI=0.119201;REFB=0.0228293;REVB=-0.112013;RO=8;SAF=28;SAR=50;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049911;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000577462;OID=.;OPOS=30620841;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:91:88:88:0:30:58:0:0:12:8:28:50:5:3 chr8 30695226 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8857;QD=51.1846;RBI=0.0183092;REFB=0;REVB=-0.0178682;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000375734;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr8 30890333 . G A 100.36 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0137485;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.245;QD=14.3374;RBI=0.0314828;REFB=-0.0138637;REVB=-0.0283222;RO=13;SAF=10;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502668;STB=0.838281;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0148342;OID=.;OPOS=30890333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:16:11:12:0.428571:1:10:7:6:1:11:8:8 chr8 30924557 . C T 1381.07 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187899;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.379;QD=62.7761;RBI=0.0413919;REFB=0;REVB=0.0413492;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40004e-06;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr8 30973957 . G T 475.67 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0255219;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.743;QD=14.9819;RBI=0.0263036;REFB=0.000481367;REVB=-0.00636488;RO=71;SAF=23;SAR=30;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131876;STB=0.562142;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00148773;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:71:74:53:53:0.417323:30:23:40:31:30:23:40:34 chr8 30999280 . G T 515.36 PASS AF=0.5;AO=50;DP=107;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.00127295;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.745;QD=19.0875;RBI=0.003746;REFB=0.00472844;REVB=0.00352308;RO=57;SAF=24;SAR=26;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194772;STB=0.592054;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00562334;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:57:54:50:54:0.5:26:24:39:18:28:26:36:18 chr8 31024638 . C T 734.67 PASS AF=0.48125;AO=75;DP=160;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.00919107;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8989;QD=18.3668;RBI=0.0318984;REFB=0.0233663;REVB=-0.0305456;RO=83;SAF=38;SAR=37;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126434;STB=0.575381;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0248831;OID=.;OPOS=31024638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:83:83:75:77:0.48125:37:38:31:52:37:40:31:52 chr8 32453358 . G A 1080.75 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1795;QD=60.0417;RBI=0.0264981;REFB=0;REVB=0.0189638;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105653;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:34:37:0:0:34:38:0:0 chr8 32621844 . G T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3701;QD=57.8844;RBI=0.00549918;REFB=0;REVB=0.00473847;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43112e-05;OID=.;OPOS=32621844;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr8 32663420 . A G 2176.91 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.512;QD=62.645;RBI=0.017284;REFB=0;REVB=-0.00416698;RO=0;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16852e-05;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:139:0:0:135:139:1:76:59:0:0:76:63:0:0 chr8 33313329 . G A 441.68 PASS AF=0.377778;AO=51;DP=135;FAO=51;FDP=135;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.0124067;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.647;QD=13.0868;RBI=0.0146235;REFB=-0.0121819;REVB=-0.00774095;RO=84;SAF=23;SAR=28;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782645;STB=0.544362;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.018749;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:84:84:51:51:0.377778:28:23:32:52:28:23:32:52 chr8 33356074 . A G 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00063406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.012;QD=13.0717;RBI=0.0126472;REFB=-0.0150396;REVB=0.0126313;RO=50;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180173;STB=0.602772;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0180643;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:14:17:19:31:14:17:19:31 chr8 33369944 . T C 492.56 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00934145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3022;QD=17.4356;RBI=0.0197686;REFB=0.0175695;REVB=0.0174222;RO=60;SAF=22;SAR=31;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097942;STB=0.554485;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.019817;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:31:22:31:29:31:22:31:29 chr8 33369994 . A G 398.19 PASS AF=0.44;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0353234;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3068;QD=15.9275;RBI=0.0558504;REFB=0.0414939;REVB=-0.0432611;RO=54;SAF=23;SAR=21;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141251;STB=0.517328;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0655246;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:54:56:44:44:0.44:21:23:29:25:21:23:31:25 chr8 33416189 . G A 632.83 PASS AF=0.44586;AO=68;DP=155;FAO=70;FDP=157;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.000212252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1963;QD=16.1231;RBI=0.0462327;REFB=-0.000140243;REVB=-0.0462322;RO=85;SAF=45;SAR=23;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174459;STB=0.594197;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00019656;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:85:87:68:70:0.44586:23:45:42:43:24:46:43:44 chr8 33416222 . C T 585.72 PASS AF=0.408537;AO=67;DP=164;FAO=67;FDP=164;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.0303988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5414;QD=14.2858;RBI=0.0375815;REFB=0.0217873;REVB=-0.0220971;RO=97;SAF=41;SAR=26;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103995;STB=0.558482;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0318173;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:97:97:67:67:0.408537:26:41:50:47:26:41:50:47 chr8 33437926 . C T 399.14 PASS AF=0.435644;AO=43;DP=100;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.000944635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.008;QD=15.8076;RBI=0.00742993;REFB=0.0108812;REVB=0.00736964;RO=56;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00627701;STB=0.507883;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0127387;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:56:57:43:44:0.435644:22:21:27:29:23:21:28:29 chr8 33573577 . A G 562.16 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6178;QD=59.1748;RBI=0.0601603;REFB=0;REVB=0.00534069;RO=1;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003655;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:1:0:35:38:1:28:7:0:1:31:7:0:0 chr8 35631978 . GAA CAG,GA 74.69 PASS AF=0.0606061,0.252525;AO=6,23;DP=101;FAO=6,25;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=0,6;FSAR=6,19;FSRF=51;FSRR=17;FWDB=3.95738e-05,0.108741;FXX=0.0198;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=206.637,9.41605;QD=3.01759;RBI=0.0983226,0.184029;REFB=-0.0109866,-0.134295;REVB=-0.0983226,-0.148466;RO=58;SAF=0,4;SAR=6,19;SRF=48;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.763711,-0.685972;STB=0.998965,0.833491;STBP=0,0.001;TYPE=mnp,del;VARB=0.196242,0.121925;OID=.,.;OPOS=35631978,35631979;OREF=GAA,A;OALT=CAG,-;OMAPALT=CAG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:101:99:58:68:6,23:6,25:0.0606061,0.252525:6,19:0,4:48:10:6,19:0,6:51:17 chr8 36694394 . C T 2627.86 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5459;QD=61.832;RBI=0.067625;REFB=0;REVB=0.00578005;RO=0;SAF=69;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06095e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77386e-05;OID=.;OPOS=36694394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:169:170:1:100:69:0:0:101:69:0:0 chr8 36767024 . T C 2534.07 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167269;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.632;QD=61.8066;RBI=0.00219593;REFB=0;REVB=0.00142274;RO=0;SAF=61;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44388e-05;OID=.;OPOS=36767024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:103:61:0:0:103:61:0:0 chr8 37455990 . G C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00950413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9561;QD=16.6153;RBI=0.0221235;REFB=0.00792452;REVB=-0.019978;RO=21;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373743;STB=0.502143;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00735002;OID=.;OPOS=37455990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:13:4:5:16:13:4:5:16 chr8 37456438 . A G 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00808739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.9;QD=25.1494;RBI=0.0123895;REFB=-0.00842726;REVB=-0.00938584;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417622;STB=0.502317;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00718282;OID=.;OPOS=37456438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:14:13:10:11:14:13:10:11 chr8 37702472 . G A 210.18 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0897714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4234;QD=26.2722;RBI=0.145032;REFB=-0.00847606;REVB=0.11391;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138909;STB=0.576849;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0116709;OID=.;OPOS=37702472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:11:9:3:9:11:9:3:9 chr8 37728017 . A G 1527.15 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090716;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.192;QD=59.8884;RBI=0.0195424;REFB=0;REVB=-0.0173093;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07936e-05;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:101:102:1:50:51:0:0:51:51:0:0 chr8 37728019 . T G 1522.94 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0601295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0368;QD=58.5745;RBI=0.0631395;REFB=-0.0671787;REVB=0.0192624;RO=1;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921259;STB=0.504761;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00574419;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:102:103:0.990385:51:51:0:1:52:51:0:1 chr8 37728931 . GCTT GCT,TGTC 404.33 PASS AF=0.932773,0.0672269;AO=22,5;DP=115;FAO=111,8;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61,0;FSAR=50,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.97558,0.075042;FXX=0.0629872;HRUN=8,2;LEN=1,4;MLLD=5.16019,200.042;QD=13.5909;RBI=1.02598,0.0908484;REFB=0.0831298,0.00473726;REVB=0.31762,-0.0512067;RO=57;SAF=7,0;SAR=15,5;SRF=42;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.473527,-0.681551;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0246513,0.219047;OID=.,.;OPOS=37728933,37728931;OREF=T,GCTT;OALT=-,TGTC;OMAPALT=GCT,TGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:115:119:57:0:22,5:111,8:0.932773,0.0672269:15,5:7,0:42:15:50,8:61,0:0:0 chr8 37730368 . G A 529.7 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0341511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.7964;QD=15.1341;RBI=0.042072;REFB=-0.0460704;REVB=-0.0245714;RO=82;SAF=32;SAR=26;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920535;STB=0.551706;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0519551;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:82:58:58:0.414286:26:32:38:44:26:32:38:44 chr8 37963239 . C T 1205.82 PASS AF=0.416928;AO=132;DP=324;FAO=133;FDP=319;FR=.;FRO=186;FSAF=47;FSAR=86;FSRF=76;FSRR=110;FWDB=0.00765212;FXX=0.018461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.881;QD=15.12;RBI=0.0169043;REFB=-0.00572752;REVB=-0.0150732;RO=176;SAF=46;SAR=86;SRF=72;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669018;STB=0.534507;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00879971;OID=.;OPOS=37963239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:319:176:186:132:133:0.416928:86:46:72:104:86:47:76:110 chr8 37979919 . G C 990.79 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.851;QD=57.4372;RBI=0.0313883;REFB=0;REVB=0.0279466;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935965;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:69:0:0:64:69:1:32:32:0:0:36:33:0:0 chr8 37985897 . A G 729.49 PASS AF=0.489796;AO=73;DP=148;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00353094;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0856;QD=19.8501;RBI=0.0379173;REFB=-0.0088277;REVB=-0.0377525;RO=74;SAF=39;SAR=34;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00661907;STB=0.511108;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00887649;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:74:75:73:72:0.489796:34:39:39:35:33:39:39:36 chr8 37996327 . G A 978.37 PASS AF=0.5;AO=96;DP=194;FAO=97;FDP=194;FR=.;FRO=97;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.0375756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6217;QD=20.1726;RBI=0.0452648;REFB=-0.016942;REVB=-0.0252384;RO=97;SAF=57;SAR=39;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251854;STB=0.515977;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0167447;OID=.;OPOS=37996327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:97:97:96:97:0.5:39:57:55:42:39:58:55:42 chr8 38005835 . T C 1933.52 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.112;QD=61.8726;RBI=0.062811;REFB=0;REVB=0.0130059;RO=0;SAF=75;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60813e-05;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:50:75:0:0:50:75:0:0 chr8 38095662 . C G,T 1561.52 PASS AF=0.0471698,0.95283;AO=5,101;DP=106;FAO=5,101;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43;FSAR=5,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567164,0.0181165;FXX=0.00934492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.6799,161.183;QD=58.9252;RBI=0.0137408,0.0226032;REFB=0,0;REVB=0.0125157,0.0135166;RO=0;SAF=0,43;SAR=5,58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000224141,0.0013494;OID=.,.;OPOS=38095662,38095662;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:106:106:0:0:5,101:5,101:0.0471698,0.95283:5,58:0,43:0:0:5,58:0,43:0:0 chr8 38385914 . C T 467.34 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.0748169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1147;QD=15.4492;RBI=0.074914;REFB=-0.0132226;REVB=-0.0038145;RO=68;SAF=32;SAR=20;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182226;STB=0.504709;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0173635;OID=.;OPOS=38385914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:69:52:52:0.429752:20:32:43:25:20:32:43:26 chr8 38458552 . G GTCT 3847.05 PASS AF=1;AO=240;DP=264;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331068;FXX=0.0350181;HRUN=0;LEN=3;MLLD=217.865;QD=62.0492;RBI=0.0572981;REFB=0;REVB=0.0467655;RO=10;SAF=134;SAR=106;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.46284e-06;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:240:264:248:248:0:140:108:0:0:21:10:134:106:10:0 chr8 38458659 . C T 2664.27 PASS AF=0.988571;AO=172;DP=175;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0609532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.333;QD=60.8975;RBI=0.0615991;REFB=-0.0333906;REVB=-0.00889668;RO=2;SAF=98;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009614;STB=0.504999;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000112729;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:175:175:2:2:172:173:0.988571:74:98:2:0:74:99:2:0 chr8 38677932 . A G 511.21 PASS AF=0.661972;AO=44;DP=71;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0167377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.319;QD=28.8004;RBI=0.0199657;REFB=-0.0196884;REVB=-0.0108847;RO=24;SAF=21;SAR=23;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667233;STB=0.531709;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00856497;OID=.;OPOS=38677932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:24:24:44:47:0.661972:23:21:9:15:25:22:9:15 chr8 38684853 . T C 916.62 PASS AF=0.484211;AO=90;DP=188;FAO=92;FDP=190;FR=.;FRO=98;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=0.0327882;FXX=0.0155432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.226;QD=19.2972;RBI=0.0334282;REFB=-0.0162234;REVB=0.00650979;RO=98;SAF=31;SAR=59;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650198;STB=0.527296;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0128236;OID=.;OPOS=38684853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:98:98:90:92:0.484211:59:31:40:58:59:33:40:58 chr8 38695996 . T C 117.75 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00616367;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.233;QD=10.9535;RBI=0.00694814;REFB=-0.0158519;REVB=-0.00320716;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756223;STB=0.535006;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0353343;OID=.;OPOS=38695996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:29:14:14:0.325581:9:5:8:19:9:5:9:20 chr8 38707452 . A T 312.46 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.000902155;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8532;QD=11.4664;RBI=0.0312071;REFB=-0.00607978;REVB=0.0311941;RO=67;SAF=27;SAR=12;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116649;STB=0.55623;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0114381;OID=.;OPOS=38707452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:70:39:39:0.357798:12:27:40:27:12:27:43:27 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 2630.91 PASS AF=0.908108,0.0918919;AO=140,41;DP=190;FAO=168,17;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=89,0;FSAR=79,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360601,-0.0223559;FXX=0.0263144;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=23.615,177.656;QD=56.8846;RBI=0.164292,0.0257433;REFB=0,0;REVB=0.160285,-0.0127645;RO=0;SAF=88,0;SAR=52,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.60289e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00995507,0.169788;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.908108,0.0918919:140,41:190:168,17:185:0:89,0:79,17:0:0:41:0:88,0:52,41:0:0 chr8 38835666 . T C 637.77 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110937;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.338;QD=62.221;RBI=0.0123896;REFB=0;REVB=0.00551647;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335052;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:39:41:1:23:16:0:0:25:16:0:0 chr8 38848850 . C T 1543.33 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.767;QD=59.3589;RBI=0.0286703;REFB=0;REVB=0.0273046;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29133e-05;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:96:104:0:0:96:104:1:48:48:0:0:51:53:0:0 chr8 38964647 . G A 1893.73 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537403;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.261;QD=61.5848;RBI=0.00556845;REFB=0;REVB=0.0014586;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372626;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:57:65:0:0:57:66:0:0 chr8 38965271 . C T 13762.6 PASS AF=0.962527;AO=899;DP=934;FAO=899;FDP=934;FR=.;FRO=35;FSAF=442;FSAR=457;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.0140789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.457;QD=58.9404;RBI=0.0304916;REFB=-0.155208;REVB=0.0270467;RO=7;SAF=442;SAR=457;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304132;STB=0.511553;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000478795;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:934:934:7:35:899:899:0.962527:457:442:2:5:457:442:28:7 chr8 39080632 . C G 3152.97 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.434;QD=64.0196;RBI=0.0289325;REFB=0;REVB=-0.0288968;RO=0;SAF=96;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.531e-05;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:197:0:0:196:197:1:100:96:0:0:100:97:0:0 chr8 39311600 . C T 2305.74 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528744;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.682;QD=61.0792;RBI=0.0287945;REFB=0;REVB=-0.0283048;RO=0;SAF=79;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85162e-05;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:72:79:0:0:72:79:0:0 chr8 39312885 . CG C,CA 996.92 PASS AF=0.0147059,0.985294;AO=12,56;DP=68;FAO=1,67;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256703,0.026663;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.1947,105.578;QD=58.6422;RBI=0.0794976,0.0439239;REFB=0,0;REVB=-0.075239,-0.0349055;RO=0;SAF=5,27;SAR=7,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0180004,0.00180959;OID=.,.;OPOS=39312886,39312886;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0147059,0.985294:12,56:68:1,67:68:0:1,31:0,36:0:0:3:0:5,27:7,29:0:0 chr8 39463823 . T C 606.98 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=159;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=67;FSRR=24;FWDB=0.00788263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.003;QD=15.27;RBI=0.00789193;REFB=-0.0101393;REVB=0.000383086;RO=88;SAF=43;SAR=25;SRF=64;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106897;STB=0.566175;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00985045;OID=.;OPOS=39463823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:88:91:68:68:0.427673:25:43:64:24:25:43:67:24 chr8 39496029 . T C 925.88 PASS AF=0.559748;AO=88;DP=159;FAO=89;FDP=159;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.019216;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.247;QD=23.2927;RBI=0.0228208;REFB=-0.00514074;REVB=-0.01231;RO=69;SAF=46;SAR=42;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117288;STB=0.557563;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.003966;OID=.;OPOS=39496029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:69:70:88:89:0.559748:42:46:26:43:43:46:27:43 chr8 39872866 . A C 1534.68 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0234519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5823;QD=62.64;RBI=0.0399749;REFB=-0.18249;REVB=-0.0323729;RO=1;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977841;STB=0.505154;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00118106;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:1:1:97:97:0.989796:48:49:0:1:48:49:0:1 chr8 39873478 . T C 234.13 PASS AF=0.95;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0033239;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.9653;QD=46.8264;RBI=0.0390277;REFB=0.00983801;REVB=0.0388859;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000583894;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:20:1:1:19:19:0.95:11:8:0:1:11:8:0:1 chr8 39873483 . TT AA 180.21 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438229;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=2;MLLD=211.826;QD=48.0564;RBI=0.0440621;REFB=0;REVB=0.00458503;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000168667;OID=.;OPOS=39873483;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr8 40011079 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.878;QD=58.9622;RBI=0.0332842;REFB=0;REVB=0.000214616;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128256;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr8 40012684 . C G 330.03 PASS AF=0.320611;AO=42;DP=131;FAO=42;FDP=131;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.0265853;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.888;QD=10.0772;RBI=0.0268574;REFB=0.0056669;REVB=-0.00381312;RO=89;SAF=14;SAR=28;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316529;STB=0.683331;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0060133;OID=.;OPOS=40012684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:89:89:42:42:0.320611:28:14:54:35:28:14:54:35 chr8 40389710 . GTT ATG,GT 676.8 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=4,33;DP=112;FAO=6,102;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=0,54;FSAR=6,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10145,1.03138;FXX=0.0357111;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=173.905,8.59242;QD=25.0666;RBI=0.104985,1.05205;REFB=0.0459613,0.0953545;REVB=-0.0270138,0.207539;RO=64;SAF=0,1;SAR=4,32;SRF=52;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.685712,-0.829731;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.111227,0.0199785;OID=.,.;OPOS=40389710,40389711;OREF=GTT,T;OALT=ATG,-;OMAPALT=ATG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:112:108:64:0:4,33:6,102:0.0555556,0.944444:4,32:0,1:52:12:6,48:0,54:0:0 chr8 41132742 . A T 686.03 PASS AF=0.536;AO=66;DP=124;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0058165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.442;QD=21.953;RBI=0.043586;REFB=-0.0223841;REVB=-0.0431961;RO=56;SAF=39;SAR=27;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141013;STB=0.511462;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0176151;OID=.;OPOS=41132742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:56:58:66:67:0.536:27:39:34:22:27:40:36:22 chr8 41391704 . A G 1441.5 PASS AF=0.465839;AO=148;DP=320;FAO=150;FDP=322;FR=.;FRO=172;FSAF=55;FSAR=95;FSRF=89;FSRR=83;FWDB=0.0020403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7591;QD=17.9068;RBI=0.013957;REFB=0.0084816;REVB=-0.013807;RO=171;SAF=55;SAR=93;SRF=88;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142499;STB=0.58286;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0122434;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:322:171:172:148:150:0.465839:93:55:88:83:95:55:89:83 chr8 41391761 . A T 907.06 PASS AF=0.483721;AO=93;DP=199;FAO=104;FDP=215;FR=.;FRO=111;FSAF=36;FSAR=68;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=0.0249663;FXX=0.00462942;HRUN=8;LEN=1;MLLD=45.9299;QD=16.8755;RBI=0.0444918;REFB=-0.0504983;REVB=0.0368267;RO=105;SAF=32;SAR=61;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187651;STB=0.608241;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0273389;OID=.;OPOS=41391761;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:215:105:111:93:104:0.483721:61:32:56:49:68:36:61:50 chr8 41512648 . GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC 400.51 PASS AF=0,1;AO=4,20;DP=35;FAO=0,29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0875692,0.128608;FXX=0.17138;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=124.873,140.127;QD=55.2429;RBI=0.117548,0.168703;REFB=0,0;REVB=0.078417,0.109181;RO=0;SAF=4,1;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.97126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.14306,0.00375373;OID=.,.;OPOS=41512671,41512649;OREF=GTC,GT;OALT=-,-;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,20:35:0,29:29:0:0,7:0,22:0:0:3:0:4,1:0,19:0:0 chr8 41517958 . A AG 4339.27 PASS AF=1;AO=382;DP=442;FAO=432;FDP=432;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=256;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151567;FXX=0.015945;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.7391;QD=40.1784;RBI=0.169524;REFB=0;REVB=0.0759332;RO=41;SAF=147;SAR=235;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525366;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00198625;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:382:442:432:432:0:176:256:0:0:86:41:147:235:27:14 chr8 41519462 . A G 505.02 PASS AF=0.495327;AO=54;DP=106;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00978199;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.54;QD=18.8794;RBI=0.0603415;REFB=-0.0339649;REVB=0.0595433;RO=50;SAF=23;SAR=31;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202153;STB=0.588821;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0424832;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:50:54:54:53:0.495327:31:23:33:17:30:23:33:21 chr8 41521663 . T C 535.27 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0171724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7126;QD=20.9911;RBI=0.021424;REFB=0.00993948;REVB=-0.0128101;RO=48;SAF=27;SAR=27;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534494;STB=0.529401;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0204405;OID=.;OPOS=41521663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:27:27:21:27:27:27:21:27 chr8 41525914 . C T 697.67 PASS AF=0.5;AO=69;DP=138;FAO=69;FDP=138;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.0268162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7743;QD=20.2222;RBI=0.0268845;REFB=-0.00407572;REVB=-0.00191529;RO=69;SAF=34;SAR=35;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525496;STB=0.528959;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00241307;OID=.;OPOS=41525914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:69:69:69:69:0.5:35:34:38:31:35:34:38:31 chr8 41542141 . G A 639.51 PASS AF=0.574074;AO=61;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0186714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.47;QD=23.6856;RBI=0.0216056;REFB=-0.00578727;REVB=0.0108712;RO=44;SAF=28;SAR=33;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837576;STB=0.539185;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00412062;OID=.;OPOS=41542141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:44:46:61:62:0.574074:33:28:25:19:34:28:25:21 chr8 41553928 . C G 1009.66 PASS AF=0.429719;AO=107;DP=249;FAO=107;FDP=249;FR=.;FRO=142;FSAF=36;FSAR=71;FSRF=67;FSRR=75;FWDB=0.022959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8735;QD=16.2194;RBI=0.0450496;REFB=0.00360778;REVB=0.0387601;RO=140;SAF=36;SAR=71;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152683;STB=0.581813;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00374426;OID=.;OPOS=41553928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:140:142:107:107:0.429719:71:36:67:73:71:36:67:75 chr8 41583294 . C T 1462.92 PASS AF=0.490132;AO=149;DP=308;FAO=149;FDP=304;FR=.;FRO=155;FSAF=80;FSAR=69;FSRF=80;FSRR=75;FWDB=0.00460565;FXX=0.0129866;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.847;QD=19.2489;RBI=0.00804539;REFB=0.000765308;REVB=-0.00659669;RO=152;SAF=80;SAR=69;SRF=77;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280046;STB=0.510637;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.000795176;OID=.;OPOS=41583294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:304:152:155:149:149:0.490132:69:80:77:75:69:80:80:75 chr8 41787705 . CTCATT C 176.97 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.000152391;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=5;MLLD=308.4;QD=13.3562;RBI=0.00437737;REFB=-0.0153842;REVB=-0.00437471;RO=31;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297188;STB=0.667258;STBP=0.08;TYPE=del;VARB=0.0173383;OID=.;OPOS=41787706;OREF=TCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396226:21:55:21:53:32:4:17:13:19:99:31:4:17:13:18 chr8 42013563 . T TATG 1832.4 PASS AF=0.932836;AO=124;DP=136;FAO=125;FDP=134;FR=.;FRO=9;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00865422;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=3;MLLD=324.004;QD=54.6984;RBI=0.0104839;REFB=-0.019327;REVB=0.00591745;RO=10;SAF=54;SAR=70;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00926344;STB=0.500303;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000830919;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.932836:124:136:125:134:9:55:70:4:5:25:10:54:70:5:5 chr8 42033661 . C T 646.83 PASS AF=0.440994;AO=71;DP=161;FAO=71;FDP=161;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.0134312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.343;QD=16.0702;RBI=0.0137212;REFB=0.00187971;REVB=-0.00280574;RO=82;SAF=28;SAR=43;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417329;STB=0.509755;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00223476;OID=.;OPOS=42033661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:82:90:71:71:0.440994:43:28:32:50:43:28:37:53 chr8 42044954 . G A 926.89 PASS AF=0.522989;AO=91;DP=175;FAO=91;FDP=174;FR=.;FRO=83;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=0.0341197;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.234;QD=21.3077;RBI=0.0358698;REFB=-0.00830095;REVB=0.0110673;RO=82;SAF=43;SAR=48;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1079;STB=0.561708;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00841205;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:82:83:91:91:0.522989:48:43:49:33:48:43:50:33 chr8 42176812 . C T 313.08 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.00654778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.708;QD=15.4608;RBI=0.0105648;REFB=-0.019509;REVB=-0.00829109;RO=44;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693793;STB=0.531232;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0345011;OID=.;OPOS=42176812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:44:46:34:35:0.432099:21:13:14:30:21:14:16:30 chr8 42611002 . T C 642.26 PASS AF=0.390374;AO=72;DP=186;FAO=73;FDP=187;FR=.;FRO=114;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=0.0079358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3748;QD=13.7381;RBI=0.0161212;REFB=-0.0128643;REVB=0.0140327;RO=114;SAF=42;SAR=30;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138346;STB=0.58123;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0112534;OID=.;OPOS=42611002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:114:114:72:73:0.390374:30:42:52:62:30:43:52:62 chr8 42882555 . A ATTTGT 1556.93 PASS AF=0.875969;AO=97;DP=135;FAO=113;FDP=129;FR=.;FRO=16;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00732874;FXX=0.0652127;HRUN=3;LEN=5;MLLD=235.924;QD=48.277;RBI=0.00828807;REFB=-0.0487551;REVB=-0.00387061;RO=17;SAF=54;SAR=43;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05965;STB=0.52634;STBP=0.1;TYPE=ins;VARB=0.00394479;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875969:97:135:113:129:16:61:52:12:4:70:17:54:43:13:4 chr8 43054553 . T C 1791.83 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155825;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.834;QD=61.2592;RBI=0.0158549;REFB=0;REVB=-0.00292597;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19894e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:61:56:0:0:61:56:0:0 chr8 46951721 . C G 2064.47 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6108;QD=62.5597;RBI=0.0299327;REFB=0;REVB=0.0115676;RO=0;SAF=75;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00949e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124308;OID=.;OPOS=46951721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:56:75:0:0:56:76:0:0 chr8 46951809 . G A 1136.7 PASS AF=0.987013;AO=54;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.096434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9376;QD=59.0496;RBI=0.121957;REFB=-0.0949676;REVB=0.0746584;RO=0;SAF=14;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00204849;OID=.;OPOS=46951809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:54:76:0.987013:40:14:0:0:47:29:0:1 chr8 46951813 . G T 1042.0 PASS AF=0.986842;AO=65;DP=66;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.129025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.9795;QD=54.8419;RBI=0.153326;REFB=0.00584183;REVB=0.0828337;RO=1;SAF=19;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242098;STB=0.509431;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00482785;OID=.;OPOS=46951813;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:76:1:1:65:75:0.986842:46:19:1:0:49:26:1:0 chr8 47979781 . G C 2319.94 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7807;QD=61.0512;RBI=0.0897103;REFB=0;REVB=-0.0799962;RO=0;SAF=66;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145946;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:151:152:1:85:66:0:0:86:66:0:0 chr8 48102786 . C T 2008.18 PASS AF=0.992366;AO=128;DP=129;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00866546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9887;QD=61.3185;RBI=0.0167584;REFB=-0.00403487;REVB=-0.0143441;RO=1;SAF=64;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736761;STB=0.503816;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-1.03732e-05;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:131:1:1:128:130:0.992366:64:64:1:0:65:65:1:0 chr8 48102987 . A G 1452.14 PASS AF=0.969072;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0354491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.983;QD=59.8821;RBI=0.0382537;REFB=-0.158393;REVB=0.0143772;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.503235;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00358144;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:97:0:3:93:94:0.969072:41:52:0:0:41:53:2:1 chr8 48104076 . G A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0195064;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.568;QD=10.8237;RBI=0.0265241;REFB=-0.0135314;REVB=-0.0179731;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294148;STB=0.66637;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0220893;OID=.;OPOS=48104076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:3:9:11:11:3:9:12:11 chr8 48104722 . G T 1392.8 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2234;QD=61.902;RBI=0.0497793;REFB=0;REVB=0.00892578;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291501;OID=.;OPOS=48104722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:88:90:1:54:34:0:0:56:34:0:0 chr8 48644762 . GT G 88.2 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00137848;FXX=0.043472;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.806;QD=5.34569;RBI=0.00161595;REFB=0.000693061;REVB=-0.000843257;RO=47;SAF=6;SAR=13;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329196;STB=0.696956;STBP=0.059;TYPE=del;VARB=-0.000579401;OID=.;OPOS=48644763;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287879:19:69:19:66:47:6:13:28:19:88:47:6:13:28:19 chr8 48644767 . TCC T 85.7 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0221867;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=253.249;QD=4.96829;RBI=0.0231887;REFB=-0.0030401;REVB=-0.006743;RO=50;SAF=6;SAR=13;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294432;STB=0.677726;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.00488328;OID=.;OPOS=48644768;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275362:19:69:19:69:50:6:13:28:22:85:50:6:13:28:22 chr8 48644771 . ACA AGC 149.44 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.010399;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.518;QD=9.19601;RBI=0.0424388;REFB=0.00303274;REVB=0.041145;RO=44;SAF=6;SAR=12;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277507;STB=0.666481;STBP=0.107;TYPE=mnp;VARB=-4.4026e-05;OID=.;OPOS=48644772;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276923:18:66:18:65:44:6:12:25:19:99:44:6:12:25:19 chr8 48746866 . G A 576.39 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0235504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.065;QD=19.8754;RBI=0.0257322;REFB=-0.026683;REVB=0.0103694;RO=56;SAF=24;SAR=35;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22213;STB=0.617905;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0222555;OID=.;OPOS=48746866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:57:59:59:0.508621:35:24:37:19:35:24:37:20 chr8 48805816 . A AG,G 1217.27 PASS AF=1,0;AO=54,36;DP=97;FAO=91,0;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46,0;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552966,0.0270966;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=19.4799,4.59157;QD=53.5063;RBI=0.130264,0.307134;REFB=0,0;REVB=-0.117945,-0.305936;RO=6;SAF=41,4;SAR=13,32;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0234483,-0.281038;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000552216,0;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:91:6:0:54,36:91,0:1,0:13,32:41,4:4:2:45,0:46,0:0:0 chr8 48885436 . T A 2368.61 PASS AF=0.993631;AO=154;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.511;QD=60.3468;RBI=0.0213147;REFB=-0.0697731;REVB=0.000765135;RO=1;SAF=67;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704729;STB=0.503703;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=7.62644e-05;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:154:156:0.993631:87:67:1:0:89:67:1:0 chr8 49876155 . T C 1896.06 PASS AF=0.504;AO=187;DP=374;FAO=189;FDP=375;FR=.;FRO=186;FSAF=95;FSAR=94;FSRF=93;FSRR=93;FWDB=0.00440569;FXX=0.0026595;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.834;QD=20.2247;RBI=0.00845894;REFB=0.0002582;REVB=-0.00722105;RO=187;SAF=94;SAR=93;SRF=94;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501312;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.000233321;OID=.;OPOS=49876155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:375:187:186:187:189:0.504:93:94:94:93:94:95:93:93 chr8 50242815 . C T 1542.55 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8241;QD=63.6102;RBI=0.057347;REFB=0;REVB=-0.0558731;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185777;OID=.;OPOS=50242815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:44:52:0:0:44:53:0:0 chr8 50242991 . G T 1694.36 PASS AF=1;AO=110;DP=114;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103341;FXX=0.0512777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.642;QD=61.0579;RBI=0.0106556;REFB=0;REVB=0.00259744;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67195e-05;OID=.;OPOS=50242991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:111:0:0:110:111:1:63:47:0:0:63:48:0:0 chr8 51571172 . G A 797.69 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0573026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9674;QD=52.3078;RBI=0.0811131;REFB=-0.0718874;REVB=0.0574086;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513794;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0081282;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:61:0:3:57:58:0.95082:23:34:0:0:23:35:1:2 chr8 52321096 . G A 1305.7 PASS AF=0.408333;AO=145;DP=365;FAO=147;FDP=360;FR=.;FRO=213;FSAF=91;FSAR=56;FSRF=116;FSRR=97;FWDB=0.0380636;FXX=0.016393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5898;QD=14.5077;RBI=0.0436342;REFB=-0.0084211;REVB=0.0213331;RO=204;SAF=90;SAR=55;SRF=116;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570016;STB=0.545673;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0131172;OID=.;OPOS=52321096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:360:204:213:145:147:0.408333:55:90:116:88:56:91:116:97 chr8 52321243 . T C 5450.99 PASS AF=1;AO=333;DP=333;FAO=343;FDP=343;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=190;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.298;QD=63.5684;RBI=0.0334783;REFB=0;REVB=0.000651905;RO=0;SAF=144;SAR=189;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38635e-05;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:333:343:0:0:333:343:1:189:144:0:0:190:153:0:0 chr8 52321686 . C T 385.55 PASS AF=0.380165;AO=45;DP=120;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0155323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.928;QD=12.7455;RBI=0.0401208;REFB=-0.00966102;REVB=0.0369923;RO=75;SAF=22;SAR=23;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684851;STB=0.545435;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0214159;OID=.;OPOS=52321686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:75:75:45:46:0.380165:23:22:32:43:23:23:32:43 chr8 52321843 . G C 283.66 PASS AF=0.516129;AO=28;DP=58;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0385344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.9538;QD=18.3007;RBI=0.125384;REFB=-0.0279412;REVB=0.119315;RO=30;SAF=6;SAR=22;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146271;STB=0.593604;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.030395;OID=.;OPOS=52321843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:30:30:28:32:0.516129:22:6:10:20:25:7:11:19 chr8 52325767 . T G 358.55 PASS AF=0.357724;AO=44;DP=123;FAO=44;FDP=123;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.00389697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.291;QD=11.6602;RBI=0.00664562;REFB=-0.00645509;REVB=0.00538311;RO=79;SAF=18;SAR=26;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192993;STB=0.610368;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0135101;OID=.;OPOS=52325767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:79:79:44:44:0.357724:26:18:46:33:26:18:46:33 chr8 52325796 . G A 397.35 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0536168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4377;QD=12.9218;RBI=0.0632684;REFB=0.0204721;REVB=-0.0335876;RO=75;SAF=19;SAR=28;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168666;STB=0.591783;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0350173;OID=.;OPOS=52325796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:75:76:47:47:0.382114:28:19:42:33:28:19:42:34 chr8 52366200 . G A 4283.97 PASS AF=1;AO=272;DP=274;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0001384;FXX=0.00727246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.421;QD=62.7688;RBI=0.0186997;REFB=-0.103008;REVB=0.0186992;RO=0;SAF=129;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75809e-05;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:274:273:0:0:272:273:1:143:129:0:0:144:129:0:0 chr8 52730521 . C T 2166.06 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293745;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9044;QD=62.7842;RBI=0.042606;REFB=0;REVB=0.0308611;RO=0;SAF=51;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26693e-05;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:138:0:0:133:138:1:82:51:0:0:87:51:0:0 chr8 52730864 . T C 1400.38 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019803;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.918;QD=61.5552;RBI=0.0321062;REFB=-0.113049;REVB=0.0252716;RO=1;SAF=58;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145798;STB=0.507691;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000288944;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:1:1:90:90:0.989011:32:58:0:1:32:58:0:1 chr8 52731494 . G A 34.45 PASS AF=0.09;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=100;FR=.;FRO=91;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.0041409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0392;QD=1.37813;RBI=0.00809753;REFB=0.00203566;REVB=0.00695866;RO=91;SAF=4;SAR=5;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119421;STB=0.594507;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.0198128;OID=.;OPOS=52731494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:100:100:91:91:9:9:0.09:5:4:50:41:5:4:50:41 chr8 52731975 . C A 131.43 PASS AF=0.229885;AO=17;DP=84;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00570449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.693;QD=6.04264;RBI=0.0130795;REFB=-0.00393101;REVB=-0.0117699;RO=67;SAF=12;SAR=5;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168576;STB=0.599392;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0466156;OID=.;OPOS=52731975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:67:67:17:20:0.229885:5:12:39:28:6:14:39:28 chr8 52731980 . C G 102.35 PASS AF=0.197674;AO=17;DP=86;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.013433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.463;QD=4.76034;RBI=0.0141727;REFB=-0.00172102;REVB=-0.00451905;RO=69;SAF=12;SAR=5;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15359;STB=0.59897;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00913612;OID=.;OPOS=52731980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:69:69:17:17:0.197674:5:12:41:28:5:12:41:28 chr8 52731999 . C T 112.86 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.00121595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.002;QD=5.37429;RBI=0.0120136;REFB=-0.000333298;REVB=-0.0119519;RO=66;SAF=13;SAR=5;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162542;STB=0.603172;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00209432;OID=.;OPOS=52731999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:66:66:18:18:0.214286:5:13:40:26:5:13:40:26 chr8 52733050 . T A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.82;QD=59.6785;RBI=0.102344;REFB=0;REVB=0.0292515;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346105;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr8 52746153 . C T 1711.99 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00668519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.373;QD=60.6014;RBI=0.0213453;REFB=0;REVB=-0.0202714;RO=0;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49139e-05;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:66:47:0:0:66:47:0:0 chr8 53071461 . G A 444.12 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00713289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.486;QD=17.2472;RBI=0.00731672;REFB=-0.00391112;REVB=0.00162979;RO=54;SAF=27;SAR=21;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422198;STB=0.51901;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00365632;OID=.;OPOS=53071461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:54:55:48:48:0.466019:21:27:28:26:21:27:29:26 chr8 53537316 . A G 2105.14 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000837337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5464;QD=61.9159;RBI=0.0269848;REFB=0.141797;REVB=-0.0269718;RO=1;SAF=69;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714828;STB=0.503759;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000996629;OID=.;OPOS=53537316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:66:69:0:1:66:69:0:1 chr8 53543090 . TAAAA TA,TAAAT,TACTA 268.28 PASS AF=0.628571,0.171429,0.2;AO=11,2,5;DP=43;FAO=22,6,7;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,0;FSAR=21,6,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.61105,-0.0958288,-0.0722748;FXX=0.255265;HRUN=15,15,15;LEN=3,1,2;MLLD=8.47942,94.4109,73.5945;QD=30.6601;RBI=0.619048,0.109745,0.0955844;REFB=0,0,0;REVB=-0.0991881,-0.0534865,-0.0625517;RO=0;SAF=1,0,0;SAR=10,2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.000661771,0.0293054,0.0287687;OID=.,.,.;OPOS=53543091,53543094,53543092;OREF=AAA,A,AA;OALT=-,T,CT;OMAPALT=TA,TAAAT,TACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.628571,0.171429,0.2:11,2,5:43:22,6,7:35:0:1,0,0:21,6,7:0:0:35:0:1,0,0:10,2,5:0:0 chr8 53555069 . A G 1871.93 PASS AF=0.947368;AO=125;DP=132;FAO=126;FDP=133;FR=.;FRO=7;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0563828;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.63;QD=56.2988;RBI=0.0576288;REFB=-0.138435;REVB=-0.0119185;RO=1;SAF=61;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772572;STB=0.518392;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00420746;OID=.;OPOS=53555069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:132:133:1:7:125:126:0.947368:64:61:1:0:64:62:1:6 chr8 53586706 . A G 2285.37 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.396;QD=60.1412;RBI=0.0293887;REFB=-0.211921;REVB=0.0105603;RO=0;SAF=72;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70733e-08;STB=0.503448;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000352368;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:0:1:151:151:0.993421:79:72:0:0:79:72:1:0 chr8 53586746 . C T 1615.9 PASS AF=0.982143;AO=107;DP=110;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0124793;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2171;QD=57.7109;RBI=0.0477995;REFB=0.0380976;REVB=-0.0461417;RO=3;SAF=50;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00696353;STB=0.508619;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00499161;OID=.;OPOS=53586746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:112:3:2:107:110:0.982143:57:50:1:2:57:53:0:2 chr8 54745538 . C G 1577.88 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3998;QD=63.7527;RBI=0.0431104;REFB=0;REVB=0.0419076;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820747;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:97:99:1:57:40:0:0:58:41:0:0 chr8 54827378 . T TA 30.97 PASS AF=0.4375;AO=2;DP=20;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.100557;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0837;QD=7.74373;RBI=0.122291;REFB=-0.0977195;REVB=-0.0695943;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474595;STB=0.54533;STBP=0.833;TYPE=ins;VARB=0.0979001;OID=.;OPOS=54827379;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:2:20:7:16:9:2:5:2:7:30:17:0:2:6:11 chr8 55586495 . C T 970.22 PASS AF=0.461538;AO=102;DP=221;FAO=102;FDP=221;FR=.;FRO=119;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=-0.037196;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7208;QD=17.5606;RBI=0.0372383;REFB=-0.00197034;REVB=-0.00177437;RO=119;SAF=62;SAR=40;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103067;STB=0.552554;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00220634;OID=.;OPOS=55586495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:119:119:102:102:0.461538:40:62:60:59:40:62:61:58 chr8 55632762 . C T 3403.43 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.638;QD=62.4482;RBI=0.0184913;REFB=0;REVB=0.0122535;RO=0;SAF=98;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13622e-05;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:218:0:0:217:218:1:119:98:0:0:120:98:0:0 chr8 56054696 . C T 564.16 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0107384;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.421;QD=16.5931;RBI=0.026449;REFB=-0.0130956;REVB=-0.0241709;RO=76;SAF=39;SAR=21;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116532;STB=0.565195;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0150492;OID=.;OPOS=56054696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:76:60:60:0.441176:21:39:41:35:21:39:41:35 chr8 56651746 . G A 308.0 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.461;QD=51.3332;RBI=0.0767656;REFB=0;REVB=0.0762162;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157332;OID=.;OPOS=56651746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:22:24:1:11:11:0:0:13:11:0:0 chr8 56652048 . CAT C 4405.31 PASS AF=1;AO=271;DP=289;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000711336;FXX=0.0510187;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.465;QD=63.1585;RBI=0.0551621;REFB=0;REVB=0.0551575;RO=0;SAF=143;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63872e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.54356e-05;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:271:289:279:279:0:142:137:0:0:24:0:143:128:0:0 chr8 56657801 . C T 1572.93 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000389569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3571;QD=59.9212;RBI=0.0502708;REFB=0;REVB=-0.0502692;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001743;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:59:46:0:0:59:46:0:0 chr8 56686224 . T C 2192.53 PASS AF=0.986014;AO=139;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0156318;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6669;QD=61.3295;RBI=0.0156426;REFB=-0.0494445;REVB=-0.000583125;RO=2;SAF=61;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153308;STB=0.508063;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000394757;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:2:2:139:141:0.986014:78:61:2:0:80:61:2:0 chr8 56821700 . T G 2534.12 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0170168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.608;QD=60.3361;RBI=0.0174319;REFB=4.36497e-05;REVB=0.00378125;RO=0;SAF=76;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08707e-08;STB=0.506493;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=2.17135e-05;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:168:168:0:2:166:166:0.988095:90:76:0:0:90:76:2:0 chr8 56821795 . T G 3086.15 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.354;QD=63.3056;RBI=0.0305127;REFB=0;REVB=0.0100183;RO=0;SAF=71;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.17972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37279e-06;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:187:195:0:0:186:195:1:115:71:0:0:120:75:0:0 chr8 56821809 . C T 2468.07 PASS AF=0.981928;AO=162;DP=167;FAO=163;FDP=166;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0150095;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.724;QD=59.4717;RBI=0.0182535;REFB=0.00877927;REVB=-0.0103878;RO=1;SAF=66;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493123;STB=0.501343;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.000333272;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:167:166:1:3:162:163:0.981928:96:66:0:1:97:66:1:2 chr8 56821945 . G A 1533.94 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031333;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3231;QD=63.9141;RBI=0.0420104;REFB=0;REVB=0.0279842;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111942;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:56:40:0:0:56:40:0:0 chr8 56821962 . CT C,CC 1273.23 PASS AF=0.193548,0.806452;AO=27,61;DP=91;FAO=18,75;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=18,22;FSAR=0,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568343,0.19337;FXX=0.0106372;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.7012,100.365;QD=54.7625;RBI=0.057058,0.193567;REFB=0,0;REVB=-0.00504795,-0.00872783;RO=1;SAF=27,8;SAR=0,53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0553976;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0970222,0.0132657;OID=.,.;OPOS=56821963,56821963;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.193548,0.806452:27,61:91:18,75:93:0:18,22:0,53:0:0:20:1:27,8:0,53:1:0 chr8 57074194 . T C 562.15 PASS AF=0.401235;AO=65;DP=162;FAO=65;FDP=162;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=-0.0256663;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.299;QD=13.8801;RBI=0.0262857;REFB=-0.00540068;REVB=0.00567279;RO=96;SAF=25;SAR=40;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000896822;STB=0.504503;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0110138;OID=.;OPOS=57074194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:96:97:65:65:0.401235:40:25:37:59:40:25:38:59 chr8 57075357 . TTAA GTTT,TA,TTA,TTTA 517.36 PASS AF=0,0.75641,0.025641,0;AO=3,8,9,12;DP=77;FAO=0,59,2,0;FDP=78;FR=.;FRO=17;FSAF=0,38,0,0;FSAR=0,21,2,0;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0949511,-0.234265,-0.267965,-0.0379126;FXX=0.123582;HRUN=5,5,5,5;LEN=4,2,1,1;MLLD=142.001,17.0885,9.38413,7.31346;QD=26.5311;RBI=0.106299,0.254841,0.268031,0.101552;REFB=0.00653508,-0.105546,-0.0585509,0.0458918;REVB=-0.0477884,0.100318,0.00591689,-0.09421;RO=13;SAF=0,6,0,0;SAR=3,2,9,12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.344262,0,0;SSSB=-0.597541,0.380118,-0.767567,-0.797288;STB=0.5,0.581335,0.992705,0.5;STBP=1,0.012,0.321,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,0.042595,0.198987,0;OID=.,.,.,.;OPOS=57075357,57075358,57075359,57075359;OREF=TTAA,TA,A,A;OALT=GTTT,-,-,T;OMAPALT=GTTT,TA,TTA,TTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:77:78:13:17:3,8,9,12:0,59,2,0:0,0.75641,0.025641,0:3,2,9,12:0,6,0,0:5:8:0,21,2,0:0,38,0,0:5:12 chr8 57285647 . T G 2312.17 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2938;QD=63.7841;RBI=0.0908988;REFB=0;REVB=0.0897018;RO=0;SAF=66;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04189e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317072;OID=.;OPOS=57285647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:79:66:0:0:79:66:0:0 chr8 57294571 . C G 1007.36 PASS AF=0.985915;AO=65;DP=67;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00361425;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.711;QD=56.7529;RBI=0.0864119;REFB=-0.00970402;REVB=0.0863363;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165719;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000398801;OID=.;OPOS=57294571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:71:1:1:65:70:0.985915:28:37:0:1:30:40:0:1 chr8 57335918 . G C,T 86.55 PASS AF=0.384615,0.384615;AO=5,4;DP=12;FAO=5,5;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3,2;FSAR=2,3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0543811,0.0894051;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.9608,27.9117;QD=26.6308;RBI=0.0741171,0.0899485;REFB=-0.0196949,-0.0345093;REVB=0.0503591,-0.00987222;RO=3;SAF=3,1;SAR=2,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0436878,-0.305979;STB=0.526212,0.599599;STBP=0.986,0.601;TYPE=snp,snp;VARB=0.0425541,0.0768258;OID=.,.;OPOS=57335918,57335918;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:12:13:3:3:5,4:5,5:0.384615,0.384615:2,3:3,1:2:1:2,3:3,2:2:1 chr8 57358251 . C T 1896.63 PASS AF=0.524638;AO=181;DP=345;FAO=181;FDP=345;FR=.;FRO=164;FSAF=108;FSAR=73;FSRF=76;FSRR=88;FWDB=0.0228148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.776;QD=21.99;RBI=0.0237293;REFB=-0.0390846;REVB=-0.00652396;RO=163;SAF=108;SAR=73;SRF=75;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120031;STB=0.564172;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.034421;OID=.;OPOS=57358251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:163:164:181:181:0.524638:73:108:75:88:73:108:76:88 chr8 57358432 . G A 1908.76 PASS AF=0.461538;AO=198;DP=429;FAO=198;FDP=429;FR=.;FRO=231;FSAF=91;FSAR=107;FSRF=110;FSRR=121;FWDB=0.000465607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6886;QD=17.7973;RBI=0.000843019;REFB=-0.00194457;REVB=0.000702774;RO=226;SAF=91;SAR=107;SRF=108;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177779;STB=0.50898;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0027539;OID=.;OPOS=57358432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:429:226:231:198:198:0.461538:107:91:108:118:107:91:110:121 chr8 57829649 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.155;QD=51.9164;RBI=0.0546666;REFB=0;REVB=-0.0522629;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322267;OID=.;OPOS=57829649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr8 57872679 . T C 112.62 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00133462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.036;QD=9.19336;RBI=0.00363897;REFB=-0.00418405;REVB=-0.00338539;RO=35;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122018;STB=0.574359;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00749478;OID=.;OPOS=57872679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:5:9:19:16:5:9:19:16 chr8 59060275 . A G 474.94 PASS AF=0.46087;AO=49;DP=111;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00800638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.158;QD=16.5197;RBI=0.0133394;REFB=-0.0120793;REVB=0.0106695;RO=55;SAF=22;SAR=27;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108766;STB=0.535878;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0115402;OID=.;OPOS=59060275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:115:55:62:49:53:0.46087:27:22:31:24:30:23:31:31 chr8 59361140 . TCAA T 161.48 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00723079;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=3;MLLD=245.741;QD=10.5885;RBI=0.0114689;REFB=-0.00887308;REVB=-0.00890238;RO=40;SAF=10;SAR=11;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222343;STB=0.628941;STBP=0.164;TYPE=del;VARB=0.0144739;OID=.;OPOS=59361141;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344262:21:62:21:61:40:10:11:27:13:99:40:10:11:27:13 chr8 59512334 . G A 956.67 PASS AF=0.47619;AO=100;DP=210;FAO=100;FDP=210;FR=.;FRO=110;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.00301477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.066;QD=18.2224;RBI=0.00862017;REFB=-0.00618777;REVB=0.0080758;RO=109;SAF=50;SAR=50;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130116;STB=0.504761;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00698206;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:109:110:100:100:0.47619:50:50:56:53:50:50:56:54 chr8 59548110 . G A 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0773475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.877;QD=10.4728;RBI=0.0786371;REFB=-0.0179331;REVB=-0.0141831;RO=34;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344991;STB=0.508187;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0410067;OID=.;OPOS=59548110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:10:7:13:21:10:7:14:21 chr8 59571856 . A C 347.93 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.000238279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.371;QD=14.8056;RBI=0.0461316;REFB=-0.0147368;REVB=-0.046131;RO=56;SAF=20;SAR=18;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00991105;STB=0.505615;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0245961;OID=.;OPOS=59571856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:18:20:30:26:18:20:30:26 chr8 61178574 . T C 366.06 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00792065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.862;QD=16.4521;RBI=0.019054;REFB=0.00344905;REVB=-0.0173297;RO=50;SAF=22;SAR=17;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243921;STB=0.513712;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00434845;OID=.;OPOS=61178574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:17:22:27:23:17:22:27:23 chr8 61488824 . T C 3169.36 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225768;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.406;QD=61.5409;RBI=0.022873;REFB=0;REVB=0.00366949;RO=0;SAF=120;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10863e-05;OID=.;OPOS=61488824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:191:206:0:0:189:206:1:69:120:0:0:75:131:0:0 chr8 61488859 . A G 3440.71 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9856;QD=62.5584;RBI=0.0274392;REFB=0;REVB=-0.0232592;RO=0;SAF=140;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78318e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18052e-05;OID=.;OPOS=61488859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:220:0:0:220:220:1:80:140:0:0:80:140:0:0 chr8 62489334 . C T 464.15 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.013605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.931;QD=16.7263;RBI=0.0190865;REFB=-0.0143411;REVB=-0.0133865;RO=60;SAF=20;SAR=31;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122744;STB=0.568473;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0134479;OID=.;OPOS=62489334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:31:20:31:29:31:20:31:29 chr8 62490978 . T C 857.4 PASS AF=0.418502;AO=94;DP=225;FAO=95;FDP=227;FR=.;FRO=132;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=-0.0147286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.126;QD=15.1083;RBI=0.0190764;REFB=-0.0367809;REVB=-0.0121234;RO=128;SAF=48;SAR=46;SRF=66;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515542;STB=0.501345;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0184572;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:227:128:132:94:95:0.418502:46:48:66:62:47:48:67:65 chr8 62491095 . C T 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00774948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.703;QD=13.5146;RBI=0.0102555;REFB=-0.00706933;REVB=0.00671718;RO=42;SAF=13;SAR=15;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235821;STB=0.633712;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0095799;OID=.;OPOS=62491095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:15:13:29:13:15:13:29:13 chr8 62491107 . G A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0215933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.621;QD=19.7627;RBI=0.0225578;REFB=-0.0163531;REVB=0.00652572;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185455;STB=0.604229;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0129045;OID=.;OPOS=62491107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:12:11:17:8:12:11:17:8 chr8 62491628 . A G 311.12 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0545038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.219;QD=24.8894;RBI=0.0553689;REFB=0.0116334;REVB=0.009749;RO=22;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134465;STB=0.507457;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0128538;OID=.;OPOS=62491628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:17:11:9:13:17:11:9:13 chr8 62491943 . G A 350.18 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0564427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8992;QD=28.0142;RBI=0.0621496;REFB=-0.00163137;REVB=-0.0260153;RO=20;SAF=11;SAR=19;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093984;STB=0.551589;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00166483;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:19:11:5:15:19:11:5:15 chr8 62491985 . A G 112.86 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0526091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7214;QD=17.3635;RBI=0.113701;REFB=-0.0444138;REVB=-0.100798;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207446;STB=0.618013;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0380461;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:3:10:7:6:3:10 chr8 62544419 . G A 456.83 PASS AF=0.368421;AO=56;DP=152;FAO=56;FDP=152;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=0.00250095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.047;QD=12.0218;RBI=0.0120275;REFB=-0.000992741;REVB=0.0117646;RO=85;SAF=16;SAR=40;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239535;STB=0.675082;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00109548;OID=.;OPOS=62544419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:85:96:56:56:0.368421:40:16:42:43:40:16:53:43 chr8 62544428 . G T 2267.78 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921744;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.312;QD=63.4344;RBI=0.0181857;REFB=0;REVB=-0.0156767;RO=0;SAF=60;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41324e-05;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:81:60:0:0:81:62:0:0 chr8 62595068 . C T 1358.54 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.922;QD=62.4615;RBI=0.0244744;REFB=0;REVB=-0.00243956;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11898e-05;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:47:39:0:0:48:39:0:0 chr8 63659635 . G A 1166.78 PASS AF=0.465909;AO=122;DP=263;FAO=123;FDP=264;FR=.;FRO=141;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=66;FSRR=75;FWDB=-0.014447;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7674;QD=17.6785;RBI=0.0159357;REFB=0.00223649;REVB=0.00672529;RO=138;SAF=58;SAR=64;SRF=65;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423915;STB=0.501854;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00295026;OID=.;OPOS=63659635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:264:138:141:122:123:0.465909:64:58:65:73:65:58:66:75 chr8 63775855 . CT C 488.72 PASS AF=0.522222;AO=46;DP=91;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00378751;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.184;QD=21.721;RBI=0.00418085;REFB=-0.0205998;REVB=-0.00177038;RO=43;SAF=21;SAR=25;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542005;STB=0.524989;STBP=0.645;TYPE=del;VARB=0.0173184;OID=.;OPOS=63775856;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522222:46:91:47:90:43:21:26:17:26:99:43:21:25:17:26 chr8 63942717 . C T 809.42 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.579;QD=54.8762;RBI=0.0319012;REFB=0.0010694;REVB=0.0274389;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.508769;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=3.24384e-05;OID=.;OPOS=63942717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:57:58:0.983051:28:29:0:1:28:30:0:1 chr8 63978658 . TAAAAAAAAT TAAAAAAAT,TAAAAAAATA,TAAAAAAT 377.28 PASS AF=1,0,0;AO=39,3,15;DP=64;FAO=64,0,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0,0;FSAR=30,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.138749,-0.170446,-0.0745923;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,2;MLLD=7.82711,8.48282,8.68201;QD=23.5801;RBI=0.206754,0.185923,0.111441;REFB=0.0233479,-0.0176942,0.0293618;REVB=-0.153284,-0.074267,-0.0827954;RO=5;SAF=16,3,10;SAR=23,0,5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0839822,0.622974,-0.069444;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=-0.0195073,0.0276078,0.0293414;OID=.,.,.;OPOS=63978659,63978666,63978659;OREF=A,AT,AA;OALT=-,TA,-;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAAAATA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:39,3,15:64:64,0,0:64:0:34,0,0:30,0,0:0:0:4:5:16,3,10:23,0,5:4:1 chr8 64098729 . A AG 2200.06 PASS AF=0.992908;AO=136;DP=140;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00873546;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=244.996;QD=62.4129;RBI=0.0240762;REFB=-0.0649017;REVB=0.0224355;RO=1;SAF=75;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772947;STB=0.503936;STBP=0.309;TYPE=ins;VARB=3.16384e-05;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992908:136:140:140:141:1:77:63:0:1:7:1:75:61:0:1 chr8 64147448 . C T 744.05 PASS AF=0.583333;AO=69;DP=119;FAO=70;FDP=120;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00427985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.552;QD=24.8015;RBI=0.0100858;REFB=0.00199206;REVB=-0.00913274;RO=50;SAF=38;SAR=31;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393258;STB=0.523985;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00142602;OID=.;OPOS=64147448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:50:50:69:70:0.583333:31:38:25:25:31:39:25:25 chr8 65290650 . C T 2652.92 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266301;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.269;QD=61.6958;RBI=0.0421452;REFB=-0.0585592;REVB=0.0326658;RO=0;SAF=73;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191068;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:172:0:0:168:172:1:95:73:0:0:98:74:0:0 chr8 65488962 . G A 1135.87 PASS AF=0.461538;AO=120;DP=261;FAO=120;FDP=260;FR=.;FRO=140;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=77;FSRR=63;FWDB=-0.0182205;FXX=0.00383127;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.704;QD=17.475;RBI=0.0208734;REFB=-0.0249905;REVB=-0.0101839;RO=138;SAF=54;SAR=66;SRF=76;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974835;STB=0.553796;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0259115;OID=.;OPOS=65488962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:260:138:140:120:120:0.461538:66:54:76:62:66:54:77:63 chr8 65493429 . T G 164.69 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0411112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4769;QD=21.2505;RBI=0.0498179;REFB=-0.0246699;REVB=-0.028137;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228486;STB=0.640295;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0623594;OID=.;OPOS=65493429;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:9:8:10:3:9:8:11:3 chr8 66515063 . GTTTTTTTTTTTTC GTTTTTTTTTTCTT,GTTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTTCT,TGTTTTTTTTTTTC,TTGTTTTTTTTTTC 245.85 PASS AF=0.0666667,0.766667,0.1,0,0.0166667;AO=2,12,9,2,2;DP=57;FAO=4,46,6,0,1;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=4,37,6,0,1;FSAR=0,9,0,0,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0795353,-0.0727288,-0.0816302,-0.0735889,-0.0610814;FXX=0.0163908;HRUN=12,12,12,1,1;LEN=3,1,2,2,3;MLLD=39.6963,7.03469,31.4606,8.12381,14.1628;QD=16.3901;RBI=0.0818681,0.131515,0.0848885,0.116478,0.0854782;REFB=-0.0950046,-0.149313,-0.120858,-0.144209,-0.118617;REVB=-0.0194041,0.109576,-0.023293,0.0902874,0.0597961;RO=17;SAF=2,11,9,1,1;SAR=0,1,0,1,1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.456158,0.394685,0.740312,-0.216821,-0.216821;STB=0.5,0.519472,0.5,0.5,0.5;STBP=1,0.459,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp,mnp;VARB=-0.0952687,0.109065,0.0726295,0,0.115503;OID=.,.,.,.,.;OPOS=66515074,66515064,66515075,66515063,66515063;OREF=TTC,T,TC,GT,GTT;OALT=CTT,-,CT,TG,TTG;OMAPALT=GTTTTTTTTTTCTT,GTTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTTCT,TGTTTTTTTTTTTC,TTGTTTTTTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:18:57:60:17:3:2,12,9,2,2:4,46,6,0,1:0.0666667,0.766667,0.1,0,0.0166667:0,1,0,1,1:2,11,9,1,1:12:5:0,9,0,0,0:4,37,6,0,1:3:0 chr8 66515783 . G A 1548.57 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2696;QD=62.5685;RBI=0.0214989;REFB=-0.076551;REVB=0.020988;RO=1;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958021;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820181;OID=.;OPOS=66515783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:98:99:1:0:96:99:1:49:47:0:1:52:47:0:0 chr8 66516490 . C T 888.54 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504587;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8055;QD=58.2647;RBI=0.0118482;REFB=0;REVB=0.01072;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61023e-05;OID=.;OPOS=66516490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr8 66517486 . C A,T 789.53 PASS AF=0.122807,0.877193;AO=6,49;DP=57;FAO=7,50;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=7,21;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015458,0.0183778;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.096,53.3928;QD=55.4058;RBI=0.0583627,0.0341397;REFB=0,0;REVB=-0.0562784,-0.0287711;RO=1;SAF=6,20;SAR=0,29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0229468;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0821803,0.000229314;OID=.,.;OPOS=66517486,66517486;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:57:57:1:0:6,49:7,50:0.122807,0.877193:0,29:6,20:1:0:0,29:7,21:0:0 chr8 66525548 . T C 683.67 PASS AF=0.948276;AO=41;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0238338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.376;QD=47.1498;RBI=0.0285708;REFB=-0.102782;REVB=0.0157557;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508153;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00179024;OID=.;OPOS=66525548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:58:58:0:3:41:55:0.948276:22:19:0:0:27:28:2:1 chr8 67062040 . T C 527.07 PASS AF=0.351648;AO=64;DP=183;FAO=64;FDP=182;FR=.;FRO=118;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=69;FWDB=0.0324077;FXX=0.00546418;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.348;QD=11.5839;RBI=0.0324542;REFB=-0.00960346;REVB=-0.00173723;RO=117;SAF=27;SAR=37;SRF=49;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00356887;STB=0.504405;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0163225;OID=.;OPOS=67062040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:117:118:64:64:0.351648:37:27:49:68:37:27:49:69 chr8 67341938 . G T 839.83 PASS AF=0.477778;AO=83;DP=176;FAO=86;FDP=180;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=31;FSRR=63;FWDB=-0.00643443;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.58;QD=18.6629;RBI=0.0201161;REFB=-0.0288399;REVB=0.0190593;RO=91;SAF=29;SAR=54;SRF=30;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206898;STB=0.51102;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.022249;OID=.;OPOS=67341938;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:180:91:94:83:86:0.477778:54:29:30:61:56:30:31:63 chr8 67428218 . C T 782.59 PASS AF=0.51634;AO=79;DP=153;FAO=79;FDP=153;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=20;FSRR=54;FWDB=0.0280192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.09;QD=20.4598;RBI=0.0281566;REFB=-0.00618701;REVB=0.00277825;RO=74;SAF=21;SAR=58;SRF=20;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00500337;STB=0.502748;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00617179;OID=.;OPOS=67428218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:74:74:79:79:0.51634:58:21:20:54:58:21:20:54 chr8 67590460 . C T 1452.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.935;QD=63.1565;RBI=0.0240437;REFB=0;REVB=-0.00973637;RO=0;SAF=23;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59689e-05;OID=.;OPOS=67590460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:92:0:0:87:92:1:64:23:0:0:65:27:0:0 chr8 67592152 . T C 1731.15 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0287;QD=60.742;RBI=0.0438125;REFB=0;REVB=0.0276764;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25963e-05;OID=.;OPOS=67592152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:64:50:0:0:64:50:0:0 chr8 68071269 . G A 408.2 PASS AF=0.5125;AO=40;DP=79;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00359016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.047;QD=20.4099;RBI=0.00500818;REFB=-0.0214105;REVB=0.0034918;RO=35;SAF=9;SAR=31;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100915;STB=0.542351;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0204604;OID=.;OPOS=68071269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:35:39:40:41:0.5125:31:9:11:24:32:9:11:28 chr8 68494981 . C CATT 969.12 PASS AF=0.440678;AO=101;DP=238;FAO=104;FDP=236;FR=.;FRO=132;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=57;FSRR=75;FWDB=0.00796857;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.86;QD=16.4258;RBI=0.00960786;REFB=-0.00602888;REVB=-0.00536777;RO=132;SAF=41;SAR=60;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035026;STB=0.521801;STBP=0.584;TYPE=ins;VARB=0.00700729;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440678:101:238:104:236:132:41:63:57:75:99:132:41:60:58:74 chr8 68864728 . G A 10404.4 PASS AF=1;AO=584;DP=592;FAO=659;FDP=659;FR=.;FRO=0;FSAF=331;FSAR=328;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659135;FXX=0.00151513;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.09;QD=63.1527;RBI=0.0680143;REFB=-0.0432902;REVB=0.0167738;RO=1;SAF=272;SAR=312;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0015283;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50725e-05;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:592:659:1:0:584:659:1:312:272:0:1:328:331:0:0 chr8 68993013 . AT GC 530.74 PASS AF=0.423358;AO=57;DP=140;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00896577;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.801;QD=15.4961;RBI=0.0258299;REFB=-0.0109812;REVB=0.024224;RO=77;SAF=26;SAR=31;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251169;STB=0.519;STBP=0.72;TYPE=mnp;VARB=0.0152042;OID=.;OPOS=68993013;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:137:77:79:57:58:0.423358:31:26:37:40:32:26:38:41 chr8 69012364 . G A 753.34 PASS AF=0.493671;AO=78;DP=157;FAO=78;FDP=158;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.0291301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.177;QD=19.072;RBI=0.0361902;REFB=-0.0137068;REVB=-0.0214748;RO=79;SAF=41;SAR=37;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407691;STB=0.525634;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0164363;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:79:80:78:78:0.493671:37:41:38:41:37:41:38:42 chr8 69020496 . T C 493.69 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0333799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2553;QD=20.3583;RBI=0.0346973;REFB=0.00247442;REVB=-0.00947005;RO=49;SAF=14;SAR=34;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591386;STB=0.532847;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00214541;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:34:14:17:32:34:14:17:32 chr8 69104619 . C T 1127.24 PASS AF=0.528571;AO=111;DP=211;FAO=111;FDP=210;FR=.;FRO=99;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=58;FSRR=41;FWDB=-0.000877973;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.872;QD=21.4713;RBI=0.0474958;REFB=0.00338985;REVB=0.0474877;RO=98;SAF=47;SAR=64;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144407;STB=0.576563;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00335852;OID=.;OPOS=69104619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:98:99:111:111:0.528571:64:47:58:40:64:47:58:41 chr8 69136871 . T A 757.12 PASS AF=0.48503;AO=75;DP=165;FAO=81;FDP=167;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.00881022;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.894;QD=18.1345;RBI=0.0481918;REFB=-0.00542612;REVB=0.0473796;RO=79;SAF=38;SAR=37;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826117;STB=0.545363;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00635713;OID=.;OPOS=69136871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:79:86:75:81:0.48503:37:38:33:46:39:42:37:49 chr8 69143589 . A G 370.31 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.00133643;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.468;QD=13.1081;RBI=0.00577213;REFB=0.00240119;REVB=-0.00561529;RO=68;SAF=25;SAR=19;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135689;STB=0.572486;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00267327;OID=.;OPOS=69143589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:68:69:44:44:0.389381:19:25:30:38:19:25:31:38 chr8 69730432 . G A 169.81 PASS AF=0.372881;AO=19;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0557141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6832;QD=11.5127;RBI=0.155036;REFB=-0.0508032;REVB=-0.144679;RO=30;SAF=4;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347106;STB=0.643745;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0432884;OID=.;OPOS=69730432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:37:19:22:0.372881:15:4:15:15:15:7:20:17 chr8 69730488 . G C 250.81 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.012995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.513;QD=12.2348;RBI=0.0213497;REFB=-0.0123526;REVB=-0.0169392;RO=52;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314691;STB=0.51811;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0188972;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:17:13:24:28:17:13:24:28 chr8 70072423 . G A 839.63 PASS AF=0.444444;AO=91;DP=206;FAO=92;FDP=207;FR=.;FRO=115;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.00011725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.706;QD=16.2247;RBI=0.0740657;REFB=-0.0154099;REVB=-0.0740656;RO=112;SAF=37;SAR=54;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675782;STB=0.527134;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0191349;OID=.;OPOS=70072423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:112:115:91:92:0.444444:54:37:53:59:54:38:53:62 chr8 70571313 . G A 561.18 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00419697;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6699;QD=20.5936;RBI=0.00993858;REFB=-0.0247532;REVB=-0.00900893;RO=51;SAF=27;SAR=30;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365058;STB=0.515029;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0248306;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:51:52:57:57:0.522936:30:27:22:29:30:27:23:29 chr8 70571531 . G A 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0141029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.789;QD=17.5989;RBI=0.0141036;REFB=-0.00623464;REVB=-0.000139421;RO=44;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119688;STB=0.566975;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00840325;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:22:16:24:20:22:16:24:20 chr8 70573004 . G A 441.98 PASS AF=0.41129;AO=49;DP=123;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.00487371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.056;QD=14.2574;RBI=0.00784175;REFB=-0.0286528;REVB=0.00614329;RO=73;SAF=22;SAR=27;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075923;STB=0.541004;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0348921;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:73:73:49:51:0.41129:27:22:38:35:28:23:38:35 chr8 70584628 . T C 245.18 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0296884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7667;QD=15.567;RBI=0.0501708;REFB=-0.00807031;REVB=0.0404439;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140073;STB=0.579129;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0104421;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:16:12:20:15:16:12:20:15 chr8 70602299 . A G 1107.9 PASS AF=0.603448;AO=92;DP=164;FAO=105;FDP=174;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0159932;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.421;QD=25.4689;RBI=0.0278719;REFB=-0.0120483;REVB=-0.0228268;RO=67;SAF=34;SAR=58;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992443;STB=0.563319;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0205418;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:174:67:69:92:105:0.603448:58:34:33:34:69:36:34:35 chr8 70602341 . A G 5577.11 PASS AF=0.876957;AO=390;DP=446;FAO=392;FDP=447;FR=.;FRO=55;FSAF=176;FSAR=216;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00620749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.584;QD=49.907;RBI=0.0111708;REFB=-0.0216715;REVB=-0.00928734;RO=55;SAF=175;SAR=215;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228701;STB=0.511966;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00374546;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:447:55:55:390:392:0.876957:215:175:30:25:216:176:30:25 chr8 70602526 . A G 203.82 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=68;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0479122;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2346;QD=12.1684;RBI=0.0485082;REFB=0.007366;REVB=0.0075805;RO=42;SAF=3;SAR=21;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574782;STB=0.800003;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00530214;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:42:42:24:25:0.373134:21:3:25:17:21:4:25:17 chr8 70602529 . A G 71.16 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00295824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.905;QD=5.17507;RBI=0.0079276;REFB=-0.00256375;REVB=-0.00735498;RO=44;SAF=3;SAR=8;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384538;STB=0.747948;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00915843;OID=.;OPOS=70602529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:8:3:26:18:8:3:26:18 chr8 70650401 . T C 387.77 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=44;FWDB=0.034928;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4103;QD=15.9907;RBI=0.0356668;REFB=-0.0271639;REVB=-0.00722191;RO=55;SAF=18;SAR=23;SRF=11;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258827;STB=0.647663;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0445191;OID=.;OPOS=70650401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:55:56:41:41:0.42268:23:18:11:44:22:19:12:44 chr8 70835081 . C T 1572.98 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.313;QD=59.9232;RBI=0.0529474;REFB=0;REVB=-0.0527342;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102246;OID=.;OPOS=70835081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:60:45:0:0:60:45:0:0 chr8 70964399 . A G 1625.38 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0051927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.252;QD=59.1047;RBI=0.00562862;REFB=-0.00672406;REVB=-0.00217191;RO=1;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825554;STB=0.504347;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=1.4692e-05;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:57:52:0:1:57:52:0:1 chr8 70967607 . T C 435.83 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0603978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3416;QD=54.4793;RBI=0.102961;REFB=-0.0224194;REVB=-0.0833856;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000620025;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:13:18:1:0:13:18:1:0 chr8 70978690 . C T 472.9 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00427473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.2364;QD=17.5149;RBI=0.0131194;REFB=0.00685631;REVB=-0.0124035;RO=56;SAF=34;SAR=17;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181805;STB=0.597363;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00336013;OID=.;OPOS=70978690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:57:51:51:0.472222:17:34:27:29:17:34:28:29 chr8 70980738 . T C 446.79 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00459732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.51;QD=16.7025;RBI=0.00671975;REFB=-0.009686;REVB=-0.004901;RO=58;SAF=23;SAR=26;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544602;STB=0.530349;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0130563;OID=.;OPOS=70980738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:26:23:24:34:26:23:24:34 chr8 71575184 . A G 143.88 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0304726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7162;QD=25.0227;RBI=0.104827;REFB=-0.0307598;REVB=-0.1003;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140777;STB=0.578841;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0181265;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:9:6:5:3:9:6:5:3 chr8 72111599 . A G 2200.09 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00720156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.439;QD=62.4138;RBI=0.0405875;REFB=-0.0882773;REVB=0.0399435;RO=1;SAF=55;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856577;STB=0.504424;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000148873;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:140:141:1:1:139:140:0.992908:84:55:1:0:84:56:1:0 chr8 72129009 . G A,C 2581.39 PASS AF=0.94186,0.0581395;AO=158,8;DP=167;FAO=162,10;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=81,3;FSAR=81,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197593,0.0058141;FXX=0.022726;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.7192,155.116;QD=60.0324;RBI=0.024529,0.0174799;REFB=0,0;REVB=-0.0145341,-0.0164846;RO=0;SAF=77,1;SAR=81,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.38322e-08,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00217797,0.0534822;OID=.,.;OPOS=72129009,72129009;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:167:172:0:0:158,8:162,10:0.94186,0.0581395:81,7:77,1:0:0:81,7:81,3:0:0 chr8 72211295 . T C 1953.93 PASS AF=0.435685;AO=189;DP=463;FAO=210;FDP=482;FR=.;FRO=272;FSAF=103;FSAR=107;FSRF=97;FSRR=175;FWDB=0.0488299;FXX=0.00207035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.062;QD=16.2152;RBI=0.0490619;REFB=-0.0137609;REVB=0.00476613;RO=270;SAF=84;SAR=105;SRF=95;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100423;STB=0.575777;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0158688;OID=.;OPOS=72211295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:482:270:272:189:210:0.435685:105:84:95:175:107:103:97:175 chr8 72246578 . A G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0352638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.523;QD=10.4723;RBI=0.0354676;REFB=0.00354303;REVB=0.0037967;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131088;STB=0.588097;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00695282;OID=.;OPOS=72246578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:7:5:7:16:7:5:7:17 chr8 72383124 . T C 982.66 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00774537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.104;QD=56.1521;RBI=0.0292619;REFB=-0.0490491;REVB=0.0282182;RO=2;SAF=40;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230456;STB=0.512192;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00123864;OID=.;OPOS=72383124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:2:2:68:68:0.971429:28:40:2:0:28:40:2:0 chr8 72755647 . C CT 311.0 PASS AF=0.545455;AO=38;DP=79;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0577824;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.3139;QD=16.1557;RBI=0.0665153;REFB=-0.00515233;REVB=-0.0329465;RO=38;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235328;STB=0.61034;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=0.00587875;OID=.;OPOS=72755648;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:38:79:42:77:35:21:21:9:26:99:38:20:18:10:28 chr8 72935008 . C T 1560.29 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.464;QD=59.4396;RBI=0.049313;REFB=0;REVB=0.0246477;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14063e-05;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:54:50:0:0:54:51:0:0 chr8 72935039 . C T 2089.39 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160763;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.294;QD=61.9078;RBI=0.0289643;REFB=0;REVB=0.0240932;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221621;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:135:0:0:130:135:1:63:67:0:0:67:68:0:0 chr8 72935045 . G A,C 2339.89 PASS AF=0.06,0.94;AO=8,140;DP=148;FAO=9,141;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=5,69;FSAR=4,72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468793,-0.00527005;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.6552,59.8513;QD=62.3971;RBI=0.0566432,0.0119145;REFB=0,0;REVB=-0.0564488,0.0106856;RO=0;SAF=5,68;SAR=3,72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,4.30205e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.151484,0.000169121;OID=.,.;OPOS=72935045,72935045;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:148:150:0:0:8,140:9,141:0.06,0.94:3,72:5,68:0:0:4,72:5,69:0:0 chr8 72936145 . T C 342.25 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0206528;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.679;QD=18.2534;RBI=0.0344012;REFB=-0.0353272;REVB=0.0275119;RO=39;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349191;STB=0.510245;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0440843;OID=.;OPOS=72936145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:39:35:36:0.48:21:14:17:22:21:15:17:22 chr8 72942210 . G T 395.92 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0386553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7561;QD=20.3036;RBI=0.0408816;REFB=0.00352936;REVB=-0.0133068;RO=37;SAF=19;SAR=21;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173334;STB=0.601096;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00267674;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:38:40:40:0.512821:21:19:25:12:21:19:26:12 chr8 72966002 . G A 607.11 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=159;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.00425603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.035;QD=15.2733;RBI=0.00641006;REFB=0.00767856;REVB=0.00479323;RO=91;SAF=39;SAR=29;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11492;STB=0.564255;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00913791;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:91:91:68:68:0.427673:29:39:42:49:29:39:42:49 chr8 72975801 . T G 1532.24 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0189387;FXX=0.00917347;HRUN=6;LEN=1;MLLD=292.029;QD=56.7498;RBI=0.0211956;REFB=-0.203449;REVB=-0.00951742;RO=2;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150613;STB=0.511809;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.000496656;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:108:2:3:105:105:0.972222:62:43:0:2:62:43:0:3 chr8 72977703 . C T 695.73 PASS AF=0.451807;AO=73;DP=165;FAO=75;FDP=166;FR=.;FRO=91;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.00138022;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.886;QD=16.7646;RBI=0.0266903;REFB=-0.0389262;REVB=-0.0266546;RO=91;SAF=43;SAR=30;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625466;STB=0.539117;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0496337;OID=.;OPOS=72977703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:91:91:73:75:0.451807:30:43:48:43:31:44:47:44 chr8 72981318 . G A 1159.73 PASS AF=0.484;AO=117;DP=248;FAO=121;FDP=250;FR=.;FRO=129;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=54;FSRR=75;FWDB=-0.00329151;FXX=0.00793619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.695;QD=18.5557;RBI=0.00767641;REFB=-0.00457755;REVB=-0.00693493;RO=126;SAF=51;SAR=66;SRF=51;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299461;STB=0.510197;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00504439;OID=.;OPOS=72981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:250:126:129:117:121:0.484:66:51:51:75:68:53:54:75 chr8 72981327 . A G 3538.76 PASS AF=1;AO=222;DP=227;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012436;FXX=0.0173153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.287;QD=62.357;RBI=0.00293242;REFB=0;REVB=-0.00265567;RO=1;SAF=95;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373724;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322512;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:227:227:1:0:222:227:1:127:95:0:1:131:96:0:0 chr8 74005131 . A G 4840.45 PASS AF=0.496907;AO=482;DP=971;FAO=482;FDP=970;FR=.;FRO=488;FSAF=223;FSAR=259;FSRF=229;FSRR=259;FWDB=-0.0666252;FXX=0.00102986;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3272;QD=19.9606;RBI=0.0681365;REFB=-0.00696029;REVB=-0.0142713;RO=483;SAF=223;SAR=259;SRF=224;SRR=259;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00102478;STB=0.503341;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00632368;OID=.;OPOS=74005131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:971:970:483:488:482:482:0.496907:259:223:224:259:259:223:229:259 chr8 74005179 . T G 3097.56 PASS AF=0.479199;AO=311;DP=649;FAO=311;FDP=649;FR=.;FRO=338;FSAF=142;FSAR=169;FSRF=151;FSRR=187;FWDB=-0.00517791;FXX=0.00153844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.164;QD=19.0913;RBI=0.0102418;REFB=-0.0197439;REVB=-0.00883655;RO=338;SAF=142;SAR=169;SRF=151;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942481;STB=0.505171;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0221729;OID=.;OPOS=74005179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:649:649:338:338:311:311:0.479199:169:142:151:187:169:142:151:187 chr8 74234185 . G A 679.43 PASS AF=0.51938;AO=67;DP=129;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0395022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.278;QD=21.0676;RBI=0.0410622;REFB=-0.0360491;REVB=0.0112105;RO=62;SAF=23;SAR=44;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115567;STB=0.563666;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.029752;OID=.;OPOS=74234185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:62:62:67:67:0.51938:44:23:29:33:44:23:29:33 chr8 74334886 . C T 336.55 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.012421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8768;QD=17.2591;RBI=0.0710646;REFB=-0.00288318;REVB=-0.0699707;RO=41;SAF=26;SAR=10;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454205;STB=0.520894;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00194264;OID=.;OPOS=74334886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:42:36:36:0.461538:10:26:28:13:10:26:29:13 chr8 74526011 . A T 37.67 PASS AF=0.106195;AO=16;DP=113;FAO=12;FDP=113;FR=.;FRO=101;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=0.0414038;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.9126;QD=1.33361;RBI=0.0481946;REFB=-0.0221984;REVB=-0.0246666;RO=91;SAF=6;SAR=10;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111065;STB=0.557428;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.191748;OID=.;OPOS=74526011;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:113:113:91:101:16:12:0.106195:10:6:42:49:6:6:44:57 chr8 74527996 . C T 1062.25 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.346;QD=59.8451;RBI=0.0342813;REFB=0;REVB=0.0221912;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96421e-05;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr8 74581290 . A AG 1636.27 PASS AF=0.990909;AO=103;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0507309;FXX=0.0265463;HRUN=0;LEN=1;MLLD=231.494;QD=59.5006;RBI=0.0584923;REFB=-0.105606;REVB=0.0291157;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870632;STB=0.504201;STBP=0.484;TYPE=ins;VARB=0.00104898;OID=.;OPOS=74581291;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990909:103:110:109:110:1:50:59:0:1:5:1:49:54:0:1 chr8 74917084 . A G 1983.7 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9198;QD=60.5709;RBI=0.023835;REFB=-0.0424999;REVB=-0.0200489;RO=2;SAF=53;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175925;STB=0.504586;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000922445;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:131:131:2:1:129:130:0.992366:76:53:2:0:76:54:1:0 chr8 75262798 . G C 2939.85 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.767;QD=63.2226;RBI=0.0611369;REFB=0;REVB=0.00466583;RO=0;SAF=83;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178322;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:186:186:1:103:83:0:0:103:83:0:0 chr8 75460784 . T TG 2837.29 PASS AF=1;AO=212;DP=348;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496284;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.8723;QD=43.1526;RBI=0.0504721;REFB=0;REVB=0.00918992;RO=104;SAF=102;SAR=110;SRF=82;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00223192;OID=.;OPOS=75460785;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:212:348:263:263:0:126:137:0:0:47:104:102:110:82:22 chr8 75460789 . A AG 2621.82 PASS AF=1;AO=225;DP=257;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722933;FXX=0.0365839;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.5892;QD=44.2502;RBI=0.0750245;REFB=0;REVB=0.0200586;RO=26;SAF=113;SAR=112;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155507;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00163839;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:225:257:237:237:0:117:120:0:0:50:26:113:112:11:15 chr8 75614617 . A G 1171.97 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8489;QD=60.8818;RBI=0.0461335;REFB=0;REVB=-0.043607;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452025;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:76:77:1:39:37:0:1:40:37:0:0 chr8 75664694 . CA C,CC 1553.21 PASS AF=0.990654,0;AO=91,5;DP=97;FAO=106,0;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=50,0;FSAR=56,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268253,0.0228409;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=276.496,262.613;QD=58.0641;RBI=0.0542419,0.0442676;REFB=-0.0477561,-0.031395;REVB=0.0471443,0.0379198;RO=1;SAF=43,2;SAR=48,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00977343,0.121807;STB=0.504424,0.5;STBP=0.5,1;TYPE=del,snp;VARB=9.30329e-06,-0.00417554;OID=.,.;OPOS=75664695,75664695;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990654,0:91,5:97:106,0:107:1:50,0:56,0:0:1:5:1:43,2:48,3:0:1 chr8 75944409 . ATTTTTTTTTTTTG ATATTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTTGT 475.65 PASS AF=0.0684932,0.520548,0.178082,0.232877;AO=3,15,14,7;DP=82;FAO=5,38,13,17;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=1,32,13,8;FSAR=4,6,0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945258,-0.0175481,0.0139147,0.0232867;FXX=0.109743;HRUN=12,12,12,12;LEN=1,2,1,2;MLLD=140.779,9.9068,8.78493,24.1524;QD=26.0632;RBI=0.0863539,0.124052,0.146469,0.139801;REFB=-0.0748623,-0.209449,-0.216876,-0.212133;REVB=-0.085835,-0.122804,-0.145806,-0.137848;RO=10;SAF=1,14,14,2;SAR=2,1,0,5;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.702869,-0.240028,0,-0.619383;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=-0.000232606,0.109759,0.0866767,-0.0601067;OID=.,.,.,.;OPOS=75944411,75944410,75944410,75944421;OREF=T,TT,T,TG;OALT=A,-,-,GT;OMAPALT=ATATTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0684932,0.520548,0.178082,0.232877:3,15,14,7:82:5,38,13,17:73:0:1,32,13,8:4,6,0,9:0:0:33:10:1,14,14,2:2,1,0,5:10:0 chr8 76478967 . GAT GA,TGA 105.29 PASS AF=0.099844,0.0374415;AO=159,39;DP=673;FAO=64,24;FDP=641;FR=.;FRO=553;FSAF=31,0;FSAR=33,24;FSRF=323;FSRR=230;FWDB=-0.0744055,-0.0316756;FXX=0.0517744;HRUN=6,1;LEN=1,3;MLLD=8.03415,123.824;QD=0.65702;RBI=0.105011,0.0807377;REFB=-0.13574,-0.0126054;REVB=-0.0741028,-0.0742646;RO=355;SAF=89,0;SAR=70,39;SRF=227;SRR=128;SSEN=0.367273,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0985744,-0.710652;STB=0.588932,0.999634;STBP=0.148,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.128749,0.0736285;OID=.,.;OPOS=76478969,76478967;OREF=T,GAT;OALT=-,TGA;OMAPALT=GA,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:673:641:355:553:159,39:64,24:0.099844,0.0374415:70,39:89,0:227:128:33,24:31,0:323:230 chr8 77048621 . C A 2255.09 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.423;QD=63.5237;RBI=0.0197274;REFB=0;REVB=-0.018653;RO=0;SAF=55;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08331e-06;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:86:55:0:0:87:55:0:0 chr8 77690563 . T C 1522.32 PASS AF=0.495177;AO=153;DP=311;FAO=154;FDP=311;FR=.;FRO=157;FSAF=84;FSAR=70;FSRF=73;FSRR=84;FWDB=-0.0128783;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.533;QD=19.5797;RBI=0.0201978;REFB=-0.0060095;REVB=-0.0155596;RO=156;SAF=84;SAR=69;SRF=73;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747181;STB=0.540662;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00499613;OID=.;OPOS=77690563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:156:157:153:154:0.495177:69:84:73:83:70:84:73:84 chr8 77745635 . G A 884.78 PASS AF=0.454545;AO=95;DP=208;FAO=95;FDP=209;FR=.;FRO=114;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=71;FWDB=-0.0120502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.887;QD=16.9337;RBI=0.0125636;REFB=0.002037;REVB=-0.003555;RO=113;SAF=47;SAR=48;SRF=42;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121068;STB=0.564195;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00302279;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:113:114:95:95:0.454545:48:47:42:71:48:47:43:71 chr8 77754957 . A T 1142.61 PASS AF=0.483193;AO=115;DP=238;FAO=115;FDP=238;FR=.;FRO=123;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=50;FSRR=73;FWDB=0.0250423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4678;QD=19.2036;RBI=0.0331501;REFB=-0.0046186;REVB=0.0217213;RO=121;SAF=52;SAR=63;SRF=50;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367918;STB=0.523925;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00808908;OID=.;OPOS=77754957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:121:123:115:115:0.483193:63:52:50:71:63:52:50:73 chr8 77765167 . C T 234.53 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.017718;FXX=0.019996;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.125;QD=19.1453;RBI=0.0182217;REFB=-0.0119891;REVB=0.00425476;RO=24;SAF=2;SAR=20;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245782;STB=0.565309;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0103431;OID=.;OPOS=77765167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:24:26:22:23:0.469388:20:2:5:19:20:3:5:21 chr8 77765398 . A G 171.24 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.000670787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.24;QD=12.4536;RBI=0.000781791;REFB=-0.0209331;REVB=-0.000401551;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183959;STB=0.510628;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0233964;OID=.;OPOS=77765398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:20:14:9:12:20:14 chr8 77768390 . T G 1016.41 PASS AF=0.438525;AO=106;DP=245;FAO=107;FDP=244;FR=.;FRO=137;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=52;FSRR=85;FWDB=0.00867368;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.015;QD=16.6625;RBI=0.00872732;REFB=-0.00880311;REVB=0.000966077;RO=138;SAF=44;SAR=62;SRF=53;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327227;STB=0.52379;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0115194;OID=.;OPOS=77768390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:138:137:106:107:0.438525:62:44:53:85:62:45:52:85 chr8 77777735 . C G 190.35 PASS AF=0.273684;AO=27;DP=126;FAO=26;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0220145;FXX=0.181019;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.716;QD=8.01492;RBI=0.0275841;REFB=0.000514677;REVB=-0.0166206;RO=56;SAF=14;SAR=13;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145268;STB=0.515777;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.021053;OID=.;OPOS=77777735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:95:56:69:27:26:0.273684:13:14:36:20:13:13:36:33 chr8 77778119 . G T 295.55 PASS AF=0.302158;AO=37;DP=131;FAO=42;FDP=139;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=0.0298512;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.119;QD=8.50499;RBI=0.0302586;REFB=-0.0122624;REVB=-0.00494862;RO=87;SAF=19;SAR=18;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188036;STB=0.637034;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0450925;OID=.;OPOS=77778119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:139:87:97:37:42:0.302158:18:19:31:56:18:24:36:61 chr8 77895865 . A G 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.505;QD=58.781;RBI=0.0268139;REFB=0;REVB=0.0267168;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5282e-05;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr8 77912148 . G A 806.3 PASS AF=0.531034;AO=76;DP=144;FAO=77;FDP=145;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.0668447;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1758;QD=22.2427;RBI=0.0856711;REFB=-0.000715757;REVB=-0.0535847;RO=68;SAF=26;SAR=50;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178866;STB=0.507443;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0002016;OID=.;OPOS=77912148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:68:68:76:77:0.531034:50:26:22:46:51:26:22:46 chr8 77912230 . G T 261.66 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0208486;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.045;QD=19.0297;RBI=0.0293017;REFB=-0.0220605;REVB=-0.0205894;RO=26;SAF=8;SAR=20;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599257;STB=0.539447;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0147377;OID=.;OPOS=77912230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:26:27:28:28:0.509091:20:8:6:20:20:8:6:21 chr8 79610710 . A G 1306.18 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492042;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.312;QD=62.1991;RBI=0.0532042;REFB=0;REVB=0.0202395;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41737e-05;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr8 80678427 . T C 759.75 PASS AF=0.52518;AO=72;DP=139;FAO=73;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=-0.0165847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7135;QD=21.8632;RBI=0.0449669;REFB=-0.0156333;REVB=-0.0417967;RO=65;SAF=43;SAR=29;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072848;STB=0.539835;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0216869;OID=.;OPOS=80678427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:65:66:72:73:0.52518:29:43:44:21:29:44:45:21 chr8 81116920 . G C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00533487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6619;QD=59.9373;RBI=0.00715857;REFB=0;REVB=-0.00477329;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57569e-05;OID=.;OPOS=81116920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr8 81399047 . TGTC T 1583.23 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119248;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.193;QD=59.7444;RBI=0.0465109;REFB=0;REVB=0.0449562;RO=0;SAF=82;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.46123e-05;OID=.;OPOS=81399048;OREF=GTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:103:106:106:106:0:83:23:0:0:9:0:82:21:0:0 chr8 81431917 . A T 32.43 PASS AF=0.122449;AO=5;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0133406;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=105.429;QD=2.64714;RBI=0.0239098;REFB=-0.00838032;REVB=-0.019842;RO=42;SAF=3;SAR=2;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112981;STB=0.638419;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0297914;OID=.;OPOS=81431917;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:42:43:5:6:0.122449:2:3:21:21:2:4:22:21 chr8 81905397 . A G 310.98 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0277259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.766;QD=13.9766;RBI=0.0404217;REFB=-0.0233341;REVB=-0.0294141;RO=54;SAF=18;SAR=17;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451516;STB=0.502569;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0351112;OID=.;OPOS=81905397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:17:18:28:26:17:18:28:26 chr8 82355621 . A G 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8267;QD=58.414;RBI=0.0628175;REFB=0;REVB=0.0371673;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896479;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr8 82357112 . T C 3037.65 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.268;QD=63.6157;RBI=0.0200597;REFB=0;REVB=0.0194052;RO=0;SAF=106;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65551e-06;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:85:106:0:0:85:106:0:0 chr8 82441781 . A G 919.29 PASS AF=0.511236;AO=91;DP=178;FAO=91;FDP=178;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0116318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.115;QD=20.6582;RBI=0.0121118;REFB=-0.0132545;REVB=0.00337573;RO=87;SAF=46;SAR=45;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407016;STB=0.522335;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0130465;OID=.;OPOS=82441781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:87:87:91:91:0.511236:45:46:40:47:45:46:40:47 chr8 82588522 . T A 64.77 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0273208;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=47.8158;QD=3.70132;RBI=0.0281264;REFB=0.00106417;REVB=0.00668349;RO=45;SAF=12;SAR=0;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.753419;STB=0.915973;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0103361;OID=.;OPOS=82588522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:64:70:45:58:12:12:0.171429:0:12:21:24:1:11:24:34 chr8 82633452 . C G 7540.53 PASS AF=0.981964;AO=491;DP=502;FAO=490;FDP=499;FR=.;FRO=9;FSAF=289;FSAR=201;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0172828;FXX=0.00992044;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.305;QD=60.4451;RBI=0.0510635;REFB=-0.0518014;REVB=0.0480499;RO=8;SAF=289;SAR=202;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00510402;STB=0.501433;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.000103226;OID=.;OPOS=82633452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:502:499:8:9:491:490:0.981964:202:289:6:2:201:289:6:3 chr8 85833168 . A G 1320.42 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0393;QD=62.1375;RBI=0.0817188;REFB=0;REVB=0.079042;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253539;OID=.;OPOS=85833168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:44:40:0:0:45:40:0:0 chr8 85833439 . A G 1685.32 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242212;FXX=0.0173898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.68;QD=59.6572;RBI=0.0258094;REFB=-0.0499373;REVB=0.00891411;RO=1;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724901;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=7.40157e-05;OID=.;OPOS=85833439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:113:1:1:112:112:0.99115:65:47:0:1:65:47:0:1 chr8 86057894 . GTATT G 424.7 PASS AF=0.488636;AO=39;DP=90;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00407204;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=4;MLLD=231.198;QD=19.3044;RBI=0.0241986;REFB=-0.0242422;REVB=0.0238536;RO=39;SAF=26;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146773;STB=0.600399;STBP=0.073;TYPE=del;VARB=0.0233856;OID=.;OPOS=86057895;OREF=TATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488636:39:90:43:88:45:29:14:22:23:99:39:26:13:20:19 chr8 86089787 . C G 310.89 PASS AF=0.37;AO=19;DP=103;FAO=37;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=0.0634546;FXX=0.0291234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.4414;QD=12.4358;RBI=0.109723;REFB=-0.00481001;REVB=0.0895128;RO=43;SAF=18;SAR=1;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517615;STB=0.543725;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0640663;OID=.;OPOS=86089787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:43:60:19:37:0.37:1:18:31:12:8:29:44:16 chr8 86126827 . C CAACATT,T 1854.52 PASS AF=0.892857,0.0285714;AO=121,7;DP=142;FAO=125,4;FDP=140;FR=.;FRO=11;FSAF=55,0;FSAR=70,4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0147069,-0.04801;FXX=0.0070917;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=266.41,68.1996;QD=52.9863;RBI=0.0177229,0.0483053;REFB=-0.00180782,0.0096398;REVB=0.00988984,0.00533355;RO=12;SAF=55,1;SAR=66,6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0363938,-0.554657;STB=0.523438,0.997668;STBP=0.089,0.01;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000347123,0.0387003;OID=.,.;OPOS=86126828,86126827;OREF=-,C;OALT=AACATT,T;OMAPALT=CAACATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:142:140:12:11:121,7:125,4:0.892857,0.0285714:66,6:55,1:8:4:70,4:55,0:8:3 chr8 86129528 . A T 49.88 PASS AF=0.130435;AO=21;DP=86;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.00448899;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.3107;QD=2.16855;RBI=0.0675516;REFB=-0.0153969;REVB=-0.0674023;RO=65;SAF=5;SAR=16;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471041;STB=0.844513;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.105449;OID=.;OPOS=86129528;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:86:92:65:80:21:12:0.130435:16:5:41:24:10:2:46:34 chr8 86351997 . G A 398.41 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.00377062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.246;QD=13.0625;RBI=0.0099316;REFB=0.00501815;REVB=0.00918799;RO=74;SAF=15;SAR=32;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102147;STB=0.563525;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00787833;OID=.;OPOS=86351997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:75:47:47:0.385246:32:15:30:44:32:15:31:44 chr8 86389403 . T C 1233.24 PASS AF=0.502075;AO=121;DP=240;FAO=121;FDP=241;FR=.;FRO=120;FSAF=77;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=67;FWDB=-0.0148194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2997;QD=20.4687;RBI=0.0452487;REFB=0.0126323;REVB=-0.0427531;RO=119;SAF=77;SAR=44;SRF=52;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183772;STB=0.599058;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0108704;OID=.;OPOS=86389403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:119:120:121:121:0.502075:44:77:52:67:44:77:53:67 chr8 87076520 . C A 265.78 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0106775;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.785;QD=13.1251;RBI=0.0109797;REFB=-0.00914594;REVB=-0.00255836;RO=51;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176888;STB=0.59582;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.015297;OID=.;OPOS=87076520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:51:50:31:31:0.382716:15:16:18:33:15:16:18:32 chr8 87226700 . A G 351.72 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00618924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.036;QD=18.5116;RBI=0.0124657;REFB=-0.0267723;REVB=0.0108207;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340063;STB=0.526002;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0298273;OID=.;OPOS=87226700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:39:36:37:0.486842:17:19:22:17:18:19:22:17 chr8 87229948 . T A 471.51 PASS AF=0.49505;AO=45;DP=97;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00200134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.434;QD=18.6736;RBI=0.00477215;REFB=-0.0264685;REVB=0.00433221;RO=51;SAF=13;SAR=32;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171835;STB=0.611804;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0256874;OID=.;OPOS=87229948;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:51:51:45:50:0.49505:32:13:23:28:37:13:23:28 chr8 87241847 . G A 533.45 PASS AF=0.4;AO=62;DP=155;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0141136;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4488;QD=13.7665;RBI=0.0327857;REFB=-0.00992481;REVB=-0.0295923;RO=91;SAF=27;SAR=35;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043178;STB=0.516467;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0142331;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:91:93:62:62:0.4:35:27:36:55:35:27:38:55 chr8 87474085 . A G 433.45 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0176495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2427;QD=20.6407;RBI=0.0440277;REFB=0.00697999;REVB=0.0403353;RO=41;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629893;STB=0.534867;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00621334;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:23:20:22:19:23:20:22:19 chr8 87479810 . C T 715.66 PASS AF=0.47973;AO=70;DP=148;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0140982;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3997;QD=19.3423;RBI=0.0819868;REFB=0.0116971;REVB=-0.0807656;RO=78;SAF=40;SAR=30;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807498;STB=0.550849;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0215768;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:78:77:70:71:0.47973:30:40:38:40:30:41:37:40 chr8 87480890 . C T 497.89 PASS AF=0.423077;AO=54;DP=129;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0454337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3345;QD=15.3198;RBI=0.0482869;REFB=-0.0109073;REVB=-0.0163525;RO=75;SAF=29;SAR=25;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590529;STB=0.537801;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0145068;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:75:75:54:55:0.423077:25:29:36:39:25:30:36:39 chr8 87484669 . C T 268.66 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0314392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.227;QD=22.388;RBI=0.0342411;REFB=-0.020272;REVB=0.013566;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252388;STB=0.640416;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0228807;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:17:6:14:11:17:6 chr8 87489562 . AAC A 376.08 PASS AF=0.422819;AO=50;DP=144;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.0164883;FXX=0.0132442;HRUN=5;LEN=2;MLLD=296.472;QD=10.0961;RBI=0.0168603;REFB=-0.00857049;REVB=-0.00352197;RO=80;SAF=13;SAR=37;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231949;STB=0.567286;STBP=0.183;TYPE=del;VARB=0.0112284;OID=.;OPOS=87489563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422819:50:144:63:149:86:21:42:38:48:99:80:13:37:36:44 chr8 87497176 . G A 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=-0.0127889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.825;QD=12.3389;RBI=0.0161906;REFB=0.00201543;REVB=-0.00992867;RO=39;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209201;STB=0.618746;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00243874;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:15:9:8:31:15:9:8:31 chr8 87588047 . T G 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00706115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.311;QD=16.9233;RBI=0.00764271;REFB=-0.0122427;REVB=-0.00292422;RO=40;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426178;STB=0.502391;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0144844;OID=.;OPOS=87588047;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:16:18:21:19:16:18:21:19 chr8 87666251 . T G 1609.15 PASS AF=0.990826;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.783;QD=59.0515;RBI=0.0419236;REFB=0.0331294;REVB=0.0318976;RO=1;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811295;STB=0.504201;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000695964;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:109:1:1:106:108:0.990826:58:48:0:1:59:49:0:1 chr8 87679303 . A C 3500.76 PASS AF=0.970954;AO=232;DP=241;FAO=234;FDP=241;FR=.;FRO=7;FSAF=93;FSAR=141;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0477585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.8715;QD=58.1038;RBI=0.0487028;REFB=-0.105655;REVB=-0.00954361;RO=4;SAF=92;SAR=140;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00348711;STB=0.503392;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00392901;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:241:241:4:7:232:234:0.970954:140:92:2:2:141:93:2:5 chr8 88483468 . C T 1573.3 PASS AF=0.417266;AO=172;DP=419;FAO=174;FDP=417;FR=.;FRO=243;FSAF=82;FSAR=92;FSRF=125;FSRR=118;FWDB=-0.0298257;FXX=0.00950096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8449;QD=15.0916;RBI=0.0680657;REFB=0.00537497;REVB=-0.061183;RO=243;SAF=82;SAR=90;SRF=124;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352592;STB=0.525146;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00791742;OID=.;OPOS=88483468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:417:243:243:172:174:0.417266:90:82:124:119:92:82:125:118 chr8 88483550 . A G 978.6 PASS AF=0.380952;AO=110;DP=294;FAO=112;FDP=294;FR=.;FRO=182;FSAF=36;FSAR=76;FSRF=59;FSRR=123;FWDB=0.0868038;FXX=0.0199993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1084;QD=13.3142;RBI=0.098235;REFB=-0.0126299;REVB=0.0459916;RO=176;SAF=35;SAR=75;SRF=57;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713589;STB=0.501946;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0208979;OID=.;OPOS=88483550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:176:182:110:112:0.380952:75:35:57:119:76:36:59:123 chr8 88622043 . T G 1437.76 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941211;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.482;QD=63.1984;RBI=0.0472491;REFB=0;REVB=0.0463022;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145845;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:52:38:0:0:52:39:0:0 chr8 89081730 . T C 489.05 PASS AF=0.384106;AO=57;DP=152;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=70;FWDB=0.0161032;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.529;QD=12.9549;RBI=0.0361314;REFB=-0.00156981;REVB=0.0323444;RO=93;SAF=15;SAR=42;SRF=23;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226461;STB=0.509159;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00241958;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:93:93:57:58:0.384106:42:15:23:70:43:15:23:70 chr8 90770315 . C T 1192.33 PASS AF=0.446809;AO=126;DP=282;FAO=126;FDP=282;FR=.;FRO=156;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=65;FSRR=91;FWDB=-0.0269078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.172;QD=16.9125;RBI=0.0278559;REFB=-0.034833;REVB=-0.00720576;RO=156;SAF=54;SAR=72;SRF=65;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121581;STB=0.506735;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0414743;OID=.;OPOS=90770315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:156:156:126:126:0.446809:72:54:65:91:72:54:65:91 chr8 90802792 . AT A,TA 48.47 PASS AF=0.216495,0.0103093;AO=23,5;DP=100;FAO=21,1;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=15,0;FSAR=6,1;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.145491,-0.114456;FXX=0.0396;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=7.26669,18.6603;QD=1.99891;RBI=0.152029,0.149307;REFB=-0.0869598,-0.0220939;REVB=-0.0441029,-0.0958765;RO=53;SAF=17,0;SAR=6,5;SRF=30;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.227405,-0.601021;STB=0.640885,0.990946;STBP=0.164,0.278;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00529031,-0.0487288;OID=.,.;OPOS=90802793,90802792;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:100:97:53:75:23,5:21,1:0.216495,0.0103093:6,5:17,0:30:23:6,1:15,0:41:34 chr8 90958422 . T C 2027.2 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.579;QD=62.3754;RBI=0.047007;REFB=0;REVB=0.0446858;RO=0;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4607e-05;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:63:66:0:0:63:67:0:0 chr8 90967711 . A G 2060.98 PASS AF=1;AO=131;DP=135;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277366;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.022;QD=62.9307;RBI=0.0278434;REFB=0;REVB=-0.00243629;RO=0;SAF=51;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226509;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:131:0:0:131:131:1:80:51:0:0:80:51:0:0 chr8 90990479 . C G 3131.3 PASS AF=0.990431;AO=201;DP=207;FAO=207;FDP=209;FR=.;FRO=2;FSAF=105;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0233345;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4101;QD=59.9292;RBI=0.0351462;REFB=-0.0235609;REVB=0.0262822;RO=2;SAF=101;SAR=100;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66691e-05;STB=0.500069;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00021506;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:207:209:2:2:201:207:0.990431:100:101:1:1:102:105:1:1 chr8 90995019 . C T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.132;QD=59.9241;RBI=0.0174254;REFB=0;REVB=-0.00290215;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14229e-05;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:49:56:0:0:49:56:0:0 chr8 91031074 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0860399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6473;QD=15.6191;RBI=0.088047;REFB=0.0100189;REVB=-0.0186923;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605675;STB=0.534845;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0246044;OID=.;OPOS=91031074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:11:14:9:9:11:14 chr8 91940446 . C T 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0102508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.433;QD=16.5647;RBI=0.0115564;REFB=-0.00888828;REVB=-0.00533594;RO=48;SAF=15;SAR=23;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20707;STB=0.616261;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0120988;OID=.;OPOS=91940446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:23:15:29:19:23:15:29:19 chr8 91971072 . A ATTCT,T 668.54 PASS AF=0.56383,0.0851064;AO=47,6;DP=94;FAO=53,8;FDP=94;FR=.;FRO=33;FSAF=25,4;FSAR=28,4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00368386,0.0457028;FXX=0.0208312;HRUN=2,4;LEN=4,1;MLLD=217.063,36.2472;QD=28.4485;RBI=0.00761145,0.06012;REFB=0.000591038,-0.0335326;REVB=-0.00666058,-0.0390598;RO=35;SAF=21,2;SAR=26,4;SRF=21;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.118988,-0.308338;STB=0.539862,0.560826;STBP=0.371,0.746;TYPE=ins,snp;VARB=0.00099096,0.0241625;OID=.,.;OPOS=91971073,91971072;OREF=-,A;OALT=TTCT,T;OMAPALT=ATTCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:35:33:47,6:53,8:0.56383,0.0851064:26,4:21,2:21:14:28,4:25,4:19:14 chr8 91971079 . A C 57.65 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0109683;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0743;QD=2.47951;RBI=0.0126279;REFB=-2.63915e-05;REVB=-0.00625774;RO=79;SAF=3;SAR=9;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268049;STB=0.683886;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-8.19036e-06;OID=.;OPOS=91971079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:96:93:79:81:12:12:0.129032:9:3:36:43:9:3:36:45 chr8 91990893 . G A 490.33 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0243089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8738;QD=17.3567;RBI=0.0838481;REFB=-0.0147285;REVB=-0.080247;RO=59;SAF=18;SAR=35;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519883;STB=0.525439;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0197515;OID=.;OPOS=91990893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:60:53:53:0.469027:35:18:23:36:35:18:23:37 chr8 91992672 . A T 497.02 PASS AF=0.383117;AO=59;DP=154;FAO=59;FDP=154;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=0.00578053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.591;QD=12.9096;RBI=0.00652742;REFB=-0.00703277;REVB=-0.00303195;RO=93;SAF=23;SAR=36;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909631;STB=0.500231;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110705;OID=.;OPOS=91992672;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:93:95:59:59:0.383117:36:23:37:56:36:23:37:58 chr8 92021036 . C T 292.37 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.036004;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.838;QD=14.0901;RBI=0.0362305;REFB=-0.0100886;REVB=-0.00404488;RO=50;SAF=13;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176081;STB=0.600232;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0116217;OID=.;OPOS=92021036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:50:50:33:33:0.39759:20:13:28:22:20:13:28:22 chr8 92033502 . T C 826.37 PASS AF=0.505952;AO=83;DP=168;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.0228761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.156;QD=19.6755;RBI=0.0358395;REFB=-0.00364186;REVB=0.027589;RO=83;SAF=43;SAR=40;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549474;STB=0.524307;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00349315;OID=.;OPOS=92033502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:83:83:83:85:0.505952:40:43:48:35:40:45:48:35 chr8 92097062 . G A 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.000703344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.201;QD=16.0054;RBI=0.0533028;REFB=-0.00920019;REVB=-0.0532982;RO=45;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091785;STB=0.551646;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0119542;OID=.;OPOS=92097062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:18:17:26:19:18:17:26:19 chr8 92099267 . TTA TCT,T 554.28 PASS AF=0,0.451852;AO=14,50;DP=137;FAO=0,61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=0,23;FSAR=0,38;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.019732,0.0327082;FXX=0.0357117;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=111.272,204.817;QD=16.4231;RBI=0.0199021,0.0338536;REFB=-0.00157692,-0.0147681;REVB=-0.00259654,0.00873121;RO=67;SAF=13,13;SAR=1,37;SRF=36;SRR=31;SSEN=0,0.248427;SSEP=0,0;SSSB=0.574478,-0.304964;STB=0.5,0.561884;STBP=1,0.221;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.014727;OID=.,.;OPOS=92099268,92099268;OREF=TA,TA;OALT=CT,-;OMAPALT=TCT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.451852:14,50:137:0,61:135:74:0,23:0,38:36:38:99:67:13,13:1,37:36:31 chr8 92971404 . GTTTTT GTTT,GTTTT,GTTTTA 771.57 PASS AF=0.0138889,0.916667,0.0694444;AO=11,51,5;DP=74;FAO=1,66,5;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=1,32,5;FSAR=0,34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543028,-0.0902795,-0.0567658;FXX=0.0270234;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=10.3956,14.9699,8.5237;QD=42.8649;RBI=0.0654339,0.115389,0.0571618;REFB=0,0,0;REVB=-0.0365075,-0.0718634,-0.00671639;RO=1;SAF=9,22,5;SAR=2,29,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.177567,0.015962,0.767767;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00854724,-0.0131749,0.0283837;OID=.,.,.;OPOS=92971405,92971405,92971409;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTT,GTTTT,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0138889,0.916667,0.0694444:11,51,5:74:1,66,5:72:0:1,32,5:0,34,0:0:0:19:1:9,22,5:2,29,0:0:1 chr8 94739345 . A G 632.58 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.01204;FXX=0.0289834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.095;QD=18.8828;RBI=0.0554086;REFB=-0.0102671;REVB=0.0540847;RO=70;SAF=34;SAR=30;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042978;STB=0.523802;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0110443;OID=.;OPOS=94739345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:70:70:64:64:0.477612:30:34:34:36:30:34:34:36 chr8 94744813 . C T 299.22 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0735062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5819;QD=13.7571;RBI=0.129309;REFB=-0.010053;REVB=-0.106385;RO=53;SAF=14;SAR=20;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241961;STB=0.637372;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.013608;OID=.;OPOS=94744813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:20:14:34:19:20:14:34:19 chr8 94745050 . T C 225.62 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00347131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.548;QD=13.2719;RBI=0.0241286;REFB=0.00399349;REVB=-0.0238776;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454568;STB=0.518505;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00849526;OID=.;OPOS=94745050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:13:14:19:21:13:14:20:21 chr8 94745386 . G T 216.24 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0103731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5961;QD=18.8034;RBI=0.0296032;REFB=-0.0159246;REVB=-0.0277263;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562738;STB=0.543439;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0100893;OID=.;OPOS=94745386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:11:10:10:14:11:11:10:14 chr8 94746698 . G T 408.05 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0115191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.606;QD=17.5506;RBI=0.0139935;REFB=-0.0198716;REVB=0.00794524;RO=49;SAF=23;SAR=19;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558731;STB=0.520834;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0201449;OID=.;OPOS=94746698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:51:42:42:0.451613:19:23:24:25:19:23:26:25 chr8 94752754 . G A 1279.74 PASS AF=0.523207;AO=122;DP=235;FAO=124;FDP=237;FR=.;FRO=113;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.0248209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.011;QD=21.599;RBI=0.0249533;REFB=-0.00795633;REVB=0.00256653;RO=111;SAF=65;SAR=57;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247026;STB=0.513301;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00681542;OID=.;OPOS=94752754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:237:111:113:122:124:0.523207:57:65:56:55:58:66:57:56 chr8 94794620 . C T 1047.27 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217309;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.568;QD=59.8437;RBI=0.0287591;REFB=0;REVB=-0.0188375;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67531e-06;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr8 94827660 . A C 367.96 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0114423;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.278;QD=13.8853;RBI=0.0222455;REFB=-0.0185049;REVB=-0.0190771;RO=64;SAF=24;SAR=19;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17565;STB=0.604119;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0413874;OID=.;OPOS=94827660;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:64:63:43:43:0.40566:19:24:25:39:19:24:24:39 chr8 94935173 . C T 224.64 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00791086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.528;QD=17.6187;RBI=0.00838479;REFB=-0.0213781;REVB=0.00277904;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607167;STB=0.505046;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0216629;OID=.;OPOS=94935173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:14:10:11:15:14:10:11:16 chr8 94935937 . T C 298.66 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.000545156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.479;QD=18.6665;RBI=0.0309056;REFB=-0.00829542;REVB=0.0309008;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101895;STB=0.547308;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0172559;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:17:15:11:20:17:15:12:20 chr8 94936532 . G C 528.4 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.011906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.384;QD=24.8658;RBI=0.0128136;REFB=-0.00169525;REVB=0.00473662;RO=36;SAF=22;SAR=27;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611433;STB=0.53348;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00111692;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:36:49:49:0.576471:27:22:19:17:27:22:19:17 chr8 95143172 . T G 626.44 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213051;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.475;QD=61.116;RBI=0.0356992;REFB=0;REVB=0.0356356;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103728;OID=.;OPOS=95143172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:21:20:0:0 chr8 95143186 . C G 631.61 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0589896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.47;QD=61.6206;RBI=0.0638398;REFB=0;REVB=0.024408;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134629;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr8 95158382 . C T 1610.91 PASS AF=0.973451;AO=109;DP=114;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000883743;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.535;QD=57.0234;RBI=0.0365227;REFB=-0.127726;REVB=0.036512;RO=3;SAF=41;SAR=68;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204798;STB=0.510789;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.000461604;OID=.;OPOS=95158382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:113:3:3:109:110:0.973451:68:41:0:3:68:42:0:3 chr8 95272598 . C T 541.87 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0336419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.564;QD=16.6728;RBI=0.0336969;REFB=-0.00412237;REVB=-0.00192583;RO=71;SAF=28;SAR=30;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517422;STB=0.53258;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00480155;OID=.;OPOS=95272598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:72:58:58:0.446154:30:28:38:33:30:28:39:33 chr8 95719387 . A T 1529.97 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.538;QD=63.7488;RBI=0.0629281;REFB=0;REVB=-0.0532853;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01081e-05;OID=.;OPOS=95719387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr8 95732283 . G C 2653.25 PASS AF=0.966851;AO=175;DP=181;FAO=175;FDP=181;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=135;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0541702;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.647;QD=58.6353;RBI=0.0670777;REFB=-0.150013;REVB=0.0395602;RO=4;SAF=40;SAR=135;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138934;STB=0.502918;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00277342;OID=.;OPOS=95732283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:181:181:4:6:175:175:0.966851:135:40:0:4:135:40:1:5 chr8 95793367 . A G 805.4 PASS AF=0.525974;AO=79;DP=153;FAO=81;FDP=154;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00788586;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.931;QD=20.9196;RBI=0.0200477;REFB=-0.0216223;REVB=0.0184316;RO=73;SAF=29;SAR=50;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780599;STB=0.547171;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0187698;OID=.;OPOS=95793367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:73:73:79:81:0.525974:50:29:33:40:52:29:33:40 chr8 95877787 . T C 2358.63 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824099;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.806;QD=63.7467;RBI=0.0115212;REFB=0;REVB=0.00805133;RO=0;SAF=67;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156917;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:148:0:0:147:148:1:80:67:0:0:81:67:0:0 chr8 95888307 . C T 1163.71 PASS AF=0.962963;AO=77;DP=84;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0236675;FXX=0.03571;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.087;QD=57.4672;RBI=0.0619197;REFB=-0.0400979;REVB=0.057218;RO=1;SAF=34;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137161;STB=0.503865;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00258163;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:84:81:1:3:77:78:0.962963:43:34:1:0:44:34:1:2 chr8 95897399 . T C 364.09 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0546557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7147;QD=15.83;RBI=0.0547254;REFB=0.00852067;REVB=-0.00276208;RO=53;SAF=18;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489969;STB=0.527624;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0107286;OID=.;OPOS=95897399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:21:18:27:26:21:18:27:26 chr8 95918288 . C T 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.219;QD=59.3211;RBI=0.0475541;REFB=0;REVB=0.0383607;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10938e-05;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr8 95938422 . C A 1163.0 PASS AF=0.975;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0221464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.081;QD=58.1501;RBI=0.0253198;REFB=-0.104916;REVB=0.0122731;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.500642;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0010612;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:0:2:77:78:0.975:41:36:0:0:41:37:1:1 chr8 95942244 . G A 1062.06 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.612;QD=59.8343;RBI=0.0614028;REFB=0;REVB=0.0376157;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64546e-05;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr8 95951916 . GTGAC G 1513.42 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127389;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=298.372;QD=59.9373;RBI=0.0249962;REFB=0;REVB=-0.0215065;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.03917e-05;OID=.;OPOS=95951917;OREF=TGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:100:101:101:101:0:43:58:0:0:8:0:43:57:0:0 chr8 96053782 . GCT G 1280.58 PASS AF=1;AO=76;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100831;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=2;MLLD=257.659;QD=60.2624;RBI=0.047968;REFB=0;REVB=0.0479574;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.0163e-05;OID=.;OPOS=96053783;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:82:85:85:0:51:34:0:0:7:0:49:27:0:0 chr8 96168291 . G GT,T 31.06 PASS AF=0.205882,0;AO=5,2;DP=37;FAO=7,0;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4,0;FSAR=3,0;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0752795,-0.00954206;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=20.7027,169.944;QD=3.65401;RBI=0.0788462,0.00956852;REFB=-0.0240082,0.000293005;REVB=0.023446,0.000711087;RO=30;SAF=3,2;SAR=2,0;SRF=8;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.385052,0.588601;STB=0.735438,0.5;STBP=0.223,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.08538,0;OID=.,.;OPOS=96168292,96168291;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:37:34:30:27:5,2:7,0:0.205882,0:2,0:3,2:8:22:3,0:4,0:7:20 chr8 97243720 . G A 820.44 PASS AF=0.452632;AO=85;DP=189;FAO=86;FDP=190;FR=.;FRO=104;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.0362566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4703;QD=17.2725;RBI=0.0398563;REFB=-0.0217384;REVB=-0.0165523;RO=103;SAF=30;SAR=55;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580271;STB=0.530908;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0370897;OID=.;OPOS=97243720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:103:104:85:86:0.452632:55:30:42:61:55:31:43:61 chr8 97343326 . ATCTTGT A 494.08 PASS AF=0.381579;AO=56;DP=158;FAO=58;FDP=152;FR=.;FRO=94;FSAF=12;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=61;FWDB=-0.0285661;FXX=0.0843323;HRUN=1;LEN=6;MLLD=295.55;QD=13.0021;RBI=0.0329625;REFB=-0.00482378;REVB=0.0164469;RO=77;SAF=12;SAR=44;SRF=25;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151281;STB=0.617129;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=0.00716799;OID=.;OPOS=97343327;OREF=TCTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.381579:56:158:58:152:94:12:46:33:61:99:77:12:44:25:52 chr8 97384408 . C T 1847.32 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238956;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.694;QD=61.5772;RBI=0.0873511;REFB=0;REVB=-0.0840192;RO=0;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215602;OID=.;OPOS=97384408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:70:50:0:0:70:50:0:0 chr8 97605800 . C T 830.34 PASS AF=0.445545;AO=90;DP=203;FAO=90;FDP=202;FR=.;FRO=112;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=0.00708434;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.111;QD=16.4424;RBI=0.0210221;REFB=-0.0225438;REVB=-0.0197924;RO=112;SAF=50;SAR=40;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379043;STB=0.52106;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0252682;OID=.;OPOS=97605800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:112:112:90:90:0.445545:40:50:58:54:40:50:58:54 chr8 97847358 . G T 3788.69 PASS AF=0.992278;AO=244;DP=248;FAO=257;FDP=259;FR=.;FRO=2;FSAF=119;FSAR=138;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00902037;FXX=0.00384601;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.2237;QD=58.5126;RBI=0.0187383;REFB=0.0306871;REVB=0.0164242;RO=4;SAF=119;SAR=125;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00731167;STB=0.500287;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00616043;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:248:259:4:2:244:257:0.992278:125:119:1:3:138:119:1:1 chr8 98289986 . C T 16697.9 PASS AF=1;AO=1056;DP=1075;FAO=1059;FDP=1059;FR=.;FRO=0;FSAF=513;FSAR=546;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363353;FXX=0.0148836;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.858;QD=63.0704;RBI=0.0420746;REFB=0.000915914;REVB=0.0212136;RO=3;SAF=512;SAR=544;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000821216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13633e-06;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:1075:1059:3:0:1056:1059:1:544:512:1:2:546:513:0:0 chr8 98725970 . G A 68.75 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00231107;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.812;QD=6.24992;RBI=0.00783381;REFB=-0.0107683;REVB=-0.00748515;RO=34;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193392;STB=0.626227;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0315605;OID=.;OPOS=98725970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:45:44:34:34:10:10:0.227273:8:2:11:23:8:2:11:23 chr8 98787952 . GC CT 357.11 PASS AF=0.224335;AO=59;DP=264;FAO=59;FDP=263;FR=.;FRO=204;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=68;FSRR=136;FWDB=0.0401274;FXX=0.00378774;HRUN=2;LEN=2;MLLD=56.5871;QD=5.43129;RBI=0.0448862;REFB=-0.00177497;REVB=0.0201136;RO=204;SAF=30;SAR=29;SRF=68;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225143;STB=0.635224;STBP=0.018;TYPE=mnp;VARB=0.00726612;OID=.;OPOS=98787952;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:204:204:59:59:0.224335:29:30:68:136:29:30:68:136 chr8 98787994 . A G 990.06 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0220606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2291;QD=55.0033;RBI=0.0302865;REFB=-0.0997024;REVB=-0.0207509;RO=3;SAF=6;SAR=63;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219816;STB=0.511625;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0030413;OID=.;OPOS=98787994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:63:6:0:3:63:6:0:3 chr8 98788033 . G C 676.22 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0156903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0237;QD=57.5504;RBI=0.0372831;REFB=0.0205954;REVB=0.0338207;RO=2;SAF=1;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213568;STB=0.511106;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.000729108;OID=.;OPOS=98788033;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:47:2:2:44:45:0.957447:43:1:0:2:44:1:0:2 chr8 98827530 . AG A,AA 308.2 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=5,18;DP=25;FAO=2,21;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601106,0.00338028;FXX=0.079968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.922,222.736;QD=53.5998;RBI=0.0199248,0.0199603;REFB=0,0;REVB=0.0189965,0.019672;RO=0;SAF=1,11;SAR=4,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0115136,0.00354422;OID=.,.;OPOS=98827531,98827531;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0869565,0.913043:5,18:25:2,21:23:0:1,11:1,10:0:0:8:0:1,11:4,7:0:0 chr8 98943446 . T C 687.81 PASS AF=0.469388;AO=68;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=52;FWDB=-0.00557412;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8063;QD=18.7159;RBI=0.00860946;REFB=-0.00609337;REVB=-0.0065614;RO=77;SAF=27;SAR=41;SRF=25;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737773;STB=0.532736;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00780199;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:77:78:68:69:0.469388:41:27:25:52:42:27:26:52 chr8 98943545 . A G 652.15 PASS AF=0.547009;AO=64;DP=117;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00069575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.936;QD=22.2956;RBI=0.00552598;REFB=-0.0197732;REVB=-0.00548201;RO=53;SAF=29;SAR=35;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636728;STB=0.534841;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0186578;OID=.;OPOS=98943545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:53:53:64:64:0.547009:35:29:20:33:35:29:20:33 chr8 98943598 . C T 509.56 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00314128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.558;QD=21.2315;RBI=0.0237315;REFB=-0.0059087;REVB=-0.0235227;RO=47;SAF=23;SAR=26;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111562;STB=0.561601;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.017425;OID=.;OPOS=98943598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:26:23:28:19:26:23:28:19 chr8 98954012 . T C 2334.68 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000212129;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8408;QD=63.9637;RBI=0.00744888;REFB=0;REVB=-0.00744586;RO=0;SAF=73;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80064e-05;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:146:146:1:73:73:0:0:73:73:0:0 chr8 99030280 . T C 682.19 PASS AF=0.423729;AO=75;DP=178;FAO=75;FDP=177;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=0.0178749;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.417;QD=15.4167;RBI=0.0546969;REFB=-0.0115732;REVB=0.0516937;RO=102;SAF=32;SAR=43;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254956;STB=0.514256;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0186353;OID=.;OPOS=99030280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:102:102:75:75:0.423729:43:32:46:56:43:32:46:56 chr8 99044528 . C T 260.05 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0690084;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.071;QD=14.0568;RBI=0.0690096;REFB=0.00389877;REVB=-0.000404184;RO=43;SAF=8;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274837;STB=0.652067;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00269292;OID=.;OPOS=99044528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:22:8:22:21:22:8:22:22 chr8 99045792 . G A 243.92 PASS AF=0.426471;AO=27;DP=66;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0118143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.04;QD=14.3484;RBI=0.0140973;REFB=-0.00957168;REVB=-0.00769126;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623281;STB=0.546527;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0127305;OID=.;OPOS=99045792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:38:39:27:29:0.426471:14:13:16:22:14:15:17:22 chr8 99045978 . A C 256.7 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.000692212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2239;QD=15.5577;RBI=0.0233898;REFB=-0.0270086;REVB=0.0233795;RO=37;SAF=19;SAR=10;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274354;STB=0.655065;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0146338;OID=.;OPOS=99045978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:10:19:14:23:10:19:14:23 chr8 99115144 . A G 409.41 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.00690485;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.029;QD=17.8003;RBI=0.019833;REFB=-0.0206571;REVB=0.0185923;RO=50;SAF=21;SAR=21;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175581;STB=0.597781;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0156925;OID=.;OPOS=99115144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:50:50:42:42:0.456522:21:21:16:34:21:21:16:34 chr8 99205612 . C T 2542.16 PASS AF=0.965714;AO=169;DP=175;FAO=169;FDP=175;FR=.;FRO=6;FSAF=82;FSAR=87;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0188994;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.306;QD=58.1065;RBI=0.0442465;REFB=-0.0348537;REVB=0.040007;RO=4;SAF=82;SAR=87;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116523;STB=0.500508;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00050782;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:175:175:4:6:169:169:0.965714:87:82:3:1:87:82:3:3 chr8 99208190 . A C 332.2 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0211346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.74;QD=13.8417;RBI=0.0227096;REFB=-0.0142633;REVB=0.00831006;RO=59;SAF=21;SAR=16;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459389;STB=0.526182;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0117476;OID=.;OPOS=99208190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:16:21:31:28:16:21:31:28 chr8 99441904 . G T 1732.66 PASS AF=1;AO=103;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.911;QD=59.2363;RBI=0.0454929;REFB=0;REVB=0.040698;RO=0;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272753;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:103:117:1:45:58:0:0:56:61:0:0 chr8 100844758 . T C 745.02 PASS AF=0.47561;AO=77;DP=165;FAO=78;FDP=164;FR=.;FRO=86;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.00833115;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.533;QD=18.1711;RBI=0.00834086;REFB=-0.0177874;REVB=-0.00040227;RO=88;SAF=42;SAR=35;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874731;STB=0.551269;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0185741;OID=.;OPOS=100844758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:88:86:77:78:0.47561:35:42:40:48:35:43:39:47 chr8 100889626 . T C 65.16 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.033342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.642;QD=10.0241;RBI=0.0405801;REFB=-0.0158911;REVB=-0.0231313;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204846;STB=0.575055;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0222557;OID=.;OPOS=100889626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:26:14:16:8:9:0.346154:5:3:8:6:5:4:9:7 chr8 100975002 . A G 661.17 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0132308;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.347;QD=52.8938;RBI=0.02269;REFB=-0.0664386;REVB=0.0184332;RO=5;SAF=24;SAR=21;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503503;STB=0.52687;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00343408;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:50:5:5:45:45:0.9:21:24:4:1:21:24:4:1 chr8 101011612 . G A 367.27 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00492548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.474;QD=16.5066;RBI=0.0265188;REFB=-0.0120673;REVB=-0.0260574;RO=50;SAF=23;SAR=16;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130357;STB=0.573296;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00836977;OID=.;OPOS=101011612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:16:23:23:27:16:23:23:27 chr8 101153024 . G A 2159.67 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.637;QD=63.056;RBI=0.0241369;REFB=0;REVB=-0.00564514;RO=0;SAF=73;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83407e-06;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:64:73:0:0:64:73:0:0 chr8 101163658 . T C 272.26 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0389319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5757;QD=17.2861;RBI=0.0456465;REFB=-0.00953531;REVB=-0.023831;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338808;STB=0.518975;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0111778;OID=.;OPOS=101163658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:19:11:11:22:19:11:11:22 chr8 101206391 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0270034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.958;QD=14.0974;RBI=0.0549015;REFB=-0.00191478;REVB=0.0478016;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061658;STB=0.536026;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00242039;OID=.;OPOS=101206391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:10:8:5:8:10:8 chr8 101206459 . A AGAC,C 272.31 PASS AF=0.338028,0.112676;AO=24,8;DP=71;FAO=24,8;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=12,7;FSAR=12,1;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0028354,-0.0169705;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=241.741,164.071;QD=15.3414;RBI=0.00525258,0.0170126;REFB=-0.0140682,-0.0103239;REVB=-0.00442155,-0.00119549;RO=39;SAF=12,7;SAR=12,1;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0413201,0.461788;STB=0.52379,0.825171;STBP=0.766,0.065;TYPE=ins,snp;VARB=0.0227051,0.0385383;OID=.,.;OPOS=101206460,101206459;OREF=-,A;OALT=GAC,C;OMAPALT=AGAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:24,8:24,8:0.338028,0.112676:12,1:12,7:21:18:12,1:12,7:21:18 chr8 101206531 . G A 661.23 PASS AF=0.463768;AO=49;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=69;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0102804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4271;QD=19.166;RBI=0.0274044;REFB=0.00222872;REVB=0.0254031;RO=49;SAF=22;SAR=27;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562754;STB=0.548857;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0192622;OID=.;OPOS=101206531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:49:69:49:64:0.463768:27:22:19:30:32:32:28:41 chr8 101225559 . C G 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3168;QD=30.7881;RBI=0.0348095;REFB=-0.0415955;REVB=-0.0317428;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125393;STB=0.571246;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0053612;OID=.;OPOS=101225559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:0:1:3:5:0:1 chr8 101252680 . T C 448.7 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00622181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.552;QD=14.5919;RBI=0.0121684;REFB=-0.0234282;REVB=-0.0104575;RO=71;SAF=29;SAR=22;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136344;STB=0.572583;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0360842;OID=.;OPOS=101252680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:71:72:51:51:0.414634:22:29:31:40:22:29:32:40 chr8 101253184 . G A 485.31 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0127339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.228;QD=16.4511;RBI=0.0162889;REFB=-0.00638431;REVB=-0.0101576;RO=65;SAF=23;SAR=30;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00320814;STB=0.50179;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00709406;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:30:23:28:37:30:23:28:37 chr8 101586133 . T C 522.56 PASS AF=0.438462;AO=56;DP=129;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=52;FWDB=0.00550397;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.341;QD=16.0786;RBI=0.0190358;REFB=0.00212104;REVB=0.0182227;RO=73;SAF=25;SAR=31;SRF=21;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166567;STB=0.596925;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00109243;OID=.;OPOS=101586133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:73:73:56:57:0.438462:31:25:21:52:31:26:21:52 chr8 101648164 . C G 1198.56 PASS AF=0.522321;AO=117;DP=225;FAO=117;FDP=224;FR=.;FRO=107;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=0.0304209;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4725;QD=21.4028;RBI=0.0354573;REFB=-0.0176178;REVB=0.0182151;RO=107;SAF=61;SAR=56;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104107;STB=0.556898;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0172925;OID=.;OPOS=101648164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:107:107:117:117:0.522321:56:61:43:64:56:61:43:64 chr8 101721709 . T A 31.91 PASS AF=0.0572391;AO=17;DP=299;FAO=17;FDP=297;FR=.;FRO=280;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=108;FSRR=172;FWDB=-0.0174789;FXX=0.00668874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.51;QD=0.429792;RBI=0.0263934;REFB=-0.000982685;REVB=-0.0197763;RO=280;SAF=9;SAR=8;SRF=107;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152994;STB=0.633654;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0328831;OID=.;OPOS=101721709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:299:297:280:280:17:17:0.0572391:8:9:107:173:8:9:108:172 chr8 101721727 . G A 42.44 PASS AF=0.0641026;AO=20;DP=311;FAO=20;FDP=312;FR=.;FRO=292;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=111;FSRR=181;FWDB=-0.00010851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.676;QD=0.544139;RBI=0.0106157;REFB=-0.00119294;REVB=-0.0106152;RO=291;SAF=10;SAR=10;SRF=111;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129663;STB=0.612073;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0168672;OID=.;OPOS=101721727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:311:312:291:292:20:20:0.0641026:10:10:111:180:10:10:111:181 chr8 101721756 . A C 84.05 PASS AF=0.0870871;AO=29;DP=332;FAO=29;FDP=333;FR=.;FRO=304;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=115;FSRR=189;FWDB=-0.0148719;FXX=0.00299392;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.823;QD=1.00963;RBI=0.0322183;REFB=-0.001404;REVB=-0.0285806;RO=303;SAF=14;SAR=15;SRF=115;SRR=188;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124463;STB=0.596054;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0215006;OID=.;OPOS=101721756;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:332:333:303:304:29:29:0.0870871:15:14:115:188:15:14:115:189 chr8 101721812 . G A 151.98 PASS AF=0.113573;AO=41;DP=361;FAO=41;FDP=361;FR=.;FRO=320;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=149;FSRR=171;FWDB=4.41272e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.05;QD=1.68395;RBI=0.029441;REFB=-0.00126709;REVB=0.029441;RO=317;SAF=23;SAR=18;SRF=148;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117225;STB=0.583998;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00696063;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:361:317:320:41:41:0.113573:18:23:148:169:18:23:149:171 chr8 101721817 . T C 147.5 PASS AF=0.110811;AO=41;DP=372;FAO=41;FDP=370;FR=.;FRO=329;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=160;FSRR=169;FWDB=0.0153827;FXX=0.0053762;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9577;QD=1.59456;RBI=0.0188316;REFB=-0.000258284;REVB=-0.010863;RO=329;SAF=23;SAR=18;SRF=159;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964774;STB=0.566261;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00241104;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:370:329:329:41:41:0.110811:18:23:159:170:18:23:160:169 chr8 101721839 . C A 138.46 PASS AF=0.110465;AO=38;DP=346;FAO=38;FDP=344;FR=.;FRO=306;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=149;FSRR=157;FWDB=-0.0117821;FXX=0.00578018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.812;QD=1.60999;RBI=0.0118945;REFB=-0.000298505;REVB=-0.00163091;RO=306;SAF=22;SAR=16;SRF=148;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118143;STB=0.581736;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00202789;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:344:306:306:38:38:0.110465:16:22:148:158:16:22:149:157 chr8 101721870 . G A 61.09 PASS AF=0.0757098;AO=24;DP=317;FAO=24;FDP=317;FR=.;FRO=293;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=158;FSRR=135;FWDB=0.00512557;FXX=0.00314456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.071;QD=0.770793;RBI=0.0209901;REFB=-0.000454469;REVB=-0.0203546;RO=288;SAF=13;SAR=11;SRF=154;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079327;STB=0.502247;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0051609;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:317:317:288:293:24:24:0.0757098:11:13:154:134:11:13:158:135 chr8 101721899 . C A 37.84 PASS AF=0.0627178;AO=18;DP=287;FAO=18;FDP=287;FR=.;FRO=269;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=151;FSRR=118;FWDB=-0.0415029;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6628;QD=0.527365;RBI=0.0429886;REFB=-0.000206521;REVB=-0.0112038;RO=265;SAF=12;SAR=6;SRF=149;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115021;STB=0.603288;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00132238;OID=.;OPOS=101721899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:287:287:265:269:18:18:0.0627178:6:12:149:116:6:12:151:118 chr8 101752155 . C T 596.18 PASS AF=0.5;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0423465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4915;QD=19.547;RBI=0.0791255;REFB=-0.0297641;REVB=-0.0668402;RO=58;SAF=17;SAR=44;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12145;STB=0.558002;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0371445;OID=.;OPOS=101752155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:58:61:61:61:0.5:44:17:23:35:44:17:23:38 chr8 102209357 . A T 1390.38 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0250205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.998;QD=59.1651;RBI=0.0323051;REFB=-0.0785428;REVB=-0.0204351;RO=1;SAF=48;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977343;STB=0.515148;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000380248;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:1:3:91:91:0.968085:43:48:1:0:43:48:3:0 chr8 102504974 . C G 1371.61 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.186;QD=62.3457;RBI=0.0527583;REFB=0;REVB=0.0105575;RO=0;SAF=24;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29943e-05;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:61:24:0:0:61:27:0:0 chr8 102555060 . G A 235.45 PASS AF=0.5;AO=23;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.10583;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.378;QD=18.8362;RBI=0.10583;REFB=-0.00947385;REVB=0.000169895;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248077;STB=0.59992;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00545187;OID=.;OPOS=102555060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:17:25:23:25:0.5:10:13:4:13:10:15:10:15 chr8 102859580 . C T 433.12 PASS AF=0.418033;AO=49;DP=119;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0193703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.533;QD=14.2008;RBI=0.0550241;REFB=-0.0518376;REVB=-0.0515018;RO=57;SAF=16;SAR=33;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265169;STB=0.62685;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0792894;OID=.;OPOS=102859580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:57:71:49:51:0.418033:33:16:34:23:35:16:37:34 chr8 103137693 . T C 2338.23 PASS AF=0.449558;AO=245;DP=559;FAO=254;FDP=565;FR=.;FRO=311;FSAF=133;FSAR=121;FSRF=160;FSRR=151;FWDB=-0.0371622;FXX=0.0052816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5158;QD=16.5538;RBI=0.0371802;REFB=-0.0112194;REVB=0.00115653;RO=314;SAF=127;SAR=118;SRF=163;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000752899;STB=0.505046;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0173886;OID=.;OPOS=103137693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:559:565:314:311:245:254:0.449558:118:127:163:151:121:133:160:151 chr8 104081204 . A G 237.2 PASS AF=0.448276;AO=22;DP=61;FAO=26;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00779819;FXX=0.0491723;HRUN=7;LEN=1;MLLD=244.926;QD=16.3588;RBI=0.0116657;REFB=-0.0179919;REVB=-0.00867624;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202833;STB=0.513359;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0164588;OID=.;OPOS=104081204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:20:32:22:26:0.448276:13:9:13:7:14:12:14:18 chr8 104081226 . A G 1081.05 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0187067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.85;QD=56.1583;RBI=0.0248227;REFB=-0.109183;REVB=0.0163165;RO=3;SAF=37;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122728;STB=0.506492;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.000364969;OID=.;OPOS=104081226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:77:77:3:3:74:74:0.961039:37:37:2:1:37:37:2:1 chr8 104098842 . ATAGT A 364.21 PASS AF=0.457831;AO=34;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00749624;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=4;MLLD=279.616;QD=17.5524;RBI=0.00784899;REFB=-0.0118201;REVB=0.00232661;RO=47;SAF=18;SAR=16;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908403;STB=0.554189;STBP=0.388;TYPE=del;VARB=0.0129447;OID=.;OPOS=104098843;OREF=TAGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457831:34:83:38:83:45:19:19:27:18:99:47:18:16:29:18 chr8 104100865 . G A 193.99 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00859171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9479;QD=18.4751;RBI=0.0110847;REFB=-0.0359499;REVB=0.00700385;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260777;STB=0.64591;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0127124;OID=.;OPOS=104100865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:18:4:9:11:18:4 chr8 104100875 . AGGC AAGC,AGC,GCAG 180.37 PASS AF=0,0.44,0.02;AO=4,12,2;DP=47;FAO=0,22,1;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=0,13,0;FSAR=0,9,1;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0403622,-0.0349922,-0.041598;FXX=0;HRUN=2,2,6;LEN=1,1,4;MLLD=21.3196,20.3836,169.994;QD=14.4296;RBI=0.0604076,0.0787535,0.0577935;REFB=-0.00421665,0.029285,0.00860572;REVB=0.0449441,0.0705526,-0.040121;RO=26;SAF=2,9,0;SAR=2,3,2;SRF=19;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.275859,0.0284254,-0.602933;STB=0.5,0.565758,0.993636;STBP=1,0.448,0.173;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,-0.0315332,0.159344;OID=.,.,.;OPOS=104100876,104100876,104100875;OREF=G,G,AGGC;OALT=A,-,GCAG;OMAPALT=AAGC,AGC,GCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:50:26:27:4,12,2:0,22,1:0,0.44,0.02:2,3,2:2,9,0:19:7:0,9,1:0,13,0:19:8 chr8 104100919 . G A 297.66 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00495593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.314;QD=13.2294;RBI=0.00893791;REFB=-0.0102069;REVB=-0.00743808;RO=55;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405279;STB=0.518508;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0192925;OID=.;OPOS=104100919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:56:34:34:0.377778:21:13:23:32:21:13:23:33 chr8 104343822 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.626;QD=61.5357;RBI=0.0273396;REFB=0;REVB=-0.00597879;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26562e-05;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr8 104384780 . A G 330.4 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0332201;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0393;QD=13.3495;RBI=0.0987382;REFB=-0.0056885;REVB=-0.0929821;RO=62;SAF=24;SAR=13;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150615;STB=0.586316;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00706598;OID=.;OPOS=104384780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:62:62:37:37:0.373737:13:24:32:30:13:24:32:30 chr8 104411282 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.626;QD=57.1775;RBI=0.0463925;REFB=0;REVB=0.0120159;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16536e-05;OID=.;OPOS=104411282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr8 104412388 . C A 1130.01 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0450178;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.869;QD=57.949;RBI=0.0497896;REFB=-0.0618461;REVB=0.0212697;RO=2;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225227;STB=0.511902;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000266972;OID=.;OPOS=104412388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:2:2:76:76:0.974359:41:35:0:2:41:35:0:2 chr8 104427359 . A C 2698.23 PASS AF=0.994286;AO=175;DP=175;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.458;QD=61.6739;RBI=0.0364467;REFB=0.0366461;REVB=0.0166708;RO=0;SAF=92;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502732;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-5.45448e-05;OID=.;OPOS=104427359;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:175:0:1:175:174:0.994286:83:92:0:0:83:91:1:0 chr8 104427541 . C T 1026.89 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.021;QD=59.53;RBI=0.0655378;REFB=0;REVB=0.0213856;RO=0;SAF=11;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177926;OID=.;OPOS=104427541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:67:69:1:56:11:0:0:57:12:0:0 chr8 104427578 . T C,G 1217.59 PASS AF=0.927711,0.060241;AO=76,5;DP=82;FAO=77,5;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=29,0;FSAR=48,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03864,0.010327;FXX=0.0119033;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.7236,85.9571;QD=58.6791;RBI=0.056799,0.0196227;REFB=-0.0368215,-0.0552465;REVB=0.0416302,-0.0166854;RO=1;SAF=28,0;SAR=48,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00975781,0;STB=0.505153,0.5;STBP=0.529,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000428459,0.151599;OID=.,.;OPOS=104427578,104427578;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:82:83:1:1:76,5:77,5:0.927711,0.060241:48,5:28,0:0:1:48,5:29,0:0:1 chr8 104432545 . A G 2687.95 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044585;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.804;QD=62.1491;RBI=0.0625469;REFB=0;REVB=0.0438667;RO=0;SAF=86;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23549e-05;OID=.;OPOS=104432545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:172:173:1:86:86:0:0:87:86:0:0 chr8 105261725 . G A 801.52 PASS AF=0.477011;AO=83;DP=174;FAO=83;FDP=174;FR=.;FRO=91;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=0.012008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2253;QD=18.4256;RBI=0.0352451;REFB=0.0179549;REVB=-0.0331364;RO=91;SAF=44;SAR=39;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498724;STB=0.527535;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0176404;OID=.;OPOS=105261725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:91:91:83:83:0.477011:39:44:53:38:39:44:53:38 chr8 105263979 . C T 530.05 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=0.00741298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.453;QD=18.1212;RBI=0.00818959;REFB=-0.0155022;REVB=-0.00348096;RO=61;SAF=24;SAR=32;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147865;STB=0.581605;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0180656;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:56:56:0.478632:32:24:17:44:32:24:17:44 chr8 105478933 . G A 4978.21 PASS AF=0.451147;AO=525;DP=1175;FAO=531;FDP=1177;FR=.;FRO=646;FSAF=250;FSAR=281;FSRF=331;FSRR=315;FWDB=0.0530204;FXX=0.000848889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.093;QD=16.9183;RBI=0.0574005;REFB=-0.0143482;REVB=-0.0219922;RO=640;SAF=245;SAR=280;SRF=329;SRR=311;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472784;STB=0.522834;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0158693;OID=.;OPOS=105478933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1175:1177:640:646:525:531:0.451147:280:245:329:311:281:250:331:315 chr8 105479149 . A G 70.69 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=33;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0385263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.419;QD=8.07844;RBI=0.0385425;REFB=-0.0073975;REVB=-0.00111986;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125971;STB=0.517207;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0432804;OID=.;OPOS=105479149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:33:35:25:25:8:10:0.285714:5:3:7:18:7:3:7:18 chr8 106815994 . GGTTAT G 69.69 PASS AF=0.25;AO=15;DP=73;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00101735;FXX=0.168809;HRUN=2;LEN=5;MLLD=289.911;QD=4.35582;RBI=0.0268187;REFB=-0.00489503;REVB=0.0267994;RO=38;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263061;STB=0.737793;STBP=0.037;TYPE=del;VARB=0.0105486;OID=.;OPOS=106815995;OREF=GTTAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:15:73:16:64:48:12:4:21:27:69:38:11:4:20:18 chr8 107710044 . T A 4143.11 PASS AF=0.992565;AO=266;DP=268;FAO=267;FDP=269;FR=.;FRO=2;FSAF=145;FSAR=122;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0597497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3009;QD=61.6075;RBI=0.0690952;REFB=0.139855;REVB=-0.0347004;RO=2;SAF=145;SAR=121;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000647155;STB=0.500323;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000541424;OID=.;OPOS=107710044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:268:269:2:2:266:267:0.992565:121:145:1:1:122:145:1:1 chr8 107782065 . A G 693.98 PASS AF=0.553719;AO=67;DP=121;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00354192;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0733;QD=22.9413;RBI=0.00411983;REFB=-0.0400685;REVB=-0.00210423;RO=54;SAF=36;SAR=31;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608829;STB=0.533274;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0221626;OID=.;OPOS=107782065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:54:54:67:67:0.553719:31:36:33:21:31:36:33:21 chr8 107782335 . G A 714.8 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=148;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0130674;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5099;QD=19.3188;RBI=0.0179749;REFB=-0.00348707;REVB=0.0123426;RO=76;SAF=27;SAR=44;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139351;STB=0.588727;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00317504;OID=.;OPOS=107782335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:76:77:71:71:0.47973:44:27:40:36:45:26:41:36 chr8 107782395 . G A 1636.09 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0959236;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3984;QD=58.9584;RBI=0.117421;REFB=-0.0387861;REVB=0.0677226;RO=1;SAF=51;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921694;STB=0.504761;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00169046;OID=.;OPOS=107782395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:111:1:1:109:110:0.990991:58:51:1:0:58:52:1:0 chr8 108261919 . GATTT G 353.27 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0057119;FXX=0.0727207;HRUN=1;LEN=4;MLLD=268.53;QD=13.8539;RBI=0.0117458;REFB=-0.010268;REVB=0.0102634;RO=55;SAF=19;SAR=22;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464797;STB=0.532351;STBP=0.575;TYPE=del;VARB=0.0102448;OID=.;OPOS=108261920;OREF=ATTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401961:41:101:41:102:61:19:22:25:36:99:55:19:22:23:32 chr8 108896742 . G A 1559.44 PASS AF=0.48773;AO=157;DP=323;FAO=159;FDP=326;FR=.;FRO=167;FSAF=76;FSAR=83;FSRF=60;FSRR=107;FWDB=0.000850126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7935;QD=19.1342;RBI=0.068327;REFB=-0.0133155;REVB=-0.0683217;RO=163;SAF=74;SAR=83;SRF=59;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102656;STB=0.561249;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0127655;OID=.;OPOS=108896742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:326:163:167:157:159:0.48773:83:74:59:104:83:76:60:107 chr8 108970367 . A G 994.31 PASS AF=0.5;AO=101;DP=202;FAO=101;FDP=202;FR=.;FRO=101;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0167844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.167;QD=19.6893;RBI=0.0172609;REFB=-0.00297976;REVB=-0.00402751;RO=100;SAF=52;SAR=49;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406085;STB=0.524733;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00286293;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:100:101:101:101:0.5:49:52:47:53:49:52:47:54 chr8 109009180 . G A 330.09 PASS AF=0.439024;AO=35;DP=81;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0261008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.1;QD=16.1017;RBI=0.0270052;REFB=-0.0151182;REVB=-0.00693037;RO=45;SAF=23;SAR=12;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850468;STB=0.548645;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0290452;OID=.;OPOS=109009180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:46:35:36:0.439024:12:23:26:19:12:24:27:19 chr8 110255497 . AATT AAAA,AAAT,AT,TAAA 40.58 PASS AF=0,0,0.346154,0;AO=2,9,6,3;DP=48;FAO=0,0,9,0;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=0,0,4,0;FSAR=0,0,5,0;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.139056,0.254989,-0.104322,-0.0456611;FXX=0.365764;HRUN=6,6,6,6;LEN=2,1,2,4;MLLD=24.564,8.13953,16.5082,146.848;QD=6.24275;RBI=0.14334,0.26406,0.127728,0.0729404;REFB=-0.0102344,-0.021414,-0.0591508,-0.00620728;REVB=0.034781,0.0686193,0.0736972,-0.0568803;RO=19;SAF=0,0,3,0;SAR=2,9,3,3;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.43349,-0.7278,0.281994,-0.523984;STB=0.5,0.5,0.561271,0.5;STBP=1,1,0.665,1;TYPE=mnp,snp,del,mnp;VARB=0,0,0.0285938,0.101377;OID=.,.,.,.;OPOS=110255499,110255499,110255498,110255497;OREF=TT,T,AT,AATT;OALT=AA,A,-,TAAA;OMAPALT=AAAA,AAAT,AT,TAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:41:48:26:19:17:2,9,6,3:0,0,9,0:0,0,0.346154,0:2,9,3,3:0,0,3,0:5:14:0,0,5,0:0,0,4,0:6:11 chr8 110657514 . G A 1460.16 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231479;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.845;QD=63.4851;RBI=0.0279014;REFB=0;REVB=0.0155777;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04685e-05;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr8 111946844 . G C 1019.13 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0247416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2515;QD=56.6181;RBI=0.0306697;REFB=-0.172389;REVB=0.0181242;RO=2;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022501;STB=0.511901;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00402669;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:71:72:2:2:69:70:0.972222:41:28:0:2:41:29:0:2 chr8 113241088 . T G 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0150089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.543;QD=18.4677;RBI=0.0152319;REFB=-0.0209884;REVB=0.00259635;RO=43;SAF=12;SAR=28;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768272;STB=0.538442;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0227986;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:28:12:16:27:28:12:16:28 chr8 113516207 . CTG ACT,CT,CTA 1117.63 PASS AF=0,0.302632,0.697368;AO=3,33,38;DP=78;FAO=0,23,53;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,22;FSAR=0,20,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383101,0.0426221,0.0397338;FXX=0.0129853;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=149.74,165.226,166.188;QD=58.8224;RBI=0.0417449,0.0481549,0.0564636;REFB=0,0,0;REVB=0.0165825,0.0224109,0.0401168;RO=0;SAF=1,4,20;SAR=2,29,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.51048e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.00178588,0.00870707;OID=.,.,.;OPOS=113516207,113516209,113516209;OREF=CTG,G,G;OALT=ACT,-,A;OMAPALT=ACT,CT,CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:20:78:76:0:0:3,33,38:0,23,53:0,0.302632,0.697368:2,29,18:1,4,20:0:0:0,20,31:0,3,22:0:0 chr8 114186003 . T C 4286.68 PASS AF=0.992754;AO=271;DP=272;FAO=274;FDP=276;FR=.;FRO=2;FSAF=144;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00782505;FXX=0.00360998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.846;QD=62.1258;RBI=0.0141943;REFB=-0.0361519;REVB=0.0118426;RO=0;SAF=144;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-3.19567e-05;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:272:276:0:2:271:274:0.992754:127:144:0:0:130:144:0:2 chr8 116422149 . T C 35.15 PASS AF=0.0648148;AO=15;DP=202;FAO=14;FDP=216;FR=.;FRO=202;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=120;FSRR=82;FWDB=-0.0405639;FXX=0.00460808;HRUN=13;LEN=1;MLLD=118.082;QD=0.650858;RBI=0.0446187;REFB=-0.00633976;REVB=-0.0185849;RO=185;SAF=7;SAR=8;SRF=105;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112508;STB=0.650958;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0303244;OID=.;OPOS=116422149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:202:216:185:202:15:14:0.0648148:8:7:105:80:8:6:120:82 chr8 116422150 . T C 40.12 PASS AF=0.0695652;AO=16;DP=225;FAO=16;FDP=230;FR=.;FRO=214;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=124;FSRR=90;FWDB=-0.0424729;FXX=0.00432882;HRUN=13;LEN=1;MLLD=138.682;QD=0.697756;RBI=0.0498451;REFB=-0.00414943;REVB=-0.0260882;RO=204;SAF=3;SAR=13;SRF=118;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418599;STB=0.84195;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0410285;OID=.;OPOS=116422150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:225:230:204:214:16:16:0.0695652:13:3:118:86:13:3:124:90 chr8 116423424 . T C 1618.07 PASS AF=0.941176;AO=112;DP=122;FAO=112;FDP=119;FR=.;FRO=7;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0412507;FXX=0.0245881;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.73;QD=54.3889;RBI=0.0434495;REFB=0.034361;REVB=0.0136468;RO=7;SAF=57;SAR=55;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407842;STB=0.52152;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.000264223;OID=.;OPOS=116423424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:122:119:7:7:112:112:0.941176:55:57:1:6:55:57:1:6 chr8 116423490 . A T 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000284256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.699;QD=59.8332;RBI=0.0319014;REFB=0;REVB=0.0319002;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23918e-05;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:59:43:0:0:59:43:0:0 chr8 116424270 . A AC,C 942.86 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=36,28;DP=66;FAO=60,5;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=38,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614651,-0.0903924;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=264.463,258.299;QD=58.022;RBI=0.0620038,0.090776;REFB=0,0;REVB=0.00815542,0.00833703;RO=1;SAF=5,18;SAR=31,10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0847388,-0.0251595;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00195175,-0.0091704;OID=.,.;OPOS=116424271,116424270;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:66:65:1:0:36,28:60,5:0.923077,0.0769231:31,10:5,18:1:0:38,4:22,1:0:0 chr8 117035009 . C T 2815.58 PASS AF=1;AO=178;DP=180;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562902;FXX=0.0110491;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.295;QD=62.918;RBI=0.00563008;REFB=0;REVB=0.000109345;RO=0;SAF=100;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60612e-05;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:179:0:0:178:179:1:78:100:0:0:79:100:0:0 chr8 117791733 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.136;QD=57.2377;RBI=0.0361959;REFB=0;REVB=0.0350646;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51494e-05;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr8 117858389 . G A 684.81 PASS AF=0.431034;AO=75;DP=174;FAO=75;FDP=174;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.00629198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.805;QD=15.7427;RBI=0.0241286;REFB=-0.00888453;REVB=-0.0232938;RO=98;SAF=44;SAR=31;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683922;STB=0.535571;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0125447;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:98:99:75:75:0.431034:31:44:51:47:31:44:52:47 chr8 118184783 . C T 2230.49 PASS AF=0.979452;AO=142;DP=146;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0463562;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.093;QD=61.1093;RBI=0.0509478;REFB=-0.0254188;REVB=0.0211373;RO=3;SAF=77;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826912;STB=0.504237;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00048789;OID=.;OPOS=118184783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:146:146:3:3:142:143:0.979452:65:77:1:2:66:77:1:2 chr8 118819578 . C T 744.14 PASS AF=0.470238;AO=75;DP=162;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0115493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.623;QD=17.7177;RBI=0.0212169;REFB=-0.0119228;REVB=0.017798;RO=87;SAF=30;SAR=45;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070695;STB=0.523203;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0119945;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:168:87:89:75:79:0.470238:45:30:41:46:46:33:41:48 chr8 119964016 . G A 4889.68 PASS AF=0.513484;AO=472;DP=924;FAO=476;FDP=927;FR=.;FRO=451;FSAF=219;FSAR=257;FSRF=220;FSRR=231;FWDB=0.00930734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.905;QD=21.099;RBI=0.0212247;REFB=-0.0185612;REVB=0.0190752;RO=450;SAF=217;SAR=255;SRF=220;SRR=230;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261925;STB=0.513543;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0178148;OID=.;OPOS=119964016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:924:927:450:451:472:476:0.513484:255:217:220:230:257:219:220:231 chr8 119964052 . G C 19531.4 PASS AF=1;AO=1221;DP=1223;FAO=1225;FDP=1225;FR=.;FRO=0;FSAF=604;FSAR=621;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238046;FXX=0.00568177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.282;QD=63.776;RBI=0.0127102;REFB=0;REVB=-0.0124853;RO=0;SAF=601;SAR=620;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66979e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159632;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:1223:1225:0:0:1221:1225:1:620:601:0:0:621:604:0:0 chr8 120596023 . A G 1187.74 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.449;QD=60.1387;RBI=0.00957528;REFB=0;REVB=0.00528328;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271068;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:75:79:1:42:33:0:0:44:35:0:0 chr8 120724209 . T C 869.19 PASS AF=0.456311;AO=91;DP=203;FAO=94;FDP=206;FR=.;FRO=112;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=-0.0186129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.622;QD=16.8775;RBI=0.021781;REFB=-0.00583823;REVB=0.0113124;RO=111;SAF=36;SAR=55;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100888;STB=0.559047;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00621596;OID=.;OPOS=120724209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:206:111:112:91:94:0.456311:55:36:55:56:57:37:56:56 chr8 120790304 . T C 372.53 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.00398934;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.231;QD=15.0516;RBI=0.0109784;REFB=-0.00627732;REVB=0.0102279;RO=56;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185391;STB=0.585817;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00791083;OID=.;OPOS=120790304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:56:59:40:40:0.40404:20:20:18:38:20:20:21:38 chr8 120803637 . C G 787.4 PASS AF=0.556391;AO=74;DP=134;FAO=74;FDP=133;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.00817924;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6361;QD=23.6812;RBI=0.0217943;REFB=-0.00860107;REVB=-0.0202013;RO=59;SAF=35;SAR=39;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680312;STB=0.537129;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00695014;OID=.;OPOS=120803637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:59:59:74:74:0.556391:39:35:23:36:39:35:23:36 chr8 120847078 . C G 266.73 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0225617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.145;QD=14.4178;RBI=0.0371412;REFB=-0.0152938;REVB=0.0295032;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163868;STB=0.516119;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0139457;OID=.;OPOS=120847078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:16:15:21:21:16:15:22:21 chr8 120847123 . C T 340.2 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.00943959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.066;QD=15.4636;RBI=0.0207727;REFB=-0.0081716;REVB=-0.0185041;RO=49;SAF=17;SAR=20;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153536;STB=0.596419;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0108436;OID=.;OPOS=120847123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:51:37:37:0.420455:20:17:30:19:20:17:32:19 chr8 120847188 . T C 338.74 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00321606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.614;QD=15.2244;RBI=0.0165543;REFB=-0.00863816;REVB=0.0162389;RO=52;SAF=16;SAR=21;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206601;STB=0.616475;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0113458;OID=.;OPOS=120847188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:21:16:33:19:21:16:33:19 chr8 120903471 . C CA 4005.39 PASS AF=1;AO=251;DP=278;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127444;FXX=0.0262162;HRUN=0;LEN=1;MLLD=190.942;QD=61.6213;RBI=0.0285277;REFB=-0.0526945;REVB=0.0255228;RO=19;SAF=143;SAR=108;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0084494;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000117941;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:251:278:260:260:0:146:114:0:0:17:19:143:108:12:7 chr8 121013770 . A G 1961.36 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251937;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.052;QD=61.2926;RBI=0.0370693;REFB=-0.103689;REVB=-0.0271922;RO=1;SAF=67;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703987;STB=0.503703;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000109292;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:128:1:1:127:127:0.992188:60:67:1:0:60:67:1:0 chr8 121061879 . G A 3859.14 PASS AF=1;AO=241;DP=241;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.146;QD=63.7875;RBI=0.0779072;REFB=0;REVB=0.00498621;RO=0;SAF=91;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33668e-05;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:242:0:0:241:242:1:150:91:0:0:150:92:0:0 chr8 121210069 . T C 443.62 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0143267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.122;QD=17.7447;RBI=0.0175645;REFB=0.00583424;REVB=-0.0101616;RO=53;SAF=24;SAR=21;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132211;STB=0.572912;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00598478;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:55:45:45:0.45:21:24:21:32:21:24:22:33 chr8 121215991 . T C 710.19 PASS AF=0.425414;AO=77;DP=183;FAO=77;FDP=181;FR=.;FRO=104;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=-0.0185051;FXX=0.0216205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.416;QD=15.6948;RBI=0.0248022;REFB=-0.0084425;REVB=-0.0165141;RO=105;SAF=36;SAR=41;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000897347;STB=0.503459;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0115968;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:105:104:77:77:0.425414:41:36:49:56:41:36:48:56 chr8 121228679 . A C 1399.72 PASS AF=0.505455;AO=137;DP=273;FAO=139;FDP=275;FR=.;FRO=136;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=66;FSRR=70;FWDB=0.0322056;FXX=0.00362306;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6021;QD=20.3596;RBI=0.0786686;REFB=0.00511107;REVB=0.0717743;RO=136;SAF=62;SAR=75;SRF=66;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299182;STB=0.512347;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00434646;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:275:136:136:137:139:0.505455:75:62:66:70:75:64:66:70 chr8 121298156 . G C 213.33 PASS AF=0.283019;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=106;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00649479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.86;QD=8.05007;RBI=0.0105403;REFB=-0.00298483;REVB=-0.00830154;RO=75;SAF=17;SAR=13;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00816225;STB=0.50064;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00590077;OID=.;OPOS=121298156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:76:30:30:0.283019:13:17:42:33:13:17:43:33 chr8 121383048 . T C 1338.8 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9074;QD=62.2696;RBI=0.0655685;REFB=0;REVB=0.0289519;RO=1;SAF=6;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174617;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:1:0:85:86:1:79:6:0:1:80:6:0:0 chr8 121528385 . T C 390.33 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0131277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.063;QD=14.4567;RBI=0.0319648;REFB=-0.0033677;REVB=-0.0291446;RO=62;SAF=18;SAR=27;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713693;STB=0.545434;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00605533;OID=.;OPOS=121528385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:62:63:45:45:0.416667:27:18:29:33:27:18:30:33 chr8 121530190 . A G 608.79 PASS AF=0.530435;AO=60;DP=115;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.011137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.646;QD=21.1752;RBI=0.0195102;REFB=-0.00133216;REVB=0.0160192;RO=54;SAF=24;SAR=36;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197158;STB=0.610664;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000915731;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:54:60:61:0.530435:36:24:34:20:37:24:34:20 chr8 123963996 . C T 161.2 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0200205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.325;QD=11.3123;RBI=0.041441;REFB=-0.0165915;REVB=-0.0362841;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140744;STB=0.609039;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0452358;OID=.;OPOS=123963996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:36:21:21:0.368421:11:10:11:21:11:10:11:25 chr8 123964038 . T C 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0590091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9718;QD=16.0718;RBI=0.0626281;REFB=-0.00967196;REVB=-0.0209811;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024896;STB=0.514029;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00921197;OID=.;OPOS=123964038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:15:14:16:19:15:14:16:19 chr8 123964431 . G A 152.84 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0100544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.079;QD=10.3617;RBI=0.0442042;REFB=-0.00646256;REVB=0.0430455;RO=35;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237237;STB=0.524677;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0135621;OID=.;OPOS=123964431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:39:20:20:0.338983:9:11:20:15:9:11:20:19 chr8 123964767 . G A 541.07 PASS AF=0.334951;AO=68;DP=205;FAO=69;FDP=206;FR=.;FRO=137;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=75;FSRR=62;FWDB=0.00279637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.418;QD=10.5063;RBI=0.00619695;REFB=-0.00530302;REVB=-0.00553014;RO=137;SAF=38;SAR=30;SRF=75;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133937;STB=0.502202;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0124771;OID=.;OPOS=123964767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:137:137:68:69:0.334951:30:38:75:62:31:38:75:62 chr8 123964953 . C T 684.57 PASS AF=0.615385;AO=64;DP=104;FAO=64;FDP=104;FR=.;FRO=40;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00576449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.074;QD=26.3296;RBI=0.0221418;REFB=-0.0121665;REVB=-0.0213783;RO=40;SAF=40;SAR=24;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144903;STB=0.578793;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00820153;OID=.;OPOS=123964953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:40:40:64:64:0.615385:24:40:17:23:24:40:17:23 chr8 123966114 . G A 490.26 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00926087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.905;QD=19.8086;RBI=0.0247789;REFB=-0.0109959;REVB=0.0229833;RO=49;SAF=18;SAR=30;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126596;STB=0.561332;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0247412;OID=.;OPOS=123966114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:51:48:48:0.484848:30:18:25:24:30:18:25:26 chr8 123966159 . G C 470.95 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.04199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8772;QD=17.2827;RBI=0.0893198;REFB=0.0113816;REVB=0.0788345;RO=58;SAF=18;SAR=33;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794543;STB=0.544286;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00952013;OID=.;OPOS=123966159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:33:18:25:33:33:18:25:33 chr8 123985708 . A G 1225.53 PASS AF=0.457143;AO=127;DP=278;FAO=128;FDP=280;FR=.;FRO=152;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=61;FSRR=91;FWDB=-0.00960362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.244;QD=17.5076;RBI=0.0102625;REFB=-0.0187841;REVB=-0.00361785;RO=151;SAF=63;SAR=64;SRF=60;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971627;STB=0.549411;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.019626;OID=.;OPOS=123985708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:280:151:152:127:128:0.457143:64:63:60:91:65:63:61:91 chr8 124027628 . T C 573.13 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=48;FWDB=0.110345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3085;QD=17.9104;RBI=0.110583;REFB=-0.00957918;REVB=-0.00725417;RO=68;SAF=30;SAR=30;SRF=20;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197917;STB=0.60934;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0261424;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:68:60:60:0.46875:30:30:20:48:30:30:20:48 chr8 124169554 . G A 3794.07 PASS AF=0.987705;AO=241;DP=245;FAO=241;FDP=244;FR=.;FRO=3;FSAF=110;FSAR=131;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00166531;FXX=0.00408147;HRUN=3;LEN=1;MLLD=336.163;QD=62.1978;RBI=0.0121335;REFB=0.0140654;REVB=-0.0120186;RO=2;SAF=110;SAR=131;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000688763;STB=0.501525;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-1.65119e-05;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:245:244:2:3:241:241:0.987705:131:110:1:1:131:110:1:2 chr8 124525483 . C T 1432.54 PASS AF=0.514599;AO=141;DP=274;FAO=141;FDP=274;FR=.;FRO=133;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=-0.0169228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.181;QD=20.913;RBI=0.0323343;REFB=0.000979568;REVB=0.0275522;RO=133;SAF=70;SAR=71;SRF=62;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268833;STB=0.514704;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00105361;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:133:133:141:141:0.514599:71:70:62:71:71:70:62:71 chr8 124594546 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.557;QD=56.7059;RBI=0.036703;REFB=0;REVB=-0.0279332;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183657;OID=.;OPOS=124594546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr8 124658210 . C T 620.29 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0120237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.427;QD=19.5368;RBI=0.0120316;REFB=-0.0240033;REVB=-0.000436011;RO=64;SAF=26;SAR=37;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808235;STB=0.544656;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0235805;OID=.;OPOS=124658210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:64:63:63:0.496063:37:26:32:32:37:26:32:32 chr8 124664130 . C T 636.07 PASS AF=0.44375;AO=70;DP=160;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.0479963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1555;QD=15.9016;RBI=0.0802537;REFB=-0.0210562;REVB=0.0643196;RO=87;SAF=35;SAR=35;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171594;STB=0.50704;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0321065;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:87:89:70:71:0.44375:35:35:42:45:35:36:44:45 chr8 124664167 . T C 907.79 PASS AF=0.472637;AO=94;DP=200;FAO=95;FDP=201;FR=.;FRO=106;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.0122505;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.951;QD=18.0654;RBI=0.0285485;REFB=-0.00979743;REVB=0.0257865;RO=106;SAF=43;SAR=51;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319044;STB=0.520541;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00956597;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:106:106:94:95:0.472637:51:43:45:61:51:44:45:61 chr8 124664792 . C T 716.84 PASS AF=0.483871;AO=75;DP=157;FAO=75;FDP=155;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.00989834;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.065;QD=18.4991;RBI=0.0103958;REFB=-0.0106463;REVB=0.00317749;RO=79;SAF=37;SAR=38;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467865;STB=0.528837;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0109502;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:79:80:75:75:0.483871:38:37:35:44:38:37:35:45 chr8 124664873 . AT GC 872.16 PASS AF=0.465969;AO=89;DP=193;FAO=89;FDP=191;FR=.;FRO=102;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.00884001;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.586;QD=18.265;RBI=0.010021;REFB=-0.00435459;REVB=-0.00471958;RO=102;SAF=47;SAR=42;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093134;STB=0.551502;STBP=0.212;TYPE=mnp;VARB=0.00535281;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:191:102:102:89:89:0.465969:42:47:44:58:42:47:44:58 chr8 124696867 . C T 1143.24 PASS AF=0.445255;AO=122;DP=274;FAO=122;FDP=274;FR=.;FRO=152;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=-0.00422877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.181;QD=16.6897;RBI=0.0117424;REFB=-0.00691476;REVB=-0.0109545;RO=152;SAF=62;SAR=60;SRF=78;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496603;STB=0.502753;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00841698;OID=.;OPOS=124696867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:152:152:122:122:0.445255:60:62:78:74:60:62:78:74 chr8 124749610 . C T 1062.3 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.073;QD=59.8478;RBI=0.0119681;REFB=0;REVB=-0.00606416;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19698e-05;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:45:26:0:0:45:26:0:0 chr8 124824826 . G A 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.932;QD=60.3494;RBI=0.0463817;REFB=0;REVB=0.0461655;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124258;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:61:49:0:0:61:49:0:0 chr8 124987478 . T C 774.84 PASS AF=0.47093;AO=81;DP=172;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.00676575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.544;QD=18.0194;RBI=0.00676659;REFB=-0.000549336;REVB=0.000106195;RO=91;SAF=48;SAR=33;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115972;STB=0.564198;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000644271;OID=.;OPOS=124987478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:91:91:81:81:0.47093:33:48:43:48:33:48:43:48 chr8 125463250 . T C 694.98 PASS AF=0.451807;AO=75;DP=166;FAO=75;FDP=166;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.00654339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.784;QD=16.7466;RBI=0.00732146;REFB=4.66929e-05;REVB=0.00328447;RO=89;SAF=28;SAR=47;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436988;STB=0.525578;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-3.54048e-05;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:89:91:75:75:0.451807:47:28:37:52:47:28:38:53 chr8 125463435 . C G 373.38 PASS AF=0.323944;AO=46;DP=139;FAO=46;FDP=142;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.00279108;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.466;QD=10.5177;RBI=0.0104556;REFB=0.00619943;REVB=-0.0100762;RO=93;SAF=35;SAR=11;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366807;STB=0.722946;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00843437;OID=.;OPOS=125463435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:93:96:46:46:0.323944:11:35:43:50:11:35:43:53 chr8 125465203 . T A 45.64 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.100906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.734;QD=8.6931;RBI=0.100957;REFB=-0.00451834;REVB=-0.00322125;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145171;OID=.;OPOS=125465203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:4:10:5:2:4:10 chr8 125498547 . C T 301.55 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.000314299;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.824;QD=16.523;RBI=0.000965931;REFB=-0.00611224;REVB=-0.000913367;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269695;STB=0.508301;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00978456;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:17:16:20:19:17:16:20:20 chr8 125499363 . G A 755.66 PASS AF=0.506579;AO=77;DP=151;FAO=77;FDP=152;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.0098918;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.467;QD=19.8857;RBI=0.0102328;REFB=-0.0051862;REVB=-0.00261972;RO=74;SAF=38;SAR=39;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151541;STB=0.585796;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00343987;OID=.;OPOS=125499363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:74:75:77:77:0.506579:39:38:24:50:39:38:24:51 chr8 125528135 . G A 611.31 PASS AF=0.433121;AO=68;DP=158;FAO=68;FDP=157;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0650629;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1321;QD=15.5747;RBI=0.0688224;REFB=-0.00637379;REVB=-0.0224353;RO=88;SAF=33;SAR=35;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492877;STB=0.524239;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00892288;OID=.;OPOS=125528135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:88:89:68:68:0.433121:35:33:47:41:35:33:47:42 chr8 125568162 . A G 441.68 PASS AF=0.466667;AO=47;DP=103;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00306085;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.294;QD=16.8259;RBI=0.00690298;REFB=-0.0235829;REVB=-0.00618728;RO=56;SAF=20;SAR=27;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147939;STB=0.509745;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0275269;OID=.;OPOS=125568162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:56:56:47:49:0.466667:27:20:23:33:28:21:23:33 chr8 125579973 . C T 1522.98 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00109877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.584;QD=58.5763;RBI=0.0154171;REFB=-0.0414073;REVB=0.0153779;RO=1;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811007;STB=0.504273;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000196462;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:101:103:0.990385:58:43:0:1:58:45:0:1 chr8 125579990 . C T 1771.25 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301003;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0776;QD=61.0775;RBI=0.0480876;REFB=0;REVB=0.0479933;RO=0;SAF=43;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186916;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:73:43:0:0:73:43:0:0 chr8 125740204 . G A 3358.76 PASS AF=0.499253;AO=334;DP=670;FAO=334;FDP=669;FR=.;FRO=335;FSAF=176;FSAR=158;FSRF=165;FSRR=170;FWDB=-0.0439702;FXX=0.00149251;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9933;QD=20.0823;RBI=0.0465361;REFB=-0.0115999;REVB=0.0152392;RO=331;SAF=176;SAR=158;SRF=163;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314534;STB=0.517247;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0127135;OID=.;OPOS=125740204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:670:669:331:335:334:334:0.499253:158:176:163:168:158:176:165:170 chr8 125988792 . T C 256.63 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0183424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3618;QD=16.0395;RBI=0.0275783;REFB=-0.00776404;REVB=0.0205942;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827955;STB=0.557153;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0166855;OID=.;OPOS=125988792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:35:28:29:0.453125:17:11:11:24:17:12:11:24 chr8 126283111 . G T 325.98 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00108004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.754;QD=29.6346;RBI=0.0113062;REFB=-0.00972817;REVB=0.0112545;RO=16;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567567;STB=0.531227;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00634571;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:18:10:7:9:18:10:7:9 chr8 126448497 . C T 383.2 PASS AF=0.401786;AO=43;DP=110;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0336545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.74;QD=13.6857;RBI=0.0337406;REFB=-0.0124603;REVB=0.00240939;RO=65;SAF=21;SAR=22;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531802;STB=0.515686;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.019092;OID=.;OPOS=126448497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:65:67:43:45:0.401786:22:21:35:30:22:23:36:31 chr8 127565184 . A G 926.9 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.467;QD=57.0399;RBI=0.0741908;REFB=-0.0777488;REVB=0.00630526;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136964;OID=.;OPOS=127565184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:1:0:64:65:1:29:35:1:0:29:36:0:0 chr8 127569143 . GC CG 31.83 PASS AF=0.0862069;AO=11;DP=105;FAO=10;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=106;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=43;FWDB=-0.0653076;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=111.953;QD=1.09755;RBI=0.164755;REFB=-0.0185803;REVB=-0.151258;RO=76;SAF=4;SAR=7;SRF=56;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442289;STB=0.671915;STBP=0.264;TYPE=mnp;VARB=0.273356;OID=.;OPOS=127569143;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:105:116:76:106:11:10:0.0862069:7:4:56:20:6:4:63:43 chr8 127683774 . G T 401.5 PASS AF=0.438095;AO=45;DP=106;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00558235;FXX=0.0186898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.462;QD=15.2953;RBI=0.00883689;REFB=-0.0195777;REVB=-0.0068504;RO=58;SAF=21;SAR=24;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153804;STB=0.583161;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0185877;OID=.;OPOS=127683774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:58:59:45:46:0.438095:24:21:36:22:24:22:37:22 chr8 127683850 . T C 676.62 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=169;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.116804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.038;QD=16.0147;RBI=0.116976;REFB=-0.0221523;REVB=0.00634;RO=94;SAF=33;SAR=41;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758351;STB=0.539376;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0245119;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:94:95:74:74:0.43787:41:33:49:45:41:33:49:46 chr8 128428638 . G A 2359.94 PASS AF=0.48073;AO=237;DP=494;FAO=237;FDP=493;FR=.;FRO=256;FSAF=113;FSAR=124;FSRF=120;FSRR=136;FWDB=0.0112358;FXX=0.00202425;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.138;QD=19.1476;RBI=0.0117087;REFB=-0.0133302;REVB=0.00329411;RO=255;SAF=113;SAR=124;SRF=119;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958747;STB=0.504187;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0153217;OID=.;OPOS=128428638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:494:493:255:256:237:237:0.48073:124:113:119:136:124:113:120:136 chr8 128428795 . G A 961.5 PASS AF=0.483092;AO=100;DP=206;FAO=100;FDP=207;FR=.;FRO=107;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=-0.0188695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3828;QD=18.5797;RBI=0.0248856;REFB=-0.00483658;REVB=-0.0162246;RO=105;SAF=52;SAR=48;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391183;STB=0.521128;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00675998;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:105:107:100:100:0.483092:48:52:59:46:48:52:60:47 chr8 128428823 . G C 1033.93 PASS AF=0.490741;AO=105;DP=216;FAO=106;FDP=216;FR=.;FRO=110;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=65;FSRR=45;FWDB=-0.0139662;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.835;QD=19.1469;RBI=0.0144965;REFB=-0.00244699;REVB=-0.0038851;RO=109;SAF=58;SAR=47;SRF=65;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413574;STB=0.517765;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00266495;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:109:110:105:106:0.490741:47:58:65:44:47:59:65:45 chr8 128429262 . G C 1025.59 PASS AF=0.852273;AO=75;DP=88;FAO=75;FDP=88;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0401576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3494;QD=46.6178;RBI=0.0443479;REFB=-0.112183;REVB=0.0188177;RO=13;SAF=23;SAR=52;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185392;STB=0.598854;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0366087;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:88:88:13:13:75:75:0.852273:52:23:12:1:52:23:12:1 chr8 128429315 . T A 238.93 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.053;QD=50.3007;RBI=0.0188605;REFB=0;REVB=0.00804222;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27966e-05;OID=.;OPOS=128429315;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:10:9:0:0 chr8 128429510 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.907;QD=59.4346;RBI=0.0589884;REFB=0;REVB=0.0565374;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055307;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr8 128429519 . G A 657.79 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.187;QD=59.799;RBI=0.035881;REFB=-0.0859499;REVB=0.0332935;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000804542;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:0:1:20:23:0:1 chr8 128429660 . T C 1611.67 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00149331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.408;QD=58.0783;RBI=0.019183;REFB=-0.0084917;REVB=-0.0191248;RO=2;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172546;STB=0.509089;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00113846;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:54:55:0:2:54:55:0:2 chr8 128429721 . T C 1043.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4468;QD=59.6237;RBI=0.0695157;REFB=0;REVB=-0.00639177;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273997;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:41:28:0:0:41:29:0:0 chr8 128429732 . C T 670.24 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.945;QD=62.3482;RBI=0.0337954;REFB=0;REVB=-0.0312607;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218822;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:26:17:0:0 chr8 128430478 . G T 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.901;QD=51.9129;RBI=0.0470083;REFB=0;REVB=0.045972;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021692;OID=.;OPOS=128430478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr8 128430807 . C A 352.57 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0160557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.056;QD=21.0489;RBI=0.0213723;REFB=-0.03538;REVB=0.0141064;RO=31;SAF=16;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488736;STB=0.527012;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0219124;OID=.;OPOS=128430807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:20:16:12:19:20:16:12:19 chr8 128430872 . A AATG 509.07 PASS AF=0.880952;AO=31;DP=44;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.03078;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=288.729;QD=48.4828;RBI=0.0316723;REFB=-0.013407;REVB=0.00746482;RO=7;SAF=15;SAR=16;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126905;STB=0.537255;STBP=0.226;TYPE=ins;VARB=0.000899007;OID=.;OPOS=128430873;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=AATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.880952:31:44:37:42:5:18:19:4:1:25:7:15:16:6:1 chr8 128431385 . C T 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00123827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.544;QD=11.6177;RBI=0.00748112;REFB=-0.00840186;REVB=-0.00737793;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111933;STB=0.548804;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0201167;OID=.;OPOS=128431385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:32:34:19:19:0.358491:12:7:15:17:12:7:15:19 chr8 128431694 . A G 297.43 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0121007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.581;QD=13.3677;RBI=0.0249758;REFB=-0.0235873;REVB=0.0218487;RO=54;SAF=19;SAR=15;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575321;STB=0.537504;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0397139;OID=.;OPOS=128431694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:54:55:34:34:0.382022:15:19:33:21:15:19:34:21 chr8 128747953 . G T 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.030237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.446;QD=22.3219;RBI=0.0542123;REFB=-0.040786;REVB=-0.0449967;RO=23;SAF=7;SAR=23;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156011;STB=0.58686;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0379202;OID=.;OPOS=128747953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:23:7:9:14:23:7:9:14 chr8 129021179 . G A 525.93 PASS AF=0.504587;AO=54;DP=113;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0079374;FXX=0.0438558;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.552;QD=19.3;RBI=0.0115248;REFB=-0.0167746;REVB=-0.00835571;RO=46;SAF=21;SAR=33;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170914;STB=0.506022;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0239359;OID=.;OPOS=129021179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:109:46:54:54:55:0.504587:33:21:17:29:34:21:20:34 chr8 129022785 . T C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.796;QD=61.2128;RBI=0.0305002;REFB=0;REVB=0.0259154;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34724e-05;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr8 129022816 . G A 536.89 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0107652;FXX=0.0348797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.715;QD=25.8741;RBI=0.0299768;REFB=-0.0284586;REVB=0.0279772;RO=32;SAF=22;SAR=27;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101142;STB=0.540064;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0057893;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:32:34:49:49:0.590361:27:22:10:22:27:22:12:22 chr8 129022818 . T A 526.7 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00930439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.471;QD=24.4977;RBI=0.0431566;REFB=0.00358765;REVB=0.0421416;RO=37;SAF=22;SAR=27;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347109;STB=0.51901;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00143477;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:37:49:49:0.569767:27:22:15:22:27:22:15:22 chr8 129162433 . G T 191.91 PASS AF=0.393939;AO=18;DP=62;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0448673;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=57.4677;QD=11.631;RBI=0.116801;REFB=-0.0602759;REVB=0.107839;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765217;STB=0.50819;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0195524;OID=.;OPOS=129162433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:26:40:18:26:0.393939:11:7:12:14:14:12:19:21 chr8 130760850 . A G 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.242;QD=63.3361;RBI=0.0113555;REFB=0;REVB=0.00703362;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65459e-05;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:53:40:0:0:53:40:0:0 chr8 130774897 . T C 497.86 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0151311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1689;QD=18.1038;RBI=0.0767863;REFB=0.00305024;REVB=-0.0752807;RO=55;SAF=31;SAR=22;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120537;STB=0.567113;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00379122;OID=.;OPOS=130774897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:57:53:53:0.481818:22:31:25:30:22:31:26:31 chr8 131353139 . T C 753.47 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.088545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8966;QD=61.5078;RBI=0.088669;REFB=-0.074755;REVB=0.00468733;RO=1;SAF=35;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132508;STB=0.506846;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00201755;OID=.;OPOS=131353139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:12:35:1:0:12:36:1:0 chr8 131921956 . A G 2803.94 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.255;QD=62.6578;RBI=0.00550265;REFB=0;REVB=0.00445603;RO=0;SAF=97;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79258e-07;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:179:0:0:175:179:1:78:97:0:0:79:100:0:0 chr8 132947786 . C T 453.5 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0654185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.019;QD=14.9919;RBI=0.0799958;REFB=-0.0133771;REVB=-0.0460408;RO=69;SAF=17;SAR=34;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962978;STB=0.550878;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0128878;OID=.;OPOS=132947786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:70:51:51:0.421488:34:17:29:40:34:17:29:41 chr8 132999936 . A G 579.35 PASS AF=0.382857;AO=67;DP=176;FAO=67;FDP=175;FR=.;FRO=108;FSAF=17;FSAR=50;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=-0.00453824;FXX=0.0223451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.938;QD=13.2422;RBI=0.00889065;REFB=-0.00494499;REVB=0.00764513;RO=104;SAF=17;SAR=50;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241982;STB=0.645923;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0111337;OID=.;OPOS=132999936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:104:108:67:67:0.382857:50:17:47:57:50:17:50:58 chr8 133047071 . G A 3134.24 PASS AF=0.985646;AO=206;DP=209;FAO=206;FDP=209;FR=.;FRO=3;FSAF=113;FSAR=93;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0226219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.968;QD=59.9855;RBI=0.0394835;REFB=-0.0070585;REVB=0.0323603;RO=2;SAF=113;SAR=93;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00835554;STB=0.50655;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=6.76059e-05;OID=.;OPOS=133047071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:209:209:2:3:206:206:0.985646:93:113:2:0:93:113:3:0 chr8 133048619 . T C 2309.07 PASS AF=0.974843;AO=155;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00948287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.222;QD=58.0898;RBI=0.0211159;REFB=-0.0210791;REVB=0.0188668;RO=3;SAF=90;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091544;STB=0.508516;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000287803;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:159:159:3:4:155:155:0.974843:65:90:1:2:65:90:1:3 chr8 133053309 . T C 2645.4 PASS AF=0.988506;AO=172;DP=174;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0256814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.037;QD=60.8138;RBI=0.0397779;REFB=-0.0437131;REVB=0.0303768;RO=1;SAF=91;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520197;STB=0.500335;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000519853;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:174:174:1:2:172:172:0.988506:81:91:1:0:81:91:1:1 chr8 133053318 . T C 2452.48 PASS AF=0.959538;AO=165;DP=173;FAO=166;FDP=173;FR=.;FRO=7;FSAF=84;FSAR=82;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0302774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.151;QD=56.7047;RBI=0.0327058;REFB=-0.0991908;REVB=-0.0123673;RO=5;SAF=83;SAR=82;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166114;STB=0.508429;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00179189;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:173:173:5:7:165:166:0.959538:82:83:4:1:82:84:5:2 chr8 133067315 . G A 455.38 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00495959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.781;QD=22.7688;RBI=0.00733239;REFB=-0.00475423;REVB=0.00540059;RO=36;SAF=16;SAR=28;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521837;STB=0.528666;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00332997;OID=.;OPOS=133067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:28:16:11:25:28:16:11:25 chr8 133089975 . A G 3550.78 PASS AF=0.978723;AO=228;DP=233;FAO=230;FDP=235;FR=.;FRO=5;FSAF=105;FSAR=125;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0195564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.394;QD=60.4388;RBI=0.12016;REFB=-0.0283608;REVB=-0.118558;RO=5;SAF=105;SAR=123;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139455;STB=0.507354;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000540617;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:233:235:5:5:228:230:0.978723:123:105:4:1:125:105:4:1 chr8 133101818 . G A 2115.33 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000377743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.505;QD=62.6764;RBI=0.00972696;REFB=0;REVB=-0.00971963;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25077e-05;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:72:62:0:0:73:62:0:0 chr8 133107830 . T C 2789.27 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.642;QD=62.6801;RBI=0.0333866;REFB=0;REVB=0.0221325;RO=0;SAF=76;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18306e-05;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:177:178:1:101:76:0:0:102:76:0:0 chr8 133112392 . G A 1821.41 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.964;QD=61.2239;RBI=0.0195454;REFB=0;REVB=0.00247264;RO=0;SAF=24;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92553e-06;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:116:119:1:92:24:0:0:92:27:0:0 chr8 133113531 . A T 1532.14 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0692282;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.0635;QD=62.5364;RBI=0.0695367;REFB=-0.0121317;REVB=-0.00654193;RO=1;SAF=51;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092091;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-9.83202e-05;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:46:51:1:0:46:51:1:0 chr8 133175736 . T C 333.05 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0536144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.779;QD=16.4467;RBI=0.0689248;REFB=-0.0167206;REVB=0.0433143;RO=45;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0214151;OID=.;OPOS=133175736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:20:16:20:25:20:16:20:25 chr8 133175766 . A T 240.04 PASS AF=0.479167;AO=21;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0646602;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.2091;QD=20.0037;RBI=0.0651331;REFB=-0.049464;REVB=0.00783467;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195601;STB=0.604309;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0489888;OID=.;OPOS=133175766;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:25:21:23:0.479167:12:9:4:15:12:11:7:18 chr8 133723166 . A G 764.25 PASS AF=0.49375;AO=79;DP=160;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=0.000918922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.643;QD=19.1062;RBI=0.00158508;REFB=0.0083427;REVB=-0.00129154;RO=80;SAF=52;SAR=27;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578161;STB=0.536073;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00970021;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:80:81:79:79:0.49375:27:52:48:32:27:52:48:33 chr8 133854970 . A G 704.41 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0137509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.717;QD=18.6597;RBI=0.0186014;REFB=-0.00217856;REVB=0.012527;RO=78;SAF=35;SAR=38;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288218;STB=0.515919;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0031126;OID=.;OPOS=133854970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:78:73:73:0.483444:38:35:35:43:38:35:35:43 chr8 133859871 . T A 445.64 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0164216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.619;QD=26.214;RBI=0.0339138;REFB=-0.00344659;REVB=0.0296728;RO=26;SAF=16;SAR=26;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309797;STB=0.516929;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00183531;OID=.;OPOS=133859871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:26:16:11:15:26:16:11:15 chr8 133900252 . T G 828.84 PASS AF=0.51875;AO=82;DP=160;FAO=83;FDP=160;FR=.;FRO=77;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0183238;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.385;QD=20.7209;RBI=0.0220342;REFB=-0.0146875;REVB=0.012237;RO=77;SAF=47;SAR=35;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479977;STB=0.522774;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0125103;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:77:77:82:83:0.51875:35:47:40:37:36:47:40:37 chr8 133900386 . T C 403.0 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0187659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.356;QD=14.9259;RBI=0.0231138;REFB=0.000582391;REVB=0.013494;RO=62;SAF=9;SAR=37;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319285;STB=0.681685;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0011137;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:37:9:28:34:37:9:28:34 chr8 133900495 . G A 666.61 PASS AF=0.439759;AO=73;DP=166;FAO=73;FDP=166;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=0.00521826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.998;QD=16.0628;RBI=0.0347115;REFB=0.00249548;REVB=-0.034317;RO=93;SAF=28;SAR=45;SRF=57;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229419;STB=0.627735;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00429929;OID=.;OPOS=133900495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:93:93:73:73:0.439759:45:28:57:36:45:28:57:36 chr8 133906136 . G C 909.25 PASS AF=0.430435;AO=98;DP=233;FAO=99;FDP=230;FR=.;FRO=131;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=59;FSRR=72;FWDB=-0.0165976;FXX=0.012875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.052;QD=15.8131;RBI=0.0169583;REFB=-0.00238022;REVB=-0.00347916;RO=134;SAF=40;SAR=58;SRF=62;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576713;STB=0.52111;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00441069;OID=.;OPOS=133906136;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:230:134:131:98:99:0.430435:58:40:62:72:58:41:59:72 chr8 133909974 . A G 282.88 PASS AF=0.294574;AO=38;DP=131;FAO=38;FDP=129;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.0248719;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0743;QD=8.77149;RBI=0.0494678;REFB=-0.00990805;REVB=-0.0427604;RO=88;SAF=7;SAR=31;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411048;STB=0.749275;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0241021;OID=.;OPOS=133909974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:88:91:38:38:0.294574:31:7:43:45:31:7:45:46 chr8 133910502 . A C 601.75 PASS AF=0.432258;AO=67;DP=154;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=-0.00928163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.685;QD=15.529;RBI=0.0136528;REFB=-0.00826116;REVB=-0.0100125;RO=87;SAF=30;SAR=37;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587326;STB=0.535494;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00998605;OID=.;OPOS=133910502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:87:88:67:67:0.432258:37:30:34:53:37:30:34:54 chr8 133981746 . G A 1150.3 PASS AF=0.483333;AO=114;DP=236;FAO=116;FDP=240;FR=.;FRO=124;FSAF=48;FSAR=68;FSRF=64;FSRR=60;FWDB=-0.0182027;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.658;QD=19.1717;RBI=0.0190279;REFB=-0.0233142;REVB=0.00554293;RO=120;SAF=47;SAR=67;SRF=63;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106099;STB=0.553479;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0238896;OID=.;OPOS=133981746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:240:120:124:114:116:0.483333:67:47:63:57:68:48:64:60 chr8 134108453 . C T 1088.69 PASS AF=0.495495;AO=110;DP=222;FAO=110;FDP=222;FR=.;FRO=112;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=-0.0154025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8333;QD=19.616;RBI=0.0538934;REFB=0.0134215;REVB=0.0516455;RO=111;SAF=51;SAR=59;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204363;STB=0.508737;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0146965;OID=.;OPOS=134108453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:111:112:110:110:0.495495:59:51:49:62:59:51:50:62 chr8 134108546 . T C 1249.97 PASS AF=0.484962;AO=127;DP=265;FAO=129;FDP=266;FR=.;FRO=137;FSAF=48;FSAR=81;FSRF=53;FSRR=84;FWDB=-0.0127695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.531;QD=18.7966;RBI=0.0178909;REFB=-0.0149668;REVB=0.0125309;RO=135;SAF=47;SAR=80;SRF=51;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771489;STB=0.508104;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0166562;OID=.;OPOS=134108546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:135:137:127:129:0.484962:80:47:51:84:81:48:53:84 chr8 134260948 . A G 947.23 PASS AF=0.92;AO=69;DP=75;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.03043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9923;QD=50.5191;RBI=0.0663206;REFB=-0.00568079;REVB=-0.0589274;RO=5;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628864;STB=0.526105;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-3.82459e-05;OID=.;OPOS=134260948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:75:75:5:6:69:69:0.92:35:34:0:5:35:34:1:5 chr8 134292516 . A G 739.0 PASS AF=0.919355;AO=55;DP=61;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0289602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.386;QD=47.6772;RBI=0.0467601;REFB=-0.0444012;REVB=0.0367127;RO=6;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632068;STB=0.540969;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00525848;OID=.;OPOS=134292516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:61:62:6:5:55:57:0.919355:27:28:1:5:28:29:0:5 chr8 134314224 . A T 443.7 PASS AF=0.466019;AO=47;DP=102;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=9;FWDB=-0.00067305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.469;QD=17.2309;RBI=0.000742508;REFB=-0.00262099;REVB=-0.000313565;RO=53;SAF=31;SAR=16;SRF=45;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218982;STB=0.609335;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00135334;OID=.;OPOS=134314224;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:53:55:47:48:0.466019:16:31:45:8:16:32:46:9 chr8 134474148 . C T 1228.35 PASS AF=0.533632;AO=118;DP=222;FAO=119;FDP=223;FR=.;FRO=104;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.00267758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.758;QD=22.0332;RBI=0.0373856;REFB=-0.0156615;REVB=0.0372896;RO=104;SAF=53;SAR=65;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240027;STB=0.503087;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0147713;OID=.;OPOS=134474148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:104:104:118:119:0.533632:65:53:47:57:66:53:47:57 chr8 135602581 . A G 388.67 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0564213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.764;QD=18.731;RBI=0.0870403;REFB=-0.0254142;REVB=0.0662771;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422695;STB=0.516475;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0325552;OID=.;OPOS=135602581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:22:18:17:25:22:18:18:25 chr8 135612595 . A G 724.04 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.124;QD=54.6442;RBI=0.0399444;REFB=-0.0885562;REVB=0.0315525;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000962281;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:24:28:0:0:24:28:1:0 chr8 135612745 . A G 958.9 PASS AF=0.519337;AO=92;DP=180;FAO=94;FDP=181;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0151579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.385;QD=21.1911;RBI=0.0310754;REFB=-0.0283766;REVB=0.0271278;RO=85;SAF=41;SAR=51;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116592;STB=0.506292;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0234183;OID=.;OPOS=135612745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:85:87:92:94:0.519337:51:41:39:46:52:42:40:47 chr8 135614705 . A G 2510.92 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8716;QD=61.6177;RBI=0.0469354;REFB=0;REVB=-0.0359827;RO=0;SAF=79;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.36235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260021;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:84:79:0:0:84:79:0:0 chr8 135614972 . A G 945.79 PASS AF=0.475962;AO=99;DP=208;FAO=99;FDP=208;FR=.;FRO=109;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=-0.0651982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9201;QD=18.1882;RBI=0.0655436;REFB=0.0188307;REVB=0.00672033;RO=108;SAF=37;SAR=62;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609459;STB=0.536598;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0159038;OID=.;OPOS=135614972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:108:109:99:99:0.475962:62:37:47:61:62:37:48:61 chr8 136659426 . G A 703.85 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.678;QD=62.5643;RBI=0.0232154;REFB=0;REVB=0.00378809;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14313e-05;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:22:21:0:0:24:21:0:0 chr8 139143942 . A G 1629.38 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0185104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.4084;QD=58.1921;RBI=0.0347789;REFB=-0.0616298;REVB=0.0294438;RO=2;SAF=53;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000617094;STB=0.500325;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00072846;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:57:53:1:1:57:53:1:1 chr8 139144914 . G A 1392.05 PASS AF=0.533333;AO=136;DP=256;FAO=136;FDP=255;FR=.;FRO=119;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=50;FSRR=69;FWDB=-0.00830926;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.659;QD=21.8361;RBI=0.0141323;REFB=-0.0199339;REVB=0.0114314;RO=119;SAF=69;SAR=67;SRF=50;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745282;STB=0.54064;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0198326;OID=.;OPOS=139144914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:119:119:136:136:0.533333:67:69:50:69:67:69:50:69 chr8 139164570 . C T 228.97 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00578147;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.284;QD=18.3177;RBI=0.0280102;REFB=-0.0167417;REVB=0.0274071;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378335;STB=0.543882;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0199719;OID=.;OPOS=139164570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:26:24:24:0.48:10:14:13:11:10:14:13:13 chr8 139165272 . T C 353.68 PASS AF=0.387387;AO=42;DP=110;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00758189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.577;QD=12.7453;RBI=0.016511;REFB=-0.0190831;REVB=0.0146673;RO=68;SAF=24;SAR=18;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301168;STB=0.508686;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0242425;OID=.;OPOS=139165272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:68:68:42:43:0.387387:18:24:37:31:19:24:37:31 chr8 139165289 . T C 274.15 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.00344206;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5103;QD=9.96919;RBI=0.0608129;REFB=-0.0146811;REVB=0.0607154;RO=72;SAF=21;SAR=15;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648552;STB=0.53844;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0248906;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:72:74:36:36:0.327273:15:21:38:34:15:21:39:35 chr8 139626176 . C G 1001.75 PASS AF=0.532609;AO=96;DP=182;FAO=98;FDP=184;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.0353024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3398;QD=21.7772;RBI=0.0362995;REFB=0.0141439;REVB=-0.00844984;RO=86;SAF=43;SAR=53;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564382;STB=0.535707;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0126951;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:86:86:96:98:0.532609:53:43:33:53:53:45:33:53 chr8 139642974 . T C 568.04 PASS AF=0.571429;AO=51;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0169132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.255;QD=24.9689;RBI=0.0208944;REFB=0.0122732;REVB=-0.0122687;RO=39;SAF=20;SAR=31;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494116;STB=0.523457;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00851433;OID=.;OPOS=139642974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:39:51:52:0.571429:31:20:13:26:32:20:13:26 chr8 139647261 . CA C,CG 1334.92 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=9,76;DP=89;FAO=2,86;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=1,41;FSAR=1,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109058,0.00987699;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.734,173.517;QD=60.6783;RBI=0.0426263,0.0460394;REFB=0,0;REVB=0.0412076,0.0449674;RO=0;SAF=2,39;SAR=7,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0112832,0.000818738;OID=.,.;OPOS=139647262,139647262;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.977273:9,76:89:2,86:88:0:1,41:1,45:0:0:4:0:2,39:7,37:0:0 chr8 139672671 . T C 317.54 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0188809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.227;QD=13.0945;RBI=0.0281929;REFB=-0.00417315;REVB=0.0209368;RO=60;SAF=16;SAR=20;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060977;STB=0.540208;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00809037;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:60:61:36:36:0.371134:20:16:30:30:20:16:31:30 chr8 139697478 . T C 4151.1 PASS AF=0.461456;AO=424;DP=933;FAO=431;FDP=934;FR=.;FRO=503;FSAF=227;FSAR=204;FSRF=235;FSRR=268;FWDB=0.00866761;FXX=0.00532476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.76;QD=17.7777;RBI=0.010431;REFB=-0.0163148;REVB=-0.00580334;RO=462;SAF=221;SAR=203;SRF=206;SRR=256;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715357;STB=0.532016;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0190708;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:933:934:462:503:424:431:0.461456:203:221:206:256:204:227:235:268 chr8 139701209 . G T 853.5 PASS AF=0.422222;AO=93;DP=224;FAO=95;FDP=225;FR=.;FRO=130;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=0.0116758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.107;QD=15.1733;RBI=0.0165574;REFB=-0.0186701;REVB=-0.0117397;RO=128;SAF=43;SAR=50;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472118;STB=0.524094;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0278512;OID=.;OPOS=139701209;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:128:130:93:95:0.422222:50:43:65:63:50:45:67:63 chr8 139712323 . A G 1396.28 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.159;QD=62.7542;RBI=0.0657519;REFB=0;REVB=-0.0654636;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37874e-05;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr8 139736933 . C A 415.01 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0160727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.977;QD=13.9498;RBI=0.019636;REFB=-0.000611997;REVB=0.0112802;RO=71;SAF=21;SAR=27;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291526;STB=0.516465;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.000847731;OID=.;OPOS=139736933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:71:71:48:48:0.403361:27:21:33:38:27:21:33:38 chr8 139768085 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.164;QD=57.884;RBI=0.0235172;REFB=0;REVB=-0.0125604;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76134e-05;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr8 139824057 . G A 1773.37 PASS AF=0.97561;AO=119;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0213934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2187;QD=57.6707;RBI=0.0545946;REFB=-0.182514;REVB=0.0502284;RO=4;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296573;STB=0.511626;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00227061;OID=.;OPOS=139824057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:123:123:4:3:119:120:0.97561:62:57:0:4:63:57:0:3 chr8 139838912 . T C 1866.91 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.698;QD=60.7125;RBI=0.0436937;REFB=-0.0588507;REVB=0.0418146;RO=1;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785219;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164619;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:123:123:1:0:122:123:1:60:62:0:1:61:62:0:0 chr8 140630990 . A G 1512.65 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263294;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3434;QD=59.907;RBI=0.0100549;REFB=0;REVB=-0.00970406;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567878;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr8 140945536 . C T 401.13 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0192213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.915;QD=25.4688;RBI=0.0527326;REFB=-0.00329842;REVB=-0.0491047;RO=24;SAF=18;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268808;STB=0.514698;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00161193;OID=.;OPOS=140945536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:21:18:12:12:21:18:12:12 chr8 140998945 . G A 1551.25 PASS AF=0.489097;AO=157;DP=321;FAO=157;FDP=321;FR=.;FRO=164;FSAF=68;FSAR=89;FSRF=65;FSRR=99;FWDB=0.00836597;FXX=0.00310549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8302;QD=19.3302;RBI=0.0374306;REFB=0.00164206;REVB=0.0364837;RO=159;SAF=68;SAR=89;SRF=62;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040615;STB=0.519229;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00146305;OID=.;OPOS=140998945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:159:164:157:157:0.489097:89:68:62:97:89:68:65:99 chr8 141310644 . G A 3938.99 PASS AF=1;AO=246;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357613;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.756;QD=64.0486;RBI=0.0359798;REFB=0;REVB=-0.00395908;RO=0;SAF=132;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3273e-05;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:246:0:0:246:246:1:114:132:0:0:114:132:0:0 chr8 141461062 . G A 254.08 PASS AF=0.314815;AO=33;DP=108;FAO=34;FDP=108;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0385408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.483;QD=9.41037;RBI=0.0725156;REFB=-0.00790938;REVB=0.0614257;RO=74;SAF=12;SAR=21;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687729;STB=0.548059;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0223685;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:74:74:33:34:0.314815:21:12:31:43:22:12:31:43 chr8 141461185 . A G 111.31 PASS AF=0.285714;AO=15;DP=55;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00562981;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.611;QD=7.95087;RBI=0.012613;REFB=0.000532647;REVB=-0.0112868;RO=40;SAF=10;SAR=5;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221199;STB=0.519207;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00160455;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:40:40:15:16:0.285714:5:10:26:14:6:10:26:14 chr8 141461266 . A G 967.51 PASS AF=0.601351;AO=82;DP=142;FAO=89;FDP=148;FR=.;FRO=59;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.03362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2746;QD=26.1488;RBI=0.0554749;REFB=-0.0347365;REVB=-0.0441266;RO=56;SAF=47;SAR=35;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00132963;STB=0.519306;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0322144;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:148:56:59:82:89:0.601351:35:47:32:24:42:47:34:25 chr8 141551407 . G A 650.89 PASS AF=0.458065;AO=70;DP=154;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.0216958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8634;QD=16.7971;RBI=0.0504535;REFB=-0.0144056;REVB=0.0455505;RO=83;SAF=33;SAR=37;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727574;STB=0.540361;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0170186;OID=.;OPOS=141551407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:83:84:70:71:0.458065:37:33:33:50:37:34:34:50 chr8 141559358 . G A 1042.71 PASS AF=0.569767;AO=98;DP=172;FAO=98;FDP=172;FR=.;FRO=74;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0145996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.874;QD=24.2491;RBI=0.0146114;REFB=-0.0147182;REVB=-0.000587863;RO=74;SAF=43;SAR=55;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595069;STB=0.532379;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0116727;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:74:74:98:98:0.569767:55:43:38:36:55:43:38:36 chr8 141566311 . C T 697.26 PASS AF=0.50365;AO=67;DP=135;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0588921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.016;QD=20.3579;RBI=0.0588981;REFB=-0.0105755;REVB=0.000842764;RO=68;SAF=32;SAR=35;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204531;STB=0.518026;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0126124;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:68:68:67:69:0.50365:35:32:34:34:37:32:34:34 chr8 141568622 . G A 1216.9 PASS AF=0.495968;AO=123;DP=250;FAO=123;FDP=248;FR=.;FRO=125;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=59;FSRR=66;FWDB=-0.0132985;FXX=0.0119517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0323;QD=19.6274;RBI=0.0153806;REFB=-0.00150199;REVB=0.00772742;RO=121;SAF=50;SAR=73;SRF=59;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747662;STB=0.533771;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000861213;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:248:121:125:123:123:0.495968:73:50:59:62:73:50:59:66 chr8 141774282 . A C 1099.5 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0440474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2869;QD=58.6399;RBI=0.0519225;REFB=0.0320233;REVB=0.0274913;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137071;STB=0.506848;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000804402;OID=.;OPOS=141774282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:1:1:72:74:0.986667:38:34:1:0:38:36:1:0 chr8 141780818 . T C 424.39 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0219949;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5689;QD=18.4516;RBI=0.0300415;REFB=-0.00446845;REVB=0.0204625;RO=48;SAF=23;SAR=20;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662811;STB=0.530598;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00393298;OID=.;OPOS=141780818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:48:49:43:43:0.467391:20:23:29:19:20:23:29:20 chr8 141840645 . G A 1366.52 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.052;QD=61.4166;RBI=0.0157179;REFB=-0.0857269;REVB=0.0154329;RO=1;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565723;OID=.;OPOS=141840645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:89:1:0:88:89:1:51:37:0:1:52:37:0:0 chr8 142146708 . T C 1077.62 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.819;QD=59.8678;RBI=0.0348015;REFB=0;REVB=0.0333776;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62235e-05;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:35:36:0:0:36:36:0:0 chr8 142152442 . A G 2239.25 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270533;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.949;QD=63.5248;RBI=0.0284145;REFB=0;REVB=-0.00868923;RO=0;SAF=79;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25307e-05;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:62:79:0:0:62:79:0:0 chr8 142154291 . G A 2355.48 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5856;QD=63.6615;RBI=0.035713;REFB=0;REVB=-0.0284784;RO=0;SAF=66;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6936e-06;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:148:0:0:143:148:1:77:66:0:0:77:71:0:0 chr8 142161032 . A C 2320.81 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000510839;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.147;QD=61.074;RBI=0.00674405;REFB=0;REVB=0.00672467;RO=0;SAF=79;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.3138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13776e-06;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:152:0:0:152:152:1:73:79:0:0:73:79:0:0 chr8 142161873 . C T 1047.98 PASS AF=0.863636;AO=72;DP=85;FAO=76;FDP=88;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.0387492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2945;QD=47.6357;RBI=0.0399941;REFB=-0.147398;REVB=0.00990106;RO=12;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100984;STB=0.552618;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0111117;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:85:88:12:12:72:76:0.863636:50:22:0:12:51:25:0:12 chr8 142161888 . G A 1301.91 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.443;QD=61.9957;RBI=0.0229815;REFB=0;REVB=0.0219438;RO=0;SAF=25;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88157e-05;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:59:25:0:0:59:25:0:0 chr8 142202847 . G A 227.03 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00404815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3947;QD=15.6572;RBI=0.0211188;REFB=-0.0278946;REVB=0.0207272;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105935;STB=0.559954;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0271746;OID=.;OPOS=142202847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:11:15:15:17:11:15:15:17 chr8 142202856 . C T 154.9 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0454981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.335;QD=10.8701;RBI=0.0460629;REFB=-0.0305454;REVB=-0.00719073;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10129;STB=0.608284;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0455347;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:37:20:20:0.350877:11:9:19:16:12:8:21:16 chr8 142202884 . T C 876.95 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00808838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.297;QD=54.8094;RBI=0.00859398;REFB=-0.00711447;REVB=0.00290425;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50371;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.000310121;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:0:2:62:62:0.96875:24:38:0:0:24:38:1:1 chr8 142204326 . C G 413.66 PASS AF=0.482759;AO=38;DP=83;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0106288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.997;QD=19.0187;RBI=0.026212;REFB=-0.0144533;REVB=0.0239603;RO=45;SAF=29;SAR=9;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375501;STB=0.654922;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0171186;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:45:45:38:42:0.482759:9:29:18:27:13:29:18:27 chr8 142218119 . G A 329.13 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00410304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7727;QD=15.4884;RBI=0.0171012;REFB=-0.0250453;REVB=0.0166017;RO=49;SAF=13;SAR=23;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072754;STB=0.541153;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0559884;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:23:13:21:28:23:13:21:28 chr8 142221361 . C G 972.08 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.525;QD=58.9136;RBI=0.0103402;REFB=0;REVB=0.000710574;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.2238e-06;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:25:40:0:0:26:40:0:0 chr8 142222374 . A G 4524.71 PASS AF=1;AO=283;DP=286;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960833;FXX=0.0069684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2934;QD=63.5047;RBI=0.0382948;REFB=0;REVB=-0.0370698;RO=0;SAF=131;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174616;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:286:285:0:0:283:285:1:152:131:0:0:153:132:0:0 chr8 142222445 . T C 4044.29 PASS AF=0.985019;AO=262;DP=271;FAO=263;FDP=267;FR=.;FRO=4;FSAF=119;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0117933;FXX=0.0183817;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2821;QD=60.5887;RBI=0.0287057;REFB=0.00458882;REVB=0.0261713;RO=5;SAF=119;SAR=143;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163739;STB=0.506849;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-4.61604e-05;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:271:267:5:4:262:263:0.985019:143:119:0:5:144:119:0:4 chr8 142225990 . G A 2246.62 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0691;QD=62.406;RBI=0.0366472;REFB=-0.0779257;REVB=0.0269713;RO=0;SAF=72;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000863865;OID=.;OPOS=142225990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:144:0:1:142:143:0.993056:70:72:0:0:71:72:0:1 chr8 142228149 . G A 1297.74 PASS AF=0.498099;AO=131;DP=265;FAO=131;FDP=263;FR=.;FRO=132;FSAF=47;FSAR=84;FSRF=53;FSRR=79;FWDB=-0.00164584;FXX=0.00754688;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.67;QD=19.7375;RBI=0.0121285;REFB=-0.0183432;REVB=0.0120163;RO=132;SAF=47;SAR=84;SRF=53;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418826;STB=0.523003;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0153929;OID=.;OPOS=142228149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:263:132:132:131:131:0.498099:84:47:53:79:84:47:53:79 chr8 142228686 . G A 313.8 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00210697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.599;QD=14.5954;RBI=0.0249461;REFB=-0.00978748;REVB=0.0248569;RO=51;SAF=18;SAR=17;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160946;STB=0.590859;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0182373;OID=.;OPOS=142228686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:17:18:34:17:17:18:34:17 chr8 142228809 . T C 1495.63 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0375611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9036;QD=62.3177;RBI=0.0386005;REFB=-0.0823052;REVB=-0.00889739;RO=1;SAF=54;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870097;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000582003;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:41:54:1:0:41:54:1:0 chr8 142229834 . G A 2066.22 PASS AF=0.440476;AO=222;DP=503;FAO=222;FDP=504;FR=.;FRO=282;FSAF=103;FSAR=119;FSRF=90;FSRR=192;FWDB=0.022941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.817;QD=16.3986;RBI=0.0262447;REFB=-0.0145779;REVB=0.0127472;RO=281;SAF=103;SAR=119;SRF=89;SRR=192;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151806;STB=0.582411;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0173588;OID=.;OPOS=142229834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:503:504:281:282:222:222:0.440476:119:103:89:192:119:103:90:192 chr8 142229891 . A G 6851.71 PASS AF=1;AO=433;DP=437;FAO=433;FDP=433;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=267;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376271;FXX=0.0114153;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.66;QD=63.2952;RBI=0.0376689;REFB=0.115646;REVB=-0.00177406;RO=2;SAF=166;SAR=267;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0035621;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.47913e-05;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:437:433:2:0:433:433:1:267:166:0:2:267:166:0:0 chr8 142266691 . A C 2483.09 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.016;QD=60.9347;RBI=0.0684997;REFB=0;REVB=0.0597137;RO=0;SAF=69;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54562e-05;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:149:163:0:0:148:163:1:79:69:0:0:94:69:0:0 chr8 142367335 . T C 941.65 PASS AF=0.561728;AO=90;DP=162;FAO=91;FDP=162;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0334301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8595;QD=23.2506;RBI=0.12834;REFB=0.00919805;REVB=-0.123909;RO=70;SAF=39;SAR=51;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510175;STB=0.528125;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00835529;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:70:71:90:91:0.561728:51:39:26:44:52:39:26:45 chr8 142367400 . G A 1095.81 PASS AF=0.544503;AO=103;DP=191;FAO=104;FDP=191;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0227026;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.881;QD=22.949;RBI=0.0262757;REFB=-0.0207209;REVB=0.0132289;RO=88;SAF=47;SAR=56;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.506969;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0154974;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:88:87:103:104:0.544503:56:47:38:50:57:47:38:49 chr8 142367559 . G A 532.96 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00439734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.882;QD=23.1719;RBI=0.0277776;REFB=-0.0268758;REVB=0.0274273;RO=41;SAF=20;SAR=30;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113648;STB=0.568254;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0265901;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:41:42:50:50:0.543478:30:20:22:19:30:20:23:19 chr8 142441642 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000778606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.371;QD=58.4197;RBI=0.0336238;REFB=0;REVB=0.0336148;RO=0;SAF=12;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59555e-05;OID=.;OPOS=142441642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:51:12:0:0:51:12:0:0 chr8 142446923 . C T 6766.8 PASS AF=1;AO=428;DP=432;FAO=428;FDP=428;FR=.;FRO=0;FSAF=240;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060116;FXX=0.00925905;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9962;QD=63.2411;RBI=0.0660239;REFB=-0.0120151;REVB=0.0272987;RO=1;SAF=240;SAR=188;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00198478;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86092e-05;OID=.;OPOS=142446923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:432:428:1:0:428:428:1:188:240:1:0:188:240:0:0 chr8 142458052 . TA T,TG 2358.64 PASS AF=0.28022,0.71978;AO=73,100;DP=184;FAO=51,131;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=0,94;FSAR=51,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358533,-0.0298684;FXX=0.010869;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.0595,55.2977;QD=51.8383;RBI=0.0496765,0.0943736;REFB=0,0;REVB=0.0343846,0.0895224;RO=1;SAF=3,87;SAR=70,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00671127,0.0350905;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0662937,0.0101216;OID=.,.;OPOS=142458053,142458053;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.28022,0.71978:73,100:184:51,131:182:0:0,94:51,37:0:0:62:1:3,87:70,13:0:1 chr8 142459814 . C T 4796.47 PASS AF=0.972136;AO=313;DP=323;FAO=314;FDP=323;FR=.;FRO=9;FSAF=118;FSAR=196;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0336789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.546;QD=59.399;RBI=0.0418814;REFB=-0.0828849;REVB=0.0248955;RO=9;SAF=118;SAR=195;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225866;STB=0.511866;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000944947;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:323:323:9:9:313:314:0.972136:195:118:7:2:196:118:7:2 chr8 142480761 . G A 781.71 PASS AF=0.460674;AO=82;DP=178;FAO=82;FDP=178;FR=.;FRO=96;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.012853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.647;QD=17.5664;RBI=0.0130387;REFB=-0.00848356;REVB=-0.00219295;RO=96;SAF=44;SAR=38;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458005;STB=0.525385;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0102011;OID=.;OPOS=142480761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:96:96:82:82:0.460674:38:44:47:49:38:44:47:49 chr8 142488837 . G A 836.56 PASS AF=0.469945;AO=86;DP=184;FAO=86;FDP=183;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=0.041458;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.191;QD=18.2855;RBI=0.0469636;REFB=-0.0133639;REVB=0.0220638;RO=96;SAF=34;SAR=52;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719468;STB=0.537406;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0127597;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:96:97:86:86:0.469945:52:34:45:51:52:34:45:52 chr8 142489410 . A G 2011.07 PASS AF=0.497549;AO=202;DP=404;FAO=203;FDP=408;FR=.;FRO=205;FSAF=113;FSAR=90;FSRF=88;FSRR=117;FWDB=0.0037496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.726;QD=19.7163;RBI=0.00705166;REFB=-0.0224017;REVB=-0.00597214;RO=197;SAF=112;SAR=90;SRF=82;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124436;STB=0.56389;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0240879;OID=.;OPOS=142489410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:408:197:205:202:203:0.497549:90:112:82:115:90:113:88:117 chr8 142490079 . G A 2447.89 PASS AF=0.993827;AO=117;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=96;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840376;FXX=0.0240949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.888;QD=60.4418;RBI=0.0167875;REFB=0;REVB=0.0145326;RO=0;SAF=75;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349845;OID=.;OPOS=142490079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:162:162:0:0:117:161:0.993827:42:75:0:0:65:96:0:0 chr8 142490080 . T A 155.24 PASS AF=0.170588;AO=28;DP=168;FAO=29;FDP=170;FR=.;FRO=141;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=92;FSRR=49;FWDB=0.00018431;FXX=0.0116272;HRUN=7;LEN=1;MLLD=79.6794;QD=3.65275;RBI=0.0371306;REFB=-0.000681158;REVB=0.0371302;RO=140;SAF=7;SAR=21;SRF=91;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484189;STB=0.814011;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00165131;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:140:141:28:29:0.170588:21:7:91:49:22:7:92:49 chr8 142490120 . G T 2094.98 PASS AF=0.992754;AO=130;DP=134;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0414584;FXX=0.0349626;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3806;QD=60.7241;RBI=0.0552957;REFB=-0.064384;REVB=0.0365898;RO=2;SAF=74;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203175;STB=0.504273;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000843609;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:134:138:2:1:130:137:0.992754:56:74:1:1:58:79:0:1 chr8 142505038 . T C 444.8 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.00778702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.306;QD=13.7924;RBI=0.0111915;REFB=-0.0182304;REVB=-0.00803821;RO=78;SAF=18;SAR=33;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228129;STB=0.6291;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0236402;OID=.;OPOS=142505038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:78:78:51:51:0.395349:33:18:44:34:33:18:44:34 chr8 142505578 . C A 1273.31 PASS AF=0.501946;AO=124;DP=259;FAO=129;FDP=257;FR=.;FRO=128;FSAF=52;FSAR=77;FSRF=51;FSRR=77;FWDB=-0.0394744;FXX=0.011538;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5397;QD=19.8181;RBI=0.0403086;REFB=-0.00339158;REVB=0.00815837;RO=123;SAF=47;SAR=77;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262887;STB=0.502415;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0032079;OID=.;OPOS=142505578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:257:123:128:124:129:0.501946:77:47:50:73:77:52:51:77 chr8 142506461 . A G 1140.71 PASS AF=0.515982;AO=112;DP=218;FAO=113;FDP=219;FR=.;FRO=106;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.026514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.361;QD=20.835;RBI=0.0323636;REFB=-0.0138478;REVB=-0.0185582;RO=106;SAF=51;SAR=61;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313958;STB=0.514765;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0115578;OID=.;OPOS=142506461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:106:106:112:113:0.515982:61:51:52:54:61:52:52:54 chr8 143257760 . G C 161.08 PASS AF=0.5;AO=10;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0993345;FXX=0.0344709;HRUN=6;LEN=1;MLLD=88.3722;QD=23.0118;RBI=0.101802;REFB=-0.0642562;REVB=-0.0222771;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365629;STB=0.68397;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0103887;OID=.;OPOS=143257760;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:27:28:7:7:10:14:0.5:5:5:7:0:8:6:7:0 chr8 143413136 . C T 790.21 PASS AF=0.387234;AO=91;DP=235;FAO=91;FDP=235;FR=.;FRO=144;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=-0.0154579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.918;QD=13.4504;RBI=0.0163318;REFB=-0.00332405;REVB=-0.00527054;RO=143;SAF=31;SAR=60;SRF=78;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226825;STB=0.626049;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00519473;OID=.;OPOS=143413136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:143:144:91:91:0.387234:60:31:78:65:60:31:78:66 chr8 143425354 . C T 1147.37 PASS AF=0.469636;AO=116;DP=247;FAO=116;FDP=247;FR=.;FRO=131;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=69;FSRR=62;FWDB=0.000917782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.96;QD=18.5809;RBI=0.00324973;REFB=-0.0278786;REVB=-0.00311744;RO=128;SAF=56;SAR=60;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046116;STB=0.5233;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.028871;OID=.;OPOS=143425354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:128:131:116:116:0.469636:60:56:68:60:60:56:69:62 chr8 143425406 . C T 1190.23 PASS AF=0.459559;AO=125;DP=272;FAO=125;FDP=272;FR=.;FRO=147;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=74;FSRR=73;FWDB=0.00651143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.518;QD=17.5034;RBI=0.0178507;REFB=-0.0160253;REVB=0.0166208;RO=147;SAF=62;SAR=63;SRF=74;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00723669;STB=0.503999;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0184462;OID=.;OPOS=143425406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:147:147:125:125:0.459559:63:62:74:73:63:62:74:73 chr8 143425720 . T C 2566.18 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.567;QD=61.8357;RBI=0.0275097;REFB=0;REVB=0.0114601;RO=0;SAF=80;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06912e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29263e-06;OID=.;OPOS=143425720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:86:80:0:0:86:80:0:0 chr8 143427178 . C G 715.3 PASS AF=0.418848;AO=62;DP=176;FAO=80;FDP=191;FR=.;FRO=111;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=0.0359688;FXX=0.0154631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.662;QD=14.9802;RBI=0.0428302;REFB=-0.0244015;REVB=0.0232524;RO=106;SAF=32;SAR=30;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00744034;STB=0.534887;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0330626;OID=.;OPOS=143427178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:191:106:111:62:80:0.418848:30:32:54:52:37:43:53:58 chr8 143436034 . A G 652.68 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0137347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.672;QD=20.72;RBI=0.0142407;REFB=-0.0111519;REVB=0.00376258;RO=61;SAF=19;SAR=46;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537689;STB=0.529639;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00951463;OID=.;OPOS=143436034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:61:61:65:65:0.515873:46:19:21:40:46:19:21:40 chr8 143603418 . G C 4229.83 PASS AF=0.97193;AO=272;DP=281;FAO=277;FDP=285;FR=.;FRO=8;FSAF=140;FSAR=137;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0660435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6729;QD=59.366;RBI=0.0672975;REFB=0.00187936;REVB=0.0129309;RO=8;SAF=136;SAR=136;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013608;STB=0.507169;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=7.76652e-05;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:281:285:8:8:272:277:0.97193:136:136:2:6:137:140:2:6 chr8 143623459 . G T 1174.88 PASS AF=0.44523;AO=122;DP=279;FAO=126;FDP=283;FR=.;FRO=157;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=80;FSRR=77;FWDB=0.0276781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.871;QD=16.6061;RBI=0.0277727;REFB=-0.0210897;REVB=0.00228959;RO=155;SAF=66;SAR=56;SRF=80;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251685;STB=0.521221;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0231499;OID=.;OPOS=143623459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:283:155:157:122:126:0.44523:56:66:80:75:57:69:80:77 chr8 143694775 . G C 796.43 PASS AF=0.513514;AO=76;DP=149;FAO=76;FDP=148;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0373271;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.382;QD=21.5252;RBI=0.0407222;REFB=-0.0126987;REVB=0.0162783;RO=73;SAF=28;SAR=48;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198826;STB=0.612479;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0119968;OID=.;OPOS=143694775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:73:72:76:76:0.513514:48:28:43:30:48:28:43:29 chr8 143695144 . G A 2432.93 PASS AF=0.428571;AO=262;DP=614;FAO=264;FDP=616;FR=.;FRO=352;FSAF=111;FSAR=153;FSRF=146;FSRR=206;FWDB=0.0289659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.044;QD=15.7982;RBI=0.0289891;REFB=-0.0141323;REVB=-0.00115919;RO=351;SAF=111;SAR=151;SRF=145;SRR=206;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111819;STB=0.503334;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0181024;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:614:616:351:352:262:264:0.428571:151:111:145:206:153:111:146:206 chr8 143695678 . A G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.245;QD=61.6811;RBI=0.0235091;REFB=0;REVB=0.00890322;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83217e-05;OID=.;OPOS=143695678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr8 143695681 . G C 547.05 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.063198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.891;QD=57.5845;RBI=0.0632057;REFB=-0.145797;REVB=-0.000988518;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00186315;OID=.;OPOS=143695681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:1:1:37:37:0.973684:24:13:1:0:24:13:1:0 chr8 143746050 . C T 595.94 PASS AF=0.385475;AO=69;DP=179;FAO=69;FDP=179;FR=.;FRO=110;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=71;FSRR=39;FWDB=-0.00724319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.926;QD=13.3172;RBI=0.0136726;REFB=-0.0183092;REVB=-0.0115964;RO=110;SAF=45;SAR=24;SRF=71;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00803128;STB=0.504537;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0364365;OID=.;OPOS=143746050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:110:110:69:69:0.385475:24:45:71:39:24:45:71:39 chr8 143746069 . T C 582.88 PASS AF=0.403614;AO=67;DP=166;FAO=67;FDP=166;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=66;FSRR=33;FWDB=0.00510424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.0997;QD=14.0453;RBI=0.00826085;REFB=-0.00926288;REVB=-0.00649526;RO=99;SAF=43;SAR=24;SRF=66;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289829;STB=0.516277;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0114211;OID=.;OPOS=143746069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:99:99:67:67:0.403614:24:43:66:33:24:43:66:33 chr8 143746087 . CCA C 1273.17 PASS AF=0.870504;AO=119;DP=125;FAO=121;FDP=139;FR=.;FRO=18;FSAF=78;FSAR=43;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00307355;FXX=0.0211253;HRUN=2;LEN=2;MLLD=279.268;QD=36.6381;RBI=0.00725934;REFB=-0.025221;REVB=0.00657657;RO=0;SAF=77;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519021;STBP=0.236;TYPE=del;VARB=0.00149903;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.870504:119:125:121:139:18:78:43:14:4:35:0:77:42:0:0 chr8 143746416 . A G 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0155588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.136;QD=21.5097;RBI=0.0166148;REFB=-0.00763694;REVB=-0.0058288;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214136;STB=0.620572;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0122964;OID=.;OPOS=143746416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:14:7:11:8:14:7:11:8 chr8 143746701 . A G 609.14 PASS AF=0.463235;AO=62;DP=135;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00736023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.992;QD=17.9159;RBI=0.00762824;REFB=-0.00154708;REVB=0.00200426;RO=72;SAF=33;SAR=29;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362155;STB=0.527789;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00328272;OID=.;OPOS=143746701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:72:73:62:63:0.463235:29:33:41:31:30:33:42:31 chr8 143747271 . C G 1434.11 PASS AF=0.470032;AO=149;DP=317;FAO=149;FDP=317;FR=.;FRO=168;FSAF=62;FSAR=87;FSRF=103;FSRR=65;FWDB=-0.0655557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9705;QD=18.0961;RBI=0.0712535;REFB=0.0024429;REVB=-0.02792;RO=167;SAF=62;SAR=87;SRF=103;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191218;STB=0.60367;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0031626;OID=.;OPOS=143747271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:317:167:168:149:149:0.470032:87:62:103:64:87:62:103:65 chr8 143808951 . C T 957.56 PASS AF=0.51087;AO=94;DP=184;FAO=94;FDP=184;FR=.;FRO=90;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-0.00283652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.877;QD=20.8166;RBI=0.0227725;REFB=-0.00321902;REVB=0.0225952;RO=90;SAF=45;SAR=49;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705758;STB=0.538695;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00252672;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:90:90:94:94:0.51087:49:45:36:54:49:45:36:54 chr8 143833850 . G A 3780.57 PASS AF=0.498677;AO=377;DP=758;FAO=377;FDP=756;FR=.;FRO=379;FSAF=183;FSAR=194;FSRF=163;FSRR=216;FWDB=0.0332277;FXX=0.00526309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0172;QD=20.003;RBI=0.0516072;REFB=-0.0228648;REVB=0.0394871;RO=375;SAF=183;SAR=194;SRF=163;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464335;STB=0.527806;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0279644;OID=.;OPOS=143833850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:758:756:375:379:377:377:0.498677:194:183:163:212:194:183:163:216 chr8 143833856 . C T 3226.58 PASS AF=0.45765;AO=335;DP=735;FAO=335;FDP=732;FR=.;FRO=397;FSAF=163;FSAR=172;FSRF=164;FSRR=233;FWDB=0.0958408;FXX=0.00408158;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.642;QD=17.6316;RBI=0.0961916;REFB=-0.0238469;REVB=0.00820797;RO=395;SAF=163;SAR=172;SRF=162;SRR=233;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753848;STB=0.539958;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0272185;OID=.;OPOS=143833856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:735:732:395:397:335:335:0.45765:172:163:162:233:172:163:164:233 chr8 143845950 . A G 357.85 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.477;QD=55.054;RBI=0.0881353;REFB=0;REVB=0.0642358;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581111;OID=.;OPOS=143845950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:7:18:0:0:7:19:0:0 chr8 143845953 . T C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.482;QD=55.6515;RBI=0.0640014;REFB=0;REVB=0.0532008;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426007;OID=.;OPOS=143845953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr8 143845982 . T C 315.09 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.656;QD=52.5142;RBI=0.114516;REFB=0;REVB=0.112268;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344497;OID=.;OPOS=143845982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:5:18:0:0:5:19:0:0 chr8 143867905 . C T 545.65 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0068703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.159;QD=21.1902;RBI=0.0239781;REFB=-0.00424087;REVB=-0.0229728;RO=48;SAF=10;SAR=45;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248468;STB=0.638085;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00440481;OID=.;OPOS=143867905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:55:55:0.533981:45:10:19:29:45:10:19:29 chr8 143956693 . G A 38.41 PASS AF=0.131148;AO=7;DP=60;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0358248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.942;QD=2.51875;RBI=0.0380698;REFB=-0.00577976;REVB=-0.0128799;RO=53;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460154;STB=0.743188;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0297729;OID=.;OPOS=143956693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:60:61:53:53:7:8:0.131148:1:6:25:28:2:6:25:28 chr8 143957163 . C G 337.05 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0286209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.857;QD=12.4834;RBI=0.034723;REFB=-0.00785357;REVB=-0.0196604;RO=66;SAF=15;SAR=26;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666671;STB=0.543705;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0107765;OID=.;OPOS=143957163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:67:41:41:0.37963:26:15:28:38:26:15:29:38 chr8 143959188 . G T 368.94 PASS AF=0.389381;AO=39;DP=107;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.022369;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.603;QD=13.0598;RBI=0.0285085;REFB=-0.0190826;REVB=0.0176738;RO=68;SAF=19;SAR=20;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794187;STB=0.558561;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0185044;OID=.;OPOS=143959188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:113:68:69:39:44:0.389381:20:19:38:30:24:20:38:31 chr8 143959250 . T C 1973.4 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5398;QD=61.1907;RBI=0.0351562;REFB=0;REVB=-0.0334915;RO=1;SAF=58;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812287;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50811e-05;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:129:129:1:0:128:129:1:70:58:1:0:70:59:0:0 chr8 143960597 . G A 148.77 PASS AF=0.36;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0435643;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5594;QD=11.9018;RBI=0.0800901;REFB=-0.0426228;REVB=0.0672054;RO=33;SAF=11;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492153;STB=0.550667;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0878639;OID=.;OPOS=143960597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:32:17:18:0.36:6:11:20:13:6:12:19:13 chr8 143961005 . T C 1080.47 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.336;QD=60.026;RBI=0.0132913;REFB=0;REVB=0.0099468;RO=0;SAF=53;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69731e-07;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:18:53:0:0:19:53:0:0 chr8 143961102 . C T 541.79 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0100041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.953;QD=22.342;RBI=0.0152057;REFB=-0.0075109;REVB=-0.0114513;RO=45;SAF=24;SAR=27;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797721;STB=0.537883;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00476306;OID=.;OPOS=143961102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:46:51:51:0.525773:27:24:17:28:27:24:18:28 chr8 143994041 . C T 1430.58 PASS AF=0.51087;AO=141;DP=276;FAO=141;FDP=276;FR=.;FRO=135;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=59;FSRR=76;FWDB=-0.0054794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.209;QD=20.7331;RBI=0.0402445;REFB=-0.00765033;REVB=-0.0398697;RO=131;SAF=70;SAR=71;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406063;STB=0.529072;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00663339;OID=.;OPOS=143994041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:131:135:141:141:0.51087:71:70:59:72:71:70:59:76 chr8 143994702 . G T 505.99 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.00603553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.199;QD=18.9154;RBI=0.0221997;REFB=-0.0286455;REVB=0.0213635;RO=54;SAF=29;SAR=24;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939842;STB=0.551903;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0264157;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:24:29:35:19:24:29:35:19 chr8 143995761 . C T 1018.02 PASS AF=0.438247;AO=109;DP=251;FAO=110;FDP=251;FR=.;FRO=141;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=68;FSRR=73;FWDB=-0.00906549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.507;QD=16.2234;RBI=0.0106502;REFB=-0.0146091;REVB=0.00558962;RO=140;SAF=53;SAR=56;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00776573;STB=0.504855;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0232216;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:140:141:109:110:0.438247:56:53:67:73:56:54:68:73 chr8 143996539 . T C 1131.99 PASS AF=0.547739;AO=109;DP=201;FAO=109;FDP=199;FR=.;FRO=90;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.00524799;FXX=0.00994975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9157;QD=22.7536;RBI=0.042197;REFB=0.00195745;REVB=-0.0418694;RO=91;SAF=54;SAR=55;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282699;STB=0.51803;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00216174;OID=.;OPOS=143996539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:199:91:90:109:109:0.547739:55:54:42:49:55:54:41:49 chr8 143996553 . G A 1139.16 PASS AF=0.543147;AO=98;DP=188;FAO=107;FDP=197;FR=.;FRO=90;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.0138749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.645;QD=23.1302;RBI=0.0139198;REFB=-0.0211251;REVB=-0.00111731;RO=90;SAF=39;SAR=59;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320108;STB=0.507057;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0201742;OID=.;OPOS=143996553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:197:90:90:98:107:0.543147:59:39:39:51:59:48:39:51 chr8 143997877 . C G 634.87 PASS AF=0.346667;AO=76;DP=226;FAO=78;FDP=225;FR=.;FRO=147;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=83;FSRR=64;FWDB=0.0111432;FXX=0.0131573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.762;QD=11.2866;RBI=0.0127389;REFB=-0.0159635;REVB=-0.00617328;RO=149;SAF=41;SAR=35;SRF=84;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283433;STB=0.508824;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0297821;OID=.;OPOS=143997877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:149:147:76:78:0.346667:35:41:84:65:35:43:83:64 chr8 144124609 . T C 977.51 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170283;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0141;QD=59.2433;RBI=0.0062907;REFB=0;REVB=0.00605585;RO=0;SAF=20;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253683;OID=.;OPOS=144124609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:46:20:0:0:46:20:0:0 chr8 144239859 . A G 1520.68 PASS AF=0.495177;AO=155;DP=312;FAO=154;FDP=311;FR=.;FRO=157;FSAF=69;FSAR=85;FSRF=88;FSRR=69;FWDB=-2.88375e-06;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0562;QD=19.5585;RBI=0.0277385;REFB=-0.00650567;REVB=0.0277385;RO=155;SAF=70;SAR=85;SRF=87;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999391;STB=0.556707;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00695128;OID=.;OPOS=144239859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:311:155:157:155:154:0.495177:85:70:87:68:85:69:88:69 chr8 144240257 . C G 1274.63 PASS AF=0.456747;AO=132;DP=291;FAO=132;FDP=289;FR=.;FRO=157;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=76;FSRR=81;FWDB=0.0181594;FXX=0.00687262;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5248;QD=17.6419;RBI=0.0184892;REFB=0.0218142;REVB=-0.00347687;RO=156;SAF=75;SAR=57;SRF=75;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861249;STB=0.545965;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0215442;OID=.;OPOS=144240257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:289:156:157:132:132:0.456747:57:75:75:81:57:75:76:81 chr8 144295782 . G T 2769.62 PASS AF=0.994444;AO=173;DP=174;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0473393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8798;QD=61.5471;RBI=0.148242;REFB=0.051329;REVB=0.14048;RO=1;SAF=80;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509093;STB=0.502538;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000486182;OID=.;OPOS=144295782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:180:1:1:173:179:0.994444:93:80:0:1:98:81:0:1 chr8 144332012 . T C 1573.68 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346204;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1279;QD=59.9497;RBI=0.0615599;REFB=0;REVB=0.0509023;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063706;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:102:105:1:53:49:0:0:56:49:0:0 chr8 144332082 . T C 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.42;QD=61.8519;RBI=0.0440528;REFB=0;REVB=0.0137893;RO=0;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016062;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:55:28:0:0:55:28:0:0 chr8 144333313 . G A 971.81 PASS AF=0.465753;AO=102;DP=219;FAO=102;FDP=219;FR=.;FRO=117;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=79;FSRR=38;FWDB=-0.0830101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8266;QD=17.75;RBI=0.088739;REFB=-0.0224445;REVB=0.0313676;RO=116;SAF=50;SAR=52;SRF=79;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183756;STB=0.598482;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0180917;OID=.;OPOS=144333313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:116:117:102:102:0.465753:52:50:79:37:52:50:79:38 chr8 144333315 . G A 3415.01 PASS AF=1;AO=219;DP=224;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217362;FXX=0.0178563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.551;QD=62.091;RBI=0.0424077;REFB=-0.0874182;REVB=0.0364135;RO=1;SAF=134;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557232;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307272;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:224:220:1:0:219:220:1:85:134:0:1:86:134:0:0 chr8 144333434 . G A 2898.17 PASS AF=0.960784;AO=196;DP=206;FAO=196;FDP=204;FR=.;FRO=8;FSAF=99;FSAR=97;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0660993;FXX=0.00970827;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.188;QD=56.8269;RBI=0.0692979;REFB=-0.0942257;REVB=0.0208105;RO=6;SAF=99;SAR=97;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279855;STB=0.519415;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000531763;OID=.;OPOS=144333434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:206:204:6:8:196:196:0.960784:97:99:6:0:97:99:8:0 chr8 144351632 . A G 3590.31 PASS AF=1;AO=181;DP=227;FAO=229;FDP=229;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=114;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016681;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.525;QD=62.7129;RBI=0.055453;REFB=0;REVB=0.0528846;RO=0;SAF=105;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85397e-05;OID=.;OPOS=144351632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:227:229:0:0:181:229:1:76:105:0:0:115:114:0:0 chr8 144357213 . G C 970.03 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.456;QD=57.9125;RBI=0.0208406;REFB=0;REVB=0.0150064;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259259;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:26:39:0:0:27:40:0:0 chr8 144358381 . G A 323.4 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372595;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=129.845;QD=53.8995;RBI=0.0590808;REFB=0;REVB=0.0458505;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534407;OID=.;OPOS=144358381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:6:14:0:0:9:15:0:0 chr8 144378184 . C G 950.21 PASS AF=0.957143;AO=61;DP=64;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0439561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.181;QD=54.2975;RBI=0.0720118;REFB=-0.0519272;REVB=0.0570399;RO=3;SAF=31;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140118;STB=0.508777;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00115471;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:64:70:3:3:61:67:0.957143:30:31:2:1:36:31:2:1 chr8 144378868 . A G 1869.37 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2281;QD=61.2907;RBI=0.105167;REFB=0;REVB=0.0788562;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730456;OID=.;OPOS=144378868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:56:65:0:0:57:65:0:0 chr8 144391924 . CT TC 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782348;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=158.467;QD=59.0181;RBI=0.00989676;REFB=0;REVB=0.00606128;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.37699e-05;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr8 144391930 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.373;QD=58.5878;RBI=0.00841016;REFB=0;REVB=0.00439147;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65944e-05;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr8 144392368 . G A 440.34 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403495;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.124;QD=55.042;RBI=0.0461438;REFB=-0.10895;REVB=0.0223867;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00151298;OID=.;OPOS=144392368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:32:0:1:31:31:0.96875:18:13:0:0:18:13:0:1 chr8 144400036 . C T 481.19 PASS AF=0.402985;AO=54;DP=134;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0163008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.816;QD=14.3638;RBI=0.0205684;REFB=-0.00767477;REVB=-0.0125436;RO=80;SAF=36;SAR=18;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486288;STB=0.527462;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00878232;OID=.;OPOS=144400036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:80:80:54:54:0.402985:18:36:50:30:18:36:50:30 chr8 144409934 . C A 5805.86 PASS AF=0.974093;AO=375;DP=389;FAO=376;FDP=386;FR=.;FRO=10;FSAF=153;FSAR=223;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0197002;FXX=0.00771188;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.995;QD=60.1644;RBI=0.0202445;REFB=-0.0210255;REVB=-0.00466288;RO=10;SAF=153;SAR=222;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00982319;STB=0.505172;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00124559;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:389:386:10:10:375:376:0.974093:222:153:6:4:223:153:6:4 chr8 144409938 . A AG,G 5637.16 PASS AF=1,0;AO=347,15;DP=383;FAO=366,0;FDP=366;FR=.;FRO=0;FSAF=152,0;FSAR=214,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070695,0.0114644;FXX=0.0291769;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=28.7395,5.1721;QD=61.6083;RBI=0.020904,0.0255925;REFB=-0.021987,-0.0201687;REVB=-0.0196723,0.0228811;RO=19;SAF=139,11;SAR=208,4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00751205,0.271683;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000500673,-0.104157;OID=.,.;OPOS=144409939,144409938;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:383:366:19:0:347,15:366,0:1,0:208,4:139,11:9:10:214,0:152,0:0:0 chr8 144620183 . T C 972.74 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.028;QD=58.9541;RBI=0.0606976;REFB=0;REVB=0.0606424;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221717;OID=.;OPOS=144620183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr8 144623574 . T C 9801.49 PASS AF=1;AO=618;DP=621;FAO=618;FDP=618;FR=.;FRO=0;FSAF=317;FSAR=301;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101989;FXX=0.00483084;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.245;QD=63.4401;RBI=0.0102023;REFB=-0.0101569;REVB=0.00026294;RO=1;SAF=317;SAR=301;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00150427;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25306e-06;OID=.;OPOS=144623574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:621:618:1:0:618:618:1:301:317:1:0:301:317:0:0 chr8 144642178 . T C 1748.97 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.541;QD=60.8338;RBI=0.159448;REFB=0;REVB=0.0028169;RO=0;SAF=5;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109678;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:109:5:0:0:109:6:0:0 chr8 144642596 . T C 289.24 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0435374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2498;QD=46.2785;RBI=0.0970403;REFB=-0.135442;REVB=-0.0867255;RO=2;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978817;STB=0.505296;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0113802;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:10:13:1:1:10:13:1:1 chr8 144642626 . A G 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.285;QD=63.5798;RBI=0.078664;REFB=0;REVB=-0.0736513;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226191;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr8 144642986 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.564;QD=44.6896;RBI=0.134485;REFB=0;REVB=0.078513;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353425;OID=.;OPOS=144642986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr8 144649265 . G C 1101.14 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000595064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.934;QD=59.5212;RBI=0.000595064;REFB=0;REVB=0;RO=1;SAF=73;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32733e-05;OID=.;OPOS=144649265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:1:0:73:74:1:0:73:1:0:0:74:0:0 chr8 144649625 . T C 102.04 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.758;QD=40.817;RBI=0.0892753;REFB=0;REVB=0.087862;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147339;OID=.;OPOS=144649625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:4:6:0:0 chr8 144649968 . C T 4196.55 PASS AF=0.989011;AO=268;DP=277;FAO=270;FDP=273;FR=.;FRO=3;FSAF=114;FSAR=156;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00527875;FXX=0.017985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2855;QD=61.4879;RBI=0.059512;REFB=-0.122003;REVB=0.0592774;RO=3;SAF=113;SAR=155;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0019114;STB=0.501001;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000491748;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:277:273:3:3:268:270:0.989011:155:113:1:2:156:114:1:2 chr8 144654249 . G A 2386.1 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.29;QD=60.4076;RBI=0.0445717;REFB=0.0595576;REVB=-0.0061769;RO=0;SAF=75;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.86153e-08;STB=0.503311;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=2.82471e-05;OID=.;OPOS=144654249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:0:1:157:157:0.993671:82:75:0:0:82:75:1:0 chr8 144654255 . A G 2373.1 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000636519;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9125;QD=61.2412;RBI=0.0631476;REFB=0;REVB=-0.0631444;RO=0;SAF=76;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51355e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271557;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:155:0:0:155:155:1:79:76:0:0:79:76:0:0 chr8 144654594 . G T 1137.98 PASS AF=0.929412;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000301856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7628;QD=53.5519;RBI=0.0367186;REFB=-0.032429;REVB=0.0367174;RO=6;SAF=43;SAR=36;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594861;STB=0.50315;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0365042;OID=.;OPOS=144654594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:85:85:6:6:79:79:0.929412:36:43:3:3:36:43:3:3 chr8 144654693 . G C 2623.84 PASS AF=0.951351;AO=173;DP=182;FAO=176;FDP=185;FR=.;FRO=9;FSAF=94;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.013508;FXX=0.00537606;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.813;QD=56.7316;RBI=0.0533177;REFB=-0.0943527;REVB=0.0515783;RO=9;SAF=93;SAR=80;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192695;STB=0.509798;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00117183;OID=.;OPOS=144654693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:182:185:9:9:173:176:0.951351:80:93:3:6:82:94:3:6 chr8 144658711 . G A 1737.35 PASS AF=0.95935;AO=114;DP=121;FAO=118;FDP=123;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0352873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.971;QD=56.4992;RBI=0.0435311;REFB=-0.0821555;REVB=0.0254904;RO=7;SAF=40;SAR=74;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00932043;STB=0.507541;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00290961;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:121:123:7:5:114:118:0.95935:74:40:3:4:74:44:1:4 chr8 144662353 . G A 1304.58 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.956;QD=59.9808;RBI=0.0274046;REFB=-0.111874;REVB=0.0203276;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.507461;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000373641;OID=.;OPOS=144662353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:0:1:85:86:0.988506:53:32:0:0:53:33:1:0 chr8 144671244 . C A 2893.98 PASS AF=0.989305;AO=185;DP=188;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=125;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0268353;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.44;QD=61.9033;RBI=0.0474916;REFB=-0.0418203;REVB=0.0391831;RO=1;SAF=60;SAR=125;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037942;STB=0.50214;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000127529;OID=.;OPOS=144671244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:188:187:1:2:185:185:0.989305:125:60:0:1:125:60:1:1 chr8 144671684 . CGT CCT,CGC 653.38 PASS AF=0.764706,0.137255;AO=40,6;DP=58;FAO=39,7;FDP=51;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=6,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173492,-0.0770438;FXX=0.120669;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.7434,56.3929;QD=51.2455;RBI=0.0993827,0.077046;REFB=0,0;REVB=0.0978566,0.000580425;RO=0;SAF=32,0;SAR=8,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00571446,0.174267;OID=.,.;OPOS=144671685,144671686;OREF=G,T;OALT=C,C;OMAPALT=CCT,CGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.764706,0.137255:40,6:58:39,7:51:0:33,0:6,7:0:0:31:0:32,0:8,6:0:0 chr8 144671922 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7835;QD=40.7628;RBI=0.0754495;REFB=0;REVB=0.0692356;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136581;OID=.;OPOS=144671922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr8 144681777 . G T 7718.01 PASS AF=0.970856;AO=487;DP=512;FAO=533;FDP=549;FR=.;FRO=16;FSAF=208;FSAR=325;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0423553;FXX=0.00181815;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.0464;QD=56.2332;RBI=0.0491852;REFB=-0.0788741;REVB=0.0250042;RO=23;SAF=183;SAR=304;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539846;STB=0.500467;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00849137;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:512:549:23:16:487:533:0.970856:304:183:10:13:325:208:6:10 chr8 144682311 . G C 4979.28 PASS AF=0.949153;AO=335;DP=354;FAO=336;FDP=354;FR=.;FRO=18;FSAF=172;FSAR=164;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00866233;FXX=0.00281682;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.267;QD=56.2631;RBI=0.0171282;REFB=-0.00267752;REVB=0.0147763;RO=18;SAF=171;SAR=164;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438209;STB=0.502221;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=3.98307e-05;OID=.;OPOS=144682311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:354:354:18:18:335:336:0.949153:164:171:10:8:164:172:10:8 chr8 144688736 . C G 1574.35 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.862;QD=63.61;RBI=0.00388682;REFB=0;REVB=0.00139108;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24045e-05;OID=.;OPOS=144688736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:42:56:0:0:43:56:0:0 chr8 144732363 . T C 1213.49 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220896;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.721;QD=59.9253;RBI=0.0228941;REFB=0.00847967;REVB=0.00601555;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114068;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-6.36164e-05;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:79:80:0.987654:41:38:0:1:41:39:0:1 chr8 144732418 . A G 1171.87 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.442;QD=60.8765;RBI=0.0233733;REFB=0;REVB=-0.00923774;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18209e-05;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr8 144735977 . T C 1568.68 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398641;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.782;QD=64.0279;RBI=0.0465369;REFB=0;REVB=0.0240111;RO=0;SAF=34;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.76468e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54319e-05;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:63:34:0:0:64:34:0:0 chr8 144774233 . T C 322.47 PASS AF=0.395604;AO=35;DP=90;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.0166271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.541;QD=14.1746;RBI=0.0201414;REFB=-0.0130466;REVB=-0.0113673;RO=54;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126917;STB=0.568364;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0175076;OID=.;OPOS=144774233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:54:55:35:36:0.395604:20:15:17:37:21:15:17:38 chr8 144775871 . C A 543.21 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00509124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.635;QD=22.6338;RBI=0.0339805;REFB=-0.0132696;REVB=-0.033597;RO=44;SAF=29;SAR=22;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190012;STB=0.609005;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0110392;OID=.;OPOS=144775871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:45:51:51:0.53125:22:29:15:29:22:29:15:30 chr8 144776109 . A G 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.339;QD=62.4647;RBI=0.0270246;REFB=0;REVB=0.0138826;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01181e-05;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr8 144799960 . C T 503.62 PASS AF=0.618421;AO=35;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00510161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.477;QD=26.5061;RBI=0.0135823;REFB=-0.0245166;REVB=-0.0125877;RO=24;SAF=13;SAR=22;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988672;STB=0.530549;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0171337;OID=.;OPOS=144799960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:24:29:35:47:0.618421:22:13:12:12:31:16:12:17 chr8 144801593 . C A 1541.62 PASS AF=0.476331;AO=152;DP=329;FAO=161;FDP=338;FR=.;FRO=177;FSAF=90;FSAR=71;FSRF=92;FSRR=85;FWDB=-0.00328338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.821;QD=18.2441;RBI=0.0660034;REFB=-0.0341662;REVB=0.0659216;RO=176;SAF=87;SAR=65;SRF=91;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544496;STB=0.52073;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.033173;OID=.;OPOS=144801593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:338:176:177:152:161:0.476331:65:87:91:85:71:90:92:85 chr8 144802735 . AG CC 2326.24 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047384;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.906;QD=60.8168;RBI=0.0868162;REFB=0;REVB=0.0727448;RO=0;SAF=62;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.26967e-05;OID=.;OPOS=144802735;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:153:0:0:145:153:1:83:62:0:0:86:67:0:0 chr8 144803933 . CGGGA CGA,CGAGG,CGGA 2102.96 PASS AF=0.0380952,0.0428571,0.919048;AO=34,8,30;DP=212;FAO=8,9,193;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=8,9,97;FSAR=0,0,96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590047,0.0188669,-0.11706;FXX=0.00943352;HRUN=3,3,3;LEN=2,3,1;MLLD=11.2743,22.3402,14.6324;QD=40.0563;RBI=0.472024,0.247379,0.934913;REFB=0.0477571,-0.0072622,0.0351478;REVB=0.468322,0.246659,0.927556;RO=108;SAF=34,8,30;SAR=0,0,0;SRF=16;SRR=92;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.869118,0.760563,0.863915;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.00839057,-0.0344242,-0.0341342;OID=.,.,.;OPOS=144803934,144803935,144803934;OREF=GG,GGA,G;OALT=-,AGG,-;OMAPALT=CGA,CGAGG,CGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0380952,0.0428571,0.919048:34,8,30:212:8,9,193:210:0:8,9,97:0,0,96:0:0:14:108:34,8,30:0,0,0:16:92 chr8 144809804 . G A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.442;QD=45.8029;RBI=0.0527882;REFB=0;REVB=0.0527201;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739746;OID=.;OPOS=144809804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr8 144811338 . C G 1415.74 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.441;QD=62.9218;RBI=0.0311804;REFB=0;REVB=0.0271467;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97898e-05;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:37:52:0:0:38:52:0:0 chr8 144822037 . G T 5827.66 PASS AF=1;AO=371;DP=377;FAO=373;FDP=373;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933858;FXX=0.0132272;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.885;QD=62.4951;RBI=0.040652;REFB=0.0624553;REVB=0.0395648;RO=2;SAF=195;SAR=176;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000262698;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17545e-06;OID=.;OPOS=144822037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:377:373:2:0:371:373:1:176:195:1:1:176:197:0:0 chr8 144874554 . T C 296.04 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00932991;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.942;QD=53.826;RBI=0.0353961;REFB=0;REVB=0.0341444;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142866;OID=.;OPOS=144874554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:18:22:1:8:10:0:0:10:12:0:0 chr8 144885580 . A G 11697.2 PASS AF=1;AO=725;DP=728;FAO=756;FDP=756;FR=.;FRO=0;FSAF=333;FSAR=423;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.132748;FXX=0.0117646;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.729;QD=61.8899;RBI=0.136438;REFB=0.0206815;REVB=-0.0315155;RO=1;SAF=329;SAR=396;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120483;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126139;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:59:728:756:1:0:725:756:1:396:329:0:1:423:333:0:0 chr8 144889172 . A G 1915.63 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.17;QD=61.7944;RBI=0.0614142;REFB=0;REVB=0.0144461;RO=0;SAF=33;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15914e-05;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:90:33:0:0:90:34:0:0 chr8 144890873 . A T 1507.88 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.971;QD=63.4898;RBI=0.0398779;REFB=0;REVB=0.0398779;RO=0;SAF=0;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015243;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:94:95:1:94:0:0:0:95:0:0:0 chr8 144894496 . G A 1695.22 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.125;QD=60.5435;RBI=0.0227331;REFB=0;REVB=-0.0203034;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35451e-05;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:49:63:0:0:49:63:0:0 chr8 144895478 . C A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0279831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.791;QD=11.1851;RBI=0.031391;REFB=-0.00384837;REVB=0.0142246;RO=35;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101912;STB=0.559774;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00481654;OID=.;OPOS=144895478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:12:7:16:19:12:7:16:19 chr8 144895553 . G A 1525.44 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0796;QD=63.5598;RBI=0.0912433;REFB=0;REVB=0.0191433;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600939;OID=.;OPOS=144895553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:57:39:0:0:57:39:0:0 chr8 144904690 . A G 923.31 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.026656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3149;QD=56.8192;RBI=0.0390249;REFB=0.0596104;REVB=-0.0285027;RO=1;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108591;STB=0.505745;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00553444;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:43:21:0:1:43:21:0:1 chr8 144940222 . A C 3611.77 PASS AF=0.64916;AO=309;DP=473;FAO=309;FDP=476;FR=.;FRO=167;FSAF=45;FSAR=264;FSRF=94;FSRR=73;FWDB=0.00597122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.336;QD=30.351;RBI=0.0143149;REFB=-0.0156886;REVB=-0.01301;RO=164;SAF=45;SAR=264;SRF=92;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378337;STB=0.707568;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0055952;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:476:164:167:309:309:0.64916:264:45:92:72:264:45:94:73 chr8 144940230 . G C 4764.31 PASS AF=0.693122;AO=393;DP=568;FAO=393;FDP=567;FR=.;FRO=174;FSAF=81;FSAR=312;FSRF=95;FSRR=79;FWDB=-0.000610695;FXX=0.00176053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.751;QD=33.6107;RBI=0.0138271;REFB=-0.0183415;REVB=0.0138136;RO=174;SAF=81;SAR=312;SRF=95;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249799;STB=0.634205;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00946031;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:568:567:174:174:393:393:0.693122:312:81:95:79:312:81:95:79 chr8 144940290 . C G 465.62 PASS AF=0.122371;AO=117;DP=1039;FAO=128;FDP=1046;FR=.;FRO=918;FSAF=32;FSAR=96;FSRF=337;FSRR=581;FWDB=-0.0182103;FXX=0.00380949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0733;QD=1.78056;RBI=0.023566;REFB=-0.00649137;REVB=-0.0149581;RO=914;SAF=32;SAR=85;SRF=335;SRR=579;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132651;STB=0.620495;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.045719;OID=.;OPOS=144940290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1039:1046:914:918:117:128:0.122371:85:32:335:579:96:32:337:581 chr8 144940300 . G A 9588.61 PASS AF=0.722484;AO=768;DP=1069;FAO=768;FDP=1063;FR=.;FRO=295;FSAF=248;FSAR=520;FSRF=130;FSRR=165;FWDB=-0.000553386;FXX=0.00561267;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.438;QD=36.0813;RBI=0.00323047;REFB=-0.0175962;REVB=-0.00318272;RO=293;SAF=248;SAR=520;SRF=130;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069715;STB=0.536403;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00603978;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1069:1063:293:295:768:768:0.722484:520:248:130:163:520:248:130:165 chr8 144940331 . C T 125.26 PASS AF=0.0661553;AO=69;DP=1044;FAO=69;FDP=1043;FR=.;FRO=974;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=364;FSRR=610;FWDB=-0.0165852;FXX=0.000957845;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.174;QD=0.480373;RBI=0.0169688;REFB=-0.00223828;REVB=0.00358801;RO=969;SAF=19;SAR=50;SRF=361;SRR=608;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118945;STB=0.60426;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0435288;OID=.;OPOS=144940331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1044:1043:969:974:69:69:0.0661553:50:19:361:608:50:19:364:610 chr8 144940706 . C T 41.25 PASS AF=0.0940171;AO=11;DP=117;FAO=11;FDP=117;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=69;FSRR=37;FWDB=-0.0212437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.786;QD=1.41012;RBI=0.0332069;REFB=-0.00483708;REVB=-0.0255226;RO=106;SAF=6;SAR=5;SRF=69;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128502;STB=0.597918;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0331421;OID=.;OPOS=144940706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:117:117:106:106:11:11:0.0940171:5:6:69:37:5:6:69:37 chr8 144941181 . G C 322.86 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0108124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.66;QD=19.275;RBI=0.0185769;REFB=-0.00726603;REVB=-0.0151061;RO=33;SAF=20;SAR=14;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24853;STB=0.637852;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00597312;OID=.;OPOS=144941181;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:14:20:10:23:14:20:10:23 chr8 144942903 . T C 152.68 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00503053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.024;QD=8.72439;RBI=0.0161099;REFB=-0.019707;REVB=-0.0153043;RO=49;SAF=8;SAR=13;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177125;STB=0.605378;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.030035;OID=.;OPOS=144942903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:13:8:26:23:13:8:26:23 chr8 144944176 . T C 772.0 PASS AF=0.487805;AO=80;DP=164;FAO=80;FDP=164;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0233849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.14;QD=18.8293;RBI=0.0268836;REFB=-0.0244234;REVB=-0.0132616;RO=84;SAF=39;SAR=41;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215807;STB=0.511902;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0277325;OID=.;OPOS=144944176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:84:84:80:80:0.487805:41:39:39:45:41:39:39:45 chr8 144995427 . A G 58.99 PASS AF=0.0757098;AO=24;DP=310;FAO=24;FDP=317;FR=.;FRO=293;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=158;FSRR=135;FWDB=-0.0342807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.8192;QD=0.744295;RBI=0.103756;REFB=6.41162e-06;REVB=-0.0979295;RO=286;SAF=23;SAR=1;SRF=158;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516461;STB=0.944883;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00402207;OID=.;OPOS=144995427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:310:317:286:293:24:24:0.0757098:1:23:158:128:1:23:158:135 chr8 145065589 . AGG AAG,A,AG 76.28 PASS AF=0,0,0.888889;AO=2,2,9;DP=18;FAO=0,0,16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,8;FSAR=0,0,8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.163455,0.0646272,0.116012;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=12.8332,11.5504,7.77998;QD=16.9512;RBI=0.245967,0.130275,0.226633;REFB=-0.0224623,-0.04084,-0.051442;REVB=0.1838,0.113114,0.194689;RO=3;SAF=2,0,5;SAR=0,2,4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.382979,0.382979;SSSB=0.74993,0,0.240503;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0462599,0.0536814;OID=.,.,.;OPOS=145065590,145065590,145065590;OREF=G,GG,G;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAG,A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.888889:2,2,9:18:0,0,16:18:2:0,0,8:0,0,8:1:1:7:3:2,0,5:0,2,4:0:3 chr8 145066886 . A G 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7403;QD=58.0548;RBI=0.0304845;REFB=0;REVB=0.00099903;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150702;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:18:43:0:0:18:43:0:0 chr8 145107795 . G A 2435.06 PASS AF=0.981818;AO=161;DP=164;FAO=162;FDP=165;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0215522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.383;QD=59.0318;RBI=0.0267907;REFB=-0.051067;REVB=0.0159136;RO=3;SAF=88;SAR=73;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747989;STB=0.503842;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00137411;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:164:165:3:3:161:162:0.981818:73:88:1:2:74:88:1:2 chr8 145112198 . TGGGC TGGC,TGGCG,TGGCT,TGGGCG 111.32 PASS AF=0.0179641,0.00598802,0,0.173653;AO=26,10,6,26;DP=168;FAO=3,1,0,29;FDP=167;FR=.;FRO=134;FSAF=0,0,0,25;FSAR=3,1,0,4;FSRF=60;FSRR=74;FWDB=-0.180618,-0.0593109,-0.0234659,-0.0407999;FXX=0.017646;HRUN=3,3,3,0;LEN=1,2,2,1;MLLD=17.328,114.963,36.736,112.555;QD=2.66626;RBI=0.372349,0.0955172,0.130113,0.0674591;REFB=-0.0480606,-0.00803911,-0.0194113,-0.00789178;REVB=-0.325609,-0.0748715,-0.127979,-0.0537225;RO=91;SAF=3,5,0,23;SAR=23,5,6,3;SRF=48;SRR=43;SSEN=0.641975,0,0,0;SSEP=0.386139,0,0,0;SSSB=-0.565603,-0.032168,-0.53219,0.523757;STB=0.996282,0.989133,0.5,0.851279;STBP=0.106,0.462,1,0;TYPE=del,mnp,mnp,ins;VARB=-0.0734229,0.0560673,0,0.124186;OID=.,.,.,.;OPOS=145112199,145112201,145112201,145112203;OREF=G,GC,GC,-;OALT=-,CG,CT,G;OMAPALT=TGGC,TGGCG,TGGCT,TGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0.0179641,0.00598802,0,0.173653:26,10,6,26:168:3,1,0,29:167:134:0,0,0,25:3,1,0,4:60:74:99:91:3,5,0,23:23,5,6,3:48:43 chr8 145114571 . C T 637.32 PASS AF=0.402235;AO=72;DP=180;FAO=72;FDP=179;FR=.;FRO=107;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=-0.0261541;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.574;QD=14.2418;RBI=0.037317;REFB=-0.00996287;REVB=0.0266181;RO=106;SAF=35;SAR=37;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03535;STB=0.522463;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0107632;OID=.;OPOS=145114571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:106:107:72:72:0.402235:37:35:48:58:37:35:48:59 chr8 145150832 . A G 1024.48 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455649;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.287;QD=59.39;RBI=0.0482847;REFB=0;REVB=0.0159765;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136819;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:40:29:0:0 chr8 145154282 . G A 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0461485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.716;QD=17.5689;RBI=0.0531472;REFB=-0.0235256;REVB=-0.0263617;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330097;STB=0.518506;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0237814;OID=.;OPOS=145154282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:15:16:16:13:15:16 chr8 145158503 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.87;QD=37.4885;RBI=0.0467873;REFB=0;REVB=0.0467873;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151061;OID=.;OPOS=145158503;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr8 145160646 . T C 958.4 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352489;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.185;QD=58.9785;RBI=0.0352529;REFB=0;REVB=0.000527638;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22462e-05;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:63:65:1:31:32:0:0:32:33:0:0 chr8 145161823 . G A 277.23 PASS AF=0.958333;AO=14;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00658552;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.735;QD=46.2054;RBI=0.0779615;REFB=-0.115032;REVB=0.0776829;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.518502;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0043363;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:23:24:0:1:14:23:0.958333:4:10:0:0:13:10:0:1 chr8 145161896 . T C 1234.78 PASS AF=0.94382;AO=81;DP=86;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.048676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5841;QD=55.4956;RBI=0.0494867;REFB=0.00208721;REVB=0.0089207;RO=5;SAF=35;SAR=46;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260856;STB=0.513746;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000540886;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:86:89:5:5:81:84:0.94382:46:35:1:4:47:37:1:4 chr8 145163414 . C G 7178.85 PASS AF=0.987179;AO=458;DP=468;FAO=462;FDP=468;FR=.;FRO=6;FSAF=252;FSAR=210;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0236689;FXX=0.00213215;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9388;QD=61.3577;RBI=0.0251911;REFB=-0.0445413;REVB=0.00862386;RO=8;SAF=250;SAR=208;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009765;STB=0.504892;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0054152;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:468:468:8:6:458:462:0.987179:208:250:2:6:210:252:1:5 chr8 145163647 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.616;QD=60.2305;RBI=0.0314836;REFB=0;REVB=0.000914403;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103588;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr8 145164847 . A G 1120.34 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0318501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5701;QD=58.9651;RBI=0.0577696;REFB=0.058653;REVB=-0.0481965;RO=1;SAF=64;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410748;STB=0.521733;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00398415;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:11:64:0:1:11:64:0:1 chr8 145166134 . C G 815.93 PASS AF=0.527397;AO=75;DP=145;FAO=77;FDP=146;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.020027;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.584;QD=22.3544;RBI=0.0205976;REFB=-0.0120256;REVB=0.00481456;RO=69;SAF=35;SAR=40;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607079;STB=0.519475;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0106815;OID=.;OPOS=145166134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:69:69:75:77:0.527397:40:35:37:32:40:37:36:33 chr8 145168611 . A G 1909.61 PASS AF=0.891026;AO=136;DP=155;FAO=139;FDP=156;FR=.;FRO=17;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0288017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.542;QD=48.9643;RBI=0.0307943;REFB=-0.0201272;REVB=0.0108972;RO=0;SAF=68;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.548431;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000241894;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:155:156:0:17:136:139:0.891026:68:68:0:0:69:70:1:16 chr8 145170440 . A C,G 3963.5 PASS AF=0.943182,0.0492424;AO=247,15;DP=262;FAO=249,13;FDP=264;FR=.;FRO=2;FSAF=123,4;FSAR=126,9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00337687,-0.00827269;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=126.681,14.9804;QD=60.053;RBI=0.0180495,0.0399683;REFB=-0.0779615,-0.0367315;REVB=0.0177308,-0.0391028;RO=0;SAF=122,5;SAR=125,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.56317e-08,0;STB=0.504032,0.59984;STBP=0.155,0.122;TYPE=snp,snp;VARB=0.000330635,0.055813;OID=.,.;OPOS=145170440,145170440;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:262:264:0:2:247,15:249,13:0.943182,0.0492424:125,10:122,5:0:0:126,9:123,4:2:0 chr8 145170704 . A T 2242.05 PASS AF=1;AO=140;DP=143;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065833;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0149;QD=63.6042;RBI=0.0762941;REFB=0;REVB=-0.0385593;RO=0;SAF=68;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155019;OID=.;OPOS=145170704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:141:0:0:140:141:1:72:68:0:0:72:69:0:0 chr8 145171003 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00779016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1106;QD=39.2064;RBI=0.00942292;REFB=0;REVB=0.00530141;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147009;OID=.;OPOS=145171003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr8 145223288 . C G,T 1143.63 PASS AF=0.0519481,0.948052;AO=4,73;DP=77;FAO=4,73;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=4,27;FSAR=0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00423051,0.0656036;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.226,88.0082;QD=59.4095;RBI=0.00534035,0.0729934;REFB=0,0;REVB=-0.00325917,0.0320032;RO=0;SAF=4,27;SAR=0,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.1792e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.218856,-0.00125011;OID=.,.;OPOS=145223288,145223288;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:77:77:0:0:4,73:4,73:0.0519481,0.948052:0,46:4,27:0:0:0,46:4,27:0:0 chr8 145245738 . G C 956.96 PASS AF=0.534483;AO=93;DP=174;FAO=93;FDP=174;FR=.;FRO=81;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.000891902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3959;QD=21.9991;RBI=0.029605;REFB=-0.0147411;REVB=-0.0295916;RO=80;SAF=52;SAR=41;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291709;STB=0.513305;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0145057;OID=.;OPOS=145245738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:80:81:93:93:0.534483:41:52:42:38:41:52:43:38 chr8 145541883 . AGCCCCCCAG AGCCCCCAG,AGCCCCCAGC,AGCCCCCCAGC,CAGCCCCCAG 88.84 PASS AF=0.529412,0.235294,0.0588235,0;AO=5,4,2,3;DP=20;FAO=9,4,1,0;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=2,2,0,0;FSAR=7,2,1,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.085366,-0.10159,-0.204277,0.103939;FXX=0;HRUN=6,6,1,1;LEN=1,3,1,3;MLLD=11.3406,14.2299,17.6731,9.81963;QD=20.9033;RBI=0.14092,0.103514,0.215158,0.146935;REFB=-0.0728039,-0.0486409,-0.00605001,-0.075734;REVB=0.112121,0.0198655,-0.0675576,0.103859;RO=6;SAF=1,2,1,0;SAR=4,2,1,3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0.584158,0,0,0;SSEP=0.55814,0,0,0;SSSB=-0.158244,0.156622,0.168213,-0.637446;STB=0.636032,0.571077,0.990053,0.5;STBP=0.168,0.786,0.474,1;TYPE=del,mnp,ins,mnp;VARB=0.0943707,0.0706047,0.0700618,0;OID=.,.,.,.;OPOS=145541885,145541890,145541893,145541883;OREF=C,CAG,-,AGC;OALT=-,AGC,C,CAG;OMAPALT=AGCCCCCAG,AGCCCCCAGC,AGCCCCCCAGC,CAGCCCCCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:20:17:6:3:5,4,2,3:9,4,1,0:0.529412,0.235294,0.0588235,0:4,2,1,3:1,2,1,0:2:4:7,2,1,0:2,2,0,0:2:1 chr8 145578296 . A G 1305.96 PASS AF=0.483871;AO=134;DP=272;FAO=135;FDP=279;FR=.;FRO=144;FSAF=54;FSAR=81;FSRF=82;FSRR=62;FWDB=0.00328081;FXX=0.00711718;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.262;QD=18.7235;RBI=0.0662873;REFB=-0.00899203;REVB=-0.066206;RO=138;SAF=53;SAR=81;SRF=79;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164393;STB=0.587883;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.010993;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:279:138:144:134:135:0.483871:81:53:79:59:81:54:82:62 chr8 145583707 . C T 315.59 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0272655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.451;QD=24.2763;RBI=0.0357765;REFB=-0.0213551;REVB=0.0231636;RO=21;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692624;STB=0.503814;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.014615;OID=.;OPOS=145583707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:13:18:12:9:13:18:12:9 chr8 145603114 . A C 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0501612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.602;QD=17.2648;RBI=0.0513909;REFB=-0.00520216;REVB=0.0111751;RO=41;SAF=10;SAR=26;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124405;STB=0.579162;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00541963;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:42:36:36:0.461538:26:10:16:25:26:10:17:25 chr8 145617507 . C G 200.94 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0329777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6795;QD=15.1652;RBI=0.0669065;REFB=0.0119628;REVB=-0.0582147;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123128;STB=0.506573;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0160019;OID=.;OPOS=145617507;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:30:22:23:0.433962:12:10:14:16:12:11:14:16 chr8 145617534 . TGGGGGTGCAAGGTGA T,TGGGGTGCAAGGTGA 30.8 PASS AF=0.212121,0;AO=6,5;DP=36;FAO=7,0;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4,0;FSAR=3,0;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0310383,-0.0709982;FXX=0.153807;HRUN=5,5;LEN=15,1;MLLD=342.688,11.2956;QD=3.73334;RBI=0.0348,0.163932;REFB=-0.0125598,-0.0741742;REVB=-0.0157373,-0.14776;RO=18;SAF=4,0;SAR=2,5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.311994,-0.66487;STB=0.699491,0.5;STBP=0.274,1;TYPE=del,del;VARB=0.0453434,0;OID=.,.;OPOS=145617535,145617535;OREF=GGGGGTGCAAGGTGA,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TGGGGTGCAAGGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212121,0:6,5:36:7,0:33:26:4,0:3,0:8:18:30:18:4,0:2,5:7:11 chr8 145618597 . G A 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0171066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.779;QD=24.0745;RBI=0.0193087;REFB=-0.034689;REVB=0.00895508;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261482;STB=0.647765;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0180775;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:9:4:5:2:9:4:5:2 chr8 145623963 . G A 532.19 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0250168;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.427;QD=19.8948;RBI=0.0259401;REFB=-0.0322007;REVB=0.00685894;RO=52;SAF=26;SAR=29;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269305;STB=0.514846;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0428246;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:52:52:55:55:0.514019:29:26:23:29:29:26:23:29 chr8 145625538 . C G 100.12 PASS AF=0.37037;AO=7;DP=29;FAO=10;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.00553426;FXX=0.0689417;HRUN=18;LEN=1;MLLD=183.978;QD=14.832;RBI=0.0241206;REFB=-0.0270869;REVB=0.0234771;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16606;STB=0.567444;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0292673;OID=.;OPOS=145625538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:29:27:12:15:7:10:0.37037:5:2:2:10:8:2:2:13 chr8 145640411 . A G 1575.03 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.616;QD=63.6378;RBI=0.00881982;REFB=0;REVB=0.00862381;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13152e-05;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:55:43:0:0:55:44:0:0 chr8 145641328 . C T 2357.34 PASS AF=0.476378;AO=242;DP=510;FAO=242;FDP=508;FR=.;FRO=266;FSAF=103;FSAR=139;FSRF=127;FSRR=139;FWDB=-0.00893093;FXX=0.00392149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.197;QD=18.5617;RBI=0.00975444;REFB=-0.0151825;REVB=0.00392271;RO=266;SAF=103;SAR=139;SRF=127;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500721;STB=0.527521;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0155165;OID=.;OPOS=145641328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:510:508:266:266:242:242:0.476378:139:103:127:139:139:103:127:139 chr8 145641564 . T G 652.62 PASS AF=0.446667;AO=67;DP=150;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0100116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=331.321;QD=17.4032;RBI=0.0132803;REFB=-0.0102812;REVB=0.00872549;RO=81;SAF=38;SAR=29;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255861;STB=0.506291;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0126072;OID=.;OPOS=145641564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:83:67:67:0.446667:29:38:48:33:29:38:48:35 chr8 145642002 . C T 388.5 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0243921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.275;QD=14.257;RBI=0.0257104;REFB=-0.00386282;REVB=-0.00812735;RO=64;SAF=16;SAR=29;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12308;STB=0.569567;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00502184;OID=.;OPOS=145642002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:45:45:0.412844:29:16:30:34:29:16:30:34 chr8 145661320 . G A 467.39 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.000518323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.398;QD=15.4508;RBI=0.00203949;REFB=-0.00377921;REVB=0.00197253;RO=69;SAF=35;SAR=17;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206369;STB=0.616028;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00527169;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:69:52:52:0.429752:17:35:33:36:17:35:33:36 chr8 145661675 . G A 287.84 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0257246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5343;QD=18.5702;RBI=0.0385853;REFB=-0.0160493;REVB=0.0287589;RO=31;SAF=8;SAR=23;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337161;STB=0.689106;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0177751;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:23:8:19:12:23:8:19:12 chr8 145665407 . C T 251.67 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00960323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.592;QD=17.0624;RBI=0.0291458;REFB=-0.0213415;REVB=-0.0275183;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787366;STB=0.557749;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.02868;OID=.;OPOS=145665407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:31:28:28:0.474576:12:16:19:10:12:16:21:10 chr8 145665516 . T C 1008.05 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.027;QD=59.2971;RBI=0.016809;REFB=0;REVB=-0.00522792;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7856e-05;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr8 145665761 . G A 1593.34 PASS AF=0.468927;AO=166;DP=354;FAO=166;FDP=354;FR=.;FRO=188;FSAF=67;FSAR=99;FSRF=69;FSRR=119;FWDB=0.0183515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.425;QD=18.0038;RBI=0.0208688;REFB=-0.0485199;REVB=-0.00993619;RO=188;SAF=67;SAR=99;SRF=69;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369543;STB=0.52034;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0548256;OID=.;OPOS=145665761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:188:188:166:166:0.468927:99:67:69:119:99:67:69:119 chr8 145677824 . C T 665.2 PASS AF=0.489051;AO=66;DP=135;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0229939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2305;QD=19.4221;RBI=0.0232186;REFB=-0.0174173;REVB=0.00322215;RO=69;SAF=31;SAR=35;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550553;STB=0.510486;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0190869;OID=.;OPOS=145677824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:69:70:66:67:0.489051:35:31:32:37:35:32:32:38 chr8 145689915 . G A 2547.8 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.143;QD=61.7649;RBI=0.0498056;REFB=0;REVB=0.0386038;RO=0;SAF=39;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29666e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110732;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:126:39:0:0:126:39:0:0 chr8 145690308 . C T 2354.19 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013143;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.135;QD=61.1478;RBI=0.00561543;REFB=0;REVB=0.00545945;RO=0;SAF=75;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17124e-05;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:153:154:1:78:75:0:0:78:76:0:0 chr8 145690348 . G A 1928.31 PASS AF=0.929078;AO=131;DP=141;FAO=131;FDP=141;FR=.;FRO=10;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0391767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.966;QD=54.7039;RBI=0.0570074;REFB=-0.0687293;REVB=0.0414129;RO=10;SAF=70;SAR=61;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181217;STB=0.50956;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.029318;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:141:141:10:10:131:131:0.929078:61:70:4:6:61:70:4:6 chr8 145690396 . A C 1899.63 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025761;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1789;QD=61.7765;RBI=0.0257758;REFB=0;REVB=0.000875328;RO=0;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01547e-05;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:62:60:0:0:63:60:0:0 chr8 145692385 . C T 2808.93 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8312;QD=62.7694;RBI=0.0663829;REFB=0;REVB=0.0594751;RO=0;SAF=88;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.27878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176801;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:91:88:0:0:91:88:0:0 chr8 145693720 . A G 6739.42 PASS AF=1;AO=425;DP=428;FAO=426;FDP=426;FR=.;FRO=0;FSAF=264;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376175;FXX=0.00467279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.938;QD=63.2809;RBI=0.0134207;REFB=-0.00941661;REVB=0.0128827;RO=1;SAF=264;SAR=161;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00295553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200614;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:428:426:1:0:425:426:1:161:264:0:1:162:264:0:0 chr8 145723419 . T G 583.65 PASS AF=0.430556;AO=61;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.00968969;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7084;QD=16.2125;RBI=0.0488586;REFB=-0.00512437;REVB=-0.0478881;RO=73;SAF=36;SAR=25;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149448;STB=0.511454;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00803455;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:73:82:61:62:0.430556:25:36:42:31:26:36:46:36 chr8 145724275 . T C 870.72 PASS AF=0.49162;AO=87;DP=178;FAO=88;FDP=179;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.00571195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.486;QD=19.4575;RBI=0.00739804;REFB=-0.0105122;REVB=-0.00470156;RO=91;SAF=32;SAR=55;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181671;STB=0.602049;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00771587;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:91:91:87:88:0.49162:55:32:51:40:56:32:51:40 chr8 145725503 . C T 284.91 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=0.00575144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.035;QD=12.9506;RBI=0.0358631;REFB=0.000998638;REVB=0.0353989;RO=54;SAF=25;SAR=8;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502676;STB=0.781606;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000897363;OID=.;OPOS=145725503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:55:33:33:0.375:8:25:15:39:8:25:16:39 chr8 145729727 . C A 1477.94 PASS AF=0.498339;AO=146;DP=298;FAO=150;FDP=301;FR=.;FRO=151;FSAF=31;FSAR=119;FSRF=49;FSRR=102;FWDB=-0.0269736;FXX=0.00331115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.578;QD=19.6404;RBI=0.0271983;REFB=-0.0594316;REVB=0.00348905;RO=137;SAF=31;SAR=115;SRF=49;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170363;STB=0.581504;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.048074;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:301:137:151:146:150:0.498339:115:31:49:88:119:31:49:102 chr8 145737636 . A G 2248.33 PASS AF=0.979592;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00233307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9984;QD=61.179;RBI=0.0662187;REFB=0.0033144;REVB=-0.0661776;RO=2;SAF=68;SAR=76;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000725768;STB=0.502844;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00108819;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:147:147:2:3:144:144:0.979592:76:68:1:1:76:68:1:2 chr8 145737816 . C T 256.1 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.00764961;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.426;QD=23.8228;RBI=0.0155082;REFB=-0.0180339;REVB=0.0134903;RO=17;SAF=16;SAR=4;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550214;STB=0.808207;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.036022;OID=.;OPOS=145737816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:17:17:20:20:0.465116:4:16:2:15:4:16:2:15 chr8 145738767 . CG C 2293.5 PASS AF=1;AO=188;DP=194;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137986;FXX=0.0153838;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.5489;QD=47.7813;RBI=0.0827288;REFB=0;REVB=-0.0815699;RO=0;SAF=55;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.78235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000372861;OID=.;OPOS=145738768;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:188:194:192:192:0:57:135:0:0:42:0:55:133:0:0 chr8 145741702 . C G 320.8 PASS AF=0.485714;AO=31;DP=68;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0648779;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.849;QD=18.3313;RBI=0.0649437;REFB=-0.0116329;REVB=-0.00292273;RO=37;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722622;STB=0.531714;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0164184;OID=.;OPOS=145741702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:37:36:31:34:0.485714:12:19:20:17:14:20:19:17 chr8 145741765 . G A 271.99 PASS AF=0.418919;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0311258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4561;QD=14.702;RBI=0.07218;REFB=-0.0122684;REVB=0.065124;RO=43;SAF=19;SAR=11;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200158;STB=0.523662;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.013052;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:43:43:30:31:0.418919:11:19:28:15:12:19:28:15 chr8 145742514 . A G 10258.9 PASS AF=1;AO=643;DP=648;FAO=644;FDP=644;FR=.;FRO=0;FSAF=315;FSAR=329;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103153;FXX=0.00770404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.516;QD=63.7199;RBI=0.0119379;REFB=-0.0506572;REVB=-0.00600901;RO=2;SAF=315;SAR=328;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00290342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58223e-05;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:648:644:2:0:643:644:1:328:315:0:2:329:315:0:0 chr8 145742879 . T C 1405.27 PASS AF=0.424658;AO=154;DP=365;FAO=155;FDP=365;FR=.;FRO=210;FSAF=80;FSAR=75;FSRF=118;FSRR=92;FWDB=-0.0319986;FXX=0.00544944;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3641;QD=15.4002;RBI=0.0587613;REFB=-0.0194901;REVB=-0.0492847;RO=209;SAF=79;SAR=75;SRF=118;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535632;STB=0.526406;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0283764;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:365:209:210:154:155:0.424658:75:79:118:91:75:80:118:92 chr8 145745182 . T C 3214.82 PASS AF=0.985981;AO=203;DP=206;FAO=211;FDP=214;FR=.;FRO=3;FSAF=87;FSAR=124;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.057226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3165;QD=60.0901;RBI=0.057234;REFB=-0.0523244;REVB=-0.000956348;RO=3;SAF=83;SAR=120;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00738483;STB=0.503674;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00267411;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:206:214:3:3:203:211:0.985981:120:83:2:1:124:87:2:1 chr8 145747920 . T G 220.04 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0230963;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.831;QD=11.4304;RBI=0.0230971;REFB=-0.0174703;REVB=-0.00019624;RO=50;SAF=15;SAR=12;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144641;STB=0.583274;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0339003;OID=.;OPOS=145747920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:12:15:34:16:12:15:34:16 chr8 145756170 . G A 2560.03 PASS AF=0.504032;AO=249;DP=495;FAO=250;FDP=496;FR=.;FRO=246;FSAF=85;FSAR=165;FSRF=84;FSRR=162;FWDB=0.0341024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.67;QD=20.6454;RBI=0.0496643;REFB=-0.0261506;REVB=0.0361049;RO=242;SAF=85;SAR=164;SRF=82;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00253217;STB=0.500808;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0199345;OID=.;OPOS=145756170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:495:496:242:246:249:250:0.504032:164:85:82:160:165:85:84:162 chr8 145773875 . T TG 34.33 PASS AF=0.309091;AO=13;DP=58;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0940996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.286;QD=2.49704;RBI=0.0990203;REFB=-0.0931165;REVB=-0.0308267;RO=44;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301093;STB=0.64541;STBP=0.186;TYPE=ins;VARB=0.116776;OID=.;OPOS=145773876;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309091:13:58:17:55:38:9:8:12:26:34:44:8:5:16:28 chr8 145947776 . G A 157.5 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.228;QD=45.0013;RBI=0.0419426;REFB=0;REVB=0.0334085;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203545;OID=.;OPOS=145947776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:3:10:0:0:3:11:0:0 chr8 145999616 . CTTT C,CTTC 1593.61 PASS AF=0.971963,0.0280374;AO=101,4;DP=108;FAO=104,3;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58,0;FSAR=46,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055805,-0.0131236;FXX=0.0446389;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=162.839,163.827;QD=59.5741;RBI=0.0187231,0.087698;REFB=0,0;REVB=-0.0178721,-0.0867105;RO=0;SAF=58,0;SAR=43,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-6.88735e-06,0.0227203;OID=.,.;OPOS=145999617,145999619;OREF=TTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.971963,0.0280374:101,4:108:104,3:107:0:58,0:46,3:0:0:5:0:58,0:43,4:0:0 chr8 146010817 . C A 1397.72 PASS AF=0.901786;AO=101;DP=116;FAO=101;FDP=112;FR=.;FRO=11;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00272537;FXX=0.0344798;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.918;QD=49.9184;RBI=0.0094359;REFB=-0.0169478;REVB=0.00903375;RO=11;SAF=41;SAR=60;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435177;STB=0.523013;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00037247;OID=.;OPOS=146010817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:116:112:11:11:101:101:0.901786:60:41:2:9:60:41:2:9 chr8 146033347 . T C 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000660894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.836;QD=47.8121;RBI=0.0197026;REFB=0;REVB=0.0196915;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679875;OID=.;OPOS=146033347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr8 146068594 . T C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.572;QD=56.9351;RBI=0.0747463;REFB=0;REVB=0.0740625;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270824;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr8 146115367 . A G 1654.12 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957464;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.961;QD=58.553;RBI=0.102569;REFB=0;REVB=0.0367824;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273458;OID=.;OPOS=146115367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:113:0:0:103:113:1:53:50:0:0:56:57:0:0 chr8 146202386 . A C 833.6 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0219538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.679;QD=52.9266;RBI=0.0237252;REFB=-0.253108;REVB=0.00899532;RO=2;SAF=23;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392771;STB=0.51417;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00109694;OID=.;OPOS=146202386;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:63:63:2:3:60:60:0.952381:37:23:2:0:37:23:2:1 chr8 146202422 . A G 552.66 PASS AF=0.948718;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0429526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.538;QD=56.6831;RBI=0.0471584;REFB=-0.0166512;REVB=0.0194676;RO=1;SAF=10;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444824;STB=0.521727;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0174397;OID=.;OPOS=146202422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:35:37:0.948718:25:10:1:0:26:11:1:0 chr8 146202846 . T C 1312.15 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00772316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.722;QD=59.6431;RBI=0.0154575;REFB=-0.0115459;REVB=0.0133898;RO=2;SAF=29;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078164;STB=0.504126;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.000201286;OID=.;OPOS=146202846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:57:29:1:1:57:29:1:1 chr8 146203346 . T G 1931.89 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.448;QD=61.8206;RBI=0.0615354;REFB=0;REVB=0.0419715;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17176e-05;OID=.;OPOS=146203346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:125:0:0:118:125:1:58:60:0:0:62:63:0:0 chr8 146203412 . A G 1457.23 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129303;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.266;QD=63.3577;RBI=0.0149002;REFB=0;REVB=-0.00740436;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74395e-05;OID=.;OPOS=146203412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr8 146219931 . C G 3254.44 PASS AF=0.973077;AO=180;DP=256;FAO=253;FDP=260;FR=.;FRO=7;FSAF=116;FSAR=137;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0258878;FXX=0.0188672;HRUN=6;LEN=1;MLLD=161.338;QD=50.0683;RBI=0.0274406;REFB=-0.0133219;REVB=0.00909979;RO=0;SAF=65;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50306;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0034073;OID=.;OPOS=146219931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:256:260:0:7:180:253:0.973077:115:65:0:0:137:116:4:3 chr8 146220446 . G A 1029.95 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0140708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.223;QD=58.0253;RBI=0.0180211;REFB=-0.12396;REVB=0.0112593;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000468744;OID=.;OPOS=146220446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:39:31:0:0:39:31:1:0 chr8 146221893 . A G 1187.87 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.857;QD=60.9164;RBI=0.018541;REFB=0;REVB=-0.0133331;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24236e-06;OID=.;OPOS=146221893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr8 146225112 . C T 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.608;QD=63.2449;RBI=0.0296715;REFB=0;REVB=0.0100122;RO=0;SAF=52;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40663e-05;OID=.;OPOS=146225112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:87:52:0:0:87:52:0:0 chr8 146228390 . C T 2862.96 PASS AF=0.978836;AO=185;DP=188;FAO=185;FDP=189;FR=.;FRO=4;FSAF=94;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0121674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.866;QD=60.5917;RBI=0.0383622;REFB=-0.0832369;REVB=0.0363815;RO=1;SAF=94;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520365;STB=0.510751;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000776563;OID=.;OPOS=146228390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:188:189:1:4:185:185:0.978836:91:94:0:1:91:94:0:4 chr8 146228622 . C A 1731.94 PASS AF=0.975207;AO=117;DP=121;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00121166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.038;QD=57.2542;RBI=0.0111964;REFB=-0.17531;REVB=0.0111307;RO=0;SAF=52;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10611e-08;STB=0.513759;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000187086;OID=.;OPOS=146228622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:121:121:0:3:117:118:0.975207:65:52:0:0:65:53:3:0 chr8 146228779 . T A 1348.25 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329312;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8122;QD=62.7094;RBI=0.0354588;REFB=0;REVB=0.0131479;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011059;OID=.;OPOS=146228779;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:86:86:1:33:53:0:0:33:53:0:0 chr8 146229161 . T A 2921.03 PASS AF=0.989362;AO=186;DP=189;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00313105;FXX=0.0208322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.262;QD=62.1496;RBI=0.00580082;REFB=0.00237899;REVB=0.00488324;RO=2;SAF=107;SAR=79;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118999;STB=0.506249;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-2.04495e-05;OID=.;OPOS=146229161;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:189:188:2:2:186:186:0.989362:79:107:0:2:79:107:0:2 chr8 146229531 . TA T,TG 8517.04 PASS AF=0.189286,0.810714;AO=93,459;DP=554;FAO=106,454;FDP=560;FR=.;FRO=0;FSAF=92,92;FSAR=14,362;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369119,0.0383262;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.227,231.115;QD=60.836;RBI=0.0440461,0.0469066;REFB=0,0;REVB=0.0240328,0.027043;RO=0;SAF=82,91;SAR=11,368;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.79147e-08,-5.08835e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00202043,-0.000249436;OID=.,.;OPOS=146229532,146229532;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.189286,0.810714:93,459:554:106,454:560:0:92,92:14,362:0:0:99:0:82,91:11,368:0:0 chr8 146229534 . A G 509.63 PASS AF=0.187279;AO=106;DP=566;FAO=106;FDP=566;FR=.;FRO=460;FSAF=94;FSAR=12;FSRF=90;FSRR=370;FWDB=0.0975651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.9047;QD=3.60159;RBI=0.135364;REFB=-0.0294587;REVB=0.0938326;RO=460;SAF=92;SAR=14;SRF=92;SRR=368;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.73493;STB=0.942014;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.12637;OID=.;OPOS=146229534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:566:566:460:460:106:106:0.187279:14:92:92:368:12:94:90:370 chr8 146231140 . G C 2293.41 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.544;QD=63.7059;RBI=0.00637227;REFB=0;REVB=-0.00565735;RO=0;SAF=66;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.18654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85789e-05;OID=.;OPOS=146231140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:78:66:0:0:78:66:0:0 chr9 116800 . C G 77.26 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0130312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.968;QD=6.05973;RBI=0.0205129;REFB=-0.013355;REVB=-0.0158419;RO=40;SAF=6;SAR=5;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860077;STB=0.55506;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0483626;OID=.;OPOS=116800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:5:6:19:21:5:6:19:21 chr9 116832 . T C 73.21 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0138387;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.613;QD=5.52498;RBI=0.0139188;REFB=0.000798537;REVB=0.00149135;RO=42;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925538;STB=0.539998;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00350182;OID=.;OPOS=116832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:55:53:42:42:11:11:0.207547:5:6:26:16:5:6:25:17 chr9 118173 . C G 2773.15 PASS AF=0.927885;AO=189;DP=204;FAO=193;FDP=208;FR=.;FRO=15;FSAF=104;FSAR=89;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0180861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.843;QD=53.3299;RBI=0.0664808;REFB=-0.08798;REVB=0.0639733;RO=3;SAF=103;SAR=86;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00634311;STB=0.524489;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00042419;OID=.;OPOS=118173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:204:208:3:15:189:193:0.927885:86:103:1:2:89:104:3:12 chr9 154795 . T C 2377.82 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.324;QD=60.9697;RBI=0.0307609;REFB=0;REVB=0.0115424;RO=0;SAF=70;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57948e-05;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:155:156:1:85:70:0:0:86:70:0:0 chr9 162405 . C G 306.46 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.8611;QD=53.2965;RBI=0.0462692;REFB=0;REVB=0.0457285;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712724;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:15:8:0:0 chr9 163985 . A G 87.65 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.0044089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.733;QD=4.49474;RBI=0.0238987;REFB=-0.00504562;REVB=0.0234885;RO=62;SAF=2;SAR=13;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31167;STB=0.718246;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0235342;OID=.;OPOS=163985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:78:78:62:63:15:15:0.192308:13:2:19:43:13:2:20:43 chr9 214706 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1337;QD=51.1833;RBI=0.0322405;REFB=0;REVB=-0.028125;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355313;OID=.;OPOS=214706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr9 214804 . A G 3136.08 PASS AF=1;AO=158;DP=208;FAO=207;FDP=207;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=113;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915579;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.3425;QD=60.6006;RBI=0.197612;REFB=-0.0548333;REVB=0.197399;RO=2;SAF=111;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350123;OID=.;OPOS=214804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:208:207:2:0:158:207:1:47:111:0:2:94:113:0:0 chr9 214864 . C T 8428.9 PASS AF=1;AO=532;DP=537;FAO=533;FDP=533;FR=.;FRO=0;FSAF=247;FSAR=286;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039258;FXX=0.00929351;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.401;QD=63.2563;RBI=0.042576;REFB=-0.0299271;REVB=0.0164781;RO=4;SAF=247;SAR=285;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70223e-05;OID=.;OPOS=214864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:537:533:4:0:532:533:1:285:247:0:4:286:247:0:0 chr9 215057 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0763907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.697;QD=54.5157;RBI=0.0777465;REFB=0;REVB=0.014456;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000439134;OID=.;OPOS=215057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr9 215494 . C T 2719.99 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548779;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.497;QD=62.5286;RBI=0.0292983;REFB=0;REVB=0.0287798;RO=0;SAF=74;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33973e-05;OID=.;OPOS=215494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:174:0:0:172:174:1:98:74:0:0:99:75:0:0 chr9 215511 . C T 2903.78 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.479;QD=63.1256;RBI=0.0166366;REFB=0;REVB=0.0159132;RO=0;SAF=85;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01576e-05;OID=.;OPOS=215511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:99:85:0:0:99:85:0:0 chr9 286593 . C A 991.93 PASS AF=0.443038;AO=104;DP=236;FAO=105;FDP=237;FR=.;FRO=132;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=-0.0204458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6247;QD=16.7415;RBI=0.0213077;REFB=0.0017448;REVB=0.00599919;RO=132;SAF=41;SAR=63;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470364;STB=0.522644;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0027866;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:132:132:104:105:0.443038:63:41:58:74:63:42:58:74 chr9 421032 . C G 232.41 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0235852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.876;QD=12.5627;RBI=0.0584883;REFB=-0.02062;REVB=-0.0535221;RO=46;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787981;STB=0.545421;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.027485;OID=.;OPOS=421032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:20:8:16:30:20:8:16:30 chr9 429719 . T C 1947.91 PASS AF=0.984496;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0143473;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.0332;QD=60.4002;RBI=0.0227888;REFB=-0.0971159;REVB=0.0177056;RO=1;SAF=68;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081221;STB=0.500552;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000777149;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:1:2:126:127:0.984496:58:68:0:1:59:68:1:1 chr9 433978 . A G 1593.35 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00228498;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.379;QD=59.0131;RBI=0.0178927;REFB=0.0788404;REVB=-0.0177462;RO=1;SAF=47;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784535;STB=0.504131;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000611654;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:1:1:107:107:0.990741:60:47:0:1:60:47:0:1 chr9 441952 . G A 1439.33 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759653;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.226;QD=63.2672;RBI=0.00889848;REFB=0;REVB=0.0046342;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82026e-05;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr9 676954 . T C 459.43 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.00630982;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.117;QD=17.0159;RBI=0.0391441;REFB=-0.0179621;REVB=0.0386322;RO=58;SAF=26;SAR=24;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131615;STB=0.573106;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0246806;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:58:58:50:50:0.462963:24:26:38:20:24:26:38:20 chr9 712060 . G C 586.11 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=130;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0790731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7901;QD=18.034;RBI=0.0834308;REFB=0.0108347;REVB=0.0266108;RO=69;SAF=23;SAR=38;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000241765;STB=0.500134;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00999574;OID=.;OPOS=712060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:69:61:61:0.469231:38:23:26:43:38:23:26:43 chr9 712599 . C T 644.63 PASS AF=0.598039;AO=61;DP=101;FAO=61;FDP=102;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=-0.00107681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5098;QD=25.2798;RBI=0.00238544;REFB=-0.000444452;REVB=-0.00212857;RO=40;SAF=30;SAR=31;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214192;STB=0.619718;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000233889;OID=.;OPOS=712599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:40:41:61:61:0.598039:31:30:8:32:31:30:8:33 chr9 742342 . A G 1135.38 PASS AF=1;AO=67;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.2319;QD=59.7567;RBI=0.0667658;REFB=0;REVB=0.0541772;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0296607;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:67:76:1:38:29:0:0:47:29:0:0 chr9 841971 . T A 2312.64 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.991;QD=63.7969;RBI=0.055491;REFB=0;REVB=0.0340626;RO=0;SAF=58;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33629e-05;OID=.;OPOS=841971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:87:58:0:0:87:58:0:0 chr9 977162 . C G 1512.7 PASS AF=0.446281;AO=161;DP=358;FAO=162;FDP=363;FR=.;FRO=201;FSAF=105;FSAR=57;FSRF=112;FSRR=89;FWDB=-0.0178248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8968;QD=16.6689;RBI=0.0371147;REFB=-0.00276358;REVB=-0.0325542;RO=197;SAF=104;SAR=57;SRF=109;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974127;STB=0.553443;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00265581;OID=.;OPOS=977162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:363:197:201:161:162:0.446281:57:104:109:88:57:105:112:89 chr9 990653 . G T 931.15 PASS AF=0.481865;AO=93;DP=194;FAO=93;FDP=193;FR=.;FRO=100;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=61;FWDB=0.0112652;FXX=0.00515437;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.245;QD=19.2985;RBI=0.0113449;REFB=-0.0139755;REVB=-0.00134218;RO=100;SAF=44;SAR=49;SRF=39;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787614;STB=0.543384;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.014083;OID=.;OPOS=990653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:100:100:93:93:0.481865:49:44:39:61:49:44:39:61 chr9 991114 . A G 1954.9 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0774063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5309;QD=61.0907;RBI=0.0921573;REFB=0.0610479;REVB=-0.0500123;RO=1;SAF=61;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725448;STB=0.503816;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00112376;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:126:127:0.992188:65:61:0:1:65:62:0:1 chr9 1056728 . G C 1677.64 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0549627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.063;QD=59.3856;RBI=0.0549629;REFB=-0.134353;REVB=-0.000147097;RO=1;SAF=52;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904314;STB=0.504761;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000237132;OID=.;OPOS=1056728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:60:52:1:0:60:52:1:0 chr9 2101545 . T A 327.39 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0550056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8181;QD=15.2273;RBI=0.0608522;REFB=-0.0239502;REVB=0.0260265;RO=50;SAF=10;SAR=26;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358462;STB=0.703051;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0353079;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:26:10:31:19:26:10:31:19 chr9 2717922 . C G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.898;QD=59.323;RBI=0.0469538;REFB=0;REVB=0.0268521;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00886e-05;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr9 2718534 . C G 2906.03 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202142;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.042;QD=62.8332;RBI=0.0204768;REFB=0.0155351;REVB=0.00326886;RO=1;SAF=80;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045133;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83593e-05;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:185:1:0:185:185:1:105:80:0:1:105:80:0:0 chr9 2811505 . G A 1231.91 PASS AF=0.496032;AO=125;DP=252;FAO=125;FDP=252;FR=.;FRO=127;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=63;FSRR=64;FWDB=-0.0224432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.897;QD=19.5541;RBI=0.023003;REFB=-0.0186019;REVB=0.00504374;RO=127;SAF=47;SAR=78;SRF=63;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113617;STB=0.562465;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0206803;OID=.;OPOS=2811505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:127:127:125:125:0.496032:78:47:63:64:78:47:63:64 chr9 2828765 . C G 157.82 PASS AF=0.306667;AO=21;DP=74;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.00276692;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.801;QD=8.41721;RBI=0.00861735;REFB=-0.0111937;REVB=-0.00816106;RO=51;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225767;STB=0.648404;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0325604;OID=.;OPOS=2828765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:51:52:21:23:0.306667:10:11:17:34:10:13:18:34 chr9 4118208 . A G 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.016;QD=60.7146;RBI=0.045015;REFB=0;REVB=-0.0448319;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.46382e-05;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:28:48:0:0:28:48:0:0 chr9 4576680 . T C 2868.36 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439417;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.088;QD=63.0409;RBI=0.0633664;REFB=0;REVB=0.0456554;RO=0;SAF=89;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114537;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:182:0:0:182:182:1:93:89:0:0:93:89:0:0 chr9 4664749 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0148967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.08;QD=14.1958;RBI=0.0218313;REFB=0.00154628;REVB=-0.0159592;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405348;STB=0.729575;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0028218;OID=.;OPOS=4664749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:3:19:7:8:3:19 chr9 4685008 . C T 549.52 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0181142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8273;QD=19.2814;RBI=0.0261487;REFB=0.0108963;REVB=-0.0188582;RO=57;SAF=23;SAR=34;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327284;STB=0.518089;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00980448;OID=.;OPOS=4685008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:57:57:0.5:34:23:25:32:34:23:25:32 chr9 4706214 . C T 437.13 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0172305;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.931;QD=18.6012;RBI=0.0367082;REFB=-0.00687028;REVB=-0.032413;RO=48;SAF=28;SAR=16;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527028;STB=0.525412;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0087393;OID=.;OPOS=4706214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:48:50:44:44:0.468085:16:28:33:15:16:28:34:16 chr9 4711440 . T A 1189.78 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0711673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4631;QD=59.4889;RBI=0.100752;REFB=-0.0399765;REVB=0.0713176;RO=2;SAF=42;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219482;STB=0.50704;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00163526;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:2:1:77:79:0.9875:35:42:1:1:35:44:0:1 chr9 5050706 . C T 936.91 PASS AF=0.474747;AO=93;DP=195;FAO=94;FDP=198;FR=.;FRO=104;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=69;FWDB=-0.00542834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0375;QD=18.9274;RBI=0.0778181;REFB=0.000534752;REVB=-0.0776285;RO=100;SAF=40;SAR=53;SRF=34;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087682;STB=0.548485;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00112958;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:198:100:104:93:94:0.474747:53:40:34:66:54:40:35:69 chr9 5081778 . CT TA 31.98 PASS AF=0.0763889;AO=11;DP=144;FAO=11;FDP=144;FR=.;FRO=133;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=55;FSRR=78;FWDB=-0.0178036;FXX=0.0204068;HRUN=3;LEN=2;MLLD=55.4033;QD=0.888346;RBI=0.0581995;REFB=-0.0078687;REVB=-0.0554095;RO=125;SAF=10;SAR=1;SRF=54;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52139;STB=0.923271;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.147607;OID=.;OPOS=5081778;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:144:144:125:133:11:11:0.0763889:1:10:54:71:1:10:55:78 chr9 5081780 . G A 480.82 PASS AF=0.375;AO=54;DP=143;FAO=54;FDP=144;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.011894;FXX=0.0335548;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.9707;QD=13.3562;RBI=0.0208477;REFB=-0.0114256;REVB=-0.0171219;RO=87;SAF=25;SAR=29;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349545;STB=0.511654;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.015389;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:87:90:54:54:0.375:29:25:40:47:29:25:40:50 chr9 5092466 . G A 777.49 PASS AF=0.536232;AO=73;DP=137;FAO=74;FDP=138;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0108599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.208;QD=22.5359;RBI=0.0235346;REFB=0.00128846;REVB=-0.0208792;RO=63;SAF=32;SAR=41;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726178;STB=0.538876;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00188766;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:63:64:73:74:0.536232:41:32:33:30:42:32:33:31 chr9 5094034 . G A 690.64 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=132;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0105377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.815;QD=20.9286;RBI=0.0122541;REFB=0.00399164;REVB=0.00625473;RO=64;SAF=34;SAR=34;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275449;STB=0.515147;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00375634;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:64:64:68:68:0.515152:34:34:30:34:34:34:30:34 chr9 5095095 . A C 453.37 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00493749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.303;QD=16.3377;RBI=0.0108996;REFB=0.00789058;REVB=0.00971711;RO=60;SAF=30;SAR=20;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994341;STB=0.560415;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0106189;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:61:50:50:0.45045:20:30:30:30:20:30:30:31 chr9 5095167 . A C 374.61 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0388712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.944;QD=20.8118;RBI=0.0410442;REFB=-0.0265995;REVB=-0.013178;RO=34;SAF=17;SAR=21;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564987;STB=0.531234;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0178293;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:21:17:13:21:21:17:13:21 chr9 5095191 . T A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0247933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.056;QD=16.0292;RBI=0.0272991;REFB=-0.0140211;REVB=-0.0114251;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125083;STB=0.559834;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0125631;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:30:24:25:0.454545:13:11:10:20:14:11:10:20 chr9 5096433 . A G 425.07 PASS AF=0.401639;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.00126953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.647;QD=13.9366;RBI=0.0391353;REFB=-0.00788921;REVB=0.0391147;RO=73;SAF=23;SAR=26;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252186;STB=0.514242;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0116937;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:73:73:49:49:0.401639:26:23:36:37:26:23:36:37 chr9 5098223 . T C 156.06 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0251799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1504;QD=9.45827;RBI=0.0668467;REFB=0.00431731;REVB=-0.061923;RO=45;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368322;STB=0.521719;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.012425;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:10:11:25:20:10:11:25:20 chr9 5231712 . T A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0557901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.69;QD=17.56;RBI=0.0573498;REFB=0.00672556;REVB=-0.0132839;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541022;STB=0.517222;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00781451;OID=.;OPOS=5231712;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:17:18:0.461538:9:8:10:11:10:8:10:11 chr9 5557672 . T C 4242.57 PASS AF=1;AO=271;DP=272;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268752;FXX=0.00367634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6017;QD=62.621;RBI=0.0531704;REFB=0.0105627;REVB=-0.0458782;RO=1;SAF=115;SAR=156;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412808;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121267;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:272:271:1:0:271:271:1:156:115:1:0:156:115:0:0 chr9 5656610 . G C 234.91 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0327203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.267;QD=10.926;RBI=0.0330133;REFB=-0.00323887;REVB=0.0043891;RO=57;SAF=12;SAR=17;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128739;STB=0.574827;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00519165;OID=.;OPOS=5656610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:17:12:30:27:17:12:30:27 chr9 5732483 . T C 856.1 PASS AF=0.524691;AO=85;DP=164;FAO=85;FDP=162;FR=.;FRO=77;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0192595;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.31;QD=21.1382;RBI=0.0668772;REFB=-0.0212582;REVB=0.064044;RO=76;SAF=47;SAR=38;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011212;STB=0.502645;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0182475;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:76:77:85:85:0.524691:38:47:43:33:38:47:43:34 chr9 5747307 . C G 669.43 PASS AF=0.422857;AO=74;DP=175;FAO=74;FDP=175;FR=.;FRO=101;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=-0.0123857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.911;QD=15.3012;RBI=0.0127506;REFB=0.00998292;REVB=-0.00302871;RO=101;SAF=49;SAR=25;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108068;STB=0.560587;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0130953;OID=.;OPOS=5747307;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:101:101:74:74:0.422857:25:49:57:44:25:49:57:44 chr9 5774225 . T G 1384.41 PASS AF=0.470779;AO=144;DP=308;FAO=145;FDP=308;FR=.;FRO=163;FSAF=64;FSAR=81;FSRF=42;FSRR=121;FWDB=-0.0325998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.905;QD=17.9793;RBI=0.0327278;REFB=-0.00829856;REVB=0.00289109;RO=163;SAF=63;SAR=81;SRF=42;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181371;STB=0.600898;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00937864;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:163:163:144:145:0.470779:81:63:42:121:81:64:42:121 chr9 5832728 . G C 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.103411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2102;QD=16.45;RBI=0.107388;REFB=-0.0302237;REVB=0.0289537;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0132856;OID=.;OPOS=5832728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr9 5909152 . T G 362.27 PASS AF=0.398148;AO=41;DP=107;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0355122;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9744;QD=13.4172;RBI=0.0355143;REFB=0.00471912;REVB=-0.000382305;RO=66;SAF=18;SAR=23;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115216;STB=0.57232;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00639184;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:66:65:41:43:0.398148:23:18:36:30:25:18:35:30 chr9 5968416 . A G 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00724394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.842;QD=19.3858;RBI=0.0098986;REFB=-0.0139922;REVB=0.00674592;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108214;STB=0.561038;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00839785;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:14:7:9:11:14:7 chr9 5969249 . A G 369.26 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0126285;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.981;QD=14.624;RBI=0.0139058;REFB=-0.0168657;REVB=0.00582185;RO=57;SAF=15;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124227;STB=0.571605;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0194582;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:57:59:42:42:0.415842:27:15:27:30:27:15:28:31 chr9 6007767 . C A 753.28 PASS AF=0.451977;AO=80;DP=177;FAO=80;FDP=177;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=60;FSRR=37;FWDB=0.0113897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.189;QD=17.0232;RBI=0.0114027;REFB=-0.0189856;REVB=0.000543537;RO=94;SAF=36;SAR=44;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16164;STB=0.591574;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0274287;OID=.;OPOS=6007767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:94:97:80:80:0.451977:44:36:58:36:44:36:60:37 chr9 6012734 . A C 74.23 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.022174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.863;QD=10.2383;RBI=0.0360517;REFB=-0.00175578;REVB=-0.0284261;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978809;STB=0.55871;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00407095;OID=.;OPOS=6012734;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:13:6:4:6:13:6 chr9 6015011 . T C 576.65 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00763141;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.861;QD=16.5942;RBI=0.0456378;REFB=0.0141014;REVB=0.0449952;RO=78;SAF=36;SAR=25;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400299;STB=0.522363;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.017622;OID=.;OPOS=6015011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:78:78:61:61:0.438849:25:36:43:35:25:36:43:35 chr9 6253571 . C T 745.16 PASS AF=0.490566;AO=77;DP=157;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=-0.0436753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5927;QD=18.7463;RBI=0.0467248;REFB=-0.0229345;REVB=-0.0166035;RO=80;SAF=26;SAR=51;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379849;STB=0.51351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0199864;OID=.;OPOS=6253571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:80:81:77:78:0.490566:51:26:30:50:51:27:30:51 chr9 6328739 . C T 621.05 PASS AF=0.433962;AO=69;DP=159;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.0171453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.733;QD=15.6238;RBI=0.0179407;REFB=-0.0169265;REVB=0.00528291;RO=90;SAF=40;SAR=29;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250068;STB=0.513962;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0196146;OID=.;OPOS=6328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:90:90:69:69:0.433962:29:40:50:40:29:40:50:40 chr9 6328947 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.823;QD=64.4149;RBI=0.0331703;REFB=0;REVB=0.00471223;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.60918e-05;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr9 6329888 . A G 1062.14 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8885;QD=59.8388;RBI=0.0728156;REFB=0;REVB=0.0375665;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176915;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:47:24:0:0:47:24:0:0 chr9 6330380 . A C 381.48 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0207787;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.925;QD=14.3956;RBI=0.0395982;REFB=0.0122954;REVB=-0.0337085;RO=60;SAF=29;SAR=15;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235285;STB=0.641862;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0135431;OID=.;OPOS=6330380;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:60:62:44:44:0.415094:15:29:26:34:15:29:26:36 chr9 6330915 . G A 1424.25 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0241066;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.991;QD=61.924;RBI=0.0245431;REFB=-0.0789341;REVB=0.00460814;RO=1;SAF=46;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101926;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000213521;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:92:1:1:90:91:0.98913:44:46:1:0:45:46:1:0 chr9 6469653 . GAAAG GAAAGGT,GAAG 770.61 PASS AF=0.380165,0.0123967;AO=52,31;DP=251;FAO=92,3;FDP=242;FR=.;FRO=147;FSAF=38,1;FSAR=54,2;FSRF=66;FSRR=81;FWDB=-0.0782773,-0.141232;FXX=0.0620131;HRUN=2,3;LEN=2,1;MLLD=109.929,12.9057;QD=12.7374;RBI=0.0783013,0.166353;REFB=-0.117407,-0.194639;REVB=0.00193903,-0.0879038;RO=87;SAF=37,4;SAR=15,27;SRF=48;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.193101,-0.562312;STB=0.522608,0.616714;STBP=0.586,0.704;TYPE=ins,del;VARB=0.163339,0.128427;OID=.,.;OPOS=6469658,6469654;OREF=-,A;OALT=GT,-;OMAPALT=GAAAGGT,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380165,0.0123967:52,31:251:92,3:242:147:38,1:54,2:66:81:99:87:37,4:15,27:48:39 chr9 6610326 . C T 254.9 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0206603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0896;QD=15.2176;RBI=0.0231543;REFB=-0.0119581;REVB=0.0104535;RO=38;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343978;STB=0.519481;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0128768;OID=.;OPOS=6610326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:12:17:21:17:12:17:21:17 chr9 6645251 . C T 3149.0 PASS AF=0.972093;AO=208;DP=214;FAO=209;FDP=215;FR=.;FRO=6;FSAF=100;FSAR=109;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00169559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.132;QD=58.5861;RBI=0.0354514;REFB=-0.0366368;REVB=0.0354108;RO=5;SAF=100;SAR=108;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00361562;STB=0.504059;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=6.34588e-05;OID=.;OPOS=6645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:214:215:5:6:208:209:0.972093:108:100:2:3:109:100:2:4 chr9 6748784 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.218;QD=35.5759;RBI=0.023432;REFB=0;REVB=0.0218062;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028905;OID=.;OPOS=6748784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr9 6984172 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0832743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.887;QD=58.9626;RBI=0.0836763;REFB=0;REVB=0.00819296;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121978;OID=.;OPOS=6984172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr9 7046901 . C G 1768.98 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839796;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.764;QD=60.9994;RBI=0.00842843;REFB=0;REVB=0.000716044;RO=0;SAF=50;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990058;OID=.;OPOS=7046901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:115:116:1:65:50:0:0:65:51:0:0 chr9 7076463 . G A 524.09 PASS AF=0.563218;AO=48;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0210913;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.005;QD=24.0959;RBI=0.0373508;REFB=-0.0141188;REVB=-0.030826;RO=39;SAF=26;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654105;STB=0.536319;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0111679;OID=.;OPOS=7076463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:38:48:49:0.563218:22:26:18:21:23:26:17:21 chr9 7103816 . C T 3790.56 PASS AF=1;AO=237;DP=238;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143533;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.194;QD=63.176;RBI=0.0150324;REFB=0.117051;REVB=0.0044671;RO=1;SAF=114;SAR=123;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112375;OID=.;OPOS=7103816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:240:1:0:237:240:1:123:114:1:0:125:115:0:0 chr9 7798435 . C T 1098.31 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.425;QD=60.1814;RBI=0.0196561;REFB=0;REVB=-0.00600858;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15202e-05;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:34:39:0:0 chr9 7798518 . G C 2828.91 PASS AF=0.994505;AO=180;DP=181;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9747;QD=62.1739;RBI=0.0625052;REFB=-0.0293517;REVB=0.0580496;RO=1;SAF=81;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478484;STB=0.502512;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000307585;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:181:182:1:1:180:181:0.994505:99:81:0:1:99:82:0:1 chr9 8389364 . C G 4303.63 PASS AF=1;AO=273;DP=274;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243515;FXX=0.00727246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.852;QD=63.0569;RBI=0.0295603;REFB=0;REVB=0.0167575;RO=0;SAF=118;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64256e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50348e-06;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:274:273:0:0:273:273:1:155:118:0:0:155:118:0:0 chr9 8454566 . T C 1582.05 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4088;QD=63.282;RBI=0.0693725;REFB=0;REVB=0.0465358;RO=1;SAF=37;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126468;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108345;OID=.;OPOS=8454566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:1:0:99:100:1:62:37:1:0:62:38:0:0 chr9 8465598 . A G 1390.79 PASS AF=0.534694;AO=131;DP=246;FAO=131;FDP=245;FR=.;FRO=114;FSAF=56;FSAR=75;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=0.011645;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.038;QD=22.7068;RBI=0.0120189;REFB=0.00115478;REVB=0.00297442;RO=114;SAF=56;SAR=75;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324285;STB=0.517697;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.000857868;OID=.;OPOS=8465598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:114:114:131:131:0.534694:75:56:53:61:75:56:53:61 chr9 8518143 . T C 1242.27 PASS AF=0.475836;AO=127;DP=269;FAO=128;FDP=269;FR=.;FRO=141;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=67;FSRR=74;FWDB=0.0348072;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.775;QD=18.4724;RBI=0.0348959;REFB=-0.0169074;REVB=0.00248666;RO=140;SAF=67;SAR=60;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466255;STB=0.529393;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0170732;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:140:141:127:128:0.475836:60:67:67:73:60:68:67:74 chr9 8518395 . G A 840.31 PASS AF=0.438095;AO=92;DP=209;FAO=92;FDP=210;FR=.;FRO=118;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=51;FSRR=67;FWDB=0.0148994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.763;QD=16.0058;RBI=0.0219494;REFB=-0.0185215;REVB=-0.0161178;RO=116;SAF=41;SAR=51;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00609392;STB=0.507658;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0243547;OID=.;OPOS=8518395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:116:118:92:92:0.438095:51:41:51:65:51:41:51:67 chr9 8528506 . A G 281.77 PASS AF=0.525424;AO=28;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00223981;FXX=0.0327815;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.933;QD=19.1029;RBI=0.00957108;REFB=-0.0368449;REVB=0.00930532;RO=15;SAF=16;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671978;STB=0.507654;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0375058;OID=.;OPOS=8528506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:15:28:28:31:0.525424:12:16:7:8:15:16:14:14 chr9 12698527 . C T 1641.21 PASS AF=0.501538;AO=163;DP=326;FAO=163;FDP=325;FR=.;FRO=162;FSAF=94;FSAR=69;FSRF=90;FSRR=72;FWDB=0.00456686;FXX=0.00611602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.889;QD=20.1995;RBI=0.0121872;REFB=-0.00832741;REVB=0.0112992;RO=162;SAF=94;SAR=69;SRF=90;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196204;STB=0.51075;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00842485;OID=.;OPOS=12698527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:325:162:162:163:163:0.501538:69:94:90:72:69:94:90:72 chr9 12764879 . C T 941.25 PASS AF=0.414729;AO=105;DP=259;FAO=107;FDP=258;FR=.;FRO=151;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=75;FSRR=76;FWDB=0.00844724;FXX=0.00386085;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.321;QD=14.593;RBI=0.0456142;REFB=-0.0254326;REVB=-0.0448252;RO=151;SAF=47;SAR=58;SRF=75;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051988;STB=0.528276;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0373;OID=.;OPOS=12764879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:151:151:105:107:0.414729:58:47:75:76:59:48:75:76 chr9 12775861 . T C,TGGCGGCGGC 162.81 PASS AF=0.0983607,0.262295;AO=6,15;DP=61;FAO=6,16;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=4,12;FSAR=2,4;FSRF=6;FSRR=33;FWDB=-0.0124088,-1.06344e-06;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,9;MLLD=72.4492,244.298;QD=10.6762;RBI=0.0566614,0.0216162;REFB=-0.0114552,-0.00857059;REVB=-0.0552859,-0.0216162;RO=39;SAF=4,11;SAR=2,4;SRF=6;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.587729,0.615459;STB=0.874271,0.860127;STBP=0.255,0.004;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00387924,0.044033;OID=.,.;OPOS=12775861,12775862;OREF=T,-;OALT=C,GGCGGCGGC;OMAPALT=C,TGGCGGCGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:61:61:39:39:6,15:6,16:0.0983607,0.262295:2,4:4,11:6:33:2,4:4,12:6:33 chr9 12775889 . A G,T 1650.57 PASS AF=0.955752,0.0353982;AO=107,4;DP=112;FAO=108,4;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=50,0;FSAR=58,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0698955,-0.0141305;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.1453,80.2412;QD=58.4273;RBI=0.0888796,0.0439447;REFB=-0.109852,-0.0764321;REVB=-0.0549017,-0.0416109;RO=0;SAF=49,0;SAR=58,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.504273,0.5;STBP=0.508,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000125354,0.0173161;OID=.,.;OPOS=12775889,12775889;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:112:113:0:1:107,4:108,4:0.955752,0.0353982:58,4:49,0:0:0:58,4:50,0:0:1 chr9 13105959 . T G 1476.97 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333582;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2583;QD=58.4939;RBI=0.113462;REFB=-0.0550894;REVB=0.108448;RO=1;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854764;STB=0.504504;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00105601;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:101:1:1:100:100:0.990099:55:45:0:1:55:45:0:1 chr9 13110699 . T G 627.28 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.0033872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.239;QD=18.8655;RBI=0.0219551;REFB=-0.00545051;REVB=0.0216923;RO=69;SAF=29;SAR=35;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131657;STB=0.572809;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0077011;OID=.;OPOS=13110699;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:69:64:64:0.481203:35:29:41:28:35:29:41:28 chr9 13112116 . A G 4590.58 PASS AF=0.989796;AO=290;DP=293;FAO=291;FDP=294;FR=.;FRO=3;FSAF=122;FSAR=169;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0126966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.484;QD=62.4568;RBI=0.0786956;REFB=0.0422974;REVB=-0.0776646;RO=3;SAF=122;SAR=168;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00175023;STB=0.5009;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.000446977;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:293:294:3:3:290:291:0.989796:168:122:1:2:169:122:1:2 chr9 13136719 . A G 345.14 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0230782;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.569;QD=16.6332;RBI=0.0230789;REFB=-0.0125373;REVB=0.000171066;RO=46;SAF=12;SAR=25;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118078;STB=0.566535;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0131017;OID=.;OPOS=13136719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:25:12:20:26:25:12:20:26 chr9 13150531 . T C 1210.93 PASS AF=0.487805;AO=120;DP=245;FAO=120;FDP=246;FR=.;FRO=126;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=0.00963676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.307;QD=19.6899;RBI=0.0119704;REFB=-0.00674969;REVB=-0.00710087;RO=125;SAF=71;SAR=49;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453245;STB=0.523144;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00770692;OID=.;OPOS=13150531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:246:125:126:120:120:0.487805:49:71:68:57:49:71:69:57 chr9 13176312 . C T 631.68 PASS AF=0.434783;AO=70;DP=161;FAO=70;FDP=161;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=0.0233219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.499;QD=15.694;RBI=0.025646;REFB=-0.0148378;REVB=-0.0106681;RO=91;SAF=29;SAR=41;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00803982;STB=0.504485;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0201088;OID=.;OPOS=13176312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:91:91:70:70:0.434783:41:29:37:54:41:29:37:54 chr9 13247672 . G A 518.51 PASS AF=0.366279;AO=59;DP=168;FAO=63;FDP=172;FR=.;FRO=109;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=-0.00112499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.011;QD=12.0584;RBI=0.00338823;REFB=-0.00536537;REVB=0.00319601;RO=109;SAF=29;SAR=30;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077269;STB=0.562687;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00952331;OID=.;OPOS=13247672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:172:109:109:59:63:0.366279:30:29:61:48:34:29:61:48 chr9 14082667 . GTTTTTTTTTTTTG GTTGTTTTTTTTTG,GTTTGTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTGTT,GTTTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTTGT 318.11 PASS AF=0.116279,0.116279,0.255814,0.0465116,0.0930233,0.372093;AO=4,3,8,2,10,3;DP=45;FAO=5,5,11,2,4,16;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,10,2,3,12;FSAR=5,5,1,0,1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121718,-0.0152923,-0.0495925,-0.00447875,-0.0409155,-0.00637523;FXX=0.122424;HRUN=12,12,12,12,12,12;LEN=1,1,2,3,1,2;MLLD=150.044,149.172,8.56597,12.2876,6.93818,8.27065;QD=29.5914;RBI=0.0262182,0.0238056,0.0651519,0.0379621,0.0650328,0.0500338;REFB=0,0,0,0,0,0;REVB=0.0232216,0.0182442,0.0422534,0.037697,0.0505488,0.0496259;RO=3;SAF=0,0,8,2,9,0;SAR=4,3,0,0,1,3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.782218,-0.767807,0,0,-0.128039,-0.767807;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,mnp,del,mnp;VARB=0.0462747,0.0379032,-0.0555692,0.0729624,-0.054491,0.0452009;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=14082670,14082671,14082668,14082678,14082668,14082679;OREF=T,T,TT,TTG,T,TG;OALT=G,G,-,GTT,-,GT;OMAPALT=GTTGTTTTTTTTTG,GTTTGTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTGTT,GTTTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/6:0.116279,0.116279,0.255814,0.0465116,0.0930233,0.372093:4,3,8,2,10,3:45:5,5,11,2,4,16:43:0:0,0,10,2,3,12:5,5,1,0,1,4:0:0:35:3:0,0,8,2,9,0:4,3,0,0,1,3:3:0 chr9 14082782 . A G 33.57 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=35;FWDB=-0.0175284;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=139.77;QD=3.05201;RBI=0.0292408;REFB=-0.0195317;REVB=-0.0234047;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408297;STB=0.795382;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0374105;OID=.;OPOS=14082782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:44:30:38:6:6:0.136364:4:2:3:27:4:2:3:35 chr9 14082783 . AG AA,GA 151.59 PASS AF=0.422222,0;AO=9,2;DP=38;FAO=19,0;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=3,0;FSAR=16,0;FSRF=2;FSRR=24;FWDB=-0.00404427,-0.0312441;FXX=0;HRUN=1,14;LEN=1,2;MLLD=107.521,39.5908;QD=13.475;RBI=0.023381,0.031397;REFB=-0.0352126,-0.160833;REVB=0.0230286,0.00309516;RO=24;SAF=3,0;SAR=6,2;SRF=1;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.495856,-0.34728;STB=0.599911,0.5;STBP=0.5,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0441383,0;OID=.,.;OPOS=14082784,14082783;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:45:24:26:9,2:19,0:0.422222,0:6,2:3,0:1:23:16,0:3,0:2:24 chr9 14618856 . C T 449.08 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.014372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.156;QD=21.3848;RBI=0.0194631;REFB=-0.0215547;REVB=-0.0131247;RO=40;SAF=21;SAR=23;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840706;STB=0.546415;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0110885;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:23:21:23:17:23:21:23:17 chr9 14737506 . T G 2009.76 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0289725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3051;QD=61.3667;RBI=0.0545714;REFB=0.00990038;REVB=-0.0462453;RO=2;SAF=55;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218315;STB=0.504504;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000718161;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:2:1:129:130:0.992366:74:55:1:1:75:55:1:0 chr9 14775853 . A G 2287.15 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=154;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0564046;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.89;QD=60.1882;RBI=0.0564049;REFB=-0.00154614;REVB=-0.000189839;RO=1;SAF=70;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583649;STB=0.503067;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-8.39152e-05;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:152:1:1:151:151:0.993421:81:70:0:1:81:70:0:1 chr9 14775859 . G A 768.36 PASS AF=0.5;AO=79;DP=158;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0149881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.683;QD=19.452;RBI=0.0151849;REFB=-0.0218716;REVB=-0.00243694;RO=79;SAF=33;SAR=46;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069943;STB=0.538527;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0221067;OID=.;OPOS=14775859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:79:79:79:79:0.5:46:33:39:40:46:33:39:40 chr9 14784389 . G A 535.65 PASS AF=0.42029;AO=58;DP=138;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.00447418;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.193;QD=15.5259;RBI=0.0542427;REFB=0.00103547;REVB=-0.0540579;RO=80;SAF=33;SAR=25;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680144;STB=0.503815;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.000987045;OID=.;OPOS=14784389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:80:80:58:58:0.42029:25:33:45:35:25:33:45:35 chr9 14801687 . T C 4616.01 PASS AF=0.989865;AO=291;DP=295;FAO=293;FDP=296;FR=.;FRO=3;FSAF=172;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000450797;FXX=0.00671118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.452;QD=62.3785;RBI=0.0392035;REFB=-0.0514649;REVB=0.0392009;RO=3;SAF=170;SAR=121;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00501937;STB=0.502649;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.000592178;OID=.;OPOS=14801687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:295:296:3:3:291:293:0.989865:121:170:1:2:121:172:1:2 chr9 15188106 . T C 2143.32 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000374606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.181;QD=62.5786;RBI=0.0144782;REFB=0;REVB=0.0144734;RO=0;SAF=69;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10361e-05;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:137:0:0:137:137:1:68:69:0:0:68:69:0:0 chr9 15307295 . GA AC 37.71 PASS AF=0.0764706;AO=15;DP=170;FAO=13;FDP=170;FR=.;FRO=157;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=55;FSRR=102;FWDB=-0.0958885;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=88.0984;QD=0.887333;RBI=0.103471;REFB=-0.0024034;REVB=-0.0388794;RO=133;SAF=14;SAR=1;SRF=36;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.687998;STB=0.948022;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.101769;OID=.;OPOS=15307295;OREF=GA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:170:170:133:157:15:13:0.0764706:1:14:36:97:1:12:55:102 chr9 15431964 . ATTG A 302.48 PASS AF=0.347561;AO=57;DP=179;FAO=57;FDP=164;FR=.;FRO=107;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=-0.00451755;FXX=0.0837942;HRUN=2;LEN=3;MLLD=253.801;QD=7.37749;RBI=0.005419;REFB=-0.0130724;REVB=0.00299287;RO=104;SAF=21;SAR=36;SRF=41;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310263;STB=0.523153;STBP=0.698;TYPE=del;VARB=0.0234692;OID=.;OPOS=15431965;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347561:57:179:57:164:107:21:36:43:64:99:104:21:36:41:63 chr9 15464898 . C A 1066.06 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0679466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.018;QD=58.414;RBI=0.0911497;REFB=3.63188e-05;REVB=-0.060758;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000880715;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:71:72:0.986301:33:38:0:0:34:38:0:1 chr9 15591372 . T A 186.8 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.000792035;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.777;QD=12.4533;RBI=0.0187178;REFB=-0.0138324;REVB=0.018701;RO=37;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243354;STB=0.639881;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0271415;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:37:23:23:0.383333:9:14:14:23:9:14:14:23 chr9 15784631 . A G 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00359723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.24;QD=17.4332;RBI=0.00522024;REFB=-0.00717049;REVB=0.00378297;RO=43;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364798;STB=0.520404;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00749711;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:21:16:17:26:21:16:17:26 chr9 15922137 . A G 1659.45 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.059;QD=60.3437;RBI=0.0514162;REFB=0;REVB=0.0379923;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32349e-05;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:53:56:0:0:53:57:0:0 chr9 16215872 . G A 763.46 PASS AF=0.481928;AO=79;DP=166;FAO=80;FDP=166;FR=.;FRO=86;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.00714589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.772;QD=18.3967;RBI=0.00727583;REFB=-0.0102508;REVB=0.00136893;RO=82;SAF=40;SAR=39;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084656;STB=0.536543;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0127939;OID=.;OPOS=16215872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:82:86:79:80:0.481928:39:40:34:48:39:41:38:48 chr9 16410956 . G C 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0470298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.106;QD=23.8202;RBI=0.0537624;REFB=-0.0369015;REVB=0.0260497;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229021;STB=0.627472;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0254331;OID=.;OPOS=16410956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:9:13:5:12:9:13:5:12 chr9 16411463 . G T 540.14 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0597034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2636;QD=22.0463;RBI=0.0664203;REFB=-0.018963;REVB=-0.029106;RO=47;SAF=22;SAR=29;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00517987;STB=0.502856;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0156796;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:29:22:20:27:29:22:20:27 chr9 16417431 . G A 4335.26 PASS AF=1;AO=273;DP=273;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.432;QD=63.0583;RBI=0.0165794;REFB=0;REVB=0.00107792;RO=0;SAF=133;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56028e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22327e-05;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:273:275:0:0:273:275:1:140:133:0:0:141:134:0:0 chr9 16418440 . TGGCCCCTCAA T 152.61 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0187471;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=10;MLLD=292.102;QD=8.36233;RBI=0.0251023;REFB=-0.00909448;REVB=-0.0166934;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799782;STB=0.562455;STBP=0.453;TYPE=del;VARB=0.0164958;OID=.;OPOS=16418441;OREF=GGCCCCTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369863:27:74:27:73:46:15:12:30:16:99:38:15:12:24:14 chr9 16418662 . C CTG 80.92 PASS AF=0.4;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0324273;FXX=0.107105;HRUN=1;LEN=2;MLLD=97.8177;QD=12.9472;RBI=0.0326209;REFB=-0.128089;REVB=-0.00354907;RO=35;SAF=8;SAR=2;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.212915;OID=.;OPOS=16418663;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:10:46:10:25:15:8:2:12:3:80:35:8:2:25:10 chr9 16418897 . AC ACA,CA 30.28 PASS AF=0.125,0.0208333;AO=7,6;DP=54;FAO=6,1;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4,1;FSAR=2,0;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0609648,-0.168742;FXX=0.0769083;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=98.1213,25.6906;QD=2.52324;RBI=0.124063,0.192945;REFB=-0.044685,-0.0855137;REVB=-0.108051,-0.0935619;RO=34;SAF=4,6;SAR=3,0;SRF=15;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.155672,0.686564;STB=0.656617,0.990182;STBP=0.489,0.481;TYPE=ins,mnp;VARB=0.180383,0.104612;OID=.,.;OPOS=16418899,16418897;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:54:48:34:41:7,6:6,1:0.125,0.0208333:3,0:4,6:15:19:2,0:4,1:20:21 chr9 16685539 . T C 501.32 PASS AF=0.972222;AO=32;DP=34;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0613187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.061;QD=55.7023;RBI=0.0651262;REFB=-0.151189;REVB=-0.0219419;RO=1;SAF=11;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405505;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00497997;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:36:1:1:32:35:0.972222:21:11:1:0:21:14:1:0 chr9 17001122 . C A 3152.52 PASS AF=0.985714;AO=207;DP=210;FAO=207;FDP=210;FR=.;FRO=3;FSAF=118;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0227132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.97;QD=60.0479;RBI=0.0337363;REFB=0.013665;REVB=-0.0249449;RO=3;SAF=118;SAR=89;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157827;STB=0.508286;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.000300038;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:210:210:3:3:207:207:0.985714:89:118:0:3:89:118:0:3 chr9 17001200 . C A 5146.04 PASS AF=0.990937;AO=328;DP=332;FAO=328;FDP=331;FR=.;FRO=3;FSAF=159;FSAR=169;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0274644;FXX=0.00301196;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.68;QD=62.1878;RBI=0.0296627;REFB=-0.00355098;REVB=0.0112065;RO=3;SAF=159;SAR=169;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262083;STB=0.501374;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=4.52427e-05;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:332:331:3:3:328:328:0.990937:169:159:1:2:169:159:1:2 chr9 17001216 . A C 5205.72 PASS AF=1;AO=329;DP=332;FAO=329;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159649;FXX=0.0120117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.487;QD=63.2914;RBI=0.011729;REFB=-0.0175165;REVB=0.0116198;RO=1;SAF=163;SAR=166;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55768e-06;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:332:329:1:0:329:329:1:166:163:0:1:166:163:0:0 chr9 17053994 . G A 484.92 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=130;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=-0.00110798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.549;QD=14.9207;RBI=0.0257425;REFB=-0.0120098;REVB=-0.0257186;RO=76;SAF=26;SAR=28;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132543;STB=0.57427;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0127685;OID=.;OPOS=17053994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:76:76:54:54:0.415385:28:26:27:49:28:26:27:49 chr9 17054142 . A G 628.15 PASS AF=0.445946;AO=64;DP=146;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.0456834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7076;QD=16.9771;RBI=0.0523748;REFB=0.0106855;REVB=-0.0256154;RO=82;SAF=19;SAR=45;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132755;STB=0.558925;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0207947;OID=.;OPOS=17054142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:82:82:64:66:0.445946:45:19:34:48:45:21:34:48 chr9 17135115 . C T 2369.15 PASS AF=0.543062;AO=226;DP=417;FAO=227;FDP=418;FR=.;FRO=191;FSAF=108;FSAR=119;FSRF=88;FSRR=103;FWDB=0.0354521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.867;QD=22.6713;RBI=0.0355858;REFB=-0.0074731;REVB=-0.00308246;RO=187;SAF=107;SAR=119;SRF=85;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015815;STB=0.506892;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00937256;OID=.;OPOS=17135115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:418:187:191:226:227:0.543062:119:107:85:102:119:108:88:103 chr9 17273731 . A G 198.01 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00388555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.334;QD=11.1554;RBI=0.00891692;REFB=0.00279491;REVB=0.00802583;RO=46;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223269;STB=0.512955;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00399466;OID=.;OPOS=17273731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:12:13:23:23:12:13:23:23 chr9 17273754 . A C 330.45 PASS AF=0.377551;AO=36;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00715407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.664;QD=13.4876;RBI=0.0126939;REFB=-0.0134664;REVB=0.0104859;RO=59;SAF=18;SAR=18;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645389;STB=0.53759;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0182434;OID=.;OPOS=17273754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:61:36:37:0.377551:18:18:26:33:19:18:26:35 chr9 17342383 . C T 1701.72 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253068;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.587;QD=60.7757;RBI=0.0266672;REFB=0;REVB=0.00840867;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110532;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:112:0:0:112:112:1:61:51:0:0:61:51:0:0 chr9 17394536 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.155;QD=50.4133;RBI=0.0219868;REFB=0;REVB=-0.0207658;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.30593e-05;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr9 17394996 . T C 2144.13 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=139;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00381935;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.861;QD=62.1487;RBI=0.0330174;REFB=-0.143686;REVB=0.0327958;RO=1;SAF=62;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760583;STB=0.503936;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000222593;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:138:1:1:136:137:0.992754:74:62:1:0:74:63:1:0 chr9 17409366 . G A 1576.48 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0125055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.698;QD=57.8525;RBI=0.0139836;REFB=0.0656566;REVB=-0.00625725;RO=2;SAF=53;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00016271;STB=0.500086;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000528462;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:2:2:107:107:0.981651:54:53:1:1:54:53:1:1 chr9 18504916 . T A 2715.54 PASS AF=1;AO=164;DP=169;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136049;FXX=0.0218567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.337;QD=60.6823;RBI=0.0267971;REFB=0;REVB=0.0230866;RO=0;SAF=77;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124207;OID=.;OPOS=18504916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:169:179:0:0:164:179:1:87:77:0:0:90:89:0:0 chr9 18504917 . G A 39.23 PASS AF=0.0748663;AO=14;DP=187;FAO=14;FDP=187;FR=.;FRO=173;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=77;FSRR=96;FWDB=-0.0238945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.825;QD=0.83904;RBI=0.0302031;REFB=-0.00164252;REVB=0.0184738;RO=173;SAF=12;SAR=2;SRF=77;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44889;STB=0.868031;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00234851;OID=.;OPOS=18504917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:187:187:173:173:14:14:0.0748663:2:12:77:96:2:12:77:96 chr9 18651156 . C T 456.76 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0234399;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.088;QD=17.7381;RBI=0.0367421;REFB=-0.0241907;REVB=-0.028294;RO=54;SAF=31;SAR=18;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262944;STB=0.646028;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0163527;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:54:54:49:49:0.475728:18:31:19:35:18:31:19:35 chr9 18651282 . A G 774.51 PASS AF=0.561538;AO=73;DP=130;FAO=73;FDP=130;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0209559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.462;QD=23.8309;RBI=0.0231598;REFB=-0.0135216;REVB=0.00986033;RO=57;SAF=38;SAR=35;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516879;STB=0.528215;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0103944;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:57:57:73:73:0.561538:35:38:26:31:35:38:26:31 chr9 18776840 . A C 2511.16 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.15;QD=61.6235;RBI=0.0211311;REFB=0;REVB=-0.0208171;RO=0;SAF=83;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.35852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7335e-05;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:80:83:0:0:80:83:0:0 chr9 18777368 . T C 1641.83 PASS AF=0.483871;AO=163;DP=341;FAO=165;FDP=341;FR=.;FRO=176;FSAF=90;FSAR=75;FSRF=95;FSRR=81;FWDB=0.0283214;FXX=0.00583073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.551;QD=19.259;RBI=0.0315292;REFB=-0.0298808;REVB=-0.0138558;RO=168;SAF=89;SAR=74;SRF=94;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126234;STB=0.502955;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.036407;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:341:168:176:163:165:0.483871:74:89:94:74:75:90:95:81 chr9 18887908 . G C 889.87 PASS AF=0.47619;AO=90;DP=189;FAO=90;FDP=189;FR=.;FRO=99;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=63;FWDB=-0.00638297;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4498;QD=18.8332;RBI=0.0279634;REFB=-0.0232265;REVB=-0.0272252;RO=98;SAF=41;SAR=49;SRF=36;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847917;STB=0.548943;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0229984;OID=.;OPOS=18887908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:98:99:90:90:0.47619:49:41:36:62:49:41:36:63 chr9 18950787 . G A 883.85 PASS AF=0.400794;AO=101;DP=252;FAO=101;FDP=252;FR=.;FRO=151;FSAF=35;FSAR=66;FSRF=74;FSRR=77;FWDB=-0.0315512;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.395;QD=14.0294;RBI=0.0336106;REFB=0.0157461;REVB=-0.0115843;RO=138;SAF=35;SAR=66;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165024;STB=0.589702;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.035912;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:138:151:101:101:0.400794:66:35:69:69:66:35:74:77 chr9 18950895 . T C 906.21 PASS AF=0.453271;AO=96;DP=213;FAO=97;FDP=214;FR=.;FRO=117;FSAF=21;FSAR=76;FSRF=36;FSRR=81;FWDB=0.0223981;FXX=0.00465095;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.993;QD=16.9384;RBI=0.0227005;REFB=-0.0232247;REVB=0.00369329;RO=115;SAF=21;SAR=75;SRF=34;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102939;STB=0.567818;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0214799;OID=.;OPOS=18950895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:115:117:96:97:0.453271:75:21:34:81:76:21:36:81 chr9 19332024 . C T 896.02 PASS AF=0.481283;AO=90;DP=169;FAO=90;FDP=187;FR=.;FRO=97;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.052552;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.258;QD=19.1661;RBI=0.052554;REFB=-0.0321545;REVB=-0.000465349;RO=79;SAF=50;SAR=40;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149411;STB=0.531654;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0359066;OID=.;OPOS=19332024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:187:79:97:90:90:0.481283:40:50:30:49:40:50:48:49 chr9 19492973 . A G 2329.01 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.967;QD=60.8891;RBI=0.0118713;REFB=0;REVB=-0.000355185;RO=0;SAF=82;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71959e-06;OID=.;OPOS=19492973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:70:82:0:0:70:83:0:0 chr9 19576949 . T G 3676.56 PASS AF=0.987395;AO=234;DP=238;FAO=235;FDP=238;FR=.;FRO=3;FSAF=103;FSAR=132;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0396386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.082;QD=61.7909;RBI=0.0467581;REFB=-0.180655;REVB=0.0248013;RO=2;SAF=103;SAR=131;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00721985;STB=0.501344;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.000328286;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:238:238:2:3:234:235:0.987395:131:103:0:2:132:103:1:2 chr9 19622268 . T C 426.71 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.00329099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.522;QD=21.8827;RBI=0.00834443;REFB=-0.0387185;REVB=0.00766804;RO=35;SAF=14;SAR=28;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727766;STB=0.544534;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0243864;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:28:14:9:26:28:14:9:27 chr9 20354796 . A G 830.88 PASS AF=0.538462;AO=81;DP=153;FAO=84;FDP=156;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0110589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.713;QD=21.3045;RBI=0.0111556;REFB=-0.0148667;REVB=0.00146554;RO=72;SAF=42;SAR=39;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159145;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0158602;OID=.;OPOS=20354796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:72:72:81:84:0.538462:39:42:36:36:42:42:36:36 chr9 20418323 . T C 880.35 PASS AF=0.55102;AO=79;DP=146;FAO=81;FDP=147;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00862976;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.65;QD=23.955;RBI=0.0100366;REFB=-0.00689864;REVB=0.0051246;RO=66;SAF=30;SAR=49;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777455;STB=0.534537;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00520858;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:66:66:79:81:0.55102:49:30:31:35:49:32:31:35 chr9 20866974 . C G 3121.1 PASS AF=1;AO=201;DP=205;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102854;FXX=0.0146334;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2419;QD=61.804;RBI=0.0166064;REFB=0;REVB=-0.0130378;RO=0;SAF=94;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115386;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:202:0:0:201:202:1:107:94:0:0:108:94:0:0 chr9 20953049 . A G 541.91 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0416324;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.091;QD=20.8426;RBI=0.0427423;REFB=-0.0123797;REVB=-0.00967725;RO=49;SAF=27;SAR=28;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514346;STB=0.528292;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00995365;OID=.;OPOS=20953049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:49:49:55:55:0.528846:28:27:27:22:28:27:27:22 chr9 20988426 . A G 1589.87 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.168;QD=59.9951;RBI=0.0188995;REFB=0;REVB=-0.000567109;RO=0;SAF=35;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15978e-06;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:71:35:0:0:71:35:0:0 chr9 21029330 . T C 438.49 PASS AF=0.494382;AO=42;DP=90;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0167504;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.728;QD=19.7072;RBI=0.0214415;REFB=-0.017877;REVB=0.0133851;RO=42;SAF=14;SAR=28;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238946;STB=0.520462;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0173288;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:42:45:42:44:0.494382:28:14:15:27:29:15:17:28 chr9 21077716 . G A 230.8 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0499455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.559;QD=17.7538;RBI=0.0526543;REFB=0.00856911;REVB=-0.0166711;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24856;STB=0.639888;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00865577;OID=.;OPOS=21077716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:9:16:10:17:9:16:10:17 chr9 21187121 . T A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.012127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.852;QD=22.3978;RBI=0.0282705;REFB=-0.00471836;REVB=0.0255374;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00228237;STB=0.501278;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00473391;OID=.;OPOS=21187121;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:7:15:13:6:7:15:13:6 chr9 21187311 . C T 348.06 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.00353138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.439;QD=12.6567;RBI=0.0334322;REFB=-0.0196303;REVB=-0.0332452;RO=68;SAF=18;SAR=24;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517459;STB=0.529398;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0306211;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:68:68:42:42:0.381818:24:18:26:42:24:18:26:42 chr9 21206763 . G T 340.58 PASS AF=0.387755;AO=34;DP=94;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0645747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3341;QD=13.9012;RBI=0.0647574;REFB=-0.00950154;REVB=-0.00486074;RO=60;SAF=10;SAR=24;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112365;STB=0.509754;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0190447;OID=.;OPOS=21206763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:60:60:34:38:0.387755:24:10:23:37:24:14:23:37 chr9 21207000 . C G 203.15 PASS AF=0.24031;AO=31;DP=129;FAO=31;FDP=129;FR=.;FRO=98;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=-0.00671274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.443;QD=6.2991;RBI=0.0126759;REFB=-0.00578407;REVB=-0.0107525;RO=97;SAF=10;SAR=21;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670667;STB=0.546179;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0182071;OID=.;OPOS=21207000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:97:98:31:31:0.24031:21:10:36:61:21:10:37:61 chr9 21207005 . C G 203.7 PASS AF=0.242188;AO=31;DP=128;FAO=31;FDP=128;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=62;FWDB=0.0126023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.087;QD=6.36565;RBI=0.0197343;REFB=-0.0105494;REVB=-0.0151863;RO=97;SAF=11;SAR=20;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813401;STB=0.504936;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0478121;OID=.;OPOS=21207005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:97:97:31:31:0.242188:20:11:35:62:20:11:35:62 chr9 21207031 . T C 122.62 PASS AF=0.155844;AO=23;DP=153;FAO=24;FDP=154;FR=.;FRO=130;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=82;FWDB=-0.0272179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.382;QD=3.1849;RBI=0.039356;REFB=-0.00660365;REVB=-0.0284267;RO=130;SAF=10;SAR=13;SRF=48;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865825;STB=0.541727;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0281261;OID=.;OPOS=21207031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:130:130:23:24:0.155844:13:10:48:82:14:10:48:82 chr9 21207037 . A T 121.53 PASS AF=0.153333;AO=23;DP=151;FAO=23;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=127;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=81;FWDB=-0.0225316;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.555;QD=3.24083;RBI=0.0557569;REFB=-0.0333945;REVB=-0.0510016;RO=105;SAF=10;SAR=13;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0042875;STB=0.563496;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0829915;OID=.;OPOS=21207037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:105:127:23:23:0.153333:13:10:46:59:13:10:46:81 chr9 21227622 . A C 122.6 PASS AF=0.184874;AO=18;DP=118;FAO=22;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.018891;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3365;QD=4.12114;RBI=0.0197648;REFB=-0.00623214;REVB=-0.00581177;RO=58;SAF=13;SAR=5;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206514;STB=0.65545;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.047399;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:58:97:18:22:0.184874:5:13:33:25:8:14:43:54 chr9 21227942 . G T 804.96 PASS AF=0.539007;AO=76;DP=141;FAO=76;FDP=141;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0161931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2778;QD=22.8358;RBI=0.024938;REFB=-0.000145181;REVB=0.0189653;RO=65;SAF=33;SAR=43;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102165;STB=0.505593;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.000447371;OID=.;OPOS=21227942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:65:65:76:76:0.539007:43:33:29:36:43:33:29:36 chr9 21228040 . C G 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.024978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.435;QD=18.9387;RBI=0.0257572;REFB=-0.00978404;REVB=-0.00628756;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140238;STB=0.577931;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0106747;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:16:14:9:20:16:14:9:20 chr9 21228182 . GC TG 720.7 PASS AF=0.42623;AO=96;DP=238;FAO=104;FDP=244;FR=.;FRO=140;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=62;FSRR=78;FWDB=-0.0089963;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.398;QD=11.8148;RBI=0.0261946;REFB=-0.03064;REVB=0.0246013;RO=136;SAF=50;SAR=46;SRF=59;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910432;STB=0.54373;STBP=0.249;TYPE=mnp;VARB=0.046971;OID=.;OPOS=21228182;OREF=GC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:244:136:140:96:104:0.42623:46:50:59:77:50:54:62:78 chr9 21304803 . G A 583.2 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.012021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.6;QD=25.3565;RBI=0.0150166;REFB=-0.0163882;REVB=0.00899972;RO=39;SAF=31;SAR=22;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661316;STB=0.536113;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0126235;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:39:53:53:0.576087:22:31:26:13:22:31:26:13 chr9 21350620 . G A 379.61 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0191601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.986;QD=16.6863;RBI=0.0228923;REFB=0.00235685;REVB=-0.0125279;RO=50;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100109;STB=0.500555;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00244705;OID=.;OPOS=21350620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:51:40:40:0.43956:22:18:22:28:22:18:23:28 chr9 21482089 . G A 269.84 PASS AF=0.376471;AO=24;DP=82;FAO=32;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00876685;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.013;QD=12.6985;RBI=0.0096342;REFB=-0.00361632;REVB=0.00399502;RO=37;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103021;STB=0.538437;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0120078;OID=.;OPOS=21482089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:37:53:24:32:0.376471:14:10:19:18:20:12:23:30 chr9 21699406 . G A 676.12 PASS AF=0.603774;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00277696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3538;QD=25.5138;RBI=0.0128121;REFB=-0.0166279;REVB=0.0125075;RO=42;SAF=19;SAR=45;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512971;STB=0.527941;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00928289;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:42:64:64:0.603774:45:19:15:27:45:19:15:27 chr9 21699444 . C T 861.12 PASS AF=0.619048;AO=77;DP=126;FAO=78;FDP=126;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0063096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.284;QD=27.3373;RBI=0.0127206;REFB=-0.00621132;REVB=-0.0110455;RO=48;SAF=27;SAR=50;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504439;STB=0.529131;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00324685;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:48:48:77:78:0.619048:50:27:20:28:51:27:20:28 chr9 21968159 . G A 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=3;FWDB=0.0134839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.81;QD=15.2375;RBI=0.0649618;REFB=0.00997226;REVB=0.063547;RO=36;SAF=27;SAR=1;SRF=33;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24509;STB=0.642729;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0168687;OID=.;OPOS=21968159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:1:27:33:3:1:27:33:3 chr9 21968199 . C G 2149.61 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0896465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6307;QD=61.8593;RBI=0.0897034;REFB=0.0782903;REVB=-0.00319622;RO=0;SAF=65;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43793e-08;STB=0.503401;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000899996;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:139:0:1:138:138:0.992806:73:65:0:0:73:65:0:1 chr9 21968712 . C A 401.66 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0123326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.113;QD=13.5011;RBI=0.0161273;REFB=0.000274033;REVB=-0.0103922;RO=72;SAF=24;SAR=23;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00347551;STB=0.501967;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.000405595;OID=.;OPOS=21968712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:72:72:47:47:0.394958:23:24:37:35:23:24:37:35 chr9 21971225 . A G 699.89 PASS AF=0.460123;AO=75;DP=162;FAO=75;FDP=163;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.00191776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.072;QD=17.1753;RBI=0.0194164;REFB=-0.0222873;REVB=-0.0193214;RO=86;SAF=39;SAR=36;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368891;STB=0.519936;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.023162;OID=.;OPOS=21971225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:86:88:75:75:0.460123:36:39:48:38:36:39:49:39 chr9 22029445 . G A 459.7 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00857448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.286;QD=18.3881;RBI=0.0442641;REFB=-0.00394191;REVB=-0.0434257;RO=53;SAF=25;SAR=21;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218716;STB=0.516689;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00491389;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:54:46:46:0.46:21:25:30:23:21:25:31:23 chr9 24545513 . G A 2388.45 PASS AF=0.9875;AO=156;DP=159;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000652106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.094;QD=59.7113;RBI=0.0158649;REFB=-0.120125;REVB=0.0158515;RO=1;SAF=88;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537586;STB=0.500804;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-1.7523e-05;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:160:1:2:156:158:0.9875:68:88:1:0:69:89:1:1 chr9 24905556 . A G 2547.77 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000821955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.598;QD=61.7641;RBI=0.00716313;REFB=0;REVB=-0.00711582;RO=0;SAF=77;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05727e-06;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:164:165:1:87:77:0:0:87:78:0:0 chr9 24905678 . C A 372.76 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.00127444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.854;QD=14.3371;RBI=0.00877685;REFB=-0.00492709;REVB=-0.00868383;RO=61;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110332;STB=0.562075;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00713207;OID=.;OPOS=24905678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:23:20:22:39:23:20:22:39 chr9 25677698 . A C 664.27 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=54;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=-0.0259151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.942;QD=17.3665;RBI=0.0433261;REFB=-0.028163;REVB=-0.0347211;RO=72;SAF=54;SAR=17;SRF=51;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628935;STB=0.577249;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0457848;OID=.;OPOS=25677698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:72:82:71:71:0.464052:17:54:51:21:17:54:53:29 chr9 25677933 . T C 332.87 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0183134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.254;QD=16.4381;RBI=0.0200771;REFB=-0.0153614;REVB=-0.0082286;RO=45;SAF=15;SAR=21;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723342;STB=0.540687;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0246341;OID=.;OPOS=25677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:21:15:22:23:21:15:22:23 chr9 25677953 . T C 545.04 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0673466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.462;QD=57.3727;RBI=0.0696315;REFB=-0.163508;REVB=0.0176916;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.510633;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000813597;OID=.;OPOS=25677953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:23:14:0:0:23:14:0:1 chr9 25678640 . T A 2901.63 PASS AF=1;AO=184;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808754;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.738;QD=62.4007;RBI=0.082354;REFB=-0.0394253;REVB=0.0155353;RO=0;SAF=97;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170883;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:186:186:0:0:184:186:1:87:97:0:0:87:99:0:0 chr9 26116150 . G T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.744;QD=56.9566;RBI=0.0358304;REFB=0;REVB=0.0318827;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57722e-05;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr9 26892654 . G A 834.71 PASS AF=0.491329;AO=83;DP=171;FAO=85;FDP=173;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.0105091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.93;QD=19.2996;RBI=0.0374133;REFB=-0.00688906;REVB=0.035907;RO=88;SAF=41;SAR=42;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691905;STB=0.543568;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00882497;OID=.;OPOS=26892654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:88:88:83:85:0.491329:42:41:50:38:44:41:50:38 chr9 26895808 . A G 1732.36 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.487;QD=60.2558;RBI=0.0428712;REFB=0;REVB=-0.0426886;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20723e-05;OID=.;OPOS=26895808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:112:115:1:63:49:0:0:65:50:0:0 chr9 26895825 . G C 500.68 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00581117;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0377;QD=16.9721;RBI=0.0416744;REFB=0.00426965;REVB=-0.0412673;RO=64;SAF=20;SAR=34;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995318;STB=0.555535;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0073073;OID=.;OPOS=26895825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:64:64:54:54:0.457627:34:20:30:34:34:20:30:34 chr9 26978170 . A G 635.45 PASS AF=0.415301;AO=60;DP=167;FAO=76;FDP=183;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=66;FWDB=0.00799804;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.706;QD=13.8895;RBI=0.0082355;REFB=-0.0173604;REVB=-0.00196337;RO=99;SAF=28;SAR=32;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808426;STB=0.515039;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0251855;OID=.;OPOS=26978170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:183:99:107:60:76:0.415301:32:28:39:60:45:31:41:66 chr9 26978259 . A G 540.5 PASS AF=0.380952;AO=64;DP=168;FAO=64;FDP=168;FR=.;FRO=104;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=75;FWDB=-0.0158256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.785;QD=12.8691;RBI=0.0171798;REFB=-0.0168694;REVB=-0.00668542;RO=104;SAF=25;SAR=39;SRF=29;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13344;STB=0.575038;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0266257;OID=.;OPOS=26978259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:104:104:64:64:0.380952:39:25:29:75:39:25:29:75 chr9 27062721 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00240314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.357;QD=19.0004;RBI=0.00751881;REFB=-0.0178287;REVB=0.00712442;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578869;STB=0.532781;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0153293;OID=.;OPOS=27062721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:6:11:12:5:6:11:12:5 chr9 27183463 . A C 805.69 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578897;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.15;QD=57.5494;RBI=0.00587606;REFB=0;REVB=-0.00100795;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654614;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr9 27328886 . C A 3305.34 PASS AF=1;AO=179;DP=201;FAO=215;FDP=215;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=79;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.908;QD=61.4947;RBI=0.0380304;REFB=0;REVB=0.0097829;RO=0;SAF=58;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934676;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:201:215:0:0:179:215:1:121:58:0:0:136:79:0:0 chr9 27328964 . C T 1810.55 PASS AF=0.568106;AO=167;DP=297;FAO=171;FDP=301;FR=.;FRO=130;FSAF=70;FSAR=101;FSRF=44;FSRR=86;FWDB=-0.00289745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.864;QD=24.0605;RBI=0.00818221;REFB=-0.00396816;REVB=-0.00765201;RO=130;SAF=67;SAR=100;SRF=44;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533007;STB=0.532024;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00322556;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:301:130:130:167:171:0.568106:100:67:44:86:101:70:44:86 chr9 27524731 . A G 1626.32 PASS AF=0.965217;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00846735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.461;QD=56.5677;RBI=0.0822138;REFB=-0.0996868;REVB=0.0817766;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.516126;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00448514;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:115:115:0:4:111:111:0.965217:60:51:0:0:60:51:0:4 chr9 32069857 . T G 993.63 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0713183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0504;QD=57.6019;RBI=0.0806395;REFB=-0.0662556;REVB=-0.0376356;RO=2;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393265;STB=0.510201;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00154214;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:2:1:67:68:0.985507:23:44:0:2:24:44:0:1 chr9 32425910 . A G 4784.51 PASS AF=1;AO=297;DP=298;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7415;QD=64.0068;RBI=0.0176768;REFB=0;REVB=0.0171728;RO=0;SAF=160;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87634e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141513;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:298:299:0:0:297:299:1:137:160:0:0:139:160:0:0 chr9 32436014 . A G 637.06 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=20;FWDB=0.012688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.074;QD=18.6003;RBI=0.0130069;REFB=-0.0189047;REVB=-0.00286231;RO=71;SAF=44;SAR=21;SRF=51;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454783;STB=0.52774;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0318184;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:72:65:65:0.474453:21:44:51:20:21:44:52:20 chr9 32450187 . T C 461.51 PASS AF=0.455357;AO=49;DP=110;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0269059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.026;QD=16.4825;RBI=0.0271483;REFB=-0.0121349;REVB=0.00361962;RO=61;SAF=27;SAR=22;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750928;STB=0.5294;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0121208;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:61:61:49:51:0.455357:22:27:29:32:24:27:29:32 chr9 32459450 . T G 573.34 PASS AF=0.4125;AO=63;DP=157;FAO=66;FDP=160;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.0113491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.153;QD=14.3334;RBI=0.0455874;REFB=-0.00957241;REVB=0.0441521;RO=94;SAF=31;SAR=32;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255161;STB=0.518744;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0107212;OID=.;OPOS=32459450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:94:94:63:66:0.4125:32:31:44:50:33:33:44:50 chr9 32485280 . A G 274.21 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0409101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.158;QD=24.928;RBI=0.0453428;REFB=-0.000891579;REVB=-0.0195534;RO=19;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377535;STB=0.520941;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.000688157;OID=.;OPOS=32485280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:16:9:6:13:16:9:6:13 chr9 32487521 . T C 926.33 PASS AF=0.47549;AO=97;DP=204;FAO=97;FDP=204;FR=.;FRO=107;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=64;FSRR=43;FWDB=0.0207646;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.8;QD=18.1634;RBI=0.021646;REFB=-0.00946316;REVB=0.00611416;RO=107;SAF=43;SAR=54;SRF=64;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146412;STB=0.580745;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.012474;OID=.;OPOS=32487521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:107:107:97:97:0.47549:54:43:64:43:54:43:64:43 chr9 32498291 . A G 1170.85 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.679;QD=59.2837;RBI=0.047469;REFB=0;REVB=0.0445691;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537974;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:75:79:1:36:39:0:0:40:39:0:0 chr9 32526146 . G A 287.33 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0106119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.013;QD=13.5213;RBI=0.0211567;REFB=-0.0165801;REVB=0.0183029;RO=52;SAF=13;SAR=20;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323332;STB=0.518424;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0249173;OID=.;OPOS=32526146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:20:13:19:33:20:13:19:33 chr9 32568024 . A G 106.55 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0101545;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.07;QD=18.5299;RBI=0.0103371;REFB=0.00785202;REVB=-0.00193407;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103051;STB=0.526272;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00625312;OID=.;OPOS=32568024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:25:23:13:11:12:12:0.521739:7:5:4:9:7:5:4:7 chr9 32568168 . A T 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0192968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.592;QD=13.0289;RBI=0.0211556;REFB=0.00550338;REVB=-0.00867149;RO=45;SAF=10;SAR=19;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063315;STB=0.530916;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00893399;OID=.;OPOS=32568168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:19:10:18:27:19:10:18:28 chr9 32630472 . T C 1000.04 PASS AF=0.476852;AO=93;DP=203;FAO=103;FDP=216;FR=.;FRO=113;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=63;FSRR=50;FWDB=-0.00868846;FXX=0.0226234;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.304;QD=18.5193;RBI=0.0241308;REFB=-0.0122535;REVB=-0.0225124;RO=79;SAF=37;SAR=56;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176688;STB=0.584042;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0159497;OID=.;OPOS=32630472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:216:79:113:93:103:0.476852:56:37:48:31:62:41:63:50 chr9 32631369 . C T 2233.01 PASS AF=0.480932;AO=227;DP=472;FAO=227;FDP=472;FR=.;FRO=245;FSAF=96;FSAR=131;FSRF=109;FSRR=136;FWDB=0.035393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.418;QD=18.9238;RBI=0.0375358;REFB=0.0109623;REVB=-0.0125008;RO=244;SAF=96;SAR=131;SRF=109;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229236;STB=0.511649;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0110174;OID=.;OPOS=32631369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:472:244:245:227:227:0.480932:131:96:109:135:131:96:109:136 chr9 32784838 . T C 558.53 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0166937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.064;QD=25.6794;RBI=0.0193631;REFB=-0.00598449;REVB=0.00981073;RO=35;SAF=11;SAR=40;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178966;STB=0.59449;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00591617;OID=.;OPOS=32784838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:36:51:51:0.586207:40:11:14:21:40:11:14:22 chr9 32785399 . C T 1108.29 PASS AF=0.528846;AO=110;DP=209;FAO=110;FDP=208;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=69;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.0130147;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.854;QD=21.3132;RBI=0.0698074;REFB=-0.0245635;REVB=-0.0685835;RO=94;SAF=41;SAR=69;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05631;STB=0.527732;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0207858;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:94:98:110:110:0.528846:69:41:41:53:69:41:42:56 chr9 32785888 . G C 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0143045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=342.404;QD=21.2932;RBI=0.0143237;REFB=-0.00171456;REVB=-0.000741393;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359575;STB=0.520178;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00161943;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:12:13:14:11:12:13 chr9 32786553 . T C 105.23 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0035992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.681;QD=11.0769;RBI=0.0224783;REFB=-0.0114331;REVB=-0.0221883;RO=25;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306023;STB=0.684625;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0302318;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:10:3:12:13:10:3:12:13 chr9 32786586 . G T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.000423657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.278;QD=14.6657;RBI=0.0095438;REFB=-0.011607;REVB=0.00953439;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057395;STB=0.533289;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0103467;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:11:10:8:7:11:10 chr9 32786653 . G T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.000357705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.046;QD=16.7551;RBI=0.00753725;REFB=0.000479439;REVB=0.00752876;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10733;STB=0.560652;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.000517998;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:16:12:13:11:16:12 chr9 32820257 . C T 1737.68 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=118;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00147683;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.509;QD=59.9201;RBI=0.00983751;REFB=0.00891654;REVB=0.00972602;RO=1;SAF=60;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784876;STB=0.504064;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000182288;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:118:116:1:1:114:115:0.991379:54:60:1:0:54:61:1:0 chr9 33026572 . T C 490.53 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0127032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9765;QD=22.2968;RBI=0.0189194;REFB=-0.00850572;REVB=0.0140204;RO=41;SAF=14;SAR=33;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043129;STB=0.523799;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00813557;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:33:14:14:27:33:14:14:27 chr9 33062128 . G A 312.88 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0652436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.316;QD=14.3853;RBI=0.065244;REFB=-0.016014;REVB=-0.00022337;RO=52;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249774;STB=0.514183;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0181175;OID=.;OPOS=33062128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:16:19:27:25:16:19:27:25 chr9 33111348 . A G 116.91 PASS AF=0.3;AO=16;DP=53;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0177266;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.8;QD=9.35236;RBI=0.0197983;REFB=0.0042499;REVB=0.00881713;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539783;STB=0.506693;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0096893;OID=.;OPOS=33111348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:31:35:16:15:0.3:8:8:14:17:8:7:16:19 chr9 33111561 . GA G 131.05 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.172017;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.0327;QD=8.88482;RBI=0.216757;REFB=-0.0343599;REVB=0.131886;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.330986;SSSB=0.0221057;STB=0.53729;STBP=0.578;TYPE=del;VARB=0.0753158;OID=.;OPOS=33111562;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542373:31:59:32:59:27:14:18:14:13:86:22:15:16:10:12 chr9 33112623 . A C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.00366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.57;QD=21.7452;RBI=0.0851355;REFB=-0.014614;REVB=0.0850568;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295863;STB=0.663016;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00323656;OID=.;OPOS=33112623;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:1:15:12:7:1:15 chr9 33240225 . G A 944.08 PASS AF=0.482051;AO=94;DP=196;FAO=94;FDP=195;FR=.;FRO=101;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=0.0161686;FXX=0.00510178;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.276;QD=19.3657;RBI=0.0164187;REFB=-0.018243;REVB=0.00285485;RO=99;SAF=44;SAR=50;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344656;STB=0.519122;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0184724;OID=.;OPOS=33240225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:99:101:94:94:0.482051:50:44:50:49:50:44:51:50 chr9 33264540 . CA AG,GA 249.81 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,18;DP=20;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100911,0.0724364;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=10.4364,119.585;QD=49.9615;RBI=0.101277,0.0725324;REFB=0,0;REVB=0.008605,-0.00373054;RO=0;SAF=2,2;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.11027,-0.00532552;OID=.,.;OPOS=33264540,33264540;OREF=CA,C;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:20:20:0:0:2,18:2,18:0.1,0.9:0,16:2,2:0:0:0,16:2,2:0:0 chr9 33352826 . C CAAA 456.89 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0178082;FXX=0.0315756;HRUN=0;LEN=3;MLLD=220.8;QD=19.8648;RBI=0.0184115;REFB=0.0101297;REVB=0.00467441;RO=51;SAF=9;SAR=35;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251955;STB=0.61171;STBP=0.059;TYPE=ins;VARB=-0.0100372;OID=.;OPOS=33352827;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48913:44:96:45:92:47:9:36:17:30:99:51:9:35:21:30 chr9 33385282 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0307069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.891;QD=24.0303;RBI=0.0331894;REFB=-0.00848918;REVB=0.0125947;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212606;STB=0.618039;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00512678;OID=.;OPOS=33385282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:1:8:9:6:1:8 chr9 33386989 . C G 59.72 PASS AF=0.195652;AO=8;DP=45;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00253966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.546;QD=5.19264;RBI=0.0435594;REFB=0.00199641;REVB=0.0434853;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217971;STB=0.599791;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00833071;OID=.;OPOS=33386989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:46:37:37:8:9:0.195652:4:4:12:25:5:4:12:25 chr9 33387004 . T C 41.05 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0078081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238;QD=3.42118;RBI=0.0224715;REFB=-0.00685569;REVB=-0.0210713;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170557;STB=0.555401;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0338355;OID=.;OPOS=33387004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:47:48:36:41:7:7:0.145833:5:2:15:21:4:3:15:26 chr9 33387073 . G A 45.88 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0188364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.719;QD=3.3364;RBI=0.0190239;REFB=-0.00180353;REVB=-0.00266387;RO=47;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156669;STB=0.612602;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00962414;OID=.;OPOS=33387073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:6:2:17:30:6:2:17:30 chr9 33395108 . G A 45.1 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0576896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7831;QD=2.65281;RBI=0.0832825;REFB=0.00746609;REVB=-0.0600657;RO=59;SAF=2;SAR=7;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212201;STB=0.655871;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0468904;OID=.;OPOS=33395108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:59:59:9:9:0.132353:7:2:22:37:7:2:22:37 chr9 33395196 . A G 851.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.183;QD=57.705;RBI=0.015985;REFB=0;REVB=0.00621898;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65789e-05;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr9 33442952 . G A 1942.65 PASS AF=0.977099;AO=126;DP=129;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0155291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1402;QD=59.3175;RBI=0.0180507;REFB=-0.145588;REVB=-0.00920197;RO=0;SAF=51;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509802;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000673451;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:129:131:0:3:126:128:0.977099:75:51:0:0:75:53:0:3 chr9 33447424 . C G 3520.41 PASS AF=0.401631;AO=393;DP=981;FAO=394;FDP=981;FR=.;FRO=587;FSAF=171;FSAR=223;FSRF=227;FSRR=360;FWDB=0.00341807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.718;QD=14.3544;RBI=0.0126274;REFB=-0.0199885;REVB=0.012156;RO=582;SAF=171;SAR=222;SRF=227;SRR=355;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495035;STB=0.529023;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0286605;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:981:981:582:587:393:394:0.401631:222:171:227:355:223:171:227:360 chr9 33461567 . A G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0226081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.801;QD=8.30754;RBI=0.0231681;REFB=-0.00987984;REVB=-0.00506322;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0184545;OID=.;OPOS=33461567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:10:8:3:5:10:8 chr9 33461574 . C T 53.67 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00910552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.205;QD=7.95159;RBI=0.0261413;REFB=-0.0164475;REVB=-0.0245043;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113905;STB=0.571247;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0211075;OID=.;OPOS=33461574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:10:9:3:5:10:9 chr9 33466219 . A C 417.91 PASS AF=0.447917;AO=42;DP=95;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0414765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.884;QD=17.413;RBI=0.041513;REFB=-0.0112497;REVB=0.00174104;RO=52;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145062;STB=0.50921;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0141482;OID=.;OPOS=33466219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:52:53:42:43:0.447917:20:22:28:24:21:22:28:25 chr9 33524684 . G A 2060.05 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.015;QD=62.4258;RBI=0.0402904;REFB=0;REVB=0.0257381;RO=0;SAF=44;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71955e-05;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:119:132:0:0:119:132:1:75:44:0:0:80:52:0:0 chr9 33541216 . G C 114.81 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=45;FWDB=-0.0177329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.032;QD=7.06532;RBI=0.0197487;REFB=-0.00102912;REVB=-0.00869225;RO=47;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.584962;STB=0.813343;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0270709;OID=.;OPOS=33541216;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:48:17:17:0.261538:9:8:2:45:9:8:3:45 chr9 33566234 . C T 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0341211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.086;QD=19.6555;RBI=0.0342923;REFB=-0.00030165;REVB=-0.00342265;RO=40;SAF=24;SAR=16;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265487;STB=0.646987;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=9.30637e-05;OID=.;OPOS=33566234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:16:24:12:28:16:24:12:28 chr9 33568789 . T G 388.52 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0283528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.83;QD=14.2575;RBI=0.0283688;REFB=-0.00737898;REVB=-0.000951461;RO=61;SAF=29;SAR=16;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127885;STB=0.560299;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0134302;OID=.;OPOS=33568789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:64:45:45:0.412844:16:29:32:29:16:29:35:29 chr9 33572347 . T C 307.27 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0115245;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7569;QD=12.1691;RBI=0.0140145;REFB=-0.00547994;REVB=-0.00797446;RO=64;SAF=20;SAR=17;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276583;STB=0.515843;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00972615;OID=.;OPOS=33572347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:64:37:37:0.366337:17:20:33:31:17:20:33:31 chr9 33618358 . A G 1014.0 PASS AF=0.436735;AO=107;DP=245;FAO=107;FDP=245;FR=.;FRO=138;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=50;FSRR=88;FWDB=0.00300346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.183;QD=16.5551;RBI=0.0127869;REFB=-0.00294203;REVB=-0.0124292;RO=138;SAF=45;SAR=62;SRF=50;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612934;STB=0.534013;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00424918;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:138:138:107:107:0.436735:62:45:50:88:62:45:50:88 chr9 33618460 . A T 520.07 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.0178843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.425;QD=18.2481;RBI=0.0187699;REFB=-0.0159725;REVB=-0.00569736;RO=58;SAF=25;SAR=30;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137028;STB=0.579091;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0147252;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:59:55:55:0.482456:30:25:18:40:30:25:18:41 chr9 33618497 . G A 406.87 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.014335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9733;QD=20.0923;RBI=0.0355313;REFB=-0.00567413;REVB=-0.0325113;RO=40;SAF=22;SAR=19;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187012;STB=0.603409;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00791026;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:19:22:13:27:19:22:13:27 chr9 33625082 . G C 1160.48 PASS AF=0.450549;AO=123;DP=274;FAO=123;FDP=273;FR=.;FRO=150;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=73;FSRR=77;FWDB=-0.0287008;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.126;QD=17.0034;RBI=0.0287059;REFB=-0.0083991;REVB=-0.000537505;RO=149;SAF=57;SAR=66;SRF=72;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196712;STB=0.512818;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00931455;OID=.;OPOS=33625082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:273:149:150:123:123:0.450549:66:57:72:77:66:57:73:77 chr9 33625185 . C T 1044.2 PASS AF=0.543956;AO=94;DP=180;FAO=99;FDP=182;FR=.;FRO=83;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0109644;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.605;QD=22.9495;RBI=0.01174;REFB=-0.00928849;REVB=0.00419618;RO=86;SAF=51;SAR=43;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473765;STB=0.539208;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00811417;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:86:83:94:99:0.543956:43:51:42:44:44:55:39:44 chr9 33638046 . G C 595.73 PASS AF=0.425676;AO=63;DP=149;FAO=63;FDP=148;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.0359416;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4602;QD=16.1007;RBI=0.0628364;REFB=-0.0209919;REVB=0.0515423;RO=86;SAF=30;SAR=33;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114431;STB=0.503225;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0279188;OID=.;OPOS=33638046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:86:85:63:63:0.425676:33:30:40:46:33:30:40:45 chr9 33794797 . TGA T 124.24 PASS AF=0.198113;AO=21;DP=110;FAO=21;FDP=106;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0403914;FXX=0.0363603;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.584;QD=4.68821;RBI=0.0615823;REFB=-0.0253777;REVB=-0.0464857;RO=83;SAF=12;SAR=9;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113039;STB=0.562103;STBP=0.548;TYPE=del;VARB=0.0792881;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.198113:21:110:21:106:85:12:9:42:43:99:83:12:9:40:43 chr9 33794809 . G A 132.61 PASS AF=0.196581;AO=23;DP=117;FAO=23;FDP=117;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0781597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5048;QD=4.53375;RBI=0.0804135;REFB=0.0217204;REVB=-0.0189047;RO=94;SAF=13;SAR=10;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056132;STB=0.535549;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.0328072;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:94:94:23:23:0.196581:10:13:49:45:10:13:49:45 chr9 33794812 . G T 142.71 PASS AF=0.206897;AO=24;DP=116;FAO=24;FDP=116;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.00690365;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.956;QD=4.92109;RBI=0.00952168;REFB=0.00458599;REVB=0.00655759;RO=91;SAF=14;SAR=10;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852773;STB=0.549377;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0392042;OID=.;OPOS=33794812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:91:92:24:24:0.206897:10:14:47:44:10:14:48:44 chr9 33796660 . T C 70.41 PASS AF=0.0860215;AO=24;DP=279;FAO=24;FDP=279;FR=.;FRO=255;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=114;FSRR=141;FWDB=-0.00349483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.97;QD=1.00943;RBI=0.0136113;REFB=-0.00242053;REVB=-0.013155;RO=254;SAF=15;SAR=9;SRF=113;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208711;STB=0.659501;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0281323;OID=.;OPOS=33796660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:279:279:254:255:24:24:0.0860215:9:15:113:141:9:15:114:141 chr9 33796672 . TG CA 72.35 PASS AF=0.0847458;AO=25;DP=296;FAO=25;FDP=295;FR=.;FRO=270;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=121;FSRR=149;FWDB=0.00467127;FXX=0.00337826;HRUN=2;LEN=2;MLLD=242.069;QD=0.981051;RBI=0.00499276;REFB=0.000303888;REVB=-0.00176264;RO=260;SAF=17;SAR=8;SRF=118;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263082;STB=0.707233;STBP=0.036;TYPE=mnp;VARB=-0.0112917;OID=.;OPOS=33796672;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:296:295:260:270:25:25:0.0847458:8:17:118:142:8:17:121:149 chr9 33796690 . TGAG T 1087.38 PASS AF=0.404605;AO=121;DP=316;FAO=123;FDP=304;FR=.;FRO=181;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=101;FSRR=80;FWDB=-0.00753261;FXX=0.0379735;HRUN=1;LEN=3;MLLD=287.359;QD=14.3076;RBI=0.00772725;REFB=-0.0126298;REVB=0.00172344;RO=171;SAF=54;SAR=67;SRF=97;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126502;STB=0.56581;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.0203101;OID=.;OPOS=33796691;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404605:121:316:123:304:181:55:68:101:80:99:171:54:67:97:74 chr9 33796777 . A G 73.77 PASS AF=0.0795455;AO=28;DP=352;FAO=28;FDP=352;FR=.;FRO=324;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=160;FSRR=164;FWDB=-0.0518366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.898;QD=0.838243;RBI=0.0639114;REFB=-0.00113485;REVB=-0.037385;RO=321;SAF=18;SAR=10;SRF=158;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173914;STB=0.637524;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0237888;OID=.;OPOS=33796777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:352:352:321:324:28:28:0.0795455:10:18:158:163:10:18:160:164 chr9 33796785 . C G 93.57 PASS AF=0.0923077;AO=27;DP=324;FAO=30;FDP=325;FR=.;FRO=295;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=154;FSRR=141;FWDB=0.0286079;FXX=0.00611602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.364;QD=1.15164;RBI=0.0304141;REFB=-0.00216751;REVB=0.010325;RO=296;SAF=18;SAR=9;SRF=155;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16938;STB=0.571558;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0198179;OID=.;OPOS=33796785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:324:325:296:295:27:30:0.0923077:9:18:155:141:12:18:154:141 chr9 33796799 . A T 120.62 PASS AF=0.113475;AO=32;DP=282;FAO=32;FDP=282;FR=.;FRO=250;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=125;FSRR=125;FWDB=0.0380803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.919;QD=1.71096;RBI=0.0390129;REFB=-0.000971218;REVB=0.00847946;RO=250;SAF=20;SAR=12;SRF=125;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156211;STB=0.611537;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00736968;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:250:250:32:32:0.113475:12:20:125:125:12:20:125:125 chr9 33797861 . A G 78.46 PASS AF=0.118343;AO=19;DP=167;FAO=20;FDP=169;FR=.;FRO=149;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=83;FWDB=0.00672555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.895;QD=1.8571;RBI=0.0374753;REFB=-0.00142701;REVB=0.0368668;RO=148;SAF=10;SAR=9;SRF=66;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986709;STB=0.593457;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0081828;OID=.;OPOS=33797861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:167:169:148:149:19:20:0.118343:9:10:66:82:9:11:66:83 chr9 33797881 . G A 72.43 PASS AF=0.108571;AO=19;DP=175;FAO=19;FDP=175;FR=.;FRO=156;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=83;FWDB=0.00969312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.453;QD=1.65548;RBI=0.0107439;REFB=-9.36622e-05;REVB=-0.0046341;RO=156;SAF=9;SAR=10;SRF=73;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00702026;STB=0.505124;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00082109;OID=.;OPOS=33797881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:175:175:156:156:19:19:0.108571:10:9:73:83:10:9:73:83 chr9 33797917 . T C 30.57 PASS AF=0.0659341;AO=12;DP=181;FAO=12;FDP=182;FR=.;FRO=170;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=80;FSRR=90;FWDB=-0.0102477;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.187;QD=0.671891;RBI=0.0182395;REFB=1.48265e-06;REVB=-0.0150886;RO=165;SAF=4;SAR=8;SRF=79;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158121;STB=0.631356;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00337363;OID=.;OPOS=33797917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:181:182:165:170:12:12:0.0659341:8:4:79:86:8:4:80:90 chr9 33797951 . A C 61.84 PASS AF=0.0957447;AO=18;DP=188;FAO=18;FDP=188;FR=.;FRO=170;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=91;FSRR=79;FWDB=-0.0473638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.189;QD=1.31572;RBI=0.0580071;REFB=-0.00453289;REVB=-0.0334887;RO=170;SAF=4;SAR=14;SRF=91;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371014;STB=0.781123;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0620111;OID=.;OPOS=33797951;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:188:188:170:170:18:18:0.0957447:14:4:91:79:14:4:91:79 chr9 33797962 . A G 82.77 PASS AF=0.11413;AO=21;DP=184;FAO=21;FDP=184;FR=.;FRO=163;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=93;FSRR=70;FWDB=-0.0129122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.667;QD=1.79945;RBI=0.0129248;REFB=-0.00737558;REVB=-0.000569829;RO=163;SAF=7;SAR=14;SRF=93;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287296;STB=0.704038;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0482678;OID=.;OPOS=33797962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:184:184:163:163:21:21:0.11413:14:7:93:70:14:7:93:70 chr9 33797987 . G T 125.42 PASS AF=0.151163;AO=26;DP=173;FAO=26;FDP=172;FR=.;FRO=146;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=91;FSRR=55;FWDB=-0.0218917;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.777;QD=2.91665;RBI=0.0278776;REFB=-0.00366589;REVB=-0.0172603;RO=140;SAF=11;SAR=15;SRF=88;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258794;STB=0.665098;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0246891;OID=.;OPOS=33797987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:140:146:26:26:0.151163:15:11:88:52:15:11:91:55 chr9 33797999 . A G 105.63 PASS AF=0.141104;AO=23;DP=163;FAO=23;FDP=163;FR=.;FRO=140;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=87;FSRR=53;FWDB=-0.0388582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4279;QD=2.59212;RBI=0.0391374;REFB=-0.00527833;REVB=0.0046666;RO=136;SAF=12;SAR=11;SRF=86;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143277;STB=0.586357;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0305225;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:136:140:23:23:0.141104:11:12:86:50:11:12:87:53 chr9 33798016 . CA CG,TG 1878.29 PASS AF=0.897638,0.102362;AO=107,15;DP=132;FAO=114,13;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=68,7;FSAR=46,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261812,0.00547719;FXX=0.0378759;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=87.6699,114.857;QD=59.1588;RBI=0.0349563,0.0187775;REFB=0,0;REVB=-0.0231622,-0.017961;RO=0;SAF=62,9;SAR=45,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.75633e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00196946,0.0422785;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:132:127:0:0:107,15:114,13:0.897638,0.102362:45,6:62,9:0:0:46,6:68,7:0:0 chr9 33798037 . T C 124.2 PASS AF=0.172932;AO=23;DP=134;FAO=23;FDP=133;FR=.;FRO=110;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=-0.00632741;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.455;QD=3.73533;RBI=0.0202926;REFB=-0.00609549;REVB=-0.0192809;RO=110;SAF=17;SAR=6;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253035;STB=0.673109;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0370531;OID=.;OPOS=33798037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:110:110:23:23:0.172932:6:17:61:49:6:17:60:50 chr9 33798042 . G C 152.24 PASS AF=0.198473;AO=26;DP=130;FAO=26;FDP=131;FR=.;FRO=105;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=47;FWDB=-0.0163894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.368;QD=4.64867;RBI=0.0180399;REFB=-0.00771526;REVB=0.00753831;RO=104;SAF=20;SAR=6;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296744;STB=0.693557;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0309491;OID=.;OPOS=33798042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:104:105:26:26:0.198473:6:20:58:46:6:20:58:47 chr9 33798075 . T C 155.95 PASS AF=0.209677;AO=26;DP=124;FAO=26;FDP=124;FR=.;FRO=98;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.0225065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.675;QD=5.03068;RBI=0.0238356;REFB=-0.0151584;REVB=-0.00784813;RO=97;SAF=19;SAR=7;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274503;STB=0.669411;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0374938;OID=.;OPOS=33798075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:97:98:26:26:0.209677:7:19:51:46:7:19:52:46 chr9 33798543 . A G 71.01 PASS AF=0.0990099;AO=20;DP=199;FAO=20;FDP=202;FR=.;FRO=182;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=95;FSRR=87;FWDB=-0.0107992;FXX=0.00492587;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.768;QD=1.40604;RBI=0.0260316;REFB=-0.00104884;REVB=-0.0236859;RO=179;SAF=8;SAR=12;SRF=95;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156821;STB=0.609359;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0195116;OID=.;OPOS=33798543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:199:202:179:182:20:20:0.0990099:12:8:95:84:12:8:95:87 chr9 33798574 . G A 109.24 PASS AF=0.129534;AO=25;DP=194;FAO=25;FDP=193;FR=.;FRO=168;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=83;FSRR=85;FWDB=0.00749996;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.066;QD=2.26411;RBI=0.0161617;REFB=-0.0042358;REVB=-0.0143161;RO=166;SAF=12;SAR=13;SRF=82;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176127;STB=0.512226;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.028222;OID=.;OPOS=33798574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:166:168:25:25:0.129534:13:12:82:84:13:12:83:85 chr9 33798596 . T C 115.3 PASS AF=0.142857;AO=25;DP=176;FAO=25;FDP=175;FR=.;FRO=150;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=66;FSRR=84;FWDB=0.0413003;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.454;QD=2.63543;RBI=0.0657247;REFB=-0.0069727;REVB=-0.0511275;RO=147;SAF=12;SAR=13;SRF=63;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658641;STB=0.534408;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0539693;OID=.;OPOS=33798596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:147:150:25:25:0.142857:13:12:63:84:13:12:66:84 chr9 33917498 . T C 448.86 PASS AF=0.484848;AO=28;DP=70;FAO=32;FDP=66;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0312153;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5447;QD=27.2034;RBI=0.0321912;REFB=-0.00749696;REVB=0.0078663;RO=21;SAF=8;SAR=20;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145936;STB=0.593308;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00123565;OID=.;OPOS=33917498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:66:21:21:28:32:0.484848:20:8:3:18:21:11:3:18 chr9 33927899 . G A 3908.79 PASS AF=0.984674;AO=255;DP=261;FAO=257;FDP=261;FR=.;FRO=4;FSAF=97;FSAR=160;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0342324;FXX=0.00381665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.179;QD=59.9049;RBI=0.0381932;REFB=-0.0337205;REVB=0.016937;RO=4;SAF=97;SAR=158;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119135;STB=0.50208;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000501876;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:261:261:4:4:255:257:0.984674:158:97:0:4:160:97:1:3 chr9 33935736 . A G 1509.41 PASS AF=0.97;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0050436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.086;QD=60.3763;RBI=0.0308914;REFB=-0.0220665;REVB=0.0304769;RO=3;SAF=53;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126818;STB=0.506438;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0010241;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:100:3:3:96:97:0.97:43:53:1:2:44:53:1:2 chr9 33941759 . T C 973.76 PASS AF=0.489796;AO=96;DP=196;FAO=96;FDP=196;FR=.;FRO=100;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=0.0173457;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.144;QD=19.8727;RBI=0.0173471;REFB=-0.00342739;REVB=0.000219197;RO=99;SAF=51;SAR=45;SRF=37;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144609;STB=0.576712;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00392315;OID=.;OPOS=33941759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:99:100:96:96:0.489796:45:51:37:62:45:51:38:62 chr9 33971740 . A G 292.35 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0196259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.666;QD=11.4647;RBI=0.023436;REFB=-0.00139893;REVB=0.012809;RO=63;SAF=21;SAR=15;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492862;STB=0.524986;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00259544;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:66:36:36:0.352941:15:21:34:29:15:21:36:30 chr9 34017106 . C T 377.58 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=0.00499677;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.717;QD=16.067;RBI=0.0175298;REFB=-0.0127368;REVB=-0.0168026;RO=54;SAF=10;SAR=30;SRF=13;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126853;STB=0.507139;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0257138;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:54:54:40:40:0.425532:30:10:13:41:30:10:13:41 chr9 34088022 . G GAAAGA 50.16 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056311;FXX=0;HRUN=0;LEN=5;MLLD=294.955;QD=33.4426;RBI=0.0630136;REFB=0;REVB=0.0282804;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000235148;OID=.;OPOS=34088023;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:7:6:6:0:1:5:0:0:4:1:1:4:1:0 chr9 34107505 . C T 499.95 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0260873;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.693;QD=21.5033;RBI=0.0264212;REFB=-0.0150889;REVB=0.00418742;RO=45;SAF=24;SAR=24;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00973144;STB=0.505374;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00951902;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:45:45:48:48:0.516129:24:24:23:22:24:24:23:22 chr9 34251943 . G C 640.64 PASS AF=0.485075;AO=63;DP=133;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0463605;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2257;QD=19.1235;RBI=0.0661043;REFB=0.00379107;REVB=-0.047122;RO=68;SAF=34;SAR=29;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235105;STB=0.50816;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.0052278;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:68:69:63:65:0.485075:29:34:35:33:31:34:35:34 chr9 34252466 . GCTAA G 869.25 PASS AF=1;AO=58;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126071;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.074;QD=57.9503;RBI=0.0192868;REFB=0;REVB=0.0145959;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.49923e-06;OID=.;OPOS=34252467;OREF=CTAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:62:60:60:0:26:34:0:0:5:0:26:32:0:0 chr9 34256347 . C T 337.33 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0153759;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.403;QD=19.8432;RBI=0.0155558;REFB=-0.0196906;REVB=0.002359;RO=33;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000756791;STB=0.50042;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168254;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:18:17:16:17:18:17:16:17 chr9 34257979 . C T 290.08 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0364652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.769;QD=11.8402;RBI=0.0367175;REFB=-0.0174591;REVB=-0.00429674;RO=64;SAF=13;SAR=21;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466547;STB=0.52696;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0298697;OID=.;OPOS=34257979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:64:34:34:0.346939:21:13:27:37:21:13:27:37 chr9 34370020 . T A 396.46 PASS AF=0.861111;AO=30;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0994659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9166;QD=44.0513;RBI=0.16;REFB=-0.168321;REVB=0.125325;RO=6;SAF=17;SAR=13;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208667;STB=0.507242;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0550387;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:36:6:5:30:31:0.861111:13:17:3:3:14:17:3:2 chr9 34371788 . A T 5635.61 PASS AF=0.989101;AO=358;DP=364;FAO=363;FDP=367;FR=.;FRO=4;FSAF=137;FSAR=226;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0394663;FXX=0.00271732;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.113;QD=61.4235;RBI=0.0527133;REFB=-0.138449;REVB=0.0349443;RO=3;SAF=133;SAR=225;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000648274;STB=0.50142;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000235212;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:364:367:3:4:358:363:0.989101:225:133:1:2:226:137:2:2 chr9 34372783 . G C 2589.28 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=170;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278489;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.648;QD=61.2848;RBI=0.0618148;REFB=-0.0385521;REVB=0.0551861;RO=1;SAF=83;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556631;STB=0.502924;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=7.69477e-05;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:169:1:1:168:168:0.994083:85:83:0:1:85:83:0:1 chr9 34372873 . C G 1609.66 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103407;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.122;QD=60.1743;RBI=0.0174935;REFB=0;REVB=0.01411;RO=0;SAF=66;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39698e-05;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:105:107:1:39:66:0:0:39:68:0:0 chr9 34382726 . A G 4190.33 PASS AF=1;AO=265;DP=269;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324269;FXX=0.0147053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6107;QD=62.5423;RBI=0.0332243;REFB=0.00112563;REVB=0.00723539;RO=1;SAF=117;SAR=148;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321066;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1945e-05;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:269:268:1:0:265:268:1:148:117:0:1:150:118:0:0 chr9 34521148 . G A 2351.13 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.211;QD=63.9763;RBI=0.0332697;REFB=0;REVB=0.00603789;RO=0;SAF=72;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9412e-05;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:75:72:0:0:75:72:0:0 chr9 34610904 . C CG 38.05 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0248207;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.3556;QD=2.53699;RBI=0.0259961;REFB=-0.0132012;REVB=0.00772848;RO=50;SAF=3;SAR=7;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295652;STB=0.624688;STBP=0.493;TYPE=ins;VARB=0.133655;OID=.;OPOS=34610905;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133333:10:60:8:60:52:3:5:27:25:38:50:3:7:27:23 chr9 34622389 . A C 561.76 PASS AF=0.423611;AO=59;DP=142;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.0162025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7809;QD=15.6044;RBI=0.0306314;REFB=0.0100051;REVB=-0.0259954;RO=83;SAF=31;SAR=28;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554051;STB=0.540466;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0175571;OID=.;OPOS=34622389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:83:83:59:61:0.423611:28:31:48:35:30:31:48:35 chr9 34637690 . T G 120.94 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0903351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0777;QD=14.6595;RBI=0.0906602;REFB=-0.0229206;REVB=-0.00767105;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253924;STB=0.526279;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0644412;OID=.;OPOS=34637690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:5:9:12:6:5:9:13:6 chr9 34723744 . C A 1266.55 PASS AF=0.502041;AO=123;DP=243;FAO=123;FDP=245;FR=.;FRO=122;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=-0.0202563;FXX=0.00809684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8076;QD=20.6784;RBI=0.0222273;REFB=-0.0317578;REVB=0.00915076;RO=118;SAF=51;SAR=72;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238592;STB=0.510115;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0322912;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:245:118:122:123:123:0.502041:72:51:52:66:72:51:53:69 chr9 34723935 . C T 397.27 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00156174;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.47;QD=23.0301;RBI=0.00639744;REFB=-0.0106407;REVB=-0.00620389;RO=29;SAF=29;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116602;STB=0.559197;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00548714;OID=.;OPOS=34723935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:30:39:39:0.565217:10:29:18:11:10:29:19:11 chr9 34724241 . C A 722.25 PASS AF=0.490323;AO=73;DP=154;FAO=76;FDP=155;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.00697769;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.497;QD=18.6387;RBI=0.0153329;REFB=-0.00927997;REVB=0.0136532;RO=80;SAF=31;SAR=42;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107139;STB=0.570089;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0156144;OID=.;OPOS=34724241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:80:79:73:76:0.490323:42:31:43:37:45:31:43:36 chr9 34724786 . G A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.036158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.121;QD=27.235;RBI=0.0377522;REFB=0.00681617;REVB=0.0108548;RO=14;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105498;STB=0.558203;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00237664;OID=.;OPOS=34724786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:10:13:10:4:10:13:10:4 chr9 34724796 . T A 255.67 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00949966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0375;QD=29.2198;RBI=0.0156848;REFB=-0.0104175;REVB=0.0124808;RO=12;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945495;STB=0.551956;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0131077;OID=.;OPOS=34724796;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:9:14:9:3:9:14:9:3 chr9 34724832 . G A 207.77 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=28;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0254547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.052;QD=28.6582;RBI=0.0256533;REFB=-0.0211244;REVB=-0.00318638;RO=9;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646685;STB=0.544704;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0123093;OID=.;OPOS=34724832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:9:9:19:20:0.689655:6:13:7:2:7:13:7:2 chr9 34725047 . C T 542.89 PASS AF=0.385542;AO=64;DP=166;FAO=64;FDP=166;FR=.;FRO=102;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=-0.00018886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.501;QD=13.0816;RBI=0.00411288;REFB=0.00312036;REVB=0.00410854;RO=97;SAF=41;SAR=23;SRF=56;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716841;STB=0.534271;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00453066;OID=.;OPOS=34725047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:97:102:64:64:0.385542:23:41:56:41:23:41:60:42 chr9 34725742 . T C 85.21 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.00261708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3797;QD=10.9952;RBI=0.0238589;REFB=-0.0205135;REVB=-0.0237149;RO=19;SAF=9;SAR=1;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145782;STB=0.53602;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0260751;OID=.;OPOS=34725742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:31:19:20:10:11:0.354839:1:9:16:3:2:9:17:3 chr9 34726470 . G A 818.49 PASS AF=0.318182;AO=105;DP=331;FAO=105;FDP=330;FR=.;FRO=225;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=105;FSRR=120;FWDB=0.00474677;FXX=0.00302106;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.078;QD=9.92112;RBI=0.0758124;REFB=-0.00409474;REVB=0.0756636;RO=224;SAF=55;SAR=50;SRF=105;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651137;STB=0.538898;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00821498;OID=.;OPOS=34726470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:330:224:225:105:105:0.318182:50:55:105:119:50:55:105:120 chr9 34726671 . G A 1012.16 PASS AF=0.538889;AO=96;DP=182;FAO=97;FDP=180;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00983981;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.18;QD=22.4924;RBI=0.018046;REFB=0.00166666;REVB=0.0151273;RO=80;SAF=44;SAR=52;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174981;STB=0.502822;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00155515;OID=.;OPOS=34726671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:80:83:96:97:0.538889:52:44:35:45:52:45:38:45 chr9 34834494 . C T 751.09 PASS AF=0.3003;AO=99;DP=333;FAO=100;FDP=333;FR=.;FRO=233;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=115;FSRR=118;FWDB=0.010288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.069;QD=9.0221;RBI=0.0225025;REFB=-0.00655306;REVB=-0.020013;RO=233;SAF=41;SAR=58;SRF=115;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096952;STB=0.559128;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0178111;OID=.;OPOS=34834494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:233:233:99:100:0.3003:58:41:115:118:59:41:115:118 chr9 34834880 . A C 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00464217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.31;QD=8.23034;RBI=0.0239039;REFB=-0.00161367;REVB=-0.0234489;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868163;STB=0.553091;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00289697;OID=.;OPOS=34834880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:3:7:19:6:3:7:19:6 chr9 34835264 . A G 372.45 PASS AF=0.247788;AO=56;DP=229;FAO=56;FDP=226;FR=.;FRO=170;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=80;FSRR=90;FWDB=-0.0237299;FXX=0.0130999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.91;QD=6.59195;RBI=0.0242042;REFB=-0.00604955;REVB=-0.00476784;RO=172;SAF=24;SAR=32;SRF=82;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061144;STB=0.531958;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0205021;OID=.;OPOS=34835264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:226:172:170:56:56:0.247788:32:24:82:90:32:24:80:90 chr9 34835273 . A C 327.38 PASS AF=0.22807;AO=52;DP=228;FAO=52;FDP=228;FR=.;FRO=176;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=86;FSRR=90;FWDB=0.0250051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.808;QD=5.74348;RBI=0.0259108;REFB=-0.00262177;REVB=0.00679096;RO=169;SAF=24;SAR=28;SRF=79;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00752416;STB=0.520966;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0095938;OID=.;OPOS=34835273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:169:176:52:52:0.22807:28:24:79:90:28:24:86:90 chr9 34835861 . C G 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0254604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.902;QD=18.7846;RBI=0.026994;REFB=-0.00915055;REVB=0.00896913;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027484;STB=0.515311;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00939609;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:18:15:14:19:18:15:14:19 chr9 34978431 . G A 712.11 PASS AF=0.435028;AO=77;DP=178;FAO=77;FDP=177;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=-0.00373077;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.347;QD=16.093;RBI=0.00971483;REFB=-0.00534724;REVB=-0.00896991;RO=98;SAF=36;SAR=41;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104178;STB=0.563269;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00824539;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:98:100:77:77:0.435028:41:36:56:42:41:36:58:42 chr9 35043291 . G T 420.89 PASS AF=0.395161;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.0347734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3681;QD=13.5771;RBI=0.0383718;REFB=-0.00269066;REVB=0.0162234;RO=74;SAF=21;SAR=28;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131262;STB=0.568318;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00465782;OID=.;OPOS=35043291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:74:75:49:49:0.395161:28:21:23:51:28:21:24:51 chr9 35056961 . C A 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00440179;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.53;QD=11.9169;RBI=0.0127286;REFB=-0.00062044;REVB=0.0119432;RO=37;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192045;STB=0.61164;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00112558;OID=.;OPOS=35056961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:15:7:18:19:15:7:18:19 chr9 35062972 . C T 292.48 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00427443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.853;QD=14.6238;RBI=0.0437376;REFB=-0.0115265;REVB=0.0435282;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528535;STB=0.529936;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0194032;OID=.;OPOS=35062972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:15:18:28:19:15:18:28:19 chr9 35089403 . G A 333.69 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0332008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7944;QD=21.8814;RBI=0.038024;REFB=0.044337;REVB=0.0185345;RO=27;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974945;STB=0.553815;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0155623;OID=.;OPOS=35089403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:18:16:16:11:18:16:16:11 chr9 35089432 . AG AA,A 198.57 PASS AF=0.0952381,0.571429;AO=5,18;DP=41;FAO=4,24;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=0,13;FSAR=4,11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.000305883,0.00447368;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.4245,13.7624;QD=18.9117;RBI=0.00436373,0.189955;REFB=-0.0901072,-0.115502;REVB=-0.004353,-0.189903;RO=15;SAF=1,10;SAR=4,8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0.285418;SSSB=-0.333329,0.0719337;STB=0.996398,0.56763;STBP=0.096,0.264;TYPE=snp,del;VARB=0.0749083,0.111014;OID=.,.;OPOS=35089433,35089433;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0952381,0.571429:5,18:41:4,24:42:14:0,13:4,11:5:9:74:15:1,10:4,8:7:8 chr9 35091880 . C T 384.69 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00484992;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4602;QD=19.4779;RBI=0.01764;REFB=0.00997924;REVB=0.0169602;RO=38;SAF=19;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354538;STB=0.518846;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00846622;OID=.;OPOS=35091880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:38:40:39:39:0.493671:20:19:17:21:20:19:18:22 chr9 35092073 . CG C 39.57 PASS AF=0.421053;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0415984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.6913;QD=8.33106;RBI=0.272395;REFB=-0.0830443;REVB=0.2692;RO=10;SAF=6;SAR=0;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.765611;STB=0.685222;STBP=0.208;TYPE=del;VARB=0.151193;OID=.;OPOS=35092074;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:6:19:8:19:11:6:2:5:6:39:10:6:0:4:6 chr9 35107485 . G A 491.27 PASS AF=0.494949;AO=47;DP=97;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00592186;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.768;QD=19.8495;RBI=0.0684873;REFB=-0.020479;REVB=0.0682308;RO=50;SAF=16;SAR=31;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155335;STB=0.569386;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0281891;OID=.;OPOS=35107485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:50:50:47:49:0.494949:31:16:25:25:31:18:25:25 chr9 35107858 . C T 885.32 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517465;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.123;QD=58.0536;RBI=0.0052785;REFB=0;REVB=0.00104193;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01919e-06;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr9 35480564 . T C 1671.59 PASS AF=0.497006;AO=163;DP=331;FAO=166;FDP=334;FR=.;FRO=168;FSAF=75;FSAR=91;FSRF=83;FSRR=85;FWDB=0.0439607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.913;QD=20.019;RBI=0.0439728;REFB=-0.0166173;REVB=0.00103072;RO=166;SAF=74;SAR=89;SRF=83;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425048;STB=0.521355;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0149397;OID=.;OPOS=35480564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:334:166:168:163:166:0.497006:89:74:83:83:91:75:83:85 chr9 35546735 . A G 1014.74 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00891722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.835;QD=57.985;RBI=0.0186323;REFB=-0.144198;REVB=0.0163599;RO=1;SAF=38;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000785021;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:1:0:69:70:1:31:38:1:0:31:39:0:0 chr9 35559213 . C T 321.36 PASS AF=0.344538;AO=40;DP=118;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.00958381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.837;QD=10.802;RBI=0.00981694;REFB=-0.0154715;REVB=-0.00212674;RO=77;SAF=30;SAR=10;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139623;STB=0.561269;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0280012;OID=.;OPOS=35559213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:77:78:40:41:0.344538:10:30:50:27:11:30:51:27 chr9 35562387 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCCATAGT 88.85 PASS AF=0,0.458333;AO=4,3;DP=23;FAO=0,11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=0,4;FSAR=0,7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.162356,0.00191777;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,4;MLLD=12.588,266.105;QD=14.8081;RBI=0.360025,0.0294727;REFB=-0.177355,-0.0340232;REVB=-0.321338,0.0294102;RO=8;SAF=3,3;SAR=1,0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0.478673,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.490298,0;STB=0.5,0.74429;STBP=1,0.059;TYPE=del,ins;VARB=-0.0368257,0.0372298;OID=.,.;OPOS=35562388,35562394;OREF=C,-;OALT=-,TAGT;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCCATAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.458333:4,3:23:0,11:24:13:0,4:0,7:11:2:87:8:3,3:1,0:8:0 chr9 35606884 . G A 771.89 PASS AF=0.423645;AO=86;DP=203;FAO=86;FDP=203;FR=.;FRO=117;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=-0.00931555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.585;QD=15.2096;RBI=0.0172802;REFB=-0.00447424;REVB=0.0145542;RO=115;SAF=45;SAR=41;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194126;STB=0.506023;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00693772;OID=.;OPOS=35606884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:115:117:86:86:0.423645:41:45:58:57:41:45:60:57 chr9 35609201 . T TC 41.8 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0390341;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.1821;QD=3.0962;RBI=0.0390713;REFB=-0.0104868;REVB=0.00170433;RO=47;SAF=8;SAR=2;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438414;STB=0.787291;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.129131;OID=.;OPOS=35609202;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185185:10:57:10:54:44:8:2:20:24:41:47:8:2:21:26 chr9 35618523 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0297402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.334;QD=18.7126;RBI=0.0301246;REFB=-0.0316063;REVB=0.00479742;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741419;STB=0.542122;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0290847;OID=.;OPOS=35618523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:10:9:10:8:10:9 chr9 35660990 . A G 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.485;QD=60.0297;RBI=0.0122173;REFB=0;REVB=0.00773434;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.845e-05;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr9 35662251 . T C 646.77 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0266152;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2252;QD=19.7488;RBI=0.0266836;REFB=-0.0147524;REVB=0.00190963;RO=65;SAF=27;SAR=38;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426934;STB=0.527896;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0194143;OID=.;OPOS=35662251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:65:66:65:65:0.496183:38:27:30:35:38:27:31:35 chr9 35663228 . G C 349.25 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.026405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.273;QD=25.4002;RBI=0.0268978;REFB=-0.0407381;REVB=-0.00512484;RO=21;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578726;STB=0.531736;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0174426;OID=.;OPOS=35663228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:19:15:11:10:19:15:11:10 chr9 35705759 . G A 3229.14 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0706881;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.564;QD=61.8018;RBI=0.0724983;REFB=0;REVB=0.0160996;RO=0;SAF=89;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117084;OID=.;OPOS=35705759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:208:209:1:119:89:0:0:120:89:0:0 chr9 35712003 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.855;QD=56.1915;RBI=0.0544522;REFB=0;REVB=-0.0215313;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18255e-05;OID=.;OPOS=35712003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:19:9:0:0 chr9 35749845 . G C 857.22 PASS AF=0.497143;AO=78;DP=169;FAO=87;FDP=175;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=21;FSRR=67;FWDB=-0.00766702;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.538;QD=19.5935;RBI=0.00909728;REFB=-0.0183524;REVB=0.00489666;RO=91;SAF=24;SAR=54;SRF=23;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645401;STB=0.566974;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0189938;OID=.;OPOS=35749845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:175:91:88:78:87:0.497143:54:24:23:68:56:31:21:67 chr9 35792423 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0202238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3888;QD=14.1699;RBI=0.0202718;REFB=0.00705994;REVB=-0.00139446;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170018;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00989215;OID=.;OPOS=35792423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:7:5:6:4:7:5 chr9 35802583 . C T 1097.75 PASS AF=0.525253;AO=103;DP=197;FAO=104;FDP=198;FR=.;FRO=94;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.039819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2296;QD=22.1768;RBI=0.0398225;REFB=-0.0234383;REVB=0.000525544;RO=91;SAF=45;SAR=58;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498619;STB=0.532255;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0190245;OID=.;OPOS=35802583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:91:94:103:104:0.525253:58:45:45:46:59:45:47:47 chr9 35807401 . AGCTGGGGCC A 362.11 PASS AF=0.330882;AO=45;DP=137;FAO=45;FDP=136;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=-0.0369099;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=9;MLLD=313.862;QD=10.6503;RBI=0.0373867;REFB=-0.00122035;REVB=0.00595221;RO=76;SAF=16;SAR=29;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205708;STB=0.630792;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.00078241;OID=.;OPOS=35807402;OREF=GCTGGGGCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.330882:45:137:45:136:91:16:29:50:41:99:76:16:29:41:35 chr9 35870001 . T C 193.17 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0080213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9053;QD=16.4398;RBI=0.0342885;REFB=0.00389033;REVB=-0.0333371;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13024;STB=0.590723;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00530044;OID=.;OPOS=35870001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:27:20:20:0.425532:9:11:17:8:9:11:19:8 chr9 35910690 . G A 330.42 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0169138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1327;QD=13.4867;RBI=0.0252804;REFB=0.00508184;REVB=0.0187889;RO=60;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360467;STB=0.514375;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00792454;OID=.;OPOS=35910690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:61:37:37:0.377551:21:16:24:36:21:16:25:36 chr9 35957355 . G A 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0080828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.182;QD=18.9042;RBI=0.0110142;REFB=-0.0275859;REVB=-0.007482;RO=40;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058787;STB=0.526847;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0307094;OID=.;OPOS=35957355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:41:39:39:0.4875:17:22:20:20:17:22:21:20 chr9 35957669 . T C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0659523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.566;QD=12.1197;RBI=0.0714568;REFB=-0.0120774;REVB=-0.0275023;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038805;STB=0.50224;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0259826;OID=.;OPOS=35957669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:14:9:15:23:14:9:15:23 chr9 35958047 . T C 564.19 PASS AF=0.548077;AO=49;DP=96;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0238368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.338;QD=21.6996;RBI=0.0238413;REFB=-0.0418682;REVB=0.000460804;RO=46;SAF=21;SAR=28;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101156;STB=0.526307;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0344131;OID=.;OPOS=35958047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:104:46:47:49:57:0.548077:28:21:25:21:30:27:25:22 chr9 36066899 . T C 449.35 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0260104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.436;QD=24.2891;RBI=0.048956;REFB=-0.0132029;REVB=0.0414747;RO=30;SAF=21;SAR=22;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586769;STB=0.538589;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.010663;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:31:43:43:0.581081:22:21:17:13:22:21:18:13 chr9 36085307 . C T 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0124189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.919;QD=21.6642;RBI=0.0169176;REFB=-0.0341345;REVB=-0.0114881;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946114;STB=0.552212;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0299539;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:21:18:19:14:21:18:19:14 chr9 36087876 . G A 1042.94 PASS AF=0.467532;AO=106;DP=230;FAO=108;FDP=231;FR=.;FRO=123;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=0.051763;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.241;QD=18.0596;RBI=0.0545688;REFB=-0.0199184;REVB=0.0172727;RO=124;SAF=50;SAR=56;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197608;STB=0.508314;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0222016;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:124:123:106:108:0.467532:56:50:61:63:57:51:60:63 chr9 36091257 . C T 489.98 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0239101;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.001;QD=16.8957;RBI=0.0240936;REFB=-0.0134045;REVB=-0.00296843;RO=62;SAF=15;SAR=38;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198029;STB=0.607515;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0163097;OID=.;OPOS=36091257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:62:63:53:53:0.456897:38:15:29:33:38:15:29:34 chr9 36105264 . A G 927.39 PASS AF=0.566879;AO=89;DP=157;FAO=89;FDP=157;FR=.;FRO=68;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0170064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.108;QD=23.6278;RBI=0.0186147;REFB=-0.0147808;REVB=-0.00756905;RO=65;SAF=51;SAR=38;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871472;STB=0.544736;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0105861;OID=.;OPOS=36105264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:65:68:89:89:0.566879:38:51:30:35:38:51:32:36 chr9 36110063 . T A 533.54 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.090385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5363;QD=19.9455;RBI=0.0905875;REFB=0.0271196;REVB=0.00605386;RO=51;SAF=26;SAR=29;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323955;STB=0.513269;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.026502;OID=.;OPOS=36110063;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:52:55:55:0.514019:29:26:26:25:29:26:26:26 chr9 36169598 . T C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0411168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.321;QD=15.5771;RBI=0.0419662;REFB=-0.0070644;REVB=-0.00840066;RO=30;SAF=17;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338964;STB=0.692627;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.018607;OID=.;OPOS=36169598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:7:17:11:19:7:17:11:19 chr9 36607660 . A G 304.37 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0423718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.744;QD=11.9361;RBI=0.0500209;REFB=0.011546;REVB=0.0265843;RO=65;SAF=17;SAR=20;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495644;STB=0.528388;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0198024;OID=.;OPOS=36607660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:65:65:37:37:0.362745:20:17:27:38:20:17:27:38 chr9 36671145 . C T 390.96 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.022871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.477;QD=16.6366;RBI=0.0237746;REFB=-0.0205315;REVB=0.00649196;RO=51;SAF=16;SAR=25;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158306;STB=0.599534;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0227766;OID=.;OPOS=36671145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:53:41:41:0.43617:25:16:28:23:25:16:30:23 chr9 36674842 . C T 742.8 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00438356;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.334;QD=55.0223;RBI=0.0219324;REFB=0.0792935;REVB=-0.0214899;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.50746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000130578;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:0:1:53:53:0.981481:20:33:0:0:20:33:1:0 chr9 36674904 . C G 352.44 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00130854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3545;QD=18.3087;RBI=0.0136698;REFB=-0.0227568;REVB=-0.013607;RO=39;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478062;STB=0.519989;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0192405;OID=.;OPOS=36674904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:19:18:21:18:19:18:21:19 chr9 36840623 . G A 2010.06 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.962;QD=60.911;RBI=0.150771;REFB=0;REVB=0.0509141;RO=2;SAF=52;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874157;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:130:132:2:0:128:132:1:76:52:2:0:78:54:0:0 chr9 37429814 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.005;QD=63.2865;RBI=0.0812336;REFB=0;REVB=0.00208012;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043124;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:33:12:0:0:34:12:0:0 chr9 37430876 . C T 360.13 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0507902;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.148;QD=25.2721;RBI=0.0507906;REFB=-0.00948712;REVB=0.000195104;RO=22;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157141;STB=0.586021;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00317429;OID=.;OPOS=37430876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:19:16:15:7:19:16:15:7 chr9 37439785 . G GAAAC 434.21 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00649514;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=254.455;QD=54.2756;RBI=0.00753255;REFB=-0.0457487;REVB=0.00381476;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251798;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=ins;VARB=-2.56776e-05;OID=.;OPOS=37439786;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96875:29:32:31:32:1:20:11:1:0:5:1:18:11:1:0 chr9 37441808 . A G 854.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729716;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.959;QD=57.9085;RBI=0.0729973;REFB=0;REVB=0.00193678;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249575;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr9 37492367 . C T 544.9 PASS AF=0.403846;AO=63;DP=156;FAO=63;FDP=156;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0190318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.686;QD=13.9719;RBI=0.0384462;REFB=-0.00322713;REVB=-0.0334051;RO=93;SAF=26;SAR=37;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042139;STB=0.523723;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00640026;OID=.;OPOS=37492367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:93:93:63:63:0.403846:37:26:42:51:37:26:42:51 chr9 37492679 . G T 711.05 PASS AF=0.4375;AO=76;DP=176;FAO=77;FDP=176;FR=.;FRO=99;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=0.00326248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.584;QD=16.1603;RBI=0.00854744;REFB=-0.00500044;REVB=0.00790032;RO=98;SAF=40;SAR=36;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078024;STB=0.543755;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00519642;OID=.;OPOS=37492679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:98:99:76:77:0.4375:36:40:44:54:36:41:45:54 chr9 37493588 . C T 308.88 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00541195;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.168;QD=11.8799;RBI=0.0124338;REFB=0.000644931;REVB=-0.0111942;RO=65;SAF=23;SAR=15;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755691;STB=0.548729;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00134503;OID=.;OPOS=37493588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:65:66:38:38:0.365385:15:23:35:30:15:23:35:31 chr9 37500895 . T C 339.58 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0560635;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0205;QD=13.3167;RBI=0.0609358;REFB=0.0234924;REVB=-0.0238758;RO=62;SAF=13;SAR=27;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212554;STB=0.621103;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0351766;OID=.;OPOS=37500895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:62:62:40:40:0.392157:27:13:32:30:27:13:32:30 chr9 37501844 . G A 318.4 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0180389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.157;QD=23.1566;RBI=0.0195466;REFB=-0.00721468;REVB=-0.00752801;RO=23;SAF=11;SAR=21;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743881;STB=0.541078;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00459213;OID=.;OPOS=37501844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:21:11:10:13:21:11:10:13 chr9 37503087 . G A 1143.09 PASS AF=0.560209;AO=98;DP=184;FAO=107;FDP=191;FR=.;FRO=84;FSAF=67;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0102508;FXX=0.0103622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3435;QD=23.939;RBI=0.0626215;REFB=-0.0215859;REVB=0.0617768;RO=86;SAF=66;SAR=32;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216366;STB=0.593729;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0192224;OID=.;OPOS=37503087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:191:86:84:98:107:0.560209:32:66:37:49:40:67:35:49 chr9 37503124 . G A 2377.53 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504739;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7357;QD=60.9622;RBI=0.0637616;REFB=0;REVB=0.0389606;RO=0;SAF=80;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620595;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:156:0:0:151:156:1:71:80:0:0:73:83:0:0 chr9 37537557 . G A 87.66 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0466252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8306;QD=15.2445;RBI=0.153175;REFB=-0.0201329;REVB=0.145906;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234457;STB=0.650906;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0345281;OID=.;OPOS=37537557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:23:12:12:10:11:0.478261:5:5:9:3:6:5:9:3 chr9 37692654 . A C 865.53 PASS AF=0.439252;AO=91;DP=213;FAO=94;FDP=214;FR=.;FRO=120;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=82;FSRR=38;FWDB=0.00293248;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.012;QD=16.1781;RBI=0.0358527;REFB=-0.00734043;REVB=0.0357326;RO=121;SAF=50;SAR=41;SRF=82;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135073;STB=0.569313;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0120316;OID=.;OPOS=37692654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:121:120:91:94:0.439252:41:50:82:39:41:53:82:38 chr9 37729786 . C T 1594.13 PASS AF=0.482036;AO=161;DP=331;FAO=161;FDP=334;FR=.;FRO=173;FSAF=92;FSAR=69;FSRF=89;FSRR=84;FWDB=0.0177343;FXX=0.00298499;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6093;QD=19.0914;RBI=0.0240415;REFB=-0.00535291;REVB=-0.0162324;RO=170;SAF=92;SAR=69;SRF=87;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564201;STB=0.529866;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00674446;OID=.;OPOS=37729786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:334:170:173:161:161:0.482036:69:92:87:83:69:92:89:84 chr9 37732389 . G A 728.13 PASS AF=0.487179;AO=76;DP=156;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0588282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.63;QD=18.6699;RBI=0.0595489;REFB=-0.0112153;REVB=0.00923654;RO=80;SAF=52;SAR=24;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249591;STB=0.638111;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0165678;OID=.;OPOS=37732389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:80:80:76:76:0.487179:24:52:34:46:24:52:34:46 chr9 37866746 . T A 52.15 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0218283;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=118.547;QD=6.32093;RBI=0.022312;REFB=-0.00290939;REVB=-0.00462095;RO=24;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558212;STB=0.852718;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0113392;OID=.;OPOS=37866746;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:24:25:8:8:0.242424:1:7:10:14:1:7:11:14 chr9 37866747 . TA T 66.15 PASS AF=0.346154;AO=5;DP=28;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0693898;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.846;QD=10.1776;RBI=0.0704052;REFB=-0.0115425;REVB=-0.0119137;RO=20;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497279;STB=0.902385;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0389483;OID=.;OPOS=37866748;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:5:28:9:26:17:8:1:4:13:66:20:4:1:7:13 chr9 37974743 . T C 2849.21 PASS AF=0.994536;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00465529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.631;QD=62.2778;RBI=0.00663838;REFB=0.0161466;REVB=-0.00473248;RO=1;SAF=77;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004513;STB=0.502369;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-7.17266e-05;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:183:1:1:182:182:0.994536:105:77:0:1:105:77:0:1 chr9 38395928 . C T 1154.19 PASS AF=0.530516;AO=112;DP=219;FAO=113;FDP=213;FR=.;FRO=100;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=66;FSRR=34;FWDB=0.00484956;FXX=0.027396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.3;QD=21.675;RBI=0.00964049;REFB=0.00621451;REVB=0.00833191;RO=94;SAF=68;SAR=44;SRF=63;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561032;STB=0.52885;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00620438;OID=.;OPOS=38395928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:213:94:100:112:113:0.530516:44:68:63:31:45:68:66:34 chr9 38395940 . T C 2470.82 PASS AF=0.857143;AO=170;DP=221;FAO=186;FDP=217;FR=.;FRO=31;FSAF=133;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=30;FWDB=-0.058275;FXX=0.0180987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6693;QD=45.5451;RBI=0.0582949;REFB=-0.0356337;REVB=0.00152429;RO=0;SAF=131;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.608499;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0259366;OID=.;OPOS=38395940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:217:0:31:170:186:0.857143:39:131:0:0:53:133:1:30 chr9 38396002 . C T 1128.8 PASS AF=0.547264;AO=108;DP=199;FAO=110;FDP=201;FR=.;FRO=91;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0173804;FXX=0.00985173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.955;QD=22.4637;RBI=0.0214577;REFB=-0.0283707;REVB=-0.0125839;RO=89;SAF=52;SAR=56;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850281;STB=0.540497;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0224525;OID=.;OPOS=38396002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:89:91:108:110:0.547264:56:52:52:37:57:53:52:39 chr9 38396065 . G T 570.41 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0172896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2885;QD=18.55;RBI=0.0177848;REFB=-0.0276646;REVB=-0.00416738;RO=63;SAF=20;SAR=40;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486219;STB=0.526937;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0242572;OID=.;OPOS=38396065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:63:60:60:0.487805:40:20:24:39:40:20:24:39 chr9 38396502 . G A 2216.81 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0984;QD=63.3375;RBI=0.0343514;REFB=0;REVB=-0.0334677;RO=0;SAF=62;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126088;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:78:62:0:0:78:62:0:0 chr9 38397355 . G C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.096;QD=57.2004;RBI=0.0119344;REFB=0;REVB=0.00676948;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8972e-05;OID=.;OPOS=38397355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr9 38397915 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.054178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.901;QD=15.2929;RBI=0.0542277;REFB=-0.0139669;REVB=-0.00232045;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372859;STB=0.713877;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0355834;OID=.;OPOS=38397915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:1:8:4:5:1:8 chr9 38398150 . G C 614.58 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0102341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.506;QD=21.9494;RBI=0.0151563;REFB=-0.0177026;REVB=0.0111793;RO=51;SAF=30;SAR=31;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637557;STB=0.53494;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0112081;OID=.;OPOS=38398150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:51:61:61:0.544643:31:30:29:22:31:30:29:22 chr9 38571986 . C G 2159.25 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3299;QD=63.0438;RBI=0.0479626;REFB=0;REVB=-0.0316881;RO=0;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27547e-05;OID=.;OPOS=38571986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:70:66:0:0:71:66:0:0 chr9 38588602 . T C 1256.16 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0348844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.083;QD=59.1135;RBI=0.0726456;REFB=-0.151962;REVB=0.0637217;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.510867;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00189549;OID=.;OPOS=38588602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:0:2:83:83:0.976471:45:38:0:0:45:38:0:2 chr9 38595886 . T C 1580.22 PASS AF=0.940171;AO=109;DP=117;FAO=110;FDP=117;FR=.;FRO=7;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0331973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.001;QD=54.0247;RBI=0.0335433;REFB=-0.213417;REVB=0.00480516;RO=7;SAF=47;SAR=62;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065625;STB=0.533974;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00695822;OID=.;OPOS=38595886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:117:117:7:7:109:110:0.940171:62:47:7:0:62:48:7:0 chr9 38603140 . A AT 965.96 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170706;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=275.363;QD=58.5431;RBI=0.0233937;REFB=0;REVB=-0.0159956;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00023072;OID=.;OPOS=38603141;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:66:66:66:0:28:38:0:0:5:0:28:37:0:0 chr9 38607506 . G A 381.16 PASS AF=0.330986;AO=47;DP=141;FAO=47;FDP=142;FR=.;FRO=95;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=-0.0170353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.908;QD=10.7369;RBI=0.0298184;REFB=-0.0119883;REVB=-0.0244732;RO=94;SAF=19;SAR=28;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253656;STB=0.511609;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0213918;OID=.;OPOS=38607506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:94:95:47:47:0.330986:28:19:40:54:28:19:40:55 chr9 38615698 . C T 1219.29 PASS AF=0.460432;AO=129;DP=280;FAO=128;FDP=278;FR=.;FRO=150;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=70;FSRR=80;FWDB=-0.0245647;FXX=0.0071426;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8429;QD=17.5437;RBI=0.0499538;REFB=0.0036446;REVB=-0.0434966;RO=150;SAF=60;SAR=69;SRF=71;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00803207;STB=0.503108;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00436479;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:278:150:150:129:128:0.460432:69:60:71:79:69:59:70:80 chr9 38621995 . C T 377.37 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0518441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.939;QD=18.6353;RBI=0.0523784;REFB=-0.00700851;REVB=0.00746278;RO=42;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596026;STB=0.538338;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00782916;OID=.;OPOS=38621995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:42:38:39:0.481481:14:24:24:18:14:25:24:18 chr9 39086695 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.952;QD=42.1826;RBI=0.0275205;REFB=0;REVB=0.0263166;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020019;OID=.;OPOS=39086695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr9 39103743 . C T 2263.4 PASS AF=0.980645;AO=150;DP=153;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0227036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.542;QD=58.4103;RBI=0.0263499;REFB=-0.0520097;REVB=0.013374;RO=3;SAF=99;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135043;STB=0.507152;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00051408;OID=.;OPOS=39103743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:153:155:3:3:150:152:0.980645:51:99:1:2:51:101:1:2 chr9 39118196 . C A 410.28 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0408;QD=54.7045;RBI=0.115459;REFB=0;REVB=0.0802048;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040954;OID=.;OPOS=39118196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:1:0:29:30:1:12:17:0:1:13:17:0:0 chr9 39118205 . G T 556.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.572;QD=60.2154;RBI=0.0803929;REFB=0;REVB=-0.0797049;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298978;OID=.;OPOS=39118205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr9 39118207 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9818;QD=60.2286;RBI=0.0320567;REFB=0;REVB=-0.0128248;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000671814;OID=.;OPOS=39118207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr9 39287976 . C T 486.75 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=60;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0378401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.121;QD=32.4501;RBI=0.0378502;REFB=-0.0744853;REVB=0.00087644;RO=17;SAF=18;SAR=25;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120251;STB=0.565051;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0161418;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:17:43:43:0.716667:25:18:11:6:25:18:11:6 chr9 40503085 . A G 748.52 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.624;QD=62.3767;RBI=0.0612497;REFB=0;REVB=0.0210495;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223214;OID=.;OPOS=40503085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:33:14:0:0:33:15:0:0 chr9 40503105 . G C 104.9 PASS AF=0.209877;AO=16;DP=80;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=46;FWDB=0.0412992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3283;QD=5.18031;RBI=0.0810739;REFB=-0.0090443;REVB=0.0697664;RO=64;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209759;STB=0.610473;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0490481;OID=.;OPOS=40503105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:64:64:16:17:0.209877:9:7:18:46:10:7:18:46 chr9 40503123 . C T 907.91 PASS AF=0.739583;AO=71;DP=96;FAO=71;FDP=96;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0182804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9204;QD=37.8294;RBI=0.0186915;REFB=0.0411369;REVB=0.00389878;RO=24;SAF=20;SAR=51;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296239;STB=0.524647;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0135086;OID=.;OPOS=40503123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:24:25:71:71:0.739583:51:20:8:16:51:20:9:16 chr9 40784182 . TA T,TG 1305.8 PASS AF=0.091954,0.908046;AO=15,73;DP=89;FAO=8,79;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34;FSAR=8,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377996,0.0398905;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.573,122.942;QD=60.0367;RBI=0.0384164,0.0455886;REFB=0,0;REVB=0.00685657,0.0220695;RO=0;SAF=4,29;SAR=11,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33019e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0293149,0.00233129;OID=.,.;OPOS=40784183,40784183;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.091954,0.908046:15,73:89:8,79:87:0:0,34:8,45:0:0:26:0:4,29:11,44:0:0 chr9 43685357 . C A 662.22 PASS AF=0.578947;AO=62;DP=106;FAO=66;FDP=114;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0170669;FXX=0.0172399;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.993;QD=23.2357;RBI=0.0224089;REFB=-0.0172355;REVB=0.0145216;RO=42;SAF=28;SAR=34;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888368;STB=0.541389;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0148388;OID=.;OPOS=43685357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:114:42:48:62:66:0.578947:34:28:24:18:34:32:28:20 chr9 43818062 . T A 661.31 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0161615;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.461;QD=60.1193;RBI=0.0270869;REFB=-0.0575548;REVB=0.0217372;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000234205;OID=.;OPOS=43818062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:22:21:0:1:22:21:0:1 chr9 43822686 . C A 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00150715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.718;QD=23.0011;RBI=0.0110619;REFB=0.0141963;REVB=-0.0109587;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758472;STB=0.541976;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00958662;OID=.;OPOS=43822686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:16:13:12:10:16:13:12:10 chr9 43822704 . G A 332.69 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0124468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.773;QD=26.6151;RBI=0.0253703;REFB=-0.00157343;REVB=0.0221072;RO=21;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575985;STB=0.531834;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00149046;OID=.;OPOS=43822704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:16:13:11:10:16:13:11:10 chr9 43822762 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0121699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.025;QD=22.3411;RBI=0.0328077;REFB=-0.0211583;REVB=-0.0304671;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435261;STB=0.524448;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0148563;OID=.;OPOS=43822762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:7:7:10:8:7:7 chr9 43861081 . T G 106.31 PASS AF=0.172414;AO=20;DP=116;FAO=20;FDP=116;FR=.;FRO=96;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.0764827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.848;QD=3.6659;RBI=0.0781487;REFB=-0.0136048;REVB=-0.0160505;RO=96;SAF=17;SAR=3;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494311;STB=0.826261;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0630458;OID=.;OPOS=43861081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:96:96:20:20:0.172414:3:17:46:50:3:17:46:50 chr9 43885064 . G A 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.00804227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.75;QD=6.95167;RBI=0.0126046;REFB=-0.0141834;REVB=-0.00970561;RO=46;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199259;STB=0.620116;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0444314;OID=.;OPOS=43885064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:9:7:13:33:9:7:13:33 chr9 44850313 . C T 130.96 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0133153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.682;QD=10.2713;RBI=0.0201481;REFB=-0.0236062;REVB=0.0151212;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104392;STB=0.506227;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0435738;OID=.;OPOS=44850313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:9:7:15:20:9:7:15:20 chr9 44850318 . C T 47.78 PASS AF=0.163265;AO=5;DP=46;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0113373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7327;QD=3.90008;RBI=0.0135769;REFB=-0.0190758;REVB=0.00746978;RO=41;SAF=3;SAR=2;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207369;STB=0.671228;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0532987;OID=.;OPOS=44850318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:46:49:41:41:5:8:0.163265:2:3:17:24:3:5:17:24 chr9 46386910 . T C 30.43 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00127464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.2547;QD=12.1705;RBI=0.0187511;REFB=-0.0442359;REVB=0.0187077;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0518422;OID=.;OPOS=46386910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr9 46386956 . C G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0315766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.406;QD=14.6525;RBI=0.0315771;REFB=-0.0356457;REVB=0.000175502;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.029901;OID=.;OPOS=46386956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:2:3:4:2:2:3 chr9 46386994 . CC TA 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0653889;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=119.907;QD=14.6525;RBI=0.0749413;REFB=0.0123647;REVB=0.0366126;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.914;TYPE=mnp;VARB=-0.00627955;OID=.;OPOS=46386994;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:2:3:4:2:2:3 chr9 66457018 . C T 72.25 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0122399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3961;QD=8.49998;RBI=0.0547087;REFB=-0.000799584;REVB=0.0533219;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00731335;OID=.;OPOS=66457018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:12:12:5:5:12:12 chr9 66457019 . G A 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0115359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.926;QD=5.01782;RBI=0.0160262;REFB=-0.00226148;REVB=0.0111249;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107181;STB=0.571225;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0181238;OID=.;OPOS=66457019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:4:3:14:13:4:3:14:13 chr9 66457027 . T A 42.46 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00516139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.445;QD=4.85247;RBI=0.0383067;REFB=-0.00348137;REVB=-0.0379574;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855974;STB=0.557213;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0339956;OID=.;OPOS=66457027;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:4:3:14:14:4:3:14:14 chr9 66457076 . T C 62.99 PASS AF=0.169014;AO=10;DP=70;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0232619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5311;QD=3.54877;RBI=0.0372271;REFB=-0.00281888;REVB=0.0290644;RO=59;SAF=6;SAR=4;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153541;STB=0.590014;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0148943;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:70:71:59:59:10:12:0.169014:4:6:28:31:5:7:28:31 chr9 66457127 . GCA ACA,ATG 65.02 PASS AF=0.118421,0.0526316;AO=9,4;DP=76;FAO=9,4;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=4,1;FSAR=5,3;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0213961,-0.00637077;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=139.535,179.99;QD=3.42221;RBI=0.0387109,0.0283761;REFB=-0.00725054,-0.00452733;REVB=-0.0322606,-0.0276517;RO=62;SAF=4,1;SAR=5,3;SRF=30;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0477306,-0.229175;STB=0.527888,0.719794;STBP=0.817,0.451;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0101308,0.063507;OID=.,.;OPOS=66457127,66457127;OREF=G,GCA;OALT=A,ATG;OMAPALT=ACA,ATG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:76:76:62:63:9,4:9,4:0.118421,0.0526316:5,3:4,1:30:32:5,3:4,1:30:33 chr9 66457151 . G C 31.03 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0380187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.395;QD=1.77339;RBI=0.039432;REFB=-0.00447566;REVB=-0.0104623;RO=63;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162902;STB=0.626156;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0805944;OID=.;OPOS=66457151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:63:63:7:7:0.1:3:4:27:36:3:4:27:36 chr9 66457191 . ATA AAA,AAG,AGG 74.18 PASS AF=0.32,0,0;AO=2,2,4;DP=27;FAO=8,0,0;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=1,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0299048,-0.0453044,-0.0446816;FXX=0.0740466;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,2;MLLD=130.269,109.751,94.2479;QD=11.8693;RBI=0.0307173,0.0530638,0.0469625;REFB=-0.0348869,-0.0564491,-0.0473799;REVB=-0.00701798,-0.0276274,-0.0144577;RO=15;SAF=1,0,0;SAR=1,2,4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.10165,-0.583083,-0.701367;STB=0.842438,0.5,0.5;STBP=0.035,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0484032,0,0;OID=.,.,.;OPOS=66457192,66457192,66457192;OREF=T,TA,TA;OALT=A,AG,GG;OMAPALT=AAA,AAG,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0,0:2,2,4:27:8,0,0:25:15:1,0,0:7,0,0:9:6:59:15:1,0,0:1,2,4:9:6 chr9 66457195 . A G 42.38 PASS AF=0.259259;AO=8;DP=24;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0276404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.771;QD=6.27879;RBI=0.027832;REFB=-0.0252103;REVB=0.00326009;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485258;STB=0.749167;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0243441;OID=.;OPOS=66457195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:24:27:16:20:8:7:0.259259:7:1:8:8:6:1:8:12 chr9 66457216 . A G 69.2 PASS AF=0.473684;AO=7;DP=16;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0164474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.717;QD=14.5685;RBI=0.0172009;REFB=-0.00483783;REVB=0.00503554;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.633877;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00791639;OID=.;OPOS=66457216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:16:19:8:10:7:9:0.473684:3:4:2:6:5:4:2:8 chr9 66457253 . A G 55.39 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0257753;FXX=0.269127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0768;QD=11.6615;RBI=0.0308107;REFB=-0.0139818;REVB=-0.01688;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407194;STB=0.737211;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0336323;OID=.;OPOS=66457253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:1:11:4:3:1:11 chr9 66457265 . C A 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0509712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.617;QD=4.30359;RBI=0.0630454;REFB=-0.00468833;REVB=-0.0371034;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516049;STB=0.848886;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0279038;OID=.;OPOS=66457265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:1:5:10:16:1:5:10:16 chr9 66457270 . G A 33.59 PASS AF=0.2;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00751266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5316;QD=4.47884;RBI=0.00851716;REFB=-0.0178381;REVB=-0.00401271;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403803;STB=0.791633;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0492872;OID=.;OPOS=66457270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:29:30:23:24:6:6:0.2:1:5:12:11:1:5:12:12 chr9 66457313 . G A 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.0134708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.832;QD=14.6468;RBI=0.081287;REFB=-0.0598218;REVB=0.080163;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341835;STB=0.691157;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0669552;OID=.;OPOS=66457313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:18:1:4:10:18:1 chr9 66457317 . C T 34.26 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=2;FWDB=-0.019344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5852;QD=4.15308;RBI=0.039389;REFB=-0.0137728;REVB=0.0343118;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582897;STB=0.847886;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0302114;OID=.;OPOS=66457317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:25:2:3:3:25:2 chr9 66457324 . G A 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=2;FWDB=-0.0267796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.797;QD=4.1661;RBI=0.0791691;REFB=-0.00829284;REVB=-0.0745023;RO=33;SAF=4;SAR=3;SRF=31;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574997;STB=0.839522;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0473928;OID=.;OPOS=66457324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:3:4:31:2:3:4:31:2 chr9 66457388 . T G 240.89 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=1;FWDB=0.00460927;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.696;QD=20.9472;RBI=0.0809312;REFB=-0.0185502;REVB=0.0807999;RO=23;SAF=20;SAR=2;SRF=22;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15009;STB=0.577123;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0196895;OID=.;OPOS=66457388;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:22:23:0.5:2:20:22:1:2:21:22:1 chr9 66457399 . T G 68.19 PASS AF=0.204082;AO=9;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=1;FWDB=0.00547446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.867;QD=5.56684;RBI=0.0432439;REFB=0.00187483;REVB=0.042896;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=38;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.65719;STB=0.854059;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00786348;OID=.;OPOS=66457399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:9:10:0.204082:4:5:38:1:4:6:38:1 chr9 66457440 . A G 35.96 PASS AF=0.0759494;AO=12;DP=162;FAO=12;FDP=158;FR=.;FRO=146;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=73;FSRR=73;FWDB=0.0045339;FXX=0.0246898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.647;QD=0.91049;RBI=0.00572793;REFB=-0.00185718;REVB=-0.00350042;RO=148;SAF=6;SAR=6;SRF=73;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0240725;OID=.;OPOS=66457440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:162:158:148:146:12:12:0.0759494:6:6:73:75:6:6:73:73 chr9 66457451 . T C 91.33 PASS AF=0.128049;AO=21;DP=165;FAO=21;FDP=164;FR=.;FRO=143;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=80;FWDB=-0.0264271;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1614;QD=2.22765;RBI=0.029868;REFB=0.00208386;REVB=0.0139179;RO=142;SAF=10;SAR=11;SRF=62;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499292;STB=0.531202;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00518107;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:165:164:142:143:21:21:0.128049:11:10:62:80:11:10:63:80 chr9 66457460 . G A 38.67 PASS AF=0.077381;AO=13;DP=168;FAO=13;FDP=168;FR=.;FRO=155;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=86;FWDB=-0.00650283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.66;QD=0.92064;RBI=0.0216948;REFB=-0.000750138;REVB=-0.0206973;RO=153;SAF=6;SAR=7;SRF=69;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119408;STB=0.515212;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0121731;OID=.;OPOS=66457460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:168:168:153:155:13:13:0.077381:7:6:69:84:7:6:69:86 chr9 66457465 . T G 261.3 PASS AF=0.248485;AO=45;DP=172;FAO=41;FDP=165;FR=.;FRO=124;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=71;FWDB=-0.000342557;FXX=0.0406953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.45;QD=6.33451;RBI=0.0627087;REFB=-0.00978275;REVB=-0.0627078;RO=123;SAF=19;SAR=26;SRF=53;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109298;STB=0.509859;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0356055;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:165:123:124:45:41:0.248485:26:19:53:70:24:17:53:71 chr9 66457467 . GTTTTTTTC GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT 977.83 PASS AF=0.269504,0.382979,0.276596;AO=25,42,29;DP=167;FAO=38,54,39;FDP=141;FR=.;FRO=10;FSAF=12,22,19;FSAR=26,32,20;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.144198,-0.0245477,-0.0761997;FXX=0.155679;HRUN=7,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=8.27255,17.1413,18.9877;QD=27.74;RBI=0.444349,0.0275946,0.162553;REFB=-0.156,0.0485764,0.10438;REVB=-0.420301,-0.0126045,0.143586;RO=14;SAF=7,17,19;SAR=18,25,10;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.339946,-0.176422,-0.0888012;STB=0.607418,0.562038,0.563642;STBP=0.017,0.027,0.099;TYPE=del,del,snp;VARB=0.177589,-0.0216897,0.0448643;OID=.,.,.;OPOS=66457468,66457475,66457475;OREF=T,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.269504,0.382979,0.276596:25,42,29:167:38,54,39:141:10:12,22,19:26,32,20:8:2:99:14:7,17,19:18,25,10:11:3 chr9 66457480 . G A 86.17 PASS AF=0.109005;AO=23;DP=214;FAO=23;FDP=211;FR=.;FRO=188;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=71;FSRR=117;FWDB=0.0343996;FXX=0.014018;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9832;QD=1.63359;RBI=0.066443;REFB=0.0231808;REVB=0.0568448;RO=182;SAF=9;SAR=14;SRF=70;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086836;STB=0.512821;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0603588;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:214:211:182:188:23:23:0.109005:14:9:70:112:14:9:71:117 chr9 66457498 . G T 108.63 PASS AF=0.115538;AO=26;DP=266;FAO=29;FDP=251;FR=.,HEALED;FRO=222;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=67;FSRR=155;FWDB=-0.00334309;FXX=0.077203;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.548;QD=1.73117;RBI=0.0606192;REFB=-0.00477035;REVB=-0.0605269;RO=150;SAF=12;SAR=14;SRF=56;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115285;STB=0.688185;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0303898;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:251:150:222:26:29:0.115538:14:12:56:94:14:15:67:155 chr9 66457513 . A T 32.97 PASS AF=0.056213;AO=20;DP=342;FAO=19;FDP=338;FR=.;FRO=319;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=101;FSRR=218;FWDB=0.00292906;FXX=0.0116956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.38;QD=0.390226;RBI=0.0535106;REFB=-0.00117143;REVB=-0.0534304;RO=313;SAF=3;SAR=17;SRF=101;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228172;STB=0.703049;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0210071;OID=.;OPOS=66457513;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:342:338:313:319:20:19:0.056213:17:3:101:212:16:3:101:218 chr9 66457549 . A T 131.95 PASS AF=0.102362;AO=39;DP=402;FAO=39;FDP=381;FR=.;FRO=342;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=123;FSRR=219;FWDB=-0.0183029;FXX=0.0545892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.015;QD=1.38525;RBI=0.0501787;REFB=-0.0066254;REVB=-0.0467216;RO=340;SAF=19;SAR=20;SRF=123;SRR=217;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157652;STB=0.615173;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0488468;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:381:340:342:39:39:0.102362:20:19:123:217:20:19:123:219 chr9 66457562 . C T 31.09 PASS AF=0.0502646;AO=18;DP=377;FAO=19;FDP=378;FR=.,HEALED;FRO=359;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=135;FSRR=224;FWDB=-0.0154212;FXX=0.0130545;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.812;QD=0.328945;RBI=0.0349383;REFB=-0.00252045;REVB=-0.0313508;RO=305;SAF=4;SAR=14;SRF=116;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179691;STB=0.622085;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0384939;OID=.;OPOS=66457562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:377:378:305:359:18:19:0.0502646:14:4:116:189:14:5:135:224 chr9 66457585 . G T 166.93 PASS AF=0.128527;AO=36;DP=315;FAO=41;FDP=319;FR=.;FRO=278;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=104;FSRR=174;FWDB=-0.0139844;FXX=0.0031249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.903;QD=2.0931;RBI=0.0216255;REFB=-0.00772976;REVB=0.0164955;RO=277;SAF=14;SAR=22;SRF=104;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177751;STB=0.51487;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.043916;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:319:277:278:36:41:0.128527:22:14:104:173:25:16:104:174 chr9 66457588 . T C 414.37 PASS AF=0.219745;AO=68;DP=312;FAO=69;FDP=314;FR=.;FRO=245;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=93;FSRR=152;FWDB=0.0424664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.447;QD=5.27853;RBI=0.0450204;REFB=-0.00412243;REVB=-0.0149479;RO=242;SAF=26;SAR=42;SRF=91;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085918;STB=0.502306;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0361484;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:314:242:245:68:69:0.219745:42:26:91:151:43:26:93:152 chr9 66457594 . A G 2164.24 PASS AF=0.675373;AO=171;DP=287;FAO=181;FDP=268;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=71;FSAR=110;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=-0.0119643;FXX=0.0853213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.264;QD=32.3021;RBI=0.0300901;REFB=-0.0378873;REVB=0.0276092;RO=85;SAF=69;SAR=102;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250865;STB=0.509271;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0152577;OID=.;OPOS=66457594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:268:85:85:171:181:0.675373:102:69:31:54:110:71:31:54 chr9 66457628 . G A 82.73 PASS AF=0.106796;AO=22;DP=203;FAO=22;FDP=206;FR=.;FRO=184;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=123;FWDB=0.0855784;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7451;QD=1.60646;RBI=0.0864773;REFB=-0.0034342;REVB=-0.0124364;RO=176;SAF=13;SAR=9;SRF=61;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29673;STB=0.720228;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0507569;OID=.;OPOS=66457628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:203:206:176:184:22:22:0.106796:9:13:61:115:9:13:61:123 chr9 66458150 . C T 270.73 PASS AF=0.123878;AO=67;DP=555;FAO=69;FDP=557;FR=.;FRO=488;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=271;FSRR=217;FWDB=-0.0276339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.514;QD=1.9442;RBI=0.0276849;REFB=-0.00542417;REVB=-0.00167912;RO=478;SAF=33;SAR=34;SRF=264;SRR=214;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759505;STB=0.542174;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0381006;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:555:557:478:488:67:69:0.123878:34:33:264:214:34:35:271:217 chr9 66458154 . A AC 74.14 PASS AF=0.118613;AO=63;DP=562;FAO=65;FDP=548;FR=.;FRO=483;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=263;FSRR=220;FWDB=0.0450688;FXX=0.0214282;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.0935;QD=0.541181;RBI=0.0462028;REFB=0.00257053;REVB=0.0101737;RO=487;SAF=32;SAR=31;SRF=267;SRR=220;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508041;STB=0.532484;STBP=0.595;TYPE=ins;VARB=-0.0157979;OID=.;OPOS=66458155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.118613:63:562:65:548:483:33:32:263:220:74:487:32:31:267:220 chr9 66458175 . C T 40.05 PASS AF=0.0510204;AO=30;DP=582;FAO=30;FDP=588;FR=.;FRO=558;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=298;FSRR=260;FWDB=0.0155009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0796;QD=0.272435;RBI=0.0274518;REFB=-0.00426066;REVB=-0.0226566;RO=552;SAF=10;SAR=20;SRF=294;SRR=258;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196637;STB=0.656609;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0861912;OID=.;OPOS=66458175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:582:588:552:558:30:30:0.0510204:20:10:294:258:19:11:298:260 chr9 66458183 . A G 121.17 PASS AF=0.0814941;AO=39;DP=580;FAO=48;FDP=589;FR=.;FRO=541;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=277;FSRR=264;FWDB=0.0276368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.478;QD=0.82291;RBI=0.0380771;REFB=0.00218344;REVB=0.026193;RO=525;SAF=21;SAR=18;SRF=266;SRR=259;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035299;STB=0.546539;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.0136265;OID=.;OPOS=66458183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:580:589:525:541:39:48:0.0814941:18:21:266:259:21:27:277:264 chr9 66458195 . TC GA,GC 553.46 PASS AF=0.0566372,0.139823;AO=32,79;DP=569;FAO=32,79;FDP=565;FR=.;FRO=454;FSAF=13,37;FSAR=19,42;FSRF=232;FSRR=222;FWDB=-0.022397,-0.00758812;FXX=0.00877178;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=173.335,71.2851;QD=3.9183;RBI=0.0229232,0.014898;REFB=-0.00338629,-0.00304463;REVB=0.00488357,-0.0128207;RO=446;SAF=13,37;SAR=19,42;SRF=228;SRR=218;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.114796,-0.0554539;STB=0.597653,0.536305;STBP=0.255,0.489;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0232429,0.00905049;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:569:565:446:454:32,79:32,79:0.0566372,0.139823:19,42:13,37:228:218:19,42:13,37:232:222 chr9 66458198 . C G 265.23 PASS AF=0.122558;AO=69;DP=567;FAO=69;FDP=563;FR=.;FRO=494;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=243;FSRR=251;FWDB=0.00496309;FXX=0.00705455;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8462;QD=1.88437;RBI=0.0596314;REFB=-0.000835666;REVB=0.0594245;RO=490;SAF=40;SAR=29;SRF=242;SRR=248;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109141;STB=0.577089;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00720272;OID=.;OPOS=66458198;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:567:563:490:494:69:69:0.122558:29:40:242:248:29:40:243:251 chr9 66458231 . GCC GC,GCG 2580.53 PASS AF=0.68997,0.0395137;AO=206,18;DP=342;FAO=227,13;FDP=329;FR=.;FRO=89;FSAF=132,4;FSAR=95,9;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.0515798,0.00520698;FXX=0.0810033;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.7116,17.3984;QD=31.3743;RBI=0.065565,0.0337212;REFB=-0.0694617,-0.0400363;REVB=-0.0404759,-0.0333167;RO=90;SAF=127,4;SAR=79,14;SRF=44;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0752405,-0.354923;STB=0.524998,0.666405;STBP=0.17,0.212;TYPE=del,snp;VARB=0.030779,-0.0188513;OID=.,.;OPOS=66458232,66458233;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.68997,0.0395137:206,18:342:227,13:329:89:132,4:95,9:44:45:99:90:127,4:79,14:44:46 chr9 66458240 . G A 120.58 PASS AF=0.10084;AO=36;DP=357;FAO=36;FDP=357;FR=.;FRO=321;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=166;FSRR=155;FWDB=-0.0214907;FXX=0.00279322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.69;QD=1.35105;RBI=0.0229945;REFB=-0.00329872;REVB=-0.00817904;RO=314;SAF=19;SAR=17;SRF=160;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223465;STB=0.509585;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0378957;OID=.;OPOS=66458240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:357:314:321:36:36:0.10084:17:19:160:154:17:19:166:155 chr9 66499220 . C T 204.92 PASS AF=0.174107;AO=39;DP=224;FAO=39;FDP=224;FR=.;FRO=185;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=81;FSRR=104;FWDB=0.0209537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3995;QD=3.65921;RBI=0.0248733;REFB=0.0011943;REVB=0.0134024;RO=181;SAF=17;SAR=22;SRF=81;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151683;STB=0.501628;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.00586729;OID=.;OPOS=66499220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:181:185:39:39:0.174107:22:17:81:100:22:17:81:104 chr9 66499336 . A C 87.84 PASS AF=0.107143;AO=24;DP=224;FAO=24;FDP=224;FR=.;FRO=200;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=75;FSRR=125;FWDB=-0.0441069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.677;QD=1.56858;RBI=0.0442062;REFB=-0.00035136;REVB=0.0029608;RO=200;SAF=3;SAR=21;SRF=75;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37563;STB=0.788735;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00180515;OID=.;OPOS=66499336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:224:224:200:200:24:24:0.107143:21:3:75:125:21:3:75:125 chr9 66499356 . G A 88.75 PASS AF=0.12426;AO=21;DP=168;FAO=21;FDP=169;FR=.;FRO=148;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=97;FWDB=-0.0149616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.684;QD=2.10065;RBI=0.0149913;REFB=-0.00613801;REVB=-0.000943426;RO=147;SAF=3;SAR=18;SRF=51;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325825;STB=0.737776;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0276559;OID=.;OPOS=66499356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:168:169:147:148:21:21:0.12426:18:3:51:96:18:3:51:97 chr9 66553812 . G A 69.06 PASS AF=0.0994764;AO=19;DP=191;FAO=19;FDP=191;FR=.;FRO=172;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=72;FSRR=100;FWDB=-0.000693303;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.514;QD=1.44636;RBI=0.0279484;REFB=-0.00242632;REVB=0.0279398;RO=154;SAF=9;SAR=10;SRF=63;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801239;STB=0.549948;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0181837;OID=.;OPOS=66553812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:191:191:154:172:19:19:0.0994764:10:9:63:91:10:9:72:100 chr9 68415318 . G A 34.51 PASS AF=0.0604982;AO=17;DP=273;FAO=17;FDP=281;FR=.;FRO=264;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=109;FSRR=155;FWDB=-0.0211442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.819;QD=0.491182;RBI=0.0212259;REFB=-0.00225971;REVB=-0.00186113;RO=256;SAF=7;SAR=10;SRF=103;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103045;STB=0.501079;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0455484;OID=.;OPOS=68415318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:273:281:256:264:17:17:0.0604982:10:7:103:153:10:7:109:155 chr9 68415338 . A C 162.03 PASS AF=0.143443;AO=35;DP=244;FAO=35;FDP=244;FR=.;FRO=209;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=90;FSRR=119;FWDB=-0.0400925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7894;QD=2.65618;RBI=0.0402999;REFB=-0.0036398;REVB=-0.00408402;RO=207;SAF=14;SAR=21;SRF=89;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394001;STB=0.527011;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0172649;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:207:209:35:35:0.143443:21:14:89:118:21:14:90:119 chr9 68415352 . A G 50.74 PASS AF=0.0817308;AO=15;DP=208;FAO=17;FDP=208;FR=.;FRO=191;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=80;FSRR=111;FWDB=-0.00557662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.656;QD=0.975685;RBI=0.0108586;REFB=0.000636203;REVB=0.00931726;RO=191;SAF=3;SAR=12;SRF=80;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264079;STB=0.755686;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00841892;OID=.;OPOS=68415352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:208:208:191:191:15:17:0.0817308:12:3:80:111:14:3:80:111 chr9 68415353 . T G 64.92 PASS AF=0.0945274;AO=19;DP=203;FAO=19;FDP=201;FR=.;FRO=182;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=73;FSRR=109;FWDB=-0.0146695;FXX=0.0195112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.185;QD=1.29187;RBI=0.0151066;REFB=0.00236199;REVB=-0.00360746;RO=179;SAF=8;SAR=11;SRF=73;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162635;STB=0.518619;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0247948;OID=.;OPOS=68415353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:203:201:179:182:19:19:0.0945274:11:8:73:106:11:8:73:109 chr9 68415354 . GC GT,TA 106.34 PASS AF=0.0603015,0.0753769;AO=12,15;DP=198;FAO=12,15;FDP=199;FR=.;FRO=172;FSAF=6,1;FSAR=6,14;FSRF=74;FSRR=98;FWDB=-0.0270499,-0.0207612;FXX=0.00499975;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=72.4486,139.478;QD=2.13755;RBI=0.0462577,0.0309837;REFB=0.00361035,-0.000566143;REVB=-0.0375243,-0.0229992;RO=166;SAF=6,1;SAR=6,14;SRF=74;SRR=92;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0582903,-0.483952;STB=0.565111,0.902991;STBP=0.668,0.002;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0131831,0.0151841;OID=.,.;OPOS=68415355,68415354;OREF=C,GC;OALT=T,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:198:199:166:172:12,15:12,15:0.0603015,0.0753769:6,14:6,1:74:92:6,14:6,1:74:98 chr9 68415386 . G A 328.94 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00610635;FXX=0.0884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2931;QD=12.7744;RBI=0.0144589;REFB=-0.011748;REVB=0.0131062;RO=74;SAF=16;SAR=23;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415116;STB=0.502573;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0276512;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:103:74:64:39:39:0.378641:23:16:33:41:23:16:26:38 chr9 68415387 . GA AT,GT 566.57 PASS AF=0.0841121,0.46729;AO=9,49;DP=107;FAO=9,50;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=5,21;FSAR=4,29;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0549097,-0.0484037;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=85.4362,122.607;QD=21.1803;RBI=0.0550747,0.0503107;REFB=0.0143201,0.00406179;REVB=-0.00426123,0.0137206;RO=48;SAF=5,21;SAR=4,28;SRF=21;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.143693,-0.00814068;STB=0.598241,0.508768;STBP=0.541,0.866;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0128101,-0.00471207;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:107:107:48:48:9,49:9,50:0.0841121,0.46729:4,28:5,21:21:27:4,29:5,21:21:27 chr9 68415394 . T A 33.89 PASS AF=0.09375;AO=7;DP=97;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.00713493;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.919;QD=1.41207;RBI=0.0146985;REFB=-0.00342568;REVB=-0.0128507;RO=87;SAF=3;SAR=4;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896013;STB=0.606176;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0368022;OID=.;OPOS=68415394;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:97:96:87:87:7:9:0.09375:4:3:38:49:4:5:38:49 chr9 68415397 . T C 72.59 PASS AF=0.147368;AO=14;DP=95;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0134482;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.86;QD=3.0565;RBI=0.0287412;REFB=-0.0053569;REVB=-0.0254008;RO=80;SAF=4;SAR=10;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245308;STB=0.664313;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0358192;OID=.;OPOS=68415397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:95:95:80:81:14:14:0.147368:10:4:38:42:10:4:38:43 chr9 69002294 . C T 229.72 PASS AF=0.300971;AO=31;DP=104;FAO=31;FDP=103;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00516684;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.542;QD=8.92125;RBI=0.0104055;REFB=-0.00721448;REVB=-0.00903211;RO=71;SAF=22;SAR=9;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15552;STB=0.59826;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0184161;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:71:72:31:31:0.300971:9:22:42:29:9:22:42:30 chr9 69002304 . C G 246.02 PASS AF=0.295652;AO=34;DP=115;FAO=34;FDP=115;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00362728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1414;QD=8.55713;RBI=0.0137441;REFB=0.00160705;REVB=0.0132568;RO=79;SAF=24;SAR=10;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192101;STB=0.615314;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00152529;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:79:81:34:34:0.295652:10:24:44:35:10:24:45:36 chr9 69002317 . T C 326.09 PASS AF=0.318182;AO=42;DP=132;FAO=42;FDP=132;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0097574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.924;QD=9.88165;RBI=0.0104814;REFB=0.00424727;REVB=0.00382797;RO=90;SAF=29;SAR=13;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183089;STB=0.606924;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00641429;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:90:90:42:42:0.318182:13:29:49:41:13:29:49:41 chr9 69181551 . C A 214.3 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=7;FWDB=-0.0235129;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7143;QD=10.3278;RBI=0.0769065;REFB=-0.0086432;REVB=0.0732239;RO=52;SAF=25;SAR=2;SRF=45;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195331;STB=0.603128;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0210753;OID=.;OPOS=69181551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:52:56:27:27:0.325301:2:25:45:7:2:25:49:7 chr9 69181556 . T G 239.26 PASS AF=0.306818;AO=17;DP=90;FAO=27;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=7;FWDB=0.0127373;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.869;QD=10.8756;RBI=0.0128188;REFB=-0.0319944;REVB=-0.00144262;RO=55;SAF=14;SAR=3;SRF=49;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166121;STB=0.516117;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.052627;OID=.;OPOS=69181556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:55:58:17:27:0.306818:3:14:49:6:3:24:51:7 chr9 69181562 . A T 333.31 PASS AF=0.366071;AO=40;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=3;FSRF=65;FSRR=6;FWDB=0.039755;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.687;QD=11.904;RBI=0.0399859;REFB=-0.025814;REVB=0.00429024;RO=68;SAF=37;SAR=3;SRF=63;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00587573;STB=0.525333;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0400315;OID=.;OPOS=69181562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:71:40:41:0.366071:3:37:63:5:3:38:65:6 chr9 69181642 . ACCCCT ACCCCG,ACCCTC 46.93 PASS AF=0,0.214286;AO=4,7;DP=45;FAO=0,9;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0678061,-0.0917957;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=86.1301,26.7243;QD=4.46905;RBI=0.0692359,0.0952391;REFB=-0.0147061,-0.0538068;REVB=-0.0139976,-0.0253781;RO=20;SAF=4,6;SAR=0,1;SRF=5;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.741506,0.638639;STB=0.5,0.815497;STBP=1,0.064;TYPE=snp,mnp;VARB=0.176327,0.0458722;OID=.,.;OPOS=69181647,69181646;OREF=T,CT;OALT=G,TC;OMAPALT=ACCCCG,ACCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.214286:4,7:45:0,9:42:33:0,8:0,1:19:14:42:20:4,6:0,1:5:15 chr9 69200516 . C T 31.42 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0133865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.061;QD=1.82117;RBI=0.0158525;REFB=-0.000392011;REVB=0.00849145;RO=62;SAF=3;SAR=4;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118818;STB=0.592331;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00346189;OID=.;OPOS=69200516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:62:62:7:7:0.101449:4:3:33:29:4:3:33:29 chr9 69256833 . A G 1340.89 PASS AF=0.463816;AO=141;DP=305;FAO=141;FDP=304;FR=.;FRO=163;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=85;FSRR=78;FWDB=0.029677;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2908;QD=17.6433;RBI=0.0714667;REFB=0.00379827;REVB=0.0650136;RO=163;SAF=73;SAR=68;SRF=85;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364041;STB=0.502009;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00436674;OID=.;OPOS=69256833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:304:163:163:141:141:0.463816:68:73:85:78:68:73:85:78 chr9 71396746 . A G 193.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0536971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.241;QD=16.4427;RBI=0.0549858;REFB=-0.00617051;REVB=-0.011835;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709175;STB=0.540501;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00876578;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:12:8:9:18:12:8:9:18 chr9 71396859 . C G 564.63 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0194702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.201;QD=24.2852;RBI=0.045996;REFB=-0.0171765;REVB=0.0416718;RO=41;SAF=24;SAR=28;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098068;STB=0.553671;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00883599;OID=.;OPOS=71396859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:28:24:14:27:28:24:14:27 chr9 71397734 . A G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0228275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.672;QD=16.6157;RBI=0.0289315;REFB=0.00140793;REVB=0.0177746;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134362;STB=0.576715;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00224093;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:7:14:9:8:7:14 chr9 71397747 . T C 134.2 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0102033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.709;QD=16.2666;RBI=0.0137422;REFB=-0.0132925;REVB=0.00920551;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124769;STB=0.571338;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0292468;OID=.;OPOS=71397747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:5:13:9:6:5:13 chr9 71623899 . GAT GA,TGA 43.97 PASS AF=0.196078,0;AO=52,6;DP=156;FAO=30,0;FDP=153;FR=.;FRO=123;FSAF=13,0;FSAR=17,0;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=0.0406341,0.00424217;FXX=0.0192295;HRUN=6,1;LEN=1,3;MLLD=7.71589,113.378;QD=1.14944;RBI=0.260494,0.0945609;REFB=-0.156002,-0.00743548;REVB=-0.257305,-0.0944657;RO=79;SAF=16,0;SAR=36,6;SRF=58;SRR=21;SSEN=0.393939,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.436696,-0.669001;STB=0.601573,0.5;STBP=0.241,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.131326,0.0451292;OID=.,.;OPOS=71623901,71623899;OREF=T,GAT;OALT=-,TGA;OMAPALT=GA,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:156:153:79:123:52,6:30,0:0.196078,0:36,6:16,0:58:21:17,0:13,0:69:54 chr9 71628207 . G C 318.19 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00963125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.136;QD=16.1109;RBI=0.0124147;REFB=-0.00615943;REVB=-0.00783346;RO=44;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135319;STB=0.501457;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00797648;OID=.;OPOS=71628207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:44:44:34:35:0.443038:19:15:20:24:19:16:20:24 chr9 71841018 . A G 762.18 PASS AF=0.470588;AO=79;DP=169;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.00785424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.11;QD=17.9336;RBI=0.00928138;REFB=-0.0127768;REVB=-0.00494519;RO=88;SAF=37;SAR=42;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241198;STB=0.510328;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0161707;OID=.;OPOS=71841018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:88:90:79:80:0.470588:42:37:39:49:42:38:41:49 chr9 71843023 . C A 438.5 PASS AF=0.462963;AO=46;DP=100;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0383769;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.2276;QD=16.2408;RBI=0.0716828;REFB=-0.0601798;REVB=0.0605445;RO=54;SAF=29;SAR=17;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299907;STB=0.656829;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0325921;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:108:54:58:46:50:0.462963:17:29:17:37:18:32:20:38 chr9 71862975 . C T 2790.33 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.127;QD=62.704;RBI=0.00924251;REFB=0;REVB=-0.00463898;RO=0;SAF=71;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81305e-06;OID=.;OPOS=71862975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:107:71:0:0:107:71:0:0 chr9 71862987 . G A 2515.71 PASS AF=0.988024;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0101354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.108;QD=60.2564;RBI=0.0102161;REFB=-0.0176225;REVB=-0.001282;RO=2;SAF=71;SAR=94;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100166;STB=0.505263;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=4.06703e-06;OID=.;OPOS=71862987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:167:2:2:165:165:0.988024:94:71:0:2:94:71:0:2 chr9 72131200 . AC A 197.33 PASS AF=0.96;AO=17;DP=23;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.168592;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.6449;QD=31.5727;RBI=0.238519;REFB=-0.0514715;REVB=0.168725;RO=5;SAF=17;SAR=0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.834672;STB=0.511102;STBP=0.638;TYPE=del;VARB=0.0367606;OID=.;OPOS=72131201;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96:17:23:24:25:1:22:2:1:0:3:5:17:0:4:1 chr9 72131577 . A C 1963.09 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.038;QD=61.8295;RBI=0.00814286;REFB=0;REVB=-0.00324465;RO=0;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63615e-05;OID=.;OPOS=72131577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:68:59:0:0:68:59:0:0 chr9 72373624 . A G 4375.62 PASS AF=1;AO=277;DP=278;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989735;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.654;QD=62.9586;RBI=0.0190395;REFB=-0.0461308;REVB=0.0162648;RO=0;SAF=129;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.44807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56774e-06;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:278:278:0:0:277:278:1:148:129:0:0:148:130:0:0 chr9 72741312 . G A 1880.19 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00288489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1784;QD=60.6514;RBI=0.0328405;REFB=0.00536892;REVB=0.0327136;RO=1;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826211;STB=0.504347;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000103165;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:57:66:0:1:57:66:0:1 chr9 72841360 . A T 1285.96 PASS AF=1;AO=70;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.1846;QD=59.1245;RBI=0.132181;REFB=0;REVB=0.0208981;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00444364;OID=.;OPOS=72841360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:70:87:1:31:39:0:0:39:48:0:0 chr9 72897434 . G A 775.1 PASS AF=0.448087;AO=82;DP=183;FAO=82;FDP=183;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.0414248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.076;QD=16.9422;RBI=0.0538536;REFB=-0.00931699;REVB=-0.0344122;RO=100;SAF=40;SAR=42;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516012;STB=0.525833;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0180616;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:100:101:82:82:0.448087:42:40:54:46:42:40:54:47 chr9 73150984 . C T 3048.42 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5209;QD=63.1798;RBI=0.0306217;REFB=0;REVB=0.000148357;RO=0;SAF=74;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93237e-05;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:178:193:0:0:177:193:1:103:74:0:0:113:80:0:0 chr9 73151715 . C T 2304.03 PASS AF=0.987179;AO=153;DP=156;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00206135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.192;QD=59.0777;RBI=0.00779194;REFB=-0.0943803;REVB=0.00751433;RO=1;SAF=52;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468702;STB=0.502323;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00015558;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:156:1:2:153:154:0.987179:101:52:0:1:102:52:1:1 chr9 73151970 . C T 2500.29 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=166;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0119024;FXX=0.0120475;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.285;QD=60.9826;RBI=0.0158511;REFB=0.00635427;REVB=0.0104685;RO=0;SAF=72;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22196e-08;STB=0.502732;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-3.15416e-05;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:164:0:1:163:163:0.993902:91:72:0:0:91:72:0:1 chr9 73194308 . G C 236.99 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00668501;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.838;QD=25.6207;RBI=0.0196167;REFB=-0.0106459;REVB=-0.0184425;RO=15;SAF=12;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24888;STB=0.637562;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00730334;OID=.;OPOS=73194308;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:15:15:22:22:0.594595:10:12:3:12:10:12:3:12 chr9 73240431 . T G 502.9 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0389167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0861;QD=22.6022;RBI=0.0483253;REFB=-0.0298456;REVB=0.02865;RO=41;SAF=18;SAR=30;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121448;STB=0.566537;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0373465;OID=.;OPOS=73240431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:30:18:10:31:30:18:10:31 chr9 73376414 . G T 584.52 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=0.00380283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.176;QD=16.2366;RBI=0.00380885;REFB=-0.00481187;REVB=-0.000214147;RO=82;SAF=31;SAR=31;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136902;STB=0.576365;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00444095;OID=.;OPOS=73376414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:82:82:62:62:0.430556:31:31:30:52:31:31:30:52 chr9 73391369 . T C 320.99 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.00402977;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.049;QD=13.806;RBI=0.00565369;REFB=-0.0193705;REVB=-0.00396551;RO=55;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220751;STB=0.623463;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0268162;OID=.;OPOS=73391369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:57:36:36:0.387097:16:20:19:36:16:20:20:37 chr9 73391409 . C CA,CAA 234.43 PASS AF=1,0;AO=31,11;DP=72;FAO=52,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.216193,0.131386;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.34217,8.13197;QD=18.0327;RBI=0.278522,0.163872;REFB=0.0330912,0.0339347;REVB=-0.175599,-0.097938;RO=27;SAF=7,1;SAR=24,10;SRF=21;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.470672,-0.721836;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00260531,-0.0305901;OID=.,.;OPOS=73391410,73391410;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=CA,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:31,11:72:52,0:52:0:13,0:39,0:0:0:3:27:7,1:24,10:21:6 chr9 73408518 . T G 2067.37 PASS AF=0.440476;AO=220;DP=502;FAO=222;FDP=504;FR=.;FRO=282;FSAF=127;FSAR=95;FSRF=149;FSRR=133;FWDB=0.0189655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.688;QD=16.4077;RBI=0.0221363;REFB=-0.00953708;REVB=-0.0114159;RO=280;SAF=126;SAR=94;SRF=149;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416467;STB=0.524791;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0129691;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:504:280:282:220:222:0.440476:94:126:149:131:95:127:149:133 chr9 73461337 . T A 1094.71 PASS AF=0.412371;AO=120;DP=291;FAO=120;FDP=291;FR=.;FRO=171;FSAF=74;FSAR=46;FSRF=69;FSRR=102;FWDB=0.0123602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.76;QD=15.0475;RBI=0.0243867;REFB=-0.0244994;REVB=0.0210223;RO=168;SAF=74;SAR=46;SRF=67;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226784;STB=0.624737;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0352383;OID=.;OPOS=73461337;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:168:171:120:120:0.412371:46:74:67:101:46:74:69:102 chr9 74969864 . T C 219.84 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0139113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0536;QD=17.5875;RBI=0.0156335;REFB=0.0116804;REVB=0.0071333;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594165;STB=0.519982;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0143638;OID=.;OPOS=74969864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:21:22:0.44:10:11:13:15:11:11:13:15 chr9 74975136 . T C 1751.85 PASS AF=0.97541;AO=115;DP=120;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0459026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1624;QD=57.4377;RBI=0.058197;REFB=-0.0982818;REVB=0.0357749;RO=5;SAF=58;SAR=57;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00756013;STB=0.504201;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00776821;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:120:122:5:3:115:119:0.97541:57:58:3:2:60:59:2:1 chr9 74979391 . G C 1934.19 PASS AF=0.453725;AO=201;DP=442;FAO=201;FDP=443;FR=.;FRO=242;FSAF=105;FSAR=96;FSRF=130;FSRR=112;FWDB=-0.00722725;FXX=0.00449428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.9;QD=17.4645;RBI=0.00883762;REFB=-0.0137997;REVB=-0.00508629;RO=239;SAF=105;SAR=96;SRF=129;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171405;STB=0.508107;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0175638;OID=.;OPOS=74979391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:443:239:242:201:201:0.453725:96:105:129:110:96:105:130:112 chr9 75303653 . C T 230.73 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.000685209;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.563;QD=14.1988;RBI=0.00127297;REFB=-0.00160947;REVB=-0.00107282;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224244;STB=0.626249;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00293136;OID=.;OPOS=75303653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:15:12:9:29:15:12:9:29 chr9 75315438 . G A 484.43 PASS AF=0.522222;AO=40;DP=84;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0224521;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.978;QD=21.53;RBI=0.0495824;REFB=-0.043895;REVB=0.0442076;RO=43;SAF=24;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126815;STB=0.574087;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0427552;OID=.;OPOS=75315438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:90:43:43:40:47:0.522222:16:24:20:23:18:29:20:23 chr9 75545882 . G A 1065.76 PASS AF=0.460251;AO=110;DP=239;FAO=110;FDP=239;FR=.;FRO=129;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=65;FSRR=64;FWDB=0.00162362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=345.618;QD=17.837;RBI=0.0111577;REFB=-0.00478113;REVB=0.0110389;RO=129;SAF=49;SAR=61;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057282;STB=0.531686;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00566082;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:129:129:110:110:0.460251:61:49:65:64:61:49:65:64 chr9 77407636 . C T 683.55 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=149;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.00188469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.333;QD=18.3504;RBI=0.0185778;REFB=0.00367227;REVB=-0.018482;RO=79;SAF=31;SAR=38;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672587;STB=0.540729;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00429737;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:79:80:69:69:0.463087:38:31:41:38:38:31:42:38 chr9 77415000 . T C 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00234223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.939;QD=14.4325;RBI=0.0100533;REFB=-0.00690358;REVB=0.0097767;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19889;STB=0.612694;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00395293;OID=.;OPOS=77415000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:13:18:17:27:13:18:17:27 chr9 77415284 . A C 685.24 PASS AF=0.45122;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=164;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.00713733;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.784;QD=16.7131;RBI=0.0125613;REFB=-0.0079623;REVB=-0.0103366;RO=89;SAF=34;SAR=40;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10036;STB=0.552617;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.008308;OID=.;OPOS=77415284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:89:90:74:74:0.45122:40:34:50:39:40:34:50:40 chr9 77416972 . C T 1086.27 PASS AF=0.484716;AO=110;DP=228;FAO=111;FDP=229;FR=.;FRO=118;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=66;FSRR=52;FWDB=-0.0354845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5515;QD=18.9742;RBI=0.0370927;REFB=-0.00139261;REVB=0.0108038;RO=116;SAF=53;SAR=57;SRF=65;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731333;STB=0.542091;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00122301;OID=.;OPOS=77416972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:116:118:110:111:0.484716:57:53:65:51:58:53:66:52 chr9 77436641 . G A 3507.14 PASS AF=1;AO=224;DP=226;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978664;FXX=0.0132153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.924;QD=62.6274;RBI=0.0381173;REFB=-0.016488;REVB=0.0368396;RO=1;SAF=119;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0039875;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72884e-05;OID=.;OPOS=77436641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:226:224:1:0:224:224:1:105:119:1:0:105:119:0:0 chr9 77472604 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.74;QD=60.6099;RBI=0.0203893;REFB=0;REVB=0.00260993;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50504e-05;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr9 77502160 . G A 4628.82 PASS AF=1;AO=297;DP=302;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050331;FXX=0.0098681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.105;QD=61.5126;RBI=0.0507342;REFB=-0.0950394;REVB=-0.00638326;RO=2;SAF=153;SAR=144;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00619308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515957;OID=.;OPOS=77502160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:302:301:2:0:297:301:1:144:153:2:0:144:157:0:0 chr9 77518062 . C G 311.93 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=0.0136697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.699;QD=14.1787;RBI=0.0157448;REFB=-0.0114621;REVB=0.00781267;RO=53;SAF=22;SAR=13;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150559;STB=0.584861;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0142759;OID=.;OPOS=77518062;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:13:22:40:13:13:22:40:13 chr9 77563087 . C T 1552.65 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300583;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.382;QD=64.0266;RBI=0.030078;REFB=0;REVB=0.00108843;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82509e-05;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr9 77684690 . A C 458.36 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.021929;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1177;QD=15.4072;RBI=0.0369971;REFB=-0.0185572;REVB=0.0297977;RO=67;SAF=30;SAR=21;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230103;STB=0.632245;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0233893;OID=.;OPOS=77684690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:68:51:51:0.428571:21:30:24:43:21:30:24:44 chr9 78291861 . G T 538.38 PASS AF=0.425532;AO=50;DP=132;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0129883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.819;QD=15.2731;RBI=0.0144491;REFB=-0.0164024;REVB=0.00633105;RO=79;SAF=20;SAR=30;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755256;STB=0.543703;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0236344;OID=.;OPOS=78291861;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:141:79:81:50:60:0.425532:30:20:37:42:37:23:37:44 chr9 78773953 . G A 2083.82 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.282;QD=62.6713;RBI=0.0124911;REFB=0;REVB=0.00656599;RO=0;SAF=72;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10643e-05;OID=.;OPOS=78773953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:61:72:0:0:61:72:0:0 chr9 78790153 . A G 360.22 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0306507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1229;QD=48.0289;RBI=0.0318136;REFB=-0.171225;REVB=0.00852273;RO=2;SAF=11;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772824;STB=0.504851;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0204047;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:29:30:2:2:27:28:0.933333:16:11:2:0:16:12:1:1 chr9 78790187 . G C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0319077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.992;QD=24.8038;RBI=0.0319083;REFB=-0.103365;REVB=-0.00019633;RO=3;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244374;STB=0.689234;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0137397;OID=.;OPOS=78790187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:3:4:10:10:0.714286:8:2:2:1:8:2:3:1 chr9 78853916 . G C 843.5 PASS AF=0.442308;AO=91;DP=206;FAO=92;FDP=208;FR=.;FRO=116;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=60;FSRR=56;FWDB=0.0363956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.266;QD=16.2212;RBI=0.0429519;REFB=-0.00512705;REVB=0.0228085;RO=115;SAF=46;SAR=45;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016318;STB=0.509613;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00522003;OID=.;OPOS=78853916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:208:115:116:91:92:0.442308:45:46:60:55:46:46:60:56 chr9 78910241 . A C 1286.57 PASS AF=0.425532;AO=139;DP=328;FAO=140;FDP=329;FR=.;FRO=189;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=86;FSRR=103;FWDB=0.00710515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.444;QD=15.6422;RBI=0.00994786;REFB=-0.012101;REVB=0.00696252;RO=189;SAF=63;SAR=76;SRF=86;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00186812;STB=0.502915;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0162905;OID=.;OPOS=78910241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:329:189:189:139:140:0.425532:76:63:86:103:77:63:86:103 chr9 78910273 . G A 1382.21 PASS AF=0.419178;AO=153;DP=365;FAO=153;FDP=365;FR=.;FRO=212;FSAF=69;FSAR=84;FSRF=94;FSRR=118;FWDB=0.0018339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.64;QD=15.1475;RBI=0.0153246;REFB=-0.00504749;REVB=0.0152144;RO=212;SAF=69;SAR=84;SRF=94;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799439;STB=0.504451;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00804918;OID=.;OPOS=78910273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:365:212:212:153:153:0.419178:84:69:94:118:84:69:94:118 chr9 78969059 . C A 825.42 PASS AF=0.51875;AO=73;DP=151;FAO=83;FDP=160;FR=.;FRO=77;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.0111596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.797;QD=20.6354;RBI=0.0516075;REFB=-0.0115428;REVB=0.0503864;RO=77;SAF=51;SAR=22;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119027;STB=0.515148;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0122396;OID=.;OPOS=78969059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:160:77:77:73:83:0.51875:22:51:45:32:32:51:45:32 chr9 79009106 . A C 3532.74 PASS AF=0.935115;AO=239;DP=268;FAO=245;FDP=262;FR=.;FRO=17;FSAF=125;FSAR=120;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.07633;FXX=0.0402916;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.909;QD=53.935;RBI=0.0765545;REFB=-0.0758666;REVB=0.00585893;RO=13;SAF=123;SAR=116;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00521511;STB=0.510203;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00159341;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:268:262:13:17:239:245:0.935115:116:123:6:7:120:125:6:11 chr9 79118329 . G A 870.86 PASS AF=0.46;AO=92;DP=201;FAO=92;FDP=200;FR=.;FRO=108;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=-0.00837074;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.799;QD=17.4172;RBI=0.0123239;REFB=-0.00189366;REVB=0.00904489;RO=108;SAF=45;SAR=47;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466845;STB=0.525847;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00208376;OID=.;OPOS=79118329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:108:108:92:92:0.46:47:45:58:50:47:45:58:50 chr9 79118631 . AC A 313.22 PASS AF=0.535714;AO=46;DP=86;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0120399;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.3449;QD=14.9153;RBI=0.0276834;REFB=-0.0291922;REVB=-0.0249281;RO=38;SAF=22;SAR=24;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610836;STB=0.545146;STBP=0.391;TYPE=del;VARB=0.0291904;OID=.;OPOS=79118632;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:46:86:45:84:39:21:24:22:17:99:38:22:24:21:17 chr9 79118661 . A G 620.7 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00360702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.613;QD=21.2206;RBI=0.0229964;REFB=-0.0207155;REVB=-0.0227117;RO=55;SAF=31;SAR=31;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544619;STB=0.529905;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0151994;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:62:62:0.529915:31:31:31:24:31:31:31:24 chr9 79118903 . A C 221.42 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0417038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4904;QD=17.7136;RBI=0.0686448;REFB=-0.00218879;REVB=0.0545244;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147383;STB=0.608006;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-6.18036e-05;OID=.;OPOS=79118903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:28:22:22:0.44:15:7:12:14:15:7:14:14 chr9 79119752 . C T 314.45 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0234243;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.094;QD=16.997;RBI=0.024569;REFB=-0.0286063;REVB=-0.00741209;RO=39;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579602;STB=0.524785;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.032258;OID=.;OPOS=79119752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:16:18:23:16:16:18:23:17 chr9 79120475 . A T 713.25 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000379452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.319;QD=54.8655;RBI=0.00196431;REFB=-0.108994;REVB=0.00192732;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282563;OID=.;OPOS=79120475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:1:0:51:52:1:26:25:1:0:26:26:0:0 chr9 79120552 . C CAGT 135.97 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.014713;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.188;QD=33.9924;RBI=0.0149921;REFB=-0.0260347;REVB=0.00287946;RO=3;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180146;STB=0.59985;STBP=0.161;TYPE=ins;VARB=0.00155509;OID=.;OPOS=79120553;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=CAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125:13:17:13:16:3:6:7:3:0:16:3:6:7:3:0 chr9 79121085 . G T 3056.04 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5312;QD=63.6676;RBI=0.0586091;REFB=0;REVB=0.0260297;RO=0;SAF=80;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244092;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:191:192:1:111:80:0:0:112:80:0:0 chr9 79186658 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.071;QD=39.2066;RBI=0.0407273;REFB=0;REVB=0.0407273;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903821;OID=.;OPOS=79186658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr9 79186729 . T C 1802.75 PASS AF=0.953125;AO=120;DP=126;FAO=122;FDP=128;FR=.;FRO=6;FSAF=95;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0335521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.767;QD=56.3358;RBI=0.0342601;REFB=-0.011107;REVB=0.00692905;RO=6;SAF=95;SAR=25;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810948;STB=0.539766;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00712276;OID=.;OPOS=79186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:126:128:6:6:120:122:0.953125:25:95:1:5:27:95:1:5 chr9 79186750 . G T 2556.16 PASS AF=0.905473;AO=182;DP=202;FAO=182;FDP=201;FR=.;FRO=19;FSAF=138;FSAR=44;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0144449;FXX=0.00495025;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.314;QD=50.8688;RBI=0.042447;REFB=-0.0484811;REVB=0.0399136;RO=19;SAF=138;SAR=44;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06691;STB=0.535341;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0048647;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:202:201:19:19:182:182:0.905473:44:138:9:10:44:138:9:10 chr9 79186765 . C G 2479.95 PASS AF=0.840183;AO=184;DP=219;FAO=184;FDP=219;FR=.;FRO=35;FSAF=140;FSAR=44;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0310687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.805;QD=45.2959;RBI=0.0396612;REFB=-0.0636037;REVB=0.0246526;RO=35;SAF=140;SAR=44;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137833;STB=0.573184;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00540543;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:35:35:184:184:0.840183:44:140:14:21:44:140:14:21 chr9 79186781 . T C 2890.19 PASS AF=0.865546;AO=206;DP=238;FAO=206;FDP=238;FR=.;FRO=32;FSAF=143;FSAR=63;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0181916;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2651;QD=48.5746;RBI=0.0185827;REFB=-0.0177529;REVB=-0.00379245;RO=32;SAF=143;SAR=63;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297152;STB=0.515705;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00450953;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:32:32:206:206:0.865546:63:143:19:13:63:143:19:13 chr9 79186787 . C T 440.03 PASS AF=0.246324;AO=67;DP=271;FAO=67;FDP=272;FR=.;FRO=205;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=133;FSRR=72;FWDB=0.0374943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4008;QD=6.47096;RBI=0.0374957;REFB=-0.00253488;REVB=-0.000328366;RO=203;SAF=45;SAR=22;SRF=132;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300758;STB=0.519267;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0116277;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:272:203:205:67:67:0.246324:22:45:132:71:22:45:133:72 chr9 79186820 . A C 3687.52 PASS AF=0.797688;AO=276;DP=346;FAO=276;FDP=346;FR=.;FRO=70;FSAF=178;FSAR=98;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00978742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2901;QD=42.6303;RBI=0.0599089;REFB=-0.0140339;REVB=-0.059104;RO=68;SAF=178;SAR=98;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579343;STB=0.528378;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00565626;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:68:70:276:276:0.797688:98:178:34:34:98:178:36:34 chr9 79186886 . C G 185.9 PASS AF=0.259615;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0707215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9806;QD=7.14994;RBI=0.0714357;REFB=-0.0162293;REVB=-0.0100764;RO=75;SAF=13;SAR=14;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674764;STB=0.539313;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0402276;OID=.;OPOS=79186886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:75:77:27:27:0.259615:14:13:32:43:14:13:33:44 chr9 79186890 . T G 93.98 PASS AF=0.186047;AO=14;DP=84;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0475428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5516;QD=4.37117;RBI=0.0526707;REFB=0.00144265;REVB=0.0226692;RO=70;SAF=5;SAR=9;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129018;STB=0.516156;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00375002;OID=.;OPOS=79186890;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:84:86:70:70:14:16:0.186047:9:5:32:38:9:7:32:38 chr9 79186905 . GT CC 43.2 PASS AF=0.128571;AO=8;DP=69;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0108314;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.453;QD=2.46855;RBI=0.0110748;REFB=-0.00647075;REVB=-0.00230908;RO=61;SAF=3;SAR=5;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101589;STB=0.512792;STBP=0.962;TYPE=mnp;VARB=0.0387779;OID=.;OPOS=79186905;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:69:70:61:61:8:9:0.128571:5:3:28:33:5:4:28:33 chr9 79186910 . A C 44.12 PASS AF=0.128571;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00444159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.6;QD=2.52131;RBI=0.00512926;REFB=0.00150732;REVB=-0.00256546;RO=61;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177568;STB=0.512792;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00732087;OID=.;OPOS=79186910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:70:70:61:61:9:9:0.128571:5:4:28:33:5:4:28:33 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=122;DP=159;LEN=15;RO=37;SAF=57;SAR=61;SRF=22;SRR=19;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:159:37:122:61:57:22:19 chr9 79318471 . C T 2191.88 PASS AF=0.979167;AO=141;DP=144;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00492133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.513;QD=60.8855;RBI=0.0101346;REFB=0.000944716;REVB=-0.00885948;RO=3;SAF=83;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168736;STB=0.508874;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-2.18334e-06;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:144:144:3:3:141:141:0.979167:58:83:3:0:58:83:3:0 chr9 79318677 . T C 2873.23 PASS AF=0.980296;AO=194;DP=203;FAO=199;FDP=203;FR=.;FRO=4;FSAF=103;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0305905;FXX=0.00490172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.2471;QD=56.6154;RBI=0.0836204;REFB=-0.0960222;REVB=0.0778241;RO=9;SAF=103;SAR=91;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260796;STB=0.500347;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00601901;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:203:203:9:4:194:199:0.980296:91:103:2:7:96:103:2:2 chr9 79318921 . A G 577.7 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.013469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.798;QD=24.3242;RBI=0.01621;REFB=-0.0304786;REVB=0.0090194;RO=42;SAF=17;SAR=36;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752529;STB=0.541337;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0222688;OID=.;OPOS=79318921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:36:17:17:25:36:17:17:25 chr9 79318998 . A G,T 794.29 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=54,2;DP=56;FAO=55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342585,0.0287615;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.7067,49.1756;QD=56.735;RBI=0.0435588,0.0311034;REFB=0,0;REVB=0.026902,-0.0118405;RO=0;SAF=21,0;SAR=33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.70667e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00048558,0.0772704;OID=.,.;OPOS=79318998,79318998;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:56:0:0:54,2:55,1:0.982143,0.0178571:33,2:21,0:0:0:34,1:21,0:0:0 chr9 79320095 . T G 889.68 PASS AF=0.5;AO=88;DP=177;FAO=89;FDP=178;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=-0.00326975;FXX=0.0165737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.768;QD=19.9929;RBI=0.00861332;REFB=-0.0271882;REVB=0.00796856;RO=86;SAF=44;SAR=44;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146744;STB=0.578506;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0229443;OID=.;OPOS=79320095;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:86:89:88:89:0.5:44:44:29:57:44:45:31:58 chr9 79320640 . C T 2172.84 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00833242;FXX=0.0352088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.099;QD=63.4405;RBI=0.0372764;REFB=0;REVB=0.0363332;RO=0;SAF=70;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289619;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:66:70:0:0:67:70:0:0 chr9 79320847 . G C 320.45 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00221481;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.25;QD=25.1332;RBI=0.00258661;REFB=-0.0243562;REVB=0.0013361;RO=20;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163909;STB=0.590106;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0154451;OID=.;OPOS=79320847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:18:13:13:7:18:13:13:7 chr9 79321276 . T C 1190.27 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5062;QD=61.0396;RBI=0.0608383;REFB=0;REVB=0.0594148;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235947;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr9 79321871 . C T 626.71 PASS AF=0.457746;AO=63;DP=143;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.00926192;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.856;QD=17.6539;RBI=0.0225743;REFB=-0.0325411;REVB=-0.0205868;RO=75;SAF=30;SAR=33;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749878;STB=0.541654;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0409303;OID=.;OPOS=79321871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:75:77:63:65:0.457746:33:30:30:45:33:32:32:45 chr9 79322068 . G T 239.65 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0262281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0375;QD=14.3076;RBI=0.0263545;REFB=0.0172258;REVB=-0.00257846;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764349;STB=0.504345;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0327853;OID=.;OPOS=79322068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:12:16:22:17:12:16:22:17 chr9 79322674 . A G 2491.81 PASS AF=1;AO=159;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04205;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4597;QD=61.1486;RBI=0.0509552;REFB=0;REVB=-0.028779;RO=0;SAF=76;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213144;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:159:163:1:83:76:0:0:84:79:0:0 chr9 79322720 . A G 1748.04 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0238505;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.76;QD=59.7622;RBI=0.0247968;REFB=0.0290954;REVB=-0.00678489;RO=1;SAF=48;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693323;STB=0.503649;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000122879;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:68:48:0:1:68:48:0:1 chr9 79324439 . A G 547.46 PASS AF=0.427536;AO=59;DP=138;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00647944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.607;QD=15.8683;RBI=0.0065955;REFB=-0.0135225;REVB=-0.00123182;RO=79;SAF=18;SAR=41;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193226;STB=0.608657;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0169539;OID=.;OPOS=79324439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:79:79:59:59:0.427536:41:18:38:41:41:18:38:41 chr9 79324741 . T C 770.43 PASS AF=0.503185;AO=78;DP=157;FAO=79;FDP=157;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0015987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1976;QD=19.6287;RBI=0.0216706;REFB=0.00098876;REVB=0.0216116;RO=78;SAF=29;SAR=49;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154671;STB=0.587337;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00058508;OID=.;OPOS=79324741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:78:78:78:79:0.503185:49:29:42:36:50:29:42:36 chr9 79324955 . C T 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00978992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.167;QD=14.8165;RBI=0.0143128;REFB=-0.00509783;REVB=-0.010441;RO=39;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163043;STB=0.592528;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.006846;OID=.;OPOS=79324955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:18:11:21:18:18:11:21:18 chr9 79325297 . T G 1466.8 PASS AF=0.483871;AO=150;DP=315;FAO=150;FDP=310;FR=.;FRO=160;FSAF=84;FSAR=66;FSRF=78;FSRR=82;FWDB=0.00636944;FXX=0.0158725;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.935;QD=18.9264;RBI=0.0290767;REFB=-0.0144023;REVB=0.0283705;RO=165;SAF=84;SAR=66;SRF=78;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833122;STB=0.537618;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.01415;OID=.;OPOS=79325297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:310:165:160:150:150:0.483871:66:84:78:87:66:84:78:82 chr9 79325558 . G C 800.95 PASS AF=0.517007;AO=76;DP=146;FAO=76;FDP=147;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0630668;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3992;QD=21.7946;RBI=0.0708985;REFB=-0.00273525;REVB=-0.0323909;RO=70;SAF=32;SAR=44;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698096;STB=0.535212;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00225105;OID=.;OPOS=79325558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:70:71:76:76:0.517007:44:32:35:35:44:32:35:36 chr9 79325615 . A G 1216.51 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6996;QD=60.8254;RBI=0.0391389;REFB=0;REVB=-0.0283943;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99965e-05;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:44:35:0:0:44:36:0:0 chr9 79325759 . C T 475.0 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0331561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.518;QD=17.757;RBI=0.0413536;REFB=-0.00825446;REVB=-0.0247141;RO=55;SAF=22;SAR=29;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219922;STB=0.50801;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00675761;OID=.;OPOS=79325759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:56:51:51:0.476636:29:22:25:30:29:22:25:31 chr9 79836131 . A G 335.75 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0236013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5909;QD=14.5977;RBI=0.0247748;REFB=-0.00106874;REVB=-0.00753457;RO=54;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015849;STB=0.513923;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00178978;OID=.;OPOS=79836131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:55:37:37:0.402174:20:17:24:30:20:17:24:31 chr9 79930225 . G A 371.78 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.032832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4448;QD=17.4956;RBI=0.0434171;REFB=0.00527498;REVB=-0.0284097;RO=46;SAF=25;SAR=14;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242088;STB=0.635523;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00594622;OID=.;OPOS=79930225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:14:25:18:28:14:25:18:28 chr9 79932585 . G A 1828.05 PASS AF=0.458234;AO=191;DP=416;FAO=192;FDP=419;FR=.;FRO=227;FSAF=94;FSAR=98;FSRF=91;FSRR=136;FWDB=-0.00433715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.199;QD=17.4515;RBI=0.00706802;REFB=-0.00470384;REVB=-0.00558086;RO=224;SAF=94;SAR=97;SRF=89;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930782;STB=0.548168;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00479179;OID=.;OPOS=79932585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:419:224:227:191:192:0.458234:97:94:89:135:98:94:91:136 chr9 80049298 . C T 1056.87 PASS AF=0.465812;AO=109;DP=234;FAO=109;FDP=234;FR=.;FRO=125;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=68;FSRR=57;FWDB=-0.0157921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.031;QD=18.0661;RBI=0.016296;REFB=-0.00590287;REVB=0.00402112;RO=125;SAF=45;SAR=64;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127499;STB=0.570469;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00618087;OID=.;OPOS=80049298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:125:125:109:109:0.465812:64:45:68:57:64:45:68:57 chr9 80780518 . G C 872.56 PASS AF=0.475936;AO=88;DP=186;FAO=89;FDP=187;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=-0.0109213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.335;QD=18.6643;RBI=0.0328326;REFB=0.00786939;REVB=0.030963;RO=98;SAF=40;SAR=48;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349148;STB=0.522383;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00875163;OID=.;OPOS=80780518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:98:98:88:89:0.475936:48:40:41:57:48:41:41:57 chr9 82187750 . A G 11211.7 PASS AF=1;AO=697;DP=697;FAO=699;FDP=699;FR=.;FRO=0;FSAF=351;FSAR=348;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.188;QD=64.1584;RBI=0.0254476;REFB=0;REVB=-0.00560553;RO=0;SAF=349;SAR=348;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02351e-06;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:61:697:699:0:0:697:699:1:348:349:0:0:348:351:0:0 chr9 83179630 . G A 373.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0355925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.134;QD=14.805;RBI=0.0369149;REFB=0.00809677;REVB=-0.00979212;RO=59;SAF=17;SAR=25;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382331;STB=0.521581;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0164787;OID=.;OPOS=83179630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:25:17:26:33:25:17:26:33 chr9 83179857 . C T 980.69 PASS AF=0.505263;AO=96;DP=190;FAO=96;FDP=190;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=33;FSRR=61;FWDB=-0.0182282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.801;QD=20.6461;RBI=0.0484577;REFB=-0.0216378;REVB=-0.0448986;RO=93;SAF=38;SAR=58;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387867;STB=0.523375;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0216988;OID=.;OPOS=83179857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:93:94:96:96:0.505263:58:38:33:60:58:38:33:61 chr9 84267147 . T C 693.4 PASS AF=0.477124;AO=72;DP=151;FAO=73;FDP=153;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00448329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6598;QD=18.1282;RBI=0.0296959;REFB=0.000382842;REVB=0.0293556;RO=79;SAF=33;SAR=39;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251149;STB=0.505505;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.000300096;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:79:80:72:73:0.477124:39:33:36:43:40:33:37:43 chr9 84268878 . A G 340.78 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00188258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.918;QD=15.6678;RBI=0.0634186;REFB=0.0127077;REVB=0.0633907;RO=47;SAF=13;SAR=24;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22481;STB=0.611015;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0152066;OID=.;OPOS=84268878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:50:37:37:0.425287:24:13:27:20:24:13:27:23 chr9 84340199 . G A 243.33 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=38;FWDB=0.00340764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7375;QD=12.807;RBI=0.0509567;REFB=-0.018382;REVB=-0.0508426;RO=47;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264275;STB=0.648878;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00931323;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:17:12:9:38:17:12:9:38 chr9 84607758 . T A 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.101131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.423;QD=14.5325;RBI=0.102364;REFB=-0.0218702;REVB=0.0158361;RO=40;SAF=10;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164583;STB=0.593684;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0231524;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:19:10:20:20:19:10:20:20 chr9 85627408 . G A 768.56 PASS AF=0.427136;AO=85;DP=202;FAO=85;FDP=199;FR=.;FRO=114;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=0.00153809;FXX=0.0197035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.985;QD=15.4484;RBI=0.0102487;REFB=-0.0034193;REVB=0.0101326;RO=106;SAF=38;SAR=47;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00369986;STB=0.505254;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00563513;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:199:106:114:85:85:0.427136:47:38:47:59:47:38:52:62 chr9 85670465 . C T 263.5 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.024057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.125;QD=17.5663;RBI=0.0459642;REFB=-0.0139017;REVB=0.039166;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119058;STB=0.566504;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00893895;OID=.;OPOS=85670465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:10:21:16:13:10:21 chr9 85863174 . C A 327.44 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0113638;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.332;QD=12.2409;RBI=0.0264702;REFB=-0.0233631;REVB=-0.0239068;RO=67;SAF=20;SAR=20;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040933;STB=0.523353;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0387263;OID=.;OPOS=85863174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:67:67:40:40:0.373832:20:20:36:31:20:20:36:31 chr9 86238086 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.734;QD=62.0211;RBI=0.0880794;REFB=0;REVB=-0.0874288;RO=0;SAF=41;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039006;OID=.;OPOS=86238086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:1:41:0:0:1:41:0:0 chr9 86278817 . C A 1913.72 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.369;QD=61.7329;RBI=0.012343;REFB=0;REVB=0.00711998;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81323e-05;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:124:0:0:121:124:1:64:57:0:0:64:60:0:0 chr9 86284178 . C A 2347.76 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.166;QD=63.8847;RBI=0.0111037;REFB=0;REVB=0.0103113;RO=0;SAF=81;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11869e-06;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:147:0:0:145:147:1:64:81:0:0:66:81:0:0 chr9 86327898 . C T 1552.75 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013548;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.813;QD=64.0311;RBI=0.0185004;REFB=0;REVB=0.0125983;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08081e-05;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:55:42:0:0:55:42:0:0 chr9 86457167 . G A 229.95 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=92;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.014442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7466;QD=9.89043;RBI=0.0258573;REFB=0.00910834;REVB=-0.0214483;RO=62;SAF=16;SAR=13;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534316;STB=0.529392;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0234112;OID=.;OPOS=86457167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:62:64:29:29:0.311828:13:16:37:25:13:16:38:26 chr9 86468715 . A T 361.19 PASS AF=0.506667;AO=36;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00308649;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.511;QD=19.2635;RBI=0.00719162;REFB=-0.0271204;REVB=-0.00649561;RO=37;SAF=12;SAR=24;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452459;STB=0.534791;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0306046;OID=.;OPOS=86468715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:37:36:38:0.506667:24:12:14:23:26:12:14:23 chr9 86607917 . C G 288.1 PASS AF=0.308943;AO=39;DP=126;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.0080656;FXX=0.0238076;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.283;QD=9.36901;RBI=0.0169252;REFB=-0.0127887;REVB=0.0148798;RO=83;SAF=13;SAR=26;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260899;STB=0.673483;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0299204;OID=.;OPOS=86607917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:83:85:39:38:0.308943:26:13:46:37:26:12:48:37 chr9 86617265 . A G 444.92 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00693124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.371;QD=17.9764;RBI=0.0145605;REFB=-0.00915375;REVB=0.012805;RO=53;SAF=29;SAR=16;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805241;STB=0.540871;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0115821;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:16:29:30:23:16:29:31:23 chr9 86618231 . T TA 321.57 PASS AF=1;AO=15;DP=69;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481832;FXX=0.119385;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.33867;QD=21.8014;RBI=0.0865814;REFB=-0.0206242;REVB=-0.0719355;RO=52;SAF=4;SAR=11;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0143696;OID=.;OPOS=86618232;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:69:59:59:0:25:34:0:0:6:52:4:11:26:26 chr9 86618233 . C A,T 932.45 PASS AF=0.720588,0.279412;AO=44,17;DP=61;FAO=49,19;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25,5;FSAR=24,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564151,-0.00149356;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.2016,43.7848;QD=54.85;RBI=0.0222501,0.0016307;REFB=0,0;REVB=0.021523,-0.000654567;RO=0;SAF=23,5;SAR=21,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.2717e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00330291,0.0548789;OID=.,.;OPOS=86618233,86618233;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:97:61:68:0:0:44,17:49,19:0.720588,0.279412:21,12:23,5:0:0:24,14:25,5:0:0 chr9 86618840 . TAA TA,TTA,TTT 92.56 PASS AF=0.75,0,0;AO=6,4,2;DP=33;FAO=24,0,0;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=2,0,0;FSAR=22,0,0;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.226111,0.493553,0.313152;FXX=0.135099;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=6.91429,5.9761,16.3651;QD=11.5704;RBI=0.256843,0.493667,0.313153;REFB=0.0478653,-0.00278131,-0.00681256;REVB=-0.121829,-0.0106257,-0.000812691;RO=10;SAF=0,0,0;SAR=6,4,2;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.685248,-0.611521,-0.463326;STB=0.576867,0.5,0.5;STBP=0.637,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0178053,0,0;OID=.,.,.;OPOS=86618841,86618841,86618841;OREF=A,A,AA;OALT=-,T,TT;OMAPALT=TA,TTA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75,0,0:6,4,2:33:24,0,0:32:8:2,0,0:22,0,0:0:8:22:10:0,0,0:6,4,2:1:9 chr9 86900926 . G A 982.16 PASS AF=0.533708;AO=94;DP=177;FAO=95;FDP=178;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=24;FSRR=59;FWDB=0.0153966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.787;QD=22.071;RBI=0.0196546;REFB=-0.0020056;REVB=-0.0122166;RO=83;SAF=39;SAR=55;SRF=24;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113669;STB=0.564343;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00252496;OID=.;OPOS=86900926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:83:83:94:95:0.533708:55:39:24:59:55:40:24:59 chr9 86920236 . T C 1877.86 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.846;QD=61.569;RBI=0.00667989;REFB=0;REVB=0.00629788;RO=0;SAF=48;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16266e-06;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:74:48:0:0:74:48:0:0 chr9 87488521 . G A 790.08 PASS AF=0.531469;AO=73;DP=142;FAO=76;FDP=143;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0110103;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.303;QD=22.1001;RBI=0.011248;REFB=-0.0175763;REVB=-0.00229999;RO=63;SAF=31;SAR=42;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00338377;STB=0.502383;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0148788;OID=.;OPOS=87488521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:63:67:73:76:0.531469:42:31:27:36:45:31:27:40 chr9 88275838 . T A 1489.51 PASS AF=0.450425;AO=159;DP=346;FAO=159;FDP=353;FR=.;FRO=194;FSAF=72;FSAR=87;FSRF=94;FSRR=100;FWDB=-0.0601044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5447;QD=16.8783;RBI=0.0601731;REFB=-0.0236487;REVB=-0.00287435;RO=186;SAF=72;SAR=87;SRF=88;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199521;STB=0.517521;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.028133;OID=.;OPOS=88275838;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:353:186:194:159:159:0.450425:87:72:88:98:87:72:94:100 chr9 88356743 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.444;QD=56.9566;RBI=0.0530762;REFB=0;REVB=-0.00879518;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241606;OID=.;OPOS=88356743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr9 88692336 . C T 587.29 PASS AF=0.472868;AO=62;DP=129;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.0161846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5117;QD=18.2105;RBI=0.0275797;REFB=0.00706639;REVB=0.0223316;RO=67;SAF=24;SAR=38;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237001;STB=0.624865;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00900254;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:68:62:61:0.472868:38:24:43:24:37:24:43:25 chr9 88694179 . G T 451.99 PASS AF=0.464646;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0141206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.251;QD=18.2624;RBI=0.0242146;REFB=-0.0479685;REVB=-0.0196712;RO=51;SAF=12;SAR=33;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323896;STB=0.660849;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0952482;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:51:53:45:46:0.464646:33:12:30:21:33:13:30:23 chr9 88920094 . C T 251.18 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0199275;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.517;QD=14.151;RBI=0.0234686;REFB=0.0088644;REVB=0.0123963;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683225;STB=0.503888;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00464186;OID=.;OPOS=88920094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:15:14:20:22:15:14:20:22 chr9 88937851 . ATTT A,TTTT 404.19 PASS AF=0.512195,0.0243902;AO=32,3;DP=79;FAO=42,2;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=20,1;FSAR=22,1;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0103007,-0.0207645;FXX=0.0238067;HRUN=7,2;LEN=3,1;MLLD=35.2023,29.7213;QD=19.7168;RBI=0.0428226,0.0879543;REFB=0.00846828,-0.00847226;REVB=0.0415653,-0.0854681;RO=26;SAF=16,1;SAR=16,2;SRF=15;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0623041,-0.253111;STB=0.501193,0.524753;STBP=0.979,0.854;TYPE=del,snp;VARB=-0.00378107,0.0406043;OID=.,.;OPOS=88937852,88937851;OREF=TTT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,TTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:26:38:32,3:42,2:0.512195,0.0243902:16,2:16,1:15:11:22,1:20,1:18:20 chr9 88959938 . C T 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00590863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.758;QD=16.8121;RBI=0.020024;REFB=-0.00255634;REVB=-0.0191324;RO=45;SAF=33;SAR=5;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43854;STB=0.743993;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00434081;OID=.;OPOS=88959938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:47:38:38:0.447059:5:33:24:21:5:33:26:21 chr9 88960031 . TGG TG,TGT 1392.16 PASS AF=0.945122,0.054878;AO=27,14;DP=167;FAO=155,9;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=118,0;FSAR=37,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.944256,0.0849774;FXX=0.0238081;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.3258,252.52;QD=33.9552;RBI=0.947469,0.099243;REFB=0.0412925,0.0278713;REVB=0.0779642,-0.0512641;RO=111;SAF=3,0;SAR=24,14;SRF=106;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.835278,-0.876374;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00884316,0.115753;OID=.,.;OPOS=88960032,88960033;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.945122,0.054878:27,14:167:155,9:164:0:118,0:37,9:0:0:24:111:3,0:24,14:106:5 chr9 89772284 . A G 294.42 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175095;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.66;QD=53.5301;RBI=0.0215713;REFB=0;REVB=-0.0215002;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420189;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr9 90265015 . C T 1478.29 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00189813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.716;QD=56.3159;RBI=0.0116543;REFB=-0.029991;REVB=0.0114987;RO=3;SAF=49;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281606;STB=0.514849;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00212142;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:3:3:102:102:0.971429:53:49:3:0:53:49:3:0 chr9 90265043 . G C 250.36 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00437316;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.6137;QD=14.5136;RBI=0.0262136;REFB=-0.0135572;REVB=0.0258462;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164185;STB=0.593156;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0197147;OID=.;OPOS=90265043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:17:12:23:17:17:12:23:17 chr9 90321583 . C T 220.41 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0444489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.292;QD=16.0297;RBI=0.044682;REFB=-0.0101385;REVB=-0.00455836;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133372;STB=0.583148;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0145489;OID=.;OPOS=90321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:12:13:11:18:12:13:11:19 chr9 90322023 . G A 773.06 PASS AF=0.482143;AO=80;DP=168;FAO=81;FDP=168;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.012739;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.137;QD=18.4061;RBI=0.0215965;REFB=-0.0061088;REVB=-0.0174393;RO=87;SAF=30;SAR=50;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158668;STB=0.577106;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00677029;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:87:87:80:81:0.482143:50:30:47:40:50:31:46:41 chr9 90343780 . A C 1457.08 PASS AF=0.989362;AO=77;DP=92;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00212288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2027;QD=62.0035;RBI=0.00649167;REFB=0.00912238;REVB=-0.00613475;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-4.96822e-05;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:94:0:1:77:93:0.989362:50:27:0:0:52:41:1:0 chr9 90388370 . G A 414.69 PASS AF=0.45098;AO=45;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0396454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8038;QD=16.2623;RBI=0.137456;REFB=-0.00212581;REVB=0.131614;RO=57;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817834;STB=0.533717;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00370909;OID=.;OPOS=90388370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:56:45:46:0.45098:20:25:27:30:21:25:27:29 chr9 90388539 . T A 875.25 PASS AF=0.547771;AO=82;DP=153;FAO=86;FDP=157;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0323064;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.271;QD=22.2992;RBI=0.0377089;REFB=-0.0243172;REVB=0.019449;RO=70;SAF=29;SAR=53;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176418;STB=0.588357;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0161015;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:70:71:82:86:0.547771:53:29:39:31:54:32:40:31 chr9 90500405 . A C 3404.34 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.94;QD=62.465;RBI=0.0519737;REFB=0;REVB=0.0185244;RO=0;SAF=92;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0545e-05;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:208:218:0:0:208:218:1:116:92:0:0:121:97:0:0 chr9 90501448 . C A 4403.09 PASS AF=1;AO=260;DP=260;FAO=290;FDP=290;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664102;FXX=0.00684908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.832;QD=60.7322;RBI=0.0714082;REFB=0;REVB=0.0262451;RO=0;SAF=112;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284181;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:260:290:0:0:260:290:1:148:112:0:0:150:140:0:0 chr9 90502458 . T A 1491.67 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5743;QD=63.4753;RBI=0.0532703;REFB=0;REVB=0.0154363;RO=0;SAF=27;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214686;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:67:27:0:0:67:27:0:0 chr9 90502819 . T C 4828.53 PASS AF=1;AO=309;DP=312;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323304;FXX=0.00958436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.483;QD=62.3036;RBI=0.00592626;REFB=-0.0678027;REVB=-0.00496669;RO=2;SAF=142;SAR=167;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000499547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68456e-05;OID=.;OPOS=90502819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:312:310:2:0:309:310:1:167:142:1:1:168:142:0:0 chr9 90503007 . A G 2006.74 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340868;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8007;QD=62.2244;RBI=0.0398091;REFB=0;REVB=0.0205634;RO=0;SAF=45;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.76837e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155477;OID=.;OPOS=90503007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:129:0:0:126:129:1:81:45:0:0:84:45:0:0 chr9 90503042 . G A 418.86 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0880286;FXX=0.00854628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.4705;QD=14.4434;RBI=0.0998208;REFB=-0.0115598;REVB=0.0470654;RO=68;SAF=16;SAR=32;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120141;STB=0.567872;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0187387;OID=.;OPOS=90503042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:68:68:48:48:0.413793:32:16:30:38:32:16:30:38 chr9 90503451 . G A 2505.91 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5004;QD=61.4948;RBI=0.0334973;REFB=0;REVB=0.0246591;RO=0;SAF=76;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10323e-06;OID=.;OPOS=90503451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:87:76:0:0:87:76:0:0 chr9 90534206 . T C 270.7 PASS AF=0.265734;AO=38;DP=143;FAO=38;FDP=143;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=68;FWDB=-0.0405725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0768;QD=7.57191;RBI=0.0454571;REFB=0.00507406;REVB=-0.0204992;RO=104;SAF=35;SAR=3;SRF=37;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.702051;STB=0.919807;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0225578;OID=.;OPOS=90534206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:104:105:38:38:0.265734:3:35:37:67:3:35:37:68 chr9 90749692 . C T 768.02 PASS AF=0.982143;AO=46;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=45;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.671;QD=54.8585;RBI=0.0646814;REFB=0.0126232;REVB=0.0599578;RO=1;SAF=40;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116123;STB=0.505493;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00037585;OID=.;OPOS=90749692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:46:55:0.982143:6:40:1:0:10:45:1:0 chr9 91652414 . A T 327.72 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0270581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.328;QD=15.2429;RBI=0.0275278;REFB=0.00513416;REVB=0.00506374;RO=50;SAF=10;SAR=26;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144324;STB=0.582042;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00608642;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:26:10:20:30:26:10:20:30 chr9 91656963 . T C 740.37 PASS AF=0.425532;AO=80;DP=188;FAO=80;FDP=188;FR=.;FRO=108;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=71;FWDB=-0.0145141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.715;QD=15.7525;RBI=0.0169941;REFB=-0.0088755;REVB=-0.00883959;RO=105;SAF=44;SAR=36;SRF=36;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208684;STB=0.617495;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0160618;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:105:108:80:80:0.425532:36:44:36:69:36:44:37:71 chr9 91978397 . C T 413.89 PASS AF=0.446602;AO=44;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.107394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.84;QD=16.0733;RBI=0.108979;REFB=-0.00169215;REVB=0.0185195;RO=57;SAF=14;SAR=30;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233409;STB=0.541967;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00328291;OID=.;OPOS=91978397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:44:46:0.446602:30:14:17:40:30:16:16:41 chr9 91978783 . G A 701.97 PASS AF=0.511111;AO=68;DP=135;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0137246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.848;QD=20.7992;RBI=0.0170645;REFB=-0.00862113;REVB=0.0101405;RO=66;SAF=28;SAR=40;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147005;STB=0.576074;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0115703;OID=.;OPOS=91978783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:66:68:69:0.511111:40:28:38:28:40:29:38:28 chr9 92003679 . C T 1032.08 PASS AF=0.5;AO=105;DP=210;FAO=105;FDP=210;FR=.;FRO=105;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=0.00344559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.291;QD=19.6586;RBI=0.00594393;REFB=0.00188301;REVB=0.00484337;RO=105;SAF=47;SAR=58;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026382;STB=0.514485;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00142451;OID=.;OPOS=92003679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:105:105:105:105:0.5:58:47:44:61:58:47:44:61 chr9 93629630 . T C 322.79 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00435886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.829;QD=11.7378;RBI=0.0179855;REFB=-0.0132325;REVB=-0.0174493;RO=70;SAF=16;SAR=24;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490006;STB=0.528076;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0220559;OID=.;OPOS=93629630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:70:70:40:40:0.363636:24:16:31:39:24:16:31:39 chr9 93637015 . C T 1088.1 PASS AF=0.533679;AO=103;DP=193;FAO=103;FDP=193;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.00662569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.281;QD=22.5513;RBI=0.0179136;REFB=-0.0087762;REVB=0.0166432;RO=88;SAF=38;SAR=65;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757751;STB=0.542402;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00573796;OID=.;OPOS=93637015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:88:90:103:103:0.533679:65:38:40:48:65:38:41:49 chr9 93639973 . G C 752.2 PASS AF=0.388393;AO=87;DP=224;FAO=87;FDP=224;FR=.;FRO=137;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=67;FSRR=70;FWDB=-0.0206935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.756;QD=13.4321;RBI=0.027877;REFB=0.00210411;REVB=0.018679;RO=137;SAF=41;SAR=46;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193526;STB=0.510898;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00372874;OID=.;OPOS=93639973;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:137:137:87:87:0.388393:46:41:67:70:46:41:67:70 chr9 93640009 . G A 724.65 PASS AF=0.359833;AO=86;DP=239;FAO=86;FDP=239;FR=.;FRO=153;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=69;FSRR=84;FWDB=0.0133165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.55;QD=12.1281;RBI=0.0180422;REFB=-0.00798398;REVB=0.0121734;RO=153;SAF=39;SAR=47;SRF=69;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00285263;STB=0.50162;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0152004;OID=.;OPOS=93640009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:153:153:86:86:0.359833:47:39:69:84:47:39:69:84 chr9 93641175 . C T 846.07 PASS AF=0.442211;AO=88;DP=199;FAO=88;FDP=199;FR=.;FRO=111;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=-0.0122483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.156;QD=17.0064;RBI=0.0122502;REFB=-0.00534376;REVB=0.000213365;RO=111;SAF=37;SAR=51;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622393;STB=0.50346;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00486675;OID=.;OPOS=93641175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:111:111:88:88:0.442211:51:37:46:65:51:37:46:65 chr9 93641199 . T C 645.71 PASS AF=0.440994;AO=71;DP=161;FAO=71;FDP=161;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.00218714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=341.022;QD=16.0424;RBI=0.00458031;REFB=-0.00833432;REVB=0.00402438;RO=87;SAF=30;SAR=41;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489715;STB=0.525073;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0106557;OID=.;OPOS=93641199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:87:90:71:71:0.440994:41:30:41:46:41:30:42:48 chr9 94456643 . G C 2331.72 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.217;QD=63.8826;RBI=0.0323122;REFB=0;REVB=0.019296;RO=0;SAF=84;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11288e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59522e-05;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:61:84:0:0:61:85:0:0 chr9 94456702 . ATTT AATT,ATT,ATTA 1109.8 PASS AF=0.05,0,0.95;AO=4,12,50;DP=81;FAO=4,0,76;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,36;FSAR=4,0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328176,0.0895251,0.166837;FXX=0.0243873;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=7.2429,20.8468,27.2927;QD=55.4899;RBI=0.0456682,0.123314,0.182486;REFB=0,0,0;REVB=-0.0317584,0.0848031,0.0739362;RO=1;SAF=0,9,21;SAR=4,3,29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.749895,-0.0475628,-0.0218873;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0102822,0,-0.0046441;OID=.,.,.;OPOS=94456703,94456703,94456705;OREF=T,T,T;OALT=A,-,A;OMAPALT=AATT,ATT,ATTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.05,0,0.95:4,12,50:81:4,0,76:80:0:0,0,36:4,0,40:0:0:10:1:0,9,21:4,3,29:1:0 chr9 94456714 . C T 1081.01 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.985;QD=59.2337;RBI=0.0284236;REFB=0;REVB=0.0170349;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90882e-05;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:73:0:0:66:73:1:38:28:0:0:40:33:0:0 chr9 94486321 . C T 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.671;QD=61.6948;RBI=0.0148799;REFB=0;REVB=0.00289973;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33849e-05;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:37:45:0:0:37:45:0:0 chr9 94486688 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.871;QD=62.0203;RBI=0.0800102;REFB=0;REVB=-0.00569962;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220416;OID=.;OPOS=94486688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr9 94495608 . T C 1698.41 PASS AF=0.982301;AO=97;DP=115;FAO=111;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110126;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3469;QD=60.1207;RBI=0.128401;REFB=0;REVB=0.0660243;RO=1;SAF=26;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663404;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209791;OID=.;OPOS=94495608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:115:113:1:0:97:111:0.982301:71:26:0:1:76:35:0:0 chr9 94518328 . C T 430.31 PASS AF=0.384615;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.0365007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7209;QD=13.2403;RBI=0.036527;REFB=-0.000984858;REVB=-0.00138684;RO=80;SAF=15;SAR=35;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26821;STB=0.65267;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00165067;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:80:80:50:50:0.384615:35:15:43:37:35:15:43:37 chr9 95219248 . A G 1605.15 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908229;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0844;QD=60.0054;RBI=0.091073;REFB=0;REVB=0.00674386;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179139;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:62:45:0:0:62:45:0:0 chr9 95219597 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.978;QD=56.9382;RBI=0.0203389;REFB=0;REVB=-0.0163243;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36948e-05;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr9 95237024 . CTCA C 617.21 PASS AF=1;AO=34;DP=47;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641328;FXX=0.170177;HRUN=1;LEN=3;MLLD=200.754;QD=63.304;RBI=0.0681484;REFB=0;REVB=0.0230476;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000240695;OID=.;OPOS=95237025;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:47:39:39:0:20:19:0:0:3:0:18:16:0:0 chr9 95274338 . A G 522.03 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0145611;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.971;QD=16.8398;RBI=0.0151646;REFB=-0.00691146;REVB=0.00423554;RO=67;SAF=28;SAR=28;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949517;STB=0.54837;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00987794;OID=.;OPOS=95274338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:67:68:56:56:0.451613:28:28:27:40:28:28:28:40 chr9 95279985 . C A 724.66 PASS AF=0.496503;AO=71;DP=145;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=21;FWDB=0.00587925;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.539;QD=20.2702;RBI=0.00819944;REFB=-0.0170575;REVB=0.00571535;RO=70;SAF=39;SAR=32;SRF=49;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139713;STB=0.582149;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.019752;OID=.;OPOS=95279985;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:70:72:71:71:0.496503:32:39:49:21:32:39:51:21 chr9 95284873 . A G 329.8 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.024724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3228;QD=15.7047;RBI=0.024777;REFB=0.0195236;REVB=-0.00161988;RO=48;SAF=13;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165808;STB=0.593697;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0222959;OID=.;OPOS=95284873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:23:13:25:23:23:13:25:23 chr9 95284982 . T G 1882.22 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316748;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.254;QD=61.712;RBI=0.0317024;REFB=0;REVB=-0.00132424;RO=0;SAF=56;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24192e-05;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:66:56:0:0:66:56:0:0 chr9 95380726 . G A 173.32 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0151322;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.257;QD=12.8384;RBI=0.0217088;REFB=0.0208757;REVB=-0.0155657;RO=32;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213394;STB=0.632782;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.031533;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:33:21:21:0.388889:7:14:15:17:7:14:15:18 chr9 95475352 . G A 110.63 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0412517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4557;QD=15.2592;RBI=0.046602;REFB=0.000753818;REVB=0.0216805;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282428;STB=0.66297;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.000786269;OID=.;OPOS=95475352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:5:11:5:8:5:11 chr9 95481800 . G A 781.77 PASS AF=0.63964;AO=71;DP=111;FAO=71;FDP=111;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0743057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.422;QD=28.1718;RBI=0.0744807;REFB=-0.0264686;REVB=0.00510298;RO=40;SAF=36;SAR=35;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712301;STB=0.538529;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0206029;OID=.;OPOS=95481800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:40:40:71:71:0.63964:35:36:16:24:35:36:16:24 chr9 95609564 . C T 400.4 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00608427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.129;QD=16.1778;RBI=0.0203149;REFB=-0.0187349;REVB=-0.0193824;RO=57;SAF=19;SAR=23;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387637;STB=0.502182;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0231928;OID=.;OPOS=95609564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:23:19:26:31:23:19:26:31 chr9 95768448 . G A 692.32 PASS AF=0.465409;AO=74;DP=159;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=0.0117559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.322;QD=17.4168;RBI=0.0150493;REFB=-0.00248915;REVB=-0.00939587;RO=85;SAF=27;SAR=47;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124558;STB=0.5069;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00236147;OID=.;OPOS=95768448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:85:85:74:74:0.465409:47:27:30:55:47:27:30:55 chr9 95780465 . A G 3620.1 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.527;QD=62.9583;RBI=0.0361378;REFB=0;REVB=0.0336273;RO=0;SAF=119;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23825e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91554e-05;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:230:0:0:229:230:1:110:119:0:0:110:120:0:0 chr9 95782667 . C T 572.29 PASS AF=0.433566;AO=59;DP=140;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.00523874;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.105;QD=16.0081;RBI=0.00554624;REFB=-0.00367869;REVB=-0.00182108;RO=78;SAF=32;SAR=27;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00400597;STB=0.508357;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00421052;OID=.;OPOS=95782667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:78:81:59:62:0.433566:27:32:42:36:30:32:43:38 chr9 95887320 . G T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.689;QD=61.5359;RBI=0.0395689;REFB=0;REVB=0.0307034;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157874;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr9 95993170 . A G 1050.94 PASS AF=0.509615;AO=104;DP=206;FAO=106;FDP=208;FR=.;FRO=102;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=0.0130186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.439;QD=20.2104;RBI=0.0215684;REFB=-0.0232986;REVB=0.0171962;RO=102;SAF=44;SAR=60;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256585;STB=0.508473;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0228038;OID=.;OPOS=95993170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:208:102:102:104:106:0.509615:60:44:46:56:60:46:46:56 chr9 96015256 . C T 977.86 PASS AF=0.487923;AO=101;DP=207;FAO=101;FDP=207;FR=.;FRO=106;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=0.0834802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.051;QD=18.8959;RBI=0.0835153;REFB=-0.0116021;REVB=0.00241912;RO=106;SAF=47;SAR=54;SRF=61;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102152;STB=0.556212;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0103838;OID=.;OPOS=96015256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:106:106:101:101:0.487923:54:47:61:45:54:47:61:45 chr9 96021312 . G A 1299.32 PASS AF=0.454237;AO=134;DP=298;FAO=134;FDP=295;FR=.;FRO=161;FSAF=31;FSAR=103;FSRF=53;FSRR=108;FWDB=0.0353135;FXX=0.0100668;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.873;QD=17.618;RBI=0.0353364;REFB=-0.0126055;REVB=0.0012723;RO=160;SAF=31;SAR=103;SRF=52;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119667;STB=0.569462;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0191038;OID=.;OPOS=96021312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:295:160:161:134:134:0.454237:103:31:52:108:103:31:53:108 chr9 96051521 . A G 3321.33 PASS AF=0.986301;AO=216;DP=220;FAO=216;FDP=219;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=132;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0100218;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.872;QD=60.6635;RBI=0.0146796;REFB=-0.0799567;REVB=0.0107263;RO=3;SAF=84;SAR=132;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167075;STB=0.508771;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00157341;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:220:219:3:3:216:216:0.986301:132:84:3:0:132:84:3:0 chr9 96055063 . C T 1038.95 PASS AF=0.623377;AO=95;DP=153;FAO=96;FDP=154;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0569413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.676;QD=26.9857;RBI=0.062195;REFB=-0.0112033;REVB=0.0250183;RO=57;SAF=40;SAR=55;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250751;STB=0.518479;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00664304;OID=.;OPOS=96055063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:57:58:95:96:0.623377:55:40:22:35:55:41:22:36 chr9 96097673 . G A 498.93 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00905686;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.721;QD=20.7887;RBI=0.0245421;REFB=-0.0209528;REVB=0.0228098;RO=46;SAF=27;SAR=21;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188305;STB=0.592985;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0261973;OID=.;OPOS=96097673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:48:48:48:0.5:21:27:16:30:21:27:18:30 chr9 96097747 . C T 667.5 PASS AF=0.458599;AO=72;DP=157;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.00472897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.972;QD=17.0064;RBI=0.0100157;REFB=-0.022144;REVB=-0.00882896;RO=81;SAF=29;SAR=43;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028926;STB=0.51162;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0241726;OID=.;OPOS=96097747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:81:85:72:72:0.458599:43:29:35:46:43:29:36:49 chr9 96214928 . G A 384.12 PASS AF=0.408163;AO=34;DP=103;FAO=40;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=0.00415876;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.111;QD=15.6784;RBI=0.0263799;REFB=-0.0206859;REVB=0.0260501;RO=57;SAF=21;SAR=13;SRF=12;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425317;STB=0.671307;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0265993;OID=.;OPOS=96214928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:98:57:54:34:40:0.408163:13:21:12:45:19:21:12:42 chr9 96238578 . C T 522.74 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0127291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.786;QD=21.121;RBI=0.0135258;REFB=-0.00692195;REVB=-0.00457374;RO=49;SAF=21;SAR=29;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048825;STB=0.526965;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00436958;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:29:21:18:31:29:21:18:31 chr9 96328303 . T C 1195.14 PASS AF=0.52;AO=117;DP=225;FAO=117;FDP=225;FR=.;FRO=108;FSAF=42;FSAR=75;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=0.0392924;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3752;QD=21.2469;RBI=0.0399776;REFB=-0.0218974;REVB=0.00736995;RO=107;SAF=42;SAR=75;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115971;STB=0.561653;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0188465;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:107:108:117:117:0.52:75:42:52:55:75:42:52:56 chr9 97055376 . G A 1734.84 PASS AF=0.991525;AO=111;DP=112;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0475529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.773;QD=58.808;RBI=0.136519;REFB=-0.128121;REVB=0.12797;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000900862;OID=.;OPOS=97055376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:118:0:1:111:117:0.991525:61:50:0:0:67:50:0:1 chr9 97062981 . C T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6561;QD=63.8696;RBI=0.0278052;REFB=0;REVB=-0.0144113;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321155;OID=.;OPOS=97062981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr9 97080944 . GAGA G 1233.5 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289837;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=231.014;QD=60.9136;RBI=0.0304588;REFB=0;REVB=0.00936412;RO=0;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.32246e-06;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:79:81:81:0:28:53:0:0:7:0:27:51:0:0 chr9 97082699 . G A 2330.65 PASS AF=0.97546;AO=156;DP=166;FAO=159;FDP=163;FR=.;FRO=4;FSAF=94;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0338264;FXX=0.0180712;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.095;QD=57.1938;RBI=0.0338272;REFB=-0.00656987;REVB=-0.000233069;RO=3;SAF=91;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921208;STB=0.508633;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000115675;OID=.;OPOS=97082699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:166:163:3:4:156:159:0.97546:65:91:1:2:65:94:1:3 chr9 97087857 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.683;QD=49.598;RBI=0.0618966;REFB=0;REVB=0.00721495;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706718;OID=.;OPOS=97087857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr9 97191544 . A T 60.74 PASS AF=0.264706;AO=13;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00987;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.4457;QD=7.14593;RBI=0.0322833;REFB=-0.0178958;REVB=-0.0307375;RO=18;SAF=12;SAR=1;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.713333;STB=0.899153;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.102466;OID=.;OPOS=97191544;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:33:34:18:25:13:9:0.264706:1:12:4:14:1:8:8:17 chr9 97270084 . G C 375.67 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.497;QD=55.6542;RBI=0.0419737;REFB=0;REVB=-0.0215378;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202786;OID=.;OPOS=97270084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:9:17:0:0:10:17:0:0 chr9 97349666 . C G 2149.16 PASS AF=0.979866;AO=144;DP=151;FAO=146;FDP=149;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0274838;FXX=0.0197355;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.098;QD=57.6955;RBI=0.0311564;REFB=0.108377;REVB=0.0146751;RO=3;SAF=70;SAR=74;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188851;STB=0.509803;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.000294627;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:151:149:3:3:144:146:0.979866:74:70:0:3:75:71:0:3 chr9 97365720 . T C 1712.63 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.39;QD=60.6239;RBI=0.0275389;REFB=0;REVB=0.0254168;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63815e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:113:0:0:99:113:1:43:56:0:0:50:63:0:0 chr9 97369149 . C T 3029.55 PASS AF=0.984694;AO=194;DP=195;FAO=193;FDP=196;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0411569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0505;QD=61.8275;RBI=0.0530252;REFB=-0.173485;REVB=0.0334332;RO=0;SAF=98;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507771;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00186179;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:195:196:0:3:194:193:0.984694:96:98:0:0:95:98:0:3 chr9 97369151 . G A 2932.85 PASS AF=0.974227;AO=189;DP=196;FAO=189;FDP=194;FR=.;FRO=5;FSAF=99;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00590292;FXX=0.0102036;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.321;QD=60.4711;RBI=0.0067037;REFB=0.00301843;REVB=-0.00317728;RO=5;SAF=99;SAR=90;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257151;STB=0.513512;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=4.40925e-05;OID=.;OPOS=97369151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:196:194:5:5:189:189:0.974227:90:99:0:5:90:99:0:5 chr9 97768286 . T C 1285.38 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00691027;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.853;QD=58.4262;RBI=0.0307791;REFB=-0.0162885;REVB=0.0299933;RO=3;SAF=39;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134873;STB=0.507124;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=7.40368e-05;OID=.;OPOS=97768286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:3:3:85:85:0.965909:46:39:2:1:46:39:2:1 chr9 97849090 . A G 1066.27 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147516;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.431;QD=60.0716;RBI=0.0219777;REFB=0;REVB=0.0162914;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204293;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr9 98211572 . T A 643.79 PASS AF=0.601942;AO=61;DP=102;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0330769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.802;QD=25.0015;RBI=0.0392759;REFB=-0.0502426;REVB=0.0211783;RO=35;SAF=28;SAR=33;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245591;STB=0.604063;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0283313;OID=.;OPOS=98211572;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:35:41:61:62:0.601942:33:28:29:6:33:29:30:11 chr9 98218474 . G GC 1212.86 PASS AF=1;AO=101;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522752;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.3018;QD=41.8228;RBI=0.0548474;REFB=0;REVB=-0.0165993;RO=13;SAF=44;SAR=57;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281256;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000147735;OID=.;OPOS=98218475;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:116:116:116:0:49:67:0:0:24:13:44:57:4:9 chr9 98231084 . T C 528.31 PASS AF=0.405594;AO=57;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.0128961;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.704;QD=14.7778;RBI=0.0173836;REFB=-0.00908867;REVB=0.0116568;RO=84;SAF=25;SAR=32;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625186;STB=0.533355;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0141364;OID=.;OPOS=98231084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:84:85:57:58:0.405594:32:25:32:52:33:25:32:53 chr9 98238379 . A G 1011.31 PASS AF=0.452991;AO=106;DP=235;FAO=106;FDP=234;FR=.;FRO=128;FSAF=38;FSAR=68;FSRF=60;FSRR=68;FWDB=0.00901302;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.877;QD=17.2874;RBI=0.00940516;REFB=0.00184916;REVB=0.00268749;RO=127;SAF=38;SAR=68;SRF=60;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11719;STB=0.563206;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00253718;OID=.;OPOS=98238379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:127:128:106:106:0.452991:68:38:60:67:68:38:60:68 chr9 98239147 . A G 467.29 PASS AF=0.427419;AO=51;DP=113;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0103992;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.722;QD=15.0739;RBI=0.0238219;REFB=-0.033206;REVB=-0.0214322;RO=62;SAF=30;SAR=21;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15032;STB=0.581787;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0299572;OID=.;OPOS=98239147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:124:62:71:51:53:0.427419:21:30:27:35:23:30:30:41 chr9 98997810 . C T 656.68 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=146;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=0.034116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.316;QD=17.9912;RBI=0.0380312;REFB=-0.0147828;REVB=-0.0168068;RO=78;SAF=22;SAR=45;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00545107;STB=0.508179;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0190217;OID=.;OPOS=98997810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:78:79:67:67:0.458904:45:22:26:52:45:22:27:52 chr9 99580296 . CCT C,CGT 640.37 PASS AF=0.563107,0.0582524;AO=53,7;DP=103;FAO=58,6;FDP=103;FR=.;FRO=39;FSAF=23,1;FSAR=35,5;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00489339,-0.0346056;FXX=0.0190458;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=95.9297,80.9878;QD=24.8688;RBI=0.00496956,0.0601545;REFB=-0.0653432,-0.0603011;REVB=-0.000866739,-0.0492038;RO=41;SAF=20,1;SAR=33,6;SRF=19;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0.473988,0;SSSB=-0.0714012,-0.423008;STB=0.516409,0.768239;STBP=0.706,0.217;TYPE=del,snp;VARB=0.0222141,0.0844045;OID=.,.;OPOS=99580297,99580297;OREF=CT,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.563107,0.0582524:53,7:103:58,6:103:39:23,1:35,5:17:22:99:41:20,1:33,6:19:22 chr9 99581623 . C T 49.18 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0501915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7126;QD=4.37199;RBI=0.0601996;REFB=0.00380671;REVB=-0.0332386;RO=35;SAF=1;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527541;STB=0.847547;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0318164;OID=.;OPOS=99581623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:35:37:8:8:0.177778:7:1:19:16:7:1:19:18 chr9 99694363 . C T 122.28 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0471196;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0346;QD=13.2192;RBI=0.0636122;REFB=-0.0221138;REVB=0.0427348;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290037;STB=0.554382;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.057567;OID=.;OPOS=99694363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:37:26:23:14:14:0.378378:4:10:18:8:4:10:18:5 chr9 99694397 . C G 513.56 PASS AF=0.371257;AO=62;DP=167;FAO=62;FDP=167;FR=.;FRO=105;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.00443684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5453;QD=12.3009;RBI=0.0452622;REFB=-0.00104438;REVB=0.0450443;RO=105;SAF=41;SAR=21;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190316;STB=0.608346;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00326136;OID=.;OPOS=99694397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:105:105:62:62:0.371257:21:41:52:53:21:41:52:53 chr9 99797908 . G A 842.29 PASS AF=0.448276;AO=91;DP=203;FAO=91;FDP=203;FR=.;FRO=112;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=61;FSRR=51;FWDB=-0.0197383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5305;QD=16.5969;RBI=0.0433008;REFB=0.00546346;REVB=0.0385403;RO=112;SAF=56;SAR=35;SRF=61;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727773;STB=0.540447;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00688233;OID=.;OPOS=99797908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:112:112:91:91:0.448276:35:56:61:51:35:56:61:51 chr9 100053194 . G A 918.35 PASS AF=0.475248;AO=96;DP=204;FAO=96;FDP=202;FR=.;FRO=106;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=-0.0564714;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.724;QD=18.1851;RBI=0.0568143;REFB=-0.00927979;REVB=-0.0062324;RO=105;SAF=45;SAR=51;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291989;STB=0.518365;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0125553;OID=.;OPOS=100053194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:202:105:106:96:96:0.475248:51:45:46:59:51:45:46:60 chr9 100069648 . T C 1943.37 PASS AF=0.450766;AO=206;DP=461;FAO=206;FDP=457;FR=.;FRO=251;FSAF=103;FSAR=103;FSRF=141;FSRR=110;FWDB=-0.000280474;FXX=0.0086766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.207;QD=17.0098;RBI=0.0021376;REFB=-0.0250338;REVB=-0.00211912;RO=248;SAF=103;SAR=103;SRF=139;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598698;STB=0.533914;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0339841;OID=.;OPOS=100069648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:461:457:248:251:206:206:0.450766:103:103:139:109:103:103:141:110 chr9 100190780 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.943;QD=59.9958;RBI=0.0188018;REFB=0;REVB=-0.00367708;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75951e-05;OID=.;OPOS=100190780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:51:55:0:0:51:55:0:0 chr9 100194406 . T C 2318.04 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.401;QD=60.2089;RBI=0.0141487;REFB=-0.11554;REVB=-0.00533329;RO=1;SAF=52;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090596;STB=0.504761;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=9.99712e-05;OID=.;OPOS=100194406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:154:1:1:153:153:0.993506:101:52:1:0:101:52:1:0 chr9 100388119 . G T 833.56 PASS AF=0.441748;AO=90;DP=205;FAO=91;FDP=206;FR=.;FRO=115;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=-6.88045e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.352;QD=16.1856;RBI=0.00542835;REFB=0.00275813;REVB=0.00542791;RO=114;SAF=53;SAR=37;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116719;STB=0.563392;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00377137;OID=.;OPOS=100388119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:114:115:90:91:0.441748:37:53:54:60:38:53:54:61 chr9 100388197 . C T 857.17 PASS AF=0.488764;AO=87;DP=178;FAO=87;FDP=178;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0158405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.989;QD=19.2622;RBI=0.0161392;REFB=-0.0121665;REVB=0.00309046;RO=91;SAF=36;SAR=51;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106403;STB=0.558672;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0112263;OID=.;OPOS=100388197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:91:91:87:87:0.488764:51:36:48:43:51:36:48:43 chr9 100444601 . C G 280.23 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.00475052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.254;QD=16.7299;RBI=0.0934525;REFB=-0.0146648;REVB=0.0933316;RO=36;SAF=25;SAR=6;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811182;STB=0.54582;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0187703;OID=.;OPOS=100444601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:6:25:27:9:6:25:27:9 chr9 100616583 . T C 637.83 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.858;QD=59.3328;RBI=0.0140696;REFB=-0.00368617;REVB=-0.00205056;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019159;STB=0.510199;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000103987;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:18:24:1:0:18:24:1:0 chr9 100617375 . T C 3915.22 PASS AF=1;AO=239;DP=241;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173346;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.99;QD=63.922;RBI=0.0248114;REFB=0;REVB=0.0177515;RO=0;SAF=112;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98131e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85774e-05;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:245:0:0:239:245:1:127:112:0:0:133:112:0:0 chr9 100617479 . G T 547.43 PASS AF=0.464;AO=57;DP=124;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.022989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.245;QD=17.5179;RBI=0.0237162;REFB=-0.000940219;REVB=0.0058277;RO=67;SAF=22;SAR=35;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915441;STB=0.544539;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00243561;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:67:67:57:58:0.464:35:22:32:35:35:23:32:35 chr9 100617583 . T C 526.99 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.00222198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.313;QD=19.1632;RBI=0.0398241;REFB=0.00364313;REVB=0.039762;RO=55;SAF=34;SAR=21;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244786;STB=0.635153;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00218088;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:21:34:19:36:21:34:19:36 chr9 100617879 . T C 457.1 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0182921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.211;QD=23.1443;RBI=0.0210506;REFB=-0.0215878;REVB=-0.0104176;RO=35;SAF=30;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214241;STB=0.618126;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0181703;OID=.;OPOS=100617879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:14:30:15:20:14:30:15:20 chr9 100672338 . C T 247.09 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0104229;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.722;QD=11.2313;RBI=0.0118875;REFB=-0.00255481;REVB=-0.00571624;RO=58;SAF=11;SAR=19;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269665;STB=0.515615;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00475956;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:19:11:20:38:19:11:20:38 chr9 100675777 . C T 492.61 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0400474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.095;QD=17.4377;RBI=0.0417316;REFB=-0.00482909;REVB=0.0117358;RO=60;SAF=22;SAR=31;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988672;STB=0.554796;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00655537;OID=.;OPOS=100675777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:31:22:19:41:31:22:19:41 chr9 100684719 . A C 597.1 PASS AF=0.426752;AO=67;DP=157;FAO=67;FDP=157;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.00450307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.718;QD=15.2126;RBI=0.0744241;REFB=-0.00462244;REVB=-0.0742878;RO=90;SAF=31;SAR=36;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383259;STB=0.521434;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00574694;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:90:90:67:67:0.426752:36:31:45:45:36:31:45:45 chr9 100684757 . A G 609.27 PASS AF=0.413174;AO=69;DP=166;FAO=69;FDP=167;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.00649968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.6;QD=14.5933;RBI=0.0132626;REFB=-0.0113309;REVB=-0.0115608;RO=96;SAF=30;SAR=39;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247819;STB=0.514508;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0135858;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:96:98:69:69:0.413174:39:30:44:52:39:30:45:53 chr9 100745902 . A G 3812.97 PASS AF=0.527701;AO=349;DP=701;FAO=381;FDP=722;FR=.;FRO=341;FSAF=171;FSAR=210;FSRF=174;FSRR=167;FWDB=0.0614186;FXX=0.013661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2293;QD=21.1245;RBI=0.0652081;REFB=-0.0354434;REVB=0.0219055;RO=312;SAF=162;SAR=187;SRF=163;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505795;STB=0.529151;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0267664;OID=.;OPOS=100745902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:701:722:312:341:349:381:0.527701:187:162:163:149:210:171:174:167 chr9 101017823 . T C 47.62 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.014163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0263;QD=11.9043;RBI=0.0270107;REFB=0.0202309;REVB=-0.0229997;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131013;STB=0.58039;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0480577;OID=.;OPOS=101017823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:7:2:1:6:7:2 chr9 101050819 . ATTTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTTG,ATTTTTTT 172.52 PASS AF=0.16129,0.112903,0.629032;AO=12,5,9;DP=64;FAO=10,7,39;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=4,6,20;FSAR=6,1,19;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.144645,0.019157,0.26144;FXX=0.0605969;HRUN=9,9,9;LEN=2,1,1;MLLD=6.86449,122.774,4.01095;QD=11.1301;RBI=0.268742,0.0687561,0.494515;REFB=-0.187799,-0.0122436,-0.320901;REVB=-0.226495,-0.0660335,-0.419754;RO=21;SAF=2,4,4;SAR=10,1,5;SRF=19;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.691777,-0.242433,-0.524094;STB=0.5998,0.642384,0.520537;STBP=0.382,0.41,0.489;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0740102,0.0686193,0.110359;OID=.,.,.;OPOS=101050820,101050827,101050820;OREF=TT,T,T;OALT=-,G,-;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTTG,ATTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.16129,0.112903,0.629032:12,5,9:64:10,7,39:62:6:4,6,20:6,1,19:4:2:47:21:2,4,4:10,1,5:19:2 chr9 101051879 . G A 1375.22 PASS AF=0.641304;AO=116;DP=190;FAO=118;FDP=184;FR=.;FRO=66;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.0262765;FXX=0.0366473;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.176;QD=29.8962;RBI=0.0463208;REFB=-0.00985392;REVB=-0.0381466;RO=66;SAF=63;SAR=53;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740357;STB=0.536753;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00762326;OID=.;OPOS=101051879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:184:66:66:116:118:0.641304:53:63:43:23:53:65:43:23 chr9 101052558 . T G 32.19 PASS AF=0.217391;AO=8;DP=25;FAO=5;FDP=23;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0026775;FXX=0.079968;HRUN=25;LEN=1;MLLD=105.115;QD=5.59825;RBI=0.00516306;REFB=-0.0191023;REVB=0.00441455;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617149;STB=0.635761;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0120241;OID=.;OPOS=101052558;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:25:23:17:18:8:5:0.217391:2:6:12:5:1:4:12:6 chr9 101052564 . T G 35.88 PASS AF=0.26087;AO=4;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00287513;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=153.715;QD=6.23919;RBI=0.121051;REFB=0.00520545;REVB=-0.121017;RO=17;SAF=2;SAR=2;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399502;STB=0.819712;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00851094;OID=.;OPOS=101052564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:4:6:0.26087:2:2:14:3:4:2:14:3 chr9 101056122 . T C 3409.0 PASS AF=0.672941;AO=286;DP=425;FAO=286;FDP=425;FR=.;FRO=139;FSAF=131;FSAR=155;FSRF=65;FSRR=74;FWDB=0.00901337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.821;QD=32.0847;RBI=0.0133144;REFB=-0.022441;REVB=0.00979955;RO=137;SAF=131;SAR=155;SRF=65;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999454;STB=0.503155;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.010292;OID=.;OPOS=101056122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:425:137:139:286:286:0.672941:155:131:65:72:155:131:65:74 chr9 101068580 . G A 2923.15 PASS AF=0.646753;AO=249;DP=374;FAO=249;FDP=385;FR=.;FRO=136;FSAF=107;FSAR=142;FSRF=60;FSRR=76;FWDB=-0.0251905;FXX=0.00516783;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.689;QD=30.3704;RBI=0.0311106;REFB=-0.017573;REVB=0.0182567;RO=125;SAF=107;SAR=142;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364148;STB=0.504124;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00989671;OID=.;OPOS=101068580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:385:125:136:249:249:0.646753:142:107:53:72:142:107:60:76 chr9 101340301 . A C 1338.42 PASS AF=0.475524;AO=136;DP=286;FAO=136;FDP=286;FR=.;FRO=150;FSAF=58;FSAR=78;FSRF=86;FSRR=64;FWDB=0.00664482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.837;QD=18.7192;RBI=0.00715517;REFB=-0.00228249;REVB=0.00265383;RO=148;SAF=58;SAR=78;SRF=85;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139839;STB=0.576935;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0021088;OID=.;OPOS=101340301;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:148:150:136:136:0.475524:78:58:85:63:78:58:86:64 chr9 101533220 . C T 2156.79 PASS AF=0.981013;AO=131;DP=157;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0835556;FXX=0.0186324;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.176;QD=54.6022;RBI=0.0851489;REFB=-0.165397;REVB=0.0163947;RO=0;SAF=53;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502623;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00379896;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:158:0:3:131:155:0.981013:78:53:0:0:82:73:1:2 chr9 101611335 . G C 367.75 PASS AF=0.385965;AO=43;DP=113;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.0403665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3617;QD=12.9034;RBI=0.0850098;REFB=1.38414e-05;REVB=-0.0748145;RO=70;SAF=20;SAR=23;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176836;STB=0.592273;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000416721;OID=.;OPOS=101611335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:70:70:43:44:0.385965:23:20:44:26:23:21:44:26 chr9 101611545 . A G 690.97 PASS AF=0.41989;AO=76;DP=181;FAO=76;FDP=181;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=-0.0219645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.677;QD=15.27;RBI=0.0222079;REFB=-0.0256776;REVB=-0.00327907;RO=105;SAF=40;SAR=36;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223784;STB=0.512519;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0366778;OID=.;OPOS=101611545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:105:105:76:76:0.41989:36:40:53:52:36:40:53:52 chr9 101767315 . G A 1465.99 PASS AF=0.962264;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00624247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.461;QD=55.3204;RBI=0.0172506;REFB=-0.00307034;REVB=0.0160815;RO=4;SAF=40;SAR=62;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010691;STB=0.505639;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=3.54401e-05;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:106:4:4:102:102:0.962264:62:40:1:3:62:40:1:3 chr9 101784438 . A G 3442.24 PASS AF=1;AO=222;DP=222;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400832;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.567;QD=62.303;RBI=0.0451681;REFB=0.0714282;REVB=0.0208205;RO=0;SAF=99;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47996e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86842e-05;OID=.;OPOS=101784438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:222:221:0:0:222:221:1:123:99:0:0:122:99:0:0 chr9 101812204 . G A 787.14 PASS AF=0.493902;AO=81;DP=164;FAO=81;FDP=164;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.000890805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.864;QD=19.1984;RBI=0.00502137;REFB=-0.00297243;REVB=-0.00494172;RO=83;SAF=38;SAR=43;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775625;STB=0.542682;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00308678;OID=.;OPOS=101812204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:83:83:81:81:0.493902:43:38:32:51:43:38:32:51 chr9 101822220 . C T 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.532;QD=59.8655;RBI=0.0167883;REFB=0;REVB=0.00985849;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24603e-05;OID=.;OPOS=101822220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:53:51:0:0:53:51:0:0 chr9 101831995 . G A 362.37 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00131685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.235;QD=25.8838;RBI=0.00422172;REFB=0.0141192;REVB=0.00401109;RO=21;SAF=29;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287003;STB=0.658988;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00595377;OID=.;OPOS=101831995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:6:29:11:10:6:29:11:10 chr9 102046316 . G C 652.6 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0203558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.356;QD=19.0539;RBI=0.0593973;REFB=-0.00298174;REVB=0.0558004;RO=71;SAF=24;SAR=42;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112427;STB=0.562308;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00294966;OID=.;OPOS=102046316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:71:66:66:0.481752:42:24:34:37:42:24:34:37 chr9 102067887 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000923182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.379;QD=45.8068;RBI=0.0409195;REFB=0;REVB=0.0409091;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465143;OID=.;OPOS=102067887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr9 102068344 . C G 239.26 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2911;QD=50.371;RBI=0.106682;REFB=0;REVB=0.0250187;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00240806;OID=.;OPOS=102068344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr9 102068770 . T C 1061.56 PASS AF=0.473913;AO=108;DP=230;FAO=109;FDP=230;FR=.;FRO=121;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=70;FWDB=-0.00716605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.663;QD=18.4619;RBI=0.0277865;REFB=-0.0320284;REVB=-0.0268466;RO=119;SAF=66;SAR=42;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174593;STB=0.602228;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0392863;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:119:121:108:109:0.473913:42:66:51:68:42:67:51:70 chr9 102068832 . G A 6451.24 PASS AF=0.978923;AO=400;DP=410;FAO=418;FDP=427;FR=.;FRO=9;FSAF=201;FSAR=217;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.121913;FXX=0.00233639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1103;QD=60.4331;RBI=0.140232;REFB=-0.0789906;REVB=0.0692971;RO=9;SAF=198;SAR=202;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00720548;STB=0.503921;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00412215;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:410:427:9:9:400:418:0.978923:202:198:6:3:217:201:6:3 chr9 102591127 . C T 76.76 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0937673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9911;QD=12.7931;RBI=0.126915;REFB=-0.0219059;REVB=0.0855282;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.62918;STB=0.7994;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0388509;OID=.;OPOS=102591127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:14:14:9:10:0.416667:8:1:10:4:8:2:10:4 chr9 102626461 . GA G,GG 55.49 PASS AF=0.162011,0.0335196;AO=50,14;DP=180;FAO=29,6;FDP=179;FR=.;FRO=144;FSAF=10,0;FSAR=19,6;FSRF=65;FSRR=79;FWDB=-0.064698,-0.0300127;FXX=0.0110491;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.78912,25.7074;QD=1.24;RBI=0.178473,0.0735827;REFB=-0.127899,-0.0549882;REVB=-0.166333,-0.0671837;RO=92;SAF=27,0;SAR=23,14;SRF=38;SRR=54;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.142909,-0.659621;STB=0.59245,0.998119;STBP=0.299,0.008;TYPE=del,snp;VARB=0.083716,0.108378;OID=.,.;OPOS=102626462,102626462;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162011,0.0335196:50,14:180:29,6:179:144:10,0:19,6:65:79:35:92:27,0:23,14:38:54 chr9 102713580 . G A 541.94 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0273804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.896;QD=20.8437;RBI=0.0294015;REFB=0.0026752;REVB=0.0107126;RO=47;SAF=26;SAR=29;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318207;STB=0.527263;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00253892;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:49:55:55:0.528846:29:26:24:23:29:26:26:23 chr9 102732237 . T C 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00438024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.644;QD=23.4422;RBI=0.00503631;REFB=-0.0104517;REVB=-0.00248553;RO=22;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309869;STB=0.670551;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00657501;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:20:11:17:5:20:11:17:5 chr9 103054951 . T C 252.64 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00152646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.188;QD=15.0832;RBI=0.0024988;REFB=-0.00618528;REVB=-0.00197837;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221299;STB=0.631492;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00868833;OID=.;OPOS=103054951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:38:28:29:0.432836:13:15:12:26:13:16:12:26 chr9 103060386 . T G 792.71 PASS AF=0.458564;AO=83;DP=181;FAO=83;FDP=181;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=-0.00483879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5551;QD=17.5184;RBI=0.0402763;REFB=-0.00376198;REVB=0.0399846;RO=98;SAF=32;SAR=51;SRF=37;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825351;STB=0.504574;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00406304;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:98:98:83:83:0.458564:51:32:37:61:51:32:37:61 chr9 103064530 . G A 347.36 PASS AF=0.45679;AO=35;DP=79;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0244056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.785;QD=17.1537;RBI=0.0252043;REFB=-0.0107551;REVB=-0.00629472;RO=43;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787006;STB=0.524632;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0124413;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:43:44:35:37:0.45679:19:16:20:23:21:16:21:23 chr9 104133628 . C T 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0304696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.255;QD=16.1147;RBI=0.059974;REFB=-0.0199414;REVB=0.0516573;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236853;STB=0.513417;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0206582;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:14:15:13:11:14:15 chr9 104324545 . G A 2255.09 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.396;QD=63.5235;RBI=0.00453005;REFB=0;REVB=0.00227402;RO=0;SAF=59;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2929e-06;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:82:59:0:0:82:60:0:0 chr9 104333264 . C T 581.51 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00419047;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.374;QD=18.9109;RBI=0.0120721;REFB=-0.0181758;REVB=-0.0113214;RO=62;SAF=31;SAR=29;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10406;STB=0.561179;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0145689;OID=.;OPOS=104333264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:62:63:60:60:0.487805:29:31:25:37:29:31:25:38 chr9 104432873 . T G 546.08 PASS AF=0.440299;AO=57;DP=132;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0255018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.111;QD=16.3009;RBI=0.0275324;REFB=-0.0162655;REVB=0.0103774;RO=75;SAF=36;SAR=21;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157355;STB=0.584232;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.021693;OID=.;OPOS=104432873;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:75:75:57:59:0.440299:21:36:36:39:22:37:36:39 chr9 104433034 . A G 379.95 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0142483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.582;QD=13.2158;RBI=0.0201161;REFB=-0.0292948;REVB=0.0142002;RO=70;SAF=19;SAR=26;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129634;STB=0.573497;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0473733;OID=.;OPOS=104433034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:70:45:45:0.391304:26:19:38:32:26:19:38:32 chr9 104433235 . C T 915.54 PASS AF=0.476684;AO=93;DP=194;FAO=92;FDP=193;FR=.;FRO=101;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=0.0021805;FXX=0.00515437;HRUN=6;LEN=1;MLLD=298.806;QD=18.9749;RBI=0.00545648;REFB=-0.00498074;REVB=-0.00500186;RO=101;SAF=54;SAR=39;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146146;STB=0.578599;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00450147;OID=.;OPOS=104433235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:101:101:93:92:0.476684:39:54:43:58:39:53:43:58 chr9 104433347 . G A 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0165616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.779;QD=15.7818;RBI=0.0166644;REFB=-7.02819e-05;REVB=0.001848;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147856;STB=0.583954;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00028403;OID=.;OPOS=104433347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:10:13:12:17:10:13:12:17 chr9 104449063 . C T 953.36 PASS AF=0.454955;AO=101;DP=218;FAO=101;FDP=222;FR=.;FRO=121;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.00843079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.299;QD=17.1777;RBI=0.0090959;REFB=-0.00249939;REVB=-0.00341425;RO=116;SAF=61;SAR=40;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690273;STB=0.54199;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00334753;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:222:116:121:101:101:0.454955:40:61:62:54:40:61:64:57 chr9 104449294 . G A 515.76 PASS AF=0.35;AO=63;DP=180;FAO=63;FDP=180;FR=.;FRO=117;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=68;FWDB=0.019309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.899;QD=11.4612;RBI=0.0193466;REFB=-0.00833352;REVB=0.0012056;RO=114;SAF=31;SAR=32;SRF=46;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100392;STB=0.547688;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0151891;OID=.;OPOS=104449294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:114:117:63:63:0.35:32:31:46:68:32:31:49:68 chr9 104499575 . T C 1761.13 PASS AF=0.498599;AO=175;DP=356;FAO=178;FDP=357;FR=.;FRO=179;FSAF=97;FSAR=81;FSRF=92;FSRR=87;FWDB=-0.0463315;FXX=0.00279322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4766;QD=19.7325;RBI=0.0542671;REFB=-0.00424781;REVB=-0.0282543;RO=174;SAF=97;SAR=78;SRF=87;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496993;STB=0.515613;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00537055;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:357:174:179:175:178:0.498599:78:97:87:87:81:97:92:87 chr9 105018910 . A C 1417.99 PASS AF=0.961165;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0330488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.978;QD=55.0677;RBI=0.0707755;REFB=-0.174056;REVB=0.0625855;RO=3;SAF=50;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957414;STB=0.500196;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.000672965;OID=.;OPOS=105018910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:103:103:3:4:99:99:0.961165:49:50:1:2:49:50:2:2 chr9 105340650 . C A 950.59 PASS AF=0.544379;AO=89;DP=166;FAO=92;FDP=169;FR=.;FRO=77;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00357663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.699;QD=22.4991;RBI=0.00369612;REFB=-0.0116638;REVB=0.00093222;RO=77;SAF=46;SAR=43;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747697;STB=0.532537;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00904749;OID=.;OPOS=105340650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:169:77:77:89:92:0.544379:43:46:33:44:46:46:33:44 chr9 105340677 . G A 941.35 PASS AF=0.528736;AO=92;DP=174;FAO=92;FDP=174;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0123119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.324;QD=21.6403;RBI=0.0175074;REFB=0.00263632;REVB=0.0124469;RO=82;SAF=45;SAR=47;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432116;STB=0.523643;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00457623;OID=.;OPOS=105340677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:82:82:92:92:0.528736:47:45:36:46:47:45:36:46 chr9 105405415 . G A 486.24 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00123221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.314;QD=21.3733;RBI=0.0135325;REFB=-0.00433068;REVB=-0.0134762;RO=44;SAF=22;SAR=25;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02798;STB=0.515457;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00440361;OID=.;OPOS=105405415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:25:22:22:22:25:22:22:22 chr9 105780618 . G A 4006.0 PASS AF=1;AO=246;DP=249;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6883;QD=64.0961;RBI=0.135437;REFB=0;REVB=0.0522382;RO=2;SAF=112;SAR=134;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00843462;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416412;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:250:2:0:246:250:1:134:112:2:0:135:115:0:0 chr9 106896809 . G A 2074.93 PASS AF=0.401033;AO=232;DP=577;FAO=233;FDP=581;FR=.;FRO=348;FSAF=118;FSAR=115;FSRF=169;FSRR=179;FWDB=0.000697007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.888;QD=14.2852;RBI=0.000698135;REFB=0.00399426;REVB=3.96828e-05;RO=344;SAF=118;SAR=114;SRF=167;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247706;STB=0.512459;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00442537;OID=.;OPOS=106896809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:577:581:344:348:232:233:0.401033:114:118:167:177:115:118:169:179 chr9 107266596 . T C 1709.96 PASS AF=0.974576;AO=116;DP=119;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0228794;FXX=0.00840265;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.804;QD=57.9646;RBI=0.0289074;REFB=0.0244993;REVB=0.0176684;RO=3;SAF=60;SAR=56;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880808;STB=0.504796;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000240527;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:118:3:3:116:115:0.974576:56:60:1:2:55:60:1:2 chr9 107266774 . C G 2454.53 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.722;QD=60.9821;RBI=0.0284355;REFB=0;REVB=0.0281786;RO=0;SAF=69;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.72236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0505e-05;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:161:0:0:160:161:1:91:69:0:0:91:70:0:0 chr9 107266844 . A G 2328.55 PASS AF=0.993548;AO=152;DP=153;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.758;QD=60.0917;RBI=0.0360582;REFB=0.0150405;REVB=-0.00493761;RO=1;SAF=56;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492963;STB=0.50259;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=8.77698e-05;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:155:1:1:152:154:0.993548:96:56:0:1:96:58:0:1 chr9 107266943 . G A 1606.87 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.408;QD=60.0699;RBI=0.0250542;REFB=0;REVB=-0.0226959;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.81007e-05;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:50:57:0:0:50:57:0:0 chr9 107267304 . C T 3806.21 PASS AF=1;AO=246;DP=252;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167001;FXX=0.0158097;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7729;QD=61.144;RBI=0.0173558;REFB=-0.14489;REVB=-0.00472554;RO=2;SAF=124;SAR=122;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012029;OID=.;OPOS=107267304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:252:249:2:0:246:249:1:122:124:2:0:122:127:0:0 chr9 107288586 . T C 462.03 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00622156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.683;QD=17.6011;RBI=0.0169533;REFB=-0.00784336;REVB=0.0157705;RO=55;SAF=25;SAR=25;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111541;STB=0.56188;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00796637;OID=.;OPOS=107288586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:25:25:34:21:25:25:34:21 chr9 107331504 . C A 2134.17 PASS AF=0.966667;AO=145;DP=151;FAO=145;FDP=150;FR=.;FRO=5;FSAF=82;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00639444;FXX=0.00662208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.486;QD=56.9112;RBI=0.0232858;REFB=-0.110341;REVB=-0.0223906;RO=5;SAF=82;SAR=63;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015143;STB=0.507968;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000304772;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:151:150:5:5:145:145:0.966667:63:82:4:1:63:82:4:1 chr9 107360768 . GT G 852.26 PASS AF=0.481481;AO=75;DP=178;FAO=91;FDP=189;FR=.;FRO=98;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=66;FWDB=0.031613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.359;QD=18.0372;RBI=0.0317567;REFB=-0.0184598;REVB=0.00301743;RO=98;SAF=34;SAR=41;SRF=32;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132147;STB=0.587257;STBP=0.024;TYPE=del;VARB=0.0190368;OID=.;OPOS=107360769;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:75:178:91:189:98:45:46:32:66:99:98:34:41:32:66 chr9 107360826 . A G 1015.89 PASS AF=0.495238;AO=104;DP=210;FAO=104;FDP=210;FR=.;FRO=106;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=34;FSRR=72;FWDB=0.00142546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2265;QD=19.3503;RBI=0.0324052;REFB=0.00108384;REVB=0.0323739;RO=106;SAF=44;SAR=60;SRF=34;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980499;STB=0.553766;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00107185;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:106:106:104:104:0.495238:60:44:34:72:60:44:34:72 chr9 107360851 . T C 1064.31 PASS AF=0.515152;AO=101;DP=197;FAO=102;FDP=198;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.0189451;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.637;QD=21.5012;RBI=0.0579593;REFB=-0.01373;REVB=0.0547756;RO=93;SAF=37;SAR=64;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590029;STB=0.522609;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0145063;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:93:96:101:102:0.515152:64:37:40:53:64:38:40:56 chr9 107360922 . A G 3498.65 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550863;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1796;QD=62.4759;RBI=0.0194936;REFB=-0.0626099;REVB=-0.0186991;RO=0;SAF=88;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116148;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:225:224:0:0:224:224:1:136:88:0:0:136:88:0:0 chr9 107361129 . C T 812.65 PASS AF=0.52027;AO=77;DP=149;FAO=77;FDP=148;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0362371;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8455;QD=21.9634;RBI=0.0363001;REFB=0.0122813;REVB=0.00213735;RO=71;SAF=41;SAR=36;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994449;STB=0.505458;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0109146;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:71:71:77:77:0.52027:36:41:37:34:36:41:37:34 chr9 107361312 . T C 659.49 PASS AF=0.852459;AO=34;DP=62;FAO=52;FDP=61;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0308119;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.882;QD=43.2452;RBI=0.0309286;REFB=-0.0158424;REVB=0.00268391;RO=9;SAF=9;SAR=25;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224862;STB=0.540968;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00368836;OID=.;OPOS=107361312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:62:61:9:9:34:52:0.852459:25:9:7:2:26:26:7:2 chr9 107361439 . G C 726.89 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0191304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.87;QD=52.8645;RBI=0.0193288;REFB=0.0165036;REVB=-0.00276229;RO=2;SAF=25;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362056;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00108259;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:28:25:2:0:28:25:2:0 chr9 107361451 . GC AG 483.11 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0605602;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.839;QD=44.9404;RBI=0.166339;REFB=-0.0547563;REVB=0.154922;RO=2;SAF=17;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520237;STB=0.527764;STBP=0.147;TYPE=mnp;VARB=0.0154147;OID=.;OPOS=107361451;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:40:41:0.953488:23:17:2:0:24:17:2:0 chr9 107361460 . G A 511.22 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0511251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9813;QD=52.4331;RBI=0.0709017;REFB=-0.0303767;REVB=0.049125;RO=3;SAF=16;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080007;STB=0.542833;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00416931;OID=.;OPOS=107361460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:39:39:3:3:36:36:0.923077:20:16:3:0:20:16:3:0 chr9 107361490 . A T 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.231;QD=47.8143;RBI=0.0264932;REFB=-0.0353468;REVB=0.0203618;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00326737;OID=.;OPOS=107361490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:1:0:13:8:1:0 chr9 107361599 . G C 361.08 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.012776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.332;QD=20.3428;RBI=0.0360182;REFB=-0.0689795;REVB=-0.0336762;RO=33;SAF=16;SAR=21;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169867;STB=0.598676;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.045158;OID=.;OPOS=107361599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:21:16:8:25:21:16:8:26 chr9 107361642 . G A 484.91 PASS AF=0.460177;AO=47;DP=115;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.00895662;FXX=0.0504159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.9;QD=17.165;RBI=0.00943487;REFB=-0.0102926;REVB=0.00296575;RO=64;SAF=16;SAR=31;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038867;STB=0.527705;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0116173;OID=.;OPOS=107361642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:64:61:47:52:0.460177:31:16:24:40:34:18:24:37 chr9 107361710 . G A 735.1 PASS AF=0.496552;AO=72;DP=145;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.035168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.383;QD=20.2786;RBI=0.0377451;REFB=-0.00592276;REVB=-0.0137078;RO=72;SAF=26;SAR=46;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135923;STB=0.512162;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00628358;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:72:73:72:72:0.496552:46:26:27:45:46:26:28:45 chr9 107367008 . T C 1184.49 PASS AF=0.524887;AO=116;DP=221;FAO=116;FDP=221;FR=.;FRO=105;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.000198953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.794;QD=21.4387;RBI=0.00549486;REFB=-0.0233849;REVB=-0.00549126;RO=103;SAF=65;SAR=51;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481438;STB=0.522085;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0243467;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:103:105:116:116:0.524887:51:65:52:51:51:65:54:51 chr9 107367132 . G A 667.01 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.0667861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.899;QD=17.787;RBI=0.0750816;REFB=-0.024459;REVB=-0.0343054;RO=82;SAF=33;SAR=35;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456077;STB=0.525346;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0319764;OID=.;OPOS=107367132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:82:82:68:68:0.453333:35:33:36:46:35:33:36:46 chr9 107367392 . TGTTA T 254.17 PASS AF=0.352941;AO=29;DP=89;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0119384;FXX=0.0957345;HRUN=1;LEN=4;MLLD=298.585;QD=11.9611;RBI=0.014218;REFB=-0.0018687;REVB=0.0077218;RO=58;SAF=11;SAR=18;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817702;STB=0.535187;STBP=0.656;TYPE=del;VARB=0.00367209;OID=.;OPOS=107367393;OREF=GTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:29:89:30:85:55:11:19:23:32:99:58:11:18:26:32 chr9 107367431 . A T 186.99 PASS AF=0.342857;AO=23;DP=69;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0160187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.043;QD=10.685;RBI=0.0160198;REFB=-0.000526347;REVB=0.000189277;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144993;STB=0.530096;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00101143;OID=.;OPOS=107367431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:45:46:23:24:0.342857:13:10:19:26:13:11:19:27 chr9 107367612 . C T 417.93 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0351857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.573;QD=12.9589;RBI=0.0352679;REFB=-0.00740733;REVB=-0.00240615;RO=80;SAF=20;SAR=29;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114936;STB=0.565329;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00921337;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:80:80:49:49:0.379845:29:20:41:39:29:20:41:39 chr9 107367664 . AGC A 100.36 PASS AF=0.25;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00907468;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.179;QD=6.69054;RBI=0.0118622;REFB=-0.0103838;REVB=-0.00763948;RO=45;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821255;STB=0.550496;STBP=0.689;TYPE=del;VARB=0.0346288;OID=.;OPOS=107367665;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:15:61:15:60:45:7:8:18:27:99:45:7:8:18:27 chr9 107367841 . A T 508.79 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00417188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.777;QD=18.1711;RBI=0.00569062;REFB=-0.00203542;REVB=0.00387021;RO=58;SAF=26;SAR=28;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149357;STB=0.508281;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00187955;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:58:54:54:0.482143:28:26:27:31:28:26:27:31 chr9 107379895 . G T 272.33 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0357737;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.354;QD=14.3329;RBI=0.0357744;REFB=0.00608596;REVB=-0.000221751;RO=44;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735366;STB=0.535296;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00623228;OID=.;OPOS=107379895;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:44:45:31:31:0.407895:14:17:21:23:14:17:22:23 chr9 107380177 . A G 492.69 PASS AF=0.363636;AO=60;DP=165;FAO=60;FDP=165;FR=.;FRO=105;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=0.00789078;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.002;QD=11.9439;RBI=0.0136872;REFB=-0.00971513;REVB=0.0111836;RO=103;SAF=21;SAR=39;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198007;STB=0.613245;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.02114;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:103:105:60:60:0.363636:39:21:54:49:39:21:55:50 chr9 107380215 . T A 422.77 PASS AF=0.362319;AO=50;DP=138;FAO=50;FDP=138;FR=.;FRO=88;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.013217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.324;QD=12.2542;RBI=0.0335567;REFB=-0.00501365;REVB=0.0308441;RO=87;SAF=16;SAR=34;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178473;STB=0.606352;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00825422;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:87:88:50:50:0.362319:34:16:41:46:34:16:42:46 chr9 107380396 . T G 163.84 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0532627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.254;QD=9.36199;RBI=0.0534927;REFB=-0.0145163;REVB=-0.00495487;RO=44;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155013;STB=0.618146;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0369404;OID=.;OPOS=107380396;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:48:22:22:0.314286:9:13:20:24:9:13:20:28 chr9 107380414 . C A 507.65 PASS AF=0.647887;AO=45;DP=71;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0150868;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9547;QD=28.5998;RBI=0.0524422;REFB=-0.0627251;REVB=-0.0502252;RO=25;SAF=19;SAR=26;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117134;STB=0.558257;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.038164;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:25:45:46:0.647887:26:19:15:10:26:20:15:10 chr9 107456763 . T C 992.99 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.013942;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.262;QD=55.1664;RBI=0.0202794;REFB=-0.000102191;REVB=0.0147267;RO=2;SAF=42;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219783;STB=0.517236;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-1.09724e-05;OID=.;OPOS=107456763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:72:2:3:69:69:0.958333:27:42:2:0:27:42:3:0 chr9 107457275 . A C 1751.66 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0011608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.543;QD=59.8858;RBI=0.00887646;REFB=-0.0830474;REVB=0.00880023;RO=1;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673663;STB=0.503545;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=2.23356e-06;OID=.;OPOS=107457275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:70:46:0:1:70:46:0:1 chr9 107457532 . C T 731.66 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0237308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5027;QD=54.1967;RBI=0.0241561;REFB=-0.0524242;REVB=-0.00451286;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00109182;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:54:0:1:51:53:0.981481:33:18:0:0:34:19:0:1 chr9 107457759 . C T 1025.88 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1466;QD=59.4711;RBI=0.0479946;REFB=0;REVB=-0.0230734;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000534367;OID=.;OPOS=107457759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr9 107510145 . G C 938.87 PASS AF=0.423237;AO=102;DP=242;FAO=102;FDP=241;FR=.;FRO=139;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=83;FSRR=56;FWDB=0.0073476;FXX=0.0242905;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.0235;QD=15.5829;RBI=0.0214137;REFB=-0.0223647;REVB=0.0201137;RO=140;SAF=56;SAR=46;SRF=85;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613307;STB=0.528162;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0297751;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:140:139:102:102:0.423237:46:56:85:55:46:56:83:56 chr9 107515214 . G A 3124.9 PASS AF=0.990385;AO=205;DP=208;FAO=206;FDP=208;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=114;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.020275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.11;QD=60.0942;RBI=0.0207259;REFB=-0.0267957;REVB=0.00429947;RO=3;SAF=91;SAR=114;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154412;STB=0.505376;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000245821;OID=.;OPOS=107515214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:208:208:3:2:205:206:0.990385:114:91:3:0:114:92:2:0 chr9 107543696 . TAAC T,TAAT 214.03 PASS AF=0.366667,0.0666667;AO=22,4;DP=60;FAO=22,4;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14,3;FSAR=8,1;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00532353,-0.0265738;FXX=0.0163908;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=275.565,91.4304;QD=14.2687;RBI=0.0124882,0.0699633;REFB=-0.00766981,-0.000578277;REVB=-0.0112966,-0.0647202;RO=34;SAF=14,3;SAR=8,1;SRF=17;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.147695,0.27944;STB=0.585205,0.728557;STBP=0.316,0.394;TYPE=del,snp;VARB=0.0106897,0.0159196;OID=.,.;OPOS=107543697,107543699;OREF=AAC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667,0.0666667:22,4:60:22,4:60:34:14,3:8,1:17:17:99:34:14,3:8,1:17:17 chr9 107562804 . T C 633.18 PASS AF=0.602151;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00983594;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=334.473;QD=27.2335;RBI=0.0108004;REFB=-0.0129696;REVB=0.00446115;RO=36;SAF=31;SAR=25;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144255;STB=0.505237;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.008207;OID=.;OPOS=107562804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:37:56:56:0.602151:25:31:20:16:25:31:20:17 chr9 107568705 . C T 1329.08 PASS AF=0.53617;AO=125;DP=237;FAO=126;FDP=235;FR=.;FRO=109;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=0.040271;FXX=0.0126045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.187;QD=22.6227;RBI=0.0405744;REFB=-0.0184521;REVB=0.00495289;RO=107;SAF=67;SAR=58;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265678;STB=0.508365;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0159569;OID=.;OPOS=107568705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:235:107:109:125:126:0.53617:58:67:54:53:59:67:56:53 chr9 107586753 . T C 2008.28 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000702665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.058;QD=62.2723;RBI=0.105559;REFB=0;REVB=0.105557;RO=0;SAF=80;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114866;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:128:129:1:48:80:0:0:49:80:0:0 chr9 107588033 . C T 466.72 PASS AF=0.36;AO=54;DP=150;FAO=54;FDP=150;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.032378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.964;QD=12.4459;RBI=0.0389796;REFB=0.000285247;REVB=-0.0217043;RO=96;SAF=32;SAR=22;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583508;STB=0.533321;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000740623;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:96:96:54:54:0.36:22:32:52:44:22:32:52:44 chr9 107591272 . G T 2999.34 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.731;QD=63.478;RBI=0.0284028;REFB=0;REVB=0.00753915;RO=0;SAF=80;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73831e-05;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:109:80:0:0:109:80:0:0 chr9 107620867 . C T 2962.95 PASS AF=0.985;AO=196;DP=200;FAO=197;FDP=200;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=107;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0160175;FXX=0.00497488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.592;QD=59.2589;RBI=0.0173577;REFB=-0.0549561;REVB=-0.00668793;RO=3;SAF=89;SAR=107;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00615052;STB=0.503169;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000357281;OID=.;OPOS=107620867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:200:200:3:3:196:197:0.985:107:89:2:1:107:90:2:1 chr9 107624029 . C T 3024.99 PASS AF=0.985437;AO=200;DP=207;FAO=203;FDP=206;FR=.;FRO=3;FSAF=96;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00418282;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5941;QD=58.7376;RBI=0.0565693;REFB=-0.138235;REVB=0.0564144;RO=5;SAF=96;SAR=104;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223434;STB=0.506912;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00337227;OID=.;OPOS=107624029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:207:206:5:3:200:203:0.985437:104:96:0:5:107:96:0:3 chr9 108152199 . G A 1844.13 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283896;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.277;QD=61.471;RBI=0.0284791;REFB=0;REVB=-0.00225555;RO=0;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67547e-05;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:70:50:0:0:70:50:0:0 chr9 108398331 . T G 871.11 PASS AF=0.488889;AO=88;DP=181;FAO=88;FDP=180;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=31;FSRR=61;FWDB=0.00533508;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4296;QD=19.358;RBI=0.0234507;REFB=0.00899107;REVB=0.0228357;RO=90;SAF=38;SAR=50;SRF=31;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829253;STB=0.550067;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0092604;OID=.;OPOS=108398331;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:90:92:88:88:0.488889:50:38:31:59:50:38:31:61 chr9 108425267 . C T 501.12 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00287295;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.215;QD=18.3896;RBI=0.0231879;REFB=-0.0022328;REVB=0.0230092;RO=56;SAF=18;SAR=35;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887756;STB=0.549308;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00309207;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:35:18:24:32:35:18:24:32 chr9 108536426 . AT A 188.73 PASS AF=0.575758;AO=34;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0902652;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.1714;QD=11.4379;RBI=0.208177;REFB=-0.0160287;REVB=-0.18759;RO=25;SAF=10;SAR=24;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592124;STB=0.53388;STBP=0.575;TYPE=del;VARB=0.0105187;OID=.;OPOS=108536427;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575758:34:66:38:66:28:11:27:10:18:99:25:10:24:9:16 chr9 109687403 . A G 246.73 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0109126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.036;QD=15.9177;RBI=0.023795;REFB=-0.00179018;REVB=-0.0211452;RO=34;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233611;STB=0.501318;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00304837;OID=.;OPOS=109687403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:9:19:23:11:9:19:23:11 chr9 109689752 . C T 1464.27 PASS AF=0.489865;AO=145;DP=295;FAO=145;FDP=296;FR=.;FRO=151;FSAF=5;FSAR=140;FSRF=17;FSRR=134;FWDB=0.0466693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2603;QD=19.7875;RBI=0.0468252;REFB=-0.00215222;REVB=0.00381703;RO=150;SAF=5;SAR=140;SRF=16;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322704;STB=0.6921;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00265571;OID=.;OPOS=109689752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:296:150:151:145:145:0.489865:140:5:16:134:140:5:17:134 chr9 109689859 . T C 827.8 PASS AF=0.502994;AO=84;DP=167;FAO=84;FDP=167;FR=.;FRO=83;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0134779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.897;QD=19.8276;RBI=0.0163969;REFB=-0.0129502;REVB=0.00933846;RO=81;SAF=48;SAR=36;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699603;STB=0.544817;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00892094;OID=.;OPOS=109689859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:81:83:84:84:0.502994:36:48:40:41:36:48:40:43 chr9 109691676 . A G 407.35 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00326913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.091;QD=17.5206;RBI=0.0215789;REFB=-0.0345158;REVB=-0.0213298;RO=48;SAF=15;SAR=27;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081255;STB=0.543209;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0494604;OID=.;OPOS=109691676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:48:51:42:42:0.451613:27:15:21:27:27:15:22:29 chr9 110084328 . C T 764.37 PASS AF=0.5;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0131524;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.387;QD=20.6587;RBI=0.0159517;REFB=-0.0128259;REVB=0.00902623;RO=74;SAF=42;SAR=32;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618555;STB=0.534086;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0122919;OID=.;OPOS=110084328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:74:74:74:74:0.5:32:42:37:37:32:42:37:37 chr9 111617650 . G A 773.12 PASS AF=0.468571;AO=80;DP=173;FAO=82;FDP=175;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.0204752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.151;QD=17.6712;RBI=0.0755428;REFB=-0.0262321;REVB=0.0727151;RO=87;SAF=49;SAR=31;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103166;STB=0.532677;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0323531;OID=.;OPOS=111617650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:87:93:80:82:0.468571:31:49:44:43:33:49:50:43 chr9 111618163 . G A 399.62 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00191839;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.354;QD=18.587;RBI=0.00939303;REFB=-0.0136576;REVB=-0.00919504;RO=45;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635339;STB=0.535394;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0159452;OID=.;OPOS=111618163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:45:41:41:0.476744:20:21:20:25:20:21:20:25 chr9 111618602 . A G 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0129126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5741;QD=17.5642;RBI=0.0358818;REFB=-0.0284011;REVB=-0.0334779;RO=34;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19234;STB=0.61247;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0315993;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:17:15:9:25:17:15:9:26 chr9 111618796 . C T 689.67 PASS AF=0.474026;AO=73;DP=154;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=0.00354662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.144;QD=17.9135;RBI=0.00675608;REFB=-0.0120271;REVB=-0.00575031;RO=81;SAF=32;SAR=41;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214433;STB=0.618348;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0139368;OID=.;OPOS=111618796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:81:81:73:73:0.474026:41:32:54:27:41:32:54:27 chr9 111625913 . A G 373.42 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00532527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.02;QD=15.3987;RBI=0.0255632;REFB=-0.0138404;REVB=0.0250023;RO=57;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273605;STB=0.515456;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0154174;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:20:20:27:30:20:20:27:30 chr9 111653574 . C G 4552.03 PASS AF=1;AO=288;DP=290;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347134;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9701;QD=63.0039;RBI=0.0306148;REFB=-0.0671946;REVB=-0.0304173;RO=1;SAF=137;SAR=151;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270256;OID=.;OPOS=111653574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:290:289:1:0:288:289:1:151:137:1:0:151:138:0:0 chr9 111727670 . C G 309.73 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0256312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.657;QD=18.7717;RBI=0.0396953;REFB=-0.0283169;REVB=0.0303111;RO=32;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0308899;OID=.;OPOS=111727670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:14:19:18:14:14:19:19:14 chr9 111754288 . T C 2115.96 PASS AF=0.978571;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00716992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.167;QD=60.4559;RBI=0.0200988;REFB=-0.0888543;REVB=0.0187764;RO=2;SAF=57;SAR=80;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163859;STB=0.512819;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000583762;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:140:2:3:137:137:0.978571:80:57:2:0:80:57:3:0 chr9 111755008 . C T 457.56 PASS AF=0.475728;AO=48;DP=102;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00716363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.301;QD=17.7694;RBI=0.0287072;REFB=-0.0289901;REVB=-0.027799;RO=54;SAF=24;SAR=24;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352237;STB=0.524742;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.035728;OID=.;OPOS=111755008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:54:54:48:49:0.475728:24:24:25:29:24:25:25:29 chr9 111781779 . T C 723.23 PASS AF=0.413613;AO=79;DP=191;FAO=79;FDP=191;FR=.;FRO=112;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.000556591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.429;QD=15.1463;RBI=0.0293677;REFB=-0.0102886;REVB=0.0293624;RO=112;SAF=42;SAR=37;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427805;STB=0.502396;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0151448;OID=.;OPOS=111781779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:112:112:79:79:0.413613:37:42:60:52:37:42:60:52 chr9 111782670 . G A 242.12 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.086108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.338;QD=14.8999;RBI=0.100373;REFB=-0.00453087;REVB=0.0515775;RO=37;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107652;STB=0.561156;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00658356;OID=.;OPOS=111782670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:18:10:17:20:18:10:17:20 chr9 111853412 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0152377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9868;QD=13.0882;RBI=0.0710947;REFB=0.00394385;REVB=-0.0694426;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163822;STB=0.604526;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0133507;OID=.;OPOS=111853412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:8:8:9:17:8:8:9:18 chr9 111868885 . G A 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00231995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.479;QD=24.9293;RBI=0.0217867;REFB=-0.0332733;REVB=-0.0216629;RO=19;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767554;STB=0.542616;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.02289;OID=.;OPOS=111868885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:12:13:8:11:12:13:8:11 chr9 111881856 . T C 433.1 PASS AF=0.359155;AO=51;DP=142;FAO=51;FDP=142;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.0121444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.544;QD=12.2001;RBI=0.0375027;REFB=-0.0409728;REVB=-0.0354819;RO=89;SAF=28;SAR=23;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485623;STB=0.535018;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0831958;OID=.;OPOS=111881856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:89:91:51:51:0.359155:23:28:45:44:23:28:45:46 chr9 111881927 . T C 789.36 PASS AF=0.439791;AO=83;DP=192;FAO=84;FDP=191;FR=.;FRO=107;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=60;FWDB=-0.0373931;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.248;QD=16.5311;RBI=0.0427631;REFB=-0.0113182;REVB=-0.0207469;RO=106;SAF=44;SAR=39;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872102;STB=0.547252;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0180601;OID=.;OPOS=111881927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:106:107:83:84:0.439791:39:44:47:59:40:44:47:60 chr9 111934261 . A G 714.48 PASS AF=0.543307;AO=68;DP=127;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.000901066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.662;QD=22.5034;RBI=0.00734364;REFB=-0.00436881;REVB=-0.00728815;RO=58;SAF=38;SAR=30;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930026;STB=0.546811;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0031654;OID=.;OPOS=111934261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:58:58:68:69:0.543307:30:38:26:32:31:38:26:32 chr9 111936788 . C T 343.75 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00180883;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.693;QD=15.8043;RBI=0.0128347;REFB=-0.0247099;REVB=0.0127066;RO=50;SAF=16;SAR=21;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693076;STB=0.539115;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0536839;OID=.;OPOS=111936788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:50:50:37:37:0.425287:21:16:25:25:21:16:25:25 chr9 111945049 . T G 3188.55 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9214;QD=63.771;RBI=0.029815;REFB=0;REVB=-0.00635442;RO=1;SAF=114;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41292e-05;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:200:1:0:192:200:1:78:114:1:0:84:116:0:0 chr9 111956599 . G A 1092.6 PASS AF=0.405229;AO=124;DP=306;FAO=124;FDP=306;FR=.;FRO=182;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=77;FSRR=105;FWDB=0.0152006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.647;QD=14.2823;RBI=0.0182987;REFB=-0.0171317;REVB=0.0101874;RO=181;SAF=52;SAR=72;SRF=77;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659354;STB=0.502271;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0281027;OID=.;OPOS=111956599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:181:182:124:124:0.405229:72:52:77:104:72:52:77:105 chr9 112069477 . T A 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0175419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.221;QD=6.73493;RBI=0.021333;REFB=0.00666722;REVB=-0.0121401;RO=35;SAF=6;SAR=5;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102814;STB=0.55109;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00870377;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:35:36:11:11:0.234043:5:6:22:13:5:6:22:14 chr9 112087048 . G T 219.82 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0378976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.06;QD=11.8823;RBI=0.0427029;REFB=-0.00944475;REVB=-0.01968;RO=46;SAF=9;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166185;STB=0.590407;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0259751;OID=.;OPOS=112087048;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:46:47:27:27:0.364865:18:9:22:24:18:9:22:25 chr9 112629397 . G A,T 827.63 PASS AF=0.766667,0.233333;AO=45,14;DP=59;FAO=46,14;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25,5;FSAR=21,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171868,0.0108925;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.911,50.2453;QD=55.1753;RBI=0.0180678,0.0627465;REFB=0,0;REVB=0.005573,-0.0617938;RO=0;SAF=24,5;SAR=21,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00734888,0.0404708;OID=.,.;OPOS=112629397,112629397;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:89:59:60:0:0:45,14:46,14:0.766667,0.233333:21,9:24,5:0:0:21,9:25,5:0:0 chr9 112629858 . A G 1589.85 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.865;QD=59.9944;RBI=0.0296717;REFB=0;REVB=0.028591;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78543e-05;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:54:52:0:0:54:52:0:0 chr9 112899361 . A C 919.8 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.426;QD=58.3998;RBI=0.0381888;REFB=0;REVB=0.0376279;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119103;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr9 112900199 . T C 617.92 PASS AF=0.43125;AO=69;DP=160;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=0.0316704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0879;QD=15.448;RBI=0.0363103;REFB=-0.0104547;REVB=-0.0177603;RO=82;SAF=29;SAR=40;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303113;STB=0.520952;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0171867;OID=.;OPOS=112900199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:82:91:69:69:0.43125:40:29:32:50:40:29:35:56 chr9 112900480 . GGGC G,GG,GGCC 253.3 PASS AF=0,0.56,0;AO=14,20,10;DP=96;FAO=0,42,0;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=0,18,0;FSAR=0,24,0;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.0296916,-0.114975,0.181283;FXX=0.0853554;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=18.9643,14.437,8.23589;QD=13.5093;RBI=0.246224,0.29845,0.399167;REFB=-0.0710169,-0.0935687,-0.106212;REVB=-0.244428,-0.275414,-0.355627;RO=35;SAF=2,11,10;SAR=12,9,0;SRF=24;SRR=11;SSEN=0.354167,0.354167,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.616005,-0.153473,0.699724;STB=0.5,0.666593,0.5;STBP=1,0.005,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0567476,0.0627935,0;OID=.,.,.;OPOS=112900481,112900482,112900482;OREF=GGC,GC,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GG,GGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.56,0:14,20,10:96:0,42,0:75:33:0,18,0:0,24,0:27:6:99:35:2,11,10:12,9,0:24:11 chr9 112900785 . A G 135.05 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0504049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5319;QD=16.8816;RBI=0.0668052;REFB=0.0207602;REVB=0.0438439;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429778;STB=0.733022;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0193288;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:11:4:12:4:11:4:12:5 chr9 112931646 . G A 953.74 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0298799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1349;QD=54.4992;RBI=0.0402358;REFB=-0.00677234;REVB=0.0269464;RO=3;SAF=56;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112803;STB=0.559981;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00019625;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:11:56:0:3:11:56:0:3 chr9 112932329 . G A 2295.2 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150324;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.469;QD=60.8;RBI=0.0222419;REFB=0;REVB=0.016393;RO=0;SAF=64;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31747e-05;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:151:0:0:148:151:1:84:64:0:0:85:66:0:0 chr9 112932540 . GTTTTTTA GTTTTTAA,GTTTTTA,GTTTTT,GTTTTTTAA 53.73 PASS AF=0,0,0.263158,0;AO=3,5,6,5;DP=40;FAO=0,0,10,0;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=0,0,7,0;FSAR=0,0,3,0;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.357579,-0.284493,0.0466628,-0.41834;FXX=0.0731529;HRUN=6,6,6,6;LEN=1,1,2,1;MLLD=14.1772,9.67906,19.4034,9.94677;QD=5.656;RBI=0.361426,0.301339,0.0640905,0.418384;REFB=-0.0394709,-0.033159,0.0103408,-0.0436473;REVB=-0.0525921,-0.0993401,-0.0439338,-0.00607637;RO=13;SAF=3,2,3,5;SAR=0,3,3,0;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.371429,0.371429,0;SSSB=0.699984,0.109988,0.210359,0.761162;STB=0.5,0.5,0.628945,0.5;STBP=1,1,0.38,1;TYPE=snp,del,del,ins;VARB=0,0.0136865,-0.0110411,-0.00468476;OID=.,.,.,.;OPOS=112932546,112932541,112932546,112932547;OREF=T,T,TA,-;OALT=A,-,-,A;OMAPALT=GTTTTTAA,GTTTTTA,GTTTTT,GTTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.263158,0:3,5,6,5:40:0,0,10,0:38:28:0,0,7,0:0,0,3,0:15:13:52:13:3,2,3,5:0,3,3,0:4:9 chr9 112934337 . T C 351.93 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0108121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.452;QD=18.2822;RBI=0.0113153;REFB=-0.0598161;REVB=-0.003337;RO=39;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177381;STB=0.593403;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.065225;OID=.;OPOS=112934337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:13:24:18:21:13:24:19:21 chr9 112960852 . C T 709.02 PASS AF=0.408377;AO=78;DP=191;FAO=78;FDP=191;FR=.;FRO=113;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=0.00508274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.686;QD=14.8486;RBI=0.00565936;REFB=-0.00562133;REVB=-0.00248879;RO=113;SAF=31;SAR=47;SRF=46;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105903;STB=0.50594;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00918061;OID=.;OPOS=112960852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:113:113:78:78:0.408377:47:31:46:67:47:31:46:67 chr9 112960858 . T C 655.33 PASS AF=0.395722;AO=74;DP=188;FAO=74;FDP=187;FR=.;FRO=113;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=0.024926;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4943;QD=14.0178;RBI=0.0276113;REFB=0.00371816;REVB=0.0118775;RO=111;SAF=28;SAR=46;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503196;STB=0.529368;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00585892;OID=.;OPOS=112960858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:111:113:74:74:0.395722:46:28:47:64:46:28:48:65 chr9 112960869 . A G 2606.53 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145783;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.175;QD=62.0603;RBI=0.0418495;REFB=0;REVB=-0.0392283;RO=0;SAF=70;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07856e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141555;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:168:0:0:168:168:1:98:70:0:0:98:70:0:0 chr9 112963504 . A G 2303.12 PASS AF=1;AO=149;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312415;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.423;QD=61.0097;RBI=0.00334202;REFB=0;REVB=0.00118691;RO=0;SAF=80;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06785e-06;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:149:151:1:69:80:0:0:69:82:0:0 chr9 112963702 . G A 336.6 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00646637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2423;QD=17.2616;RBI=0.0232188;REFB=-0.0104284;REVB=-0.0223002;RO=42;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771216;STB=0.50432;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0104718;OID=.;OPOS=112963702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:20:16:19:23:20:16:19:23 chr9 113006420 . A G 1905.55 PASS AF=1;AO=85;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=100;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296332;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3705;QD=60.4935;RBI=0.0861552;REFB=0;REVB=0.0808987;RO=1;SAF=71;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00662689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275276;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:128:126:1:0:85:126:1:14:71:1:0:26:100:0:0 chr9 113006421 . T G 343.05 PASS AF=0.338583;AO=42;DP=126;FAO=43;FDP=127;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=70;FSRR=14;FWDB=-0.00898163;FXX=0.00781189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.848;QD=10.8048;RBI=0.0677072;REFB=-0.0194705;REVB=0.0671088;RO=84;SAF=31;SAR=11;SRF=70;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15641;STB=0.600553;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00168974;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:84:84:42:43:0.338583:11:31:70:14:12:31:70:14 chr9 113091523 . T G 774.05 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020716;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.11;QD=55.2894;RBI=0.0207771;REFB=-0.147447;REVB=0.00159255;RO=1;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209431;STB=0.511107;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000518445;OID=.;OPOS=113091523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:22:33:0:1:22:33:0:1 chr9 113132221 . G A 571.58 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0136595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6638;QD=17.3206;RBI=0.0348686;REFB=0.00868839;REVB=-0.0320817;RO=71;SAF=23;SAR=37;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399305;STB=0.52689;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.0105247;OID=.;OPOS=113132221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:72:60:60:0.454545:37:23:30:41:37:23:31:41 chr9 113163239 . A C 2441.36 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00680572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.236;QD=60.655;RBI=0.00731699;REFB=-0.119223;REVB=-0.00268709;RO=1;SAF=82;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613922;STB=0.503184;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=1.90441e-05;OID=.;OPOS=113163239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:160:161:1:1:159:160:0.993789:77:82:0:1:78:82:0:1 chr9 113166792 . A T 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0665021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6479;QD=61.5351;RBI=0.127154;REFB=0;REVB=0.108378;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311339;OID=.;OPOS=113166792;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr9 113169126 . G A 1120.41 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667884;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.383;QD=60.5627;RBI=0.00698171;REFB=0;REVB=-0.00203406;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57968e-06;OID=.;OPOS=113169126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr9 113276356 . C G 2895.25 PASS AF=0.984127;AO=186;DP=189;FAO=186;FDP=189;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=113;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00959457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5097;QD=61.2751;RBI=0.0101674;REFB=-0.0482148;REVB=0.00336442;RO=3;SAF=73;SAR=113;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191611;STB=0.510066;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00200697;OID=.;OPOS=113276356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:189:189:3:3:186:186:0.984127:113:73:3:0:113:73:3:0 chr9 113302016 . G A 15177.2 PASS AF=0.965251;AO=989;DP=1028;FAO=1000;FDP=1036;FR=.;FRO=36;FSAF=484;FSAR=516;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0633792;FXX=0.00671135;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1569;QD=58.5991;RBI=0.065437;REFB=-0.0993504;REVB=0.0162815;RO=36;SAF=479;SAR=510;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138654;STB=0.505243;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00335225;OID=.;OPOS=113302016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:1028:1036:36:36:989:1000:0.965251:510:479:10:26:516:484:12:24 chr9 113457799 . A G 569.94 PASS AF=0.409639;AO=62;DP=160;FAO=68;FDP=166;FR=.;FRO=98;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=0.00804346;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.788;QD=13.7336;RBI=0.0255816;REFB=-0.0156935;REVB=0.0242841;RO=98;SAF=34;SAR=28;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591426;STB=0.560224;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0245328;OID=.;OPOS=113457799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:166:98:98:62:68:0.409639:28:34:59:39:34:34:59:39 chr9 113459655 . C T 759.37 PASS AF=0.462428;AO=80;DP=174;FAO=80;FDP=173;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.0129389;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.749;QD=17.5577;RBI=0.0129699;REFB=-0.00131991;REVB=-0.000895404;RO=93;SAF=39;SAR=41;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0069121;STB=0.50383;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00139767;OID=.;OPOS=113459655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:93:93:80:80:0.462428:41:39:46:47:41:39:46:47 chr9 113636353 . T G 648.49 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.026975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.447;QD=58.9539;RBI=0.0282617;REFB=-0.088526;REVB=-0.00843019;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000538795;OID=.;OPOS=113636353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:1:1:42:43:0.977273:21:21:0:1:22:21:0:1 chr9 113636379 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00393238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.776;QD=63.2852;RBI=0.00458589;REFB=0;REVB=-0.00235939;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50506e-05;OID=.;OPOS=113636379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr9 114090279 . A G 232.62 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0204374;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7869;QD=14.7698;RBI=0.0262018;REFB=-0.00809573;REVB=-0.0163966;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382511;STB=0.521723;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0082382;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:16:11:16:20:16:11:16:20 chr9 114411945 . G T 1531.63 PASS AF=0.972222;AO=106;DP=109;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0118676;FXX=0.00917347;HRUN=6;LEN=1;MLLD=204.352;QD=56.7271;RBI=0.0120753;REFB=0.0998041;REVB=0.00222956;RO=2;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158148;STB=0.503211;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.000265248;OID=.;OPOS=114411945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:108:2:3:106:105:0.972222:59:47:0:2:58:47:1:2 chr9 114454544 . T C 2209.65 PASS AF=0.97931;AO=141;DP=145;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=88;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0541865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3659;QD=60.9557;RBI=0.0622981;REFB=-0.0560588;REVB=0.0307388;RO=4;SAF=54;SAR=87;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202475;STB=0.513512;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00113121;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:145:4:3:141:142:0.97931:87:54:3:1:88:54:3:0 chr9 114454580 . A G 2295.24 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.011946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.992;QD=62.8832;RBI=0.0172206;REFB=0.0579009;REVB=0.0124033;RO=1;SAF=53;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519749;STB=0.502702;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=4.61139e-07;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:146:1:1:144:145:0.993151:91:53:0:1:92:53:0:1 chr9 114462322 . A G 2734.23 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.431;QD=62.4968;RBI=0.0613436;REFB=0;REVB=0.0333841;RO=0;SAF=59;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41014e-05;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:175:0:0:171:175:1:112:59:0:0:114:61:0:0 chr9 114464487 . T C 1460.59 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0335695;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1828;QD=60.2304;RBI=0.137409;REFB=-0.210817;REVB=0.133245;RO=1;SAF=31;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150477;STB=0.511688;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00437657;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:97:97:1:3:94:94:0.969072:63:31:1:0:63:31:2:1 chr9 114490308 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.048;QD=57.5451;RBI=0.016958;REFB=0;REVB=0.0113586;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09201e-06;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr9 114803286 . C T 1659.33 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.989;QD=60.3391;RBI=0.0723742;REFB=0;REVB=-0.0618487;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134569;OID=.;OPOS=114803286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:53:57:0:0:53:57:0:0 chr9 115095743 . T C 1090.95 PASS AF=0.40678;AO=119;DP=294;FAO=120;FDP=295;FR=.;FRO=175;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=74;FSRR=101;FWDB=-0.0204877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.945;QD=14.7926;RBI=0.0262245;REFB=-0.00852148;REVB=0.01637;RO=175;SAF=66;SAR=53;SRF=74;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139541;STB=0.579943;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.01144;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:295:175:175:119:120:0.40678:53:66:74:101:53:67:74:101 chr9 115567184 . T C 1771.66 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0415765;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.166;QD=60.0562;RBI=0.0537324;REFB=-0.114793;REVB=0.0340377;RO=1;SAF=61;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772249;STB=0.504064;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00194704;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:118:1:1:117:117:0.991525:56:61:1:0:56:61:1:0 chr9 115580008 . G C 567.39 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.000293345;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.552;QD=18.4517;RBI=0.0266261;REFB=-0.00161489;REVB=-0.0266245;RO=62;SAF=30;SAR=29;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227734;STB=0.504409;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00187988;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:62:64:59:59:0.479675:29:30:30:32:29:30:32:32 chr9 115600848 . T C 2276.57 PASS AF=1;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099149;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.825;QD=60.7086;RBI=0.0108263;REFB=0;REVB=0.00434775;RO=0;SAF=62;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85823e-05;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:149:150:1:87:62:0:0:89:61:0:0 chr9 115617061 . T C 806.12 PASS AF=0.522581;AO=81;DP=155;FAO=81;FDP=155;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0201677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.229;QD=20.8031;RBI=0.0211952;REFB=-0.0179382;REVB=-0.00651937;RO=73;SAF=34;SAR=47;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997749;STB=0.551684;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00896457;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:73:74:81:81:0.522581:47:34:39:34:47:34:39:35 chr9 115631503 . C T 925.17 PASS AF=0.467662;AO=61;DP=202;FAO=94;FDP=201;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=-0.000505255;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.34;QD=18.4114;RBI=0.0183833;REFB=-0.00471507;REVB=0.0183763;RO=103;SAF=32;SAR=29;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212064;STB=0.570912;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0269949;OID=.;OPOS=115631503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:103:102:61:94:0.467662:29:32:56:47:56:38:55:47 chr9 115632969 . A G 3224.81 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00417415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.668;QD=61.7188;RBI=0.0163639;REFB=0;REVB=0.0158226;RO=0;SAF=98;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390576;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:209:0:0:207:209:1:109:98:0:0:110:99:0:0 chr9 115635641 . C G 870.9 PASS AF=0.49162;AO=88;DP=179;FAO=88;FDP=179;FR=.;FRO=91;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0214774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.471;QD=19.4613;RBI=0.0217968;REFB=-0.013428;REVB=0.00371778;RO=89;SAF=43;SAR=45;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525137;STB=0.502984;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0175052;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:89:91:88:88:0.49162:45:43:44:45:45:43:45:46 chr9 115637018 . G A 420.46 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0264721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3531;QD=23.3589;RBI=0.0265861;REFB=-0.0262357;REVB=-0.00245942;RO=30;SAF=27;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491494;STB=0.521535;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0334335;OID=.;OPOS=115637018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:31:41:41:0.569444:14:27:18:12:14:27:19:12 chr9 115637215 . T C 251.2 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0228911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0716;QD=12.405;RBI=0.0258343;REFB=-0.000405412;REVB=0.0119753;RO=51;SAF=14;SAR=16;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258324;STB=0.514842;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00179136;OID=.;OPOS=115637215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:16:14:25:26:16:14:25:26 chr9 115652836 . G A 589.36 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0195124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5671;QD=20.1491;RBI=0.0235354;REFB=-0.0210736;REVB=-0.0131598;RO=57;SAF=23;SAR=37;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187636;STB=0.510341;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0255031;OID=.;OPOS=115652836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:37:23:23:34:37:23:23:34 chr9 115652881 . G T 330.02 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.01962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.27;QD=18.3342;RBI=0.0246069;REFB=-0.00278168;REVB=0.0148511;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124574;STB=0.569339;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00225385;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:18:17:13:24:18:17:13:24 chr9 115818949 . A T 1827.09 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348832;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9893;QD=61.4146;RBI=0.0368581;REFB=0;REVB=0.0119033;RO=0;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480117;OID=.;OPOS=115818949;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:62:57:0:0:62:57:0:0 chr9 115925104 . C T 4361.77 PASS AF=1;AO=275;DP=277;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167497;FXX=0.00719399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.238;QD=63.2141;RBI=0.0248078;REFB=0;REVB=-0.0182995;RO=0;SAF=118;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58369e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71054e-05;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:277:276:0:0:275:276:1:157:118:0:0:158:118:0:0 chr9 115926197 . TG T 1948.88 PASS AF=1;AO=150;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.8452;QD=48.4193;RBI=0.130922;REFB=0;REVB=-0.119307;RO=0;SAF=91;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00123901;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:150:160:161:161:0:94:67:0:0:35:0:91:59:0:0 chr9 115928275 . T C 2352.77 PASS AF=0.987342;AO=156;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00124601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.75;QD=59.5637;RBI=0.0227805;REFB=-0.0210368;REVB=0.0227464;RO=2;SAF=72;SAR=84;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111914;STB=0.505882;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000261297;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:158:2:2:156:156:0.987342:84:72:0:2:84:72:0:2 chr9 115931692 . A G 1233.56 PASS AF=0.468864;AO=128;DP=273;FAO=128;FDP=273;FR=.;FRO=145;FSAF=47;FSAR=81;FSRF=49;FSRR=96;FWDB=-0.0242152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.478;QD=18.0742;RBI=0.0765086;REFB=-0.0059556;REVB=-0.0725754;RO=143;SAF=47;SAR=81;SRF=49;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254679;STB=0.516866;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00609856;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:143:145:128:128:0.468864:81:47:49:94:81:47:49:96 chr9 115950156 . G A 686.63 PASS AF=0.45122;AO=75;DP=165;FAO=74;FDP=164;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.00248491;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.563;QD=16.747;RBI=0.0100085;REFB=-0.0114548;REVB=-0.00969514;RO=87;SAF=43;SAR=32;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661366;STB=0.538927;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0127727;OID=.;OPOS=115950156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:87:90:75:74:0.45122:32:43:44:43:31:43:46:44 chr9 115950706 . A C 812.94 PASS AF=0.47191;AO=84;DP=179;FAO=84;FDP=178;FR=.;FRO=94;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.00765978;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.238;QD=18.2683;RBI=0.0112456;REFB=-0.0146848;REVB=-0.00823352;RO=89;SAF=34;SAR=50;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213811;STB=0.500278;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0159835;OID=.;OPOS=115950706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:89:94:84:84:0.47191:50:34:38:51:50:34:38:56 chr9 115962208 . C T 680.98 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0121322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.056;QD=21.2807;RBI=0.0142269;REFB=0.0125875;REVB=0.00743061;RO=61;SAF=29;SAR=38;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00863208;STB=0.504742;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00950591;OID=.;OPOS=115962208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:61:67:67:0.523438:38:29:27:34:38:29:27:34 chr9 116122954 . A G 522.99 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=0.00409013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.895;QD=17.1474;RBI=0.0129989;REFB=-0.00859521;REVB=-0.0123386;RO=65;SAF=26;SAR=30;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154469;STB=0.58033;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0102408;OID=.;OPOS=116122954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:65:66:56:56:0.459016:30:26:20:45:30:26:21:45 chr9 116136198 . C T 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=0.0151895;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.04;QD=16.7139;RBI=0.0245647;REFB=-0.00177869;REVB=0.0193055;RO=43;SAF=26;SAR=10;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868175;STB=0.552509;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00214781;OID=.;OPOS=116136198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:36:36:0.45:10:26:34:9:10:26:35:9 chr9 116153900 . A G 661.73 PASS AF=0.503817;AO=64;DP=129;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00172761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.376;QD=20.2053;RBI=0.00263613;REFB=-0.0244159;REVB=0.00199112;RO=65;SAF=34;SAR=30;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215474;STB=0.518823;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0279061;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:65:65:64:66:0.503817:30:34:33:32:30:36:33:32 chr9 116269864 . T TC 43.98 PASS AF=0.242424;AO=17;DP=70;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0252475;FXX=0.0571347;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.3143;QD=2.66536;RBI=0.0649228;REFB=-0.0376027;REVB=-0.0598125;RO=49;SAF=2;SAR=15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54104;STB=0.845365;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.139791;OID=.;OPOS=116269865;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424:17:70:16:66:50:2:14:27:23:43:49:2:15:25:24 chr9 116356373 . G C 2492.91 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.454;QD=61.5534;RBI=0.0363536;REFB=0;REVB=-0.00929217;RO=0;SAF=65;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3479e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34509e-05;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:97:65:0:0:97:65:0:0 chr9 116356516 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.186;QD=59.8392;RBI=0.0199089;REFB=0;REVB=0.0143335;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24744e-06;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr9 116356528 . GC G,GG 390.72 PASS AF=0.107143,0.892857;AO=7,19;DP=26;FAO=3,25;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=3,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349826,-0.00505007;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.119,243.079;QD=55.8166;RBI=0.0952939,0.0940098;REFB=0,0;REVB=0.0952297,0.093874;RO=0;SAF=0,7;SAR=7,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0285202,0.00149573;OID=.,.;OPOS=116356529,116356529;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.107143,0.892857:7,19:26:3,25:28:0:0,7:3,18:0:0:8:0:0,7:7,12:0:0 chr9 116764283 . C T 1902.31 PASS AF=0.992;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00520445;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.747;QD=60.8739;RBI=0.0116753;REFB=0.0616933;REVB=0.0104512;RO=1;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673944;STB=0.503546;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000110848;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:125:1:1:124:124:0.992:70:54:0:1:70:54:0:1 chr9 116764883 . C CCT 468.75 PASS AF=0.818182;AO=30;DP=47;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0614579;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=148.589;QD=42.6131;RBI=0.078647;REFB=-0.169798;REVB=0.0490742;RO=12;SAF=21;SAR=9;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866639;STB=0.571391;STBP=0.083;TYPE=ins;VARB=0.0212407;OID=.;OPOS=116764884;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:30:47:36:44:8:24:12:8:0:50:12:21:9:10:2 chr9 116770776 . C T 1786.47 PASS AF=0.983471;AO=113;DP=115;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0196939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.784;QD=59.0568;RBI=0.0367287;REFB=-0.0769568;REVB=0.0310024;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.508927;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0019213;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:121:0:2:113:119:0.983471:59:54:0:0:64:55:2:0 chr9 116770785 . G A 1725.05 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.036762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.594;QD=57.9848;RBI=0.0371934;REFB=-0.0042328;REVB=-0.00564849;RO=3;SAF=53;SAR=63;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261194;STB=0.513759;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=4.46778e-05;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:119:3:3:116:116:0.97479:63:53:3:0:63:53:3:0 chr9 116812116 . A C 578.05 PASS AF=0.412121;AO=58;DP=157;FAO=68;FDP=165;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.00369938;FXX=0.0178561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.403;QD=14.0134;RBI=0.014863;REFB=-0.0120066;REVB=-0.0143952;RO=99;SAF=27;SAR=31;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996128;STB=0.522232;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0268164;OID=.;OPOS=116812116;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:165:99:97:58:68:0.412121:31:27:55:44:32:36:55:42 chr9 116813001 . T C 2552.38 PASS AF=0.91;AO=181;DP=200;FAO=182;FDP=200;FR=.;FRO=18;FSAF=74;FSAR=108;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=-0.00289245;FXX=0.00497488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8655;QD=51.0476;RBI=0.0533933;REFB=-0.0433818;REVB=-0.0533149;RO=18;SAF=74;SAR=107;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102786;STB=0.554211;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00381828;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:200:200:18:18:181:182:0.91:107:74:18:0:108:74:18:0 chr9 116818033 . A C 254.59 PASS AF=0.54;AO=23;DP=52;FAO=27;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=-0.0176005;FXX=0.0384541;HRUN=8;LEN=1;MLLD=192.046;QD=20.3668;RBI=0.0177486;REFB=-0.0399283;REVB=-0.00228791;RO=5;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118428;STB=0.644508;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0245267;OID=.;OPOS=116818033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:5:22:23:27:0.54:17:6:0:5:17:10:2:20 chr9 116854176 . C T 2705.92 PASS AF=0.456452;AO=283;DP=620;FAO=283;FDP=620;FR=.;FRO=337;FSAF=108;FSAR=175;FSRF=147;FSRR=190;FWDB=0.00315407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7703;QD=17.4575;RBI=0.00939579;REFB=-0.0117837;REVB=-0.00885058;RO=336;SAF=108;SAR=175;SRF=147;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057362;STB=0.530963;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0134148;OID=.;OPOS=116854176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:620:620:336:337:283:283:0.456452:175:108:147:189:175:108:147:190 chr9 116931099 . G A 503.5 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.341;QD=57.5425;RBI=0.0352721;REFB=0;REVB=-0.0191007;RO=0;SAF=5;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00650623;OID=.;OPOS=116931099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:28:5:0:0:28:7:0:0 chr9 116958216 . C T 952.87 PASS AF=0.454955;AO=101;DP=221;FAO=101;FDP=222;FR=.;FRO=121;FSAF=68;FSAR=33;FSRF=59;FSRR=62;FWDB=0.00889028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.802;QD=17.1689;RBI=0.0562896;REFB=-0.00255472;REVB=-0.0555831;RO=120;SAF=68;SAR=33;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18721;STB=0.606494;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00266471;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:120:121:101:101:0.454955:33:68:59:61:33:68:59:62 chr9 117033022 . T C 721.51 PASS AF=0.477987;AO=76;DP=159;FAO=76;FDP=159;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.0322669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7034;QD=18.1513;RBI=0.035746;REFB=0.0250468;REVB=-0.0153826;RO=82;SAF=33;SAR=43;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423096;STB=0.526023;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0241408;OID=.;OPOS=117033022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:82:83:76:76:0.477987:43:33:32:50:43:33:32:51 chr9 117044538 . G T 3427.51 PASS AF=1;AO=183;DP=213;FAO=219;FDP=219;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=126;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057993;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.574;QD=62.6029;RBI=0.0971765;REFB=0;REVB=0.0779749;RO=0;SAF=114;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.37555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208881;OID=.;OPOS=117044538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:219:0:0:183:219:1:69:114:0:0:93:126:0:0 chr9 117044751 . T C 2259.9 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00771464;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.759;QD=63.6593;RBI=0.00795465;REFB=0;REVB=-0.00193927;RO=0;SAF=59;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10862e-05;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:83:59:0:0:83:59:0:0 chr9 117051003 . G C 716.25 PASS AF=0.403061;AO=77;DP=196;FAO=79;FDP=196;FR=.;FRO=117;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.0206739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.34;QD=14.6173;RBI=0.0224723;REFB=-0.011063;REVB=0.00880894;RO=117;SAF=27;SAR=50;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143011;STB=0.585834;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0258469;OID=.;OPOS=117051003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:117:117:77:79:0.403061:50:27:56:61:52:27:56:61 chr9 117051020 . A G 950.99 PASS AF=0.519337;AO=90;DP=177;FAO=94;FDP=181;FR=.;FRO=87;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=0.0100451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.459;QD=21.0163;RBI=0.0133098;REFB=-0.0116588;REVB=0.00873192;RO=87;SAF=39;SAR=51;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496237;STB=0.522871;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.011093;OID=.;OPOS=117051020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:181:87:87:90:94:0.519337:51:39:33:54:54:40:33:54 chr9 117052386 . G A 301.08 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=89;FAO=36;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0111021;FXX=0.0224694;HRUN=6;LEN=1;MLLD=180.07;QD=13.8429;RBI=0.0121516;REFB=-0.00395713;REVB=-0.00494014;RO=35;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129175;STB=0.512813;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0102136;OID=.;OPOS=117052386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:35:51:24:36:0.413793:16:8:8:27:24:12:18:33 chr9 117063685 . A C 218.22 PASS AF=0.346154;AO=26;DP=80;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=0.0348627;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.153;QD=11.1906;RBI=0.0363108;REFB=-0.0141262;REVB=-0.0101521;RO=53;SAF=14;SAR=12;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235813;STB=0.636795;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0210829;OID=.;OPOS=117063685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:53:51:26:27:0.346154:12:14:39:14:13:14:37:14 chr9 117064345 . G A 1234.02 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538396;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.868;QD=61.7008;RBI=0.0366207;REFB=0;REVB=-0.0362228;RO=0;SAF=62;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126003;OID=.;OPOS=117064345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:18:62:0:0:18:62:0:0 chr9 117085526 . G A 382.12 PASS AF=0.368;AO=46;DP=125;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=0.0149123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.373;QD=12.2278;RBI=0.0234385;REFB=-0.00559247;REVB=-0.0180828;RO=79;SAF=28;SAR=18;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134867;STB=0.507689;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0120023;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:79:79:46:46:0.368:18:28:49:30:18:28:49:30 chr9 117085635 . T C 1547.75 PASS AF=1;AO=51;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805967;FXX=0.010203;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.6658;QD=63.8247;RBI=0.0867623;REFB=0;REVB=0.0321227;RO=0;SAF=5;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891658;OID=.;OPOS=117085635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:51:97:1:46:5:0:0:60:37:0:0 chr9 117092366 . A C 969.5 PASS AF=0.46789;AO=99;DP=217;FAO=102;FDP=218;FR=.;FRO=116;FSAF=26;FSAR=76;FSRF=49;FSRR=67;FWDB=-0.000235251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.982;QD=17.789;RBI=0.0146385;REFB=-0.0259065;REVB=0.0146366;RO=114;SAF=25;SAR=74;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191933;STB=0.605202;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0252106;OID=.;OPOS=117092366;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:114:116:99:102:0.46789:74:25:48:66:76:26:49:67 chr9 117094200 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0397306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.519;QD=17.0891;RBI=0.0405338;REFB=-0.00510987;REVB=0.00802876;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510566;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00346871;OID=.;OPOS=117094200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:24:25:0.471698:12:12:14:14:13:12:14:14 chr9 117103973 . A G 555.46 PASS AF=0.415584;AO=63;DP=151;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.0230735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.587;QD=14.4276;RBI=0.0319766;REFB=-0.0111082;REVB=-0.0221387;RO=86;SAF=32;SAR=31;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919961;STB=0.554437;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0158962;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:86:90:63:64:0.415584:31:32:36:50:31:33:38:52 chr9 117108971 . C T 626.05 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.018349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.663;QD=18.6879;RBI=0.0234193;REFB=-0.0225411;REVB=-0.0145526;RO=70;SAF=32;SAR=32;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404228;STB=0.522381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0242621;OID=.;OPOS=117108971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:70:70:64:64:0.477612:32:32:38:32:32:32:38:32 chr9 117110112 . T C 456.73 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.00769085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.764;QD=16.7609;RBI=0.00886892;REFB=-0.00896963;REVB=-0.00441686;RO=58;SAF=14;SAR=36;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355743;STB=0.516585;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00913739;OID=.;OPOS=117110112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:59:50:50:0.458716:36:14:18:40:36:14:18:41 chr9 117110180 . G A 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0783268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.503;QD=14.2706;RBI=0.0784775;REFB=-0.00814893;REVB=0.00486007;RO=32;SAF=5;SAR=19;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141972;STB=0.597161;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.015302;OID=.;OPOS=117110180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:19:5:10:22:19:5:11:22 chr9 117120333 . G A 1169.38 PASS AF=0.406154;AO=131;DP=326;FAO=132;FDP=325;FR=.;FRO=193;FSAF=51;FSAR=81;FSRF=78;FSRR=115;FWDB=0.0103104;FXX=0.00306739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0553;QD=14.3923;RBI=0.0413053;REFB=-0.0168574;REVB=0.0399978;RO=191;SAF=51;SAR=80;SRF=77;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153653;STB=0.511077;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0236416;OID=.;OPOS=117120333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:325:191:193:131:132:0.406154:80:51:77:114:81:51:78:115 chr9 117122202 . C T 882.52 PASS AF=0.547771;AO=86;DP=157;FAO=86;FDP=157;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=-0.00730433;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.862;QD=22.4847;RBI=0.011997;REFB=-0.00258264;REVB=0.00951711;RO=71;SAF=28;SAR=58;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247537;STB=0.513528;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00237412;OID=.;OPOS=117122202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:71:71:86:86:0.547771:58:28:25:46:58:28:25:46 chr9 117124731 . G A 573.75 PASS AF=0.58427;AO=49;DP=86;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0402825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9004;QD=25.7864;RBI=0.137632;REFB=-0.0214274;REVB=0.131605;RO=37;SAF=22;SAR=27;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930779;STB=0.560359;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.017971;OID=.;OPOS=117124731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:37:37:49:52:0.58427:27:22:21:16:30:22:21:16 chr9 117136363 . G A 745.19 PASS AF=0.514286;AO=72;DP=141;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.00180456;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.913;QD=21.2911;RBI=0.00404403;REFB=-0.0136856;REVB=-0.00361908;RO=68;SAF=39;SAR=33;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165605;STB=0.590884;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00946243;OID=.;OPOS=117136363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:68:68:72:72:0.514286:33:39:24:44:33:39:24:44 chr9 117138278 . C T 130.67 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.0417007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4659;QD=13.7551;RBI=0.0422428;REFB=-0.0216123;REVB=-0.00674636;RO=23;SAF=1;SAR=14;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770035;STB=0.545389;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0317858;OID=.;OPOS=117138278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:14:1:2:21:14:1:2:21 chr9 117138846 . G T 277.58 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00693374;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.573;QD=15.8616;RBI=0.0132006;REFB=0.0149194;REVB=0.011233;RO=39;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101278;STB=0.5572;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.016435;OID=.;OPOS=117138846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:12:19:20:19:12:19:20:19 chr9 117166246 . A G 745.66 PASS AF=0.456647;AO=78;DP=173;FAO=79;FDP=173;FR=.;FRO=94;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00983636;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.196;QD=17.2406;RBI=0.0356489;REFB=-0.00516064;REVB=-0.034265;RO=91;SAF=44;SAR=34;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724143;STB=0.503783;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00531374;OID=.;OPOS=117166246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:91:94:78:79:0.456647:34:44:52:39:35:44:53:41 chr9 117166338 . G C 739.88 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0252882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.751;QD=50.1615;RBI=0.0417818;REFB=-0.0926902;REVB=0.03326;RO=4;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723243;STB=0.538447;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00105101;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:4:4:55:55:0.932203:24:31:0:4:24:31:0:4 chr9 117169033 . A G 3060.48 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842035;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8633;QD=63.7599;RBI=0.0276576;REFB=0;REVB=-0.0263447;RO=0;SAF=67;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357474;OID=.;OPOS=117169033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:192:0:0:191:192:1:124:67:0:0:124:68:0:0 chr9 117186677 . A G 2888.27 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278124;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.623;QD=63.1316;RBI=0.0385862;REFB=0;REVB=0.0267463;RO=0;SAF=71;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64078e-05;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:183:0:0:183:183:1:112:71:0:0:112:71:0:0 chr9 117188566 . C T 3936.18 PASS AF=1;AO=250;DP=260;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142782;FXX=0.0701081;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.119;QD=62.479;RBI=0.0315261;REFB=-0.0666526;REVB=0.0314937;RO=0;SAF=122;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024931;OID=.;OPOS=117188566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:260:252:0:0:250:252:1:128:122:0:0:130:122:0:0 chr9 117241002 . C T 538.79 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0349152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.597;QD=21.7693;RBI=0.0349716;REFB=-0.0189007;REVB=-0.00198483;RO=48;SAF=17;SAR=34;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190841;STB=0.605591;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0124471;OID=.;OPOS=117241002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:34:17:26:22:34:17:26:22 chr9 117377843 . G C 465.53 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=94;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0101783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.62;QD=19.6011;RBI=0.021157;REFB=-0.0128328;REVB=-0.0185478;RO=48;SAF=17;SAR=28;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192206;STB=0.615547;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0232187;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:48:49:45:46:0.484211:28:17:28:20:29:17:29:20 chr9 117552885 . T C 1094.97 PASS AF=0.412371;AO=120;DP=291;FAO=120;FDP=291;FR=.;FRO=171;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=90;FSRR=81;FWDB=-0.00763433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.565;QD=15.0512;RBI=0.0123124;REFB=-0.0140305;REVB=-0.00965987;RO=171;SAF=63;SAR=57;SRF=90;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00138789;STB=0.500775;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0196744;OID=.;OPOS=117552885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:171:171:120:120:0.412371:57:63:90:81:57:63:90:81 chr9 117553249 . T C 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0142933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.641;QD=14.6472;RBI=0.0148514;REFB=0.00594171;REVB=0.00403315;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116789;STB=0.567475;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00234088;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:6:13:8:6:6:13 chr9 117668142 . C T 650.82 PASS AF=0.38342;AO=74;DP=193;FAO=74;FDP=193;FR=.;FRO=119;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=-0.000645112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.491;QD=13.4885;RBI=0.000972533;REFB=-0.00103049;REVB=0.00072777;RO=117;SAF=36;SAR=38;SRF=52;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457649;STB=0.525393;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00161922;OID=.;OPOS=117668142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:117:119:74:74:0.38342:38:36:52:65:38:36:53:66 chr9 117792583 . C G 810.51 PASS AF=0.436275;AO=89;DP=204;FAO=89;FDP=204;FR=.;FRO=115;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=52;FSRR=63;FWDB=0.0206657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2172;QD=15.8924;RBI=0.024177;REFB=0.0101179;REVB=0.0125482;RO=115;SAF=39;SAR=50;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143367;STB=0.507981;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0137916;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:115:115:89:89:0.436275:50:39:52:63:50:39:52:63 chr9 117797597 . T C 416.27 PASS AF=0.33758;AO=53;DP=157;FAO=53;FDP=157;FR=.;FRO=104;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=0.00429328;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.402;QD=10.6055;RBI=0.00652138;REFB=-0.0107819;REVB=0.00490878;RO=104;SAF=21;SAR=32;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659057;STB=0.537934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0197425;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:104:104:53:53:0.33758:32:21:47:57:32:21:47:57 chr9 117803271 . C T 791.44 PASS AF=0.506667;AO=76;DP=150;FAO=76;FDP=150;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00674466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.883;QD=21.1052;RBI=0.0342794;REFB=-0.0162865;REVB=-0.0336094;RO=74;SAF=36;SAR=40;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236263;STB=0.512997;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0190586;OID=.;OPOS=117803271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:74:74:76:76:0.506667:40:36:37:37:40:36:37:37 chr9 117804544 . T C 1124.22 PASS AF=0.487069;AO=112;DP=232;FAO=113;FDP=232;FR=.;FRO=119;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.00578069;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.958;QD=19.3831;RBI=0.0153533;REFB=-0.0267078;REVB=0.0142235;RO=115;SAF=50;SAR=62;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215111;STB=0.52322;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0262201;OID=.;OPOS=117804544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:115:119:112:113:0.487069:62:50:54:61:63:50:58:61 chr9 117808785 . T A 4378.51 PASS AF=1;AO=276;DP=278;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501789;FXX=0.0071682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.186;QD=63.2276;RBI=0.00942854;REFB=0;REVB=0.00798236;RO=0;SAF=160;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05446e-06;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:278:277:0:0:276:277:1:116:160:0:0:117:160:0:0 chr9 117846570 . C T 902.76 PASS AF=0.478947;AO=90;DP=189;FAO=91;FDP=190;FR=.;FRO=99;FSAF=64;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=0.0236471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.627;QD=19.0054;RBI=0.0240405;REFB=-0.00953689;REVB=-0.0043317;RO=99;SAF=63;SAR=27;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161359;STB=0.591203;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0172819;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:99:99:90:91:0.478947:27:63:54:45:27:64:54:45 chr9 117846580 . T C 1077.16 PASS AF=0.52451;AO=106;DP=203;FAO=107;FDP=204;FR=.;FRO=97;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=68;FSRR=29;FWDB=-0.00330439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.69;QD=21.1207;RBI=0.00355518;REFB=-0.00891642;REVB=-0.00131159;RO=95;SAF=55;SAR=51;SRF=66;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153601;STB=0.589423;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00825483;OID=.;OPOS=117846580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:95:97:106:107:0.52451:51:55:66:29:52:55:68:29 chr9 117848197 . C T 279.96 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0386143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.397;QD=17.7755;RBI=0.0439242;REFB=-0.0162;REVB=-0.0209349;RO=33;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858846;STB=0.560909;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0169578;OID=.;OPOS=117848197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:32:30:31:0.492063:11:19:18:15:11:20:17:15 chr9 117848393 . CT C,CC,CG 1496.13 PASS AF=0,0.961905,0.0285714;AO=20,80,4;DP=106;FAO=0,101,3;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=0,49,0;FSAR=0,52,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0793129,0.0785015,0.102628;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=138.741,152.254,125.896;QD=56.9953;RBI=0.0836439,0.0809731,0.104812;REFB=-0.00585552,0.0334484,0.0863508;REVB=0.0265662,0.0198536,0.0212881;RO=1;SAF=20,28,0;SAR=0,52,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.0166071,-0.749895;STB=0.5,0.505049,0.994936;STBP=1,0.29,0.121;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0852636,-0.00261172,0.0564375;OID=.,.,.;OPOS=117848394,117848394,117848394;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.961905,0.0285714:20,80,4:106:0,101,3:105:1:0,49,0:0,52,3:1:0:4:1:20,28,0:0,52,4:1:0 chr9 117849314 . T C 398.94 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.042159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.948;QD=18.342;RBI=0.051332;REFB=-0.0268514;REVB=-0.0292847;RO=46;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321413;STB=0.517928;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0303187;OID=.;OPOS=117849314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:20:21:22:24:20:21:22:24 chr9 117853022 . C T 1313.69 PASS AF=0.490775;AO=133;DP=273;FAO=133;FDP=271;FR=.;FRO=138;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=65;FSRR=73;FWDB=-0.0125843;FXX=0.00732574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2077;QD=19.3902;RBI=0.0184438;REFB=-0.026111;REVB=-0.0134836;RO=137;SAF=69;SAR=64;SRF=64;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476884;STB=0.524318;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0325059;OID=.;OPOS=117853022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:271:137:138:133:133:0.490775:64:69:64:73:64:69:65:73 chr9 118163563 . C T 2951.89 PASS AF=0.984375;AO=189;DP=192;FAO=189;FDP=192;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=130;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0210326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5897;QD=61.4978;RBI=0.0439012;REFB=-0.0122993;REVB=0.038535;RO=3;SAF=59;SAR=130;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000732806;STB=0.500385;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.000730712;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:192:192:3:3:189:189:0.984375:130:59:1:2:130:59:1:2 chr9 119106881 . C A 4339.66 PASS AF=1;AO=274;DP=275;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474662;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.367;QD=63.1224;RBI=0.0551783;REFB=0;REVB=0.0281354;RO=0;SAF=128;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91732e-05;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:275:275:0:0:274:275:1:146:128:0:0:146:129:0:0 chr9 119158814 . T C 2294.64 PASS AF=0.987097;AO=130;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=91;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118079;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.887;QD=59.2166;RBI=0.0714805;REFB=0;REVB=0.0704985;RO=1;SAF=88;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111802;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220316;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:155:155:1:0:130:153:0.987097:42:88:0:1:62:91:0:0 chr9 119160791 . T C 53.59 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0583313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9022;QD=7.93986;RBI=0.093088;REFB=-0.02638;REVB=-0.0725454;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424152;STB=0.533895;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0510596;OID=.;OPOS=119160791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:27:17:19:8:8:0.296296:5:3:7:10:5:3:8:11 chr9 119161253 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00664913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.974;QD=17.5414;RBI=0.00908897;REFB=-0.0547269;REVB=-0.00619664;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348757;STB=0.519973;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0369578;OID=.;OPOS=119161253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:9:7:6:9:9:7 chr9 119162545 . C A 1041.34 PASS AF=0.972973;AO=69;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0226382;FXX=0.038956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.662;QD=56.2888;RBI=0.0261642;REFB=-0.0702361;REVB=0.0131177;RO=2;SAF=33;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277869;STB=0.514702;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00108027;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:69:72:0.972973:36:33:2:0:39:33:2:0 chr9 119163989 . A G 1887.22 PASS AF=0.443207;AO=199;DP=449;FAO=199;FDP=449;FR=.;FRO=250;FSAF=103;FSAR=96;FSRF=130;FSRR=120;FWDB=0.0428802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9702;QD=16.8126;RBI=0.0564302;REFB=-0.0222844;REVB=0.0366832;RO=248;SAF=103;SAR=96;SRF=129;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00258471;STB=0.501345;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0209486;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:449:449:248:250:199:199:0.443207:96:103:129:119:96:103:130:120 chr9 119199820 . C G 3283.27 PASS AF=0.981735;AO=214;DP=219;FAO=215;FDP=219;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=133;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.110882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0838;QD=59.9683;RBI=0.11438;REFB=-0.0435707;REVB=-0.0280681;RO=3;SAF=82;SAR=132;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138897;STB=0.502293;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0051478;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:219:219:3:4:214:215:0.981735:132:82:1:2:133:82:2:2 chr9 119462112 . C T 1405.54 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126225;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.141;QD=62.4683;RBI=0.013607;REFB=0;REVB=0.00508178;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54146e-05;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:56:33:0:0:56:34:0:0 chr9 119463189 . T C 1403.43 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462887;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.458;QD=63.0755;RBI=0.0567921;REFB=0;REVB=0.0329045;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197477;OID=.;OPOS=119463189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:46:41:0:0:48:41:0:0 chr9 119495697 . T C 4297.67 PASS AF=1;AO=272;DP=272;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.584;QD=62.9696;RBI=0.01589;REFB=0;REVB=0.00636482;RO=0;SAF=134;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5917e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39226e-06;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:272:273:0:0:272:273:1:138:134:0:0:138:135:0:0 chr9 119770480 . C T 1866.33 PASS AF=0.516854;AO=184;DP=358;FAO=184;FDP=356;FR=.;FRO=172;FSAF=77;FSAR=107;FSRF=65;FSRR=107;FWDB=-0.0150467;FXX=0.00558644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.672;QD=20.9699;RBI=0.0153695;REFB=0.00334432;REVB=-0.00313343;RO=166;SAF=77;SAR=107;SRF=60;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514625;STB=0.520268;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00306358;OID=.;OPOS=119770480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:356:166:172:184:184:0.516854:107:77:60:106:107:77:65:107 chr9 120039299 . T C 3070.41 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.301;QD=63.6354;RBI=0.0304036;REFB=0;REVB=0.0286181;RO=0;SAF=103;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92227e-06;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:193:0:0:190:193:1:87:103:0:0:88:105:0:0 chr9 120053695 . G A 1958.32 PASS AF=0.491139;AO=194;DP=394;FAO=194;FDP=395;FR=.;FRO=201;FSAF=90;FSAR=104;FSRF=100;FSRR=101;FWDB=0.0287639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.537;QD=19.8311;RBI=0.0304007;REFB=-0.0189608;REVB=0.00984062;RO=198;SAF=90;SAR=104;SRF=100;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379897;STB=0.51714;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0186607;OID=.;OPOS=120053695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:395:198:201:194:194:0.491139:104:90:100:98:104:90:100:101 chr9 120053776 . T C 3057.49 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.748;QD=63.6977;RBI=0.0100055;REFB=0;REVB=0.00987803;RO=0;SAF=81;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23304e-06;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:192:0:0:191:192:1:110:81:0:0:111:81:0:0 chr9 120470358 . G A 1788.27 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.457;QD=60.1098;RBI=0.0306791;REFB=-0.104102;REVB=0.0152301;RO=1;SAF=56;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840614;STB=0.504424;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00079191;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:62:56:1:0:62:56:1:0 chr9 122001000 . G A 4036.95 PASS AF=1;AO=257;DP=258;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.084;QD=62.3467;RBI=0.0173961;REFB=0;REVB=-0.00731293;RO=0;SAF=115;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.23657e-06;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:258:259:0:0:257:259:1:142:115:0:0:143:116:0:0 chr9 123117363 . G A 559.23 PASS AF=0.5;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0369102;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.095;QD=19.2838;RBI=0.0393927;REFB=-0.0185832;REVB=0.0137631;RO=56;SAF=23;SAR=35;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187514;STB=0.603413;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0360518;OID=.;OPOS=123117363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:56:58:58:58:0.5:35:23:34:22:35:23:35:23 chr9 123117437 . A C 779.47 PASS AF=0.513699;AO=73;DP=146;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0258822;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.446;QD=21.3552;RBI=0.0299936;REFB=-0.0190877;REVB=0.0151569;RO=68;SAF=27;SAR=46;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181564;STB=0.587367;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0154918;OID=.;OPOS=123117437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:68:71:73:75:0.513699:46:27:39:29:47:28:39:32 chr9 123156790 . A G 935.98 PASS AF=0.47;AO=93;DP=199;FAO=94;FDP=200;FR=.;FRO=106;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=0.00417384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.91;QD=18.7196;RBI=0.0321255;REFB=0.00919308;REVB=0.0318532;RO=106;SAF=46;SAR=47;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324317;STB=0.514997;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00960811;OID=.;OPOS=123156790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:106:106:93:94:0.47:47:46:56:50:47:47:56:50 chr9 123170733 . C G 212.16 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00507001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.746;QD=12.2994;RBI=0.0128361;REFB=-0.0146518;REVB=0.0117923;RO=42;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883977;STB=0.545419;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0233601;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:43:26:26:0.376812:18:8:16:26:18:8:16:27 chr9 123220829 . A G 1046.81 PASS AF=0.44856;AO=109;DP=244;FAO=109;FDP=243;FR=.;FRO=134;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=64;FSRR=70;FWDB=-0.0368162;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.702;QD=17.2315;RBI=0.0371958;REFB=-0.0142499;REVB=-0.00530043;RO=134;SAF=53;SAR=56;SRF=64;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00858909;STB=0.504761;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0168351;OID=.;OPOS=123220829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:134:134:109:109:0.44856:56:53:64:70:56:53:64:70 chr9 123291036 . C G 609.96 PASS AF=0.440559;AO=62;DP=141;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0168194;FXX=0.0466636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.788;QD=17.0618;RBI=0.0168708;REFB=-0.0166381;REVB=-0.00131606;RO=71;SAF=40;SAR=22;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069358;STB=0.573938;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0208207;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:71:80:62:63:0.440559:22:40:41:30:22:41:42:38 chr9 123301346 . T G 726.84 PASS AF=0.489796;AO=72;DP=147;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.0117361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.119;QD=19.7779;RBI=0.0149576;REFB=-0.0191536;REVB=0.00927322;RO=72;SAF=41;SAR=31;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255887;STB=0.504905;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0223597;OID=.;OPOS=123301346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:72:75:72:72:0.489796:31:41:39:33:31:41:42:33 chr9 123342259 . C A 2566.25 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.346;QD=61.8372;RBI=0.0235317;REFB=0;REVB=0.0210349;RO=0;SAF=74;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32421e-05;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:165:166:1:91:74:0:0:91:75:0:0 chr9 123342275 . A G 2140.18 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.649;QD=62.9465;RBI=0.0577662;REFB=0;REVB=-0.00703028;RO=0;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14449e-05;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:76:59:0:0:76:60:0:0 chr9 123370149 . A C 604.15 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0265369;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.349;QD=18.4472;RBI=0.0435266;REFB=-0.0261402;REVB=-0.0345016;RO=56;SAF=30;SAR=32;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136927;STB=0.519934;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0196943;OID=.;OPOS=123370149;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:131:56:69:62:62:0.473282:32:30:36:20:32:30:36:33 chr9 123583192 . A G 299.58 PASS AF=0.353535;AO=31;DP=96;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0367509;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.388;QD=12.1044;RBI=0.0368666;REFB=-0.0281647;REVB=0.00291785;RO=62;SAF=13;SAR=18;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147774;STB=0.566436;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.03885;OID=.;OPOS=123583192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:62:64:31:35:0.353535:18:13:34:28:20:15:34:30 chr9 123586737 . T G 660.28 PASS AF=0.468531;AO=67;DP=143;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00446818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.005;QD=18.4695;RBI=0.0202169;REFB=-0.0128307;REVB=0.019717;RO=76;SAF=39;SAR=28;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117114;STB=0.564961;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0113692;OID=.;OPOS=123586737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:76:76:67:67:0.468531:28:39:35:41:28:39:35:41 chr9 123618971 . A G 350.44 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00376025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.35;QD=15.7501;RBI=0.0257912;REFB=-0.00546514;REVB=0.0255157;RO=51;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103193;STB=0.55815;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00706918;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:17:21:23:28:17:21:23:28 chr9 123632045 . A G 588.97 PASS AF=0.452555;AO=60;DP=136;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0342705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.88;QD=17.1961;RBI=0.0347052;REFB=-0.0117997;REVB=-0.00547526;RO=74;SAF=32;SAR=28;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126218;STB=0.56336;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0134722;OID=.;OPOS=123632045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:74:75:60:62:0.452555:28:32:30:44:30:32:30:45 chr9 123671520 . G A 287.83 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0152383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5848;QD=16.4472;RBI=0.0153124;REFB=-0.0199286;REVB=-0.00150381;RO=35;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00355659;STB=0.526299;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0123504;OID=.;OPOS=123671520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:35:38:32:32:0.457143:20:12:13:22:20:12:16:22 chr9 123731408 . G A 698.26 PASS AF=0.480263;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=152;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=57;FWDB=-0.00469411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.973;QD=18.3752;RBI=0.00996129;REFB=-0.0103559;REVB=0.00878594;RO=78;SAF=26;SAR=47;SRF=21;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914933;STB=0.53779;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00968564;OID=.;OPOS=123731408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:78:79:73:73:0.480263:47:26:21:57:48:25:22:57 chr9 123769200 . C T 615.79 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=0.00493239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.461;QD=18.9472;RBI=0.00804088;REFB=0.00762793;REVB=-0.00635038;RO=67;SAF=32;SAR=31;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153379;STB=0.584593;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00424292;OID=.;OPOS=123769200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:67:63:63:0.484615:31:32:45:22:31:32:45:22 chr9 123780005 . G A 1153.26 PASS AF=0.554404;AO=107;DP=193;FAO=107;FDP=193;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=-0.032436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2842;QD=23.9018;RBI=0.0472466;REFB=-0.0234528;REVB=-0.0343533;RO=86;SAF=45;SAR=62;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15045;STB=0.581947;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0196861;OID=.;OPOS=123780005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:86:86:107:107:0.554404:62:45:52:34:62:45:52:34 chr9 123850770 . G A 2210.29 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.001;QD=63.151;RBI=0.0188453;REFB=0;REVB=-0.0104497;RO=0;SAF=63;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99509e-06;OID=.;OPOS=123850770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:76:63:0:0:77:63:0:0 chr9 123860689 . C T 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00372834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.02;QD=18.1631;RBI=0.0313497;REFB=-0.00145939;REVB=-0.0311272;RO=42;SAF=25;SAR=13;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262211;STB=0.646474;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00113681;OID=.;OPOS=123860689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:13:25:16:26:13:25:16:26 chr9 123917020 . T A 606.61 PASS AF=0.384615;AO=70;DP=182;FAO=70;FDP=182;FR=.;FRO=112;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=-0.0241884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.36;QD=13.3321;RBI=0.0252771;REFB=-0.0227447;REVB=-0.0073387;RO=111;SAF=32;SAR=38;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613068;STB=0.537387;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0381099;OID=.;OPOS=123917020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:111:112:70:70:0.384615:38:32:57:54:38:32:58:54 chr9 123929770 . C T 495.92 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00185939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7179;QD=17.8709;RBI=0.0284861;REFB=-0.0108396;REVB=0.0284254;RO=58;SAF=26;SAR=27;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561347;STB=0.531143;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0117213;OID=.;OPOS=123929770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:27:26:25:33:27:26:25:33 chr9 124043867 . C T 2207.5 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.934;QD=62.624;RBI=0.236052;REFB=-0.0429949;REVB=0.234012;RO=1;SAF=79;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856398;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734751;OID=.;OPOS=124043867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:135:141:1:0:134:141:1:55:79:0:1:62:79:0:0 chr9 124044995 . C T 1289.38 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00747364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.186;QD=60.6767;RBI=0.00792352;REFB=-0.156602;REVB=-0.00263191;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.506665;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-9.87426e-05;OID=.;OPOS=124044995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:0:1:84:84:0.988235:37:47:0:0:37:47:0:1 chr9 124046722 . C T 1000.26 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00865737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.716;QD=56.3526;RBI=0.0386672;REFB=-0.129084;REVB=0.0376856;RO=1;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108681;STB=0.503687;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00164875;OID=.;OPOS=124046722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:69:69:0.971831:43:26:0:1:43:26:1:1 chr9 124046830 . CTTA CCTA,CTA,CTAC 1073.51 PASS AF=0,0.987805,0.0121951;AO=9,63,3;DP=81;FAO=0,81,1;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34,0;FSAR=0,47,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823533,0.128928,0.0751435;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=4.9764,22.7994,5.72775;QD=52.3662;RBI=0.083441,0.141218,0.0760432;REFB=-0.0322564,-0.0269771,-0.11234;REVB=0.0134286,-0.0576197,-0.0116627;RO=6;SAF=1,26,1;SAR=8,37,2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.643471,-0.0973141,-0.618156;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.00588801,0.0274676;OID=.,.,.;OPOS=124046831,124046831,124046832;OREF=T,T,TA;OALT=C,-,AC;OMAPALT=CCTA,CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.987805,0.0121951:9,63,3:81:0,81,1:82:0:0,34,0:0,47,1:0:0:3:6:1,26,1:8,37,2:6:0 chr9 124047246 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.265;QD=52.6131;RBI=0.0046293;REFB=0;REVB=-0.000945515;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89893e-06;OID=.;OPOS=124047246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr9 124218133 . C T 550.88 PASS AF=0.471545;AO=57;DP=122;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.00638116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.474;QD=17.9147;RBI=0.0122166;REFB=-0.0238459;REVB=0.0104176;RO=65;SAF=23;SAR=34;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349656;STB=0.501902;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0179702;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:65:65:57:58:0.471545:34:23:26:39:35:23:26:39 chr9 124257091 . C T 377.56 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0384882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1522;QD=18.8779;RBI=0.0387667;REFB=-0.0235969;REVB=-0.00463817;RO=40;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00926668;STB=0.503041;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0298123;OID=.;OPOS=124257091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:41:39:39:0.4875:24:15:15:25:24:15:16:25 chr9 124914613 . C T 317.12 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0153754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.073;QD=11.9667;RBI=0.0178026;REFB=0.0120778;REVB=-0.00897382;RO=67;SAF=19;SAR=20;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105798;STB=0.50605;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0211106;OID=.;OPOS=124914613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:67:39:39:0.367925:20:19:32:35:20:19:32:35 chr9 124965009 . CCTTTTTTTG CCCTTTTTTG,CCTTTTTTG,CCTTTTTTGT,CTTTTTTG 91.14 PASS AF=0,0.0217391,0,0.326087;AO=4,8,4,7;DP=50;FAO=0,1,0,15;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=0,0,0,4;FSAR=0,1,0,11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.181332,-0.292905,-0.18383,-0.133861;FXX=0.041658;HRUN=7,7,7,4;LEN=1,1,2,2;MLLD=15.4597,8.39424,17.6716,17.8243;QD=7.92538;RBI=0.189013,0.30646,0.230508,0.18686;REFB=0.0116668,-0.0782223,-0.046724,-0.0873108;REVB=0.0533316,-0.0901357,-0.13907,-0.130376;RO=18;SAF=2,3,3,1;SAR=2,5,1,6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-0.141447,0.293938,-0.459736;STB=0.5,0.990488,0.5,0.68724;STBP=1,0.259,1,0.097;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0,0.00150516,0,0.12294;OID=.,.,.,.;OPOS=124965011,124965011,124965017,124965010;OREF=T,T,TG,CT;OALT=C,-,GT,-;OMAPALT=CCCTTTTTTG,CCTTTTTTG,CCTTTTTTGT,CTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0.0217391,0,0.326087:4,8,4,7:50:0,1,0,15:46:30:0,0,0,4:0,1,0,11:16:14:84:18:2,3,3,1:2,5,1,6:9:9 chr9 124966449 . C T 554.63 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.0205755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2021;QD=18.4876;RBI=0.0687639;REFB=-0.0129962;REVB=-0.0656135;RO=61;SAF=24;SAR=34;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673182;STB=0.540527;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0169531;OID=.;OPOS=124966449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:62:58:58:0.483333:34:24:21:40:34:24:21:41 chr9 124976152 . G C 1075.53 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0600466;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.867;QD=57.3617;RBI=0.0632696;REFB=-0.0362008;REVB=0.0199362;RO=2;SAF=11;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150155;STB=0.507934;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=2.25541e-05;OID=.;OPOS=124976152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:75:2:2:73:73:0.973333:62:11:0:2:62:11:0:2 chr9 125133479 . T C 4076.45 PASS AF=1;AO=260;DP=260;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.451;QD=62.2359;RBI=0.0514488;REFB=0;REVB=0.0162159;RO=0;SAF=109;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25662e-05;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:260:262:0:0:260:262:1:151:109:0:0:151:111:0:0 chr9 125140206 . G A 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.03539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.196;QD=19.2112;RBI=0.0354411;REFB=-0.0155911;REVB=0.00190234;RO=40;SAF=26;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419348;STB=0.523352;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0128574;OID=.;OPOS=125140206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:13:26:25:15:13:26:25:15 chr9 125239253 . T C 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00457467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.979;QD=28.8522;RBI=0.0243425;REFB=-0.021215;REVB=-0.0239088;RO=16;SAF=14;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180825;STB=0.599244;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0096601;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:13:14:4:12:13:14:4:12 chr9 125273435 . G A 940.34 PASS AF=0.502703;AO=93;DP=185;FAO=93;FDP=185;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.0257182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9755;QD=20.3317;RBI=0.0500058;REFB=-0.0183041;REVB=0.0428853;RO=92;SAF=45;SAR=48;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440789;STB=0.524219;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0198867;OID=.;OPOS=125273435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:92:92:93:93:0.502703:48:45:49:43:48:45:49:43 chr9 125288893 . C T 275.58 PASS AF=0.462687;AO=27;DP=64;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0164342;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.52;QD=16.4526;RBI=0.016881;REFB=-0.0151134;REVB=0.00385779;RO=35;SAF=6;SAR=21;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485757;STB=0.526865;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0134712;OID=.;OPOS=125288893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:35:36:27:31:0.462687:21:6:9:26:22:9:9:27 chr9 125289083 . A G 327.85 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.000656351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.434;QD=23.0069;RBI=0.00158407;REFB=-0.0206561;REVB=0.0014417;RO=24;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490811;STB=0.527011;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0192587;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:20:13:8:16:20:13:8:16 chr9 125289521 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.441;QD=62.0198;RBI=0.0545247;REFB=0;REVB=0.00406737;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182208;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr9 125315542 . C T 428.48 PASS AF=0.428571;AO=46;DP=111;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0249373;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.642;QD=15.3029;RBI=0.0267249;REFB=-0.010949;REVB=-0.00960984;RO=64;SAF=18;SAR=28;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114405;STB=0.569457;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0138075;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:64:64:46:48:0.428571:28:18:32:32:29:19:33:31 chr9 125315557 . T C 538.49 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0181148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0844;QD=16.1953;RBI=0.0243974;REFB=-0.0184539;REVB=-0.0163428;RO=75;SAF=24;SAR=34;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134481;STB=0.575195;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0189427;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:75:75:58:58:0.43609:34:24:41:34:34:24:41:34 chr9 125315778 . G C 674.86 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0213514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8451;QD=20.4503;RBI=0.0230651;REFB=-0.0169381;REVB=-0.00872456;RO=65;SAF=33;SAR=34;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553018;STB=0.530442;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0274145;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:65:67:67:0.507576:34:33:28:37:34:33:28:37 chr9 125316033 . T C 322.44 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00426543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.913;QD=16.5356;RBI=0.0176671;REFB=-0.0107988;REVB=0.0171444;RO=40;SAF=13;SAR=22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149542;STB=0.604246;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00739496;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:43:35:35:0.448718:22:13:21:19:22:13:24:19 chr9 125316042 . T C 473.2 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0220933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.979;QD=23.9597;RBI=0.0258123;REFB=0.00282412;REVB=0.0133477;RO=33;SAF=20;SAR=25;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314339;STB=0.524069;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00144982;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:34:45:45:0.56962:25:20:16:17:25:20:17:17 chr9 125316157 . C T 606.57 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00695276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.6;QD=19.2562;RBI=0.0196304;REFB=-0.00808877;REVB=-0.0183579;RO=64;SAF=28;SAR=34;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158673;STB=0.508769;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00921266;OID=.;OPOS=125316157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:62:62:0.492063:34:28:30:34:34:28:30:34 chr9 125316179 . T G 1993.42 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0354814;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1949;QD=61.3359;RBI=0.0810726;REFB=-0.0335158;REVB=0.0728961;RO=0;SAF=56;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14538e-08;STB=0.504424;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000793557;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:130:0:1:129:129:0.992308:73:56:0:0:73:56:1:0 chr9 125316350 . C T 583.02 PASS AF=0.420382;AO=66;DP=157;FAO=66;FDP=157;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.0197397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8997;QD=14.854;RBI=0.0524387;REFB=-0.0253036;REVB=-0.0485815;RO=91;SAF=32;SAR=34;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355707;STB=0.519917;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0330768;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:91:91:66:66:0.420382:34:32:41:50:34:32:41:50 chr9 125316455 . C T 1339.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0915112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.075;QD=62.3118;RBI=0.0916475;REFB=0;REVB=0.00499738;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227856;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr9 125330125 . C G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6625;QD=61.6813;RBI=0.0514298;REFB=0;REVB=0.0291771;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801207;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr9 125330184 . A C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0303;QD=51.1799;RBI=0.047495;REFB=0;REVB=0.0453903;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132015;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr9 125330325 . C G 1556.17 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.683;QD=59.8527;RBI=0.038434;REFB=0;REVB=-0.0338628;RO=0;SAF=36;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13844e-05;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:67:36:0:0:67:37:0:0 chr9 125330678 . T G 4799.21 PASS AF=1;AO=305;DP=310;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250281;FXX=0.00643066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.691;QD=62.1256;RBI=0.0472862;REFB=-0.0751134;REVB=0.0401196;RO=2;SAF=132;SAR=173;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00085055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127778;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:310:309:2:0:305:309:1:173:132:1:1:176:133:0:0 chr9 125330739 . G A 4742.29 PASS AF=1;AO=304;DP=306;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774298;FXX=0.00653573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2851;QD=62.3986;RBI=0.0143938;REFB=0;REVB=0.0121337;RO=0;SAF=121;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29397e-05;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:306:304:0:0:304:304:1:183:121:0:0:183:121:0:0 chr9 125377087 . A G 1556.1 PASS AF=0.972477;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0153045;FXX=0.0180164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0976;QD=57.1047;RBI=0.0339969;REFB=0.00798893;REVB=-0.0303572;RO=3;SAF=53;SAR=53;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870096;STB=0.504586;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000109705;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:109:3:3:106:106:0.972477:53:53:1:2:53:53:1:2 chr9 125377505 . A G 942.35 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0047546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.448;QD=57.1124;RBI=0.0304684;REFB=-0.0793856;REVB=0.0300951;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000253503;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:66:0:1:65:65:0.984848:31:34:0:0:31:34:1:0 chr9 125377734 . A G 545.33 PASS AF=0.525773;AO=50;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0377127;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.102;QD=22.4876;RBI=0.039609;REFB=-0.0126209;REVB=-0.012109;RO=44;SAF=28;SAR=22;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127947;STB=0.564263;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0134549;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:46:50:51:0.525773:22:28:18:26:23:28:19:27 chr9 125378014 . T G 279.04 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0154542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.658;QD=21.8855;RBI=0.0155493;REFB=-0.0182981;REVB=-0.00171683;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272394;STB=0.526297;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0152271;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:18:9:7:16:18:10:7:16 chr9 125390874 . A C 1840.25 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.764;QD=61.3417;RBI=0.0274129;REFB=0;REVB=0.016206;RO=0;SAF=45;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63428e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:120:0:0:115:120:1:70:45:0:0:75:45:0:0 chr9 125391026 . A C 1865.93 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.452;QD=61.1779;RBI=0.0533367;REFB=0;REVB=0.0472114;RO=1;SAF=41;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39845e-05;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:122:1:0:117:122:1:76:41:0:1:78:44:0:0 chr9 125391127 . C T 748.63 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00811093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9702;QD=51.6297;RBI=0.0682066;REFB=0.043908;REVB=0.0677226;RO=3;SAF=20;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656075;STB=0.534871;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00105675;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:35:20:3:0:35:20:3:0 chr9 125391241 . G A 1026.06 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.065;QD=59.482;RBI=0.0441998;REFB=0;REVB=0.0173208;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119445;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr9 125391369 . A G 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0112258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6188;QD=18.9417;RBI=0.0376578;REFB=-0.00820696;REVB=-0.0359456;RO=38;SAF=15;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351832;STB=0.519568;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00953436;OID=.;OPOS=125391369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:22:15:14:24:22:15:14:24 chr9 125391677 . T C 448.65 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00935655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.38;QD=21.1129;RBI=0.0125269;REFB=-0.0278047;REVB=0.00832935;RO=40;SAF=18;SAR=26;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143543;STB=0.58517;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0247395;OID=.;OPOS=125391677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:44:44:0.517647:26:18:23:17:26:18:24:17 chr9 125486968 . G A 6695.42 PASS AF=1;AO=422;DP=425;FAO=424;FDP=424;FR=.;FRO=0;FSAF=214;FSAR=210;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626511;FXX=0.0116547;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.507;QD=63.1644;RBI=0.06478;REFB=-0.0285338;REVB=0.0164711;RO=2;SAF=212;SAR=210;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.13575e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70997e-05;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:425:424:2:0:422:424:1:210:212:1:1:210:214:0:0 chr9 125487036 . C T 755.45 PASS AF=0.478788;AO=79;DP=165;FAO=79;FDP=165;FR=.;FRO=86;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0332719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2166;QD=18.314;RBI=0.0453605;REFB=-0.00164304;REVB=0.030831;RO=86;SAF=43;SAR=36;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139796;STB=0.577162;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00188153;OID=.;OPOS=125487036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:86:86:79:79:0.478788:36:43:34:52:36:43:34:52 chr9 125512193 . C A 2697.18 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4249;QD=61.2996;RBI=0.168558;REFB=-0.114394;REVB=0.0954267;RO=0;SAF=95;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193373;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:168:176:0:0:166:176:1:71:95:0:0:73:103:0:0 chr9 125512575 . G A 727.11 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.809;QD=63.2267;RBI=0.0401046;REFB=0;REVB=0.00864132;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125272;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr9 125512770 . T C 1877.85 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.333;QD=61.5687;RBI=0.0401947;REFB=0;REVB=0.039988;RO=0;SAF=46;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48124e-05;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:76:46:0:0:76:46:0:0 chr9 125512788 . G A 2597.87 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3342;QD=61.8539;RBI=0.102717;REFB=0;REVB=0.0967871;RO=0;SAF=61;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859992;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:153:168:0:0:153:168:1:92:61:0:0:103:65:0:0 chr9 125512795 . G C 2755.93 PASS AF=0.989011;AO=177;DP=179;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0820908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.647;QD=60.5699;RBI=0.0839504;REFB=-0.15266;REVB=-0.0175717;RO=2;SAF=74;SAR=103;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915311;STB=0.504672;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000212003;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:179:182:2:2:177:180:0.989011:103:74:0:2:106:74:0:2 chr9 125512826 . G A 3732.53 PASS AF=0.991632;AO=237;DP=239;FAO=237;FDP=239;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=139;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0362986;FXX=0.00416649;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.4243;QD=62.469;RBI=0.0382336;REFB=0.0224933;REVB=-0.0120093;RO=2;SAF=98;SAR=139;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00142177;STB=0.500746;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.000179005;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:239:239:2:2:237:237:0.991632:139:98:1:1:139:98:1:1 chr9 125524836 . A G 1344.08 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8463;QD=61.0943;RBI=0.0196598;REFB=-0.110689;REVB=-0.00559321;RO=1;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093831;STB=0.504949;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000801644;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:50:37:0:1:50:37:0:1 chr9 125582173 . C T 272.5 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0179231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6291;QD=12.5287;RBI=0.0364387;REFB=-0.00146845;REVB=-0.031726;RO=55;SAF=21;SAR=11;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128452;STB=0.573984;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00187966;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:11:21:30:25:11:21:30:25 chr9 125637471 . A T 978.06 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00160808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.596;QD=57.5327;RBI=0.00342007;REFB=-0.149097;REVB=-0.00301843;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141052;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000879242;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:34:33:1:0:34:33:1:0 chr9 125637648 . T C 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2897;QD=58.5813;RBI=0.0640338;REFB=0;REVB=0.0553825;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429252;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr9 125652757 . G A 678.29 PASS AF=0.478873;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.000613215;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.712;QD=19.1067;RBI=0.0373175;REFB=-0.00094312;REVB=-0.0373125;RO=74;SAF=35;SAR=33;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900657;STB=0.556802;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000898761;OID=.;OPOS=125652757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:74:74:68:68:0.478873:33:35:31:43:33:35:30:44 chr9 125866070 . G C 669.96 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0154191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.268;QD=21.2685;RBI=0.0157272;REFB=-0.0140623;REVB=0.0030981;RO=59;SAF=28;SAR=38;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159268;STB=0.583468;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00876235;OID=.;OPOS=125866070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:59:60:66:66:0.52381:38:28:36:23:38:28:36:24 chr9 125866104 . C T 815.27 PASS AF=0.522013;AO=80;DP=156;FAO=83;FDP=159;FR=.;FRO=76;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0140747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.416;QD=20.5098;RBI=0.0152626;REFB=-0.00819939;REVB=0.00590347;RO=75;SAF=44;SAR=36;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120081;STB=0.569686;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00803154;OID=.;OPOS=125866104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:75:76:80:83:0.522013:36:44:31:44:37:46:31:45 chr9 125920376 . G A 677.96 PASS AF=0.608247;AO=59;DP=99;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0223799;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.102;QD=27.9571;RBI=0.0331221;REFB=-0.000280578;REVB=-0.0244175;RO=36;SAF=21;SAR=38;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248512;STB=0.527372;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=9.32129e-07;OID=.;OPOS=125920376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:36:38:59:59:0.608247:38:21:14:22:38:21:16:22 chr9 126028395 . C G 2385.96 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.65;QD=61.1784;RBI=0.0290349;REFB=0;REVB=0.0197025;RO=0;SAF=74;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47681e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67553e-05;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:82:74:0:0:82:74:0:0 chr9 126125318 . C A 5191.48 PASS AF=0.985163;AO=330;DP=335;FAO=332;FDP=337;FR=.;FRO=5;FSAF=160;FSAR=172;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0226845;FXX=0.00295849;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.647;QD=61.6199;RBI=0.0399354;REFB=0.0321888;REVB=0.0328672;RO=3;SAF=159;SAR=171;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00829466;STB=0.501217;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00124562;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:335:337:3:5:330:332:0.985163:171:159:0:3:172:160:2:3 chr9 126128211 . T C 5974.88 PASS AF=1;AO=373;DP=378;FAO=376;FDP=376;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246167;FXX=0.013123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.484;QD=63.5626;RBI=0.0257227;REFB=0;REVB=0.00746165;RO=0;SAF=189;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.89429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107775;OID=.;OPOS=126128211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:378:376:0:0:373:376:1:184:189:0:0:185:191:0:0 chr9 126128253 . G C 4348.47 PASS AF=0.979094;AO=281;DP=287;FAO=281;FDP=287;FR=.;FRO=6;FSAF=123;FSAR=158;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0499461;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.559;QD=60.6059;RBI=0.0849076;REFB=-0.210264;REVB=0.0686636;RO=2;SAF=123;SAR=158;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0076897;STB=0.501322;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00337003;OID=.;OPOS=126128253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:287:287:2:6:281:281:0.979094:158:123:2:0:158:123:3:3 chr9 126129904 . C T 14842.6 PASS AF=1;AO=948;DP=963;FAO=949;FDP=949;FR=.;FRO=0;FSAF=438;FSAR=511;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323343;FXX=0.0186141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1673;QD=62.561;RBI=0.0323346;REFB=-0.156658;REVB=0.000123086;RO=8;SAF=437;SAR=511;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00866532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310272;OID=.;OPOS=126129904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:963:949:8:0:948:949:1:511:437:8:0:511:438:0:0 chr9 126131161 . G A 1702.88 PASS AF=0.974576;AO=114;DP=117;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0391752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.681;QD=57.7248;RBI=0.0472227;REFB=-0.10635;REVB=0.0263683;RO=3;SAF=37;SAR=77;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000486758;STB=0.500083;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00154071;OID=.;OPOS=126131161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:118:3:3:114:115:0.974576:77:37:1:2:77:38:1:2 chr9 126133547 . T C 1080.72 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.903;QD=59.2176;RBI=0.0859325;REFB=0;REVB=0.0801583;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310471;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:32:39:0:0:34:39:0:0 chr9 126134542 . G A 3535.06 PASS AF=0.97479;AO=229;DP=238;FAO=232;FDP=238;FR=.;FRO=6;FSAF=123;FSAR=109;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0453318;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.414;QD=59.4128;RBI=0.0457071;REFB=-0.120388;REVB=0.00584483;RO=4;SAF=121;SAR=108;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000931265;STB=0.507677;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000851008;OID=.;OPOS=126134542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:238:238:4:6:229:232:0.97479:108:121:2:2:109:123:5:1 chr9 126135715 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.774;QD=33.4285;RBI=0.0611847;REFB=0;REVB=-0.0396349;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181063;OID=.;OPOS=126135715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr9 126144746 . T C 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00766701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5268;QD=54.5065;RBI=0.123646;REFB=0;REVB=-0.123408;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00319631;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr9 126144758 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.842;QD=51.1829;RBI=0.0301151;REFB=0;REVB=0.0161138;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272802;OID=.;OPOS=126144758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr9 127101924 . C T 2564.05 PASS AF=0.881517;AO=185;DP=209;FAO=186;FDP=211;FR=.;FRO=25;FSAF=116;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=-0.0139418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1507;QD=48.6076;RBI=0.0602824;REFB=0.00118409;REVB=-0.058648;RO=22;SAF=115;SAR=70;SRF=1;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119471;STB=0.566351;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00113079;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:209:211:22:25:185:186:0.881517:70:115:1:21:70:116:2:23 chr9 127113660 . A G 746.96 PASS AF=0.493243;AO=73;DP=148;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.000966885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.576;QD=20.1881;RBI=0.00604395;REFB=0.0023554;REVB=0.00596611;RO=75;SAF=23;SAR=50;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11293;STB=0.56247;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0020806;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:75:75:73:73:0.493243:50:23:32:43:50:23:32:43 chr9 127113732 . C T 597.17 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.00810786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.151;QD=17.96;RBI=0.0164999;REFB=-0.0126049;REVB=-0.0143704;RO=69;SAF=22;SAR=40;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378412;STB=0.518196;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0225166;OID=.;OPOS=127113732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:71:62:62:0.466165:40:22:22:47:40:22:23:48 chr9 127215344 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1995;QD=42.1826;RBI=0.089401;REFB=0;REVB=-0.0890104;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00298586;OID=.;OPOS=127215344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr9 127215772 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.935;QD=43.4861;RBI=0.0314404;REFB=0;REVB=-0.00358022;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00177043;OID=.;OPOS=127215772;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr9 127215778 . C T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8651;QD=43.4838;RBI=0.0475508;REFB=0;REVB=0.0296424;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326455;OID=.;OPOS=127215778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr9 127220952 . T C 490.33 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00988352;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.409;QD=15.4434;RBI=0.0101293;REFB=-0.014341;REVB=-0.00221783;RO=73;SAF=26;SAR=28;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259992;STB=0.51458;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0192234;OID=.;OPOS=127220952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:73:73:54:54:0.425197:28:26:37:36:28:26:37:36 chr9 127228596 . A G 1000.24 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.921;QD=58.8375;RBI=0.0873629;REFB=0;REVB=-0.0859459;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151196;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:45:22:0:0:45:23:0:0 chr9 127230891 . G A 961.43 PASS AF=0.422311;AO=106;DP=251;FAO=106;FDP=251;FR=.;FRO=145;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=59;FSRR=86;FWDB=0.00611529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.631;QD=15.3216;RBI=0.00859199;REFB=-0.0154523;REVB=-0.00603535;RO=145;SAF=42;SAR=64;SRF=59;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115166;STB=0.506423;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.020138;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:145:145:106:106:0.422311:64:42:59:86:64:42:59:86 chr9 127231774 . C G 428.63 PASS AF=0.440367;AO=47;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.0355861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1703;QD=15.7294;RBI=0.0384014;REFB=-0.00464051;REVB=0.0144324;RO=62;SAF=26;SAR=21;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112629;STB=0.574405;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0056232;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:61:47:48:0.440367:21:26:41:21:22:26:41:20 chr9 127369679 . C T 384.85 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.005553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.766;QD=15.3939;RBI=0.0115954;REFB=-0.0313969;REVB=-0.0101793;RO=53;SAF=16;SAR=25;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747997;STB=0.510808;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0447389;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:59:41:41:0.41:25:16:17:36:25:16:22:37 chr9 127563364 . G A 489.93 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00171293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.191;QD=24.8068;RBI=0.0263714;REFB=-0.0336339;REVB=0.0263157;RO=32;SAF=23;SAR=23;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140834;STB=0.569591;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0183941;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:33:46:46:0.582278:23:23:10:22:23:23:11:22 chr9 127566378 . A G 576.4 PASS AF=0.56;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00365659;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.41;QD=23.0561;RBI=0.036464;REFB=0.00370701;REVB=-0.0362802;RO=42;SAF=38;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131454;STB=0.574391;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00177284;OID=.;OPOS=127566378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:42:44:56:56:0.56:18:38:22:20:18:38:23:21 chr9 127618776 . A G 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000864621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2598;QD=62.3427;RBI=0.0149818;REFB=0;REVB=-0.0149569;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153998;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr9 127618839 . C G 1324.2 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0170054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0498;QD=60.883;RBI=0.0460548;REFB=0.0643263;REVB=0.0428003;RO=1;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010891;STB=0.505746;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000182799;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:43:43:0:1:43:43:0:1 chr9 127642136 . A T 386.16 PASS AF=0.427083;AO=38;DP=93;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.00985768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.246;QD=16.0902;RBI=0.0224722;REFB=-0.0153735;REVB=0.0201947;RO=53;SAF=9;SAR=29;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133819;STB=0.541361;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0223177;OID=.;OPOS=127642136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:53:55:38:41:0.427083:29:9:18:35:30:11:18:37 chr9 127674200 . A C 1738.45 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106169;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.86;QD=60.9983;RBI=0.0112538;REFB=0;REVB=-0.00373219;RO=0;SAF=66;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275281;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:114:0:0:114:114:1:48:66:0:0:48:66:0:0 chr9 127818276 . C T 308.84 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0336241;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.755;QD=18.4383;RBI=0.0337577;REFB=0.00318936;REVB=-0.00300044;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028244;STB=0.524821;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00336932;OID=.;OPOS=127818276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:20:13:14:19:20:13:15:19 chr9 127951863 . G A 419.96 PASS AF=0.518519;AO=43;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0114618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.564;QD=20.7386;RBI=0.0498054;REFB=-0.00291312;REVB=-0.0484686;RO=37;SAF=41;SAR=2;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522403;STB=0.806711;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0030954;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:39:43:42:0.518519:2:41:26:11:2:40:27:12 chr9 127962916 . G A 594.96 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00804897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.936;QD=22.2414;RBI=0.0183667;REFB=-0.0230765;REVB=0.0165091;RO=46;SAF=30;SAR=29;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937206;STB=0.541125;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0160076;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:46:48:59:59:0.551402:29:30:18:28:29:30:20:28 chr9 127982839 . C A 279.12 PASS AF=0.347368;AO=34;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0116609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6356;QD=11.7522;RBI=0.0265027;REFB=0.0101833;REVB=0.0237994;RO=58;SAF=14;SAR=20;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116775;STB=0.539331;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0192512;OID=.;OPOS=127982839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:62:34:33:0.347368:20:14:30:28:19:14:30:32 chr9 128072273 . G C 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6364;QD=63.1946;RBI=0.0142152;REFB=0;REVB=0.00724595;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37371e-05;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr9 128074807 . T C 1568.44 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0984;QD=64.018;RBI=0.033778;REFB=0;REVB=-0.0329201;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161299;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:43:55:0:0:43:55:0:0 chr9 128199873 . C T 766.28 PASS AF=0.479042;AO=81;DP=166;FAO=80;FDP=167;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=0.0207159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4425;QD=18.354;RBI=0.0263713;REFB=-0.00271007;REVB=-0.0163185;RO=85;SAF=39;SAR=42;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760467;STB=0.538104;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00326902;OID=.;OPOS=128199873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:85:87:81:80:0.479042:42:39:34:51:42:38:35:52 chr9 128200705 . TAATC T 201.88 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.000718199;FXX=0.0374953;HRUN=2;LEN=4;MLLD=293.575;QD=10.4872;RBI=0.0108641;REFB=-0.00237752;REVB=0.0108403;RO=43;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199285;STB=0.501222;STBP=0.982;TYPE=del;VARB=0.00309479;OID=.;OPOS=128200706;OREF=AATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415584:32:78:32:77:45:15:17:21:24:99:43:15:17:21:22 chr9 128246786 . G A 536.48 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.00208447;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.048;QD=15.7787;RBI=0.0161113;REFB=-0.00773724;REVB=0.0159758;RO=78;SAF=32;SAR=26;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053171;STB=0.529791;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00977769;OID=.;OPOS=128246786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:78:78:58:58:0.426471:26:32:39:39:26:32:39:39 chr9 128728459 . A G 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0324335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.216;QD=19.9278;RBI=0.0433668;REFB=-0.0218688;REVB=0.0287879;RO=9;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250746;STB=0.646761;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0177799;OID=.;OPOS=128728459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:11:1:2:7:11:1:2:7 chr9 129102840 . G A 485.05 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=130;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0130889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.228;QD=14.9246;RBI=0.0294512;REFB=-0.00480696;REVB=0.0263828;RO=74;SAF=28;SAR=26;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01908;STB=0.503136;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00644081;OID=.;OPOS=129102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:76:54:54:0.415385:26:28:37:37:26:28:39:37 chr9 129138872 . A T 430.16 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0132089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6776;QD=22.6402;RBI=0.0225912;REFB=0.0108585;REVB=0.0183272;RO=33;SAF=23;SAR=19;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241115;STB=0.637253;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00812505;OID=.;OPOS=129138872;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:34:42:42:0.552632:19:23:8:25:19:23:8:26 chr9 129143435 . A G 397.25 PASS AF=0.43299;AO=40;DP=95;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0087094;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.494;QD=16.3815;RBI=0.0320814;REFB=-0.00175302;REVB=0.0308766;RO=49;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130558;STB=0.577284;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00177022;OID=.;OPOS=129143435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:49:55:40:42:0.43299:20:20:18:31:21:21:20:35 chr9 129265715 . C G 2963.38 PASS AF=0.994709;AO=188;DP=189;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0180309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1526;QD=62.7171;RBI=0.0353578;REFB=-0.0912817;REVB=0.0304148;RO=0;SAF=108;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00047445;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:189:0:1:188:188:0.994709:80:108:0:0:80:108:0:1 chr9 129453229 . A G 973.16 PASS AF=0.46789;AO=101;DP=216;FAO=102;FDP=218;FR=.;FRO=116;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.0135549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.12;QD=17.8562;RBI=0.015613;REFB=-0.041034;REVB=-0.00774807;RO=115;SAF=44;SAR=57;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066637;STB=0.536075;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0430967;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:218:115:116:101:102:0.46789:57:44:58:57:57:45:59:57 chr9 129455587 . G C 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.00715917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.837;QD=23.2362;RBI=0.01473;REFB=-0.00826405;REVB=0.0128732;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292544;STB=0.661499;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00286962;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:10:8:1:12:10:8:1:12 chr9 129595667 . C T 542.54 PASS AF=0.424658;AO=60;DP=146;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0901697;FXX=0.0394711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6883;QD=14.8641;RBI=0.0907633;REFB=-0.00455126;REVB=0.0103631;RO=81;SAF=15;SAR=45;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313912;STB=0.679928;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0140594;OID=.;OPOS=129595667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:81:84:60:62:0.424658:45:15:43:38:47:15:44:40 chr9 129595895 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.648;QD=60.9786;RBI=0.0285478;REFB=0;REVB=0.00552768;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21888e-05;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr9 129597065 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0248606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1848;QD=15.1962;RBI=0.025531;REFB=-0.0107903;REVB=-0.00581243;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158093;STB=0.590811;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0118574;OID=.;OPOS=129597065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:17:9:9:9:17:9 chr9 129598644 . TAAA T 300.77 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0121772;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=283.281;QD=13.5178;RBI=0.0142564;REFB=-0.00405914;REVB=0.00741364;RO=42;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220316;STB=0.505374;STBP=0.923;TYPE=del;VARB=0.00420008;OID=.;OPOS=129598645;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494382:44:89:44:89:45:21:23:21:24:99:42:21:23:19:23 chr9 129599706 . A G 343.75 PASS AF=0.521739;AO=32;DP=65;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00529376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.48;QD=19.9278;RBI=0.00721412;REFB=-0.0182016;REVB=-0.00490098;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413379;STB=0.507242;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0190181;OID=.;OPOS=129599706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:31:33:32:36:0.521739:14:18:16:15:18:18:16:17 chr9 129642663 . G T 325.67 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00797453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.65;QD=20.3543;RBI=0.0190075;REFB=-0.0203873;REVB=-0.0172537;RO=30;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157938;STB=0.587634;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0189745;OID=.;OPOS=129642663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:21:13:17:13:21:13:17:13 chr9 129643296 . G T 275.45 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0810369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2434;QD=25.6229;RBI=0.0926742;REFB=-0.0355879;REVB=-0.0449614;RO=18;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150997;STB=0.508373;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0224379;OID=.;OPOS=129643296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:13:12:9:9:13:12:9:9 chr9 129645251 . C T 429.43 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=131;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=-0.0077263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.859;QD=13.1122;RBI=0.019718;REFB=-0.0102133;REVB=-0.0181412;RO=79;SAF=33;SAR=17;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00213136;STB=0.512314;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0198029;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:81:50:50:0.381679:17:33:52:27:17:33:52:29 chr9 129646775 . A G 372.81 PASS AF=0.424242;AO=8;DP=101;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0136218;FXX=0.0388312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.92;QD=15.0629;RBI=0.027968;REFB=-0.0204088;REVB=-0.0244265;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195026;STB=0.511273;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0413303;OID=.;OPOS=129646775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:18:57:8:42:0.424242:7:1:4:14:25:17:22:35 chr9 129752239 . C T 2375.43 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.014;QD=63.7698;RBI=0.0522074;REFB=0;REVB=0.0124541;RO=0;SAF=73;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60456e-05;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:75:73:0:0:76:73:0:0 chr9 129831659 . T A 1410.01 PASS AF=0.792593;AO=111;DP=139;FAO=107;FDP=135;FR=.;FRO=28;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.00220015;FXX=0.0287749;HRUN=9;LEN=1;MLLD=220.516;QD=41.778;RBI=0.01188;REFB=-0.0616456;REVB=0.0116745;RO=25;SAF=42;SAR=69;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515944;STB=0.532486;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00093872;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:135:25:28:111:107:0.792593:69:42:6:19:69:38:6:22 chr9 130242166 . A G 1109.3 PASS AF=0.538462;AO=104;DP=189;FAO=105;FDP=195;FR=.;FRO=90;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=59;FSRR=31;FWDB=-0.0664567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0237;QD=22.7549;RBI=0.066566;REFB=-0.0238448;REVB=0.00381422;RO=85;SAF=49;SAR=55;SRF=56;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15405;STB=0.586542;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0176976;OID=.;OPOS=130242166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:195:85:90:104:105:0.538462:55:49:56:29:56:49:59:31 chr9 130259618 . A C 420.09 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.013516;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8824;QD=15.7042;RBI=0.0136643;REFB=-0.00341275;REVB=-0.00200749;RO=62;SAF=27;SAR=20;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172505;STB=0.6061;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00403947;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:62:60:47:47:0.439252:20:27:25:37:20:27:23:37 chr9 130269558 . TGGGGCT TGGGCT,TGGGCTC 39.22 PASS AF=0.0693642,0.0578035;AO=51,10;DP=181;FAO=12,10;FDP=173;FR=.;FRO=151;FSAF=2,1;FSAR=10,9;FSRF=86;FSRR=65;FWDB=0.00986718,-0.0100315;FXX=0.0335177;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=10.8321,138.109;QD=0.906882;RBI=0.153616,0.0442319;REFB=-0.140789,-0.0158017;REVB=-0.153299,-0.0430793;RO=100;SAF=1,1;SAR=50,9;SRF=79;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.845164,-0.687484;STB=0.853813,0.912882;STBP=0.023,0.014;TYPE=del,mnp;VARB=0.19429,0.0932371;OID=.,.;OPOS=130269559,130269562;OREF=G,GCT;OALT=-,CTC;OMAPALT=TGGGCT,TGGGCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0693642,0.0578035:51,10:181:12,10:173:151:2,1:10,9:86:65:11:100:1,1:50,9:79:21 chr9 130341253 . A G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9377;QD=52.7696;RBI=0.0626578;REFB=-0.0135168;REVB=-0.0609537;RO=0;SAF=1;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666512;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000899892;OID=.;OPOS=130341253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:27:1:0:0:27:1:1:0 chr9 130457374 . G A 120.41 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0758779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.108;QD=10.2477;RBI=0.0792158;REFB=-0.0195598;REVB=-0.0227529;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696487;STB=0.541493;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0601091;OID=.;OPOS=130457374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:8:7:13:19:8:7:13:19 chr9 130457383 . A G 59.02 PASS AF=0.225;AO=10;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.054336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.094;QD=5.9016;RBI=0.0595578;REFB=-0.00822257;REVB=-0.0243872;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234693;STB=0.604169;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0397421;OID=.;OPOS=130457383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:40:40:30:31:10:9:0.225:4:6:12:18:4:5:13:18 chr9 130475011 . T C 604.21 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.028433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3364;QD=18.3095;RBI=0.0745478;REFB=-0.00941317;REVB=0.0689125;RO=68;SAF=31;SAR=32;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089321;STB=0.545156;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.013181;OID=.;OPOS=130475011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:69:63:63:0.477273:32:31:27:41:32:31:28:41 chr9 130475442 . A C 1152.8 PASS AF=0.515837;AO=114;DP=221;FAO=114;FDP=221;FR=.;FRO=107;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=36;FSRR=71;FWDB=0.00315701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.107;QD=20.8652;RBI=0.0597496;REFB=-0.00178699;REVB=-0.0596661;RO=105;SAF=51;SAR=63;SRF=36;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937573;STB=0.554924;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00143105;OID=.;OPOS=130475442;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:105:107:114:114:0.515837:63:51:36:69:63:51:36:71 chr9 130477768 . G A 516.48 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.032276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.9;QD=20.0574;RBI=0.033468;REFB=0.00225538;REVB=0.00885278;RO=50;SAF=13;SAR=40;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125926;STB=0.569825;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00299922;OID=.;OPOS=130477768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:40:13:18:32:40:13:18:32 chr9 130489558 . A G 1190.66 PASS AF=0.570681;AO=108;DP=190;FAO=109;FDP=191;FR=.;FRO=82;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00108205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.463;QD=24.9353;RBI=0.0661723;REFB=0.00806598;REVB=-0.0661635;RO=79;SAF=50;SAR=58;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00568617;STB=0.508522;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00647818;OID=.;OPOS=130489558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:79:82:108:109:0.570681:58:50:36:43:59:50:36:46 chr9 130493510 . CAAA ACAA,CAAG 497.39 PASS AF=0,0.433628;AO=6,48;DP=112;FAO=0,49;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=0,22;FSAR=0,27;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0195751,-0.0215924;FXX=0.00877116;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=87.7875,195.354;QD=17.6068;RBI=0.131686,0.090332;REFB=-0.0265223,-0.0743315;REVB=-0.130222,-0.0877134;RO=30;SAF=0,22;SAR=6,26;SRF=27;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.831996,-0.307156;STB=0.5,0.576361;STBP=1,0.145;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0550878,0.0640878;OID=.,.;OPOS=130493510,130493513;OREF=CA,A;OALT=AC,G;OMAPALT=ACAA,CAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:112:113:30:48:6,48:0,49:0,0.433628:6,26:0,22:27:3:0,27:0,22:29:19 chr9 130494791 . C T 764.49 PASS AF=0.416244;AO=79;DP=199;FAO=82;FDP=197;FR=.;FRO=115;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=0.00225386;FXX=0.0100497;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.716;QD=15.5226;RBI=0.00362427;REFB=-0.0165584;REVB=-0.00283821;RO=113;SAF=42;SAR=37;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193423;STB=0.504582;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0188258;OID=.;OPOS=130494791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:197:113:115:79:82:0.416244:37:42:58:55:40:42:58:57 chr9 130494811 . T C 1053.51 PASS AF=0.50237;AO=106;DP=216;FAO=106;FDP=211;FR=.;FRO=105;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.0246779;FXX=0.0231471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.085;QD=19.9717;RBI=0.0272133;REFB=-0.0244931;REVB=-0.0114702;RO=103;SAF=48;SAR=58;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469097;STB=0.521204;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0247516;OID=.;OPOS=130494811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:211:103:105:106:106:0.50237:58:48:52:51:58:48:52:53 chr9 130494957 . T C 3697.94 PASS AF=0.987448;AO=236;DP=240;FAO=236;FDP=239;FR=.;FRO=3;FSAF=92;FSAR=144;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0646285;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.483;QD=61.8902;RBI=0.0741926;REFB=-0.178001;REVB=0.0364377;RO=3;SAF=92;SAR=144;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142086;STB=0.500745;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00100466;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:240:239:3:3:236:236:0.987448:144:92:1:2:144:92:1:2 chr9 130495633 . C G 698.84 PASS AF=0.486111;AO=60;DP=152;FAO=70;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0102637;FXX=0.0526281;HRUN=7;LEN=1;MLLD=248.314;QD=19.4122;RBI=0.0165574;REFB=-0.0279097;REVB=0.0129924;RO=49;SAF=37;SAR=23;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156479;STB=0.579345;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0152718;OID=.;OPOS=130495633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:144:49:68:60:70:0.486111:23:37:21:28:27:43:31:37 chr9 130504070 . G A 1337.4 PASS AF=0.453674;AO=142;DP=312;FAO=142;FDP=313;FR=.;FRO=171;FSAF=77;FSAR=65;FSRF=92;FSRR=79;FWDB=-0.0133218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.105;QD=17.0914;RBI=0.0160735;REFB=-0.00731572;REVB=0.00899362;RO=170;SAF=77;SAR=65;SRF=92;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00106904;STB=0.502333;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00832318;OID=.;OPOS=130504070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:313:170:171:142:142:0.453674:65:77:92:78:65:77:92:79 chr9 130505222 . T C 346.05 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0122846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.619;QD=14.4187;RBI=0.0145062;REFB=-0.00546171;REVB=0.00771478;RO=57;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203126;STB=0.618833;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00712019;OID=.;OPOS=130505222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:58:38:38:0.395833:18:20:19:38:18:20:19:39 chr9 130536717 . G A 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.987;QD=64.154;RBI=0.0124564;REFB=0;REVB=0.00626937;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88019e-06;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:47:52:0:0:47:52:0:0 chr9 130566569 . C T 478.75 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0208785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.953;QD=19.7424;RBI=0.0261981;REFB=-0.00448741;REVB=-0.0158249;RO=50;SAF=27;SAR=20;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032518;STB=0.518065;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00405171;OID=.;OPOS=130566569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:20:27:27:23:20:27:27:23 chr9 130586688 . G A 604.35 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0218746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.226;QD=17.3914;RBI=0.021894;REFB=-0.0230355;REVB=0.000922166;RO=73;SAF=28;SAR=35;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139124;STB=0.566167;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0239634;OID=.;OPOS=130586688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:76:63:63:0.453237:35:28:43:30:35:28:43:33 chr9 130630639 . A G 3000.69 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000213744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.157;QD=63.1723;RBI=0.0625086;REFB=0;REVB=0.0625082;RO=0;SAF=103;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89106e-05;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:190:0:0:180:190:1:77:103:0:0:87:103:0:0 chr9 130631702 . C T 292.16 PASS AF=0.397727;AO=30;DP=84;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0381409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.12;QD=13.2802;RBI=0.0396525;REFB=-0.010564;REVB=-0.0108442;RO=53;SAF=9;SAR=21;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119295;STB=0.502368;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0163081;OID=.;OPOS=130631702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:53:53:30:35:0.397727:21:9:21:32:21:14:21:32 chr9 130647583 . T C 3075.63 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224988;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9168;QD=63.7436;RBI=0.0467084;REFB=0;REVB=-0.0409327;RO=0;SAF=90;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.36732e-05;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:193:0:0:193:193:1:103:90:0:0:103:90:0:0 chr9 130648680 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.611;QD=63.8709;RBI=0.0151776;REFB=0;REVB=-0.00401241;RO=0;SAF=37;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011189;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:11:37:0:0:11:37:0:0 chr9 130653131 . G A 688.44 PASS AF=0.475862;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.000588004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.9;QD=18.9914;RBI=0.00519795;REFB=-0.0113275;REVB=-0.00516458;RO=76;SAF=37;SAR=32;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942893;STB=0.505219;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0141921;OID=.;OPOS=130653131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:76:69:69:0.475862:32:37:40:36:32:37:40:36 chr9 130670310 . A G 430.9 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.888;QD=57.4527;RBI=0.0396202;REFB=0;REVB=0.0322475;RO=0;SAF=23;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34264e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156396;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:25:30:1:2:23:0:0:6:24:0:0 chr9 130677112 . G A 254.54 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0203273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6732;QD=21.663;RBI=0.0328712;REFB=-0.0303836;REVB=0.0258325;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187303;STB=0.603653;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.014379;OID=.;OPOS=130677112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:17:7:3:20:17:7:3:20 chr9 130690412 . G C 2631.72 PASS AF=0.982857;AO=172;DP=175;FAO=172;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=135;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0176509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.599;QD=60.1537;RBI=0.0247631;REFB=-0.12398;REVB=0.0173683;RO=0;SAF=37;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22932e-08;STB=0.519478;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=9.2921e-05;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:175:0:3:172:172:0.982857:135:37:0:0:135:37:3:0 chr9 130698029 . G C 607.63 PASS AF=0.38674;AO=70;DP=181;FAO=70;FDP=181;FR=.;FRO=111;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.00833835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.179;QD=13.4283;RBI=0.0344434;REFB=-0.014337;REVB=-0.0334188;RO=111;SAF=37;SAR=33;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847009;STB=0.547789;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0197546;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:111:111:70:70:0.38674:33:37:50:61:33:37:50:61 chr9 130698043 . A G 2884.75 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.096;QD=63.0547;RBI=0.0463457;REFB=0;REVB=0.0420556;RO=0;SAF=89;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50204e-05;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:94:89:0:0:94:89:0:0 chr9 130698845 . C T 467.84 PASS AF=0.489362;AO=45;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.0305148;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.338;QD=19.9079;RBI=0.0320647;REFB=-0.0179163;REVB=-0.00984854;RO=46;SAF=13;SAR=32;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567863;STB=0.520897;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0162026;OID=.;OPOS=130698845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:48:45:46:0.489362:32:13:11:35:33:13:12:36 chr9 130703789 . G A 555.03 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0100445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.18;QD=20.001;RBI=0.0203595;REFB=0.00588264;REVB=0.0177092;RO=53;SAF=23;SAR=34;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104974;STB=0.501968;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00461898;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:54:57:57:0.513514:34:23:22:31:34:23:22:32 chr9 130703852 . A AAAC 155.99 PASS AF=0.64;AO=13;DP=40;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0379363;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=217.986;QD=24.9584;RBI=0.0451479;REFB=0.000272661;REVB=0.0244779;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157906;STB=0.669835;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=-0.000164207;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.64:13:40:16:25:9:5:11:7:2:64:25:4:9:8:17 chr9 130707081 . A G 903.28 PASS AF=0.529762;AO=89;DP=168;FAO=89;FDP=168;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0155698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.468;QD=21.5065;RBI=0.0393888;REFB=-0.011023;REVB=-0.0361809;RO=79;SAF=43;SAR=46;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023627;STB=0.512931;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0110004;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:79:79:89:89:0.529762:46:43:36:43:46:43:36:43 chr9 130707822 . C T 370.35 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0490148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3567;QD=14.814;RBI=0.0491372;REFB=-0.0098992;REVB=-0.00346611;RO=60;SAF=15;SAR=25;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100337;STB=0.556966;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0143139;OID=.;OPOS=130707822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:60:40:40:0.4:25:15:28:32:25:15:28:32 chr9 130823644 . GA G,GC 35.46 PASS AF=0.121212,0.0757576;AO=9,5;DP=67;FAO=8,5;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=4,5;FSAR=4,0;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.205357,-0.00473374;FXX=0.0149231;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.70854,171.218;QD=2.14933;RBI=0.220769,0.020765;REFB=-0.0745795,-0.00481274;REVB=0.0810407,-0.0202182;RO=41;SAF=3,5;SAR=6,0;SRF=23;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.275742,0.587312;STB=0.524529,0.997732;STBP=0.899,0.02;TYPE=del,snp;VARB=0.0513454,0.150984;OID=.,.;OPOS=130823645,130823645;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.121212,0.0757576:9,5:67:8,5:66:53:4,5:4,0:28:25:17:41:3,5:6,0:23:18 chr9 130829039 . A G 1348.93 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.844;QD=62.0199;RBI=0.032591;REFB=0;REVB=-0.00746493;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546415;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:38:46:0:0:40:47:0:0 chr9 130860866 . T C 1568.96 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.816;QD=64.039;RBI=0.0215358;REFB=0;REVB=0.0180158;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66449e-05;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:54:43:0:0:55:43:0:0 chr9 130864676 . T C 958.64 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0205831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.588;QD=57.2323;RBI=0.0236644;REFB=-0.00250013;REVB=0.0116765;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129446;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000105415;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:30:36:1:0:30:36:1:0 chr9 130869499 . A T 2403.4 PASS AF=1;AO=156;DP=160;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283067;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.182;QD=61.233;RBI=0.0393209;REFB=0;REVB=0.0272922;RO=0;SAF=68;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07862e-05;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:157:0:0:156:157:1:88:68:0:0:89:68:0:0 chr9 130883511 . C T 4361.38 PASS AF=1;AO=276;DP=278;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00666733;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.982;QD=63.2084;RBI=0.0128707;REFB=0;REVB=0.0110091;RO=0;SAF=117;SAR=159;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.90562e-07;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:278:276:0:0:276:276:1:159:117:0:0:159:117:0:0 chr9 130912857 . C T 132.59 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0343184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8468;QD=15.5992;RBI=0.0406843;REFB=-0.00960835;REVB=0.0218508;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275051;STB=0.63981;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0234482;OID=.;OPOS=130912857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:19:14:15:0.441176:4:10:8:10:5:10:8:11 chr9 130941134 . G A 630.15 PASS AF=0.4375;AO=70;DP=160;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=60;FWDB=0.0095062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6009;QD=15.7537;RBI=0.0433841;REFB=-0.0319143;REVB=0.0423298;RO=89;SAF=29;SAR=41;SRF=30;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813048;STB=0.547668;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0280697;OID=.;OPOS=130941134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:89:90:70:70:0.4375:41:29:30:59:41:29:30:60 chr9 130941259 . G T 615.49 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=95;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0101032;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.038;QD=26.1909;RBI=0.011023;REFB=-0.0340382;REVB=-0.00440819;RO=39;SAF=29;SAR=26;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499305;STB=0.527263;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0214147;OID=.;OPOS=130941259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:39:39:55:55:0.585106:26:29:18:21:26:29:18:21 chr9 130954176 . CGGGGCT CGCGGCT,CGGGCT,CGGGCTG 2210.69 PASS AF=0.132353,0.867647,0;AO=46,80,52;DP=272;FAO=36,236,0;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=0,153,0;FSAR=36,83,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00678629,0.467847,-0.024326;FXX=0.007299;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,3;MLLD=163.96,10.1975,8.83424;QD=32.5101;RBI=0.0454376,0.470058,0.075749;REFB=0,0,0;REVB=-0.0449279,0.0455369,-0.0717368;RO=66;SAF=0,25,46;SAR=46,55,6;SRF=55;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.884452,-0.41736,0.112261;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0577476,-0.00621827,-0.0511174;OID=.,.,.;OPOS=130954178,130954177,130954180;OREF=G,G,GCT;OALT=C,-,CTG;OMAPALT=CGCGGCT,CGGGCT,CGGGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.132353,0.867647,0:46,80,52:272:36,236,0:272:0:0,153,0:36,83,0:0:0:98:66:0,25,46:46,55,6:55:11 chr9 130984755 . C T 582.82 PASS AF=0.552381;AO=56;DP=103;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.030425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.382;QD=22.2028;RBI=0.0356906;REFB=-0.0150873;REVB=0.0186584;RO=47;SAF=30;SAR=26;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738424;STB=0.531485;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0129026;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:47:47:56:58:0.552381:26:30:21:26:28:30:21:26 chr9 131019738 . T C 588.89 PASS AF=0.476562;AO=60;DP=128;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0130547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.794;QD=18.4027;RBI=0.0180076;REFB=0.00353923;REVB=-0.0124037;RO=64;SAF=34;SAR=26;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134695;STB=0.565052;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00338579;OID=.;OPOS=131019738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:64:67:60:61:0.476562:26:34:27:37:27:34:29:38 chr9 131019933 . G T 400.22 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00312688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2851;QD=14.5534;RBI=0.0382061;REFB=-0.0413488;REVB=-0.0380779;RO=62;SAF=12;SAR=34;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237036;STB=0.636301;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0479061;OID=.;OPOS=131019933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:62:64:46:46:0.418182:34:12:29:33:34:12:30:34 chr9 131027963 . A G 465.6 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00852239;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.42;QD=23.877;RBI=0.0107011;REFB=0.0016971;REVB=-0.00647174;RO=38;SAF=20;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284668;STB=0.507039;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00176411;OID=.;OPOS=131027963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:78:38:34:44:44:0.564103:24:20:16:22:24:20:16:18 chr9 131028226 . G A 166.48 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00274653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.395;QD=14.7985;RBI=0.00543685;REFB=0.0120385;REVB=-0.0046921;RO=26;SAF=3;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243082;STB=0.644978;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0137239;OID=.;OPOS=131028226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:27:17:18:0.4:14:3:9:17:15:3:9:18 chr9 131079513 . GAAAC G 246.01 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00996446;FXX=0.0695592;HRUN=3;LEN=4;MLLD=289.101;QD=9.1968;RBI=0.0145007;REFB=-0.000942439;REVB=0.0105347;RO=52;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335876;STB=0.519136;STBP=0.73;TYPE=del;VARB=0.00143762;OID=.;OPOS=131079514;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392523:42:102:42:107:65:20:22:33:32:99:52:20:22:23:29 chr9 131085373 . G C 3105.59 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0636614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.539;QD=61.8028;RBI=0.0642162;REFB=0;REVB=0.00842273;RO=0;SAF=40;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09875e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:201:201:1:161:40:0:0:161:40:0:0 chr9 131088214 . G A 208.58 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0116604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.881;QD=13.6775;RBI=0.0119055;REFB=-0.0395962;REVB=-0.00240296;RO=35;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165723;STB=0.585296;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0546219;OID=.;OPOS=131088214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:36:24:25:0.409836:16:8:17:18:16:9:18:18 chr9 131112576 . G A 291.44 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.034581;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.542;QD=11.6576;RBI=0.0477786;REFB=-0.00578695;REVB=-0.0329689;RO=60;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146231;STB=0.579957;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00792817;OID=.;OPOS=131112576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:64:36:36:0.36:18:18:22:38:18:18:24:40 chr9 131196695 . C T 406.94 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.000947137;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7579;QD=17.3166;RBI=0.0209385;REFB=0.00334116;REVB=0.020917;RO=50;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893351;STB=0.560946;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00255349;OID=.;OPOS=131196695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:52:42:42:0.446809:18:24:24:26:18:24:24:28 chr9 131196704 . G A 477.37 PASS AF=0.481132;AO=50;DP=105;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00570233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.93;QD=18.014;RBI=0.00574075;REFB=-0.0163108;REVB=-0.000663107;RO=55;SAF=28;SAR=22;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116391;STB=0.568601;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0180567;OID=.;OPOS=131196704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:55:55:50:51:0.481132:22:28:24:31:22:29:24:31 chr9 131199576 . A C 537.05 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0429837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.612;QD=17.608;RBI=0.0555088;REFB=-0.0147279;REVB=-0.0351231;RO=64;SAF=23;SAR=34;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636;STB=0.531709;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0148306;OID=.;OPOS=131199576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:64:65:57:57:0.467213:34:23:30:34:34:23:30:35 chr9 131235321 . A G 752.97 PASS AF=1;AO=45;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.255;QD=56.8282;RBI=0.0832903;REFB=0;REVB=0.00890967;RO=0;SAF=5;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312234;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:45:53:1:40:5:0:0:48:5:0:0 chr9 131247176 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0278;QD=12.7368;RBI=0.115008;REFB=-0.00958372;REVB=0.00140263;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111959;STB=0.556889;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0247883;OID=.;OPOS=131247176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:11:5:11:16:11:5:11:17 chr9 131285955 . A G 557.65 PASS AF=0.391566;AO=65;DP=166;FAO=65;FDP=166;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0172886;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.106;QD=13.4372;RBI=0.0225474;REFB=-0.00185264;REVB=-0.0144737;RO=99;SAF=33;SAR=32;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568986;STB=0.525742;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.002346;OID=.;OPOS=131285955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:99:101:65:65:0.391566:32:33:45:54:32:33:47:54 chr9 131287519 . C A 373.24 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0021844;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.759;QD=17.1605;RBI=0.0660225;REFB=-0.01661;REVB=-0.0659863;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525778;STB=0.524109;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0207051;OID=.;OPOS=131287519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:47:48:39:39:0.448276:22:17:23:24:22:17:23:25 chr9 131303522 . G A 716.3 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00662146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.898;QD=21.0677;RBI=0.0122862;REFB=0.00559989;REVB=0.0103493;RO=66;SAF=23;SAR=47;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492082;STB=0.527095;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00697293;OID=.;OPOS=131303522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:66:66:70:70:0.514706:47:23:25:41:47:23:25:41 chr9 131346218 . A C 2016.15 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.961;QD=62.0354;RBI=0.0618267;REFB=0;REVB=0.00116652;RO=0;SAF=63;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87468e-05;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:130:0:0:127:130:1:64:63:0:0:66:64:0:0 chr9 131360750 . C T 689.22 PASS AF=0.544715;AO=67;DP=123;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0563001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.855;QD=22.4137;RBI=0.0569161;REFB=-0.0200156;REVB=0.00835084;RO=56;SAF=29;SAR=38;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00361143;STB=0.501978;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0179988;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:56:56:67:67:0.544715:38:29:24:32:38:29:24:32 chr9 131375701 . A G 1243.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.262;QD=61.4073;RBI=0.0122212;REFB=0;REVB=0.0068549;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16026e-05;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:36:44:0:0:36:45:0:0 chr9 131379967 . C T 557.1 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0391223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.642;QD=20.2581;RBI=0.0392106;REFB=0.00662664;REVB=-0.00262946;RO=52;SAF=25;SAR=32;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369038;STB=0.516123;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0051509;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:53:57:57:0.518182:32:25:25:27:32:25:25:28 chr9 131390472 . C A 126.81 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00188051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.783;QD=19.5087;RBI=0.0294612;REFB=0.00257265;REVB=0.0294011;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277455;STB=0.659749;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00253885;OID=.;OPOS=131390472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:11:3:6:6:11:3:6:6 chr9 131397479 . G A 1175.55 PASS AF=0.424242;AO=126;DP=296;FAO=126;FDP=297;FR=.;FRO=171;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=83;FSRR=88;FWDB=-0.00930558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.998;QD=15.8323;RBI=0.0231805;REFB=-0.0109318;REVB=0.0212307;RO=170;SAF=67;SAR=59;SRF=83;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449276;STB=0.526708;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0143096;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:297:170:171:126:126:0.424242:59:67:83:87:59:67:83:88 chr9 131398636 . C T 741.51 PASS AF=0.486667;AO=72;DP=149;FAO=73;FDP=150;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.0641255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.355;QD=19.7735;RBI=0.0660711;REFB=-0.00587834;REVB=0.0159155;RO=77;SAF=29;SAR=43;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128342;STB=0.511361;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00658715;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:77:77:72:73:0.486667:43:29:30:47:43:30:30:47 chr9 131403096 . A G 529.59 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=75;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00193131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.657;QD=27.8731;RBI=0.0118475;REFB=-0.00693376;REVB=-0.0116891;RO=27;SAF=23;SAR=25;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260594;STB=0.507681;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00229573;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:27:28:48:48:0.631579:25:23:14:13:25:23:14:14 chr9 131465167 . A G 6880.15 PASS AF=0.982143;AO=439;DP=447;FAO=440;FDP=448;FR=.;FRO=8;FSAF=174;FSAR=266;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0295531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4655;QD=61.4299;RBI=0.0961848;REFB=0.12107;REVB=-0.0915321;RO=8;SAF=173;SAR=266;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964225;STB=0.505061;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00770141;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:447:448:8:8:439:440:0.982143:266:173:1:7:266:174:1:7 chr9 131479023 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.49;QD=59.6795;RBI=0.0323765;REFB=0;REVB=0.0281516;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29364e-05;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:28:41:0:0:28:42:0:0 chr9 131483749 . T A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.562;QD=61.6833;RBI=0.0141531;REFB=0;REVB=-0.00975727;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99767e-06;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr9 131492850 . T C 750.33 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.788;QD=56.6284;RBI=0.0289594;REFB=0;REVB=0.00812693;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43102e-05;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:37:13:0:0:39:14:0:0 chr9 131493421 . CAAAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAAAAT 122.14 PASS AF=0.76,0.2;AO=12,5;DP=28;FAO=19,5;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=1,0;FSAR=18,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.181077,0.139395;FXX=0.137883;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=6.00403,266.175;QD=19.5423;RBI=0.183989,0.14057;REFB=-0.148737,-0.0232268;REVB=-0.032604,-0.0181384;RO=7;SAF=0,0;SAR=12,5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.796477,-0.683376;STB=0.513499,0.5;STBP=0.643,1;TYPE=del,snp;VARB=0.116412,0.00780475;OID=.,.;OPOS=131493422,131493430;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.76,0.2:12,5:28:19,5:25:1:1,0:18,5:0:1:32:7:0,0:12,5:1:6 chr9 131515547 . G T 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00993895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9092;QD=16.5038;RBI=0.0099578;REFB=-0.0167998;REVB=0.000612432;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633213;STB=0.535687;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0226903;OID=.;OPOS=131515547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:13:13:17:13:13:13:17:13 chr9 131565554 . T C 595.22 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0295837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.209;QD=20.885;RBI=0.0301455;REFB=-0.0113244;REVB=-0.00579279;RO=53;SAF=41;SAR=19;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110191;STB=0.557262;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0150449;OID=.;OPOS=131565554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:53:54:60:60:0.526316:19:41:30:23:19:41:31:23 chr9 131570317 . C CCTT 152.77 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0217934;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=231.455;QD=13.8884;RBI=0.0242158;REFB=-0.0294414;REVB=0.0105571;RO=30;SAF=4;SAR=12;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452231;STB=0.724151;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=0.0513316;OID=.;OPOS=131570318;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:16:46:17:44:27:5:12:18:9:99:30:4:12:20:10 chr9 131585069 . A G 193.58 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0435048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.456;QD=16.8328;RBI=0.0438408;REFB=-0.00485612;REVB=-0.00541753;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236049;STB=0.5135;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00483365;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:11:15:12:8:11:15 chr9 131586374 . G A 356.41 PASS AF=0.393939;AO=38;DP=98;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0724936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.912;QD=14.4004;RBI=0.0869076;REFB=-0.0125184;REVB=0.0479333;RO=60;SAF=17;SAR=21;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152952;STB=0.50158;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0297744;OID=.;OPOS=131586374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:60:60:38:39:0.393939:21:17:26:34:22:17:26:34 chr9 131588652 . T C 868.1 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4264;QD=57.873;RBI=0.00782201;REFB=0;REVB=-0.00607675;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61957e-06;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr9 131588888 . G C 463.86 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0718297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9847;QD=19.3275;RBI=0.0732628;REFB=-0.0341912;REVB=-0.01442;RO=47;SAF=24;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929214;STB=0.511328;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.020082;OID=.;OPOS=131588888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:50:46:46:0.479167:22:24:25:22:22:24:25:25 chr9 131670919 . T C 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00644443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7991;QD=13.7738;RBI=0.00874668;REFB=0.00714747;REVB=-0.00591387;RO=31;SAF=17;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509553;STB=0.798328;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.013609;OID=.;OPOS=131670919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:3:17:13:18:3:17:13:18 chr9 131767668 . A C 323.39 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=57;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0943974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.8271;QD=20.5326;RBI=0.126576;REFB=-0.0682694;REVB=-0.084324;RO=24;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183838;STB=0.612838;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.050119;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:63:24:29:33:34:0.539683:19:14:16:8:19:15:20:9 chr9 131804785 . T C 2159.57 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.177;QD=63.0533;RBI=0.0372531;REFB=0;REVB=0.02431;RO=0;SAF=51;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2822e-06;OID=.;OPOS=131804785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:86:51:0:0:86:51:0:0 chr9 131830624 . C T 474.33 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0150435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.007;QD=18.973;RBI=0.0176754;REFB=-0.0279373;REVB=0.00927974;RO=53;SAF=24;SAR=23;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088957;STB=0.549467;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0295236;OID=.;OPOS=131830624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:23:24:32:21:23:24:32:21 chr9 131851881 . G T 599.12 PASS AF=0.4375;AO=62;DP=144;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0187015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.084;QD=16.6422;RBI=0.0587268;REFB=0.00113534;REVB=0.0556694;RO=81;SAF=20;SAR=42;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195595;STB=0.612384;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00310529;OID=.;OPOS=131851881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:81:81:62:63:0.4375:42:20:41:40:43:20:41:40 chr9 131857760 . G A 723.37 PASS AF=0.493421;AO=74;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=-0.00425797;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.565;QD=19.0362;RBI=0.0942522;REFB=0.00188468;REVB=0.094156;RO=76;SAF=37;SAR=37;SRF=24;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169762;STB=0.592237;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000740705;OID=.;OPOS=131857760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:76:77:74:75:0.493421:37:37:24:52:38:37:24:53 chr9 131860304 . G A 475.89 PASS AF=0.427419;AO=52;DP=123;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=0.00422646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0203;QD=15.3514;RBI=0.0136724;REFB=-0.00207342;REVB=-0.0130027;RO=71;SAF=17;SAR=35;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00348455;STB=0.510068;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00330167;OID=.;OPOS=131860304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:71:71:52:53:0.427419:35:17:23:48:35:18:23:48 chr9 131860901 . G T 2059.64 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000824397;FXX=0.00740686;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.395;QD=61.4819;RBI=0.0298811;REFB=-0.031358;REVB=0.0298697;RO=1;SAF=64;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736893;STB=0.503875;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=5.16806e-05;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:132:133:0.992537:68:64:1:0:69:64:1:0 chr9 131866523 . C G 1008.12 PASS AF=0.507772;AO=98;DP=193;FAO=98;FDP=193;FR=.;FRO=95;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.00963555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9558;QD=20.8938;RBI=0.0320909;REFB=-0.0197891;REVB=-0.0306102;RO=94;SAF=41;SAR=57;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102129;STB=0.553623;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0160987;OID=.;OPOS=131866523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:94:95:98:98:0.507772:57:41:50:44:57:41:50:45 chr9 131909736 . C T 871.32 PASS AF=0.497175;AO=85;DP=174;FAO=88;FDP=177;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.0886341;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4296;QD=19.6909;RBI=0.0886408;REFB=-0.0151843;REVB=0.00108451;RO=84;SAF=41;SAR=44;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163598;STB=0.525418;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0144309;OID=.;OPOS=131909736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:177:84:89:85:88:0.497175:44:41:39:45:44:44:40:49 chr9 132084621 . G A 745.7 PASS AF=0.496774;AO=77;DP=155;FAO=77;FDP=155;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00560328;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.76;QD=19.2439;RBI=0.00673128;REFB=-0.00171881;REVB=-0.00373007;RO=78;SAF=32;SAR=45;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546524;STB=0.530127;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00168442;OID=.;OPOS=132084621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:78:78:77:77:0.496774:45:32:37:41:45:32:37:41 chr9 132375747 . A G 282.58 PASS AF=0.526316;AO=28;DP=55;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0106761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.922;QD=19.8301;RBI=0.0183735;REFB=-0.00944762;REVB=0.0149535;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469133;STB=0.505347;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00805634;OID=.;OPOS=132375747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:27:27:28:30:0.526316:11:17:15:12:13:17:15:12 chr9 132400480 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.405;QD=58.1421;RBI=0.0387923;REFB=0;REVB=0.037151;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015973;OID=.;OPOS=132400480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:22:10:0:0 chr9 132402908 . C G 2753.35 PASS AF=1;AO=173;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2917;QD=62.5761;RBI=0.017115;REFB=0;REVB=-0.0100144;RO=0;SAF=82;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06933e-05;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:173:176:1:91:82:0:0:94:82:0:0 chr9 132573536 . G T 426.63 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0262299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9107;QD=17.593;RBI=0.0531085;REFB=-0.0385498;REVB=-0.046179;RO=53;SAF=24;SAR=20;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537602;STB=0.530061;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0508919;OID=.;OPOS=132573536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:20:24:26:27:20:24:26:27 chr9 132585058 . G A 1170.16 PASS AF=0.449275;AO=124;DP=275;FAO=124;FDP=276;FR=.;FRO=152;FSAF=46;FSAR=78;FSRF=68;FSRR=84;FWDB=0.0221159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.165;QD=16.9589;RBI=0.0257708;REFB=-0.0241123;REVB=-0.0132296;RO=151;SAF=46;SAR=78;SRF=68;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822078;STB=0.544046;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.025139;OID=.;OPOS=132585058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:276:151:152:124:124:0.449275:78:46:68:83:78:46:68:84 chr9 132591372 . T G 197.77 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00770356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8855;QD=14.6499;RBI=0.0113906;REFB=-0.000845077;REVB=0.00839057;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20927;STB=0.618947;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00470089;OID=.;OPOS=132591372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:20:11:13:10:20:11 chr9 132591425 . C T 288.93 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0473842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2521;QD=16.7495;RBI=0.0568069;REFB=-0.0183569;REVB=0.031333;RO=37;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167115;STB=0.593321;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0228479;OID=.;OPOS=132591425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:15:17:26:11:15:17:26:11 chr9 132591509 . A G 199.87 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0120258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9667;QD=13.5502;RBI=0.0251351;REFB=-0.00799215;REVB=-0.0220716;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101325;STB=0.567628;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00987482;OID=.;OPOS=132591509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:9:15:18:16:9:15:18:17 chr9 132597021 . C T 4442.61 PASS AF=0.509918;AO=437;DP=857;FAO=437;FDP=857;FR=.;FRO=420;FSAF=167;FSAR=270;FSRF=97;FSRR=323;FWDB=-0.0267434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2726;QD=20.7356;RBI=0.0459424;REFB=-0.04911;REVB=-0.0373563;RO=419;SAF=167;SAR=270;SRF=97;SRR=322;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149383;STB=0.581468;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0450222;OID=.;OPOS=132597021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:857:857:419:420:437:437:0.509918:270:167:97:322:270:167:97:323 chr9 132618578 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.935;QD=59.3227;RBI=0.0713176;REFB=0;REVB=0.0259385;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07444e-05;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:68:0:0:60:68:1:33:27:0:0:33:35:0:0 chr9 132620364 . T C 1099.29 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0883688;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.028;QD=60.2349;RBI=0.089045;REFB=0;REVB=0.0109523;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126339;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr9 132623293 . C T 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1659;QD=62.9798;RBI=0.10039;REFB=0;REVB=0.10011;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983646;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:35:10:0:0:35:10:0:0 chr9 132623868 . T C 2144.14 PASS AF=0.992754;AO=135;DP=136;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.021182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9185;QD=62.1489;RBI=0.060888;REFB=-0.114759;REVB=0.0570847;RO=1;SAF=67;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693957;STB=0.503546;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000484952;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:136:138:1:1:135:137:0.992754:68:67:0:1:70:67:0:1 chr9 132630664 . TGAC T 58.14 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308242;FXX=0.249688;HRUN=1;LEN=3;MLLD=293.115;QD=38.7617;RBI=0.031669;REFB=0;REVB=0.00726611;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000311679;OID=.;OPOS=132630665;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:6:6:0:2:4:0:0:3:0:2:4:0:0 chr9 132631680 . T C 2307.74 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.611;QD=61.1322;RBI=0.0396684;REFB=0;REVB=0.0331604;RO=0;SAF=87;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91368e-06;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:64:87:0:0:64:87:0:0 chr9 132636030 . CA C,CG 1027.49 PASS AF=0.126761,0.873239;AO=12,58;DP=71;FAO=9,62;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=9,26;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608871,0.0570124;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.8607,99.8214;QD=57.8867;RBI=0.0619762,0.0579975;REFB=0,0;REVB=0.0115679,-0.0106438;RO=0;SAF=12,22;SAR=0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.022603,0.0233666;OID=.,.;OPOS=132636031,132636031;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.126761,0.873239:12,58:71:9,62:71:0:9,26:0,36:0:0:15:0:12,22:0,36:0:0 chr9 132636033 . T C 1066.32 PASS AF=1;AO=58;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0626024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.114;QD=60.0745;RBI=0.0660692;REFB=0;REVB=0.0211205;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31515e-05;OID=.;OPOS=132636033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:58:71:1:36:22:0:0:36:35:0:0 chr9 132637712 . G A 397.44 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0108575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.091;QD=20.6462;RBI=0.0109513;REFB=-0.0211346;REVB=0.00143035;RO=37;SAF=20;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351786;STB=0.519471;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0191354;OID=.;OPOS=132637712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:20:20:17:20:20:20:17:20 chr9 132649662 . A G,T 1098.8 PASS AF=0.972973,0.027027;AO=64,8;DP=73;FAO=72,2;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41,2;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350368,-0.0170742;FXX=0.038956;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.844,133.927;QD=59.3944;RBI=0.0756147,0.0775261;REFB=0,0;REVB=0.0755335,0.0756226;RO=0;SAF=34,8;SAR=30,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00727171,0.026589;OID=.,.;OPOS=132649662,132649662;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:73:74:0:0:64,8:72,2:0.972973,0.027027:30,0:34,8:0:0:31,0:41,2:0:0 chr9 132651363 . G C 95.68 PASS AF=0.578947;AO=12;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0110212;FXX=0.049975;HRUN=12;LEN=1;MLLD=217.12;QD=20.1442;RBI=0.015434;REFB=-0.0246659;REVB=-0.0108048;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177776;STB=0.615197;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0134241;OID=.;OPOS=132651363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:8:8:12:11:0.578947:4:8:7:1:4:7:7:1 chr9 132671359 . T TG 85.79 PASS AF=0.6875;AO=15;DP=34;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.136866;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.50525;QD=10.7233;RBI=0.268544;REFB=0.0510812;REVB=0.231049;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238094;STB=0.545413;STBP=0.478;TYPE=ins;VARB=0.0436618;OID=.;OPOS=132671360;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:15:34:22:32:10:12:10:4:6:20:15:10:5:6:9 chr9 132686186 . A G 1609.19 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742885;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.191;QD=60.1566;RBI=0.00747878;REFB=0;REVB=0.000862721;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80049e-05;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:105:107:1:59:46:0:0:61:46:0:0 chr9 132720770 . A G 346.06 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00921456;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.759;QD=18.9624;RBI=0.00922872;REFB=-0.00983428;REVB=0.000510969;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136503;STB=0.575787;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0103713;OID=.;OPOS=132720770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:17:19:25:12:17:19:25:12 chr9 132872686 . A G 1572.45 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0217121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8123;QD=62.8978;RBI=0.0339318;REFB=0.0918719;REVB=-0.026076;RO=1;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921056;STB=0.504853;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00294006;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:51:48:0:1:51:48:0:1 chr9 132883161 . C CCTT 2139.54 PASS AF=0.890173;AO=144;DP=177;FAO=154;FDP=173;FR=.;FRO=19;FSAF=65;FSAR=89;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0033715;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=227.745;QD=49.4692;RBI=0.0683452;REFB=-0.0974489;REVB=0.068262;RO=25;SAF=62;SAR=82;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591282;STB=0.535038;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.0084186;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.890173:144:177:154:173:19:65:89:14:5:72:25:62:82:16:9 chr9 132988709 . T G 2271.35 PASS AF=0.993506;AO=146;DP=149;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00471902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9422;QD=58.9961;RBI=0.0438967;REFB=-0.00406941;REVB=-0.0436424;RO=1;SAF=63;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748901;STB=0.503703;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000155234;OID=.;OPOS=132988709;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:154:1:1:146:153:0.993506:83:63:1:0:86:67:1:0 chr9 133048501 . G A 2201.06 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230008;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.891;QD=63.3398;RBI=0.0256471;REFB=0;REVB=-0.0113462;RO=0;SAF=58;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22474e-05;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:81:58:0:0:81:58:0:0 chr9 133283049 . C CG 58.75 PASS AF=0.0766667;AO=112;DP=628;FAO=46;FDP=600;FR=.;FRO=554;FSAF=41;FSAR=5;FSRF=199;FSRR=355;FWDB=-0.0494208;FXX=0.00826433;HRUN=0;LEN=1;MLLD=31.3203;QD=0.391688;RBI=0.160996;REFB=-0.0216398;REVB=-0.153223;RO=500;SAF=80;SAR=32;SRF=183;SRR=317;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434122;STB=0.924659;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.218906;OID=.;OPOS=133283050;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0766667:112:628:46:600:554:41:5:199:355:58:500:80:32:183:317 chr9 133284310 . G A 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.532;QD=58.5954;RBI=0.0852034;REFB=0;REVB=0.0352161;RO=0;SAF=15;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294374;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:49:15:0:0:49:15:0:0 chr9 133294244 . G A 1402.87 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759078;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.055;QD=61.6645;RBI=0.0812323;REFB=0;REVB=0.0289256;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600649;OID=.;OPOS=133294244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:91:0:0:86:91:1:48:38:0:0:48:43:0:0 chr9 133307844 . C A 505.45 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00933695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.165;QD=20.2181;RBI=0.02137;REFB=-0.0149098;REVB=-0.0192223;RO=51;SAF=17;SAR=32;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642238;STB=0.535668;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0189273;OID=.;OPOS=133307844;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:32:17:21:30:32:17:21:30 chr9 133346920 . A G 3105.92 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.723;QD=61.8093;RBI=0.0506444;REFB=0;REVB=-0.000897462;RO=0;SAF=68;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71171e-05;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:201:0:0:198:201:1:130:68:0:0:130:71:0:0 chr9 133553993 . C T 1992.41 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.419;QD=61.3049;RBI=0.020224;REFB=-0.0761733;REVB=-0.00846075;RO=1;SAF=70;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674106;STB=0.503546;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000139344;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:59:70:1:0:59:70:1:0 chr9 133556807 . G A 684.19 PASS AF=0.531746;AO=67;DP=126;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0142622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3336;QD=21.7205;RBI=0.0213388;REFB=-0.0134034;REVB=0.0158724;RO=59;SAF=36;SAR=31;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335289;STB=0.518389;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0108322;OID=.;OPOS=133556807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:59:59:67:67:0.531746:31:36:34:25:31:36:34:25 chr9 133558282 . A G 1157.42 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.87;QD=59.3546;RBI=0.020645;REFB=0.000408118;REVB=0.00332828;RO=1;SAF=24;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884746;STB=0.504672;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=1.6267e-05;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:53:24:0:1:53:24:0:1 chr9 133576256 . T C 321.18 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.024321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.855;QD=16.2621;RBI=0.0270865;REFB=-0.0058062;REVB=-0.0119233;RO=43;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249181;STB=0.508862;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00755597;OID=.;OPOS=133576256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:22:13:17:26:22:13:17:27 chr9 133710775 . C A 608.02 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0115126;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.729;QD=20.9661;RBI=0.0308042;REFB=-0.0201911;REVB=0.028572;RO=54;SAF=34;SAR=27;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175707;STB=0.514411;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0296918;OID=.;OPOS=133710775;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:54:55:61:61:0.525862:27:34:29:25:27:34:29:26 chr9 133710804 . T C 3621.62 PASS AF=0.964286;AO=242;DP=252;FAO=243;FDP=252;FR=.;FRO=9;FSAF=142;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00887627;FXX=0.0117642;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.425;QD=57.4861;RBI=0.0129954;REFB=-0.0301914;REVB=-0.00949166;RO=8;SAF=142;SAR=100;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366088;STB=0.517294;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0011054;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:252:252:8:9:242:243:0.964286:100:142:0:8:101:142:1:8 chr9 133710819 . T TC 5200.98 PASS AF=1;AO=351;DP=363;FAO=359;FDP=359;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102977;FXX=0.011019;HRUN=0;LEN=1;MLLD=33.9558;QD=57.9496;RBI=0.107221;REFB=0;REVB=0.0298651;RO=4;SAF=182;SAR=169;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000240299;OID=.;OPOS=133710820;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:351:363:359:359:0:189:170:0:0:30:4:182:169:4:0 chr9 133760752 . C T 1573.62 PASS AF=0.48773;AO=159;DP=326;FAO=159;FDP=326;FR=.;FRO=167;FSAF=61;FSAR=98;FSRF=76;FSRR=91;FWDB=0.0486846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6095;QD=19.3083;RBI=0.055249;REFB=-0.0315894;REVB=0.0261201;RO=167;SAF=61;SAR=98;SRF=76;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069134;STB=0.538004;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0308725;OID=.;OPOS=133760752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:167:167:159:159:0.48773:98:61:76:91:98:61:76:91 chr9 133761001 . A G 145.0 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0146774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.089;QD=24.1668;RBI=0.0213929;REFB=-0.0430218;REVB=-0.0155637;RO=9;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139671;STB=0.578836;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0192956;OID=.;OPOS=133761001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:24:24:9:9:15:15:0.625:4:11:5:4:4:11:5:4 chr9 133787225 . A G 4427.74 PASS AF=1;AO=278;DP=281;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000496472;FXX=0.00706689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.946;QD=63.0284;RBI=0.00576517;REFB=-0.017356;REVB=0.00574376;RO=1;SAF=117;SAR=161;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405808;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248306;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:281:281:1:0:278:281:1:161:117:1:0:162:119:0:0 chr9 133884820 . T G 412.99 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0270175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4994;QD=15.8842;RBI=0.0554405;REFB=-0.0341487;REVB=-0.0484118;RO=58;SAF=23;SAR=23;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0324371;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:23:23:29:29:23:23:29:29 chr9 133901819 . CC AG 620.0 PASS AF=0.442177;AO=64;DP=148;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.00389368;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=2;MLLD=227.284;QD=16.8708;RBI=0.0149116;REFB=-0.00124955;REVB=-0.0143943;RO=81;SAF=37;SAR=27;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355974;STB=0.518466;STBP=0.71;TYPE=mnp;VARB=0.00154482;OID=.;OPOS=133901819;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:81:82:64:65:0.442177:27:37:44:37:28:37:44:38 chr9 133911598 . A G 4363.41 PASS AF=1;AO=272;DP=272;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.411;QD=62.7829;RBI=0.01532;REFB=0;REVB=0.00488012;RO=0;SAF=156;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69219e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54745e-05;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:272:278:0:0:272:278:1:116:156:0:0:120:158:0:0 chr9 133911706 . C T 2613.56 PASS AF=0.96648;AO=173;DP=179;FAO=173;FDP=179;FR=.;FRO=6;FSAF=79;FSAR=94;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0358533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.803;QD=58.4037;RBI=0.0526331;REFB=-0.0258096;REVB=0.0385328;RO=5;SAF=79;SAR=94;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771142;STB=0.507084;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.000175472;OID=.;OPOS=133911706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:179:179:5:6:173:173:0.96648:94:79:3:2:94:79:4:2 chr9 133924451 . C T 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00376141;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.263;QD=14.0443;RBI=0.00836431;REFB=-0.00792626;REVB=-0.00747084;RO=40;SAF=17;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608599;STB=0.534682;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00790608;OID=.;OPOS=133924451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:11:17:22:18:11:17:22:18 chr9 133927878 . A G 1358.31 PASS AF=0.462025;AO=140;DP=312;FAO=146;FDP=316;FR=.;FRO=170;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=112;FSRR=58;FWDB=-0.00699745;FXX=0.00628911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.577;QD=17.1938;RBI=0.0146457;REFB=-0.0138797;REVB=0.0128659;RO=171;SAF=82;SAR=58;SRF=112;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071995;STB=0.553784;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0176858;OID=.;OPOS=133927878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:316:171:170:140:146:0.462025:58:82:112:59:64:82:112:58 chr9 133928337 . G A 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.0285836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.513;QD=9.70484;RBI=0.0288551;REFB=-0.0103076;REVB=0.00394865;RO=38;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102041;STB=0.559833;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0233787;OID=.;OPOS=133928337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:13:5:8:30:13:5:8:30 chr9 133928345 . C T 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.00898181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.894;QD=11.4257;RBI=0.0194459;REFB=-0.00696607;REVB=-0.0172474;RO=37;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589855;STB=0.53413;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0123318;OID=.;OPOS=133928345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:15:6:9:28:15:6:9:28 chr9 133936571 . C G 2015.79 PASS AF=0.957143;AO=134;DP=140;FAO=134;FDP=140;FR=.;FRO=6;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0156168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9727;QD=57.5939;RBI=0.0252849;REFB=-0.00899528;REVB=-0.0198856;RO=6;SAF=69;SAR=65;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123611;STB=0.506511;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00478313;OID=.;OPOS=133936571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:140:140:6:6:134:134:0.957143:65:69:4:2:65:69:4:2 chr9 133948049 . A G 3641.37 PASS AF=1;AO=224;DP=224;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.761;QD=62.7822;RBI=0.0454746;REFB=0;REVB=0.0309019;RO=0;SAF=94;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76952e-05;OID=.;OPOS=133948049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:224:232:0:0:224:232:1:130:94:0:0:137:95:0:0 chr9 133962930 . C T 702.08 PASS AF=0.444444;AO=76;DP=171;FAO=76;FDP=171;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=0.0248736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.947;QD=16.4228;RBI=0.0303621;REFB=-0.0214111;REVB=0.0174116;RO=95;SAF=36;SAR=40;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115243;STB=0.564054;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0222221;OID=.;OPOS=133962930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:95:95:76:76:0.444444:40:36:56:39:40:36:56:39 chr9 133963174 . G A 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00807943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.111;QD=17.2391;RBI=0.00850039;REFB=-0.00349356;REVB=-0.00264185;RO=47;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130303;STB=0.572917;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00382766;OID=.;OPOS=133963174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:18:21:19:28:18:21:19:28 chr9 133986980 . T G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.277;QD=64.1539;RBI=0.00801591;REFB=0;REVB=-0.00183757;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56631e-06;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr9 133987060 . G A 648.06 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00363152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.86;QD=57.6056;RBI=0.0258682;REFB=-0.123036;REVB=0.0256121;RO=1;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302739;STB=0.531235;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000743386;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:1:2:43:43:0.955556:15:28:0:1:15:28:0:2 chr9 133996460 . T G,TG 904.12 PASS AF=0.603774,0.396226;AO=37,28;DP=99;FAO=64,42;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46,16;FSAR=18,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180044,-0.132155;FXX=0;HRUN=4,5;LEN=1,1;MLLD=29.8761,10.3759;QD=34.1177;RBI=0.12633,0.41297;REFB=-0.0310751,-0.00295774;REVB=0.12504,0.391253;RO=3;SAF=20,23;SAR=17,5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0291492,0.134543;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00171915,0.0792352;OID=.,.;OPOS=133996460,133996461;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:99:106:3:0:37,28:64,42:0.603774,0.396226:17,5:20,23:1:2:18,26:46,16:0:0 chr9 133996503 . T A 575.85 PASS AF=0.432624;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=-0.00371696;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.597;QD=16.336;RBI=0.0162964;REFB=-0.0201116;REVB=-0.0158669;RO=72;SAF=29;SAR=32;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712088;STB=0.564605;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0241605;OID=.;OPOS=133996503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:141:72:80:61:61:0.432624:32:29:29:43:32:29:29:51 chr9 134001158 . C G 604.76 PASS AF=0.435065;AO=66;DP=151;FAO=67;FDP=154;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.00478339;FXX=0.0064512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.873;QD=15.7081;RBI=0.0135384;REFB=-0.0231245;REVB=-0.0126652;RO=80;SAF=32;SAR=34;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518112;STB=0.520436;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0357941;OID=.;OPOS=134001158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:80:87:66:67:0.435065:34:32:43:37:34:33:46:41 chr9 134020092 . C T 236.45 PASS AF=0.45;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.051566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.0753;QD=15.7631;RBI=0.0523898;REFB=-0.0528398;REVB=-0.00925406;RO=31;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104332;STB=0.576341;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0472522;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:31:33:27:27:0.45:16:11:16:15:16:11:18:15 chr9 134021630 . A G 210.21 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.123565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7973;QD=15.5714;RBI=0.124248;REFB=-0.0391478;REVB=0.0130103;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116742;STB=0.574014;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0647301;OID=.;OPOS=134021630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:12:12:11:18:12:12:11:19 chr9 134108999 . A C 351.56 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00558674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1075;QD=15.6249;RBI=0.08791;REFB=-0.00823919;REVB=0.0877323;RO=52;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181278;STB=0.510223;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0128884;OID=.;OPOS=134108999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:22:16:21:31:22:16:21:31 chr9 134133539 . G T 1326.37 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.458;QD=59.6123;RBI=0.0232629;REFB=-0.0487265;REVB=0.0088767;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730874;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:89:0:0:78:89:1:48:30:0:0:54:35:0:0 chr9 134136515 . A G 2696.35 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.806;QD=62.3433;RBI=0.0407282;REFB=0;REVB=-0.0402944;RO=0;SAF=70;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86984e-05;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:173:0:0:172:173:1:102:70:0:0:102:71:0:0 chr9 134136677 . A G 1196.15 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.955;QD=59.8077;RBI=0.021596;REFB=-0.128281;REVB=-0.00253162;RO=1;SAF=42;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111386;STB=0.505881;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000459478;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:1:1:79:79:0.9875:37:42:1:0:37:42:1:0 chr9 134183379 . C T 1325.59 PASS AF=0.463816;AO=135;DP=299;FAO=141;FDP=304;FR=.;FRO=163;FSAF=79;FSAR=62;FSRF=83;FSRR=80;FWDB=0.0267845;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.114;QD=17.442;RBI=0.028361;REFB=-0.0249626;REVB=0.00932376;RO=163;SAF=73;SAR=62;SRF=83;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031298;STB=0.527604;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0217113;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:304:163:163:135:141:0.463816:62:73:83:80:62:79:83:80 chr9 134183503 . T C 5219.59 PASS AF=1;AO=330;DP=331;FAO=330;FDP=330;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190244;FXX=0.00602391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.214;QD=63.2678;RBI=0.0490073;REFB=-0.0764799;REVB=0.045164;RO=1;SAF=134;SAR=196;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0035468;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13975e-05;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:331:330:1:0:330:330:1:196:134:1:0:196:134:0:0 chr9 134346315 . T C 1366.81 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5808;QD=62.1276;RBI=0.00532056;REFB=0;REVB=0.00166731;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125258;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:53:34:0:0:54:34:0:0 chr9 134350323 . C G 705.07 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.128;QD=53.2126;RBI=0.0451612;REFB=-0.175442;REVB=0.0318776;RO=2;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199636;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:2:0:51:53:1:34:17:0:2:36:17:0:0 chr9 134350458 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.41416e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.67;QD=60.2046;RBI=0.0283956;REFB=0;REVB=0.0283956;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75733e-05;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr9 134350647 . T C 1087.61 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.547;QD=59.5949;RBI=0.0151272;REFB=0;REVB=0.00668919;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79378e-05;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:70:73:1:30:40:0:0:32:41:0:0 chr9 134351065 . G T 682.38 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.09803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.46;QD=58.0752;RBI=0.142148;REFB=-0.127793;REVB=0.102938;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.524989;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00272296;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:0:2:45:45:0.957447:26:19:0:0:26:19:2:0 chr9 134371163 . G C 815.54 PASS AF=0.482759;AO=81;DP=171;FAO=84;FDP=174;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.00454337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.092;QD=18.7482;RBI=0.00461056;REFB=-0.00797223;REVB=-0.000784273;RO=90;SAF=29;SAR=52;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759681;STB=0.541875;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00887414;OID=.;OPOS=134371163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:174:90:90:81:84:0.482759:52:29:39:51:54:30:39:51 chr9 134373770 . G C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0909423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1432;QD=52.6109;RBI=0.110402;REFB=0;REVB=-0.0625943;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00395014;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr9 134385436 . A G 1816.74 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.554;QD=61.0669;RBI=0.0193067;REFB=0;REVB=0.00681081;RO=0;SAF=45;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22339e-06;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:116:119:1:71:45:0:0:74:45:0:0 chr9 134386744 . T C 1621.35 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.404;QD=60.05;RBI=0.021765;REFB=0;REVB=0.0207733;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2343e-05;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:67:40:0:0:68:40:0:0 chr9 134387488 . T C 1171.99 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.587;QD=60.8828;RBI=0.00655787;REFB=0;REVB=0.0060678;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62677e-06;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:34:42:0:0:35:42:0:0 chr9 134401335 . C T 1318.86 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027508;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.092;QD=62.064;RBI=0.0280271;REFB=0;REVB=-0.00536963;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059758;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:41:43:0:0:41:44:0:0 chr9 134406071 . C G 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0959295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8032;QD=62.9786;RBI=0.0961122;REFB=0;REVB=-0.0059225;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000663691;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr9 134600816 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0504715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.014;QD=15.3789;RBI=0.0507447;REFB=0.0121246;REVB=0.0052584;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233296;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00983244;OID=.;OPOS=134600816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:14:11:12:0.461538:7:4:8:5:7:5:8:6 chr9 135073877 . C T 1117.31 PASS AF=0.446097;AO=109;DP=261;FAO=120;FDP=269;FR=.;FRO=149;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=83;FSRR=66;FWDB=-0.0081652;FXX=0.011029;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.866;QD=16.6142;RBI=0.0281207;REFB=-0.00291402;REVB=0.0269092;RO=150;SAF=43;SAR=66;SRF=83;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165787;STB=0.587429;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00379611;OID=.;OPOS=135073877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:269:150:149:109:120:0.446097:66:43:83:67:72:48:83:66 chr9 135102254 . C T 6658.97 PASS AF=1;AO=420;DP=421;FAO=421;FDP=421;FR=.;FRO=0;FSAF=230;FSAR=191;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000456877;FXX=0.00236961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.3;QD=63.2681;RBI=0.0183746;REFB=0;REVB=0.0183689;RO=0;SAF=229;SAR=191;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45906e-06;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:421:421:0:0:420:421:1:191:229:0:0:191:230:0:0 chr9 135105964 . A G 2001.41 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306081;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4796;QD=62.544;RBI=0.0596229;REFB=0;REVB=-0.0511668;RO=0;SAF=41;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170818;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:87:41:0:0:87:41:0:0 chr9 135114365 . G A 678.14 PASS AF=0.48227;AO=68;DP=141;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00682841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.644;QD=19.238;RBI=0.00700632;REFB=-0.00994632;REVB=0.00156885;RO=73;SAF=33;SAR=35;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735831;STB=0.504069;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0108626;OID=.;OPOS=135114365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:73:73:68:68:0.48227:35:33:36:37:35:33:36:37 chr9 135139901 . T C 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0664011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9991;QD=21.7431;RBI=0.0771816;REFB=-0.0168991;REVB=0.0393432;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420945;STB=0.523778;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0159729;OID=.;OPOS=135139901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:5:6:9:6:5:6 chr9 135140209 . GAC CGA,GA,GGA 1268.36 PASS AF=0.078125,0.921875,0;AO=8,26,10;DP=129;FAO=10,118,0;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=0,64,0;FSAR=10,54,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621202,0.933831,0.264252;FXX=0.0447728;HRUN=2,4,1;LEN=3,1,2;MLLD=197.36,13.5283,7.46115;QD=39.6361;RBI=0.0862996,0.936193,0.264508;REFB=-0.0123318,-0.00132071,-0.0988747;REVB=-0.0599057,0.0664547,0.0116339;RO=66;SAF=0,2,1;SAR=8,24,9;SRF=60;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.309091,0;SSSB=-0.835251,-0.816065,-0.801059;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0145677,0.0457258,0;OID=.,.,.;OPOS=135140209,135140211,135140210;OREF=GAC,C,AC;OALT=CGA,-,GA;OMAPALT=CGA,GA,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:129:128:66:0:8,26,10:10,118,0:0.078125,0.921875,0:8,24,9:0,2,1:60:6:10,54,0:0,64,0:0:0 chr9 135172412 . A G 262.22 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0159612;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.23;QD=12.3399;RBI=0.0172685;REFB=-0.0112349;REVB=-0.0065909;RO=55;SAF=18;SAR=13;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1202;STB=0.574857;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0188666;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:55:54:31:31:0.364706:13:18:26:29:13:18:25:29 chr9 135173685 . T C 279.52 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0129838;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.4771;QD=13.4707;RBI=0.0727904;REFB=-0.00435422;REVB=-0.071623;RO=44;SAF=8;SAR=24;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283239;STB=0.641285;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0137473;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:83:44:51:32:32:0.385542:24:8:22:22:24:8:23:28 chr9 135202829 . T C 281.42 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0443418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.047;QD=19.4081;RBI=0.0538816;REFB=-0.0117176;REVB=0.0306109;RO=28;SAF=7;SAR=23;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13673;STB=0.576642;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0144238;OID=.;OPOS=135202829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:23:7:10:18:23:7:10:18 chr9 135203231 . C T 366.75 PASS AF=0.330935;AO=46;DP=138;FAO=46;FDP=139;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.0108237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.392;QD=10.554;RBI=0.022318;REFB=-0.00429017;REVB=-0.0195177;RO=75;SAF=22;SAR=24;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309736;STB=0.510953;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0188918;OID=.;OPOS=135203231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:75:93:46:46:0.330935:24:22:38:37:24:22:46:47 chr9 135203409 . A C 305.71 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0161786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.185;QD=12.8719;RBI=0.0173888;REFB=-0.0267356;REVB=-0.0063737;RO=60;SAF=17;SAR=18;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524277;STB=0.530031;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0411959;OID=.;OPOS=135203409;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:18:17:32:28:18:17:32:28 chr9 135203530 . A C 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0201684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.656;QD=18.6205;RBI=0.0207037;REFB=-0.0134875;REVB=-0.0046776;RO=39;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492065;STB=0.527426;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0129397;OID=.;OPOS=135203530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:20:17:20:19:20:17:20:19 chr9 135205006 . G C 303.93 PASS AF=0.414634;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0175939;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.591;QD=14.8256;RBI=0.017636;REFB=-0.0205207;REVB=-0.00121712;RO=47;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801186;STB=0.541523;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.016293;OID=.;OPOS=135205006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:47:48:33:34:0.414634:18:15:25:22:18:16:26:22 chr9 135206460 . A G 111.95 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0184415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.996;QD=8.61139;RBI=0.0193922;REFB=-0.0038938;REVB=-0.0059973;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118211;STB=0.571334;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0169792;OID=.;OPOS=135206460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:7:8:16:21:7:8:16:21 chr9 135263573 . G T 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.347;QD=61.5354;RBI=0.0338273;REFB=0;REVB=0.00377994;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182741;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr9 135273607 . C G 1936.9 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487039;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.732;QD=61.9809;RBI=0.0528431;REFB=0;REVB=-0.0205017;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82937e-05;OID=.;OPOS=135273607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:68:57:0:0:68:57:0:0 chr9 135277130 . C A 276.46 PASS AF=0.415584;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0515995;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.273;QD=14.3614;RBI=0.0582924;REFB=-0.0142456;REVB=0.02712;RO=44;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501578;STB=0.524761;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0229632;OID=.;OPOS=135277130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:44:45:31:32:0.415584:17:14:22:22:17:15:23:22 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=113;DP=103;LEN=76;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=7;SRR=0;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:103:0:113:57:48:7:0 chr9 135297013 . T TTCTC 215.4 PASS AF=1;AO=15;DP=79;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.304216;HRUN=1;LEN=4;MLLD=316.822;QD=53.8501;RBI=0.00953526;REFB=0;REVB=-0.00953526;RO=61;SAF=0;SAR=15;SRF=55;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.864296;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.0865e-05;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:79:16:16:0:0:16:0:0:3:61:0:15:55:6 chr9 135297016 . T G 164.04 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.862;QD=29.8262;RBI=0.00459345;REFB=-0.0359697;REVB=-0.00459345;RO=6;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023645;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:16:0:0:6:16:0:0:6 chr9 135297017 . GCTC CTCC,GCT,GCTT 168.01 PASS AF=0,1,0;AO=2,13,2;DP=18;FAO=0,14,0;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=0,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0.124922;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=31.9124,212.532,193.949;QD=48.0028;RBI=0.0404884,0.0155556,0.0147831;REFB=0,0,0;REVB=0.0404884,-0.0155556,-0.0147831;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=2,13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.000169263,0;OID=.,.,.;OPOS=135297017,135297020,135297020;OREF=GCT,C,C;OALT=CTC,-,T;OMAPALT=CTCC,GCT,GCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:18:14:0:0:2,13,2:0,14,0:0,1,0:2,13,2:0,0,0:0:0:0,14,0:0,0,0:0:0 chr9 135297022 . G C 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.224;QD=32.3682;RBI=0.015527;REFB=-0.00678696;REVB=0.015527;RO=3;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188738;OID=.;OPOS=135297022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:13:0:0:3:13:0:0:3 chr9 135297024 . T C,TGACA 128.36 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=2,9;DP=15;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.266489;HRUN=3,0;LEN=1,4;MLLD=119.171,232.561;QD=46.6751;RBI=0.0108709,0.00239103;REFB=0,0;REVB=-0.0108709,-0.00239103;RO=4;SAF=0,0;SAR=2,9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0247378,0.00216816;OID=.,.;OPOS=135297024,135297025;OREF=T,-;OALT=C,GACA;OMAPALT=C,TGACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:15:11:4:0:2,9:2,9:0.181818,0.818182:2,9:0,0:0:4:2,9:0,0:0:0 chr9 135297063 . AG CC 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339814;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=157.927;QD=33.4285;RBI=0.00339814;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.19804e-05;OID=.;OPOS=135297063;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr9 135297068 . TCTG AGAC 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984326;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=253.822;QD=35.5759;RBI=0.00984326;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000130588;OID=.;OPOS=135297068;OREF=TCTG;OALT=AGAC;OMAPALT=AGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr9 135374764 . G A 959.15 PASS AF=0.461538;AO=101;DP=221;FAO=102;FDP=221;FR=.;FRO=119;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=-0.00160369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.744;QD=17.3603;RBI=0.00621358;REFB=-0.0247917;REVB=-0.00600306;RO=118;SAF=50;SAR=51;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530007;STB=0.529406;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0324343;OID=.;OPOS=135374764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:118:119:101:102:0.461538:51:50:52:66:51:51:53:66 chr9 135374898 . T C 4357.47 PASS AF=1;AO=274;DP=275;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186699;FXX=0.00360998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1641;QD=63.1518;RBI=0.0454649;REFB=0;REVB=-0.0414547;RO=0;SAF=125;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.69328e-05;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:275:276:0:0:274:276:1:149:125:0:0:150:126:0:0 chr9 135448320 . C A 1666.61 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0042834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.403;QD=57.9689;RBI=0.0169667;REFB=0.0690977;REVB=-0.0164172;RO=2;SAF=63;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00211403;STB=0.501174;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=2.34329e-05;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:112:113:0.982609:49:63:1:1:49:64:1:1 chr9 135470414 . T C 3873.36 PASS AF=1;AO=249;DP=249;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692767;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.184;QD=62.2227;RBI=0.0148814;REFB=0;REVB=-0.0131706;RO=0;SAF=121;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54783e-05;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:249:0:0:249:249:1:128:121:0:0:128:121:0:0 chr9 135521303 . C T 238.82 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0179563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.078;QD=11.7936;RBI=0.0265481;REFB=-0.0121854;REVB=0.0195543;RO=52;SAF=10;SAR=19;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219029;STB=0.626647;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0190195;OID=.;OPOS=135521303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:19:10:28:24:19:10:28:24 chr9 135554566 . G A 2175.85 PASS AF=0.985915;AO=139;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0467618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1531;QD=61.2915;RBI=0.0624017;REFB=-0.200472;REVB=0.0413196;RO=2;SAF=50;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105638;STB=0.505494;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00384627;OID=.;OPOS=135554566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:142:142:2:2:139:140:0.985915:89:50:0:2:90:50:0:2 chr9 135763816 . C T 792.48 PASS AF=0.569231;AO=72;DP=129;FAO=74;FDP=130;FR=.;FRO=56;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.00279543;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.738;QD=24.3841;RBI=0.0270879;REFB=-0.0142087;REVB=0.0269433;RO=54;SAF=41;SAR=31;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212213;STB=0.60491;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00803443;OID=.;OPOS=135763816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:54:56:72:74:0.569231:31:41:16:38:32:42:18:38 chr9 135771325 . TGGGGGGGA TGGGGGGA,TGGGGGG,TGGGGGGG 138.78 PASS AF=0.166667,0,0.472222;AO=7,4,13;DP=36;FAO=6,0,17;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=2,0,11;FSAR=4,0,6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0445736,-0.107515,-0.148949;FXX=0;HRUN=7,7,3;LEN=1,2,1;MLLD=9.21535,24.0843,25.1477;QD=15.4202;RBI=0.0948538,0.110842,0.180186;REFB=0.0522223,0.0459088,0.0378926;REVB=-0.0837283,0.0269496,0.101397;RO=10;SAF=2,3,8;SAR=5,1,5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.310426,0.182961,0.0123573;STB=0.642374,0.5,0.54994;STBP=0.438,1,0.561;TYPE=del,del,del;VARB=0.0852908,0.017326,0.0109847;OID=.,.,.;OPOS=135771326,135771332,135771333;OREF=G,GA,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGGGGGA,TGGGGGG,TGGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.166667,0,0.472222:7,4,13:36:6,0,17:36:13:2,0,11:4,0,6:7:6:77:10:2,3,8:5,1,5:6:4 chr9 135944085 . G A 302.78 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.000657665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.881;QD=17.0582;RBI=0.00206864;REFB=-0.000910869;REVB=-0.00196131;RO=37;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125864;STB=0.561321;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00129119;OID=.;OPOS=135944085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:38:33:33:0.464789:18:15:12:25:18:15:13:25 chr9 135957091 . A G 818.15 PASS AF=0.456989;AO=85;DP=186;FAO=85;FDP=186;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.00390802;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.217;QD=17.5947;RBI=0.0437893;REFB=-0.0053193;REVB=-0.0436146;RO=99;SAF=31;SAR=54;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140601;STB=0.573321;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00848988;OID=.;OPOS=135957091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:99:101:85:85:0.456989:54:31:50:49:54:31:50:51 chr9 135960308 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.09491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.107;QD=19.1341;RBI=0.0949185;REFB=-0.0201868;REVB=0.00127297;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00995758;OID=.;OPOS=135960308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr9 135961809 . T C 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00431906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.098;QD=22.056;RBI=0.00545616;REFB=-0.00148522;REVB=0.00333399;RO=38;SAF=17;SAR=27;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636449;STB=0.53502;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00136566;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:27:17:12:26:27:17:12:26 chr9 135968511 . C CTG 507.54 PASS AF=0.408759;AO=55;DP=140;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.00331908;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=2;MLLD=256.151;QD=14.8187;RBI=0.00342843;REFB=-0.00942474;REVB=-0.000858966;RO=81;SAF=20;SAR=35;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00766773;STB=0.508472;STBP=0.882;TYPE=ins;VARB=0.016059;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408759:55:140:56:137:81:20:36:30:51:99:81:20:35:30:51 chr9 135974079 . G C 437.52 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.000390541;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.481;QD=17.3273;RBI=0.00631347;REFB=-0.0162492;REVB=-0.00630138;RO=54;SAF=24;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253483;STB=0.514123;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0219875;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:23:24:29:25:23:24:29:25 chr9 135974100 . G A 563.79 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0150671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.355;QD=21.0763;RBI=0.0154883;REFB=-0.00542274;REVB=0.00358742;RO=50;SAF=31;SAR=26;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310596;STB=0.517064;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00491653;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:26:31:29:21:26:31:29:21 chr9 135976698 . G A 69.23 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0387775;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.554;QD=9.54953;RBI=0.0393463;REFB=-0.0155653;REVB=-0.00666569;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193811;STB=0.589974;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0327917;OID=.;OPOS=135976698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:29:15:19:9:9:0.310345:5:4:4:11:5:4:6:13 chr9 135985796 . C T 438.13 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0523328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.23;QD=19.0492;RBI=0.0523343;REFB=-0.0222299;REVB=0.000388686;RO=47;SAF=19;SAR=25;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671215;STB=0.530443;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.028809;OID=.;OPOS=135985796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:48:44:44:0.478261:25:19:17:30:25:19:18:30 chr9 136004699 . G A 5121.02 PASS AF=0.98209;AO=329;DP=335;FAO=329;FDP=335;FR=.;FRO=6;FSAF=94;FSAR=235;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00650194;FXX=0.0029761;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.614;QD=61.1465;RBI=0.00684093;REFB=-0.0806581;REVB=0.00212675;RO=6;SAF=94;SAR=235;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158205;STB=0.508298;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000131626;OID=.;OPOS=136004699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:335:335:6:6:329:329:0.98209:235:94:4:2:235:94:4:2 chr9 136031346 . A G 1200.58 PASS AF=0.9875;AO=74;DP=75;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000607937;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.318;QD=60.0292;RBI=0.0580675;REFB=-0.0864768;REVB=0.0580643;RO=0;SAF=20;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.808e-08;STB=0.504201;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00144636;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:80:0:1:74:79:0.9875:54:20:0:0:59:20:0:1 chr9 136037742 . G A 1198.48 PASS AF=0.542056;AO=115;DP=214;FAO=116;FDP=214;FR=.;FRO=98;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=0.0141585;FXX=0.00465095;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6646;QD=22.4015;RBI=0.0267573;REFB=-0.0252089;REVB=0.0227044;RO=98;SAF=55;SAR=60;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527175;STB=0.530515;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.021232;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:98:98:115:116:0.542056:60:55:53:45:61:55:53:45 chr9 136081283 . C T 396.25 PASS AF=0.216393;AO=66;DP=287;FAO=66;FDP=305;FR=.;FRO=239;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=153;FSRR=86;FWDB=0.00406052;FXX=0.0286615;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0598;QD=5.19671;RBI=0.0311893;REFB=-0.0156545;REVB=-0.0309238;RO=220;SAF=36;SAR=30;SRF=150;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180365;STB=0.575846;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0426152;OID=.;OPOS=136081283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:305:220:239:66:66:0.216393:30:36:150:70:30:36:153:86 chr9 136081289 . T C 500.7 PASS AF=0.236527;AO=77;DP=332;FAO=79;FDP=334;FR=.;FRO=255;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=157;FSRR=98;FWDB=-0.0203479;FXX=0.00298499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.81;QD=5.99634;RBI=0.0341772;REFB=-0.0089694;REVB=-0.0274599;RO=248;SAF=45;SAR=32;SRF=155;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537293;STB=0.526437;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0241661;OID=.;OPOS=136081289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:334:248:255:77:79:0.236527:32:45:155:93:33:46:157:98 chr9 136081356 . T G 379.65 PASS AF=0.204969;AO=64;DP=321;FAO=66;FDP=322;FR=.;FRO=256;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=165;FSRR=91;FWDB=-0.0571148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.168;QD=4.71612;RBI=0.0579638;REFB=-0.00334153;REVB=-0.00988392;RO=256;SAF=37;SAR=27;SRF=165;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898481;STB=0.544794;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0238223;OID=.;OPOS=136081356;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:322:256:256:64:66:0.204969:27:37:165:91:27:39:165:91 chr9 136081362 . G A 334.79 PASS AF=0.194079;AO=59;DP=304;FAO=59;FDP=304;FR=.;FRO=245;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=161;FSRR=84;FWDB=-0.0659336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.145;QD=4.40513;RBI=0.0660355;REFB=-0.000589845;REVB=0.00366733;RO=242;SAF=36;SAR=23;SRF=160;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708775;STB=0.540485;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.010158;OID=.;OPOS=136081362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:242:245:59:59:0.194079:23:36:160:82:23:36:161:84 chr9 136081364 . GC G 127.77 PASS AF=0.19573;AO=53;DP=281;FAO=55;FDP=281;FR=.;FRO=226;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=148;FSRR=78;FWDB=-0.084205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.0092;QD=1.81872;RBI=0.0862903;REFB=-0.00942599;REVB=-0.0188554;RO=216;SAF=34;SAR=19;SRF=145;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424982;STB=0.533065;STBP=0.627;TYPE=del;VARB=0.0374442;OID=.;OPOS=136081365;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19573:53:281:55:281:226:38:17:148:78:99:216:34:19:145:71 chr9 136083528 . T A 284.42 PASS AF=0.20332;AO=48;DP=240;FAO=49;FDP=241;FR=.;FRO=192;FSAF=5;FSAR=44;FSRF=109;FSRR=83;FWDB=-0.0143944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.866;QD=4.7207;RBI=0.0551815;REFB=-0.00564153;REVB=0.053271;RO=192;SAF=5;SAR=43;SRF=109;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.615917;STB=0.887466;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0282129;OID=.;OPOS=136083528;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:192:192:48:49:0.20332:43:5:109:83:44:5:109:83 chr9 136083580 . T G 5121.81 PASS AF=1;AO=322;DP=324;FAO=324;FDP=324;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200598;FXX=0.00307683;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.751;QD=63.2322;RBI=0.0200855;REFB=0;REVB=-0.00101614;RO=0;SAF=132;SAR=190;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35341e-05;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:324:324:0:0:322:324:1:190:132:0:0:192:132:0:0 chr9 136083638 . C G 477.02 PASS AF=0.225519;AO=74;DP=334;FAO=76;FDP=337;FR=.;FRO=261;FSAF=12;FSAR=64;FSRF=111;FSRR=150;FWDB=0.120161;FXX=0.00295849;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6344;QD=5.66194;RBI=0.122631;REFB=0.00310802;REVB=0.0244878;RO=259;SAF=10;SAR=64;SRF=111;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456396;STB=0.753947;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0117151;OID=.;OPOS=136083638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:337:259:261:74:76:0.225519:64:10:111:148:64:12:111:150 chr9 136131188 . C T 389.95 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0075163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.273;QD=21.6637;RBI=0.0475936;REFB=-0.0136193;REVB=-0.0469963;RO=33;SAF=23;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403338;STB=0.522244;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0188428;OID=.;OPOS=136131188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:16:23:21:12:16:23:21:12 chr9 136131289 . C T 398.35 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.00804193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.089;QD=13.0605;RBI=0.0223999;REFB=-0.00799532;REVB=-0.0209065;RO=74;SAF=21;SAR=26;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100992;STB=0.561255;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0135814;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:75:47:47:0.385246:26:21:40:34:26:21:41:34 chr9 136131315 . C G 815.47 PASS AF=0.527397;AO=78;DP=146;FAO=77;FDP=146;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.019802;FXX=0.00680226;HRUN=7;LEN=1;MLLD=264.91;QD=22.3416;RBI=0.0205282;REFB=-0.00876285;REVB=0.0054117;RO=67;SAF=37;SAR=41;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053116;STB=0.532459;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00538494;OID=.;OPOS=136131315;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:67:69:78:77:0.527397:41:37:36:31:41:36:37:32 chr9 136131322 . G T 1109.7 PASS AF=0.647059;AO=99;DP=155;FAO=99;FDP=153;FR=.;FRO=54;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.013769;FXX=0.0129024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.203;QD=29.0117;RBI=0.015735;REFB=-0.016472;REVB=0.00761614;RO=54;SAF=52;SAR=47;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528733;STB=0.528505;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0117439;OID=.;OPOS=136131322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:54:54:99:99:0.647059:47:52:24:30:47:52:24:30 chr9 136131347 . G A 576.9 PASS AF=0.391813;AO=67;DP=171;FAO=67;FDP=171;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=43;FWDB=-0.00106145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.913;QD=13.4948;RBI=0.00650529;REFB=-0.0014542;REVB=0.00641811;RO=104;SAF=34;SAR=33;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855003;STB=0.548159;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00309534;OID=.;OPOS=136131347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:104:104:67:67:0.391813:33:34:61:43:33:34:61:43 chr9 136131415 . C T 763.02 PASS AF=0.513333;AO=77;DP=151;FAO=77;FDP=150;FR=.;FRO=73;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0298475;FXX=0.0196066;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9938;QD=20.3472;RBI=0.0300637;REFB=-0.01724;REVB=-0.00359881;RO=65;SAF=46;SAR=31;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127838;STB=0.57146;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0310199;OID=.;OPOS=136131415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:65:73:77:77:0.513333:31:46:29:36:31:46:33:40 chr9 136131437 . C T 593.32 PASS AF=0.463235;AO=61;DP=136;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=0.0302891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1466;QD=17.4506;RBI=0.0366449;REFB=0.0146449;REVB=0.0206256;RO=73;SAF=30;SAR=31;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135374;STB=0.582147;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0163251;OID=.;OPOS=136131437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:73:73:61:63:0.463235:31:30:46:27:33:30:46:27 chr9 136131461 . G A 604.82 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.000897202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.509;QD=20.6775;RBI=0.0357982;REFB=-0.000125386;REVB=0.035787;RO=55;SAF=36;SAR=25;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117965;STB=0.560886;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.000263968;OID=.;OPOS=136131461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:56:61:61:0.521368:25:36:25:30:25:36:26:30 chr9 136131472 . A T 558.28 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0301356;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.209;QD=22.7869;RBI=0.0336075;REFB=-0.00486233;REVB=-0.0148765;RO=46;SAF=24;SAR=28;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882586;STB=0.548571;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00685696;OID=.;OPOS=136131472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:46:46:52:52:0.530612:28:24:26:20:28:24:26:20 chr9 136131592 . G C 1242.88 PASS AF=0.467153;AO=127;DP=281;FAO=128;FDP=274;FR=.;FRO=146;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=69;FSRR=77;FWDB=-0.000488598;FXX=0.0283678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.683;QD=18.1443;RBI=0.0119708;REFB=-0.0173075;REVB=0.0119608;RO=153;SAF=62;SAR=65;SRF=69;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036809;STB=0.51044;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.017457;OID=.;OPOS=136131592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:274:153:146:127:128:0.467153:65:62:69:84:65:63:69:77 chr9 136132873 . T C 3095.23 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.426;QD=63.8191;RBI=0.0333731;REFB=0;REVB=-0.013552;RO=0;SAF=91;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41131e-06;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:194:194:1:103:91:0:0:103:91:0:0 chr9 136132908 . T TC 512.62 PASS AF=0.440945;AO=52;DP=137;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.00673738;FXX=0.0729874;HRUN=0;LEN=1;MLLD=229.038;QD=16.1454;RBI=0.0155787;REFB=0.00215669;REVB=0.0140464;RO=78;SAF=19;SAR=33;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786974;STB=0.509098;STBP=0.888;TYPE=ins;VARB=-0.00261402;OID=.;OPOS=136132909;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440945:52:137:56:127:71:22:34:29:42:99:78:19:33:34:44 chr9 136133506 . A G 294.59 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.00723844;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.296;QD=11.2226;RBI=0.0082981;REFB=-0.0051393;REVB=0.00405752;RO=67;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985538;STB=0.560408;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00733032;OID=.;OPOS=136133506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:68:37:37:0.352381:20:17:25:42:20:17:25:43 chr9 136135237 . AT GC 502.24 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0237143;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.916;QD=22.0763;RBI=0.0258173;REFB=-0.00931517;REVB=-0.0102061;RO=43;SAF=23;SAR=25;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924115;STB=0.550877;STBP=0.332;TYPE=mnp;VARB=0.00796557;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:25:23:16:27:25:23:16:27 chr9 136136770 . A C 250.19 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0407869;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4661;QD=14.2963;RBI=0.0575719;REFB=-0.0041847;REVB=-0.0406319;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635298;STB=0.529628;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00825839;OID=.;OPOS=136136770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:41:29:29:0.414286:12:17:21:19:12:17:22:19 chr9 136177993 . G A 626.63 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.0120002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.903;QD=17.1678;RBI=0.0174223;REFB=-0.00423826;REVB=0.0126306;RO=81;SAF=23;SAR=42;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441598;STB=0.524635;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00472238;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:81:81:65:65:0.445205:42:23:32:49:42:23:32:49 chr9 136199466 . G A 1911.53 PASS AF=0.430063;AO=207;DP=480;FAO=206;FDP=479;FR=.;FRO=273;FSAF=119;FSAR=87;FSRF=151;FSRR=122;FWDB=0.0192992;FXX=0.00415792;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.243;QD=15.9626;RBI=0.0196404;REFB=-0.0202044;REVB=-0.00364493;RO=272;SAF=119;SAR=88;SRF=151;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205913;STB=0.514277;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0241335;OID=.;OPOS=136199466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:480:479:272:273:207:206:0.430063:88:119:151:121:87:119:151:122 chr9 136199503 . G A 1611.01 PASS AF=0.414918;AO=178;DP=429;FAO=178;FDP=429;FR=.;FRO=251;FSAF=107;FSAR=71;FSRF=140;FSRR=111;FWDB=-0.0173323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.963;QD=15.021;RBI=0.0332153;REFB=-0.0336762;REVB=-0.0283345;RO=251;SAF=107;SAR=71;SRF=140;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469346;STB=0.526165;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0638627;OID=.;OPOS=136199503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:429:251:251:178:178:0.414918:71:107:140:111:71:107:140:111 chr9 136227260 . A G 779.38 PASS AF=0.458101;AO=78;DP=176;FAO=82;FDP=179;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=0.00292949;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.464;QD=17.4164;RBI=0.0228887;REFB=-0.0381871;REVB=0.0227004;RO=98;SAF=34;SAR=44;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746118;STB=0.502298;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0418154;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:179:98:97:78:82:0.458101:44:34:42:56:47:35:41:56 chr9 136229833 . C G 605.17 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0409838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9881;QD=20.6895;RBI=0.0612023;REFB=-0.00387805;REVB=0.0454539;RO=56;SAF=31;SAR=30;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537024;STB=0.529534;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00279103;OID=.;OPOS=136229833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:56:61:61:0.521368:30:31:25:31:30:31:25:31 chr9 136237783 . C A 388.12 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00746206;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.835;QD=18.2645;RBI=0.0215001;REFB=-0.0278683;REVB=-0.0201637;RO=44;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129747;STB=0.577493;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0231396;OID=.;OPOS=136237783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:44:45:40:40:0.470588:19:21:17:27:19:21:17:28 chr9 136262342 . C G 263.9 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0282549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.692;QD=15.2987;RBI=0.0283295;REFB=-0.0220494;REVB=0.00205542;RO=38;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938856;STB=0.562457;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0401921;OID=.;OPOS=136262342;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:20:10:16:22:20:10:17:22 chr9 136268038 . C T 1260.76 PASS AF=0.452055;AO=130;DP=292;FAO=132;FDP=292;FR=.;FRO=160;FSAF=85;FSAR=47;FSRF=84;FSRR=76;FWDB=0.00268616;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8173;QD=17.2707;RBI=0.0103077;REFB=-0.0166724;REVB=0.0099516;RO=160;SAF=83;SAR=47;SRF=84;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117754;STB=0.568258;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0379787;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:160:160:130:132:0.452055:47:83:84:76:47:85:84:76 chr9 136268084 . A G 1613.27 PASS AF=0.514469;AO=156;DP=298;FAO=160;FDP=311;FR=.;FRO=151;FSAF=94;FSAR=66;FSRF=97;FSRR=54;FWDB=0.00240925;FXX=0.0250776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.6875;QD=20.7495;RBI=0.00365364;REFB=-0.0461846;REVB=0.00274674;RO=141;SAF=91;SAR=65;SRF=89;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431946;STB=0.527753;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.032003;OID=.;OPOS=136268084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:311:141:151:156:160:0.514469:65:91:89:52:66:94:97:54 chr9 136277480 . A G 390.78 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0224672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.836;QD=18.176;RBI=0.0253087;REFB=-0.0181011;REVB=-0.0116515;RO=45;SAF=26;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219497;STB=0.626387;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.027166;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:45:40:41:0.476744:14:26:19:26:14:27:19:26 chr9 136291063 . C T 524.49 PASS AF=0.3875;AO=62;DP=160;FAO=62;FDP=160;FR=.;FRO=98;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.0189232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.986;QD=13.1122;RBI=0.021083;REFB=-0.0200734;REVB=0.00929537;RO=98;SAF=35;SAR=27;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762674;STB=0.504309;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0329793;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:98:98:62:62:0.3875:27:35:56:42:27:35:56:42 chr9 136295290 . A C 2672.41 PASS AF=1;AO=150;DP=191;FAO=189;FDP=189;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229496;FXX=0.0104707;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.5397;QD=56.559;RBI=0.150377;REFB=0.0396574;REVB=0.148616;RO=1;SAF=56;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050336;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246801;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:189:1:0:150:189:1:94:56:0:1:127:62:0:0 chr9 136301982 . C G 1201.98 PASS AF=0.491736;AO=119;DP=242;FAO=119;FDP=242;FR=.;FRO=123;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=36;FSRR=87;FWDB=0.010552;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.571;QD=19.8674;RBI=0.0145596;REFB=-0.00374286;REVB=0.0100318;RO=121;SAF=59;SAR=60;SRF=35;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190697;STB=0.603406;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00395475;OID=.;OPOS=136301982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:121:123:119:119:0.491736:60:59:35:86:60:59:36:87 chr9 136304497 . A G 330.74 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0154084;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.661;QD=13.4997;RBI=0.0210816;REFB=-0.00895965;REVB=-0.014388;RO=56;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143279;STB=0.503309;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0178302;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:56:61:37:37:0.377551:18:19:28:28:18:19:31:30 chr9 136308542 . C T 1453.73 PASS AF=0.435754;AO=156;DP=373;FAO=156;FDP=358;FR=.;FRO=202;FSAF=66;FSAR=90;FSRF=83;FSRR=119;FWDB=0.0182894;FXX=0.0503965;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0865;QD=16.2428;RBI=0.0202935;REFB=-0.00579678;REVB=-0.00879351;RO=194;SAF=66;SAR=90;SRF=75;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376774;STB=0.507057;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00759375;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:358:194:202:156:156:0.435754:90:66:75:119:90:66:83:119 chr9 136324239 . C A 564.02 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=-0.0129206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.196;QD=16.5889;RBI=0.018589;REFB=-0.0187178;REVB=-0.0133645;RO=76;SAF=26;SAR=34;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108426;STB=0.560325;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0251039;OID=.;OPOS=136324239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:76:60:60:0.441176:34:26:25:51:34:26:25:51 chr9 136328657 . T C 1413.66 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0707391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.142;QD=62.8293;RBI=0.0783546;REFB=0;REVB=0.0336961;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49559e-05;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr9 136340200 . T G 3302.61 PASS AF=0.995349;AO=172;DP=218;FAO=214;FDP=215;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=84;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229311;FXX=0.0137608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.735;QD=61.4438;RBI=0.0779706;REFB=0;REVB=0.0745223;RO=0;SAF=82;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941603;OID=.;OPOS=136340200;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:218:215:0:0:172:214:0.995349:90:82:0:0:130:84:0:0 chr9 136379890 . A G 1512.74 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272614;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.562;QD=59.9103;RBI=0.0452749;REFB=0;REVB=-0.0361474;RO=0;SAF=23;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42876e-05;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:78:23:0:0:78:23:0:0 chr9 136412170 . C T 559.68 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00176856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.658;QD=19.1345;RBI=0.0175832;REFB=-0.0112187;REVB=0.0174941;RO=59;SAF=28;SAR=30;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234623;STB=0.512967;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0138558;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:58:58:0.495726:30:28:30:29:30:28:30:29 chr9 136412236 . A T 689.87 PASS AF=0.476821;AO=72;DP=151;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0291031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.21;QD=18.2748;RBI=0.0311651;REFB=-0.00251917;REVB=-0.0111476;RO=79;SAF=44;SAR=28;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774417;STB=0.542889;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00278986;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:79:79:72:72:0.476821:28:44:42:37:28:44:42:37 chr9 136412255 . A C 648.21 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=146;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0148768;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.81;QD=18.0058;RBI=0.0150553;REFB=0.00386731;REVB=0.00231149;RO=77;SAF=42;SAR=24;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130387;STB=0.576447;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00337807;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:77:78:66:66:0.458333:24:42:39:38:24:42:39:39 chr9 136419629 . G A 1789.05 PASS AF=0.401606;AO=200;DP=498;FAO=200;FDP=498;FR=.;FRO=298;FSAF=114;FSAR=86;FSRF=146;FSRR=152;FWDB=-0.00343278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.573;QD=14.3699;RBI=0.0112355;REFB=-0.0162652;REVB=0.0106982;RO=290;SAF=114;SAR=86;SRF=141;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089389;STB=0.548205;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.02346;OID=.;OPOS=136419629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:498:498:290:298:200:200:0.401606:86:114:141:149:86:114:146:152 chr9 136444176 . C T 1583.01 PASS AF=0.483384;AO=160;DP=331;FAO=160;FDP=331;FR=.;FRO=171;FSAF=99;FSAR=61;FSRF=112;FSRR=59;FWDB=0.0442736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.978;QD=19.1301;RBI=0.0505157;REFB=-0.00397047;REVB=0.0243246;RO=169;SAF=99;SAR=61;SRF=110;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321443;STB=0.520017;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00446355;OID=.;OPOS=136444176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:169:171:160:160:0.483384:61:99:110:59:61:99:112:59 chr9 136518097 . A G 1116.47 PASS AF=0.457692;AO=117;DP=258;FAO=119;FDP=260;FR=.;FRO=141;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=-0.00266794;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.087;QD=17.1764;RBI=0.00295298;REFB=-0.0136315;REVB=-0.00126577;RO=140;SAF=50;SAR=67;SRF=69;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651457;STB=0.537175;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.014611;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:260:140:141:117:119:0.457692:67:50:69:71:68:51:70:71 chr9 136536679 . G A 825.86 PASS AF=0.464865;AO=84;DP=184;FAO=86;FDP=185;FR=.;FRO=99;FSAF=18;FSAR=68;FSRF=33;FSRR=66;FWDB=0.0074765;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3744;QD=17.8564;RBI=0.0768316;REFB=-0.00979324;REVB=0.076467;RO=99;SAF=18;SAR=66;SRF=32;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142497;STB=0.589773;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0119381;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:99:99:84:86:0.464865:66:18:32:67:68:18:33:66 chr9 136536793 . C G 2773.28 PASS AF=0.93;AO=186;DP=200;FAO=186;FDP=200;FR=.;FRO=14;FSAF=93;FSAR=93;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0246555;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.6365;QD=55.4655;RBI=0.0248152;REFB=-0.22939;REVB=0.00281022;RO=1;SAF=93;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509251;STB=0.509999;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0105122;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:200:200:1:14:186:186:0.93:93:93:1:0:93:93:9:5 chr9 136555629 . T C 447.5 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=126;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.106441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.502;QD=14.2063;RBI=0.106648;REFB=-0.0122257;REVB=-0.0066383;RO=75;SAF=20;SAR=31;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150367;STB=0.584872;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0210899;OID=.;OPOS=136555629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:75:51:51:0.404762:31:20:40:35:31:20:40:35 chr9 136559460 . C T 304.42 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0936202;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.856;QD=12.0564;RBI=0.0942052;REFB=0.00061004;REVB=-0.0104815;RO=63;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585063;STB=0.528327;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.000903291;OID=.;OPOS=136559460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:63:64:37:37:0.366337:18:19:29:34:18:19:30:34 chr9 136573412 . G A 1421.81 PASS AF=0.501779;AO=141;DP=281;FAO=141;FDP=281;FR=.;FRO=140;FSAF=49;FSAR=92;FSRF=54;FSRR=86;FWDB=0.000617033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.283;QD=20.2393;RBI=0.0423098;REFB=-0.0188491;REVB=0.0423053;RO=140;SAF=49;SAR=92;SRF=54;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377531;STB=0.520714;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0216546;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:140:140:141:141:0.501779:92:49:54:86:92:49:54:86 chr9 136599146 . C T 13018.7 PASS AF=0.988124;AO=828;DP=842;FAO=832;FDP=842;FR=.;FRO=10;FSAF=481;FSAR=351;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0303437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1379;QD=61.8466;RBI=0.125795;REFB=-0.198948;REVB=0.122081;RO=5;SAF=480;SAR=348;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000238766;STB=0.500951;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00157293;OID=.;OPOS=136599146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:842:842:5:10:828:832:0.988124:348:480:3:2:351:481:5:5 chr9 136628770 . T C 3026.63 PASS AF=1;AO=168;DP=198;FAO=194;FDP=194;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=86;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.119;QD=62.4048;RBI=0.0561162;REFB=0;REVB=0.0490792;RO=0;SAF=74;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48349e-05;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:198:194:0:0:168:194:1:94:74:0:0:108:86:0:0 chr9 136628771 . G C 124.16 PASS AF=0.138462;AO=25;DP=193;FAO=27;FDP=195;FR=.;FRO=168;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=76;FSRR=92;FWDB=-0.0107188;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.5756;QD=2.54695;RBI=0.0521944;REFB=-0.0348161;REVB=0.0510819;RO=168;SAF=9;SAR=16;SRF=76;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119589;STB=0.572829;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0203877;OID=.;OPOS=136628771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:168:168:25:27:0.138462:16:9:76:92:17:10:76:92 chr9 136897990 . CTTTTTTTTTTTTT CTTCTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTTT 549.8 PASS AF=0.119403,0,0.835821,0,0.0447761,0;AO=8,13,15,11,3,4;DP=66;FAO=8,0,56,0,3,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0,30,0,2,0;FSAR=2,0,26,0,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224772,-0.0260809,-0.0209974,-0.164703,-0.0705052,-0.109606;FXX=0.0563301;HRUN=13,13,13,13,13,1;LEN=1,3,2,1,1,2;MLLD=166.689,9.8608,10.054,3.68921,9.15583,12.3932;QD=32.8238;RBI=0.0224865,0.0357105,0.038471,0.167451,0.0890923,0.111752;REFB=0,0,0,0,0,0;REVB=0.000648669,0.0243932,0.0322355,0.0302126,0.0544651,-0.0217975;RO=0;SAF=6,9,9,4,2,2;SAR=2,4,6,7,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=5.58669e-08,0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,snp,mnp;VARB=0.0184924,0.0164493,0.0261888,0,-0.42962,-0.610075;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=136897993,136897991,136897991,136897991,136898003,136897990;OREF=T,TTT,TT,T,T,CT;OALT=C,-,-,-,A,TC;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:42:66:67:0:0:8,13,15,11,3,4:8,0,56,0,3,0:0.119403,0,0.835821,0,0.0447761,0:2,4,6,7,1,2:6,9,9,4,2,2:0:0:2,0,26,0,1,0:6,0,30,0,2,0:0:0 chr9 136898627 . A G 1007.6 PASS AF=0.985714;AO=64;DP=65;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0530627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8954;QD=57.5769;RBI=0.0546721;REFB=-0.1595;REVB=-0.0131677;RO=1;SAF=37;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125954;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0105414;OID=.;OPOS=136898627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:70:1:1:64:69:0.985714:27:37:1:0:27:42:1:0 chr9 136907005 . G A 2237.23 PASS AF=0.987179;AO=144;DP=147;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0173582;FXX=0.0188667;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.2403;QD=57.365;RBI=0.046927;REFB=-0.0668742;REVB=0.0435986;RO=3;SAF=67;SAR=77;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181641;STB=0.505952;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00705443;OID=.;OPOS=136907005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:156:3:2:144:154:0.987179:77:67:0:3:83:71:0:2 chr9 136913355 . T C 2320.33 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.53;QD=61.0614;RBI=0.0344638;REFB=0;REVB=-0.0232082;RO=0;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23789e-06;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:77:74:0:0:78:74:0:0 chr9 137271318 . C A 1086.56 PASS AF=0.537688;AO=106;DP=196;FAO=107;FDP=199;FR=.;FRO=92;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=-0.0136437;FXX=0.0292669;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.4378;QD=21.8404;RBI=0.0155149;REFB=-0.0129219;REVB=0.00738643;RO=87;SAF=51;SAR=55;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463405;STB=0.533804;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0135287;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:199:87:92:106:107:0.537688:55:51:37:50:55:52:38:54 chr9 137293761 . G A 194.1 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0185979;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.081;QD=31.0552;RBI=0.0248658;REFB=-0.0262334;REVB=0.0165053;RO=7;SAF=13;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499447;STB=0.502759;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00894781;OID=.;OPOS=137293761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:5:13:5:2:5:13:5:2 chr9 137330560 . C T 3021.51 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.985;QD=63.2776;RBI=0.0498382;REFB=0;REVB=0.0191171;RO=0;SAF=61;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94701e-05;OID=.;OPOS=137330560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:179:191:0:0:178:191:1:117:61:0:0:121:70:0:0 chr9 137332311 . T G 5268.57 PASS AF=1;AO=332;DP=337;FAO=333;FDP=333;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=200;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362274;FXX=0.0118691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.513;QD=63.2862;RBI=0.049225;REFB=-0.0232791;REVB=0.0490915;RO=1;SAF=133;SAR=199;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00239135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92282e-05;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:337:333:1:0:332:333:1:199:133:0:1:200:133:0:0 chr9 137619195 . C T 1435.23 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=105;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0173488;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.536;QD=55.2012;RBI=0.0328842;REFB=-0.0746714;REVB=0.0279354;RO=2;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193533;STB=0.50077;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000476954;OID=.;OPOS=137619195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:104:2:4:100:100:0.961538:48:52:0:2:48:52:2:2 chr9 137686906 . C T 2216.83 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.381;QD=63.338;RBI=0.0485031;REFB=0;REVB=-0.0478197;RO=0;SAF=74;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98589e-05;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:66:74:0:0:66:74:0:0 chr9 137690318 . A G,T 2056.09 PASS AF=0.158273,0.841727;AO=9,118;DP=127;FAO=22,117;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=13,49;FSAR=9,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041955,0.0709469;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.7123,61.8861;QD=59.1681;RBI=0.0524711,0.0742384;REFB=0,0;REVB=0.0523031,0.0218606;RO=0;SAF=8,53;SAR=1,65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.102562,-0.011009;OID=.,.;OPOS=137690318,137690318;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:85:127:139:0:0:9,118:22,117:0.158273,0.841727:1,65:8,53:0:0:9,68:13,49:0:0 chr9 137690319 . G T 40.65 PASS AF=0.0863309;AO=12;DP=139;FAO=12;FDP=139;FR=.;FRO=127;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=-0.00579947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4752;QD=1.16984;RBI=0.00744681;REFB=-0.0168027;REVB=-0.00467131;RO=127;SAF=1;SAR=11;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484373;STB=0.897831;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.134984;OID=.;OPOS=137690319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:139:139:127:127:12:12:0.0863309:11:1:61:66:11:1:61:66 chr9 137707834 . G A 860.04 PASS AF=0.494318;AO=87;DP=175;FAO=87;FDP=176;FR=.;FRO=89;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.00877902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.362;QD=19.5463;RBI=0.0097289;REFB=-0.0143394;REVB=0.00419289;RO=88;SAF=37;SAR=50;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272091;STB=0.518199;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0173434;OID=.;OPOS=137707834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:88:89:87:87:0.494318:50:37:40:48:50:37:41:48 chr9 137708934 . T G 563.67 PASS AF=0.541284;AO=54;DP=106;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.05892;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.487;QD=20.6852;RBI=0.0589383;REFB=-0.0131724;REVB=-0.00147049;RO=50;SAF=26;SAR=28;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172612;STB=0.571584;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00643331;OID=.;OPOS=137708934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:50:50:54:59:0.541284:28:26:34:16:28:31:34:16 chr9 137711997 . G C 467.0 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.00432682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1299;QD=15.438;RBI=0.0220302;REFB=-0.0038162;REVB=0.0216011;RO=69;SAF=32;SAR=20;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15611;STB=0.587595;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00540948;OID=.;OPOS=137711997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:69:52:52:0.429752:20:32:32:37:20:32:32:37 chr9 137735232 . GCTAT G 772.49 PASS AF=0.380342;AO=87;DP=224;FAO=89;FDP=234;FR=.;FRO=145;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=65;FSRR=80;FWDB=0.0204512;FXX=0.0126577;HRUN=1;LEN=4;MLLD=289.926;QD=13.205;RBI=0.0285683;REFB=-0.0195646;REVB=-0.0199473;RO=112;SAF=36;SAR=51;SRF=46;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321021;STB=0.520608;STBP=0.617;TYPE=del;VARB=0.0290255;OID=.;OPOS=137735233;OREF=CTAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380342:87:224:89:234:145:37:52:65:80:99:112:36:51:46:66 chr9 137735274 . A T 775.44 PASS AF=0.433673;AO=85;DP=200;FAO=85;FDP=196;FR=.;FRO=111;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=43;FSRR=68;FWDB=-0.0367679;FXX=0.0392138;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7314;QD=15.8254;RBI=0.0616613;REFB=-0.00117954;REVB=-0.0495;RO=104;SAF=33;SAR=52;SRF=37;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341812;STB=0.500505;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00325395;OID=.;OPOS=137735274;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:196:104:111:85:85:0.433673:52:33:37:67:52:33:43:68 chr9 137742124 . G A 429.29 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.048993;FXX=0.059994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4115;QD=18.2677;RBI=0.0992047;REFB=-0.0416905;REVB=-0.0862627;RO=50;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304355;STB=0.522245;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0437904;OID=.;OPOS=137742124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:94:50:51:43:43:0.457447:21:22:24:26:21:22:24:27 chr9 137742597 . A G 117.85 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0182478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7191;QD=15.2061;RBI=0.0196981;REFB=0.00250817;REVB=-0.00741848;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112472;STB=0.565122;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00309225;OID=.;OPOS=137742597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:8:9:9:5:8:9 chr9 137775212 . G A 957.8 PASS AF=0.492228;AO=95;DP=193;FAO=95;FDP=193;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=-0.0276867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8838;QD=19.8507;RBI=0.10213;REFB=0.00904895;REVB=0.0983056;RO=98;SAF=44;SAR=51;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417023;STB=0.52294;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00883738;OID=.;OPOS=137775212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:98:98:95:95:0.492228:51:44:41:57:51:44:41:57 chr9 137777727 . C T 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0398466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9938;QD=23.6748;RBI=0.04407;REFB=-0.00612742;REVB=0.018826;RO=16;SAF=16;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133651;STB=0.575087;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00806281;OID=.;OPOS=137777727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:5:16:10:6:5:16:10:6 chr9 137801314 . A G 355.06 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0322115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.696;QD=16.3245;RBI=0.034546;REFB=-0.00398367;REVB=-0.0124839;RO=48;SAF=12;SAR=26;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213843;STB=0.626835;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00856305;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:49:38:38:0.436782:26:12:25:23:26:12:26:23 chr9 137801416 . T C 140.07 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00326213;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4264;QD=12.1802;RBI=0.00722753;REFB=0.00298625;REVB=0.00644947;RO=30;SAF=4;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230451;STB=0.637316;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0101509;OID=.;OPOS=137801416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:30:16:16:0.347826:12:4:13:17:12:4:13:17 chr9 137801800 . T C 721.61 PASS AF=0.433333;AO=78;DP=181;FAO=78;FDP=180;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=0.00910339;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6699;QD=16.0357;RBI=0.0243713;REFB=0.00197838;REVB=-0.0226073;RO=102;SAF=36;SAR=42;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192369;STB=0.510727;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00285892;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:102:102:78:78:0.433333:42:36:49:53:42:36:49:53 chr9 137804360 . A G 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00963892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4071;QD=11.7806;RBI=0.0353306;REFB=-0.000601941;REVB=-0.0339903;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194187;STB=0.614829;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00112759;OID=.;OPOS=137804360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:6:10:14:17:6:10:14:17 chr9 137809685 . C A 593.41 PASS AF=0.457746;AO=60;DP=136;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00878715;FXX=0.00699252;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.697;QD=16.7158;RBI=0.0139846;REFB=-0.0132485;REVB=0.0108792;RO=75;SAF=31;SAR=29;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630029;STB=0.537102;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0201276;OID=.;OPOS=137809685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:142:75:77:60:65:0.457746:29:31:34:41:31:34:35:42 chr9 137968919 . G A,GAA 3308.36 PASS AF=0.0405405,0.945946;AO=12,188;DP=230;FAO=9,210;FDP=222;FR=.;FRO=3;FSAF=4,116;FSAR=5,94;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00738512,0.005384;FXX=0.00892817;HRUN=2,0;LEN=1,2;MLLD=25.8223,261.873;QD=59.61;RBI=0.106436,0.0364295;REFB=-0.247692,-0.0659935;REVB=0.10618,0.0360295;RO=16;SAF=6,106;SAR=6,82;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.122388,0.0284633;STB=0.615147,0.507853;STBP=0.237,0.089;TYPE=snp,ins;VARB=0.0311706,0.000696957;OID=.,.;OPOS=137968919,137968920;OREF=G,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:230:222:16:3:12,188:9,210:0.0405405,0.945946:6,82:6,106:6:10:5,94:4,116:0:3 chr9 137978552 . A G 549.69 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.024092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0069;QD=16.1675;RBI=0.0426413;REFB=-0.0113769;REVB=-0.0351831;RO=76;SAF=29;SAR=30;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179832;STB=0.51359;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0170606;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:76:77:59:59:0.433824:30:29:36:40:30:29:36:41 chr9 137982127 . T C 705.15 PASS AF=0.378995;AO=82;DP=223;FAO=83;FDP=219;FR=.;FRO=136;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=53;FSRR=83;FWDB=-0.00419191;FXX=0.0223204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.609;QD=12.8794;RBI=0.0118188;REFB=-0.0126915;REVB=-0.0110504;RO=139;SAF=30;SAR=52;SRF=52;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00983809;STB=0.518807;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.020423;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:219:139:136:82:83:0.378995:52:30:52:87:53:30:53:83 chr9 138236212 . T G 1227.94 PASS AF=0.508264;AO=114;DP=234;FAO=123;FDP=242;FR=.;FRO=119;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=-0.00825047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.511;QD=20.2966;RBI=0.0134127;REFB=0.00047027;REVB=0.010575;RO=111;SAF=52;SAR=62;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598197;STB=0.52814;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.000631328;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:242:111:119:114:123:0.508264:62:52:58:53:69:54:59:60 chr9 138236243 . A T 52.46 PASS AF=0.119266;AO=11;DP=109;FAO=13;FDP=109;FR=.;FRO=96;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=66;FWDB=-0.000486163;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.594;QD=1.92511;RBI=0.00925673;REFB=-0.000179842;REVB=-0.00924395;RO=93;SAF=11;SAR=0;SRF=27;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.730988;STB=0.949805;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0135417;OID=.;OPOS=138236243;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:109:109:93:96:11:13:0.119266:0:11:27:66:1:12:30:66 chr9 138376649 . T C 3274.5 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4985;QD=62.0758;RBI=0.055256;REFB=0;REVB=0.0548091;RO=0;SAF=95;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116319;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:211:0:0:210:211:1:115:95:0:0:115:96:0:0 chr9 138376972 . A G 689.17 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.215;QD=62.6521;RBI=0.0715914;REFB=0;REVB=-0.0649668;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.43478e-05;OID=.;OPOS=138376972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr9 138377657 . T C 3214.76 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.114;QD=61.8224;RBI=0.0113892;REFB=0;REVB=0.00575814;RO=0;SAF=126;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50944e-06;OID=.;OPOS=138377657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:82:126:0:0:82:126:0:0 chr9 138377675 . G C 31.22 PASS AF=0.0655738;AO=15;DP=243;FAO=16;FDP=244;FR=.,HEALED;FRO=228;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=128;FSRR=100;FWDB=-0.0853991;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.1689;QD=0.511849;RBI=0.0926121;REFB=-0.010633;REVB=0.0358328;RO=187;SAF=14;SAR=1;SRF=99;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481138;STB=0.913162;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.169597;OID=.;OPOS=138377675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:243:244:187:228:15:16:0.0655738:1:14:99:88:1:15:128:100 chr9 138377853 . A G 2211.62 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.022;QD=63.1891;RBI=0.0507382;REFB=0;REVB=0.0324227;RO=0;SAF=71;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95235e-05;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:130:140:0:0:130:140:1:59:71:0:0:68:72:0:0 chr9 138377915 . G A 1440.44 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6023;QD=62.6277;RBI=0.0718235;REFB=0;REVB=0.071186;RO=1;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869802;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489547;OID=.;OPOS=138377915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:1:0:91:92:1:54:37:0:1:55:37:0:0 chr9 138378856 . A G 2747.57 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.188;QD=61.7432;RBI=0.0512972;REFB=0;REVB=-0.0436036;RO=0;SAF=79;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57231e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56303e-05;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:176:178:0:0:175:178:1:96:79:0:0:97:81:0:0 chr9 138379002 . T G 2250.84 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155381;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.689;QD=62.5232;RBI=0.0443039;REFB=0;REVB=0.0414898;RO=0;SAF=52;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414208;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:144:0:0:140:144:1:88:52:0:0:90:54:0:0 chr9 138379059 . G T 3723.96 PASS AF=1;AO=235;DP=237;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103973;FXX=0.00840301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5708;QD=63.118;RBI=0.0672782;REFB=-0.00479931;REVB=0.06647;RO=1;SAF=92;SAR=143;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244234;OID=.;OPOS=138379059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:237:236:1:0:235:236:1:143:92:0:1:143:93:0:0 chr9 138380334 . T C 1376.92 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.81;QD=62.5874;RBI=0.0159651;REFB=0;REVB=0.0158489;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70646e-05;OID=.;OPOS=138380334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:40:46:0:0:42:46:0:0 chr9 138391299 . T A 832.45 PASS AF=0.446078;AO=86;DP=198;FAO=91;FDP=204;FR=.;FRO=113;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=-0.0251357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.78;QD=16.3226;RBI=0.0282867;REFB=-0.0110219;REVB=-0.0129744;RO=112;SAF=37;SAR=49;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894401;STB=0.559847;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.018971;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:204:112:113:86:91:0.446078:49:37:58:54:54:37:58:55 chr9 138439062 . G A 1935.5 PASS AF=0.583062;AO=179;DP=307;FAO=179;FDP=307;FR=.;FRO=128;FSAF=72;FSAR=107;FSRF=27;FSRR=101;FWDB=0.00961248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.09;QD=25.2183;RBI=0.0135525;REFB=-0.0134773;REVB=0.0095535;RO=128;SAF=72;SAR=107;SRF=27;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159086;STB=0.5857;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00698528;OID=.;OPOS=138439062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:128:128:179:179:0.583062:107:72:27:101:107:72:27:101 chr9 138439806 . C T 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0470229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4582;QD=14.4726;RBI=0.0627489;REFB=-0.018692;REVB=0.0415484;RO=42;SAF=13;SAR=17;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117375;STB=0.566622;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0289876;OID=.;OPOS=138439806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:17:13:23:19:17:13:23:19 chr9 138439809 . T C 253.9 PASS AF=0.42029;AO=30;DP=71;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0130905;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.493;QD=14.7186;RBI=0.0130921;REFB=-0.0197475;REVB=-0.000201039;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142445;STB=0.579104;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0327896;OID=.;OPOS=138439809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:40:40:30:29:0.42029:17:13:23:17:17:12:22:18 chr9 138440525 . C G 768.41 PASS AF=0.481928;AO=80;DP=166;FAO=80;FDP=166;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=30;FWDB=0.00837234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.734;QD=18.516;RBI=0.00893364;REFB=-0.00979446;REVB=0.0031167;RO=82;SAF=42;SAR=38;SRF=52;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101222;STB=0.565941;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0189894;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:82:86:80:80:0.481928:38:42:52:30:38:42:56:30 chr9 138440527 . T C 814.15 PASS AF=0.5;AO=83;DP=166;FAO=83;FDP=166;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=-0.0411662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.079;QD=19.618;RBI=0.0431903;REFB=-0.00913146;REVB=-0.0130672;RO=80;SAF=45;SAR=38;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751155;STB=0.542767;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0207129;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:80:83:83:83:0.5:38:45:50:30:38:45:52:31 chr9 138440554 . G C 809.76 PASS AF=0.445026;AO=85;DP=191;FAO=85;FDP=191;FR=.;FRO=106;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0129313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2386;QD=16.9582;RBI=0.0281293;REFB=-0.00488896;REVB=-0.0249808;RO=106;SAF=50;SAR=35;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986205;STB=0.55485;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0062945;OID=.;OPOS=138440554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:106:106:85:85:0.445026:35:50:52:54:35:50:52:54 chr9 138440562 . C T 789.05 PASS AF=0.4375;AO=82;DP=190;FAO=84;FDP=192;FR=.;FRO=108;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.0290333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7816;QD=16.4386;RBI=0.0385542;REFB=0.0178454;REVB=0.0253672;RO=108;SAF=48;SAR=34;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088057;STB=0.554422;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0245154;OID=.;OPOS=138440562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:108:108:82:84:0.4375:34:48:54:54:34:50:54:54 chr9 138440624 . G C 560.26 PASS AF=0.412903;AO=64;DP=155;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.00852648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5987;QD=14.4582;RBI=0.0196636;REFB=0.000277572;REVB=0.0177188;RO=91;SAF=34;SAR=30;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757538;STB=0.504251;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.000215842;OID=.;OPOS=138440624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:91:91:64:64:0.412903:30:34:49:42:30:34:49:42 chr9 138440641 . T C 1611.04 PASS AF=0.973684;AO=110;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0169056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.883;QD=56.5279;RBI=0.01693;REFB=-0.249854;REVB=-0.000908277;RO=0;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49535e-08;STB=0.511998;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000751095;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:114:0:3:110:111:0.973684:50:60:0:0:50:61:3:0 chr9 138456155 . C A 1608.34 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.301;QD=64.3338;RBI=0.040472;REFB=0;REVB=0.0113037;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22477e-05;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:52:46:0:0:52:48:0:0 chr9 138457209 . C G 2115.04 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0144797;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.102;QD=61.753;RBI=0.0461129;REFB=-0.0784785;REVB=0.0437806;RO=0;SAF=68;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000216622;OID=.;OPOS=138457209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:0:1:136:136:0.992701:68:68:0:0:68:68:0:1 chr9 138457475 . CT C,CC,CG 1444.12 PASS AF=0.990196,0,0;AO=85,8,6;DP=104;FAO=101,0,0;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=25,0,0;FSAR=76,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.187386,0.150008,0.194067;FXX=0.0285687;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=272.006,255.894,249.187;QD=56.6321;RBI=0.187396,0.150041,0.194069;REFB=-0.0231473,-0.0207129,-0.0244657;REVB=-0.00186556,-0.00316222,-0.000801161;RO=2;SAF=15,3,2;SAR=70,5,4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0238156,-0.0459355,-0.0772509;STB=0.503267,0.5,0.5;STBP=0.607,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.000408965,-0.041608,0;OID=.,.,.;OPOS=138457476,138457476,138457476;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990196,0,0:85,8,6:104:101,0,0:102:1:25,0,0:76,0,0:0:1:4:2:15,3,2:70,5,4:1:1 chr9 138458462 . C T 4189.44 PASS AF=0.989051;AO=265;DP=266;FAO=271;FDP=274;FR=.;FRO=3;FSAF=97;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0809736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.949;QD=61.1596;RBI=0.0821691;REFB=-0.0574573;REVB=-0.0139657;RO=1;SAF=90;SAR=175;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00271673;STB=0.504273;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00056635;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:266:274:1:3:265:271:0.989051:175:90:0:1:174:97:0:3 chr9 138458570 . C T 5709.62 PASS AF=0.991979;AO=366;DP=369;FAO=371;FDP=374;FR=.;FRO=3;FSAF=234;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00704535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.406;QD=61.0654;RBI=0.0605611;REFB=-0.0440375;REVB=0.0601499;RO=1;SAF=234;SAR=132;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00360122;STB=0.505415;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000398409;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:369:374:1:3:366:371:0.991979:132:234:0:1:137:234:0:3 chr9 138515991 . A G 555.95 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0267092;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0669;QD=20.0341;RBI=0.0267123;REFB=0.0246696;REVB=0.00041216;RO=55;SAF=18;SAR=39;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117832;STB=0.568725;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0228861;OID=.;OPOS=138515991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:55:54:57:57:0.513514:39:18:24:31:39:18:24:30 chr9 138516190 . T C 2306.15 PASS AF=1;AO=145;DP=148;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331738;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4274;QD=63.1823;RBI=0.0382745;REFB=-0.0896864;REVB=-0.0190901;RO=1;SAF=70;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629883;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113569;OID=.;OPOS=138516190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:148:146:1:0:145:146:1:75:70:0:1:76:70:0:0 chr9 138518010 . A G 3500.63 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267562;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.574;QD=62.7916;RBI=0.0269833;REFB=0;REVB=-0.00349333;RO=1;SAF=93;SAR=129;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00367951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31337e-05;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:223:1:0:222:223:1:129:93:0:1:129:94:0:0 chr9 138523332 . C A 1526.08 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.123;QD=63.5867;RBI=0.0318007;REFB=0;REVB=0.0288598;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88663e-05;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:96:0:0:91:96:1:51:40:0:0:54:42:0:0 chr9 138557934 . C A 1141.26 PASS AF=0.549505;AO=106;DP=196;FAO=111;FDP=202;FR=.;FRO=91;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=0.0106481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.589;QD=22.5992;RBI=0.0138819;REFB=-0.0184992;REVB=0.00890653;RO=90;SAF=54;SAR=52;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119986;STB=0.555993;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0235664;OID=.;OPOS=138557934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:202:90:91:106:111:0.549505:52:54:33:57:57:54:33:58 chr9 138586198 . G A 864.02 PASS AF=0.953846;AO=59;DP=63;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00622587;FXX=0.0298463;HRUN=6;LEN=1;MLLD=269.055;QD=53.1702;RBI=0.0165245;REFB=-0.0856637;REVB=0.0153068;RO=3;SAF=29;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015969;STB=0.50769;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.000342661;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:65:3:3:59:62:0.953846:30:29:2:1:31:31:2:1 chr9 138586966 . GC AA 5475.32 PASS AF=1;AO=347;DP=355;FAO=350;FDP=350;FR=.;FRO=0;FSAF=190;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317012;FXX=0.0140841;HRUN=4;LEN=2;MLLD=164.337;QD=62.5751;RBI=0.0317895;REFB=0;REVB=-0.00236661;RO=0;SAF=189;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.69707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.1358e-05;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:355:350:0:0:347:350:1:158:189:0:0:160:190:0:0 chr9 138590928 . C T 3334.26 PASS AF=0.978261;AO=191;DP=230;FAO=225;FDP=230;FR=.;FRO=5;FSAF=115;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0389379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.508;QD=57.987;RBI=0.0481533;REFB=-0.0196388;REVB=0.0283299;RO=0;SAF=82;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73325e-08;STB=0.506764;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=6.18207e-05;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:230:230:0:5:191:225:0.978261:109:82:0:0:110:115:1:4 chr9 138591266 . A G 4164.66 PASS AF=1;AO=248;DP=252;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229716;FXX=0.00371733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.911;QD=62.1591;RBI=0.02368;REFB=0;REVB=-0.00574846;RO=0;SAF=110;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438367;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:252:268:0:0:248:268:1:138:110:0:0:141:127:0:0 chr9 138644203 . T C 327.15 PASS AF=0.406593;AO=35;DP=90;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.022012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7837;QD=14.38;RBI=0.0471715;REFB=-0.00760164;REVB=0.0417207;RO=52;SAF=17;SAR=18;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958487;STB=0.540903;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0192746;OID=.;OPOS=138644203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:54:35:37:0.406593:18:17:30:22:19:18:30:24 chr9 138678255 . G A 291.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0112868;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.187;QD=25.9093;RBI=0.0140872;REFB=-0.0524897;REVB=0.00842947;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345809;STB=0.544007;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0399969;OID=.;OPOS=138678255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:19:26:26:0.577778:11:15:9:8:11:15:9:10 chr9 138712896 . C T 859.36 PASS AF=0.50289;AO=85;DP=172;FAO=87;FDP=173;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.00312596;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.544;QD=19.8697;RBI=0.0127345;REFB=-0.0201357;REVB=0.0123449;RO=86;SAF=28;SAR=57;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15435;STB=0.581948;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0182799;OID=.;OPOS=138712896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:86:86:85:87:0.50289:57:28:42:44:58:29:42:44 chr9 138838140 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.59;QD=60.2045;RBI=0.00567522;REFB=0;REVB=0.0018185;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26959e-06;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr9 138898893 . C G 1930.42 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451934;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.124;QD=61.7733;RBI=0.041174;REFB=0;REVB=0.0409252;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352111;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:65:59:0:0:66:59:0:0 chr9 138899253 . G GCA 203.94 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000662072;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.39;QD=38.8462;RBI=0.0457556;REFB=-0.0920713;REVB=0.0457508;RO=6;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755808;STB=0.571351;STBP=0.137;TYPE=ins;VARB=0.0127275;OID=.;OPOS=138899254;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:18:24:18:21:3:9:9:3:0:14:6:9:9:4:2 chr9 138899276 . TACAC T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148136;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=316.029;QD=37.4885;RBI=0.0165408;REFB=0;REVB=-0.00735895;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000371869;OID=.;OPOS=138899277;OREF=ACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:8:8:0:4:4:0:0:4:0:4:4:0:0 chr9 138903671 . A G 3455.9 PASS AF=1;AO=213;DP=213;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0929109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5471;QD=61.9892;RBI=0.104193;REFB=0;REVB=0.0471558;RO=0;SAF=75;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018273;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:213:223:0:0:213:223:1:138:75:0:0:140:83:0:0 chr9 138905136 . C T 6798.99 PASS AF=1;AO=429;DP=432;FAO=429;FDP=429;FR=.;FRO=0;FSAF=207;FSAR=222;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117338;FXX=0.00694428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.597;QD=63.3939;RBI=0.0335477;REFB=-0.0526381;REVB=0.0314288;RO=1;SAF=207;SAR=222;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93111e-05;OID=.;OPOS=138905136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:432:429:1:0:429:429:1:222:207:1:0:222:207:0:0 chr9 139008803 . T G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0221382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.902;QD=7.76204;RBI=0.0419241;REFB=0.00453234;REVB=-0.0356024;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110573;STB=0.57117;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.010325;OID=.;OPOS=139008803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:10:3:1:5:10:3 chr9 139090592 . A AC 65.17 PASS AF=0.0638587;AO=77;DP=747;FAO=47;FDP=736;FR=.;FRO=689;FSAF=6;FSAR=41;FSRF=406;FSRR=283;FWDB=-0.0443309;FXX=0.0120804;HRUN=0;LEN=1;MLLD=61.7909;QD=0.354171;RBI=0.0607163;REFB=-0.00122231;REVB=-0.0414879;RO=646;SAF=24;SAR=53;SRF=383;SRR=263;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339983;STB=0.896641;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0255964;OID=.;OPOS=139090593;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0638587:77:747:47:736:689:6:41:406:283:65:646:24:53:383:263 chr9 139142710 . G A 326.61 PASS AF=0.682927;AO=27;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0228033;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.902;QD=31.8644;RBI=0.0704438;REFB=-0.0038095;REVB=0.0666508;RO=14;SAF=10;SAR=17;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107636;STB=0.544716;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00174029;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:13:27:28:0.682927:17:10:3:11:18:10:3:10 chr9 139142808 . T C 1436.16 PASS AF=0.98;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0458668;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4645;QD=57.4465;RBI=0.0829583;REFB=0.0796489;REVB=0.0691253;RO=2;SAF=36;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00527961;STB=0.502849;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00171458;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:97:98:0.98:61:36:1:1:62:36:1:1 chr9 139143045 . T A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00488487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.091;QD=20.16;RBI=0.00768729;REFB=-0.0188347;REVB=-0.00593569;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166101;STB=0.594472;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.016727;OID=.;OPOS=139143045;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:7:7:11:5:7:7 chr9 139221567 . C A 293.58 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=71;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0317146;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.4018;QD=14.6788;RBI=0.0495577;REFB=-0.0720193;REVB=0.0380808;RO=33;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085427;STB=0.550991;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0537036;OID=.;OPOS=139221567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:80:33:45:27:35:0.4375:17:10:15:18:21:14:22:23 chr9 139252495 . G A 7841.13 PASS AF=1;AO=497;DP=506;FAO=499;FDP=499;FR=.;FRO=0;FSAF=228;FSAR=271;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384915;FXX=0.0215682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.076;QD=62.8547;RBI=0.0622906;REFB=-0.0280546;REVB=0.0489747;RO=1;SAF=226;SAR=271;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0017586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36042e-05;OID=.;OPOS=139252495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:506:499:1:0:497:499:1:271:226:0:1:271:228:0:0 chr9 139273402 . C G,T 1197.71 PASS AF=0.0493827,0.950617;AO=3,77;DP=81;FAO=4,77;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=3,46;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0848311,0.0119548;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=12.5478,158.412;QD=59.146;RBI=0.0909377,0.120033;REFB=-0.00428372,-0.0439215;REVB=-0.0327621,0.119436;RO=1;SAF=3,46;SAR=0,31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0150214;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.345392,-0.00010232;OID=.,.;OPOS=139273402,139273402;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:81:81:1:0:3,77:4,77:0.0493827,0.950617:0,31:3,46:0:1:1,31:3,46:0:0 chr9 139343718 . TCTG TTG,TTGT,TTTG 1127.63 PASS AF=0.0263158,0.0131579,0.960526;AO=14,4,58;DP=76;FAO=2,1,73;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,23;FSAR=2,0,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941416,0.0798247,0.0851169;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=210.379,159.592,220.431;QD=59.3489;RBI=0.0944454,0.0798324,0.0853563;REFB=0,0,0;REVB=0.00756846,-0.00110673,0.0063878;RO=0;SAF=9,4,11;SAR=5,0,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.000946963,-0.0739581,0.00742585;OID=.,.,.;OPOS=139343719,139343719,139343719;OREF=C,CTG,C;OALT=-,TGT,T;OMAPALT=TTG,TTGT,TTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0263158,0.0131579,0.960526:14,4,58:76:2,1,73:76:0:0,1,23:2,0,50:0:0:5:0:9,4,11:5,0,47:0:0 chr9 139379626 . T C 1146.39 PASS AF=0.523364;AO=111;DP=217;FAO=112;FDP=214;FR=.;FRO=102;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=-0.00385068;FXX=0.0446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.489;QD=21.4278;RBI=0.0124021;REFB=-0.00554652;REVB=0.0117892;RO=99;SAF=54;SAR=57;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713478;STB=0.533171;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00622451;OID=.;OPOS=139379626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:214:99:102:111:112:0.523364:57:54:40:59:57:55:43:59 chr9 139380320 . C T 1529.87 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.242;QD=63.7448;RBI=0.0270641;REFB=0;REVB=0.0157555;RO=0;SAF=37;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31199e-05;OID=.;OPOS=139380320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:59:37:0:0:59:37:0:0 chr9 139391636 . G A 6353.55 PASS AF=1;AO=404;DP=405;FAO=404;FDP=404;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=219;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165508;FXX=0.00246907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.525;QD=62.9065;RBI=0.0209635;REFB=0;REVB=0.0208981;RO=0;SAF=185;SAR=219;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20298e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10955e-07;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:405:404:0:0:404:404:1:219:185:0:0:219:185:0:0 chr9 139397707 . G A 1896.2 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.492;QD=61.665;RBI=0.0362948;REFB=0;REVB=0.0180232;RO=0;SAF=54;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49037e-05;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:69:54:0:0:69:54:0:0 chr9 139407932 . A G 513.76 PASS AF=0.478261;AO=54;DP=116;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.00670877;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5728;QD=17.8698;RBI=0.031164;REFB=-0.0153274;REVB=-0.0304333;RO=60;SAF=32;SAR=22;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227296;STB=0.619377;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0116566;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:60:60:54:55:0.478261:22:32:21:39:23:32:21:39 chr9 139418260 . A G 316.44 PASS AF=0.472973;AO=33;DP=72;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.00461985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.777;QD=17.1049;RBI=0.0303666;REFB=-0.000102366;REVB=-0.0300132;RO=37;SAF=10;SAR=23;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101861;STB=0.51922;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000616993;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:37:39:33:35:0.472973:23:10:8:29:25:10:10:29 chr9 139510820 . G A 1321.04 PASS AF=0.855932;AO=99;DP=119;FAO=101;FDP=118;FR=.;FRO=17;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0232156;FXX=0.0247913;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.104;QD=44.7811;RBI=0.0354793;REFB=-0.0181475;REVB=0.0268294;RO=16;SAF=54;SAR=45;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448751;STB=0.526204;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000286541;OID=.;OPOS=139510820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:119:118:16:17:99:101:0.855932:45:54:6:10:47:54:6:11 chr9 139510821 . T A 34.79 PASS AF=0.0901639;AO=11;DP=122;FAO=11;FDP=122;FR=.;FRO=111;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.0202947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.396;QD=1.14053;RBI=0.0252228;REFB=-0.0145536;REVB=-0.0149771;RO=108;SAF=6;SAR=5;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527215;STB=0.537246;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0370527;OID=.;OPOS=139510821;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:122:122:108:111:11:11:0.0901639:5:6:54:54:5:6:56:55 chr9 139510938 . T C 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.627;QD=57.1003;RBI=0.0126538;REFB=0;REVB=0.0125926;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3102e-05;OID=.;OPOS=139510938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr9 139564668 . G A 1070.83 PASS AF=0.458333;AO=110;DP=244;FAO=110;FDP=240;FR=.;FRO=130;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=69;FSRR=61;FWDB=0.00141228;FXX=0.0163928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.571;QD=17.8472;RBI=0.00889989;REFB=-0.017078;REVB=-0.00878712;RO=129;SAF=61;SAR=49;SRF=69;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019369;STB=0.512995;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0216583;OID=.;OPOS=139564668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:240:129:130:110:110:0.458333:49:61:69:60:49:61:69:61 chr9 139616742 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.504;QD=62.9826;RBI=0.0595858;REFB=0;REVB=0.00849556;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131585;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr9 139635287 . C T 394.54 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00200251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.47;QD=19.9765;RBI=0.0442304;REFB=-0.00925753;REVB=0.044185;RO=39;SAF=27;SAR=13;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242458;STB=0.63481;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00934051;OID=.;OPOS=139635287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:13:27:16:23:13:27:16:23 chr9 139649580 . G A 2012.78 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3911;QD=60.0829;RBI=0.156239;REFB=-0.0765318;REVB=0.0966431;RO=2;SAF=72;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00200696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019324;OID=.;OPOS=139649580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:129:134:2:0:127:134:1:55:72:1:1:61:73:0:0 chr9 139650060 . C A 2146.57 PASS AF=0.972414;AO=139;DP=144;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0259567;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.4524;QD=59.2158;RBI=0.0348135;REFB=0.0380898;REVB=-0.0231998;RO=4;SAF=61;SAR=78;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237544;STB=0.512193;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00163678;OID=.;OPOS=139650060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:144:145:4:4:139:141:0.972414:78:61:0:4:80:61:0:4 chr9 139652338 . C G 3336.63 PASS AF=0.986364;AO=217;DP=220;FAO=217;FDP=220;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=122;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.015509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4307;QD=60.666;RBI=0.0297405;REFB=-0.0171101;REVB=0.0253765;RO=3;SAF=95;SAR=122;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00275718;STB=0.501447;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.000189035;OID=.;OPOS=139652338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:220:220:3:3:217:217:0.986364:122:95:1:2:122:95:1:2 chr9 139656670 . T C 4689.08 PASS AF=0.965625;AO=308;DP=324;FAO=309;FDP=320;FR=.;FRO=11;FSAF=169;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0190462;FXX=0.0153841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.732;QD=58.6135;RBI=0.0454312;REFB=-0.0624344;REVB=0.0412461;RO=12;SAF=169;SAR=139;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394085;STB=0.518899;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00374581;OID=.;OPOS=139656670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:324:320:12:11:308:309:0.965625:139:169:0:12:140:169:0:11 chr9 139656706 . A C 6046.73 PASS AF=1;AO=373;DP=375;FAO=388;FDP=388;FR=.;FRO=0;FSAF=192;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124446;FXX=0.00512807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.995;QD=62.3374;RBI=0.0136367;REFB=0;REVB=-0.00557603;RO=0;SAF=180;SAR=193;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001312;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:375:388:0:0:373:388:1:193:180:0:0:196:192:0:0 chr9 139657834 . G C 2293.88 PASS AF=0.934911;AO=158;DP=169;FAO=158;FDP=169;FR=.;FRO=11;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0138402;FXX=0.0116952;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.066;QD=54.293;RBI=0.0262216;REFB=-0.0436226;REVB=0.0222715;RO=11;SAF=84;SAR=74;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208081;STB=0.510963;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0034341;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:169:169:11:11:158:158:0.934911:74:84:4:7:74:84:4:7 chr9 139690840 . G A 1434.5 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.936;QD=63.0551;RBI=0.042488;REFB=0;REVB=0.0411801;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10317e-05;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:57:33:0:0:58:33:0:0 chr9 139700605 . T C 1752.49 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984526;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8234;QD=60.9561;RBI=0.0485588;REFB=0;REVB=0.0475503;RO=0;SAF=69;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023596;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:46:69:0:0:46:69:0:0 chr9 139701108 . A C 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4926;QD=61.328;RBI=0.131431;REFB=0;REVB=-0.0189126;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00192842;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr9 139726239 . A G 444.71 PASS AF=0.353333;AO=50;DP=144;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.0956119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.6284;QD=11.8588;RBI=0.106062;REFB=-0.00397283;REVB=-0.0459079;RO=94;SAF=21;SAR=29;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310155;STB=0.5087;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00503941;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:150:94:97:50:53:0.353333:29:21:37:57:31:22:39:58 chr9 139731969 . C T 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7947;QD=48.7278;RBI=0.0340641;REFB=0;REVB=0.0340641;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723681;OID=.;OPOS=139731969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:17:0:0:0:17:0:0:0 chr9 139732331 . G C 3781.66 PASS AF=1;AO=238;DP=242;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211193;FXX=0.0123452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.571;QD=63.0276;RBI=0.0211389;REFB=-0.0661662;REVB=0.000907916;RO=2;SAF=123;SAR=115;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00768584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134763;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:242:240:2:0:238:240:1:115:123:2:0:116:124:0:0 chr9 139739643 . T C 2432.01 PASS AF=0.993827;AO=142;DP=143;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0545252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.337;QD=60.0496;RBI=0.0553071;REFB=-0.116914;REVB=0.0092672;RO=0;SAF=56;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37449e-08;STB=0.502825;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=8.13041e-05;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:143:162:0:1:142:161:0.993827:86:56:0:0:88:73:0:1 chr9 139749067 . C T 2308.13 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=157;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0932539;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.032;QD=59.5646;RBI=0.0940733;REFB=-0.182809;REVB=0.0123894;RO=2;SAF=79;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126815;STB=0.503311;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000895989;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:157:155:2:1:153:154:0.993548:74:79:0:2:75:79:0:1 chr9 139752898 . CT C,CC,CG 1148.78 PASS AF=0.1,0,0.8875;AO=9,4,51;DP=65;FAO=8,0,71;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=2,0,34;FSAR=6,0,37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0758116,0.0905682,0.0737125;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=117.236,105.12,127.276;QD=57.439;RBI=0.0836299,0.0916163,0.093649;REFB=-0.0686258,-0.074298,-0.0601114;REVB=0.0353068,0.0138186,0.0577634;RO=1;SAF=1,4,15;SAR=8,0,36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.28888,0,-0.0303527;STB=0.599732,0.5,0.507244;STBP=0.267,1,0.331;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.021749,0.0364555,0.0144505;OID=.,.,.;OPOS=139752899,139752899,139752899;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.1,0,0.8875:9,4,51:65:8,0,71:80:1:2,0,34:6,0,37:1:0:13:1:1,4,15:8,0,36:1:0 chr9 139839904 . T G 487.62 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0617775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.248;QD=21.672;RBI=0.0621607;REFB=-0.0116606;REVB=-0.00689102;RO=43;SAF=12;SAR=35;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145902;STB=0.580959;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00558861;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:35:12:17:26:35:12:17:26 chr9 139840543 . A G 840.04 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0121;QD=56.9519;RBI=0.0607147;REFB=0;REVB=0.00472181;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105397;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:32:24:0:0:35:24:0:0 chr9 139848688 . C T 3535.26 PASS AF=1;AO=221;DP=223;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359678;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.784;QD=62.849;RBI=0.0438344;REFB=0;REVB=0.0250553;RO=0;SAF=123;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29211e-05;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:225:0:0:221:225:1:98:123:0:0:101:124:0:0 chr9 139849843 . G A 86.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0100255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.629;QD=12.3264;RBI=0.0322596;REFB=-0.00979385;REVB=0.0306622;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498594;STB=0.782239;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0282255;OID=.;OPOS=139849843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:1:16:5:6:1:16 chr9 139872048 . A G 4830.37 PASS AF=1;AO=309;DP=312;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297214;FXX=0.00641005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.461;QD=62.3273;RBI=0.0437382;REFB=-0.012439;REVB=-0.0320884;RO=2;SAF=151;SAR=158;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000139107;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96703e-05;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:312:310:2:0:309:310:1:158:151:1:1:158:152:0:0 chr9 139878317 . C T 402.91 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.048292;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.281;QD=19.186;RBI=0.0530548;REFB=-0.0264513;REVB=-0.0219703;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010359;STB=0.511106;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0242785;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:40:43:41:41:0.488095:22:19:19:21:22:19:19:24 chr9 139878622 . T C 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0163535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6422;QD=13.2048;RBI=0.0741539;REFB=0.00339954;REVB=0.0723282;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.587932;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00228818;OID=.;OPOS=139878622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:3:3:4:2:3:3 chr9 139878828 . T C 234.4 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0147932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.188;QD=13.0223;RBI=0.0150473;REFB=-0.00776754;REVB=-0.00275339;RO=44;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525478;STB=0.530099;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0100901;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:16:12:21:23:16:12:21:23 chr9 139879170 . G A 261.82 PASS AF=0.441176;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.024433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.244;QD=15.4013;RBI=0.0649435;REFB=-0.0105056;REVB=0.0601722;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172735;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123537;OID=.;OPOS=139879170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:29:30:0.441176:14:15:19:19:15:15:19:19 chr9 139902166 . G A 899.44 PASS AF=0.45933;AO=96;DP=207;FAO=96;FDP=209;FR=.;FRO=113;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=-0.0195038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.939;QD=17.2142;RBI=0.0260192;REFB=-0.0227216;REVB=0.017222;RO=111;SAF=37;SAR=59;SRF=44;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111966;STB=0.51229;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0236793;OID=.;OPOS=139902166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:209:111:113:96:96:0.45933:59:37:44:67:59:37:46:67 chr9 139902214 . A G 3133.65 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9885;QD=63.9521;RBI=0.0247861;REFB=0;REVB=0.00575655;RO=0;SAF=84;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83612e-05;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:112:84:0:0:112:84:0:0 chr9 139904037 . A G 558.22 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00282941;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.331;QD=17.0449;RBI=0.025107;REFB=-0.0271854;REVB=-0.0249471;RO=72;SAF=38;SAR=21;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200505;STB=0.611894;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0258875;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:72:72:59:59:0.450382:21:38:32:40:21:38:32:40 chr9 139905141 . G A 1351.04 PASS AF=0.46;AO=138;DP=295;FAO=138;FDP=300;FR=.;FRO=162;FSAF=45;FSAR=93;FSRF=82;FSRR=80;FWDB=-0.0227351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7221;QD=18.0138;RBI=0.0239907;REFB=-0.015254;REVB=0.00765958;RO=156;SAF=45;SAR=93;SRF=76;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164688;STB=0.60271;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0185676;OID=.;OPOS=139905141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:300:156:162:138:138:0.46:93:45:76:80:93:45:82:80 chr9 139906359 . G A 465.63 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0100914;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.617;QD=21.6573;RBI=0.0473599;REFB=-0.0172533;REVB=0.0462723;RO=41;SAF=24;SAR=21;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182973;STB=0.510104;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0110321;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:41:41:45:45:0.523256:21:24:21:20:21:24:21:20 chr9 139912484 . A G 729.29 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.832;QD=57.1996;RBI=0.0749249;REFB=0;REVB=0.00974506;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295403;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:35:15:0:0:35:16:0:0 chr9 139913239 . T G 4269.74 PASS AF=1;AO=266;DP=267;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172257;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.365;QD=62.332;RBI=0.0361887;REFB=-0.0280389;REVB=0.0318261;RO=0;SAF=126;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81258e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09851e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:267:274:0:0:266:274:1:140:126:0:0:146:128:0:0 chr9 139934211 . G C 740.2 PASS AF=0.472727;AO=78;DP=165;FAO=78;FDP=165;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.0220274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.277;QD=17.9442;RBI=0.0250255;REFB=0.0085346;REVB=0.0118773;RO=87;SAF=27;SAR=51;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226101;STB=0.512516;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00901603;OID=.;OPOS=139934211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:87:87:78:78:0.472727:51:27:32:55:51:27:32:55 chr9 139935141 . G C 135.15 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0402804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1976;QD=8.31696;RBI=0.0509892;REFB=-0.01523;REVB=0.0312632;RO=46;SAF=13;SAR=6;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225574;STB=0.635603;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0384643;OID=.;OPOS=139935141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:6:13:23:23:6:13:23:23 chr9 139937795 . T C 2102.43 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.569;QD=62.7591;RBI=0.0303383;REFB=0;REVB=0.0301155;RO=0;SAF=42;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62605e-05;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:92:42:0:0:92:42:0:0 chr9 139937799 . G A 1828.5 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489998;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.75;QD=61.4623;RBI=0.0204201;REFB=0;REVB=-0.0198234;RO=0;SAF=44;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107202;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:75:44:0:0:75:44:0:0 chr9 139943112 . A G 3674.33 PASS AF=0.964706;AO=245;DP=254;FAO=246;FDP=255;FR=.;FRO=9;FSAF=107;FSAR=139;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.00971569;FXX=0.0039061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.242;QD=57.6365;RBI=0.0187186;REFB=-0.0971828;REVB=0.0159997;RO=8;SAF=107;SAR=138;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343053;STB=0.520178;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000350909;OID=.;OPOS=139943112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:254:255:8:9:245:246:0.964706:138:107:8:0:139:107:9:0 chr9 139943549 . G A 2617.0 PASS AF=0.926702;AO=176;DP=192;FAO=177;FDP=191;FR=.;FRO=14;FSAF=70;FSAR=107;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.0322134;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.35;QD=54.8063;RBI=0.0373082;REFB=-0.0932972;REVB=0.0188203;RO=4;SAF=70;SAR=106;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264201;STB=0.545449;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0014752;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:192:191:4:14:176:177:0.926702:106:70:4:0:107:70:14:0 chr9 139944736 . C G 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.893;QD=60.3489;RBI=0.0450836;REFB=0;REVB=-0.0447195;RO=0;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98866e-05;OID=.;OPOS=139944736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:55:55:0:0:55:55:0:0 chr9 139945363 . G A 783.82 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9738;QD=55.0049;RBI=0.13968;REFB=-0.142655;REVB=0.139126;RO=1;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132799;STB=0.506847;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00585058;OID=.;OPOS=139945363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:55:56:0.982456:35:20:0:1:36:20:0:1 chr9 139946039 . C T 357.18 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0508235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7151;QD=16.8085;RBI=0.0510533;REFB=0.00828344;REVB=-0.00483913;RO=47;SAF=22;SAR=16;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258824;STB=0.514531;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.011343;OID=.;OPOS=139946039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:16:22:26:21:16:22:26:21 chr9 139981627 . A G 1165.09 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.908;QD=58.9917;RBI=0.0166847;REFB=0.00680575;REVB=-0.0129877;RO=2;SAF=24;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104643;STB=0.504672;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-3.69989e-05;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:2:1:77:78:0.987342:53:24:1:1:53:25:0:1 chr9 140002136 . G A 192.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00624107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.932;QD=16.0322;RBI=0.0695802;REFB=-0.0150126;REVB=0.0692998;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244461;STB=0.630669;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0175443;OID=.;OPOS=140002136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:7:13:11:16:7:13:12:16 chr9 140002153 . G A 166.3 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0145507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.221;QD=14.7825;RBI=0.0146844;REFB=-0.000691171;REVB=-0.00197744;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173498;STB=0.600384;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00190241;OID=.;OPOS=140002153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:12:15:7:11:12:15 chr9 140115242 . C CG 51.53 PASS AF=0.314815;AO=7;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0430288;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.6985;QD=3.81706;RBI=0.0433438;REFB=0.00930033;REVB=0.00521594;RO=45;SAF=7;SAR=0;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596084;STB=0.847937;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=-0.0806449;OID=.;OPOS=140115243;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314815:7:54:17:54:37:16:1:24:13:51:45:7:0:32:13 chr9 140120396 . C T 592.69 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0593921;FXX=0.0961354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.75;QD=50.4413;RBI=0.0747928;REFB=-0.141549;REVB=0.0454593;RO=2;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347746;STB=0.52726;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00218034;OID=.;OPOS=140120396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:47:2:3:44:44:0.93617:26:18:0:2:26:18:0:3 chr9 140123132 . C G 358.61 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0404949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9705;QD=22.413;RBI=0.113232;REFB=0.012225;REVB=-0.105744;RO=26;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345788;STB=0.531464;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0169046;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:28:36:36:0.5625:14:22:17:9:14:22:19:9 chr9 140123499 . C CG 37.66 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0366249;FXX=0.0144907;HRUN=0;LEN=1;MLLD=219.09;QD=2.21537;RBI=0.0444267;REFB=-0.00041599;REVB=-0.0251466;RO=65;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551768;STB=0.858028;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.0333578;OID=.;OPOS=140123500;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147059:10:76:10:68:58:8:2:19:39:37:65:8:2:20:45 chr9 140128085 . T C 2246.51 PASS AF=0.993056;AO=140;DP=141;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4264;QD=62.4031;RBI=0.0487098;REFB=0.0273284;REVB=-0.0459073;RO=1;SAF=68;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655814;STB=0.503355;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00130176;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:144:1:1:140:143:0.993056:72:68:0:1:74:69:0:1 chr9 140130606 . A T 5149.13 PASS AF=1;AO=324;DP=329;FAO=325;FDP=325;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018288;FXX=0.0151511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.276;QD=63.3739;RBI=0.0249479;REFB=0;REVB=-0.0169691;RO=0;SAF=157;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24282e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238011;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:329:325:0:0:324:325:1:167:157:0:0:167:158:0:0 chr9 140139757 . G A 1008.19 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00087627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.341;QD=59.3052;RBI=0.0613712;REFB=0;REVB=0.061365;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192919;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr9 140147152 . C G 890.69 PASS AF=0.457286;AO=91;DP=199;FAO=91;FDP=199;FR=.;FRO=108;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=0.00517751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5161;QD=17.9034;RBI=0.0496662;REFB=-0.0248603;REVB=0.0493956;RO=107;SAF=36;SAR=55;SRF=40;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223355;STB=0.514402;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0334741;OID=.;OPOS=140147152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:107:108:91:91:0.457286:55:36:40:67:55:36:40:68 chr9 140147273 . C T 1314.77 PASS AF=0.53617;AO=123;DP=232;FAO=126;FDP=235;FR=.;FRO=109;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.00634971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.21;QD=22.3791;RBI=0.0183713;REFB=-0.0186542;REVB=0.017239;RO=109;SAF=52;SAR=71;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553837;STB=0.530904;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0182553;OID=.;OPOS=140147273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:235:109:109:123:126:0.53617:71:52:53:56:73:53:53:56 chr9 140167022 . G A 847.98 PASS AF=0.505952;AO=85;DP=169;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0130993;FXX=0.0232545;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.05;QD=20.19;RBI=0.0146943;REFB=-0.00654374;REVB=0.00665808;RO=81;SAF=31;SAR=54;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746397;STB=0.548333;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00749437;OID=.;OPOS=140167022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:81:83:85:85:0.505952:54:31:36:45:54:31:38:45 chr9 140176294 . G T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0270187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.313;QD=8.24621;RBI=0.027779;REFB=0.00241152;REVB=-0.00645488;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365691;STB=0.736049;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00777044;OID=.;OPOS=140176294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:6:9:6:1:6:9 chr9 140177040 . A T 1909.02 PASS AF=0.976923;AO=126;DP=132;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.030035;FXX=0.0151504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0298;QD=58.739;RBI=0.039293;REFB=-0.181283;REVB=-0.0253346;RO=4;SAF=43;SAR=83;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223464;STB=0.508771;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00370642;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:132:130:4:3:126:127:0.976923:83:43:0:4:84:43:0:3 chr9 140243844 . C T 2557.78 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286908;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.554;QD=61.2642;RBI=0.044118;REFB=-0.0782863;REVB=0.0335147;RO=1;SAF=98;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483164;STB=0.502538;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000169078;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:166:166:0.994012:68:98:1:0:68:98:1:0 chr9 140247143 . T G 4669.05 PASS AF=1;AO=297;DP=299;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171838;FXX=0.00332215;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6316;QD=62.254;RBI=0.0240614;REFB=0;REVB=-0.0168425;RO=1;SAF=128;SAR=169;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371141;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3385e-05;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:299:300:1:0:297:300:1:169:128:1:0:170:130:0:0 chr9 140250817 . C CT 770.1 PASS AF=1;AO=23;DP=173;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652048;FXX=0.376448;HRUN=0;LEN=1;MLLD=128.145;QD=29.0604;RBI=0.00995242;REFB=0;REVB=-0.00751891;RO=148;SAF=20;SAR=3;SRF=73;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498864;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00549954;OID=.;OPOS=140250818;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:173:106:106:0:82:24:0:0:8:148:20:3:73:75 chr9 140250818 . C G,T 2476.76 PASS AF=0.147059,0.841176;AO=24,142;DP=167;FAO=25,143;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=21,68;FSAR=4,75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0496306,-0.0437167;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.6599,141.69;QD=58.2766;RBI=0.062727,0.0494835;REFB=0.0790443,0.00830778;REVB=0.0383598,0.0231834;RO=0;SAF=20,67;SAR=4,75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.83186e-08,0;STB=0.52271,0.507245;STBP=0.653,0.157;TYPE=snp,snp;VARB=0.020565,-0.00223184;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:167:170:0:2:24,142:25,143:0.147059,0.841176:4,75:20,67:0:0:4,75:21,68:2:0 chr9 140262426 . C T 1026.29 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.661;QD=59.495;RBI=0.084216;REFB=0;REVB=0.0185143;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200859;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr9 140277826 . C T 862.26 PASS AF=0.392157;AO=100;DP=255;FAO=100;FDP=255;FR=.;FRO=155;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=72;FSRR=83;FWDB=-0.0121101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.1318;QD=13.5256;RBI=0.0176031;REFB=-0.00443969;REVB=0.0127755;RO=153;SAF=53;SAR=47;SRF=72;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063936;STB=0.539749;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00573302;OID=.;OPOS=140277826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:153:155:100:100:0.392157:47:53:72:81:47:53:72:83 chr9 140323373 . C A 812.98 PASS AF=0.47191;AO=83;DP=178;FAO=84;FDP=178;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.0115537;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.471;QD=18.2691;RBI=0.0173401;REFB=-0.00428384;REVB=-0.0129302;RO=94;SAF=41;SAR=42;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760397;STB=0.538741;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00479421;OID=.;OPOS=140323373;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:94:94:83:84:0.47191:42:41:39:55:43:41:39:55 chr9 140330976 . T C 2683.61 PASS AF=1;AO=172;DP=174;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133711;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.635;QD=62.4095;RBI=0.0778965;REFB=0;REVB=-0.0767403;RO=0;SAF=86;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95196e-06;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:172:0:0:172:172:1:86:86:0:0:86:86:0:0 chr9 140332478 . A G 1306.87 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368594;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.665;QD=62.2319;RBI=0.0369745;REFB=0;REVB=0.00291519;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12232e-05;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr9 140350931 . G A 582.23 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0328016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3486;QD=17.5107;RBI=0.038225;REFB=0.030641;REVB=0.0196266;RO=72;SAF=26;SAR=35;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430065;STB=0.502392;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0359769;OID=.;OPOS=140350931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:72:61:61:0.458647:35:26:31:41:35:26:31:41 chr9 140356422 . G C 3815.27 PASS AF=0.980469;AO=251;DP=256;FAO=251;FDP=256;FR=.;FRO=5;FSAF=129;FSAR=122;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00894643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.77;QD=59.6136;RBI=0.0408988;REFB=-0.0904184;REVB=0.0399083;RO=4;SAF=129;SAR=122;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015369;STB=0.506134;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00167577;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:256:256:4:5:251:251:0.980469:122:129:0:4:122:129:1:4 chr9 140357972 . A G 2166.2 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467154;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0726;QD=63.2467;RBI=0.0515999;REFB=0;REVB=-0.0219139;RO=0;SAF=65;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58848e-05;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:137:137:1:72:65:0:0:72:65:0:0 chr9 140372570 . G A 393.83 PASS AF=0.356061;AO=45;DP=130;FAO=47;FDP=132;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.00510312;FXX=0.0294096;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.267;QD=11.9344;RBI=0.0234368;REFB=-0.0128419;REVB=-0.0228745;RO=61;SAF=23;SAR=22;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700063;STB=0.533319;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0221992;OID=.;OPOS=140372570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:61:85:45:47:0.356061:22:23:27:34:23:24:39:46 chr9 140374861 . A G 1948.42 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324704;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.084;QD=62.3494;RBI=0.0184813;REFB=0;REVB=0.0181938;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418302;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr9 140777306 . C G 771.7 PASS AF=0.4;AO=88;DP=223;FAO=88;FDP=220;FR=.;FRO=132;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=60;FSRR=72;FWDB=0.0281386;FXX=0.0134523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1821;QD=14.0309;RBI=0.0281886;REFB=0.00317699;REVB=0.00167798;RO=131;SAF=30;SAR=58;SRF=60;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131934;STB=0.572352;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00268664;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:220:131:132:88:88:0.4:58:30:60:71:58:30:60:72 chr9 140786918 . T C 559.63 PASS AF=0.398773;AO=65;DP=163;FAO=65;FDP=163;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.0333929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.594;QD=13.7333;RBI=0.0343397;REFB=-0.0085277;REVB=-0.00800807;RO=98;SAF=31;SAR=34;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137588;STB=0.507748;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.012792;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:98:98:65:65:0.398773:34:31:48:50:34:31:48:50 chr9 140881314 . A C 2070.14 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.438;QD=62.7315;RBI=0.091422;REFB=0;REVB=0.080379;RO=0;SAF=86;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69386e-05;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:132:0:0:124:132:1:38:86:0:0:43:89:0:0 chr9 140911670 . C T 972.6 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.693;QD=58.9454;RBI=0.0351908;REFB=0;REVB=-0.0260208;RO=0;SAF=46;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330771;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:20:46:0:0:20:46:0:0 chr9 141016262 . T G 4551.18 PASS AF=1;AO=286;DP=288;FAO=286;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=206;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280427;FXX=0.0069442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.89;QD=63.6528;RBI=0.040602;REFB=0;REVB=0.029362;RO=0;SAF=206;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178334;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:288:286:0:0:286:286:1:80:206:0:0:80:206:0:0 chr9 141069563 . A G 2034.89 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.904;QD=62.1339;RBI=0.0328238;REFB=0;REVB=0.0160549;RO=0;SAF=44;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11148e-05;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:131:0:0:124:131:1:80:44:0:0:85:46:0:0 chr9 141069905 . C T 68.6 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0147287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.098;QD=4.81378;RBI=0.0150806;REFB=-0.0081089;REVB=-0.00323862;RO=45;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205599;STB=0.639259;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0224506;OID=.;OPOS=141069905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:45:46:11:11:0.192982:5:6:17:28:5:6:17:29 chr9 141070181 . A T 32.61 PASS AF=0.0738255;AO=11;DP=147;FAO=11;FDP=149;FR=.;FRO=138;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=69;FSRR=69;FWDB=-0.00478314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.077;QD=0.875475;RBI=0.0421246;REFB=-0.00249425;REVB=-0.0418522;RO=134;SAF=5;SAR=6;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584273;STB=0.542048;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0344017;OID=.;OPOS=141070181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:147:149:134:138:11:11:0.0738255:6:5:68:66:6:5:69:69 chr9 141070283 . T C 356.64 PASS AF=0.274725;AO=50;DP=183;FAO=50;FDP=182;FR=.;FRO=132;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=-0.0377097;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.583;QD=7.83833;RBI=0.0398745;REFB=-0.00861684;REVB=-0.0129596;RO=133;SAF=22;SAR=28;SRF=59;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00449693;STB=0.500446;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0339685;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:133:132:50:50:0.274725:28:22:59:74:28:22:58:74 chr9 141070335 . T G 761.64 PASS AF=0.625;AO=70;DP=112;FAO=70;FDP=112;FR=.;FRO=42;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0236772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.022;QD=27.2014;RBI=0.0239651;REFB=-0.0210018;REVB=-0.00370299;RO=41;SAF=41;SAR=29;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133829;STB=0.576999;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00571646;OID=.;OPOS=141070335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:41:42:70:70:0.625:29:41:16:25:29:41:16:26 chr9 141070347 . C G 414.84 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0122652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.855;QD=16.7611;RBI=0.0155912;REFB=-0.00731156;REVB=0.00962549;RO=56;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531404;STB=0.52984;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00786248;OID=.;OPOS=141070347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:20:23:27:29:20:23:27:29 chr9 141070916 . G A 47.15 PASS AF=0.0991736;AO=9;DP=123;FAO=12;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.113519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5766;QD=1.55876;RBI=0.115742;REFB=-0.0151024;REVB=-0.0225761;RO=83;SAF=5;SAR=4;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100647;STB=0.563001;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0786512;OID=.;OPOS=141070916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:123:121:83:109:9:12:0.0991736:4:5:53:30:7:5:53:56 chr9 141071438 . A G 638.7 PASS AF=0.289474;AO=88;DP=304;FAO=88;FDP=304;FR=.;FRO=216;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=117;FSRR=99;FWDB=0.00626183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.021;QD=8.40391;RBI=0.0174604;REFB=-0.0139704;REVB=-0.0162989;RO=213;SAF=43;SAR=45;SRF=115;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622557;STB=0.537626;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.03086;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:213:216:88:88:0.289474:45:43:115:98:45:43:117:99 chr9 141071475 . C G 815.4 PASS AF=0.309942;AO=105;DP=340;FAO=106;FDP=342;FR=.;FRO=236;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=126;FSRR=110;FWDB=-0.0186452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7836;QD=9.53682;RBI=0.0262733;REFB=0.0273936;REVB=-0.0185106;RO=235;SAF=51;SAR=54;SRF=125;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552551;STB=0.529873;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0655466;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:342:235:236:105:106:0.309942:54:51:125:110:54:52:126:110 chr9 141107536 . GGCAGCAGCAGCA G 268.71 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=35;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0438426;FXX=0.186409;HRUN=2;LEN=12;MLLD=339.115;QD=22.3926;RBI=0.0458498;REFB=0.0002879;REVB=0.0134175;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.611039;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=-5.22524e-05;OID=.;OPOS=141107537;OREF=GCAGCAGCAGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:30:35:32:48:16:22:10:6:10:91:0:20:10:0:0 chr10 294953 . A G 685.4 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0552849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6713;QD=58.3316;RBI=0.0557697;REFB=-0.0922268;REVB=-0.00733704;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449187;STB=0.502391;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0119827;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:20:25:1:1:20:25:1:1 chr10 429977 . G A 1446.79 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0111545;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.158;QD=57.2985;RBI=0.0228823;REFB=0.0102498;REVB=-0.0199794;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510867;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-1.56057e-05;OID=.;OPOS=429977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:101:0:2:99:99:0.980198:45:54:0:0:45:54:0:2 chr10 445061 . C G,T 890.97 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,59;DP=63;FAO=4,60;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30;FSAR=3,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355428,0.0275971;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.972,88.1538;QD=55.6859;RBI=0.00903414,0.116563;REFB=-0.0135711,-0.121418;REVB=0.00830558,0.113249;RO=1;SAF=1,29;SAR=2,30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163246,0.0154685;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.43383,0.000310205;OID=.,.;OPOS=445061,445061;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:63:64:1:0:3,59:4,60:0.0625,0.9375:2,30:1,29:0:1:3,30:1,30:0:0 chr10 459940 . G A 1573.68 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383296;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.894;QD=64.2317;RBI=0.0386721;REFB=0;REVB=0.00513524;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60612e-05;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:59:36:0:0:61:37:0:0 chr10 696237 . G A 2676.17 PASS AF=0.983051;AO=174;DP=179;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0286003;FXX=0.0111726;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.184;QD=60.4784;RBI=0.0300163;REFB=-0.113202;REVB=0.0091103;RO=1;SAF=90;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563313;STB=0.508771;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0001282;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:179:177:1:3:174:174:0.983051:84:90:0:1:84:90:0:3 chr10 1018585 . T G 624.4 PASS AF=0.439189;AO=64;DP=147;FAO=65;FDP=148;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.00738247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.179;QD=16.8757;RBI=0.0299712;REFB=-0.00957068;REVB=0.0290477;RO=83;SAF=24;SAR=40;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146809;STB=0.513808;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0137955;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:83:83:64:65:0.439189:40:24:30:53:40:25:30:53 chr10 1046712 . G A 1023.18 PASS AF=0.479638;AO=103;DP=218;FAO=106;FDP=221;FR=.;FRO=115;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=0.0175832;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.17;QD=18.5191;RBI=0.0275415;REFB=-0.0249137;REVB=0.0211983;RO=112;SAF=54;SAR=49;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00238082;STB=0.501879;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.025171;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:221:112:115:103:106:0.479638:49:54:59:53:52:54:59:56 chr10 1081882 . T C 637.57 PASS AF=0.368421;AO=77;DP=209;FAO=77;FDP=209;FR=.;FRO=132;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=84;FSRR=48;FWDB=0.022799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.731;QD=12.2023;RBI=0.0230259;REFB=0.000648825;REVB=-0.00322442;RO=132;SAF=36;SAR=41;SRF=84;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186956;STB=0.605586;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.000937804;OID=.;OPOS=1081882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:132:132:77:77:0.368421:41:36:84:48:41:36:84:48 chr10 1089616 . T C 624.17 PASS AF=0.564815;AO=62;DP=109;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00998921;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.055;QD=23.1173;RBI=0.0238006;REFB=0.0099777;REVB=-0.0216029;RO=46;SAF=31;SAR=31;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135883;STB=0.566016;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00949615;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:46:47:62:61:0.564815:31:31:31:15:30:31:31:16 chr10 1142208 . T C 3089.83 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833211;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.882;QD=61.1848;RBI=0.0833992;REFB=-0.0563332;REVB=-0.00361052;RO=0;SAF=81;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.355e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66879e-05;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:202:0:0:201:202:1:120:81:0:0:120:82:0:0 chr10 1175894 . A G 1055.72 PASS AF=0.965517;AO=73;DP=85;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0468596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.5764;QD=48.5387;RBI=0.122394;REFB=-0.124926;REVB=0.113069;RO=12;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128346;STB=0.515148;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0176912;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:85:87:12:3:73:84:0.965517:38:35:0:12:48:36:0:3 chr10 1230968 . C T 3053.17 PASS AF=0.490385;AO=306;DP=625;FAO=306;FDP=624;FR=.;FRO=318;FSAF=107;FSAR=199;FSRF=130;FSRR=188;FWDB=0.0576078;FXX=0.00319484;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.931;QD=19.5716;RBI=0.0576734;REFB=-0.0179147;REVB=0.00274939;RO=317;SAF=107;SAR=199;SRF=130;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060408;STB=0.53248;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.01738;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:625:624:317:318:306:306:0.490385:199:107:130:187:199:107:130:188 chr10 3143643 . A C 1606.04 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128412;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.434;QD=60.0387;RBI=0.0321979;REFB=0;REVB=0.0295263;RO=0;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41691e-05;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:64:43:0:0:64:43:0:0 chr10 3150973 . C T 479.03 PASS AF=0.472727;AO=51;DP=109;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0787545;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.71;QD=17.4191;RBI=0.0811285;REFB=-0.00417835;REVB=0.0194822;RO=56;SAF=23;SAR=28;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463727;STB=0.511232;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00423714;OID=.;OPOS=3150973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:56:58:51:52:0.472727:28:23:28:28:28:24:28:30 chr10 3155620 . A G 3518.46 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684304;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6355;QD=62.5503;RBI=0.0352798;REFB=-0.0841287;REVB=-0.0346098;RO=0;SAF=106;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122659;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:226:225:0:0:225:225:1:119:106:0:0:119:106:0:0 chr10 3172121 . C T 517.92 PASS AF=0.410072;AO=57;DP=139;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=0.00234743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.52;QD=14.9041;RBI=0.00902583;REFB=-0.0175315;REVB=-0.00871523;RO=79;SAF=29;SAR=28;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172913;STB=0.58406;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0247226;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:82:57:57:0.410072:28:29:27:52:28:29:30:52 chr10 3172145 . C T 414.93 PASS AF=0.325203;AO=36;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.0154383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5264;QD=13.4935;RBI=0.0247277;REFB=-0.0273855;REVB=0.0193163;RO=72;SAF=21;SAR=15;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251552;STB=0.592875;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0429815;OID=.;OPOS=3172145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:73:36:40:0.325203:15:21:26:46:20:20:26:47 chr10 3178814 . T A 926.97 PASS AF=0.486911;AO=93;DP=192;FAO=93;FDP=191;FR=.;FRO=98;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=0.0351241;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4182;QD=19.413;RBI=0.0437066;REFB=-0.013588;REVB=0.0260109;RO=98;SAF=46;SAR=47;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997528;STB=0.554893;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0169945;OID=.;OPOS=3178814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:98:98:93:93:0.486911:47:46:38:60:47:46:38:60 chr10 3179703 . C T 813.72 PASS AF=0.415525;AO=91;DP=220;FAO=91;FDP=219;FR=.;FRO=128;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=68;FWDB=0.0282402;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0721;QD=14.8624;RBI=0.0411305;REFB=-0.0146276;REVB=0.0299033;RO=128;SAF=43;SAR=48;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00396123;STB=0.502215;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00557493;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:128:128:91:91:0.415525:48:43:60:68:48:43:60:68 chr10 3179708 . A G 864.07 PASS AF=0.422222;AO=95;DP=226;FAO=95;FDP=225;FR=.;FRO=130;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=0.00111443;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.936;QD=15.3612;RBI=0.0200619;REFB=-0.018497;REVB=-0.0200309;RO=129;SAF=46;SAR=49;SRF=62;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037104;STB=0.504215;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0257677;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:129:130:95:95:0.422222:49:46:62:67:49:46:62:68 chr10 3180227 . T C 2815.46 PASS AF=0.994505;AO=179;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0386016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4122;QD=61.8783;RBI=0.0386933;REFB=-0.0542866;REVB=-0.0026627;RO=1;SAF=91;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520295;STB=0.502732;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000959133;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:182:182:1:1:179:181:0.994505:88:91:1:0:90:91:1:0 chr10 3180316 . T C 395.22 PASS AF=0.387097;AO=42;DP=118;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.018255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.438;QD=12.7489;RBI=0.018619;REFB=-0.0234938;REVB=-0.00366399;RO=76;SAF=18;SAR=24;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363934;STB=0.501353;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0490017;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:124:76:76:42:48:0.387097:24:18:35:41:26:22:35:41 chr10 3181003 . A G 1511.75 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.438;QD=63.6525;RBI=0.040387;REFB=0;REVB=0.0350206;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05145e-05;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:91:95:1:48:43:0:0:52:43:0:0 chr10 3181107 . G A 715.74 PASS AF=0.401015;AO=77;DP=194;FAO=79;FDP=197;FR=.;FRO=118;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=-0.00314421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0886;QD=14.5328;RBI=0.035072;REFB=0.0230575;REVB=0.0349308;RO=117;SAF=43;SAR=34;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857444;STB=0.53673;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.0346253;OID=.;OPOS=3181107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:197:117:118:77:79:0.401015:34:43:56:61:36:43:57:61 chr10 3189380 . C T 534.32 PASS AF=0.467213;AO=56;DP=123;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0148591;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.778;QD=17.5187;RBI=0.0301655;REFB=0.00104539;REVB=-0.0262519;RO=63;SAF=33;SAR=23;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787572;STB=0.548209;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00101222;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:63:65:56:57:0.467213:23:33:32:31:23:34:33:32 chr10 3191823 . C T 955.79 PASS AF=0.482234;AO=95;DP=197;FAO=95;FDP=197;FR=.;FRO=102;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=0.0261006;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.045;QD=19.4069;RBI=0.0296031;REFB=-0.0136922;REVB=-0.0139678;RO=102;SAF=43;SAR=52;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108666;STB=0.50599;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0161509;OID=.;OPOS=3191823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:102:102:95:95:0.482234:52:43:45:57:52:43:45:57 chr10 3200292 . G A 361.28 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0120803;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.024;QD=20.0709;RBI=0.013214;REFB=-0.0172309;REVB=-0.00535514;RO=34;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159162;STB=0.581108;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0171834;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:35:37:37:0.513889:21:16:21:13:21:16:21:14 chr10 3202065 . T C 955.29 PASS AF=0.505319;AO=88;DP=181;FAO=95;FDP=188;FR=.;FRO=93;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.0193387;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.276;QD=20.3253;RBI=0.0544909;REFB=-0.0234761;REVB=0.0509438;RO=93;SAF=48;SAR=40;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674998;STB=0.515895;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0212396;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:188:93:93:88:95:0.505319:40:48:44:49:47:48:44:49 chr10 3206027 . A G 794.5 PASS AF=0.461111;AO=83;DP=180;FAO=83;FDP=180;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=-0.0123178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.98;QD=17.6555;RBI=0.0225695;REFB=-0.00389919;REVB=0.0189117;RO=96;SAF=41;SAR=42;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105421;STB=0.555155;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00385705;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:96:97:83:83:0.461111:42:41:37:59:42:41:38:59 chr10 3207632 . A G 690.81 PASS AF=0.433333;AO=71;DP=161;FAO=78;FDP=180;FR=.;FRO=102;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=-0.0789493;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.3697;QD=15.3514;RBI=0.0931767;REFB=-0.0280118;REVB=0.0494865;RO=90;SAF=40;SAR=31;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195423;STB=0.582322;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0232;OID=.;OPOS=3207632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:180:90:102:71:78:0.433333:31:40:33:57:36:42:40:62 chr10 3208557 . A G 167.53 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.020928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.4;QD=10.1531;RBI=0.0210913;REFB=-0.00755526;REVB=0.0026192;RO=43;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218565;STB=0.634027;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0142336;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:44:22:22:0.333333:9:13:17:26:9:13:17:27 chr10 3214369 . A G 1343.11 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011156;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.7;QD=62.4704;RBI=0.0282442;REFB=0;REVB=0.0259477;RO=0;SAF=19;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12585e-06;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:67:19:0:0:67:19:0:0 chr10 3821327 . A T 706.41 PASS AF=0.47973;AO=64;DP=141;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.00176824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.561;QD=19.0922;RBI=0.0512035;REFB=-0.0182533;REVB=0.0511729;RO=76;SAF=37;SAR=27;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383987;STB=0.505358;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0204765;OID=.;OPOS=3821327;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:148:76:77:64:71:0.47973:27:37:41:35:33:38:42:35 chr10 3821385 . GAAAAAAAG GAAAAAAG,GAAAAAAGA 48.25 PASS AF=0.198529,0.0147059;AO=36,6;DP=138;FAO=27,2;FDP=136;FR=.;FRO=107;FSAF=13,2;FSAR=14,0;FSRF=35;FSRR=72;FWDB=-0.215319,-0.0911429;FXX=0.0285694;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.70193,198.672;QD=1.41911;RBI=0.249072,0.0924757;REFB=-0.138195,-0.0066838;REVB=0.125198,-0.0156438;RO=77;SAF=22,6;SAR=14,0;SRF=18;SRR=59;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.422884,0.693679;STB=0.624495,0.996625;STBP=0.178,0.055;TYPE=del,mnp;VARB=0.167087,-0.230334;OID=.,.;OPOS=3821386,3821392;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAAAAG,GAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.198529,0.0147059:36,6:138:27,2:136:107:13,2:14,0:35:72:40:77:22,6:14,0:18:59 chr10 5004755 . C T 78.37 PASS AF=0.0778894;AO=31;DP=398;FAO=31;FDP=398;FR=.;FRO=367;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=203;FSRR=164;FWDB=-0.0570453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6474;QD=0.787648;RBI=0.0629206;REFB=-0.00236646;REVB=-0.0265489;RO=366;SAF=16;SAR=15;SRF=202;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412469;STB=0.534211;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0308341;OID=.;OPOS=5004755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:398:398:366:367:31:31:0.0778894:15:16:202:164:15:16:203:164 chr10 5014878 . A G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0385326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.044;QD=10.4724;RBI=0.0415692;REFB=-0.0161182;REVB=-0.015596;RO=24;SAF=1;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410524;STB=0.758065;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0270444;OID=.;OPOS=5014878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:11:1:7:17:11:1:7:17 chr10 5019959 . G A 837.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233718;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.61;QD=57.743;RBI=0.0557526;REFB=0;REVB=0.0506173;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134927;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr10 5032239 . A AG 446.61 PASS AF=1;AO=19;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049593;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.7424;QD=44.6609;RBI=0.0506312;REFB=0;REVB=0.0102007;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556529;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000774418;OID=.;OPOS=5032240;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:42:40:40:0:18:22:0:0:8:23:8:11:11:12 chr10 5032241 . A G 131.55 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0309616;FXX=0.019604;HRUN=9;LEN=1;MLLD=53.0247;QD=10.5241;RBI=0.0309667;REFB=-0.0188943;REVB=0.000557322;RO=34;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134796;STB=0.579903;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0740608;OID=.;OPOS=5032241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:8:8:13:21:8:8:13:21 chr10 5046957 . A T 263.0 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.374;QD=47.8182;RBI=0.0323583;REFB=-0.123779;REVB=0.00438819;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00110536;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:1:0:8:13:1:0 chr10 5120157 . G T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.338;QD=59.8394;RBI=0.0285136;REFB=0;REVB=0.00086031;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44198e-05;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr10 5136651 . C G 3018.5 PASS AF=1;AO=197;DP=202;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162271;FXX=0.0246293;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.879;QD=60.9799;RBI=0.0169341;REFB=0.0192772;REVB=0.00484206;RO=1;SAF=104;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509367;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161098;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:198:1:0:197:198:1:93:104:0:1:93:105:0:0 chr10 5139684 . AG A,AA 1431.02 PASS AF=0.0326087,0.967391;AO=17,75;DP=92;FAO=3,89;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=1,44;FSAR=2,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168081,0.016377;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=322.385,335.772;QD=62.2183;RBI=0.0170632,0.0165569;REFB=0,0;REVB=-0.00293929,0.00243429;RO=0;SAF=10,35;SAR=7,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.71047e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0132366,0.00103114;OID=.,.;OPOS=5139685,5139685;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0326087,0.967391:17,75:92:3,89:92:0:1,44:2,45:0:0:6:0:10,35:7,40:0:0 chr10 5199934 . G C 1425.87 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0600092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8342;QD=61.3279;RBI=0.0625193;REFB=-0.132942;REVB=0.0175374;RO=1;SAF=37;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126384;STB=0.506665;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00153631;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:91:92:0.989247:54:37:1:0:55:37:1:0 chr10 5202060 . C T 610.05 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00342536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5164;QD=56.7491;RBI=0.048848;REFB=-0.0525179;REVB=0.0487278;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00293366;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:40:42:0.976744:18:22:0:1:18:24:0:1 chr10 5202104 . C T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0695449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7871;QD=59.837;RBI=0.077624;REFB=0;REVB=-0.0344819;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000959551;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr10 5202145 . T A 112.91 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00392311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.44;QD=28.227;RBI=0.0319806;REFB=-0.00453187;REVB=0.0317391;RO=4;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98772e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0050933;OID=.;OPOS=5202145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:3:9:3:1:3:9:3:1 chr10 5244441 . A G,T 1598.46 PASS AF=0.9375,0.0446429;AO=105,4;DP=111;FAO=105,5;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=57,1;FSAR=48,4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0163616,-0.0633243;FXX=0.00884877;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=178.474,22.2353;QD=57.0879;RBI=0.0270121,0.064622;REFB=-0.0464762,0.0219281;REVB=0.021493,-0.0128855;RO=1;SAF=57,1;SAR=48,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00978419,0.119989;STB=0.510202,0.59965;STBP=0.151,0.682;TYPE=snp,snp;VARB=9.23715e-05,0.220459;OID=.,.;OPOS=5244441,5244441;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:111:112:1:2:105,4:105,5:0.9375,0.0446429:48,3:57,1:0:1:48,4:57,1:0:2 chr10 5255025 . A G 1870.86 PASS AF=0.757576;AO=149;DP=197;FAO=150;FDP=198;FR=.;FRO=48;FSAF=65;FSAR=85;FSRF=41;FSRR=7;FWDB=0.0335835;FXX=0.0149246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.172;QD=37.7951;RBI=0.0358566;REFB=-0.140828;REVB=0.0125636;RO=28;SAF=65;SAR=84;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940185;STB=0.601054;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00607223;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:28:48:149:150:0.757576:84:65:21:7:85:65:41:7 chr10 5435918 . G A 1560.25 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0061;QD=58.8774;RBI=0.0117291;REFB=-0.0623756;REVB=0.00965108;RO=1;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122316;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:106:106:1:0:105:106:1:62:43:0:1:63:43:0:0 chr10 5436259 . CA C,CG 2350.78 PASS AF=0.0573248,0.942675;AO=31,126;DP=157;FAO=9,148;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=9,60;FSAR=0,88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056851,0.0808206;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.236,214.819;QD=59.8924;RBI=0.0577598,0.0816937;REFB=0,0;REVB=0.0102055,0.0119121;RO=0;SAF=29,40;SAR=2,86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.11213e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0142699,0.00664561;OID=.,.;OPOS=5436260,5436260;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0573248,0.942675:31,126:157:9,148:157:0:9,60:0,88:0:0:15:0:29,40:2,86:0:0 chr10 5437365 . A G 2529.13 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.376;QD=61.6861;RBI=0.0317502;REFB=0;REVB=-0.0315687;RO=0;SAF=87;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78919e-05;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:164:0:0:163:164:1:76:87:0:0:76:88:0:0 chr10 5446794 . C T 1694.89 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.078014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7602;QD=59.996;RBI=0.0782504;REFB=0;REVB=0.0060785;RO=0;SAF=44;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640381;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:67:44:0:0:67:46:0:0 chr10 5471200 . C T 3320.05 PASS AF=1;AO=215;DP=217;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166175;FXX=0.00460808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8326;QD=61.4825;RBI=0.0401091;REFB=0.00578733;REVB=0.0365047;RO=1;SAF=92;SAR=123;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385781;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140245;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:217:216:1:0:215:216:1:123:92:0:1:124:92:0:0 chr10 5495218 . T C 1339.42 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.002513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.133;QD=62.2987;RBI=0.0921985;REFB=0;REVB=0.0921642;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48595e-05;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr10 5541230 . T C 1062.5 PASS AF=0.41637;AO=117;DP=281;FAO=117;FDP=281;FR=.;FRO=164;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=81;FSRR=83;FWDB=-0.0215286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.27;QD=15.1246;RBI=0.0215335;REFB=-0.00169442;REVB=-0.00046304;RO=163;SAF=46;SAR=71;SRF=80;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103977;STB=0.560017;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00338815;OID=.;OPOS=5541230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:163:164:117:117:0.41637:71:46:80:83:71:46:81:83 chr10 5567366 . G A 1274.0 PASS AF=0.471223;AO=130;DP=277;FAO=131;FDP=278;FR=.;FRO=147;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=59;FSRR=88;FWDB=-0.00423474;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0218;QD=18.331;RBI=0.0123262;REFB=-0.00350882;REVB=0.0115759;RO=147;SAF=58;SAR=72;SRF=59;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438597;STB=0.522285;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00412378;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:278:147:147:130:131:0.471223:72:58:59:88:73:58:59:88 chr10 5567695 . G A 3937.25 PASS AF=1;AO=253;DP=255;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317524;FXX=0.00784283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.843;QD=62.249;RBI=0.0408383;REFB=0;REVB=0.0256817;RO=0;SAF=152;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90219e-05;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:253:0:0:253:253:1:101:152:0:0:101:152:0:0 chr10 5567967 . G T 914.37 PASS AF=0.40625;AO=104;DP=256;FAO=104;FDP=256;FR=.;FRO=152;FSAF=35;FSAR=69;FSRF=52;FSRR=100;FWDB=0.00655704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.077;QD=14.287;RBI=0.00664615;REFB=-0.0215622;REVB=-0.00108473;RO=152;SAF=35;SAR=69;SRF=52;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659229;STB=0.503691;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0318758;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:152:152:104:104:0.40625:69:35:52:100:69:35:52:100 chr10 5673528 . G A 596.55 PASS AF=0.574468;AO=53;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0187577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.661;QD=25.3849;RBI=0.0213041;REFB=0.00486763;REVB=0.0101001;RO=40;SAF=27;SAR=26;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066282;STB=0.539718;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00353044;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:40:53:54:0.574468:26:27:17:23:26:28:17:23 chr10 5765637 . C T 228.09 PASS AF=0.3625;AO=23;DP=75;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0331586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.64;QD=11.4047;RBI=0.0333862;REFB=-0.00327417;REVB=-0.00389199;RO=50;SAF=7;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301139;STB=0.719842;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00909274;OID=.;OPOS=5765637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:80:50:51:23:29:0.3625:16:7:28:22:22:7:29:22 chr10 5781628 . T G 2123.8 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8454;QD=62.0087;RBI=0.120224;REFB=-0.0328053;REVB=-0.118757;RO=1;SAF=64;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737013;STB=0.503875;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.000192286;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:72:64:1:0:72:64:1:0 chr10 5781969 . A T 837.19 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853328;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4454;QD=57.7373;RBI=0.0331618;REFB=0;REVB=0.0320451;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378831;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr10 5788608 . G C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.969;QD=57.6776;RBI=0.022776;REFB=0;REVB=-0.0150734;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49644e-05;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 139.61 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0167362;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=9;MLLD=316.236;QD=10.7392;RBI=0.0200022;REFB=-0.000220417;REVB=-0.010954;RO=26;SAF=5;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213582;STB=0.62488;STBP=0.164;TYPE=del;VARB=-0.00154429;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:21:54:22:52:30:6:16:14:16:99:26:5:16:11:15 chr10 5790420 . T C 782.55 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000324413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.002;QD=63.8815;RBI=0.0143584;REFB=0;REVB=0.0143548;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41589e-05;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr10 5790616 . A G 690.86 PASS AF=0.482517;AO=68;DP=143;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.0282085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.073;QD=19.3249;RBI=0.0331796;REFB=-0.00565901;REVB=0.017469;RO=74;SAF=39;SAR=29;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170101;STB=0.596626;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00641196;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:74:74:68:69:0.482517:29:39:29:45:29:40:29:45 chr10 5804531 . G A 1430.06 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.103;QD=62.8597;RBI=0.0117233;REFB=0;REVB=0.0094631;RO=0;SAF=26;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96985e-06;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:63:26:0:0:65:26:0:0 chr10 5895755 . GC TA 312.5 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.016579;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.495;QD=12.1358;RBI=0.0202519;REFB=-0.0033125;REVB=-0.0116309;RO=64;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802005;STB=0.550432;STBP=0.45;TYPE=mnp;VARB=0.00771802;OID=.;OPOS=5895755;OREF=GC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:65:38:38:0.368932:18:20:29:35:18:20:29:36 chr10 5920121 . T C 1229.11 PASS AF=1;AO=67;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.22;QD=61.4557;RBI=0.0529108;REFB=0;REVB=0.0483361;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510048;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:67:80:1:29:38:0:0:36:44:0:0 chr10 5925971 . C A 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.53;QD=64.1501;RBI=0.0196637;REFB=0;REVB=-0.00474905;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66605e-05;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr10 5926034 . T C 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0210546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.142;QD=13.7736;RBI=0.0297267;REFB=-0.0208955;REVB=-0.0209852;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156614;STB=0.59046;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.037214;OID=.;OPOS=5926034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:12:8:17:14:12:8:17:14 chr10 5929962 . G C 638.22 PASS AF=0.427711;AO=71;DP=166;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0155229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9327;QD=15.3789;RBI=0.0329955;REFB=-0.0044873;REVB=0.029116;RO=94;SAF=28;SAR=43;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141795;STB=0.576465;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00527524;OID=.;OPOS=5929962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:94:95:71:71:0.427711:43:28:50:44:43:28:50:45 chr10 5931230 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0556085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.151;QD=20.8365;RBI=0.0561827;REFB=-0.00697529;REVB=0.0080123;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12236;STB=0.571252;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00650055;OID=.;OPOS=5931230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:8:1:1:4:8:1:1:4 chr10 5979117 . T C 724.28 PASS AF=0.415789;AO=79;DP=190;FAO=79;FDP=190;FR=.;FRO=111;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=69;FSRR=42;FWDB=-0.0246591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.164;QD=15.2479;RBI=0.0249422;REFB=-0.0355196;REVB=-0.00374743;RO=110;SAF=40;SAR=39;SRF=68;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116784;STB=0.567464;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0371381;OID=.;OPOS=5979117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:110:111:79:79:0.415789:39:40:68:42:39:40:69:42 chr10 5991012 . C T 1576.49 PASS AF=0.511785;AO=151;DP=297;FAO=152;FDP=297;FR=.;FRO=145;FSAF=69;FSAR=83;FSRF=69;FSRR=76;FWDB=-0.0294566;FXX=0.00668874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3048;QD=21.2322;RBI=0.0558105;REFB=-0.0196705;REVB=-0.0474038;RO=144;SAF=68;SAR=83;SRF=69;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259055;STB=0.510768;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0207372;OID=.;OPOS=5991012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:144:145:151:152:0.511785:83:68:69:75:83:69:69:76 chr10 5991035 . T C 1301.85 PASS AF=0.503846;AO=131;DP=261;FAO=131;FDP=260;FR=.;FRO=129;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=65;FSRR=64;FWDB=0.00472159;FXX=0.00383127;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.824;QD=20.0285;RBI=0.0112862;REFB=-0.0159053;REVB=-0.0102511;RO=128;SAF=54;SAR=77;SRF=64;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803582;STB=0.546157;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0173128;OID=.;OPOS=5991035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:260:128:129:131:131:0.503846:77:54:64:64:77:54:65:64 chr10 6001696 . C T 717.43 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00527983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.218;QD=61.058;RBI=0.0195592;REFB=-0.143695;REVB=0.0188331;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177403;STB=0.50943;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000100642;OID=.;OPOS=6001696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:47:1:1:46:46:0.978723:26:20:0:1:26:20:0:1 chr10 6002368 . T G 4518.24 PASS AF=0.986301;AO=285;DP=292;FAO=288;FDP=292;FR=.;FRO=4;FSAF=106;FSAR=182;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0202486;FXX=0.00341285;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6009;QD=61.8937;RBI=0.0404037;REFB=-0.0123653;REVB=0.0349635;RO=6;SAF=104;SAR=181;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00571723;STB=0.501941;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.000799783;OID=.;OPOS=6002368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:292:292:6:4:285:288:0.986301:181:104:3:3:182:106:2:2 chr10 6008172 . C T 615.67 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.000802448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.402;QD=20.5222;RBI=0.0166964;REFB=-0.0108537;REVB=0.0166771;RO=58;SAF=32;SAR=30;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770174;STB=0.54235;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0104138;OID=.;OPOS=6008172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:58:58:62:62:0.516667:30:32:35:23:30:32:35:23 chr10 6191735 . T C 834.24 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2365;QD=57.5338;RBI=0.00971226;REFB=0;REVB=0.00702585;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36683e-05;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr10 6287717 . T C 280.93 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0459388;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4504;QD=27.408;RBI=0.0462373;REFB=-0.0064952;REVB=0.00524529;RO=16;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167045;STB=0.597263;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00254778;OID=.;OPOS=6287717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:16:16:24:25:0.609756:17:7:8:8:18:7:8:8 chr10 6392848 . G A 211.53 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0116659;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.675;QD=14.102;RBI=0.0118244;REFB=-0.00407713;REVB=0.00192987;RO=35;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150442;STB=0.586136;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00627378;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:35:35:25:25:0.416667:8:17:19:16:8:17:19:16 chr10 6393009 . A G 318.33 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00655796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6602;QD=23.1509;RBI=0.0483696;REFB=0.00705452;REVB=0.047923;RO=23;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174466;STB=0.596388;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00455289;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:21:11:13:10:21:11:13:10 chr10 6393260 . C G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.035581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.473;QD=14.0975;RBI=0.0378655;REFB=-0.0142759;REVB=0.0129533;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202649;STB=0.618857;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0231249;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:9:9:9:4:9:9 chr10 6393706 . ACAGG A 165.61 PASS AF=0.388889;AO=16;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00407761;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=4;MLLD=188.249;QD=12.2674;RBI=0.00585896;REFB=-0.0440312;REVB=-0.0042072;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403446;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0660724;OID=.;OPOS=6393707;OREF=CAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:16:55:21:54:33:7:14:11:22:99:29:5:11:10:19 chr10 7285632 . A G 1227.44 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.517;QD=61.372;RBI=0.0470738;REFB=0;REVB=0.0147887;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216283;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr10 7528721 . A C 1345.66 PASS AF=0.467577;AO=137;DP=294;FAO=137;FDP=293;FR=.;FRO=156;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=81;FSRR=75;FWDB=-0.0207388;FXX=0.00340124;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.874;QD=18.3707;RBI=0.0213018;REFB=-0.021667;REVB=-0.00486529;RO=156;SAF=63;SAR=74;SRF=81;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573849;STB=0.531652;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0282754;OID=.;OPOS=7528721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:293:156:156:137:137:0.467577:74:63:81:75:74:63:81:75 chr10 7528738 . G A 3888.15 PASS AF=1;AO=249;DP=252;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190571;FXX=0.00793619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.654;QD=62.2104;RBI=0.0377744;REFB=0;REVB=0.0326149;RO=0;SAF=118;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034826;OID=.;OPOS=7528738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:252:250:0:0:249:250:1:131:118:0:0:132:118:0:0 chr10 7605067 . C T 716.84 PASS AF=0.469136;AO=76;DP=163;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.00236166;FXX=0.00613459;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.22;QD=17.6998;RBI=0.00991733;REFB=-0.00325788;REVB=0.00963203;RO=84;SAF=44;SAR=32;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303164;STB=0.511285;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00353656;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:84:86:76:76:0.469136:32:44:46:38:32:44:48:38 chr10 7605077 . TC T 1935.64 PASS AF=1;AO=159;DP=168;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181107;FXX=0.0178561;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.416;QD=46.9245;RBI=0.0452174;REFB=-0.0680839;REVB=-0.0414321;RO=2;SAF=95;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.213368;SSEP=0;SSSB=-0.00991064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00190486;OID=.;OPOS=7605078;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:159:168:165:165:0:97:68:0:0:26:2:95:64:2:0 chr10 7605101 . A G 3256.2 PASS AF=0.990654;AO=212;DP=214;FAO=212;FDP=214;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=97;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0415085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0336;QD=60.8636;RBI=0.0920731;REFB=-0.0397104;REVB=-0.0821858;RO=2;SAF=115;SAR=97;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00821249;STB=0.50431;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000296757;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:214:214:2:2:212:212:0.990654:97:115:2:0:97:115:2:0 chr10 7618501 . A G 5330.21 PASS AF=1;AO=336;DP=337;FAO=336;FDP=336;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279448;FXX=0.00296727;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.761;QD=63.4549;RBI=0.0349171;REFB=-0.081039;REVB=-0.0209355;RO=1;SAF=162;SAR=174;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293589;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164977;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:337:336:1:0:336:336:1:174:162:1:0:174:162:0:0 chr10 7618686 . T G 1622.47 PASS AF=1;AO=89;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.416;QD=60.0916;RBI=0.0876982;REFB=0;REVB=0.0556994;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048677;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:89:108:1:43:46:0:0:51:57:0:0 chr10 7679393 . C T 314.78 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0214771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1422;QD=14.8131;RBI=0.0217529;REFB=0.0052852;REVB=-0.00345245;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709092;STB=0.550579;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0103548;OID=.;OPOS=7679393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:50:35:35:0.411765:18:17:20:28:18:17:20:30 chr10 7747155 . G C 439.13 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0361728;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.305;QD=21.6852;RBI=0.0382889;REFB=0.00298697;REVB=0.0125526;RO=38;SAF=11;SAR=32;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367425;STB=0.520316;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00440909;OID=.;OPOS=7747155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:38:38:43:43:0.530864:32:11:11:27:32:11:11:27 chr10 7763661 . A G 3114.51 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263976;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.582;QD=61.3696;RBI=0.0265126;REFB=-0.107241;REVB=0.00246726;RO=1;SAF=91;SAR=111;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520544;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31989e-05;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:203:203:1:0:202:203:1:111:91:1:0:112:91:0:0 chr10 7780646 . C G 1274.41 PASS AF=0.5;AO=129;DP=258;FAO=129;FDP=258;FR=.;FRO=129;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=54;FSRR=75;FWDB=-0.0245217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.903;QD=19.7582;RBI=0.0284327;REFB=0.00628629;REVB=0.0143912;RO=129;SAF=66;SAR=63;SRF=54;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846883;STB=0.546429;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00725855;OID=.;OPOS=7780646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:129:129:129:129:0.5:63:66:54:75:63:66:54:75 chr10 7797903 . C CAACT,T 583.85 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=36,2;DP=41;FAO=38,1;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629724,-0.0186235;FXX=0.0487686;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=263.658,59.0632;QD=59.8816;RBI=0.00815818,0.0556145;REFB=0,0;REVB=-0.00518659,-0.0524036;RO=0;SAF=18,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000688947,0.0528527;OID=.,.;OPOS=7797904,7797903;OREF=-,C;OALT=AACT,T;OMAPALT=CAACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:41:39:0:0:36,2:38,1:0.974359,0.025641:18,0:18,2:0:0:19,0:19,1:0:0 chr10 7798033 . A T 210.53 PASS AF=0.385714;AO=17;DP=71;FAO=27;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0439264;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.4895;QD=12.0303;RBI=0.117229;REFB=-0.03681;REVB=0.108688;RO=39;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233721;STB=0.53775;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0762036;OID=.;OPOS=7798033;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:43:17:27:0.385714:7:10:15:24:16:11:15:28 chr10 7808086 . T C 263.7 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0391577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0544;QD=26.3698;RBI=0.0419011;REFB=0.000149486;REVB=0.0149123;RO=16;SAF=17;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297076;STB=0.665075;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00118024;OID=.;OPOS=7808086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:7:17:5:11:7:17:5:11 chr10 8006798 . A G 1597.61 PASS AF=0.956522;AO=110;DP=116;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.000668645;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.71;QD=55.569;RBI=0.00987055;REFB=-0.0568779;REVB=0.00984788;RO=4;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379257;STB=0.524748;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=1.29614e-05;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:116:115:4:5:110:110:0.956522:48:62:0:4:48:62:0:5 chr10 8007559 . GT CC,GC 1136.0 PASS AF=0.960526,0.0394737;AO=72,3;DP=77;FAO=73,3;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=49,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254198,0.0291553;FXX=0.0256377;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=131.646,82.1253;QD=59.7894;RBI=0.0330832,0.0349035;REFB=0,0;REVB=0.0211738,0.0191892;RO=0;SAF=24,0;SAR=48,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00793175,-0.120257;OID=.,.;OPOS=8007559,8007560;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:77:76:0:0:72,3:73,3:0.960526,0.0394737:48,3:24,0:0:0:49,3:24,0:0:0 chr10 8116079 . C T 669.1 PASS AF=0.442424;AO=73;DP=165;FAO=73;FDP=165;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0147427;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.866;QD=16.2205;RBI=0.0163352;REFB=0.00325835;REVB=0.00703496;RO=91;SAF=34;SAR=39;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039676;STB=0.51913;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.0037026;OID=.;OPOS=8116079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:91:92:73:73:0.442424:39:34:46:45:39:34:46:46 chr10 11299735 . A T 2070.99 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00168547;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.986;QD=61.8205;RBI=0.0247246;REFB=-0.00486544;REVB=0.0246671;RO=1;SAF=68;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693874;STB=0.503597;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000102247;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:134:1:1:132:133:0.992537:64:68:1:0:64:69:1:0 chr10 11356160 . C T 1118.51 PASS AF=0.528846;AO=110;DP=210;FAO=110;FDP=208;FR=.;FRO=98;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.00599124;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.164;QD=21.5098;RBI=0.0189341;REFB=0.00646605;REVB=0.0179612;RO=93;SAF=54;SAR=56;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211724;STB=0.513894;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00498494;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:93:98:110:110:0.528846:56:54:48:45:56:54:51:47 chr10 11373245 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG 329.19 PASS AF=0.781818,0.0727273,0.145455;AO=27,10,3;DP=60;FAO=43,4,8;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,8;FSAR=39,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0961767,0.0367189,0.0318381;FXX=0.179078;HRUN=14,14,14;LEN=2,3,1;MLLD=6.23747,8.26137,146.656;QD=23.9413;RBI=0.292585,0.140806,0.0521146;REFB=-0.0156249,-0.0163787,-0.00362493;REVB=-0.276326,-0.135934,-0.0412585;RO=0;SAF=3,0,3;SAR=24,10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.158468,0.101122,0.0204532;OID=.,.,.;OPOS=11373246,11373246,11373256;OREF=AA,AAA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.781818,0.0727273,0.145455:27,10,3:60:43,4,8:55:0:4,0,8:39,4,0:0:0:44:0:3,0,3:24,10,0:0:0 chr10 11373418 . A ATC 759.44 PASS AF=0.569231;AO=62;DP=136;FAO=74;FDP=130;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00533019;FXX=0.0579668;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.083;QD=23.3673;RBI=0.0211653;REFB=-0.0249345;REVB=-0.0204831;RO=56;SAF=32;SAR=30;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293352;STB=0.521678;STBP=0.597;TYPE=ins;VARB=0.0147992;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.569231:62:136:74:130:56:32:42:27:29:99:56:32:30:27:29 chr10 11373420 . G C 292.28 PASS AF=0.291045;AO=39;DP=139;FAO=39;FDP=134;FR=.;FRO=95;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.0061294;FXX=0.0359686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3185;QD=8.7247;RBI=0.0583387;REFB=-0.0240727;REVB=-0.0580158;RO=84;SAF=16;SAR=23;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212002;STB=0.538202;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0203735;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:134:84:95:39:39:0.291045:23:16:33:51:23:16:44:51 chr10 11502653 . TAA TA,TAT 59.6 PASS AF=0.229167,0.0104167;AO=20,4;DP=100;FAO=22,1;FDP=96;FR=.;FRO=73;FSAF=7,1;FSAR=15,0;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=-0.0391171,-0.0382532;FXX=0.0769157;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.7732,131.914;QD=2.48344;RBI=0.104609,0.0985907;REFB=-0.0423651,-0.00275648;REVB=-0.0970203,-0.0908671;RO=63;SAF=11,1;SAR=9,3;SRF=38;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0670723,-0.329018;STB=0.72983,0.987598;STBP=0.021,0.512;TYPE=del,snp;VARB=0.0546697,0.00503004;OID=.,.;OPOS=11502654,11502655;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229167,0.0104167:20,4:100:22,1:96:73:7,1:15,0:46:27:52:63:11,1:9,3:38:25 chr10 11504313 . C T 1171.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9188;QD=60.8799;RBI=0.0442024;REFB=0;REVB=-0.036938;RO=0;SAF=24;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000411234;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:53:24:0:0:53:24:0:0 chr10 11505175 . A G 160.28 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00145508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.437;QD=45.7941;RBI=0.0821772;REFB=0;REVB=0.0821643;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298416;OID=.;OPOS=11505175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:4:8:0:0:6:8:0:0 chr10 11532807 . T C 303.84 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0166995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6592;QD=17.3625;RBI=0.0429747;REFB=-0.0299463;REVB=-0.0395974;RO=36;SAF=21;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131528;STB=0.567526;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0354554;OID=.;OPOS=11532807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:12:21:18:18:12:21:19:18 chr10 11789382 . G A 1084.28 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00159283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3067;QD=58.6099;RBI=0.0196921;REFB=-0.106529;REVB=-0.0196276;RO=1;SAF=40;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116794;STB=0.506171;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000158355;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:33:40:1:0:33:40:1:0 chr10 11789405 . G A 1262.22 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.397;QD=61.5718;RBI=0.0573872;REFB=0;REVB=-0.01205;RO=1;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126256;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015891;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:1:0:81:82:1:37:44:0:1:38:44:0:0 chr10 11797436 . T C 1992.36 PASS AF=0.977778;AO=131;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0187966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2249;QD=59.0329;RBI=0.0602375;REFB=0.0281624;REVB=-0.0572298;RO=4;SAF=50;SAR=81;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218311;STB=0.506548;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00185506;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:135:135:4:3:131:132:0.977778:81:50:3:1:81:51:2:1 chr10 11797467 . G A 2611.29 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=172;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00474042;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.281;QD=61.4422;RBI=0.0584661;REFB=-0.0810602;REVB=0.0582736;RO=0;SAF=70;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502512;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000198533;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:170:0:1:169:169:0.994118:99:70:0:0:99:70:0:1 chr10 11805339 . C T 784.77 PASS AF=0.506329;AO=79;DP=158;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=0.0460996;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.512;QD=19.8675;RBI=0.0462767;REFB=-0.0157377;REVB=-0.00404465;RO=79;SAF=36;SAR=43;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936972;STB=0.558252;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0179825;OID=.;OPOS=11805339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:79:78:79:80:0.506329:43:36:28:51:43:37:27:51 chr10 11805354 . A G 689.72 PASS AF=0.479167;AO=69;DP=144;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.0127613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.133;QD=19.159;RBI=0.0210975;REFB=-0.0414355;REVB=-0.0168004;RO=75;SAF=31;SAR=38;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729161;STB=0.54028;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0316964;OID=.;OPOS=11805354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:75:69:69:0.479167:38:31:28:47:38:31:28:47 chr10 11805357 . G A 687.46 PASS AF=0.475862;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0489936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2317;QD=18.9643;RBI=0.0590391;REFB=0.00129052;REVB=0.0329429;RO=76;SAF=31;SAR=38;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781366;STB=0.543182;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00049665;OID=.;OPOS=11805357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:76:69:69:0.475862:38:31:28:48:38:31:28:48 chr10 12111090 . T C 6373.2 PASS AF=1;AO=407;DP=407;FAO=407;FDP=407;FR=.;FRO=0;FSAF=214;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140484;FXX=0.00245092;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5419;QD=62.6359;RBI=0.0734492;REFB=-0.0569655;REVB=0.0720932;RO=0;SAF=213;SAR=194;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973648;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:407:407:0:0:407:407:1:194:213:0:0:193:214:0:0 chr10 12131081 . T G 2136.57 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.925;QD=62.8402;RBI=0.0305031;REFB=0;REVB=0.0271993;RO=0;SAF=76;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38961e-05;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:59:76:0:0:59:77:0:0 chr10 12143105 . C G 1780.83 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.767;QD=60.8832;RBI=0.036481;REFB=0;REVB=-0.0358645;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10601e-05;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:59:58:0:0:59:58:0:0 chr10 12148259 . A C 1647.56 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000892871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.008;QD=59.9111;RBI=0.0252906;REFB=0;REVB=0.0252748;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34215e-05;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:110:0:0:106:110:1:56:50:0:0:57:53:0:0 chr10 12148286 . T C 1771.87 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.744;QD=60.0635;RBI=0.0541371;REFB=-0.139696;REVB=0.04154;RO=1;SAF=59;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007982;STB=0.504201;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000796666;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:118:118:1:1:117:117:0.991525:58:59:1:0:58:59:1:0 chr10 12149939 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.169;QD=57.7113;RBI=0.0137268;REFB=0;REVB=0.0124073;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04987e-05;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr10 12171740 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.034409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.543;QD=18.4437;RBI=0.0570506;REFB=-0.0503149;REVB=0.0455059;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124999;STB=0.571306;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0443156;OID=.;OPOS=12171740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:2:7:7:4:2:7 chr10 12191933 . C T 590.41 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00268705;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.286;QD=21.6665;RBI=0.0142833;REFB=-0.001085;REVB=-0.0140282;RO=48;SAF=23;SAR=36;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925487;STB=0.551883;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00103668;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:48:50:59:59:0.541284:36:23:24:24:36:23:25:25 chr10 12209752 . T C 708.7 PASS AF=0.534884;AO=68;DP=128;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.049806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.44;QD=21.9753;RBI=0.0498138;REFB=-0.00149595;REVB=0.000883108;RO=60;SAF=24;SAR=44;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00275285;STB=0.501113;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00137575;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:60:60:68:69:0.534884:44:24:21:39:45:24:21:39 chr10 12212186 . T A 548.39 PASS AF=0.554348;AO=50;DP=90;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00335619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.966;QD=23.843;RBI=0.00372764;REFB=-0.00645185;REVB=0.00162213;RO=40;SAF=22;SAR=28;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109288;STB=0.559738;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00389411;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:40:41:50:51:0.554348:28:22:23:17:28:23:24:17 chr10 12238325 . TGGGA T 189.04 PASS AF=0.438356;AO=22;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0078408;FXX=0.151145;HRUN=3;LEN=4;MLLD=153.245;QD=10.3582;RBI=0.0273269;REFB=-0.016274;REVB=-0.0261778;RO=38;SAF=14;SAR=8;SRF=25;SRR=13;SSEN=0.377643;SSEP=0;SSSB=-0.0256281;STB=0.516785;STBP=0.824;TYPE=del;VARB=0.0182277;OID=.;OPOS=12238326;OREF=GGGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438356:22:73:32:73:41:17:15:23:18:99:38:14:8:25:13 chr10 12292344 . A G 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00279072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.471;QD=59.1411;RBI=0.0216175;REFB=0;REVB=0.0214366;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05639e-05;OID=.;OPOS=12292344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr10 12292350 . A G 259.42 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0517308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.397;QD=14.215;RBI=0.0626387;REFB=-0.0143278;REVB=-0.0353204;RO=42;SAF=23;SAR=7;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261485;STB=0.644987;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0194454;OID=.;OPOS=12292350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:7:23:23:19:7:23:24:19 chr10 12292454 . A G 1399.56 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450136;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3262;QD=62.9014;RBI=0.0450563;REFB=0;REVB=-0.0019608;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132512;OID=.;OPOS=12292454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:43:45:0:0:43:46:0:0 chr10 12695177 . A G 2675.24 PASS AF=0.91;AO=182;DP=200;FAO=182;FDP=200;FR=.;FRO=18;FSAF=59;FSAR=123;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0151726;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=180.919;QD=53.5049;RBI=0.0210615;REFB=-0.0141699;REVB=0.0146075;RO=18;SAF=59;SAR=123;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650373;STB=0.534321;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000957251;OID=.;OPOS=12695177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:200:200:18:18:182:182:0.91:123:59:12:6:123:59:12:6 chr10 12695178 . A G 47.59 PASS AF=0.0808081;AO=16;DP=198;FAO=16;FDP=198;FR=.;FRO=182;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=121;FWDB=0.00864102;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=57.6157;QD=0.961476;RBI=0.0601701;REFB=-0.00555215;REVB=0.0595464;RO=182;SAF=10;SAR=6;SRF=61;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325829;STB=0.748554;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00686553;OID=.;OPOS=12695178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:198:198:182:182:16:16:0.0808081:6:10:61:121:6:10:61:121 chr10 12867598 . C G 1731.18 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6032;QD=60.7432;RBI=0.108605;REFB=0;REVB=-0.00483613;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000464279;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:65:47:0:0:65:49:0:0 chr10 12940455 . A G 3825.61 PASS AF=1;AO=231;DP=234;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314991;FXX=0.00793619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.497;QD=61.2098;RBI=0.0321376;REFB=0;REVB=-0.00637397;RO=0;SAF=89;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35435e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333406;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:234:250:0:0:231:250:1:142:89:0:0:143:107:0:0 chr10 13151224 . G A 326.61 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=48;FWDB=0.0163448;FXX=0.0392118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.35;QD=13.3311;RBI=0.0169068;REFB=0.00242346;REVB=0.00432282;RO=58;SAF=8;SAR=30;SRF=12;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583149;STB=0.509799;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00568679;OID=.;OPOS=13151224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:58:60:38:38:0.387755:30:8:12:46:30:8:12:48 chr10 13152400 . T A 592.78 PASS AF=0.613636;AO=52;DP=86;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0122561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.396;QD=26.9446;RBI=0.0180525;REFB=-0.01484;REVB=0.0132544;RO=34;SAF=30;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120126;STB=0.570432;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00634412;OID=.;OPOS=13152400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:34:34:52:54:0.613636:22:30:14:20:22:32:14:20 chr10 13158262 . C T 703.84 PASS AF=1;AO=37;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.92;QD=62.5635;RBI=0.0495612;REFB=0;REVB=0.0442684;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489641;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:37:45:1:21:16:0:0:27:18:0:0 chr10 13166076 . A G 971.59 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406746;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.644;QD=57.1523;RBI=0.0415257;REFB=-0.073695;REVB=0.0083643;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599524;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:68:0:0:65:68:1:38:27:0:0:41:27:0:0 chr10 13206233 . A T 2200.01 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253636;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.459;QD=63.3097;RBI=0.03454;REFB=0;REVB=0.0234457;RO=0;SAF=67;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119312;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:138:139:1:71:67:0:0:71:68:0:0 chr10 13251117 . G A 968.82 PASS AF=0.476415;AO=101;DP=212;FAO=101;FDP=212;FR=.;FRO=111;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.000787635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.437;QD=18.2796;RBI=0.00940449;REFB=0.0115807;REVB=-0.00937145;RO=111;SAF=49;SAR=52;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525273;STB=0.528972;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.011305;OID=.;OPOS=13251117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:111:111:101:101:0.476415:52:49:60:51:52:49:60:51 chr10 13275553 . T G 514.28 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00678784;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.572;QD=27.0671;RBI=0.0178789;REFB=-0.0191525;REVB=0.0165402;RO=30;SAF=23;SAR=24;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162141;STB=0.50252;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0102027;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:30:29:47:47:0.618421:24:23:14:16:24:23:14:15 chr10 13330402 . T C 453.36 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.00519353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.224;QD=14.9872;RBI=0.0117322;REFB=-0.0131967;REVB=-0.0105201;RO=69;SAF=18;SAR=33;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220342;STB=0.627902;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0148382;OID=.;OPOS=13330402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:70:51:51:0.421488:33:18:39:30:33:18:40:30 chr10 13337588 . G A 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.867;QD=60.2035;RBI=0.0209147;REFB=0;REVB=-0.00542081;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9851e-05;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr10 13375906 . T C 567.11 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.00109015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.703;QD=18.5937;RBI=0.019071;REFB=-0.00121028;REVB=0.0190398;RO=60;SAF=27;SAR=32;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00829843;STB=0.506862;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00127126;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:63:59:59:0.483607:32:27:28:32:32:27:28:35 chr10 13481427 . T A 469.58 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00305253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3726;QD=18.5974;RBI=0.00321235;REFB=-0.014097;REVB=-0.00100063;RO=52;SAF=24;SAR=25;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620286;STB=0.534399;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0160357;OID=.;OPOS=13481427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:25:24:22:30:25:24:22:30 chr10 13494594 . T C 1016.73 PASS AF=0.458874;AO=106;DP=232;FAO=106;FDP=231;FR=.;FRO=125;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=51;FSRR=74;FWDB=-0.0136948;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.081;QD=17.6058;RBI=0.0144024;REFB=0.00628339;REVB=-0.00445896;RO=124;SAF=47;SAR=59;SRF=51;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318389;STB=0.519484;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0076296;OID=.;OPOS=13494594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:124:125:106:106:0.458874:59:47:51:73:59:47:51:74 chr10 13534851 . A G 391.26 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=84;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0271726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.953;QD=17.1981;RBI=0.0375409;REFB=-0.0184553;REVB=0.0259031;RO=49;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220841;STB=0.569256;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0196777;OID=.;OPOS=13534851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:91:49:49:35:42:0.461538:16:19:16:33:23:19:16:33 chr10 13633835 . A G 3052.97 PASS AF=1;AO=192;DP=194;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673013;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0659;QD=63.6035;RBI=0.084242;REFB=0;REVB=-0.0506682;RO=0;SAF=110;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35291e-05;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:192:0:0:192:192:1:82:110:0:0:82:110:0:0 chr10 13685766 . G A 427.91 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0102695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.616;QD=51.8676;RBI=0.0255654;REFB=-0.025117;REVB=-0.0234121;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.535691;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000960988;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:0:2:31:31:0.939394:18:13:0:0:18:13:2:0 chr10 13687890 . G A 163.69 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0826078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.126;QD=13.3626;RBI=0.0827443;REFB=0.00719296;REVB=0.00475178;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166308;STB=0.612126;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0134455;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:31:17:18:0.367347:9:8:10:21:9:9:10:21 chr10 13698923 . T C,TCGC 541.49 PASS AF=0.108696,0.34058;AO=19,41;DP=150;FAO=15,47;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=7,31;FSAR=8,16;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0309614,-0.0310945;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=57.5927,178.605;QD=15.6955;RBI=0.0380853,0.0386589;REFB=-0.0251641,-0.0337874;REVB=-0.0221784,-0.0229705;RO=89;SAF=7,31;SAR=12,10;SRF=43;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.147721,0.342894;STB=0.527822,0.602547;STBP=0.832,0.08;TYPE=snp,ins;VARB=0.0374691,0.0818516;OID=.,.;OPOS=13698923,13698924;OREF=T,-;OALT=C,CGC;OMAPALT=C,TCGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:150:138:89:76:19,41:15,47:0.108696,0.34058:12,10:7,31:43:46:8,16:7,31:38:38 chr10 13769842 . A G 2510.75 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279966;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.757;QD=60.5001;RBI=0.0319098;REFB=0;REVB=0.0153108;RO=0;SAF=67;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187429;OID=.;OPOS=13769842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:166:0:0:159:166:1:92:67:0:0:93:73:0:0 chr10 14425221 . G C 495.39 PASS AF=0.552941;AO=46;DP=83;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0144621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.848;QD=23.3125;RBI=0.0298138;REFB=-0.0199261;REVB=-0.0260713;RO=37;SAF=25;SAR=21;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681892;STB=0.526041;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0192129;OID=.;OPOS=14425221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:37:38:46:47:0.552941:21:25:17:20:22:25:18:20 chr10 14709658 . G A 543.31 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.00456124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.851;QD=15.3044;RBI=0.023;REFB=-0.0244145;REVB=-0.0225431;RO=83;SAF=28;SAR=31;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808151;STB=0.545308;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0315977;OID=.;OPOS=14709658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:83:83:59:59:0.415493:31:28:33:50:31:28:33:50 chr10 14913518 . T A 359.51 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0234134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6423;QD=19.9726;RBI=0.0573599;REFB=0.0278303;REVB=0.0523639;RO=35;SAF=20;SAR=17;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245602;STB=0.635555;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0211319;OID=.;OPOS=14913518;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:17:20:9:26:17:20:9:26 chr10 14976414 . G A 1208.34 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.109;QD=61.1819;RBI=0.0260723;REFB=0;REVB=-0.0189887;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26779e-06;OID=.;OPOS=14976414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:47:31:0:0:47:32:0:0 chr10 15106441 . A G 791.05 PASS AF=0.569231;AO=74;DP=129;FAO=74;FDP=130;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00589856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.052;QD=24.3398;RBI=0.0340207;REFB=-0.00629369;REVB=0.0335055;RO=55;SAF=37;SAR=37;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00711025;STB=0.50769;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00512374;OID=.;OPOS=15106441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:55:56:74:74:0.569231:37:37:27:28:37:37:27:29 chr10 15255835 . C T 612.76 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00827597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8472;QD=22.9068;RBI=0.0294255;REFB=-0.0213455;REVB=0.0282377;RO=45;SAF=26;SAR=34;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113399;STB=0.552828;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0154146;OID=.;OPOS=15255835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:45:47:60:60:0.560748:34:26:26:19:34:26:26:21 chr10 15573050 . A G 3498.53 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461859;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.914;QD=62.4738;RBI=0.0620504;REFB=-0.081274;REVB=0.0414381;RO=1;SAF=118;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447409;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394775;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:225:224:1:0:224:224:1:106:118:0:1:106:118:0:0 chr10 15713667 . C G 129.29 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00623917;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.816;QD=17.8332;RBI=0.0141218;REFB=-0.00764679;REVB=-0.0126688;RO=14;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232012;STB=0.658433;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0299644;OID=.;OPOS=15713667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:29:14:15:14:14:0.482759:3:11:8:6:3:11:8:7 chr10 16547058 . A G 3022.53 PASS AF=1;AO=190;DP=192;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000621978;FXX=0.0104161;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.469;QD=63.6323;RBI=0.00615714;REFB=0;REVB=0.00612565;RO=0;SAF=85;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136287;OID=.;OPOS=16547058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:190:0:0:190:190:1:105:85:0:0:105:85:0:0 chr10 16556204 . C CAT 589.35 PASS AF=0.911111;AO=38;DP=53;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0133853;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.833;QD=52.3865;RBI=0.0276609;REFB=-0.0768781;REVB=0.0242066;RO=13;SAF=25;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13609;STB=0.510199;STBP=0.697;TYPE=ins;VARB=0.00481799;OID=.;OPOS=16556205;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911111:38:53:41:45:4:25:16:2:2:19:13:25:13:5:8 chr10 16794623 . C T 1013.94 PASS AF=0.438525;AO=107;DP=244;FAO=107;FDP=244;FR=.;FRO=137;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=70;FSRR=67;FWDB=-0.0459542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.875;QD=16.6219;RBI=0.0459802;REFB=-0.00790876;REVB=0.0015449;RO=137;SAF=54;SAR=53;SRF=70;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00634275;STB=0.503524;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00914689;OID=.;OPOS=16794623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:137:137:107:107:0.438525:53:54:70:67:53:54:70:67 chr10 16796919 . C A 2587.41 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.365;QD=61.2405;RBI=0.0124734;REFB=0;REVB=0.0112874;RO=1;SAF=69;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65487e-05;OID=.;OPOS=16796919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:169:169:1:0:168:169:1:99:69:0:1:100:69:0:0 chr10 16882518 . T C 532.36 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0130329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.359;QD=16.9003;RBI=0.0138915;REFB=-0.00436028;REVB=0.004808;RO=69;SAF=30;SAR=27;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528028;STB=0.529402;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00516907;OID=.;OPOS=16882518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:69:57:57:0.452381:27:30:40:29:27:30:40:29 chr10 16918972 . A G 779.89 PASS AF=0.42439;AO=87;DP=205;FAO=87;FDP=205;FR=.;FRO=118;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=-0.0133374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.02;QD=15.2174;RBI=0.0135304;REFB=-0.00438889;REVB=-0.00227734;RO=118;SAF=54;SAR=33;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144613;STB=0.580826;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00666601;OID=.;OPOS=16918972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:118:118:87:87:0.42439:33:54:57:61:33:54:57:61 chr10 16943371 . G A,C 2504.21 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=7,158;DP=165;FAO=5,160;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=4,71;FSAR=1,89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287008,-0.0233553;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.064,263.618;QD=60.708;RBI=0.0381815,0.0346671;REFB=0,0;REVB=0.0251812,0.0256191;RO=0;SAF=6,69;SAR=1,89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.4361e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0297035,-0.000203749;OID=.,.;OPOS=16943371,16943371;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:165:165:0:0:7,158:5,160:0.030303,0.969697:1,89:6,69:0:0:1,89:4,71:0:0 chr10 16967401 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.854;QD=59.3227;RBI=0.00743233;REFB=0;REVB=-0.00537662;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02011e-07;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr10 16979606 . G T 168.2 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0204473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.272;QD=12.0142;RBI=0.075088;REFB=-0.0266686;REVB=0.0722504;RO=34;SAF=6;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244674;STB=0.652023;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0439423;OID=.;OPOS=16979606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:15:6:17:17:15:6:18:17 chr10 16979661 . T C 1745.35 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310628;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.027;QD=60.1845;RBI=0.0394141;REFB=0;REVB=0.0242606;RO=0;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218163;OID=.;OPOS=16979661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:116:0:0:113:116:1:64:49:0:0:67:49:0:0 chr10 16982061 . C T 487.29 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00135921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.175;QD=18.0478;RBI=0.0179927;REFB=-0.0320098;REVB=-0.0179413;RO=56;SAF=23;SAR=29;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542281;STB=0.530096;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.026905;OID=.;OPOS=16982061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:29:23:28:28:29:23:28:28 chr10 16990552 . G A 912.34 PASS AF=0.50838;AO=89;DP=174;FAO=91;FDP=179;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=18;FSRR=70;FWDB=0.0505496;FXX=0.0110491;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0373;QD=20.3875;RBI=0.0591743;REFB=-0.0221036;REVB=0.0307625;RO=85;SAF=33;SAR=56;SRF=20;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134792;STB=0.597703;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0207838;OID=.;OPOS=16990552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:179:85:88:89:91:0.50838:56:33:20:65:56:35:18:70 chr10 17113563 . C T 811.69 PASS AF=0.461538;AO=84;DP=183;FAO=84;FDP=182;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=0.00242374;FXX=0.0215042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.75;QD=17.8392;RBI=0.0217981;REFB=-0.0174619;REVB=-0.021663;RO=97;SAF=31;SAR=53;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234135;STB=0.516565;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0318538;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:97:98:84:84:0.461538:53:31:38:59:53:31:39:59 chr10 17147521 . G T 643.2 PASS AF=0.377451;AO=76;DP=207;FAO=77;FDP=204;FR=.;FRO=127;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=76;FWDB=-0.0448857;FXX=0.0144921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0206;QD=12.6118;RBI=0.0904097;REFB=-0.011892;REVB=-0.0784804;RO=123;SAF=31;SAR=45;SRF=49;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108104;STB=0.500662;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0184788;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:204:123:127:76:77:0.377451:45:31:49:74:46:31:51:76 chr10 17156151 . A G 895.59 PASS AF=0.536585;AO=88;DP=164;FAO=88;FDP=164;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0304585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.953;QD=21.8435;RBI=0.0309571;REFB=-0.00376307;REVB=-0.00553388;RO=76;SAF=40;SAR=48;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742027;STB=0.540531;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00304533;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:76:76:88:88:0.536585:48:40:28:48:48:40:28:48 chr10 17204247 . A T 480.77 PASS AF=0.87234;AO=30;DP=35;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.138366;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=65.1344;QD=40.9164;RBI=0.162693;REFB=-0.138006;REVB=0.0855792;RO=5;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974216;STB=0.532957;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0196958;OID=.;OPOS=17204247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:35:47:5:6:30:41:0.87234:13:17:1:4:24:17:1:5 chr10 17210822 . A C 1067.61 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.943;QD=58.4991;RBI=0.0477905;REFB=-0.146292;REVB=0.0416444;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133212;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000579829;OID=.;OPOS=17210822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:37:35:1:0:37:35:1:0 chr10 17256276 . AT TA 76.15 PASS AF=0.118881;AO=18;DP=150;FAO=17;FDP=143;FR=.;FRO=126;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=-0.00512243;FXX=0.0466636;HRUN=5;LEN=2;MLLD=47.7589;QD=2.1301;RBI=0.0102259;REFB=-0.017172;REVB=-0.00885038;RO=114;SAF=17;SAR=1;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621133;STB=0.93326;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0544797;OID=.;OPOS=17256276;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:150:143:114:126:18:17:0.118881:1:17:54:60:1:16:60:66 chr10 17256284 . C T 45.3 PASS AF=0.0542169;AO=9;DP=162;FAO=9;FDP=166;FR=.,HEALED;FRO=149;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=78;FSRR=71;FWDB=0.00197576;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.883;QD=1.09158;RBI=0.0179806;REFB=0.00157298;REVB=-0.0178718;RO=129;SAF=8;SAR=1;SRF=66;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408378;STB=0.869217;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.015947;OID=.;OPOS=17256284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:162:166:129:149:9:9:0.0542169:1:8:66:63:1:8:78:71 chr10 17256343 . TTAAAAAAT TAAAAAT,TTAAAAAT,TTAAAATTA,TTTAAAAAT 638.77 PASS AF=0,0.956989,0.0430108,0;AO=33,23,12,18;DP=139;FAO=0,89,4,0;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=0,61,0,0;FSAR=0,28,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.265438,0.0902112,0.0196523,0.34664;FXX=0.24998;HRUN=5,6,6,6;LEN=2,1,3,1;MLLD=9.27082,9.3525,32.7287,4.04969;QD=27.4741;RBI=0.280788,0.115418,0.0197381,0.384163;REFB=0.0305937,0.00867555,0.0213938,-0.0151426;REVB=-0.0915684,0.0719952,-0.00183808,0.165596;RO=11;SAF=30,13,0,1;SAR=3,10,12,17;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0.34252,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-5.20113e-08,-0.213405,-0.854232,-0.723396;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0,-0.0195383,0.12518,0.0365063;OID=.,.,.,.;OPOS=17256344,17256345,17256349,17256345;OREF=TA,A,AAT,A;OALT=-,-,TTA,T;OMAPALT=TAAAAAT,TTAAAAAT,TTAAAATTA,TTTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.956989,0.0430108,0:33,23,12,18:139:0,89,4,0:93:0:0,61,0,0:0,28,4,0:0:0:18:11:30,13,0,1:3,10,12,17:10:1 chr10 17659131 . C A 156.09 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130287;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.8781;QD=44.597;RBI=0.141921;REFB=0;REVB=0.0562746;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350859;OID=.;OPOS=17659131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:8:6:0:0 chr10 17659149 . C G,T 142.19 PASS AF=0.461538,0.538462;AO=6,7;DP=13;FAO=6,7;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=5,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602247,0.0660745;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.9801,90.7509;QD=43.7492;RBI=0.0644592,0.141602;REFB=0,0;REVB=0.0229777,0.125241;RO=0;SAF=1,2;SAR=5,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0423967,0.0272844;OID=.,.;OPOS=17659149,17659149;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:13:13:0:0:6,7:6,7:0.461538,0.538462:5,5:1,2:0:0:5,5:1,2:0:0 chr10 17756596 . T C 1225.63 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112908;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9024;QD=59.7866;RBI=0.0734752;REFB=-0.103497;REVB=0.0726025;RO=1;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145648;STB=0.50769;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00277894;OID=.;OPOS=17756596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:82:1:1:80:81:0.987805:32:48:0:1:32:49:0:1 chr10 17891705 . A G 3590.98 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.484;QD=62.9996;RBI=0.0213578;REFB=0;REVB=-0.0166796;RO=0;SAF=78;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54891e-06;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:228:0:0:227:228:1:149:78:0:0:149:79:0:0 chr10 17891731 . T C 213.37 PASS AF=0.178571;AO=40;DP=224;FAO=40;FDP=224;FR=.;FRO=184;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=68;FSRR=116;FWDB=-0.0108671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6173;QD=3.81014;RBI=0.0120425;REFB=-0.00509247;REVB=-0.00518934;RO=183;SAF=16;SAR=24;SRF=67;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461498;STB=0.526303;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0306126;OID=.;OPOS=17891731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:183:184:40:40:0.178571:24:16:67:116:24:16:68:116 chr10 18122716 . A G 1562.07 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8885;QD=58.9462;RBI=0.0921204;REFB=-0.0539469;REVB=0.0896415;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877859;OID=.;OPOS=18122716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:106:106:0:0:105:106:1:47:58:0:0:48:58:0:0 chr10 18138639 . A G 538.36 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.16;QD=59.8176;RBI=0.0524823;REFB=0;REVB=0.0206193;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113903;OID=.;OPOS=18138639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr10 18242304 . T C 1974.39 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119757;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.527;QD=62.1854;RBI=0.0120006;REFB=0;REVB=0.000772101;RO=0;SAF=57;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37966e-05;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:70:57:0:0:70:57:0:0 chr10 18439808 . T G 112.0 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=43;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00378079;FXX=0.279005;HRUN=25;LEN=1;MLLD=82.2271;QD=14.4513;RBI=0.0482819;REFB=-0.0650834;REVB=-0.0481337;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081447;STB=0.683885;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0631697;OID=.;OPOS=18439808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:31:19:19:24:12:0.387097:15:9:9:10:3:9:9:10 chr10 18829981 . A ATGTT 1648.75 PASS AF=0.861314;AO=117;DP=141;FAO=118;FDP=137;FR=.;FRO=19;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0157044;FXX=0.0283668;HRUN=1;LEN=4;MLLD=259.099;QD=48.1387;RBI=0.016628;REFB=0.00391051;REVB=0.00546468;RO=22;SAF=47;SAR=70;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441817;STB=0.517063;STBP=0.331;TYPE=ins;VARB=-0.000407052;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.861314:117:141:118:137:19:48:70:10:9:89:22:47:70:12:10 chr10 18963038 . A G 525.26 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00416056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.846;QD=15.9168;RBI=0.00688328;REFB=-0.01409;REVB=-0.00548355;RO=75;SAF=34;SAR=23;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791817;STB=0.544353;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0230961;OID=.;OPOS=18963038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:75:75:57:57:0.431818:23:34:39:36:23:34:39:36 chr10 19492832 . A C 1534.0 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0563329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.565;QD=62.6123;RBI=0.0564399;REFB=-0.0567615;REVB=0.00347395;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000199905;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:53:44:0:0:53:44:0:1 chr10 19498278 . G A 2255.08 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.906;QD=63.5235;RBI=0.00960824;REFB=0;REVB=-0.00263172;RO=0;SAF=76;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.52843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2047e-06;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:65:76:0:0:66:76:0:0 chr10 19620407 . A C 4389.91 PASS AF=0.982578;AO=280;DP=286;FAO=282;FDP=287;FR=.;FRO=5;FSAF=141;FSAR=141;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0152371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8527;QD=61.1834;RBI=0.0195264;REFB=-0.131537;REVB=0.012211;RO=2;SAF=139;SAR=141;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681109;STB=0.501742;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00137407;OID=.;OPOS=19620407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:286:287:2:5:280:282:0.982578:141:139:2:0:141:141:2:3 chr10 19620439 . A G 4544.83 PASS AF=1;AO=284;DP=285;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933085;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.867;QD=63.3426;RBI=0.01853;REFB=0;REVB=-0.0160092;RO=0;SAF=141;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72058e-06;OID=.;OPOS=19620439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:285:287:0:0:284:287:1:143:141:0:0:145:142:0:0 chr10 19636869 . G T 851.01 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0749389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2365;QD=57.6955;RBI=0.08037;REFB=0;REVB=-0.029043;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000761878;OID=.;OPOS=19636869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:34:25:0:0 chr10 19641035 . T C 3166.55 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778016;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.474;QD=61.4864;RBI=0.0210058;REFB=-0.0315297;REVB=0.0195119;RO=1;SAF=85;SAR=121;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32941e-05;OID=.;OPOS=19641035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:207:206:1:0:206:206:1:121:85:1:0:121:85:0:0 chr10 19678286 . C T 2999.08 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.648;QD=63.4727;RBI=0.0340396;REFB=0;REVB=0.0109951;RO=0;SAF=84;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98921e-05;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:105:84:0:0:105:84:0:0 chr10 19678497 . G A 2286.35 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000756731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.102;QD=60.1671;RBI=0.00860644;REFB=-0.118788;REVB=0.0085731;RO=0;SAF=59;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502702;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000101535;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:152:152:0:1:151:151:0.993421:92:59:0:0:92:59:0:1 chr10 19778056 . G A 1813.27 PASS AF=0.474699;AO=181;DP=388;FAO=197;FDP=415;FR=.;FRO=218;FSAF=38;FSAR=159;FSRF=72;FSRR=146;FWDB=0.0386369;FXX=0.00240379;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9584;QD=17.4773;RBI=0.0534371;REFB=-0.0191217;REVB=0.0369149;RO=207;SAF=35;SAR=146;SRF=74;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215206;STB=0.601433;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0157258;OID=.;OPOS=19778056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:415:207:218:181:197:0.474699:146:35:74:133:159:38:72:146 chr10 19778072 . A G 4283.37 PASS AF=0.992754;AO=273;DP=275;FAO=274;FDP=276;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000907838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.497;QD=62.0779;RBI=0.00782968;REFB=-0.130134;REVB=0.00777687;RO=0;SAF=82;SAR=191;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.42156e-08;STB=0.502591;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=7.84591e-05;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:275:276:0:2:273:274:0.992754:191:82:0:0:192:82:0:2 chr10 20036605 . A AGT 199.19 PASS AF=1;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814076;FXX=0.111049;HRUN=0;LEN=2;MLLD=104.389;QD=49.7976;RBI=0.0297272;REFB=0;REVB=0.0285908;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536142;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000196086;OID=.;OPOS=20036606;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:34:16:16:0:4:12:0:0:3:17:4:12:15:2 chr10 20036609 . CT AT,TA 179.42 PASS AF=0.733333,0.266667;AO=11,4;DP=17;FAO=11,4;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3,1;FSAR=8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283409,0.00999956;FXX=0.117578;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=58.9705,23.0439;QD=47.8464;RBI=0.112006,0.0844273;REFB=0,0;REVB=-0.108361,-0.0838331;RO=0;SAF=3,1;SAR=8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0290207,0.01381;OID=.,.;OPOS=20036609,20036609;OREF=C,CT;OALT=A,TA;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:17:15:0:0:11,4:11,4:0.733333,0.266667:8,3:3,1:0:0:8,3:3,1:0:0 chr10 20500592 . T C 1005.65 PASS AF=0.462555;AO=105;DP=228;FAO=105;FDP=227;FR=.;FRO=122;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=62;FSRR=60;FWDB=-0.00467588;FXX=0.00438577;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.208;QD=17.7207;RBI=0.0180769;REFB=-0.0101072;REVB=0.0174617;RO=121;SAF=62;SAR=43;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769136;STB=0.544965;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0113767;OID=.;OPOS=20500592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:121:122:105:105:0.462555:43:62:62:59:43:62:62:60 chr10 20534333 . A G 638.36 PASS AF=0.427711;AO=71;DP=166;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=57;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.015924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9947;QD=15.3822;RBI=0.0267011;REFB=0.0129819;REVB=0.0214329;RO=94;SAF=14;SAR=57;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280099;STB=0.656262;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0147229;OID=.;OPOS=20534333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:94:95:71:71:0.427711:57:14:39:55:57:14:39:56 chr10 21071191 . G C 212.78 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0160345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.766;QD=10.2546;RBI=0.0160359;REFB=-0.0157784;REVB=0.000208577;RO=51;SAF=12;SAR=15;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290152;STB=0.642944;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0392357;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:56:27:27:0.325301:15:12:36:15:15:12:37:19 chr10 21074275 . T A 444.77 PASS AF=0.361111;AO=52;DP=144;FAO=52;FDP=144;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0223372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173;QD=12.3548;RBI=0.0238616;REFB=-0.00764749;REVB=-0.00839195;RO=92;SAF=22;SAR=30;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146663;STB=0.583657;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0137227;OID=.;OPOS=21074275;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:92:92:52:52:0.361111:30:22:51:41:30:22:51:41 chr10 21074344 . A G 463.54 PASS AF=0.345238;AO=58;DP=169;FAO=58;FDP=168;FR=.;FRO=110;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=62;FSRR=48;FWDB=0.052476;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8295;QD=11.0368;RBI=0.103645;REFB=-0.00458276;REVB=0.0893787;RO=109;SAF=25;SAR=33;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146105;STB=0.586367;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0111317;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:109:110:58:58:0.345238:33:25:61:48:33:25:62:48 chr10 21074455 . T C 997.41 PASS AF=0.468468;AO=104;DP=222;FAO=104;FDP=222;FR=.;FRO=118;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=49;FSRR=69;FWDB=-0.00350812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.307;QD=17.9713;RBI=0.0106946;REFB=-0.0119347;REVB=0.0101029;RO=118;SAF=47;SAR=57;SRF=49;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357626;STB=0.519743;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0173637;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:118:118:104:104:0.468468:57:47:49:69:57:47:49:69 chr10 21108377 . C T 886.32 PASS AF=0.471204;AO=90;DP=190;FAO=90;FDP=191;FR=.;FRO=101;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=40;FWDB=0.0100737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.132;QD=18.5617;RBI=0.0367123;REFB=-0.00725172;REVB=-0.0353031;RO=100;SAF=57;SAR=33;SRF=61;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023746;STB=0.51657;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0068462;OID=.;OPOS=21108377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:100:101:90:90:0.471204:33:57:61:39:33:57:61:40 chr10 21157621 . G T 1041.28 PASS AF=0.430712;AO=115;DP=267;FAO=115;FDP=267;FR=.;FRO=152;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=70;FSRR=82;FWDB=-0.0579266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3701;QD=15.5997;RBI=0.0802184;REFB=-0.0201624;REVB=-0.0554933;RO=151;SAF=67;SAR=48;SRF=69;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128698;STB=0.56979;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0248511;OID=.;OPOS=21157621;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:151:152:115:115:0.430712:48:67:69:82:48:67:70:82 chr10 21414892 . C G 635.65 PASS AF=0.45098;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.00460669;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.17;QD=16.6183;RBI=0.0242591;REFB=0.00670425;REVB=-0.0238177;RO=84;SAF=33;SAR=36;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103458;STB=0.557491;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00859644;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:84:84:69:69:0.45098:36:33:49:35:36:33:49:35 chr10 21415006 . T C 1507.54 PASS AF=0.482759;AO=153;DP=319;FAO=154;FDP=319;FR=.;FRO=165;FSAF=88;FSAR=66;FSRF=93;FSRR=72;FWDB=-0.00487069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.934;QD=18.9034;RBI=0.0106292;REFB=-0.013444;REVB=-0.00944754;RO=164;SAF=87;SAR=66;SRF=92;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733001;STB=0.504109;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.01522;OID=.;OPOS=21415006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:164:165:153:154:0.482759:66:87:92:72:66:88:93:72 chr10 21435340 . ACACT A 499.14 PASS AF=0.495327;AO=49;DP=113;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0107384;FXX=0.0530926;HRUN=1;LEN=4;MLLD=230.3;QD=18.6593;RBI=0.0174028;REFB=-0.0123927;REVB=-0.0136946;RO=51;SAF=24;SAR=25;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538319;STB=0.513815;STBP=0.775;TYPE=del;VARB=0.0135681;OID=.;OPOS=21435341;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.495327:49:113:53:107:54:25:28:24:30:99:51:24:25:22:29 chr10 21804788 . G A 494.87 PASS AF=0.477477;AO=52;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0269408;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5224;QD=17.8331;RBI=0.0269411;REFB=-0.000948404;REVB=0.000125886;RO=59;SAF=20;SAR=32;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390432;STB=0.509551;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00102143;OID=.;OPOS=21804788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:58:52:53:0.477477:32:20:25:34:32:21:24:34 chr10 22498749 . A T 3252.11 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3085;QD=61.9449;RBI=0.0457558;REFB=0;REVB=0.0111799;RO=0;SAF=109;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139808;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:210:0:0:209:210:1:100:109:0:0:101:109:0:0 chr10 22823959 . G A 290.43 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00283992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.872;QD=14.1673;RBI=0.00788148;REFB=-0.00400835;REVB=-0.00735205;RO=48;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797259;STB=0.551718;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00643487;OID=.;OPOS=22823959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:14:19:24:24:14:19:24:25 chr10 22825596 . C T 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.682;QD=56.1868;RBI=0.073149;REFB=0;REVB=0.0567789;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162323;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr10 22839628 . T C 605.01 PASS AF=0.435065;AO=66;DP=154;FAO=67;FDP=154;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0182811;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.593;QD=15.7145;RBI=0.0214142;REFB=-0.00336376;REVB=-0.0111522;RO=86;SAF=25;SAR=41;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114109;STB=0.55492;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00375773;OID=.;OPOS=22839628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:86:87:66:67:0.435065:41:25:42:44:41:26:42:45 chr10 23297252 . G A 1831.49 PASS AF=0.410101;AO=201;DP=492;FAO=203;FDP=495;FR=.;FRO=292;FSAF=60;FSAR=143;FSRF=114;FSRR=178;FWDB=0.00647844;FXX=0.00201609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5331;QD=14.7999;RBI=0.0232885;REFB=-0.0101661;REVB=0.0223692;RO=277;SAF=59;SAR=142;SRF=110;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122296;STB=0.563674;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0116106;OID=.;OPOS=23297252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:492:495:277:292:201:203:0.410101:142:59:110:167:143:60:114:178 chr10 23482635 . T C 215.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.379;QD=47.8427;RBI=0.113961;REFB=0;REVB=-0.0163538;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360934;OID=.;OPOS=23482635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:16:18:1:8:8:0:0:9:9:0:0 chr10 23556110 . A G 1111.13 PASS AF=0.974026;AO=47;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0590024;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=118.132;QD=57.7209;RBI=0.064454;REFB=-0.0519018;REVB=0.0259428;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513885;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-1.4424e-05;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:0:2:47:75:0.974026:32:15:0:0:35:40:0:2 chr10 23633566 . C A 4577.01 PASS AF=0.99;AO=297;DP=302;FAO=297;FDP=300;FR=.;FRO=3;FSAF=134;FSAR=163;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00356676;FXX=0.00990066;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.67;QD=61.0268;RBI=0.0315813;REFB=-0.031951;REVB=0.0313792;RO=3;SAF=134;SAR=163;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226966;STB=0.50119;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.000223415;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:302:300:3:3:297:297:0.99:163:134:1:2:163:134:1:2 chr10 23688486 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.474;QD=50.4128;RBI=0.0753964;REFB=0;REVB=0.067736;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272822;OID=.;OPOS=23688486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr10 23688521 . T C 229.16 PASS AF=0.95;AO=17;DP=17;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0017392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.524;QD=45.8329;RBI=0.013977;REFB=0.0116646;REVB=0.0138684;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-5.33144e-05;OID=.;OPOS=23688521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:20:0:1:17:19:0.95:9:8:0:0:11:8:0:1 chr10 23688542 . T A 163.04 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274573;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.511;QD=43.4764;RBI=0.213285;REFB=0;REVB=0.21151;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200404;OID=.;OPOS=23688542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:1:0:13:15:1:8:5:0:1:10:5:0:0 chr10 24564652 . GC AT,GT 605.81 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,39;DP=41;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128002,-0.0111156;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=162.48,214.614;QD=60.5805;RBI=0.0700058,0.0384525;REFB=0,0;REVB=-0.0688256,-0.0368108;RO=0;SAF=2,27;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0415523,-0.00318851;OID=.,.;OPOS=24564652,24564653;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:40:0:0:2,39:2,38:0.05,0.95:0,12:2,27:0:0:0,12:2,26:0:0 chr10 24762465 . A G 318.44 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0104783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.376;QD=16.3302;RBI=0.0145945;REFB=-0.00700338;REVB=0.010159;RO=43;SAF=13;SAR=21;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107896;STB=0.549709;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0123647;OID=.;OPOS=24762465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:43:34:35:0.448718:21:13:21:22:21:14:21:22 chr10 24790393 . A G 1013.02 PASS AF=0.443983;AO=106;DP=241;FAO=107;FDP=241;FR=.;FRO=134;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=62;FSRR=72;FWDB=-0.0188656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.371;QD=16.8137;RBI=0.0197107;REFB=-0.0141031;REVB=-0.00570946;RO=134;SAF=60;SAR=46;SRF=62;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10412;STB=0.559883;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0175223;OID=.;OPOS=24790393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:134:134:106:107:0.443983:46:60:62:72:46:61:62:72 chr10 24873369 . C G 402.78 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0323063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.765;QD=13.6535;RBI=0.0431772;REFB=-0.0186854;REVB=0.0286456;RO=71;SAF=28;SAR=19;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212421;STB=0.61995;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.036547;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:71:47:47:0.398305:19:28:28:43:19:28:28:43 chr10 24879281 . A G 2314.73 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.819;QD=60.1228;RBI=0.0122001;REFB=0;REVB=0.00193327;RO=0;SAF=72;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17616e-06;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:141:154:0:0:139:154:1:67:72:0:0:74:80:0:0 chr10 24908686 . T C 444.63 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0188151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3969;QD=20.4428;RBI=0.0389862;REFB=-0.0150132;REVB=-0.0341455;RO=43;SAF=20;SAR=24;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051064;STB=0.528289;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0179493;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:24:20:22:21:24:20:22:21 chr10 24929141 . G A 5070.29 PASS AF=0.990826;AO=324;DP=328;FAO=324;FDP=327;FR=.;FRO=3;FSAF=151;FSAR=173;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0190115;FXX=0.00304869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.851;QD=62.0219;RBI=0.019488;REFB=-0.100711;REVB=0.00428308;RO=2;SAF=151;SAR=173;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000399225;STB=0.501223;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.000132408;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:328:327:2:3:324:324:0.990826:173:151:1:1:173:151:1:2 chr10 25312689 . A G 376.89 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00948166;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5051;QD=18.1633;RBI=0.0113941;REFB=0.0297149;REVB=0.00631858;RO=46;SAF=16;SAR=23;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243639;STB=0.500638;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.0334648;OID=.;OPOS=25312689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:46:44:39:39:0.46988:23:16:20:26:23:16:18:26 chr10 25313818 . C T 55.4 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00724953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0265;QD=10.0735;RBI=0.0103039;REFB=-0.00921809;REVB=0.00732222;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912387;STB=0.581189;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0197847;OID=.;OPOS=25313818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:5:3:6:7:5:3:7:7 chr10 25314637 . G C 1153.17 PASS AF=0.497835;AO=115;DP=231;FAO=115;FDP=231;FR=.;FRO=116;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=49;FSRR=67;FWDB=0.0120428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.202;QD=19.9682;RBI=0.0145588;REFB=-0.0152067;REVB=0.00818098;RO=116;SAF=45;SAR=70;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296277;STB=0.516278;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0141292;OID=.;OPOS=25314637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:116:116:115:115:0.497835:70:45:49:67:70:45:49:67 chr10 25701341 . C G 1074.44 PASS AF=0.434944;AO=117;DP=263;FAO=117;FDP=269;FR=.;FRO=152;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=89;FSRR=63;FWDB=-0.0070057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1968;QD=15.9767;RBI=0.0215676;REFB=-0.0211213;REVB=-0.0203981;RO=146;SAF=60;SAR=57;SRF=83;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558817;STB=0.54119;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0278688;OID=.;OPOS=25701341;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:269:146:152:117:117:0.434944:57:60:83:63:57:60:89:63 chr10 25861632 . C T 1069.7 PASS AF=0.47807;AO=109;DP=229;FAO=109;FDP=228;FR=.;FRO=119;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=76;FWDB=-0.00893668;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8751;QD=18.7666;RBI=0.0374588;REFB=-0.0235962;REVB=-0.0363772;RO=118;SAF=54;SAR=55;SRF=43;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123966;STB=0.570058;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0277848;OID=.;OPOS=25861632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:118:119:109:109:0.47807:55:54:43:75:55:54:43:76 chr10 25888180 . A G 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.539;QD=60.2237;RBI=0.0424397;REFB=0;REVB=0.0115919;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242915;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr10 25891000 . TA T 524.37 PASS AF=0.569343;AO=75;DP=137;FAO=78;FDP=137;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.132703;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.5057;QD=15.31;RBI=0.134814;REFB=0.0150605;REVB=0.0237636;RO=57;SAF=37;SAR=38;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155631;STB=0.51274;STBP=0.74;TYPE=del;VARB=-0.00969743;OID=.;OPOS=25891001;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.569343:75:137:78:137:59:38:40:27:32:99:57:37:38:27:30 chr10 26102829 . G A 465.24 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.00841472;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.738;QD=16.4687;RBI=0.0179566;REFB=-0.0125615;REVB=-0.0158629;RO=62;SAF=24;SAR=27;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147928;STB=0.582247;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0149531;OID=.;OPOS=26102829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:62:62:51:51:0.451327:27:24:20:42:27:24:20:42 chr10 26355992 . A G 294.2 PASS AF=0.361702;AO=33;DP=95;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0107936;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7241;QD=12.5192;RBI=0.0163904;REFB=-0.00118848;REVB=-0.0123347;RO=57;SAF=11;SAR=22;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427422;STB=0.509531;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00242544;OID=.;OPOS=26355992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:57:60:33:34:0.361702:22:11:21:36:22:12:22:38 chr10 26357748 . G A 489.33 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0193527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.137;QD=19.5731;RBI=0.0193605;REFB=-0.021017;REVB=-0.000551749;RO=52;SAF=23;SAR=25;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195067;STB=0.510838;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0266922;OID=.;OPOS=26357748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:25:23:26:26:25:23:26:26 chr10 26991067 . CG C 562.45 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0853394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0559;QD=59.2049;RBI=0.0926454;REFB=0;REVB=-0.0360606;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00204673;OID=.;OPOS=26991068;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:37:38:38:0:12:26:0:0:4:0:12:25:0:0 chr10 26993597 . AT A,TA 874.61 PASS AF=1,0;AO=66,7;DP=81;FAO=85,0;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46,0;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729663,-0.0624894;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=13.0969,5.51658;QD=41.1579;RBI=0.237471,0.116382;REFB=0,0;REVB=0.225984,0.0981822;RO=7;SAF=41,3;SAR=25,4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.115481,0.40817;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00396356,0.0494746;OID=.,.;OPOS=26993598,26993597;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:81:85:7:0:66,7:85,0:1,0:25,4:41,3:0:7:39,0:46,0:0:0 chr10 27303605 . A T 599.02 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=120;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0782976;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1496;QD=19.4804;RBI=0.0783304;REFB=-0.0360419;REVB=-0.00226569;RO=59;SAF=22;SAR=39;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909688;STB=0.556656;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.032275;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:59:62:61:61:0.495935:39:22:27:32:39:22:29:33 chr10 27317840 . C T 358.38 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0294807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.861;QD=17.0655;RBI=0.0373244;REFB=-0.00787187;REVB=0.022891;RO=46;SAF=19;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212263;STB=0.511899;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00804771;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:19:19:22:24:19:19:22:24 chr10 27324405 . G A 492.32 PASS AF=0.442623;AO=53;DP=123;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0130822;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.189;QD=16.1416;RBI=0.0190863;REFB=-0.00344561;REVB=-0.0138976;RO=69;SAF=19;SAR=34;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266238;STB=0.648093;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00628415;OID=.;OPOS=27324405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:69:68:53:54:0.442623:34:19:43:26:35:19:42:26 chr10 27353007 . T C 137.38 PASS AF=0.326531;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0354162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4593;QD=11.2145;RBI=0.0403363;REFB=-0.0056644;REVB=0.0193056;RO=32;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107174;STB=0.594054;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.014209;OID=.;OPOS=27353007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:15:16:0.326531:9:6:10:22:9:7:10:23 chr10 27377283 . A T 422.32 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00894537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.032;QD=20.8555;RBI=0.0125127;REFB=-0.0252273;REVB=0.0087491;RO=38;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184304;STB=0.504444;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0146538;OID=.;OPOS=27377283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:23:19:18:20:23:19:18:21 chr10 27381349 . T C 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.000581159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.966;QD=16.5328;RBI=0.0143613;REFB=-0.0219435;REVB=0.0143496;RO=43;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249181;STB=0.514011;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0377353;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:22:13:17:26:22:13:17:26 chr10 27389197 . T C 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00886309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.87;QD=64.1534;RBI=0.0311367;REFB=0;REVB=0.0298486;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36508e-05;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:61:38:0:0:61:38:0:0 chr10 27400861 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7101;QD=58.0604;RBI=0.0330146;REFB=0;REVB=-0.0125476;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300524;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr10 27410386 . GA G 39.48 PASS AF=0.414634;AO=12;DP=39;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.102619;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.47879;QD=3.85215;RBI=0.186406;REFB=-0.080059;REVB=0.155617;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128512;STB=0.580546;STBP=0.439;TYPE=del;VARB=0.0754413;OID=.;OPOS=27410387;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:12:39:17:41:24:5:12:10:14:39:20:3:9:7:13 chr10 27434483 . G A 680.82 PASS AF=0.43787;AO=73;DP=170;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=33;FSRR=62;FWDB=-0.03094;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.985;QD=16.1142;RBI=0.03094;REFB=-0.0128357;REVB=-4.5604e-05;RO=93;SAF=21;SAR=52;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790378;STB=0.542342;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0140224;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:93:95:73:74:0.43787:52:21:33:60:53:21:33:62 chr10 27458898 . C A 219.94 PASS AF=0.409091;AO=22;DP=61;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0119954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.919;QD=13.3296;RBI=0.0170586;REFB=-0.0222151;REVB=0.0121286;RO=38;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340101;STB=0.623521;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0390106;OID=.;OPOS=27458898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:38:39:22:27:0.409091:8:14:12:26:13:14:12:27 chr10 27459670 . C T 212.03 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=7.53804e-05;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.833;QD=18.847;RBI=0.0164159;REFB=-0.00128609;REVB=-0.0164157;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267774;STB=0.542816;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00121014;OID=.;OPOS=27459670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:24:21:21:0.466667:8:13:13:9:8:13:13:11 chr10 27475444 . T C 219.73 PASS AF=0.266667;AO=32;DP=120;FAO=32;FDP=120;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.00493684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.671;QD=7.32443;RBI=0.0191216;REFB=-0.000883351;REVB=0.0184733;RO=87;SAF=13;SAR=19;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122641;STB=0.569357;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00218516;OID=.;OPOS=27475444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:87:88:32:32:0.266667:19:13:44:43:19:13:44:44 chr10 27475693 . T C 310.1 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0206471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.602;QD=13.7821;RBI=0.0208976;REFB=-0.00392723;REVB=-0.00322589;RO=48;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652;STB=0.531788;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00619292;OID=.;OPOS=27475693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:55:35:35:0.388889:16:19:23:25:16:19:27:28 chr10 27499771 . G A 704.18 PASS AF=0.447059;AO=76;DP=170;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0538343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.072;QD=16.569;RBI=0.0550059;REFB=-0.00702616;REVB=0.0112921;RO=94;SAF=47;SAR=29;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781505;STB=0.543516;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00733164;OID=.;OPOS=27499771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:94:94:76:76:0.447059:29:47:51:43:29:47:51:43 chr10 27499804 . T C 853.01 PASS AF=0.480663;AO=87;DP=181;FAO=87;FDP=181;FR=.;FRO=94;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.00161548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.421;QD=18.8511;RBI=0.00661085;REFB=-0.0345932;REVB=-0.00641043;RO=94;SAF=54;SAR=33;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763751;STB=0.542202;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0303285;OID=.;OPOS=27499804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:94:94:87:87:0.480663:33:54:51:43:33:54:51:43 chr10 27499979 . G T 243.19 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0765465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1983;QD=17.3705;RBI=0.0765836;REFB=-0.019343;REVB=0.002381;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113145;STB=0.553153;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0195688;OID=.;OPOS=27499979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:26:27:0.482143:13:13:18:11:13:14:18:11 chr10 27506961 . G A 566.18 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0170061;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.147;QD=18.264;RBI=0.0209576;REFB=-0.00144981;REVB=0.012248;RO=63;SAF=21;SAR=38;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13227;STB=0.574582;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000964266;OID=.;OPOS=27506961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:65:59:59:0.475806:38:21:31:32:38:21:32:33 chr10 27508758 . T C 425.38 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0484757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.694;QD=18.9057;RBI=0.0537849;REFB=0.00712676;REVB=0.0233007;RO=44;SAF=23;SAR=20;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515082;STB=0.543345;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00574426;OID=.;OPOS=27508758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:47:43:43:0.477778:20:23:26:18:20:23:29:18 chr10 27538071 . TG CA 522.66 PASS AF=0.330049;AO=67;DP=205;FAO=67;FDP=203;FR=.;FRO=136;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=79;FWDB=0.00822397;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.485;QD=10.2987;RBI=0.00887202;REFB=-0.0020728;REVB=0.00332851;RO=136;SAF=35;SAR=32;SRF=57;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120029;STB=0.568877;STBP=0.165;TYPE=mnp;VARB=0.00436295;OID=.;OPOS=27538071;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:203:136:136:67:67:0.330049:32:35:57:79:32:35:57:79 chr10 27538204 . T C 448.13 PASS AF=0.371429;AO=52;DP=140;FAO=52;FDP=140;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=62;FWDB=0.0195859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.324;QD=12.8036;RBI=0.019835;REFB=-0.00585981;REVB=0.00313383;RO=87;SAF=23;SAR=29;SRF=25;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178219;STB=0.595583;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0112409;OID=.;OPOS=27538204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:87:88:52:52:0.371429:29:23:25:62:29:23:26:62 chr10 27538735 . G A 450.18 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.017405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1997;QD=14.5218;RBI=0.0586026;REFB=-0.0150167;REVB=0.0559583;RO=71;SAF=20;SAR=31;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772558;STB=0.552653;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0211743;OID=.;OPOS=27538735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:71:73:51:51:0.41129:31:20:33:38:31:20:35:38 chr10 27539137 . T C 287.59 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00576021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.929;QD=13.5336;RBI=0.00832648;REFB=0.000150282;REVB=0.0060125;RO=52;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488616;STB=0.52788;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.000138611;OID=.;OPOS=27539137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:18:15:26:26:18:15:26:26 chr10 27539166 . G A 194.55 PASS AF=0.4;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00291136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.486;QD=12.9698;RBI=0.00305567;REFB=-0.0113478;REVB=0.000927961;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00641436;STB=0.508373;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0161783;OID=.;OPOS=27539166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:36:23:24:0.4:11:12:19:17:11:13:19:17 chr10 27687775 . T C 1476.54 PASS AF=0.969697;AO=95;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00618699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9494;QD=59.6584;RBI=0.00671003;REFB=-0.0148044;REVB=0.00259724;RO=2;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172373;STB=0.513272;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00156015;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:2:3:95:96:0.969697:54:41:0:2:55:41:0:3 chr10 27692205 . G A 650.56 PASS AF=0.428571;AO=72;DP=168;FAO=72;FDP=168;FR=.;FRO=96;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.01206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.104;QD=15.4896;RBI=0.0375703;REFB=-0.0117404;REVB=-0.0355821;RO=94;SAF=27;SAR=45;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130155;STB=0.579246;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0194301;OID=.;OPOS=27692205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:94:96:72:72:0.428571:45:27:47:47:45:27:49:47 chr10 27692279 . A C 751.07 PASS AF=0.446927;AO=79;DP=179;FAO=80;FDP=179;FR=.;FRO=99;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.00744559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.132;QD=16.7837;RBI=0.00752188;REFB=-0.004013;REVB=-0.00106853;RO=98;SAF=31;SAR=48;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373914;STB=0.513885;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00488445;OID=.;OPOS=27692279;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:98:99:79:80:0.446927:48:31:42:56:48:32:42:57 chr10 27702256 . GCCCCCC CGCCCCC,GCCCCCA 39.66 PASS AF=0.0481283,0.0534759;AO=9,9;DP=187;FAO=9,10;FDP=187;FR=.,HEALED;FRO=164;FSAF=1,9;FSAR=8,1;FSRF=59;FSRR=105;FWDB=-0.0678987,-0.110207;FXX=0.0157886;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=39.8977,27.1923;QD=0.848236;RBI=0.0700868,0.14628;REFB=-0.0152548,-0.058288;REVB=0.017376,0.0961886;RO=111;SAF=0,9;SAR=9,0;SRF=24;SRR=87;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.47294,0.723021;STB=0.808628,0.932762;STBP=0.102,0.015;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0739255,0.145284;OID=.,.;OPOS=27702256,27702262;OREF=GC,C;OALT=CG,A;OMAPALT=CGCCCCC,GCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:187:187:111:164:9,9:9,10:0.0481283,0.0534759:9,0:0,9:24:87:8,1:1,9:59:105 chr10 27702624 . G T 186.47 PASS AF=0.403509;AO=21;DP=55;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0141653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.903;QD=13.0859;RBI=0.0159581;REFB=-0.0159826;REVB=0.00734874;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165986;STB=0.568663;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0279636;OID=.;OPOS=27702624;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:34:34:21:23:0.403509:11:10:11:23:13:10:11:23 chr10 27794104 . T G 384.44 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0320634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.063;QD=18.0914;RBI=0.0321093;REFB=-0.00726803;REVB=-0.00171701;RO=45;SAF=13;SAR=26;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509748;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00891245;OID=.;OPOS=27794104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:45:45:39:40:0.470588:26:13:15:30:26:14:15:30 chr10 28378758 . T C 2161.68 PASS AF=0.955414;AO=148;DP=157;FAO=150;FDP=157;FR=.;FRO=7;FSAF=58;FSAR=92;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0291171;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.77;QD=55.0747;RBI=0.0291613;REFB=-0.123076;REVB=0.00160476;RO=6;SAF=56;SAR=92;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354513;STB=0.51529;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000405316;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:157:157:6:7:148:150:0.955414:92:56:5:1:92:58:5:2 chr10 28731618 . T C 479.85 PASS AF=0.4;AO=54;DP=134;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0144187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.325;QD=14.2176;RBI=0.0175124;REFB=-0.0350474;REVB=0.009939;RO=80;SAF=26;SAR=28;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068732;STB=0.507419;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0455572;OID=.;OPOS=28731618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:80:81:54:54:0.4:28:26:38:42:28:26:38:43 chr10 28909298 . TGT CTG,TG 1432.89 PASS AF=0,1;AO=4,89;DP=96;FAO=0,96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=0,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113369,-0.0709562;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=9.33574,24.0692;QD=59.7039;RBI=0.0788947,0.0781376;REFB=0,0;REVB=-0.0780759,-0.0327215;RO=0;SAF=0,35;SAR=4,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.00126028;OID=.,.;OPOS=28909298,28909300;OREF=TGT,T;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:8:96:96:0:0:4,89:0,96:0,1:4,54:0,35:0:0:0,59:0,37:0:0 chr10 28971525 . CTTTTA CTTT,CTTTA,CTTTAA 280.61 PASS AF=0,0.964286,0.0357143;AO=3,19,6;DP=29;FAO=0,27,1;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,0;FSAR=0,8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101237,-0.0905116,-0.173896;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=8.10496,13.2548,7.0471;QD=40.0871;RBI=0.164448,0.124575,0.176325;REFB=0,0,0;REVB=0.129593,0.0855949,-0.0291648;RO=0;SAF=0,15,4;SAR=3,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-5.00629e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00329282,-0.00295115;OID=.,.,.;OPOS=28971529,28971526,28971529;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTT,CTTTA,CTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.964286,0.0357143:3,19,6:29:0,27,1:28:0:0,19,0:0,8,1:0:0:7:0:0,15,4:3,4,2:0:0 chr10 29162178 . T C 2125.04 PASS AF=0.521197;AO=207;DP=391;FAO=209;FDP=401;FR=.;FRO=192;FSAF=100;FSAR=109;FSRF=89;FSRR=103;FWDB=-0.012367;FXX=0.00496266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.871;QD=21.1974;RBI=0.012856;REFB=-0.0228527;REVB=-0.00351217;RO=179;SAF=99;SAR=108;SRF=79;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315646;STB=0.507164;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0167233;OID=.;OPOS=29162178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:401:179:192:207:209:0.521197:108:99:79:100:109:100:89:103 chr10 29163413 . G A 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0307235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.408;QD=19.3862;RBI=0.0307553;REFB=0.00165363;REVB=-0.0013984;RO=34;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382526;STB=0.521293;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00173319;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:23:12:13:21:23:12:13:21 chr10 29578084 . A G 1787.93 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0094;QD=60.0986;RBI=0.0691274;REFB=0.109873;REVB=-0.0663852;RO=0;SAF=58;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.000973223;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:0:1:118:118:0.991597:60:58:0:0:60:58:0:1 chr10 29581493 . A C 1350.78 PASS AF=0.498168;AO=132;DP=270;FAO=136;FDP=273;FR=.;FRO=137;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=55;FSRR=82;FWDB=0.0491437;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.565;QD=19.7917;RBI=0.0501898;REFB=-0.0139411;REVB=-0.0101938;RO=136;SAF=65;SAR=67;SRF=55;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815133;STB=0.542206;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.016719;OID=.;OPOS=29581493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:273:136:137:132:136:0.498168:67:65:55:81:70:66:55:82 chr10 29746346 . C CTGTT 275.46 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0177367;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=4;MLLD=282.821;QD=15.5191;RBI=0.0212036;REFB=-0.00763546;REVB=0.011619;RO=41;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711245;STB=0.555318;STBP=0.423;TYPE=ins;VARB=0.00933671;OID=.;OPOS=29746347;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43662:30:74:31:71:40:17:14:18:22:99:41:16:14:19:22 chr10 29747417 . C T 418.15 PASS AF=0.371212;AO=49;DP=134;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.00332483;FXX=0.0222206;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.76;QD=12.6712;RBI=0.0180536;REFB=-0.00616294;REVB=0.0177448;RO=80;SAF=26;SAR=23;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470786;STB=0.538137;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0120189;OID=.;OPOS=29747417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:80:83:49:49:0.371212:23:26:39:41:23:26:39:44 chr10 29754609 . T C 480.26 PASS AF=0.359756;AO=59;DP=164;FAO=59;FDP=164;FR=.;FRO=105;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.00737141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.276;QD=11.7136;RBI=0.00740215;REFB=-0.00529664;REVB=-0.000673897;RO=105;SAF=30;SAR=29;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790046;STB=0.544989;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00887561;OID=.;OPOS=29754609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:105:105:59:59:0.359756:29:30:46:59:29:30:46:59 chr10 29754644 . T C 402.93 PASS AF=0.319277;AO=53;DP=165;FAO=53;FDP=166;FR=.;FRO=113;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=69;FWDB=-0.00356317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.04;QD=9.70922;RBI=0.0137519;REFB=-0.0106103;REVB=-0.0132822;RO=112;SAF=24;SAR=29;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825101;STB=0.543925;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0215085;OID=.;OPOS=29754644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:112:113:53:53:0.319277:29:24:43:69:29:24:44:69 chr10 29783885 . A G 487.34 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0110144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.006;QD=15.2292;RBI=0.0114742;REFB=-0.0142699;REVB=0.00321541;RO=74;SAF=31;SAR=23;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630548;STB=0.535408;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0150786;OID=.;OPOS=29783885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:74:54:54:0.421875:23:31:38:36:23:31:38:36 chr10 29784072 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.323;QD=57.2026;RBI=0.0235099;REFB=0;REVB=0.00955322;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104828;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr10 29784114 . T C 450.74 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033002;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.539;QD=58.16;RBI=0.035543;REFB=0;REVB=-0.0131974;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58478e-05;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:22:9:0:0 chr10 29822032 . C T 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.148;QD=61.3266;RBI=0.0328646;REFB=0;REVB=-0.0166825;RO=0;SAF=33;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46695e-05;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:7:33:0:0:7:33:0:0 chr10 29833998 . A G 614.75 PASS AF=0.508197;AO=58;DP=119;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00698442;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.08;QD=20.1558;RBI=0.0183144;REFB=-0.0177339;REVB=0.0169303;RO=61;SAF=28;SAR=30;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372688;STB=0.509088;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0214307;OID=.;OPOS=29833998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:61:60:58:62:0.508197:30:28:27:34:34:28:26:34 chr10 29834003 . G A 563.0 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00209991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.803;QD=19.5827;RBI=0.00459752;REFB=-0.0352045;REVB=0.00408994;RO=57;SAF=26;SAR=32;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713075;STB=0.503936;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0139925;OID=.;OPOS=29834003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:57:58:58:0.504348:32:26:26:31:32:26:26:31 chr10 29839787 . A G 401.02 PASS AF=0.363636;AO=48;DP=132;FAO=48;FDP=132;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=29;FWDB=-0.00687396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.656;QD=12.1521;RBI=0.00761224;REFB=-0.0102415;REVB=0.0032703;RO=83;SAF=22;SAR=26;SRF=55;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224878;STB=0.623238;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0237906;OID=.;OPOS=29839787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:83:84:48:48:0.363636:26:22:55:28:26:22:55:29 chr10 29839864 . A C 1017.26 PASS AF=0.416974;AO=113;DP=271;FAO=113;FDP=271;FR=.;FRO=158;FSAF=41;FSAR=72;FSRF=87;FSRR=71;FWDB=0.0103446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2004;QD=15.0148;RBI=0.0365619;REFB=-0.0107608;REVB=-0.0350679;RO=155;SAF=41;SAR=72;SRF=87;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208208;STB=0.611161;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0108993;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:155:158:113:113:0.416974:72:41:87:68:72:41:87:71 chr10 29840038 . A G 1024.3 PASS AF=0.510309;AO=99;DP=194;FAO=99;FDP=194;FR=.;FRO=95;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.000879394;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.608;QD=21.1195;RBI=0.00429096;REFB=-0.00871553;REVB=-0.00419989;RO=94;SAF=49;SAR=50;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139319;STB=0.505049;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00803669;OID=.;OPOS=29840038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:94:95:99:99:0.510309:50:49:48:46:50:49:48:47 chr10 29840164 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0117037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.098;QD=12.73;RBI=0.020463;REFB=-0.000912044;REVB=-0.0167856;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424699;STB=0.761191;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00121614;OID=.;OPOS=29840164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:5:7:8:1:5:7 chr10 29843833 . C T 638.36 PASS AF=0.629213;AO=56;DP=88;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00280321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6598;QD=28.6901;RBI=0.0500403;REFB=-0.0167114;REVB=-0.0499617;RO=29;SAF=30;SAR=26;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551121;STB=0.552423;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.01124;OID=.;OPOS=29843833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:29:33:56:56:0.629213:26:30:13:16:26:30:13:20 chr10 30306804 . G A 307.22 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00476345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.658;QD=15.5556;RBI=0.0204674;REFB=-0.000162886;REVB=-0.0199054;RO=45;SAF=14;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033775;STB=0.519073;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=7.76882e-05;OID=.;OPOS=30306804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:20:14:20:25:20:14:20:25 chr10 30316072 . C G 901.78 PASS AF=0.54386;AO=85;DP=163;FAO=93;FDP=171;FR=.;FRO=78;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0244962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4464;QD=21.0944;RBI=0.026344;REFB=-0.0211884;REVB=0.00969224;RO=76;SAF=51;SAR=34;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188114;STB=0.51317;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0333858;OID=.;OPOS=30316072;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:171:76:78:85:93:0.54386:34:51:44:32:42:51:45:33 chr10 30316208 . T C 625.33 PASS AF=0.516393;AO=62;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00231422;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.882;QD=20.5025;RBI=0.00778785;REFB=-0.0225986;REVB=-0.00743606;RO=60;SAF=32;SAR=30;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601801;STB=0.53308;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0182434;OID=.;OPOS=30316208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:59:62:63:0.516393:30:32:35:25:31:32:34:25 chr10 30316872 . T C 738.61 PASS AF=0.421053;AO=80;DP=189;FAO=80;FDP=190;FR=.;FRO=110;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=81;FWDB=0.00904252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.64;QD=15.5496;RBI=0.0104625;REFB=-0.00716472;REVB=0.00526283;RO=108;SAF=27;SAR=53;SRF=28;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934386;STB=0.549335;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0108475;OID=.;OPOS=30316872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:108:110:80:80:0.421053:53:27:28:80:53:27:29:81 chr10 30317826 . A G 526.11 PASS AF=0.389937;AO=62;DP=159;FAO=62;FDP=159;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.00188451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.488;QD=13.2355;RBI=0.0199929;REFB=-0.0109134;REVB=-0.0199039;RO=97;SAF=33;SAR=29;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404509;STB=0.522845;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0173221;OID=.;OPOS=30317826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:97:97:62:62:0.389937:29:33:48:49:29:33:48:49 chr10 30317838 . A G 551.02 PASS AF=0.4;AO=64;DP=160;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=-0.00818682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.334;QD=13.7754;RBI=0.0190622;REFB=-0.0114086;REVB=-0.0172146;RO=95;SAF=33;SAR=31;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221776;STB=0.509376;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0122258;OID=.;OPOS=30317838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:95:96:64:64:0.4:31:33:47:48:31:33:48:48 chr10 30317949 . C T 1117.87 PASS AF=0.502242;AO=112;DP=223;FAO=112;FDP=223;FR=.;FRO=111;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=0.0122855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.443;QD=20.0514;RBI=0.0133356;REFB=-0.0162347;REVB=0.005187;RO=106;SAF=53;SAR=59;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023805;STB=0.524545;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0174444;OID=.;OPOS=30317949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:106:111:112:112:0.502242:59:53:53:53:59:53:58:53 chr10 30604941 . TCA ATC 33.24 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.137115;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=3;MLLD=43.4409;QD=1.49409;RBI=0.137272;REFB=0.00371153;REVB=0.00656245;RO=54;SAF=2;SAR=6;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307004;STB=0.825314;STBP=0.085;TYPE=mnp;VARB=0.072276;OID=.;OPOS=30604941;OREF=TCA;OALT=ATC;OMAPALT=ATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:90:89:54:81:8:8:0.0898876:6:2:27:27:7:1:35:46 chr10 30629226 . G A 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00331312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.2;QD=19.4078;RBI=0.0106973;REFB=-0.00632421;REVB=0.0101713;RO=28;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566824;STB=0.531624;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00536493;OID=.;OPOS=30629226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:20:10:11:17:20:10:11:17 chr10 30918549 . G C 1223.84 PASS AF=0.391667;AO=131;DP=352;FAO=141;FDP=360;FR=.;FRO=219;FSAF=81;FSAR=60;FSRF=116;FSRR=103;FWDB=0.018037;FXX=0.00552471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.536;QD=13.5982;RBI=0.0235877;REFB=-0.00454069;REVB=-0.0152002;RO=221;SAF=71;SAR=60;SRF=117;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140699;STB=0.527631;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00667586;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:360:221:219:131:141:0.391667:60:71:117:104:60:81:116:103 chr10 30918597 . T C 607.13 PASS AF=0.283276;AO=83;DP=293;FAO=83;FDP=293;FR=.;FRO=210;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=110;FSRR=100;FWDB=-0.016453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8928;QD=8.28851;RBI=0.0273155;REFB=0.00913959;REVB=-0.0218045;RO=210;SAF=53;SAR=30;SRF=110;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144664;STB=0.584869;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0222064;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:210:210:83:83:0.283276:30:53:110:100:30:53:110:100 chr10 30989188 . G C 1626.15 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.501;QD=60.2276;RBI=0.0709799;REFB=0;REVB=-0.00390223;RO=0;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54544e-05;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:105:108:1:64:41:0:0:64:44:0:0 chr10 30993448 . G A 566.44 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=134;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=-0.000269611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.545;QD=16.9085;RBI=0.0393097;REFB=-0.00817935;REVB=0.0393088;RO=74;SAF=16;SAR=44;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396719;STB=0.721419;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0219899;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:74:74:60:60:0.447761:44:16:49:25:44:16:49:25 chr10 31134214 . A G 658.34 PASS AF=0.444444;AO=72;DP=162;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0141728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.652;QD=16.2554;RBI=0.0257738;REFB=-0.00336905;REVB=-0.0215272;RO=90;SAF=40;SAR=32;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110726;STB=0.561627;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00502228;OID=.;OPOS=31134214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:90:90:72:72:0.444444:32:40:40:50:32:40:40:50 chr10 32045045 . A C 1059.66 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.761;QD=59.699;RBI=0.0194552;REFB=0;REVB=0.0108667;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0267e-05;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:40:30:0:0:41:30:0:0 chr10 32345710 . G A 4546.53 PASS AF=1;AO=287;DP=288;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130956;FXX=0.0034721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.823;QD=63.3662;RBI=0.0227001;REFB=0.00821631;REVB=-0.0185419;RO=0;SAF=125;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116465;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:288:287:0:0:287:287:1:162:125:0:0:162:125:0:0 chr10 32635834 . G A 636.64 PASS AF=0.59375;AO=51;DP=92;FAO=57;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0129439;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.042;QD=26.5265;RBI=0.0486608;REFB=-0.0263997;REVB=-0.0469076;RO=21;SAF=16;SAR=35;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251965;STB=0.526057;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0201991;OID=.;OPOS=32635834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:21:39:51:57:0.59375:35:16:16:5:37:20:16:23 chr10 32699547 . A G 462.71 PASS AF=0.479167;AO=43;DP=97;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0109994;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.519;QD=19.2795;RBI=0.0203982;REFB=-0.0210604;REVB=0.0171785;RO=54;SAF=15;SAR=28;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100659;STB=0.551234;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.030791;OID=.;OPOS=32699547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:54:50:43:46:0.479167:28:15:24:30:30:16:22:28 chr10 32745248 . A C 953.47 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0166977;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.897;QD=54.4842;RBI=0.0293547;REFB=-0.0474783;REVB=0.0241431;RO=3;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00820777;STB=0.504347;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.000510751;OID=.;OPOS=32745248;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:70:3:3:67:67:0.957143:38:29:1:2:38:29:1:2 chr10 32856746 . A C 672.12 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0248866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.716;QD=52.7153;RBI=0.031496;REFB=-0.140618;REVB=0.0193043;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154304;STB=0.516123;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000627821;OID=.;OPOS=32856746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:30:19:0:1:30:19:0:2 chr10 32974969 . A G 859.77 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0241419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.4445;QD=54.5885;RBI=0.061184;REFB=-0.0499742;REVB=0.0562197;RO=1;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125883;STB=0.503537;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00131489;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:37:24:0:1:37:24:1:1 chr10 33018351 . G C 3069.96 PASS AF=1;AO=191;DP=196;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00930944;FXX=0.0204071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.618;QD=63.9576;RBI=0.00931689;REFB=0;REVB=-0.000372317;RO=1;SAF=73;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00401875;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.72065e-06;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:196:192:1:0:191:192:1:118:73:0:1:119:73:0:0 chr10 33123824 . G C 836.58 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643904;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.081;QD=57.695;RBI=0.067543;REFB=0;REVB=0.0203944;RO=0;SAF=16;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134949;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:42:16:0:0:42:16:0:0 chr10 33143396 . G A,T 801.06 PASS AF=0.982456,0.0175439;AO=54,3;DP=57;FAO=56,1;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434337,-0.076555;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.4749,27.613;QD=56.2147;RBI=0.0506714,0.0809007;REFB=0,0;REVB=-0.026098,-0.0261583;RO=0;SAF=14,2;SAR=40,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00156877,0.168997;OID=.,.;OPOS=33143396,33143396;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:57:57:0:0:54,3:56,1:0.982456,0.0175439:40,1:14,2:0:0:40,1:16,0:0:0 chr10 33190285 . G A 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.112;QD=47.8138;RBI=0.0393419;REFB=0;REVB=0.0345044;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141376;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr10 33200468 . G A 1514.82 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.025493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.23;QD=62.4668;RBI=0.0287095;REFB=-0.0872756;REVB=0.013204;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.504949;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000343955;OID=.;OPOS=33200468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:46:50:0:0:46:50:1:0 chr10 33209266 . G T 1510.8 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.898;QD=63.6127;RBI=0.0218031;REFB=0;REVB=-0.00667744;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57591e-05;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:53:42:0:0:53:42:0:0 chr10 33466566 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.999;QD=57.5446;RBI=0.0205416;REFB=0;REVB=-0.00413337;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6387e-05;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:40:18:0:0:40:18:0:0 chr10 33466843 . T C 690.63 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.070448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7239;QD=60.0549;RBI=0.180298;REFB=-0.0809793;REVB=0.165966;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.510634;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0058522;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:1:1:44:45:0.978261:22:22:0:1:23:22:0:1 chr10 33468014 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.16;QD=62.0207;RBI=0.0643112;REFB=0;REVB=0.0423592;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317071;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr10 33468719 . AGG AGA,AG 151.17 PASS AF=0.0344828,0.5;AO=2,28;DP=56;FAO=2,29;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=0,10;FSAR=2,19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0462634,-0.0496933;FXX=0.0169463;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=208.558,10.936;QD=10.4256;RBI=0.0981281,0.184967;REFB=-0.000254671,-0.157965;REVB=-0.086538,-0.178167;RO=21;SAF=0,9;SAR=2,19;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0.5375;SSSB=-0.559416,-0.238315;STB=0.995548,0.622081;STBP=0.099,0.079;TYPE=snp,del;VARB=0.173604,0.145098;OID=.,.;OPOS=33468721,33468720;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0344828,0.5:2,28:56:2,29:58:27:0,10:2,19:16:11:99:21:0,9:2,19:13:8 chr10 33469181 . A G 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.12;QD=59.8285;RBI=0.0370229;REFB=0;REVB=0.00631676;RO=0;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83817e-05;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:60:43:0:0:60:43:0:0 chr10 33495267 . C T 2088.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.076;QD=62.3417;RBI=0.0320193;REFB=0;REVB=0.0131985;RO=0;SAF=45;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07224e-05;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:134:0:0:129:134:1:84:45:0:0:89:45:0:0 chr10 33502240 . C T 2871.56 PASS AF=0.989247;AO=183;DP=187;FAO=184;FDP=186;FR=.;FRO=2;FSAF=116;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00570607;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1462;QD=61.7539;RBI=0.0101143;REFB=-0.108449;REVB=-0.00835106;RO=2;SAF=116;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00296596;STB=0.501504;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00270255;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:186:2:2:183:184:0.989247:67:116:1:1:68:116:1:1 chr10 33510663 . G A 2254.73 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000633811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.236;QD=63.5135;RBI=0.0160566;REFB=0;REVB=0.0160441;RO=0;SAF=70;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37318e-05;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:72:70:0:0:72:70:0:0 chr10 33510768 . G A 1584.68 PASS AF=0.99115;AO=92;DP=110;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.444;QD=56.0948;RBI=0.0799938;REFB=-0.0552093;REVB=0.0738938;RO=1;SAF=50;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938747;STB=0.504761;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00200685;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:113:1:1:92:112:0.99115:42:50:1:0:60:52:1:0 chr10 33552695 . CA TG 1862.6 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248593;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=2;MLLD=336.271;QD=61.5735;RBI=0.00332398;REFB=0;REVB=-0.00220658;RO=0;SAF=46;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04499e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.28679e-06;OID=.;OPOS=33552695;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:75:46:0:0:75:46:0:0 chr10 33623251 . G A 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.000547783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.338;QD=14.2312;RBI=0.103631;REFB=-0.0127844;REVB=0.10363;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756298;STB=0.536054;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0242997;OID=.;OPOS=33623251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:16:10:16:19:16:10:16:20 chr10 34688287 . G A 1755.77 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126297;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4018;QD=61.0703;RBI=0.034302;REFB=0;REVB=-0.0318923;RO=0;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000328383;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:115:115:1:55:60:0:0:55:60:0:0 chr10 35215790 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1718;QD=42.1823;RBI=0.0376007;REFB=0;REVB=0.0370442;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147349;OID=.;OPOS=35215790;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:9:1:0:0:9:2:0:0 chr10 35302705 . C T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0403427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.887;QD=24.5164;RBI=0.0429667;REFB=-0.0173013;REVB=-0.014785;RO=22;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631737;STB=0.535185;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0138248;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:19:8:8:14:19:8:8:14 chr10 35321414 . C T 435.68 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00542216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.807;QD=18.5395;RBI=0.0263756;REFB=-0.00160062;REVB=-0.0258123;RO=50;SAF=16;SAR=28;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115439;STB=0.564486;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00285512;OID=.;OPOS=35321414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:28:16:24:26:28:16:24:26 chr10 35338699 . G A 516.66 PASS AF=0.440945;AO=55;DP=126;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.00638565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.932;QD=16.2727;RBI=0.00647679;REFB=0.00381697;REVB=-0.0010827;RO=71;SAF=24;SAR=31;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574402;STB=0.536351;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00429923;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:71:71:55:56:0.440945:31:24:35:36:32:24:35:36 chr10 35362977 . A G 761.31 PASS AF=0.528986;AO=73;DP=138;FAO=73;FDP=138;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.038765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.477;QD=22.0669;RBI=0.0387808;REFB=-0.0344838;REVB=-0.00110458;RO=65;SAF=33;SAR=40;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479636;STB=0.526309;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0225391;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:65:65:73:73:0.528986:40:33:33:32:40:33:33:32 chr10 35426755 . A G 505.8 PASS AF=0.4;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.0393542;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.59;QD=14.4513;RBI=0.0393608;REFB=-0.00988478;REVB=0.00071672;RO=83;SAF=24;SAR=32;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132976;STB=0.571403;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0140851;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:83:84:56:56:0.4:32:24:46:37:32:24:46:38 chr10 35464778 . C T 408.56 PASS AF=0.384;AO=48;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00726241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.738;QD=13.0738;RBI=0.0187361;REFB=-0.00352288;REVB=-0.0172713;RO=77;SAF=22;SAR=26;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326392;STB=0.518511;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0081034;OID=.;OPOS=35464778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:77:77:48:48:0.384:26:22:33:44:26:22:33:44 chr10 35772402 . G A 449.04 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.020026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.205;QD=21.3829;RBI=0.0214548;REFB=-0.0120377;REVB=-0.00769863;RO=40;SAF=14;SAR=30;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270901;STB=0.64993;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0120599;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:30:14:25:15:30:14:25:15 chr10 35896957 . G A 90.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00308693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.033;QD=16.4233;RBI=0.0265112;REFB=-0.0126717;REVB=0.0263309;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254322;STB=0.648363;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0103443;OID=.;OPOS=35896957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:6:5:8:3:6:5 chr10 36812362 . C T 1086.85 PASS AF=0.529703;AO=107;DP=202;FAO=107;FDP=202;FR=.;FRO=95;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.011664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7394;QD=21.5218;RBI=0.0121491;REFB=-0.0203653;REVB=-0.00339897;RO=95;SAF=57;SAR=50;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146015;STB=0.507982;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00830035;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:95:95:107:107:0.529703:50:57:49:46:50:57:49:46 chr10 37478445 . G A 134.62 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272458;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8095;QD=44.874;RBI=0.0293758;REFB=0;REVB=-0.0109818;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676856;OID=.;OPOS=37478445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr10 37508450 . A C 1098.76 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.603;QD=60.206;RBI=0.0467343;REFB=0;REVB=0.00761186;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141582;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:41:31:0:0:41:32:0:0 chr10 37890955 . G A 112.49 PASS AF=0.261538;AO=16;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00540085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.107;QD=6.92258;RBI=0.0356587;REFB=-0.00428711;REVB=0.0352474;RO=48;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101757;STB=0.540099;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.010958;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:48:16:17:0.261538:8:8:20:28:9:8:20:28 chr10 37891101 . T C 483.88 PASS AF=0.477064;AO=47;DP=110;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0709213;FXX=0.00909008;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.1812;QD=17.757;RBI=0.0712403;REFB=0.00612265;REVB=-0.00673385;RO=45;SAF=17;SAR=30;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153152;STB=0.519372;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00560666;OID=.;OPOS=37891101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:45:57:47:52:0.477064:30:17:17:28:31:21:21:36 chr10 37891465 . G T 273.9 PASS AF=0.483871;AO=31;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0771815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9453;QD=17.671;RBI=0.0827216;REFB=0.0347407;REVB=0.0297637;RO=31;SAF=24;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181832;STB=0.592075;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0555074;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:31:30:0.483871:7:24:19:12:7:23:20:12 chr10 37891576 . G A 525.19 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0245724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8147;QD=18.9258;RBI=0.0450528;REFB=0.00832004;REVB=0.0377617;RO=56;SAF=33;SAR=22;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766274;STB=0.54242;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00802748;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:56:55:55:0.495495:22:33:29:27:22:33:29:27 chr10 38118901 . C T 642.17 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0316134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0933;QD=17.715;RBI=0.0498932;REFB=-0.0255511;REVB=-0.0385995;RO=79;SAF=27;SAR=39;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408449;STB=0.502271;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0267724;OID=.;OPOS=38118901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:79:79:66:66:0.455172:39:27:32:47:39:27:32:47 chr10 38344700 . C G 243.08 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.00611261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.751;QD=10.5688;RBI=0.0085771;REFB=-0.00580113;REVB=-0.00601687;RO=60;SAF=18;SAR=12;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200046;STB=0.520534;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0130835;OID=.;OPOS=38344700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:60:62:30:30:0.326087:12:18:37:23:12:18:39:23 chr10 38406972 . C G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0249431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.669;QD=16.4265;RBI=0.0251772;REFB=0.000848415;REVB=0.00342518;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155766;STB=0.590003;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.000993455;OID=.;OPOS=38406972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:4:7:5:6:4:7 chr10 38407519 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0244075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.482;QD=19.3436;RBI=0.0245776;REFB=-0.00362903;REVB=0.0028867;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146151;STB=0.582731;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00456886;OID=.;OPOS=38407519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:7:11:8:10:7:11 chr10 38645403 . T C 1293.24 PASS AF=0.44127;AO=139;DP=318;FAO=139;FDP=315;FR=.;FRO=176;FSAF=59;FSAR=80;FSRF=71;FSRR=105;FWDB=-0.00828195;FXX=0.00943367;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.084;QD=16.4221;RBI=0.0262123;REFB=-0.0266658;REVB=-0.0248696;RO=174;SAF=59;SAR=80;SRF=71;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169047;STB=0.512079;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0358558;OID=.;OPOS=38645403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:315:174:176:139:139:0.44127:80:59:71:103:80:59:71:105 chr10 38672144 . A C 444.92 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.01636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8008;QD=17.9767;RBI=0.0212318;REFB=0.00192501;REVB=-0.0135328;RO=54;SAF=25;SAR=20;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904379;STB=0.550539;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00223568;OID=.;OPOS=38672144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:20:25:25:29:20:25:25:29 chr10 38740000 . T C 261.58 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0670636;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6044;QD=11.7566;RBI=0.0724918;REFB=-0.0157381;REVB=-0.0275233;RO=54;SAF=12;SAR=19;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106586;STB=0.563757;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0278682;OID=.;OPOS=38740000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:54:58:31:31:0.348315:19:12:26:28:19:12:28:30 chr10 38740029 . C T 140.82 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00180836;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.688;QD=7.71587;RBI=0.0219044;REFB=-0.0110166;REVB=0.0218296;RO=55;SAF=7;SAR=13;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196101;STB=0.60497;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0164847;OID=.;OPOS=38740029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:55:53:20:20:0.273973:13:7:28:27:13:7:26:27 chr10 38740050 . C T 127.34 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00425847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.466;QD=9.26096;RBI=0.0134806;REFB=-0.00568262;REVB=-0.0127903;RO=37;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127635;STB=0.568457;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0122894;OID=.;OPOS=38740050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:17:17:0.309091:11:6:17:20:11:6:17:21 chr10 38740353 . T C 417.93 PASS AF=0.280952;AO=57;DP=209;FAO=59;FDP=210;FR=.;FRO=151;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=80;FSRR=71;FWDB=-0.0206336;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.765;QD=7.9605;RBI=0.0223235;REFB=-0.00328215;REVB=0.00852;RO=150;SAF=25;SAR=32;SRF=79;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108165;STB=0.576245;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00748771;OID=.;OPOS=38740353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:150:151:57:59:0.280952:32:25:79:71:34:25:80:71 chr10 38740382 . T C 592.12 PASS AF=0.308943;AO=75;DP=249;FAO=76;FDP=246;FR=.;FRO=170;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=91;FSRR=79;FWDB=-0.0168949;FXX=0.0159994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.81;QD=9.62793;RBI=0.0169861;REFB=-0.0130248;REVB=0.00175771;RO=170;SAF=26;SAR=49;SRF=94;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248252;STB=0.635557;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0294076;OID=.;OPOS=38740382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:246:170:170:75:76:0.308943:49:26:94:76:50:26:91:79 chr10 38740546 . G T 392.25 PASS AF=0.324841;AO=50;DP=156;FAO=51;FDP=157;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=77;FWDB=0.00999849;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.192;QD=9.99363;RBI=0.0183443;REFB=-0.0165545;REVB=-0.01538;RO=103;SAF=11;SAR=39;SRF=28;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827483;STB=0.53459;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0337161;OID=.;OPOS=38740546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:103:106:50:51:0.324841:39:11:28:75:39:12:29:77 chr10 38740590 . A G 197.42 PASS AF=0.347222;AO=24;DP=70;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0102905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.143;QD=10.9679;RBI=0.0137588;REFB=-0.0309656;REVB=-0.00913281;RO=44;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690771;STB=0.541144;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0351282;OID=.;OPOS=38740590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:44:47:24:25:0.347222:15:9:14:30:15:10:16:31 chr10 42907201 . G A 830.27 PASS AF=0.5;AO=84;DP=172;FAO=84;FDP=168;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0295807;FXX=0.0232545;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.531;QD=19.7683;RBI=0.0296299;REFB=-0.00148323;REVB=-0.00170614;RO=83;SAF=40;SAR=44;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487168;STB=0.529738;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00125749;OID=.;OPOS=42907201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:168:83:84:84:84:0.5:44:40:44:39:44:40:45:39 chr10 42907260 . T C 421.3 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0216424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.412;QD=15.8982;RBI=0.0232879;REFB=-0.00633585;REVB=0.00859844;RO=58;SAF=20;SAR=27;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108001;STB=0.555891;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00727982;OID=.;OPOS=42907260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:59:47:47:0.443396:27:20:31:27:27:20:31:28 chr10 42920832 . G A 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.000748737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.37;QD=14.6214;RBI=0.00244465;REFB=-0.00480248;REVB=-0.00232717;RO=47;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808627;STB=0.504584;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00760888;OID=.;OPOS=42920832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:18:15:21:26:18:15:21:26 chr10 42920884 . C T 212.77 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0179182;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.263;QD=16.0584;RBI=0.0196115;REFB=-0.00712281;REVB=-0.00797178;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202321;STB=0.622545;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0220526;OID=.;OPOS=42920884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:29:23:24:0.45283:12:11:8:21:12:12:8:21 chr10 42941685 . T TA 60.53 PASS AF=0.565217;AO=10;DP=26;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.181367;FXX=0.079968;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9559;QD=10.5267;RBI=0.190103;REFB=-0.00635663;REVB=0.0569671;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245627;STB=0.63359;STBP=0.2;TYPE=ins;VARB=-0.0124804;OID=.;OPOS=42941686;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:10:26:13:23:10:9:4:4:6:46:15:7:3:7:8 chr10 42949664 . A T 798.3 PASS AF=0.601626;AO=69;DP=118;FAO=74;FDP=123;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0283171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7003;QD=25.9611;RBI=0.0794298;REFB=-0.0328614;REVB=0.0742108;RO=48;SAF=38;SAR=31;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892845;STB=0.563972;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0296976;OID=.;OPOS=42949664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:48:49:69:74:0.601626:31:38:32:16:36:38:33:16 chr10 42965636 . C T 553.29 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0191203;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0894;QD=16.516;RBI=0.0225497;REFB=-0.0160926;REVB=-0.0119542;RO=73;SAF=24;SAR=35;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127382;STB=0.571404;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0277584;OID=.;OPOS=42965636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:75:59:59:0.440299:35:24:39:34:35:24:40:35 chr10 43089965 . G A 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.202;QD=62.9077;RBI=0.021296;REFB=0;REVB=0.00129098;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50638e-05;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:39:51:0:0:39:51:0:0 chr10 43281089 . T C 2274.04 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0583106;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.539;QD=63.6096;RBI=0.0615991;REFB=0;REVB=0.0198578;RO=0;SAF=52;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101799;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:141:143:1:89:52:0:0:90:53:0:0 chr10 43292346 . T C 726.69 PASS AF=0.507143;AO=70;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0142459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.306;QD=20.7627;RBI=0.0228824;REFB=-0.0076803;REVB=-0.0179069;RO=68;SAF=33;SAR=37;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404838;STB=0.528988;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00820717;OID=.;OPOS=43292346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:68:69:70:71:0.507143:37:33:29:39:37:34:29:40 chr10 43312807 . C T 2542.8 PASS AF=0.971429;AO=167;DP=174;FAO=170;FDP=175;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=113;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0227247;FXX=0.0056815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.174;QD=58.1211;RBI=0.0272981;REFB=-0.0826831;REVB=0.0151252;RO=2;SAF=54;SAR=113;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172961;STB=0.514747;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000557647;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:174:175:2:5:167:170:0.971429:113:54:2:0:113:57:4:1 chr10 43595968 . A G 1178.09 PASS AF=0.480315;AO=122;DP=255;FAO=122;FDP=254;FR=.;FRO=132;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=66;FSRR=66;FWDB=0.00288219;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9821;QD=18.5526;RBI=0.00327457;REFB=-0.0306142;REVB=0.00155428;RO=131;SAF=67;SAR=55;SRF=64;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572168;STB=0.525673;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0381373;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:254:131:132:122:122:0.480315:55:67:64:67:55:67:66:66 chr10 43606687 . A G 2051.88 PASS AF=0.437008;AO=214;DP=500;FAO=222;FDP=508;FR=.;FRO=286;FSAF=101;FSAR=121;FSRF=147;FSRR=139;FWDB=-0.00864638;FXX=0.0249515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.582;QD=16.1566;RBI=0.010683;REFB=-0.00177333;REVB=-0.00627424;RO=268;SAF=94;SAR=120;SRF=129;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426849;STB=0.533302;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00372471;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:500:508:268:286:214:222:0.437008:120:94:129:139:121:101:147:139 chr10 43610119 . G A 857.68 PASS AF=0.5;AO=86;DP=177;FAO=86;FDP=172;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.027977;FXX=0.028247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.558;QD=19.946;RBI=0.0298047;REFB=-0.0254942;REVB=0.0102764;RO=86;SAF=35;SAR=51;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217859;STB=0.511988;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0198705;OID=.;OPOS=43610119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:172:86:86:86:86:0.5:51:35:37:49:51:35:37:49 chr10 43613843 . G T 5196.64 PASS AF=1;AO=306;DP=307;FAO=331;FDP=331;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=205;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134573;FXX=0.00301196;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.76;QD=62.7993;RBI=0.135766;REFB=0;REVB=0.0179546;RO=0;SAF=106;SAR=200;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172901;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:307:331:0:0:306:331:1:200:106:0:0:205:126:0:0 chr10 43615633 . C G 846.85 PASS AF=0.415929;AO=94;DP=226;FAO=94;FDP=226;FR=.;FRO=132;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=79;FWDB=-0.00282406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.351;QD=14.9885;RBI=0.0391743;REFB=-0.0203491;REVB=-0.0390723;RO=132;SAF=40;SAR=54;SRF=53;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257871;STB=0.514404;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0314701;OID=.;OPOS=43615633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:132:132:94:94:0.415929:54:40:53:79:54:40:53:79 chr10 43620335 . C T 331.7 PASS AF=0.336;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.00305682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.661;QD=10.6144;RBI=0.00898102;REFB=-0.00829427;REVB=-0.0084448;RO=83;SAF=24;SAR=18;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144089;STB=0.583104;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0127217;OID=.;OPOS=43620335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:83:83:42:42:0.336:18:24:37:46:18:24:37:46 chr10 43623812 . C T 1142.66 PASS AF=0.419142;AO=127;DP=303;FAO=127;FDP=303;FR=.;FRO=176;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=90;FSRR=86;FWDB=0.00236122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.754;QD=15.0846;RBI=0.0183535;REFB=-0.00925724;REVB=-0.018201;RO=176;SAF=71;SAR=56;SRF=90;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500462;STB=0.527904;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0106931;OID=.;OPOS=43623812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:176:176:127:127:0.419142:56:71:90:86:56:71:90:86 chr10 43624105 . G A 599.03 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0314625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2267;QD=16.6396;RBI=0.0560531;REFB=-0.0141122;REVB=-0.0463903;RO=78;SAF=27;SAR=36;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186188;STB=0.512191;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0124031;OID=.;OPOS=43624105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:81:63:63:0.4375:36:27:32:46:36:27:33:48 chr10 43624833 . T C 1043.63 PASS AF=0.504717;AO=99;DP=205;FAO=107;FDP=212;FR=.;FRO=105;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.0209494;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.777;QD=19.6911;RBI=0.0258077;REFB=-0.0241224;REVB=0.0150718;RO=105;SAF=53;SAR=46;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730178;STB=0.537397;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0231169;OID=.;OPOS=43624833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:212:105:105:99:107:0.504717:46:53:48:57:50:57:48:57 chr10 43678796 . C T 545.52 PASS AF=0.41844;AO=57;DP=138;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.00809484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.262;QD=15.4757;RBI=0.0624255;REFB=-0.0209996;REVB=0.0618984;RO=81;SAF=19;SAR=38;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225118;STB=0.636294;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0356028;OID=.;OPOS=43678796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:81:82:57:59:0.41844:38:19:44:37:40:19:45:37 chr10 43690189 . G A 2027.23 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.904;QD=62.3765;RBI=0.0311545;REFB=0;REVB=0.00798629;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63783e-05;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:68:62:0:0:68:62:0:0 chr10 43837352 . A G,T 825.51 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=54,2;DP=56;FAO=56,2;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115672,0.00952706;FXX=0.0491723;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=251.413,210.843;QD=56.9314;RBI=0.0351399,0.0311743;REFB=0,0;REVB=0.0331815,0.0296829;RO=0;SAF=25,2;SAR=29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00256936,-0.0136087;OID=.,.;OPOS=43837352,43837352;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:58:0:0:54,2:56,2:0.965517,0.0344828:29,0:25,2:0:0:30,0:26,2:0:0 chr10 43978087 . A G 786.85 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5019;QD=55.2177;RBI=0.0430613;REFB=0.0696772;REVB=-0.0393485;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00192839;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:31:25:1:0:31:25:1:0 chr10 44053540 . T C 519.16 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0384999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.858;QD=25.6377;RBI=0.0387133;REFB=-0.0056735;REVB=0.00405974;RO=32;SAF=26;SAR=22;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762711;STB=0.54777;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00162468;OID=.;OPOS=44053540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:33:48:48:0.592593:22:26:14:18:22:26:14:19 chr10 44285777 . T C 698.43 PASS AF=0.439306;AO=76;DP=174;FAO=76;FDP=173;FR=.;FRO=97;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=-0.0466996;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.484;QD=16.1486;RBI=0.0470992;REFB=-0.00355762;REVB=-0.00612196;RO=97;SAF=50;SAR=26;SRF=59;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543499;STB=0.53032;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0040488;OID=.;OPOS=44285777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:97:97:76:76:0.439306:26:50:59:38:26:50:59:38 chr10 44788826 . C T 1741.7 PASS AF=0.457921;AO=181;DP=399;FAO=185;FDP=404;FR=.;FRO=219;FSAF=105;FSAR=80;FSRF=120;FSRR=99;FWDB=0.00902693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6619;QD=17.2446;RBI=0.0362958;REFB=-0.00634677;REVB=0.0351554;RO=217;SAF=103;SAR=78;SRF=120;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161265;STB=0.510802;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00825638;OID=.;OPOS=44788826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:404:217:219:181:185:0.457921:78:103:120:97:80:105:120:99 chr10 44793299 . C T 1024.6 PASS AF=0.622378;AO=89;DP=143;FAO=89;FDP=143;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0127475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.912;QD=28.6603;RBI=0.0152409;REFB=-0.0397292;REVB=0.0083538;RO=54;SAF=38;SAR=51;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675623;STB=0.536506;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0159156;OID=.;OPOS=44793299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:54:54:89:89:0.622378:51:38:18:36:51:38:18:36 chr10 44793355 . G A 416.22 PASS AF=0.403361;AO=47;DP=120;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0583947;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6634;QD=13.9904;RBI=0.058973;REFB=-0.00885316;REVB=0.00823822;RO=72;SAF=15;SAR=32;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159259;STB=0.589471;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00916554;OID=.;OPOS=44793355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:72:71:47:48:0.403361:32:15:33:39:33:15:32:39 chr10 45499799 . T C 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0304791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1025;QD=21.5453;RBI=0.0306525;REFB=0.0274684;REVB=0.00325548;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182643;STB=0.603508;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0257589;OID=.;OPOS=45499799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:4:6:5:9:4:6 chr10 45499897 . A AAAAATT 43.51 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0144198;FXX=0.0454339;HRUN=6;LEN=6;MLLD=305.929;QD=8.28687;RBI=0.021998;REFB=-0.00659392;REVB=-0.0166127;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557603;STB=0.599733;STBP=0.598;TYPE=ins;VARB=0.0149333;OID=.;OPOS=45499898;OREF=-;OALT=AAAATT;OMAPALT=AAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:29:7:21:14:3:4:4:10:43:21:4:3:11:10 chr10 45499974 . A G 68.63 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00517655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.454;QD=15.2507;RBI=0.0191864;REFB=-0.0110886;REVB=-0.0184748;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0818982;OID=.;OPOS=45499974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:4:5:5:4:4:5 chr10 45500221 . A G 458.08 PASS AF=0.462963;AO=49;DP=107;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0149707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.467;QD=16.9657;RBI=0.0162426;REFB=-0.012586;REVB=0.00630085;RO=58;SAF=27;SAR=22;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14925;STB=0.576553;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0132317;OID=.;OPOS=45500221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:58:58:49:50:0.462963:22:27:23:35:23:27:23:35 chr10 46934832 . A G 210.64 PASS AF=0.904762;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0511939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.764;QD=40.1213;RBI=0.0511939;REFB=-0.00689874;REVB=0;RO=2;SAF=18;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101204;OID=.;OPOS=46934832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:21:21:2:2:18:19:0.904762:0:18:2:0:0:19:2:0 chr10 46959997 . A G 435.86 PASS AF=0.204918;AO=75;DP=367;FAO=75;FDP=366;FR=.;FRO=291;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=119;FSRR=172;FWDB=0.00585206;FXX=0.00543463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.945;QD=4.76351;RBI=0.00595138;REFB=0.00365736;REVB=-0.00108275;RO=291;SAF=27;SAR=48;SRF=119;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666985;STB=0.541231;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0137124;OID=.;OPOS=46959997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:366:291:291:75:75:0.204918:48:27:119:172:48:27:119:172 chr10 46965018 . C G 305.77 PASS AF=0.218341;AO=50;DP=229;FAO=50;FDP=229;FR=.;FRO=179;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=78;FSRR=101;FWDB=0.00161328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.33;QD=5.34094;RBI=0.0280427;REFB=-0.00989442;REVB=-0.0279963;RO=179;SAF=27;SAR=23;SRF=78;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132531;STB=0.580916;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0440524;OID=.;OPOS=46965018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:179:179:50:50:0.218341:23:27:78:101:23:27:78:101 chr10 46965727 . G A 495.23 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0057056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.648;QD=20.6348;RBI=0.00605119;REFB=-0.0178149;REVB=0.00201572;RO=47;SAF=17;SAR=31;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164118;STB=0.596646;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0211188;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:48:48:48:0.5:31:17:25:22:31:17:26:22 chr10 46967672 . C T 315.82 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00193356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.973;QD=15.0392;RBI=0.0102262;REFB=-0.00781124;REVB=-0.0100417;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684119;STB=0.54987;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0146283;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:49:35:35:0.416667:18:17:26:21:18:17:28:21 chr10 46970792 . G C 806.15 PASS AF=0.435897;AO=85;DP=195;FAO=85;FDP=195;FR=.;FRO=110;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=0.0046462;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.227;QD=16.5365;RBI=0.00563678;REFB=-0.0235486;REVB=0.00319157;RO=95;SAF=45;SAR=40;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093178;STB=0.542159;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.02816;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:95:110:85:85:0.435897:40:45:41:54:40:45:50:60 chr10 46998894 . G A 1006.72 PASS AF=0.497585;AO=102;DP=212;FAO=103;FDP=207;FR=.;FRO=104;FSAF=67;FSAR=36;FSRF=69;FSRR=35;FWDB=0.0112539;FXX=0.0327088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3432;QD=19.4536;RBI=0.0969867;REFB=-0.0318502;REVB=0.0963315;RO=97;SAF=66;SAR=36;SRF=63;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236239;STB=0.507198;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0521021;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:207:97:104:102:103:0.497585:36:66:63:34:36:67:69:35 chr10 46998995 . C G 1238.03 PASS AF=0.439344;AO=134;DP=306;FAO=134;FDP=305;FR=.;FRO=171;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=88;FSRR=83;FWDB=0.0146102;FXX=0.00973994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.414;QD=16.2365;RBI=0.0291693;REFB=-0.0334567;REVB=0.0252466;RO=169;SAF=76;SAR=58;SRF=86;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591599;STB=0.529756;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0330426;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:305:169:171:134:134:0.439344:58:76:86:83:58:76:88:83 chr10 46998999 . G A 1777.57 PASS AF=0.551839;AO=165;DP=299;FAO=165;FDP=299;FR=.;FRO=134;FSAF=85;FSAR=80;FSRF=79;FSRR=55;FWDB=-0.0389266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.959;QD=23.7803;RBI=0.0502468;REFB=-0.014529;REVB=-0.0317721;RO=133;SAF=85;SAR=80;SRF=79;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649668;STB=0.533438;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0245896;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:133:134:165:165:0.551839:80:85:79:54:80:85:79:55 chr10 46999019 . G A 1409.17 PASS AF=0.547619;AO=130;DP=247;FAO=138;FDP=252;FR=.;FRO=114;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=66;FSRR=48;FWDB=0.00334128;FXX=0.00787371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5836;QD=22.3677;RBI=0.0586669;REFB=-0.0357523;REVB=0.0585716;RO=113;SAF=64;SAR=66;SRF=66;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781602;STB=0.542196;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0273136;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:252:113:114:130:138:0.547619:66:64:66:47:71:67:66:48 chr10 46999030 . C T 993.85 PASS AF=0.456522;AO=104;DP=230;FAO=105;FDP=230;FR=.;FRO=125;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=-0.010616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.144;QD=17.2844;RBI=0.0137627;REFB=-0.0357063;REVB=0.00875865;RO=125;SAF=57;SAR=47;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593577;STB=0.535111;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0424464;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:125:125:104:105:0.456522:47:57:61:64:47:58:61:64 chr10 46999151 . T C 522.01 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0169964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.304;QD=15.467;RBI=0.0179431;REFB=0.00299107;REVB=-0.00575127;RO=77;SAF=23;SAR=34;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197755;STB=0.614154;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00620838;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:77:78:57:57:0.422222:34:23:46:31:34:23:47:31 chr10 46999178 . A C 831.25 PASS AF=0.549296;AO=73;DP=137;FAO=78;FDP=142;FR=.;FRO=64;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0102532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.873;QD=23.4155;RBI=0.0133146;REFB=-0.00670507;REVB=0.00849425;RO=63;SAF=48;SAR=25;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173606;STB=0.580935;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00581154;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:142:63:64:73:78:0.549296:25:48:29:34:29:49:29:35 chr10 46999189 . CA CG,TG 2150.72 PASS AF=0.542254,0.457746;AO=77,64;DP=141;FAO=77,65;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=48,30;FSAR=29,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164816,0.0168963;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=96.2192,161.103;QD=60.5837;RBI=0.0319676,0.0221946;REFB=0,0;REVB=-0.0273913,-0.0143915;RO=0;SAF=48,29;SAR=29,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00598477,0.00271416;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:141:142:0:0:77,64:77,65:0.542254,0.457746:29,35:48,29:0:0:29,35:48,30:0:0 chr10 46999198 . G T 620.99 PASS AF=0.457143;AO=62;DP=138;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.00959911;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.375;QD=17.7425;RBI=0.0147684;REFB=-0.0250816;REVB=0.0112233;RO=75;SAF=29;SAR=33;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155459;STB=0.587739;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0316339;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:75:76:62:64:0.457143:33:29:47:28:34:30:48:28 chr10 46999465 . A G 366.79 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00758862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.205;QD=24.4529;RBI=0.00760303;REFB=-0.0112098;REVB=-0.000468017;RO=24;SAF=24;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190141;STB=0.604591;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00816031;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:12:24:10:14:12:24:10:14 chr10 46999484 . G T 127.88 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=46;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00691435;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.438;QD=11.3672;RBI=0.00712699;REFB=-0.0134675;REVB=0.0017279;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285559;STB=0.692071;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0278351;OID=.;OPOS=46999484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:30:30:16:15:0.333333:9:7:21:9:9:6:21:9 chr10 46999577 . G T 182.07 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0222814;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.828;QD=15.8319;RBI=0.0247985;REFB=-0.0294252;REVB=0.0108859;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103537;STB=0.583249;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0441091;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:27:18:19:0.413043:8:10:17:9:9:10:18:9 chr10 46999591 . C CATGAGGGAG 197.87 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.000592734;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=9;MLLD=317.347;QD=12.7658;RBI=0.00316467;REFB=-0.0184229;REVB=-0.00310866;RO=38;SAF=16;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222751;STB=0.60665;STBP=0.202;TYPE=ins;VARB=0.0237252;OID=.;OPOS=46999592;OREF=-;OALT=ATGAGGGAG;OMAPALT=CATGAGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:23:63:24:62:38:16:8:19:19:99:38:16:7:19:19 chr10 46999596 . G A 318.1 PASS AF=0.523077;AO=31;DP=62;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0458501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0974;QD=19.5754;RBI=0.120487;REFB=-0.0280969;REVB=0.111422;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172969;STB=0.611196;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0290767;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:31:31:31:34:0.523077:16:15:21:10:19:15:21:10 chr10 46999604 . A G 973.68 PASS AF=0.957746;AO=55;DP=72;FAO=68;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00415715;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.243;QD=54.8551;RBI=0.111493;REFB=-0.0275498;REVB=0.111416;RO=4;SAF=33;SAR=22;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537857;STB=0.521733;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00319831;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:71:4:3:55:68:0.957746:22:33:4:0:35:33:3:0 chr10 46999732 . G A 2068.66 PASS AF=0.572289;AO=190;DP=332;FAO=190;FDP=332;FR=.;FRO=142;FSAF=85;FSAR=105;FSRF=73;FSRR=69;FWDB=0.00313471;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=197.926;QD=24.9236;RBI=0.00680379;REFB=-0.0064511;REVB=0.00603864;RO=142;SAF=85;SAR=105;SRF=73;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529172;STB=0.528678;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00470995;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:142:142:190:190:0.572289:105:85:73:69:105:85:73:69 chr10 46999747 . T C 1196.45 PASS AF=0.402402;AO=134;DP=333;FAO=134;FDP=333;FR=.;FRO=199;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=84;FSRR=115;FWDB=-0.0115389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.184;QD=14.3717;RBI=0.036737;REFB=-0.024604;REVB=-0.0348778;RO=199;SAF=59;SAR=75;SRF=84;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197644;STB=0.511054;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0402845;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:199:199:134:134:0.402402:75:59:84:115:75:59:84:115 chr10 46999922 . G T 531.72 PASS AF=0.509259;AO=52;DP=105;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.014572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.78;QD=19.6932;RBI=0.0671704;REFB=-0.0286054;REVB=0.0655707;RO=53;SAF=22;SAR=30;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746388;STB=0.510634;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0234517;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:53:53:52:55:0.509259:30:22:22:31:31:24:22:31 chr10 47000004 . T C 1529.65 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.154;QD=63.7355;RBI=0.0327365;REFB=0;REVB=0.010893;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.2682e-05;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:50:45:0:0:50:46:0:0 chr10 47000071 . G A 850.34 PASS AF=0.502924;AO=86;DP=171;FAO=86;FDP=171;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=0.00372636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.961;QD=19.891;RBI=0.0117599;REFB=-0.00621398;REVB=0.0111539;RO=85;SAF=38;SAR=48;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714364;STB=0.539223;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0140296;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:85:85:86:86:0.502924:48:38:31:54:48:38:31:54 chr10 47000079 . T C 819.83 PASS AF=0.482955;AO=85;DP=175;FAO=85;FDP=176;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.00477347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.852;QD=18.6326;RBI=0.00942422;REFB=-0.0152847;REVB=-0.00812589;RO=88;SAF=31;SAR=54;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065448;STB=0.521734;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0152367;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:88:91:85:85:0.482955:54:31:38:50:52:33:39:52 chr10 47000146 . C T 964.19 PASS AF=0.586207;AO=82;DP=145;FAO=85;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.015108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.857;QD=26.5984;RBI=0.0214563;REFB=-0.0640835;REVB=-0.0152355;RO=41;SAF=31;SAR=51;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242194;STB=0.513271;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0397757;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:41:57:82:85:0.586207:51:31:14:27:51:34:21:36 chr10 47000188 . A G 1491.02 PASS AF=1;AO=95;DP=104;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010902;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.03;QD=59.0502;RBI=0.0818023;REFB=0;REVB=-0.0810726;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013448;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:101:0:0:95:101:1:59:36:0:0:60:41:0:0 chr10 47000239 . C T 552.42 PASS AF=0.406667;AO=60;DP=150;FAO=61;FDP=150;FR=.;FRO=89;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=56;FWDB=0.00976064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.3;QD=14.7311;RBI=0.00993291;REFB=-0.0203056;REVB=0.00184189;RO=87;SAF=36;SAR=24;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241241;STB=0.637887;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0267857;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:87:89:60:61:0.406667:24:36:32:55:24:37:33:56 chr10 47000321 . G A 1151.94 PASS AF=0.402477;AO=125;DP=322;FAO=130;FDP=323;FR=.;FRO=193;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=87;FSRR=106;FWDB=-0.00439303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.386;QD=14.2655;RBI=0.0819647;REFB=-0.00319643;REVB=0.0818469;RO=192;SAF=72;SAR=53;SRF=86;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138244;STB=0.561474;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00407524;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:323:192:193:125:130:0.402477:53:72:86:106:58:72:87:106 chr10 47000366 . C G 1605.0 PASS AF=0.442708;AO=168;DP=384;FAO=170;FDP=384;FR=.;FRO=214;FSAF=97;FSAR=73;FSRF=105;FSRR=109;FWDB=-5.12692e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3179;QD=16.7187;RBI=0.0171899;REFB=-0.00685898;REVB=0.0171898;RO=210;SAF=95;SAR=73;SRF=101;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852094;STB=0.544871;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00561159;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:384:210:214:168:170:0.442708:73:95:101:109:73:97:105:109 chr10 47000374 . T C 1665.65 PASS AF=0.455729;AO=174;DP=383;FAO=175;FDP=384;FR=.;FRO=209;FSAF=101;FSAR=74;FSRF=107;FSRR=102;FWDB=-0.0404523;FXX=0.00259734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.817;QD=17.3505;RBI=0.0406668;REFB=-0.0134205;REVB=0.00417135;RO=206;SAF=100;SAR=74;SRF=106;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059793;STB=0.535934;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.017291;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:384:206:209:174:175:0.455729:74:100:106:100:74:101:107:102 chr10 47000381 . T C 5913.23 PASS AF=1;AO=375;DP=379;FAO=376;FDP=376;FR=.;FRO=0;FSAF=199;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471569;FXX=0.00791536;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.785;QD=62.9067;RBI=0.0514899;REFB=-0.108258;REVB=0.0206746;RO=0;SAF=199;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012715;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:379:376:0:0:375:376:1:176:199:0:0:177:199:0:0 chr10 47000426 . T C 5873.44 PASS AF=1;AO=366;DP=367;FAO=375;FDP=375;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105076;FXX=0.0026595;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6575;QD=62.65;RBI=0.0246603;REFB=-0.0307513;REVB=0.0223097;RO=1;SAF=168;SAR=198;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00283188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84901e-05;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:367:375:1:0:366:375:1:198:168:1:0:204:171:0:0 chr10 47000487 . G A 1257.29 PASS AF=0.451724;AO=131;DP=289;FAO=131;FDP=290;FR=.;FRO=159;FSAF=73;FSAR=58;FSRF=72;FSRR=87;FWDB=0.00589105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.309;QD=17.3419;RBI=0.00764158;REFB=-0.0103004;REVB=-0.00486717;RO=158;SAF=73;SAR=58;SRF=71;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106568;STB=0.557243;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0110331;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:290:158:159:131:131:0.451724:58:73:71:87:58:73:72:87 chr10 47000547 . G T 555.26 PASS AF=0.426573;AO=58;DP=143;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00907787;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.502;QD=15.5318;RBI=0.0106429;REFB=0.00295294;REVB=-0.00555543;RO=85;SAF=25;SAR=33;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297545;STB=0.51156;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00361326;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:85:82:58:61:0.426573:33:25:39:46:33:28:36:46 chr10 47000728 . T C 1003.59 PASS AF=0.507389;AO=83;DP=182;FAO=103;FDP=203;FR=.;FRO=100;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=0.0172087;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.842;QD=19.7751;RBI=0.0314087;REFB=-0.0290702;REVB=0.0262749;RO=99;SAF=43;SAR=40;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918438;STB=0.541436;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0317046;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:203:99:100:83:103:0.507389:40:43:42:57:49:54:44:56 chr10 47000863 . A G 3141.45 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.155;QD=61.2967;RBI=0.0316334;REFB=0;REVB=-0.00588467;RO=0;SAF=74;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001613;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:205:0:0:197:205:1:123:74:0:0:123:82:0:0 chr10 47000873 . T A,G 2985.62 PASS AF=0.441624,0.558376;AO=87,108;DP=196;FAO=87,110;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=38,41;FSAR=49,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00800745,0.000675539;FXX=0.00505025;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.0403,162.612;QD=60.6217;RBI=0.0464247,0.013141;REFB=0,0;REVB=0.0457289,0.0131236;RO=0;SAF=38,40;SAR=49,68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.85373e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00914203,0.0197345;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:196:197:0:0:87,108:87,110:0.441624,0.558376:49,68:38,40:0:0:49,69:38,41:0:0 chr10 47000898 . C T 1135.43 PASS AF=0.525822;AO=112;DP=213;FAO=112;FDP=213;FR=.;FRO=101;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=-0.0182665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.409;QD=21.3226;RBI=0.0247773;REFB=-0.0175264;REVB=-0.0167407;RO=101;SAF=42;SAR=70;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028377;STB=0.515525;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0152506;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:101:101:112:112:0.525822:70:42:41:60:70:42:41:60 chr10 47001032 . G A 540.02 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0109834;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.433;QD=17.852;RBI=0.0149071;REFB=-0.0368929;REVB=-0.010079;RO=64;SAF=23;SAR=34;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333639;STB=0.518534;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0372604;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:64:64:57:57:0.471074:34:23:28:36:34:23:28:36 chr10 47001098 . C T 464.8 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.054649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.593;QD=17.5397;RBI=0.0633174;REFB=-0.0176524;REVB=-0.0319778;RO=53;SAF=27;SAR=23;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167205;STB=0.604888;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0291224;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:53:56:50:50:0.471698:23:27:19:34:23:27:19:37 chr10 47001371 . C G 3050.56 PASS AF=1;AO=184;DP=192;FAO=193;FDP=193;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=95;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710843;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.298;QD=63.224;RBI=0.0141907;REFB=0;REVB=0.0122819;RO=0;SAF=90;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.54362e-05;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:193:0:0:184:193:1:94:90:0:0:98:95:0:0 chr10 47001409 . G A 1226.36 PASS AF=0.49187;AO=121;DP=246;FAO=121;FDP=246;FR=.;FRO=125;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=-0.00750917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.064;QD=19.9409;RBI=0.0320378;REFB=-0.00347891;REVB=0.0311453;RO=125;SAF=67;SAR=54;SRF=66;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239834;STB=0.513182;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00414045;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:125:125:121:121:0.49187:54:67:66:59:54:67:66:59 chr10 47001485 . A T 909.95 PASS AF=0.40873;AO=103;DP=254;FAO=103;FDP=252;FR=.;FRO=149;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=75;FSRR=74;FWDB=-0.00882137;FXX=0.00787371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.328;QD=14.4437;RBI=0.00882719;REFB=-0.00640918;REVB=0.000320355;RO=148;SAF=61;SAR=42;SRF=75;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914317;STB=0.553321;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0147735;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:252:148:149:103:103:0.40873:42:61:75:73:42:61:75:74 chr10 47001504 . G T 1071.29 PASS AF=0.452756;AO=110;DP=252;FAO=115;FDP=254;FR=.;FRO=139;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=70;FSRR=69;FWDB=0.0175246;FXX=0.0116727;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.118;QD=16.8707;RBI=0.0189605;REFB=-0.0177523;REVB=0.00723823;RO=140;SAF=57;SAR=53;SRF=70;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183431;STB=0.519502;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0227656;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:254:140:139:110:115:0.452756:53:57:70:70:53:62:70:69 chr10 47001543 . C T 2218.48 PASS AF=0.704981;AO=184;DP=262;FAO=184;FDP=261;FR=.;FRO=77;FSAF=92;FSAR=92;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00274015;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.756;QD=33.9996;RBI=0.0119885;REFB=-0.0112664;REVB=0.0116712;RO=75;SAF=92;SAR=92;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252969;STB=0.513408;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00386144;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:75:77:184:184:0.704981:92:92:34:41:92:92:35:42 chr10 47001786 . A C 683.85 PASS AF=0.45122;AO=74;DP=164;FAO=74;FDP=164;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=0.00701886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.589;QD=16.6792;RBI=0.00830025;REFB=-0.0149142;REVB=0.00443054;RO=89;SAF=38;SAR=36;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920633;STB=0.55374;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0170661;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:89:90:74:74:0.45122:36:38:54:35:36:38:55:35 chr10 47001946 . T C 269.93 PASS AF=0.258065;AO=37;DP=152;FAO=40;FDP=155;FR=.;FRO=115;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=0.00768038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.94;QD=6.96599;RBI=0.00946367;REFB=-0.00331861;REVB=0.00552927;RO=115;SAF=15;SAR=22;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266625;STB=0.500824;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00965076;OID=.;OPOS=47001946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:155:115:115:37:40:0.258065:22:15:49:66:23:17:49:66 chr10 47001954 . C T 674.76 PASS AF=0.507576;AO=64;DP=129;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0266867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.983;QD=20.4474;RBI=0.0279322;REFB=-0.0448901;REVB=-0.00824796;RO=63;SAF=32;SAR=32;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642828;STB=0.552533;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0362244;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:63:65:64:67:0.507576:32:32:27:36:32:35:27:38 chr10 47001984 . G A 1333.0 PASS AF=0.977528;AO=88;DP=90;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.011994;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.576;QD=59.91;RBI=0.0352181;REFB=0.00316927;REVB=0.0331128;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510636;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=6.86716e-05;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:89:0:2:88:87:0.977528:42:46:0:0:41:46:2:0 chr10 47002079 . T C 1117.23 PASS AF=0.516279;AO=110;DP=213;FAO=111;FDP=215;FR=.;FRO=104;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.00910049;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4902;QD=20.7857;RBI=0.0298865;REFB=-0.0178216;REVB=0.0284673;RO=103;SAF=39;SAR=71;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129739;STB=0.5657;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0143505;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:215:103:104:110:111:0.516279:71:39:51:52:71:40:51:53 chr10 47002118 . T A 1151.75 PASS AF=0.434028;AO=125;DP=304;FAO=125;FDP=288;FR=.;FRO=163;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=55;FSRR=108;FWDB=-0.00434435;FXX=0.0588216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.682;QD=15.9965;RBI=0.0321877;REFB=-0.0101127;REVB=0.0318932;RO=148;SAF=68;SAR=57;SRF=55;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167849;STB=0.615417;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0114018;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:288:148:163:125:125:0.434028:57:68:55:93:57:68:55:108 chr10 47002127 . T C 5028.66 PASS AF=1;AO=317;DP=319;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=191;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829297;FXX=0.00931648;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.571;QD=63.0553;RBI=0.0311809;REFB=0;REVB=0.0300578;RO=0;SAF=126;SAR=191;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53238e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22834e-06;OID=.;OPOS=47002127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:319:319:0:0:317:319:1:191:126:0:0:191:128:0:0 chr10 47002135 . A G 1901.87 PASS AF=0.540299;AO=177;DP=329;FAO=181;FDP=335;FR=.;FRO=154;FSAF=62;FSAR=119;FSRF=75;FSRR=79;FWDB=-0.00664062;FXX=0.0029761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.91;QD=22.7089;RBI=0.0537866;REFB=-0.0110365;REVB=-0.0533751;RO=148;SAF=60;SAR=117;SRF=74;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142528;STB=0.570446;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.01047;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:335:148:154:177:181:0.540299:117:60:74:74:119:62:75:79 chr10 47002501 . T A 680.97 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00869534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.141;QD=21.2802;RBI=0.0241496;REFB=-0.0254967;REVB=0.0225298;RO=61;SAF=32;SAR=35;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265426;STB=0.514581;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0158861;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:61:67:67:0.523438:35:32:31:30:35:32:31:30 chr10 47002542 . C A 2589.39 PASS AF=0.982659;AO=168;DP=173;FAO=170;FDP=173;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0251246;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.976;QD=59.8703;RBI=0.031285;REFB=0.0306403;REVB=-0.0186415;RO=2;SAF=88;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000534274;STB=0.502488;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00101801;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:173:173:2:3:168:170:0.982659:80:88:1:1:81:89:2:1 chr10 47002606 . G A 859.97 PASS AF=0.449275;AO=93;DP=206;FAO=93;FDP=207;FR=.;FRO=114;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.0491279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3973;QD=16.6177;RBI=0.0520638;REFB=-0.0121636;REVB=0.0172362;RO=112;SAF=49;SAR=44;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00891244;STB=0.50999;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0139298;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:112:114:93:93:0.449275:44:49:58:54:44:49:58:56 chr10 47002617 . T C 892.71 PASS AF=0.457286;AO=90;DP=200;FAO=91;FDP=199;FR=.;FRO=108;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=0.0157686;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3948;QD=17.944;RBI=0.0160596;REFB=0.00986335;REVB=-0.00304351;RO=108;SAF=48;SAR=42;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00548642;STB=0.505826;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0078536;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:108:108:90:91:0.457286:42:48:57:51:42:49:57:51 chr10 47002724 . G A 417.66 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0389088;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6323;QD=14.2789;RBI=0.0424034;REFB=-0.0252777;REVB=-0.0168569;RO=68;SAF=24;SAR=24;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07657;STB=0.559081;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.042042;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:69:48:48:0.410256:24:24:39:29:25:23:40:29 chr10 47002757 . A G 1776.61 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.676;QD=60.2242;RBI=0.0797148;REFB=0;REVB=-0.0322465;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571279;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:118:0:0:114:118:1:53:61:0:0:54:64:0:0 chr10 47002792 . T C 493.26 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00484057;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.205;QD=15.7842;RBI=0.022784;REFB=-0.0294348;REVB=0.0222639;RO=71;SAF=11;SAR=43;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289809;STB=0.664147;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0497462;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:71:54:54:0.432:43:11:31:40:43:11:31:40 chr10 47002911 . A AC 1002.92 PASS AF=1;AO=20;DP=167;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171843;FXX=0.0248432;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.68966;QD=25.552;RBI=0.184429;REFB=0.00676095;REVB=-0.0669606;RO=140;SAF=0;SAR=20;SRF=59;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.661956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00868277;OID=.;OPOS=47002912;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:167:157:157:0:57:100:0:0:14:140:0:20:59:81 chr10 47002917 . T C 1838.41 PASS AF=0.884848;AO=125;DP=146;FAO=146;FDP=165;FR=.;FRO=19;FSAF=59;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=-0.00960307;FXX=0.00602373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.3929;QD=44.5674;RBI=0.0284752;REFB=-0.0677104;REVB=-0.0268071;RO=21;SAF=44;SAR=81;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635562;STB=0.542701;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0187321;OID=.;OPOS=47002917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:146:165:21:19:125:146:0.884848:81:44:3:18:87:59:1:18 chr10 47002919 . T C 45.44 PASS AF=0.097561;AO=18;DP=165;FAO=16;FDP=164;FR=.;FRO=148;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=89;FWDB=-0.112585;FXX=0.00606024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7449;QD=1.1083;RBI=0.117901;REFB=-0.00999817;REVB=-0.0350045;RO=145;SAF=1;SAR=17;SRF=59;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524961;STB=0.895815;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.154202;OID=.;OPOS=47002919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:165:164:145:148:18:16:0.097561:17:1:59:86:15:1:59:89 chr10 47002937 . A G 457.15 PASS AF=0.360759;AO=55;DP=155;FAO=57;FDP=158;FR=.;FRO=101;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=64;FWDB=-0.0312566;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0726;QD=11.5733;RBI=0.0312801;REFB=-0.00754372;REVB=-0.0012136;RO=100;SAF=21;SAR=34;SRF=36;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263003;STB=0.513311;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0132602;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:100:101:55:57:0.360759:34:21:36:64:35:22:37:64 chr10 47002942 . C G 441.54 PASS AF=0.359477;AO=53;DP=151;FAO=55;FDP=153;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=62;FWDB=0.0799934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1692;QD=11.5435;RBI=0.0937719;REFB=0.031168;REVB=0.0489308;RO=98;SAF=19;SAR=34;SRF=36;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108719;STB=0.502563;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0526322;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:98:98:53:55:0.359477:34:19:36:62:35:20:36:62 chr10 47003115 . C T 993.93 PASS AF=0.454148;AO=74;DP=232;FAO=104;FDP=229;FR=.;FRO=125;FSAF=20;FSAR=84;FSRF=41;FSRR=84;FWDB=-0.05874;FXX=0.0129305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2057;QD=17.3613;RBI=0.0646445;REFB=-0.0233033;REVB=-0.0269912;RO=107;SAF=16;SAR=58;SRF=33;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130346;STB=0.603938;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0142575;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:229:107:125:74:104:0.454148:58:16:33:74:84:20:41:84 chr10 47003177 . A G 559.8 PASS AF=0.417219;AO=63;DP=152;FAO=63;FDP=151;FR=.;FRO=88;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=65;FWDB=-0.00605243;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.766;QD=14.829;RBI=0.00936413;REFB=-0.0199866;REVB=0.00714529;RO=88;SAF=18;SAR=45;SRF=24;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166755;STB=0.517642;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0196962;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:88:88:63:63:0.417219:45:18:24:64:45:18:23:65 chr10 47003215 . T C 487.16 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=142;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0113367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.525;QD=13.7229;RBI=0.0148528;REFB=-0.00775952;REVB=-0.00959617;RO=87;SAF=24;SAR=31;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000459785;STB=0.50026;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135475;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:87:87:55:55:0.387324:31:24:38:49:31:24:38:49 chr10 47003229 . C G 461.87 PASS AF=0.385714;AO=54;DP=140;FAO=54;FDP=140;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0484356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.803;QD=13.1961;RBI=0.0484994;REFB=-0.00816603;REVB=0.00248676;RO=84;SAF=25;SAR=29;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654788;STB=0.529915;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0368349;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:84:86:54:54:0.385714:29:25:44:40:29:25:44:42 chr10 47003250 . C T 554.92 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.0422363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.66;QD=15.4145;RBI=0.0429399;REFB=-0.0212297;REVB=0.00774122;RO=83;SAF=24;SAR=36;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172246;STB=0.593284;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0238817;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:83:84:60:60:0.416667:36:24:47:36:36:24:47:37 chr10 47003615 . C T 629.85 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.00782433;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.397;QD=20.6508;RBI=0.0313445;REFB=-0.0116959;REVB=-0.0303522;RO=59;SAF=29;SAR=34;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931946;STB=0.551198;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0134336;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:59:59:63:63:0.516393:34:29:21:38:34:29:21:38 chr10 47003896 . C T 533.25 PASS AF=0.456;AO=56;DP=124;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.017183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.905;QD=17.064;RBI=0.018865;REFB=-0.00782876;REVB=0.00778671;RO=67;SAF=29;SAR=27;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101704;STB=0.503228;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0100898;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:67:68:56:57:0.456:27:29:34:33:28:29:35:33 chr10 47004036 . G C 158.27 PASS AF=0.203125;AO=26;DP=116;FAO=26;FDP=128;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0183047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4328;QD=4.94599;RBI=0.0708439;REFB=-0.00321022;REVB=-0.0684383;RO=90;SAF=17;SAR=9;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142993;STB=0.624902;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0103596;OID=.;OPOS=47004036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:128:90:102:26:26:0.203125:9:17:49:41:9:17:51:51 chr10 47004068 . T C 442.99 PASS AF=0.386364;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.00759561;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.979;QD=13.4241;RBI=0.00761002;REFB=-0.00690717;REVB=0.000467984;RO=81;SAF=30;SAR=21;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467523;STB=0.526452;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0121945;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:81:81:51:51:0.386364:21:30:51:30:21:30:51:30 chr10 47004113 . TCCCCA TCCCAC 30.22 PASS AF=0.0542636;AO=11;DP=136;FAO=7;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=113;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.101767;FXX=0.0444412;HRUN=4;LEN=2;MLLD=117.665;QD=0.937161;RBI=0.102241;REFB=-0.00708782;REVB=-0.00983859;RO=79;SAF=10;SAR=1;SRF=26;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.639818;STB=0.847763;STBP=0.077;TYPE=mnp;VARB=0.155468;OID=.;OPOS=47004117;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=TCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0542636:11:136:7:129:113:6:1:56:57:16:79:10:1:26:53 chr10 47004182 . G A 945.97 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028939;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.1013;QD=57.3315;RBI=0.0563392;REFB=-0.109708;REVB=0.0483388;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170629;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:1:0:65:66:1:28:37:0:1:29:37:0:0 chr10 47004217 . T C 385.79 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0022639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.533;QD=15.5875;RBI=0.0209149;REFB=-0.00909498;REVB=-0.020792;RO=58;SAF=21;SAR=20;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305291;STB=0.517233;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00986486;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:20:21:28:30:20:21:28:30 chr10 47004289 . C T 141.24 PASS AF=0.212963;AO=23;DP=108;FAO=23;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.0263063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.265;QD=5.23109;RBI=0.0263076;REFB=-0.0115429;REVB=-0.000265042;RO=84;SAF=11;SAR=12;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423548;STB=0.530947;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0312514;OID=.;OPOS=47004289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:84:85:23:23:0.212963:12:11:43:41:12:11:44:41 chr10 47004355 . C CA 704.66 PASS AF=0.548387;AO=66;DP=128;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=6.28383e-05;FXX=0.0236202;HRUN=0;LEN=1;MLLD=198.961;QD=22.7311;RBI=0.00199268;REFB=-0.0121478;REVB=0.00199169;RO=61;SAF=41;SAR=25;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101885;STB=0.570215;STBP=0.1;TYPE=ins;VARB=0.0147776;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387:66:128:68:124:56:43:25:27:29:99:61:41:25:31:30 chr10 47004362 . C T 820.83 PASS AF=0.575758;AO=76;DP=131;FAO=76;FDP=132;FR=.;FRO=56;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0203697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.964;QD=24.8736;RBI=0.0225382;REFB=-0.0134168;REVB=-0.00964604;RO=55;SAF=49;SAR=27;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165886;STB=0.587167;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00493451;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:55:56:76:76:0.575758:27:49:24:31:27:49:25:31 chr10 47004463 . G A 179.76 PASS AF=0.201299;AO=28;DP=153;FAO=31;FDP=154;FR=.;FRO=123;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=0.0328888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.89;QD=4.66921;RBI=0.033722;REFB=-0.00184843;REVB=-0.00744957;RO=123;SAF=9;SAR=19;SRF=60;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218322;STB=0.58158;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00689155;OID=.;OPOS=47004463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:123:123:28:31:0.201299:19:9:60:63:19:12:60:63 chr10 47004633 . CA TG 339.28 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0314946;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.367;QD=17.6248;RBI=0.0338509;REFB=-0.00238392;REVB=-0.0124086;RO=41;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119543;STB=0.566973;STBP=0.261;TYPE=mnp;VARB=0.00225194;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:41:41:36:36:0.467532:22:14:21:20:22:14:21:20 chr10 47004702 . A G 267.88 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00108623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7108;QD=16.235;RBI=0.0130113;REFB=0.00366589;REVB=-0.0129659;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010932;STB=0.506156;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00935336;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:13:17:20:16:13:17:20:16 chr10 47004971 . A G 458.17 PASS AF=0.475728;AO=48;DP=102;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0319637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.591;QD=17.7931;RBI=0.032373;REFB=0.00186324;REVB=0.00513187;RO=52;SAF=22;SAR=26;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333333;STB=0.532734;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00210609;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:52:54:48:49:0.475728:26:22:22:30:26:23:22:32 chr10 47004994 . A G 238.04 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0373664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.523;QD=14.649;RBI=0.0658435;REFB=0.00418318;REVB=-0.0542136;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133658;STB=0.565172;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00786527;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:37:27:28:0.430769:14:13:13:24:15:13:13:24 chr10 47005224 . C T 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00975114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.706;QD=21.3873;RBI=0.00989057;REFB=-0.0364106;REVB=-0.00165487;RO=27;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731707;STB=0.540516;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0259087;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:20:13:13:14:20:13:13:14 chr10 47005267 . C T 441.25 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0057392;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.914;QD=15.7588;RBI=0.0420059;REFB=-0.00570504;REVB=-0.041612;RO=60;SAF=28;SAR=21;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215554;STB=0.606018;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00295145;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:60:63:49:49:0.4375:21:28:21:39:21:28:24:39 chr10 47005466 . C T 1729.13 PASS AF=0.508982;AO=169;DP=335;FAO=170;FDP=334;FR=.;FRO=164;FSAF=94;FSAR=76;FSRF=75;FSRR=89;FWDB=0.0538266;FXX=0.00298499;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.299;QD=20.7081;RBI=0.0547437;REFB=-0.0181624;REVB=0.00997853;RO=162;SAF=94;SAR=75;SRF=74;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891073;STB=0.547007;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0223335;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:334:162:164:169:170:0.508982:75:94:74:88:76:94:75:89 chr10 47005504 . T C 1618.38 PASS AF=0.435323;AO=175;DP=402;FAO=175;FDP=402;FR=.;FRO=227;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=115;FSRR=112;FWDB=0.0058508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.826;QD=16.1032;RBI=0.0169151;REFB=-0.0166423;REVB=0.015871;RO=225;SAF=88;SAR=87;SRF=114;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00386614;STB=0.502118;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0167282;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:402:225:227:175:175:0.435323:87:88:114:111:87:88:115:112 chr10 47005575 . C T 1479.53 PASS AF=0.506993;AO=144;DP=289;FAO=145;FDP=286;FR=.;FRO=141;FSAF=61;FSAR=84;FSRF=63;FSRR=78;FWDB=-0.00750561;FXX=0.0137926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.777;QD=20.6927;RBI=0.00787537;REFB=-0.000342995;REVB=-0.00238482;RO=140;SAF=60;SAR=84;SRF=63;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306754;STB=0.513152;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.000428884;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:286:140:141:144:145:0.506993:84:60:63:77:84:61:63:78 chr10 47005611 . CAGA C 296.27 PASS AF=0.248677;AO=40;DP=183;FAO=47;FDP=189;FR=.;FRO=142;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=64;FSRR=78;FWDB=0.00538634;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=3;MLLD=284.728;QD=6.2702;RBI=0.0210818;REFB=-0.0063376;REVB=-0.020382;RO=134;SAF=15;SAR=25;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855266;STB=0.513128;STBP=0.842;TYPE=del;VARB=0.0198261;OID=.;OPOS=47005612;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.248677:40:183:47:189:142:22:25:64:78:99:134:15:25:59:75 chr10 47086915 . C T 1005.64 PASS AF=0.230435;AO=159;DP=692;FAO=159;FDP=690;FR=.;FRO=531;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=273;FSRR=258;FWDB=-0.0199265;FXX=0.00289013;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.949;QD=5.82981;RBI=0.020673;REFB=-0.00348508;REVB=0.00550523;RO=531;SAF=81;SAR=78;SRF=273;SRR=258;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00600679;STB=0.503611;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0210241;OID=.;OPOS=47086915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:692:690:531:531:159:159:0.230435:78:81:273:258:78:81:273:258 chr10 47086978 . G A 865.41 PASS AF=0.220312;AO=141;DP=640;FAO=141;FDP=640;FR=.;FRO=499;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=257;FSRR=242;FWDB=-0.00832231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.202;QD=5.40879;RBI=0.018062;REFB=-0.00609536;REVB=-0.0160305;RO=498;SAF=66;SAR=75;SRF=257;SRR=241;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616771;STB=0.536575;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0205611;OID=.;OPOS=47086978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:640:640:498:499:141:141:0.220312:75:66:257:241:75:66:257:242 chr10 47087078 . G T 546.18 PASS AF=0.293651;AO=74;DP=252;FAO=74;FDP=252;FR=.;FRO=178;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=83;FSRR=95;FWDB=-0.0173853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6213;QD=8.6695;RBI=0.0248695;REFB=-0.00831669;REVB=-0.0177832;RO=177;SAF=35;SAR=39;SRF=82;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117802;STB=0.504734;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.021874;OID=.;OPOS=47087078;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:177:178:74:74:0.293651:39:35:82:95:39:35:83:95 chr10 47087371 . G A 317.51 PASS AF=0.209677;AO=52;DP=247;FAO=52;FDP=248;FR=.;FRO=196;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=104;FSRR=92;FWDB=0.00271077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.54;QD=5.12107;RBI=0.00322497;REFB=-0.00645477;REVB=0.00174704;RO=192;SAF=30;SAR=22;SRF=103;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524856;STB=0.537046;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0247427;OID=.;OPOS=47087371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:192:196:52:52:0.209677:22:30:103:89:22:30:104:92 chr10 47087474 . C T 3079.99 PASS AF=0.752322;AO=243;DP=323;FAO=243;FDP=323;FR=.;FRO=80;FSAF=124;FSAR=119;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0369117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4376;QD=38.1423;RBI=0.0405193;REFB=0.0151058;REVB=0.0167134;RO=80;SAF=124;SAR=119;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396986;STB=0.521113;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00580108;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:80:80:243:243:0.752322:119:124:34:46:119:124:34:46 chr10 47087501 . C T 474.54 PASS AF=0.239203;AO=72;DP=301;FAO=72;FDP=301;FR=.;FRO=229;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=112;FSRR=117;FWDB=0.0417632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.241;QD=6.30612;RBI=0.0423617;REFB=-0.00931482;REVB=0.00709569;RO=229;SAF=33;SAR=39;SRF=112;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390516;STB=0.523459;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0200481;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:229:229:72:72:0.239203:39:33:112:117:39:33:112:117 chr10 47087608 . T C 3412.66 PASS AF=1;AO=218;DP=222;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572691;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.654;QD=61.4893;RBI=0.0812066;REFB=-0.0766836;REVB=0.0810044;RO=1;SAF=107;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162573;OID=.;OPOS=47087608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:222:222:1:0:218:222:1:111:107:0:1:114:108:0:0 chr10 47087680 . C T 1526.98 PASS AF=0.644231;AO=134;DP=209;FAO=134;FDP=208;FR=.;FRO=74;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0583644;FXX=0.0234731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7483;QD=29.365;RBI=0.0744768;REFB=0.00814085;REVB=0.0462643;RO=73;SAF=70;SAR=64;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371199;STB=0.522385;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00301548;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:73:74:134:134:0.644231:64:70:34:39:64:70:34:40 chr10 47087731 . C T 1389.95 PASS AF=0.657459;AO=119;DP=181;FAO=119;FDP=181;FR=.;FRO=62;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.133346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1484;QD=30.7172;RBI=0.133347;REFB=-0.0246801;REVB=0.000710887;RO=61;SAF=58;SAR=61;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697437;STB=0.53998;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0120446;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:61:62:119:119:0.657459:61:58:23:38:61:58:23:39 chr10 47087830 . G A 900.53 PASS AF=0.690265;AO=78;DP=112;FAO=78;FDP=113;FR=.;FRO=35;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0110909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.423;QD=31.8772;RBI=0.0116303;REFB=-0.0218215;REVB=0.00350077;RO=33;SAF=44;SAR=34;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944186;STB=0.550989;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00950822;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:33:35:78:78:0.690265:34:44:13:20:34:44:14:21 chr10 47151438 . C G 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.068204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5459;QD=26.0241;RBI=0.107576;REFB=-0.02303;REVB=-0.0831914;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.022445;OID=.;OPOS=47151438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr10 47151642 . C T 167.58 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.821;QD=41.8952;RBI=0.0301231;REFB=-0.108906;REVB=0.0237829;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00215154;OID=.;OPOS=47151642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:0:1:8:7:0:1 chr10 47416908 . A G 4552.46 PASS AF=0.389956;AO=523;DP=1352;FAO=528;FDP=1354;FR=.;FRO=826;FSAF=301;FSAR=227;FSRF=427;FSRR=399;FWDB=-0.0133444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.718;QD=13.4489;RBI=0.0376236;REFB=-0.00514716;REVB=0.0351775;RO=813;SAF=300;SAR=223;SRF=422;SRR=391;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600796;STB=0.532754;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00712638;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1352:1354:813:826:523:528:0.389956:223:300:422:391:227:301:427:399 chr10 47747159 . G C 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0250687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.494;QD=28.4028;RBI=0.0251238;REFB=-0.0281048;REVB=-0.0016628;RO=11;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211497;STB=0.616413;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0125624;OID=.;OPOS=47747159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:11:10:9:2:11:10:9:2 chr10 47769356 . C A 40.77 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0196718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.1;QD=7.09013;RBI=0.0259362;REFB=-0.00580866;REVB=0.0169029;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546603;STB=0.845135;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.102705;OID=.;OPOS=47769356;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:10:6:6:1:10:6 chr10 47769358 . G A 94.4 PASS AF=0.55;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.11618;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.775;QD=18.8807;RBI=0.116831;REFB=-0.0216036;REVB=-0.0123215;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241378;STB=0.639731;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00678509;OID=.;OPOS=47769358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:9:9:11:11:0.55:8:3:5:4:8:3:5:4 chr10 47769386 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.018954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.92;QD=10.0339;RBI=0.0512587;REFB=-0.00445306;REVB=-0.0476256;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00555442;OID=.;OPOS=47769386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr10 47911590 . GTC AGC,GAG 869.37 PASS AF=0.934426,0.0655738;AO=57,4;DP=62;FAO=57,4;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111805,0.0148158;FXX=0.0161264;HRUN=2,1;LEN=2,2;MLLD=227.805,206.28;QD=57.0076;RBI=0.0185579,0.022598;REFB=0,0;REVB=0.0148119,0.0170634;RO=0;SAF=24,2;SAR=33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.25003e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.000751883,0.00974157;OID=.,.;OPOS=47911590,47911591;OREF=GT,TC;OALT=AG,AG;OMAPALT=AGC,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:62:61:0:0:57,4:57,4:0.934426,0.0655738:33,2:24,2:0:0:33,2:24,2:0:0 chr10 48370595 . G A 805.36 PASS AF=0.433673;AO=85;DP=198;FAO=85;FDP=196;FR=.;FRO=111;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=32;FSRR=79;FWDB=0.0336087;FXX=0.0101005;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.857;QD=16.4358;RBI=0.0428295;REFB=-0.0228659;REVB=0.0265485;RO=98;SAF=28;SAR=57;SRF=30;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257638;STB=0.526834;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0209082;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:196:98:111:85:85:0.433673:57:28:30:68:57:28:32:79 chr10 48414516 . T A 529.06 PASS AF=0.448819;AO=55;DP=125;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.030298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.213;QD=16.6634;RBI=0.0428497;REFB=-0.0218459;REVB=0.0303007;RO=70;SAF=23;SAR=32;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486081;STB=0.518491;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0228459;OID=.;OPOS=48414516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:70:70:55:57:0.448819:32:23:26:44:34:23:26:44 chr10 48428941 . T C 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00703054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7559;QD=13.0145;RBI=0.00706938;REFB=-0.00262851;REVB=-0.000740036;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228151;STB=0.632162;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00465148;OID=.;OPOS=48428941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:7:13:14:18:7:13:14:18 chr10 49446097 . C T 457.21 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00286026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.642;QD=15.4987;RBI=0.0029207;REFB=-0.000104045;REVB=-0.000591116;RO=67;SAF=19;SAR=32;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169589;STB=0.59516;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000141828;OID=.;OPOS=49446097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:32:19:36:31:32:19:36:31 chr10 49659083 . GC G,GG 2591.11 PASS AF=1,0;AO=167,88;DP=331;FAO=315,0;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=172,0;FSAR=143,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697571,0.000122707;FXX=0.0512033;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.8752,9.34417;QD=32.903;RBI=0.168179,0.155392;REFB=0.0179575,0.0184775;REVB=0.168034,-0.155392;RO=34;SAF=135,2;SAR=32,86;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.190953,-0.643797;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00131241,0.0149395;OID=.,.;OPOS=49659084,49659084;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:167,88:331:315,0:315:0:172,0:143,0:0:0:11:34:135,2:32,86:13:21 chr10 49659553 . GCCCCA GCCCAT 894.32 PASS AF=1;AO=6;DP=155;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.271956;FXX=0.33764;HRUN=4;LEN=2;MLLD=46.9301;QD=35.0715;RBI=0.272821;REFB=0;REVB=-0.0217036;RO=96;SAF=6;SAR=0;SRF=15;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.727851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0127626;OID=.;OPOS=49659557;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=GCCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:155:102:102:0:25:77:0:0:5:96:6:0:15:81 chr10 49659559 . C T 2318.17 PASS AF=0.964286;AO=157;DP=167;FAO=162;FDP=168;FR=.;FRO=6;FSAF=62;FSAR=100;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0398672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.354;QD=55.1944;RBI=0.0584946;REFB=-0.149575;REVB=0.0428045;RO=10;SAF=59;SAR=98;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388601;STB=0.516893;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000694161;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:167:168:10:6:157:162:0.964286:98:59:7:3:100:62:5:1 chr10 49659637 . T C 1440.99 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959086;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3469;QD=63.3401;RBI=0.012979;REFB=0;REVB=0.00874466;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08227e-05;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr10 49667795 . T C 3018.43 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.078;QD=63.5459;RBI=0.0245017;REFB=0;REVB=0.0212512;RO=0;SAF=100;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03644e-06;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:190:190:1:90:100:0:0:90:100:0:0 chr10 49687800 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.051;QD=58.1421;RBI=0.0254594;REFB=0;REVB=-0.00577232;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49797e-05;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr10 49933974 . T C 1021.24 PASS AF=0.510309;AO=96;DP=191;FAO=99;FDP=194;FR=.;FRO=95;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.00154692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.033;QD=21.0565;RBI=0.0220716;REFB=-0.0229065;REVB=-0.0220173;RO=95;SAF=45;SAR=51;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331024;STB=0.514956;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0212253;OID=.;OPOS=49933974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:194:95:95:96:99:0.510309:51:45:48:47:52:47:48:47 chr10 49998780 . G A 808.93 PASS AF=0.449735;AO=85;DP=191;FAO=85;FDP=189;FR=.;FRO=104;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.0239198;FXX=0.0104707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.852;QD=17.1202;RBI=0.0354744;REFB=-0.0195603;REVB=0.0261969;RO=103;SAF=40;SAR=45;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338608;STB=0.516206;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0298098;OID=.;OPOS=49998780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:189:103:104:85:85:0.449735:45:40:52:51:45:40:52:52 chr10 49998824 . C T 1353.29 PASS AF=0.520161;AO=129;DP=249;FAO=129;FDP=248;FR=.;FRO=119;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=-0.00926722;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.915;QD=21.8273;RBI=0.0110429;REFB=0.00569135;REVB=-0.00600536;RO=118;SAF=68;SAR=61;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533207;STB=0.527128;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00574666;OID=.;OPOS=49998824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:118:119:129:129:0.520161:61:68:55:63:61:68:56:63 chr10 50004372 . C T 981.42 PASS AF=0.424125;AO=109;DP=257;FAO=109;FDP=257;FR=.;FRO=148;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=63;FSRR=85;FWDB=-0.0153257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1129;QD=15.275;RBI=0.0539187;REFB=-0.0168317;REVB=-0.0516948;RO=147;SAF=55;SAR=54;SRF=63;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783443;STB=0.545401;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0245585;OID=.;OPOS=50004372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:147:148:109:109:0.424125:54:55:63:84:54:55:63:85 chr10 50013402 . T C 2352.1 PASS AF=0.993289;AO=141;DP=142;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.647;QD=63.1436;RBI=0.0249981;REFB=-0.0953421;REVB=0.00458121;RO=1;SAF=74;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704406;STB=0.503597;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000528003;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:149:1:1:141:148:0.993289:67:74:0:1:69:79:0:1 chr10 50025396 . G A 524.88 PASS AF=0.39726;AO=57;DP=145;FAO=58;FDP=146;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=0.0128477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.151;QD=14.3802;RBI=0.0304028;REFB=-0.0151283;REVB=0.0275548;RO=87;SAF=26;SAR=31;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837039;STB=0.555218;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0245256;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:87:88:57:58:0.39726:31:26:33:54:31:27:33:55 chr10 50038800 . A G 470.45 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.000646516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.369;QD=20.679;RBI=0.0098897;REFB=-0.019735;REVB=-0.00986855;RO=45;SAF=18;SAR=28;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205764;STB=0.613869;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0227415;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:28:18:28:17:28:18:28:17 chr10 50083111 . T C 607.99 PASS AF=0.43038;AO=68;DP=157;FAO=68;FDP=158;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=0.0295109;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.0167;QD=15.3922;RBI=0.033688;REFB=0.0077662;REVB=0.0162478;RO=84;SAF=29;SAR=39;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465759;STB=0.52858;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00975216;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:84:90:68:68:0.43038:39:29:32:52:39:29:34:56 chr10 50109902 . G A 1555.76 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6383;QD=59.837;RBI=0.0732123;REFB=0;REVB=-0.0210521;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174416;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:44:60:0:0:44:60:0:0 chr10 50121784 . T C 1307.65 PASS AF=0.516393;AO=126;DP=244;FAO=126;FDP=244;FR=.;FRO=118;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=44;FSRR=74;FWDB=-0.0611878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5162;QD=21.4368;RBI=0.074066;REFB=-0.00622079;REVB=0.0417351;RO=117;SAF=52;SAR=74;SRF=44;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334859;STB=0.519997;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00282802;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:117:118:126:126:0.516393:74:52:44:73:74:52:44:74 chr10 50122181 . C A 428.35 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00528318;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.266;QD=19.2514;RBI=0.00540304;REFB=0.00880192;REVB=-0.00113173;RO=46;SAF=21;SAR=22;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131384;STB=0.572895;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00726649;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:46:46:43:43:0.483146:22:21:16:30:22:21:16:30 chr10 50227785 . T C 3487.52 PASS AF=1;AO=221;DP=224;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481663;FXX=0.00888849;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.668;QD=62.5564;RBI=0.0491986;REFB=0;REVB=0.0100254;RO=0;SAF=66;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23199e-07;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:223:0:0:221:223:1:155:66:0:0:156:67:0:0 chr10 50531214 . C G 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.01853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5104;QD=23.6161;RBI=0.0223697;REFB=-0.024102;REVB=0.0125316;RO=23;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252602;STB=0.513896;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0150583;OID=.;OPOS=50531214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:19:14:9:14:19:14:9:14 chr10 50531479 . G A 352.44 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00942721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.348;QD=18.3086;RBI=0.00943069;REFB=-0.00521157;REVB=0.000256186;RO=40;SAF=23;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184576;STB=0.603062;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00419215;OID=.;OPOS=50531479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:14:23:17:23:14:23:17:23 chr10 50531549 . G T 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.00812909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.101;QD=19.5771;RBI=0.0345432;REFB=-0.00280003;REVB=0.0335731;RO=30;SAF=9;SAR=24;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420653;STB=0.739353;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00870254;OID=.;OPOS=50531549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:24:9:23:7:24:9:24:7 chr10 50531604 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5994;QD=61.6838;RBI=0.0277768;REFB=0;REVB=-0.0163894;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465497;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr10 50531606 . C A 142.44 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.00367698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.603;QD=14.2439;RBI=0.0167339;REFB=-0.0114035;REVB=0.0163249;RO=24;SAF=2;SAR=13;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.660772;STB=0.885079;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0162521;OID=.;OPOS=50531606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:13:2:19:5:14:2:19:5 chr10 50531972 . A C 467.23 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0156921;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.424;QD=22.2489;RBI=0.044321;REFB=-0.028715;REVB=-0.0414501;RO=39;SAF=26;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985555;STB=0.554347;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0200939;OID=.;OPOS=50531972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:19:26:18:21:19:26:18:21 chr10 50532683 . T C 192.43 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00352212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4455;QD=40.5112;RBI=0.00896795;REFB=0.0169352;REVB=0.00824735;RO=2;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101507;STB=0.55549;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.029748;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:9:8:2:0:9:8:2:0 chr10 50533237 . G A 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0128126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0866;QD=14.6527;RBI=0.0360631;REFB=-0.00826249;REVB=-0.0337103;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0049367;OID=.;OPOS=50533237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:3:2:3:3:3:2 chr10 50533617 . T C 353.03 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.0254079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3905;QD=28.8188;RBI=0.0422337;REFB=-0.00874479;REVB=-0.0337361;RO=16;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484848;STB=0.738952;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0391696;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:16:17:24:25:0.510204:17:7:16:0:17:8:16:1 chr10 50534395 . G A 557.5 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00860342;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0862;QD=18.4297;RBI=0.0277977;REFB=-0.0278748;REVB=0.0264328;RO=61;SAF=26;SAR=32;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516667;STB=0.518791;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0252863;OID=.;OPOS=50534395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:61:63:58:58:0.479339:32:26:24:37:32:26:26:37 chr10 50534646 . C T 541.88 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=0.0162936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6236;QD=19.7047;RBI=0.0219637;REFB=-0.0338751;REVB=0.0147282;RO=54;SAF=29;SAR=27;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167237;STB=0.591919;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0336368;OID=.;OPOS=50534646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:54:56:56:0.509091:27:29:38:16:27:29:38:16 chr10 50534862 . T C 4076.17 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950476;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.036;QD=62.4701;RBI=0.0606574;REFB=0;REVB=0.0599081;RO=0;SAF=88;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96656e-05;OID=.;OPOS=50534862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:256:261:0:0:255:261:1:167:88:0:0:173:88:0:0 chr10 50535186 . C T 816.47 PASS AF=0.494048;AO=83;DP=169;FAO=83;FDP=168;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=6;FSRR=79;FWDB=0.072377;FXX=0.011764;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.12;QD=19.4397;RBI=0.0742181;REFB=-0.0412911;REVB=-0.0164284;RO=84;SAF=30;SAR=53;SRF=6;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320296;STB=0.674813;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0481403;OID=.;OPOS=50535186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:84:85:83:83:0.494048:53:30:6:78:53:30:6:79 chr10 50679081 . G A 555.6 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00313179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.255;QD=15.4333;RBI=0.0143024;REFB=-0.00651248;REVB=-0.0139554;RO=83;SAF=27;SAR=33;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581558;STB=0.5362;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0082064;OID=.;OPOS=50679081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:83:84:60:60:0.416667:33:27:42:41:33:27:43:41 chr10 50681033 . G A 3031.14 PASS AF=1;AO=196;DP=204;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167614;FXX=0.0392138;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.216;QD=61.86;RBI=0.0702989;REFB=0;REVB=-0.0702789;RO=0;SAF=72;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169253;OID=.;OPOS=50681033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:196:0:0:196:196:1:124:72:0:0:124:72:0:0 chr10 50723684 . G A 1971.56 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.491;QD=61.6111;RBI=0.00669295;REFB=0;REVB=-0.00115079;RO=0;SAF=50;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46198e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7994e-05;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:127:128:1:77:50:0:0:77:51:0:0 chr10 50724016 . C T 1114.25 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.924;QD=60.2295;RBI=0.0224334;REFB=0;REVB=0.0220635;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32172e-05;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:40:32:0:0:42:32:0:0 chr10 50740876 . G C 851.25 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.653;QD=57.7121;RBI=0.021001;REFB=0;REVB=-0.0191753;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43831e-05;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:34:25:0:0 chr10 50819182 . T C 3505.19 PASS AF=1;AO=221;DP=223;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353174;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.172;QD=62.3145;RBI=0.0548296;REFB=-0.0660968;REVB=0.0419401;RO=1;SAF=110;SAR=111;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431202;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108423;OID=.;OPOS=50819182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:223:225:1:0:221:225:1:111:110:1:0:114:111:0:0 chr10 50820345 . C A 2292.83 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05211;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.364;QD=61.1421;RBI=0.0529377;REFB=0;REVB=0.00932467;RO=0;SAF=70;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15142e-05;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:150:150:1:80:70:0:0:80:70:0:0 chr10 50820424 . G T 1479.29 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0337202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3201;QD=57.4481;RBI=0.0883071;REFB=0.00411097;REVB=0.0816155;RO=2;SAF=20;SAR=81;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173065;STB=0.512193;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00060437;OID=.;OPOS=50820424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:103:2:1:101:102:0.990291:81:20:1:1:82:20:1:0 chr10 50820693 . G T 2284.43 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.582;QD=63.4564;RBI=0.0365338;REFB=0;REVB=0.0348709;RO=0;SAF=76;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9969e-05;OID=.;OPOS=50820693;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:144:0:0:139:144:1:63:76:0:0:67:77:0:0 chr10 50822376 . C G 1549.26 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.46;QD=63.887;RBI=0.0374882;REFB=0;REVB=0.0066535;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45182e-05;OID=.;OPOS=50822376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:58:37:0:0:59:38:0:0 chr10 50856652 . G A 1246.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.975;QD=61.5309;RBI=0.0319567;REFB=0;REVB=0.0318693;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90938e-05;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr10 50863147 . T C 2835.61 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.863;QD=62.6655;RBI=0.0165818;REFB=0;REVB=-0.0134141;RO=0;SAF=108;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372706;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:181:0:0:180:181:1:72:108:0:0:72:109:0:0 chr10 50872912 . C T 2006.28 PASS AF=0.943662;AO=134;DP=142;FAO=134;FDP=142;FR=.;FRO=8;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00366964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2685;QD=56.5149;RBI=0.00487283;REFB=-0.0277459;REVB=0.00320597;RO=8;SAF=69;SAR=65;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385704;STB=0.520326;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0239039;OID=.;OPOS=50872912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:142:142:8:8:134:134:0.943662:65:69:7:1:65:69:7:1 chr10 50916484 . A G 1619.08 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.454;QD=59.9659;RBI=0.0127601;REFB=0;REVB=0.00242643;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57591e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:53:53:0:0:53:55:0:0 chr10 50942763 . C T 1596.25 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0687831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2569;QD=63.8501;RBI=0.0764975;REFB=0;REVB=0.0334776;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179669;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:50:49:0:0:51:49:0:0 chr10 50960209 . G A 1198.39 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.353;QD=60.6777;RBI=0.0787863;REFB=0;REVB=0.0783576;RO=1;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57276e-05;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:1:0:73:79:1:44:29:0:1:49:30:0:0 chr10 51051653 . T C 536.32 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.00500889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.355;QD=15.8908;RBI=0.0229526;REFB=-0.0131887;REVB=-0.0223994;RO=77;SAF=24;SAR=34;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690631;STB=0.538688;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0187258;OID=.;OPOS=51051653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:77:77:58:58:0.42963:34:24:37:40:34:24:37:40 chr10 51465552 . A T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.824;QD=56.7066;RBI=0.00711716;REFB=0;REVB=-0.000918452;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21753e-05;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr10 51486073 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCTCA C 50.0 PASS AO=80;DP=467;LEN=21;RO=387;SAF=51;SAR=31;SRF=202;SRR=183;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=51486074;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCTCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:467:387:80:31:51:202:183 chr10 51549545 . G T 1682.25 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.952;QD=60.0802;RBI=0.0410186;REFB=0;REVB=0.0409299;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79798e-05;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:112:0:0:104:112:1:44:60:0:0:48:64:0:0 chr10 51568378 . T G 975.1 PASS AF=0.494845;AO=95;DP=194;FAO=96;FDP=194;FR=.;FRO=98;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.00158522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.794;QD=20.1052;RBI=0.00258337;REFB=-0.00804646;REVB=-0.00203982;RO=98;SAF=45;SAR=50;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546256;STB=0.505493;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00760856;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:98:98:95:96:0.494845:50:45:47:51:51:45:47:51 chr10 51620317 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0479913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2395;QD=26.0262;RBI=0.14934;REFB=-0.0191096;REVB=0.141418;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0129822;OID=.;OPOS=51620317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:0:1:4:2:0:1 chr10 51620361 . G C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0390822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.441;QD=9.49166;RBI=0.0424231;REFB=-0.0223192;REVB=-0.0165016;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620281;STB=0.537732;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0393688;OID=.;OPOS=51620361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:7:11:5:4:7:11 chr10 51623147 . C T 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0920261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2756;QD=13.5798;RBI=0.102042;REFB=0.0135249;REVB=0.0440874;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00489516;STB=0.502854;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.0176818;OID=.;OPOS=51623147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:6:11:18:10:6:11:18:10 chr10 51623174 . C A 73.63 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00752874;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.139;QD=9.81712;RBI=0.0259781;REFB=-0.00446778;REVB=0.0248632;RO=20;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269229;STB=0.666296;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00689539;OID=.;OPOS=51623174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:2:8:12:8:2:8:12:8 chr10 51623190 . T C 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0189347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.123;QD=9.19852;RBI=0.0225911;REFB=-0.00371738;REVB=0.0123221;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473679;STB=0.79904;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0330287;OID=.;OPOS=51623190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:6:7:1:6:6:7 chr10 51623866 . A G 486.02 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0497327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.88;QD=24.0008;RBI=0.0558846;REFB=-0.0152404;REVB=-0.0254903;RO=34;SAF=21;SAR=25;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128752;STB=0.575311;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0135209;OID=.;OPOS=51623866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:35:46:46:0.567901:25:21:10:24:25:21:10:25 chr10 51631812 . A G 336.25 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0347495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3921;QD=28.021;RBI=0.034843;REFB=0.00869311;REVB=0.00255042;RO=19;SAF=21;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122038;STB=0.567519;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00503199;OID=.;OPOS=51631812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:8:21:11:8:8:21:11:8 chr10 51748684 . G A 875.47 PASS AF=0.5;AO=88;DP=176;FAO=88;FDP=176;FR=.;FRO=88;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.0219767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.193;QD=19.897;RBI=0.0228832;REFB=-0.00373747;REVB=0.00637684;RO=88;SAF=50;SAR=38;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209774;STB=0.51154;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00428348;OID=.;OPOS=51748684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:88:88:88:88:0.5:38:50:48:40:38:50:48:40 chr10 51827763 . A G 2902.57 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.266;QD=63.0994;RBI=0.041194;REFB=0;REVB=0.0324558;RO=0;SAF=145;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61945e-05;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:184:0:0:180:184:1:35:145:0:0:37:147:0:0 chr10 52002980 . T G 1694.81 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.383;QD=60.5289;RBI=0.0249001;REFB=0;REVB=-0.00238254;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02362e-05;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:52:59:0:0:53:59:0:0 chr10 52005153 . A G 1858.57 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.532;QD=61.4402;RBI=0.0272804;REFB=0;REVB=0.0223581;RO=0;SAF=73;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08861e-05;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:46:73:0:0:47:74:0:0 chr10 52103707 . A G 790.71 PASS AF=0.436548;AO=86;DP=197;FAO=86;FDP=197;FR=.;FRO=111;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=0.00622376;FXX=0.0247512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.657;QD=16.055;RBI=0.00877918;REFB=-0.00505166;REVB=-0.00619184;RO=108;SAF=48;SAR=38;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104562;STB=0.565622;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00700525;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:108:111:86:86:0.436548:38:48:49:59:38:48:49:62 chr10 53059406 . T C 467.94 PASS AF=0.272;AO=61;DP=243;FAO=68;FDP=250;FR=.;FRO=182;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=65;FSRR=117;FWDB=0.0339209;FXX=0.00793619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.482;QD=7.48703;RBI=0.0449592;REFB=-0.00904257;REVB=0.0295077;RO=182;SAF=32;SAR=29;SRF=65;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209628;STB=0.583667;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0255395;OID=.;OPOS=53059406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:250:182:182:61:68:0.272:29:32:65:117:36:32:65:117 chr10 53458047 . A G 1461.42 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109782;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.714;QD=63.5399;RBI=0.0129043;REFB=0;REVB=-0.00678222;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61499e-05;OID=.;OPOS=53458047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr10 53458167 . C T 1798.26 PASS AF=0.97561;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0441474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.196;QD=58.48;RBI=0.0632469;REFB=-0.0181055;REVB=0.0452899;RO=2;SAF=57;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016373;STB=0.512818;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000201925;OID=.;OPOS=53458167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:123:2:3:120:120:0.97561:63:57:2:0:63:57:3:0 chr10 53458998 . A G 2829.6 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00677359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.591;QD=62.189;RBI=0.0444247;REFB=0.00241809;REVB=0.0439052;RO=0;SAF=110;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.41336e-08;STB=0.502262;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=6.40774e-06;OID=.;OPOS=53458998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:0:1:181:181:0.994505:71:110:0:0:71:110:1:0 chr10 53841429 . C T 1103.94 PASS AF=0.516432;AO=110;DP=212;FAO=110;FDP=213;FR=.;FRO=103;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=38;FSRR=65;FWDB=-0.00956027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.577;QD=20.7313;RBI=0.0115298;REFB=-0.00235337;REVB=0.00644492;RO=102;SAF=47;SAR=63;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585355;STB=0.52906;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00192371;OID=.;OPOS=53841429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:102:103:110:110:0.516432:63:47:37:65:63:47:38:65 chr10 54074757 . A G 5289.07 PASS AF=1;AO=331;DP=331;FAO=333;FDP=333;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2561;QD=63.5323;RBI=0.0377513;REFB=0;REVB=-0.00896566;RO=0;SAF=153;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12242e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25476e-05;OID=.;OPOS=54074757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:331:333:0:0:331:333:1:178:153:0:0:178:155:0:0 chr10 54405572 . A G 941.0 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0311347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.641;QD=57.0302;RBI=0.0372126;REFB=-0.0423807;REVB=-0.0203815;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00130369;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:65:65:0.984848:30:35:0:0:30:35:1:0 chr10 54528266 . G C 340.98 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0169452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.186;QD=20.9836;RBI=0.0218192;REFB=-0.00704861;REVB=0.0137454;RO=30;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087867;STB=0.548645;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00715072;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:20:15:16:14:20:15:16:14 chr10 55568972 . T G 2306.16 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119697;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.982;QD=61.0903;RBI=0.0696268;REFB=0;REVB=0.0685902;RO=0;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108491;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:77:74:0:0:77:74:0:0 chr10 55582674 . C A 405.7 PASS AF=0.526316;AO=27;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0039448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.838;QD=21.3529;RBI=0.12628;REFB=-0.0466369;REVB=0.126218;RO=35;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309672;STB=0.564188;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0283492;OID=.;OPOS=55582674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:27:40:0.526316:8:19:14:21:19:21:14:22 chr10 55582905 . G T 814.23 PASS AF=0.518987;AO=82;DP=157;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00674133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.264;QD=20.6135;RBI=0.00768124;REFB=-0.00170753;REVB=0.00368183;RO=75;SAF=32;SAR=50;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921352;STB=0.547781;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00136203;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:75:76:82:82:0.518987:50:32:37:38:50:32:37:39 chr10 55755491 . C T 565.55 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0210541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.574;QD=18.3919;RBI=0.0432539;REFB=-0.00159084;REVB=-0.0377839;RO=64;SAF=27;SAR=32;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019069;STB=0.510564;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00201145;OID=.;OPOS=55755491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:64:59:59:0.479675:32:27:28:36:32:27:28:36 chr10 55949151 . G A 1970.47 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8062;QD=62.0621;RBI=0.042223;REFB=0;REVB=-0.0415065;RO=0;SAF=57;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105302;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:70:57:0:0:70:57:0:0 chr10 55955444 . T G 1739.99 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000428667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.359;QD=58.9826;RBI=0.0758502;REFB=-0.110705;REVB=0.075849;RO=1;SAF=53;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747895;STB=0.507811;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000609366;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:118:118:1:2:116:116:0.983051:63:53:0:1:63:53:0:2 chr10 56335031 . A G 1357.18 PASS AF=0.967391;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0178931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.386;QD=59.0078;RBI=0.0179792;REFB=-0.0501069;REVB=0.00175678;RO=2;SAF=24;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145785;STB=0.511276;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000589774;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:92:2:3:88:89:0.967391:64:24:0:2:65:24:0:3 chr10 56335067 . A G 1697.3 PASS AF=0.853147;AO=101;DP=143;FAO=122;FDP=143;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=93;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0152971;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=233.908;QD=47.4769;RBI=0.0155048;REFB=-0.0301545;REVB=0.00252913;RO=0;SAF=24;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66415e-08;STB=0.537157;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000147334;OID=.;OPOS=56335067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:0:21:101:122:0.853147:77:24:0:0:93:29:9:12 chr10 56345303 . T C 809.85 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.485;QD=56.8319;RBI=0.0364338;REFB=0;REVB=0.0217603;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603418;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:26:31:0:0 chr10 56345335 . T C 769.31 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8623;QD=56.986;RBI=0.0410384;REFB=0;REVB=-0.0237635;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78377e-05;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:24:30:0:0 chr10 57327576 . C T 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00130096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7968;QD=22.9082;RBI=0.050913;REFB=-0.0142371;REVB=-0.0508964;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104009;STB=0.545411;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00771636;OID=.;OPOS=57327576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:12:9:9:7:12:9:9:8 chr10 57357632 . G A 506.66 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0127455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9263;QD=23.03;RBI=0.01415;REFB=-0.0133317;REVB=0.00614614;RO=40;SAF=29;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209126;STB=0.614938;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00711774;OID=.;OPOS=57357632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:19:29:14:26:19:29:14:26 chr10 57358664 . C A 454.04 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.000898277;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6158;QD=19.7407;RBI=0.00182727;REFB=-0.0165983;REVB=-0.00159123;RO=47;SAF=15;SAR=30;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171286;STB=0.595376;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.017711;OID=.;OPOS=57358664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:30:15:24:23:30:15:24:23 chr10 57358667 . G A 453.57 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00253441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.105;QD=19.7205;RBI=0.00584465;REFB=-0.00223094;REVB=0.00526657;RO=47;SAF=15;SAR=30;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151885;STB=0.584577;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00275234;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:30:15:23:24:30:15:23:24 chr10 57360079 . G T 338.29 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0549023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7129;QD=17.8047;RBI=0.0846163;REFB=-0.00678101;REVB=0.0643868;RO=40;SAF=28;SAR=8;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155769;STB=0.587734;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00984551;OID=.;OPOS=57360079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:8:28:26:14:8:28:26:14 chr10 57360123 . TAAAAA TAAA,TAAAAT 407.51 PASS AF=0.431373,0.568627;AO=7,4;DP=65;FAO=22,29;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=18,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.75464,-0.209326;FXX=0.227238;HRUN=14,14;LEN=2,1;MLLD=4.9478,108.296;QD=31.9618;RBI=1.76819,0.211795;REFB=0,0;REVB=-0.218545,-0.0322428;RO=0;SAF=0,0;SAR=7,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.381331,0.106532;OID=.,.;OPOS=57360124,57360128;OREF=AA,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAA,TAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.431373,0.568627:7,4:65:22,29:51:0:4,0:18,29:0:0:99:0:0,0:7,4:0:0 chr10 58118630 . T C 2898.96 PASS AF=0.989637;AO=178;DP=186;FAO=191;FDP=193;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=118;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0372098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9829;QD=60.0821;RBI=0.0390744;REFB=-0.0689767;REVB=0.0119262;RO=5;SAF=65;SAR=113;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131118;STB=0.506756;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=2.06717e-06;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:186:193:5:2:178:191:0.989637:113:65:3:2:118:73:2:0 chr10 59956041 . C T 1935.44 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0168784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6181;QD=60.0136;RBI=0.0168854;REFB=-0.0541906;REVB=0.000486497;RO=2;SAF=64;SAR=63;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148445;STB=0.507811;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000240158;OID=.;OPOS=59956041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:2:127:127:0.984496:63:64:0:2:63:64:0:2 chr10 61005244 . G C 2139.99 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0037279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.485;QD=62.0286;RBI=0.0429848;REFB=0.00164957;REVB=0.0428228;RO=1;SAF=68;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693992;STB=0.503597;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000123346;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:138:1:1:136:137:0.992754:68:68:1:0:68:69:1:0 chr10 61122268 . T TTA 941.36 PASS AF=1;AO=61;DP=69;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772297;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.735;QD=58.8348;RBI=0.0889503;REFB=0;REVB=0.044133;RO=5;SAF=27;SAR=34;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00018652;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:69:64:64:0:28:36:0:0:5:5:27:34:3:2 chr10 61414011 . G T 418.36 PASS AF=0.345912;AO=49;DP=154;FAO=55;FDP=159;FR=.;FRO=104;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=0.00719097;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.751;QD=10.5247;RBI=0.0141134;REFB=-0.0121616;REVB=-0.0121441;RO=104;SAF=27;SAR=22;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104821;STB=0.549149;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0208548;OID=.;OPOS=61414011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:159:104:104:49:55:0.345912:22:27:48:56:26:29:47:57 chr10 61549657 . AT A 993.04 PASS AF=1;AO=84;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418545;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.4938;QD=45.1382;RBI=0.0934858;REFB=0;REVB=0.083593;RO=4;SAF=42;SAR=42;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00883001;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:89:88:88:0:45:43:0:0:17:4:42:42:3:1 chr10 61551428 . T C 734.07 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0397334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.808;QD=61.1724;RBI=0.0397336;REFB=-0.0119489;REVB=-0.000140833;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024107;STB=0.512815;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000417309;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:28:19:1:0:28:19:1:0 chr10 61552692 . G T 2236.18 PASS AF=0.980392;AO=150;DP=153;FAO=150;FDP=153;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0101071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.187;QD=58.4622;RBI=0.0133135;REFB=-0.123187;REVB=-0.0086657;RO=3;SAF=59;SAR=91;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106502;STB=0.505601;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-1.4302e-05;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:153:153:3:3:150:150:0.980392:91:59:2:1:91:59:2:1 chr10 61552774 . C T 936.19 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9829;QD=58.512;RBI=0.0139548;REFB=0;REVB=0.00125422;RO=0;SAF=55;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617181;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:8:55:0:0:8:56:0:0 chr10 61665886 . C A 7849.73 PASS AF=1;AO=490;DP=492;FAO=493;FDP=493;FR=.;FRO=0;FSAF=255;FSAR=238;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301351;FXX=0.00604826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.489;QD=63.6895;RBI=0.0190572;REFB=-0.0721222;REVB=0.0188175;RO=0;SAF=255;SAR=235;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31013e-06;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:492:493:0:0:490:493:1:235:255:0:0:238:255:0:0 chr10 61719232 . A AT 1621.79 PASS AF=1;AO=139;DP=159;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138125;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.3741;QD=42.9613;RBI=0.166079;REFB=0;REVB=-0.165503;RO=14;SAF=69;SAR=70;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000623457;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0012127;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:139:159:151:151:0:70:81:0:0:32:14:69:70:7:7 chr10 61840324 . C T 641.8 PASS AF=0.44898;AO=66;DP=148;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.00186549;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5335;QD=17.4639;RBI=0.0185681;REFB=0.00936471;REVB=-0.0184742;RO=81;SAF=27;SAR=39;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851535;STB=0.54744;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0118773;OID=.;OPOS=61840324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:81:81:66:66:0.44898:39:27:40:41:39:27:40:41 chr10 61841573 . CTTTTC CTTT,CTTTC,CTTTCC 1761.96 PASS AF=0,1,0;AO=26,124,17;DP=177;FAO=0,168,0;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=0,74,0;FSAR=0,94,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983593,0.0561429,0.048247;FXX=0.0289001;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=7.44353,13.7094,6.0154;QD=41.9515;RBI=0.199724,0.174855,0.0549138;REFB=0,0,0;REVB=-0.199481,-0.165596,0.026225;RO=0;SAF=9,50,16;SAR=17,74,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.422397,0.422397,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00203688,0;OID=.,.,.;OPOS=61841577,61841574,61841577;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC,CTTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:26,124,17:177:0,168,0:168:0:0,74,0:0,94,0:0:0:12:0:9,50,16:17,74,1:0:0 chr10 62060128 . A G 731.93 PASS AF=0.45614;AO=77;DP=171;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.00841959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.836;QD=17.1212;RBI=0.00855692;REFB=-0.0193594;REVB=-0.0015269;RO=92;SAF=43;SAR=34;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089447;STB=0.542576;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0235539;OID=.;OPOS=62060128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:92:93:77:78:0.45614:34:43:43:49:35:43:44:49 chr10 63422754 . G GGGGCCGACCCCGGCA 5033.6 PASS AF=0.664157;AO=336;DP=752;FAO=441;FDP=664;FR=.;FRO=223;FSAF=169;FSAR=272;FSRF=134;FSRR=89;FWDB=-0.00467245;FXX=0.108723;HRUN=5;LEN=15;MLLD=295.897;QD=30.3229;RBI=0.00634423;REFB=-0.0213851;REVB=-0.00429156;RO=289;SAF=108;SAR=228;SRF=188;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284991;STB=0.574624;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0110506;OID=.;OPOS=63422755;OREF=-;OALT=GGGCCGACCCCGGCA;OMAPALT=GGGGCCGACCCCGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.664157:336:752:441:664:223:169:272:134:89:99:289:108:228:188:101 chr10 63450379 . G A 320.08 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0091586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1291;QD=16.0038;RBI=0.0190514;REFB=-0.00115192;REVB=0.0167055;RO=45;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539797;STB=0.530405;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00189716;OID=.;OPOS=63450379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:19:16:23:22:19:16:23:22 chr10 63520698 . T C 3382.81 PASS AF=1;AO=217;DP=219;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095533;FXX=0.004566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.469;QD=62.0698;RBI=0.0143799;REFB=-0.0219769;REVB=0.0107478;RO=0;SAF=91;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57881e-05;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:219:218:0:0:217:218:1:126:91:0:0:127:91:0:0 chr10 63958112 . T C 1231.39 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00638069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.486;QD=60.0678;RBI=0.0113215;REFB=-0.0497667;REVB=0.00935218;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101833;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000298054;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:35:46:1:0:35:46:1:0 chr10 63995983 . C T 3242.23 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250367;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.699;QD=61.7567;RBI=0.0440321;REFB=0;REVB=-0.0362214;RO=0;SAF=82;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.49154e-06;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:210:0:0:208:210:1:126:82:0:0:128:82:0:0 chr10 64000878 . T G 441.41 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.455;QD=56.9561;RBI=0.0622196;REFB=0;REVB=0.049839;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046763;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:10:19:0:0:12:19:0:0 chr10 64110037 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9851;QD=60.2303;RBI=0.0267443;REFB=0;REVB=-0.0156958;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73837e-05;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr10 64159333 . G T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.817;QD=62.9826;RBI=0.00688344;REFB=0;REVB=0.000247974;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36013e-05;OID=.;OPOS=64159333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr10 64415184 . A G 3009.01 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.873;QD=63.3475;RBI=0.0803986;REFB=0;REVB=0.0263853;RO=0;SAF=93;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72684e-05;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:190:190:1:97:93:0:0:97:93:0:0 chr10 64416220 . C T 958.04 PASS AF=0.423868;AO=103;DP=229;FAO=103;FDP=243;FR=.;FRO=140;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=60;FSRR=80;FWDB=0.0159066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.697;QD=15.7702;RBI=0.025973;REFB=-0.00950335;REVB=-0.0205324;RO=125;SAF=54;SAR=49;SRF=59;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516825;STB=0.554961;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.013394;OID=.;OPOS=64416220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:243:125:140:103:103:0.423868:49:54:59:66:49:54:60:80 chr10 64565011 . G A 8684.51 PASS AF=1;AO=546;DP=554;FAO=552;FDP=552;FR=.;FRO=0;FSAF=281;FSAR=271;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603972;FXX=0.0089765;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2585;QD=62.9313;RBI=0.0635826;REFB=0;REVB=0.0198727;RO=0;SAF=280;SAR=266;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000929276;OID=.;OPOS=64565011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:554:552:0:0:546:552:1:266:280:0:0:271:281:0:0 chr10 64566572 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.492;QD=57.237;RBI=0.039498;REFB=0;REVB=0.0157576;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16805e-05;OID=.;OPOS=64566572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr10 64567364 . C T 3478.12 PASS AF=1;AO=222;DP=222;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6809;QD=62.6689;RBI=0.0272234;REFB=0;REVB=-0.0160089;RO=0;SAF=127;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09442e-05;OID=.;OPOS=64567364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:222:0:0:222:222:1:95:127:0:0:95:127:0:0 chr10 64567585 . T C 52.95 PASS AF=0.16;AO=7;DP=51;FAO=8;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0948775;FXX=0.019604;HRUN=9;LEN=1;MLLD=32.2501;QD=4.23584;RBI=0.164969;REFB=-0.0241233;REVB=-0.134956;RO=28;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369861;STB=0.803175;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.015494;OID=.;OPOS=64567585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:51:50:28:38:7:8:0.16:1:6:17:11:1:7:22:16 chr10 64567938 . C T 700.65 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.552;QD=62.2803;RBI=0.0256849;REFB=0;REVB=0.0253944;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28603e-05;OID=.;OPOS=64567938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:25:16:0:0:28:17:0:0 chr10 64572037 . ATTTTTTT ATTTTT,ATTTTTTC,ATTTTTT 512.98 PASS AF=0,0.049505,0.950495;AO=23,4,57;DP=102;FAO=0,5,96;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,50;FSAR=0,0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545238,-0.0227493,-0.106161;FXX=0.00980296;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=8.46133,241.379,7.17134;QD=20.316;RBI=0.0698843,0.0228263,0.135463;REFB=-0.0049039,-0.0439937,-0.00293423;REVB=0.0437147,0.00187402,0.0841436;RO=13;SAF=13,4,32;SAR=10,0,25;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.118003,0.713165,0.0617895;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.0846104,-0.0151079;OID=.,.,.;OPOS=64572038,64572044,64572038;OREF=TT,T,T;OALT=-,C,-;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTTC,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.049505,0.950495:23,4,57:102:0,5,96:101:0:0,5,50:0,0,46:0:0:12:13:13,4,32:10,0,25:5:8 chr10 64572093 . T C 1970.96 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.945;QD=62.0775;RBI=0.0226716;REFB=0;REVB=0.0206127;RO=0;SAF=63;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14142e-05;OID=.;OPOS=64572093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:64:63:0:0:64:63:0:0 chr10 64573574 . C G 66.34 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.205408;FXX=0.0333222;HRUN=6;LEN=1;MLLD=22.4932;QD=9.15025;RBI=0.214211;REFB=-0.0441331;REVB=0.0607783;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273912;STB=0.699237;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0207355;OID=.;OPOS=64573574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:30:29:11:16:6:6:0.206897:5:1:2:9:5:1:6:10 chr10 64573771 . C T 1423.8 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178327;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.309;QD=62.5848;RBI=0.0192756;REFB=0;REVB=-0.0073172;RO=0;SAF=68;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.30867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287403;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:89:91:1:21:68:0:0:21:70:0:0 chr10 64869942 . A G 338.88 PASS AF=0.41573;AO=36;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=40;FWDB=-0.0276712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5282;QD=15.2303;RBI=0.0525112;REFB=-0.0226983;REVB=0.0446288;RO=52;SAF=10;SAR=26;SRF=12;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632765;STB=0.530048;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0308192;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:52:52:36:37:0.41573:26:10:12:40:27:10:12:40 chr10 64869973 . T C 297.76 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.00707095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.558;QD=15.8805;RBI=0.00945848;REFB=-0.0210501;REVB=-0.00628209;RO=42;SAF=9;SAR=24;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136529;STB=0.507688;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0278323;OID=.;OPOS=64869973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:24:9:11:31:24:9:11:31 chr10 64967445 . A T 1933.6 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7292;QD=61.8752;RBI=0.0315873;REFB=0;REVB=0.0146219;RO=0;SAF=53;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168798;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:72:53:0:0:72:53:0:0 chr10 65322381 . G T 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.637;QD=62.0074;RBI=0.0297614;REFB=0;REVB=-0.00577236;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37216e-05;OID=.;OPOS=65322381;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:54:30:0:0:54:30:0:0 chr10 68685929 . G C 1507.44 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.812;QD=58.5413;RBI=0.0181068;REFB=-0.0644406;REVB=0.00417659;RO=0;SAF=79;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.02264e-08;STB=0.503144;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=7.80524e-05;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:101:102:0.990291:22:79:0:0:23:79:1:0 chr10 68857397 . T G 601.09 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0337619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0417;QD=18.4952;RBI=0.0341427;REFB=-0.00899863;REVB=0.00508535;RO=67;SAF=29;SAR=33;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791336;STB=0.539898;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00784715;OID=.;OPOS=68857397;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:68:62:62:0.476923:33:29:37:30:33:29:37:31 chr10 69676849 . A AT 95.03 PASS AF=0.424242;AO=22;DP=69;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.046024;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.17248;QD=5.7596;RBI=0.0580916;REFB=-0.0466151;REVB=-0.035446;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643979;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0243309;OID=.;OPOS=69676850;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:22:69:28:66:38:14:14:19:19:95:41:10:12:21:20 chr10 69896496 . C T 300.34 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.00281257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.74;QD=11.6635;RBI=0.0484054;REFB=-0.0111868;REVB=-0.0483237;RO=65;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148775;STB=0.588872;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0266184;OID=.;OPOS=69896496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:65:66:37:37:0.359223:19:18:23:42:19:18:23:43 chr10 69948844 . T C 3148.92 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134766;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.983;QD=61.4423;RBI=0.0310775;REFB=-0.10956;REVB=-0.0280035;RO=0;SAF=105;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378509;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:206:205:0:0:205:205:1:100:105:0:0:100:105:0:0 chr10 69991749 . T G 386.83 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.00131315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.906;QD=17.0036;RBI=0.039096;REFB=-0.0132846;REVB=0.0390739;RO=51;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160762;STB=0.578998;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.013574;OID=.;OPOS=69991749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:50:40:41:0.450549:22:18:15:36:23:18:15:35 chr10 69991853 . A G 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00983596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.971;QD=25.0393;RBI=0.0362042;REFB=-0.0328492;REVB=-0.0348425;RO=20;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126735;STB=0.507037;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0152288;OID=.;OPOS=69991853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:16:10:8:12:16:10:8:12 chr10 70044031 . T C 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.088845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7976;QD=20.8115;RBI=0.0922821;REFB=-0.00134032;REVB=0.024951;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410084;STB=0.523026;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=7.61683e-05;OID=.;OPOS=70044031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:8:15:14:9:8:15 chr10 70051810 . A G 448.71 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0202963;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=242.663;QD=14.3589;RBI=0.0204495;REFB=-0.00605817;REVB=-0.00249848;RO=74;SAF=9;SAR=42;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268704;STB=0.653628;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00694362;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:74:51:51:0.408:42:9:27:47:42:9:27:47 chr10 70051928 . A G 1199.03 PASS AF=0.558376;AO=83;DP=197;FAO=110;FDP=197;FR=.;FRO=87;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=0.0216909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.228;QD=24.3457;RBI=0.0263904;REFB=-0.0195371;REVB=0.0150319;RO=83;SAF=47;SAR=36;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163268;STB=0.525774;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0174867;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:83:87:83:110:0.558376:36:47:32:51:62:48:33:54 chr10 70102936 . T A 2101.63 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2786;QD=62.7351;RBI=0.0828074;REFB=0;REVB=-0.00859283;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003215;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:72:61:0:0:72:62:0:0 chr10 70103272 . G C 326.69 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=115;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=-0.0234122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7697;QD=11.1688;RBI=0.0419298;REFB=-0.0193797;REVB=-0.0347847;RO=74;SAF=14;SAR=27;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288413;STB=0.509898;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0363457;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:74:76:41:41:0.350427:27:14:27:47:27:14:27:49 chr10 70103958 . A G 91.89 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0236683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.345;QD=18.3785;RBI=0.0246691;REFB=-0.0104691;REVB=-0.00695557;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362939;STB=0.723766;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0193155;OID=.;OPOS=70103958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:11:11:0.55:4:7:1:7:4:7:1:8 chr10 70105178 . C T 609.62 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.0606388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6837;QD=18.0628;RBI=0.0611592;REFB=0.0161803;REVB=0.00796106;RO=72;SAF=20;SAR=43;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00219706;STB=0.501219;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.017411;OID=.;OPOS=70105178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:72:63:63:0.466667:43:20:23:49:43:20:23:49 chr10 70105286 . C A 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.0275625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8105;QD=19.0496;RBI=0.0444307;REFB=0.0149232;REVB=0.0348482;RO=48;SAF=13;SAR=31;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525226;STB=0.529149;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0154283;OID=.;OPOS=70105286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:31:13:12:36:31:13:12:36 chr10 70105560 . G A 442.77 PASS AF=0.462264;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00281424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9534;QD=16.7082;RBI=0.0283334;REFB=-0.00351615;REVB=-0.0281933;RO=56;SAF=17;SAR=31;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584455;STB=0.542804;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00363044;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:57:48:49:0.462264:31:17:23:33:32:17:24:33 chr10 70166913 . T G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.709;QD=58.0603;RBI=0.0228704;REFB=0;REVB=0.00192163;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40718e-05;OID=.;OPOS=70166913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr10 70173879 . CAT C,CAC 667.55 PASS AF=0.425,0.141667;AO=48,17;DP=119;FAO=51,17;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=3,6;FSAR=48,11;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.0011002,0.00418452;FXX=0.0163921;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=259.427,129.654;QD=22.2516;RBI=0.00250569,0.00454232;REFB=-0.0155175,-0.0114381;REVB=0.00225124,-0.00176706;RO=52;SAF=2,6;SAR=46,11;SRF=14;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.541984,0.118218;STB=0.759639,0.571905;STBP=0.001,0.539;TYPE=del,snp;VARB=0.0118094,0.0463791;OID=.,.;OPOS=70173880,70173881;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425,0.141667:48,17:119:51,17:120:52:3,6:48,11:14:38:99:52:2,6:46,11:14:38 chr10 70221194 . G A 557.8 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.000241939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.579;QD=17.296;RBI=0.0427228;REFB=-0.0145325;REVB=-0.0427221;RO=70;SAF=28;SAR=31;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045105;STB=0.525084;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0165695;OID=.;OPOS=70221194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:70:59:59:0.457364:31:28:30:40:31:28:30:40 chr10 70225504 . G T 539.78 PASS AF=0.396226;AO=63;DP=160;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.00274871;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1284;QD=13.5794;RBI=0.0549322;REFB=0.0184475;REVB=0.0548634;RO=97;SAF=30;SAR=33;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200676;STB=0.508096;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0432989;OID=.;OPOS=70225504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:97:96:63:63:0.396226:33:30:48:49:33:30:47:49 chr10 70227964 . C T 492.27 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0234979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8685;QD=17.5811;RBI=0.0280465;REFB=-0.0106574;REVB=-0.015312;RO=59;SAF=27;SAR=26;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151689;STB=0.508426;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0144834;OID=.;OPOS=70227964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:59:53:53:0.473214:26:27:31:28:26:27:31:28 chr10 70231701 . A G 621.55 PASS AF=0.496063;AO=57;DP=130;FAO=63;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0720416;FXX=0.0230751;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.836;QD=19.5763;RBI=0.0721726;REFB=-0.0223252;REVB=-0.00434584;RO=41;SAF=32;SAR=25;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185552;STB=0.543658;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0229419;OID=.;OPOS=70231701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:127:41:62:57:63:0.496063:25:32:13:28:28:35:29:33 chr10 70332580 . A G 273.63 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0195721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.221;QD=17.6532;RBI=0.0217353;REFB=-0.00958243;REVB=-0.00945282;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233444;STB=0.630488;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00979889;OID=.;OPOS=70332580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:12:18:11:21:12:18:11:21 chr10 70332672 . T A 204.29 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00787151;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.421;QD=14.3362;RBI=0.00897214;REFB=-0.0120098;REVB=-0.00430564;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110187;STB=0.569175;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0166349;OID=.;OPOS=70332672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:32:33:24:24:0.421053:10:14:22:10:10:14:23:10 chr10 70332862 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0250855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.663;QD=17.9404;RBI=0.0298801;REFB=-0.0193827;REVB=-0.016234;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148808;STB=0.58433;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0110407;OID=.;OPOS=70332862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:7:15:10:9:7:15 chr10 70405855 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.893;QD=62.0217;RBI=0.085988;REFB=0;REVB=0.0502339;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847849;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr10 70495544 . T C 374.21 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0105596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7339;QD=18.0341;RBI=0.034865;REFB=-0.0231903;REVB=0.0332275;RO=44;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481608;STB=0.526868;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0282742;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:22:17:17:27:22:17:17:27 chr10 70502288 . G A 506.43 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0204732;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.674;QD=16.0772;RBI=0.0212126;REFB=-0.0160355;REVB=0.00555173;RO=65;SAF=23;SAR=32;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13226;STB=0.566265;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0309704;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:65:71:55:55:0.436508:32:23:36:29:32:23:38:33 chr10 70534744 . A C 174.89 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0023341;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.761;QD=18.907;RBI=0.0121326;REFB=0.00714786;REVB=0.0119059;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196931;STB=0.541622;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0138836;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:19:18:18:0.486486:12:6:5:11:12:6:5:14 chr10 70606598 . G T 598.18 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=152;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=50;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.00613935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3434;QD=15.7415;RBI=0.0218004;REFB=-0.00862922;REVB=-0.0209181;RO=85;SAF=16;SAR=50;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190941;STB=0.612062;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0107045;OID=.;OPOS=70606598;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:85:86:66:66:0.434211:50:16:34:51:50:16:35:51 chr10 70641860 . T C 1315.58 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00200874;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.414;QD=59.7989;RBI=0.0102834;REFB=-0.0182717;REVB=-0.0100853;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.000131251;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:88:0:2:86:86:0.977273:44:42:0:0:44:42:2:0 chr10 70696713 . C T 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.144;QD=59.8331;RBI=0.0438476;REFB=0;REVB=0.0397806;RO=0;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61925e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:47:55:0:0:47:55:0:0 chr10 70700944 . A G 800.92 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4148;QD=57.2082;RBI=0.0344761;REFB=0;REVB=-0.0190917;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000551809;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr10 70748784 . G A 1797.05 PASS AF=0.494536;AO=181;DP=366;FAO=181;FDP=366;FR=.;FRO=185;FSAF=93;FSAR=88;FSRF=67;FSRR=118;FWDB=0.000344513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.199;QD=19.6399;RBI=0.0338434;REFB=-0.01172;REVB=0.0338417;RO=184;SAF=93;SAR=88;SRF=67;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137424;STB=0.57638;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0109566;OID=.;OPOS=70748784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:366:184:185:181:181:0.494536:88:93:67:117:88:93:67:118 chr10 70856852 . G A 796.3 PASS AF=0.517007;AO=76;DP=147;FAO=76;FDP=147;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.00556451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.363;QD=21.6681;RBI=0.00971859;REFB=-0.0180719;REVB=0.00796788;RO=71;SAF=29;SAR=47;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012088;STB=0.500664;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0169196;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:71:71:76:76:0.517007:47:29:27:44:47:29:27:44 chr10 70940191 . C T 1155.42 PASS AF=0.554404;AO=107;DP=193;FAO=107;FDP=193;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.0307791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0984;QD=23.9465;RBI=0.0459419;REFB=0.0284522;REVB=0.0341073;RO=85;SAF=39;SAR=68;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806831;STB=0.541825;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.016211;OID=.;OPOS=70940191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:85:86:107:107:0.554404:68:39:39:46:68:39:39:47 chr10 70992664 . C T 2290.04 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.35;QD=63.6121;RBI=0.0561054;REFB=0;REVB=0.000749272;RO=0;SAF=57;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168842;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:143:144:1:86:57:0:0:86:58:0:0 chr10 71018660 . T C 2312.64 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.996;QD=63.797;RBI=0.0147845;REFB=0;REVB=-0.0143865;RO=0;SAF=50;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48344e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10927e-05;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:94:50:0:0:95:50:0:0 chr10 71026510 . C A 375.72 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0062297;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0362;QD=13.7879;RBI=0.0080917;REFB=-0.0112074;REVB=0.00516395;RO=64;SAF=18;SAR=26;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201226;STB=0.505615;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0178851;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:65:44:44:0.40367:26:18:25:39:26:18:26:39 chr10 71027231 . G C 1079.86 PASS AF=0.527094;AO=106;DP=204;FAO=107;FDP=203;FR=.;FRO=96;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.00729407;FXX=0.00975562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.641;QD=21.278;RBI=0.0418325;REFB=-0.0366468;REVB=0.0411917;RO=94;SAF=40;SAR=66;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162923;STB=0.5909;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0341758;OID=.;OPOS=71027231;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:94:96:106:107:0.527094:66:40:53:41:67:40:54:42 chr10 71055459 . T C 271.34 PASS AF=1;AO=6;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269618;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=58.023;QD=51.6841;RBI=0.0319266;REFB=0;REVB=0.0170988;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000841224;OID=.;OPOS=71055459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:6:21:1:3:3:0:0:10:11:0:0 chr10 71060610 . A G 801.06 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2051;QD=57.2185;RBI=0.0152584;REFB=0;REVB=-0.0126941;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54157e-05;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr10 71060621 . C T 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0558589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.744;QD=16.0288;RBI=0.0570191;REFB=-0.0155457;REVB=0.0114436;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060709;STB=0.53422;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00527073;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:17:8:8:22:17:8:8:22 chr10 71060634 . G A 646.39 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0320494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.363;QD=50.6975;RBI=0.0330536;REFB=-0.0145585;REVB=-0.0080854;RO=2;SAF=11;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781356;STB=0.535024;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00212339;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:2:3:48:48:0.941176:37:11:2:0:37:11:2:1 chr10 71098295 . T A 2290.31 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210986;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7133;QD=61.0748;RBI=0.0456109;REFB=0;REVB=0.045562;RO=0;SAF=71;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57062e-05;OID=.;OPOS=71098295;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:150:150:1:79:71:0:0:79:71:0:0 chr10 71103597 . C G 1084.3 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.736;QD=58.6108;RBI=0.0254955;REFB=-0.0821051;REVB=0.0151158;RO=1;SAF=39;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119748;STB=0.506327;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00225394;OID=.;OPOS=71103597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:34:39:1:0:34:39:1:0 chr10 71142420 . G A 974.7 PASS AF=0.536723;AO=76;DP=177;FAO=95;FDP=177;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0511947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8839;QD=22.0271;RBI=0.0724364;REFB=-0.0445012;REVB=0.0512459;RO=81;SAF=26;SAR=50;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113981;STB=0.504772;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0406989;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:81:82:76:95:0.536723:50:26:37:44:50:45:38:44 chr10 71168685 . A T 2089.8 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674645;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.751;QD=62.851;RBI=0.0365545;REFB=0;REVB=0.0359266;RO=0;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54893e-05;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:133:0:0:130:133:1:65:65:0:0:68:65:0:0 chr10 71168727 . C T 1682.13 PASS AF=0.53;AO=155;DP=296;FAO=159;FDP=300;FR=.;FRO=141;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=78;FSRR=63;FWDB=0.0523712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0486;QD=22.4284;RBI=0.113309;REFB=0.005551;REVB=0.10048;RO=141;SAF=75;SAR=80;SRF=78;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604177;STB=0.532352;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00446438;OID=.;OPOS=71168727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:300:141:141:155:159:0.53:80:75:78:63:82:77:78:63 chr10 71390392 . C T 2227.02 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182365;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.277;QD=63.1779;RBI=0.0409265;REFB=0;REVB=-0.0366389;RO=0;SAF=77;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267188;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:63:77:0:0:64:77:0:0 chr10 71392557 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.193;QD=62.0081;RBI=0.0063147;REFB=0;REVB=-0.00464237;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31168e-05;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr10 71392692 . T C 2811.32 PASS AF=0.994475;AO=180;DP=181;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0509557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.419;QD=62.1287;RBI=0.0624146;REFB=-0.0700685;REVB=0.036043;RO=1;SAF=96;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493355;STB=0.50259;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000104728;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:181:1:1:180:180:0.994475:84:96:1:0:84:96:1:0 chr10 71562437 . G A 2101.78 PASS AF=0.945946;AO=136;DP=145;FAO=140;FDP=148;FR=.;FRO=8;FSAF=51;FSAR=89;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0295143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.545;QD=56.805;RBI=0.0295188;REFB=-0.144749;REVB=-0.000516637;RO=2;SAF=47;SAR=89;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197953;STB=0.522233;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00150274;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:145:148:2:8:136:140:0.945946:89:47:2:0:89:51:6:2 chr10 71620403 . G A 586.58 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0084349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.316;QD=23.4634;RBI=0.0104234;REFB=-0.0118857;REVB=0.00612371;RO=46;SAF=29;SAR=25;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01286;STB=0.507066;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00949972;OID=.;OPOS=71620403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:25:29:24:22:25:29:24:22 chr10 71620436 . A AC 1319.75 PASS AF=1;AO=99;DP=118;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.1032;QD=46.7167;RBI=0.0899313;REFB=0;REVB=-0.0702335;RO=18;SAF=45;SAR=54;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.93332e-05;OID=.;OPOS=71620437;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:99:118:113:113:0:58:55:0:0:24:18:45:54:17:1 chr10 71640269 . GA AC 54.29 PASS AF=0.09375;AO=12;DP=132;FAO=12;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=113;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.0330445;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=2;MLLD=58.3816;QD=1.69659;RBI=0.0344373;REFB=-0.0180628;REVB=-0.00969496;RO=100;SAF=10;SAR=2;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412819;STB=0.801757;STBP=0.04;TYPE=mnp;VARB=0.146799;OID=.;OPOS=71640269;OREF=GA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:132:128:100:113:12:12:0.09375:2:10:50:50:2:10:59:54 chr10 71657272 . A G 1959.62 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0136493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.263;QD=60.2958;RBI=0.0173093;REFB=0.00228283;REVB=-0.0106446;RO=2;SAF=67;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139725;STB=0.507352;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-3.45987e-05;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:2:2:128:128:0.984615:61:67:2:0:61:67:2:0 chr10 71658512 . G A 1953.06 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130521;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.78;QD=62.002;RBI=0.0131076;REFB=0;REVB=-0.00120451;RO=0;SAF=49;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26217e-06;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:77:49:0:0:77:49:0:0 chr10 71678058 . C G 828.15 PASS AF=0.404348;AO=93;DP=230;FAO=93;FDP=230;FR=.;FRO=137;FSAF=71;FSAR=22;FSRF=95;FSRR=42;FWDB=-0.0177065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5157;QD=14.4026;RBI=0.0568376;REFB=0.0350194;REVB=-0.0540091;RO=136;SAF=72;SAR=21;SRF=93;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125486;STB=0.554405;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0582457;OID=.;OPOS=71678058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:136:137:93:93:0.404348:21:72:93:43:22:71:95:42 chr10 71872410 . C T 1186.46 PASS AF=0.504274;AO=116;DP=234;FAO=118;FDP=234;FR=.;FRO=116;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=71;FSRR=45;FWDB=-0.0102458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.101;QD=20.2815;RBI=0.0111719;REFB=-0.0130022;REVB=-0.00445353;RO=115;SAF=66;SAR=50;SRF=71;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451238;STB=0.518267;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0106108;OID=.;OPOS=71872410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:115:116:116:118:0.504274:50:66:71:44:50:68:71:45 chr10 71874683 . G A 346.9 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0310787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.671;QD=13.3422;RBI=0.0435348;REFB=-0.00990902;REVB=0.0304859;RO=62;SAF=23;SAR=18;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013538;STB=0.503329;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0208778;OID=.;OPOS=71874683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:63:41:41:0.394231:18:23:34:28:18:23:35:28 chr10 71874734 . G A 619.18 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=150;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.0294058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4979;QD=16.4022;RBI=0.0664528;REFB=0.00024728;REVB=0.0595925;RO=80;SAF=44;SAR=23;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601718;STB=0.544007;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.000225844;OID=.;OPOS=71874734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:80:84:67:67:0.443709:23:44:48:32:23:44:49:35 chr10 71874784 . C T 935.18 PASS AF=0.492063;AO=92;DP=189;FAO=93;FDP=189;FR=.;FRO=96;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0303157;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.926;QD=19.7921;RBI=0.0326852;REFB=-0.0030017;REVB=-0.012218;RO=96;SAF=50;SAR=42;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307831;STB=0.513872;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00301583;OID=.;OPOS=71874784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:96:96:92:93:0.492063:42:50:49:47:43:50:49:47 chr10 71876382 . C T 511.43 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0156938;FXX=0.0520779;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.472;QD=22.4805;RBI=0.025141;REFB=-0.0183793;REVB=-0.0196412;RO=39;SAF=32;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133871;STB=0.599957;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0213502;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:91:39:43:48:48:0.527473:16:32:20:19:16:32:20:23 chr10 71880858 . A G 936.52 PASS AF=0.43913;AO=98;DP=228;FAO=101;FDP=230;FR=.;FRO=129;FSAF=67;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=76;FWDB=-0.0137322;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3656;QD=16.2873;RBI=0.051255;REFB=-0.0275772;REVB=-0.0493812;RO=129;SAF=64;SAR=34;SRF=53;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249329;STB=0.643639;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0356508;OID=.;OPOS=71880858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:230:129:129:98:101:0.43913:34:64:53:76:34:67:53:76 chr10 71905569 . C A 507.8 PASS AF=0.564706;AO=47;DP=84;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0295041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.435;QD=23.8965;RBI=0.0300546;REFB=-0.039913;REVB=-0.00572594;RO=34;SAF=29;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696806;STB=0.552359;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0449628;OID=.;OPOS=71905569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:34:37:47:48:0.564706:18:29:18:16:19:29:18:19 chr10 71905695 . A G 1554.11 PASS AF=0.522491;AO=149;DP=288;FAO=151;FDP=289;FR=.;FRO=138;FSAF=79;FSAR=72;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=-0.00459882;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.71;QD=21.5101;RBI=0.0408094;REFB=-0.0295461;REVB=-0.0405494;RO=136;SAF=79;SAR=70;SRF=71;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713585;STB=0.502779;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0298494;OID=.;OPOS=71905695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:289:136:138:149:151:0.522491:70:79:71:65:72:79:73:65 chr10 71905735 . G A 1736.07 PASS AF=0.525;AO=166;DP=324;FAO=168;FDP=320;FR=.;FRO=152;FSAF=96;FSAR=72;FSRF=82;FSRR=70;FWDB=0.00294613;FXX=0.0184043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.079;QD=21.7009;RBI=0.00509986;REFB=-0.0309397;REVB=0.00416279;RO=149;SAF=94;SAR=72;SRF=80;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257993;STB=0.515425;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0286605;OID=.;OPOS=71905735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:320:149:152:166:168:0.525:72:94:80:69:72:96:82:70 chr10 71906150 . T C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0309926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7771;QD=10.2397;RBI=0.116821;REFB=-0.00697007;REVB=-0.112635;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13765;STB=0.583166;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.010533;OID=.;OPOS=71906150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:6:4:10:9:6:4:10:9 chr10 72014967 . G T 1721.05 PASS AF=0.457584;AO=178;DP=388;FAO=178;FDP=389;FR=.;FRO=211;FSAF=79;FSAR=99;FSRF=94;FSRR=117;FWDB=0.00171072;FXX=0.00511496;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.364;QD=17.6971;RBI=0.0454808;REFB=-0.0389294;REVB=0.0454486;RO=209;SAF=79;SAR=99;SRF=92;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00359923;STB=0.500921;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0448701;OID=.;OPOS=72014967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:389:209:211:178:178:0.457584:99:79:92:117:99:79:94:117 chr10 72043389 . T G 3727.05 PASS AF=1;AO=236;DP=241;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312175;FXX=0.0118106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.474;QD=59.3952;RBI=0.0312199;REFB=-0.100862;REVB=-0.000386026;RO=1;SAF=81;SAR=155;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891808;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:241:251:1:0:236:251:1:155:81:0:1:157:94:0:0 chr10 72163076 . C T 344.68 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990986;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.104;QD=55.148;RBI=0.0121965;REFB=0;REVB=0.00710984;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63876e-05;OID=.;OPOS=72163076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr10 72181460 . G T 670.99 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0242651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2252;QD=52.6266;RBI=0.0259063;REFB=0.0498473;REVB=0.00907413;RO=2;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268819;STB=0.51428;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00634384;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:34:15:0:2:34:15:0:2 chr10 72195439 . T C 1090.25 PASS AF=0.986486;AO=35;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193295;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.479;QD=58.9322;RBI=0.0204074;REFB=-0.0582936;REVB=0.00654461;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000315314;OID=.;OPOS=72195439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:0:1:35:73:0.986486:28:7:0:0:33:40:1:0 chr10 72289701 . G A 1606.95 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.972;QD=64.2778;RBI=0.0586752;REFB=0;REVB=0.0586655;RO=0;SAF=63;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19511e-05;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:36:63:0:0:37:63:0:0 chr10 72307101 . C T 2475.64 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00767278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.367;QD=60.7518;RBI=0.0129281;REFB=-0.0714012;REVB=0.010405;RO=1;SAF=82;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005911;STB=0.503105;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000137357;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:1:1:162:162:0.993865:80:82:0:1:80:82:0:1 chr10 72324143 . A G 3852.24 PASS AF=0.966038;AO=256;DP=265;FAO=256;FDP=265;FR=.;FRO=9;FSAF=118;FSAR=138;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0326067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.461;QD=58.147;RBI=0.0552673;REFB=0.0444995;REVB=-0.0446237;RO=9;SAF=118;SAR=138;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00107331;STB=0.500564;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00901007;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:265:265:9:9:256:256:0.966038:138:118:4:5:138:118:4:5 chr10 72328154 . ATTTTTTTTTTTTTTG ATTTTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTTTGTA 129.29 PASS AF=0.333333,0.619048;AO=9,4;DP=30;FAO=7,13;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7,13;FSAR=0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.271724,-0.12959;FXX=0.2999;HRUN=14,14;LEN=2,3;MLLD=6.46038,65.9662;QD=24.6257;RBI=0.271724,0.12959;REFB=-0.0580578,-0.0615984;REVB=-1.3368e-06,-5.7429e-06;RO=1;SAF=9,4;SAR=0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0842529,0.0729792;OID=.,.;OPOS=72328155,72328167;OREF=TT,TTG;OALT=-,GTA;OMAPALT=ATTTTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTTTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.619048:9,4:30:7,13:21:1:7,13:0,0:1:0:37:1:9,4:0,0:1:0 chr10 72358577 . G A 1394.12 PASS AF=0.512915;AO=135;DP=270;FAO=139;FDP=271;FR=.;FRO=132;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=57;FSRR=75;FWDB=0.0135174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0568;QD=20.5774;RBI=0.0270015;REFB=-0.00601526;REVB=0.0233743;RO=132;SAF=61;SAR=74;SRF=57;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182819;STB=0.510544;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00561033;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:132:132:135:139:0.512915:74:61:57:75:76:63:57:75 chr10 72358655 . G A 1050.51 PASS AF=0.493088;AO=107;DP=216;FAO=107;FDP=217;FR=.;FRO=110;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=0.027574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.424;QD=19.3642;RBI=0.0276189;REFB=-0.0143159;REVB=0.00157487;RO=107;SAF=41;SAR=66;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706037;STB=0.537587;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0154239;OID=.;OPOS=72358655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:107:110:107:107:0.493088:66:41:49:58:66:41:50:60 chr10 72500762 . CT C,CC 1399.38 PASS AF=0.367925,0.632075;AO=38,53;DP=93;FAO=39,67;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=39,22;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903468,0.186638;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.457,162.111;QD=52.8069;RBI=0.0903685,0.186683;REFB=0,0;REVB=-0.00198088,-0.00408732;RO=1;SAF=38,8;SAR=0,45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0552953;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0248955,0.00543682;OID=.,.;OPOS=72500763,72500763;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.367925,0.632075:38,53:93:39,67:106:0:39,22:0,45:0:0:63:1:38,8:0,45:1:0 chr10 72500863 . C G 2512.63 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0274167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.981;QD=60.9123;RBI=0.0340676;REFB=-0.0144967;REVB=0.020222;RO=1;SAF=70;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503584;STB=0.502645;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000200002;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:1:1:164:164:0.993939:94:70:0:1:94:70:0:1 chr10 72503344 . G A 1199.58 PASS AF=0.408537;AO=133;DP=315;FAO=134;FDP=328;FR=.;FRO=194;FSAF=84;FSAR=50;FSRF=104;FSRR=90;FWDB=0.00135794;FXX=0.00906317;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.522;QD=14.629;RBI=0.00204717;REFB=-0.00666893;REVB=-0.00153196;RO=181;SAF=83;SAR=50;SRF=101;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713333;STB=0.555757;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0100232;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:328:181:194:133:134:0.408537:50:83:101:80:50:84:104:90 chr10 72505208 . A G 143.41 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0122414;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.932;QD=11.0316;RBI=0.0122417;REFB=-0.00900804;REVB=-9.38546e-05;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569272;STB=0.521715;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.020906;OID=.;OPOS=72505208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:34:18:18:0.346154:10:8:13:20:10:8:14:20 chr10 72513635 . C A 1942.2 PASS AF=0.416667;AO=214;DP=516;FAO=215;FDP=516;FR=.;FRO=301;FSAF=107;FSAR=108;FSRF=138;FSRR=163;FWDB=0.0124959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.708;QD=15.0558;RBI=0.0265297;REFB=-0.0042022;REVB=0.0234025;RO=284;SAF=107;SAR=107;SRF=136;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217171;STB=0.522871;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00545344;OID=.;OPOS=72513635;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:516:516:284:301:214:215:0.416667:107:107:136:148:108:107:138:163 chr10 72513682 . C T 2017.44 PASS AF=0.443299;AO=213;DP=492;FAO=215;FDP=485;FR=.;FRO=270;FSAF=100;FSAR=115;FSRF=141;FSRR=129;FWDB=0.108067;FXX=0.0162269;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.614;QD=16.6387;RBI=0.108555;REFB=-0.0250438;REVB=0.0102775;RO=266;SAF=99;SAR=114;SRF=141;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065547;STB=0.531802;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0269323;OID=.;OPOS=72513682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:492:485:266:270:213:215:0.443299:114:99:141:125:115:100:141:129 chr10 72520259 . C T 413.28 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00283136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.503;QD=18.7855;RBI=0.0150828;REFB=-0.0181961;REVB=0.0148146;RO=44;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627519;STB=0.545433;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0221704;OID=.;OPOS=72520259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:46:42:42:0.477273:21:21:19:25:21:21:19:27 chr10 72520330 . A G 821.5 PASS AF=0.464481;AO=85;DP=184;FAO=85;FDP=183;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.0452692;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.969;QD=17.9564;RBI=0.0453473;REFB=-0.00708208;REVB=0.00266051;RO=98;SAF=47;SAR=38;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129689;STB=0.566395;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00927444;OID=.;OPOS=72520330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:98:98:85:85:0.464481:38:47:41:57:38:47:42:56 chr10 72535007 . C T 435.63 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0100988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.444;QD=18.7366;RBI=0.0102394;REFB=-0.0150238;REVB=0.00169096;RO=48;SAF=28;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151534;STB=0.579761;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0132166;OID=.;OPOS=72535007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:49:44:44:0.473118:16:28:23:25:16:28:24:25 chr10 72619205 . C T 2794.63 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319073;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.248;QD=62.8007;RBI=0.0451359;REFB=0;REVB=0.0319246;RO=0;SAF=76;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0858e-05;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:178:0:0:178:178:1:102:76:0:0:102:76:0:0 chr10 72631626 . C T 1162.22 PASS AF=0.545894;AO=112;DP=206;FAO=113;FDP=207;FR=.;FRO=94;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=32;FSRR=62;FWDB=0.00331369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.273;QD=22.4583;RBI=0.0151846;REFB=0.00788166;REVB=0.0148186;RO=93;SAF=55;SAR=57;SRF=32;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122831;STB=0.570536;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00716717;OID=.;OPOS=72631626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:93:94:112:113:0.545894:57:55:32:61:57:56:32:62 chr10 72639800 . A G 351.78 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=0.0234853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1906;QD=15.6345;RBI=0.0242818;REFB=7.19171e-05;REVB=0.00616793;RO=51;SAF=11;SAR=27;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436991;STB=0.52837;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-1.46651e-05;OID=.;OPOS=72639800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:52:38:38:0.422222:27:11:13:38:27:11:13:39 chr10 73046617 . A G 347.95 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0152113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.281;QD=12.6528;RBI=0.0198931;REFB=-0.0245713;REVB=-0.0128199;RO=65;SAF=23;SAR=19;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429131;STB=0.529525;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0337481;OID=.;OPOS=73046617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:68:42:42:0.381818:19:23:33:32:19:23:34:34 chr10 73046625 . C T 335.23 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00014676;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.792;QD=14.4184;RBI=0.00610253;REFB=-0.00706814;REVB=-0.00610076;RO=55;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145137;STB=0.502616;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.012117;OID=.;OPOS=73046625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:55:56:37:37:0.397849:18:19:29:26:18:19:29:27 chr10 73051388 . T C 1676.5 PASS AF=0.481793;AO=171;DP=366;FAO=172;FDP=357;FR=.;FRO=185;FSAF=91;FSAR=81;FSRF=106;FSRR=79;FWDB=-0.0100576;FXX=0.0298905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.505;QD=18.7843;RBI=0.0229879;REFB=-0.0214126;REVB=0.020671;RO=175;SAF=91;SAR=80;SRF=101;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041798;STB=0.522886;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0250314;OID=.;OPOS=73051388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:357:175:185:171:172:0.481793:80:91:101:74:81:91:106:79 chr10 73057755 . G C 1502.83 PASS AF=0.450704;AO=160;DP=356;FAO=160;FDP=355;FR=.;FRO=195;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=87;FSRR=108;FWDB=-0.00258573;FXX=0.00280891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.497;QD=16.9333;RBI=0.0449687;REFB=-0.00759315;REVB=-0.0448943;RO=193;SAF=78;SAR=82;SRF=85;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466838;STB=0.522748;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0112661;OID=.;OPOS=73057755;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:355:193:195:160:160:0.450704:82:78:85:108:82:78:87:108 chr10 73082563 . A G 1234.7 PASS AF=0.479245;AO=124;DP=262;FAO=127;FDP=265;FR=.;FRO=138;FSAF=75;FSAR=52;FSRF=61;FSRR=77;FWDB=0.035001;FXX=0.00749036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.66;QD=18.637;RBI=0.052043;REFB=-0.0157576;REVB=0.038515;RO=136;SAF=73;SAR=51;SRF=59;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147415;STB=0.577703;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0162736;OID=.;OPOS=73082563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:265:136:138:124:127:0.479245:51:73:59:77:52:75:61:77 chr10 73104054 . C T 359.46 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0254176;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.6;QD=13.8254;RBI=0.0254915;REFB=-0.0150609;REVB=-0.00194036;RO=61;SAF=15;SAR=27;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16283;STB=0.588025;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0154947;OID=.;OPOS=73104054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:62:42:42:0.403846:27:15:31:30:27:15:31:31 chr10 73104056 . A G 1556.57 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.759;QD=59.8683;RBI=0.0294684;REFB=0;REVB=0.0133069;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34835e-05;OID=.;OPOS=73104056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:101:104:1:56:45:0:0:58:46:0:0 chr10 73111408 . C T 1180.84 PASS AF=0.515556;AO=115;DP=224;FAO=116;FDP=225;FR=.;FRO=109;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=0.0554119;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2039;QD=20.9928;RBI=0.0579825;REFB=0.0118849;REVB=0.0170732;RO=109;SAF=65;SAR=50;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379864;STB=0.522586;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.011395;OID=.;OPOS=73111408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:109:109:115:116:0.515556:50:65:57:52:50:66:57:52 chr10 73115941 . TG CA 819.82 PASS AF=0.423256;AO=90;DP=215;FAO=91;FDP=215;FR=.;FRO=124;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=47;FSRR=77;FWDB=-0.0362009;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.565;QD=15.2525;RBI=0.036219;REFB=-0.0125643;REVB=0.00114565;RO=123;SAF=44;SAR=46;SRF=47;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111;STB=0.560554;STBP=0.132;TYPE=mnp;VARB=0.0177902;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:123:124:90:91:0.423256:46:44:47:76:47:44:47:77 chr10 73121913 . A G 399.19 PASS AF=0.466667;AO=40;DP=89;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0141678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.933;QD=17.7416;RBI=0.0178068;REFB=-0.024042;REVB=0.0107868;RO=46;SAF=24;SAR=16;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118025;STB=0.565186;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0133299;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:48:40:42:0.466667:16:24:22:24:16:26:24:24 chr10 73121945 . T C 425.65 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0585584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.024;QD=18.9177;RBI=0.0586424;REFB=-0.00925148;REVB=0.00313629;RO=46;SAF=28;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641079;STB=0.531235;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0129827;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:47:43:43:0.477778:15:28:27:19:15:28:28:19 chr10 73270906 . T C 2375.88 PASS AF=0.9875;AO=157;DP=166;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0159784;FXX=0.0361424;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.978;QD=59.397;RBI=0.0189253;REFB=-0.023973;REVB=0.0101419;RO=3;SAF=80;SAR=77;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00628592;STB=0.506409;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000218129;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:166:160:3:2:157:158:0.9875:77:80:1:2:77:81:0:2 chr10 73270982 . G A 851.01 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.578;QD=57.6956;RBI=0.0738192;REFB=0;REVB=-0.0216465;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137576;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr10 73405409 . G A 168.59 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0730656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.49;QD=16.0564;RBI=0.0822419;REFB=-0.0672988;REVB=-0.0377511;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795846;STB=0.516111;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0578106;OID=.;OPOS=73405409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:22:24:18:18:0.428571:8:10:14:8:8:10:14:10 chr10 73405417 . T C 142.63 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00394776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.132;QD=14.2628;RBI=0.0218433;REFB=-0.00107397;REVB=-0.0214836;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430056;STB=0.524969;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00131555;OID=.;OPOS=73405417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:13:11:8:8:13:11 chr10 73434888 . G C 479.34 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0171059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8342;QD=22.5571;RBI=0.0195441;REFB=0.00178932;REVB=-0.00945286;RO=39;SAF=17;SAR=29;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582291;STB=0.532096;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.000822326;OID=.;OPOS=73434888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:29:17:17:22:29:17:17:22 chr10 73455201 . T C 498.2 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0540508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.637;QD=16.7463;RBI=0.057383;REFB=-0.00576265;REVB=-0.0192697;RO=65;SAF=22;SAR=32;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18788;STB=0.60467;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0052291;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:32:22:39:26:32:22:39:26 chr10 73455273 . T C 457.49 PASS AF=0.458716;AO=51;DP=110;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0430849;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.471;QD=16.7888;RBI=0.0442245;REFB=0.00185444;REVB=0.00997501;RO=59;SAF=21;SAR=30;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189989;STB=0.613094;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00215046;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:59:59:51:50:0.458716:30:21:36:23:30:20:36:23 chr10 73461805 . G A 487.91 PASS AF=0.521739;AO=47;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00157016;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.787;QD=21.2135;RBI=0.00462178;REFB=-0.0172941;REVB=0.00434689;RO=44;SAF=29;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446464;STB=0.51785;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0149926;OID=.;OPOS=73461805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:47:48:0.521739:18:29:25:19:19:29:25:19 chr10 73466709 . T C 1598.66 PASS AF=0.509615;AO=159;DP=313;FAO=159;FDP=312;FR=.;FRO=153;FSAF=95;FSAR=64;FSRF=68;FSRR=85;FWDB=0.0146429;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.706;QD=20.4956;RBI=0.0249125;REFB=-0.019881;REVB=-0.0201548;RO=152;SAF=95;SAR=64;SRF=69;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129537;STB=0.575701;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0178317;OID=.;OPOS=73466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:312:152:153:159:159:0.509615:64:95:69:83:64:95:68:85 chr10 73472463 . G A 742.39 PASS AF=0.503226;AO=75;DP=156;FAO=78;FDP=155;FR=.;FRO=77;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0145369;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.732;QD=19.1584;RBI=0.0225564;REFB=-0.0112638;REVB=-0.0172473;RO=77;SAF=44;SAR=31;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122134;STB=0.567694;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0120091;OID=.;OPOS=73472463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:77:77:75:78:0.503226:31:44:35:42:32:46:35:42 chr10 73472868 . C G 1377.08 PASS AF=1;AO=50;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.785;QD=62.5947;RBI=0.0658083;REFB=0;REVB=0.0524489;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108819;OID=.;OPOS=73472868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:50:88:1:27:23:0:0:45:43:0:0 chr10 73472882 . C T 1599.42 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.947;QD=63.977;RBI=0.0160869;REFB=0;REVB=0.00900972;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48021e-05;OID=.;OPOS=73472882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:51:48:0:0:51:49:0:0 chr10 73492079 . A G 808.45 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0557676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5108;QD=53.8965;RBI=0.0579536;REFB=-0.0745097;REVB=-0.0157669;RO=2;SAF=23;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678097;STB=0.503596;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00269177;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:35:23:1:1:35:23:1:1 chr10 73498344 . T A 799.24 PASS AF=0.512658;AO=79;DP=159;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0154809;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6055;QD=20.234;RBI=0.0350314;REFB=-0.0139717;REVB=0.0314252;RO=62;SAF=44;SAR=35;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862183;STB=0.511361;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00931568;OID=.;OPOS=73498344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:62:77:79:81:0.512658:35:44:41:21:36:45:41:36 chr10 73498386 . T C 632.93 PASS AF=0.525;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0185963;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.304;QD=21.0976;RBI=0.0235026;REFB=-0.0487966;REVB=-0.0143719;RO=56;SAF=37;SAR=26;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296188;STB=0.52112;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0394883;OID=.;OPOS=73498386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:56:57:63:63:0.525:26:37:31:25:26:37:31:26 chr10 73500599 . C T 355.22 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0136418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.465;QD=18.9448;RBI=0.0241612;REFB=0.00637594;REVB=0.0199415;RO=37;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733714;STB=0.534527;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0065527;OID=.;OPOS=73500599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:37:37:0.493333:21:16:19:18:21:16:19:19 chr10 73501556 . G A 1491.59 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4043;QD=63.4719;RBI=0.0846533;REFB=0;REVB=-0.00825908;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288303;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:46:48:0:0:46:48:0:0 chr10 73501712 . G T 491.13 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0801031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9085;QD=20.8991;RBI=0.0804157;REFB=0.00706741;REVB=0.00708344;RO=46;SAF=27;SAR=21;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616735;STB=0.534046;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00488977;OID=.;OPOS=73501712;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:21:27:29:17:21:27:29:17 chr10 73520632 . A C 2122.79 PASS AF=1;AO=134;DP=140;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167544;FXX=0.0428541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3562;QD=63.3669;RBI=0.0199409;REFB=0;REVB=0.0108133;RO=0;SAF=51;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192953;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:140:134:0:0:134:134:1:83:51:0:0:83:51:0:0 chr10 73521371 . C T 827.77 PASS AF=0.449275;AO=86;DP=199;FAO=93;FDP=207;FR=.;FRO=114;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=0.00596829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.545;QD=15.9956;RBI=0.0143592;REFB=-0.0212811;REVB=-0.0130601;RO=113;SAF=49;SAR=37;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851041;STB=0.560681;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0294107;OID=.;OPOS=73521371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:207:113:114:86:93:0.449275:37:49:55:58:38:55:55:59 chr10 73537978 . C T 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0435972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0341;QD=13.1196;RBI=0.0477738;REFB=-0.0128604;REVB=-0.0195351;RO=38;SAF=19;SAR=6;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681127;STB=0.5392;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0163158;OID=.;OPOS=73537978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:6:19:27:11:6:19:27:11 chr10 73544086 . G A 892.37 PASS AF=0.483871;AO=90;DP=186;FAO=90;FDP=186;FR=.;FRO=96;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.000331519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.377;QD=19.1908;RBI=0.00225783;REFB=-0.0258026;REVB=0.00223336;RO=93;SAF=52;SAR=38;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376979;STB=0.51353;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0237896;OID=.;OPOS=73544086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:93:96:90:90:0.483871:38:52:50:43:38:52:53:43 chr10 73550969 . G A 4002.83 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199702;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.464;QD=62.0594;RBI=0.032184;REFB=-0.102979;REVB=0.0252389;RO=0;SAF=138;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124204;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:256:258:0:0:255:258:1:117:138:0:0:119:139:0:0 chr10 73558192 . G A 1121.67 PASS AF=0.469136;AO=114;DP=243;FAO=114;FDP=243;FR=.;FRO=129;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=68;FSRR=61;FWDB=0.0227275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.946;QD=18.4636;RBI=0.0253895;REFB=-0.000543464;REVB=-0.0113177;RO=129;SAF=55;SAR=59;SRF=68;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429455;STB=0.523702;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000567464;OID=.;OPOS=73558192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:129:129:114:114:0.469136:59:55:68:61:59:55:68:61 chr10 73558886 . G A 1324.87 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.041302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.851;QD=60.9137;RBI=0.0414138;REFB=-0.029596;REVB=-0.00304012;RO=1;SAF=43;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010891;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000450986;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:43:43:1:0:43:43:1:0 chr10 73558952 . C T 1539.7 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.526;QD=58.6554;RBI=0.0306319;REFB=-0.137332;REVB=0.0258371;RO=1;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903847;STB=0.504761;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000200877;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:52:52:0:1:52:52:0:1 chr10 73562744 . G A 2264.1 PASS AF=0.97973;AO=145;DP=148;FAO=145;FDP=148;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0176895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.4082;QD=61.192;RBI=0.0312239;REFB=-0.0719671;REVB=0.0257296;RO=3;SAF=64;SAR=81;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00879254;STB=0.504625;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000478355;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:148:148:3:3:145:145:0.97973:81:64:2:1:81:64:2:1 chr10 73571765 . T C 366.23 PASS AF=0.317241;AO=46;DP=144;FAO=46;FDP=145;FR=.;FRO=99;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=66;FWDB=-0.0619178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6733;QD=10.1028;RBI=0.0680725;REFB=0.00154235;REVB=0.0282851;RO=98;SAF=23;SAR=23;SRF=32;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205115;STB=0.613746;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00425817;OID=.;OPOS=73571765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:98:99:46:46:0.317241:23:23:32:66:23:23:33:66 chr10 73574843 . G A 296.7 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00453661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.049;QD=15.6158;RBI=0.00454248;REFB=0.00855496;REVB=-0.000230689;RO=43;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17508;STB=0.598961;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0137817;OID=.;OPOS=73574843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:21:12:23:20:21:12:23:20 chr10 73576307 . C T 489.44 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.621;QD=57.5809;RBI=0.0497983;REFB=0;REVB=0.0459854;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519664;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:31:34:1:27:4:0:0:30:4:0:0 chr10 73585526 . A G 413.71 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00138033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.937;QD=15.0438;RBI=0.00139457;REFB=-0.00763673;REVB=-0.000198733;RO=62;SAF=23;SAR=24;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271182;STB=0.519713;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0103094;OID=.;OPOS=73585526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:63:47:47:0.427273:24:23:32:30:24:23:33:30 chr10 73610982 . G A 2991.7 PASS AF=0.568182;AO=275;DP=484;FAO=275;FDP=484;FR=.;FRO=209;FSAF=139;FSAR=136;FSRF=76;FSRR=133;FWDB=-0.00247226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.286;QD=24.7248;RBI=0.0305625;REFB=0.000850531;REVB=0.0304623;RO=206;SAF=139;SAR=136;SRF=74;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11569;STB=0.561161;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000504037;OID=.;OPOS=73610982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:484:484:206:209:275:275:0.568182:136:139:74:132:136:139:76:133 chr10 73768992 . C A 587.22 PASS AF=0.430556;AO=63;DP=146;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.00438838;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.905;QD=16.3116;RBI=0.00525095;REFB=-0.0110175;REVB=-0.00288351;RO=80;SAF=27;SAR=36;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109496;STB=0.550793;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0155745;OID=.;OPOS=73768992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:80:82:63:62:0.430556:36:27:43:37:35:27:43:39 chr10 73772650 . G C 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0423057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.218;QD=8.74467;RBI=0.0481519;REFB=0.00681866;REVB=0.0229963;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100127;STB=0.54754;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0767482;OID=.;OPOS=73772650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:42:29:30:12:12:0.285714:6:6:12:17:6:6:13:17 chr10 73772661 . T A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0121171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.021;QD=11.0866;RBI=0.0121576;REFB=-0.0083093;REVB=0.000991429;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114311;STB=0.5678;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0182409;OID=.;OPOS=73772661;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:7:6:9:16:7:6:9:16 chr10 73820396 . G A 1877.52 PASS AF=0.456876;AO=195;DP=429;FAO=196;FDP=429;FR=.;FRO=233;FSAF=90;FSAR=106;FSRF=88;FSRR=145;FWDB=0.0159549;FXX=0.00232553;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6209;QD=17.506;RBI=0.0333395;REFB=-0.00387744;REVB=0.0292739;RO=231;SAF=89;SAR=106;SRF=87;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079732;STB=0.544884;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00430818;OID=.;OPOS=73820396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:429:231:233:195:196:0.456876:106:89:87:144:106:90:88:145 chr10 74237247 . C CT,T 1680.82 PASS AF=0.983051,0.0169492;AO=103,8;DP=119;FAO=116,2;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=54,2;FSAR=62,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0649379,0.0105037;FXX=0.00840265;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.8243,175.395;QD=56.9768;RBI=0.169703,0.0544746;REFB=0,0;REVB=-0.156787,-0.0534523;RO=7;SAF=52,2;SAR=51,6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0263967,-0.0368153;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00472617,0.0498492;OID=.,.;OPOS=74237248,74237247;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:118:7:0:103,8:116,2:0.983051,0.0169492:51,6:52,2:2:5:62,0:54,2:0:0 chr10 74714294 . G A 719.26 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=139;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0132496;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4558;QD=21.0004;RBI=0.0688005;REFB=-0.0240622;REVB=-0.0675127;RO=69;SAF=34;SAR=36;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328988;STB=0.503965;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0109276;OID=.;OPOS=74714294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:69:67:70:70:0.510949:36:34:31:38:36:34:32:35 chr10 74830335 . A G 425.35 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0111656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.953;QD=21.5365;RBI=0.0165853;REFB=-0.0038112;REVB=0.0122639;RO=35;SAF=27;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203751;STB=0.625168;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00346928;OID=.;OPOS=74830335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:37:42:42:0.531646:15:27:14:21:15:27:14:23 chr10 74834651 . T C 306.92 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0127825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.443;QD=18.0539;RBI=0.0492134;REFB=-0.0297151;REVB=-0.0475244;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251863;STB=0.645948;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0512212;OID=.;OPOS=74834651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:33:33:0.485294:14:19:10:24:14:19:10:25 chr10 74894375 . T C 1129.65 PASS AF=0.466667;AO=118;DP=254;FAO=119;FDP=255;FR=.;FRO=136;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=54;FSRR=82;FWDB=0.0211911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.25;QD=17.7199;RBI=0.0435292;REFB=-0.00232933;REVB=0.0380228;RO=134;SAF=54;SAR=64;SRF=54;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533231;STB=0.530681;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00269896;OID=.;OPOS=74894375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:134:136:118:119:0.466667:64:54:54:80:65:54:54:82 chr10 74896664 . T C 352.32 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0243646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.606;QD=21.0339;RBI=0.0295711;REFB=-0.012922;REVB=-0.0167576;RO=31;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817491;STB=0.545274;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.010282;OID=.;OPOS=74896664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:22:14:15:16:22:14:15:16 chr10 74897816 . C T 102.45 PASS AF=0.295455;AO=12;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0460249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6889;QD=9.3136;RBI=0.0634584;REFB=-0.0124815;REVB=0.0436884;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623144;STB=0.571317;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0295077;OID=.;OPOS=74897816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:32:31:12:13:0.295455:5:7:17:15:5:8:16:15 chr10 74899134 . C G 244.02 PASS AF=0.285714;AO=34;DP=119;FAO=34;FDP=119;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=29;FWDB=-0.0613145;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4283;QD=8.20239;RBI=0.0620753;REFB=-0.00675346;REVB=-0.00968913;RO=84;SAF=25;SAR=9;SRF=56;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996036;STB=0.565772;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0152258;OID=.;OPOS=74899134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:84:85:34:34:0.285714:9:25:56:28:9:25:56:29 chr10 74916173 . T A 271.68 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0333582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.58;QD=20.8981;RBI=0.0440373;REFB=-0.0187274;REVB=0.0287492;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173444;STB=0.596088;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00882401;OID=.;OPOS=74916173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:14:14:17:7:14:14:17:7 chr10 74923562 . C T 766.48 PASS AF=0.429319;AO=82;DP=191;FAO=82;FDP=191;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=65;FSRR=44;FWDB=-0.000147571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.532;QD=16.0519;RBI=0.00124555;REFB=0.00658839;REVB=-0.00123678;RO=109;SAF=35;SAR=47;SRF=65;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172349;STB=0.596045;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0071024;OID=.;OPOS=74923562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:109:109:82:82:0.429319:47:35:65:44:47:35:65:44 chr10 74934442 . C T 485.08 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0355065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1986;QD=26.58;RBI=0.0374919;REFB=-0.0356865;REVB=-0.0120387;RO=27;SAF=25;SAR=20;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766295;STB=0.535152;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0254839;OID=.;OPOS=74934442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:28:45:45:0.616438:20:25:12:15:20:25:13:15 chr10 74995086 . C T 632.71 PASS AF=0.496124;AO=63;DP=128;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0263569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.393;QD=19.6188;RBI=0.0313821;REFB=-0.00788594;REVB=-0.0170338;RO=65;SAF=19;SAR=44;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161402;STB=0.581984;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0109812;OID=.;OPOS=74995086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:65:65:63:64:0.496124:44:19:30:35:44:20:30:35 chr10 75000698 . T C 209.81 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0151895;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.291;QD=17.8563;RBI=0.017388;REFB=-0.0070311;REVB=-0.00846297;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166326;STB=0.594176;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0109545;OID=.;OPOS=75000698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:8:18:11:10:8:18 chr10 75000739 . G A 192.95 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0156073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.128;QD=13.7824;RBI=0.0242662;REFB=-0.00790393;REVB=0.0185813;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108324;STB=0.561746;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0140307;OID=.;OPOS=75000739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:11:22:13:10:11:22 chr10 75006804 . A G 410.05 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.000332582;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.49;QD=17.2651;RBI=0.0267425;REFB=-0.0265201;REVB=-0.0267405;RO=51;SAF=22;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329333;STB=0.508028;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0350227;OID=.;OPOS=75006804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:95:51:53:42:42:0.442105:20:22:25:26:20:22:27:26 chr10 75009107 . T A 292.24 PASS AF=0.463768;AO=30;DP=66;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0112124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.41;QD=16.9416;RBI=0.0121348;REFB=-0.00242484;REVB=-0.00464067;RO=34;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401565;STB=0.526492;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00268346;OID=.;OPOS=75009107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:34:37:30:32:0.463768:18:12:15:19:18:14:18:19 chr10 75035257 . T C 380.68 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0829339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5865;QD=16.9191;RBI=0.108445;REFB=0.0184275;REVB=0.0698728;RO=50;SAF=19;SAR=21;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143011;STB=0.580071;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0205974;OID=.;OPOS=75035257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:21:19:31:19:21:19:31:19 chr10 75056863 . A C 478.95 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00985369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.866;QD=15.5756;RBI=0.0101783;REFB=-0.00425566;REVB=0.00255001;RO=70;SAF=23;SAR=30;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675367;STB=0.537853;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00579658;OID=.;OPOS=75056863;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:70:53:53:0.430894:30:23:35:35:30:23:35:35 chr10 75095253 . G A 332.01 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0436049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.277;QD=17.0259;RBI=0.0444661;REFB=-0.00778732;REVB=0.00870922;RO=41;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893923;STB=0.549542;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0124944;OID=.;OPOS=75095253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:35:36:0.461538:19:16:15:26:19:17:16:26 chr10 75148116 . A G 453.58 PASS AF=0.38806;AO=51;DP=133;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00464198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.367;QD=13.5396;RBI=0.0252574;REFB=-0.00454933;REVB=-0.0248272;RO=82;SAF=31;SAR=20;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170973;STB=0.588912;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0068541;OID=.;OPOS=75148116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:82:82:51:52:0.38806:20:31:37:45:21:31:37:45 chr10 75289359 . C A 180.05 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.000614421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.69;QD=11.0797;RBI=0.0032291;REFB=-0.0249096;REVB=0.00317011;RO=42;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728415;STB=0.542359;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0428847;OID=.;OPOS=75289359;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:13:10:21:21:13:10:21:21 chr10 75391823 . C A 644.38 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=1.79907e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7798;QD=19.6759;RBI=0.00733252;REFB=-0.0130305;REVB=0.0073325;RO=66;SAF=27;SAR=38;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592008;STB=0.503267;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0168071;OID=.;OPOS=75391823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:66:65:65:0.496183:38:27:27:39:38:27:27:39 chr10 75406764 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00271557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.964;QD=52.6132;RBI=0.0244167;REFB=0;REVB=-0.0242652;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72328e-05;OID=.;OPOS=75406764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr10 75490354 . GAAGA G,GCTGG 2352.59 PASS AF=0.961783,0.0382166;AO=143,6;DP=157;FAO=151,6;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=97,6;FSAR=54,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358413,-0.0126959;FXX=0.0248432;HRUN=2,2;LEN=4,4;MLLD=165.698,112.439;QD=59.9387;RBI=0.0501075,0.0440564;REFB=0,0;REVB=0.0350166,0.0421874;RO=0;SAF=95,6;SAR=48,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00164638,0.0245086;OID=.,.;OPOS=75490355,75490355;OREF=AAGA,AAGA;OALT=-,CTGG;OMAPALT=G,GCTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.961783,0.0382166:143,6:157:151,6:157:0:97,6:54,0:0:0:9:0:95,6:48,0:0:0 chr10 75523729 . GCCCCCAG GCCCCAG,GCCCCAGC 56.23 PASS AF=0.212903,0;AO=46,8;DP=156;FAO=33,0;FDP=155;FR=.;FRO=122;FSAF=27,0;FSAR=6,0;FSRF=47;FSRR=75;FWDB=-0.157519,-0.153891;FXX=0.0251557;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=9.53868,119.78;QD=1.45098;RBI=0.178572,0.15423;REFB=-0.150639,-0.0118386;REVB=0.0841172,-0.0102066;RO=83;SAF=39,8;SAR=7,0;SRF=18;SRR=65;SSEN=0.344828,0;SSEP=0,0;SSSB=0.663281,0.738917;STB=0.831048,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.171797,0;OID=.,.;OPOS=75523730,75523734;OREF=C,CAG;OALT=-,AGC;OMAPALT=GCCCCAG,GCCCCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212903,0:46,8:156:33,0:155:122:27,0:6,0:47:75:57:83:39,8:7,0:18:65 chr10 75554039 . G A 2250.6 PASS AF=0.986842;AO=149;DP=154;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00215184;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.305;QD=59.2263;RBI=0.0154906;REFB=-0.0551072;REVB=0.0153404;RO=2;SAF=59;SAR=90;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273743;STB=0.50137;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000594792;OID=.;OPOS=75554039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:154:152:2:2:149:150:0.986842:90:59:1:1:90:60:1:1 chr10 75558867 . G A 2720.4 PASS AF=0.994318;AO=175;DP=177;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0823658;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5068;QD=61.8274;RBI=0.0884339;REFB=-0.00569906;REVB=0.0321936;RO=1;SAF=83;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051462;STB=0.502702;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000322042;OID=.;OPOS=75558867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:177:176:1:1:175:175:0.994318:92:83:0:1:92:83:0:1 chr10 75558978 . AGG AGA,AG 55.21 PASS AF=0.02,0.26;AO=2,17;DP=50;FAO=1,13;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=0,2;FSAR=1,11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.012991,-0.0246167;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=235.417,12.6339;QD=4.41707;RBI=0.0500726,0.0594619;REFB=-0.000445549,-0.0568305;REVB=-0.048358,-0.0541271;RO=29;SAF=0,5;SAR=2,12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.485535,-0.286762;STB=0.991484,0.828981;STBP=0.291,0.008;TYPE=snp,del;VARB=0.0322655,0.019554;OID=.,.;OPOS=75558980,75558979;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.02,0.26:2,17:50:1,13:50:36:0,2:1,11:21:15:51:29:0,5:2,12:16:13 chr10 75673101 . T C 1208.64 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.523;QD=61.197;RBI=0.0409671;REFB=0;REVB=-0.0158581;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018583;OID=.;OPOS=75673101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr10 75865065 . G A 724.0 PASS AF=0.461078;AO=77;DP=168;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.0141936;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3118;QD=17.3413;RBI=0.0156253;REFB=0.00362871;REVB=-0.00653389;RO=89;SAF=33;SAR=44;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642862;STB=0.53885;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00497446;OID=.;OPOS=75865065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:89:90:77:77:0.461078:44:33:44:45:44:33:45:45 chr10 75871735 . C G 2954.71 PASS AF=0.994709;AO=170;DP=173;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0068388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.915;QD=62.5336;RBI=0.0584633;REFB=-0.0651477;REVB=0.058062;RO=0;SAF=96;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502825;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00034046;OID=.;OPOS=75871735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:173:189:0:1:170:188:0.994709:74:96:0:0:88:100:0:1 chr10 75878915 . C CTA 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0220546;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.705;QD=17.7107;RBI=0.0251147;REFB=-0.0137622;REVB=-0.0120142;RO=36;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195117;STB=0.60867;STBP=0.092;TYPE=ins;VARB=0.015962;OID=.;OPOS=75878916;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:33:69:33:69:36:17:16:11:25:99:36:17:16:11:25 chr10 75883134 . C CTT,T 1687.93 PASS AF=0.930435,0.0695652;AO=95,13;DP=116;FAO=107,8;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=33,3;FSAR=74,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000464554,-0.0190539;FXX=0.00861995;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=184.017,135.226;QD=58.7107;RBI=0.0104953,0.0191414;REFB=0,0;REVB=0.010485,0.00182803;RO=2;SAF=30,4;SAR=65,9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00830326,-0.0529323;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00184704,0.000905765;OID=.,.;OPOS=75883135,75883134;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:116:115:2:0:95,13:107,8:0.930435,0.0695652:65,9:30,4:1:1:74,5:33,3:0:0 chr10 75884157 . G T 757.95 PASS AF=0.5;AO=78;DP=156;FAO=78;FDP=156;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.00732514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.774;QD=19.4346;RBI=0.00917301;REFB=-0.00614766;REVB=0.00552145;RO=77;SAF=43;SAR=35;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171263;STB=0.506468;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00615931;OID=.;OPOS=75884157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:77:78:78:78:0.5:35:43:41:36:35:43:42:36 chr10 75936611 . C T 3243.81 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377113;FXX=0.0232547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.66;QD=61.7868;RBI=0.0598334;REFB=0.0650333;REVB=0.0464531;RO=1;SAF=114;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74459e-05;OID=.;OPOS=75936611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:208:210:1:0:207:210:1:93:114:1:0:95:115:0:0 chr10 76781905 . GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA AGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAG,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA 975.01 PASS AF=0.0447761,0,0.955224;AO=3,8,47;DP=72;FAO=3,0,64;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,21;FSAR=0,0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508736,0.0662895,0.0683855;FXX=0.0945818;HRUN=2,2,2;LEN=4,4,3;MLLD=91.4362,140.934,155.986;QD=58.2098;RBI=0.12603,0.137475,0.141129;REFB=0,0,0;REVB=0.115306,0.120437,0.123453;RO=0;SAF=3,6,14;SAR=0,2,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0657244,0,0.00923956;OID=.,.,.;OPOS=76781905,76781925,76781906;OREF=GGAA,AAGA,GAA;OALT=AGAG,-,-;OMAPALT=AGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAG,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:10:72:67:0:0:3,8,47:3,0,64:0.0447761,0,0.955224:0,2,33:3,6,14:0:0:0,0,43:3,0,21:0:0 chr10 76788860 . C T 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00201685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.87;QD=13.7245;RBI=0.0041432;REFB=-0.00987334;REVB=0.00361917;RO=45;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128397;STB=0.573154;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0134795;OID=.;OPOS=76788860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:17:13:25:20:17:13:25:20 chr10 76789077 . G A 560.84 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=-0.00378428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.291;QD=16.1392;RBI=0.00454169;REFB=-0.0181707;REVB=-0.00251121;RO=79;SAF=35;SAR=25;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229558;STB=0.628057;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0297789;OID=.;OPOS=76789077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:79:60:60:0.431655:25:35:28:51:25:35:28:51 chr10 76790612 . TG T 239.86 PASS AF=0.837209;AO=27;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0242595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.5866;QD=22.3124;RBI=0.277177;REFB=-0.171075;REVB=0.276114;RO=13;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=0.0140329;STB=0.573845;STBP=0.045;TYPE=del;VARB=0.0824836;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.837209:27:43:36:43:7:11:25:5:2:18:13:11:16:5:8 chr10 76854564 . C T 3055.79 PASS AF=0.990148;AO=200;DP=202;FAO=201;FDP=203;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.045354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.814;QD=60.2125;RBI=0.045555;REFB=-0.157653;REVB=0.00427478;RO=0;SAF=102;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23452e-08;STB=0.500073;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000408574;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:202:203:0:2:200:201:0.990148:98:102:0:0:99:102:1:1 chr10 76855421 . G A 2083.73 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.027;QD=62.6685;RBI=0.0236215;REFB=0;REVB=-0.0140726;RO=0;SAF=51;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145164;OID=.;OPOS=76855421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:82:51:0:0:82:51:0:0 chr10 76861680 . T C 2350.01 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00646223;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3544;QD=60.2566;RBI=0.0178632;REFB=0.0165462;REVB=-0.0166533;RO=1;SAF=76;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606006;STB=0.503184;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000116376;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:1:1:154:155:0.99359:78:76:0:1:78:77:0:1 chr10 76990837 . A C 209.11 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0154294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0784;QD=16.4006;RBI=0.018098;REFB=0.000844727;REVB=0.00945901;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288886;STB=0.516393;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.000241502;OID=.;OPOS=76990837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:15:13:10:13:15:13 chr10 79253623 . G GCC 363.3 PASS AF=0.486486;AO=46;DP=118;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0413139;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=2;MLLD=36.1035;QD=13.092;RBI=0.0591881;REFB=0.000290697;REVB=0.0423839;RO=65;SAF=22;SAR=24;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146091;STB=0.5126;STBP=0.796;TYPE=ins;VARB=-0.000160784;OID=.;OPOS=79253624;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:46:118:54:111:57:25:29:25:32:99:65:22:24:32:33 chr10 79396252 . C G 704.7 PASS AF=0.449704;AO=76;DP=169;FAO=76;FDP=169;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.0005287;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.121;QD=16.6793;RBI=0.0248629;REFB=-0.0093987;REVB=-0.0248572;RO=93;SAF=28;SAR=48;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139459;STB=0.577643;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0146147;OID=.;OPOS=79396252;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:93:93:76:76:0.449704:48:28:47:46:48:28:47:46 chr10 79397263 . A AGAG 208.33 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=99;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=28;FSRR=0;FWDB=0.0155977;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=3;MLLD=100.622;QD=17.0064;RBI=0.0155977;REFB=-0.0567023;REVB=0;RO=76;SAF=20;SAR=0;SRF=52;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.720406;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0810715;OID=.;OPOS=79397264;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=AGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:20:99:21:49:28:21:0:28:0:99:76:20:0:52:24 chr10 79553803 . C T 273.29 PASS AF=0.324324;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0260431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.873;QD=9.84828;RBI=0.0388402;REFB=-0.0141628;REVB=-0.0288153;RO=75;SAF=17;SAR=19;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647987;STB=0.503765;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0303428;OID=.;OPOS=79553803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:75:75:36:36:0.324324:19:17:35:40:19:17:35:40 chr10 79570873 . G T 219.38 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=65;FAO=27;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0274008;FXX=0.0307645;HRUN=7;LEN=1;MLLD=32.0291;QD=13.9287;RBI=0.0834523;REFB=-0.0571065;REVB=-0.0788257;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184448;STB=0.553153;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0705848;OID=.;OPOS=79570873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:26:36:22:27:0.428571:11:11:18:8:13:14:22:14 chr10 79584178 . G C 670.83 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.908;QD=62.4026;RBI=0.0691742;REFB=0;REVB=0.0180068;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378922;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:22:20:0:0:23:20:0:0 chr10 79601912 . C T 582.68 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=51;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0354644;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.2;QD=18.949;RBI=0.036263;REFB=0.00849685;REVB=-0.00756867;RO=63;SAF=9;SAR=51;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32735;STB=0.683952;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0130902;OID=.;OPOS=79601912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:63:63:60:60:0.487805:51:9:25:38:51:9:25:38 chr10 79616605 . T C 4580.07 PASS AF=1;AO=279;DP=282;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122905;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.46;QD=63.392;RBI=0.0344743;REFB=0;REVB=0.032209;RO=0;SAF=109;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61471e-05;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:282:289:0:0:279:289:1:170:109:0:0:176:113:0:0 chr10 79628875 . A G 1479.29 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.227;QD=58.0115;RBI=0.0269408;REFB=0.00170634;REVB=0.0134849;RO=1;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886705;STB=0.504586;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=1.83365e-05;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:100:101:0.990196:53:47:0:1:54:47:0:1 chr10 79628961 . G A 1791.84 PASS AF=0.964029;AO=121;DP=139;FAO=134;FDP=139;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.237578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.8687;QD=51.5638;RBI=0.238022;REFB=-0.142302;REVB=0.0145187;RO=16;SAF=53;SAR=68;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692884;STB=0.510014;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0272553;OID=.;OPOS=79628961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:139:139:16:5:121:134:0.964029:68:53:12:4:70:64:1:4 chr10 80310465 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0187201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.27;QD=8.69805;RBI=0.0230996;REFB=-0.0109404;REVB=0.0135332;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242376;STB=0.65172;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.025248;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:7:7:2:5:7:7 chr10 81045207 . T C 680.36 PASS AF=0.462025;AO=73;DP=159;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0085386;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.844;QD=17.2244;RBI=0.008705;REFB=-0.0147892;REVB=0.00169388;RO=83;SAF=43;SAR=30;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205308;STB=0.607274;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0221974;OID=.;OPOS=81045207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:83:85:73:73:0.462025:30:43:31:52:30:43:33:52 chr10 81045280 . T C 1285.34 PASS AF=0.506073;AO=125;DP=247;FAO=125;FDP=247;FR=.;FRO=122;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=51;FSRR=71;FWDB=-0.0841685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8646;QD=20.8152;RBI=0.0900593;REFB=0.0132011;REVB=-0.0320364;RO=122;SAF=62;SAR=63;SRF=51;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703378;STB=0.53853;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0132444;OID=.;OPOS=81045280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:122:122:125:125:0.506073:63:62:51:71:63:62:51:71 chr10 81053475 . G A 1586.82 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0429116;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8268;QD=58.771;RBI=0.0453594;REFB=-0.0604843;REVB=0.0146992;RO=1;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104304;STB=0.505494;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000174955;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:1:1:107:107:0.990741:45:62:0:1:45:62:0:1 chr10 81145701 . G C 227.27 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0147372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5154;QD=10.5707;RBI=0.0250381;REFB=-0.0061069;REVB=-0.0202415;RO=57;SAF=24;SAR=5;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275099;STB=0.662856;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0110746;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:5:24:37:20:5:24:37:20 chr10 81266805 . TA GT,TG,TGA 49.02 PASS AF=0,0.0212766,0.191489;AO=2,3,9;DP=49;FAO=0,1,9;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=0,0,2;FSAR=0,1,7;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.142149,-0.126798,-0.0401086;FXX=0;HRUN=1,1,0;LEN=2,1,1;MLLD=123.366,129.282,103.794;QD=4.17175;RBI=0.163114,0.165718,0.0738968;REFB=-0.0292855,-0.0314846,-0.00707896;REVB=-0.0799998,-0.106699,-0.0620648;RO=34;SAF=0,0,3;SAR=2,3,6;SRF=12;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.382348,-0.473387,-0.0263537;STB=0.5,0.987156,0.628431;STBP=1,0.473,0.463;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0,0.220874,0.125029;OID=.,.,.;OPOS=81266805,81266806,81266806;OREF=TA,A,-;OALT=GT,G,G;OMAPALT=GT,TG,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:46:49:47:34:37:2,3,9:0,1,9:0,0.0212766,0.191489:2,3,6:0,0,3:12:22:0,1,7:0,0,2:13:24 chr10 81270253 . A G 92.42 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0493116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.14;QD=9.24186;RBI=0.0493322;REFB=-0.00361516;REVB=-0.00142344;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108002;OID=.;OPOS=81270253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:6:6:14:14:6:6:14:14 chr10 81270319 . T A 89.09 PASS AF=0.244898;AO=11;DP=48;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0201589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.226;QD=7.27269;RBI=0.0243608;REFB=-0.0205204;REVB=-0.0136773;RO=37;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16896;STB=0.571312;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0393359;OID=.;OPOS=81270319;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:49:37:37:11:12:0.244898:5:6:15:22:6:6:15:22 chr10 81272814 . G C 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00254347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.54;QD=13.0718;RBI=0.0038434;REFB=0.00148287;REVB=0.00288141;RO=50;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439849;STB=0.525128;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00332509;OID=.;OPOS=81272814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:18:13:19:31:18:13:19:31 chr10 81272881 . A G 111.94 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.042695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6745;QD=8.95537;RBI=0.0810623;REFB=-0.00020461;REVB=-0.0689074;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401673;STB=0.524504;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00388226;OID=.;OPOS=81272881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:9:5:14:22:9:5:14:22 chr10 81273085 . C T 314.89 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00848467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.289;QD=27.3819;RBI=0.0380162;REFB=-0.0420599;REVB=-0.0370573;RO=14;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252576;STB=0.604236;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0103013;OID=.;OPOS=81273085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:17:26:26:0.565217:16:10:11:3:16:10:11:6 chr10 81273490 . A C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0231557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.329;QD=17.1004;RBI=0.02446;REFB=-0.0024485;REVB=0.00788058;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347727;STB=0.519971;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00239061;OID=.;OPOS=81273490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:7:8:8:6:7:8 chr10 81273732 . C T 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0142249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.883;QD=4.6299;RBI=0.0224665;REFB=-0.00210188;REVB=-0.0173895;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104477;STB=0.571184;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00663824;OID=.;OPOS=81273732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:4:2:10:14:4:2:10:14 chr10 81273879 . A G 173.59 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0110243;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.409;QD=11.383;RBI=0.0110397;REFB=-0.0124466;REVB=0.000581991;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132867;STB=0.56967;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0188175;OID=.;OPOS=81273879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:40:39:22:22:0.360656:10:12:17:23:10:12:17:22 chr10 81274334 . A G 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0146536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.785;QD=5.15554;RBI=0.0147775;REFB=-0.0113945;REVB=0.00190966;RO=56;SAF=4;SAR=11;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281987;STB=0.680387;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0188303;OID=.;OPOS=81274334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:56:56:15:15:0.211268:11:4:27:29:11:4:27:29 chr10 81275154 . G T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0451914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.932;QD=18.3009;RBI=0.0483662;REFB=0.000337627;REVB=-0.0172345;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156859;STB=0.580227;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000752873;OID=.;OPOS=81275154;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:14:6:10:12:14:6:10:13 chr10 81275669 . A C 159.74 PASS AF=0.416667;AO=11;DP=51;FAO=20;FDP=48;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0392152;FXX=0.0769083;HRUN=7;LEN=1;MLLD=21.2555;QD=13.3118;RBI=0.0516155;REFB=-0.00493592;REVB=-0.0335609;RO=16;SAF=1;SAR=10;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953942;STB=0.617543;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.114185;OID=.;OPOS=81275669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:16:24:11:20:0.416667:10:1:1:15:13:7:4:20 chr10 81275738 . C T 352.42 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00123997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7826;QD=18.3078;RBI=0.00273395;REFB=-0.0112553;REVB=-0.00243659;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792335;STB=0.544116;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0123803;OID=.;OPOS=81275738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:21:16:14:26:21:16:14:26 chr10 81275840 . A G 81.27 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0167152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.67;QD=9.02961;RBI=0.0193469;REFB=-0.00354004;REVB=-0.00974201;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937713;STB=0.517734;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00789323;OID=.;OPOS=81275840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:35:36:25:25:10:11:0.305556:6:4:12:13:6:5:12:13 chr10 81318663 . C G 573.61 PASS AF=0.553398;AO=56;DP=104;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0168402;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0542;QD=22.2761;RBI=0.0493487;REFB=-0.0513313;REVB=0.0463864;RO=47;SAF=15;SAR=41;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737706;STB=0.535019;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0421236;OID=.;OPOS=81318663;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:47:46:56:57:0.553398:41:15:16:31:42:15:15:31 chr10 81318681 . G A 652.71 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0141417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.315;QD=20.7208;RBI=0.0369154;REFB=-0.0139253;REVB=0.0340993;RO=61;SAF=21;SAR=44;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114526;STB=0.56318;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0178655;OID=.;OPOS=81318681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:61:61:65:65:0.515873:44:21:27:34:44:21:27:34 chr10 81318693 . C T 717.96 PASS AF=0.522388;AO=70;DP=134;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00367431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.421;QD=21.4315;RBI=0.0544536;REFB=-0.00400346;REVB=0.0543295;RO=64;SAF=21;SAR=49;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147624;STB=0.581371;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.016824;OID=.;OPOS=81318693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:64:64:70:70:0.522388:49:21:29:35:49:21:29:35 chr10 81319214 . G T 81.44 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=73;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0152948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.267;QD=4.46269;RBI=0.0599841;REFB=-5.88673e-05;REVB=0.0580013;RO=59;SAF=7;SAR=7;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955619;STB=0.561557;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0033576;OID=.;OPOS=81319214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:59:59:14:14:0.191781:7:7:34:25:7:7:34:25 chr10 81319423 . C T 2307.51 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.562;QD=61.1261;RBI=0.126852;REFB=0;REVB=0.0337879;RO=0;SAF=73;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127785;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:78:73:0:0:78:73:0:0 chr10 81319458 . C T 885.11 PASS AF=0.597015;AO=80;DP=134;FAO=80;FDP=134;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.00132652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.16;QD=26.4211;RBI=0.012825;REFB=-0.0161889;REVB=0.0127562;RO=53;SAF=34;SAR=46;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171903;STB=0.589502;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0136887;OID=.;OPOS=81319458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:53:54:80:80:0.597015:46:34:35:18:46:34:35:19 chr10 81319483 . A G 1396.16 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.303;QD=62.7486;RBI=0.0267366;REFB=0;REVB=0.0139779;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04108e-05;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:47:41:0:0:47:42:0:0 chr10 81371341 . G T 416.77 PASS AF=0.374046;AO=49;DP=132;FAO=49;FDP=131;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.0203941;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1251;QD=12.7258;RBI=0.0243715;REFB=0.00758661;REVB=-0.0133435;RO=83;SAF=29;SAR=20;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260066;STB=0.511653;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.0137101;OID=.;OPOS=81371341;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:83:82:49:49:0.374046:20:29:51:32:20:29:50:32 chr10 81372081 . A G 735.75 PASS AF=0.5;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.0700092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9779;QD=20.4374;RBI=0.0701331;REFB=-0.044502;REVB=0.00416653;RO=70;SAF=41;SAR=31;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138699;STB=0.576221;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0369884;OID=.;OPOS=81372081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:70:72:72:72:0.5:31:41:29:41:31:41:30:42 chr10 81373777 . C T 1441.12 PASS AF=0.480769;AO=138;DP=308;FAO=150;FDP=312;FR=.;FRO=162;FSAF=79;FSAR=71;FSRF=78;FSRR=84;FWDB=0.0153522;FXX=0.0219429;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3082;QD=18.4759;RBI=0.0560805;REFB=-0.0246369;REVB=0.0539382;RO=157;SAF=77;SAR=61;SRF=77;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654706;STB=0.523466;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.040794;OID=.;OPOS=81373777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:312:157:162:138:150:0.480769:61:77:77:80:71:79:78:84 chr10 81471458 . A C 250.25 PASS AF=0.255319;AO=36;DP=141;FAO=36;FDP=141;FR=.;FRO=105;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.0250247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.016;QD=7.09916;RBI=0.0250426;REFB=-0.00346522;REVB=-0.000945696;RO=105;SAF=28;SAR=8;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384674;STB=0.732971;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00799039;OID=.;OPOS=81471458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:105:105:36:36:0.255319:8:28:51:54:8:28:51:54 chr10 81701722 . T C 1063.99 PASS AF=0.515152;AO=102;DP=198;FAO=102;FDP=198;FR=.;FRO=96;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0728377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8681;QD=21.4948;RBI=0.0749441;REFB=-0.00871062;REVB=-0.0176432;RO=91;SAF=54;SAR=48;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00167714;STB=0.511043;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0082776;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:91:96:102:102:0.515152:48:54:48:43:48:54:53:43 chr10 81706324 . A G 422.82 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0175874;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.643;QD=16.7453;RBI=0.0256104;REFB=0.00798473;REVB=-0.0186166;RO=54;SAF=12;SAR=34;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221756;STB=0.620872;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00962647;OID=.;OPOS=81706324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:54:55:46:46:0.455446:34:12:25:29:34:12:25:30 chr10 81841692 . G T 1589.06 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.676;QD=59.9645;RBI=0.0505203;REFB=0;REVB=0.0468702;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44112e-05;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:48:56:0:0:49:57:0:0 chr10 81915136 . T C 1878.08 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5607;QD=61.5766;RBI=0.0642756;REFB=0;REVB=0.05199;RO=0;SAF=39;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.64996e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98235e-05;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:81:39:0:0:83:39:0:0 chr10 81917708 . A G 1283.0 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.402;QD=61.8313;RBI=0.0324569;REFB=0;REVB=-0.0264672;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74009e-05;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr10 81926702 . G A 7651.37 PASS AF=1;AO=480;DP=486;FAO=485;FDP=485;FR=.;FRO=0;FSAF=317;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167395;FXX=0.00614741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.323;QD=63.104;RBI=0.0130998;REFB=0.0271888;REVB=0.0129924;RO=3;SAF=314;SAR=166;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.55333e-06;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:486:485:3:0:480:485:1:166:314:0:3:168:317:0:0 chr10 82012599 . T C 65.57 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0151841;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.751;QD=8.46082;RBI=0.0251608;REFB=-0.0212734;REVB=0.0200626;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268247;STB=0.663998;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0584303;OID=.;OPOS=82012599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:31:31:22:22:9:9:0.290323:5:4:15:7:5:4:15:7 chr10 82012748 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0811379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1226;QD=10.1733;RBI=0.0848616;REFB=-0.0245539;REVB=0.0248623;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887268;STB=0.555357;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0524756;OID=.;OPOS=82012748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:7:2:1:5:7:2 chr10 82012954 . A G 336.95 PASS AF=0.33871;AO=41;DP=126;FAO=42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00672227;FXX=0.0312476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.952;QD=10.8692;RBI=0.0218147;REFB=-0.00781867;REVB=-0.0207532;RO=81;SAF=28;SAR=13;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265627;STB=0.644739;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0224187;OID=.;OPOS=82012954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:81:82:41:42:0.33871:13:28:37:44:14:28:37:45 chr10 82012967 . G T 345.85 PASS AF=0.349593;AO=42;DP=121;FAO=43;FDP=123;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0154046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.199;QD=11.247;RBI=0.0500724;REFB=-0.0171006;REVB=-0.0476439;RO=77;SAF=24;SAR=18;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117226;STB=0.585308;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0275713;OID=.;OPOS=82012967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:77:80:42:43:0.349593:18:24:36:41:18:25:36:44 chr10 82013119 . G A 824.03 PASS AF=0.472222;AO=85;DP=179;FAO=85;FDP=180;FR=.;FRO=95;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.0028057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.993;QD=18.3117;RBI=0.00300203;REFB=-0.0134427;REVB=-0.00106782;RO=94;SAF=45;SAR=40;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017878;STB=0.507207;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0152949;OID=.;OPOS=82013119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:94:95:85:85:0.472222:40:45:48:46:40:45:49:46 chr10 82013134 . C T 917.01 PASS AF=0.50838;AO=88;DP=180;FAO=91;FDP=179;FR=.;FRO=88;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.00164629;FXX=0.0218567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.576;QD=20.4919;RBI=0.0337035;REFB=-0.0180787;REVB=0.0336632;RO=91;SAF=45;SAR=43;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459582;STB=0.524681;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0124786;OID=.;OPOS=82013134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:91:88:88:91:0.50838:43:45:42:49:43:48:42:46 chr10 82013146 . T C 959.85 PASS AF=0.489691;AO=94;DP=193;FAO=95;FDP=194;FR=.;FRO=99;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=0.00551993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.332;QD=19.7908;RBI=0.011669;REFB=-0.0068261;REVB=-0.0102809;RO=98;SAF=52;SAR=42;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872077;STB=0.552792;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00292181;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:98:99:94:95:0.489691:42:52:45:53:42:53:45:54 chr10 82033594 . G A 823.53 PASS AF=0.445;AO=89;DP=200;FAO=89;FDP=200;FR=.;FRO=111;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=-0.0178289;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.15;QD=16.4706;RBI=0.0186146;REFB=-0.0193086;REVB=-0.0053511;RO=109;SAF=34;SAR=55;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320698;STB=0.524051;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0211791;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:109:111:89:89:0.445:55:34:45:64:55:34:47:64 chr10 82034842 . A G 3150.04 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6507;QD=61.7654;RBI=0.0885022;REFB=0;REVB=0.0340217;RO=0;SAF=93;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254226;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:204:0:0:201:204:1:108:93:0:0:108:96:0:0 chr10 82034854 . T C 2834.43 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00963857;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.379;QD=62.2952;RBI=0.0388625;REFB=-0.0293286;REVB=0.0376483;RO=0;SAF=84;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1888e-08;STB=0.502958;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000242831;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:0:1:181:181:0.994505:97:84:0:0:97:84:1:0 chr10 82040052 . A G 2181.95 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9522;QD=62.7901;RBI=0.0196774;REFB=0;REVB=0.0152237;RO=0;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167706;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:136:139:1:70:66:0:0:71:68:0:0 chr10 82095968 . T G 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.49;QD=54.7458;RBI=0.0316;REFB=-0.0502599;REVB=0.00897595;RO=1;SAF=13;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116359;STB=0.506171;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000151793;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:40:13:0:1:40:13:0:1 chr10 82192712 . AT A,AA 588.86 PASS AF=0.075,0.925;AO=12,28;DP=41;FAO=3,37;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531522,0.0575597;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.167,146.18;QD=58.8863;RBI=0.0771055,0.0978347;REFB=0,0;REVB=0.0558579,0.0791107;RO=0;SAF=7,14;SAR=5,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0221961,0.00207267;OID=.,.;OPOS=82192713,82192713;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.075,0.925:12,28:41:3,37:40:0:1,20:2,17:0:0:11:0:7,14:5,14:0:0 chr10 82369195 . C T 687.03 PASS AF=0.436047;AO=75;DP=171;FAO=75;FDP=172;FR=.;FRO=97;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=0.0175634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.132;QD=15.9773;RBI=0.0180683;REFB=-0.0149046;REVB=-0.00424185;RO=95;SAF=28;SAR=47;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721256;STB=0.54127;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0212762;OID=.;OPOS=82369195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:95:97:75:75:0.436047:47:28:42:53:47:28:43:54 chr10 82369219 . T A 1156.57 PASS AF=0.5;AO=114;DP=230;FAO=115;FDP=230;FR=.;FRO=115;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=39;FSRR=76;FWDB=-0.00999339;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7833;QD=20.1142;RBI=0.077524;REFB=-0.0226027;REVB=0.0768772;RO=115;SAF=50;SAR=64;SRF=39;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936919;STB=0.549271;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0210794;OID=.;OPOS=82369219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:115:115:114:115:0.5:64:50:39:76:65:50:39:76 chr10 83637775 . C G 462.85 PASS AF=0.365714;AO=49;DP=160;FAO=64;FDP=175;FR=.;FRO=111;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=68;FWDB=-0.00937251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.998;QD=10.5794;RBI=0.043766;REFB=-0.014497;REVB=0.0427506;RO=107;SAF=24;SAR=25;SRF=40;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138027;STB=0.508343;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0237336;OID=.;OPOS=83637775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:175:107:111:49:64:0.365714:25:24:40:67:40:24:43:68 chr10 84745256 . C T 346.0 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0543347;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7349;QD=16.0932;RBI=0.057414;REFB=-0.006066;REVB=0.0185501;RO=49;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106733;STB=0.506013;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00984882;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:20:17:22:27:20:17:22:27 chr10 85984425 . C T 459.59 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.013753;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.252;QD=15.7125;RBI=0.0140946;REFB=-0.0138504;REVB=-0.00308435;RO=66;SAF=31;SAR=20;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140805;STB=0.578916;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.020376;OID=.;OPOS=85984425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:66:66:51:51:0.435897:20:31:31:35:20:31:31:35 chr10 85993836 . A G 2065.44 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00490867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.666;QD=62.5891;RBI=0.0137436;REFB=0;REVB=0.0128371;RO=0;SAF=69;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93697e-06;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:62:69:0:0:62:70:0:0 chr10 86004873 . T C 630.71 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0347064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.96;QD=19.4065;RBI=0.0348684;REFB=-0.0140024;REVB=0.00335718;RO=64;SAF=15;SAR=49;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206321;STB=0.617487;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0182352;OID=.;OPOS=86004873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:66:64:64:0.492308:49:15:27:37:49:15:28:38 chr10 86012713 . C T 729.05 PASS AF=0.472393;AO=77;DP=163;FAO=77;FDP=163;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.0234217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.541;QD=17.8907;RBI=0.0291281;REFB=0.0105674;REVB=-0.0173168;RO=86;SAF=23;SAR=54;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139745;STB=0.577622;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0109958;OID=.;OPOS=86012713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:86:86:77:77:0.472393:54:23:37:49:54:23:37:49 chr10 86274871 . C T 1215.23 PASS AF=0.450704;AO=127;DP=282;FAO=128;FDP=284;FR=.;FRO=156;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=78;FSRR=78;FWDB=-0.000813757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.682;QD=17.1159;RBI=0.00783047;REFB=-0.00366227;REVB=-0.00778807;RO=149;SAF=63;SAR=64;SRF=73;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431398;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:284:149:156:127:128:0.450704:64:63:73:76:64:64:78:78 chr10 87359435 . A C 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0261664;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=254.871;QD=23.041;RBI=0.0272345;REFB=-0.0041394;REVB=-0.00755243;RO=39;SAF=24;SAR=24;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115187;STB=0.568154;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00376969;OID=.;OPOS=87359435;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:40:48:48:0.545455:24:24:14:25:24:24:14:26 chr10 87359674 . T A 152.51 PASS AF=0.208333;AO=62;DP=192;FAO=40;FDP=192;FR=.;FRO=152;FSAF=0;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=152;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.6243;QD=3.17731;RBI=0.203443;REFB=-0.0971443;REVB=-0.203443;RO=112;SAF=0;SAR=62;SRF=0;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.309131;OID=.;OPOS=87359674;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:112:152:62:40:0.208333:62:0:0:112:40:0:0:152 chr10 87359676 . T A 1877.38 PASS AF=0.787565;AO=143;DP=193;FAO=152;FDP=193;FR=.;FRO=41;FSAF=0;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=41;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.5862;QD=38.9094;RBI=0.055318;REFB=-0.166047;REVB=0.055318;RO=27;SAF=0;SAR=143;SRF=0;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.046568;OID=.;OPOS=87359676;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:27:41:143:152:0.787565:143:0:0:27:152:0:0:41 chr10 87359826 . A G 937.51 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.125;QD=58.5946;RBI=0.00963213;REFB=0;REVB=0.00310142;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74766e-05;OID=.;OPOS=87359826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr10 87361961 . G A 222.31 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0331561;FXX=0.095223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.903;QD=15.6009;RBI=0.0336853;REFB=-0.0497247;REVB=-0.00594773;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00547917;STB=0.509946;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0562206;OID=.;OPOS=87361961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:31:32:25:25:0.438596:16:9:11:20:16:9:11:21 chr10 88126072 . G A 6287.05 PASS AF=1;AO=392;DP=392;FAO=395;FDP=395;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=216;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8173;QD=63.6663;RBI=0.0302267;REFB=0;REVB=0.010059;RO=0;SAF=177;SAR=215;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.4739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25968e-05;OID=.;OPOS=88126072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:392:395:0:0:392:395:1:215:177:0:0:216:179:0:0 chr10 88203068 . T C 1607.95 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.47;QD=59.0072;RBI=0.0756967;REFB=-0.113391;REVB=0.0677323;RO=1;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887197;STB=0.504672;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00183949;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:53:55:0:1:53:55:0:1 chr10 88277457 . C T 379.47 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0243436;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.1;QD=24.4817;RBI=0.0713866;REFB=-0.027666;REVB=-0.0671077;RO=25;SAF=21;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180487;STB=0.59891;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0118877;OID=.;OPOS=88277457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:25:25:37:37:0.596774:16:21:8:17:16:21:8:17 chr10 88414569 . C T 1335.76 PASS AF=0.640884;AO=116;DP=181;FAO=116;FDP=181;FR=.;FRO=65;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=7;FSRR=58;FWDB=0.046889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.8316;QD=29.5195;RBI=0.0492312;REFB=-0.0205116;REVB=0.0150044;RO=61;SAF=57;SAR=59;SRF=5;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265121;STB=0.638465;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00696769;OID=.;OPOS=88414569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:61:65:116:116:0.640884:59:57:5:56:59:57:7:58 chr10 88421041 . C T 516.79 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0125538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.997;QD=17.8204;RBI=0.0201949;REFB=-0.0306606;REVB=-0.0158189;RO=61;SAF=36;SAR=19;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158204;STB=0.508787;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0360732;OID=.;OPOS=88421041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:55:55:0.474138:19:36:39:22:19:36:39:22 chr10 88422116 . C T 1280.8 PASS AF=0.405028;AO=145;DP=357;FAO=145;FDP=358;FR=.;FRO=213;FSAF=37;FSAR=108;FSRF=81;FSRR=132;FWDB=0.015783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.91;QD=14.3106;RBI=0.0159817;REFB=-0.00582115;REVB=-0.00251222;RO=203;SAF=37;SAR=108;SRF=80;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17204;STB=0.589332;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00972989;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:358:203:213:145:145:0.405028:108:37:80:123:108:37:81:132 chr10 88476182 . G C 37.47 PASS AF=0.625;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4692;QD=18.7327;RBI=0.00229889;REFB=-0.0412665;REVB=-0.00229889;RO=5;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0840081;OID=.;OPOS=88476182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:10:8:5:3:5:5:0.625:5:0:0:5:5:0:0:3 chr10 88505700 . T G 396.68 PASS AF=0.466667;AO=36;DP=84;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00687084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.207;QD=17.6304;RBI=0.00689162;REFB=-0.0165246;REVB=-0.000534679;RO=44;SAF=23;SAR=13;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731707;STB=0.51999;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0165689;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:90:44:48:36:42:0.466667:13:23:25:19:16:26:28:20 chr10 88635779 . C A 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0551933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6456;QD=14.9201;RBI=0.0793781;REFB=-0.00927978;REVB=-0.057049;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135642;STB=0.507687;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0151132;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:14:14:18:19:14:14:18:19 chr10 88683890 . T A 626.34 PASS AF=0.955556;AO=39;DP=41;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0283078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.077;QD=55.675;RBI=0.0283913;REFB=-0.131062;REVB=-0.00217597;RO=2;SAF=15;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584765;STB=0.524988;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00539037;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:41:45:2:2:39:43:0.955556:24:15:2:0:24:19:2:0 chr10 88702350 . G C 888.39 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0708563;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6358;QD=54.67;RBI=0.0992781;REFB=-0.145355;REVB=0.069538;RO=2;SAF=28;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325305;STB=0.517236;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00666907;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:2:2:62:63:0.969231:34:28:2:0:35:28:2:0 chr10 88717140 . T A 3136.76 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172141;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.833;QD=64.0156;RBI=0.0534305;REFB=0;REVB=0.0534028;RO=0;SAF=118;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7302e-05;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:196:0:0:191:196:1:73:118:0:0:78:118:0:0 chr10 88717154 . C T 3025.0 PASS AF=0.975728;AO=201;DP=209;FAO=201;FDP=206;FR=.;FRO=5;FSAF=119;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00496536;FXX=0.0143534;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.925;QD=58.7379;RBI=0.0527989;REFB=-0.0835517;REVB=0.0525649;RO=4;SAF=119;SAR=82;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353672;STB=0.504816;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00118754;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:209:206:4:5:201:201:0.975728:82:119:2:2:82:119:2:3 chr10 88730106 . C T 708.43 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128983;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1366;QD=62.9718;RBI=0.154523;REFB=0;REVB=0.0850931;RO=1;SAF=11;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407606;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288289;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:1:0:42:45:1:31:11:1:0:34:11:0:0 chr10 88730177 . A G 707.79 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.894;QD=62.9146;RBI=0.103555;REFB=0;REVB=0.100301;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419058;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:40:45:1:24:16:0:0:29:16:0:0 chr10 88730312 . T C 1219.51 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0404934;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9924;QD=60.2227;RBI=0.0414676;REFB=-0.0245708;REVB=0.00893595;RO=1;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104059;STB=0.505493;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00231941;OID=.;OPOS=88730312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:81:1:1:80:80:0.987654:45:35:0:1:45:35:0:1 chr10 88768253 . A G 2460.62 PASS AF=0.993902;AO=159;DP=161;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=104;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0426823;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6953;QD=60.0151;RBI=0.0442739;REFB=-0.0948129;REVB=0.0117642;RO=0;SAF=103;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65863e-08;STB=0.504201;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0016846;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:161:164:0:1:159:163:0.993902:56:103:0:0:59:104:0:1 chr10 88768657 . C T 2178.7 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1185;QD=63.1506;RBI=0.0263488;REFB=0;REVB=0.00859391;RO=0;SAF=69;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22663e-05;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:69:69:0:0:69:69:0:0 chr10 88782084 . A G 1012.63 PASS AF=0.972603;AO=69;DP=72;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0371005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4159;QD=55.4866;RBI=0.0375339;REFB=0.016554;REVB=0.00568722;RO=2;SAF=32;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00193837;STB=0.501363;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00369812;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:73:2:2:69:71:0.972603:37:32:1:1:39:32:1:1 chr10 88782151 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.743;QD=53.9098;RBI=0.0726926;REFB=0;REVB=0.0369131;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761301;OID=.;OPOS=88782151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr10 88820789 . T C 1571.52 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0800427;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.435;QD=64.1437;RBI=0.0800575;REFB=0;REVB=0.00153737;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374985;OID=.;OPOS=88820789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr10 88988115 . G A 1056.61 PASS AF=0.447154;AO=107;DP=245;FAO=110;FDP=246;FR=.;FRO=136;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=62;FSRR=74;FWDB=0.012681;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.686;QD=17.1807;RBI=0.0127604;REFB=-0.0371963;REVB=-0.00142121;RO=134;SAF=56;SAR=51;SRF=61;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068185;STB=0.529389;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.042266;OID=.;OPOS=88988115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:246:134:136:107:110:0.447154:51:56:61:73:54:56:62:74 chr10 88992641 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.789;QD=63.872;RBI=0.0574382;REFB=0;REVB=0.0464834;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112929;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr10 89267957 . C T 2830.99 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713773;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.526;QD=62.5633;RBI=0.00907684;REFB=-0.062422;REVB=0.00560731;RO=0;SAF=77;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13345e-05;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:181:0:0:181:181:1:104:77:0:0:104:77:0:0 chr10 89420789 . A G 2812.44 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059059;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.768;QD=62.8479;RBI=0.0595157;REFB=0;REVB=0.00735878;RO=0;SAF=87;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43957e-05;OID=.;OPOS=89420789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:179:0:0:179:179:1:92:87:0:0:92:87:0:0 chr10 89507152 . TAAAAAAC TAAAAAC,TAAAAACA 32.09 PASS AF=0.245283,0.0377358;AO=14,3;DP=60;FAO=13,2;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=4,2;FSAR=9,0;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.260902,0.0841866;FXX=0.116647;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.24169,20.8276;QD=2.42151;RBI=0.291255,0.164929;REFB=-0.128575,-0.0561512;REVB=-0.129459,-0.141824;RO=28;SAF=4,2;SAR=10,1;SRF=15;SRR=13;SSEN=0.428571,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.289759,0.139906;STB=0.648667,0.994797;STBP=0.22,0.173;TYPE=del,mnp;VARB=0.158666,0.14031;OID=.,.;OPOS=89507153,89507158;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=TAAAAAC,TAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245283,0.0377358:14,3:60:13,2:53:38:4,2:9,0:19:19:25:28:4,2:10,1:15:13 chr10 89720907 . T G 4157.77 PASS AF=0.981884;AO=269;DP=275;FAO=271;FDP=276;FR=.;FRO=5;FSAF=110;FSAR=161;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0462157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0952;QD=60.2575;RBI=0.0473087;REFB=-0.0866279;REVB=-0.0101103;RO=6;SAF=109;SAR=160;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112499;STB=0.50364;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00682355;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:275:276:6:5:269:271:0.981884:160:109:4:2:161:110:3:2 chr10 90305177 . C T 221.85 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0192362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.264;QD=18.4873;RBI=0.0228009;REFB=-0.0151396;REVB=-0.0122414;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230651;STB=0.630481;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0252836;OID=.;OPOS=90305177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:9:17:9:13:9:17 chr10 90342837 . C G 1957.68 PASS AF=0.448276;AO=208;DP=464;FAO=208;FDP=464;FR=.;FRO=256;FSAF=113;FSAR=95;FSRF=119;FSRR=137;FWDB=0.0277954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7686;QD=16.8765;RBI=0.100013;REFB=-0.0168336;REVB=0.0960726;RO=256;SAF=113;SAR=95;SRF=119;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782901;STB=0.543265;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0190636;OID=.;OPOS=90342837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:464:256:256:208:208:0.448276:95:113:119:137:95:113:119:137 chr10 90345429 . G A 511.2 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0464158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9597;QD=17.04;RBI=0.0490825;REFB=0.000183725;REVB=-0.0159581;RO=64;SAF=28;SAR=27;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842213;STB=0.550663;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.000912283;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:65:55:55:0.458333:27:28:27:37:27:28:27:38 chr10 90356598 . A G 1783.51 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00863489;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9925;QD=59.95;RBI=0.047325;REFB=0.0462718;REVB=-0.0465306;RO=1;SAF=28;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166575;STB=0.50877;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.000396997;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:119:1:1:118:118:0.991597:90:28:1:0:90:28:1:0 chr10 90425327 . T C 2320.46 PASS AF=1;AO=121;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=86;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410569;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.086;QD=59.8829;RBI=0.0436031;REFB=0;REVB=0.0146822;RO=0;SAF=85;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98447e-05;OID=.;OPOS=90425327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:121:155:1:36:85:0:0:69:86:0:0 chr10 90429652 . A G 1877.71 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.161;QD=61.5644;RBI=0.0113267;REFB=0;REVB=-0.00995665;RO=0;SAF=76;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31039e-06;OID=.;OPOS=90429652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:46:76:0:0:46:76:0:0 chr10 90438207 . A G 1846.74 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00960897;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.616;QD=60.5488;RBI=0.0215962;REFB=0.0120003;REVB=0.0193408;RO=1;SAF=63;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748096;STB=0.503936;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-5.83048e-05;OID=.;OPOS=90438207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:122:1:1:121:121:0.991803:58:63:1:0:58:63:1:0 chr10 90490921 . G A 1539.86 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0359656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.345;QD=61.5945;RBI=0.0376497;REFB=-0.00581117;REVB=0.0111342;RO=2;SAF=43;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215467;STB=0.511361;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-3.64344e-05;OID=.;OPOS=90490921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:55:43:2:0:55:43:2:0 chr10 90503075 . T C 1540.56 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.562;QD=59.8275;RBI=0.0120076;REFB=0;REVB=0.00414702;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28421e-06;OID=.;OPOS=90503075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:54:49:0:0:54:49:0:0 chr10 90512306 . G C 1475.06 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0867425;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1317;QD=63.4432;RBI=0.0924733;REFB=0;REVB=0.0320475;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329392;OID=.;OPOS=90512306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr10 90524237 . T C 2196.29 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.308;QD=63.2025;RBI=0.0159158;REFB=0;REVB=0.0151843;RO=0;SAF=43;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66101e-05;OID=.;OPOS=90524237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:137:139:1:94:43:0:0:95:44:0:0 chr10 90530660 . C A 509.5 PASS AF=0.38961;AO=60;DP=154;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.0623217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3814;QD=13.2337;RBI=0.0713636;REFB=0.0108852;REVB=-0.0347675;RO=94;SAF=35;SAR=25;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147456;STB=0.583306;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0287097;OID=.;OPOS=90530660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:94:94:60:60:0.38961:25:35:42:52:25:35:42:52 chr10 90534893 . C T 292.38 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=45;FWDB=-0.0529242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.642;QD=12.3106;RBI=0.0586789;REFB=-0.0149229;REVB=-0.0253426;RO=61;SAF=12;SAR=22;SRF=16;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115865;STB=0.56616;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0238624;OID=.;OPOS=90534893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:22:12:16:45:22:12:16:45 chr10 90562705 . T A 853.43 PASS AF=0.502924;AO=86;DP=172;FAO=86;FDP=171;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.0406034;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8161;QD=19.9632;RBI=0.042027;REFB=-0.00904419;REVB=0.0108457;RO=85;SAF=34;SAR=52;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699105;STB=0.538474;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00992229;OID=.;OPOS=90562705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:85:85:86:86:0.502924:52:34:40:45:52:34:40:45 chr10 90580144 . C T 1399.06 PASS AF=0.474026;AO=146;DP=308;FAO=146;FDP=308;FR=.;FRO=162;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=72;FSRR=90;FWDB=0.0069684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.042;QD=18.1697;RBI=0.0556624;REFB=-0.015259;REVB=-0.0552244;RO=161;SAF=75;SAR=71;SRF=72;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632766;STB=0.536376;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0162641;OID=.;OPOS=90580144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:161:162:146:146:0.474026:71:75:72:89:71:75:72:90 chr10 90585819 . G A 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0251818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.931;QD=22.5294;RBI=0.0717809;REFB=-0.00572488;REVB=-0.0672189;RO=32;SAF=23;SAR=17;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945092;STB=0.551923;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00437473;OID=.;OPOS=90585819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:17:23:22:10:17:23:22:10 chr10 90749256 . G A 2130.34 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=139;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161448;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.221;QD=62.1996;RBI=0.0177626;REFB=-0.00652592;REVB=0.00740642;RO=1;SAF=68;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693992;STB=0.503649;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-1.4865e-05;OID=.;OPOS=90749256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:137:1:1:136:136:0.992701:68:68:0:1:68:68:0:1 chr10 90771829 . T A,C 683.12 PASS AF=0.0392157,0.941176;AO=2,48;DP=51;FAO=2,48;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=2,21;FSAR=0,27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00620524,0.000709781;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=85.2455,47.1731;QD=53.5783;RBI=0.0108643,0.0794666;REFB=-0.133626,-0.0456074;REVB=0.00891788,-0.0794635;RO=1;SAF=2,21;SAR=0,27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0218744;STB=0.5,0.511623;STBP=1,0.342;TYPE=snp,snp;VARB=0.133307,0.000587981;OID=.,.;OPOS=90771829,90771829;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:51:51:1:1:2,48:2,48:0.0392157,0.941176:0,27:2,21:1:0:0,27:2,21:1:0 chr10 90966546 . C T 262.72 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0846628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.697;QD=15.0123;RBI=0.0847279;REFB=-0.0315706;REVB=0.00331971;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138701;STB=0.5581;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0357108;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:40:30:30:0.428571:18:12:20:17:18:12:20:20 chr10 90966996 . C G 426.35 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.018118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8679;QD=16.3979;RBI=0.0240593;REFB=-0.03089;REVB=-0.01583;RO=56;SAF=15;SAR=32;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223321;STB=0.508883;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0290177;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:57:47:47:0.451923:32:15:19:37:32:15:19:38 chr10 90987989 . G C 356.43 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0377247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8706;QD=14.2573;RBI=0.0575684;REFB=0.00437493;REVB=0.0434852;RO=59;SAF=24;SAR=15;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151327;STB=0.586539;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00481572;OID=.;OPOS=90987989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:61:39:39:0.39:15:24:28:31:15:24:29:32 chr10 91007339 . C T 458.72 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0254439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.696;QD=16.9895;RBI=0.0417919;REFB=-0.00405611;REVB=0.0331538;RO=57;SAF=26;SAR=24;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443004;STB=0.529226;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00244281;OID=.;OPOS=91007339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:58:50:50:0.462963:24:26:27:30:24:26:27:31 chr10 91007360 . T G 514.91 PASS AF=0.509615;AO=51;DP=103;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0074851;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.602;QD=19.8043;RBI=0.0103979;REFB=-0.0148495;REVB=-0.00721731;RO=50;SAF=22;SAR=29;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620011;STB=0.537463;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0176451;OID=.;OPOS=91007360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:50:51:51:53:0.509615:29:22:25:25:30:23:26:25 chr10 91066460 . T A 1607.04 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.646;QD=60.0761;RBI=0.0359477;REFB=0;REVB=0.0354624;RO=0;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05628e-05;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:64:43:0:0:64:43:0:0 chr10 91066769 . C A 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.53;QD=64.1536;RBI=0.0161294;REFB=0;REVB=-0.00106883;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6728e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:57:42:0:0:57:42:0:0 chr10 91067595 . C G 3170.11 PASS AF=1;AO=179;DP=201;FAO=199;FDP=199;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=102;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.743;QD=63.7207;RBI=0.0316369;REFB=0;REVB=0.0302803;RO=0;SAF=98;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813159;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:199:0:0:179:199:1:81:98:0:0:97:102:0:0 chr10 91099943 . C G 2254.48 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.485;QD=63.5063;RBI=0.00807159;REFB=0;REVB=0.0079151;RO=0;SAF=66;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17777e-05;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:76:66:0:0:76:66:0:0 chr10 91100068 . C A 769.58 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.04;QD=57.0057;RBI=0.0461621;REFB=0;REVB=0.0453918;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104532;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:26:26:0:0:27:27:0:0 chr10 91143529 . T A 1859.05 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.254;QD=61.4561;RBI=0.0173134;REFB=0;REVB=0.0169526;RO=0;SAF=48;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89736e-05;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:73:48:0:0:73:48:0:0 chr10 91162497 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134399;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=318.701;QD=58.9627;RBI=0.0169891;REFB=0;REVB=0.0103922;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44918e-06;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr10 91162677 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.191;QD=63.8714;RBI=0.005895;REFB=0;REVB=0.000604486;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08244e-05;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr10 91172555 . AAG A,AA 915.91 PASS AF=0,1;AO=14,44;DP=60;FAO=0,63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688987,0.07319;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=227.265,238.046;QD=58.1531;RBI=0.0763221,0.0804083;REFB=0,0;REVB=0.0328335,0.0332976;RO=0;SAF=6,15;SAR=8,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0430083,0.000364764;OID=.,.;OPOS=91172556,91172557;OREF=AG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:14,44:60:0,63:63:0:0,24:0,39:0:0:5:0:6,15:8,29:0:0 chr10 91178000 . C T 924.77 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232053;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.067;QD=58.7154;RBI=0.0381371;REFB=0;REVB=-0.0302646;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97366e-05;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr10 91343930 . TTA T,TTT 58.67 PASS AF=0.387097,0;AO=8,10;DP=49;FAO=12,0;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3,0;FSAR=9,0;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.102444,-0.0880603;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=14.181,10.7544;QD=7.57007;RBI=0.142731,0.179407;REFB=-0.071934,-0.0225408;REVB=-0.0993855,-0.156309;RO=20;SAF=1,0;SAR=7,10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.494369,-0.777772;STB=0.581273,0.5;STBP=0.622,1;TYPE=del,snp;VARB=0.102496,0;OID=.,.;OPOS=91343931,91343932;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097,0:8,10:49:12,0:31:19:3,0:9,0:3:16:59:20:1,0:7,10:10:10 chr10 91352966 . G A 3876.0 PASS AF=1;AO=243;DP=243;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3403;QD=63.8024;RBI=0.0332769;REFB=0;REVB=0.0160207;RO=0;SAF=130;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02924e-05;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:243:0:0:243:243:1:113:130:0:0:113:130:0:0 chr10 91404448 . C G 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00607372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.202;QD=19.4775;RBI=0.0147291;REFB=-0.0243008;REVB=-0.0134185;RO=40;SAF=24;SAR=17;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228894;STB=0.636981;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0241385;OID=.;OPOS=91404448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:42:41:41:0.493976:17:24:13:27:17:24:13:29 chr10 91470834 . A C 688.88 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3478;QD=62.6253;RBI=0.132988;REFB=0;REVB=0.0420117;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151199;OID=.;OPOS=91470834;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr10 91484780 . G A 494.1 PASS AF=0.494845;AO=47;DP=96;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00912005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.14;QD=20.3752;RBI=0.0125391;REFB=-0.00612427;REVB=-0.00860543;RO=49;SAF=16;SAR=31;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675657;STB=0.529291;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00584328;OID=.;OPOS=91484780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:49:49:47:48:0.494845:31:16:20:29:31:17:20:29 chr10 91497207 . A G 1689.97 PASS AF=0.566787;AO=157;DP=277;FAO=157;FDP=277;FR=.;FRO=120;FSAF=56;FSAR=101;FSRF=48;FSRR=72;FWDB=0.0246544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.781;QD=24.4039;RBI=0.0270289;REFB=0.00607737;REVB=0.0110781;RO=120;SAF=56;SAR=101;SRF=48;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037202;STB=0.520203;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.004644;OID=.;OPOS=91497207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:120:120:157:157:0.566787:101:56:48:72:101:56:48:72 chr10 91497902 . C CTAAAAG 414.27 PASS AF=0.291667;AO=54;DP=200;FAO=56;FDP=192;FR=.;FRO=136;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=88;FWDB=-0.00819271;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=6;MLLD=280.517;QD=8.63058;RBI=0.00893133;REFB=-0.00936461;REVB=-0.00355642;RO=143;SAF=18;SAR=36;SRF=50;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223389;STB=0.525117;STBP=0.682;TYPE=ins;VARB=0.0218761;OID=.;OPOS=91497903;OREF=-;OALT=TAAAAG;OMAPALT=CTAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:54:200:56:192:136:18:38:48:88:99:143:18:36:50:93 chr10 91497912 . A G 707.15 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=22;FSRR=57;FWDB=0.0683292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.25;QD=18.4876;RBI=0.0702894;REFB=-0.0219823;REVB=0.0164837;RO=79;SAF=24;SAR=50;SRF=22;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499254;STB=0.527519;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0240939;OID=.;OPOS=91497912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:79:79:74:74:0.48366:50:24:22:57:50:24:22:57 chr10 91498127 . T C 802.26 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391404;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.012;QD=57.3043;RBI=0.0391412;REFB=0;REVB=0.000247554;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167265;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:36:19:0:0:36:20:0:0 chr10 91498254 . A G 397.41 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0180969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.163;QD=20.6445;RBI=0.0215467;REFB=0.000333546;REVB=0.0116946;RO=36;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502347;STB=0.520538;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.000399428;OID=.;OPOS=91498254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:21:19:15:21:21:19:16:21 chr10 91498318 . A G 123.12 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0455006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.769;QD=16.4162;RBI=0.0494623;REFB=-0.0106203;REVB=0.0193962;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27196;STB=0.633156;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0178673;OID=.;OPOS=91498318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:13:14:0.466667:6:7:4:12:7:7:4:12 chr10 91503660 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0117395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.31;QD=18.1541;RBI=0.0319858;REFB=0.00590694;REVB=0.0297536;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112262;STB=0.563615;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00783331;OID=.;OPOS=91503660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:9:16:11:10:9:16 chr10 91738556 . C A 2440.88 PASS AF=0.98773;AO=161;DP=163;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00271893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4268;QD=59.8988;RBI=0.00359219;REFB=-0.0688733;REVB=0.0023476;RO=1;SAF=72;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656284;STB=0.506848;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00539364;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:163:1:2:161:161:0.98773:89:72:1:0:89:72:2:0 chr10 91923501 . G A 2310.1 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000761625;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1533;QD=60.7921;RBI=0.0215987;REFB=0;REVB=-0.0215853;RO=0;SAF=73;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145168;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:152:152:0:0:150:152:1:77:73:0:0:79:73:0:0 chr10 92503619 . T C 510.03 PASS AF=0.52;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00133697;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.526;QD=20.4011;RBI=0.00168421;REFB=-0.0155993;REVB=0.00102424;RO=44;SAF=23;SAR=29;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103256;STB=0.51785;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0166113;OID=.;OPOS=92503619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:44:48:52:52:0.52:29:23:20:24:29:23:23:25 chr10 92912588 . G A 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2588;QD=59.9238;RBI=0.0279085;REFB=0;REVB=-0.0124265;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134155;OID=.;OPOS=92912588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:62:43:0:0:62:43:0:0 chr10 93170250 . C G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5844;QD=45.8041;RBI=0.0736415;REFB=0;REVB=-0.0311457;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00403086;OID=.;OPOS=93170250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr10 93667635 . C T 1495.6 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.631;QD=62.3168;RBI=0.0417351;REFB=-0.00460293;REVB=0.0139312;RO=1;SAF=45;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104212;STB=0.505493;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=6.66132e-05;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:50:45:1:0:50:45:1:0 chr10 93841227 . A G 1793.7 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186316;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.006;QD=60.8035;RBI=0.189342;REFB=0;REVB=0.033716;RO=1;SAF=55;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855502;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034164;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:1:0:113:118:1:58:55:1:0:59:59:0:0 chr10 93999850 . A G 2008.81 PASS AF=1;AO=110;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000995441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.268;QD=62.2885;RBI=0.107642;REFB=0;REVB=0.107638;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44609e-05;OID=.;OPOS=93999850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:110:129:1:47:63:0:0:64:65:0:0 chr10 94695617 . C T 1041.11 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0129709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.426;QD=57.8394;RBI=0.0271654;REFB=0.0294224;REVB=0.0238687;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116744;STB=0.506022;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-9.16332e-05;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:40:30:0:1:41:30:0:1 chr10 95072906 . T C 2280.5 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177109;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.152;QD=61.2215;RBI=0.019119;REFB=0;REVB=0.00720127;RO=0;SAF=62;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312958;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:87:62:0:0:87:62:0:0 chr10 95168634 . A G 532.88 PASS AF=0.365714;AO=64;DP=175;FAO=64;FDP=175;FR=.;FRO=111;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=-0.0184208;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2287;QD=12.1802;RBI=0.0351672;REFB=-0.00966387;REVB=-0.0299567;RO=110;SAF=34;SAR=30;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449143;STB=0.528394;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0180401;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:110:111:64:64:0.365714:30:34:54:56:30:34:54:57 chr10 95216623 . A G 299.24 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0227473;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=246.912;QD=13.7582;RBI=0.0234096;REFB=-0.00533276;REVB=0.00552936;RO=51;SAF=13;SAR=21;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958486;STB=0.544472;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00627287;OID=.;OPOS=95216623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:53:34:34:0.390805:21:13:24:27:21:13:24:29 chr10 95237963 . A G 1585.14 PASS AF=0.473529;AO=161;DP=340;FAO=161;FDP=340;FR=.;FRO=179;FSAF=67;FSAR=94;FSRF=82;FSRR=97;FWDB=-0.0247999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.237;QD=18.6488;RBI=0.0290559;REFB=-0.0065693;REVB=-0.0151396;RO=178;SAF=67;SAR=94;SRF=81;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379046;STB=0.522551;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00913828;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:340:178:179:161:161:0.473529:94:67:81:97:94:67:82:97 chr10 95262981 . A G 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1874;QD=64.412;RBI=0.124101;REFB=0;REVB=0.0707248;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205387;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr10 95276742 . G C 979.43 PASS AF=0.475336;AO=96;DP=211;FAO=106;FDP=223;FR=.;FRO=117;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=0.00551138;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.565;QD=17.5682;RBI=0.0249661;REFB=-0.000348822;REVB=0.0243502;RO=114;SAF=51;SAR=45;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00377649;STB=0.519188;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.000310879;OID=.;OPOS=95276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:223:114:117:96:106:0.475336:45:51:61:53:46:60:62:55 chr10 95279506 . A T 1227.43 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.618;QD=61.3716;RBI=0.0217742;REFB=0;REVB=-0.00652824;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83301e-05;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr10 95279653 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.654;QD=57.2369;RBI=0.0507312;REFB=0;REVB=0.0135302;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317059;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr10 95431668 . A G 351.94 PASS AF=0.417582;AO=35;DP=90;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00619434;FXX=0.0215031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.801;QD=15.4698;RBI=0.0142733;REFB=-0.0057502;REVB=0.0128591;RO=53;SAF=23;SAR=12;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239418;STB=0.632654;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0514724;OID=.;OPOS=95431668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:53:35:38:0.417582:12:23:23:30:13:25:23:30 chr10 95433124 . A G 330.62 PASS AF=0.45;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00436763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.355;QD=16.5312;RBI=0.0114852;REFB=-0.0105151;REVB=0.0106223;RO=43;SAF=7;SAR=28;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246096;STB=0.653058;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0151789;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:44:35:36:0.45:28:7:17:26:29:7:18:26 chr10 95454681 . G C 458.73 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0100024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.878;QD=16.9899;RBI=0.014394;REFB=-0.0214655;REVB=-0.0103508;RO=58;SAF=22;SAR=28;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415649;STB=0.52316;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0320779;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:28:22:28:30:28:22:28:30 chr10 95458141 . A G 422.94 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00361603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.211;QD=18.3886;RBI=0.00373622;REFB=-0.0221568;REVB=-0.00094005;RO=48;SAF=20;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527512;STB=0.524039;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0191214;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:48:49:43:43:0.467391:23:20:25:23:23:20:25:24 chr10 95459817 . C T 750.89 PASS AF=0.384956;AO=86;DP=226;FAO=87;FDP=226;FR=.;FRO=139;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=66;FSRR=73;FWDB=0.00566304;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8878;QD=13.2901;RBI=0.042612;REFB=-0.0146287;REVB=-0.042234;RO=138;SAF=31;SAR=55;SRF=66;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133371;STB=0.56819;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0275193;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:138:139:86:87:0.384956:55:31:66:72:55:32:66:73 chr10 95552653 . T C 1557.33 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0300212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.8209;QD=57.679;RBI=0.0421178;REFB=-0.0397884;REVB=0.0295404;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50035;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000263584;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:0:2:106:106:0.981481:55:51:0:0:55:51:1:1 chr10 95718600 . T C 638.15 PASS AF=0.374384;AO=75;DP=202;FAO=76;FDP=203;FR=.;FRO=127;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=71;FSRR=56;FWDB=-0.00143558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.003;QD=12.5744;RBI=0.0399814;REFB=-0.0192846;REVB=0.0399557;RO=126;SAF=41;SAR=34;SRF=71;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018829;STB=0.512348;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0317796;OID=.;OPOS=95718600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:126:127:75:76:0.374384:34:41:71:55:35:41:71:56 chr10 95720490 . C T 761.17 PASS AF=0.457143;AO=79;DP=178;FAO=80;FDP=175;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.00412471;FXX=0.0223451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.045;QD=17.3983;RBI=0.00655884;REFB=-0.011942;REVB=0.00509953;RO=99;SAF=38;SAR=41;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945358;STB=0.549539;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0129855;OID=.;OPOS=95720490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:175:99:95:79:80:0.457143:41:38:57:42:41:39:55:40 chr10 95720501 . T C 775.97 PASS AF=0.423469;AO=83;DP=196;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=0.00389991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.424;QD=15.8361;RBI=0.00677583;REFB=-0.00979903;REVB=0.00554099;RO=109;SAF=39;SAR=44;SRF=63;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109754;STB=0.560495;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0122863;OID=.;OPOS=95720501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:109:113:83:83:0.423469:44:39:63:46:44:39:65:48 chr10 95791613 . T C 439.4 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00884592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.728;QD=19.3143;RBI=0.00885145;REFB=-0.018777;REVB=-0.000312722;RO=47;SAF=17;SAR=27;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783322;STB=0.543604;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0219795;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:27:17:22:25:27:17:22:25 chr10 96025697 . G A 325.98 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00946052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.21;QD=29.6346;RBI=0.0101662;REFB=-0.0130457;REVB=-0.00372146;RO=16;SAF=8;SAR=20;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697673;STB=0.538433;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0115458;OID=.;OPOS=96025697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:20:8:6:10:20:8:6:10 chr10 96039597 . G C 496.95 PASS AF=0.439024;AO=42;DP=124;FAO=54;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0149432;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.477;QD=16.161;RBI=0.153318;REFB=-0.00410727;REVB=0.152588;RO=45;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530657;STB=0.557231;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0044392;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:45:69:42:54:0.439024:20:22:21:24:29:25:25:44 chr10 96058298 . C T 593.72 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=151;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0180233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8861;QD=15.5222;RBI=0.0191658;REFB=-0.00498598;REVB=0.00651831;RO=85;SAF=32;SAR=34;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251923;STB=0.501189;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00692886;OID=.;OPOS=96058298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:85:87:66:66:0.431373:34:32:41:44:34:32:42:45 chr10 96066341 . A G 719.36 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0246691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.41;QD=19.0559;RBI=0.0284866;REFB=0.0067948;REVB=0.014245;RO=77;SAF=31;SAR=43;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00914316;STB=0.505045;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0067537;OID=.;OPOS=96066341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:77:74:74:0.490066:43:31:33:44:43:31:33:44 chr10 96104665 . T G 541.73 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0101647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.268;QD=18.2096;RBI=0.0492821;REFB=-0.0225398;REVB=0.0482224;RO=62;SAF=25;SAR=32;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882422;STB=0.548933;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0170601;OID=.;OPOS=96104665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:62:62:57:57:0.478992:32:25:33:29:32:25:33:29 chr10 96114835 . G A 177.47 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.0107368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3269;QD=14.4871;RBI=0.0911253;REFB=0.00738847;REVB=-0.0904905;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24021;STB=0.642551;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0137063;OID=.;OPOS=96114835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:30:19:19:0.387755:12:7:5:24:12:7:5:25 chr10 96122543 . A G 515.67 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0194627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6069;QD=20.0258;RBI=0.032235;REFB=0.0197586;REVB=-0.0256962;RO=50;SAF=29;SAR=24;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471549;STB=0.525993;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.0226873;OID=.;OPOS=96122543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:24:29:30:20:24:29:30:20 chr10 96163039 . C G 783.31 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000937744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8904;QD=52.2205;RBI=0.141653;REFB=-0.109363;REVB=-0.14165;RO=3;SAF=45;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172007;STB=0.514625;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00384851;OID=.;OPOS=96163039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:60:60:3:2:57:58:0.966667:12:45:2:1:12:46:1:1 chr10 96293164 . A C 171.9 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0965402;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.667;QD=17.1902;RBI=0.0967491;REFB=-0.00892152;REVB=0.00635474;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131313;STB=0.605958;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0112915;OID=.;OPOS=96293164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:22:18:18:0.45:13:5:3:15:13:5:3:19 chr10 96305729 . T C 3607.04 PASS AF=1;AO=228;DP=232;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322065;FXX=0.0212757;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.849;QD=62.7311;RBI=0.0322194;REFB=0;REVB=-0.000910505;RO=1;SAF=91;SAR=137;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520776;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09521e-05;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:232:230:1:0:228:230:1:137:91:1:0:138:92:0:0 chr10 96313960 . A C 1896.23 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.08;QD=61.6661;RBI=0.0384833;REFB=0;REVB=0.0321408;RO=0;SAF=42;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8985e-05;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:81:42:0:0:81:42:0:0 chr10 96352263 . GA AG,G 82.62 PASS AF=0.0519481,0.38961;AO=10,26;DP=76;FAO=4,30;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=1,14;FSAR=3,16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.14921,-0.00577;FXX=0.0128189;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=17.576,7.24552;QD=4.29187;RBI=0.232211,0.100155;REFB=-0.0209179,-0.0871021;REVB=-0.177929,-0.0999889;RO=33;SAF=1,14;SAR=9,12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.560314,0.0230813;STB=0.72412,0.512812;STBP=0.43,0.885;TYPE=mnp,del;VARB=0.0337485,0.0863311;OID=.,.;OPOS=96352263,96352264;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:76:77:33:43:10,26:4,30:0.0519481,0.38961:9,12:1,14:17:16:3,16:1,14:21:22 chr10 96493058 . C T 491.36 PASS AF=0.5;AO=50;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0104555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0517;QD=19.269;RBI=0.0634689;REFB=-0.0155022;REVB=-0.0626018;RO=51;SAF=21;SAR=29;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153115;STB=0.57819;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0258973;OID=.;OPOS=96493058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:51:50:51:0.5:29:21:30:21:29:22:30:21 chr10 96522561 . T C 779.95 PASS AF=0.560606;AO=72;DP=130;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0185214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0592;QD=23.6347;RBI=0.0304859;REFB=-0.0354929;REVB=0.0242147;RO=57;SAF=34;SAR=38;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703317;STB=0.535645;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0242548;OID=.;OPOS=96522561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:57:58:72:74:0.560606:38:34:22:35:40:34:22:36 chr10 96541616 . G A 351.24 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0268065;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.696;QD=18.0122;RBI=0.0414991;REFB=-0.0292158;REVB=-0.0316794;RO=37;SAF=25;SAR=12;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11656;STB=0.519221;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0305546;OID=.;OPOS=96541616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:37:41:37:37:0.474359:12:25:29:8:12:25:29:12 chr10 96602622 . C T 887.7 PASS AF=0.54375;AO=83;DP=156;FAO=87;FDP=160;FR=.;FRO=73;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0149647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.007;QD=22.1925;RBI=0.0201046;REFB=-0.00313387;REVB=0.0134258;RO=73;SAF=51;SAR=32;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129587;STB=0.555543;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00412176;OID=.;OPOS=96602622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:160:73:73:83:87:0.54375:32:51:34:39:36:51:34:39 chr10 96602623 . G A 674.27 PASS AF=0.453416;AO=73;DP=161;FAO=73;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=0.00916743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.103;QD=16.7519;RBI=0.0201205;REFB=-0.00510605;REVB=-0.0179107;RO=88;SAF=34;SAR=39;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111571;STB=0.561943;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.002373;OID=.;OPOS=96602623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:88:88:73:73:0.453416:39:34:51:37:39:34:51:37 chr10 96741053 . A C 1506.8 PASS AF=0.5;AO=151;DP=308;FAO=152;FDP=304;FR=.;FRO=152;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=80;FSRR=72;FWDB=0.0158148;FXX=0.0129866;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0451;QD=19.8263;RBI=0.0389716;REFB=0.0194052;REVB=-0.0356186;RO=156;SAF=78;SAR=73;SRF=84;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203172;STB=0.506585;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0240271;OID=.;OPOS=96741053;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:304:156:152:151:152:0.5:73:78:84:72:74:78:80:72 chr10 96748737 . A T 827.54 PASS AF=0.414097;AO=90;DP=225;FAO=94;FDP=227;FR=.;FRO=133;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=80;FWDB=-0.000369974;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.806;QD=14.5821;RBI=0.00202978;REFB=-0.00117412;REVB=0.00199578;RO=133;SAF=50;SAR=40;SRF=53;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165865;STB=0.583789;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00302501;OID=.;OPOS=96748737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:227:133:133:90:94:0.414097:40:50:53:80:43:51:53:80 chr10 96827178 . T C 1339.73 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.311;QD=62.3131;RBI=0.0190368;REFB=0;REVB=0.0173005;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08827e-05;OID=.;OPOS=96827178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:47:38:0:0:48:38:0:0 chr10 96954298 . A G 563.17 PASS AF=0.487805;AO=55;DP=121;FAO=60;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0742332;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.7614;QD=18.3146;RBI=0.0804134;REFB=-0.0859065;REVB=-0.0309151;RO=49;SAF=32;SAR=23;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063477;STB=0.503267;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.077216;OID=.;OPOS=96954298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:49:63:55:60:0.487805:23:32:32:17:28:32:34:29 chr10 96954360 . T A 321.21 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0635131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.384;QD=18.8945;RBI=0.0640164;REFB=0.00279718;REVB=-0.00801144;RO=32;SAF=10;SAR=24;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140262;STB=0.597641;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00237951;OID=.;OPOS=96954360;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:34:34:34:0.5:24:10:14:18:24:10:16:18 chr10 96997820 . A G 547.93 PASS AF=0.44697;AO=58;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00260649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.279;QD=16.604;RBI=0.0223512;REFB=-0.0119723;REVB=0.0221987;RO=74;SAF=27;SAR=31;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752038;STB=0.549868;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0170054;OID=.;OPOS=96997820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:74:73:58:59:0.44697:31:27:40:34:32:27:40:33 chr10 97072008 . T C 276.94 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0176795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8619;QD=18.4628;RBI=0.0211808;REFB=-0.000718488;REVB=-0.0116645;RO=30;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300353;STB=0.516767;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.000213358;OID=.;OPOS=97072008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:14:16:17:13:14:16:17:13 chr10 97106165 . T C 522.72 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=137;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.00549442;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.922;QD=15.374;RBI=0.029295;REFB=-0.000153387;REVB=0.0287751;RO=79;SAF=35;SAR=22;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745572;STB=0.541897;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.000447792;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:79:79:57:57:0.419118:22:35:43:36:22:35:43:36 chr10 97116219 . C T 404.14 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00770271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9203;QD=19.4767;RBI=0.044201;REFB=0.000373807;REVB=0.0435246;RO=42;SAF=20;SAR=21;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977272;STB=0.554219;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-1.74412e-05;OID=.;OPOS=97116219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:21:20:16:26:21:20:16:26 chr10 97127462 . C A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0224529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.977;QD=17.247;RBI=0.0294867;REFB=-0.00124328;REVB=-0.0191136;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112262;STB=0.581088;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00125206;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:21:21:0.4375:11:10:9:16:11:10:9:18 chr10 97141523 . G A 343.98 PASS AF=0.371681;AO=41;DP=115;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00924316;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7868;QD=12.1761;RBI=0.0111001;REFB=-0.00550907;REVB=-0.00614623;RO=71;SAF=16;SAR=25;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146613;STB=0.5737;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00685255;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:71:71:41:42:0.371681:25:16:37:34:25:17:37:34 chr10 97174467 . G C 926.34 PASS AF=0.48;AO=94;DP=197;FAO=96;FDP=200;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=40;FSRR=64;FWDB=-0.0120759;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6832;QD=18.5268;RBI=0.0798217;REFB=-0.02154;REVB=0.078903;RO=102;SAF=34;SAR=60;SRF=38;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110377;STB=0.511171;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0245966;OID=.;OPOS=97174467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:200:102:104:94:96:0.48:60:34:38:64:61:35:40:64 chr10 97192324 . A G 3930.32 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194382;FXX=0.00392141;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6772;QD=61.8948;RBI=0.0286818;REFB=-0.00841959;REVB=0.0210904;RO=1;SAF=101;SAR=153;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00310574;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256513;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:255:254:1:0:254:254:1:153:101:0:1:153:101:0:0 chr10 97447373 . A T 4656.67 PASS AF=1;AO=293;DP=294;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276453;FXX=0.00340124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.797;QD=63.5723;RBI=0.0615651;REFB=-0.0349835;REVB=0.0550091;RO=1;SAF=130;SAR=163;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291698;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0681e-05;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:294:293:1:0:293:293:1:163:130:0:1:163:130:0:0 chr10 97698370 . C T 1192.42 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.364;QD=61.1496;RBI=0.016315;REFB=0;REVB=0.0083962;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59958e-05;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:41:34:0:0:41:37:0:0 chr10 97787000 . G A 916.98 PASS AF=0.502762;AO=91;DP=184;FAO=91;FDP=181;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.00224833;FXX=0.0163035;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8082;QD=20.2647;RBI=0.0173418;REFB=-0.0276268;REVB=0.0171955;RO=91;SAF=43;SAR=48;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401979;STB=0.508471;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0310492;OID=.;OPOS=97787000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:181:91:90:91:91:0.502762:48:43:39:52:48:43:41:49 chr10 97817650 . G T 624.07 PASS AF=0.436709;AO=69;DP=159;FAO=69;FDP=158;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.00178066;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.015;QD=15.7992;RBI=0.0312823;REFB=-0.018823;REVB=0.0312315;RO=89;SAF=35;SAR=34;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810154;STB=0.545158;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0200405;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:89:89:69:69:0.436709:34:35:38:51:34:35:38:51 chr10 97920062 . G A 367.28 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00336636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.908;QD=16.5069;RBI=0.00480866;REFB=0.0037394;REVB=0.00343377;RO=50;SAF=16;SAR=23;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908747;STB=0.551113;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0039812;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:23:16:25:25:23:16:25:25 chr10 97920099 . T TC 1088.65 PASS AF=1;AO=85;DP=96;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691427;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.5099;QD=46.8237;RBI=0.161985;REFB=0;REVB=0.146487;RO=7;SAF=39;SAR=46;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00283819;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:96:93:93:0:42:51:0:0:20:7:39:46:2:5 chr10 97990583 . A G 555.07 PASS AF=0.483333;AO=36;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=62;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0161026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.95;QD=18.5025;RBI=0.0273379;REFB=-0.0381683;REVB=0.0220922;RO=41;SAF=23;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148215;STB=0.549381;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0452798;OID=.;OPOS=97990583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:41:62:36:58:0.483333:13:23:20:21:34:24:20:42 chr10 98078127 . C T 2273.75 PASS AF=0.975155;AO=152;DP=160;FAO=157;FDP=161;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00999597;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.165;QD=56.4906;RBI=0.0366013;REFB=-0.191711;REVB=0.0352098;RO=7;SAF=64;SAR=88;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363424;STB=0.510751;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00156882;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:160:161:7:4:152:157:0.975155:88:64:0:7:91:66:0:4 chr10 98078239 . A G 1755.71 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0109911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.045;QD=59.0156;RBI=0.0327876;REFB=-0.0497534;REVB=0.0308905;RO=2;SAF=45;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013009;STB=0.506848;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00178015;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:72:45:0:2:72:45:0:2 chr10 98287261 . G C 739.98 PASS AF=0.932203;AO=54;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00371309;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=211.03;QD=50.1683;RBI=0.0176775;REFB=-0.0262125;REVB=0.0172831;RO=3;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147023;STB=0.501853;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.000119294;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:59:59:3:4:54:55:0.932203:28:26:1:2:29:26:2:2 chr10 98380277 . C T 1157.38 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00775614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0363;QD=59.3528;RBI=0.0345112;REFB=-0.0539019;REVB=0.0336283;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000584636;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:76:77:0.987179:37:39:0:0:38:39:1:0 chr10 98386558 . G A 2663.54 PASS AF=0.988571;AO=172;DP=174;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=107;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00451527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7674;QD=60.8808;RBI=0.012798;REFB=-0.174161;REVB=-0.0119751;RO=2;SAF=66;SAR=106;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142024;STB=0.507462;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00166766;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:174:175:2:2:172:173:0.988571:106:66:2:0:107:66:2:0 chr10 98469507 . C A 323.99 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0140466;FXX=0.0561735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.487;QD=15.4281;RBI=0.0158731;REFB=-0.0202903;REVB=-0.00739246;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571817;STB=0.526158;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0303356;OID=.;OPOS=98469507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:48:49:35:35:0.416667:18:17:26:22:18:17:26:23 chr10 98808866 . C G 1558.29 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819445;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.188;QD=59.9341;RBI=0.00850631;REFB=0;REVB=-0.00228217;RO=0;SAF=38;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01993e-06;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:66:38:0:0:66:38:0:0 chr10 98819317 . A G 2159.26 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.628;QD=63.044;RBI=0.0551329;REFB=0;REVB=0.00893511;RO=0;SAF=62;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16446e-05;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:75:62:0:0:75:62:0:0 chr10 98901433 . C T 6332.98 PASS AF=1;AO=404;DP=406;FAO=406;FDP=406;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=254;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147836;FXX=0.00490184;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5396;QD=62.3939;RBI=0.0161056;REFB=-0.0474479;REVB=-0.00639022;RO=2;SAF=152;SAR=252;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17791e-05;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:406:406:2:0:404:406:1:252:152:0:2:254:152:0:0 chr10 98901443 . C T 118.31 PASS AF=0.0915332;AO=40;DP=437;FAO=40;FDP=437;FR=.;FRO=397;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=149;FSRR=248;FWDB=-0.0121058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4904;QD=1.08291;RBI=0.0203587;REFB=-0.0155751;REVB=-0.0163684;RO=395;SAF=14;SAR=26;SRF=149;SRR=246;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351184;STB=0.524882;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0542828;OID=.;OPOS=98901443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:437:395:397:40:40:0.0915332:26:14:149:246:26:14:149:248 chr10 99016088 . T C 227.63 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00983429;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.825;QD=13.7957;RBI=0.00997396;REFB=-0.00425046;REVB=-0.00166333;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121228;STB=0.592524;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00749903;OID=.;OPOS=99016088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:39:39:26:27:0.409091:11:15:18:21:11:16:17:22 chr10 99019177 . A G 888.24 PASS AF=0.558442;AO=86;DP=154;FAO=86;FDP=154;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00282092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.703;QD=23.0711;RBI=0.00473371;REFB=-0.00820297;REVB=-0.00380137;RO=68;SAF=42;SAR=44;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941594;STB=0.505135;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00556475;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:68:68:86:86:0.558442:44:42:34:34:44:42:34:34 chr10 99080246 . CT C 266.51 PASS AF=0.484127;AO=55;DP=129;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0852753;FXX=0.023254;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.0414;QD=8.4606;RBI=0.16913;REFB=0.00664766;REVB=0.146059;RO=62;SAF=20;SAR=35;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238182;STB=0.6095;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.00525537;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484127:55:129:61:126:65:22:39:37:28:99:62:20:35:38:24 chr10 99080585 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0305411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.996;QD=7.76199;RBI=0.0305791;REFB=0.00444672;REVB=0.00152347;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302036;STB=0.696919;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00646567;OID=.;OPOS=99080585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:5:8:5:1:5:8 chr10 99080871 . G T 250.92 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0297134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8962;QD=19.6799;RBI=0.0450735;REFB=0.00682798;REVB=-0.033893;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15535;STB=0.586761;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00758904;OID=.;OPOS=99080871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:14:12:16:9:14:12:16:9 chr10 99080981 . G T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00526867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9895;QD=9.84448;RBI=0.0664056;REFB=0.00911987;REVB=-0.0661963;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230451;STB=0.640553;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0209817;OID=.;OPOS=99080981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:10:10:3:7:10:10 chr10 99125949 . C T 1152.35 PASS AF=0.477366;AO=116;DP=243;FAO=116;FDP=243;FR=.;FRO=127;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=0.0191983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.631;QD=18.9687;RBI=0.0192101;REFB=-0.0237735;REVB=0.00067352;RO=125;SAF=54;SAR=62;SRF=65;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513499;STB=0.532429;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0217547;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:125:127:116:116:0.477366:62:54:65:60:62:54:67:60 chr10 99160965 . A G 2374.18 PASS AF=0.958333;AO=161;DP=168;FAO=161;FDP=168;FR=.;FRO=7;FSAF=70;FSAR=91;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0329805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5614;QD=56.5281;RBI=0.0672236;REFB=-0.0408137;REVB=-0.0585772;RO=7;SAF=70;SAR=91;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338557;STB=0.517817;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0131161;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:168:168:7:7:161:161:0.958333:91:70:6:1:91:70:6:1 chr10 99181008 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0113877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6041;QD=18.9481;RBI=0.0349548;REFB=-0.0130677;REVB=0.0330478;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472163;STB=0.526639;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0103068;OID=.;OPOS=99181008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:25:27:28:28:0.509091:13:15:12:13:13:15:13:14 chr10 99205686 . A G 424.16 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.013366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.902;QD=18.6442;RBI=0.0161884;REFB=-0.02021;REVB=0.00913316;RO=48;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091956;STB=0.551226;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0262445;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:20:23:21:27:20:23:21:27 chr10 99219885 . G A 436.39 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0172138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.962;QD=15.4475;RBI=0.0246733;REFB=-0.013185;REVB=-0.0176764;RO=64;SAF=26;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309685;STB=0.517359;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0176896;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:64:49:49:0.433628:23:26:32:32:23:26:32:32 chr10 99220707 . C T 250.04 PASS AF=0.5;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0216891;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1545;QD=18.5213;RBI=0.0660825;REFB=-0.0458627;REVB=0.0624218;RO=25;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527817;STB=0.542826;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0290273;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:25:27:27:27:0.5:9:18:18:7:9:18:20:7 chr10 99229394 . G A 480.69 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00278152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.543;QD=20.2397;RBI=0.0289478;REFB=-0.0102766;REVB=0.0288139;RO=47;SAF=23;SAR=24;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057735;STB=0.536789;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0103797;OID=.;OPOS=99229394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:48:47:47:0.494737:24:23:20:27:24:23:20:28 chr10 99240048 . C T 677.81 PASS AF=0.46;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0356264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.154;QD=18.075;RBI=0.0358568;REFB=-0.0196822;REVB=0.00405864;RO=79;SAF=34;SAR=35;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113038;STB=0.506088;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0199685;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:79:81:69:69:0.46:35:34:38:41:35:34:39:42 chr10 99240758 . G C 3274.25 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.489;QD=62.0711;RBI=0.0181079;REFB=0;REVB=0.0124489;RO=0;SAF=91;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10834e-06;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:211:0:0:211:211:1:120:91:0:0:120:91:0:0 chr10 99332488 . AG CG,GA 488.16 PASS AF=0.453782,0;AO=41,9;DP=114;FAO=54,0;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=38,0;FSAR=16,0;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00528339,-0.00712897;FXX=0.0846089;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=123.28,59.9171;QD=16.4087;RBI=0.0193264,0.172493;REFB=-0.037048,-0.00922128;REVB=-0.0185902,-0.172346;RO=42;SAF=38,0;SAR=3,9;SRF=36;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.188228,-0.830789;STB=0.555218,0.5;STBP=0.303,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0378932,0;OID=.,.;OPOS=99332488,99332488;OREF=A,AG;OALT=C,GA;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:42:65:41,9:54,0:0.453782,0:3,9:38,0:36:6:16,0:38,0:40:25 chr10 99337572 . G A 711.45 PASS AF=0.480769;AO=75;DP=156;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.00449168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0096;QD=18.2423;RBI=0.0406589;REFB=-0.00301474;REVB=-0.04041;RO=81;SAF=31;SAR=44;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767559;STB=0.542444;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00356435;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:81:81:75:75:0.480769:44:31:40:41:44:31:40:41 chr10 99498234 . G A 372.76 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0135183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6622;QD=14.3368;RBI=0.0135364;REFB=0.0072907;REVB=0.000698469;RO=61;SAF=21;SAR=22;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376245;STB=0.521224;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0108712;OID=.;OPOS=99498234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:22:21:32:29:22:21:32:29 chr10 99504630 . G T 905.98 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0493838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4196;QD=56.6238;RBI=0.049665;REFB=-0.093587;REVB=-0.00527748;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.505375;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00125905;OID=.;OPOS=99504630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:46:17:0:0:46:17:0:1 chr10 99969568 . A G 394.86 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00152648;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.408;QD=16.9832;RBI=0.00443919;REFB=-0.0124073;REVB=0.00416849;RO=52;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556273;STB=0.531218;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0165463;OID=.;OPOS=99969568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:52:52:41:41:0.44086:19:22:25:27:19:22:25:27 chr10 99991408 . A G 2262.44 PASS AF=1;AO=148;DP=152;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408455;FXX=0.0326776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.962;QD=61.147;RBI=0.0428018;REFB=0;REVB=0.0127924;RO=0;SAF=64;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74768e-05;OID=.;OPOS=99991408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:148:0:0:148:148:1:84:64:0:0:84:64:0:0 chr10 100017453 . T G 1080.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.297;QD=60.0249;RBI=0.00957414;REFB=0;REVB=0.00399149;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54644e-05;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr10 100018844 . G A 2609.05 PASS AF=1;AO=168;DP=170;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571777;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6297;QD=62.1202;RBI=0.0419923;REFB=0;REVB=0.0416012;RO=0;SAF=71;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313582;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:168:0:0:168:168:1:97:71:0:0:97:71:0:0 chr10 100144782 . C T 1542.13 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018662;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.624;QD=59.8887;RBI=0.03185;REFB=0;REVB=0.0258099;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23896e-05;OID=.;OPOS=100144782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:61:42:0:0:61:42:0:0 chr10 100147060 . A G 1963.87 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.63066e-05;FXX=0.023254;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.3683;QD=62.3452;RBI=0.0189843;REFB=0;REVB=-0.0189843;RO=0;SAF=53;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739195;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:72:53:0:0:73:53:0:0 chr10 100148176 . A G 1525.66 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3127;QD=59.8299;RBI=0.0798863;REFB=0;REVB=-0.0633534;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75022e-05;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:55:46:0:0:55:47:0:0 chr10 100167396 . G A 1695.22 PASS AF=0.966387;AO=115;DP=119;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00968814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.591;QD=56.9823;RBI=0.0227934;REFB=-0.0631614;REVB=0.020632;RO=2;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153135;STB=0.51587;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=7.23678e-06;OID=.;OPOS=100167396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:119:2:4:115:115:0.966387:61:54:0:2:61:54:0:4 chr10 100184062 . CC AG 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000651708;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=212.231;QD=62.0083;RBI=0.00694272;REFB=0;REVB=0.00691206;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.80394e-06;OID=.;OPOS=100184062;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:37:47:0:0:37:47:0:0 chr10 100195130 . G A 512.34 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.008179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.286;QD=26.9655;RBI=0.0272451;REFB=-0.0285918;REVB=0.0259885;RO=29;SAF=19;SAR=28;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00691695;STB=0.503771;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.014469;OID=.;OPOS=100195130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:29:47:47:0.618421:28:19:12:17:28:19:12:17 chr10 100219314 . G A 814.02 PASS AF=0.452128;AO=85;DP=188;FAO=85;FDP=188;FR=.;FRO=103;FSAF=23;FSAR=62;FSRF=41;FSRR=62;FWDB=0.00404782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.595;QD=17.3195;RBI=0.0170643;REFB=-0.00833542;REVB=0.0165772;RO=103;SAF=23;SAR=62;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146638;STB=0.581798;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00851519;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:103:103:85:85:0.452128:62:23:41:62:62:23:41:62 chr10 100219374 . T A 592.82 PASS AF=0.435065;AO=59;DP=147;FAO=67;FDP=154;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.00264035;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.15;QD=15.398;RBI=0.0114424;REFB=-0.0108449;REVB=0.0111336;RO=82;SAF=20;SAR=39;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306872;STB=0.534756;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0133891;OID=.;OPOS=100219374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:154:82:87:59:67:0.435065:39:20:30:52:46:21:32:55 chr10 101090428 . T G 2299.72 PASS AF=0.987097;AO=151;DP=154;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0255899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.469;QD=59.3475;RBI=0.0313679;REFB=-0.0307857;REVB=-0.0181412;RO=2;SAF=87;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146301;STB=0.507691;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00365545;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:154:155:2:2:151:153:0.987097:64:87:0:2:64:89:0:2 chr10 101293035 . C A 1902.0 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770989;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8465;QD=61.8535;RBI=0.0773011;REFB=0;REVB=0.00558734;RO=0;SAF=48;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301565;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:75:48:0:0:75:48:0:0 chr10 101295863 . A G 450.69 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.000350064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.131;QD=16.096;RBI=0.00544165;REFB=-0.0211145;REVB=-0.00543037;RO=60;SAF=22;SAR=27;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831573;STB=0.548839;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0289085;OID=.;OPOS=101295863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:62:49:50:0.446429:27:22:32:28:27:23:34:28 chr10 101445591 . A C 1090.96 PASS AF=0.539267;AO=95;DP=183;FAO=103;FDP=191;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0179086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.411;QD=22.8473;RBI=0.0182995;REFB=-0.0103124;REVB=-0.00376188;RO=88;SAF=31;SAR=64;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100968;STB=0.530606;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00841453;OID=.;OPOS=101445591;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:191:88:88:95:103:0.539267:64:31:38:50:65:38:38:50 chr10 101451259 . T C 807.85 PASS AF=0.52;AO=73;DP=145;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.00906587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4816;QD=21.5426;RBI=0.0320136;REFB=-0.0307062;REVB=0.0307031;RO=70;SAF=32;SAR=41;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00406455;STB=0.502608;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0348136;OID=.;OPOS=101451259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:150:70:72:73:78:0.52:41:32:31:39:44:34:31:41 chr10 101473218 . A G 1009.68 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7008;QD=57.6959;RBI=0.0185515;REFB=0.0235101;REVB=-0.00332437;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145434;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00033425;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:32:37:0:1:32:37:0:1 chr10 101544447 . A T 3466.09 PASS AF=1;AO=218;DP=219;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.163;QD=62.4521;RBI=0.0226411;REFB=0;REVB=0.0147834;RO=0;SAF=104;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71476e-06;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:222:0:0:218:222:1:114:104:0:0:117:105:0:0 chr10 101716484 . G A 161.85 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00717231;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.031;QD=17.9829;RBI=0.0223022;REFB=-0.0135545;REVB=-0.0211174;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154455;STB=0.588131;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00842273;OID=.;OPOS=101716484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:8:11:7:10:8:11 chr10 102107251 . C G 7967.02 PASS AF=0.986717;AO=514;DP=527;FAO=520;FDP=527;FR=.;FRO=7;FSAF=252;FSAR=268;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0252239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2976;QD=60.4707;RBI=0.05002;REFB=-0.172338;REVB=0.0431944;RO=4;SAF=250;SAR=264;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000200995;STB=0.504545;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00330407;OID=.;OPOS=102107251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:527:527:4:7:514:520:0.986717:264:250:2:2:268:252:1:6 chr10 102116311 . A C 3330.34 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106308;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.634;QD=61.9599;RBI=0.0108479;REFB=-0.0400747;REVB=0.00215917;RO=0;SAF=111;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94602e-05;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:216:215:0:0:215:215:1:104:111:0:0:104:111:0:0 chr10 102222957 . G C 644.21 PASS AF=0.481752;AO=65;DP=138;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0280714;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8636;QD=18.8091;RBI=0.0319508;REFB=-0.013204;REVB=-0.0152595;RO=71;SAF=26;SAR=39;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115777;STB=0.567036;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0156724;OID=.;OPOS=102222957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:71:71:65:66:0.481752:39:26:37:34:40:26:37:34 chr10 102239753 . T C 239.63 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0506574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.739;QD=18.0855;RBI=0.051525;REFB=-0.0241329;REVB=-0.0094155;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517474;STB=0.529047;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0257149;OID=.;OPOS=102239753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:13:14:12:14:13:14 chr10 102247408 . C A 876.71 PASS AF=0.443925;AO=95;DP=213;FAO=95;FDP=214;FR=.;FRO=119;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=55;FSRR=64;FWDB=0.00412841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.74;QD=16.387;RBI=0.00420482;REFB=-0.0086241;REVB=0.000797969;RO=118;SAF=47;SAR=48;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285857;STB=0.518106;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0104988;OID=.;OPOS=102247408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:118:119:95:95:0.443925:48:47:55:63:48:47:55:64 chr10 102247526 . G C 1106.88 PASS AF=0.428571;AO=120;DP=280;FAO=120;FDP=280;FR=.;FRO=160;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=75;FSRR=85;FWDB=-0.0335131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.931;QD=15.8126;RBI=0.0359134;REFB=-0.00816534;REVB=0.012909;RO=160;SAF=61;SAR=59;SRF=75;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406347;STB=0.522605;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.012586;OID=.;OPOS=102247526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:160:160:120:120:0.428571:59:61:75:85:59:61:75:85 chr10 102265183 . G A 275.54 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.024071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.572;QD=18.0684;RBI=0.0262429;REFB=-0.0145289;REVB=0.0104535;RO=29;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126157;STB=0.506845;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0177625;OID=.;OPOS=102265183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:31:30:30:0.491803:18:12:12:17:18:12:12:19 chr10 102265815 . A G 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0100894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6607;QD=16.1558;RBI=0.0141784;REFB=0.0223317;REVB=-0.00996156;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113241;STB=0.563863;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0247937;OID=.;OPOS=102265815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:12:15:14:18:12:15:14:18 chr10 102265847 . A C 335.42 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0507808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.119;QD=16.9833;RBI=0.0519651;REFB=-8.69843e-05;REVB=0.0110307;RO=43;SAF=22;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532798;STB=0.52991;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.000546001;OID=.;OPOS=102265847;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:14:22:24:19:14:22:24:19 chr10 102269085 . C A 455.06 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0150054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.802;QD=16.5475;RBI=0.0233599;REFB=-0.0236767;REVB=0.0179032;RO=60;SAF=34;SAR=16;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137397;STB=0.576922;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0175365;OID=.;OPOS=102269085;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:60:50:50:0.454545:16:34:33:27:16:34:33:27 chr10 102269206 . A G 324.65 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00668701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.927;QD=14.5912;RBI=0.0133599;REFB=-0.00190779;REVB=0.0115659;RO=53;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261285;STB=0.647773;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00575537;OID=.;OPOS=102269206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:14:22:19:34:14:22:19:34 chr10 102295629 . G T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00863227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.119;QD=8.81109;RBI=0.0161887;REFB=-0.0162465;REVB=-0.0136952;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336785;STB=0.699503;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0448249;OID=.;OPOS=102295629;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:10:1:2:4:10:1 chr10 102309220 . G C 932.79 PASS AF=0.487047;AO=92;DP=190;FAO=94;FDP=193;FR=.;FRO=99;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.0127123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.908;QD=19.3324;RBI=0.0128291;REFB=-0.00471311;REVB=-0.00172687;RO=96;SAF=45;SAR=47;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285843;STB=0.507501;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00444935;OID=.;OPOS=102309220;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:193:96:99:92:94:0.487047:47:45:44:52:48:46:47:52 chr10 102309597 . C G 864.89 PASS AF=0.453659;AO=93;DP=204;FAO=93;FDP=205;FR=.;FRO=112;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=77;FWDB=-0.0258685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7904;QD=16.8759;RBI=0.0266509;REFB=-0.0104674;REVB=0.00641029;RO=110;SAF=39;SAR=54;SRF=33;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122954;STB=0.561108;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0110673;OID=.;OPOS=102309597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:110:112:93:93:0.453659:54:39:33:77:54:39:35:77 chr10 102313607 . A G 563.44 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=47;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=20;FWDB=-0.000532168;FXX=0.0155027;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.618;QD=17.7463;RBI=0.0053707;REFB=0.00743429;REVB=0.00534427;RO=68;SAF=47;SAR=12;SRF=48;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122999;STB=0.56881;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00919096;OID=.;OPOS=102313607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:68:68:59:59:0.464567:12:47:48:20:12:47:48:20 chr10 102506070 . G C 18097.5 PASS AF=0.992201;AO=880;DP=1158;FAO=1145;FDP=1154;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=616;FSAR=529;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.217376;FXX=0.0034542;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7195;QD=62.7296;RBI=0.220037;REFB=0;REVB=-0.0341178;RO=1;SAF=359;SAR=521;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00132916;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268659;OID=.;OPOS=102506070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:1158:1154:1:0:880:1145:0.992201:521:359:1:0:529:616:0:0 chr10 102587438 . T TC 51.86 PASS AF=0.166667;AO=25;DP=133;FAO=21;FDP=126;FR=.;FRO=105;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=45;FWDB=-0.0894948;FXX=0.0078734;HRUN=0;LEN=1;MLLD=66.4116;QD=1.64629;RBI=0.0894958;REFB=-0.00357876;REVB=0.000403972;RO=107;SAF=7;SAR=18;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345746;STB=0.814075;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0842853;OID=.;OPOS=102587439;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:25:133:21:126:105:4:17:60:45:51:107:7:18:59:48 chr10 102588850 . ACA AA,AAC,AC 65.49 PASS AF=0,0.7,0.3;AO=2,3,2;DP=15;FAO=0,7,3;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,3;FSAR=0,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127685,0.133712,0.00558539;FXX=0.0908265;HRUN=1,1,9;LEN=1,2,1;MLLD=127.993,15.0147,6.51436;QD=26.1962;RBI=0.0565146,0.164024,0.0179184;REFB=-0.00428537,-0.023014,-0.0454679;REVB=-0.0550533,0.0949992,-0.0170257;RO=8;SAF=0,0,1;SAR=2,3,1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.684179,-0.73181,-0.269415;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0,0.0549608,0.0666575;OID=.,.,.;OPOS=102588851,102588851,102588852;OREF=C,CA,A;OALT=-,AC,-;OMAPALT=AA,AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.7,0.3:2,3,2:15:0,7,3:10:0:0,0,3:0,7,0:0:0:9:8:0,0,1:2,3,1:6:2 chr10 102672930 . GC CG 62.03 PASS AF=0.112245;AO=19;DP=195;FAO=22;FDP=196;FR=.;FRO=174;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=92;FSRR=82;FWDB=0.0492756;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=30.6279;QD=1.26602;RBI=0.0493302;REFB=-0.0595642;REVB=-0.00232138;RO=151;SAF=17;SAR=2;SRF=78;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497417;STB=0.881968;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0620602;OID=.;OPOS=102672930;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:195:196:151:174:19:22:0.112245:2:17:78:73:2:20:92:82 chr10 102770082 . T G 1654.75 PASS AF=0.419913;AO=166;DP=434;FAO=194;FDP=462;FR=.;FRO=268;FSAF=109;FSAR=85;FSRF=147;FSRR=121;FWDB=-0.0144627;FXX=0.00215978;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3922;QD=14.3268;RBI=0.040432;REFB=-0.0254467;REVB=0.0377568;RO=266;SAF=96;SAR=70;SRF=145;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037052;STB=0.507847;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0374847;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:462:266:268:166:194:0.419913:70:96:145:121:85:109:147:121 chr10 102770327 . A G 2932.99 PASS AF=0.549407;AO=278;DP=499;FAO=278;FDP=506;FR=.;FRO=228;FSAF=123;FSAR=155;FSRF=105;FSRR=123;FWDB=-0.0208215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.716;QD=23.1857;RBI=0.129935;REFB=-0.0312218;REVB=-0.128256;RO=215;SAF=122;SAR=156;SRF=104;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364813;STB=0.50824;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0258644;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:499:506:215:228:278:278:0.549407:156:122:104:111:155:123:105:123 chr10 102824349 . G C 684.94 PASS AF=0.467949;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.000266093;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8056;QD=17.5625;RBI=0.0418349;REFB=-0.0027013;REVB=0.0418341;RO=82;SAF=37;SAR=36;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298336;STB=0.519658;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00396388;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:82:83:73:73:0.467949:36:37:39:43:36:37:39:44 chr10 102827757 . G GT 279.83 PASS AF=0.421488;AO=47;DP=129;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.0065032;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.2161;QD=9.2504;RBI=0.0361176;REFB=-0.0287566;REVB=0.0355273;RO=82;SAF=21;SAR=26;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642864;STB=0.527111;STBP=0.639;TYPE=ins;VARB=0.039245;OID=.;OPOS=102827758;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421488:47:129:51:121:70:22:29:27:43:99:82:21:26:32:50 chr10 102897305 . C T 330.6 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0658392;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.67;QD=13.3577;RBI=0.0678874;REFB=-0.0171404;REVB=0.0165501;RO=62;SAF=14;SAR=23;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237702;STB=0.6357;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0215614;OID=.;OPOS=102897305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:62:62:37:37:0.373737:23:14:37:25:23:14:37:25 chr10 102897311 . A G 305.75 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00860302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.276;QD=12.8738;RBI=0.0265221;REFB=-0.0260048;REVB=0.025088;RO=59;SAF=13;SAR=22;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241967;STB=0.643117;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.047819;OID=.;OPOS=102897311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:60:35:35:0.368421:22:13:35:24:22:13:36:24 chr10 102925957 . A G 154.75 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0267075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.929;QD=14.7381;RBI=0.0287622;REFB=-0.0179948;REVB=-0.010676;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112032;STB=0.564895;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0228487;OID=.;OPOS=102925957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:12:13:7:10:12:13 chr10 103124606 . A G 18097.4 PASS AF=0.916976;AO=1233;DP=1354;FAO=1237;FDP=1349;FR=.;FRO=112;FSAF=333;FSAR=904;FSRF=36;FSRR=76;FWDB=0.0155095;FXX=0.00369273;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.455;QD=53.6616;RBI=0.0172386;REFB=-0.00189728;REVB=0.00752495;RO=116;SAF=332;SAR=901;SRF=36;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00850952;STB=0.505482;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=3.03701e-05;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1354:1349:116:112:1233:1237:0.916976:901:332:36:80:904:333:36:76 chr10 103124619 . T C 643.93 PASS AF=0.122757;AO=173;DP=1395;FAO=171;FDP=1393;FR=.;FRO=1222;FSAF=40;FSAR=131;FSRF=349;FSRR=873;FWDB=0.00175142;FXX=0.00143368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.178;QD=1.84905;RBI=0.00175159;REFB=-0.0015535;REVB=2.43472e-05;RO=1219;SAF=40;SAR=133;SRF=349;SRR=870;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909074;STB=0.55925;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0142712;OID=.;OPOS=103124619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1395:1393:1219:1222:173:171:0.122757:133:40:349:870:131:40:349:873 chr10 103124633 . T C 613.7 PASS AF=0.119233;AO=168;DP=1409;FAO=168;FDP=1409;FR=.;FRO=1241;FSAF=45;FSAR=123;FSRF=356;FSRR=885;FWDB=0.00152361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.369;QD=1.74224;RBI=0.0102398;REFB=0.00169996;REVB=0.0101258;RO=1239;SAF=45;SAR=123;SRF=356;SRR=883;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307653;STB=0.520925;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0129059;OID=.;OPOS=103124633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1409:1409:1239:1241:168:168:0.119233:123:45:356:883:123:45:356:885 chr10 103124647 . A G 18493.4 PASS AF=0.901905;AO=1276;DP=1417;FAO=1278;FDP=1417;FR=.;FRO=139;FSAF=360;FSAR=918;FSRF=44;FSRR=95;FWDB=-0.00824104;FXX=0.00140943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.671;QD=52.2045;RBI=0.0148944;REFB=0.00372812;REVB=-0.0124068;RO=138;SAF=360;SAR=916;SRF=44;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838137;STB=0.504209;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.000344969;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1417:1417:138:139:1276:1278:0.901905:916:360:44:94:918:360:44:95 chr10 103124696 . T C 14248.5 PASS AF=0.889778;AO=956;DP=1084;FAO=1001;FDP=1125;FR=.;FRO=124;FSAF=312;FSAR=689;FSRF=41;FSRR=83;FWDB=0.0389224;FXX=0.000888092;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.121;QD=50.6612;RBI=0.0417999;REFB=-0.0197583;REVB=0.0152406;RO=123;SAF=310;SAR=646;SRF=41;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223926;STB=0.50243;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00128846;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1084:1125:123:124:956:1001:0.889778:646:310:41:82:689:312:41:83 chr10 103124715 . A G 11102.2 PASS AF=0.89093;AO=733;DP=829;FAO=776;FDP=871;FR=.;FRO=95;FSAF=280;FSAR=496;FSRF=34;FSRR=61;FWDB=0.0509283;FXX=0.00229092;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.104;QD=50.9862;RBI=0.0551779;REFB=-0.0450393;REVB=0.0212345;RO=96;SAF=241;SAR=492;SRF=35;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889341;STB=0.500346;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00298463;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:829:871:96:95:733:776:0.89093:492:241:35:61:496:280:34:61 chr10 103124726 . A G 8493.45 PASS AF=0.871201;AO=592;DP=682;FAO=602;FDP=691;FR=.;FRO=89;FSAF=233;FSAR=369;FSRF=29;FSRR=60;FWDB=0.0392331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.584;QD=49.1661;RBI=0.0413948;REFB=-0.0148119;REVB=0.0132021;RO=90;SAF=224;SAR=368;SRF=29;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150103;STB=0.508338;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000887907;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:682:691:90:89:592:602:0.871201:368:224:29:61:369:233:29:60 chr10 103124736 . C T 5325.52 PASS AF=0.853132;AO=379;DP=448;FAO=395;FDP=463;FR=.;FRO=68;FSAF=167;FSAR=228;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=-0.00105706;FXX=0.00215513;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.999;QD=46.0088;RBI=0.0202406;REFB=-0.0296842;REVB=0.020213;RO=68;SAF=164;SAR=215;SRF=21;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365634;STB=0.517237;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0065992;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:463:68:68:379:395:0.853132:215:164:21:47:228:167:21:47 chr10 103124746 . G A 3200.97 PASS AF=0.809524;AO=236;DP=293;FAO=238;FDP=294;FR=.;FRO=56;FSAF=117;FSAR=121;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.00646068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6905;QD=43.5506;RBI=0.00837623;REFB=-0.0446749;REVB=0.00533112;RO=56;SAF=115;SAR=121;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666835;STB=0.535865;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0111015;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:294:56:56:236:238:0.809524:121:115:17:39:121:117:17:39 chr10 103368654 . T C 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0238878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.034;QD=16.3236;RBI=0.0238878;REFB=-0.0113574;REVB=3.69592e-06;RO=49;SAF=17;SAR=21;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222235;STB=0.512501;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0110602;OID=.;OPOS=103368654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:21:17:23:26:21:17:23:26 chr10 103825747 . G A 781.71 PASS AF=0.460674;AO=82;DP=178;FAO=82;FDP=178;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.00104559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.895;QD=17.5665;RBI=0.00481779;REFB=-0.0155396;REVB=0.00470297;RO=95;SAF=36;SAR=46;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441535;STB=0.527487;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0168213;OID=.;OPOS=103825747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:95:96:82:82:0.460674:46:36:46:49:46:36:47:49 chr10 103827737 . T G 499.4 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0126587;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.3;QD=26.6345;RBI=0.0439474;REFB=-0.0150949;REVB=0.0420849;RO=30;SAF=17;SAR=29;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487058;STB=0.532096;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00928333;OID=.;OPOS=103827737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:30:29:46:46:0.613333:29:17:13:17:29:17:13:16 chr10 103904763 . TC T,TT 606.93 PASS AF=1,0;AO=64,4;DP=99;FAO=110,0;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=62,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468174,-0.029922;FXX=0.0090082;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.50945,11.7761;QD=22.07;RBI=0.205608,0.22502;REFB=0,0;REVB=0.200207,0.223022;RO=22;SAF=30,3;SAR=34,1;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0724305,0.463114;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00418373,-0.00182037;OID=.,.;OPOS=103904764,103904764;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:64,4:99:110,0:110:0:48,0:62,0:0:0:3:22:30,3:34,1:7:15 chr10 103921587 . T C 503.42 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00183051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.951;QD=18.8194;RBI=0.00190032;REFB=-0.00218211;REVB=-0.000510329;RO=53;SAF=25;SAR=28;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170912;STB=0.504949;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00601036;OID=.;OPOS=103921587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:54:53:53:0.495327:28:25:26:27:28:25:26:28 chr10 103991381 . G A 3845.18 PASS AF=1;AO=241;DP=241;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1867;QD=63.5568;RBI=0.0358215;REFB=0;REVB=0.013488;RO=0;SAF=108;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5473e-05;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:242:0:0:241:242:1:133:108:0:0:133:109:0:0 chr10 104136332 . G A 354.24 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0205843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.723;QD=13.8916;RBI=0.0219503;REFB=-0.0113176;REVB=-0.00762268;RO=59;SAF=17;SAR=24;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845883;STB=0.502957;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.020155;OID=.;OPOS=104136332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:59:61:41:41:0.401961:24:17:24:35:24:17:25:36 chr10 104136469 . T C 1952.25 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.841;QD=61.976;RBI=0.0430825;REFB=0;REVB=0.0415262;RO=0;SAF=56;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3293e-05;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:70:56:0:0:70:56:0:0 chr10 104159196 . A G 727.93 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0130873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.947;QD=58.2344;RBI=0.0140545;REFB=0.0461361;REVB=-0.00512361;RO=2;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324133;STB=0.517234;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000309793;OID=.;OPOS=104159196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:50:2:2:47:48:0.96:28:19:0:2:28:20:0:2 chr10 104160434 . A G 1694.8 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.36;QD=60.5287;RBI=0.0132533;REFB=0;REVB=-0.00489539;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54236e-05;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:61:51:0:0:61:51:0:0 chr10 104174895 . G A 890.82 PASS AF=0.396154;AO=100;DP=256;FAO=103;FDP=260;FR=.;FRO=157;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=73;FSRR=84;FWDB=0.0392547;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.14;QD=13.7049;RBI=0.0473681;REFB=-0.0353817;REVB=0.0265105;RO=154;SAF=39;SAR=61;SRF=73;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929693;STB=0.553931;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0431131;OID=.;OPOS=104174895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:260:154:157:100:103:0.396154:61:39:73:81:64:39:73:84 chr10 104214048 . A T 306.78 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00617079;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.233;QD=17.7842;RBI=0.0276081;REFB=-0.00694044;REVB=-0.0269096;RO=36;SAF=21;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182215;STB=0.602088;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0121221;OID=.;OPOS=104214048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:12:21:16:20:12:21:16:20 chr10 104229785 . C T 684.19 PASS AF=0.467949;AO=72;DP=156;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0115599;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.795;QD=17.5434;RBI=0.0172573;REFB=-0.0133448;REVB=0.0128134;RO=83;SAF=37;SAR=35;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075977;STB=0.500439;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0151012;OID=.;OPOS=104229785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:83:83:72:73:0.467949:35:37:42:41:36:37:42:41 chr10 104230437 . C G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00817539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.638;QD=15.172;RBI=0.0107602;REFB=-0.00825247;REVB=-0.00699611;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126155;STB=0.573438;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0136226;OID=.;OPOS=104230437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:4:13:16:8:4:13:16:8 chr10 104231054 . A G 645.58 PASS AF=0.464789;AO=65;DP=141;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0205728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.524;QD=18.1853;RBI=0.0323019;REFB=-0.0387096;REVB=-0.0249032;RO=75;SAF=23;SAR=42;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748237;STB=0.541673;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0465814;OID=.;OPOS=104231054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:75:76:65:66:0.464789:42:23:32:43:43:23:32:44 chr10 104236457 . C T 1008.42 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1103;QD=59.3189;RBI=0.0713353;REFB=0;REVB=-0.0349084;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000819243;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:38:30:0:0 chr10 104239100 . T C 481.86 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=0.0212237;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.439;QD=15.9291;RBI=0.0262239;REFB=-0.00476169;REVB=0.0154029;RO=68;SAF=24;SAR=29;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133369;STB=0.574319;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00508984;OID=.;OPOS=104239100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:68:68:53:53:0.438017:29:24:22:46:29:24:22:46 chr10 104356981 . C G 62.46 PASS AF=0.0811808;AO=22;DP=272;FAO=22;FDP=271;FR=.,HEALED;FRO=249;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=111;FSRR=138;FWDB=0.0143157;FXX=0.00732574;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.7051;QD=0.92186;RBI=0.0189202;REFB=-0.0101462;REVB=-0.0123707;RO=193;SAF=11;SAR=11;SRF=90;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040863;STB=0.549771;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0821096;OID=.;OPOS=104356981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:272:271:193:249:22:22:0.0811808:11:11:90:103:11:11:111:138 chr10 104386934 . T C 485.28 PASS AF=0.477064;AO=51;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0141479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7351;QD=17.8085;RBI=0.0286884;REFB=0.0273742;REVB=0.0249572;RO=57;SAF=27;SAR=24;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185053;STB=0.606106;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.030919;OID=.;OPOS=104386934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:57:51:52:0.477064:24:27:19:38:24:28:19:38 chr10 104389932 . T G 2486.49 PASS AF=1;AO=147;DP=167;FAO=162;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=98;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06144;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.089;QD=61.3948;RBI=0.0709799;REFB=0;REVB=0.0355425;RO=0;SAF=85;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08557e-05;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:162:0:0:147:162:1:62:85:0:0:64:98:0:0 chr10 104435746 . C T 1859.33 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.631;QD=61.4655;RBI=0.014598;REFB=0;REVB=0.00111916;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77782e-05;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:59:62:0:0:59:62:0:0 chr10 104436641 . C T 332.76 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00368072;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.472;QD=13.4447;RBI=0.0074222;REFB=-0.00357925;REVB=0.00644526;RO=60;SAF=18;SAR=19;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687968;STB=0.528626;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00771824;OID=.;OPOS=104436641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:62:37:37:0.373737:19:18:33:27:19:18:33:29 chr10 104474046 . CCCT C 674.45 PASS AF=0.308017;AO=143;DP=352;FAO=146;FDP=474;FR=.;FRO=328;FSAF=10;FSAR=136;FSRF=107;FSRR=221;FWDB=-0.00327665;FXX=0.0760219;HRUN=3;LEN=3;MLLD=207.697;QD=5.69155;RBI=0.026619;REFB=-0.0287605;REVB=-0.0264165;RO=136;SAF=9;SAR=134;SRF=15;SRR=121;SSEN=0.239583;SSEP=0;SSSB=-0.1509;STB=0.816697;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0527856;OID=.;OPOS=104474047;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308017:143:352:146:474:328:10:136:107:221:99:136:9:134:15:121 chr10 104574249 . GTTTTTTTTTTTTT GTTTTGTTTTTTTT,GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTTG 246.76 PASS AF=0.16129,0.483871,0.354839;AO=2,5,2;DP=33;FAO=5,15,11;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,11;FSAR=5,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397617,-0.215686,-0.124443;FXX=0.13885;HRUN=16,16,16;LEN=1,4,1;MLLD=121.891,8.5626,92.554;QD=31.8394;RBI=0.0402307,0.217168,0.124509;REFB=-0.140678,-0.349775,-0.278159;REVB=-0.00612525,-0.0253284,0.00405281;RO=0;SAF=0,5,2;SAR=2,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0136935,-0.0131486,0.094376;OID=.,.,.;OPOS=104574254,104574250,104574262;OREF=T,TTTT,T;OALT=G,-,G;OMAPALT=GTTTTGTTTTTTTT,GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.16129,0.483871,0.354839:2,5,2:33:5,15,11:31:0:0,15,11:5,0,0:0:0:79:0:0,5,2:2,0,0:0:0 chr10 104596924 . C A 3292.46 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.972;QD=62.1218;RBI=0.017055;REFB=0;REVB=0.00532068;RO=0;SAF=88;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74519e-06;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:212:0:0:212:212:1:124:88:0:0:124:88:0:0 chr10 104596981 . G A 3509.57 PASS AF=0.962343;AO=231;DP=240;FAO=230;FDP=239;FR=.;FRO=9;FSAF=91;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.00032445;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.746;QD=58.7376;RBI=0.0511656;REFB=-0.139883;REVB=0.0511646;RO=2;SAF=92;SAR=139;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680717;STB=0.515678;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0013168;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:240:239:2:9:231:230:0.962343:139:92:0:2:139:91:0:9 chr10 104628234 . T C 1159.27 PASS AF=0.475096;AO=105;DP=241;FAO=124;FDP=261;FR=.;FRO=137;FSAF=46;FSAR=78;FSRF=64;FSRR=73;FWDB=0.0128914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8506;QD=17.7666;RBI=0.013873;REFB=-0.0151831;REVB=0.00512565;RO=135;SAF=39;SAR=66;SRF=62;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925015;STB=0.552613;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0153297;OID=.;OPOS=104628234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:261:135:137:105:124:0.475096:66:39:62:73:78:46:64:73 chr10 104638723 . T C 247.6 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0180104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.088;QD=13.3836;RBI=0.0182044;REFB=0.00256491;REVB=-0.00265024;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126902;STB=0.562003;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00334246;OID=.;OPOS=104638723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:29:30:0.405405:15:14:16:28:16:14:16:28 chr10 104661484 . T C 251.68 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.000432902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=340.549;QD=12.4287;RBI=0.00458517;REFB=-0.00328244;REVB=0.00456469;RO=51;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175152;STB=0.600261;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00512282;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:14:16:19:32:14:16:19:32 chr10 104814162 . T C 2699.35 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032215;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3206;QD=62.4127;RBI=0.0517212;REFB=0;REVB=0.0404632;RO=0;SAF=81;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78949e-05;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:173:0:0:173:173:1:92:81:0:0:92:81:0:0 chr10 104835919 . C T 708.01 PASS AF=0.40625;AO=78;DP=192;FAO=78;FDP=192;FR=.;FRO=114;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=0.00306466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.396;QD=14.7501;RBI=0.00316591;REFB=-0.020312;REVB=-0.000794272;RO=112;SAF=41;SAR=37;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073804;STB=0.546363;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.038691;OID=.;OPOS=104835919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:112:114:78:78:0.40625:37:41:51:61:37:41:51:63 chr10 104837816 . G A 943.88 PASS AF=0.487047;AO=94;DP=193;FAO=94;FDP=193;FR=.;FRO=99;FSAF=27;FSAR=67;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=-0.00837961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.751;QD=19.5624;RBI=0.0151934;REFB=-0.0226413;REVB=-0.0126736;RO=96;SAF=27;SAR=67;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937688;STB=0.557534;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0287029;OID=.;OPOS=104837816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:96:99:94:94:0.487047:67:27:36:60:67:27:38:61 chr10 104849468 . G A 829.59 PASS AF=0.445545;AO=90;DP=203;FAO=90;FDP=202;FR=.;FRO=112;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=-0.0148956;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.846;QD=16.4275;RBI=0.0165885;REFB=-0.0222625;REVB=-0.00730062;RO=111;SAF=54;SAR=36;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241233;STB=0.51639;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0341903;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:111:112:90:90:0.445545:36:54:64:47:36:54:64:48 chr10 104851301 . G T 534.11 PASS AF=0.394904;AO=62;DP=159;FAO=62;FDP=157;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0080668;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.733;QD=13.6078;RBI=0.0101369;REFB=-0.00300867;REVB=-0.00613862;RO=88;SAF=27;SAR=35;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914295;STB=0.542454;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00271718;OID=.;OPOS=104851301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:88:95:62:62:0.394904:35:27:46:42:35:27:48:47 chr10 104851396 . G T 820.41 PASS AF=0.557971;AO=76;DP=137;FAO=77;FDP=138;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=56;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.00774344;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.705;QD=23.7799;RBI=0.0148095;REFB=-0.00568484;REVB=0.0126238;RO=59;SAF=20;SAR=56;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422698;STB=0.521167;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00458939;OID=.;OPOS=104851396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:59:61:76:77:0.557971:56:20:18:41:56:21:19:42 chr10 104855670 . G A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00413176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.709;QD=18.4387;RBI=0.0599422;REFB=0.00426796;REVB=-0.0597996;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947273;STB=0.55282;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00560222;OID=.;OPOS=104855670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:19:10:13:16:19:10 chr10 105049105 . C G 641.47 PASS AF=0.485075;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.013996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.668;QD=19.1482;RBI=0.0140054;REFB=-0.0427145;REVB=-0.000512945;RO=67;SAF=29;SAR=36;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969369;STB=0.544077;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0307833;OID=.;OPOS=105049105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:67:69:65:65:0.485075:36:29:23:44:36:29:25:44 chr10 105154089 . A G 901.8 PASS AF=0.514286;AO=90;DP=176;FAO=90;FDP=175;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.0394361;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5297;QD=20.6126;RBI=0.0522216;REFB=-0.0227099;REVB=-0.0342328;RO=85;SAF=36;SAR=54;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146881;STB=0.580627;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0196782;OID=.;OPOS=105154089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:85:85:90:90:0.514286:54:36:48:37:54:36:48:37 chr10 105184923 . C T 421.31 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00513292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.387;QD=15.8985;RBI=0.00559868;REFB=-0.0065838;REVB=-0.00223571;RO=59;SAF=26;SAR=21;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232793;STB=0.513024;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0062434;OID=.;OPOS=105184923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:21:26:34:25:21:26:34:25 chr10 105194086 . C T 273.7 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0073595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8687;QD=17.658;RBI=0.0479323;REFB=-0.00655258;REVB=-0.0473639;RO=32;SAF=6;SAR=24;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382195;STB=0.716259;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00443386;OID=.;OPOS=105194086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:24:6:18:14:24:6:18:14 chr10 105205302 . A C 288.8 PASS AF=0.36;AO=34;DP=99;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.06574;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0398;QD=11.552;RBI=0.0663083;REFB=-0.00886415;REVB=0.00866321;RO=64;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208966;STB=0.599947;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0168196;OID=.;OPOS=105205302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:64:64:34:36:0.36:16:18:22:42:18:18:22:42 chr10 105215016 . A G 690.07 PASS AF=0.385714;AO=81;DP=212;FAO=81;FDP=210;FR=.;FRO=129;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=78;FSRR=51;FWDB=-0.0175031;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.859;QD=13.1442;RBI=0.0344204;REFB=-0.00351094;REVB=-0.0296379;RO=128;SAF=43;SAR=38;SRF=78;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862884;STB=0.545745;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00631567;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:210:128:129:81:81:0.385714:38:43:78:50:38:43:78:51 chr10 105217976 . C T 1048.23 PASS AF=0.482143;AO=107;DP=223;FAO=108;FDP=224;FR=.;FRO=116;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=74;FSRR=42;FWDB=0.00450145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.517;QD=18.7183;RBI=0.02312;REFB=-0.00895118;REVB=0.0226775;RO=115;SAF=63;SAR=44;SRF=73;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450937;STB=0.529361;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0125098;OID=.;OPOS=105217976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:115:116:107:108:0.482143:44:63:73:42:45:63:74:42 chr10 105218252 . A G 1948.7 PASS AF=0.491315;AO=197;DP=400;FAO=198;FDP=403;FR=.;FRO=205;FSAF=88;FSAR=110;FSRF=101;FSRR=104;FWDB=0.00028796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.23;QD=19.342;RBI=0.0062851;REFB=-0.0156282;REVB=-0.0062785;RO=197;SAF=87;SAR=110;SRF=101;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652249;STB=0.524706;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0129606;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:403:197:205:197:198:0.491315:110:87:101:96:110:88:101:104 chr10 105218359 . T C 1131.6 PASS AF=0.493506;AO=113;DP=230;FAO=114;FDP=231;FR=.;FRO=117;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=0.00268574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.422;QD=19.5948;RBI=0.0143914;REFB=-0.00254184;REVB=-0.0141386;RO=116;SAF=67;SAR=46;SRF=66;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227501;STB=0.51248;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0018052;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:116:117:113:114:0.493506:46:67:66:50:46:68:67:50 chr10 105233110 . C T 1370.54 PASS AF=0.54661;AO=129;DP=236;FAO=129;FDP=236;FR=.;FRO=107;FSAF=71;FSAR=58;FSRF=40;FSRR=67;FWDB=-0.0333657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4816;QD=23.2295;RBI=0.119434;REFB=-0.00582813;REVB=0.114679;RO=107;SAF=71;SAR=58;SRF=40;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146184;STB=0.579561;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00510707;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:107:107:129:129:0.54661:58:71:40:67:58:71:40:67 chr10 105344756 . T C 402.57 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0396978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.256;QD=16.6009;RBI=0.0627026;REFB=-0.0364086;REVB=-0.0485356;RO=54;SAF=17;SAR=25;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133455;STB=0.566234;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0426217;OID=.;OPOS=105344756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:54:54:42:43:0.443299:25:17:29:25:25:18:29:25 chr10 105361816 . T G 754.11 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.739;QD=56.9139;RBI=0.0264279;REFB=0;REVB=0.00128334;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26757e-05;OID=.;OPOS=105361816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:32:21:0:0 chr10 105362104 . G A 266.71 PASS AF=0.454545;AO=27;DP=64;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00700174;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.65;QD=16.1644;RBI=0.0425205;REFB=-0.00763492;REVB=0.0419401;RO=35;SAF=17;SAR=10;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610899;STB=0.556331;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0170977;OID=.;OPOS=105362104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:35:36:27:30:0.454545:10:17:24:11:13:17:24:12 chr10 105362209 . T C 854.64 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.083;QD=56.0416;RBI=0.0920828;REFB=-0.104242;REVB=-0.0907387;RO=1;SAF=36;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129277;STB=0.506664;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000369846;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:23:36:1:0:23:37:1:0 chr10 105372696 . G A 628.86 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.0215227;FXX=0.0217376;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9035;QD=18.6328;RBI=0.0230671;REFB=-0.0106961;REVB=-0.00829853;RO=70;SAF=27;SAR=37;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775579;STB=0.538044;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0143368;OID=.;OPOS=105372696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:135:70:71:64:64:0.474074:37:27:24:46:37:27:25:46 chr10 105657316 . G C 1466.75 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0157429;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.806;QD=61.1148;RBI=0.0229782;REFB=-0.0295702;REVB=0.0167379;RO=2;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215398;STB=0.511361;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000303403;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:2:2:94:94:0.979167:43:51:0:2:43:51:0:2 chr10 105659826 . T C 2261.8 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394361;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.331;QD=63.7126;RBI=0.0540762;REFB=0;REVB=0.0370005;RO=0;SAF=70;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263336;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:142:0:0:142:142:1:72:70:0:0:72:70:0:0 chr10 105796819 . A G 1010.3 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0522074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5504;QD=57.7312;RBI=0.0774521;REFB=-0.201712;REVB=-0.057212;RO=1;SAF=23;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201037;STB=0.510635;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00730371;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:45:23:1:0:46:23:1:0 chr10 105798872 . T C 3259.03 PASS AF=1;AO=208;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360665;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.838;QD=61.7825;RBI=0.0492409;REFB=0;REVB=0.0335242;RO=0;SAF=109;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53333e-07;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:211:0:0:208:211:1:99:109:0:0:101:110:0:0 chr10 105799216 . G T 3042.42 PASS AF=0.984848;AO=187;DP=191;FAO=195;FDP=198;FR=.;FRO=3;FSAF=127;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0136316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4309;QD=61.4631;RBI=0.0150905;REFB=-0.0918887;REVB=-0.0064732;RO=4;SAF=121;SAR=66;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00640354;STB=0.505285;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00123843;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:191:198:4:3:187:195:0.984848:66:121:2:2:68:127:1:2 chr10 105801253 . G A 1431.27 PASS AF=1;AO=59;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842513;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9731;QD=62.229;RBI=0.133582;REFB=0;REVB=0.103662;RO=2;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248227;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102727;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:2:0:59:92:1:37:22:0:2:43:49:0:0 chr10 105805497 . C T 2550.12 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00444341;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.266;QD=61.8212;RBI=0.0333007;REFB=0;REVB=-0.0330029;RO=0;SAF=93;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49569e-05;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:72:93:0:0:72:93:0:0 chr10 105810400 . T C 3261.45 PASS AF=0.986111;AO=213;DP=216;FAO=213;FDP=216;FR=.;FRO=3;FSAF=96;FSAR=117;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00468688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.993;QD=60.3973;RBI=0.0207954;REFB=0.0181601;REVB=0.0202603;RO=3;SAF=96;SAR=117;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146519;STB=0.507692;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00024114;OID=.;OPOS=105810400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:216:216:3:3:213:213:0.986111:117:96:3:0:117:96:3:0 chr10 105816916 . C T 5796.47 PASS AF=1;AO=369;DP=372;FAO=369;FDP=369;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123625;FXX=0.0107236;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3837;QD=62.8344;RBI=0.0171835;REFB=-0.00863736;REVB=0.017139;RO=1;SAF=176;SAR=193;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.66152e-05;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:372:369:1:0:369:369:1:193:176:1:0:193:176:0:0 chr10 105819956 . G A 3895.94 PASS AF=0.992157;AO=252;DP=254;FAO=253;FDP=255;FR=.;FRO=2;FSAF=116;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0137126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.192;QD=61.1127;RBI=0.0324954;REFB=0.00647093;REVB=-0.0294604;RO=0;SAF=116;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503623;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000118762;OID=.;OPOS=105819956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:254:255:0:2:252:253:0.992157:136:116:0:0:137:116:0:2 chr10 105824333 . G A 1916.26 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.614;QD=60.8337;RBI=0.013114;REFB=0.0560074;REVB=0.00629825;RO=1;SAF=48;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613123;STB=0.503225;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-9.59057e-06;OID=.;OPOS=105824333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:77:48:0:1:77:48:0:1 chr10 105893394 . GA AG,G 49.13 PASS AF=0.0545455,0.290909;AO=3,15;DP=55;FAO=3,16;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=0,10;FSAR=3,6;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00127288,0.0379188;FXX=0.017854;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=80.4561,6.81595;QD=3.57279;RBI=0.0117186,0.0798926;REFB=-0.0052417,-0.0984323;REVB=-0.0116492,0.0703207;RO=31;SAF=0,11;SAR=3,4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.498728,0.391368;STB=0.995924,0.642681;STBP=0.132,0.176;TYPE=mnp,del;VARB=0.0325726,0.0709999;OID=.,.;OPOS=105893394,105893395;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:55:55:31:36:3,15:3,16:0.0545455,0.290909:3,4:0,11:12:19:3,6:0,10:15:21 chr10 106152111 . T A 433.29 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0156172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.16;QD=18.0539;RBI=0.0182332;REFB=-0.0207967;REVB=-0.0094103;RO=52;SAF=16;SAR=28;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244028;STB=0.636302;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0196295;OID=.;OPOS=106152111;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:28:16:32:20:28:16:32:20 chr10 106159126 . G T 485.49 PASS AF=0.48;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.019913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0336;QD=19.4196;RBI=0.019921;REFB=-0.0501169;REVB=-0.00056577;RO=50;SAF=22;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110912;STB=0.52173;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0540232;OID=.;OPOS=106159126;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:50:52:47:48:0.48:25:22:24:26:26:22:26:26 chr10 106907440 . C T 1197.04 PASS AF=0.502128;AO=118;DP=217;FAO=118;FDP=235;FR=.;FRO=117;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=-0.0243099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.568;QD=20.3752;RBI=0.0333159;REFB=-0.0481994;REVB=0.022781;RO=97;SAF=66;SAR=52;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16333;STB=0.544578;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0366016;OID=.;OPOS=106907440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:235:97:117:118:118:0.502128:52:66:35:62:52:66:55:62 chr10 108367020 . C T 1493.11 PASS AF=0.491961;AO=152;DP=311;FAO=153;FDP=311;FR=.;FRO=158;FSAF=64;FSAR=89;FSRF=62;FSRR=96;FWDB=0.0818985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8073;QD=19.204;RBI=0.0819532;REFB=-0.00663493;REVB=0.00299423;RO=156;SAF=63;SAR=89;SRF=60;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285575;STB=0.513575;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00702693;OID=.;OPOS=108367020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:156:158:152:153:0.491961:89:63:60:96:89:64:62:96 chr10 108380213 . G A 1277.14 PASS AF=0.45993;AO=132;DP=287;FAO=132;FDP=287;FR=.;FRO=155;FSAF=73;FSAR=59;FSRF=64;FSRR=91;FWDB=-0.0226513;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.586;QD=17.7998;RBI=0.029967;REFB=-0.00925716;REVB=-0.0196198;RO=152;SAF=73;SAR=59;SRF=61;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14635;STB=0.575305;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0142994;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:152:155:132:132:0.45993:59:73:61:91:59:73:64:91 chr10 108389111 . A G 1477.72 PASS AF=0.496689;AO=149;DP=302;FAO=150;FDP=302;FR=.;FRO=152;FSAF=78;FSAR=72;FSRF=83;FSRR=69;FWDB=0.0148794;FXX=0.00983574;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.125;QD=19.5725;RBI=0.0168323;REFB=-0.00672437;REVB=0.00786944;RO=152;SAF=77;SAR=72;SRF=83;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270049;STB=0.513146;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00820691;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:152:152:149:150:0.496689:72:77:83:69:72:78:83:69 chr10 108447975 . C T 44.39 PASS AF=0.0974026;AO=14;DP=148;FAO=15;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=136;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=75;FSRR=61;FWDB=0.024497;FXX=0.0314446;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.365;QD=1.1529;RBI=0.0610451;REFB=-0.0462359;REVB=0.0559142;RO=96;SAF=13;SAR=1;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611831;STB=0.906381;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.158557;OID=.;OPOS=108447975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:148:154:96:136:14:15:0.0974026:1:13:41:55:1:14:75:61 chr10 108729824 . C T 1385.81 PASS AF=0.487719;AO=139;DP=285;FAO=139;FDP=285;FR=.;FRO=146;FSAF=65;FSAR=74;FSRF=61;FSRR=85;FWDB=-0.0260925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7852;QD=19.4499;RBI=0.0293983;REFB=0.0228735;REVB=0.0135441;RO=144;SAF=65;SAR=74;SRF=60;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475967;STB=0.52571;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0209879;OID=.;OPOS=108729824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:144:146:139:139:0.487719:74:65:60:84:74:65:61:85 chr10 111646055 . C T 31.85 PASS AF=0.0857143;AO=12;DP=140;FAO=12;FDP=140;FR=.;FRO=128;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=76;FSRR=52;FWDB=-0.00176364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.791;QD=0.909902;RBI=0.0250668;REFB=-0.00210921;REVB=-0.0250047;RO=128;SAF=1;SAR=11;SRF=76;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.557;STB=0.930114;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.172864;OID=.;OPOS=111646055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:140:140:128:128:12:12:0.0857143:11:1:76:52:11:1:76:52 chr10 112044842 . TAAAAC T 153.97 PASS AF=0.409836;AO=22;DP=40;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0129381;FXX=0.128553;HRUN=4;LEN=5;MLLD=213.856;QD=10.0962;RBI=0.0160936;REFB=-0.0116711;REVB=0.0095713;RO=0;SAF=0;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.31058;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.89467;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0157691;OID=.;OPOS=112044843;OREF=AAAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409836:22:40:25:61:36:1:24:15:21:99:0:0:22:0:0 chr10 112266822 . GC AT 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148404;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.936;QD=57.5452;RBI=0.0231884;REFB=0;REVB=0.0178176;RO=0;SAF=4;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000124981;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:54:4:0:0:54:4:0:0 chr10 112361870 . A G 1434.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7889;QD=63.0511;RBI=0.0709972;REFB=0;REVB=0.038624;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349684;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr10 112402492 . G T 2327.57 PASS AF=0.993548;AO=151;DP=152;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0316915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.859;QD=60.0662;RBI=0.0328403;REFB=0.060269;REVB=-0.00861022;RO=1;SAF=68;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694374;STB=0.503546;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-8.01549e-05;OID=.;OPOS=112402492;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:155:1:1:151:154:0.993548:83:68:1:0:84:70:1:0 chr10 112404302 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0421541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.147;QD=14.6525;RBI=0.0509214;REFB=-0.0159323;REVB=-0.0285661;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392076;STB=0.739831;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0276775;OID=.;OPOS=112404302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:2:3:1:5:2:3 chr10 112572458 . G C 2000.79 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0094893;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.6863;QD=60.6301;RBI=0.0252978;REFB=0.0231392;REVB=0.0234506;RO=2;SAF=55;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226773;STB=0.501193;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.000214523;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:2:2:130:130:0.984848:75:55:1:1:75:55:1:1 chr10 112581547 . G A 537.18 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.145225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.306;QD=16.0353;RBI=0.145322;REFB=-0.0145966;REVB=-0.0052964;RO=73;SAF=10;SAR=48;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404105;STB=0.740648;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0116107;OID=.;OPOS=112581547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:73:76:58:58:0.432836:48:10:37:36:48:10:40:36 chr10 112595719 . G C 321.51 PASS AF=0.330645;AO=40;DP=125;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0027321;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.942;QD=10.3711;RBI=0.0112524;REFB=-0.00840253;REVB=0.0109157;RO=81;SAF=21;SAR=19;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503035;STB=0.520242;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0203497;OID=.;OPOS=112595719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:81:83:40:41:0.330645:19:21:39:42:20:21:40:43 chr10 112641053 . A G 1018.12 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0164553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.745;QD=56.562;RBI=0.0299172;REFB=-0.0435611;REVB=0.0249852;RO=1;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171877;STB=0.503344;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00231337;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:27:43:0:1:27:43:1:1 chr10 112658060 . G A 1708.57 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3397;QD=58.9161;RBI=0.0386879;REFB=0;REVB=-0.0014639;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154674;OID=.;OPOS=112658060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:116:0:0:105:116:1:62:43:0:0:69:47:0:0 chr10 112838892 . C A 2493.38 PASS AF=1;AO=163;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417708;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.734;QD=60.4457;RBI=0.0614543;REFB=-0.0577949;REVB=0.0450759;RO=2;SAF=80;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215681;OID=.;OPOS=112838892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:166:165:2:0:163:165:1:83:80:0:2:85:80:0:0 chr10 112839203 . GCA CAG,GCAG 229.53 PASS AF=0,0.568966;AO=4,26;DP=61;FAO=0,33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=0,11;FSAR=0,22;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.056973,-0.0878685;FXX=0.0333278;HRUN=6,0;LEN=3,1;MLLD=40.9177,38.7878;QD=15.8295;RBI=0.0645369,0.0949027;REFB=-0.00767321,-0.0127161;REVB=-0.0303165,-0.0358558;RO=24;SAF=2,7;SAR=2,19;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.143942,-0.321902;STB=0.5,0.618974;STBP=1,0.042;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.022272,0.0438838;OID=.,.;OPOS=112839203,112839206;OREF=GCA,-;OALT=CAG,G;OMAPALT=CAG,GCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:61:58:24:25:4,26:0,33:0,0.568966:2,19:2,7:15:9:0,22:0,11:15:10 chr10 112840171 . A G 3915.98 PASS AF=1;AO=242;DP=244;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.228;QD=63.9344;RBI=0.016611;REFB=0;REVB=-0.0127384;RO=0;SAF=108;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28664e-06;OID=.;OPOS=112840171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:245:0:0:242:245:1:134:108:0:0:134:111:0:0 chr10 113913222 . T C 2393.01 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028043;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.9;QD=64.2418;RBI=0.03492;REFB=0;REVB=0.0208086;RO=0;SAF=83;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35317e-05;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:66:83:0:0:66:83:0:0 chr10 113917085 . T A 2995.02 PASS AF=1;AO=189;DP=193;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152886;FXX=0.0257719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.564;QD=63.3866;RBI=0.0157972;REFB=-0.0704019;REVB=0.00397623;RO=0;SAF=77;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25217e-05;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:193:189:0:0:189:189:1:112:77:0:0:112:77:0:0 chr10 113920465 . G A 4733.06 PASS AF=1;AO=304;DP=305;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470387;FXX=0.00977167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.26;QD=62.2772;RBI=0.0563968;REFB=-0.0753007;REVB=0.0311121;RO=0;SAF=143;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256175;OID=.;OPOS=113920465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:305:304:0:0:304:304:1:161:143:0:0:161:143:0:0 chr10 113935379 . T C 1404.31 PASS AF=0.968421;AO=91;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00643654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0393;QD=59.129;RBI=0.00726274;REFB=-0.123448;REVB=0.00336427;RO=3;SAF=24;SAR=67;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00540145;STB=0.516352;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00304096;OID=.;OPOS=113935379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:3:3:91:92:0.968421:67:24:1:2:68:24:2:1 chr10 113940329 . T C 2559.7 PASS AF=0.994012;AO=163;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00157725;FXX=0.0233904;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.636;QD=61.3103;RBI=0.0314542;REFB=-0.0453704;REVB=0.0314146;RO=0;SAF=73;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=1.5667e-05;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:0:1:163:166:0.994012:90:73:0:0:93:73:1:0 chr10 114053546 . C G 3592.9 PASS AF=0.949416;AO=244;DP=257;FAO=244;FDP=257;FR=.;FRO=13;FSAF=109;FSAR=135;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00830905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4965;QD=55.9206;RBI=0.0388307;REFB=0.0637086;REVB=0.0379313;RO=13;SAF=109;SAR=135;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286059;STB=0.515032;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00327284;OID=.;OPOS=114053546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:257:257:13:13:244:244:0.949416:135:109:2:11:135:109:2:11 chr10 114059330 . TCTCTGTTTTC T 50.0 PASS AO=31;DP=115;LEN=10;RO=84;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=64;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=114059331;OREF=CTCTGTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:115:84:31:16:15:20:64 chr10 114186624 . G A 2400.63 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.186;QD=61.1625;RBI=0.0229556;REFB=0;REVB=0.0219061;RO=0;SAF=49;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133095;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:155:157:1:106:49:0:0:108:49:0:0 chr10 114200355 . G A 403.78 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.044418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8666;QD=17.001;RBI=0.052845;REFB=0.00339312;REVB=-0.0286292;RO=53;SAF=20;SAR=22;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145123;STB=0.581218;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0051141;OID=.;OPOS=114200355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:22:20:33:20:22:20:33:20 chr10 114831187 . C T 734.17 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.0111139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.809;QD=19.4483;RBI=0.0151137;REFB=-0.0103938;REVB=0.0102423;RO=76;SAF=36;SAR=39;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114102;STB=0.562813;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0110022;OID=.;OPOS=114831187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:76:76:75:75:0.496689:39:36:46:30:39:36:46:30 chr10 114911602 . T C 277.52 PASS AF=0.438356;AO=31;DP=72;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00439371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.712;QD=15.2063;RBI=0.0263663;REFB=0.00204022;REVB=-0.0259976;RO=41;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895933;STB=0.537611;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00599436;OID=.;OPOS=114911602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:41:31:32:0.438356:20:11:18:23:20:12:18:23 chr10 114925369 . C A 1620.12 PASS AF=0.580769;AO=149;DP=257;FAO=151;FDP=260;FR=.;FRO=109;FSAF=50;FSAR=101;FSRF=13;FSRR=96;FWDB=0.0955782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5804;QD=24.925;RBI=0.0973014;REFB=0.00470729;REVB=0.0182308;RO=108;SAF=48;SAR=101;SRF=12;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203768;STB=0.607524;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00291572;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:260:108:109:149:151:0.580769:101:48:12:96:101:50:13:96 chr10 114925406 . C G 843.25 PASS AF=0.448276;AO=92;DP=204;FAO=91;FDP=203;FR=.;FRO=112;FSAF=10;FSAR=81;FSRF=13;FSRR=99;FWDB=0.0276475;FXX=0.00490172;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.911;QD=16.6157;RBI=0.0282376;REFB=-0.013376;REVB=0.00574276;RO=107;SAF=10;SAR=82;SRF=10;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396309;STB=0.508598;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0135588;OID=.;OPOS=114925406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:107:112:92:91:0.448276:82:10:10:97:81:10:13:99 chr10 115334124 . C T 1914.41 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0953956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8933;QD=61.7551;RBI=0.0963401;REFB=0;REVB=0.0134574;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370257;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:59:64:0:0:59:65:0:0 chr10 115370254 . A G 1985.38 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118663;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.934;QD=62.043;RBI=0.0477211;REFB=0;REVB=-0.0462222;RO=0;SAF=58;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227856;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:129:128:0:0:127:128:1:69:58:0:0:69:59:0:0 chr10 115370274 . T C 1825.1 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9049;QD=60.334;RBI=0.0172938;REFB=-0.127264;REVB=0.00104144;RO=1;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079833;STB=0.504201;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0010283;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:121:121:1:1:120:120:0.991736:59:61:0:1:59:61:0:1 chr10 115375528 . C A 757.36 PASS AF=0.426396;AO=84;DP=205;FAO=84;FDP=197;FR=.;FRO=113;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=0.00876603;FXX=0.0528821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.61;QD=15.3779;RBI=0.0186906;REFB=-0.0377605;REVB=-0.0165074;RO=97;SAF=51;SAR=33;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908693;STB=0.585113;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0325088;OID=.;OPOS=115375528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:197:97:113:84:84:0.426396:33:51:50:47:33:51:52:61 chr10 115385809 . G A 570.19 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=146;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0041653;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.877;QD=15.7294;RBI=0.0071559;REFB=-0.017003;REVB=-0.00581869;RO=84;SAF=26;SAR=35;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101289;STB=0.556799;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0218757;OID=.;OPOS=115385809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:84:84:61:61:0.42069:35:26:44:40:35:26:44:40 chr10 115393929 . G A 3114.59 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944888;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.293;QD=61.3713;RBI=0.0322835;REFB=-0.0180839;REVB=0.0308697;RO=1;SAF=93;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011679;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:203:1:0:202:203:1:109:93:1:0:110:93:0:0 chr10 115405615 . T C 2242.14 PASS AF=1;AO=140;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3724;QD=62.2815;RBI=0.0254435;REFB=-0.0871704;REVB=-0.00163187;RO=1;SAF=74;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306121;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:144:144:1:0:140:144:1:66:74:0:1:68:76:0:0 chr10 115405664 . C T 1952.26 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.683;QD=61.9765;RBI=0.0252616;REFB=0;REVB=0.00050094;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30757e-05;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:62:64:0:0:62:64:0:0 chr10 115410234 . T C 3048.84 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012232;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.916;QD=60.6734;RBI=0.0528439;REFB=-0.0501779;REVB=0.0528297;RO=1;SAF=81;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044278;OID=.;OPOS=115410234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:199:201:1:0:198:201:1:117:81:0:1:120:81:0:0 chr10 115411614 . A G 2030.34 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141065;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9281;QD=62.472;RBI=0.0258472;REFB=0;REVB=-0.0216583;RO=0;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81066e-05;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:129:130:1:65:64:0:0:65:65:0:0 chr10 115417289 . G A 2313.38 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208677;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.26;QD=63.8173;RBI=0.0256872;REFB=0;REVB=0.014979;RO=0;SAF=75;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61982e-06;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:144:145:1:69:75:0:0:69:76:0:0 chr10 115439530 . G C 4753.3 PASS AF=0.984076;AO=307;DP=314;FAO=309;FDP=314;FR=.;FRO=5;FSAF=188;FSAR=121;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000764878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3321;QD=60.5516;RBI=0.0509167;REFB=-0.113386;REVB=-0.0509109;RO=6;SAF=187;SAR=120;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418326;STB=0.500141;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00123319;OID=.;OPOS=115439530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:314:314:6:5:307:309:0.984076:120:187:3:3:121:188:3:2 chr10 115439569 . C T 5793.32 PASS AF=0.966667;AO=375;DP=389;FAO=377;FDP=390;FR=.;FRO=13;FSAF=223;FSAR=154;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0349082;FXX=0.010152;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.654;QD=59.4187;RBI=0.0495181;REFB=-0.136893;REVB=0.0351207;RO=12;SAF=222;SAR=153;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309295;STB=0.515011;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000499931;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:389:390:12:13:375:377:0.966667:153:222:1:11:154:223:2:11 chr10 115489152 . C G 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.761;QD=62.0069;RBI=0.0181261;REFB=0;REVB=-0.00810711;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1094e-05;OID=.;OPOS=115489152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:56:28:0:0:56:28:0:0 chr10 115489167 . G A 1116.94 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.692;QD=60.3752;RBI=0.0115175;REFB=0;REVB=0.000652957;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62294e-05;OID=.;OPOS=115489167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:47:26:0:0:48:26:0:0 chr10 115525175 . T C 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.591;QD=62.1615;RBI=0.0140056;REFB=0;REVB=0.0123735;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51511e-05;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr10 115529576 . T A 1695.26 PASS AF=0.966387;AO=115;DP=119;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0193966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.815;QD=56.9834;RBI=0.0271018;REFB=-0.109242;REVB=0.0189282;RO=4;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357934;STB=0.518865;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000875666;OID=.;OPOS=115529576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:119:4:4:115:115:0.966387:51:64:0:4:51:64:0:4 chr10 115535599 . T C 1607.3 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.199;QD=60.0862;RBI=0.053375;REFB=0;REVB=0.017597;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75549e-05;OID=.;OPOS=115535599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:57:49:0:0:57:50:0:0 chr10 115540411 . T C 1375.78 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.265;QD=62.5357;RBI=0.01902;REFB=0;REVB=-0.00850263;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80302e-05;OID=.;OPOS=115540411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:49:38:0:0:50:38:0:0 chr10 115609831 . TA T,TT 93.21 PASS AF=0.36,0;AO=21,11;DP=110;FAO=45,0;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=24,0;FSAR=21,0;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.145838,0.0510539;FXX=0.00793588;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.74765,9.1685;QD=2.98273;RBI=0.146242,0.0661969;REFB=-0.0826091,-0.0832692;REVB=0.0108651,-0.042137;RO=53;SAF=5,5;SAR=16,6;SRF=24;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.285855,0.00214248;STB=0.545241,0.5;STBP=0.467,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0814902,-0.124352;OID=.,.;OPOS=115609832,115609832;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36,0:21,11:110:45,0:125:80:24,0:21,0:37:43:86:53:5,5:16,6:24:29 chr10 115609915 . C G,T 1515.67 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=98,5;DP=104;FAO=102,2;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=60,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277577,-0.101356;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=120.152,7.80579;QD=58.2949;RBI=0.0318281,0.140285;REFB=0,0;REVB=-0.0155737,-0.0969891;RO=1;SAF=42,0;SAR=56,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00839512,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00104179,0.128833;OID=.,.;OPOS=115609915,115609915;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:104:104:1:0:98,5:102,2:0.980769,0.0192308:56,5:42,0:0:1:60,2:42,0:0:0 chr10 115644040 . G A 1127.08 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0262488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.578;QD=57.7988;RBI=0.0269912;REFB=-0.0468707;REVB=0.0062867;RO=2;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219995;STB=0.511625;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000355202;OID=.;OPOS=115644040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:42:34:0:2:42:34:0:2 chr10 115675025 . G A 669.61 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.12;QD=62.2896;RBI=0.106322;REFB=0;REVB=-0.00255557;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000792219;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr10 115804423 . C G 35.93 PASS AF=0.0656168;AO=30;DP=381;FAO=25;FDP=381;FR=.;FRO=356;FSAF=24;FSAR=1;FSRF=190;FSRR=166;FWDB=-0.105802;FXX=0.00261773;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0308;QD=0.377251;RBI=0.12794;REFB=-0.00778062;REVB=-0.0719336;RO=341;SAF=29;SAR=1;SRF=176;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557753;STB=0.948914;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.161281;OID=.;OPOS=115804423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:381:381:341:356:30:25:0.0656168:1:29:176:165:1:24:190:166 chr10 115805056 . G C 805.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.726;QD=64.3996;RBI=0.0325655;REFB=0;REVB=0.00700565;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42504e-05;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr10 115991227 . AT A,TA 53.64 PASS AF=0.166667,0;AO=37,7;DP=193;FAO=31,0;FDP=186;FR=.;FRO=155;FSAF=18,0;FSAR=13,0;FSRF=76;FSRR=79;FWDB=-0.074147,-0.0404783;FXX=0.041235;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=7.79973,34.7738;QD=1.15352;RBI=0.255901,0.0495299;REFB=-0.0882783,-0.00840445;REVB=0.244923,-0.0285432;RO=107;SAF=29,2;SAR=8,5;SRF=45;SRR=62;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.456272,-0.144242;STB=0.575351,0.5;STBP=0.378,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0445387,0.038616;OID=.,.;OPOS=115991228,115991227;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:193:186:107:155:37,7:31,0:0.166667,0:8,5:29,2:45:62:13,0:18,0:76:79 chr10 116060387 . T C 1050.68 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.003764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.732;QD=59.1932;RBI=0.00451007;REFB=0;REVB=-0.00248455;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438452;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:42:28:0:0:43:28:0:0 chr10 116073696 . C T 2945.31 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457622;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6582;QD=63.3399;RBI=0.0458624;REFB=0;REVB=-0.00303026;RO=0;SAF=86;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64831e-05;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:186:186:1:100:86:0:0:100:86:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 1393.55 PASS AF=1;AO=85;DP=97;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091388;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=3;MLLD=154.336;QD=62.6316;RBI=0.0196028;REFB=0;REVB=-0.0173422;RO=8;SAF=37;SAR=48;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920859;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.35447e-06;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:97:89:89:0:39:50:0:0:7:8:37:48:8:0 chr10 116307504 . A G 2355.81 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938136;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.14;QD=61.1899;RBI=0.00953854;REFB=0;REVB=0.00172452;RO=0;SAF=77;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142203;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:152:154:1:75:77:0:0:75:79:0:0 chr10 116931101 . C CTT,T 943.09 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=46,18;DP=69;FAO=54,12;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=18,3;FSAR=36,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281392,-0.0233563;FXX=0.0294074;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=39.667,241.674;QD=57.1567;RBI=0.039484,0.0281149;REFB=0,0;REVB=0.0276979,-0.0156502;RO=5;SAF=13,7;SAR=33,11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0262393,-0.00461155;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00243983,0.029991;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:69:69:66:5:0:46,18:54,12:0.818182,0.181818:33,11:13,7:2:3:36,9:18,3:0:0 chr10 117075175 . G A 2121.6 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.279;QD=62.8623;RBI=0.0104677;REFB=0;REVB=0.00990976;RO=0;SAF=53;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10997e-05;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:81:53:0:0:82:53:0:0 chr10 117823739 . A G 1468.77 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00492945;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.594;QD=57.0396;RBI=0.0222275;REFB=-0.0505727;REVB=-0.0216739;RO=2;SAF=45;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206141;STB=0.510867;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000435547;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:103:2:2:100:101:0.980583:55:45:2:0:56:45:2:0 chr10 117849353 . T C 1169.14 PASS AF=0.483471;AO=117;DP=242;FAO=117;FDP=242;FR=.;FRO=125;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=50;FSRR=75;FWDB=-0.0223274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0368;QD=19.3246;RBI=0.0230686;REFB=-0.00936005;REVB=0.00580044;RO=125;SAF=48;SAR=69;SRF=50;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099651;STB=0.505484;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00874213;OID=.;OPOS=117849353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:125:125:117:117:0.483471:69:48:50:75:69:48:50:75 chr10 117853268 . G A 1124.24 PASS AF=0.46124;AO=119;DP=258;FAO=119;FDP=258;FR=.;FRO=139;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=61;FSRR=78;FWDB=-0.0146396;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.873;QD=17.43;RBI=0.0191091;REFB=-0.00904573;REVB=0.0122817;RO=137;SAF=54;SAR=65;SRF=61;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083398;STB=0.508125;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00899679;OID=.;OPOS=117853268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:137:139:119:119:0.46124:65:54:61:76:65:54:61:78 chr10 117884950 . G A 919.34 PASS AF=0.477612;AO=96;DP=204;FAO=96;FDP=201;FR=.;FRO=105;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=39;FSRR=66;FWDB=-0.00413664;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.27;QD=18.2953;RBI=0.00788709;REFB=-0.00965813;REVB=-0.00671523;RO=105;SAF=39;SAR=57;SRF=39;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344341;STB=0.518983;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0117936;OID=.;OPOS=117884950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:201:105:105:96:96:0.477612:57:39:39:66:57:39:39:66 chr10 118231360 . G A 2650.06 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.056;QD=61.6293;RBI=0.0254593;REFB=0;REVB=0.0173015;RO=0;SAF=69;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03088e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23346e-05;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:172:0:0:170:172:1:101:69:0:0:103:69:0:0 chr10 118231362 . TA T,TG 2496.58 PASS AF=0.113772,0.886228;AO=20,139;DP=169;FAO=19,148;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=16,53;FSAR=3,95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.13377e-05,-0.00385564;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.175,209.82;QD=59.7982;RBI=0.0137851,0.00827104;REFB=0,0;REVB=0.0137851,0.00731739;RO=0;SAF=17,43;SAR=3,96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.10185e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0142008,0.00233849;OID=.,.;OPOS=118231363,118231363;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.113772,0.886228:20,139:169:19,148:167:0:16,53:3,95:0:0:44:0:17,43:3,96:0:0 chr10 118236610 . T A 640.36 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.147445;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.928;QD=55.6838;RBI=0.148036;REFB=-0.0344021;REVB=0.0132165;RO=2;SAF=20;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044666;STB=0.513178;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-2.49969e-05;OID=.;OPOS=118236610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:2:3:43:43:0.934783:23:20:2:0:23:20:2:1 chr10 118313265 . T C 1221.05 PASS AF=0.504202;AO=120;DP=238;FAO=120;FDP=238;FR=.;FRO=118;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=51;FSRR=67;FWDB=0.0156676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8457;QD=20.5218;RBI=0.0442807;REFB=-0.00971814;REVB=0.0414163;RO=117;SAF=54;SAR=66;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128455;STB=0.508927;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00762285;OID=.;OPOS=118313265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:117:118:120:120:0.504202:66:54:51:66:66:54:51:67 chr10 118363642 . T C 3937.45 PASS AF=1;AO=247;DP=248;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544191;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.397;QD=63.7644;RBI=0.0259127;REFB=0.0536286;REVB=0.0253349;RO=1;SAF=106;SAR=141;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52635e-05;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:248:247:1:0:247:247:1:141:106:0:1:141:106:0:0 chr10 118364967 . G C 2291.25 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412919;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.974;QD=63.6459;RBI=0.0101095;REFB=0;REVB=0.00922773;RO=0;SAF=77;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2093e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80035e-05;OID=.;OPOS=118364967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:142:144:1:65:77:0:0:67:77:0:0 chr10 118380511 . A G 593.52 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.954;QD=60.8735;RBI=0.0402323;REFB=0;REVB=0.0113411;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116956;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:12:26:0:0:13:26:0:0 chr10 118383461 . AGA AGAG,GAG 3111.17 PASS AF=1,0;AO=190,16;DP=212;FAO=210,0;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=112,0;FSAR=98,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10628,0.00834824;FXX=0.00943352;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=26.3877,13.6491;QD=59.2604;RBI=0.116447,0.0410565;REFB=0,0;REVB=0.0475879,0.0401988;RO=4;SAF=106,5;SAR=84,11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00230235,-0.0763516;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000976968,0;OID=.,.;OPOS=118383464,118383461;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:212:210:4:0:190,16:210,0:1,0:84,11:106,5:2:2:98,0:112,0:0:0 chr10 118387282 . A G 2519.53 PASS AF=0.476064;AO=177;DP=374;FAO=179;FDP=376;FR=.,HEALED;FRO=112;FSAF=102;FSAR=77;FSRF=96;FSRR=16;FWDB=-0.00345536;FXX=0.00265245;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.757;QD=26.8035;RBI=0.0194139;REFB=0.0069552;REVB=-0.0191039;RO=107;SAF=102;SAR=75;SRF=95;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233184;STB=0.616436;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00956178;OID=.;OPOS=118387282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:376:107:112:177:179:0.476064:75:102:95:12:77:102:96:16 chr10 118616110 . C T 474.75 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00306614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.417;QD=21.5794;RBI=0.00624018;REFB=-0.0274514;REVB=0.00543494;RO=42;SAF=25;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170967;STB=0.509439;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0280428;OID=.;OPOS=118616110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:21:25:22:20:21:25:22:20 chr10 118620459 . A C 742.58 PASS AF=0.454023;AO=79;DP=174;FAO=79;FDP=174;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.00510403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.365;QD=17.0707;RBI=0.00829118;REFB=-0.0175939;REVB=-0.00653395;RO=95;SAF=38;SAR=41;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906117;STB=0.550229;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0171003;OID=.;OPOS=118620459;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:95:95:79:79:0.454023:41:38:37:58:41:38:37:58 chr10 118733410 . ATT ATA,AT,TAT 611.54 PASS AF=0.24,0.74,0.02;AO=8,13,6;DP=94;FAO=24,74,2;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43,0;FSAR=24,31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0947289,0.807399,0.0783235;FXX=0.0196059;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=125.996,7.12408,122.919;QD=24.4617;RBI=0.121689,0.808348,0.134592;REFB=0.0896326,0.118536,0.122163;REVB=-0.0763848,-0.0391679,-0.109455;RO=42;SAF=0,7,0;SAR=8,6,6;SRF=35;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.812832,-0.394105,-0.788109;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.14309,0.0281186,-0.138948;OID=.,.,.;OPOS=118733412,118733411,118733410;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=ATA,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:94:100:42:0:8,13,6:24,74,2:0.24,0.74,0.02:8,6,6:0,7,0:35:7:24,31,2:0,43,0:0:0 chr10 118738744 . GA G,GG 37.59 PASS AF=0.183099,0.056338;AO=16,4;DP=72;FAO=13,4;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=5,0;FSAR=8,4;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.232994,0.0754783;FXX=0.0405351;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.60666,17.5012;QD=2.11747;RBI=0.235664,0.109276;REFB=-0.0786053,-0.0499656;REVB=0.0353756,0.0790201;RO=39;SAF=7,0;SAR=9,4;SRF=16;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0327351,-0.536887;STB=0.519201,0.996912;STBP=0.888,0.055;TYPE=del,snp;VARB=0.122423,0.0647607;OID=.,.;OPOS=118738745,118738745;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183099,0.056338:16,4:72:13,4:71:54:5,0:8,4:22:32:25:39:7,0:9,4:16:23 chr10 118890573 . T C 2252.97 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9194;QD=63.0201;RBI=0.0879899;REFB=0;REVB=-0.064838;RO=0;SAF=59;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92296e-06;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:143:0:0:133:143:1:74:59:0:0:74:69:0:0 chr10 119026566 . T C 2449.35 PASS AF=0.976048;AO=162;DP=167;FAO=163;FDP=167;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0198203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.512;QD=58.6671;RBI=0.023373;REFB=-0.0970744;REVB=0.0123876;RO=0;SAF=50;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508771;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00147425;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:167:167:0:4:162:163:0.976048:112:50:0:0:112:51:0:4 chr10 119768551 . C T 4026.39 PASS AF=1;AO=257;DP=258;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801117;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.656;QD=62.1836;RBI=0.01413;REFB=0;REVB=-0.0116395;RO=0;SAF=131;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443354;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:258:259:0:0:257:259:1:126:131:0:0:127:132:0:0 chr10 119774598 . T A 452.18 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00755615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3219;QD=19.4487;RBI=0.020396;REFB=0.0139886;REVB=0.0189447;RO=48;SAF=16;SAR=29;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226898;STB=0.512599;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0151149;OID=.;OPOS=119774598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:29:16:16:32:29:16:16:32 chr10 120069611 . T C 1084.39 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.67;QD=58.6156;RBI=0.0214394;REFB=-0.120442;REVB=0.0107551;RO=0;SAF=24;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41374e-08;STB=0.510201;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000161441;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:49:24:0:0:49:24:1:0 chr10 120070427 . G T 199.26 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0777095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.555;QD=27.4841;RBI=0.0779877;REFB=-0.0465754;REVB=0.0065812;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475086;STB=0.543433;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00599691;OID=.;OPOS=120070427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:9:10:19:19:0.655172:10:9:5:4:10:9:6:4 chr10 120353910 . T C 2295.73 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217162;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.903;QD=63.7703;RBI=0.0274694;REFB=0;REVB=0.0168219;RO=0;SAF=69;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46075e-05;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:145:144:1:76:69:0:0:75:69:0:0 chr10 120791060 . A C 287.74 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.69;QD=52.3166;RBI=0.0321863;REFB=0;REVB=0.0206437;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216214;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:16:5:0:0:16:6:0:0 chr10 120792297 . G GCTA 668.84 PASS AF=0.753425;AO=55;DP=74;FAO=55;FDP=73;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00676259;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=3;MLLD=334.781;QD=36.6489;RBI=0.0113421;REFB=0.00346231;REVB=-0.00910552;RO=17;SAF=30;SAR=25;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589143;STB=0.524991;STBP=0.467;TYPE=ins;VARB=-0.000521745;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.753425:55:74:55:73:18:30:25:8:10:99:17:30:25:7:10 chr10 120792684 . A G 788.33 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.706;QD=64.3536;RBI=0.0772191;REFB=0;REVB=0.0768664;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160874;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:33:12:0:0:37:12:0:0 chr10 120792703 . C A 947.27 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0137128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.226;QD=55.7217;RBI=0.0155706;REFB=-0.142206;REVB=-0.00737589;RO=1;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101608;STB=0.510635;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.000639996;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:1:2:65:66:0.970588:46:19:0:1:46:20:0:2 chr10 120793384 . TAAAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAAAC 195.88 PASS AF=0.52381,0.190476,0.285714;AO=8,4,2;DP=25;FAO=11,4,6;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,6;FSAR=11,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228701,0.145045,0.141305;FXX=0.22214;HRUN=15,15,15;LEN=3,4,1;MLLD=8.90394,10.7039,196.582;QD=37.3096;RBI=0.259334,0.162177,0.142394;REFB=0,0,0;REVB=-0.12227,-0.0725483,-0.0175731;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=8,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0909933,0.0208255,0.00019996;OID=.,.,.;OPOS=120793385,120793385,120793395;OREF=AAA,AAAA,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.52381,0.190476,0.285714:8,4,2:25:11,4,6:21:0:0,0,6:11,4,0:0:0:48:0:0,0,2:8,4,0:0:0 chr10 120820528 . A G 501.22 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3567;QD=58.9674;RBI=0.0169152;REFB=0;REVB=-0.0160067;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158247;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:21:12:0:0:22:12:0:0 chr10 120828969 . A G 866.43 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.175;QD=57.7621;RBI=0.082787;REFB=0;REVB=0.0347227;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274105;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:37:22:0:0:37:23:0:0 chr10 120829034 . GA AG,G 37.85 PASS AF=0,0.263889;AO=11,18;DP=72;FAO=0,19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=0,2;FSAR=0,17;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0237682,-0.0491765;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=132.163,8.8109;QD=2.10289;RBI=0.167817,0.0753784;REFB=-0.0108937,-0.13171;REVB=-0.166125,-0.0571276;RO=37;SAF=0,5;SAR=11,13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0.327586;SSSB=-0.766529,-0.336541;STB=0.5,0.843554;STBP=1,0.003;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.177621;OID=.,.;OPOS=120829034,120829035;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:72:72:37:53:11,18:0,19:0,0.263889:11,13:0,5:21:16:0,17:0,2:26:27 chr10 120896027 . G A 1403.98 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4517;QD=61.7136;RBI=0.00938244;REFB=0;REVB=-0.00910361;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987879;OID=.;OPOS=120896027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:91:0:0:86:91:1:48:38:0:0:52:39:0:0 chr10 120909785 . C T 619.89 PASS AF=0.425926;AO=69;DP=164;FAO=69;FDP=162;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.0156402;FXX=0.0121944;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.441;QD=15.306;RBI=0.0255748;REFB=-0.00622272;REVB=-0.020235;RO=91;SAF=39;SAR=30;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612779;STB=0.540777;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00814029;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:91:93:69:69:0.425926:30:39:46:45:30:39:46:47 chr10 120917445 . G A 1334.51 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.088;QD=62.0701;RBI=0.0448635;REFB=0;REVB=0.0406257;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55627e-05;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:47:38:0:0:48:38:0:0 chr10 120919246 . T C 840.07 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416183;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.644;QD=57.9356;RBI=0.041821;REFB=0;REVB=0.00411276;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253191;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:34:23:0:0:35:23:0:0 chr10 120920588 . T C 923.16 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0141274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4076;QD=56.8099;RBI=0.0194804;REFB=-0.122374;REVB=-0.0134127;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129402;STB=0.506847;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00198535;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:36:28:0:1:36:28:0:1 chr10 120933324 . G A 734.2 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0063766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1325;QD=61.1837;RBI=0.0163658;REFB=0.0132395;REVB=-0.0150725;RO=1;SAF=1;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010337;STB=0.505374;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.000321542;OID=.;OPOS=120933324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:45:1:0:1:46:1:0:1 chr10 121196335 . G A 615.58 PASS AF=0.43871;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.0104535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.67;QD=15.886;RBI=0.0106638;REFB=-0.00526134;REVB=0.00210728;RO=87;SAF=34;SAR=34;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520649;STB=0.529024;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00620782;OID=.;OPOS=121196335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:87:87:68:68:0.43871:34:34:39:48:34:34:39:48 chr10 121199310 . T C 323.1 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00459143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7277;QD=12.7962;RBI=0.0135421;REFB=-0.00263722;REVB=-0.01274;RO=62;SAF=22;SAR=16;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338346;STB=0.524907;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00497552;OID=.;OPOS=121199310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:63:38:38:0.376238:16:22:34:28:16:22:34:29 chr10 121295998 . T A 248.14 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0106078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.435;QD=16.2716;RBI=0.0108699;REFB=-0.0296334;REVB=0.00237276;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285973;STB=0.660461;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0387451;OID=.;OPOS=121295998;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:11:17:10:23:11:17:10:23 chr10 121436068 . T G 750.8 PASS AF=0.5625;AO=70;DP=127;FAO=72;FDP=128;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0118334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.472;QD=23.4624;RBI=0.0118703;REFB=-0.0160453;REVB=-0.000935682;RO=54;SAF=32;SAR=38;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093134;STB=0.549401;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0142943;OID=.;OPOS=121436068;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:54:56:70:72:0.5625:38:32:31:23:39:33:32:24 chr10 121436286 . C T 199.86 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.111761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9163;QD=13.5496;RBI=0.120474;REFB=0.00493638;REVB=0.0449823;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175177;STB=0.599919;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0032734;OID=.;OPOS=121436286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:11:13:13:22:11:13:13:22 chr10 121436362 . A G 1572.52 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.042;QD=62.9007;RBI=0.0185709;REFB=-0.139003;REVB=-0.000543586;RO=1;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886635;STB=0.504672;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000325378;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:53:46:0:1:53:46:0:1 chr10 121578998 . G A 271.06 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.037324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.036;QD=15.7134;RBI=0.0414076;REFB=-0.0294351;REVB=-0.0179306;RO=38;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135881;STB=0.583036;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0469064;OID=.;OPOS=121578998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:30:31:0.449275:11:19:19:19:11:20:19:19 chr10 121589402 . T G 1991.94 PASS AF=0.992308;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00494555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.483;QD=61.2906;RBI=0.0411594;REFB=-0.119343;REVB=0.0408612;RO=1;SAF=34;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137695;STB=0.507245;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000674999;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:130:1:1:128:129:0.992308:94:34:1:0:95:34:1:0 chr10 121590739 . CT C,TC 37.41 PASS AF=0.147059,0.0441176;AO=14,6;DP=69;FAO=10,3;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=5,1;FSAR=5,2;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.112176,-0.020058;FXX=0.0144907;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.38634,88.8098;QD=2.20034;RBI=0.188677,0.031541;REFB=-0.0825494,-0.00507344;REVB=0.151709,-0.0243416;RO=41;SAF=7,3;SAR=7,3;SRF=20;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0147145,0.0142944;STB=0.507677,0.65015;STBP=0.954,0.68;TYPE=del,mnp;VARB=0.0828101,0.0338413;OID=.,.;OPOS=121590740,121590739;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:69:68:41:55:14,6:10,3:0.147059,0.0441176:7,3:7,3:20:21:5,2:5,1:27:28 chr10 121679013 . A G 2949.15 PASS AF=0.975369;AO=197;DP=205;FAO=198;FDP=203;FR=.;FRO=5;FSAF=78;FSAR=120;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0114834;FXX=0.0145624;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.893;QD=58.1114;RBI=0.0114894;REFB=-0.0565815;REVB=0.000371846;RO=2;SAF=78;SAR=119;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00793664;STB=0.505302;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.000213409;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:205:203:2:5:197:198:0.975369:119:78:0:2:120:78:3:2 chr10 121701160 . G T 250.84 PASS AF=0.344444;AO=28;DP=89;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0051132;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.949;QD=11.1487;RBI=0.00764216;REFB=-0.00674114;REVB=0.00567959;RO=58;SAF=15;SAR=13;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792783;STB=0.582389;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.016333;OID=.;OPOS=121701160;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:58:59:28:31:0.344444:13:15:35:23:16:15:36:23 chr10 122358342 . G C 2912.26 PASS AF=0.984293;AO=187;DP=191;FAO=188;FDP=191;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=108;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0311838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.698;QD=60.9898;RBI=0.0505229;REFB=-0.0813482;REVB=0.0397509;RO=3;SAF=79;SAR=108;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177346;STB=0.509201;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000666298;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:191:191:3:3:187:188:0.984293:108:79:3:0:108:80:3:0 chr10 122358463 . G A 1469.55 PASS AF=0.587719;AO=134;DP=228;FAO=134;FDP=228;FR=.;FRO=94;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.00267561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.822;QD=25.7815;RBI=0.00318019;REFB=-0.0116475;REVB=-0.00171894;RO=93;SAF=60;SAR=74;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275278;STB=0.512869;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0113896;OID=.;OPOS=122358463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:93:94:134:134:0.587719:74:60:45:48:74:60:45:49 chr10 122358604 . C T 246.7 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0145917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.295;QD=15.9158;RBI=0.0441077;REFB=-0.0330223;REVB=-0.0416242;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291986;STB=0.663568;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0392885;OID=.;OPOS=122358604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:12:16:9:25:12:16:9:25 chr10 122358657 . ACCC GTGT,TCCC 303.73 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=2,21;DP=24;FAO=2,21;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046188,-0.00642559;FXX=0.0416493;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=119.594,76.5229;QD=52.8217;RBI=0.046619,0.0222291;REFB=0,0;REVB=-0.00632442,-0.0212801;RO=0;SAF=0,4;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.45803e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00915592,-0.00110123;OID=.,.;OPOS=122358657,122358657;OREF=ACCC,A;OALT=GTGT,T;OMAPALT=GTGT,TCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:24:23:0:0:2,21:2,21:0.0869565,0.913043:2,17:0,4:0:0:2,17:0,4:0:0 chr10 122359344 . C T 513.1 PASS AF=0.395833;AO=57;DP=144;FAO=57;FDP=144;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.0302851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.177;QD=14.2527;RBI=0.0312961;REFB=-0.0222849;REVB=-0.00789021;RO=87;SAF=32;SAR=25;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229256;STB=0.512942;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0296102;OID=.;OPOS=122359344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:87:87:57:57:0.395833:25:32:47:40:25:32:47:40 chr10 122624679 . G A 779.06 PASS AF=0.516556;AO=78;DP=150;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0644626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2163;QD=20.6372;RBI=0.0671808;REFB=-0.0125859;REVB=0.0189165;RO=71;SAF=39;SAR=39;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428226;STB=0.523173;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00916367;OID=.;OPOS=122624679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:71:73:78:78:0.516556:39:39:39:32:39:39:40:33 chr10 122645376 . A T 414.2 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.0426183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.73;QD=16.7352;RBI=0.0449525;REFB=-0.0122505;REVB=-0.0142971;RO=55;SAF=23;SAR=20;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224057;STB=0.629057;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0147821;OID=.;OPOS=122645376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:55:56:43:43:0.434343:20:23:17:38:20:23:17:39 chr10 122663585 . G A 618.94 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00371168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.898;QD=19.3418;RBI=0.0119127;REFB=-0.0113261;REVB=-0.0113197;RO=64;SAF=35;SAR=28;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793998;STB=0.547811;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0117506;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:64:65:63:63:0.492188:28:35:30:34:28:35:30:35 chr10 122665459 . C G 1371.84 PASS AF=0.464516;AO=144;DP=310;FAO=144;FDP=310;FR=.;FRO=166;FSAF=70;FSAR=74;FSRF=88;FSRR=78;FWDB=-0.0391496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7195;QD=17.7011;RBI=0.0405553;REFB=-0.0035017;REVB=-0.010585;RO=162;SAF=70;SAR=74;SRF=86;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429684;STB=0.52355;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00364884;OID=.;OPOS=122665459;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:162:166:144:144:0.464516:74:70:86:76:74:70:88:78 chr10 123241699 . GA G 86.77 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.227946;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.53413;QD=8.4655;RBI=0.22833;REFB=-0.11504;REVB=0.0132356;RO=17;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081208;STB=0.519613;STBP=0.799;TYPE=del;VARB=0.127594;OID=.;OPOS=123241700;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536585:22:41:22:41:19:9:13:7:12:63:17:7:15:7:10 chr10 123298158 . T C 4968.74 PASS AF=1;AO=316;DP=317;FAO=317;FDP=317;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840438;FXX=0.00314456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.276;QD=62.697;RBI=0.0124359;REFB=0.00845647;REVB=0.00916613;RO=1;SAF=145;SAR=171;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00278146;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62017e-06;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:317:317:1:0:316:317:1:171:145:0:1:171:146:0:0 chr10 123549691 . T G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.255;QD=58.5996;RBI=0.0125902;REFB=0;REVB=0.0102199;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39281e-05;OID=.;OPOS=123549691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr10 123596254 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7713;QD=60.2304;RBI=0.0466824;REFB=0;REVB=0.0454639;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558699;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr10 123673339 . T C 1368.04 PASS AF=0.978495;AO=87;DP=92;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00754983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.635;QD=58.8406;RBI=0.0808263;REFB=-0.0990904;REVB=0.0804729;RO=1;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957246;STB=0.509432;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00106691;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:93:1:2:87:91:0.978495:49:38:0:1:52:39:0:2 chr10 123687456 . G A 142.72 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.135438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.875;QD=22.8344;RBI=0.13544;REFB=0.0106604;REVB=-0.000738879;RO=10;SAF=0;SAR=14;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.797074;STB=0.548948;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0044215;OID=.;OPOS=123687456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:10:10:14:15:0.6:14:0:1:9:14:1:1:9 chr10 123733511 . C G 246.51 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0150259;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.566;QD=19.3341;RBI=0.0337901;REFB=0.00795662;REVB=-0.0302653;RO=25;SAF=20;SAR=6;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440939;STB=0.747467;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00320941;OID=.;OPOS=123733511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:25:25:26:26:0.509804:6:20:7:18:6:20:7:18 chr10 123845322 . T C 1665.01 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0212461;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.856;QD=59.4648;RBI=0.0424743;REFB=0.140605;REVB=0.0367787;RO=1;SAF=64;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736083;STB=0.503936;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.000421522;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:47:64:1:0:48:63:1:0 chr10 123970530 . T C 823.84 PASS AF=0.401606;AO=91;DP=241;FAO=100;FDP=249;FR=.;FRO=149;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=75;FSRR=74;FWDB=-0.0249873;FXX=0.0386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.609;QD=13.2344;RBI=0.0257959;REFB=-0.0169747;REVB=-0.00640821;RO=141;SAF=62;SAR=29;SRF=72;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19469;STB=0.584506;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0446264;OID=.;OPOS=123970530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:249:141:149:91:100:0.401606:29:62:72:69:36:64:75:74 chr10 123970531 . G C 43.08 PASS AF=0.0687023;AO=17;DP=254;FAO=18;FDP=262;FR=.;FRO=244;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=138;FSRR=106;FWDB=-0.00162398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6574;QD=0.657701;RBI=0.0204808;REFB=-0.0224962;REVB=-0.0204163;RO=237;SAF=2;SAR=15;SRF=136;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476079;STB=0.901349;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0641697;OID=.;OPOS=123970531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:254:262:237:244:17:18:0.0687023:15:2:136:101:16:2:138:106 chr10 123970569 . C T 1364.06 PASS AF=0.430678;AO=146;DP=339;FAO=146;FDP=339;FR=.;FRO=193;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=100;FSRR=93;FWDB=-0.0161837;FXX=0.00294109;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.404;QD=16.0951;RBI=0.0489678;REFB=-0.0060708;REVB=-0.0462162;RO=193;SAF=80;SAR=66;SRF=100;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307235;STB=0.517071;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00704309;OID=.;OPOS=123970569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:339:193:193:146:146:0.430678:66:80:100:93:66:80:100:93 chr10 123970722 . T A 802.93 PASS AF=0.456522;AO=84;DP=184;FAO=84;FDP=184;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=-0.13266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5356;QD=17.4551;RBI=0.132706;REFB=-0.00254535;REVB=0.00347505;RO=100;SAF=30;SAR=54;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958714;STB=0.553266;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00193314;OID=.;OPOS=123970722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:100:100:84:84:0.456522:54:30:45:55:54:30:45:55 chr10 123976391 . C A 2592.99 PASS AF=0.982659;AO=169;DP=172;FAO=170;FDP=173;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=91;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.024889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.515;QD=59.9534;RBI=0.0296824;REFB=-0.0175801;REVB=0.0161737;RO=3;SAF=78;SAR=91;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179496;STB=0.509316;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000160256;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:172:173:3:3:169:170:0.982659:91:78:3:0:91:79:3:0 chr10 123996976 . G A 434.21 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0254975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.632;QD=17.0277;RBI=0.0264812;REFB=-0.0209665;REVB=0.00715046;RO=55;SAF=21;SAR=26;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428748;STB=0.523919;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0204096;OID=.;OPOS=123996976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:26:21:27:28:26:21:27:28 chr10 123997018 . G A 603.14 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.023577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.017;QD=21.9325;RBI=0.0236226;REFB=0.0258208;REVB=0.0014656;RO=49;SAF=28;SAR=32;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314684;STB=0.52136;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0221759;OID=.;OPOS=123997018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:49:50:60:60:0.545455:32:28:21:28:32:28:21:29 chr10 124001539 . G C 437.95 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0110305;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.6888;QD=17.3447;RBI=0.017891;REFB=-0.0171041;REVB=0.014086;RO=51;SAF=22;SAR=25;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00235195;STB=0.512706;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0198933;OID=.;OPOS=124001539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:54:47:47:0.465347:25:22:24:27:25:22:24:30 chr10 124013604 . C A 1989.68 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.57;QD=62.1776;RBI=0.0120653;REFB=0;REVB=-0.00208065;RO=0;SAF=57;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38477e-06;OID=.;OPOS=124013604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:71:57:0:0:71:57:0:0 chr10 124089036 . G A 740.47 PASS AF=0.456647;AO=78;DP=172;FAO=79;FDP=173;FR=.;FRO=94;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.0203323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.12;QD=17.1208;RBI=0.0203986;REFB=-0.00996227;REVB=0.0016437;RO=93;SAF=42;SAR=36;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745295;STB=0.541424;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0111738;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:93:94:78:79:0.456647:36:42:43:50:36:43:44:50 chr10 124096035 . T C 309.26 PASS AF=0.551724;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.002146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.414;QD=21.3285;RBI=0.00253404;REFB=-0.00354095;REVB=0.00134761;RO=25;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00945762;STB=0.520595;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00215422;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:26:31:32:0.551724:14:17:14:11:15:17:15:11 chr10 124096041 . T C 421.34 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0263798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.641;QD=23.4079;RBI=0.0281142;REFB=-0.0266351;REVB=-0.00972195;RO=31;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156739;STB=0.508611;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00722172;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:18:23:18:13:18:23:18:13 chr10 124096061 . A C 565.19 PASS AF=0.54717;AO=57;DP=105;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0035147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.731;QD=21.3279;RBI=0.00420622;REFB=-0.0182797;REVB=0.00231066;RO=48;SAF=28;SAR=29;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766443;STB=0.545439;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0149546;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:48:48:57:58:0.54717:29:28:28:20:30:28:28:20 chr10 124183697 . T C 47.72 PASS AF=0.12987;AO=8;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=12;FWDB=-0.0163607;FXX=0;HRUN=22;LEN=1;MLLD=171.139;QD=2.47909;RBI=0.144228;REFB=0.000818148;REVB=-0.143297;RO=67;SAF=4;SAR=4;SRF=55;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423509;STB=0.830557;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0047097;OID=.;OPOS=124183697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:77:77:67:67:8:10:0.12987:4:4:55:12:6:4:55:12 chr10 124183732 . T C 5817.9 PASS AF=1;AO=369;DP=371;FAO=370;FDP=370;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=226;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145453;FXX=0.0053762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2891;QD=62.8962;RBI=0.0424636;REFB=0.0140095;REVB=-0.0398948;RO=1;SAF=144;SAR=225;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0033022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90128e-05;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:371:370:1:0:369:370:1:225:144:1:0:226:144:0:0 chr10 124189197 . A G 1958.57 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409994;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.847;QD=62.1767;RBI=0.054972;REFB=0;REVB=0.0366193;RO=0;SAF=84;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225213;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:126:0:0:126:126:1:42:84:0:0:42:84:0:0 chr10 124214355 . C T 1480.63 PASS AF=0.424802;AO=161;DP=380;FAO=161;FDP=379;FR=.;FRO=218;FSAF=59;FSAR=102;FSRF=108;FSRR=110;FWDB=-0.0280194;FXX=0.00263151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.317;QD=15.6267;RBI=0.0280234;REFB=-0.0316554;REVB=-0.000475273;RO=217;SAF=59;SAR=102;SRF=108;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139618;STB=0.576593;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0354635;OID=.;OPOS=124214355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:379:217:218:161:161:0.424802:102:59:108:109:102:59:108:110 chr10 124329672 . TC CT 1536.12 PASS AF=1;AO=127;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147161;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.075;QD=46.9044;RBI=0.158632;REFB=0;REVB=0.0592255;RO=1;SAF=65;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760282;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000466175;OID=.;OPOS=124329672;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:132:131:1:0:127:131:1:62:65:0:1:64:67:0:0 chr10 124329710 . C A 2041.57 PASS AF=0.977941;AO=131;DP=134;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0171167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.695;QD=60.0462;RBI=0.0180299;REFB=-0.0661444;REVB=-0.00566525;RO=2;SAF=57;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163818;STB=0.505163;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00101224;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:136:2:3:131:133:0.977941:74:57:2:0:75:58:2:1 chr10 124329746 . A T 1349.2 PASS AF=0.941176;AO=96;DP=102;FAO=96;FDP=102;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00525691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.445;QD=52.9099;RBI=0.0139359;REFB=0.0138012;REVB=0.0129064;RO=6;SAF=37;SAR=59;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519406;STB=0.527453;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000389764;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:102:102:6:6:96:96:0.941176:59:37:5:1:59:37:5:1 chr10 124330427 . C T 3065.69 PASS AF=1;AO=199;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014844;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3052;QD=61.0087;RBI=0.0212563;REFB=-0.0790429;REVB=-0.0152146;RO=1;SAF=91;SAR=108;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043898;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840265;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:202:201:1:0:199:201:1:108:91:0:1:110:91:0:0 chr10 124331867 . C T 5118.54 PASS AF=1;AO=324;DP=324;FAO=324;FDP=324;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.932;QD=63.1919;RBI=0.0236983;REFB=0;REVB=-0.0154403;RO=0;SAF=129;SAR=195;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06266e-07;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:324:324:0:0:324:324:1:195:129:0:0:195:129:0:0 chr10 124339332 . T C 4107.24 PASS AF=1;AO=262;DP=262;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142551;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.244;QD=62.4675;RBI=0.0158982;REFB=0;REVB=0.00703893;RO=0;SAF=134;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02512e-05;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:262:263:0:0:262:263:1:128:134:0:0:128:135:0:0 chr10 124339378 . A G 788.16 PASS AF=0.366795;AO=95;DP=259;FAO=95;FDP=259;FR=.;FRO=164;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=84;FSRR=80;FWDB=0.00440353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.588;QD=12.1724;RBI=0.0548979;REFB=-0.00145422;REVB=0.054721;RO=164;SAF=49;SAR=46;SRF=84;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402248;STB=0.502277;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00254875;OID=.;OPOS=124339378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:164:164:95:95:0.366795:46:49:84:80:46:49:84:80 chr10 124351954 . G A 7698.76 PASS AF=0.985887;AO=489;DP=498;FAO=489;FDP=496;FR=.;FRO=7;FSAF=223;FSAR=266;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0236153;FXX=0.00401598;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.345;QD=62.0868;RBI=0.038862;REFB=-0.0218739;REVB=0.0308638;RO=7;SAF=223;SAR=266;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700642;STB=0.503671;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=9.9572e-05;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:498:496:7:7:489:489:0.985887:266:223:5:2:266:223:5:2 chr10 124351992 . C T 3599.39 PASS AF=0.642412;AO=306;DP=480;FAO=309;FDP=481;FR=.;FRO=172;FSAF=149;FSAR=160;FSRF=83;FSRR=89;FWDB=-0.010074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.094;QD=29.9326;RBI=0.0181504;REFB=-0.00133574;REVB=-0.0150981;RO=172;SAF=148;SAR=158;SRF=83;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000739443;STB=0.500128;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.000708406;OID=.;OPOS=124351992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:480:481:172:172:306:309:0.642412:158:148:83:89:160:149:83:89 chr10 124402677 . A G 2106.53 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277678;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5523;QD=62.8815;RBI=0.0278188;REFB=0;REVB=0.0016848;RO=0;SAF=78;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94236e-05;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:55:78:0:0:55:79:0:0 chr10 124402790 . G A 1476.59 PASS AF=0.496575;AO=145;DP=297;FAO=145;FDP=292;FR=.;FRO=147;FSAF=93;FSAR=52;FSRF=76;FSRR=71;FWDB=0.0109362;FXX=0.0168344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0925;QD=20.2273;RBI=0.0544298;REFB=-0.0305253;REVB=0.0533198;RO=143;SAF=93;SAR=52;SRF=73;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123731;STB=0.565522;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0259583;OID=.;OPOS=124402790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:292:143:147:145:145:0.496575:52:93:73:70:52:93:76:71 chr10 124457452 . C T 2776.44 PASS AF=0.994475;AO=175;DP=181;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0475744;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.927;QD=61.3577;RBI=0.0498662;REFB=-0.0591486;REVB=0.0149438;RO=1;SAF=88;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537871;STB=0.502732;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000122888;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:181:1:1:175:180:0.994475:87:88:1:0:89:91:1:0 chr10 124457906 . C T 3426.19 PASS AF=0.991031;AO=221;DP=223;FAO=221;FDP=223;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=132;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00678849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.872;QD=61.4563;RBI=0.00679695;REFB=-0.0169986;REVB=0.000338899;RO=2;SAF=89;SAR=132;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172743;STB=0.500906;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=4.19649e-05;OID=.;OPOS=124457906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:223:223:2:2:221:221:0.991031:132:89:1:1:132:89:1:1 chr10 124459139 . T C 1631.15 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0197;QD=59.8586;RBI=0.0489869;REFB=0;REVB=0.0137336;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71313e-05;OID=.;OPOS=124459139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:52:56:0:0:53:56:0:0 chr10 124585833 . T C 788.6 PASS AF=0.461538;AO=81;DP=179;FAO=84;FDP=182;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.010716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.689;QD=17.3318;RBI=0.0500192;REFB=-0.0120742;REVB=0.0488579;RO=89;SAF=30;SAR=51;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999818;STB=0.561822;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0158315;OID=.;OPOS=124585833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:182:89:98:81:84:0.461538:51:30:42:47:53:31:47:51 chr10 124610027 . G A 518.78 PASS AF=0.391026;AO=60;DP=155;FAO=61;FDP=156;FR=.;FRO=95;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.0168884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6097;QD=13.3021;RBI=0.0359333;REFB=-0.00527945;REVB=-0.0317173;RO=95;SAF=24;SAR=36;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469859;STB=0.520157;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00797117;OID=.;OPOS=124610027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:95:95:60:61:0.391026:36:24:42:53:36:25:42:53 chr10 124648150 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0457708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4124;QD=12.7823;RBI=0.0484415;REFB=0.000197091;REVB=0.0158623;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212892;STB=0.624765;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00210911;OID=.;OPOS=124648150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:4:10:5:5:4:10 chr10 124711509 . AT A 45.57 PASS AF=0.486486;AO=16;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0320674;FXX=0.0263089;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.46622;QD=4.9265;RBI=0.0669072;REFB=-0.0315231;REVB=0.0587218;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349675;STB=0.517222;STBP=0.846;TYPE=del;VARB=0.0638177;OID=.;OPOS=124711510;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:16:38:18:37:19:7:11:8:11:45:17:6:10:7:10 chr10 124742792 . G A 389.6 PASS AF=0.370079;AO=46;DP=129;FAO=47;FDP=127;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0161507;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.369;QD=12.271;RBI=0.0175985;REFB=-0.0118219;REVB=0.00699014;RO=70;SAF=30;SAR=16;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274354;STB=0.532321;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0208595;OID=.;OPOS=124742792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:70:80:46:47:0.370079:16:30:44:26:16:31:49:31 chr10 124742895 . G C 532.85 PASS AF=0.340314;AO=65;DP=191;FAO=65;FDP=191;FR=.;FRO=126;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=-0.00090871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.101;QD=11.1592;RBI=0.00344248;REFB=-0.0115821;REVB=-0.00332038;RO=125;SAF=36;SAR=29;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011425;STB=0.504151;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0245374;OID=.;OPOS=124742895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:125:126:65:65:0.340314:29:36:68:57:29:36:69:57 chr10 124797335 . C G 570.05 PASS AF=0.414013;AO=65;DP=157;FAO=65;FDP=157;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.00952169;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2781;QD=14.5234;RBI=0.0382273;REFB=0.0094245;REVB=-0.0370225;RO=90;SAF=32;SAR=33;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796981;STB=0.504507;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.0140416;OID=.;OPOS=124797335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:90:92:65:65:0.414013:33:32:45:45:33:32:46:46 chr10 124800853 . C T 773.58 PASS AF=0.50641;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.000249079;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.754;QD=19.8353;RBI=0.00582184;REFB=-0.00954787;REVB=-0.00581651;RO=77;SAF=33;SAR=46;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260631;STB=0.514325;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00925986;OID=.;OPOS=124800853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:77:77:79:79:0.50641:46:33:30:47:46:33:30:47 chr10 124816515 . C G 1227.46 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1423;QD=61.3729;RBI=0.135645;REFB=0;REVB=0.0703901;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334936;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:46:33:0:0:46:34:0:0 chr10 124896963 . C T 3166.09 PASS AF=0.516892;AO=306;DP=592;FAO=306;FDP=592;FR=.;FRO=286;FSAF=135;FSAR=171;FSRF=160;FSRR=126;FWDB=0.0213711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9188;QD=21.3925;RBI=0.0268435;REFB=-0.0180209;REVB=0.0162434;RO=286;SAF=135;SAR=171;SRF=160;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104811;STB=0.557153;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0164237;OID=.;OPOS=124896963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:592:592:286:286:306:306:0.516892:171:135:160:126:171:135:160:126 chr10 125426412 . A G 1352.87 PASS AF=0.420168;AO=150;DP=358;FAO=150;FDP=357;FR=.;FRO=207;FSAF=85;FSAR=65;FSRF=101;FSRR=106;FWDB=-0.0343646;FXX=0.00279322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.319;QD=15.1582;RBI=0.0343675;REFB=-0.0128932;REVB=-0.000442555;RO=208;SAF=85;SAR=65;SRF=101;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849982;STB=0.545909;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0183652;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:357:208:207:150:150:0.420168:65:85:101:107:65:85:101:106 chr10 125426565 . G C 3733.33 PASS AF=1;AO=235;DP=238;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223484;FXX=0.0125518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.742;QD=63.2768;RBI=0.0266483;REFB=-0.0554449;REVB=0.0145149;RO=1;SAF=127;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373797;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111998;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:236:1:0:235:236:1:108:127:1:0:108:128:0:0 chr10 125449015 . G A 1549.2 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.343;QD=63.8845;RBI=0.0399745;REFB=0;REVB=0.0105743;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39305e-05;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr10 125450857 . C G 2421.21 PASS AF=0.99375;AO=155;DP=156;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0632825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.337;QD=60.5302;RBI=0.0752071;REFB=-0.0560295;REVB=0.0406377;RO=1;SAF=70;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674777;STB=0.503448;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000178996;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:160:1:1:155:159:0.99375:85:70:1:0:87:72:1:0 chr10 125506302 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.66;QD=58.061;RBI=0.0321623;REFB=0;REVB=0.0315097;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37193e-05;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr10 125521533 . G A 1419.38 PASS AF=0.961538;AO=98;DP=103;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00483619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.038;QD=54.5914;RBI=0.0438856;REFB=-0.131971;REVB=0.0436183;RO=3;SAF=67;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437079;STB=0.507355;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000495768;OID=.;OPOS=125521533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:103:104:3:4:98:100:0.961538:31:67:0:3:33:67:2:2 chr10 125521590 . G A 1628.4 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0194574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.312;QD=58.1573;RBI=0.0198006;REFB=-0.110027;REVB=-0.00367049;RO=1;SAF=51;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921748;STB=0.500653;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-9.04756e-05;OID=.;OPOS=125521590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:1:2:110:110:0.982143:59:51:1:0:59:51:1:1 chr10 125528048 . G A 3353.12 PASS AF=0.497024;AO=332;DP=673;FAO=334;FDP=672;FR=.;FRO=338;FSAF=165;FSAR=169;FSRF=171;FSRR=167;FWDB=-0.00205026;FXX=0.00444438;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.923;QD=19.959;RBI=0.00279759;REFB=-0.00863;REVB=-0.00190341;RO=335;SAF=164;SAR=168;SRF=171;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151262;STB=0.505988;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0112537;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:673:672:335:338:332:334:0.497024:168:164:171:164:169:165:171:167 chr10 125780752 . CGGGGGG CGGGGGC,CGGGGG 156.44 PASS AF=0.314286,0.542857;AO=2,8;DP=39;FAO=11,19;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=11,19;FSAR=0,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00158044,-0.0404876;FXX=0.102538;HRUN=12,12;LEN=1,1;MLLD=251.461,4.12375;QD=17.8786;RBI=0.00158044,0.0404876;REFB=-0.0937416,-0.446585;REVB=0,0;RO=12;SAF=2,8;SAR=0,0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0479705,0.230909;OID=.,.;OPOS=125780758,125780753;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGGGGGC,CGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.314286,0.542857:2,8:39:11,19:35:5:11,19:0,0:5:0:86:12:2,8:0,0:12:0 chr10 126089434 . G A 287.84 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.011617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.313;QD=18.5704;RBI=0.0268622;REFB=-0.00273787;REVB=-0.0242203;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886822;STB=0.564274;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00218146;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:31:31:31:0.5:15:16:12:17:15:16:12:19 chr10 126172863 . A G 1822.49 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.203;QD=61.2602;RBI=0.0334601;REFB=0;REVB=-0.0119017;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9207e-05;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:60:59:0:0:60:59:0:0 chr10 126517989 . G A 712.0 PASS AF=0.503597;AO=70;DP=139;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.016238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7827;QD=20.4891;RBI=0.0194169;REFB=-0.0198384;REVB=0.0106463;RO=69;SAF=33;SAR=37;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463846;STB=0.525536;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0167847;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:69:69:70:70:0.503597:37:33:29:40:37:33:29:40 chr10 126674093 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.438;QD=64.4131;RBI=0.11713;REFB=0;REVB=0.1151;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501934;OID=.;OPOS=126674093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr10 126674227 . C CT 1734.14 PASS AF=1;AO=168;DP=196;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625595;FXX=0.00523533;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.3638;QD=36.5081;RBI=0.115491;REFB=-0.0134419;REVB=-0.0970793;RO=19;SAF=84;SAR=84;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00186674;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:168:196:190:190:0:96:94:0:0:32:19:84:84:14:5 chr10 126677239 . GAAGAA G 233.39 PASS AF=0.666667;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.000784633;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=234.621;QD=23.9377;RBI=0.046458;REFB=-0.0093552;REVB=0.0464513;RO=12;SAF=16;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136776;STB=0.578252;STBP=0.176;TYPE=del;VARB=0.00435047;OID=.;OPOS=126677240;OREF=AAGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:25:38:26:39:13:16:10:5:8:73:12:16:9:5:7 chr10 126677262 . G A 70.76 PASS AF=0.2;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.024892;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.087;QD=5.1462;RBI=0.0576769;REFB=-0.0119996;REVB=-0.0520289;RO=43;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130761;STB=0.518239;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0336986;OID=.;OPOS=126677262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:56:55:43:44:11:11:0.2:6:5:20:23:6:5:21:23 chr10 126677266 . A T 111.4 PASS AF=0.277778;AO=13;DP=55;FAO=15;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.01315;FXX=0.0181785;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.439;QD=8.25187;RBI=0.0195633;REFB=0.00591418;REVB=-0.0144844;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172223;STB=0.58198;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.014678;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:39:13:15:0.277778:8:5:14:12:9:6:20:19 chr10 126677287 . GACAA G 64.66 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00126864;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=305.557;QD=4.24011;RBI=0.010686;REFB=-0.00734583;REVB=-0.0106104;RO=47;SAF=6;SAR=5;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043106;STB=0.553474;STBP=0.724;TYPE=del;VARB=0.0323105;OID=.;OPOS=126677288;OREF=ACAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180328:11:61:11:61:50:6:5:24:26:64:47:6:5:24:23 chr10 126677308 . A T 81.35 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0578616;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.7504;QD=4.17179;RBI=0.103964;REFB=-0.0205119;REVB=-0.0863747;RO=62;SAF=6;SAR=8;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149105;STB=0.596227;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0545035;OID=.;OPOS=126677308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:76:78:62:64:14:14:0.179487:8:6:34:28:8:6:35:29 chr10 126677323 . A T 122.74 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0107936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.636;QD=5.84455;RBI=0.0128238;REFB=0.00106694;REVB=0.00692445;RO=65;SAF=8;SAR=11;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219991;STB=0.635778;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00419995;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:65:19:19:0.22619:11:8:39:26:11:8:39:26 chr10 126677363 . T C 68.0 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0635076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.7957;QD=3.23798;RBI=0.0655451;REFB=0.00218615;REVB=-0.0162155;RO=71;SAF=6;SAR=7;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161644;STB=0.608534;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0220388;OID=.;OPOS=126677363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:84:84:71:71:13:13:0.154762:7:6:42:29:7:6:42:29 chr10 126677366 . CT CG,TG 70.54 PASS AF=0.164557,0;AO=13,3;DP=82;FAO=13,0;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=6,0;FSAR=7,0;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.00330428,0.00151617;FXX=0.0365809;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=224.747,244.822;QD=3.57144;RBI=0.005733,0.00212266;REFB=-0.00370354,-0.00327534;REVB=-0.00468498,-0.00148557;RO=65;SAF=6,1;SAR=7,2;SRF=40;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.191655,-0.233204;STB=0.631286,0.5;STBP=0.335,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0165566,0;OID=.,.;OPOS=126677367,126677366;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:82:79:65:66:13,3:13,0:0.164557,0:7,2:6,1:40:25:7,0:6,0:41:25 chr10 126677391 . A C 68.23 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0240741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1014;QD=4.07326;RBI=0.0252416;REFB=-0.0118105;REVB=0.00758793;RO=55;SAF=5;SAR=7;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246982;STB=0.660763;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0519275;OID=.;OPOS=126677391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:55:55:12:12:0.179104:7:5:34:21:7:5:34:21 chr10 126683071 . G C 209.02 PASS AF=0.198895;AO=36;DP=181;FAO=36;FDP=181;FR=.;FRO=145;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=63;FSRR=82;FWDB=0.00955124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.562;QD=4.61921;RBI=0.0110023;REFB=-0.00439688;REVB=-0.00546111;RO=144;SAF=15;SAR=21;SRF=63;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027248;STB=0.514601;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0225091;OID=.;OPOS=126683071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:144:145:36:36:0.198895:21:15:63:81:21:15:63:82 chr10 126683075 . T A 50.05 PASS AF=0.0860215;AO=16;DP=187;FAO=16;FDP=186;FR=.;FRO=170;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=74;FSRR=96;FWDB=0.00583555;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.03;QD=1.07631;RBI=0.0353165;REFB=-0.0016137;REVB=0.034831;RO=169;SAF=7;SAR=9;SRF=74;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000435322;STB=0.502047;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.015033;OID=.;OPOS=126683075;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:187:186:169:170:16:16:0.0860215:9:7:74:95:9:7:74:96 chr10 126683087 . T C 262.62 PASS AF=0.215385;AO=42;DP=196;FAO=42;FDP=195;FR=.;FRO=153;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=-0.00290543;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.464;QD=5.38713;RBI=0.00618208;REFB=-0.00417746;REVB=0.00545679;RO=153;SAF=15;SAR=27;SRF=71;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140551;STB=0.586766;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0168689;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:153:153:42:42:0.215385:27:15:71:82:27:15:71:82 chr10 126683103 . C T 79.47 PASS AF=0.107692;AO=21;DP=195;FAO=21;FDP=195;FR=.;FRO=174;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=83;FSRR=91;FWDB=-0.0280084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.41;QD=1.63021;RBI=0.0546316;REFB=-0.00105906;REVB=-0.0469057;RO=172;SAF=8;SAR=13;SRF=81;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111723;STB=0.587013;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0136685;OID=.;OPOS=126683103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:195:195:172:174:21:21:0.107692:13:8:81:91:13:8:83:91 chr10 126683123 . A C 339.01 PASS AF=0.259259;AO=49;DP=186;FAO=49;FDP=189;FR=.;FRO=140;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=80;FSRR=60;FWDB=-0.0302011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6604;QD=7.17475;RBI=0.0303036;REFB=-0.00413226;REVB=0.00249004;RO=137;SAF=18;SAR=31;SRF=79;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256865;STB=0.64964;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0119229;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:189:137:140:49:49:0.259259:31:18:79:58:31:18:80:60 chr10 126683150 . AC AT,GT 298.23 PASS AF=0.212121,0.0666667;AO=35,11;DP=165;FAO=35,11;FDP=165;FR=.;FRO=119;FSAF=17,2;FSAR=18,9;FSRF=72;FSRR=47;FWDB=0.0114032,0.0084557;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=79.1239,117.552;QD=7.2299;RBI=0.0123887,0.0282045;REFB=0.00599894,0.00337053;REVB=-0.00484236,-0.0269072;RO=117;SAF=17,2;SAR=18,9;SRF=71;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152873,-0.462336;STB=0.591748,0.855459;STBP=0.255,0.029;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0377922,-0.00419378;OID=.,.;OPOS=126683151,126683150;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:117:119:35,11:35,11:0.212121,0.0666667:18,9:17,2:71:46:18,9:17,2:72:47 chr10 126683162 . C T 311.65 PASS AF=0.271084;AO=45;DP=166;FAO=45;FDP=166;FR=.;FRO=121;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=73;FSRR=48;FWDB=0.00947347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.424;QD=7.50972;RBI=0.0183219;REFB=-0.0117381;REVB=0.0156827;RO=120;SAF=18;SAR=27;SRF=73;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251796;STB=0.645327;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0178595;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:120:121:45:45:0.271084:27:18:73:47:27:18:73:48 chr10 126683190 . C A 257.94 PASS AF=0.304348;AO=35;DP=115;FAO=35;FDP=115;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00235081;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.088;QD=8.97165;RBI=0.0116483;REFB=-0.000372788;REVB=-0.0114086;RO=80;SAF=17;SAR=18;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276001;STB=0.516168;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.000544845;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:80:80:35:35:0.304348:18:17:37:43:18:17:37:43 chr10 126683197 . T C 80.71 PASS AF=0.148148;AO=16;DP=110;FAO=16;FDP=108;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.020354;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.583;QD=2.98923;RBI=0.0203548;REFB=0.0043317;REVB=0.000182823;RO=92;SAF=8;SAR=8;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409547;STB=0.527743;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0103342;OID=.;OPOS=126683197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:110:108:92:92:16:16:0.148148:8:8:49:43:8:8:49:43 chr10 126691575 . T C 52.25 PASS AF=0.0841121;AO=17;DP=213;FAO=18;FDP=214;FR=.;FRO=196;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=119;FSRR=77;FWDB=-0.0303311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.652;QD=0.976591;RBI=0.030403;REFB=-0.00285839;REVB=-0.00208977;RO=196;SAF=12;SAR=5;SRF=119;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121933;STB=0.558855;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.035191;OID=.;OPOS=126691575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:213:214:196:196:17:18:0.0841121:5:12:119:77:6:12:119:77 chr10 126691579 . C T 48.34 PASS AF=0.0787037;AO=17;DP=217;FAO=17;FDP=216;FR=.;FRO=199;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=120;FSRR=79;FWDB=0.00280181;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.509;QD=0.895149;RBI=0.0251642;REFB=-0.00148643;REVB=0.0250077;RO=199;SAF=12;SAR=5;SRF=120;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12608;STB=0.604188;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00965362;OID=.;OPOS=126691579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:217:216:199:199:17:17:0.0787037:5:12:120:79:5:12:120:79 chr10 126691605 . C A 55.71 PASS AF=0.0829694;AO=19;DP=227;FAO=19;FDP=229;FR=.;FRO=210;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=126;FSRR=84;FWDB=-0.00727781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.826;QD=0.97304;RBI=0.0155506;REFB=-0.000721274;REVB=-0.0137424;RO=206;SAF=12;SAR=7;SRF=123;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419504;STB=0.53058;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0128393;OID=.;OPOS=126691605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:227:229:206:210:19:19:0.0829694:7:12:123:83:7:12:126:84 chr10 126691608 . C T 51.94 PASS AF=0.079646;AO=17;DP=228;FAO=18;FDP=226;FR=.;FRO=208;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=123;FSRR=85;FWDB=0.00250022;FXX=0.0130999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.12;QD=0.919327;RBI=0.0118378;REFB=4.9837e-05;REVB=-0.0115707;RO=210;SAF=12;SAR=5;SRF=125;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132774;STB=0.574048;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000615393;OID=.;OPOS=126691608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:228:226:210:208:17:18:0.079646:5:12:125:85:6:12:123:85 chr10 126691631 . T A 76.08 PASS AF=0.0995475;AO=22;DP=221;FAO=22;FDP=221;FR=.;FRO=199;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=117;FSRR=82;FWDB=0.00914878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.054;QD=1.37701;RBI=0.0161135;REFB=-0.000720032;REVB=-0.0132644;RO=199;SAF=19;SAR=3;SRF=117;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382003;STB=0.798011;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0148885;OID=.;OPOS=126691631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:221:221:199:199:22:22:0.0995475:3:19:117:82:3:19:117:82 chr10 126691634 . T A 77.14 PASS AF=0.100917;AO=22;DP=218;FAO=22;FDP=218;FR=.;FRO=196;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=114;FSRR=82;FWDB=-0.0307263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.074;QD=1.41538;RBI=0.0460816;REFB=-0.00325433;REVB=-0.0343425;RO=196;SAF=19;SAR=3;SRF=114;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388904;STB=0.801576;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0331963;OID=.;OPOS=126691634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:218:218:196:196:22:22:0.100917:3:19:114:82:3:19:114:82 chr10 126691660 . G A 71.37 PASS AF=0.1;AO=20;DP=200;FAO=20;FDP=200;FR=.;FRO=180;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=102;FSRR=78;FWDB=-0.0328309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.419;QD=1.42731;RBI=0.0568907;REFB=-0.000686823;REVB=0.0464617;RO=179;SAF=18;SAR=2;SRF=102;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454293;STB=0.856735;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00550213;OID=.;OPOS=126691660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:200:200:179:180:20:20:0.1:2:18:102:77:2:18:102:78 chr10 126714714 . G C 1590.68 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.682;QD=58.9141;RBI=0.0208016;REFB=-0.0490159;REVB=0.0156872;RO=1;SAF=30;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620463;STB=0.503225;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000520944;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:106:107:0.990741:76:30:0:1:77:30:0:1 chr10 126714966 . A G 1061.92 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.242;QD=59.8267;RBI=0.062763;REFB=0;REVB=-0.0597802;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243489;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr10 126721441 . C A 1187.92 PASS AF=1;AO=68;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.455;QD=60.9191;RBI=0.0507951;REFB=0;REVB=0.0151994;RO=0;SAF=12;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002537;OID=.;OPOS=126721441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:68:78:1:56:12:0:0:66:12:0:0 chr10 126727602 . T A 300.95 PASS AF=0.197761;AO=53;DP=268;FAO=53;FDP=268;FR=.;FRO=215;FSAF=6;FSAR=47;FSRF=99;FSRR=116;FWDB=-0.00699497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.043;QD=4.49184;RBI=0.0136875;REFB=-0.000415778;REVB=0.0117651;RO=215;SAF=6;SAR=47;SRF=99;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522462;STB=0.834457;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00128997;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:215:215:53:53:0.197761:47:6:99:116:47:6:99:116 chr10 126727604 . T C 311.34 PASS AF=0.202247;AO=54;DP=267;FAO=54;FDP=267;FR=.;FRO=213;FSAF=6;FSAR=48;FSRF=98;FSRR=115;FWDB=0.000266357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1503;QD=4.66423;RBI=0.00194473;REFB=0.00162174;REVB=-0.0019264;RO=213;SAF=6;SAR=48;SRF=98;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527095;STB=0.836038;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00620331;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:213:213:54:54:0.202247:48:6:98:115:48:6:98:115 chr10 126727630 . T G 263.32 PASS AF=0.217172;AO=43;DP=207;FAO=43;FDP=198;FR=.;FRO=155;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=67;FSRR=88;FWDB=0.00360595;FXX=0.0434762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.645;QD=5.31966;RBI=0.0131518;REFB=0.00109871;REVB=0.0126478;RO=154;SAF=7;SAR=36;SRF=66;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400531;STB=0.754114;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0061188;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:198:154:155:43:43:0.217172:36:7:66:88:36:7:67:88 chr10 127265374 . T C 3087.38 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.493;QD=61.1362;RBI=0.0775546;REFB=0;REVB=0.0774446;RO=0;SAF=99;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50174e-05;OID=.;OPOS=127265374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:202:0:0:197:202:1:98:99:0:0:102:100:0:0 chr10 127429908 . C T 262.72 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0814188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.453;QD=16.4198;RBI=0.0819579;REFB=-0.00685535;REVB=0.00938455;RO=34;SAF=9;SAR=20;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466317;STB=0.51162;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0102076;OID=.;OPOS=127429908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:34:29:30:0.46875:20:9:12:22:20:10:12:22 chr10 127445408 . G T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00590736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0337;QD=49.5989;RBI=0.0296276;REFB=0;REVB=-0.0290327;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116456;OID=.;OPOS=127445408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr10 127462525 . A G 3899.64 PASS AF=1;AO=251;DP=252;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114041;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6347;QD=62.1457;RBI=0.0636529;REFB=0;REVB=-0.062623;RO=0;SAF=125;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.38735e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118225;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:252:251:0:0:251:251:1:126:125:0:0:126:125:0:0 chr10 127530325 . T C 1137.43 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.07;QD=59.8649;RBI=0.0443863;REFB=0;REVB=0.0318981;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134984;OID=.;OPOS=127530325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:37:37:0:0:39:37:0:0 chr10 127579167 . T C 39.28 PASS AF=0.0689655;AO=16;DP=232;FAO=16;FDP=232;FR=.;FRO=216;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=96;FSRR=120;FWDB=-0.011348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.418;QD=0.677294;RBI=0.0264101;REFB=-0.00140526;REVB=0.0238477;RO=215;SAF=10;SAR=6;SRF=96;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192802;STB=0.664357;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0153372;OID=.;OPOS=127579167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:232:232:215:216:16:16:0.0689655:6:10:96:119:6:10:96:120 chr10 127579186 . C A 54.26 PASS AF=0.0772059;AO=19;DP=273;FAO=21;FDP=272;FR=.;FRO=251;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=114;FSRR=137;FWDB=-0.0385551;FXX=0.0109087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.093;QD=0.798008;RBI=0.0484095;REFB=-0.00316503;REVB=-0.0292742;RO=251;SAF=11;SAR=8;SRF=114;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136689;STB=0.563944;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0399169;OID=.;OPOS=127579186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:273:272:251:251:19:21:0.0772059:8:11:114:137:10:11:114:137 chr10 127579210 . T C 880.18 PASS AF=0.355482;AO=107;DP=302;FAO=107;FDP=301;FR=.;FRO=194;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=90;FSRR=104;FWDB=0.0059525;FXX=0.00331115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1588;QD=11.6967;RBI=0.0106535;REFB=0.00994836;REVB=0.00883542;RO=194;SAF=52;SAR=55;SRF=90;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250906;STB=0.51424;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.018733;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:301:194:194:107:107:0.355482:55:52:90:104:55:52:90:104 chr10 127579238 . G T 582.41 PASS AF=0.273927;AO=82;DP=302;FAO=83;FDP=303;FR=.;FRO=220;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=104;FSRR=116;FWDB=-0.00798737;FXX=0.00655716;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.7;QD=7.68859;RBI=0.0328377;REFB=-0.0106752;REVB=-0.0318515;RO=218;SAF=38;SAR=44;SRF=103;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112446;STB=0.502074;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0306787;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:303:218:220:82:83:0.273927:44:38:103:115:44:39:104:116 chr10 127585169 . G C 159.26 PASS AF=0.23301;AO=24;DP=102;FAO=24;FDP=103;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.011406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.986;QD=6.18471;RBI=0.0162753;REFB=-0.0166687;REVB=-0.0116099;RO=78;SAF=12;SAR=12;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159813;STB=0.514551;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0393065;OID=.;OPOS=127585169;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:78:79:24:24:0.23301:12:12:38:40:12:12:38:41 chr10 127585173 . T C 453.36 PASS AF=0.49505;AO=41;DP=94;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0140677;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.307;QD=17.9547;RBI=0.0257981;REFB=-0.0405167;REVB=0.021625;RO=50;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315632;STB=0.535063;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0465024;OID=.;OPOS=127585173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:101:50:51:41:50:0.49505:21:20:26:24:27:23:27:24 chr10 127585179 . G C 1170.3 PASS AF=0.864078;AO=89;DP=103;FAO=89;FDP=103;FR=.;FRO=14;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00693487;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=293.522;QD=45.4484;RBI=0.0113669;REFB=-0.0211132;REVB=0.00900629;RO=11;SAF=43;SAR=46;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694411;STB=0.541049;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00202683;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:103:103:11:14:89:89:0.864078:46:43:9:2:46:43:11:3 chr10 127585195 . C G 40.85 PASS AF=0.1;AO=10;DP=100;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=0.0213747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7045;QD=1.63408;RBI=0.0218949;REFB=-0.00499873;REVB=0.00474437;RO=90;SAF=4;SAR=6;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23166;STB=0.67409;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0495464;OID=.;OPOS=127585195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:100:100:90:90:10:10:0.1:6:4:54:36:6:4:54:36 chr10 127585208 . G A 170.29 PASS AF=0.26087;AO=24;DP=92;FAO=24;FDP=92;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0231372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.527;QD=7.40405;RBI=0.023497;REFB=-0.00628951;REVB=0.0040965;RO=67;SAF=14;SAR=10;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362416;STB=0.514969;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0293712;OID=.;OPOS=127585208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:67:68:24:24:0.26087:10:14:41:26:10:14:41:27 chr10 127585237 . C T 162.09 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0272419;FXX=0.0499937;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0519;QD=8.53111;RBI=0.031734;REFB=-0.00495857;REVB=-0.0162764;RO=54;SAF=14;SAR=8;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152443;STB=0.509083;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0306805;OID=.;OPOS=127585237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:76:54:54:22:22:0.289474:8:14:35:19:8:14:35:19 chr10 127585260 . G T 138.88 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=63;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.00769613;FXX=0.151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.542;QD=9.92018;RBI=0.0493971;REFB=-0.0146912;REVB=-0.0487939;RO=34;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142071;STB=0.62797;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0452329;OID=.;OPOS=127585260;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:56:34:38:17:18:0.321429:7:10:24:10:8:10:28:10 chr10 127585263 . C T 67.3 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.0623352;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7121;QD=4.56242;RBI=0.0623469;REFB=-0.00103776;REVB=-0.00120741;RO=46;SAF=7;SAR=4;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820689;STB=0.565404;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0143332;OID=.;OPOS=127585263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:61:59:46:48:11:11:0.186441:4:7:32:14:4:7:34:14 chr10 127668431 . A G 2338.64 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521176;FXX=0.0135126;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.083;QD=64.0723;RBI=0.052121;REFB=0;REVB=0.000596334;RO=0;SAF=60;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13523e-05;OID=.;OPOS=127668431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:146:0:0:146:146:1:86:60:0:0:86:60:0:0 chr10 127677374 . A G 575.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.813;QD=60.5878;RBI=0.0170173;REFB=0;REVB=0.0153476;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11836e-05;OID=.;OPOS=127677374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr10 127697968 . GAAAAAAAAG GAAAAAAAG,GAAAAAAAGA,GGAAAAAAAG 31.79 PASS AF=0.140244,0,0;AO=32,9,10;DP=167;FAO=23,0,0;FDP=164;FR=.;FRO=141;FSAF=7,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=56;FSRR=85;FWDB=-0.0528203,-0.140955,0.0284137;FXX=0.0120475;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=6.59649,41.9556,25.7562;QD=0.775259;RBI=0.052902,0.143906,0.0468344;REFB=-0.0929731,-0.0147837,-0.03933;REVB=-0.00294002,-0.0289956,0.0372307;RO=92;SAF=16,8,5;SAR=16,1,5;SRF=24;SRR=68;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.30168,0.633974,0.298848;STB=0.587676,0.5,0.5;STBP=0.409,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0019291,0,0;OID=.,.,.;OPOS=127697969,127697976,127697969;OREF=A,AG,A;OALT=-,GA,G;OMAPALT=GAAAAAAAG,GAAAAAAAGA,GGAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.140244,0,0:32,9,10:167:23,0,0:164:141:7,0,0:16,0,0:56:85:33:92:16,8,5:16,1,5:24:68 chr10 127753478 . G A 772.64 PASS AF=0.565891;AO=72;DP=129;FAO=73;FDP=129;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00382387;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.072;QD=23.9578;RBI=0.0115639;REFB=0.00163705;REVB=0.0109134;RO=56;SAF=37;SAR=35;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318543;STB=0.514373;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.000253653;OID=.;OPOS=127753478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:56:56:72:73:0.565891:35:37:31:25:35:38:31:25 chr10 127834139 . T G 773.78 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211667;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.316;QD=57.3167;RBI=0.0222784;REFB=0;REVB=-0.00694951;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27348e-05;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr10 127967532 . C T 387.24 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0192812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1718;QD=12.9078;RBI=0.0549868;REFB=0.0161003;REVB=-0.0514955;RO=74;SAF=28;SAR=18;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760797;STB=0.543265;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0265716;OID=.;OPOS=127967532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:74:74:46:46:0.383333:18:28:40:34:18:28:40:34 chr10 128019025 . C G 2712.36 PASS AF=0.98324;AO=176;DP=182;FAO=176;FDP=179;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00565856;FXX=0.0164826;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6343;QD=60.6114;RBI=0.0323217;REFB=-0.11059;REVB=0.0318225;RO=1;SAF=68;SAR=108;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438752;STB=0.506849;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00124525;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:182:179:1:3:176:176:0.98324:108:68:0:1:108:68:0:3 chr10 128114325 . G A 1142.77 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057312;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.558;QD=60.1456;RBI=0.0967386;REFB=0;REVB=-0.0965687;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194563;OID=.;OPOS=128114325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:71:76:1:39:32:0:0:40:36:0:0 chr10 128202435 . T C 1940.17 PASS AF=0.929577;AO=129;DP=141;FAO=132;FDP=142;FR=.;FRO=10;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0573806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.8556;QD=54.6527;RBI=0.0921004;REFB=-0.129562;REVB=0.0720414;RO=4;SAF=63;SAR=66;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000664513;STB=0.519599;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00809633;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:141:142:4:10:129:132:0.929577:66:63:2:2:69:63:2:8 chr10 128926013 . A G 4013.95 PASS AF=1;AO=248;DP=248;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.442;QD=64.2231;RBI=0.0233696;REFB=0;REVB=0.00858155;RO=0;SAF=127;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29193e-06;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:248:250:0:0:248:250:1:121:127:0:0:122:128:0:0 chr10 128974621 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.978;QD=44.6897;RBI=0.0268707;REFB=0;REVB=-0.0085978;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386557;OID=.;OPOS=128974621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr10 129242515 . G A 360.45 PASS AF=0.363636;AO=44;DP=121;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.0340525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.786;QD=11.9156;RBI=0.0340637;REFB=-0.00552358;REVB=-0.000877114;RO=77;SAF=8;SAR=36;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298157;STB=0.673139;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00901372;OID=.;OPOS=129242515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:77:77:44:44:0.363636:36:8:30:47:36:8:30:47 chr10 129249662 . G A 2071.39 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0401989;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2142;QD=61.8326;RBI=0.0747926;REFB=-0.106227;REVB=0.0630712;RO=0;SAF=48;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502958;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00065394;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:0:1:132:133:0.992537:84:48:0:0:84:49:0:1 chr10 129249676 . C T 2015.81 PASS AF=0.950355;AO=134;DP=141;FAO=134;FDP=141;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0416659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.682;QD=57.1862;RBI=0.054646;REFB=-0.0702177;REVB=0.0353573;RO=7;SAF=54;SAR=80;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115089;STB=0.506063;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00361752;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:141:141:7:7:134:134:0.950355:80:54:2:5:80:54:2:5 chr10 129249693 . G A 2208.37 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=144;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0131093;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.488;QD=61.7725;RBI=0.0245389;REFB=-0.042313;REVB=0.0207438;RO=0;SAF=56;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508771;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=4.54757e-05;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:143:0:2:141:141:0.986014:85:56:0:0:85:56:2:0 chr10 129249701 . C G 2335.58 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014696;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1294;QD=63.1238;RBI=0.0413615;REFB=-0.0288469;REVB=0.0386627;RO=0;SAF=64;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01612e-08;STB=0.502994;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000261157;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:148:0:1:146:147:0.993243:82:64:0:0:83:64:0:1 chr10 129249925 . T C 1198.14 PASS AF=0.389503;AO=136;DP=354;FAO=141;FDP=362;FR=.;FRO=221;FSAF=78;FSAR=63;FSRF=95;FSRR=126;FWDB=0.0114357;FXX=0.00275475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.28;QD=13.2391;RBI=0.0119836;REFB=-0.0340492;REVB=0.00358228;RO=215;SAF=75;SAR=61;SRF=90;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144162;STB=0.574928;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0194445;OID=.;OPOS=129249925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:362:215:221:136:141:0.389503:61:75:90:125:63:78:95:126 chr10 129347785 . C T 1370.01 PASS AF=0.425287;AO=146;DP=347;FAO=148;FDP=348;FR=.;FRO=200;FSAF=59;FSAR=89;FSRF=89;FSRR=111;FWDB=0.00803782;FXX=0.00286525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.042;QD=15.7472;RBI=0.010552;REFB=-0.0126961;REVB=0.00683655;RO=200;SAF=58;SAR=88;SRF=89;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511065;STB=0.527467;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0138028;OID=.;OPOS=129347785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:348:200:200:146:148:0.425287:88:58:89:111:89:59:89:111 chr10 129534478 . A AGCGCGGC,C 888.96 PASS AF=0.936508,0.047619;AO=51,10;DP=66;FAO=59,3;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30,2;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00727951,0.00195345;FXX=0.124983;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=241.721,57.0793;QD=56.4417;RBI=0.0121419,0.00618857;REFB=0.027187,0.0414123;REVB=-0.00971773,0.00587218;RO=1;SAF=24,9;SAR=27,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0171217,0.290714;STB=0.508472,0.665547;STBP=0.548,0.558;TYPE=ins,snp;VARB=0.000204489,0.027092;OID=.,.;OPOS=129534479,129534478;OREF=-,A;OALT=GCGCGGC,C;OMAPALT=AGCGCGGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:66:63:1:1:51,10:59,3:0.936508,0.047619:27,1:24,9:0:1:29,1:30,2:0:1 chr10 129534679 . T C 6749.1 PASS AF=1;AO=395;DP=395;FAO=426;FDP=426;FR=.;FRO=0;FSAF=232;FSAR=194;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.41;QD=63.3718;RBI=0.0595034;REFB=0;REVB=0.0586429;RO=0;SAF=232;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96078e-05;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:395:426:0:0:395:426:1:163:232:0:0:194:232:0:0 chr10 129534739 . C G 7591.16 PASS AF=0.978682;AO=500;DP=516;FAO=505;FDP=516;FR=.;FRO=11;FSAF=248;FSAR=257;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.015455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.1108;QD=58.8462;RBI=0.0172789;REFB=-0.0401369;REVB=-0.00772674;RO=7;SAF=246;SAR=254;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209385;STB=0.504657;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00106786;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:516:516:7:11:500:505:0.978682:254:246:4:3:257:248:3:8 chr10 129534864 . A C 4656.63 PASS AF=1;AO=299;DP=301;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367832;FXX=0.00993345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.886;QD=62.296;RBI=0.0369515;REFB=0;REVB=0.00352253;RO=0;SAF=165;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16678e-08;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:301:299:0:0:299:299:1:134:165:0:0:134:165:0:0 chr10 129845902 . G A 739.46 PASS AF=0.5;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0104686;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.206;QD=19.4596;RBI=0.0724473;REFB=-0.0206301;REVB=0.0716869;RO=76;SAF=38;SAR=38;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836718;STB=0.546041;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0179281;OID=.;OPOS=129845902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:76:76:76:76:0.5:38:38:31:45:38:38:31:45 chr10 129866449 . C G 386.21 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=121;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0998051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4283;QD=12.7672;RBI=0.11296;REFB=-0.00165037;REVB=0.0529041;RO=75;SAF=30;SAR=16;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192554;STB=0.609707;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0043455;OID=.;OPOS=129866449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:75:75:46:46:0.380165:16:30:36:39:16:30:36:39 chr10 129871690 . A G 418.93 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0217642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3068;QD=13.0915;RBI=0.045668;REFB=-0.0126508;REVB=-0.0401483;RO=76;SAF=29;SAR=20;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141543;STB=0.591799;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.01689;OID=.;OPOS=129871690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:76:79:49:49:0.382812:20:29:35:41:20:29:35:44 chr10 129882401 . C T 908.27 PASS AF=0.520468;AO=87;DP=175;FAO=89;FDP=171;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00263754;FXX=0.0393236;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3392;QD=21.246;RBI=0.0155336;REFB=-0.0195437;REVB=-0.015308;RO=82;SAF=40;SAR=47;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356789;STB=0.52437;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0133873;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:171:82:82:87:89:0.520468:47:40:41:41:49:40:41:41 chr10 129883370 . A G 1643.31 PASS AF=0.436275;AO=179;DP=408;FAO=178;FDP=408;FR=.;FRO=230;FSAF=85;FSAR=93;FSRF=108;FSRR=122;FWDB=0.0234806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1716;QD=16.1109;RBI=0.0237726;REFB=-0.00791907;REVB=0.00371438;RO=229;SAF=85;SAR=94;SRF=108;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00329565;STB=0.504499;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0115065;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:408:229:230:179:178:0.436275:94:85:108:121:93:85:108:122 chr10 129883933 . C T 493.25 PASS AF=0.439024;AO=53;DP=122;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.00481747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.283;QD=16.0405;RBI=0.00974588;REFB=-0.00117108;REVB=-0.00847196;RO=69;SAF=23;SAR=30;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593424;STB=0.528397;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00159117;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:69:69:53:54:0.439024:30:23:26:43:31:23:26:43 chr10 129899543 . C T 1090.31 PASS AF=0.497738;AO=110;DP=220;FAO=110;FDP=221;FR=.;FRO=111;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=-0.00717426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.485;QD=19.7342;RBI=0.0356302;REFB=-0.0120464;REVB=-0.0349004;RO=110;SAF=47;SAR=63;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00844334;STB=0.502645;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0130846;OID=.;OPOS=129899543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:110:111:110:110:0.497738:63:47:48:62:63:47:48:63 chr10 129899578 . T C 3572.98 PASS AF=0.978814;AO=231;DP=236;FAO=231;FDP=236;FR=.;FRO=5;FSAF=107;FSAR=124;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00527126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.093;QD=60.559;RBI=0.0318697;REFB=-0.100912;REVB=0.0314308;RO=3;SAF=107;SAR=124;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00499555;STB=0.502913;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000321095;OID=.;OPOS=129899578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:236:236:3:5:231:231:0.978814:124:107:2:1:124:107:3:2 chr10 129899778 . G C 2477.78 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388719;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5583;QD=61.5597;RBI=0.0398141;REFB=0;REVB=0.0086105;RO=0;SAF=82;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118205;OID=.;OPOS=129899778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:78:82:0:0:79:82:0:0 chr10 129899922 . T C 316.79 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.033741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1031;QD=20.4382;RBI=0.0930099;REFB=0.0264101;REVB=0.0866741;RO=29;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136533;STB=0.575712;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0241218;OID=.;OPOS=129899922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:14:19:12:17:14:19:12:17 chr10 129901393 . T C 5181.31 PASS AF=1;AO=326;DP=327;FAO=327;FDP=327;FR=.;FRO=0;FSAF=159;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174033;FXX=0.00304869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.129;QD=63.3799;RBI=0.0386446;REFB=0;REVB=0.0345041;RO=1;SAF=158;SAR=168;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300978;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84372e-05;OID=.;OPOS=129901393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:327:327:1:0:326:327:1:168:158:1:0:168:159:0:0 chr10 129901570 . C T 863.66 PASS AF=0.460396;AO=92;DP=202;FAO=93;FDP=202;FR=.;FRO=109;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=43;FSRR=66;FWDB=0.0042875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.617;QD=17.1022;RBI=0.011552;REFB=-0.0237118;REVB=-0.0107268;RO=107;SAF=36;SAR=56;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107395;STB=0.504198;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0245158;OID=.;OPOS=129901570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:107:109:92:93:0.460396:56:36:43:64:57:36:43:66 chr10 129901722 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.757;QD=61.0492;RBI=0.0302453;REFB=0;REVB=0.0166818;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59067e-05;OID=.;OPOS=129901722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:49:28:0:0:50:28:0:0 chr10 129901726 . C T 1199.47 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.75;QD=60.7327;RBI=0.0766322;REFB=0;REVB=0.0765018;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325425;OID=.;OPOS=129901726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:79:0:0:70:79:1:42:28:0:0:51:28:0:0 chr10 129901825 . T C 2273.82 PASS AF=0.986577;AO=145;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0102138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.272;QD=61.0422;RBI=0.0570802;REFB=-0.141806;REVB=0.0561589;RO=0;SAF=80;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05277e-08;STB=0.507352;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000509948;OID=.;OPOS=129901825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:149:149:0:2:145:147:0.986577:65:80:0:0:67:80:0:2 chr10 129901946 . T G 3419.13 PASS AF=1;AO=215;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322524;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.477;QD=62.166;RBI=0.0384062;REFB=0;REVB=0.0208523;RO=1;SAF=88;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373686;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75028e-05;OID=.;OPOS=129901946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:220:220:1:0:215:220:1:127:88:0:1:129:91:0:0 chr10 129902158 . C T 1083.03 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0752008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.204;QD=58.542;RBI=0.0838705;REFB=0.0315938;REVB=0.0371363;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.505262;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000293244;OID=.;OPOS=129902158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:47:26:0:0:47:26:0:1 chr10 129902281 . G A 1028.85 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00734862;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.767;QD=55.6134;RBI=0.0238246;REFB=-0.0321241;REVB=0.0226629;RO=3;SAF=28;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480046;STB=0.525417;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000580758;OID=.;OPOS=129902281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:74:3:3:71:71:0.959459:43:28:3:0:43:28:3:0 chr10 129903016 . T C 1698.42 PASS AF=0.936;AO=117;DP=125;FAO=117;FDP=125;FR=.;FRO=8;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.018507;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.294;QD=54.3494;RBI=0.0353623;REFB=-0.0983656;REVB=0.0301328;RO=4;SAF=51;SAR=66;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118764;STB=0.520332;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.002895;OID=.;OPOS=129903016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:125:125:4:8:117:117:0.936:66:51:1:3:66:51:1:7 chr10 129903094 . G T 613.79 PASS AF=0.464052;AO=57;DP=140;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.00323116;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9187;QD=16.0467;RBI=0.0129218;REFB=-0.0166093;REVB=0.0125113;RO=73;SAF=22;SAR=35;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254854;STB=0.503337;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0188171;OID=.;OPOS=129903094;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:153:73:82:57:71:0.464052:35:22:28:45:42:29:33:49 chr10 129904474 . G A 338.99 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00742917;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.913;QD=15.0661;RBI=0.00946164;REFB=-0.0269956;REVB=0.00585918;RO=53;SAF=14;SAR=23;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10013;STB=0.556766;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0328581;OID=.;OPOS=129904474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:53:53:37:37:0.411111:23:14:25:28:23:14:25:28 chr10 129904477 . C T 1402.95 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.614;QD=62.3534;RBI=0.0208899;REFB=0;REVB=0.0196221;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86539e-05;OID=.;OPOS=129904477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:88:90:1:51:37:0:0:51:39:0:0 chr10 129905429 . C T 1092.6 PASS AF=0.482609;AO=111;DP=230;FAO=111;FDP=230;FR=.;FRO=119;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=-0.0454835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7629;QD=19.0018;RBI=0.0518389;REFB=0.0155967;REVB=-0.0248701;RO=117;SAF=60;SAR=51;SRF=64;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607412;STB=0.501419;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0215146;OID=.;OPOS=129905429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:117:119:111:111:0.482609:51:60:64:53:51:60:64:55 chr10 129906364 . G A 625.4 PASS AF=0.440252;AO=68;DP=158;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.00193026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.85;QD=15.7333;RBI=0.0114228;REFB=-0.00194424;REVB=0.0112585;RO=85;SAF=35;SAR=33;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556813;STB=0.531696;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00225258;OID=.;OPOS=129906364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:85:89:68:70:0.440252:33:35:39:46:33:37:42:47 chr10 129906468 . C T 3607.14 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753953;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.899;QD=62.7329;RBI=0.0114401;REFB=0.0148279;REVB=-0.00860416;RO=0;SAF=110;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23825e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18655e-05;OID=.;OPOS=129906468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:229:230:0:0:229:230:1:119:110:0:0:120:110:0:0 chr10 129907544 . G C 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4778;QD=57.7093;RBI=0.0308092;REFB=0;REVB=0.0206729;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249916;OID=.;OPOS=129907544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr10 129910475 . T G 359.69 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=17;FWDB=-0.0167634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.785;QD=13.834;RBI=0.0532631;REFB=-0.010962;REVB=0.0505564;RO=62;SAF=16;SAR=26;SRF=45;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351684;STB=0.697362;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0230835;OID=.;OPOS=129910475;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:26:16:45:17:26:16:45:17 chr10 129911856 . C G 1426.98 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.5809;QD=62.7244;RBI=0.0281547;REFB=0;REVB=0.0161712;RO=1;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8151e-05;OID=.;OPOS=129911856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:1:0:89:91:1:46:43:0:1:47:44:0:0 chr10 129913502 . AAG A 424.39 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00498357;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=227.768;QD=17.3219;RBI=0.0138824;REFB=0.0169183;REVB=0.012957;RO=42;SAF=30;SAR=25;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129582;STB=0.575619;STBP=0.102;TYPE=del;VARB=-0.0112851;OID=.;OPOS=129913503;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.561224:55:97:55:98:43:30:25:16:27:99:42:30:25:16:26 chr10 129913960 . A T 2048.14 PASS AF=0.957447;AO=134;DP=141;FAO=135;FDP=141;FR=.;FRO=6;FSAF=85;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00644776;FXX=0.00704176;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.278;QD=58.1033;RBI=0.0107452;REFB=-0.00134179;REVB=0.00859573;RO=6;SAF=85;SAR=49;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261879;STB=0.513421;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-1.56482e-05;OID=.;OPOS=129913960;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:141:141:6:6:134:135:0.957447:49:85:2:4:50:85:2:4 chr10 129917560 . T C 551.23 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00656168;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.479;QD=16.3327;RBI=0.0160432;REFB=-0.020102;REVB=-0.0146399;RO=76;SAF=37;SAR=22;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195985;STB=0.609595;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0234275;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:76:59:59:0.437037:22:37:33:43:22:37:33:43 chr10 129921195 . A T 630.97 PASS AF=0.410405;AO=71;DP=173;FAO=71;FDP=173;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.0166114;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.102;QD=14.5889;RBI=0.0280938;REFB=-0.0174759;REVB=-0.0226566;RO=102;SAF=27;SAR=44;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978503;STB=0.554979;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0303835;OID=.;OPOS=129921195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:102:102:71:71:0.410405:44:27:48:54:44:27:48:54 chr10 131638531 . G A 333.0 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.0212211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.775;QD=14.021;RBI=0.0224172;REFB=-0.0305856;REVB=-0.00722452;RO=56;SAF=23;SAR=14;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328075;STB=0.693053;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.035121;OID=.;OPOS=131638531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:58:37:37:0.389474:14:23:17:39:14:23:17:41 chr10 132891254 . G A 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0133832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.427;QD=17.9232;RBI=0.022632;REFB=-0.0231119;REVB=0.018251;RO=46;SAF=13;SAR=27;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294428;STB=0.66463;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0256016;OID=.;OPOS=132891254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:27:13:29:17:27:13:29:17 chr10 133607904 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.54;QD=56.9555;RBI=0.013944;REFB=0;REVB=-0.00327;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60756e-05;OID=.;OPOS=133607904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr10 133607937 . G A 726.72 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.722;QD=56.9978;RBI=0.0256679;REFB=0;REVB=0.00330497;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36106e-05;OID=.;OPOS=133607937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:27:22:0:0:29:22:0:0 chr10 133607947 . T G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.622;QD=63.5827;RBI=0.0415521;REFB=0;REVB=-0.00926443;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356593;OID=.;OPOS=133607947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr10 133608210 . A G 1861.53 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00980618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0963;QD=60.5374;RBI=0.0124532;REFB=-0.0601187;REVB=0.00767596;RO=1;SAF=47;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629264;STB=0.503311;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00125172;OID=.;OPOS=133608210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:75:47:0:1:75:47:0:1 chr10 133608237 . G A 1641.82 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.011;QD=60.2504;RBI=0.0805378;REFB=0;REVB=0.0445876;RO=0;SAF=47;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475524;OID=.;OPOS=133608237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:62:47:0:0:62:47:0:0 chr10 133608291 . TT GG 1285.63 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255488;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=2;MLLD=109.405;QD=61.9582;RBI=0.0379716;REFB=0;REVB=-0.028091;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.52504e-06;OID=.;OPOS=133608291;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:41:40:0:0:42:41:0:0 chr10 133608495 . A T 2083.8 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1048;QD=62.6706;RBI=0.0413312;REFB=0;REVB=0.0298048;RO=0;SAF=57;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131527;OID=.;OPOS=133608495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:75:57:0:0:75:58:0:0 chr10 133948634 . T C 1549.18 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.782;QD=63.8836;RBI=0.0225904;REFB=0;REVB=0.01004;RO=0;SAF=35;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33446e-05;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:62:35:0:0:62:35:0:0 chr10 133954011 . C T 4670.99 PASS AF=1;AO=301;DP=304;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169361;FXX=0.0195433;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.84;QD=62.073;RBI=0.0266961;REFB=-0.100109;REVB=0.0206362;RO=1;SAF=166;SAR=135;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0028646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148481;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:304:301:1:0:301:301:1:135:166:1:0:135:166:0:0 chr10 133961494 . C T 2389.45 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.781;QD=64.1462;RBI=0.0596775;REFB=0;REVB=0.0302404;RO=0;SAF=65;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71054e-05;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:147:149:1:82:65:0:0:82:67:0:0 chr10 133963466 . A G 7881.64 PASS AF=1;AO=494;DP=507;FAO=501;FDP=501;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=323;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017936;FXX=0.0176467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7037;QD=62.9273;RBI=0.0215722;REFB=0;REVB=-0.0214975;RO=0;SAF=178;SAR=316;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512983;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:507:501:0:0:494:501:1:316:178:0:0:323:178:0:0 chr10 133981682 . G A 1699.88 PASS AF=0.991304;AO=107;DP=110;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161149;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.8018;QD=59.1264;RBI=0.0172229;REFB=-0.0475386;REVB=0.00607755;RO=1;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106646;STB=0.50495;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000318312;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:115:1:1:107:114:0.991304:44:63:0:1:50:64:0:1 chr10 134013990 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.17;QD=62.9826;RBI=0.0926151;REFB=0;REVB=0.0114951;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283502;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr10 134017295 . A G 3982.18 PASS AF=1;AO=238;DP=238;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.554;QD=63.7149;RBI=0.0366465;REFB=0;REVB=0.034843;RO=0;SAF=142;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11066e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97077e-05;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:238:250:0:0:238:250:1:96:142:0:0:105:145:0:0 chr10 134018867 . G A 2286.34 PASS AF=0.483264;AO=229;DP=478;FAO=231;FDP=478;FR=.;FRO=247;FSAF=101;FSAR=130;FSRF=115;FSRR=132;FWDB=-0.0156056;FXX=0.00416658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.917;QD=19.1326;RBI=0.018011;REFB=-0.0155326;REVB=0.00899244;RO=249;SAF=101;SAR=128;SRF=117;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276247;STB=0.514831;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0156418;OID=.;OPOS=134018867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:478:478:249:247:229:231:0.483264:128:101:117:132:130:101:115:132 chr10 134036193 . A G 1749.3 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000853399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8208;QD=59.8052;RBI=0.01913;REFB=0.00501892;REVB=-0.019111;RO=0;SAF=49;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.49054e-08;STB=0.503703;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.000150032;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:0:1:115:116:0.991453:66:49:0:0:67:49:0:1 chr10 134040367 . C T 530.67 PASS AF=0.524272;AO=53;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0119186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.437;QD=20.6083;RBI=0.0430517;REFB=-0.0173159;REVB=-0.041369;RO=49;SAF=30;SAR=23;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669167;STB=0.531442;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0149458;OID=.;OPOS=134040367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:53:54:0.524272:23:30:24:25:24:30:24:25 chr10 134145314 . A G 150.39 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0185383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6511;QD=8.24058;RBI=0.0205198;REFB=-0.00316099;REVB=-0.00879738;RO=52;SAF=5;SAR=16;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132191;STB=0.57982;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0056997;OID=.;OPOS=134145314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:52:21:21:0.287671:16:5:17:35:16:5:17:35 chr10 134161633 . A G 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00471489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.19;QD=18.4265;RBI=0.00814082;REFB=-0.00282979;REVB=-0.00663647;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644264;STB=0.536057;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00451304;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:16:12:14:14:16:12:14:14 chr10 134218296 . C G 336.86 PASS AF=0.6;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=22;FWDB=-0.0376752;FXX=0.0677851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0533;QD=24.499;RBI=0.0462358;REFB=0.0143276;REVB=0.0268016;RO=22;SAF=2;SAR=31;SRF=0;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243469;STB=0.630892;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00222805;OID=.;OPOS=134218296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:55:22:22:33:33:0.6:31:2:0:22:31:2:0:22 chr10 134218532 . G C 292.78 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0128322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.16;QD=17.2226;RBI=0.0209058;REFB=-0.0170217;REVB=0.0165041;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230751;STB=0.512931;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0175845;OID=.;OPOS=134218532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:15:17:20:16:15:17:20:16 chr10 134219036 . G A 2192.05 PASS AF=0.486607;AO=216;DP=449;FAO=218;FDP=448;FR=.;FRO=230;FSAF=109;FSAR=109;FSRF=113;FSRR=117;FWDB=0.0292925;FXX=0.00444435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.727;QD=19.5719;RBI=0.0293212;REFB=-0.00183122;REVB=-0.00129562;RO=227;SAF=109;SAR=107;SRF=114;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226738;STB=0.504464;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00299055;OID=.;OPOS=134219036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:449:448:227:230:216:218:0.486607:107:109:114:113:109:109:113:117 chr10 134219045 . C T 2319.46 PASS AF=0.496788;AO=232;DP=468;FAO=232;FDP=467;FR=.;FRO=235;FSAF=117;FSAR=115;FSRF=117;FSRR=118;FWDB=-0.00820829;FXX=0.00213671;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.636;QD=19.8669;RBI=0.0156855;REFB=-0.0164187;REVB=0.0133663;RO=234;SAF=117;SAR=115;SRF=116;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00787385;STB=0.503239;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.013652;OID=.;OPOS=134219045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:468:467:234:235:232:232:0.496788:115:117:116:118:115:117:117:118 chr10 134231313 . CTTTTTTG CTTCTTTG,CTTTTTG,CTTTTTGT 552.05 PASS AF=0.255814,0.686047,0.0581395;AO=16,16,8;DP=93;FAO=22,59,5;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=0,45,5;FSAR=22,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242368,0.49957,0.129103;FXX=0.0850973;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=145.634,6.80749,11.2231;QD=25.6766;RBI=0.0518757,0.54737,0.222176;REFB=0.0359203,0.0185431,0.0300998;REVB=-0.0458658,-0.223704,-0.180817;RO=25;SAF=0,13,8;SAR=16,3,0;SRF=25;SRR=0;SSEN=0,0.412698,0;SSEP=0,0.309091,0;SSSB=-0.885337,-0.447053,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0852278,-0.0978877,-0.0157236;OID=.,.,.;OPOS=134231316,134231314,134231319;OREF=T,T,TG;OALT=C,-,GT;OMAPALT=CTTCTTTG,CTTTTTG,CTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.255814,0.686047,0.0581395:16,16,8:93:22,59,5:86:0:0,45,5:22,14,0:0:0:99:25:0,13,8:16,3,0:25:0 chr10 134598628 . A G 2569.28 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955932;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.121;QD=61.9105;RBI=0.014931;REFB=0;REVB=0.0114697;RO=0;SAF=86;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06912e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44214e-05;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:166:0:0:166:166:1:80:86:0:0:80:86:0:0 chr10 134622408 . T C 1572.85 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2966;QD=59.9179;RBI=0.0823911;REFB=0;REVB=0.08195;RO=0;SAF=27;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276771;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:78:27:0:0:78:27:0:0 chr10 134623959 . T C 1573.24 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.595;QD=59.9329;RBI=0.0380206;REFB=0;REVB=0.00556376;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11096e-05;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:60:44:0:0:60:45:0:0 chr10 134624504 . C T 6460.76 PASS AF=1;AO=410;DP=411;FAO=410;FDP=410;FR=.;FRO=0;FSAF=230;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067958;FXX=0.00243303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.437;QD=63.0318;RBI=0.0145213;REFB=0;REVB=-0.012833;RO=0;SAF=230;SAR=180;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21714e-06;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:411:410:0:0:410:410:1:180:230:0:0:180:230:0:0 chr10 134726216 . G A 667.66 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=142;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.0199045;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.745;QD=18.8072;RBI=0.0234156;REFB=-0.000639367;REVB=-0.0123329;RO=71;SAF=27;SAR=40;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00835035;STB=0.516372;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00107452;OID=.;OPOS=134726216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:71:75:67:67:0.471831:40:27:28:43:40:27:28:47 chr10 134777790 . G A 3383.82 PASS AF=0.977876;AO=221;DP=226;FAO=221;FDP=226;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=159;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00472047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.298;QD=59.8906;RBI=0.0230358;REFB=-0.0361726;REVB=0.0225469;RO=3;SAF=62;SAR=159;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00166702;STB=0.502211;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000111782;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:226:226:3:5:221:221:0.977876:159:62:1:2:159:62:1:4 chr10 134884516 . G A 1662.51 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370717;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.471;QD=60.455;RBI=0.0294088;REFB=0;REVB=0.0291742;RO=0;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56539e-05;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:55:55:0:0:55:55:0:0 chr10 134884546 . A G 2230.07 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787807;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.042;QD=61.9465;RBI=0.0801628;REFB=0;REVB=0.0148215;RO=0;SAF=64;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113431;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:144:0:0:139:144:1:75:64:0:0:75:69:0:0 chr10 134884595 . G A 2934.86 PASS AF=0.956731;AO=199;DP=208;FAO=199;FDP=208;FR=.;FRO=9;FSAF=103;FSAR=96;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0312442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.243;QD=56.4395;RBI=0.040001;REFB=-0.0710833;REVB=0.0249775;RO=5;SAF=103;SAR=96;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148267;STB=0.501645;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.000464893;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:208:208:5:9:199:199:0.956731:96:103:1:4:96:103:5:4 chr10 134884610 . C G 3254.66 PASS AF=0.990654;AO=212;DP=214;FAO=212;FDP=214;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=105;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0427667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1578;QD=60.8347;RBI=0.0437421;REFB=0.0538839;REVB=0.00918606;RO=2;SAF=107;SAR=105;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00882052;STB=0.504629;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00296631;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:214:214:2:2:212:212:0.990654:105:107:2:0:105:107:2:0 chr10 134886618 . G C 1020.67 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000989239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.643;QD=59.1694;RBI=0.026122;REFB=0;REVB=0.0261033;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23659e-05;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:31:37:0:0:32:37:0:0 chr10 134902396 . C G 1365.18 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0243268;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7316;QD=61.3565;RBI=0.0414003;REFB=0.0436537;REVB=-0.0334991;RO=1;SAF=52;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902668;STB=0.504761;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00112349;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:88:88:0.988764:36:52:1:0:36:52:1:0 chr10 134902398 . C T 1417.44 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103701;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.066;QD=62.9974;RBI=0.0332549;REFB=0;REVB=0.0315967;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16837e-05;OID=.;OPOS=134902398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:37:53:0:0:37:53:0:0 chr10 134942166 . A G 2644.26 PASS AF=0.478723;AO=270;DP=564;FAO=270;FDP=564;FR=.;FRO=294;FSAF=90;FSAR=180;FSRF=113;FSRR=181;FWDB=-0.00875671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6477;QD=18.7536;RBI=0.0463676;REFB=-0.0163273;REVB=-0.0455332;RO=292;SAF=90;SAR=180;SRF=112;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052392;STB=0.529333;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0161989;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:564:292:294:270:270:0.478723:180:90:112:180:180:90:113:181 chr10 134973995 . G A 1229.18 PASS AF=0.515021;AO=120;DP=233;FAO=120;FDP=233;FR=.;FRO=113;FSAF=84;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=0.0101858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6072;QD=21.1017;RBI=0.0185666;REFB=-0.0357794;REVB=0.0155231;RO=112;SAF=84;SAR=36;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222484;STB=0.624633;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0139815;OID=.;OPOS=134973995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:112:113:120:120:0.515021:36:84:52:60:36:84:52:61 chr10 134997480 . C T 449.43 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0185233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6133;QD=17.6247;RBI=0.0217315;REFB=0.0117373;REVB=-0.0113643;RO=54;SAF=15;SAR=33;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137103;STB=0.57658;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0180787;OID=.;OPOS=134997480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:33:15:24:30:33:15:24:30 chr10 134999602 . G C 4645.89 PASS AF=1;AO=298;DP=300;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294399;FXX=0.0066223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.257;QD=61.9452;RBI=0.038581;REFB=-0.00183725;REVB=0.0249357;RO=0;SAF=130;SAR=168;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89064e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3181e-06;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:300:300:0:0:298:300:1:168:130:0:0:170:130:0:0 chr10 134999903 . G A 805.99 PASS AF=0.378601;AO=92;DP=244;FAO=92;FDP=243;FR=.;FRO=151;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=65;FSRR=86;FWDB=-0.0114335;FXX=0.0121946;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.972;QD=13.2673;RBI=0.0133444;REFB=-0.00316542;REVB=0.00688112;RO=149;SAF=41;SAR=51;SRF=63;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254197;STB=0.509569;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00648185;OID=.;OPOS=134999903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:149:151:92:92:0.378601:51:41:63:86:51:41:65:86 chr10 135012162 . T C 441.55 PASS AF=0.425;AO=49;DP=117;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.01747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.226;QD=14.7184;RBI=0.0233536;REFB=-0.0158544;REVB=-0.015498;RO=67;SAF=18;SAR=31;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864293;STB=0.546057;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0166848;OID=.;OPOS=135012162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:67:69:49:51:0.425:31:18:30:37:32:19:31:38 chr10 135012429 . TT AC 388.18 PASS AF=0.387931;AO=40;DP=115;FAO=45;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=0.00438522;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=243.316;QD=13.3856;RBI=0.0139107;REFB=-0.00165148;REVB=0.0132015;RO=67;SAF=5;SAR=35;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309484;STB=0.58477;STBP=0.211;TYPE=mnp;VARB=0.0020663;OID=.;OPOS=135012429;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:67:70:40:45:0.387931:35:5:20:47:35:10:23:47 chr10 135012652 . T C 578.0 PASS AF=0.4125;AO=66;DP=160;FAO=66;FDP=160;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.0114549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.218;QD=14.45;RBI=0.0114784;REFB=-0.0301837;REVB=0.000734907;RO=91;SAF=33;SAR=33;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625617;STB=0.537489;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0444043;OID=.;OPOS=135012652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:91:94:66:66:0.4125:33:33:51:40:33:33:53:41 chr10 135015427 . C A 199.49 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0201489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.483;QD=15.6461;RBI=0.0324161;REFB=-0.0076514;REVB=0.0253934;RO=29;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333627;STB=0.690094;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00982014;OID=.;OPOS=135015427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:15:7:19:10:15:7:19:10 chr10 135015667 . C T 428.3 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=94;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0482654;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7196;QD=18.8266;RBI=0.051157;REFB=-0.0331379;REVB=0.0169556;RO=50;SAF=30;SAR=12;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624904;STB=0.547147;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0492035;OID=.;OPOS=135015667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:50:48:42:43:0.472527:12:30:33:17:12:31:31:17 chr10 135016089 . T C 1170.88 PASS AF=0.4875;AO=116;DP=239;FAO=117;FDP=240;FR=.;FRO=123;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=-0.00141529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.538;QD=19.5146;RBI=0.00170079;REFB=-0.0268341;REVB=-0.000943203;RO=121;SAF=55;SAR=61;SRF=61;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278731;STB=0.508875;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0290597;OID=.;OPOS=135016089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:121:123:116:117:0.4875:61:55:61:60:61:56:61:62 chr10 135016175 . T G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0301052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.076;QD=14.6684;RBI=0.0304135;REFB=-0.0200608;REVB=0.00431894;RO=32;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611867;STB=0.534935;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0136254;OID=.;OPOS=135016175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:17:7:11:21:17:7:11:21 chr10 135051562 . A G 5147.81 PASS AF=1;AO=309;DP=311;FAO=329;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116322;FXX=0.00303021;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8024;QD=62.5874;RBI=0.0550378;REFB=0;REVB=0.0537946;RO=0;SAF=145;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56929e-05;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:311:329:0:0:309:329:1:164:145:0:0:181:148:0:0 chr10 135051653 . A G 840.7 PASS AF=0.453125;AO=86;DP=193;FAO=87;FDP=192;FR=.;FRO=105;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=41;FSRR=64;FWDB=-0.00925669;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.283;QD=17.5147;RBI=0.0304013;REFB=-0.0180492;REVB=-0.0289578;RO=101;SAF=33;SAR=53;SRF=37;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180035;STB=0.506462;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0182307;OID=.;OPOS=135051653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:101:105:86:87:0.453125:53:33:37:64:54:33:41:64 chr10 135061112 . C T 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000977715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.895;QD=58.0579;RBI=0.0142697;REFB=0;REVB=0.0142362;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46727e-05;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr10 135076596 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.132;QD=58.6006;RBI=0.0427187;REFB=0;REVB=0.0351558;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06248e-05;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr10 135082346 . A G 2181.11 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00641065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7045;QD=62.3174;RBI=0.0692581;REFB=-0.0756267;REVB=-0.0689608;RO=1;SAF=82;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576327;STB=0.50303;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00119166;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:57:82:1:0:57:82:1:0 chr10 135082952 . C T 811.04 PASS AF=0.497006;AO=83;DP=167;FAO=83;FDP=167;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=58;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0318138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.573;QD=19.4262;RBI=0.0322418;REFB=-0.0303246;REVB=0.00523612;RO=84;SAF=25;SAR=58;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228073;STB=0.626029;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.02375;OID=.;OPOS=135082952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:84:84:83:83:0.497006:58:25:45:39:58:25:45:39 chr10 135084232 . C CAGA 5830.3 PASS AF=0.984252;AO=367;DP=384;FAO=375;FDP=381;FR=.;FRO=6;FSAF=197;FSAR=178;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00684276;FXX=0.0180408;HRUN=1;LEN=3;MLLD=270.987;QD=61.2105;RBI=0.0316003;REFB=-0.0758116;REVB=0.0308505;RO=8;SAF=192;SAR=175;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0009443;STB=0.502232;STBP=0.498;TYPE=ins;VARB=0.000966215;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984252:367:384:375:381:6:197:178:4:2:7:8:192:175:4:4 chr10 135084322 . A G 4930.67 PASS AF=1;AO=315;DP=315;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109743;FXX=0.00316446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4374;QD=62.6117;RBI=0.118286;REFB=-0.00398037;REVB=-0.0441373;RO=0;SAF=135;SAR=180;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203787;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:315:315:0:0:315:315:1:180:135:0:0:180:135:0:0 chr10 135085321 . C T 1062.38 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.021;QD=59.8523;RBI=0.0266618;REFB=0;REVB=0.0033551;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18379e-05;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr10 135085426 . A G 1806.66 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.445;QD=60.2221;RBI=0.0310635;REFB=-0.0919495;REVB=-0.00230403;RO=0;SAF=66;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00457e-08;STB=0.504672;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00015553;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:53:66:0:0:53:66:0:1 chr10 135085754 . G A 5021.79 PASS AF=0.987805;AO=323;DP=328;FAO=324;FDP=328;FR=.;FRO=4;FSAF=101;FSAR=223;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0139868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.465;QD=61.2413;RBI=0.0154733;REFB=-0.16197;REVB=0.00661773;RO=1;SAF=100;SAR=223;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474622;STB=0.509708;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00010276;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:328:328:1:4:323:324:0.987805:223:100:1:0:223:101:4:0 chr10 135086380 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.899;QD=51.9165;RBI=0.0557426;REFB=0;REVB=-0.0211656;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104009;OID=.;OPOS=135086380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr10 135087521 . G A 832.9 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.676;QD=57.4412;RBI=0.0478753;REFB=0;REVB=0.0151604;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05492e-05;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:27:31:0:0 chr10 135089035 . A G 6364.19 PASS AF=1;AO=404;DP=410;FAO=406;FDP=406;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=230;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640515;FXX=0.0121652;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6861;QD=62.7014;RBI=0.07066;REFB=-0.0766463;REVB=-0.029837;RO=0;SAF=174;SAR=230;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25496e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011415;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:410:406:0:0:404:406:1:230:174:0:0:230:176:0:0 chr10 135097434 . A G 890.44 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258157;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.943;QD=58.3898;RBI=0.0272513;REFB=0;REVB=0.00872807;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254979;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr10 135098672 . G A 1715.23 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410225;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.996;QD=60.716;RBI=0.0153049;REFB=0;REVB=0.0147449;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36717e-05;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:51:62:0:0:51:62:0:0 chr10 135098830 . T C 1504.0 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000198124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.837;QD=62.0207;RBI=0.00390392;REFB=0.0251366;REVB=0.00389889;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000113241;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:0:1:96:96:0.989691:51:45:0:0:50:46:0:1 chr10 135098845 . C T 1495.85 PASS AF=0.989583;AO=92;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0185386;FXX=0.0303;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.653;QD=62.3271;RBI=0.0543589;REFB=0.0788246;REVB=0.0511;RO=1;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104184;STB=0.505154;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000223934;OID=.;OPOS=135098845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:92:95:0.989583:45:47:0:1:48:47:0:1 chr10 135160950 . C T 628.75 PASS AF=0.890909;AO=48;DP=54;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00194738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.8695;QD=45.7272;RBI=0.0463597;REFB=-0.219715;REVB=0.0463188;RO=6;SAF=7;SAR=41;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00864113;STB=0.505261;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0118014;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:54:55:6:6:48:49:0.890909:41:7:1:5:42:7:1:5 chr10 135165790 . A G 1505.68 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01111;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.392;QD=59.6309;RBI=0.0169412;REFB=0;REVB=-0.0127896;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226578;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:99:101:1:58:41:0:0:58:43:0:0 chr10 135180430 . A G 3645.12 PASS AF=1;AO=230;DP=230;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.715;QD=63.1189;RBI=0.0282912;REFB=0;REVB=-0.0190335;RO=0;SAF=61;SAR=169;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90686e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:231:0:0:230:231:1:169:61:0:0:170:61:0:0 chr10 135184126 . G A 3724.1 PASS AF=0.979508;AO=239;DP=244;FAO=239;FDP=244;FR=.;FRO=5;FSAF=135;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0307039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.515;QD=61.0508;RBI=0.033925;REFB=-0.0426955;REVB=0.0144283;RO=4;SAF=135;SAR=104;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00206836;STB=0.503433;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00157724;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:244:244:4:5:239:239:0.979508:104:135:2:2:104:135:2:3 chr10 135186806 . A G 5298.41 PASS AF=1;AO=319;DP=319;FAO=335;FDP=335;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=230;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077007;FXX=0.0029761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1094;QD=63.2646;RBI=0.0776639;REFB=0;REVB=-0.0100802;RO=0;SAF=93;SAR=226;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57743e-05;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:319:335:0:0:319:335:1:226:93:0:0:230:105:0:0 chr10 135204950 . C G 1738.47 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.16;QD=59.9472;RBI=0.0386651;REFB=-0.0674127;REVB=0.0225871;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261871;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:116:116:0:0:114:116:1:57:57:0:0:57:59:0:0 chr10 135205009 . C G 2300.07 PASS AF=0.993289;AO=145;DP=148;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0377164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.323;QD=61.7469;RBI=0.0392247;REFB=-0.120291;REVB=0.0107727;RO=2;SAF=68;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000806001;STB=0.503184;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000260021;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:148:149:2:1:145:148:0.993289:77:68:1:1:78:70:0:1 chr10 135233541 . A G 3104.89 PASS AF=1;AO=200;DP=205;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00779812;FXX=0.0338148;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.417;QD=62.0977;RBI=0.0411518;REFB=0;REVB=-0.0404062;RO=0;SAF=116;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34403e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129934;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:200:0:0:200:200:1:84:116:0:0:84:116:0:0 chr10 135269955 . C T 854.15 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570026;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.243;QD=57.9084;RBI=0.0570085;REFB=0;REVB=-0.000819258;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210928;OID=.;OPOS=135269955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr10 135347397 . T C 2610.21 PASS AF=0.994152;AO=169;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0363927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7162;QD=61.0576;RBI=0.0442838;REFB=-0.0375556;REVB=0.0252315;RO=1;SAF=79;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525909;STB=0.502732;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000733171;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:1:169:170:0.994152:90:79:0:1:91:79:0:1 chr10 135351362 . T C 1142.46 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253237;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.311;QD=59.3483;RBI=0.0271683;REFB=-0.0955524;REVB=-0.00983994;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.506848;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0001595;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:0:1:76:76:0.987013:40:36:0:0:40:36:1:0 chr10 135368163 . A G 374.78 PASS AF=0.4875;AO=34;DP=75;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00244591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.659;QD=18.7391;RBI=0.0176492;REFB=-0.0204721;REVB=0.0174789;RO=41;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217112;STB=0.536946;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0173876;OID=.;OPOS=135368163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:80:41:41:34:39:0.4875:20:14:16:25:21:18:16:25 chr10 135368590 . T C 624.79 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0310096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.812;QD=20.1544;RBI=0.0310132;REFB=-0.00187743;REVB=0.000477279;RO=61;SAF=29;SAR=34;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135378;STB=0.50746;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00164496;OID=.;OPOS=135368590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:61:63:63:0.508065:34:29:29:32:34:29:29:32 chr10 135369532 . T C 612.96 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0489175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2079;QD=18.5746;RBI=0.0567484;REFB=-0.00473978;REVB=-0.0287657;RO=68;SAF=27;SAR=36;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108644;STB=0.556504;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00377393;OID=.;OPOS=135369532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:68:69:63:63:0.477273:36:27:37:31:36:27:37:32 chr10 135370343 . G A 676.76 PASS AF=0.478873;AO=68;DP=142;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0316957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7906;QD=19.0636;RBI=0.0334596;REFB=-0.0143172;REVB=-0.0107205;RO=74;SAF=27;SAR=41;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00819009;STB=0.504532;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0135549;OID=.;OPOS=135370343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:74:74:68:68:0.478873:41:27:30:44:41:27:30:44 chr10 135370633 . C T 237.61 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0029953;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5723;QD=19.3964;RBI=0.0233847;REFB=-0.066691;REVB=-0.023192;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654221;STB=0.511535;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.041994;OID=.;OPOS=135370633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:20:26:23:23:0.469388:12:11:8:12:12:11:13:13 chr10 135370639 . C A 246.88 PASS AF=0.489796;AO=21;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0481022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.23;QD=20.1534;RBI=0.0481042;REFB=-0.0381102;REVB=0.000442969;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223937;STB=0.511102;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0344682;OID=.;OPOS=135370639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:24:25:21:24:0.489796:11:10:12:12:11:13:13:12 chr10 135372870 . C G 722.88 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00430066;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.07;QD=23.5083;RBI=0.0549196;REFB=-0.0212198;REVB=-0.0547509;RO=53;SAF=29;SAR=40;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264311;STB=0.51084;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0130151;OID=.;OPOS=135372870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:53:54:69:69:0.560976:40:29:24:29:40:29:24:30 chr10 135373591 . C T 256.92 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0119704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.607;QD=19.763;RBI=0.0509146;REFB=-0.0151415;REVB=-0.0494875;RO=25;SAF=20;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256902;STB=0.649364;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00762934;OID=.;OPOS=135373591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:6:20:13:12:6:21:13:12 chr10 135381390 . G A 328.5 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0702008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7693;QD=13.2729;RBI=0.0871366;REFB=-0.0259145;REVB=0.0516201;RO=61;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415073;STB=0.528626;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0512447;OID=.;OPOS=135381390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:62:37:37:0.373737:18:19:29:32:18:19:29:33 chr10 135381425 . G A 448.2 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.0210936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3119;QD=16.9133;RBI=0.028276;REFB=-0.0205891;REVB=0.0188306;RO=57;SAF=22;SAR=27;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168066;STB=0.593144;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0172517;OID=.;OPOS=135381425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:27:22:16:41:27:22:16:41 chr10 135381443 . C T 504.13 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=-0.0157739;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.937;QD=17.5348;RBI=0.0165711;REFB=-0.0349917;REVB=-0.00507793;RO=57;SAF=21;SAR=33;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905896;STB=0.563196;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0415692;OID=.;OPOS=135381443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:61:54:54:0.469565:33:21:17:40:33:21:17:44 chr10 135381592 . C G 321.5 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=123;FAO=41;FDP=123;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.01174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.436;QD=10.4551;RBI=0.0504907;REFB=-0.0246921;REVB=0.0491069;RO=79;SAF=21;SAR=20;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211556;STB=0.524364;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0368131;OID=.;OPOS=135381592;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:79:82:41:41:0.333333:20:21:39:40:20:21:39:43 chr10 135381623 . T C 2365.67 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.968;QD=61.0496;RBI=0.0250612;REFB=0;REVB=-0.00948519;RO=0;SAF=83;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16583e-05;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:154:155:1:71:83:0:0:72:83:0:0 chr10 135381766 . C T 3129.7 PASS AF=0.890196;AO=222;DP=255;FAO=227;FDP=255;FR=.;FRO=28;FSAF=84;FSAR=143;FSRF=2;FSRR=26;FWDB=0.0422114;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.123;QD=49.0934;RBI=0.0505902;REFB=-0.112762;REVB=0.0278849;RO=30;SAF=82;SAR=140;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665013;STB=0.535816;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00149669;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:30:28:222:227:0.890196:140:82:3:27:143:84:2:26 chr10 135381767 . G T 73.88 PASS AF=0.0944882;AO=23;DP=252;FAO=24;FDP=254;FR=.;FRO=230;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=85;FSRR=145;FWDB=-0.0599929;FXX=0.00392141;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0162;QD=1.16352;RBI=0.0667431;REFB=-0.0830163;REVB=-0.029249;RO=229;SAF=0;SAR=23;SRF=85;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585698;STB=0.921268;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.104249;OID=.;OPOS=135381767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:252:254:229:230:23:24:0.0944882:23:0:85:144:23:1:85:145 chr10 135381927 . T G 1933.57 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.997;QD=61.8741;RBI=0.0265205;REFB=0;REVB=0.025783;RO=0;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34067e-05;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:55:69:0:0:56:69:0:0 chr11 193096 . T C 48.64 PASS AF=0.129412;AO=10;DP=83;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=65;FWDB=-0.00760739;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.949;QD=2.2891;RBI=0.0206815;REFB=-0.00295287;REVB=-0.0192315;RO=72;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325641;STB=0.694982;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0201104;OID=.;OPOS=193096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:83:85:72:74:10:11:0.129412:7:3:9:63:8:3:9:65 chr11 193112 . C T 96.83 PASS AF=0.17;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=66;FWDB=-0.009582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.502;QD=3.87339;RBI=0.0104805;REFB=-0.00620931;REVB=-0.00424583;RO=82;SAF=4;SAR=13;SRF=17;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512642;STB=0.536461;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0322755;OID=.;OPOS=193112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:100:100:82:83:17:17:0.17:13:4:17:65:13:4:17:66 chr11 193863 . T C 2194.8 PASS AF=0.752174;AO=172;DP=229;FAO=173;FDP=230;FR=.;FRO=57;FSAF=82;FSAR=91;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.000789531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.364;QD=38.1705;RBI=0.00568233;REFB=-0.00442323;REVB=-0.00562721;RO=56;SAF=82;SAR=90;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576055;STB=0.504437;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00169407;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:56:57:172:173:0.752174:90:82:26:30:91:82:26:31 chr11 193865 . T G 947.68 PASS AF=0.444934;AO=101;DP=228;FAO=101;FDP=227;FR=.;FRO=126;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=-0.0130754;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.453;QD=16.6991;RBI=0.0250214;REFB=0.00342474;REVB=-0.0213331;RO=125;SAF=47;SAR=54;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226463;STB=0.510457;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00507747;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:125:126:101:101:0.444934:54:47:61:64:54:47:61:65 chr11 197337 . G A 1252.18 PASS AF=0.573604;AO=113;DP=198;FAO=113;FDP=197;FR=.;FRO=84;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00435572;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.803;QD=25.4249;RBI=0.00744509;REFB=-0.000751611;REVB=0.00603796;RO=79;SAF=51;SAR=62;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041941;STB=0.525941;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.000696925;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:79:84:113:113:0.573604:62:51:40:39:62:51:43:41 chr11 204523 . CATTTCT C 705.35 PASS AF=0.507246;AO=66;DP=135;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.000665441;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=6;MLLD=319.24;QD=20.4449;RBI=0.00863546;REFB=-0.00779273;REVB=0.00860978;RO=65;SAF=30;SAR=36;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479922;STB=0.535555;STBP=0.441;TYPE=del;VARB=0.0076776;OID=.;OPOS=204524;OREF=ATTTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507246:66:135:70:138:68:30:40:34:34:99:65:30:36:33:32 chr11 207275 . C G 356.65 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.00932748;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.105;QD=12.6249;RBI=0.00976276;REFB=-0.0236887;REVB=-0.00288264;RO=70;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135708;STB=0.576889;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0361381;OID=.;OPOS=207275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:43:43:0.380531:23:20:24:46:23:20:24:46 chr11 207359 . C T 75.81 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.016723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.194;QD=5.8316;RBI=0.0167234;REFB=-0.00864996;REVB=-0.000121276;RO=37;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715403;STB=0.583184;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0661937;OID=.;OPOS=207359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:37:41:11:11:0.211538:5:6:18:19:5:6:18:23 chr11 237087 . A G 1111.59 PASS AF=0.434783;AO=120;DP=276;FAO=120;FDP=276;FR=.;FRO=156;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=61;FSRR=95;FWDB=-0.0160148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.735;QD=16.11;RBI=0.0449672;REFB=-0.0246038;REVB=-0.0420188;RO=156;SAF=72;SAR=48;SRF=61;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211206;STB=0.617247;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0311374;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:156:156:120:120:0.434783:48:72:61:95:48:72:61:95 chr11 244105 . GAAA GGAG 201.97 PASS AF=0.302326;AO=25;DP=90;FAO=26;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0186897;FXX=0.0444395;HRUN=4;LEN=3;MLLD=297.424;QD=9.39388;RBI=0.0187742;REFB=-0.00878062;REVB=0.00177938;RO=51;SAF=14;SAR=11;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127487;STB=0.51984;STBP=0.822;TYPE=mnp;VARB=0.0191804;OID=.;OPOS=244106;OREF=AAA;OALT=GAG;OMAPALT=GGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.302326:25:90:26:86:60:14:12:34:26:99:51:14:11:28:23 chr11 244115 . G A 232.01 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0134986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.354;QD=10.3114;RBI=0.0137807;REFB=-0.0134045;REVB=0.00277401;RO=61;SAF=14;SAR=15;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10538;STB=0.561455;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0403714;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:61:29:29:0.322222:15:14:35:26:15:14:35:26 chr11 244129 . C T 233.86 PASS AF=0.322222;AO=30;DP=91;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.044783;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2555;QD=10.3939;RBI=0.086971;REFB=-0.0234231;REVB=-0.074555;RO=58;SAF=14;SAR=16;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115837;STB=0.539376;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0486939;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:58:61:30:29:0.322222:16:14:33:25:15:14:33:28 chr11 244141 . G A 133.75 PASS AF=0.246914;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00636115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.616;QD=6.60477;RBI=0.0184717;REFB=-0.00177522;REVB=-0.0173418;RO=61;SAF=9;SAR=11;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716576;STB=0.543837;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0083126;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:61:20:20:0.246914:11:9:31:30:11:9:31:30 chr11 244167 . C T 92.12 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00355286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.992;QD=5.26386;RBI=0.0179308;REFB=-0.00304718;REVB=-0.0175753;RO=55;SAF=4;SAR=11;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311268;STB=0.698139;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0314604;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:11:4:28:27:11:4:28:27 chr11 244171 . T C 104.28 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00185839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.481;QD=6.31967;RBI=0.0316478;REFB=-0.00970777;REVB=-0.0315932;RO=50;SAF=4;SAR=12;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322738;STB=0.701349;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0283568;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:12:4:25:25:12:4:25:25 chr11 244197 . T C 58.65 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00204005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.76;QD=4.78774;RBI=0.00472739;REFB=-0.00385741;REVB=-0.00426455;RO=40;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178122;STB=0.619446;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0212394;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:6:3:19:21:6:3:19:21 chr11 244414 . C T 330.89 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0423162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3094;QD=15.9463;RBI=0.0736758;REFB=0.0094688;REVB=-0.0603113;RO=47;SAF=20;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454154;STB=0.525592;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0164105;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:16:20:24:23:16:20:24:23 chr11 244490 . ATACCTTTTAG A 169.25 PASS AF=0.318841;AO=21;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00915116;FXX=0.11537;HRUN=1;LEN=10;MLLD=312.419;QD=9.81136;RBI=0.0143783;REFB=-0.00638112;REVB=0.0110902;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107815;STB=0.609278;STBP=0.216;TYPE=del;VARB=0.0183385;OID=.;OPOS=244491;OREF=TACCTTTTAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318841:21:69:22:69:47:12:10:18:29:99:32:12:9:15:17 chr11 280221 . A C 339.45 PASS AF=0.45679;AO=34;DP=82;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.018084;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.699;QD=16.7632;RBI=0.0279056;REFB=-0.0151992;REVB=-0.021253;RO=41;SAF=6;SAR=28;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103509;STB=0.537032;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0168184;OID=.;OPOS=280221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:44:34:37:0.45679:28:6:10:31:28:9:13:31 chr11 280673 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.095;QD=33.4285;RBI=0.035504;REFB=0;REVB=-0.0352449;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000449;OID=.;OPOS=280673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr11 280816 . AT TC 3182.83 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216312;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.855;QD=61.8025;RBI=0.0150509;REFB=0;REVB=-0.0148946;RO=0;SAF=98;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.07431e-05;OID=.;OPOS=280816;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:205:206:0:0:204:206:1:106:98:0:0:108:98:0:0 chr11 284538 . T C 535.98 PASS AF=0.41958;AO=55;DP=138;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.00129664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3997;QD=14.9924;RBI=0.00328404;REFB=-0.0334578;REVB=-0.00301723;RO=83;SAF=21;SAR=34;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966629;STB=0.521465;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0385545;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:143:83:83:55:60:0.41958:34:21:39:44:34:26:39:44 chr11 290816 . A G 362.35 PASS AF=0.398148;AO=42;DP=107;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0023481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.025;QD=13.4205;RBI=0.0407318;REFB=-0.0171678;REVB=-0.0406641;RO=65;SAF=19;SAR=23;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673143;STB=0.511481;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0274821;OID=.;OPOS=290816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:65:65:42:43:0.398148:23:19:29:36:23:20:29:36 chr11 290891 . T C 549.51 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=17;FWDB=-0.0197608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.169;QD=17.7261;RBI=0.0232223;REFB=-0.0153324;REVB=-0.0121978;RO=65;SAF=41;SAR=17;SRF=48;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369317;STB=0.523248;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0137422;OID=.;OPOS=290891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:66:58:58:0.467742:17:41:48:17:17:41:49:17 chr11 290918 . G A 681.95 PASS AF=0.489209;AO=68;DP=140;FAO=68;FDP=139;FR=.;FRO=71;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=18;FWDB=-0.00956943;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.611;QD=19.6245;RBI=0.0123751;REFB=-0.0178277;REVB=0.00784659;RO=71;SAF=47;SAR=21;SRF=54;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778896;STB=0.533934;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.014644;OID=.;OPOS=290918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:71:71:68:68:0.489209:21:47:54:17:21:47:53:18 chr11 293188 . T C 541.93 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0405759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7848;QD=16.6748;RBI=0.0467872;REFB=-0.0106776;REVB=-0.0232948;RO=69;SAF=29;SAR=29;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00707092;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114012;OID=.;OPOS=293188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:69:72:58:58:0.446154:29:29:35:34:29:29:36:36 chr11 299411 . C G 460.44 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0160782;FXX=0.00861995;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.919;QD=16.0153;RBI=0.0190444;REFB=-0.0195177;REVB=-0.010207;RO=64;SAF=22;SAR=29;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084312;STB=0.547151;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0195308;OID=.;OPOS=299411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:29:22:33:31:29:22:33:31 chr11 308290 . T C 1588.57 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342483;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0838;QD=64.1848;RBI=0.0373713;REFB=0;REVB=-0.0149556;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083007;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:57:42:0:0:57:42:0:0 chr11 308314 . T C 1068.84 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649236;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.637;QD=60.2165;RBI=0.0237508;REFB=0;REVB=-0.0228463;RO=0;SAF=16;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235272;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:55:16:0:0:55:16:0:0 chr11 308362 . T TC 611.54 PASS AF=1;AO=7;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109985;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=156.995;QD=48.9235;RBI=0.110885;REFB=0;REVB=-0.0141049;RO=43;SAF=0;SAR=7;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00090501;OID=.;OPOS=308363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:50:50:50:0:10:40:0:0:4:43:0:7:10:33 chr11 308363 . G C 804.64 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.454;QD=64.3714;RBI=0.0681924;REFB=0;REVB=-0.0161575;RO=0;SAF=10;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198308;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:40:10:0:0:40:10:0:0 chr11 308426 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7065;QD=58.1415;RBI=0.0998302;REFB=0;REVB=-0.0800588;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0023867;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr11 309127 . A G 639.95 PASS AF=0.481481;AO=65;DP=135;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.000226637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.686;QD=18.9615;RBI=0.00486043;REFB=-0.0313244;REVB=0.00485514;RO=70;SAF=39;SAR=26;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108738;STB=0.560222;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0230524;OID=.;OPOS=309127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:70:70:65:65:0.481481:26:39:34:36:26:39:34:36 chr11 314207 . C G 1491.01 PASS AF=0.989691;AO=90;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0951659;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3139;QD=61.485;RBI=0.109672;REFB=0.000965929;REVB=0.0545103;RO=3;SAF=57;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00219393;STB=0.506492;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000352536;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:3:1:90:96:0.989691:33:57:2:1:38:58:0:1 chr11 320606 . G T 39.75 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0564906;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.642;QD=1.96315;RBI=0.0582277;REFB=-0.00524547;REVB=-0.0141166;RO=72;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659555;STB=0.549341;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.037317;OID=.;OPOS=320606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:72:72:9:9:0.111111:5:4:36:36:5:4:36:36 chr11 320649 . G A 37.8 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.00253103;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.933;QD=1.71815;RBI=0.006084;REFB=-0.00395399;REVB=-0.00553253;RO=79;SAF=4;SAR=5;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101774;STB=0.577718;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0318483;OID=.;OPOS=320649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:79:79:9:9:0.102273:5:4:42:37:5:4:42:37 chr11 320772 . A G 531.58 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00640324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.026;QD=22.8638;RBI=0.0264885;REFB=0.00308395;REVB=-0.0257029;RO=42;SAF=20;SAR=30;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162728;STB=0.59479;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00440952;OID=.;OPOS=320772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:43:50:50:0.537634:30:20:25:17:30:20:26:17 chr11 396915 . C G,T 1665.19 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=4,105;DP=109;FAO=4,112;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=4,66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170992,0.0268115;FXX=0.00854628;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=37.4893,105.404;QD=57.4204;RBI=0.0197775,0.0301912;REFB=0,0;REVB=0.00993819,0.01388;RO=0;SAF=0,44;SAR=4,61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0285279,0.00254136;OID=.,.;OPOS=396915,396915;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:109:116:0:0:4,105:4,112:0.0344828,0.965517:4,61:0,44:0:0:4,66:0,46:0:0 chr11 400040 . A G 1169.24 PASS AF=0.483471;AO=117;DP=242;FAO=117;FDP=242;FR=.;FRO=125;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=65;FSRR=60;FWDB=0.0317935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.048;QD=19.3262;RBI=0.0323135;REFB=-0.00604147;REVB=-0.00577346;RO=125;SAF=55;SAR=62;SRF=65;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468544;STB=0.525791;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00558949;OID=.;OPOS=400040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:125:125:117:117:0.483471:62:55:65:60:62:55:65:60 chr11 400109 . A G 1301.7 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.401;QD=61.9859;RBI=0.0399543;REFB=0;REVB=0.00757666;RO=0;SAF=19;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.43852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68813e-05;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:65:19:0:0:65:19:0:0 chr11 403764 . C T 874.43 PASS AF=0.439815;AO=95;DP=216;FAO=95;FDP=216;FR=.;FRO=121;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=56;FSRR=65;FWDB=-0.00119074;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.14;QD=16.1931;RBI=0.00808642;REFB=-0.0148056;REVB=-0.00799827;RO=119;SAF=34;SAR=61;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109414;STB=0.561681;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0191292;OID=.;OPOS=403764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:119:121:95:95:0.439815:61:34:55:64:61:34:56:65 chr11 403980 . G A 768.33 PASS AF=0.496855;AO=79;DP=150;FAO=79;FDP=159;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0076786;FXX=0.00624961;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.003;QD=19.3292;RBI=0.0381304;REFB=-0.0219033;REVB=-0.0373493;RO=71;SAF=42;SAR=37;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275643;STB=0.51595;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0242998;OID=.;OPOS=403980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:159:71:80:79:79:0.496855:37:42:40:31:37:42:40:40 chr11 404317 . C T 387.29 PASS AF=0.427083;AO=37;DP=92;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.126045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2128;QD=16.1372;RBI=0.13154;REFB=-0.0458554;REVB=0.0376202;RO=54;SAF=25;SAR=12;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15473;STB=0.579359;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0750647;OID=.;OPOS=404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:54:55:37:41:0.427083:12:25:29:25:14:27:29:26 chr11 406043 . G A 4189.67 PASS AF=1;AO=233;DP=275;FAO=269;FDP=269;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=151;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436403;FXX=0.011029;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.105;QD=62.2999;RBI=0.0491478;REFB=0;REVB=-0.022606;RO=0;SAF=121;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189216;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:275:269:0:0:233:269:1:112:121:0:0:118:151:0:0 chr11 428385 . A G 1066.94 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188189;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7724;QD=60.1092;RBI=0.0401082;REFB=0;REVB=0.040064;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134279;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr11 428489 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.308;QD=57.2025;RBI=0.0220883;REFB=0;REVB=0.0183996;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110866;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr11 429659 . C T 2329.75 PASS AF=1;AO=129;DP=151;FAO=148;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=77;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375739;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0149;QD=62.9662;RBI=0.0787636;REFB=0;REVB=0.0786739;RO=0;SAF=70;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124268;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:148:0:0:129:148:1:59:70:0:0:71:77:0:0 chr11 429660 . G T 70.94 PASS AF=0.114865;AO=16;DP=148;FAO=17;FDP=148;FR=.;FRO=131;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=57;FWDB=-0.0260706;FXX=0.0133324;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.0062;QD=1.91722;RBI=0.0556811;REFB=-0.00386538;REVB=0.0492007;RO=132;SAF=2;SAR=14;SRF=74;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521002;STB=0.834629;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00443585;OID=.;OPOS=429660;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:148:148:132:131:16:17:0.114865:14:2:74:58:14:3:74:57 chr11 431834 . A G 1036.94 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243586;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.593;QD=60.1126;RBI=0.0250401;REFB=0;REVB=0.00580241;RO=0;SAF=11;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395873;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:58:11:0:0:58:11:0:0 chr11 433387 . A G 2792.44 PASS AF=0.994444;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00358107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.008;QD=62.0542;RBI=0.00612007;REFB=-0.065274;REVB=0.00496298;RO=1;SAF=90;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531915;STB=0.502793;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000442544;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:180:1:1:179:179:0.994444:89:90:0:1:89:90:0:1 chr11 490036 . G A 1241.79 PASS AF=0.550926;AO=119;DP=216;FAO=119;FDP=216;FR=.;FRO=97;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=0.00960304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.764;QD=22.9961;RBI=0.0148267;REFB=-0.030574;REVB=0.0112965;RO=97;SAF=51;SAR=68;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131135;STB=0.571417;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0191507;OID=.;OPOS=490036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:97:97:119:119:0.550926:68:51:57:40:68:51:57:40 chr11 502722 . C T 381.41 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00857272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2469;QD=22.436;RBI=0.00864179;REFB=-0.00642475;REVB=-0.00109045;RO=30;SAF=14;SAR=24;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599726;STB=0.532978;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00286106;OID=.;OPOS=502722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:24:14:9:21:24:14:9:21 chr11 549959 . C T 2255.71 PASS AF=0.993377;AO=147;DP=148;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0489925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.636;QD=59.754;RBI=0.0610707;REFB=-0.0794018;REVB=0.0364605;RO=1;SAF=86;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773278;STB=0.503999;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000825475;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:151:1:1:147:150:0.993377:61:86:0:1:62:88:0:1 chr11 551229 . C T 1136.09 PASS AF=0.361702;AO=132;DP=367;FAO=136;FDP=376;FR=.;FRO=240;FSAF=64;FSAR=72;FSRF=120;FSRR=120;FWDB=0.0034902;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=234.363;QD=12.0861;RBI=0.00723753;REFB=-0.0110151;REVB=-0.00634038;RO=118;SAF=62;SAR=70;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115739;STB=0.518794;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0141687;OID=.;OPOS=551229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:376:118:240:132:136:0.361702:70:62:57:61:72:64:120:120 chr11 551753 . G A 4981.68 PASS AF=0.978723;AO=314;DP=327;FAO=322;FDP=329;FR=.;FRO=7;FSAF=169;FSAR=153;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0186887;FXX=0.0179099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.042;QD=60.5676;RBI=0.0670657;REFB=-0.0715909;REVB=0.0644092;RO=3;SAF=167;SAR=147;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00359722;STB=0.50814;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000308257;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:327:329:3:7:314:322:0.978723:147:167:1:2:153:169:1:6 chr11 554166 . C G 3058.9 PASS AF=0.994845;AO=193;DP=194;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.264;QD=63.0701;RBI=0.0299846;REFB=0.0913736;REVB=-0.015698;RO=1;SAF=107;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550526;STB=0.50289;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.000208868;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:194:194:1:1:193:193:0.994845:86:107:0:1:86:107:0:1 chr11 554214 . G C 2368.73 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.158;QD=61.1284;RBI=0.0428373;REFB=0;REVB=-0.0142374;RO=0;SAF=87;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90527e-05;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:154:155:1:67:87:0:0:68:87:0:0 chr11 556521 . C G 2423.9 PASS AF=0.976048;AO=163;DP=167;FAO=163;FDP=167;FR=.;FRO=4;FSAF=85;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0681103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8863;QD=58.0574;RBI=0.09306;REFB=-0.0629158;REVB=-0.0634125;RO=3;SAF=85;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647833;STB=0.500515;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00322164;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:167:167:3:4:163:163:0.976048:78:85:1:2:78:85:2:2 chr11 556857 . G C 2910.71 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220926;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.586;QD=62.5958;RBI=0.0394913;REFB=-0.104995;REVB=0.0327334;RO=0;SAF=91;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179518;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:185:186:0:0:184:186:1:93:91:0:0:94:92:0:0 chr11 557989 . C T 1757.4 PASS AF=0.548822;AO=163;DP=297;FAO=163;FDP=297;FR=.;FRO=134;FSAF=84;FSAR=79;FSRF=85;FSRR=49;FWDB=0.0469358;FXX=0.00335559;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2825;QD=23.6686;RBI=0.0602738;REFB=-0.0147867;REVB=0.0378149;RO=134;SAF=84;SAR=79;SRF=85;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992393;STB=0.553908;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.012632;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:134:134:163:163:0.548822:79:84:85:49:79:84:85:49 chr11 558884 . C T 871.52 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245372;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.995;QD=58.1013;RBI=0.0415228;REFB=0;REVB=0.0334973;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359417;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:41:19:0:0:41:19:0:0 chr11 559016 . C T 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8032;QD=63.869;RBI=0.0151382;REFB=0;REVB=0.0105408;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72084e-06;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr11 562421 . G A 969.85 PASS AF=0.409774;AO=109;DP=250;FAO=109;FDP=266;FR=.;FRO=157;FSAF=34;FSAR=75;FSRF=66;FSRR=91;FWDB=0.00201383;FXX=0.022058;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.414;QD=14.5842;RBI=0.028625;REFB=-0.0101509;REVB=-0.0285541;RO=139;SAF=34;SAR=75;SRF=63;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154725;STB=0.570589;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0222882;OID=.;OPOS=562421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:266:139:157:109:109:0.409774:75:34:63:76:75:34:66:91 chr11 563257 . G A 1023.98 PASS AF=0.601266;AO=94;DP=157;FAO=95;FDP=158;FR=.;FRO=63;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.00638178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8355;QD=25.9235;RBI=0.0064389;REFB=-0.0141813;REVB=0.000855777;RO=63;SAF=46;SAR=48;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841314;STB=0.54733;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00826641;OID=.;OPOS=563257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:63:63:94:95:0.601266:48:46:38:25:49:46:38:25 chr11 563649 . C T 495.18 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.106055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.597;QD=23.3026;RBI=0.10615;REFB=-0.0139198;REVB=0.00447945;RO=37;SAF=25;SAR=22;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101201;STB=0.561071;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00843909;OID=.;OPOS=563649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:37:38:47:47:0.552941:22:25:15:22:22:25:15:23 chr11 608593 . G A 73.4 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0664007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5714;QD=9.47144;RBI=0.0816242;REFB=-0.0360642;REVB=0.0474706;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194481;STB=0.620424;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0648865;OID=.;OPOS=608593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:2:8:14:7:2:8:14:7 chr11 610277 . T C 1476.51 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118309;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7226;QD=63.5056;RBI=0.0119498;REFB=0;REVB=-0.00168117;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64762e-05;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:40:53:0:0:40:53:0:0 chr11 614864 . C T 2723.62 PASS AF=0.914692;AO=192;DP=211;FAO=193;FDP=211;FR=.;FRO=18;FSAF=142;FSAR=51;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.0578255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.255;QD=51.6327;RBI=0.0580621;REFB=-0.190812;REVB=0.0052364;RO=10;SAF=141;SAR=51;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325785;STB=0.529798;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00346598;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:211:211:10:18:192:193:0.914692:51:141:10:0:51:142:18:0 chr11 615304 . C CG,G 45.51 PASS AF=0.126316,0;AO=18,4;DP=100;FAO=12,0;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=11,0;FSAR=1,0;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0371686,-0.0137293;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=25.0451,226.801;QD=1.91636;RBI=0.102837,0.0280458;REFB=-0.0276678,-0.00973865;REVB=-0.0958846,-0.0244555;RO=78;SAF=16,4;SAR=2,0;SRF=38;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.550509,0.462618;STB=0.892344,0.5;STBP=0.007,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.128959,0;OID=.,.;OPOS=615305,615304;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:100:95:78:83:18,4:12,0:0.126316,0:2,0:16,4:38:40:1,0:11,0:43:40 chr11 616970 . A T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.219;QD=64.1538;RBI=0.0351365;REFB=0;REVB=0.0323636;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01311e-05;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr11 617537 . C T 2149.87 PASS AF=0.505938;AO=213;DP=421;FAO=213;FDP=421;FR=.;FRO=208;FSAF=115;FSAR=98;FSRF=101;FSRR=107;FWDB=0.0308978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4093;QD=20.4263;RBI=0.032011;REFB=-0.0260518;REVB=-0.00836838;RO=208;SAF=115;SAR=98;SRF=101;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491811;STB=0.526896;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0316835;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:421:208:208:213:213:0.505938:98:115:101:107:98:115:101:107 chr11 617967 . C G 3988.53 PASS AF=0.992308;AO=257;DP=261;FAO=258;FDP=260;FR=.;FRO=2;FSAF=145;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0235285;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.818;QD=61.362;RBI=0.0278276;REFB=-0.00880996;REVB=-0.0148588;RO=0;SAF=144;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21562e-08;STB=0.504386;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000111171;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:261:260:0:2:257:258:0.992308:113:144:0:0:113:145:0:2 chr11 618770 . GT TG 58.05 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.00960425;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=35.1205;QD=2.36922;RBI=0.0685607;REFB=-0.00996021;REVB=-0.0678847;RO=81;SAF=9;SAR=4;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357293;STB=0.757392;STBP=0.059;TYPE=mnp;VARB=0.075805;OID=.;OPOS=618770;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:98:98:81:85:13:13:0.132653:4:9:32:49:4:9:32:53 chr11 618998 . G A 293.02 PASS AF=0.432099;AO=31;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0686807;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.8594;QD=14.47;RBI=0.0686831;REFB=-0.0473071;REVB=0.000576166;RO=15;SAF=9;SAR=22;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076422;STB=0.629461;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0381583;OID=.;OPOS=618998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:15:46:31:35:0.432099:22:9:6:9:26:9:21:25 chr11 619789 . T G 812.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.716;QD=57.0096;RBI=0.0760873;REFB=0;REVB=0.0759278;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133054;OID=.;OPOS=619789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:57:0:0:53:57:1:38:15:0:0:42:15:0:0 chr11 624400 . C T 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00597864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.019;QD=16.8122;RBI=0.0112541;REFB=-0.00988187;REVB=0.00953476;RO=47;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000557598;STB=0.500313;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013298;OID=.;OPOS=624400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:21:17:21:26:21:17:21:26 chr11 674638 . C T 765.15 PASS AF=0.506849;AO=74;DP=146;FAO=74;FDP=146;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.00282589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8075;QD=20.9631;RBI=0.040655;REFB=-0.0333803;REVB=-0.0405566;RO=71;SAF=36;SAR=38;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949982;STB=0.548278;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0351262;OID=.;OPOS=674638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:71:72:74:74:0.506849:38:36:27:44:38:36:28:44 chr11 704583 . A G 283.23 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0124755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.8283;QD=17.4298;RBI=0.061546;REFB=-0.0320787;REVB=0.0602683;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128349;STB=0.584363;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0299137;OID=.;OPOS=704583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:32:34:31:31:0.476923:15:16:21:11:15:16:23:11 chr11 704604 . GA G 230.32 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00388758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5841;QD=19.1937;RBI=0.0137057;REFB=-0.00951686;REVB=0.0131428;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144323;STB=0.571374;STBP=0.333;TYPE=del;VARB=0.0135072;OID=.;OPOS=704605;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520833:24:48:25:48:23:15:10:17:6:99:23:14:10:17:6 chr11 709401 . A G 458.15 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0334102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7771;QD=15.6633;RBI=0.0340744;REFB=-0.00535451;REVB=-0.0066953;RO=66;SAF=29;SAR=22;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130018;STB=0.572787;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00718239;OID=.;OPOS=709401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:22:29:29:37:22:29:29:37 chr11 721857 . G A 502.74 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0148093;FXX=0.00775134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.5645;QD=15.7107;RBI=0.077394;REFB=-0.0167234;REVB=0.0759639;RO=73;SAF=24;SAR=31;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020609;STB=0.501154;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0253786;OID=.;OPOS=721857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:73:73:55:55:0.429688:31:24:32:41:31:24:32:41 chr11 726178 . G C 1208.91 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.745;QD=61.2107;RBI=0.0246678;REFB=0;REVB=0.01216;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72881e-05;OID=.;OPOS=726178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr11 771034 . A G 647.6 PASS AF=0.468085;AO=64;DP=138;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0277043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.457;QD=18.3715;RBI=0.0318928;REFB=-0.00391657;REVB=-0.0157995;RO=73;SAF=26;SAR=38;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584401;STB=0.53845;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00679824;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:73:75:64:66:0.468085:38:26:34:39:39:27:36:39 chr11 772490 . G A 1102.21 PASS AF=0.556757;AO=103;DP=185;FAO=103;FDP=185;FR=.;FRO=82;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.0139773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9251;QD=23.8316;RBI=0.0817343;REFB=-0.0143307;REVB=0.0805303;RO=82;SAF=56;SAR=47;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949557;STB=0.551714;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0107883;OID=.;OPOS=772490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:82:82:103:103:0.556757:47:56:35:47:47:56:35:47 chr11 802379 . T C 267.89 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0471062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9992;QD=16.2359;RBI=0.0524587;REFB=-0.02752;REVB=-0.0230851;RO=36;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112371;STB=0.506325;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0291799;OID=.;OPOS=802379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:18:12:14:22:18:12:14:22 chr11 804212 . C A 788.99 PASS AF=0.531915;AO=75;DP=140;FAO=75;FDP=141;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=18;FSRR=48;FWDB=-0.00888972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.781;QD=22.3826;RBI=0.0199112;REFB=-0.0291324;REVB=0.0178165;RO=65;SAF=30;SAR=45;SRF=18;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111671;STB=0.56362;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0207074;OID=.;OPOS=804212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:65:66:75:75:0.531915:45:30:18:47:45:30:18:48 chr11 823809 . C G 1086.08 PASS AF=0.569061;AO=101;DP=179;FAO=103;FDP=181;FR=.;FRO=78;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0356292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6573;QD=24.0017;RBI=0.0405582;REFB=0.00397682;REVB=-0.0193786;RO=76;SAF=55;SAR=46;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973687;STB=0.556117;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00328366;OID=.;OPOS=823809;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:76:78:101:103:0.569061:46:55:32:44:46:57:33:45 chr11 823861 . C CG 42.56 PASS AF=0.148352;AO=39;DP=190;FAO=27;FDP=182;FR=.;FRO=155;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=76;FSRR=79;FWDB=-0.0123576;FXX=0.042103;HRUN=0;LEN=1;MLLD=94.2129;QD=0.935474;RBI=0.0783221;REFB=-0.00178888;REVB=-0.077341;RO=148;SAF=32;SAR=7;SRF=70;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46672;STB=0.867433;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.112684;OID=.;OPOS=823862;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148352:39:190:27:182:155:24:3:76:79:42:148:32:7:70:78 chr11 824789 . T C 41.21 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.001174;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.286;QD=9.69669;RBI=0.0774031;REFB=-0.0305204;REVB=-0.0773942;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383856;STB=0.521666;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0477619;OID=.;OPOS=824789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:17:17:10:11:6:6:0.352941:2:4:7:3:2:4:7:4 chr11 824963 . GCCCCCT GCCCCT,GCCCCTC 48.86 PASS AF=0.416667,0;AO=5,2;DP=22;FAO=10,0;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5,0;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0573883,-0.192063;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.1749,15.2258;QD=8.14371;RBI=0.073395,0.19398;REFB=-0.112919,-0.0595919;REVB=0.0457538,-0.0272052;RO=13;SAF=4,1;SAR=1,1;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.631092,0.412624;STB=0.66637,0.5;STBP=0.164,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.133564,0;OID=.,.;OPOS=824964,824968;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCT,GCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0:5,2:22:10,0:24:14:5,0:5,0:3:11:49:13:4,1:1,1:2:11 chr11 824987 . CTGCA C 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00797214;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=196.339;QD=5.19184;RBI=0.0225187;REFB=-0.0144934;REVB=-0.0210603;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309669;STB=0.726722;STBP=0.228;TYPE=del;VARB=0.0333064;OID=.;OPOS=824988;OREF=TGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212121:7:31:7:33:26:4:3:7:19:42:23:4:3:7:16 chr11 828916 . G A 1936.16 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.932;QD=60.9816;RBI=0.0365872;REFB=-0.0661854;REVB=0.0252998;RO=1;SAF=57;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826295;STB=0.504347;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000211464;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:127:1:1:125:126:0.992126:68:57:1:0:69:57:1:0 chr11 829539 . A G 4411.45 PASS AF=1;AO=279;DP=279;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.671;QD=63.2466;RBI=0.00727526;REFB=0;REVB=-0.00306699;RO=0;SAF=127;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28868e-06;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:279:279:0:0:279:279:1:152:127:0:0:152:127:0:0 chr11 830248 . A C 33.26 PASS AF=0.078125;AO=19;DP=190;FAO=15;FDP=192;FR=.;FRO=177;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=83;FSRR=94;FWDB=-0.0987659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.956;QD=0.692971;RBI=0.101935;REFB=-0.00293286;REVB=-0.0252186;RO=159;SAF=18;SAR=1;SRF=69;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.616087;STB=0.931445;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.150212;OID=.;OPOS=830248;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:190:192:159:177:19:15:0.078125:1:18:69:90:1:14:83:94 chr11 830487 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.937;QD=61.6828;RBI=0.157714;REFB=0;REVB=0.022815;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846329;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:31:10:0:0:31:10:0:0 chr11 830670 . G T 2706.55 PASS AF=1;AO=173;DP=175;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049265;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.143;QD=62.5792;RBI=0.0589817;REFB=0;REVB=0.0324315;RO=0;SAF=89;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58838e-05;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:173:0:0:173:173:1:84:89:0:0:84:89:0:0 chr11 831122 . C T 3163.18 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.339;QD=63.9027;RBI=0.0391907;REFB=0;REVB=0.0304867;RO=0;SAF=101;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86935e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002462;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:187:198:0:0:187:198:1:86:101:0:0:87:111:0:0 chr11 837582 . G A 2373.18 PASS AF=0.993671;AO=155;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0926068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.2349;QD=60.0805;RBI=0.0965024;REFB=-0.135003;REVB=0.0271422;RO=1;SAF=60;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498175;STB=0.502564;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00112767;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:155:157:0.993671:95:60:0:1:97:60:0:1 chr11 840477 . A G 659.08 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.424;QD=59.9164;RBI=0.0755197;REFB=-0.0448919;REVB=0.000712532;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156875;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:44:1:0:42:44:1:29:13:1:0:29:15:0:0 chr11 862652 . T C 1921.72 PASS AF=0.984375;AO=125;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0375418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4031;QD=60.0537;RBI=0.041268;REFB=-0.0151468;REVB=-0.0171366;RO=2;SAF=69;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135717;STB=0.507041;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000282762;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:2:2:125:126:0.984375:56:69:2:0:56:70:2:0 chr11 870446 . G A 725.79 PASS AF=0.484076;AO=76;DP=157;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.00186787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.524;QD=18.4914;RBI=0.00937583;REFB=-0.00399798;REVB=0.00918788;RO=79;SAF=36;SAR=40;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520285;STB=0.527977;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00352872;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:79:81:76:76:0.484076:40:36:33:46:40:36:34:47 chr11 900929 . C G 197.43 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0204606;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.634;QD=15.4848;RBI=0.0206019;REFB=-0.00965477;REVB=0.00240834;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411415;STB=0.523445;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0120119;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:12:17:12:10:12:17 chr11 903070 . G C 1658.95 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00540933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.624;QD=59.2482;RBI=0.0187203;REFB=0.0321392;REVB=0.0179217;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.504586;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00116423;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:110:111:0.991071:56:54:0:0:57:54:1:0 chr11 1010649 . C T 782.32 PASS AF=0.52;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.0269421;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4168;QD=20.8618;RBI=0.0275283;REFB=-0.00968311;REVB=-0.00565032;RO=72;SAF=45;SAR=33;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175605;STB=0.602721;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.008138;OID=.;OPOS=1010649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:72:72:78:78:0.52:33:45:27:45:33:45:26:46 chr11 1010694 . C T 500.99 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00293119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.855;QD=17.1277;RBI=0.00448684;REFB=-0.026968;REVB=0.00339704;RO=63;SAF=16;SAR=38;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277721;STB=0.655113;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0210738;OID=.;OPOS=1010694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:38:16:36:27:38:16:36:27 chr11 1011490 . G A 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.046611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7487;QD=8.8609;RBI=0.0627945;REFB=-0.00218639;REVB=0.0420781;RO=33;SAF=1;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.677484;STB=0.916003;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00927422;OID=.;OPOS=1011490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:12:1:21:12:12:1:21:12 chr11 1013987 . G A 545.17 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0236091;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8975;QD=21.1715;RBI=0.0238732;REFB=-0.0296266;REVB=0.00354125;RO=48;SAF=29;SAR=26;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122437;STB=0.50673;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0243759;OID=.;OPOS=1013987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:48:48:55:55:0.533981:26:29:26:22:26:29:26:22 chr11 1016594 . A G 89.01 PASS AF=0.241935;AO=16;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0218784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4224;QD=5.74272;RBI=0.124412;REFB=-0.0118369;REVB=-0.122473;RO=43;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371662;STB=0.530572;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.054418;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:43:47:16:15:0.241935:10:6:16:27:9:6:17:30 chr11 1016604 . ACT GGC 129.58 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0163482;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=3;MLLD=117.081;QD=7.00403;RBI=0.0533887;REFB=-0.0047522;REVB=-0.0508241;RO=54;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218204;STB=0.518499;STBP=0.891;TYPE=mnp;VARB=0.0118922;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:54:55:19:19:0.256757:12:7:19:35:12:7:19:36 chr11 1016614 . G T 400.48 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=53;FWDB=-0.05091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6104;QD=13.3493;RBI=0.07765;REFB=0.0174174;REVB=0.0586318;RO=73;SAF=12;SAR=35;SRF=20;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259087;STB=0.5147;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0283286;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:73:73:47:47:0.391667:35:12:20:53:35:12:20:53 chr11 1016618 . G C 462.54 PASS AF=0.381295;AO=53;DP=139;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=63;FWDB=0.00354907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.887;QD=13.3104;RBI=0.0136685;REFB=-0.0223682;REVB=-0.0131997;RO=85;SAF=15;SAR=38;SRF=23;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167947;STB=0.511993;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0335431;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:85:86:53:53:0.381295:38:15:23:62:38:15:23:63 chr11 1016630 . G A 85.6 PASS AF=0.111111;AO=22;DP=197;FAO=22;FDP=198;FR=.;FRO=176;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=131;FWDB=-0.00240417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.447;QD=1.72931;RBI=0.00244961;REFB=-0.005588;REVB=-0.00046962;RO=175;SAF=2;SAR=20;SRF=44;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323357;STB=0.756548;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0460747;OID=.;OPOS=1016630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:197:198:175:176:22:22:0.111111:20:2:44:131:20:2:45:131 chr11 1016655 . G A 32.04 PASS AF=0.0609756;AO=10;DP=241;FAO=15;FDP=246;FR=.;FRO=231;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=179;FWDB=-0.0208465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.554;QD=0.520908;RBI=0.0210718;REFB=-0.0047186;REVB=-0.00307325;RO=230;SAF=2;SAR=8;SRF=51;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283006;STB=0.535231;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.054814;OID=.;OPOS=1016655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:241:246:230:231:10:15:0.0609756:8:2:51:179:12:3:52:179 chr11 1016665 . C T 376.1 PASS AF=0.232283;AO=59;DP=252;FAO=59;FDP=254;FR=.;FRO=195;FSAF=8;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=145;FWDB=-0.0273906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.967;QD=5.92289;RBI=0.0411201;REFB=-0.0141204;REVB=-0.0306694;RO=188;SAF=8;SAR=51;SRF=48;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244684;STB=0.653497;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0490111;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:254:188:195:59:59:0.232283:51:8:48:140:51:8:50:145 chr11 1016704 . C A 174.5 PASS AF=0.141343;AO=38;DP=277;FAO=40;FDP=283;FR=.;FRO=243;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=77;FSRR=166;FWDB=-0.0199521;FXX=0.0070173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2657;QD=2.46647;RBI=0.0479326;REFB=-0.00788777;REVB=-0.0435827;RO=237;SAF=14;SAR=24;SRF=77;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614212;STB=0.53184;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0465707;OID=.;OPOS=1016704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:283:237:243:38:40:0.141343:24:14:77:160:26:14:77:166 chr11 1016713 . T C 252.87 PASS AF=0.167808;AO=48;DP=294;FAO=49;FDP=292;FR=.;FRO=243;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=77;FSRR=166;FWDB=0.0249739;FXX=0.00680249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.229;QD=3.46391;RBI=0.0253809;REFB=-0.00874277;REVB=-0.00452718;RO=241;SAF=23;SAR=25;SRF=76;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218774;STB=0.62937;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0329769;OID=.;OPOS=1016713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:292:241:243:48:49:0.167808:25:23:76:165:26:23:77:166 chr11 1016715 . T C 62.93 PASS AF=0.0821918;AO=25;DP=292;FAO=24;FDP=292;FR=.;FRO=268;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=95;FSRR=173;FWDB=0.0664631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6913;QD=0.862017;RBI=0.06807;REFB=-0.00457406;REVB=-0.0147035;RO=262;SAF=7;SAR=18;SRF=95;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109195;STB=0.56587;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.111795;OID=.;OPOS=1016715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:292:292:262:268:25:24:0.0821918:18:7:95:167:17:7:95:173 chr11 1016719 . T G 66.97 PASS AF=0.0838926;AO=20;DP=292;FAO=25;FDP=298;FR=.;FRO=273;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=97;FSRR=176;FWDB=-0.0253757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.537;QD=0.898965;RBI=0.026273;REFB=-0.00949796;REVB=-0.00680768;RO=270;SAF=7;SAR=13;SRF=95;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222531;STB=0.5795;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0828166;OID=.;OPOS=1016719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:292:298:270:273:20:25:0.0838926:13:7:95:175:18:7:97:176 chr11 1016722 . T G 162.58 PASS AF=0.13;AO=32;DP=293;FAO=39;FDP=300;FR=.;FRO=261;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=88;FSRR=173;FWDB=-0.0011939;FXX=0.0066223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.668;QD=2.16778;RBI=0.0142234;REFB=-0.0101695;REVB=-0.0141732;RO=254;SAF=20;SAR=12;SRF=82;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365587;STB=0.671442;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0537519;OID=.;OPOS=1016722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:300:254:261:32:39:0.13:12:20:82:172:18:21:88:173 chr11 1016724 . A G 487.37 PASS AF=0.244224;AO=74;DP=303;FAO=74;FDP=303;FR=.;FRO=229;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=80;FSRR=149;FWDB=-0.0238801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.207;QD=6.4339;RBI=0.0243726;REFB=-0.0135313;REVB=-0.00487459;RO=226;SAF=32;SAR=42;SRF=78;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11483;STB=0.565072;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0311639;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:226:229:74:74:0.244224:42:32:78:148:42:32:80:149 chr11 1016776 . C T 1290.13 PASS AF=0.44918;AO=136;DP=317;FAO=137;FDP=305;FR=.;FRO=168;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=73;FSRR=95;FWDB=-0.00753287;FXX=0.0468735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.181;QD=16.9198;RBI=0.0291818;REFB=-0.0332639;REVB=-0.0281928;RO=165;SAF=58;SAR=78;SRF=71;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387805;STB=0.506285;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.041901;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:305:165:168:136:137:0.44918:78:58:71:94:79:58:73:95 chr11 1016779 . G A 146.44 PASS AF=0.121118;AO=35;DP=315;FAO=39;FDP=322;FR=.;FRO=283;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=130;FSRR=153;FWDB=-0.0104826;FXX=0.00309588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.094;QD=1.81911;RBI=0.01527;REFB=-0.00305066;REVB=-0.0111035;RO=280;SAF=8;SAR=27;SRF=130;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308412;STB=0.743866;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0609075;OID=.;OPOS=1016779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:322:280:283:35:39:0.121118:27:8:130:150:31:8:130:153 chr11 1016789 . T A 259.8 PASS AF=0.160606;AO=53;DP=330;FAO=53;FDP=330;FR=.;FRO=277;FSAF=8;FSAR=45;FSRF=136;FSRR=141;FWDB=-0.0532292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8331;QD=3.14906;RBI=0.0545701;REFB=-0.00771789;REVB=-0.0120228;RO=272;SAF=8;SAR=45;SRF=132;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469532;STB=0.813125;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0622634;OID=.;OPOS=1016789;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:272:277:53:53:0.160606:45:8:132:140:45:8:136:141 chr11 1016795 . C G 64.54 PASS AF=0.0769231;AO=26;DP=324;FAO=25;FDP=325;FR=.;FRO=300;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=137;FSRR=163;FWDB=-0.0322553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.612;QD=0.794349;RBI=0.101929;REFB=-0.00952163;REVB=-0.0966911;RO=292;SAF=14;SAR=12;SRF=135;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879311;STB=0.594507;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0973321;OID=.;OPOS=1016795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:324:325:292:300:26:25:0.0769231:12:14:135:157:11:14:137:163 chr11 1016800 . GG AC,AG 347.86 PASS AF=0.038835,0.171521;AO=12,52;DP=310;FAO=12,53;FDP=309;FR=.;FRO=244;FSAF=1,8;FSAR=11,45;FSRF=143;FSRR=101;FWDB=-0.00832059,-0.015417;FXX=0.0032257;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=169.278,155.889;QD=4.50301;RBI=0.0148673,0.0346517;REFB=-0.0113266,-0.0140081;REVB=-0.0123209,-0.0310332;RO=241;SAF=1,8;SAR=11,44;SRF=142;SRR=99;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.45505,-0.555926;STB=0.933318,0.85319;STBP=0.005,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0403357,0.0871488;OID=.,.;OPOS=1016800,1016800;OREF=GG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:310:309:241:244:12,52:12,53:0.038835,0.171521:11,44:1,8:142:99:11,45:1,8:143:101 chr11 1016802 . T A 288.66 PASS AF=0.179739;AO=55;DP=306;FAO=55;FDP=306;FR=.;FRO=251;FSAF=8;FSAR=47;FSRF=143;FSRR=108;FWDB=-0.0325547;FXX=0.00325722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5039;QD=3.7733;RBI=0.0377262;REFB=-0.0270904;REVB=-0.0190647;RO=251;SAF=8;SAR=47;SRF=143;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553048;STB=0.851136;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.11552;OID=.;OPOS=1016802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:251:251:55:55:0.179739:47:8:143:108:47:8:143:108 chr11 1016810 . G T 398.8 PASS AF=0.209231;AO=67;DP=322;FAO=68;FDP=325;FR=.;FRO=257;FSAF=9;FSAR=59;FSRF=142;FSRR=115;FWDB=-0.0229455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.473;QD=4.90833;RBI=0.0312841;REFB=-0.0181274;REVB=-0.021265;RO=242;SAF=9;SAR=58;SRF=142;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588019;STB=0.850393;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0618118;OID=.;OPOS=1016810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:325:242:257:67:68:0.209231:58:9:142:100:59:9:142:115 chr11 1016819 . G T 137.4 PASS AF=0.0884956;AO=50;DP=565;FAO=50;FDP=565;FR=.;FRO=515;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=135;FSRR=380;FWDB=-0.0194269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.04;QD=0.97276;RBI=0.0829927;REFB=-0.0087359;REVB=-0.0806869;RO=514;SAF=17;SAR=33;SRF=134;SRR=380;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114138;STB=0.583254;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.094484;OID=.;OPOS=1016819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:565:565:514:515:50:50:0.0884956:33:17:134:380:33:17:135:380 chr11 1016825 . G A 185.53 PASS AF=0.0970266;AO=61;DP=637;FAO=62;FDP=639;FR=.;FRO=577;FSAF=13;FSAR=49;FSRF=145;FSRR=432;FWDB=-0.0105614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3305;QD=1.16134;RBI=0.0332082;REFB=-0.00534106;REVB=-0.031484;RO=576;SAF=13;SAR=48;SRF=144;SRR=432;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622422;STB=0.55318;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0760145;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:637:639:576:577:61:62:0.0970266:48:13:144:432:49:13:145:432 chr11 1016834 . G A 751.41 PASS AF=0.195652;AO=135;DP=693;FAO=135;FDP=690;FR=.;FRO=555;FSAF=40;FSAR=95;FSRF=126;FSRR=429;FWDB=0.0354615;FXX=0.00432894;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5083;QD=4.35599;RBI=0.0540443;REFB=-0.0142992;REVB=0.0407832;RO=535;SAF=40;SAR=95;SRF=124;SRR=411;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106959;STB=0.570641;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0813405;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:693:690:535:555:135:135:0.195652:95:40:124:411:95:40:126:429 chr11 1016842 . T G 131.23 PASS AF=0.0777778;AO=56;DP=717;FAO=56;FDP=720;FR=.;FRO=664;FSAF=11;FSAR=45;FSRF=161;FSRR=503;FWDB=-0.00805881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9464;QD=0.729077;RBI=0.0607717;REFB=-0.00119003;REVB=-0.060235;RO=661;SAF=11;SAR=45;SRF=159;SRR=502;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731156;STB=0.56215;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.013324;OID=.;OPOS=1016842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:717:720:661:664:56:56:0.0777778:45:11:159:502:45:11:161:503 chr11 1016869 . AG CA,TG 2845.05 PASS AF=0.0837696,0.429319;AO=48,246;DP=581;FAO=48,246;FDP=573;FR=.;FRO=279;FSAF=9,79;FSAR=39,167;FSRF=76;FSRR=203;FWDB=-0.00844851,0.0126433;FXX=0.0171524;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=159.784,113.446;QD=19.8607;RBI=0.0169622,0.025094;REFB=-0.0159049,-0.0245207;REVB=-0.0147084,-0.0216761;RO=271;SAF=9,79;SAR=39,167;SRF=74;SRR=197;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.153673,0.0538227;STB=0.603448,0.530343;STBP=0.161,0.236;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0457076,0.0265742;OID=.,.;OPOS=1016869,1016869;OREF=AG,A;OALT=CA,T;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:581:573:271:279:48,246:48,246:0.0837696,0.429319:39,167:9,79:74:197:39,167:9,79:76:203 chr11 1016889 . GG AA,GA 1184.24 PASS AF=0.0721393,0.303483;AO=29,117;DP=370;FAO=29,122;FDP=402;FR=.;FRO=251;FSAF=8,30;FSAR=21,92;FSRF=114;FSRR=137;FWDB=-0.00947245,-0.018967;FXX=0.00985197;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=155.998,210.876;QD=11.7835;RBI=0.0200232,0.0321389;REFB=-0.0170892,-0.025416;REVB=-0.0176409,-0.0259454;RO=219;SAF=8,30;SAR=21,87;SRF=110;SRR=109;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.286795,-0.304512;STB=0.669507,0.658487;STBP=0.056,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0418843,0.0430549;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:370:402:219:251:29,117:29,122:0.0721393,0.303483:21,87:8,30:110:109:21,92:8,30:114:137 chr11 1016894 . G A 530.44 PASS AF=0.228495;AO=86;DP=374;FAO=85;FDP=372;FR=.;FRO=287;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=106;FSRR=181;FWDB=0.0070823;FXX=0.00799979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.38;QD=5.70367;RBI=0.0119323;REFB=-0.0124757;REVB=-0.00960318;RO=286;SAF=46;SAR=40;SRF=106;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208378;STB=0.639008;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.089541;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:372:286:287:86:85:0.228495:40:46:106:180:38:47:106:181 chr11 1016910 . G A 93.75 PASS AF=0.110619;AO=25;DP=226;FAO=25;FDP=226;FR=.;FRO=201;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=112;FSRR=89;FWDB=0.0114962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.316;QD=1.65928;RBI=0.0115881;REFB=-0.00771831;REVB=-0.00145642;RO=199;SAF=22;SAR=3;SRF=110;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450609;STB=0.833995;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0457033;OID=.;OPOS=1016910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:226:226:199:201:25:25:0.110619:3:22:110:89:3:22:112:89 chr11 1016914 . G T 562.41 PASS AF=0.347594;AO=49;DP=197;FAO=65;FDP=187;FR=.,HEALED;FRO=114;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=97;FSRR=17;FWDB=0.0179002;FXX=0.0507588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4245;QD=12.0302;RBI=0.0437593;REFB=-0.0559422;REVB=-0.0399307;RO=94;SAF=27;SAR=22;SRF=93;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56979;STB=0.746852;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0692326;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:187:94:114:49:65:0.347594:22:27:93:1:36:29:97:17 chr11 1016918 . C T 72.42 PASS AF=0.0981308;AO=21;DP=211;FAO=21;FDP=214;FR=.;FRO=193;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=117;FSRR=76;FWDB=-0.0474853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.937;QD=1.35362;RBI=0.0792313;REFB=-0.00401067;REVB=-0.0634251;RO=189;SAF=16;SAR=5;SRF=113;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219011;STB=0.660722;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0429822;OID=.;OPOS=1016918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:211:214:189:193:21:21:0.0981308:5:16:113:76:5:16:117:76 chr11 1016919 . C T 59.5 PASS AF=0.0883721;AO=19;DP=215;FAO=19;FDP=215;FR=.;FRO=196;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=116;FSRR=80;FWDB=-0.0283765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7092;QD=1.10702;RBI=0.0619781;REFB=-0.00514608;REVB=-0.0551005;RO=195;SAF=16;SAR=3;SRF=115;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334798;STB=0.769982;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.063522;OID=.;OPOS=1016919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:215:215:195:196:19:19:0.0883721:3:16:115:80:3:16:116:80 chr11 1016928 . C G 1760.65 PASS AF=0.725389;AO=140;DP=193;FAO=140;FDP=193;FR=.;FRO=53;FSAF=88;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00750936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.44;QD=36.4902;RBI=0.0309228;REFB=-0.0217521;REVB=0.0299971;RO=51;SAF=88;SAR=52;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110643;STB=0.507264;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00715676;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:51:53:140:140:0.725389:52:88:31:20:52:88:32:21 chr11 1016933 . C T 379.81 PASS AF=0.27957;AO=52;DP=191;FAO=52;FDP=186;FR=.;FRO=134;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=88;FSRR=46;FWDB=-0.0167254;FXX=0.0261766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.633;QD=8.16807;RBI=0.0204471;REFB=-0.0175807;REVB=-0.0117621;RO=134;SAF=26;SAR=26;SRF=88;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193123;STB=0.612862;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0475176;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:186:134:134:52:52:0.27957:26:26:88:46:26:26:88:46 chr11 1016957 . T G 107.13 PASS AF=0.146667;AO=22;DP=159;FAO=22;FDP=150;FR=.;FRO=128;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=82;FSRR=46;FWDB=-0.0296159;FXX=0.0566002;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.754;QD=2.85695;RBI=0.038124;REFB=-0.0126918;REVB=-0.0240071;RO=125;SAF=8;SAR=14;SRF=79;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330864;STB=0.723953;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0400441;OID=.;OPOS=1016957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:150:125:128:22:22:0.146667:14:8:79:46:14:8:82:46 chr11 1016959 . T C 111.94 PASS AF=0.147436;AO=23;DP=158;FAO=23;FDP=156;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=86;FSRR=47;FWDB=-0.00810166;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.061;QD=2.87021;RBI=0.0107373;REFB=-0.000232439;REVB=0.00704647;RO=133;SAF=7;SAR=16;SRF=86;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414982;STB=0.771173;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00155402;OID=.;OPOS=1016959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:133:133:23:23:0.147436:16:7:86:47:16:7:86:47 chr11 1016960 . G T 31.02 PASS AF=0.0709677;AO=11;DP=154;FAO=11;FDP=155;FR=.;FRO=144;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=84;FSRR=60;FWDB=-0.0090371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2737;QD=0.800577;RBI=0.0105566;REFB=-0.000370733;REVB=0.00545647;RO=143;SAF=9;SAR=2;SRF=83;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283107;STB=0.749501;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00999039;OID=.;OPOS=1016960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:154:155:143:144:11:11:0.0709677:2:9:83:60:2:9:84:60 chr11 1016963 . G T 69.05 PASS AF=0.111111;AO=17;DP=153;FAO=17;FDP=153;FR=.;FRO=136;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=84;FSRR=52;FWDB=-0.00891427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.217;QD=1.80526;RBI=0.0138988;REFB=-0.00209128;REVB=-0.0106637;RO=125;SAF=7;SAR=10;SRF=81;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287743;STB=0.676889;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0142347;OID=.;OPOS=1016963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:153:153:125:136:17:17:0.111111:10:7:81:44:10:7:84:52 chr11 1016968 . T G 35.88 PASS AF=0.0769231;AO=12;DP=157;FAO=12;FDP=156;FR=.;FRO=144;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=87;FSRR=57;FWDB=-0.0596943;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.886;QD=0.919988;RBI=0.0628038;REFB=-0.00233441;REVB=-0.0195168;RO=138;SAF=4;SAR=8;SRF=87;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32571;STB=0.736479;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0565985;OID=.;OPOS=1016968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:157:156:138:144:12:12:0.0769231:8:4:87:51:8:4:87:57 chr11 1017023 . G A 99.72 PASS AF=0.0983607;AO=30;DP=305;FAO=30;FDP=305;FR=.;FRO=275;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=213;FWDB=-0.0140196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.781;QD=1.30786;RBI=0.0527511;REFB=-0.0104327;REVB=-0.050854;RO=275;SAF=9;SAR=21;SRF=62;SRR=213;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11834;STB=0.585436;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0818691;OID=.;OPOS=1017023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:275:275:30:30:0.0983607:21:9:62:213:21:9:62:213 chr11 1017029 . T G 1720.6 PASS AF=0.536977;AO=166;DP=311;FAO=167;FDP=311;FR=.;FRO=144;FSAF=36;FSAR=131;FSRF=34;FSRR=110;FWDB=-0.00423143;FXX=0.00320503;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1765;QD=22.1299;RBI=0.0754314;REFB=-0.0350545;REVB=-0.0753126;RO=144;SAF=35;SAR=131;SRF=34;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316663;STB=0.513839;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0344778;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:144:144:166:167:0.536977:131:35:34:110:131:36:34:110 chr11 1017036 . G A 114.39 PASS AF=0.106796;AO=33;DP=314;FAO=33;FDP=309;FR=.,HEALED;FRO=276;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=219;FWDB=0.0431758;FXX=0.00961508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.286;QD=1.48083;RBI=0.0491229;REFB=-0.0123023;REVB=-0.0234289;RO=223;SAF=9;SAR=24;SRF=57;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279107;STB=0.579908;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0740255;OID=.;OPOS=1017036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:309:223:276:33:33:0.106796:24:9:57:166:24:9:57:219 chr11 1017041 . GT TG 132.86 PASS AF=0.112853;AO=36;DP=320;FAO=36;FDP=319;FR=.;FRO=283;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=229;FWDB=-0.01786;FXX=0.0031249;HRUN=2;LEN=2;MLLD=135.514;QD=1.66589;RBI=0.0529258;REFB=-0.00670279;REVB=-0.0498213;RO=279;SAF=10;SAR=26;SRF=50;SRR=229;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177396;STB=0.605075;STBP=0.298;TYPE=mnp;VARB=0.103818;OID=.;OPOS=1017041;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:319:279:283:36:36:0.112853:26:10:50:229:26:10:54:229 chr11 1017045 . G T 145.63 PASS AF=0.118012;AO=38;DP=322;FAO=38;FDP=322;FR=.;FRO=284;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=234;FWDB=-0.0015454;FXX=0.00309588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.043;QD=1.809;RBI=0.0610232;REFB=-0.00543692;REVB=-0.0610036;RO=281;SAF=12;SAR=26;SRF=50;SRR=231;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236404;STB=0.659273;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0449586;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:281:284:38:38:0.118012:26:12:50:231:26:12:50:234 chr11 1017069 . G A 602.79 PASS AF=0.251381;AO=90;DP=361;FAO=91;FDP=362;FR=.;FRO=271;FSAF=22;FSAR=69;FSRF=59;FSRR=212;FWDB=0.00502085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2132;QD=6.66068;RBI=0.0100227;REFB=-0.00332588;REVB=0.00867446;RO=268;SAF=22;SAR=68;SRF=58;SRR=210;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494153;STB=0.525184;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00724279;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:362:268:271:90:91:0.251381:68:22:58:210:69:22:59:212 chr11 1017084 . G A 566.3 PASS AF=0.245014;AO=85;DP=334;FAO=86;FDP=351;FR=.;FRO=265;FSAF=16;FSAR=70;FSRF=63;FSRR=202;FWDB=0.00219266;FXX=0.00847434;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.596;QD=6.45356;RBI=0.0256101;REFB=-0.0181308;REVB=-0.0255161;RO=246;SAF=16;SAR=69;SRF=63;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124564;STB=0.559588;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0514084;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:351:246:265:85:86:0.245014:69:16:63:183:70:16:63:202 chr11 1017110 . C T 425.63 PASS AF=0.204611;AO=74;DP=346;FAO=71;FDP=347;FR=.;FRO=276;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=226;FWDB=-0.011217;FXX=0.0334253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.305;QD=4.90634;RBI=0.0207089;REFB=-0.0181203;REVB=-0.017408;RO=267;SAF=29;SAR=45;SRF=47;SRR=220;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327246;STB=0.673188;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0826873;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:347:267:276:74:71:0.204611:45:29:47:220:45:26:50:226 chr11 1017112 . GT CC,GC 1226.63 PASS AF=0.20122,0.231707;AO=68,88;DP=348;FAO=66,76;FDP=328;FR=.;FRO=186;FSAF=25,20;FSAR=41,56;FSRF=25;FSRR=161;FWDB=-0.00361964,-0.00712955;FXX=0.0574696;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=136.119,113.403;QD=14.9589;RBI=0.0144366,0.0111996;REFB=-0.0210294,-0.027011;REVB=0.0139755,0.00863712;RO=177;SAF=27,19;SAR=41,69;SRF=25;SRR=152;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.369958,0.142189;STB=0.71122,0.632624;STBP=0.005,0.035;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0341191,0.0264147;OID=.,.;OPOS=1017112,1017113;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:348:328:177:186:68,88:66,76:0.20122,0.231707:41,69:27,19:25:152:41,56:25,20:25:161 chr11 1017135 . G A 251.62 PASS AF=0.143223;AO=56;DP=391;FAO=56;FDP=391;FR=.;FRO=335;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=271;FWDB=0.0626925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.347;QD=2.57406;RBI=0.0652071;REFB=-0.00255339;REVB=-0.0179339;RO=331;SAF=14;SAR=42;SRF=64;SRR=267;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106108;STB=0.572188;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0231953;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:391:331:335:56:56:0.143223:42:14:64:267:42:14:64:271 chr11 1017154 . T G 219.91 PASS AF=0.133333;AO=51;DP=390;FAO=52;FDP=390;FR=.;FRO=338;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=275;FWDB=-0.0182606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.001;QD=2.25546;RBI=0.0344399;REFB=-0.00386702;REVB=-0.0292003;RO=333;SAF=16;SAR=35;SRF=62;SRR=271;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21883;STB=0.636273;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0532691;OID=.;OPOS=1017154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:390:333:338:51:52:0.133333:35:16:62:271:36:16:63:275 chr11 1017158 . G T 192.04 PASS AF=0.124675;AO=48;DP=383;FAO=48;FDP=385;FR=.;FRO=337;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=64;FSRR=273;FWDB=-0.0178702;FXX=0.00259061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4144;QD=1.99522;RBI=0.0312359;REFB=-0.00333071;REVB=0.0256191;RO=335;SAF=16;SAR=32;SRF=64;SRR=271;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235494;STB=0.655861;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0257022;OID=.;OPOS=1017158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:385:335:337:48:48:0.124675:32:16:64:271:32:16:64:273 chr11 1017161 . C T 131.24 PASS AF=0.103175;AO=38;DP=378;FAO=39;FDP=378;FR=.;FRO=339;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=66;FSRR=273;FWDB=-0.060523;FXX=0.00526302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.73;QD=1.38875;RBI=0.0722648;REFB=-0.00512142;REVB=-0.0394862;RO=330;SAF=12;SAR=26;SRF=65;SRR=265;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195252;STB=0.654202;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0587846;OID=.;OPOS=1017161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:378:330:339:38:39:0.103175:26:12:65:265:26:13:66:273 chr11 1017169 . G A 69.24 PASS AF=0.0773639;AO=27;DP=346;FAO=27;FDP=349;FR=.;FRO=322;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=65;FSRR=257;FWDB=0.0851432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7223;QD=0.793614;RBI=0.0856172;REFB=-0.00372161;REVB=0.00899724;RO=303;SAF=9;SAR=18;SRF=64;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184113;STB=0.650026;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0487704;OID=.;OPOS=1017169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:346:349:303:322:27:27:0.0773639:18:9:64:239:18:9:65:257 chr11 1017173 . G A 1358.07 PASS AF=0.430267;AO=145;DP=340;FAO=145;FDP=337;FR=.;FRO=192;FSAF=36;FSAR=109;FSRF=38;FSRR=154;FWDB=0.00467571;FXX=0.0117299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.513;QD=16.1195;RBI=0.00472091;REFB=-0.0329474;REVB=0.000651701;RO=190;SAF=36;SAR=109;SRF=38;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068867;STB=0.539974;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0455467;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:337:190:192:145:145:0.430267:109:36:38:152:109:36:38:154 chr11 1017183 . G T 189.34 PASS AF=0.135385;AO=44;DP=328;FAO=44;FDP=325;FR=.;FRO=281;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=218;FWDB=0.0175497;FXX=0.00914606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5685;QD=2.33038;RBI=0.0405694;REFB=-0.00265271;REVB=-0.0365771;RO=281;SAF=12;SAR=32;SRF=63;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833406;STB=0.555532;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0225753;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:325:281:281:44:44:0.135385:32:12:63:218:32:12:63:218 chr11 1017186 . A G 59.77 PASS AF=0.0747664;AO=23;DP=316;FAO=24;FDP=321;FR=.;FRO=297;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=63;FSRR=234;FWDB=-0.0429917;FXX=0.00310549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0514;QD=0.744843;RBI=0.0837719;REFB=-0.012462;REVB=-0.0718988;RO=289;SAF=10;SAR=13;SRF=60;SRR=229;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304483;STB=0.738368;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0698698;OID=.;OPOS=1017186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:316:321:289:297:23:24:0.0747664:13:10:60:229:13:11:63:234 chr11 1017220 . T C 1502.73 PASS AF=0.572;AO=143;DP=250;FAO=143;FDP=250;FR=.;FRO=107;FSAF=34;FSAR=109;FSRF=24;FSRR=83;FWDB=0.0415449;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.831;QD=24.0437;RBI=0.0425826;REFB=-0.0549737;REVB=0.00934321;RO=103;SAF=34;SAR=109;SRF=21;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369245;STB=0.508014;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0926791;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:103:107:143:143:0.572:109:34:21:82:109:34:24:83 chr11 1017231 . A G 1487.58 PASS AF=0.605381;AO=91;DP=240;FAO=135;FDP=223;FR=.,HEALED;FRO=87;FSAF=32;FSAR=103;FSRF=18;FSRR=69;FWDB=0.0110462;FXX=0.0132737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.567;QD=26.683;RBI=0.0149748;REFB=-0.0431719;REVB=0.0101106;RO=94;SAF=31;SAR=60;SRF=21;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126435;STB=0.516611;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0467319;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:223:94:87:91:135:0.605381:60:31:21:73:103:32:18:69 chr11 1017239 . CG TA 1480.58 PASS AF=0.538793;AO=124;DP=234;FAO=125;FDP=232;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=30;FSAR=95;FSRF=24;FSRR=69;FWDB=0.00507248;FXX=0.00854664;HRUN=2;LEN=2;MLLD=174.211;QD=25.5272;RBI=0.00622828;REFB=-0.0341203;REVB=-0.00361407;RO=93;SAF=30;SAR=94;SRF=24;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171703;STB=0.510446;STBP=0.784;TYPE=mnp;VARB=0.0171713;OID=.;OPOS=1017239;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:232:93:93:124:125:0.538793:94:30:24:69:95:30:24:69 chr11 1017280 . G T 108.49 PASS AF=0.122172;AO=26;DP=216;FAO=27;FDP=221;FR=.;FRO=194;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=142;FWDB=-0.0214266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.323;QD=1.96359;RBI=0.0446398;REFB=-0.00666414;REVB=-0.0391613;RO=183;SAF=5;SAR=21;SRF=51;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147466;STB=0.604543;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.081982;OID=.;OPOS=1017280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:221:183:194:26:27:0.122172:21:5:51:132:22:5:52:142 chr11 1017294 . A T 133.73 PASS AF=0.133047;AO=31;DP=233;FAO=31;FDP=233;FR=.;FRO=202;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=143;FWDB=-0.0406135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.277;QD=2.29578;RBI=0.0581661;REFB=-0.0116268;REVB=-0.0416395;RO=200;SAF=5;SAR=26;SRF=58;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227006;STB=0.663092;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.07446;OID=.;OPOS=1017294;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:200:202:31:31:0.133047:26:5:58:142:26:5:59:143 chr11 1017302 . G C 695.28 PASS AF=0.367257;AO=83;DP=226;FAO=83;FDP=226;FR=.;FRO=143;FSAF=15;FSAR=68;FSRF=51;FSRR=92;FWDB=0.01168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9089;QD=12.3058;RBI=0.0531059;REFB=-0.0306115;REVB=0.0518055;RO=142;SAF=15;SAR=68;SRF=50;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257612;STB=0.651527;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0581327;OID=.;OPOS=1017302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:142:143:83:83:0.367257:68:15:50:92:68:15:51:92 chr11 1017307 . G A 41.23 PASS AF=0.0432692;AO=9;DP=211;FAO=9;FDP=208;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=191;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=128;FWDB=-0.0480591;FXX=0.0142173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.243;QD=0.792841;RBI=0.109944;REFB=-0.0137066;REVB=-0.0988843;RO=142;SAF=2;SAR=7;SRF=57;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199275;STB=0.627278;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.132519;OID=.;OPOS=1017307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:211:208:142:191:9:9:0.0432692:7:2:57:85:7:2:63:128 chr11 1017317 . G T 857.11 PASS AF=0.439815;AO=93;DP=214;FAO=95;FDP=216;FR=.;FRO=121;FSAF=20;FSAR=75;FSRF=49;FSRR=72;FWDB=-0.0189124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.004;QD=15.8724;RBI=0.023813;REFB=-0.0505832;REVB=0.0144701;RO=103;SAF=20;SAR=73;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295613;STB=0.637676;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0370197;OID=.;OPOS=1017317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:103:121:93:95:0.439815:73:20:49:54:75:20:49:72 chr11 1017325 . A C 300.86 PASS AF=0.205761;AO=50;DP=241;FAO=50;FDP=243;FR=.;FRO=193;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=141;FWDB=0.00964518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0711;QD=4.95248;RBI=0.0179324;REFB=-0.0191004;REVB=-0.0151175;RO=188;SAF=22;SAR=28;SRF=49;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247155;STB=0.642091;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0762301;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:243:188:193:50:50:0.205761:28:22:49:139:28:22:52:141 chr11 1017337 . TC CA 720.6 PASS AF=0.338346;AO=90;DP=272;FAO=90;FDP=266;FR=.;FRO=176;FSAF=20;FSAR=70;FSRF=57;FSRR=119;FWDB=-0.00452998;FXX=0.0256401;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.378;QD=10.8361;RBI=0.00856242;REFB=-0.0125909;REVB=-0.00726597;RO=171;SAF=20;SAR=70;SRF=55;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148171;STB=0.587765;STBP=0.063;TYPE=mnp;VARB=0.0374419;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:266:171:176:90:90:0.338346:70:20:55:116:70:20:57:119 chr11 1017381 . G C 197.18 PASS AF=0.173516;AO=38;DP=219;FAO=38;FDP=219;FR=.;FRO=181;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=68;FSRR=113;FWDB=0.00757295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.951;QD=3.60143;RBI=0.0158919;REFB=-0.000970734;REVB=0.0139715;RO=179;SAF=9;SAR=29;SRF=68;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213638;STB=0.635924;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0116142;OID=.;OPOS=1017381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:179:181:38:38:0.173516:29:9:68:111:29:9:68:113 chr11 1017384 . G C 619.06 PASS AF=0.356808;AO=74;DP=213;FAO=76;FDP=213;FR=.;FRO=137;FSAF=18;FSAR=58;FSRF=59;FSRR=78;FWDB=0.00334934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.805;QD=11.6255;RBI=0.00608153;REFB=-0.0170858;REVB=-0.00507611;RO=136;SAF=18;SAR=56;SRF=59;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248545;STB=0.645894;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0265963;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:136:137:74:76:0.356808:56:18:59:77:58:18:59:78 chr11 1017397 . G A 39.04 PASS AF=0.0780142;AO=10;DP=143;FAO=11;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=130;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=72;FSRR=58;FWDB=-0.0250022;FXX=0.013985;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.818;QD=1.10755;RBI=0.0767238;REFB=-0.0066576;REVB=-0.0725357;RO=96;SAF=1;SAR=9;SRF=65;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.605813;STB=0.914056;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0996389;OID=.;OPOS=1017397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:143:141:96:130:10:11:0.0780142:9:1:65:31:10:1:72:58 chr11 1017421 . G T 506.18 PASS AF=0.379562;AO=40;DP=141;FAO=52;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=61;FSRR=14;FWDB=0.0497726;FXX=0.0283668;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.7827;QD=14.7789;RBI=0.0646077;REFB=-0.0525257;REVB=-0.0411928;RO=62;SAF=21;SAR=19;SRF=58;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467377;STB=0.719996;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0485811;OID=.;OPOS=1017421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:137:62:75:40:52:0.379562:19:21:58:4:30:22:61:14 chr11 1017440 . C T 448.0 PASS AF=0.260163;AO=64;DP=246;FAO=64;FDP=246;FR=.;FRO=182;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=76;FSRR=106;FWDB=-0.000730351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.178;QD=7.28452;RBI=0.0377964;REFB=-0.0177573;REVB=-0.0377894;RO=181;SAF=19;SAR=45;SRF=75;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160412;STB=0.598372;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.044662;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:181:182:64:64:0.260163:45:19:75:106:45:19:76:106 chr11 1017443 . C G 615.53 PASS AF=0.340807;AO=74;DP=237;FAO=76;FDP=223;FR=.;FRO=147;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=63;FSRR=84;FWDB=-0.00560808;FXX=0.0669428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.287;QD=11.041;RBI=0.0201201;REFB=-0.0166768;REVB=-0.0193228;RO=141;SAF=25;SAR=49;SRF=58;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908066;STB=0.570755;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0463591;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:223:141:147:74:76:0.340807:49:25:58:83:51:25:63:84 chr11 1017464 . T C 74.84 PASS AF=0.102439;AO=21;DP=222;FAO=21;FDP=205;FR=.;FRO=184;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=113;FWDB=0.0119522;FXX=0.0765731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4964;QD=1.46031;RBI=0.0406304;REFB=-0.00183258;REVB=-0.0388326;RO=190;SAF=12;SAR=9;SRF=70;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243258;STB=0.661999;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0181071;OID=.;OPOS=1017464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:222:205:190:184:21:21:0.102439:9:12:70:120:9:12:71:113 chr11 1017466 . T C 32.83 PASS AF=0.0645161;AO=11;DP=221;FAO=14;FDP=217;FR=.;FRO=203;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=77;FSRR=126;FWDB=0.0082783;FXX=0.0225215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.41;QD=0.605181;RBI=0.00924251;REFB=-0.00146703;REVB=-0.00411019;RO=197;SAF=0;SAR=11;SRF=73;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452001;STB=0.77406;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0189284;OID=.;OPOS=1017466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:221:217:197:203:11:14:0.0645161:11:0:73:124:12:2:77:126 chr11 1017470 . G T 47.02 PASS AF=0.0769231;AO=10;DP=221;FAO=17;FDP=221;FR=.;FRO=204;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=75;FSRR=129;FWDB=0.000661267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.893;QD=0.851033;RBI=0.0157375;REFB=-0.00361094;REVB=-0.0157236;RO=187;SAF=2;SAR=8;SRF=74;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207665;STB=0.799999;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0342241;OID=.;OPOS=1017470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:221:221:187:204:10:17:0.0769231:8:2:74:113:15:2:75:129 chr11 1017483 . T G 41.18 PASS AF=0.0840708;AO=15;DP=223;FAO=19;FDP=226;FR=.;FRO=207;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=72;FSRR=135;FWDB=-0.00345358;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.639;QD=0.728925;RBI=0.0237764;REFB=-0.00571544;REVB=-0.0235243;RO=206;SAF=1;SAR=14;SRF=72;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391519;STB=0.804989;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0866557;OID=.;OPOS=1017483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:223:226:206:207:15:19:0.0840708:14:1:72:134:17:2:72:135 chr11 1017498 . C G 42.64 PASS AF=0.0681818;AO=19;DP=266;FAO=18;FDP=264;FR=.;FRO=246;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=189;FWDB=-0.0208332;FXX=0.00751851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.761;QD=0.645997;RBI=0.078259;REFB=-0.00472657;REVB=-0.075435;RO=239;SAF=12;SAR=7;SRF=57;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444084;STB=0.849414;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0530829;OID=.;OPOS=1017498;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:266:264:239:246:19:18:0.0681818:7:12:57:182:6:12:57:189 chr11 1017552 . T C 176.2 PASS AF=0.127219;AO=43;DP=338;FAO=43;FDP=338;FR=.;FRO=295;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=74;FSRR=221;FWDB=0.00960358;FXX=0.00588218;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.151;QD=2.0852;RBI=0.0122446;REFB=-0.00401209;REVB=-0.0075962;RO=293;SAF=11;SAR=32;SRF=74;SRR=219;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544865;STB=0.505722;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0357384;OID=.;OPOS=1017552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:293:295:43:43:0.127219:32:11:74:219:32:11:74:221 chr11 1017556 . G A 42.75 PASS AF=0.0630631;AO=21;DP=329;FAO=21;FDP=333;FR=.;FRO=312;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=84;FSRR=228;FWDB=-8.44503e-05;FXX=0.00299392;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8682;QD=0.513479;RBI=0.0175033;REFB=-0.000767732;REVB=0.0175031;RO=308;SAF=2;SAR=19;SRF=85;SRR=223;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281267;STB=0.767536;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.012282;OID=.;OPOS=1017556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:329:333:308:312:21:21:0.0630631:19:2:85:223:19:2:84:228 chr11 1017566 . G A 65.17 PASS AF=0.0822785;AO=25;DP=315;FAO=26;FDP=316;FR=.;FRO=290;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=86;FSRR=204;FWDB=-0.00992086;FXX=0.00315447;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2069;QD=0.824928;RBI=0.0206579;REFB=-0.00355188;REVB=0.0181197;RO=286;SAF=7;SAR=18;SRF=87;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334419;STB=0.530925;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0587756;OID=.;OPOS=1017566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:315:316:286:290:25:26:0.0822785:18:7:87:199:19:7:86:204 chr11 1017575 . C T 61.15 PASS AF=0.0817844;AO=22;DP=271;FAO=22;FDP=269;FR=.;FRO=247;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=82;FSRR=165;FWDB=-0.0338209;FXX=0.0073798;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.349;QD=0.909342;RBI=0.0407455;REFB=-0.000330796;REVB=-0.0227232;RO=245;SAF=3;SAR=19;SRF=81;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287877;STB=0.745007;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00774492;OID=.;OPOS=1017575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:271:269:245:247:22:22:0.0817844:19:3:81:164:19:3:82:165 chr11 1017596 . T G 140.57 PASS AF=0.141553;AO=31;DP=218;FAO=31;FDP=219;FR=.;FRO=188;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=74;FSRR=114;FWDB=-0.031938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.083;QD=2.56756;RBI=0.0396602;REFB=-0.00680431;REVB=-0.0235137;RO=187;SAF=12;SAR=19;SRF=73;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0043944;STB=0.505879;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0377018;OID=.;OPOS=1017596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:187:188:31:31:0.141553:19:12:73:114:19:12:74:114 chr11 1017655 . G A 137.96 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=52;FSRR=6;FWDB=0.00466924;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.056;QD=7.07473;RBI=0.0219806;REFB=-0.0107719;REVB=0.021479;RO=58;SAF=16;SAR=4;SRF=52;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220516;STB=0.629525;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0311486;OID=.;OPOS=1017655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:58:58:20:20:0.25641:4:16:52:6:4:16:52:6 chr11 1017684 . G A 64.77 PASS AF=0.0882353;AO=21;DP=238;FAO=21;FDP=238;FR=.;FRO=217;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=154;FWDB=0.00338952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.687;QD=1.08856;RBI=0.0330045;REFB=-0.0120658;REVB=-0.03283;RO=215;SAF=5;SAR=16;SRF=61;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685756;STB=0.561342;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0572947;OID=.;OPOS=1017684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:238:238:215:217:21:21:0.0882353:16:5:61:154:16:5:63:154 chr11 1017691 . C G 367.17 PASS AF=0.229572;AO=58;DP=246;FAO=59;FDP=257;FR=.;FRO=198;FSAF=10;FSAR=49;FSRF=56;FSRR=142;FWDB=-0.0754642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.907;QD=5.71477;RBI=0.0855436;REFB=-0.0172383;REVB=-0.0402849;RO=181;SAF=10;SAR=48;SRF=56;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239094;STB=0.628645;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0874379;OID=.;OPOS=1017691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:257:181:198:58:59:0.229572:48:10:56:125:49:10:56:142 chr11 1017710 . G T 100.95 PASS AF=0.0969697;AO=29;DP=334;FAO=32;FDP=330;FR=.;FRO=298;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=237;FWDB=-0.0316375;FXX=0.0207709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.116;QD=1.22363;RBI=0.0343409;REFB=-0.0111209;REVB=-0.0133554;RO=303;SAF=3;SAR=26;SRF=61;SRR=242;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209134;STB=0.699167;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0725581;OID=.;OPOS=1017710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:330:303:298:29:32:0.0969697:26:3:61:242:29:3:61:237 chr11 1017744 . T C 179.05 PASS AF=0.120735;AO=46;DP=374;FAO=46;FDP=381;FR=.;FRO=335;FSAF=7;FSAR=39;FSRF=62;FSRR=273;FWDB=-0.00571405;FXX=0.0078123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.395;QD=1.87981;RBI=0.00612554;REFB=-0.00487185;REVB=-0.00220724;RO=326;SAF=7;SAR=39;SRF=59;SRR=267;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650475;STB=0.551976;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0316285;OID=.;OPOS=1017744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:381:326:335:46:46:0.120735:39:7:59:267:39:7:62:273 chr11 1017746 . T G 781.32 PASS AF=0.282723;AO=108;DP=383;FAO=108;FDP=382;FR=.;FRO=274;FSAF=17;FSAR=91;FSRF=50;FSRR=224;FWDB=-0.023473;FXX=0.0052082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.9065;QD=8.18139;RBI=0.0238976;REFB=-0.0104264;REVB=-0.0044851;RO=267;SAF=17;SAR=91;SRF=49;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570348;STB=0.53239;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0304835;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:382:267:274:108:108:0.282723:91:17:49:218:91:17:50:224 chr11 1017767 . G C 273.79 PASS AF=0.14787;AO=59;DP=398;FAO=59;FDP=399;FR=.;FRO=340;FSAF=10;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=278;FWDB=0.000333625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.902;QD=2.74472;RBI=0.0145841;REFB=-0.00750873;REVB=-0.0145803;RO=338;SAF=10;SAR=49;SRF=62;SRR=276;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308812;STB=0.51897;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0434953;OID=.;OPOS=1017767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:399:338:340:59:59:0.14787:49:10:62:276:49:10:62:278 chr11 1017773 . G A 554.97 PASS AF=0.225564;AO=89;DP=398;FAO=90;FDP=399;FR=.;FRO=309;FSAF=12;FSAR=78;FSRF=59;FSRR=250;FWDB=0.0154889;FXX=0.00498741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5879;QD=5.56361;RBI=0.0241406;REFB=-0.012293;REVB=0.0185166;RO=306;SAF=12;SAR=77;SRF=57;SRR=249;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123288;STB=0.584526;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0358111;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:399:306:309:89:90:0.225564:77:12:57:249:78:12:59:250 chr11 1017783 . A G 1504.65 PASS AF=0.445055;AO=158;DP=405;FAO=162;FDP=364;FR=.;FRO=202;FSAF=28;FSAR=134;FSRF=39;FSRR=163;FWDB=-0.0194673;FXX=0.116502;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.703;QD=16.5346;RBI=0.0421963;REFB=-0.0219238;REVB=-0.0374373;RO=199;SAF=27;SAR=131;SRF=39;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430266;STB=0.519137;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0250663;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:364:199:202:158:162:0.445055:131:27:39:160:134:28:39:163 chr11 1017789 . A C 289.85 PASS AF=0.149644;AO=63;DP=417;FAO=63;FDP=421;FR=.;FRO=358;FSAF=11;FSAR=52;FSRF=76;FSRR=282;FWDB=-0.015998;FXX=0.00472802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.958;QD=2.75388;RBI=0.0220467;REFB=-0.00113584;REVB=-0.0151697;RO=345;SAF=11;SAR=52;SRF=73;SRR=272;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764554;STB=0.551824;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0106592;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:421:345:358:63:63:0.149644:52:11:73:272:52:11:76:282 chr11 1017793 . T G 183.1 PASS AF=0.116009;AO=52;DP=427;FAO=50;FDP=431;FR=.;FRO=381;FSAF=9;FSAR=41;FSRF=83;FSRR=298;FWDB=0.0293604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6251;QD=1.69934;RBI=0.0305718;REFB=-0.00112994;REVB=-0.00852049;RO=375;SAF=9;SAR=43;SRF=81;SRR=294;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856075;STB=0.552814;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00880641;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:431:375:381:52:50:0.116009:43:9:81:294:41:9:83:298 chr11 1017797 . C G 153.11 PASS AF=0.106383;AO=38;DP=418;FAO=45;FDP=423;FR=.;FRO=378;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=78;FSRR=300;FWDB=-0.0197364;FXX=0.00704209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.436;QD=1.44786;RBI=0.0250686;REFB=-0.00716237;REVB=-0.0154567;RO=374;SAF=10;SAR=28;SRF=77;SRR=297;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972592;STB=0.520986;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0598119;OID=.;OPOS=1017797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:418:423:374:378:38:45:0.106383:28:10:77:297:35:10:78:300 chr11 1017833 . C T 153.05 PASS AF=0.10245;AO=40;DP=450;FAO=46;FDP=449;FR=.;FRO=403;FSAF=8;FSAR=38;FSRF=88;FSRR=315;FWDB=-0.0219679;FXX=0.00222217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.215;QD=1.36347;RBI=0.056687;REFB=-0.00933548;REVB=-0.0522573;RO=397;SAF=6;SAR=34;SRF=86;SRR=311;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128977;STB=0.563629;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0670542;OID=.;OPOS=1017833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:450:449:397:403:40:46:0.10245:34:6:86:311:38:8:88:315 chr11 1017834 . G A 224.41 PASS AF=0.12528;AO=50;DP=440;FAO=56;FDP=447;FR=.;FRO=391;FSAF=12;FSAR=44;FSRF=84;FSRR=307;FWDB=-0.0220918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.106;QD=2.00815;RBI=0.0295288;REFB=-0.00650775;REVB=0.0195934;RO=388;SAF=10;SAR=40;SRF=83;SRR=305;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264514;STB=0.500711;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0320714;OID=.;OPOS=1017834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:440:447:388:391:50:56:0.12528:40:10:83:305:44:12:84:307 chr11 1017844 . TC CG,TG 1420.91 PASS AF=0.0763723,0.331742;AO=31,137;DP=424;FAO=32,139;FDP=419;FR=.;FRO=248;FSAF=4,27;FSAR=28,112;FSRF=59;FSRR=189;FWDB=-0.0278396,-0.0409889;FXX=0.0141173;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=138.679,186.149;QD=13.5648;RBI=0.0278541,0.0418329;REFB=-0.014898,-0.0261929;REVB=0.000900389,-0.00836058;RO=233;SAF=4,26;SAR=27,111;SRF=59;SRR=174;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.240166,-0.105717;STB=0.670086,0.542367;STBP=0.102,0.285;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00067286,0.0403749;OID=.,.;OPOS=1017844,1017845;OREF=TC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:424:419:233:248:31,137:32,139:0.0763723,0.331742:27,111:4,26:59:174:28,112:4,27:59:189 chr11 1017858 . A G 1275.55 PASS AF=0.344978;AO=157;DP=456;FAO=158;FDP=458;FR=.;FRO=300;FSAF=34;FSAR=124;FSRF=80;FSRR=220;FWDB=-0.0475425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5648;QD=11.1401;RBI=0.0553088;REFB=-0.0347308;REVB=-0.0282624;RO=294;SAF=34;SAR=123;SRF=79;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829926;STB=0.547222;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0424592;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:456:458:294:300:157:158:0.344978:123:34:79:215:124:34:80:220 chr11 1017869 . G C 53.21 PASS AF=0.0620843;AO=27;DP=451;FAO=28;FDP=451;FR=.;FRO=423;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=106;FSRR=317;FWDB=0.00474617;FXX=0.00660778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.884;QD=0.471958;RBI=0.00649915;REFB=-0.00240944;REVB=0.00443992;RO=422;SAF=13;SAR=14;SRF=106;SRR=316;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271355;STB=0.707306;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0586725;OID=.;OPOS=1017869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:451:451:422:423:27:28:0.0620843:14:13:106:316:15:13:106:317 chr11 1017883 . C A 275.83 PASS AF=0.148515;AO=58;DP=410;FAO=60;FDP=404;FR=.;FRO=344;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=96;FSRR=248;FWDB=-0.0129195;FXX=0.0604637;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8658;QD=2.73099;RBI=0.0150591;REFB=-0.00602337;REVB=-0.00773719;RO=326;SAF=25;SAR=33;SRF=95;SRR=231;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194465;STB=0.625515;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0411772;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:404:326:344:58:60:0.148515:33:25:95:231:35:25:96:248 chr11 1017891 . GCAT GCGT,GTGC,TGAT 391.04 PASS AF=0.102302,0.0537084,0.0537084;AO=38,21,21;DP=402;FAO=40,21,21;FDP=391;FR=.;FRO=309;FSAF=10,1,7;FSAR=30,20,14;FSRF=97;FSRR=212;FWDB=-0.0151778,-0.014647,-0.00564759;FXX=0.0273625;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=117.613,146.184,103.728;QD=4.00037;RBI=0.0683171,0.0658777,0.0650072;REFB=-0.00995977,-0.0113796,-0.0178287;REVB=-0.0666098,-0.0642288,-0.0647614;RO=291;SAF=9,1,7;SAR=29,20,14;SRF=92;SRR=199;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.121983,-0.406407,0.0214065;STB=0.570123,0.893665,0.520718;STBP=0.39,0.001,0.87;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0770439,0.100241,0.0606604;OID=.,.,.;OPOS=1017893,1017892,1017891;OREF=A,CAT,GC;OALT=G,TGC,TG;OMAPALT=GCGT,GTGC,TGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:391:291:309:38,21,21:40,21,21:0.102302,0.0537084,0.0537084:29,20,14:9,1,7:92:199:30,20,14:10,1,7:97:212 chr11 1017898 . T G 35.54 PASS AF=0.0536585;AO=19;DP=408;FAO=22;FDP=410;FR=.;FRO=388;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=124;FSRR=264;FWDB=0.0060233;FXX=0.00243303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.358;QD=0.346715;RBI=0.0271461;REFB=-0.00316901;REVB=-0.0264694;RO=385;SAF=1;SAR=18;SRF=123;SRR=262;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335985;STB=0.901582;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0579257;OID=.;OPOS=1017898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:408:410:385:388:19:22:0.0536585:18:1:123:262:21:1:124:264 chr11 1017899 . A T 34.87 PASS AF=0.0536585;AO=22;DP=407;FAO=22;FDP=410;FR=.;FRO=388;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=117;FSRR=271;FWDB=-0.0100133;FXX=0.00243303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.361;QD=0.340198;RBI=0.0424715;REFB=-0.00367163;REVB=-0.0412742;RO=349;SAF=8;SAR=14;SRF=109;SRR=240;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605838;STB=0.5657;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0552775;OID=.;OPOS=1017899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:407:410:349:388:22:22:0.0536585:14:8:109:240:14:8:117:271 chr11 1017917 . A T 30.0 PASS AF=0.0515464;AO=20;DP=389;FAO=20;FDP=388;FR=.;FRO=368;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=112;FSRR=256;FWDB=-0.0480154;FXX=0.00257063;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.382;QD=0.309241;RBI=0.0643725;REFB=-0.00210921;REVB=-0.0428758;RO=367;SAF=7;SAR=13;SRF=112;SRR=255;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509458;STB=0.548932;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0580802;OID=.;OPOS=1017917;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:389:388:367:368:20:20:0.0515464:13:7:112:255:13:7:112:256 chr11 1017921 . C A,T 53.58 PASS AF=0.0374332,0.0374332;AO=14,14;DP=371;FAO=14,14;FDP=374;FR=.;FRO=346;FSAF=5,3;FSAR=9,11;FSRF=109;FSRR=237;FWDB=-0.0671568,-0.0412471;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.6991,80.3142;QD=0.573027;RBI=0.0673677,0.0416734;REFB=-0.00370979,-0.00460125;REVB=-0.00532741,-0.00594518;RO=336;SAF=5,3;SAR=9,11;SRF=104;SRR=232;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0476848,-0.102006;STB=0.54515,0.623289;STBP=0.777,0.415;TYPE=snp,snp;VARB=0.00468744,0.0851207;OID=.,.;OPOS=1017921,1017921;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:371:374:336:346:14,14:14,14:0.0374332,0.0374332:9,11:5,3:104:232:9,11:5,3:109:237 chr11 1017932 . CA TG 133.42 PASS AF=0.113208;AO=36;DP=319;FAO=36;FDP=318;FR=.;FRO=282;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=88;FSRR=194;FWDB=-0.0299274;FXX=0.0215378;HRUN=2;LEN=2;MLLD=271.089;QD=1.67826;RBI=0.0522506;REFB=-0.00419956;REVB=-0.0428308;RO=265;SAF=14;SAR=22;SRF=82;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110198;STB=0.573993;STBP=0.378;TYPE=mnp;VARB=0.039224;OID=.;OPOS=1017932;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:318:265:282:36:36:0.113208:22:14:82:183:22:14:88:194 chr11 1017935 . A G 456.08 PASS AF=0.242105;AO=69;DP=319;FAO=69;FDP=285;FR=.;FRO=216;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=68;FSRR=148;FWDB=-0.00513054;FXX=0.10658;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8622;QD=6.40105;RBI=0.0248208;REFB=-0.0108298;REVB=-0.0242847;RO=208;SAF=21;SAR=48;SRF=66;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190443;STB=0.509296;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0313054;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:285:208:216:69:69:0.242105:48:21:66:142:48:21:68:148 chr11 1017939 . G C 146.36 PASS AF=0.120521;AO=37;DP=307;FAO=37;FDP=307;FR=.;FRO=270;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=88;FSRR=182;FWDB=-0.00201743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8491;QD=1.90699;RBI=0.0285609;REFB=-0.00470994;REVB=0.0284896;RO=265;SAF=15;SAR=22;SRF=84;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121101;STB=0.574502;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0411336;OID=.;OPOS=1017939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:265:270:37:37:0.120521:22:15:84:181:22:15:88:182 chr11 1017941 . G T 30.68 PASS AF=0.0566667;AO=15;DP=302;FAO=17;FDP=300;FR=.;FRO=283;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=90;FSRR=193;FWDB=0.00579106;FXX=0.0131575;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.821;QD=0.40907;RBI=0.0267811;REFB=-0.001735;REVB=0.0261475;RO=286;SAF=7;SAR=8;SRF=93;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146477;STB=0.646762;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0405298;OID=.;OPOS=1017941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:302:300:286:283:15:17:0.0566667:8:7:93:193:9:8:90:193 chr11 1017955 . C T 73.0 PASS AF=0.0905512;AO=23;DP=254;FAO=23;FDP=254;FR=.;FRO=231;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=154;FWDB=-0.0514484;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.56;QD=1.14953;RBI=0.0623181;REFB=-0.00183981;REVB=-0.0351655;RO=224;SAF=10;SAR=13;SRF=75;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126589;STB=0.596137;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0237474;OID=.;OPOS=1017955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:254:254:224:231:23:23:0.0905512:13:10:75:149:13:10:77:154 chr11 1017963 . G A 82.88 PASS AF=0.104545;AO=23;DP=220;FAO=23;FDP=220;FR=.;FRO=197;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=70;FSRR=127;FWDB=-0.0315872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.568;QD=1.50687;RBI=0.0540678;REFB=-0.00450681;REVB=-0.0438814;RO=196;SAF=15;SAR=8;SRF=70;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349016;STB=0.748422;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0397091;OID=.;OPOS=1017963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:220:220:196:197:23:23:0.104545:8:15:70:126:8:15:70:127 chr11 1017968 . T A 100.3 PASS AF=0.121827;AO=24;DP=197;FAO=24;FDP=197;FR=.;FRO=173;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=110;FWDB=-0.0174511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.271;QD=2.03652;RBI=0.0226717;REFB=-0.0027212;REVB=-0.014473;RO=169;SAF=16;SAR=8;SRF=59;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382464;STB=0.749019;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0268672;OID=.;OPOS=1017968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:169:173:24:24:0.121827:8:16:59:110:8:16:63:110 chr11 1017981 . T A 112.1 PASS AF=0.156028;AO=22;DP=141;FAO=22;FDP=141;FR=.;FRO=119;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=65;FWDB=-0.0124023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.556;QD=3.18003;RBI=0.0376385;REFB=-0.00540591;REVB=-0.0355364;RO=117;SAF=19;SAR=3;SRF=53;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532717;STB=0.854732;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.050443;OID=.;OPOS=1017981;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:117:119:22:22:0.156028:3:19:53:64:3:19:54:65 chr11 1017988 . G T 296.3 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=23;FWDB=-0.00383151;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.355;QD=10.5819;RBI=0.00412621;REFB=-0.0260447;REVB=-0.0015314;RO=74;SAF=19;SAR=19;SRF=51;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218214;STB=0.624938;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0400893;OID=.;OPOS=1017988;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:74:74:38:38:0.339286:19:19:51:23:19:19:51:23 chr11 1018024 . CC CA,GA 163.7 PASS AF=0.0722892,0.216867;AO=6,18;DP=83;FAO=6,18;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=4,10;FSAR=2,8;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0209707,-0.0151019;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=146.105,238.239;QD=7.88932;RBI=0.0235904,0.0234249;REFB=-0.000698583,-0.000355447;REVB=-0.0108045,-0.0179069;RO=59;SAF=4,10;SAR=2,8;SRF=33;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.12426,-0.00471943;STB=0.601801,0.502921;STBP=0.663,0.995;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0380097,0.00373434;OID=.,.;OPOS=1018025,1018024;OREF=C,CC;OALT=A,GA;OMAPALT=CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:83:83:59:59:6,18:6,18:0.0722892,0.216867:2,8:4,10:33:26:2,8:4,10:33:26 chr11 1018031 . G A 126.02 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00920413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.769;QD=6.46278;RBI=0.0152828;REFB=-0.00407495;REVB=-0.0122003;RO=58;SAF=15;SAR=4;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329248;STB=0.711855;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0271434;OID=.;OPOS=1018031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:59:19:19:0.24359:4:15:32:26:4:15:32:27 chr11 1018042 . A G 104.49 PASS AF=0.223684;AO=16;DP=75;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0412264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9994;QD=5.49959;RBI=0.0502038;REFB=-0.00203191;REVB=-0.0286497;RO=59;SAF=11;SAR=5;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105651;STB=0.583231;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00574664;OID=.;OPOS=1018042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:59:59:16:17:0.223684:5:11:36:23:5:12:36:23 chr11 1018048 . A G 72.92 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0114015;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5021;QD=3.94165;RBI=0.0746501;REFB=0.00292972;REVB=-0.0737743;RO=60;SAF=10;SAR=3;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220743;STB=0.643325;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0287924;OID=.;OPOS=1018048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:76:74:60:61:13:13:0.175676:3:10:37:23:3:10:38:23 chr11 1018059 . C T 97.32 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.00229957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.049;QD=5.05573;RBI=0.0212343;REFB=-0.0108521;REVB=-0.0211094;RO=61;SAF=14;SAR=2;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357804;STB=0.736486;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0342353;OID=.;OPOS=1018059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:61:61:16:16:0.207792:2:14:41:20:2:14:41:20 chr11 1018116 . T G 271.37 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0172281;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9865;QD=11.9282;RBI=0.0179116;REFB=0.0132277;REVB=-0.00490099;RO=59;SAF=11;SAR=21;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208544;STB=0.620613;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.025053;OID=.;OPOS=1018116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:21:11:31:28:21:11:31:28 chr11 1018138 . T C 99.23 PASS AF=0.234375;AO=14;DP=68;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00822218;FXX=0.0588149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.192;QD=6.20203;RBI=0.019951;REFB=-0.00483567;REVB=0.018178;RO=48;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153788;STB=0.623487;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00800873;OID=.;OPOS=1018138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:64:48:49:14:15:0.234375:9:5:23:25:10:5:24:25 chr11 1018144 . G C 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.027787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.541;QD=8.92379;RBI=0.0286048;REFB=-0.0136546;REVB=-0.00679089;RO=43;SAF=7;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221033;STB=0.63144;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0298128;OID=.;OPOS=1018144;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:12:7:24:19:12:7:24:19 chr11 1018295 . T C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0153387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.724;QD=13.23;RBI=0.0344403;REFB=-0.0116295;REVB=-0.030836;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364265;STB=0.521252;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0192656;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:10:7:11:18:10:7:11:18 chr11 1018314 . G A 69.36 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0106896;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.285;QD=4.95446;RBI=0.0829901;REFB=-0.00654009;REVB=-0.0822988;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186484;STB=0.508182;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0689919;OID=.;OPOS=1018314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:57:56:31:45:11:11:0.196429:6:5:19:12:6:5:20:25 chr11 1018348 . G A 31.4 PASS AF=0.0818182;AO=9;DP=110;FAO=9;FDP=110;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=74;FWDB=0.0662353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1082;QD=1.14191;RBI=0.0818872;REFB=-0.0072682;REVB=0.0481497;RO=91;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316538;STB=0.752453;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0963385;OID=.;OPOS=1018348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:110:110:91:101:9:9:0.0818182:4:5:26:65:4:5:27:74 chr11 1018355 . A G 65.18 PASS AF=0.127273;AO=14;DP=112;FAO=14;FDP=110;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=70;FWDB=-0.0585013;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.633;QD=2.37016;RBI=0.0924444;REFB=-0.00269329;REVB=-0.0715791;RO=90;SAF=5;SAR=9;SRF=25;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114091;STB=0.58594;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0475305;OID=.;OPOS=1018355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:112:110:90:96:14:14:0.127273:9:5:25:65:9:5:26:70 chr11 1018366 . C T 65.85 PASS AF=0.122951;AO=14;DP=121;FAO=15;FDP=122;FR=.;FRO=107;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=79;FWDB=0.0249008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.698;QD=2.15916;RBI=0.0288352;REFB=-0.00531378;REVB=-0.0145402;RO=105;SAF=6;SAR=8;SRF=26;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248789;STB=0.684832;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0322512;OID=.;OPOS=1018366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:121:122:105:107:14:15:0.122951:8:6:26:79:8:7:28:79 chr11 1018374 . T A 1869.43 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00739967;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5805;QD=59.8217;RBI=0.0112165;REFB=-0.0363911;REVB=0.00842939;RO=2;SAF=36;SAR=87;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107961;STB=0.505681;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.000323877;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:87:36:0:2:87:36:0:2 chr11 1018385 . T A 124.85 PASS AF=0.167832;AO=22;DP=141;FAO=24;FDP=143;FR=.;FRO=119;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=88;FWDB=0.00587054;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.676;QD=3.49232;RBI=0.0129423;REFB=-0.00900378;REVB=-0.0115343;RO=119;SAF=11;SAR=11;SRF=31;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317127;STB=0.670367;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0404776;OID=.;OPOS=1018385;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:119:119:22:24:0.167832:11:11:31:88:13:11:31:88 chr11 1018419 . G A 51.9 PASS AF=0.0833333;AO=17;DP=204;FAO=17;FDP=204;FR=.;FRO=187;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=126;FWDB=-0.0230352;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.898;QD=1.01756;RBI=0.0293402;REFB=-0.00411713;REVB=-0.0181721;RO=186;SAF=4;SAR=13;SRF=60;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121665;STB=0.60301;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0520505;OID=.;OPOS=1018419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:204:204:186:187:17:17:0.0833333:13:4:60:126:13:4:61:126 chr11 1018456 . G A 246.57 PASS AF=0.23494;AO=39;DP=166;FAO=39;FDP=166;FR=.;FRO=127;FSAF=3;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=75;FWDB=-0.0479537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.246;QD=5.94142;RBI=0.0489521;REFB=-0.014577;REVB=-0.00983602;RO=124;SAF=3;SAR=36;SRF=51;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564374;STB=0.855805;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0429263;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:124:127:39:39:0.23494:36:3:51:73:36:3:52:75 chr11 1018473 . A T 99.17 PASS AF=0.142857;AO=21;DP=154;FAO=22;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=132;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=87;FWDB=-0.0306696;FXX=0.0128197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.317;QD=2.57575;RBI=0.065284;REFB=-0.00546746;REVB=-0.0576314;RO=112;SAF=2;SAR=19;SRF=45;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486501;STB=0.814202;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0340968;OID=.;OPOS=1018473;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:112:132:21:22:0.142857:19:2:45:67:20:2:45:87 chr11 1018483 . C G 340.14 PASS AF=0.298701;AO=50;DP=154;FAO=46;FDP=154;FR=.;FRO=108;FSAF=5;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=64;FWDB=-0.0517962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1542;QD=8.83484;RBI=0.156737;REFB=-0.0215073;REVB=-0.147932;RO=99;SAF=5;SAR=45;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523923;STB=0.792663;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.055733;OID=.;OPOS=1018483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:99:108:50:46:0.298701:45:5:43:56:41:5:44:64 chr11 1018493 . TGGG TGG,TGGT 1038.95 PASS AF=0.644444,0.355556;AO=35,46;DP=134;FAO=87,48;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=39,4;FSAR=48,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.881661,0.0678885;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=7.64254,194.118;QD=30.7836;RBI=0.886805,0.0719956;REFB=-0.0163751,0.000909782;REVB=0.0953769,-0.023969;RO=43;SAF=1,3;SAR=34,43;SRF=35;SRR=8;SSEN=0.368421,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.823828,-0.741073;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0927803,0.0391756;OID=.,.;OPOS=1018494,1018496;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGG,TGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.644444,0.355556:35,46:134:87,48:135:0:39,4:48,44:0:0:99:43:1,3:34,43:35:8 chr11 1018523 . A G 317.04 PASS AF=0.289655;AO=41;DP=145;FAO=42;FDP=145;FR=.;FRO=103;FSAF=4;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=69;FWDB=-0.0472961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2481;QD=8.74603;RBI=0.05553;REFB=0.0093076;REVB=-0.0290976;RO=103;SAF=4;SAR=37;SRF=34;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438033;STB=0.771205;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0236912;OID=.;OPOS=1018523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:103:103:41:42:0.289655:37:4:34:69:38:4:34:69 chr11 1019375 . C T 3882.57 PASS AF=1;AO=250;DP=252;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127395;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.716;QD=61.8736;RBI=0.032003;REFB=-0.0688922;REVB=0.0293581;RO=1;SAF=80;SAR=170;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027959;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163632;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:252:251:1:0:250:251:1:170:80:0:1:170:81:0:0 chr11 1027811 . C T 471.89 PASS AF=0.436975;AO=51;DP=120;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0571545;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.224;QD=15.8618;RBI=0.0574889;REFB=-0.0190622;REVB=0.00619141;RO=66;SAF=22;SAR=29;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022962;STB=0.513961;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0166439;OID=.;OPOS=1027811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:66:67:51:52:0.436975:29:22:27:39:29:23:28:39 chr11 1075747 . T C 790.61 PASS AF=0.39823;AO=85;DP=222;FAO=90;FDP=226;FR=.;FRO=136;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=90;FSRR=46;FWDB=0.000540064;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.439;QD=13.993;RBI=0.00704069;REFB=-0.0136207;REVB=-0.00701994;RO=137;SAF=50;SAR=35;SRF=90;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789857;STB=0.546017;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0206045;OID=.;OPOS=1075747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:226:137:136:85:90:0.39823:35:50:90:47:37:53:90:46 chr11 1080576 . G A 381.4 PASS AF=0.365079;AO=46;DP=126;FAO=46;FDP=126;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.00975805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.079;QD=12.1078;RBI=0.0170185;REFB=-0.00821098;REVB=-0.0139431;RO=77;SAF=26;SAR=20;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050723;STB=0.517812;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0169099;OID=.;OPOS=1080576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:77:80:46:46:0.365079:20:26:40:37:20:26:43:37 chr11 1081074 . T C 290.68 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0389843;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.605;QD=14.0084;RBI=0.042571;REFB=-0.00478959;REVB=-0.0171031;RO=50;SAF=17;SAR=16;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160349;STB=0.509125;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00784399;OID=.;OPOS=1081074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:50:50:33:33:0.39759:16:17:25:25:16:17:25:25 chr11 1081112 . G C 359.23 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0115603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1973;QD=14.8137;RBI=0.0223525;REFB=-0.00510312;REVB=-0.0191309;RO=57;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226374;STB=0.517961;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00512404;OID=.;OPOS=1081112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:57:58:39:39:0.402062:20:19:29:28:20:19:30:28 chr11 1081151 . T C 260.72 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.141376;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.25;QD=14.2859;RBI=0.148339;REFB=-0.0198638;REVB=-0.0449119;RO=43;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705966;STB=0.540119;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0356965;OID=.;OPOS=1081151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:43:30:30:0.410959:16:14:23:20:16:14:23:20 chr11 1081757 . G C 482.59 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0372444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.176;QD=23.2575;RBI=0.0461297;REFB=0.030093;REVB=-0.0272177;RO=37;SAF=24;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504737;STB=0.527737;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0241423;OID=.;OPOS=1081757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:22:24:17:20:22:24:17:20 chr11 1083293 . T C 539.96 PASS AF=0.6125;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0099634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.081;QD=26.9978;RBI=0.0108298;REFB=-0.0029402;REVB=-0.00424454;RO=30;SAF=20;SAR=29;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00589543;STB=0.508471;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000493541;OID=.;OPOS=1083293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:31:49:49:0.6125:29:20:12:18:29:20:12:19 chr11 1084821 . T C 948.0 PASS AF=0.452489;AO=100;DP=226;FAO=100;FDP=221;FR=.;FRO=121;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=79;FSRR=42;FWDB=-0.00692629;FXX=0.0264306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.283;QD=17.1584;RBI=0.0272583;REFB=-0.00150351;REVB=0.0263636;RO=115;SAF=47;SAR=53;SRF=75;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175241;STB=0.599281;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00215262;OID=.;OPOS=1084821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:221:115:121:100:100:0.452489:53:47:75:40:53:47:79:42 chr11 1087972 . C T 388.85 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0167725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.114;QD=18.9681;RBI=0.0255658;REFB=-0.0197557;REVB=0.0192949;RO=41;SAF=23;SAR=17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03256;STB=0.510633;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.028616;OID=.;OPOS=1087972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:17:23:25:16:17:23:25:17 chr11 1093710 . C G 526.65 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.089;QD=56.9352;RBI=0.0367035;REFB=-0.00865583;REVB=0.0350342;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000343993;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:24:12:0:0:24:12:0:1 chr11 1094690 . C T 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.768;QD=56.9343;RBI=0.0413485;REFB=0;REVB=-0.00394311;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48116e-05;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr11 1094753 . A C 429.05 PASS AF=0.777778;AO=31;DP=42;FAO=35;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.1896;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0159;QD=38.1375;RBI=0.1896;REFB=0.00556073;REVB=-0.000499976;RO=11;SAF=0;SAR=31;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.569409;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0324875;OID=.;OPOS=1094753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:42:45:11:10:31:35:0.777778:31:0:0:11:31:4:0:10 chr11 1096494 . T C 3198.92 PASS AF=1;AO=179;DP=212;FAO=210;FDP=210;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=92;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4372;QD=60.9318;RBI=0.0681475;REFB=0;REVB=0.0568868;RO=0;SAF=78;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0066534;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:210:0:0:179:210:1:101:78:0:0:118:92:0:0 chr11 1101649 . T C 1772.79 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3104;QD=59.5895;RBI=0.0507923;REFB=-0.120545;REVB=0.0491849;RO=1;SAF=50;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940386;STB=0.504854;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00218575;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:1:1:117:118:0.991597:67:50:1:0:67:51:1:0 chr11 1151695 . C T 1130.32 PASS AF=0.461847;AO=114;DP=249;FAO=115;FDP=249;FR=.;FRO=134;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=74;FSRR=60;FWDB=0.0090934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.734;QD=18.1578;RBI=0.0143963;REFB=-0.00983705;REVB=0.0111608;RO=133;SAF=59;SAR=55;SRF=74;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379508;STB=0.516465;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0120067;OID=.;OPOS=1151695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:133:134:114:115:0.461847:55:59:74:59:55:60:74:60 chr11 1158073 . T C 5442.55 PASS AF=1;AO=340;DP=340;FAO=341;FDP=341;FR=.;FRO=0;FSAF=183;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.01;QD=63.8422;RBI=0.0240646;REFB=0;REVB=0.0066251;RO=0;SAF=183;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73708e-06;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:340:341:0:0:340:341:1:157:183:0:0:158:183:0:0 chr11 1161315 . T C 1832.8 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221287;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.048;QD=61.6066;RBI=0.0112574;REFB=0;REVB=0.0110377;RO=0;SAF=45;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15375e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53379e-05;OID=.;OPOS=1161315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:74:45:0:0:74:45:0:0 chr11 1212877 . A G 324.34 PASS AF=0.235023;AO=50;DP=218;FAO=51;FDP=217;FR=.;FRO=166;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=85;FSRR=81;FWDB=-0.0277121;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.823;QD=5.97866;RBI=0.0289264;REFB=-0.0104338;REVB=-0.00829318;RO=163;SAF=26;SAR=24;SRF=84;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590503;STB=0.501717;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0369229;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:163:166:50:51:0.235023:24:26:84:79:25:26:85:81 chr11 1212878 . C G 75.95 PASS AF=0.0995475;AO=22;DP=221;FAO=22;FDP=221;FR=.;FRO=199;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=104;FSRR=95;FWDB=0.00979413;FXX=0.00896821;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.479;QD=1.3746;RBI=0.0108085;REFB=-0.00998219;REVB=0.00457154;RO=196;SAF=8;SAR=14;SRF=104;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200862;STB=0.642494;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0437493;OID=.;OPOS=1212878;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:221:221:196:199:22:22:0.0995475:14:8:104:92:14:8:104:95 chr11 1212884 . CA GA,TG 52.45 PASS AF=0.0533981,0.038835;AO=11,8;DP=217;FAO=11,8;FDP=206;FR=.;FRO=187;FSAF=6,5;FSAR=5,3;FSRF=87;FSRR=100;FWDB=0.0206276,-0.00984729;FXX=0.059358;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=76.8226,175.624;QD=1.01841;RBI=0.0228013,0.0185091;REFB=-0.0022762,-0.00299055;REVB=-0.00971616,-0.0156722;RO=185;SAF=6,5;SAR=5,3;SRF=86;SRR=99;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0806386,0.138956;STB=0.575207,0.650704;STBP=0.627,0.39;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00377385,0.0634438;OID=.,.;OPOS=1212884,1212884;OREF=C,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=GA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:217:206:185:187:11,8:11,8:0.0533981,0.038835:5,3:6,5:86:99:5,3:6,5:87:100 chr11 1212887 . C T 53.92 PASS AF=0.0833333;AO=18;DP=215;FAO=18;FDP=216;FR=.;FRO=198;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=96;FSRR=102;FWDB=-0.00255142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.427;QD=0.998576;RBI=0.0251342;REFB=-0.00318737;REVB=-0.0250044;RO=197;SAF=6;SAR=12;SRF=96;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179742;STB=0.64135;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0311589;OID=.;OPOS=1212887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:215:216:197:198:18:18:0.0833333:12:6:96:101:12:6:96:102 chr11 1212893 . G C 61.3 PASS AF=0.0942408;AO=14;DP=193;FAO=18;FDP=191;FR=.;FRO=173;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=71;FSRR=102;FWDB=-0.0237834;FXX=0.0154631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.081;QD=1.28372;RBI=0.0268711;REFB=-0.001311;REVB=-0.0125063;RO=170;SAF=10;SAR=4;SRF=68;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340436;STB=0.629153;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0217691;OID=.;OPOS=1212893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:193:191:170:173:14:18:0.0942408:4:10:68:102:8:10:71:102 chr11 1212899 . G A 39.75 PASS AF=0.0764706;AO=14;DP=170;FAO=13;FDP=170;FR=.;FRO=157;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=91;FWDB=0.0312049;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0537;QD=0.935213;RBI=0.0314637;REFB=0.00213328;REVB=-0.00402746;RO=154;SAF=5;SAR=9;SRF=63;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062348;STB=0.611472;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0351224;OID=.;OPOS=1212899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:170:170:154:157:14:13:0.0764706:9:5:63:91:9:4:66:91 chr11 1212902 . C G 40.99 PASS AF=0.0949367;AO=20;DP=160;FAO=15;FDP=158;FR=.;FRO=143;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=80;FWDB=-0.00489506;FXX=0.030673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.815;QD=1.0378;RBI=0.0100861;REFB=-0.0169529;REVB=-0.00881864;RO=132;SAF=5;SAR=15;SRF=59;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263622;STB=0.601631;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.27239;OID=.;OPOS=1212902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:160:158:132:143:20:15:0.0949367:15:5:59:73:10:5:63:80 chr11 1212921 . C T 92.87 PASS AF=0.147059;AO=20;DP=137;FAO=20;FDP=136;FR=.;FRO=116;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=74;FWDB=0.00931414;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.616;QD=2.7315;RBI=0.0174114;REFB=-0.00562796;REVB=-0.0147107;RO=116;SAF=7;SAR=13;SRF=42;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166205;STB=0.511225;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0273957;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:137:136:116:116:20:20:0.147059:13:7:42:74:13:7:42:74 chr11 1212954 . C A 224.01 PASS AF=0.297297;AO=30;DP=107;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.00481675;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.907;QD=8.07236;RBI=0.0169564;REFB=-0.0289695;REVB=0.0162579;RO=74;SAF=7;SAR=23;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425197;STB=0.685317;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0760231;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:74:78:30:33:0.297297:23:7:43:31:23:10:44:34 chr11 1212961 . T C 52.72 PASS AF=0.125;AO=12;DP=111;FAO=14;FDP=112;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.0361482;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.14;QD=1.88302;RBI=0.0366163;REFB=-0.0168931;REVB=0.00583646;RO=99;SAF=3;SAR=9;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33093;STB=0.71398;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.129414;OID=.;OPOS=1212961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:111:112:99:98:12:14:0.125:9:3:52:47:10:4:52:46 chr11 1213023 . G C 39.72 PASS AF=0.134615;AO=8;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0793952;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6851;QD=3.05564;RBI=0.135242;REFB=-0.0197089;REVB=-0.109484;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195527;STB=0.713675;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0679675;OID=.;OPOS=1213023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:41:45:8:7:0.134615:5:3:22:19:5:2:24:21 chr11 1213047 . T C 59.95 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0928057;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.218;QD=2.75644;RBI=0.133542;REFB=-0.0129794;REVB=-0.0960239;RO=72;SAF=4;SAR=8;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256326;STB=0.661268;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0970413;OID=.;OPOS=1213047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:72:75:12:12:0.137931:8:4:39:33:8:4:39:36 chr11 1213107 . T A 37.57 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=57;FWDB=-0.0273535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.713;QD=1.7075;RBI=0.0273591;REFB=-0.00411324;REVB=0.000555677;RO=79;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212915;STB=0.655782;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0252848;OID=.;OPOS=1213107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:79:79:9:9:0.102273:5:4:22:57:5:4:22:57 chr11 1213111 . C G 43.88 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=-0.00904955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.567;QD=1.97219;RBI=0.020802;REFB=-0.00280371;REVB=-0.0187304;RO=79;SAF=5;SAR=5;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227229;STB=0.66263;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0333194;OID=.;OPOS=1213111;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:79:79:10:10:0.11236:5:5:25:54:5:5:25:54 chr11 1213115 . C T 109.38 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.005982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0676;QD=4.91586;RBI=0.0174906;REFB=-0.0140628;REVB=0.0164358;RO=71;SAF=1;SAR=17;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564201;STB=0.880448;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0610912;OID=.;OPOS=1213115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:71:71:18:18:0.202247:17:1:26:45:17:1:26:45 chr11 1213118 . C G 82.57 PASS AF=0.163043;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=58;FWDB=0.0127239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.203;QD=3.59003;RBI=0.0500781;REFB=-0.0157753;REVB=-0.0484347;RO=62;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429081;STB=0.812583;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0689104;OID=.;OPOS=1213118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:80:92:62:77:15:15:0.163043:5:10:19:43:5:10:19:58 chr11 1213125 . G A 127.52 PASS AF=0.212766;AO=24;DP=86;FAO=20;FDP=94;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=-0.0289872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0803;QD=5.42633;RBI=0.116372;REFB=-0.0178652;REVB=-0.112704;RO=57;SAF=7;SAR=17;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103803;STB=0.534572;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0517615;OID=.;OPOS=1213125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:94:57:74:24:20:0.212766:17:7:21:36:13:7:23:51 chr11 1213131 . T C 54.38 PASS AF=0.117647;AO=12;DP=102;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=67;FWDB=-0.0203405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.035;QD=2.13245;RBI=0.0285217;REFB=-0.00214581;REVB=-0.0199938;RO=89;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327401;STB=0.715394;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0203854;OID=.;OPOS=1213131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:102:102:89:90:12:12:0.117647:6:6:22:67:6:6:23:67 chr11 1213135 . C T 66.76 PASS AF=0.132075;AO=14;DP=108;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=75;FWDB=0.0403225;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8567;QD=2.51906;RBI=0.0439984;REFB=-0.00215646;REVB=0.0176056;RO=94;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399223;STB=0.773311;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0197611;OID=.;OPOS=1213135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:108:106:94:92:14:14:0.132075:7:7:19:75:7:7:17:75 chr11 1213174 . A G 204.52 PASS AF=0.265487;AO=30;DP=112;FAO=30;FDP=113;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=76;FWDB=0.012787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.656;QD=7.23958;RBI=0.022691;REFB=-0.0251286;REVB=-0.018745;RO=80;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.555703;STB=0.817121;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0341025;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:80:83:30:30:0.265487:14:16:7:73:14:16:7:76 chr11 1213177 . C T 224.85 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=76;FWDB=0.0090368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.784;QD=7.88931;RBI=0.0240197;REFB=-0.00600058;REVB=-0.0222549;RO=81;SAF=18;SAR=14;SRF=5;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600931;STB=0.828094;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0128923;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:81:82:32:32:0.280702:14:18:5:76:14:18:6:76 chr11 1213204 . C G 312.5 PASS AF=0.336134;AO=38;DP=118;FAO=40;FDP=119;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=66;FWDB=-0.000973554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.776;QD=10.5041;RBI=0.00759095;REFB=-0.00436795;REVB=-0.00752826;RO=75;SAF=21;SAR=17;SRF=11;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459501;STB=0.745665;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0104183;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:75:79:38:40:0.336134:17:21:11:64:18:22:13:66 chr11 1220760 . T C 1620.24 PASS AF=0.452926;AO=159;DP=380;FAO=178;FDP=393;FR=.;FRO=215;FSAF=106;FSAR=72;FSRF=124;FSRR=91;FWDB=-0.0319169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1475;QD=16.4909;RBI=0.0319726;REFB=-0.0275551;REVB=0.00188698;RO=221;SAF=91;SAR=68;SRF=130;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170201;STB=0.510608;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0687926;OID=.;OPOS=1220760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:393:221:215:159:178:0.452926:68:91:130:91:72:106:124:91 chr11 1220796 . T C 1937.74 PASS AF=0.47494;AO=199;DP=419;FAO=199;FDP=419;FR=.;FRO=220;FSAF=118;FSAR=81;FSRF=118;FSRR=102;FWDB=-0.0280881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.928;QD=18.4987;RBI=0.0310892;REFB=-0.0129371;REVB=-0.0133264;RO=217;SAF=118;SAR=81;SRF=116;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567122;STB=0.530432;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0162563;OID=.;OPOS=1220796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:419:217:220:199:199:0.47494:81:118:116:101:81:118:118:102 chr11 1246941 . A G 1100.74 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.797;QD=60.3144;RBI=0.0504971;REFB=0;REVB=-0.0160993;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17232e-05;OID=.;OPOS=1246941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:73:0:0:68:73:1:40:28:0:0:40:33:0:0 chr11 1247458 . C T 5099.85 PASS AF=0.945205;AO=343;DP=366;FAO=345;FDP=365;FR=.;FRO=20;FSAF=148;FSAR=197;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.052056;FXX=0.00273217;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.317;QD=55.8888;RBI=0.0646687;REFB=-0.185765;REVB=0.0383694;RO=17;SAF=146;SAR=197;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523781;STB=0.523386;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0033716;OID=.;OPOS=1247458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:366:365:17:20:343:345:0.945205:197:146:17:0:197:148:17:3 chr11 1250488 . C T 4299.81 PASS AF=1;AO=273;DP=274;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184026;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.363;QD=63.0009;RBI=0.0106482;REFB=0;REVB=0.0104879;RO=0;SAF=131;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98744e-06;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:274:273:0:0:273:273:1:142:131:0:0:142:131:0:0 chr11 1252708 . G C 1843.61 PASS AF=0.983871;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00608604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.824;QD=59.4714;RBI=0.0208431;REFB=-0.13562;REVB=0.0199348;RO=2;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155693;STB=0.508063;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=7.93479e-05;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:123:124:2:2:121:122:0.983871:60:61:0:2:61:61:0:2 chr11 1253942 . T C 1880.34 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.076;QD=60.6562;RBI=0.0363732;REFB=-0.0711482;REVB=0.0305766;RO=1;SAF=50;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646413;STB=0.503401;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00124092;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:73:50:0:1:73:50:0:1 chr11 1253969 . A G 311.0 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0308875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.278;QD=13.9777;RBI=0.0336452;REFB=-0.00125737;REVB=0.0133405;RO=54;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1532;STB=0.586908;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00189614;OID=.;OPOS=1253969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:17:18:20:34:17:18:20:34 chr11 1253976 . A G 241.5 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0267636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.924;QD=12.3846;RBI=0.0268298;REFB=-0.00374827;REVB=-0.00188315;RO=48;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212281;STB=0.614234;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00435544;OID=.;OPOS=1253976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:49:29:29:0.371795:13:16:17:31:13:16:18:31 chr11 1253980 . A G 219.83 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0274028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.772;QD=11.8826;RBI=0.052697;REFB=-0.0191074;REVB=-0.0450118;RO=45;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298753;STB=0.656139;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0198194;OID=.;OPOS=1253980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:47:27:27:0.364865:11:16:14:31:11:16:16:31 chr11 1255089 . CCCCTGCCCTGCCCTGCCCT CCCCTGCCCTGCCCT,CCCCTGCCCTGCCCTGCCCC 447.47 PASS AF=0.84375,0.15625;AO=22,3;DP=30;FAO=27,5;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=27,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=210.183,57.0836;QD=55.9331;RBI=0.0414469,0.00762115;REFB=0,0;REVB=0.0414469,-0.00762115;RO=0;SAF=0,0;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0126473,0.102641;OID=.,.;OPOS=1255090,1255108;OREF=CCCTG,T;OALT=-,C;OMAPALT=CCCCTGCCCTGCCCT,CCCCTGCCCTGCCCTGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.84375,0.15625:22,3:30:27,5:32:0:0,0:27,5:0:0:27:0:0,0:22,3:0:0 chr11 1255773 . C T 3932.86 PASS AF=1;AO=246;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376568;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.317;QD=63.9489;RBI=0.0469621;REFB=0;REVB=-0.0280608;RO=0;SAF=128;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12442e-05;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:246:0:0:246:246:1:118:128:0:0:118:128:0:0 chr11 1258197 . A G 55.87 PASS AF=0.0857143;AO=18;DP=210;FAO=18;FDP=210;FR=.;FRO=192;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=91;FSRR=101;FWDB=0.000184941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.715;QD=1.06419;RBI=0.0156271;REFB=0.00130486;REVB=-0.015626;RO=192;SAF=13;SAR=5;SRF=91;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287321;STB=0.725778;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0176507;OID=.;OPOS=1258197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:210:210:192:192:18:18:0.0857143:5:13:91:101:5:13:91:101 chr11 1258199 . C T 54.59 PASS AF=0.0841121;AO=18;DP=214;FAO=18;FDP=214;FR=.;FRO=196;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=94;FSRR=102;FWDB=0.0195114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.285;QD=1.02038;RBI=0.0625657;REFB=0.00243666;REVB=0.0594455;RO=196;SAF=13;SAR=5;SRF=94;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280242;STB=0.721976;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0156988;OID=.;OPOS=1258199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:214:214:196:196:18:18:0.0841121:5:13:94:102:5:13:94:102 chr11 1258217 . T G 111.51 PASS AF=0.113281;AO=29;DP=256;FAO=29;FDP=256;FR=.;FRO=227;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=119;FSRR=108;FWDB=-0.00209123;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.919;QD=1.74231;RBI=0.0448224;REFB=-0.00156395;REVB=-0.0447736;RO=227;SAF=17;SAR=12;SRF=119;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775626;STB=0.555517;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0295161;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:227:227:29:29:0.113281:12:17:119:108:12:17:119:108 chr11 1258226 . C T 135.78 PASS AF=0.122302;AO=34;DP=278;FAO=34;FDP=278;FR=.;FRO=244;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=130;FSRR=114;FWDB=-0.00861553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.751;QD=1.95369;RBI=0.0278957;REFB=-0.00422834;REVB=-0.0265319;RO=240;SAF=19;SAR=15;SRF=128;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323632;STB=0.523034;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0248819;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:240:244:34:34:0.122302:15:19:128:112:15:19:130:114 chr11 1258240 . CA TG 147.94 PASS AF=0.126316;AO=36;DP=284;FAO=36;FDP=285;FR=.;FRO=249;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=132;FSRR=117;FWDB=-0.0225296;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.403;QD=2.07632;RBI=0.02332;REFB=-0.00581339;REVB=-0.00601981;RO=247;SAF=23;SAR=13;SRF=131;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140052;STB=0.597348;STBP=0.237;TYPE=mnp;VARB=0.0427251;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:285:247:249:36:36:0.126316:13:23:131:116:13:23:132:117 chr11 1258283 . G A 203.76 PASS AF=0.151408;AO=42;DP=279;FAO=43;FDP=284;FR=.;FRO=241;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=119;FSRR=122;FWDB=-0.03298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.08;QD=2.86984;RBI=0.0374726;REFB=-0.00925557;REVB=-0.0177909;RO=236;SAF=26;SAR=16;SRF=115;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169871;STB=0.614595;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0582165;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:284:236:241:42:43:0.151408:16:26:115:121:16:27:119:122 chr11 1258286 . C T 197.37 PASS AF=0.150538;AO=42;DP=279;FAO=42;FDP=279;FR=.;FRO=237;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=115;FSRR=122;FWDB=-0.00880535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.55;QD=2.8297;RBI=0.0273284;REFB=-0.0123732;REVB=-0.025871;RO=237;SAF=26;SAR=16;SRF=115;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172373;STB=0.613909;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0548951;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:237:237:42:42:0.150538:16:26:115:122:16:26:115:122 chr11 1258295 . A G 228.27 PASS AF=0.167286;AO=45;DP=270;FAO=45;FDP=269;FR=.;FRO=224;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=105;FSRR=119;FWDB=-0.0223543;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.06;QD=3.39431;RBI=0.0294366;REFB=-0.00873787;REVB=0.019152;RO=219;SAF=30;SAR=15;SRF=102;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259422;STB=0.664939;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0391026;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:219:224:45:45:0.167286:15:30:102:117:15:30:105:119 chr11 1264823 . T C 136.46 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.107359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.068;QD=38.9876;RBI=0.107831;REFB=-0.17007;REVB=0.0100828;RO=1;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393232;STB=0.521706;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00184977;OID=.;OPOS=1264823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:12:13:0.928571:11:1:0:1:11:2:0:1 chr11 1265786 . C T 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3234;QD=33.4166;RBI=0.0248193;REFB=0;REVB=0.0248193;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240449;OID=.;OPOS=1265786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr11 1267325 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4697;QD=35.5705;RBI=0.022681;REFB=0;REVB=-0.00453231;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152727;OID=.;OPOS=1267325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr11 1267562 . C T 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.200998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.959;QD=44.6865;RBI=0.201694;REFB=0;REVB=0.0167354;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703704;OID=.;OPOS=1267562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr11 1268064 . C T 69.37 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.31;QD=30.833;RBI=0.0876636;REFB=-0.172158;REVB=0.0876636;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00659257;OID=.;OPOS=1268064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:8:0:0:0:8:0:0:1 chr11 1268513 . G C 849.65 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.923;QD=57.6031;RBI=0.0669094;REFB=0;REVB=-0.00783673;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26332e-05;OID=.;OPOS=1268513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:39:18:0:0:39:20:0:0 chr11 1268607 . CA C,CG 249.24 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,17;DP=20;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104369,0.0887029;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=217.183,240.331;QD=49.8478;RBI=0.104992,0.0887524;REFB=0,0;REVB=-0.0114232,-0.00296441;RO=0;SAF=2,4;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0196001,0.00176933;OID=.,.;OPOS=1268608,1268608;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:2,17:20:2,18:20:0:2,5:0,13:0:0:8:0:2,4:0,13:0:0 chr11 1269627 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.706;QD=48.7357;RBI=0.0118388;REFB=0;REVB=0.00750969;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15271e-05;OID=.;OPOS=1269627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr11 1269835 . G A 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00215963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.374;QD=40.6374;RBI=0.005187;REFB=-0.225667;REVB=-0.00471603;RO=1;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478651;STB=0.526279;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00463776;OID=.;OPOS=1269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:9:5:0:1:9:5:0:1 chr11 1271321 . C G 101.85 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0967702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3231;QD=29.0989;RBI=0.0967725;REFB=0.0646104;REVB=-0.000666569;RO=3;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808542;STB=0.545372;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.0145567;OID=.;OPOS=1271321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:5:6:1:2:5:6:1:2 chr11 1271429 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0486067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.551;QD=26.0264;RBI=0.0561195;REFB=0.00692014;REVB=0.0280497;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281147;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.000305152;OID=.;OPOS=1271429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:1:0:5:1:1:0 chr11 1272226 . A C 223.63 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.235157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.98;QD=49.6946;RBI=0.235374;REFB=0;REVB=0.0101051;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119999;OID=.;OPOS=1272226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:15:18:1:15:0:0:0:17:1:0:0 chr11 1272527 . C T 208.75 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.027766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2519;QD=25.3027;RBI=0.0277692;REFB=-0.0739146;REVB=-0.000424952;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474005;STB=0.538424;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0364006;OID=.;OPOS=1272527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:20:20:0.606061:12:8:4:8:12:8:4:9 chr11 1272858 . C T 719.7 PASS AF=0.979167;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.635;QD=59.9753;RBI=0.0235699;REFB=-0.178218;REVB=-0.00593755;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164853;STB=0.507933;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00107432;OID=.;OPOS=1272858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:48:1:1:44:47:0.979167:16:28:1:0:16:31:1:0 chr11 1307254 . G A 660.31 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00046073;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.612;QD=19.8589;RBI=0.0280868;REFB=0.00472371;REVB=0.028083;RO=64;SAF=35;SAR=31;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131519;STB=0.511529;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00450961;OID=.;OPOS=1307254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:64:67:66:66:0.496241:31:35:33:31:31:35:34:33 chr11 1467054 . A G 2067.38 PASS AF=0.440404;AO=216;DP=495;FAO=218;FDP=495;FR=.;FRO=277;FSAF=105;FSAR=113;FSRF=142;FSRR=135;FWDB=-0.0724577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.769;QD=16.7061;RBI=0.0755719;REFB=-0.01487;REVB=-0.0214707;RO=275;SAF=103;SAR=113;SRF=141;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363069;STB=0.517338;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0155655;OID=.;OPOS=1467054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:495:495:275:277:216:218:0.440404:113:103:141:134:113:105:142:135 chr11 1491096 . G A 430.55 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0143082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.922;QD=20.0258;RBI=0.0183394;REFB=-0.0295797;REVB=-0.011472;RO=43;SAF=9;SAR=34;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281483;STB=0.657691;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0182554;OID=.;OPOS=1491096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:34:9:20:23:34:9:20:23 chr11 1501670 . G C 1641.91 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0826;QD=60.2536;RBI=0.0699546;REFB=0;REVB=-0.0174594;RO=0;SAF=35;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282989;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:74:35:0:0:74:35:0:0 chr11 1502097 . A G 2691.98 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.151;QD=62.2423;RBI=0.0180701;REFB=0;REVB=-0.0093824;RO=0;SAF=95;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.77593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40278e-06;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:172:173:1:77:95:0:0:78:95:0:0 chr11 1507731 . A G 568.24 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.002;QD=59.8145;RBI=0.0148537;REFB=0;REVB=0.00681158;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186585;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:12:23:0:0:12:26:0:0 chr11 1576079 . C T 665.65 PASS AF=0.379808;AO=79;DP=209;FAO=79;FDP=208;FR=.;FRO=129;FSAF=74;FSAR=5;FSRF=114;FSRR=15;FWDB=-0.0187042;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.301;QD=12.801;RBI=0.0475242;REFB=-0.00719223;REVB=-0.0436888;RO=128;SAF=74;SAR=5;SRF=113;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195719;STB=0.611537;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0109954;OID=.;OPOS=1576079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:128:129:79:79:0.379808:5:74:113:15:5:74:114:15 chr11 1576137 . C T 542.49 PASS AF=0.369318;AO=63;DP=175;FAO=65;FDP=176;FR=.;FRO=111;FSAF=60;FSAR=5;FSRF=109;FSRR=2;FWDB=-0.000310014;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.025;QD=12.3292;RBI=0.00371635;REFB=-0.00282756;REVB=-0.0037034;RO=109;SAF=58;SAR=5;SRF=108;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377147;STB=0.667948;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0130513;OID=.;OPOS=1576137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:109:111:63:65:0.369318:5:58:108:1:5:60:109:2 chr11 1578539 . TGGGGGGC GTGGGGGC,TGGGGGCG 94.23 PASS AF=0.177419,0;AO=6,3;DP=79;FAO=11,0;FDP=62;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=41;FSAF=1,0;FSAR=10,0;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.163737,-0.205956;FXX=0.13887;HRUN=1,6;LEN=2,2;MLLD=21.1295,18.7925;QD=6.07916;RBI=0.221906,0.244608;REFB=-0.027153,-0.022271;REVB=-0.149774,-0.131967;RO=41;SAF=1,3;SAR=5,0;SRF=13;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.230324,0.596211;STB=0.840372,0.5;STBP=0.035,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0101343,0;OID=.,.;OPOS=1578539,1578545;OREF=TG,GC;OALT=GT,CG;OMAPALT=GTGGGGGC,TGGGGGCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:62:41:41:6,3:11,0:0.177419,0:5,0:1,3:13:28:10,0:1,0:17:24 chr11 1619030 . CGGGGAC CGGGACG 97.3 PASS AF=0.6;AO=8;DP=21;FAO=12;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0470054;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=3;MLLD=40.1724;QD=19.4596;RBI=0.152402;REFB=-0.11945;REVB=0.144972;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427785;STB=0.617437;STBP=0.24;TYPE=mnp;VARB=0.118039;OID=.;OPOS=1619034;OREF=GAC;OALT=ACG;OMAPALT=CGGGACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:8:21:12:20:8:3:9:4:4:55:8:1:7:4:4 chr11 1619396 . C T 67.45 PASS AF=0.45;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00187456;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.494;QD=13.4907;RBI=0.0492129;REFB=-0.0203277;REVB=0.0491771;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0174644;OID=.;OPOS=1619396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:8:9:0.45:4:4:5:6:4:5:5:6 chr11 1628965 . G A 510.44 PASS AF=0.647887;AO=45;DP=72;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0385297;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.826;QD=28.7571;RBI=0.0393971;REFB=-0.0276876;REVB=-0.00822173;RO=27;SAF=24;SAR=21;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668951;STB=0.520115;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0155103;OID=.;OPOS=1628965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:27:25:45:46:0.647887:21:24:17:10:21:25:15:10 chr11 1628992 . G A 290.7 PASS AF=0.694444;AO=24;DP=35;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0307059;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.081;QD=32.2999;RBI=0.0407856;REFB=-0.0385573;REVB=-0.0268442;RO=10;SAF=6;SAR=18;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365287;STB=0.524981;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0145816;OID=.;OPOS=1628992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:36:10:11:24:25:0.694444:18:6:2:8:19:6:2:9 chr11 1629693 . C T 131.48 PASS AF=0.5;AO=11;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0246489;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.9703;QD=20.2274;RBI=0.0564208;REFB=-0.0235972;REVB=-0.0507517;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221094;STB=0.553111;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0553298;OID=.;OPOS=1629693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:25:26:7:9:11:13:0.5:5:6:6:1:6:7:6:3 chr11 1642883 . G GC 408.7 PASS AF=1;AO=6;DP=39;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700768;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=108.947;QD=45.4113;RBI=0.123653;REFB=0;REVB=0.101879;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772668;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0020784;OID=.;OPOS=1642884;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:39:36:36:0:23:13:0:0:4:33:4:2:20:13 chr11 1642884 . A C 523.58 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325967;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.825;QD=59.8378;RBI=0.105408;REFB=0;REVB=0.100241;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324451;OID=.;OPOS=1642884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr11 1643225 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0489443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.988;QD=26.0261;RBI=0.0489443;REFB=-0.0695617;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0472174;OID=.;OPOS=1643225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr11 1643267 . G A 118.94 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0180113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.957;QD=13.2157;RBI=0.0321867;REFB=-0.0220613;REVB=-0.0266754;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172185;STB=0.599867;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0371354;OID=.;OPOS=1643267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:6:16:8:6:6:16 chr11 1651120 . G T 64.7 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0386296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.649;QD=11.2525;RBI=0.0413982;REFB=-0.0293372;REVB=-0.0148851;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583904;STB=0.509782;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0662536;OID=.;OPOS=1651120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:23:14:14:8:9:0.391304:5:3:6:8:5:4:6:8 chr11 1651140 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00196795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.646;QD=10.3901;RBI=0.0172866;REFB=-0.0201159;REVB=0.0171743;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312896;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0139509;OID=.;OPOS=1651140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:4:7:6:1:4:7 chr11 1651540 . C G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0824154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.245;QD=16.199;RBI=0.0826764;REFB=-0.0440412;REVB=0.00656403;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0298023;OID=.;OPOS=1651540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr11 1651830 . G T 353.55 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00540102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.937;QD=23.9698;RBI=0.0142565;REFB=-0.014088;REVB=0.0131938;RO=24;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318443;STB=0.5175;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00746735;OID=.;OPOS=1651830;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:16:19:12:12:16:19:12:12 chr11 1651917 . C T 196.54 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0362642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4549;QD=18.7182;RBI=0.0852124;REFB=-0.0191678;REVB=0.0771107;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135421;STB=0.576846;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0256942;OID=.;OPOS=1651917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:12:10:12:8:12:10 chr11 1652021 . C A 119.54 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0027292;FXX=0.0454442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.956;QD=11.3844;RBI=0.0432618;REFB=-0.0246638;REVB=-0.0431757;RO=28;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176372;STB=0.605901;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0409071;OID=.;OPOS=1652021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:4:10:16:12:4:10:16:12 chr11 1652103 . G C 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00229278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.918;QD=18.6753;RBI=0.0163345;REFB=-0.0316445;REVB=0.0161728;RO=31;SAF=22;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426537;STB=0.517926;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0302594;OID=.;OPOS=1652103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:10:22:20:11:10:22:21:11 chr11 1769226 . G T 183.09 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00368628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.727;QD=17.4372;RBI=0.0041936;REFB=-0.00807856;REVB=0.0019994;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304605;STB=0.704222;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0167181;OID=.;OPOS=1769226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:23:19:19:0.452381:6:13:7:13:6:13:7:16 chr11 1775245 . G A 409.14 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00371188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.965;QD=17.9839;RBI=0.0117529;REFB=-0.00849351;REVB=0.0111514;RO=49;SAF=19;SAR=23;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232141;STB=0.512964;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0114189;OID=.;OPOS=1775245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:23:19:21:28:23:19:21:28 chr11 1853107 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2675;QD=54.5155;RBI=0.0525174;REFB=0;REVB=0.0264386;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746041;OID=.;OPOS=1853107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:20:4:0:0:20:5:0:0 chr11 1855854 . G C 4463.86 PASS AF=0.904624;AO=300;DP=338;FAO=313;FDP=346;FR=.;FRO=33;FSAF=107;FSAR=206;FSRF=0;FSRR=33;FWDB=0.0188893;FXX=0.00288176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.505;QD=51.6054;RBI=0.0888667;REFB=-0.176872;REVB=0.0868359;RO=6;SAF=106;SAR=194;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145189;STB=0.537076;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00527473;OID=.;OPOS=1855854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:338:346:6:33:300:313:0.904624:194:106:0:6:206:107:0:33 chr11 1857173 . T C 1745.91 PASS AF=1;AO=86;DP=118;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319384;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.138;QD=60.7272;RBI=0.00494554;REFB=0;REVB=0.00377594;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40479e-05;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:118:115:0:0:86:115:1:47:39:0:0:62:53:0:0 chr11 1857747 . T C 1061.01 PASS AF=0.480176;AO=108;DP=226;FAO=109;FDP=227;FR=.;FRO=118;FSAF=66;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=-0.0365922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4057;QD=18.6962;RBI=0.0467503;REFB=0.0177236;REVB=-0.0290965;RO=116;SAF=65;SAR=43;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145584;STB=0.5821;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.019731;OID=.;OPOS=1857747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:116:118:108:109:0.480176:43:65:52:64:43:66:53:65 chr11 1857751 . C G 1145.91 PASS AF=0.487288;AO=115;DP=235;FAO=115;FDP=236;FR=.;FRO=121;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=69;FWDB=0.0169592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9034;QD=19.4222;RBI=0.0397849;REFB=-0.00601016;REVB=-0.0359893;RO=120;SAF=68;SAR=47;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15473;STB=0.583072;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00617615;OID=.;OPOS=1857751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:120:121:115:115:0.487288:47:68:51:69:47:68:52:69 chr11 1858572 . C T 844.74 PASS AF=0.592308;AO=77;DP=130;FAO=77;FDP=130;FR=.;FRO=53;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0344041;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.061;QD=25.9919;RBI=0.0382105;REFB=-0.0364354;REVB=0.0166253;RO=49;SAF=51;SAR=26;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116653;STB=0.574475;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0335537;OID=.;OPOS=1858572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:49:53:77:77:0.592308:26:51:25:24:26:51:26:27 chr11 1861760 . T C 3098.8 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499464;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.841;QD=63.8928;RBI=0.0592765;REFB=0;REVB=0.0319226;RO=0;SAF=103;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135457;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:194:0:0:194:194:1:91:103:0:0:91:103:0:0 chr11 1887806 . T A 671.92 PASS AF=0.527559;AO=65;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00576447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.622;QD=21.1628;RBI=0.032063;REFB=-0.0241605;REVB=0.0315406;RO=57;SAF=32;SAR=33;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140135;STB=0.518452;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0187371;OID=.;OPOS=1887806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:57:60:65:67:0.527559:33:32:29:28:35:32:31:29 chr11 1890971 . C A 296.71 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.016812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.84;QD=15.6165;RBI=0.0343155;REFB=-0.0211652;REVB=0.0299151;RO=43;SAF=15;SAR=18;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195359;STB=0.609864;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0152669;OID=.;OPOS=1890971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:18:15:28:15:18:15:28:15 chr11 1890990 . G A 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0532792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.496;QD=18.9488;RBI=0.0540985;REFB=-0.0536938;REVB=0.00937965;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288887;STB=0.526297;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0469935;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:27:28:28:0.509091:12:16:14:12:12:16:14:13 chr11 1902793 . A T 2122.06 PASS AF=0.488739;AO=125;DP=446;FAO=217;FDP=444;FR=.,HEALED;FRO=227;FSAF=72;FSAR=145;FSRF=74;FSRR=153;FWDB=0.0289811;FXX=0.013333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6569;QD=19.1177;RBI=0.0569557;REFB=-0.0103074;REVB=-0.0490311;RO=148;SAF=15;SAR=110;SRF=27;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127973;STB=0.503354;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0131656;OID=.;OPOS=1902793;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:444:148:227:125:217:0.488739:110:15:27:121:145:72:74:153 chr11 1910703 . GGGGTG GGGGCG,TGGGGC 302.14 PASS AF=0.791667,0.208333;AO=10,5;DP=24;FAO=19,5;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=12,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633189,0.0293152;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,6;MLLD=117.99,110.529;QD=50.3558;RBI=0.0820971,0.0293278;REFB=0,0;REVB=0.0522556,-0.000858227;RO=0;SAF=5,0;SAR=5,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00181182,0.0622045;OID=.,.;OPOS=1910707,1910703;OREF=T,GGGGTG;OALT=C,TGGGGC;OMAPALT=GGGGCG,TGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:24:24:0:0:10,5:19,5:0.791667,0.208333:5,5:5,0:0:0:12,5:7,0:0:0 chr11 1911115 . T C 375.81 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.457;QD=55.675;RBI=0.0226801;REFB=0;REVB=0.0149604;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242302;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:13:14:0:0 chr11 1993975 . C A 1935.68 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0351491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.586;QD=60.9663;RBI=0.0365414;REFB=-0.0561103;REVB=0.00999095;RO=1;SAF=52;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090495;STB=0.504761;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000744378;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:127:1:1:125:126:0.992126:73:52:1:0:74:52:1:0 chr11 2016908 . G A 169.62 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00604554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.48;QD=16.5478;RBI=0.0206218;REFB=-0.0116676;REVB=0.0197157;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674485;STB=0.547119;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0153489;OID=.;OPOS=2016908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:6:12:16:6:6:12:17:6 chr11 2167543 . T G 287.57 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0112783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.772;QD=15.9759;RBI=0.0316408;REFB=-0.0130472;REVB=0.0295625;RO=40;SAF=21;SAR=11;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254515;STB=0.643517;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0172778;OID=.;OPOS=2167543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:11:21:16:24:11:21:16:24 chr11 2167618 . A G 319.13 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.000824376;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1219;QD=15.5673;RBI=0.0371316;REFB=-0.0292177;REVB=-0.0371225;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193136;STB=0.608362;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0381946;OID=.;OPOS=2167618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:47:47:35:35:0.426829:18:17:14:33:18:17:14:33 chr11 2168375 . G C 291.71 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0114963;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.6881;QD=16.6691;RBI=0.0115914;REFB=0.0175122;REVB=0.00148166;RO=36;SAF=8;SAR=24;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670383;STB=0.516119;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0182569;OID=.;OPOS=2168375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:36:37:32:33:0.471429:24:8:11:25:24:9:11:26 chr11 2169014 . A G 262.61 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0116263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3463;QD=12.656;RBI=0.0116366;REFB=-0.0251149;REVB=-0.000488292;RO=52;SAF=10;SAR=21;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187557;STB=0.510746;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0474789;OID=.;OPOS=2169014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:21:10:16:36:21:10:16:36 chr11 2181060 . T G 127.8 PASS AF=0.207921;AO=14;DP=101;FAO=21;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.0112204;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.51;QD=5.06139;RBI=0.0115174;REFB=-0.00852526;REVB=-0.0025989;RO=54;SAF=14;SAR=0;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.735228;STB=0.906071;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0220211;OID=.;OPOS=2181060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:80:14:21:0.207921:0:14:30:24:2:19:31:49 chr11 2323029 . T C 349.86 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=43;FWDB=-0.00346734;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.146;QD=15.0475;RBI=0.0209665;REFB=-0.0162018;REVB=-0.0206778;RO=56;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235058;STB=0.627959;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0239511;OID=.;OPOS=2323029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:56:55:38:38:0.408602:22:16:12:44:22:16:12:43 chr11 2324041 . A G 289.37 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0164028;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.617;QD=21.0448;RBI=0.0612436;REFB=-0.0150703;REVB=-0.0590061;RO=21;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426827;STB=0.506079;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.016453;OID=.;OPOS=2324041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:25:30:30:0.545455:14:16:10:11:14:16:13:12 chr11 2329995 . C T 699.08 PASS AF=0.436782;AO=76;DP=174;FAO=76;FDP=174;FR=.;FRO=98;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=67;FWDB=0.0024681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0176;QD=16.0708;RBI=0.0123597;REFB=-0.0198958;REVB=-0.0121108;RO=97;SAF=33;SAR=43;SRF=31;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119873;STB=0.56877;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0232042;OID=.;OPOS=2329995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:97:98:76:76:0.436782:43:33:31:66:43:33:31:67 chr11 2330563 . C T 1078.09 PASS AF=0.434944;AO=117;DP=270;FAO=117;FDP=269;FR=.;FRO=152;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=58;FSRR=94;FWDB=0.0119344;FXX=0.00370357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.5;QD=16.0311;RBI=0.0172531;REFB=-0.0312664;REVB=-0.0124595;RO=148;SAF=52;SAR=65;SRF=55;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750031;STB=0.53625;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0344121;OID=.;OPOS=2330563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:148:152:117:117:0.434944:65:52:55:93:65:52:58:94 chr11 2337218 . G A 702.79 PASS AF=0.577586;AO=67;DP=116;FAO=67;FDP=116;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.011326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.344;QD=24.2342;RBI=0.0225221;REFB=-0.0143897;REVB=0.019467;RO=49;SAF=29;SAR=38;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446152;STB=0.524335;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00941382;OID=.;OPOS=2337218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:49:49:67:67:0.577586:38:29:24:25:38:29:24:25 chr11 2343016 . C T 224.78 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00582578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4189;QD=13.0306;RBI=0.00926381;REFB=-0.0158082;REVB=0.00720267;RO=42;SAF=16;SAR=11;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056062;STB=0.532035;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0233211;OID=.;OPOS=2343016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:11:16:27:15:11:16:27:15 chr11 2424684 . A C 1351.86 PASS AF=1;AO=48;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.798;QD=62.8774;RBI=0.0944091;REFB=0;REVB=0.0783953;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427308;OID=.;OPOS=2424684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:48:86:1:20:28:0:0:45:41:0:0 chr11 2427291 . A C 756.35 PASS AF=0.435644;AO=60;DP=205;FAO=88;FDP=202;FR=.,HEALED;FRO=113;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=-0.0320588;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.9481;QD=14.9772;RBI=0.0321061;REFB=-0.00489855;REVB=0.00174341;RO=110;SAF=21;SAR=39;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134521;STB=0.552932;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0406964;OID=.;OPOS=2427291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:202:110:113:60:88:0.435644:39:21:51:59:54:34:54:59 chr11 2432964 . T C 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.393;QD=60.029;RBI=0.0262796;REFB=0;REVB=0.00749086;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16828e-05;OID=.;OPOS=2432964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr11 2435946 . A G 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00530092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.023;QD=11.4256;RBI=0.0244415;REFB=-0.0161949;REVB=-0.0238597;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180617;STB=0.60478;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0325972;OID=.;OPOS=2435946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:9:12:15:22:9:12:15:22 chr11 2435956 . C T 226.99 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00823236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.871;QD=13.5516;RBI=0.0165266;REFB=-0.0188716;REVB=-0.0143303;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175695;STB=0.592038;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0438119;OID=.;OPOS=2435956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:40:27:27:0.402985:12:15:15:24:12:15:16:24 chr11 2439542 . A G 758.9 PASS AF=0.503226;AO=75;DP=153;FAO=78;FDP=155;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.000474072;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.338;QD=19.5844;RBI=0.00843211;REFB=-0.0114196;REVB=-0.00841877;RO=76;SAF=32;SAR=43;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556225;STB=0.528874;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00513162;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:76:77:75:78:0.503226:43:32:37:39:44:34:38:39 chr11 2439767 . T C 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00948621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.306;QD=23.6162;RBI=0.0292525;REFB=0.00154016;REVB=-0.0276717;RO=23;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161296;STB=0.588823;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00118338;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:20:13:14:9:20:13:14:9 chr11 2610034 . C G 602.08 PASS AF=0.516949;AO=55;DP=118;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.00335011;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=91.2327;QD=20.4094;RBI=0.0455832;REFB=-0.00511523;REVB=-0.0454599;RO=39;SAF=18;SAR=37;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521622;STB=0.511901;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00461935;OID=.;OPOS=2610034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:39:57:55:61:0.516949:37:18:13:26:43:18:18:39 chr11 2869089 . C G 32.98 PASS AF=0.0407609;AO=18;DP=375;FAO=15;FDP=368;FR=.,HEALED;FRO=345;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=180;FSRR=165;FWDB=-0.269806;FXX=0.023872;HRUN=7;LEN=1;MLLD=23.0298;QD=0.358494;RBI=0.270475;REFB=-0.0242229;REVB=0.0190024;RO=175;SAF=0;SAR=18;SRF=55;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567531;STB=0.741616;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0686566;OID=.;OPOS=2869089;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:375:368:175:345:18:15:0.0407609:18:0:55:120:11:4:180:165 chr11 2870108 . A G 1593.92 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209353;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.139;QD=60.1478;RBI=0.0221096;REFB=0;REVB=0.00710979;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44262e-06;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:65:41:0:0:65:41:0:0 chr11 2924610 . G A 2129.05 PASS AF=0.971831;AO=137;DP=142;FAO=138;FDP=142;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0102618;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.277;QD=59.9732;RBI=0.0106097;REFB=-0.129391;REVB=-0.00269457;RO=1;SAF=69;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684033;STB=0.513887;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000646179;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:142:142:1:4:137:138:0.971831:68:69:1:0:68:70:4:0 chr11 2929552 . A G 1073.48 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.06;QD=58.821;RBI=0.0095183;REFB=0;REVB=-0.00495579;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02901e-05;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:73:0:0:64:73:1:36:28:0:0:37:36:0:0 chr11 2999507 . G T 1694.69 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157541;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.247;QD=60.5245;RBI=0.0158206;REFB=0;REVB=0.00144994;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09826e-05;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:112:0:0:112:112:1:62:50:0:0:62:50:0:0 chr11 3109403 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.351;QD=57.8848;RBI=0.0150101;REFB=0;REVB=0.0147127;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05877e-05;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr11 3109408 . C T 1018.34 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.758;QD=58.1907;RBI=0.0603848;REFB=-0.0513478;REVB=0.0591057;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145434;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178337;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:1:0:69:70:1:32:37:0:1:33:37:0:0 chr11 3243346 . C T 147.21 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00598904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0742;QD=17.3189;RBI=0.0638357;REFB=0.00267702;REVB=0.0635542;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184693;STB=0.606161;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000334191;OID=.;OPOS=3243346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:9:9:11:5:9:9 chr11 3243367 . G T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00836471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.83;QD=12.183;RBI=0.0106676;REFB=-0.0215298;REVB=0.00662034;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20027;STB=0.618812;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0241148;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:9:6:6:4:9:6 chr11 3243427 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00976762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.15;QD=16.5358;RBI=0.0104254;REFB=-0.00395302;REVB=0.00364443;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757583;STB=0.54343;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00559271;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:12:11:10:8:12:11 chr11 3243638 . A G 384.86 PASS AF=0.362205;AO=44;DP=129;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.0351478;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.495;QD=12.1215;RBI=0.0361092;REFB=-0.0123091;REVB=-0.0082767;RO=85;SAF=16;SAR=28;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028043;STB=0.516481;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.021633;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:85:81:44:46:0.362205:28:16:29:56:29:17:28:53 chr11 3243665 . C T 430.17 PASS AF=0.384615;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=59;FWDB=0.0001722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.046;QD=13.2359;RBI=0.00386553;REFB=-0.0148681;REVB=0.00386169;RO=80;SAF=17;SAR=33;SRF=21;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974948;STB=0.554983;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0235799;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:80:80:50:50:0.384615:33:17:21:59:33:17:21:59 chr11 3243673 . G C 399.0 PASS AF=0.371212;AO=47;DP=131;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=59;FWDB=-0.00801499;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2059;QD=12.091;RBI=0.0203216;REFB=0.000740423;REVB=0.0186743;RO=84;SAF=14;SAR=33;SRF=25;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000339475;STB=0.52721;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00261686;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:84:83:47:49:0.371212:33:14:25:59:33:16:24:59 chr11 3243909 . G A 60.85 PASS AF=0.272727;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.017965;FXX=0.0294031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=93.66;QD=7.37552;RBI=0.0993741;REFB=-0.00653333;REVB=-0.0977367;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306466;STB=0.694188;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.11113;OID=.;OPOS=3243909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:30:33:22:24:8:9:0.272727:6:2:11:11:7:2:11:13 chr11 3244005 . TC T 1600.79 PASS AF=1;AO=131;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.2286;QD=46.3997;RBI=0.154736;REFB=0;REVB=-0.0562987;RO=0;SAF=51;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00110274;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:131:136:138:138:0:53:85:0:0:29:0:51:80:0:0 chr11 3249552 . C T 386.71 PASS AF=0.31875;AO=51;DP=160;FAO=51;FDP=160;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=66;FWDB=0.0289691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.677;QD=9.66783;RBI=0.0393926;REFB=-0.0255924;REVB=-0.0266939;RO=109;SAF=27;SAR=24;SRF=43;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157992;STB=0.591206;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0481531;OID=.;OPOS=3249552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:109:109:51:51:0.31875:24:27:43:66:24:27:43:66 chr11 3249829 . G A 1015.41 PASS AF=0.477273;AO=104;DP=219;FAO=105;FDP=220;FR=.;FRO=115;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=-0.00781029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.676;QD=18.4619;RBI=0.0116471;REFB=-0.0184732;REVB=0.00864027;RO=115;SAF=43;SAR=61;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876072;STB=0.550302;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0202156;OID=.;OPOS=3249829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:115:115:104:105:0.477273:61:43:58:57:62:43:58:57 chr11 3249984 . C T 767.33 PASS AF=0.576;AO=72;DP=125;FAO=72;FDP=125;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0129405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.964;QD=24.5545;RBI=0.0431298;REFB=-0.0292807;REVB=-0.0411427;RO=53;SAF=33;SAR=39;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638476;STB=0.534764;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0193638;OID=.;OPOS=3249984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:53:53:72:72:0.576:39:33:20:33:39:33:20:33 chr11 3361087 . T C 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0359905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.054;QD=15.7384;RBI=0.0360814;REFB=-0.0146514;REVB=0.00255895;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14634;STB=0.574395;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0114503;OID=.;OPOS=3361087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:16:13:21:14:16:13:21:15 chr11 3381369 . G C 434.38 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00407051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.475;QD=23.8016;RBI=0.0110975;REFB=-0.0201905;REVB=-0.010324;RO=31;SAF=25;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372831;STB=0.520474;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0118585;OID=.;OPOS=3381369;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:17:25:17:14:17:25:17:14 chr11 3436490 . C T 654.81 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156366;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1147;QD=62.3632;RBI=0.0713407;REFB=0;REVB=0.0696059;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361829;OID=.;OPOS=3436490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr11 3436492 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.148;QD=62.3501;RBI=0.0279941;REFB=0;REVB=0.0236481;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97588e-05;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr11 3659993 . G T 560.87 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00487368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.1;QD=21.7812;RBI=0.00874963;REFB=-0.0164649;REVB=0.00726658;RO=47;SAF=36;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132854;STB=0.573056;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0176564;OID=.;OPOS=3659993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:20:36:23:24:20:36:23:24 chr11 3661140 . T C 1446.53 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.129;QD=62.2162;RBI=0.0223291;REFB=0;REVB=0.012003;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24247e-05;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:85:93:0:0:85:93:1:49:36:0:0:54:39:0:0 chr11 3661585 . A ATGG 648.81 PASS AF=0.892857;AO=50;DP=58;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00411918;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=3;MLLD=182.201;QD=46.3432;RBI=0.00413992;REFB=-0.0330865;REVB=-0.000413802;RO=6;SAF=21;SAR=29;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164409;STB=0.508768;STBP=0.752;TYPE=ins;VARB=0.00420377;OID=.;OPOS=3661586;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892857:50:58:50:56:6:21:29:3:3:30:6:21:29:3:3 chr11 3681519 . T C 381.47 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0140108;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.97;QD=16.7681;RBI=0.0479828;REFB=-0.0150482;REVB=-0.0458916;RO=50;SAF=16;SAR=24;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234884;STB=0.636297;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0227906;OID=.;OPOS=3681519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:51:40:40:0.43956:24:16:32:18:24:16:33:18 chr11 4103524 . A G 439.45 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0330975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8975;QD=15.8361;RBI=0.0427429;REFB=0.0076174;REVB=0.0270463;RO=62;SAF=19;SAR=30;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821997;STB=0.546056;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.0103269;OID=.;OPOS=4103524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:49:49:0.441441:30:19:29:33:30:19:29:33 chr11 4113200 . A G 631.59 PASS AF=0.5;AO=63;DP=129;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0305325;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.622;QD=19.7372;RBI=0.0314278;REFB=-0.0258383;REVB=0.00744786;RO=64;SAF=30;SAR=33;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786324;STB=0.538993;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0290661;OID=.;OPOS=4113200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:64:64:63:64:0.5:33:30:36:28:33:31:36:28 chr11 4141132 . C A 422.33 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0227333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.873;QD=20.8556;RBI=0.0305897;REFB=-0.015287;REVB=-0.0204676;RO=39;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111535;STB=0.50617;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0146069;OID=.;OPOS=4141132;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:21:21:20:19:21:21:20:19 chr11 4159457 . A G 285.09 PASS AF=0.333333;AO=37;DP=111;FAO=37;FDP=111;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0421877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4475;QD=10.2734;RBI=0.057076;REFB=-0.00990397;REVB=0.038443;RO=74;SAF=19;SAR=18;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062172;STB=0.535973;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0215748;OID=.;OPOS=4159457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:74:74:37:37:0.333333:18:19:34:40:18:19:34:40 chr11 4159466 . G A 1644.54 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454394;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.603;QD=60.3502;RBI=0.0503126;REFB=0;REVB=0.0216015;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161288;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:56:53:0:0:56:53:0:0 chr11 4388905 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0231163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.601;QD=19.5231;RBI=0.0301157;REFB=0.000399218;REVB=0.0193026;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584636;STB=0.533285;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.000497359;OID=.;OPOS=4388905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:6:6:8:6:6:6 chr11 4389404 . AG A 581.78 PASS AF=0.546053;AO=78;DP=148;FAO=83;FDP=152;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.117426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.9738;QD=15.3099;RBI=0.12619;REFB=0.00194041;REVB=0.0462077;RO=69;SAF=24;SAR=54;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10771;STB=0.568218;STBP=0.079;TYPE=del;VARB=-0.00450802;OID=.;OPOS=4389405;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.546053:78:148:83:152:69:24:59:29:40:99:69:24:54:29:40 chr11 4389587 . G C 67.33 PASS AF=0.45;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00958925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.002;QD=13.4661;RBI=0.0129415;REFB=-0.00295885;REVB=0.00869078;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198782;STB=0.650867;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0113288;OID=.;OPOS=4389587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:9:11:9:9:0.45:5:4:2:7:5:4:2:9 chr11 4592708 . C CAG 540.79 PASS AF=0.322581;AO=69;DP=222;FAO=70;FDP=217;FR=.;FRO=147;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=94;FWDB=-0.00389318;FXX=0.0225215;HRUN=1;LEN=2;MLLD=280.83;QD=9.96853;RBI=0.0169264;REFB=0.00494896;REVB=-0.0164726;RO=147;SAF=35;SAR=34;SRF=53;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173397;STB=0.594444;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=-0.00836935;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:69:222:70:217:147:35:35:53:94:99:147:35:34:53:94 chr11 4608542 . C T 363.6 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0234731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.714;QD=12.3253;RBI=0.023673;REFB=-0.00883893;REVB=0.00306978;RO=72;SAF=16;SAR=28;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152691;STB=0.59617;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0152585;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:72:74:44:44:0.372881:28:16:36:36:28:16:38:36 chr11 4615234 . A G 239.7 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0283946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.449;QD=18.0907;RBI=0.0288106;REFB=-0.0130458;REVB=0.00487843;RO=27;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159316;STB=0.572684;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0152593;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:27:25:26:0.490566:8:17:14:13:9:17:14:13 chr11 4615390 . C T 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0405791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1584;QD=57.8348;RBI=0.0444465;REFB=-0.099501;REVB=0.0181336;RO=1;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160211;STB=0.508472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00126721;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:29:40:0:1:29:40:0:1 chr11 4615508 . C G 544.67 PASS AF=0.330189;AO=70;DP=212;FAO=70;FDP=212;FR=.;FRO=142;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=80;FSRR=62;FWDB=-0.00359279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7165;QD=10.2767;RBI=0.0624253;REFB=-0.000161023;REVB=-0.0623218;RO=141;SAF=38;SAR=32;SRF=79;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204732;STB=0.513877;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-7.25019e-05;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:141:142:70:70:0.330189:32:38:79:62:32:38:80:62 chr11 4675158 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00236144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.06;QD=13.2063;RBI=0.139976;REFB=-0.0243478;REVB=-0.139956;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168138;STB=0.599699;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0284082;OID=.;OPOS=4675158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:5:1:2:4:5:1 chr11 4675822 . G A 752.98 PASS AF=0.541353;AO=71;DP=133;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00768525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.494;QD=22.6459;RBI=0.0507532;REFB=-0.0255264;REVB=0.050168;RO=60;SAF=26;SAR=45;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880342;STB=0.540264;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0221604;OID=.;OPOS=4675822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:60:61:71:72:0.541353:45:26:28:32:45:27:28:33 chr11 4703165 . C A 766.03 PASS AF=0.455056;AO=81;DP=178;FAO=81;FDP=178;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=62;FWDB=-0.0548826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5089;QD=17.2141;RBI=0.0551624;REFB=-0.0098327;REVB=-0.00554869;RO=95;SAF=41;SAR=40;SRF=33;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154716;STB=0.579045;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.012083;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:95:97:81:81:0.455056:40:41:33:62:40:41:35:62 chr11 4711986 . T C 257.11 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0211725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.971;QD=10.8255;RBI=0.0475145;REFB=-0.00387226;REVB=-0.0425365;RO=61;SAF=22;SAR=10;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332131;STB=0.691886;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.01022;OID=.;OPOS=4711986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:61:63:32:32:0.336842:10:22:24:37:10:22:25:38 chr11 4712353 . T C 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0558878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.823;QD=21.2771;RBI=0.0570463;REFB=0.00258;REVB=0.0114386;RO=34;SAF=12;SAR=27;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713975;STB=0.539548;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00187615;OID=.;OPOS=4712353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:27:12:13:21:27:12:13:21 chr11 4730985 . C T 1095.41 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6071;QD=60.0222;RBI=0.0707575;REFB=0;REVB=0.0342137;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304099;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:38:32:0:0:38:35:0:0 chr11 4731180 . G A 4377.05 PASS AF=1;AO=276;DP=277;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149672;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9139;QD=63.2064;RBI=0.0151384;REFB=0;REVB=0.00227033;RO=0;SAF=141;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66983e-06;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:277:277:0:0:276:277:1:135:141:0:0:135:142:0:0 chr11 4731468 . G A 349.83 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00894918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4803;QD=15.2101;RBI=0.011934;REFB=-0.0111628;REVB=0.00789508;RO=54;SAF=25;SAR=13;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112851;STB=0.56399;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0200522;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:13:25:30:24:13:25:30:24 chr11 4731583 . C T 2777.82 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01938;FXX=0.0111726;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.727;QD=62.7755;RBI=0.0364984;REFB=0;REVB=0.0309281;RO=0;SAF=89;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64264e-05;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:177:0:0:177:177:1:88:89:0:0:88:89:0:0 chr11 4928621 . G A 3053.59 PASS AF=1;AO=196;DP=197;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0656089;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.887;QD=61.0718;RBI=0.066658;REFB=-0.0791572;REVB=0.0117794;RO=1;SAF=107;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532115;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183351;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:200:1:0:196:200:1:89:107:0:1:93:107:0:0 chr11 4929061 . C G 732.61 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619163;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.54;QD=63.705;RBI=0.0619545;REFB=0;REVB=0.00217461;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456329;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr11 4945229 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.542;QD=58.1417;RBI=0.0366778;REFB=0;REVB=0.0365619;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031347;OID=.;OPOS=4945229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr11 4964753 . A G 3149.61 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.762;QD=61.7571;RBI=0.0182878;REFB=0;REVB=-0.0174667;RO=0;SAF=86;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.34231e-06;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:204:0:0:203:204:1:117:86:0:0:118:86:0:0 chr11 4965301 . G T 1529.0 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000921539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6001;QD=62.4083;RBI=0.0194724;REFB=-0.0337403;REVB=0.0194506;RO=1;SAF=59;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797015;STB=0.504131;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00671578;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:98:1:1:95:97:0.989796:36:59:1:0:37:60:1:0 chr11 4967468 . G A 4004.77 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.476;QD=61.8497;RBI=0.0322285;REFB=-0.059392;REVB=0.0318628;RO=1;SAF=145;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420018;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61035e-05;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:259:259:1:0:258:259:1:113:145:0:1:114:145:0:0 chr11 4968198 . C A 1189.11 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00288642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5726;QD=57.3065;RBI=0.128169;REFB=-0.0211176;REVB=-0.128136;RO=3;SAF=27;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249378;STB=0.513185;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00309362;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:3:3:80:80:0.963855:53:27:2:1:53:27:2:1 chr11 4976145 . C G 366.93 PASS AF=1;AO=6;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6077;QD=56.4501;RBI=0.153616;REFB=0;REVB=0.143893;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00454033;OID=.;OPOS=4976145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:6:26:1:3:3:0:0:23:3:0:0 chr11 4976291 . G A 1527.42 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.224;QD=59.8988;RBI=0.0444856;REFB=0;REVB=-0.00476368;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24759e-05;OID=.;OPOS=4976291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:56:44:0:0:58:44:0:0 chr11 5010905 . A G 862.15 PASS AF=0.521212;AO=85;DP=165;FAO=86;FDP=165;FR=.;FRO=79;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0158104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.418;QD=20.9006;RBI=0.0277652;REFB=-0.0102339;REVB=0.0228241;RO=79;SAF=43;SAR=42;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337578;STB=0.515661;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0102918;OID=.;OPOS=5010905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:79:79:85:86:0.521212:42:43:43:36:42:44:43:36 chr11 5013421 . GTTT GTTG,GTTGT,GTT 511.69 PASS AF=0.150685,0.438356,0.260274;AO=19,18,11;DP=77;FAO=11,32,19;FDP=73;FR=.;FRO=11;FSAF=5,18,17;FSAR=6,14,2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00779763,0.00756784,0.0393328;FXX=0.0266631;HRUN=10,0,10;LEN=1,1,1;MLLD=208.253,209.511,3.73382;QD=28.0379;RBI=0.031165,0.0289236,0.215707;REFB=-0.0381152,-0.0355283,-0.298897;REVB=0.0301737,0.0279159,0.21209;RO=14;SAF=11,11,11;SAR=8,7,0;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.16642,-0.149277,0.766218;STB=0.677128,0.567527,0.566589;STBP=0.119,0.16,0.517;TYPE=snp,ins,del;VARB=-0.00125616,0.00968565,0.203189;OID=.,.,.;OPOS=5013424,5013424,5013422;OREF=T,-,T;OALT=G,G,-;OMAPALT=GTTG,GTTGT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.150685,0.438356,0.260274:19,18,11:77:11,32,19:73:11:5,18,17:6,14,2:9:2:79:14:11,11,11:8,7,0:11:3 chr11 5020416 . A G 2298.36 PASS AF=1;AO=134;DP=142;FAO=154;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.639;QD=59.6977;RBI=0.0931686;REFB=0;REVB=0.0152072;RO=0;SAF=56;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591749;OID=.;OPOS=5020416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:142:154:0:0:134:154:1:78:56:0:0:79:75:0:0 chr11 5020509 . C T 1702.08 PASS AF=0.593156;AO=156;DP=263;FAO=156;FDP=263;FR=.;FRO=107;FSAF=89;FSAR=67;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=-0.0059736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.949;QD=25.8871;RBI=0.00652072;REFB=-0.0157261;REVB=0.00261455;RO=107;SAF=89;SAR=67;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712275;STB=0.53854;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0116187;OID=.;OPOS=5020509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:107:107:156:156:0.593156:67:89:51:56:67:89:51:56 chr11 5020799 . C T 871.36 PASS AF=0.488889;AO=87;DP=179;FAO=88;FDP=180;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0273296;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.117;QD=19.3635;RBI=0.0282367;REFB=-0.00657044;REVB=-0.00709956;RO=91;SAF=38;SAR=49;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437662;STB=0.518085;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00673055;OID=.;OPOS=5020799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:91:92:87:88:0.488889:49:38:44:47:49:39:44:48 chr11 5020832 . C T 828.82 PASS AF=0.482955;AO=85;DP=176;FAO=85;FDP=176;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.0391207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8892;QD=18.8368;RBI=0.0407184;REFB=-0.0138337;REVB=0.0112943;RO=91;SAF=36;SAR=49;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775594;STB=0.542816;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0127314;OID=.;OPOS=5020832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:91:91:85:85:0.482955:49:36:46:45:49:36:46:45 chr11 5067984 . A G 1494.84 PASS AF=0.491909;AO=152;DP=309;FAO=152;FDP=309;FR=.;FRO=157;FSAF=75;FSAR=77;FSRF=77;FSRR=80;FWDB=0.00629982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.587;QD=19.3507;RBI=0.0168038;REFB=-0.0157123;REVB=-0.0155782;RO=157;SAF=75;SAR=77;SRF=77;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00275457;STB=0.501512;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0143815;OID=.;OPOS=5067984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:157:157:152:152:0.491909:77:75:77:80:77:75:77:80 chr11 5068137 . G A 326.97 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0480253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.127;QD=17.674;RBI=0.0484331;REFB=-0.01813;REVB=-0.00627124;RO=39;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999176;STB=0.505586;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0397957;OID=.;OPOS=5068137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:23:12:13:26:23:12:13:26 chr11 5068177 . A T 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.033388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.544;QD=17.8391;RBI=0.0333887;REFB=0.00263742;REVB=-0.000205269;RO=14;SAF=1;SAR=13;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186725;STB=0.609191;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00348174;OID=.;OPOS=5068177;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:13:1:2:12:13:1:2:12 chr11 5068661 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00957136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.442;QD=14.6499;RBI=0.0226217;REFB=0.00589173;REVB=0.0204971;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195189;STB=0.599867;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0077565;OID=.;OPOS=5068661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:19:14:14:0.424242:8:6:4:13:8:6:5:14 chr11 5079946 . C T 380.97 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00153002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.998;QD=14.3764;RBI=0.00366186;REFB=-0.0119639;REVB=0.00332689;RO=62;SAF=16;SAR=28;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129072;STB=0.57292;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0126247;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:28:16:30:32:28:16:30:32 chr11 5080068 . G A 222.85 PASS AF=0.462963;AO=23;DP=52;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0120693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.937;QD=16.5075;RBI=0.0120693;REFB=-0.0209696;REVB=-4.34721e-05;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171701;STB=0.611801;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0259816;OID=.;OPOS=5080068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:29:29:23:25:0.462963:15:8:15:14:17:8:15:14 chr11 5080234 . T C 297.03 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0101118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.237;QD=36.0038;RBI=0.0239062;REFB=-0.0392525;REVB=0.0216623;RO=8;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10403;STB=0.556479;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00941172;OID=.;OPOS=5080234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:17:8:1:7:17:8:1:7 chr11 5141902 . T C 304.17 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00351511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.768;QD=17.381;RBI=0.0308547;REFB=-0.0136256;REVB=0.0306538;RO=37;SAF=20;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154313;STB=0.508639;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0139092;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:13:20:23:14:13:20:23:14 chr11 5141980 . A G 279.07 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00357491;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.806;QD=14.3111;RBI=0.0128805;REFB=-0.0307994;REVB=-0.0123745;RO=46;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178629;STB=0.501628;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0551875;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:31:32:0.410256:17:14:20:26:18:14:20:26 chr11 5142134 . C T 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.00520791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.834;QD=8.46437;RBI=0.0109523;REFB=0.000475256;REVB=0.00963483;RO=38;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215275;STB=0.627947;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00132138;OID=.;OPOS=5142134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:9:6:9:29:9:6:9:29 chr11 5142270 . T G 616.04 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0182713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.138;QD=23.4683;RBI=0.0184809;REFB=0.0065855;REVB=-0.00277572;RO=45;SAF=25;SAR=35;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134786;STB=0.507363;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00492593;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:45:60:60:0.571429:35:25:18:27:35:25:18:27 chr11 5142549 . T C 569.64 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.00712243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.788;QD=17.3935;RBI=0.0073212;REFB=-0.0135258;REVB=-0.00169436;RO=71;SAF=20;SAR=40;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651342;STB=0.536301;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0196232;OID=.;OPOS=5142549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:71:60:60:0.458015:40:20:28:43:40:20:28:43 chr11 5153261 . A G 505.86 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0228042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.019;QD=16.3181;RBI=0.0229261;REFB=-0.00928389;REVB=-0.00236112;RO=69;SAF=12;SAR=43;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289599;STB=0.663329;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0164089;OID=.;OPOS=5153261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:43:12:32:37:43:12:32:37 chr11 5172786 . A G 1771.04 PASS AF=1;AO=96;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201273;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.064;QD=60.5483;RBI=0.0329929;REFB=0;REVB=0.0329315;RO=0;SAF=35;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154632;OID=.;OPOS=5172786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:96:117:1:61:35:0:0:79:38:0:0 chr11 5269583 . GTGA AGAG 1859.12 PASS AF=0.991935;AO=119;DP=128;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228233;FXX=0.0312476;HRUN=1;LEN=4;MLLD=322.551;QD=59.9716;RBI=0.030098;REFB=-0.125123;REVB=0.0196211;RO=1;SAF=58;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811923;STB=0.504273;STBP=0.32;TYPE=mnp;VARB=0.000522695;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:124:1:1:119:123:0.991935:61:58:1:0:65:58:1:0 chr11 5322737 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.422;QD=59.6792;RBI=0.0226646;REFB=0;REVB=-0.00276991;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52108e-05;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr11 5323071 . C T 2083.77 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.027;QD=62.6699;RBI=0.00889028;REFB=0;REVB=0.00700375;RO=0;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9951e-06;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:65:67:0:0:65:68:0:0 chr11 5372863 . T A 626.74 PASS AF=0.408046;AO=71;DP=175;FAO=71;FDP=174;FR=.;FRO=103;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=65;FWDB=0.0160682;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.314;QD=14.4079;RBI=0.0254596;REFB=-0.00904263;REVB=0.0197485;RO=101;SAF=42;SAR=29;SRF=38;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223022;STB=0.62983;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.010399;OID=.;OPOS=5372863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:101:103:71:71:0.408046:29:42:38:63:29:42:38:65 chr11 5373114 . G A 1498.02 PASS AF=0.495146;AO=151;DP=309;FAO=153;FDP=309;FR=.;FRO=156;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=80;FSRR=76;FWDB=0.0103689;FXX=0.0127791;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.283;QD=19.3918;RBI=0.017556;REFB=-0.00980256;REVB=-0.0141668;RO=149;SAF=79;SAR=72;SRF=76;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119041;STB=0.508396;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00838814;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:149:156:151:153:0.495146:72:79:76:73:72:81:80:76 chr11 5410934 . T G 1078.61 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4047;QD=59.1018;RBI=0.0953734;REFB=0;REVB=0.0429955;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080122;OID=.;OPOS=5410934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:40:32:0:0:41:32:0:0 chr11 5411031 . C T 489.77 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00840562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1575;QD=55.9731;RBI=0.0403893;REFB=-0.0349296;REVB=0.0395049;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00751806;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:0:1:15:19:0:1 chr11 5411239 . T C 1025.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.767;QD=59.4433;RBI=0.0459828;REFB=0;REVB=0.0438045;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135987;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr11 5411395 . C A 2743.24 PASS AF=0.994413;AO=175;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.16;QD=61.3013;RBI=0.0534704;REFB=-0.0599054;REVB=0.045379;RO=1;SAF=96;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493296;STB=0.502538;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000267697;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:179:1:1:175:178:0.994413:79:96:1:0:80:98:1:0 chr11 5411398 . T G 883.44 PASS AF=0.491713;AO=89;DP=181;FAO=89;FDP=181;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=59;FSRR=33;FWDB=-0.0301145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3211;QD=19.5235;RBI=0.0348624;REFB=-0.0130559;REVB=0.0175644;RO=91;SAF=42;SAR=47;SRF=58;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151242;STB=0.585525;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0133887;OID=.;OPOS=5411398;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:91:92:89:89:0.491713:47:42:58:33:47:42:59:33 chr11 5411579 . GT AC 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433352;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.092;QD=63.245;RBI=0.00588249;REFB=0;REVB=-0.00397797;RO=0;SAF=75;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.16097e-07;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:64:75:0:0:64:75:0:0 chr11 5424050 . G A 669.17 PASS AF=0.575221;AO=64;DP=115;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0058648;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5426;QD=23.6875;RBI=0.0640693;REFB=0.00808451;REVB=0.0638003;RO=49;SAF=33;SAR=31;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205004;STB=0.518654;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00685344;OID=.;OPOS=5424050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:49:48:64:65:0.575221:31:33:24:25:31:34:23:25 chr11 5443442 . G C 422.96 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00656052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.923;QD=18.3894;RBI=0.00935238;REFB=-0.0245059;REVB=-0.00666533;RO=49;SAF=24;SAR=19;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199558;STB=0.611033;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0188682;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:19:24:17:32:19:24:17:32 chr11 5443700 . C T 427.43 PASS AF=0.384615;AO=48;DP=129;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=55;FWDB=0.0168087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.859;QD=13.1516;RBI=0.0190012;REFB=0.00335999;REVB=-0.00886081;RO=79;SAF=14;SAR=34;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322577;STB=0.505321;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00427267;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:79:80:48:50:0.384615:34:14:25:54:34:16:25:55 chr11 5443739 . T C 448.99 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.00727542;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.55;QD=14.3676;RBI=0.00769096;REFB=-0.0209285;REVB=-0.00249383;RO=71;SAF=20;SAR=31;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439893;STB=0.508583;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0278492;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:74:51:51:0.408:31:20:25:46:31:20:28:46 chr11 5443867 . C T 300.54 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.018089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3398;QD=23.1181;RBI=0.0252641;REFB=0.0144565;REVB=0.017637;RO=22;SAF=18;SAR=12;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279824;STB=0.654036;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0114284;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:12:18:5:17:12:18:5:17 chr11 5443887 . T C 229.02 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0178873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.028;QD=16.6563;RBI=0.0252164;REFB=-0.0145372;REVB=-0.0177739;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287753;STB=0.661907;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0355913;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:9:17:10:19:9:17:10:19 chr11 5443893 . G A 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00433218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1808;QD=21.6111;RBI=0.00584722;REFB=-0.00470916;REVB=0.00392711;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168371;STB=0.594515;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00563659;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:9:15:10:13:9:15:10:13 chr11 5443963 . G A 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0135025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5049;QD=15.6443;RBI=0.047942;REFB=-0.0256156;REVB=-0.0460013;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672903;STB=0.538284;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0207842;OID=.;OPOS=5443963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:13:9:10:19:13:9:10:19 chr11 5444061 . G A 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.000858809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.429;QD=16.8121;RBI=0.00885788;REFB=-0.0136772;REVB=-0.00881615;RO=47;SAF=21;SAR=17;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415995;STB=0.523352;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0188501;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:17:21:24:23:17:21:24:23 chr11 5444136 . C T 1047.22 PASS AF=0.467532;AO=108;DP=231;FAO=108;FDP=231;FR=.;FRO=123;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=70;FSRR=53;FWDB=0.0250504;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7347;QD=18.1336;RBI=0.0257172;REFB=0.00981722;REVB=0.00581842;RO=123;SAF=48;SAR=60;SRF=70;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119906;STB=0.566207;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0125668;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:123:123:108:108:0.467532:60:48:70:53:60:48:70:53 chr11 5444353 . T C 333.52 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0147058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2679;QD=15.6948;RBI=0.014708;REFB=-0.00545258;REVB=0.000256466;RO=48;SAF=10;SAR=25;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820303;STB=0.573777;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00938257;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:35:36:0.423529:25:10:17:31:26:10:19:30 chr11 5462085 . G A 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0190693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.865;QD=13.4158;RBI=0.0203322;REFB=-0.017682;REVB=0.00705429;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175336;STB=0.607059;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.018474;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:11:14:14:22:11:14:14:23 chr11 5462105 . T C 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0122193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.036;QD=13.3416;RBI=0.0164738;REFB=-0.00670301;REVB=0.0110488;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239783;STB=0.513799;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0168392;OID=.;OPOS=5462105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:12:9:13:19:12:9:13:19 chr11 5462255 . C G 350.89 PASS AF=0.40566;AO=40;DP=103;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0118052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1202;QD=13.241;RBI=0.0272519;REFB=-0.0194318;REVB=-0.0245623;RO=57;SAF=16;SAR=24;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132565;STB=0.573395;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0244275;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:57:63:40:43:0.40566:24:16:30:27:27:16:31:32 chr11 5462374 . C T 878.55 PASS AF=0.55102;AO=81;DP=147;FAO=81;FDP=147;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=57;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0147307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0867;QD=23.906;RBI=0.0707791;REFB=-0.0265827;REVB=0.0692292;RO=66;SAF=24;SAR=57;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145303;STB=0.579641;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0183517;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:66:66:81:81:0.55102:57:24:30:36:57:24:30:36 chr11 5462702 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0258732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.699;QD=21.5101;RBI=0.0258733;REFB=-0.0303969;REVB=4.70306e-05;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171356;STB=0.596502;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0267572;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:11:7:9:6:11:7:9:6 chr11 5475118 . A G 619.1 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.00400406;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.318;QD=19.1968;RBI=0.00699533;REFB=-0.011121;REVB=0.00573605;RO=66;SAF=42;SAR=21;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615376;STB=0.53408;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0114382;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:66:66:63:63:0.488372:21:42:40:26:21:42:40:26 chr11 5510284 . A G 2243.32 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.047529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.734;QD=61.8848;RBI=0.0612239;REFB=0.0296793;REVB=0.0385922;RO=2;SAF=66;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121899;STB=0.506409;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00024433;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:2:2:143:143:0.986207:77:66:0:2:77:66:0:2 chr11 5510341 . C T 951.4 PASS AF=0.469484;AO=100;DP=213;FAO=100;FDP=213;FR=.;FRO=113;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=0.0138063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.106;QD=17.8667;RBI=0.0172889;REFB=-0.00881198;REVB=-0.0104064;RO=112;SAF=60;SAR=40;SRF=46;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181068;STB=0.597725;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0102882;OID=.;OPOS=5510341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:112:113:100:100:0.469484:40:60:46:66:40:60:47:66 chr11 5510423 . ATCT A 785.51 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=186;FAO=85;FDP=187;FR=.;FRO=102;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=0.0220699;FXX=0.0507588;HRUN=1;LEN=3;MLLD=212.381;QD=16.8024;RBI=0.0227523;REFB=-0.0202596;REVB=-0.00553049;RO=96;SAF=32;SAR=38;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120659;STB=0.522518;STBP=0.598;TYPE=del;VARB=0.026267;OID=.;OPOS=5510424;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:70:186:85:187:102:41:44:45:57:99:96:32:38:45:51 chr11 5510497 . T C 2698.31 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698551;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1804;QD=62.0301;RBI=0.01083;REFB=0.00102091;REVB=0.00827598;RO=0;SAF=78;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60856e-06;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:174:0:0:174:174:1:96:78:0:0:96:78:0:0 chr11 5510626 . T C 2364.16 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210804;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.308;QD=63.8961;RBI=0.0277705;REFB=0;REVB=0.0180781;RO=0;SAF=79;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04189e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189086;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:148:0:0:145:148:1:66:79:0:0:68:80:0:0 chr11 5510928 . G A 735.31 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1189;QD=56.5624;RBI=0.0352934;REFB=0;REVB=-0.0143375;RO=0;SAF=7;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150457;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:45:7:0:0:45:7:0:0 chr11 5529865 . G A 1145.15 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00288528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.757;QD=57.9824;RBI=0.018689;REFB=0.0381596;REVB=0.0184649;RO=2;SAF=45;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205689;STB=0.510867;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00108902;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:32:45:2:0:32:45:2:0 chr11 5536415 . C T 530.0 PASS AF=0.478632;AO=55;DP=116;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0103562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.091;QD=18.1197;RBI=0.0214853;REFB=0.00583482;REVB=0.0188246;RO=61;SAF=19;SAR=36;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175789;STB=0.600727;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0060813;OID=.;OPOS=5536415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:61:61:55:56:0.478632:36:19:32:29:37:19:32:29 chr11 5536537 . A C 3199.81 PASS AF=0.99061;AO=208;DP=211;FAO=211;FDP=213;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.100128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5308;QD=60.0904;RBI=0.104955;REFB=0.0394015;REVB=-0.0314629;RO=2;SAF=99;SAR=109;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865965;STB=0.504464;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00194557;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:211:213:2:2:208:211:0.99061:109:99:0:2:111:100:0:2 chr11 5536848 . G A 1244.8 PASS AF=0.550926;AO=119;DP=217;FAO=119;FDP=216;FR=.;FRO=97;FSAF=38;FSAR=81;FSRF=35;FSRR=62;FWDB=0.0546952;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.384;QD=23.0519;RBI=0.0555585;REFB=0.0223074;REVB=-0.00975636;RO=96;SAF=38;SAR=81;SRF=34;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324091;STB=0.521103;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0175814;OID=.;OPOS=5536848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:96:97:119:119:0.550926:81:38:34:62:81:38:35:62 chr11 5536852 . A G 868.08 PASS AF=0.454106;AO=89;DP=202;FAO=94;FDP=207;FR=.;FRO=113;FSAF=32;FSAR=62;FSRF=38;FSRR=75;FWDB=0.00644103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.564;QD=16.7745;RBI=0.0252348;REFB=-0.00378647;REVB=0.024399;RO=113;SAF=30;SAR=59;SRF=38;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000895414;STB=0.502521;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00516359;OID=.;OPOS=5536852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:207:113:113:89:94:0.454106:59:30:38:75:62:32:38:75 chr11 5537045 . T G 352.96 PASS AF=0.537313;AO=34;DP=65;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0250606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.127;QD=21.0723;RBI=0.0263456;REFB=-0.00392772;REVB=0.00812749;RO=31;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618826;STB=0.51653;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00338048;OID=.;OPOS=5537045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:31:31:34:36:0.537313:21:13:14:17:21:15:14:17 chr11 5537161 . A G 520.41 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00455904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.036;QD=16.7873;RBI=0.0183442;REFB=-0.00354409;REVB=0.0177687;RO=66;SAF=24;SAR=32;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992732;STB=0.563488;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00504868;OID=.;OPOS=5537161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:66:68:56:56:0.451613:32:24:35:31:32:24:37:31 chr11 5537780 . C A 333.91 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0246317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7163;QD=12.8426;RBI=0.041683;REFB=0.0215585;REVB=-0.0336267;RO=64;SAF=18;SAR=22;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121231;STB=0.568931;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0264325;OID=.;OPOS=5537780;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:22:18:36:28:22:18:36:28 chr11 5566030 . A G 816.46 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.509;QD=57.2954;RBI=0.0371493;REFB=0;REVB=0.0201327;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70882e-05;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:36:21:0:0 chr11 5566051 . C A 251.56 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0180135;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2561;QD=17.0549;RBI=0.0467626;REFB=-0.00517701;REVB=-0.0431539;RO=31;SAF=9;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131582;STB=0.57419;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00488778;OID=.;OPOS=5566051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:31:31:28:28:0.474576:19:9:14:17:19:9:14:17 chr11 5566112 . C T 205.14 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0198335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.639;QD=15.7798;RBI=0.0308511;REFB=-0.020453;REVB=-0.023631;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14981;STB=0.569563;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0240071;OID=.;OPOS=5566112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:14:9:7:21:14:9:8:21 chr11 5566365 . T C 2335.95 PASS AF=0.987261;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0139397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.287;QD=59.5147;RBI=0.113334;REFB=-0.130321;REVB=0.112474;RO=1;SAF=77;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613843;STB=0.500041;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000692375;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:157:157:1:2:155:155:0.987261:78:77:1:0:78:77:1:1 chr11 5566489 . C T 917.25 PASS AF=0.477612;AO=90;DP=195;FAO=96;FDP=201;FR=.;FRO=105;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=0.00204268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.575;QD=18.2537;RBI=0.00634682;REFB=-0.0112317;REVB=0.00600913;RO=103;SAF=44;SAR=46;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154014;STB=0.503425;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0113243;OID=.;OPOS=5566489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:201:103:105:90:96:0.477612:46:44:52:51:46:50:54:51 chr11 5602275 . A G 1512.72 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9575;QD=59.9097;RBI=0.0658817;REFB=0;REVB=0.00641334;RO=0;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427197;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:59:42:0:0:59:42:0:0 chr11 5602438 . T A 1065.65 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292432;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0128;QD=60.0367;RBI=0.072271;REFB=0;REVB=0.0660904;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375373;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr11 5602605 . G A 1701.95 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140447;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.137;QD=60.7838;RBI=0.0190706;REFB=0;REVB=-0.012901;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69271e-05;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:112:0:0:112:112:1:51:61:0:0:51:61:0:0 chr11 5602615 . A G 1651.05 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.295;QD=60.0383;RBI=0.0654684;REFB=0;REVB=-0.0139953;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233714;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:51:58:0:0:51:59:0:0 chr11 5602679 . T C 1607.0 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.896;QD=60.0748;RBI=0.0276973;REFB=0;REVB=-0.00940318;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41396e-05;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:52:55:0:0:52:55:0:0 chr11 5602790 . A G 3478.03 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204548;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.5;QD=62.6672;RBI=0.0204867;REFB=0;REVB=-0.00114333;RO=0;SAF=124;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33385e-05;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:222:0:0:220:222:1:96:124:0:0:96:126:0:0 chr11 5602927 . CG C,CC 2820.73 PASS AF=0.114428,0.860697;AO=27,167;DP=199;FAO=23,173;FDP=201;FR=.;FRO=5;FSAF=10,84;FSAR=13,89;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0317978,0.0364667;FXX=0.0242707;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.029,221.749;QD=56.134;RBI=0.051989,0.0534869;REFB=-0.00482741,0.00189131;REVB=0.041131,0.0391283;RO=0;SAF=15,79;SAR=12,88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.599914,0.514449;STBP=0.037,0.038;TYPE=del,snp;VARB=0.0013696,0.000610604;OID=.,.;OPOS=5602928,5602928;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.114428,0.860697:27,167:199:23,173:201:5:10,84:13,89:5:0:56:0:15,79:12,88:0:0 chr11 5602930 . T C 30.39 PASS AF=0.0717703;AO=29;DP=209;FAO=15;FDP=209;FR=.;FRO=194;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=95;FSRR=99;FWDB=-0.000366644;FXX=0.00476168;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.8766;QD=0.581576;RBI=0.0337644;REFB=-0.0373393;REVB=0.0337624;RO=180;SAF=16;SAR=13;SRF=84;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107757;STB=0.647051;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.216879;OID=.;OPOS=5602930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:209:209:180:194:29:15:0.0717703:13:16:84:96:10:5:95:99 chr11 5602968 . G A 3095.2 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000731103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.083;QD=63.8185;RBI=0.0272381;REFB=0;REVB=0.0272282;RO=0;SAF=84;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19639e-05;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:194:0:0:192:194:1:108:84:0:0:108:86:0:0 chr11 5625847 . A G 1480.29 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.146;QD=58.6255;RBI=0.023081;REFB=-0.0719965;REVB=0.00551213;RO=1;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839647;STB=0.504424;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000112346;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:56:44:0:1:56:44:0:1 chr11 5629607 . G A 1191.1 PASS AF=0.53211;AO=116;DP=219;FAO=116;FDP=218;FR=.;FRO=102;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=-0.000246843;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.758;QD=21.8551;RBI=0.0108756;REFB=-0.0136586;REVB=0.0108728;RO=103;SAF=44;SAR=72;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824188;STB=0.506362;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.012117;OID=.;OPOS=5629607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:103:102:116:116:0.53211:72:44:40:63:72:44:40:62 chr11 5632212 . G A 5964.52 PASS AF=0.982234;AO=386;DP=394;FAO=387;FDP=394;FR=.;FRO=7;FSAF=164;FSAR=223;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00473007;FXX=0.0343129;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.447;QD=60.5535;RBI=0.0215173;REFB=-0.0614032;REVB=0.0209909;RO=7;SAF=163;SAR=223;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00475909;STB=0.502513;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.000137155;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:394:394:7:7:386:387:0.982234:223:163:2:5:223:164:2:5 chr11 5664831 . C A 2325.3 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0173159;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.192;QD=62.4241;RBI=0.0251713;REFB=-0.135448;REVB=0.018269;RO=2;SAF=76;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132069;STB=0.506943;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000283465;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:147:147:0.986577:71:76:0:2:71:76:0:2 chr11 5691191 . C T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0209026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6385;QD=9.47554;RBI=0.0350613;REFB=-0.0093629;REVB=-0.0281492;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240053;STB=0.645287;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0221099;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:8:13:4:6:8:13 chr11 5700340 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0645344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.296;QD=58.061;RBI=0.0856638;REFB=0;REVB=0.0563346;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41326e-05;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr11 5701074 . C A 271.68 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0141844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3503;QD=12.349;RBI=0.0192267;REFB=0.00465281;REVB=-0.0129796;RO=56;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20108;STB=0.615422;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00816707;OID=.;OPOS=5701074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:13:19:23:33:13:19:23:33 chr11 5701409 . G C 162.52 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0416002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9124;QD=19.699;RBI=0.0416309;REFB=-0.0462788;REVB=-0.00159762;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769282;STB=0.543674;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0167682;OID=.;OPOS=5701409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:7:9:11:6:7:9 chr11 5758062 . T C 3069.92 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173403;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.02;QD=61.3983;RBI=0.0258628;REFB=-0.00826668;REVB=-0.0191884;RO=1;SAF=96;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04155e-06;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:201:200:1:0:200:200:1:104:96:0:1:104:96:0:0 chr11 5758118 . A C 2312.17 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.473;QD=63.784;RBI=0.0323588;REFB=0;REVB=0.0207459;RO=0;SAF=81;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69561e-05;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:145:0:0:143:145:1:62:81:0:0:62:83:0:0 chr11 5776287 . C T 5240.34 PASS AF=1;AO=331;DP=334;FAO=333;FDP=333;FR=.;FRO=0;FSAF=177;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114221;FXX=0.0234597;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.45;QD=62.947;RBI=0.0347125;REFB=-0.14185;REVB=0.0327795;RO=1;SAF=175;SAR=156;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304828;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271581;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:334:333:1:0:331:333:1:156:175:0:1:156:177:0:0 chr11 5776470 . T C,G 1163.25 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=3,75;DP=78;FAO=3,75;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=1,43;FSAR=2,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142119,0.0254196;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.169,58.6839;QD=59.6537;RBI=0.0253002,0.0332453;REFB=0,0;REVB=-0.0209313,0.0214265;RO=0;SAF=1,43;SAR=2,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.12595,0.00290099;OID=.,.;OPOS=5776470,5776470;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:78:78:0:0:3,75:3,75:0.0384615,0.961538:2,32:1,43:0:0:2,32:1,43:0:0 chr11 5776595 . T G 527.52 PASS AF=0.41844;AO=58;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=0.0114263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8139;QD=14.9651;RBI=0.0546246;REFB=-0.0251472;REVB=0.0534161;RO=80;SAF=26;SAR=32;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155803;STB=0.583624;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0270628;OID=.;OPOS=5776595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:80:82:58:59:0.41844:32:26:48:32:33:26:48:34 chr11 5776623 . A T 2296.97 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209079;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.735;QD=63.8046;RBI=0.0358233;REFB=0;REVB=0.029089;RO=0;SAF=76;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42632e-05;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:144:144:1:68:76:0:0:68:76:0:0 chr11 5799468 . C T 454.36 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00381704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.4;QD=17.4753;RBI=0.0232928;REFB=-0.000569828;REVB=-0.0229779;RO=55;SAF=17;SAR=32;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545167;STB=0.530374;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000661357;OID=.;OPOS=5799468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:32:17:22:33:32:17:22:33 chr11 5809230 . G A 1046.08 PASS AF=0.444882;AO=113;DP=254;FAO=113;FDP=254;FR=.;FRO=141;FSAF=39;FSAR=74;FSRF=63;FSRR=78;FWDB=-0.0125633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.018;QD=16.4737;RBI=0.0201693;REFB=-0.0159878;REVB=-0.0157786;RO=141;SAF=39;SAR=74;SRF=63;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108104;STB=0.560096;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0196294;OID=.;OPOS=5809230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:141:141:113:113:0.444882:74:39:63:78:74:39:63:78 chr11 5809308 . A T 2559.68 PASS AF=0.988166;AO=167;DP=171;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0255673;FXX=0.0116952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9583;QD=60.5843;RBI=0.032908;REFB=-0.0107944;REVB=-0.0207183;RO=1;SAF=57;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827553;STB=0.502085;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000325573;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:169:1:2:167:167:0.988166:110:57:1:0:110:57:1:1 chr11 5809548 . G A 1789.53 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884214;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.141;QD=61.1805;RBI=0.0790816;REFB=0;REVB=0.0785858;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227439;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:60:56:0:0:61:56:0:0 chr11 5809811 . G T 525.99 PASS AF=0.4;AO=60;DP=151;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-0.0334027;FXX=0.00662208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6423;QD=14.0265;RBI=0.0693164;REFB=-0.00519091;REVB=0.0607373;RO=91;SAF=33;SAR=27;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163862;STB=0.589256;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00811613;OID=.;OPOS=5809811;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:91:90:60:60:0.4:27:33:36:55:27:33:36:54 chr11 5809990 . G A 250.34 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0564018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9036;QD=20.0269;RBI=0.0870175;REFB=-0.0263686;REVB=0.0662638;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142266;STB=0.579935;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0322919;OID=.;OPOS=5809990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:9:17:12:12:9:17 chr11 5841856 . C T 506.87 PASS AF=0.411765;AO=56;DP=136;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.00606269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.441;QD=14.9079;RBI=0.0132429;REFB=0.00874945;REVB=0.0117736;RO=79;SAF=30;SAR=26;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438367;STB=0.528381;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0155735;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:80:56:56:0.411765:26:30:39:40:26:30:39:41 chr11 5842310 . T G 358.26 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0111851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.044;QD=14.6227;RBI=0.0147518;REFB=-0.0111129;REVB=-0.00961813;RO=58;SAF=20;SAR=19;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132963;STB=0.569067;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0196941;OID=.;OPOS=5842310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:59:39:39:0.397959:19:20:37:21:19:20:37:22 chr11 5842356 . A G 406.0 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0178362;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.73;QD=17.0949;RBI=0.0226152;REFB=-0.00441209;REVB=0.0139038;RO=51;SAF=17;SAR=25;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197816;STB=0.620291;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00586376;OID=.;OPOS=5842356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:53:42:42:0.442105:25:17:31:20:25:17:33:20 chr11 5862532 . A C 169.35 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00928921;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.123;QD=15.7532;RBI=0.0250541;REFB=-0.00035295;REVB=0.0232684;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460525;STB=0.517789;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000657827;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:26:25:18:18:0.418605:11:7:10:16:11:7:9:16 chr11 5862653 . T C 531.29 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.000275514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.388;QD=19.6772;RBI=0.00719249;REFB=0.00298154;REVB=-0.00718721;RO=51;SAF=16;SAR=39;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138512;STB=0.569536;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00260544;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:53:55:55:0.509259:39:16:22:29:39:16:22:31 chr11 5862731 . A G 642.79 PASS AF=0.5;AO=64;DP=129;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.002734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.949;QD=19.7783;RBI=0.0357877;REFB=-0.00207641;REVB=-0.0356831;RO=65;SAF=21;SAR=43;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418052;STB=0.525888;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00245171;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:65:65:64:65:0.5:43:21:24:41:44:21:24:41 chr11 5862780 . T C 357.98 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.196259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2846;QD=17.0468;RBI=0.196329;REFB=0.0123342;REVB=0.00523229;RO=46;SAF=11;SAR=27;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113831;STB=0.564086;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.014614;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:27:11:18:28:27:11:18:28 chr11 5862845 . A G 320.8 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0146767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.572;QD=21.3868;RBI=0.0164569;REFB=0.00650329;REVB=0.00744459;RO=27;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273752;STB=0.515142;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00418356;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:17:16:14:13:17:16:14:13 chr11 5862937 . C A 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00625025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.053;QD=20.7503;RBI=0.0150476;REFB=-0.016515;REVB=-0.0136881;RO=38;SAF=17;SAR=24;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120617;STB=0.566779;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0163603;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:24:17:21:17:24:17:21:17 chr11 5862984 . G C 450.89 PASS AF=0.5;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00834074;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.169;QD=20.0394;RBI=0.00874064;REFB=0.00141237;REVB=-0.00261357;RO=44;SAF=18;SAR=26;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511516;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-7.69488e-06;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:44:45:44:45:0.5:26:18:18:26:27:18:19:26 chr11 5863013 . T C 339.75 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0126892;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.582;QD=13.7274;RBI=0.0190623;REFB=-0.0174763;REVB=-0.0142252;RO=60;SAF=25;SAR=14;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239957;STB=0.636293;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0221063;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:60:60:39:39:0.393939:14:25:25:35:14:25:25:35 chr11 5863113 . G A 451.18 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.00616125;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.387;QD=14.5541;RBI=0.00644768;REFB=0.00760064;REVB=-0.00190043;RO=72;SAF=27;SAR=24;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145535;STB=0.585264;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0120865;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:72:73:51:51:0.41129:24:27:28:44:24:27:28:45 chr11 5877979 . T A 322.84 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0153031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.953;QD=11.7397;RBI=0.0191544;REFB=0.00293664;REVB=-0.0115197;RO=69;SAF=17;SAR=23;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00533732;STB=0.506986;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0053926;OID=.;OPOS=5877979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:69:70:40:40:0.363636:23:17:29:40:23:17:29:41 chr11 5906048 . G A 1548.4 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0359;QD=63.8516;RBI=0.040611;REFB=0;REVB=0.00408919;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206633;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:42:55:0:0:42:55:0:0 chr11 5906073 . G T 1239.2 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00957115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.238;QD=59.0095;RBI=0.0279385;REFB=-0.196631;REVB=-0.0262479;RO=2;SAF=46;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315386;STB=0.501779;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000776213;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:83:84:2:2:81:82:0.97619:35:46:1:1:35:47:1:1 chr11 5906143 . T C 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.0444087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0848;QD=11.8287;RBI=0.127965;REFB=0.00213095;REVB=0.120012;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569026;STB=0.834682;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00160383;OID=.;OPOS=5906143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:8:3:15:2:8:3:16:2 chr11 5906192 . A C 481.8 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.877;QD=58.3995;RBI=0.0170888;REFB=0;REVB=0.00525035;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44461e-05;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr11 5906203 . T G 207.29 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0204844;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.684;QD=18.0253;RBI=0.0256656;REFB=-0.0119452;REVB=-0.0154632;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018054;STB=0.528275;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.016333;OID=.;OPOS=5906203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:25:21:21:0.456522:9:12:13:9:9:12:13:12 chr11 5906205 . G A 196.48 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00634617;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.625;QD=17.4651;RBI=0.00716221;REFB=0.00313004;REVB=-0.00332013;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973723;STB=0.545409;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00295948;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:25:20:20:0.444444:8:12:12:12:8:12:13:12 chr11 5906291 . T C 616.05 PASS AF=0.439759;AO=67;DP=154;FAO=73;FDP=166;FR=.;FRO=93;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.0115911;FXX=0.00598767;HRUN=7;LEN=1;MLLD=49.7878;QD=14.8445;RBI=0.0136526;REFB=-0.0386866;REVB=0.00721384;RO=87;SAF=43;SAR=24;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221288;STB=0.60495;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0289889;OID=.;OPOS=5906291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:166:87:93:67:73:0.439759:24:43:37:50:28:45:40:53 chr11 5968728 . T C 1084.6 PASS AF=0.470339;AO=111;DP=237;FAO=111;FDP=236;FR=.;FRO=125;FSAF=73;FSAR=38;FSRF=82;FSRR=43;FWDB=-0.0268476;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8542;QD=18.3831;RBI=0.0268522;REFB=-0.00911259;REVB=0.000500479;RO=126;SAF=74;SAR=37;SRF=82;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017074;STB=0.500974;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00967812;OID=.;OPOS=5968728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:126:125:111:111:0.470339:37:74:82:44:38:73:82:43 chr11 5969185 . A G 1023.98 PASS AF=0.512563;AO=102;DP=200;FAO=102;FDP=199;FR=.;FRO=97;FSAF=70;FSAR=32;FSRF=62;FSRR=35;FWDB=0.0100342;FXX=0.00994975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6476;QD=20.5825;RBI=0.0104057;REFB=0.011508;REVB=0.0027556;RO=94;SAF=70;SAR=32;SRF=60;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047759;STB=0.526133;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00667565;OID=.;OPOS=5969185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:94:97:102:102:0.512563:32:70:60:34:32:70:62:35 chr11 5989293 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000590553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.128;QD=61.6952;RBI=0.0316548;REFB=0;REVB=0.0316492;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105272;OID=.;OPOS=5989293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr11 5989415 . C T 2235.04 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000532078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.975;QD=63.4054;RBI=0.0548333;REFB=0;REVB=0.0548307;RO=0;SAF=65;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84501e-05;OID=.;OPOS=5989415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:75:65:0:0:75:66:0:0 chr11 6007272 . A G 1607.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.055;QD=60.075;RBI=0.0271146;REFB=0;REVB=-0.0257152;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78827e-05;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:61:46:0:0:61:46:0:0 chr11 6007613 . T G 1996.91 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0215125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.675;QD=60.5124;RBI=0.0353329;REFB=-0.019409;REVB=-0.028029;RO=1;SAF=61;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683828;STB=0.500468;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000137696;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:1:2:130:130:0.984848:69:61:0:1:69:61:1:1 chr11 6007680 . A G 1794.7 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00113665;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.069;QD=60.3259;RBI=0.0100619;REFB=-0.0239984;REVB=0.00999753;RO=0;SAF=47;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14664e-08;STB=0.505262;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=4.7134e-05;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:119:0:1:118:118:0.991597:71:47:0:0:71:47:1:0 chr11 6007743 . A G 994.22 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0397734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.711;QD=57.6362;RBI=0.0469514;REFB=-0.00397531;REVB=-0.0249501;RO=1;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116708;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000292749;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:40:28:0:1:40:28:0:1 chr11 6129837 . C T 922.86 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.443;QD=57.6784;RBI=0.00631825;REFB=0;REVB=-0.0033859;RO=1;SAF=36;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64366e-05;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:27:36:1:0:27:37:0:0 chr11 6173364 . T A 1150.42 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8988;QD=59.7621;RBI=0.0503439;REFB=0;REVB=-0.0451336;RO=1;SAF=28;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165947;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103217;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:1:0:74:77:1:46:28:1:0:46:31:0:0 chr11 6221019 . T C 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0430606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.38;QD=14.1316;RBI=0.0433697;REFB=-0.00440717;REVB=0.00516894;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374753;STB=0.521716;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00745824;OID=.;OPOS=6221019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:8:11:19:12:8:11:19:12 chr11 6221169 . A G 3129.77 PASS AF=1;AO=196;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314167;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.464;QD=63.5486;RBI=0.0401324;REFB=-0.0868425;REVB=-0.024972;RO=0;SAF=90;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016287;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:197:0:0:196:197:1:106:90:0:0:107:90:0:0 chr11 6221214 . T A 3009.57 PASS AF=1;AO=194;DP=196;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160184;FXX=0.0247512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.942;QD=61.1079;RBI=0.053473;REFB=0;REVB=0.0510174;RO=0;SAF=94;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334355;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:197:0:0:194:197:1:100:94:0:0:100:97:0:0 chr11 6221427 . T C 489.49 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.0139555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9261;QD=15.5394;RBI=0.0187005;REFB=-0.0154866;REVB=-0.012448;RO=72;SAF=19;SAR=35;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103078;STB=0.505778;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0251124;OID=.;OPOS=6221427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:72:54:54:0.428571:35:19:26:46:35:19:26:46 chr11 6231731 . C T 1999.77 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.549;QD=62.0085;RBI=0.0240095;REFB=0;REVB=-0.0103777;RO=1;SAF=67;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58715e-05;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:1:0:128:129:1:61:67:1:0:61:68:0:0 chr11 6232189 . G C 36.23 PASS AF=0.076;AO=19;DP=258;FAO=19;FDP=250;FR=.;FRO=231;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=170;FSRR=61;FWDB=-0.0614081;FXX=0.0706293;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.9201;QD=0.579743;RBI=0.0997635;REFB=-0.00348443;REVB=-0.0786245;RO=224;SAF=10;SAR=9;SRF=168;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281496;STB=0.736731;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.100286;OID=.;OPOS=6232189;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:258:250:224:231:19:19:0.076:9:10:168:56:10:9:170:61 chr11 6243804 . A G 2735.69 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0261591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.869;QD=61.8236;RBI=0.0266272;REFB=-0.0163309;REVB=-0.00497103;RO=1;SAF=62;SAR=114;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415764;STB=0.502183;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=8.90241e-05;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:1:1:176:176:0.99435:114:62:0:1:114:62:0:1 chr11 6340525 . A T 787.85 PASS AF=0.448649;AO=83;DP=185;FAO=83;FDP=185;FR=.;FRO=102;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.00728881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.433;QD=17.0346;RBI=0.00859678;REFB=-0.00698575;REVB=-0.00455828;RO=102;SAF=35;SAR=48;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107492;STB=0.559734;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00921735;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:102:102:83:83:0.448649:48:35:54:48:48:35:54:48 chr11 6340706 . A G 1140.92 PASS AF=0.466926;AO=119;DP=254;FAO=120;FDP=257;FR=.;FRO=137;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=60;FSRR=77;FWDB=-0.0288818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.815;QD=17.7575;RBI=0.0291385;REFB=-0.0219176;REVB=0.00385948;RO=135;SAF=64;SAR=55;SRF=60;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897687;STB=0.550716;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0255435;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:257:135:137:119:120:0.466926:55:64:60:75:56:64:60:77 chr11 6341579 . T C,TC 60.07 PASS AF=0,0.222222;AO=3,21;DP=74;FAO=0,16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=0,12;FSAR=0,4;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.0669282,-0.131799;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=205.055,18.7585;QD=3.33733;RBI=0.072986,0.174577;REFB=-0.0101034,-0.0913287;REVB=-0.0291132,-0.114482;RO=49;SAF=3,12;SAR=0,9;SRF=16;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.564882,0.283154;STB=0.5,0.816109;STBP=1,0.008;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.18405;OID=.,.;OPOS=6341579,6341580;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:74:72:49:56:3,21:0,16:0,0.222222:0,9:3,12:16:33:0,4:0,12:17:39 chr11 6341684 . C G 746.79 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206721;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.8254;QD=63.5571;RBI=0.0231954;REFB=0;REVB=0.0105211;RO=0;SAF=10;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.32329e-05;OID=.;OPOS=6341684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:37:10:0:0:37:10:0:0 chr11 6411935 . T C 2368.57 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.389;QD=61.1243;RBI=0.0318826;REFB=0;REVB=0.0189856;RO=0;SAF=62;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63399e-05;OID=.;OPOS=6411935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:93:62:0:0:93:62:0:0 chr11 6423185 . AG A 34.49 PASS AF=0.3125;AO=8;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.23887;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.0456;QD=4.31082;RBI=0.239236;REFB=-0.0518128;REVB=-0.0132305;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0.414179;SSEP=0;SSSB=-0.437903;STB=0.824218;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.12529;OID=.;OPOS=6423186;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:8:32:10:32:22:1:9:10:12:34:21:1:7:9:12 chr11 6498059 . T C 813.84 PASS AF=0.438424;AO=89;DP=202;FAO=89;FDP=203;FR=.;FRO=114;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=47;FSRR=67;FWDB=0.000853538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6923;QD=16.0363;RBI=0.0261677;REFB=0.00517758;REVB=0.0261538;RO=112;SAF=32;SAR=57;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639839;STB=0.531571;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00724482;OID=.;OPOS=6498059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:112:114:89:89:0.438424:57:32:47:65:57:32:47:67 chr11 6532629 . C A 37.86 PASS AF=0.0700935;AO=13;DP=212;FAO=15;FDP=214;FR=.;FRO=199;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=103;FSRR=96;FWDB=-0.00155156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4874;QD=0.70762;RBI=0.0278356;REFB=-0.00684575;REVB=0.0277924;RO=198;SAF=1;SAR=12;SRF=102;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461979;STB=0.929171;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.075158;OID=.;OPOS=6532629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:212:214:198:199:13:15:0.0700935:12:1:102:96:14:1:103:96 chr11 6549779 . A C 2370.64 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.692;QD=64.0714;RBI=0.0163817;REFB=0;REVB=-0.00454815;RO=0;SAF=67;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69261e-06;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:147:148:1:80:67:0:0:80:68:0:0 chr11 6549995 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0620968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.587;QD=58.6004;RBI=0.0647796;REFB=0;REVB=0.0184497;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr11 6550004 . A G 675.03 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00485011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.634;QD=60.0023;RBI=0.00583503;REFB=-0.0849306;REVB=0.00324407;RO=1;SAF=12;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375364;STB=0.519991;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000252097;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:32:12:1:0:32:12:1:0 chr11 6550309 . G A 1509.31 PASS AF=0.954545;AO=105;DP=110;FAO=105;FDP=110;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00823356;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.697;QD=54.884;RBI=0.0152421;REFB=-0.0179727;REVB=0.012827;RO=4;SAF=54;SAR=51;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164215;STB=0.513005;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-4.21623e-05;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:110:110:4:5:105:105:0.954545:51:54:3:1:51:54:4:1 chr11 6555365 . A G 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0925287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7427;QD=60.203;RBI=0.0944123;REFB=0;REVB=-0.0187649;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351368;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr11 6567894 . GC CA,GCTGCCCTACTGCA 825.02 PASS AF=0.0689655,0.724138;AO=6,54;DP=91;FAO=6,63;FDP=87;FR=.;FRO=18;FSAF=6,42;FSAR=0,21;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0137419,-0.011885;FXX=0.0842017;HRUN=2,1;LEN=2,12;MLLD=114.293,272.803;QD=37.9321;RBI=0.013787,0.0330773;REFB=-0.018498,0.0048444;REVB=-0.00111486,-0.0308683;RO=23;SAF=6,35;SAR=0,19;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.65359,-0.0291019;STB=0.997503,0.5;STBP=0.052,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0098088,-0.00300725;OID=.,.;OPOS=6567894,6567896;OREF=GC,-;OALT=CA,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CA,GCTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:91:87:23:18:6,54:6,63:0.0689655,0.724138:0,19:6,35:16:7:0,21:6,42:12:6 chr11 6567895 . C CTGCCCTACTGCA 50.0 PASS AO=52;DP=115;LEN=12;RO=63;SAF=39;SAR=25;SRF=29;SRR=22;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=6567896;OREF=-;OALT=TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:115:63:52:25:39:29:22 chr11 6585007 . G A 2217.73 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0455019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9937;QD=62.4713;RBI=0.05214;REFB=-0.0453059;REVB=-0.0254589;RO=0;SAF=71;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23847e-08;STB=0.503496;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=4.91674e-05;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:142:0:1:141:141:0.992958:70:71:0:0:70:71:1:0 chr11 6622714 . G A 1823.51 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191983;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4321;QD=61.2944;RBI=0.0597599;REFB=0;REVB=0.0565922;RO=0;SAF=73;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333901;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:46:73:0:0:46:73:0:0 chr11 6626049 . G A 341.17 PASS AF=0.378378;AO=40;DP=110;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0484901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5093;QD=12.2945;RBI=0.0486661;REFB=-0.0110824;REVB=-0.00413519;RO=68;SAF=18;SAR=22;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593962;STB=0.514505;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0211716;OID=.;OPOS=6626049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:68:69:40:42:0.378378:22:18:27:41:24:18:28:41 chr11 6626072 . C A 353.43 PASS AF=0.367521;AO=42;DP=118;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.000705238;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.147;QD=12.083;RBI=0.0244531;REFB=-0.000728124;REVB=-0.0244429;RO=74;SAF=17;SAR=25;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000743989;STB=0.508596;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00125983;OID=.;OPOS=6626072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:74:74:42:43:0.367521:25:17:30:44:25:18:30:44 chr11 6629665 . C T 571.81 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=157;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.0351225;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0399;QD=14.6618;RBI=0.0358776;REFB=0.00792168;REVB=0.00732199;RO=88;SAF=38;SAR=27;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292263;STB=0.514443;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00959838;OID=.;OPOS=6629665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:88:91:65:65:0.416667:27:38:49:39:27:38:51:40 chr11 6630028 . TC CT,T 2598.55 PASS AF=0,1;AO=15,190;DP=231;FAO=0,231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=0,125;FSAR=0,106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0652701,0.14712;FXX=0.00858332;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=7.06562,15.2442;QD=44.9966;RBI=0.097158,0.157685;REFB=0.022922,0.0303049;REVB=-0.0719687,-0.0567498;RO=16;SAF=13,93;SAR=2,97;SRF=14;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0.650794;SSSB=-0.0164937,-0.0568015;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00221375;OID=.,.;OPOS=6630028,6630029;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:11:231:231:16:0:15,190:0,231:0,1:2,97:13,93:14:2:0,106:0,125:0:0 chr11 6630833 . G A 1134.07 PASS AF=0.5;AO=112;DP=224;FAO=113;FDP=226;FR=.;FRO=113;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=-0.00666927;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.381;QD=20.0721;RBI=0.00681702;REFB=-0.00844223;REVB=0.00141157;RO=112;SAF=49;SAR=63;SRF=62;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105798;STB=0.553142;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00700664;OID=.;OPOS=6630833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:226:112:113:112:113:0.5:63:49:62:50:63:50:62:51 chr11 6634149 . C T 2235.89 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.359;QD=63.4295;RBI=0.0243023;REFB=0;REVB=0.0139387;RO=0;SAF=50;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83183e-06;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:91:50:0:0:91:50:0:0 chr11 6634189 . G A 617.31 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.00705693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.663;QD=17.5123;RBI=0.00718857;REFB=-0.00465145;REVB=0.00136942;RO=77;SAF=20;SAR=44;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568915;STB=0.531712;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00676731;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:77:64:64:0.453901:44:20:28:49:44:20:28:49 chr11 6636106 . T A 555.95 PASS AF=0.504348;AO=56;DP=114;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0441018;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9301;QD=19.3373;RBI=0.0441192;REFB=-0.000741126;REVB=-0.0012389;RO=56;SAF=17;SAR=39;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558033;STB=0.51298;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.000515793;OID=.;OPOS=6636106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:56:57:56:58:0.504348:39:17:20:36:39:19:20:37 chr11 6638506 . A T 620.03 PASS AF=0.353488;AO=76;DP=219;FAO=76;FDP=215;FR=.;FRO=139;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=76;FSRR=63;FWDB=-0.00493223;FXX=0.018264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.372;QD=11.5354;RBI=0.00858272;REFB=-0.0102641;REVB=-0.00702397;RO=125;SAF=37;SAR=39;SRF=66;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452394;STB=0.538677;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.021362;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:215:125:139:76:76:0.353488:39:37:66:59:39:37:76:63 chr11 6648424 . G A 523.26 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.017337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.909;QD=23.7845;RBI=0.0242606;REFB=-0.0226366;REVB=0.0169708;RO=39;SAF=24;SAR=25;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101271;STB=0.555533;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0230641;OID=.;OPOS=6648424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:25:24:24:15:25:24:24:15 chr11 6648573 . T C 284.59 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00988926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.287;QD=17.7871;RBI=0.00992522;REFB=-0.00983264;REVB=-0.000844091;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612004;STB=0.534266;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00724263;OID=.;OPOS=6648573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:13:18:17:16:13:18:17:16 chr11 6651810 . A G 138.48 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0392528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.507;QD=11.7853;RBI=0.0392835;REFB=-0.0247938;REVB=-0.00155441;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357281;STB=0.693871;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.071574;OID=.;OPOS=6651810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:30:31:16:16:0.340426:9:7:23:7:9:7:23:8 chr11 6652618 . C T 726.42 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0134098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.371;QD=20.7549;RBI=0.0182469;REFB=-0.00543269;REVB=0.0123743;RO=69;SAF=33;SAR=38;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510291;STB=0.528089;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00473285;OID=.;OPOS=6652618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:69:69:71:71:0.507143:38:33:36:33:38:33:36:33 chr11 6662744 . C CCCAG 589.87 PASS AF=0.315589;AO=57;DP=273;FAO=83;FDP=263;FR=.;FRO=180;FSAF=5;FSAR=78;FSRF=136;FSRR=44;FWDB=-0.00790042;FXX=0.00378774;HRUN=5;LEN=4;MLLD=116.762;QD=8.97138;RBI=0.0156764;REFB=-0.0244614;REVB=0.01354;RO=206;SAF=0;SAR=57;SRF=147;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.834926;STB=0.947349;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.014885;OID=.;OPOS=6662745;OREF=-;OALT=CCAG;OMAPALT=CCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315589:57:273:83:263:180:5:78:136:44:99:206:0:57:147:59 chr11 6662745 . C CAG,CCAG 1233.56 PASS AF=0,0.524229;AO=70,47;DP=293;FAO=0,119;FDP=227;FR=.;FRO=108;FSAF=0,103;FSAR=0,16;FSRF=28;FSRR=80;FWDB=-0.00115192,0.0587877;FXX=0.0299133;HRUN=1,5;LEN=2,3;MLLD=148.558,152.678;QD=21.7368;RBI=0.00489333,0.0590006;REFB=-0.0278602,-0.0335309;REVB=-0.00475581,-0.00500791;RO=176;SAF=68,36;SAR=2,11;SRF=43;SRR=133;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.824541,0.601744;STB=0.5,0.82504;STBP=1,0;TYPE=ins,ins;VARB=0.0392701,0.0666087;OID=.,.;OPOS=6662746,6662746;OREF=-,-;OALT=AG,CAG;OMAPALT=CAG,CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.524229:70,47:293:0,119:227:108:0,103:0,16:28:80:99:176:68,36:2,11:43:133 chr11 6736748 . T A 367.81 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00213967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.439;QD=21.9588;RBI=0.0214648;REFB=-0.0139784;REVB=-0.0213579;RO=28;SAF=20;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115133;STB=0.562667;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0121137;OID=.;OPOS=6736748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:30:37:37:0.552239:17:20:11:17:17:20:12:18 chr11 6737979 . T C 579.37 PASS AF=0.48;AO=61;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0598429;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5825;QD=18.5399;RBI=0.0694921;REFB=-0.0414389;REVB=-0.0353268;RO=63;SAF=27;SAR=34;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311267;STB=0.530954;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0427102;OID=.;OPOS=6737979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:63:65:61:60:0.48:34:27:30:33:34:26:32:33 chr11 6739109 . G A 1080.0 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1818;QD=60.0002;RBI=0.0624658;REFB=0;REVB=-0.0581112;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000627664;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:47:25:0:0:47:25:0:0 chr11 6739405 . TAA TA,TAG 1838.94 PASS AF=0.112,0.888;AO=13,111;DP=125;FAO=14,111;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=0,63;FSAR=14,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403322,0.0156611;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=32.7334,58.2591;QD=58.8462;RBI=0.0504061,0.0404248;REFB=0,0;REVB=0.0302339,0.0372679;RO=1;SAF=0,63;SAR=13,48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.00978793;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0199461,-0.00342808;OID=.,.;OPOS=6739406,6739407;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TA,TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.112,0.888:13,111:125:14,111:125:0:0,63:14,48:0:0:56:1:0,63:13,48:0:1 chr11 6739814 . C T 888.11 PASS AF=0.984127;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0614276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.064;QD=56.3882;RBI=0.0755102;REFB=-0.0783608;REVB=0.0439139;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000501386;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:63:0:1:59:62:0.984127:36:23:0:0:37:25:1:0 chr11 6739822 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0774157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8565;QD=57.385;RBI=0.0782431;REFB=0;REVB=0.011349;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000599064;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr11 6740308 . C T 1555.24 PASS AF=0.989899;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00884066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.591;QD=62.8381;RBI=0.0404183;REFB=-0.0839394;REVB=0.0394396;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000682361;OID=.;OPOS=6740308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:99:0:1:95:98:0.989899:46:49:0:0:49:49:0:1 chr11 6789929 . C A 1010.91 PASS AF=0.526882;AO=97;DP=186;FAO=98;FDP=186;FR=.;FRO=88;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=58;FWDB=0.0242401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3319;QD=21.74;RBI=0.0429884;REFB=-0.0135547;REVB=0.0355023;RO=89;SAF=58;SAR=39;SRF=30;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225744;STB=0.617534;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0132918;OID=.;OPOS=6789929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:89:88:97:98:0.526882:39:58:30:59:40:58:30:58 chr11 6790106 . T C 3330.14 PASS AF=1;AO=214;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119392;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6764;QD=61.9562;RBI=0.0236752;REFB=-0.022175;REVB=0.0204443;RO=1;SAF=97;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405471;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167545;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:215:215:1:0:214:215:1:117:97:0:1:117:98:0:0 chr11 6807243 . G A 242.93 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0246476;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.022;QD=28.5794;RBI=0.0253982;REFB=-0.00732725;REVB=-0.0061289;RO=13;SAF=4;SAR=17;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434947;STB=0.509083;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00326094;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:34:34:13:12:21:22:0.647059:17:4:3:10:18:4:2:10 chr11 6816778 . A G 785.42 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.721;QD=64.1161;RBI=0.0204479;REFB=0;REVB=-0.013293;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56674e-06;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr11 6816875 . G A 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.775;QD=60.5448;RBI=0.0332982;REFB=0;REVB=0.0119168;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76691e-05;OID=.;OPOS=6816875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr11 6867894 . T C 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0463099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.592;QD=59.0423;RBI=0.0470108;REFB=-0.0391541;REVB=0.00808739;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000537577;OID=.;OPOS=6867894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:1:0:22:19:1:0 chr11 6891704 . T C 1591.01 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638953;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.962;QD=64.2832;RBI=0.0677717;REFB=0;REVB=0.0225919;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120262;OID=.;OPOS=6891704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr11 6898663 . G A 1241.09 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.111;QD=61.2884;RBI=0.0133732;REFB=0;REVB=0.00978222;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51424e-05;OID=.;OPOS=6898663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:34:45:0:0:36:45:0:0 chr11 6913244 . A G 754.29 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.735;QD=56.9272;RBI=0.0430162;REFB=0;REVB=-0.0111778;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122965;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:32:21:0:0 chr11 6942628 . A C 1029.58 PASS AF=0.515;AO=101;DP=199;FAO=103;FDP=200;FR=.;FRO=97;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=37;FSRR=60;FWDB=-0.0142256;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.024;QD=20.5916;RBI=0.01786;REFB=-0.00513318;REVB=-0.0107988;RO=97;SAF=40;SAR=61;SRF=37;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136697;STB=0.50353;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00457365;OID=.;OPOS=6942628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:97:97:101:103:0.515:61:40:37:60:63:40:37:60 chr11 6942695 . C T 900.77 PASS AF=0.457547;AO=95;DP=210;FAO=97;FDP=212;FR=.;FRO=115;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=45;FSRR=70;FWDB=0.0120694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.893;QD=16.9957;RBI=0.0137608;REFB=0.00628584;REVB=0.00660986;RO=112;SAF=35;SAR=60;SRF=44;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025442;STB=0.511647;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0082188;OID=.;OPOS=6942695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:212:112:115:95:97:0.457547:60:35:44:68:61:36:45:70 chr11 6942952 . T C 637.29 PASS AF=0.481481;AO=64;DP=134;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00699878;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.04;QD=18.8826;RBI=0.0080806;REFB=-0.0071315;REVB=-0.00403895;RO=69;SAF=24;SAR=40;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167308;STB=0.59196;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00755931;OID=.;OPOS=6942952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:69:70:64:65:0.481481:40:24:38:31:41:24:38:32 chr11 6943254 . C T 274.5 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00303755;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1184;QD=12.7672;RBI=0.027823;REFB=0.00706304;REVB=-0.0276567;RO=52;SAF=10;SAR=22;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151961;STB=0.589847;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0107488;OID=.;OPOS=6943254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:54:32:32:0.372093:22:10:23:29:22:10:24:30 chr11 6976988 . A T 248.3 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00821086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.854;QD=16.282;RBI=0.035243;REFB=-0.00957419;REVB=-0.0342731;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155828;STB=0.595281;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0076432;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:33:28:28:0.459016:12:16:13:19:12:16:13:20 chr11 7022038 . A G 740.72 PASS AF=0.46988;AO=78;DP=166;FAO=78;FDP=166;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.0121118;FXX=0.00598767;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3264;QD=17.8486;RBI=0.0487561;REFB=0.0038827;REVB=-0.0472278;RO=88;SAF=42;SAR=36;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694742;STB=0.538452;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00449064;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:88:88:78:78:0.46988:36:42:41:47:36:42:41:47 chr11 7022160 . A G 2095.11 PASS AF=1;AO=113;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00452951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.903;QD=63.0109;RBI=0.0578971;REFB=0;REVB=0.0577196;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190312;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:133:0:0:113:133:1:48:65:0:0:68:65:0:0 chr11 7022531 . A T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.897;QD=60.2043;RBI=0.0431407;REFB=0;REVB=0.0365563;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75531e-05;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr11 7022717 . T C 1419.42 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.596;QD=60.401;RBI=0.0290491;REFB=-0.0643445;REVB=0.0268661;RO=0;SAF=29;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000334192;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:94:94:0:1:91:93:0.989362:62:29:0:0:62:31:1:0 chr11 7059960 . A C 1793.75 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.75;QD=60.8051;RBI=0.0353338;REFB=0;REVB=-0.0186307;RO=1;SAF=52;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904575;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26179e-05;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:1:0:117:118:1:65:52:1:0:65:53:0:0 chr11 7063755 . C T 2626.86 PASS AF=0.994152;AO=168;DP=170;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00356014;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.483;QD=61.447;RBI=0.00771558;REFB=0.00568437;REVB=0.00684511;RO=1;SAF=90;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606258;STB=0.503144;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=1.56883e-06;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:171:1:1:168:170:0.994152:78:90:0:1:79:91:0:1 chr11 7071031 . G A 1965.52 PASS AF=0.970149;AO=129;DP=134;FAO=130;FDP=134;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0794176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7088;QD=58.6724;RBI=0.0872086;REFB=-0.0364864;REVB=-0.0360303;RO=4;SAF=60;SAR=69;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123579;STB=0.506357;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00686161;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:134:134:4:4:129:130:0.970149:69:60:1:3:70:60:1:3 chr11 7079038 . G A 3214.16 PASS AF=0.99061;AO=209;DP=210;FAO=211;FDP=213;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0775206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.892;QD=60.3598;RBI=0.0775255;REFB=-0.0722322;REVB=-0.000868396;RO=0;SAF=98;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500245;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=9.95409e-05;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:210:213:0:2:209:211:0.99061:111:98:0:0:111:100:1:1 chr11 7110363 . G A 2215.4 PASS AF=0.476793;AO=226;DP=475;FAO=226;FDP=474;FR=.;FRO=248;FSAF=94;FSAR=132;FSRF=109;FSRR=139;FWDB=0.0122702;FXX=0.00210522;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.08;QD=18.6954;RBI=0.0131139;REFB=0.00150323;REVB=0.00462783;RO=248;SAF=94;SAR=132;SRF=109;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230064;STB=0.512645;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00161189;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:475:474:248:248:226:226:0.476793:132:94:109:139:132:94:109:139 chr11 7273437 . C T 2104.86 PASS AF=0.517857;AO=203;DP=393;FAO=203;FDP=392;FR=.;FRO=189;FSAF=108;FSAR=95;FSRF=99;FSRR=90;FWDB=0.053231;FXX=0.00254446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.346;QD=21.4782;RBI=0.0546522;REFB=-0.0365688;REVB=-0.0123824;RO=188;SAF=108;SAR=95;SRF=98;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00949626;STB=0.503972;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0274899;OID=.;OPOS=7273437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:392:188:189:203:203:0.517857:95:108:98:90:95:108:99:90 chr11 7324475 . T C 1504.05 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.731;QD=63.3282;RBI=0.106884;REFB=0;REVB=0.00489594;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170581;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:57:35:0:0:57:38:0:0 chr11 7439264 . C T 707.24 PASS AF=0.45509;AO=76;DP=167;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.0217632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.866;QD=16.9399;RBI=0.0310709;REFB=0.0127403;REVB=0.0221757;RO=90;SAF=40;SAR=36;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01488;STB=0.505368;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0141026;OID=.;OPOS=7439264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:90:91:76:76:0.45509:36:40:46:44:36:40:47:44 chr11 7441737 . T C 1417.05 PASS AF=0.554622;AO=132;DP=238;FAO=132;FDP=238;FR=.;FRO=106;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=0.00817383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5263;QD=23.816;RBI=0.0100341;REFB=-0.00203148;REVB=0.00582002;RO=106;SAF=58;SAR=74;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057728;STB=0.531413;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00147832;OID=.;OPOS=7441737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:106:106:132:132:0.554622:74:58:54:52:74:58:54:52 chr11 7488666 . C G 936.99 PASS AF=0.566038;AO=88;DP=157;FAO=90;FDP=159;FR=.;FRO=69;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0017599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.484;QD=23.5721;RBI=0.0385517;REFB=-0.013229;REVB=-0.0385115;RO=68;SAF=53;SAR=35;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107213;STB=0.560089;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00899795;OID=.;OPOS=7488666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:68:69:88:90:0.566038:35:53:32:36:36:54:32:37 chr11 7619518 . T C 1099.68 PASS AF=0.476596;AO=112;DP=235;FAO=112;FDP=235;FR=.;FRO=123;FSAF=43;FSAR=69;FSRF=48;FSRR=75;FWDB=-0.00166271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.065;QD=18.718;RBI=0.0107318;REFB=-0.000229647;REVB=0.0106022;RO=120;SAF=43;SAR=69;SRF=48;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158833;STB=0.503487;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.000267115;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:120:123:112:112:0.476596:69:43:48:72:69:43:48:75 chr11 7662732 . C T 234.2 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0205214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8958;QD=10.7679;RBI=0.0222038;REFB=-0.0114747;REVB=-0.00847836;RO=58;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119581;STB=0.569331;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0146705;OID=.;OPOS=7662732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:58:29:29:0.333333:15:14:22:36:15:14:22:36 chr11 7670440 . A G 2621.67 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.031;QD=62.0513;RBI=0.0308825;REFB=0;REVB=0.0269352;RO=0;SAF=83;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66379e-05;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:86:83:0:0:86:83:0:0 chr11 7673015 . G A 3725.54 PASS AF=1;AO=207;DP=236;FAO=235;FDP=235;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=144;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.734;QD=63.4134;RBI=0.034349;REFB=0;REVB=-0.00713731;RO=0;SAF=126;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14897e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105687;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:235:0:0:207:235:1:81:126:0:0:91:144:0:0 chr11 7686602 . G GTGTT 759.2 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135975;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=4;MLLD=314.764;QD=55.2146;RBI=0.0191466;REFB=0.0174399;REVB=-0.0134796;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149611;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=ins;VARB=-0.000251132;OID=.;OPOS=7686603;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=GTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.981818:54:57:54:55:1:23:31:0:1:4:1:23:31:0:1 chr11 7686674 . T C 2351.93 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6677;QD=61.089;RBI=0.0368063;REFB=0;REVB=-0.0324261;RO=0;SAF=61;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25044e-05;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:93:61:0:0:93:61:0:0 chr11 7687146 . G A 1792.52 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0316766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.142;QD=59.2568;RBI=0.031699;REFB=0.0194509;REVB=0.00119377;RO=0;SAF=40;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506249;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-7.0132e-05;OID=.;OPOS=7687146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:0:2:119:119:0.983471:79:40:0:0:79:40:0:2 chr11 7687715 . T C 2831.28 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306292;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.061;QD=62.9174;RBI=0.031441;REFB=0;REVB=0.00709863;RO=0;SAF=85;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24064e-05;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:180:0:0:180:180:1:95:85:0:0:95:85:0:0 chr11 7695569 . A G 766.83 PASS AF=0.510345;AO=74;DP=145;FAO=74;FDP=145;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0684086;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6536;QD=21.1539;RBI=0.0705504;REFB=-0.0312529;REVB=-0.0172514;RO=64;SAF=37;SAR=37;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159131;STB=0.558605;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0307264;OID=.;OPOS=7695569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:64:71:74:74:0.510345:37:37:44:20:37:37:44:27 chr11 7710877 . C T 625.93 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.0430573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.028;QD=18.6845;RBI=0.0432063;REFB=-0.0224456;REVB=0.00358518;RO=70;SAF=30;SAR=34;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120479;STB=0.566552;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0186442;OID=.;OPOS=7710877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:70:70:64:64:0.477612:34:30:24:46:34:30:24:46 chr11 7712471 . C T 435.35 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00280418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.409;QD=13.9311;RBI=0.00610431;REFB=-0.00261804;REVB=0.0054221;RO=75;SAF=20;SAR=30;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114813;STB=0.564909;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00393852;OID=.;OPOS=7712471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:75:75:50:50:0.4:30:20:38:37:30:20:38:37 chr11 7716855 . T A 3652.05 PASS AF=0.991489;AO=233;DP=235;FAO=233;FDP=235;FR=.;FRO=2;FSAF=149;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2117;QD=62.1626;RBI=0.0770667;REFB=0.0388192;REVB=-0.0761736;RO=1;SAF=150;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570694;STB=0.501286;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.000621874;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:235:235:1:2:233:233:0.991489:83:150:0:1:84:149:1:1 chr11 7717214 . AAA GCC 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127878;FXX=0;HRUN=25;LEN=3;MLLD=293.348;QD=33.4285;RBI=0.0127878;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.92044e-05;OID=.;OPOS=7717214;OREF=AAA;OALT=GCC;OMAPALT=GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr11 7717219 . A T 62.14 PASS AF=0.533333;AO=9;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=9.02371e-05;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=168.923;QD=16.5705;RBI=0.0503722;REFB=-0.199781;REVB=0.0503721;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437865;STB=0.817486;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0138596;OID=.;OPOS=7717219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:15:15:6:7:9:8:0.533333:3:6:0:6:2:6:0:7 chr11 7721870 . G A 4991.64 PASS AF=0.976261;AO=325;DP=337;FAO=329;FDP=337;FR=.;FRO=8;FSAF=165;FSAR=164;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0661398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.916;QD=59.248;RBI=0.0948029;REFB=-0.1994;REVB=0.06792;RO=11;SAF=164;SAR=161;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014466;STB=0.503003;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0090412;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:337:337:11:8:325:329:0.976261:161:164:3:8:164:165:3:5 chr11 7727886 . C T 874.12 PASS AF=0.533742;AO=86;DP=163;FAO=87;FDP=163;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.00664344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.177;QD=21.4509;RBI=0.00805994;REFB=-0.00384424;REVB=-0.0045637;RO=76;SAF=39;SAR=47;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118404;STB=0.561476;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00306206;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:76:76:86:87:0.533742:47:39:45:31:47:40:45:31 chr11 7750622 . T C 1343.9 PASS AF=0.565022;AO=126;DP=223;FAO=126;FDP=223;FR=.;FRO=97;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.0140547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.456;QD=24.1058;RBI=0.0191089;REFB=-0.0102659;REVB=-0.0129466;RO=97;SAF=68;SAR=58;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771165;STB=0.541903;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00701324;OID=.;OPOS=7750622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:97:97:126:126:0.565022:58:68:43:54:58:68:43:54 chr11 7847208 . T C 1435.13 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.723;QD=63.0826;RBI=0.00515709;REFB=0;REVB=-9.57069e-05;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29871e-05;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:53:37:0:0:53:38:0:0 chr11 7847466 . A C,G 172.43 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=2,13;DP=15;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741448,-0.0522623;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.784,231.283;QD=45.9821;RBI=0.0742148,0.0524304;REFB=0,0;REVB=-0.00322367,0.00419561;RO=0;SAF=1,0;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0158091,0.00589843;OID=.,.;OPOS=7847466,7847466;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:15:15:0:0:2,13:2,13:0.133333,0.866667:1,13:1,0:0:0:1,13:1,0:0:0 chr11 7847472 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.10286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.685;QD=39.3173;RBI=0.104538;REFB=-0.0135158;REVB=0.0186528;RO=1;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363094;STB=0.51997;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.000602779;OID=.;OPOS=7847472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:12:1:0:1:12:1:0:1 chr11 7871011 . A G,T 3448.11 PASS AF=0.947598,0.0524017;AO=203,15;DP=221;FAO=217,12;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=120,6;FSAR=97,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513962,-0.00937091;FXX=0.0378135;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.1154,169.132;QD=60.2291;RBI=0.0297547,0.0119911;REFB=-0.0591419,-0.0302188;REVB=0.0293075,0.00748141;RO=0;SAF=114,9;SAR=89,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00555864,0.0437769;OID=.,.;OPOS=7871011,7871011;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:221:229:0:0:203,15:217,12:0.947598,0.0524017:89,6:114,9:0:0:97,6:120,6:0:0 chr11 7871012 . T G 42.79 PASS AF=0.0711297;AO=16;DP=238;FAO=17;FDP=239;FR=.;FRO=222;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=125;FSRR=97;FWDB=0.00896818;FXX=0.00416649;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.2164;QD=0.716092;RBI=0.0276004;REFB=0.000750161;REVB=0.0261027;RO=222;SAF=6;SAR=10;SRF=125;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20103;STB=0.689589;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00159317;OID=.;OPOS=7871012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:238:239:222:222:16:17:0.0711297:10:6:125:97:11:6:125:97 chr11 7949350 . A G 3897.07 PASS AF=1;AO=244;DP=244;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.146;QD=63.8863;RBI=0.0103859;REFB=0;REVB=-0.00138167;RO=0;SAF=116;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07489e-06;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:244:0:0:244:244:1:128:116:0:0:128:116:0:0 chr11 7949791 . A C 516.28 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160741;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.9875;QD=59.0039;RBI=0.112046;REFB=0;REVB=0.110887;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257417;OID=.;OPOS=7949791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr11 7949860 . G A,C 729.37 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316583,0.00173173;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.148,116.646;QD=56.1057;RBI=0.00677942,0.0352771;REFB=0,0;REVB=-0.00599484,-0.0352346;RO=0;SAF=25,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000565368,0.102904;OID=.,.;OPOS=7949860,7949860;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:25,2:25,0:0:0:25,2:25,0:0:0 chr11 7982432 . G A 345.0 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00911941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.898;QD=16.6266;RBI=0.00914738;REFB=-0.0088024;REVB=0.000714696;RO=46;SAF=24;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173249;STB=0.597524;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0110188;OID=.;OPOS=7982432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:13:24:22:24:13:24:22:24 chr11 8014479 . C T 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.677;QD=58.0605;RBI=0.0129603;REFB=0;REVB=0.00121748;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23244e-05;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr11 8061231 . G A 384.86 PASS AF=0.423077;AO=41;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.0481161;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.533;QD=14.8023;RBI=0.0481757;REFB=-0.0165125;REVB=0.00239492;RO=63;SAF=22;SAR=19;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198585;STB=0.629892;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0230066;OID=.;OPOS=8061231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:60:41:44:0.423077:19:22:22:41:20:24:19:41 chr11 8103104 . G T 191.19 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6261;QD=47.7982;RBI=0.0715106;REFB=0;REVB=0.0680874;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250263;OID=.;OPOS=8103104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 8111736 . G C 60.35 PASS AF=0.0415162;AO=24;DP=562;FAO=23;FDP=554;FR=.,HEALED;FRO=511;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=244;FSRR=267;FWDB=-0.0137447;FXX=0.00894438;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.718;QD=0.435706;RBI=0.0308173;REFB=-0.00531016;REVB=-0.0275824;RO=456;SAF=1;SAR=23;SRF=244;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477808;STB=0.948693;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.125975;OID=.;OPOS=8111736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:562:554:456:511:24:23:0.0415162:23:1:244:212:22:1:244:267 chr11 8115699 . T C 909.54 PASS AF=0.427966;AO=99;DP=232;FAO=101;FDP=236;FR=.;FRO=135;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=51;FSRR=84;FWDB=-0.0981991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.328;QD=15.416;RBI=0.103078;REFB=-0.0300115;REVB=-0.0313358;RO=128;SAF=40;SAR=59;SRF=49;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224611;STB=0.522575;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.050045;OID=.;OPOS=8115699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:236:128:135:99:101:0.427966:59:40:49:79:59:42:51:84 chr11 8123499 . G A 685.78 PASS AF=0.462963;AO=70;DP=157;FAO=75;FDP=162;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.0226831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.251;QD=16.9329;RBI=0.0267699;REFB=-0.01196;REVB=-0.0142163;RO=85;SAF=39;SAR=31;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159166;STB=0.503484;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0125568;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:162:85:87:70:75:0.462963:31:39:46:39:34:41:47:40 chr11 8127495 . T C 675.49 PASS AF=0.387755;AO=76;DP=196;FAO=76;FDP=196;FR=.;FRO=120;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=0.00983864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.655;QD=13.7855;RBI=0.0583036;REFB=0.00526299;REVB=-0.0574674;RO=119;SAF=34;SAR=42;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978701;STB=0.552618;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00770588;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:119:120:76:76:0.387755:42:34:64:55:42:34:64:56 chr11 8159892 . G T 799.26 PASS AF=0.446809;AO=83;DP=187;FAO=84;FDP=188;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=0.0127236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.247;QD=17.0054;RBI=0.0175103;REFB=-0.0048708;REVB=-0.01203;RO=102;SAF=40;SAR=43;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955966;STB=0.54904;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00675375;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:102:104:83:84:0.446809:43:40:59:43:43:41:60:44 chr11 8174966 . G A 213.23 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0191243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.566;QD=10.4014;RBI=0.0316543;REFB=-0.00299557;REVB=-0.0252241;RO=51;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509084;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00806097;OID=.;OPOS=8174966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:55:27:27:0.329268:18:9:17:34:18:9:19:36 chr11 8251921 . G C 1203.46 PASS AF=0.445614;AO=127;DP=285;FAO=127;FDP=285;FR=.;FRO=158;FSAF=52;FSAR=75;FSRF=69;FSRR=89;FWDB=-0.0194245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.819;QD=16.8907;RBI=0.0240341;REFB=-0.0303274;REVB=-0.0141537;RO=158;SAF=52;SAR=75;SRF=69;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280206;STB=0.515535;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0382928;OID=.;OPOS=8251921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:158:158:127:127:0.445614:75:52:69:89:75:52:69:89 chr11 8284860 . G T 2182.99 PASS AF=0.523002;AO=211;DP=406;FAO=216;FDP=413;FR=.;FRO=197;FSAF=105;FSAR=111;FSRF=89;FSRR=108;FWDB=0.00205963;FXX=0.0024154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.609;QD=21.1428;RBI=0.0390911;REFB=-0.0426799;REVB=0.0390368;RO=180;SAF=100;SAR=111;SRF=72;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629951;STB=0.516403;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0432473;OID=.;OPOS=8284860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:413:180:197:211:216:0.523002:111:100:72:108:111:105:89:108 chr11 8646450 . T G 786.88 PASS AF=0.490909;AO=81;DP=165;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0205666;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.36;QD=19.0759;RBI=0.0239155;REFB=-0.038418;REVB=-0.0122051;RO=84;SAF=35;SAR=46;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332004;STB=0.504339;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0324832;OID=.;OPOS=8646450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:84:84:81:81:0.490909:46:35:36:48:46:35:37:47 chr11 8646670 . T G 2456.39 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4568;QD=61.4098;RBI=0.0620805;REFB=0;REVB=-0.0189926;RO=0;SAF=78;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267103;OID=.;OPOS=8646670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:82:78:0:0:82:78:0:0 chr11 8646763 . G C 611.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.93;QD=61.1707;RBI=0.0651439;REFB=0;REVB=0.0525793;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320793;OID=.;OPOS=8646763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:20:18:0:0:22:18:0:0 chr11 8693405 . G A 2586.55 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00587823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.847;QD=61.2202;RBI=0.0207649;REFB=-0.0746377;REVB=-0.0199155;RO=1;SAF=71;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488145;STB=0.502564;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-3.96091e-05;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:169:1:1:168:168:0.994083:97:71:0:1:97:71:0:1 chr11 8715262 . T TCAGG 274.29 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00324848;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=4;MLLD=310.759;QD=37.8332;RBI=0.00440801;REFB=-0.0506507;REVB=0.00297959;RO=6;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341103;STB=0.687322;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0139126;OID=.;OPOS=8715263;OREF=-;OALT=CAGG;OMAPALT=TCAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.793103:23:30:23:29:6:18:5:0:6:35:6:18:5:0:6 chr11 8717003 . C T 1268.06 PASS AF=1;AO=77;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.489;QD=61.8564;RBI=0.0224903;REFB=0;REVB=0.0219732;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06442e-05;OID=.;OPOS=8717003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:77:82:1:28:49:0:0:33:49:0:0 chr11 8751889 . C G 383.61 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00438159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.365;QD=17.6372;RBI=0.0780185;REFB=-0.00645962;REVB=0.0778954;RO=47;SAF=24;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188601;STB=0.605452;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00544754;OID=.;OPOS=8751889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:16:24:19:28:16:24:19:28 chr11 8788168 . A T 1749.38 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.552;QD=60.848;RBI=0.0311051;REFB=0;REVB=0.0094934;RO=0;SAF=47;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52048e-05;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:68:47:0:0:68:47:0:0 chr11 8788225 . A C 1367.38 PASS AF=1;AO=60;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382611;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.784;QD=62.8683;RBI=0.0581432;REFB=0;REVB=0.0437803;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031938;OID=.;OPOS=8788225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:60:87:1:37:23:0:0:61:26:0:0 chr11 8797707 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6884;QD=33.4285;RBI=0.00401027;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322827;OID=.;OPOS=8797707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr11 8866808 . C G 351.81 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0198179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9377;QD=15.6361;RBI=0.0266102;REFB=-0.00540703;REVB=-0.0177582;RO=52;SAF=16;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139857;STB=0.578906;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00867812;OID=.;OPOS=8866808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:22:16:29:23:22:16:29:23 chr11 8942942 . C T 1180.32 PASS AF=0.473077;AO=122;DP=260;FAO=123;FDP=260;FR=.;FRO=137;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=61;FSRR=76;FWDB=0.0498664;FXX=0.00383127;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.099;QD=18.1588;RBI=0.0498744;REFB=0.00071739;REVB=-0.000891795;RO=135;SAF=55;SAR=67;SRF=59;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132833;STB=0.505331;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.000946297;OID=.;OPOS=8942942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:135:137:122:123:0.473077:67:55:59:76:67:56:61:76 chr11 8942999 . G A 3765.49 PASS AF=1;AO=237;DP=238;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118702;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.755;QD=63.2856;RBI=0.0163787;REFB=-0.0613428;REVB=-0.0112854;RO=1;SAF=103;SAR=134;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5698e-07;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:238:1:0:237:238:1:134:103:0:1:135:103:0:0 chr11 8947021 . A G 1331.84 PASS AF=1;AO=69;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.200193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2194;QD=62.6749;RBI=0.204047;REFB=0;REVB=-0.0394709;RO=0;SAF=19;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.45441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113551;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:69:85:1:50:19:0:0:50:35:0:0 chr11 8947179 . G A 803.22 PASS AF=0.471591;AO=83;DP=177;FAO=83;FDP=176;FR=.;FRO=93;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0326553;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.357;QD=18.255;RBI=0.0390891;REFB=-0.0397049;REVB=-0.0214847;RO=91;SAF=44;SAR=39;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958912;STB=0.547058;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0426863;OID=.;OPOS=8947179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:91:93:83:83:0.471591:39:44:39:52:39:44:41:52 chr11 8947283 . G C 727.87 PASS AF=0.487179;AO=76;DP=156;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0429529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1609;QD=18.6633;RBI=0.0429595;REFB=-0.00820855;REVB=0.000757226;RO=80;SAF=33;SAR=43;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096254;STB=0.553134;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00828129;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:80:80:76:76:0.487179:43:33:43:37:43:33:43:37 chr11 8948680 . A T 535.13 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.00267348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2327;QD=15.7392;RBI=0.00425664;REFB=0.00720116;REVB=0.00331232;RO=78;SAF=23;SAR=35;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281623;STB=0.515784;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.014035;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:78:78:58:58:0.426471:35:23:33:45:35:23:33:45 chr11 8959370 . G A 869.67 PASS AF=0.488889;AO=88;DP=180;FAO=88;FDP=180;FR=.;FRO=92;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.00383625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.501;QD=19.3261;RBI=0.0160053;REFB=-0.00655232;REVB=0.0155388;RO=92;SAF=51;SAR=37;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340966;STB=0.518796;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00742077;OID=.;OPOS=8959370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:92:92:88:88:0.488889:37:51:50:42:37:51:50:42 chr11 8959511 . T G 1303.23 PASS AF=0.859649;AO=96;DP=113;FAO=98;FDP=114;FR=.;FRO=16;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00254505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.301;QD=45.7273;RBI=0.00350252;REFB=-0.0612032;REVB=0.00240631;RO=1;SAF=40;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117078;STB=0.532427;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00130522;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:113:114:1:16:96:98:0.859649:56:40:1:0:58:40:3:13 chr11 8959545 . C A 531.28 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.010879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1529;QD=19.6771;RBI=0.011511;REFB=0.0059609;REVB=0.00376179;RO=53;SAF=24;SAR=31;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711786;STB=0.539219;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00444549;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:55:55:0.509259:31:24:19:34:31:24:19:34 chr11 8968878 . GAGGACAT G 95.7 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.011682;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=7;MLLD=346.069;QD=10.0732;RBI=0.0217507;REFB=-0.00240135;REVB=-0.0183473;RO=25;SAF=2;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538584;STB=0.817634;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.00402356;OID=.;OPOS=8968879;OREF=AGGACAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:12:40:12:38:26:2:10:16:10:95:25:2:10:16:9 chr11 9005036 . T A 2368.75 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.816;QD=61.1289;RBI=0.00387798;REFB=0;REVB=0.00240705;RO=0;SAF=57;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64117e-06;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:98:57:0:0:98:57:0:0 chr11 9009175 . A G 315.55 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00509845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0038;QD=24.273;RBI=0.00539431;REFB=-0.0271455;REVB=-0.00176194;RO=21;SAF=20;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578425;STB=0.531894;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0123419;OID=.;OPOS=9009175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:11:20:12:9:11:20:12:9 chr11 9052423 . A C 1901.66 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.837;QD=61.3439;RBI=0.137916;REFB=0;REVB=0.0204579;RO=0;SAF=41;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.48571e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133817;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:120:124:1:79:41:0:0:80:44:0:0 chr11 9316937 . G A 1535.94 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.789;QD=62.6912;RBI=0.0386903;REFB=0;REVB=0.0241297;RO=0;SAF=33;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03752e-05;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:98:0:0:94:98:1:61:33:0:0:63:35:0:0 chr11 9406349 . T C 8064.61 PASS AF=1;AO=511;DP=513;FAO=511;FDP=511;FR=.;FRO=0;FSAF=239;FSAR=272;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033565;FXX=0.00389856;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.772;QD=63.1281;RBI=0.0352732;REFB=-0.0864406;REVB=0.010844;RO=1;SAF=239;SAR=272;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00199365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243597;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:513:511:1:0:511:511:1:272:239:1:0:272:239:0:0 chr11 9537904 . G C 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.516;QD=59.1416;RBI=0.0544157;REFB=0;REVB=0.0101684;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34333e-05;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr11 9769483 . C T 529.98 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.00350624;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3503;QD=16.4335;RBI=0.019409;REFB=-0.023238;REVB=-0.0190897;RO=72;SAF=25;SAR=32;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508338;STB=0.528355;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0258576;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:72:72:57:57:0.44186:32:25:28:44:32:25:28:44 chr11 9771886 . TCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACA TCAAAACAAAACAAAACAAAAC,TCAAAACAAAACAAAACAAAACA 94.21 PASS AF=0.0869565,0.478261;AO=4,4;DP=30;FAO=2,11;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=1,4;FSAR=1,7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0263021,0.0238924;FXX=0.257981;HRUN=4,4;LEN=6,5;MLLD=143.479,144.957;QD=16.3838;RBI=0.0499398,0.0576436;REFB=-0.0481035,-0.0471731;REVB=0.0424521,0.0524589;RO=5;SAF=1,2;SAR=3,2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.320004,-0.0874326;STB=0.66519,0.533274;STBP=0.722,0.807;TYPE=del,del;VARB=0.0132652,0.0355333;OID=.,.;OPOS=9771908,9771887;OREF=AAAACA,CAAAA;OALT=-,-;OMAPALT=TCAAAACAAAACAAAACAAAAC,TCAAAACAAAACAAAACAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0869565,0.478261:4,4:30:2,11:23:10:1,4:1,7:3:7:65:5:1,2:3,2:3:2 chr11 9800601 . G A 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00113374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.86;QD=15.2438;RBI=0.00340672;REFB=-0.005952;REVB=-0.00321253;RO=50;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823263;STB=0.546486;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00850308;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:18:18:21:29:18:18:21:29 chr11 9800821 . T C 288.79 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.020442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.014;QD=16.2696;RBI=0.0247873;REFB=-0.00638102;REVB=0.014019;RO=39;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178607;STB=0.600464;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0118624;OID=.;OPOS=9800821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:13:19:16:23:13:19:16:23 chr11 10328747 . T TC 306.74 PASS AF=0.494048;AO=72;DP=172;FAO=83;FDP=168;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0216365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.3327;QD=7.30333;RBI=0.0298434;REFB=-0.0530821;REVB=-0.0205546;RO=89;SAF=36;SAR=36;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00558064;STB=0.512122;STBP=0.753;TYPE=ins;VARB=0.0340162;OID=.;OPOS=10328748;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494048:72:172:83:168:85:40:43:43:42:99:89:36:36:45:44 chr11 10521764 . T C 791.77 PASS AF=0.476744;AO=81;DP=172;FAO=82;FDP=172;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0199827;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.934;QD=18.4133;RBI=0.0208254;REFB=-0.00703715;REVB=0.00586411;RO=90;SAF=33;SAR=48;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469616;STB=0.521885;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00816166;OID=.;OPOS=10521764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:90:90:81:82:0.476744:48:33:41:49:48:34:41:49 chr11 10533952 . T C 519.13 PASS AF=0.537634;AO=49;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0232125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.091;QD=22.3282;RBI=0.0539533;REFB=-0.00886375;REVB=0.0487046;RO=44;SAF=19;SAR=30;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079206;STB=0.530961;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0078566;OID=.;OPOS=10533952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:43:49:50:0.537634:30:19:21:23:30:20:20:23 chr11 10555589 . A G 896.27 PASS AF=0.514451;AO=88;DP=173;FAO=89;FDP=173;FR=.;FRO=84;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0106716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8586;QD=20.723;RBI=0.0188;REFB=0.00500383;REVB=0.0154776;RO=84;SAF=45;SAR=43;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110793;STB=0.503381;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0036581;OID=.;OPOS=10555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:84:84:88:89:0.514451:43:45:44:40:43:46:44:40 chr11 10597081 . G A 1013.3 PASS AF=0.447257;AO=106;DP=238;FAO=106;FDP=237;FR=.;FRO=131;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=57;FSRR=74;FWDB=-0.0101502;FXX=0.0124995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.027;QD=17.1022;RBI=0.0104859;REFB=-0.0114944;REVB=-0.00263198;RO=112;SAF=50;SAR=56;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00141914;STB=0.520329;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0185851;OID=.;OPOS=10597081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:112:131:106:106:0.447257:56:50:53:59:56:50:57:74 chr11 10647702 . G A 2111.86 PASS AF=0.459459;AO=213;DP=474;FAO=221;FDP=481;FR=.;FRO=260;FSAF=123;FSAR=98;FSRF=130;FSRR=130;FWDB=-0.0226025;FXX=0.0041407;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.389;QD=17.5622;RBI=0.0235748;REFB=-0.01639;REVB=0.00670077;RO=261;SAF=122;SAR=91;SRF=131;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712783;STB=0.530752;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0184695;OID=.;OPOS=10647702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:474:481:261:260:213:221:0.459459:91:122:131:130:98:123:130:130 chr11 10650329 . C T 852.87 PASS AF=0.505814;AO=84;DP=167;FAO=87;FDP=172;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=60;FSRF=24;FSRR=61;FWDB=-0.00647143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0224;QD=19.8343;RBI=0.0131336;REFB=-0.00293428;REVB=0.0114285;RO=83;SAF=27;SAR=57;SRF=23;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468317;STB=0.516355;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00326221;OID=.;OPOS=10650329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:172:83:85:84:87:0.505814:57:27:23:60:60:27:24:61 chr11 10655609 . C T 2320.86 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0426552;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.048;QD=60.2822;RBI=0.0426587;REFB=-0.130226;REVB=-0.000546464;RO=0;SAF=74;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60783e-08;STB=0.503144;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00055073;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:154:0:1:153:153:0.993506:79:74:0:0:79:74:0:1 chr11 10673739 . T C,G 8870.6 PASS AF=0.897924,0.102076;AO=528,49;DP=579;FAO=519,59;FDP=578;FR=.;FRO=0;FSAF=189,59;FSAR=330,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124607,-0.0285302;FXX=0.00344822;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.624,76.0821;QD=61.3882;RBI=0.0128217,0.0300129;REFB=-0.0219587,-0.00763754;REVB=0.00302112,-0.00931677;RO=1;SAF=198,49;SAR=330,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00240554,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00225877,0.0501643;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:579:578:1:0:528,49:519,59:0.897924,0.102076:330,0:198,49:1:0:330,0:189,59:0:0 chr11 10715124 . T C 629.79 PASS AF=0.448718;AO=68;DP=155;FAO=70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.010533;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.599;QD=16.1486;RBI=0.0165213;REFB=-0.0279074;REVB=0.0127283;RO=86;SAF=25;SAR=43;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417988;STB=0.529403;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.036787;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:86:86:68:70:0.448718:43:25:35:51:45:25:35:51 chr11 10786142 . C T 859.7 PASS AF=0.494318;AO=86;DP=176;FAO=87;FDP=176;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0395746;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1488;QD=19.5387;RBI=0.0414707;REFB=-0.0206719;REVB=-0.0123962;RO=89;SAF=40;SAR=46;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412153;STB=0.505375;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0200252;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:89:89:86:87:0.494318:46:40:41:48:46:41:41:48 chr11 10786175 . C T 859.97 PASS AF=0.491525;AO=86;DP=178;FAO=87;FDP=177;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.00119629;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2779;QD=19.4343;RBI=0.0291903;REFB=0.00583846;REVB=-0.0291657;RO=89;SAF=43;SAR=43;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363028;STB=0.519684;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0049194;OID=.;OPOS=10786175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:89:90:86:87:0.491525:43:43:41:48:44:43:41:49 chr11 10822350 . C T 3944.12 PASS AF=1;AO=253;DP=255;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180722;FXX=0.0077818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.83;QD=61.8685;RBI=0.0256385;REFB=-0.00253623;REVB=0.0181859;RO=1;SAF=97;SAR=156;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15479e-05;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:255:255:1:0:253:255:1:156:97:1:0:158:97:0:0 chr11 10823079 . T C 262.32 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0144541;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.731;QD=17.2012;RBI=0.0273195;REFB=-0.0475725;REVB=0.0231827;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111424;STB=0.500625;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0328512;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:19:10:11:21:19:10:11:21 chr11 10828361 . C A 622.37 PASS AF=0.436709;AO=69;DP=158;FAO=69;FDP=158;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.0363288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8927;QD=15.7563;RBI=0.0420708;REFB=0.0242122;REVB=-0.0212172;RO=89;SAF=33;SAR=36;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841909;STB=0.546939;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0314651;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:89:89:69:69:0.436709:36:33:50:39:36:33:50:39 chr11 10829791 . G A 2965.3 PASS AF=0.499157;AO=282;DP=572;FAO=296;FDP=593;FR=.;FRO=297;FSAF=157;FSAR=139;FSRF=129;FSRR=168;FWDB=-0.0857795;FXX=0.00336129;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7933;QD=20.002;RBI=0.117025;REFB=-0.0198319;REVB=0.0796041;RO=288;SAF=157;SAR=125;SRF=120;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128923;STB=0.548005;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0251382;OID=.;OPOS=10829791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:572:593:288:297:282:296:0.499157:125:157:120:168:139:157:129:168 chr11 11354346 . T C 627.24 PASS AF=0.451389;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.00413041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.858;QD=17.4234;RBI=0.0117707;REFB=-0.0178545;REVB=0.0110222;RO=79;SAF=33;SAR=32;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138195;STB=0.50769;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0369849;OID=.;OPOS=11354346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:79:79:65:65:0.451389:32:33:39:40:32:33:39:40 chr11 11373508 . T C 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3522;QD=62.3121;RBI=0.0391598;REFB=0;REVB=0.0302621;RO=0;SAF=29;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241771;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:57:29:0:0:57:29:0:0 chr11 11373587 . A G 3914.17 PASS AF=1;AO=235;DP=235;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273344;FXX=0.00809684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.462;QD=63.9048;RBI=0.0284858;REFB=0;REVB=0.00801677;RO=0;SAF=95;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24119e-06;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:235:245:0:0:235:245:1:140:95:0:0:148:97:0:0 chr11 11373635 . C T 4060.75 PASS AF=1;AO=262;DP=265;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197716;FXX=0.0112778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1605;QD=61.7604;RBI=0.00251903;REFB=-0.0341208;REVB=0.00156088;RO=3;SAF=114;SAR=148;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00223498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146763;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:265:263:3:0:262:263:1:148:114:1:2:149:114:0:0 chr11 11373808 . T G 3552.56 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.998;QD=62.8772;RBI=0.0268806;REFB=0;REVB=-0.0171064;RO=0;SAF=112;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8103e-06;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:226:0:0:225:226:1:113:112:0:0:113:113:0:0 chr11 11373925 . A C 2738.5 PASS AF=0.988827;AO=177;DP=179;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00439958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2806;QD=61.1955;RBI=0.0607186;REFB=-0.0428299;REVB=-0.060559;RO=2;SAF=99;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00951902;STB=0.504999;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000164424;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:179:179:2:2:177:177:0.988827:78:99:2:0:78:99:2:0 chr11 11373960 . C T 2840.36 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.143;QD=62.7703;RBI=0.0178309;REFB=0;REVB=-0.00208857;RO=0;SAF=103;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6829e-05;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:181:181:1:78:103:0:0:78:103:0:0 chr11 11374016 . T A 3112.21 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.233;QD=63.8402;RBI=0.0191244;REFB=0;REVB=-0.0132164;RO=0;SAF=105;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98866e-07;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:194:195:1:89:105:0:0:90:105:0:0 chr11 11374269 . A G 3833.79 PASS AF=0.992032;AO=248;DP=251;FAO=249;FDP=251;FR=.;FRO=2;FSAF=146;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0271147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.855;QD=61.0963;RBI=0.031643;REFB=0.0399511;REVB=0.0163118;RO=1;SAF=145;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460531;STB=0.504807;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-8.12094e-05;OID=.;OPOS=11374269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:251:251:1:2:248:249:0.992032:103:145:0:1:103:146:0:2 chr11 11374283 . T G 4384.37 PASS AF=0.989399;AO=280;DP=284;FAO=280;FDP=283;FR=.;FRO=3;FSAF=156;FSAR=124;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.017791;FXX=0.003521;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.394;QD=61.9699;RBI=0.0188896;REFB=-0.0459142;REVB=0.00634794;RO=3;SAF=156;SAR=124;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00224381;STB=0.501177;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.000296591;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:284:283:3:3:280:280:0.989399:124:156:2:1:124:156:2:1 chr11 11913585 . G T 2045.16 PASS AF=0.957447;AO=135;DP=141;FAO=135;FDP=141;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00883566;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=323.06;QD=58.0188;RBI=0.0221933;REFB=-0.0223092;REVB=-0.0203587;RO=4;SAF=54;SAR=81;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855764;STB=0.504424;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00031413;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:141:141:4:6:135:135:0.957447:81:54:1:3:81:54:3:3 chr11 11924337 . A G 942.11 PASS AF=0.482051;AO=94;DP=195;FAO=94;FDP=195;FR=.;FRO=101;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=0.0172819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1139;QD=19.3253;RBI=0.0249108;REFB=-0.0236089;REVB=-0.0179412;RO=101;SAF=48;SAR=46;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796612;STB=0.5439;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0289835;OID=.;OPOS=11924337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:101:101:94:94:0.482051:46:48:43:58:46:48:43:58 chr11 11976628 . G A 1027.67 PASS AF=0.518325;AO=98;DP=191;FAO=99;FDP=191;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.0816624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6172;QD=21.5218;RBI=0.0943882;REFB=0.00829809;REVB=-0.0473328;RO=93;SAF=41;SAR=57;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049468;STB=0.521132;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00812459;OID=.;OPOS=11976628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:93:92:98:99:0.518325:57:41:44:49:57:42:43:49 chr11 11977573 . T C 431.33 PASS AF=0.418803;AO=48;DP=113;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0212763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4806;QD=14.7465;RBI=0.0267002;REFB=-0.0245187;REVB=-0.0161313;RO=65;SAF=18;SAR=30;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15441;STB=0.59172;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0494838;OID=.;OPOS=11977573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:65:68:48:49:0.418803:30:18:34:31:30:19:37:31 chr11 11978815 . T TGA 683.66 PASS AF=0.418994;AO=75;DP=179;FAO=75;FDP=179;FR=.;FRO=104;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=66;FWDB=-0.0171338;FXX=0.0218567;HRUN=1;LEN=2;MLLD=271.537;QD=15.2773;RBI=0.0175536;REFB=-0.0163729;REVB=0.00381601;RO=104;SAF=39;SAR=36;SRF=38;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160036;STB=0.58931;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.0245055;OID=.;OPOS=11978816;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418994:75:179:75:179:104:39:36:38:66:99:104:39:36:38:66 chr11 11986061 . T C 867.14 PASS AF=0.497175;AO=84;DP=176;FAO=88;FDP=177;FR=.;FRO=89;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=0.0116735;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.864;QD=19.5964;RBI=0.0250057;REFB=-0.00768579;REVB=-0.0221136;RO=90;SAF=53;SAR=31;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249512;STB=0.508359;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0077606;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:90:89:84:88:0.497175:31:53:59:31:32:56:58:31 chr11 12023773 . C A 419.29 PASS AF=0.389313;AO=18;DP=136;FAO=51;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.0143391;FXX=0.0437924;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.472;QD=12.8027;RBI=0.110692;REFB=-0.0677397;REVB=0.10976;RO=53;SAF=9;SAR=9;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103863;STB=0.693158;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.179646;OID=.;OPOS=12023773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:131:53:77:18:51:0.389313:9:9:31:22:37:14:45:32 chr11 12225945 . GT G,GG 3191.54 PASS AF=0.0809524,0.919048;AO=34,173;DP=208;FAO=17,193;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=1,93;FSAR=16,100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511271,0.0474295;FXX=0.00943352;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=280.682,297.51;QD=60.7913;RBI=0.0790279,0.0754512;REFB=0,0;REVB=0.0602613,0.0586798;RO=0;SAF=12,82;SAR=22,91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.75716e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0274623,-0.000143463;OID=.,.;OPOS=12225946,12225946;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0809524,0.919048:34,173:208:17,193:210:0:1,93:16,100:0:0:15:0:12,82:22,91:0:0 chr11 12229655 . T G 4225.13 PASS AF=0.992674;AO=271;DP=273;FAO=271;FDP=273;FR=.;FRO=2;FSAF=120;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0170348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.331;QD=61.9067;RBI=0.0209923;REFB=-0.0194017;REVB=-0.0122676;RO=1;SAF=120;SAR=151;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314721;STB=0.503289;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000376064;OID=.;OPOS=12229655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:273:273:1:2:271:271:0.992674:151:120:0:1:151:120:0:2 chr11 12246233 . G C 3436.09 PASS AF=0.965812;AO=226;DP=234;FAO=226;FDP=234;FR=.;FRO=8;FSAF=133;FSAR=93;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0263336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6077;QD=58.7366;RBI=0.0440942;REFB=0.00271348;REVB=-0.0353673;RO=8;SAF=133;SAR=93;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593835;STB=0.50312;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00108087;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:234:234:8:8:226:226:0.965812:93:133:4:4:93:133:4:4 chr11 12265542 . A G 870.17 PASS AF=0.589552;AO=78;DP=134;FAO=79;FDP=134;FR=.;FRO=55;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0476673;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.644;QD=25.9753;RBI=0.0485554;REFB=-0.0148088;REVB=-0.00924406;RO=55;SAF=44;SAR=34;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05611;STB=0.52729;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0120712;OID=.;OPOS=12265542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:55:55:78:79:0.589552:34:44:27:28:35:44:27:28 chr11 12281497 . G A 669.64 PASS AF=0.461538;AO=73;DP=156;FAO=72;FDP=156;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=0.0021883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.32;QD=17.1702;RBI=0.0297539;REFB=0.00104043;REVB=0.0296733;RO=83;SAF=30;SAR=43;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205308;STB=0.608021;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00117176;OID=.;OPOS=12281497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:83:84:73:72:0.461538:43:30:52:31:42:30:52:32 chr11 12285090 . C T 1933.85 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.651;QD=61.8833;RBI=0.0409632;REFB=0;REVB=0.0385562;RO=0;SAF=73;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71186e-05;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:50:73:0:0:50:75:0:0 chr11 12315407 . G C 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6737;QD=58.7778;RBI=0.0441769;REFB=0;REVB=0.039908;RO=0;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517811;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:20:45:0:0:20:45:0:0 chr11 12315716 . C T 695.88 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.658;QD=60.5116;RBI=0.0175947;REFB=-0.115807;REVB=-0.00155354;RO=1;SAF=11;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408068;STB=0.521729;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=2.00243e-05;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:34:11:1:0:34:11:1:0 chr11 12315891 . G A 741.3 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276497;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.304;QD=57.0228;RBI=0.0281193;REFB=0;REVB=0.0051175;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86483e-05;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr11 12534707 . G A 405.62 PASS AF=0.375;AO=48;DP=127;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0407512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.718;QD=12.6757;RBI=0.0413409;REFB=-0.0106863;REVB=-0.00695768;RO=79;SAF=16;SAR=32;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099611;STB=0.561771;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0181975;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:79:80:48:48:0.375:32:16:33:46:32:16:34:46 chr11 12550368 . TATA T 2897.71 PASS AF=1;AO=177;DP=182;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433724;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=3;MLLD=272.001;QD=62.9938;RBI=0.0540616;REFB=0;REVB=0.0322722;RO=0;SAF=67;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.35685e-05;OID=.;OPOS=12550369;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:177:182:184:184:0:71:113:0:0:16:0:67:110:0:0 chr11 12903443 . C T 1554.54 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.738;QD=62.8098;RBI=0.0438454;REFB=-0.157628;REVB=0.0285117;RO=1;SAF=56;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839512;STB=0.504424;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000489445;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:1:1:98:98:0.989899:42:56:1:0:42:56:1:0 chr11 12959599 . CTTTTTG CTTTTGT 42.2 PASS AF=0.073913;AO=12;DP=237;FAO=17;FDP=230;FR=.,HEALED;FRO=212;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=102;FSRR=110;FWDB=-0.0448205;FXX=0.0212757;HRUN=5;LEN=2;MLLD=66.476;QD=0.733841;RBI=0.112566;REFB=-0.017309;REVB=-0.103258;RO=146;SAF=11;SAR=1;SRF=75;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469119;STB=0.93717;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0636619;OID=.;OPOS=12959604;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=CTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.073913:12:237:17:230:212:16:1:102:110:33:146:11:1:75:71 chr11 13398129 . T A 3567.47 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.77;QD=62.8629;RBI=0.0724615;REFB=0;REVB=0.0719401;RO=0;SAF=132;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10053e-05;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:227:0:0:217:227:1:85:132:0:0:95:132:0:0 chr11 13427300 . C A 491.1 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.011044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.02;QD=17.2315;RBI=0.027116;REFB=-0.0243875;REVB=-0.024765;RO=60;SAF=26;SAR=27;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228399;STB=0.516892;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0231069;OID=.;OPOS=13427300;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:61:53:53:0.464912:27:26:28:32:27:26:28:33 chr11 13929046 . T A 613.08 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.454;QD=61.3078;RBI=0.0237461;REFB=0;REVB=-0.0216484;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9942e-05;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr11 13984583 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0371262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.531;QD=18.4828;RBI=0.0371288;REFB=-0.00448403;REVB=-0.000435069;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176923;STB=0.5999;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00520897;OID=.;OPOS=13984583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:6:15:10:9:6:15 chr11 14101493 . G GC 1559.41 PASS AF=1;AO=132;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.5952;QD=45.8651;RBI=0.0409213;REFB=0;REVB=-0.00989975;RO=3;SAF=77;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362137;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000312572;OID=.;OPOS=14101494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:132:137:136:136:0:80:56:0:0:29:3:77:55:2:1 chr11 14632570 . A C 656.37 PASS AF=0.585859;AO=58;DP=98;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00163128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.212;QD=26.52;RBI=0.0315873;REFB=-0.00780264;REVB=0.0315451;RO=40;SAF=22;SAR=36;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359409;STB=0.525922;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00711494;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:40:41:58:58:0.585859:36:22:17:23:36:22:18:23 chr11 14810762 . A G 552.85 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00742585;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.897;QD=17.9787;RBI=0.00750393;REFB=0.00911933;REVB=0.00107966;RO=65;SAF=23;SAR=35;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783945;STB=0.543557;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0103002;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:65:58:58:0.471545:35:23:31:34:35:23:31:34 chr11 14991539 . T C 6610.67 PASS AF=1;AO=421;DP=423;FAO=421;FDP=421;FR=.;FRO=0;FSAF=253;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980621;FXX=0.0070753;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2488;QD=62.8092;RBI=0.0302652;REFB=-0.0364602;REVB=-0.0286325;RO=2;SAF=253;SAR=168;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000949744;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028245;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:423:421:2:0:421:421:1:168:253:1:1:168:253:0:0 chr11 15199957 . T C 1568.8 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976132;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5399;QD=64.0327;RBI=0.0820173;REFB=0;REVB=0.0814343;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622476;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:95:98:1:57:38:0:0:59:39:0:0 chr11 16133413 . A G 994.0 PASS AF=0.549133;AO=93;DP=171;FAO=95;FDP=173;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.00197055;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.253;QD=22.9827;RBI=0.0277759;REFB=-0.0464526;REVB=0.0277059;RO=76;SAF=43;SAR=50;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673866;STB=0.53112;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.033487;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:76:78:93:95:0.549133:50:43:29:47:52:43:30:48 chr11 16424314 . A G 673.22 PASS AF=0.464516;AO=75;DP=158;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.00804527;FXX=0.0189861;HRUN=8;LEN=1;MLLD=213.948;QD=17.3734;RBI=0.00851056;REFB=-0.0135808;REVB=0.0027755;RO=79;SAF=40;SAR=35;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157496;STB=0.513744;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0140369;OID=.;OPOS=16424314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:155:79:83:75:72:0.464516:35:40:42:37:32:40:44:39 chr11 16863907 . C T 529.09 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00245695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.802;QD=19.4162;RBI=0.00337478;REFB=-0.0143031;REVB=0.00231354;RO=54;SAF=33;SAR=22;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107969;STB=0.55968;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0149274;OID=.;OPOS=16863907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:55:55:0.504587:22:33:26:28:22:33:26:28 chr11 17035718 . A G 345.55 PASS AF=0.381818;AO=41;DP=109;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0118032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9871;QD=12.5654;RBI=0.0124752;REFB=-0.0118722;REVB=-0.00403916;RO=68;SAF=23;SAR=18;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114843;STB=0.556585;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0196094;OID=.;OPOS=17035718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:68:68:41:42:0.381818:18:23:31:37:19:23:31:37 chr11 17333663 . G A 707.28 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.734;QD=62.8692;RBI=0.0763715;REFB=0;REVB=0.0720039;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966601;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:17:26:0:0:18:27:0:0 chr11 17339127 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696827;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.467;QD=58.4197;RBI=0.0223481;REFB=0;REVB=0.021234;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11822e-05;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr11 17352477 . TACA T 535.82 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327795;FXX=0.162753;HRUN=1;LEN=3;MLLD=286.586;QD=59.5359;RBI=0.032806;REFB=0;REVB=-0.00131865;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000149183;OID=.;OPOS=17352478;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:36:36:36:0:10:26:0:0:3:0:9:22:0:0 chr11 17448704 . G A 1984.1 PASS AF=0.992308;AO=126;DP=128;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010851;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.53;QD=61.0494;RBI=0.0508072;REFB=-0.0539174;REVB=0.0496349;RO=1;SAF=65;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772608;STB=0.503703;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00081075;OID=.;OPOS=17448704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:130:1:1:126:129:0.992308:61:65:0:1:62:67:1:0 chr11 17496516 . A G 443.74 PASS AF=0.483871;AO=43;DP=92;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00321882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.534;QD=19.0857;RBI=0.00970318;REFB=-0.00903872;REVB=-0.00915374;RO=47;SAF=30;SAR=13;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414946;STB=0.525412;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0124986;OID=.;OPOS=17496516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:47:48:43:45:0.483871:13:30:31:16:14:31:31:17 chr11 17519742 . C G 860.49 PASS AF=0.497143;AO=86;DP=174;FAO=87;FDP=175;FR=.;FRO=88;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=0.0201642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4972;QD=19.6683;RBI=0.0932955;REFB=-0.0204001;REVB=0.0910903;RO=88;SAF=54;SAR=32;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232246;STB=0.629493;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0151169;OID=.;OPOS=17519742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:88:88:86:87:0.497143:32:54:33:55:32:55:33:55 chr11 17542439 . T C 3010.15 PASS AF=1;AO=182;DP=188;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288884;FXX=0.0306107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.975;QD=63.3716;RBI=0.0650274;REFB=0;REVB=0.0649632;RO=0;SAF=123;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241589;OID=.;OPOS=17542439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:190:0:0:182:190:1:59:123:0:0:64:126:0:0 chr11 17579783 . C A 863.1 PASS AF=0.454106;AO=91;DP=195;FAO=94;FDP=207;FR=.;FRO=113;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=-0.00152173;FXX=0.0327088;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.7;QD=16.6782;RBI=0.0200005;REFB=-0.0233882;REVB=-0.0199425;RO=103;SAF=48;SAR=43;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124227;STB=0.501501;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0295817;OID=.;OPOS=17579783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:207:103:113:91:94:0.454106:43:48:53:50:43:51:61:52 chr11 17593709 . T C 1523.36 PASS AF=0.485893;AO=154;DP=318;FAO=155;FDP=319;FR=.;FRO=164;FSAF=62;FSAR=93;FSRF=75;FSRR=89;FWDB=-0.0024185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.472;QD=19.1017;RBI=0.00847013;REFB=-0.0229989;REVB=-0.00811751;RO=159;SAF=61;SAR=93;SRF=73;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600682;STB=0.530319;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0232814;OID=.;OPOS=17593709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:319:159:164:154:155:0.485893:93:61:73:86:93:62:75:89 chr11 17596313 . G A 1517.26 PASS AF=0.506849;AO=147;DP=293;FAO=148;FDP=292;FR=.;FRO=144;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=74;FSRR=70;FWDB=0.000287999;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.427;QD=20.7844;RBI=0.0147351;REFB=0.00140878;REVB=0.0147323;RO=143;SAF=74;SAR=73;SRF=73;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638306;STB=0.506848;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00100177;OID=.;OPOS=17596313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:292:143:144:147:148:0.506849:73:74:73:70:74:74:74:70 chr11 17598187 . G A 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0440916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.238;QD=20.2683;RBI=0.0442714;REFB=0.00415256;REVB=0.00398646;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128135;STB=0.572016;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00335608;OID=.;OPOS=17598187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:11:10:7:14:11:10:7:14 chr11 17600033 . G A 1792.57 PASS AF=0.465823;AO=181;DP=393;FAO=184;FDP=395;FR=.;FRO=211;FSAF=93;FSAR=91;FSRF=107;FSRR=104;FWDB=0.0267778;FXX=0.0075375;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1815;QD=18.1526;RBI=0.0296572;REFB=-0.00912241;REVB=0.0127476;RO=206;SAF=91;SAR=90;SRF=106;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114043;STB=0.500894;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0143246;OID=.;OPOS=17600033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:395:206:211:181:184:0.465823:90:91:106:100:91:93:107:104 chr11 17618546 . G A 364.39 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=101;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00406322;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4104;QD=14.2898;RBI=0.027651;REFB=-0.0156524;REVB=0.0273509;RO=45;SAF=12;SAR=23;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152542;STB=0.602689;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0378833;OID=.;OPOS=17618546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:45:60:35:42:0.411765:23:12:22:23:28:14:30:30 chr11 17627613 . G C 778.97 PASS AF=0.477528;AO=75;DP=173;FAO=85;FDP=178;FR=.;FRO=93;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=-0.0181662;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.458;QD=17.505;RBI=0.0298461;REFB=-0.0281658;REVB=0.0236808;RO=98;SAF=47;SAR=28;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695103;STB=0.502757;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0305723;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:178:98:93:75:85:0.477528:28:47:55:43:37:48:53:40 chr11 17948311 . T C 565.73 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=134;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.00899727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.85;QD=16.8874;RBI=0.0100212;REFB=-0.000963124;REVB=0.00441278;RO=74;SAF=37;SAR=23;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051981;STB=0.502897;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00120605;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:74:74:60:60:0.447761:23:37:46:28:23:37:46:28 chr11 17948399 . A G 581.15 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0206539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.906;QD=17.3476;RBI=0.0290843;REFB=0.000801104;REVB=-0.0204771;RO=73;SAF=39;SAR=22;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802542;STB=0.544734;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.000854943;OID=.;OPOS=17948399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:73:61:61:0.455224:22:39:41:32:22:39:41:32 chr11 17981047 . C T 462.26 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0102729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.003;QD=18.1279;RBI=0.0294007;REFB=-0.0175441;REVB=-0.0275476;RO=52;SAF=24;SAR=25;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837706;STB=0.509407;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0161599;OID=.;OPOS=17981047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:53:49:49:0.480392:25:24:25:27:25:24:25:28 chr11 18127530 . A ACCTCCT 449.37 PASS AF=0.234114;AO=68;DP=321;FAO=70;FDP=299;FR=.;FRO=229;FSAF=13;FSAR=57;FSRF=129;FSRR=100;FWDB=-0.0637134;FXX=0.062694;HRUN=2;LEN=6;MLLD=210.36;QD=6.01158;RBI=0.0653419;REFB=-0.0223715;REVB=-0.0144971;RO=236;SAF=12;SAR=56;SRF=134;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510828;STB=0.798531;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0587223;OID=.;OPOS=18127531;OREF=-;OALT=CCTCCT;OMAPALT=ACCTCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234114:68:321:70:299:229:13:57:129:100:99:236:12:56:134:102 chr11 18159169 . A G 3920.65 PASS AF=1;AO=251;DP=251;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.716;QD=61.9866;RBI=0.00942163;REFB=0;REVB=0.00572689;RO=0;SAF=141;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105716;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:251:253:0:0:251:253:1:110:141:0:0:110:143:0:0 chr11 18159254 . A G 3517.97 PASS AF=0.991342;AO=223;DP=234;FAO=229;FDP=231;FR=.;FRO=2;FSAF=122;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.016769;FXX=0.01282;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.207;QD=60.9172;RBI=0.049735;REFB=-0.0330572;REVB=-0.0468227;RO=2;SAF=122;SAR=101;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000804608;STB=0.500285;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000544075;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:234:231:2:2:223:229:0.991342:101:122:1:1:107:122:1:1 chr11 18194827 . C G 493.0 PASS AF=0.439024;AO=53;DP=121;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.00582028;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.322;QD=16.0324;RBI=0.00695529;REFB=-0.0170667;REVB=0.00380794;RO=67;SAF=32;SAR=21;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256339;STB=0.635022;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0223294;OID=.;OPOS=18194827;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:67:69:53:54:0.439024:21:32:23:44:22:32:24:45 chr11 18194878 . T G 646.87 PASS AF=0.456954;AO=69;DP=151;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.0151745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8164;QD=17.1356;RBI=0.0203346;REFB=0.0099604;REVB=0.0135363;RO=81;SAF=40;SAR=29;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178556;STB=0.602105;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0145502;OID=.;OPOS=18194878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:81:82:69:69:0.456954:29:40:32:49:29:40:32:50 chr11 18194944 . T A 752.24 PASS AF=0.603448;AO=70;DP=116;FAO=70;FDP=116;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0178305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.815;QD=25.9393;RBI=0.0203153;REFB=-0.0184848;REVB=0.00973564;RO=46;SAF=36;SAR=34;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104287;STB=0.505666;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0127976;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:46:46:70:70:0.603448:34:36:23:23:34:36:23:23 chr11 18194964 . A G 317.8 PASS AF=0.350877;AO=40;DP=114;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0740838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.198;QD=11.151;RBI=0.07519;REFB=-0.0276692;REVB=-0.0128502;RO=74;SAF=16;SAR=24;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18862;STB=0.608338;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0472866;OID=.;OPOS=18194964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:74:74:40:40:0.350877:24:16:42:32:24:16:42:32 chr11 18195051 . T C 1754.32 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0280668;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.813;QD=59.9766;RBI=0.0427808;REFB=-0.115818;REVB=0.0322871;RO=1;SAF=69;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683317;STB=0.503545;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000237435;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:115:116:0.991453:46:69:1:0:46:70:1:0 chr11 18195448 . C T 796.54 PASS AF=0.509434;AO=81;DP=159;FAO=81;FDP=159;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.00239651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.874;QD=20.0388;RBI=0.0110897;REFB=0.00112231;REVB=-0.0108276;RO=78;SAF=32;SAR=49;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977698;STB=0.505372;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00120125;OID=.;OPOS=18195448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:78:78:81:81:0.509434:49:32:30:48:49:32:30:48 chr11 18210480 . T C 1488.58 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903992;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.493;QD=58.9535;RBI=0.0923035;REFB=0;REVB=0.0918598;RO=0;SAF=67;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.76003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323208;OID=.;OPOS=18210480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:99:101:1:32:67:0:0:33:68:0:0 chr11 18210580 . C T 1243.54 PASS AF=0.413174;AO=137;DP=333;FAO=138;FDP=334;FR=.;FRO=196;FSAF=78;FSAR=60;FSRF=95;FSRR=101;FWDB=0.0147097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.991;QD=14.8927;RBI=0.0431559;REFB=-0.0270403;REVB=0.0405716;RO=189;SAF=78;SAR=59;SRF=95;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699736;STB=0.547469;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0389799;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:334:189:196:137:138:0.413174:59:78:95:94:60:78:95:101 chr11 18210739 . G C 869.35 PASS AF=0.391129;AO=97;DP=250;FAO=97;FDP=248;FR=.;FRO=151;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=78;FSRR=73;FWDB=-0.0010368;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.877;QD=14.0218;RBI=0.0244211;REFB=-0.0101305;REVB=-0.024399;RO=149;SAF=47;SAR=50;SRF=77;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347498;STB=0.519487;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0151411;OID=.;OPOS=18210739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:248:149:151:97:97:0.391129:50:47:77:72:50:47:78:73 chr11 18231749 . T G 919.27 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1044;QD=58.3661;RBI=0.0257179;REFB=0;REVB=-0.0225785;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337711;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr11 18231915 . T C 1438.91 PASS AF=0.95283;AO=85;DP=106;FAO=101;FDP=106;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0137422;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=287.057;QD=54.2985;RBI=0.0146617;REFB=-0.0509251;REVB=-0.00511032;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51217;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00127079;OID=.;OPOS=18231915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:106:106:0:5:85:101:0.95283:35:50:0:0:46:55:4:1 chr11 18253176 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.713;QD=57.2376;RBI=0.023353;REFB=0;REVB=0.0198063;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86773e-05;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr11 18267027 . C T 3114.84 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0024539;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1324;QD=63.2455;RBI=0.0285511;REFB=-0.04235;REVB=0.0284455;RO=1;SAF=106;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457731;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:196:197:1:0:195:197:1:89:106:1:0:89:108:0:0 chr11 18267463 . A G 516.52 PASS AF=0.394558;AO=58;DP=149;FAO=58;FDP=147;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.00431;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.078;QD=14.0548;RBI=0.0072323;REFB=-0.0359091;REVB=0.00580776;RO=88;SAF=42;SAR=16;SRF=54;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136693;STB=0.582352;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0413417;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:88:89:58:58:0.394558:16:42:54:34:16:42:54:35 chr11 18267471 . A G 943.2 PASS AF=0.593103;AO=84;DP=143;FAO=86;FDP=145;FR=.;FRO=59;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=16;FWDB=0.0222145;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.386;QD=26.0193;RBI=0.0376016;REFB=-0.0359419;REVB=-0.030338;RO=59;SAF=49;SAR=35;SRF=43;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116307;STB=0.558466;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00602708;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:59:59:84:86:0.593103:35:49:43:16:35:51:43:16 chr11 18290874 . T C 43.69 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00327237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9967;QD=21.8425;RBI=0.102636;REFB=-0.0969163;REVB=0.102584;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209294;STB=0.624528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0325294;OID=.;OPOS=18290874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:1:1:5:1:1:1 chr11 18290880 . C G 74.33 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.464;QD=37.1665;RBI=0.0476796;REFB=0;REVB=0.0473615;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147905;OID=.;OPOS=18290880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:6:2:0:0 chr11 18301129 . AG GA 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362522;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.926;QD=64.4153;RBI=0.0415293;REFB=0;REVB=0.0202598;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00012627;OID=.;OPOS=18301129;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr11 18319180 . G T 500.63 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.00106867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.477;QD=15.6447;RBI=0.020388;REFB=-0.0185484;REVB=-0.02036;RO=72;SAF=34;SAR=21;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244251;STB=0.632778;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0199598;OID=.;OPOS=18319180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:73:55:55:0.429688:21:34:27:45:21:34:28:45 chr11 18327684 . G T 766.96 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559213;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.694;QD=56.812;RBI=0.00924178;REFB=0;REVB=0.0073579;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636789;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr11 18333436 . A T 435.36 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00963472;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.304;QD=18.1402;RBI=0.0135104;REFB=-0.000804575;REVB=0.00947113;RO=52;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451495;STB=0.531236;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000888088;OID=.;OPOS=18333436;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:43:44:0.458333:21:22:29:23:22:22:29:23 chr11 18424451 . C T 2241.35 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.376;QD=63.1367;RBI=0.0345883;REFB=0;REVB=0.0139937;RO=0;SAF=68;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72245e-05;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:73:68:0:0:74:68:0:0 chr11 18424487 . A G 2295.52 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00201428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9178;QD=62.891;RBI=0.0188265;REFB=-0.0357642;REVB=-0.0187185;RO=1;SAF=66;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715074;STB=0.503759;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00101866;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:146:1:1:144:145:0.993151:78:66:1:0:79:66:1:0 chr11 18467821 . T C 1916.37 PASS AF=0.969466;AO=127;DP=131;FAO=127;FDP=131;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0302391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.726;QD=58.5152;RBI=0.0333957;REFB=-0.18166;REVB=0.0141729;RO=0;SAF=45;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511903;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000604961;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:131:131:0:4:127:127:0.969466:82:45:0:0:82:45:0:4 chr11 18724558 . C T 1507.73 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=109;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0105998;FXX=0.0272702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.499;QD=56.3636;RBI=0.0153022;REFB=0.0210661;REVB=0.0110364;RO=2;SAF=44;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00268705;STB=0.502839;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.000513816;OID=.;OPOS=18724558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:107:2:3:103:104:0.971963:59:44:1:1:59:45:1:2 chr11 18735396 . G T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.514;QD=64.4146;RBI=0.0469311;REFB=0;REVB=0.00164154;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20573e-05;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr11 18735947 . T C 1694.11 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.136;QD=59.4426;RBI=0.0601327;REFB=-0.0666206;REVB=0.0488346;RO=1;SAF=38;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248587;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:114:114:1:0:112:114:1:74:38:0:1:75:39:0:0 chr11 18737095 . C T 2081.28 PASS AF=0.992593;AO=130;DP=131;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259069;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.131;QD=61.6676;RBI=0.0448787;REFB=0.0212422;REVB=0.0366459;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-5.1893e-05;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:135:0:1:130:134:0.992593:71:59:0:0:74:60:1:0 chr11 18738281 . C T 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.484;QD=55.4098;RBI=0.0256042;REFB=-0.0429394;REVB=0.0123752;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000575122;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:0:1:29:28:0:1 chr11 18955744 . C T 75.0 PASS AF=0.136752;AO=16;DP=117;FAO=16;FDP=117;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=37;FWDB=-0.028309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.204;QD=2.56398;RBI=0.031274;REFB=-0.00170294;REVB=-0.0132915;RO=100;SAF=10;SAR=6;SRF=63;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00668106;STB=0.507999;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0102968;OID=.;OPOS=18955744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:117:117:100:101:16:16:0.136752:6:10:63:37:6:10:64:37 chr11 18955861 . C T 420.14 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=0.0127826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.558;QD=16.4762;RBI=0.0128604;REFB=-0.00252474;REVB=0.00141247;RO=56;SAF=19;SAR=27;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152219;STB=0.584581;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00251764;OID=.;OPOS=18955861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:27:19:15:41:27:19:15:41 chr11 18956181 . G C 1904.95 PASS AF=0.482412;AO=183;DP=391;FAO=192;FDP=398;FR=.;FRO=206;FSAF=84;FSAR=108;FSRF=99;FSRR=107;FWDB=0.012667;FXX=0.0025062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.636;QD=19.1452;RBI=0.0274104;REFB=-0.0215587;REVB=-0.024308;RO=202;SAF=79;SAR=104;SRF=98;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515332;STB=0.522523;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0214961;OID=.;OPOS=18956181;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:398:202:206:183:192:0.482412:104:79:98:104:108:84:99:107 chr11 18956196 . C T 832.27 PASS AF=0.270642;AO=118;DP=437;FAO=118;FDP=436;FR=.;FRO=318;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=148;FSRR=170;FWDB=-0.010166;FXX=0.00228828;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6916;QD=7.63553;RBI=0.0106917;REFB=-0.00460101;REVB=-0.00331112;RO=317;SAF=54;SAR=64;SRF=148;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115461;STB=0.50571;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0148171;OID=.;OPOS=18956196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:436:317:318:118:118:0.270642:64:54:148:169:64:54:148:170 chr11 19167850 . A G 657.37 PASS AF=0.397849;AO=74;DP=186;FAO=74;FDP=186;FR=.;FRO=112;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=-0.0386386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0028;QD=14.137;RBI=0.0397451;REFB=0.00444831;REVB=0.00931285;RO=111;SAF=33;SAR=41;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627174;STB=0.532692;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00680278;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:111:112:74:74:0.397849:41:33:56:55:41:33:56:56 chr11 19245854 . T C 2252.67 PASS AF=0.986842;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00581383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.204;QD=59.2807;RBI=0.0207208;REFB=0.00208061;REVB=0.0198884;RO=2;SAF=72;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130275;STB=0.506848;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=1.11297e-05;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:152:2:2:150:150:0.986842:78:72:2:0:78:72:2:0 chr11 19251826 . G A 521.48 PASS AF=0.386667;AO=58;DP=150;FAO=58;FDP=150;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=0.00909734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6477;QD=13.9062;RBI=0.0185341;REFB=-0.0110492;REVB=0.0161478;RO=91;SAF=28;SAR=30;SRF=34;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118874;STB=0.563085;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0171653;OID=.;OPOS=19251826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:91:92:58:58:0.386667:30:28:34:57:30:28:35:57 chr11 19612775 . C T 1767.54 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9255;QD=60.9498;RBI=0.0121655;REFB=0;REVB=-0.0101822;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30996e-05;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:65:51:0:0:65:51:0:0 chr11 19735987 . A G 1510.61 PASS AF=0.532374;AO=140;DP=272;FAO=148;FDP=278;FR=.;FRO=130;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=73;FSRR=57;FWDB=-0.00476536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.815;QD=21.7354;RBI=0.00478493;REFB=-0.00807112;REVB=-0.000432292;RO=129;SAF=64;SAR=76;SRF=72;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885318;STB=0.547673;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0059039;OID=.;OPOS=19735987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:278:129:130:140:148:0.532374:76:64:72:57:80:68:73:57 chr11 19955500 . A G 2777.14 PASS AF=0.98895;AO=179;DP=181;FAO=179;FDP=181;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0034338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.584;QD=61.3733;RBI=0.00363209;REFB=-0.0569033;REVB=0.00118367;RO=2;SAF=96;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000767867;STB=0.500403;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-6.01957e-06;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:181:181:2:2:179:179:0.98895:83:96:1:1:83:96:1:1 chr11 19970558 . T C 1573.42 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.897;QD=63.5723;RBI=0.0170848;REFB=0;REVB=-0.0170228;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142243;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:41:56:0:0:43:56:0:0 chr11 19970579 . C T 2649.58 PASS AF=0.994286;AO=166;DP=173;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222644;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.474;QD=60.5618;RBI=0.0225806;REFB=-0.0859243;REVB=0.00376603;RO=0;SAF=76;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08707e-08;STB=0.502564;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000885444;OID=.;OPOS=19970579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:175:0:1:166:174:0.994286:90:76:0:0:97:77:0:1 chr11 20065673 . G T 493.06 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.0190573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.484;QD=16.0343;RBI=0.0276528;REFB=-0.00845537;REVB=0.0200374;RO=69;SAF=21;SAR=33;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438575;STB=0.524487;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0099947;OID=.;OPOS=20065673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:69:54:54:0.439024:33:21:24:45:33:21:24:45 chr11 20065779 . C G 520.34 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2857;QD=59.4678;RBI=0.0905991;REFB=0;REVB=-0.0381249;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752393;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:23:12:0:0 chr11 20067064 . C T 2219.57 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.833;QD=62.5232;RBI=0.0358992;REFB=-0.0256293;REVB=0.0229996;RO=0;SAF=67;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000286607;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:0:1:141:141:0.992958:74:67:0:0:74:67:1:0 chr11 20099112 . A T 641.5 PASS AF=0.452055;AO=66;DP=146;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.00816498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.604;QD=17.5753;RBI=0.0295266;REFB=-0.00778435;REVB=-0.0283752;RO=80;SAF=29;SAR=37;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967512;STB=0.55383;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00963316;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:80:80:66:66:0.452055:37:29:43:37:37:29:43:37 chr11 20099541 . C T 121.07 PASS AF=0.296296;AO=15;DP=51;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0342703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8211;QD=8.96806;RBI=0.0411824;REFB=-0.0447031;REVB=0.0228372;RO=36;SAF=11;SAR=4;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164248;STB=0.51218;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0603096;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:36:38:15:16:0.296296:4:11:26:10:4:12:28:10 chr11 20101704 . C T 1092.39 PASS AF=0.46281;AO=112;DP=242;FAO=112;FDP=242;FR=.;FRO=130;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=-0.0232813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.625;QD=18.0561;RBI=0.032805;REFB=-0.0220495;REVB=0.0231117;RO=130;SAF=62;SAR=50;SRF=65;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523253;STB=0.528927;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0249921;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:130:130:112:112:0.46281:50:62:65:65:50:62:65:65 chr11 20101744 . C A 973.38 PASS AF=0.516304;AO=95;DP=184;FAO=95;FDP=184;FR=.;FRO=89;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.0499534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2453;QD=21.1605;RBI=0.0533867;REFB=-0.00201474;REVB=-0.0188361;RO=89;SAF=54;SAR=41;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658729;STB=0.536127;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00199827;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:89:89:95:95:0.516304:41:54:44:45:41:54:44:45 chr11 20104669 . G A 499.55 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0351815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.328;QD=18.3322;RBI=0.0353125;REFB=-0.0154074;REVB=-0.0030387;RO=56;SAF=22;SAR=31;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112591;STB=0.562433;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.016264;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:31:22:30:26:31:22:30:26 chr11 20112492 . G A 488.1 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0055581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.301;QD=16.831;RBI=0.0177231;REFB=-0.00254768;REVB=-0.016829;RO=63;SAF=19;SAR=34;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150443;STB=0.584003;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00384699;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:34:19:32:31:34:19:32:31 chr11 20117232 . T C 3837.83 PASS AF=1;AO=249;DP=251;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195937;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.211;QD=60.918;RBI=0.0409974;REFB=-0.0544494;REVB=0.0360121;RO=0;SAF=132;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49369e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616215;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:251:252:0:0:249:252:1:117:132:0:0:118:134:0:0 chr11 20124914 . A C 817.64 PASS AF=0.459459;AO=85;DP=185;FAO=85;FDP=185;FR=.;FRO=100;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=41;FWDB=0.0165443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.417;QD=17.6787;RBI=0.0352565;REFB=-0.00324233;REVB=-0.0311337;RO=100;SAF=46;SAR=39;SRF=59;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481832;STB=0.526682;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00467619;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:100:100:85:85:0.459459:39:46:59:41:39:46:59:41 chr11 20140387 . A G 2612.54 PASS AF=0.957219;AO=169;DP=179;FAO=179;FDP=187;FR=.;FRO=8;FSAF=90;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00269162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9585;QD=55.8833;RBI=0.00357977;REFB=-0.154636;REVB=-0.00236007;RO=9;SAF=84;SAR=85;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157282;STB=0.510813;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00720221;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:179:187:9:8:169:179:0.957219:85:84:3:6:89:90:2:6 chr11 20140471 . A G 2294.96 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.042704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.9984;QD=62.8755;RBI=0.0536762;REFB=-0.0828611;REVB=0.0325192;RO=1;SAF=66;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715074;STB=0.503759;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000628968;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:146:1:1:144:145:0.993151:78:66:1:0:79:66:1:0 chr11 20177936 . TG GT,T 233.45 PASS AF=0,0.575472;AO=7,56;DP=106;FAO=0,61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=0,7;FSAR=0,54;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0331136,-0.0878976;FXX=0.00934492;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=104.82,9.54469;QD=8.80933;RBI=0.174266,0.139794;REFB=-0.0136659,-0.18022;REVB=-0.171091,-0.108703;RO=36;SAF=1,4;SAR=6,52;SRF=30;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.708647,-0.693762;STB=0.5,0.811589;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.142006;OID=.,.;OPOS=20177936,20177937;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:106:106:36:45:7,56:0,61:0,0.575472:6,52:1,4:30:6:0,54:0,7:31:14 chr11 20404613 . T G 2425.7 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.989;QD=61.024;RBI=0.0489715;REFB=0;REVB=0.034198;RO=0;SAF=70;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37697e-05;OID=.;OPOS=20404613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:159:0:0:145:159:1:75:70:0:0:80:79:0:0 chr11 20429454 . T C 2164.65 PASS AF=0.993333;AO=129;DP=133;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130828;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.981;QD=57.7239;RBI=0.023169;REFB=-0.054519;REVB=0.0191217;RO=2;SAF=55;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169648;STB=0.504132;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000180905;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:133:150:2:1:129:149:0.993333:74:55:2:0:89:60:1:0 chr11 20486026 . G A 422.96 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0261426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.42;QD=18.3894;RBI=0.032951;REFB=-0.0316753;REVB=0.0200582;RO=48;SAF=19;SAR=23;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014369;STB=0.503838;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0408986;OID=.;OPOS=20486026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:42:43:0.467391:23:19:21:27:24:19:22:27 chr11 20515454 . TTA T,TT,TTT 171.59 PASS AF=0.241379,0.264368,0;AO=14,20,30;DP=119;FAO=21,23,0;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=7,14,0;FSAR=14,9,0;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0613657,-0.0789662,-0.131193;FXX=0.0543419;HRUN=7,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=13.4363,8.16375,7.74759;QD=7.88915;RBI=0.0623401,0.0907873,0.146404;REFB=-0.0245031,-0.154445,-0.135041;REVB=-0.0109794,0.0447959,0.0649811;RO=43;SAF=1,15,3;SAR=13,5,27;SRF=17;SRR=26;SSEN=0,0.491525,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.546913,0.411895,-0.465325;STB=0.652485,0.53403,0.5;STBP=0.085,0.669,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0636402,0.158953,0;OID=.,.,.;OPOS=20515455,20515456,20515456;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379,0.264368,0:14,20,30:119:21,23,0:87:43:7,14,0:14,9,0:24:19:65:43:1,15,3:13,5,27:17:26 chr11 20529886 . G A 1698.08 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.009;QD=59.5818;RBI=0.0294477;REFB=-0.00991656;REVB=-0.0270074;RO=1;SAF=69;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106686;STB=0.505617;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=3.29644e-05;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:114:1:1:113:113:0.991228:44:69:0:1:44:69:0:1 chr11 20622975 . G A 4332.15 PASS AF=1;AO=255;DP=258;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130137;FXX=0.00353344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3651;QD=61.4489;RBI=0.143996;REFB=-0.103391;REVB=0.0616384;RO=2;SAF=120;SAR=135;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787804;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201402;OID=.;OPOS=20622975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:258:282:2:0:255:282:1:135:120:2:0:141:141:0:0 chr11 20623042 . T C 2931.02 PASS AF=0.994709;AO=186;DP=189;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0622431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.044;QD=62.0323;RBI=0.0669958;REFB=-0.0777335;REVB=0.0247838;RO=1;SAF=96;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526123;STB=0.502762;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000388218;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:189:189:1:1:186:188:0.994709:90:96:0:1:90:98:0:1 chr11 20623156 . C G 2377.88 PASS AF=1;AO=116;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2223;QD=64.267;RBI=0.236227;REFB=0;REVB=0.234508;RO=0;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862097;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:116:148:1:50:66:0:0:82:66:0:0 chr11 20639400 . A G,T 2457.23 PASS AF=0.963636,0.030303;AO=157,8;DP=165;FAO=159,5;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=71,4;FSAR=88,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354219,-0.125524;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.8509,118.968;QD=59.5693;RBI=0.0421451,0.127311;REFB=-0.061985,-0.0841294;REVB=-0.0228363,-0.0212562;RO=0;SAF=69,6;SAR=88,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.47484e-08,5.58669e-08;STB=0.502824,0.66592;STBP=0.51,0.23;TYPE=snp,snp;VARB=0.0026579,0.205415;OID=.,.;OPOS=20639400,20639400;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:165:165:0:1:157,8:159,5:0.963636,0.030303:88,2:69,6:0:0:88,1:71,4:0:1 chr11 20673867 . G A 4995.05 PASS AF=1;AO=309;DP=312;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=183;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664789;FXX=0.00606042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.971;QD=60.9152;RBI=0.0664974;REFB=-0.0377794;REVB=0.00156928;RO=2;SAF=164;SAR=145;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146248;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:312:328:2:0:309:328:1:145:164:2:0:145:183:0:0 chr11 20805286 . G A 248.78 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0112732;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.327;QD=18.4279;RBI=0.0308542;REFB=-0.0254414;REVB=-0.028721;RO=26;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133351;STB=0.519636;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0244433;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:10:17:16:10:10:17:16:11 chr11 20805335 . C T 224.61 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00557613;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.61;QD=19.1153;RBI=0.0143451;REFB=-0.00684798;REVB=-0.013217;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187754;STB=0.510629;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00632446;OID=.;OPOS=20805335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:13:12:11:11:13:12 chr11 21305927 . T C 898.09 PASS AF=0.404082;AO=99;DP=245;FAO=99;FDP=245;FR=.;FRO=146;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=63;FSRR=83;FWDB=-0.0262883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.091;QD=14.6627;RBI=0.0264024;REFB=-0.00550759;REVB=0.00245166;RO=144;SAF=49;SAR=50;SRF=61;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756371;STB=0.537832;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00932882;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:144:146:99:99:0.404082:50:49:61:83:50:49:63:83 chr11 21581805 . C T 2856.33 PASS AF=1;AO=162;DP=168;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114832;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7692;QD=61.0979;RBI=0.0953583;REFB=-0.0426095;REVB=0.0946644;RO=0;SAF=84;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343234;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:168:187:0:0:162:187:1:78:84:0:0:88:99:0:0 chr11 22242729 . T C 701.58 PASS AF=0.44186;AO=75;DP=171;FAO=76;FDP=172;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=23;FSRR=73;FWDB=0.0281714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.36;QD=16.3157;RBI=0.0283549;REFB=0.00211917;REVB=-0.00322093;RO=96;SAF=21;SAR=54;SRF=23;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051923;STB=0.526227;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00298947;OID=.;OPOS=22242729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:96:96:75:76:0.44186:54:21:23:73:55:21:23:73 chr11 22271870 . A T 867.51 PASS AF=0.530864;AO=84;DP=160;FAO=86;FDP=162;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0331678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.255;QD=21.4199;RBI=0.0333291;REFB=-0.0279359;REVB=-0.00327442;RO=76;SAF=30;SAR=54;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106035;STB=0.510048;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0243388;OID=.;OPOS=22271870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:76:76:84:86:0.530864:54:30:28:48:56:30:28:48 chr11 22646571 . T C 2263.61 PASS AF=0.45057;AO=237;DP=528;FAO=237;FDP=526;FR=.;FRO=289;FSAF=123;FSAR=114;FSRF=156;FSRR=133;FWDB=-0.0129523;FXX=0.00941602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.179;QD=17.2138;RBI=0.0155642;REFB=-0.0102819;REVB=0.0086303;RO=283;SAF=123;SAR=114;SRF=150;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109217;STB=0.511456;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0133007;OID=.;OPOS=22646571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:528:526:283:289:237:237:0.45057:114:123:150:133:114:123:156:133 chr11 22696451 . A G 2308.58 PASS AF=1;AO=136;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.835;QD=60.3549;RBI=0.0660321;REFB=0;REVB=0.0658804;RO=0;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00670015;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:136:153:1:70:66:0:0:86:67:0:0 chr11 22709973 . C A 4453.64 PASS AF=0.993007;AO=279;DP=284;FAO=284;FDP=286;FR=.;FRO=2;FSAF=130;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0286835;FXX=0.0069442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8555;QD=62.2887;RBI=0.032249;REFB=-0.0329674;REVB=-0.0147396;RO=2;SAF=128;SAR=151;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00627343;STB=0.503226;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00048252;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:284:286:2:2:279:284:0.993007:151:128:0:2:154:130:0:2 chr11 22834189 . C T 541.95 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.042704;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.896;QD=16.4228;RBI=0.0937323;REFB=-0.00119659;REVB=-0.0834393;RO=73;SAF=25;SAR=33;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351167;STB=0.523801;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000704544;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:73:74:58:58:0.439394:33:25:34:39:33:25:35:39 chr11 22881002 . C T 618.26 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.0119489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.434;QD=16.0587;RBI=0.0558355;REFB=-0.0292179;REVB=-0.0545419;RO=86;SAF=32;SAR=36;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289409;STB=0.516124;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.030877;OID=.;OPOS=22881002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:86:86:68:68:0.441558:36:32:38:48:36:32:38:48 chr11 24759855 . G A 386.56 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0300109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9802;QD=15.3092;RBI=0.0366487;REFB=-0.0142268;REVB=0.0210349;RO=56;SAF=21;SAR=22;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296836;STB=0.506676;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0295645;OID=.;OPOS=24759855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:58:43:43:0.425743:22:21:29:27:22:21:29:29 chr11 25098938 . G C 4379.56 PASS AF=0.989619;AO=270;DP=276;FAO=286;FDP=289;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=202;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0877965;FXX=0.00687262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1902;QD=60.6167;RBI=0.0909955;REFB=-0.0505373;REVB=-0.0239157;RO=3;SAF=67;SAR=203;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208645;STB=0.508771;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00166777;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:276:289:3:3:270:286:0.989619:203:67:3:0:202:84:3:0 chr11 26481611 . G A 639.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.631;QD=60.874;RBI=0.0154697;REFB=0;REVB=-0.00475573;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161196;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr11 26558959 . G T 557.03 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0329229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9112;QD=20.2555;RBI=0.0820063;REFB=-0.00125724;REVB=-0.0751073;RO=51;SAF=23;SAR=34;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455662;STB=0.522719;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=5.98899e-05;OID=.;OPOS=26558959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:51:53:57:57:0.518182:34:23:18:33:34:23:19:34 chr11 26568966 . A G 5207.82 PASS AF=1;AO=329;DP=334;FAO=331;FDP=331;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220927;FXX=0.0119399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0863;QD=62.9344;RBI=0.025358;REFB=-0.0617917;REVB=-0.0124476;RO=1;SAF=133;SAR=196;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00242784;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12111e-05;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:334:331:1:0:329:331:1:196:133:0:1:196:135:0:0 chr11 26586801 . G A 907.12 PASS AF=0.407115;AO=103;DP=252;FAO=103;FDP=253;FR=.;FRO=150;FSAF=34;FSAR=69;FSRF=51;FSRR=99;FWDB=-0.00833537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.355;QD=14.3418;RBI=0.00872644;REFB=-0.0059982;REVB=0.00258309;RO=145;SAF=34;SAR=69;SRF=50;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173017;STB=0.506607;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0101608;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:253:145:150:103:103:0.407115:69:34:50:95:69:34:51:99 chr11 26587133 . T C 1497.52 PASS AF=0.512281;AO=146;DP=286;FAO=146;FDP=285;FR=.;FRO=139;FSAF=54;FSAR=92;FSRF=76;FSRR=63;FWDB=0.0373918;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.847;QD=21.0178;RBI=0.0377718;REFB=-0.0236718;REVB=-0.00534437;RO=138;SAF=54;SAR=92;SRF=75;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157771;STB=0.588281;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0245618;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:285:138:139:146:146:0.512281:92:54:75:63:92:54:76:63 chr11 26677947 . C T 1199.29 PASS AF=0.456522;AO=127;DP=276;FAO=126;FDP=276;FR=.;FRO=150;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=81;FSRR=69;FWDB=-0.0140045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.902;QD=17.3809;RBI=0.0161433;REFB=0.0362566;REVB=-0.00802993;RO=146;SAF=66;SAR=61;SRF=79;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207941;STB=0.513135;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0363633;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:146:150:127:126:0.456522:61:66:79:67:61:65:81:69 chr11 26702664 . C T 3171.04 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7209;QD=64.0615;RBI=0.0527395;REFB=0;REVB=-0.00851218;RO=0;SAF=89;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36279e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156404;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:198:198:1:109:89:0:0:109:89:0:0 chr11 26732923 . A G 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0216069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.3;QD=22.3898;RBI=0.0385915;REFB=-0.00770643;REVB=0.0319757;RO=26;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713385;STB=0.503935;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00977359;OID=.;OPOS=26732923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:18:16:12:14:18:16:12:14 chr11 26734209 . C T 946.42 PASS AF=0.489583;AO=94;DP=192;FAO=94;FDP=192;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.00995468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.056;QD=19.717;RBI=0.0107131;REFB=-0.00203424;REVB=-0.00395907;RO=98;SAF=42;SAR=52;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306116;STB=0.51686;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00224968;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:98:98:94:94:0.489583:52:42:47:51:52:42:47:51 chr11 27017607 . C G 759.92 PASS AF=0.521429;AO=73;DP=141;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0126067;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.769;QD=21.712;RBI=0.075951;REFB=-0.0124857;REVB=0.0748974;RO=66;SAF=24;SAR=49;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183363;STB=0.597904;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0152213;OID=.;OPOS=27017607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:66:67:73:73:0.521429:49:24:35:31:49:24:35:32 chr11 27018019 . G A 568.36 PASS AF=0.621951;AO=51;DP=82;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0109079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9753;QD=27.7247;RBI=0.0553927;REFB=0.0121461;REVB=-0.0543081;RO=30;SAF=31;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983783;STB=0.560308;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00666553;OID=.;OPOS=27018019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:30:31:51:51:0.621951:20:31:14:16:20:31:14:17 chr11 27018626 . G A 597.34 PASS AF=0.556604;AO=59;DP=106;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00384144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.192;QD=22.5412;RBI=0.00530023;REFB=-0.00551669;REVB=0.00365182;RO=47;SAF=18;SAR=41;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163044;STB=0.589586;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00457313;OID=.;OPOS=27018626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:47:59:59:0.556604:41:18:23:24:41:18:23:24 chr11 27076977 . C T 491.62 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0183703;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1682;QD=17.0999;RBI=0.0366375;REFB=-0.00681806;REVB=-0.0316992;RO=62;SAF=40;SAR=13;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232132;STB=0.630231;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00980531;OID=.;OPOS=27076977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:62:62:53:53:0.46087:13:40:34:28:13:40:34:28 chr11 27077118 . C T 1877.83 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.755;QD=61.5681;RBI=0.0271281;REFB=0;REVB=0.0250765;RO=0;SAF=69;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05067e-05;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:53:69:0:0:53:69:0:0 chr11 27388910 . T C 871.08 PASS AF=0.543624;AO=80;DP=148;FAO=81;FDP=149;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.01739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.679;QD=23.3847;RBI=0.0181878;REFB=-0.0317616;REVB=0.00532755;RO=68;SAF=34;SAR=46;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112801;STB=0.563796;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0191912;OID=.;OPOS=27388910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:68:68:80:81:0.543624:46:34:38:30:47:34:38:30 chr11 27390089 . T C 2485.51 PASS AF=0.988166;AO=160;DP=162;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0269635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.156;QD=58.8287;RBI=0.0462385;REFB=-0.012969;REVB=-0.0375629;RO=2;SAF=89;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00133807;STB=0.500463;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00109936;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:162:169:2:2:160:167:0.988166:71:89:1:1:77:90:1:1 chr11 27414071 . GAAAAAAAAAAAA GAAAAAAAAA,GAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAG,GAAGAAAAAAAAA 354.42 PASS AF=0.666667,0.0833333,0.166667,0.0833333;AO=15,4,2,3;DP=39;FAO=24,3,6,3;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,6,0;FSAR=24,3,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482381,0.0213002,-0.026378,-0.0363103;FXX=0.142823;HRUN=15,15,15,15;LEN=3,4,1,1;MLLD=10.9883,10.1563,148.372,79.2934;QD=39.3804;RBI=0.0722554,0.0419709,0.0321703,0.0837042;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0537952,-0.0361643,-0.0184155,-0.0754185;RO=0;SAF=0,0,2,0;SAR=15,4,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=-0.0357218,-0.00582557,6.58598e-05,0.0123108;OID=.,.,.,.;OPOS=27414072,27414072,27414083,27414074;OREF=AAA,AAAA,A,A;OALT=-,-,G,G;OMAPALT=GAAAAAAAAA,GAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAG,GAAGAAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.666667,0.0833333,0.166667,0.0833333:15,4,2,3:39:24,3,6,3:36:0:0,0,6,0:24,3,0,3:0:0:43:0:0,0,2,0:15,4,0,3:0:0 chr11 27517670 . T C 488.31 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.201;QD=55.807;RBI=0.058249;REFB=0;REVB=0.0521001;RO=1;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00459528;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:35:1:0:32:35:1:24:8:0:1:27:8:0:0 chr11 27679010 . GTT GTG,G,GT,TGT 617.2 PASS AF=0.0714286,0.309524,0.607143,0.0119048;AO=5,19,32,8;DP=81;FAO=6,26,51,1;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,20,1;FSAR=6,14,31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0708878,-0.0957628,-0.180837,-0.0971783;FXX=0.0454494;HRUN=8,8,8,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=136.972,10.5429,8.54723,17.0787;QD=29.3907;RBI=0.0717492,0.133443,0.25401,0.0982382;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.011085,0.0929333,0.17838,-0.014392;RO=6;SAF=0,8,6,8;SAR=5,11,26,0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.694502,0.116481,0.0100823,0.819774;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.0782798,0.0872336,-0.174802,-0.0708374;OID=.,.,.,.;OPOS=27679012,27679011,27679011,27679010;OREF=T,TT,T,GT;OALT=G,-,-,TG;OMAPALT=GTG,G,GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:42:81:84:6:0:5,19,32,8:6,26,51,1:0.0714286,0.309524,0.607143,0.0119048:5,11,26,0:0,8,6,8:1:5:6,14,31,0:0,12,20,1:0:0 chr11 27679662 . T C 2262.93 PASS AF=0.993377;AO=146;DP=149;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.269;QD=59.9453;RBI=0.0854472;REFB=-0.0643135;REVB=0.0833803;RO=1;SAF=73;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064704;STB=0.503225;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000384874;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:149:151:1:1:146:150:0.993377:73:73:0:1:77:73:0:1 chr11 27679916 . C T 765.19 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=172;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0058787;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.612;QD=18.0045;RBI=0.0208526;REFB=-0.00873214;REVB=-0.0200068;RO=89;SAF=42;SAR=38;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459867;STB=0.522158;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00899953;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:89:90:80:80:0.470588:38:42:51:38:38:42:51:39 chr11 27680744 . A T 500.15 PASS AF=0.426357;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00884092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.328;QD=15.5086;RBI=0.00890746;REFB=-0.0176478;REVB=0.00108677;RO=74;SAF=26;SAR=29;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141054;STB=0.507907;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0153524;OID=.;OPOS=27680744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:74:74:55:55:0.426357:29:26:36:38:29:26:36:38 chr11 28057957 . T C 746.53 PASS AF=0.461988;AO=79;DP=171;FAO=79;FDP=171;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.000258428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4348;QD=17.4626;RBI=0.049094;REFB=-0.00491905;REVB=0.0490933;RO=91;SAF=45;SAR=34;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023529;STB=0.509534;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00541478;OID=.;OPOS=28057957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:91:92:79:79:0.461988:34:45:54:37:34:45:54:38 chr11 28134974 . C A 1220.33 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.347;QD=61.0164;RBI=0.0117994;REFB=0;REVB=-0.0112928;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25831e-05;OID=.;OPOS=28134974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:40:37:0:0:41:39:0:0 chr11 28351967 . A T 581.17 PASS AF=0.480315;AO=48;DP=128;FAO=61;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0234043;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.535;QD=18.3044;RBI=0.0436468;REFB=-0.0287003;REVB=0.0368414;RO=66;SAF=28;SAR=20;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239441;STB=0.501701;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0315968;OID=.;OPOS=28351967;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:66:66:48:61:0.480315:20:28:37:29:27:34:37:29 chr11 30255185 . C T 687.05 PASS AF=0.45679;AO=74;DP=162;FAO=74;FDP=162;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=0.00218924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.39;QD=16.9642;RBI=0.007053;REFB=-0.00666866;REVB=0.00670463;RO=88;SAF=42;SAR=32;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693771;STB=0.538451;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00762838;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:88:88:74:74:0.45679:32:42:56:32:32:42:56:32 chr11 30432220 . A T 1460.19 PASS AF=0.437673;AO=158;DP=361;FAO=158;FDP=361;FR=.;FRO=203;FSAF=83;FSAR=75;FSRF=98;FSRR=105;FWDB=-0.0911927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1362;QD=16.1794;RBI=0.111169;REFB=-0.0115289;REVB=0.0635802;RO=202;SAF=83;SAR=75;SRF=98;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406657;STB=0.523932;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0153631;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:361:202:203:158:158:0.437673:75:83:98:104:75:83:98:105 chr11 30965855 . A T 477.09 PASS AF=0.391304;AO=54;DP=138;FAO=54;FDP=138;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.0142567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.282;QD=13.8287;RBI=0.0520607;REFB=0.000283084;REVB=-0.0500706;RO=84;SAF=24;SAR=30;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1361;STB=0.576895;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.000588416;OID=.;OPOS=30965855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:84:84:54:54:0.391304:30:24:48:36:30:24:48:36 chr11 31327316 . C T 2101.09 PASS AF=0.936306;AO=148;DP=157;FAO=147;FDP=157;FR=.;FRO=10;FSAF=56;FSAR=91;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0143253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1452;QD=53.5309;RBI=0.0838716;REFB=-0.0474976;REVB=0.0826391;RO=9;SAF=57;SAR=91;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693979;STB=0.540978;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0207204;OID=.;OPOS=31327316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:157:157:9:10:148:147:0.936306:91:57:9:0:91:56:10:0 chr11 31458730 . T G 742.23 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.051049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.28;QD=53.0164;RBI=0.0640837;REFB=0.0463067;REVB=0.0387392;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145012;STB=0.503419;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00183279;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:32:22:0:1:32:22:1:1 chr11 32103440 . T G 673.1 PASS AF=0.468966;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0171446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.689;QD=18.5682;RBI=0.0294189;REFB=-0.0283347;REVB=-0.0239068;RO=77;SAF=32;SAR=36;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953816;STB=0.505287;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0289003;OID=.;OPOS=32103440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:77:77:68:68:0.468966:36:32:37:40:36:32:37:40 chr11 32124579 . C T 328.98 PASS AF=0.356522;AO=41;DP=115;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0133999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.599;QD=11.4427;RBI=0.017519;REFB=-0.00252639;REVB=-0.0112854;RO=73;SAF=23;SAR=18;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121477;STB=0.565222;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00471732;OID=.;OPOS=32124579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:73:74:41:41:0.356522:18:23:33:40:18:23:34:40 chr11 32417945 . T C 2029.46 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0241432;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8676;QD=61.4987;RBI=0.054142;REFB=-0.0557302;REVB=-0.0484609;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000110779;OID=.;OPOS=32417945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:0:1:130:131:0.992424:71:59:0:0:71:60:0:1 chr11 32449661 . G A 4844.94 PASS AF=0.975684;AO=288;DP=297;FAO=321;FDP=329;FR=.;FRO=8;FSAF=176;FSAR=145;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0509264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0806;QD=58.9051;RBI=0.150833;REFB=-0.107172;REVB=0.141976;RO=3;SAF=173;SAR=115;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00135218;STB=0.507311;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0156858;OID=.;OPOS=32449661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:297:329:3:8:288:321:0.975684:115:173:2:1:145:176:2:6 chr11 32635180 . GT TG 79.22 PASS AF=0.147368;AO=5;DP=81;FAO=14;FDP=95;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=70;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0305603;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=2;MLLD=32.38;QD=3.33577;RBI=0.130976;REFB=-0.0550737;REVB=-0.127361;RO=44;SAF=1;SAR=4;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442649;STB=0.902125;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.166738;OID=.;OPOS=32635180;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:81:95:44:70:5:14:0.147368:4:1:27:17:13:1:34:36 chr11 32722320 . A T 1964.66 PASS AF=0.858491;AO=145;DP=187;FAO=182;FDP=212;FR=.;FRO=30;FSAF=92;FSAR=90;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0663162;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=36.2018;QD=37.069;RBI=0.094491;REFB=-0.0598279;REVB=0.0673106;RO=39;SAF=76;SAR=69;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468341;STB=0.518098;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0100453;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:187:212:39:30:145:182:0.858491:69:76:25:14:90:92:19:11 chr11 32874926 . G A 656.16 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00956873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.378;QD=19.5867;RBI=0.00974126;REFB=-0.0153882;REVB=-0.00182525;RO=67;SAF=24;SAR=42;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094711;STB=0.5492;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0190542;OID=.;OPOS=32874926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:67:68:66:66:0.492537:42:24:31:36:42:24:31:37 chr11 32954344 . G A 1911.28 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011167;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.729;QD=61.654;RBI=0.018793;REFB=0;REVB=0.0151154;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1754e-06;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:67:57:0:0:67:57:0:0 chr11 32956244 . A G 347.69 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8326;QD=51.5094;RBI=0.0225221;REFB=-0.123771;REVB=0.000809331;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000239077;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:1:0:14:12:1:0 chr11 32956620 . A G 1087.21 PASS AF=0.949367;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0217763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.427;QD=55.0485;RBI=0.0226204;REFB=-0.0391779;REVB=0.00612168;RO=1;SAF=28;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165969;STB=0.533324;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000203841;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:79:1:4:75:75:0.949367:47:28:1:0:47:28:4:0 chr11 33053107 . C T 494.41 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00364466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.62;QD=18.8346;RBI=0.0555904;REFB=-0.00667864;REVB=-0.0554708;RO=53;SAF=28;SAR=24;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780116;STB=0.543175;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0062503;OID=.;OPOS=33053107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:24:28:24:29:24:28:24:29 chr11 33065394 . C T 427.33 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.010684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.937;QD=14.2442;RBI=0.0216069;REFB=-0.00119423;REVB=0.0187806;RO=71;SAF=31;SAR=18;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179007;STB=0.601066;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0012872;OID=.;OPOS=33065394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:18:31:33:38:18:31:33:38 chr11 33076191 . T C 1102.36 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.089;QD=58.7924;RBI=0.0174075;REFB=0.00188543;REVB=0.0011997;RO=1;SAF=34;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137108;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=5.59692e-05;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:40:34:1:0:40:34:1:0 chr11 33078251 . A T 1050.16 PASS AF=0.490826;AO=107;DP=219;FAO=107;FDP=218;FR=.;FRO=111;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=0.0221319;FXX=0.004566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.404;QD=19.2691;RBI=0.0221669;REFB=-0.0044618;REVB=-0.00124628;RO=109;SAF=68;SAR=39;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149724;STB=0.578401;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00522181;OID=.;OPOS=33078251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:109:111:107:107:0.490826:39:68:52:57:39:68:54:57 chr11 33564123 . T C 316.62 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0289343;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.723;QD=19.7886;RBI=0.0292199;REFB=-0.0136448;REVB=-0.00407543;RO=29;SAF=24;SAR=9;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332462;STB=0.510632;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0175755;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:31:33:33:0.515625:9:24:21:8:9:24:22:9 chr11 33604885 . C T 631.15 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0179479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.382;QD=17.7789;RBI=0.0211918;REFB=-0.0201199;REVB=0.0112678;RO=77;SAF=33;SAR=32;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115037;STB=0.506393;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0196505;OID=.;OPOS=33604885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:77:65:65:0.457746:32:33:40:37:32:33:40:37 chr11 33604960 . C T 665.23 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.030399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.374;QD=19.1433;RBI=0.0392408;REFB=-0.0189606;REVB=0.0248142;RO=72;SAF=29;SAR=38;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110488;STB=0.506112;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.019731;OID=.;OPOS=33604960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:72:72:67:67:0.482014:38:29:32:40:38:29:32:40 chr11 33640104 . A C 584.85 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00646796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.976;QD=17.8581;RBI=0.0203144;REFB=-0.00993334;REVB=-0.0192572;RO=69;SAF=37;SAR=24;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205211;STB=0.617396;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0121248;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:70:61:61:0.465649:24:37:27:42:24:37:27:43 chr11 33667333 . A G 452.58 PASS AF=0.385185;AO=52;DP=135;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.0183828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.212;QD=13.4099;RBI=0.0287147;REFB=-0.00394363;REVB=0.0220591;RO=82;SAF=28;SAR=24;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185186;STB=0.607626;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00486909;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:82:83:52:52:0.385185:24:28:30:52:24:28:30:53 chr11 33680371 . C T 720.54 PASS AF=0.388889;AO=84;DP=216;FAO=84;FDP=216;FR=.;FRO=132;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=71;FSRR=61;FWDB=0.0524213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.407;QD=13.3433;RBI=0.0542578;REFB=-0.00970014;REVB=-0.013997;RO=132;SAF=39;SAR=45;SRF=71;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797461;STB=0.544903;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0143003;OID=.;OPOS=33680371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:132:132:84:84:0.388889:45:39:71:61:45:39:71:61 chr11 33881016 . T C 479.03 PASS AF=0.566265;AO=42;DP=77;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0418036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.54;QD=23.0858;RBI=0.0418111;REFB=-0.0413361;REVB=0.000790358;RO=35;SAF=13;SAR=29;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293318;STB=0.622647;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0155672;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:83:35:36:42:47:0.566265:29:13:23:12:29:18:24:12 chr11 33886294 . A G 927.75 PASS AF=0.471154;AO=97;DP=207;FAO=98;FDP=208;FR=.;FRO=110;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=-0.0345235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.442;QD=17.8413;RBI=0.0346676;REFB=0.00543036;REVB=0.00315753;RO=110;SAF=45;SAR=52;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172747;STB=0.512024;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00551601;OID=.;OPOS=33886294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:110:110:97:98:0.471154:52:45:53:57:53:45:53:57 chr11 34122369 . G T 2368.7 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00261166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.326;QD=60.349;RBI=0.00984518;REFB=-0.101792;REVB=0.00949246;RO=1;SAF=71;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665355;STB=0.503496;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-6.83608e-06;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:156:156:0.993631:85:71:1:0:85:71:1:0 chr11 34152939 . T C 4212.24 PASS AF=1;AO=268;DP=269;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.934;QD=62.6355;RBI=0.0728336;REFB=0;REVB=0.0726408;RO=0;SAF=121;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42501e-05;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:269:269:0:0:268:269:1:147:121:0:0:147:122:0:0 chr11 34154641 . C T 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0349465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.8206;QD=55.805;RBI=0.0359524;REFB=0.000490101;REVB=0.00844463;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017801;STB=0.509431;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000135364;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:33:26:1:0:33:26:1:0 chr11 34154645 . C T 290.36 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0140467;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.184;QD=19.6856;RBI=0.0311759;REFB=-0.0415796;REVB=-0.0278321;RO=24;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168421;STB=0.589964;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0661004;OID=.;OPOS=34154645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:24:28:31:31:0.525424:14:17:8:16:14:17:10:18 chr11 34378381 . G C 7088.2 PASS AF=1;AO=441;DP=444;FAO=444;FDP=444;FR=.;FRO=0;FSAF=208;FSAR=236;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693143;FXX=0.0044842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0384;QD=63.8576;RBI=0.0752854;REFB=-0.0670364;REVB=0.0293839;RO=1;SAF=208;SAR=233;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00204439;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282531;OID=.;OPOS=34378381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:444:444:1:0:441:444:1:233:208:0:1:236:208:0:0 chr11 34482908 . C T 740.11 PASS AF=0.448864;AO=79;DP=176;FAO=79;FDP=176;FR=.;FRO=97;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.0236282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.317;QD=16.8206;RBI=0.0289227;REFB=-0.0168692;REVB=-0.0166802;RO=96;SAF=48;SAR=31;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168915;STB=0.59668;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0252811;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:96:97:79:79:0.448864:31:48:42:54:31:48:42:55 chr11 34501596 . A G 544.09 PASS AF=0.453125;AO=57;DP=127;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0068792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.578;QD=17.0028;RBI=0.00714289;REFB=-0.0210264;REVB=0.00192288;RO=70;SAF=29;SAR=28;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509944;STB=0.53282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0293814;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:70:70:57:58:0.453125:28:29:32:38:28:30:32:38 chr11 34643955 . G A 662.37 PASS AF=0.382653;AO=74;DP=195;FAO=75;FDP=196;FR=.;FRO=121;FSAF=19;FSAR=56;FSRF=47;FSRR=74;FWDB=0.0275087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.738;QD=13.5176;RBI=0.0364589;REFB=-0.011885;REVB=-0.0239274;RO=112;SAF=18;SAR=56;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221441;STB=0.599388;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0160608;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:112:121:74:75:0.382653:56:18:47:65:56:19:47:74 chr11 34668143 . C T 923.04 PASS AF=0.445946;AO=94;DP=217;FAO=99;FDP=222;FR=.;FRO=123;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=0.0237374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.172;QD=16.6313;RBI=0.0246853;REFB=-0.0216951;REVB=0.00677485;RO=122;SAF=44;SAR=50;SRF=57;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0008886;STB=0.501779;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0249063;OID=.;OPOS=34668143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:222:122:123:94:99:0.445946:50:44:57:65:52:47:58:65 chr11 34680634 . G A 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.615;QD=62.1615;RBI=0.0345148;REFB=0;REVB=-0.00366015;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92233e-05;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr11 34680853 . G T 624.72 PASS AF=0.504;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.00629567;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.687;QD=19.991;RBI=0.0104318;REFB=-0.0235663;REVB=-0.0083179;RO=62;SAF=22;SAR=41;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104233;STB=0.505745;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0232894;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:62:62:63:63:0.504:41:22:21:41:41:22:21:41 chr11 34909926 . T G 507.27 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00774816;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.122;QD=16.3634;RBI=0.0156155;REFB=-0.00280814;REVB=0.0135576;RO=70;SAF=26;SAR=29;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0013049;STB=0.503086;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00332267;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:70:69:55:55:0.443548:29:26:33:37:29:26:33:36 chr11 34910397 . C T 703.16 PASS AF=0.465839;AO=75;DP=161;FAO=75;FDP=161;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.00109197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.429;QD=17.4699;RBI=0.00172949;REFB=-0.0172417;REVB=0.00134116;RO=80;SAF=38;SAR=37;SRF=25;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181606;STB=0.58411;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0195391;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:80:86:75:75:0.465839:37:38:25:55:37:38:30:56 chr11 34918375 . A G 476.62 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00191462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.848;QD=15.2518;RBI=0.00191481;REFB=-0.00176822;REVB=-2.70049e-05;RO=72;SAF=19;SAR=34;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485748;STB=0.527292;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00357561;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:72:53:53:0.424:34:19:29:43:34:19:29:43 chr11 34937813 . G A 2178.41 PASS AF=0.447674;AO=231;DP=518;FAO=231;FDP=516;FR=.;FRO=285;FSAF=105;FSAR=126;FSRF=116;FSRR=169;FWDB=-0.0146184;FXX=0.00386093;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.657;QD=16.8869;RBI=0.0154325;REFB=-0.015495;REVB=-0.00494633;RO=283;SAF=105;SAR=126;SRF=115;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487033;STB=0.526595;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0183193;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:518:516:283:285:231:231:0.447674:126:105:115:168:126:105:116:169 chr11 34937931 . G A 495.37 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00092992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4167;QD=16.376;RBI=0.0187417;REFB=-0.0156056;REVB=0.0187186;RO=67;SAF=22;SAR=32;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187239;STB=0.604471;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0187423;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:67:54:54:0.446281:32:22:40:27:32:22:40:27 chr11 34938265 . C T 4331.31 PASS AF=0.969178;AO=282;DP=293;FAO=283;FDP=292;FR=.;FRO=9;FSAF=125;FSAR=158;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0188833;FXX=0.00341285;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.28;QD=59.333;RBI=0.0223952;REFB=-0.0901565;REVB=0.0120401;RO=7;SAF=125;SAR=157;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598863;STB=0.503555;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000202369;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:293:292:7:9:282:283:0.969178:157:125:4:3:158:125:5:4 chr11 34938269 . C T 1069.8 PASS AF=0.401316;AO=122;DP=305;FAO=122;FDP=304;FR=.;FRO=182;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=81;FSRR=101;FWDB=0.00869734;FXX=0.00327858;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.944;QD=14.0763;RBI=0.00943032;REFB=-0.0250286;REVB=-0.00364517;RO=181;SAF=51;SAR=71;SRF=81;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321206;STB=0.516532;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0399532;OID=.;OPOS=34938269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:304:181:182:122:122:0.401316:71:51:81:100:71:51:81:101 chr11 34938310 . T C 1483.06 PASS AF=0.425926;AO=162;DP=379;FAO=161;FDP=378;FR=.;FRO=217;FSAF=53;FSAR=108;FSRF=89;FSRR=128;FWDB=-0.00122189;FXX=0.00263845;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.497;QD=15.6937;RBI=0.00207163;REFB=-0.0181348;REVB=-0.00167292;RO=213;SAF=54;SAR=108;SRF=85;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734407;STB=0.550776;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0198939;OID=.;OPOS=34938310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:378:213:217:162:161:0.425926:108:54:85:128:108:53:89:128 chr11 34963416 . T C 5511.97 PASS AF=1;AO=339;DP=345;FAO=352;FDP=352;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=209;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427226;FXX=0.0329661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.929;QD=62.636;RBI=0.0192061;REFB=0;REVB=0.0187249;RO=0;SAF=132;SAR=207;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11264e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11276e-05;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:345:352:0:0:339:352:1:207:132:0:0:209:143:0:0 chr11 34963459 . T C 1409.5 PASS AF=0.535849;AO=133;DP=255;FAO=142;FDP=265;FR=.;FRO=123;FSAF=49;FSAR=93;FSRF=44;FSRR=79;FWDB=-0.00276359;FXX=0.00749036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.676;QD=21.2755;RBI=0.00279798;REFB=-0.0340865;REVB=-0.000437365;RO=118;SAF=49;SAR=84;SRF=44;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412107;STB=0.50647;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0350544;OID=.;OPOS=34963459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:265:118:123:133:142:0.535849:84:49:44:74:93:49:44:79 chr11 34991727 . T C 412.8 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0473448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2847;QD=15.877;RBI=0.0532487;REFB=0.0211537;REVB=0.02437;RO=56;SAF=19;SAR=27;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335593;STB=0.520111;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0247974;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:58:46:46:0.442308:27:19:25:31:27:19:26:32 chr11 34999745 . C G 361.49 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.024315;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6883;QD=14.9068;RBI=0.0261263;REFB=-0.00187248;REVB=-0.00955852;RO=57;SAF=18;SAR=21;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616015;STB=0.539306;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00365262;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:58:39:39:0.402062:21:18:23:34:21:18:23:35 chr11 35017205 . G T 534.74 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00811076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.775;QD=23.5051;RBI=0.0168241;REFB=-0.0278076;REVB=-0.01474;RO=41;SAF=15;SAR=35;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169002;STB=0.593181;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0138385;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:35:15:20:21:35:15:20:21 chr11 35017363 . C A 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.106;QD=64.1502;RBI=0.058163;REFB=0;REVB=0.0094198;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53008e-05;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:38:11:0:0:38:11:0:0 chr11 35226155 . A G 1539.56 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.447;QD=58.6498;RBI=0.0349495;REFB=0.175882;REVB=-0.00454695;RO=1;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811183;STB=0.504273;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.000281318;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:58:46:0:1:58:46:0:1 chr11 35229673 . T C 2258.44 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267995;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.063;QD=63.6179;RBI=0.0145773;REFB=0;REVB=0.0143288;RO=0;SAF=72;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01694e-05;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:70:72:0:0:70:72:0:0 chr11 35274829 . A G 1365.64 PASS AF=0.403694;AO=153;DP=380;FAO=153;FDP=379;FR=.;FRO=226;FSAF=54;FSAR=99;FSRF=107;FSRR=119;FWDB=0.0193583;FXX=0.00524921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6717;QD=14.4131;RBI=0.075899;REFB=-0.0259995;REVB=0.0733888;RO=221;SAF=54;SAR=99;SRF=106;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139729;STB=0.575177;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0507223;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:379:221:226:153:153:0.403694:99:54:106:115:99:54:107:119 chr11 36103228 . A G 504.81 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00210934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.404;QD=16.1538;RBI=0.012486;REFB=0.00421163;REVB=-0.0123065;RO=70;SAF=26;SAR=29;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559168;STB=0.531248;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00615525;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:55:55:0.44:29:26:37:33:29:26:37:33 chr11 36293048 . G A 335.83 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00852938;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.759;QD=19.4687;RBI=0.0325942;REFB=-0.0102262;REVB=0.0314585;RO=35;SAF=26;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180448;STB=0.590854;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00726343;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:34:35:35:0.507246:9:26:20:15:9:26:20:14 chr11 36422792 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.582;QD=57.1775;RBI=0.0211142;REFB=0;REVB=-0.0172981;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50035e-05;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr11 36472800 . A G 815.37 PASS AF=0.454545;AO=85;DP=187;FAO=85;FDP=187;FR=.;FRO=102;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0504656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4267;QD=17.4411;RBI=0.05532;REFB=-0.0132742;REVB=-0.022661;RO=102;SAF=44;SAR=41;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558599;STB=0.53098;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0166554;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:102:102:85:85:0.454545:41:44:47:55:41:44:47:55 chr11 36484062 . G A 918.71 PASS AF=0.564626;AO=82;DP=146;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0102056;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.923;QD=24.999;RBI=0.0131324;REFB=-0.0148941;REVB=0.00826469;RO=62;SAF=35;SAR=47;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12177;STB=0.56162;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.011057;OID=.;OPOS=36484062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:62:64:82:83:0.564626:47:35:36:26:48:35:36:28 chr11 36484208 . T C 3292.66 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216125;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.413;QD=62.1257;RBI=0.0428827;REFB=0;REVB=0.0370382;RO=0;SAF=72;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29327e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93688e-05;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:212:0:0:209:212:1:137:72:0:0:139:73:0:0 chr11 36595600 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1883;QD=54.5173;RBI=0.0797438;REFB=0;REVB=-0.0131861;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016485;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr11 36596027 . AGGGGGC AAGGGGC,AGGGG,AGGGGC 67.98 PASS AF=0,0,0.681818;AO=3,4,6;DP=22;FAO=0,0,15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=0,0,6;FSAR=0,0,9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0106441,-0.226513,0.0269084;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=9.42551,18.2229,9.45317;QD=12.3603;RBI=0.0609829,0.235741,0.0648417;REFB=-0.00208904,0.0404859,-0.0225665;REVB=-0.0600468,-0.0653131,0.0589947;RO=6;SAF=0,4,2;SAR=3,0,4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.328125,0.328125;SSSB=-0.637446,0.742829,0;STB=0.5,0.5,0.509421;STBP=1,1,0.932;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0,0.0676595;OID=.,.,.;OPOS=36596028,36596032,36596028;OREF=G,GC,G;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAGGGGC,AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.681818:3,4,6:22:0,0,15:22:7:0,0,6:0,0,9:3:4:27:6:0,4,2:3,0,4:2:4 chr11 36597313 . A G 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5271;QD=61.0477;RBI=0.0449211;REFB=0;REVB=0.0180099;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044668;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr11 36601170 . G A 1522.97 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161171;FXX=0.0467246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.683;QD=59.7242;RBI=0.0189456;REFB=0;REVB=-0.00995865;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185114;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:100:102:1:53:47:0:0:53:49:0:0 chr11 40137543 . T C 3802.65 PASS AF=0.99177;AO=241;DP=243;FAO=241;FDP=243;FR=.;FRO=2;FSAF=120;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0344433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.313;QD=62.5951;RBI=0.0367945;REFB=-0.00420106;REVB=0.012942;RO=2;SAF=120;SAR=121;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00781215;STB=0.504098;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=3.06478e-05;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:243:243:2:2:241:241:0.99177:121:120:0:2:121:120:0:2 chr11 41144553 . C T 1995.43 PASS AF=0.473318;AO=203;DP=429;FAO=204;FDP=431;FR=.;FRO=227;FSAF=80;FSAR=124;FSRF=112;FSRR=115;FWDB=-0.0498407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5227;QD=18.5191;RBI=0.0571185;REFB=-0.0166821;REVB=0.0279002;RO=226;SAF=79;SAR=124;SRF=112;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104332;STB=0.554598;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0190564;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:431:226:227:203:204:0.473318:124:79:112:114:124:80:112:115 chr11 43357486 . G A 808.32 PASS AF=0.440415;AO=85;DP=193;FAO=85;FDP=193;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=0.00442555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.615;QD=16.7528;RBI=0.00564925;REFB=-0.00376418;REVB=-0.00351119;RO=107;SAF=38;SAR=47;SRF=39;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084672;STB=0.543793;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00469328;OID=.;OPOS=43357486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:107:108:85:85:0.440415:47:38:39:68:47:38:40:68 chr11 43861603 . G A 530.7 PASS AF=0.403974;AO=60;DP=151;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.00432187;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.42;QD=14.0583;RBI=0.00693272;REFB=-0.00571853;REVB=0.00542071;RO=89;SAF=26;SAR=34;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889375;STB=0.547536;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00872273;OID=.;OPOS=43861603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:89:90:60:61:0.403974:34:26:46:43:34:27:47:43 chr11 43876698 . C T 611.23 PASS AF=0.484615;AO=62;DP=131;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0154605;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.667;QD=18.8071;RBI=0.0255153;REFB=-0.0129512;REVB=-0.0202978;RO=68;SAF=32;SAR=30;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404087;STB=0.514701;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0138996;OID=.;OPOS=43876698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:68:67:62:63:0.484615:30:32:38:30:30:33:37:30 chr11 43911365 . T C 2348.16 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.393;QD=63.8955;RBI=0.00751518;REFB=0;REVB=-0.00430303;RO=0;SAF=72;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72704e-05;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:147:0:0:144:147:1:72:72:0:0:72:75:0:0 chr11 43940644 . G T 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.813;QD=60.0766;RBI=0.0158474;REFB=0;REVB=0.0014054;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72362e-05;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:51:56:0:0:51:56:0:0 chr11 43946909 . C G 853.37 PASS AF=0.45098;AO=92;DP=204;FAO=92;FDP=204;FR=.;FRO=112;FSAF=25;FSAR=67;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=-0.0234071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.189;QD=16.7327;RBI=0.024391;REFB=-0.0152783;REVB=-0.00685761;RO=112;SAF=25;SAR=67;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186467;STB=0.604021;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0173855;OID=.;OPOS=43946909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:112:112:92:92:0.45098:67:25:49:63:67:25:49:63 chr11 43946967 . A G 2985.66 PASS AF=0.994737;AO=189;DP=191;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0189465;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2302;QD=62.8559;RBI=0.0641215;REFB=-0.00838889;REVB=-0.0612585;RO=0;SAF=70;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502092;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000206388;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:190:0:1:189:189:0.994737:119:70:0:0:119:70:0:1 chr11 43947990 . T C 750.34 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0191097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.853;QD=54.5702;RBI=0.0299401;REFB=-0.155348;REVB=-0.0230484;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00442461;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:1:1:54:54:0.981818:31:23:1:0:31:23:1:0 chr11 43964842 . G C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0402335;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=268.667;QD=13.631;RBI=0.0420901;REFB=-0.0147799;REVB=-0.0123629;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380042;STB=0.713922;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0145101;OID=.;OPOS=43964842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:0:9:6:2:0:9 chr11 44080210 . T C 1877.65 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.38;QD=61.5625;RBI=0.0451821;REFB=0;REVB=0.0352574;RO=0;SAF=53;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00406e-05;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:69:53:0:0:69:53:0:0 chr11 44096238 . G A 1022.74 PASS AF=1;AO=50;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577093;FXX=0.054787;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8385;QD=59.289;RBI=0.0595961;REFB=0;REVB=-0.0148774;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105807;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:69:0:0:50:69:1:31:19:0:0:35:34:0:0 chr11 44104981 . C T 1130.5 PASS AF=0.558511;AO=105;DP=188;FAO=105;FDP=188;FR=.;FRO=83;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0199098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.568;QD=24.0531;RBI=0.0204534;REFB=-0.0253401;REVB=-0.00468407;RO=77;SAF=47;SAR=58;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662906;STB=0.531238;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0209824;OID=.;OPOS=44104981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:77:83:105:105:0.558511:58:47:41:36:58:47:43:40 chr11 44129290 . C A 941.23 PASS AF=0.477157;AO=94;DP=198;FAO=94;FDP=197;FR=.;FRO=103;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=0.00017888;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.378;QD=19.1112;RBI=0.00258589;REFB=-0.00649383;REVB=0.0025797;RO=95;SAF=50;SAR=44;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00452259;STB=0.501084;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00712129;OID=.;OPOS=44129290;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:95:103:94:94:0.477157:44:50:51:44:44:50:55:48 chr11 44286566 . G A 962.23 PASS AF=0.420233;AO=106;DP=256;FAO=108;FDP=257;FR=.;FRO=149;FSAF=37;FSAR=71;FSRF=66;FSRR=83;FWDB=0.0261531;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.928;QD=14.9764;RBI=0.0261708;REFB=-0.0215607;REVB=0.00096344;RO=148;SAF=37;SAR=69;SRF=65;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997768;STB=0.562051;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0281543;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:257:148:149:106:108:0.420233:69:37:65:83:71:37:66:83 chr11 44297054 . T C 4805.77 PASS AF=1;AO=307;DP=307;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00345212;FXX=0.00324665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.866;QD=62.6159;RBI=0.0301569;REFB=0;REVB=0.0299587;RO=0;SAF=163;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19042e-05;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:307:307:0:0:307:307:1:144:163:0:0:144:163:0:0 chr11 44331309 . G A 640.41 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.000347491;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8079;QD=23.7189;RBI=0.126136;REFB=-0.0470291;REVB=0.126135;RO=44;SAF=30;SAR=32;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00502794;STB=0.502392;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0332055;OID=.;OPOS=44331309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:44:46:62:62:0.574074:32:30:21:23:32:30:22:24 chr11 44331509 . C G 1153.7 PASS AF=0.474308;AO=120;DP=253;FAO=120;FDP=253;FR=.;FRO=133;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=53;FSRR=80;FWDB=-0.000826379;FXX=0.00784283;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.253;QD=18.2404;RBI=0.00463384;REFB=-0.00977994;REVB=0.00455956;RO=127;SAF=46;SAR=74;SRF=48;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053257;STB=0.508396;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00847009;OID=.;OPOS=44331509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:127:133:120:120:0.474308:74:46:48:79:74:46:53:80 chr11 44636833 . G A 2126.13 PASS AF=0.512136;AO=205;DP=408;FAO=211;FDP=412;FR=.;FRO=201;FSAF=95;FSAR=116;FSRF=76;FSRR=125;FWDB=0.0168633;FXX=0.00722874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.54;QD=20.6421;RBI=0.0238399;REFB=-0.0144007;REVB=0.0168514;RO=201;SAF=89;SAR=116;SRF=76;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520453;STB=0.53579;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0131352;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:412:201:201:205:211:0.512136:116:89:76:125:116:95:76:125 chr11 44636839 . C T 1890.59 PASS AF=0.473301;AO=195;DP=413;FAO=195;FDP=412;FR=.;FRO=217;FSAF=71;FSAR=124;FSRF=99;FSRR=118;FWDB=0.0169667;FXX=0.0048308;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.889;QD=18.3553;RBI=0.0229867;REFB=-0.00329051;REVB=-0.0155087;RO=215;SAF=71;SAR=124;SRF=98;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916937;STB=0.550933;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00230657;OID=.;OPOS=44636839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:412:215:217:195:195:0.473301:124:71:98:117:124:71:99:118 chr11 44640268 . A G 449.0 PASS AF=0.374101;AO=52;DP=139;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.0173204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.132;QD=12.9209;RBI=0.0248125;REFB=-0.0163146;REVB=-0.0177669;RO=87;SAF=27;SAR=25;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104838;STB=0.505958;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0277918;OID=.;OPOS=44640268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:87:87:52:52:0.374101:25:27:46:41:25:27:46:41 chr11 44640640 . C G 6726.67 PASS AF=1;AO=426;DP=428;FAO=426;FDP=426;FR=.;FRO=0;FSAF=228;FSAR=198;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245144;FXX=0.00699284;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.811;QD=63.1612;RBI=0.0054268;REFB=-0.0844226;REVB=0.00484155;RO=2;SAF=228;SAR=198;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101592;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:428:426:2:0:426:426:1:198:228:2:0:198:228:0:0 chr11 44924950 . GC G 1386.48 PASS AF=0.477564;AO=138;DP=317;FAO=149;FDP=312;FR=.;FRO=163;FSAF=43;FSAR=106;FSRF=58;FSRR=105;FWDB=-0.000256493;FXX=0.0157724;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.936;QD=17.7754;RBI=0.0176772;REFB=-0.0120927;REVB=-0.0176753;RO=161;SAF=44;SAR=94;SRF=57;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03884;STB=0.541275;STBP=0.202;TYPE=del;VARB=0.0164968;OID=.;OPOS=44924951;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477564:138:317:149:312:163:43:106:58:105:99:161:44:94:57:104 chr11 44925038 . A G 1507.05 PASS AF=0.5;AO=151;DP=303;FAO=152;FDP=304;FR=.;FRO=152;FSAF=43;FSAR=109;FSRF=40;FSRR=112;FWDB=0.0142112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.249;QD=19.8296;RBI=0.0147251;REFB=-0.0137277;REVB=-0.00385626;RO=149;SAF=43;SAR=108;SRF=40;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183216;STB=0.512289;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0129514;OID=.;OPOS=44925038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:304:149:152:151:152:0.5:108:43:40:109:109:43:40:112 chr11 44940828 . G A 473.29 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00784244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.231;QD=21.2715;RBI=0.00852566;REFB=-0.00605743;REVB=0.00334412;RO=43;SAF=15;SAR=31;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211349;STB=0.617099;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0069091;OID=.;OPOS=44940828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:31:15:24:19:31:15:24:19 chr11 45672261 . A G 1525.35 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651666;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.873;QD=59.8176;RBI=0.0732731;REFB=0;REVB=-0.0729828;RO=0;SAF=35;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176111;OID=.;OPOS=45672261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:67:35:0:0:67:35:0:0 chr11 45793218 . G C 1187.76 PASS AF=0.524887;AO=116;DP=217;FAO=116;FDP=221;FR=.;FRO=105;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=29;FSRR=76;FWDB=0.0155097;FXX=0.00896821;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.6798;QD=21.498;RBI=0.0480737;REFB=2.17852e-05;REVB=0.045503;RO=101;SAF=46;SAR=70;SRF=26;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127964;STB=0.561247;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=3.49816e-05;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:221:101:105:116:116:0.524887:70:46:26:75:70:46:29:76 chr11 45834198 . T C 555.9 PASS AF=0.362162;AO=66;DP=184;FAO=67;FDP=185;FR=.;FRO=118;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=75;FSRR=43;FWDB=-0.0123073;FXX=0.0106946;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.192;QD=12.0195;RBI=0.0174086;REFB=-0.00706465;REVB=-0.0123122;RO=117;SAF=22;SAR=44;SRF=74;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331327;STB=0.682982;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0178195;OID=.;OPOS=45834198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:117:118:66:67:0.362162:44:22:74:43:44:23:75:43 chr11 45848232 . T C 33.29 PASS AF=0.0651163;AO=14;DP=215;FAO=14;FDP=215;FR=.;FRO=201;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=99;FSRR=102;FWDB=-0.0503391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7755;QD=0.619362;RBI=0.0532147;REFB=-0.000171605;REVB=-0.0172563;RO=200;SAF=7;SAR=7;SRF=98;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106622;STB=0.506967;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.000384357;OID=.;OPOS=45848232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:215:215:200:201:14:14:0.0651163:7:7:98:102:7:7:99:102 chr11 45848271 . A G 61.83 PASS AF=0.0957447;AO=18;DP=188;FAO=18;FDP=188;FR=.;FRO=170;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=87;FSRR=83;FWDB=-0.0102522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.659;QD=1.31554;RBI=0.0286093;REFB=1.40016e-05;REVB=-0.0267092;RO=169;SAF=9;SAR=9;SRF=87;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176219;STB=0.510626;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.000275704;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:188:188:169:170:18:18:0.0957447:9:9:87:82:9:9:87:83 chr11 45848275 . T C 63.0 PASS AF=0.0983607;AO=18;DP=183;FAO=18;FDP=183;FR=.;FRO=165;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=85;FSRR=80;FWDB=-0.00989332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.9;QD=1.37696;RBI=0.0411979;REFB=-6.24659e-05;REVB=0.0399923;RO=163;SAF=9;SAR=9;SRF=85;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257522;STB=0.513646;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.000714278;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:183:183:163:165:18:18:0.0983607:9:9:85:78:9:9:85:80 chr11 45868849 . GC CG,GCG 394.48 PASS AF=0,0.423077;AO=15,56;DP=181;FAO=0,77;FDP=182;FR=.;FRO=105;FSAF=0,33;FSAR=0,44;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=-0.0274877,0.0672231;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=2,1;MLLD=19.9542,14.4837;QD=8.66977;RBI=0.0274891,0.068249;REFB=-0.000181456,-0.0339584;REVB=0.00028416,-0.0117888;RO=104;SAF=11,19;SAR=4,37;SRF=41;SRR=63;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.404004,-0.0676999;STB=0.5,0.516904;STBP=1,0.741;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0975276,0.0304112;OID=.,.;OPOS=45868849,45868851;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:181:182:104:105:15,56:0,77:0,0.423077:4,37:11,19:41:63:0,44:0,33:42:63 chr11 45903256 . C G 911.74 PASS AF=0.469388;AO=90;DP=197;FAO=92;FDP=196;FR=.;FRO=104;FSAF=61;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=0.0444752;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.196;QD=18.6069;RBI=0.0474806;REFB=-0.0193522;REVB=0.0166244;RO=103;SAF=61;SAR=29;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120245;STB=0.554799;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0253191;OID=.;OPOS=45903256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:103:104:90:92:0.469388:29:61:58:45:31:61:59:45 chr11 45903613 . A C 367.3 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00500491;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.015;QD=18.8359;RBI=0.0117503;REFB=-0.0307243;REVB=-0.0106312;RO=40;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472221;STB=0.526302;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0287309;OID=.;OPOS=45903613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:40:40:38:38:0.487179:18:20:19:21:18:20:19:21 chr11 45923969 . GC G 70.1 PASS AF=0.653846;AO=12;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.130145;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.37765;QD=10.785;RBI=0.289097;REFB=-0.0935692;REVB=0.258146;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722214;STB=0.50908;STBP=0.924;TYPE=del;VARB=0.110516;OID=.;OPOS=45923970;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846:12:26:17:26:9:8:9:4:5:25:12:6:6:5:7 chr11 45935384 . A G 579.08 PASS AF=0.424837;AO=65;DP=153;FAO=65;FDP=153;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.0278164;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.561;QD=15.1394;RBI=0.0569522;REFB=0.00329245;REVB=-0.0496971;RO=86;SAF=22;SAR=43;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631055;STB=0.537135;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00776333;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:86:88:65:65:0.424837:43:22:34:52:43:22:35:53 chr11 45937267 . C T 400.64 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0453306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.503;QD=53.4192;RBI=0.0473089;REFB=-0.122322;REVB=0.0135376;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00168355;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:15:14:0:0:15:14:1:0 chr11 45949534 . C T 367.98 PASS AF=0.409524;AO=44;DP=106;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.000192807;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9602;QD=14.0184;RBI=0.0330668;REFB=-0.00401585;REVB=0.0330662;RO=62;SAF=22;SAR=22;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334601;STB=0.525884;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00421355;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:62:62:44:43:0.409524:22:22:33:29:22:21:33:29 chr11 45975130 . C T 987.08 PASS AF=0.419847;AO=110;DP=262;FAO=110;FDP=262;FR=.;FRO=152;FSAF=36;FSAR=74;FSRF=44;FSRR=108;FWDB=-0.0109079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.193;QD=15.0699;RBI=0.0145242;REFB=-0.0183792;REVB=-0.00959009;RO=148;SAF=36;SAR=74;SRF=44;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355863;STB=0.525332;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0257054;OID=.;OPOS=45975130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:148:152:110:110:0.419847:74:36:44:104:74:36:44:108 chr11 46342081 . TG T 1780.04 PASS AF=1;AO=156;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464161;FXX=0.00595203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.5156;QD=42.6358;RBI=0.0758369;REFB=-0.00456452;REVB=-0.0599732;RO=2;SAF=93;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00240321;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0012324;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:156:166:167:167:0:100:67:0:0:27:2:93:63:1:1 chr11 46342258 . CA AG,CAG 1240.18 PASS AF=0.0291262,0.970874;AO=4,84;DP=104;FAO=3,100;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=3,68;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103567,0.212911;FXX=0.00961446;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=7.25604,18.3551;QD=48.1624;RBI=0.123747,0.27937;REFB=0,0;REVB=0.0677283,0.180877;RO=10;SAF=3,57;SAR=1,27;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.539343,-0.0761924;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0247208,0.00133925;OID=.,.;OPOS=46342258,46342260;OREF=CA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:104:103:10:0:4,84:3,100:0.0291262,0.970874:1,27:3,57:10:0:0,32:3,68:0:0 chr11 46401517 . A G 838.69 PASS AF=0.288945;AO=115;DP=402;FAO=115;FDP=398;FR=.;FRO=283;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=132;FSRR=151;FWDB=-0.0144559;FXX=0.00995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.703;QD=8.42902;RBI=0.0160651;REFB=-0.00709404;REVB=0.00700804;RO=284;SAF=61;SAR=54;SRF=131;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843792;STB=0.545419;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0194363;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:398:284:283:115:115:0.288945:54:61:131:153:54:61:132:151 chr11 46569434 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG 192.64 PASS AF=0.692308,0.0769231,0.230769;AO=7,4,2;DP=22;FAO=18,2,6;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,6;FSAR=18,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122777,-0.0575538,-0.0392682;FXX=0.161238;HRUN=15,15,15;LEN=3,4,1;MLLD=9.04004,13.0265,176.621;QD=29.6362;RBI=0.150171,0.0777732,0.0484859;REFB=-0.316956,-0.252596,-0.0904436;REVB=-0.0864701,-0.0523091,-0.0284411;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=7,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00567865,-0.00836055,-0.000890819;OID=.,.,.;OPOS=46569435,46569435,46569445;OREF=AAA,AAAA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.692308,0.0769231,0.230769:7,4,2:22:18,2,6:26:0:0,0,6:18,2,0:0:0:40:0:0,0,2:7,4,0:0:0 chr11 46699494 . GAAAAAAAAAAA GAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAC 312.37 PASS AF=0.790698,0.209302;AO=17,2;DP=52;FAO=34,9;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.341911,-0.0705031;FXX=0.283286;HRUN=15,15;LEN=3,1;MLLD=7.31452,151.528;QD=29.0575;RBI=0.342023,0.0709744;REFB=-0.158508,-0.0741052;REVB=0.00873339,-0.00816629;RO=0;SAF=0,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0117795,-0.000174565;OID=.,.;OPOS=46699495,46699505;OREF=AAA,A;OALT=-,C;OMAPALT=GAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.790698,0.209302:17,2:52:34,9:43:0:0,9:34,0:0:0:57:0:0,2:17,0:0:0 chr11 46702920 . T C 2882.07 PASS AF=0.978947;AO=186;DP=190;FAO=186;FDP=190;FR=.;FRO=4;FSAF=85;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0174958;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.613;QD=60.6751;RBI=0.0191823;REFB=-0.0448278;REVB=-0.0078648;RO=4;SAF=85;SAR=101;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00836218;STB=0.504393;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=8.66612e-05;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:190:190:4:4:186:186:0.978947:101:85:1:3:101:85:1:3 chr11 46724716 . CAGTGGTGACAGAA CA,CAGTGGAGTCTGCT 711.48 PASS AF=0.891304,0.108696;AO=40,6;DP=48;FAO=41,5;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=24,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326134,0.0325173;FXX=0.041658;HRUN=1,1;LEN=12,8;MLLD=442.043,247.217;QD=61.8674;RBI=0.0374782,0.033642;REFB=0,0;REVB=-0.0184657,-0.00862624;RO=0;SAF=17,0;SAR=23,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.4817e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000123671,-0.00610817;OID=.,.;OPOS=46724717,46724722;OREF=AGTGGTGACAGA,TGACAGAA;OALT=-,AGTCTGCT;OMAPALT=CA,CAGTGGAGTCTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.891304,0.108696:40,6:48:41,5:46:0:17,0:24,5:0:0:35:0:17,0:23,6:0:0 chr11 46745003 . C T 1730.09 PASS AF=0.97619;AO=113;DP=121;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0195025;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.157;QD=54.9234;RBI=0.0412917;REFB=-0.0194985;REVB=0.0363958;RO=5;SAF=56;SAR=57;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768096;STB=0.504861;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00265129;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:121:126:5:3:113:123:0.97619:57:56:2:3:66:57:2:1 chr11 46801502 . T C 1171.57 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.406;QD=60.8606;RBI=0.0196745;REFB=0;REVB=-0.0126408;RO=0;SAF=52;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50431e-06;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:25:52:0:0:25:52:0:0 chr11 46879990 . T C 1587.47 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.035;QD=64.1402;RBI=0.0719825;REFB=0;REVB=0.0718934;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129871;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:43:56:0:0:43:56:0:0 chr11 46890197 . G A 880.22 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.855;QD=55.8867;RBI=0.0963014;REFB=-0.0622551;REVB=0.0943548;RO=1;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254976;STB=0.512816;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.000696385;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:18:43:0:1:19:43:0:1 chr11 46897446 . G A 4802.66 PASS AF=1;AO=309;DP=311;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211737;FXX=0.00643066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.916;QD=62.1704;RBI=0.0213324;REFB=-0.0822779;REVB=0.00259728;RO=1;SAF=149;SAR=160;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00319047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027876;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:311:309:1:0:309:309:1:160:149:1:0:160:149:0:0 chr11 46914583 . T C 1514.45 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.130764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4285;QD=62.4516;RBI=0.130764;REFB=-0.0635533;REVB=-0.000278778;RO=1;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977764;STB=0.505154;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=9.38751e-05;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:48:48:0:1:48:48:0:1 chr11 46914598 . A G 1538.25 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.726;QD=59.738;RBI=0.0210147;REFB=0;REVB=-0.0168162;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81264e-05;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:51:51:0:0:51:52:0:0 chr11 46969616 . T C 2121.69 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.813;QD=62.8648;RBI=0.0472229;REFB=0;REVB=0.044452;RO=0;SAF=67;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23672e-05;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:68:67:0:0:68:67:0:0 chr11 47188314 . T C 1716.76 PASS AF=0.991304;AO=111;DP=112;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0748157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.722;QD=59.7133;RBI=0.07489;REFB=-0.188246;REVB=0.0033363;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000987821;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:115:0:1:111:114:0.991304:49:62:0:0:49:65:1:0 chr11 47196982 . C T 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00374947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.54;QD=57.2356;RBI=0.00759146;REFB=0;REVB=0.00660089;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60824e-06;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr11 47200461 . AC ACG,CG 57.45 PASS AF=0.157303,0;AO=14,5;DP=93;FAO=14,0;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=5,0;FSAR=9,0;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0288356,-0.0692038;FXX=0.0631512;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=84.7944,98.6077;QD=2.58208;RBI=0.0423328,0.0795482;REFB=-0.00156502,-0.000170526;REVB=-0.0309932,-0.0392269;RO=69;SAF=9,0;SAR=5,5;SRF=33;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.206734,-0.519689;STB=0.594903,0.5;STBP=0.472,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0798631,0.0338494;OID=.,.;OPOS=47200463,47200461;OREF=-,AC;OALT=G,CG;OMAPALT=ACG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:93:89:69:75:14,5:14,0:0.157303,0:5,5:9,0:33:36:9,0:5,0:35:40 chr11 47238522 . T C 1535.6 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6282;QD=63.3239;RBI=0.0703087;REFB=0;REVB=0.0591698;RO=0;SAF=30;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245737;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:65:30:0:0:66:31:0:0 chr11 47266808 . T G 1227.43 PASS AF=1;AO=77;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116976;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.522;QD=61.3716;RBI=0.0686598;REFB=0;REVB=0.067656;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012191;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:77:80:1:35:42:0:0:35:45:0:0 chr11 47269159 . T C 3211.04 PASS AF=0.981395;AO=210;DP=214;FAO=211;FDP=215;FR=.;FRO=4;FSAF=97;FSAR=114;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0307008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2229;QD=59.7404;RBI=0.0481184;REFB=0.0410695;REVB=0.0370518;RO=3;SAF=96;SAR=114;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00565955;STB=0.500754;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00236051;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:214:215:3:4:210:211:0.981395:114:96:2:1:114:97:2:2 chr11 47270255 . C T 2339.78 PASS AF=0.913514;AO=143;DP=183;FAO=169;FDP=185;FR=.;FRO=16;FSAF=82;FSAR=87;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.025618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.5296;QD=50.5898;RBI=0.057031;REFB=-0.0719448;REVB=-0.0509535;RO=0;SAF=64;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1673e-08;STB=0.53367;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00489026;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:183:185:0:16:143:169:0.913514:79:64:0:0:87:82:14:2 chr11 47282024 . C T 2121.57 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6758;QD=62.8612;RBI=0.0379297;REFB=0;REVB=0.00620553;RO=0;SAF=49;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99536e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114421;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:86:49:0:0:86:49:0:0 chr11 47306585 . G A 1396.17 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7924;QD=62.7492;RBI=0.0712878;REFB=0;REVB=-0.0712199;RO=0;SAF=30;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233601;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:59:30:0:0:59:30:0:0 chr11 47331116 . T C 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.436;QD=62.7617;RBI=0.019461;REFB=0;REVB=0.0156738;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6645e-06;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr11 47346145 . G A 1936.31 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.408;QD=60.9862;RBI=0.0314748;REFB=0.0269454;REVB=0.0142632;RO=1;SAF=64;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736657;STB=0.503875;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-2.27767e-05;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:127:1:1:125:126:0.992126:61:64:1:0:62:64:1:0 chr11 47354787 . C T 1411.73 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.239;QD=62.7434;RBI=0.025071;REFB=0;REVB=0.0125842;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33919e-05;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:51:38:0:0:51:39:0:0 chr11 47364762 . A C,G 1857.83 PASS AF=0.193548,0.806452;AO=24,98;DP=122;FAO=24,100;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=16,48;FSAR=8,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362991,0.0414111;FXX=0.0236202;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.5574,141.807;QD=59.93;RBI=0.0463327,0.0486503;REFB=0,0;REVB=-0.028794,0.0255339;RO=0;SAF=16,47;SAR=8,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0520496,0.00208971;OID=.,.;OPOS=47364762,47364762;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:122:124:0:0:24,98:24,100:0.193548,0.806452:8,51:16,47:0:0:8,52:16,48:0:0 chr11 47364773 . T TC 40.97 PASS AF=0.165289;AO=25;DP=127;FAO=20;FDP=121;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.000787338;FXX=0.0472404;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.2872;QD=1.35436;RBI=0.0308459;REFB=-0.00911024;REVB=-0.0308358;RO=98;SAF=19;SAR=6;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41901;STB=0.703257;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.18921;OID=.;OPOS=47364774;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.165289:25:127:20:121:101:14:6:46:55:40:98:19:6:42:56 chr11 47380340 . G T 435.54 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00362497;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.2757;QD=54.442;RBI=0.095794;REFB=-0.0392716;REVB=0.0957254;RO=0;SAF=26;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545423;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0015766;OID=.;OPOS=47380340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:5:26:0:0:5:26:0:1 chr11 47431728 . A G 1401.36 PASS AF=0.981132;AO=96;DP=101;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0624676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4392;QD=52.8814;RBI=0.104934;REFB=-0.105039;REVB=0.084315;RO=5;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531755;STB=0.50073;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00611736;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:101:106:5:2:96:104:0.981132:42:54:0:5:48:56:1:1 chr11 47434986 . G A 3114.06 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.708;QD=63.8781;RBI=0.0858817;REFB=0;REVB=0.0518999;RO=0;SAF=76;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134066;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:195:195:1:119:76:0:0:119:76:0:0 chr11 47460306 . A G 2122.3 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0178613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7413;QD=61.9649;RBI=0.0178639;REFB=-0.108473;REVB=0.000304162;RO=1;SAF=51;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556043;STB=0.502924;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00114136;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:85:51:0:1:85:51:0:1 chr11 47469439 . A G 2720.07 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315791;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.319;QD=62.173;RBI=0.00465628;REFB=0.0107893;REVB=0.00342177;RO=1;SAF=78;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493275;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93997e-05;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:175:1:0:174:175:1:96:78:0:1:97:78:0:0 chr11 47579092 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000146103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.342;QD=37.4877;RBI=0.000146103;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.60278e-07;OID=.;OPOS=47579092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr11 47579094 . A G 85.8 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0928329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.711;QD=38.1313;RBI=0.0928329;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0269346;OID=.;OPOS=47579094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr11 47579103 . CCG ATA 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828763;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=292.709;QD=51.1846;RBI=0.00828763;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=20;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.31502e-05;OID=.;OPOS=47579103;OREF=CCG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:0:20:0:0:0:20:0:0 chr11 47579119 . A T 1172.0 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.073;QD=60.8832;RBI=0.0141647;REFB=0;REVB=0.0106108;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12784e-05;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:44:32:0:0:45:32:0:0 chr11 47593945 . A C 979.92 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157235;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.651;QD=59.3891;RBI=0.0173636;REFB=0;REVB=0.0172923;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212006;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr11 47609867 . G A 2898.85 PASS AF=0.969072;AO=188;DP=195;FAO=188;FDP=194;FR=.;FRO=6;FSAF=90;FSAR=98;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00841101;FXX=0.00512794;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.535;QD=59.7701;RBI=0.032126;REFB=-0.075405;REVB=0.0310054;RO=4;SAF=90;SAR=98;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107711;STB=0.50582;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000600755;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:195:194:4:6:188:188:0.969072:98:90:3:1:98:90:4:2 chr11 47681370 . T G 95.42 PASS AF=0.9;AO=7;DP=13;FAO=9;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0598153;FXX=0.230592;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.778;QD=38.1665;RBI=0.113586;REFB=-0.108612;REVB=0.0965603;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00564639;OID=.;OPOS=47681370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:10:2:1:7:9:0.9:4:3:0:2:5:4:0:1 chr11 47721008 . T C 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0477436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8693;QD=15.9137;RBI=0.0485318;REFB=-0.00448044;REVB=-0.00871146;RO=37;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150934;STB=0.584925;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00583801;OID=.;OPOS=47721008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:14:16:14:23:14:16:14:23 chr11 47748509 . T C 1560.5 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00990374;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.524;QD=58.8868;RBI=0.0431317;REFB=-0.185439;REVB=0.0419792;RO=1;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771683;STB=0.504064;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00103898;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:106:1:1:105:105:0.990566:61:44:0:1:61:44:0:1 chr11 47772545 . T C 380.93 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.0118413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.644;QD=14.3746;RBI=0.013117;REFB=-0.011231;REVB=0.0056428;RO=62;SAF=13;SAR=31;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524427;STB=0.529634;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0163225;OID=.;OPOS=47772545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:31:13:21:41:31:13:21:41 chr11 47788663 . CGGTGGTGGTGGT CGGTGGT,CGGTGGTCGTCGC 842.83 PASS AF=0.881356,0.118644;AO=50,6;DP=62;FAO=52,7;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=5,1;FSAR=47,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733407,0.0960921;FXX=0.063482;HRUN=2,2;LEN=6,6;MLLD=222.094,133.032;QD=57.1408;RBI=0.0846594,0.0974097;REFB=0,0;REVB=0.042289,-0.015967;RO=0;SAF=5,0;SAR=45,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0115809,0.00397444;OID=.,.;OPOS=47788664,47788670;OREF=GGTGGT,GGTGGT;OALT=-,CGTCGC;OMAPALT=CGGTGGT,CGGTGGTCGTCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.881356,0.118644:50,6:62:52,7:59:0:5,1:47,6:0:0:37:0:5,0:45,6:0:0 chr11 47826090 . A C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.165;QD=57.1775;RBI=0.0336502;REFB=0;REVB=0.0260163;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65754e-05;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:37:14:0:0:37:14:0:0 chr11 47834592 . G A 582.51 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00976365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.855;QD=58.2507;RBI=0.0121127;REFB=-0.13131;REVB=0.00716861;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00099366;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:24:15:1:0:24:15:1:0 chr11 47857253 . T C,G 1264.95 PASS AF=0.954023,0.0344828;AO=76,6;DP=83;FAO=83,3;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=34,1;FSAR=49,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253011,0.0161115;FXX=0.0113623;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.7076,219.229;QD=58.1588;RBI=0.0576665,0.0170671;REFB=-0.0782523,-0.146466;REVB=0.0518197,-0.00563075;RO=0;SAF=29,3;SAR=47,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.507245,0.665547;STBP=0.295,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0089464,0.0825814;OID=.,.;OPOS=47857253,47857253;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:83:87:0:1:76,6:83,3:0.954023,0.0344828:47,3:29,3:0:0:49,2:34,1:1:0 chr11 47869855 . C T 3755.1 PASS AF=0.510961;AO=265;DP=604;FAO=303;FDP=593;FR=.,HEALED;FRO=202;FSAF=136;FSAR=167;FSRF=57;FSRR=145;FWDB=0.0383428;FXX=0.0100165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.526;QD=25.3295;RBI=0.0404896;REFB=-0.056543;REVB=0.013009;RO=175;SAF=130;SAR=135;SRF=51;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147661;STB=0.568309;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0453773;OID=.;OPOS=47869855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:604:593:175:202:265:303:0.510961:135:130:51:124:167:136:57:145 chr11 48118347 . T TA 849.78 PASS AF=1;AO=77;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.16054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.1087;QD=39.5247;RBI=0.225423;REFB=0;REVB=-0.158248;RO=6;SAF=43;SAR=34;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0040726;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:87:86:86:0:48:38:0:0:16:6:43:34:6:0 chr11 48145247 . T C 831.3 PASS AF=0.439614;AO=91;DP=207;FAO=91;FDP=207;FR=.;FRO=116;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=-0.00138836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.636;QD=16.0638;RBI=0.0152722;REFB=-0.010842;REVB=0.015209;RO=112;SAF=51;SAR=40;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078109;STB=0.553275;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0172325;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:112:116:91:91:0.439614:40:51:54:58:40:51:54:62 chr11 48145375 . A C 510.57 PASS AF=0.55814;AO=47;DP=84;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0923197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8243;QD=23.7474;RBI=0.139452;REFB=0.0141677;REVB=0.104517;RO=37;SAF=12;SAR=35;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278117;STB=0.662265;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0105608;OID=.;OPOS=48145375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:37:38:47:48:0.55814:35:12:21:16:36:12:22:16 chr11 48146622 . G A 950.75 PASS AF=0.434043;AO=102;DP=234;FAO=102;FDP=235;FR=.;FRO=133;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=76;FSRR=57;FWDB=0.0201278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.439;QD=16.183;RBI=0.0257633;REFB=-0.00665923;REVB=-0.0160816;RO=132;SAF=41;SAR=61;SRF=75;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168851;STB=0.595973;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00615581;OID=.;OPOS=48146622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:132:133:102:102:0.434043:61:41:75:57:61:41:76:57 chr11 48190383 . A T 1919.21 PASS AF=0.969925;AO=113;DP=120;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0196901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.192;QD=57.7206;RBI=0.0250477;REFB=0.0242801;REVB=0.0154819;RO=3;SAF=52;SAR=61;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00626876;STB=0.505642;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-2.9643e-05;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:120:133:3:4:113:129:0.969925:61:52:1:2:73:56:1:3 chr11 48190527 . T C 1058.19 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2966;QD=59.6162;RBI=0.0636069;REFB=0;REVB=0.0617695;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579974;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr11 48238421 . T G 3686.39 PASS AF=1;AO=233;DP=233;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.535;QD=63.2856;RBI=0.038539;REFB=0;REVB=0.011253;RO=0;SAF=106;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06994e-05;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:233:233:0:0:233:233:1:127:106:0:0:127:106:0:0 chr11 48238549 . G A 4266.87 PASS AF=1;AO=271;DP=273;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196121;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.516;QD=62.9796;RBI=0.026168;REFB=0;REVB=0.0173242;RO=0;SAF=136;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98009e-05;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:273:271:0:0:271:271:1:135:136:0:0:135:136:0:0 chr11 48239182 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.631;QD=53.9112;RBI=0.0340183;REFB=0;REVB=-0.00844369;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101324;OID=.;OPOS=48239182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr11 48267589 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8866;QD=37.4884;RBI=0.0833033;REFB=0;REVB=0.0621266;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415984;OID=.;OPOS=48267589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr11 48285842 . A G 2485.63 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.695;QD=60.997;RBI=0.0436883;REFB=0;REVB=0.0425146;RO=0;SAF=90;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92234e-05;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:148:163:0:0:147:163:1:57:90:0:0:71:92:0:0 chr11 48328644 . C T 1231.86 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633628;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.134;QD=61.5932;RBI=0.0659992;REFB=0;REVB=0.0184674;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39482e-05;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr11 48346513 . T C 65.53 PASS AF=0.113475;AO=16;DP=141;FAO=16;FDP=141;FR=.;FRO=125;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=0.0249506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.289;QD=1.85913;RBI=0.0328129;REFB=-0.000223404;REVB=0.0213109;RO=125;SAF=6;SAR=10;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110763;STB=0.58066;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00166674;OID=.;OPOS=48346513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:141:141:125:125:16:16:0.113475:10:6:58:67:10:6:58:67 chr11 48346523 . C T 72.93 PASS AF=0.120567;AO=17;DP=140;FAO=17;FDP=141;FR=.;FRO=124;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=-0.0483269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.69;QD=2.0688;RBI=0.0508505;REFB=0.00537551;REVB=0.0158204;RO=123;SAF=7;SAR=10;SRF=55;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445246;STB=0.528525;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0453258;OID=.;OPOS=48346523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:140:141:123:124:17:17:0.120567:10:7:55:68:10:7:55:69 chr11 48346535 . G C 123.3 PASS AF=0.154321;AO=25;DP=161;FAO=25;FDP=162;FR=.;FRO=137;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=81;FWDB=-0.0300354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.198;QD=3.04445;RBI=0.0482161;REFB=-0.00534171;REVB=-0.0377182;RO=136;SAF=15;SAR=10;SRF=56;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236531;STB=0.65771;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0357701;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:136:137:25:25:0.154321:10:15:56:80:10:15:56:81 chr11 48346541 . A T 88.74 PASS AF=0.12426;AO=21;DP=169;FAO=21;FDP=169;FR=.;FRO=148;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=68;FSRR=80;FWDB=-0.0203568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1275;QD=2.1004;RBI=0.0221035;REFB=-0.00432229;REVB=0.00861208;RO=146;SAF=15;SAR=6;SRF=68;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309746;STB=0.721267;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0167908;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:169:169:146:148:21:21:0.12426:6:15:68:78:6:15:68:80 chr11 48346547 . C T 105.58 PASS AF=0.132597;AO=24;DP=180;FAO=24;FDP=181;FR=.;FRO=157;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=84;FWDB=0.00327632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.934;QD=2.33322;RBI=0.0175897;REFB=-0.00275468;REVB=-0.0172818;RO=156;SAF=17;SAR=7;SRF=73;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30303;STB=0.710436;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0112826;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:156:157:24:24:0.132597:7:17:73:83:7:17:73:84 chr11 48346551 . C A 140.57 PASS AF=0.150259;AO=28;DP=192;FAO=29;FDP=193;FR=.;FRO=164;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=81;FSRR=83;FWDB=-0.00247052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.246;QD=2.91345;RBI=0.0180239;REFB=-0.00226946;REVB=-0.0178538;RO=164;SAF=20;SAR=8;SRF=81;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28572;STB=0.669216;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0149365;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:164:164:28:29:0.150259:8:20:81:83:9:20:81:83 chr11 48346579 . C A 250.7 PASS AF=0.186722;AO=44;DP=241;FAO=45;FDP=241;FR=.;FRO=196;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=97;FSRR=99;FWDB=-0.021206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.417;QD=4.16094;RBI=0.0220712;REFB=-0.00818355;REVB=-0.00611925;RO=191;SAF=28;SAR=16;SRF=97;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168068;STB=0.604457;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0430116;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:191:196:44:45:0.186722:16:28:97:94:17:28:97:99 chr11 48346588 . A C 364.48 PASS AF=0.216606;AO=60;DP=278;FAO=60;FDP=277;FR=.;FRO=217;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=113;FSRR=104;FWDB=-0.00961834;FXX=0.00359699;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.682;QD=5.26318;RBI=0.0187347;REFB=-0.0136898;REVB=-0.0160772;RO=217;SAF=41;SAR=19;SRF=113;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215948;STB=0.632782;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0381337;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:277:217:217:60:60:0.216606:19:41:113:104:19:41:113:104 chr11 48346604 . T G 471.05 PASS AF=0.235669;AO=74;DP=314;FAO=74;FDP=314;FR=.;FRO=240;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=139;FSRR=101;FWDB=-0.00823838;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.474;QD=6.00059;RBI=0.0168203;REFB=-0.00323082;REVB=-0.0146647;RO=237;SAF=47;SAR=27;SRF=137;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759205;STB=0.545014;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0153946;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:314:237:240:74:74:0.235669:27:47:137:100:27:47:139:101 chr11 48346615 . G A 578.45 PASS AF=0.249284;AO=87;DP=352;FAO=87;FDP=349;FR=.;FRO=262;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=147;FSRR=115;FWDB=-0.00055301;FXX=0.00852249;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5401;QD=6.62975;RBI=0.0158785;REFB=-0.00199974;REVB=-0.0158689;RO=251;SAF=53;SAR=34;SRF=146;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358117;STB=0.537312;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00642141;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:349:251:262:87:87:0.249284:34:53:146:105:34:53:147:115 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 437.34 PASS AF=0.277922;AO=95;DP=405;FAO=107;FDP=385;FR=.;FRO=278;FSAF=66;FSAR=41;FSRF=149;FSRR=129;FWDB=-0.0135041;FXX=0.0253158;HRUN=5;LEN=9;MLLD=304.416;QD=4.54374;RBI=0.0313321;REFB=-0.00580368;REVB=-0.0282726;RO=276;SAF=58;SAR=37;SRF=141;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12683;STB=0.560009;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=0.0185411;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277922:95:405:107:385:278:66:41:149:129:99:276:58:37:141:135 chr11 48346681 . G A 875.51 PASS AF=0.276644;AO=121;DP=438;FAO=122;FDP=441;FR=.;FRO=319;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=168;FSRR=151;FWDB=0.0183946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.987;QD=7.94113;RBI=0.0343786;REFB=-0.00547524;REVB=-0.0290435;RO=312;SAF=69;SAR=52;SRF=165;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515683;STB=0.534486;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00697977;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:441:312:319:121:122:0.276644:52:69:165:147:52:70:168:151 chr11 48346729 . G C 467.63 PASS AF=0.21875;AO=76;DP=353;FAO=77;FDP=352;FR=.;FRO=275;FSAF=12;FSAR=65;FSRF=149;FSRR=126;FWDB=-0.00771118;FXX=0.0112356;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.146;QD=5.31396;RBI=0.0147523;REFB=-0.00508035;REVB=-0.0125764;RO=275;SAF=11;SAR=65;SRF=150;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541048;STB=0.820246;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0185701;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:352:275:275:76:77:0.21875:65:11:150:125:65:12:149:126 chr11 48346791 . C T 423.19 PASS AF=0.277273;AO=58;DP=217;FAO=61;FDP=220;FR=.;FRO=159;FSAF=11;FSAR=50;FSRF=76;FSRR=83;FWDB=-0.00217607;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.594;QD=7.69432;RBI=0.00824657;REFB=-0.00989111;REVB=0.00795428;RO=157;SAF=10;SAR=48;SRF=75;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429756;STB=0.748233;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0242374;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:220:157:159:58:61:0.277273:48:10:75:82:50:11:76:83 chr11 48346822 . A C 340.78 PASS AF=0.257895;AO=49;DP=188;FAO=49;FDP=190;FR=.;FRO=141;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=83;FWDB=0.00887803;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.583;QD=7.17439;RBI=0.0191685;REFB=-0.00222478;REVB=0.0169886;RO=138;SAF=12;SAR=37;SRF=56;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22903;STB=0.642617;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00582716;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:138:141:49:49:0.257895:37:12:56:82:37:12:58:83 chr11 48346843 . C T 369.82 PASS AF=0.291429;AO=51;DP=178;FAO=51;FDP=175;FR=.;FRO=124;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=71;FWDB=-0.0260311;FXX=0.0223451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.257;QD=8.45309;RBI=0.0264688;REFB=-0.00489419;REVB=-0.00479402;RO=122;SAF=12;SAR=39;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291662;STB=0.638923;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00938887;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:175:122:124:51:51:0.291429:39:12:55:67:38:13:53:71 chr11 48346916 . G C 475.8 PASS AF=0.294118;AO=65;DP=221;FAO=65;FDP=221;FR=.;FRO=156;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=78;FSRR=78;FWDB=-0.0153759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1239;QD=8.6117;RBI=0.0262828;REFB=-0.00405519;REVB=-0.0213159;RO=156;SAF=23;SAR=42;SRF=78;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18087;STB=0.605794;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.011967;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:156:156:65:65:0.294118:42:23:78:78:42:23:78:78 chr11 48346924 . T C 523.7 PASS AF=0.29661;AO=69;DP=235;FAO=70;FDP=236;FR=.;FRO=166;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=85;FSRR=81;FWDB=0.0156153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4701;QD=8.87626;RBI=0.0318389;REFB=0.00407239;REVB=0.0277466;RO=166;SAF=27;SAR=42;SRF=85;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147543;STB=0.589881;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00961544;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:166:166:69:70:0.29661:42:27:85:81:43:27:85:81 chr11 48346932 . G A 552.34 PASS AF=0.294821;AO=74;DP=251;FAO=74;FDP=251;FR=.;FRO=177;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=91;FSRR=86;FWDB=-0.000198824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.55;QD=8.80221;RBI=0.0121768;REFB=-0.00421749;REVB=-0.0121752;RO=177;SAF=29;SAR=45;SRF=91;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149196;STB=0.586997;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00823999;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:177:177:74:74:0.294821:45:29:91:86:45:29:91:86 chr11 48346961 . AA TG 664.27 PASS AF=0.311828;AO=86;DP=280;FAO=87;FDP=279;FR=.;FRO=192;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=104;FSRR=88;FWDB=-0.0143307;FXX=0.00711718;HRUN=2;LEN=2;MLLD=205.021;QD=9.52351;RBI=0.0164964;REFB=-0.00915426;REVB=-0.0081708;RO=191;SAF=36;SAR=50;SRF=104;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149971;STB=0.579942;STBP=0.071;TYPE=mnp;VARB=0.02309;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:279:191:192:86:87:0.311828:50:36:104:87:50:37:104:88 chr11 48346999 . T G 821.6 PASS AF=0.335484;AO=104;DP=310;FAO=104;FDP=310;FR=.;FRO=206;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=119;FSRR=87;FWDB=0.0571708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3742;QD=10.6013;RBI=0.0571735;REFB=-0.0143636;REVB=-0.000551769;RO=205;SAF=41;SAR=63;SRF=118;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209457;STB=0.621049;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0321859;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:205:206:104:104:0.335484:63:41:118:87:63:41:119:87 chr11 48347014 . G A 796.46 PASS AF=0.332226;AO=100;DP=301;FAO=100;FDP=301;FR=.;FRO=201;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=117;FSRR=84;FWDB=0.0788202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.634;QD=10.5842;RBI=0.0788703;REFB=-0.00262442;REVB=-0.00281153;RO=200;SAF=40;SAR=60;SRF=116;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208271;STB=0.620529;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0194787;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:200:201:100:100:0.332226:60:40:116:84:60:40:117:84 chr11 48347023 . C T 918.67 PASS AF=0.356401;AO=87;DP=290;FAO=103;FDP=289;FR=.,HEALED;FRO=166;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=108;FSRR=58;FWDB=-0.0100565;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.474;QD=12.7152;RBI=0.0150484;REFB=-0.0188832;REVB=-0.0111947;RO=145;SAF=30;SAR=57;SRF=99;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362968;STB=0.658259;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0227935;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:289:145:166:87:103:0.356401:57:30:99:46:63:40:108:58 chr11 48347067 . C T 739.96 PASS AF=0.354086;AO=91;DP=258;FAO=91;FDP=257;FR=.;FRO=166;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=91;FSRR=75;FWDB=-0.0097958;FXX=0.00387582;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.211;QD=11.5169;RBI=0.0223325;REFB=-0.0170362;REVB=-0.0200695;RO=166;SAF=42;SAR=49;SRF=91;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982025;STB=0.555809;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0310373;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:257:166:166:91:91:0.354086:49:42:91:75:49:42:91:75 chr11 48347100 . C T 502.66 PASS AF=0.319797;AO=63;DP=197;FAO=63;FDP=197;FR=.;FRO=134;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=66;FSRR=68;FWDB=-0.0382057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.958;QD=10.2064;RBI=0.0382263;REFB=-0.00270315;REVB=-0.00125495;RO=134;SAF=30;SAR=33;SRF=66;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192736;STB=0.511129;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0102228;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:134:134:63:63:0.319797:33:30:66:68:33:30:66:68 chr11 48347124 . A G 490.28 PASS AF=0.365854;AO=60;DP=160;FAO=60;FDP=164;FR=.;FRO=104;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.0563584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2618;QD=11.9581;RBI=0.0964223;REFB=-0.0155247;REVB=-0.0782368;RO=100;SAF=33;SAR=27;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06624;STB=0.531813;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0268759;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:164:100:104:60:60:0.365854:27:33:49:51:27:33:52:52 chr11 48347130 . C G 484.09 PASS AF=0.376623;AO=58;DP=154;FAO=58;FDP=154;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.00361561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8767;QD=12.5737;RBI=0.0215854;REFB=0.00970322;REVB=0.0212804;RO=96;SAF=32;SAR=26;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684405;STB=0.538828;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0153198;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:96:96:58:58:0.376623:26:32:47:49:26:32:47:49 chr11 48347140 . T C 2408.93 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.357;QD=64.238;RBI=0.0102292;REFB=0;REVB=-0.00031433;RO=0;SAF=76;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22704e-05;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:74:76:0:0:74:76:0:0 chr11 48347142 . C T 481.73 PASS AF=0.374194;AO=58;DP=155;FAO=58;FDP=155;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.0155465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.68;QD=12.4317;RBI=0.0156796;REFB=-0.00115179;REVB=-0.00203827;RO=97;SAF=34;SAR=24;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146294;STB=0.583045;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00136713;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:97:97:58:58:0.374194:24:34:44:53:24:34:44:53 chr11 48347144 . T C 470.99 PASS AF=0.37013;AO=56;DP=154;FAO=57;FDP=154;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.00892469;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.86;QD=12.2334;RBI=0.0310845;REFB=-0.010193;REVB=0.0297757;RO=97;SAF=33;SAR=23;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151227;STB=0.590192;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00965919;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:97:97:56:57:0.37013:23:33:44:53:23:34:44:53 chr11 48347267 . T C 644.82 PASS AF=0.319392;AO=83;DP=264;FAO=84;FDP=263;FR=.;FRO=179;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=91;FSRR=88;FWDB=-0.0128867;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.979;QD=9.80712;RBI=0.0140115;REFB=0.00340666;REVB=0.00550036;RO=177;SAF=53;SAR=30;SRF=91;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151174;STB=0.585533;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0187792;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:177:179:83:84:0.319392:30:53:91:86:31:53:91:88 chr11 48347306 . G T 471.88 PASS AF=0.270916;AO=62;DP=247;FAO=68;FDP=251;FR=.;FRO=183;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=87;FSRR=96;FWDB=-0.000354565;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.447;QD=7.51998;RBI=0.00684344;REFB=-0.0113676;REVB=0.00683425;RO=184;SAF=33;SAR=29;SRF=87;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074396;STB=0.517923;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0307037;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:251:184:183:62:68:0.270916:29:33:87:97:34:34:87:96 chr11 48347342 . G A 319.83 PASS AF=0.227679;AO=51;DP=225;FAO=51;FDP=224;FR=.;FRO=173;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=79;FSRR=94;FWDB=-0.0523207;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.967;QD=5.71133;RBI=0.0649043;REFB=-0.00740753;REVB=-0.0384072;RO=167;SAF=25;SAR=26;SRF=79;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217231;STB=0.525937;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0240757;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:167:173:51:51:0.227679:26:25:79:88:26:25:79:94 chr11 48347346 . A T 254.75 PASS AF=0.202765;AO=44;DP=216;FAO=44;FDP=217;FR=.;FRO=173;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=79;FSRR=94;FWDB=-0.0238495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.477;QD=4.69584;RBI=0.0578706;REFB=-0.0156582;REVB=-0.0527277;RO=166;SAF=18;SAR=26;SRF=78;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788869;STB=0.538641;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.070329;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:166:173:44:44:0.202765:26:18:78:88:26:18:79:94 chr11 48347358 . C T 179.46 PASS AF=0.168317;AO=34;DP=202;FAO=34;FDP=202;FR=.;FRO=168;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=74;FSRR=94;FWDB=-0.0537305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9351;QD=3.55371;RBI=0.0586894;REFB=0.00656348;REVB=0.023611;RO=166;SAF=13;SAR=21;SRF=74;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083836;STB=0.54994;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00416984;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:166:168:34:34:0.168317:21:13:74:92:21:13:74:94 chr11 48347363 . C T 165.64 PASS AF=0.164103;AO=30;DP=194;FAO=32;FDP=195;FR=.;FRO=163;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=71;FSRR=92;FWDB=-0.0626345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.214;QD=3.39767;RBI=0.0643432;REFB=-0.00528457;REVB=-0.0147299;RO=162;SAF=7;SAR=23;SRF=71;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28652;STB=0.639908;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0242434;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:162:163:30:32:0.164103:23:7:71:91:23:9:71:92 chr11 48347392 . T C 90.76 PASS AF=0.155172;AO=18;DP=116;FAO=18;FDP=116;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=0.00572105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.538;QD=3.12972;RBI=0.00689928;REFB=-0.0020256;REVB=0.00385613;RO=98;SAF=5;SAR=13;SRF=37;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14169;STB=0.595958;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0158849;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:116:116:98:98:18:18:0.155172:13:5:37:61:13:5:37:61 chr11 48347419 . A G 93.06 PASS AF=0.186047;AO=15;DP=85;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.00976016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0296;QD=4.32849;RBI=0.0324649;REFB=0.0064099;REVB=0.030963;RO=70;SAF=5;SAR=10;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523524;STB=0.553503;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0228521;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:86:70:70:15:16:0.186047:10:5:26:44:11:5:26:44 chr11 48347492 . G A 149.61 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00325267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7261;QD=11.969;RBI=0.0249784;REFB=0.0159082;REVB=0.0247657;RO=33;SAF=4;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277443;STB=0.665558;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0315831;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:13:4:15:18:13:4:15:18 chr11 48347498 . A T 149.79 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0619712;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.693;QD=13.9343;RBI=0.0621857;REFB=-0.0141855;REVB=-0.00516084;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787552;STB=0.658027;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.02106;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:26:16:17:0.395349:12:4:6:13:13:4:12:14 chr11 48366958 . T G 556.59 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.00656566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.527;QD=18.7089;RBI=0.0145842;REFB=-0.00921992;REVB=0.0130227;RO=55;SAF=19;SAR=39;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017773;STB=0.537315;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0030597;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:61:58:58:0.487395:39:19:19:36:39:19:24:37 chr11 48366971 . GG CA 573.17 PASS AF=0.5;AO=58;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.00819991;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=323.549;QD=19.4293;RBI=0.00985342;REFB=-0.0113502;REVB=0.00546365;RO=59;SAF=21;SAR=37;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229676;STB=0.509288;STBP=0.848;TYPE=mnp;VARB=0.0107674;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:59:58:59:0.5:37:21:20:39:38:21:20:39 chr11 48367050 . T TAG 209.22 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.00450019;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.549;QD=9.40293;RBI=0.00473199;REFB=-0.0122947;REVB=0.00146286;RO=63;SAF=9;SAR=18;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617442;STB=0.540953;STBP=0.618;TYPE=ins;VARB=0.025001;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303371:27:91:27:89:62:9:18:24:38:99:63:9:18:24:39 chr11 48367073 . A C 1048.21 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137607;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.126;QD=58.2339;RBI=0.0201516;REFB=-0.0393596;REVB=0.0147218;RO=1;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111269;STB=0.505881;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=7.39864e-05;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:42:29:0:1:42:29:0:1 chr11 48367097 . A G 117.12 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.00889292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.39;QD=6.164;RBI=0.0100418;REFB=-0.0176511;REVB=-0.00466404;RO=57;SAF=10;SAR=8;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228205;STB=0.644547;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0462917;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:58:18:18:0.236842:8:10:21:36:8:10:21:37 chr11 48367133 . C A 47.3 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0381871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.293;QD=2.95623;RBI=0.0549359;REFB=-0.0055079;REVB=-0.039493;RO=55;SAF=3;SAR=6;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109196;STB=0.5776;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0389076;OID=.;OPOS=48367133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:55:55:9:9:0.140625:6:3:23:32:6:3:23:32 chr11 48367136 . C T 53.36 PASS AF=0.151515;AO=9;DP=65;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00804422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.318;QD=3.23366;RBI=0.0490964;REFB=-0.005254;REVB=-0.0484329;RO=55;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868141;STB=0.506316;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0346004;OID=.;OPOS=48367136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:66:55:56:9:10:0.151515:6:3:22:33:6:4:22:34 chr11 48367190 . A T 71.88 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00966893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.531;QD=4.63732;RBI=0.0150129;REFB=-0.00342784;REVB=0.0114847;RO=50;SAF=2;SAR=10;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326054;STB=0.718761;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0134166;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:50:50:12:12:0.193548:10:2:19:31:10:2:19:31 chr11 48367195 . C T 80.3 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00492036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.745;QD=5.18074;RBI=0.00887347;REFB=0.000646842;REVB=0.00738435;RO=48;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14527;STB=0.586818;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00589292;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:48:49:13:13:0.209677:9:4:20:28:9:4:20:29 chr11 48367249 . C T 317.71 PASS AF=0.381443;AO=35;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00512076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.343;QD=13.1013;RBI=0.0171375;REFB=-0.0189877;REVB=-0.0163545;RO=49;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942883;STB=0.547742;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0216113;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:60:35:37:0.381443:19:16:18:31:20:17:23:37 chr11 48367252 . G A 377.22 PASS AF=0.384615;AO=44;DP=116;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0635726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4263;QD=12.8965;RBI=0.0643771;REFB=0.0132194;REVB=-0.0101462;RO=72;SAF=24;SAR=20;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184434;STB=0.609708;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0199326;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:72:72:44:45:0.384615:20:24:27:45:20:25:27:45 chr11 48367311 . T C 709.72 PASS AF=0.386047;AO=83;DP=216;FAO=83;FDP=215;FR=.;FRO=132;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=84;FWDB=-0.0328643;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5569;QD=13.204;RBI=0.0384915;REFB=-0.00237905;REVB=0.0200382;RO=124;SAF=42;SAR=41;SRF=42;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178797;STB=0.587228;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00331963;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:124:132:83:83:0.386047:41:42:42:82:41:42:48:84 chr11 48367363 . C T 883.69 PASS AF=0.4;AO=98;DP=242;FAO=98;FDP=245;FR=.;FRO=147;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=54;FSRR=93;FWDB=0.0107901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0383;QD=14.4276;RBI=0.0116746;REFB=-0.0255032;REVB=-0.00445774;RO=144;SAF=49;SAR=49;SRF=54;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133066;STB=0.579576;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0381963;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:245:144:147:98:98:0.4:49:49:54:90:49:49:54:93 chr11 48367387 . C T 619.28 PASS AF=0.348416;AO=75;DP=219;FAO=77;FDP=221;FR=.;FRO=144;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=55;FSRR=89;FWDB=0.102922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3523;QD=11.2086;RBI=0.103037;REFB=-0.0130966;REVB=0.00486878;RO=144;SAF=31;SAR=44;SRF=55;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375314;STB=0.52273;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0241479;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:221:144:144:75:77:0.348416:44:31:55:89:45:32:55:89 chr11 48367419 . G A 554.92 PASS AF=0.360656;AO=66;DP=186;FAO=66;FDP=183;FR=.;FRO=117;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=73;FWDB=-0.0217706;FXX=0.0161282;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.025;QD=12.1295;RBI=0.0302031;REFB=-0.0105569;REVB=-0.0209348;RO=117;SAF=28;SAR=38;SRF=44;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560071;STB=0.531818;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0193568;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:183:117:117:66:66:0.360656:38:28:44:73:38:28:44:73 chr11 48367424 . C G 548.64 PASS AF=0.360656;AO=63;DP=179;FAO=66;FDP=183;FR=.;FRO=117;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=75;FWDB=-0.0109052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.952;QD=11.9922;RBI=0.0112384;REFB=0.00319214;REVB=-0.00271662;RO=116;SAF=27;SAR=36;SRF=42;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782183;STB=0.552835;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0102286;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:183:116:117:63:66:0.360656:36:27:42:74:37:29:42:75 chr11 48367455 . G A 484.02 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0210175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.926;QD=14.7793;RBI=0.0212384;REFB=-0.00100579;REVB=-0.00305579;RO=77;SAF=26;SAR=28;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829131;STB=0.546574;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00170148;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:77:77:54:54:0.412214:28:26:31:46:28:26:31:46 chr11 48367469 . TG CA 350.15 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00159036;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.485;QD=15.06;RBI=0.00473342;REFB=-0.0276766;REVB=0.00445825;RO=54;SAF=17;SAR=21;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0030692;STB=0.506587;STBP=0.929;TYPE=mnp;VARB=0.0273201;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:54:55:38:38:0.408602:21:17:24:30:21:17:24:31 chr11 48367474 . A G 340.79 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0296892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.779;QD=15.6684;RBI=0.0297485;REFB=-0.00261026;REVB=0.00187654;RO=50;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747847;STB=0.542161;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00172372;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:18:19:22:28:18:19:22:28 chr11 48367499 . A G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0147869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.419;QD=17.2467;RBI=0.0150885;REFB=-0.0237514;REVB=-0.0030019;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213717;STB=0.512184;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0400693;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:16:11:9:12:16:11 chr11 48367511 . T G 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0374083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.632;QD=15.1661;RBI=0.0397867;REFB=-0.00199174;REVB=0.0135499;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122839;STB=0.571331;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00547223;OID=.;OPOS=48367511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:5:10:11:9:5:10:11:9 chr11 48373748 . C G 184.97 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00370118;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8747;QD=7.95556;RBI=0.00378951;REFB=0.00359324;REVB=0.000813428;RO=63;SAF=1;SAR=24;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.704992;STB=0.932145;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0102838;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:68:25:25:0.268817:24:1:32:31:24:1:33:35 chr11 48373770 . T A 160.52 PASS AF=0.222222;AO=26;DP=117;FAO=26;FDP=117;FR=.;FRO=91;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.00444756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.735;QD=5.48793;RBI=0.00708741;REFB=0.000855142;REVB=0.0055182;RO=91;SAF=2;SAR=24;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612577;STB=0.889244;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00386825;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:91:91:26:26:0.222222:24:2:45:46:24:2:45:46 chr11 48373797 . C T 177.57 PASS AF=0.208633;AO=29;DP=139;FAO=29;FDP=139;FR=.;FRO=110;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.00486053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.547;QD=5.10987;RBI=0.0361131;REFB=-0.00501134;REVB=-0.0357845;RO=110;SAF=10;SAR=19;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222252;STB=0.638639;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0283606;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:110:110:29:29:0.208633:19:10:57:53:19:10:57:53 chr11 48373805 . G A 203.49 PASS AF=0.214765;AO=32;DP=149;FAO=32;FDP=149;FR=.;FRO=117;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=-0.0472379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2987;QD=5.46278;RBI=0.0488479;REFB=-0.0122664;REVB=-0.0124376;RO=116;SAF=15;SAR=17;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614726;STB=0.541239;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0262843;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:116:117:32:32:0.214765:17:15:60:56:17:15:61:56 chr11 48373815 . A G 196.99 PASS AF=0.208861;AO=33;DP=158;FAO=33;FDP=158;FR=.;FRO=125;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=0.0060282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8204;QD=4.98707;RBI=0.0303995;REFB=-0.00267333;REVB=0.0297959;RO=125;SAF=18;SAR=15;SRF=66;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223506;STB=0.51388;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0104155;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:125:125:33:33:0.208861:15:18:66:59:15:18:66:59 chr11 48373817 . C T 198.0 PASS AF=0.210191;AO=33;DP=158;FAO=33;FDP=157;FR=.;FRO=124;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=59;FWDB=-0.00910331;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.964;QD=5.04457;RBI=0.0136342;REFB=-0.00708048;REVB=-0.0101499;RO=122;SAF=20;SAR=13;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11551;STB=0.565775;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0244339;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:122:124:33:33:0.210191:13:20:63:59:13:20:65:59 chr11 48373820 . A C 72.41 PASS AF=0.1125;AO=18;DP=161;FAO=18;FDP=160;FR=.;FRO=142;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=80;FSRR=62;FWDB=-0.00218767;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.528;QD=1.81029;RBI=0.0255813;REFB=-0.00280703;REVB=0.0254876;RO=141;SAF=9;SAR=9;SRF=79;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074156;STB=0.556188;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0268898;OID=.;OPOS=48373820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:161:160:141:142:18:18:0.1125:9:9:79:62:9:9:80:62 chr11 48373827 . G A 187.82 PASS AF=0.202532;AO=32;DP=155;FAO=32;FDP=158;FR=.;FRO=126;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=-0.0281659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.984;QD=4.75487;RBI=0.0283584;REFB=-0.00807923;REVB=-0.00329928;RO=123;SAF=22;SAR=10;SRF=66;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20121;STB=0.618212;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0184906;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:123:126:32:32:0.202532:10:22:66:57:10:22:69:57 chr11 48373885 . A G 751.35 PASS AF=0.317726;AO=95;DP=299;FAO=95;FDP=299;FR=.;FRO=204;FSAF=24;FSAR=71;FSRF=86;FSRR=118;FWDB=0.00951757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.733;QD=10.0515;RBI=0.0129481;REFB=-0.00630879;REVB=0.00877897;RO=204;SAF=24;SAR=71;SRF=86;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22815;STB=0.632564;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0160101;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:204:204:95:95:0.317726:71:24:86:118:71:24:86:118 chr11 48373900 . A G 778.57 PASS AF=0.326797;AO=100;DP=306;FAO=100;FDP=306;FR=.;FRO=206;FSAF=26;FSAR=74;FSRF=83;FSRR=123;FWDB=0.00534858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.984;QD=10.1773;RBI=0.00576554;REFB=0.00852754;REVB=0.00215271;RO=206;SAF=26;SAR=74;SRF=83;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192981;STB=0.611593;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0270939;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:206:206:100:100:0.326797:74:26:83:123:74:26:83:123 chr11 48373936 . A G 904.97 PASS AF=0.386029;AO=105;DP=272;FAO=105;FDP=272;FR=.;FRO=167;FSAF=25;FSAR=80;FSRF=62;FSRR=105;FWDB=0.0213471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4748;QD=13.3084;RBI=0.0348253;REFB=-0.00537986;REVB=0.0275155;RO=165;SAF=25;SAR=80;SRF=61;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175186;STB=0.600756;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0107348;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:165:167:105:105:0.386029:80:25:61:104:80:25:62:105 chr11 48373946 . C A 1592.47 PASS AF=0.589641;AO=140;DP=243;FAO=148;FDP=251;FR=.;FRO=103;FSAF=54;FSAR=94;FSRF=26;FSRR=77;FWDB=-0.017559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.41;QD=25.378;RBI=0.0176701;REFB=-0.025817;REVB=0.00197858;RO=103;SAF=54;SAR=86;SRF=26;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113356;STB=0.551145;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0146284;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:251:103:103:140:148:0.589641:86:54:26:77:94:54:26:77 chr11 48373976 . T G 587.82 PASS AF=0.367021;AO=69;DP=188;FAO=69;FDP=188;FR=.;FRO=119;FSAF=12;FSAR=57;FSRF=44;FSRR=75;FWDB=-0.00789043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.842;QD=12.5067;RBI=0.00922096;REFB=-0.00864868;REVB=-0.00477149;RO=118;SAF=12;SAR=57;SRF=44;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294807;STB=0.668286;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0146012;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:118:119:69:69:0.367021:57:12:44:74:57:12:44:75 chr11 48373986 . A G 373.83 PASS AF=0.310559;AO=50;DP=161;FAO=50;FDP=161;FR=.;FRO=111;FSAF=10;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=70;FWDB=0.0741707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.344;QD=9.28775;RBI=0.0741733;REFB=-0.00503161;REVB=0.000627962;RO=111;SAF=10;SAR=40;SRF=41;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253578;STB=0.649615;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00774876;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:111:111:50:50:0.310559:40:10:41:70:40:10:41:70 chr11 48387098 . A C 186.32 PASS AF=0.257426;AO=24;DP=99;FAO=26;FDP=101;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0227734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.294;QD=7.37887;RBI=0.0258352;REFB=-0.0115414;REVB=0.0121995;RO=75;SAF=9;SAR=15;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327013;STB=0.542964;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0150479;OID=.;OPOS=48387098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:75:75:24:26:0.257426:15:9:30:45:17:9:30:45 chr11 48387107 . T C 158.92 PASS AF=0.23301;AO=24;DP=102;FAO=24;FDP=103;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.00243906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.875;QD=6.17173;RBI=0.0222039;REFB=-0.00584649;REVB=-0.0220696;RO=78;SAF=7;SAR=17;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129761;STB=0.586664;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0283299;OID=.;OPOS=48387107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:78:79:24:24:0.23301:17:7:30:48:17:7:31:48 chr11 48387115 . G A 134.57 PASS AF=0.207921;AO=21;DP=101;FAO=21;FDP=101;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.00666427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.596;QD=5.32959;RBI=0.012176;REFB=-0.00645441;REVB=-0.0101903;RO=80;SAF=6;SAR=15;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143415;STB=0.590963;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0382113;OID=.;OPOS=48387115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:80:80:21:21:0.207921:15:6:31:49:15:6:31:49 chr11 48387118 . G A 130.37 PASS AF=0.203883;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.0256684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.919;QD=5.06308;RBI=0.025947;REFB=-0.0034172;REVB=0.00379231;RO=80;SAF=6;SAR=15;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143415;STB=0.593656;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0220752;OID=.;OPOS=48387118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:80:82:21:21:0.203883:15:6:31:49:15:6:32:50 chr11 48387154 . A G 100.65 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.00153824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.676;QD=4.47322;RBI=0.0166622;REFB=-0.0148485;REVB=0.016591;RO=73;SAF=5;SAR=12;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160282;STB=0.604188;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0228923;OID=.;OPOS=48387154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:73:73:17:17:0.188889:12:5:30:43:12:5:30:43 chr11 48387164 . G A 62.32 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0102056;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.158;QD=3.15549;RBI=0.0111965;REFB=-0.00236027;REVB=-0.00460502;RO=68;SAF=4;SAR=8;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15748;STB=0.601596;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00860447;OID=.;OPOS=48387164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:80:79:68:67:12:12:0.151899:8:4:31:37:8:4:30:37 chr11 48387301 . G A 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0085946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9697;QD=8.43013;RBI=0.0277471;REFB=-0.0560664;REVB=0.0263825;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287694;STB=0.517658;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0314291;OID=.;OPOS=48387301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:7:6:17:18:7:6:17:18 chr11 48387335 . C A 213.64 PASS AF=0.329268;AO=26;DP=81;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00562245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.479;QD=10.4217;RBI=0.0293146;REFB=-0.0123045;REVB=0.0287704;RO=55;SAF=9;SAR=17;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088882;STB=0.561357;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0211536;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:55:55:26:27:0.329268:17:9:23:32:18:9:23:32 chr11 48387370 . A G 249.62 PASS AF=0.267176;AO=33;DP=127;FAO=35;FDP=131;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=66;FWDB=0.00951727;FXX=0.0575498;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.478;QD=7.6221;RBI=0.0116765;REFB=-0.000286139;REVB=0.00676482;RO=93;SAF=16;SAR=17;SRF=29;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217667;STB=0.608715;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00281359;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:131:93:96:33:35:0.267176:17:16:29:64:19:16:30:66 chr11 48387424 . G T 494.83 PASS AF=0.318408;AO=62;DP=201;FAO=64;FDP=201;FR=.;FRO=137;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=96;FWDB=0.00666561;FXX=0.0195112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.592;QD=9.84727;RBI=0.00895194;REFB=-0.00715526;REVB=0.00597551;RO=134;SAF=25;SAR=37;SRF=39;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143239;STB=0.587988;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0133135;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:134:137:62:64:0.318408:37:25:39:95:37:27:41:96 chr11 48387490 . G A 482.31 PASS AF=0.289474;AO=66;DP=228;FAO=66;FDP=228;FR=.;FRO=162;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=106;FWDB=-0.0244575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.095;QD=8.46163;RBI=0.0284579;REFB=0.00504902;REVB=0.0145493;RO=162;SAF=33;SAR=33;SRF=56;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188839;STB=0.609617;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0177657;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:162:162:66:66:0.289474:33:33:56:106:33:33:56:106 chr11 48387506 . A G 410.71 PASS AF=0.280193;AO=58;DP=207;FAO=58;FDP=207;FR=.;FRO=149;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=103;FWDB=0.00117574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0428;QD=7.93648;RBI=0.0181367;REFB=-0.00991855;REVB=0.0180985;RO=142;SAF=30;SAR=28;SRF=41;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27817;STB=0.648682;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0191464;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:142:149:58:58:0.280193:28:30:41:101:28:30:46:103 chr11 48387526 . G T 408.71 PASS AF=0.287958;AO=55;DP=191;FAO=55;FDP=191;FR=.;FRO=136;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=92;FWDB=0.00327998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.754;QD=8.55935;RBI=0.00634147;REFB=-0.00916611;REVB=-0.00542734;RO=136;SAF=28;SAR=27;SRF=44;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226488;STB=0.631494;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0198028;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:136:136:55:55:0.287958:27:28:44:92:27:28:44:92 chr11 48387535 . T C 370.21 PASS AF=0.286517;AO=50;DP=178;FAO=51;FDP=178;FR=.;FRO=127;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=86;FWDB=-0.0186481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1505;QD=8.3193;RBI=0.0447476;REFB=-0.00679302;REVB=0.0406768;RO=127;SAF=26;SAR=24;SRF=41;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240486;STB=0.632707;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.015526;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:127:127:50:51:0.286517:24:26:41:86:25:26:41:86 chr11 48387540 . G T 349.03 PASS AF=0.281609;AO=48;DP=174;FAO=49;FDP=174;FR=.;FRO=125;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=84;FWDB=0.0163738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.947;QD=8.02362;RBI=0.024838;REFB=-0.00226262;REVB=0.0186768;RO=126;SAF=24;SAR=24;SRF=41;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216097;STB=0.616791;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00453031;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:126:125:48:49:0.281609:24:24:41:85:25:24:41:84 chr11 48387580 . G T 107.13 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=95;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0671288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8539;QD=4.41784;RBI=0.0741885;REFB=-0.00280572;REVB=0.0315857;RO=77;SAF=7;SAR=11;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180799;STB=0.513757;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00956487;OID=.;OPOS=48387580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:77:79:18:18:0.185567:11:7:31:46:11:7:32:47 chr11 48387582 . C T 98.2 PASS AF=0.177083;AO=16;DP=95;FAO=17;FDP=96;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0576316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9112;QD=4.0916;RBI=0.0582361;REFB=-0.02989;REVB=-0.00836898;RO=79;SAF=6;SAR=10;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397536;STB=0.505697;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0719989;OID=.;OPOS=48387582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:95:96:79:79:16:17:0.177083:10:6:32:47:10:7:32:47 chr11 48387584 . A T 91.01 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0317786;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4046;QD=3.95677;RBI=0.0321518;REFB=-0.0154103;REVB=-0.00488495;RO=76;SAF=7;SAR=9;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381882;STB=0.524969;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0371128;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:93:92:76:76:16:16:0.173913:9:7:31:45:9:7:31:45 chr11 48387591 . A G 77.16 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.000295942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.672;QD=3.76368;RBI=0.0498038;REFB=-0.00506447;REVB=-0.049803;RO=66;SAF=7;SAR=7;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172892;STB=0.621787;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0371347;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:82:66:68:14:14:0.170732:7:7:24:42:7:7:24:44 chr11 48387604 . C T 41.38 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00764495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.574;QD=2.66939;RBI=0.0124009;REFB=-0.00247055;REVB=0.00976406;RO=54;SAF=3;SAR=5;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176196;STB=0.512788;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.017779;OID=.;OPOS=48387604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:5:3:21:33:5:3:21:33 chr11 48387890 . T C 90.86 PASS AF=0.110092;AO=23;DP=218;FAO=24;FDP=218;FR=.;FRO=194;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=96;FSRR=98;FWDB=-0.0221105;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.879;QD=1.66707;RBI=0.0240713;REFB=-0.00360142;REVB=-0.00951608;RO=193;SAF=7;SAR=16;SRF=95;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233265;STB=0.64584;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0253059;OID=.;OPOS=48387890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:218:218:193:194:23:24:0.110092:16:7:95:98:16:8:96:98 chr11 48387894 . C T 89.88 PASS AF=0.109589;AO=24;DP=219;FAO=24;FDP=219;FR=.;FRO=195;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=96;FSRR=99;FWDB=-0.0117972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6108;QD=1.64156;RBI=0.0214265;REFB=-0.0333335;REVB=-0.0178864;RO=195;SAF=8;SAR=16;SRF=96;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19783;STB=0.643841;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0268496;OID=.;OPOS=48387894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:219:219:195:195:24:24:0.109589:16:8:96:99:16:8:96:99 chr11 48387900 . G A 90.99 PASS AF=0.111111;AO=25;DP=225;FAO=25;FDP=225;FR=.;FRO=200;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=100;FSRR=100;FWDB=0.00731375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1493;QD=1.61761;RBI=0.0184701;REFB=-0.011015;REVB=-0.0169603;RO=200;SAF=9;SAR=16;SRF=100;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173715;STB=0.625437;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.06046;OID=.;OPOS=48387900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:225:225:200:200:25:25:0.111111:16:9:100:100:16:9:100:100 chr11 48387919 . G A 117.13 PASS AF=0.123932;AO=26;DP=230;FAO=29;FDP=234;FR=.;FRO=205;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=102;FSRR=103;FWDB=-0.00933706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.288;QD=2.00225;RBI=0.0150243;REFB=-0.0047512;REVB=-0.0117707;RO=202;SAF=10;SAR=16;SRF=100;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137657;STB=0.604385;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.020571;OID=.;OPOS=48387919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:234:202:205:26:29:0.123932:16:10:100:102:18:11:102:103 chr11 48387930 . T C 136.3 PASS AF=0.135965;AO=31;DP=228;FAO=31;FDP=228;FR=.;FRO=197;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=99;FSRR=98;FWDB=0.0396249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.49;QD=2.39113;RBI=0.0397163;REFB=0.00302487;REVB=-0.0026934;RO=196;SAF=13;SAR=18;SRF=99;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109111;STB=0.572031;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00514023;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:196:197:31:31:0.135965:18:13:99:97:18:13:99:98 chr11 48387946 . G T 172.11 PASS AF=0.163462;AO=34;DP=211;FAO=34;FDP=208;FR=.;FRO=174;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=89;FSRR=85;FWDB=0.0114778;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.653;QD=3.30988;RBI=0.0139868;REFB=-0.00115067;REVB=0.00799307;RO=164;SAF=16;SAR=18;SRF=88;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846834;STB=0.53418;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00394223;OID=.;OPOS=48387946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:208:164:174:34:34:0.163462:18:16:88:76:18:16:89:85 chr11 48387960 . T C 227.89 PASS AF=0.19898;AO=38;DP=195;FAO=39;FDP=196;FR=.;FRO=157;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=79;FSRR=78;FWDB=0.0443725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5179;QD=4.65073;RBI=0.0455899;REFB=-0.0026109;REVB=0.0104653;RO=154;SAF=16;SAR=22;SRF=78;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109841;STB=0.57481;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0113284;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:154:157:38:39:0.19898:22:16:78:76:23:16:79:78 chr11 48387978 . T A 267.48 PASS AF=0.227027;AO=43;DP=186;FAO=42;FDP=185;FR=.;FRO=143;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=74;FSRR=69;FWDB=-0.0194064;FXX=0.00537606;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.429;QD=5.78326;RBI=0.0195528;REFB=-0.00422472;REVB=0.00238851;RO=142;SAF=17;SAR=26;SRF=74;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159425;STB=0.587358;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0135673;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:142:143:43:42:0.227027:26:17:74:68:25:17:74:69 chr11 48387983 . T C 299.15 PASS AF=0.244565;AO=45;DP=184;FAO=45;FDP=184;FR=.;FRO=139;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=70;FSRR=69;FWDB=0.00027261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8478;QD=6.50328;RBI=0.00807909;REFB=-0.00513386;REVB=0.00807449;RO=137;SAF=18;SAR=27;SRF=69;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130817;STB=0.578912;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0305277;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:137:139:45:45:0.244565:27:18:69:68:27:18:70:69 chr11 48997107 . G A 1880.29 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0479183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8964;QD=60.6544;RBI=0.047948;REFB=-4.09274e-05;REVB=0.00168724;RO=2;SAF=60;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155701;STB=0.504064;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000249745;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:2:1:122:123:0.991935:62:60:2:0:62:61:1:0 chr11 48997334 . T G 1396.45 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.084;QD=62.7618;RBI=0.0168069;REFB=0;REVB=-0.00950477;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81784e-06;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:45:43:0:0:45:44:0:0 chr11 49000558 . G A 1297.5 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.209;QD=61.0586;RBI=0.103772;REFB=0;REVB=0.0131537;RO=0;SAF=4;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17267e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354648;OID=.;OPOS=49000558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:82:85:1:78:4:0:0:78:7:0:0 chr11 49055751 . T C 126.71 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0324463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7228;QD=12.996;RBI=0.0343513;REFB=-0.0288053;REVB=-0.0112806;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208022;STB=0.636186;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0476535;OID=.;OPOS=49055751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:24:14:15:0.384615:6:8:9:15:6:9:9:15 chr11 49059362 . C A 660.53 PASS AF=0.378788;AO=74;DP=198;FAO=75;FDP=198;FR=.;FRO=123;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=0.0156029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5068;QD=13.344;RBI=0.0192502;REFB=-0.0153117;REVB=0.0112747;RO=123;SAF=39;SAR=35;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343219;STB=0.514952;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0359922;OID=.;OPOS=49059362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:123:123:74:75:0.378788:35:39:61:62:36:39:61:62 chr11 49075605 . G A 630.15 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0026904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.878;QD=20.8313;RBI=0.00796295;REFB=-0.00393494;REVB=0.00749469;RO=58;SAF=28;SAR=35;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018546;STB=0.510201;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00392479;OID=.;OPOS=49075605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:58:63:63:0.520661:35:28:27:31:35:28:27:31 chr11 49080616 . T C 422.35 PASS AF=0.440367;AO=47;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0339854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2484;QD=15.4992;RBI=0.0372791;REFB=0.00651104;REVB=-0.0153207;RO=61;SAF=20;SAR=27;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674408;STB=0.530623;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.0082367;OID=.;OPOS=49080616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:47:48:0.440367:27:20:30:31:27:21:30:31 chr11 49196490 . T C 96.47 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00544932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.226;QD=6.02941;RBI=0.0077718;REFB=-0.00705102;REVB=-0.00554128;RO=49;SAF=3;SAR=12;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386635;STB=0.744476;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0167031;OID=.;OPOS=49196490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:49:49:15:15:0.234375:12:3:24:25:12:3:24:25 chr11 49197416 . A G 371.51 PASS AF=0.353846;AO=46;DP=130;FAO=46;FDP=130;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=0.00177314;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.515;QD=11.4312;RBI=0.0198877;REFB=-0.00984958;REVB=-0.0198085;RO=83;SAF=21;SAR=25;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176216;STB=0.603861;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0204816;OID=.;OPOS=49197416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:83:84:46:46:0.353846:25:21:51:32:25:21:52:32 chr11 49207315 . A G 125.7 PASS AF=0.178295;AO=23;DP=129;FAO=23;FDP=129;FR=.;FRO=106;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=-0.00243054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.991;QD=3.89752;RBI=0.00628483;REFB=-0.00458579;REVB=-0.00579583;RO=106;SAF=14;SAR=9;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162679;STB=0.604905;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0153847;OID=.;OPOS=49207315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:106:106:23:23:0.178295:9:14:51:55:9:14:51:55 chr11 49221885 . T A 857.45 PASS AF=0.429224;AO=94;DP=221;FAO=94;FDP=219;FR=.;FRO=125;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=77;FWDB=-0.00634226;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.615;QD=15.6612;RBI=0.00792053;REFB=-0.0132295;REVB=0.00474453;RO=124;SAF=45;SAR=49;SRF=48;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942944;STB=0.554403;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0163191;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:219:124:125:94:94:0.429224:49:45:48:76:49:45:48:77 chr11 49227620 . A G 607.51 PASS AF=0.426667;AO=64;DP=150;FAO=64;FDP=150;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.0329063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4176;QD=16.2002;RBI=0.035365;REFB=-0.00181926;REVB=0.0129559;RO=86;SAF=30;SAR=34;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067702;STB=0.537873;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00293175;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:86:86:64:64:0.426667:34:30:46:40:34:30:46:40 chr11 49598178 . G A 4324.28 PASS AF=1;AO=276;DP=278;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049903;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.897;QD=62.4445;RBI=0.0581549;REFB=-0.140063;REVB=0.0298611;RO=2;SAF=123;SAR=153;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00075447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480887;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:278:277:2:0:276:277:1:153:123:1:1:153:124:0:0 chr11 49598207 . T C 1222.35 PASS AF=0.468635;AO=128;DP=272;FAO=127;FDP=271;FR=.;FRO=144;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=62;FSRR=82;FWDB=0.0143612;FXX=0.00367634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3376;QD=18.042;RBI=0.0238127;REFB=-0.0294161;REVB=-0.0189948;RO=141;SAF=59;SAR=69;SRF=60;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340026;STB=0.514025;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0384003;OID=.;OPOS=49598207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:141:144:128:127:0.468635:69:59:60:81:69:58:62:82 chr11 49598209 . T C 4119.35 PASS AF=0.98524;AO=266;DP=269;FAO=267;FDP=271;FR=.;FRO=4;FSAF=118;FSAR=149;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0321289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.463;QD=60.8022;RBI=0.0510735;REFB=-0.0351335;REVB=0.0397018;RO=3;SAF=119;SAR=147;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00245246;STB=0.500868;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.000277055;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:269:271:3:4:266:267:0.98524:147:119:1:2:149:118:2:2 chr11 49830142 . G T 1276.06 PASS AF=0.505929;AO=128;DP=254;FAO=128;FDP=253;FR=.;FRO=125;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=45;FSRR=80;FWDB=0.00775555;FXX=0.00784283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.163;QD=20.1749;RBI=0.00785448;REFB=-0.0275491;REVB=0.00124267;RO=125;SAF=61;SAR=67;SRF=45;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106047;STB=0.558022;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0225402;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:125:125:128:128:0.505929:67:61:45:80:67:61:45:80 chr11 49973979 . C T 237.59 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0542538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9183;QD=13.7731;RBI=0.0559245;REFB=0.00115657;REVB=-0.0135676;RO=41;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100965;STB=0.55763;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0031597;OID=.;OPOS=49973979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:11:17:21:20:11:17:21:20 chr11 49974371 . G A 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.81;QD=60.7153;RBI=0.0468062;REFB=0;REVB=-0.0313783;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01967e-06;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr11 49974670 . C T 416.66 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0353382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.287;QD=19.6075;RBI=0.036648;REFB=-0.00916691;REVB=-0.00971011;RO=43;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527285;STB=0.529265;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00868996;OID=.;OPOS=49974670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:22:20:18:25:22:20:18:25 chr11 49974931 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.87202e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.573;QD=63.2867;RBI=0.0380785;REFB=0;REVB=0.0380784;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10421e-05;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr11 50003191 . C A 847.62 PASS AF=0.470588;AO=87;DP=187;FAO=88;FDP=187;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=-0.00407583;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2994;QD=18.1309;RBI=0.0208402;REFB=-0.00333035;REVB=-0.0204377;RO=98;SAF=44;SAR=43;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445901;STB=0.534751;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00311619;OID=.;OPOS=50003191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:98:99:87:88:0.470588:43:44:45:53:44:44:43:56 chr11 51411510 . C T 1515.87 PASS AF=0.501587;AO=123;DP=287;FAO=158;FDP=315;FR=.;FRO=157;FSAF=71;FSAR=87;FSRF=73;FSRR=84;FWDB=0.0185821;FXX=0.0156245;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.24;QD=19.2492;RBI=0.0212534;REFB=-0.02715;REVB=0.0103157;RO=161;SAF=52;SAR=71;SRF=73;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318389;STB=0.507843;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0270699;OID=.;OPOS=51411510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:315:161:157:123:158:0.501587:71:52:73:88:87:71:73:84 chr11 51412379 . T C 558.11 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0548835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.931;QD=23.0149;RBI=0.0763265;REFB=-0.0243978;REVB=-0.0530428;RO=44;SAF=23;SAR=29;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475927;STB=0.530543;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0210355;OID=.;OPOS=51412379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:44:45:52:52:0.536082:29:23:17:27:29:23:17:28 chr11 51515460 . C T 704.23 PASS AF=0.436464;AO=71;DP=171;FAO=79;FDP=181;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0322976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.9026;QD=15.5631;RBI=0.0544759;REFB=-0.0264243;REVB=0.043869;RO=100;SAF=29;SAR=42;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759657;STB=0.545286;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0393484;OID=.;OPOS=51515460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:181:100:102:71:79:0.436464:42:29:48:52:48:31:48:54 chr11 51515640 . A G 472.63 PASS AF=0.3625;AO=58;DP=160;FAO=58;FDP=160;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.0132173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.894;QD=11.8158;RBI=0.0173084;REFB=0.000474779;REVB=0.0111752;RO=102;SAF=28;SAR=30;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577428;STB=0.532861;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000924039;OID=.;OPOS=51515640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:102:102:58:58:0.3625:30:28:44:58:30:28:44:58 chr11 51515912 . C T 446.73 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.00152822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7824;QD=14.0703;RBI=0.0436902;REFB=-0.0318836;REVB=-0.0436635;RO=76;SAF=35;SAR=16;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167201;STB=0.594763;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0316171;OID=.;OPOS=51515912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:76:76:51:51:0.401575:16:35:41:35:16:35:41:35 chr11 51516000 . C T 603.05 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0842587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7735;QD=21.9291;RBI=0.0883096;REFB=-0.0337418;REVB=0.0264397;RO=50;SAF=29;SAR=31;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303891;STB=0.516661;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0281289;OID=.;OPOS=51516000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:50:60:60:0.545455:31:29:26:24:31:29:26:24 chr11 51516036 . G A 373.01 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00231657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.499;QD=20.4389;RBI=0.010782;REFB=-0.0334892;REVB=0.0105302;RO=35;SAF=19;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618152;STB=0.534229;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0150256;OID=.;OPOS=51516036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:19:19:15:20:19:19:15:20 chr11 55111238 . C A 409.47 PASS AF=0.337662;AO=52;DP=154;FAO=52;FDP=154;FR=.;FRO=102;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=-0.0544426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.647;QD=10.6357;RBI=0.0551858;REFB=-0.00391701;REVB=0.00902622;RO=101;SAF=25;SAR=27;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750384;STB=0.545916;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0089001;OID=.;OPOS=55111238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:101:102:52:52:0.337662:27:25:42:59:27:25:42:60 chr11 55111584 . A T 543.09 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.00498452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.883;QD=18.2552;RBI=0.0164808;REFB=-0.0165814;REVB=0.0157089;RO=60;SAF=30;SAR=27;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162541;STB=0.588722;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0110785;OID=.;OPOS=55111584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:60:62:57:57:0.478992:27:30:21:39:27:30:22:40 chr11 55135435 . C T 1036.98 PASS AF=0.56;AO=98;DP=175;FAO=98;FDP=175;FR=.;FRO=77;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00673006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.769;QD=23.7025;RBI=0.0297616;REFB=0.0101819;REVB=-0.0289906;RO=77;SAF=51;SAR=47;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217429;STB=0.511843;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00644158;OID=.;OPOS=55135435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:77:77:98:98:0.56:47:51:38:39:47:51:38:39 chr11 55322211 . A G 889.12 PASS AF=0.458937;AO=95;DP=207;FAO=95;FDP=207;FR=.;FRO=112;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=-0.0104991;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.116;QD=17.1811;RBI=0.0110195;REFB=-0.00459809;REVB=0.00334627;RO=111;SAF=43;SAR=52;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00214274;STB=0.503388;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00573937;OID=.;OPOS=55322211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:111:112:95:95:0.458937:52:43:50:61:52:43:50:62 chr11 55322298 . C T 761.41 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.00580227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8156;QD=20.4404;RBI=0.00724969;REFB=-0.0221082;REVB=-0.00434645;RO=74;SAF=25;SAR=49;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667697;STB=0.534183;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0186608;OID=.;OPOS=55322298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:74:75:74:74:0.496644:49:25:30:44:49:25:30:45 chr11 55322638 . C T 717.74 PASS AF=0.452941;AO=77;DP=170;FAO=77;FDP=170;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.0114937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2429;QD=16.8879;RBI=0.0318626;REFB=0.000311456;REVB=-0.0297173;RO=93;SAF=33;SAR=44;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656789;STB=0.536493;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.000653476;OID=.;OPOS=55322638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:93:93:77:77:0.452941:44:33:46:47:44:33:46:47 chr11 55339652 . C T 790.24 PASS AF=0.453552;AO=83;DP=183;FAO=83;FDP=183;FR=.;FRO=100;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.00790905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7115;QD=17.273;RBI=0.0399674;REFB=0.00959781;REVB=-0.039177;RO=99;SAF=53;SAR=30;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085674;STB=0.550923;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0106348;OID=.;OPOS=55339652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:99:100:83:83:0.453552:30:53:55:44:30:53:55:45 chr11 55339798 . C T 1061.06 PASS AF=0.469828;AO=109;DP=231;FAO=109;FDP=232;FR=.;FRO=123;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=72;FSRR=51;FWDB=-0.0116382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9434;QD=18.2942;RBI=0.0117895;REFB=-0.00191452;REVB=-0.00188277;RO=121;SAF=69;SAR=40;SRF=71;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467601;STB=0.526801;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0013877;OID=.;OPOS=55339798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:121:123:109:109:0.469828:40:69:71:50:40:69:72:51 chr11 55339829 . A G 2919.5 PASS AF=0.969231;AO=188;DP=198;FAO=189;FDP=195;FR=.;FRO=6;FSAF=112;FSAR=77;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0145963;FXX=0.0200995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.885;QD=59.8873;RBI=0.0163423;REFB=0.063641;REVB=0.00734976;RO=5;SAF=111;SAR=77;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209618;STB=0.513042;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.000362921;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:198:195:5:6:188:189:0.969231:77:111:5:0:77:112:6:0 chr11 55340379 . T C 691.11 PASS AF=0.465409;AO=73;DP=157;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0168321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4033;QD=17.3865;RBI=0.0175707;REFB=0.00769232;REVB=-0.00504106;RO=84;SAF=35;SAR=38;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198422;STB=0.504081;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00882492;OID=.;OPOS=55340379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:84:85:73:74:0.465409:38:35:42:42:38:36:42:43 chr11 55406022 . C G,T 1100.54 PASS AF=0.973333,0.0266667;AO=70,3;DP=73;FAO=73,2;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356106,-0.0216673;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=144.463,69.0751;QD=58.6954;RBI=0.0460443,0.0253425;REFB=0,0;REVB=0.0291884,-0.0131443;RO=0;SAF=46,0;SAR=24,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.69565e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000619062,0.18849;OID=.,.;OPOS=55406022,55406022;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:73:75:0:0:70,3:73,2:0.973333,0.0266667:24,3:46,0:0:0:25,2:48,0:0:0 chr11 55418693 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.592;QD=57.0008;RBI=0.0219506;REFB=0;REVB=0.0206978;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71535e-05;OID=.;OPOS=55418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr11 55433040 . T C 286.4 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00091036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.714;QD=15.693;RBI=0.0112944;REFB=-0.00784604;REVB=-0.0112576;RO=41;SAF=26;SAR=6;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119696;STB=0.568078;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00987357;OID=.;OPOS=55433040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:6:26:30:11:6:26:30:11 chr11 55433292 . C T 1004.64 PASS AF=0.507772;AO=97;DP=192;FAO=98;FDP=193;FR=.;FRO=95;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=0.00274664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.604;QD=20.8215;RBI=0.00730803;REFB=-0.0150932;REVB=0.00677225;RO=94;SAF=56;SAR=41;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00716129;STB=0.509089;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0121098;OID=.;OPOS=55433292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:94:95:97:98:0.507772:41:56:55:39:42:56:56:39 chr11 55541098 . G A 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8704;QD=63.8691;RBI=0.0410772;REFB=0;REVB=-0.0152704;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000378766;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr11 55563336 . A T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0186062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.282;QD=5.00564;RBI=0.0701618;REFB=0.000691695;REVB=-0.0676498;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296846;STB=0.697035;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00474241;OID=.;OPOS=55563336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:9:13:2:4:9:13 chr11 55563776 . T G 1733.5 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.807;QD=59.7758;RBI=0.043157;REFB=-0.0673242;REVB=0.0338157;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000545842;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:0:1:115:115:0.991379:51:64:0:0:51:64:1:0 chr11 55587117 . T A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.305;QD=64.1537;RBI=0.0166624;REFB=0;REVB=-0.0130992;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015496;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr11 55587511 . A G 4462.62 PASS AF=1;AO=280;DP=288;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159081;FXX=0.0206889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.025;QD=62.8538;RBI=0.0250295;REFB=-0.00822985;REVB=0.0193238;RO=3;SAF=140;SAR=140;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0033689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07677e-05;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:288:284:3:0:280:284:1:140:140:1:2:142:142:0:0 chr11 55587914 . A G 824.96 PASS AF=0.553957;AO=77;DP=139;FAO=77;FDP=139;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.000404625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.979;QD=23.7399;RBI=0.0543124;REFB=-0.0303123;REVB=-0.0543109;RO=59;SAF=34;SAR=43;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535761;STB=0.53345;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0275388;OID=.;OPOS=55587914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:59:62:77:77:0.553957:43:34:30:29:43:34:32:30 chr11 55606302 . G T 2182.93 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048545;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.32;QD=63.2733;RBI=0.0149186;REFB=0;REVB=0.0141067;RO=0;SAF=56;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98395e-05;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:81:56:0:0:81:57:0:0 chr11 55606818 . C T 593.24 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.987;QD=59.3242;RBI=0.0443388;REFB=0;REVB=0.043933;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398586;OID=.;OPOS=55606818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:18:21:0:1:19:21:0:0 chr11 55652962 . AA AG,GG 600.15 PASS AF=0.95,0.05;AO=38,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00914622,0.00483055;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=181.845,115.748;QD=60.0154;RBI=0.0189409,0.00601957;REFB=0,0;REVB=0.0165863,-0.0035918;RO=0;SAF=22,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=3.5268e-05,-0.00693882;OID=.,.;OPOS=55652963,55652962;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:38,2:38,2:0.95,0.05:16,2:22,0:0:0:16,2:22,0:0:0 chr11 55652971 . C A 554.65 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0225155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.773;QD=55.4653;RBI=0.0267144;REFB=-0.136239;REVB=0.0143775;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.529396;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0012243;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:16:22:0:1:16:22:0:2 chr11 55653164 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0738633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.185;QD=63.5825;RBI=0.0741358;REFB=0;REVB=0.00635068;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133371;OID=.;OPOS=55653164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr11 55653295 . TG T 83.99 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.144336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.7914;QD=13.4384;RBI=0.144903;REFB=-0.0841667;REVB=-0.0127998;RO=11;SAF=13;SAR=1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.336735;SSSB=0.651752;STB=0.879041;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0723544;OID=.;OPOS=55653296;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:14:25:14:25:11:13:1:3:8:60:11:13:1:3:8 chr11 55656483 . T A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.67;QD=63.2854;RBI=0.0493163;REFB=0;REVB=0.0243587;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.75975e-05;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr11 55681494 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.069;QD=62.9822;RBI=0.0154452;REFB=0;REVB=-0.00688863;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.79991e-05;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr11 55735631 . A G 64.65 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0131869;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.765;QD=8.9166;RBI=0.0322737;REFB=0.0053211;REVB=0.0294567;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507976;STB=0.531181;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0112632;OID=.;OPOS=55735631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:12:8:4:5:12:8 chr11 55746891 . G A 6762.75 PASS AF=1;AO=424;DP=427;FAO=426;FDP=426;FR=.;FRO=0;FSAF=196;FSAR=230;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115951;FXX=0.00234187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.886;QD=63.5;RBI=0.0116267;REFB=0;REVB=-0.000856807;RO=0;SAF=195;SAR=229;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9317e-06;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:427:426:0:0:424:426:1:229:195:0:0:230:196:0:0 chr11 55761221 . C T 837.09 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8676;QD=55.8059;RBI=0.04878;REFB=-0.115895;REVB=0.0382369;RO=1;SAF=44;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304114;STB=0.516123;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00184205;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:15:44:0:1:15:44:0:1 chr11 55761738 . T G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.131;QD=59.833;RBI=0.0174489;REFB=0;REVB=0.000127284;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22447e-05;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:56:46:0:0:56:46:0:0 chr11 55798152 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.758;QD=63.2866;RBI=0.0185477;REFB=0;REVB=0.00189498;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66302e-05;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr11 55872876 . C T 4613.77 PASS AF=0.989831;AO=292;DP=296;FAO=292;FDP=295;FR=.;FRO=3;FSAF=125;FSAR=167;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0434968;FXX=0.00337826;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.801;QD=62.5595;RBI=0.0448816;REFB=-0.150222;REVB=0.0110631;RO=1;SAF=125;SAR=167;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028473;STB=0.500984;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000461273;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:296:295:1:3:292:292:0.989831:167:125:0:1:167:125:1:2 chr11 55873024 . A G 3119.77 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012628;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.713;QD=61.7777;RBI=0.0160546;REFB=0;REVB=-0.00991375;RO=0;SAF=101;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52265e-06;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:202:0:0:202:202:1:101:101:0:0:101:101:0:0 chr11 55873368 . G A 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9576;QD=59.4955;RBI=0.043663;REFB=0;REVB=0.0260186;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332322;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr11 55890257 . C T 3566.49 PASS AF=0.956349;AO=241;DP=252;FAO=241;FDP=252;FR=.;FRO=11;FSAF=107;FSAR=134;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.015198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1948;QD=56.611;RBI=0.0243078;REFB=0.0024078;REVB=0.0189708;RO=10;SAF=107;SAR=134;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272502;STB=0.512487;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=6.43894e-05;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:252:252:10:11:241:241:0.956349:134:107:8:2:134:107:8:3 chr11 56000403 . C G 1731.25 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.571;QD=60.7457;RBI=0.0355357;REFB=0;REVB=0.0335599;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25816e-05;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:69:45:0:0:69:45:0:0 chr11 56000600 . G T 273.05 PASS AF=0.517857;AO=21;DP=58;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00957199;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.237;QD=19.5033;RBI=0.00983627;REFB=-0.00732433;REVB=0.00226479;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424061;STB=0.586406;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0118462;OID=.;OPOS=56000600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:21:27:21:29:0.517857:11:10:9:12:11:18:12:15 chr11 56043604 . A G 2675.34 PASS AF=1;AO=166;DP=170;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.477;QD=62.2171;RBI=0.0280736;REFB=0;REVB=-0.0177792;RO=0;SAF=79;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06944e-06;OID=.;OPOS=56043604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:172:0:0:166:172:1:87:79:0:0:87:85:0:0 chr11 56043702 . G C 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.829;QD=59.6757;RBI=0.0452473;REFB=0;REVB=0.0451958;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6682e-05;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr11 56058197 . G A 2030.13 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00499886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.773;QD=61.519;RBI=0.0440049;REFB=-0.0781218;REVB=0.0437201;RO=1;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736859;STB=0.503875;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=7.1134e-05;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:64:67:0:1:64:67:0:1 chr11 56086147 . T G 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0960683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5893;QD=56.9969;RBI=0.0961335;REFB=0;REVB=0.00354222;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883465;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr11 56113516 . T C 1348.39 PASS AF=0.95;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00990515;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.531;QD=53.9355;RBI=0.0988756;REFB=-0.187504;REVB=0.0983782;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525247;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00324241;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:100:100:0:5:95:95:0.95:47:48:0:0:47:48:0:5 chr11 56113575 . A G 3482.24 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780149;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.072;QD=62.7431;RBI=0.049504;REFB=0;REVB=0.0488854;RO=0;SAF=96;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50327e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89964e-05;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:222:0:0:222:222:1:126:96:0:0:126:96:0:0 chr11 56113593 . C A 3803.47 PASS AF=0.992032;AO=248;DP=251;FAO=249;FDP=251;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=151;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00830139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.797;QD=60.6131;RBI=0.022453;REFB=-0.0875832;REVB=0.020862;RO=2;SAF=98;SAR=150;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962709;STB=0.50505;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000134259;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:251:251:2:2:248:249:0.992032:150:98:2:0:151:98:2:0 chr11 56127746 . A G 1293.66 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.925;QD=61.6029;RBI=0.0321847;REFB=0;REVB=0.0248819;RO=0;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348243;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:84:0:0:79:84:1:28:51:0:0:32:52:0:0 chr11 56128524 . C T 1312.21 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841119;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.336;QD=62.4861;RBI=0.00865575;REFB=0;REVB=-0.00204302;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765534;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr11 56143108 . C G 33.39 PASS AF=0.0714286;AO=12;DP=168;FAO=12;FDP=168;FR=.;FRO=156;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=80;FSRR=76;FWDB=0.000902739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.772;QD=0.795084;RBI=0.0180688;REFB=-0.00153055;REVB=-0.0180462;RO=156;SAF=3;SAR=9;SRF=80;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287378;STB=0.745098;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.032164;OID=.;OPOS=56143108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:168:168:156:156:12:12:0.0714286:9:3:80:76:9:3:80:76 chr11 56143125 . C T 34.14 PASS AF=0.0691489;AO=14;DP=189;FAO=13;FDP=188;FR=.;FRO=175;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=84;FSRR=91;FWDB=0.0101061;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8479;QD=0.726388;RBI=0.0110568;REFB=0.00175766;REVB=-0.00448559;RO=171;SAF=3;SAR=11;SRF=84;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315485;STB=0.741304;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0352647;OID=.;OPOS=56143125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:189:188:171:175:14:13:0.0691489:11:3:84:87:10:3:84:91 chr11 56143156 . C T 3081.57 PASS AF=0.989848;AO=195;DP=197;FAO=195;FDP=197;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=109;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0240902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.457;QD=62.57;RBI=0.035422;REFB=0.0487922;REVB=0.0259688;RO=1;SAF=86;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550554;STB=0.505747;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-8.49254e-05;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:197:197:1:2:195:195:0.989848:109:86:1:0:109:86:2:0 chr11 56143158 . A G 3156.08 PASS AF=0.994975;AO=195;DP=197;FAO=198;FDP=199;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0639859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.215;QD=63.4388;RBI=0.0658753;REFB=-0.00749371;REVB=0.0156637;RO=1;SAF=86;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550554;STB=0.502793;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000126056;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:199:1:1:195:198:0.994975:109:86:1:0:109:89:1:0 chr11 56143570 . A G 124.97 PASS AF=0.15625;AO=25;DP=160;FAO=25;FDP=160;FR=.;FRO=135;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=81;FSRR=54;FWDB=0.0141332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.561;QD=3.12413;RBI=0.0212665;REFB=-0.00432701;REVB=0.0158908;RO=135;SAF=12;SAR=13;SRF=81;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153229;STB=0.600518;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0418023;OID=.;OPOS=56143570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:135:135:25:25:0.15625:13:12:81:54:13:12:81:54 chr11 56143592 . C T 1656.98 PASS AF=0.730769;AO=133;DP=182;FAO=133;FDP=182;FR=.;FRO=49;FSAF=80;FSAR=53;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0130251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.126;QD=36.4171;RBI=0.0193891;REFB=-0.0378814;REVB=0.0143626;RO=48;SAF=80;SAR=53;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413901;STB=0.525369;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00985604;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:48:49:133:133:0.730769:53:80:25:23:53:80:25:24 chr11 56143690 . C A 311.58 PASS AF=0.333333;AO=40;DP=120;FAO=40;FDP=120;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.000387402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.37;QD=10.386;RBI=0.0137251;REFB=-0.00430365;REVB=0.0137196;RO=79;SAF=26;SAR=14;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184252;STB=0.611055;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0219254;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:79:80:40:40:0.333333:14:26:39:40:14:26:39:41 chr11 56143696 . C T 227.13 PASS AF=0.318182;AO=31;DP=106;FAO=35;FDP=110;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0340138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.873;QD=8.25913;RBI=0.0370992;REFB=-0.0358312;REVB=0.0148125;RO=72;SAF=20;SAR=11;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127911;STB=0.610554;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.096134;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:72:75:31:35:0.318182:11:20:39:33:11:24:40:35 chr11 56143716 . TG CA 128.33 PASS AF=0.198198;AO=22;DP=111;FAO=22;FDP=111;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0150454;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.448;QD=4.62435;RBI=0.0307534;REFB=-0.0109909;REVB=-0.0268218;RO=87;SAF=13;SAR=9;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941236;STB=0.551075;STBP=0.621;TYPE=mnp;VARB=0.0510232;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:87:89:22:22:0.198198:9:13:45:42:9:13:47:42 chr11 56143723 . T C 113.94 PASS AF=0.185185;AO=20;DP=108;FAO=20;FDP=108;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.0120726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.863;QD=4.22005;RBI=0.0427243;REFB=-0.00832297;REVB=-0.0409832;RO=88;SAF=13;SAR=7;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178979;STB=0.615413;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.060935;OID=.;OPOS=56143723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:88:88:20:20:0.185185:7:13:45:43:7:13:45:43 chr11 56143725 . C G 97.15 PASS AF=0.166667;AO=18;DP=107;FAO=18;FDP=108;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.0188491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.344;QD=3.59813;RBI=0.0422825;REFB=-0.000398383;REVB=-0.0378486;RO=89;SAF=13;SAR=5;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282451;STB=0.691271;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00785724;OID=.;OPOS=56143725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:107:108:89:90:18:18:0.166667:5:13:45:44:5:13:45:45 chr11 56143729 . CC TG 95.56 PASS AF=0.163636;AO=18;DP=110;FAO=18;FDP=110;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0252424;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=248.764;QD=3.47504;RBI=0.0355004;REFB=-0.00141987;REVB=-0.0249619;RO=91;SAF=13;SAR=5;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294622;STB=0.691848;STBP=0.087;TYPE=mnp;VARB=0.0105419;OID=.;OPOS=56143729;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:110:110:91:92:18:18:0.163636:5:13:45:46:5:13:46:46 chr11 56184888 . G A 3785.25 PASS AF=1;AO=231;DP=234;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.535;QD=63.0875;RBI=0.00381188;REFB=0;REVB=-0.00323015;RO=0;SAF=97;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.5229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4287e-07;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:240:0:0:231:240:1:134:97:0:0:141:99:0:0 chr11 56185345 . A G 1018.12 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00329595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.029;QD=56.5621;RBI=0.0517733;REFB=-0.0302253;REVB=0.0516683;RO=2;SAF=27;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033735;STB=0.517852;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00191009;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:43:27:2:0:43:27:2:0 chr11 56294338 . G A 2280.86 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0192218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.532;QD=62.0643;RBI=0.0385565;REFB=-0.112668;REVB=0.0334235;RO=2;SAF=69;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012349;STB=0.506493;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000386339;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:2:2:145:145:0.986395:76:69:0:2:76:69:0:2 chr11 56310222 . C T 1014.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6819;QD=58.8308;RBI=0.0491562;REFB=0;REVB=0.0111595;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609637;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:35:31:0:0:35:34:0:0 chr11 56344993 . C A 1573.53 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.299;QD=63.5771;RBI=0.0385243;REFB=0;REVB=0.0381386;RO=0;SAF=28;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27989e-05;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:99:0:0:89:99:1:61:28:0:0:69:30:0:0 chr11 56380134 . C G 1324.57 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.756;QD=62.3329;RBI=0.0393324;REFB=0;REVB=0.0393097;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19074e-05;OID=.;OPOS=56380134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:32:48:0:0:37:48:0:0 chr11 56431216 . C T 1890.37 PASS AF=0.976562;AO=124;DP=128;FAO=125;FDP=128;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0376154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.651;QD=59.0742;RBI=0.0396977;REFB=-0.131927;REVB=0.0126881;RO=3;SAF=62;SAR=62;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022431;STB=0.511809;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00309288;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:128:128:3:3:124:125:0.976562:62:62:0:3:62:63:0:3 chr11 56467881 . T C 805.24 PASS AF=0.351254;AO=98;DP=279;FAO=98;FDP=279;FR=.;FRO=181;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=87;FSRR=94;FWDB=0.00334562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7173;QD=11.5446;RBI=0.0446079;REFB=0.0164246;REVB=0.0444822;RO=181;SAF=59;SAR=39;SRF=87;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139619;STB=0.579483;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0254934;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:181:181:98:98:0.351254:39:59:87:94:39:59:87:94 chr11 56467926 . A G 1111.56 PASS AF=0.355263;AO=133;DP=379;FAO=135;FDP=380;FR=.;FRO=245;FSAF=77;FSAR=58;FSRF=120;FSRR=125;FWDB=-0.0309951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9618;QD=11.7007;RBI=0.0412332;REFB=-0.0105921;REVB=-0.0271933;RO=245;SAF=77;SAR=56;SRF=119;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107017;STB=0.552212;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0195493;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:380:245:245:133:135:0.355263:56:77:119:126:58:77:120:125 chr11 56467945 . G T 1105.93 PASS AF=0.343358;AO=137;DP=402;FAO=137;FDP=399;FR=.;FRO=262;FSAF=77;FSAR=60;FSRF=129;FSRR=133;FWDB=0.0117832;FXX=0.0074625;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.479;QD=11.087;RBI=0.0135264;REFB=-0.0112922;REVB=-0.00664236;RO=262;SAF=77;SAR=60;SRF=127;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089414;STB=0.545932;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.022661;OID=.;OPOS=56467945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:399:262:262:137:137:0.343358:60:77:127:135:60:77:129:133 chr11 56468020 . TG CA 725.61 PASS AF=0.292537;AO=95;DP=333;FAO=98;FDP=335;FR=.;FRO=237;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=129;FSRR=108;FWDB=-0.0368618;FXX=0.00593454;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.87;QD=8.66402;RBI=0.0377554;REFB=-0.0167286;REVB=0.00816553;RO=232;SAF=41;SAR=54;SRF=124;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125191;STB=0.574397;STBP=0.072;TYPE=mnp;VARB=0.0400106;OID=.;OPOS=56468020;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:335:232:237:95:98:0.292537:54:41:124:108:55:43:129:108 chr11 56468044 . T G 3631.28 PASS AF=0.957031;AO=245;DP=258;FAO=245;FDP=256;FR=.;FRO=11;FSAF=105;FSAR=140;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.017431;FXX=0.00775164;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.663;QD=56.7387;RBI=0.021451;REFB=-0.0330243;REVB=-0.0125021;RO=5;SAF=105;SAR=140;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144156;STB=0.501139;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.000104722;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:258:256:5:11:245:245:0.957031:140:105:4:1:140:105:5:6 chr11 56468047 . AC GT 3894.13 PASS AF=1;AO=242;DP=246;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308889;FXX=0.0161937;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.946;QD=64.1009;RBI=0.0342196;REFB=0;REVB=0.0147262;RO=0;SAF=111;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83332e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.40976e-05;OID=.;OPOS=56468047;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:246:243:0:0:242:243:1:131:111:0:0:132:111:0:0 chr11 56468111 . C T 597.02 PASS AF=0.336323;AO=75;DP=221;FAO=75;FDP=223;FR=.;FRO=148;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=71;FSRR=77;FWDB=-0.0126015;FXX=0.00446409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.254;QD=10.7089;RBI=0.0135623;REFB=-0.0122559;REVB=0.00501389;RO=146;SAF=31;SAR=44;SRF=71;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852676;STB=0.544714;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0234901;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:223:146:148:75:75:0.336323:44:31:71:75:44:31:71:77 chr11 56468198 . A G 747.18 PASS AF=0.43956;AO=80;DP=182;FAO=80;FDP=182;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=-0.0410767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.205;QD=16.4216;RBI=0.0449646;REFB=-0.0298453;REVB=-0.0182898;RO=102;SAF=38;SAR=42;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645727;STB=0.535941;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0335822;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:102:102:80:80:0.43956:42:38:55:47:42:38:55:47 chr11 56468200 . C T 748.66 PASS AF=0.43956;AO=81;DP=183;FAO=80;FDP=182;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=-0.00848245;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8537;QD=16.4541;RBI=0.0172784;REFB=-0.00796281;REVB=0.0150529;RO=102;SAF=39;SAR=42;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479897;STB=0.535941;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0083665;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:102:102:81:80:0.43956:42:39:54:48:42:38:55:47 chr11 56468202 . G A 734.36 PASS AF=0.446328;AO=79;DP=177;FAO=79;FDP=177;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=0.00264011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.858;QD=16.5956;RBI=0.0190486;REFB=-0.0231501;REVB=0.0188648;RO=98;SAF=40;SAR=39;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343656;STB=0.519102;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0323685;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:98:98:79:79:0.446328:39:40:53:45:39:40:53:45 chr11 56468212 . G A 726.74 PASS AF=0.445714;AO=78;DP=175;FAO=78;FDP=175;FR=.;FRO=97;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=0.00385394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.352;QD=16.6111;RBI=0.0785581;REFB=-0.00517228;REVB=0.0784635;RO=96;SAF=40;SAR=38;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286748;STB=0.518633;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00326886;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:96:97:78:78:0.445714:38:40:52:44:38:40:53:44 chr11 56468259 . C T 857.36 PASS AF=0.483333;AO=87;DP=181;FAO=87;FDP=180;FR=.;FRO=93;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0137819;FXX=0.00552456;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.379;QD=19.0525;RBI=0.0141102;REFB=-0.0345532;REVB=0.00302645;RO=87;SAF=48;SAR=39;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114668;STB=0.546211;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0208258;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:87:93:87:87:0.483333:39:48:37:50:39:48:43:50 chr11 56468368 . C T 723.14 PASS AF=0.333333;AO=91;DP=276;FAO=91;FDP=273;FR=.;FRO=182;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=101;FSRR=81;FWDB=-0.00158766;FXX=0.0108692;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.743;QD=10.5954;RBI=0.0696745;REFB=-0.0129759;REVB=-0.0696564;RO=181;SAF=39;SAR=52;SRF=100;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143659;STB=0.583923;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0286421;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:273:181:182:91:91:0.333333:52:39:100:81:52:39:101:81 chr11 56468403 . G A 464.87 PASS AF=0.256506;AO=69;DP=270;FAO=69;FDP=269;FR=.;FRO=200;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=106;FSRR=94;FWDB=-0.0203418;FXX=0.0073798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6448;QD=6.91249;RBI=0.0258036;REFB=-0.00582782;REVB=-0.0158757;RO=193;SAF=29;SAR=40;SRF=101;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128278;STB=0.581497;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0266317;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:193:200:69:69:0.256506:40:29:101:92:40:29:106:94 chr11 56468416 . G A 306.43 PASS AF=0.204724;AO=52;DP=254;FAO=52;FDP=254;FR=.;FRO=202;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=107;FSRR=95;FWDB=0.0666328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1128;QD=4.82574;RBI=0.0806815;REFB=-0.0114595;REVB=0.0454926;RO=202;SAF=25;SAR=27;SRF=107;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628204;STB=0.538842;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0629597;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:202:202:52:52:0.204724:27:25:107:95:27:25:107:95 chr11 56468440 . G T 233.7 PASS AF=0.196172;AO=41;DP=208;FAO=41;FDP=209;FR=.;FRO=168;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=95;FSRR=73;FWDB=-0.0420895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1846;QD=4.47273;RBI=0.0435725;REFB=0.00117639;REVB=0.011271;RO=167;SAF=21;SAR=20;SRF=94;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653542;STB=0.542923;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00883031;OID=.;OPOS=56468440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:167:168:41:41:0.196172:20:21:94:73:20:21:95:73 chr11 56468448 . AA GT 175.18 PASS AF=0.168367;AO=33;DP=197;FAO=33;FDP=196;FR=.;FRO=163;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=92;FSRR=71;FWDB=-0.00281344;FXX=0.00507588;HRUN=4;LEN=2;MLLD=145.365;QD=3.57504;RBI=0.015858;REFB=0.00260665;REVB=0.0156064;RO=163;SAF=16;SAR=17;SRF=92;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102211;STB=0.565929;STBP=0.416;TYPE=mnp;VARB=-0.0163313;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:163:163:33:33:0.168367:17:16:92:71:17:16:92:71 chr11 56468452 . A C 190.79 PASS AF=0.174129;AO=35;DP=201;FAO=35;FDP=201;FR=.;FRO=166;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=95;FSRR=71;FWDB=-0.00247288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0422;QD=3.79673;RBI=0.0166835;REFB=-0.00314293;REVB=0.0164992;RO=164;SAF=17;SAR=18;SRF=94;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112496;STB=0.571227;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0113955;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:164:166:35:35:0.174129:18:17:94:70:18:17:95:71 chr11 56468493 . A G 357.47 PASS AF=0.256039;AO=54;DP=209;FAO=53;FDP=207;FR=.;FRO=154;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=81;FSRR=73;FWDB=0.00338683;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0405;QD=6.90758;RBI=0.00734413;REFB=-0.00554489;REVB=0.00651657;RO=154;SAF=34;SAR=20;SRF=80;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140177;STB=0.58871;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0313175;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:207:154:154:54:53:0.256039:20:34:80:74:19:34:81:73 chr11 56468554 . A C 811.21 PASS AF=0.374517;AO=96;DP=258;FAO=97;FDP=259;FR=.;FRO=162;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=86;FSRR=76;FWDB=-0.043295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6063;QD=12.5284;RBI=0.0463586;REFB=-0.000207806;REVB=-0.0165728;RO=161;SAF=60;SAR=36;SRF=86;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104056;STB=0.556547;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=1.02744e-05;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:161:162:96:97:0.374517:36:60:86:75:37:60:86:76 chr11 56468560 . TA CG 800.52 PASS AF=0.375494;AO=95;DP=256;FAO=95;FDP=253;FR=.;FRO=158;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=84;FSRR=74;FWDB=-0.00570117;FXX=0.0117183;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.504;QD=12.6564;RBI=0.0222322;REFB=-0.0117022;REVB=-0.0214888;RO=156;SAF=59;SAR=36;SRF=82;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108125;STB=0.557644;STBP=0.182;TYPE=mnp;VARB=0.0250784;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:253:156:158:95:95:0.375494:36:59:82:74:36:59:84:74 chr11 56468637 . C T 773.44 PASS AF=0.316614;AO=100;DP=318;FAO=101;FDP=319;FR=.;FRO=218;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=108;FSRR=110;FWDB=-0.00333554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.008;QD=9.69834;RBI=0.0137958;REFB=-0.0183742;REVB=-0.0133865;RO=216;SAF=55;SAR=45;SRF=108;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595144;STB=0.533642;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0351869;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:319:216:218:100:101:0.316614:45:55:108:108:46:55:108:110 chr11 56468646 . C T 676.18 PASS AF=0.30033;AO=91;DP=303;FAO=91;FDP=303;FR=.;FRO=212;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=102;FSRR=110;FWDB=-0.0195419;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.478;QD=8.9265;RBI=0.0199086;REFB=-0.00616331;REVB=0.00380372;RO=210;SAF=49;SAR=42;SRF=101;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691991;STB=0.540093;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0151935;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:210:212:91:91:0.30033:42:49:101:109:42:49:102:110 chr11 56468694 . C T 232.28 PASS AF=0.201031;AO=39;DP=194;FAO=39;FDP=194;FR=.;FRO=155;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=73;FSRR=82;FWDB=-0.0255911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.069;QD=4.78929;RBI=0.0563622;REFB=-0.0089923;REVB=-0.0502175;RO=154;SAF=19;SAR=20;SRF=72;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252106;STB=0.512963;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0367445;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:154:155:39:39:0.201031:20:19:72:82:20:19:73:82 chr11 56468699 . T A 209.07 PASS AF=0.198895;AO=36;DP=181;FAO=36;FDP=181;FR=.;FRO=145;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=71;FSRR=74;FWDB=-0.0125749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.368;QD=4.62035;RBI=0.0134799;REFB=-0.0124228;REVB=-0.00485598;RO=143;SAF=18;SAR=18;SRF=70;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134221;STB=0.508283;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0292215;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:143:145:36:36:0.198895:18:18:70:73:18:18:71:74 chr11 56468704 . T C 161.8 PASS AF=0.179641;AO=30;DP=167;FAO=30;FDP=167;FR=.;FRO=137;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=67;FSRR=70;FWDB=-0.00178313;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3973;QD=3.87541;RBI=0.0134096;REFB=-0.00858546;REVB=0.0132905;RO=137;SAF=15;SAR=15;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140323;STB=0.508976;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0342479;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:137:137:30:30:0.179641:15:15:67:70:15:15:67:70 chr11 56468720 . T C 167.16 PASS AF=0.198582;AO=27;DP=140;FAO=28;FDP=141;FR=.;FRO=113;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=-0.0279396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.986;QD=4.74221;RBI=0.0298854;REFB=-0.00743407;REVB=-0.0106073;RO=113;SAF=13;SAR=14;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272536;STB=0.503309;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.024756;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:113:113:27:28:0.198582:14:13:52:61:15:13:52:61 chr11 56508525 . A G 888.59 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0405036;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.545;QD=53.8536;RBI=0.0630069;REFB=-0.199714;REVB=0.0482631;RO=3;SAF=34;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398589;STB=0.52112;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00210575;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:67:66:3:3:63:63:0.954545:29:34:3:0:29:34:3:0 chr11 56510672 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.508;QD=39.2068;RBI=0.0214362;REFB=0;REVB=0.00140759;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122528;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 56756399 . G T 476.27 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00133314;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4514;QD=21.6484;RBI=0.00450989;REFB=-0.0194776;REVB=-0.00430835;RO=40;SAF=33;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223895;STB=0.637276;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0123479;OID=.;OPOS=56756399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:40:42:46:46:0.522727:13:33:19:21:13:33:19:23 chr11 56756664 . G A 812.39 PASS AF=0.59375;AO=72;DP=129;FAO=76;FDP=128;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0702191;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4335;QD=25.3872;RBI=0.0702307;REFB=-0.0423835;REVB=0.00127511;RO=41;SAF=33;SAR=39;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130495;STB=0.520956;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.011138;OID=.;OPOS=56756664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:41:52:72:76:0.59375:39:33:18:23:39:37:28:24 chr11 56954846 . C T 1514.6 PASS AF=0.464286;AO=154;DP=336;FAO=156;FDP=336;FR=.;FRO=180;FSAF=76;FSAR=80;FSRF=89;FSRR=91;FWDB=-0.0106122;FXX=0.00591698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.502;QD=18.0309;RBI=0.0163617;REFB=-0.0292272;REVB=0.0124534;RO=181;SAF=76;SAR=78;SRF=90;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00365168;STB=0.503893;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0332107;OID=.;OPOS=56954846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:336:181:180:154:156:0.464286:78:76:90:91:80:76:89:91 chr11 56956516 . G A 580.67 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0265217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2497;QD=18.8836;RBI=0.0303068;REFB=-0.00667297;REVB=0.0146662;RO=62;SAF=23;SAR=37;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139359;STB=0.581445;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00509608;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:63:60:60:0.487805:37:23:33:29:37:23:34:29 chr11 57004344 . G T 332.29 PASS AF=0.376147;AO=36;DP=104;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.00444438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.939;QD=12.1943;RBI=0.00577439;REFB=-0.023036;REVB=0.0036866;RO=67;SAF=18;SAR=18;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126705;STB=0.566006;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0356277;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:67:68:36:41:0.376147:18:18:41:26:20:21:42:26 chr11 57081197 . G C 2770.48 PASS AF=0.994413;AO=178;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0666635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8527;QD=61.9101;RBI=0.0725763;REFB=-0.019308;REVB=0.0286932;RO=1;SAF=74;SAR=104;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638962;STB=0.503355;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000206764;OID=.;OPOS=57081197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:179:1:1:178:178:0.994413:104:74:1:0:104:74:1:0 chr11 57137371 . G A 1771.54 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.285;QD=60.0523;RBI=0.0374446;REFB=-0.0375189;REVB=0.0353899;RO=1;SAF=64;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887675;STB=0.504672;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000214987;OID=.;OPOS=57137371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:118:118:1:1:117:117:0.991525:53:64:0:1:53:64:0:1 chr11 57137424 . C T 2049.96 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562564;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3686;QD=62.5941;RBI=0.0565824;REFB=0;REVB=-0.00606503;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052465;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:68:62:0:0:69:62:0:0 chr11 57147016 . A G 3610.41 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.883;QD=63.0639;RBI=0.0177758;REFB=0;REVB=0.0149964;RO=0;SAF=115;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12726e-05;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:229:0:0:229:229:1:114:115:0:0:114:115:0:0 chr11 57148175 . A G 2998.98 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.778;QD=63.4705;RBI=0.0372344;REFB=0;REVB=-0.0175873;RO=0;SAF=82;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31949e-05;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:107:82:0:0:107:82:0:0 chr11 57155001 . G A 5657.94 PASS AF=1;AO=359;DP=361;FAO=361;FDP=361;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=225;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006581;FXX=0.00276235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.715;QD=62.6918;RBI=0.00758173;REFB=-0.0541181;REVB=-0.00376472;RO=1;SAF=135;SAR=224;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61799e-05;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:361:361:1:0:359:361:1:224:135:1:0:225:136:0:0 chr11 57155288 . T C 7978.05 PASS AF=1;AO=504;DP=510;FAO=509;FDP=509;FR=.;FRO=0;FSAF=229;FSAR=280;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276069;FXX=0.00585926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.562;QD=62.6959;RBI=0.0350754;REFB=-0.103828;REVB=0.0216367;RO=1;SAF=226;SAR=278;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00210809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74295e-05;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:510:509:1:0:504:509:1:278:226:1:0:280:229:0:0 chr11 57157405 . A G 691.23 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0141782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2799;QD=49.3733;RBI=0.0578865;REFB=0.00935595;REVB=-0.0561233;RO=4;SAF=18;SAR=34;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226302;STB=0.512044;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0113139;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:4:4:52:52:0.928571:34:18:2:2:34:18:2:2 chr11 57228311 . T TC 49.73 PASS AF=0.154167;AO=33;DP=242;FAO=37;FDP=240;FR=.;FRO=203;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=119;FSRR=84;FWDB=-0.0807217;FXX=0.0204073;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.6358;QD=0.828805;RBI=0.158704;REFB=-0.00776093;REVB=-0.136642;RO=176;SAF=6;SAR=27;SRF=107;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526794;STB=0.872275;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0875756;OID=.;OPOS=57228312;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.154167:33:242:37:240:203:5:32:119:84:49:176:6:27:107:69 chr11 57228312 . GCCCCCT CCCCCCT,CGCCCCT,GCCCCCTC,GCCCCT 48.35 PASS AF=0,0.00833333,0.0166667,0.15;AO=21,13,24,44;DP=239;FAO=0,2,4,36;FDP=240;FR=.;FRO=198;FSAF=0,2,2,26;FSAR=0,0,2,10;FSRF=92;FSRR=106;FWDB=-0.0246364,-0.0800893,-0.0665508,-0.103839;FXX=0.0163928;HRUN=1,1,5,5;LEN=1,2,1,1;MLLD=154.092,34.2017,9.13808,9.31257;QD=0.805895;RBI=0.03415,0.0834428,0.0810611,0.176954;REFB=0.00523593,-0.0167568,-0.104026,-0.0915665;REVB=-0.0236488,0.0234179,0.0462806,0.143283;RO=105;SAF=0,13,11,24;SAR=21,0,13,20;SRF=58;SRR=47;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0.309524;SSSB=-0.748365,0.636194,-0.119355,-0.00840409;STB=0.5,0.995346,0.534482,0.718658;STBP=1,0.112,0.908,0.006;TYPE=snp,mnp,ins,del;VARB=0,0.11868,0.126217,0.198787;OID=.,.,.,.;OPOS=57228312,57228312,57228319,57228313;OREF=G,GC,-,C;OALT=C,CG,C,-;OMAPALT=CCCCCCT,CGCCCCT,GCCCCCTC,GCCCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:58:239:240:105:198:21,13,24,44:0,2,4,36:0,0.00833333,0.0166667,0.15:21,0,13,20:0,13,11,24:58:47:0,0,2,10:0,2,2,26:92:106 chr11 57310307 . A G 284.09 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0335706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.108;QD=15.1515;RBI=0.0337682;REFB=-0.0191902;REVB=-0.00364723;RO=43;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992278;STB=0.555989;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.028172;OID=.;OPOS=57310307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:17:15:16:27:17:15:16:27 chr11 57353983 . T G 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0088689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.995;QD=17.7531;RBI=0.0089101;REFB=-0.000747088;REVB=0.00085586;RO=27;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302239;STB=0.670846;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00115473;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:18:7:16:11:18:7:16:11 chr11 57367467 . T C 363.22 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0104714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.291;QD=18.1612;RBI=0.0357247;REFB=0.0226219;REVB=-0.0341556;RO=42;SAF=23;SAR=15;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166897;STB=0.593205;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0176292;OID=.;OPOS=57367467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:15:23:18:24:15:23:18:24 chr11 57381989 . G A 45.04 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.023806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8553;QD=7.8339;RBI=0.0241292;REFB=-0.0178881;REVB=0.00393603;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214682;STB=0.633776;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0373041;OID=.;OPOS=57381989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:10:6:4:3:10:6 chr11 57391106 . G C 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5277;QD=62.3428;RBI=0.0329064;REFB=0;REVB=-0.0147786;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124177;OID=.;OPOS=57391106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr11 57463500 . T C 505.32 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.00241571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4671;QD=20.2126;RBI=0.0104547;REFB=-0.00228615;REVB=-0.0101717;RO=51;SAF=12;SAR=37;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103001;STB=0.557378;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00205954;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:37:12:17:34:37:12:17:34 chr11 57468129 . T C 404.6 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0419501;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.978;QD=13.8324;RBI=0.0422657;REFB=-0.0190307;REVB=-0.00515487;RO=69;SAF=13;SAR=34;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247239;STB=0.645249;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0357057;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:69:70:47:47:0.401709:34:13:34:35:34:13:35:35 chr11 57509103 . C T 471.16 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0272113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.776;QD=23.5578;RBI=0.0316723;REFB=-0.0516532;REVB=0.0162074;RO=35;SAF=17;SAR=28;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111979;STB=0.561577;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0307451;OID=.;OPOS=57509103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:28:17:18:17:28:17:18:17 chr11 57509429 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.413;QD=43.4859;RBI=0.0616635;REFB=0;REVB=0.0386;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086214;OID=.;OPOS=57509429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr11 57563991 . C T 626.28 PASS AF=0.54386;AO=62;DP=114;FAO=62;FDP=114;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00627826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.624;QD=21.9748;RBI=0.0223841;REFB=-0.00207166;REVB=-0.0214856;RO=52;SAF=33;SAR=29;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106515;STB=0.558357;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00125441;OID=.;OPOS=57563991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:52:52:62:62:0.54386:29:33:21:31:29:33:21:31 chr11 57571232 . C T 1571.78 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0050289;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.994;QD=64.1543;RBI=0.0119391;REFB=0;REVB=-0.0108283;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69912e-05;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:54:44:0:0:54:44:0:0 chr11 57585662 . C T 187.63 PASS AF=0.389831;AO=24;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.047978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9054;QD=12.721;RBI=0.0944774;REFB=-0.00886167;REVB=-0.0813885;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243208;STB=0.508878;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0176739;OID=.;OPOS=57585662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:36:24:23:0.389831:9:15:22:12:8:15:23:13 chr11 57798723 . A G 1302.35 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.668;QD=60.5745;RBI=0.0383558;REFB=0;REVB=0.0363701;RO=1;SAF=42;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213437;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:1:0:84:86:1:42:42:1:0:42:44:0:0 chr11 57798942 . A G 2992.4 PASS AF=1;AO=187;DP=192;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415972;FXX=0.0207243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.025;QD=63.3311;RBI=0.0422198;REFB=0;REVB=-0.00722383;RO=2;SAF=76;SAR=111;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55834e-06;OID=.;OPOS=57798942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:189:2:0:187:189:1:111:76:2:0:111:78:0:0 chr11 57947264 . C G 1844.54 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177643;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.957;QD=61.4847;RBI=0.0148541;REFB=0;REVB=0.0147475;RO=0;SAF=83;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77697e-05;OID=.;OPOS=57947264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:37:83:0:0:37:83:0:0 chr11 57948952 . G A 781.72 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0471941;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.928;QD=54.8572;RBI=0.0725214;REFB=-0.0493396;REVB=0.0550642;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219159;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00158801;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:57:1:1:55:56:0.982456:21:34:0:1:22:34:0:1 chr11 57958775 . C T 839.88 PASS AF=0.475138;AO=86;DP=181;FAO=86;FDP=181;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0135652;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.18;QD=18.561;RBI=0.014649;REFB=-0.00276222;REVB=-0.00552974;RO=95;SAF=44;SAR=42;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00604763;STB=0.503341;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00332663;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:95:95:86:86:0.475138:42:44:48:47:42:44:48:47 chr11 57958972 . C A 356.11 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00408851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9347;QD=16.5631;RBI=0.0319458;REFB=-0.00362222;REVB=-0.0316831;RO=48;SAF=12;SAR=26;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660006;STB=0.53717;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0040358;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:26:12:18:30:26:12:18:30 chr11 57970980 . AC GT 733.23 PASS AF=0.416667;AO=78;DP=196;FAO=80;FDP=192;FR=.;FRO=112;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=0.000791153;FXX=0.0253794;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.061;QD=15.2756;RBI=0.0209378;REFB=-0.0184146;REVB=-0.0209229;RO=111;SAF=32;SAR=46;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109288;STB=0.549331;STBP=0.26;TYPE=mnp;VARB=0.0311751;OID=.;OPOS=57970980;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:192:111:112:78:80:0.416667:46:32:57:54:46:34:57:55 chr11 57971171 . C T 58.48 PASS AF=0.114754;AO=14;DP=118;FAO=14;FDP=122;FR=.;FRO=108;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=0.0411333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.703;QD=1.91735;RBI=0.0575872;REFB=-0.0167772;REVB=-0.040303;RO=104;SAF=4;SAR=10;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21307;STB=0.642105;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0422687;OID=.;OPOS=57971171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:118:122:104:108:14:14:0.114754:10:4:47:57:10:4:47:61 chr11 57971195 . G A 523.1 PASS AF=0.524272;AO=53;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.018719;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.319;QD=20.3147;RBI=0.0294497;REFB=-0.0258095;REVB=-0.0227351;RO=50;SAF=28;SAR=25;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112522;STB=0.561067;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0128511;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:49:53:54:0.524272:25:28:20:30:25:29:20:29 chr11 57971201 . G A 1587.34 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.73;QD=64.135;RBI=0.0358778;REFB=0;REVB=-0.00312227;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28108e-05;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr11 57971478 . A G 709.77 PASS AF=0.457831;AO=76;DP=166;FAO=76;FDP=166;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.00273019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.433;QD=17.1029;RBI=0.0519668;REFB=-0.0111573;REVB=0.0518951;RO=89;SAF=43;SAR=33;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394731;STB=0.505636;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0115922;OID=.;OPOS=57971478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:89:90:76:76:0.457831:33:43:50:39:33:43:50:40 chr11 57982229 . A G 1664.51 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989019;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.953;QD=60.5276;RBI=0.0237981;REFB=0;REVB=0.0216456;RO=0;SAF=45;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21279e-05;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:65:45:0:0:65:45:0:0 chr11 57982584 . T C 1989.74 PASS AF=0.97037;AO=131;DP=135;FAO=131;FDP=135;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.100698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0335;QD=58.9553;RBI=0.100835;REFB=-0.198204;REVB=0.00524797;RO=4;SAF=63;SAR=68;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292184;STB=0.515382;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00379516;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:135:135:4:4:131:131:0.97037:68:63:4:0:68:63:4:0 chr11 57982620 . A G 1871.97 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=126;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0167574;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.299;QD=60.877;RBI=0.0285638;REFB=-0.100231;REVB=-0.0231318;RO=1;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736537;STB=0.503875;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.000105678;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:123:1:1:122:122:0.99187:64:58:0:1:64:58:0:1 chr11 57982726 . G T 1140.31 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210565;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.988;QD=60.8165;RBI=0.0214015;REFB=0;REVB=0.00382712;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83437e-05;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:36:38:0:0:36:39:0:0 chr11 57982763 . A G 788.94 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451892;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.303;QD=64.403;RBI=0.0608881;REFB=0;REVB=0.0408081;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427925;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr11 57982832 . T A 808.58 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0348141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4467;QD=53.9055;RBI=0.0380323;REFB=-0.0390996;REVB=0.0153112;RO=2;SAF=27;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217703;STB=0.501154;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00429439;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:31:27:1:1:31:27:1:1 chr11 57982896 . G T 2191.07 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536926;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.417;QD=63.0523;RBI=0.0117086;REFB=0;REVB=-0.0104049;RO=0;SAF=86;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70885e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53535e-06;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:138:139:1:52:86:0:0:53:86:0:0 chr11 57983194 . A G 337.06 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00508046;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.723;QD=14.8157;RBI=0.00959205;REFB=-0.001792;REVB=-0.00813612;RO=54;SAF=15;SAR=22;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100386;STB=0.556931;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00262228;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:54:54:37:37:0.406593:22:15:27:27:22:15:27:27 chr11 57995777 . G A 306.96 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0282383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8439;QD=11.6938;RBI=0.0602576;REFB=-0.0120575;REVB=0.0532313;RO=67;SAF=12;SAR=26;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124011;STB=0.57139;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0240406;OID=.;OPOS=57995777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:67:38:38:0.361905:26:12:28:39:26:12:28:39 chr11 57996312 . C G 2321.12 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179589;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.48;QD=60.6829;RBI=0.0179594;REFB=0;REVB=0.000131489;RO=0;SAF=55;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17293e-05;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:153:0:0:145:153:1:90:55:0:0:96:57:0:0 chr11 58034543 . C T 967.91 PASS AF=0.52514;AO=94;DP=180;FAO=94;FDP=179;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0106849;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.467;QD=21.6293;RBI=0.0384607;REFB=-0.0194982;REVB=-0.0369467;RO=85;SAF=43;SAR=51;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062485;STB=0.534215;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0177499;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:85:85:94:94:0.52514:51:43:45:40:51:43:45:40 chr11 58123152 . T C 2186.12 PASS AF=0.985915;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0125439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.367;QD=61.5809;RBI=0.0468209;REFB=-0.0670947;REVB=0.0451093;RO=2;SAF=66;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126756;STB=0.506666;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000207862;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:2:2:140:140:0.985915:74:66:0:2:74:66:0:2 chr11 58125620 . T C 1502.58 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00727699;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.092;QD=62.6073;RBI=0.0421063;REFB=-0.0952146;REVB=0.0414727;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=1.34969e-06;OID=.;OPOS=58125620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:96:0:1:95:95:0.989583:46:49:0:0:46:49:1:0 chr11 58126305 . A T 1524.18 PASS AF=0.954955;AO=106;DP=111;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0116497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.828;QD=54.9255;RBI=0.0144714;REFB=-0.0397301;REVB=-0.00858524;RO=5;SAF=46;SAR=60;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488359;STB=0.525768;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00108016;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:111:111:5:5:106:106:0.954955:60:46:5:0:60:46:5:0 chr11 58126479 . G A 647.63 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.021431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5746;QD=18.3724;RBI=0.0249141;REFB=-0.0404858;REVB=-0.0127053;RO=74;SAF=20;SAR=46;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201794;STB=0.616414;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0319119;OID=.;OPOS=58126479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:75:66:66:0.468085:46:20:37:37:46:20:38:37 chr11 58190136 . A G 188.82 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00198763;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.842;QD=19.8758;RBI=0.0113347;REFB=-0.00531582;REVB=-0.0111591;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578687;STB=0.532836;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00606576;OID=.;OPOS=58190136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:19:19:0.5:14:5:6:13:14:5:6:13 chr11 58207204 . A G 1925.8 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0328095;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.835;QD=61.1365;RBI=0.0452671;REFB=-0.0724364;REVB=0.0311873;RO=1;SAF=62;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760209;STB=0.503999;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000180467;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:126:1:1:125:125:0.992063:63:62:1:0:63:62:1:0 chr11 58318619 . C G 844.42 PASS AF=0.488636;AO=86;DP=176;FAO=86;FDP=176;FR=.;FRO=90;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.00347714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.335;QD=19.1915;RBI=0.00991333;REFB=-0.00376451;REVB=-0.00928352;RO=88;SAF=47;SAR=39;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032444;STB=0.512497;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00544573;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:88:90:86:86:0.488636:39:47:45:43:39:47:47:43 chr11 58478084 . T C 4738.18 PASS AF=0.984026;AO=307;DP=313;FAO=308;FDP=313;FR=.;FRO=5;FSAF=96;FSAR=212;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00962246;FXX=0.00318461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8244;QD=60.5518;RBI=0.0100027;REFB=-0.041798;REVB=0.00273166;RO=5;SAF=96;SAR=211;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017199;STB=0.509027;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00472837;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:313:313:5:5:307:308:0.984026:211:96:4:1:212:96:4:1 chr11 58491921 . A T 309.03 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=0.0101579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.23;QD=13.5839;RBI=0.0431891;REFB=0.00435464;REVB=0.0419776;RO=55;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198499;STB=0.615833;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00579924;OID=.;OPOS=58491921;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:56:35:35:0.384615:20:15:14:41:20:15:14:42 chr11 58602309 . C T 304.87 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00540837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7178;QD=12.9731;RBI=0.0168391;REFB=-0.00129199;REVB=0.0159469;RO=58;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409277;STB=0.517651;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00206235;OID=.;OPOS=58602309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:58:59:35:35:0.37234:18:17:26:32:18:17:27:32 chr11 58940178 . GC G,GG 798.27 PASS AF=0.950495,0.029703;AO=69,9;DP=121;FAO=96,3;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=70,1;FSAR=26,2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0346909,0.0529389;FXX=0.172117;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.4152,10.7126;QD=31.6147;RBI=0.184643,0.0949601;REFB=0.0232798,0.0090609;REVB=0.181354,0.0788345;RO=19;SAF=62,1;SAR=7,8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.359,-0.456797;STB=0.507041,0.74849;STBP=0.417,0.297;TYPE=del,snp;VARB=0.0194828,-0.0110628;OID=.,.;OPOS=58940179,58940179;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.950495,0.029703:69,9:121:96,3:101:2:70,1:26,2:2:0:6:19:62,1:7,8:8:11 chr11 58982071 . C T 1508.97 PASS AF=0.97;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00952456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.678;QD=60.3588;RBI=0.0158292;REFB=-0.0498361;REVB=-0.012643;RO=3;SAF=46;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839292;STB=0.504239;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.000983908;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:100:3:3:96:97:0.97:50:46:1:2:51:46:1:2 chr11 59058590 . C G 3308.94 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.033;QD=62.1396;RBI=0.0177537;REFB=0;REVB=0.017065;RO=0;SAF=117;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69012e-06;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:213:0:0:212:213:1:95:117:0:0:96:117:0:0 chr11 59132798 . G C 579.08 PASS AF=0.465649;AO=59;DP=129;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0152724;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.805;QD=17.6818;RBI=0.0185913;REFB=-0.0252249;REVB=-0.0106014;RO=68;SAF=29;SAR=30;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364852;STB=0.527255;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.043659;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:68:70:59:61:0.465649:30:29:36:32:31:30:38:32 chr11 59132882 . A G 261.1 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0284932;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.622;QD=20.4782;RBI=0.0337844;REFB=-0.0196934;REVB=0.0181527;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15811;STB=0.586643;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0199329;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:24:26:27:0.529412:13:13:17:8:14:13:16:8 chr11 59189912 . G A 518.61 PASS AF=0.394737;AO=59;DP=152;FAO=60;FDP=152;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.00533203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.064;QD=13.6476;RBI=0.0368161;REFB=-0.0199689;REVB=-0.0364279;RO=90;SAF=32;SAR=27;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139811;STB=0.565917;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0251669;OID=.;OPOS=59189912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:90:92:59:60:0.394737:27:32:37:53:28:32:39:53 chr11 59210761 . C G 1061.94 PASS AF=0.454545;AO=110;DP=242;FAO=110;FDP=242;FR=.;FRO=132;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=71;FSRR=61;FWDB=0.0262482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7529;QD=17.5528;RBI=0.0450557;REFB=-0.000509371;REVB=0.0366203;RO=131;SAF=58;SAR=52;SRF=70;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697515;STB=0.505805;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000403504;OID=.;OPOS=59210761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:131:132:110:110:0.454545:52:58:70:61:52:58:71:61 chr11 59211188 . G A 558.51 PASS AF=0.425532;AO=60;DP=141;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.00684371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6541;QD=15.8443;RBI=0.0197899;REFB=-0.0101723;REVB=0.0185689;RO=81;SAF=27;SAR=33;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829755;STB=0.546471;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0141586;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:81:60:60:0.425532:33:27:43:38:33:27:43:38 chr11 59211265 . T C 235.24 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0463769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.35;QD=18.8195;RBI=0.0482968;REFB=-0.0151867;REVB=0.013482;RO=27;SAF=3;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406709;STB=0.740491;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0209196;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:19:3:12:15:20:3:12:15 chr11 59211421 . C T 1031.2 PASS AF=0.389776;AO=113;DP=309;FAO=122;FDP=313;FR=.;FRO=191;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=93;FSRR=98;FWDB=-0.0122831;FXX=0.00318461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.987;QD=13.1782;RBI=0.0152359;REFB=-0.00777484;REVB=-0.00901421;RO=190;SAF=54;SAR=59;SRF=93;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128975;STB=0.522138;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0127702;OID=.;OPOS=59211421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:313:190:191:113:122:0.389776:59:54:93:97:67:55:93:98 chr11 59224608 . A G 931.86 PASS AF=0.511111;AO=91;DP=180;FAO=92;FDP=180;FR=.;FRO=88;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0268031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9762;QD=20.708;RBI=0.0276307;REFB=-0.0188078;REVB=0.00671199;RO=88;SAF=52;SAR=39;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133209;STB=0.504172;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0215715;OID=.;OPOS=59224608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:88:88:91:92:0.511111:39:52:49:39:40:52:49:39 chr11 59224720 . A G 2546.97 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.26;QD=61.3727;RBI=0.0709469;REFB=0;REVB=-0.00472699;RO=0;SAF=96;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104441;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:166:0:0:163:166:1:67:96:0:0:70:96:0:0 chr11 59224885 . G C 2044.75 PASS AF=0.467562;AO=207;DP=446;FAO=209;FDP=447;FR=.;FRO=238;FSAF=78;FSAR=131;FSRF=107;FSRR=131;FWDB=0.0349615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6108;QD=18.2976;RBI=0.0385893;REFB=0.0339046;REVB=0.0163348;RO=239;SAF=77;SAR=130;SRF=108;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811458;STB=0.542518;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0153542;OID=.;OPOS=59224885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:447:239:238:207:209:0.467562:130:77:108:131:131:78:107:131 chr11 59225221 . T C 532.34 PASS AF=0.452381;AO=56;DP=125;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.0275237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.642;QD=16.8996;RBI=0.0300516;REFB=-0.016557;REVB=-0.0120643;RO=69;SAF=29;SAR=27;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139202;STB=0.572078;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0174998;OID=.;OPOS=59225221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:69:69:56:57:0.452381:27:29:26:43:28:29:26:43 chr11 59271637 . T C 1034.93 PASS AF=0.526596;AO=99;DP=188;FAO=99;FDP=188;FR=.;FRO=89;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.0165771;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.615;QD=22.0198;RBI=0.0175541;REFB=-0.0109173;REVB=0.00577438;RO=89;SAF=51;SAR=48;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112065;STB=0.506132;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00972282;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:89:89:99:99:0.526596:48:51:47:42:48:51:47:42 chr11 59323951 . G A 5669.83 PASS AF=0.983827;AO=363;DP=373;FAO=365;FDP=371;FR=.;FRO=6;FSAF=170;FSAR=195;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0161516;FXX=0.0159147;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.709;QD=61.1303;RBI=0.0162138;REFB=0.00212337;REVB=-0.00141817;RO=6;SAF=170;SAR=193;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617423;STB=0.503263;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-1.39098e-05;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:373:371:6:6:363:365:0.983827:193:170:4:2:195:170:4:2 chr11 59480951 . T C 1230.2 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025487;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.801;QD=61.5099;RBI=0.00480137;REFB=0;REVB=-0.00406906;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283684;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:37:42:0:0:37:43:0:0 chr11 59573999 . C T 545.36 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0156846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.002;QD=15.5816;RBI=0.0189022;REFB=-0.010888;REVB=-0.0105493;RO=81;SAF=28;SAR=31;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453313;STB=0.525415;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0138423;OID=.;OPOS=59573999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:81:81:59:59:0.421429:31:28:42:39:31:28:42:39 chr11 59623433 . G A 794.68 PASS AF=0.608333;AO=72;DP=119;FAO=73;FDP=120;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0166138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.243;QD=26.4892;RBI=0.0201902;REFB=-0.013935;REVB=0.0114728;RO=47;SAF=32;SAR=40;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139482;STB=0.510503;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0088447;OID=.;OPOS=59623433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:47:47:72:73:0.608333:40:32:20:27:40:33:20:27 chr11 59814173 . G A 303.89 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.000602009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.704;QD=11.9173;RBI=0.0060823;REFB=0.000756391;REVB=-0.00605243;RO=64;SAF=21;SAR=16;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22726;STB=0.624348;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00132003;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:65:37:37:0.362745:16:21:23:41:16:21:24:41 chr11 59863104 . A G 454.96 PASS AF=0.511364;AO=43;DP=86;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0254567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5007;QD=20.6802;RBI=0.0428561;REFB=-0.017127;REVB=-0.0344761;RO=43;SAF=14;SAR=29;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236214;STB=0.508471;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0169348;OID=.;OPOS=59863104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:43:43:43:45:0.511364:29:14:15:28:30:15:15:28 chr11 59943051 . C A 652.61 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.00559103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.581;QD=19.0542;RBI=0.00578329;REFB=-0.0202786;REVB=-0.00147877;RO=71;SAF=33;SAR=33;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00659552;STB=0.503649;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0191048;OID=.;OPOS=59943051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:71:66:66:0.481752:33:33:35:36:33:33:35:36 chr11 59946302 . C T 242.95 PASS AF=0.4;AO=27;DP=72;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.00894608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.729;QD=12.9574;RBI=0.0150103;REFB=-0.00585856;REVB=-0.012053;RO=44;SAF=7;SAR=20;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492622;STB=0.533017;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00930973;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:44:45:27:30:0.4:20:7:13:31:22:8:14:31 chr11 59947252 . C T 999.94 PASS AF=0.492462;AO=98;DP=199;FAO=98;FDP=199;FR=.;FRO=101;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.0412225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.859;QD=20.0993;RBI=0.0438221;REFB=-0.00463764;REVB=0.0148689;RO=101;SAF=48;SAR=50;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0042883;STB=0.502359;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00576006;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:101:101:98:98:0.492462:50:48:49:52:50:48:49:52 chr11 60050125 . A G 519.97 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00194453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.112;QD=23.1099;RBI=0.0308601;REFB=-0.0226989;REVB=-0.0307988;RO=41;SAF=24;SAR=25;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103079;STB=0.556594;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0175245;OID=.;OPOS=60050125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:25:24:15:26:25:24:15:26 chr11 60070176 . A G 627.18 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0209015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.005;QD=20.5634;RBI=0.0217403;REFB=-0.0201919;REVB=-0.0059807;RO=57;SAF=30;SAR=33;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281723;STB=0.523802;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0251819;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:57:59:63:63:0.516393:33:30:29:28:33:30:31:28 chr11 60073597 . C T 1381.5 PASS AF=0.475083;AO=143;DP=302;FAO=143;FDP=301;FR=.;FRO=158;FSAF=53;FSAR=90;FSRF=90;FSRR=68;FWDB=-0.0227963;FXX=0.00331115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9501;QD=18.3588;RBI=0.028015;REFB=0.00572743;REVB=0.016284;RO=157;SAF=53;SAR=90;SRF=89;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188965;STB=0.605803;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00767412;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:301:157:158:143:143:0.475083:90:53:89:68:90:53:90:68 chr11 60152563 . T A 956.19 PASS AF=0.487179;AO=95;DP=195;FAO=95;FDP=195;FR=.;FRO=100;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=60;FSRR=40;FWDB=-0.00461372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.026;QD=19.6141;RBI=0.0324615;REFB=-0.0065448;REVB=0.032132;RO=100;SAF=43;SAR=52;SRF=60;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136545;STB=0.575156;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00824592;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:100:100:95:95:0.487179:52:43:60:40:52:43:60:40 chr11 60152584 . G A 1130.0 PASS AF=0.477178;AO=114;DP=240;FAO=115;FDP=241;FR=.;FRO=126;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=77;FSRR=49;FWDB=-0.0184896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3833;QD=18.7551;RBI=0.0184976;REFB=0.00654341;REVB=0.000545739;RO=124;SAF=56;SAR=58;SRF=75;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107347;STB=0.564724;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00791996;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:124:126:114:115:0.477178:58:56:75:49:59:56:77:49 chr11 60157107 . T G 336.82 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00530914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.137;QD=12.3603;RBI=0.0124543;REFB=-0.0101707;REVB=-0.011266;RO=67;SAF=22;SAR=19;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335843;STB=0.51397;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0163916;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:68:41:41:0.376147:19:22:38:29:19:22:38:30 chr11 60157166 . C T 325.75 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00448756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.635;QD=14.8066;RBI=0.00511348;REFB=-0.019468;REVB=-0.00245143;RO=50;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151295;STB=0.584019;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0327167;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:52:36:36:0.409091:17:19:19:31:17:19:20:32 chr11 60165352 . ATT A 586.39 PASS AF=0.40239;AO=101;DP=252;FAO=101;FDP=251;FR=.;FRO=150;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=59;FSRR=91;FWDB=0.00298196;FXX=0.0039681;HRUN=2;LEN=2;MLLD=183.25;QD=9.34488;RBI=0.00941228;REFB=-0.00675991;REVB=-0.00892743;RO=147;SAF=43;SAR=58;SRF=57;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414481;STB=0.519918;STBP=0.626;TYPE=del;VARB=0.00954342;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40239:101:252:101:251:150:43:58:59:91:99:147:43:58:57:90 chr11 60172087 . C T 360.75 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00188627;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.713;QD=19.2399;RBI=0.00425057;REFB=-0.0160976;REVB=-0.00380911;RO=38;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013009;STB=0.507242;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0240999;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:20:17:18:20:20:17:18:20 chr11 60173360 . A G 293.21 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00575017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.581;QD=19.8789;RBI=0.00791085;REFB=-0.025558;REVB=-0.00543296;RO=27;SAF=10;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196676;STB=0.605312;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0121804;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:28:30:31:0.525424:20:10:15:12:20:11:16:12 chr11 60184277 . A C 335.47 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00390699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.15;QD=16.9859;RBI=0.033049;REFB=-0.0155192;REVB=0.0328172;RO=42;SAF=22;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630852;STB=0.542792;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0187673;OID=.;OPOS=60184277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:14:22:23:19:14:22:23:20 chr11 60264947 . C T 496.56 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0062531;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.147;QD=19.0986;RBI=0.0315073;REFB=-0.0168836;REVB=0.0308806;RO=51;SAF=25;SAR=27;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845253;STB=0.509619;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0211902;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:52:52:52:0.5:27:25:25:26:27:25:26:26 chr11 60265002 . C T 450.4 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00187612;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.651;QD=15.8034;RBI=0.0330655;REFB=-0.0112053;REVB=-0.0330122;RO=62;SAF=22;SAR=28;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107327;STB=0.5686;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0160883;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:62:64:50:50:0.438596:28:22:34:28:28:22:36:28 chr11 60285575 . A G 2931.7 PASS AF=1;AO=182;DP=186;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113629;FXX=0.0566981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.659;QD=64.0809;RBI=0.018665;REFB=0;REVB=0.0148077;RO=0;SAF=93;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152309;OID=.;OPOS=60285575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:183:0:0:182:183:1:89:93:0:0:90:93:0:0 chr11 60291413 . C T 370.63 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0436748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.618;QD=17.2384;RBI=0.049227;REFB=0.00173644;REVB=-0.0227114;RO=47;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212906;STB=0.501193;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00239605;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:20:19:23:24:20:19:23:24 chr11 60296879 . C T 413.54 PASS AF=0.342466;AO=50;DP=145;FAO=50;FDP=146;FR=.;FRO=96;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.000808405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.58;QD=11.3298;RBI=0.0582052;REFB=-0.0119137;REVB=-0.0581996;RO=95;SAF=17;SAR=33;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111295;STB=0.568273;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0279653;OID=.;OPOS=60296879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:95:96:50:50:0.342466:33:17:41:54:33:17:42:54 chr11 60504436 . T C 122.08 PASS AF=0.368421;AO=17;DP=41;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0277345;FXX=0.0731529;HRUN=16;LEN=1;MLLD=132.107;QD=12.8505;RBI=0.0485862;REFB=-0.0455061;REVB=-0.0398926;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941369;STB=0.642653;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.023365;OID=.;OPOS=60504436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:38:23:24:17:14:0.368421:8:9:10:13:5:9:10:14 chr11 60531264 . A G 508.57 PASS AF=0.38255;AO=56;DP=148;FAO=57;FDP=149;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=-0.000298131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.91;QD=13.6528;RBI=0.0140216;REFB=-7.63566e-05;REVB=-0.0140185;RO=91;SAF=22;SAR=34;SRF=56;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240303;STB=0.62519;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000101221;OID=.;OPOS=60531264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:91:92:56:57:0.38255:34:22:56:35:34:23:56:36 chr11 60531346 . T G 780.03 PASS AF=0.492188;AO=48;DP=129;FAO=63;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00189862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.268;QD=24.3759;RBI=0.00557273;REFB=-0.00709253;REVB=0.00523933;RO=52;SAF=32;SAR=16;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216619;STB=0.578122;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0117957;OID=.;OPOS=60531346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:52:53:48:63:0.492188:16:32:23:29:25:38:23:30 chr11 60559805 . A G 790.28 PASS AF=0.531915;AO=75;DP=142;FAO=75;FDP=141;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.00446471;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.195;QD=22.4193;RBI=0.0322064;REFB=-0.0333695;REVB=-0.0318955;RO=66;SAF=21;SAR=54;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698912;STB=0.538399;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.020275;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:66:66:75:75:0.531915:54:21:23:43:54:21:23:43 chr11 60610065 . G A 473.99 PASS AF=0.347059;AO=59;DP=168;FAO=59;FDP=170;FR=.;FRO=111;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=0.0111793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.025;QD=11.1527;RBI=0.0211722;REFB=-0.0015359;REVB=0.0179801;RO=109;SAF=38;SAR=21;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203097;STB=0.610994;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00228555;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:109:111:59:59:0.347059:21:38:51:58:21:38:53:58 chr11 60620585 . A G 1415.25 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.615;QD=62.9002;RBI=0.0973105;REFB=0;REVB=-0.09333;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13212e-05;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:35:55:0:0:35:55:0:0 chr11 60620590 . C G 1659.17 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7255;QD=60.3333;RBI=0.0908427;REFB=0;REVB=-0.0908215;RO=0;SAF=65;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000500512;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:45:65:0:0:45:65:0:0 chr11 60635091 . T C 769.97 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790837;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.472;QD=64.1639;RBI=0.00819958;REFB=0;REVB=0.0021658;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55848e-05;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr11 60638461 . C T 1145.04 PASS AF=0.546798;AO=109;DP=201;FAO=111;FDP=203;FR=.;FRO=92;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.0125681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.827;QD=22.5623;RBI=0.0127757;REFB=-0.00796244;REVB=-0.00229407;RO=90;SAF=53;SAR=56;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482512;STB=0.521735;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00638234;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:90:92:109:111:0.546798:56:53:49:41:56:55:50:42 chr11 60638470 . A G 3175.51 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133693;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.808;QD=63.8294;RBI=0.0253135;REFB=-0.0724889;REVB=-0.021495;RO=0;SAF=102;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08503e-05;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:200:199:0:0:199:199:1:97:102:0:0:97:102:0:0 chr11 60666341 . G A 405.51 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0300929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.742;QD=17.2559;RBI=0.0306279;REFB=-0.0122286;REVB=0.00570003;RO=52;SAF=9;SAR=33;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233415;STB=0.632115;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0125776;OID=.;OPOS=60666341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:33:9:21:31:33:9:21:31 chr11 60673868 . T C 746.85 PASS AF=0.413265;AO=81;DP=196;FAO=81;FDP=196;FR=.;FRO=115;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=68;FSRR=47;FWDB=-0.0461034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.697;QD=15.2419;RBI=0.0471527;REFB=-0.014641;REVB=-0.00989173;RO=115;SAF=46;SAR=35;SRF=68;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250865;STB=0.514039;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0211449;OID=.;OPOS=60673868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:115:115:81:81:0.413265:35:46:68:47:35:46:68:47 chr11 60689445 . T C 2934.63 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.815;QD=62.4389;RBI=0.122265;REFB=0;REVB=0.00484885;RO=0;SAF=16;SAR=160;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414126;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:176:188:0:0:176:188:1:160:16:0:0:162:26:0:0 chr11 60695301 . C A 4770.52 PASS AF=0.98722;AO=309;DP=313;FAO=309;FDP=313;FR=.;FRO=4;FSAF=117;FSAR=192;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0104844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.486;QD=60.9652;RBI=0.0353015;REFB=-0.0384342;REVB=0.0337087;RO=3;SAF=117;SAR=192;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000883207;STB=0.501748;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.000217025;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:313:313:3:4:309:309:0.98722:192:117:1:2:192:117:1:3 chr11 60698054 . G A 245.29 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0233474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.224;QD=13.2587;RBI=0.0305921;REFB=-0.0195398;REVB=-0.019768;RO=43;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00985579;STB=0.500544;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0384512;OID=.;OPOS=60698054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:43:45:29:29:0.391892:20:9:13:30:20:9:14:31 chr11 60699230 . G A 721.62 PASS AF=0.433333;AO=76;DP=178;FAO=78;FDP=180;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.00796156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9404;QD=16.036;RBI=0.0341059;REFB=-0.00832974;REVB=0.0331636;RO=102;SAF=38;SAR=38;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301747;STB=0.50941;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00852109;OID=.;OPOS=60699230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:102:102:76:78:0.433333:38:38:48:54:40:38:48:54 chr11 60701136 . C G 3150.73 PASS AF=0.526957;AO=254;DP=545;FAO=303;FDP=575;FR=.;FRO=272;FSAF=111;FSAR=192;FSRF=105;FSRR=167;FWDB=-0.00740444;FXX=0.00173608;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.267;QD=21.9181;RBI=0.00959761;REFB=-0.0254086;REVB=0.00610642;RO=182;SAF=98;SAR=156;SRF=64;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280506;STB=0.509978;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0204504;OID=.;OPOS=60701136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:545:575:182:272:254:303:0.526957:156:98:64:118:192:111:105:167 chr11 60703777 . G A 372.88 PASS AF=0.378151;AO=42;DP=115;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.022808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1199;QD=12.5339;RBI=0.0300738;REFB=-0.0266866;REVB=0.0196018;RO=70;SAF=27;SAR=15;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827464;STB=0.52684;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0697628;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:70:74:42:45:0.378151:15:27:40:30:17:28:43:31 chr11 60704213 . C T 1696.1 PASS AF=0.480663;AO=174;DP=362;FAO=174;FDP=362;FR=.;FRO=188;FSAF=76;FSAR=98;FSRF=65;FSRR=123;FWDB=0.00822441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1716;QD=18.7414;RBI=0.0141625;REFB=-0.00962915;REVB=-0.0115297;RO=180;SAF=76;SAR=98;SRF=65;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720896;STB=0.548632;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0100491;OID=.;OPOS=60704213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:362:180:188:174:174:0.480663:98:76:65:115:98:76:65:123 chr11 60705454 . A G 2063.94 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198285;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.989;QD=62.5437;RBI=0.0382935;REFB=0;REVB=-0.03276;RO=0;SAF=57;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716649;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:130:132:1:73:57:0:0:75:57:0:0 chr11 60776306 . C T 229.42 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0263127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.569;QD=14.1181;RBI=0.0351229;REFB=-0.00744261;REVB=-0.023265;RO=38;SAF=7;SAR=20;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134155;STB=0.576863;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0113524;OID=.;OPOS=60776306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:20:7:14:24:20:7:14:24 chr11 60892606 . A C,G 898.95 PASS AF=0.0634921,0.936508;AO=4,59;DP=63;FAO=4,59;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=4,32;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227376,0.127164;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.307,57.3828;QD=57.076;RBI=0.0258537,0.135198;REFB=0,0;REVB=-0.0123052,0.04591;RO=0;SAF=4,32;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.96591e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.147684,-0.00111917;OID=.,.;OPOS=60892606,60892606;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:63:63:0:0:4,59:4,59:0.0634921,0.936508:0,27:4,32:0:0:0,27:4,32:0:0 chr11 60893235 . C T 1522.93 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.339;QD=63.4556;RBI=0.00947764;REFB=0;REVB=0.00796532;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01681e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:94:96:1:44:50:0:0:44:52:0:0 chr11 60899767 . A G 1677.38 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9343;QD=60.4462;RBI=0.0632649;REFB=0;REVB=-0.0349305;RO=0;SAF=72;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359432;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:39:72:0:0:39:72:0:0 chr11 61106892 . G C 1943.85 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145084;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4918;QD=61.7095;RBI=0.0168085;REFB=0;REVB=-0.00848707;RO=0;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000328311;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:124:126:1:68:56:0:0:70:56:0:0 chr11 61108974 . G A 1989.35 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0848;QD=62.1671;RBI=0.0409572;REFB=0;REVB=0.0231765;RO=0;SAF=51;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189587;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:77:51:0:0:77:51:0:0 chr11 61112802 . C T 2267.69 PASS AF=0.986928;AO=150;DP=152;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0446545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3484;QD=59.2861;RBI=0.0579474;REFB=-0.131459;REVB=0.0369306;RO=2;SAF=83;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139846;STB=0.507245;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00120047;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:153:2:2:150:151:0.986928:67:83:0:2:68:83:0:2 chr11 61165280 . G A 3347.71 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.179;QD=62.283;RBI=0.0122115;REFB=0;REVB=-0.0106966;RO=0;SAF=136;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.88561e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78964e-06;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:215:215:1:79:136:0:0:79:136:0:0 chr11 61165731 . C CA 674.72 PASS AF=1;AO=42;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245696;FXX=0.0222173;HRUN=0;LEN=1;MLLD=282.614;QD=61.3377;RBI=0.0299456;REFB=0;REVB=0.0171193;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000444227;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:46:44:44:0:15:29:0:0:4:1:13:29:1:0 chr11 61165741 . G C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.629;QD=62.3493;RBI=0.0320144;REFB=0;REVB=0.0247667;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53621e-05;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr11 61166306 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9908;QD=55.6559;RBI=0.0298311;REFB=0;REVB=-0.0279215;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402646;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr11 61179285 . G A 2332.33 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220848;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.763;QD=60.5801;RBI=0.0247603;REFB=0;REVB=-0.0111953;RO=0;SAF=77;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936158;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:154:0:0:151:154:1:74:77:0:0:74:80:0:0 chr11 61204361 . A C 2553.93 PASS AF=0.988235;AO=164;DP=167;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0158752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6906;QD=60.0925;RBI=0.0321577;REFB=0.00676097;REVB=0.027966;RO=2;SAF=76;SAR=88;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000843283;STB=0.500493;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-7.8486e-05;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:170:2:2:164:168:0.988235:88:76:1:1:91:77:1:1 chr11 61249383 . C A 1700.98 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0223353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5908;QD=58.6544;RBI=0.0297629;REFB=-0.140836;REVB=0.0196714;RO=2;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172597;STB=0.509089;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00663548;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:54:60:0:2:54:60:0:2 chr11 61404766 . C T 1268.58 PASS AF=0.580488;AO=119;DP=205;FAO=119;FDP=205;FR=.;FRO=86;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.00682842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0007;QD=24.7528;RBI=0.0641844;REFB=0.00111555;REVB=-0.0638201;RO=86;SAF=64;SAR=55;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473002;STB=0.525663;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.000811046;OID=.;OPOS=61404766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:86:86:119:119:0.580488:55:64:41:45:55:64:41:45 chr11 61487690 . G A 2352.67 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0998483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2592;QD=61.1082;RBI=0.100087;REFB=0;REVB=-0.00690176;RO=0;SAF=83;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205484;OID=.;OPOS=61487690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:70:83:0:0:71:83:0:0 chr11 61505168 . G A 3459.31 PASS AF=1;AO=221;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.959;QD=62.6119;RBI=0.029902;REFB=0;REVB=-0.00430993;RO=0;SAF=109;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28912e-05;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:221:0:0:221:221:1:112:109:0:0:112:109:0:0 chr11 61534872 . A C 2107.6 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.439;QD=61.9881;RBI=0.0526359;REFB=0;REVB=0.0191847;RO=0;SAF=47;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138754;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:136:0:0:130:136:1:83:47:0:0:83:53:0:0 chr11 61547669 . C T 973.91 PASS AF=0.534091;AO=94;DP=178;FAO=94;FDP=176;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=0.00499689;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.616;QD=22.1344;RBI=0.0118038;REFB=-0.00904673;REVB=-0.0106939;RO=80;SAF=42;SAR=52;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105154;STB=0.556039;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00759194;OID=.;OPOS=61547669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:80:82:94:94:0.534091:52:42:26:54:52:42:27:55 chr11 61551356 . T C 1641.9 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.451;QD=60.253;RBI=0.0244498;REFB=0;REVB=0.024408;RO=0;SAF=32;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32462e-05;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:77:32:0:0:77:32:0:0 chr11 61564299 . G T 214.23 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.128976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.829;QD=45.1017;RBI=0.129544;REFB=-0.0204272;REVB=-0.0121096;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0021116;OID=.;OPOS=61564299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:0:1:10:8:0:1 chr11 61582708 . T C 2433.75 PASS AF=0.899471;AO=171;DP=189;FAO=170;FDP=189;FR=.;FRO=19;FSAF=74;FSAR=96;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.0201393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.597;QD=51.5079;RBI=0.0435278;REFB=0.023025;REVB=-0.0385886;RO=17;SAF=75;SAR=96;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764734;STB=0.546404;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0239881;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:189:189:17:19:171:170:0.899471:96:75:15:2:96:74:17:2 chr11 61593816 . C T 2035.43 PASS AF=0.985075;AO=130;DP=133;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0556844;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.232;QD=60.759;RBI=0.0749575;REFB=-0.131044;REVB=0.0501784;RO=0;SAF=64;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98038e-08;STB=0.500113;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000812103;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:134:0:2:130:132:0.985075:66:64:0:0:67:65:1:1 chr11 61669946 . G A 1978.47 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.19;QD=61.348;RBI=0.0108907;REFB=-0.0291099;REVB=0.00510213;RO=0;SAF=58;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80992e-05;OID=.;OPOS=61669946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:129:129:0:0:128:129:1:70:58:0:0:70:59:0:0 chr11 61672235 . T C 1264.69 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0909496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3835;QD=61.6923;RBI=0.0952134;REFB=0;REVB=-0.0281736;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000662986;OID=.;OPOS=61672235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:50:32:0:0 chr11 61672265 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.737;QD=60.3767;RBI=0.0102165;REFB=0;REVB=-0.0069816;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31909e-07;OID=.;OPOS=61672265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:49:25:0:0:49:25:0:0 chr11 61675121 . T C 419.96 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0265154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.403;QD=14.6072;RBI=0.0315433;REFB=0.000986102;REVB=0.0170855;RO=64;SAF=28;SAR=20;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117247;STB=0.579067;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00153089;OID=.;OPOS=61675121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:67:48:48:0.417391:20:28:30:34:20:28:30:37 chr11 61719387 . T C 1069.15 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0508316;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1024;QD=56.2708;RBI=0.058436;REFB=-0.143408;REVB=-0.0288255;RO=3;SAF=33;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410748;STB=0.514282;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0122156;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:77:76:3:2:73:74:0.973684:40:33:3:0:40:34:2:0 chr11 61722645 . C A 2025.92 PASS AF=0.970803;AO=133;DP=137;FAO=133;FDP=137;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00464934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.913;QD=59.1511;RBI=0.029911;REFB=-0.190041;REVB=0.0295474;RO=4;SAF=62;SAR=71;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260228;STB=0.513697;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00152436;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:137:137:4:4:133:133:0.970803:71:62:0:4:71:62:0:4 chr11 61725901 . G A 639.53 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0204794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9072;QD=23.6863;RBI=0.0215573;REFB=-0.0108355;REVB=0.00673127;RO=45;SAF=26;SAR=36;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871235;STB=0.551106;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0073308;OID=.;OPOS=61725901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:45:46:62:62:0.574074:36:26:14:31:36:26:14:32 chr11 61730234 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.972;QD=51.915;RBI=0.027907;REFB=0;REVB=0.0247023;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242982;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr11 61734977 . G C 53.34 PASS AF=0.169811;AO=8;DP=52;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=5;FWDB=-0.0125083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2167;QD=4.02548;RBI=0.202788;REFB=-0.00943604;REVB=0.202402;RO=44;SAF=8;SAR=0;SRF=39;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583243;STB=0.505251;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0541128;OID=.;OPOS=61734977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:52:53:44:44:8:9:0.169811:0:8:39:5:1:8:39:5 chr11 61734982 . T C 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=5;FWDB=-0.0220873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.33;QD=3.96474;RBI=0.0507048;REFB=-0.00680636;REVB=0.0456413;RO=48;SAF=9;SAR=1;SRF=43;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139874;STB=0.504663;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0201318;OID=.;OPOS=61734982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:48:49:10:10:0.169492:1:9:43:5:1:9:44:5 chr11 61734985 . G C 75.55 PASS AF=0.191176;AO=14;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=8;FWDB=0.0285733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3582;QD=4.44428;RBI=0.0657762;REFB=0.0035781;REVB=-0.0592459;RO=54;SAF=13;SAR=1;SRF=46;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244886;STB=0.646432;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0137275;OID=.;OPOS=61734985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:54:55:14:13:0.191176:1:13:46:8:1:12:47:8 chr11 61735059 . A C 125.05 PASS AF=0.140625;AO=27;DP=192;FAO=27;FDP=192;FR=.;FRO=165;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=108;FWDB=0.00232904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.323;QD=2.60526;RBI=0.0150291;REFB=-0.00379394;REVB=0.0148476;RO=165;SAF=24;SAR=3;SRF=57;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636931;STB=0.916141;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0121591;OID=.;OPOS=61735059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:165:165:27:27:0.140625:3:24:57:108:3:24:57:108 chr11 61735080 . G T 111.73 PASS AF=0.135135;AO=25;DP=185;FAO=25;FDP=185;FR=.;FRO=160;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=53;FSRR=107;FWDB=0.016284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5237;QD=2.41585;RBI=0.0163923;REFB=-0.00241336;REVB=0.00188076;RO=159;SAF=22;SAR=3;SRF=53;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.631888;STB=0.914654;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0104321;OID=.;OPOS=61735080;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:159:160:25:25:0.135135:3:22:53:106:3:22:53:107 chr11 61895741 . A G 437.41 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00709593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.551;QD=24.3006;RBI=0.00748164;REFB=-0.0237357;REVB=0.00237121;RO=30;SAF=20;SAR=22;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686447;STB=0.537631;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0152881;OID=.;OPOS=61895741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:22:20:17:13:22:20:17:13 chr11 61897359 . C T 660.72 PASS AF=0.404372;AO=74;DP=182;FAO=74;FDP=183;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=66;FWDB=0.0258244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1958;QD=14.4419;RBI=0.0261843;REFB=0.013871;REVB=0.00432682;RO=108;SAF=35;SAR=39;SRF=43;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798142;STB=0.547107;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.020926;OID=.;OPOS=61897359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:108:109:74:74:0.404372:39:35:43:65:39:35:43:66 chr11 61906374 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.862;QD=58.0606;RBI=0.0492038;REFB=0;REVB=-0.0101657;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021696;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr11 61913196 . G T 187.62 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.000887419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1923;QD=12.72;RBI=0.0186879;REFB=-0.016971;REVB=0.0186668;RO=36;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23587;STB=0.644318;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0176521;OID=.;OPOS=61913196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:36:22:23:0.389831:14:8:21:15:15:8:21:15 chr11 62010863 . C T 4336.06 PASS AF=1;AO=275;DP=275;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.977;QD=63.07;RBI=0.0167589;REFB=0;REVB=0.0077201;RO=0;SAF=120;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04139e-06;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:275:275:0:0:275:275:1:155:120:0:0:155:120:0:0 chr11 62236219 . T C,G 759.52 PASS AF=0.981481,0.0185185;AO=52,2;DP=54;FAO=53,1;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.082992,-0.00534938;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.498,89.9382;QD=56.2605;RBI=0.0836798,0.00614505;REFB=0,0;REVB=-0.0107068,0.0030242;RO=0;SAF=19,0;SAR=33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.0907e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00584306,0.10346;OID=.,.;OPOS=62236219,62236219;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:54:54:0:0:52,2:53,1:0.981481,0.0185185:33,2:19,0:0:0:34,1:19,0:0:0 chr11 62292882 . G T 2361.09 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029349;FXX=0.00636902;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0403;QD=60.5408;RBI=0.030736;REFB=0;REVB=0.00912879;RO=1;SAF=55;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80964e-05;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:156:1:0:152:156:1:97:55:1:0:100:56:0:0 chr11 62302559 . C T 571.63 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00204248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.585;QD=25.6912;RBI=0.0130093;REFB=-0.0128422;REVB=-0.012848;RO=36;SAF=27;SAR=25;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097419;STB=0.558358;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00611657;OID=.;OPOS=62302559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:37:52:52:0.58427:25:27:14:22:25:27:14:23 chr11 62360924 . A G 30.35 PASS AF=0.208333;AO=5;DP=27;FAO=5;FDP=24;FR=.;FRO=19;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=0;FXX=0.11107;HRUN=27;LEN=1;MLLD=104.544;QD=5.05897;RBI=0.0215209;REFB=-0.00245446;REVB=-0.0215209;RO=19;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287497;OID=.;OPOS=62360924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:27:24:19:19:5:5:0.208333:5:0:0:19:5:0:0:19 chr11 62360925 . A G 35.71 PASS AF=0.222222;AO=5;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=0;FXX=0;HRUN=27;LEN=1;MLLD=138.068;QD=5.29058;RBI=0.00291327;REFB=-0.00832894;REVB=-0.00291327;RO=20;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00756339;OID=.;OPOS=62360925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:20:21:5:6:0.222222:5:0:0:20:6:0:0:21 chr11 62381106 . G C 624.06 PASS AF=0.976744;AO=35;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.143213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3401;QD=58.0519;RBI=0.28788;REFB=0.0422321;REVB=0.249729;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207916;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00716533;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:35:42:0.976744:13:22:1:0:16:26:1:0 chr11 62383715 . G C 177.37 PASS AF=1;AO=7;DP=31;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536222;FXX=0.249922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=9.20884;QD=29.561;RBI=0.221482;REFB=0;REVB=-0.214892;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.182711;OID=.;OPOS=62383715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:24:0:0:7:24:1:3:4:0:0:18:6:0:0 chr11 62383719 . A C 38.77 PASS AF=0.236842;AO=5;DP=34;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0496174;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=70.4004;QD=4.08111;RBI=0.0953317;REFB=-0.0468734;REVB=-0.0814018;RO=28;SAF=0;SAR=5;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.591042;STB=0.555426;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.101478;OID=.;OPOS=62383719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:34:38:28:29:5:9:0.236842:5:0:8:20:7:2:8:21 chr11 62430659 . T A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.742;QD=59.6786;RBI=0.0493011;REFB=0;REVB=0.00680873;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51812e-05;OID=.;OPOS=62430659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr11 62439569 . G A 4093.28 PASS AF=0.978022;AO=267;DP=273;FAO=267;FDP=273;FR=.;FRO=6;FSAF=107;FSAR=160;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0309008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.99;QD=59.9748;RBI=0.0451504;REFB=-0.0754811;REVB=0.0329196;RO=5;SAF=107;SAR=160;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733338;STB=0.501543;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00156622;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:273:273:5:6:267:267:0.978022:160:107:1:4:160:107:2:4 chr11 62458275 . T C 409.08 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.020774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4346;QD=17.9817;RBI=0.0262461;REFB=-0.00318389;REVB=-0.0160406;RO=49;SAF=17;SAR=25;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122436;STB=0.568449;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00303227;OID=.;OPOS=62458275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:25:17:26:23:25:17:26:23 chr11 62458782 . GC CG 91.59 PASS AF=0.244898;AO=9;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=26;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0934011;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=72.0815;QD=7.47669;RBI=0.0934029;REFB=-0.0193378;REVB=0.00057085;RO=17;SAF=0;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.740312;STB=0.850475;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.13612;OID=.;OPOS=62458782;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:49:49:17:26:9:12:0.244898:9:0:5:12:11:1:12:14 chr11 62496519 . T C 1736.68 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0245276;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.548;QD=59.8854;RBI=0.0304973;REFB=-0.0341542;REVB=0.0181242;RO=1;SAF=42;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111716;STB=0.505881;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00114176;OID=.;OPOS=62496519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:116:1:1:115:115:0.991379:73:42:1:0:73:42:1:0 chr11 62505764 . C T 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00123755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5345;QD=9.6682;RBI=0.00836891;REFB=-0.00524566;REVB=-0.0082769;RO=43;SAF=11;SAR=10;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120415;STB=0.561243;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0127304;OID=.;OPOS=62505764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:44:21:21:0.323077:10:11:27:16:10:11:27:17 chr11 62519565 . G C 478.02 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.000550302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.699;QD=19.712;RBI=0.0136078;REFB=-0.00668454;REVB=0.0135967;RO=49;SAF=25;SAR=22;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132026;STB=0.567657;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00454436;OID=.;OPOS=62519565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:50:47:47:0.484536:22:25:19:30:22:25:20:30 chr11 62521475 . T C 407.44 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0442314;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.9249;QD=14.4227;RBI=0.044978;REFB=-0.00260141;REVB=-0.00816118;RO=66;SAF=17;SAR=30;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847532;STB=0.547816;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00416635;OID=.;OPOS=62521475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:66:47:47:0.415929:30:17:29:37:30:17:29:37 chr11 62559385 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0133818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.574;QD=16.4078;RBI=0.0210088;REFB=-0.015477;REVB=0.0161957;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124635;STB=0.571361;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0231735;OID=.;OPOS=62559385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:12:9:16:13:12:9:16:13 chr11 62563353 . G A 859.48 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000580061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.791;QD=54.5702;RBI=0.012967;REFB=0.017406;REVB=0.012954;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185059;STB=0.519224;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-6.57075e-05;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:36:25:1:0:36:25:2:0 chr11 62564009 . T C 477.85 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.068717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3592;QD=19.7052;RBI=0.072826;REFB=0.00768262;REVB=0.0241163;RO=48;SAF=9;SAR=38;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157349;STB=0.594449;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00484977;OID=.;OPOS=62564009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:48:50:47:47:0.484536:38:9:15:33:38:9:16:34 chr11 62569105 . T TAC 242.19 PASS AF=0.314286;AO=32;DP=107;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=-0.00468572;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=2;MLLD=294.589;QD=9.2263;RBI=0.00653076;REFB=-0.00916519;REVB=-0.00454916;RO=73;SAF=14;SAR=18;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288258;STB=0.670492;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.0223974;OID=.;OPOS=62569106;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:32:107:33:105:72:14:19:49:23:99:73:14:18:50:23 chr11 62569107 . G C 85.22 PASS AF=0.153846;AO=16;DP=104;FAO=16;FDP=104;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0799452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.178;QD=3.27767;RBI=0.0845677;REFB=-0.00420979;REVB=-0.0275765;RO=86;SAF=13;SAR=3;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343997;STB=0.745565;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0273042;OID=.;OPOS=62569107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:104:104:86:88:16:16:0.153846:3:13:49:37:3:13:49:39 chr11 62575025 . A T 343.25 PASS AF=0.34127;AO=43;DP=126;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.00222881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7763;QD=10.8968;RBI=0.0155539;REFB=-0.00162766;REVB=-0.0153933;RO=82;SAF=25;SAR=18;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148208;STB=0.58906;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0029154;OID=.;OPOS=62575025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:82:83:43:43:0.34127:18:25:37:45:18:25:37:46 chr11 62592961 . T C 510.98 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0113979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.428;QD=21.291;RBI=0.0300837;REFB=-0.0391655;REVB=0.0278409;RO=47;SAF=16;SAR=33;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758099;STB=0.541982;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0332407;OID=.;OPOS=62592961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:33:16:19:28:33:16:19:28 chr11 62602983 . A G 344.17 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-8.22279e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.204;QD=14.0478;RBI=0.0556111;REFB=-0.013303;REVB=-0.055611;RO=60;SAF=17;SAR=21;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209293;STB=0.511911;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0205848;OID=.;OPOS=62602983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:21:17:28:32:21:17:28:32 chr11 62603000 . C T 491.48 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-1.1555e-05;FXX=0.0416623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.519;QD=21.3688;RBI=3.20378e-05;REFB=-0.0133822;REVB=2.98815e-05;RO=43;SAF=18;SAR=29;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153808;STB=0.585684;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0134641;OID=.;OPOS=62603000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:92:43:45:47:47:0.51087:29:18:24:19:29:18:25:20 chr11 62607068 . A G 697.51 PASS AF=0.5;AO=69;DP=138;FAO=69;FDP=138;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=0.0306621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2514;QD=20.2176;RBI=0.10155;REFB=-0.00715918;REVB=-0.0968107;RO=69;SAF=32;SAR=37;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133929;STB=0.573603;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00647992;OID=.;OPOS=62607068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:69:69:69:69:0.5:37:32:22:47:37:32:22:47 chr11 62609108 . T C 91.01 PASS AF=0.0911854;AO=30;DP=329;FAO=30;FDP=329;FR=.;FRO=299;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=123;FSRR=176;FWDB=1.7227e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.001;QD=1.1065;RBI=0.0169721;REFB=-0.00137291;REVB=-0.0169721;RO=296;SAF=7;SAR=23;SRF=123;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237702;STB=0.68205;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0242132;OID=.;OPOS=62609108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:329:329:296:299:30:30:0.0911854:23:7:123:173:23:7:123:176 chr11 62609112 . A G 3124.7 PASS AF=0.687003;AO=258;DP=378;FAO=259;FDP=377;FR=.;FRO=118;FSAF=96;FSAR=163;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=0.00634386;FXX=0.00264543;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3175;QD=33.1533;RBI=0.0366914;REFB=0.00237521;REVB=-0.0361388;RO=118;SAF=96;SAR=162;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683183;STB=0.536978;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00175512;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:377:118:118:258:259:0.687003:162:96:57:61:163:96:57:61 chr11 62609122 . T C 124.99 PASS AF=0.0843806;AO=47;DP=558;FAO=47;FDP=557;FR=.;FRO=510;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=190;FSRR=320;FWDB=-0.00686109;FXX=0.00357775;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.941;QD=0.897572;RBI=0.0224456;REFB=0.00147345;REVB=-0.0213712;RO=509;SAF=23;SAR=24;SRF=189;SRR=320;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142296;STB=0.607451;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0166825;OID=.;OPOS=62609122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:558:557:509:510:47:47:0.0843806:24:23:189:320:24:23:190:320 chr11 62609171 . TATT CTGC 7607.67 PASS AF=0.840299;AO=538;DP=702;FAO=563;FDP=670;FR=.;FRO=107;FSAF=229;FSAR=334;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=-0.00366617;FXX=0.0482948;HRUN=1;LEN=4;MLLD=232.913;QD=45.4189;RBI=0.0515441;REFB=-0.0497171;REVB=0.0514136;RO=103;SAF=223;SAR=315;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000933605;STB=0.503826;STBP=0.644;TYPE=mnp;VARB=0.00808675;OID=.;OPOS=62609171;OREF=TATT;OALT=CTGC;OMAPALT=CTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:702:670:103:107:538:563:0.840299:315:223:43:60:334:229:46:61 chr11 62609197 . T C 30.43 PASS AF=0.0435931;AO=33;DP=757;FAO=33;FDP=757;FR=.;FRO=724;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=313;FSRR=411;FWDB=-0.00780794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3121;QD=0.160817;RBI=0.0290919;REFB=-0.000602519;REVB=-0.0280245;RO=722;SAF=16;SAR=17;SRF=312;SRR=410;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493589;STB=0.550408;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0143658;OID=.;OPOS=62609197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:757:757:722:724:33:33:0.0435931:17:16:312:410:17:16:313:411 chr11 62609264 . A G 45.08 PASS AF=0.0564516;AO=28;DP=491;FAO=28;FDP=496;FR=.;FRO=468;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=225;FSRR=243;FWDB=-0.00725018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.537;QD=0.363564;RBI=0.0072756;REFB=-8.72107e-07;REVB=-0.000607647;RO=463;SAF=16;SAR=12;SRF=222;SRR=241;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094754;STB=0.585137;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0157505;OID=.;OPOS=62609264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:491:496:463:468:28:28:0.0564516:12:16:222:241:12:16:225:243 chr11 62623051 . T C 419.38 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0183994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.658;QD=17.658;RBI=0.0301771;REFB=0.00797537;REVB=-0.023919;RO=51;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14558;STB=0.576227;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00388957;OID=.;OPOS=62623051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:52:43:43:0.452632:18:25:22:29:18:25:23:29 chr11 62847453 . T C 1399.59 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474598;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6743;QD=62.9027;RBI=0.0525609;REFB=0;REVB=0.0523461;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195743;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:53:36:0:0:53:36:0:0 chr11 62848445 . A G 702.56 PASS AF=0.561983;AO=65;DP=120;FAO=68;FDP=121;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0369917;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6777;QD=23.225;RBI=0.0416536;REFB=-0.0174287;REVB=0.0191476;RO=53;SAF=23;SAR=42;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861895;STB=0.54657;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0137534;OID=.;OPOS=62848445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:53:53:65:68:0.561983:42:23:24:29:44:24:24:29 chr11 62848487 . A C 1701.49 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.827;QD=60.2298;RBI=0.0545657;REFB=0;REVB=0.0456156;RO=0;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27511e-05;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:113:0:0:108:113:1:64:44:0:0:69:44:0:0 chr11 62848568 . C G 284.62 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.108447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2285;QD=17.7887;RBI=0.111553;REFB=0.0313208;REVB=0.026138;RO=32;SAF=1;SAR=30;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.595614;STB=0.847126;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0299342;OID=.;OPOS=62848568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:31:31:0.484375:30:1:9:23:30:1:9:24 chr11 62863518 . A G 316.05 PASS AF=0.403846;AO=35;DP=105;FAO=42;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.120906;FXX=0.0188661;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.7903;QD=12.1556;RBI=0.122539;REFB=-0.0110646;REVB=-0.01994;RO=44;SAF=13;SAR=22;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627324;STB=0.613278;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00314786;OID=.;OPOS=62863518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:44:62:35:42:0.403846:22:13:19:25:28:14:32:30 chr11 62886319 . G C 446.72 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5386;QD=57.6414;RBI=0.00837191;REFB=0;REVB=0.00123159;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150989;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr11 62902172 . A C 1256.29 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0324551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.029;QD=59.1194;RBI=0.0325742;REFB=-0.160481;REVB=0.00278281;RO=1;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116936;STB=0.512192;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00061199;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:83:83:0.976471:40:43:0:1:40:43:0:2 chr11 62910849 . T C 3191.63 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.102;QD=64.1533;RBI=0.0174415;REFB=0;REVB=0.0119204;RO=0;SAF=118;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0996e-06;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:199:0:0:198:199:1:80:118:0:0:80:119:0:0 chr11 62911079 . G C 1785.52 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.249;QD=61.0433;RBI=0.0103727;REFB=0;REVB=-0.00754422;RO=0;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10135e-06;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:70:46:0:0:70:47:0:0 chr11 62931484 . T C 673.0 PASS AF=0.430233;AO=74;DP=172;FAO=74;FDP=172;FR=.;FRO=98;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.0218713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.723;QD=15.6511;RBI=0.0224049;REFB=-0.0267348;REVB=-0.00486078;RO=96;SAF=28;SAR=46;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126202;STB=0.571087;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0343273;OID=.;OPOS=62931484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:96:98:74:74:0.430233:46:28:48:48:46:28:49:49 chr11 62951221 . C G 619.55 PASS AF=0.484615;AO=62;DP=131;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0301151;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2176;QD=19.063;RBI=0.0313966;REFB=-0.00594049;REVB=0.00887841;RO=67;SAF=34;SAR=28;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942982;STB=0.555538;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00895239;OID=.;OPOS=62951221;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:67:67:62:63:0.484615:28:34:30:37:28:35:30:37 chr11 62984868 . T C 532.05 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0217609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.597;QD=25.6408;RBI=0.0495333;REFB=0.00674;REVB=0.0444973;RO=34;SAF=24;SAR=25;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296749;STB=0.516218;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.0213854;OID=.;OPOS=62984868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:34:49:49:0.590361:25:24:18:16:25:24:18:16 chr11 62985544 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00900783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6847;QD=14.3345;RBI=0.0117893;REFB=-0.00753089;REVB=-0.00760568;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269823;STB=0.654819;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00642095;OID=.;OPOS=62985544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:7:19:8:9:7:19 chr11 63057925 . G A 459.64 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.00876952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.543;QD=14.3637;RBI=0.00923759;REFB=-0.0168175;REVB=0.0029032;RO=75;SAF=20;SAR=32;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17129;STB=0.592917;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0235027;OID=.;OPOS=63057925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:76:52:52:0.40625:32:20:41:34:32:20:41:35 chr11 63064823 . T C 899.48 PASS AF=0.45933;AO=96;DP=209;FAO=96;FDP=209;FR=.;FRO=113;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=0.0287627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7056;QD=17.2149;RBI=0.0326081;REFB=-0.0162881;REVB=-0.0153622;RO=112;SAF=45;SAR=51;SRF=46;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569458;STB=0.533608;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0152599;OID=.;OPOS=63064823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:112:113:96:96:0.45933:51:45:46:66:51:45:46:67 chr11 63072310 . C T 493.05 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00110611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.019;QD=16.0343;RBI=0.0241512;REFB=-0.0119325;REVB=-0.0241259;RO=69;SAF=25;SAR=29;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589835;STB=0.53298;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0165211;OID=.;OPOS=63072310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:69:54:54:0.439024:29:25:36:33:29:25:36:33 chr11 63129876 . T G 1453.52 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.207;QD=63.1967;RBI=0.0119441;REFB=0;REVB=-0.0118298;RO=0;SAF=28;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75974e-05;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:63:28:0:0:63:29:0:0 chr11 63258416 . T C 5724.13 PASS AF=1;AO=363;DP=367;FAO=364;FDP=364;FR=.;FRO=0;FSAF=260;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000816115;FXX=0.0108693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.603;QD=62.9026;RBI=0.0275086;REFB=-0.0192137;REVB=0.0274965;RO=1;SAF=259;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00456575;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16694e-05;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:367:364:1:0:363:364:1:104:259:0:1:104:260:0:0 chr11 63313644 . T C 2702.53 PASS AF=0.988701;AO=175;DP=177;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00851861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.309;QD=61.0742;RBI=0.0592024;REFB=-0.149483;REVB=0.0585863;RO=2;SAF=88;SAR=87;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108159;STB=0.505681;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000532889;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:177:177:2:2:175:175:0.988701:87:88:0:2:87:88:0:2 chr11 63411710 . A G 166.4 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0632358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.158;QD=14.791;RBI=0.0669193;REFB=-0.0116933;REVB=-0.0218958;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210251;STB=0.621487;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0367785;OID=.;OPOS=63411710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:11:7:16:11:11:7:16:11 chr11 63413962 . AAAAT A 1382.68 PASS AF=0.931298;AO=118;DP=133;FAO=122;FDP=131;FR=.;FRO=9;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0503164;FXX=0.0223864;HRUN=4;LEN=4;MLLD=289.559;QD=42.2192;RBI=0.0531219;REFB=-0.0570106;REVB=0.0170353;RO=0;SAF=49;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10569e-08;STB=0.525184;STBP=0.036;TYPE=del;VARB=0.00400868;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.931298:118:133:122:131:9:51:71:7:2:7:0:49:69:0:0 chr11 63487386 . T C 1385.65 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00608278;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.086;QD=61.5844;RBI=0.00626802;REFB=-0.0901052;REVB=0.00151256;RO=1;SAF=30;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155337;STB=0.508195;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0002463;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:59:30:1:0:59:30:1:0 chr11 63585804 . C A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0595423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.177;QD=13.7742;RBI=0.0595816;REFB=0.00209009;REVB=0.00216393;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208926;STB=0.635709;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00311794;OID=.;OPOS=63585804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:31:20:20:0.392157:9:11:10:19:9:11:10:21 chr11 63661820 . C T 1524.75 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.484;QD=63.5313;RBI=0.0270239;REFB=0;REVB=0.0161507;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28436e-05;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:50:44:0:0:51:45:0:0 chr11 63673603 . CTG C 409.57 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121547;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.876;QD=56.4921;RBI=0.127721;REFB=0;REVB=0.039229;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000613233;OID=.;OPOS=63673604;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:30:29:29:0:15:14:0:0:4:0:13:12:0:0 chr11 63681513 . T C 3148.32 PASS AF=0.990476;AO=204;DP=207;FAO=208;FDP=210;FR=.;FRO=2;FSAF=114;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0194294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8127;QD=59.9681;RBI=0.0628214;REFB=-0.0386116;REVB=0.0597414;RO=3;SAF=113;SAR=91;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314972;STB=0.500462;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00166259;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:207:210:3:2:204:208:0.990476:91:113:2:1:94:114:1:1 chr11 63743961 . AC GG 136.35 PASS AF=0.339623;AO=14;DP=50;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0181245;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.13;QD=10.2906;RBI=0.0222481;REFB=-0.00601027;REVB=0.0129028;RO=34;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197664;STB=0.630332;STBP=0.212;TYPE=mnp;VARB=0.00443801;OID=.;OPOS=63743961;OREF=AC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:34:35:14:18:0.339623:10:4:15:19:13:5:16:19 chr11 63743964 . G C 144.83 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.067052;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6801;QD=11.1404;RBI=0.0743667;REFB=0.00802953;REVB=0.0321626;RO=34;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200868;STB=0.618908;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00883496;OID=.;OPOS=63743964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:13:5:15:19:13:5:15:19 chr11 63883985 . T C 2474.76 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.988;QD=61.4848;RBI=0.0146364;REFB=0;REVB=0.00269885;RO=0;SAF=86;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04766e-05;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:75:86:0:0:75:86:0:0 chr11 63884027 . C T 1481.43 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0203097;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.018;QD=56.4355;RBI=0.0205304;REFB=-0.0596626;REVB=0.00300181;RO=2;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210747;STB=0.51648;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000542925;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:105:2:3:102:102:0.971429:44:58:0:2:44:58:0:3 chr11 63885305 . C T 924.45 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0847063;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.991;QD=56.8891;RBI=0.0861263;REFB=-0.090716;REVB=-0.0155749;RO=1;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185161;STB=0.509801;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00107254;OID=.;OPOS=63885305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:25:39:0:1:25:39:0:1 chr11 63885632 . A G 1356.87 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.303;QD=61.6757;RBI=0.109306;REFB=0;REVB=0.0710752;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109129;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:46:41:0:0:47:41:0:0 chr11 63885704 . C T 545.35 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0723005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.333;QD=57.4052;RBI=0.0728919;REFB=-0.13428;REVB=0.0092667;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00365933;OID=.;OPOS=63885704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:18:19:0:0:18:19:0:1 chr11 63886539 . C T 2307.81 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.744;QD=61.134;RBI=0.0174814;REFB=0;REVB=0.0112357;RO=0;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37276e-06;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:77:74:0:0:77:74:0:0 chr11 63988045 . G A 1470.12 PASS AF=0.575107;AO=134;DP=234;FAO=134;FDP=233;FR=.;FRO=99;FSAF=81;FSAR=53;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=-0.00856677;FXX=0.0210075;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.129;QD=25.2381;RBI=0.0195859;REFB=-0.0230247;REVB=0.017613;RO=96;SAF=81;SAR=53;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252561;STB=0.521537;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.017321;OID=.;OPOS=63988045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:96:99:134:134:0.575107:53:81:55:41:53:81:55:44 chr11 63988102 . C T 908.94 PASS AF=0.398496;AO=103;DP=265;FAO=106;FDP=266;FR=.;FRO=160;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=78;FSRR=82;FWDB=-0.00667295;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.759;QD=13.6682;RBI=0.00687673;REFB=-0.00670364;REVB=0.00166167;RO=157;SAF=48;SAR=55;SRF=77;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026341;STB=0.509523;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0111919;OID=.;OPOS=63988102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:157:160:103:106:0.398496:55:48:77:80:56:50:78:82 chr11 63991801 . T C 409.83 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0119575;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2593;QD=17.4394;RBI=0.046399;REFB=-0.00786649;REVB=-0.0448318;RO=52;SAF=24;SAR=17;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282205;STB=0.507736;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0109727;OID=.;OPOS=63991801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:52:52:41:42:0.446809:17:24:29:23:18:24:29:23 chr11 63994692 . T C 413.1 PASS AF=0.285714;AO=57;DP=201;FAO=58;FDP=203;FR=.;FRO=145;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=104;FWDB=0.00966152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.118;QD=8.13991;RBI=0.020198;REFB=-0.00231091;REVB=0.0177373;RO=142;SAF=19;SAR=38;SRF=39;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834246;STB=0.550584;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0068664;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:142:145:57:58:0.285714:38:19:39:103:38:20:41:104 chr11 63994696 . T C 2751.41 PASS AF=0.94359;AO=180;DP=193;FAO=184;FDP=195;FR=.;FRO=11;FSAF=50;FSAR=134;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0273239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0199;QD=56.4392;RBI=0.0406972;REFB=-0.0190604;REVB=0.0301607;RO=12;SAF=46;SAR=134;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740574;STB=0.531524;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0113226;OID=.;OPOS=63994696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:193:195:12:11:180:184:0.94359:134:46:9:3:134:50:8:3 chr11 63997329 . A G 2809.1 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.463;QD=62.7731;RBI=0.0227432;REFB=0;REVB=-0.0224633;RO=0;SAF=77;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89488e-05;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:179:0:0:178:179:1:101:77:0:0:101:78:0:0 chr11 63997338 . T C 2960.27 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.099;QD=63.3213;RBI=0.0390584;REFB=0;REVB=0.0375486;RO=0;SAF=81;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55607e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:187:0:0:186:187:1:105:81:0:0:106:81:0:0 chr11 64004643 . C G 76.76 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0056725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.797;QD=3.69911;RBI=0.013625;REFB=-0.0050471;REVB=-0.012388;RO=68;SAF=8;SAR=6;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18011;STB=0.612088;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0387979;OID=.;OPOS=64004643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:83:83:68:69:14:14:0.168675:6:8:29:39:6:8:30:39 chr11 64011441 . T C 2011.36 PASS AF=0.992366;AO=126;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.665;QD=61.4156;RBI=0.0298485;REFB=0.0299111;REVB=0.0254144;RO=1;SAF=61;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772608;STB=0.503816;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-2.57028e-05;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:126:130:0.992366:65:61:1:0:65:65:1:0 chr11 64012225 . G C 1087.01 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.213;QD=58.7571;RBI=0.0836147;REFB=0;REVB=0.083575;RO=2;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316036;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:2:0:72:74:1:38:34:0:2:40:34:0:0 chr11 64014017 . C G 216.25 PASS AF=0.143284;AO=48;DP=335;FAO=48;FDP=335;FR=.;FRO=287;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=117;FSRR=170;FWDB=-0.0169243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.813;QD=2.58211;RBI=0.0350021;REFB=-0.0110389;REVB=-0.0306385;RO=286;SAF=25;SAR=23;SRF=116;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148185;STB=0.596303;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0552559;OID=.;OPOS=64014017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:286:287:48:48:0.143284:23:25:116:170:23:25:117:170 chr11 64022459 . A G 3167.87 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.922;QD=61.512;RBI=0.0439463;REFB=0;REVB=0.0338509;RO=0;SAF=88;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11226e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37504e-05;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:206:0:0:205:206:1:117:88:0:0:118:88:0:0 chr11 64026144 . G A 534.63 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=53;FSRF=10;FSRR=43;FWDB=-0.0331753;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8259;QD=19.8013;RBI=0.0408745;REFB=0.0354844;REVB=-0.0238774;RO=50;SAF=2;SAR=53;SRF=9;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448354;STB=0.767978;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0269106;OID=.;OPOS=64026144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:50:53:55:55:0.509259:53:2:9:41:53:2:10:43 chr11 64034911 . G A 696.78 PASS AF=0.53125;AO=68;DP=128;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.00441027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.773;QD=21.7745;RBI=0.0227483;REFB=-0.00691875;REVB=0.0223167;RO=60;SAF=28;SAR=40;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854143;STB=0.546756;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00595476;OID=.;OPOS=64034911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:60:60:68:68:0.53125:40:28:19:41:40:28:19:41 chr11 64066859 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.315;QD=53.9112;RBI=0.0131653;REFB=0;REVB=0.00309575;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69098e-05;OID=.;OPOS=64066859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr11 64066999 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.125822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0161;QD=21.0137;RBI=0.126523;REFB=-0.00275249;REVB=0.0132954;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172885;STB=0.597538;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00618657;OID=.;OPOS=64066999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:1:6:7:4:1:6 chr11 64083252 . T C 31.73 PASS AF=0.0627803;AO=14;DP=224;FAO=14;FDP=223;FR=.;FRO=209;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=97;FSRR=112;FWDB=-0.0338411;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.881;QD=0.569166;RBI=0.0459141;REFB=-0.00092821;REVB=-0.0310303;RO=195;SAF=5;SAR=9;SRF=84;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818522;STB=0.602609;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0264398;OID=.;OPOS=64083252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:224:223:195:209:14:14:0.0627803:9:5:84:111:9:5:97:112 chr11 64083269 . G A 37.97 PASS AF=0.0694444;AO=15;DP=217;FAO=15;FDP=216;FR=.;FRO=201;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=90;FSRR=111;FWDB=0.0107825;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2093;QD=0.703171;RBI=0.010999;REFB=-0.00400143;REVB=-0.00217134;RO=181;SAF=5;SAR=10;SRF=88;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173216;STB=0.610781;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0885725;OID=.;OPOS=64083269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:217:216:181:201:15:15:0.0694444:10:5:88:93:10:5:90:111 chr11 64083290 . G A 51.72 PASS AF=0.0837209;AO=17;DP=214;FAO=18;FDP=215;FR=.;FRO=197;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=84;FSRR=113;FWDB=0.0225844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7848;QD=0.962156;RBI=0.0227815;REFB=-0.0023451;REVB=-0.00298998;RO=196;SAF=9;SAR=8;SRF=83;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120781;STB=0.567368;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0251636;OID=.;OPOS=64083290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:214:215:196:197:17:18:0.0837209:8:9:83:113:9:9:84:113 chr11 64083293 . G T 47.31 PASS AF=0.0772727;AO=17;DP=219;FAO=17;FDP=220;FR=.;FRO=203;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=83;FSRR=120;FWDB=0.0205472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8123;QD=0.860246;RBI=0.0276761;REFB=-0.00199852;REVB=-0.0185413;RO=202;SAF=9;SAR=8;SRF=83;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134384;STB=0.610045;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0497349;OID=.;OPOS=64083293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:219:220:202:203:17:17:0.0772727:8:9:83:119:8:9:83:120 chr11 64083300 . G A 57.49 PASS AF=0.0878049;AO=18;DP=202;FAO=18;FDP=205;FR=.;FRO=187;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=73;FSRR=114;FWDB=-0.0242088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.348;QD=1.12175;RBI=0.0481811;REFB=-0.00646897;REVB=-0.0416576;RO=184;SAF=9;SAR=9;SRF=73;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122478;STB=0.599893;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0506199;OID=.;OPOS=64083300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:202:205:184:187:18:18:0.0878049:9:9:73:111:9:9:73:114 chr11 64083318 . G A 92.69 PASS AF=0.117347;AO=23;DP=196;FAO=23;FDP=196;FR=.;FRO=173;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=71;FSRR=102;FWDB=-0.0275886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.236;QD=1.8917;RBI=0.0462376;REFB=-0.00473623;REVB=-0.0371051;RO=169;SAF=9;SAR=14;SRF=70;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295615;STB=0.517545;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0763572;OID=.;OPOS=64083318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:196:196:169:173:23:23:0.117347:14:9:70:99:14:9:71:102 chr11 64083320 . T C 99.82 PASS AF=0.123077;AO=23;DP=194;FAO=24;FDP=195;FR=.;FRO=171;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=70;FSRR=101;FWDB=-0.0259919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.882;QD=2.04763;RBI=0.0396187;REFB=-0.0140149;REVB=-0.0299009;RO=169;SAF=10;SAR=13;SRF=69;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338296;STB=0.506602;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0631995;OID=.;OPOS=64083320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:169:171:23:24:0.123077:13:10:69:100:14:10:70:101 chr11 64083328 . C T 76.91 PASS AF=0.110497;AO=20;DP=181;FAO=20;FDP=181;FR=.;FRO=161;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=71;FSRR=90;FWDB=0.0290668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0224;QD=1.69966;RBI=0.0688132;REFB=0.00111212;REVB=0.0623728;RO=159;SAF=8;SAR=12;SRF=69;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427589;STB=0.537377;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00805647;OID=.;OPOS=64083328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:181:181:159:161:20:20:0.110497:12:8:69:90:12:8:71:90 chr11 64083331 . C T 71.69 PASS AF=0.107345;AO=19;DP=177;FAO=19;FDP=177;FR=.;FRO=158;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=89;FWDB=0.0247766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.152;QD=1.62007;RBI=0.0408111;REFB=-0.00103572;REVB=-0.0324294;RO=154;SAF=7;SAR=12;SRF=65;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682357;STB=0.563243;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0244041;OID=.;OPOS=64083331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:177:177:154:158:19:19:0.107345:12:7:65:89:12:7:69:89 chr11 64084113 . A G 1860.22 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138957;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.454;QD=61.4948;RBI=0.00146811;REFB=0;REVB=0.000473744;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47791e-05;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:64:57:0:0:64:57:0:0 chr11 64085785 . A G 3102.99 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014933;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.164;QD=61.7511;RBI=0.0222937;REFB=0;REVB=0.0165534;RO=0;SAF=59;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03315e-05;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:201:0:0:201:201:1:142:59:0:0:142:59:0:0 chr11 64089078 . A G 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00973418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.129;QD=13.3342;RBI=0.0097399;REFB=-0.010781;REVB=-0.000333782;RO=39;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558747;STB=0.531995;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.015643;OID=.;OPOS=64089078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:10:16:22:17:10:16:22:17 chr11 64107735 . G A 582.99 PASS AF=0.462121;AO=60;DP=131;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.00569171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.981;QD=17.6663;RBI=0.00657318;REFB=-0.0167949;REVB=-0.00328803;RO=68;SAF=32;SAR=28;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171566;STB=0.577193;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.012972;OID=.;OPOS=64107735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:68:71:60:61:0.462121:28:32:24:44:29:32:27:44 chr11 64109118 . T G 206.22 PASS AF=0.390625;AO=26;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00663867;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.683;QD=12.8889;RBI=0.00709405;REFB=-0.0274863;REVB=-0.00250073;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302349;STB=0.54268;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0377938;OID=.;OPOS=64109118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:39:26:25:0.390625:14:12:16:21:13:12:16:23 chr11 64110668 . G A 1034.55 PASS AF=0.305987;AO=137;DP=417;FAO=138;FDP=451;FR=.;FRO=313;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=138;FSRR=175;FWDB=0.00149495;FXX=0.0321882;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.383;QD=9.17564;RBI=0.0359436;REFB=-0.0231618;REVB=-0.0359125;RO=267;SAF=68;SAR=69;SRF=128;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196574;STB=0.536031;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0484882;OID=.;OPOS=64110668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:451:267:313:137:138:0.305987:69:68:128:139:70:68:138:175 chr11 64110669 . G A 37.12 PASS AF=0.0588235;AO=27;DP=462;FAO=27;FDP=459;FR=.;FRO=432;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=197;FSRR=235;FWDB=-0.0250648;FXX=0.00649337;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.169;QD=0.323455;RBI=0.0397991;REFB=-0.00449681;REVB=-0.0309148;RO=432;SAF=8;SAR=19;SRF=197;SRR=235;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171746;STB=0.657042;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0666303;OID=.;OPOS=64110669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:462:459:432:432:27:27:0.0588235:19:8:197:235:19:8:197:235 chr11 64110683 . G C 1460.52 PASS AF=0.4;AO=165;DP=417;FAO=166;FDP=415;FR=.;FRO=249;FSAF=76;FSAR=90;FSRF=101;FSRR=148;FWDB=-0.0181016;FXX=0.00717686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.139;QD=14.0773;RBI=0.0317475;REFB=-0.0165461;REVB=0.0260813;RO=252;SAF=76;SAR=89;SRF=104;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523129;STB=0.531715;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0274379;OID=.;OPOS=64110683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:415:252:249:165:166:0.4:89:76:104:148:90:76:101:148 chr11 64111928 . T C 259.65 PASS AF=0.421053;AO=28;DP=71;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.000613876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.18;QD=13.6655;RBI=0.0186942;REFB=-0.0129991;REVB=-0.0186842;RO=42;SAF=11;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211472;STB=0.612512;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0283609;OID=.;OPOS=64111928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:76:42:44:28:32:0.421053:17:11:25:17:20:12:25:19 chr11 64116843 . A C 1087.43 PASS AF=0.974026;AO=71;DP=73;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0553171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3322;QD=56.4897;RBI=0.0568284;REFB=-0.145606;REVB=-0.0130188;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517237;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00887021;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:77:0:2:71:75:0.974026:45:26:0:0:47:28:2:0 chr11 64124515 . T C 476.77 PASS AF=0.5;AO=44;DP=92;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0106399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.847;QD=20.288;RBI=0.0108748;REFB=-0.0127;REVB=-0.002248;RO=46;SAF=27;SAR=17;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316402;STB=0.66601;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0150653;OID=.;OPOS=64124515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:46:47:44:47:0.5:17:27:12:34:18:29:13:34 chr11 64124823 . C T 1320.94 PASS AF=0.51417;AO=127;DP=247;FAO=127;FDP=247;FR=.;FRO=120;FSAF=43;FSAR=84;FSRF=52;FSRR=68;FWDB=0.00226991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.159;QD=21.3918;RBI=0.0092725;REFB=-0.0110768;REVB=-0.00899037;RO=116;SAF=43;SAR=84;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102818;STB=0.54973;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0100808;OID=.;OPOS=64124823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:116:120:127:127:0.51417:84:43:52:64:84:43:52:68 chr11 64124940 . T G 528.92 PASS AF=0.402778;AO=48;DP=135;FAO=58;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=64;FWDB=0.0180642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6199;QD=14.6922;RBI=0.161274;REFB=0.0242055;REVB=0.160259;RO=59;SAF=15;SAR=33;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299716;STB=0.515183;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0415879;OID=.;OPOS=64124940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:144:59:86:48:58:0.402778:33:15:20:39:42:16:22:64 chr11 64127744 . A G 480.82 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=149;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=0.00575799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2499;QD=12.908;RBI=0.00825662;REFB=-0.0176479;REVB=0.00591754;RO=94;SAF=32;SAR=23;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404541;STB=0.522983;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0288499;OID=.;OPOS=64127744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:94:94:55:55:0.369128:23:32:58:36:23:32:58:36 chr11 64138805 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00183631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.128;QD=19.3686;RBI=0.0312316;REFB=0.0120391;REVB=-0.0311776;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25827;STB=0.64679;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00521833;OID=.;OPOS=64138805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:6:1:5:5:6:1 chr11 64359286 . C T 458.37 PASS AF=0.475728;AO=48;DP=101;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0163282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.53;QD=17.8009;RBI=0.0163286;REFB=-0.0102706;REVB=0.000116596;RO=50;SAF=17;SAR=31;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19355;STB=0.618961;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00750945;OID=.;OPOS=64359286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:50:54:48:49:0.475728:31:17:28:22:31:18:32:22 chr11 64360274 . T C 628.98 PASS AF=0.451389;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0237008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.785;QD=17.4716;RBI=0.0321765;REFB=-0.0145792;REVB=-0.0217623;RO=79;SAF=33;SAR=32;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236261;STB=0.513145;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.017087;OID=.;OPOS=64360274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:79:79:65:65:0.451389:32:33:42:37:32:33:42:37 chr11 64367325 . A G 6327.64 PASS AF=0.997549;AO=319;DP=408;FAO=407;FDP=408;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=191;FSAR=216;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4505;QD=62.0357;RBI=0.0350399;REFB=0;REVB=0.0161755;RO=0;SAF=157;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.68508e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00510424;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:408:408:0:0:319:407:0.997549:162:157:0:0:216:191:0:0 chr11 64418900 . G A 808.8 PASS AF=0.466667;AO=84;DP=178;FAO=84;FDP=180;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.00872393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.599;QD=17.9734;RBI=0.0511248;REFB=-0.0429934;REVB=-0.0503749;RO=94;SAF=36;SAR=48;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991253;STB=0.549509;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0508789;OID=.;OPOS=64418900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:94:96:84:84:0.466667:48:36:50:44:48:36:50:46 chr11 64480641 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.25;QD=35.5759;RBI=0.0693625;REFB=0;REVB=-0.0693118;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00264194;OID=.;OPOS=64480641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 64507680 . A C 754.08 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5267;QD=56.9118;RBI=0.040229;REFB=0;REVB=0.0176185;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209103;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr11 64511050 . G C 8285.52 PASS AF=0.987061;AO=528;DP=540;FAO=534;FDP=541;FR=.;FRO=7;FSAF=198;FSAR=336;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0370606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.62;QD=61.2607;RBI=0.0411432;REFB=-0.19869;REVB=0.0178683;RO=11;SAF=196;SAR=332;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00411318;STB=0.503165;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000438302;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:540:541:11:7:528:534:0.987061:332:196:3:8:336:198:1:6 chr11 64559898 . T C 408.66 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.00183428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.374;QD=20.9571;RBI=0.0211225;REFB=-0.00788152;REVB=-0.0210427;RO=37;SAF=22;SAR=19;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249212;STB=0.637029;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00556222;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:19:22:9:28:19:22:9:28 chr11 64572018 . T C 675.62 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0211293;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4296;QD=20.0185;RBI=0.0271448;REFB=-0.0320272;REVB=0.0170409;RO=63;SAF=34;SAR=33;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704675;STB=0.548159;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.030061;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:63:68:67:67:0.496296:33:34:37:26:33:34:41:27 chr11 64572557 . A G 1320.88 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.684;QD=62.1591;RBI=0.029263;REFB=0;REVB=-0.00289886;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28095e-05;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:44:40:0:0:45:40:0:0 chr11 64572602 . G A 403.73 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00854402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.61;QD=14.9528;RBI=0.0276131;REFB=-0.0076757;REVB=-0.026258;RO=62;SAF=22;SAR=24;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438796;STB=0.524646;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0105139;OID=.;OPOS=64572602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:24:22:27:35:24:22:27:35 chr11 64591679 . G A 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.164;QD=61.8139;RBI=0.0208452;REFB=-0.0334309;REVB=-0.00349215;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200211;STB=0.510634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000509104;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:1:0:26:23:1:0 chr11 64606177 . C T 2335.65 PASS AF=0.958333;AO=133;DP=170;FAO=161;FDP=168;FR=.;FRO=7;FSAF=104;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0345269;FXX=0.011764;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.1855;QD=55.6108;RBI=0.0516565;REFB=-0.0119966;REVB=0.0384225;RO=0;SAF=98;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06782e-08;STB=0.509844;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00127635;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:170:168:0:7:133:161:0.958333:35:98:0:0:57:104:3:4 chr11 64621856 . A G 1125.02 PASS AF=1;AO=56;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.213;QD=60.8118;RBI=0.0995011;REFB=0;REVB=0.0949713;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405705;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:56:74:1:26:30:0:0:43:31:0:0 chr11 64622869 . G C 1746.33 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.595;QD=60.2183;RBI=0.0199088;REFB=0;REVB=-0.0163698;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39733e-05;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:67:47:0:0:69:47:0:0 chr11 64645871 . A G 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.164;QD=63.8873;RBI=0.0403051;REFB=0;REVB=0.0189695;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85514e-05;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:40:57:0:0:40:57:0:0 chr11 64677293 . G C 942.41 PASS AF=0.896104;AO=70;DP=77;FAO=69;FDP=77;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0402367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7481;QD=48.9561;RBI=0.0523733;REFB=-0.0608876;REVB=0.0335256;RO=7;SAF=23;SAR=47;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727903;STB=0.533323;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0319289;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:77:77:7:8:70:69:0.896104:47:23:5:2:46:23:5:3 chr11 64680819 . G A 2245.36 PASS AF=0.974359;AO=151;DP=155;FAO=152;FDP=156;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=77;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0341421;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.538;QD=57.5733;RBI=0.0446365;REFB=-0.0873152;REVB=0.028753;RO=4;SAF=74;SAR=77;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250136;STB=0.512985;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00101004;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:155:156:4:4:151:152:0.974359:77:74:4:0:77:75:4:0 chr11 64808647 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.649;QD=39.2068;RBI=0.0148671;REFB=0;REVB=-0.0147174;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142954;OID=.;OPOS=64808647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr11 64820695 . T G 6700.29 PASS AF=1;AO=423;DP=424;FAO=424;FDP=424;FR=.;FRO=0;FSAF=187;FSAR=237;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236418;FXX=0.0070256;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.677;QD=63.2103;RBI=0.0352484;REFB=-0.057802;REVB=-0.026144;RO=1;SAF=187;SAR=236;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201831;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124351;OID=.;OPOS=64820695;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:424:424:1:0:423:424:1:236:187:0:1:237:187:0:0 chr11 64851453 . CTTA CT,CTA 1647.23 PASS AF=0,1;AO=14,120;DP=140;FAO=0,140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=0,55;FSAR=0,85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0605589,-0.0253913;FXX=0.0070917;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=125.531,22.8118;QD=47.0637;RBI=0.0607177,0.0354385;REFB=0,0;REVB=-0.00438796,-0.0247218;RO=0;SAF=12,39;SAR=2,81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.64996e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.000387574;OID=.,.;OPOS=64851455,64851454;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=CT,CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:14,120:140:0,140:140:0:0,55:0,85:0:0:30:0:12,39:2,81:0:0 chr11 64852421 . T C 1281.26 PASS AF=0.945055;AO=85;DP=90;FAO=86;FDP=91;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0128302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1371;QD=56.3189;RBI=0.0204106;REFB=-0.208063;REVB=-0.0158739;RO=5;SAF=34;SAR=51;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500267;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00878211;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:90:91:5:5:85:86:0.945055:51:34:2:3:52:34:2:3 chr11 64856500 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.809;QD=45.8063;RBI=0.0338956;REFB=0;REVB=0.0312304;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383591;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr11 64878661 . T C 1331.15 PASS AF=0.989247;AO=76;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.140171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0058;QD=57.2536;RBI=0.146952;REFB=-0.0467443;REVB=0.0441223;RO=1;SAF=21;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219967;STB=0.504201;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00292147;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:93:1:1:76:92:0.989247:55:21:1:0:59:33:0:1 chr11 64880090 . G C 720.61 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563418;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.4689;QD=56.5187;RBI=0.0606972;REFB=0;REVB=-0.0225778;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352061;OID=.;OPOS=64880090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:36:14:0:0:36:15:0:0 chr11 64884052 . G A 1550.02 PASS AF=0.947368;AO=108;DP=114;FAO=108;FDP=114;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0258691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.306;QD=54.3868;RBI=0.0316618;REFB=-0.181571;REVB=0.0182554;RO=2;SAF=64;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00330628;STB=0.523011;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000857899;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:114:114:2:6:108:108:0.947368:44:64:1:1:44:64:1:5 chr11 64895202 . A G 3726.32 PASS AF=1;AO=229;DP=230;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000818523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.368;QD=63.158;RBI=0.0391852;REFB=0;REVB=0.0391766;RO=1;SAF=130;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478922;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90548e-06;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:236:1:0:229:236:1:99:130:0:1:102:134:0:0 chr11 64948333 . CT GC 38.69 PASS AF=0.0756757;AO=14;DP=192;FAO=14;FDP=185;FR=.;FRO=171;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=109;FSRR=62;FWDB=-0.0704968;FXX=0.0463894;HRUN=1;LEN=2;MLLD=77.0018;QD=0.836506;RBI=0.0740443;REFB=0.000805548;REVB=-0.0226441;RO=168;SAF=1;SAR=13;SRF=108;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588206;STB=0.949633;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=-0.0328269;OID=.;OPOS=64948333;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:192:185:168:171:14:14:0.0756757:13:1:108:60:13:1:109:62 chr11 64948335 . TG T,TT 122.63 PASS AF=0.208333,0.119048;AO=36,19;DP=170;FAO=35,20;FDP=168;FR=.;FRO=113;FSAF=18,1;FSAR=17,19;FSRF=76;FSRR=37;FWDB=0.178895,0.167454;FXX=0.0232545;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.78048,24.1264;QD=2.91965;RBI=0.258017,0.167459;REFB=-0.116454,-0.0681988;REVB=-0.185928,0.00126259;RO=82;SAF=16,1;SAR=20,18;SRF=61;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.349884,-0.761836;STB=0.621725,0.962739;STBP=0.127,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0273611,0.124828;OID=.,.;OPOS=64948336,64948336;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208333,0.119048:36,19:170:35,20:168:113:18,1:17,19:76:37:64:82:16,1:20,18:61:21 chr11 64981472 . G C 1170.29 PASS AF=0.481481;AO=117;DP=244;FAO=117;FDP=243;FR=.;FRO=126;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=57;FSRR=69;FWDB=-0.101385;FXX=0.00816293;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8133;QD=19.264;RBI=0.101517;REFB=0.017637;REVB=-0.00516078;RO=127;SAF=58;SAR=59;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369012;STB=0.522482;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0246329;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:127:126:117:117:0.481481:59:58:58:69:59:58:57:69 chr11 64981853 . G T 547.57 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0027853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1363;QD=23.5513;RBI=0.0555169;REFB=0.0138193;REVB=0.055447;RO=42;SAF=20;SAR=31;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110412;STB=0.560699;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0099096;OID=.;OPOS=64981853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:31:20:22:20:31:20:22:20 chr11 64990041 . G C 444.9 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=0.00262672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5264;QD=17.9757;RBI=0.00493926;REFB=-0.00223258;REVB=0.00418289;RO=54;SAF=26;SAR=19;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168819;STB=0.593711;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00420545;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:19:26:40:14:19:26:40:14 chr11 65000719 . C T 1226.03 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0447392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.097;QD=57.6957;RBI=0.0462101;REFB=-0.194103;REVB=0.0115661;RO=3;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326272;STB=0.517237;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00159269;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:85:85:3:3:82:82:0.964706:42:40:0:3:42:40:0:3 chr11 65004301 . G T 3605.98 PASS AF=1;AO=226;DP=226;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1013;QD=62.9866;RBI=0.0758662;REFB=0;REVB=0.0651659;RO=0;SAF=115;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167215;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:226:229:0:0:226:229:1:111:115:0:0:112:117:0:0 chr11 65088490 . A G 690.44 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=160;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.0101872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.933;QD=17.2609;RBI=0.0113776;REFB=-0.00307896;REVB=0.0050667;RO=83;SAF=41;SAR=33;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690816;STB=0.541655;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00418683;OID=.;OPOS=65088490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:83:86:74:74:0.4625:33:41:40:43:33:41:41:45 chr11 65089792 . G C 306.35 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00669623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4678;QD=15.9143;RBI=0.0170465;REFB=-0.0439491;REVB=0.0156763;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111312;STB=0.548752;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0429275;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:41:43:34:34:0.441558:16:18:17:24:16:18:19:24 chr11 65120391 . T C 626.76 PASS AF=0.55914;AO=42;DP=96;FAO=52;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00508246;FXX=0.0412329;HRUN=10;LEN=1;MLLD=205.653;QD=26.9575;RBI=0.00508246;REFB=-0.0578017;REVB=-3.76417e-07;RO=15;SAF=11;SAR=31;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22428;STB=0.631526;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.02023;OID=.;OPOS=65120391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:96:93:15:22:42:52:0.55914:31:11:10:5:36:16:16:6 chr11 65144075 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.129;QD=62.0081;RBI=0.0327033;REFB=0;REVB=0.0230399;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31878e-05;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:44:39:0:0:45:39:0:0 chr11 65161129 . C T 354.19 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.00435793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.874;QD=12.3196;RBI=0.0101695;REFB=-0.0308587;REVB=-0.00918837;RO=71;SAF=22;SAR=21;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877515;STB=0.553728;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0541027;OID=.;OPOS=65161129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:72:43:43:0.373913:21:22:42:29:21:22:43:29 chr11 65168281 . C T 1049.37 PASS AF=0.469565;AO=106;DP=235;FAO=108;FDP=230;FR=.;FRO=122;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=76;FWDB=0.00472779;FXX=0.0254227;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.179;QD=18.25;RBI=0.0123831;REFB=-0.0262834;REVB=0.0114451;RO=125;SAF=56;SAR=50;SRF=49;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132768;STB=0.584251;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0180857;OID=.;OPOS=65168281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:230:125:122:106:108:0.469565:50:56:49:76:50:58:46:76 chr11 65180883 . A G,T 2223.21 PASS AF=0.951049,0.048951;AO=136,7;DP=143;FAO=136,7;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=35,3;FSAR=101,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719163,-0.100561;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.252,130.67;QD=62.1878;RBI=0.072543,0.100651;REFB=0,0;REVB=0.00951513,0.00425674;RO=0;SAF=35,3;SAR=101,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00127707,0.0286388;OID=.,.;OPOS=65180883,65180883;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:143:143:0:0:136,7:136,7:0.951049,0.048951:101,4:35,3:0:0:101,4:35,3:0:0 chr11 65211940 . C A 1014.31 PASS AF=0.515625;AO=96;DP=185;FAO=99;FDP=192;FR=.;FRO=93;FSAF=64;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.0260099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2584;QD=21.1315;RBI=0.0331668;REFB=-0.0257647;REVB=0.0205797;RO=89;SAF=61;SAR=35;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682331;STB=0.534168;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0234843;OID=.;OPOS=65211940;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:192:89:93:96:99:0.515625:35:61:50:39:35:64:54:39 chr11 65222952 . T C 496.21 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.017155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.55;QD=17.8815;RBI=0.0178862;REFB=-0.0103986;REVB=0.00506181;RO=57;SAF=22;SAR=31;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104778;STB=0.553931;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00966222;OID=.;OPOS=65222952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:58:53:53:0.477477:31:22:30:27:31:22:30:28 chr11 65338885 . TCCC TCC,TCCA 43.64 PASS AF=0.141414,0.010101;AO=14,5;DP=100;FAO=14,1;FDP=99;FR=.;FRO=84;FSAF=1,0;FSAR=13,1;FSRF=22;FSRR=62;FWDB=-0.126297,0.0574076;FXX=0.009999;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.605,28.874;QD=1.76339;RBI=0.170441,0.139902;REFB=-0.0103081,0.00443725;REVB=-0.114452,-0.127581;RO=70;SAF=1,0;SAR=13,5;SRF=19;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0.38292,0;SSSB=-0.421489,-0.442638;STB=0.798902,0.985584;STBP=0.069,0.539;TYPE=del,snp;VARB=0.0110526,-0.0312769;OID=.,.;OPOS=65338886,65338888;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=TCC,TCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.141414,0.010101:14,5:100:14,1:99:84:1,0:13,1:22:62:37:70:1,0:13,5:19:51 chr11 65347636 . G C 1806.4 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.017236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7332;QD=60.2133;RBI=0.0761718;REFB=-0.0513645;REVB=0.0741961;RO=0;SAF=53;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00457e-08;STB=0.503759;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00061081;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:66:53:0:0:66:53:0:1 chr11 65349849 . A T 157.48 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0123;QD=44.9931;RBI=0.114732;REFB=0;REVB=0.107697;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00335906;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:12:14:1:3:9:0:0:3:11:0:0 chr11 65351074 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.477;QD=61.3752;RBI=0.0213271;REFB=0;REVB=0.018814;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14673e-05;OID=.;OPOS=65351074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr11 65380916 . G A 1635.47 PASS AF=0.470914;AO=170;DP=362;FAO=170;FDP=361;FR=.;FRO=191;FSAF=83;FSAR=87;FSRF=96;FSRR=95;FWDB=-0.00410528;FXX=0.00276235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.103;QD=18.1215;RBI=0.030239;REFB=-0.0401746;REVB=-0.029959;RO=188;SAF=83;SAR=87;SRF=96;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213795;STB=0.50761;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0479803;OID=.;OPOS=65380916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:361:188:191:170:170:0.470914:87:83:96:92:87:83:96:95 chr11 65383896 . G C 2677.61 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.905;QD=62.27;RBI=0.06021;REFB=0;REVB=-0.046994;RO=0;SAF=86;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027327;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:86:86:0:0:86:86:0:0 chr11 65384727 . C T 766.47 PASS AF=0.410377;AO=87;DP=212;FAO=87;FDP=212;FR=.;FRO=125;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=56;FSRR=69;FWDB=0.00455937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.002;QD=14.4617;RBI=0.00673893;REFB=-0.00673953;REVB=-0.00496239;RO=124;SAF=42;SAR=45;SRF=56;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327845;STB=0.520543;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00993858;OID=.;OPOS=65384727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:124:125:87:87:0.410377:45:42:56:68:45:42:56:69 chr11 65385606 . A G 2921.5 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2617;QD=63.1675;RBI=0.0569612;REFB=0;REVB=-0.0462096;RO=0;SAF=69;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.37555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68076e-05;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:185:0:0:183:185:1:114:69:0:0:115:70:0:0 chr11 65387012 . C T 658.34 PASS AF=0.444444;AO=72;DP=162;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0119841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.265;QD=16.2554;RBI=0.0179009;REFB=-0.0323562;REVB=0.0132974;RO=89;SAF=30;SAR=42;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445654;STB=0.522053;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.03843;OID=.;OPOS=65387012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:89:90:72:72:0.444444:42:30:41:48:42:30:41:49 chr11 65387378 . T A 965.04 PASS AF=0.480769;AO=99;DP=212;FAO=100;FDP=208;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=66;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=-0.0440171;FXX=0.0234731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5596;QD=18.5584;RBI=0.0489784;REFB=0.00905052;REVB=0.0214797;RO=105;SAF=34;SAR=65;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103808;STB=0.558156;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00484137;OID=.;OPOS=65387378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:208:105:108:99:100:0.480769:65:34:47:58:66:34:48:60 chr11 65405692 . GGC CGC,G,GCG 595.02 PASS AF=0,0.919355,0;AO=5,26,2;DP=54;FAO=0,57,0;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=0,38,0;FSAR=0,19,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0770311,-0.139999,-0.0679736;FXX=0.205102;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,2;MLLD=107.696,21.7068,98.27;QD=38.3882;RBI=0.104068,0.147697,0.109434;REFB=0.00865051,-0.155989,-0.000457997;REVB=-0.0699736,0.0470626,-0.0857641;RO=14;SAF=5,9,2;SAR=0,17,0;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0.25641,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.633262,-0.320665,0.437459;STB=0.5,0.506022,0.5;STBP=1,0.84,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,-0.0112838,0.209627;OID=.,.,.;OPOS=65405692,65405693,65405693;OREF=G,GC,GC;OALT=C,-,CG;OMAPALT=CGC,G,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:54:62:14:5:5,26,2:0,57,0:0,0.919355,0:0,17,0:5,9,2:12:2:0,19,0:0,38,0:3:2 chr11 65408937 . C T 399.35 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0685014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0273;QD=13.2017;RBI=0.0701578;REFB=-0.00789698;REVB=-0.0151548;RO=73;SAF=17;SAR=30;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101451;STB=0.554096;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0124246;OID=.;OPOS=65408937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:73:74:47:47:0.38843:30:17:33:40:30:17:33:41 chr11 65423082 . G A 2370.11 PASS AF=0.987421;AO=158;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0130415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.745;QD=59.6254;RBI=0.0386368;REFB=-0.00470186;REVB=-0.0363692;RO=0;SAF=86;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4078e-08;STB=0.505813;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-5.55933e-05;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:159:0:2:158:157:0.987421:72:86:0:0:72:85:2:0 chr11 65545538 . C A 962.96 PASS AF=0.455752;AO=101;DP=204;FAO=103;FDP=226;FR=.;FRO=123;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=0.0104413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.136;QD=17.0435;RBI=0.0437614;REFB=-0.0133975;REVB=-0.0424976;RO=102;SAF=44;SAR=57;SRF=67;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200162;STB=0.568466;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0199087;OID=.;OPOS=65545538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:226:102:123:101:103:0.455752:57:44:67:35:59:44:68:55 chr11 65546346 . G A 427.99 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0183924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.581;QD=19.454;RBI=0.0185768;REFB=-0.0181302;REVB=-0.00261107;RO=45;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10257;STB=0.556936;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0174563;OID=.;OPOS=65546346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:22:21:27:18:22:21:27:18 chr11 65546857 . A C 1058.35 PASS AF=0.424908;AO=115;DP=272;FAO=116;FDP=273;FR=.;FRO=157;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=56;FSRR=101;FWDB=-0.0272764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.034;QD=15.5069;RBI=0.0281186;REFB=-0.0262516;REVB=-0.00683056;RO=157;SAF=47;SAR=68;SRF=56;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564488;STB=0.529239;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0356733;OID=.;OPOS=65546857;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:157:157:115:116:0.424908:68:47:56:101:69:47:56:101 chr11 65547333 . G A 1127.25 PASS AF=0.380403;AO=129;DP=355;FAO=132;FDP=347;FR=.;FRO=215;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=94;FSRR=121;FWDB=-0.0347213;FXX=0.0307254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.402;QD=12.9943;RBI=0.0347662;REFB=-0.0134883;REVB=-0.00176611;RO=206;SAF=51;SAR=78;SRF=93;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631556;STB=0.517898;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0167583;OID=.;OPOS=65547333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:347:206:215:129:132:0.380403:78:51:93:113:78:54:94:121 chr11 65547455 . C A 631.12 PASS AF=0.389189;AO=71;DP=185;FAO=72;FDP=185;FR=.;FRO=113;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=-0.00274578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.725;QD=13.6459;RBI=0.00838556;REFB=-0.014461;REVB=-0.00792328;RO=113;SAF=37;SAR=34;SRF=48;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10456;STB=0.554292;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0172666;OID=.;OPOS=65547455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:113:113:71:72:0.389189:34:37:48:65:35:37:48:65 chr11 65563503 . A T 134.14 PASS AF=0.372093;AO=8;DP=36;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0165292;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.594;QD=12.4783;RBI=0.0236103;REFB=-0.0255637;REVB=0.0168592;RO=27;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512846;STB=0.683301;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.040992;OID=.;OPOS=65563503;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:43:27:27:8:16:0.372093:1:7:13:14:4:12:13:14 chr11 65617113 . AGGGGGT AGGGGT,AGGGGTC,CAGGGGT 660.08 PASS AF=1,0,0;AO=41,3,4;DP=51;FAO=55,0,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0,0;FSAR=33,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472695,-0.132112,-0.0979661;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=17.5652,124.38,5.95544;QD=48.0061;RBI=0.095488,0.133028,0.0994853;REFB=0,0,0;REVB=-0.0829672,-0.0155824,-0.0173196;RO=0;SAF=16,3,1;SAR=25,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.1719e-08,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-0.00336361,0,0;OID=.,.,.;OPOS=65617114,65617118,65617113;OREF=G,GT,AG;OALT=-,TC,CA;OMAPALT=AGGGGT,AGGGGTC,CAGGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:41,3,4:55,0,0:1,0,0:25,0,3:16,3,1:0:0:33,0,0:22,0,0:0:0 chr11 65623519 . G A 429.62 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00515008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.203;QD=16.6844;RBI=0.00666344;REFB=-0.00373789;REVB=0.00422825;RO=56;SAF=26;SAR=21;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866374;STB=0.548366;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00313711;OID=.;OPOS=65623519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:21:26:26:30:21:26:26:30 chr11 65624934 . A C 1682.11 PASS AF=0.432304;AO=182;DP=420;FAO=182;FDP=421;FR=.;FRO=239;FSAF=91;FSAR=91;FSRF=123;FSRR=116;FWDB=0.00855152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.999;QD=15.9821;RBI=0.0087915;REFB=-0.00515002;REVB=0.0020401;RO=238;SAF=91;SAR=91;SRF=123;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171696;STB=0.508313;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00671597;OID=.;OPOS=65624934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:421:238:239:182:182:0.432304:91:91:123:115:91:91:123:116 chr11 65628334 . G A 623.5 PASS AF=0.617978;AO=55;DP=89;FAO=55;FDP=89;FR=.;FRO=34;FSAF=44;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00068199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.593;QD=28.0227;RBI=0.0315511;REFB=-0.0456288;REVB=0.0315438;RO=31;SAF=44;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221323;STB=0.622705;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0202838;OID=.;OPOS=65628334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:31:34:55:55:0.617978:11:44:17:14:11:44:19:15 chr11 65629932 . T C 426.61 PASS AF=0.432432;AO=46;DP=109;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.039532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.423;QD=15.3733;RBI=0.0396851;REFB=-0.0208813;REVB=-0.00348193;RO=63;SAF=21;SAR=25;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290234;STB=0.528823;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0145612;OID=.;OPOS=65629932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:63:63:46:48:0.432432:25:21:27:36:25:23:27:36 chr11 65629934 . G C 424.44 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0348698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8376;QD=15.2951;RBI=0.0348812;REFB=-0.0197508;REVB=0.000890362;RO=63;SAF=23;SAR=25;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514293;STB=0.528823;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00642168;OID=.;OPOS=65629934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:25:23:27:36:25:23:27:36 chr11 65631167 . C T 609.27 PASS AF=0.413174;AO=69;DP=167;FAO=69;FDP=167;FR=.;FRO=98;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=63;FSRR=35;FWDB=-0.0138324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.615;QD=14.5933;RBI=0.0138345;REFB=-0.0165922;REVB=0.000243139;RO=98;SAF=35;SAR=34;SRF=63;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142659;STB=0.579758;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0221067;OID=.;OPOS=65631167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:98:98:69:69:0.413174:34:35:63:35:34:35:63:35 chr11 65631973 . G A 599.17 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0264364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.166;QD=16.6437;RBI=0.0389041;REFB=-0.00506334;REVB=0.028542;RO=81;SAF=32;SAR=31;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480381;STB=0.526807;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00790522;OID=.;OPOS=65631973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:81:81:63:63:0.4375:31:32:45:36:31:32:45:36 chr11 65632262 . G T 323.1 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0228227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.191;QD=12.7962;RBI=0.0228321;REFB=-0.0160272;REVB=0.000654522;RO=62;SAF=13;SAR=25;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244468;STB=0.644321;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0258334;OID=.;OPOS=65632262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:63:38:38:0.376238:25:13:35:27:25:13:36:27 chr11 65636053 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.634;QD=61.8524;RBI=0.0423368;REFB=0;REVB=-0.036026;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02839e-05;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr11 65638719 . G A 348.28 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0245193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9421;QD=13.6579;RBI=0.0247799;REFB=-0.0142641;REVB=0.00358458;RO=58;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00842424;STB=0.512095;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0263876;OID=.;OPOS=65638719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:61:41:41:0.401961:23:18:25:33:23:18:28:33 chr11 65649774 . A G 1568.32 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.941;QD=64.0132;RBI=0.0328317;REFB=0;REVB=-0.00588479;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25779e-05;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:54:44:0:0:54:44:0:0 chr11 65649984 . T C 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.441;QD=60.5459;RBI=0.0367184;REFB=0;REVB=0.0293695;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126024;OID=.;OPOS=65649984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr11 65658682 . C T 778.73 PASS AF=0.512987;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=154;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.0757267;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.791;QD=20.2268;RBI=0.0759269;REFB=-0.0082212;REVB=0.00551006;RO=75;SAF=30;SAR=49;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00649761;STB=0.50357;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00651795;OID=.;OPOS=65658682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:75:75:79:79:0.512987:49:30:29:46:49:30:29:46 chr11 65664346 . T C 1472.51 PASS AF=0.953704;AO=103;DP=108;FAO=103;FDP=108;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0119611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.042;QD=54.5376;RBI=0.0229479;REFB=-0.0797735;REVB=0.0195841;RO=5;SAF=45;SAR=58;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498514;STB=0.526311;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000345052;OID=.;OPOS=65664346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:108:108:5:5:103:103:0.953704:58:45:5:0:58:45:5:0 chr11 65664349 . TGGGGGGC TGGGGGCG 33.54 PASS AF=0.104762;AO=6;DP=109;FAO=11;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=0.0040253;FXX=0.0366939;HRUN=6;LEN=2;MLLD=77.7525;QD=1.27763;RBI=0.0815174;REFB=-0.0051016;REVB=-0.0814179;RO=50;SAF=6;SAR=0;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603413;STB=0.925819;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.0810768;OID=.;OPOS=65664355;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.104762:6:109:11:105:93:10:1:36:57:29:50:6:0:27:23 chr11 65667796 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6977;QD=35.5752;RBI=0.156828;REFB=0;REVB=0.156828;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119651;OID=.;OPOS=65667796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr11 65684929 . C T 1463.82 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0365601;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=344.546;QD=60.9924;RBI=0.0366755;REFB=0.0155002;REVB=0.00290742;RO=2;SAF=47;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308087;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:47:47:1:1:47:47:1:1 chr11 65685225 . T C 919.97 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.044;QD=58.4105;RBI=0.0221782;REFB=0;REVB=-0.0124114;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0332e-05;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr11 65713207 . T C 1953.89 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304987;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4862;QD=62.0284;RBI=0.0305549;REFB=0;REVB=-0.001851;RO=0;SAF=45;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.76837e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147564;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:81:45:0:0:81:45:0:0 chr11 65727301 . A G 1495.99 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0031157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.451;QD=62.3329;RBI=0.0125868;REFB=-0.133968;REVB=-0.012195;RO=1;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903231;STB=0.504761;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000261299;OID=.;OPOS=65727301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:52:43:0:1:52:43:0:1 chr11 65732651 . G A 2131.19 PASS AF=0.96129;AO=146;DP=155;FAO=149;FDP=155;FR=.;FRO=6;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0872574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.434;QD=54.9985;RBI=0.0911563;REFB=-0.0611387;REVB=0.0263748;RO=6;SAF=70;SAR=76;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00154324;STB=0.50065;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00110548;OID=.;OPOS=65732651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:155:155:6:6:146:149:0.96129:76:70:3:3:77:72:3:3 chr11 65735174 . G C 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.727;QD=64.4108;RBI=0.0415916;REFB=0;REVB=0.00454498;RO=0;SAF=6;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84987e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41045e-05;OID=.;OPOS=65735174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:44:6:0:0:44:6:0:0 chr11 65788072 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.032;QD=59.0185;RBI=0.0317063;REFB=0;REVB=0.0241876;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176981;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr11 65790527 . G T 506.02 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00284247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.22;QD=22.7424;RBI=0.020114;REFB=-0.0271701;REVB=0.0199122;RO=41;SAF=17;SAR=31;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326191;STB=0.517967;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0150836;OID=.;OPOS=65790527;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:31:17:16:25:31:17:16:25 chr11 65793454 . C T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0204853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.551;QD=22.7947;RBI=0.0230611;REFB=-0.00827074;REVB=-0.0105909;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596409;STB=0.533306;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00551799;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:12:9:12:12:12:9 chr11 65793797 . G A 1129.44 PASS AF=0.513761;AO=112;DP=218;FAO=112;FDP=218;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=71;FSRF=36;FSRR=70;FWDB=-0.0222636;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.302;QD=20.7237;RBI=0.0345466;REFB=-0.0116311;REVB=0.0264158;RO=104;SAF=41;SAR=71;SRF=36;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189849;STB=0.513956;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00969913;OID=.;OPOS=65793797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:104:106:112:112:0.513761:71:41:36:68:71:41:36:70 chr11 65809875 . C A 2010.39 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126431;FXX=0.0149243;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.338;QD=60.921;RBI=0.0135121;REFB=0.0296138;REVB=0.00476736;RO=0;SAF=42;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=2.08431e-05;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:0:1:130:131:0.992424:88:42:0:0:88:43:1:0 chr11 65810209 . C T 1462.96 PASS AF=0.980392;AO=95;DP=98;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.074082;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.447;QD=57.3712;RBI=0.0784447;REFB=-0.130781;REVB=0.0257959;RO=2;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152928;STB=0.507461;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.000745647;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:102:2:2:95:100:0.980392:61:34:0:2:66:34:0:2 chr11 65810749 . T C 2331.84 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.727;QD=63.8861;RBI=0.0445653;REFB=0;REVB=0.0380599;RO=0;SAF=71;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7275e-05;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:75:71:0:0:75:71:0:0 chr11 65820673 . A G 1011.59 PASS AF=0.507389;AO=102;DP=205;FAO=103;FDP=203;FR=.;FRO=100;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=60;FWDB=-0.0371555;FXX=0.0145624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.002;QD=19.9328;RBI=0.0391085;REFB=-0.02878;REVB=0.0122041;RO=98;SAF=43;SAR=59;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123045;STB=0.513734;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0310499;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:203:98:100:102:103:0.507389:59:43:40:58:59:44:40:60 chr11 65826704 . G A 219.43 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00202675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7471;QD=17.9127;RBI=0.0316042;REFB=-0.00851309;REVB=0.0315391;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15399;STB=0.596331;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0217671;OID=.;OPOS=65826704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:14:7:13:14:15:7:13:14 chr11 65868310 . T A 1452.67 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1655;QD=63.1596;RBI=0.123621;REFB=0;REVB=-0.121911;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000747328;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:41:50:0:0:41:51:0:0 chr11 65960985 . G A 625.43 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00663835;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.529;QD=25.5279;RBI=0.0669111;REFB=-0.00985761;REVB=-0.066581;RO=42;SAF=26;SAR=30;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046699;STB=0.525538;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00744703;OID=.;OPOS=65960985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:42:42:56:56:0.571429:30:26:22:20:30:26:22:20 chr11 65985000 . A C 1391.37 PASS AF=0.938776;AO=92;DP=98;FAO=92;FDP=98;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0488157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8986;QD=56.7907;RBI=0.0500621;REFB=-0.207025;REVB=0.0111013;RO=6;SAF=49;SAR=43;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350703;STB=0.518531;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00748932;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:6:6:92:92:0.938776:43:49:5:1:43:49:5:1 chr11 66010633 . T C 1076.2 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.738;QD=59.7887;RBI=0.0472294;REFB=0;REVB=0.0467464;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31474e-05;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:28:43:0:0:29:43:0:0 chr11 66031660 . C T 249.89 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00339861;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.29;QD=14.0784;RBI=0.00610888;REFB=-0.00686694;REVB=-0.00507621;RO=38;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628853;STB=0.507554;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.011449;OID=.;OPOS=66031660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:38:42:29:29:0.408451:19:10:11:27:19:10:14:28 chr11 66035286 . CA C 1754.6 PASS AF=1;AO=116;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164025;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3518;QD=58.4866;RBI=0.0410661;REFB=0;REVB=-0.0410334;RO=0;SAF=47;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-9.61126e-05;OID=.;OPOS=66035287;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:116:122:120:120:0:47:73:0:0:10:0:47:69:0:0 chr11 66083129 . T C 287.52 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.00359043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.698;QD=15.9733;RBI=0.0112318;REFB=-0.0340181;REVB=-0.0106424;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176406;STB=0.608633;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0254772;OID=.;OPOS=66083129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:40:32:32:0.444444:18:14:10:28:18:14:10:30 chr11 66083782 . G A 380.02 PASS AF=0.375;AO=44;DP=120;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.0132564;FXX=0.069762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.553;QD=12.6674;RBI=0.0473941;REFB=-0.0081571;REVB=0.0455024;RO=71;SAF=25;SAR=19;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735839;STB=0.528289;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0150022;OID=.;OPOS=66083782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:75:44:45:0.375:19:25:45:26:20:25:45:30 chr11 66099987 . C T 363.25 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.000953823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.704;QD=18.1625;RBI=0.0338985;REFB=-0.0270964;REVB=0.0338851;RO=42;SAF=15;SAR=23;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188482;STB=0.605208;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0356928;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:23:15:25:17:23:15:25:17 chr11 66100152 . T C 1817.57 PASS AF=1;AO=117;DP=121;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422712;FXX=0.0327842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.407;QD=61.6127;RBI=0.0890232;REFB=0;REVB=0.0783472;RO=0;SAF=40;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213548;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:118:0:0:117:118:1:77:40:0:0:78:40:0:0 chr11 66107674 . A G 598.16 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249797;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.096;QD=61.3494;RBI=0.0284801;REFB=0;REVB=0.0136796;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116739;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr11 66131149 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.064008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.505;QD=14.139;RBI=0.0656916;REFB=-0.0237816;REVB=-0.014777;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971003;STB=0.544489;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0142595;OID=.;OPOS=66131149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:20:14:14:0.411765:10:4:5:12:10:4:7:13 chr11 66161072 . C T 272.78 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0151701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.799;QD=14.9471;RBI=0.0238056;REFB=-0.0127063;REVB=-0.018346;RO=42;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794577;STB=0.545083;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0311489;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:11:20:24:18:11:20:24:18 chr11 66188761 . G T 380.94 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00515264;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.876;QD=19.0468;RBI=0.0131406;REFB=-0.0132416;REVB=0.0120882;RO=41;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358482;STB=0.525998;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0137914;OID=.;OPOS=66188761;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:41:38:39:0.4875:20:18:21:20:21:18:21:20 chr11 66191996 . CA AC 42.03 PASS AF=0.179104;AO=13;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0501873;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=120.935;QD=2.50937;RBI=0.0503262;REFB=-0.00848099;REVB=-0.00373625;RO=49;SAF=12;SAR=1;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.683697;STB=0.91823;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.251525;OID=.;OPOS=66191996;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:67:67:49:55:13:12:0.179104:1:12:17:32:1:11:22:33 chr11 66206169 . C T 678.06 PASS AF=0.48227;AO=68;DP=141;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0130132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.29;QD=19.2357;RBI=0.0132077;REFB=-0.0211219;REVB=0.00225855;RO=72;SAF=29;SAR=39;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388175;STB=0.506276;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.021184;OID=.;OPOS=66206169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:72:73:68:68:0.48227:39:29:31:41:39:29:32:41 chr11 66240882 . T C 340.52 PASS AF=0.362069;AO=42;DP=116;FAO=42;FDP=116;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.0325578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.316;QD=11.7419;RBI=0.0396317;REFB=-0.00625928;REVB=-0.0225978;RO=73;SAF=16;SAR=26;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306724;STB=0.501741;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00916424;OID=.;OPOS=66240882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:73:74:42:42:0.362069:26:16:28:45:26:16:28:46 chr11 66254085 . G T 527.13 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.019384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.302;QD=19.1683;RBI=0.0194348;REFB=0.00941196;REVB=-0.00140351;RO=55;SAF=30;SAR=25;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131001;STB=0.572342;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00672262;OID=.;OPOS=66254085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:25:30:22:33:25:30:22:33 chr11 66272142 . A G 1637.78 PASS AF=0.94958;AO=112;DP=118;FAO=113;FDP=119;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0255537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.489;QD=55.0514;RBI=0.0311161;REFB=0.0236022;REVB=0.0177545;RO=5;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038548;STB=0.515741;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.001365;OID=.;OPOS=66272142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:118:119:5:6:112:113:0.94958:59:53:0:5:59:54:1:5 chr11 66272237 . G A 510.09 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0224905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1291;QD=23.7252;RBI=0.0284506;REFB=-0.0265387;REVB=0.0174245;RO=38;SAF=13;SAR=35;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249514;STB=0.637667;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0149508;OID=.;OPOS=66272237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:35:13:21:17:35:13:21:17 chr11 66282095 . G A 320.54 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.0117887;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.5;QD=13.3559;RBI=0.0190753;REFB=0.00369968;REVB=0.0149965;RO=59;SAF=6;SAR=30;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198337;STB=0.624922;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00571934;OID=.;OPOS=66282095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:60:36:36:0.375:30:6:17:42:30:6:18:42 chr11 66297363 . C T 591.82 PASS AF=0.546296;AO=58;DP=107;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.107154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.056;QD=21.9194;RBI=0.11673;REFB=0.0112105;REVB=0.0463029;RO=47;SAF=28;SAR=30;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468882;STB=0.528589;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00844064;OID=.;OPOS=66297363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:47:49:58:59:0.546296:30:28:20:27:30:29:21:28 chr11 66313203 . T C 306.83 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.00125816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1937;QD=21.9164;RBI=0.0359956;REFB=-0.0303826;REVB=-0.0359736;RO=23;SAF=5;SAR=26;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116062;STB=0.5263;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00562905;OID=.;OPOS=66313203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:31:32:0.571429:26:5:2:21:27:5:3:21 chr11 66327673 . G A 3101.67 PASS AF=0.989899;AO=195;DP=197;FAO=196;FDP=198;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.029221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.662;QD=62.66;RBI=0.0414888;REFB=0.0688781;REVB=0.0294526;RO=1;SAF=59;SAR=136;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00348918;STB=0.503623;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.000202466;OID=.;OPOS=66327673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:197:198:1:2:195:196:0.989899:136:59:0:1:137:59:0:2 chr11 66328095 . T C 1479.93 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.532;QD=62.9758;RBI=0.0207158;REFB=0;REVB=-0.0206689;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98644e-05;OID=.;OPOS=66328095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:37:55:0:0:37:57:0:0 chr11 66328719 . T C 780.37 PASS AF=0.513699;AO=75;DP=145;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00842995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.119;QD=21.3799;RBI=0.04112;REFB=-0.0326525;REVB=0.0402467;RO=69;SAF=34;SAR=41;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345739;STB=0.519363;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.028089;OID=.;OPOS=66328719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:69:71:75:75:0.513699:41:34:34:35:41:34:35:36 chr11 66329732 . A G 1463.54 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0629502;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.888;QD=57.3938;RBI=0.0657101;REFB=-0.113686;REVB=0.0188439;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509257;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00149843;OID=.;OPOS=66329732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:102:0:2:100:100:0.980392:47:53:0:0:47:53:2:0 chr11 66331000 . A G 501.11 PASS AF=0.495327;AO=50;DP=106;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0157704;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.693;QD=18.7331;RBI=0.0184525;REFB=-0.0217267;REVB=-0.00958067;RO=53;SAF=22;SAR=28;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296948;STB=0.51373;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0206392;OID=.;OPOS=66331000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:53:54:50:53:0.495327:28:22:25:28:29:24:23:31 chr11 66331458 . A G 1712.27 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0832;QD=60.6112;RBI=0.0904186;REFB=0;REVB=-0.0885332;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287757;OID=.;OPOS=66331458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:62:51:0:0:62:51:0:0 chr11 66333594 . C CT 477.23 PASS AF=1;AO=7;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.188053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.50479;QD=28.4911;RBI=0.203867;REFB=0;REVB=-0.078727;RO=61;SAF=2;SAR=5;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154139;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0236063;OID=.;OPOS=66333595;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:68:67:67:0:26:41:0:0:11:61:2:5:25:36 chr11 66333598 . C T 958.49 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0496795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2366;QD=57.2231;RBI=0.0497637;REFB=-0.140001;REVB=0.00289325;RO=1;SAF=25;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185226;STB=0.509801;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00358861;OID=.;OPOS=66333598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:41:25:1:0:41:25:1:0 chr11 66335548 . A G 1797.65 PASS AF=1;AO=99;DP=122;FAO=119;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580959;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.014;QD=60.4251;RBI=0.0637373;REFB=0;REVB=0.0262167;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217926;OID=.;OPOS=66335548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:119:0:0:99:119:1:55:44:0:0:70:49:0:0 chr11 66408033 . C G 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00306711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.292;QD=15.577;RBI=0.0102663;REFB=-0.00170472;REVB=-0.00979748;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202175;STB=0.614237;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00420967;OID=.;OPOS=66408033;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:11:13:10:20:11:13:10:20 chr11 66408071 . G C 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00312538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.015;QD=16.4805;RBI=0.028013;REFB=-0.0072331;REVB=-0.0278381;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327711;STB=0.685733;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0125226;OID=.;OPOS=66408071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:6:19:8:11:6:19 chr11 66458980 . G A 854.87 PASS AF=0.440758;AO=93;DP=213;FAO=93;FDP=211;FR=.;FRO=118;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=71;FWDB=0.0105574;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.663;QD=16.2061;RBI=0.0149513;REFB=-0.00423203;REVB=0.010587;RO=118;SAF=49;SAR=44;SRF=47;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128877;STB=0.571544;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00426776;OID=.;OPOS=66458980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:211:118:118:93:93:0.440758:44:49:47:71:44:49:47:71 chr11 66460527 . C T 460.53 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.012258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.412;QD=14.5048;RBI=0.0131992;REFB=-0.0150473;REVB=-0.00489498;RO=75;SAF=29;SAR=23;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886642;STB=0.54981;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0218306;OID=.;OPOS=66460527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:75:52:52:0.409449:23:29:48:27:23:29:48:27 chr11 66468469 . A G 2145.83 PASS AF=0.471215;AO=221;DP=469;FAO=221;FDP=469;FR=.;FRO=248;FSAF=111;FSAR=110;FSRF=124;FSRR=124;FWDB=-0.0108169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.283;QD=18.3013;RBI=0.0562431;REFB=-0.0280683;REVB=-0.0551932;RO=246;SAF=111;SAR=110;SRF=124;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172684;STB=0.501196;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0362428;OID=.;OPOS=66468469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:469:469:246:248:221:221:0.471215:110:111:124:122:110:111:124:124 chr11 66472274 . T C 689.63 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.187;QD=62.6934;RBI=0.0266711;REFB=0;REVB=0.0266165;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70976e-05;OID=.;OPOS=66472274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:20:24:0:0 chr11 66834252 . C T 1699.1 PASS AF=0.97479;AO=115;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0108062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.065;QD=57.1126;RBI=0.0132021;REFB=-0.123632;REVB=0.00758421;RO=3;SAF=59;SAR=56;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00741982;STB=0.503985;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00049161;OID=.;OPOS=66834252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:119:119:3:3:115:116:0.97479:56:59:2:1:57:59:2:1 chr11 66834258 . C T 645.06 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0460703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4912;QD=21.3241;RBI=0.0493187;REFB=0.00610936;REVB=-0.0176028;RO=57;SAF=26;SAR=38;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206847;STB=0.613496;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00519814;OID=.;OPOS=66834258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:57:57:64:64:0.528926:38:26:37:20:38:26:37:20 chr11 66837965 . T C 1234.31 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505554;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.985;QD=61.7154;RBI=0.0600462;REFB=0;REVB=0.032399;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16986e-05;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr11 66995603 . T C 1687.98 PASS AF=0.974359;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0139906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.979;QD=57.7089;RBI=0.02177;REFB=-0.134004;REVB=0.0166792;RO=3;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026115;STB=0.513511;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000218131;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:116:117:3:3:113:114:0.974359:53:60:0:3:54:60:0:3 chr11 67034266 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.089;QD=46.8478;RBI=0.0681676;REFB=0;REVB=-0.0161007;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128248;OID=.;OPOS=67034266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 67050292 . G A 1071.33 PASS AF=0.925926;AO=75;DP=81;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0100043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.597;QD=52.905;RBI=0.0507788;REFB=-0.109241;REVB=0.0497835;RO=6;SAF=41;SAR=34;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299892;STB=0.51589;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00356955;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:81:81:6:6:75:75:0.925926:34:41:2:4:34:41:2:4 chr11 67068859 . T C 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0737638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.525;QD=60.7152;RBI=0.0752257;REFB=0;REVB=0.0147587;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195909;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr11 67071584 . C G 3460.94 PASS AF=0.995575;AO=221;DP=226;FAO=225;FDP=226;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=134;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0721052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1465;QD=61.2556;RBI=0.0729393;REFB=-0.126513;REVB=-0.0109994;RO=3;SAF=88;SAR=133;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713529;STB=0.502732;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00112394;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:226:226:3:1:221:225:0.995575:133:88:2:1:134:91:1:0 chr11 67177165 . CAT ATC 38.99 PASS AF=0.101695;AO=3;DP=65;FAO=6;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=43;FWDB=-0.00744245;FXX=0.0166639;HRUN=7;LEN=3;MLLD=21.2526;QD=2.64319;RBI=0.0337596;REFB=-0.0318152;REVB=-0.032929;RO=50;SAF=1;SAR=2;SRF=4;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436503;STB=0.796074;STBP=0.575;TYPE=mnp;VARB=0.141043;OID=.;OPOS=67177165;OREF=CAT;OALT=ATC;OMAPALT=ATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:65:59:50:47:3:6:0.101695:2:1:4:46:4:2:4:43 chr11 67177278 . G A 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.939;QD=63.2448;RBI=0.0330178;REFB=0;REVB=0.0323727;RO=0;SAF=65;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67203e-05;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:74:65:0:0:74:65:0:0 chr11 67192555 . G A 2154.41 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.92;QD=62.9023;RBI=0.0383665;REFB=0;REVB=0.0383386;RO=0;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73345e-05;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:137:0:0:134:137:1:68:66:0:0:70:67:0:0 chr11 67200819 . C T 509.13 PASS AF=0.515789;AO=46;DP=91;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0652527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2321;QD=21.4369;RBI=0.0660323;REFB=-0.040895;REVB=0.0101166;RO=45;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129243;STB=0.597408;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0703151;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:45:46:46:49:0.515789:23:23:16:29:22:27:16:30 chr11 67202156 . C T 187.11 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0112292;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.394;QD=19.696;RBI=0.0141183;REFB=0.00438726;REVB=0.00855745;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237804;STB=0.59273;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00529145;OID=.;OPOS=67202156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:18:19:18:19:0.5:14:4:8:10:14:5:8:11 chr11 67206176 . T G 920.36 PASS AF=0.489362;AO=92;DP=188;FAO=92;FDP=188;FR=.;FRO=96;FSAF=78;FSAR=14;FSRF=78;FSRR=18;FWDB=-0.0239356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.568;QD=19.5822;RBI=0.10877;REFB=-0.00121378;REVB=-0.106104;RO=96;SAF=78;SAR=14;SRF=78;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602632;STB=0.533326;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00104512;OID=.;OPOS=67206176;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:96:96:92:92:0.489362:14:78:78:18:14:78:78:18 chr11 67257037 . C T 557.51 PASS AF=0.561224;AO=49;DP=98;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0510513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8481;QD=22.7554;RBI=0.0514961;REFB=-0.0169341;REVB=-0.00675393;RO=38;SAF=15;SAR=34;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157145;STB=0.504528;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.025369;OID=.;OPOS=67257037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:38:43:49:55:0.561224:34:15:11:27:34:21:16:27 chr11 67257823 . C A 922.32 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0593528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6302;QD=56.7582;RBI=0.0593531;REFB=-0.0454569;REVB=-0.000194032;RO=1;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140954;STB=0.50746;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0051501;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:30:33:1:0:31:33:1:0 chr11 67258391 . A G 1398.42 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8609;QD=61.4691;RBI=0.0207327;REFB=0;REVB=0.0015901;RO=0;SAF=23;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160581;OID=.;OPOS=67258391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:91:0:0:84:91:1:61:23:0:0:66:25:0:0 chr11 67263767 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.354;QD=64.4143;RBI=0.0341872;REFB=0;REVB=0.0332843;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82481e-05;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr11 67267720 . G C 31.24 PASS AF=0.0763052;AO=21;DP=250;FAO=19;FDP=249;FR=.,HEALED;FRO=230;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=113;FSRR=117;FWDB=-0.0757665;FXX=0.00796781;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.214;QD=0.501827;RBI=0.079747;REFB=-0.0284592;REVB=-0.0248801;RO=170;SAF=4;SAR=17;SRF=77;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346603;STB=0.87902;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.197026;OID=.;OPOS=67267720;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:250:249:170:230:21:19:0.0763052:17:4:77:93:17:2:113:117 chr11 67288594 . C T 614.76 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=-0.00817068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.158;QD=18.7713;RBI=0.021284;REFB=-0.0125799;REVB=0.0196532;RO=67;SAF=29;SAR=34;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15433;STB=0.580119;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.011151;OID=.;OPOS=67288594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:67:68:63:63:0.480916:34:29:20:47:34:29:21:47 chr11 67351585 . C G 478.27 PASS AF=0.322581;AO=58;DP=181;FAO=60;FDP=186;FR=.;FRO=126;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=-0.00481909;FXX=0.0210515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8724;QD=10.2853;RBI=0.0476438;REFB=-0.00191862;REVB=0.0473995;RO=113;SAF=31;SAR=27;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651396;STB=0.516661;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00590811;OID=.;OPOS=67351585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:186:113:126:58:60:0.322581:27:31:54:59:29:31:62:64 chr11 67352689 . A G 461.66 PASS AF=0.469388;AO=44;DP=97;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.554;QD=18.8432;RBI=0.00455164;REFB=-0.0115004;REVB=-0.0025504;RO=52;SAF=23;SAR=21;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339564;STB=0.5102;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0138363;OID=.;OPOS=67352689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:52:52:44:46:0.469388:21:23:27:25:23:23:27:25 chr11 67353970 . T C 669.27 PASS AF=0.492647;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0722173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9633;QD=19.6843;RBI=0.0849118;REFB=0.00225269;REVB=-0.0446617;RO=69;SAF=27;SAR=40;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437491;STB=0.524168;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00468415;OID=.;OPOS=67353970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:69:69:67:67:0.492647:40:27:31:38:40:27:31:38 chr11 67372477 . G T 744.05 PASS AF=0.49359;AO=77;DP=158;FAO=77;FDP=156;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0112649;FXX=0.0126574;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.296;QD=19.0781;RBI=0.0261835;REFB=-0.0333522;REVB=-0.0236364;RO=79;SAF=30;SAR=47;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509031;STB=0.528083;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0363979;OID=.;OPOS=67372477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:79:79:77:77:0.49359:47:30:35:44:47:30:35:44 chr11 67395714 . C T 619.21 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0971702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6204;QD=16.4028;RBI=0.0974177;REFB=-0.00027637;REVB=0.00693942;RO=83;SAF=32;SAR=35;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521382;STB=0.532283;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00100972;OID=.;OPOS=67395714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:83:84:67:67:0.443709:35:32:44:39:35:32:45:39 chr11 67402362 . T G 523.34 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0340518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9808;QD=17.3005;RBI=0.0342981;REFB=-0.016875;REVB=-0.00410354;RO=65;SAF=36;SAR=20;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179404;STB=0.599964;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.032086;OID=.;OPOS=67402362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:20:36:30:35:20:36:30:35 chr11 67414492 . C T 168.18 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0586797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.75;QD=42.0442;RBI=0.0722502;REFB=-0.12836;REVB=0.0421519;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434393;STB=0.523778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00169747;OID=.;OPOS=67414492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:1:1:15:15:0.9375:5:10:1:0:5:10:1:0 chr11 67430762 . T C 2650.0 PASS AF=0.988506;AO=172;DP=174;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00120833;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.363;QD=60.9195;RBI=0.0193452;REFB=-0.0549176;REVB=0.0193075;RO=1;SAF=93;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598699;STB=0.506249;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000277612;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:174:174:1:2:172:172:0.988506:79:93:0:1:79:93:0:2 chr11 67432804 . T C 1801.39 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.585;QD=61.0641;RBI=0.0372438;REFB=0;REVB=0.0218473;RO=0;SAF=49;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56906e-05;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:69:49:0:0:69:49:0:0 chr11 67432854 . T C 2282.84 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=148;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0260317;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.713;QD=62.1181;RBI=0.0384563;REFB=-0.129799;REVB=0.0283061;RO=0;SAF=73;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00959e-08;STB=0.506756;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0007014;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:147:0:2:145:145:0.986395:72:73:0:0:72:73:2:0 chr11 67433869 . C T 534.56 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.35;QD=59.395;RBI=0.0538615;REFB=0;REVB=0.0247695;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355818;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:17:19:0:0 chr11 67434416 . C A 1044.99 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.559;QD=59.7137;RBI=0.0557864;REFB=0;REVB=0.0503719;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13807e-05;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:35:33:0:0:37:33:0:0 chr11 67564162 . A G 56.81 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0198537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.451;QD=3.7252;RBI=0.0231283;REFB=-0.00607995;REVB=-0.0118638;RO=50;SAF=3;SAR=7;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832515;STB=0.550458;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0270107;OID=.;OPOS=67564162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:50:51:10:10:0.163934:7:3:18:32:7:3:18:33 chr11 67564181 . G A 75.81 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00489944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.411;QD=5.22793;RBI=0.0132464;REFB=-0.00284072;REVB=0.012307;RO=45;SAF=3;SAR=9;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124122;STB=0.593584;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0140333;OID=.;OPOS=67564181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:45:46:12:12:0.206897:9:3:15:30:9:3:16:30 chr11 67564197 . T C 744.14 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.079;QD=56.1615;RBI=0.0541602;REFB=0;REVB=0.0538464;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260215;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:34:17:0:0:36:17:0:0 chr11 67564238 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.275;QD=59.8391;RBI=0.0494566;REFB=0;REVB=0.0285194;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158808;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr11 67564241 . C T 538.0 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.48;QD=59.778;RBI=0.0729854;REFB=0;REVB=0.00352618;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259396;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr11 67572698 . G T 1983.63 PASS AF=0.921569;AO=104;DP=151;FAO=141;FDP=153;FR=.;FRO=12;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0304005;FXX=0.00649309;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.906;QD=51.8595;RBI=0.0436684;REFB=0.0574767;REVB=0.0313486;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54477;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000522815;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:151:153:0:12:104:141:0.921569:45:59:0:0:80:61:12:0 chr11 67663113 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.65;QD=47.8224;RBI=0.065527;REFB=0;REVB=-0.0634666;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407015;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr11 67663116 . T A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.006;QD=47.8223;RBI=0.00812189;REFB=0;REVB=-0.00177275;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04506e-05;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr11 67759254 . G C 93.44 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0277652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1997;QD=5.49663;RBI=0.0684559;REFB=-0.0120458;REVB=-0.0625724;RO=49;SAF=6;SAR=9;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208491;STB=0.641434;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0412903;OID=.;OPOS=67759254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:49:53:15:15:0.220588:9:6:28:21:9:6:31:22 chr11 67763224 . G A 540.11 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.035221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.3;QD=19.4633;RBI=0.0352297;REFB=-0.00385679;REVB=-0.000784331;RO=55;SAF=12;SAR=44;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175381;STB=0.597585;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00198605;OID=.;OPOS=67763224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:44:12:20:35:44:12:20:35 chr11 67765163 . A AG,G 1474.02 PASS AF=1,0;AO=84,4;DP=100;FAO=98,0;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54,0;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0895414,0.0510405;FXX=0.0101;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=27.4532,4.03345;QD=60.1642;RBI=0.131134,0.0558991;REFB=0,0;REVB=0.0958039,-0.0227943;RO=11;SAF=53,1;SAR=31,3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.102152,0.107868;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00236376,0;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:98:11:0:84,4:98,0:1,0:31,3:53,1:2:9:44,0:54,0:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 2366.11 PASS AF=1,0;AO=148,10;DP=173;FAO=161,0;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=129,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442775,-0.118539;FXX=0.0639498;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.0501,4.51815;QD=58.7854;RBI=0.0254353,0.157317;REFB=0,0;REVB=0.0250469,-0.103427;RO=15;SAF=29,2;SAR=119,8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0175283,0.115188;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000198617,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:173:161:15:0:148,10:161,0:1,0:119,8:29,2:2:13:129,0:32,0:0:0 chr11 67789293 . G GC 1854.33 PASS AF=1;AO=150;DP=156;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130664;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.952;QD=48.7982;RBI=0.0235956;REFB=0;REVB=0.0196474;RO=4;SAF=67;SAR=83;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266281;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.39375e-05;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:150:156:152:152:0:67:85:0:0:33:4:67:83:2:2 chr11 67795378 . G GC 630.29 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800985;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.5614;QD=47.5687;RBI=0.0255054;REFB=0;REVB=0.0242151;RO=7;SAF=18;SAR=34;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00152306;OID=.;OPOS=67795379;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:59:53:53:0:18:35:0:0:11:7:18:34:3:4 chr11 67814979 . G C 2999.83 PASS AF=1;AO=187;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8684;QD=63.1544;RBI=0.0157569;REFB=0;REVB=-0.0154057;RO=0;SAF=80;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.94103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838781;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:190:0:0:187:190:1:107:80:0:0:110:80:0:0 chr11 67957518 . A T 1573.64 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0293325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.388;QD=58.8275;RBI=0.0440359;REFB=-0.0976651;REVB=0.0328445;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.506023;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00024703;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:65:41:0:0:65:41:1:0 chr11 68030173 . C A 624.86 PASS AF=0.575472;AO=59;DP=104;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00435958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0351;QD=23.5796;RBI=0.0235091;REFB=0.00398049;REVB=0.0231014;RO=45;SAF=32;SAR=27;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105156;STB=0.51319;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00206454;OID=.;OPOS=68030173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:45:45:59:61:0.575472:27:32:25:20:29:32:25:20 chr11 68171013 . T C 2823.02 PASS AF=0.955224;AO=168;DP=201;FAO=192;FDP=201;FR=.;FRO=9;FSAF=78;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.019002;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.101;QD=56.1795;RBI=0.0196315;REFB=0.00299994;REVB=0.00493176;RO=1;SAF=75;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509026;STB=0.513766;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-6.91501e-05;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:201:201:1:9:168:192:0.955224:93:75:0:1:114:78:1:8 chr11 68177510 . C T 761.37 PASS AF=0.467836;AO=80;DP=171;FAO=80;FDP=171;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=0.0091584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.62;QD=17.8099;RBI=0.00977483;REFB=-0.00743781;REVB=-0.00341629;RO=91;SAF=35;SAR=45;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233887;STB=0.51295;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0102698;OID=.;OPOS=68177510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:91:91:80:80:0.467836:45:35:42:49:45:35:42:49 chr11 68192690 . G A 661.88 PASS AF=0.40884;AO=74;DP=181;FAO=74;FDP=181;FR=.;FRO=107;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=0.0152431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.349;QD=14.6271;RBI=0.016384;REFB=-0.0119944;REVB=-0.00600695;RO=107;SAF=48;SAR=26;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232877;STB=0.63078;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0238953;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:107:107:74:74:0.40884:26:48:46:61:26:48:46:61 chr11 68201295 . C T 725.42 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=167;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=0.0169518;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.319;QD=17.4801;RBI=0.0391443;REFB=-0.0137309;REVB=0.0352833;RO=87;SAF=35;SAR=42;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171937;STB=0.514946;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0171173;OID=.;OPOS=68201295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:87:89:77:77:0.463855:42:35:38:49:42:35:38:51 chr11 68549340 . A G 1892.52 PASS AF=0.962121;AO=126;DP=131;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0115974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.589;QD=57.349;RBI=0.0249495;REFB=-0.0920783;REVB=0.0220902;RO=5;SAF=65;SAR=61;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840029;STB=0.504538;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00116898;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:131:132:5:5:126:127:0.962121:61:65:2:3:61:66:2:3 chr11 68671280 . G GCCGCCGCCATCTTC 2079.87 PASS AF=0.546667;AO=156;DP=412;FAO=205;FDP=375;FR=.;FRO=170;FSAF=60;FSAR=145;FSRF=115;FSRR=55;FWDB=-0.0183212;FXX=0.0624984;HRUN=2;LEN=14;MLLD=298.18;QD=22.1852;RBI=0.0296335;REFB=-0.0276052;REVB=0.0232911;RO=190;SAF=53;SAR=103;SRF=135;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359391;STB=0.678912;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0211268;OID=.;OPOS=68671281;OREF=-;OALT=CCGCCGCCATCTTC;OMAPALT=GCCGCCGCCATCTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.546667:156:412:205:375:170:60:145:115:55:99:190:53:103:135:55 chr11 68671477 . T C 3080.09 PASS AF=0.985437;AO=203;DP=206;FAO=203;FDP=206;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0770117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0866;QD=59.8076;RBI=0.0789365;REFB=-0.0276799;REVB=0.0173257;RO=3;SAF=101;SAR=102;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455443;STB=0.502391;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00108725;OID=.;OPOS=68671477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:206:206:3:3:203:203:0.985437:102:101:1:2:102:101:1:2 chr11 68678962 . T C 2333.15 PASS AF=0.987261;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000811116;FXX=0.00632871;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.26;QD=59.4433;RBI=0.0215982;REFB=0.0337166;REVB=0.021583;RO=2;SAF=88;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00167194;STB=0.500879;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-2.68761e-05;OID=.;OPOS=68678962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:157:2:2:155:155:0.987261:67:88:1:1:67:88:1:1 chr11 68703959 . A G 1012.13 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.145;QD=57.8359;RBI=0.0268401;REFB=-0.042533;REVB=-0.00866561;RO=1;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113915;STB=0.506022;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000383599;OID=.;OPOS=68703959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:41:28:0:1:41:28:0:1 chr11 68704264 . C T 1953.02 PASS AF=0.977099;AO=128;DP=133;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0101687;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.886;QD=59.6342;RBI=0.0102321;REFB=-0.0306549;REVB=-0.00113679;RO=3;SAF=62;SAR=66;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793545;STB=0.504177;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-1.04803e-05;OID=.;OPOS=68704264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:131:3:3:128:128:0.977099:66:62:2:1:66:62:2:1 chr11 68773403 . G A 3539.4 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173277;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.517;QD=62.6442;RBI=0.0177174;REFB=-0.11024;REVB=0.00369586;RO=1;SAF=113;SAR=113;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218459;OID=.;OPOS=68773403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:227:226:1:0:226:226:1:113:113:1:0:113:113:0:0 chr11 68822739 . T C 2471.38 PASS AF=1;AO=138;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=90;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.459;QD=61.0217;RBI=0.0856473;REFB=0;REVB=0.0829898;RO=0;SAF=84;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104035;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:138:162:1:54:84:0:0:72:90:0:0 chr11 68834968 . T C 1264.67 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.788;QD=61.6913;RBI=0.0284539;REFB=0;REVB=0.014595;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54283e-05;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr11 68855362 . G A 1286.66 PASS AF=0.425532;AO=140;DP=318;FAO=140;FDP=329;FR=.;FRO=189;FSAF=90;FSAR=50;FSRF=94;FSRR=95;FWDB=-0.0147417;FXX=0.00604211;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.036;QD=15.6433;RBI=0.0161076;REFB=-0.0220703;REVB=-0.00649142;RO=177;SAF=90;SAR=50;SRF=84;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174033;STB=0.586504;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0256816;OID=.;OPOS=68855362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:329:177:189:140:140:0.425532:50:90:84:93:50:90:94:95 chr11 69063723 . TGGGGGGGT GTGGGGGGT,TGGGGGGT,TGGGGGGTG 217.81 PASS AF=0.0224719,0.674157,0.0224719;AO=6,33,5;DP=86;FAO=2,60,2;FDP=89;FR=.;FRO=25;FSAF=0,22,2;FSAR=2,38,0;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0168512,0.0508286,-0.115832;FXX=0.0219756;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=134.649,7.34285,17.1503;QD=9.78918;RBI=0.0477272,0.0981106,0.117875;REFB=0.00567648,0.012734,-0.00654845;REVB=-0.0446533,0.0839174,0.0218508;RO=25;SAF=0,11,5;SAR=6,22,0;SRF=8;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.64869,0.0117667,0.729161;STB=0.993767,0.510492,0.995585;STBP=0.198,0.774,0.102;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0803396,0.0538695,0.0406186;OID=.,.,.;OPOS=69063723,69063724,69063730;OREF=TG,G,GT;OALT=GT,-,TG;OMAPALT=GTGGGGGGT,TGGGGGGT,TGGGGGGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:70:86:89:25:25:6,33,5:2,60,2:0.0224719,0.674157,0.0224719:6,22,0:0,11,5:8:17:2,38,0:0,22,2:10:15 chr11 69462910 . G A 1719.55 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0357199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.224;QD=58.7879;RBI=0.0433588;REFB=-0.129352;REVB=-0.0245781;RO=2;SAF=59;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000423639;STB=0.500223;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000447579;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:56:59:1:1:56:59:1:1 chr11 69468187 . GTTTT GTTTTG,GTT 139.89 PASS AF=0.291667,0.708333;AO=4,13;DP=26;FAO=7,17;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0691158,-0.539937;FXX=0.0768935;HRUN=0,14;LEN=1,2;MLLD=220.445,5.27392;QD=23.3157;RBI=0.0918713,0.578781;REFB=-0.0416995,-0.0753108;REVB=-0.0605256,-0.208459;RO=0;SAF=0,13;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,del;VARB=0.00109637,-0.000407185;OID=.,.;OPOS=69468192,69468188;OREF=-,TT;OALT=G,-;OMAPALT=GTTTTG,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.291667,0.708333:4,13:26:7,17:24:0:0,17:7,0:0:0:47:0:0,13:4,0:0:0 chr11 70007311 . A G 2505.97 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1905;QD=61.4962;RBI=0.0588254;REFB=0;REVB=-0.0463489;RO=0;SAF=80;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95966e-05;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:163:0:0:157:163:1:77:80:0:0:78:85:0:0 chr11 70007392 . A G 2275.2 PASS AF=0.993103;AO=142;DP=143;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.963;QD=62.7641;RBI=0.0392598;REFB=-0.00931411;REVB=0.00649939;RO=1;SAF=83;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799104;STB=0.504132;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=1.81745e-05;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:145:1:1:142:144:0.993103:59:83:0:1:60:84:0:1 chr11 70016247 . T G,TG 3028.74 PASS AF=0.0077821,0.980545;AO=11,200;DP=270;FAO=2,252;FDP=257;FR=.;FRO=3;FSAF=2,109;FSAR=0,143;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0277367,0.0596868;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=5.09318,17.4749;QD=47.14;RBI=0.0286923,0.188477;REFB=0.154691,0.0826022;REVB=-0.00734341,0.178776;RO=57;SAF=2,101;SAR=9,99;SRF=12;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0561402,0.122903;STB=0.993997,0.501189;STBP=0.153,0.735;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0106412,0.00413584;OID=.,.;OPOS=70016247,70016248;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:270:257:57:3:11,200:2,252:0.0077821,0.980545:9,99:2,101:12:45:0,143:2,109:1:2 chr11 70130141 . ATT ATA,A,AT,TAT 424.57 PASS AF=0.0843373,0,0.915663,0;AO=3,9,18,3;DP=83;FAO=7,0,76,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,34,0;FSAR=7,0,42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831591,0.575694,0.970993,0.366604;FXX=0;HRUN=5,5,5,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=199.113,9.38579,6.92091,9.84532;QD=20.461;RBI=0.0856071,0.577839,0.976412,0.37345;REFB=0.0360052,0.0868437,0.054784,0.0243884;REVB=-0.0203258,0.0497395,0.102727,0.0711811;RO=45;SAF=0,0,0,0;SAR=3,9,18,3;SRF=33;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.617114,-0.780507,-0.837509,-0.617114;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.113089,-0.00343962,-0.00642819,0;OID=.,.,.,.;OPOS=70130143,70130142,70130142,70130141;OREF=T,TT,T,AT;OALT=A,-,-,TA;OMAPALT=ATA,A,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:26:83:83:45:0:3,9,18,3:7,0,76,0:0.0843373,0,0.915663,0:3,9,18,3:0,0,0,0:33:12:7,0,42,0:0,0,34,0:0:0 chr11 70279766 . C T 981.61 PASS AF=0.424125;AO=109;DP=255;FAO=109;FDP=257;FR=.;FRO=148;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=65;FSRR=83;FWDB=-0.0063527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.406;QD=15.2779;RBI=0.0351069;REFB=-0.0146708;REVB=-0.0345273;RO=146;SAF=45;SAR=64;SRF=65;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340661;STB=0.515559;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0203191;OID=.;OPOS=70279766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:257:146:148:109:109:0.424125:64:45:65:81:64:45:65:83 chr11 70315636 . T C 137.37 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=58;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0322096;FXX=0.0689536;HRUN=14;LEN=1;MLLD=136.538;QD=10.1757;RBI=0.04212;REFB=-0.0529672;REVB=-0.027141;RO=33;SAF=5;SAR=16;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477664;STB=0.750727;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0415566;OID=.;OPOS=70315636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:54:33:36:21:18:0.333333:16:5:23:10:13:5:24:12 chr11 70666765 . C T 306.68 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.0106956;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.011;QD=11.6831;RBI=0.0134357;REFB=-0.0114031;REVB=-0.00813155;RO=65;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173703;STB=0.507023;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.032682;OID=.;OPOS=70666765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:67:38:38:0.361905:24:14:23:42:24:14:24:43 chr11 70798896 . GGGGGGG CGGGGGT 351.05 PASS AF=0.429688;AO=5;DP=131;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0428099;FXX=0.022899;HRUN=7;LEN=7;MLLD=122.033;QD=10.9703;RBI=0.0428107;REFB=-0.037369;REVB=0.000262208;RO=56;SAF=0;SAR=5;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603703;STB=0.551072;STBP=0.334;TYPE=mnp;VARB=0.0493032;OID=.;OPOS=70798896;OREF=GGGGGGG;OALT=CGGGGGT;OMAPALT=CGGGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:128:56:73:5:55:0.429688:5:0:33:23:32:23:37:36 chr11 71146248 . AAGCAAGGAACAG A 711.46 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000869889;FXX=0;HRUN=4;LEN=12;MLLD=487.599;QD=49.9268;RBI=0.00632132;REFB=0;REVB=0.00626118;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.06634e-06;OID=.;OPOS=71146249;OREF=AGCAAGGAACAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:55:57:57:0:22:35:0:0:12:0:20:34:0:0 chr11 71146691 . A G 2109.2 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504202;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.219;QD=62.9611;RBI=0.00508439;REFB=0;REVB=0.000655019;RO=0;SAF=51;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130866;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:83:51:0:0:83:51:0:0 chr11 71146952 . G A 1719.17 PASS AF=0.944;AO=118;DP=126;FAO=118;FDP=125;FR=.;FRO=7;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0114142;FXX=0.00793588;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.536;QD=55.0136;RBI=0.0392365;REFB=-0.120571;REVB=0.0375396;RO=4;SAF=65;SAR=53;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188746;STB=0.514954;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.000580105;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:126:125:4:7:118:118:0.944:53:65:1:3:53:65:2:5 chr11 71152461 . A G 2069.97 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225013;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.566;QD=62.7262;RBI=0.0249583;REFB=0;REVB=0.0107985;RO=0;SAF=59;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04999e-05;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:73:59:0:0:73:59:0:0 chr11 71155153 . A G 3684.53 PASS AF=1;AO=232;DP=234;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184601;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.948;QD=62.9834;RBI=0.0212125;REFB=-0.0883455;REVB=-0.0104496;RO=0;SAF=108;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.33126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94713e-05;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:234:0:0:232:234:1:124:108:0:0:125:109:0:0 chr11 71174553 . C T 1783.69 PASS AF=0.953846;AO=121;DP=131;FAO=124;FDP=130;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.12473;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.7658;QD=54.8827;RBI=0.124891;REFB=-0.180524;REVB=0.00634091;RO=7;SAF=51;SAR=70;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158966;STB=0.5048;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00217761;OID=.;OPOS=71174553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:131:130:7:6:121:124:0.953846:70:51:4:3:70:54:2:4 chr11 71184678 . A C 5514.36 PASS AF=1;AO=350;DP=352;FAO=352;FDP=352;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=202;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.226;QD=62.6632;RBI=0.0370383;REFB=0;REVB=0.0256467;RO=0;SAF=150;SAR=200;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44501e-05;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:352:352:0:0:350:352:1:200:150:0:0:202:150:0:0 chr11 71185479 . T C 2194.01 PASS AF=0.973684;AO=148;DP=155;FAO=148;FDP=152;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0377595;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.793;QD=57.7372;RBI=0.0470161;REFB=-0.0698068;REVB=0.0280132;RO=4;SAF=58;SAR=90;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00745886;STB=0.503923;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.000397391;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:155:152:4:4:148:148:0.973684:90:58:1:3:90:58:1:3 chr11 71185518 . T C 2720.61 PASS AF=0.972826;AO=177;DP=186;FAO=179;FDP=184;FR=.;FRO=5;FSAF=75;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0143747;FXX=0.0107521;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.854;QD=59.1436;RBI=0.0188401;REFB=-0.0339365;REVB=0.0121786;RO=5;SAF=73;SAR=104;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114785;STB=0.506123;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00141695;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:186:184:5:5:177:179:0.972826:104:73:1:4:104:75:1:4 chr11 71189436 . T C 1917.66 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00581339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.653;QD=60.8782;RBI=0.00841962;REFB=-0.0255668;REVB=0.00609052;RO=1;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703919;STB=0.503703;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000122159;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:67:58:0:1:67:58:0:1 chr11 71238409 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG 60.67 PASS AF=0.304348,0.0869565;AO=16,5;DP=47;FAO=14,4;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=3,0;FSAR=11,4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0539393,-0.0484536;FXX=0.0212721;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.77918,90.3527;QD=5.27542;RBI=0.102661,0.0699274;REFB=-0.146378,-0.0113728;REVB=-0.0873487,-0.0504192;RO=22;SAF=3,0;SAR=13,5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.352941,0;SSSB=-0.476945,-0.72176;STB=0.751422,0.997508;STBP=0.023,0.028;TYPE=del,mnp;VARB=0.170424,0.0607249;OID=.,.;OPOS=71238410,71238414;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348,0.0869565:16,5:47:14,4:46:28:3,0:11,4:16:12:36:22:3,0:13,5:14:8 chr11 71238453 . G C 501.17 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.114178;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9655;QD=48.8943;RBI=0.119314;REFB=-0.0226216;REVB=0.0346289;RO=5;SAF=10;SAR=26;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339994;STB=0.518262;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0055395;OID=.;OPOS=71238453;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:42:41:5:5:36:36:0.878049:26:10:2:3:26:10:2:3 chr11 71239086 . C A 1535.35 PASS AF=0.963636;AO=105;DP=109;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0907514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.076;QD=55.8308;RBI=0.0907791;REFB=-0.063075;REVB=0.00224122;RO=4;SAF=47;SAR=58;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212191;STB=0.511263;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000606268;OID=.;OPOS=71239086;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:110:4:4:105:106:0.963636:58:47:3:1:59:47:3:1 chr11 71249152 . C T 60.29 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.091916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.46;QD=17.2251;RBI=0.0923405;REFB=-0.0421318;REVB=-0.00884391;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233315;STB=0.538359;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.020344;OID=.;OPOS=71249152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:7:1:0:5:7:1:1:5 chr11 71249183 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0774827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7382;QD=43.4859;RBI=0.100992;REFB=0;REVB=0.0647757;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333896;OID=.;OPOS=71249183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr11 71249386 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.329;QD=59.0186;RBI=0.0440159;REFB=0;REVB=-0.00451623;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343132;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr11 71260243 . T C 1437.14 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826914;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.113;QD=63.1709;RBI=0.00892717;REFB=0;REVB=0.00336386;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63392e-05;OID=.;OPOS=71260243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:45:45:0:0:46:45:0:0 chr11 71260296 . G A 1320.83 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0593248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0045;QD=60.7279;RBI=0.059921;REFB=-0.0335805;REVB=-0.00843133;RO=1;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116972;STB=0.506171;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00581322;OID=.;OPOS=71260296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:40:46:0:1:40:46:0:1 chr11 71276632 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.125;QD=58.4193;RBI=0.014645;REFB=0;REVB=0.0137846;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45178e-05;OID=.;OPOS=71276632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:21:42:0:0:21:42:0:0 chr11 71276681 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.525;QD=53.2772;RBI=0.0166819;REFB=0;REVB=0.00553348;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8873e-05;OID=.;OPOS=71276681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr11 71276702 . C T 102.81 PASS AF=0.785714;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.143964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.486;QD=29.3742;RBI=0.146156;REFB=-0.12613;REVB=0.0252157;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108557;STB=0.526268;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0164148;OID=.;OPOS=71276702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:14:2:3:8:11:0.785714:6:2:1:1:6:5:1:2 chr11 71276831 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.736;QD=33.4285;RBI=0.102159;REFB=0;REVB=-0.0936446;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102922;OID=.;OPOS=71276831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr11 71277598 . A C 4835.48 PASS AF=1;AO=304;DP=305;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.528;QD=62.5952;RBI=0.0205344;REFB=0;REVB=0.0191767;RO=0;SAF=126;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68247e-06;OID=.;OPOS=71277598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:305:309:0:0:304:309:1:178:126:0:0:180:129:0:0 chr11 71277647 . CCGCT C 1179.65 PASS AF=0.99;AO=94;DP=104;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.040226;FXX=0.107133;HRUN=2;LEN=4;MLLD=312.618;QD=47.1859;RBI=0.0408138;REFB=-0.0109059;REVB=-0.00690152;RO=0;SAF=33;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19147e-08;STB=0.503999;STBP=0.5;TYPE=del;VARB=0.000118284;OID=.;OPOS=71277648;OREF=CGCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.99:94:104:99:100:1:37:62:0:1:13:0:33:61:0:0 chr11 71279936 . A C 345.9 PASS AF=0.290909;AO=48;DP=163;FAO=48;FDP=165;FR=.;FRO=117;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=52;FSRR=65;FWDB=-0.0646685;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5012;QD=8.38556;RBI=0.0822693;REFB=0.000533707;REVB=-0.0508549;RO=114;SAF=16;SAR=32;SRF=51;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144885;STB=0.583655;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00283618;OID=.;OPOS=71279936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:114:117:48:48:0.290909:32:16:51:63:32:16:52:65 chr11 71293685 . A AC 30.87 PASS AF=0.173913;AO=14;DP=74;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0343517;FXX=0.0675584;HRUN=0;LEN=1;MLLD=125.632;QD=1.78936;RBI=0.0580828;REFB=-0.00125135;REVB=-0.0468356;RO=58;SAF=1;SAR=13;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56207;STB=0.853652;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.104412;OID=.;OPOS=71293686;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173913:14:74:12:69:57:1:11:23:34:30:58:1:13:25:33 chr11 71293815 . GC G 33.62 PASS AF=0.307692;AO=6;DP=28;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0281292;FXX=0.0714031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.4972;QD=5.1722;RBI=0.0442684;REFB=-0.0175294;REVB=-0.0341824;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=-0.0703916;STB=0.576735;STBP=0.65;TYPE=del;VARB=-0.00586198;OID=.;OPOS=71293816;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:6:28:8:26:18:4:4:11:7:33:16:3:3:9:7 chr11 71318195 . G A 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.81;QD=57.1989;RBI=0.166558;REFB=0;REVB=0.023242;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00087653;OID=.;OPOS=71318195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr11 71498591 . C G 1810.23 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0303635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5788;QD=59.3517;RBI=0.0319641;REFB=-0.10497;REVB=-0.009988;RO=1;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714322;STB=0.507461;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00182263;OID=.;OPOS=71498591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:1:2:120:120:0.983607:66:54:0:1:66:54:0:2 chr11 71498601 . G T 1842.59 PASS AF=0.954198;AO=123;DP=131;FAO=125;FDP=131;FR=.;FRO=6;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0522062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.195;QD=56.2623;RBI=0.0671282;REFB=-0.187271;REVB=0.0421985;RO=1;SAF=56;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840822;STB=0.501657;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0024359;OID=.;OPOS=71498601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:131:131:1:6:123:125:0.954198:67:56:1:0:67:58:3:3 chr11 71498648 . A G 1859.33 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.073;QD=61.4654;RBI=0.0446097;REFB=0;REVB=-0.0246472;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55315e-05;OID=.;OPOS=71498648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:64:57:0:0:64:57:0:0 chr11 71498670 . CG C,CC 1412.84 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=15,76;DP=92;FAO=3,87;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=3,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807627,0.0789939;FXX=0.0217368;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=241.167,258.091;QD=62.793;RBI=0.0894206,0.0862304;REFB=0,0;REVB=0.0383853,0.0345782;RO=1;SAF=9,30;SAR=6,46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0479918,-0.0155115;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00473849,0.00107744;OID=.,.;OPOS=71498671,71498671;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0333333,0.966667:15,76:92:3,87:90:0:0,38:3,49:0:0:3:1:9,30:6,46:1:0 chr11 71504475 . T C 45.59 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.131209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.333;QD=26.0494;RBI=0.131659;REFB=-0.175263;REVB=-0.0108751;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00780637;OID=.;OPOS=71504475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:6:6:0.857143:5:1:0:0:5:1:0:1 chr11 71507232 . C G 35.17 PASS AF=0.0918367;AO=9;DP=98;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.0391793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.92;QD=1.43556;RBI=0.115474;REFB=-0.00170285;REVB=0.108624;RO=86;SAF=6;SAR=3;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155619;STB=0.609679;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0243284;OID=.;OPOS=71507232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:98:98:86:89:9:9:0.0918367:3:6:46:40:3:6:49:40 chr11 71507261 . A G 36.86 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.012575;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.192;QD=1.62003;RBI=0.0243099;REFB=-0.00249187;REVB=-0.0208048;RO=82;SAF=6;SAR=3;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141513;STB=0.610435;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0421725;OID=.;OPOS=71507261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:91:82:82:9:9:0.0989011:3:6:45:37:3:6:45:37 chr11 71507263 . A G 43.31 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00376152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.283;QD=1.90374;RBI=0.00763547;REFB=-0.00358202;REVB=-0.00664465;RO=81;SAF=6;SAR=4;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540717;STB=0.540459;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0365291;OID=.;OPOS=71507263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:91:81:81:10:10:0.10989:4:6:45:36:4:6:45:36 chr11 71544269 . C T 1148.33 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0437431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8231;QD=58.1432;RBI=0.0437518;REFB=-0.0972441;REVB=-0.000874712;RO=2;SAF=38;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00141391;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:79:2:1:76:78:0.987342:38:38:1:1:38:40:0:1 chr11 71548465 . A G 1584.6 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.229236;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.208;QD=58.6889;RBI=0.22926;REFB=0;REVB=0.00335171;RO=2;SAF=49;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189746;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692613;OID=.;OPOS=71548465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:109:108:2:0:106:108:1:57:49:2:0:57:51:0:0 chr11 71548492 . C T 1587.51 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0647641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5285;QD=64.1418;RBI=0.0687004;REFB=0;REVB=-0.0229205;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431214;OID=.;OPOS=71548492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr11 71548520 . A T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.381;QD=61.3755;RBI=0.0210737;REFB=0;REVB=0.0151771;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62352e-07;OID=.;OPOS=71548520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr11 71548544 . A G 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6269;QD=54.6367;RBI=0.0260868;REFB=0.0168399;REVB=0.0198895;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-5.90011e-05;OID=.;OPOS=71548544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:19:32:0:0:19:32:0:1 chr11 71707489 . T C 1520.99 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.825;QD=63.3744;RBI=0.0333558;REFB=0;REVB=0.0321896;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64494e-05;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:50:43:0:0:53:43:0:0 chr11 71708013 . G A 1479.21 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.109;QD=62.9453;RBI=0.0145808;REFB=0;REVB=0.0121954;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17837e-05;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:94:0:0:89:94:1:48:41:0:0:52:42:0:0 chr11 71714526 . G C 3616.67 PASS AF=0.971193;AO=235;DP=243;FAO=236;FDP=243;FR=.;FRO=7;FSAF=94;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0168918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.278;QD=59.5337;RBI=0.0428279;REFB=-0.201917;REVB=0.039356;RO=8;SAF=94;SAR=141;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262681;STB=0.512026;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000571994;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:243:243:8:7:235:236:0.971193:141:94:0:8:142:94:0:7 chr11 71941212 . A G 601.8 PASS AF=0.512605;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0139832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7955;QD=20.2287;RBI=0.0424129;REFB=-0.0227666;REVB=-0.0400416;RO=58;SAF=36;SAR=25;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810444;STB=0.544676;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0206444;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:58:61:61:0.512605:25:36:29:29:25:36:29:29 chr11 72281818 . A G 1475.66 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.44;QD=58.4421;RBI=0.0337254;REFB=-0.0396207;REVB=0.00506102;RO=1;SAF=56;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839581;STB=0.504347;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000215217;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:1:99:100:0.990099:43:56:1:0:43:57:1:0 chr11 72281884 . C T 2313.59 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705723;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4667;QD=60.8839;RBI=0.070963;REFB=0;REVB=0.00743681;RO=0;SAF=76;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117737;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:152:0:0:144:152:1:68:76:0:0:68:84:0:0 chr11 72287350 . A G 747.81 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.297767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.636;QD=63.6434;RBI=0.299024;REFB=0;REVB=0.0273942;RO=0;SAF=1;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651949;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:45:1:0:0:45:2:0:0 chr11 72288599 . G A 2698.32 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129897;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.464;QD=62.0304;RBI=0.0287857;REFB=-0.0023122;REVB=0.0256882;RO=0;SAF=82;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36888e-05;OID=.;OPOS=72288599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:0:0:173:174:1:91:82:0:0:91:83:0:0 chr11 72290629 . G A 689.77 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.557;QD=61.3127;RBI=0.0507198;REFB=0;REVB=0.0506367;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162826;OID=.;OPOS=72290629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:28:15:0:0:30:15:0:0 chr11 72291927 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000414541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.101;QD=62.0199;RBI=0.0173348;REFB=0;REVB=0.0173298;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45719e-05;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr11 72293602 . A G 1933.55 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.585;QD=61.8737;RBI=0.0289312;REFB=0;REVB=0.024853;RO=0;SAF=42;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52468e-05;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:83:42:0:0:83:42:0:0 chr11 72295502 . T C 3442.93 PASS AF=1;AO=218;DP=225;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471512;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.728;QD=61.7566;RBI=0.00552857;REFB=0.015968;REVB=0.00288664;RO=1;SAF=107;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78628e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:225:223:1:0:218:223:1:111:107:0:1:111:112:0:0 chr11 72295906 . A G 1047.4 PASS AF=0.986486;AO=69;DP=70;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0719328;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0121;QD=56.6163;RBI=0.0748511;REFB=-0.106182;REVB=-0.0206969;RO=0;SAF=17;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00354544;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:74:0:1:69:73:0.986486:52:17:0:0:52:21:1:0 chr11 72408055 . G C 592.34 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0143034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.152;QD=17.2945;RBI=0.0162155;REFB=-0.0194482;REVB=0.00763899;RO=74;SAF=33;SAR=29;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711286;STB=0.543132;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0228939;OID=.;OPOS=72408055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:74:75:62:62:0.452555:29:33:34:40:29:33:34:41 chr11 72415329 . G A 336.53 PASS AF=0.45;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00331742;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.563;QD=16.8264;RBI=0.00997013;REFB=-0.0147408;REVB=0.00940204;RO=43;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429007;STB=0.530709;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0177499;OID=.;OPOS=72415329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:43:44:36:36:0.45:20:16:21:22:20:16:22:22 chr11 72532569 . G T 2304.0 PASS AF=0.98;AO=147;DP=150;FAO=147;FDP=150;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0272697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2324;QD=61.4401;RBI=0.0357936;REFB=-0.0204627;REVB=-0.023185;RO=3;SAF=69;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519479;STB=0.502732;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00179719;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:150:3:3:147:147:0.98:78:69:1:2:78:69:1:2 chr11 72532621 . T G 2735.98 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.086;QD=61.83;RBI=0.0256459;REFB=0;REVB=0.0198617;RO=0;SAF=90;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13164e-05;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:164:177:0:0:164:177:1:74:90:0:0:84:93:0:0 chr11 72532708 . C T 3506.21 PASS AF=0.962343;AO=230;DP=239;FAO=230;FDP=239;FR=.;FRO=9;FSAF=115;FSAR=115;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0219244;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.46;QD=58.6814;RBI=0.0219334;REFB=-0.118895;REVB=0.000626724;RO=5;SAF=115;SAR=115;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202637;STB=0.514643;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000717853;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:239:239:5:9:230:230:0.962343:115:115:5:0:115:115:8:1 chr11 72945341 . C T 4585.99 PASS AF=0.965079;AO=304;DP=315;FAO=304;FDP=315;FR=.;FRO=11;FSAF=122;FSAR=182;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0161534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2307;QD=58.2348;RBI=0.0174245;REFB=-0.0118507;REVB=0.00653305;RO=11;SAF=122;SAR=182;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152451;STB=0.508;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00131612;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:315:315:11:11:304:304:0.965079:182:122:2:9:182:122:2:9 chr11 72947293 . G A 817.1 PASS AF=0.522293;AO=82;DP=158;FAO=82;FDP=157;FR=.;FRO=75;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=52;FWDB=-0.0571509;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4233;QD=20.8178;RBI=0.0627296;REFB=0.0174183;REVB=0.0258606;RO=76;SAF=48;SAR=34;SRF=23;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244199;STB=0.630969;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.015879;OID=.;OPOS=72947293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:76:75:82:82:0.522293:34:48:23:53:34:48:23:52 chr11 73387057 . TTAAGTA T 203.95 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00304026;FXX=0;HRUN=3;LEN=6;MLLD=268.111;QD=10.0716;RBI=0.00375825;REFB=-0.00378845;REVB=-0.00220937;RO=48;SAF=11;SAR=21;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170818;STB=0.603384;STBP=0.116;TYPE=del;VARB=0.00523374;OID=.;OPOS=73387058;OREF=TAAGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:32:81:33:81:48:11:22:24:24:99:48:11:21:24:24 chr11 73390772 . GAA G,GAG 314.71 PASS AF=0.371795,0.0897436;AO=26,7;DP=77;FAO=29,7;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=9,3;FSAR=20,4;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0414981,-0.0254471;FXX=0.0126566;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=39.2871,225.877;QD=16.1389;RBI=0.0482745,0.0642328;REFB=-0.0199284,-0.000831751;REVB=-0.0246645,-0.0589772;RO=40;SAF=9,3;SAR=17,4;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.115955,-0.0260729;STB=0.576868,0.5;STBP=0.312,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0351597,0.04179;OID=.,.;OPOS=73390773,73390774;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371795,0.0897436:26,7:77:29,7:78:42:9,3:20,4:18:24:99:40:9,3:17,4:18:22 chr11 73441772 . A C 599.24 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00408326;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.975;QD=46.9991;RBI=0.04562;REFB=-0.0577082;REVB=0.0454369;RO=4;SAF=30;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024939;STB=0.505616;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00142695;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:4:5:46:46:0.901961:16:30:2:2:16:30:3:2 chr11 73543621 . T C 565.65 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00901101;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.458;QD=19.8475;RBI=0.0111341;REFB=-0.0139203;REVB=-0.00653987;RO=56;SAF=17;SAR=41;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843437;STB=0.54665;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0191495;OID=.;OPOS=73543621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:56:56:58:58:0.508772:41:17:21:35:41:17:21:35 chr11 73620464 . G A 537.21 PASS AF=0.403974;AO=61;DP=150;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=-0.0130364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.945;QD=14.2307;RBI=0.0198724;REFB=-0.00613102;REVB=0.0149988;RO=87;SAF=35;SAR=26;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257189;STB=0.509234;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00931683;OID=.;OPOS=73620464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:87:90:61:61:0.403974:26:35:52:35:26:35:53:37 chr11 73620537 . C G 1427.03 PASS AF=0.45749;AO=112;DP=247;FAO=113;FDP=247;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.0406485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4022;QD=23.1098;RBI=0.041802;REFB=-0.0907588;REVB=-0.00975241;RO=66;SAF=49;SAR=63;SRF=50;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217246;STB=0.563915;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0118446;OID=.;OPOS=73620537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:66:88:112:113:0.45749:63:49:50:16:64:49:51:37 chr11 73670645 . T C 1014.15 PASS AF=0.513089;AO=97;DP=191;FAO=98;FDP=191;FR=.;FRO=93;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.0584752;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.066;QD=21.2386;RBI=0.0585554;REFB=-0.0158876;REVB=-0.0030637;RO=91;SAF=45;SAR=52;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216578;STB=0.503712;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0159285;OID=.;OPOS=73670645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:91:93:97:98:0.513089:52:45:40:51:53:45:42:51 chr11 73689104 . G A 389.74 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0903539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8734;QD=16.4102;RBI=0.0924073;REFB=-0.00457066;REVB=0.0193719;RO=53;SAF=18;SAR=23;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182676;STB=0.607055;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00561926;OID=.;OPOS=73689104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:54:41:41:0.431579:23:18:33:20:23:18:34:20 chr11 73715542 . G A 481.59 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0111459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.801;QD=17.3546;RBI=0.0147577;REFB=-0.0140323;REVB=0.00967264;RO=59;SAF=27;SAR=25;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910826;STB=0.55062;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.015589;OID=.;OPOS=73715542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:59:52:52:0.468468:25:27:25:34:25:27:25:34 chr11 73717254 . A G 696.41 PASS AF=0.471338;AO=74;DP=157;FAO=74;FDP=157;FR=.;FRO=83;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0188719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.233;QD=17.743;RBI=0.0208623;REFB=-0.020026;REVB=-0.00889306;RO=83;SAF=46;SAR=28;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788049;STB=0.543684;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0235006;OID=.;OPOS=73717254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:83:83:74:74:0.471338:28:46:45:38:28:46:45:38 chr11 73785326 . T C 809.75 PASS AF=0.464088;AO=84;DP=182;FAO=84;FDP=181;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.00320134;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.244;QD=17.895;RBI=0.0166816;REFB=-0.0236742;REVB=0.0163715;RO=96;SAF=32;SAR=52;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874819;STB=0.546088;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0266051;OID=.;OPOS=73785326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:96:97:84:84:0.464088:52:32:45:51:52:32:45:52 chr11 73806443 . C T 367.08 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=80;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0183189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.644;QD=17.9063;RBI=0.0210171;REFB=-0.0403008;REVB=-0.0103023;RO=42;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114334;STB=0.506955;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0337976;OID=.;OPOS=73806443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:42:43:38:39:0.47561:24:14:15:27:24:15:16:27 chr11 73825503 . T C 1195.94 PASS AF=0.504274;AO=118;DP=234;FAO=118;FDP=234;FR=.;FRO=116;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=51;FSRR=65;FWDB=0.000799324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.419;QD=20.4435;RBI=0.00109654;REFB=-0.00649881;REVB=0.000750647;RO=116;SAF=46;SAR=72;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467532;STB=0.525662;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00694232;OID=.;OPOS=73825503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:116:116:118:118:0.504274:72:46:51:65:72:46:51:65 chr11 73978243 . G A 630.14 PASS AF=0.387097;AO=72;DP=184;FAO=72;FDP=186;FR=.;FRO=114;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=-0.0183177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.122;QD=13.5515;RBI=0.0190406;REFB=-0.0105339;REVB=0.00519675;RO=112;SAF=32;SAR=40;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794381;STB=0.544898;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0208472;OID=.;OPOS=73978243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:112:114:72:72:0.387097:40:32:58:54:40:32:59:55 chr11 73988167 . C T 678.3 PASS AF=0.466216;AO=67;DP=146;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00429291;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.473;QD=18.3325;RBI=0.00819509;REFB=0.00337689;REVB=0.00698071;RO=79;SAF=36;SAR=31;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916499;STB=0.541923;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00457358;OID=.;OPOS=73988167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:79:79:67:69:0.466216:31:36:35:44:33:36:35:44 chr11 74043708 . G A 373.37 PASS AF=0.457143;AO=26;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0218932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.444;QD=21.3354;RBI=0.0219858;REFB=-0.0149126;REVB=0.00201638;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759405;STB=0.560426;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0176445;OID=.;OPOS=74043708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:31:26:32:0.457143:16:10:10:22:19:13:9:22 chr11 74046975 . C T 701.34 PASS AF=0.47619;AO=70;DP=147;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0075568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.01;QD=19.084;RBI=0.00832438;REFB=-0.00522245;REVB=0.00349144;RO=77;SAF=37;SAR=33;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00369976;STB=0.502047;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00669824;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:77:77:70:70:0.47619:33:37:41:36:33:37:41:36 chr11 74049569 . A G 716.1 PASS AF=0.447674;AO=77;DP=172;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0125913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0089;QD=16.6535;RBI=0.0149337;REFB=-0.000526872;REVB=-0.00802953;RO=95;SAF=32;SAR=45;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900718;STB=0.550109;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000730839;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:95:95:77:77:0.447674:45:32:48:47:45:32:48:47 chr11 74053547 . C T 399.29 PASS AF=0.432692;AO=44;DP=103;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00609254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.121;QD=15.3573;RBI=0.00767333;REFB=-0.00165829;REVB=0.00466486;RO=58;SAF=18;SAR=26;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497826;STB=0.528931;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0023268;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:58:59:44:45:0.432692:26:18:21:37:26:19:22:37 chr11 74167409 . T C 402.07 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0150783;FXX=0.0227247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5834;QD=18.7012;RBI=0.0321048;REFB=0.0249558;REVB=-0.0283437;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180189;STB=0.604694;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0281397;OID=.;OPOS=74167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:44:45:41:41:0.476744:20:21:14:30:20:21:14:31 chr11 74203308 . T A 749.92 PASS AF=0.529412;AO=72;DP=137;FAO=72;FDP=136;FR=.;FRO=64;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0166673;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4998;QD=22.0564;RBI=0.0204144;REFB=-0.00239949;REVB=0.0117877;RO=64;SAF=41;SAR=31;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196775;STB=0.510794;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00162075;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:64:64:72:72:0.529412:31:41:35:29:31:41:35:29 chr11 74204269 . T G 4310.48 PASS AF=1;AO=273;DP=274;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.798;QD=62.6978;RBI=0.0637305;REFB=0;REVB=0.0515645;RO=0;SAF=93;SAR=180;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16594e-05;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:274:275:0:0:273:275:1:180:93:0:0:182:93:0:0 chr11 74208029 . C T 720.06 PASS AF=0.455621;AO=77;DP=169;FAO=77;FDP=169;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.0380387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.55;QD=17.0427;RBI=0.0381825;REFB=-0.00893254;REVB=0.00331071;RO=92;SAF=36;SAR=41;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323348;STB=0.517941;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00949331;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:92:92:77:77:0.455621:41:36:40:52:41:36:40:52 chr11 74208214 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0137781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.264;QD=14.169;RBI=0.0327279;REFB=-0.0115066;REVB=-0.0296864;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155332;STB=0.590733;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0213137;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:4:8:5:5:4:8 chr11 74208592 . G T 263.67 PASS AF=0.518519;AO=25;DP=52;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0292574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1594;QD=19.5307;RBI=0.0299013;REFB=-0.0207776;REVB=-0.00617182;RO=26;SAF=5;SAR=20;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388416;STB=0.649606;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0201555;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:26:26:25:28:0.518519:20:5:15:11:20:8:15:11 chr11 74209047 . G A 1023.97 PASS AF=0.455319;AO=107;DP=236;FAO=107;FDP=235;FR=.;FRO=128;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=74;FWDB=-0.020506;FXX=0.00423711;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2448;QD=17.4292;RBI=0.0215643;REFB=0.00640954;REVB=-0.00667267;RO=128;SAF=61;SAR=46;SRF=54;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145406;STB=0.580477;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00840905;OID=.;OPOS=74209047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:128:128:107:107:0.455319:46:61:54:74:46:61:54:74 chr11 74278090 . C T 1131.44 PASS AF=0.415842;AO=126;DP=299;FAO=126;FDP=303;FR=.;FRO=177;FSAF=74;FSAR=52;FSRF=102;FSRR=75;FWDB=-0.00585099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.005;QD=14.9365;RBI=0.00671224;REFB=-0.0143477;REVB=0.00328939;RO=170;SAF=74;SAR=52;SRF=98;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114981;STB=0.50663;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.024756;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:303:170:177:126:126:0.415842:52:74:98:72:52:74:102:75 chr11 74396330 . C T 364.13 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00206253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.365;QD=15.8316;RBI=0.00441886;REFB=-0.00983248;REVB=-0.00390798;RO=53;SAF=16;SAR=23;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121441;STB=0.568504;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0143795;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:23:16:28:25:23:16:28:25 chr11 74408740 . C T 447.79 PASS AF=0.434783;AO=49;DP=114;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00684491;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5265;QD=15.5755;RBI=0.0202772;REFB=-0.0195459;REVB=-0.019087;RO=65;SAF=23;SAR=26;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545501;STB=0.52433;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0236725;OID=.;OPOS=74408740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:65:65:49:50:0.434783:26:23:34:31:26:24:34:31 chr11 74419357 . C T 594.76 PASS AF=0.433333;AO=66;DP=151;FAO=65;FDP=150;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.00234774;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6671;QD=15.8604;RBI=0.00428224;REFB=-5.01888e-05;REVB=-0.0035813;RO=84;SAF=46;SAR=20;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256801;STB=0.63239;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000297226;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:84:85:66:65:0.433333:20:46:38:46:20:45:40:45 chr11 74419378 . C T 595.78 PASS AF=0.429487;AO=67;DP=157;FAO=67;FDP=156;FR=.;FRO=89;FSAF=50;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.00997719;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7298;QD=15.2763;RBI=0.118994;REFB=-0.020063;REVB=-0.118575;RO=87;SAF=50;SAR=17;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345156;STB=0.688816;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0305812;OID=.;OPOS=74419378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:87:89:67:67:0.429487:17:50:37:50:17:50:39:50 chr11 74553074 . C T 453.55 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00173327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9781;QD=14.9932;RBI=0.0741529;REFB=-0.0115628;REVB=-0.0741327;RO=69;SAF=21;SAR=30;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11355;STB=0.559898;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0160494;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:70:51:51:0.421488:30:21:36:33:30:21:36:34 chr11 74559446 . G C 655.8 PASS AF=0.424419;AO=73;DP=172;FAO=73;FDP=172;FR=.;FRO=99;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=0.015923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6231;QD=15.2511;RBI=0.0193647;REFB=-0.00890903;REVB=0.0110205;RO=99;SAF=25;SAR=48;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794415;STB=0.544505;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0102834;OID=.;OPOS=74559446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:99:99:73:73:0.424419:48:25:41:58:48:25:41:58 chr11 74559481 . C T 391.67 PASS AF=0.398305;AO=42;DP=114;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0184287;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.515;QD=13.2768;RBI=0.0271706;REFB=-0.0313699;REVB=0.0199656;RO=72;SAF=13;SAR=29;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145819;STB=0.583564;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0443317;OID=.;OPOS=74559481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:118:72:71:42:47:0.398305:29:13:31:41:33:14:30:41 chr11 74563077 . G A 780.19 PASS AF=0.430052;AO=83;DP=194;FAO=83;FDP=193;FR=.;FRO=110;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=0.0193832;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.431;QD=16.1698;RBI=0.022141;REFB=-0.016266;REVB=-0.0107013;RO=107;SAF=34;SAR=49;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210876;STB=0.505023;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0227475;OID=.;OPOS=74563077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:107:110:83:83:0.430052:49:34:46:61:49:34:46:64 chr11 74660631 . G A 531.09 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.00131424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.507;QD=16.7274;RBI=0.00298278;REFB=-0.00466205;REVB=-0.00267764;RO=70;SAF=40;SAR=17;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143248;STB=0.580218;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0050088;OID=.;OPOS=74660631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:70:57:57:0.448819:17:40:40:30:17:40:40:30 chr11 74679321 . G A 88.06 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0666072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.272;QD=14.0902;RBI=0.066731;REFB=0.00270365;REVB=0.00406248;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208455;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00238217;OID=.;OPOS=74679321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:4:7:8:5:4:7:9:5 chr11 74705696 . T C 1080.32 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.369;QD=60.0176;RBI=0.0841922;REFB=0;REVB=0.0254726;RO=0;SAF=18;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64454e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018144;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:69:72:1:51:18:0:0:52:20:0:0 chr11 74862391 . A G 634.18 PASS AF=0.8125;AO=50;DP=62;FAO=52;FDP=64;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0410466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.492;QD=39.6362;RBI=0.0457474;REFB=-0.0255093;REVB=0.020199;RO=12;SAF=23;SAR=27;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768604;STB=0.536841;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00144523;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:62:64:12:12:50:52:0.8125:27:23:3:9:29:23:3:9 chr11 74904362 . T C 3858.61 PASS AF=1;AO=241;DP=241;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.16;QD=63.7787;RBI=0.0567805;REFB=0;REVB=0.0235716;RO=0;SAF=115;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23681e-05;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:242:0:0:241:242:1:126:115:0:0:127:115:0:0 chr11 75110589 . A G 808.53 PASS AF=0.546763;AO=76;DP=139;FAO=76;FDP=139;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.000661604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.775;QD=23.267;RBI=0.0317059;REFB=-0.0442656;REVB=-0.031699;RO=63;SAF=37;SAR=39;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700262;STB=0.538277;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0388782;OID=.;OPOS=75110589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:63:63:76:76:0.546763:39:37:36:27:39:37:36:27 chr11 75133765 . G A 644.04 PASS AF=0.403315;AO=73;DP=183;FAO=73;FDP=181;FR=.;FRO=108;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=-0.0114611;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3987;QD=14.233;RBI=0.0119663;REFB=-0.0135481;REVB=-0.0034403;RO=106;SAF=21;SAR=52;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181964;STB=0.604011;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0231576;OID=.;OPOS=75133765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:106:108:73:73:0.403315:52:21:47:59:52:21:48:60 chr11 75145952 . A G 1593.01 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.965;QD=63.7203;RBI=0.0239545;REFB=0;REVB=0.0199174;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48448e-06;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:97:100:1:35:62:0:0:37:63:0:0 chr11 75152243 . C G,T 624.76 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=2,39;DP=41;FAO=1,40;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028605,-0.0466027;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.061,131.294;QD=60.9523;RBI=0.0310958,0.0564557;REFB=0,0;REVB=-0.0121944,0.0318659;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.43889e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0395189,0.000773527;OID=.,.;OPOS=75152243,75152243;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:41:41:0:0:2,39:1,40:0.0243902,0.97561:2,16:0,23:0:0:1,17:0,23:0:0 chr11 75160575 . G A 5883.67 PASS AF=0.989474;AO=376;DP=380;FAO=376;FDP=380;FR=.;FRO=4;FSAF=168;FSAR=208;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0031233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.773;QD=61.9334;RBI=0.0203968;REFB=-0.00492139;REVB=0.0201563;RO=4;SAF=168;SAR=208;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00400022;STB=0.502096;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=1.79111e-05;OID=.;OPOS=75160575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:380:380:4:4:376:376:0.989474:208:168:1:3:208:168:1:3 chr11 75167793 . G A 970.55 PASS AF=0.510753;AO=95;DP=186;FAO=95;FDP=186;FR=.;FRO=91;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0370128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7452;QD=20.8721;RBI=0.0679248;REFB=-0.00447004;REVB=0.0569547;RO=91;SAF=43;SAR=52;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276977;STB=0.5152;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00379235;OID=.;OPOS=75167793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:91:91:95:95:0.510753:52:43:44:47:52:43:44:47 chr11 75277628 . A G 1152.45 PASS AF=0.430034;AO=110;DP=276;FAO=126;FDP=293;FR=.;FRO=167;FSAF=40;FSAR=86;FSRF=44;FSRR=123;FWDB=-0.0131998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.146;QD=15.7331;RBI=0.0213013;REFB=-0.0210883;REVB=-0.0167186;RO=158;SAF=40;SAR=70;SRF=42;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115962;STB=0.536442;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.025846;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:293:158:167:110:126:0.430034:70:40:42:116:86:40:44:123 chr11 75852448 . C T 1019.94 PASS AF=0.61039;AO=94;DP=154;FAO=94;FDP=154;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.011592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.225;QD=26.492;RBI=0.0211746;REFB=-0.0205233;REVB=-0.0177198;RO=60;SAF=37;SAR=57;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543158;STB=0.529431;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0124145;OID=.;OPOS=75852448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:60:60:94:94:0.61039:57:37:28:32:57:37:28:32 chr11 75897545 . TA T 37.4 PASS AF=0.197802;AO=26;DP=92;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.0119764;FXX=0.0421008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.673;QD=1.64395;RBI=0.0290334;REFB=-0.0261644;REVB=-0.0264481;RO=62;SAF=8;SAR=18;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324573;STB=0.671343;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.0318195;OID=.;OPOS=75897546;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197802:26:92:18:91:73:6:12:40:33:37:62:8:18:36:26 chr11 76207633 . G A,T 1274.48 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=79,4;DP=84;FAO=80,4;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=48,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00056861,-0.0032441;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.558,160.313;QD=60.6894;RBI=0.0138915,0.011255;REFB=0,0;REVB=0.0138798,0.0107773;RO=0;SAF=32,0;SAR=47,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.45895e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00056741,0.0130315;OID=.,.;OPOS=76207633,76207633;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:84:84:0:0:79,4:80,4:0.952381,0.047619:47,4:32,0:0:0:48,4:32,0:0:0 chr11 76368553 . A G 2029.45 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00221362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5878;QD=61.4983;RBI=0.0354976;REFB=-0.0271179;REVB=0.0354285;RO=2;SAF=54;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172738;STB=0.504504;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00112913;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:2:1:130:131:0.992424:76:54:2:0:76:55:1:0 chr11 76368639 . A C 2367.01 PASS AF=1;AO=151;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.593;QD=60.6926;RBI=0.00923447;REFB=0;REVB=0.00576725;RO=0;SAF=71;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72248e-06;OID=.;OPOS=76368639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:151:156:1:80:71:0:0:85:71:0:0 chr11 76370792 . A G 2269.97 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.332;QD=63.4957;RBI=0.0352251;REFB=0;REVB=0.0306188;RO=0;SAF=74;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6284e-05;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:67:74:0:0:68:75:0:0 chr11 76371418 . C T 983.44 PASS AF=0.485577;AO=101;DP=211;FAO=101;FDP=208;FR=.;FRO=107;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=0.00860617;FXX=0.0234731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.949;QD=18.9123;RBI=0.0103197;REFB=-0.00488224;REVB=-0.00569476;RO=102;SAF=54;SAR=47;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138027;STB=0.510648;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00533602;OID=.;OPOS=76371418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:208:102:107:101:101:0.485577:47:54:53:49:47:54:55:52 chr11 76372052 . A G 235.6 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.0147356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.096;QD=13.2731;RBI=0.0471666;REFB=-0.0185332;REVB=-0.0448057;RO=41;SAF=18;SAR=10;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166222;STB=0.569429;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0365574;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:43:28:28:0.394366:10:18:32:9:10:18:32:11 chr11 76372418 . T C 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1943;QD=59.8539;RBI=0.0518903;REFB=0;REVB=0.040427;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58882e-05;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr11 76405613 . C T 638.5 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0103295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.027;QD=18.7794;RBI=0.0141316;REFB=-0.00154291;REVB=0.00964393;RO=71;SAF=27;SAR=38;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482192;STB=0.526666;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00205853;OID=.;OPOS=76405613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:71:65:65:0.477941:38:27:26:45:38:27:26:45 chr11 76415209 . G A 477.01 PASS AF=0.458333;AO=52;DP=121;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.126855;FXX=0.00826378;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.752;QD=15.9004;RBI=0.135376;REFB=-0.0423221;REVB=0.0472694;RO=65;SAF=19;SAR=33;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115144;STB=0.536264;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0502157;OID=.;OPOS=76415209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:65:65:52:55:0.458333:33:19:31:34:34:21:29:36 chr11 76418737 . A G 386.5 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0676858;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8135;QD=17.9765;RBI=0.077874;REFB=0.0119352;REVB=-0.0385098;RO=45;SAF=13;SAR=27;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783493;STB=0.539284;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0144387;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:46:40:40:0.465116:27:13:18:27:27:13:18:28 chr11 76507692 . T A 9405.21 PASS AF=1;AO=594;DP=615;FAO=604;FDP=604;FR=.;FRO=0;FSAF=244;FSAR=360;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481814;FXX=0.0226534;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0218;QD=62.2861;RBI=0.0491184;REFB=0.0187288;REVB=0.00954794;RO=9;SAF=234;SAR=360;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128379;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:615:604:9:0:594:604:1:360:234:8:1:360:244:0:0 chr11 76751541 . CT C 2238.99 PASS AF=1;AO=176;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049448;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.8558;QD=48.9398;RBI=0.144917;REFB=0;REVB=-0.136219;RO=0;SAF=87;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00121012;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:176:184:183:183:0:88:95:0:0:40:0:87:89:0:0 chr11 76751584 . CT C 4905.35 PASS AF=1;AO=315;DP=329;FAO=325;FDP=325;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144647;FXX=0.0121577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.424;QD=60.3735;RBI=0.0351895;REFB=0;REVB=0.0320792;RO=0;SAF=176;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.55029e-05;OID=.;OPOS=76751585;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:315:329:325:325:0:178:147:0:0:28:0:176:139:0:0 chr11 76751603 . CT C 4826.32 PASS AF=1;AO=386;DP=403;FAO=393;FDP=393;FR=.;FRO=0;FSAF=232;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.142216;FXX=0.0248133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.9016;QD=49.1229;RBI=0.168689;REFB=0;REVB=-0.0907221;RO=0;SAF=225;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000701734;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:386:403:393:393:0:232:161:0:0:87:0:225:161:0:0 chr11 76796064 . G A 903.17 PASS AF=0.497238;AO=90;DP=182;FAO=90;FDP=181;FR=.;FRO=91;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=0.0155337;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.214;QD=19.9596;RBI=0.0440093;REFB=-0.0120571;REVB=0.0411767;RO=88;SAF=43;SAR=47;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621509;STB=0.541539;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0101125;OID=.;OPOS=76796064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:88:91:90:90:0.497238:47:43:36:52:47:43:36:55 chr11 76798998 . A AC 56.35 PASS AF=0.142857;AO=27;DP=114;FAO=16;FDP=112;FR=.;FRO=96;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0211355;FXX=0.00884877;HRUN=0;LEN=1;MLLD=66.4386;QD=2.01236;RBI=0.056343;REFB=-0.00706595;REVB=-0.0522286;RO=85;SAF=1;SAR=26;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.73761;STB=0.925577;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.140851;OID=.;OPOS=76798999;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:27:114:16:112:96:1:15:50:46:56:85:1:26:50:35 chr11 76799004 . T C 1785.81 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00801782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.037;QD=61.0533;RBI=0.0479874;REFB=0;REVB=0.0473128;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36142e-05;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:64:53:0:0:64:53:0:0 chr11 76823673 . A G 649.79 PASS AF=0.428571;AO=72;DP=168;FAO=72;FDP=168;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.0106043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.298;QD=15.4713;RBI=0.0113517;REFB=-0.0196282;REVB=0.00405081;RO=96;SAF=28;SAR=44;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157788;STB=0.588211;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0202457;OID=.;OPOS=76823673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:96:96:72:72:0.428571:44:28:52:44:44:28:52:44 chr11 76853783 . T C 421.29 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=132;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=0.000827039;FXX=0.0227256;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.428;QD=13.0633;RBI=0.0112341;REFB=-0.0190067;REVB=-0.0112036;RO=76;SAF=22;SAR=27;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885012;STB=0.554779;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.02868;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:129:76:80:49:49:0.379845:27:22:28:48:27:22:29:51 chr11 76853784 . G C 30.09 PASS AF=0.0740741;AO=9;DP=131;FAO=10;FDP=135;FR=.;FRO=125;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=72;FWDB=0.0150801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.0545;QD=0.891438;RBI=0.0155666;REFB=-0.0133982;REVB=-0.0038612;RO=122;SAF=1;SAR=8;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372337;STB=0.732828;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.100322;OID=.;OPOS=76853784;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:131:135:122:125:9:10:0.0740741:8:1:52:70:8:2:53:72 chr11 76868372 . T C 624.46 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0193068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0806;QD=20.1438;RBI=0.040463;REFB=-0.00245882;REVB=0.0355598;RO=61;SAF=26;SAR=37;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273906;STB=0.515099;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00265234;OID=.;OPOS=76868372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:61:63:63:0.508065:37:26:27:34:37:26:27:34 chr11 76895770 . GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 236.95 PASS AF=0.385321;AO=37;DP=108;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0025132;FXX=0.0180164;HRUN=3;LEN=22;MLLD=645.364;QD=8.69525;RBI=0.00780692;REFB=-0.000506243;REVB=0.00739134;RO=54;SAF=26;SAR=11;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188469;STB=0.61141;STBP=0.073;TYPE=del;VARB=0.000788821;OID=.;OPOS=76895771;OREF=GGAGGCGGGGACACCAGGGCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385321:37:108:42:109:67:28:14:33:34:99:54:26:11:29:25 chr11 76905123 . A G 682.07 PASS AF=0.462025;AO=73;DP=161;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0160203;FXX=0.0246898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5167;QD=17.2676;RBI=0.0283231;REFB=-0.00575269;REVB=-0.023357;RO=84;SAF=42;SAR=31;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152721;STB=0.587642;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00571507;OID=.;OPOS=76905123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:158:84:85:73:73:0.462025:31:42:35:49:31:42:35:50 chr11 76910766 . C T 874.08 PASS AF=0.540881;AO=85;DP=158;FAO=86;FDP=159;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0286478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.827;QD=21.9893;RBI=0.0369635;REFB=-0.0268533;REVB=0.0233581;RO=72;SAF=27;SAR=58;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920482;STB=0.549767;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0246355;OID=.;OPOS=76910766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:72:73:85:86:0.540881:58:27:30:42:59:27:30:43 chr11 76912636 . A T 601.53 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00721024;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.653;QD=18.091;RBI=0.0103278;REFB=-0.00359428;REVB=-0.00739437;RO=71;SAF=37;SAR=25;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141362;STB=0.578523;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00382101;OID=.;OPOS=76912636;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:133:71:71:62:62:0.466165:25:37:32:39:25:37:32:39 chr11 76917220 . A G 491.85 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0172094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6697;QD=17.4105;RBI=0.0301075;REFB=0.00276763;REVB=0.0247043;RO=60;SAF=24;SAR=29;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452148;STB=0.525141;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00330821;OID=.;OPOS=76917220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:29:24:30:30:29:24:30:30 chr11 76919478 . C A 309.85 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0234882;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.225;QD=15.8899;RBI=0.0235433;REFB=-0.00763528;REVB=0.00160968;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123606;STB=0.569339;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0088693;OID=.;OPOS=76919478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:44:34:34:0.435897:20:14:13:31:20:14:13:31 chr11 76928149 . A G 2147.54 PASS AF=0.518892;AO=206;DP=397;FAO=206;FDP=397;FR=.;FRO=191;FSAF=77;FSAR=129;FSRF=88;FSRR=103;FWDB=-0.0109572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.349;QD=21.6377;RBI=0.0147992;REFB=-0.0033922;REVB=0.00994772;RO=191;SAF=77;SAR=129;SRF=88;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079953;STB=0.543688;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0030259;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:397:191:191:206:206:0.518892:129:77:88:103:129:77:88:103 chr11 76979550 . T C 465.65 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0211223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.392;QD=17.7389;RBI=0.0217264;REFB=-0.0221049;REVB=0.00508788;RO=55;SAF=18;SAR=32;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149496;STB=0.508302;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0196688;OID=.;OPOS=76979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:32:18:19:36:32:18:19:36 chr11 77033699 . A G 427.83 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0237374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.775;QD=15.7003;RBI=0.0310521;REFB=-0.00748127;REVB=0.0200191;RO=61;SAF=21;SAR=27;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710202;STB=0.539776;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00837409;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:27:21:31:30:27:21:31:30 chr11 77377868 . A T 678.41 PASS AF=0.470588;AO=72;DP=153;FAO=72;FDP=153;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0207231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.449;QD=17.7363;RBI=0.0328225;REFB=-0.0263979;REVB=-0.0254533;RO=79;SAF=34;SAR=38;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203156;STB=0.504913;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0286924;OID=.;OPOS=77377868;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:79:81:72:72:0.470588:38:34:39:40:38:34:39:42 chr11 77629132 . A AT 118.8 PASS AF=0.42;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0543879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.1508;QD=9.50389;RBI=0.0703084;REFB=0.0106367;REVB=-0.044556;RO=29;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197034;STB=0.6223;STBP=0.199;TYPE=ins;VARB=-0.0172122;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42:20:50:21:50:29:5:16:12:17:99:29:5:15:12:17 chr11 77734209 . T C 5237.22 PASS AF=0.991071;AO=333;DP=336;FAO=333;FDP=336;FR=.;FRO=3;FSAF=169;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0144959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.56;QD=62.3478;RBI=0.0283924;REFB=0.0203649;REVB=-0.0244131;RO=2;SAF=169;SAR=164;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578188;STB=0.504531;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-9.19717e-05;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:336:336:2:3:333:333:0.991071:164:169:0:2:164:169:0:3 chr11 77790653 . T C 7633.83 PASS AF=1;AO=480;DP=481;FAO=481;FDP=481;FR=.;FRO=0;FSAF=236;FSAR=245;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156688;FXX=0.00207465;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.061;QD=63.483;RBI=0.02116;REFB=0.00637892;REVB=-0.014221;RO=1;SAF=235;SAR=245;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09618e-05;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:481:481:1:0:480:481:1:245:235:0:1:245:236:0:0 chr11 77920930 . A G 203.72 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0372427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.235;QD=11.1627;RBI=0.058137;REFB=-0.0386441;REVB=0.0446417;RO=46;SAF=12;SAR=14;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256507;STB=0.652065;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0729777;OID=.;OPOS=77920930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:46:47:26:26:0.356164:14:12:32:14:14:12:33:14 chr11 77921527 . G C 804.89 PASS AF=0.532895;AO=77;DP=150;FAO=81;FDP=152;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.000711626;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.457;QD=21.1813;RBI=0.00212021;REFB=-0.0223824;REVB=0.00199721;RO=73;SAF=31;SAR=46;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118021;STB=0.560031;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0174454;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:73:71:77:81:0.532895:46:31:39:34:49:32:37:34 chr11 78277277 . A G 299.24 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0187764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.426;QD=13.758;RBI=0.0260118;REFB=-0.0125972;REVB=-0.0180017;RO=52;SAF=15;SAR=19;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123443;STB=0.575713;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0197721;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:53:34:34:0.390805:19:15:29:23:19:15:30:23 chr11 78279790 . T G 458.92 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00906156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.037;QD=20.86;RBI=0.00949681;REFB=0.0042254;REVB=-0.00284213;RO=43;SAF=17;SAR=28;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534653;STB=0.502957;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00376347;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:28:17:16:27:28:17:16:27 chr11 78498022 . C T 3665.63 PASS AF=0.988417;AO=231;DP=236;FAO=256;FDP=259;FR=.;FRO=3;FSAF=138;FSAR=118;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0476333;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.237;QD=56.612;RBI=0.0562811;REFB=-0.0882935;REVB=0.0299771;RO=2;SAF=134;SAR=97;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00972304;STB=0.502397;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00418275;OID=.;OPOS=78498022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:236:259:2:3:231:256:0.988417:97:134:0:2:118:138:1:2 chr11 78498023 . G T 89.22 PASS AF=0.0984848;AO=25;DP=262;FAO=26;FDP=264;FR=.;FRO=238;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=137;FSRR=101;FWDB=0.0309562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6002;QD=1.35188;RBI=0.0334865;REFB=-0.0517044;REVB=-0.0127695;RO=236;SAF=3;SAR=22;SRF=136;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530727;STB=0.896146;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0823093;OID=.;OPOS=78498023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:262:264:236:238:25:26:0.0984848:22:3:136:100:23:3:137:101 chr11 79133220 . T C 2182.15 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0656092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2789;QD=62.347;RBI=0.0665414;REFB=-0.0938409;REVB=0.0110987;RO=0;SAF=74;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37847e-08;STB=0.503355;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000901755;OID=.;OPOS=79133220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:140:140:0:1:139:139:0.992857:65:74:0:0:65:74:1:0 chr11 81264998 . G T 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.414;QD=62.4647;RBI=0.00907075;REFB=0;REVB=0.00881398;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38173e-06;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr11 82443672 . C G 2231.33 PASS AF=0.980392;AO=150;DP=154;FAO=150;FDP=153;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0429005;FXX=0.00649309;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.0134;QD=58.3354;RBI=0.0429332;REFB=-0.0446042;REVB=-0.00167542;RO=3;SAF=82;SAR=68;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451549;STB=0.502374;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000277139;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:154:153:3:3:150:150:0.980392:68:82:2:1:68:82:2:1 chr11 82443817 . G A 725.03 PASS AF=0.379464;AO=85;DP=224;FAO=85;FDP=224;FR=.;FRO=139;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=56;FSRR=83;FWDB=0.0349622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.179;QD=12.947;RBI=0.040015;REFB=-0.00170197;REVB=-0.0194639;RO=139;SAF=36;SAR=49;SRF=56;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233428;STB=0.513172;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00328947;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:139:139:85:85:0.379464:49:36:56:83:49:36:56:83 chr11 82444021 . T G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0207732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.293;QD=11.9193;RBI=0.0274701;REFB=-0.052681;REVB=0.0179745;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354212;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0405183;OID=.;OPOS=82444021;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:6:3:5:2:6:3 chr11 82535963 . C T 348.67 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.00607737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.712;QD=14.9964;RBI=0.0749952;REFB=-0.0136077;REVB=-0.0747486;RO=55;SAF=21;SAR=17;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895835;STB=0.550581;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0204977;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:17:21:35:20:17:21:35:20 chr11 82564294 . T G 503.51 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0699845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9874;QD=15.9844;RBI=0.0731326;REFB=-0.0155986;REVB=0.021226;RO=71;SAF=24;SAR=31;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715914;STB=0.540055;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0250851;OID=.;OPOS=82564294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:71:71:55:55:0.436508:31:24:36:35:31:24:36:35 chr11 82643760 . G T 333.69 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00111151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0811;QD=21.8813;RBI=0.0204358;REFB=0.0235488;REVB=-0.0204056;RO=26;SAF=15;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016175;STB=0.501465;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0238056;OID=.;OPOS=82643760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:27:34:34:0.557377:19:15:12:14:19:15:12:15 chr11 82644904 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.742;QD=35.5759;RBI=0.00922595;REFB=0;REVB=0.00636396;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31499e-06;OID=.;OPOS=82644904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr11 82878197 . T A 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00319334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.992;QD=22.4375;RBI=0.00329135;REFB=-0.0173467;REVB=0.000797214;RO=30;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563377;STB=0.503104;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0140796;OID=.;OPOS=82878197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:20:18:14:16:20:18:14:16 chr11 82880258 . G T 605.44 PASS AF=0.496;AO=61;DP=123;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0317414;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6381;QD=19.3742;RBI=0.105021;REFB=-0.0191945;REVB=0.10011;RO=62;SAF=31;SAR=30;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051464;STB=0.527941;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0195397;OID=.;OPOS=82880258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:62:63:61:62:0.496:30:31:35:27:30:32:36:27 chr11 82984985 . T A 350.38 PASS AF=0.560606;AO=21;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.031052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.4362;QD=21.2351;RBI=0.0821298;REFB=-0.0336978;REVB=0.0760334;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753841;STB=0.529396;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.131247;OID=.;OPOS=82984985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:24:28:21:37:0.560606:13:8:11:13:21:16:14:14 chr11 82996986 . A C 572.02 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=155;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.00334272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.726;QD=14.6673;RBI=0.0051707;REFB=-0.0203643;REVB=-0.00394491;RO=90;SAF=35;SAR=30;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514266;STB=0.525684;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0292562;OID=.;OPOS=82996986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:90:91:65:65:0.416667:30:35:44:46:30:35:45:46 chr11 85195025 . A C 6637.77 PASS AF=0.950749;AO=442;DP=466;FAO=444;FDP=467;FR=.;FRO=23;FSAF=98;FSAR=346;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0201073;FXX=0.00213671;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7209;QD=56.8546;RBI=0.0382413;REFB=0.0352231;REVB=-0.0325283;RO=21;SAF=98;SAR=344;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197002;STB=0.509007;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00340892;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:466:467:21:23:442:444:0.950749:344:98:8:13:346:98:8:15 chr11 85195075 . T C 7768.58 PASS AF=0.948339;AO=512;DP=540;FAO=514;FDP=542;FR=.;FRO=28;FSAF=120;FSAR=394;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0140122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.71;QD=57.3327;RBI=0.0142146;REFB=-0.00824233;REVB=-0.00238986;RO=27;SAF=120;SAR=392;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322477;STB=0.518848;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000406804;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:540:542:27:28:512:514:0.948339:392:120:13:14:394:120:14:14 chr11 85195154 . A T 5597.91 PASS AF=0.948849;AO=366;DP=386;FAO=371;FDP=391;FR=.;FRO=20;FSAF=187;FSAR=184;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0591302;FXX=0.00255096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144;QD=57.2676;RBI=0.0737338;REFB=-0.020178;REVB=0.0440488;RO=20;SAF=185;SAR=181;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350671;STB=0.518105;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000386934;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:386:391:20:20:366:371:0.948849:181:185:3:17:184:187:3:17 chr11 85195185 . T C 3124.52 PASS AF=0.950226;AO=210;DP=222;FAO=210;FDP=221;FR=.;FRO=11;FSAF=138;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00316496;FXX=0.017777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.672;QD=56.5524;RBI=0.0163406;REFB=-0.0191223;REVB=0.0160312;RO=11;SAF=138;SAR=72;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582764;STB=0.530667;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00163378;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:222:221:11:11:210:210:0.950226:72:138:1:10:72:138:1:10 chr11 85195190 . CA GG 2682.63 PASS AF=0.942408;AO=146;DP=190;FAO=180;FDP=191;FR=.;FRO=11;FSAF=118;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0145073;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.768;QD=56.1807;RBI=0.0417374;REFB=-0.0497535;REVB=0.039135;RO=11;SAF=110;SAR=36;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111142;STB=0.535211;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.00324854;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:190:191:11:11:146:180:0.942408:36:110:1:10:62:118:1:10 chr11 85195226 . T C 1294.04 PASS AF=0.904762;AO=95;DP=105;FAO=95;FDP=105;FR=.;FRO=10;FSAF=64;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00836895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.493;QD=49.2969;RBI=0.0113654;REFB=-0.0157473;REVB=0.0076898;RO=10;SAF=64;SAR=31;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112334;STB=0.55955;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00348665;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:105:105:10:10:95:95:0.904762:31:64:1:9:31:64:1:9 chr11 85195278 . TC T,TT 103.6 PASS AF=0.714286,0;AO=10,5;DP=24;FAO=10,0;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=0,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0,0;FXX=0.29985;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=279.665,267.003;QD=29.5989;RBI=0.0109609,0.0145444;REFB=-0.0904745,-0.0782642;REVB=0.0109609,0.0145444;RO=7;SAF=0,0;SAR=10,5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0185211,0;OID=.,.;OPOS=85195279,85195279;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286,0:10,5:24:10,0:14:4:0,0:10,0:0:4:26:7:0,0:10,5:0:7 chr11 85195283 . CA C,CG 81.53 PASS AF=0.428571,0.285714;AO=4,4;DP=15;FAO=6,4;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=0,0;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0,0;FXX=0.0666222;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=252.109,32.9647;QD=23.295;RBI=0.0242413,0.0545408;REFB=-0.0643934,-0.0161461;REVB=-0.0242413,-0.0545408;RO=4;SAF=0,0;SAR=4,4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00705318,0.062182;OID=.,.;OPOS=85195284,85195284;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0.285714:4,4:15:6,4:14:4:0,0:6,4:0:4:30:4:0,0:4,4:0:4 chr11 85435730 . C T 3144.45 PASS AF=1;AO=196;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010513;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.761;QD=63.8467;RBI=0.0871815;REFB=0;REVB=-0.0865453;RO=0;SAF=82;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.68809e-06;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:196:197:1:114:82:0:0:114:83:0:0 chr11 85436352 . G A 2720.11 PASS AF=1;AO=171;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161203;FXX=0.0437135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.17;QD=62.1739;RBI=0.0163085;REFB=-0.111707;REVB=-0.00247045;RO=1;SAF=83;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110136;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:174:175:1:0:171:175:1:88:83:0:1:91:84:0:0 chr11 85436394 . T C 2617.03 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.225;QD=61.9414;RBI=0.022184;REFB=0;REVB=0.0197169;RO=0;SAF=84;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6192e-06;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:169:0:0:167:169:1:83:84:0:0:84:85:0:0 chr11 85436500 . T C 1062.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.356;QD=59.8526;RBI=0.0214227;REFB=0;REVB=0.0190455;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81743e-05;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:40:31:0:0 chr11 85436699 . A G 2234.8 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.064;QD=63.3987;RBI=0.0479097;REFB=0;REVB=0.0478845;RO=0;SAF=58;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42969e-05;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:83:58:0:0:83:58:0:0 chr11 85436868 . G C 1440.3 PASS AF=0.990099;AO=90;DP=93;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191274;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.95;QD=57.0415;RBI=0.0364287;REFB=-0.0744978;REVB=0.0310031;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.505154;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00254165;OID=.;OPOS=85436868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:101:0:1:90:100:0.990099:43:47:0:0:52:48:1:0 chr11 85437896 . A G 1298.87 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152031;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4041;QD=62.5959;RBI=0.0290923;REFB=0;REVB=0.0248038;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261744;OID=.;OPOS=85437896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr11 85447611 . T C 2158.93 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2921;QD=62.5776;RBI=0.0538698;REFB=0;REVB=0.0251502;RO=0;SAF=56;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245217;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:136:138:1:80:56:0:0:82:56:0:0 chr11 85456703 . T C 3366.09 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6014;QD=62.335;RBI=0.0183598;REFB=0;REVB=-0.00541075;RO=0;SAF=120;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16381e-05;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:216:216:1:96:120:0:0:96:120:0:0 chr11 85692181 . A C 2312.55 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1938;QD=63.7946;RBI=0.0572558;REFB=0;REVB=-0.022317;RO=0;SAF=90;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11241e-05;OID=.;OPOS=85692181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:55:90:0:0:55:90:0:0 chr11 85718641 . T C 2272.55 PASS AF=0.974522;AO=153;DP=157;FAO=153;FDP=157;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=91;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0943452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.706;QD=57.8993;RBI=0.0946242;REFB=-0.0798913;REVB=0.0072608;RO=4;SAF=62;SAR=91;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172599;STB=0.509079;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000912492;OID=.;OPOS=85718641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:157:157:4:4:153:153:0.974522:91:62:3:1:91:62:3:1 chr11 85725937 . C T 1802.5 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.447;QD=61.1018;RBI=0.0454141;REFB=0;REVB=0.0421739;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36421e-05;OID=.;OPOS=85725937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:61:55:0:0:61:57:0:0 chr11 86098680 . T C 646.89 PASS AF=0.423529;AO=72;DP=170;FAO=72;FDP=170;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=0.0184552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8492;QD=15.221;RBI=0.0213293;REFB=-0.0250502;REVB=0.0106932;RO=97;SAF=31;SAR=41;SRF=37;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518925;STB=0.53142;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0344395;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:97:98:72:72:0.423529:41:31:37:60:41:31:37:61 chr11 86267633 . C T 682.79 PASS AF=0.402116;AO=76;DP=189;FAO=76;FDP=189;FR=.;FRO=113;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=0.00469614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.311;QD=14.4505;RBI=0.0234152;REFB=-0.0131343;REVB=0.0229394;RO=110;SAF=27;SAR=49;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138708;STB=0.57645;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0232097;OID=.;OPOS=86267633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:110:113:76:76:0.402116:49:27:53:57:49:27:54:59 chr11 86267714 . C A 781.13 PASS AF=0.434555;AO=82;DP=191;FAO=83;FDP=191;FR=.;FRO=108;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.00671495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.157;QD=16.3586;RBI=0.0136572;REFB=-0.0041552;REVB=-0.0118923;RO=108;SAF=29;SAR=53;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16381;STB=0.586186;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00446809;OID=.;OPOS=86267714;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:108:108:82:83:0.434555:53:29:55:53:53:30:55:53 chr11 86519925 . C CGTGTGTGT 84.89 PASS AF=0.305556;AO=9;DP=69;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0471531;FXX=0.470519;HRUN=1;LEN=8;MLLD=236.275;QD=9.43258;RBI=0.0592329;REFB=-0.0207775;REVB=-0.0358486;RO=55;SAF=0;SAR=9;SRF=42;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.779051;STB=0.848914;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0573707;OID=.;OPOS=86519926;OREF=-;OALT=GTGTGTGT;OMAPALT=CGTGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:9:69:11:36:25:1:10:12:13:84:55:0:9:42:13 chr11 86660886 . G A 3098.58 PASS AF=1;AO=191;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00097775;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.686;QD=63.8883;RBI=0.0112595;REFB=0;REVB=-0.011217;RO=0;SAF=97;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09031e-05;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:191:194:1:94:97:0:0:97:97:0:0 chr11 86663042 . C T 527.32 PASS AF=0.524752;AO=52;DP=100;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0112974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.474;QD=20.8838;RBI=0.0113211;REFB=-0.0159987;REVB=0.000732874;RO=48;SAF=21;SAR=31;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852521;STB=0.540956;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0117363;OID=.;OPOS=86663042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:48:48:52:53:0.524752:31:21:24:24:31:22:24:24 chr11 87013438 . G A 547.82 PASS AF=0.422535;AO=59;DP=142;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0182758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.198;QD=15.4315;RBI=0.0202204;REFB=-0.00938616;REVB=-0.00865219;RO=82;SAF=22;SAR=37;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110026;STB=0.554892;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0105904;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:82:82:59:60:0.422535:37:22:39:43:37:23:39:43 chr11 87032287 . G C 400.24 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.00547957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.083;QD=14.5543;RBI=0.00970824;REFB=-0.00842533;REVB=-0.008014;RO=64;SAF=26;SAR=20;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635167;STB=0.535699;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0127645;OID=.;OPOS=87032287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:20:26:40:24:20:26:40:24 chr11 87908448 . A G 5750.32 PASS AF=1;AO=365;DP=365;FAO=365;FDP=365;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4803;QD=63.0172;RBI=0.0511185;REFB=0;REVB=-0.0302908;RO=0;SAF=185;SAR=180;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118679;OID=.;OPOS=87908448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:365:365:0:0:365:365:1:180:185:0:0:180:185:0:0 chr11 87908563 . G A 1196.11 PASS AF=0.48374;AO=118;DP=245;FAO=119;FDP=246;FR=.;FRO=127;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=63;FSRR=64;FWDB=0.0316645;FXX=0.00404842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8481;QD=19.4489;RBI=0.0329382;REFB=-0.0103048;REVB=0.00907117;RO=127;SAF=56;SAR=62;SRF=63;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202548;STB=0.513175;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0109391;OID=.;OPOS=87908563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:246:127:127:118:119:0.48374:62:56:63:64:63:56:63:64 chr11 88045583 . A G 2812.32 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029562;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5282;QD=62.8452;RBI=0.04815;REFB=0;REVB=-0.0380068;RO=0;SAF=92;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165291;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:179:0:0:179:179:1:87:92:0:0:87:92:0:0 chr11 88242024 . T G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.22;QD=55.6552;RBI=0.00799503;REFB=0;REVB=0.00770738;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38612e-05;OID=.;OPOS=88242024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 88645129 . T A 949.8 PASS AF=0.932432;AO=68;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0246141;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.356;QD=51.3404;RBI=0.0250545;REFB=-0.0982142;REVB=-0.00467684;RO=3;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292168;STB=0.524745;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000805967;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:74:74:3:5:68:69:0.932432:47:21:0:3:48:21:0:5 chr11 89059612 . T G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.755;QD=59.8394;RBI=0.0107801;REFB=0;REVB=0.00902618;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97586e-05;OID=.;OPOS=89059612;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr11 89133449 . C T 2890.01 PASS AF=1;AO=183;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187911;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.063;QD=62.8264;RBI=0.0190958;REFB=-0.0957804;REVB=-0.00339775;RO=0;SAF=76;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012673;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:184:0:0:183:184:1:107:76:0:0:107:77:0:0 chr11 89224101 . G T 2714.43 PASS AF=0.98324;AO=176;DP=181;FAO=176;FDP=179;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=94;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0106333;FXX=0.0110491;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.406;QD=60.6576;RBI=0.0183178;REFB=-0.0535568;REVB=0.0149156;RO=3;SAF=82;SAR=94;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170936;STB=0.508981;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00141841;OID=.;OPOS=89224101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:181:179:3:3:176:176:0.98324:94:82:3:0:94:82:3:0 chr11 89224131 . T TCTC 1966.29 PASS AF=1;AO=120;DP=148;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010685;FXX=0.0588192;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.046;QD=61.4467;RBI=0.0549127;REFB=0;REVB=0.0538631;RO=22;SAF=52;SAR=68;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598639;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000340357;OID=.;OPOS=89224132;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:120:148:128:128:0:55:73:0:0:11:22:52:68:14:8 chr11 89413781 . C G 157.6 PASS AF=0.33871;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.036926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4374;QD=10.1677;RBI=0.0375083;REFB=-0.0154603;REVB=0.00658406;RO=40;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228648;STB=0.603616;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0300978;OID=.;OPOS=89413781;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:40:41:20:21:0.33871:7:13:18:22:8:13:19:22 chr11 89413850 . C T 174.23 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-8.21202e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.406;QD=10.1005;RBI=0.0352753;REFB=-0.00218204;REVB=-0.0352752;RO=45;SAF=15;SAR=8;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189371;STB=0.604588;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00382461;OID=.;OPOS=89413850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:46:23:23:0.333333:8:15:22:23:8:15:23:23 chr11 89443808 . A C 115.21 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00312439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6116;QD=10.7175;RBI=0.012766;REFB=-0.0175447;REVB=-0.0123777;RO=29;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22876;STB=0.638786;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0420647;OID=.;OPOS=89443808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:11:3:11:18:11:3:11:18 chr11 89444622 . GAAAAAT AGAAAAT,GAAAAT,GAAAATA 150.51 PASS AF=0.0153846,0.430769,0.0461538;AO=4,19,3;DP=65;FAO=1,28,3;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=0,1,1;FSAR=1,27,2;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0832837,0.195364,-0.0476269;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=22.4198,10.413,240.394;QD=9.26202;RBI=0.116942,0.195365,0.0517475;REFB=0.00997024,0.0212887,0.00324828;REVB=-0.0820936,-0.000200509,-0.0202358;RO=29;SAF=0,0,1;SAR=4,19,2;SRF=12;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.5792,-0.80964,-0.0880196;STB=0.987921,0.889016,0.559591;STBP=0.473,0.001,0.919;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=-0.00487038,0.0095407,0.113323;OID=.,.,.;OPOS=89444622,89444623,89444627;OREF=GA,A,AT;OALT=AG,-,TA;OMAPALT=AGAAAAT,GAAAAT,GAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:65:65:29:33:4,19,3:1,28,3:0.0153846,0.430769,0.0461538:4,19,2:0,0,1:12:17:1,27,2:0,1,1:13:20 chr11 89531540 . C T 1705.89 PASS AF=0.974576;AO=114;DP=117;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0152009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.045;QD=57.8269;RBI=0.0162061;REFB=-0.0115339;REVB=0.00561877;RO=3;SAF=56;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768741;STB=0.503908;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.000205201;OID=.;OPOS=89531540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:118:3:3:114:115:0.974576:58:56:1:2:59:56:1:2 chr11 89531619 . A G 48.87 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0244307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.556;QD=2.60638;RBI=0.0312461;REFB=-0.00245709;REVB=0.0194798;RO=65;SAF=6;SAR=4;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11324;STB=0.580483;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.017044;OID=.;OPOS=89531619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:65:65:10:10:0.133333:4:6:33:32:4:6:33:32 chr11 89604073 . C T 831.03 PASS AF=0.213622;AO=136;DP=643;FAO=138;FDP=646;FR=.;FRO=508;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=251;FSRR=257;FWDB=0.0323104;FXX=0.00154557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1607;QD=5.1457;RBI=0.0324076;REFB=-0.00621147;REVB=-0.00250806;RO=507;SAF=66;SAR=70;SRF=251;SRR=256;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126298;STB=0.501054;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0262814;OID=.;OPOS=89604073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:643:646:507:508:136:138:0.213622:70:66:251:256:70:68:251:257 chr11 89774236 . C G 435.34 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=0.0337288;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.106;QD=26.384;RBI=0.0581715;REFB=0.0117383;REVB=-0.0473951;RO=25;SAF=10;SAR=31;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170264;STB=0.592066;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00684249;OID=.;OPOS=89774236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:25:25:41:41:0.621212:31:10:2:23:31:10:2:23 chr11 89774397 . T C 167.7 PASS AF=0.24;AO=24;DP=100;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.00545334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.785;QD=6.70792;RBI=0.0152999;REFB=0.000981422;REVB=0.0142951;RO=76;SAF=12;SAR=12;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164706;STB=0.59992;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00129795;OID=.;OPOS=89774397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:76:76:24:24:0.24:12:12:28:48:12:12:28:48 chr11 89774448 . G A 419.71 PASS AF=0.304348;AO=54;DP=182;FAO=56;FDP=184;FR=.;FRO=128;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=75;FWDB=0.0134212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4044;QD=9.12415;RBI=0.0549338;REFB=-0.0169224;REVB=0.053269;RO=128;SAF=28;SAR=26;SRF=53;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125537;STB=0.559762;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0400809;OID=.;OPOS=89774448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:128:128:54:56:0.304348:26:28:53:75:28:28:53:75 chr11 89774540 . C A 546.97 PASS AF=0.261745;AO=79;DP=298;FAO=78;FDP=298;FR=.;FRO=220;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=122;FSRR=98;FWDB=0.0195033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3331;QD=7.3419;RBI=0.0271477;REFB=0.0155404;REVB=0.0188843;RO=219;SAF=44;SAR=35;SRF=121;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00560291;STB=0.502435;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.0443926;OID=.;OPOS=89774540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:219:220:79:78:0.261745:35:44:121:98:35:43:122:98 chr11 89819304 . A G 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0059159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.653;QD=4.85443;RBI=0.00591842;REFB=0.000850668;REVB=-0.000172893;RO=27;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417836;STB=0.779086;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00756345;OID=.;OPOS=89819304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:27:28:7:7:0.2:6:1:12:15:6:1:12:16 chr11 89868755 . G A 720.89 PASS AF=0.522388;AO=70;DP=134;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0046366;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7833;QD=21.5191;RBI=0.0933633;REFB=0.00405315;REVB=-0.0932481;RO=64;SAF=28;SAR=42;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227664;STB=0.512496;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00268976;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:64:64:70:70:0.522388:42:28:24:40:42:28:24:40 chr11 89880604 . G A 465.87 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0149032;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.936;QD=16.491;RBI=0.0213797;REFB=0.000203165;REVB=-0.0153292;RO=62;SAF=25;SAR=26;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621905;STB=0.503471;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.000343023;OID=.;OPOS=89880604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:62:62:51:51:0.451327:26:25:30:32:26:25:30:32 chr11 89916080 . G C 984.09 PASS AF=0.497512;AO=99;DP=200;FAO=100;FDP=201;FR=.;FRO=101;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=-0.0108146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.029;QD=19.5839;RBI=0.0160156;REFB=0.000828468;REVB=-0.0118128;RO=101;SAF=53;SAR=46;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00849599;STB=0.502304;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00116589;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:101:101:99:100:0.497512:46:53:55:46:46:54:55:46 chr11 89935586 . G T 1089.22 PASS AF=0.441948;AO=118;DP=268;FAO=118;FDP=267;FR=.;FRO=149;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=78;FSRR=71;FWDB=-0.0151825;FXX=0.0037312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.168;QD=16.3179;RBI=0.0553249;REFB=-0.0319855;REVB=-0.0532009;RO=145;SAF=65;SAR=53;SRF=78;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129649;STB=0.515376;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0347023;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:267:145:149:118:118:0.441948:53:65:78:67:53:65:78:71 chr11 89939448 . G A 240.75 PASS AF=0.451613;AO=24;DP=58;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0718979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5282;QD=15.5325;RBI=0.0955824;REFB=-0.0120674;REVB=-0.0629817;RO=33;SAF=6;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266613;STB=0.603835;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.01628;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:33:34:24:28:0.451613:18:6:16:17:19:9:17:17 chr11 89955872 . A G 133.8 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.000158492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9181;QD=9.38936;RBI=0.0313604;REFB=-0.0069611;REVB=-0.03136;RO=37;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824155;STB=0.533296;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00922087;OID=.;OPOS=89955872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:37:39:18:18:0.315789:7:11:20:17:7:11:22:17 chr11 91545212 . C G 1080.85 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5534;QD=60.0471;RBI=0.102899;REFB=0;REVB=0.101631;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010211;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:45:26:0:0:46:26:0:0 chr11 92088177 . C T 495.01 PASS AF=0.5;AO=46;DP=100;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00785418;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.671;QD=18.3338;RBI=0.0209595;REFB=-0.0101273;REVB=-0.0194323;RO=54;SAF=21;SAR=25;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778859;STB=0.518512;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0154927;OID=.;OPOS=92088177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:108:54:54:46:54:0.5:25:21:29:25:27:27:29:25 chr11 92531356 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.417;QD=57.1063;RBI=0.015586;REFB=0;REVB=0.0118342;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19054e-05;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr11 92532677 . T C 671.19 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0681592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8854;QD=52.6423;RBI=0.070608;REFB=-0.0449154;REVB=0.0184342;RO=2;SAF=25;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036156;STB=0.519223;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0140043;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:48:49:0.960784:23:25:2:0:24:25:2:0 chr11 92534442 . A G 615.78 PASS AF=0.97561;AO=43;DP=44;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00278172;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.765;QD=60.0765;RBI=0.00288806;REFB=-0.100194;REVB=-0.000776484;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000301517;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:41:0:1:43:40:0.97561:19:24:0:0:20:20:1:0 chr11 92590448 . A G 3854.17 PASS AF=1;AO=248;DP=249;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156542;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.107;QD=61.4211;RBI=0.0201652;REFB=-0.0500462;REVB=0.0127115;RO=0;SAF=114;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799345;OID=.;OPOS=92590448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:249:251:0:0:248:251:1:134:114:0:0:136:115:0:0 chr11 92623877 . G A 527.0 PASS AF=0.351648;AO=64;DP=182;FAO=64;FDP=182;FR=.;FRO=118;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=0.0132962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.703;QD=11.5824;RBI=0.0133034;REFB=-0.0105779;REVB=0.000438675;RO=118;SAF=29;SAR=35;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341453;STB=0.519497;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0181726;OID=.;OPOS=92623877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:118:118:64:64:0.351648:35:29:57:61:35:29:57:61 chr11 92625944 . G T 698.31 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=26;FSRR=63;FWDB=-0.000342244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.135;QD=17.032;RBI=0.0026871;REFB=-0.00364388;REVB=-0.00266522;RO=88;SAF=26;SAR=49;SRF=25;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689764;STB=0.533325;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00408922;OID=.;OPOS=92625944;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:88:89:75:75:0.457317:49:26:25:63:49:26:26:63 chr11 92627848 . A G 2930.89 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151907;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.541;QD=63.3707;RBI=0.0177656;REFB=0;REVB=0.0092119;RO=0;SAF=86;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75755e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:184:185:1:98:86:0:0:98:87:0:0 chr11 92629305 . C T 661.03 PASS AF=0.447205;AO=72;DP=160;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=-0.0365836;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8276;QD=16.4231;RBI=0.0479917;REFB=-0.0277871;REVB=-0.031062;RO=88;SAF=29;SAR=43;SRF=30;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645948;STB=0.531667;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0368867;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:88:89:72:72:0.447205:43:29:30:58:43:29:31:58 chr11 92629599 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0341771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.082;QD=8.69756;RBI=0.0858827;REFB=0.030114;REVB=-0.0787894;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0611077;OID=.;OPOS=92629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:6:1:2:11:6:1:2:12 chr11 92718127 . G C 1292.06 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.749;QD=61.5266;RBI=0.0179243;REFB=0;REVB=-4.55666e-05;RO=0;SAF=26;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90723e-05;OID=.;OPOS=92718127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:57:26:0:0:58:26:0:0 chr11 93141580 . C A 185.85 PASS AF=0.320513;AO=16;DP=69;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.019343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.385;QD=9.53079;RBI=0.0210761;REFB=-0.0165365;REVB=-0.00836958;RO=49;SAF=9;SAR=7;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889064;STB=0.575069;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0355035;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:78:49:53:16:25:0.320513:7:9:24:25:10:15:26:27 chr11 93211736 . T C 564.75 PASS AF=0.40625;AO=65;DP=161;FAO=65;FDP=160;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=35;FWDB=-0.00206775;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.818;QD=14.1187;RBI=0.0257884;REFB=0.000519083;REVB=0.0257054;RO=95;SAF=33;SAR=32;SRF=60;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131509;STB=0.57372;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00140111;OID=.;OPOS=93211736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:95:95:65:65:0.40625:32:33:60:35:32:33:60:35 chr11 93211764 . A G 2607.75 PASS AF=0.988372;AO=169;DP=172;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0470508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5175;QD=60.6454;RBI=0.0714966;REFB=-0.0343145;REVB=0.053833;RO=1;SAF=95;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498377;STB=0.505154;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00170089;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:172:1:2:169:170:0.988372:74:95:1:0:74:96:2:0 chr11 93212254 . C T 2531.05 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.387;QD=60.9891;RBI=0.0331388;REFB=0.0554863;REVB=0.0168806;RO=1;SAF=79;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059859;STB=0.503144;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=5.70903e-05;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:166:1:1:165:165:0.993976:86:79:1:0:86:79:1:0 chr11 93400796 . C T 1176.29 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547078;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.375;QD=61.1058;RBI=0.054879;REFB=0;REVB=0.00433054;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240537;OID=.;OPOS=93400796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr11 93402006 . A G 1426.77 PASS AF=0.978947;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0698834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.461;QD=60.0747;RBI=0.0724821;REFB=-0.0546093;REVB=0.0192344;RO=2;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175502;STB=0.509089;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000195891;OID=.;OPOS=93402006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:95:2:2:91:93:0.978947:53:38:0:2:54:39:0:2 chr11 93402096 . C A 575.79 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0794032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.605;QD=60.6093;RBI=0.0798025;REFB=0;REVB=0.00797355;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135887;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:28:9:0:0:28:10:0:0 chr11 93408831 . G A 1188.18 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=82;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0192285;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.837;QD=58.6755;RBI=0.0287744;REFB=-0.035092;REVB=-0.0214063;RO=2;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278207;STB=0.514282;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000587575;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:81:2:2:78:79:0.975309:33:45:0:2:34:45:0:2 chr11 93425159 . C A 3984.7 PASS AF=1;AO=255;DP=255;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9056;QD=62.2609;RBI=0.0439832;REFB=0;REVB=-0.0248902;RO=0;SAF=132;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60045e-05;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:256:0:0:255:256:1:123:132:0:0:123:133:0:0 chr11 93431931 . C A 982.47 PASS AF=1;AO=48;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.744;QD=58.6548;RBI=0.0557286;REFB=0;REVB=0.0349899;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143273;OID=.;OPOS=93431931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:48:67:1:29:19:0:0:36:31:0:0 chr11 93460160 . A C 511.11 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00651558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.576;QD=52.4216;RBI=0.0103617;REFB=-0.0536863;REVB=-0.00805682;RO=2;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425118;STB=0.533315;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0037848;OID=.;OPOS=93460160;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:39:39:2:3:36:36:0.923077:21:15:0:2:21:15:0:3 chr11 93474570 . T TGCGTGA 4073.27 PASS AF=0.948454;AO=269;DP=305;FAO=276;FDP=291;FR=.;FRO=15;FSAF=160;FSAR=116;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00093205;FXX=0.0427618;HRUN=1;LEN=6;MLLD=271.247;QD=55.99;RBI=0.00948102;REFB=-0.058158;REVB=0.0094351;RO=17;SAF=156;SAR=113;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215231;STB=0.508146;STBP=0.274;TYPE=ins;VARB=0.00288197;OID=.;OPOS=93474571;OREF=-;OALT=GCGTGA;OMAPALT=TGCGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.948454:269:305:276:291:15:160:116:11:4:24:17:156:113:13:4 chr11 93517874 . C G 3969.87 PASS AF=1;AO=198;DP=231;FAO=258;FDP=258;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=97;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.585;QD=61.5484;RBI=0.124968;REFB=0;REVB=0.0236638;RO=1;SAF=52;SAR=146;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00906994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592069;OID=.;OPOS=93517874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:231:258:1:0:198:258:1:146:52:1:0:161:97:0:0 chr11 93517886 . G C 3691.35 PASS AF=1;AO=232;DP=234;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426232;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.097;QD=63.1;RBI=0.043352;REFB=-0.0355204;REVB=0.00791587;RO=0;SAF=92;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58317e-06;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:234:0:0:232:234:1:140:92:0:0:141:93:0:0 chr11 93523473 . A T 472.99 PASS AF=0.5;AO=46;DP=93;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0256713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.091;QD=20.1272;RBI=0.0256716;REFB=-0.00183953;REVB=-0.000137156;RO=43;SAF=15;SAR=31;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477008;STB=0.537705;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00207423;OID=.;OPOS=93523473;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:43:47:46:47:0.5:31:15:12:31:32:15:12:35 chr11 93797619 . A G 1335.22 PASS AF=0.946809;AO=89;DP=94;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00818786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.482;QD=56.818;RBI=0.038745;REFB=-0.0684324;REVB=0.03787;RO=5;SAF=33;SAR=56;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314742;STB=0.501663;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00712848;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:94:94:5:5:89:89:0.946809:56:33:2:3:56:33:2:3 chr11 93845511 . A G 2269.5 PASS AF=0.97973;AO=145;DP=148;FAO=145;FDP=148;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0313899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.376;QD=61.3379;RBI=0.0398893;REFB=-0.128701;REVB=0.0246137;RO=3;SAF=60;SAR=85;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164862;STB=0.508669;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00028429;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:148:148:3:3:145:145:0.97973:85:60:0:3:85:60:0:3 chr11 93862493 . A C 4713.18 PASS AF=1;AO=302;DP=306;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0783221;FXX=0.00651445;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1977;QD=61.8122;RBI=0.0827063;REFB=0.0359817;REVB=-0.0265702;RO=4;SAF=162;SAR=140;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117069;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:306:305:4:0:302:305:1:140:162:1:3:143:162:0:0 chr11 94225807 . C T 324.91 PASS AF=0.454545;AO=33;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0100118;FXX=0.0253133;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.367;QD=16.8785;RBI=0.0513014;REFB=-0.0156157;REVB=-0.050315;RO=42;SAF=22;SAR=11;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241334;STB=0.610131;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0279811;OID=.;OPOS=94225807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:42:33:35:0.454545:11:22:18:24:13:22:18:24 chr11 94225920 . C T 957.27 PASS AF=0.575949;AO=91;DP=158;FAO=91;FDP=158;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0106766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7434;QD=24.2346;RBI=0.0130711;REFB=-0.0198587;REVB=-0.00754085;RO=67;SAF=30;SAR=61;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377569;STB=0.520554;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00830327;OID=.;OPOS=94225920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:67:67:91:91:0.575949:61:30:25:42:61:30:25:42 chr11 94231257 . C G 412.97 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00299972;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.968;QD=18.5603;RBI=0.0391982;REFB=-0.00599489;REVB=0.0390833;RO=47;SAF=12;SAR=30;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250009;STB=0.640068;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0177075;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:47:47:42:42:0.47191:30:12:25:22:30:12:25:22 chr11 94245740 . A G 1574.24 PASS AF=0.527972;AO=151;DP=286;FAO=151;FDP=286;FR=.;FRO=135;FSAF=57;FSAR=94;FSRF=54;FSRR=81;FWDB=-0.00388557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.434;QD=22.0173;RBI=0.0285289;REFB=-0.0240692;REVB=-0.0282631;RO=135;SAF=57;SAR=94;SRF=54;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205955;STB=0.511244;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0279156;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:135:135:151:151:0.527972:94:57:54:81:94:57:54:81 chr11 94261255 . C G 1055.39 PASS AF=0.5;AO=107;DP=214;FAO=107;FDP=214;FR=.;FRO=107;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=0.00321624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.087;QD=19.7269;RBI=0.00341057;REFB=-0.00722655;REVB=-0.0011348;RO=105;SAF=59;SAR=48;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936523;STB=0.546765;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00739399;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:105:107:107:107:0.5:48:59:47:58:48:59:49:58 chr11 94602414 . C T 219.32 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0285228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.882;QD=16.8704;RBI=0.0307331;REFB=-0.0289835;REVB=0.0114444;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120301;STB=0.57441;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0186291;OID=.;OPOS=94602414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:15:9:7:20:15:9:7:21 chr11 94699507 . A AT,T 2851.41 PASS AF=0.989899,0.010101;AO=172,13;DP=205;FAO=196,2;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=86,2;FSAR=110,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227563,-0.0190004;FXX=0.019801;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.5783,257.305;QD=57.6043;RBI=0.0564584,0.033778;REFB=0,0;REVB=0.0516691,-0.0279274;RO=11;SAF=68,11;SAR=104,2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0285843,0.252667;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00047739,0.071392;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:205:198:11:0:172,13:196,2:0.989899,0.010101:104,2:68,11:7:4:110,0:86,2:0:0 chr11 94731759 . G A 167.38 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00335627;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1513;QD=12.8756;RBI=0.0151663;REFB=-0.0117161;REVB=0.0147903;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00355702;STB=0.507774;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.022618;OID=.;OPOS=94731759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:32:19:20:0.384615:11:8:14:19:11:9:14:18 chr11 94758838 . C T 469.16 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00349663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.174;QD=17.0606;RBI=0.036851;REFB=-0.00810035;REVB=0.0366848;RO=59;SAF=29;SAR=22;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123211;STB=0.568601;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00789748;OID=.;OPOS=94758838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:22:29:26:33:22:29:26:33 chr11 94759059 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=409.896;QD=33.4285;RBI=0.0138724;REFB=0;REVB=0.00150165;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138202;OID=.;OPOS=94759059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr11 94759282 . C T 56.49 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=0.0373544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0307;QD=2.37851;RBI=0.0539862;REFB=-0.00353635;REVB=-0.0389763;RO=83;SAF=2;SAR=10;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292305;STB=0.717075;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0269326;OID=.;OPOS=94759282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:83:83:12:12:0.126316:10:2:30:53:10:2:30:53 chr11 94759291 . A G 100.52 PASS AF=0.171429;AO=18;DP=105;FAO=18;FDP=105;FR=.;FRO=87;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=-0.00697288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.278;QD=3.8293;RBI=0.0100488;REFB=0.00314571;REVB=-0.00723588;RO=87;SAF=3;SAR=15;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31638;STB=0.714014;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0369982;OID=.;OPOS=94759291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:87:87:18:18:0.171429:15:3:32:55:15:3:32:55 chr11 94759494 . T C 397.13 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00626019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8569;QD=14.1832;RBI=0.00807769;REFB=-0.0188296;REVB=0.00510481;RO=64;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611468;STB=0.52569;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0223826;OID=.;OPOS=94759494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:66:46:46:0.410714:21:25:31:33:21:25:33:33 chr11 94800902 . G GC 3154.51 PASS AF=1;AO=268;DP=280;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0828011;FXX=0.0106003;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.7306;QD=45.0644;RBI=0.0987547;REFB=0;REVB=0.0538188;RO=9;SAF=124;SAR=144;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000104188;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:268:280:280:280:0:128:152:0:0:56:9:124:144:1:8 chr11 94802776 . G C 404.58 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00017009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.951;QD=17.0348;RBI=0.0208447;REFB=-0.00192989;REVB=0.020844;RO=53;SAF=19;SAR=23;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193405;STB=0.510848;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00223027;OID=.;OPOS=94802776;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:23:19:25:28:23:19:25:28 chr11 94861697 . G C 901.27 PASS AF=0.502793;AO=90;DP=180;FAO=90;FDP=179;FR=.;FRO=89;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=-0.0224572;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.355;QD=20.1401;RBI=0.0359212;REFB=-0.00763931;REVB=-0.0280358;RO=88;SAF=46;SAR=44;SRF=57;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123583;STB=0.570132;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0108049;OID=.;OPOS=94861697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:88:89:90:90:0.502793:44:46:57:31:44:46:58:31 chr11 94862577 . G T 1396.48 PASS AF=0.447447;AO=149;DP=333;FAO=149;FDP=333;FR=.;FRO=184;FSAF=63;FSAR=86;FSRF=67;FSRR=117;FWDB=-0.119582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.389;QD=16.7745;RBI=0.120195;REFB=-0.00457833;REVB=0.0121274;RO=183;SAF=63;SAR=86;SRF=66;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642208;STB=0.53356;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00721695;OID=.;OPOS=94862577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:183:184:149:149:0.447447:86:63:66:117:86:63:67:117 chr11 94906286 . A C 175.67 PASS AF=0.62963;AO=6;DP=29;FAO=17;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0386047;FXX=0.156201;HRUN=13;LEN=1;MLLD=152.897;QD=26.0258;RBI=0.0695261;REFB=-0.105288;REVB=-0.0578234;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.593653;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0363717;OID=.;OPOS=94906286;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:27:0:6:6:17:0.62963:4:2:0:0:13:4:0:6 chr11 94963937 . G A 2327.04 PASS AF=0.533175;AO=222;DP=420;FAO=225;FDP=422;FR=.;FRO=197;FSAF=99;FSAR=126;FSRF=87;FSRR=110;FWDB=0.00419295;FXX=0.00236401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2601;QD=22.0572;RBI=0.0209479;REFB=-0.0427489;REVB=0.020524;RO=192;SAF=97;SAR=125;SRF=86;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949425;STB=0.500769;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0402817;OID=.;OPOS=94963937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:422:192:197:222:225:0.533175:125:97:86:106:126:99:87:110 chr11 95825383 . C T 612.0 PASS AF=0.736111;AO=44;DP=64;FAO=53;FDP=72;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=48;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.048371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.159;QD=34.0002;RBI=0.194057;REFB=-0.177477;REVB=0.187932;RO=20;SAF=5;SAR=39;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337431;STB=0.698451;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0418582;OID=.;OPOS=95825383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:72:20:19:44:53:0.736111:39:5:9:11:48:5:9:10 chr11 96116444 . T C 316.18 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00238825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.856;QD=15.0562;RBI=0.0123785;REFB=-0.00449248;REVB=0.0121459;RO=49;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281939;STB=0.504948;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00660716;OID=.;OPOS=96116444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:49:34:35:0.416667:21:13:20:29:21:14:20:29 chr11 97716872 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.832;QD=60.6103;RBI=0.0668491;REFB=0;REVB=0.030526;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180003;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr11 99690286 . T G 283.87 PASS AF=0.330357;AO=37;DP=112;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.00540131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.469;QD=10.1381;RBI=0.00755518;REFB=0.00258765;REVB=-0.00528267;RO=75;SAF=15;SAR=22;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02531;STB=0.514676;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00396634;OID=.;OPOS=99690286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:75:75:37:37:0.330357:22:15:32:43:22:15:32:43 chr11 99690428 . T G 43.08 PASS AF=0.0930233;AO=12;DP=129;FAO=12;FDP=129;FR=.;FRO=117;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=0.0232893;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.034;QD=1.33593;RBI=0.065962;REFB=-0.00751863;REVB=-0.0617138;RO=117;SAF=5;SAR=7;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529128;STB=0.541215;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0786802;OID=.;OPOS=99690428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:129:129:117:117:12:12:0.0930233:7:5:54:63:7:5:54:63 chr11 99690461 . A G 33.12 PASS AF=0.0857143;AO=9;DP=105;FAO=9;FDP=105;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.00703546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.227;QD=1.26185;RBI=0.00720123;REFB=-0.00118734;REVB=-0.00153624;RO=94;SAF=5;SAR=4;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988946;STB=0.569466;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0516556;OID=.;OPOS=99690461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:105:105:94:96:9:9:0.0857143:4:5:44:50:4:5:46:50 chr11 100126536 . G A 1063.55 PASS AF=0.509524;AO=106;DP=210;FAO=107;FDP=210;FR=.;FRO=103;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=0.000864532;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.784;QD=20.2581;RBI=0.00331389;REFB=-0.00191033;REVB=-0.00319913;RO=100;SAF=38;SAR=68;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165507;STB=0.585546;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00133693;OID=.;OPOS=100126536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:100:103:106:107:0.509524:68:38:54:46:68:39:55:48 chr11 100226883 . T A 2813.67 PASS AF=0.983784;AO=182;DP=184;FAO=182;FDP=185;FR=.;FRO=3;FSAF=87;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0332533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.387;QD=60.8362;RBI=0.0380026;REFB=-0.0669503;REVB=0.0183961;RO=1;SAF=87;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0054411;STB=0.502351;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00058673;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:184:185:1:3:182:182:0.983784:95:87:1:0:95:87:1:2 chr11 100512794 . G A 748.52 PASS AF=0.43956;AO=80;DP=183;FAO=80;FDP=182;FR=.;FRO=102;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=0.0010877;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5145;QD=16.4511;RBI=0.0156372;REFB=0.0115089;REVB=0.0155993;RO=103;SAF=37;SAR=43;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629215;STB=0.500967;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.0155303;OID=.;OPOS=100512794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:103:102:80:80:0.43956:43:37:47:56:43:37:47:55 chr11 100792335 . G A 349.08 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0121902;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.807;QD=14.8545;RBI=0.0148471;REFB=0.00109525;REVB=0.00847553;RO=56;SAF=21;SAR=17;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12989;STB=0.57354;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0019904;OID=.;OPOS=100792335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:56:56:38:38:0.404255:17:21:24:32:17:21:24:32 chr11 100814570 . A G 1309.86 PASS AF=0.536481;AO=125;DP=233;FAO=125;FDP=233;FR=.;FRO=108;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=43;FSRR=65;FWDB=-0.00285875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.656;QD=22.4868;RBI=0.00317323;REFB=0.0017515;REVB=-0.0013773;RO=104;SAF=59;SAR=66;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491113;STB=0.534467;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00154836;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:104:108:125:125:0.536481:66:59:43:61:66:59:43:65 chr11 100830579 . G A 608.55 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=147;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.0400297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7023;QD=16.3369;RBI=0.0409115;REFB=-0.0010957;REVB=0.00844831;RO=83;SAF=30;SAR=34;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850716;STB=0.553184;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00164572;OID=.;OPOS=100830579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:83:85:64:64:0.42953:34:30:32:51:34:30:32:53 chr11 100846936 . A G 750.61 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384585;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.228;QD=63.8816;RBI=0.0384765;REFB=0;REVB=-0.00117464;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14526e-05;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr11 100847050 . A G 968.22 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.543;QD=58.6799;RBI=0.0026945;REFB=0;REVB=-0.0004658;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487449;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:39:26:0:0:39:27:0:0 chr11 100847069 . G A 846.08 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130005;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.981;QD=58.3503;RBI=0.032138;REFB=0;REVB=-0.0293911;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71954e-06;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr11 100863096 . A G 476.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00426418;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.041;QD=18.6875;RBI=0.0265254;REFB=-0.00819339;REVB=0.0261804;RO=52;SAF=31;SAR=19;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956682;STB=0.553101;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0076464;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:19:31:27:25:19:31:27:25 chr11 100863196 . T C 749.88 PASS AF=0.533333;AO=72;DP=135;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00339159;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=267.895;QD=22.2187;RBI=0.00339161;REFB=-0.0220084;REVB=1.10079e-05;RO=62;SAF=45;SAR=27;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815562;STB=0.541574;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0144738;OID=.;OPOS=100863196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:62:63:72:72:0.533333:27:45:33:29:27:45:34:29 chr11 100863319 . A C 923.62 PASS AF=0.52;AO=91;DP=174;FAO=91;FDP=175;FR=.;FRO=84;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.00363906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7352;QD=21.1114;RBI=0.0194336;REFB=0.0128929;REVB=-0.0190898;RO=83;SAF=51;SAR=40;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048064;STB=0.522871;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0132614;OID=.;OPOS=100863319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:83:84:91:91:0.52:40:51:51:32:40:51:51:33 chr11 100863354 . C A 704.07 PASS AF=0.447059;AO=76;DP=170;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=-0.00136357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.495;QD=16.5663;RBI=0.022274;REFB=0.00894215;REVB=-0.0222323;RO=94;SAF=46;SAR=30;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0011652;STB=0.500648;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.0128176;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:94:94:76:76:0.447059:30:46:57:37:30:46:57:37 chr11 100863611 . G A 528.73 PASS AF=0.355556;AO=64;DP=180;FAO=64;FDP=180;FR=.;FRO=116;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.0090631;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.455;QD=11.7495;RBI=0.0123341;REFB=-0.00859321;REVB=-0.00836604;RO=112;SAF=36;SAR=28;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080212;STB=0.534954;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0172137;OID=.;OPOS=100863611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:112:116:64:64:0.355556:28:36:55:57:28:36:59:57 chr11 100863814 . T A 598.76 PASS AF=0.412121;AO=68;DP=166;FAO=68;FDP=165;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=60;FSRR=37;FWDB=-0.0295765;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6837;QD=14.5153;RBI=0.0443588;REFB=0.00122522;REVB=-0.0330595;RO=96;SAF=41;SAR=27;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127311;STB=0.509622;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00279675;OID=.;OPOS=100863814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:96:97:68:68:0.412121:27:41:59:37:27:41:60:37 chr11 100864367 . G A 1144.02 PASS AF=0.533333;AO=112;DP=212;FAO=112;FDP=210;FR=.;FRO=98;FSAF=33;FSAR=79;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.00698542;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.013;QD=21.7909;RBI=0.00718069;REFB=-0.0328348;REVB=-0.00166324;RO=98;SAF=33;SAR=79;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138392;STB=0.575854;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0259235;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:210:98:98:112:112:0.533333:79:33:43:55:79:33:43:55 chr11 101771248 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.826;QD=60.3767;RBI=0.0286085;REFB=0;REVB=0.0272138;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40067e-05;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr11 101826949 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.132;QD=59.0187;RBI=0.0346544;REFB=0;REVB=-0.00935895;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81296e-05;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr11 101828924 . G A 217.95 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0269967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.135;QD=15.5675;RBI=0.102511;REFB=-0.0111779;REVB=-0.0988928;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23952;STB=0.633698;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0113068;OID=.;OPOS=101828924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:31:25:25:0.446429:15:10:19:10:15:10:20:11 chr11 101832590 . C A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.31;QD=54.5144;RBI=0.0285139;REFB=0;REVB=0.0276181;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115823;OID=.;OPOS=101832590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr11 101832608 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.283;QD=55.0986;RBI=0.0073573;REFB=0;REVB=0.00594217;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31791e-06;OID=.;OPOS=101832608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr11 101832670 . G A 487.12 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231374;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.56;QD=59.0445;RBI=0.038081;REFB=0;REVB=0.030246;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22718e-06;OID=.;OPOS=101832670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr11 101833644 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.104;QD=57.3856;RBI=0.0123629;REFB=0;REVB=0.0115131;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51128e-06;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr11 101834176 . C T 535.59 PASS AF=0.529412;AO=53;DP=101;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.027508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7659;QD=21.0036;RBI=0.0695648;REFB=-0.021845;REVB=0.063895;RO=48;SAF=23;SAR=30;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152206;STB=0.504459;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0221464;OID=.;OPOS=101834176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:48:48:53:54:0.529412:30:23:20:28:31:23:20:28 chr11 101857758 . G A 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.136;QD=63.2838;RBI=0.0125211;REFB=0;REVB=-0.0122491;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51304e-05;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr11 102477377 . G T 2490.91 PASS AF=1;AO=159;DP=161;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506022;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5364;QD=59.6626;RBI=0.124565;REFB=0;REVB=0.113824;RO=1;SAF=73;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273709;OID=.;OPOS=102477377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:167:1:0:159:167:1:86:73:0:1:92:75:0:0 chr11 102477395 . A G 2371.08 PASS AF=1;AO=156;DP=162;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182338;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.246;QD=59.6498;RBI=0.0217051;REFB=-0.15442;REVB=-0.0117746;RO=2;SAF=65;SAR=91;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916987;OID=.;OPOS=102477395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:162:159:2:0:156:159:1:91:65:2:0:92:67:0:0 chr11 102495998 . T G 1707.85 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0765482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7579;QD=59.9244;RBI=0.113086;REFB=0;REVB=-0.0832394;RO=0;SAF=43;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840243;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:111:114:1:68:43:0:0:68:46:0:0 chr11 102563739 . C T 2021.76 PASS AF=0.913333;AO=136;DP=149;FAO=137;FDP=150;FR=.;FRO=13;FSAF=51;FSAR=86;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00908799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.1269;QD=53.9135;RBI=0.0281399;REFB=-0.0629468;REVB=-0.026632;RO=12;SAF=51;SAR=85;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866705;STB=0.542967;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00308189;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:149:150:12:13:136:137:0.913333:85:51:11:1:86:51:11:2 chr11 102567207 . T A 1256.66 PASS AF=1;AO=78;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391498;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9241;QD=59.1368;RBI=0.117345;REFB=-0.140542;REVB=0.110621;RO=3;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388536;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273572;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:85:3:0:78:85:1:35:43:0:3:42:43:0:0 chr11 102576358 . T C 1520.9 PASS AF=0.98;AO=96;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0043531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.188;QD=60.836;RBI=0.11593;REFB=-0.104197;REVB=0.115848;RO=3;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293068;STB=0.509998;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000508886;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:3:2:96:98:0.98:47:49:0:3:49:49:0:2 chr11 102576375 . G A 1567.66 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256665;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1027;QD=63.9861;RBI=0.137427;REFB=0;REVB=-0.137403;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000622952;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:96:98:1:53:43:0:0:54:44:0:0 chr11 102576382 . G A 1480.21 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00341287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.244;QD=58.6222;RBI=0.0123811;REFB=-0.0544255;REVB=-0.0119014;RO=1;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870439;STB=0.504586;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000615677;OID=.;OPOS=102576382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:54:46:0:1:54:46:0:1 chr11 102587062 . G A 695.65 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=121;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0288669;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3428;QD=23.1884;RBI=0.0537427;REFB=-0.0248283;REVB=0.0453319;RO=53;SAF=33;SAR=34;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136484;STB=0.50746;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0238997;OID=.;OPOS=102587062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:53:53:67:67:0.558333:34:33:27:26:34:33:27:26 chr11 102593248 . T C 1337.45 PASS AF=0.549356;AO=128;DP=233;FAO=128;FDP=233;FR=.;FRO=105;FSAF=76;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=0.021009;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.0492;QD=22.9605;RBI=0.0530255;REFB=-0.00230208;REVB=-0.048686;RO=104;SAF=76;SAR=52;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547378;STB=0.527919;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00212702;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:104:105:128:128:0.549356:52:76:55:49:52:76:56:49 chr11 102595492 . G A 130.55 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0130164;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.21;QD=7.79388;RBI=0.0214247;REFB=-0.00285292;REVB=-0.0170175;RO=45;SAF=12;SAR=6;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139322;STB=0.574383;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00426044;OID=.;OPOS=102595492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:45:49:18:18:0.268657:6:12:25:20:6:12:28:21 chr11 102666316 . T C 1588.34 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.132;QD=64.1752;RBI=0.0298479;REFB=0;REVB=-0.0210887;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65259e-07;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:49:49:0:0:49:50:0:0 chr11 102709425 . A G 2166.0 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826079;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.638;QD=62.3309;RBI=0.0916569;REFB=0;REVB=0.0397105;RO=0;SAF=56;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.88062e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615917;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:139:0:0:133:139:1:77:56:0:0:80:59:0:0 chr11 102713465 . A G 3214.77 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287333;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.343;QD=61.8224;RBI=0.0298487;REFB=0;REVB=0.0080834;RO=0;SAF=110;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342955;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:208:0:0:206:208:1:96:110:0:0:97:111:0:0 chr11 102713620 . T C 1391.62 PASS AF=1;AO=79;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532907;FXX=0.0109878;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.9303;QD=61.8499;RBI=0.0227226;REFB=0;REVB=0.0220889;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00524789;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:79:90:1:39:40:0:0:47:43:0:0 chr11 102736642 . T C 631.15 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0680895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0849;QD=21.0384;RBI=0.0722783;REFB=0.0116505;REVB=-0.0242481;RO=56;SAF=33;SAR=30;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11186;STB=0.565197;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0124307;OID=.;OPOS=102736642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:57:63:63:0.525:30:33:22:34:30:33:22:35 chr11 102738795 . G T 1521.9 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6639;QD=63.4123;RBI=0.0856565;REFB=0;REVB=-0.0672658;RO=1;SAF=34;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.8114e-05;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:1:0:94:96:1:60:34:1:0:61:35:0:0 chr11 103029516 . A G 1831.77 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0494562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.795;QD=59.5697;RBI=0.0526409;REFB=-0.0123114;REVB=0.0180319;RO=2;SAF=51;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182615;STB=0.509614;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000442878;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:123:123:2:2:121:121:0.98374:70:51:2:0:70:51:2:0 chr11 103041640 . G A 886.74 PASS AF=0.473684;AO=90;DP=189;FAO=90;FDP=190;FR=.;FRO=100;FSAF=76;FSAR=14;FSRF=79;FSRR=21;FWDB=-0.0100288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.867;QD=18.6682;RBI=0.0117323;REFB=-0.0167977;REVB=0.00608847;RO=96;SAF=76;SAR=14;SRF=76;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872343;STB=0.550713;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0217042;OID=.;OPOS=103041640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:96:100:90:90:0.473684:14:76:76:20:14:76:79:21 chr11 103047007 . C A 3552.36 PASS AF=1;AO=226;DP=226;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0798188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4097;QD=62.8736;RBI=0.109733;REFB=0;REVB=-0.0753019;RO=0;SAF=96;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349002;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:226:0:0:226:226:1:130:96:0:0:130:96:0:0 chr11 103057048 . A G 2484.73 PASS AF=1;AO=160;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.687;QD=61.3514;RBI=0.0164341;REFB=0;REVB=-0.0163579;RO=0;SAF=103;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94078e-05;OID=.;OPOS=103057048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:160:162:1:57:103:0:0:58:104:0:0 chr11 103058126 . C T 2466.99 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.058;QD=61.2916;RBI=0.0425403;REFB=0;REVB=0.027001;RO=0;SAF=66;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40181e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.321e-06;OID=.;OPOS=103058126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:160:161:1:94:66:0:0:95:66:0:0 chr11 103082590 . G A 3930.3 PASS AF=1;AO=244;DP=245;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00573048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.776;QD=63.9074;RBI=0.0105536;REFB=0;REVB=-0.00886228;RO=0;SAF=114;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08009e-05;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:246:0:0:244:246:1:130:114:0:0:132:114:0:0 chr11 103090641 . T C 435.52 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0020331;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2445;QD=16.4347;RBI=0.0240102;REFB=-0.00662349;REVB=0.023924;RO=58;SAF=21;SAR=27;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447328;STB=0.52499;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0119156;OID=.;OPOS=103090641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:58:58:48:48:0.45283:27:21:28:30:27:21:28:30 chr11 103158278 . C T 2057.9 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=136;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00428054;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.451;QD=61.4299;RBI=0.00458589;REFB=-0.00312751;REVB=-0.00164541;RO=2;SAF=56;SAR=76;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00219861;STB=0.503267;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-1.06001e-05;OID=.;OPOS=103158278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:134:2:1:132:133:0.992537:76:56:1:1:76:57:0:1 chr11 103274940 . A T 1803.67 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.92;QD=61.1414;RBI=0.108172;REFB=0;REVB=0.102905;RO=0;SAF=70;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84033e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68932e-05;OID=.;OPOS=103274940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:118:0:0:109:118:1:39:70:0:0:45:73:0:0 chr11 103275034 . G T 1425.92 PASS AF=0.962264;AO=94;DP=102;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0138331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1341;QD=53.8084;RBI=0.0231291;REFB=-0.0389645;REVB=0.0185365;RO=6;SAF=53;SAR=41;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507093;STB=0.516663;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00579061;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:102:106:6:4:94:102:0.962264:41:53:6:0:44:58:4:0 chr11 103277984 . G T 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4358;QD=60.0286;RBI=0.0292212;REFB=0;REVB=0.0268319;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027934;OID=.;OPOS=103277984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr11 103278048 . G C 1299.69 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378161;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.311;QD=61.8899;RBI=0.0380211;REFB=0;REVB=0.00394294;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426186;OID=.;OPOS=103278048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:53:28:0:0:53:31:0:0 chr11 103278083 . C G 1048.36 PASS AF=1;AO=58;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334926;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.723;QD=59.0625;RBI=0.0527272;REFB=0;REVB=0.0407235;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00696817;OID=.;OPOS=103278083;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:58:71:1:37:21:0:0:44:27:0:0 chr11 103278129 . C A,CTCTA 482.44 PASS AF=0.047619,0.833333;AO=2,33;DP=42;FAO=2,35;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=0,13;FSAR=2,22;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0444412,-0.00836525;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,4;MLLD=56.7731,268.777;QD=45.9469;RBI=0.0455071,0.00850127;REFB=-0.0221023,-0.0466264;REVB=0.00979152,0.00151467;RO=6;SAF=0,12;SAR=2,21;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.719959,-0.138776;STB=0.995714,0.555688;STBP=0.088,0.079;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0346173,0.00216043;OID=.,.;OPOS=103278129,103278130;OREF=C,-;OALT=A,TCTA;OMAPALT=A,CTCTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:42:42:6:5:2,33:2,35:0.047619,0.833333:2,21:0,12:5:1:2,22:0,13:4:1 chr11 103279098 . C T 3133.8 PASS AF=0.994949;AO=197;DP=198;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0531412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2077;QD=63.3091;RBI=0.0870243;REFB=-0.0441449;REVB=-0.0689148;RO=1;SAF=90;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526245;STB=0.502762;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000103543;OID=.;OPOS=103279098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:198:1:1:197:197:0.994949:107:90:1:0:107:90:1:0 chr11 103907841 . T C 1217.9 PASS AF=0.512931;AO=118;DP=232;FAO=119;FDP=232;FR=.;FRO=113;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=-0.000400707;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9365;QD=20.9982;RBI=0.0204594;REFB=-0.007342;REVB=0.0204555;RO=113;SAF=61;SAR=57;SRF=49;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074287;STB=0.542476;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00700396;OID=.;OPOS=103907841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:113:113:118:119:0.512931:57:61:49:64:57:62:49:64 chr11 103908735 . G A 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00560052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.483;QD=18.998;RBI=0.0057847;REFB=-0.00638819;REVB=-0.00144806;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158938;STB=0.588551;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00832753;OID=.;OPOS=103908735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:13:18:12:18:13:18:12:18 chr11 103908968 . C T 261.46 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00484167;FXX=0.0605969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.902;QD=16.8684;RBI=0.00490091;REFB=-0.0134053;REVB=-0.000759697;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223542;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0151529;OID=.;OPOS=103908968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:37:33:28:29:0.467742:13:15:19:18:14:15:16:17 chr11 103909897 . A G 210.3 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0267967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.286;QD=15.5776;RBI=0.0281938;REFB=-0.00156552;REVB=0.0087652;RO=30;SAF=5;SAR=19;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361378;STB=0.707258;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00150771;OID=.;OPOS=103909897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:19:5:16:14:19:5:16:14 chr11 104758035 . G A 594.3 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6392;QD=60.9534;RBI=0.0324912;REFB=0;REVB=0.0044077;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293878;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:22:17:0:0 chr11 104761100 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00173185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.114;QD=61.3358;RBI=0.0333491;REFB=0;REVB=0.0333041;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60207e-05;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr11 104761206 . C T 1572.44 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9925;QD=62.8974;RBI=0.0349879;REFB=-0.0419999;REVB=-0.0200804;RO=1;SAF=42;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111598;STB=0.505881;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000446157;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:57:42:1:0:57:42:1:0 chr11 104763117 . G A 2234.25 PASS AF=1;AO=146;DP=151;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896961;FXX=0.0331104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.177;QD=61.2122;RBI=0.0117598;REFB=0;REVB=-0.00760517;RO=0;SAF=76;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67253e-05;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:146:0:0:146:146:1:70:76:0:0:70:76:0:0 chr11 104763716 . A G 2143.76 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0349934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.059;QD=62.138;RBI=0.0367465;REFB=-0.115077;REVB=-0.0112147;RO=1;SAF=61;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621469;STB=0.503267;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=7.26979e-05;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:76:61:0:1:76:61:0:1 chr11 104768000 . G A,T 1662.2 PASS AF=0.929204,0.0707965;AO=103,8;DP=111;FAO=105,8;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48,4;FSAR=57,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778152,-0.0171101;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.3937,40.0663;QD=58.8391;RBI=0.0417132,0.0243789;REFB=0,0;REVB=0.040981,-0.017366;RO=0;SAF=48,4;SAR=55,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000970985,0.148529;OID=.,.;OPOS=104768000,104768000;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:111:113:0:0:103,8:105,8:0.929204,0.0707965:55,4:48,4:0:0:57,4:48,4:0:0 chr11 104768098 . T C 1639.6 PASS AF=0.973684;AO=110;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.041631;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1863;QD=57.5298;RBI=0.0510582;REFB=-0.182371;REVB=0.0295602;RO=2;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160868;STB=0.512394;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00226476;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:114:114:2:3:110:111:0.973684:58:52:0:2:59:52:0:3 chr11 104819327 . T C 2049.39 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150592;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.417;QD=62.5767;RBI=0.0256681;REFB=0;REVB=0.0207863;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8165e-05;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:64:67:0:0:64:67:0:0 chr11 104839222 . A G 1460.33 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0218579;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.908;QD=62.1417;RBI=0.0221244;REFB=0.0207796;REVB=0.00342369;RO=0;SAF=36;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09153e-08;STB=0.506848;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-3.92203e-05;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:0:1:93:93:0.989362:57:36:0:0:57:36:1:0 chr11 104869708 . G C 2033.07 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.246;QD=61.608;RBI=0.031381;REFB=-0.10781;REVB=0.0209733;RO=1;SAF=55;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856295;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498154;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:132:132:1:0:131:132:1:76:55:1:0:76:56:0:0 chr11 104874010 . ATTTTTTTTA ATTTTTTTA,ATTTTTTTAT,ATTTTTTTTTA 223.96 PASS AF=0.638095,0.047619,0;AO=34,5,14;DP=109;FAO=67,5,0;FDP=105;FR=.;FRO=33;FSAF=24,5,0;FSAR=43,0,0;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.161454,-0.0124277,-0.106857;FXX=0.0454504;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=6.53218,176.587,7.86321;QD=8.53186;RBI=0.281078,0.0155406,0.267814;REFB=-0.00226557,0.0045737,-0.00847192;REVB=0.230081,0.00933079,-0.245572;RO=34;SAF=9,5,3;SAR=25,0,11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.125931,0.678859,-0.238426;STB=0.50897,0.998319,0.5;STBP=0.814,0.004,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.155111,-0.0883082,-0.0422338;OID=.,.,.;OPOS=104874011,104874018,104874011;OREF=T,TA,-;OALT=-,AT,T;OMAPALT=ATTTTTTTA,ATTTTTTTAT,ATTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.638095,0.047619,0:34,5,14:109:67,5,0:105:33:24,5,0:43,0,0:11:22:47:34:9,5,3:25,0,11:13:21 chr11 104877927 . T C 926.13 PASS AF=0.479381;AO=93;DP=194;FAO=93;FDP=194;FR=.;FRO=101;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=0.013556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.446;QD=19.0954;RBI=0.0236673;REFB=-0.0163811;REVB=0.0194004;RO=100;SAF=45;SAR=48;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714317;STB=0.536691;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0207976;OID=.;OPOS=104877927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:100:101:93:93:0.479381:48:45:56:44:48:45:56:45 chr11 105223502 . T C 1716.2 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673441;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9981;QD=60.7503;RBI=0.0653291;REFB=0;REVB=-0.0649811;RO=0;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503518;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:57:56:0:0:57:56:0:0 chr11 105782654 . C T 3635.55 PASS AF=0.488652;AO=366;DP=752;FAO=366;FDP=749;FR=.;FRO=383;FSAF=164;FSAR=202;FSRF=203;FSRR=180;FWDB=-0.0120852;FXX=0.00398931;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.583;QD=19.4155;RBI=0.0120896;REFB=-0.000298224;REVB=0.000323853;RO=379;SAF=164;SAR=202;SRF=201;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765946;STB=0.541984;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000344905;OID=.;OPOS=105782654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:752:749:379:383:366:366:0.488652:202:164:201:178:202:164:203:180 chr11 105852683 . AC A 1142.69 PASS AF=0.404984;AO=131;DP=321;FAO=130;FDP=321;FR=.;FRO=191;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=89;FSRR=102;FWDB=-0.0157934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.131;QD=14.2391;RBI=0.0289367;REFB=-0.0273275;REVB=-0.0242466;RO=187;SAF=64;SAR=67;SRF=87;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245826;STB=0.515681;STBP=0.667;TYPE=del;VARB=0.0325455;OID=.;OPOS=105852684;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404984:131:321:130:321:191:64:66:89:102:99:187:64:67:87:100 chr11 105878844 . C T 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0209047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.597;QD=16.3815;RBI=0.0229944;REFB=0.0019991;REVB=-0.00957789;RO=47;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108536;STB=0.560943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00375474;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:18:19:19:28:18:19:19:28 chr11 105969258 . T A 434.92 PASS AF=0.696429;AO=42;DP=59;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.009481;FXX=0.0508388;HRUN=12;LEN=1;MLLD=147.544;QD=31.0654;RBI=0.0112476;REFB=-0.0113889;REVB=0.0060513;RO=15;SAF=15;SAR=27;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857479;STB=0.568829;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000297869;OID=.;OPOS=105969258;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:15:17:42:39:0.696429:27:15:3:12:24:15:3:14 chr11 107200682 . T A 598.62 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0301915;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.984;QD=18.0035;RBI=0.0324226;REFB=0.000107786;REVB=-0.0118194;RO=68;SAF=33;SAR=29;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112499;STB=0.501583;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.000547144;OID=.;OPOS=107200682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:68:71:62:62:0.466165:29:33:37:31:29:33:38:33 chr11 107325241 . C CT,T 53.91 PASS AF=0.461538,0;AO=3,2;DP=30;FAO=12,0;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10,0;FSAR=2,0;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.167051,0.00344183;FXX=0.0370233;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=12.6291,216.771;QD=8.29411;RBI=0.210166,0.0176417;REFB=-0.0513005,0.00452641;REVB=-0.127529,-0.0173027;RO=25;SAF=2,0;SAR=1,2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0753389,-0.529207;STB=0.810268,0.5;STBP=0.008,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0834381,0;OID=.,.;OPOS=107325242,107325241;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:30:26:25:14:3,2:12,0:0.461538,0:1,2:2,0:15:10:2,0:10,0:4:10 chr11 107420530 . A G 442.73 PASS AF=0.389313;AO=51;DP=131;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0173329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.626;QD=13.5184;RBI=0.0230528;REFB=-0.00854545;REVB=0.0151988;RO=80;SAF=24;SAR=27;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359038;STB=0.520317;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0147381;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:80:80:51:51:0.389313:27:24:35:45:27:24:35:45 chr11 107462522 . G C 1490.08 PASS AF=0.547893;AO=143;DP=261;FAO=143;FDP=261;FR=.;FRO=118;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=-0.0126759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.102;QD=22.8365;RBI=0.0181118;REFB=-0.0320579;REVB=0.0129368;RO=114;SAF=77;SAR=66;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671788;STB=0.544163;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0224689;OID=.;OPOS=107462522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:114:118:143:143:0.547893:66:77:52:62:66:77:52:66 chr11 107463159 . A G 1311.81 PASS AF=0.458472;AO=138;DP=301;FAO=138;FDP=301;FR=.;FRO=163;FSAF=77;FSAR=61;FSRF=81;FSRR=82;FWDB=0.00251741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.786;QD=17.4327;RBI=0.00797748;REFB=-0.0111956;REVB=-0.00756987;RO=159;SAF=77;SAR=61;SRF=81;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474197;STB=0.533241;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0104642;OID=.;OPOS=107463159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:159:163:138:138:0.458472:61:77:81:78:61:77:81:82 chr11 107578721 . C G 494.42 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0509634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.864;QD=18.8348;RBI=0.0510416;REFB=-0.0158947;REVB=-0.00282478;RO=53;SAF=24;SAR=28;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253502;STB=0.514027;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0164891;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:28:24:23:30:28:24:23:30 chr11 107650473 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.772;QD=42.1826;RBI=0.0292224;REFB=0;REVB=0.0200465;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81059e-06;OID=.;OPOS=107650473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr11 107677399 . C A,CA 65.79 PASS AF=0,0.47619;AO=2,10;DP=23;FAO=0,10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=0,5;FSAR=0,5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00814411,-0.0965868;FXX=0.0454339;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=250.054,14.0387;QD=12.5305;RBI=0.0189554,0.199596;REFB=0.00246833,-0.0416753;REVB=-0.0171166,-0.17467;RO=11;SAF=1,5;SAR=1,5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.142187,0.122307;STB=0.5,0.571288;STBP=1,0.546;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00639024;OID=.,.;OPOS=107677399,107677400;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:23:21:11:11:2,10:0,10:0,0.47619:1,5:1,5:4:7:0,5:0,5:4:7 chr11 107917087 . A G 1264.66 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4425;QD=61.6908;RBI=0.0231242;REFB=0;REVB=0.00413152;RO=0;SAF=29;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130414;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:52:29:0:0:53:29:0:0 chr11 107959287 . C T 225.43 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00848934;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.076;QD=13.0685;RBI=0.0116729;REFB=-0.00200345;REVB=0.00801174;RO=42;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592813;STB=0.533955;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00246455;OID=.;OPOS=107959287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:42:42:27:27:0.391304:15:12:21:21:15:12:21:21 chr11 108043988 . C T 467.68 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=81;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00352915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.568;QD=22.8137;RBI=0.0238361;REFB=-0.0144904;REVB=0.0235734;RO=36;SAF=21;SAR=23;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00413794;STB=0.508968;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0125551;OID=.;OPOS=108043988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:36:37:44:45:0.54878:23:21:17:19:24:21:18:19 chr11 108093208 . A T 532.27 PASS AF=0.363636;AO=64;DP=176;FAO=64;FDP=176;FR=.;FRO=112;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=0.015788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.617;QD=12.0971;RBI=0.0174033;REFB=-0.014364;REVB=0.00732217;RO=112;SAF=27;SAR=37;SRF=62;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147089;STB=0.583632;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0175663;OID=.;OPOS=108093208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:112:112:64:64:0.363636:37:27:62:50:37:27:62:50 chr11 108183167 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.71;QD=57.7113;RBI=0.0599776;REFB=0;REVB=0.0240294;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106136;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr11 108345515 . G GA 448.29 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=139;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00764634;FXX=0.029195;HRUN=0;LEN=1;MLLD=193.994;QD=13.4824;RBI=0.0107413;REFB=-0.00403601;REVB=-0.00754385;RO=72;SAF=31;SAR=34;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875777;STB=0.534309;STBP=0.458;TYPE=ins;VARB=0.00383926;OID=.;OPOS=108345516;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488722:65:139:65:133:68:31:34:37:31:99:72:31:34:41:31 chr11 108361761 . T C 36.74 PASS AF=0.0816327;AO=14;DP=148;FAO=12;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=130;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=-0.155114;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6601;QD=0.999721;RBI=0.158942;REFB=-0.0356023;REVB=0.0346745;RO=112;SAF=14;SAR=0;SRF=42;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.706532;STB=0.915973;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.235411;OID=.;OPOS=108361761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:148:147:112:130:14:12:0.0816327:0:14:42:70:1:11:60:70 chr11 108380335 . T C 1043.51 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0104978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.741;QD=53.5131;RBI=0.0336176;REFB=-0.0101878;REVB=-0.0319365;RO=2;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205583;STB=0.501113;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.000378547;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:78:2:5:73:73:0.935897:45:28:0:2:45:28:2:3 chr11 108381247 . C T 856.21 PASS AF=0.444976;AO=93;DP=209;FAO=93;FDP=209;FR=.;FRO=116;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=74;FWDB=-0.020418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.72;QD=16.3869;RBI=0.0363435;REFB=-0.0135777;REVB=-0.0300658;RO=116;SAF=41;SAR=52;SRF=42;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080839;STB=0.544812;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.018682;OID=.;OPOS=108381247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:116:116:93:93:0.444976:52:41:42:74:52:41:42:74 chr11 108383303 . C T 321.96 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0203626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.534;QD=14.4701;RBI=0.0203629;REFB=0.00421028;REVB=-0.000103494;RO=53;SAF=19;SAR=17;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11789;STB=0.566775;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0109806;OID=.;OPOS=108383303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:17:19:22:31:17:19:22:31 chr11 108383676 . A G 745.19 PASS AF=0.554688;AO=71;DP=128;FAO=71;FDP=128;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0123438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.962;QD=23.2871;RBI=0.0201769;REFB=-0.0196031;REVB=0.0159604;RO=55;SAF=33;SAR=38;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789359;STB=0.535201;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0175428;OID=.;OPOS=108383676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:55:57:71:71:0.554688:38:33:31:24:38:33:31:26 chr11 108384207 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.374;QD=57.1774;RBI=0.0255127;REFB=0;REVB=-0.013362;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74656e-05;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr11 108409784 . T A 609.98 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00945712;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.663;QD=21.0336;RBI=0.00952512;REFB=-0.0179727;REVB=0.00113616;RO=54;SAF=32;SAR=29;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210383;STB=0.507359;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0191523;OID=.;OPOS=108409784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:55:61:61:0.525862:29:32:27:27:29:32:28:27 chr11 108464209 . T C 865.98 PASS AF=0.544872;AO=84;DP=156;FAO=85;FDP=156;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0151573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.246;QD=22.2046;RBI=0.0402939;REFB=-0.0101596;REVB=-0.0373344;RO=71;SAF=38;SAR=46;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812333;STB=0.546583;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00988421;OID=.;OPOS=108464209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:71:71:84:85:0.544872:46:38:39:32:47:38:39:32 chr11 111164651 . T C 671.19 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.00497997;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.33;QD=19.5967;RBI=0.0144536;REFB=-0.0135981;REVB=0.0135686;RO=69;SAF=27;SAR=40;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533352;STB=0.532315;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0139059;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:69:70:67:67:0.489051:40:27:24:45:40:27:24:46 chr11 111167557 . A C 623.61 PASS AF=0.571429;AO=54;DP=97;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0208075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.326;QD=25.4536;RBI=0.0252255;REFB=-0.0238442;REVB=0.0142609;RO=42;SAF=22;SAR=32;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943308;STB=0.549169;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0178505;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:42:42:54:56:0.571429:32:22:22:20:33:23:22:20 chr11 111167776 . C G 609.5 PASS AF=0.5;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00493272;FXX=0.0468713;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.436;QD=19.9837;RBI=0.0114405;REFB=-0.000599901;REVB=0.0103225;RO=58;SAF=36;SAR=25;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962474;STB=0.549902;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000806626;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:58:61:61:61:0.5:25:36:28:30:25:36:30:31 chr11 111167792 . T G 719.64 PASS AF=0.556452;AO=69;DP=124;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0144485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.494;QD=23.2142;RBI=0.0181564;REFB=-0.0257237;REVB=-0.0109952;RO=55;SAF=41;SAR=28;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114612;STB=0.562689;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0188806;OID=.;OPOS=111167792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:55:55:69:69:0.556452:28:41:25:30:28:41:25:30 chr11 111168767 . C T 1029.26 PASS AF=0.479638;AO=106;DP=221;FAO=106;FDP=221;FR=.;FRO=115;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=73;FWDB=0.00797473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.101;QD=18.6292;RBI=0.047307;REFB=-0.00990418;REVB=-0.04663;RO=115;SAF=55;SAR=51;SRF=42;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144637;STB=0.579572;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00733847;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:115:115:106:106:0.479638:51:55:42:73:51:55:42:73 chr11 111179054 . A G 172.67 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0381153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.366;QD=18.6671;RBI=0.0421085;REFB=-0.00492005;REVB=0.0178984;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244692;STB=0.621494;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00488555;OID=.;OPOS=111179054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:9:8:14:5:9:9:14:5 chr11 111324146 . A C 386.56 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0125649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.797;QD=18.191;RBI=0.0125866;REFB=-0.0120241;REVB=0.000739165;RO=45;SAF=16;SAR=24;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220669;STB=0.512309;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0132738;OID=.;OPOS=111324146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:24:16:17:28:24:16:17:28 chr11 111325007 . C T 222.02 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0101217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.57;QD=14.5586;RBI=0.0112449;REFB=-0.00209028;REVB=0.00489896;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245361;STB=0.623021;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00129727;OID=.;OPOS=111325007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:35:25:26:0.42623:9:16:14:21:10:16:14:21 chr11 111327213 . G A 936.07 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.953;QD=58.5044;RBI=0.0731627;REFB=0;REVB=0.0251831;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176686;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:43:19:0:0:43:21:0:0 chr11 111368047 . G T 1194.32 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.021697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.614;QD=59.7162;RBI=0.0320084;REFB=0.115309;REVB=-0.0235325;RO=1;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901803;STB=0.504761;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000451205;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:52:27:0:1:52:27:0:1 chr11 111420364 . A G 3614.83 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297791;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.284;QD=63.1411;RBI=0.0409689;REFB=0;REVB=0.0281364;RO=0;SAF=103;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03295e-05;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:227:229:0:0:227:229:1:124:103:0:0:125:104:0:0 chr11 111431656 . GAATAAT GAAT,GAATA 1333.13 PASS AF=0.849558,0.150442;AO=84,15;DP=112;FAO=96,17;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=71,17;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255769,0.0160325;FXX=0.00877116;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=245.77,235.712;QD=47.1905;RBI=0.0257646,0.0168228;REFB=0,0;REVB=-0.00310422,-0.00509565;RO=0;SAF=64,14;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-8.14185e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00161974,0.0138921;OID=.,.;OPOS=111431657,111431661;OREF=AAT,AT;OALT=-,-;OMAPALT=GAAT,GAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.849558,0.150442:84,15:112:96,17:113:0:71,17:25,0:0:0:21:0:64,14:20,1:0:0 chr11 111553893 . T C 976.36 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0528051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.092;QD=57.4326;RBI=0.0630449;REFB=-0.0407997;REVB=0.0344424;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136967;STB=0.507244;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000246517;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:33:34:1:0:33:34:1:0 chr11 111637020 . T C 2252.27 PASS AF=0.436266;AO=243;DP=557;FAO=243;FDP=557;FR=.;FRO=314;FSAF=123;FSAR=120;FSRF=162;FSRR=152;FWDB=0.012769;FXX=0.00179208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.157;QD=16.1743;RBI=0.0128602;REFB=-0.0228305;REVB=-0.00152918;RO=313;SAF=123;SAR=120;SRF=162;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115936;STB=0.505498;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0289634;OID=.;OPOS=111637020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:557:557:313:314:243:243:0.436266:120:123:162:151:120:123:162:152 chr11 111724133 . C T 247.31 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0315364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4158;QD=21.0472;RBI=0.0661015;REFB=-0.00401427;REVB=-0.0580936;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981691;STB=0.55491;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00262442;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:15:8:11:13:15:8 chr11 111742145 . CG C,GC 175.43 PASS AF=1,0;AO=13,2;DP=16;FAO=15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123062,0.00825454;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=246.397,230.758;QD=46.78;RBI=0.0214559,0.019201;REFB=0,0;REVB=-0.0175759,-0.0173361;RO=1;SAF=5,2;SAR=8,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0821523,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000101229,0;OID=.,.;OPOS=111742146,111742145;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:1:0:13,2:15,0:1,0:8,0:5,2:1:0:8,0:7,0:0:0 chr11 111749349 . A T 1533.43 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.814;QD=58.978;RBI=0.015579;REFB=0;REVB=0.0147049;RO=1;SAF=53;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886831;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02426e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:104:1:0:102:104:1:49:53:1:0:50:54:0:0 chr11 111795085 . C G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0746496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.825;QD=17.3782;RBI=0.0753504;REFB=0.0209064;REVB=0.0102529;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208353;STB=0.621126;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00457691;OID=.;OPOS=111795085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:5:5:8:3:5:5 chr11 111848531 . C T 586.16 PASS AF=0.512821;AO=58;DP=116;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0179944;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.289;QD=20.0398;RBI=0.0206764;REFB=-0.0115205;REVB=0.0101841;RO=57;SAF=21;SAR=37;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151934;STB=0.580125;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0130183;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:57:57:58:60:0.512821:37:21:30:27:38:22:30:27 chr11 111853106 . G GC 910.42 PASS AF=1;AO=78;DP=86;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154544;FXX=0.03529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.7637;QD=44.4109;RBI=0.154711;REFB=0;REVB=-0.00718625;RO=5;SAF=27;SAR=51;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00258965;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:86:82:82:0:31:51:0:0:17:5:27:51:4:1 chr11 111896324 . C T 879.41 PASS AF=0.483696;AO=88;DP=183;FAO=89;FDP=184;FR=.;FRO=95;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=57;FSRR=38;FWDB=-0.0138603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.567;QD=19.1176;RBI=0.0140932;REFB=-0.0106102;REVB=0.00255161;RO=95;SAF=49;SAR=39;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413896;STB=0.525918;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0118328;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:95:95:88:89:0.483696:39:49:57:38:40:49:57:38 chr11 111908162 . T C 434.98 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0114788;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5916;QD=15.2623;RBI=0.0245603;REFB=-0.0202802;REVB=-0.0217128;RO=64;SAF=17;SAR=32;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113437;STB=0.569021;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0179122;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:64:65:49:49:0.429825:32:17:29:35:32:17:30:35 chr11 111916647 . G A 483.57 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0469643;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7354;QD=20.5776;RBI=0.0474062;REFB=-0.00943308;REVB=0.00645767;RO=48;SAF=26;SAR=21;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865134;STB=0.542632;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00921332;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:48:47:47:47:0.5:21:26:22:26:21:26:22:25 chr11 111953921 . TTATT TTA,TTAT,TTT 207.53 PASS AF=0,0.660377,0.207547;AO=6,17,6;DP=60;FAO=0,35,11;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=0,16,1;FSAR=0,19,10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0227945,0.0416179,-0.00159772;FXX=0.23185;HRUN=9,9,1;LEN=2,1,2;MLLD=10.4556,5.79914,146.652;QD=15.6627;RBI=0.100789,0.181391,0.0176355;REFB=-0.0407522,-0.0799737,-0.00983616;REVB=0.0981778,0.176552,0.017563;RO=13;SAF=2,12,1;SAR=4,5,5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0316032,0.314285,-0.216016;STB=0.5,0.504798,0.740184;STBP=1,0.952,0.064;TYPE=del,del,del;VARB=0.0212538,0.0365376,0.0588269;OID=.,.,.;OPOS=111953924,111953924,111953922;OREF=TT,T,TA;OALT=-,-,-;OMAPALT=TTA,TTAT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.660377,0.207547:6,17,6:60:0,35,11:53:7:0,16,1:0,19,10:3:4:78:13:2,12,1:4,5,5:4:9 chr11 111956989 . C A 3400.4 PASS AF=1;AO=210;DP=211;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.673;QD=62.1077;RBI=0.0559315;REFB=0;REVB=0.0459479;RO=0;SAF=108;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84449e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4526e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:211:219:0:0:210:219:1:102:108:0:0:109:110:0:0 chr11 112065434 . T C 1992.86 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132421;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.161;QD=61.7941;RBI=0.0203122;REFB=0;REVB=0.0154023;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446061;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:129:0:0:124:129:1:65:59:0:0:65:64:0:0 chr11 112088499 . A C 3943.41 PASS AF=0.970149;AO=259;DP=268;FAO=260;FDP=268;FR=.;FRO=8;FSAF=124;FSAR=136;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0271682;FXX=0.00740713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2502;QD=58.8569;RBI=0.0627314;REFB=-0.0638061;REVB=0.0565431;RO=6;SAF=123;SAR=136;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205628;STB=0.506792;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00720507;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:268:268:6:8:259:260:0.970149:136:123:0:6:136:124:2:6 chr11 112123095 . A G 1545.79 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8266;QD=62.4562;RBI=0.0656376;REFB=-0.00199864;REVB=-0.0640189;RO=1;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824859;STB=0.504273;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.000327178;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:1:1:97:98:0.989899:57:40:0:1:58:40:0:1 chr11 112223299 . G A 663.51 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.009;QD=61.722;RBI=0.0128119;REFB=0;REVB=-0.00932309;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56438e-05;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr11 112832339 . GCC GC,GCA 865.42 PASS AF=1,0;AO=55,5;DP=66;FAO=64,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0632135,-0.00122867;FXX=0.0302984;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.1568,10.3761;QD=54.0887;RBI=0.0832937,0.0741974;REFB=0,0;REVB=-0.0542392,-0.0741872;RO=0;SAF=35,3;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.67221e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00378136,0.0691176;OID=.,.;OPOS=112832340,112832341;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=GC,GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:55,5:66:64,0:64:0:41,0:23,0:0:0:5:0:35,3:20,2:0:0 chr11 112832353 . T C 903.06 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.174;QD=58.2616;RBI=0.00760044;REFB=0;REVB=-0.00457159;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09561e-06;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:20:41:0:0:20:42:0:0 chr11 112832358 . T C 866.01 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00811841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.255;QD=55.8714;RBI=0.0134631;REFB=0.018991;REVB=0.0107399;RO=1;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241918;STB=0.512816;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=2.10842e-05;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:19:42:0:1:19:42:0:1 chr11 113103996 . T G 3484.4 PASS AF=0.966387;AO=229;DP=238;FAO=230;FDP=238;FR=.;FRO=8;FSAF=91;FSAR=139;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0329986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8983;QD=58.5614;RBI=0.048;REFB=-0.113545;REVB=0.0348581;RO=7;SAF=91;SAR=138;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150574;STB=0.509549;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0156924;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:238:238:7:8:229:230:0.966387:138:91:1:6:139:91:1:7 chr11 113111501 . T C 363.37 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=40;FWDB=-0.00576868;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4764;QD=17.9443;RBI=0.0307002;REFB=0.00550639;REVB=-0.0301534;RO=44;SAF=2;SAR=36;SRF=3;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06904;STB=0.542145;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00667638;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:44:43:38:38:0.469136:36:2:3:41:36:2:3:40 chr11 113113515 . G A 639.15 PASS AF=0.512;AO=63;DP=123;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00708353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.219;QD=20.4528;RBI=0.0238253;REFB=-0.0338725;REVB=-0.0227479;RO=60;SAF=35;SAR=28;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789159;STB=0.542894;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0270098;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:60:61:63:64:0.512:28:35:28:32:29:35:28:33 chr11 113194168 . A C 296.76 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0123132;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.074;QD=28.2624;RBI=0.0183081;REFB=0.00268694;REVB=-0.0135488;RO=16;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226131;STB=0.625412;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00152381;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:16:16:26:26:0.619048:19:7:9:7:19:7:9:7 chr11 113200709 . G A 886.84 PASS AF=0.404959;AO=98;DP=242;FAO=98;FDP=242;FR=.;FRO=144;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=73;FSRR=71;FWDB=-0.0052144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.551;QD=14.6586;RBI=0.0172826;REFB=-0.00725259;REVB=-0.0164772;RO=144;SAF=42;SAR=56;SRF=73;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837832;STB=0.546958;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0120786;OID=.;OPOS=113200709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:144:144:98:98:0.404959:56:42:73:71:56:42:73:71 chr11 113212553 . T C 597.26 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.00917382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.828;QD=17.9625;RBI=0.038396;REFB=-0.0119326;REVB=-0.037284;RO=70;SAF=32;SAR=30;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124375;STB=0.564776;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0100045;OID=.;OPOS=113212553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:70:71:62:62:0.466165:30:32:27:43:30:32:28:43 chr11 113264272 . T C 1031.23 PASS AF=0.477477;AO=106;DP=222;FAO=106;FDP=222;FR=.;FRO=116;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=-0.00416358;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.152;QD=18.5807;RBI=0.05787;REFB=-0.0176488;REVB=0.0577201;RO=116;SAF=61;SAR=45;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112777;STB=0.5622;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0162246;OID=.;OPOS=113264272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:116:116:106:106:0.477477:45:61:53:63:45:61:53:63 chr11 113264470 . A C 397.45 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00645661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.531;QD=18.0658;RBI=0.0197596;REFB=-0.00763842;REVB=0.018675;RO=47;SAF=16;SAR=25;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157221;STB=0.587863;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00988173;OID=.;OPOS=113264470;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:25:16:26:21:25:16:26:21 chr11 113266821 . G A 768.44 PASS AF=0.548872;AO=73;DP=133;FAO=73;FDP=133;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=0.00952042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.193;QD=23.1109;RBI=0.0199629;REFB=-0.014977;REVB=0.0175465;RO=60;SAF=35;SAR=38;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177881;STB=0.596896;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0133928;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:60:60:73:73:0.548872:38:35:16:44:38:35:16:44 chr11 113270015 . G C 454.33 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0379754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9162;QD=17.4744;RBI=0.0408578;REFB=0.0323764;REVB=-0.0150741;RO=55;SAF=26;SAR=23;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055006;STB=0.5306;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0365088;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:23:26:26:29:23:26:26:29 chr11 113270374 . C T 5430.27 PASS AF=0.991404;AO=344;DP=349;FAO=346;FDP=349;FR=.;FRO=3;FSAF=193;FSAR=153;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0140913;FXX=0.00285706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.992;QD=62.238;RBI=0.0866271;REFB=-0.0895124;REVB=0.0854733;RO=5;SAF=192;SAR=152;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115978;STB=0.500949;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000300258;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:349:349:5:3:344:346:0.991404:152:192:3:2:153:193:2:1 chr11 113270828 . G A 1010.87 PASS AF=0.458874;AO=103;DP=228;FAO=106;FDP=231;FR=.;FRO=125;FSAF=31;FSAR=75;FSRF=49;FSRR=76;FWDB=0.00709872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1528;QD=17.5043;RBI=0.0438967;REFB=-0.0117643;REVB=0.0433189;RO=125;SAF=31;SAR=72;SRF=49;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101829;STB=0.561733;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0218714;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:231:125:125:103:106:0.458874:72:31:49:76:75:31:49:76 chr11 113283477 . A G 475.25 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0234314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.8;QD=17.9339;RBI=0.0307082;REFB=-0.0374729;REVB=-0.0198485;RO=55;SAF=43;SAR=8;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220315;STB=0.623857;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0301064;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:8:43:38:17:8:43:38:17 chr11 113561054 . A G 8144.8 PASS AF=0.990458;AO=516;DP=524;FAO=519;FDP=524;FR=.;FRO=5;FSAF=209;FSAR=310;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0262537;FXX=0.00190473;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.418;QD=62.174;RBI=0.0265125;REFB=-0.014833;REVB=-0.00369528;RO=4;SAF=208;SAR=308;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147835;STB=0.500027;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=6.46912e-05;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:524:524:4:5:516:519:0.990458:308:208:2:2:310:209:2:3 chr11 113561057 . A G 7858.17 PASS AF=0.978887;AO=505;DP=519;FAO=510;FDP=521;FR=.;FRO=11;FSAF=204;FSAR=306;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00426554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1507;QD=60.3314;RBI=0.0346323;REFB=-0.0798541;REVB=-0.0343686;RO=13;SAF=202;SAR=303;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145333;STB=0.505187;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00268052;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:519:521:13:11:505:510:0.978887:303:202:9:4:306:204:7:4 chr11 113570405 . T C 932.07 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2721;QD=58.2544;RBI=0.060648;REFB=0;REVB=0.0604695;RO=0;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175071;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:45:17:0:0:47:17:0:0 chr11 113570852 . C T 2280.29 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.474;QD=62.9045;RBI=0.00580298;REFB=0;REVB=-0.00017967;RO=0;SAF=75;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151406;OID=.;OPOS=113570852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:145:0:0:142:145:1:67:75:0:0:69:76:0:0 chr11 113576932 . A G 1695.9 PASS AF=0.991228;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0806518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.094;QD=59.5052;RBI=0.0867135;REFB=-0.0834218;REVB=0.0318513;RO=1;SAF=39;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120167;STB=0.506172;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000572899;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:114:1:1:111:113:0.991228:72:39:1:0:73:40:1:0 chr11 113670052 . T A 1476.33 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00529426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.151;QD=57.3333;RBI=0.0230622;REFB=-0.0371214;REVB=0.0224462;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501473;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000334884;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:0:2:101:101:0.980583:43:58:0:0:43:58:1:1 chr11 113679119 . C T 1120.31 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447088;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.365;QD=60.557;RBI=0.0651999;REFB=0;REVB=0.0474568;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478053;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr11 113803028 . A C 1768.03 PASS AF=0.983333;AO=114;DP=116;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0350679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.94;QD=58.9345;RBI=0.0371288;REFB=-0.020975;REVB=0.012198;RO=1;SAF=63;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921969;STB=0.501151;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000318653;OID=.;OPOS=113803028;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:116:120:1:2:114:118:0.983333:51:63:0:1:51:67:1:1 chr11 113848273 . A T 769.07 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3637;QD=56.9682;RBI=0.0838858;REFB=0;REVB=-0.0410697;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123717;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr11 114393652 . C T 1839.21 PASS AF=0.983871;AO=121;DP=126;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0125752;FXX=0.0158718;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.609;QD=59.3292;RBI=0.0151072;REFB=-0.0275555;REVB=0.00837204;RO=1;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760063;STB=0.507935;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00027618;OID=.;OPOS=114393652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:124:1:2:121:122:0.983871:62:59:0:1:62:60:0:2 chr11 114393801 . ATTTTTTC ATTTTCTTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 305.52 PASS AF=0.149606,0.346457,0.0708661;AO=17,32,7;DP=129;FAO=19,44,9;FDP=127;FR=.;FRO=55;FSAF=19,13,9;FSAR=0,31,0;FSRF=5;FSRR=50;FWDB=-0.0971341,-0.247091,-0.193292;FXX=0.0155027;HRUN=0,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=155.893,6.91407,19.8799;QD=9.62276;RBI=0.10534,0.248174,0.223243;REFB=-0.0144879,-0.1737,-0.097732;REVB=-0.0407602,-0.023153,-0.111695;RO=47;SAF=17,4,6;SAR=0,28,1;SRF=2;SRR=45;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.407407,0;SSSB=0.885212,0.243722,0.816195;STB=0.999658,0.653575,0.999513;STBP=0,0.055,0;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.0955674,0.105151,0.0258727;OID=.,.,.;OPOS=114393806,114393802,114393807;OREF=-,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTTCTTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.149606,0.346457,0.0708661:17,32,7:129:19,44,9:127:55:19,13,9:0,31,0:5:50:99:47:17,4,6:0,28,1:2:45 chr11 114401577 . T C 2700.52 PASS AF=0.972527;AO=177;DP=182;FAO=177;FDP=182;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0438017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.634;QD=59.3521;RBI=0.0446803;REFB=-0.196245;REVB=0.00881714;RO=0;SAF=42;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72721e-08;STB=0.50909;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000774133;OID=.;OPOS=114401577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:182:182:0:5:177:177:0.972527:135:42:0:0:135:42:0:5 chr11 114421857 . T C 193.33 PASS AF=0.254386;AO=29;DP=115;FAO=29;FDP=114;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.00998862;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.166;QD=6.78337;RBI=0.0117115;REFB=-0.00209924;REVB=0.00611441;RO=85;SAF=8;SAR=21;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215509;STB=0.631167;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00869758;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:85:85:29:29:0.254386:21:8:37:48:21:8:37:48 chr11 114421861 . G A 203.33 PASS AF=0.263158;AO=29;DP=114;FAO=30;FDP=114;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.0222214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8091;QD=7.1344;RBI=0.035512;REFB=0.0109166;REVB=-0.0277004;RO=85;SAF=8;SAR=21;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201332;STB=0.633413;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0369218;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:85:84:29:30:0.263158:21:8:36:49:22:8:36:48 chr11 114421895 . G A 121.07 PASS AF=0.228916;AO=18;DP=84;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00836682;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.477;QD=5.83476;RBI=0.00837958;REFB=0.00104902;REVB=0.000462147;RO=55;SAF=5;SAR=13;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211821;STB=0.635256;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00286859;OID=.;OPOS=114421895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:55:64:18:19:0.228916:13:5:24:31:13:6:31:33 chr11 114421909 . T C 99.52 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0104665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.055;QD=5.45339;RBI=0.0158382;REFB=0.0013623;REVB=0.011887;RO=56;SAF=4;SAR=12;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380566;STB=0.74452;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00183212;OID=.;OPOS=114421909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:57:16:16:0.219178:12:4:31:25:12:4:32:25 chr11 114421912 . A G 111.03 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0547574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.967;QD=6.34477;RBI=0.0547575;REFB=0.00567836;REVB=7.63891e-05;RO=51;SAF=5;SAR=12;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314213;STB=0.681365;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0179683;OID=.;OPOS=114421912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:53:17:17:0.242857:12:5:28:23:12:5:28:25 chr11 114441943 . G A 1258.56 PASS AF=0.863636;AO=95;DP=109;FAO=95;FDP=110;FR=.;FRO=15;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00992269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.4457;QD=45.7659;RBI=0.0345931;REFB=-0.0473916;REVB=-0.0331394;RO=1;SAF=41;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114249;STB=0.541449;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00251789;OID=.;OPOS=114441943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:109:110:1:15:95:95:0.863636:54:41:1:0:54:41:11:4 chr11 114442103 . A G 567.01 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047029;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7805;QD=61.2984;RBI=0.0487358;REFB=0;REVB=-0.0127852;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00404142;OID=.;OPOS=114442103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr11 114569054 . A G 3492.17 PASS AF=1;AO=213;DP=216;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705937;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.598;QD=61.8084;RBI=0.0719079;REFB=-0.0994664;REVB=-0.0136848;RO=2;SAF=121;SAR=92;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00780885;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363472;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:216:226:2:0:213:226:1:92:121:2:0:97:129:0:0 chr11 114576626 . A T 1000.98 PASS AF=0.9;AO=72;DP=80;FAO=72;FDP=80;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0350322;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.2753;QD=50.049;RBI=0.0384075;REFB=-0.0815805;REVB=0.0157441;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126112;STB=0.501389;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00883179;OID=.;OPOS=114576626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:80:80:1:8:72:72:0.9:37:35:0:1:37:35:4:4 chr11 115044850 . C A 386.51 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00531146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.89;QD=18.1888;RBI=0.00752683;REFB=-0.0185021;REVB=-0.00533307;RO=44;SAF=13;SAR=27;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109092;STB=0.568567;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0200722;OID=.;OPOS=115044850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:27:13:19:25:27:13:20:25 chr11 116661826 . T C 2501.18 PASS AF=0.993939;AO=152;DP=153;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022017;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.352;QD=60.6348;RBI=0.0304911;REFB=-0.0452812;REVB=0.0210941;RO=1;SAF=85;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055637;STB=0.502617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000311157;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:153:165:1:1:152:164:0.993939:67:85:1:0:69:95:1:0 chr11 116662579 . C T 2304.14 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.307;QD=63.1272;RBI=0.0252182;REFB=0;REVB=0.0231462;RO=0;SAF=60;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264102;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:146:146:0:0:145:146:1:85:60:0:0:86:60:0:0 chr11 116692334 . C T 1422.12 PASS AF=0.98913;AO=86;DP=87;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.433;QD=61.8313;RBI=0.115502;REFB=0.00675975;REVB=0.114305;RO=1;SAF=57;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824048;STB=0.504347;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00012422;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:92:1:1:86:91:0.98913:29:57:1:0:34:57:1:0 chr11 116693464 . C T 2393.96 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.13;QD=60.9925;RBI=0.0272234;REFB=0;REVB=-0.019003;RO=0;SAF=71;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.99165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05105e-06;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:156:157:1:85:71:0:0:85:72:0:0 chr11 116701535 . T C 1245.58 PASS AF=1;AO=55;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00242668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.467;QD=61.5103;RBI=0.0405486;REFB=0;REVB=0.0404759;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22965e-05;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:55:81:1:30:25:0:0:33:48:0:0 chr11 117042377 . G A 2370.05 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371189;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.67;QD=60.3834;RBI=0.0440573;REFB=-0.0278462;REVB=0.0237325;RO=1;SAF=79;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621862;STB=0.503268;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=6.7827e-05;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:155:156:0.993631:76:79:0:1:76:80:0:1 chr11 117156552 . T C 937.01 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6359;QD=58.5629;RBI=0.0406295;REFB=0;REVB=0.0199391;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35526e-05;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr11 117160347 . A G 1485.35 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0405872;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.016;QD=58.2492;RBI=0.0424692;REFB=-0.081344;REVB=-0.0125027;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.50495;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00123555;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:0:1:100:101:0.990196:51:49:0:0:51:50:1:0 chr11 117161295 . G T 757.41 PASS AF=0.427083;AO=80;DP=195;FAO=82;FDP=192;FR=.;FRO=110;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=0.000547613;FXX=0.0253794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.551;QD=15.7793;RBI=0.00974535;REFB=-0.00657677;REVB=0.00972995;RO=110;SAF=29;SAR=51;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708577;STB=0.537152;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00990027;OID=.;OPOS=117161295;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:192:110:110:80:82:0.427083:51:29:47:63:52:30:47:63 chr11 117163824 . C G 2335.48 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00308611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3129;QD=63.1211;RBI=0.0566321;REFB=-0.0839068;REVB=0.0565479;RO=0;SAF=64;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01612e-08;STB=0.502994;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000737401;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:148:0:1:146:147:0.993243:82:64:0:0:83:64:0:1 chr11 117225982 . C T 335.93 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0325946;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7338;QD=22.3951;RBI=0.0363407;REFB=0.00577951;REVB=0.0160698;RO=26;SAF=13;SAR=21;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335305;STB=0.518508;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0040074;OID=.;OPOS=117225982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:26:26:34:34:0.566667:21:13:11:15:21:13:11:15 chr11 117252489 . T C 8887.97 PASS AF=0.99297;AO=432;DP=565;FAO=565;FDP=569;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=362;FSAR=203;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.786;QD=62.4814;RBI=0.0413608;REFB=0;REVB=0.0212879;RO=0;SAF=264;SAR=168;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018308;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:565:569:0:0:432:565:0.99297:168:264:0:0:203:362:0:0 chr11 117267884 . A G 1135.89 PASS AF=0.493506;AO=113;DP=228;FAO=114;FDP=231;FR=.;FRO=117;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=-0.00970909;FXX=0.01282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9636;QD=19.6692;RBI=0.041318;REFB=-0.0154157;REVB=-0.040161;RO=114;SAF=61;SAR=52;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284957;STB=0.515647;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0142397;OID=.;OPOS=117267884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:231:114:117:113:114:0.493506:52:61:58:56:53:61:59:58 chr11 117280724 . TC T 72.68 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0337956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.054;QD=13.215;RBI=0.0412704;REFB=-0.0724503;REVB=-0.0236876;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446334;STB=0.719711;STBP=0.129;TYPE=del;VARB=0.0699648;OID=.;OPOS=117280725;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:22:11:22:11:4:7:0:11:71:12:4:6:0:12 chr11 117282800 . G T 1134.18 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.315;QD=60.4895;RBI=0.0320361;REFB=0;REVB=0.0145682;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132237;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:27:48:0:0:27:48:0:0 chr11 117309989 . C T 817.71 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.367;QD=57.3834;RBI=0.0445895;REFB=0;REVB=-0.0365128;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90974e-05;OID=.;OPOS=117309989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:20:36:0:0:21:36:0:0 chr11 117310022 . A G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.59;QD=60.2038;RBI=0.0133213;REFB=0;REVB=-0.0132729;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83646e-05;OID=.;OPOS=117310022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:27:46:0:0:27:46:0:0 chr11 117335722 . T C 2479.92 PASS AF=0.993939;AO=160;DP=161;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3193;QD=60.1193;RBI=0.0333058;REFB=4.22996e-06;REVB=0.0240795;RO=1;SAF=82;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606121;STB=0.503184;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00162279;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:165:1:1:160:164:0.993939:78:82:0:1:78:86:0:1 chr11 117376413 . G A 581.42 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00771205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3036;QD=17.4862;RBI=0.0170436;REFB=-0.0140666;REVB=0.015199;RO=71;SAF=25;SAR=36;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680513;STB=0.534463;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0173268;OID=.;OPOS=117376413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:72:61:61:0.458647:36:25:34:37:36:25:34:38 chr11 117403235 . G T 653.53 PASS AF=0.441718;AO=68;DP=159;FAO=72;FDP=163;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.00536056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.777;QD=16.0376;RBI=0.00633295;REFB=-0.00822785;REVB=-0.00337203;RO=89;SAF=25;SAR=43;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121309;STB=0.554218;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0082806;OID=.;OPOS=117403235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:163:89:91:68:72:0.441718:43:25:43:46:44:28:44:47 chr11 117691386 . G A 432.89 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0100697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8833;QD=16.1827;RBI=0.0267057;REFB=-0.0181972;REVB=-0.0247345;RO=59;SAF=17;SAR=31;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107361;STB=0.560139;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0199578;OID=.;OPOS=117691386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:31:17:27:32:31:17:27:32 chr11 117693255 . T C 1081.02 PASS AF=0.50463;AO=107;DP=216;FAO=109;FDP=216;FR=.;FRO=107;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=-0.0121937;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.07;QD=20.0189;RBI=0.0122288;REFB=-0.0354612;REVB=-0.000925492;RO=107;SAF=57;SAR=50;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170654;STB=0.51825;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0314408;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:107:107:107:109:0.50463:50:57:55:52:51:58:53:54 chr11 117774146 . C G 498.28 PASS AF=0.386207;AO=56;DP=145;FAO=56;FDP=145;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.000140076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.533;QD=13.7456;RBI=0.00560995;REFB=-0.00424792;REVB=-0.0056082;RO=87;SAF=22;SAR=34;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740259;STB=0.535828;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00684862;OID=.;OPOS=117774146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:87:89:56:56:0.386207:34:22:40:47:34:22:40:49 chr11 117774291 . A C 1093.32 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3986;QD=59.9078;RBI=0.0246969;REFB=0;REVB=0.0213534;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135339;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:38:34:0:0:39:34:0:0 chr11 117781435 . A G 1039.63 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.267;QD=59.4073;RBI=0.0663787;REFB=0;REVB=0.0344098;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110189;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:70:0:0:64:70:1:30:34:0:0:31:39:0:0 chr11 117789342 . T C 468.53 PASS AF=0.288703;AO=60;DP=233;FAO=69;FDP=239;FR=.;FRO=170;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=75;FSRR=95;FWDB=-0.0188596;FXX=0.0123962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2641;QD=7.84157;RBI=0.0237252;REFB=-0.0263459;REVB=-0.0143944;RO=158;SAF=32;SAR=28;SRF=63;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164727;STB=0.557111;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.096139;OID=.;OPOS=117789342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:239:158:170:60:69:0.288703:28:32:63:95:33:36:75:95 chr11 117789345 . G C 467.96 PASS AF=0.291845;AO=69;DP=233;FAO=68;FDP=233;FR=.;FRO=165;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=107;FWDB=-0.0648818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.5967;QD=8.03359;RBI=0.085079;REFB=-0.0242317;REVB=0.0550343;RO=158;SAF=43;SAR=26;SRF=51;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348781;STB=0.682334;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0522662;OID=.;OPOS=117789345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:158:165:69:68:0.291845:26:43:51:107:26:42:58:107 chr11 117857338 . G C 693.63 PASS AF=0.471338;AO=74;DP=157;FAO=74;FDP=157;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.037829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9888;QD=17.672;RBI=0.0386057;REFB=-0.00584086;REVB=-0.00770505;RO=78;SAF=33;SAR=41;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260558;STB=0.512764;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00550363;OID=.;OPOS=117857338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:78:83:74:74:0.471338:41:33:35:43:41:33:39:44 chr11 117859209 . G A 276.44 PASS AF=0.310924;AO=37;DP=120;FAO=37;FDP=119;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.000763318;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0259;QD=9.29213;RBI=0.0474649;REFB=-0.0270192;REVB=0.0474587;RO=82;SAF=15;SAR=22;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553038;STB=0.532323;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0540409;OID=.;OPOS=117859209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:82:82:37:37:0.310924:22:15:37:45:22:15:37:45 chr11 117864113 . G A 462.36 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0106383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.288;QD=19.0663;RBI=0.0117409;REFB=-0.0020278;REVB=-0.00496762;RO=51;SAF=22;SAR=24;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011286;STB=0.506281;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00225138;OID=.;OPOS=117864113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:24:22:25:26:24:22:25:26 chr11 117864846 . A G 306.72 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0266114;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5886;QD=14.7818;RBI=0.0276947;REFB=-0.0150881;REVB=-0.00767001;RO=44;SAF=13;SAR=21;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186871;STB=0.588732;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0167497;OID=.;OPOS=117864846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:44:49:34:34:0.409639:21:13:25:19:21:13:26:23 chr11 117869670 . A G 904.69 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4054;QD=56.543;RBI=0.0350763;REFB=-0.0982939;REVB=0.0333356;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000368199;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:0:1:63:63:0.984375:37:26:0:0:38:25:1:0 chr11 117896135 . C T 2244.65 PASS AF=0.374101;AO=261;DP=697;FAO=260;FDP=695;FR=.;FRO=435;FSAF=111;FSAR=149;FSRF=175;FSRR=260;FWDB=-0.00819332;FXX=0.0028694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.51;QD=12.9189;RBI=0.0106741;REFB=0.00208978;REVB=0.00684146;RO=433;SAF=112;SAR=149;SRF=174;SRR=259;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310701;STB=0.51582;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00366506;OID=.;OPOS=117896135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:697:695:433:435:261:260:0.374101:149:112:174:259:149:111:175:260 chr11 117896521 . T A 153.63 PASS AF=0.5;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0160822;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.543;QD=19.2041;RBI=0.0160935;REFB=-0.00850281;REVB=0.000602537;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818777;STB=0.562422;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0136705;OID=.;OPOS=117896521;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:16:16:16:0.5:7:9:7:8:7:9:7:9 chr11 117965595 . C T 516.75 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00986574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7461;QD=22.4672;RBI=0.018142;REFB=0.001491;REVB=-0.0152249;RO=43;SAF=21;SAR=28;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07109;STB=0.539169;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00189863;OID=.;OPOS=117965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:28:21:22:21:28:21:22:21 chr11 117982464 . A G 471.48 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.094618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4669;QD=17.4624;RBI=0.0948404;REFB=-0.00683847;REVB=-0.00649127;RO=57;SAF=32;SAR=19;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132834;STB=0.573962;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00936562;OID=.;OPOS=117982464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:19:32:28:29:19:32:28:29 chr11 117982495 . T G 1765.86 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194913;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.572;QD=60.8918;RBI=0.0284836;REFB=0;REVB=0.0207703;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29101e-05;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:113:116:1:48:65:0:0:50:66:0:0 chr11 117988082 . T C 2938.13 PASS AF=0.970443;AO=197;DP=204;FAO=197;FDP=203;FR=.;FRO=6;FSAF=86;FSAR=111;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00340688;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.997;QD=57.8942;RBI=0.0242586;REFB=-0.040606;REVB=-0.0240181;RO=6;SAF=86;SAR=111;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036254;STB=0.501905;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-9.05814e-06;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:204:203:6:6:197:197:0.970443:111:86:3:3:111:86:3:3 chr11 117988105 . C T 764.44 PASS AF=0.425;AO=85;DP=204;FAO=85;FDP=200;FR=.;FRO=115;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=69;FWDB=0.0387161;FXX=0.0196069;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.8151;QD=15.2888;RBI=0.0418442;REFB=-0.011733;REVB=-0.0158744;RO=114;SAF=39;SAR=46;SRF=46;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575313;STB=0.534239;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.013412;OID=.;OPOS=117988105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:200:114:115:85:85:0.425:46:39:46:68:46:39:46:69 chr11 118005622 . T G 327.69 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0103967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0661;QD=22.9957;RBI=0.0423613;REFB=0.0106113;REVB=-0.0410657;RO=24;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265172;STB=0.514617;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0096842;OID=.;OPOS=118005622;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:14:19:13:11:14:19:13:11 chr11 118068752 . T C 817.33 PASS AF=0.440594;AO=89;DP=202;FAO=89;FDP=202;FR=.;FRO=113;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=72;FWDB=0.00312854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.75;QD=16.1848;RBI=0.00329427;REFB=-0.00730002;REVB=0.00103171;RO=111;SAF=33;SAR=56;SRF=40;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111983;STB=0.504779;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.012266;OID=.;OPOS=118068752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:111:113:89:89:0.440594:56:33:40:71:56:33:41:72 chr11 118074337 . A G 1008.31 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4844;QD=59.3125;RBI=0.0239884;REFB=0;REVB=0.0155402;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271977;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr11 118081345 . A T 585.26 PASS AF=0.408537;AO=67;DP=163;FAO=67;FDP=164;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=0.00700041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.262;QD=14.2747;RBI=0.00815266;REFB=-0.00812967;REVB=-0.00417854;RO=96;SAF=39;SAR=28;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172788;STB=0.599753;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00844258;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:96:97:67:67:0.408537:28:39:40:56:28:39:40:57 chr11 118083664 . A G 2168.64 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0942;QD=61.9611;RBI=0.0316146;REFB=-0.0778263;REVB=0.0295945;RO=1;SAF=71;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664936;STB=0.503496;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000591035;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:138:139:0.992857:67:71:1:0:68:71:1:0 chr11 118107805 . A G 2341.37 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.412;QD=63.7108;RBI=0.0275388;REFB=0;REVB=0.0109043;RO=0;SAF=90;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52817e-05;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:146:147:1:56:90:0:0:57:90:0:0 chr11 118110977 . T C 3546.75 PASS AF=0.970711;AO=230;DP=239;FAO=232;FDP=239;FR=.;FRO=7;FSAF=124;FSAR=108;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00787584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.1661;QD=59.3599;RBI=0.0902049;REFB=0.042827;REVB=-0.0898605;RO=7;SAF=122;SAR=108;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574757;STB=0.503115;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00082749;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:239:239:7:7:230:232:0.970711:108:122:3:4:108:124:3:4 chr11 118178007 . C T 225.03 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0953944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.929;QD=20.0024;RBI=0.0954051;REFB=-0.0147309;REVB=-0.0014299;RO=22;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165491;STB=0.590496;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0279044;OID=.;OPOS=118178007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:23:21:22:0.488889:14:7:4:18:15:7:4:19 chr11 118179197 . A G 1019.72 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0668016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.274;QD=57.4488;RBI=0.0771415;REFB=-0.0547467;REVB=0.0385793;RO=1;SAF=27;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171877;STB=0.509088;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000453573;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:43:27:1:0:43:27:1:0 chr11 118182829 . T A 109.44 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00727148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.741;QD=9.31379;RBI=0.028103;REFB=-0.00999931;REVB=-0.027146;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195367;STB=0.616863;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0293715;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:11:22:7:7:11:22 chr11 118185140 . T C 250.54 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00556394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1472;QD=14.5243;RBI=0.0768228;REFB=0.000189568;REVB=-0.076621;RO=40;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128536;STB=0.573266;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00122177;OID=.;OPOS=118185140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:20:9:17:23:20:9:17:23 chr11 118375998 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0279229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.54;QD=16.8984;RBI=0.037559;REFB=-0.0146309;REVB=0.0251196;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260141;STB=0.677057;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0165365;OID=.;OPOS=118375998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:7:3:5:3:7:3:6:3 chr11 118393396 . A G 485.51 PASS AF=0.36875;AO=58;DP=159;FAO=59;FDP=160;FR=.;FRO=101;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.000809114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7402;QD=12.1377;RBI=0.0168536;REFB=-0.00355335;REVB=0.0168342;RO=101;SAF=33;SAR=25;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498628;STB=0.53295;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00638714;OID=.;OPOS=118393396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:101:101:58:59:0.36875:25:33:53:48:25:34:53:48 chr11 118405068 . A G 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00800586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.378;QD=55.5191;RBI=0.0545748;REFB=-0.0679578;REVB=-0.0539844;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00320147;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:15:18:0:0:15:18:1:0 chr11 118405305 . G A 822.16 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.180742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5409;QD=55.7395;RBI=0.180782;REFB=0;REVB=0.0038121;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145113;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115241;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:1:0:57:59:1:25:32:1:0:25:34:0:0 chr11 118405835 . G A 1108.53 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0263681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.57;QD=57.5858;RBI=0.0264022;REFB=0.0683811;REVB=0.00134177;RO=2;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214974;STB=0.511361;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00035342;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:43:32:0:2:43:32:0:2 chr11 118406328 . CAGTGTGGA C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357314;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=314.34;QD=55.0987;RBI=0.0381356;REFB=0;REVB=0.0133263;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000116068;OID=.;OPOS=118406329;OREF=AGTGTGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:27:26:26:0:6:20:0:0:4:0:6:20:0:0 chr11 118430519 . C T 885.11 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6135;QD=56.1972;RBI=0.0122155;REFB=0;REVB=-0.00651422;RO=1;SAF=25;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444657;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:63:1:0:62:63:1:37:25:1:0:37:26:0:0 chr11 118471423 . T C 1761.1 PASS AF=0.975207;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0537998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6574;QD=58.2181;RBI=0.055801;REFB=-0.0373337;REVB=-0.01481;RO=3;SAF=53;SAR=65;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261223;STB=0.513759;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00100637;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:121:3:3:118:118:0.975207:65:53:3:0:65:53:3:0 chr11 118472354 . C A 2657.48 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7274;QD=62.1632;RBI=0.0779468;REFB=0;REVB=0.0750732;RO=0;SAF=82;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92111e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313256;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:171:0:0:169:171:1:87:82:0:0:89:82:0:0 chr11 118505676 . GT G 7282.39 PASS AF=1;AO=470;DP=496;FAO=488;FDP=488;FR=.;FRO=0;FSAF=244;FSAR=244;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189051;FXX=0.0161287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3513;QD=59.6917;RBI=0.0602479;REFB=0;REVB=-0.0572049;RO=1;SAF=242;SAR=228;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208933;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.72399e-06;OID=.;OPOS=118505677;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:470:496:488:488:0:244:244:0:0:41:1:242:228:0:1 chr11 118529017 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.539;QD=61.6837;RBI=0.0520546;REFB=0;REVB=0.0518449;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222087;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr11 118529044 . C CG 759.97 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182405;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=243.075;QD=50.6645;RBI=0.0195309;REFB=0;REVB=-0.00698152;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.14121e-05;OID=.;OPOS=118529045;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:60:60:60:0:30:30:0:0:13:0:30:29:0:0 chr11 118529069 . G C 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7993;QD=61.0475;RBI=0.0370354;REFB=0;REVB=0.0214657;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12127e-05;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr11 118529078 . G C 1209.34 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0118513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4684;QD=57.5876;RBI=0.104413;REFB=-0.150863;REVB=0.103739;RO=3;SAF=32;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191122;STB=0.510102;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00813844;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:84:84:3:3:81:81:0.964286:49:32:2:1:49:32:2:1 chr11 118621825 . G GT 818.13 PASS AF=1;AO=80;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.2796;QD=37.1876;RBI=0.0809691;REFB=0;REVB=0.0701361;RO=7;SAF=38;SAR=42;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00241903;OID=.;OPOS=118621826;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:90:88:88:0:45:43:0:0:16:7:38:42:6:1 chr11 118622693 . CTTT C 238.24 PASS AF=0.563636;AO=29;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00701488;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=53.6977;QD=17.3262;RBI=0.0155322;REFB=0.0302497;REVB=0.0138579;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169396;STB=0.584363;STBP=0.178;TYPE=del;VARB=-0.0238002;OID=.;OPOS=118622694;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.563636:29:55:31:55:24:15:16:7:17:99:23:15:14:7:16 chr11 118622744 . G A 905.9 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00757613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6127;QD=56.619;RBI=0.0302741;REFB=0.0171875;REVB=-0.0293108;RO=1;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113801;STB=0.506022;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000553973;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:41:22:0:1:41:22:0:1 chr11 118744701 . A AAAAG,AAAG 196.65 PASS AF=1,0;AO=12,3;DP=17;FAO=16,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.0587889;HRUN=4,4;LEN=4,3;MLLD=119.215,108.167;QD=49.1629;RBI=0.00640941,0.0100609;REFB=0,0;REVB=-0.00640941,-0.0100609;RO=2;SAF=0,0;SAR=12,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000105435,0;OID=.,.;OPOS=118744702,118744702;OREF=-,-;OALT=AAAG,AAG;OMAPALT=AAAAG,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:12,3:17:16,0:16:0:0,0:16,0:0:0:4:2:0,0:12,3:0:2 chr11 118744706 . A AAAG 185.28 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=89.3928;QD=43.5958;RBI=0.118635;REFB=0;REVB=0.118635;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00197182;OID=.;OPOS=118744707;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:17:17:0:0:17:0:0:4:18:0:2:0:18 chr11 118757006 . C T 272.74 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0222901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1427;QD=24.2435;RBI=0.0225315;REFB=-0.0142595;REVB=0.00328934;RO=20;SAF=19;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242282;STB=0.635866;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0170959;OID=.;OPOS=118757006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:6:19:10:10:6:19:10:10 chr11 118757191 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00303056;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.062;QD=25.3616;RBI=0.00787884;REFB=-0.00679329;REVB=-0.00727268;RO=8;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227593;STB=0.624863;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00374476;OID=.;OPOS=118757191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:3:12:8:0:3:12:8:0 chr11 118757201 . C G 408.42 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.849;QD=56.3334;RBI=0.0182991;REFB=0;REVB=0.0175601;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16144e-05;OID=.;OPOS=118757201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:10:18:0:0:10:19:0:0 chr11 118765267 . G C 741.98 PASS AF=0.5;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.000294451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.705;QD=19.5257;RBI=0.0145171;REFB=-0.022909;REVB=-0.0145141;RO=74;SAF=35;SAR=41;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717405;STB=0.53292;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0214327;OID=.;OPOS=118765267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:74:76:76:76:0.5:41:35:40:34:41:35:40:36 chr11 118769442 . A G 3253.22 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000323341;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.798;QD=61.3816;RBI=0.00249233;REFB=-0.015241;REVB=-0.00247127;RO=1;SAF=96;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36892e-05;OID=.;OPOS=118769442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:206:212:1:0:205:212:1:109:96:0:1:113:99:0:0 chr11 118769880 . C G 107.87 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.0625083;FXX=0.028165;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.0265;QD=6.25323;RBI=0.0625885;REFB=-0.0442795;REVB=0.00316703;RO=33;SAF=1;SAR=13;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.715572;STB=0.948177;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0930298;OID=.;OPOS=118769880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:70:69:33:49:14:14:0.202899:13:1:23:10:13:1:36:13 chr11 118772387 . T G 567.97 PASS AF=0.417808;AO=61;DP=146;FAO=61;FDP=146;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.043834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.34;QD=15.5608;RBI=0.0441939;REFB=-0.00499847;REVB=-0.00562812;RO=84;SAF=34;SAR=27;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108402;STB=0.557358;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00812424;OID=.;OPOS=118772387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:84:85:61:61:0.417808:27:34:38:46:27:34:39:46 chr11 118801961 . AGGAGGATCACTTGACCCC A 121.13 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.013098;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=18;MLLD=415.241;QD=17.3044;RBI=0.0309176;REFB=-0.00931706;REVB=-0.0280061;RO=10;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150202;STB=0.549941;STBP=0.637;TYPE=del;VARB=0.00635286;OID=.;OPOS=118801962;OREF=GGAGGATCACTTGACCCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:16:30:16:28:12:12:4:10:2:77:10:12:4:9:1 chr11 118802128 . G T 451.8 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0216611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9753;QD=22.0392;RBI=0.0249186;REFB=-0.00982676;REVB=0.0123179;RO=37;SAF=22;SAR=22;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784716;STB=0.536569;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00999378;OID=.;OPOS=118802128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:38:44:44:0.536585:22:22:15:22:22:22:16:22 chr11 118890022 . C T 454.98 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0166052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4904;QD=18.0192;RBI=0.0482622;REFB=0.00293371;REVB=0.0453156;RO=53;SAF=26;SAR=22;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206555;STB=0.614461;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00244832;OID=.;OPOS=118890022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:22:26:17:36:22:26:17:36 chr11 118895686 . C T 943.91 PASS AF=0.485;AO=97;DP=201;FAO=97;FDP=200;FR=.;FRO=103;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=60;FWDB=0.0276037;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0955;QD=18.8781;RBI=0.0276699;REFB=-0.0180687;REVB=0.00191215;RO=103;SAF=44;SAR=53;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341945;STB=0.518832;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0180432;OID=.;OPOS=118895686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:103:103:97:97:0.485:53:44:43:60:53:44:43:60 chr11 118898435 . AC A 1575.91 PASS AF=0.992701;AO=132;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0415015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.9561;QD=46.0119;RBI=0.158794;REFB=0.0433133;REVB=0.153275;RO=4;SAF=75;SAR=57;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321861;STB=0.504064;STBP=0.306;TYPE=del;VARB=0.00189746;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992701:132:137:136:137:1:75:61:0:1:22:4:75:57:0:4 chr11 118919206 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.36;QD=59.6793;RBI=0.0211745;REFB=0;REVB=-0.0021834;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43736e-05;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr11 118922200 . G A 1330.36 PASS AF=0.517647;AO=127;DP=251;FAO=132;FDP=255;FR=.;FRO=123;FSAF=51;FSAR=81;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.00655236;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.778;QD=20.8684;RBI=0.0138561;REFB=-0.0248528;REVB=0.012209;RO=121;SAF=51;SAR=76;SRF=53;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335158;STB=0.526458;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0204892;OID=.;OPOS=118922200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:255:121:123:127:132:0.517647:76:51:53:68:81:51:54:69 chr11 118925341 . G A 923.26 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250595;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.997;QD=58.6198;RBI=0.0252175;REFB=0;REVB=-0.00281915;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63803e-05;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr11 118927013 . T TC 1143.91 PASS AF=1;AO=104;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.1411;QD=37.8153;RBI=0.177342;REFB=0;REVB=0.170415;RO=15;SAF=56;SAR=48;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014744;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00250309;OID=.;OPOS=118927014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:122:121:121:0:65:56:0:0:24:15:56:48:9:6 chr11 118947634 . C T 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0418439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.911;QD=61.5111;RBI=0.043506;REFB=-0.0639237;REVB=-0.0119106;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00253329;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:1:0:20:28:1:0 chr11 118967758 . T C 277.84 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00271888;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.993;QD=20.581;RBI=0.0123231;REFB=-0.0158747;REVB=0.0120194;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528308;STB=0.529391;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.016578;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:25:29:29:0.537037:18:11:11:14:18:11:11:14 chr11 119005088 . C T 1241.75 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.635;QD=61.3211;RBI=0.0624886;REFB=0;REVB=0.0610502;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150646;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:46:32:0:0:49:32:0:0 chr11 119005132 . C T 437.43 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.140434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.53;QD=49.9917;RBI=0.14075;REFB=-0.116023;REVB=0.00943783;RO=2;SAF=7;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116053;STB=0.552791;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00110104;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:2:3:32:32:0.914286:25:7:2:0:25:7:2:1 chr11 119043656 . C T 2115.23 PASS AF=0.925466;AO=149;DP=161;FAO=149;FDP=161;FR=.;FRO=12;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00682495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.989;QD=52.5523;RBI=0.0170278;REFB=-0.0791238;REVB=0.0156002;RO=11;SAF=70;SAR=79;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377941;STB=0.522736;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00136718;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:161:161:11:12:149:149:0.925466:79:70:2:9:79:70:2:10 chr11 119052826 . C A 10887.3 PASS AF=1;AO=683;DP=687;FAO=683;FDP=683;FR=.;FRO=0;FSAF=322;FSAR=361;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577248;FXX=0.0101448;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7717;QD=63.7619;RBI=0.0780096;REFB=-0.139329;REVB=0.0524723;RO=2;SAF=322;SAR=361;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43613e-05;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:49:687:683:2:0:683:683:1:361:322:0:2:361:322:0:0 chr11 119054488 . C T 1433.95 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00072122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.935;QD=63.0309;RBI=0.0321456;REFB=0;REVB=0.0321375;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10708e-05;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:46:44:0:0:46:45:0:0 chr11 119059404 . G A 1048.88 PASS AF=0.986842;AO=67;DP=71;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00100231;FXX=0.0256377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.441;QD=55.2043;RBI=0.00549794;REFB=-0.0608035;REVB=0.0054058;RO=1;SAF=47;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995023;STB=0.504761;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00250146;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:76:1:1:67:75:0.986842:20:47:1:0:23:52:1:0 chr11 119063908 . C T 842.51 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535621;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.13;QD=58.1039;RBI=0.0863745;REFB=0;REVB=0.0677618;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491942;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr11 119065709 . G C 1250.18 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0589572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2524;QD=60.2497;RBI=0.0672289;REFB=-0.0952272;REVB=-0.0323074;RO=1;SAF=29;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160465;STB=0.508195;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00142733;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:52:29:1:0:52:30:1:0 chr11 119181170 . T C 314.02 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0277119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.781;QD=17.2067;RBI=0.0279013;REFB=-0.00709046;REVB=0.00324529;RO=39;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0022807;STB=0.501278;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0154478;OID=.;OPOS=119181170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:13:21:24:15:13:21:24:15 chr11 119206375 . G A 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0143988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.439;QD=17.239;RBI=0.023551;REFB=-0.0128943;REVB=0.0186367;RO=47;SAF=24;SAR=15;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145796;STB=0.581776;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0179332;OID=.;OPOS=119206375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:15:24:22:25:15:24:22:25 chr11 119213303 . C T 669.42 PASS AF=0.422857;AO=74;DP=175;FAO=74;FDP=175;FR=.;FRO=101;FSAF=53;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.00290269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.438;QD=15.3009;RBI=0.00716549;REFB=-0.0183589;REVB=-0.00655123;RO=95;SAF=53;SAR=21;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189226;STB=0.621587;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.021338;OID=.;OPOS=119213303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:95:101:74:74:0.422857:21:53:52:43:21:53:53:48 chr11 119216231 . A G 1679.36 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.567;QD=59.4463;RBI=0.0155525;REFB=-0.0884499;REVB=-0.00168258;RO=0;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41465e-08;STB=0.503875;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000320229;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:112:112:0.99115:48:64:0:0:48:64:1:0 chr11 119216504 . C T 167.51 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00217294;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.592;QD=21.6137;RBI=0.00888708;REFB=0.00949585;REVB=-0.00861733;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805621;STB=0.545401;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00635076;OID=.;OPOS=119216504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:6:8:8:9:6:8 chr11 119229964 . G A 3098.28 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144476;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.693;QD=61.352;RBI=0.0171401;REFB=0.0364006;REVB=0.00922221;RO=0;SAF=83;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00501e-05;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:202:0:0:202:202:1:119:83:0:0:119:83:0:0 chr11 119244095 . C T 540.34 PASS AF=0.495575;AO=55;DP=115;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0102809;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.737;QD=19.1269;RBI=0.0151;REFB=-0.00608976;REVB=-0.0110596;RO=55;SAF=16;SAR=39;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390749;STB=0.538908;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00623258;OID=.;OPOS=119244095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:55:57:55:56:0.495575:39:16:18:37:40:16:20:37 chr11 119252199 . T G 2647.57 PASS AF=0.412342;AO=294;DP=710;FAO=294;FDP=713;FR=.;FRO=419;FSAF=149;FSAR=145;FSRF=204;FSRR=215;FWDB=-0.0376073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.081;QD=14.8531;RBI=0.0407705;REFB=-0.0241979;REVB=0.0157455;RO=387;SAF=149;SAR=145;SRF=202;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015558;STB=0.511709;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0436569;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:710:713:387:419:294:294:0.412342:145:149:202:185:145:149:204:215 chr11 119290034 . G C 268.78 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00360033;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=295.164;QD=22.398;RBI=0.0303267;REFB=-0.0208461;REVB=-0.0301122;RO=23;SAF=21;SAR=4;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849299;STB=0.547785;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0154312;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:4:21:18:5:4:21:18:5 chr11 119510644 . A C 7318.72 PASS AF=1;AO=464;DP=468;FAO=465;FDP=465;FR=.;FRO=0;FSAF=274;FSAR=191;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813814;FXX=0.00641012;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5637;QD=62.9568;RBI=0.039764;REFB=-0.0265775;REVB=0.0389223;RO=3;SAF=273;SAR=191;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00099153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260568;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:468:465:3:0:464:465:1:191:273:2:1:191:274:0:0 chr11 119879425 . T C 875.15 PASS AF=0.494444;AO=87;DP=181;FAO=89;FDP=180;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=57;FWDB=-0.022566;FXX=0.0109884;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.829;QD=19.4478;RBI=0.0367385;REFB=-0.00642477;REVB=-0.0289913;RO=91;SAF=37;SAR=50;SRF=34;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049459;STB=0.527772;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00835329;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:91:91:87:89:0.494444:50:37:34:57:51:38:34:57 chr11 119993897 . CCT C 806.87 PASS AF=0.865169;AO=76;DP=86;FAO=77;FDP=89;FR=.;FRO=12;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0459023;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=289.825;QD=36.2636;RBI=0.0474695;REFB=-0.0509863;REVB=0.012097;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534433;STBP=0.098;TYPE=del;VARB=0.00568453;OID=.;OPOS=119993898;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.865169:76:86:77:89:12:32:45:8:4:28:0:31:45:0:0 chr11 119999191 . A G 2406.32 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209475;FXX=0.0125778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.965;QD=61.3076;RBI=0.0211693;REFB=0;REVB=0.00305584;RO=0;SAF=94;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90961e-05;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:157:0:0:157:157:1:63:94:0:0:63:94:0:0 chr11 120040695 . C T 2148.12 PASS AF=0.993007;AO=138;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0916884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9386;QD=60.0874;RBI=0.0930208;REFB=-0.118379;REVB=0.0156878;RO=4;SAF=62;SAR=76;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274213;STB=0.503184;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00635106;OID=.;OPOS=120040695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:143:143:4:1:138:142:0.993007:76:62:2:2:78:64:0:1 chr11 120041110 . T A 3353.01 PASS AF=1;AO=215;DP=217;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282172;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.271;QD=62.3816;RBI=0.00336828;REFB=0;REVB=-0.00183934;RO=0;SAF=101;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38696e-07;OID=.;OPOS=120041110;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:215:0:0:215:215:1:114:101:0:0:114:101:0:0 chr11 120041444 . C T 2493.0 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2401;QD=61.5555;RBI=0.0213959;REFB=0;REVB=0.00363627;RO=0;SAF=86;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.24164e-05;OID=.;OPOS=120041444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:76:86:0:0:76:86:0:0 chr11 120042081 . G A 1235.28 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193378;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.233;QD=61.764;RBI=0.0211079;REFB=0;REVB=-0.00846132;RO=0;SAF=24;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026519;OID=.;OPOS=120042081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:56:24:0:0:56:24:0:0 chr11 120175749 . A G 3052.49 PASS AF=1;AO=165;DP=196;FAO=194;FDP=194;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=74;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246169;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7163;QD=62.938;RBI=0.0260606;REFB=0;REVB=-0.00855349;RO=0;SAF=72;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27186e-05;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:196:194:0:0:165:194:1:93:72:0:0:120:74:0:0 chr11 120175750 . C G 139.91 PASS AF=0.145;AO=29;DP=200;FAO=29;FDP=200;FR=.;FRO=171;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=74;FSRR=97;FWDB=-0.0253194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8448;QD=2.79827;RBI=0.0255523;REFB=-0.0630055;REVB=0.00344186;RO=171;SAF=1;SAR=28;SRF=74;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.626178;STB=0.943447;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0401077;OID=.;OPOS=120175750;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:171:171:29:29:0.145:28:1:74:97:28:1:74:97 chr11 120198093 . G A 685.69 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.678;QD=62.3354;RBI=0.0468107;REFB=0;REVB=-0.0440361;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017986;OID=.;OPOS=120198093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:17:26:0:0:17:27:0:0 chr11 120292570 . T A 2038.6 PASS AF=1;AO=118;DP=133;FAO=130;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463594;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.696;QD=62.7261;RBI=0.0483174;REFB=0;REVB=0.0136153;RO=0;SAF=44;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07023e-05;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:130:0:0:118:130:1:74:44:0:0:75:55:0:0 chr11 120318570 . TC CT,TT 38.53 PASS AF=0.0176991,0.0575221;AO=17,10;DP=223;FAO=4,13;FDP=226;FR=.;FRO=209;FSAF=2,7;FSAR=2,6;FSRF=124;FSRR=85;FWDB=-0.0497553,0.000241931;FXX=0.0341866;HRUN=9,1;LEN=2,1;MLLD=34.469,215.139;QD=0.682021;RBI=0.0500509,0.00886363;REFB=0.00137049,-0.00110563;REVB=0.00543195,-0.00886033;RO=163;SAF=6,3;SAR=11,7;SRF=103;SRR=60;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.322231,-0.326733;STB=0.591109,0.552275;STBP=0.679,0.693;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0238179,0.0827192;OID=.,.;OPOS=120318570,120318571;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:223:226:163:209:17,10:4,13:0.0176991,0.0575221:11,7:6,3:103:60:2,6:2,7:124:85 chr11 120330019 . T G 406.11 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.042524;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2922;QD=17.0995;RBI=0.042597;REFB=-0.00754367;REVB=0.00249268;RO=51;SAF=16;SAR=26;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115924;STB=0.51999;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00941419;OID=.;OPOS=120330019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:53:42:42:0.442105:26:16:20:31:26:16:22:31 chr11 120347940 . A G 703.1 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0128209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.584;QD=20.9879;RBI=0.0229172;REFB=0.0172463;REVB=-0.0189953;RO=65;SAF=27;SAR=42;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913467;STB=0.550285;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0183931;OID=.;OPOS=120347940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:65:69:69:0.514925:42:27:32:33:42:27:32:33 chr11 120357842 . CTT C 157.86 PASS AF=0.348837;AO=23;DP=78;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=-0.0469485;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=45.3775;QD=7.34245;RBI=0.0695422;REFB=-0.0113716;REVB=-0.0513026;RO=55;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22817;STB=0.600424;STBP=0.211;TYPE=del;VARB=0.0198194;OID=.;OPOS=120357843;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837:23:78:30:86:56:13:17:16:40:99:55:11:12:16:39 chr11 120745874 . C T 825.35 PASS AF=0.47486;AO=84;DP=178;FAO=85;FDP=179;FR=.;FRO=94;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=62;FWDB=0.00835733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.102;QD=18.4435;RBI=0.0150518;REFB=-0.0117375;REVB=-0.0125184;RO=94;SAF=43;SAR=41;SRF=32;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16358;STB=0.586703;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0130563;OID=.;OPOS=120745874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:94:94:84:85:0.47486:41:43:32:62:42:43:32:62 chr11 120776001 . G A 1912.74 PASS AF=0.992;AO=81;DP=121;FAO=124;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368214;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.78;QD=61.2078;RBI=0.0688631;REFB=-0.00263465;REVB=0.058192;RO=1;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122979;STB=0.503355;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-9.87673e-06;OID=.;OPOS=120776001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:125:1:1:81:124:0.992:38:43:0:1:74:50:0:1 chr11 120823608 . G A 831.65 PASS AF=0.509091;AO=84;DP=164;FAO=84;FDP=165;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=8.32787e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.233;QD=20.1612;RBI=0.00291503;REFB=-0.0198693;REVB=0.00291384;RO=79;SAF=36;SAR=48;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130093;STB=0.514081;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0170053;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:79:81:84:84:0.509091:48:36:35:44:48:36:37:44 chr11 120827609 . A G 2274.1 PASS AF=0.95679;AO=155;DP=163;FAO=155;FDP=162;FR=.;FRO=7;FSAF=86;FSAR=69;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0544067;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3475;QD=56.1507;RBI=0.0548791;REFB=-0.13949;REVB=0.00718581;RO=7;SAF=86;SAR=69;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00137862;STB=0.500726;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00599582;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:163:162:7:7:155:155:0.95679:69:86:4:3:69:86:4:3 chr11 120989335 . A G 469.25 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.00486724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.297;QD=18.5841;RBI=0.00517658;REFB=-0.00404561;REVB=-0.00176266;RO=52;SAF=26;SAR=23;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152667;STB=0.584393;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00875388;OID=.;OPOS=120989335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:23:26:36:16:23:26:36:16 chr11 120996292 . A G 2520.22 PASS AF=0.993976;AO=164;DP=165;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00951439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.909;QD=60.7282;RBI=0.0310574;REFB=-0.153535;REVB=0.0295641;RO=1;SAF=69;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684663;STB=0.503597;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-1.49596e-05;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:166:1:1:164:165:0.993976:95:69:1:0:96:69:1:0 chr11 120998942 . C T 1131.98 PASS AF=0.485106;AO=114;DP=235;FAO=114;FDP=235;FR=.;FRO=121;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=0.0315326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.358;QD=19.2677;RBI=0.0315517;REFB=0.00918096;REVB=-0.0010984;RO=119;SAF=54;SAR=60;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00494016;STB=0.501347;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0104352;OID=.;OPOS=120998942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:119:121:114:114:0.485106:60:54:57:62:60:54:57:64 chr11 121000774 . T C 420.7 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.027488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.893;QD=20.5222;RBI=0.0285264;REFB=-0.0134086;REVB=-0.00762659;RO=39;SAF=20;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352095;STB=0.512814;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00843003;OID=.;OPOS=121000774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:39:40:42:42:0.512195:22:20:17:22:22:20:18:22 chr11 121000784 . T C 1472.52 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4535;QD=63.3342;RBI=0.0581571;REFB=0;REVB=-0.0482063;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000451654;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr11 121032978 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.802;QD=59.1432;RBI=0.0192983;REFB=0;REVB=0.000973992;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79525e-05;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr11 121038810 . C T 704.92 PASS AF=0.50365;AO=68;DP=140;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0101613;FXX=0.0283668;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.527;QD=20.5817;RBI=0.0102027;REFB=-0.012019;REVB=-0.000918372;RO=68;SAF=31;SAR=37;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134579;STB=0.504064;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0137746;OID=.;OPOS=121038810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:137:68:68:68:69:0.50365:37:31:30:38:38:31:30:38 chr11 121403229 . T C 3094.1 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.352;QD=63.7958;RBI=0.0297756;REFB=0;REVB=-0.0252606;RO=0;SAF=81;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75683e-05;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:194:0:0:192:194:1:111:81:0:0:112:82:0:0 chr11 121437819 . C G 1565.33 PASS AF=0.990741;AO=103;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0163066;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.439;QD=57.9752;RBI=0.019652;REFB=0.0417499;REVB=0.010968;RO=1;SAF=56;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839826;STB=0.504131;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000222229;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:103:107:0.990741:47:56:1:0:47:60:1:0 chr11 121448090 . T G 267.78 PASS AF=0.344086;AO=31;DP=92;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0166871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.525;QD=11.5176;RBI=0.0185832;REFB=-0.00112067;REVB=-0.00817768;RO=61;SAF=18;SAR=13;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271314;STB=0.503408;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00250227;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:61:61:31:32:0.344086:13:18:34:27:14:18:34:27 chr11 121456962 . C T 444.42 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.029055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.949;QD=23.0866;RBI=0.0290556;REFB=-0.018661;REVB=0.000191514;RO=34;SAF=19;SAR=24;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940177;STB=0.5517;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0232485;OID=.;OPOS=121456962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:24:19:19:15:24:19:19:15 chr11 121475922 . T A 1333.58 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.841;QD=61.3141;RBI=0.0650969;REFB=0;REVB=0.0322487;RO=0;SAF=27;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234004;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:59:27:0:0:59:28:0:0 chr11 121491782 . G A 1918.92 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226751;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.728;QD=61.9008;RBI=0.0297034;REFB=0;REVB=-0.0191867;RO=0;SAF=53;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169595;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:70:53:0:0:71:53:0:0 chr11 122022927 . C T 421.82 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0146647;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.269;QD=13.2857;RBI=0.0323867;REFB=-0.0267764;REVB=-0.0288764;RO=77;SAF=15;SAR=34;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144792;STB=0.58741;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0378879;OID=.;OPOS=122022927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:77:78:49:49:0.385827:34:15:33:44:34:15:34:44 chr11 122172113 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2168;QD=33.4285;RBI=0.0288625;REFB=0;REVB=0.0276048;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180274;OID=.;OPOS=122172113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 122322268 . A C 3135.37 PASS AF=1;AO=203;DP=205;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957737;FXX=0.00975562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5695;QD=61.7806;RBI=0.0975633;REFB=0;REVB=-0.0186009;RO=0;SAF=71;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214566;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:203:0:0:203:203:1:132:71:0:0:132:71:0:0 chr11 122430682 . C A 946.71 PASS AF=0.465116;AO=99;DP=214;FAO=100;FDP=215;FR=.;FRO=115;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=0.0020479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.426;QD=17.6131;RBI=0.00567014;REFB=0.00346144;REVB=-0.00528739;RO=115;SAF=50;SAR=49;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000682573;STB=0.503024;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00337288;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:115:115:99:100:0.465116:49:50:58:57:49:51:58:57 chr11 122665437 . A G 707.92 PASS AF=0.526718;AO=69;DP=131;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00561474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.855;QD=21.616;RBI=0.00661886;REFB=-0.0156188;REVB=-0.00350485;RO=62;SAF=33;SAR=36;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880907;STB=0.54833;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0113979;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:62:62:69:69:0.526718:36:33:36:26:36:33:36:26 chr11 122671963 . T A 726.48 PASS AF=0.42246;AO=79;DP=187;FAO=79;FDP=187;FR=.;FRO=108;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=-0.0694659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.671;QD=15.5398;RBI=0.0712039;REFB=-0.00921028;REVB=-0.0156359;RO=108;SAF=32;SAR=47;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127866;STB=0.571508;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0145622;OID=.;OPOS=122671963;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:108:108:79:79:0.42246:47:32:57:51:47:32:57:51 chr11 122738718 . T C 63.55 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0108431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.245;QD=9.4154;RBI=0.0150124;REFB=-0.00127997;REVB=0.0103827;RO=17;SAF=1;SAR=8;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.728156;STB=0.920074;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00965728;OID=.;OPOS=122738718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:17:18:9:9:0.333333:8:1:15:2:8:1:15:3 chr11 122742050 . T C 188.68 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0305793;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.209;QD=13.7225;RBI=0.0319134;REFB=-0.00982698;REVB=0.00913092;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350232;STB=0.683819;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0172075;OID=.;OPOS=122742050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:30:32:22:23:0.418182:9:13:7:23:9:14:9:23 chr11 122928622 . A G 170.94 PASS AF=0.580645;AO=15;DP=28;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0678075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.145;QD=22.0561;RBI=0.0678956;REFB=-0.0234845;REVB=0.00345816;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617157;STB=0.589652;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0304377;OID=.;OPOS=122928622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:13:13:15:18:0.580645:12:3:2:11:12:6:2:11 chr11 122929624 . A G 554.61 PASS AF=0.413793;AO=60;DP=145;FAO=60;FDP=145;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0177247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.765;QD=15.2997;RBI=0.0179647;REFB=-0.00602635;REVB=-0.00292683;RO=85;SAF=28;SAR=32;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822719;STB=0.50462;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00836895;OID=.;OPOS=122929624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:85:85:60:60:0.413793:32:28:39:46:32:28:39:46 chr11 122930127 . G GCGAGT 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00674033;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=382.004;QD=19.5232;RBI=0.00674421;REFB=-0.00438768;REVB=0.000228522;RO=12;SAF=13;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55387;STB=0.826663;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.00238767;OID=.;OPOS=122930128;OREF=-;OALT=CGAGT;OMAPALT=GCGAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:14:26:14:26:12:13:1:6:6:99:12:13:1:6:6 chr11 122943802 . T C 251.06 PASS AF=0.392405;AO=26;DP=73;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00013876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.291;QD=12.7119;RBI=0.0143564;REFB=-0.0169595;REVB=0.0143557;RO=47;SAF=22;SAR=4;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427575;STB=0.649851;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0129706;OID=.;OPOS=122943802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:79:47:48:26:31:0.392405:4:22:25:22:8:23:25:23 chr11 122954536 . C T 578.07 PASS AF=0.513043;AO=59;DP=115;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00598597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.411;QD=20.1069;RBI=0.0211223;REFB=-0.00696036;REVB=0.0202563;RO=56;SAF=25;SAR=34;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161466;STB=0.588931;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00891893;OID=.;OPOS=122954536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:56:56:59:59:0.513043:34:25:34:22:34:25:34:22 chr11 122955402 . C T 171.1 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0432695;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.867;QD=12.4438;RBI=0.0617845;REFB=-0.0154814;REVB=-0.044103;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768673;STB=0.54446;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0244305;OID=.;OPOS=122955402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:34:34:21:21:0.381818:12:9:17:17:12:9:17:17 chr11 123596703 . A C 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0194045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.49;QD=18.1597;RBI=0.0229495;REFB=-0.0232109;REVB=0.0122534;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139549;STB=0.507791;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0235223;OID=.;OPOS=123596703;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:17:19:20:19:17:19:20:19 chr11 123598941 . T C 876.55 PASS AF=0.426667;AO=96;DP=225;FAO=96;FDP=225;FR=.;FRO=129;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=65;FSRR=64;FWDB=0.00596717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.347;QD=15.5831;RBI=0.00715863;REFB=-0.00550091;REVB=0.0039546;RO=125;SAF=57;SAR=39;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926155;STB=0.552346;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00666379;OID=.;OPOS=123598941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:125:129:96:96:0.426667:39:57:63:62:39:57:65:64 chr11 123600475 . A G 1194.17 PASS AF=0.502128;AO=118;DP=235;FAO=118;FDP=235;FR=.;FRO=117;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=0.0216044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5308;QD=20.3263;RBI=0.0495529;REFB=0.0117832;REVB=0.0445953;RO=117;SAF=59;SAR=59;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349009;STB=0.519146;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.011383;OID=.;OPOS=123600475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:117:117:118:118:0.502128:59:59:54:63:59:59:54:63 chr11 123676231 . G T 644.79 PASS AF=0.461538;AO=65;DP=142;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.00917926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.734;QD=18.036;RBI=0.00923943;REFB=-0.012324;REVB=-0.00105276;RO=77;SAF=29;SAR=36;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432384;STB=0.528342;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0138319;OID=.;OPOS=123676231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:77:77:65:66:0.461538:36:29:31:46:36:30:31:46 chr11 123676413 . G A 674.32 PASS AF=0.472222;AO=68;DP=144;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.00718265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1051;QD=18.7312;RBI=0.0101498;REFB=-0.016738;REVB=-0.00717137;RO=76;SAF=17;SAR=51;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152026;STB=0.584719;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0156684;OID=.;OPOS=123676413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:76:76:68:68:0.472222:51:17:29:47:51:17:29:47 chr11 123753937 . A G 2547.84 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.871;QD=61.7659;RBI=0.0254846;REFB=0;REVB=0.0142656;RO=0;SAF=88;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27027e-05;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:77:88:0:0:77:88:0:0 chr11 123754844 . T C 1643.98 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00921661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.574;QD=59.2427;RBI=0.0245816;REFB=-0.0742546;REVB=0.0227883;RO=1;SAF=41;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114365;STB=0.506023;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000443932;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:1:1:109:110:0.990991:68:41:1:0:69:41:1:0 chr11 123777302 . T G 261.82 PASS AF=0.326923;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0156336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.465;QD=10.07;RBI=0.0161028;REFB=0.00142751;REVB=-0.00385892;RO=70;SAF=13;SAR=21;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725354;STB=0.542228;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00311103;OID=.;OPOS=123777302;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:70:70:34:34:0.326923:21:13:31:39:21:13:31:39 chr11 123777412 . A G 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.026827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.746;QD=10.3803;RBI=0.0271994;REFB=-0.00478922;REVB=0.0044853;RO=35;SAF=6;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297353;STB=0.666481;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00934629;OID=.;OPOS=123777412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:36:18:18:0.333333:12:6:21:14:12:6:21:15 chr11 123777497 . GC AC,AT 1414.27 PASS AF=0.55914,0.44086;AO=52,41;DP=95;FAO=52,41;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=20,22;FSAR=32,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430331,0.0341964;FXX=0.0312467;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=85.4052,118.326;QD=60.8288;RBI=0.044715,0.0349916;REFB=0,0;REVB=0.0121484,0.00741747;RO=0;SAF=20,22;SAR=32,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.00761e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0206381,-0.00510243;OID=.,.;OPOS=123777497,123777497;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:95:93:0:0:52,41:52,41:0.55914,0.44086:32,19:20,22:0:0:32,19:20,22:0:0 chr11 123777536 . G A 1983.9 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479763;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.961;QD=61.5162;RBI=0.0496673;REFB=0;REVB=0.0128494;RO=0;SAF=52;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585319;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:126:129:1:74:52:0:0:75:54:0:0 chr11 123777736 . T C 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0138677;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.593;QD=18.4948;RBI=0.0154737;REFB=-0.00595224;REVB=-0.00686447;RO=30;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181926;STB=0.601741;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00505811;OID=.;OPOS=123777736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:19:11:17:13:19:11:17:13 chr11 123777861 . T C 395.8 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0284789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.302;QD=14.0107;RBI=0.0284858;REFB=0.00710703;REVB=0.000629311;RO=67;SAF=18;SAR=28;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154666;STB=0.587374;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00632327;OID=.;OPOS=123777861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:28:18:36:31:28:18:36:31 chr11 123777986 . T C 1505.75 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.817;QD=63.3999;RBI=0.0494328;REFB=0;REVB=0.0193034;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28216e-05;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:47:45:0:0:49:46:0:0 chr11 123778031 . G A 1424.43 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.592;QD=62.6123;RBI=0.0348136;REFB=0;REVB=0.0301421;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95269e-05;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:82:91:0:0:82:91:1:45:37:0:0:48:43:0:0 chr11 123778173 . T G 413.89 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.259373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6483;QD=55.1846;RBI=0.259546;REFB=0;REVB=0.00946974;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0062291;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:1:0:28:30:1:13:15:1:0:13:17:0:0 chr11 123810618 . A G 430.41 PASS AF=0.440367;AO=49;DP=111;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.07283;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.361;QD=15.7949;RBI=0.0736321;REFB=-0.0221286;REVB=0.0108388;RO=61;SAF=21;SAR=28;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795251;STB=0.539776;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0302937;OID=.;OPOS=123810618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:61:61:49:48:0.440367:28:21:31:30:27:21:31:30 chr11 123813823 . G A 245.12 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.00665275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.847;QD=15.5629;RBI=0.00836575;REFB=-0.0215265;REVB=0.00507214;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06502;STB=0.54214;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0311803;OID=.;OPOS=123813823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:19:9:9:25:19:9:9:26 chr11 123813940 . G C 304.19 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.00164582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.81;QD=17.382;RBI=0.0260791;REFB=-0.00903765;REVB=-0.0260272;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158741;STB=0.588186;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00770301;OID=.;OPOS=123813940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:21:12:8:29:21:12:8:29 chr11 123814489 . A G 359.19 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0120797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.374;QD=14.8121;RBI=0.0237851;REFB=-0.00653826;REVB=0.0204894;RO=58;SAF=13;SAR=26;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091875;STB=0.552211;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0109938;OID=.;OPOS=123814489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:26:13:24:34:26:13:24:34 chr11 123886307 . CA TG 972.44 PASS AF=0.421875;AO=108;DP=256;FAO=108;FDP=256;FR=.;FRO=148;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=60;FSRR=88;FWDB=0.008551;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.762;QD=15.1943;RBI=0.0198845;REFB=0.00376409;REVB=0.017952;RO=148;SAF=45;SAR=63;SRF=60;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120377;STB=0.50671;STBP=0.864;TYPE=mnp;VARB=-0.00487295;OID=.;OPOS=123886307;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:148:148:108:108:0.421875:63:45:60:88:63:45:60:88 chr11 123886681 . A G 953.83 PASS AF=0.544379;AO=92;DP=170;FAO=92;FDP=169;FR=.;FRO=77;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.00376795;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.141;QD=22.5758;RBI=0.00760383;REFB=-0.0157993;REVB=-0.0066046;RO=77;SAF=52;SAR=40;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385873;STB=0.521078;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0142891;OID=.;OPOS=123886681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:77:77:92:92:0.544379:40:52:40:37:40:52:40:37 chr11 123886865 . T A 1154.39 PASS AF=0.416129;AO=129;DP=310;FAO=129;FDP=310;FR=.;FRO=181;FSAF=79;FSAR=50;FSRF=108;FSRR=73;FWDB=-0.0196988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5125;QD=14.8954;RBI=0.0308087;REFB=-0.0193862;REVB=0.0236882;RO=181;SAF=79;SAR=50;SRF=108;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172463;STB=0.509622;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0278613;OID=.;OPOS=123886865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:181:181:129:129:0.416129:50:79:108:73:50:79:108:73 chr11 123886984 . A G 1181.54 PASS AF=0.545024;AO=114;DP=210;FAO=115;FDP=211;FR=.;FRO=96;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.016744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.373;QD=22.399;RBI=0.0322946;REFB=0.00119421;REVB=-0.0276148;RO=96;SAF=43;SAR=71;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974945;STB=0.554642;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00105023;OID=.;OPOS=123886984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:96:96:114:115:0.545024:71:43:47:49:72:43:47:49 chr11 123887164 . A C 430.47 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0330039;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.058;QD=18.5148;RBI=0.0360662;REFB=-0.00179709;REVB=-0.0145435;RO=50;SAF=21;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111945;STB=0.505374;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00169412;OID=.;OPOS=123887164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:49:43:44:0.473118:22:21:25:25:22:22:24:25 chr11 123887184 . T G 318.42 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0142588;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.621;QD=17.9392;RBI=0.0150077;REFB=-0.0213851;REVB=-0.00468154;RO=36;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00150932;STB=0.50582;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0215124;OID=.;OPOS=123887184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:36:37:34:34:0.478873:18:16:17:19:18:16:17:20 chr11 123894136 . A G 100.06 PASS AF=0.135802;AO=22;DP=162;FAO=22;FDP=162;FR=.;FRO=140;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=86;FSRR=54;FWDB=-0.0304366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.79;QD=2.47053;RBI=0.0329883;REFB=-0.00809942;REVB=0.0127216;RO=139;SAF=11;SAR=11;SRF=86;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151352;STB=0.598679;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.056473;OID=.;OPOS=123894136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:139:140:22:22:0.135802:11:11:86:53:11:11:86:54 chr11 123900371 . C A 1158.72 PASS AF=0.463878;AO=122;DP=263;FAO=122;FDP=263;FR=.;FRO=141;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=89;FSRR=52;FWDB=-0.0131742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.683;QD=17.6232;RBI=0.0159344;REFB=-0.00678027;REVB=0.00896353;RO=140;SAF=69;SAR=53;SRF=89;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698674;STB=0.536136;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00727696;OID=.;OPOS=123900371;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:140:141:122:122:0.463878:53:69:89:51:53:69:89:52 chr11 123901175 . C A 1056.7 PASS AF=0.502304;AO=99;DP=205;FAO=109;FDP=217;FR=.;FRO=108;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=37;FSRR=71;FWDB=0.00786491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.973;QD=19.4784;RBI=0.0119448;REFB=-0.0291325;REVB=0.00899013;RO=105;SAF=45;SAR=54;SRF=37;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973616;STB=0.563115;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0295623;OID=.;OPOS=123901175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:217:105:108:99:109:0.502304:54:45:37:68:58:51:37:71 chr11 123909637 . G T 244.29 PASS AF=0.290598;AO=34;DP=117;FAO=34;FDP=117;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=1;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=-0.0086399;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.506;QD=8.35175;RBI=0.074108;REFB=-0.0012638;REVB=-0.0736026;RO=82;SAF=33;SAR=1;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.67125;STB=0.922105;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00205808;OID=.;OPOS=123909637;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:82:83:34:34:0.290598:1:33:53:29:1:33:53:30 chr11 123909671 . G A 375.34 PASS AF=0.298851;AO=51;DP=174;FAO=52;FDP=174;FR=.;FRO=122;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=0.0723507;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0168;QD=8.62857;RBI=0.0723517;REFB=-0.00610543;REVB=0.000383826;RO=122;SAF=27;SAR=24;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945125;STB=0.542129;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0235991;OID=.;OPOS=123909671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:122:122:51:52:0.298851:24:27:55:67:25:27:56:66 chr11 124015994 . C T 734.16 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0188833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.101;QD=19.4478;RBI=0.0321906;REFB=-0.0135609;REVB=-0.0260702;RO=75;SAF=33;SAR=42;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132739;STB=0.569749;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0153404;OID=.;OPOS=124015994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:76:75:75:0.496689:42:33:44:31:42:33:44:32 chr11 124056377 . T C 973.14 PASS AF=0.563636;AO=93;DP=165;FAO=93;FDP=165;FR=.;FRO=72;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0138031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8233;QD=23.5912;RBI=0.0672308;REFB=-0.0150459;REVB=-0.0657986;RO=72;SAF=51;SAR=42;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283531;STB=0.515436;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0129355;OID=.;OPOS=124056377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:72:72:93:93:0.563636:42:51:42:30:42:51:42:30 chr11 124056566 . G A 381.62 PASS AF=0.5;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0792123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0525;QD=19.57;RBI=0.0830583;REFB=-0.0280993;REVB=0.024982;RO=38;SAF=24;SAR=15;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218925;STB=0.615325;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0262723;OID=.;OPOS=124056566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:38:39:39:39:0.5:15:24:14:24:15:24:15:24 chr11 124056732 . T G 659.04 PASS AF=0.48227;AO=57;DP=128;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0257282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.886;QD=18.6961;RBI=0.0781944;REFB=-0.03201;REVB=0.0738405;RO=66;SAF=33;SAR=24;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770065;STB=0.534913;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0244364;OID=.;OPOS=124056732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:141:66:73:57:68:0.48227:24:33:33:33:29:39:37:36 chr11 124056787 . G A 508.71 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00474773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8511;QD=18.0074;RBI=0.0128638;REFB=-0.0141462;REVB=0.0119556;RO=58;SAF=19;SAR=35;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620043;STB=0.540146;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0125838;OID=.;OPOS=124056787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:59:54:54:0.477876:35:19:24:34:35:19:25:34 chr11 124095414 . C G 1525.72 PASS AF=0.463127;AO=156;DP=339;FAO=157;FDP=339;FR=.;FRO=182;FSAF=83;FSAR=74;FSRF=81;FSRR=101;FWDB=-0.00995958;FXX=0.00294109;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.118;QD=18.0026;RBI=0.0269748;REFB=0.00294099;REVB=0.0250688;RO=182;SAF=82;SAR=74;SRF=81;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785069;STB=0.544798;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00275739;OID=.;OPOS=124095414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:339:182:182:156:157:0.463127:74:82:81:101:74:83:81:101 chr11 124095525 . T C 1196.9 PASS AF=0.468165;AO=122;DP=266;FAO=125;FDP=267;FR=.;FRO=142;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=80;FSRR=62;FWDB=-0.00965699;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.91;QD=17.931;RBI=0.0182392;REFB=-0.0148304;REVB=0.0154729;RO=143;SAF=70;SAR=52;SRF=81;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00731282;STB=0.501825;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0156885;OID=.;OPOS=124095525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:143:142:122:125:0.468165:52:70:81:62:55:70:80:62 chr11 124095647 . A C 821.51 PASS AF=0.439024;AO=90;DP=205;FAO=90;FDP=205;FR=.;FRO=115;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=0.0115297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5414;QD=16.0295;RBI=0.0259803;REFB=-0.0257133;REVB=-0.0232818;RO=115;SAF=43;SAR=47;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180427;STB=0.510036;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0379223;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:115:115:90:90:0.439024:47:43:57:58:47:43:57:58 chr11 124096122 . G A 54.99 PASS AF=0.10687;AO=14;DP=131;FAO=14;FDP=131;FR=.;FRO=117;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=64;FWDB=-0.0327662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5215;QD=1.67911;RBI=0.0361857;REFB=-0.00313885;REVB=0.0153552;RO=115;SAF=7;SAR=7;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578669;STB=0.541925;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0367755;OID=.;OPOS=124096122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:131:131:115:117:14:14:0.10687:7:7:52:63:7:7:53:64 chr11 124096195 . G A 139.9 PASS AF=0.209091;AO=23;DP=110;FAO=23;FDP=110;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.00663288;FXX=0.0178555;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.079;QD=5.08732;RBI=0.0185888;REFB=-1.289e-05;REVB=-0.0173652;RO=85;SAF=8;SAR=15;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130359;STB=0.592023;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00247043;OID=.;OPOS=124096195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:85:87:23:23:0.209091:15:8:38:47:15:8:40:47 chr11 124096247 . G A 267.63 PASS AF=0.344086;AO=31;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0149338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=332.416;QD=11.5108;RBI=0.0178365;REFB=-0.00493654;REVB=-0.00975302;RO=61;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293805;STB=0.507519;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00938015;OID=.;OPOS=124096247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:61:31:32:0.344086:17:14:26:35:18:14:26:35 chr11 124120821 . T C 730.24 PASS AF=0.5;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0155379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5894;QD=19.2169;RBI=0.093071;REFB=-0.0272921;REVB=0.0917648;RO=75;SAF=40;SAR=36;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417997;STB=0.526309;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0360995;OID=.;OPOS=124120821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:75:76:76:76:0.5:36:40:36:39:36:40:36:40 chr11 124121199 . G C 799.94 PASS AF=0.37247;AO=92;DP=247;FAO=92;FDP=247;FR=.;FRO=155;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=76;FSRR=79;FWDB=0.0181376;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.59;QD=12.9545;RBI=0.0272538;REFB=0.00506531;REVB=0.020342;RO=155;SAF=57;SAR=35;SRF=76;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145898;STB=0.582605;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00667579;OID=.;OPOS=124121199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:155:155:92:92:0.37247:35:57:76:79:35:57:76:79 chr11 124134743 . G A 282.13 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0225957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0096;QD=22.5704;RBI=0.100806;REFB=0.0385219;REVB=-0.0982412;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715993;STB=0.539969;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.0353247;OID=.;OPOS=124134743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:10:14:13:13:10:14 chr11 124135009 . G A 636.89 PASS AF=0.440252;AO=69;DP=161;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.0577843;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4222;QD=16.0225;RBI=0.0581549;REFB=-0.00357445;REVB=0.00655509;RO=87;SAF=28;SAR=41;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135428;STB=0.578658;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00427722;OID=.;OPOS=124135009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:87:89:69:70:0.440252:41:28:47:40:42:28:48:41 chr11 124135438 . G A 920.53 PASS AF=0.467337;AO=93;DP=198;FAO=93;FDP=199;FR=.;FRO=106;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=63;FSRR=43;FWDB=-0.00683484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3544;QD=18.5031;RBI=0.04764;REFB=-0.020215;REVB=-0.0471472;RO=104;SAF=56;SAR=37;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155067;STB=0.504333;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0293062;OID=.;OPOS=124135438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:104:106:93:93:0.467337:37:56:61:43:37:56:63:43 chr11 124135481 . C T 898.79 PASS AF=0.469072;AO=91;DP=195;FAO=91;FDP=194;FR=.;FRO=103;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.00779041;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8151;QD=18.5318;RBI=0.00858174;REFB=-0.0195128;REVB=-0.00359941;RO=103;SAF=51;SAR=40;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630648;STB=0.534876;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0253867;OID=.;OPOS=124135481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:103:103:91:91:0.469072:40:51:51:52:40:51:51:52 chr11 124179835 . C T 1059.4 PASS AF=0.467811;AO=109;DP=234;FAO=109;FDP=233;FR=.;FRO=124;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=0.0289095;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8026;QD=18.1872;RBI=0.0391129;REFB=0.0182944;REVB=0.026345;RO=121;SAF=61;SAR=48;SRF=52;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123618;STB=0.561736;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0192048;OID=.;OPOS=124179835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:121:124:109:109:0.467811:48:61:52:69:48:61:55:69 chr11 124180082 . A G 213.55 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00254737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.546;QD=16.1167;RBI=0.00389141;REFB=-0.021614;REVB=0.00294176;RO=29;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641365;STB=0.536203;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0180673;OID=.;OPOS=124180082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:16:8:8:21:16:8:8:21 chr11 124180282 . A C 341.75 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00503547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.761;QD=18.4728;RBI=0.00873974;REFB=0.000938868;REVB=-0.00714333;RO=38;SAF=24;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358032;STB=0.519989;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00106325;OID=.;OPOS=124180282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:12:24:24:14:12:24:24:14 chr11 124252422 . G A 470.28 PASS AF=0.464286;AO=42;DP=103;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00773444;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.39;QD=16.7956;RBI=0.0177197;REFB=-0.00974828;REVB=-0.0159426;RO=59;SAF=25;SAR=17;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382331;STB=0.5476;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0109649;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:112:59:60:42:52:0.464286:17:25:33:26:19:33:33:27 chr11 124252718 . G A 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0542812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.278;QD=7.47111;RBI=0.0589907;REFB=-0.0012509;REVB=-0.0230966;RO=32;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057415;STB=0.536015;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0060263;OID=.;OPOS=124252718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:8:3:10:22:8:3:10:22 chr11 124252892 . A G 112.29 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0275639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8485;QD=7.74397;RBI=0.027605;REFB=-0.0105399;REVB=0.00150621;RO=42;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747897;STB=0.545398;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0387459;OID=.;OPOS=124252892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:7:9:21:21:7:9:21:21 chr11 124253147 . A G 426.37 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.000969298;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5858;QD=14.0948;RBI=0.00962031;REFB=-0.00766549;REVB=-0.00957136;RO=73;SAF=20;SAR=29;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119855;STB=0.511917;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0105853;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:73:72:49:49:0.404959:29:20:29:44:29:20:28:44 chr11 124253161 . G A 410.87 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.137755;FXX=0.0210504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.05;QD=17.6718;RBI=0.138084;REFB=-0.0267718;REVB=0.00952925;RO=47;SAF=16;SAR=26;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411731;STB=0.504894;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0399278;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:47:51:42:42:0.451613:26:16:16:31:26:16:19:32 chr11 124253170 . G A 326.32 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.00651348;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.354;QD=14.8326;RBI=0.0102147;REFB=-0.00186076;REVB=-0.00786862;RO=52;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147816;STB=0.583289;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00411375;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:52:52:36:36:0.409091:20:16:16:36:20:16:16:36 chr11 124253181 . T C 459.27 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=76;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0107941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.396;QD=23.8579;RBI=0.0109189;REFB=-0.0185358;REVB=-0.00164568;RO=33;SAF=16;SAR=27;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183665;STB=0.513918;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.016907;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:33:33:43:44:0.571429:27:16:13:20:28:16:13:20 chr11 124266906 . C T 372.8 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00467948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.9;QD=20.4273;RBI=0.042614;REFB=-0.00980485;REVB=-0.0423563;RO=32;SAF=19;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103561;STB=0.561612;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00970367;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:35:38:38:0.520548:19:19:12:20:19:19:13:22 chr11 124266912 . A G 901.24 PASS AF=0.928571;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0275919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.404;QD=51.4992;RBI=0.0350887;REFB=-0.00945593;REVB=0.0216773;RO=4;SAF=29;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217514;STB=0.503337;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.000941044;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:70:70:4:5:65:65:0.928571:36:29:1:3:36:29:2:3 chr11 124267177 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0820953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.415;QD=40.763;RBI=0.0827224;REFB=0;REVB=0.0101669;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000574042;OID=.;OPOS=124267177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr11 124267189 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.605;QD=40.7615;RBI=0.0273696;REFB=0;REVB=0.0267503;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312372;OID=.;OPOS=124267189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr11 124294236 . A G 406.01 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00831479;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.022;QD=14.0004;RBI=0.0291736;REFB=-0.0197137;REVB=0.0279636;RO=69;SAF=22;SAR=25;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107524;STB=0.50607;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0338139;OID=.;OPOS=124294236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:69:69:47:47:0.405172:25:22:33:36:25:22:33:36 chr11 124294349 . C A 337.33 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00407771;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.954;QD=19.5552;RBI=0.0123659;REFB=-0.0172707;REVB=-0.0116742;RO=35;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106326;STB=0.565515;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0152904;OID=.;OPOS=124294349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:35:34:35:35:0.507246:22:13:17:18:22:13:17:17 chr11 124294377 . A G 350.5 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00631285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8499;QD=23.3668;RBI=0.0204457;REFB=-0.00564557;REVB=0.0194467;RO=25;SAF=11;SAR=24;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105328;STB=0.558105;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0128179;OID=.;OPOS=124294377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:24:11:11:14:24:11:11:14 chr11 124294703 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0155833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.42;QD=7.9658;RBI=0.0161021;REFB=-0.0117441;REVB=-0.00405428;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331209;STB=0.70176;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0253193;OID=.;OPOS=124294703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:8:18:4:6:8:18 chr11 124310622 . A G 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00275377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.643;QD=17.5006;RBI=0.0237836;REFB=-0.00105295;REVB=-0.0236237;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630316;STB=0.535371;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.000882367;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:15:11:10:18:15:11:10:18 chr11 124440617 . C T 2573.97 PASS AF=1;AO=159;DP=161;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.593;QD=61.6519;RBI=0.0170435;REFB=0;REVB=0.0146314;RO=0;SAF=88;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37756e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94346e-06;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:167:0:0:159:167:1:71:88:0:0:77:90:0:0 chr11 124493199 . C A 1162.27 PASS AF=0.428082;AO=122;DP=278;FAO=125;FDP=292;FR=.;FRO=167;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=73;FSRR=94;FWDB=0.00533937;FXX=0.00680249;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.119;QD=15.9215;RBI=0.00875724;REFB=-0.0296408;REVB=0.00694121;RO=155;SAF=61;SAR=61;SRF=69;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553138;STB=0.533686;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.03343;OID=.;OPOS=124493199;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:292:155:167:122:125:0.428082:61:61:69:86:63:62:73:94 chr11 124755062 . T C 383.72 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.000683762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.734;QD=17.6424;RBI=0.0144006;REFB=-0.00675801;REVB=-0.0143844;RO=47;SAF=21;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753849;STB=0.542148;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00634984;OID=.;OPOS=124755062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:19:21:21:26:19:21:21:26 chr11 124789755 . T C 1835.74 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.889;QD=61.1915;RBI=0.0221363;REFB=0;REVB=0.0123365;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17776e-05;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:118:120:1:63:55:0:0:63:57:0:0 chr11 124793682 . T C 2203.03 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302811;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.334;QD=63.3965;RBI=0.0366613;REFB=0;REVB=0.0206667;RO=0;SAF=66;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40111e-06;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:73:66:0:0:73:66:0:0 chr11 124972208 . A G 2557.72 PASS AF=0.965909;AO=170;DP=176;FAO=170;FDP=176;FR=.;FRO=6;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00963046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.06;QD=58.13;RBI=0.012753;REFB=-0.109018;REVB=0.00836024;RO=6;SAF=93;SAR=77;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0030766;STB=0.501618;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000778324;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:176:176:6:6:170:170:0.965909:77:93:3:3:77:93:3:3 chr11 124972518 . A G 1935.01 PASS AF=0.992126;AO=127;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6313;QD=60.945;RBI=0.0530316;REFB=-0.0427684;REVB=0.0515638;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.504132;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00339841;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:0:1:127:126:0.992126:61:66:0:0:60:66:0:1 chr11 124972522 . T C 1930.84 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265051;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.328;QD=61.2964;RBI=0.0588837;REFB=0;REVB=0.058824;RO=1;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160384;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:126:1:0:123:126:1:58:65:0:1:61:65:0:0 chr11 125003004 . A G 501.97 PASS AF=0.532609;AO=47;DP=90;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00659667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.638;QD=21.825;RBI=0.00865806;REFB=-0.0379629;REVB=-0.00560767;RO=42;SAF=20;SAR=27;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233917;STB=0.527261;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0298426;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:42:43:47:49:0.532609:27:20:19:23:29:20:20:23 chr11 125301587 . T C 2620.49 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018342;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.178;QD=62.0235;RBI=0.0559077;REFB=0;REVB=-0.0528133;RO=0;SAF=77;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53668e-05;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:169:0:0:167:169:1:90:77:0:0:92:77:0:0 chr11 125325643 . A AC 37.23 PASS AF=0.116071;AO=17;DP=112;FAO=13;FDP=112;FR=.;FRO=99;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=0.0428159;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.6976;QD=1.3298;RBI=0.0601037;REFB=-0.0234581;REVB=0.0421812;RO=95;SAF=1;SAR=16;SRF=63;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.699198;STB=0.940584;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.1555;OID=.;OPOS=125325644;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.116071:17:112:13:112:99:1:12:63:36:37:95:1:16:63:32 chr11 125326026 . C T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0350486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.623;QD=18.2484;RBI=0.0352564;REFB=-0.00776338;REVB=0.00382159;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10936;STB=0.562406;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00707076;OID=.;OPOS=125326026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:4:8:7:6:4:8 chr11 125452300 . A AC 1020.74 PASS AF=1;AO=91;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.862;QD=36.7834;RBI=0.174275;REFB=-0.00468384;REVB=-0.173986;RO=13;SAF=43;SAR=48;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390594;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000968058;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:112:111:111:0:47:64:0:0:17:13:43:48:4:9 chr11 125479363 . G A 739.99 PASS AF=0.446328;AO=78;DP=178;FAO=79;FDP=177;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.0145992;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.693;QD=16.723;RBI=0.0210609;REFB=-0.00479998;REVB=0.0151798;RO=97;SAF=29;SAR=49;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126297;STB=0.568328;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00594694;OID=.;OPOS=125479363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:97:98:78:79:0.446328:49:29:48:49:49:30:49:49 chr11 125479496 . C T 799.15 PASS AF=0.468927;AO=83;DP=178;FAO=83;FDP=177;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0220446;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.303;QD=18.0599;RBI=0.0220599;REFB=-0.0145901;REVB=-0.000821397;RO=95;SAF=36;SAR=47;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109686;STB=0.557907;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0210538;OID=.;OPOS=125479496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:95:94:83:83:0.468927:47:36:52:43:47:36:51:43 chr11 125525195 . A G 4335.25 PASS AF=1;AO=272;DP=278;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239119;FXX=0.0243047;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.978;QD=61.7117;RBI=0.0267722;REFB=-0.0580297;REVB=-0.0120403;RO=0;SAF=125;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185622;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:278:281:0:0:272:281:1:147:125:0:0:149:132:0:0 chr11 125617317 . A G 225.18 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0646422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2579;QD=15.2665;RBI=0.0728062;REFB=-0.00121055;REVB=-0.0334981;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982234;STB=0.555514;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.000776553;OID=.;OPOS=125617317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:12:14:21:12:12:14:21:12 chr11 125617606 . G A 412.87 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0264095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7184;QD=21.4476;RBI=0.0296765;REFB=-0.00632479;REVB=0.0135364;RO=35;SAF=18;SAR=23;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107452;STB=0.550757;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00347435;OID=.;OPOS=125617606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:36:41:41:0.532468:23:18:11:24:23:18:12:24 chr11 125617610 . A G 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00326208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.468;QD=16.714;RBI=0.0200998;REFB=-0.00681884;REVB=-0.0198333;RO=44;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664207;STB=0.537335;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00618932;OID=.;OPOS=125617610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:22:14:20:24:22:14:20:24 chr11 125648503 . G A 1338.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.735;QD=62.2671;RBI=0.0139942;REFB=0;REVB=0.00300524;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32036e-05;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr11 125707761 . A C 586.61 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00833857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.412;QD=19.7178;RBI=0.00835012;REFB=-0.0120015;REVB=-0.000439047;RO=59;SAF=31;SAR=29;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537428;STB=0.529633;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.01243;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:59:60:60:0.504202:29:31:34:25:29:31:34:25 chr11 125708198 . C A,T 738.51 PASS AF=0.0566038,0.943396;AO=3,46;DP=50;FAO=3,50;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=3,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113323,0.000516844;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.961,158.908;QD=55.7362;RBI=0.016053,0.010608;REFB=0,0;REVB=0.01137,0.0105954;RO=0;SAF=0,22;SAR=3,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0883799,-0.000397521;OID=.,.;OPOS=125708198,125708198;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:50:53:0:0:3,46:3,50:0.0566038,0.943396:3,24:0,22:0:0:3,25:0,25:0:0 chr11 125763746 . C G 1577.49 PASS AF=0.490741;AO=159;DP=324;FAO=159;FDP=324;FR=.;FRO=165;FSAF=75;FSAR=84;FSRF=83;FSRR=82;FWDB=0.0342938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5087;QD=19.4752;RBI=0.0817313;REFB=-0.0163267;REVB=0.0741885;RO=164;SAF=75;SAR=84;SRF=82;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262261;STB=0.515977;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0191379;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:324:164:165:159:159:0.490741:84:75:82:82:84:75:83:82 chr11 125766044 . C A,T 1306.51 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=82,4;DP=86;FAO=82,4;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49,0;FSAR=33,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053432,-0.0091098;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.04,141.107;QD=60.768;RBI=0.0130453,0.0164831;REFB=0,0;REVB=-0.0119009,-0.013737;RO=0;SAF=49,0;SAR=33,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.22047e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000137681,0.129994;OID=.,.;OPOS=125766044,125766044;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:86:86:0:0:82,4:82,4:0.953488,0.0465116:33,4:49,0:0:0:33,4:49,0:0:0 chr11 125766173 . A C 745.08 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0599989;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.055;QD=53.2199;RBI=0.0622922;REFB=-0.12639;REVB=0.0167469;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184775;STB=0.501329;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00154205;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:29:25:1:0:29:25:1:1 chr11 125769354 . T C 599.97 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0114665;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.376;QD=23.7614;RBI=0.0123603;REFB=-0.0118413;REVB=0.00461472;RO=44;SAF=30;SAR=28;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315217;STB=0.522177;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0106851;OID=.;OPOS=125769354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:44:43:58:58:0.574257:28:30:21:23:28:30:20:23 chr11 125825699 . A G 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0306293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8789;QD=11.9166;RBI=0.0306509;REFB=-0.0117003;REVB=0.00115081;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839477;STB=0.515042;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0235313;OID=.;OPOS=125825699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:9:13:21:15:9:13:21:16 chr11 125828488 . T G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00955934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.666;QD=25.4669;RBI=0.0271509;REFB=-0.0482459;REVB=0.0254124;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204298;STB=0.615147;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00997449;OID=.;OPOS=125828488;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:4:5:3:0:4:5:3:0 chr11 125828490 . A G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00120534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2253;QD=25.4671;RBI=0.131266;REFB=-0.0557815;REVB=0.13126;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204298;STB=0.615147;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0306443;OID=.;OPOS=125828490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:4:5:3:0:4:5:3:0 chr11 125830970 . A T 1624.39 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.174;QD=60.1626;RBI=0.0101269;REFB=0;REVB=-0.00534209;RO=0;SAF=35;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0052e-05;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:72:35:0:0:72:36:0:0 chr11 126081403 . T C 871.06 PASS AF=0.49162;AO=88;DP=179;FAO=88;FDP=179;FR=.;FRO=91;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0105159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.254;QD=19.4649;RBI=0.0135821;REFB=-0.00804831;REVB=0.00859583;RO=88;SAF=43;SAR=45;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206806;STB=0.513789;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00828653;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:88:91:88:88:0.49162:45:43:41:47:45:43:42:49 chr11 126133641 . G A 231.18 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0228471;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.818;QD=14.9147;RBI=0.0305308;REFB=-0.016057;REVB=0.0202519;RO=34;SAF=6;SAR=20;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154078;STB=0.588714;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.015777;OID=.;OPOS=126133641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:35:26:27:0.435484:20:6:12:22:21:6:12:23 chr11 126139100 . T C 2549.04 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.952;QD=61.0549;RBI=0.0365035;REFB=-0.134283;REVB=0.0326893;RO=1;SAF=82;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576839;STB=0.50303;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000277041;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:166:166:0.994012:84:82:1:0:84:82:1:0 chr11 126139313 . T A 1215.09 PASS AF=0.876289;AO=83;DP=95;FAO=85;FDP=97;FR=.;FRO=12;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0376555;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2593;QD=50.107;RBI=0.0376791;REFB=-0.0167591;REVB=-0.00133484;RO=10;SAF=46;SAR=37;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720585;STB=0.505123;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0163088;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:95:97:10:12:83:85:0.876289:37:46:2:8:39:46:6:6 chr11 126151545 . G A 397.21 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0142635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=333.832;QD=14.186;RBI=0.014957;REFB=0.00191094;REVB=0.00450134;RO=66;SAF=20;SAR=26;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020929;STB=0.511806;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00272803;OID=.;OPOS=126151545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:26:20:30:36:26:20:30:36 chr11 126162468 . G A 493.86 PASS AF=0.490566;AO=48;DP=103;FAO=52;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0100707;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3606;QD=18.636;RBI=0.0263503;REFB=-0.0183324;REVB=-0.0243499;RO=42;SAF=17;SAR=31;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188565;STB=0.623069;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0194373;OID=.;OPOS=126162468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:42:54:48:52:0.490566:31:17:24:18:31:21:35:19 chr11 126162862 . C T 325.6 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0346763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8466;QD=14.7999;RBI=0.037947;REFB=-0.0212948;REVB=0.0154118;RO=51;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128162;STB=0.566714;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0328427;OID=.;OPOS=126162862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:36:36:0.409091:20:16:29:22:20:16:29:23 chr11 126163612 . T G 506.53 PASS AF=0.411765;AO=56;DP=136;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0216127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0313;QD=14.898;RBI=0.0383206;REFB=0.0196814;REVB=-0.0316442;RO=79;SAF=30;SAR=26;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438367;STB=0.521045;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.0292992;OID=.;OPOS=126163612;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:80:56:56:0.411765:26:30:39:40:26:30:40:40 chr11 126174038 . C T 580.41 PASS AF=0.39881;AO=67;DP=168;FAO=67;FDP=168;FR=.;FRO=101;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.021886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7928;QD=13.8193;RBI=0.0994283;REFB=-0.00556354;REVB=0.0969896;RO=99;SAF=25;SAR=42;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153641;STB=0.587013;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0115275;OID=.;OPOS=126174038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:99:101:67:67:0.39881:42:25:51:48:42:25:52:49 chr11 126176578 . G A 2392.04 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703401;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.427;QD=61.3344;RBI=0.00718863;REFB=0;REVB=0.00148294;RO=0;SAF=69;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029655;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:156:0:0:156:156:1:87:69:0:0:87:69:0:0 chr11 126201403 . T C 285.8 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00922764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2597;QD=13.1401;RBI=0.0270371;REFB=0.00294003;REVB=0.0254137;RO=54;SAF=22;SAR=11;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107959;STB=0.561945;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00557935;OID=.;OPOS=126201403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:11:22:31:23:11:22:31:23 chr11 126228403 . G C 1135.45 PASS AF=0.509009;AO=113;DP=222;FAO=113;FDP=222;FR=.;FRO=109;FSAF=38;FSAR=75;FSRF=43;FSRR=66;FWDB=0.000744501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.957;QD=20.4586;RBI=0.00824908;REFB=-0.00219481;REVB=0.00821542;RO=109;SAF=38;SAR=75;SRF=43;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571059;STB=0.531351;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00242138;OID=.;OPOS=126228403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:109:109:113:113:0.509009:75:38:43:66:75:38:43:66 chr11 126277216 . C T 2181.77 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084165;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.698;QD=63.2397;RBI=0.0337051;REFB=0;REVB=-0.0326374;RO=0;SAF=74;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13752e-05;OID=.;OPOS=126277216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:64:74:0:0:64:74:0:0 chr11 126278075 . C T 1514.24 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346283;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.716;QD=63.7575;RBI=0.034702;REFB=0;REVB=0.00226038;RO=0;SAF=19;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183339;OID=.;OPOS=126278075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:76:19:0:0:76:19:0:0 chr11 126294817 . G A 1531.1 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00601559;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.984;QD=58.8884;RBI=0.0598361;REFB=-0.101333;REVB=0.0595329;RO=0;SAF=39;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000845016;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:102:103:0.990385:63:39:0:0:64:39:0:1 chr11 126310271 . C T 644.3 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00651233;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.793;QD=19.5243;RBI=0.0071844;REFB=-0.0266875;REVB=-0.00303401;RO=67;SAF=30;SAR=35;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832507;STB=0.54597;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0289166;OID=.;OPOS=126310271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:67:67:65:65:0.492424:35:30:37:30:35:30:37:30 chr11 126391297 . T G 767.12 PASS AF=0.479042;AO=80;DP=167;FAO=80;FDP=167;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.00817684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.539;QD=18.3742;RBI=0.0097507;REFB=-0.015505;REVB=-0.00531181;RO=86;SAF=41;SAR=39;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538605;STB=0.532475;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0180916;OID=.;OPOS=126391297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:86:87:80:80:0.479042:39:41:49:37:39:41:50:37 chr11 126870418 . C T 723.32 PASS AF=0.496503;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0329701;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.967;QD=20.2326;RBI=0.0329765;REFB=-0.0225327;REVB=-0.00064786;RO=70;SAF=34;SAR=37;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585061;STB=0.538496;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0258117;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:70:72:71:71:0.496503:37:34:29:41:37:34:29:43 chr11 126968477 . C T 1401.22 PASS AF=0.520755;AO=138;DP=265;FAO=138;FDP=265;FR=.;FRO=127;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=74;FSRR=53;FWDB=-0.00138863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.881;QD=21.1506;RBI=0.0103053;REFB=-0.0291056;REVB=-0.0102113;RO=127;SAF=69;SAR=69;SRF=74;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725259;STB=0.539617;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0275506;OID=.;OPOS=126968477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:127:127:138:138:0.520755:69:69:74:53:69:69:74:53 chr11 128333503 . T C 1008.34 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5477;QD=59.314;RBI=0.0506776;REFB=0;REVB=0.0477367;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182324;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr11 128638061 . C T 1184.48 PASS AF=0.522523;AO=116;DP=223;FAO=116;FDP=222;FR=.;FRO=106;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=0.037379;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1104;QD=21.3419;RBI=0.048533;REFB=0.00865779;REVB=0.0309558;RO=105;SAF=57;SAR=59;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492404;STB=0.500388;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0087715;OID=.;OPOS=128638061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:105:106:116:116:0.522523:59:57:51:54:59:57:52:54 chr11 128638216 . TGG T,TG 568.93 PASS AF=0,0.929648;AO=37,100;DP=201;FAO=0,185;FDP=199;FR=.;FRO=14;FSAF=0,94;FSAR=0,91;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0421521,0.0814533;FXX=0.00994975;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=9.91385,6.57602;QD=11.4358;RBI=0.059929,0.116883;REFB=-0.0131527,-0.0294564;REVB=-0.0425992,-0.0838276;RO=50;SAF=12,52;SAR=25,48;SRF=33;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.338237,-0.0872554;STB=0.5,0.500571;STBP=1,0.947;TYPE=del,del;VARB=-0.0275985,0.0480476;OID=.,.;OPOS=128638217,128638217;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.929648:37,100:201:0,185:199:14:0,94:0,91:7:7:12:50:12,52:25,48:33:17 chr11 128651893 . A G 1133.22 PASS AF=0.487179;AO=114;DP=234;FAO=114;FDP=234;FR=.;FRO=120;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=-0.0190616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.918;QD=19.3713;RBI=0.0276438;REFB=-0.00608113;REVB=0.0200208;RO=119;SAF=57;SAR=57;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351168;STB=0.517091;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00774311;OID=.;OPOS=128651893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:119:120:114:114:0.487179:57:57:55:64:57:57:56:64 chr11 128675292 . T A 917.93 PASS AF=0.481675;AO=92;DP=192;FAO=92;FDP=191;FR=.;FRO=99;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.0291373;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.27;QD=19.2236;RBI=0.0297349;REFB=-0.00664529;REVB=-0.0059314;RO=99;SAF=52;SAR=40;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947978;STB=0.552296;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00781104;OID=.;OPOS=128675292;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:99:99:92:92:0.481675:40:52:46:53:40:52:46:53 chr11 128710122 . C T 416.16 PASS AF=0.374046;AO=49;DP=130;FAO=49;FDP=131;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.00751663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.761;QD=12.7072;RBI=0.0113511;REFB=-0.00853295;REVB=-0.0085057;RO=80;SAF=14;SAR=35;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155699;STB=0.583091;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.01296;OID=.;OPOS=128710122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:80:82:49:49:0.374046:35:14:33:47:35:14:33:49 chr11 128781339 . T C 2335.72 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.024;QD=61.0645;RBI=0.0272671;REFB=0;REVB=0.00405095;RO=0;SAF=85;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37619e-05;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:68:85:0:0:68:85:0:0 chr11 128781978 . T G 1476.58 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0300363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1521;QD=62.172;RBI=0.0358977;REFB=-0.102481;REVB=0.0196587;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.505154;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00116477;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:48:46:0:0:48:46:0:1 chr11 128782002 . T C 1731.26 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.363;QD=60.7458;RBI=0.0396924;REFB=0;REVB=0.0355966;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96309e-05;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:60:54:0:0:60:54:0:0 chr11 128782012 . C G 2011.16 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00378484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.631;QD=61.4096;RBI=0.0679754;REFB=0.161453;REVB=-0.0678699;RO=0;SAF=66;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98038e-08;STB=0.503875;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000570955;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:0:1:130:130:0.992366:64:66:0:0:64:66:0:1 chr11 128787554 . C T 708.02 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9195;QD=62.9349;RBI=0.00893388;REFB=0;REVB=-0.00245114;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47163e-05;OID=.;OPOS=128787554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr11 128805548 . G A 517.69 PASS AF=0.410072;AO=57;DP=139;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0375789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.156;QD=14.8974;RBI=0.0378684;REFB=0.000368412;REVB=0.0046736;RO=78;SAF=24;SAR=33;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156326;STB=0.51814;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.000446263;OID=.;OPOS=128805548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:82:57:57:0.410072:33:24:34:44:33:24:37:45 chr11 128805557 . T C 545.35 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.00371633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.989;QD=15.5815;RBI=0.0354728;REFB=-0.023943;REVB=0.0352776;RO=79;SAF=26;SAR=33;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238849;STB=0.505039;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.023181;OID=.;OPOS=128805557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:79:81:59:59:0.421429:33:26:33:46:33:26:35:46 chr11 128842873 . T C 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0147441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=367.018;QD=20.7238;RBI=0.0214042;REFB=-0.0114667;REVB=0.0155161;RO=33;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145038;STB=0.580398;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.010909;OID=.;OPOS=128842873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:23:14:18:15:23:14:18:15 chr11 128868239 . T C 769.88 PASS AF=0.517483;AO=74;DP=143;FAO=74;FDP=143;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.00268167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.835;QD=21.5351;RBI=0.0366711;REFB=-0.0119847;REVB=-0.0365729;RO=69;SAF=46;SAR=28;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649547;STB=0.535719;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00893095;OID=.;OPOS=128868239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:69:69:74:74:0.517483:28:46:38:31:28:46:38:31 chr11 129072915 . C G 346.09 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0172532;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4208;QD=19.2275;RBI=0.0398902;REFB=0.0165354;REVB=0.0359661;RO=37;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0203388;OID=.;OPOS=129072915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:36:36:36:0.5:22:14:14:23:22:14:14:22 chr11 129312660 . C T 2217.57 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0475;QD=63.3591;RBI=0.0300976;REFB=0;REVB=0.0199214;RO=0;SAF=46;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177989;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:93:46:0:0:93:47:0:0 chr11 129321818 . T G 681.79 PASS AF=1;AO=39;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3262;QD=59.2861;RBI=0.0404732;REFB=0;REVB=0.00111981;RO=0;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248527;OID=.;OPOS=129321818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:39:46:1:9:30:0:0:11:35:0:0 chr11 129722553 . C T 426.56 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00971292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0164;QD=19.1711;RBI=0.0126803;REFB=0.0112205;REVB=0.0081517;RO=46;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526307;STB=0.529275;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00854946;OID=.;OPOS=129722553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:23:20:24:22:23:20:24:22 chr11 129725760 . C A 612.11 PASS AF=0.444444;AO=63;DP=143;FAO=64;FDP=144;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.000372859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.19;QD=17.0031;RBI=0.0330426;REFB=-0.00742518;REVB=-0.0330405;RO=80;SAF=42;SAR=21;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175153;STB=0.600746;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00722215;OID=.;OPOS=129725760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:80:80:63:64:0.444444:21:42:40:40:21:43:40:40 chr11 129729775 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00913968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.386;QD=19.9282;RBI=0.0177042;REFB=0.0621737;REVB=0.0151626;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652227;STB=0.537129;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0277508;OID=.;OPOS=129729775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:3:6:7:5:3:6 chr11 129746707 . G T 1438.9 PASS AF=0.471698;AO=148;DP=320;FAO=150;FDP=318;FR=.;FRO=168;FSAF=75;FSAR=75;FSRF=111;FSRR=57;FWDB=0.00169236;FXX=0.012422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.138;QD=18.0994;RBI=0.00956206;REFB=-0.0076556;REVB=-0.0094111;RO=167;SAF=74;SAR=74;SRF=110;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153042;STB=0.584895;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0107984;OID=.;OPOS=129746707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:318:167:168:148:150:0.471698:74:74:110:57:75:75:111:57 chr11 129752489 . C CT,T 43.72 PASS AF=0.155556,0;AO=11,6;DP=100;FAO=14,0;FDP=90;FR=.;FRO=76;FSAF=12,0;FSAR=2,0;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.105295,-0.00728919;FXX=0.0425487;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.7913,35.5886;QD=1.94307;RBI=0.106525,0.033667;REFB=-0.0384284,-0.0115636;REVB=0.0161383,0.0328684;RO=82;SAF=10,6;SAR=1,0;SRF=33;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.588967,0.584614;STB=0.872222,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0466509,0;OID=.,.;OPOS=129752490,129752489;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:100:90:82:76:11,6:14,0:0.155556,0:1,0:10,6:33:49:2,0:12,0:30:46 chr11 129754644 . A G 1244.53 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223072;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.197;QD=60.709;RBI=0.0162425;REFB=0;REVB=0.0160885;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108334;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:79:82:1:50:29:0:0:50:32:0:0 chr11 129758327 . G A 497.33 PASS AF=0.5;AO=51;DP=103;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0126795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.212;QD=19.128;RBI=0.0266337;REFB=-0.0145692;REVB=-0.0234219;RO=52;SAF=28;SAR=23;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273297;STB=0.509655;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0156258;OID=.;OPOS=129758327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:52:52:51:52:0.5:23:28:27:25:24:28:27:25 chr11 129775599 . C T 362.0 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0456249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2767;QD=17.8766;RBI=0.0520556;REFB=-0.00458849;REVB=0.025063;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391777;STB=0.521898;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00791067;OID=.;OPOS=129775599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:21:17:21:22:21:17:21:22 chr11 129784456 . G A 955.56 PASS AF=0.534483;AO=92;DP=173;FAO=93;FDP=174;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0100512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.417;QD=21.9668;RBI=0.0102021;REFB=-0.0130529;REVB=0.00174848;RO=80;SAF=38;SAR=54;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644512;STB=0.534647;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.011792;OID=.;OPOS=129784456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:80:81:92:93:0.534483:54:38:39:41:55:38:39:42 chr11 129785615 . C T 668.69 PASS AF=0.555556;AO=64;DP=116;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00736391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.52;QD=22.8613;RBI=0.00763682;REFB=-0.0202294;REVB=-0.00202331;RO=52;SAF=26;SAR=38;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464377;STB=0.52816;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0122489;OID=.;OPOS=129785615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:52:52:64:65:0.555556:38:26:24:28:39:26:24:28 chr11 129794950 . T C 600.02 PASS AF=0.394286;AO=69;DP=175;FAO=69;FDP=175;FR=.;FRO=106;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=62;FWDB=0.0250885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3292;QD=13.7147;RBI=0.0339714;REFB=-0.00833586;REVB=0.0229046;RO=105;SAF=23;SAR=46;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991676;STB=0.553703;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0115546;OID=.;OPOS=129794950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:105:106:69:69:0.394286:46:23:44:61:46:23:44:62 chr11 129801043 . C T 4683.04 PASS AF=1;AO=295;DP=297;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048566;FXX=0.00673378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1416;QD=63.4989;RBI=0.0516593;REFB=0.115539;REVB=-0.0176075;RO=1;SAF=117;SAR=178;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013988;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:297:295:1:0:295:295:1:178:117:1:0:178:117:0:0 chr11 129830796 . C T 268.84 PASS AF=0.310345;AO=37;DP=118;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0325098;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.315;QD=9.27044;RBI=0.0350389;REFB=-0.0131926;REVB=-0.0130706;RO=78;SAF=20;SAR=17;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151115;STB=0.59767;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0355843;OID=.;OPOS=129830796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:78:80:37:36:0.310345:17:20:32:46:16:20:33:47 chr11 129873028 . C T 2976.44 PASS AF=0.530841;AO=284;DP=536;FAO=284;FDP=535;FR=.;FRO=251;FSAF=148;FSAR=136;FSRF=138;FSRR=113;FWDB=-0.022725;FXX=0.00186564;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8023;QD=22.2538;RBI=0.0255364;REFB=-0.0301185;REVB=-0.0116484;RO=252;SAF=148;SAR=136;SRF=138;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229496;STB=0.513491;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0234594;OID=.;OPOS=129873028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:536:535:252:251:284:284:0.530841:136:148:138:114:136:148:138:113 chr11 130066335 . C G,T 713.52 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,44;DP=46;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617514,-0.0517906;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=24.7421,103.962;QD=62.0449;RBI=0.0861508,0.0524806;REFB=0,0;REVB=-0.0600727,-0.00848238;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2717e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0898487,-0.0011657;OID=.,.;OPOS=130066335,130066335;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:0:0:2,44:2,44:0.0434783,0.956522:0,21:2,23:0:0:0,21:2,23:0:0 chr11 130174526 . AT TA 36.78 PASS AF=0.0730337;AO=21;DP=183;FAO=13;FDP=178;FR=.;FRO=165;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=109;FSRR=56;FWDB=-0.00720049;FXX=0.0273209;HRUN=8;LEN=2;MLLD=41.3429;QD=0.826502;RBI=0.0116075;REFB=-0.0213162;REVB=-0.00910419;RO=112;SAF=3;SAR=18;SRF=96;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.752935;STB=0.900613;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.045577;OID=.;OPOS=130174526;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:183:178:112:165:21:13:0.0730337:18:3:96:16:11:2:109:56 chr11 130271678 . T G 1525.2 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.747;QD=58.6614;RBI=0.0497491;REFB=-0.0950101;REVB=0.0356908;RO=0;SAF=67;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756183;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:102:104:0:0:101:104:1:34:67:0:0:34:70:0:0 chr11 130281488 . G A 1827.52 PASS AF=0.99187;AO=115;DP=116;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199971;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.726;QD=59.4315;RBI=0.0332368;REFB=0.0239494;REVB=0.0265481;RO=1;SAF=34;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582733;STB=0.50303;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.000321034;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:123:1:1:115:122:0.99187:81:34:0:1:82:40:0:1 chr11 130319224 . T TG 356.12 PASS AF=0.358804;AO=98;DP=314;FAO=108;FDP=301;FR=.;FRO=193;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=134;FSRR=59;FWDB=0.0196893;FXX=0.00660044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.0502;QD=4.73242;RBI=0.0345728;REFB=-0.0666244;REVB=0.0284185;RO=211;SAF=38;SAR=60;SRF=148;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359625;STB=0.656539;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.102658;OID=.;OPOS=130319225;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358804:98:314:108:301:193:48:60:134:59:99:211:38:60:148:63 chr11 130341225 . TGG TG,TGT 1770.74 PASS AF=0.921053,0.0789474;AO=88,27;DP=228;FAO=210,18;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=100,0;FSAR=110,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.882197,0.0911792;FXX=0.00436662;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.0775,151.339;QD=31.0657;RBI=0.901238,0.0930517;REFB=0.024853,0.0568495;REVB=0.184281,-0.0185735;RO=107;SAF=15,0;SAR=73,27;SRF=81;SRR=26;SSEN=0.386935,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.585261,-0.831711;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00996813,0.0837701;OID=.,.;OPOS=130341226,130341227;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.921053,0.0789474:88,27:228:210,18:228:0:100,0:110,18:0:0:50:107:15,0:73,27:81:26 chr11 130343304 . ACCCCCG ACCCC,ACCCCG 211.83 PASS AF=0.211921,0.225166;AO=35,26;DP=153;FAO=32,34;FDP=151;FR=.;FRO=85;FSAF=25,25;FSAR=7,9;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.0537865,-0.0825697;FXX=0.0320492;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=16.6404,10.1194;QD=5.6113;RBI=0.0862335,0.0837195;REFB=-0.0583614,-0.0916891;REVB=-0.0674034,-0.0138271;RO=68;SAF=21,23;SAR=14,3;SRF=37;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0653424,0.509028;STB=0.658209,0.611073;STBP=0.047,0.136;TYPE=del,del;VARB=0.186484,0.0119086;OID=.,.;OPOS=130343309,130343305;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=ACCCC,ACCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211921,0.225166:35,26:153:32,34:151:85:25,25:7,9:51:34:68:68:21,23:14,3:37:31 chr11 130750642 . A C 1938.3 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290673;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.882;QD=62.0257;RBI=0.0136583;REFB=0;REVB=0.0133454;RO=0;SAF=48;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35718e-06;OID=.;OPOS=130750642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:77:48:0:0:77:48:0:0 chr11 130775688 . C T 2696.42 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.488;QD=62.3449;RBI=0.0497949;REFB=0;REVB=0.037006;RO=0;SAF=112;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22931e-05;OID=.;OPOS=130775688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:168:173:0:0:168:173:1:56:112:0:0:57:116:0:0 chr11 130775782 . C T 2480.49 PASS AF=0.954286;AO=167;DP=175;FAO=167;FDP=175;FR=.;FRO=8;FSAF=104;FSAR=63;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00410187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.801;QD=56.6969;RBI=0.0413952;REFB=-0.0737431;REVB=0.0411915;RO=8;SAF=104;SAR=63;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00020755;STB=0.500109;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255171;OID=.;OPOS=130775782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:175:175:8:8:167:167:0.954286:63:104:5:3:63:104:5:3 chr11 130776524 . T C 994.55 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.904;QD=57.6553;RBI=0.0397953;REFB=-0.125534;REVB=-0.0332364;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000379038;OID=.;OPOS=130776524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:31:37:0:0:31:37:1:0 chr11 130776613 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.703;QD=57.7116;RBI=0.0518843;REFB=0;REVB=-0.00063872;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190045;OID=.;OPOS=130776613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:28:31:0:0 chr11 130777886 . G A 1007.64 PASS AF=0.456522;AO=105;DP=233;FAO=105;FDP=230;FR=.;FRO=125;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=52;FSRR=73;FWDB=0.0103738;FXX=0.0170933;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.062;QD=17.5242;RBI=0.0103767;REFB=-0.0178246;REVB=0.00024514;RO=125;SAF=45;SAR=60;SRF=52;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126245;STB=0.506987;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0202471;OID=.;OPOS=130777886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:230:125:125:105:105:0.456522:60:45:52:73:60:45:52:73 chr11 130780015 . C T 2853.78 PASS AF=1;AO=180;DP=183;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875527;FXX=0.0109284;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.914;QD=63.067;RBI=0.0365244;REFB=0;REVB=0.0354595;RO=0;SAF=86;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41422e-05;OID=.;OPOS=130780015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:181:0:0:180:181:1:94:86:0:0:95:86:0:0 chr11 130780225 . C A 1986.89 PASS AF=0.984962;AO=130;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0672089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2013;QD=59.7561;RBI=0.0723522;REFB=-0.155438;REVB=0.0267919;RO=1;SAF=49;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583171;STB=0.501883;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00320423;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:133:133:1:2:130:131:0.984962:81:49:0:1:81:50:1:1 chr11 130784396 . G A 916.25 PASS AF=0.505556;AO=90;DP=180;FAO=91;FDP=180;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0108988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.167;QD=20.3611;RBI=0.0228476;REFB=-0.00704732;REVB=0.0200805;RO=88;SAF=39;SAR=51;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101156;STB=0.560496;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00670527;OID=.;OPOS=130784396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:88:89:90:91:0.505556:51:39:48:40:52:39:49:40 chr11 130784488 . A G 906.33 PASS AF=0.486631;AO=91;DP=185;FAO=91;FDP=187;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.00198347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4267;QD=19.3867;RBI=0.0536966;REFB=-0.0131181;REVB=-0.0536599;RO=94;SAF=37;SAR=54;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087616;STB=0.54877;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0137159;OID=.;OPOS=130784488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:94:96:91:91:0.486631:54:37:47:47:54:37:48:48 chr11 130784616 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00757249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.574;QD=8.30735;RBI=0.00794824;REFB=-0.0142943;REVB=0.00241493;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0304672;OID=.;OPOS=130784616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:10:8:3:5:10:8 chr11 130784647 . G C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.105165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7738;QD=10.1732;RBI=0.121174;REFB=0.012899;REVB=-0.0601957;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27543;STB=0.666172;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0335338;OID=.;OPOS=130784647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:7:2:3:3:7:2 chr11 130784694 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0184557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.607;QD=11.4398;RBI=0.0308252;REFB=-0.00205616;REVB=-0.0246897;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168206;STB=0.599791;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00168128;OID=.;OPOS=130784694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:10:4:4:5:10:4 chr11 130784707 . C T 120.24 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00213166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.606;QD=14.1454;RBI=0.00985003;REFB=-0.00838683;REVB=-0.00961661;RO=20;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28183;STB=0.666405;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00933202;OID=.;OPOS=130784707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:3:11:11:9:3:11:11:9 chr11 130784754 . C G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4909;QD=59.1428;RBI=0.0340372;REFB=0;REVB=-0.0235656;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027768;OID=.;OPOS=130784754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr11 130784971 . C G 1581.24 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.568;QD=58.5644;RBI=0.0653449;REFB=-0.0572615;REVB=0.0643936;RO=1;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083945;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151729;OID=.;OPOS=130784971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:98:108:1:0:97:108:1:56:41:0:1:67:41:0:0 chr11 130785205 . G A 349.59 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0109949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1699;QD=27.9674;RBI=0.0212634;REFB=0.000856159;REVB=-0.0182002;RO=20;SAF=15;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109005;STB=0.559961;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000700831;OID=.;OPOS=130785205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:15:15:7:13:15:15:7:13 chr11 130785304 . T C 223.21 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0151592;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.948;QD=14.6366;RBI=0.0158715;REFB=-0.00156025;REVB=-0.00470156;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180665;STB=0.61089;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0023894;OID=.;OPOS=130785304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:25:26:0.42623:12:13:12:23:12:14:12:23 chr11 131531000 . T C 1193.19 PASS AF=0.37766;AO=108;DP=379;FAO=142;FDP=376;FR=.,HEALED;FRO=230;FSAF=50;FSAR=92;FSRF=93;FSRR=137;FWDB=-0.0186003;FXX=0.00265245;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.202;QD=12.6935;RBI=0.0186654;REFB=-0.00915449;REVB=0.00155771;RO=178;SAF=35;SAR=73;SRF=86;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184911;STB=0.534661;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00556881;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:376:178:230:108:142:0.37766:73:35:86:92:92:50:93:137 chr11 131531015 . T G 1799.8 PASS AF=0.430769;AO=196;DP=455;FAO=196;FDP=455;FR=.;FRO=259;FSAF=77;FSAR=119;FSRF=112;FSRR=147;FWDB=-0.00727347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.084;QD=15.8224;RBI=0.0121517;REFB=-0.00501994;REVB=-0.00973445;RO=259;SAF=77;SAR=119;SRF=112;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420951;STB=0.523373;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00476912;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:455:455:259:259:196:196:0.430769:119:77:112:147:119:77:112:147 chr11 131531223 . A G 623.27 PASS AF=0.396648;AO=71;DP=179;FAO=71;FDP=179;FR=.;FRO=108;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=70;FWDB=0.0106534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6053;QD=13.9278;RBI=0.0265202;REFB=-5.05815e-05;REVB=-0.0242864;RO=107;SAF=29;SAR=42;SRF=37;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704147;STB=0.535787;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-3.94589e-05;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:107:108:71:71:0.396648:42:29:37:70:42:29:38:70 chr11 131531564 . A T 1005.89 PASS AF=0.495192;AO=103;DP=208;FAO=103;FDP=208;FR=.;FRO=105;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.00249873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.043;QD=19.3441;RBI=0.00816298;REFB=-0.0029031;REVB=-0.00777113;RO=105;SAF=43;SAR=60;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371661;STB=0.520442;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00297821;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:105:105:103:103:0.495192:60:43:48:57:60:43:48:57 chr11 131531720 . C T 511.03 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0140327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.897;QD=21.2929;RBI=0.0248307;REFB=-0.0169631;REVB=-0.0204854;RO=46;SAF=21;SAR=28;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441389;STB=0.519629;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0156621;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:47:49:49:0.510417:28:21:22:24:28:21:22:25 chr11 132177633 . A C 3528.96 PASS AF=1;AO=219;DP=226;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.965;QD=61.9117;RBI=0.0107789;REFB=0;REVB=-0.00133564;RO=0;SAF=116;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52725e-05;OID=.;OPOS=132177633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:228:0:0:219:228:1:103:116:0:0:105:123:0:0 chr11 133306894 . C G 766.21 PASS AF=0.455056;AO=81;DP=178;FAO=81;FDP=178;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.00558458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7071;QD=17.2181;RBI=0.0598345;REFB=0.0110321;REVB=0.0595733;RO=96;SAF=36;SAR=45;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647712;STB=0.533241;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0118432;OID=.;OPOS=133306894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:96:97:81:81:0.455056:45:36:49:47:45:36:49:48 chr11 133714472 . C T 712.28 PASS AF=0.486842;AO=74;DP=152;FAO=74;FDP=152;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00521527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8273;QD=18.7442;RBI=0.00836231;REFB=-0.0133729;REVB=-0.00653676;RO=78;SAF=22;SAR=52;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227086;STB=0.625872;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0160196;OID=.;OPOS=133714472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:78:78:74:74:0.486842:52:22:41:37:52:22:41:37 chr11 133714522 . G A 1338.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5195;QD=62.2376;RBI=0.110311;REFB=0;REVB=0.0126137;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208171;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:86:0:0:81:86:1:44:37:0:0:46:40:0:0 chr11 133815980 . GC G,GG 977.94 PASS AF=0.0298507,0.970149;AO=9,57;DP=66;FAO=2,65;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144928,0.0124337;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=244.661,255.215;QD=58.3843;RBI=0.0991464,0.0793083;REFB=0,0;REVB=0.0980814,0.0783276;RO=0;SAF=4,34;SAR=5,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0445773,0.000434052;OID=.,.;OPOS=133815981,133815981;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0298507,0.970149:9,57:66:2,65:67:0:1,37:1,28:0:0:4:0:4,34:5,23:0:0 chr11 134018656 . T C 2355.17 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000937311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.946;QD=63.226;RBI=0.0398658;REFB=-0.145214;REVB=0.0398547;RO=1;SAF=78;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605886;STB=0.503184;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000813064;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:149:149:1:1:148:148:0.993289:70:78:1:0:70:78:1:0 chr11 134021477 . G T 532.09 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00468173;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.219;QD=19.707;RBI=0.0137645;REFB=-0.014657;REVB=-0.0129438;RO=53;SAF=26;SAR=29;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10267;STB=0.556555;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0149817;OID=.;OPOS=134021477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:53:53:55:55:0.509259:29:26:19:34:29:26:19:34 chr11 134047243 . T C 1147.58 PASS AF=0.463602;AO=121;DP=261;FAO=121;FDP=261;FR=.;FRO=140;FSAF=49;FSAR=72;FSRF=66;FSRR=74;FWDB=-0.0235924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4453;QD=17.5874;RBI=0.0241217;REFB=0.0179333;REVB=0.00502567;RO=140;SAF=49;SAR=72;SRF=66;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659793;STB=0.536472;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.0222104;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:140:140:121:121:0.463602:72:49:66:74:72:49:66:74 chr11 134073019 . A T 93.51 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00379089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.12;QD=18.7029;RBI=0.00500846;REFB=-0.0233441;REVB=0.00327321;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469824;STB=0.514825;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0145076;OID=.;OPOS=134073019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:20:20:7:9:11:11:0.55:4:7:4:3:4:7:6:3 chr11 134115652 . G A 407.49 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0554323;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.7432;QD=29.1065;RBI=0.0565614;REFB=0.000199853;REVB=-0.0112453;RO=17;SAF=13;SAR=25;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21267;STB=0.607919;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.000463542;OID=.;OPOS=134115652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:18:38:38:0.678571:25:13:12:5:25:13:12:6 chr11 134151975 . G C 1236.61 PASS AF=0.411411;AO=124;DP=323;FAO=137;FDP=333;FR=.;FRO=196;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=82;FSRR=114;FWDB=-0.0148173;FXX=0.00892831;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.616;QD=14.8542;RBI=0.0165922;REFB=-0.0157664;REVB=0.00746641;RO=198;SAF=58;SAR=66;SRF=82;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591662;STB=0.511743;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0240863;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:333:198:196:124:137:0.411411:66:58:82:116:77:60:82:114 chr11 134182375 . G A 2871.6 PASS AF=1;AO=183;DP=185;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180175;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.185;QD=62.7672;RBI=0.0446872;REFB=-0.114019;REVB=0.0408939;RO=1;SAF=81;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584165;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133861;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:183:1:0:183:183:1:102:81:1:0:102:81:0:0 chr11 134208765 . T C 1534.12 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00175224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.11;QD=62.6171;RBI=0.00785938;REFB=-0.0610199;REVB=0.00766155;RO=1;SAF=40;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117078;STB=0.506023;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000221235;OID=.;OPOS=134208765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:96:97:0.989796:56:40:1:0:56:41:1:0 chr11 134208908 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.669;QD=61.6833;RBI=0.0427764;REFB=0;REVB=0.0236126;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35202e-05;OID=.;OPOS=134208908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr11 134226251 . T A 730.06 PASS AF=0.438889;AO=74;DP=175;FAO=79;FDP=180;FR=.;FRO=101;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=62;FWDB=0.00328443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.727;QD=16.2235;RBI=0.00331445;REFB=-0.00703226;REVB=0.0004451;RO=101;SAF=39;SAR=35;SRF=39;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144811;STB=0.560425;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00937839;OID=.;OPOS=134226251;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:180:101:101:74:79:0.438889:35:39:39:62:40:39:39:62 chr11 134226278 . C T 841.87 PASS AF=0.561151;AO=78;DP=139;FAO=78;FDP=139;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0102737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.038;QD=24.2265;RBI=0.0118838;REFB=-0.00396855;REVB=-0.00597289;RO=60;SAF=26;SAR=52;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100575;STB=0.55957;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00318762;OID=.;OPOS=134226278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:60:61:78:78:0.561151:52:26:27:33:52:26:28:33 chr11 134249321 . T C 3171.08 PASS AF=1;AO=174;DP=209;FAO=207;FDP=207;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=89;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904884;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.544;QD=61.2769;RBI=0.0548679;REFB=0;REVB=0.0541166;RO=0;SAF=88;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61379e-05;OID=.;OPOS=134249321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:207:0:0:174:207:1:86:88:0:0:118:89:0:0 chr12 92920 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7363;QD=45.8048;RBI=0.136212;REFB=0;REVB=-0.0103042;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00456948;OID=.;OPOS=92920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr12 235022 . C T 2587.52 PASS AF=0.971591;AO=171;DP=176;FAO=171;FDP=176;FR=.;FRO=5;FSAF=107;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.01678;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.762;QD=58.8072;RBI=0.0167984;REFB=0.0147848;REVB=-0.000786184;RO=5;SAF=107;SAR=64;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00148354;STB=0.50078;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.000106779;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:176:176:5:5:171:171:0.971591:64:107:3:2:64:107:3:2 chr12 247900 . G A 140.51 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=1;FWDB=0.00795785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.476;QD=13.0705;RBI=0.133051;REFB=-0.0183828;REVB=0.132813;RO=27;SAF=15;SAR=0;SRF=26;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.739837;STB=0.577381;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.027128;OID=.;OPOS=247900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:27:15:16:0.372093:0:15:26:1:1:15:26:1 chr12 248202 . C G 289.48 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.506;QD=52.6331;RBI=0.102161;REFB=0;REVB=0.101485;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259113;OID=.;OPOS=248202;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:3:18:0:0:3:19:0:0 chr12 274647 . T C 2421.84 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0165237;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.524;QD=60.5461;RBI=0.0259815;REFB=-0.0517014;REVB=0.02005;RO=1;SAF=85;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556489;STB=0.502924;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000135641;OID=.;OPOS=274647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:1:1:159:159:0.99375:74:85:1:0:74:85:1:0 chr12 280349 . C A 6774.27 PASS AF=0.973684;AO=444;DP=456;FAO=444;FDP=456;FR=.;FRO=12;FSAF=199;FSAR=245;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0346435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5353;QD=59.4234;RBI=0.0420853;REFB=-0.133555;REVB=0.0238955;RO=3;SAF=199;SAR=245;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058088;STB=0.505804;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00672974;OID=.;OPOS=280349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:456:456:3:12:444:444:0.973684:245:199:0:3:245:199:8:4 chr12 284058 . T C 1573.54 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6781;QD=59.9444;RBI=0.048671;REFB=0;REVB=0.0124672;RO=0;SAF=22;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46204e-05;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:105:0:0:100:105:1:78:22:0:0:78:27:0:0 chr12 311949 . A G 446.02 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.00757735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.92;QD=18.2049;RBI=0.0186031;REFB=0.00396239;REVB=-0.0169899;RO=53;SAF=16;SAR=29;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057893;STB=0.532244;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00546382;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:29:16:16:37:29:16:16:37 chr12 319111 . T C 1162.81 PASS AF=0.504348;AO=114;DP=228;FAO=116;FDP=230;FR=.;FRO=114;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=0.019464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.43;QD=20.2227;RBI=0.0217851;REFB=-0.0363132;REVB=0.00978493;RO=114;SAF=68;SAR=46;SRF=67;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828148;STB=0.500773;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0329551;OID=.;OPOS=319111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:230:114:114:114:116:0.504348:46:68:67:47:48:68:67:47 chr12 319125 . A G 798.02 PASS AF=0.466292;AO=83;DP=179;FAO=83;FDP=178;FR=.;FRO=95;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.00820423;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3964;QD=17.933;RBI=0.059489;REFB=-0.0107277;REVB=-0.0589206;RO=95;SAF=54;SAR=29;SRF=55;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739542;STB=0.541009;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00942842;OID=.;OPOS=319125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:95:95:83:83:0.466292:29:54:55:40:29:54:55:40 chr12 393500 . TT AA,TA 244.45 PASS AF=0.0555556,0.555556;AO=5,22;DP=54;FAO=3,30;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=2,6;FSAR=1,24;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=7.67316e-05,-6.96727e-05;FXX=0;HRUN=12,12;LEN=2,1;MLLD=23.086,17.6574;QD=18.1076;RBI=0.0233521,0.0306664;REFB=-0.128015,-0.25042;REVB=0.023352,0.0306663;RO=24;SAF=2,6;SAR=3,16;SRF=6;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.199371,0.026834;STB=0.798404,0.551688;STBP=0.459,0.465;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00958246,0.0380325;OID=.,.;OPOS=393500,393501;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:54:24:21:5,22:3,30:0.0555556,0.555556:3,16:2,6:6:18:1,24:2,6:6:15 chr12 393804 . CTTTT CTTCT,CTTTC,CTT,CTTT 200.1 PASS AF=0.225806,0.258065,0.129032,0.387097;AO=3,5,5,7;DP=33;FAO=7,8,4,12;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,3,9;FSAR=7,8,1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185278,0.0192596,0.0944475,0.2009;FXX=0.0882094;HRUN=11,11,11,11;LEN=1,1,2,1;MLLD=158.777,156.736,8.2787,4.22759;QD=25.8191;RBI=0.0358813,0.0492518,0.203664,0.382752;REFB=0.00629363,0.00537025,0.0750182,0.0628457;REVB=-0.0307277,-0.04533,-0.18044,-0.325788;RO=3;SAF=0,0,3,6;SAR=3,5,2,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.767807,-0.794084,-0.2842,-0.175667;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,del;VARB=0.0433014,0.0878758,0.0825681,-0.0341698;OID=.,.,.,.;OPOS=393807,393808,393805,393805;OREF=T,T,TT,T;OALT=C,C,-,-;OMAPALT=CTTCT,CTTTC,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.225806,0.258065,0.129032,0.387097:3,5,5,7:33:7,8,4,12:31:0:0,0,3,9:7,8,1,3:0:0:45:3:0,0,3,6:3,5,2,1:3:0 chr12 406292 . G A 744.62 PASS AF=0.521739;AO=71;DP=137;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=0.00519081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.793;QD=21.5832;RBI=0.00983053;REFB=-0.0163036;REVB=-0.00834835;RO=65;SAF=26;SAR=45;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558311;STB=0.530604;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0119068;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:65:66:71:72:0.521739:45:26:20:45:46:26:20:46 chr12 427575 . A G 511.2 PASS AF=0.55814;AO=47;DP=88;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.000354446;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5511;QD=23.7769;RBI=0.0102812;REFB=0.0147407;REVB=-0.0102751;RO=38;SAF=24;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086538;STB=0.509211;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.0101226;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:38:38:47:48:0.55814:23:24:19:19:23:25:19:19 chr12 443544 . C G 474.07 PASS AF=0.647059;AO=43;DP=67;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0225897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.362;QD=27.8862;RBI=0.0260055;REFB=-0.0426758;REVB=-0.0128838;RO=21;SAF=21;SAR=22;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214074;STB=0.514699;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0107812;OID=.;OPOS=443544;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:21:24:43:44:0.647059:22:21:11:10:22:22:11:13 chr12 496392 . CAAAAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAAAAG 415.96 PASS AF=0.350877,0.298246,0.192982,0.157895;AO=19,7,8,2;DP=53;FAO=20,17,11,9;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4,1,9;FSAR=18,13,10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104613,0.0416875,0.0378243,0.0181064;FXX=0.095223;HRUN=14,14,14,14;LEN=2,3,4,1;MLLD=6.24556,11.4399,12.3437,119.549;QD=29.1898;RBI=0.164202,0.0705035,0.0625698,0.0403481;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.126564,-0.0568586,-0.0498427,-0.0360573;RO=0;SAF=2,3,0,2;SAR=17,4,8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=4.41729e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.31136,0.088764,0.11004,0.0277756;OID=.,.,.,.;OPOS=496393,496393,496393,496402;OREF=AA,AAA,AAAA,A;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.350877,0.298246,0.192982,0.157895:19,7,8,2:53:20,17,11,9:57:0:2,4,1,9:18,13,10,0:0:0:69:0:2,3,0,2:17,4,8,0:0:0 chr12 496439 . A T 179.85 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0091042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.879;QD=9.10649;RBI=0.0138281;REFB=-0.00288632;REVB=0.0104081;RO=54;SAF=5;SAR=19;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165168;STB=0.609384;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00730442;OID=.;OPOS=496439;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:55:24:24:0.303797:19:5:17:37:19:5:18:37 chr12 520947 . A C 572.56 PASS AF=0.461538;AO=59;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00742526;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.911;QD=17.6173;RBI=0.0177532;REFB=-0.0220757;REVB=0.0161258;RO=70;SAF=32;SAR=27;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553383;STB=0.525659;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0242664;OID=.;OPOS=520947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:70:59:60:0.461538:27:32:34:36:28:32:34:36 chr12 547683 . T C 230.87 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0414088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.117;QD=23.0869;RBI=0.042477;REFB=-0.0111575;REVB=-0.0094662;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168745;STB=0.509425;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0170501;OID=.;OPOS=547683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:11:7:9:13:11:7 chr12 644337 . G A 1145.87 PASS AF=0.537688;AO=107;DP=198;FAO=107;FDP=199;FR=.;FRO=92;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.00933534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.14;QD=23.0326;RBI=0.0102919;REFB=-0.0275864;REVB=-0.00433306;RO=91;SAF=59;SAR=48;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00166008;STB=0.503699;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0207749;OID=.;OPOS=644337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:91:92:107:107:0.537688:48:59:50:41:48:59:50:42 chr12 657404 . G A 560.07 PASS AF=0.398773;AO=65;DP=163;FAO=65;FDP=163;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=68;FWDB=0.0112383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.583;QD=13.7442;RBI=0.0246163;REFB=-0.0133237;REVB=-0.0219013;RO=98;SAF=32;SAR=33;SRF=30;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200674;STB=0.61232;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0214783;OID=.;OPOS=657404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:98:98:65:65:0.398773:33:32:30:68:33:32:30:68 chr12 661656 . A G 731.15 PASS AF=0.584746;AO=69;DP=118;FAO=69;FDP=118;FR=.;FRO=49;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0515966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9111;QD=24.7847;RBI=0.0520726;REFB=-0.0026757;REVB=0.00702483;RO=47;SAF=37;SAR=32;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113754;STB=0.561412;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0018829;OID=.;OPOS=661656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:47:49:69:69:0.584746:32:37:18:29:32:37:19:30 chr12 662448 . T C 3691.55 PASS AF=1;AO=231;DP=233;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515086;FXX=0.00851028;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.902;QD=63.3742;RBI=0.0543945;REFB=0;REVB=0.0174821;RO=0;SAF=108;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85847e-06;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:233:233:0:0:231:233:1:123:108:0:0:125:108:0:0 chr12 662838 . T C 187.04 PASS AF=0.542857;AO=16;DP=32;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0191424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.68;QD=21.3762;RBI=0.0191596;REFB=-0.0167517;REVB=0.000810604;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574449;STB=0.507684;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0116476;OID=.;OPOS=662838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:16:16:16:19:0.542857:10:6:7:9:11:8:7:9 chr12 666801 . A G 336.84 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00236141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.251;QD=14.8061;RBI=0.0185986;REFB=-0.00925898;REVB=0.0184481;RO=54;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268103;STB=0.51518;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0137875;OID=.;OPOS=666801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:21:16:22:32:21:16:22:32 chr12 862989 . T C 3954.64 PASS AF=1;AO=247;DP=247;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8071;QD=64.0427;RBI=0.0706558;REFB=0;REVB=0.0251122;RO=0;SAF=131;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.97742e-05;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:247:0:0:247:247:1:116:131:0:0:116:131:0:0 chr12 939302 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.049;QD=56.938;RBI=0.0608438;REFB=0;REVB=0.0175394;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338216;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr12 974326 . G C 755.3 PASS AF=0.475904;AO=75;DP=161;FAO=79;FDP=166;FR=.;FRO=87;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.00376855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.466;QD=18.1999;RBI=0.0193864;REFB=-0.0273221;REVB=0.0190165;RO=86;SAF=41;SAR=34;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453131;STB=0.51558;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0319695;OID=.;OPOS=974326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:166:86:87:75:79:0.475904:34:41:51:35:35:44:51:36 chr12 974404 . T C 289.42 PASS AF=0.361702;AO=31;DP=91;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0136256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.445;QD=12.3156;RBI=0.0150708;REFB=-0.0116833;REVB=0.00643983;RO=60;SAF=0;SAR=31;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.81904;STB=0.936057;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0206842;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:60:60:31:34:0.361702:31:0:28:32:33:1:28:32 chr12 987482 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.486;QD=56.937;RBI=0.0639864;REFB=0;REVB=-0.00932261;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247938;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr12 990912 . A C 1635.41 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.006;QD=59.4695;RBI=0.0281118;REFB=0;REVB=0.0167296;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33045e-05;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:110:0:0:104:110:1:53:51:0:0:55:55:0:0 chr12 993930 . C T 1645.5 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272092;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.664;QD=60.3853;RBI=0.0272235;REFB=0;REVB=-0.000882149;RO=0;SAF=71;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98972e-05;OID=.;OPOS=993930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:38:71:0:0:38:71:0:0 chr12 994487 . G C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.882;QD=58.6005;RBI=0.0168527;REFB=0;REVB=0.00380375;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92662e-05;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr12 1017197 . C T 513.69 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0192913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.432;QD=55.5339;RBI=0.0193728;REFB=0.0275488;REVB=0.00177473;RO=2;SAF=21;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104939;STB=0.511621;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000722816;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:2:1:35:36:0.972973:14:21:1:1:15:21:1:0 chr12 1590013 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.030106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.309;QD=17.9525;RBI=0.0321979;REFB=-0.00432578;REVB=-0.0114162;RO=28;SAF=18;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159429;STB=0.589675;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00596234;OID=.;OPOS=1590013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:9:18:14:14:9:18:14:14 chr12 1590069 . G A 198.58 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0241989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5022;QD=19.374;RBI=0.0242443;REFB=-0.0260361;REVB=-0.00148186;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119952;STB=0.568054;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0269216;OID=.;OPOS=1590069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:7:13:11:10:7:13:11:10 chr12 1902766 . T G 3665.79 PASS AF=0.98;AO=243;DP=251;FAO=245;FDP=250;FR=.;FRO=5;FSAF=110;FSAR=135;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.011025;FXX=0.00398391;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.882;QD=58.6527;RBI=0.011725;REFB=-0.0442148;REVB=0.00399071;RO=4;SAF=110;SAR=133;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00631496;STB=0.505037;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000305127;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:251:250:4:5:243:245:0.98:133:110:1:3:135:110:1:4 chr12 1995403 . T C 3180.42 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166402;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.848;QD=64.2509;RBI=0.0251092;REFB=0;REVB=0.0188036;RO=0;SAF=104;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131472;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:198:0:0:198:198:1:94:104:0:0:94:104:0:0 chr12 2062323 . T TTGC 955.63 PASS AF=0.821053;AO=69;DP=123;FAO=78;FDP=95;FR=.;FRO=17;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0815236;FXX=0.0686207;HRUN=2;LEN=3;MLLD=162.437;QD=40.2372;RBI=0.10354;REFB=-0.162463;REVB=0.0638312;RO=54;SAF=28;SAR=41;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106843;STB=0.554106;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0400705;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.821053:69:123:78:95:17:36:42:13:4:99:54:28:41:29:25 chr12 2694638 . C T 1986.23 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.885;QD=62.0698;RBI=0.0271878;REFB=0;REVB=0.0269948;RO=0;SAF=47;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16356e-05;OID=.;OPOS=2694638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:81:47:0:0:81:47:0:0 chr12 2721137 . C T 2236.65 PASS AF=0.993007;AO=138;DP=141;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028999;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.566;QD=62.5636;RBI=0.040957;REFB=-0.0637457;REVB=0.0289229;RO=1;SAF=88;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941317;STB=0.50495;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000137981;OID=.;OPOS=2721137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:143:1:1:138:142:0.993007:50:88:0:1:50:92:0:1 chr12 2750893 . C T 896.15 PASS AF=0.473958;AO=90;DP=192;FAO=91;FDP=192;FR=.;FRO=101;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.0121865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.141;QD=18.6699;RBI=0.0142454;REFB=-0.0249412;REVB=0.00737708;RO=100;SAF=47;SAR=43;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00742647;STB=0.509573;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0270291;OID=.;OPOS=2750893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:100:101:90:91:0.473958:43:47:53:47:44:47:54:47 chr12 2788879 . G A 1283.2 PASS AF=0.582524;AO=118;DP=205;FAO=120;FDP=206;FR=.;FRO=86;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.0113252;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.039;QD=24.9166;RBI=0.0168044;REFB=-0.0113873;REVB=0.0124149;RO=85;SAF=64;SAR=54;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826047;STB=0.546476;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00847752;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:85:86:118:120:0.582524:54:64:37:48:55:65:37:49 chr12 2791132 . A G 682.35 PASS AF=0.448485;AO=74;DP=165;FAO=74;FDP=165;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0132458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.187;QD=16.5417;RBI=0.0169917;REFB=-0.0047934;REVB=-0.0106427;RO=89;SAF=32;SAR=42;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503604;STB=0.528469;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00549105;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:89:91:74:74:0.448485:42:32:43:46:42:32:44:47 chr12 2791205 . A G 2683.0 PASS AF=0.988636;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0310087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.038;QD=60.9773;RBI=0.0315255;REFB=-0.0501569;REVB=0.00568471;RO=2;SAF=83;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000498313;STB=0.500262;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000132631;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:176:176:2:2:174:174:0.988636:91:83:1:1:91:83:1:1 chr12 2794977 . G A 590.74 PASS AF=0.428571;AO=65;DP=153;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.0092979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.698;QD=15.3439;RBI=0.0256175;REFB=-0.0027263;REVB=-0.0238706;RO=87;SAF=37;SAR=28;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181161;STB=0.600907;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00471803;OID=.;OPOS=2794977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:87:88:65:66:0.428571:28:37:34:53:28:38:35:53 chr12 2801469 . C CT 284.6 PASS AF=0.526667;AO=62;DP=162;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=60;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=19;FWDB=0.0158081;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.50598;QD=7.58938;RBI=0.145879;REFB=-0.024966;REVB=-0.14502;RO=88;SAF=53;SAR=9;SRF=64;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217838;STB=0.517237;STBP=0.727;TYPE=ins;VARB=0.0256073;OID=.;OPOS=2801470;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526667:62:162:79:150:71:60:19:52:19:99:88:53:9:64:24 chr12 2943929 . C G 985.78 PASS AF=0.513514;AO=95;DP=185;FAO=95;FDP=185;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0245622;FXX=0.031412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.973;QD=21.3142;RBI=0.0270529;REFB=-0.0153349;REVB=0.0113381;RO=90;SAF=44;SAR=51;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266582;STB=0.514617;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0179519;OID=.;OPOS=2943929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:90:90:95:95:0.513514:51:44:39:51:51:44:39:51 chr12 2944024 . G C 889.85 PASS AF=0.52381;AO=88;DP=164;FAO=88;FDP=168;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.00417977;FXX=0.00591681;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.8;QD=21.1869;RBI=0.00431808;REFB=-0.0154271;REVB=-0.00108411;RO=76;SAF=41;SAR=47;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289509;STB=0.51627;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0137261;OID=.;OPOS=2944024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:168:76:80:88:88:0.52381:47:41:38:38:47:41:40:40 chr12 2968458 . T C 1463.71 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8232;QD=62.9552;RBI=0.0746623;REFB=0;REVB=-0.0705289;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000782902;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr12 2973615 . T C 759.87 PASS AF=0.521429;AO=73;DP=141;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.00438641;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.534;QD=21.7105;RBI=0.0211471;REFB=-0.0116063;REVB=0.0206872;RO=67;SAF=28;SAR=45;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00963368;STB=0.505288;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.010757;OID=.;OPOS=2973615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:67:67:73:73:0.521429:45:28:25:42:45:28:25:42 chr12 2996174 . A G 678.12 PASS AF=0.48227;AO=68;DP=141;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.000764484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.17;QD=19.2375;RBI=0.0346913;REFB=-0.0141105;REVB=0.0346829;RO=73;SAF=43;SAR=25;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159371;STB=0.508816;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.015567;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:73:73:68:68:0.48227:25:43:45:28:25:43:45:28 chr12 2997397 . G A 250.67 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0323386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7485;QD=14.5314;RBI=0.0436209;REFB=-0.0194136;REVB=-0.0292745;RO=37;SAF=11;SAR=18;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238658;STB=0.627402;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.027272;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:40:29:29:0.42029:18:11:23:14:18:11:24:16 chr12 3046802 . A G 483.2 PASS AF=0.364198;AO=59;DP=162;FAO=59;FDP=162;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.00357094;FXX=0.00613459;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.088;QD=11.9308;RBI=0.0110968;REFB=-0.0171247;REVB=0.0105066;RO=101;SAF=34;SAR=25;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090814;STB=0.551954;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0225204;OID=.;OPOS=3046802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:101:103:59:59:0.364198:25:34:50:51:25:34:51:52 chr12 3049698 . T C 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00638886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.533;QD=18.6418;RBI=0.00770753;REFB=0.00531646;REVB=-0.00431142;RO=26;SAF=17;SAR=8;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971033;STB=0.554266;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0063095;OID=.;OPOS=3049698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:8:17:20:6:8:17:20:6 chr12 3310439 . C T 622.16 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=137;FAO=60;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0184824;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.468;QD=19.1434;RBI=0.0185572;REFB=-0.0305165;REVB=-0.00166468;RO=71;SAF=22;SAR=26;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218001;STB=0.556984;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0406582;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:130:71:65:48:60:0.461538:26:22:34:37:36:24:33:32 chr12 3387697 . T C 1183.04 PASS AF=0.50431;AO=117;DP=232;FAO=117;FDP=232;FR=.;FRO=115;FSAF=43;FSAR=74;FSRF=62;FSRR=53;FWDB=-0.0854819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5748;QD=20.3972;RBI=0.111275;REFB=0.00971133;REVB=-0.0712394;RO=111;SAF=43;SAR=74;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149717;STB=0.587242;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0107709;OID=.;OPOS=3387697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:111:115:117:117:0.50431:74:43:59:52:74:43:62:53 chr12 3391032 . T G 607.89 PASS AF=0.459854;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0207433;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.706;QD=17.7485;RBI=0.0286938;REFB=-0.0312625;REVB=-0.0198254;RO=70;SAF=20;SAR=43;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121039;STB=0.52891;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0275312;OID=.;OPOS=3391032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:70:74:63:63:0.459854:43:20:23:47:43:20:27:47 chr12 3393419 . C T 1775.94 PASS AF=0.96;AO=120;DP=125;FAO=120;FDP=125;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0200096;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.82;QD=56.8301;RBI=0.026048;REFB=-0.066139;REVB=0.0166768;RO=4;SAF=52;SAR=68;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114471;STB=0.501358;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00159564;OID=.;OPOS=3393419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:125:125:4:5:120:120:0.96:68:52:1:3:68:52:2:3 chr12 3409277 . C T 1524.39 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0101072;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.645;QD=61.5917;RBI=0.0334033;REFB=-0.100234;REVB=0.0318374;RO=2;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201713;STB=0.510636;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00124159;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:99:2:2:97:97:0.979798:46:51:0:2:46:51:0:2 chr12 3749874 . T C 570.89 PASS AF=0.4;AO=66;DP=165;FAO=66;FDP=165;FR=.;FRO=99;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=58;FSRR=41;FWDB=-0.00547617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.189;QD=13.8399;RBI=0.00647358;REFB=-0.0102624;REVB=0.00345236;RO=97;SAF=32;SAR=34;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108603;STB=0.560421;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0124939;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:97:99:66:66:0.4:34:32:57:40:34:32:58:41 chr12 3782647 . A T 656.91 PASS AF=0.478261;AO=65;DP=135;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.00304596;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.903;QD=19.041;RBI=0.0139118;REFB=-0.0191543;REVB=-0.0135742;RO=69;SAF=34;SAR=31;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082059;STB=0.551255;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0152316;OID=.;OPOS=3782647;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:69:72:65:66:0.478261:31:34:30:39:32:34:30:42 chr12 3782701 . C T 489.96 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0306627;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.041;QD=16.7508;RBI=0.0353603;REFB=-0.00593563;REVB=-0.017611;RO=64;SAF=27;SAR=26;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857985;STB=0.547808;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0101943;OID=.;OPOS=3782701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:64:53:53:0.452991:26:27:27:37:26:27:27:37 chr12 3788145 . C T 788.84 PASS AF=0.456044;AO=81;DP=180;FAO=83;FDP=182;FR=.;FRO=99;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.0276689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.186;QD=17.3372;RBI=0.0276927;REFB=-0.0132481;REVB=0.00114774;RO=99;SAF=50;SAR=31;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939218;STB=0.543025;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0153053;OID=.;OPOS=3788145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:99:99:81:83:0.456044:31:50:52:47:33:50:52:47 chr12 3788188 . C T 579.57 PASS AF=0.415094;AO=66;DP=159;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.0265531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4375;QD=14.5804;RBI=0.028027;REFB=0.00652604;REVB=-0.00896912;RO=93;SAF=45;SAR=21;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115426;STB=0.564951;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00889739;OID=.;OPOS=3788188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:93:93:66:66:0.415094:21:45:54:39:21:45:54:39 chr12 3788222 . G A 465.5 PASS AF=0.386861;AO=53;DP=138;FAO=53;FDP=137;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.00400796;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.798;QD=13.5911;RBI=0.0156889;REFB=-0.00426444;REVB=-0.0151683;RO=84;SAF=32;SAR=21;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625132;STB=0.535437;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00645085;OID=.;OPOS=3788222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:84:84:53:53:0.386861:21:32:46:38:21:32:46:38 chr12 3789452 . C T 440.33 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0283777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6507;QD=16.9358;RBI=0.0430168;REFB=-0.0228398;REVB=0.0323288;RO=56;SAF=21;SAR=27;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435042;STB=0.524262;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0284375;OID=.;OPOS=3789452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:56:48:48:0.461538:27:21:27:29:27:21:27:29 chr12 3806147 . T C 945.67 PASS AF=0.451754;AO=88;DP=216;FAO=103;FDP=228;FR=.;FRO=125;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=55;FSRR=70;FWDB=0.00189904;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.368;QD=16.5906;RBI=0.00721555;REFB=-0.0099118;REVB=0.00696117;RO=112;SAF=30;SAR=58;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473069;STB=0.507162;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0104867;OID=.;OPOS=3806147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:228:112:125:88:103:0.451754:58:30:43:69:59:44:55:70 chr12 4411093 . TC CT 45.88 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=67;FSRR=21;FWDB=-0.0774999;FXX=0.0185168;HRUN=11;LEN=2;MLLD=19.3767;QD=1.73123;RBI=0.0779153;REFB=-0.120206;REVB=0.00803552;RO=67;SAF=12;SAR=0;SRF=52;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.62738;STB=0.598776;STBP=0.548;TYPE=mnp;VARB=0.0678349;OID=.;OPOS=4411093;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:106:106:67:88:12:12:0.113208:0:12:52:15:2:10:67:21 chr12 4414126 . G A 499.8 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.338;QD=58.7998;RBI=0.0867833;REFB=0;REVB=0.0415168;RO=0;SAF=2;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720709;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:32:2:0:0:32:2:0:0 chr12 4430412 . C G 61.5 PASS AF=0.0713043;AO=43;DP=576;FAO=41;FDP=575;FR=.;FRO=534;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=281;FSRR=253;FWDB=-0.039319;FXX=0.00173608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7688;QD=0.427822;RBI=0.141645;REFB=-0.00673195;REVB=-0.136079;RO=506;SAF=7;SAR=36;SRF=267;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42083;STB=0.8296;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.181664;OID=.;OPOS=4430412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:576:575:506:534:43:41:0.0713043:36:7:267:239:34:7:281:253 chr12 4459032 . G A 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.107594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.397;QD=12.5666;RBI=0.108198;REFB=-0.00604257;REVB=-0.0114119;RO=39;SAF=9;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084801;STB=0.542338;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00618531;OID=.;OPOS=4459032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:16:9:17:22:16:9:17:23 chr12 4462161 . C T 244.18 PASS AF=0.290598;AO=34;DP=117;FAO=34;FDP=117;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0137127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.899;QD=8.34787;RBI=0.0614448;REFB=-0.00499074;REVB=-0.0598951;RO=80;SAF=18;SAR=16;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797088;STB=0.533649;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0125242;OID=.;OPOS=4462161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:80:83:34:34:0.290598:16:18:37:43:16:18:40:43 chr12 4553332 . A G 824.44 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=151;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0559299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1868;QD=21.4139;RBI=0.0659096;REFB=0.00902449;REVB=0.0348702;RO=69;SAF=37;SAR=45;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022755;STB=0.522917;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00880505;OID=.;OPOS=4553332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:69:72:82:82:0.532468:45:37:33:36:45:37:36:36 chr12 4553383 . A G 509.58 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.011823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.879;QD=21.0136;RBI=0.0118232;REFB=-0.0200503;REVB=-7.05664e-05;RO=48;SAF=18;SAR=31;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734581;STB=0.504063;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0257284;OID=.;OPOS=4553383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:31:18:18:30:31:18:18:30 chr12 4554548 . G C 3640.44 PASS AF=1;AO=201;DP=233;FAO=232;FDP=232;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=85;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241686;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3215;QD=62.7662;RBI=0.0834489;REFB=0;REVB=0.0798724;RO=0;SAF=67;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372473;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:233:232:0:0:201:232:1:134:67:0:0:147:85:0:0 chr12 4702173 . C T 375.96 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0419477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1147;QD=15.9985;RBI=0.055948;REFB=-0.000892643;REVB=0.0370211;RO=53;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539319;STB=0.535583;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00081086;OID=.;OPOS=4702173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:54:40:40:0.425532:19:21:25:28:19:21:25:29 chr12 4705317 . C T 451.44 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0150922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0269;QD=17.1977;RBI=0.0152732;REFB=0.00332124;REVB=0.00234402;RO=56;SAF=25;SAR=24;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163612;STB=0.59082;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0039207;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:24:25:19:37:24:25:19:37 chr12 4716513 . C T 579.05 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0106363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.634;QD=21.6468;RBI=0.0176808;REFB=-0.0216099;REVB=0.0141237;RO=48;SAF=21;SAR=37;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837028;STB=0.551659;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.024844;OID=.;OPOS=4716513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:49:58:58:0.542056:37:21:22:26:37:21:23:26 chr12 4716572 . C A 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0495242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8613;QD=21.5309;RBI=0.0550383;REFB=-0.00957203;REVB=0.0240118;RO=31;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141829;STB=0.57851;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0100272;OID=.;OPOS=4716572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:24:13:16:15:24:13:16:15 chr12 4735734 . T C 943.13 PASS AF=0.446903;AO=99;DP=223;FAO=101;FDP=226;FR=.;FRO=125;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=67;FSRR=58;FWDB=0.00536006;FXX=0.00440509;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.884;QD=16.6926;RBI=0.010254;REFB=-0.00476676;REVB=0.00874151;RO=123;SAF=43;SAR=56;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942419;STB=0.550069;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00579661;OID=.;OPOS=4735734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:226:123:125:99:101:0.446903:56:43:65:58:56:45:67:58 chr12 4735737 . A G 1477.69 PASS AF=0.542222;AO=120;DP=225;FAO=122;FDP=225;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.023044;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7913;QD=26.27;RBI=0.0486789;REFB=-0.0262555;REVB=-0.042879;RO=74;SAF=64;SAR=56;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532714;STB=0.519063;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00102726;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:74:81:120:122:0.542222:56:64:45:29:57:65:47:34 chr12 4735894 . G A 432.69 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0348224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7399;QD=18.0288;RBI=0.0350454;REFB=-0.00921953;REVB=-0.00394688;RO=52;SAF=16;SAR=27;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128692;STB=0.563017;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00786947;OID=.;OPOS=4735894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:52:52:43:44:0.458333:27:16:26:26:27:17:26:26 chr12 4736086 . A G 1134.62 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2236;QD=60.513;RBI=0.0189666;REFB=0;REVB=-0.00950166;RO=0;SAF=55;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179348;OID=.;OPOS=4736086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:20:55:0:0:20:55:0:0 chr12 4736495 . C T 1576.96 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.407;QD=63.7157;RBI=0.0271236;REFB=0;REVB=0.00424919;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80713e-05;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:56:42:0:0:56:43:0:0 chr12 4736631 . A G 3533.81 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210767;FXX=0.00440509;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6613;QD=62.5453;RBI=0.058276;REFB=-0.126934;REVB=-0.0543311;RO=1;SAF=88;SAR=138;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538407;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399544;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:227:226:1:0:226:226:1:138:88:1:0:138:88:0:0 chr12 4736677 . G C,T 2787.35 PASS AF=0.914894,0.0744681;AO=163,14;DP=178;FAO=172,14;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=82,0;FSAR=90,14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0419562,-0.0089497;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.368,133.288;QD=59.3054;RBI=0.0490507,0.0120239;REFB=-0.0555856,-0.042906;REVB=-0.0254095,-0.00802976;RO=1;SAF=73,0;SAR=90,14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00525816,0;STB=0.505494,0.5;STBP=0.224,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00196639,0.0476388;OID=.,.;OPOS=4736677,4736677;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:178:188:1:2:163,14:172,14:0.914894,0.0744681:90,14:73,0:0:1:90,14:82,0:0:2 chr12 4736690 . A G 2581.44 PASS AF=0.988439;AO=168;DP=173;FAO=171;FDP=173;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0353246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5174;QD=59.6865;RBI=0.0353773;REFB=-0.00213157;REVB=-0.00193087;RO=4;SAF=71;SAR=97;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148006;STB=0.500791;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00551264;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:173:173:4:2:168:171:0.988439:97:71:3:1:97:74:1:1 chr12 4737318 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0234791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.673;QD=21.9446;RBI=0.0257229;REFB=-0.0114686;REVB=-0.0105072;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11081;STB=0.562422;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.013392;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:5:7:7:9:5:7 chr12 4737459 . C T 471.48 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00788994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.343;QD=23.5742;RBI=0.00823609;REFB=0.00174268;REVB=-0.00236263;RO=35;SAF=20;SAR=25;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128205;STB=0.507039;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00139155;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:25:20:15:20:25:20:15:20 chr12 4737715 . C T 569.63 PASS AF=0.39759;AO=66;DP=166;FAO=66;FDP=166;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=0.00907912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.554;QD=13.726;RBI=0.00927831;REFB=-0.00654698;REVB=0.00191223;RO=99;SAF=25;SAR=41;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727511;STB=0.544578;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0105665;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:99:100:66:66:0.39759:41:25:44:55:41:25:45:55 chr12 4740515 . A T 799.61 PASS AF=0.435644;AO=86;DP=203;FAO=88;FDP=202;FR=.;FRO=114;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=0.0410113;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.187;QD=15.8339;RBI=0.0410171;REFB=-0.0150329;REVB=-0.000688992;RO=114;SAF=40;SAR=46;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273078;STB=0.515515;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0189759;OID=.;OPOS=4740515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:114:114:86:88:0.435644:46:40:50:64:47:41:50:64 chr12 4794351 . A G 470.01 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=-0.0214197;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.269;QD=17.0914;RBI=0.0215212;REFB=-0.00307388;REVB=-0.00208818;RO=60;SAF=24;SAR=27;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202348;STB=0.608656;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00400378;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:60:59:51:51:0.463636:27:24:16:44:27:24:16:43 chr12 4830000 . T G 842.86 PASS AF=0.457895;AO=87;DP=190;FAO=87;FDP=190;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=62;FWDB=0.00785262;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.019;QD=17.7443;RBI=0.023038;REFB=-0.015764;REVB=-0.0216584;RO=103;SAF=37;SAR=50;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273743;STB=0.515163;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0180793;OID=.;OPOS=4830000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:103:103:87:87:0.457895:50:37:41:62:50:37:41:62 chr12 4835882 . T G 716.05 PASS AF=0.447674;AO=77;DP=172;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.0110001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.427;QD=16.6522;RBI=0.0162878;REFB=-0.00672445;REVB=-0.0120121;RO=95;SAF=52;SAR=25;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219065;STB=0.622134;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00831048;OID=.;OPOS=4835882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:95:95:77:77:0.447674:25:52:44:51:25:52:44:51 chr12 4873163 . G T 1419.06 PASS AF=0.454268;AO=149;DP=328;FAO=149;FDP=328;FR=.;FRO=179;FSAF=54;FSAR=95;FSRF=76;FSRR=103;FWDB=0.00601329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0973;QD=17.3056;RBI=0.0119504;REFB=-0.000171326;REVB=-0.0103273;RO=179;SAF=54;SAR=95;SRF=76;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649916;STB=0.535973;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000173863;OID=.;OPOS=4873163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:328:179:179:149:149:0.454268:95:54:76:103:95:54:76:103 chr12 4881766 . C T 397.24 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.00225261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2033;QD=12.9183;RBI=0.0431174;REFB=0.00742528;REVB=0.0430585;RO=76;SAF=22;SAR=25;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347593;STB=0.519742;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0115181;OID=.;OPOS=4881766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:76:76:47:47:0.382114:25:22:38:38:25:22:38:38 chr12 4919267 . A G 218.58 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.014646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.321;QD=31.2253;RBI=0.0409509;REFB=-0.0359884;REVB=0.0382423;RO=8;SAF=18;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347897;STB=0.519211;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.013505;OID=.;OPOS=4919267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:2:18:7:1:2:18:7:1 chr12 4921228 . T C 562.16 PASS AF=0.431655;AO=59;DP=140;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=23;FWDB=0.0288741;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.278;QD=16.1774;RBI=0.0473412;REFB=-0.0105165;REVB=0.0375163;RO=79;SAF=31;SAR=28;SRF=56;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191155;STB=0.610123;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0114061;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:79:79:59:60:0.431655:28:31:56:23:29:31:56:23 chr12 4921301 . T C 215.99 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.009234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.646;QD=15.1571;RBI=0.00945007;REFB=-0.0166359;REVB=0.00200923;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18139;STB=0.602697;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0154525;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:20:12:14:11:20:12 chr12 4922030 . C G 1094.05 PASS AF=0.532338;AO=107;DP=201;FAO=107;FDP=201;FR=.;FRO=94;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=33;FWDB=-0.00164912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.812;QD=21.7722;RBI=0.031721;REFB=-0.0108336;REVB=-0.0316781;RO=94;SAF=53;SAR=54;SRF=61;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131495;STB=0.571734;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0130293;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:94:94:107:107:0.532338:54:53:61:33:54:53:61:33 chr12 4922734 . A G 403.62 PASS AF=0.445545;AO=43;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.00762449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.3;QD=15.985;RBI=0.0129186;REFB=-0.012492;REVB=-0.0104287;RO=58;SAF=8;SAR=35;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180377;STB=0.54817;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0153905;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:56:43:45:0.445545:35:8:18:40:35:10:16:40 chr12 4923049 . T C 500.52 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.0157896;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8284;QD=19.4378;RBI=0.0161278;REFB=0.0424316;REVB=0.00328563;RO=49;SAF=24;SAR=28;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19586;STB=0.604542;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0444927;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:49:51:52:52:0.504854:28:24:12:37:28:24:13:38 chr12 4923364 . T C 512.55 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.032493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.109;QD=17.2286;RBI=0.0331143;REFB=-0.0157514;REVB=0.00638497;RO=64;SAF=19;SAR=36;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949052;STB=0.552921;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0177128;OID=.;OPOS=4923364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:36:19:28:36:36:19:28:36 chr12 4923697 . G T 1144.37 PASS AF=0.447471;AO=97;DP=261;FAO=115;FDP=257;FR=.,HEALED;FRO=134;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=66;FSRR=68;FWDB=0.00913052;FXX=0.011538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.2;QD=17.8113;RBI=0.00996517;REFB=-0.00335293;REVB=0.00399226;RO=137;SAF=44;SAR=53;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372866;STB=0.531355;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00924855;OID=.;OPOS=4923697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:257:137:134:97:115:0.447471:53:44:67:70:65:50:66:68 chr12 4959904 . G GA 146.65 PASS AF=0.383562;AO=50;DP=148;FAO=56;FDP=146;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.00308417;FXX=0.0135126;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.0638;QD=4.01776;RBI=0.0749783;REFB=-0.0704362;REVB=-0.0749148;RO=84;SAF=18;SAR=32;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093116;STB=0.518813;STBP=0.748;TYPE=ins;VARB=0.031504;OID=.;OPOS=4959905;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383562:50:148:56:146:90:22:34:38:52:99:84:18:32:37:47 chr12 4959987 . C T 872.57 PASS AF=0.556291;AO=84;DP=151;FAO=84;FDP=151;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.00745671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.702;QD=23.1145;RBI=0.0210746;REFB=-0.0146059;REVB=0.0197113;RO=66;SAF=35;SAR=49;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187883;STB=0.50736;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.011112;OID=.;OPOS=4959987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:66:67:84:84:0.556291:49:35:29:37:49:35:29:38 chr12 4959993 . C A 924.57 PASS AF=0.57931;AO=83;DP=145;FAO=84;FDP=145;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0173017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1867;QD=25.5052;RBI=0.0219676;REFB=-0.0155187;REVB=-0.0135361;RO=61;SAF=34;SAR=49;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133094;STB=0.504131;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0103833;OID=.;OPOS=4959993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:61:61:83:84:0.57931:49:34:26:35:49:35:26:35 chr12 4960023 . C A 856.77 PASS AF=0.59542;AO=78;DP=131;FAO=78;FDP=131;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0185392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.447;QD=26.1609;RBI=0.0185401;REFB=0.00380058;REVB=0.000190347;RO=53;SAF=33;SAR=45;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828864;STB=0.504503;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00262443;OID=.;OPOS=4960023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:53:53:78:78:0.59542:45:33:23:30:45:33:23:30 chr12 5021984 . T A 296.71 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0981752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.004;QD=18.2591;RBI=0.0981956;REFB=-0.0367136;REVB=0.00200038;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210686;STB=0.617687;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0333631;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:20:12:20:13:20:12:20:13 chr12 5026471 . C T 253.2 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.000153272;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5907;QD=20.6693;RBI=0.0270616;REFB=0.00740308;REVB=0.0270612;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144451;STB=0.573418;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00547189;OID=.;OPOS=5026471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:25:24:24:0.489796:14:10:7:19:14:10:7:18 chr12 5154462 . T C,G 1924.76 PASS AF=0.929688,0.0703125;AO=119,6;DP=126;FAO=119,9;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=60,0;FSAR=59,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343099,-0.0233555;FXX=0.0153834;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.1707,158.062;QD=60.1488;RBI=0.0365279,0.0250107;REFB=0,0;REVB=-0.0125345,-0.00894733;RO=0;SAF=60,0;SAR=59,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00176089,0.0793112;OID=.,.;OPOS=5154462,5154462;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:126:128:0:0:119,6:119,9:0.929688,0.0703125:59,6:60,0:0:0:59,9:60,0:0:0 chr12 5603602 . G C 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00185144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.009;QD=12.059;RBI=0.0108231;REFB=-0.0149085;REVB=-0.0106636;RO=42;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326136;STB=0.688733;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0276747;OID=.;OPOS=5603602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:7:18:18:24:7:18:18:24 chr12 5603607 . G A 219.23 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00179281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.16;QD=13.919;RBI=0.0183189;REFB=-0.0280445;REVB=-0.0182309;RO=37;SAF=19;SAR=7;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369988;STB=0.711444;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0406271;OID=.;OPOS=5603607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:7:19:14:23:7:19:14:23 chr12 5603632 . G A 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0386606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.442;QD=28.7717;RBI=0.0395628;REFB=-0.0347038;REVB=-0.00840092;RO=18;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228068;STB=0.62566;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0137184;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:19:10:12:6:19:10:12:6 chr12 6054395 . A G 4522.83 PASS AF=1;AO=277;DP=278;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=203;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159806;FXX=0.00692018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.35;QD=63.0359;RBI=0.028879;REFB=0;REVB=0.0240544;RO=0;SAF=84;SAR=193;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112394;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:278:287:0:0:277:287:1:193:84:0:0:203:84:0:0 chr12 6091000 . A G 4538.45 PASS AF=1;AO=284;DP=284;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.6;QD=63.2537;RBI=0.0368532;REFB=0;REVB=-0.0107255;RO=0;SAF=144;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129081;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:284:287:0:0:284:287:1:140:144:0:0:140:147:0:0 chr12 6105387 . G A 1495.64 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109118;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.468;QD=63.6442;RBI=0.0137482;REFB=0;REVB=0.00836329;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359138;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:52:42:0:0:52:42:0:0 chr12 6127535 . T G 394.67 PASS AF=0.19888;AO=56;DP=344;FAO=71;FDP=357;FR=.;FRO=286;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=171;FSRR=115;FWDB=-0.0174659;FXX=0.0083331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.979;QD=4.42202;RBI=0.0175715;REFB=-0.00856451;REVB=0.00192383;RO=287;SAF=24;SAR=32;SRF=170;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209715;STB=0.637761;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0400205;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:357:287:286:56:71:0.19888:32:24:170:117:41:30:171:115 chr12 6127943 . A G 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0427877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.276;QD=55.2213;RBI=0.0470592;REFB=0.0410718;REVB=0.0195904;RO=1;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219211;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00163314;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:21:35:0:1:21:35:0:1 chr12 6128169 . TC GT,TG 199.89 PASS AF=0,0.288889;AO=4,11;DP=45;FAO=0,13;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=0,10;FSAR=0,3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0706504,-0.0589693;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=38.5928,45.3153;QD=17.7682;RBI=0.0768809,0.0994691;REFB=-0.069463,-0.0104588;REVB=0.0303183,0.0801044;RO=12;SAF=0,10;SAR=4,1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.756743,0.295893;STB=0.5,0.65301;STBP=1,0.2;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0483117;OID=.,.;OPOS=6128169,6128170;OREF=TC,C;OALT=GT,G;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:86:45:45:12:23:4,11:0,13:0,0.288889:4,1:0,10:9:3:0,3:0,10:13:10 chr12 6128443 . T C 1083.77 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0506138;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1668;QD=60.2095;RBI=0.0516776;REFB=0;REVB=0.0104314;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260961;OID=.;OPOS=6128443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr12 6143984 . T C 2254.84 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.181;QD=63.5167;RBI=0.0117445;REFB=0;REVB=-0.0113741;RO=0;SAF=96;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39997e-05;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:45:96:0:0:45:97:0:0 chr12 6153514 . A G 839.61 PASS AF=0.446154;AO=86;DP=196;FAO=87;FDP=195;FR=.;FRO=108;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=68;FSRR=40;FWDB=0.0207235;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.605;QD=17.2227;RBI=0.0209356;REFB=0.00218152;REVB=-0.00297253;RO=108;SAF=47;SAR=39;SRF=68;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848296;STB=0.544002;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0025191;OID=.;OPOS=6153514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:108:108:86:87:0.446154:39:47:68:40:39:48:68:40 chr12 6153534 . T C 825.27 PASS AF=0.442786;AO=89;DP=201;FAO=89;FDP=201;FR=.;FRO=112;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=71;FSRR=41;FWDB=0.00758388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.885;QD=16.4233;RBI=0.0100582;REFB=-0.00847289;REVB=0.00660705;RO=112;SAF=45;SAR=44;SRF=71;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129117;STB=0.571605;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0101357;OID=.;OPOS=6153534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:112:112:89:89:0.442786:44:45:71:41:44:45:71:41 chr12 6172134 . T C 1161.73 PASS AF=0.432787;AO=122;DP=296;FAO=132;FDP=305;FR=.;FRO=173;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=88;FSRR=85;FWDB=-0.000809818;FXX=0.00326787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.786;QD=15.2358;RBI=0.00711023;REFB=-0.0238666;REVB=0.00706397;RO=172;SAF=60;SAR=62;SRF=88;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207781;STB=0.517815;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0333145;OID=.;OPOS=6172134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:305:172:173:122:132:0.432787:62:60:88:84:69:63:88:85 chr12 6172202 . T C 1678.57 PASS AF=0.490085;AO=165;DP=344;FAO=173;FDP=353;FR=.;FRO=180;FSAF=90;FSAR=83;FSRF=70;FSRR=110;FWDB=0.012828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.594;QD=19.0206;RBI=0.0161166;REFB=-0.0309254;REVB=-0.00975637;RO=179;SAF=82;SAR=83;SRF=70;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100409;STB=0.566713;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0401609;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:353:179:180:165:173:0.490085:83:82:70:109:83:90:70:110 chr12 6204902 . CA C 982.67 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9472;QD=56.9666;RBI=0.0495648;REFB=0;REVB=-0.0478976;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000310029;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:69:69:69:0:39:30:0:0:6:0:39:29:0:0 chr12 6344600 . C A 697.21 PASS AF=0.449102;AO=67;DP=159;FAO=75;FDP=167;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=-0.00741491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.59;QD=16.6995;RBI=0.0197734;REFB=0.00452752;REVB=0.0183305;RO=91;SAF=34;SAR=33;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100088;STB=0.579094;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00581222;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:167:91:92:67:75:0.449102:33:34:55:36:41:34:55:37 chr12 6421495 . G A 1220.18 PASS AF=0.466912;AO=127;DP=272;FAO=127;FDP=272;FR=.;FRO=145;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=79;FSRR=66;FWDB=-0.0115233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.413;QD=17.9438;RBI=0.0137814;REFB=-0.00118838;REVB=0.00755917;RO=144;SAF=61;SAR=66;SRF=78;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590366;STB=0.534346;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00135432;OID=.;OPOS=6421495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:144:145:127:127:0.466912:66:61:78:66:66:61:79:66 chr12 6427052 . C T 822.44 PASS AF=0.429907;AO=91;DP=214;FAO=92;FDP=214;FR=.;FRO=122;FSAF=18;FSAR=74;FSRF=31;FSRR=91;FWDB=0.00687419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.695;QD=15.3727;RBI=0.033285;REFB=-0.0307572;REVB=0.0325675;RO=122;SAF=18;SAR=73;SRF=30;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073605;STB=0.549716;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0517085;OID=.;OPOS=6427052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:122:122:91:92:0.429907:73:18:30:92:74:18:31:91 chr12 6428116 . T G 737.32 PASS AF=0.484277;AO=77;DP=160;FAO=77;FDP=159;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0110871;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.037;QD=18.549;RBI=0.0118854;REFB=-0.014361;REVB=0.00428234;RO=82;SAF=36;SAR=41;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382941;STB=0.521133;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0144551;OID=.;OPOS=6428116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:82:82:77:77:0.484277:41:36:35:47:41:36:35:47 chr12 6439470 . A G 236.51 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0175914;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.619;QD=17.519;RBI=0.0189509;REFB=-0.0117435;REVB=0.00704829;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848027;STB=0.554855;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0121655;OID=.;OPOS=6439470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:15:11:9:18:15:11:9:19 chr12 6442346 . A G 363.08 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0662002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3252;QD=15.6162;RBI=0.0683434;REFB=0.00405418;REVB=-0.0169808;RO=53;SAF=11;SAR=28;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337278;STB=0.686333;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00776872;OID=.;OPOS=6442346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:53:54:39:39:0.419355:28:11:32:21:28:11:32:22 chr12 6457062 . T C 671.81 PASS AF=0.364865;AO=80;DP=222;FAO=81;FDP=222;FR=.;FRO=141;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=78;FSRR=63;FWDB=-0.115521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4308;QD=12.1047;RBI=0.116485;REFB=-0.00518515;REVB=-0.0149525;RO=140;SAF=49;SAR=31;SRF=78;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642105;STB=0.533883;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00772424;OID=.;OPOS=6457062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:140:141:80:81:0.364865:31:49:78:62:32:49:78:63 chr12 6464581 . C T 224.82 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0062217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.967;QD=12.1523;RBI=0.0106494;REFB=-0.0231637;REVB=0.00864297;RO=46;SAF=16;SAR=12;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00685234;STB=0.503934;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0340321;OID=.;OPOS=6464581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:12:16:26:20:12:16:26:20 chr12 6484709 . T C 2776.44 PASS AF=1;AO=114;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=92;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.045;QD=60.0312;RBI=0.134312;REFB=0;REVB=-0.0237833;RO=0;SAF=21;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166112;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:114:185:1:93:21:0:0:93:92:0:0 chr12 6495275 . C A 515.36 PASS AF=0.371257;AO=61;DP=166;FAO=62;FDP=167;FR=.;FRO=105;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.0239389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.104;QD=12.344;RBI=0.0289782;REFB=-0.0277693;REVB=-0.0163298;RO=98;SAF=24;SAR=37;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958815;STB=0.54544;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.042307;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:98:105:61:62:0.371257:37:24:47:51:38:24:48:57 chr12 6500105 . T G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0340847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.76;QD=22.3411;RBI=0.0343735;REFB=-0.0309261;REVB=0.00444634;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128419;STB=0.580895;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0214984;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:17:18:0.5625:10:7:8:6:11:7:8:6 chr12 6560473 . A G,T 852.14 PASS AF=0.95,0.05;AO=57,3;DP=60;FAO=57,3;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32,3;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272062,-0.0225294;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.154,165.218;QD=56.8092;RBI=0.0275184,0.0271017;REFB=0,0;REVB=-0.00413371,-0.0150642;RO=0;SAF=32,3;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00517026,0.0926386;OID=.,.;OPOS=6560473,6560473;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:60:60:0:0:57,3:57,3:0.95,0.05:25,0:32,3:0:0:25,0:32,3:0:0 chr12 6562753 . A G 449.69 PASS AF=0.473684;AO=44;DP=94;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0261681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7154;QD=18.9342;RBI=0.0296789;REFB=0.00941538;REVB=-0.0140025;RO=48;SAF=22;SAR=22;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156674;STB=0.579257;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00802432;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:48:50:44:45:0.473684:22:22:16:32:22:23:18:32 chr12 6562768 . G C 322.83 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0288572;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.3109;QD=16.7701;RBI=0.0303271;REFB=-0.010905;REVB=0.0093271;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957203;STB=0.54664;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0101161;OID=.;OPOS=6562768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:42:35:35:0.454545:17:18:17:24:17:18:18:24 chr12 6562810 . A G 194.87 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0308793;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.698;QD=13.9194;RBI=0.0347931;REFB=-0.00249615;REVB=-0.0160319;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416666;STB=0.531954;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00654817;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:12:11:14:18:12:11:14:19 chr12 6572048 . A G 229.72 PASS AF=0.300971;AO=31;DP=104;FAO=31;FDP=103;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=54;FWDB=-0.00114527;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0033;QD=8.92119;RBI=0.0175406;REFB=-0.00658348;REVB=-0.0175031;RO=73;SAF=8;SAR=23;SRF=18;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180801;STB=0.507409;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00923427;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:73:72:31:31:0.300971:23:8:18:55:23:8:18:54 chr12 6619284 . C G 1461.46 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295399;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.623;QD=63.5419;RBI=0.0296587;REFB=0;REVB=-0.00265246;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5909e-05;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr12 6631169 . C A 303.13 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0192043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2157;QD=25.7986;RBI=0.0293919;REFB=-0.0177629;REVB=-0.0222504;RO=20;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101665;STB=0.556219;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0161741;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:13:14:13:7:13:14:13:7 chr12 6637845 . T C 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.126;QD=60.7133;RBI=0.0554511;REFB=0;REVB=0.0531682;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04357e-05;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr12 6638116 . C T 530.04 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.000515686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.087;QD=18.1211;RBI=0.00690374;REFB=0.00595412;REVB=0.00688445;RO=61;SAF=32;SAR=24;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121189;STB=0.567213;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00797323;OID=.;OPOS=6638116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:56:56:0.478632:24:32:27:34:24:32:27:34 chr12 6639088 . A G 2539.08 PASS AF=0.994012;AO=160;DP=161;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0636;QD=60.8163;RBI=0.0259047;REFB=-0.0736509;REVB=-0.00196799;RO=0;SAF=88;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33094e-08;STB=0.502732;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000194297;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:167:0:1:160:166:0.994012:72:88:0:0:75:91:1:0 chr12 6646320 . T C 735.6 PASS AF=0.518248;AO=71;DP=139;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0215845;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3645;QD=21.4774;RBI=0.0271484;REFB=-0.00609957;REVB=0.0164664;RO=66;SAF=26;SAR=45;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538739;STB=0.529634;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0050419;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:66:66:71:71:0.518248:45:26:28:38:45:26:28:38 chr12 6647109 . T C 490.07 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.07393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.879;QD=15.6821;RBI=0.0740039;REFB=-0.0188122;REVB=0.00330687;RO=70;SAF=26;SAR=28;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133622;STB=0.570222;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.024176;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:71:54:54:0.432:28:26:43:27:28:26:43:28 chr12 6715527 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00226754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0315;QD=6.57355;RBI=0.0311797;REFB=-0.00435388;REVB=0.0310972;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257618;STB=0.666111;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0141335;OID=.;OPOS=6715527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:7:9:2:4:7:9 chr12 6747295 . G A 456.18 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00893579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.363;QD=20.2746;RBI=0.0426343;REFB=-0.00746761;REVB=0.0416874;RO=45;SAF=23;SAR=22;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100098;STB=0.555422;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00335411;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:22:23:18:27:22:23:18:27 chr12 6777069 . TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTGA 113.82 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=6,2;DP=9;FAO=9,2;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673286,0.131642;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=98.5861,68.3879;QD=41.3875;RBI=0.240969,0.131647;REFB=0,0;REVB=0.231371,0.00115048;RO=0;SAF=2,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0311972,0.0605837;OID=.,.;OPOS=6777070,6777111;OREF=TGC,CTG;OALT=-,TGA;OMAPALT=TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.818182,0.181818:6,2:9:9,2:11:0:2,2:7,0:0:0:10:0:2,2:4,0:0:0 chr12 6835068 . A G 901.02 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0971118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6541;QD=53.7923;RBI=0.127234;REFB=-0.0821904;REVB=0.0822051;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149923;STB=0.52307;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00633268;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:1:3:64:64:0.955224:33:31:1:0:33:31:3:0 chr12 6835081 . G A 739.43 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0447829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.476;QD=54.7724;RBI=0.0514564;REFB=-0.131884;REVB=0.0253426;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000507318;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:0:1:26:27:0:1 chr12 6836852 . A G 990.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9705;QD=59.1335;RBI=0.104489;REFB=0;REVB=-0.0281584;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506508;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr12 6836913 . G T 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.152;QD=59.173;RBI=0.0136937;REFB=-0.0335633;REVB=-0.00911416;RO=1;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956081;STB=0.505049;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=9.59042e-07;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:49:27:0:1:49:27:0:1 chr12 6840209 . G A 918.31 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0838;QD=58.3057;RBI=0.0957877;REFB=0;REVB=-0.0451148;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383707;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr12 6858126 . G A 1294.15 PASS AF=0.44164;AO=139;DP=316;FAO=140;FDP=317;FR=.;FRO=177;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=78;FSRR=99;FWDB=0.00508685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7373;QD=16.3299;RBI=0.00966244;REFB=0.00429325;REVB=-0.00821503;RO=177;SAF=61;SAR=78;SRF=78;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187473;STB=0.502816;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.00562796;OID=.;OPOS=6858126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:317:177:177:139:140:0.44164:78:61:78:99:79:61:78:99 chr12 6887020 . T C 2329.22 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.186;QD=63.8143;RBI=0.0584364;REFB=0;REVB=0.0540595;RO=0;SAF=82;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79907e-05;OID=.;OPOS=6887020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:146:0:0:141:146:1:59:82:0:0:61:85:0:0 chr12 6925149 . C T 253.79 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.034317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.951;QD=21.5991;RBI=0.0370724;REFB=-0.0420674;REVB=-0.0140251;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174708;STB=0.509796;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0366778;OID=.;OPOS=6925149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:13:11:11:12:13:11:11:12 chr12 6926363 . T C 1570.92 PASS AF=0.991667;AO=82;DP=124;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.143186;FXX=0.0322555;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.295;QD=52.3639;RBI=0.143198;REFB=-0.114375;REVB=-0.00187715;RO=0;SAF=6;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.70997e-08;STB=0.503144;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00702741;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:120:0:1:82:119:0.991667:76:6:0:0:79:40:0:1 chr12 6928075 . T C 1294.44 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.12;QD=61.6399;RBI=0.0241858;REFB=0;REVB=0.0239001;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85216e-05;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:44:37:0:0:45:39:0:0 chr12 6928586 . CA AG 2886.56 PASS AF=0.984127;AO=186;DP=191;FAO=186;FDP=189;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0389121;FXX=0.0104707;HRUN=4;LEN=2;MLLD=47.7754;QD=61.0912;RBI=0.0467136;REFB=0.0193704;REVB=0.0258459;RO=3;SAF=95;SAR=91;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154353;STB=0.508107;STBP=0.092;TYPE=mnp;VARB=-0.000250039;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:191:189:3:3:186:186:0.984127:91:95:0:3:91:95:0:3 chr12 6936432 . G A 399.25 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0386441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.539;QD=15.9699;RBI=0.0526434;REFB=-0.0174913;REVB=0.0357486;RO=58;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422322;STB=0.523798;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0353678;OID=.;OPOS=6936432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:20:22:28:30:20:22:28:30 chr12 6939850 . A G 342.39 PASS AF=0.338583;AO=43;DP=127;FAO=43;FDP=127;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.0720517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.92;QD=10.7839;RBI=0.0721165;REFB=0.00474687;REVB=0.00305537;RO=84;SAF=17;SAR=26;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227113;STB=0.630642;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0072949;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:84:84:43:43:0.338583:26:17:50:34:26:17:50:34 chr12 6941021 . G A 358.09 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00573413;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.798;QD=31.138;RBI=0.00787803;REFB=-0.0260813;REVB=-0.00540215;RO=16;SAF=13;SAR=17;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120902;STB=0.566023;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0173048;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:17:13:4:12:17:13:4:12 chr12 6942823 . A G 2480.16 PASS AF=1;AO=156;DP=158;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444207;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.247;QD=61.6188;RBI=0.0444668;REFB=0;REVB=0.00202455;RO=0;SAF=80;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50417e-05;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:161:0:0:156:161:1:76:80:0:0:81:80:0:0 chr12 6946247 . G T 178.99 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00957931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.949;QD=12.5608;RBI=0.0127671;REFB=-0.025936;REVB=-0.00844016;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107184;STB=0.561498;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0421029;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:13:9:11:24:13:9:11:24 chr12 6947196 . C T 435.38 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0230077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.73;QD=23.8563;RBI=0.0244598;REFB=-0.0292088;REVB=0.00830218;RO=31;SAF=17;SAR=25;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626042;STB=0.534386;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0254766;OID=.;OPOS=6947196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:25:17:15:16:25:17:15:16 chr12 6950930 . AT A 148.42 PASS AF=0.375;AO=37;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0723251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.4049;QD=6.74639;RBI=0.0723662;REFB=0.0229854;REVB=-0.00243653;RO=51;SAF=13;SAR=24;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204302;STB=0.508469;STBP=0.93;TYPE=del;VARB=-0.0291833;OID=.;OPOS=6950931;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:37:88:33:88:55:11:22:19:36:99:51:13:24:17:34 chr12 6954875 . C T 743.71 PASS AF=0.451429;AO=79;DP=177;FAO=79;FDP=175;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.00180503;FXX=0.0112988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.192;QD=16.999;RBI=0.00293656;REFB=-0.0162561;REVB=-0.0023163;RO=95;SAF=34;SAR=45;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741939;STB=0.544211;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0216449;OID=.;OPOS=6954875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:95:96:79:79:0.451429:45:34:48:47:45:34:49:47 chr12 6958541 . G A 196.41 PASS AF=0.269231;AO=28;DP=104;FAO=28;FDP=104;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00494185;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=179.853;QD=7.55424;RBI=0.00701188;REFB=-0.0047076;REVB=-0.00497438;RO=72;SAF=18;SAR=10;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587149;STB=0.549383;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0120421;OID=.;OPOS=6958541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:72:76:28:28:0.269231:10:18:43:29:10:18:44:32 chr12 6965194 . A G 830.72 PASS AF=0.445;AO=85;DP=196;FAO=89;FDP=200;FR=.;FRO=111;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=68;FWDB=0.00713581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.612;QD=16.6144;RBI=0.0178517;REFB=-0.00814486;REVB=0.0163634;RO=104;SAF=55;SAR=30;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269191;STB=0.633838;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00692782;OID=.;OPOS=6965194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:200:104:111:85:89:0.445:30:55:39:65:33:56:43:68 chr12 6976688 . A G 2591.84 PASS AF=0.507014;AO=250;DP=495;FAO=253;FDP=499;FR=.;FRO=246;FSAF=108;FSAR=145;FSRF=139;FSRR=107;FWDB=-0.0108532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.362;QD=20.7763;RBI=0.0324619;REFB=-0.0293899;REVB=-0.0305939;RO=242;SAF=107;SAR=143;SRF=136;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120813;STB=0.568207;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0279493;OID=.;OPOS=6976688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:495:499:242:246:250:253:0.507014:143:107:136:106:145:108:139:107 chr12 7015075 . A C 521.52 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.0530546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8419;QD=16.9599;RBI=0.0531102;REFB=0.0207143;REVB=0.00242946;RO=66;SAF=23;SAR=33;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477561;STB=0.529847;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0308961;OID=.;OPOS=7015075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:66:67:56:56:0.455285:33:23:24:42:33:23:24:43 chr12 7015707 . G T 607.16 PASS AF=0.459854;AO=63;DP=137;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0115654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.123;QD=17.7272;RBI=0.0152703;REFB=0.000268706;REVB=0.00997117;RO=74;SAF=27;SAR=36;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700263;STB=0.538935;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.000302409;OID=.;OPOS=7015707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:74:63:63:0.459854:36:27:37:37:36:27:37:37 chr12 7021957 . G A 624.64 PASS AF=0.485294;AO=45;DP=136;FAO=66;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0102197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.452;QD=18.3718;RBI=0.149633;REFB=-0.0419722;REVB=0.149284;RO=71;SAF=32;SAR=13;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250403;STB=0.5078;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0438731;OID=.;OPOS=7021957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:70:45:66:0.485294:13:32:35:36:34:32:35:35 chr12 7023123 . A G 355.74 PASS AF=0.316901;AO=45;DP=142;FAO=45;FDP=142;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=0.0110018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9648;QD=10.0209;RBI=0.0410451;REFB=0.00683392;REVB=0.0395432;RO=97;SAF=21;SAR=24;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00324883;STB=0.501886;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0142559;OID=.;OPOS=7023123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:97:97:45:45:0.316901:24:21:45:52:24:21:45:52 chr12 7026307 . G C 561.93 PASS AF=0.472441;AO=58;DP=125;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0352331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.4062;QD=17.6987;RBI=0.0353593;REFB=-0.0460091;REVB=0.00298483;RO=64;SAF=20;SAR=38;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936226;STB=0.548555;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.055898;OID=.;OPOS=7026307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:64:67:58:60:0.472441:38:20:28:36:40:20:28:39 chr12 7055860 . T C 819.73 PASS AF=0.515528;AO=79;DP=162;FAO=83;FDP=161;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0269146;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.161;QD=20.3659;RBI=0.0353512;REFB=-0.0299211;REVB=-0.0229196;RO=76;SAF=26;SAR=53;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113996;STB=0.55766;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.026888;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:76:78:79:83:0.515528:53:26:34:42:54:29:36:42 chr12 7065635 . T C 1572.97 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0699782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.981;QD=59.9228;RBI=0.0770221;REFB=0;REVB=0.0321783;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90777e-05;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:62:43:0:0:62:43:0:0 chr12 7079215 . T G 1223.84 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.618;QD=61.1922;RBI=0.054839;REFB=0;REVB=0.0170099;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42947e-05;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:44:35:0:0:44:36:0:0 chr12 7080212 . T C 874.36 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000811408;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.648;QD=56.4102;RBI=0.0466953;REFB=0.00697664;REVB=0.0466882;RO=1;SAF=11;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409807;STB=0.521732;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=3.54556e-05;OID=.;OPOS=7080212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:50:11:1:0:50:11:1:0 chr12 7090742 . G A 395.62 PASS AF=0.385246;AO=45;DP=120;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=20;FWDB=-0.0139352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.294;QD=12.971;RBI=0.0455402;REFB=-0.0128612;REVB=0.0433557;RO=74;SAF=31;SAR=14;SRF=54;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534116;STB=0.552146;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0320735;OID=.;OPOS=7090742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:74:75:45:47:0.385246:14:31:54:20:16:31:55:20 chr12 7241055 . A G 704.75 PASS AF=0.420765;AO=77;DP=182;FAO=77;FDP=183;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=0.00106484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0509;QD=15.4044;RBI=0.0248557;REFB=-0.0154019;REVB=-0.0248329;RO=102;SAF=38;SAR=39;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866819;STB=0.53651;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0142334;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:102:106:77:77:0.420765:39:38:59:43:39:38:59:47 chr12 7241570 . C T 543.1 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0212219;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.13;QD=22.3957;RBI=0.0370954;REFB=-0.00335711;REVB=-0.0304253;RO=46;SAF=34;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345872;STB=0.519076;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0023809;OID=.;OPOS=7241570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:46:46:51:51:0.525773:17:34:29:17:17:34:29:17 chr12 7242299 . G A 1029.55 PASS AF=0.444898;AO=102;DP=242;FAO=109;FDP=245;FR=.;FRO=136;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=55;FSRR=81;FWDB=0.0128332;FXX=0.0199992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.726;QD=16.809;RBI=0.0128353;REFB=-0.0181665;REVB=0.000231805;RO=136;SAF=49;SAR=53;SRF=55;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078417;STB=0.535538;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0212621;OID=.;OPOS=7242299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:245:136:136:102:109:0.444898:53:49:55:81:58:51:55:81 chr12 7249598 . T C 750.45 PASS AF=0.568;AO=71;DP=125;FAO=71;FDP=125;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0108101;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.344;QD=24.0145;RBI=0.0431514;REFB=-0.0263836;REVB=0.0417754;RO=52;SAF=31;SAR=40;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448043;STB=0.503431;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0248562;OID=.;OPOS=7249598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:52:54:71:71:0.568:40:31:23:29:40:31:24:30 chr12 7254669 . A C 258.07 PASS AF=0.5;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00018368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8263;QD=18.4333;RBI=0.00503075;REFB=-0.0215519;REVB=0.0050274;RO=27;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144454;STB=0.572486;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0200369;OID=.;OPOS=7254669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:28:28:0.5:17:11:15:12:17:11:15:13 chr12 7280880 . C G 1333.18 PASS AF=0.449367;AO=141;DP=316;FAO=142;FDP=316;FR=.;FRO=174;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=86;FSRR=88;FWDB=0.0139497;FXX=0.00315447;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.549;QD=16.8757;RBI=0.0173938;REFB=-0.0114348;REVB=0.0103899;RO=173;SAF=71;SAR=70;SRF=86;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00640639;STB=0.507041;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0128106;OID=.;OPOS=7280880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:173:174:141:142:0.449367:70:71:86:87:70:72:86:88 chr12 7281317 . C T 637.31 PASS AF=0.402235;AO=71;DP=177;FAO=72;FDP=179;FR=.;FRO=107;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=0.0064802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6305;QD=14.2415;RBI=0.0128841;REFB=0.00760879;REVB=0.0111358;RO=105;SAF=23;SAR=48;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120298;STB=0.571964;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0112516;OID=.;OPOS=7281317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:105:107:71:72:0.402235:48:23:45:60:49:23:46:61 chr12 7287956 . C T 1074.18 PASS AF=0.478448;AO=108;DP=229;FAO=111;FDP=232;FR=.;FRO=121;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=0.0153311;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.689;QD=18.5203;RBI=0.0275759;REFB=0.00275657;REVB=-0.0229213;RO=119;SAF=64;SAR=44;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933702;STB=0.557306;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00295149;OID=.;OPOS=7287956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:232:119:121:108:111:0.478448:44:64:59:60:44:67:60:61 chr12 7309199 . G A 283.68 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00326536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.924;QD=23.1574;RBI=0.00386763;REFB=-0.000428163;REVB=0.00207268;RO=22;SAF=20;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470951;STB=0.546181;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000320935;OID=.;OPOS=7309199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:6:20:16:6:6:20:16:7 chr12 7309471 . C A 541.03 PASS AF=0.398734;AO=63;DP=158;FAO=63;FDP=158;FR=.;FRO=95;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.00300842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.063;QD=13.697;RBI=0.00357056;REFB=-0.000803999;REVB=0.00192311;RO=92;SAF=40;SAR=23;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112249;STB=0.561472;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00270299;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:92:95:63:63:0.398734:23:40:49:43:23:40:51:44 chr12 7309473 . G C 591.48 PASS AF=0.41875;AO=67;DP=160;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.0130297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.982;QD=14.787;RBI=0.0130297;REFB=0.00173802;REVB=-1.18838e-05;RO=91;SAF=42;SAR=25;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829993;STB=0.553901;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00709382;OID=.;OPOS=7309473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:91:93:67:67:0.41875:25:42:50:41:25:42:50:43 chr12 7463241 . A T 5187.46 PASS AF=0.990991;AO=325;DP=329;FAO=330;FDP=333;FR=.;FRO=3;FSAF=143;FSAR=187;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0426211;FXX=0.00596997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.541;QD=62.3118;RBI=0.0429253;REFB=-0.00828735;REVB=0.00510127;RO=3;SAF=138;SAR=187;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431849;STB=0.502139;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=4.03076e-05;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:329:333:3:3:325:330:0.990991:187:138:2:1:187:143:2:1 chr12 7528471 . G A 869.13 PASS AF=0.530864;AO=86;DP=162;FAO=86;FDP=162;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00233684;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.356;QD=21.4599;RBI=0.0193242;REFB=-0.00122689;REVB=-0.0191824;RO=75;SAF=42;SAR=44;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184949;STB=0.513075;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00108995;OID=.;OPOS=7528471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:75:76:86:86:0.530864:44:42:35:40:44:42:35:41 chr12 7548996 . C G 55.71 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0792805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0247;QD=10.6109;RBI=0.152909;REFB=-0.0209419;REVB=0.130751;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241788;STB=0.648251;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0467617;OID=.;OPOS=7548996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:6:7:6:2:6:7 chr12 7549009 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0121446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.813;QD=11.257;RBI=0.0127943;REFB=-0.000487708;REVB=0.00402505;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272725;STB=0.666222;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000560277;OID=.;OPOS=7549009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:6:6:6:2:6:6 chr12 7551022 . A T 1272.25 PASS AF=0.955056;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.01371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.306;QD=57.1797;RBI=0.0145895;REFB=-0.0162763;REVB=-0.00498888;RO=4;SAF=61;SAR=24;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339967;STB=0.501796;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.000326497;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:89:4:4:85:85:0.955056:24:61:3:1:24:61:3:1 chr12 7551050 . A C 1607.02 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.096;QD=60.0756;RBI=0.0229514;REFB=0;REVB=0.0173408;RO=0;SAF=73;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19224e-05;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:34:73:0:0:34:73:0:0 chr12 7585247 . T C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0515023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0247;QD=30.7898;RBI=0.0614476;REFB=-0.0232666;REVB=-0.0335159;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0021828;OID=.;OPOS=7585247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr12 7649484 . T C 646.52 PASS AF=0.6;AO=57;DP=95;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0020315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4896;QD=27.2217;RBI=0.0419618;REFB=-0.00398409;REVB=-0.0419126;RO=38;SAF=33;SAR=24;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296016;OID=.;OPOS=7649484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:38:38:57:57:0.6:24:33:22:16:24:33:22:16 chr12 7649653 . T C 532.48 PASS AF=0.474576;AO=55;DP=117;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0106579;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.902;QD=18.0502;RBI=0.0120248;REFB=-0.0228097;REVB=0.00556837;RO=62;SAF=29;SAR=26;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668015;STB=0.532385;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0221088;OID=.;OPOS=7649653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:62:62:55:56:0.474576:26:29:37:25:26:30:37:25 chr12 7655137 . A G 201.53 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0261205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8885;QD=13.8983;RBI=0.0498367;REFB=-0.00313946;REVB=0.0424431;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118371;STB=0.567843;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00547845;OID=.;OPOS=7655137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:16:8:15:19:16:8:15:19 chr12 7655278 . T A 545.03 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0130597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.363;QD=17.1661;RBI=0.0155176;REFB=-0.0107065;REVB=-0.00838092;RO=69;SAF=29;SAR=29;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106215;STB=0.559035;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00979239;OID=.;OPOS=7655278;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:58:58:0.456693:29:29:27:42:29:29:27:42 chr12 7779227 . A G 1195.35 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155257;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.081;QD=61.2998;RBI=0.155268;REFB=0;REVB=0.001909;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429015;OID=.;OPOS=7779227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:40:37:0:0:40:38:0:0 chr12 7818444 . C A 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00946655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.878;QD=18.1914;RBI=0.01463;REFB=1.04736e-05;REVB=0.0111545;RO=45;SAF=19;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762618;STB=0.542551;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=5.6912e-05;OID=.;OPOS=7818444;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:21:19:25:20:21:19:25:20 chr12 7966958 . C T 896.23 PASS AF=0.466667;AO=91;DP=195;FAO=91;FDP=195;FR=.;FRO=104;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.00194949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.398;QD=18.3841;RBI=0.00258571;REFB=-0.0089695;REVB=0.00169865;RO=104;SAF=47;SAR=44;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662692;STB=0.503665;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00959421;OID=.;OPOS=7966958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:104:104:91:91:0.466667:44:47:53:51:44:47:53:51 chr12 7967071 . G A 256.28 PASS AF=0.317757;AO=34;DP=108;FAO=34;FDP=107;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00779017;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2767;QD=9.58043;RBI=0.0346686;REFB=-0.00795326;REVB=-0.033782;RO=74;SAF=20;SAR=14;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135585;STB=0.583651;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0172151;OID=.;OPOS=7967071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:74:73:34:34:0.317757:14:20:35:39:14:20:34:39 chr12 8043688 . G C 2072.17 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0501056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.864;QD=60.9461;RBI=0.052561;REFB=-0.0390824;REVB=0.0158771;RO=2;SAF=43;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00573025;STB=0.503015;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=5.23529e-05;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:2:2:134:134:0.985294:91:43:1:1:91:43:1:1 chr12 8074203 . TA T 43.36 PASS AF=0.238095;AO=18;DP=86;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.219707;FXX=0.0232531;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.2653;QD=2.06471;RBI=0.238944;REFB=-0.0277122;REVB=-0.0939327;RO=53;SAF=1;SAR=17;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.660278;STB=0.864975;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0176198;OID=.;OPOS=8074204;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:18:86:20:84:64:2:18:33:31:43:53:1:17:27:26 chr12 8082367 . T C 132.48 PASS AF=0.196581;AO=23;DP=117;FAO=23;FDP=117;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0130752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.002;QD=4.52906;RBI=0.0197145;REFB=-0.00251914;REVB=0.0147547;RO=94;SAF=10;SAR=13;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397312;STB=0.525092;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00838088;OID=.;OPOS=8082367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:94:94:23:23:0.196581:13:10:38:56:13:10:38:56 chr12 8278181 . A T 1267.96 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0439741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8746;QD=58.2969;RBI=0.0768499;REFB=-0.0706438;REVB=0.0630252;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00868715;OID=.;OPOS=8278181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:0:2:84:85:0.977011:40:44:0:0:41:44:2:0 chr12 8329652 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7246;QD=46.848;RBI=0.0341503;REFB=0;REVB=-0.0179803;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00178516;OID=.;OPOS=8329652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr12 8329676 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0366497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.706;QD=34.6655;RBI=0.0403801;REFB=-0.0660375;REVB=-0.0169514;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00278102;OID=.;OPOS=8329676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:1:0:5:5:1:0 chr12 8329700 . A C 230.25 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0132978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6489;QD=46.0499;RBI=0.0410767;REFB=-0.13977;REVB=-0.0388647;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705879;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00207612;OID=.;OPOS=8329700;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:1:0:13:6:1:0 chr12 8329833 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6696;QD=51.9167;RBI=0.0143717;REFB=0;REVB=-0.00347066;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292046;OID=.;OPOS=8329833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr12 8374770 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.417;QD=57.5443;RBI=0.059917;REFB=0;REVB=0.0475722;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272681;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:43:15:0:0:43:15:0:0 chr12 8374781 . C CACG 693.97 PASS AF=1;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332376;FXX=0.0576812;HRUN=0;LEN=3;MLLD=311.7;QD=56.6506;RBI=0.0337726;REFB=0;REVB=0.00598764;RO=2;SAF=11;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00014346;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:53:49:49:0:11:38:0:0:4:2:11:38:1:1 chr12 8376110 . T C 1417.61 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892361;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.091;QD=62.3125;RBI=0.0308193;REFB=0;REVB=0.0294991;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20345e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:91:0:0:86:91:1:42:44:0:0:46:45:0:0 chr12 8543143 . T A 620.97 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0047971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.646;QD=55.1968;RBI=0.00510718;REFB=0.0131807;REVB=0.00175244;RO=3;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573815;STB=0.530598;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000412246;OID=.;OPOS=8543143;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:23:19:0:3:23:19:0:3 chr12 8637403 . G T 1093.4 PASS AF=0.408638;AO=120;DP=297;FAO=123;FDP=301;FR=.;FRO=178;FSAF=43;FSAR=80;FSRF=82;FSRR=96;FWDB=-0.0192755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.302;QD=14.5302;RBI=0.0271866;REFB=-0.0262837;REVB=0.019172;RO=176;SAF=43;SAR=77;SRF=80;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107159;STB=0.569205;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0348148;OID=.;OPOS=8637403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:301:176:178:120:123:0.408638:77:43:80:96:80:43:82:96 chr12 8666378 . C A 239.26 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0191181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2724;QD=20.8053;RBI=0.0412679;REFB=-0.00270911;REVB=-0.0365724;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25554;STB=0.629107;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00220957;OID=.;OPOS=8666378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:11:12:5:17:11:12:6:17 chr12 8667897 . A G 744.19 PASS AF=0.406699;AO=84;DP=209;FAO=85;FDP=209;FR=.;FRO=124;FSAF=26;FSAR=59;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=-0.0343727;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.742;QD=14.2428;RBI=0.0346355;REFB=-0.0170163;REVB=0.00425899;RO=124;SAF=26;SAR=58;SRF=56;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163488;STB=0.594326;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0265775;OID=.;OPOS=8667897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:124:124:84:85:0.406699:58:26:56:68:59:26:56:68 chr12 8693333 . G A 788.97 PASS AF=0.935484;AO=59;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00575855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2956;QD=50.9015;RBI=0.0131539;REFB=0.020116;REVB=-0.0118264;RO=3;SAF=38;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305933;STB=0.509578;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.0190504;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:3:4:59:58:0.935484:21:38:1:2:21:37:2:2 chr12 8693418 . T C 142.35 PASS AF=0.371429;AO=6;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0372776;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.814;QD=16.2689;RBI=0.038737;REFB=-0.068371;REVB=-0.0105324;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203317;STB=0.531867;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0490843;OID=.;OPOS=8693418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:10:18:6:13:0.371429:3:3:7:3:5:8:12:6 chr12 8757481 . G A 1106.37 PASS AF=0.427046;AO=120;DP=281;FAO=120;FDP=281;FR=.;FRO=161;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=70;FSRR=91;FWDB=0.00218326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5873;QD=15.749;RBI=0.0253779;REFB=-0.0043825;REVB=0.0252838;RO=160;SAF=58;SAR=62;SRF=69;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536814;STB=0.527895;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00674074;OID=.;OPOS=8757481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:160:161:120:120:0.427046:62:58:69:91:62:58:70:91 chr12 8926011 . T C 5193.37 PASS AF=1;AO=324;DP=325;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016931;FXX=0.00303942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.589;QD=63.3338;RBI=0.0539313;REFB=0;REVB=0.0512047;RO=0;SAF=142;SAR=182;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28987e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62131e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:325:328:0:0:324:328:1:182:142:0:0:183:145:0:0 chr12 9004512 . G A 2019.32 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123808;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.674;QD=62.1329;RBI=0.0251008;REFB=0;REVB=0.021835;RO=0;SAF=63;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369589;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:129:130:0:0:129:130:1:66:63:0:0:67:63:0:0 chr12 9004892 . C A 1376.92 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.323;QD=62.5871;RBI=0.0248599;REFB=0;REVB=0.0243141;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89036e-05;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr12 9013755 . C T 1238.23 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5226;QD=61.147;RBI=0.027712;REFB=0;REVB=-0.00808506;RO=0;SAF=13;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211238;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:67:13:0:0:67:14:0:0 chr12 9016573 . A G 2428.76 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.635;QD=61.1008;RBI=0.0112883;REFB=0;REVB=-0.00822647;RO=0;SAF=73;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40066e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346031;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:158:159:1:85:73:0:0:85:74:0:0 chr12 9016583 . TG T 35.07 PASS AF=0.165605;AO=31;DP=159;FAO=26;FDP=157;FR=.;FRO=131;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=0.144976;FXX=0.0125778;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.9051;QD=0.893398;RBI=0.145465;REFB=-0.0330706;REVB=-0.0119219;RO=112;SAF=7;SAR=24;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0.478673;SSSB=-0.358524;STB=0.72309;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0048039;OID=.;OPOS=9016584;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.165605:31:159:26:157:131:6:20:63:68:35:112:7:24:55:57 chr12 9020489 . A G 755.81 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667536;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.077;QD=57.0426;RBI=0.0389748;REFB=0;REVB=0.0383989;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18177e-05;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr12 9020912 . A G 574.73 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0397578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.205;QD=23.7;RBI=0.0397696;REFB=0.0140529;REVB=0.000966365;RO=44;SAF=29;SAR=24;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749979;STB=0.541124;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00870322;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:24:29:28:16:24:29:28:16 chr12 9070366 . T A 2501.55 PASS AF=0.982143;AO=164;DP=168;FAO=165;FDP=168;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=77;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.033722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.164;QD=59.5606;RBI=0.0356407;REFB=-0.0465231;REVB=0.0115361;RO=3;SAF=87;SAR=77;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161236;STB=0.508379;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000501699;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:168:168:3:3:164:165:0.982143:77:87:3:0:77:88:3:0 chr12 9074259 . C T 1552.58 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05426;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.278;QD=64.0237;RBI=0.0543638;REFB=0;REVB=0.00335725;RO=0;SAF=78;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57576e-05;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:19:78:0:0:19:78:0:0 chr12 9086898 . A G 3735.29 PASS AF=0.863057;AO=271;DP=315;FAO=271;FDP=314;FR=.;FRO=43;FSAF=153;FSAR=118;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0130708;FXX=0.0031745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.365;QD=47.5833;RBI=0.0281377;REFB=0.00706905;REVB=0.0249175;RO=41;SAF=153;SAR=118;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176643;STB=0.512095;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00113587;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:314:41:43:271:271:0.863057:118:153:26:15:118:153:28:15 chr12 9093001 . G A 413.43 PASS AF=0.918919;AO=22;DP=26;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0118486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1234;QD=44.6951;RBI=0.239311;REFB=-0.0263465;REVB=0.239018;RO=4;SAF=20;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084019;STB=0.523796;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0676989;OID=.;OPOS=9093001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:37:4:3:22:34:0.918919:2:20:4:0:4:30:3:0 chr12 9142297 . T C 881.99 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.160948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.985;QD=57.8356;RBI=0.160957;REFB=0;REVB=-0.00167841;RO=0;SAF=18;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350361;OID=.;OPOS=9142297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:42:18:0:0:43:18:0:0 chr12 9161648 . T C 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.031;QD=61.5351;RBI=0.0213595;REFB=0;REVB=0.0200552;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41497e-05;OID=.;OPOS=9161648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr12 9248233 . T C 3057.6 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.234;QD=63.37;RBI=0.0182794;REFB=0;REVB=0.0113015;RO=0;SAF=118;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83111e-05;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:193:0:0:192:193:1:74:118:0:0:74:119:0:0 chr12 9305473 . T C 4283.56 PASS AF=0.992754;AO=273;DP=276;FAO=274;FDP=276;FR=.;FRO=2;FSAF=116;FSAR=158;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00646336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.041;QD=62.0806;RBI=0.0204239;REFB=-0.0794775;REVB=0.0193742;RO=0;SAF=116;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500569;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=2.94423e-05;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:276:276:0:2:273:274:0.992754:157:116:0:0:158:116:1:1 chr12 9307373 . T G 4468.53 PASS AF=0.982935;AO=281;DP=287;FAO=288;FDP=293;FR=.;FRO=5;FSAF=118;FSAR=170;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0602725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8888;QD=61.0038;RBI=0.0903658;REFB=0.022795;REVB=0.067329;RO=6;SAF=116;SAR=165;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326822;STB=0.500171;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.000808555;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:287:293:6:5:281:288:0.982935:165:116:2:4:170:118:2:3 chr12 9315209 . A G 2628.48 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.634;QD=61.8467;RBI=0.0288154;REFB=0;REVB=0.0284427;RO=0;SAF=85;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99347e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39461e-05;OID=.;OPOS=9315209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:168:170:1:83:85:0:0:84:86:0:0 chr12 9316773 . T C 2891.33 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617654;FXX=0.0160419;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.4872;QD=62.855;RBI=0.024561;REFB=0;REVB=-0.0237717;RO=0;SAF=76;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243943;OID=.;OPOS=9316773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:184:0:0:180:184:1:104:76:0:0:106:78:0:0 chr12 9317784 . A G 472.6 PASS AF=0.490566;AO=50;DP=105;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=44;FWDB=0.0694512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.962;QD=17.8338;RBI=0.0747196;REFB=-0.0151815;REVB=0.0275598;RO=55;SAF=20;SAR=30;SRF=11;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207231;STB=0.621015;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0213522;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:55:54:50:52:0.490566:30:20:11:44:31:21:10:44 chr12 9317885 . G A 946.99 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00235882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.591;QD=55.7051;RBI=0.00875087;REFB=-0.0727479;REVB=0.00842696;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141028;STB=0.514701;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00091592;OID=.;OPOS=9317885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:33:33:0:1:33:33:0:2 chr12 9345273 . A G 2275.07 PASS AF=1;AO=81;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192644;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0842;QD=57.9636;RBI=0.0421376;REFB=0;REVB=0.0374761;RO=0;SAF=60;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058628;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:81:157:1:21:60:0:0:95:62:0:0 chr12 9439294 . T C 953.7 PASS AF=0.5;AO=94;DP=189;FAO=94;FDP=188;FR=.;FRO=94;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.00555178;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.018;QD=20.2916;RBI=0.0121336;REFB=0.000274873;REVB=0.010789;RO=94;SAF=47;SAR=47;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580687;STB=0.531908;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.000407692;OID=.;OPOS=9439294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:94:94:94:94:0.5:47:47:41:53:47:47:41:53 chr12 9446433 . C T 191.22 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.602;QD=47.8059;RBI=0.107481;REFB=0;REVB=0.101651;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00481414;OID=.;OPOS=9446433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr12 9447484 . C T 102.43 PASS AF=0.126316;AO=24;DP=190;FAO=24;FDP=190;FR=.;FRO=166;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=87;FSRR=79;FWDB=-0.00125199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.956;QD=2.15642;RBI=0.00607831;REFB=-0.00362324;REVB=0.00594797;RO=166;SAF=7;SAR=17;SRF=87;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292286;STB=0.703794;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0261578;OID=.;OPOS=9447484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:166:166:24:24:0.126316:17:7:87:79:17:7:87:79 chr12 9447492 . T C 169.71 PASS AF=0.172043;AO=32;DP=186;FAO=32;FDP=186;FR=.;FRO=154;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=76;FSRR=78;FWDB=-0.0034094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.638;QD=3.64958;RBI=0.008368;REFB=-0.00472774;REVB=-0.00764195;RO=153;SAF=17;SAR=15;SRF=76;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443276;STB=0.531231;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0205636;OID=.;OPOS=9447492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:153:154:32:32:0.172043:15:17:76:77:15:17:76:78 chr12 9450357 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0942716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1956;QD=42.1825;RBI=0.144025;REFB=0;REVB=0.108886;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572812;OID=.;OPOS=9450357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr12 9451397 . G A 82.05 PASS AF=0.133333;AO=18;DP=135;FAO=18;FDP=135;FR=.;FRO=117;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=-0.00813284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5952;QD=2.43108;RBI=0.0386881;REFB=0.00116982;REVB=0.0378236;RO=117;SAF=6;SAR=12;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245374;STB=0.669763;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0132996;OID=.;OPOS=9451397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:135:135:117:117:18:18:0.133333:12:6:62:55:12:6:62:55 chr12 9452062 . A C 141.98 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9756;QD=43.6863;RBI=0.110673;REFB=0;REVB=0.0882781;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155089;OID=.;OPOS=9452062;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:1:0:11:13:1:7:4:0:1:9:4:0:0 chr12 9571670 . T C 174.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.848;QD=46.486;RBI=0.083512;REFB=0;REVB=0.0725028;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716016;OID=.;OPOS=9571670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:10:5:0:0 chr12 9572819 . C T 162.52 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0214761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.284;QD=19.6988;RBI=0.036509;REFB=-0.0014126;REVB=-0.0295243;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765883;STB=0.543427;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00287284;OID=.;OPOS=9572819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:8:8:10:7:8:8 chr12 9573130 . C T 485.0 PASS AF=0.376623;AO=58;DP=152;FAO=58;FDP=154;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.00499189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.623;QD=12.5974;RBI=0.0326242;REFB=-0.0267155;REVB=0.03224;RO=91;SAF=34;SAR=24;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405671;STB=0.521752;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0399345;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:91:96:58:58:0.376623:24:34:50:41:24:34:53:43 chr12 9573223 . C A 930.02 PASS AF=0.502732;AO=92;DP=185;FAO=92;FDP=183;FR=.;FRO=91;FSAF=64;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=33;FWDB=0.00417287;FXX=0.0108102;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1078;QD=20.3283;RBI=0.0177102;REFB=-0.0178289;REVB=-0.0172116;RO=91;SAF=64;SAR=28;SRF=58;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605225;STB=0.533326;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0373007;OID=.;OPOS=9573223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:183:91:91:92:92:0.502732:28:64:58:33:28:64:58:33 chr12 9573224 . C T 613.77 PASS AF=0.387978;AO=70;DP=183;FAO=71;FDP=183;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=74;FSRR=38;FWDB=0.00810126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.466;QD=13.4157;RBI=0.0330755;REFB=-0.0119672;REVB=0.032068;RO=112;SAF=47;SAR=23;SRF=74;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131509;STB=0.510635;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0186976;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:112:112:70:71:0.387978:23:47:74:38:23:48:74:38 chr12 9574002 . C T 2845.97 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.604;QD=62.8943;RBI=0.0271108;REFB=0;REVB=0.0270723;RO=0;SAF=100;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63472e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06556e-05;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:181:0:0:175:181:1:75:100:0:0:80:101:0:0 chr12 9574042 . C A 1103.69 PASS AF=0.529126;AO=109;DP=206;FAO=109;FDP=206;FR=.;FRO=97;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=-0.0018645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.842;QD=21.4309;RBI=0.00852289;REFB=-0.0218835;REVB=-0.00831645;RO=96;SAF=45;SAR=64;SRF=57;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155138;STB=0.58714;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0214314;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:96:97:109:109:0.529126:64:45:57:39:64:45:58:39 chr12 9578197 . A T 1325.91 PASS AF=0.868421;AO=98;DP=114;FAO=99;FDP=114;FR=.;FRO=15;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00137685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1793;QD=46.5233;RBI=0.01717;REFB=-0.00388667;REVB=-0.0171147;RO=15;SAF=38;SAR=60;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143963;STB=0.508378;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.000844901;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:114:114:15:15:98:99:0.868421:60:38:5:10:60:39:5:10 chr12 9581791 . T C 537.64 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.00850323;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.451;QD=16.0491;RBI=0.0122909;REFB=-0.013525;REVB=0.00887471;RO=76;SAF=27;SAR=31;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590097;STB=0.532976;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0210663;OID=.;OPOS=9581791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:76:76:58:58:0.432836:31:27:31:45:31:27:31:45 chr12 9583324 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00954996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.171;QD=10.379;RBI=0.0191778;REFB=-0.0187804;REVB=-0.0166309;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189101;STB=0.613789;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0244603;OID=.;OPOS=9583324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:6:10:4:5:6:10 chr12 9590052 . G A 433.29 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00297117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.145;QD=18.0537;RBI=0.0109589;REFB=-0.0161553;REVB=0.0105484;RO=52;SAF=26;SAR=18;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07076;STB=0.539557;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0219713;OID=.;OPOS=9590052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:18:26:27:25:18:26:27:25 chr12 9590651 . A ACTGAGTAAC 146.4 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0140423;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=9;MLLD=319.978;QD=7.31979;RBI=0.0161164;REFB=-0.00798017;REVB=0.00790908;RO=59;SAF=16;SAR=5;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195093;STB=0.619676;STBP=0.25;TYPE=ins;VARB=0.0255809;OID=.;OPOS=9590652;OREF=-;OALT=CTGAGTAAC;OMAPALT=ACTGAGTAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2625:21:81:21:80:59:16:5:37:22:99:59:16:5:37:22 chr12 9597776 . G A 3008.89 PASS AF=0.957547;AO=203;DP=213;FAO=203;FDP=212;FR=.;FRO=9;FSAF=104;FSAR=99;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0129394;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.074;QD=56.7714;RBI=0.0412158;REFB=0.0135938;REVB=0.039132;RO=9;SAF=104;SAR=99;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00349398;STB=0.501837;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.000398907;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:213:212:9:9:203:203:0.957547:99:104:5:4:99:104:5:4 chr12 9750669 . A G 2303.29 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=148;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0673008;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.697;QD=63.1039;RBI=0.0677194;REFB=-0.0429696;REVB=0.00751773;RO=1;SAF=77;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613614;STB=0.503184;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=5.23239e-05;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:146:1:1:144:145:0.993151:67:77:1:0:67:78:1:0 chr12 9833524 . C G 547.05 PASS AF=0.406452;AO=63;DP=156;FAO=63;FDP=155;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.0146167;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.249;QD=14.1173;RBI=0.0266458;REFB=-0.000408522;REVB=0.0222789;RO=92;SAF=35;SAR=28;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931071;STB=0.552351;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000577207;OID=.;OPOS=9833524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:92:92:63:63:0.406452:28:35:43:49:28:35:43:49 chr12 9833628 . C T 294.63 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=-0.018675;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.358;QD=14.9182;RBI=0.0207794;REFB=-0.0392018;REVB=-0.0091121;RO=45;SAF=6;SAR=27;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988575;STB=0.552313;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0439472;OID=.;OPOS=9833628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:33:33:0.417722:27:6:11:34:27:6:11:35 chr12 9885707 . A ATAAGT 385.32 PASS AF=0.380165;AO=45;DP=123;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0199413;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=5;MLLD=270.838;QD=12.7378;RBI=0.0242631;REFB=-0.0112163;REVB=-0.0138219;RO=77;SAF=28;SAR=17;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172959;STB=0.603019;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=0.0165848;OID=.;OPOS=9885708;OREF=-;OALT=TAAGT;OMAPALT=ATAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380165:45:123:46:121:75:29:17:35:40:99:77:28:17:36:41 chr12 9905690 . A G 792.61 PASS AF=0.482353;AO=82;DP=170;FAO=82;FDP=170;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0091613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.743;QD=18.6497;RBI=0.0178348;REFB=-0.00485881;REVB=0.015302;RO=88;SAF=40;SAR=42;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000780022;STB=0.500431;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00581877;OID=.;OPOS=9905690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:88:88:82:82:0.482353:42:40:43:45:42:40:43:45 chr12 9906143 . GTT GT,TGT,TTG 432.28 PASS AF=0.563636,0.418182,0;AO=23,12,6;DP=62;FAO=31,23,0;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=20,0,0;FSAR=11,23,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.078759,0.0622491,0.0330827;FXX=0.112885;HRUN=5,1,1;LEN=1,2,3;MLLD=9.77957,14.9196,24.0816;QD=31.4387;RBI=0.142585,0.239761,0.121537;REFB=-0.0695903,0.00738958,0.0082377;REVB=-0.118859,-0.23154,-0.116947;RO=6;SAF=17,0,0;SAR=6,12,6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0.461538,0,0;SSSB=0.110361,-0.821076,-0.759974;STB=0.521725,0.5,0.5;STBP=0.275,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0893405,-0.140489,-0.0423661;OID=.,.,.;OPOS=9906144,9906143,9906143;OREF=T,GT,GTT;OALT=-,TG,TTG;OMAPALT=GT,TGT,TTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:62:55:6:1:23,12,6:31,23,0:0.563636,0.418182,0:6,12,6:17,0,0:3:3:11,23,0:20,0,0:0:1 chr12 9994445 . GTGT G 1499.06 PASS AF=1;AO=91;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218784;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=3;MLLD=299.01;QD=63.7899;RBI=0.0237404;REFB=0;REVB=0.00921639;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000114951;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:96:94:94:0:43:51:0:0:8:0:43:48:0:0 chr12 10041364 . G A 431.22 PASS AF=0.333333;AO=54;DP=168;FAO=56;FDP=168;FR=.;FRO=112;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=-0.00429191;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.222;QD=10.2671;RBI=0.0537833;REFB=-0.00520485;REVB=-0.0536118;RO=112;SAF=24;SAR=30;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188312;STB=0.524005;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0126516;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:112:112:54:56:0.333333:30:24:48:64:30:26:48:64 chr12 10046052 . C A 505.76 PASS AF=0.430769;AO=54;DP=127;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0811069;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7741;QD=15.5617;RBI=0.0817266;REFB=-0.0104403;REVB=-0.0100452;RO=73;SAF=35;SAR=19;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648394;STB=0.518286;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0130057;OID=.;OPOS=10046052;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:73:74:54:56:0.430769:19:35:43:30:21:35:44:30 chr12 10136672 . G A 2220.37 PASS AF=0.993056;AO=115;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=48;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.615;QD=61.677;RBI=0.0280587;REFB=-0.0989201;REVB=0.0196484;RO=1;SAF=44;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106699;STB=0.505154;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00105391;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:144:144:1:1:115:143:0.993056:71:44:1:0:95:48:1:0 chr12 10137557 . A C 625.88 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00692683;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=220.927;QD=52.1567;RBI=0.0213805;REFB=-0.0547481;REVB=-0.0202274;RO=4;SAF=18;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277412;STB=0.501991;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.000557231;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:4:5:43:43:0.895833:25:18:1:3:25:18:2:3 chr12 10149370 . CA AA,CAA,C 39.19 PASS AF=0,0.304348,0;AO=7,10,5;DP=44;FAO=0,14,0;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=0,5,0;FSAR=0,9,0;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00101143,-0.195634,0.17163;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=253.183,6.78886,12.3768;QD=3.4081;RBI=0.00680422,0.249208,0.226793;REFB=0.00408319,0.0100347,-0.0096905;REVB=0.00672862,0.154377,-0.14825;RO=22;SAF=4,4,1;SAR=3,6,4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.291872,0.0987431,-0.176781;STB=0.5,0.51019,0.5;STBP=1,0.979,1;TYPE=snp,ins,del;VARB=0,0.0999418,0.087962;OID=.,.,.;OPOS=10149370,10149371,10149371;OREF=C,-,A;OALT=A,A,-;OMAPALT=AA,CAA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:44:46:22:32:7,10,5:0,14,0:0,0.304348,0:3,6,4:4,4,1:7:15:0,9,0:0,5,0:11:21 chr12 10149851 . C T 2494.36 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00998939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.354;QD=60.8382;RBI=0.0101811;REFB=0.0156401;REVB=-0.00196648;RO=1;SAF=85;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613977;STB=0.503184;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-6.63719e-06;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:162:163:0.993902:77:85:0:1:78:85:0:1 chr12 10150961 . G A 1880.7 PASS AF=0.969231;AO=126;DP=130;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0285307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6286;QD=57.8677;RBI=0.0435639;REFB=-0.0487698;REVB=-0.0329213;RO=4;SAF=51;SAR=75;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020837;STB=0.502768;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00590128;OID=.;OPOS=10150961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:130:130:4:4:126:126:0.969231:75:51:3:1:74:52:2:2 chr12 10150974 . A G 1609.24 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037355;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.247;QD=58.5179;RBI=0.0570007;REFB=-0.0949643;REVB=0.0430544;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459659;OID=.;OPOS=10150974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:102:110:0:0:100:110:1:55:45:0:0:63:47:0:0 chr12 10151642 . T C 3454.48 PASS AF=0.99115;AO=218;DP=222;FAO=224;FDP=226;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=137;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0197424;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9373;QD=61.1412;RBI=0.0984738;REFB=-0.16045;REVB=0.0964745;RO=0;SAF=86;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73217e-08;STB=0.501039;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00116376;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:222:226:0:2:218:224:0.99115:132:86:0:0:137:87:1:1 chr12 10165469 . A G 3399.77 PASS AF=0.990991;AO=218;DP=224;FAO=220;FDP=222;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.020568;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.458;QD=61.2571;RBI=0.0597344;REFB=-0.122945;REVB=0.0560816;RO=2;SAF=104;SAR=114;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828466;STB=0.504273;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00179115;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:224:222:2:2:218:220:0.990991:114:104:0:2:116:104:0:2 chr12 10167277 . G C 1098.67 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.951;QD=60.2011;RBI=0.0241891;REFB=0;REVB=0.0132936;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88621e-05;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr12 10206925 . A G 858.04 PASS AF=0.537975;AO=83;DP=156;FAO=85;FDP=158;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0166246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.601;QD=21.7224;RBI=0.0188883;REFB=0.000220845;REVB=0.00896617;RO=72;SAF=28;SAR=55;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978853;STB=0.554974;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000154354;OID=.;OPOS=10206925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:72:73:83:85:0.537975:55:28:32:40:56:29:33:40 chr12 10282657 . T G 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00622142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.224;QD=14.3909;RBI=0.00748257;REFB=-0.0179349;REVB=-0.00415726;RO=48;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361541;STB=0.520535;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.025235;OID=.;OPOS=10282657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:14:19:26:22:14:19:26:22 chr12 10366515 . C A 470.96 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0105099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4879;QD=17.2831;RBI=0.0517476;REFB=0.00164602;REVB=0.0506691;RO=58;SAF=24;SAR=27;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116669;STB=0.506491;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00231945;OID=.;OPOS=10366515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:27:24:28:30:27:24:28:30 chr12 10367376 . C T 345.31 PASS AF=0.395833;AO=37;DP=97;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0685951;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9225;QD=14.3879;RBI=0.0687691;REFB=-0.00228611;REVB=-0.00488934;RO=58;SAF=11;SAR=26;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591566;STB=0.519989;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00241135;OID=.;OPOS=10367376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:58:58:37:38:0.395833:26:11:20:38:26:12:20:38 chr12 10462052 . T G 2127.37 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102544;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.623;QD=62.1131;RBI=0.102745;REFB=-0.13847;REVB=0.00641641;RO=1;SAF=56;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841321;STB=0.504424;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000372401;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:137:1:1:136:136:0.992701:80:56:1:0:80:56:1:0 chr12 10467533 . T A 1453.4 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.414;QD=63.1915;RBI=0.0385906;REFB=0;REVB=-0.0132584;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12225e-05;OID=.;OPOS=10467533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr12 10525740 . C T 2255.06 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.477;QD=63.5227;RBI=0.0657359;REFB=0;REVB=-0.0634507;RO=0;SAF=67;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20707e-05;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:75:67:0:0:75:67:0:0 chr12 10532111 . T G 340.74 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.866;QD=54.5177;RBI=0.051399;REFB=0;REVB=-0.00498196;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103674;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr12 10532326 . T C 1255.94 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0120407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.81;QD=59.1032;RBI=0.0173048;REFB=-0.0208198;REVB=0.0124289;RO=2;SAF=31;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583545;STB=0.502838;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.000717619;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:85:2:2:82:83:0.976471:51:31:1:1:51:32:1:1 chr12 10560957 . T C 1251.32 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0405416;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.837;QD=60.3045;RBI=0.0407846;REFB=-0.0746007;REVB=0.00444599;RO=1;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129713;STB=0.506665;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000625025;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:81:82:0.987952:36:45:0:1:37:45:0:1 chr12 10562025 . C T 2370.41 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.85;QD=64.0653;RBI=0.0171123;REFB=0;REVB=0.0158401;RO=0;SAF=63;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10723e-05;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:85:63:0:0:85:63:0:0 chr12 10562089 . A C 3712.38 PASS AF=1;AO=231;DP=239;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117014;FXX=0.0409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.247;QD=63.4595;RBI=0.0136952;REFB=0;REVB=0.00711603;RO=0;SAF=102;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565937;OID=.;OPOS=10562089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:234:0:0:231:234:1:129:102:0:0:131:103:0:0 chr12 10570965 . C G 2303.97 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321449;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.091;QD=58.3284;RBI=0.0327096;REFB=0;REVB=0.00605157;RO=0;SAF=85;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00667889;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:158:0:0:147:158:1:62:85:0:0:69:89:0:0 chr12 10570966 . A G 35.24 PASS AF=0.0745342;AO=12;DP=161;FAO=12;FDP=161;FR=.;FRO=149;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=85;FSRR=64;FWDB=0.0236019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4975;QD=0.875507;RBI=0.0277297;REFB=-0.0328651;REVB=-0.0145563;RO=149;SAF=4;SAR=8;SRF=85;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257344;STB=0.711663;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0645239;OID=.;OPOS=10570966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:161:161:149:149:12:12:0.0745342:8:4:85:64:8:4:85:64 chr12 10571042 . A G 2852.37 PASS AF=0.989189;AO=183;DP=185;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0409919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6922;QD=61.6729;RBI=0.0553496;REFB=-0.0613629;REVB=0.037192;RO=2;SAF=88;SAR=95;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991685;STB=0.505208;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00300343;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:185:2:2:183:183:0.989189:95:88:0:2:95:88:0:2 chr12 10571091 . T G 2370.72 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310299;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.337;QD=61.1798;RBI=0.0326516;REFB=0;REVB=-0.0101623;RO=0;SAF=70;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13358e-05;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:155:155:1:85:70:0:0:85:70:0:0 chr12 10571106 . G C 1832.04 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149083;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.205;QD=61.5813;RBI=0.00330708;REFB=0;REVB=0.00295198;RO=0;SAF=44;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54771e-05;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:119:0:0:119:119:1:75:44:0:0:75:44:0:0 chr12 10572982 . A G 3033.25 PASS AF=1;AO=189;DP=194;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0928992;FXX=0.0205118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4861;QD=63.5237;RBI=0.0967975;REFB=0;REVB=0.0271936;RO=1;SAF=66;SAR=123;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715985;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167647;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:191:1:0:189:191:1:123:66:1:0:123:68:0:0 chr12 10573094 . CA GG 1698.26 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348003;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=2;MLLD=333.075;QD=60.6522;RBI=0.0204905;REFB=0;REVB=0.0201929;RO=0;SAF=37;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.97724e-06;OID=.;OPOS=10573094;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:75:37:0:0:75:37:0:0 chr12 10573145 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0364404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.234;QD=7.52613;RBI=0.0392605;REFB=-0.0108179;REVB=0.0146111;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18698;STB=0.615148;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0201368;OID=.;OPOS=10573145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:7:17:5:4:7:17 chr12 10587111 . A G 16650.3 PASS AF=1;AO=1071;DP=1099;FAO=1072;FDP=1072;FR=.;FRO=0;FSAF=561;FSAR=511;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0059149;FXX=0.0245676;HRUN=5;LEN=1;MLLD=311.094;QD=62.1281;RBI=0.00736409;REFB=-0.0599243;REVB=0.00438677;RO=23;SAF=560;SAR=511;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00179503;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66618e-05;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:1099:1072:23:0:1071:1072:1:511:560:11:12:511:561:0:0 chr12 10587631 . C T 2073.08 PASS AF=0.971429;AO=134;DP=138;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00653265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.147;QD=59.2308;RBI=0.0265797;REFB=0.0017308;REVB=0.0257644;RO=2;SAF=51;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113156;STB=0.511763;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=5.14554e-05;OID=.;OPOS=10587631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:138:140:2:4:134:136:0.971429:83:51:0:2:83:53:0:4 chr12 10588530 . C G 1312.36 PASS AF=0.414493;AO=144;DP=345;FAO=143;FDP=345;FR=.;FRO=202;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=95;FSRR=107;FWDB=-0.0284201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7278;QD=15.2157;RBI=0.0551485;REFB=0.000882738;REVB=0.0472616;RO=201;SAF=75;SAR=69;SRF=95;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503586;STB=0.531695;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00140057;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:201:202:144:143:0.414493:69:75:95:106:68:75:95:107 chr12 10588581 . T C 522.64 PASS AF=0.294118;AO=70;DP=237;FAO=70;FDP=238;FR=.;FRO=168;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=74;FSRR=94;FWDB=-0.00671867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.931;QD=8.78389;RBI=0.0151801;REFB=-0.00575797;REVB=-0.0136123;RO=166;SAF=28;SAR=42;SRF=73;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493784;STB=0.529403;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0122181;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:238:166:168:70:70:0.294118:42:28:73:93:42:28:74:94 chr12 10603669 . G GC 4291.84 PASS AF=1;AO=39;DP=295;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778451;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=171.085;QD=61.0939;RBI=0.0779254;REFB=0;REVB=0.00353458;RO=251;SAF=3;SAR=36;SRF=120;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.08048e-05;OID=.;OPOS=10603670;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:295:281:281:0:120:161:0:0:24:251:3:36:120:131 chr12 10603670 . T C 3453.05 PASS AF=0.855172;AO=247;DP=289;FAO=248;FDP=290;FR=.;FRO=42;FSAF=118;FSAR=130;FSRF=3;FSRR=39;FWDB=-0.00551034;FXX=0.013605;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.254;QD=47.6283;RBI=0.0115545;REFB=-0.0777589;REVB=0.0101559;RO=42;SAF=118;SAR=129;SRF=3;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112711;STB=0.559033;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0011685;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:290:42:42:247:248:0.855172:129:118:3:39:130:118:3:39 chr12 10659438 . T C 3635.67 PASS AF=1;AO=230;DP=233;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447984;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.918;QD=62.4149;RBI=0.0232796;REFB=-0.00595353;REVB=0.0228445;RO=1;SAF=86;SAR=144;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00329806;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75096e-05;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:233:233:1:0:230:233:1:144:86:0:1:147:86:0:0 chr12 10659964 . C G 2175.97 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953982;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.456;QD=63.0716;RBI=0.0147672;REFB=0;REVB=0.0112722;RO=0;SAF=72;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281735;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:65:72:0:0:66:72:0:0 chr12 10675250 . G C 1139.0 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122097;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4813;QD=60.7469;RBI=0.0373047;REFB=0;REVB=-0.03525;RO=0;SAF=52;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672263;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:23:52:0:0:23:52:0:0 chr12 10763205 . T C 594.37 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.492;QD=60.9609;RBI=0.0316152;REFB=0;REVB=0.0169605;RO=0;SAF=7;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36045e-05;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:32:7:0:0:32:7:0:0 chr12 10763236 . G C 961.87 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159227;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3288;QD=59.1921;RBI=0.0395033;REFB=0;REVB=-0.0361521;RO=0;SAF=12;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14192e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302918;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:64:65:1:52:12:0:0:53:12:0:0 chr12 10782115 . T C 1749.42 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.124;QD=60.8495;RBI=0.0167125;REFB=0;REVB=-0.0152196;RO=0;SAF=92;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66052e-05;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:23:92:0:0:23:92:0:0 chr12 10856219 . C T 670.13 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2422;QD=62.3373;RBI=0.11378;REFB=0;REVB=0.022738;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000977726;OID=.;OPOS=10856219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:18:23:0:0:18:25:0:0 chr12 10871667 . A G 2316.98 PASS AF=0.987179;AO=153;DP=156;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0588905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7582;QD=59.4098;RBI=0.172887;REFB=-0.0821808;REVB=0.162548;RO=2;SAF=75;SAR=78;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120397;STB=0.506249;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0020846;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:156:156:2:2:153:154:0.987179:78:75:0:2:79:75:0:2 chr12 10875488 . T C 676.6 PASS AF=0.409836;AO=75;DP=183;FAO=75;FDP=183;FR=.;FRO=108;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=43;FSRR=65;FWDB=-0.0519621;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.471;QD=14.7891;RBI=0.0523961;REFB=-0.0276664;REVB=0.0067298;RO=107;SAF=21;SAR=54;SRF=42;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13579;STB=0.58033;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0244049;OID=.;OPOS=10875488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:107:108:75:75:0.409836:54:21:42:65:54:21:43:65 chr12 10875525 . G A 335.58 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.0400419;FXX=0.0176975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.134;QD=12.0931;RBI=0.0402354;REFB=-0.0115697;REVB=0.00394192;RO=62;SAF=6;SAR=35;SRF=15;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172255;STB=0.662966;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0269178;OID=.;OPOS=10875525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:111:62:70:41:41:0.369369:35:6:15:47:35:6:22:48 chr12 10954258 . C T 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0480308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7215;QD=9.65101;RBI=0.0918049;REFB=-0.0102423;REVB=-0.078238;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528139;STB=0.531869;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0182266;OID=.;OPOS=10954258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:18:15:7:7:18:15 chr12 10954383 . T A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0430427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3623;QD=15.3787;RBI=0.0431346;REFB=-0.0205102;REVB=-0.00281446;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429974;STB=0.749583;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0149032;OID=.;OPOS=10954383;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:10:4:9:3:10:4 chr12 10954632 . C A 152.94 PASS AF=0.352941;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0112618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.882;QD=11.9952;RBI=0.0163106;REFB=-0.00689995;REVB=-0.0117985;RO=33;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125353;STB=0.542808;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0147489;OID=.;OPOS=10954632;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:33:33:17:18:0.352941:12:5:13:20:12:6:13:20 chr12 10954916 . A G 382.98 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0130439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.837;QD=17.4084;RBI=0.0345107;REFB=0.00507153;REVB=0.0319507;RO=48;SAF=23;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737462;STB=0.541311;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00715194;OID=.;OPOS=10954916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:17:23:24:24:17:23:24:24 chr12 10958658 . T C 1956.22 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250085;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.2;QD=62.1023;RBI=0.0473771;REFB=0;REVB=0.0473111;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28407e-05;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:71:55:0:0:71:55:0:0 chr12 10959438 . G A 499.69 PASS AF=0.470085;AO=49;DP=111;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.0755952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5448;QD=17.0833;RBI=0.0779763;REFB=-0.0430992;REVB=-0.0191221;RO=62;SAF=18;SAR=31;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134857;STB=0.553295;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0501551;OID=.;OPOS=10959438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:117:62:62:49:55:0.470085:31:18:22:40:31:24:21:41 chr12 10961978 . C T 850.5 PASS AF=0.44878;AO=92;DP=204;FAO=92;FDP=205;FR=.;FRO=113;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=45;FSRR=68;FWDB=-0.0393393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9344;QD=16.5951;RBI=0.0448793;REFB=-0.00596324;REVB=-0.0216003;RO=111;SAF=39;SAR=53;SRF=43;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371253;STB=0.514554;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00785704;OID=.;OPOS=10961978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:111:113:92:92:0.44878:53:39:43:68:53:39:45:68 chr12 10962115 . A G 255.48 PASS AF=0.375;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.022894;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1738;QD=12.774;RBI=0.0238587;REFB=-0.0424491;REVB=-0.00671583;RO=46;SAF=9;SAR=21;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268338;STB=0.632887;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0551074;OID=.;OPOS=10962115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:46:50:30:30:0.375:21:9:25:21:21:9:25:25 chr12 10978402 . G A,T 905.68 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=58,4;DP=62;FAO=60,3;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203988,-0.0302715;FXX=0.0454477;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.77,20.5331;QD=57.5034;RBI=0.0204693,0.0921107;REFB=0,0;REVB=0.00169772,-0.0869944;RO=0;SAF=27,3;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.07727e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-5.33669e-06,0.0588625;OID=.,.;OPOS=10978402,10978402;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:62:63:0:0:58,4:60,3:0.952381,0.047619:31,1:27,3:0:0:32,1:28,2:0:0 chr12 10978607 . A G 196.09 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0165357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.028;QD=11.7067;RBI=0.0369477;REFB=-0.00327422;REVB=0.0330409;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100046;STB=0.577557;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00392171;OID=.;OPOS=10978607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:67:37:42:24:25:0.373134:12:12:15:22:13:12:15:27 chr12 10999708 . T C 693.31 PASS AF=0.416216;AO=76;DP=184;FAO=77;FDP=185;FR=.;FRO=108;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=73;FSRR=35;FWDB=-0.00223486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.637;QD=14.9906;RBI=0.0119452;REFB=-0.00749292;REVB=-0.0117342;RO=104;SAF=51;SAR=25;SRF=71;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136994;STB=0.508916;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0114993;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:104:108:76:77:0.416216:25:51:71:33:26:51:73:35 chr12 10999780 . C T 694.31 PASS AF=0.390863;AO=76;DP=197;FAO=77;FDP=197;FR=.;FRO=120;FSAF=64;FSAR=13;FSRF=99;FSRR=21;FWDB=-0.0406627;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3871;QD=14.0977;RBI=0.0424392;REFB=-0.0271435;REVB=-0.0121502;RO=113;SAF=64;SAR=12;SRF=93;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370015;STB=0.506634;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0372052;OID=.;OPOS=10999780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:113:120:76:77:0.390863:12:64:93:20:13:64:99:21 chr12 11061122 . T C 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00878455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.701;QD=20.4487;RBI=0.00890413;REFB=-0.00286071;REVB=0.0014544;RO=43;SAF=23;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03171;STB=0.517559;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00343228;OID=.;OPOS=11061122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:21:23:24:19:21:23:24:19 chr12 11083356 . A G 226.87 PASS AF=0.115888;AO=60;DP=537;FAO=62;FDP=535;FR=.;FRO=473;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=264;FSRR=209;FWDB=-0.0313264;FXX=0.00742101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.851;QD=1.69621;RBI=0.050362;REFB=0.000864572;REVB=0.0394333;RO=477;SAF=19;SAR=41;SRF=268;SRR=209;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301679;STB=0.703736;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00613644;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:537:535:477:473:60:62:0.115888:41:19:268:209:42:20:264:209 chr12 11083677 . T C 401.14 PASS AF=0.360902;AO=47;DP=132;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.000138265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.854;QD=12.0645;RBI=0.0199275;REFB=0.0100445;REVB=0.019927;RO=85;SAF=15;SAR=32;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180473;STB=0.607994;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0176562;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:85:85:47:48:0.360902:32:15:40:45:33:15:40:45 chr12 11091432 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00504265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.201;QD=12.3948;RBI=0.0063763;REFB=-0.00585858;REVB=0.00390243;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225447;STB=0.631404;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0141487;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:7:17:7:7:7:17 chr12 11138683 . C T 610.94 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00717212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.168;QD=19.8679;RBI=0.012332;REFB=0.0094652;REVB=0.0100319;RO=60;SAF=39;SAR=23;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162942;STB=0.58628;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00984368;OID=.;OPOS=11138683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:60:61:62:62:0.504065:23:39:27:33:23:39:28:33 chr12 11138852 . C T 472.59 PASS AF=0.370861;AO=56;DP=151;FAO=56;FDP=151;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=0.00299802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.056;QD=12.5188;RBI=0.0375773;REFB=-0.0289825;REVB=-0.0374576;RO=95;SAF=23;SAR=33;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011785;STB=0.5067;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0458572;OID=.;OPOS=11138852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:95:95:56:56:0.370861:33:23:40:55:33:23:40:55 chr12 11149711 . C A 359.67 PASS AF=0.326087;AO=45;DP=139;FAO=45;FDP=138;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.00115363;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.746;QD=10.4252;RBI=0.00890876;REFB=-0.00646042;REVB=-0.00883375;RO=93;SAF=20;SAR=25;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00844105;STB=0.504884;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0178795;OID=.;OPOS=11149711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:93:93:45:45:0.326087:25:20:42:51:25:20:42:51 chr12 11149720 . A G 429.15 PASS AF=0.346939;AO=51;DP=147;FAO=51;FDP=147;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.00167084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.887;QD=11.6775;RBI=0.00249131;REFB=-0.00138614;REVB=-0.00184795;RO=96;SAF=22;SAR=29;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031122;STB=0.51785;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00265013;OID=.;OPOS=11149720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:96:96:51:51:0.346939:29:22:44:52:29:22:44:52 chr12 11149769 . T C 513.61 PASS AF=0.348066;AO=63;DP=181;FAO=63;FDP=181;FR=.;FRO=118;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=0.00693359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.724;QD=11.3505;RBI=0.0217212;REFB=-0.0093157;REVB=0.0205849;RO=116;SAF=21;SAR=42;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148266;STB=0.59141;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.021759;OID=.;OPOS=11149769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:116:118:63:63:0.348066:42:21:53:63:42:21:55:63 chr12 11150033 . G T 749.48 PASS AF=0.430851;AO=70;DP=178;FAO=81;FDP=188;FR=.;FRO=107;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=0.00629791;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.551;QD=15.9463;RBI=0.0318275;REFB=-0.0165047;REVB=0.0311982;RO=107;SAF=29;SAR=41;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147274;STB=0.589559;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0183125;OID=.;OPOS=11150033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:188:107:107:70:81:0.430851:41:29:59:48:49:32:59:48 chr12 11150046 . G T 758.5 PASS AF=0.437838;AO=81;DP=185;FAO=81;FDP=185;FR=.;FRO=104;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=-0.0516713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1132;QD=16.4;RBI=0.0537905;REFB=-0.00146552;REVB=-0.0149495;RO=104;SAF=36;SAR=45;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123687;STB=0.568845;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00151801;OID=.;OPOS=11150046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:104:104:81:81:0.437838:45:36:59:45:45:36:59:45 chr12 11150054 . C T 686.86 PASS AF=0.436047;AO=75;DP=172;FAO=75;FDP=172;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.012213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.103;QD=15.9735;RBI=0.0152122;REFB=-0.0209764;REVB=0.00906924;RO=97;SAF=34;SAR=41;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940331;STB=0.55241;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0310825;OID=.;OPOS=11150054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:97:97:75:75:0.436047:41:34:53:44:41:34:53:44 chr12 11150214 . G A 279.88 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0191042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.557;QD=14.1714;RBI=0.0518094;REFB=0.00988539;REVB=-0.0481586;RO=48;SAF=6;SAR=25;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201619;STB=0.625733;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0224762;OID=.;OPOS=11150214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:47:31:32:0.405063:25:6:16:32:26:6:16:31 chr12 11150319 . T C 201.7 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0232138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.884;QD=21.2311;RBI=0.0378196;REFB=-0.0224739;REVB=-0.0298569;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292523;STB=0.677239;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0225426;OID=.;OPOS=11150319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:18:20:20:0.526316:14:6:11:6:14:6:12:6 chr12 11174327 . C T 76.27 PASS AF=0.114458;AO=19;DP=166;FAO=19;FDP=166;FR=.;FRO=147;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=77;FSRR=70;FWDB=0.0122362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.367;QD=1.83791;RBI=0.0157647;REFB=-0.00716285;REVB=-0.0099399;RO=147;SAF=5;SAR=14;SRF=77;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321836;STB=0.731897;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0532319;OID=.;OPOS=11174327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:166:166:147:147:19:19:0.114458:14:5:77:70:14:5:77:70 chr12 11174372 . C G 85.35 PASS AF=0.123457;AO=20;DP=162;FAO=20;FDP=162;FR=.;FRO=142;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=79;FWDB=-0.0313925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2295;QD=2.10749;RBI=0.078096;REFB=-0.00731996;REVB=-0.0715087;RO=142;SAF=4;SAR=16;SRF=63;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330333;STB=0.738034;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.037895;OID=.;OPOS=11174372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:162:162:142:142:20:20:0.123457:16:4:63:79:16:4:63:79 chr12 11174380 . C T 85.98 PASS AF=0.124224;AO=20;DP=161;FAO=20;FDP=161;FR=.;FRO=141;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=78;FWDB=-0.0245732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.394;QD=2.1362;RBI=0.0249859;REFB=-0.0044127;REVB=-0.00452227;RO=136;SAF=4;SAR=16;SRF=61;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337379;STB=0.740072;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0438456;OID=.;OPOS=11174380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:161:161:136:141:20:20:0.124224:16:4:61:75:16:4:63:78 chr12 11174390 . G A 92.36 PASS AF=0.13245;AO=20;DP=151;FAO=20;FDP=151;FR=.;FRO=131;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=0.00252842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.533;QD=2.44661;RBI=0.00718085;REFB=7.7294e-05;REVB=-0.00672099;RO=130;SAF=4;SAR=16;SRF=63;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375617;STB=0.761087;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00254475;OID=.;OPOS=11174390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:151:151:130:131:20:20:0.13245:16:4:63:67:16:4:63:68 chr12 11174397 . T A 92.42 PASS AF=0.13245;AO=20;DP=148;FAO=20;FDP=151;FR=.;FRO=131;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=69;FWDB=0.0157853;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.67;QD=2.44821;RBI=0.0206236;REFB=0.00208801;REVB=-0.0132724;RO=127;SAF=4;SAR=16;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380185;STB=0.756174;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.018918;OID=.;OPOS=11174397;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:148:151:127:131:20:20:0.13245:16:4:62:65:16:4:62:69 chr12 11174416 . A G 80.66 PASS AF=0.120253;AO=19;DP=158;FAO=19;FDP=158;FR=.;FRO=139;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=0.0168609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2087;QD=2.04196;RBI=0.0434006;REFB=0.00138018;REVB=0.0399916;RO=138;SAF=4;SAR=15;SRF=68;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362735;STB=0.758143;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00916051;OID=.;OPOS=11174416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:158:158:138:139:19:19:0.120253:15:4:68:70:15:4:68:71 chr12 11174466 . G A 34.68 PASS AF=0.0820896;AO=10;DP=134;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=67;FWDB=-0.0209426;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.696;QD=1.0353;RBI=0.0216479;REFB=-0.00141667;REVB=-0.00548049;RO=123;SAF=2;SAR=8;SRF=55;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288171;STB=0.773946;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0130504;OID=.;OPOS=11174466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:134:134:123:123:10:11:0.0820896:8:2:55:68:9:2:56:67 chr12 11174753 . G A 160.32 PASS AF=0.368421;AO=17;DP=53;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00808398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.707;QD=11.2505;RBI=0.0240438;REFB=-0.0250679;REVB=-0.0226441;RO=35;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906935;STB=0.507685;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0461712;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:35:36:17:21:0.368421:11:6:15:20:12:9:15:21 chr12 11183042 . C G 32.02 PASS AF=0.0534759;AO=20;DP=374;FAO=20;FDP=374;FR=.;FRO=354;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=189;FSRR=165;FWDB=0.0233638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0039;QD=0.342476;RBI=0.0247891;REFB=-0.000508259;REVB=-0.00828473;RO=352;SAF=4;SAR=16;SRF=187;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32958;STB=0.80977;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0170661;OID=.;OPOS=11183042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:374:374:352:354:20:20:0.0534759:16:4:187:165:16:4:189:165 chr12 11183451 . A T 690.51 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=160;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0539797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8854;QD=17.2628;RBI=0.0730642;REFB=-0.0111263;REVB=-0.0492398;RO=85;SAF=36;SAR=38;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187074;STB=0.507264;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00905316;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:85:86:74:74:0.4625:38:36:43:42:38:36:43:43 chr12 11183642 . A G 30.81 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=-0.0341336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1284;QD=1.36947;RBI=0.0396368;REFB=-0.00451641;REVB=0.0201487;RO=82;SAF=3;SAR=5;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261205;STB=0.704313;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0452439;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:82:82:8:8:0.0888889:5:3:50:32:5:3:50:32 chr12 11214632 . AGA CCC 250.28 PASS AF=0.419355;AO=4;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0182385;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=239.153;QD=10.7649;RBI=0.0626612;REFB=-0.0636336;REVB=0.0599482;RO=54;SAF=1;SAR=3;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220489;STB=0.597793;STBP=0.152;TYPE=mnp;VARB=0.158902;OID=.;OPOS=11214632;OREF=AGA;OALT=CCC;OMAPALT=CCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:4:39:0.419355:3:1:25:29:27:12:25:29 chr12 11244166 . G C 531.01 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0101568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.602;QD=15.1718;RBI=0.0158068;REFB=-0.00652081;REVB=-0.0121117;RO=82;SAF=29;SAR=29;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127408;STB=0.571404;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0120762;OID=.;OPOS=11244166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:82:58:58:0.414286:29:29:31:51:29:29:31:51 chr12 11244194 . T C 399.36 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.00387119;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.756;QD=13.0938;RBI=0.00715361;REFB=-0.00232258;REVB=-0.00601565;RO=75;SAF=23;SAR=24;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126448;STB=0.571549;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00394492;OID=.;OPOS=11244194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:75:75:47:47:0.385246:24:23:28:47:24:23:28:47 chr12 11244725 . C G 211.75 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0100118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.386;QD=10.0831;RBI=0.0121537;REFB=-0.0122541;REVB=0.00689044;RO=57;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721859;STB=0.542222;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0307693;OID=.;OPOS=11244725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:13:14:26:31:13:14:26:31 chr12 11338613 . CA GG 308.69 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0224466;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=2;MLLD=271.491;QD=28.0629;RBI=0.0233971;REFB=-0.00878603;REVB=0.00660119;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307799;STB=0.516982;STBP=0.779;TYPE=mnp;VARB=0.00523481;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:17:17:27:27:0.613636:17:10:7:10:17:10:7:10 chr12 11338781 . C A 761.26 PASS AF=0.50641;AO=77;DP=154;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0251723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.511;QD=19.5196;RBI=0.0365558;REFB=-0.0509301;REVB=-0.0265081;RO=77;SAF=26;SAR=51;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125549;STB=0.573454;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0222464;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:77:77:77:79:0.50641:51:26:36:41:53:26:36:41 chr12 11338957 . A G 94.66 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00677416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9124;QD=10.8187;RBI=0.00982592;REFB=0.0280438;REVB=-0.00711755;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716318;STB=0.542786;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0539253;OID=.;OPOS=11338957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:10:13:6:6:10:13 chr12 11418954 . A G 311.21 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0160412;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.733;QD=13.8315;RBI=0.0227968;REFB=0.00340049;REVB=0.0161978;RO=55;SAF=16;SAR=19;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751861;STB=0.542833;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00549422;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:55:55:35:35:0.388889:19:16:29:26:19:16:29:26 chr12 11420375 . G A 38.16 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00883322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.03;QD=10.1771;RBI=0.0280225;REFB=-0.0145646;REVB=-0.0265939;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162008;STB=0.571184;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0352273;OID=.;OPOS=11420375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:4:2:4:4:4:2:4:5 chr12 11461292 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.649;QD=52.6132;RBI=0.0202772;REFB=0;REVB=0.0139383;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34623e-05;OID=.;OPOS=11461292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:13:9:0:0 chr12 11462275 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.995;QD=63.1954;RBI=0.0272258;REFB=0;REVB=0.0271697;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19004e-05;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr12 11506281 . T C 34.64 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.162718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0171;QD=23.0938;RBI=0.163082;REFB=0.0147315;REVB=-0.0108873;RO=1;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.012189;OID=.;OPOS=11506281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:4:5:0.833333:4:0:0:1:4:1:0:1 chr12 11992168 . G A 2441.22 PASS AF=1;AO=156;DP=161;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024117;FXX=0.0421661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.982;QD=61.4144;RBI=0.0241173;REFB=0;REVB=-0.000123064;RO=0;SAF=80;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415806;OID=.;OPOS=11992168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:159:0:0:156:159:1:76:80:0:0:77:82:0:0 chr12 12044403 . AT ATA,A 211.44 PASS AF=0.13125,0.121875;AO=38,77;DP=326;FAO=42,39;FDP=320;FR=.;FRO=239;FSAF=21,15;FSAR=21,24;FSRF=146;FSRR=93;FWDB=-0.018795,0.0868268;FXX=0.0419149;HRUN=0,6;LEN=1,1;MLLD=188.246,7.08559;QD=2.64299;RBI=0.0706047,0.223431;REFB=-0.0092153,-0.142927;REVB=-0.0680571,-0.205871;RO=170;SAF=17,25;SAR=21,52;SRF=118;SRR=52;SSEN=0,0.393701;SSEP=0,0;SSSB=-0.315672,-0.421005;STB=0.594263,0.687576;STBP=0.196,0.014;TYPE=ins,del;VARB=0.0312094,0.130356;OID=.,.;OPOS=12044405,12044404;OREF=-,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.13125,0.121875:38,77:326:42,39:320:239:21,15:21,24:146:93:99:170:17,25:21,52:118:52 chr12 12045264 . G T 1955.7 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674218;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.523;QD=62.0857;RBI=0.0745927;REFB=0;REVB=0.031912;RO=1;SAF=29;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053075;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53498e-05;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:126:1:0:118:126:1:89:29:0:1:92:34:0:0 chr12 12048323 . TAAAA AATAA,TAA,TAAAT 69.27 PASS AF=0.666667,0.222222,0.111111;AO=2,2,2;DP=8;FAO=6,2,1;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=6,2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0;HRUN=1,13,13;LEN=3,2,1;MLLD=85.2166,13.4378,116.096;QD=30.7872;RBI=0.0177715,0.0121872,0.00501749;REFB=0,0,0;REVB=0.0177715,0.0121872,-0.00501749;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=2,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0403578,0.091031,0.000866126;OID=.,.,.;OPOS=12048323,12048324,12048327;OREF=TAA,AA,A;OALT=AAT,-,T;OMAPALT=AATAA,TAA,TAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:8:9:0:0:2,2,2:6,2,1:0.666667,0.222222,0.111111:2,2,2:0,0,0:0:0:6,2,1:0,0,0:0:0 chr12 12230938 . C G 834.65 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0589451;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.633;QD=57.5623;RBI=0.0589737;REFB=0;REVB=-0.00183603;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288848;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:26:32:0:0 chr12 12240199 . C T 616.03 PASS AF=0.425926;AO=69;DP=162;FAO=69;FDP=162;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.00844355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.084;QD=15.2106;RBI=0.00876477;REFB=-0.00179961;REVB=-0.0023511;RO=93;SAF=31;SAR=38;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246535;STB=0.513787;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00200167;OID=.;OPOS=12240199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:93:93:69:69:0.425926:38:31:44:49:38:31:44:49 chr12 12301898 . C T 2495.37 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1701;QD=60.4938;RBI=0.0574769;REFB=0;REVB=0.016992;RO=0;SAF=86;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209023;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:165:0:0:157:165:1:71:86:0:0:71:94:0:0 chr12 12483134 . T A 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00869288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.853;QD=16.8123;RBI=0.0246907;REFB=-0.00775182;REVB=-0.0231099;RO=47;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265892;STB=0.514918;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00859571;OID=.;OPOS=12483134;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:20:18:21:26:20:18:21:26 chr12 12630665 . TGCACGCTGG T 306.02 PASS AF=0.956522;AO=8;DP=26;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00920211;FXX=0.257981;HRUN=1;LEN=9;MLLD=270.427;QD=53.2208;RBI=0.0176812;REFB=-0.0372704;REVB=0.0150979;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=del;VARB=0.0019656;OID=.;OPOS=12630666;OREF=GCACGCTGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:8:26:22:23:1:11:11:0:1:7:0:4:4:0:0 chr12 12814818 . C T 2243.16 PASS AF=0.979452;AO=141;DP=148;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=87;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.02338;FXX=0.0266649;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.033;QD=61.4564;RBI=0.0234497;REFB=0.0495561;REVB=-0.00180567;RO=3;SAF=54;SAR=87;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256788;STB=0.513042;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-8.82119e-05;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:148:146:3:3:141:143:0.979452:87:54:3:0:87:56:3:0 chr12 12879254 . T G 373.7 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0378354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.048;QD=20.7612;RBI=0.0441039;REFB=-0.0413661;REVB=0.0226634;RO=34;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534391;STB=0.502957;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0427439;OID=.;OPOS=12879254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:21:17:15:19:21:17:15:19 chr12 12941884 . C T 2112.45 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00439888;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.476;QD=62.1308;RBI=0.00478777;REFB=0.00389908;REVB=-0.00189013;RO=0;SAF=53;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84364e-08;STB=0.504672;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=1.88534e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:136:0:1:135:135:0.992647:82:53:0:0:82:53:1:0 chr12 12941956 . A ATCCT 527.07 PASS AF=0.456;AO=55;DP=130;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0108965;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=312.518;QD=16.8663;RBI=0.0139971;REFB=-0.00671926;REVB=-0.00878552;RO=73;SAF=17;SAR=38;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143919;STB=0.563196;STBP=0.23;TYPE=ins;VARB=0.00715246;OID=.;OPOS=12941957;OREF=-;OALT=TCCT;OMAPALT=ATCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456:55:130:57:125:68:19:38:30:38:99:73:17:38:32:41 chr12 12967127 . C T 946.96 PASS AF=0.462963;AO=99;DP=215;FAO=100;FDP=216;FR=.;FRO=116;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=47;FSRR=69;FWDB=0.06513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3111;QD=17.5364;RBI=0.0787182;REFB=0.00377208;REVB=0.0442112;RO=116;SAF=45;SAR=54;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488036;STB=0.524431;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00377546;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:116:116:99:100:0.462963:54:45:47:69:55:45:47:69 chr12 13028653 . A C,G 1027.7 PASS AF=0.0140845,0.985915;AO=3,57;DP=60;FAO=1,70;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338783,0.0484044;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.34,237.027;QD=57.8987;RBI=0.0338785,0.0488536;REFB=0,0;REVB=-0.000130524,0.00660972;RO=0;SAF=1,8;SAR=2,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.28319e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00857938,0.000864427;OID=.,.;OPOS=13028653,13028653;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:60:71:0:0:3,57:1,70:0.0140845,0.985915:2,49:1,8:0:0:1,52:0,18:0:0 chr12 13061294 . C T 147.21 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0123609;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.385;QD=16.3563;RBI=0.0126411;REFB=-0.0148264;REVB=0.00264686;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171002;STB=0.598467;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0165738;OID=.;OPOS=13061294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:9:11:6:10:9:11 chr12 13208552 . C T 635.75 PASS AF=0.440252;AO=69;DP=156;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.00270369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9147;QD=15.9938;RBI=0.0317247;REFB=-0.007626;REVB=-0.0316092;RO=87;SAF=32;SAR=37;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190725;STB=0.50027;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00816357;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:87:89:69:70:0.440252:37:32:42:45:37:33:42:47 chr12 13214537 . A G 710.98 PASS AF=0.435028;AO=77;DP=178;FAO=77;FDP=177;FR=.;FRO=100;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.00503624;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.822;QD=16.0674;RBI=0.0304421;REFB=-0.00845899;REVB=-0.0300227;RO=100;SAF=33;SAR=44;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888032;STB=0.504949;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0124364;OID=.;OPOS=13214537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:100:100:77:77:0.435028:44:33:42:58:44:33:42:58 chr12 13221606 . T C 1767.37 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.548;QD=60.9438;RBI=0.0329103;REFB=0;REVB=-0.0136896;RO=0;SAF=44;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.60391e-05;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:71:44:0:0:71:45:0:0 chr12 13349823 . C T 803.04 PASS AF=0.427136;AO=85;DP=200;FAO=85;FDP=199;FR=.;FRO=114;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=70;FSRR=44;FWDB=0.0278762;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4777;QD=16.1415;RBI=0.0351595;REFB=-0.0100358;REVB=0.0214268;RO=111;SAF=37;SAR=48;SRF=67;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169917;STB=0.601382;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0078711;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:111:114:85:85:0.427136:48:37:67:44:48:37:70:44 chr12 13369196 . C T 509.84 PASS AF=0.398601;AO=59;DP=143;FAO=57;FDP=143;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.00842131;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4338;QD=14.2613;RBI=0.0231742;REFB=-0.00743766;REVB=-0.02159;RO=84;SAF=32;SAR=27;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118541;STB=0.592128;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0166849;OID=.;OPOS=13369196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:84:86:59:57:0.398601:27:32:36:48:25:32:35:51 chr12 13369574 . A G 527.16 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00777944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.07;QD=19.1694;RBI=0.0182283;REFB=-0.0102184;REVB=-0.0164849;RO=55;SAF=18;SAR=37;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173767;STB=0.59632;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00786628;OID=.;OPOS=13369574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:37:18:28:27:37:18:28:27 chr12 13526305 . T C 734.04 PASS AF=0.493506;AO=75;DP=153;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.000237034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.244;QD=19.066;RBI=0.000701846;REFB=0.0123325;REVB=-0.000660608;RO=78;SAF=31;SAR=44;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213971;STB=0.514599;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0131188;OID=.;OPOS=13526305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:78:78:75:76:0.493506:44:31:34:44:45:31:34:44 chr12 13593879 . G A 1608.26 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0158372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.341;QD=59.0187;RBI=0.0207043;REFB=0.0276302;REVB=0.0133361;RO=1;SAF=37;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126548;STB=0.506665;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-3.95468e-05;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:71:37:1:0:71:37:1:0 chr12 13715975 . A G 509.71 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00838522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.369;QD=16.8498;RBI=0.0294981;REFB=-0.00854613;REVB=0.0282812;RO=66;SAF=30;SAR=25;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594309;STB=0.53312;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0092317;OID=.;OPOS=13715975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:66:55:55:0.454545:25:30:32:34:25:30:32:34 chr12 13717508 . G A 700.85 PASS AF=0.416216;AO=77;DP=185;FAO=77;FDP=185;FR=.;FRO=108;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.00151052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.5;QD=15.1535;RBI=0.0306245;REFB=-0.0115799;REVB=0.0305872;RO=106;SAF=24;SAR=53;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216012;STB=0.616799;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0169435;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:106:108:77:77:0.416216:53:24:54:52:53:24:54:54 chr12 13761741 . G A 577.0 PASS AF=0.387283;AO=67;DP=175;FAO=67;FDP=173;FR=.;FRO=106;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=0.00149704;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7433;QD=13.341;RBI=0.0248187;REFB=-0.00512643;REVB=0.0247735;RO=106;SAF=18;SAR=49;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192103;STB=0.609202;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00975018;OID=.;OPOS=13761741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:106:106:67:67:0.387283:49:18:45:61:49:18:45:61 chr12 13836561 . T A 521.49 PASS AF=0.495495;AO=54;DP=110;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0072698;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7111;QD=18.7924;RBI=0.0749878;REFB=-0.0165711;REVB=0.0746346;RO=50;SAF=33;SAR=21;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133931;STB=0.569318;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0332909;OID=.;OPOS=13836561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:50:56:54:55:0.495495:21:33:23:27:22:33:26:30 chr12 13836650 . G A 670.59 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=134;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0265013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.449;QD=19.8694;RBI=0.0265319;REFB=-0.00523472;REVB=0.00127428;RO=67;SAF=37;SAR=30;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813005;STB=0.541211;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0058311;OID=.;OPOS=13836650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:67:68:67:67:0.496296:30:37:31:36:30:37:32:36 chr12 14018777 . G C 571.98 PASS AF=0.513043;AO=58;DP=111;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.0392106;FXX=0.0254216;HRUN=5;LEN=1;MLLD=82.327;QD=19.8951;RBI=0.0408589;REFB=-0.0197842;REVB=-0.011488;RO=52;SAF=30;SAR=28;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135091;STB=0.575318;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0273858;OID=.;OPOS=14018777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:115:52:56:58:59:0.513043:28:30:35:17:28:31:38:18 chr12 14019128 . C T 508.5 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00643832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.265;QD=23.3791;RBI=0.00696878;REFB=-0.017216;REVB=0.00266681;RO=39;SAF=25;SAR=23;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110826;STB=0.560834;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0161854;OID=.;OPOS=14019128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:23:25:15:24:23:25:15:24 chr12 14278844 . G A 275.8 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-7.88623e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.484;QD=13.2914;RBI=0.00139949;REFB=-0.0182015;REVB=-0.00139727;RO=51;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404806;STB=0.523109;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0208742;OID=.;OPOS=14278844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:17:15:22:29:17:15:22:29 chr12 14279340 . TCAAAAAAAT ATCAAAAAAT,TCAAAAAAT,TCAAAAAATA 33.05 PASS AF=0,0.325,0.025;AO=2,13,2;DP=41;FAO=0,13,1;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=0,6,0;FSAR=0,7,1;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00685973,0.0338929,-0.0292269;FXX=0.0243843;HRUN=1,7,7;LEN=3,1,2;MLLD=123.859,7.70973,16.1293;QD=3.30488;RBI=0.0543782,0.0405125,0.0394793;REFB=-0.0113655,-0.137505,-0.0955851;REVB=-0.0539438,0.0221931,-0.0265406;RO=17;SAF=0,9,0;SAR=2,4,2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.474595,0.330187,-0.474595;STB=0.5,0.551103,0.990532;STBP=1,0.666,0.294;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.16843,0.0644687;OID=.,.,.;OPOS=14279340,14279342,14279348;OREF=TCA,A,AT;OALT=ATC,-,TA;OMAPALT=ATCAAAAAAT,TCAAAAAAT,TCAAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:41:40:17:26:2,13,2:0,13,1:0,0.325,0.025:2,4,2:0,9,0:6:11:0,7,1:0,6,0:14:12 chr12 14587301 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.489;QD=58.9627;RBI=0.0149865;REFB=0;REVB=0.000901509;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40976e-05;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr12 14664595 . A G 200.92 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0254203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.878;QD=11.8189;RBI=0.0475885;REFB=0.00262082;REVB=0.0402302;RO=42;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302057;STB=0.679539;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00688353;OID=.;OPOS=14664595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:43:25:25:0.367647:9:16:15:27:9:16:15:28 chr12 14688644 . C T 2331.81 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.631;QD=63.8853;RBI=0.0223049;REFB=0;REVB=-0.0159095;RO=0;SAF=83;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19193e-05;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:63:83:0:0:63:83:0:0 chr12 14794062 . G A 2983.86 PASS AF=0.989583;AO=190;DP=192;FAO=190;FDP=192;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00782611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1535;QD=62.1638;RBI=0.00894399;REFB=-0.0534906;REVB=-0.00432979;RO=2;SAF=90;SAR=100;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942766;STB=0.50495;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00450925;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:192:192:2:2:190:190:0.989583:100:90:0:2:100:90:0:2 chr12 14827463 . AATC A 453.42 PASS AF=0.416667;AO=75;DP=182;FAO=75;FDP=180;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=-0.0161806;FXX=0.0109884;HRUN=2;LEN=3;MLLD=324.27;QD=10.0759;RBI=0.0286078;REFB=-0.00452936;REVB=-0.0235923;RO=104;SAF=45;SAR=30;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415467;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00603879;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:75:182:75:180:105:45:30:63:42:99:104:45:30:62:42 chr12 14829893 . A C 6814.06 PASS AF=1;AO=430;DP=431;FAO=431;FDP=431;FR=.;FRO=0;FSAF=223;FSAR=208;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705318;FXX=0.00461883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.989;QD=63.2395;RBI=0.0706026;REFB=-0.132696;REVB=0.00316208;RO=1;SAF=224;SAR=206;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361043;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:431:431:1:0:430:431:1:206:224:1:0:208:223:0:0 chr12 14924028 . A G 447.38 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.00733889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4988;QD=18.4485;RBI=0.0777593;REFB=-0.0291888;REVB=0.0774122;RO=51;SAF=13;SAR=32;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402433;STB=0.512959;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0339093;OID=.;OPOS=14924028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:32:13:13:38:32:13:14:38 chr12 14927994 . T C 1590.92 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0969297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2504;QD=58.923;RBI=0.108489;REFB=-0.158479;REVB=-0.048728;RO=0;SAF=71;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10022e-08;STB=0.503496;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0002771;OID=.;OPOS=14927994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:0:1:107:107:0.990741:36:71:0:0:36:71:1:0 chr12 14928195 . T C 558.1 PASS AF=0.495726;AO=57;DP=113;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.112524;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0183;QD=19.0804;RBI=0.114637;REFB=-0.0491835;REVB=0.0219063;RO=55;SAF=27;SAR=30;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333809;STB=0.504586;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0618449;OID=.;OPOS=14928195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:55:59:57:58:0.495726:30:27:24:31:31:27:28:31 chr12 14929642 . A T 123.17 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.164611;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=20.1206;QD=11.4579;RBI=0.188596;REFB=-0.0849156;REVB=-0.0920431;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288764;STB=0.53069;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0970144;OID=.;OPOS=14929642;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:43:22:26:17:17:0.395349:9:8:11:11:10:7:12:14 chr12 14929667 . C G 175.43 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0317455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6988;QD=13.7593;RBI=0.0551979;REFB=-0.000808308;REVB=0.0451556;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123459;STB=0.571357;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00341601;OID=.;OPOS=14929667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:12:8:16:15:12:8:16:15 chr12 14929872 . A G 1881.61 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197664;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.921;QD=61.6921;RBI=0.0497047;REFB=0;REVB=0.0456054;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136536;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:56:66:0:0:56:66:0:0 chr12 14930018 . GTT GT,TGT,TTG 43.28 PASS AF=0.10989,0,0.0549451;AO=15,11,8;DP=94;FAO=10,0,5;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=2,0,0;FSAR=8,0,5;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0969891,0.0769305,0.040891;FXX=0.0319115;HRUN=5,1,1;LEN=1,2,3;MLLD=10.357,17.4018,39.5261;QD=1.90227;RBI=0.131461,0.116193,0.0606469;REFB=-0.0747261,-0.0390893,-0.021224;REVB=-0.0887415,-0.0870777,-0.0447881;RO=52;SAF=3,0,0;SAR=12,11,8;SRF=25;SRR=27;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.378564,-0.713193,-0.660192;STB=0.681415,0.5,0.997394;STBP=0.29,1,0.052;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0286272,-0.0166551,-0.0107052;OID=.,.,.;OPOS=14930019,14930018,14930018;OREF=T,GT,GTT;OALT=-,TG,TTG;OMAPALT=GT,TGT,TTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:94:91:52:76:15,11,8:10,0,5:0.10989,0,0.0549451:12,11,8:3,0,0:25:27:8,0,5:2,0,0:28:48 chr12 14930055 . G T 1737.56 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00898119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.655;QD=58.9002;RBI=0.0214069;REFB=-0.0192568;REVB=-0.0194318;RO=2;SAF=34;SAR=82;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271115;STB=0.514283;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-1.33006e-05;OID=.;OPOS=14930055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:82:34:2:0:82:34:2:0 chr12 14976553 . G C 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0072273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.339;QD=15.1952;RBI=0.0427178;REFB=-0.00542811;REVB=0.042102;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201776;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0089146;OID=.;OPOS=14976553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:9:9:12:13:9:9:13:13 chr12 14977217 . A G 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0142132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.286;QD=17.4231;RBI=0.0159626;REFB=-0.00948533;REVB=0.00726577;RO=34;SAF=8;SAR=23;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328361;STB=0.684981;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00727497;OID=.;OPOS=14977217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:23:8:20:14:23:8:20:14 chr12 14977272 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0314732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.075;QD=12.9741;RBI=0.0396913;REFB=-0.015553;REVB=-0.0241834;RO=18;SAF=2;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449539;STB=0.768734;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0143367;OID=.;OPOS=14977272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:10:2:10:8:10:2:10:8 chr12 14982352 . G C 2080.6 PASS AF=0.441584;AO=222;DP=504;FAO=223;FDP=505;FR=.;FRO=282;FSAF=93;FSAR=130;FSRF=119;FSRR=163;FWDB=0.0503979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8443;QD=16.48;RBI=0.0584615;REFB=0.0195612;REVB=0.0296277;RO=279;SAF=93;SAR=129;SRF=116;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325728;STB=0.502837;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0235547;OID=.;OPOS=14982352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:504:505:279:282:222:223:0.441584:129:93:116:163:130:93:119:163 chr12 14993439 . C T 772.79 PASS AF=0.55303;AO=72;DP=132;FAO=73;FDP=132;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00538566;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.078;QD=23.4178;RBI=0.00730096;REFB=0.00248377;REVB=-0.00492937;RO=60;SAF=42;SAR=30;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179125;STB=0.590058;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00196535;OID=.;OPOS=14993439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:60:59:72:73:0.55303:30:42:22:38:31:42:22:37 chr12 14993608 . G A 902.7 PASS AF=0.461929;AO=89;DP=197;FAO=91;FDP=197;FR=.;FRO=106;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.0144024;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.109;QD=18.3289;RBI=0.018333;REFB=-0.0149755;REVB=0.0113433;RO=106;SAF=45;SAR=44;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332522;STB=0.52408;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0183822;OID=.;OPOS=14993608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:106:106:89:91:0.461929:44:45:50:56:44:47:50:56 chr12 14993854 . A G 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00394247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.014;QD=17.6621;RBI=0.00786619;REFB=0.00229545;REVB=0.0068069;RO=47;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00669571;STB=0.503745;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00324167;OID=.;OPOS=14993854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:19:21:25:22:19:21:25:22 chr12 15035081 . T C 811.42 PASS AF=0.47486;AO=77;DP=172;FAO=85;FDP=179;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.0238059;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3049;QD=18.1323;RBI=0.0494036;REFB=0.00576723;REVB=0.0432897;RO=94;SAF=34;SAR=43;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265016;STB=0.523778;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0037968;OID=.;OPOS=15035081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:179:94:94:77:85:0.47486:43:34:44:50:49:36:44:50 chr12 15081897 . A C 2105.54 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000755173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.586;QD=61.9277;RBI=0.0744705;REFB=-0.110251;REVB=-0.0744667;RO=1;SAF=46;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102211;STB=0.505376;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00123222;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:89:46:1:0:89:46:1:0 chr12 15095558 . C G 722.39 PASS AF=0.481013;AO=75;DP=157;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0215492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.038;QD=18.2883;RBI=0.0312078;REFB=-0.0160479;REVB=0.0225735;RO=82;SAF=35;SAR=40;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262807;STB=0.511246;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0186671;OID=.;OPOS=15095558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:82:82:75:76:0.481013:40:35:36:46:41:35:36:46 chr12 15103605 . A G 3592.31 PASS AF=1;AO=226;DP=226;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5102;QD=63.0231;RBI=0.0808503;REFB=0;REVB=0.0186858;RO=0;SAF=113;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178653;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:228:0:0:226:228:1:113:113:0:0:113:115:0:0 chr12 15134353 . A G 1006.44 PASS AF=0.452586;AO=105;DP=235;FAO=105;FDP=232;FR=.;FRO=127;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=75;FSRR=52;FWDB=-0.0099102;FXX=0.0127654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3145;QD=17.3525;RBI=0.0109638;REFB=-0.0138028;REVB=-0.0046896;RO=126;SAF=50;SAR=55;SRF=75;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116895;STB=0.56236;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0146193;OID=.;OPOS=15134353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:232:126:127:105:105:0.452586:55:50:75:51:55:50:75:52 chr12 15733669 . G A 730.49 PASS AF=0.478528;AO=77;DP=163;FAO=78;FDP=163;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0456166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.877;QD=17.9262;RBI=0.045695;REFB=-0.000768359;REVB=0.00267555;RO=82;SAF=33;SAR=44;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994817;STB=0.512756;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00221779;OID=.;OPOS=15733669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:82:85:77:78:0.478528:44:33:36:46:45:33:38:47 chr12 16189694 . T A 977.01 PASS AF=0.433884;AO=104;DP=242;FAO=105;FDP=242;FR=.;FRO=137;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=68;FSRR=69;FWDB=-0.00289113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.633;QD=16.1489;RBI=0.00294718;REFB=0.00106627;REVB=0.000572043;RO=133;SAF=47;SAR=57;SRF=65;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373479;STB=0.522271;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00114358;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:133:137:104:105:0.433884:57:47:65:68:57:48:68:69 chr12 16347308 . G A 3068.89 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155164;FXX=0.0147776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2313;QD=61.3779;RBI=0.0272545;REFB=0;REVB=-0.0224064;RO=0;SAF=95;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792562;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:200:0:0:198:200:1:103:95:0:0:104:96:0:0 chr12 16369828 . A T 1697.58 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316332;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.901;QD=60.6278;RBI=0.032467;REFB=0;REVB=0.00731095;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9219e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:110:112:1:48:62:0:0:48:64:0:0 chr12 16397677 . G A 3623.84 PASS AF=0.963415;AO=235;DP=245;FAO=237;FDP=246;FR=.;FRO=9;FSAF=105;FSAR=132;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00637303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.246;QD=58.9243;RBI=0.00707974;REFB=-0.122671;REVB=0.00308338;RO=7;SAF=105;SAR=130;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898424;STB=0.504166;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000584833;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:245:246:7:9:235:237:0.963415:130:105:2:5:132:105:5:4 chr12 16397734 . C A 755.82 PASS AF=0.420513;AO=81;DP=194;FAO=82;FDP=195;FR=.;FRO=113;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=0.0558884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2619;QD=15.5041;RBI=0.0574108;REFB=0.0130208;REVB=-0.0131334;RO=113;SAF=32;SAR=49;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789645;STB=0.539486;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0200206;OID=.;OPOS=16397734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:113:113:81:82:0.420513:49:32:53:60:49:33:53:60 chr12 16430284 . G A 1514.1 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219225;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.055;QD=63.7515;RBI=0.00244089;REFB=0;REVB=0.00107329;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21034e-06;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:91:95:1:56:35:0:0:56:39:0:0 chr12 16529084 . G A 252.71 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.129083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3132;QD=12.7955;RBI=0.133845;REFB=-0.0479229;REVB=-0.0353866;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23112;STB=0.522615;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0568547;OID=.;OPOS=16529084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:49:30:30:0.379747:12:18:12:22:13:17:26:23 chr12 18473928 . T C 965.51 PASS AF=0.409774;AO=108;DP=265;FAO=109;FDP=266;FR=.;FRO=157;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=75;FSRR=82;FWDB=0.0132334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.808;QD=14.519;RBI=0.0165289;REFB=-0.0106453;REVB=-0.00990363;RO=156;SAF=41;SAR=67;SRF=75;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109882;STB=0.556065;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0137192;OID=.;OPOS=18473928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:156:157:108:109:0.409774:67:41:75:81:67:42:75:82 chr12 18499636 . C T 686.84 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0230097;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9824;QD=17.7248;RBI=0.0311229;REFB=-0.000645826;REVB=0.0209568;RO=83;SAF=39;SAR=34;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502719;STB=0.524595;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00045155;OID=.;OPOS=18499636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:83:82:73:73:0.470968:34:39:40:43:34:39:40:42 chr12 18511315 . T C 427.51 PASS AF=0.343949;AO=54;DP=157;FAO=54;FDP=157;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=0.0204988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.083;QD=10.892;RBI=0.0259744;REFB=0.00250483;REVB=0.0159521;RO=102;SAF=21;SAR=33;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616674;STB=0.532636;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00445167;OID=.;OPOS=18511315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:102:103:54:54:0.343949:33:21:45:57:33:21:45:58 chr12 19329493 . T C 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0318114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5187;QD=23.7579;RBI=0.0333536;REFB=0.0122967;REVB=0.0100249;RO=21;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156921;STB=0.59706;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00569698;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:15:11:13:8:15:11:14:8 chr12 19529158 . T C 207.56 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.00301407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.687;QD=15.0954;RBI=0.00394189;REFB=-0.0308525;REVB=-0.00254044;RO=29;SAF=6;SAR=18;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326028;STB=0.506019;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0337027;OID=.;OPOS=19529158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:31:24:24:0.436364:18:6:8:21:18:6:8:23 chr12 19626205 . T C 460.2 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0169245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.783;QD=21.1584;RBI=0.0215483;REFB=-0.0156014;REVB=0.0133376;RO=42;SAF=24;SAR=21;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111901;STB=0.561805;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00803141;OID=.;OPOS=19626205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:21:24:17:25:21:24:17:25 chr12 19877449 . A G 2238.26 PASS AF=0.51049;AO=219;DP=431;FAO=219;FDP=429;FR=.;FRO=210;FSAF=102;FSAR=117;FSRF=83;FSRR=127;FWDB=0.00680686;FXX=0.00464026;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.767;QD=20.8695;RBI=0.00694886;REFB=-0.0081251;REVB=0.00139761;RO=209;SAF=102;SAR=117;SRF=82;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663113;STB=0.534843;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00890569;OID=.;OPOS=19877449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:431:429:209:210:219:219:0.51049:117:102:82:127:117:102:83:127 chr12 20704503 . CG CC,C 2948.51 PASS AF=0.0112994,0.595104;AO=27,294;DP=534;FAO=6,316;FDP=531;FR=.;FRO=209;FSAF=6,22;FSAR=0,294;FSRF=107;FSRR=102;FWDB=-0.0262535,-0.0685018;FXX=0.00561787;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=18.1371,18.7585;QD=22.211;RBI=0.0680507,0.0691896;REFB=-0.0734586,-0.0685;REVB=0.0627826,0.00973173;RO=207;SAF=26,2;SAR=1,292;SRF=105;SRR=102;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.616675,-0.845926;STB=0.998254,0.813173;STBP=0.006,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0276569,0.0490839;OID=.,.;OPOS=20704504,20704504;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0112994,0.595104:27,294:534:6,316:531:209:6,22:0,294:107:102:99:207:26,2:1,292:105:102 chr12 20704509 . T G 2769.73 PASS AF=0.53252;AO=262;DP=498;FAO=262;FDP=492;FR=.;FRO=230;FSAF=19;FSAR=243;FSRF=115;FSRR=115;FWDB=-0.0352388;FXX=0.012048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.29;QD=22.5182;RBI=0.0374353;REFB=-0.0178378;REVB=-0.0126343;RO=235;SAF=19;SAR=243;SRF=115;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582737;STB=0.82717;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0408496;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:498:492:235:230:262:262:0.53252:243:19:115:120:243:19:115:115 chr12 20704513 . C T 1082.79 PASS AF=0.340102;AO=134;DP=392;FAO=134;FDP=394;FR=.;FRO=260;FSAF=3;FSAR=131;FSRF=115;FSRR=145;FWDB=-0.0488159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.145;QD=10.9928;RBI=0.0489775;REFB=-0.00783362;REVB=0.00397523;RO=258;SAF=3;SAR=131;SRF=114;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.754839;STB=0.949068;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0358701;OID=.;OPOS=20704513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:394:258:260:134:134:0.340102:131:3:114:144:131:3:115:145 chr12 20766559 . C T 2081.53 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.995;QD=62.6023;RBI=0.0263743;REFB=0;REVB=-0.00818644;RO=0;SAF=43;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85669e-06;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:89:43:0:0:89:44:0:0 chr12 20903757 . T C 1954.95 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.386;QD=61.0921;RBI=0.0210449;REFB=-0.0495277;REVB=0.00141558;RO=1;SAF=68;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693714;STB=0.503649;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000204193;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:59:68:1:0:59:68:1:0 chr12 20905250 . C T 2508.2 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.483;QD=60.8049;RBI=0.0320408;REFB=0;REVB=0.0254598;RO=0;SAF=81;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87653e-05;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:156:165:0:0:155:165:1:74:81:0:0:78:87:0:0 chr12 21011480 . T G 2460.86 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00292785;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.578;QD=60.762;RBI=0.0376197;REFB=-0.0164097;REVB=0.0375056;RO=0;SAF=58;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502439;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=2.23537e-05;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:0:1:160:161:0.993827:102:58:0:0:102:59:0:1 chr12 21011792 . A G 1485.4 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147167;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.419;QD=60.0162;RBI=0.0152504;REFB=0;REVB=0.00399938;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68481e-05;OID=.;OPOS=21011792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:98:99:1:52:46:0:0:52:47:0:0 chr12 21011813 . C T 2225.1 PASS AF=0.986207;AO=138;DP=143;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0406585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7449;QD=61.3821;RBI=0.0444176;REFB=-0.0222396;REVB=-0.0178834;RO=5;SAF=66;SAR=72;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520836;STB=0.507245;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00170879;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:145:5:2:138:143:0.986207:72:66:2:3:75:68:2:0 chr12 21013948 . C T 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4209;QD=57.8815;RBI=0.0747579;REFB=0;REVB=-0.0617815;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104796;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr12 21015760 . G A 3118.41 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.015;QD=61.7507;RBI=0.0206462;REFB=0;REVB=-0.0108993;RO=0;SAF=78;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37686e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36248e-05;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:124:78:0:0:124:78:0:0 chr12 21036411 . A G 2595.55 PASS AF=1;AO=167;DP=169;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364542;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.957;QD=61.7988;RBI=0.0374279;REFB=0;REVB=0.00848195;RO=0;SAF=92;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141762;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:168:0:0:167:168:1:75:92:0:0:76:92:0:0 chr12 21176135 . T C 4121.75 PASS AF=1;AO=262;DP=268;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03099;FXX=0.0111936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6344;QD=62.2151;RBI=0.140763;REFB=-0.0562317;REVB=0.137309;RO=1;SAF=113;SAR=149;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00318907;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053383;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:268:265:1:0:262:265:1:149:113:0:1:151:114:0:0 chr12 21229431 . C T 1503.57 PASS AF=0.549618;AO=144;DP=261;FAO=144;FDP=262;FR=.;FRO=118;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=0.00814946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.546;QD=22.9552;RBI=0.0654411;REFB=-0.00241211;REVB=-0.0649317;RO=117;SAF=73;SAR=71;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233251;STB=0.514573;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0016568;OID=.;OPOS=21229431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:117:118:144:144:0.549618:71:73:56:61:71:73:56:62 chr12 21243001 . C T 1230.83 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247172;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.425;QD=61.5415;RBI=0.0265618;REFB=0;REVB=-0.00972588;RO=0;SAF=21;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22147e-05;OID=.;OPOS=21243001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:59:21:0:0:59:21:0:0 chr12 21329738 . A G 203.02 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0177415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7318;QD=14.2469;RBI=0.0454905;REFB=-0.0222292;REVB=0.0418883;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457654;STB=0.526045;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0255206;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:15:9:11:22:15:9:11:22 chr12 21331599 . T C 1128.03 PASS AF=0.516129;AO=112;DP=217;FAO=112;FDP=217;FR=.;FRO=105;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=0.00531542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.667;QD=20.7933;RBI=0.0224268;REFB=-0.00970651;REVB=0.0217878;RO=104;SAF=51;SAR=61;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287062;STB=0.513093;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00892088;OID=.;OPOS=21331599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:104:105:112:112:0.516129:61:51:44:60:61:51:45:60 chr12 21331625 . C T 674.85 PASS AF=0.402116;AO=73;DP=186;FAO=76;FDP=189;FR=.;FRO=113;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=68;FWDB=0.0112468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1659;QD=14.2825;RBI=0.017675;REFB=-0.0124048;REVB=-0.0136351;RO=113;SAF=33;SAR=40;SRF=45;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590115;STB=0.522012;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0134659;OID=.;OPOS=21331625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:189:113:113:73:76:0.402116:40:33:45:68:43:33:45:68 chr12 21428246 . A C 2147.52 PASS AF=0.567039;AO=201;DP=359;FAO=203;FDP=358;FR=.;FRO=155;FSAF=100;FSAR=103;FSRF=81;FSRR=74;FWDB=0.0629246;FXX=0.00278544;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3493;QD=23.9947;RBI=0.0877016;REFB=-0.048892;REVB=0.0610907;RO=136;SAF=98;SAR=103;SRF=74;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422353;STB=0.512972;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0327029;OID=.;OPOS=21428246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:358:136:155:201:203:0.567039:103:98:74:62:103:100:81:74 chr12 21609773 . A G 376.67 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0120597;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7657;QD=15.8596;RBI=0.0694429;REFB=-0.0288778;REVB=0.0683877;RO=54;SAF=22;SAR=18;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699824;STB=0.534302;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.037377;OID=.;OPOS=21609773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:54:55:40:40:0.421053:18:22:26:28:18:22:27:28 chr12 21622051 . A C 492.87 PASS AF=0.404412;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.00673014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.663;QD=14.4962;RBI=0.0110423;REFB=-0.00274775;REVB=0.00875428;RO=81;SAF=25;SAR=30;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546914;STB=0.53082;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00442426;OID=.;OPOS=21622051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:81:81:55:55:0.404412:30:25:41:40:30:25:41:40 chr12 21623179 . T C 175.73 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0455228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9863;QD=11.9142;RBI=0.064321;REFB=-0.0136745;REVB=-0.0454408;RO=37;SAF=15;SAR=7;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725674;STB=0.542129;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0172166;OID=.;OPOS=21623179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:7:15:23:14:7:15:23:14 chr12 21623969 . A G 564.8 PASS AF=0.5;AO=57;DP=116;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0184355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.185;QD=19.1457;RBI=0.0190611;REFB=-0.0130585;REVB=0.00484342;RO=58;SAF=20;SAR=37;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247839;STB=0.628329;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0137176;OID=.;OPOS=21623969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:58:59:57:59:0.5:37:20:36:22:38:21:36:23 chr12 21654831 . G T 2362.71 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187473;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.746;QD=63.8571;RBI=0.0341116;REFB=0;REVB=0.0284981;RO=0;SAF=43;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60963e-05;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:148:0:0:144:148:1:101:43:0:0:101:47:0:0 chr12 21670252 . G C 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0029882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.6537;QD=12.3941;RBI=0.0178308;REFB=0.00476697;REVB=-0.0175786;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157235;STB=0.592888;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.021905;OID=.;OPOS=21670252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:12:12:9:5:12:12 chr12 21712574 . C T 402.23 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.00272171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7654;QD=13.6349;RBI=0.00574203;REFB=0.00441466;REVB=0.005056;RO=71;SAF=27;SAR=20;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120334;STB=0.506806;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0091469;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:71:47:47:0.398305:20:27:40:31:20:27:40:31 chr12 21713402 . T C 761.29 PASS AF=0.418367;AO=82;DP=196;FAO=82;FDP=196;FR=.;FRO=114;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=74;FWDB=-0.011755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.65;QD=15.5366;RBI=0.0156816;REFB=-0.0111988;REVB=-0.0103794;RO=114;SAF=35;SAR=47;SRF=40;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819783;STB=0.545736;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0135728;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:114:114:82:82:0.418367:47:35:40:74:47:35:40:74 chr12 21797029 . A G 1659.43 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.723;QD=60.343;RBI=0.0616691;REFB=0;REVB=0.038756;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138872;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:52:57:0:0:53:57:0:0 chr12 22017422 . A G 434.64 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.684;QD=54.3299;RBI=0.0337188;REFB=0.000488074;REVB=0.0149243;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000244971;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:32:0:1:30:31:0.96875:18:12:0:0:18:13:0:1 chr12 22063115 . A G 2451.33 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.3;QD=61.2833;RBI=0.0307234;REFB=0;REVB=0.0189928;RO=0;SAF=84;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69718e-05;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:160:0:0:156:160:1:72:84:0:0:72:88:0:0 chr12 22348500 . A G 3968.89 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382498;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.78;QD=62.257;RBI=0.0384192;REFB=0;REVB=-0.00360413;RO=0;SAF=102;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61477e-05;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:256:255:0:0:255:255:1:153:102:0:0:153:102:0:0 chr12 22354921 . A G 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0164902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.105;QD=19.345;RBI=0.0182782;REFB=0.000136694;REVB=0.00788446;RO=40;SAF=9;SAR=31;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196798;STB=0.619459;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00010623;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:40:40:0.493827:31:9:16:24:31:9:17:24 chr12 22478425 . A G 2322.89 PASS AF=0.969136;AO=156;DP=161;FAO=157;FDP=162;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=90;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00705349;FXX=0.00613459;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.367;QD=57.3552;RBI=0.0139962;REFB=-0.02511;REVB=-0.0120889;RO=3;SAF=66;SAR=90;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211295;STB=0.505455;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=8.46572e-05;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:161:162:3:5:156:157:0.969136:90:66:3:0:90:67:3:2 chr12 22602796 . A G 458.72 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0756008;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5647;QD=23.2262;RBI=0.0775352;REFB=-0.00434958;REVB=0.0172116;RO=34;SAF=18;SAR=26;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734347;STB=0.534649;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00162525;OID=.;OPOS=22602796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:34:35:44:44:0.556962:26:18:17:17:26:18:17:18 chr12 22814036 . A G 725.49 PASS AF=0.469512;AO=77;DP=164;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.00991465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1558;QD=17.6949;RBI=0.0383431;REFB=-0.0245025;REVB=-0.0370391;RO=87;SAF=36;SAR=41;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366663;STB=0.520299;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0327041;OID=.;OPOS=22814036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:87:87:77:77:0.469512:41:36:44:43:41:36:44:43 chr12 23686843 . TAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAT 128.87 PASS AF=0.388889,0.222222,0.388889;AO=5,4,2;DP=20;FAO=7,4,7;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,7;FSAR=7,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421674,0.0179252,0.0104231;FXX=0.142789;HRUN=14,14,14;LEN=2,3,1;MLLD=6.41938,11.4369,160.935;QD=28.6385;RBI=0.247874,0.109288,0.0349733;REFB=0,0,0;REVB=-0.244261,-0.107808,-0.033384;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=5,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.209329,0.0629057,0.0279314;OID=.,.,.;OPOS=23686844,23686844,23686854;OREF=AA,AAA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.388889,0.222222,0.388889:5,4,2:20:7,4,7:18:0:0,1,7:7,3,0:0:0:43:0:0,0,2:5,4,0:0:0 chr12 24103812 . C A 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00315741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.967;QD=21.8829;RBI=0.00336394;REFB=-0.0378491;REVB=0.00116053;RO=27;SAF=13;SAR=21;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101904;STB=0.505626;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0291639;OID=.;OPOS=24103812;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:21:13:10:17:21:13:10:17 chr12 24859899 . G A 3242.56 PASS AF=1;AO=210;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.504;QD=61.1803;RBI=0.0366966;REFB=0;REVB=0.0308625;RO=2;SAF=76;SAR=134;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705683;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79999e-05;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:212:212:2:0:210:212:1:134:76:0:2:136:76:0:0 chr12 24964383 . T C 772.64 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.132;QD=61.8113;RBI=0.0470558;REFB=0.00622227;REVB=0.0338285;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200211;STB=0.510634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000243672;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:1:0:26:23:1:0 chr12 24964523 . C T 1479.68 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.252;QD=58.6013;RBI=0.0101394;REFB=0.058071;REVB=-6.03358e-05;RO=1;SAF=39;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120078;STB=0.506328;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00626776;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:61:39:1:0:61:39:1:0 chr12 24968131 . G A 104.39 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0387643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.907;QD=14.3985;RBI=0.0388523;REFB=-0.0429725;REVB=-0.0026134;RO=17;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.581603;STB=0.862624;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0286138;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:17:16:12:13:0.448276:11:1:9:8:12:1:9:7 chr12 24968150 . A C 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.000805691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.008;QD=12.3948;RBI=0.0369093;REFB=-0.000310167;REVB=0.0369005;RO=24;SAF=1;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55415;STB=0.840549;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00197824;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:13:1:10:14:13:1:10:14 chr12 24970708 . G A 692.98 PASS AF=0.485507;AO=57;DP=131;FAO=67;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0240327;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1583;QD=20.0863;RBI=0.120102;REFB=-0.0356639;REVB=-0.117673;RO=52;SAF=26;SAR=31;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120897;STB=0.518841;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.035916;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:138:52:68:57:67:0.485507:31:26:31:21:36:31:34:34 chr12 25054891 . G A 548.07 PASS AF=0.395062;AO=64;DP=162;FAO=64;FDP=162;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=0.0511229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2216;QD=13.5326;RBI=0.0827791;REFB=0.0114275;REVB=-0.0651062;RO=98;SAF=31;SAR=33;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711282;STB=0.540057;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.016236;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:98:98:64:64:0.395062:33:31:41:57:33:31:41:57 chr12 25148755 . C G 2427.11 PASS AF=0.981707;AO=161;DP=164;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=103;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00466297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.161;QD=59.1978;RBI=0.0593671;REFB=-0.0982116;REVB=0.0591837;RO=1;SAF=103;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459758;STB=0.500534;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.000557892;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:164:164:1:3:161:161:0.981707:58:103:1:0:58:103:2:1 chr12 25242595 . C G 1844.01 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360903;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3432;QD=61.4672;RBI=0.0400866;REFB=0;REVB=0.0174478;RO=0;SAF=65;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25341e-05;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:55:65:0:0:55:65:0:0 chr12 25243115 . G C 979.86 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308229;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.298;QD=57.639;RBI=0.0321188;REFB=0;REVB=-0.00903145;RO=0;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169322;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:64:68:1:46:18:0:0:46:22:0:0 chr12 25261735 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.134;QD=52.6132;RBI=0.0674259;REFB=0;REVB=-0.0638359;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178546;OID=.;OPOS=25261735;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr12 25343516 . C T 323.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7926;QD=53.8979;RBI=0.00880535;REFB=0;REVB=-0.00860217;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41843e-05;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr12 25357574 . CAA C 828.87 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108226;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=2;MLLD=168.89;QD=47.3641;RBI=0.0245595;REFB=-0.0833995;REVB=0.0220463;RO=1;SAF=25;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185316;STB=0.509801;STBP=0.287;TYPE=del;VARB=0.000672064;OID=.;OPOS=25357575;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985714:69:71:69:70:1:25:44:1:0:9:1:25:44:1:0 chr12 25357628 . TA T,TT 478.35 PASS AF=1,0;AO=32,2;DP=34;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647072,-0.0305684;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.124,84.9146;QD=56.2765;RBI=0.0656939,0.0317166;REFB=0,0;REVB=0.0113431,0.00845658;RO=0;SAF=11,1;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000423386,0.0427655;OID=.,.;OPOS=25357629,25357629;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:32,2:34:34,0:34:0:12,0:22,0:0:0:4:0:11,1:21,1:0:0 chr12 25361091 . T C 3530.03 PASS AF=0.991266;AO=225;DP=228;FAO=227;FDP=229;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=131;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0868915;FXX=0.00434764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.382;QD=61.6598;RBI=0.0932646;REFB=-0.116961;REVB=0.0338844;RO=1;SAF=95;SAR=130;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498941;STB=0.50069;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000277832;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:228:229:1:2:225:227:0.991266:130:95:1:0:131:96:1:1 chr12 25362217 . A G 2168.54 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580168;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.981;QD=63.315;RBI=0.0603445;REFB=0;REVB=0.0165985;RO=0;SAF=54;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0712e-05;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:137:137:1:83:54:0:0:83:54:0:0 chr12 25362465 . G A 773.23 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.543;QD=63.1208;RBI=0.0407482;REFB=0;REVB=0.0315691;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88883e-05;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:49:0:0:42:49:1:20:22:0:0:23:26:0:0 chr12 25362552 . A C 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8559;QD=57.2337;RBI=0.00837171;REFB=0;REVB=-0.00798256;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30435e-06;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr12 25368462 . C T 2444.16 PASS AF=0.98773;AO=161;DP=164;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0340775;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.194;QD=59.9793;RBI=0.0347743;REFB=-0.0917511;REVB=0.00692634;RO=1;SAF=57;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455366;STB=0.501955;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.000306867;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:163:1:2:161:161:0.98773:104:57:0:1:104:57:1:1 chr12 25671759 . T A 2956.87 PASS AF=1;AO=192;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327546;FXX=0.0441155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7686;QD=60.6537;RBI=0.134095;REFB=-0.10892;REVB=0.130033;RO=1;SAF=107;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442997;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00363783;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:195:195:1:0:192:195:1:85:107:1:0:85:110:0:0 chr12 26217567 . T C 281.47 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0154688;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.474;QD=16.5572;RBI=0.016107;REFB=0.0102952;REVB=-0.00448906;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00253091;STB=0.501424;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0123438;OID=.;OPOS=26217567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:16:15:18:19:16:15:18:19 chr12 26491838 . G A 1029.5 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117997;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.204;QD=59.6814;RBI=0.0402228;REFB=0;REVB=0.0384531;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5304e-05;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr12 26784850 . G A 800.8 PASS AF=0.429952;AO=89;DP=207;FAO=89;FDP=207;FR=.;FRO=118;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=0.0268145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.393;QD=15.4745;RBI=0.0536625;REFB=-0.0253501;REVB=0.0464827;RO=118;SAF=55;SAR=34;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106183;STB=0.559267;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0325651;OID=.;OPOS=26784850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:118:118:89:89:0.429952:34:55:61:57:34:55:61:57 chr12 26809316 . G A 2297.21 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157;QD=63.3714;RBI=0.0173353;REFB=0;REVB=0.0106964;RO=0;SAF=57;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16765e-05;OID=.;OPOS=26809316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:145:0:0:142:145:1:85:57:0:0:86:59:0:0 chr12 26810777 . T C 2287.04 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.335;QD=63.529;RBI=0.0426751;REFB=0;REVB=0.0419471;RO=0;SAF=82;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130578;OID=.;OPOS=26810777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:61:82:0:0:62:82:0:0 chr12 26810814 . ATT AT,ATG 1618.93 PASS AF=0.0884956,0.911504;AO=14,93;DP=113;FAO=10,103;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=1,56;FSAR=9,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424369,-0.0201578;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.6957,43.9242;QD=57.3072;RBI=0.0466875,0.0657122;REFB=0,0;REVB=-0.0194637,0.062544;RO=0;SAF=2,54;SAR=12,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.96098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0388068,0.0222294;OID=.,.;OPOS=26810815,26810816;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=AT,ATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0884956,0.911504:14,93:113:10,103:113:0:1,56:9,47:0:0:18:0:2,54:12,39:0:0 chr12 26834804 . T C,TACTC 2455.13 PASS AF=0.0639535,0.912791;AO=11,151;DP=172;FAO=11,157;FDP=172;FR=.;FRO=4;FSAF=11,78;FSAR=0,79;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00368762,-0.000916972;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,4;MLLD=135.326,241.293;QD=57.0961;RBI=0.0168577,0.0256279;REFB=-0.0116158,-0.0327845;REVB=0.0164495,0.0256115;RO=4;SAF=11,75;SAR=0,76;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.805891,-0.0124266;STB=0.998268,0.506289;STBP=0.143,0.37;TYPE=snp,ins;VARB=-0.000948503,0.00174375;OID=.,.;OPOS=26834804,26834805;OREF=T,-;OALT=C,ACTC;OMAPALT=C,TACTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:172:172:4:4:11,151:11,157:0.0639535,0.912791:0,76:11,75:3:1:0,79:11,78:3:1 chr12 27064232 . C T 2963.41 PASS AF=0.994709;AO=185;DP=185;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00960078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.138;QD=62.7177;RBI=0.0168675;REFB=-0.0781166;REVB=0.0138686;RO=0;SAF=75;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000451154;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:189:0:1:185:188:0.994709:110:75:0:0:114:74:1:0 chr12 27165684 . G A 147.27 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.063054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.228;QD=17.3257;RBI=0.0636729;REFB=-0.0141071;REVB=0.00885599;RO=18;SAF=2;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367437;STB=0.715584;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0172141;OID=.;OPOS=27165684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:14:2:7:11:14:2:7:11 chr12 27175640 . A G 2373.68 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7739;QD=63.7229;RBI=0.0903378;REFB=0;REVB=-0.0860434;RO=0;SAF=62;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229477;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:86:62:0:0:87:62:0:0 chr12 27470866 . G A 986.34 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.051;QD=58.8858;RBI=0.0353919;REFB=0;REVB=-0.0350818;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91778e-05;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:29:37:0:0:30:37:0:0 chr12 27475577 . T C 31.94 PASS AF=0.115942;AO=7;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=61;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0142535;FXX=0.0142837;HRUN=8;LEN=1;MLLD=181.059;QD=1.85149;RBI=0.168519;REFB=-0.00281161;REVB=-0.167915;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.706208;STB=0.857297;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.05684;OID=.;OPOS=27475577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:69:69:25:61:7:8:0.115942:6:1:21:4:7:1:31:30 chr12 27627805 . G A 1877.85 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.32;QD=61.5689;RBI=0.0414355;REFB=0;REVB=0.0331814;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18441e-05;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:61:61:0:0:61:61:0:0 chr12 27788021 . G A 1434.39 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3426;QD=63.0503;RBI=0.0385044;REFB=0;REVB=-0.0352243;RO=0;SAF=27;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283061;OID=.;OPOS=27788021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:64:27:0:0:64:27:0:0 chr12 27800746 . G T 2964.25 PASS AF=0.97449;AO=192;DP=196;FAO=191;FDP=196;FR=.;FRO=5;FSAF=89;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00152312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4582;QD=60.4949;RBI=0.0302699;REFB=-0.0932614;REVB=0.0302315;RO=3;SAF=90;SAR=102;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398329;STB=0.501691;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00293039;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:196:196:3:5:192:191:0.97449:102:90:1:2:102:89:2:3 chr12 27849795 . CA CG,TG 647.75 PASS AF=0.458333,0.458333;AO=22,22;DP=51;FAO=22,22;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9,8;FSAR=13,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178176,-0.0165693;FXX=0.058812;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=52.8908,174.444;QD=53.9796;RBI=0.0332549,0.0197557;REFB=0,0;REVB=-0.0280789,-0.0107586;RO=0;SAF=9,8;SAR=13,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.029823,-0.000162827;OID=.,.;OPOS=27849796,27849795;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:51:48:0:0:22,22:22,22:0.458333,0.458333:13,14:9,8:0:0:13,14:9,8:0:0 chr12 27867706 . C T 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0119003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.077;QD=10.8325;RBI=0.02207;REFB=-0.0143183;REVB=-0.0185868;RO=41;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996532;STB=0.505809;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0328511;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:10:12:22:19:10:12:22:19 chr12 27915718 . A T 362.44 PASS AF=0.407767;AO=41;DP=102;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.00777527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.622;QD=14.0753;RBI=0.00973753;REFB=-0.0100168;REVB=-0.00586215;RO=61;SAF=18;SAR=23;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492395;STB=0.521357;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0142274;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:61:61:41:42:0.407767:23:18:24:37:24:18:24:37 chr12 27959201 . G A 366.43 PASS AF=0.317241;AO=46;DP=145;FAO=46;FDP=145;FR=.;FRO=99;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=-0.00202381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.474;QD=10.1085;RBI=0.00231187;REFB=-0.015002;REVB=-0.00111755;RO=99;SAF=29;SAR=17;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285393;STB=0.665029;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0322752;OID=.;OPOS=27959201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:99:99:46:46:0.317241:17:29:38:61:17:29:38:61 chr12 28102741 . A G 30.16 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=10;FAO=4;FDP=7;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0353334;FXX=0.2997;HRUN=20;LEN=1;MLLD=174.262;QD=17.2362;RBI=0.0514474;REFB=-0.0254593;REVB=-0.037395;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.798623;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.034105;OID=.;OPOS=28102741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:10:7:3:3:7:4:0.571429:3:4:0:3:1:3:0:3 chr12 28102840 . G A 633.67 PASS AF=0.558559;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0675362;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.657;QD=22.8349;RBI=0.0684203;REFB=-0.00857843;REVB=-0.0109637;RO=49;SAF=28;SAR=34;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052326;STB=0.528604;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0100148;OID=.;OPOS=28102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:49:49:62:62:0.558559:34:28:19:30:34:28:19:30 chr12 28457618 . A C 3833.21 PASS AF=0.984314;AO=250;DP=257;FAO=251;FDP=255;FR=.;FRO=4;FSAF=119;FSAR=132;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0242228;FXX=0.0077818;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.584;QD=60.1288;RBI=0.0277424;REFB=-0.0260248;REVB=0.0135238;RO=2;SAF=119;SAR=131;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000363978;STB=0.500407;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.000359183;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:257:255:2:4:250:251:0.984314:131:119:1:1:132:119:2:2 chr12 28605426 . G A 2332.49 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.857;QD=60.9802;RBI=0.0283484;REFB=0;REVB=0.00828695;RO=0;SAF=59;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56093e-06;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:152:153:1:93:59:0:0:93:60:0:0 chr12 28658350 . C T 2456.73 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.449;QD=61.4181;RBI=0.0131545;REFB=0;REVB=0.0121272;RO=0;SAF=84;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10062e-06;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:76:84:0:0:76:84:0:0 chr12 29423460 . G A 631.45 PASS AF=0.457746;AO=63;DP=141;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00916897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1655;QD=17.7874;RBI=0.0260056;REFB=0.0023388;REVB=0.0243356;RO=76;SAF=33;SAR=30;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234107;STB=0.50769;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00227744;OID=.;OPOS=29423460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:76:77:63:65:0.457746:30:33:38:38:32:33:38:39 chr12 29604392 . C G 1924.04 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.077;QD=61.5693;RBI=0.0204193;REFB=0;REVB=0.0198792;RO=0;SAF=48;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23329e-05;OID=.;OPOS=29604392;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:76:48:0:0:76:49:0:0 chr12 29614709 . A G 560.31 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.0521339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.293;QD=17.6474;RBI=0.056688;REFB=-0.0132498;REVB=0.0222616;RO=66;SAF=20;SAR=39;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100448;STB=0.516931;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0175164;OID=.;OPOS=29614709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:68:59:59:0.464567:39:20:23:43:39:20:25:43 chr12 29617550 . G A 689.35 PASS AF=0.401042;AO=76;DP=191;FAO=77;FDP=192;FR=.;FRO=115;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=-0.0012979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.281;QD=14.3615;RBI=0.00303987;REFB=-0.011568;REVB=0.00274887;RO=114;SAF=33;SAR=43;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519684;STB=0.527385;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0174533;OID=.;OPOS=29617550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:114:115:76:77:0.401042:43:33:55:59:43:34:56:59 chr12 29628016 . G A 1892.11 PASS AF=0.992063;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0319079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.923;QD=60.0669;RBI=0.0322594;REFB=-0.0832056;REVB=-0.00474891;RO=1;SAF=53;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887953;STB=0.504504;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000184637;OID=.;OPOS=29628016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:124:126:1:1:123:125:0.992063:70:53:1:0:70:55:1:0 chr12 29630081 . G A 216.37 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00856266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1065;QD=11.0961;RBI=0.0195739;REFB=-0.0136053;REVB=-0.0176017;RO=51;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759603;STB=0.544043;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0187887;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:13:14:23:28:13:14:23:28 chr12 29630388 . G A 723.42 PASS AF=0.5;AO=70;DP=142;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-7.69171e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0625;QD=20.3781;RBI=0.009755;REFB=0.00321745;REVB=-0.00975469;RO=70;SAF=36;SAR=34;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090573;STB=0.5422;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00299593;OID=.;OPOS=29630388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:70:71:70:71:0.5:34:36:29:41:35:36:30:41 chr12 29639186 . T C 2097.92 PASS AF=0.964789;AO=135;DP=141;FAO=137;FDP=142;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0267222;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.756;QD=59.0964;RBI=0.0473184;REFB=-0.104306;REVB=0.0390506;RO=2;SAF=63;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000929087;STB=0.50443;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00191116;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:141:142:2:5:135:137:0.964789:72:63:1:1:72:65:3:2 chr12 29642573 . A C 1458.41 PASS AF=0.990196;AO=92;DP=96;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0481128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3945;QD=57.1926;RBI=0.0536614;REFB=0.00636261;REVB=-0.0237635;RO=3;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292971;STB=0.504761;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.000552273;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:102:3:1:92:101:0.990196:47:45:0:3:52:49:0:1 chr12 29648275 . G A 2460.0 PASS AF=0.943503;AO=167;DP=177;FAO=167;FDP=177;FR=.;FRO=10;FSAF=91;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0359558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.419;QD=55.5932;RBI=0.0440981;REFB=-0.0242558;REVB=0.0255309;RO=10;SAF=91;SAR=76;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047904;STB=0.525223;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00290052;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:177:177:10:10:167:167:0.943503:76:91:1:9:76:91:1:9 chr12 29655637 . C T 517.88 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0288301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8985;QD=16.4407;RBI=0.0356646;REFB=0.00615959;REVB=-0.020995;RO=69;SAF=22;SAR=34;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429871;STB=0.528745;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00809848;OID=.;OPOS=29655637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:70:56:56:0.444444:34:22:30:39:34:22:31:39 chr12 29736480 . A G 205.11 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0104634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7115;QD=15.7775;RBI=0.0165927;REFB=0.00706476;REVB=-0.0128778;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812293;STB=0.546178;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00894113;OID=.;OPOS=29736480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:15:14:13:10:15:14 chr12 30841387 . G GT 73.4 PASS AF=0.107843;AO=25;DP=218;FAO=22;FDP=204;FR=.;FRO=182;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=61;FSRR=121;FWDB=-0.00763936;FXX=0.0239223;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.4982;QD=1.4393;RBI=0.0151;REFB=-0.00295333;REVB=-0.013025;RO=183;SAF=20;SAR=5;SRF=65;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519422;STB=0.876567;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0973698;OID=.;OPOS=30841388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.107843:25:218:22:204:182:18:4:61:121:73:183:20:5:65:118 chr12 31107955 . G A 1041.82 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.888;QD=59.5328;RBI=0.0344446;REFB=0;REVB=-0.0186686;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73568e-06;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:34:33:0:0:34:36:0:0 chr12 31132532 . G A 407.49 PASS AF=0.347518;AO=49;DP=141;FAO=49;FDP=141;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.0224735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.189;QD=11.56;RBI=0.0255717;REFB=-0.00225461;REVB=-0.0122006;RO=92;SAF=24;SAR=25;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363166;STB=0.520825;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00437973;OID=.;OPOS=31132532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:92:92:49:49:0.347518:25:24:48:44:25:24:48:44 chr12 31135478 . T C 5489.75 PASS AF=1;AO=343;DP=343;FAO=343;FDP=343;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568547;FXX=0.00579693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3732;QD=64.0204;RBI=0.0902331;REFB=0;REVB=-0.0700683;RO=0;SAF=168;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.78616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210568;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:343:343:0:0:343:343:1:175:168:0:0:175:168:0:0 chr12 31135579 . T C 5367.22 PASS AF=1;AO=338;DP=339;FAO=339;FDP=339;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.915;QD=63.33;RBI=0.0200878;REFB=-0.0327099;REVB=0.0112093;RO=1;SAF=154;SAR=184;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00258584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69371e-05;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:339:339:1:0:338:339:1:184:154:0:1:185:154:0:0 chr12 31231210 . A C 785.83 PASS AF=0.509554;AO=80;DP=157;FAO=80;FDP=157;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00380058;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.489;QD=20.0212;RBI=0.0120817;REFB=-0.00930874;REVB=-0.0114684;RO=77;SAF=36;SAR=44;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409439;STB=0.50225;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00835389;OID=.;OPOS=31231210;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:77:77:80:80:0.509554:44:36:35:42:44:36:35:42 chr12 31237700 . G A 1513.28 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.521;QD=59.9318;RBI=0.0299468;REFB=0;REVB=0.0195136;RO=0;SAF=30;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62756e-05;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:71:30:0:0:71:30:0:0 chr12 31240862 . A T 1472.22 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4154;QD=63.3212;RBI=0.107374;REFB=0;REVB=0.0847546;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908274;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:50:43:0:0:50:43:0:0 chr12 31240925 . A G 3192.32 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.657;QD=64.1673;RBI=0.0565499;REFB=0;REVB=0.0562247;RO=0;SAF=76;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76089e-05;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:199:0:0:198:199:1:122:76:0:0:123:76:0:0 chr12 31242399 . T C 4377.49 PASS AF=1;AO=277;DP=278;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754768;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.924;QD=63.2128;RBI=0.0225924;REFB=0;REVB=-0.0212944;RO=0;SAF=125;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133621;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:278:277:0:0:277:277:1:152:125:0:0:152:125:0:0 chr12 31244748 . G A 458.67 PASS AF=0.354037;AO=57;DP=161;FAO=57;FDP=161;FR=.;FRO=104;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=65;FSRR=39;FWDB=0.00050056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8527;QD=11.3954;RBI=0.0254455;REFB=-0.01036;REVB=0.0254405;RO=102;SAF=37;SAR=20;SRF=65;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145653;STB=0.516925;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0216484;OID=.;OPOS=31244748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:102:104:57:57:0.354037:20:37:65:37:20:37:65:39 chr12 31247682 . T C 331.2 PASS AF=0.234234;AO=52;DP=221;FAO=52;FDP=222;FR=.;FRO=170;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=77;FSRR=93;FWDB=-0.0144746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.287;QD=5.96758;RBI=0.0149517;REFB=-0.00786213;REVB=0.00374664;RO=169;SAF=20;SAR=32;SRF=77;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922166;STB=0.553869;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0243174;OID=.;OPOS=31247682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:169:170:52:52:0.234234:32:20:77:92:32:20:77:93 chr12 31249861 . C G 3395.82 PASS AF=0.973799;AO=222;DP=231;FAO=223;FDP=229;FR=.;FRO=6;FSAF=137;FSAR=86;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0969687;FXX=0.00865763;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3888;QD=59.3157;RBI=0.102352;REFB=-0.172583;REVB=0.0327555;RO=5;SAF=137;SAR=85;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000759522;STB=0.501447;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00433794;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:231:229:5:6:222:223:0.973799:85:137:3:2:86:137:4:2 chr12 31253995 . C T 2236.72 PASS AF=0.95625;AO=150;DP=159;FAO=153;FDP=160;FR=.;FRO=7;FSAF=77;FSAR=76;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0698664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3132;QD=55.9181;RBI=0.0702913;REFB=-0.148724;REVB=0.00771725;RO=6;SAF=75;SAR=75;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365382;STB=0.521736;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00425269;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:159:160:6:7:150:153:0.95625:75:75:6:0:76:77:7:0 chr12 31255263 . G A 2161.98 PASS AF=0.9375;AO=150;DP=162;FAO=150;FDP=160;FR=.;FRO=10;FSAF=65;FSAR=85;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0792584;FXX=0.0123449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.484;QD=54.0494;RBI=0.0867222;REFB=-0.124247;REVB=0.0351972;RO=5;SAF=65;SAR=85;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145944;STB=0.504237;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00209424;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:162:160:5:10:150:150:0.9375:85:65:1:4:85:65:5:5 chr12 31256545 . C CA 128.1 PASS AF=1;AO=4;DP=22;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188549;FXX=0.227169;HRUN=0;LEN=1;MLLD=85.1569;QD=30.1406;RBI=0.0386421;REFB=0;REVB=0.0385961;RO=17;SAF=4;SAR=0;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0052205;OID=.;OPOS=31256546;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:22:17:17:0:10:7:0:0:3:17:4:0:10:7 chr12 31256546 . G A,T 255.81 PASS AF=0.772727,0.181818;AO=17,4;DP=21;FAO=17,4;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10,4;FSAR=7,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0574089,0.022809;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.714,50.323;QD=46.5103;RBI=0.0706588,0.0349584;REFB=-0.0884075,-0.0573805;REVB=0.0411934,-0.0264922;RO=0;SAF=10,4;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.523782,0.5;STBP=0.524,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00362796,0.0620582;OID=.,.;OPOS=31256546,31256546;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:21:22:0:1:17,4:17,4:0.772727,0.181818:7,0:10,4:0:0:7,0:10,4:1:0 chr12 31256905 . T C 2385.44 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.004;QD=64.0387;RBI=0.0327283;REFB=0;REVB=0.0245804;RO=0;SAF=69;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87592e-06;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:80:69:0:0:80:69:0:0 chr12 31267744 . A C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.1;QD=64.1538;RBI=0.0228428;REFB=0;REVB=0.00360846;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57894e-05;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr12 31282764 . A AT 242.46 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105381;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.294;QD=35.9206;RBI=0.136294;REFB=0;REVB=-0.135886;RO=24;SAF=3;SAR=0;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.692132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00179486;OID=.;OPOS=31282765;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:27:27:0:9:18:0:0:5:24:3:0:6:18 chr12 31282765 . A T 300.42 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0202214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.903;QD=44.5062;RBI=0.0206883;REFB=0.00123394;REVB=-0.00437069;RO=3;SAF=6;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183661;STB=0.599911;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.000466517;OID=.;OPOS=31282765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:18:6:3:0:18:6:3:0 chr12 31282784 . A G 357.48 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0297918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.373;QD=49.3069;RBI=0.0565498;REFB=-0.0436327;REVB=0.0480659;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488676;STB=0.512811;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00108016;OID=.;OPOS=31282784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:27:27:0.931034:18:9:1:0:18:9:1:1 chr12 31285214 . A G 471.04 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0160465;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0934;QD=17.1287;RBI=0.0195758;REFB=0.0159478;REVB=0.0112126;RO=59;SAF=24;SAR=27;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619647;STB=0.534469;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0188646;OID=.;OPOS=31285214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:59:59:51:51:0.463636:27:24:24:35:27:24:24:35 chr12 31291163 . G A 831.58 PASS AF=0.439614;AO=89;DP=205;FAO=91;FDP=207;FR=.;FRO=116;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=-0.00444312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.926;QD=16.0692;RBI=0.00516985;REFB=-0.0140096;REVB=-0.00264311;RO=115;SAF=42;SAR=47;SRF=50;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378204;STB=0.523377;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0175424;OID=.;OPOS=31291163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:115:116:89:91:0.439614:47:42:50:65:48:43:50:66 chr12 31297871 . G C 503.6 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.0566903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7279;QD=15.9874;RBI=0.0588304;REFB=0.0174679;REVB=0.0157235;RO=71;SAF=22;SAR=33;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207951;STB=0.511624;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0218254;OID=.;OPOS=31297871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:71:71:55:55:0.436508:33:22:27:44:33:22:27:44 chr12 31300891 . C A 988.81 PASS AF=0.497537;AO=100;DP=203;FAO=101;FDP=203;FR=.;FRO=102;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=0.0046848;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.811;QD=19.484;RBI=0.00806723;REFB=-0.00254491;REVB=-0.00656756;RO=102;SAF=50;SAR=50;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450142;STB=0.522151;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00237611;OID=.;OPOS=31300891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:102:102:100:101:0.497537:50:50:46:56:51:50:46:56 chr12 31303173 . G A 204.16 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0537109;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.794;QD=10.4697;RBI=0.0542783;REFB=-0.00263231;REVB=-0.00782809;RO=48;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074529;STB=0.512913;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00510068;OID=.;OPOS=31303173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:48:52:26:26:0.333333:14:12:19:29:14:12:23:29 chr12 31476941 . CAAGT C 514.36 PASS AF=0.434555;AO=82;DP=195;FAO=83;FDP=191;FR=.;FRO=108;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=0.0282803;FXX=0.0205118;HRUN=2;LEN=4;MLLD=283.199;QD=10.7719;RBI=0.0283218;REFB=-0.0181278;REVB=0.00153195;RO=105;SAF=28;SAR=54;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171511;STB=0.583456;STBP=0.059;TYPE=del;VARB=0.0274312;OID=.;OPOS=31476942;OREF=AAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434555:82:195:83:191:108:29:54:53:55:99:105:28:54:53:52 chr12 31519292 . CTTTTTT CTTTTTC,CT,CTT 124.48 PASS AF=0.5,0.285714,0.214286;AO=2,2,3;DP=16;FAO=7,4,3;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,3;FSAR=7,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120787,-0.0100221,-0.0173781;FXX=0.176367;HRUN=16,16,16;LEN=1,5,4;MLLD=160.685,15.4931,7.81781;QD=35.566;RBI=0.0444443,0.0225316,0.0397282;REFB=0,0,0;REVB=0.0427715,0.0201799,0.0357258;RO=0;SAF=0,2,3;SAR=2,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.000132471,0.0676545,-0.0809028;OID=.,.,.;OPOS=31519298,31519293,31519293;OREF=T,TTTTT,TTTT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTTTC,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.5,0.285714,0.214286:2,2,3:16:7,4,3:14:0:0,4,3:7,0,0:0:0:25:0:0,2,3:2,0,0:0:0 chr12 31604775 . T C 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.010343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.328;QD=12.6193;RBI=0.0210353;REFB=-0.0143732;REVB=-0.0183168;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169004;STB=0.596697;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0179645;OID=.;OPOS=31604775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:12:12:13:25:12:12:13:25 chr12 31648826 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.856;QD=63.8719;RBI=0.0303562;REFB=0;REVB=0.0280391;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26694e-05;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr12 31944567 . T G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0330117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.747;QD=9.56963;RBI=0.0339535;REFB=-0.00715438;REVB=0.00794142;RO=15;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399313;STB=0.753085;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0231249;OID=.;OPOS=31944567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:7:1:6:9:7:1:6:9 chr12 32134207 . C A 536.07 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00192681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.745;QD=26.4727;RBI=0.00350823;REFB=-0.00497444;REVB=0.00293174;RO=31;SAF=19;SAR=30;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937499;STB=0.545719;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00310431;OID=.;OPOS=32134207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:32:49:49:0.604938:30:19:16:15:30:19:16:16 chr12 32134240 . C T 1245.95 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000407279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.462;QD=61.5282;RBI=0.00754555;REFB=0;REVB=-0.00753455;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85185e-06;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:50:31:0:0:50:31:0:0 chr12 32134638 . T C 354.01 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00910494;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.501;QD=52.4461;RBI=0.0181808;REFB=-0.0598473;REVB=0.0157366;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000611804;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:1:0:16:10:1:0 chr12 32135186 . T A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1597;QD=64.1526;RBI=0.0350027;REFB=0;REVB=-0.00428774;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000443906;OID=.;OPOS=32135186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr12 32135441 . T C 557.57 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.317;QD=60.2778;RBI=0.0541619;REFB=0;REVB=0.0458193;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115692;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:26:11:0:0 chr12 32136312 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0109941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.655;QD=16.3856;RBI=0.0150779;REFB=0.00939961;REVB=-0.0103186;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286547;STB=0.639683;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00617005;OID=.;OPOS=32136312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:6:3:5:2:6:3:5:3 chr12 32136750 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00888428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.124;QD=17.8006;RBI=0.0134769;REFB=0.00452559;REVB=-0.0101339;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853815;STB=0.514272;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00558767;OID=.;OPOS=32136750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:12:8:9:14:12:8:9:15 chr12 32137565 . G A 352.25 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0172692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.758;QD=18.2987;RBI=0.0179243;REFB=-0.0101047;REVB=0.00480156;RO=40;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487892;STB=0.527258;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0106063;OID=.;OPOS=32137565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:24:13:16:24:24:13:16:24 chr12 32137852 . C G 123.49 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00210012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.508;QD=8.66593;RBI=0.00527303;REFB=-0.0154261;REVB=-0.00483677;RO=40;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449124;STB=0.52685;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0381854;OID=.;OPOS=32137852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:10:7:15:25:10:7:15:25 chr12 32146053 . C G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.077947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.124;QD=20.8979;RBI=0.077968;REFB=0.0045903;REVB=0.00181179;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141787;STB=0.5831;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0170906;OID=.;OPOS=32146053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:7:1:1:3:7:1:1:3 chr12 32260876 . G C 351.13 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.039898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2582;QD=18.0069;RBI=0.0761176;REFB=0.0332392;REVB=-0.0648231;RO=41;SAF=14;SAR=23;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302978;STB=0.668607;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0299598;OID=.;OPOS=32260876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:23:14:29:12:23:14:29:12 chr12 32261239 . A G 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00220467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.222;QD=22.9154;RBI=0.0121277;REFB=-0.0319038;REVB=-0.0119256;RO=4;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321495;STB=0.685824;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0119212;OID=.;OPOS=32261239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:2:7:1:3:2:7:1:3 chr12 32261252 . A C 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00516089;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.197;QD=26.5702;RBI=0.0294861;REFB=-0.0293254;REVB=-0.0290309;RO=4;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24643;STB=0.639731;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00629397;OID=.;OPOS=32261252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:3:8:1:3:3:8:1:3 chr12 32261419 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0385045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3348;QD=21.9437;RBI=0.0789488;REFB=-0.0072591;REVB=-0.0689226;RO=12;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281484;STB=0.659786;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00930066;OID=.;OPOS=32261419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:4:12:5:7:4:12:5:7 chr12 32261435 . A G 181.51 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0254853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.305;QD=24.2017;RBI=0.0409112;REFB=-0.00541375;REVB=0.0320035;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817516;STB=0.54575;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00289736;OID=.;OPOS=32261435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:7:11:6:6:7:11:6:6 chr12 32481093 . G C 1492.48 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00168036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.026;QD=58.5288;RBI=0.00229639;REFB=-0.0179849;REVB=-0.00156518;RO=1;SAF=47;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998727;STB=0.505262;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000231918;OID=.;OPOS=32481093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:54:47:1:0:54:47:1:0 chr12 32943927 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.627;QD=60.3767;RBI=0.0181205;REFB=0;REVB=0.0171765;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38723e-06;OID=.;OPOS=32943927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr12 38710819 . C T 1448.63 PASS AF=0.482201;AO=148;DP=309;FAO=149;FDP=309;FR=.;FRO=160;FSAF=73;FSAR=76;FSRF=74;FSRR=86;FWDB=0.0325054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9983;QD=18.7525;RBI=0.0410396;REFB=-1.05325e-05;REVB=0.0250529;RO=160;SAF=72;SAR=76;SRF=74;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022687;STB=0.514217;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000195959;OID=.;OPOS=38710819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:160:160:148:149:0.482201:76:72:74:86:76:73:74:86 chr12 38712142 . C G 5312.16 PASS AF=1;AO=334;DP=334;FAO=334;FDP=334;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=194;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242766;FXX=0.00298499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.883;QD=63.6187;RBI=0.0246458;REFB=0;REVB=0.00424985;RO=0;SAF=140;SAR=194;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80366e-06;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:334:334:0:0:334:334:1:194:140:0:0:194:140:0:0 chr12 39713776 . C A 820.62 PASS AF=0.43128;AO=89;DP=215;FAO=91;FDP=211;FR=.;FRO=120;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=76;FWDB=-0.021189;FXX=0.0580331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.044;QD=15.5568;RBI=0.0214099;REFB=-0.013493;REVB=0.00306765;RO=117;SAF=47;SAR=42;SRF=44;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154264;STB=0.590796;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0241559;OID=.;OPOS=39713776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:211:117:120:89:91:0.43128:42:47:44:73:43:48:44:76 chr12 40085906 . A T 957.39 PASS AF=0.534483;AO=93;DP=174;FAO=93;FDP=174;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.00537132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.894;QD=22.0089;RBI=0.00956553;REFB=-0.0186157;REVB=-0.00791507;RO=79;SAF=40;SAR=53;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767371;STB=0.540532;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.020913;OID=.;OPOS=40085906;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:79:81:93:93:0.534483:53:40:27:52:53:40:28:53 chr12 40148895 . TAAAAAAAG TAAAAAAG,TAAAAAAGA,TTAAAAAAG 332.93 PASS AF=0.45082,0.0327869,0.196721;AO=26,7,30;DP=132;FAO=55,4,24;FDP=122;FR=.;FRO=39;FSAF=43,4,1;FSAR=12,0,23;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.212619,0.00617871,0.128942;FXX=0.186654;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=7.36979,17.4229,8.01834;QD=10.9158;RBI=0.219936,0.0262418,0.128951;REFB=-0.0822291,-0.0964088,-0.109557;REVB=-0.0562582,-0.0255041,0.00158674;RO=30;SAF=24,7,3;SAR=2,0,27;SRF=19;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.486231,0.668525,-0.595272;STB=0.564873,0.99653,0.944787;STBP=0.205,0.106,0;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0449878,-0.0356393,0.0376716;OID=.,.,.;OPOS=40148896,40148902,40148896;OREF=A,AG,A;OALT=-,GA,T;OMAPALT=TAAAAAAG,TAAAAAAGA,TTAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45082,0.0327869,0.196721:26,7,30:132:55,4,24:122:39:43,4,1:12,0,23:26:13:67:30:24,7,3:2,0,27:19:11 chr12 40152900 . G A 2319.07 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.945;QD=61.0281;RBI=0.0129365;REFB=0;REVB=-0.00436504;RO=0;SAF=64;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37265e-06;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:152:0:0:150:152:1:86:64:0:0:86:66:0:0 chr12 40619082 . G A 2925.23 PASS AF=0.994652;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00742745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.725;QD=62.5718;RBI=0.0306961;REFB=-0.0522074;REVB=-0.029784;RO=1;SAF=73;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419531;STB=0.502202;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=3.37893e-05;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:187:1:1:186:186:0.994652:113:73:0:1:113:73:0:1 chr12 40631791 . T C 695.64 PASS AF=0.527132;AO=67;DP=128;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0174515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.26;QD=21.5701;RBI=0.0316515;REFB=-0.014185;REVB=0.0264057;RO=61;SAF=33;SAR=34;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704157;STB=0.534874;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0166123;OID=.;OPOS=40631791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:61:61:67:68:0.527132:34:33:35:26:34:34:35:26 chr12 40645257 . C A 1025.06 PASS AF=0.538462;AO=98;DP=182;FAO=98;FDP=182;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.00949652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.029;QD=22.5288;RBI=0.00972685;REFB=-0.0105888;REVB=0.00210419;RO=83;SAF=44;SAR=54;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884061;STB=0.55101;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00857108;OID=.;OPOS=40645257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:83:84:98:98:0.538462:54:44:46:37:54:44:47:37 chr12 40657700 . C G 420.71 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.0159276;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.764;QD=14.5072;RBI=0.0185078;REFB=-0.0100874;REVB=-0.00942599;RO=68;SAF=22;SAR=26;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11191;STB=0.56284;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0157978;OID=.;OPOS=40657700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:68:68:48:48:0.413793:26:22:24:44:26:22:24:44 chr12 40702911 . G A 1439.06 PASS AF=0.417989;AO=156;DP=376;FAO=158;FDP=378;FR=.;FRO=220;FSAF=70;FSAR=88;FSRF=93;FSRR=127;FWDB=-0.00868803;FXX=0.00263845;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.888;QD=15.2281;RBI=0.0102857;REFB=-0.00459951;REVB=0.00550577;RO=208;SAF=68;SAR=88;SRF=82;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438744;STB=0.512008;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00633537;OID=.;OPOS=40702911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:378:208:220:156:158:0.417989:88:68:82:126:88:70:93:127 chr12 40702987 . G A 1689.71 PASS AF=0.487032;AO=165;DP=344;FAO=169;FDP=347;FR=.;FRO=178;FSAF=67;FSAR=102;FSRF=80;FSRR=98;FWDB=0.0650937;FXX=0.00287348;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4004;QD=19.4779;RBI=0.0666035;REFB=-0.00583292;REVB=0.0141011;RO=179;SAF=65;SAR=100;SRF=81;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572162;STB=0.528066;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00595976;OID=.;OPOS=40702987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:347:179:178:165:169:0.487032:100:65:81:98:102:67:80:98 chr12 40713834 . C A 738.64 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.354;QD=56.8186;RBI=0.0152927;REFB=0;REVB=0.00972804;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114483;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:23:29:0:0 chr12 40713873 . A G 798.56 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00552777;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=305.393;QD=49.9101;RBI=0.00554567;REFB=-0.0752562;REVB=0.00044514;RO=4;SAF=31;SAR=28;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269613;STB=0.505843;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000198155;OID=.;OPOS=40713873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:64:64:4:5:59:59:0.921875:28:31:3:1:28:31:3:2 chr12 40713901 . T A 179.03 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0222515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.588;QD=10.8501;RBI=0.0247107;REFB=-0.0175258;REVB=-0.0107466;RO=43;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187825;STB=0.609659;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0327527;OID=.;OPOS=40713901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:15:8:22:21:15:8:22:21 chr12 40716260 . T C 2326.21 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=156;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0655516;FXX=0.0253149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8269;QD=60.421;RBI=0.0947886;REFB=-0.164611;REVB=0.068468;RO=1;SAF=53;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889029;STB=0.504672;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00159596;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:154:1:1:153:153:0.993506:100:53:1:0:100:53:1:0 chr12 40742254 . G A 365.05 PASS AF=0.423913;AO=38;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00525134;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.321;QD=15.8718;RBI=0.00550242;REFB=-0.00643299;REVB=0.00164317;RO=54;SAF=13;SAR=25;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731236;STB=0.523001;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00899049;OID=.;OPOS=40742254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:53:38:39:0.423913:25:13:22:32:25:14:21:32 chr12 40758652 . T C 1496.22 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880267;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.022;QD=63.6691;RBI=0.0107201;REFB=0;REVB=0.00611835;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54119e-05;OID=.;OPOS=40758652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:53:40:0:0:53:41:0:0 chr12 40805948 . G C 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00742593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.647;QD=14.2151;RBI=0.00798697;REFB=-0.0098989;REVB=-0.0029406;RO=43;SAF=3;SAR=27;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485587;STB=0.783997;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0111034;OID=.;OPOS=40805948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:27:3:18:25:27:3:18:25 chr12 40820208 . G A 1139.23 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157699;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.179;QD=60.7591;RBI=0.0158774;REFB=0;REVB=0.00184385;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170466;OID=.;OPOS=40820208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr12 40821176 . G A 1420.07 PASS AF=0.952381;AO=100;DP=105;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00193914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8293;QD=54.098;RBI=0.0528008;REFB=-0.00229619;REVB=-0.0527651;RO=5;SAF=60;SAR=40;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037275;STB=0.519681;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000789751;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:105:105:5:5:100:100:0.952381:40:60:1:4:40:60:1:4 chr12 40821867 . G A 1155.96 PASS AF=0.447273;AO=120;DP=271;FAO=123;FDP=275;FR=.;FRO=152;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=55;FSRR=97;FWDB=0.0300438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.929;QD=16.8139;RBI=0.038509;REFB=-0.01819;REVB=0.0240898;RO=147;SAF=58;SAR=62;SRF=52;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12987;STB=0.561247;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0245692;OID=.;OPOS=40821867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:275:147:152:120:123:0.447273:62:58:52:95:65:58:55:97 chr12 40832126 . C T 2034.01 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584315;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.297;QD=62.5851;RBI=0.0178043;REFB=0;REVB=0.0168182;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205851;OID=.;OPOS=40832126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:71:59:0:0:71:59:0:0 chr12 40832161 . T C 1231.95 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600647;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.276;QD=61.5974;RBI=0.0619412;REFB=0;REVB=0.015131;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103149;OID=.;OPOS=40832161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr12 40834376 . C G 1802.15 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.288;QD=61.0899;RBI=0.0296062;REFB=0;REVB=0.0274091;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45069e-05;OID=.;OPOS=40834376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:114:118:1:67:47:0:0:71:47:0:0 chr12 40834955 . C A 4429.09 PASS AF=1;AO=277;DP=284;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119564;FXX=0.0209052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.713;QD=63.0476;RBI=0.0687007;REFB=-0.0588877;REVB=0.0676523;RO=1;SAF=113;SAR=164;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00420101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180078;OID=.;OPOS=40834955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:284:281:1:0:277:281:1:164:113:1:0:166:115:0:0 chr12 40835734 . C G 3446.77 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040776;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9641;QD=62.385;RBI=0.0442881;REFB=0;REVB=0.0172844;RO=0;SAF=82;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021918;OID=.;OPOS=40835734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:221:0:0:220:221:1:138:82:0:0:138:83:0:0 chr12 40838216 . T C 4149.12 PASS AF=0.985348;AO=267;DP=274;FAO=269;FDP=273;FR=.;FRO=4;FSAF=110;FSAR=159;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.053035;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4099;QD=60.793;RBI=0.0777048;REFB=-0.0802964;REVB=0.0567919;RO=4;SAF=109;SAR=158;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00993098;STB=0.505159;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00168624;OID=.;OPOS=40838216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:274:273:4:4:267:269:0.985348:158:109:3:1:159:110:3:1 chr12 40840325 . T C 3274.9 PASS AF=1;AO=211;DP=213;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184132;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1805;QD=61.5005;RBI=0.0762525;REFB=-0.0169095;REVB=-0.0762303;RO=1;SAF=77;SAR=134;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74073e-06;OID=.;OPOS=40840325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:213:213:1:0:211:213:1:134:77:1:0:134:79:0:0 chr12 40841938 . G T 2378.62 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.331;QD=63.8555;RBI=0.0284559;REFB=0;REVB=0.0192658;RO=0;SAF=78;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91348e-05;OID=.;OPOS=40841938;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:147:149:1:69:78:0:0:70:79:0:0 chr12 40857943 . A C 1987.83 PASS AF=0.943262;AO=133;DP=141;FAO=133;FDP=141;FR=.;FRO=8;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0245134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.141;QD=56.3923;RBI=0.0270758;REFB=0.0190289;REVB=0.0114973;RO=8;SAF=62;SAR=71;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574821;STB=0.530298;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000566961;OID=.;OPOS=40857943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:141:141:8:8:133:133:0.943262:71:62:8:0:71:62:8:0 chr12 40930709 . G C 902.41 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2397;QD=58.2199;RBI=0.0526747;REFB=0;REVB=-0.0441654;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356443;OID=.;OPOS=40930709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr12 40931655 . G A 2028.24 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064882;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.679;QD=62.4075;RBI=0.0657523;REFB=0;REVB=0.0106629;RO=0;SAF=58;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8464e-05;OID=.;OPOS=40931655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:127:130:1:69:58:0:0:69:61:0:0 chr12 40932661 . G A 1268.11 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323062;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.546;QD=61.8589;RBI=0.0355447;REFB=0;REVB=0.0148234;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24657e-05;OID=.;OPOS=40932661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr12 40935445 . C T 511.56 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00404344;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.347;QD=21.0953;RBI=0.00811484;REFB=0.00547908;REVB=0.00703571;RO=48;SAF=27;SAR=22;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174717;STB=0.59646;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00465767;OID=.;OPOS=40935445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:22:27:17:31:22:27:17:31 chr12 40943970 . G A 1794.1 PASS AF=0.960317;AO=121;DP=126;FAO=121;FDP=126;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0221407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.065;QD=56.9556;RBI=0.0225527;REFB=-0.00752554;REVB=0.00429108;RO=5;SAF=41;SAR=80;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287643;STB=0.515149;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00093186;OID=.;OPOS=40943970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:126:126:5:5:121:121:0.960317:80:41:0:5:80:41:0:5 chr12 40951596 . A G 2471.02 PASS AF=1;AO=160;DP=165;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187971;FXX=0.0303012;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.823;QD=61.7756;RBI=0.0681793;REFB=0;REVB=0.0681534;RO=0;SAF=82;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66632e-05;OID=.;OPOS=40951596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:160:0:0:160:160:1:78:82:0:0:78:82:0:0 chr12 40951605 . G A 2995.75 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.443;QD=63.4021;RBI=0.004501;REFB=0;REVB=-0.0026318;RO=0;SAF=89;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87524e-06;OID=.;OPOS=40951605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:189:0:0:187:189:1:98:89:0:0:98:91:0:0 chr12 40951950 . G A 1237.56 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0221504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3573;QD=58.9313;RBI=0.0304402;REFB=0.0169914;REVB=0.0208799;RO=2;SAF=47;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00375452;STB=0.502092;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000111226;OID=.;OPOS=40951950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:84:2:2:81:82:0.97619:34:47:1:1:34:48:1:1 chr12 41900463 . G A 691.86 PASS AF=0.465409;AO=73;DP=158;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.00536184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9195;QD=17.4053;RBI=0.00988043;REFB=-0.00408295;REVB=-0.00829901;RO=85;SAF=38;SAR=35;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825364;STB=0.54174;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00743208;OID=.;OPOS=41900463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:85:85:73:74:0.465409:35:38:37:48:36:38:37:48 chr12 41967677 . G A 797.9 PASS AF=0.522876;AO=80;DP=153;FAO=80;FDP=153;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00167772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.959;QD=20.8601;RBI=0.00312318;REFB=-0.00414984;REVB=0.0026343;RO=73;SAF=43;SAR=37;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267473;STB=0.514671;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00362682;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:73:73:80:80:0.522876:37:43:37:36:37:43:37:36 chr12 42481545 . T C 497.86 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00814707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.246;QD=21.1855;RBI=0.0334679;REFB=-0.0121597;REVB=0.0324611;RO=46;SAF=20;SAR=28;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164364;STB=0.509087;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0112266;OID=.;OPOS=42481545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:28:20:20:26:28:20:20:26 chr12 42503467 . T C 551.7 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0165484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.858;QD=16.4687;RBI=0.0203977;REFB=0.0185518;REVB=-0.0119255;RO=75;SAF=19;SAR=40;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15514;STB=0.586926;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0160579;OID=.;OPOS=42503467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:75:75:59:59:0.440299:40:19:35:40:40:19:35:40 chr12 42512830 . T A 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0118993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.591;QD=3.73334;RBI=0.0123805;REFB=-0.00492206;REVB=0.00341817;RO=37;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248859;STB=0.675159;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0310151;OID=.;OPOS=42512830;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:5:2:18:19:5:2:18:19 chr12 42512844 . A C 38.38 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0664124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4661;QD=2.84303;RBI=0.0803625;REFB=0.00110359;REVB=0.0452496;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247801;STB=0.682524;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0019771;OID=.;OPOS=42512844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:5:2:23:24:5:2:23:24 chr12 42554505 . A G 393.08 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=-0.0313674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5607;QD=17.0906;RBI=0.0331451;REFB=-0.00442082;REVB=0.010709;RO=50;SAF=7;SAR=34;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079788;STB=0.55831;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00536855;OID=.;OPOS=42554505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:34:7:11:39:34:7:12:39 chr12 42599696 . T A 211.72 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00313151;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.437;QD=9.96335;RBI=0.0218702;REFB=-0.0089034;REVB=0.0216448;RO=57;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275572;STB=0.509277;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0158225;OID=.;OPOS=42599696;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:57:58:27:27:0.317647:15:12:24:33:15:12:25:33 chr12 42629550 . T C 589.69 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0020983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.555;QD=20.1603;RBI=0.0141206;REFB=-0.0106964;REVB=-0.0139638;RO=57;SAF=39;SAR=21;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146434;STB=0.580848;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0138178;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:21:39:28:29:21:39:28:29 chr12 42636124 . A G 611.2 PASS AF=0.535088;AO=58;DP=111;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.0121955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.309;QD=21.4457;RBI=0.0163749;REFB=-0.0189545;REVB=0.0109273;RO=53;SAF=26;SAR=32;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130665;STB=0.567306;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0173913;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:53:53:58:61:0.535088:32:26:16:37:34:27:16:37 chr12 42839836 . A C 5054.46 PASS AF=0.976401;AO=324;DP=337;FAO=331;FDP=339;FR=.;FRO=8;FSAF=192;FSAR=139;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0379382;FXX=0.00294109;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8234;QD=59.6397;RBI=0.0509656;REFB=-0.148512;REVB=0.0340321;RO=12;SAF=190;SAR=134;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350555;STB=0.510982;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00385458;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:337:339:12:8:324:331:0.976401:134:190:1:11:139:192:1:7 chr12 42853520 . A G 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=2.27487e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.843;QD=19.6554;RBI=0.0068285;REFB=-0.00456776;REVB=0.00682846;RO=40;SAF=19;SAR=21;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225889;STB=0.512541;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00336327;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:21:19:18:22:21:19:18:22 chr12 42854205 . A G 983.3 PASS AF=0.507937;AO=96;DP=189;FAO=96;FDP=189;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=0.00563045;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.129;QD=20.8107;RBI=0.0240394;REFB=-0.0162396;REVB=0.0233707;RO=93;SAF=37;SAR=59;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117232;STB=0.506436;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0238755;OID=.;OPOS=42854205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:93:93:96:96:0.507937:59:37:37:56:59:37:37:56 chr12 42854208 . A G 927.62 PASS AF=0.5;AO=92;DP=185;FAO=92;FDP=184;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.0114302;FXX=0.00540511;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.336;QD=20.1657;RBI=0.0130892;REFB=-0.011965;REVB=0.00637786;RO=92;SAF=37;SAR=55;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00946395;OID=.;OPOS=42854208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:92:92:92:92:0.5:55:37:37:55:55:37:37:55 chr12 43860526 . A G 1585.59 PASS AF=1;AO=91;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.843;QD=59.2744;RBI=0.00686519;REFB=0;REVB=-0.00626301;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724569;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:91:107:1:56:35:0:0:62:45:0:0 chr12 44770411 . G GT 38.54 PASS AF=0.0886076;AO=19;DP=159;FAO=14;FDP=158;FR=.;FRO=144;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=58;FSRR=86;FWDB=-0.00997254;FXX=0.00628891;HRUN=0;LEN=1;MLLD=154.128;QD=0.975741;RBI=0.0147795;REFB=-0.00182338;REVB=-0.0109079;RO=140;SAF=17;SAR=2;SRF=55;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.591536;STB=0.940359;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.190882;OID=.;OPOS=44770412;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0886076:19:159:14:158:144:13:1:58:86:38:140:17:2:55:85 chr12 45269284 . C T 451.58 PASS AF=0.382353;AO=51;DP=136;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.0148561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6782;QD=13.2819;RBI=0.0192978;REFB=0.0063848;REVB=-0.0123167;RO=84;SAF=33;SAR=18;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166075;STB=0.585481;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00712287;OID=.;OPOS=45269284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:84:84:51:52:0.382353:18:33:42:42:19:33:42:42 chr12 45307633 . T C 1003.31 PASS AF=0.477064;AO=104;DP=218;FAO=104;FDP=218;FR=.;FRO=114;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=0.00657706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.013;QD=18.4094;RBI=0.00733819;REFB=-0.00462389;REVB=-0.00325444;RO=114;SAF=47;SAR=57;SRF=49;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211995;STB=0.511688;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00418752;OID=.;OPOS=45307633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:114:114:104:104:0.477064:57:47:49:65:57:47:49:65 chr12 45410075 . A G 2698.09 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181814;FXX=0.049721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.584;QD=62.7462;RBI=0.0594107;REFB=0;REVB=0.0565603;RO=0;SAF=80;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100971;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:167:172:0:0:167:172:1:87:80:0:0:89:83:0:0 chr12 45410288 . C T 1309.86 PASS AF=0.487179;AO=133;DP=271;FAO=133;FDP=273;FR=.;FRO=140;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=57;FSRR=83;FWDB=0.000808856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.665;QD=19.1921;RBI=0.0298524;REFB=-0.0143977;REVB=-0.0298414;RO=138;SAF=55;SAR=78;SRF=57;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000468576;STB=0.503382;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0148602;OID=.;OPOS=45410288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:273:138:140:133:133:0.487179:78:55:57:81:78:55:57:83 chr12 45417666 . T C 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.925;QD=58.5831;RBI=0.00620941;REFB=0;REVB=0.00473023;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42365e-06;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr12 45444516 . G A 641.28 PASS AF=0.629213;AO=56;DP=89;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0265955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.673;QD=28.8214;RBI=0.0270454;REFB=-0.0563697;REVB=0.00491226;RO=33;SAF=22;SAR=34;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210114;STB=0.511408;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0303869;OID=.;OPOS=45444516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:33:33:56:56:0.629213:34:22:12:21:34:22:12:21 chr12 45566976 . T C 1152.25 PASS AF=0.489362;AO=115;DP=237;FAO=115;FDP=235;FR=.;FRO=120;FSAF=74;FSAR=41;FSRF=70;FSRR=50;FWDB=0.00358855;FXX=0.0126045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.949;QD=19.6128;RBI=0.0144055;REFB=0.00190173;REVB=0.0139514;RO=118;SAF=74;SAR=41;SRF=69;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578224;STB=0.532832;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00212647;OID=.;OPOS=45566976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:235:118:120:115:115:0.489362:41:74:69:49:41:74:70:50 chr12 45610529 . C G 1813.77 PASS AF=0.418947;AO=199;DP=475;FAO=199;FDP=475;FR=.;FRO=276;FSAF=122;FSAR=77;FSRF=129;FSRR=147;FWDB=-0.0194606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.702;QD=15.2739;RBI=0.0246631;REFB=-0.0148144;REVB=-0.015151;RO=271;SAF=122;SAR=77;SRF=129;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144258;STB=0.585738;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0168919;OID=.;OPOS=45610529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:475:475:271:276:199:199:0.418947:77:122:129:142:77:122:129:147 chr12 45824840 . A T 590.44 PASS AF=0.375;AO=69;DP=184;FAO=69;FDP=184;FR=.;FRO=115;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=70;FWDB=0.00238188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1763;QD=12.8356;RBI=0.00459029;REFB=-0.00265679;REVB=0.00392395;RO=113;SAF=33;SAR=36;SRF=44;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983718;STB=0.554694;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00487697;OID=.;OPOS=45824840;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:113:115:69:69:0.375:36:33:44:69:36:33:45:70 chr12 45825730 . C G 284.7 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0132685;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.314;QD=17.5197;RBI=0.0207169;REFB=-0.00823413;REVB=-0.0159103;RO=34;SAF=8;SAR=23;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108215;STB=0.560934;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0088344;OID=.;OPOS=45825730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:34:31:31:0.476923:23:8:12:22:23:8:12:22 chr12 46321514 . A T 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.059;QD=62.6654;RBI=0.01127;REFB=0;REVB=-0.00196547;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98362e-05;OID=.;OPOS=46321514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr12 46322449 . C T 441.9 PASS AF=0.408;AO=50;DP=123;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.0169539;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.1938;QD=14.1407;RBI=0.0696569;REFB=-0.0077241;REVB=-0.0675622;RO=73;SAF=24;SAR=26;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10012;STB=0.55369;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00958975;OID=.;OPOS=46322449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:73:74:50:51:0.408:26:24:42:31:26:25:43:31 chr12 46367939 . G T 990.29 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.902;QD=59.1221;RBI=0.0376657;REFB=0;REVB=0.0368876;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72047e-05;OID=.;OPOS=46367939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:37:27:0:0:39:28:0:0 chr12 46385815 . C T 1856.46 PASS AF=0.485714;AO=187;DP=385;FAO=187;FDP=385;FR=.;FRO=198;FSAF=91;FSAR=96;FSRF=107;FSRR=91;FWDB=0.0613069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7925;QD=19.2879;RBI=0.0773636;REFB=-0.0217504;REVB=0.0471868;RO=196;SAF=91;SAR=96;SRF=105;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04575;STB=0.527631;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0243386;OID=.;OPOS=46385815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:196:198:187:187:0.485714:96:91:105:91:96:91:107:91 chr12 47168898 . G A 2298.39 PASS AF=0.993289;AO=145;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225607;FXX=0.00666622;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.473;QD=61.7017;RBI=0.0352362;REFB=-0.0574699;REVB=0.0270667;RO=2;SAF=56;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105662;STB=0.502732;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000400526;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:1:145:148:0.993289:89:56:0:2:91:57:0:1 chr12 47470223 . T A,TTACTA 1366.79 PASS AF=0.211111,0.788889;AO=20,63;DP=95;FAO=19,71;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=9,25;FSAR=10,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201337,-0.00266042;FXX=0.0425487;HRUN=3,3;LEN=1,5;MLLD=166.197,248.554;QD=60.7461;RBI=0.0224005,0.0131475;REFB=0,0;REVB=0.00981917,0.0128755;RO=5;SAF=9,19;SAR=11,44;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.169833,0.0507025;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0248617,0.000591715;OID=.,.;OPOS=47470223,47470224;OREF=T,-;OALT=A,TACTA;OMAPALT=A,TTACTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:95:90:5:0:20,63:19,71:0.211111,0.788889:11,44:9,19:0:5:10,46:9,25:0:0 chr12 47581629 . T C 1058.13 PASS AF=0.466403;AO=105;DP=241;FAO=118;FDP=253;FR=.;FRO=135;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=63;FSRR=72;FWDB=0.0189299;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.094;QD=16.7294;RBI=0.0454768;REFB=-0.0133021;REVB=0.0413498;RO=133;SAF=57;SAR=48;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696424;STB=0.508756;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0145616;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:253:133:135:105:118:0.466403:48:57:63:70:61:57:63:72 chr12 47629368 . G T 1941.19 PASS AF=0.477218;AO=199;DP=417;FAO=199;FDP=417;FR=.;FRO=218;FSAF=117;FSAR=82;FSRF=96;FSRR=122;FWDB=0.00810691;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.215;QD=18.6205;RBI=0.0085881;REFB=-0.00421036;REVB=-0.00283433;RO=218;SAF=117;SAR=82;SRF=96;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140841;STB=0.577434;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00429063;OID=.;OPOS=47629368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:417:218:218:199:199:0.477218:82:117:96:122:82:117:96:122 chr12 47740069 . C A 3967.86 PASS AF=1;AO=253;DP=254;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424824;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.951;QD=62.241;RBI=0.0531538;REFB=0;REVB=0.0319464;RO=0;SAF=117;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33288e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7328e-05;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:255:0:0:253:255:1:136:117:0:0:137:118:0:0 chr12 47758032 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.858;QD=45.8068;RBI=0.0135385;REFB=0;REVB=0.0135385;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02177e-05;OID=.;OPOS=47758032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr12 48131953 . AC GA 57.89 PASS AF=0.174603;AO=12;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0532073;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=40.7815;QD=3.67587;RBI=0.0565331;REFB=-0.00902199;REVB=-0.0191045;RO=48;SAF=1;SAR=11;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455695;STB=0.799315;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=0.0613042;OID=.;OPOS=48131953;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:63:63:48:52:12:11:0.174603:11:1:16:32:10:1:17:35 chr12 48134695 . T C 267.96 PASS AF=0.330189;AO=35;DP=106;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0347678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3392;QD=10.1115;RBI=0.0589856;REFB=-0.0118379;REVB=0.0476497;RO=71;SAF=19;SAR=16;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414531;STB=0.524053;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0215959;OID=.;OPOS=48134695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:71:71:35:35:0.330189:16:19:36:35:16:19:36:35 chr12 48144925 . T C 3191.67 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.507;QD=61.6747;RBI=0.0643188;REFB=0;REVB=0.0552058;RO=0;SAF=84;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26476e-05;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:200:207:0:0:198:207:1:114:84:0:0:119:88:0:0 chr12 48151822 . C G 1315.99 PASS AF=0.427711;AO=142;DP=334;FAO=142;FDP=332;FR=.;FRO=190;FSAF=46;FSAR=96;FSRF=98;FSRR=92;FWDB=0.104983;FXX=0.00598784;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7651;QD=15.8553;RBI=0.108614;REFB=-0.00696999;REVB=0.0278487;RO=192;SAF=46;SAR=96;SRF=100;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212221;STB=0.615149;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00947034;OID=.;OPOS=48151822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:332:192:190:142:142:0.427711:96:46:100:92:96:46:98:92 chr12 48176792 . C T 2601.96 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8957;QD=61.9515;RBI=0.0424395;REFB=0;REVB=0.0421611;RO=0;SAF=68;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140556;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:99:68:0:0:99:69:0:0 chr12 48176900 . T G 1027.79 PASS AF=1;AO=52;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.0333;QD=57.9038;RBI=0.053808;REFB=0;REVB=0.0186419;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835893;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:52:71:1:37:15:0:0:52:19:0:0 chr12 48177170 . C G 551.82 PASS AF=0.528302;AO=57;DP=107;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0143403;FXX=0.00934492;HRUN=6;LEN=1;MLLD=296.82;QD=20.8236;RBI=0.0147914;REFB=-0.00576342;REVB=-0.00362508;RO=45;SAF=23;SAR=34;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117725;STB=0.554985;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00497623;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:45:50:57:56:0.528302:34:23:12:33:33:23:15:35 chr12 48177238 . A G 2721.3 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105086;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.745;QD=62.2012;RBI=0.0236717;REFB=0;REVB=0.0212113;RO=1;SAF=76;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520129;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40578e-06;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:168:175:1:0:167:175:1:91:76:0:1:98:77:0:0 chr12 48188569 . G A 2539.35 PASS AF=0.492278;AO=255;DP=518;FAO=255;FDP=518;FR=.;FRO=263;FSAF=129;FSAR=126;FSRF=143;FSRR=120;FWDB=-0.00462577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.05;QD=19.6089;RBI=0.00474124;REFB=-0.0196111;REVB=-0.00103999;RO=261;SAF=129;SAR=126;SRF=142;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352922;STB=0.519224;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0201146;OID=.;OPOS=48188569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:518:518:261:263:255:255:0.492278:126:129:142:119:126:129:143:120 chr12 48238682 . G A 571.5 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0210974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.65;QD=20.7818;RBI=0.0337988;REFB=-0.0147592;REVB=0.0264057;RO=52;SAF=33;SAR=25;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580828;STB=0.531904;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0137601;OID=.;OPOS=48238682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:52:58:58:0.527273:25:33:33:19:25:33:33:19 chr12 48272895 . A G 2255.34 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.162;QD=63.5308;RBI=0.0291694;REFB=0;REVB=0.0228345;RO=0;SAF=64;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86435e-05;OID=.;OPOS=48272895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:77:64:0:0:78:64:0:0 chr12 48359984 . C T 583.82 PASS AF=0.357513;AO=69;DP=191;FAO=69;FDP=193;FR=.;FRO=124;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=-0.0130309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6432;QD=12.0999;RBI=0.0176647;REFB=-0.0213469;REVB=0.0119262;RO=122;SAF=40;SAR=29;SRF=57;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126603;STB=0.572096;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0371295;OID=.;OPOS=48359984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:122:124:69:69:0.357513:29:40:57:65:29:40:58:66 chr12 48367976 . C T 847.8 PASS AF=0.47027;AO=87;DP=185;FAO=87;FDP=185;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=62;FSRR=36;FWDB=-0.000735976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.662;QD=18.3309;RBI=0.00646368;REFB=-0.0147778;REVB=-0.00642164;RO=98;SAF=40;SAR=47;SRF=62;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164536;STB=0.59081;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0150236;OID=.;OPOS=48367976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:98:98:87:87:0.47027:47:40:62:36:47:40:62:36 chr12 48375568 . A G 545.84 PASS AF=0.450382;AO=58;DP=130;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0182155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.456;QD=16.6669;RBI=0.0182383;REFB=-0.0143543;REVB=-0.00091045;RO=70;SAF=21;SAR=37;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153753;STB=0.586961;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0151031;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:70:72:58:59:0.450382:37:21:36:34:37:22:38:34 chr12 48375965 . C T 335.82 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0534501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6277;QD=22.3878;RBI=0.0624394;REFB=-0.0366163;REVB=0.0322763;RO=26;SAF=16;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802749;STB=0.537528;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0185251;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:33:34:0.566667:17:16:10:16:18:16:10:16 chr12 48376291 . G A 201.4 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00539276;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9885;QD=16.1122;RBI=0.0618239;REFB=0.0188996;REVB=0.0615883;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245854;STB=0.647557;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00660587;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:28:22:22:0.44:9:13:9:18:9:13:9:19 chr12 48377898 . G A 1485.93 PASS AF=0.444126;AO=154;DP=350;FAO=155;FDP=349;FR=.;FRO=194;FSAF=49;FSAR=106;FSRF=56;FSRR=138;FWDB=-0.030873;FXX=0.00285706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.821;QD=17.0307;RBI=0.0364274;REFB=-0.00912058;REVB=-0.0193342;RO=192;SAF=49;SAR=105;SRF=55;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372435;STB=0.517887;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0124447;OID=.;OPOS=48377898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:349:192:194:154:155:0.444126:105:49:55:137:106:49:56:138 chr12 48380682 . G A 869.71 PASS AF=0.43379;AO=96;DP=219;FAO=95;FDP=219;FR=.;FRO=124;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=48;FSRR=76;FWDB=-0.00441706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.971;QD=15.8851;RBI=0.00708542;REFB=-0.00665759;REVB=0.0055401;RO=123;SAF=38;SAR=58;SRF=48;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591005;STB=0.507632;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00852436;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:123:124:96:95:0.43379:58:38:48:75:57:38:48:76 chr12 48389643 . A C 406.9 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.0167713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1084;QD=20.0937;RBI=0.0167733;REFB=-0.0102799;REVB=-0.00026191;RO=40;SAF=6;SAR=35;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12515;STB=0.569995;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0236999;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:35:6:9:31:35:6:9:31 chr12 48391416 . G T 971.87 PASS AF=0.512821;AO=85;DP=206;FAO=100;FDP=195;FR=.,HEALED;FRO=95;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=-0.00465702;FXX=0.062497;HRUN=6;LEN=1;MLLD=162.69;QD=19.9359;RBI=0.00486068;REFB=-0.0203357;REVB=0.00139226;RO=68;SAF=33;SAR=52;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210512;STB=0.598352;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0148644;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:195:68:95:85:100:0.512821:52:33:44:24:63:37:54:41 chr12 48398080 . T A 1943.2 PASS AF=0.505291;AO=188;DP=389;FAO=191;FDP=378;FR=.;FRO=187;FSAF=85;FSAR=106;FSRF=74;FSRR=113;FWDB=-0.018912;FXX=0.0332472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.522;QD=20.5629;RBI=0.0415244;REFB=-0.0281595;REVB=0.0369677;RO=171;SAF=84;SAR=104;SRF=73;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017619;STB=0.524822;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0211601;OID=.;OPOS=48398080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:378:171:187:188:191:0.505291:104:84:73:98:106:85:74:113 chr12 48413944 . C T 558.27 PASS AF=0.396341;AO=65;DP=164;FAO=65;FDP=164;FR=.;FRO=99;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=-0.0662841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9498;QD=13.6162;RBI=0.0797907;REFB=-0.0135306;REVB=0.0444182;RO=97;SAF=30;SAR=35;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792239;STB=0.550546;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0191126;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:97:99:65:65:0.396341:35:30:52:45:35:30:54:45 chr12 48413950 . A C 518.87 PASS AF=0.397351;AO=55;DP=145;FAO=60;FDP=151;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0292416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5109;QD=13.7448;RBI=0.0633427;REFB=-0.0442998;REVB=0.0561892;RO=90;SAF=25;SAR=30;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981953;STB=0.533175;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0715061;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:151:90:91:55:60:0.397351:30:25:49:41:31:29:49:42 chr12 48477422 . A G 406.86 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0190051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.682;QD=15.9552;RBI=0.0219876;REFB=-0.000671165;REVB=-0.0110571;RO=56;SAF=31;SAR=14;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181536;STB=0.598072;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00113306;OID=.;OPOS=48477422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:57:45:45:0.441176:14:31:29:27:14:31:30:27 chr12 48501161 . A T 396.58 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00636658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.266;QD=15.1077;RBI=0.00696966;REFB=-0.000801186;REVB=-0.002836;RO=58;SAF=19;SAR=26;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441628;STB=0.516177;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000976971;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:60:45:45:0.428571:26:19:27:31:26:19:27:33 chr12 48512285 . C A 1371.09 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.956;QD=62.3221;RBI=0.0124537;REFB=0;REVB=0.00362854;RO=0;SAF=21;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.63946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9487e-05;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:65:21:0:0:66:22:0:0 chr12 48512331 . C T 463.68 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=44;FWDB=0.0216595;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.68;QD=17.4974;RBI=0.0221583;REFB=-0.0261946;REVB=-0.0046748;RO=56;SAF=16;SAR=34;SRF=12;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121709;STB=0.567248;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.027986;OID=.;OPOS=48512331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:56:56:50:50:0.471698:34:16:12:44:34:16:12:44 chr12 48525861 . A G 440.35 PASS AF=0.475728;AO=37;DP=104;FAO=49;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0131471;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.759;QD=17.1009;RBI=0.0174818;REFB=0.00334303;REVB=0.0115225;RO=54;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102768;STB=0.512066;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00326618;OID=.;OPOS=48525861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:54:54:37:49:0.475728:19:18:21:33:31:18:21:33 chr12 48526712 . G A 673.5 PASS AF=0.465753;AO=66;DP=145;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0134483;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.496;QD=18.4521;RBI=0.0224158;REFB=-0.00430735;REVB=0.0179335;RO=79;SAF=36;SAR=30;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260724;STB=0.503043;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00416508;OID=.;OPOS=48526712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:79:78:66:68:0.465753:30:36:41:38:31:37:42:36 chr12 48541757 . A G 118.81 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0064777;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.314;QD=12.5061;RBI=0.0123322;REFB=-0.00384908;REVB=0.010494;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405333;STB=0.534835;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00998457;OID=.;OPOS=48541757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:24:14:14:0.368421:8:6:9:14:8:6:9:15 chr12 48542993 . G A 872.31 PASS AF=0.551948;AO=85;DP=154;FAO=85;FDP=154;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00456034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.341;QD=22.6573;RBI=0.00793804;REFB=-0.0306754;REVB=-0.00649736;RO=69;SAF=33;SAR=52;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882428;STB=0.548218;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0209491;OID=.;OPOS=48542993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:69:69:85:85:0.551948:52:33:34:35:52:33:34:35 chr12 48578325 . A C 393.42 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0440406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.987;QD=22.4812;RBI=0.0519515;REFB=-0.0456081;REVB=0.0275569;RO=30;SAF=11;SAR=28;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791282;STB=0.554665;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0367154;OID=.;OPOS=48578325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:31:39:39:0.557143:28:11:11:19:28:11:12:19 chr12 48578809 . T C 418.63 PASS AF=0.413793;AO=47;DP=115;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.0395221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.791;QD=14.4355;RBI=0.04045;REFB=-0.00149677;REVB=0.0086143;RO=66;SAF=18;SAR=29;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055366;STB=0.523246;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00284311;OID=.;OPOS=48578809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:66:68:47:48:0.413793:29:18:22:44:30:18:23:45 chr12 48596241 . A G 2833.97 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186205;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.998;QD=62.9771;RBI=0.0211783;REFB=0;REVB=-0.0100895;RO=0;SAF=75;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105456;OID=.;OPOS=48596241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:105:75:0:0:105:75:0:0 chr12 48597053 . A G 1062.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.055;QD=59.8517;RBI=0.0336831;REFB=0;REVB=-0.00417924;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82393e-05;OID=.;OPOS=48597053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr12 48723595 . G A 2880.89 PASS AF=0.964286;AO=188;DP=196;FAO=189;FDP=196;FR=.;FRO=7;FSAF=77;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0269366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.727;QD=58.7937;RBI=0.0689741;REFB=-0.26221;REVB=0.0634968;RO=8;SAF=77;SAR=111;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330835;STB=0.51515;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0021788;OID=.;OPOS=48723595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:196:196:8:7:188:189:0.964286:111:77:0:8:112:77:0:7 chr12 48866585 . A C 2009.4 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0021862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.783;QD=60.8908;RBI=0.0209896;REFB=-0.00953347;REVB=0.0208755;RO=1;SAF=73;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646654;STB=0.503401;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=2.84384e-05;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:58:73:1:0:58:73:1:0 chr12 48866792 . C T 1116.5 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.644;QD=60.3513;RBI=0.0173382;REFB=0;REVB=-0.0035712;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06183e-05;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:42:31:0:0:42:32:0:0 chr12 48919556 . A G 2027.22 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.469;QD=62.3761;RBI=0.036612;REFB=0;REVB=0.00976153;RO=0;SAF=51;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09996e-05;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:79:51:0:0:79:51:0:0 chr12 48919659 . T C 370.54 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.816;QD=54.8944;RBI=0.0198848;REFB=0;REVB=0.0187147;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266157;OID=.;OPOS=48919659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr12 48919796 . C T 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00471303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.323;QD=59.5371;RBI=0.017249;REFB=-0.0254011;REVB=0.0165926;RO=1;SAF=52;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901699;STB=0.504761;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=2.02176e-05;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:26:52:1:0:26:52:1:0 chr12 48920006 . G A 2123.28 PASS AF=1;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242405;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.569;QD=62.9121;RBI=0.0499355;REFB=0;REVB=0.0436572;RO=0;SAF=73;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510007;OID=.;OPOS=48920006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:135:0:0:135:135:1:62:73:0:0:62:73:0:0 chr12 48954040 . A G 644.61 PASS AF=0.444444;AO=70;DP=160;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.00792764;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.714;QD=15.9162;RBI=0.0134509;REFB=-0.00698452;REVB=-0.0108664;RO=89;SAF=45;SAR=25;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165084;STB=0.592005;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0102601;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:89:90:70:72:0.444444:25:45:43:46:26:46:43:47 chr12 49048738 . G T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.437;QD=64.154;RBI=0.0142707;REFB=0;REVB=0.00119827;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25137e-05;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chr12 49075811 . T G 2140.19 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622054;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.431;QD=62.9468;RBI=0.0255914;REFB=0;REVB=0.0248238;RO=0;SAF=63;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153153;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:72:63:0:0:72:64:0:0 chr12 49086963 . G A 2518.76 PASS AF=0.982249;AO=166;DP=169;FAO=166;FDP=169;FR=.;FRO=3;FSAF=94;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0318033;FXX=0.00588201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.17;QD=59.6155;RBI=0.0332147;REFB=0.0340384;REVB=-0.00957963;RO=2;SAF=94;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010017;STB=0.507852;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000115649;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:169:169:2:3:166:166:0.982249:72:94:2:0:72:94:3:0 chr12 49221622 . G A 1840.6 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.387;QD=61.3534;RBI=0.033054;REFB=0;REVB=-0.00378668;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08642e-05;OID=.;OPOS=49221622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:64:55:0:0:65:55:0:0 chr12 49230035 . T G 423.55 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000665711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.452;QD=56.4733;RBI=0.0471354;REFB=0;REVB=0.0471307;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040756;OID=.;OPOS=49230035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:23:6:0:0:23:7:0:0 chr12 49237782 . C T 950.82 PASS AF=0.417004;AO=89;DP=232;FAO=103;FDP=247;FR=.;FRO=144;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=71;FSRR=73;FWDB=0.0351701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.529;QD=15.3979;RBI=0.0418123;REFB=-0.0192732;REVB=0.0226125;RO=143;SAF=36;SAR=53;SRF=70;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943939;STB=0.538784;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.026498;OID=.;OPOS=49237782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:247:143:144:89:103:0.417004:53:36:70:73:59:44:71:73 chr12 49332451 . T A,TGA 218.77 PASS AF=0,0.525;AO=8,11;DP=46;FAO=0,21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=0,3;FSAR=0,18;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=-0.0601368,-0.00660275;FXX=0.0476077;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=45.3821,172.622;QD=21.8766;RBI=0.159579,0.1218;REFB=-0.0176003,-0.0188524;REVB=0.147815,0.121621;RO=26;SAF=0,3;SAR=8,8;SRF=20;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.806547,-0.527911;STB=0.5,0.868627;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00969889;OID=.,.;OPOS=49332451,49332452;OREF=T,-;OALT=A,GA;OMAPALT=A,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:40:26:19:8,11:0,21:0,0.525:8,8:0,3:20:6:0,18:0,3:18:1 chr12 49332462 . G GA 107.78 PASS AF=0.311111;AO=9;DP=53;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.0306813;FXX=0.0425441;HRUN=0;LEN=1;MLLD=160.339;QD=9.5802;RBI=0.101238;REFB=-0.0292314;REVB=-0.0964771;RO=42;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632594;STB=0.857517;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.0261698;OID=.;OPOS=49332463;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311111:9:53:14:45:31:11:3:6:25:99:42:8:1:14:28 chr12 49334762 . G C 1982.96 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000532659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.283;QD=61.014;RBI=0.000996999;REFB=0;REVB=0.000842782;RO=0;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129442;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:119:130:0:0:118:130:1:68:50:0:0:75:55:0:0 chr12 49390677 . T C 1064.56 PASS AF=0.45;AO=110;DP=254;FAO=117;FDP=260;FR=.;FRO=143;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=0.00899518;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.749;QD=16.3779;RBI=0.0172694;REFB=-0.0131179;REVB=0.0147417;RO=143;SAF=53;SAR=57;SRF=67;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135332;STB=0.508608;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0145858;OID=.;OPOS=49390677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:260:143:143:110:117:0.45:57:53:67:76:64:53:67:76 chr12 49391196 . TC CT,T 264.11 PASS AF=0.080292,0.184915;AO=35,107;DP=401;FAO=33,76;FDP=411;FR=.;FRO=302;FSAF=0,23;FSAR=33,53;FSRF=217;FSRR=85;FWDB=-0.0190186,-0.0574713;FXX=0.0190926;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=126.848,9.72914;QD=2.57037;RBI=0.0556891,0.109155;REFB=-0.0167667,-0.153659;REVB=-0.0523409,-0.0928005;RO=237;SAF=0,50;SAR=35,57;SRF=180;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0.381818;SSSB=-0.796922,-0.347578;STB=0.999786,0.800236;STBP=0,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0440198,0.130078;OID=.,.;OPOS=49391196,49391197;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:401:411:237:302:35,107:33,76:0.080292,0.184915:35,57:0,50:180:57:33,53:0,23:217:85 chr12 49412802 . C A,CA 98.51 PASS AF=0,0.168224;AO=12,34;DP=214;FAO=0,36;FDP=214;FR=.;FRO=178;FSAF=0,5;FSAR=0,31;FSRF=86;FSRR=92;FWDB=-0.0243374,-0.0072206;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=125.771,99.2255;QD=1.84125;RBI=0.0255869,0.00768938;REFB=-0.0118001,-0.00367644;REVB=-0.00789799,-0.00264378;RO=164;SAF=0,6;SAR=12,28;SRF=83;SRR=81;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.562878,-0.447403;STB=0.5,0.820817;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.166518;OID=.,.;OPOS=49412802,49412803;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:214:214:164:178:12,34:0,36:0,0.168224:12,28:0,6:83:81:0,31:0,5:86:92 chr12 49425978 . T C 423.89 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0216687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.124;QD=16.1481;RBI=0.037374;REFB=-0.00755298;REVB=0.0304513;RO=54;SAF=26;SAR=21;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203118;STB=0.510425;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00759391;OID=.;OPOS=49425978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:58:47:47:0.447619:21:26:31:23:21:26:31:27 chr12 49427652 . C T 47.83 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0118948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.573;QD=13.6659;RBI=0.013654;REFB=-0.015807;REVB=0.00670417;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112423;STB=0.599629;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0364191;OID=.;OPOS=49427652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:14:14:7:7:5:6:0.428571:4:1:2:5:5:1:2:5 chr12 49434074 . C A 253.11 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0425077;FXX=0.010203;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.5185;QD=10.4376;RBI=0.0679345;REFB=-0.03773;REVB=0.0529924;RO=54;SAF=12;SAR=22;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163152;STB=0.552794;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0830455;OID=.;OPOS=49434074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:97:54:63:34:34:0.350515:22:12:27:27:20:14:31:32 chr12 49434409 . G A 573.17 PASS AF=0.540816;AO=51;DP=97;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00231988;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.905;QD=23.3949;RBI=0.0467359;REFB=-0.00267592;REVB=-0.0466783;RO=25;SAF=24;SAR=27;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784656;STB=0.512568;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00183229;OID=.;OPOS=49434409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:25:45:51:53:0.540816:27:24:15:10:28:25:20:25 chr12 49443788 . TGG TG,TGT 394.77 PASS AF=0.892308,0.107692;AO=22,7;DP=66;FAO=58,7;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=30,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.771065,0.0671455;FXX=0.0151492;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.03294,188.224;QD=24.2938;RBI=0.78447,0.080433;REFB=0.00748027,0.0772392;REVB=0.144398,-0.0442826;RO=29;SAF=4,0;SAR=18,7;SRF=20;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.523266,-0.764702;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0380039,0.106115;OID=.,.;OPOS=49443789,49443790;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.892308,0.107692:22,7:66:58,7:65:0:28,0:30,7:0:0:25:29:4,0:18,7:20:9 chr12 49444545 . G A 322.34 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.102829;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.997;QD=16.3211;RBI=0.104661;REFB=-0.0170956;REVB=0.019498;RO=44;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188451;STB=0.605285;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0257157;OID=.;OPOS=49444545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:19:16:12:32:19:16:12:32 chr12 49494962 . A G 1768.91 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0334023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0868;QD=59.9632;RBI=0.0336197;REFB=-0.101489;REVB=0.00381737;RO=2;SAF=47;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316367;STB=0.503597;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000634733;OID=.;OPOS=49494962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:2:1:116:117:0.991525:69:47:1:1:69:48:0:1 chr12 49500398 . G A 2049.46 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850363;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.335;QD=62.579;RBI=0.0161204;REFB=0;REVB=-0.0136951;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82346e-06;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:63:68:0:0:63:68:0:0 chr12 49500509 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.495;QD=59.6794;RBI=0.0220175;REFB=0;REVB=0.0142118;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54257e-05;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr12 49522578 . T C 802.93 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.013767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0751;QD=55.3747;RBI=0.0606274;REFB=-0.110817;REVB=0.0590436;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209528;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00108208;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:35:22:1:0:35:22:1:0 chr12 49522605 . C T 1394.88 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4527;QD=62.6911;RBI=0.0757907;REFB=0;REVB=-0.0729086;RO=0;SAF=31;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.90485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014228;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:57:31:0:0:57:32:0:0 chr12 49579696 . C G 2156.01 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.859;QD=62.9492;RBI=0.0352855;REFB=0;REVB=0.0044672;RO=0;SAF=59;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39692e-05;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:77:59:0:0:77:60:0:0 chr12 49580180 . T C 3163.17 PASS AF=0.990698;AO=206;DP=212;FAO=213;FDP=215;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=133;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.101952;FXX=0.00462942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0774;QD=58.8496;RBI=0.102676;REFB=-0.240698;REVB=-0.012173;RO=5;SAF=76;SAR=130;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303043;STB=0.506172;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0070174;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:212:215:5:2:206:213:0.990698:130:76:5:0:133:80:2:0 chr12 49667103 . A T 1377.51 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.076;QD=62.614;RBI=0.0162845;REFB=0;REVB=-0.0153259;RO=0;SAF=20;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89213e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03185e-05;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:67:20:0:0:68:20:0:0 chr12 49937813 . A G 789.8 PASS AF=0.476744;AO=82;DP=172;FAO=82;FDP=172;FR=.;FRO=90;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.0132015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.28;QD=18.3675;RBI=0.0166313;REFB=-0.0179728;REVB=-0.0101154;RO=88;SAF=51;SAR=31;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117549;STB=0.565658;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0178287;OID=.;OPOS=49937813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:88:90:82:82:0.476744:31:51:44:44:31:51:45:45 chr12 49951232 . T C 408.37 PASS AF=0.380952;AO=47;DP=125;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=0.0198982;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.938;QD=12.9641;RBI=0.0255592;REFB=-0.018244;REVB=-0.0160417;RO=78;SAF=21;SAR=26;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224447;STB=0.607311;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0341647;OID=.;OPOS=49951232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:78:78:47:48:0.380952:26:21:51:27:25:23:51:27 chr12 49952668 . G A 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00396023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.954;QD=11.4396;RBI=0.0182284;REFB=-0.0226867;REVB=0.017793;RO=24;SAF=11;SAR=2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444473;STB=0.76953;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0494567;OID=.;OPOS=49952668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:2:11:12:12:2:11:12:12 chr12 49960551 . C A 739.75 PASS AF=0.57377;AO=70;DP=122;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0130957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.817;QD=24.2542;RBI=0.0156758;REFB=-0.0252344;REVB=-0.00861589;RO=52;SAF=31;SAR=39;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749753;STB=0.540891;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0183383;OID=.;OPOS=49960551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:52:52:70:70:0.57377:39:31:28:24:39:31:28:24 chr12 49993678 . C T 538.94 PASS AF=0.396226;AO=63;DP=159;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0110736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0068;QD=13.5582;RBI=0.105558;REFB=-0.00825058;REVB=-0.104976;RO=93;SAF=33;SAR=30;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032625;STB=0.5018;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0182014;OID=.;OPOS=49993678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:93:96:63:63:0.396226:30:33:49:44:30:33:50:46 chr12 50026423 . C T 827.96 PASS AF=0.480226;AO=85;DP=176;FAO=85;FDP=177;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0724638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.496;QD=18.7109;RBI=0.0730241;REFB=-0.00470802;REVB=0.00902884;RO=90;SAF=34;SAR=51;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846345;STB=0.552983;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00632444;OID=.;OPOS=50026423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:90:92:85:85:0.480226:51:34:44:46:51:34:46:46 chr12 50037745 . G A 289.74 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0184467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.357;QD=20.3326;RBI=0.0316794;REFB=-0.0309642;REVB=0.0257547;RO=23;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864303;STB=0.569349;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0190571;OID=.;OPOS=50037745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:26:30:31:0.54386:10:20:13:10:11:20:13:13 chr12 50152193 . G A 546.69 PASS AF=0.392638;AO=64;DP=163;FAO=64;FDP=163;FR=.;FRO=99;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.00510563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.6;QD=13.4157;RBI=0.00743445;REFB=-0.0154021;REVB=-0.00540404;RO=99;SAF=32;SAR=32;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027184;STB=0.515333;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0240529;OID=.;OPOS=50152193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:99:99:64:64:0.392638:32:32:52:47:32:32:52:47 chr12 50158434 . C CT 167.11 PASS AF=0.504854;AO=43;DP=107;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.101795;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.33338;QD=6.48963;RBI=0.113127;REFB=0.000347659;REVB=-0.049351;RO=56;SAF=25;SAR=18;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136103;STB=0.562453;STBP=0.216;TYPE=ins;VARB=-0.005472;OID=.;OPOS=50158435;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.504854:43:107:52:103:51:29:23:22:29:99:56:25:18:25:31 chr12 50158506 . G A 31.76 PASS AF=0.227273;AO=5;DP=22;FAO=5;FDP=22;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.148224;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.959;QD=5.77499;RBI=0.148396;REFB=0.000856067;REVB=-0.00715773;RO=15;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312492;STB=0.713724;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0108936;OID=.;OPOS=50158506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:22:22:15:17:5:5:0.227273:4:1:1:14:4:1:1:16 chr12 50158510 . GA AG,G 50.89 PASS AF=0.769231,0.230769;AO=4,2;DP=13;FAO=10,3;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=10,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.33453e-08,-1.33518e-08;FXX=0.187383;HRUN=1,13;LEN=2,1;MLLD=36.9234,3.78279;QD=15.6596;RBI=0.0574518,0.79359;REFB=0.0330895,-0.00259312;REVB=-0.0574518,-0.79359;RO=0;SAF=0,0;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.388981,-0.218866;OID=.,.;OPOS=50158510,50158511;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:13:13:0:0:4,2:10,3:0.769231,0.230769:4,2:0,0:0:0:10,3:0,0:0:0 chr12 50185334 . A G 352.8 PASS AF=0.422222;AO=34;DP=89;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0120342;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.339;QD=15.6799;RBI=0.0151535;REFB=-0.0126872;REVB=0.00920906;RO=54;SAF=15;SAR=19;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166697;STB=0.518204;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0182859;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:52:34:38:0.422222:19:15:23:31:20:18:23:29 chr12 50189602 . A G 516.21 PASS AF=0.432836;AO=54;DP=131;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0256573;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.956;QD=15.4092;RBI=0.0317854;REFB=-0.0231048;REVB=-0.018762;RO=77;SAF=24;SAR=30;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306585;STB=0.542621;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0285323;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:77:76:54:58:0.432836:30:24:32:45:30:28:31:45 chr12 50189807 . C A 291.41 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0453188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0055;QD=16.8935;RBI=0.0704396;REFB=0.00415237;REVB=-0.0539254;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780232;STB=0.543832;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00651154;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:13:19:19:18:13:19:19:18 chr12 50189825 . ACTGGGGGGT ACTGGGGGGG,CTGGGGGGGT 242.46 PASS AF=0.439394,0;AO=21,4;DP=64;FAO=29,0;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=17,0;FSAR=12,0;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0728358,-0.00296387;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=171.691,60.492;QD=14.6946;RBI=0.0728384,0.259177;REFB=0.000264141,-0.00375687;REVB=0.000609618,-0.25916;RO=25;SAF=13,0;SAR=8,4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.021365,-0.680375;STB=0.526129,0.5;STBP=0.713,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000539106,0;OID=.,.;OPOS=50189834,50189825;OREF=T,ACT;OALT=G,CTG;OMAPALT=ACTGGGGGGG,CTGGGGGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:25:37:21,4:29,0:0.439394,0:8,4:13,0:16:9:12,0:17,0:20:17 chr12 50190653 . C T 375.12 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00531358;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.931;QD=23.4448;RBI=0.0157363;REFB=-0.0214101;REVB=-0.014812;RO=28;SAF=10;SAR=27;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114018;STB=0.568667;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0245354;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:28:27:37:37:0.578125:27:10:11:17:27:10:11:16 chr12 50190667 . A T 261.08 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0351239;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.001;QD=16.8437;RBI=0.036822;REFB=0.000588718;REVB=-0.0110529;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886139;STB=0.549964;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.000980177;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:33:29:29:0.467742:20:9:13:20:20:9:13:20 chr12 50192206 . GC CG,GCG 49.43 PASS AF=0.00909091,0.145455;AO=4,20;DP=111;FAO=1,16;FDP=110;FR=.;FRO=93;FSAF=0,3;FSAR=1,13;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=-0.00046873,-0.0620135;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=77.4736,61.0253;QD=1.79745;RBI=0.0112245,0.0623577;REFB=-0.00175557,-0.00160248;REVB=-0.0112147,-0.00654337;RO=83;SAF=0,4;SAR=4,16;SRF=33;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.403468,-0.293773;STB=0.988149,0.714969;STBP=0.505,0.091;TYPE=mnp,ins;VARB=0.129344,0.129899;OID=.,.;OPOS=50192206,50192208;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:111:110:83:93:4,20:1,16:0.00909091,0.145455:4,16:0,4:33:50:1,13:0,3:37:56 chr12 50232169 . A T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=6;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00455738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.739;QD=12.7389;RBI=0.0109319;REFB=-0.00559909;REVB=-0.00993668;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912889;STB=0.610847;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00921512;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:10:6:8:0.444444:2:4:6:2:4:4:7:3 chr12 50348078 . T C 703.42 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00388601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.909;QD=20.9977;RBI=0.0197776;REFB=-0.0363323;REVB=0.019392;RO=65;SAF=32;SAR=37;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388153;STB=0.521347;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0335569;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:65:69:69:0.514925:37:32:33:32:37:32:33:32 chr12 50352393 . G C 168.17 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0800173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7437;QD=16.0164;RBI=0.0806069;REFB=-0.0192227;REVB=0.0097321;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456741;STB=0.526286;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0359312;OID=.;OPOS=50352393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:12:6:9:15:12:6:9:15 chr12 50369305 . G A 627.09 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.00588357;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.862;QD=18.719;RBI=0.0227349;REFB=-0.0201325;REVB=0.0219604;RO=69;SAF=41;SAR=23;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00299265;STB=0.506809;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0207592;OID=.;OPOS=50369305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:69:70:64:64:0.477612:23:41:44:25:23:41:44:26 chr12 50452708 . C G 1051.93 PASS AF=0.448413;AO=113;DP=253;FAO=113;FDP=252;FR=.;FRO=139;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=83;FWDB=-0.00132649;FXX=0.00395241;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.689;QD=16.6973;RBI=0.0288686;REFB=-0.029837;REVB=-0.0288382;RO=139;SAF=61;SAR=52;SRF=56;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135643;STB=0.575097;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0440159;OID=.;OPOS=50452708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:139:139:113:113:0.448413:52:61:56:83:52:61:56:83 chr12 50476158 . G T 1475.58 PASS AF=0.447674;AO=154;DP=344;FAO=154;FDP=344;FR=.;FRO=190;FSAF=93;FSAR=61;FSRF=129;FSRR=61;FWDB=0.00546316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.586;QD=17.1579;RBI=0.0059664;REFB=-0.00355976;REVB=-0.00239831;RO=190;SAF=93;SAR=61;SRF=129;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799137;STB=0.544112;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00437514;OID=.;OPOS=50476158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:344:190:190:154:154:0.447674:61:93:129:61:61:93:129:61 chr12 50523947 . A G 853.73 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5793;QD=55.9822;RBI=0.0144147;REFB=0.103568;REVB=0.00958064;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145205;STB=0.50769;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00207119;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:0:1:32:28:0:1 chr12 50523964 . T C 905.86 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.57;QD=56.616;RBI=0.031803;REFB=-0.0302485;REVB=0.00672104;RO=1;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129378;STB=0.506847;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=9.12624e-05;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:36:27:0:1:36:27:0:1 chr12 50529314 . C T 1178.57 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102303;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.416;QD=61.2243;RBI=0.0222939;REFB=0;REVB=0.019808;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87581e-06;OID=.;OPOS=50529314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr12 50529736 . G A 769.22 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00882426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.66;QD=54.9444;RBI=0.0116415;REFB=-0.134147;REVB=0.00759325;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00131637;OID=.;OPOS=50529736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:30:25:0:0:30:25:0:1 chr12 50537815 . A G 2136.14 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.536;QD=62.8277;RBI=0.00891489;REFB=0;REVB=0.00537254;RO=0;SAF=57;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13908e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:78:57:0:0:78:58:0:0 chr12 50616346 . A G 1464.08 PASS AF=0.936937;AO=73;DP=110;FAO=104;FDP=111;FR=.;FRO=7;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.000401292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6032;QD=52.7597;RBI=0.0393246;REFB=-0.0341385;REVB=0.0393225;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.536076;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0022749;OID=.;OPOS=50616346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:110:111:0:7:73:104:0.936937:30:43:0:0:59:45:7:0 chr12 50650057 . T C 1415.41 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7977;QD=62.9072;RBI=0.0243262;REFB=0;REVB=0.0111319;RO=0;SAF=30;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11184e-05;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:59:30:0:0:59:31:0:0 chr12 50727706 . G C 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.557;QD=60.7131;RBI=0.0274254;REFB=0;REVB=-0.0144011;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49214e-05;OID=.;OPOS=50727706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr12 50746179 . AG AC,A 118.08 PASS AF=0,0.809524;AO=4,8;DP=21;FAO=0,17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=0,15;FSAR=0,2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0378996,0.160729;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=110.795,12.5135;QD=22.4923;RBI=0.0383639,0.292485;REFB=0.00139145,-0.113264;REVB=-0.0059506,0.244363;RO=8;SAF=4,8;SAR=0,0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.730747,0.798357;STB=0.5,0.700648;STBP=1,0.017;TYPE=snp,del;VARB=0.088797,0.117539;OID=.,.;OPOS=50746180,50746180;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.809524:4,8:21:0,17:21:4:0,15:0,2:1:3:15:8:4,8:0,0:3:5 chr12 50746348 . A G 158.27 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00450014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.049;QD=35.1708;RBI=0.0283055;REFB=-0.0297065;REVB=-0.0279455;RO=3;SAF=13;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267373;STB=0.649766;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000902518;OID=.;OPOS=50746348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:2:13:1:2:2:13:1:2 chr12 50749221 . G C 769.85 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4512;QD=54.9895;RBI=0.0542918;REFB=-0.056139;REVB=0.0426925;RO=1;SAF=18;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254644;STB=0.513509;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0108958;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:37:18:1:0:37:18:1:0 chr12 50749227 . T G 728.9 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377107;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.453;QD=57.1683;RBI=0.0428413;REFB=0;REVB=0.0203293;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4165e-05;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr12 50749294 . A G 1471.11 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8804;QD=63.2734;RBI=0.0573156;REFB=0;REVB=-0.0446781;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21669e-05;OID=.;OPOS=50749294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:58:35:0:0:58:35:0:0 chr12 50824275 . C G 404.11 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0269559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.976;QD=19.4752;RBI=0.0271849;REFB=-0.0204776;REVB=0.00352134;RO=42;SAF=18;SAR=23;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989887;STB=0.555005;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.023256;OID=.;OPOS=50824275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:23:18:23:19:23:18:23:19 chr12 50870145 . G A 6121.73 PASS AF=1;AO=385;DP=389;FAO=385;FDP=385;FR=.;FRO=0;FSAF=187;FSAR=198;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857522;FXX=0.0102825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.014;QD=63.6024;RBI=0.0188896;REFB=-0.0565709;REVB=0.016831;RO=1;SAF=187;SAR=198;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80275e-05;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:389:385:1:0:385:385:1:198:187:1:0:198:187:0:0 chr12 51089734 . T A 553.64 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00966939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.153;QD=22.1454;RBI=0.0108174;REFB=0.00395543;REVB=0.0048497;RO=48;SAF=19;SAR=33;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473917;STB=0.526155;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00403833;OID=.;OPOS=51089734;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:33:19:20:28:33:19:20:28 chr12 51112586 . T C 559.73 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=59;FWDB=0.00957459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.284;QD=15.9923;RBI=0.0178893;REFB=-0.00616008;REVB=0.0151114;RO=78;SAF=33;SAR=27;SRF=20;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292415;STB=0.660565;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00392392;OID=.;OPOS=51112586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:78:80:60:60:0.428571:27:33:20:58:27:33:21:59 chr12 51135275 . T C 1540.33 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0127554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0967;QD=57.5826;RBI=0.0558429;REFB=-0.110805;REVB=0.0543667;RO=1;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870753;STB=0.509089;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00592046;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:1:2:105:105:0.981308:54:51:0:1:54:51:0:2 chr12 51141883 . A G 632.8 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0192267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.979;QD=21.2705;RBI=0.0473159;REFB=-0.0190143;REVB=-0.0432335;RO=54;SAF=28;SAR=35;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797497;STB=0.533323;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0179739;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:54:56:63:63:0.529412:35:28:19:35:35:28:21:35 chr12 51203371 . C T 354.0 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00184896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.863;QD=29.5;RBI=0.0642308;REFB=-0.0559465;REVB=-0.0642041;RO=18;SAF=18;SAR=12;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254054;STB=0.639253;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0175519;OID=.;OPOS=51203371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:12:18:4:14:12:18:4:14 chr12 51213765 . T C 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0381163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4691;QD=15.268;RBI=0.0689357;REFB=0.0027106;REVB=-0.0574393;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375774;STB=0.513079;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00419975;OID=.;OPOS=51213765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:33:26:26:0.440678:14:12:16:16:14:12:16:17 chr12 51235317 . A G,T 1356.2 PASS AF=0.955556,0.0333333;AO=86,4;DP=90;FAO=86,3;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=38,1;FSAR=48,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252796,-0.0162516;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.528,101.97;QD=60.2756;RBI=0.0260396,0.0713255;REFB=-0.131731,-0.198181;REVB=-0.00624483,-0.0694494;RO=0;SAF=38,1;SAR=48,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.505153,0.59939;STBP=0.522,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=0.00146647,0.103198;OID=.,.;OPOS=51235317,51235317;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:90:90:0:1:86,4:86,3:0.955556,0.0333333:48,3:38,1:0:0:48,2:38,1:0:1 chr12 51236931 . G A 245.98 PASS AF=0.952381;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.389;QD=46.853;RBI=0.035049;REFB=-0.0887248;REVB=0.0190858;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367456;STB=0.517224;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0161256;OID=.;OPOS=51236931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:21:1:1:18:20:0.952381:12:6:0:1:14:6:0:1 chr12 51333744 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.048258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2942;QD=19.9926;RBI=0.0521466;REFB=-0.0176455;REVB=-0.0197595;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162148;STB=0.590496;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0116798;OID=.;OPOS=51333744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:15:7:4:19:15:7:4:19 chr12 51333796 . C CA 130.46 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0127977;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.7548;QD=11.8597;RBI=0.0187631;REFB=0.025837;REVB=-0.0137213;RO=26;SAF=1;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567905;STB=0.80808;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=-0.0334295;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:20:47:20:44:24:1:19:7:17:99:26:1:19:9:17 chr12 51380835 . C T 565.05 PASS AF=0.444444;AO=59;DP=134;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.00831513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6854;QD=16.7421;RBI=0.05277;REFB=-0.0200269;REVB=-0.0521108;RO=74;SAF=31;SAR=28;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422417;STB=0.531572;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0294279;OID=.;OPOS=51380835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:74:75:59:60:0.444444:28:31:42:32:29:31:43:32 chr12 51386066 . A G 289.31 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.0281409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.945;QD=13.9425;RBI=0.0310093;REFB=-0.0016212;REVB=0.0130256;RO=50;SAF=21;SAR=12;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345624;STB=0.695448;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00213022;OID=.;OPOS=51386066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:12:21:15:35:12:21:15:35 chr12 51402905 . T G 1072.34 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124726;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.171;QD=60.4137;RBI=0.0692649;REFB=0;REVB=0.0681327;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101654;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr12 51442944 . G A 2566.18 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.499;QD=61.8356;RBI=0.0414717;REFB=0;REVB=0.0359416;RO=0;SAF=68;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90013e-05;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:165:166:1:97:68:0:0:98:68:0:0 chr12 51518787 . C G 428.08 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00497414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.106;QD=16.9536;RBI=0.0161518;REFB=-0.0144851;REVB=0.0153668;RO=54;SAF=18;SAR=28;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532044;STB=0.525458;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0173098;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:46:46:0.455446:28:18:24:30:28:18:24:31 chr12 51636259 . C T 1464.24 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.949;QD=62.9779;RBI=0.0337622;REFB=0;REVB=0.000584364;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23027e-05;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:54:37:0:0:55:38:0:0 chr12 51681903 . T C 1001.2 PASS AF=0.474886;AO=104;DP=219;FAO=104;FDP=219;FR=.;FRO=115;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=65;FWDB=0.00716523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.04;QD=18.2868;RBI=0.00778333;REFB=-0.0107102;REVB=-0.00303967;RO=114;SAF=53;SAR=51;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672853;STB=0.539243;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00942798;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:114:115:104:104:0.474886:51:53:50:64:51:53:50:65 chr12 51696500 . G A 309.73 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0453979;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5444;QD=18.4914;RBI=0.0456856;REFB=-0.00610193;REVB=-0.00511927;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984634;STB=0.555008;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00673073;OID=.;OPOS=51696500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:34:34:33:33:0.492537:20:13:17:17:20:13:17:17 chr12 51707626 . C T 518.74 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=63;FWDB=-0.0267366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.042;QD=14.5102;RBI=0.0307265;REFB=-0.00540881;REVB=-0.0151417;RO=84;SAF=26;SAR=32;SRF=22;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204411;STB=0.616538;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0106902;OID=.;OPOS=51707626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:84:85:58:58:0.405594:32:26:22:62:32:26:22:63 chr12 51722311 . C T 1765.89 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.896;QD=60.8928;RBI=0.0118892;REFB=0;REVB=-0.0118268;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59176e-05;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:56:58:0:0:58:58:0:0 chr12 51722409 . G GT 281.61 PASS AF=0.463158;AO=41;DP=99;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.113242;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.2019;QD=11.8573;RBI=0.113571;REFB=0.00667669;REVB=-0.00864275;RO=57;SAF=24;SAR=17;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255513;STB=0.634042;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=-0.0132066;OID=.;OPOS=51722410;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463158:41:99:44:95:51:25:19:16:35:99:57:24:17:19:38 chr12 51723499 . T C 437.48 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=5.54311e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.418;QD=14.2269;RBI=0.0147652;REFB=-0.0111789;REVB=-0.0147651;RO=69;SAF=25;SAR=25;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673017;STB=0.528444;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0145453;OID=.;OPOS=51723499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:69:73:50:50:0.406504:25:25:39:30:25:25:40:33 chr12 51733734 . G A 593.03 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.000204997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.069;QD=17.4419;RBI=0.0107492;REFB=-0.0284181;REVB=-0.0107473;RO=73;SAF=41;SAR=21;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196734;STB=0.606474;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0425657;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:73:74:62:62:0.455882:21:41:34:39:21:41:35:39 chr12 51737607 . G A 264.88 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00641184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.763;QD=15.1358;RBI=0.0196034;REFB=-0.0183074;REVB=-0.0185252;RO=38;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211475;STB=0.619881;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0279627;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:40:30:30:0.428571:19:11:22:16:19:11:23:17 chr12 51739648 . C G 680.8 PASS AF=0.423729;AO=75;DP=177;FAO=75;FDP=177;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0416383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0389;QD=15.3852;RBI=0.0418538;REFB=-0.0495059;REVB=-0.00424174;RO=102;SAF=29;SAR=46;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119254;STB=0.566746;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0312112;OID=.;OPOS=51739648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:102:102:75:75:0.423729:46:29:51:51:46:29:51:51 chr12 51740387 . ACTGG A,AATGG 1017.14 PASS AF=0.214286,0.785714;AO=15,55;DP=74;FAO=15,55;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=11,33;FSAR=4,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252831,-0.00445901;FXX=0.0410903;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=199.459,103.979;QD=58.1221;RBI=0.0369627,0.0367284;REFB=0,0;REVB=-0.026963,0.0364568;RO=0;SAF=11,33;SAR=4,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.33019e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0405945,0.00210014;OID=.,.;OPOS=51740388,51740388;OREF=CTGG,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.214286,0.785714:15,55:74:15,55:70:0:11,33:4,22:0:0:92:0:11,33:4,22:0:0 chr12 51740393 . CCATATCCACTT C 56.32 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0136829;FXX=0;HRUN=2;LEN=11;MLLD=449.09;QD=3.21834;RBI=0.0143039;REFB=-0.00402421;REVB=0.0041687;RO=49;SAF=11;SAR=4;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194254;STB=0.58916;STBP=0.483;TYPE=del;VARB=0.0160018;OID=.;OPOS=51740394;OREF=CATATCCACTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:15:67:15:70:55:11:4:35:20:56:49:11:4:29:20 chr12 51740409 . TA GG 92.77 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0242864;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.891;QD=5.15362;RBI=0.0243201;REFB=-0.00807762;REVB=-0.0012796;RO=56;SAF=12;SAR=3;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219319;STB=0.652257;STBP=0.233;TYPE=mnp;VARB=0.0224192;OID=.;OPOS=51740409;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:74:72:56:57:15:15:0.208333:3:12:37:19:3:12:37:20 chr12 51754613 . C T 453.7 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0202145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.409;QD=22.4051;RBI=0.0202971;REFB=-8.37317e-06;REVB=0.00182957;RO=37;SAF=20;SAR=24;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180749;STB=0.599036;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-5.20804e-05;OID=.;OPOS=51754613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:24:20:9:28:24:20:9:28 chr12 51771040 . T C 1185.45 PASS AF=0.558974;AO=109;DP=195;FAO=109;FDP=195;FR=.;FRO=86;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.0158364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8375;QD=24.317;RBI=0.0159205;REFB=-0.0271646;REVB=0.00163462;RO=83;SAF=58;SAR=51;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876276;STB=0.544849;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0164392;OID=.;OPOS=51771040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:83:86:109:109:0.558974:51:58:35:48:51:58:37:49 chr12 51901390 . A G 733.74 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0494209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3363;QD=19.4368;RBI=0.0808361;REFB=-0.0162766;REVB=-0.0639691;RO=75;SAF=40;SAR=35;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144518;STB=0.582435;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0203915;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:76:75:75:0.496689:35:40:28:47:35:40:28:48 chr12 52080965 . C T 1904.72 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237642;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.425;QD=60.9512;RBI=0.0237642;REFB=-0.0632375;REVB=-1.14563e-05;RO=1;SAF=37;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543042;STB=0.502857;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=5.52944e-05;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:87:37:0:1:87:37:0:1 chr12 52184271 . T C 700.76 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.14;QD=62.2895;RBI=0.107344;REFB=0;REVB=-0.0186416;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139087;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:30:12:0:0:30:15:0:0 chr12 52200742 . C A 473.2 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.095;QD=55.6702;RBI=0.0557849;REFB=-0.148865;REVB=0.0382518;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373388;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00452042;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:34:1:1:33:33:0.970588:21:12:1:0:21:12:1:0 chr12 52204246 . T C 1785.12 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.069;QD=61.0298;RBI=0.027048;REFB=0;REVB=0.0269897;RO=0;SAF=49;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79489e-05;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:68:49:0:0:68:49:0:0 chr12 52211942 . G A 1245.36 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327555;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.094;QD=61.4992;RBI=0.034172;REFB=0;REVB=-0.00973663;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07586e-05;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:47:33:0:0:48:33:0:0 chr12 52215102 . T G 1044.02 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.707;QD=59.658;RBI=0.0183189;REFB=0;REVB=0.0177677;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16097e-05;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:31:37:0:0:31:39:0:0 chr12 52284233 . T C 1265.97 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.501;QD=61.7547;RBI=0.0216459;REFB=0;REVB=-0.0200563;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.96388e-06;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:40:40:0:0:40:42:0:0 chr12 52306221 . C T 368.91 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0163546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.728;QD=16.5803;RBI=0.0453597;REFB=0.00415698;REVB=0.0423087;RO=49;SAF=12;SAR=27;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173228;STB=0.593171;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0083157;OID=.;OPOS=52306221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:50:39:39:0.438202:27:12:23:26:27:12:23:27 chr12 52390296 . C T 608.12 PASS AF=0.388889;AO=69;DP=179;FAO=70;FDP=180;FR=.;FRO=110;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.0985845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4234;QD=13.5137;RBI=0.0989007;REFB=-0.00273865;REVB=-0.00790123;RO=110;SAF=26;SAR=43;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127233;STB=0.56577;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00504026;OID=.;OPOS=52390296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:110:110:69:70:0.388889:43:26:54:56:43:27:54:56 chr12 52471159 . C T 2421.04 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000826335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1189;QD=61.2923;RBI=0.00226215;REFB=0;REVB=-0.00210583;RO=0;SAF=82;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63116e-06;OID=.;OPOS=52471159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:76:82:0:0:76:82:0:0 chr12 52565322 . G T 1162.31 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0144036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.021;QD=56.0149;RBI=0.0162009;REFB=-0.162337;REVB=-0.0074166;RO=2;SAF=63;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147922;STB=0.515381;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000420274;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:83:83:2:4:79:79:0.951807:16:63:2:0:16:63:4:0 chr12 52566047 . G A 149.39 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00461148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.824;QD=10.8644;RBI=0.00640061;REFB=0.000359173;REVB=-0.0044387;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182203;STB=0.622515;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00421388;OID=.;OPOS=52566047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:36:19:19:0.345455:11:8:20:14:11:8:22:14 chr12 52585570 . C T 646.06 PASS AF=0.5625;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0097453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.6633;QD=23.0734;RBI=0.0101434;REFB=-0.0153751;REVB=-0.00281374;RO=49;SAF=31;SAR=32;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308329;STB=0.516855;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0136041;OID=.;OPOS=52585570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:49:63:63:0.5625:32:31:26:23:32:31:26:23 chr12 52602013 . C T 3615.9 PASS AF=0.971311;AO=235;DP=244;FAO=237;FDP=244;FR=.;FRO=7;FSAF=115;FSAR=122;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.020307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.068;QD=59.277;RBI=0.038888;REFB=-0.0330607;REVB=0.0331648;RO=6;SAF=113;SAR=122;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246277;STB=0.506574;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.000134024;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:244:244:6:7:235:237:0.971311:122:113:6:0:122:115:5:2 chr12 52627215 . A G 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.617;QD=55.0914;RBI=0.109499;REFB=0;REVB=-0.0868345;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003169;OID=.;OPOS=52627215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr12 52629029 . G A 1181.15 PASS AF=0.474903;AO=123;DP=259;FAO=123;FDP=259;FR=.;FRO=136;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=64;FSRR=72;FWDB=0.0163967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.815;QD=18.2417;RBI=0.0187598;REFB=0.00377127;REVB=-0.00911459;RO=136;SAF=62;SAR=61;SRF=64;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318877;STB=0.517572;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00456995;OID=.;OPOS=52629029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:136:136:123:123:0.474903:61:62:64:72:61:62:64:72 chr12 52631313 . A G 3409.85 PASS AF=0.986957;AO=220;DP=230;FAO=227;FDP=230;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0748797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8149;QD=59.3018;RBI=0.122187;REFB=-0.0926202;REVB=0.0965538;RO=10;SAF=101;SAR=119;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038366;STB=0.505882;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00324967;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:230:230:10:3:220:227:0.986957:119:101:0:10:126:101:0:3 chr12 52639302 . G C 2311.4 PASS AF=0.981013;AO=155;DP=158;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=98;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0569449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.9874;QD=58.5165;RBI=0.0854488;REFB=-0.0484844;REVB=0.0637085;RO=2;SAF=57;SAR=98;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163964;STB=0.506082;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000619967;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:158:158:2:3:155:155:0.981013:98:57:2:0:98:57:2:1 chr12 52649887 . T C 859.91 PASS AF=0.619048;AO=77;DP=126;FAO=78;FDP=126;FR=.;FRO=48;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0124672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.872;QD=27.2987;RBI=0.0159762;REFB=0.000313091;REVB=-0.00999039;RO=46;SAF=45;SAR=32;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104276;STB=0.561334;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.000189444;OID=.;OPOS=52649887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:46:48:77:78:0.619048:32:45:20:26:33:45:20:28 chr12 52661192 . A G 613.01 PASS AF=0.566038;AO=59;DP=105;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=54;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=6;FWDB=-0.049581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8894;QD=23.1325;RBI=0.0595453;REFB=-0.0357513;REVB=-0.0329752;RO=46;SAF=53;SAR=6;SRF=40;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594184;STB=0.534641;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0249768;OID=.;OPOS=52661192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:46:46:59:60:0.566038:6:53:40:6:6:54:40:6 chr12 52661209 . T C 560.48 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=46;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=9;FWDB=0.0165097;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8192;QD=21.7664;RBI=0.0167598;REFB=-0.00494653;REVB=0.00288491;RO=47;SAF=46;SAR=10;SRF=38;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180442;STB=0.509915;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00420181;OID=.;OPOS=52661209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:10:46:38:9:10:46:38:9 chr12 52661302 . C A 901.5 PASS AF=0.955224;AO=67;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00920171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8971;QD=53.8212;RBI=0.112434;REFB=-0.0444775;REVB=0.112057;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.528293;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00329077;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:0:3:67:64:0.955224:28:39:0:0:25:39:0:3 chr12 52681056 . C T 716.12 PASS AF=0.483871;AO=75;DP=155;FAO=75;FDP=155;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.00312997;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.932;QD=18.4804;RBI=0.00331442;REFB=-0.0311938;REVB=0.00109028;RO=78;SAF=29;SAR=46;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835191;STB=0.553516;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0318279;OID=.;OPOS=52681056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:78:80:75:75:0.483871:46:29:37:41:46:29:39:41 chr12 52681080 . G A 800.77 PASS AF=0.527778;AO=76;DP=144;FAO=76;FDP=144;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0192079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.886;QD=22.2436;RBI=0.0226345;REFB=-0.00502698;REVB=-0.0119741;RO=68;SAF=27;SAR=49;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142763;STB=0.578425;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0045539;OID=.;OPOS=52681080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:68:68:76:76:0.527778:49:27:35:33:49:27:35:33 chr12 52681925 . A C 2720.9 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082375;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6224;QD=62.5493;RBI=0.0837754;REFB=0;REVB=-0.0152536;RO=0;SAF=84;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184426;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:174:0:0:174:174:1:90:84:0:0:90:84:0:0 chr12 52685096 . C G 46.73 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0142331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5121;QD=10.3839;RBI=0.014479;REFB=0.00978767;REVB=0.00265691;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160434;STB=0.509776;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0173119;OID=.;OPOS=52685096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:3:8:5:2:3:8 chr12 52708420 . G A 1135.13 PASS AF=0.419795;AO=122;DP=292;FAO=123;FDP=293;FR=.;FRO=170;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=88;FSRR=82;FWDB=-0.0129089;FXX=0.00677943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.219;QD=15.4966;RBI=0.0139465;REFB=-0.00707108;REVB=0.00527894;RO=170;SAF=65;SAR=57;SRF=88;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158514;STB=0.506286;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0102175;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:293:170:170:122:123:0.419795:57:65:88:82:58:65:88:82 chr12 52708565 . A G 516.31 PASS AF=0.422222;AO=53;DP=132;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0063207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.792;QD=15.2979;RBI=0.0193066;REFB=-0.023665;REVB=0.0182426;RO=76;SAF=21;SAR=32;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453349;STB=0.502091;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0327732;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:76:78:53:57:0.422222:32:21:27:49:36:21:29:49 chr12 52709880 . A G 334.27 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0355245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.76;QD=12.8566;RBI=0.035587;REFB=-0.0111037;REVB=0.00210812;RO=64;SAF=11;SAR=29;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323461;STB=0.684829;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0353501;OID=.;OPOS=52709880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:29:11:36:28:29:11:36:28 chr12 52709883 . T C 341.61 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.110279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1106;QD=13.3966;RBI=0.116242;REFB=-0.013794;REVB=-0.036753;RO=60;SAF=11;SAR=29;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29018;STB=0.675374;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0202786;OID=.;OPOS=52709883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:60:62:40:40:0.392157:29:11:32:28:29:11:34:28 chr12 52710309 . G A 1394.68 PASS AF=0.427374;AO=151;DP=357;FAO=153;FDP=358;FR=.;FRO=205;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=86;FSRR=119;FWDB=0.00348676;FXX=0.00278544;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.906;QD=15.583;RBI=0.0110024;REFB=-0.0299025;REVB=-0.0104353;RO=198;SAF=67;SAR=84;SRF=81;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360081;STB=0.510726;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0367983;OID=.;OPOS=52710309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:358:198:205:151:153:0.427374:84:67:81:117:86:67:86:119 chr12 52710715 . G A 1241.1 PASS AF=0.446735;AO=130;DP=290;FAO=130;FDP=291;FR=.;FRO=161;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=84;FSRR=77;FWDB=-0.0164833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7227;QD=17.0599;RBI=0.0174574;REFB=-0.00144992;REVB=-0.00575004;RO=160;SAF=73;SAR=57;SRF=83;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430102;STB=0.522232;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00169737;OID=.;OPOS=52710715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:291:160:161:130:130:0.446735:57:73:83:77:57:73:84:77 chr12 52710721 . G C 1243.38 PASS AF=0.451389;AO=128;DP=287;FAO=130;FDP=288;FR=.;FRO=158;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=83;FSRR=75;FWDB=-0.00647385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.621;QD=17.2691;RBI=0.0113591;REFB=-0.00277083;REVB=-0.0093337;RO=158;SAF=72;SAR=56;SRF=83;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374604;STB=0.515779;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00300207;OID=.;OPOS=52710721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:288:158:158:128:130:0.451389:56:72:83:75:58:72:83:75 chr12 52711549 . G A 540.0 PASS AF=0.406897;AO=59;DP=145;FAO=59;FDP=145;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-4.62057e-07;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.527;QD=14.8964;RBI=0.0155435;REFB=-0.0119293;REVB=0.0155435;RO=83;SAF=23;SAR=36;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147692;STB=0.573441;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0221959;OID=.;OPOS=52711549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:86:59:59:0.406897:36:23:44:39:36:23:44:42 chr12 52753861 . C T 2550.08 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524697;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.19;QD=61.8201;RBI=0.0538176;REFB=0;REVB=0.0535612;RO=0;SAF=61;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32815e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192301;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:104:61:0:0:104:61:0:0 chr12 52774235 . A G 2254.49 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6297;QD=63.5067;RBI=0.00647317;REFB=0;REVB=-0.00300071;RO=0;SAF=59;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24331e-06;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:83:59:0:0:83:59:0:0 chr12 52777502 . A G 1064.26 PASS AF=0.537234;AO=101;DP=188;FAO=101;FDP=188;FR=.;FRO=87;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0100345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.66;QD=22.6438;RBI=0.012768;REFB=-0.00552403;REVB=-0.00789503;RO=87;SAF=44;SAR=57;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207147;STB=0.511318;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00472788;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:87:87:101:101:0.537234:57:44:40:47:57:44:40:47 chr12 52788928 . G A 769.89 PASS AF=0.517483;AO=74;DP=143;FAO=74;FDP=143;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0182872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.661;QD=21.5354;RBI=0.0182911;REFB=0.0230214;REVB=0.000378478;RO=69;SAF=35;SAR=39;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301315;STB=0.516552;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0185801;OID=.;OPOS=52788928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:69:69:74:74:0.517483:39:35:35:34:39:35:35:34 chr12 52789509 . T C 1625.99 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.667;QD=60.2217;RBI=0.0417029;REFB=0;REVB=-0.00542372;RO=0;SAF=37;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79197e-05;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:70:37:0:0:70:38:0:0 chr12 52789597 . A G 1007.98 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000296665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.846;QD=55.2318;RBI=0.00820225;REFB=-0.100047;REVB=-0.00819688;RO=2;SAF=31;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295251;STB=0.509297;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-6.32877e-05;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:73:73:2:3:70:70:0.958904:39:31:2:0:39:31:2:1 chr12 52789605 . T A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.839;QD=58.4196;RBI=0.020799;REFB=0;REVB=-0.0100433;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45624e-05;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr12 52818504 . T G 924.89 PASS AF=0.497297;AO=92;DP=170;FAO=92;FDP=185;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=-0.0143276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.069;QD=19.9975;RBI=0.0213814;REFB=-0.0245083;REVB=-0.0158708;RO=78;SAF=43;SAR=49;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00587285;STB=0.535262;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0308064;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:185:78:93:92:92:0.497297:49:43:37:41:49:43:37:56 chr12 52822258 . A G 359.24 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0176441;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.198;QD=17.1067;RBI=0.0176691;REFB=-0.0264792;REVB=-0.000938949;RO=46;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0286203;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:46:46:38:38:0.452381:19:19:23:23:19:19:23:23 chr12 52824352 . G A 1563.07 PASS AF=0.467236;AO=163;DP=353;FAO=164;FDP=351;FR=.;FRO=187;FSAF=78;FSAR=86;FSRF=92;FSRR=95;FWDB=0.0131761;FXX=0.00566556;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.522;QD=17.8127;RBI=0.0572093;REFB=-0.0107386;REVB=0.0556713;RO=187;SAF=77;SAR=86;SRF=92;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190155;STB=0.508733;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0116207;OID=.;OPOS=52824352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:351:187:187:163:164:0.467236:86:77:92:95:86:78:92:95 chr12 52825363 . G A 247.71 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0252118;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.65;QD=11.3889;RBI=0.0415755;REFB=-0.0119052;REVB=-0.0330588;RO=56;SAF=15;SAR=15;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200967;STB=0.51723;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0216236;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:56:57:30:30:0.344828:15:15:27:29:15:15:27:30 chr12 52827818 . T C 643.42 PASS AF=0.457516;AO=70;DP=153;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=-0.00739993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.396;QD=16.8214;RBI=0.0132171;REFB=-0.0196818;REVB=-0.0109514;RO=82;SAF=24;SAR=46;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245629;STB=0.518225;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0217387;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:82:83:70:70:0.457516:46:24:30:52:46:24:31:52 chr12 52841765 . G A 493.34 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0139618;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.278;QD=15.9142;RBI=0.0143956;REFB=-0.00352507;REVB=0.00350757;RO=70;SAF=19;SAR=35;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224384;STB=0.62571;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00552002;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:70:54:54:0.435484:35:19:40:30:35:19:40:30 chr12 52842736 . T C 153.29 PASS AF=0.219298;AO=25;DP=114;FAO=25;FDP=114;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.0413673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1659;QD=5.37867;RBI=0.0541502;REFB=-0.00196905;REVB=0.0349426;RO=89;SAF=11;SAR=14;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967888;STB=0.559952;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00548899;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:89:89:25:25:0.219298:14:11:46:43:14:11:46:43 chr12 52843779 . T C 233.76 PASS AF=0.187251;AO=36;DP=245;FAO=47;FDP=251;FR=.;FRO=204;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=77;FSRR=127;FWDB=-0.0161623;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.324;QD=3.72524;RBI=0.0161714;REFB=-0.00694611;REVB=-0.000540906;RO=202;SAF=9;SAR=27;SRF=75;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179299;STB=0.522802;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0333718;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:251:202:204:36:47:0.187251:27:9:75:127:28:19:77:127 chr12 52844265 . T C 1246.38 PASS AF=0.431746;AO=136;DP=312;FAO=136;FDP=315;FR=.;FRO=179;FSAF=45;FSAR=91;FSRF=84;FSRR=95;FWDB=0.00772011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.173;QD=15.827;RBI=0.0123179;REFB=-0.0184416;REVB=-0.00959846;RO=176;SAF=45;SAR=91;SRF=81;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140154;STB=0.583756;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0175828;OID=.;OPOS=52844265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:315:176:179:136:136:0.431746:91:45:81:95:91:45:84:95 chr12 52845531 . C T 49.43 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00207328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.91;QD=4.49339;RBI=0.00418163;REFB=-0.0143031;REVB=-0.00363146;RO=35;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193657;STB=0.636048;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0683739;OID=.;OPOS=52845531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:35:36:8:8:0.181818:4:4:23:12:4:4:24:12 chr12 52845801 . T C 648.27 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.0220204;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.268;QD=19.9468;RBI=0.0414927;REFB=-0.00909636;REVB=-0.0351674;RO=64;SAF=29;SAR=36;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109111;STB=0.563088;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00816228;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:65:65:65:0.5:36:29:21:43:36:29:21:44 chr12 52863038 . G A 505.19 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=137;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0049043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.621;QD=14.75;RBI=0.0107287;REFB=-0.012844;REVB=-0.00954221;RO=79;SAF=31;SAR=25;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101829;STB=0.564346;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0144425;OID=.;OPOS=52863038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:79:81:56:56:0.408759:25:31:36:43:25:31:36:45 chr12 52863213 . C T 1230.04 PASS AF=0.440397;AO=133;DP=303;FAO=133;FDP=302;FR=.;FRO=169;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=83;FSRR=86;FWDB=0.0249099;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.574;QD=16.2919;RBI=0.0276841;REFB=-0.00833645;REVB=-0.0120792;RO=169;SAF=63;SAR=70;SRF=83;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176239;STB=0.509775;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0111477;OID=.;OPOS=52863213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:302:169:169:133:133:0.440397:70:63:83:86:70:63:83:86 chr12 52863621 . T G 515.7 PASS AF=0.419118;AO=56;DP=137;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0171463;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.154;QD=15.1676;RBI=0.0186515;REFB=-0.0121365;REVB=-0.00734042;RO=78;SAF=27;SAR=29;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980544;STB=0.55279;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0159137;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:78:79:56:57:0.419118:29:27:45:33:29:28:46:33 chr12 52866060 . C T 1153.45 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.784;QD=60.7079;RBI=0.0193354;REFB=0;REVB=0.0117772;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12845e-06;OID=.;OPOS=52866060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr12 52885316 . A G 539.99 PASS AF=0.275362;AO=76;DP=280;FAO=76;FDP=276;FR=.;FRO=200;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=114;FSRR=86;FWDB=-0.0378052;FXX=0.0142852;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.51;QD=7.82588;RBI=0.054638;REFB=0.00263989;REVB=-0.0394472;RO=203;SAF=53;SAR=23;SRF=114;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180799;STB=0.600617;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00701911;OID=.;OPOS=52885316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:276:203:200:76:76:0.275362:23:53:114:89:23:53:114:86 chr12 52885339 . CC TT 365.55 PASS AF=0.203883;AO=62;DP=307;FAO=63;FDP=309;FR=.;FRO=246;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=135;FSRR=111;FWDB=0.00997103;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=211.786;QD=4.73197;RBI=0.0127411;REFB=-0.00118392;REVB=-0.00793188;RO=245;SAF=40;SAR=22;SRF=135;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125951;STB=0.584745;STBP=0.122;TYPE=mnp;VARB=0.0041997;OID=.;OPOS=52885339;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:309:245:246:62:63:0.203883:22:40:135:110:22:41:135:111 chr12 52885344 . G C 358.42 PASS AF=0.198738;AO=63;DP=318;FAO=63;FDP=317;FR=.;FRO=254;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=139;FSRR=115;FWDB=-0.00980735;FXX=0.00314456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.022;QD=4.52269;RBI=0.0371764;REFB=0.00371786;REVB=-0.0358594;RO=254;SAF=41;SAR=22;SRF=139;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1387;STB=0.586481;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0185493;OID=.;OPOS=52885344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:317:254:254:63:63:0.198738:22:41:139:115:22:41:139:115 chr12 52885350 . T C 358.31 PASS AF=0.198738;AO=63;DP=316;FAO=63;FDP=317;FR=.;FRO=254;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=139;FSRR=115;FWDB=-8.58712e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.751;QD=4.5212;RBI=0.00706054;REFB=-0.000800327;REVB=-0.00706002;RO=252;SAF=41;SAR=22;SRF=137;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143216;STB=0.586481;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00143648;OID=.;OPOS=52885350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:317:252:254:63:63:0.198738:22:41:137:115:22:41:139:115 chr12 52885374 . G C 198.13 PASS AF=0.144201;AO=43;DP=318;FAO=46;FDP=319;FR=.;FRO=273;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=145;FSRR=128;FWDB=-0.0200863;FXX=0.0123835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6889;QD=2.48438;RBI=0.0231092;REFB=-0.0154725;REVB=-0.011427;RO=275;SAF=23;SAR=20;SRF=147;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000433775;STB=0.529431;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0531391;OID=.;OPOS=52885374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:319:275:273:43:46:0.144201:20:23:147:128:20:26:145:128 chr12 52885377 . A G 213.44 PASS AF=0.145511;AO=47;DP=321;FAO=47;FDP=323;FR=.;FRO=276;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=145;FSRR=131;FWDB=-0.0224055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.777;QD=2.64319;RBI=0.0228925;REFB=-0.00261798;REVB=-0.00469683;RO=274;SAF=27;SAR=20;SRF=145;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587462;STB=0.542352;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0166503;OID=.;OPOS=52885377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:323:274:276:47:47:0.145511:20:27:145:129:20:27:145:131 chr12 52885381 . C T 216.6 PASS AF=0.146789;AO=47;DP=326;FAO=48;FDP=327;FR=.;FRO=279;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=149;FSRR=130;FWDB=-0.00559718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.734;QD=2.64951;RBI=0.0100686;REFB=0.00177271;REVB=0.00836952;RO=278;SAF=27;SAR=20;SRF=148;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546224;STB=0.542618;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0111111;OID=.;OPOS=52885381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:327:278:279:47:48:0.146789:20:27:148:130:20:28:149:130 chr12 52886478 . T C 786.18 PASS AF=0.468927;AO=82;DP=177;FAO=83;FDP=177;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.00409315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.853;QD=17.7667;RBI=0.00741672;REFB=-0.0156477;REVB=0.00618497;RO=91;SAF=35;SAR=47;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229665;STB=0.507864;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0133577;OID=.;OPOS=52886478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:91:94:82:83:0.468927:47:35:41:50:48:35:41:53 chr12 52886490 . A G 944.39 PASS AF=0.482051;AO=93;DP=194;FAO=94;FDP=195;FR=.;FRO=101;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.00224312;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.9;QD=19.3721;RBI=0.00437678;REFB=-0.0397975;REVB=-0.00375827;RO=94;SAF=38;SAR=55;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653707;STB=0.522008;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0323804;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:94:101:93:94:0.482051:55:38:45:49:56:38:45:56 chr12 52938364 . T C 1132.47 PASS AF=0.468504;AO=119;DP=254;FAO=119;FDP=254;FR=.;FRO=135;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=70;FSRR=65;FWDB=0.00293262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.9;QD=17.8341;RBI=0.00535344;REFB=-0.00501561;REVB=0.00447873;RO=133;SAF=55;SAR=64;SRF=68;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470544;STB=0.529972;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00496227;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:133:135:119:119:0.468504:64:55:68:65:64:55:70:65 chr12 52938497 . A C 286.95 PASS AF=0.492063;AO=29;DP=61;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00338293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.175;QD=18.2188;RBI=0.0280181;REFB=-0.0326933;REVB=-0.0278131;RO=32;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160289;STB=0.560909;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0317576;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:32:29:31:0.492063:20:9:15:17:20:11:15:17 chr12 52939407 . AGAG A 252.53 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00657397;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=3;MLLD=252.296;QD=26.5825;RBI=0.0117582;REFB=-0.0300369;REVB=-0.0097488;RO=15;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00648386;STB=0.503594;STBP=0.989;TYPE=del;VARB=0.0186073;OID=.;OPOS=52939408;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.605263:23:39:23:38:15:9:14:6:9:99:15:9:14:6:9 chr12 52943144 . G A 567.55 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.0787167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9271;QD=18.762;RBI=0.0799685;REFB=-0.013163;REVB=0.0140939;RO=62;SAF=19;SAR=40;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342629;STB=0.518981;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0142676;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:62:59:59:0.487603:40:19:22:40:40:19:22:40 chr12 52965173 . T G 1806.75 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00294949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.507;QD=60.2251;RBI=0.00296696;REFB=-0.120076;REVB=-0.000321559;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.504761;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000149746;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:67:52:0:0:67:52:1:0 chr12 52965722 . T C 1608.09 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.691;QD=60.1154;RBI=0.059208;REFB=0;REVB=0.0258399;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02745e-05;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:53:52:0:0:53:54:0:0 chr12 52965761 . C T 1970.83 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.901;QD=62.0734;RBI=0.0480951;REFB=0;REVB=0.0360381;RO=0;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30898e-06;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:60:66:0:0:61:66:0:0 chr12 52965782 . T C 1735.04 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0714872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7962;QD=58.8148;RBI=0.107576;REFB=-0.0277243;REVB=-0.0803876;RO=2;SAF=57;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163696;STB=0.508619;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00188258;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:59:57:2:0:59:57:2:0 chr12 52966249 . T A 550.71 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0113081;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7435;QD=16.0792;RBI=0.0791602;REFB=-0.0048946;REVB=0.0783483;RO=77;SAF=28;SAR=31;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123942;STB=0.565281;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00536244;OID=.;OPOS=52966249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:77:78:59:59:0.430657:31:28:46:31:31:28:46:32 chr12 52967117 . C T 248.04 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0518306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.771;QD=18.3731;RBI=0.0519761;REFB=-0.00599329;REVB=0.00388691;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153353;STB=0.573716;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00553103;OID=.;OPOS=52967117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:11:15:11:16:12:15:11:16 chr12 52967436 . G A 2325.6 PASS AF=0.993197;AO=145;DP=149;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142927;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.953;QD=63.2817;RBI=0.0766833;REFB=-0.0852634;REVB=-0.0753396;RO=1;SAF=79;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598201;STB=0.503105;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-3.58536e-06;OID=.;OPOS=52967436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:147:1:1:145:146:0.993197:66:79:1:0:66:80:1:0 chr12 52980761 . C T 234.97 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0137311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7256;QD=15.4079;RBI=0.0160053;REFB=-0.0126355;REVB=-0.00822362;RO=34;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18768;STB=0.606316;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0192115;OID=.;OPOS=52980761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:10:17:15:19:10:17:15:19 chr12 52981627 . A T 511.22 PASS AF=0.458333;AO=56;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00558912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.779;QD=17.0406;RBI=0.0110431;REFB=-0.0135669;REVB=0.00952423;RO=63;SAF=30;SAR=26;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416662;STB=0.528865;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0147459;OID=.;OPOS=52981627;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:65:56:55:0.458333:26:30:31:32:25:30:32:33 chr12 52985293 . A G 1116.77 PASS AF=0.531401;AO=110;DP=205;FAO=110;FDP=207;FR=.;FRO=97;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.0419609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2625;QD=21.5801;RBI=0.0754125;REFB=-0.000795456;REVB=-0.0626604;RO=95;SAF=67;SAR=43;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117163;STB=0.559676;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000337044;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:95:97:110:110:0.531401:43:67:45:50:43:67:47:50 chr12 52986187 . T C 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00209477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.369;QD=17.6719;RBI=0.00393937;REFB=-0.00850504;REVB=0.00333625;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144323;STB=0.580593;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00830189;OID=.;OPOS=52986187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:15:15:11:21:15:15:11:21 chr12 52992812 . T C 614.62 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=-0.028159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8322;QD=15.0826;RBI=0.0283238;REFB=0.00490416;REVB=-0.00305161;RO=94;SAF=44;SAR=25;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111324;STB=0.50623;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00746981;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:94:94:69:69:0.423313:25:44:59:35:25:44:59:35 chr12 52994955 . G A 279.96 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00401014;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.342;QD=14.357;RBI=0.00430669;REFB=-0.00665145;REVB=-0.00157048;RO=45;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865162;STB=0.543273;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0120411;OID=.;OPOS=52994955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:46:32:32:0.410256:19:13:22:23:19:13:22:24 chr12 53011955 . G A 1415.02 PASS AF=0.520599;AO=139;DP=267;FAO=139;FDP=267;FR=.;FRO=128;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=78;FSRR=50;FWDB=0.00119223;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.558;QD=21.1988;RBI=0.00119673;REFB=0.00347322;REVB=-0.000103606;RO=126;SAF=61;SAR=78;SRF=77;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149262;STB=0.581329;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00400438;OID=.;OPOS=53011955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:126:128:139:139:0.520599:78:61:77:49:78:61:78:50 chr12 53045615 . A G 40.04 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.019058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.473;QD=3.20314;RBI=0.0380281;REFB=0.00395768;REVB=-0.0329079;RO=41;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552386;STB=0.864676;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.023634;OID=.;OPOS=53045615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:41:43:7:7:0.14:2:5:9:32:2:5:9:34 chr12 53045626 . T C 136.72 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0231885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.409;QD=10.9373;RBI=0.0433188;REFB=-0.00620556;REVB=-0.0365898;RO=34;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172225;STB=0.601444;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0173179;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:9:7:10:24:9:7:10:24 chr12 53068882 . C T 824.66 PASS AF=0.441176;AO=90;DP=206;FAO=90;FDP=204;FR=.;FRO=114;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=70;FWDB=-0.0280516;FXX=0.00970827;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.434;QD=16.1699;RBI=0.0280553;REFB=-0.0111985;REVB=-0.000453078;RO=112;SAF=48;SAR=42;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148372;STB=0.5818;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0149257;OID=.;OPOS=53068882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:204:112:114:90:90:0.441176:42:48:43:69:42:48:44:70 chr12 53069014 . T C 1029.85 PASS AF=0.570588;AO=97;DP=169;FAO=97;FDP=170;FR=.;FRO=73;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0851412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1099;QD=24.2317;RBI=0.111966;REFB=-0.0272485;REVB=-0.0727142;RO=72;SAF=51;SAR=46;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202211;STB=0.508139;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.01904;OID=.;OPOS=53069014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:72:73:97:97:0.570588:46:51:36:36:46:51:37:36 chr12 53070121 . T G 2338.41 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0242314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0319;QD=62.3575;RBI=0.0529811;REFB=-0.0939666;REVB=-0.0471151;RO=0;SAF=71;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506943;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00479492;OID=.;OPOS=53070121;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:0:2:148:148:0.986667:77:71:0:0:77:71:2:0 chr12 53070145 . G A 872.05 PASS AF=0.5375;AO=86;DP=160;FAO=86;FDP=160;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.00799531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2909;QD=21.8013;RBI=0.0258793;REFB=-0.00476215;REVB=0.0246132;RO=74;SAF=30;SAR=56;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223134;STB=0.622193;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00472558;OID=.;OPOS=53070145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:74:74:86:86:0.5375:56:30:45:29:56:30:45:29 chr12 53085089 . T C 3167.07 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304919;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.358;QD=61.1995;RBI=0.029312;REFB=-0.107611;REVB=0.029153;RO=1;SAF=87;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00401984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561903;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:206:207:1:0:205:207:1:118:87:0:1:119:88:0:0 chr12 53086645 . G A 646.91 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00851463;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.088;QD=19.7531;RBI=0.02383;REFB=-0.0143069;REVB=0.0222569;RO=65;SAF=32;SAR=33;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836105;STB=0.541986;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0156833;OID=.;OPOS=53086645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:65:66:65:65:0.496183:33:32:38:27:33:32:38:28 chr12 53088484 . C T 835.41 PASS AF=0.505952;AO=84;DP=167;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=-0.0183808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7741;QD=19.8907;RBI=0.0217578;REFB=0.00549057;REVB=0.0116425;RO=82;SAF=36;SAR=48;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581191;STB=0.531297;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0057363;OID=.;OPOS=53088484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:82:83:84:85:0.505952:48:36:30:52:48:37:31:52 chr12 53090190 . C T 483.35 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00988045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5648;QD=20.7894;RBI=0.0412469;REFB=0.0107566;REVB=-0.040046;RO=46;SAF=22;SAR=25;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125158;STB=0.569188;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0110156;OID=.;OPOS=53090190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:25:22:28:18:25:22:28:18 chr12 53091566 . C A 930.82 PASS AF=0.484375;AO=93;DP=192;FAO=93;FDP=192;FR=.;FRO=99;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=0.00574866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.144;QD=19.3921;RBI=0.0375566;REFB=-0.0028659;REVB=-0.0371141;RO=97;SAF=41;SAR=52;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408233;STB=0.517643;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00297916;OID=.;OPOS=53091566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:97:99:93:93:0.484375:52:41:47:50:52:41:47:52 chr12 53096913 . G A,C 618.44 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=39,2;DP=41;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=39,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0954077,-0.0389752;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=269.72,18.6174;QD=60.3358;RBI=0.0984682,0.0827317;REFB=0,0;REVB=0.0243591,-0.0729758;RO=0;SAF=1,0;SAR=38,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-9.22206e-06,0.11798;OID=.,.;OPOS=53096913,53096913;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:41:41:0:0:39,2:40,1:0.97561,0.0243902:38,2:1,0:0:0:39,1:1,0:0:0 chr12 53162528 . G A 2093.34 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0328517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.597;QD=61.5687;RBI=0.0720493;REFB=-0.0222497;REVB=0.0641239;RO=1;SAF=51;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922885;STB=0.504854;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000373504;OID=.;OPOS=53162528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:136:1:1:134:135:0.992647:83:51:1:0:84:51:1:0 chr12 53162773 . A G 2322.92 PASS AF=0.993197;AO=145;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0581051;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8426;QD=63.2087;RBI=0.0582331;REFB=-0.0229895;REVB=-0.00385916;RO=1;SAF=81;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583531;STB=0.50303;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0014869;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:145:146:0.993197:64:81:1:0:64:82:1:0 chr12 53165940 . C T 1630.48 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0255277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1822;QD=57.7161;RBI=0.0282853;REFB=-0.0206916;REVB=0.0121816;RO=2;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150661;STB=0.507811;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000563683;OID=.;OPOS=53165940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:2:2:110:111:0.982301:62:48:0:2:63:48:0:2 chr12 53167395 . C T 2268.62 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439555;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6126;QD=60.9027;RBI=0.0442226;REFB=0;REVB=0.00485307;RO=0;SAF=71;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069511;OID=.;OPOS=53167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:77:71:0:0:78:71:0:0 chr12 53185492 . C T 542.52 PASS AF=0.363128;AO=65;DP=179;FAO=65;FDP=179;FR=.;FRO=114;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=0.00501546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8907;QD=12.1234;RBI=0.022532;REFB=-0.0106028;REVB=0.0219667;RO=114;SAF=25;SAR=40;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131522;STB=0.574911;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0161531;OID=.;OPOS=53185492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:114:114:65:65:0.363128:40:25:57:57:40:25:57:57 chr12 53186122 . G A 520.18 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0432339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.85;QD=16.7801;RBI=0.0437077;REFB=-0.0190149;REVB=-0.00641805;RO=68;SAF=24;SAR=32;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142273;STB=0.579282;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0152754;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:32:24:39:29:32:24:39:29 chr12 53204614 . C T 450.49 PASS AF=0.414634;AO=50;DP=125;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0590668;FXX=0.0390594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.627;QD=14.6501;RBI=0.0590738;REFB=-0.00824921;REVB=0.000905792;RO=64;SAF=29;SAR=21;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142869;STB=0.5566;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0126962;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:64:72:50:51:0.414634:21:29:28:36:22:29:34:38 chr12 53217701 . C A 1593.34 PASS AF=0.990826;AO=104;DP=105;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0560564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.284;QD=58.4712;RBI=0.0567166;REFB=-0.1058;REVB=0.00862869;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000175524;OID=.;OPOS=53217701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:109:0:1:104:108:0.990826:56:48:0:0:60:48:1:0 chr12 53227803 . A G 1144.29 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128112;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4486;QD=59.4438;RBI=0.0456367;REFB=-0.0449983;REVB=-0.0438016;RO=1;SAF=11;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00722628;STB=0.503816;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.000203154;OID=.;OPOS=53227803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:65:11:0:1:65:11:0:1 chr12 53242440 . A G 508.55 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.005412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.359;QD=16.6739;RBI=0.0268925;REFB=-0.0328605;REVB=-0.0263423;RO=67;SAF=27;SAR=28;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162973;STB=0.509088;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0429836;OID=.;OPOS=53242440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:67:55:55:0.45082:28:27:34:33:28:27:34:33 chr12 53294381 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00773205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.244;QD=16.4077;RBI=0.00840427;REFB=-0.0216052;REVB=-0.00329349;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105865;STB=0.560726;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.025948;OID=.;OPOS=53294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:13:8:14:15:13:8:14:15 chr12 53343461 . A AC 877.5 PASS AF=1;AO=88;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.1432;QD=34.0775;RBI=0.0570209;REFB=0;REVB=-0.00279915;RO=10;SAF=39;SAR=49;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000776522;OID=.;OPOS=53343462;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:102:103:103:0:51:52:0:0:17:10:39:49:8:2 chr12 53433089 . C A 3245.99 PASS AF=0.99061;AO=211;DP=214;FAO=211;FDP=213;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000117579;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.326;QD=60.9575;RBI=0.0451282;REFB=-0.149476;REVB=0.045128;RO=2;SAF=91;SAR=120;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00787312;STB=0.504132;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00035827;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:214:213:2:2:211:211:0.99061:120:91:0:2:120:91:0:2 chr12 53433486 . C T 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0209454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.75;QD=15.7383;RBI=0.0210994;REFB=-0.0087392;REVB=-0.00254511;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441263;STB=0.524903;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00906419;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:15:14:19:17:15:14:19:17 chr12 53442956 . G C 947.4 PASS AF=0.575949;AO=91;DP=152;FAO=91;FDP=158;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00963623;FXX=0.0186324;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.004;QD=23.9848;RBI=0.0147352;REFB=-0.041604;REVB=0.0111476;RO=59;SAF=36;SAR=55;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120743;STB=0.561211;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0333477;OID=.;OPOS=53442956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:158:59:67:91:91:0.575949:55:36:33:26:55:36:36:31 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 259.68 PASS AF=0.331169;AO=49;DP=145;FAO=51;FDP=154;FR=.;FRO=103;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.0130732;FXX=0.0434756;HRUN=2;LEN=11;MLLD=331.817;QD=6.74489;RBI=0.0138765;REFB=-0.016441;REVB=0.00465285;RO=73;SAF=24;SAR=25;SRF=47;SRR=26;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=-0.163186;STB=0.522684;STBP=0.718;TYPE=del;VARB=0.0295583;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.331169:49:145:51:154:103:26:25:56:47:99:73:24:25:47:26 chr12 53453844 . C T 1739.41 PASS AF=0.553691;AO=165;DP=301;FAO=165;FDP=298;FR=.;FRO=133;FSAF=78;FSAR=87;FSRF=48;FSRR=85;FWDB=0.0287936;FXX=0.00996645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.188;QD=23.3478;RBI=0.0288176;REFB=-0.0418807;REVB=0.00117496;RO=133;SAF=78;SAR=87;SRF=49;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864393;STB=0.550326;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0383312;OID=.;OPOS=53453844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:298:133:133:165:165:0.553691:87:78:49:84:87:78:48:85 chr12 53473083 . A AC 63.06 PASS AF=0.218978;AO=25;DP=145;FAO=30;FDP=137;FR=.;FRO=107;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.0198059;FXX=0.0805315;HRUN=0;LEN=1;MLLD=69.3171;QD=1.8412;RBI=0.0422828;REFB=-0.00521558;REVB=-0.0373572;RO=106;SAF=3;SAR=22;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532498;STB=0.86482;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.142141;OID=.;OPOS=53473084;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.218978:25:145:30:137:107:3:27:54:53:63:106:3:22:53:53 chr12 53495843 . G C 339.93 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0186104;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.984;QD=20.6021;RBI=0.0386024;REFB=-0.00702449;REVB=-0.0338201;RO=28;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183573;STB=0.507844;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0077292;OID=.;OPOS=53495843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:28:31:35:35:0.530303:13:22:17:11:13:22:19:12 chr12 53509339 . GC TT 1893.59 PASS AF=0.551829;AO=163;DP=309;FAO=181;FDP=328;FR=.;FRO=147;FSAF=69;FSAR=112;FSRF=60;FSRR=87;FWDB=0.0149417;FXX=0.00606042;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.751;QD=23.0926;RBI=0.0398669;REFB=-0.0241112;REVB=0.036961;RO=144;SAF=59;SAR=104;SRF=62;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625863;STB=0.512721;STBP=0.618;TYPE=mnp;VARB=0.0159047;OID=.;OPOS=53509339;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:328:144:147:163:181:0.551829:104:59:62:82:112:69:60:87 chr12 53509933 . C T 978.67 PASS AF=0.438819;AO=104;DP=233;FAO=104;FDP=237;FR=.;FRO=133;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=-0.0154707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.073;QD=16.5176;RBI=0.0171604;REFB=-0.0201154;REVB=0.00742528;RO=129;SAF=48;SAR=56;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419143;STB=0.502611;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0229435;OID=.;OPOS=53509933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:237:129:133:104:104:0.438819:56:48:59:70:56:48:62:71 chr12 53563865 . G A 556.11 PASS AF=0.407643;AO=64;DP=156;FAO=64;FDP=157;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0164956;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.271;QD=14.1684;RBI=0.0176299;REFB=-0.0177299;REVB=-0.00622165;RO=92;SAF=28;SAR=36;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202227;STB=0.514903;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.02941;OID=.;OPOS=53563865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:92:93:64:64:0.407643:36:28:42:50:36:28:43:50 chr12 53574366 . C T 1432.99 PASS AF=0.468553;AO=149;DP=318;FAO=149;FDP=318;FR=.;FRO=169;FSAF=92;FSAR=57;FSRF=101;FSRR=68;FWDB=0.0134438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.155;QD=18.025;RBI=0.015754;REFB=-0.0303689;REVB=-0.00821297;RO=164;SAF=92;SAR=57;SRF=101;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160704;STB=0.511087;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0391967;OID=.;OPOS=53574366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:164:169:149:149:0.468553:57:92:101:63:57:92:101:68 chr12 53574631 . A C 345.4 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0021002;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.987;QD=14.098;RBI=0.0155631;REFB=-0.00688231;REVB=-0.0154207;RO=60;SAF=14;SAR=24;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109548;STB=0.562467;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00974104;OID=.;OPOS=53574631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:60:60:38:38:0.387755:24:14:28:32:24:14:28:32 chr12 53604768 . A G 212.44 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00369357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.458;QD=14.4029;RBI=0.00538714;REFB=-0.0129192;REVB=-0.00392158;RO=34;SAF=5;SAR=20;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237676;STB=0.637047;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0149365;OID=.;OPOS=53604768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:20:5:13:21:20:5:13:21 chr12 53647373 . T C 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.789;QD=62.312;RBI=0.0166443;REFB=0;REVB=-0.016367;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55231e-05;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr12 53662624 . C A 1864.86 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283803;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.687;QD=60.1567;RBI=0.0348485;REFB=0.0048044;REVB=0.0202231;RO=1;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785179;STB=0.504064;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=1.09135e-05;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:121:123:0.991935:60:61:0:1:61:62:0:1 chr12 53670545 . C A 3739.97 PASS AF=1;AO=235;DP=238;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019743;FXX=0.0246903;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.3805;QD=63.1218;RBI=0.0304669;REFB=-0.0404243;REVB=0.0232044;RO=1;SAF=109;SAR=126;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376754;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224187;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:237:1:0:235:237:1:126:109:0:1:126:111:0:0 chr12 53681883 . A T 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.58;QD=58.0588;RBI=0.0111081;REFB=0;REVB=0.00653259;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08063e-05;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr12 53682326 . G A 4861.91 PASS AF=0.993865;AO=315;DP=326;FAO=324;FDP=326;FR=.;FRO=2;FSAF=163;FSAR=161;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0431442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.89;QD=59.6554;RBI=0.0723377;REFB=-0.191413;REVB=0.0580631;RO=9;SAF=160;SAR=155;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336211;STB=0.503049;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00513057;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:326:326:9:2:315:324:0.993865:155:160:4:5:161:163:2:0 chr12 53686703 . G A 1062.07 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4662;QD=59.8348;RBI=0.0871751;REFB=0;REVB=0.047376;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708078;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr12 53693532 . AA GC 732.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171902;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196.494;QD=63.709;RBI=0.0193419;REFB=0;REVB=-0.00886593;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000122306;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr12 53700848 . C T 3132.4 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985354;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1577;QD=61.12;RBI=0.0263483;REFB=0.017774;REVB=0.0244364;RO=0;SAF=118;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195287;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:205:205:0:0:204:205:1:86:118:0:0:87:118:0:0 chr12 53700860 . A G 3360.09 PASS AF=1;AO=214;DP=217;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000864923;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.25;QD=62.224;RBI=0.0775794;REFB=0;REVB=0.0775746;RO=0;SAF=121;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59901e-05;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:216:0:0:214:216:1:93:121:0:0:95:121:0:0 chr12 53703021 . G A 943.6 PASS AF=0.931507;AO=67;DP=73;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0168697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7374;QD=51.7039;RBI=0.0490495;REFB=-0.212875;REVB=0.0460573;RO=5;SAF=34;SAR=33;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140689;STB=0.506847;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0142552;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:73:73:5:5:67:68:0.931507:33:34:2:3:34:34:3:2 chr12 53722098 . A G 1588.62 PASS AF=0.981818;AO=107;DP=111;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0143982;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.329;QD=57.7681;RBI=0.0339232;REFB=-0.0647367;REVB=-0.0307161;RO=2;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146002;STB=0.507691;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000293805;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:111:110:2:2:107:108:0.981818:64:43:0:2:64:44:0:2 chr12 53722128 . G A 1271.92 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0705838;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7756;QD=60.5678;RBI=0.087007;REFB=-0.154191;REVB=0.0508737;RO=1;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853463;STB=0.504503;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00253537;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:55:28:0:1:55:28:0:1 chr12 53722219 . G C 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00192615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.572;QD=19.6177;RBI=0.0308204;REFB=-0.00783687;REVB=0.0307601;RO=36;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604904;STB=0.533614;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00509078;OID=.;OPOS=53722219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:16:21:18:18:16:21:18:18 chr12 53837377 . G C 144.73 PASS AF=0.548387;AO=18;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.8337;QD=18.6746;RBI=0.0419142;REFB=-0.0747369;REVB=-0.0419142;RO=12;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.200704;OID=.;OPOS=53837377;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:30:31:12:14:18:17:0.548387:18:0:0:12:17:0:0:14 chr12 53874909 . G A 36.96 PASS AF=0.24;AO=8;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.279952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4742;QD=5.91339;RBI=0.280686;REFB=-0.0740039;REVB=-0.0202915;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098437;STB=0.700985;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.160009;OID=.;OPOS=53874909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:25:17:19:8:6:0.24:5:3:5:12:5:1:7:12 chr12 53928407 . TGG TG,TGT 121.36 PASS AF=0.223776,0.0769231;AO=46,14;DP=147;FAO=32,11;FDP=143;FR=.;FRO=100;FSAF=6,0;FSAR=26,11;FSRF=67;FSRR=33;FWDB=0.0172039,-0.0112279;FXX=0.027209;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.743,170.042;QD=3.39478;RBI=0.119378,0.0762531;REFB=-0.155047,-0.0121149;REVB=-0.118132,-0.0754219;RO=73;SAF=7,0;SAR=39,14;SRF=57;SRR=16;SSEN=0.425926,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.649707,-0.809924;STB=0.842608,0.99928;STBP=0,0;TYPE=del,snp;VARB=0.130382,0.153017;OID=.,.;OPOS=53928408,53928409;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223776,0.0769231:46,14:147:32,11:143:100:6,0:26,11:67:33:52:73:7,0:39,14:57:16 chr12 54067544 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.763;QD=52.6132;RBI=0.0204907;REFB=0;REVB=0.0189135;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461116;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr12 54109659 . C T 1478.23 PASS AF=0.548263;AO=142;DP=261;FAO=142;FDP=259;FR=.;FRO=117;FSAF=80;FSAR=62;FSRF=58;FSRR=59;FWDB=0.107847;FXX=0.00766254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0164;QD=22.8298;RBI=0.130679;REFB=-0.0160617;REVB=0.0737972;RO=117;SAF=80;SAR=62;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565967;STB=0.530814;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0163475;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:259:117:117:142:142:0.548263:62:80:58:59:62:80:58:59 chr12 54109733 . A G 2256.79 PASS AF=0.553806;AO=211;DP=383;FAO=211;FDP=381;FR=.;FRO=170;FSAF=103;FSAR=108;FSRF=95;FSRR=75;FWDB=-0.0101284;FXX=0.0052218;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2313;QD=23.6933;RBI=0.0616115;REFB=-0.00381693;REVB=-0.0607733;RO=170;SAF=103;SAR=108;SRF=95;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580311;STB=0.531501;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00301945;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:381:170:170:211:211:0.553806:108:103:95:75:108:103:95:75 chr12 54110197 . A G 188.74 PASS AF=0.612903;AO=17;DP=29;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0195192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.239;QD=24.3535;RBI=0.0286216;REFB=0.00482392;REVB=0.0209332;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217112;STB=0.510193;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00172677;OID=.;OPOS=54110197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:31:12:12:17:19:0.612903:8:9:6:6:10:9:6:6 chr12 54340077 . G A 2937.51 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.222;QD=63.1722;RBI=0.00641161;REFB=0;REVB=-0.00608777;RO=0;SAF=101;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93024e-05;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:186:0:0:184:186:1:83:101:0:0:85:101:0:0 chr12 54367061 . T G 1840.92 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.599;QD=61.3641;RBI=0.0321664;REFB=0;REVB=0.020725;RO=0;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53548e-05;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:53:67:0:0:53:67:0:0 chr12 54369667 . T TGCCCCACTACTTTAGGGG 232.59 PASS AF=0.289474;AO=27;DP=122;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=1;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=69;FWDB=0.0107905;FXX=0.0578465;HRUN=1;LEN=18;MLLD=440.484;QD=8.16107;RBI=0.0138708;REFB=-0.00560437;REVB=0.0087157;RO=80;SAF=0;SAR=27;SRF=12;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.728166;STB=0.80437;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.0132114;OID=.;OPOS=54369668;OREF=-;OALT=GCCCCACTACTTTAGGGG;OMAPALT=TGCCCCACTACTTTAGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:27:122:33:114:81:1:32:12:69:99:80:0:27:12:68 chr12 54370108 . G T 454.1 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0115942;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.973;QD=17.4656;RBI=0.0193958;REFB=-0.0106689;REVB=-0.015549;RO=55;SAF=32;SAR=17;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090664;STB=0.550545;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0108724;OID=.;OPOS=54370108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:55:55:49:49:0.471154:17:32:31:24:17:32:31:24 chr12 54379670 . C T 706.43 PASS AF=0.435028;AO=77;DP=177;FAO=77;FDP=177;FR=.;FRO=100;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=61;FWDB=0.0120961;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.152;QD=15.9644;RBI=0.0143268;REFB=-0.00792554;REVB=0.00767729;RO=97;SAF=52;SAR=25;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277738;STB=0.66277;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0125961;OID=.;OPOS=54379670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:97:100:77:77:0.435028:25:52:39:58:25:52:39:61 chr12 54496166 . G T 422.94 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0128451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4889;QD=18.3886;RBI=0.0364388;REFB=-0.00273038;REVB=-0.0340997;RO=49;SAF=19;SAR=23;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114388;STB=0.556425;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00308571;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:49:49:42:43:0.467391:23:19:28:21:23:20:28:21 chr12 54496219 . A G 368.59 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0431791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.169;QD=19.3996;RBI=0.0448335;REFB=0.010141;REVB=-0.0120668;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475745;STB=0.526448;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0103298;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:21:17:19:19:21:17:19:19 chr12 54799450 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000590318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.588;QD=63.8707;RBI=0.0248055;REFB=0;REVB=0.0247985;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61674e-05;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr12 54905815 . C G 2134.62 PASS AF=0.992806;AO=136;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0442588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.423;QD=61.4278;RBI=0.0491463;REFB=-0.0867566;REVB=0.0213663;RO=1;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674303;STB=0.503759;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000144479;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:136:138:0.992806:70:66:0:1:72:66:1:0 chr12 54970454 . T C 940.94 PASS AF=0.460829;AO=99;DP=216;FAO=100;FDP=217;FR=.;FRO=117;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=-0.008807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1864;QD=17.3444;RBI=0.0233074;REFB=-0.02507;REVB=-0.0215794;RO=115;SAF=45;SAR=54;SRF=45;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623916;STB=0.531141;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0310237;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:115:117:99:100:0.460829:54:45:45:70:55:45:46:71 chr12 54972992 . T C 1572.4 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00294354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.987;QD=62.8959;RBI=0.0393139;REFB=-0.0114005;REVB=-0.0392035;RO=1;SAF=31;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692557;STB=0.503649;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-2.81154e-05;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:68:31:0:1:68:31:0:1 chr12 54973623 . T C 1669.37 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.498;QD=58.5745;RBI=0.0617219;REFB=0;REVB=0.0596204;RO=3;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227735;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317186;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:114:114:3:0:111:114:1:61:50:0:3:64:50:0:0 chr12 54974803 . C T 1416.95 PASS AF=0.46395;AO=146;DP=318;FAO=148;FDP=319;FR=.;FRO=171;FSAF=83;FSAR=65;FSRF=89;FSRR=82;FWDB=-0.00960558;FXX=0.0031249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.003;QD=17.7674;RBI=0.0108243;REFB=-0.0163173;REVB=-0.0049899;RO=172;SAF=81;SAR=65;SRF=89;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368489;STB=0.521831;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0216456;OID=.;OPOS=54974803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:319:172:171:146:148:0.46395:65:81:89:83:65:83:89:82 chr12 54975837 . T C 5822.41 PASS AF=0.974227;AO=377;DP=388;FAO=378;FDP=388;FR=.;FRO=10;FSAF=164;FSAR=214;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0800589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3975;QD=60.0249;RBI=0.0815616;REFB=-0.198751;REVB=-0.0155843;RO=10;SAF=163;SAR=214;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134066;STB=0.506968;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0047565;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:388:388:10:10:377:378:0.974227:214:163:7:3:214:164:7:3 chr12 55248357 . G T 2735.83 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0552755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.553;QD=61.8267;RBI=0.0627507;REFB=-0.0246433;REVB=0.0297029;RO=1;SAF=101;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469011;STB=0.502463;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000211744;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:1:1:176:176:0.99435:75:101:1:0:75:101:1:0 chr12 55250612 . A G 2352.7 PASS AF=0.987342;AO=156;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-5.68836e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.22;QD=59.562;RBI=0.00256444;REFB=-0.0132257;REVB=0.00256381;RO=2;SAF=81;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116006;STB=0.506097;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=3.35378e-06;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:158:2:2:156:156:0.987342:75:81:2:0:75:81:2:0 chr12 55344024 . G A 2438.87 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2408;QD=61.3551;RBI=0.0652852;REFB=0;REVB=0.0635658;RO=0;SAF=79;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175973;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:80:79:0:0:80:79:0:0 chr12 55344133 . C G 4550.99 PASS AF=0.979798;AO=291;DP=298;FAO=291;FDP=297;FR=.;FRO=6;FSAF=110;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00448298;FXX=0.00335559;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.545;QD=61.2927;RBI=0.0152975;REFB=-0.0378987;REVB=0.0146258;RO=6;SAF=110;SAR=181;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155426;STB=0.508152;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00222665;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:298:297:6:6:291:291:0.979798:181:110:0:6:181:110:0:6 chr12 55355033 . C T 1704.83 PASS AF=0.470588;AO=175;DP=373;FAO=176;FDP=374;FR=.;FRO=198;FSAF=89;FSAR=87;FSRF=95;FSRR=103;FWDB=-0.051226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4899;QD=18.2335;RBI=0.0590867;REFB=-0.00742768;REVB=0.0294471;RO=198;SAF=88;SAR=87;SRF=95;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222221;STB=0.513699;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00833032;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:374:198:198:175:176:0.470588:87:88:95:103:87:89:95:103 chr12 55368245 . G A 2330.77 PASS AF=0.509978;AO=229;DP=450;FAO=230;FDP=451;FR=.;FRO=221;FSAF=113;FSAR=117;FSRF=127;FSRR=94;FWDB=0.0177277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.063;QD=20.672;RBI=0.0182033;REFB=-0.00748271;REVB=-0.00413351;RO=220;SAF=113;SAR=116;SRF=126;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710667;STB=0.540797;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00655953;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:450:451:220:221:229:230:0.509978:116:113:126:94:117:113:127:94 chr12 55688267 . G A 303.62 PASS AF=0.4;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0359149;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.032;QD=14.2879;RBI=0.0359869;REFB=-0.0141925;REVB=-0.00227507;RO=50;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419262;STB=0.517637;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0183819;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:50:51:34:34:0.4:17:17:23:27:17:17:24:27 chr12 55714772 . G A 388.28 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0176341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.241;QD=21.2757;RBI=0.0178332;REFB=-0.00786347;REVB=-0.00265731;RO=34;SAF=10;SAR=29;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233491;STB=0.629856;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0102883;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:29:10:17:17:29:10:17:17 chr12 55714876 . C G 544.12 PASS AF=0.548387;AO=52;DP=95;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0138316;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7631;QD=23.4031;RBI=0.0249354;REFB=-0.00740747;REVB=0.0207475;RO=42;SAF=25;SAR=27;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543799;STB=0.534752;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00874964;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:42:42:52:51:0.548387:27:25:23:19:27:24:23:19 chr12 55715119 . G A 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00468746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.512;QD=14.6052;RBI=0.0115859;REFB=-0.0191104;REVB=0.0105954;RO=49;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350214;STB=0.519844;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0212635;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:19:15:20:29:19:15:20:29 chr12 55794976 . A G 1810.73 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0172185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.252;QD=59.3682;RBI=0.0229942;REFB=0.173177;REVB=0.0152401;RO=2;SAF=63;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000780327;STB=0.500411;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000262083;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:2:2:120:120:0.983607:57:63:1:1:57:63:1:1 chr12 55805647 . A G 1668.89 PASS AF=0.445293;AO=175;DP=391;FAO=175;FDP=393;FR=.;FRO=218;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=100;FSRR=118;FWDB=-0.000546908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.94;QD=16.9861;RBI=0.073965;REFB=-0.00811237;REVB=-0.073963;RO=216;SAF=88;SAR=87;SRF=99;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444656;STB=0.524477;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.011124;OID=.;OPOS=55805647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:393:216:218:175:175:0.445293:87:88:99:117:87:88:100:118 chr12 55806134 . T C 630.16 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.010736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4326;QD=16.3678;RBI=0.0107485;REFB=-0.0126889;REVB=-0.000517921;RO=85;SAF=36;SAR=33;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054551;STB=0.530337;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0252126;OID=.;OPOS=55806134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:85:85:69:69:0.448052:33:36:49:36:33:36:49:36 chr12 55806238 . A G 937.37 PASS AF=0.577922;AO=89;DP=156;FAO=89;FDP=154;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.00244589;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.479;QD=24.3473;RBI=0.0044131;REFB=-0.0216972;REVB=-0.0036733;RO=67;SAF=47;SAR=42;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666784;STB=0.54368;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0137304;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:67:65:89:89:0.577922:42:47:41:26:42:47:41:24 chr12 55806437 . T C 818.28 PASS AF=0.368421;AO=98;DP=265;FAO=98;FDP=266;FR=.;FRO=168;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=80;FSRR=88;FWDB=0.00996942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.17;QD=12.3049;RBI=0.0235249;REFB=-0.00201516;REVB=0.021308;RO=167;SAF=37;SAR=61;SRF=79;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109551;STB=0.564176;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00427612;OID=.;OPOS=55806437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:167:168:98:98:0.368421:61:37:79:88:61:37:80:88 chr12 55807293 . A G 382.55 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00328488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1528;QD=52.7662;RBI=0.0422246;REFB=0.0355638;REVB=-0.0420966;RO=1;SAF=3;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131957;STB=0.571372;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00215765;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:25:3:1:0:25:3:1:0 chr12 55807588 . C T 554.45 PASS AF=0.249249;AO=83;DP=333;FAO=83;FDP=333;FR=.;FRO=250;FSAF=58;FSAR=25;FSRF=172;FSRR=78;FWDB=0.0239532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.166;QD=6.66011;RBI=0.0243255;REFB=-0.00487811;REVB=0.0042399;RO=250;SAF=58;SAR=25;SRF=172;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160062;STB=0.509551;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0134298;OID=.;OPOS=55807588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:250:250:83:83:0.249249:25:58:172:78:25:58:172:78 chr12 55808469 . C G 3482.39 PASS AF=1;AO=222;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472045;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8237;QD=62.1855;RBI=0.0460374;REFB=-0.158379;REVB=-0.0457947;RO=0;SAF=101;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132111;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:224:224:0:0:222:224:1:121:101:0:0:123:101:0:0 chr12 55820121 . C T 643.07 PASS AF=0.52459;AO=63;DP=121;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0789584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0211;QD=21.0844;RBI=0.0792915;REFB=0.022018;REVB=-0.00726094;RO=58;SAF=29;SAR=34;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034686;STB=0.522381;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0266328;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:58:58:63:64:0.52459:34:29:29:29:35:29:29:29 chr12 55863224 . C G 798.87 PASS AF=0.493976;AO=82;DP=166;FAO=82;FDP=166;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0170852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.922;QD=19.2499;RBI=0.0340333;REFB=0.00233097;REVB=-0.029434;RO=83;SAF=39;SAR=43;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606421;STB=0.529978;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00269086;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:83:84:82:82:0.493976:43:39:34:49:43:39:35:49 chr12 55863330 . A T 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0129622;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.316;QD=18.1945;RBI=0.0129797;REFB=-0.0194668;REVB=-0.00067321;RO=34;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137586;STB=0.5789;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0170983;OID=.;OPOS=55863330;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:36:34:34:0.485714:22:12:17:17:22:12:18:18 chr12 55863381 . A G 154.07 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0429904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4792;QD=14.3316;RBI=0.0501881;REFB=-0.0229967;REVB=-0.0258973;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526477;STB=0.530453;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0343399;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:8:18:11:6:8:18 chr12 55886294 . G A 405.42 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0213294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.141;QD=25.3387;RBI=0.0600833;REFB=-0.0201937;REVB=-0.05617;RO=23;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139047;STB=0.556069;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00716376;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:25:39:39:0.609375:18:21:17:6:18:21:17:8 chr12 55886489 . T A 222.28 PASS AF=0.35443;AO=27;DP=76;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0360656;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.8413;QD=11.2546;RBI=0.0758583;REFB=-0.0278188;REVB=0.0667365;RO=49;SAF=16;SAR=11;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930085;STB=0.540117;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0343046;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:49:51:27:28:0.35443:11:16:25:24:12:16:26:25 chr12 55945119 . A G 1514.05 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393926;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.34;QD=57.678;RBI=0.0429673;REFB=0;REVB=0.0171584;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205927;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:99:105:1:57:42:0:0:57:48:0:0 chr12 56089357 . C T 2937.97 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592797;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.756;QD=63.1822;RBI=0.0604061;REFB=0;REVB=0.0116111;RO=0;SAF=77;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06815e-05;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:186:0:0:186:186:1:109:77:0:0:109:77:0:0 chr12 56151291 . T C 357.47 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0136201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.204;QD=49.3068;RBI=0.0252622;REFB=-0.0154346;REVB=0.021276;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320562;STB=0.533309;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000618663;OID=.;OPOS=56151291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:27:27:0.931034:14:13:0:1:14:13:0:2 chr12 56214843 . TAAAAAAAAAAT TAAAAAAAAATA 443.84 PASS AF=1;AO=5;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421497;FXX=0;HRUN=10;LEN=2;MLLD=13.68;QD=38.5952;RBI=0.262933;REFB=-0.00368604;REVB=0.259533;RO=11;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0214356;OID=.;OPOS=56214853;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TAAAAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:47:46:46:0:7:39:0:0:3:11:1:4:0:11 chr12 56236531 . A G 5643.91 PASS AF=1;AO=352;DP=353;FAO=362;FDP=362;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2066;QD=62.3636;RBI=0.0646036;REFB=0;REVB=-0.00907558;RO=1;SAF=159;SAR=193;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00299142;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77709e-05;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:353:362:1:0:352:362:1:193:159:1:0:196:166:0:0 chr12 56295734 . A G 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0048644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.812;QD=56.1849;RBI=0.0456627;REFB=0;REVB=0.0454029;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164588;OID=.;OPOS=56295734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr12 56330572 . G A 3882.3 PASS AF=1;AO=244;DP=246;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01156;FXX=0.00812975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.279;QD=63.6443;RBI=0.038686;REFB=-0.0456373;REVB=0.0369184;RO=1;SAF=95;SAR=149;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00318836;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010649;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:246:244:1:0:244:244:1:149:95:0:1:149:95:0:0 chr12 56335107 . A G 1431.69 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000838845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.87;QD=56.1447;RBI=0.0016806;REFB=-0.036458;REVB=0.00145629;RO=2;SAF=42;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220489;STB=0.50728;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.000916891;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:2:3:99:99:0.970588:57:42:2:0:57:42:2:1 chr12 56348028 . G A 1410.27 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00501298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2599;QD=60.6569;RBI=0.0163124;REFB=-0.126434;REVB=0.0155231;RO=2;SAF=48;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00112295;STB=0.505153;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00104054;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:93:2:1:91:92:0.989247:43:48:1:1:44:48:1:0 chr12 56351346 . G A 455.41 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00521351;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.682;QD=16.4113;RBI=0.0147036;REFB=-0.00529841;REVB=-0.0137483;RO=58;SAF=19;SAR=31;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000705447;STB=0.511337;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00694769;OID=.;OPOS=56351346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:58:61:50:50:0.45045:31:19:22:36:31:19:22:39 chr12 56388479 . A G 50.61 PASS AF=0.0672043;AO=43;DP=381;FAO=25;FDP=372;FR=.,HEALED;FRO=347;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=114;FSRR=233;FWDB=-0.193507;FXX=0.0534338;HRUN=7;LEN=1;MLLD=20.1864;QD=0.544148;RBI=0.194507;REFB=-0.0302616;REVB=-0.0196919;RO=227;SAF=26;SAR=17;SRF=34;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576468;STB=0.55345;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.14902;OID=.;OPOS=56388479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:381:372:227:347:43:25:0.0672043:17:26:34:193:18:7:114:233 chr12 56398454 . G C 1874.34 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6596;QD=60.954;RBI=0.065326;REFB=0;REVB=-0.0469751;RO=1;SAF=53;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000424777;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:1:0:122:123:1:69:53:0:1:70:53:0:0 chr12 56420725 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG 630.47 PASS AF=0.853659,0.0609756;AO=39,5;DP=89;FAO=70,5;FDP=82;FR=.;FRO=7;FSAF=17,5;FSAR=53,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0104234,-0.0439552;FXX=0.03529;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.7298,59.4768;QD=30.7546;RBI=0.0682749,0.0440355;REFB=-0.00533332,-0.028021;REVB=0.0674745,0.00265806;RO=13;SAF=10,5;SAR=29,0;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.156222,0.705031;STB=0.522418,0.997332;STBP=0.284,0.026;TYPE=del,mnp;VARB=0.0634536,-0.153948;OID=.,.;OPOS=56420726,56420730;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.853659,0.0609756:39,5:89:70,5:82:7:17,5:53,0:3:4:16:13:10,5:29,0:7:6 chr12 56435929 . C G 1012.46 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0537382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.07;QD=57.8547;RBI=0.062931;REFB=-0.0963638;REVB=0.0327493;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000993907;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:32:37:0:0:32:37:0:1 chr12 56487701 . C CG 49.69 PASS AF=0.20339;AO=15;DP=61;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.027075;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.5547;QD=3.36857;RBI=0.0307563;REFB=-0.029106;REVB=0.014591;RO=44;SAF=15;SAR=0;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.760513;STB=0.848708;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.162427;OID=.;OPOS=56487702;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.20339:15:61:12:59:47:11:1:28:19:49:44:15:0:25:19 chr12 56494991 . G A 630.6 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.031984;FXX=0.0149243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2191;QD=19.1091;RBI=0.0705488;REFB=-0.0350137;REVB=0.0628821;RO=70;SAF=32;SAR=32;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269457;STB=0.52272;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.04109;OID=.;OPOS=56494991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:70:68:64:64:0.484848:32:32:37:33:32:32:37:31 chr12 56551339 . CA AA,CAAAA,CAAA,C 146.67 PASS AF=0.0204082,0.346939,0,0;AO=2,6,6,7;DP=51;FAO=1,17,0,0;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=0,4,0,0;FSAR=1,13,0,0;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0234674,0.0710983,0.102669,-0.170933;FXX=0.039208;HRUN=1,6,6,6;LEN=1,3,2,1;MLLD=194.983,23.061,18.2079,11.3371;QD=11.9732;RBI=0.0274069,0.0769601,0.113378,0.190817;REFB=0.00455923,0.0112061,0.0202676,-0.0334227;REVB=-0.0141571,0.0294601,0.0481001,-0.0848124;RO=22;SAF=0,1,1,2;SAR=2,5,5,5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0.448276;SSSB=-0.47972,-0.382422,-0.382422,-0.210547;STB=0.988976,0.660812,0.5,0.5;STBP=0.476,0.109,1,1;TYPE=snp,ins,ins,del;VARB=0.00503045,0.0068579,-0.0770993,-0.023751;OID=.,.,.,.;OPOS=56551339,56551340,56551340,56551340;OREF=C,-,-,A;OALT=A,AAA,AA,-;OMAPALT=AA,CAAAA,CAAA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:87:51:49:22:31:2,6,6,7:1,17,0,0:0.0204082,0.346939,0,0:2,5,5,5:0,1,1,2:10:12:1,13,0,0:0,4,0,0:14:17 chr12 56630764 . G A 556.63 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=-0.0244718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.959;QD=22.7195;RBI=0.0246065;REFB=-0.00498026;REVB=-0.00257119;RO=46;SAF=23;SAR=29;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180545;STB=0.598825;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00642461;OID=.;OPOS=56630764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:29:23:11:35:29:23:11:35 chr12 56635080 . G C 263.08 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00853447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.1916;QD=17.5389;RBI=0.028928;REFB=-0.0260373;REVB=-0.0276404;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16063;STB=0.586147;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0188741;OID=.;OPOS=56635080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:28:31:28:29:0.483333:17:11:16:12:17:12:18:13 chr12 56636975 . C G 130.88 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0179275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.799;QD=10.2651;RBI=0.0179706;REFB=-0.0109246;REVB=-0.00124379;RO=35;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557634;STB=0.533292;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0238026;OID=.;OPOS=56636975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:7:9:18:17:7:9:18:17 chr12 56647911 . G C 537.37 PASS AF=0.51;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0373087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7723;QD=21.4947;RBI=0.0388562;REFB=-0.0196547;REVB=0.0108565;RO=48;SAF=31;SAR=20;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413228;STB=0.518557;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0153563;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:48:49:51:51:0.51:20:31:27:21:20:31:28:21 chr12 56649601 . A G 1795.36 PASS AF=0.491848;AO=178;DP=370;FAO=181;FDP=368;FR=.;FRO=187;FSAF=96;FSAR=85;FSRF=98;FSRR=89;FWDB=0.022979;FXX=0.0134045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.579;QD=19.5148;RBI=0.0232635;REFB=-0.0295748;REVB=0.00362735;RO=189;SAF=94;SAR=84;SRF=101;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059305;STB=0.503223;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0302325;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:368:189:187:178:181:0.491848:84:94:101:88:85:96:98:89 chr12 56663299 . GCC GC,G,TAG 1029.38 PASS AF=0.606061,0.141414,0.252525;AO=15,14,16;DP=102;FAO=60,14,25;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55,1,0;FSAR=5,13,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.643019,0.326328,0.128884;FXX=0.0388312;HRUN=3,3,1;LEN=1,2,3;MLLD=13.1572,17.0717,121.687;QD=41.5909;RBI=0.663368,0.33684,0.153457;REFB=0,0,0;REVB=0.163047,0.0834965,0.0832943;RO=42;SAF=15,0,0;SAR=0,14,16;SRF=39;SRR=3;SSEN=0.551402,0.551402,0;SSEP=0.483906,0.483906,0;SSSB=0.700055,-0.873282,-0.876602;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0255081,0.00747185,0.0920857;OID=.,.,.;OPOS=56663300,56663300,56663299;OREF=C,CC,GCC;OALT=-,-,TAG;OMAPALT=GC,G,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:99:102:99:42:0:15,14,16:60,14,25:0.606061,0.141414,0.252525:0,14,16:15,0,0:39:3:5,13,25:55,1,0:0:0 chr12 56679751 . A G 884.86 PASS AF=0.497207;AO=63;DP=175;FAO=89;FDP=179;FR=.;FRO=90;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=-0.0809335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8014;QD=19.7735;RBI=0.0829614;REFB=-0.00694051;REVB=0.0182307;RO=78;SAF=41;SAR=22;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24109;STB=0.547723;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00929423;OID=.;OPOS=56679751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:179:78:90:63:89:0.497207:22:41:32:46:47:42:34:56 chr12 56718422 . T C 377.65 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0241675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.261;QD=12.9109;RBI=0.0292391;REFB=-0.0172862;REVB=-0.0164578;RO=72;SAF=20;SAR=25;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105221;STB=0.559746;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.026257;OID=.;OPOS=56718422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:72:45:45:0.384615:25:20:39:33:25:20:39:33 chr12 56722060 . T G 2112.93 PASS AF=0.978571;AO=135;DP=138;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0524015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.259;QD=60.3694;RBI=0.0889257;REFB=0.0736272;REVB=0.0718461;RO=3;SAF=61;SAR=74;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894844;STB=0.504796;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00057333;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:140:3:3:135:137:0.978571:74:61:2:1:76:61:2:1 chr12 56733531 . G A 851.98 PASS AF=0.5;AO=86;DP=172;FAO=86;FDP=172;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.00569046;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.312;QD=19.8134;RBI=0.0159033;REFB=0.00465136;REVB=-0.0148504;RO=85;SAF=42;SAR=44;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054443;STB=0.505817;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00480422;OID=.;OPOS=56733531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:85:86:86:86:0.5:44:42:41:44:44:42:41:45 chr12 56740682 . C G 586.65 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0406703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.887;QD=23.4661;RBI=0.0406722;REFB=-0.0240839;REVB=-0.000390462;RO=46;SAF=28;SAR=26;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336943;STB=0.518512;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.02065;OID=.;OPOS=56740682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:26:28:22:24:26:28:22:24 chr12 56743367 . T C 873.36 PASS AF=0.468421;AO=89;DP=190;FAO=89;FDP=190;FR=.;FRO=101;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.00947777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.985;QD=18.3866;RBI=0.0150744;REFB=-0.0139365;REVB=-0.0117221;RO=101;SAF=39;SAR=50;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263894;STB=0.514597;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.014332;OID=.;OPOS=56743367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:101:101:89:89:0.468421:50:39:47:54:50:39:47:54 chr12 56815922 . C T 1952.12 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.404;QD=61.9721;RBI=0.0157476;REFB=0;REVB=-0.0152941;RO=0;SAF=48;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1931e-05;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:78:48:0:0:78:48:0:0 chr12 56818922 . C T 388.2 PASS AF=0.418367;AO=37;DP=95;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=43;FWDB=0.0134828;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.362;QD=15.8449;RBI=0.0134941;REFB=-0.0259153;REVB=0.000553622;RO=54;SAF=17;SAR=20;SRF=12;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259091;STB=0.641863;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0403004;OID=.;OPOS=56818922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:54:57:37:41:0.418367:20:17:12:42:21:20:14:43 chr12 56822378 . T A 817.7 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5766;QD=57.3823;RBI=0.0799474;REFB=0;REVB=0.0758334;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819751;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:38:17:0:0:40:17:0:0 chr12 56825311 . C T 1098.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.925;QD=60.1996;RBI=0.0234792;REFB=0;REVB=0.0191236;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87499e-05;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr12 56862886 . T C 1696.86 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560985;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.667;QD=60.0658;RBI=0.0080478;REFB=0;REVB=0.00577033;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113216;OID=.;OPOS=56862886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:110:113:1:66:44:0:0:69:44:0:0 chr12 56956213 . T C 1434.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.379;QD=63.051;RBI=0.0235165;REFB=0;REVB=-0.0231725;RO=0;SAF=59;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61965e-05;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:32:59:0:0:32:59:0:0 chr12 57058295 . TTA T,TAA 49.12 PASS AF=0.235294,0;AO=6,4;DP=57;FAO=12,0;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=8,0;FSAR=4,0;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.161229,-0.113941;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.7743,19.7126;QD=3.85251;RBI=0.239098,0.161789;REFB=-0.0451967,0.00413052;REVB=0.176558,0.114861;RO=39;SAF=4,4;SAR=2,0;SRF=12;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.406654,0.661742;STB=0.785318,0.5;STBP=0.055,1;TYPE=del,snp;VARB=0.17446,0;OID=.,.;OPOS=57058296,57058296;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294,0:6,4:57:12,0:51:39:8,0:4,0:10:29:50:39:4,4:2,0:12:27 chr12 57106660 . A T 940.98 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.174;QD=57.029;RBI=0.0243578;REFB=-0.132352;REVB=-0.0221947;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160078;STB=0.508194;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00102681;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:29:35:0:1:30:35:0:1 chr12 57108203 . A G 1652.64 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0315459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5458;QD=57.4831;RBI=0.0506825;REFB=0.0693012;REVB=-0.0396683;RO=3;SAF=58;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737823;STB=0.503887;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0013086;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:3:3:112:112:0.973913:54:58:2:1:54:58:2:1 chr12 57109792 . A G 1576.32 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482533;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.314;QD=63.6896;RBI=0.0503912;REFB=0;REVB=-0.014522;RO=0;SAF=27;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61219e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100722;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:96:99:1:69:27:0:0:69:30:0:0 chr12 57109931 . A T 301.25 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.264;QD=52.391;RBI=0.0604838;REFB=0;REVB=0.0585631;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225636;OID=.;OPOS=57109931;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:23:0:0:24:23:1:6:18:0:0:4:19:0:0 chr12 57112637 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.636;QD=56.7066;RBI=0.0280331;REFB=0;REVB=0.0238055;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74134e-05;OID=.;OPOS=57112637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr12 57114100 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918663;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.537;QD=59.0186;RBI=0.0100028;REFB=0;REVB=-0.00395759;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2623e-05;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr12 57114307 . A T 923.25 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360747;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.101;QD=58.6188;RBI=0.0388424;REFB=0;REVB=0.0143996;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82973e-05;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:26:36:0:0:27:36:0:0 chr12 57133140 . T G 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3066;QD=64.4081;RBI=0.0548418;REFB=0;REVB=-0.0524337;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000775177;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr12 57137828 . T A 1073.86 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0253795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.97;QD=55.7849;RBI=0.0432485;REFB=-0.150761;REVB=0.0350187;RO=3;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341644;STB=0.518067;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000847211;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:74:74:0.961039:40:34:0:3:40:34:0:3 chr12 57146069 . T G 275.87 PASS AF=0.508475;AO=27;DP=57;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0167687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1275;QD=18.7033;RBI=0.036477;REFB=-0.0143574;REVB=0.0323941;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00117844;STB=0.524555;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0314607;OID=.;OPOS=57146069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:29:29:27:30:0.508475:14:13:14:15:17:13:14:15 chr12 57255195 . T C 1300.45 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.132;QD=61.9262;RBI=0.0357827;REFB=0;REVB=0.0333707;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266464;OID=.;OPOS=57255195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:53:31:0:0:53:31:0:0 chr12 57390038 . T C 1020.37 PASS AF=0.507389;AO=103;DP=202;FAO=103;FDP=203;FR=.;FRO=100;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=59;FSRR=41;FWDB=-0.0360873;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.835;QD=20.1059;RBI=0.0457682;REFB=-0.024672;REVB=-0.0281503;RO=99;SAF=46;SAR=57;SRF=58;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124069;STB=0.570367;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0276039;OID=.;OPOS=57390038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:99:100:103:103:0.507389:57:46:58:41:57:46:59:41 chr12 57395498 . GGACA G 255.91 PASS AF=0.427083;AO=40;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00802421;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=4;MLLD=296.432;QD=10.6631;RBI=0.0218815;REFB=-0.0110088;REVB=0.0203571;RO=53;SAF=20;SAR=20;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028653;STB=0.508643;STBP=0.91;TYPE=del;VARB=0.0131237;OID=.;OPOS=57395499;OREF=GACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.427083:40:96:41:96:55:21:20:29:26:99:53:20:20:28:25 chr12 57395678 . T G 717.26 PASS AF=0.452941;AO=76;DP=169;FAO=77;FDP=170;FR=.;FRO=93;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.0318755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5298;QD=16.8766;RBI=0.0666759;REFB=-0.00125802;REVB=0.058563;RO=90;SAF=41;SAR=35;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377955;STB=0.514677;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00162162;OID=.;OPOS=57395678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:90:93:76:77:0.452941:35:41:52:38:36:41:52:41 chr12 57406444 . T C 1447.27 PASS AF=0.530075;AO=141;DP=266;FAO=141;FDP=266;FR=.;FRO=125;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=57;FSRR=68;FWDB=-0.0110857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.093;QD=21.7635;RBI=0.0254479;REFB=-0.0141227;REVB=-0.0229064;RO=124;SAF=61;SAR=80;SRF=57;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235425;STB=0.511153;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0130937;OID=.;OPOS=57406444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:124:125:141:141:0.530075:80:61:57:67:80:61:57:68 chr12 57407402 . A AC 45.46 PASS AF=0.145161;AO=22;DP=127;FAO=18;FDP=124;FR=.;FRO=106;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=0.0163852;FXX=0.00799936;HRUN=0;LEN=1;MLLD=66.6201;QD=1.46631;RBI=0.0258764;REFB=-0.0102904;REVB=-0.0200279;RO=104;SAF=21;SAR=1;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.625533;STB=0.908752;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.126828;OID=.;OPOS=57407403;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.145161:22:127:18:124:106:17:1:61:45:45:104:21:1:58:46 chr12 57422934 . G A 483.44 PASS AF=0.381579;AO=57;DP=152;FAO=58;FDP=152;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.0341284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.642;QD=12.7221;RBI=0.03512;REFB=-0.0192935;REVB=0.00828687;RO=94;SAF=31;SAR=26;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129288;STB=0.577591;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0323399;OID=.;OPOS=57422934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:94:94:57:58:0.381579:26:31:40:54:26:32:40:54 chr12 57449610 . T G 558.17 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00206937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.252;QD=23.0175;RBI=0.00224487;REFB=-0.00962207;REVB=0.000870147;RO=45;SAF=18;SAR=34;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119937;STB=0.506594;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00786801;OID=.;OPOS=57449610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:34:18:15:30:34:18:15:30 chr12 57449705 . T C 238.74 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0209725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.74;QD=14.0438;RBI=0.0287842;REFB=-0.00325932;REVB=0.019715;RO=40;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225737;STB=0.62801;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00536563;OID=.;OPOS=57449705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:12:16:14:26:12:16:14:26 chr12 57451960 . C CT 184.64 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.109814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.7078;QD=9.00674;RBI=0.222886;REFB=-0.00226476;REVB=-0.193957;RO=50;SAF=24;SAR=10;SRF=38;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708634;STB=0.531897;STBP=0.696;TYPE=ins;VARB=-0.0108746;OID=.;OPOS=57451961;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:34:84:34:82:48:24:10:36:12:99:50:24:10:38:12 chr12 57472502 . G A 1803.62 PASS AF=0.360877;AO=210;DP=591;FAO=214;FDP=593;FR=.;FRO=379;FSAF=76;FSAR=138;FSRF=180;FSRR=199;FWDB=-0.0141535;FXX=0.00336129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.18;QD=12.1661;RBI=0.015359;REFB=0.00134533;REVB=0.00596468;RO=378;SAF=76;SAR=134;SRF=180;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134399;STB=0.57971;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00211391;OID=.;OPOS=57472502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:591:593:378:379:210:214:0.360877:134:76:180:198:138:76:180:199 chr12 57489648 . C T 744.63 PASS AF=0.503448;AO=72;DP=145;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.0110618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3009;QD=20.5414;RBI=0.0672948;REFB=-0.0502497;REVB=-0.0663794;RO=72;SAF=36;SAR=36;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10092;STB=0.558475;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0354116;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:72:72:72:73:0.503448:36:36:44:28:37:36:44:28 chr12 57499258 . C T 882.03 PASS AF=0.454545;AO=89;DP=199;FAO=90;FDP=198;FR=.;FRO=108;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=0.00903681;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.833;QD=17.8188;RBI=0.0119613;REFB=-0.0115981;REVB=0.00783638;RO=107;SAF=36;SAR=53;SRF=44;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00685433;STB=0.509432;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0134598;OID=.;OPOS=57499258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:107:108:89:90:0.454545:53:36:44:63:54:36:45:63 chr12 57500108 . T C 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0139745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.983;QD=18.3355;RBI=0.0154178;REFB=-0.00284548;REVB=-0.00651313;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125038;STB=0.569541;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00347857;OID=.;OPOS=57500108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:16:19:25:12:16:19:25:12 chr12 57548364 . T C 745.99 PASS AF=0.489933;AO=71;DP=148;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0110518;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.232;QD=20.0266;RBI=0.0125164;REFB=-0.00426661;REVB=-0.00587532;RO=77;SAF=45;SAR=26;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619516;STB=0.534563;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00432827;OID=.;OPOS=57548364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:77:76:71:73:0.489933:26:45:44:33:27:46:43:33 chr12 57548466 . C T 681.51 PASS AF=0.467949;AO=72;DP=156;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.00345299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.015;QD=17.4747;RBI=0.0140197;REFB=-0.00837225;REVB=0.0135878;RO=83;SAF=29;SAR=43;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427271;STB=0.519;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0102662;OID=.;OPOS=57548466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:83:83:72:73:0.467949:43:29:37:46:43:30:37:46 chr12 57567762 . C T 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0238348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.491;QD=16.6612;RBI=0.0291644;REFB=-0.0176656;REVB=0.0168067;RO=32;SAF=18;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182992;STB=0.510302;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0216498;OID=.;OPOS=57567762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:10:18:20:12:10:18:20:12 chr12 57584642 . G A 947.16 PASS AF=0.426778;AO=101;DP=239;FAO=102;FDP=239;FR=.;FRO=137;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=74;FSRR=63;FWDB=-0.00493941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.041;QD=15.852;RBI=0.0337821;REFB=-0.0113792;REVB=0.0334191;RO=137;SAF=44;SAR=57;SRF=74;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107984;STB=0.562447;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0172724;OID=.;OPOS=57584642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:137:137:101:102:0.426778:57:44:74:63:58:44:74:63 chr12 57585144 . C T 311.07 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00267036;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.592;QD=17.2818;RBI=0.0222393;REFB=-0.010983;REVB=-0.0220784;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224828;STB=0.503309;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0171576;OID=.;OPOS=57585144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:38:38:33:34:0.472222:14:19:21:17:15:19:21:17 chr12 57587065 . C T 407.56 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.00505597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.078;QD=12.9386;RBI=0.0157406;REFB=-0.0012486;REVB=-0.0149065;RO=70;SAF=19;SAR=29;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356448;STB=0.557668;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00169003;OID=.;OPOS=57587065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:78:48:48:0.380952:29:19:30:40:29:19:38:40 chr12 57588433 . G A 1549.81 PASS AF=0.463557;AO=158;DP=342;FAO=159;FDP=343;FR=.;FRO=184;FSAF=67;FSAR=92;FSRF=101;FSRR=83;FWDB=-0.0108625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.696;QD=18.0736;RBI=0.0122673;REFB=-0.0125584;REVB=0.00570022;RO=183;SAF=67;SAR=91;SRF=101;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12464;STB=0.568624;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0181511;OID=.;OPOS=57588433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:343:183:184:158:159:0.463557:91:67:101:82:92:67:101:83 chr12 57589659 . C T 656.74 PASS AF=0.455782;AO=67;DP=147;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0476858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.193;QD=17.8704;RBI=0.0477668;REFB=-0.0215429;REVB=0.00278141;RO=79;SAF=36;SAR=31;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019277;STB=0.506948;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0214809;OID=.;OPOS=57589659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:79:80:67:67:0.455782:31:36:44:35:31:36:44:36 chr12 57589784 . A C 1453.26 PASS AF=1;AO=83;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7061;QD=62.5059;RBI=0.153647;REFB=0;REVB=-0.0517392;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134032;OID=.;OPOS=57589784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:83:93:1:53:30:0:0:53:40:0:0 chr12 57590797 . C T 2154.49 PASS AF=0.496536;AO=215;DP=434;FAO=215;FDP=433;FR=.;FRO=218;FSAF=101;FSAR=114;FSRF=113;FSRR=105;FWDB=0.0127955;FXX=0.00230409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.365;QD=19.9029;RBI=0.0129141;REFB=-0.0184635;REVB=-0.00174618;RO=218;SAF=101;SAR=114;SRF=113;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446876;STB=0.524474;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0181401;OID=.;OPOS=57590797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:433:218:218:215:215:0.496536:114:101:113:105:114:101:113:105 chr12 57590869 . T C 8067.15 PASS AF=1;AO=500;DP=501;FAO=512;FDP=512;FR=.;FRO=0;FSAF=224;FSAR=288;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.06;QD=63.0246;RBI=0.0285824;REFB=0;REVB=0.0185828;RO=0;SAF=222;SAR=278;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59526e-06;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:501:512:0:0:500:512:1:278:222:0:0:288:224:0:0 chr12 57593101 . G A 495.43 PASS AF=0.385621;AO=59;DP=151;FAO=59;FDP=153;FR=.;FRO=94;FSAF=47;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0945571;FXX=0.0129024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.8864;QD=12.9525;RBI=0.094595;REFB=-0.0205655;REVB=0.00267719;RO=87;SAF=47;SAR=12;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388095;STB=0.732654;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0378616;OID=.;OPOS=57593101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:87:94:59:59:0.385621:12:47:41:46:12:47:43:51 chr12 57593720 . CCG C,CGG 212.13 PASS AF=0.5,0;AO=18,4;DP=56;FAO=23,0;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=4,0;FSAR=19,0;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0786076,-0.0295122;FXX=0.079984;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.1909,14.1187;QD=18.4463;RBI=0.159197,0.0335323;REFB=-0.131669,-0.00576937;REVB=0.138436,0.01592;RO=28;SAF=2,4;SAR=16,0;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.520959,0.613855;STB=0.716767,0.5;STBP=0.009,1;TYPE=del,snp;VARB=0.123757,0;OID=.,.;OPOS=57593721,57593721;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:18,4:56:23,0:46:23:4,0:19,0:12:11:99:28:2,4:16,0:14:14 chr12 57619209 . C G 597.78 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0158737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2435;QD=46.8844;RBI=0.0497993;REFB=-0.169215;REVB=-0.0472017;RO=5;SAF=38;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123773;STB=0.566365;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00806033;OID=.;OPOS=57619209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:51:51:5:5:46:46:0.901961:8:38:2:3:8:38:2:3 chr12 57637593 . G A 973.57 PASS AF=0.513514;AO=95;DP=185;FAO=95;FDP=185;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=74;FSRF=32;FSRR=58;FWDB=0.0143264;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.616;QD=21.0502;RBI=0.0163221;REFB=-0.00585799;REVB=-0.00782084;RO=88;SAF=21;SAR=74;SRF=31;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150703;STB=0.585878;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00532774;OID=.;OPOS=57637593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:88:90:95:95:0.513514:74:21:31:57:74:21:32:58 chr12 57647745 . C G 57.15 PASS AF=0.115702;AO=13;DP=120;FAO=14;FDP=121;FR=.;FRO=107;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=-0.0016565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.92;QD=1.88915;RBI=0.00251367;REFB=0.000419878;REVB=-0.00189064;RO=98;SAF=13;SAR=0;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.703116;STB=0.926853;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0624148;OID=.;OPOS=57647745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:120:121:98:107:13:14:0.115702:0:13:39:59:1:13:48:59 chr12 57649840 . C T 512.47 PASS AF=0.458333;AO=53;DP=118;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00229441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.191;QD=17.0824;RBI=0.0023225;REFB=-0.0107988;REVB=0.000360161;RO=64;SAF=27;SAR=26;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245686;STB=0.51895;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0119379;OID=.;OPOS=57649840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:64:65:53:55:0.458333:26:27:31:33:26:29:32:33 chr12 57848708 . C G 459.14 PASS AF=0.535714;AO=43;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.000917227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1927;QD=21.8637;RBI=0.003199;REFB=-0.00102306;REVB=0.00306469;RO=38;SAF=17;SAR=26;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113198;STB=0.554347;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000947153;OID=.;OPOS=57848708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:39:43:45:0.535714:26:17:20:18:26:19:21:18 chr12 57871555 . A G 390.02 PASS AF=1;AO=22;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2234;QD=55.7165;RBI=0.127118;REFB=0;REVB=0.0146616;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045442;OID=.;OPOS=57871555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:22:28:1:16:6:0:0:20:8:0:0 chr12 57926791 . T G 842.73 PASS AF=0.440191;AO=91;DP=208;FAO=92;FDP=209;FR=.;FRO=117;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=68;FWDB=-0.0148596;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.286;QD=16.1289;RBI=0.0223642;REFB=-0.00719582;REVB=-0.0167137;RO=116;SAF=48;SAR=43;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122806;STB=0.563438;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00804687;OID=.;OPOS=57926791;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:116:117:91:92:0.440191:43:48:47:69:43:49:49:68 chr12 57958313 . A G 626.44 PASS AF=0.458333;AO=61;DP=139;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.00258914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.367;QD=17.401;RBI=0.00867421;REFB=-0.0241314;REVB=0.00827878;RO=78;SAF=28;SAR=33;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627209;STB=0.539462;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0320718;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:144:78:78:61:66:0.458333:33:28:31:47:35:31:31:47 chr12 57985204 . C T 1028.46 PASS AF=0.495283;AO=105;DP=212;FAO=105;FDP=212;FR=.;FRO=107;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=-0.0068026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.52;QD=19.4049;RBI=0.0105671;REFB=-0.025733;REVB=-0.00808625;RO=107;SAF=47;SAR=58;SRF=45;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251969;STB=0.513846;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0248519;OID=.;OPOS=57985204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:107:107:105:105:0.495283:58:47:45:62:58:47:45:62 chr12 57989679 . T C 45.43 PASS AF=0.0824742;AO=10;DP=97;FAO=8;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=64;FWDB=-0.0275472;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0224;QD=1.87341;RBI=0.0461061;REFB=-0.00357386;REVB=-0.0369719;RO=70;SAF=9;SAR=1;SRF=18;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.678732;STB=0.941313;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.138365;OID=.;OPOS=57989679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:97:97:70:85:10:8:0.0824742:1:9:18:52:1:7:21:64 chr12 57994743 . T G 3482.04 PASS AF=0.99115;AO=223;DP=226;FAO=224;FDP=226;FR=.;FRO=2;FSAF=112;FSAR=112;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0301534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4167;QD=61.629;RBI=0.0517641;REFB=-0.00761926;REVB=-0.0420748;RO=2;SAF=111;SAR=112;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00850719;STB=0.504424;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000113828;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:226:226:2:2:223:224:0.99115:112:111:2:0:112:112:2:0 chr12 57995089 . T C 1151.67 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.485;QD=60.6142;RBI=0.0346138;REFB=0;REVB=0.03177;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36696e-05;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:45:30:0:0:45:31:0:0 chr12 58002599 . C T 461.38 PASS AF=0.523256;AO=44;DP=85;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00189596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.76;QD=21.4594;RBI=0.124551;REFB=-0.0251412;REVB=0.124537;RO=41;SAF=26;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912102;STB=0.543345;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0182266;OID=.;OPOS=58002599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:41:41:44:45:0.523256:18:26:20:21:19:26:20:21 chr12 58010132 . G A 837.21 PASS AF=0.457895;AO=87;DP=192;FAO=87;FDP=190;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.0298447;FXX=0.0104161;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4676;QD=17.6255;RBI=0.0411523;REFB=-0.0423202;REVB=0.0283338;RO=105;SAF=37;SAR=50;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790261;STB=0.538283;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0475686;OID=.;OPOS=58010132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:105:103:87:87:0.457895:50:37:53:52:50:37:51:52 chr12 58010163 . A G 833.57 PASS AF=0.441624;AO=87;DP=196;FAO=87;FDP=197;FR=.;FRO=110;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=-0.0191511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.951;QD=16.9252;RBI=0.0232;REFB=-0.0187179;REVB=-0.0130949;RO=108;SAF=33;SAR=54;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03909;STB=0.522789;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0225489;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:108:110:87:87:0.441624:54:33:45:63:54:33:46:64 chr12 58015494 . G A 1102.39 PASS AF=0.476596;AO=112;DP=236;FAO=112;FDP=235;FR=.;FRO=123;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=0.0308108;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6596;QD=18.7641;RBI=0.030811;REFB=-0.0246486;REVB=-0.000117086;RO=123;SAF=63;SAR=49;SRF=69;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00146978;STB=0.50081;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0235697;OID=.;OPOS=58015494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:123:123:112:112:0.476596:49:63:69:54:49:63:69:54 chr12 58017701 . T G 492.67 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00852822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.695;QD=18.5914;RBI=0.00953748;REFB=-0.0284296;REVB=0.00427002;RO=53;SAF=17;SAR=35;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511281;STB=0.524707;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.021396;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:54:52:52:0.490566:35:17:20:33:35:17:20:34 chr12 58019472 . T G 1343.02 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0450777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3266;QD=61.0464;RBI=0.112813;REFB=0.0731811;REVB=-0.103415;RO=1;SAF=33;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014141;STB=0.507461;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0122384;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:54:33:1:0:54:33:1:0 chr12 58026001 . G A 406.94 PASS AF=0.488372;AO=41;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00539868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0065;QD=18.9273;RBI=0.00543181;REFB=-0.033667;REVB=-0.000598949;RO=44;SAF=15;SAR=26;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149786;STB=0.587586;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0400566;OID=.;OPOS=58026001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:41:42:0.488372:26:15:23:21:27:15:23:21 chr12 58112189 . A G 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0125079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.32;QD=16.35;RBI=0.0177169;REFB=-0.0172193;REVB=-0.0125475;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110996;STB=0.562463;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0189382;OID=.;OPOS=58112189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:20:14:22:20:20:14:22:20 chr12 58152948 . C T 1066.55 PASS AF=0.405498;AO=118;DP=291;FAO=118;FDP=291;FR=.;FRO=173;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=83;FSRR=90;FWDB=-0.0232288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.028;QD=14.6605;RBI=0.0266925;REFB=-0.0225954;REVB=-0.0131496;RO=173;SAF=60;SAR=58;SRF=83;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304931;STB=0.517058;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0346957;OID=.;OPOS=58152948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:173:173:118:118:0.405498:58:60:83:90:58:60:83:90 chr12 58174306 . T C 514.24 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0101013;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.744;QD=21.6522;RBI=0.0101177;REFB=-0.00966828;REVB=-0.000576415;RO=45;SAF=21;SAR=28;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453411;STB=0.5294;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00734796;OID=.;OPOS=58174306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:45:46:49:49:0.515789:28:21:17:28:28:21:17:29 chr12 58176614 . T C 451.68 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0167668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6371;QD=16.1314;RBI=0.0306089;REFB=0.0254126;REVB=-0.0256081;RO=62;SAF=15;SAR=35;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227729;STB=0.627809;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0313968;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:35:15:32:30:35:15:32:30 chr12 58177437 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0824919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6691;QD=8.81095;RBI=0.0853114;REFB=0.0235609;REVB=-0.0217513;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730921;STB=0.545308;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0378372;OID=.;OPOS=58177437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:3:8:4:2:3:8 chr12 58204283 . T C 2253.63 PASS AF=0.979592;AO=143;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0688154;FXX=0.0067563;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.0324;QD=61.3233;RBI=0.0688168;REFB=-0.198792;REVB=-0.00043772;RO=1;SAF=70;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646973;STB=0.509932;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00115398;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:147:147:1:3:143:144:0.979592:73:70:0:1:74:70:0:3 chr12 58217206 . A C 52.15 PASS AF=0.0837438;AO=17;DP=203;FAO=17;FDP=203;FR=.;FRO=186;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=91;FSRR=95;FWDB=-0.0213395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.165;QD=1.02765;RBI=0.0221239;REFB=-0.000448919;REVB=-0.00583884;RO=184;SAF=1;SAR=16;SRF=89;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523105;STB=0.929334;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0036012;OID=.;OPOS=58217206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:203:203:184:186:17:17:0.0837438:16:1:89:95:16:1:91:95 chr12 58217221 . G A 41.94 PASS AF=0.0753769;AO=15;DP=200;FAO=15;FDP=199;FR=.;FRO=184;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=85;FSRR=99;FWDB=0.00977413;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8357;QD=0.843098;RBI=0.0127368;REFB=0.00202957;REVB=0.00816658;RO=166;SAF=2;SAR=13;SRF=81;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422893;STB=0.834203;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0251399;OID=.;OPOS=58217221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:200:199:166:184:15:15:0.0753769:13:2:81:85:13:2:85:99 chr12 58217228 . C G 36.88 PASS AF=0.0707071;AO=14;DP=199;FAO=14;FDP=198;FR=.;FRO=184;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=86;FSRR=98;FWDB=-0.0109444;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.124;QD=0.745132;RBI=0.019853;REFB=-0.00516321;REVB=-0.0165639;RO=182;SAF=2;SAR=12;SRF=85;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374887;STB=0.827085;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0755948;OID=.;OPOS=58217228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:199:198:182:184:14:14:0.0707071:12:2:85:97:12:2:86:98 chr12 58220809 . G C 62.6 PASS AF=0.116279;AO=15;DP=130;FAO=15;FDP=129;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=-0.0518706;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.86;QD=1.94112;RBI=0.0575156;REFB=-0.00220325;REVB=-0.0248493;RO=114;SAF=7;SAR=8;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00861145;STB=0.506216;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0188179;OID=.;OPOS=58220809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:130:129:114:114:15:15:0.116279:8:7:54:60:8:7:54:60 chr12 58220816 . A G 80.03 PASS AF=0.12766;AO=18;DP=141;FAO=18;FDP=141;FR=.;FRO=123;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=66;FWDB=-0.0222429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.375;QD=2.27022;RBI=0.026992;REFB=0.000473705;REVB=0.0152912;RO=123;SAF=10;SAR=8;SRF=57;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114343;STB=0.579849;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00163895;OID=.;OPOS=58220816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:141:141:123:123:18:18:0.12766:8:10:57:66:8:10:57:66 chr12 58220823 . C T 112.1 PASS AF=0.156028;AO=22;DP=141;FAO=22;FDP=141;FR=.;FRO=119;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=65;FWDB=0.0105783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.124;QD=3.18004;RBI=0.022002;REFB=0.00209312;REVB=0.0192921;RO=119;SAF=14;SAR=8;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230392;STB=0.652481;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.012892;OID=.;OPOS=58220823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:119:119:22:22:0.156028:8:14:54:65:8:14:54:65 chr12 58220841 . C T 114.79 PASS AF=0.164179;AO=22;DP=134;FAO=22;FDP=134;FR=.;FRO=112;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=-0.0142522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.661;QD=3.42665;RBI=0.0254113;REFB=-0.00596321;REVB=-0.0210383;RO=111;SAF=14;SAR=8;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202482;STB=0.63624;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0184322;OID=.;OPOS=58220841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:111:112:22:22:0.164179:8:14:53:58:8:14:53:59 chr12 58220844 . C T 105.13 PASS AF=0.153285;AO=21;DP=137;FAO=21;FDP=137;FR=.;FRO=116;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=0.000630246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.635;QD=3.06937;RBI=0.0453429;REFB=-0.00165521;REVB=0.0453385;RO=116;SAF=14;SAR=7;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254623;STB=0.669742;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0110495;OID=.;OPOS=58220844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:116:116:21:21:0.153285:7:14:54:62:7:14:54:62 chr12 58220872 . C T 71.13 PASS AF=0.135135;AO=15;DP=110;FAO=15;FDP=111;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0277347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2871;QD=2.56319;RBI=0.0283238;REFB=-0.000109164;REVB=-0.00574657;RO=95;SAF=10;SAR=5;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191447;STB=0.629453;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000164656;OID=.;OPOS=58220872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:110:111:95:96:15:15:0.135135:5:10:49:46:5:10:50:46 chr12 58345606 . T C 689.92 PASS AF=0.417582;AO=76;DP=182;FAO=76;FDP=182;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=-0.0149188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.507;QD=15.163;RBI=0.0557525;REFB=-0.00817552;REVB=-0.0537194;RO=106;SAF=32;SAR=44;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633434;STB=0.535474;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.010452;OID=.;OPOS=58345606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:106:106:76:76:0.417582:44:32:51:55:44:32:51:55 chr12 58350631 . C T 615.31 PASS AF=0.425926;AO=68;DP=161;FAO=69;FDP=162;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0287389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8037;QD=15.1929;RBI=0.0336603;REFB=0.000873747;REVB=-0.017524;RO=93;SAF=36;SAR=32;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580667;STB=0.527889;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00152555;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:93:93:68:69:0.425926:32:36:44:49:33:36:44:49 chr12 59197107 . G A 601.42 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0075292;FXX=0.0387567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.101;QD=19.4007;RBI=0.0145383;REFB=-0.00724314;REVB=-0.0124367;RO=57;SAF=19;SAR=42;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395771;STB=0.539897;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00791313;OID=.;OPOS=59197107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:124:57:63:61:61:0.491935:42:19:20:37:42:19:24:39 chr12 60735645 . A G 666.0 PASS AF=0.485507;AO=66;DP=137;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0261814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.537;QD=19.3044;RBI=0.0304038;REFB=-0.0226016;REVB=0.0154573;RO=70;SAF=26;SAR=40;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074128;STB=0.532613;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0227599;OID=.;OPOS=60735645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:70:71:66:67:0.485507:40:26:33:37:40:27:33:38 chr12 62104219 . A C 324.89 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0963937;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8668;QD=16.8774;RBI=0.114966;REFB=0.00905486;REVB=0.062653;RO=42;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138815;STB=0.507791;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00815344;OID=.;OPOS=62104219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:18:17:21:21:18:17:21:21 chr12 62114671 . T C 803.69 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0497223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7401;QD=55.4268;RBI=0.0532132;REFB=-0.075576;REVB=0.0189561;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000820757;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:35:22:0:0:35:22:1:0 chr12 62778065 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6817;QD=58.4188;RBI=0.0172691;REFB=0;REVB=-0.0163729;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81767e-05;OID=.;OPOS=62778065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr12 62810961 . AG A,AA 2536.77 PASS AF=0.976331,0.0177515;AO=60,97;DP=158;FAO=165,3;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=66,0;FSAR=99,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142686,-0.01438;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=289.135,287.578;QD=60.0419;RBI=0.0147824,0.0173847;REFB=0.000525129,-0.00167211;REVB=-0.00386363,-0.00976963;RO=1;SAF=27,35;SAR=33,62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0171579,-0.0133567;STB=0.503759,0.994936;STBP=0.294,0.121;TYPE=del,snp;VARB=-0.00502536,0.013662;OID=.,.;OPOS=62810962,62810962;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.976331,0.0177515:60,97:158:165,3:169:1:66,0:99,3:1:0:19:1:27,35:33,62:1:0 chr12 62894636 . T A 1455.14 PASS AF=0.486667;AO=131;DP=285;FAO=146;FDP=300;FR=.;FRO=154;FSAF=74;FSAR=72;FSRF=65;FSRR=89;FWDB=0.0291368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.471;QD=19.4019;RBI=0.0334034;REFB=-0.029992;REVB=0.0163351;RO=145;SAF=61;SAR=70;SRF=60;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498946;STB=0.543466;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.02702;OID=.;OPOS=62894636;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:300:145:154:131:146:0.486667:70:61:60:85:72:74:65:89 chr12 62926398 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0317734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.747;QD=16.9414;RBI=0.0318282;REFB=0.00102444;REVB=-0.00186738;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117757;STB=0.550968;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00224393;OID=.;OPOS=62926398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:11:8:7:16:11:8:8:16 chr12 62928633 . G A 723.13 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=124;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0111062;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.955;QD=23.5165;RBI=0.01176;REFB=-0.0173479;REVB=0.00386632;RO=54;SAF=35;SAR=34;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653066;STB=0.535662;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.01562;OID=.;OPOS=62928633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:54:54:69:69:0.560976:34:35:23:31:34:35:23:31 chr12 62986620 . G A 865.26 PASS AF=0.5;AO=83;DP=172;FAO=88;FDP=176;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.0376617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.916;QD=19.6651;RBI=0.0386776;REFB=-0.0210433;REVB=-0.00880662;RO=88;SAF=23;SAR=60;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119196;STB=0.538186;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0258881;OID=.;OPOS=62986620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:176:88:88:83:88:0.5:60:23:34:54:60:28:34:54 chr12 62990871 . C A 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0107367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.38;QD=12.3035;RBI=0.0204126;REFB=-0.00929714;REVB=-0.0173608;RO=43;SAF=8;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231314;STB=0.633696;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0152528;OID=.;OPOS=62990871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:18:8:22:21:18:8:22:21 chr12 63083521 . G A 507.22 PASS AF=0.374233;AO=61;DP=163;FAO=61;FDP=163;FR=.;FRO=102;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.0120112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.569;QD=12.4472;RBI=0.0122281;REFB=-0.000851275;REVB=-0.00229258;RO=102;SAF=20;SAR=41;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176931;STB=0.60073;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00122038;OID=.;OPOS=63083521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:102:102:61:61:0.374233:41:20:49:53:41:20:49:53 chr12 63359168 . G A 3920.7 PASS AF=0.988417;AO=251;DP=260;FAO=256;FDP=259;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=152;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00815109;FXX=0.00384601;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.024;QD=60.5514;RBI=0.0238864;REFB=-0.0067919;REVB=0.0224526;RO=2;SAF=104;SAR=147;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090775;STB=0.503122;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.000108896;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:260:259:2:3:251:256:0.988417:147:104:2:0:152:104:2:1 chr12 63359409 . C A 1302.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.782;QD=62.0051;RBI=0.0981154;REFB=0;REVB=-0.0913034;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145391;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr12 64062023 . A C 764.77 PASS AF=0.503401;AO=74;DP=147;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=-0.0276922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.495;QD=20.81;RBI=0.027976;REFB=-0.0121176;REVB=0.00397518;RO=70;SAF=23;SAR=51;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0035803;STB=0.51809;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.012246;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:70:73:74:74:0.503401:51:23:22:48:51:23:25:48 chr12 64062052 . G A 687.7 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.0115179;FXX=0.012738;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.647;QD=17.747;RBI=0.0115394;REFB=0.00347815;REVB=0.000703952;RO=82;SAF=28;SAR=45;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311091;STB=0.517237;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.004737;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:82:82:73:73:0.470968:45:28:34:48:45:28:34:48 chr12 64062065 . T C 814.13 PASS AF=0.5;AO=83;DP=165;FAO=83;FDP=166;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0146099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.196;QD=19.6175;RBI=0.014773;REFB=-0.017965;REVB=-0.00218887;RO=82;SAF=35;SAR=48;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272134;STB=0.518415;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0146098;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:82:83:83:83:0.5:48:35:37:45:48:35:38:45 chr12 64472803 . A T 2439.8 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7147;QD=60.6162;RBI=0.033655;REFB=-0.0168938;REVB=-0.0172669;RO=0;SAF=82;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2997e-08;STB=0.50303;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000156468;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:0:1:160:160:0.993789:78:82:0:0:78:82:1:0 chr12 64519806 . T C 3133.74 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.404;QD=63.9538;RBI=0.0133969;REFB=0;REVB=-0.0133556;RO=0;SAF=103;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24199e-06;OID=.;OPOS=64519806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:93:103:0:0:93:103:0:0 chr12 64587633 . C A 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00337436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.725;QD=60.2412;RBI=0.00651986;REFB=-0.0058898;REVB=-0.00557873;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106419;STB=0.505617;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000112382;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:44:38:0:1:44:38:0:1 chr12 64609562 . C T 1643.67 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.013;QD=59.2313;RBI=0.037415;REFB=-0.139053;REVB=0.00776153;RO=0;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56602e-08;STB=0.504064;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000340159;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:109:110:0.990991:60:49:0:0:61:49:0:1 chr12 64669090 . C A 4855.73 PASS AF=1;AO=312;DP=314;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443709;FXX=0.00636922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3174;QD=62.253;RBI=0.0941711;REFB=0.00932364;REVB=-0.0830627;RO=2;SAF=151;SAR=161;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627525;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338821;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:314:312:2:0:312:312:1:161:151:2:0:161:151:0:0 chr12 64712511 . A G 1606.92 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.985;QD=60.0717;RBI=0.0294824;REFB=0;REVB=0.00755686;RO=0;SAF=65;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65854e-05;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:42:65:0:0:42:65:0:0 chr12 64803798 . A C 363.18 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0190563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.321;QD=18.1589;RBI=0.0237387;REFB=-0.0039407;REVB=0.0141557;RO=42;SAF=23;SAR=15;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166897;STB=0.593205;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0074493;OID=.;OPOS=64803798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:15:23:18:24:15:23:18:24 chr12 65108160 . G C 342.15 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00401823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.079;QD=12.9112;RBI=0.0211121;REFB=-0.00725235;REVB=-0.0207262;RO=65;SAF=19;SAR=22;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187466;STB=0.510653;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0127016;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:65:41:41:0.386792:22:19:29:36:22:19:29:36 chr12 65146532 . C T 619.59 PASS AF=0.405714;AO=69;DP=174;FAO=71;FDP=175;FR=.;FRO=104;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=-0.0387184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1501;QD=14.1621;RBI=0.0501627;REFB=-0.022181;REVB=-0.0318934;RO=104;SAF=31;SAR=38;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125617;STB=0.560689;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0199325;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:104:104:69:71:0.405714:38:31:59:45:38:33:59:45 chr12 65150485 . C T 393.88 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0306717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8421;QD=14.8635;RBI=0.0585011;REFB=-0.018019;REVB=0.0498159;RO=59;SAF=17;SAR=28;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233805;STB=0.622168;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0297086;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:61:45:45:0.424528:28:17:36:23:28:17:36:25 chr12 65154730 . C G 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00515198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8723;QD=15.1033;RBI=0.0121167;REFB=0.0249032;REVB=-0.0109668;RO=45;SAF=11;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166576;STB=0.594536;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.033586;OID=.;OPOS=65154730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:22:11:22:23:22:11:22:23 chr12 65332874 . G A 119.14 PASS AF=0.348837;AO=12;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0129149;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.72;QD=11.0831;RBI=0.0191416;REFB=-0.00996402;REVB=0.0141283;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378991;STB=0.759426;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0167766;OID=.;OPOS=65332874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:28:12:15:0.348837:3:9:9:13:4:11:9:19 chr12 65448986 . G A 564.53 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00707614;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9692;QD=21.104;RBI=0.0103589;REFB=-0.0255426;REVB=-0.00756541;RO=50;SAF=27;SAR=30;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630783;STB=0.534641;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0208498;OID=.;OPOS=65448986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:50:50:57:57:0.53271:30:27:20:30:30:27:20:30 chr12 65514266 . T C 1860.96 PASS AF=0.954198;AO=125;DP=131;FAO=125;FDP=131;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0239623;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5707;QD=56.8231;RBI=0.0684298;REFB=-0.132258;REVB=0.0640972;RO=4;SAF=56;SAR=69;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179364;STB=0.502406;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00412521;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:131:131:4:6:125:125:0.954198:69:56:3:1:69:56:3:3 chr12 65563754 . C T 862.49 PASS AF=0.609375;AO=78;DP=128;FAO=78;FDP=128;FR=.;FRO=50;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00025362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.48;QD=26.9527;RBI=0.00130823;REFB=-0.0218973;REVB=0.00128341;RO=50;SAF=44;SAR=34;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175983;STB=0.509546;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0186029;OID=.;OPOS=65563754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:50:50:78:78:0.609375:34:44:27:23:34:44:27:23 chr12 65857555 . T A 453.44 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0182283;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.577;QD=16.3402;RBI=0.0351727;REFB=-0.0246673;REVB=-0.0300807;RO=59;SAF=24;SAR=26;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027647;STB=0.506491;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0220527;OID=.;OPOS=65857555;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:61:50:50:0.45045:26:24:30:29:26:24:30:31 chr12 66358347 . C T 1480.21 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0231511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6135;QD=58.6222;RBI=0.0385437;REFB=0.0116876;REVB=-0.0308163;RO=1;SAF=43;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109042;STB=0.505746;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00030579;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:57:43:1:0:57:43:1:0 chr12 66359752 . C A 1606.01 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000363193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.387;QD=60.0378;RBI=0.0139743;REFB=0;REVB=0.0139696;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08256e-05;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:54:52:0:0:54:53:0:0 chr12 66532493 . A G 1447.55 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0586822;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.893;QD=57.3288;RBI=0.0808343;REFB=-0.190768;REVB=0.055593;RO=2;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197546;STB=0.510415;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000941045;OID=.;OPOS=66532493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:101:2:2:99:99:0.980198:47:52:0:2:47:52:0:2 chr12 66546100 . A G 919.61 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.124;QD=58.3878;RBI=0.00390259;REFB=0;REVB=-0.00363279;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2552e-06;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr12 66563102 . A G 248.19 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0508724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.579;QD=16.2747;RBI=0.0528546;REFB=0.00217977;REVB=0.014339;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219611;STB=0.622674;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00210918;OID=.;OPOS=66563102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:15:13:8:25:15:13:8:25 chr12 66597607 . G A 284.93 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00782719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.672;QD=12.9513;RBI=0.00827746;REFB=-0.00186262;REVB=0.00269287;RO=55;SAF=15;SAR=18;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596199;STB=0.534141;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00335781;OID=.;OPOS=66597607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:18:15:28:27:18:15:28:27 chr12 66605228 . A G 327.57 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0205158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.242;QD=20.4732;RBI=0.0520309;REFB=-0.0194845;REVB=-0.0478154;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601529;STB=0.533314;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.017905;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:18:16:12:18:18:16:12:18 chr12 66698895 . T C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0409818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.094;QD=20.8375;RBI=0.0411903;REFB=-0.0270727;REVB=-0.00413954;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218043;STB=0.624732;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00684267;OID=.;OPOS=66698895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:4:1:5:4:4:1 chr12 66700273 . G A 225.18 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00665233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.338;QD=15.2665;RBI=0.0212579;REFB=-0.0219852;REVB=-0.0201902;RO=33;SAF=7;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143603;STB=0.581863;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.04145;OID=.;OPOS=66700273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:19:7:13:20:19:7:13:20 chr12 66717784 . T A 584.32 PASS AF=0.406061;AO=66;DP=164;FAO=67;FDP=165;FR=.;FRO=98;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.0074673;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.645;QD=14.1654;RBI=0.0163863;REFB=-0.0142304;REVB=-0.0145859;RO=98;SAF=33;SAR=33;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054207;STB=0.534697;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0201856;OID=.;OPOS=66717784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:98:98:66:67:0.406061:33:33:44:54:33:34:44:54 chr12 66717910 . G T 330.75 PASS AF=0.359649;AO=40;DP=115;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0130511;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6922;QD=11.6052;RBI=0.0676359;REFB=-0.0055133;REVB=-0.0663648;RO=73;SAF=20;SAR=20;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231131;STB=0.520948;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00717314;OID=.;OPOS=66717910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:73:73:40:41:0.359649:20:20:35:38:20:21:35:38 chr12 66725116 . G A 648.51 PASS AF=0.439024;AO=71;DP=163;FAO=72;FDP=164;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.062337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.744;QD=15.8173;RBI=0.0629295;REFB=-0.0200959;REVB=0.00861524;RO=91;SAF=22;SAR=49;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209078;STB=0.632347;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0173885;OID=.;OPOS=66725116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:91:92:71:72:0.439024:49:22:46:45:51:21:47:45 chr12 66725160 . C T 760.68 PASS AF=0.503226;AO=78;DP=155;FAO=78;FDP=155;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.00013597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.131;QD=19.6303;RBI=0.00125352;REFB=-0.00564785;REVB=-0.00124612;RO=75;SAF=28;SAR=50;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000993102;STB=0.509472;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00551678;OID=.;OPOS=66725160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:75:77:78:78:0.503226:50:28:27:48:50:28:29:48 chr12 66731864 . C A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00757568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.941;QD=16.9796;RBI=0.0135308;REFB=-0.00510436;REVB=0.0112113;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618301;STB=0.534857;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00524568;OID=.;OPOS=66731864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:16:10:13:16:16:10:13:16 chr12 66739539 . A G 739.7 PASS AF=0.569106;AO=70;DP=124;FAO=70;FDP=123;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.000882564;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.683;QD=24.0554;RBI=0.0503438;REFB=0.0147396;REVB=-0.0503361;RO=52;SAF=36;SAR=34;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339911;STB=0.514189;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.011622;OID=.;OPOS=66739539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:52:53:70:70:0.569106:34:36:29:23:34:36:29:24 chr12 66786091 . G C 740.43 PASS AF=1;AO=32;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.246;QD=56.9561;RBI=0.0481481;REFB=0;REVB=0.0348444;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261544;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:32:52:1:25:7:0:0:25:27:0:0 chr12 67706466 . G A 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0076022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.921;QD=17.329;RBI=0.0473266;REFB=-0.0122487;REVB=-0.046712;RO=45;SAF=15;SAR=23;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114514;STB=0.564201;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0142051;OID=.;OPOS=67706466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:23:15:23:22:23:15:23:22 chr12 68045403 . G A 1726.23 PASS AF=0.483607;AO=175;DP=365;FAO=177;FDP=366;FR=.;FRO=189;FSAF=73;FSAR=104;FSRF=76;FSRR=113;FWDB=0.0179442;FXX=0.00272472;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.155;QD=18.8658;RBI=0.0206604;REFB=-0.00429751;REVB=0.01024;RO=188;SAF=71;SAR=104;SRF=76;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142623;STB=0.505504;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00421245;OID=.;OPOS=68045403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:366:188:189:175:177:0.483607:104:71:76:112:104:73:76:113 chr12 68052178 . G T 698.84 PASS AF=0.479452;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=146;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.0266455;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=98.8205;QD=19.1462;RBI=0.0271412;REFB=-0.0130369;REVB=0.00516357;RO=75;SAF=42;SAR=28;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162768;STB=0.586752;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0184364;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:75:76:70:70:0.479452:28:42:32:43:28:42:33:43 chr12 68595787 . A G 193.31 PASS AF=0.375;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0100002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.932;QD=12.0821;RBI=0.0103995;REFB=-0.0130711;REVB=-0.00285428;RO=39;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182307;STB=0.515612;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.014781;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:39:40:23:24:0.375:12:11:18:21:12:12:19:21 chr12 69042495 . A G 809.47 PASS AF=0.525974;AO=81;DP=154;FAO=81;FDP=154;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.073405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6099;QD=21.0253;RBI=0.0739845;REFB=-0.0252623;REVB=-0.00924212;RO=72;SAF=32;SAR=49;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560614;STB=0.534537;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.024713;OID=.;OPOS=69042495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:72:73:81:81:0.525974:49:32:33:39:49:32:34:39 chr12 69082805 . G A 311.68 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0111497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6317;QD=14.8418;RBI=0.0173641;REFB=-0.00802929;REVB=-0.0133115;RO=46;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043271;STB=0.542833;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00845415;OID=.;OPOS=69082805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:49:35:35:0.416667:19:16:23:23:19:16:26:23 chr12 69115698 . G A 878.32 PASS AF=0.458537;AO=93;DP=202;FAO=94;FDP=205;FR=.;FRO=111;FSAF=24;FSAR=70;FSRF=44;FSRR=67;FWDB=0.071836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2533;QD=17.1379;RBI=0.0897192;REFB=-0.0071796;REVB=-0.0537505;RO=109;SAF=23;SAR=70;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18238;STB=0.591431;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00779663;OID=.;OPOS=69115698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:205:109:111:93:94:0.458537:70:23:44:65:70:24:44:67 chr12 69186904 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.317;QD=64.415;RBI=0.0110878;REFB=0;REVB=-0.00784944;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77897e-05;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr12 69187427 . T A 905.93 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141142;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.304;QD=58.4471;RBI=0.0185403;REFB=0;REVB=0.0120221;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06801e-06;OID=.;OPOS=69187427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr12 69187584 . AG AGA,GA 1827.89 PASS AF=0.96748,0.0325203;AO=112,6;DP=124;FAO=119,4;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=69,3;FSAR=50,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122383,0.0147654;FXX=0.00806387;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=103.859,84.2251;QD=59.4436;RBI=0.023719,0.0283929;REFB=0,0;REVB=-0.0236874,-0.0242516;RO=2;SAF=67,3;SAR=45,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00339978,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000549058,-0.0450095;OID=.,.;OPOS=69187586,69187584;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:124:123:2:0:112,6:119,4:0.96748,0.0325203:45,3:67,3:1:1:50,1:69,3:0:0 chr12 69265578 . A G 733.78 PASS AF=0.493506;AO=76;DP=154;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.00872504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.88;QD=19.0592;RBI=0.00950527;REFB=-0.0271865;REVB=0.00377144;RO=78;SAF=30;SAR=46;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869611;STB=0.54799;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0205302;OID=.;OPOS=69265578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:78:78:76:76:0.493506:46:30:38:40:46:30:38:40 chr12 69645863 . CA C,CG,TC 377.46 PASS AF=0,0.962963,0.037037;AO=3,10,3;DP=27;FAO=0,26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,0;FSAR=0,16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522522,0.052999,0.0491151;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=116.067,127.213,109.539;QD=55.9195;RBI=0.0616032,0.0534579,0.0574702;REFB=0,0,0;REVB=0.0326292,0.00698944,0.0298418;RO=0;SAF=3,2,3;SAR=0,8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0,-0.00131264,0.0155477;OID=.,.,.;OPOS=69645864,69645864,69645863;OREF=A,A,CA;OALT=-,G,TC;OMAPALT=C,CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:6:27:27:0:0:3,10,3:0,26,1:0,0.962963,0.037037:0,8,0:3,2,3:0:0:0,16,1:0,10,0:0:0 chr12 69646914 . G A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0187099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.885;QD=13.336;RBI=0.0209646;REFB=0.00163084;REVB=0.00945794;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343714;STB=0.70185;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00221323;OID=.;OPOS=69646914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:11:4:14:10:11:4:14:10 chr12 69794856 . G A 738.2 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0487751;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5328;QD=22.2014;RBI=0.0507107;REFB=0.00780353;REVB=0.0138768;RO=63;SAF=34;SAR=37;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00230337;STB=0.502333;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00761696;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:63:62:71:71:0.533835:37:34:30:33:37:34:30:32 chr12 69967862 . G A 3266.53 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257543;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.615;QD=61.9247;RBI=0.00963617;REFB=0;REVB=-0.00928563;RO=0;SAF=113;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99543e-06;OID=.;OPOS=69967862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:211:0:0:209:211:1:96:113:0:0:97:114:0:0 chr12 69971474 . G A 160.28 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5422;QD=45.7952;RBI=0.0144978;REFB=0;REVB=0.0131337;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277065;OID=.;OPOS=69971474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr12 69971499 . TC T,TT 349.68 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=6,20;DP=26;FAO=4,22;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=4,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100967,0.00903181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=290.068,300.956;QD=53.7976;RBI=0.052884,0.0454229;REFB=0,0;REVB=0.0519112,0.0445159;RO=0;SAF=1,8;SAR=5,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0228434,-0.00159925;OID=.,.;OPOS=69971500,69971500;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.846154:6,20:26:4,22:26:0:0,9:4,13:0:0:16:0:1,8:5,12:0:0 chr12 69971713 . C T 2216.84 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.962;QD=63.3383;RBI=0.027997;REFB=0;REVB=0.0207219;RO=0;SAF=68;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24969e-05;OID=.;OPOS=69971713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:72:68:0:0:72:68:0:0 chr12 69972381 . G A 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000120391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8038;QD=55.0939;RBI=0.0173726;REFB=0;REVB=-0.0173721;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217717;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr12 69973192 . CA C 784.67 PASS AF=1;AO=60;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271069;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.8244;QD=45.4878;RBI=0.0627577;REFB=0;REVB=-0.0566016;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0013301;OID=.;OPOS=69973193;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:70:69:69:0:29:40:0:0:15:0:28:32:0:0 chr12 70037520 . G A 1110.71 PASS AF=0.497758;AO=111;DP=224;FAO=111;FDP=223;FR=.;FRO=112;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=44;FSRR=68;FWDB=-0.00355747;FXX=0.0219289;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262;QD=19.9231;RBI=0.0138455;REFB=-0.00821647;REVB=-0.0133807;RO=109;SAF=47;SAR=64;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183259;STB=0.515794;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00871558;OID=.;OPOS=70037520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:109:112:111:111:0.497758:64:47:44:65:64:47:44:68 chr12 70091432 . T C 1302.06 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.242;QD=62.0029;RBI=0.0137032;REFB=0;REVB=0.000723461;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27594e-05;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr12 70209464 . CAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAACA,CAAAAAAACAAAC 401.74 PASS AF=0.404255,0.553191,0.0425532;AO=6,5,2;DP=51;FAO=19,26,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4,2;FSAR=18,22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.405053,-0.129604,-0.0995151;FXX=0.203355;HRUN=14,14,14;LEN=2,1,5;MLLD=6.10063,147.827,115.728;QD=34.1906;RBI=0.524643,0.130747,0.105795;REFB=0,0,0;REVB=-0.333441,-0.0172539,-0.0359075;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=6,5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.335185,0.0549002,0.0635114;OID=.,.,.;OPOS=70209465,70209475,70209472;OREF=AA,A,AAAAA;OALT=-,C,CAAAC;OMAPALT=CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAACA,CAAAAAAACAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.404255,0.553191,0.0425532:6,5,2:51:19,26,2:47:0:1,4,2:18,22,0:0:0:99:0:0,0,2:6,5,0:0:0 chr12 70273985 . T G 2807.84 PASS AF=0.489583;AO=282;DP=579;FAO=282;FDP=576;FR=.;FRO=294;FSAF=150;FSAR=132;FSRF=161;FSRR=133;FWDB=0.00885209;FXX=0.00689643;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4011;QD=19.4989;RBI=0.0617864;REFB=-0.0220657;REVB=0.061149;RO=287;SAF=150;SAR=132;SRF=158;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172416;STB=0.508056;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0330228;OID=.;OPOS=70273985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:579:576:287:294:282:282:0.489583:132:150:158:129:132:150:161:133 chr12 70321450 . C T 919.89 PASS AF=1;AO=55;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252633;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.561;QD=57.4931;RBI=0.0518897;REFB=0;REVB=0.0453245;RO=2;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448247;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218442;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:2:0:55:64:1:20:35:0:2:31:33:0:0 chr12 70715490 . C A 353.2 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.101577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7266;QD=15.6977;RBI=0.11533;REFB=-0.0409371;REVB=-0.0546163;RO=51;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367254;STB=0.515214;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0516085;OID=.;OPOS=70715490;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:51:52:38:38:0.422222:20:18:26:25:20:18:26:26 chr12 70912510 . C T 2008.38 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.845;QD=62.2753;RBI=0.0207696;REFB=0;REVB=0.00627283;RO=0;SAF=44;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.62415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89501e-05;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:85:44:0:0:85:44:0:0 chr12 70928724 . A G 1785.81 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.048;QD=61.0532;RBI=0.0202487;REFB=0;REVB=0.0169346;RO=0;SAF=47;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61692e-06;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:70:47:0:0:70:47:0:0 chr12 70965764 . G A 2144.69 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.721;QD=62.6187;RBI=0.0113374;REFB=0;REVB=-0.00324494;RO=0;SAF=47;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280005;OID=.;OPOS=70965764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:137:0:0:133:137:1:86:47:0:0:88:49:0:0 chr12 70990054 . T C 335.44 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=-0.00135187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.992;QD=16.9842;RBI=0.0139434;REFB=-0.0137581;REVB=-0.0138777;RO=42;SAF=9;SAR=27;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153961;STB=0.504199;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0132048;OID=.;OPOS=70990054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:43:36:36:0.455696:27:9:10:32:27:9:11:32 chr12 71002865 . T A 3300.54 PASS AF=0.990741;AO=213;DP=217;FAO=214;FDP=216;FR=.;FRO=2;FSAF=135;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0290762;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.91;QD=61.1212;RBI=0.029127;REFB=-0.132166;REVB=-0.00171993;RO=1;SAF=135;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351612;STB=0.5013;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.000420523;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:217:216:1:2:213:214:0.990741:78:135:1:0:79:135:1:1 chr12 71002893 . C T 3460.81 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327373;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9503;QD=62.357;RBI=0.0418265;REFB=0.0108314;REVB=0.0260331;RO=1;SAF=127;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373724;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263466;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:223:222:1:0:222:222:1:95:127:1:0:95:127:0:0 chr12 71003524 . CTT C 577.35 PASS AF=0.49711;AO=70;DP=171;FAO=86;FDP=173;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.000434626;FXX=0.0494478;HRUN=2;LEN=2;MLLD=308.298;QD=13.349;RBI=0.0059545;REFB=-0.0196282;REVB=-0.00593862;RO=88;SAF=35;SAR=35;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909766;STB=0.560661;STBP=0.115;TYPE=del;VARB=0.0201053;OID=.;OPOS=71003525;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.49711:70:171:86:173:87:46:40:36:51:99:88:35:35:36:52 chr12 71029733 . C T 775.37 PASS AF=0.493827;AO=79;DP=161;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=-0.0429615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4093;QD=19.1449;RBI=0.0448398;REFB=0.000552578;REVB=0.0128422;RO=82;SAF=37;SAR=42;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163482;STB=0.592264;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000917815;OID=.;OPOS=71029733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:82:82:79:80:0.493827:42:37:53:29:43:37:53:29 chr12 71054946 . C A 872.41 PASS AF=0.517857;AO=87;DP=168;FAO=87;FDP=168;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0517396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0562;QD=20.7716;RBI=0.0518406;REFB=-0.00198421;REVB=-0.00323433;RO=78;SAF=39;SAR=48;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226896;STB=0.510143;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00139227;OID=.;OPOS=71054946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:78:81:87:87:0.517857:48:39:37:41:48:39:38:43 chr12 71139664 . T C 2391.12 PASS AF=0.9875;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0140753;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.442;QD=59.7779;RBI=0.0418261;REFB=0.000518113;REVB=0.0393866;RO=2;SAF=69;SAR=89;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135888;STB=0.507142;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=3.39135e-05;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:160:2:2:158:158:0.9875:89:69:2:0:89:69:2:0 chr12 71526593 . G A 287.58 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0894982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9134;QD=13.533;RBI=0.0926953;REFB=-0.0102749;REVB=-0.0241347;RO=50;SAF=8;SAR=25;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262243;STB=0.641995;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0130397;OID=.;OPOS=71526593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:52:33:33:0.388235:25:8:23:27:25:8:23:29 chr12 71960208 . G A 1396.45 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.031;QD=62.7617;RBI=0.00863928;REFB=0;REVB=0.00692996;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71909e-06;OID=.;OPOS=71960208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:45:43:0:0:46:43:0:0 chr12 72018028 . A G 2101.79 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6448;QD=62.7401;RBI=0.0952987;REFB=0;REVB=0.0423915;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497838;OID=.;OPOS=72018028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:72:61:0:0:72:62:0:0 chr12 72028572 . C CT,T 68.32 PASS AF=0.134454,0;AO=16,6;DP=120;FAO=16,0;FDP=119;FR=.;FRO=103;FSAF=8,0;FSAR=8,0;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0100022,0.00283293;FXX=0.00833264;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=121.842,139.528;QD=2.29655;RBI=0.0145383,0.0136696;REFB=-0.00203529,-0.00785958;REVB=-0.0105507,-0.0133728;RO=97;SAF=11,2;SAR=5,4;SRF=47;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.255905,-0.150101;STB=0.504196,0.5;STBP=0.953,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.1346,0;OID=.,.;OPOS=72028573,72028572;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:120:119:97:103:16,6:16,0:0.134454,0:5,4:11,2:47:50:8,0:8,0:52:51 chr12 72071045 . A G 1242.76 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=88;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00903893;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.097;QD=57.1385;RBI=0.00920851;REFB=-0.107131;REVB=-0.00175913;RO=3;SAF=46;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00751851;STB=0.50252;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000343142;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:88:87:3:4:83:83:0.954023:37:46:2:1:37:46:2:2 chr12 72164395 . C T 1512.47 PASS AF=0.989796;AO=92;DP=94;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000186551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6981;QD=61.7333;RBI=0.00337086;REFB=-0.000433043;REVB=-0.0033657;RO=2;SAF=41;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00221718;STB=0.504672;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000194524;OID=.;OPOS=72164395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:98:2:1:92:97:0.989796:51:41:1:1:53:44:0:1 chr12 72307616 . A G 1043.41 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0451013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6889;QD=55.6485;RBI=0.0573925;REFB=-0.00430237;REVB=0.0354932;RO=2;SAF=36;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00180666;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:2:3:72:72:0.96:36:36:1:1:36:36:2:1 chr12 72312268 . G A 553.29 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00172757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.483;QD=19.7603;RBI=0.0296063;REFB=-0.0180473;REVB=-0.0295559;RO=55;SAF=27;SAR=30;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148641;STB=0.581721;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0194698;OID=.;OPOS=72312268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:55:57:57:0.508929:30:27:17:38:30:27:17:38 chr12 72372862 . A G 703.14 PASS AF=0.522727;AO=68;DP=132;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.00738518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.905;QD=21.3074;RBI=0.00753394;REFB=-0.00738116;REVB=0.00148974;RO=63;SAF=30;SAR=38;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825895;STB=0.541993;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00679171;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:63:63:68:69:0.522727:38:30:22:41:39:30:22:41 chr12 72416235 . A T 941.21 PASS AF=0.435345;AO=98;DP=229;FAO=101;FDP=232;FR=.;FRO=131;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=64;FSRR=67;FWDB=0.00246828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.504;QD=16.2278;RBI=0.00561171;REFB=-0.00741664;REVB=-0.00503974;RO=131;SAF=43;SAR=55;SRF=64;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514857;STB=0.530135;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0067665;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:232:131:131:98:101:0.435345:55:43:64:67:57:44:64:67 chr12 73058186 . G A 3653.69 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429272;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.291;QD=63.2673;RBI=0.0081927;REFB=0;REVB=0.00697803;RO=0;SAF=123;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104274;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:231:0:0:231:231:1:108:123:0:0:108:123:0:0 chr12 74851233 . G A 143.61 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00740407;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.243;QD=15.9571;RBI=0.0758136;REFB=0.00119981;REVB=0.0754512;RO=19;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888851;STB=0.535668;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000386656;OID=.;OPOS=74851233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:20:15:16:0.444444:3:12:14:5:4:12:14:6 chr12 74932159 . G C 2393.03 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103348;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.866;QD=64.2424;RBI=0.0108001;REFB=0;REVB=0.00313597;RO=0;SAF=52;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0955e-05;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:150:149:1:98:52:0:0:97:52:0:0 chr12 74932327 . C T 34.66 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0144951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.236;QD=4.47167;RBI=0.0213299;REFB=-0.00272542;REVB=0.015648;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321363;STB=0.732452;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0110829;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:31:23:25:6:6:0.193548:1:5:14:9:1:5:15:10 chr12 74932565 . T C 3440.94 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339857;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.132;QD=62.2794;RBI=0.0524952;REFB=-0.0174768;REVB=-0.040009;RO=1;SAF=87;SAR=134;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544509;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453678;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:222:221:1:0:221:221:1:134:87:1:0:134:87:0:0 chr12 74933166 . G A 2428.46 PASS AF=0.981707;AO=161;DP=164;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00903386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.622;QD=59.2308;RBI=0.0176013;REFB=-0.0895399;REVB=0.0151061;RO=2;SAF=57;SAR=104;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163995;STB=0.506228;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-2.08716e-06;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:164:164:2:3:161:161:0.981707:104:57:2:0:104:57:2:1 chr12 74934634 . G A 822.83 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689088;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.879;QD=57.7421;RBI=0.077666;REFB=0;REVB=0.0358271;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161776;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:58:57:1:34:24:0:0:33:24:0:0 chr12 74934637 . T C 710.93 PASS AF=0.947368;AO=52;DP=56;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0288732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.437;QD=49.8899;RBI=0.0324706;REFB=0.00691467;REVB=0.0148553;RO=2;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695;STB=0.504988;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=7.75655e-05;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:57:2:3:52:54:0.947368:31:21:1:1:31:23:1:2 chr12 74934743 . G T 159.12 PASS AF=0.293333;AO=21;DP=74;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.00532525;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.232;QD=8.48646;RBI=0.0438169;REFB=-0.011;REVB=-0.0434921;RO=52;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308225;STB=0.668106;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0186137;OID=.;OPOS=74934743;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:52:53:21:22:0.293333:9:12:16:36:10:12:16:37 chr12 74934909 . AGTGTGTGT A 286.89 PASS AF=0.417722;AO=31;DP=91;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00473366;FXX=0.254693;HRUN=1;LEN=8;MLLD=203.461;QD=14.5261;RBI=0.00479288;REFB=-0.0205249;REVB=0.000751162;RO=40;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114963;STB=0.606492;STBP=0.127;TYPE=del;VARB=0.0178393;OID=.;OPOS=74934910;OREF=GTGTGTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.417722:31:91:33:79:46:21:12:21:25:99:40:19:12:20:20 chr12 74934938 . TG GT 30.11 PASS AF=0.101266;AO=12;DP=78;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.00508446;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=2;MLLD=82.8534;QD=1.52468;RBI=0.0886718;REFB=-0.00269438;REVB=-0.0885259;RO=61;SAF=9;SAR=3;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329935;STB=0.865509;STBP=0.041;TYPE=mnp;VARB=0.153731;OID=.;OPOS=74934938;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:78:79:61:71:12:8:0.101266:3:9:30:31:1:7:34:37 chr12 75737595 . T C 567.66 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0178011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.843;QD=17.4665;RBI=0.0644227;REFB=-0.0123725;REVB=0.0619146;RO=69;SAF=34;SAR=26;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296862;STB=0.520761;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0125356;OID=.;OPOS=75737595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:70:60:60:0.461538:26:34:37:32:26:34:37:33 chr12 75760742 . G A 899.63 PASS AF=0.436937;AO=97;DP=228;FAO=97;FDP=222;FR=.;FRO=125;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=43;FSRR=82;FWDB=-0.000892852;FXX=0.0305664;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.015;QD=16.2096;RBI=0.00837306;REFB=-0.0116405;REVB=0.00832532;RO=125;SAF=47;SAR=50;SRF=43;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143534;STB=0.57958;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0187806;OID=.;OPOS=75760742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:222:125:125:97:97:0.436937:50:47:43:82:50:47:43:82 chr12 75785100 . C T 641.46 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0169342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5687;QD=22.5074;RBI=0.0327916;REFB=-0.0168853;REVB=0.0280806;RO=51;SAF=17;SAR=46;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153702;STB=0.584527;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0170013;OID=.;OPOS=75785100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:51:63:63:0.552632:46:17:22:29:46:17:22:29 chr12 75796803 . T TA 430.81 PASS AF=0.472603;AO=67;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0105278;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8735;QD=11.803;RBI=0.0245803;REFB=-0.00516941;REVB=0.0222117;RO=76;SAF=37;SAR=30;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050304;STB=0.531241;STBP=0.495;TYPE=ins;VARB=0.00597623;OID=.;OPOS=75796804;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472603:67:146:69:146:77:39:30:39:38:99:76:37:30:38:38 chr12 75816814 . G GACA 320.21 PASS AF=0.353982;AO=39;DP=116;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00911584;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.634;QD=11.335;RBI=0.0100178;REFB=-0.000415224;REVB=0.00415417;RO=74;SAF=9;SAR=30;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323084;STB=0.664937;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.00074274;OID=.;OPOS=75816815;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=GACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.353982:39:116:40:113:73:10:30:35:38:99:74:9:30:36:38 chr12 75824460 . T C 502.09 PASS AF=0.394366;AO=56;DP=143;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.0542655;FXX=0.00699252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.893;QD=14.1433;RBI=0.0553147;REFB=-0.0119998;REVB=0.0107224;RO=83;SAF=33;SAR=23;SRF=28;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262239;STB=0.642702;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.025507;OID=.;OPOS=75824460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:83:86:56:56:0.394366:23:33:28:55:23:33:30:56 chr12 75893381 . CAA C 492.15 PASS AF=0.5;AO=71;DP=145;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0192256;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=2;MLLD=41.425;QD=13.6709;RBI=0.0200313;REFB=-0.0298259;REVB=-0.00562384;RO=69;SAF=29;SAR=42;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0024592;STB=0.507195;STBP=0.85;TYPE=del;VARB=0.0301;OID=.;OPOS=75893382;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:71:145:72:144:72:29:43:30:42:99:69:29:42:28:41 chr12 75893388 . T A 2143.52 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190324;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.265;QD=63.0446;RBI=0.0498332;REFB=0;REVB=0.0460556;RO=0;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07841e-05;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:79:57:0:0:79:57:0:0 chr12 75893399 . T G 719.61 PASS AF=0.552;AO=69;DP=120;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0291974;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.145;QD=23.0276;RBI=0.0293971;REFB=-0.0244763;REVB=0.00342043;RO=51;SAF=27;SAR=42;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000697122;STB=0.525624;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0183226;OID=.;OPOS=75893399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:125:51:56:69:69:0.552:42:27:20:31:42:27:25:31 chr12 75893404 . C A 1753.05 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214561;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.163;QD=60.9756;RBI=0.0225353;REFB=0;REVB=0.00689011;RO=0;SAF=49;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124345;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:66:49:0:0:66:49:0:0 chr12 75893486 . A G 301.08 PASS AF=0.585366;AO=3;DP=33;FAO=24;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0363221;FXX=0.108672;HRUN=13;LEN=1;MLLD=164.714;QD=29.3732;RBI=0.0409324;REFB=-0.0959887;REVB=-0.0188723;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.588166;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0235714;OID=.;OPOS=75893486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:41:0:15:3:24:0.585366:0:3:0:0:10:14:12:3 chr12 75900382 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00328294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.394;QD=7.83708;RBI=0.0222443;REFB=0.00923655;REVB=-0.0220008;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421483;STB=0.526243;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.023012;OID=.;OPOS=75900382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:2:14:6:1:2:14 chr12 75900588 . A G 773.47 PASS AF=0.465517;AO=81;DP=175;FAO=81;FDP=174;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0067617;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.038;QD=17.7808;RBI=0.0196739;REFB=0.0072179;REVB=0.0184754;RO=93;SAF=31;SAR=50;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690106;STB=0.538259;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00675124;OID=.;OPOS=75900588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:93:93:81:81:0.465517:50:31:42:51:50:31:42:51 chr12 76351726 . C G 274.87 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=110;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.0202398;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5672;QD=9.99513;RBI=0.0609102;REFB=0.000114108;REVB=0.0574491;RO=74;SAF=20;SAR=16;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175665;STB=0.510198;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000958023;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:74:74:36:36:0.327273:16:20:40:34:16:20:40:34 chr12 76424937 . TTGCTGCTGCTGCTGC CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG 1098.58 PASS AF=0.12987,0.779221,0.0909091;AO=15,50,8;DP=77;FAO=10,60,7;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=8,21,3;FSAR=2,39,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05707,0.0176856,0.00692536;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=207.657,192.336,80.8809;QD=57.0692;RBI=0.087478,0.0643296,0.00737873;REFB=0,0,0;REVB=0.0662979,0.0618508,0.00254659;RO=0;SAF=8,17,3;SAR=7,33,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.56458e-08,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.046393,0.00901425,-0.0156134;OID=.,.,.;OPOS=76424937,76424938,76424952;OREF=TTGC,TGC,C;OALT=CTGT,-,G;OMAPALT=CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:68:77:77:0:0:15,50,8:10,60,7:0.12987,0.779221,0.0909091:7,33,5:8,17,3:0:0:2,39,4:8,21,3:0:0 chr12 76426110 . GGA G 1287.58 PASS AF=0.927419;AO=113;DP=119;FAO=115;FDP=124;FR=.;FRO=9;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0619581;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=2;MLLD=256.527;QD=41.535;RBI=0.0619861;REFB=-0.0416686;REVB=-0.00186195;RO=0;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33068e-08;STB=0.516345;STBP=0.198;TYPE=del;VARB=0.00404673;OID=.;OPOS=76426111;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.927419:113:119:115:124:9:64:51:3:6:8:0:63:50:0:0 chr12 76427547 . C CTTAAT,T 313.34 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=17,3;DP=28;FAO=20,4;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10,4;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824061,0.0142354;FXX=0.0768935;HRUN=2,1;LEN=5,1;MLLD=202.807,108.212;QD=52.2225;RBI=0.00824477,0.0142629;REFB=0,0;REVB=0.000261959,-0.000886561;RO=7;SAF=7,3;SAR=10,0;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.231284,0.590815;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00898847,0.0531633;OID=.,.;OPOS=76427548,76427547;OREF=-,C;OALT=TTAAT,T;OMAPALT=CTTAAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:28:24:7:0:17,3:20,4:0.833333,0.166667:10,0:7,3:6:1:10,0:10,4:0:0 chr12 76427654 . ATTTTT ATTTT,ATTTTA,CTATTT 335.67 PASS AF=0.804348,0,0.195652;AO=11,2,2;DP=48;FAO=37,0,9;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0,0;FSAR=17,0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.13699,0.503057,0.131531;FXX=0.041658;HRUN=5,5,2;LEN=1,1,3;MLLD=9.03186,8.16138,189.6;QD=29.1888;RBI=1.1405,0.514224,0.131662;REFB=0,0,0;REVB=0.0893957,-0.106585,-0.00588253;RO=20;SAF=0,0,0;SAR=11,2,2;SRF=20;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.876211,-0.861826,-0.861826;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0688694,0,0.176573;OID=.,.,.;OPOS=76427655,76427659,76427654;OREF=T,T,ATT;OALT=-,A,CTA;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA,CTATTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:51:48:46:20:0:11,2,2:37,0,9:0.804348,0,0.195652:11,2,2:0,0,0:20:0:17,0,9:20,0,0:0:0 chr12 76449900 . T C 865.36 PASS AF=1;AO=52;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516212;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=71.6088;QD=53.2529;RBI=0.098622;REFB=-0.114463;REVB=0.084033;RO=1;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00909288;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:65:1:0:52:65:1:34:18:0:1:44:21:0:0 chr12 76453966 . G A 1573.13 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504505;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.217;QD=59.9289;RBI=0.0059307;REFB=0;REVB=0.00311781;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7502e-05;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:51:54:0:0:51:54:0:0 chr12 76709606 . T C 1906.79 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504502;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.963;QD=62.0094;RBI=0.0250664;REFB=0;REVB=0.0245534;RO=0;SAF=51;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.99033e-06;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:72:51:0:0:72:51:0:0 chr12 76709610 . T C 2167.91 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000129906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.678;QD=62.8379;RBI=0.0100196;REFB=0;REVB=0.0100188;RO=0;SAF=55;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214026;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:82:55:0:0:82:56:0:0 chr12 76747085 . T G 36.25 PASS AF=0.170732;AO=3;DP=33;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0467638;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=107.277;QD=3.53636;RBI=0.165227;REFB=-0.0285106;REVB=-0.158471;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.811757;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0530794;OID=.;OPOS=76747085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:33:41:0:34:3:7:0.170732:3:0:0:0:5:2:24:10 chr12 77256681 . T G 350.78 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.027865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5891;QD=17.9889;RBI=0.0511188;REFB=-0.000829465;REVB=0.0428564;RO=41;SAF=22;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169274;STB=0.594543;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00235096;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:15:22:17:24:15:22:17:24 chr12 77417509 . G T 664.03 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=142;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=-0.0438023;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.653;QD=18.8377;RBI=0.0455155;REFB=-0.00162457;REVB=-0.0123701;RO=69;SAF=27;SAR=40;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251855;STB=0.627315;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00116819;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:69:74:67:67:0.475177:40:27:47:22:40:27:48:26 chr12 77449790 . A G 3439.26 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000636441;FXX=0.00452468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.016;QD=62.5319;RBI=0.0140777;REFB=0;REVB=0.0140633;RO=0;SAF=108;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24325e-05;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:220:0:0:219:220:1:111:108:0:0:112:108:0:0 chr12 78225374 . A G 2109.95 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246346;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0934;QD=62.9835;RBI=0.0387085;REFB=0;REVB=-0.0298578;RO=0;SAF=49;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106233;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:85:49:0:0:85:49:0:0 chr12 78400884 . G A 345.87 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00568369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.645;QD=14.5631;RBI=0.018941;REFB=0.00810778;REVB=-0.0180681;RO=57;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939029;STB=0.505325;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.0159865;OID=.;OPOS=78400884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:21:17:25:32:21:17:25:32 chr12 78530979 . G A 371.66 PASS AF=0.40367;AO=42;DP=108;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.023003;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.821;QD=13.6389;RBI=0.0242962;REFB=-0.0106924;REVB=0.00782089;RO=56;SAF=21;SAR=21;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108989;STB=0.564914;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0208331;OID=.;OPOS=78530979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:65:42:44:0.40367:21:21:22:34:23:21:24:41 chr12 78542699 . T C 188.3 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0284413;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.068;QD=19.3125;RBI=0.029594;REFB=-0.00232589;REVB=0.00817925;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516387;STB=0.52938;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00353065;OID=.;OPOS=78542699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:20:19:19:0.487179:15:4:5:15:15:4:5:15 chr12 78598891 . G A 1933.6 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.495;QD=61.8752;RBI=0.0577136;REFB=0;REVB=-0.0555835;RO=0;SAF=54;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46942e-05;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:71:54:0:0:71:54:0:0 chr12 79611374 . C T 945.95 PASS AF=0.489583;AO=93;DP=191;FAO=94;FDP=192;FR=.;FRO=98;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=0.0244189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8151;QD=19.7072;RBI=0.0245149;REFB=0.00469441;REVB=0.00216757;RO=98;SAF=42;SAR=51;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031364;STB=0.520157;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00632534;OID=.;OPOS=79611374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:98:98:93:94:0.489583:51:42:41:57:51:43:41:57 chr12 79685913 . C A 265.32 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0230963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.499;QD=17.9878;RBI=0.0232804;REFB=-0.0190191;REVB=-0.00292191;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636178;STB=0.543296;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0163189;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:30:28:29:0.491525:15:13:16:14:16:13:16:14 chr12 80014907 . A C 943.79 PASS AF=0.473684;AO=99;DP=209;FAO=99;FDP=209;FR=.;FRO=110;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=0.00108342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.714;QD=18.063;RBI=0.0049691;REFB=-0.0163612;REVB=0.00484955;RO=109;SAF=55;SAR=44;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747534;STB=0.538946;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0207419;OID=.;OPOS=80014907;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:109:110:99:99:0.473684:44:55:52:57:44:55:53:57 chr12 80168461 . ATGG A 555.7 PASS AF=0.538462;AO=54;DP=105;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0109904;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=3;MLLD=229.867;QD=21.373;RBI=0.0177369;REFB=-0.0129286;REVB=0.0139215;RO=45;SAF=13;SAR=41;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075946;STB=0.524991;STBP=0.632;TYPE=del;VARB=0.0113775;OID=.;OPOS=80168462;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:54:105:56:104:48:14:42:14:34:99:45:13:41:14:31 chr12 80190650 . C G 1175.4 PASS AF=0.497872;AO=117;DP=235;FAO=117;FDP=235;FR=.;FRO=118;FSAF=43;FSAR=74;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=-0.0298294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.859;QD=20.0068;RBI=0.0298755;REFB=-0.00774006;REVB=-0.00166034;RO=118;SAF=43;SAR=74;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125317;STB=0.568918;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00611064;OID=.;OPOS=80190650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:118:118:117:117:0.497872:74:43:59:59:74:43:59:59 chr12 80655832 . A T 382.83 PASS AF=0.427083;AO=37;DP=92;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0156995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.568;QD=15.9513;RBI=0.0245516;REFB=-0.0212202;REVB=-0.018876;RO=55;SAF=7;SAR=30;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42253;STB=0.670213;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.025258;OID=.;OPOS=80655832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:55:55:37:41:0.427083:30:7:30:25:30:11:30:25 chr12 80660288 . C A 1058.27 PASS AF=0.490909;AO=107;DP=219;FAO=108;FDP=220;FR=.;FRO=112;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=0.0332672;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.609;QD=19.2412;RBI=0.0387543;REFB=-0.0077627;REVB=0.0198793;RO=111;SAF=52;SAR=55;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066471;STB=0.536166;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00822189;OID=.;OPOS=80660288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:111:112:107:108:0.490909:55:52:46:65:56:52:46:66 chr12 80712420 . G A 2865.96 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.956;QD=62.9881;RBI=0.0310528;REFB=0;REVB=-0.0180575;RO=0;SAF=70;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39301e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97253e-06;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:112:70:0:0:112:70:0:0 chr12 80735771 . T C 192.89 PASS AF=0.375;AO=20;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00242802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.403;QD=12.0555;RBI=0.00446681;REFB=-0.0110816;REVB=-0.00374928;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459067;STB=0.510462;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0200142;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:40:20:24:0.375:12:8:15:19:13:11:19:21 chr12 80737521 . C T 619.12 PASS AF=0.43125;AO=68;DP=156;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=-0.0333421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.287;QD=15.4781;RBI=0.0333554;REFB=-0.0135161;REVB=-0.000941473;RO=88;SAF=26;SAR=42;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788502;STB=0.502563;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0205015;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:160:88:91:68:69:0.43125:42:26:33:55:42:27:36:55 chr12 80747242 . A G 344.99 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.109624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4665;QD=16.626;RBI=0.112091;REFB=-0.0017643;REVB=-0.0233888;RO=45;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392278;STB=0.529042;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00365468;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:22:15:20:25:22:15:21:25 chr12 80752660 . A G 1519.41 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439948;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.502;QD=59.5847;RBI=0.0439955;REFB=0;REVB=0.000241545;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20667e-05;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:59:43:0:0:59:43:0:0 chr12 80761430 . G A 504.97 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0354381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.395;QD=16.4218;RBI=0.0366651;REFB=-0.0142384;REVB=-0.00940586;RO=67;SAF=30;SAR=25;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228416;STB=0.517081;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0151081;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:67:68:55:55:0.447154:25:30:35:32:25:30:35:33 chr12 80761465 . G A 1643.42 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.764;QD=59.2225;RBI=0.0405353;REFB=0.113652;REVB=-0.0389204;RO=1;SAF=55;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855347;STB=0.504504;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-2.98536e-05;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:55:55:1:0:55:55:1:0 chr12 80765800 . A G 528.48 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00270682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.486;QD=17.9146;RBI=0.00724473;REFB=-0.0100392;REVB=0.00672007;RO=61;SAF=18;SAR=38;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139535;STB=0.582868;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00832104;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:62:56:56:0.474576:38:18:28:33:38:18:29:33 chr12 80771813 . G A 410.07 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0088562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.68;QD=15.6216;RBI=0.0189403;REFB=0.00479213;REVB=0.0167422;RO=59;SAF=14;SAR=32;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780772;STB=0.54389;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00635817;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:32:14:22:37:32:14:22:37 chr12 80816492 . C T 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0286754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8357;QD=22.3749;RBI=0.0619901;REFB=0.00471111;REVB=-0.0549591;RO=27;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776777;STB=0.542833;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00666199;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:19:16:15:12:19:16:15:12 chr12 80818876 . A G 968.19 PASS AF=0.423529;AO=108;DP=255;FAO=108;FDP=255;FR=.;FRO=147;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=71;FSRR=76;FWDB=-0.0117025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8508;QD=15.1873;RBI=0.0380961;REFB=0.0195155;REVB=0.0362542;RO=146;SAF=48;SAR=60;SRF=70;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363862;STB=0.522384;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.019339;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:146:147:108:108:0.423529:60:48:70:76:60:48:71:76 chr12 80889829 . T A 819.97 PASS AF=0.441026;AO=86;DP=196;FAO=86;FDP=195;FR=.;FRO=109;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=69;FWDB=-0.00782559;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.032;QD=16.8199;RBI=0.00809636;REFB=-0.00804591;REVB=0.00207636;RO=109;SAF=41;SAR=45;SRF=40;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111412;STB=0.561832;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0107592;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:109:109:86:86:0.441026:45:41:40:69:45:41:40:69 chr12 80899901 . C A 433.94 PASS AF=0.634921;AO=33;DP=64;FAO=40;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00961696;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.288;QD=27.5514;RBI=0.0179827;REFB=-0.0281225;REVB=0.0151951;RO=22;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0170443;OID=.;OPOS=80899901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:22:22:33:40:0.634921:18:15:10:12:20:20:10:12 chr12 80900397 . C G 389.17 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.024272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0515;QD=15.1136;RBI=0.0536145;REFB=0.00526262;REVB=-0.0478057;RO=55;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697352;STB=0.544814;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00823384;OID=.;OPOS=80900397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:59:44:44:0.427184:25:19:20:35:25:19:21:38 chr12 80935345 . T C 763.33 PASS AF=0.490683;AO=79;DP=162;FAO=79;FDP=161;FR=.;FRO=82;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00744045;FXX=0.00617246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.4305;QD=18.9648;RBI=0.0130884;REFB=0.0118185;REVB=-0.0107678;RO=82;SAF=43;SAR=36;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970863;STB=0.553519;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0140021;OID=.;OPOS=80935345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:82:82:79:79:0.490683:36:43:36:46:36:43:36:46 chr12 80936082 . C T 381.64 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0276351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.086;QD=17.1523;RBI=0.0284778;REFB=-0.0130157;REVB=-0.00687657;RO=49;SAF=16;SAR=24;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245213;STB=0.637101;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0137394;OID=.;OPOS=80936082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:24:16:32:17:24:16:32:17 chr12 81028838 . C T 1056.36 PASS AF=0.523316;AO=101;DP=193;FAO=101;FDP=193;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.00872647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.62;QD=21.8936;RBI=0.00878942;REFB=-0.0214287;REVB=-0.00105007;RO=91;SAF=39;SAR=62;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862618;STB=0.502594;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0213942;OID=.;OPOS=81028838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:91:92:101:101:0.523316:62:39:36:55:62:39:36:56 chr12 81329536 . A C 1848.94 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0855767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8556;QD=59.6431;RBI=0.0970691;REFB=-0.125139;REVB=0.0458153;RO=2;SAF=61;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153192;STB=0.508063;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00153792;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:124:124:2:2:122:122:0.983871:61:61:2:0:61:61:2:0 chr12 81627238 . C T 96.31 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0287377;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.393;QD=11.0066;RBI=0.0319587;REFB=-0.00573307;REVB=-0.0139823;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275197;STB=0.66637;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00883825;OID=.;OPOS=81627238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:36:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:11:12:9:3:11:12 chr12 81769581 . C T 539.66 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.00046932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2307;QD=16.3535;RBI=0.0109443;REFB=0.00759038;REVB=-0.0109342;RO=73;SAF=27;SAR=31;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135158;STB=0.511037;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0105198;OID=.;OPOS=81769581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:74:58:58:0.439394:31:27:33:40:31:27:33:41 chr12 81833745 . G T 474.6 PASS AF=0.372549;AO=57;DP=153;FAO=57;FDP=153;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.00283255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.277;QD=12.4079;RBI=0.00487865;REFB=-0.00670895;REVB=-0.00397213;RO=96;SAF=29;SAR=28;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671717;STB=0.538131;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00988745;OID=.;OPOS=81833745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:96:96:57:57:0.372549:28:29:43:53:28:29:43:53 chr12 82783668 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.029;QD=62.0082;RBI=0.0279618;REFB=0;REVB=-0.0240834;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87098e-05;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr12 82792787 . C A 611.23 PASS AF=1;AO=33;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016939;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.401;QD=61.1229;RBI=0.0169715;REFB=0;REVB=-0.0010492;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04747e-05;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:40:0:0:33:40:1:19:14:0:0:25:15:0:0 chr12 83415719 . G C 366.07 PASS AF=0.475;AO=28;DP=82;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0415111;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2777;QD=18.3033;RBI=0.0425047;REFB=0.0209949;REVB=-0.00913649;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226866;STB=0.603079;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0260094;OID=.;OPOS=83415719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:36:42:28:38:0.475:15:13:25:11:22:16:26:16 chr12 85432040 . T A 917.12 PASS AF=0.486772;AO=91;DP=189;FAO=92;FDP=189;FR=.;FRO=97;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=0.0118728;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7383;QD=19.4099;RBI=0.069423;REFB=-0.0208149;REVB=-0.0684002;RO=98;SAF=44;SAR=47;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133007;STB=0.507378;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0233904;OID=.;OPOS=85432040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:98:97:91:92:0.486772:47:44:46:52:48:44:45:52 chr12 85438499 . G A 491.35 PASS AF=0.384106;AO=58;DP=152;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.0548511;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.115;QD=13.0159;RBI=0.0555888;REFB=-0.00723936;REVB=0.00902615;RO=90;SAF=20;SAR=38;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149572;STB=0.589467;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0112328;OID=.;OPOS=85438499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:90:93:58:58:0.384106:38:20:43:47:38:20:45:48 chr12 85449465 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.047;QD=60.9784;RBI=0.0119637;REFB=0;REVB=0.00449043;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06886e-05;OID=.;OPOS=85449465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr12 85466723 . G A 775.53 PASS AF=0.493827;AO=80;DP=162;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0123123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.572;QD=19.1489;RBI=0.0200348;REFB=-0.0128215;REVB=-0.0158051;RO=82;SAF=39;SAR=41;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114837;STB=0.506328;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0135322;OID=.;OPOS=85466723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:82:82:80:80:0.493827:41:39:41:41:41:39:41:41 chr12 85638645 . GAA AGA,GA,GAG 458.39 PASS AF=0.00735294,0.933824,0.0588235;AO=6,59,7;DP=141;FAO=1,127,8;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=0,45,0;FSAR=1,82,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10106,0.0442946,-0.0142847;FXX=0.0422505;HRUN=1,10,10;LEN=2,1,1;MLLD=14.9873,5.43015,149.878;QD=13.4819;RBI=0.102515,0.125831,0.0387859;REFB=0,0,0;REVB=0.0172103,0.117777,-0.0360595;RO=31;SAF=3,12,0;SAR=3,47,7;SRF=9;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.258196,-0.0805956,-0.64574;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0624583,-0.00854556,0.131897;OID=.,.,.;OPOS=85638645,85638646,85638647;OREF=GA,A,A;OALT=AG,-,G;OMAPALT=AGA,GA,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:21:141:136:31:0:6,59,7:1,127,8:0.00735294,0.933824,0.0588235:3,47,7:3,12,0:9:22:1,82,8:0,45,0:0:0 chr12 88440676 . G C 2236.66 PASS AF=0.980392;AO=150;DP=154;FAO=150;FDP=153;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.026945;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.013;QD=58.4749;RBI=0.0479523;REFB=-0.0867228;REVB=0.039666;RO=1;SAF=60;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525605;STB=0.505434;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.000804889;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:154:153:1:3:150:150:0.980392:90:60:0:1:90:60:2:1 chr12 88505078 . T C 769.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2689;QD=56.9904;RBI=0.0861805;REFB=0;REVB=0.0662269;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123194;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr12 88547277 . T C 1283.38 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.566;QD=61.8496;RBI=0.0309021;REFB=0;REVB=-0.00109028;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66006e-05;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr12 89743223 . G A 3426.2 PASS AF=0.986667;AO=221;DP=225;FAO=222;FDP=225;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=142;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0386321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.019;QD=60.9103;RBI=0.0395879;REFB=-0.179008;REVB=0.00864664;RO=3;SAF=79;SAR=142;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177457;STB=0.509202;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000740647;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:225:225:3:3:221:222:0.986667:142:79:3:0:142:80:3:0 chr12 89853408 . G A 1222.22 PASS AF=1;AO=74;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148555;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.376;QD=61.1109;RBI=0.149473;REFB=0;REVB=-0.148733;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396438;OID=.;OPOS=89853408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:74:80:1:49:25:0:0:54:26:0:0 chr12 89917518 . A G 836.98 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0970184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.829;QD=55.7985;RBI=0.0976746;REFB=-0.0255934;REVB=0.0113031;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000583272;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:28:31:0:1:28:31:0:1 chr12 89984614 . A T 65.47 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=39;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0911295;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=19.8213;QD=6.23557;RBI=0.0911413;REFB=-0.0109631;REVB=-0.00146371;RO=22;SAF=1;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.596551;STB=0.838085;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0385266;OID=.;OPOS=89984614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:39:42:22:28:16:14:0.333333:15:1:10:12:13:1:11:17 chr12 91340230 . G A 338.02 PASS AF=0.355932;AO=42;DP=118;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.000261379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3281;QD=11.4583;RBI=0.00491717;REFB=0.0114452;REVB=-0.00491021;RO=74;SAF=30;SAR=12;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102111;STB=0.561767;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0191711;OID=.;OPOS=91340230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:74:76:42:42:0.355932:12:30:47:27:12:30:48:28 chr12 91348057 . G A 428.92 PASS AF=0.335329;AO=50;DP=152;FAO=56;FDP=167;FR=.;FRO=111;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.0186426;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.744;QD=10.2736;RBI=0.138852;REFB=-0.0349797;REVB=0.137595;RO=100;SAF=35;SAR=15;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243165;STB=0.6165;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0403014;OID=.;OPOS=91348057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:167:100:111:50:56:0.335329:15:35:50:50:21:35:50:61 chr12 91348786 . G T 2500.24 PASS AF=0.949438;AO=168;DP=179;FAO=169;FDP=178;FR=.;FRO=9;FSAF=104;FSAR=65;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0331152;FXX=0.00558628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.673;QD=56.1851;RBI=0.0334233;REFB=-0.145252;REVB=-0.00452763;RO=8;SAF=104;SAR=64;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235827;STB=0.514704;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000724972;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:179:178:8:9:168:169:0.949438:64:104:7:1:65:104:8:1 chr12 91449990 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.835;QD=57.3857;RBI=0.0190788;REFB=0;REVB=0.00391725;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32079e-05;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr12 92816362 . C T 521.12 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00622661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.887;QD=26.0558;RBI=0.00645994;REFB=-0.010327;REVB=-0.00172053;RO=32;SAF=16;SAR=32;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436496;STB=0.5238;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00679173;OID=.;OPOS=92816362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:32:16:9:23:32:16:9:23 chr12 92818774 . GTTTTTG GCTTTTG,GTTTTG,GTTTTGT 44.17 PASS AF=0.0666667,0.166667,0.0666667;AO=2,5,2;DP=31;FAO=2,5,2;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=0,4,2;FSAR=2,1,0;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0144326,-0.0624177,0.00411515;FXX=0.0322477;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=101.016,14.3174,23.2813;QD=5.88885;RBI=0.0401875,0.109273,0.025546;REFB=-0.0037446,0.00641276,-0.0263756;REVB=0.0375065,0.0896916,0.0252124;RO=18;SAF=0,5,2;SAR=2,0,0;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0.300654,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.444428,0.760438,0.631566;STB=0.992688,0.863652,0.996535;STBP=0.354,0.146,0.055;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0973356,-0.0663608,0.11453;OID=.,.,.;OPOS=92818775,92818775,92818779;OREF=T,T,TG;OALT=C,-,GT;OMAPALT=GCTTTTG,GTTTTG,GTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0666667,0.166667,0.0666667:2,5,2:31:2,5,2:30:21:0,4,2:2,1,0:6:15:22:18:0,5,2:2,0,0:5:13 chr12 93102295 . G A 2190.41 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117392;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.539;QD=63.0335;RBI=0.012367;REFB=0;REVB=-0.00389023;RO=0;SAF=85;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76369e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040631;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:137:139:1:52:85:0:0:53:86:0:0 chr12 93147907 . A T 3838.28 PASS AF=1;AO=241;DP=241;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.025;QD=63.706;RBI=0.0405854;REFB=0;REVB=0.0275185;RO=0;SAF=125;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42424e-05;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:241:0:0:241:241:1:116:125:0:0:116:125:0:0 chr12 93150102 . T C 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.681;QD=61.5355;RBI=0.0286665;REFB=0;REVB=-0.0133513;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53595e-05;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr12 93155535 . G A 2027.22 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.555;QD=62.376;RBI=0.0271251;REFB=0;REVB=0.0202297;RO=0;SAF=58;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1079e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66752e-05;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:71:58:0:0:71:59:0:0 chr12 93166538 . A G 1740.43 PASS AF=0.930233;AO=120;DP=129;FAO=120;FDP=129;FR=.;FRO=9;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00319661;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.765;QD=53.9668;RBI=0.0198498;REFB=-0.134248;REVB=0.0195908;RO=5;SAF=64;SAR=56;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203592;STB=0.509354;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.000688166;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:129:129:5:9:120:120:0.930233:56:64:4:1:56:64:6:3 chr12 93166929 . A T 44.47 PASS AF=0.12766;AO=16;DP=86;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=-0.015335;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=28.2606;QD=1.89214;RBI=0.123882;REFB=-7.63591e-06;REVB=-0.122929;RO=70;SAF=1;SAR=15;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551658;STB=0.82285;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0294672;OID=.;OPOS=93166929;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:86:94:70:82:16:12:0.12766:15:1:27:43:11:1:27:55 chr12 93196422 . T G 517.02 PASS AF=0.923077;AO=37;DP=41;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000324422;FXX=0.0487686;HRUN=9;LEN=1;MLLD=278.997;QD=53.028;RBI=0.0165864;REFB=-0.0256364;REVB=0.0165832;RO=3;SAF=24;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00277211;STB=0.504502;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00152194;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:41:39:3:3:37:36:0.923077:13:24:2:1:14:22:2:1 chr12 93202801 . C T 2688.75 PASS AF=0.994253;AO=146;DP=175;FAO=173;FDP=174;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=79;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236069;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.305;QD=61.8104;RBI=0.0521007;REFB=-0.0416476;REVB=0.0464456;RO=1;SAF=74;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638362;STB=0.503144;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000283638;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:174:1:1:146:173:0.994253:72:74:1:0:94:79:1:0 chr12 93692934 . G A 940.85 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185444;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.101;QD=58.8032;RBI=0.00299838;REFB=0;REVB=-0.00235613;RO=0;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63467e-06;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:46:18:0:0:46:18:0:0 chr12 93895605 . G T 226.71 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0112899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7012;QD=11.3357;RBI=0.0545114;REFB=-0.0200426;REVB=-0.0533294;RO=52;SAF=15;SAR=13;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401337;STB=0.523239;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0515799;OID=.;OPOS=93895605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:13:15:26:26:13:15:26:26 chr12 93964955 . A AC 55.57 PASS AF=0.125;AO=18;DP=138;FAO=17;FDP=136;FR=.;FRO=119;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=72;FSRR=47;FWDB=-0.0121131;FXX=0.00729874;HRUN=0;LEN=1;MLLD=113.416;QD=1.63439;RBI=0.0600319;REFB=3.47934e-05;REVB=-0.0587971;RO=117;SAF=1;SAR=17;SRF=71;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.661854;STB=0.94833;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-0.0189922;OID=.;OPOS=93964956;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125:18:138:17:136:119:1:16:72:47:55:117:1:17:71:46 chr12 93968378 . CTTTTTTTTTTTTC CTTTCTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTCT 521.77 PASS AF=0.391304,0.318841,0.115942,0.173913;AO=6,11,8,6;DP=72;FAO=27,22,8,12;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21,7,12;FSAR=27,1,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108679,0.0528499,0.0969984,0.106542;FXX=0.0416609;HRUN=12,12,12,12;LEN=1,2,1,2;MLLD=152.029,13.5861,11.0497,9.78596;QD=30.2474;RBI=0.0514035,0.117845,0.153291,0.160631;REFB=-0.0365855,-0.188942,-0.205529,-0.194853;REVB=0.051392,0.105329,0.1187,0.120213;RO=8;SAF=0,11,8,6;SAR=6,0,0,0;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.814339,0.782008,0.743774,0.702488;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=-0.00848655,0.0499305,0.0954123,-0.029288;OID=.,.,.,.;OPOS=93968382,93968379,93968379,93968390;OREF=T,TT,T,TC;OALT=C,-,-,CT;OMAPALT=CTTTCTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.391304,0.318841,0.115942,0.173913:6,11,8,6:72:27,22,8,12:69:0:0,21,7,12:27,1,1,0:0:0:98:8:0,11,8,6:6,0,0,0:7:1 chr12 94132186 . T A 644.35 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=146;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0052241;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.599;QD=17.7752;RBI=0.0127338;REFB=-0.0130797;REVB=-0.0116129;RO=78;SAF=32;SAR=34;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604215;STB=0.536677;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0126506;OID=.;OPOS=94132186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:78:79:66:66:0.455172:34:32:33:45:34:32:33:46 chr12 94243853 . C T 862.22 PASS AF=0.527607;AO=84;DP=162;FAO=86;FDP=163;FR=.;FRO=77;FSAF=60;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.00759972;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.206;QD=21.1588;RBI=0.00787215;REFB=-0.0253281;REVB=0.00205303;RO=77;SAF=60;SAR=24;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105133;STB=0.540265;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0259433;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:77:77:84:86:0.527607:24:60:47:30:26:60:48:29 chr12 94645255 . A G 2964.46 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189869;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.013;QD=63.411;RBI=0.00221308;REFB=0;REVB=0.00113698;RO=0;SAF=102;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87834e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70862e-07;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:187:0:0:187:187:1:85:102:0:0:85:102:0:0 chr12 94671743 . G C 3012.97 PASS AF=0.984615;AO=192;DP=196;FAO=192;FDP=195;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00210005;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.802;QD=61.8046;RBI=0.0394533;REFB=-0.0445523;REVB=0.0393973;RO=3;SAF=104;SAR=88;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368828;STB=0.501937;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.000687915;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:196:195:3:3:192:192:0.984615:88:104:2:1:88:104:2:1 chr12 94671831 . GC G,TG 205.43 PASS AF=0.847826,0;AO=25,2;DP=48;FAO=39,0;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=14,0;FSAR=25,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.102868,-0.0100068;FXX=0.041658;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=8.35434,208.758;QD=17.8635;RBI=0.248909,0.0125937;REFB=-0.011449,0.00011081;REVB=0.226659,-0.00764628;RO=15;SAF=11,0;SAR=14,2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.121742,-0.462547;STB=0.511426,0.5;STBP=0.753,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0977676,0;OID=.,.;OPOS=94671832,94671831;OREF=C,GC;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:48:46:15:7:25,2:39,0:0.847826,0:14,2:11,0:4:11:25,0:14,0:3:4 chr12 94673277 . G A 453.51 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0181017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.729;QD=19.718;RBI=0.0183141;REFB=-0.0100507;REVB=-0.00278134;RO=47;SAF=7;SAR=38;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278573;STB=0.65698;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00806304;OID=.;OPOS=94673277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:38:7:17:30:38:7:17:30 chr12 94673509 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAC 1043.36 PASS AF=1,0;AO=70,3;DP=80;FAO=80,0;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100746,-0.105421;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=18.7835,5.10657;QD=52.1679;RBI=0.0465834,0.169584;REFB=0,0;REVB=-0.045481,-0.132835;RO=0;SAF=26,2;SAR=44,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.365854,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000490387,0;OID=.,.;OPOS=94673510,94673514;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:70,3:80:80,0:80:0:31,0:49,0:0:0:6:0:26,2:44,1:0:0 chr12 94769758 . A G 1508.74 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00142703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.155;QD=58.592;RBI=0.00514153;REFB=-0.0713685;REVB=-0.00493953;RO=1;SAF=50;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939421;STB=0.504853;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=7.13274e-05;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:1:1:101:102:0.990291:51:50:1:0:51:51:1:0 chr12 94772742 . C T 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0711525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.696;QD=11.2668;RBI=0.0752951;REFB=0.00293643;REVB=-0.0246306;RO=35;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574712;STB=0.539436;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00555165;OID=.;OPOS=94772742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:14:6:9:26:14:6:9:27 chr12 94909304 . A G 215.07 PASS AF=0.431034;AO=23;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0547754;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5254;QD=14.8321;RBI=0.0556412;REFB=-0.0364414;REVB=-0.00977783;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161515;STB=0.617142;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0486579;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:33:23:25:0.431034:16:7:6:27:16:9:6:27 chr12 94963527 . ATT A,AT 423.45 PASS AF=0,1;AO=7,48;DP=60;FAO=0,59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818212,0.155903;FXX=0.0166639;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=9.10922,10.1017;QD=28.7086;RBI=0.0969294,0.188942;REFB=0,0;REVB=-0.0519672,-0.106739;RO=4;SAF=1,26;SAR=6,22;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.45752,-0.0303692;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0264802,0.00361866;OID=.,.;OPOS=94963528,94963528;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,48:60:0,59:59:0:0,30:0,29:0:0:8:4:1,26:6,22:3:1 chr12 94963611 . C T 575.22 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5571;QD=60.5494;RBI=0.0354837;REFB=0;REVB=0.0182895;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186919;OID=.;OPOS=94963611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr12 94975799 . G A 812.71 PASS AF=0.529412;AO=81;DP=153;FAO=81;FDP=153;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0111172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.706;QD=21.2472;RBI=0.0182598;REFB=-0.00549857;REVB=-0.0144854;RO=72;SAF=35;SAR=46;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257622;STB=0.514108;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00556754;OID=.;OPOS=94975799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:72:72:81:81:0.529412:46:35:29:43:46:35:29:43 chr12 94976084 . T C 864.32 PASS AF=0.478261;AO=88;DP=184;FAO=88;FDP=184;FR=.;FRO=96;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0203175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.308;QD=18.7895;RBI=0.0218784;REFB=-0.0147342;REVB=-0.00811566;RO=96;SAF=49;SAR=39;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540039;STB=0.529822;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0158327;OID=.;OPOS=94976084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:96:96:88:88:0.478261:39:49:48:48:39:49:48:48 chr12 95044161 . A C 144.77 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.177;QD=44.5457;RBI=0.0402578;REFB=0;REVB=-0.0172782;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256297;OID=.;OPOS=95044161;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr12 95228286 . G C 494.86 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=-0.0153054;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.543;QD=17.517;RBI=0.0153599;REFB=-0.00692878;REVB=0.00129369;RO=60;SAF=25;SAR=28;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20007;STB=0.610544;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0107231;OID=.;OPOS=95228286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:28:25:16:44:28:25:16:44 chr12 95470600 . A ATCTT 308.53 PASS AF=0.33913;AO=33;DP=127;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0023475;FXX=0.0416632;HRUN=1;LEN=4;MLLD=256.963;QD=10.7315;RBI=0.00302362;REFB=-0.0158299;REVB=-0.00190566;RO=84;SAF=11;SAR=22;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179932;STB=0.560408;STBP=0.352;TYPE=ins;VARB=0.0248555;OID=.;OPOS=95470601;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.33913:33:127:39:115:76:15:24:36:40:99:84:11:22:40:44 chr12 95500727 . C G 168.46 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0121523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8454;QD=10.3666;RBI=0.0470288;REFB=-0.0135805;REVB=0.0454316;RO=43;SAF=7;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176027;STB=0.603479;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0280653;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:15:7:20:23:15:7:20:23 chr12 95502303 . G A 944.76 PASS AF=0.534884;AO=92;DP=172;FAO=92;FDP=172;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=24;FSRR=56;FWDB=-0.00437621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.804;QD=21.9712;RBI=0.0288552;REFB=-0.00271132;REVB=0.0285214;RO=80;SAF=41;SAR=51;SRF=24;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127613;STB=0.569578;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00205065;OID=.;OPOS=95502303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:80:80:92:92:0.534884:51:41:24:56:51:41:24:56 chr12 95604290 . T C 510.27 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0036149;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.631;QD=23.1941;RBI=0.007126;REFB=0.00446707;REVB=-0.00614104;RO=39;SAF=27;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826775;STB=0.551261;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00280284;OID=.;OPOS=95604290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:39:40:48:48:0.545455:21:27:18:21:21:27:18:22 chr12 95637234 . C T 190.32 PASS AF=0.4;AO=21;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.04384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2139;QD=15.2253;RBI=0.0464886;REFB=-0.0327744;REVB=-0.0154676;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281396;STB=0.679843;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0540467;OID=.;OPOS=95637234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:21:20:0.4:11:10:6:23:10:10:6:24 chr12 95694394 . G A 566.24 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0010653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.717;QD=24.619;RBI=0.0010753;REFB=0.00775961;REVB=-0.000146252;RO=39;SAF=31;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126686;STB=0.564327;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00791145;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:40:52:52:0.565217:21:31:17:22:21:31:18:22 chr12 95695804 . C A 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.026589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.867;QD=12.5459;RBI=0.0307263;REFB=-0.0130266;REVB=-0.0153991;RO=42;SAF=5;SAR=21;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261059;STB=0.652236;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0269134;OID=.;OPOS=95695804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:21:5:16:26:21:5:16:26 chr12 95927762 . T C 430.32 PASS AF=0.384615;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.0504396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3816;QD=13.2407;RBI=0.0518005;REFB=-0.0140359;REVB=0.0117956;RO=79;SAF=26;SAR=24;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110273;STB=0.565884;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0327075;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:79:80:50:50:0.384615:24:26:33:46:24:26:33:47 chr12 96184010 . GGC G,GCC 318.89 PASS AF=0.965517,0;AO=13,2;DP=36;FAO=28,0;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.234897,0.0837012;FXX=0.0937207;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.158,5.71997;QD=43.9847;RBI=0.255594,0.602101;REFB=0.0674705,0.134362;REVB=0.100755,-0.596255;RO=17;SAF=11,0;SAR=2,2;SRF=4;SRR=13;SSEN=0.326531,0;SSEP=0,0;SSSB=0.594337,-0.439097;STB=0.518505,0.5;STBP=0.327,1;TYPE=del,snp;VARB=0.014432,0;OID=.,.;OPOS=96184011,96184011;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.965517,0:13,2:36:28,0:29:1:15,0:13,0:0:1:5:17:11,0:2,2:4:13 chr12 96260947 . A G 218.04 PASS AF=0.383562;AO=26;DP=70;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00145334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5642;QD=11.9475;RBI=0.0240641;REFB=-0.032783;REVB=-0.0240202;RO=44;SAF=14;SAR=12;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832159;STB=0.5616;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0436989;OID=.;OPOS=96260947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:44:45:26:28:0.383562:12:14:27:17:14:14:27:18 chr12 96284650 . A G 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00750914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.056;QD=17.3289;RBI=0.0254026;REFB=-0.00488408;REVB=-0.0242673;RO=44;SAF=15;SAR=23;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143464;STB=0.515483;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00592631;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:23:15:18:26:23:15:19:26 chr12 96337183 . A G 1024.94 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0639;QD=59.4167;RBI=0.0899108;REFB=0;REVB=-0.0609502;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000954678;OID=.;OPOS=96337183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr12 96337225 . C T 363.5 PASS AF=0.481013;AO=36;DP=76;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00209117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.618;QD=18.4051;RBI=0.0374904;REFB=-0.0281401;REVB=0.0374321;RO=37;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147046;STB=0.535117;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0230194;OID=.;OPOS=96337225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:37:41:36:38:0.481013:21:15:16:21:22:16:20:21 chr12 96346594 . T C 184.74 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0458132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8347;QD=12.1139;RBI=0.0632173;REFB=0.0107863;REVB=0.0435612;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800708;STB=0.54619;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.016014;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:12:11:21:17:12:11:21:17 chr12 96374563 . T C 1648.64 PASS AF=0.957627;AO=113;DP=118;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0108624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.603;QD=55.886;RBI=0.0114647;REFB=-0.0226113;REVB=-0.00366717;RO=4;SAF=49;SAR=64;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371901;STB=0.515734;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00120773;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:118:118:4:5:113:113:0.957627:64:49:4:0:64:49:4:1 chr12 96374614 . C T 1079.95 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.926;QD=59.997;RBI=0.0177039;REFB=0;REVB=0.00903639;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66542e-06;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr12 96661610 . TAAAAG T 681.85 PASS AF=0.982456;AO=53;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309485;FXX=0.0338926;HRUN=4;LEN=5;MLLD=234.93;QD=47.8491;RBI=0.0312088;REFB=-0.108038;REVB=-0.00402234;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184728;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=del;VARB=0.0013645;OID=.;OPOS=96661611;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.982456:53:58:56:57:1:28:28:0:1:7:1:28:25:0:1 chr12 96821251 . A T 2744.85 PASS AF=0.983425;AO=178;DP=181;FAO=178;FDP=181;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00129159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1658;QD=60.6597;RBI=0.0379344;REFB=-0.0325419;REVB=0.0379124;RO=2;SAF=70;SAR=108;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873362;STB=0.506849;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0026954;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:181:181:2:3:178:178:0.983425:108:70:0:2:108:70:0:3 chr12 96900801 . G T 2282.32 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.849;QD=63.3977;RBI=0.0265377;REFB=0;REVB=-0.0167965;RO=0;SAF=67;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68906e-06;OID=.;OPOS=96900801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:77:67:0:0:77:67:0:0 chr12 96992494 . C T 488.41 PASS AF=0.456897;AO=51;DP=115;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0229155;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.499;QD=16.8419;RBI=0.0231252;REFB=0.00894046;REVB=0.00310748;RO=62;SAF=28;SAR=23;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799345;STB=0.549001;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0111685;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:62:63:51:53:0.456897:23:28:29:33:23:30:30:33 chr12 97045481 . C T 740.33 PASS AF=0.467066;AO=78;DP=167;FAO=78;FDP=167;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.000460622;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.277;QD=17.7325;RBI=0.00248325;REFB=0.000970371;REVB=0.00244016;RO=89;SAF=31;SAR=47;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116648;STB=0.564658;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.000984619;OID=.;OPOS=97045481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:89:89:78:78:0.467066:47:31:46:43:47:31:46:43 chr12 97098549 . T C 310.82 PASS AF=0.448718;AO=33;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.000975949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5128;QD=15.9395;RBI=0.0416162;REFB=0.00484423;REVB=0.0416047;RO=42;SAF=25;SAR=8;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371348;STB=0.690511;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00597179;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:43:33:35:0.448718:8:25:17:25:9:26:18:25 chr12 97102578 . G A 198.62 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0390072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2867;QD=19.3778;RBI=0.0624226;REFB=-0.0207135;REVB=-0.0487342;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690132;STB=0.538885;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0318127;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:14:6:5:16:14:6:5:16 chr12 97114231 . G A 516.48 PASS AF=0.5;AO=53;DP=107;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.019565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.624;QD=19.1288;RBI=0.0451195;REFB=0.00518754;REVB=0.0406569;RO=54;SAF=30;SAR=23;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437928;STB=0.518665;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00517675;OID=.;OPOS=97114231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:54:54:53:54:0.5:23:30:28:26:24:30:28:26 chr12 97136218 . T C 244.45 PASS AF=0.308411;AO=33;DP=107;FAO=33;FDP=107;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.00567238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.475;QD=9.13828;RBI=0.0508868;REFB=-0.0114778;REVB=0.0505697;RO=74;SAF=14;SAR=19;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105751;STB=0.561965;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0314011;OID=.;OPOS=97136218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:74:74:33:33:0.308411:19:14:38:36:19:14:38:36 chr12 97136239 . G A 310.05 PASS AF=0.317829;AO=40;DP=128;FAO=41;FDP=129;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.00372057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.347;QD=9.61404;RBI=0.0242119;REFB=-0.00865814;REVB=-0.0239243;RO=88;SAF=19;SAR=21;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295062;STB=0.508317;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0125182;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:88:88:40:41:0.317829:21:19:44:44:21:20:44:44 chr12 97254620 . G A 902.44 PASS AF=0.461538;AO=96;DP=209;FAO=96;FDP=208;FR=.;FRO=112;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=0.000244489;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.822;QD=17.3546;RBI=0.00164022;REFB=-0.0188769;REVB=0.0016219;RO=112;SAF=37;SAR=59;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704437;STB=0.539028;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0223982;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:112:112:96:96:0.461538:59:37:51:61:59:37:51:61 chr12 98332904 . TCA T 892.42 PASS AF=1;AO=53;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022062;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.203;QD=52.4951;RBI=0.0310505;REFB=0;REVB=0.0218495;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0014383;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:64:68:68:0:27:41:0:0:5:0:21:32:0:0 chr12 98811687 . G C 990.9 PASS AF=0.5;AO=96;DP=194;FAO=97;FDP=194;FR=.;FRO=97;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.00137604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3467;QD=20.4308;RBI=0.02158;REFB=0.0102075;REVB=-0.0215361;RO=97;SAF=36;SAR=60;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113024;STB=0.558402;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00967593;OID=.;OPOS=98811687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:97:97:96:97:0.5:60:36:48:49:60:37:48:49 chr12 98849314 . A T 502.4 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0268481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.007;QD=17.3242;RBI=0.0280174;REFB=-0.00583644;REVB=-0.00800992;RO=62;SAF=17;SAR=37;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776964;STB=0.543322;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.006158;OID=.;OPOS=98849314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:62:54:54:0.465517:37:17:24:38:37:17:24:38 chr12 98897267 . C T 324.75 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0155649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2954;QD=17.0923;RBI=0.0167367;REFB=-0.0234763;REVB=-0.00615215;RO=41;SAF=22;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183286;STB=0.608024;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0218125;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:34:35:0.460526:12:22:19:22:12:23:19:22 chr12 98940228 . A AT 196.35 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.173717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.3404;QD=11.55;RBI=0.178438;REFB=0.00872195;REVB=0.040771;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021716;STB=0.518576;STBP=0.768;TYPE=ins;VARB=0.000402126;OID=.;OPOS=98940229;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:31:69:32:68:36:14:18:17:19:99:38:14:17:18:20 chr12 99007623 . C T 443.97 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00100869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0293;QD=17.938;RBI=0.0912085;REFB=-0.000153952;REVB=-0.0912029;RO=53;SAF=24;SAR=21;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596826;STB=0.538341;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.000844317;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:21:24:25:28:21:24:25:29 chr12 99028145 . A G 657.88 PASS AF=0.496241;AO=65;DP=136;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0388605;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.026;QD=19.7859;RBI=0.0395647;REFB=0.000810734;REVB=-0.00743172;RO=63;SAF=37;SAR=28;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457236;STB=0.51101;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00056758;OID=.;OPOS=99028145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:133:63:67:65:66:0.496241:28:37:39:24:29:37:39:28 chr12 99477625 . T C 2366.64 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0677;QD=63.9633;RBI=0.0707888;REFB=0;REVB=-0.0706059;RO=0;SAF=63;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309439;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:85:63:0:0:85:63:0:0 chr12 99640428 . T C 3137.65 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130116;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.537;QD=64.0337;RBI=0.0147737;REFB=0;REVB=0.00699713;RO=0;SAF=92;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5125e-05;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:196:0:0:197:196:1:105:92:0:0:105:91:0:0 chr12 99640557 . T C 3139.57 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038121;FXX=0.0145624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.24;QD=61.8635;RBI=0.0453624;REFB=0;REVB=0.0245872;RO=0;SAF=87;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58382e-06;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:203:0:0:198:203:1:111:87:0:0:111:92:0:0 chr12 100042135 . C T 794.04 PASS AF=0.519481;AO=80;DP=155;FAO=80;FDP=154;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0047181;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.234;QD=20.6243;RBI=0.0238477;REFB=-0.0172181;REVB=0.0233763;RO=74;SAF=33;SAR=47;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1479;STB=0.581171;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0177115;OID=.;OPOS=100042135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:74:74:80:80:0.519481:47:33:43:31:47:33:43:31 chr12 100774548 . G A 1039.31 PASS AF=0.538043;AO=99;DP=184;FAO=99;FDP=184;FR=.;FRO=85;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.00613827;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5446;QD=22.5936;RBI=0.00625384;REFB=0.00318876;REVB=-0.00119671;RO=84;SAF=56;SAR=43;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656825;STB=0.533327;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00396702;OID=.;OPOS=100774548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:84:85:99:99:0.538043:43:56:41:43:43:56:42:43 chr12 100893636 . C T 1087.99 PASS AF=0.598802;AO=100;DP=168;FAO=100;FDP=167;FR=.;FRO=67;FSAF=66;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0578543;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9056;QD=26.0597;RBI=0.077879;REFB=0.0172087;REVB=-0.0521346;RO=68;SAF=66;SAR=34;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18157;STB=0.59532;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0123293;OID=.;OPOS=100893636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:68:67:100:100:0.598802:34:66:29:39:34:66:29:38 chr12 101017445 . T C 822.85 PASS AF=0.413333;AO=91;DP=225;FAO=93;FDP=225;FR=.;FRO=132;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=55;FSRR=77;FWDB=0.0266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.419;QD=14.6284;RBI=0.050564;REFB=-0.0031201;REVB=0.0430019;RO=133;SAF=32;SAR=59;SRF=56;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783611;STB=0.538712;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00550116;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:133:132:91:93:0.413333:59:32:56:77:60:33:55:77 chr12 101552075 . G A 1302.1 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0629009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0904;QD=62.0047;RBI=0.0720228;REFB=0;REVB=0.0350822;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001868;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr12 101560328 . C A 340.14 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=107;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0074427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1803;QD=12.7154;RBI=0.014441;REFB=-0.00345131;REVB=-0.0123753;RO=66;SAF=16;SAR=25;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551177;STB=0.531397;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00631845;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:66:66:41:41:0.383178:25:16:29:37:25:16:29:37 chr12 101561940 . A T 359.39 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00855161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.45;QD=17.3199;RBI=0.0165949;REFB=-0.0294685;REVB=0.0142218;RO=45;SAF=27;SAR=11;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251437;STB=0.64147;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0354181;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:11:27:21:24:11:27:21:24 chr12 101587518 . C T 153.59 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00627977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.317;QD=8.9039;RBI=0.00633587;REFB=-0.00800101;REVB=0.000841309;RO=47;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153783;STB=0.516559;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0175264;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:48:21:21:0.304348:11:10:23:24:11:10:24:24 chr12 101680131 . T C 550.84 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0175854;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.881;QD=17.7689;RBI=0.0240165;REFB=-0.0124503;REVB=-0.0163568;RO=66;SAF=34;SAR=24;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464712;STB=0.502581;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0131263;OID=.;OPOS=101680131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:66:66:58:58:0.467742:24:34:39:27:24:34:39:27 chr12 101683929 . C T 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.274;QD=61.8519;RBI=0.00980672;REFB=0;REVB=0.00867661;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04305e-05;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr12 101685783 . C T 666.14 PASS AF=0.455696;AO=72;DP=159;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0042145;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.05;QD=16.8644;RBI=0.00422404;REFB=-0.0206704;REVB=0.000283736;RO=86;SAF=32;SAR=40;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319067;STB=0.517726;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0226742;OID=.;OPOS=101685783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:86:86:72:72:0.455696:40:32:41:45:40:32:41:45 chr12 101723197 . C T 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0359085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.015;QD=13.4948;RBI=0.040083;REFB=-0.0154564;REVB=0.0178109;RO=42;SAF=7;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364502;STB=0.721511;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0187194;OID=.;OPOS=101723197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:44:29:29:0.39726:22:7:24:18:22:7:26:18 chr12 101734349 . G A 139.52 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.035796;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3089;QD=7.54163;RBI=0.0628829;REFB=0.00118654;REVB=0.0517002;RO=52;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178071;STB=0.587417;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00469292;OID=.;OPOS=101734349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:52:54:20:20:0.27027:11:9:16:36:11:9:18:36 chr12 101750814 . T A 1607.32 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.81;QD=60.0868;RBI=0.0231512;REFB=0;REVB=0.0211917;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40398e-05;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:54:52:0:0:54:53:0:0 chr12 101755809 . T C 887.55 PASS AF=0.610687;AO=79;DP=131;FAO=80;FDP=131;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0014566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.209;QD=27.1008;RBI=0.0185697;REFB=-0.00876121;REVB=0.0185125;RO=51;SAF=30;SAR=49;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828412;STB=0.541319;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00604209;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:51:51:79:80:0.610687:49:30:25:26:49:31:25:26 chr12 101757446 . T C 698.46 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0300262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.242;QD=21.9986;RBI=0.0308665;REFB=0.0053792;REVB=0.0071533;RO=59;SAF=26;SAR=42;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808753;STB=0.544394;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00401878;OID=.;OPOS=101757446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:59:59:68:68:0.535433:42:26:28:31:42:26:28:31 chr12 101787092 . ATTTTTTTTTTT ATATTTTTTTTT,ATTTATTTTTTT,ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTA,TTTATTTTTTTT 168.8 PASS AF=0.0833333,0.166667,0.611111,0.0277778,0.111111;AO=2,2,7,2,2;DP=35;FAO=3,6,22,1,4;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,15,1,0;FSAR=3,6,7,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330528,-0.0467148,-0.335107,-0.0591966,-0.0432554;FXX=0.142823;HRUN=11,11,11,11,3;LEN=1,1,1,1,4;MLLD=131.622,136.694,4.68523,11.0109,135.289;QD=18.7554;RBI=0.0395372,0.0477175,0.407751,0.106003,0.0474028;REFB=0.0283165,0.0243676,0.190145,0.101674,0.0230094;REVB=-0.0216956,-0.00973067,0.232301,0.0879345,-0.0193905;RO=6;SAF=0,0,7,1,0;SAR=2,2,0,1,2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.562437,-0.562437,0.793444,0.168213,-0.562437;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,snp,mnp;VARB=0.141432,0.0566573,0.0466241,0.0864547,-0.038535;OID=.,.,.,.,.;OPOS=101787094,101787096,101787093,101787103,101787092;OREF=T,T,T,T,ATTT;OALT=A,A,-,A,TTTA;OMAPALT=ATATTTTTTTTT,ATTTATTTTTTT,ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTA,TTTATTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:35:35:36:6:0:2,2,7,2,2:3,6,22,1,4:0.0833333,0.166667,0.611111,0.0277778,0.111111:2,2,0,1,2:0,0,7,1,0:2:4:3,6,7,0,4:0,0,15,1,0:0:0 chr12 101866174 . C A 1506.2 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0564;QD=59.6513;RBI=0.0303245;REFB=0;REVB=-0.0254439;RO=0;SAF=23;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18325e-05;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:77:23:0:0:77:24:0:0 chr12 102036305 . C T 782.3 PASS AF=0.52;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00149423;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.067;QD=20.8612;RBI=0.0170309;REFB=-0.0302862;REVB=-0.0169652;RO=72;SAF=43;SAR=35;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284251;STB=0.515594;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0259896;OID=.;OPOS=102036305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:72:72:78:78:0.52:35:43:42:30:35:43:42:30 chr12 102045163 . C G 353.32 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0225601;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.182;QD=15.3618;RBI=0.0320925;REFB=-0.0139404;REVB=-0.0228248;RO=54;SAF=19;SAR=19;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192158;STB=0.510864;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0192171;OID=.;OPOS=102045163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:54:54:38:38:0.413043:19:19:26:28:19:19:26:28 chr12 102064118 . T C 1695.02 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.469;QD=60.5364;RBI=0.0495021;REFB=0;REVB=-0.0448681;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329127;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:60:52:0:0:60:52:0:0 chr12 102069077 . A G 644.87 PASS AF=0.584906;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=106;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.007094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.925;QD=24.3347;RBI=0.0232415;REFB=-0.00219325;REVB=-0.0221324;RO=42;SAF=26;SAR=36;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783783;STB=0.533982;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00215025;OID=.;OPOS=102069077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:42:44:62:62:0.584906:36:26:22:20:36:26:22:22 chr12 102079418 . G A 2027.24 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.968;QD=62.3765;RBI=0.0514116;REFB=0;REVB=0.0453503;RO=0;SAF=46;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63653e-05;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:84:46:0:0:84:46:0:0 chr12 102108345 . T C 1238.61 PASS AF=0.483019;AO=73;DP=262;FAO=128;FDP=265;FR=.;FRO=137;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=55;FSRR=82;FWDB=-0.00197525;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=42.762;QD=18.6959;RBI=0.0141615;REFB=-0.00495034;REVB=0.014023;RO=63;SAF=38;SAR=35;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00276247;STB=0.519015;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00738783;OID=.;OPOS=102108345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:265:63:137:73:128:0.483019:35:38:33:30:72:56:55:82 chr12 102117589 . C T 2468.69 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.778;QD=60.9554;RBI=0.0106112;REFB=0;REVB=-0.0103151;RO=0;SAF=66;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04947e-06;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:162:0:0:157:162:1:91:66:0:0:91:71:0:0 chr12 102158763 . T C 897.16 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433611;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.922;QD=57.881;RBI=0.067215;REFB=0;REVB=0.0513583;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406287;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:32:28:0:0:32:30:0:0 chr12 102173654 . T C 1552.88 PASS AF=0.931624;AO=109;DP=118;FAO=109;FDP=117;FR=.;FRO=8;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0673127;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.93;QD=53.0898;RBI=0.0879715;REFB=-0.172563;REVB=0.056639;RO=8;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653067;STB=0.534476;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0101428;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:118:117:8:8:109:109:0.931624:54:55:0:8:54:55:0:8 chr12 102279115 . C T 352.44 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00332119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6266;QD=18.3085;RBI=0.0383241;REFB=-0.000990675;REVB=-0.0381799;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128723;STB=0.57169;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000546411;OID=.;OPOS=102279115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:19:18:25:15:19:18:25:15 chr12 102279193 . G A 1495.0 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102478;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9229;QD=63.617;RBI=0.0217333;REFB=0;REVB=-0.0191656;RO=0;SAF=65;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33175e-05;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:29:65:0:0:29:65:0:0 chr12 102315359 . G T 124.88 PASS AF=0.267606;AO=14;DP=64;FAO=19;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0461213;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.793;QD=7.03524;RBI=0.0482449;REFB=-0.024202;REVB=-0.0141561;RO=41;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163094;STB=0.724505;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.100001;OID=.;OPOS=102315359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:71:41:52:14:19:0.267606:7:7:15:26:7:12:16:36 chr12 102321583 . C T 456.41 PASS AF=0.505618;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0259415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8496;QD=20.513;RBI=0.0572935;REFB=-0.0335029;REVB=-0.051084;RO=44;SAF=24;SAR=20;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061581;STB=0.527724;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0313892;OID=.;OPOS=102321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:44:44:44:45:0.505618:20:24:21:23:21:24:21:23 chr12 102517753 . T C 433.32 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=129;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.000950981;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.606;QD=13.5412;RBI=0.00653679;REFB=-0.0122369;REVB=0.00646725;RO=78;SAF=26;SAR=24;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215325;STB=0.51219;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0197546;OID=.;OPOS=102517753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:78:78:50:50:0.390625:24:26:39:39:24:26:39:39 chr12 102792555 . G GT,T 43.38 PASS AF=0.141304,0;AO=18,4;DP=99;FAO=13,0;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=8,0;FSAR=5,0;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.109301,-0.0446916;FXX=0.0212743;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=48.9406,141.719;QD=1.88599;RBI=0.154877,0.0490344;REFB=-0.0256987,-0.0100191;REVB=-0.109728,-0.0201751;RO=70;SAF=15,1;SAR=3,3;SRF=29;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.526091,-0.162672;STB=0.675067,0.5;STBP=0.193,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0989816,0;OID=.,.;OPOS=102792556,102792555;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:99:92:70:79:18,4:13,0:0.141304,0:3,3:15,1:29:41:5,0:8,0:32:47 chr12 103237468 . G C 576.54 PASS AF=0.387283;AO=67;DP=173;FAO=67;FDP=173;FR=.;FRO=106;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.00748367;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.703;QD=13.3305;RBI=0.0150672;REFB=0.0031547;REVB=-0.0130773;RO=105;SAF=28;SAR=39;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135364;STB=0.579251;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00618517;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:105:106:67:67:0.387283:39:28:57:48:39:28:58:48 chr12 103248924 . C T 1120.84 PASS AF=0.484979;AO=113;DP=234;FAO=113;FDP=233;FR=.;FRO=120;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=50;FSRR=70;FWDB=0.0130551;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.48;QD=19.2419;RBI=0.0141665;REFB=-0.0145822;REVB=0.00550042;RO=120;SAF=43;SAR=70;SRF=50;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354936;STB=0.51955;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0174268;OID=.;OPOS=103248924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:120:120:113:113:0.484979:70:43:50:70:70:43:50:70 chr12 103307583 . A G 469.17 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.001546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.41;QD=17.0608;RBI=0.0362412;REFB=0.00197478;REVB=0.0362082;RO=59;SAF=26;SAR=25;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828263;STB=0.546084;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00194735;OID=.;OPOS=103307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:25:26:25:34:25:26:25:34 chr12 103670917 . A G 374.59 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00541773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.976;QD=20.8104;RBI=0.0209569;REFB=0.00703718;REVB=0.0202445;RO=34;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278548;STB=0.51541;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00636645;OID=.;OPOS=103670917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:20:18:15:19:20:18:15:19 chr12 103872172 . T G 210.24 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.000570487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.542;QD=11.8444;RBI=0.0669317;REFB=0.00236084;REVB=0.0669293;RO=44;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124199;STB=0.563332;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00209882;OID=.;OPOS=103872172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:45:26:26:0.366197:13:13:17:27:13:13:18:27 chr12 104067812 . C T 479.31 PASS AF=0.481481;AO=51;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.0244596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.31;QD=17.7521;RBI=0.0244795;REFB=-0.00515291;REVB=-0.000986555;RO=56;SAF=25;SAR=26;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177274;STB=0.601814;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00719532;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:51:52:0.481481:26:25:17:39:26:26:17:39 chr12 104086631 . C T 336.82 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0336032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.92;QD=12.3602;RBI=0.0342309;REFB=0.00600358;REVB=0.00652532;RO=67;SAF=17;SAR=24;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367132;STB=0.501844;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.0105771;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:68:41:41:0.376147:24:17:28:39:24:17:28:40 chr12 104152943 . C T 779.1 PASS AF=0.44385;AO=82;DP=187;FAO=83;FDP=187;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=0.0194005;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.033;QD=16.6652;RBI=0.025743;REFB=-0.0173224;REVB=-0.0169211;RO=105;SAF=40;SAR=42;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267002;STB=0.508695;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0243594;OID=.;OPOS=104152943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:105:104:82:83:0.44385:42:40:54:51:42:41:53:51 chr12 104153006 . G T 752.59 PASS AF=0.451977;AO=78;DP=175;FAO=80;FDP=177;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=0.0269392;FXX=0.00561766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3351;QD=17.0077;RBI=0.0786865;REFB=0.00118629;REVB=0.0739313;RO=96;SAF=37;SAR=41;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151347;STB=0.501625;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00122332;OID=.;OPOS=104153006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:96:97:78:80:0.451977:41:37:47:49:41:39:47:50 chr12 104159936 . C T 208.45 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0482682;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3259;QD=11.2677;RBI=0.100791;REFB=-0.0120424;REVB=0.088482;RO=45;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184;STB=0.608029;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0267142;OID=.;OPOS=104159936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:48:26:26:0.351351:13:13:15:30:13:13:16:32 chr12 104170991 . G A 862.29 PASS AF=0.457711;AO=92;DP=202;FAO=92;FDP=201;FR=.;FRO=109;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=0.0310255;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.677;QD=17.16;RBI=0.033123;REFB=-0.00274001;REVB=0.0115997;RO=110;SAF=48;SAR=44;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101499;STB=0.558849;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0041687;OID=.;OPOS=104170991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:110:109:92:92:0.457711:44:48:46:64:44:48:45:64 chr12 104171742 . C T 690.05 PASS AF=0.476821;AO=72;DP=151;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=0.0236205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.121;QD=18.2795;RBI=0.0585701;REFB=-0.0188034;REVB=0.053596;RO=79;SAF=25;SAR=47;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569573;STB=0.50315;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0190945;OID=.;OPOS=104171742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:79:79:72:72:0.476821:47:25:27:52:47:25:27:52 chr12 104186946 . G T 238.35 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.025041;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.898;QD=13.6202;RBI=0.0378597;REFB=-0.0187959;REVB=-0.0283955;RO=41;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187173;STB=0.612824;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0273274;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:42:28:28:0.4:12:16:16:25:12:16:16:26 chr12 104208868 . C T 364.32 PASS AF=0.376068;AO=43;DP=115;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00829696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.686;QD=12.4552;RBI=0.0101921;REFB=0.00486155;REVB=-0.00591939;RO=72;SAF=16;SAR=27;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143678;STB=0.568051;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00575157;OID=.;OPOS=104208868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:72:73:43:44:0.376068:27:16:36:36:27:17:36:37 chr12 104254932 . G A 269.57 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.023915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0414;QD=14.1877;RBI=0.0622812;REFB=0.00175803;REVB=-0.0575067;RO=43;SAF=24;SAR=7;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328991;STB=0.690846;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00411194;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:45:31:31:0.407895:7:24:21:22:7:24:22:23 chr12 104309559 . C T 1124.74 PASS AF=0.526066;AO=111;DP=212;FAO=111;FDP=211;FR=.;FRO=100;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=-0.00898401;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6188;QD=21.3221;RBI=0.032346;REFB=-0.0082266;REVB=0.0310734;RO=101;SAF=55;SAR=56;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348959;STB=0.521568;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00812121;OID=.;OPOS=104309559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:101:100:111:111:0.526066:56:55:46:55:56:55:45:55 chr12 104341103 . C T 1163.88 PASS AF=0.9875;AO=76;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113897;FXX=0.0243873;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.76;QD=58.1942;RBI=0.0293273;REFB=-0.0104471;REVB=0.0270252;RO=2;SAF=27;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00764349;STB=0.504853;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000147492;OID=.;OPOS=104341103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:80:2:1:76:79:0.9875:49:27:1:1:51:28:0:1 chr12 104345384 . G A 300.19 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00117469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.763;QD=16.449;RBI=0.00808969;REFB=-0.00704365;REVB=0.00800395;RO=40;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140986;STB=0.57916;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0119344;OID=.;OPOS=104345384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:15:18:16:24:15:18:16:24 chr12 104349525 . T C 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00869837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.546;QD=16.0924;RBI=0.00947733;REFB=-0.00443773;REVB=0.00376273;RO=38;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170282;STB=0.500959;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00580035;OID=.;OPOS=104349525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:13:18:22:16:13:18:22:16 chr12 104359779 . C T 98.77 PASS AF=0.128492;AO=23;DP=180;FAO=23;FDP=179;FR=.;FRO=156;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=66;FSRR=90;FWDB=-0.0235935;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.628;QD=2.20711;RBI=0.0236622;REFB=-0.006329;REVB=0.00180205;RO=154;SAF=10;SAR=13;SRF=65;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162975;STB=0.510397;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0335982;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:180:179:154:156:23:23:0.128492:13:10:65:89:13:10:66:90 chr12 104376693 . G A 864.65 PASS AF=0.454082;AO=89;DP=196;FAO=89;FDP=196;FR=.;FRO=107;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=66;FWDB=-0.0035835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.633;QD=17.646;RBI=0.00963193;REFB=0.00148966;REVB=0.00894051;RO=107;SAF=39;SAR=50;SRF=41;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554781;STB=0.53073;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00204365;OID=.;OPOS=104376693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:107:107:89:89:0.454082:50:39:41:66:50:39:41:66 chr12 104390525 . G A 647.11 PASS AF=0.414773;AO=69;DP=174;FAO=73;FDP=176;FR=.;FRO=103;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=66;FWDB=0.00436701;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.614;QD=14.707;RBI=0.00460331;REFB=-0.00787924;REVB=0.00145592;RO=105;SAF=30;SAR=39;SRF=37;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912548;STB=0.539641;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0106827;OID=.;OPOS=104390525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:105:103:69:73:0.414773:39:30:37:68:42:31:37:66 chr12 104408794 . C T 299.16 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00999368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.356;QD=13.7545;RBI=0.0169251;REFB=-0.0113791;REVB=-0.0136597;RO=53;SAF=17;SAR=17;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100818;STB=0.505744;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0182742;OID=.;OPOS=104408794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:17:17:27:26:17:17:27:26 chr12 104512918 . T G 551.12 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000307149;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.979;QD=59.5801;RBI=0.0399993;REFB=0;REVB=0.0399982;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046895;OID=.;OPOS=104512918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:25:12:0:0 chr12 104512943 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA 43.98 PASS AF=0,0.5625,0;AO=4,4,2;DP=20;FAO=0,9,0;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=0,4,0;FSAR=0,5,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.060644,0.0980469,0.0665305;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=14.0128,10.1536,9.87783;QD=10.9941;RBI=0.109397,0.100657,0.134301;REFB=0.0180194,-0.137267,-0.179094;REVB=-0.0910495,0.0227726,0.116664;RO=9;SAF=3,0,1;SAR=1,4,1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.32832,-0.687014,0.0568293;STB=0.5,0.507027,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0443729,0.143114,0;OID=.,.,.;OPOS=104512949,104512944,104512949;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5625,0:4,4,2:20:0,9,0:16:7:0,4,0:0,5,0:3:4:27:9:3,0,1:1,4,1:4:5 chr12 104645363 . G A 1457.43 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.914;QD=62.0183;RBI=0.025687;REFB=-0.0166294;REVB=-0.00467667;RO=1;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111544;STB=0.505881;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000324534;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:42:51:0:1:42:51:0:1 chr12 104645405 . T C 1479.88 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286415;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.138;QD=62.3106;RBI=0.0426699;REFB=-0.0170029;REVB=0.0316288;RO=1;SAF=56;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839106;STB=0.504424;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000205335;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:95:1:1:92:94:0.989474:36:56:1:0:38:56:1:0 chr12 104703836 . A G 303.95 PASS AF=0.414634;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0506734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8303;QD=14.8266;RBI=0.0507393;REFB=-0.00543211;REVB=0.00258557;RO=48;SAF=22;SAR=11;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202508;STB=0.620617;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0113673;OID=.;OPOS=104703836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:48:48:33:34:0.414634:11:22:23:25:11:23:23:25 chr12 104709559 . C T 1172.1 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.406;QD=60.8886;RBI=0.0338882;REFB=0;REVB=0.0252359;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83722e-06;OID=.;OPOS=104709559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:45:31:0:0:46:31:0:0 chr12 105245665 . T C 1952.13 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.908;QD=61.9725;RBI=0.105956;REFB=0;REVB=0.00271754;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019101;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:71:55:0:0:71:55:0:0 chr12 105282893 . T C 499.07 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=130;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0189267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.326;QD=15.3561;RBI=0.0191677;REFB=-0.00656222;REVB=-0.00303025;RO=75;SAF=32;SAR=23;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894744;STB=0.50502;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00848284;OID=.;OPOS=105282893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:75:75:55:55:0.423077:23:32:43:32:23:32:43:32 chr12 105380152 . A C 3248.24 PASS AF=0.990741;AO=210;DP=213;FAO=214;FDP=216;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=133;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.11379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.843;QD=60.1525;RBI=0.123767;REFB=-0.0386531;REVB=-0.0486833;RO=0;SAF=77;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506097;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00115911;OID=.;OPOS=105380152;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:213:216:0:2:210:214:0.990741:133:77:0:0:133:81:2:0 chr12 105440705 . G C 1068.11 PASS AF=0.464135;AO=110;DP=237;FAO=110;FDP=237;FR=.;FRO=127;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=47;FSRR=80;FWDB=0.0519261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1478;QD=18.0271;RBI=0.0538885;REFB=-0.000364235;REVB=0.0144101;RO=125;SAF=49;SAR=61;SRF=47;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068345;STB=0.541238;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000635557;OID=.;OPOS=105440705;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:125:127:110:110:0.464135:61:49:47:78:61:49:47:80 chr12 105514865 . AGGT AGG,GTAG 1164.77 PASS AF=0.958042,0.041958;AO=22,6;DP=139;FAO=137,6;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=105,0;FSAR=32,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.849003,0.0657013;FXX=0.0466636;HRUN=6,3;LEN=1,4;MLLD=10.0882,223.23;QD=32.581;RBI=0.901329,0.171097;REFB=0.0582043,0.0218765;REVB=0.302634,-0.15798;RO=86;SAF=17,0;SAR=5,6;SRF=82;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.348485,0;SSSB=-0.460661,-0.846826;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0155886,0.21172;OID=.,.;OPOS=105514868,105514865;OREF=T,AGGT;OALT=-,GTAG;OMAPALT=AGG,GTAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:139:143:86:0:22,6:137,6:0.958042,0.041958:5,6:17,0:82:4:32,6:105,0:0:0 chr12 105546172 . G A 2696.23 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.874;QD=62.3405;RBI=0.0316825;REFB=0;REVB=-0.0117311;RO=0;SAF=85;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47423e-05;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:88:85:0:0:88:85:0:0 chr12 105561664 . C T 840.43 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0428727;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.16;QD=56.0288;RBI=0.0429018;REFB=-0.102821;REVB=-0.00157983;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00126627;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:29:29:0:1:29:30:0:1 chr12 105562788 . T C 2321.22 PASS AF=1;AO=144;DP=148;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000478473;FXX=0.0268438;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.757;QD=64.0336;RBI=0.0227334;REFB=0;REVB=0.0227284;RO=0;SAF=69;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76238e-05;OID=.;OPOS=105562788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:145:0:0:144:145:1:75:69:0:0:75:70:0:0 chr12 105567068 . T A 1572.93 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1774;QD=59.9211;RBI=0.0400337;REFB=0;REVB=-0.039977;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.63684e-05;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:60:44:0:0:61:44:0:0 chr12 105567070 . T A 1589.86 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.43;QD=59.9949;RBI=0.0258722;REFB=0;REVB=-0.00979481;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71653e-06;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:60:45:0:0:61:45:0:0 chr12 105567087 . T TA 1070.92 PASS AF=1;AO=19;DP=100;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0932632;FXX=0.059994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.8746;QD=45.571;RBI=0.1279;REFB=0;REVB=-0.0875237;RO=81;SAF=2;SAR=17;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00206106;OID=.;OPOS=105567088;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:100:94:94:0:36:58:0:0:20:81:2:17:38:43 chr12 105567089 . T A 1037.08 PASS AF=0.81;AO=75;DP=95;FAO=81;FDP=100;FR=.;FRO=19;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0258969;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.0405;QD=41.4832;RBI=0.0435069;REFB=-0.116578;REVB=0.03496;RO=20;SAF=34;SAR=41;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142805;STB=0.569983;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0182481;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:95:100:20:19:75:81:0.81:41:34:2:18:43:38:2:17 chr12 105567135 . T C 1283.23 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.243;QD=61.8424;RBI=0.0532826;REFB=0;REVB=0.0522064;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305432;OID=.;OPOS=105567135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr12 105568122 . G A 4771.58 PASS AF=1;AO=304;DP=308;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882279;FXX=0.0129446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2841;QD=62.5781;RBI=0.0913429;REFB=0;REVB=0.023651;RO=0;SAF=127;SAR=177;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109805;OID=.;OPOS=105568122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:308:305:0:0:304:305:1:177:127:0:0:177:128:0:0 chr12 105568176 . G A 3536.58 PASS AF=1;AO=224;DP=227;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309116;FXX=0.0131573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.648;QD=62.8725;RBI=0.0315674;REFB=0;REVB=-0.00640121;RO=0;SAF=71;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38287e-05;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:225:0:0:224:225:1:153:71:0:0:153:72:0:0 chr12 106458571 . ACCCCCCCCCA ACCCCCCCACA,ACCCCCCCACCA,ACCCCCCCCA,ACCCCCCCCAC 117.67 PASS AF=0,0.521739,0.0869565,0.0434783;AO=3,4,3,3;DP=25;FAO=0,12,2,1;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=0,0,0,0;FSAR=0,12,2,1;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0,0,0,0;FXX=0.0416493;HRUN=9,0,9,9;LEN=1,1,1,2;MLLD=219.78,224.778,4.0527,14.2245;QD=20.4638;RBI=0.0361699,0.0394648,0.301982,0.283538;REFB=-0.0169269,-0.0184001,-0.106835,-0.0906392;REVB=-0.0361699,-0.0394648,-0.301982,-0.283538;RO=2;SAF=0,0,0,0;SAR=3,4,3,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,ins,del,mnp;VARB=0,0.00217084,0.110111,0.0656491;OID=.,.,.,.;OPOS=106458579,106458579,106458572,106458580;OREF=C,-,C,CA;OALT=A,A,-,AC;OMAPALT=ACCCCCCCACA,ACCCCCCCACCA,ACCCCCCCCA,ACCCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.521739,0.0869565,0.0434783:3,4,3,3:25:0,12,2,1:23:8:0,0,0,0:0,12,2,1:0:8:38:2:0,0,0,0:3,4,3,3:0:2 chr12 106460938 . G C 884.29 PASS AF=0.566434;AO=80;DP=141;FAO=81;FDP=143;FR=.;FRO=62;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00854061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.045;QD=24.7353;RBI=0.0158629;REFB=-0.0186552;REVB=0.0133675;RO=61;SAF=45;SAR=35;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173022;STB=0.503144;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.011062;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:61:62:80:81:0.566434:35:45:33:28:36:45:34:28 chr12 106633569 . C T 2646.83 PASS AF=0.982955;AO=173;DP=177;FAO=173;FDP=176;FR=.;FRO=3;FSAF=87;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00894724;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8029;QD=60.1552;RBI=0.0657858;REFB=-0.0852858;REVB=0.0651746;RO=3;SAF=87;SAR=86;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163116;STB=0.50857;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00132722;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:177:176:3:3:173:173:0.982955:86:87:0:3:86:87:0:3 chr12 106647842 . C T 1014.16 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6261;QD=57.9522;RBI=0.0141194;REFB=-0.124377;REVB=-0.00792561;RO=1;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133241;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:1:0:69:70:1:31:38:0:1:32:38:0:0 chr12 106838340 . T C 721.01 PASS AF=0.626263;AO=62;DP=99;FAO=62;FDP=99;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0208831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.246;QD=29.1316;RBI=0.0251617;REFB=-0.00360761;REVB=0.014036;RO=37;SAF=35;SAR=27;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00213714;STB=0.50116;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00196198;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:37:37:62:62:0.626263:27:35:21:16:27:35:21:16 chr12 106893863 . G T 534.18 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.0298837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.913;QD=15.5964;RBI=0.0520381;REFB=-0.0198947;REVB=-0.042602;RO=78;SAF=36;SAR=22;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019586;STB=0.515644;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0317453;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:79:58:58:0.423358:22:36:47:31:22:36:47:32 chr12 106893930 . A T 394.04 PASS AF=0.394958;AO=43;DP=115;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.000681047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.324;QD=13.2452;RBI=0.00791156;REFB=-0.012346;REVB=-0.00788219;RO=71;SAF=25;SAR=18;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759129;STB=0.52737;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0242906;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:71:72:43:47:0.394958:18:25:46:25:19:28:46:26 chr12 107083059 . C T 805.35 PASS AF=0.520833;AO=72;DP=148;FAO=75;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.000414147;FXX=0.0270252;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.11;QD=22.3709;RBI=0.0064373;REFB=-0.0449773;REVB=-0.00642397;RO=47;SAF=35;SAR=37;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641821;STB=0.516504;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0318856;OID=.;OPOS=107083059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:144:47:68:72:75:0.520833:37:35:27:20:39:36:35:33 chr12 107281804 . GA G,GT 55.0 PASS AF=0.0706714,0.0530035;AO=60,11;DP=294;FAO=20,15;FDP=283;FR=.;FRO=248;FSAF=10,0;FSAR=10,15;FSRF=135;FSRR=113;FWDB=-0.0771305,-0.0212808;FXX=0.0406766;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.87777,134.67;QD=0.777371;RBI=0.0814877,0.0220153;REFB=-0.112894,-0.00624013;REVB=0.0262892,-0.00563946;RO=184;SAF=42,0;SAR=18,11;SRF=90;SRR=94;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.27313,-0.513365;STB=0.541004,0.999351;STBP=0.717,0;TYPE=del,snp;VARB=0.115568,0.118576;OID=.,.;OPOS=107281805,107281805;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0706714,0.0530035:60,11:294:20,15:283:248:10,0:10,15:135:113:15:184:42,0:18,11:90:94 chr12 107395106 . A G,T 992.48 PASS AF=0.955882,0.0441176;AO=63,5;DP=69;FAO=65,3;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35,3;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104533,-0.0271341;FXX=0.0144907;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.535,57.6458;QD=58.3813;RBI=0.0424785,0.0836425;REFB=0,0;REVB=-0.0411722,-0.079119;RO=0;SAF=33,5;SAR=30,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00139815,0.076449;OID=.,.;OPOS=107395106,107395106;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:69:68:0:0:63,5:65,3:0.955882,0.0441176:30,0:33,5:0:0:30,0:35,3:0:0 chr12 107713511 . G C 97.92 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00272762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.794;QD=13.5065;RBI=0.00851651;REFB=0.000992406;REVB=-0.00806789;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228527;STB=0.650908;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00113871;OID=.;OPOS=107713511;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:8:4:9:7:8:4:10:7 chr12 107713696 . G A 722.38 PASS AF=0.530303;AO=70;DP=132;FAO=70;FDP=132;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00751987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.424;QD=21.8904;RBI=0.0248375;REFB=0.00143149;REVB=0.0236718;RO=62;SAF=33;SAR=37;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448702;STB=0.524601;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00117908;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:62:62:70:70:0.530303:37:33:26:36:37:33:26:36 chr12 107937768 . G A 442.58 PASS AF=0.5;AO=45;DP=101;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0377703;FXX=0.0784237;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.837;QD=18.8333;RBI=0.0387852;REFB=-0.0420085;REVB=0.0088146;RO=46;SAF=30;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791103;STB=0.522739;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0463935;OID=.;OPOS=107937768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:94:46:47:45:47:0.5:15:30:27:19:17:30:28:19 chr12 108618630 . C T 961.22 PASS AF=0.415385;AO=108;DP=260;FAO=108;FDP=260;FR=.;FRO=152;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=63;FSRR=89;FWDB=-0.00505608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.519;QD=14.788;RBI=0.00509576;REFB=-0.0123666;REVB=-0.000634714;RO=150;SAF=53;SAR=55;SRF=62;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808844;STB=0.544668;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0134975;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:150:152:108:108:0.415385:55:53:62:88:55:53:63:89 chr12 108918146 . C T 4489.49 PASS AF=1;AO=283;DP=285;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284187;FXX=0.00350865;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.187;QD=63.2323;RBI=0.014607;REFB=-0.0372714;REVB=0.0143279;RO=1;SAF=141;SAR=142;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00334644;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31384e-05;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:285:284:1:0:283:284:1:142:141:0:1:142:142:0:0 chr12 108923950 . A G 1245.94 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.876;QD=61.528;RBI=0.0510017;REFB=0;REVB=0.0109741;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205625;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr12 108941679 . G A 244.08 PASS AF=0.5;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00818668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.579;QD=18.7754;RBI=0.0255159;REFB=-0.0104511;REVB=-0.0241669;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504917;STB=0.539846;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0100078;OID=.;OPOS=108941679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:26:26:26:0.5:16:10:11:14:16:10:12:14 chr12 108954823 . C T 1816.31 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0354;QD=60.5437;RBI=0.0495998;REFB=0;REVB=0.0392847;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000929328;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:118:120:1:54:64:0:0:54:66:0:0 chr12 108954862 . G C 526.83 PASS AF=0.495575;AO=55;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0293047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3425;QD=18.6489;RBI=0.0330527;REFB=-0.0338028;REVB=0.0152877;RO=55;SAF=29;SAR=26;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165114;STB=0.50476;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0338559;OID=.;OPOS=108954862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:57:55:56:0.495575:26:29:30:25:26:30:30:27 chr12 108955106 . C CT 564.95 PASS AF=0.980769;AO=46;DP=61;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0296517;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.482;QD=43.4579;RBI=0.0548699;REFB=0.194041;REVB=0.0461679;RO=12;SAF=14;SAR=32;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855722;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=ins;VARB=-0.00727414;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.980769:46:61:51:52:1:18:33:0:1:6:12:14:32:6:6 chr12 108985945 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2793;QD=37.4883;RBI=0.118785;REFB=0;REVB=-0.112707;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00521058;OID=.;OPOS=108985945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr12 108986031 . C T 322.45 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0933986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8862;QD=25.2904;RBI=0.139801;REFB=-0.0626001;REVB=0.104024;RO=17;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20039;STB=0.610536;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0161431;OID=.;OPOS=108986031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:26:26:0.509804:15:11:12:5:15:11:12:5 chr12 108986112 . G C 556.55 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0369723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.968;QD=18.7075;RBI=0.048094;REFB=-0.0107075;REVB=0.0307585;RO=61;SAF=24;SAR=34;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884966;STB=0.549014;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00960478;OID=.;OPOS=108986112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:34:24:31:30:34:24:31:30 chr12 109182049 . T C 196.66 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0105018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.618;QD=11.2375;RBI=0.0331811;REFB=-0.00677598;REVB=-0.0314753;RO=45;SAF=19;SAR=6;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305019;STB=0.678418;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0144353;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:6:19:23:22:6:19:23:22 chr12 109219903 . C G 638.98 PASS AF=0.44586;AO=70;DP=157;FAO=70;FDP=157;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=0.0197354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.211;QD=16.2799;RBI=0.0234115;REFB=0.00109784;REVB=-0.0125942;RO=86;SAF=22;SAR=48;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390077;STB=0.519345;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00142738;OID=.;OPOS=109219903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:86:87:70:70:0.44586:48:22:30:56:48:22:30:57 chr12 109277492 . C A 252.57 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00931506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.542;QD=12.6285;RBI=0.00931882;REFB=-0.00694104;REVB=-0.000264534;RO=50;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00738005;STB=0.504234;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0122118;OID=.;OPOS=109277492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:17:13:22:28:17:13:22:28 chr12 109510086 . GTTT GTTG,GT,GTT 388.58 PASS AF=0.127273,0.0363636,0.836364;AO=3,8,18;DP=58;FAO=7,2,46;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,31;FSAR=7,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505702,0.0512155,0.0861221;FXX=0.0677851;HRUN=12,12,12;LEN=1,2,1;MLLD=188.478,9.34501,8.84311;QD=28.2603;RBI=0.0127596,0.0630339,0.0973879;REFB=0,0,0;REVB=-0.0117147,0.0367457,0.0454686;RO=14;SAF=0,6,13;SAR=3,2,5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.705668,0.0479673,0.00766471;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0698544,-0.00364279,0.00172813;OID=.,.,.;OPOS=109510089,109510087,109510087;OREF=T,TT,T;OALT=G,-,-;OMAPALT=GTTG,GT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.127273,0.0363636,0.836364:3,8,18:58:7,2,46:55:0:0,2,31:7,0,15:0:0:28:14:0,6,13:3,2,5:10:4 chr12 109511256 . T C 1443.26 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.919;QD=62.7505;RBI=0.0375073;REFB=0;REVB=0.0343254;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25237e-05;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:55:35:0:0:56:36:0:0 chr12 109519189 . C T 386.93 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0042978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3153;QD=15.3241;RBI=0.00516382;REFB=-0.0131669;REVB=0.00286251;RO=57;SAF=25;SAR=18;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109843;STB=0.566836;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0203237;OID=.;OPOS=109519189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:58:43:43:0.425743:18:25:27:30:18:25:27:31 chr12 109524232 . A G 442.13 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=121;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00589256;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.306;QD=14.7375;RBI=0.00627592;REFB=-0.00189319;REVB=0.00215986;RO=70;SAF=25;SAR=25;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741068;STB=0.54165;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00294351;OID=.;OPOS=109524232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:70:70:50:50:0.416667:25:25:30:40:25:25:30:40 chr12 109577735 . C T 679.35 PASS AF=0.485714;AO=68;DP=140;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0166885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.1;QD=19.4099;RBI=0.0209714;REFB=-0.0395352;REVB=0.0127002;RO=72;SAF=43;SAR=25;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101343;STB=0.556099;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.028248;OID=.;OPOS=109577735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:72:72:68:68:0.485714:25:43:38:34:25:43:38:34 chr12 109617865 . T C 560.88 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00635828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.872;QD=21.7818;RBI=0.00643385;REFB=-0.0103344;REVB=0.000983217;RO=45;SAF=26;SAR=30;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194458;STB=0.511478;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00863273;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:47:56:56:0.543689:30:26:21:24:30:26:23:24 chr12 109629457 . C T 1111.99 PASS AF=0.465306;AO=114;DP=245;FAO=114;FDP=245;FR=.;FRO=131;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=0.00452583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8551;QD=18.1549;RBI=0.0507381;REFB=-0.0198715;REVB=-0.0505359;RO=130;SAF=61;SAR=53;SRF=65;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339257;STB=0.516761;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0203584;OID=.;OPOS=109629457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:130:131:114:114:0.465306:53:61:65:65:53:61:66:65 chr12 109675029 . T C 711.01 PASS AF=0.477707;AO=75;DP=157;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0132289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.784;QD=18.1148;RBI=0.0258552;REFB=-0.0250338;REVB=-0.0222146;RO=81;SAF=32;SAR=43;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287754;STB=0.519498;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0277079;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:81:82:75:75:0.477707:43:32:37:44:43:32:38:44 chr12 109692053 . C T 374.31 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.000533764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.478;QD=16.2743;RBI=0.0243482;REFB=-0.0108314;REVB=-0.0243423;RO=52;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116464;OID=.;OPOS=109692053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:20:20:26:26:20:20:26:26 chr12 109696838 . G A 3346.23 PASS AF=1;AO=214;DP=218;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340449;FXX=0.0224205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.088;QD=61.3986;RBI=0.0431957;REFB=-0.064278;REVB=0.0265859;RO=1;SAF=105;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144835;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:218:218:1:0:214:218:1:109:105:0:1:111:107:0:0 chr12 109725299 . A G 40.84 PASS AF=0.0892857;AO=5;DP=60;FAO=5;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00687233;FXX=0.0666556;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.5011;QD=2.91679;RBI=0.0470295;REFB=-0.00116251;REVB=-0.0465246;RO=46;SAF=4;SAR=1;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473229;STB=0.853948;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0669545;OID=.;OPOS=109725299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:60:56:46:47:5:5:0.0892857:1:4:16:30:1:4:17:30 chr12 109826634 . C A 457.02 PASS AF=0.432203;AO=50;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0379004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3076;QD=15.4923;RBI=0.0379988;REFB=-0.00693892;REVB=0.00273395;RO=67;SAF=13;SAR=37;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217908;STB=0.626241;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00823355;OID=.;OPOS=109826634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:50:51:0.432203:37:13:30:37:38:13:30:37 chr12 109835590 . A G 428.39 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0226961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.319;QD=22.2538;RBI=0.0242816;REFB=-0.0245201;REVB=-0.00863054;RO=35;SAF=21;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117792;STB=0.50649;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0172895;OID=.;OPOS=109835590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:21:21:17:18:21:21:17:18 chr12 109848567 . T C 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00223447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.113;QD=17.1584;RBI=0.00951484;REFB=-0.0128547;REVB=0.00924875;RO=43;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241287;STB=0.519669;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0125254;OID=.;OPOS=109848567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:44:37:37:0.45679:18:19:21:22:18:19:21:23 chr12 109883374 . T C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0165923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.843;QD=18.345;RBI=0.0187938;REFB=-0.010304;REVB=0.00882619;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540683;STB=0.542205;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0134502;OID=.;OPOS=109883374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:10:7:6:11:10:7:6:12 chr12 109937534 . G A 1053.71 PASS AF=0.497674;AO=107;DP=215;FAO=107;FDP=215;FR=.;FRO=108;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=-0.0193997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.95;QD=19.604;RBI=0.019768;REFB=-0.00338632;REVB=0.00379851;RO=108;SAF=40;SAR=67;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160667;STB=0.58838;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00404825;OID=.;OPOS=109937534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:108:108:107:107:0.497674:67:40:59:49:67:40:59:49 chr12 109968427 . C T 979.74 PASS AF=0.527778;AO=95;DP=180;FAO=95;FDP=180;FR=.;FRO=85;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.00456037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.948;QD=21.7721;RBI=0.00600387;REFB=-0.0147157;REVB=0.00390507;RO=85;SAF=48;SAR=47;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197631;STB=0.510815;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0135218;OID=.;OPOS=109968427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:85:85:95:95:0.527778:47:48:41:44:47:48:41:44 chr12 109994455 . A T 65.98 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00617842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0617;QD=9.77411;RBI=0.00619544;REFB=-0.041814;REVB=-0.000458956;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376273;STB=0.725348;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0877471;OID=.;OPOS=109994455;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:27:15:16:10:11:0.407407:8:2:8:7:9:2:8:8 chr12 109994870 . A T 260.18 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00516313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.852;QD=16.7855;RBI=0.00748815;REFB=-0.0129639;REVB=0.00542351;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148507;STB=0.583368;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00703337;OID=.;OPOS=109994870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:16:13:20:13:16:13:20:13 chr12 110011229 . GC TT 846.83 PASS AF=0.460317;AO=73;DP=175;FAO=87;FDP=189;FR=.;FRO=102;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=0.071594;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.919;QD=17.9223;RBI=0.0719537;REFB=-0.0128406;REVB=0.00718643;RO=102;SAF=30;SAR=43;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113743;STB=0.545378;STBP=0.27;TYPE=mnp;VARB=0.0144488;OID=.;OPOS=110011229;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:189:102:102:73:87:0.460317:43:30:43:59:43:44:43:59 chr12 110100795 . T C 564.37 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0466687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6089;QD=29.7037;RBI=0.0649931;REFB=0.0125875;REVB=0.0452343;RO=26;SAF=27;SAR=23;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976115;STB=0.552864;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00913741;OID=.;OPOS=110100795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:26:50:50:0.657895:23:27:18:8:23:27:18:8 chr12 110240838 . T G 821.29 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349393;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0403;QD=57.6341;RBI=0.0433855;REFB=0;REVB=0.0257206;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734238;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr12 110290073 . G A 155.88 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=-0.00513334;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.115;QD=12.4706;RBI=0.00518719;REFB=-0.00301657;REVB=0.00074549;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233238;STB=0.639213;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00436134;OID=.;OPOS=110290073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:31:32:18:18:0.36:12:6:5:26:12:6:5:27 chr12 110342598 . G A 324.73 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00671657;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6518;QD=14.5945;RBI=0.0360271;REFB=-0.0147578;REVB=0.0353955;RO=54;SAF=14;SAR=21;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285727;STB=0.516288;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0265095;OID=.;OPOS=110342598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:53:35:36:0.404494:21:14:23:31:22:14:22:31 chr12 110368201 . G A 679.72 PASS AF=0.46;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0163848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.071;QD=18.1258;RBI=0.0164639;REFB=-0.00766241;REVB=0.00161144;RO=80;SAF=23;SAR=46;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959752;STB=0.55071;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00908279;OID=.;OPOS=110368201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:80:81:69:69:0.46:46:23:34:46:46:23:34:47 chr12 110390979 . T C 831.35 PASS AF=0.437186;AO=87;DP=198;FAO=87;FDP=199;FR=.;FRO=112;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=0.0110585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.031;QD=16.7106;RBI=0.011236;REFB=-0.00121647;REVB=-0.00198916;RO=111;SAF=49;SAR=38;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131471;STB=0.575524;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0018428;OID=.;OPOS=110390979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:111:112:87:87:0.437186:38:49:48:63:38:49:48:64 chr12 110463610 . GA G,GG 42.68 PASS AF=0.170455,0.0454545;AO=31,4;DP=91;FAO=15,4;FDP=88;FR=.;FRO=69;FSAF=9,1;FSAR=6,3;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.151337,-0.0308898;FXX=0.0329634;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.27677,30.3335;QD=1.94019;RBI=0.154069,0.0439849;REFB=-0.106273,-0.048505;REVB=0.028887,0.0313128;RO=48;SAF=20,1;SAR=11,3;SRF=16;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.324842,-0.101032;STB=0.62248,0.699681;STBP=0.326,0.512;TYPE=del,snp;VARB=0.103833,0.148416;OID=.,.;OPOS=110463611,110463611;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170455,0.0454545:31,4:91:15,4:88:69:9,1:6,3:31:38:31:48:20,1:11,3:16:32 chr12 110974890 . T C 283.89 PASS AF=0.657895;AO=23;DP=37;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00285911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.074;QD=29.8831;RBI=0.0407128;REFB=-0.00336832;REVB=0.0406122;RO=13;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130913;STB=0.580799;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.002436;OID=.;OPOS=110974890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:13:23:25:0.657895:15:8:7:6:17:8:7:6 chr12 111353556 . A G 420.4 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0030425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.172;QD=20.5072;RBI=0.0139703;REFB=0.00151498;REVB=-0.013635;RO=40;SAF=29;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135874;STB=0.575507;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00206841;OID=.;OPOS=111353556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:13:29:22:18:13:29:22:18 chr12 111733133 . G A 332.07 PASS AF=0.435294;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00627513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.956;QD=15.6269;RBI=0.0449035;REFB=-0.012147;REVB=0.0444628;RO=48;SAF=16;SAR=20;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775453;STB=0.550133;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0211778;OID=.;OPOS=111733133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:36:37:0.435294:20:16:25:23:21:16:25:23 chr12 111747963 . C T 2098.41 PASS AF=0.958621;AO=137;DP=145;FAO=139;FDP=145;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0333209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.249;QD=57.8873;RBI=0.0333751;REFB=-0.0225679;REVB=-0.00190168;RO=4;SAF=66;SAR=71;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144683;STB=0.500745;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.000129277;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:145:145:4:6:137:139:0.958621:71:66:3:1:72:67:3:3 chr12 111760251 . G C 2312.02 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400901;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5274;QD=63.7798;RBI=0.0713761;REFB=0;REVB=-0.0590536;RO=0;SAF=71;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85915e-05;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:74:71:0:0:74:71:0:0 chr12 111785586 . T C 1556.64 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292377;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.406;QD=64.1914;RBI=0.08807;REFB=0;REVB=0.0830752;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129816;OID=.;OPOS=111785586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:51:46:0:0:51:46:0:0 chr12 111786082 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.34;QD=58.1421;RBI=0.0488779;REFB=0;REVB=0.037267;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395742;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr12 111786892 . T C 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.053;QD=62.3146;RBI=0.0206127;REFB=0;REVB=0.012164;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34949e-05;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr12 111798553 . A G 3141.2 PASS AF=0.981221;AO=201;DP=208;FAO=209;FDP=213;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=132;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0298388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5633;QD=58.9898;RBI=0.0307517;REFB=-0.0837012;REVB=-0.00743726;RO=4;SAF=70;SAR=131;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163495;STB=0.507667;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00279594;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:208:213:4:4:201:209:0.981221:131:70:3:1:132:77:3:1 chr12 111872784 . CA AC,CAC 48.71 PASS AF=0.0153846,0.0820513;AO=8,23;DP=204;FAO=3,16;FDP=195;FR=.;FRO=176;FSAF=3,14;FSAR=0,2;FSRF=81;FSRR=95;FWDB=-0.0282323,-0.0273786;FXX=0.00510178;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=64.6144,54.3254;QD=0.999189;RBI=0.0331872,0.0551671;REFB=-0.00464929,-0.00663974;REVB=-0.017445,-0.0478939;RO=173;SAF=8,21;SAR=0,2;SRF=73;SRR=100;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.497018,0.595414;STB=0.996892,0.876794;STBP=0.053,0.004;TYPE=mnp,ins;VARB=0.120137,0.175538;OID=.,.;OPOS=111872784,111872786;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:204:195:173:176:8,23:3,16:0.0153846,0.0820513:0,2:8,21:73:100:0,2:3,14:81:95 chr12 111884608 . T C 1905.95 PASS AF=0.992;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301595;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.553;QD=60.9905;RBI=0.0336448;REFB=-0.0615129;REVB=-0.0149124;RO=0;SAF=61;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=7.17144e-05;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:125:0:1:124:124:0.992:63:61:0:0:63:61:0:1 chr12 111886967 . T A 1449.13 PASS AF=0.980198;AO=101;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0115552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.873;QD=57.3914;RBI=0.0246264;REFB=-0.044977;REVB=0.0217471;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.510415;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00119601;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:0:2:101:99:0.980198:49:52:0:0:47:52:0:2 chr12 111993712 . C T 1096.75 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0565704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6863;QD=60.0961;RBI=0.0611309;REFB=0;REVB=0.0231684;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139052;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr12 112036753 . GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GGCGGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT 262.34 PASS AF=0.142857,0.571429,0.285714;AO=5,9,5;DP=22;FAO=3,12,6;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,3;FSAR=3,9,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0744542,0.0256132,0.151801;FXX=0.0454339;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=74.9459,89.0649,67.0638;QD=49.9689;RBI=0.0868955,0.0289937,0.155813;REFB=0,0,0;REVB=0.0448041,0.0135868,0.0351305;RO=0;SAF=0,2,2;SAR=5,7,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.071346,0.0559529,0.166154;OID=.,.,.;OPOS=112036756,112036754,112036779;OREF=T,GCT,C;OALT=G,-,T;OMAPALT=GGCGGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.142857,0.571429,0.285714:5,9,5:22:3,12,6:21:0:0,3,3:3,9,3:0:0:45:0:0,2,2:5,7,3:0:0 chr12 112036796 . GC G,GT 296.15 PASS AF=1,0;AO=5,20;DP=33;FAO=23,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174781,0.120756;FXX=0.11534;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.5396,17.3526;QD=51.5039;RBI=0.254155,0.268669;REFB=0,0;REVB=0.184517,-0.240002;RO=8;SAF=4,1;SAR=1,19;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.430337,-0.455942;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.006971,0.0422641;OID=.,.;OPOS=112036797,112036797;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:5,20:33:23,0:23:0:3,0:20,0:0:0:3:8:4,1:1,19:3:5 chr12 112110489 . T C 268.88 PASS AF=0.424658;AO=28;DP=70;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00821699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.74;QD=14.7329;RBI=0.0163908;REFB=-0.0165224;REVB=0.0141823;RO=41;SAF=9;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207647;STB=0.586561;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0279192;OID=.;OPOS=112110489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:41:42:28:31:0.424658:19:9:21:20:20:11:21:21 chr12 112191641 . G A 1080.42 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.02;QD=60.0236;RBI=0.0783809;REFB=0;REVB=0.0778518;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237699;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr12 112194727 . C T 785.72 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.05;QD=64.1404;RBI=0.0203216;REFB=0;REVB=0.0202905;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40116e-05;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr12 112241766 . G A 226.99 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0106872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.318;QD=15.6543;RBI=0.0241854;REFB=0.00975417;REVB=0.021696;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224374;STB=0.626537;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00769724;OID=.;OPOS=112241766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:11:15:11:21:11:15:11:21 chr12 112460147 . T G 311.23 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0075674;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.738;QD=13.8325;RBI=0.0180014;REFB=-0.00197447;REVB=-0.0163335;RO=55;SAF=19;SAR=16;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224994;STB=0.524071;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00352051;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:55:55:35:35:0.388889:16:19:31:24:16:19:32:23 chr12 112460749 . A G 962.44 PASS AF=0.451327;AO=101;DP=226;FAO=102;FDP=226;FR=.;FRO=124;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=41;FSRR=83;FWDB=-0.00212597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.075;QD=17.0343;RBI=0.00811352;REFB=0.00334719;REVB=0.00783004;RO=122;SAF=35;SAR=66;SRF=41;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114577;STB=0.507637;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00321328;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:122:124:101:102:0.451327:66:35:41:81:67:35:41:83 chr12 112477055 . T C 263.68 PASS AF=0.467742;AO=22;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0108205;FXX=0.0312451;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.861;QD=17.0114;RBI=0.0109402;REFB=-0.0446439;REVB=-0.00161433;RO=13;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257879;STB=0.563133;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0453657;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:13:30:22:29:0.467742:11:11:7:6:18:11:15:15 chr12 112577990 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0174283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.054;QD=18.645;RBI=0.0192925;REFB=-0.00914515;REVB=-0.00827373;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156693;STB=0.589347;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0118501;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:5:8:6:8:5:8 chr12 112601367 . G A 468.97 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00339797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5038;QD=17.0535;RBI=0.0563177;REFB=-0.00366231;REVB=0.0562151;RO=58;SAF=31;SAR=20;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121623;STB=0.57259;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00703247;OID=.;OPOS=112601367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:59:51:51:0.463636:20:31:28:30:20:31:28:31 chr12 112667675 . T G 1358.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.483;QD=62.4639;RBI=0.0106027;REFB=0;REVB=0.0072324;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18353e-05;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr12 112703732 . A C 619.09 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=136;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00451674;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.574;QD=18.7604;RBI=0.00451811;REFB=-0.00769323;REVB=0.00011136;RO=68;SAF=37;SAR=26;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151712;STB=0.504086;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0095131;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:132:68:69:63:63:0.477273:26:37:41:27:26:37:40:29 chr12 112704961 . A G 446.29 PASS AF=0.589041;AO=42;DP=72;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00874777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.203;QD=24.4545;RBI=0.0214465;REFB=-0.0285065;REVB=-0.0195814;RO=29;SAF=21;SAR=21;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193515;STB=0.600209;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.020896;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:29:30:42:43:0.589041:21:21:7:22:21:22:8:22 chr12 112705013 . C T 349.78 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0396703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9039;QD=17.7104;RBI=0.0414134;REFB=-0.0221829;REVB=-0.0118884;RO=42;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13189;STB=0.573731;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0269073;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:16:21:18:24:16:21:18:24 chr12 113313470 . C T 6825.47 PASS AF=0.98234;AO=444;DP=453;FAO=445;FDP=453;FR=.;FRO=8;FSAF=231;FSAR=214;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0138273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7351;QD=60.269;RBI=0.0776696;REFB=-0.136434;REVB=0.0764289;RO=1;SAF=231;SAR=213;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00223591;STB=0.509174;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00443902;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:453:453:1:8:444:445:0.98234:213:231:0:1:214:231:0:8 chr12 113319600 . C T 1789.13 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106896;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8198;QD=61.1668;RBI=0.0154226;REFB=0;REVB=-0.0111171;RO=0;SAF=72;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91769e-05;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:45:72:0:0:45:72:0:0 chr12 113325629 . T C 3041.31 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366963;FXX=0.0204071;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.667;QD=63.3605;RBI=0.0376625;REFB=-0.0662103;REVB=0.00847609;RO=0;SAF=80;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.72192e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2355e-05;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:193:192:0:0:192:192:1:112:80:0:0:112:80:0:0 chr12 113348870 . G A 727.03 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00363343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3383;QD=19.1323;RBI=0.0154148;REFB=-0.0142456;REVB=-0.0149804;RO=76;SAF=46;SAR=29;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106067;STB=0.555601;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0168246;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:76:77:75:75:0.493421:29:46:38:38:29:46:39:38 chr12 113357193 . G A 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00345463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9676;QD=11.8288;RBI=0.0169237;REFB=-0.0126895;REVB=-0.0165674;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129996;STB=0.576788;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0161705;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:12:6:5:6:12:6 chr12 113357209 . G A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0088097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.432;QD=18.3009;RBI=0.0137913;REFB=-0.0102934;REVB=0.0106107;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853815;STB=0.504849;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0109852;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:14:9:8:12:14:9 chr12 113357237 . G C 324.81 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00835285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2031;QD=17.3232;RBI=0.0258129;REFB=-0.0267476;REVB=-0.0244241;RO=40;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123123;STB=0.55737;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0282744;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:40:34:35:0.466667:12:22:21:19:13:22:21:19 chr12 113357442 . G A 328.85 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0354086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8642;QD=18.0193;RBI=0.0547188;REFB=0.00274409;REVB=0.0417178;RO=38;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276108;STB=0.657667;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00325881;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:38:34:35:0.479452:14:20:11:27:14:21:11:27 chr12 113369715 . TA T 215.55 PASS AF=0.350649;AO=28;DP=79;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00237052;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.132;QD=11.1972;RBI=0.0154572;REFB=-0.000500489;REVB=0.0152744;RO=49;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337734;STB=0.500963;STBP=0.98;TYPE=del;VARB=0.000171387;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350649:28:79:27:77:50:13:14:24:26:99:49:14:14:23:26 chr12 113369759 . G C 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0505145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6281;QD=13.2651;RBI=0.0558663;REFB=-0.00749375;REVB=0.0238605;RO=47;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242869;STB=0.51388;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00872897;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:14:16:24:23:14:16:24:23 chr12 113376388 . G A 1312.75 PASS AF=0.512;AO=120;DP=236;FAO=128;FDP=250;FR=.;FRO=122;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=47;FSRR=75;FWDB=-0.0508149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.266;QD=21.004;RBI=0.0943979;REFB=-0.0615906;REVB=0.0795538;RO=116;SAF=66;SAR=54;SRF=40;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182463;STB=0.563425;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0623203;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:250:116:122:120:128:0.512:54:66:40:76:62:66:47:75 chr12 113376452 . C T 702.94 PASS AF=0.514925;AO=68;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.00338014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.462;QD=20.9832;RBI=0.0199599;REFB=-0.0408229;REVB=-0.0196716;RO=65;SAF=28;SAR=40;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681796;STB=0.541252;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0488909;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:65:68:69:0.514925:40:28:22:43:40:29:22:43 chr12 113386950 . T C 2305.61 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0791296;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.45;QD=61.0757;RBI=0.0798309;REFB=0;REVB=0.0105585;RO=0;SAF=52;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52232e-05;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:99:52:0:0:99:52:0:0 chr12 113398919 . G A 1553.73 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592689;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.085;QD=62.7769;RBI=0.0592975;REFB=0;REVB=-0.00183996;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184467;OID=.;OPOS=113398919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:99:0:0:90:99:1:49:41:0:0:51:48:0:0 chr12 113425154 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.906;QD=53.9112;RBI=0.034283;REFB=0;REVB=-0.00339604;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7899e-05;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr12 113435450 . A T 2753.38 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.714;QD=62.5768;RBI=0.0326494;REFB=0;REVB=0.0272507;RO=0;SAF=83;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37406e-05;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:175:176:1:92:83:0:0:93:83:0:0 chr12 113448288 . A G 2275.11 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.946;QD=63.6395;RBI=0.0230933;REFB=0;REVB=0.0140378;RO=0;SAF=74;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68449e-06;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:67:74:0:0:69:74:0:0 chr12 113553481 . C T 1346.84 PASS AF=0.977778;AO=86;DP=91;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0742755;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.041;QD=59.8595;RBI=0.0742825;REFB=-0.232475;REVB=0.00102401;RO=2;SAF=23;SAR=63;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148033;STB=0.507811;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00105377;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:90:2:2:86:88:0.977778:63:23:0:2:63:25:0:2 chr12 113603515 . AC CA 65.56 PASS AF=0.133333;AO=18;DP=123;FAO=16;FDP=120;FR=.;FRO=104;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=76;FSRR=28;FWDB=-0.00878705;FXX=0.0243883;HRUN=4;LEN=2;MLLD=142.728;QD=2.18545;RBI=0.0221761;REFB=-0.00585897;REVB=-0.0203609;RO=98;SAF=17;SAR=1;SRF=72;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462403;STB=0.82645;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=0.201546;OID=.;OPOS=113603515;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:123:120:98:104:18:16:0.133333:1:17:72:26:1:15:76:28 chr12 113726091 . C G 33.01 PASS AF=0.145161;AO=11;DP=59;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00449513;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.7099;QD=2.12958;RBI=0.0548568;REFB=-0.0459687;REVB=-0.0546723;RO=48;SAF=1;SAR=10;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.652521;STB=0.888026;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.193284;OID=.;OPOS=113726091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:59:62:48:53:11:9:0.145161:10:1:31:17:8:1:30:23 chr12 113740442 . A G 429.4 PASS AF=0.390625;AO=49;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00148387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.012;QD=13.4186;RBI=0.0227538;REFB=-0.00980166;REVB=-0.0227053;RO=78;SAF=24;SAR=25;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306379;STB=0.511274;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0139244;OID=.;OPOS=113740442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:78:49:50:0.390625:25:24:36:42:26:24:36:42 chr12 113740467 . G A 347.7 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.0242072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1655;QD=11.4942;RBI=0.0481692;REFB=-0.0281895;REVB=0.0416448;RO=73;SAF=22;SAR=21;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656355;STB=0.532243;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0292853;OID=.;OPOS=113740467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:73:78:43:43:0.355372:21:22:33:40:21:22:36:42 chr12 113796566 . A C 3079.65 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165848;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.331;QD=63.8269;RBI=0.0168848;REFB=0;REVB=0.00316895;RO=0;SAF=99;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62202e-05;OID=.;OPOS=113796566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:193:0:0:193:193:1:94:99:0:0:94:99:0:0 chr12 113863514 . A T 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00736251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.868;QD=17.2456;RBI=0.00767022;REFB=0.00547299;REVB=0.00215073;RO=26;SAF=5;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287074;STB=0.676879;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00899888;OID=.;OPOS=113863514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:16:5:13:13:16:5:14:13 chr12 113863573 . A G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00661894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.562;QD=15.1969;RBI=0.0139237;REFB=-0.0109376;REVB=-0.0122498;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17127;STB=0.59985;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0112275;OID=.;OPOS=113863573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:8:10:10:4:8:10 chr12 113863963 . C G 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.00747232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.277;QD=18.904;RBI=0.00766855;REFB=-0.0308092;REVB=0.00172371;RO=40;SAF=16;SAR=23;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131109;STB=0.577226;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0384632;OID=.;OPOS=113863963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:41:39:39:0.4875:23:16:11:29:23:16:11:30 chr12 113863969 . C T 463.84 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.0021052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.137;QD=19.3266;RBI=0.0138904;REFB=-0.013208;REVB=-0.0137299;RO=50;SAF=18;SAR=28;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920193;STB=0.550999;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0206011;OID=.;OPOS=113863969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:28:18:15:35:28:18:15:35 chr12 114362483 . C T 1053.94 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00824016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=333.649;QD=56.9697;RBI=0.00968058;REFB=-0.01248;REVB=-0.00508069;RO=2;SAF=33;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0018323;STB=0.500753;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000362054;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:71:72:0.972973:38:33:1:1:38:34:1:1 chr12 114374887 . T C 1220.49 PASS AF=0.524229;AO=119;DP=227;FAO=119;FDP=227;FR=.;FRO=108;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.0232506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.554;QD=21.5065;RBI=0.0409749;REFB=-0.0352352;REVB=0.0337394;RO=105;SAF=50;SAR=69;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816559;STB=0.542893;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0303509;OID=.;OPOS=114374887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:105:108:119:119:0.524229:69:50:54:51:69:50:55:53 chr12 114377835 . A G 952.64 PASS AF=0.428571;AO=102;DP=236;FAO=102;FDP=238;FR=.;FRO=136;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=74;FWDB=-0.00177054;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.073;QD=16.0108;RBI=0.0149179;REFB=-0.00686592;REVB=-0.0148124;RO=133;SAF=53;SAR=49;SRF=62;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054324;STB=0.536359;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00854906;OID=.;OPOS=114377835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:238:133:136:102:102:0.428571:49:53:62:71:49:53:62:74 chr12 114377877 . T C 1062.04 PASS AF=0.490909;AO=108;DP=220;FAO=108;FDP=220;FR=.;FRO=112;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=-0.0173637;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.978;QD=19.3098;RBI=0.0174318;REFB=0.00349478;REVB=-0.00153918;RO=112;SAF=58;SAR=50;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426208;STB=0.523444;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00285512;OID=.;OPOS=114377877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:112:112:108:108:0.490909:50:58:55:57:50:58:55:57 chr12 114377899 . G C 3084.89 PASS AF=0.989848;AO=195;DP=197;FAO=195;FDP=197;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00102289;FXX=0.00505025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.212;QD=62.6373;RBI=0.0420739;REFB=-0.00202805;REVB=0.0420615;RO=2;SAF=102;SAR=93;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00924563;STB=0.504854;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=3.43226e-05;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:197:197:2:2:195:195:0.989848:93:102:2:0:93:102:2:0 chr12 114383651 . C T 863.85 PASS AF=0.401674;AO=92;DP=235;FAO=96;FDP=239;FR=.;FRO=143;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=71;FSRR=72;FWDB=-0.00150994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.982;QD=14.4577;RBI=0.0115908;REFB=-0.00605583;REVB=-0.011492;RO=143;SAF=43;SAR=49;SRF=71;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315505;STB=0.504141;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0089964;OID=.;OPOS=114383651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:239:143:143:92:96:0.401674:49:43:71:72:49:47:71:72 chr12 114386572 . C T 531.23 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0123563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.627;QD=19.675;RBI=0.0225326;REFB=-0.0111427;REVB=-0.0188425;RO=53;SAF=41;SAR=14;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287287;STB=0.659497;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0171246;OID=.;OPOS=114386572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:55:55:0.509259:14:41:24:29:14:41:24:29 chr12 114386639 . A G 798.88 PASS AF=0.526667;AO=78;DP=149;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.00410155;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3849;QD=21.3035;RBI=0.018198;REFB=-0.00956099;REVB=0.0177298;RO=70;SAF=42;SAR=36;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09461;STB=0.551502;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00779118;OID=.;OPOS=114386639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:70:71:78:79:0.526667:36:42:30:40:37:42:30:41 chr12 114395651 . T C 1140.23 PASS AF=0.476378;AO=115;DP=248;FAO=121;FDP=254;FR=.;FRO=133;FSAF=48;FSAR=73;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=-0.00549695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6783;QD=17.9564;RBI=0.0306769;REFB=-0.00376824;REVB=0.0301803;RO=133;SAF=47;SAR=68;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643514;STB=0.541384;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00483721;OID=.;OPOS=114395651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:254:133:133:115:121:0.476378:68:47:63:70:73:48:63:70 chr12 114793297 . T C 627.01 PASS AF=0.815385;AO=34;DP=63;FAO=53;FDP=65;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0735549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.565;QD=38.5853;RBI=0.106921;REFB=-0.109259;REVB=0.0775996;RO=0;SAF=3;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.612858;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0365817;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:63:65:0:12:34:53:0.815385:31:3:0:0:38:15:10:2 chr12 115112055 . G A 2554.1 PASS AF=0.508163;AO=249;DP=491;FAO=249;FDP=490;FR=.;FRO=241;FSAF=131;FSAR=118;FSRF=88;FSRR=153;FWDB=0.00725569;FXX=0.00203662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0866;QD=20.8498;RBI=0.0209277;REFB=-0.00243153;REVB=0.0196297;RO=240;SAF=131;SAR=118;SRF=87;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146374;STB=0.578723;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00215573;OID=.;OPOS=115112055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:491:490:240:241:249:249:0.508163:118:131:87:153:118:131:88:153 chr12 116866111 . CCCA C,CC,CCC,CCCC 237.76 PASS AF=0.166667,0.444444,0.333333,0.0555556;AO=4,6,6,12;DP=29;FAO=3,8,6,1;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,0;FSAR=3,8,6,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0,0;FXX=0.307574;HRUN=6,6,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=212.001,216.294,216.105,209.41;QD=52.835;RBI=0.02745,0.0239224,0.0207617,0.0132239;REFB=0,0,0,0;REVB=0.02745,0.0239224,0.0207617,0.0132239;RO=0;SAF=0,0,0,0;SAR=4,6,6,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.461538,0.461538,0,0;SSEP=0.645161,0.645161,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0110122,0.00206425,-0.00583547,0.0492602;OID=.,.,.,.;OPOS=116866112,116866113,116866114,116866114;OREF=CCA,CA,A,A;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC,CCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.166667,0.444444,0.333333,0.0555556:4,6,6,12:29:3,8,6,1:18:0:0,0,0,0:3,8,6,1:0:0:16:0:0,0,0,0:4,6,6,12:0:0 chr12 117014131 . G GA 41.33 PASS AF=0.269231;AO=27;DP=86;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0106831;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.87378;QD=2.11964;RBI=0.0779472;REFB=-0.0715481;REVB=-0.0772116;RO=49;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242654;STB=0.607038;STBP=0.28;TYPE=ins;VARB=0.064123;OID=.;OPOS=117014132;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:27:86:21:78:57:7:14:27:30:41:49:11:16:21:28 chr12 117014406 . A G 64.95 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0176479;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=167.467;QD=10.3914;RBI=0.0190175;REFB=-0.0305913;REVB=-0.00708639;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752546;STB=0.545355;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0214151;OID=.;OPOS=117014406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:6:10:5:4:6:10 chr12 117217141 . T C 1417.6 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.326;QD=62.3121;RBI=0.0580637;REFB=0;REVB=0.0569658;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174331;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:42:47:0:0:42:49:0:0 chr12 117219947 . G A 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0139885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.077;QD=18.7663;RBI=0.0617774;REFB=-0.0329189;REVB=-0.0601729;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0202069;OID=.;OPOS=117219947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr12 117289603 . A G 171.71 PASS AF=0.383333;AO=20;DP=56;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0419277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7514;QD=11.4473;RBI=0.0517186;REFB=-0.0560776;REVB=-0.03028;RO=35;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223613;STB=0.572455;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0380677;OID=.;OPOS=117289603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:35:37:20:23:0.383333:15:5:15:20:15:8:17:20 chr12 117383320 . G A 1375.8 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2374;QD=62.5364;RBI=0.0442544;REFB=0;REVB=-0.0432049;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161106;OID=.;OPOS=117383320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr12 117465857 . T C 3370.1 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121901;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.858;QD=62.4093;RBI=0.0275289;REFB=0;REVB=0.0246828;RO=0;SAF=114;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05933e-06;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:216:0:0:216:216:1:102:114:0:0:102:114:0:0 chr12 117584066 . G A 638.64 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00205553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.943;QD=18.7834;RBI=0.00470684;REFB=-0.000828802;REVB=0.00423428;RO=71;SAF=33;SAR=32;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126701;STB=0.507015;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00111895;OID=.;OPOS=117584066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:71:65:65:0.477941:32:33:37:34:32:33:37:34 chr12 117593387 . G A 2702.53 PASS AF=0.464345;AO=279;DP=592;FAO=280;FDP=603;FR=.;FRO=323;FSAF=134;FSAR=146;FSRF=179;FSRR=144;FWDB=0.0141466;FXX=0.0195119;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.979;QD=17.9272;RBI=0.0158352;REFB=-0.0105833;REVB=0.0071153;RO=296;SAF=134;SAR=145;SRF=174;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10076;STB=0.540431;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00478196;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:592:603:296:323:279:280:0.464345:145:134:174:122:146:134:179:144 chr12 117593391 . A G 2767.35 PASS AF=0.453543;AO=288;DP=637;FAO=288;FDP=635;FR=.;FRO=347;FSAF=140;FSAR=148;FSRF=177;FSRR=170;FWDB=-0.0419462;FXX=0.00625968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.295;QD=17.4321;RBI=0.0451261;REFB=-0.00310126;REVB=-0.0166398;RO=344;SAF=140;SAR=148;SRF=177;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280606;STB=0.513101;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00270198;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:637:635:344:347:288:288:0.453543:148:140:177:167:148:140:177:170 chr12 117669914 . G A 1182.31 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0174261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.185;QD=58.3858;RBI=0.0383506;REFB=-0.115289;REVB=0.0341628;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.513885;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00118658;OID=.;OPOS=117669914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:0:2:79:79:0.975309:44:35:0:0:44:35:2:0 chr12 117685270 . G A 3100.24 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746522;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.497;QD=63.5948;RBI=0.0587436;REFB=-0.0926943;REVB=0.0582673;RO=0;SAF=104;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233787;OID=.;OPOS=117685270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:195:0:0:194:195:1:90:104:0:0:92:103:0:0 chr12 117693817 . G A 1527.82 PASS AF=1;AO=87;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129693;FXX=0.00934492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.4939;QD=57.6536;RBI=0.129911;REFB=0;REVB=-0.00753758;RO=0;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135934;OID=.;OPOS=117693817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:87:106:1:56:31:0:0:65:41:0:0 chr12 117701714 . A G 966.31 PASS AF=0.474178;AO=101;DP=213;FAO=101;FDP=213;FR=.;FRO=112;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.0158377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.567;QD=18.1467;RBI=0.0524776;REFB=-0.00296646;REVB=-0.0500307;RO=112;SAF=47;SAR=54;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095696;STB=0.505281;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00357661;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:112:112:101:101:0.474178:54:47:51:61:54:47:51:61 chr12 117890947 . T C 1872.21 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000425808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.962;QD=61.384;RBI=0.00551609;REFB=0;REVB=0.00549963;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72594e-06;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:62:58:0:0:63:59:0:0 chr12 117894232 . C A 690.02 PASS AF=0.462963;AO=67;DP=158;FAO=75;FDP=162;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.00251326;FXX=0.0240949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.938;QD=17.0376;RBI=0.00309547;REFB=-0.00910915;REVB=-0.00180706;RO=90;SAF=35;SAR=32;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343402;STB=0.50766;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00971165;OID=.;OPOS=117894232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:162:90:87:67:75:0.462963:32:35:44:46:39:36:43:44 chr12 118020115 . G A 909.7 PASS AF=0.517241;AO=90;DP=174;FAO=90;FDP=174;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.022007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.354;QD=20.9126;RBI=0.0220837;REFB=-0.0268634;REVB=-0.00183975;RO=84;SAF=45;SAR=45;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524064;STB=0.528729;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0256196;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:84:84:90:90:0.517241:45:45:37:47:45:45:37:47 chr12 118199286 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.659;QD=55.6559;RBI=0.0541445;REFB=0;REVB=0.0109105;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209499;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr12 118467553 . A G,T 1520.92 PASS AF=0.830189,0.169811;AO=87,12;DP=99;FAO=88,18;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48,9;FSAR=40,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196138,0.0056223;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.932,69.325;QD=57.3933;RBI=0.0199841,0.028208;REFB=0,0;REVB=-0.0038291,-0.027642;RO=0;SAF=47,5;SAR=40,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00139008,0.0509747;OID=.,.;OPOS=118467553,118467553;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:96:99:106:0:0:87,12:88,18:0.830189,0.169811:40,7:47,5:0:0:40,9:48,9:0:0 chr12 118473054 . T C 1444.72 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.687;QD=62.1387;RBI=0.031549;REFB=0;REVB=0.00329698;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136418;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:43:47:0:0:43:50:0:0 chr12 118506327 . TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCC TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCT 198.15 PASS AF=0.529412,0.470588;AO=8,5;DP=16;FAO=9,8;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=8,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103402,0.313608;FXX=0.105208;HRUN=1,2;LEN=6,1;MLLD=205.555,49.5691;QD=46.6223;RBI=0.112606,0.315472;REFB=0,0;REVB=0.0445876,0.0342479;RO=0;SAF=0,1;SAR=8,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0206683,0.0637031;OID=.,.;OPOS=118506328,118506348;OREF=TCCTCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.529412,0.470588:8,5:16:9,8:17:0:1,2:8,6:0:0:60:0:0,1:8,4:0:0 chr12 118509191 . G A 1066.89 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698934;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.54;QD=60.1063;RBI=0.00699462;REFB=0;REVB=0.000271493;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62257e-05;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr12 118517275 . C T 386.09 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.000101154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.7036;QD=15.7589;RBI=0.0144959;REFB=-0.0244995;REVB=0.0144956;RO=56;SAF=17;SAR=24;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884529;STB=0.555305;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0303808;OID=.;OPOS=118517275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:57:41:41:0.418367:24:17:28:28:24:17:29:28 chr12 118520170 . G A 417.79 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0273728;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.1;QD=15.4738;RBI=0.0342183;REFB=-0.0034749;REVB=0.0205335;RO=61;SAF=19;SAR=28;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113339;STB=0.506352;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00477709;OID=.;OPOS=118520170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:61:61:47:47:0.435185:28:19:24:37:28:19:24:37 chr12 118682751 . C T 1084.42 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.022973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.772;QD=58.6172;RBI=0.0404546;REFB=0.0146356;REVB=0.0332989;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137071;STB=0.50704;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-7.408e-05;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:38:34:1:0:38:35:1:0 chr12 118828755 . G A 86.67 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0326141;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.043;QD=11.5564;RBI=0.0337621;REFB=-0.000942895;REVB=0.00872954;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22826;STB=0.636116;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00283212;OID=.;OPOS=118828755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:11:8:7:4:11:8 chr12 118855405 . A G 836.32 PASS AF=0.515337;AO=84;DP=164;FAO=84;FDP=163;FR=.;FRO=79;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.00521662;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.731;QD=20.5232;RBI=0.00657748;REFB=-0.0118434;REVB=0.00400625;RO=76;SAF=53;SAR=31;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712815;STB=0.550301;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00866659;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:76:79:84:84:0.515337:31:53:42:34:31:53:42:37 chr12 119431750 . G T 458.92 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0298128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.938;QD=20.8598;RBI=0.0311859;REFB=-0.00799194;REVB=0.00915167;RO=43;SAF=22;SAR=23;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103589;STB=0.557219;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00888966;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:23:22:16:27:23:22:16:27 chr12 119540063 . G T 746.31 PASS AF=0.461988;AO=78;DP=170;FAO=79;FDP=171;FR=.;FRO=92;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.00436495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.185;QD=17.4576;RBI=0.00737402;REFB=0.00845167;REVB=-0.00594334;RO=90;SAF=43;SAR=35;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369146;STB=0.510447;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00873996;OID=.;OPOS=119540063;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:90:92:78:79:0.461988:35:43:53:37:35:44:53:39 chr12 119871387 . A G 1565.96 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.035618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.246;QD=57.4664;RBI=0.0395456;REFB=-0.0363487;REVB=0.0171817;RO=1;SAF=46;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102054;STB=0.510636;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00019145;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:109:1:2:106:107:0.981651:60:46:1:0:61:46:2:0 chr12 120067561 . T C 661.28 PASS AF=0.374408;AO=79;DP=212;FAO=79;FDP=211;FR=.;FRO=132;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=77;FWDB=-0.0200048;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.573;QD=12.536;RBI=0.0201737;REFB=0.00262968;REVB=-0.0026052;RO=129;SAF=47;SAR=32;SRF=54;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192634;STB=0.610798;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0059558;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:129:132:79:79:0.374408:32:47:54:75:32:47:55:77 chr12 120171995 . T C 743.95 PASS AF=0.5;AO=73;DP=146;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0521166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0501;QD=20.3821;RBI=0.0618049;REFB=0.0120443;REVB=-0.0332221;RO=73;SAF=41;SAR=32;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625492;STB=0.53447;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.012779;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:73:73:73:73:0.5:32:41:36:37:32:41:36:37 chr12 120189879 . A G 531.17 PASS AF=0.482759;AO=54;DP=115;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.00911798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.732;QD=18.3161;RBI=0.0094655;REFB=-0.0298882;REVB=0.00254131;RO=60;SAF=23;SAR=31;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179506;STB=0.605838;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0376137;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:60:60:54:56:0.482759:31:23:37:23:33:23:37:23 chr12 120189888 . T C 497.74 PASS AF=0.481818;AO=50;DP=107;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0124755;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.609;QD=18.0995;RBI=0.0403608;REFB=-0.0355159;REVB=0.0383843;RO=57;SAF=23;SAR=27;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13004;STB=0.583786;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0590047;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:57:57:50:53:0.481818:27:23:34:23:30:23:34:23 chr12 120457035 . A G 784.76 PASS AF=0.509554;AO=79;DP=157;FAO=80;FDP=157;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0261699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3964;QD=19.9938;RBI=0.0299001;REFB=-0.00424539;REVB=-0.0144621;RO=77;SAF=30;SAR=49;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816987;STB=0.547252;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.005114;OID=.;OPOS=120457035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:77:77:79:80:0.509554:49:30:36:41:50:30:36:41 chr12 120575549 . A C 2640.35 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.419;QD=62.1258;RBI=0.0277865;REFB=0;REVB=0.0235675;RO=0;SAF=81;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.85996e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3246e-05;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:89:81:0:0:89:81:0:0 chr12 120589160 . A G 1592.7 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191151;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.695;QD=60.1018;RBI=0.0422224;REFB=0;REVB=-0.0376477;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18408e-05;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:105:106:1:54:51:0:0:54:52:0:0 chr12 120608031 . A G 511.26 PASS AF=0.509615;AO=51;DP=103;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0109195;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.801;QD=19.6639;RBI=0.0156717;REFB=-0.00724034;REVB=-0.0112412;RO=51;SAF=22;SAR=29;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00830883;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:51:51:51:53:0.509615:29:22:22:29:29:24:22:29 chr12 120636549 . C A 236.48 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0178349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.876;QD=13.5129;RBI=0.0340402;REFB=0.0119822;REVB=-0.028994;RO=42;SAF=20;SAR=8;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241505;STB=0.638663;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0182737;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:8:20:21:21:8:20:21:21 chr12 120649970 . C T 179.24 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00622246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.623;QD=16.6736;RBI=0.0158721;REFB=-0.0201955;REVB=0.0146015;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248086;STB=0.50859;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0162076;OID=.;OPOS=120649970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:24:19:19:0.44186:10:9:11:11:10:9:11:13 chr12 120661977 . T C 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000918241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.073;QD=57.5421;RBI=0.0679517;REFB=0;REVB=0.0679455;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014956;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr12 120730926 . C T 239.78 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0121729;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.813;QD=14.1049;RBI=0.0458398;REFB=-0.0082783;REVB=-0.044194;RO=40;SAF=17;SAR=10;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810426;STB=0.537357;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0101194;OID=.;OPOS=120730926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:27:28:0.411765:10:17:28:12:10:18:28:12 chr12 120762765 . C T 963.56 PASS AF=0.494792;AO=95;DP=193;FAO=95;FDP=192;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.0109403;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.335;QD=20.0741;RBI=0.0222033;REFB=-0.00634613;REVB=-0.0193209;RO=97;SAF=43;SAR=52;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672788;STB=0.537017;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00602144;OID=.;OPOS=120762765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:97:97:95:95:0.494792:52:43:51:46:52:43:51:46 chr12 120882217 . G T 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.002563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.55;QD=12.5475;RBI=0.00308343;REFB=-0.00166762;REVB=-0.00171421;RO=44;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694329;STB=0.539948;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00247348;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:17:10:19:25:17:10:19:25 chr12 120882259 . GAAAAAAAG GAAAAA,GAAAAAAG 150.71 PASS AF=0.375,0;AO=17,9;DP=73;FAO=27,0;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=8,0;FSAR=19,0;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0188625,-0.0650995;FXX=0.0136968;HRUN=7,7;LEN=3,1;MLLD=265.685,6.9506;QD=8.37281;RBI=0.0198749,0.0652272;REFB=-0.00639733,-0.0145883;REVB=-0.00626258,0.00407968;RO=28;SAF=1,4;SAR=16,5;SRF=6;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.403108,0.298903;STB=0.527121,0.5;STBP=0.75,1;TYPE=del,del;VARB=0.00667943,0.0327082;OID=.,.;OPOS=120882265,120882260;OREF=AAG,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0:17,9:73:27,0:72:45:8,0:19,0:15:30:99:28:1,4:16,5:6:22 chr12 120884328 . C T 475.12 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00757931;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4653;QD=17.7616;RBI=0.0163101;REFB=-0.0313118;REVB=0.0144421;RO=54;SAF=21;SAR=30;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310641;STB=0.509046;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0529856;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:56:51:51:0.476636:30:21:24:30:30:21:24:32 chr12 120934407 . C T 351.94 PASS AF=0.346154;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=130;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=0.0301038;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.8672;QD=10.8291;RBI=0.103791;REFB=-0.0175541;REVB=0.0993291;RO=75;SAF=20;SAR=25;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140768;STB=0.578197;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0263318;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:130:75:85:45:45:0.346154:25:20:43:32:25:20:48:37 chr12 120934624 . A C 332.17 PASS AF=0.439024;AO=35;DP=81;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00707354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7868;QD=16.2033;RBI=0.0182348;REFB=-0.00132618;REVB=-0.0168069;RO=45;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514156;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00222396;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:46:35:36:0.439024:21:14:18:27:22:14:19:27 chr12 120966921 . A G 202.85 PASS AF=0.413793;AO=20;DP=55;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0278559;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.147;QD=13.9896;RBI=0.0390443;REFB=-0.0237989;REVB=0.0273589;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156074;STB=0.549377;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0312369;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:35:34:20:24:0.413793:10:10:18:17:14:10:17:17 chr12 121017171 . A G 520.55 PASS AF=0.393548;AO=61;DP=156;FAO=61;FDP=155;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0326792;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2705;QD=13.4335;RBI=0.0442746;REFB=-0.0166497;REVB=-0.0298716;RO=92;SAF=31;SAR=30;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376824;STB=0.520849;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.038153;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:92:94:61:61:0.393548:30:31:50:42:30:31:51:43 chr12 121093629 . CGTGCGT CGTGC,C 50.93 PASS AF=0.133333,0.333333;AO=3,5;DP=18;FAO=2,5;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2,2;FSAR=0,3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0673401,0.00687817;FXX=0.117578;HRUN=1,1;LEN=2,6;MLLD=69.6129,191.228;QD=13.5807;RBI=0.0859314,0.0310053;REFB=-0.107148,-0.0405041;REVB=-0.0533808,-0.0302327;RO=8;SAF=3,2;SAR=0,3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.660908,-0.0987559;STB=0.993043,0.635829;STBP=0.333,0.434;TYPE=del,del;VARB=0.0786889,0.0894846;OID=.,.;OPOS=121093634,121093630;OREF=GT,GTGCGT;OALT=-,-;OMAPALT=CGTGC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.133333,0.333333:3,5:18:2,5:15:8:2,2:0,3:5:3:36:8:3,2:0,3:4:4 chr12 121131891 . C T 668.07 PASS AF=0.555556;AO=65;DP=117;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0152618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.187;QD=22.8401;RBI=0.0270651;REFB=-0.0138602;REVB=0.0223516;RO=51;SAF=43;SAR=22;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064211;STB=0.540868;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0109774;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:51:52:65:65:0.555556:22:43:30:21:22:43:30:22 chr12 121174899 . T C 1099.03 PASS AF=0.488987;AO=111;DP=227;FAO=111;FDP=227;FR=.;FRO=116;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.0505494;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0648;QD=19.3662;RBI=0.051988;REFB=-0.00665879;REVB=0.0121454;RO=115;SAF=55;SAR=56;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242788;STB=0.515512;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00789548;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:115:116:111:111:0.488987:56:55:60:55:56:55:61:55 chr12 121175984 . T C 300.66 PASS AF=0.591837;AO=30;DP=51;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0553208;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.973;QD=24.5435;RBI=0.0602026;REFB=-0.0257159;REVB=0.0237477;RO=20;SAF=12;SAR=18;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770478;STB=0.534931;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0138959;OID=.;OPOS=121175984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:20:20:30:29:0.591837:18:12:6:14:18:11:6:14 chr12 121176083 . G A 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00438242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.724;QD=23.5981;RBI=0.0084637;REFB=-0.0205745;REVB=0.00724076;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950496;STB=0.505296;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0151051;OID=.;OPOS=121176083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:11:14:12:9:11:14:12:9 chr12 121176679 . C T 403.28 PASS AF=0.398305;AO=46;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0174138;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.428;QD=13.6706;RBI=0.0395577;REFB=-0.00635347;REVB=-0.0355186;RO=71;SAF=23;SAR=23;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143738;STB=0.574345;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0112908;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:71:46:47:0.398305:23:23:26:45:24:23:26:45 chr12 121416446 . T G 32.36 PASS AF=0.5;AO=7;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0705985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.2534;QD=12.9421;RBI=0.0705985;REFB=0.0458381;REVB=0;RO=3;SAF=7;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0324914;OID=.;OPOS=121416446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:10:10:3:5:7:5:0.5:0:7:3:0:0:5:5:0 chr12 121416622 . C G 3274.47 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189089;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.925;QD=61.7825;RBI=0.0604296;REFB=0.0208794;REVB=0.057395;RO=0;SAF=95;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55686e-05;OID=.;OPOS=121416622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:212:0:0:211:212:1:116:95:0:0:117:95:0:0 chr12 121416650 . A C 3351.36 PASS AF=0.990868;AO=217;DP=219;FAO=217;FDP=219;FR=.;FRO=2;FSAF=101;FSAR=116;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.021158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.198;QD=61.2121;RBI=0.0299726;REFB=-0.0859978;REVB=-0.0212296;RO=1;SAF=101;SAR=116;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469397;STB=0.504902;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000652774;OID=.;OPOS=121416650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:219:219:1:2:217:217:0.990868:116:101:1:0:116:101:2:0 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 518.5 PASS AF=0.597222,0.0694444;AO=42,12;DP=80;FAO=43,5;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=32,5;FSAR=11,0;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00562508,0.000492299;FXX=0.0885964;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=189.87,111.135;QD=28.8057;RBI=0.0112274,0.00935865;REFB=-0.00277119,-0.00926314;REVB=-0.00971664,0.00934569;RO=26;SAF=31,12;SAR=11,0;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.104598,0.763949;STB=0.570424,0.997387;STBP=0.157,0.044;TYPE=ins,snp;VARB=0.00531577,0.0432928;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:72:26:24:42,12:43,5:0.597222,0.0694444:11,0:31,12:16:10:11,0:32,5:14:10 chr12 121435342 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0257554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4883;QD=14.6553;RBI=0.0390125;REFB=-0.0428264;REVB=-0.0293024;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128305;OID=.;OPOS=121435342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:8:8:0.5:4:4:3:4:4:4:4:4 chr12 121435427 . G A 204.96 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00197559;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.494;QD=21.5749;RBI=0.0242698;REFB=-0.0042708;REVB=0.0241893;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592807;STB=0.521717;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0046015;OID=.;OPOS=121435427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:12:8:8:9:12:8:8:10 chr12 121435475 . G A 218.88 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00606682;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.247;QD=15.3599;RBI=0.0112749;REFB=-0.0309118;REVB=-0.00950354;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259189;STB=0.514694;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0312204;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:32:25:25:0.438596:10:15:20:12:10:15:20:12 chr12 121435587 . G T 452.61 PASS AF=0.483146;AO=31;DP=91;FAO=43;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0109288;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.891;QD=20.3421;RBI=0.0862383;REFB=-0.0205851;REVB=0.0855431;RO=44;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118944;STB=0.565494;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0296002;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:44:44:31:43:0.483146:19:12:22:22:26:17:23:21 chr12 121437221 . T C 3500.81 PASS AF=0.991189;AO=225;DP=227;FAO=225;FDP=227;FR=.;FRO=2;FSAF=124;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0785452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.636;QD=61.6883;RBI=0.081574;REFB=-0.00434704;REVB=0.0220222;RO=2;SAF=124;SAR=101;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000867159;STB=0.500455;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-2.3639e-05;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:227:227:2:2:225:225:0.991189:101:124:1:1:101:124:1:1 chr12 121437382 . A G 973.23 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0858058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.095;QD=58.9839;RBI=0.0871304;REFB=0;REVB=0.0151349;RO=0;SAF=14;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131079;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:51:14:0:0:51:15:0:0 chr12 121442064 . G A 1300.24 PASS AF=0.541485;AO=123;DP=226;FAO=124;FDP=229;FR=.;FRO=105;FSAF=47;FSAR=77;FSRF=39;FSRR=66;FWDB=0.0190412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9009;QD=22.7116;RBI=0.019075;REFB=0.0111779;REVB=0.00113513;RO=103;SAF=47;SAR=76;SRF=38;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117082;STB=0.503709;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0143779;OID=.;OPOS=121442064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:229:103:105:123:124:0.541485:76:47:38:65:77:47:39:66 chr12 121454257 . T A 1522.8 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037679;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6258;QD=59.7175;RBI=0.0541625;REFB=0;REVB=0.0389085;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342007;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:47:54:0:0:48:54:0:0 chr12 121458570 . C T 706.91 PASS AF=0.452381;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.0202632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.839;QD=16.8312;RBI=0.0203502;REFB=-0.00715547;REVB=0.00187908;RO=92;SAF=28;SAR=48;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906628;STB=0.550445;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00622032;OID=.;OPOS=121458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:92:92:76:76:0.452381:48:28:42:50:48:28:42:50 chr12 121605355 . G A 1779.98 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.633;QD=60.8541;RBI=0.00417488;REFB=0;REVB=0.00261681;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199307;OID=.;OPOS=121605355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:60:56:0:0:61:56:0:0 chr12 121622520 . A T 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.578;QD=58.7793;RBI=0.0179651;REFB=0;REVB=0.0176428;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30213e-05;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr12 121757519 . T A 390.39 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.018025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.329;QD=19.0434;RBI=0.0228676;REFB=-0.0110862;REVB=0.0140722;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111484;STB=0.562013;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0110165;OID=.;OPOS=121757519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:22:18:24:18:22:18:24:18 chr12 121853164 . T C 335.34 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0127471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6823;QD=16.9792;RBI=0.0130234;REFB=-0.00590285;REVB=0.00266825;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532798;STB=0.52991;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00746324;OID=.;OPOS=121853164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:22:14:19:24:22:14:19:24 chr12 121870922 . G A 151.61 PASS AF=0.344828;AO=17;DP=55;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.0554287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6421;QD=10.4555;RBI=0.104599;REFB=-0.0264971;REVB=0.0887051;RO=37;SAF=6;SAR=11;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467929;STB=0.780007;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0693702;OID=.;OPOS=121870922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:37:38:17:20:0.344828:11:6:29:8:14:6:29:9 chr12 121871006 . A C 154.76 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0208523;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.737;QD=14.0688;RBI=0.0251143;REFB=-0.00862486;REVB=-0.0139966;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358321;STB=0.706711;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00988152;OID=.;OPOS=121871006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:19:8:11:6:19:8 chr12 121878659 . C T 1145.37 PASS AF=0.469466;AO=118;DP=257;FAO=123;FDP=262;FR=.;FRO=139;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=67;FSRR=72;FWDB=-0.00540011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.766;QD=17.4866;RBI=0.0117486;REFB=-0.00976985;REVB=0.010434;RO=139;SAF=48;SAR=70;SRF=67;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749931;STB=0.53188;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0104129;OID=.;OPOS=121878659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:262:139:139:118:123:0.469466:70:48:67:72:71:52:67:72 chr12 121880520 . G A 1265.14 PASS AF=0.426791;AO=137;DP=333;FAO=137;FDP=321;FR=.;FRO=184;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=105;FSRR=79;FWDB=0.0201769;FXX=0.036035;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.912;QD=15.765;RBI=0.0209499;REFB=-0.0269474;REVB=0.00563829;RO=174;SAF=76;SAR=61;SRF=103;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381935;STB=0.509246;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0353011;OID=.;OPOS=121880520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:321:174:184:137:137:0.426791:61:76:103:71:61:76:105:79 chr12 121881848 . G A 518.47 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00463197;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.427;QD=20.3321;RBI=0.0048466;REFB=-0.0143451;REVB=-0.00142633;RO=48;SAF=23;SAR=30;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753965;STB=0.546654;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0127644;OID=.;OPOS=121881848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:48:49:53:53:0.519608:30:23:25:23:30:23:26:23 chr12 122042844 . A G 574.32 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2956;QD=60.4546;RBI=0.0345572;REFB=0;REVB=0.0303096;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716259;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr12 122079189 . C T 1503.37 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140716;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.425;QD=63.973;RBI=0.0192786;REFB=0;REVB=0.0131778;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397091;OID=.;OPOS=122079189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:37:57:0:0:37:57:0:0 chr12 122079441 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000245624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.562;QD=58.142;RBI=0.0291678;REFB=0;REVB=0.0291667;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002669;OID=.;OPOS=122079441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr12 122079682 . A AT,ATT,T 463.49 PASS AF=1,0,0;AO=37,9,4;DP=65;FAO=64,0,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0,0;FSAR=40,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.204416,0.107271,-0.00656528;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,1;MLLD=9.9535,9.64009,193.379;QD=28.9682;RBI=0.248348,0.131425,0.0226509;REFB=0,0,0;REVB=-0.141034,-0.0759306,-0.0216786;RO=15;SAF=14,0,4;SAR=23,9,0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0491881,-0.7736,0.681029;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.000888327,0,0;OID=.,.,.;OPOS=122079683,122079683,122079682;OREF=-,-,A;OALT=T,TT,T;OMAPALT=AT,ATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:15:0:37,9,4:64,0,0:1,0,0:23,9,0:14,0,4:7:8:40,0,0:24,0,0:0:0 chr12 122107255 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00433093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.518;QD=18.8285;RBI=0.00985199;REFB=0.014256;REVB=0.00884899;RO=22;SAF=16;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289837;STB=0.666481;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0150426;OID=.;OPOS=122107255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:4:16:12:10:4:16:12:10 chr12 122186268 . C T 263.73 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0542381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7365;QD=12.8651;RBI=0.0556068;REFB=-0.017748;REVB=0.0122611;RO=49;SAF=9;SAR=22;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708401;STB=0.558944;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.037405;OID=.;OPOS=122186268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:51:31:31:0.378049:22:9:17:32:22:9:19:32 chr12 122186317 . G A 287.59 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0136115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3433;QD=13.5334;RBI=0.0480089;REFB=0.0157632;REVB=0.0460389;RO=52;SAF=13;SAR=20;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323332;STB=0.518424;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0233974;OID=.;OPOS=122186317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:20:13:19:33:20:13:19:33 chr12 122217559 . C T 974.79 PASS AF=0.431535;AO=104;DP=242;FAO=104;FDP=241;FR=.;FRO=137;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=76;FSRR=61;FWDB=-0.0718667;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.364;QD=16.1791;RBI=0.0721161;REFB=-0.0103225;REVB=-0.00599284;RO=133;SAF=50;SAR=54;SRF=72;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611208;STB=0.541971;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0130822;OID=.;OPOS=122217559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:133:137:104:104:0.431535:54:50:72:61:54:50:76:61 chr12 122234089 . T A 205.78 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00847232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.42;QD=10.8303;RBI=0.0295166;REFB=-0.0147487;REVB=0.0282745;RO=48;SAF=9;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154637;STB=0.578661;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.029924;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:50:26:26:0.342105:17:9:23:25:17:9:23:27 chr12 122243905 . C T 837.31 PASS AF=0.518519;AO=82;DP=159;FAO=84;FDP=162;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=0.0624474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.096;QD=20.6743;RBI=0.0627705;REFB=-0.012169;REVB=-0.00636048;RO=77;SAF=34;SAR=48;SRF=25;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831746;STB=0.559406;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0129513;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:77:78:82:84:0.518519:48:34:25:52:47:37:25:53 chr12 122246136 . T C 300.13 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0141075;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.839;QD=11.6557;RBI=0.0300906;REFB=-0.0086945;REVB=-0.0265786;RO=66;SAF=12;SAR=25;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154721;STB=0.589176;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0138137;OID=.;OPOS=122246136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:66:66:37:37:0.359223:25:12:30:36:25:12:30:36 chr12 122247853 . C T 122.11 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00313977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.782;QD=9.21593;RBI=0.00548202;REFB=-0.0055722;REVB=-0.00449382;RO=35;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974645;STB=0.560898;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0117449;OID=.;OPOS=122247853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:37:16:16:0.301887:6:10:19:16:6:10:20:17 chr12 122248582 . C G 1048.1 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.355;QD=58.228;RBI=0.0272113;REFB=-0.0721344;REVB=0.011312;RO=1;SAF=25;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185371;STB=0.509801;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00012425;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:46:25:1:0:46:25:1:0 chr12 122260549 . T C 183.6 PASS AF=0.642857;AO=15;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0304544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8857;QD=26.2286;RBI=0.0856983;REFB=-0.0556474;REVB=-0.0801045;RO=9;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126109;STB=0.513499;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0339321;OID=.;OPOS=122260549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:9:10:15:18:0.642857:12:3:3:6:12:6:3:7 chr12 122261456 . G A 2231.98 PASS AF=0.519048;AO=213;DP=422;FAO=218;FDP=420;FR=.,HEALED;FRO=202;FSAF=101;FSAR=117;FSRF=101;FSRR=101;FWDB=-0.0196274;FXX=0.00709203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.607;QD=21.2569;RBI=0.0241078;REFB=-0.0624909;REVB=-0.0139983;RO=141;SAF=97;SAR=116;SRF=53;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595334;STB=0.517698;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0514791;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:420:141:202:213:218:0.519048:116:97:53:88:117:101:101:101 chr12 122265517 . C T 1585.27 PASS AF=0.417062;AO=175;DP=421;FAO=176;FDP=422;FR=.;FRO=246;FSAF=92;FSAR=84;FSRF=130;FSRR=116;FWDB=-0.00440025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.813;QD=15.0263;RBI=0.00491464;REFB=-0.00212533;REVB=0.00218894;RO=245;SAF=92;SAR=83;SRF=130;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514577;STB=0.503347;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00298292;OID=.;OPOS=122265517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:422:245:246:175:176:0.417062:83:92:130:115:84:92:130:116 chr12 122277891 . C A 750.19 PASS AF=0.484848;AO=77;DP=160;FAO=80;FDP=165;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0216088;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.705;QD=18.1865;RBI=0.029496;REFB=-0.0150865;REVB=-0.0200766;RO=80;SAF=38;SAR=39;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059985;STB=0.516336;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0161636;OID=.;OPOS=122277891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:165:80:85:77:80:0.484848:39:38:40:40:43:37:42:43 chr12 122295335 . T C 1062.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4481;QD=59.8485;RBI=0.0671147;REFB=0;REVB=0.0248193;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207701;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr12 122326812 . T C 1509.2 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0788097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2375;QD=63.5454;RBI=0.0795914;REFB=0;REVB=-0.0111278;RO=0;SAF=60;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532987;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:35:60:0:0:35:60:0:0 chr12 122353796 . A G 1204.66 PASS AF=0.980952;AO=75;DP=103;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180787;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.9148;QD=45.8917;RBI=0.165663;REFB=-0.163789;REVB=0.164673;RO=2;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197079;STB=0.501416;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0113938;OID=.;OPOS=122353796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:103:105:2:2:75:103:0.980952:47:28:0:2:59:44:1:1 chr12 122355716 . C T 1319.88 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.203;QD=62.1119;RBI=0.0332662;REFB=0;REVB=0.0323514;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22126e-05;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:0:0:81:85:1:45:36:0:0:48:37:0:0 chr12 122369762 . C T 1556.49 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4557;QD=59.8651;RBI=0.0501494;REFB=0;REVB=-0.0281974;RO=0;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029606;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:65:39:0:0:65:39:0:0 chr12 122396395 . C T 2318.22 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256059;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.199;QD=63.5128;RBI=0.0257344;REFB=0;REVB=-0.00256799;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204859;OID=.;OPOS=122396395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:146:0:0:140:146:1:69:71:0:0:71:75:0:0 chr12 122405912 . G T 742.82 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.041956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5976;QD=53.0586;RBI=0.0609419;REFB=0.0144665;REVB=-0.0441997;RO=2;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324755;STB=0.517235;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00172365;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:28:26:0:2:28:26:0:2 chr12 122497001 . T C 1679.34 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.744;QD=59.4456;RBI=0.0215731;REFB=-0.0548628;REVB=0.00512902;RO=1;SAF=60;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784784;STB=0.504131;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000400967;OID=.;OPOS=122497001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:52:60:1:0:52:60:1:0 chr12 122617989 . A G 1608.95 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.542;QD=64.3582;RBI=0.0710759;REFB=0;REVB=0.0441905;RO=0;SAF=28;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44387e-05;OID=.;OPOS=122617989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:100:0:0:93:100:1:65:28:0:0:72:28:0:0 chr12 122618131 . A G 714.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.782;QD=63.5098;RBI=0.0165956;REFB=0;REVB=0.0165956;RO=0;SAF=0;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31665e-05;OID=.;OPOS=122618131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:45:0:0:0:45:0:0:0 chr12 122623000 . T C 937.58 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.36;QD=58.5989;RBI=0.0221338;REFB=0;REVB=-0.0157536;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05764e-07;OID=.;OPOS=122623000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:38:24:0:0:39:25:0:0 chr12 122626842 . G A 3158.92 PASS AF=1;AO=197;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017823;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9665;QD=63.4959;RBI=0.0418058;REFB=-0.11625;REVB=0.0378162;RO=0;SAF=102;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467737;OID=.;OPOS=122626842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:200:199:0:0:197:199:1:95:102:0:0:97:102:0:0 chr12 122628219 . T C 2584.51 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.193;QD=61.9043;RBI=0.0129572;REFB=0;REVB=0.0125079;RO=0;SAF=73;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75507e-06;OID=.;OPOS=122628219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:94:73:0:0:94:73:0:0 chr12 122628516 . A T 1900.96 PASS AF=0.976744;AO=125;DP=128;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0307647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0629;QD=58.9446;RBI=0.0308833;REFB=0.033983;REVB=-0.00270391;RO=3;SAF=50;SAR=75;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00309327;STB=0.501543;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00180416;OID=.;OPOS=122628516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:128:129:3:3:125:126:0.976744:75:50:1:2:76:50:1:2 chr12 122674032 . C T 1134.99 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00935181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.217;QD=60.533;RBI=0.0095785;REFB=0;REVB=-0.00207158;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95642e-05;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr12 122674758 . G A 1559.8 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0239315;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5312;QD=58.3102;RBI=0.0443853;REFB=-0.107332;REVB=0.0373811;RO=2;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01725;STB=0.504504;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00129317;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:2:1:105:106:0.990654:54:51:0:2:55:51:0:1 chr12 122676013 . A C 2401.11 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.919;QD=64.0296;RBI=0.00791838;REFB=0;REVB=-0.0069243;RO=0;SAF=73;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12703e-06;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:147:150:1:74:73:0:0:74:76:0:0 chr12 122689161 . C G 1248.3 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0292757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8679;QD=60.1592;RBI=0.115981;REFB=-0.0133539;REVB=0.112225;RO=1;SAF=47;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997022;STB=0.505262;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00140258;OID=.;OPOS=122689161;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:35:47:1:0:35:47:1:0 chr12 122689181 . C G 1563.34 PASS AF=0.99;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0747846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8082;QD=62.5337;RBI=0.0797299;REFB=-0.0351891;REVB=-0.0276428;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00224467;OID=.;OPOS=122689181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:0:1:99:99:0.99:50:49:0:0:50:49:1:0 chr12 122689244 . C T 1892.49 PASS AF=1;AO=111;DP=115;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4271;QD=60.5598;RBI=0.090716;REFB=0;REVB=0.0853103;RO=1;SAF=49;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684099;OID=.;OPOS=122689244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:125:1:0:111:125:1:62:49:1:0:70:55:0:0 chr12 122691738 . C A 1171.96 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524848;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.275;QD=60.8811;RBI=0.0751372;REFB=0;REVB=0.0537675;RO=0;SAF=53;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326126;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:23:53:0:0:24:53:0:0 chr12 122692820 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.933;QD=57.6805;RBI=0.0499178;REFB=0;REVB=0.0225765;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223149;OID=.;OPOS=122692820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr12 122756342 . G A 815.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.366;QD=57.2241;RBI=0.0168175;REFB=0;REVB=0.016604;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41376e-05;OID=.;OPOS=122756342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:26:28:0:0:28:29:0:0 chr12 123087442 . A G 778.24 PASS AF=1;AO=34;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111725;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.94;QD=56.5995;RBI=0.111816;REFB=0;REVB=-0.00452066;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102668;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:34:55:1:28:6:0:0:28:27:0:0 chr12 123089499 . G C 263.97 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00495979;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5959;QD=12.7216;RBI=0.00758591;REFB=-0.00140645;REVB=0.00573991;RO=52;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595446;STB=0.53414;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00250514;OID=.;OPOS=123089499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:52:52:31:31:0.373494:15:16:24:28:15:16:24:28 chr12 123103014 . TTG T,TT,TTT 148.34 PASS AF=0.357143,0.5,0.142857;AO=4,4,10;DP=18;FAO=5,7,2;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5,7,2;FSAR=0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18957,0.177925,0.143284;FXX=0;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=175.761,176.504,175.121;QD=42.384;RBI=0.18957,0.177925,0.143284;REFB=0,0,0;REVB=0,0,0;RO=0;SAF=4,4,8;SAR=0,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0324981,-0.00767251,0.0881088;OID=.,.,.;OPOS=123103015,123103016,123103016;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.357143,0.5,0.142857:4,4,10:18:5,7,2:14:0:5,7,2:0,0,0:0:0:10:0:4,4,8:0,0,2:0:0 chr12 123105143 . C T 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.84;QD=59.8655;RBI=0.0220311;REFB=0;REVB=0.018846;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48989e-05;OID=.;OPOS=123105143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:56:48:0:0:56:48:0:0 chr12 123185864 . A G 388.36 PASS AF=0.159763;AO=81;DP=512;FAO=81;FDP=507;FR=.;FRO=426;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=235;FSRR=191;FWDB=0.0016203;FXX=0.0155337;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.008;QD=3.06401;RBI=0.0343284;REFB=-0.00845313;REVB=-0.0342902;RO=421;SAF=43;SAR=38;SRF=235;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357617;STB=0.51756;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0269113;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:512:507:421:426:81:81:0.159763:38:43:235:186:38:43:235:191 chr12 123185962 . T G 47.42 PASS AF=0.056391;AO=30;DP=533;FAO=30;FDP=532;FR=.;FRO=502;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=257;FSRR=245;FWDB=-0.00870694;FXX=0.00187614;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2066;QD=0.356576;RBI=0.0287382;REFB=0.00231461;REVB=0.0273875;RO=503;SAF=16;SAR=14;SRF=258;SRR=245;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210229;STB=0.520197;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0423203;OID=.;OPOS=123185962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:533:532:503:502:30:30:0.056391:14:16:258:245:14:16:257:245 chr12 123199327 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00480329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.824;QD=39.2057;RBI=0.00707912;REFB=0;REVB=-0.00520023;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.28447e-05;OID=.;OPOS=123199327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr12 123199410 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.21;QD=46.8479;RBI=0.0452184;REFB=0;REVB=0.0345609;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644666;OID=.;OPOS=123199410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr12 123200158 . G C 103.2 PASS AF=0.120773;AO=25;DP=206;FAO=25;FDP=207;FR=.;FRO=182;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=101;FSRR=81;FWDB=-0.000785565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.276;QD=1.99419;RBI=0.00576516;REFB=-0.000324984;REVB=0.00571139;RO=180;SAF=14;SAR=11;SRF=99;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126434;STB=0.504501;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00739289;OID=.;OPOS=123200158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:180:182:25:25:0.120773:11:14:99:81:11:14:101:81 chr12 123200247 . G C 3153.48 PASS AF=1;AO=203;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385044;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.34;QD=61.833;RBI=0.0160098;REFB=0;REVB=0.0155399;RO=0;SAF=119;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35021e-06;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:204:0:0:203:204:1:84:119:0:0:85:119:0:0 chr12 123200334 . T C 638.78 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0385292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3825;QD=59.421;RBI=0.0451763;REFB=0.00783917;REVB=0.023588;RO=1;SAF=30;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153937;STB=0.508193;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.000974085;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:12:30:1:0:12:30:1:0 chr12 123200693 . A G 770.6 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0520706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.598;QD=55.0426;RBI=0.0620186;REFB=-0.0543014;REVB=-0.0336892;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145012;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00688345;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:22:32:1:0:22:33:1:0 chr12 123200768 . T G 1548.9 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296256;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.813;QD=59.5731;RBI=0.0327095;REFB=0;REVB=0.0138648;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12819e-05;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:102:104:1:49:53:0:0:51:53:0:0 chr12 123200937 . T G 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3976;QD=60.8818;RBI=0.0526861;REFB=0;REVB=0.000642991;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364902;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr12 123246781 . T A 153.41 PASS AF=0.64;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.021411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.28;QD=24.5455;RBI=0.0279597;REFB=-0.022806;REVB=0.0179809;RO=9;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550669;STB=0.538412;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0209866;OID=.;OPOS=123246781;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:25:9:9:15:16:0.64:4:11:6:3:4:12:6:3 chr12 123253852 . T C 108.81 PASS AF=0.1875;AO=18;DP=96;FAO=18;FDP=96;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=63;FSRR=15;FWDB=-0.0175646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7952;QD=4.53391;RBI=0.0677013;REFB=-0.0208871;REVB=0.0653831;RO=77;SAF=16;SAR=2;SRF=62;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203087;STB=0.632386;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0441231;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:77:78:18:18:0.1875:2:16:62:15:2:16:63:15 chr12 123253856 . C CAT,T 1198.01 PASS AF=0.617647,0.284314;AO=60,31;DP=102;FAO=63,29;FDP=102;FR=.;FRO=10;FSAF=57,21;FSAR=6,8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0250798,-0.0198067;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=141.536,64.5891;QD=46.9806;RBI=0.0428052,0.103559;REFB=-0.0633784,-0.0415563;REVB=-0.0346885,-0.101647;RO=10;SAF=56,21;SAR=4,10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.320772,0.0879282;STB=0.62758,0.567519;STBP=0.003,0.187;TYPE=ins,snp;VARB=0.0378672,0.0247141;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:102:102:10:10:60,31:63,29:0.617647,0.284314:4,10:56,21:5:5:6,8:57,21:5:5 chr12 123333065 . C T 772.97 PASS AF=0.524823;AO=73;DP=140;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0166497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.077;QD=21.9282;RBI=0.0291378;REFB=-0.00891018;REVB=0.0239123;RO=67;SAF=36;SAR=37;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656806;STB=0.538997;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00868117;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:67:67:73:74:0.524823:37:36:28:39:37:37:28:39 chr12 123339929 . G C 93.23 PASS AF=0.172727;AO=18;DP=106;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.0374021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2619;QD=3.39021;RBI=0.0603287;REFB=-0.00677069;REVB=-0.0473354;RO=87;SAF=2;SAR=16;SRF=56;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63567;STB=0.90418;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0529156;OID=.;OPOS=123339929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:106:110:87:91:18:19:0.172727:16:2:56:31:17:2:56:35 chr12 123340453 . G GC 110.59 PASS AF=0.392157;AO=14;DP=56;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00845342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.059;QD=8.67399;RBI=0.148924;REFB=0.0168364;REVB=0.148684;RO=41;SAF=12;SAR=2;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358021;STB=0.646302;STBP=0.139;TYPE=ins;VARB=-0.0150144;OID=.;OPOS=123340454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157:14:56:20:51:31:16:4:19:12:99:41:12:2:26:15 chr12 123344021 . G A 727.8 PASS AF=0.510791;AO=71;DP=139;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0136063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.242;QD=20.9438;RBI=0.0136812;REFB=-0.0159823;REVB=0.00143004;RO=66;SAF=33;SAR=38;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309406;STB=0.517265;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.016233;OID=.;OPOS=123344021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:66:68:71:71:0.510791:38:33:33:33:38:33:34:34 chr12 123345736 . C G 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.019;QD=63.2822;RBI=0.011242;REFB=0;REVB=0.00549145;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97679e-05;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr12 123345929 . C T 955.54 PASS AF=0.47619;AO=100;DP=210;FAO=100;FDP=210;FR=.;FRO=110;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=68;FWDB=0.0015591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.168;QD=18.2007;RBI=0.0208519;REFB=-0.015108;REVB=-0.0207935;RO=108;SAF=52;SAR=48;SRF=41;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13182;STB=0.572065;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0156808;OID=.;OPOS=123345929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:108:110:100:100:0.47619:48:52:41:67:48:52:42:68 chr12 123350154 . CCTTT C 162.87 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0362438;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=108.925;QD=14.8059;RBI=0.0381568;REFB=0.0164034;REVB=0.0119304;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834341;STB=0.54668;STBP=0.529;TYPE=del;VARB=-0.0159911;OID=.;OPOS=123350155;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522727:23:44:23:44:21:11:12:8:13:99:21:11:12:8:13 chr12 123460823 . A G 3084.48 PASS AF=0.985149;AO=194;DP=203;FAO=199;FDP=202;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=133;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407973;FXX=0.042652;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.529;QD=61.0789;RBI=0.0961069;REFB=0;REVB=0.0870179;RO=0;SAF=131;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12705e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714564;OID=.;OPOS=123460823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:203:202:0:0:194:199:0.985149:63:131:0:0:66:133:0:0 chr12 123469647 . G T 670.84 PASS AF=0.398936;AO=75;DP=189;FAO=75;FDP=188;FR=.;FRO=113;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=80;FWDB=-0.0162543;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.192;QD=14.2731;RBI=0.0167548;REFB=-0.0117202;REVB=0.00406471;RO=112;SAF=27;SAR=48;SRF=33;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776693;STB=0.545443;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0193798;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:112:113:75:75:0.398936:48:27:33:79:48:27:33:80 chr12 123495289 . C A 892.5 PASS AF=0.553333;AO=81;DP=147;FAO=83;FDP=150;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0463597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6629;QD=23.8001;RBI=0.0506092;REFB=0.00547255;REVB=0.0202996;RO=66;SAF=29;SAR=52;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449688;STB=0.526905;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00309885;OID=.;OPOS=123495289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:66:67:81:83:0.553333:52:29:27:39:53:30:28:39 chr12 123645803 . G A 3427.32 PASS AF=1;AO=219;DP=221;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117664;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.8;QD=62.315;RBI=0.0164694;REFB=0.0451334;REVB=0.0115236;RO=1;SAF=103;SAR=116;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408983;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88017e-05;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:221:220:1:0:219:220:1:116:103:0:1:116:104:0:0 chr12 123664514 . G A 324.06 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0173846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.765;QD=28.8055;RBI=0.0194849;REFB=-0.00333314;REVB=-0.00879986;RO=17;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402428;STB=0.522168;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00269651;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:18:10:7:10:18:10:7:10 chr12 123665695 . A G 1133.01 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0282297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.295;QD=54.6031;RBI=0.0366979;REFB=-0.0181015;REVB=0.0234483;RO=5;SAF=45;SAR=33;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261189;STB=0.513819;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00135453;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:83:83:5:5:78:78:0.939759:33:45:4:1:33:45:4:1 chr12 123705962 . C T 238.57 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0137375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.591;QD=27.2646;RBI=0.014138;REFB=0.0189505;REVB=-0.00334135;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563967;STB=0.531222;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0114157;OID=.;OPOS=123705962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:12:10:7:6:12:10:7:6 chr12 123738494 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00476328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.152;QD=10.1733;RBI=0.0405992;REFB=0.00787383;REVB=0.0403188;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503774;STB=0.812863;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0096446;OID=.;OPOS=123738494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:6:3:5:1:6:3 chr12 123746357 . C G 1098.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0840731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3253;QD=60.1932;RBI=0.10729;REFB=0;REVB=-0.0666549;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119918;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:35:37:0:0:36:37:0:0 chr12 123799974 . A G 1202.4 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0411761;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.232;QD=60.1199;RBI=0.0417052;REFB=0.0901396;REVB=0.00662231;RO=1;SAF=52;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172084;STB=0.509089;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.000267736;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:27:52:0:1:27:52:0:1 chr12 123810873 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.906;QD=60.2283;RBI=0.0181719;REFB=0;REVB=0.0181418;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68942e-05;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr12 123879666 . A G 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0115073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.949;QD=13.7204;RBI=0.0286909;REFB=0.000216782;REVB=0.0262821;RO=47;SAF=20;SAR=11;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233635;STB=0.633247;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.000289054;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:11:20:20:27:11:20:20:27 chr12 123879668 . G C 278.26 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.027576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.694;QD=14.2698;RBI=0.0287524;REFB=0.00838064;REVB=-0.00814011;RO=46;SAF=20;SAR=11;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222952;STB=0.612832;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00254616;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:46:46:31:32:0.410256:11:20:20:26:12:20:20:26 chr12 123879768 . AA CG 74.31 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0568776;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=125.889;QD=9.90786;RBI=0.0621802;REFB=0.00500744;REVB=0.0251261;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00808847;OID=.;OPOS=123879768;OREF=AA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:30:20:20:9:10:0.333333:7:2:6:14:7:3:6:14 chr12 123889492 . A C 190.66 PASS AF=0.169725;AO=37;DP=217;FAO=37;FDP=218;FR=.;FRO=181;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=83;FSRR=98;FWDB=-0.0245848;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.22;QD=3.49839;RBI=0.0261066;REFB=-0.00326264;REVB=-0.00878293;RO=179;SAF=16;SAR=21;SRF=83;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406528;STB=0.521956;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0105291;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:179:181:37:37:0.169725:21:16:83:96:21:16:83:98 chr12 123892095 . T C 215.38 PASS AF=0.186603;AO=39;DP=209;FAO=39;FDP=209;FR=.;FRO=170;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=80;FSRR=90;FWDB=-0.0243801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.068;QD=4.122;RBI=0.0317537;REFB=-0.00315033;REVB=0.0203448;RO=170;SAF=18;SAR=21;SRF=80;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116955;STB=0.507393;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0129515;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:170:170:39:39:0.186603:21:18:80:90:21:18:80:90 chr12 123892186 . T C 423.95 PASS AF=0.373134;AO=47;DP=134;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.00899981;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.216;QD=12.6552;RBI=0.0149018;REFB=-0.0107927;REVB=-0.0118772;RO=87;SAF=25;SAR=22;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488673;STB=0.500303;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188425;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:87:84:47:50:0.373134:22:25:50:37:22:28:47:37 chr12 123892235 . G A 142.46 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00528953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.096;QD=8.2587;RBI=0.00993563;REFB=-0.000197211;REVB=0.00841057;RO=49;SAF=13;SAR=7;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122858;STB=0.573745;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00233647;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:7:13:27:22:7:13:27:22 chr12 123892590 . C T 118.63 PASS AF=0.1875;AO=21;DP=112;FAO=21;FDP=112;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=57;FWDB=-0.00682815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.948;QD=4.23673;RBI=0.0154235;REFB=-0.00106181;REVB=-0.0138297;RO=91;SAF=5;SAR=16;SRF=34;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200905;STB=0.630806;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00474901;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:91:91:21:21:0.1875:16:5:34:57:16:5:34:57 chr12 123892824 . C T 246.49 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.287;QD=46.9507;RBI=0.0493946;REFB=-0.0353668;REVB=0.0346269;RO=1;SAF=4;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101866;STB=0.555497;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00380592;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:16:4:1:0:16:4:1:0 chr12 123893830 . C T 755.76 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985424;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.26;QD=57.0385;RBI=0.0227179;REFB=0;REVB=0.0204694;RO=0;SAF=10;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36521e-05;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:43:10:0:0:43:10:0:0 chr12 124008073 . A G 2778.06 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.343;QD=62.0795;RBI=0.0369967;REFB=-0.0522423;REVB=-0.0151361;RO=1;SAF=88;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87591e-05;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:179:179:1:0:178:179:1:90:88:0:1:91:88:0:0 chr12 124069213 . T C 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6031;QD=59.3213;RBI=0.0550074;REFB=0;REVB=-0.0195744;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00063657;OID=.;OPOS=124069213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr12 124090453 . A G 3210.28 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.844;QD=61.7362;RBI=0.0106654;REFB=0;REVB=-0.0103648;RO=0;SAF=93;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31412e-06;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:208:0:0:206:208:1:113:93:0:0:114:94:0:0 chr12 124139463 . A G 279.97 PASS AF=0.465753;AO=24;DP=65;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0270537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.757;QD=15.3408;RBI=0.0313519;REFB=-0.0423451;REVB=0.0158443;RO=35;SAF=5;SAR=19;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132175;STB=0.50572;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0420009;OID=.;OPOS=124139463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:73:35:39:24:34:0.465753:19:5:7:28:25:9:10:29 chr12 124171532 . GTC CGT 32.34 PASS AF=0.0679612;AO=22;DP=226;FAO=14;FDP=206;FR=.,HEALED;FRO=192;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=89;FSRR=103;FWDB=-0.0194893;FXX=0.0143534;HRUN=1;LEN=3;MLLD=96.3102;QD=0.628027;RBI=0.0403094;REFB=-0.000786631;REVB=0.0352848;RO=163;SAF=22;SAR=0;SRF=70;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.705634;STB=0.929241;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.17719;OID=.;OPOS=124171532;OREF=GTC;OALT=CGT;OMAPALT=CGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:226:206:163:192:22:14:0.0679612:0:22:70:93:1:13:89:103 chr12 124179490 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA 32.95 PASS AF=0,0.551724;AO=5,8;DP=32;FAO=0,16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=0,12;FSAR=0,4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.14961,-0.0736504;FXX=0.0644953;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=137.675,8.00298;QD=4.54467;RBI=0.149727,0.182818;REFB=-0.000774182,-0.152407;REVB=0.00590532,0.167326;RO=12;SAF=5,6;SAR=0,2;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.799835,0.538457;STB=0.5,0.762389;STBP=1,0.005;TYPE=del,del;VARB=0,0.164465;OID=.,.;OPOS=124179495,124179491;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.551724:5,8:32:0,16:29:13:0,12:0,4:2:11:34:12:5,6:0,2:2:10 chr12 124209332 . T C 557.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.075;QD=60.2186;RBI=0.0259436;REFB=0;REVB=-0.00140879;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77735e-05;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr12 124210782 . T C 952.92 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0333542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.396;QD=54.4528;RBI=0.0483519;REFB=-0.0821305;REVB=0.0350058;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511686;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00105651;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:0:3:67:67:0.957143:27:40:0:0:27:40:1:2 chr12 124229429 . T C 2378.74 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305943;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.117;QD=60.9932;RBI=0.0318919;REFB=0;REVB=-0.00900465;RO=0;SAF=90;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31471e-05;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:155:156:1:65:90:0:0:66:90:0:0 chr12 124243707 . T C 1279.05 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.472;QD=61.6408;RBI=0.090888;REFB=0;REVB=0.0196935;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130241;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:50:32:0:0:50:33:0:0 chr12 124265687 . T C 1769.87 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0273686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.571;QD=59.9955;RBI=0.0375209;REFB=-0.116374;REVB=0.0256667;RO=1;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772249;STB=0.504064;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000863478;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:61:56:0:1:61:56:0:1 chr12 124267703 . T C 2515.79 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000232519;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.929;QD=61.7371;RBI=0.0162136;REFB=0;REVB=0.0162119;RO=0;SAF=83;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.35852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220724;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:80:83:0:0:80:83:0:0 chr12 124274474 . A G 2108.87 PASS AF=0.992806;AO=133;DP=133;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000242593;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.433;QD=60.6869;RBI=0.00982632;REFB=-0.104684;REVB=0.00982332;RO=0;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80485e-08;STB=0.503401;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00148287;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:139:0:1:133:138:0.992806:73:60:0:0:73:65:0:1 chr12 124325977 . T G 969.98 PASS AF=0.443966;AO=102;DP=229;FAO=103;FDP=232;FR=.;FRO=129;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=48;FSRR=81;FWDB=0.00511359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.927;QD=16.7238;RBI=0.0499462;REFB=-0.0310874;REVB=-0.0496837;RO=127;SAF=40;SAR=62;SRF=47;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232794;STB=0.509552;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0337833;OID=.;OPOS=124325977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:232:127:129:102:103:0.443966:62:40:47:80:63:40:48:81 chr12 124798801 . C T 721.68 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0262481;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.644;QD=18.8674;RBI=0.0338359;REFB=-0.0163789;REVB=0.0213519;RO=77;SAF=34;SAR=41;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846169;STB=0.543414;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0157405;OID=.;OPOS=124798801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:77:78:75:75:0.490196:41:34:42:35:41:34:42:36 chr12 124824721 . C CGCCGCTGCT,T 131.63 PASS AF=0.188679,0.132075;AO=10,7;DP=54;FAO=10,7;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6,4;FSAR=4,3;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0485553,-0.00222435;FXX=0.0185151;HRUN=1,5;LEN=9,1;MLLD=216.641,102.343;QD=9.93412;RBI=0.0544869,0.0205842;REFB=-0.00679985,-0.00365277;REVB=-0.0247226,-0.0204636;RO=36;SAF=6,4;SAR=4,3;SRF=14;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.252284,0.217488;STB=0.660709,0.648945;STBP=0.276,0.414;TYPE=ins,snp;VARB=0.035924,0.0183638;OID=.,.;OPOS=124824722,124824721;OREF=-,C;OALT=GCCGCTGCT,T;OMAPALT=CGCCGCTGCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:54:53:36:36:10,7:10,7:0.188679,0.132075:4,3:6,4:14:22:4,3:6,4:14:22 chr12 124826462 . C T 548.52 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=137;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.040501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8462;QD=16.0152;RBI=0.042693;REFB=-0.0272758;REVB=-0.0135043;RO=78;SAF=23;SAR=36;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217105;STB=0.512153;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0293775;OID=.;OPOS=124826462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:78:59:59:0.430657:36:23:32:46:36:23:32:46 chr12 124826598 . T C 111.93 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.00163406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2365;QD=15.9904;RBI=0.0722712;REFB=-0.0267647;REVB=0.0722527;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394836;STB=0.705674;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0124216;OID=.;OPOS=124826598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:14:14:12:14:0.5:3:9:14:0:4:10:14:0 chr12 124887049 . CGGGGC CGGGCG 48.64 PASS AF=0.25;AO=9;DP=53;FAO=13;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.033531;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=2;MLLD=62.1473;QD=3.74154;RBI=0.0770131;REFB=-0.0224882;REVB=-0.0693303;RO=28;SAF=9;SAR=0;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.798625;STB=0.922426;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.281744;OID=.;OPOS=124887053;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:9:53:13:52:39:12:1:14:25:48:28:9:0:8:20 chr12 124957627 . CGGGGGGC CGGGGGCG,GCGGGGGC 82.82 PASS AF=0.172414,0;AO=12,4;DP=90;FAO=15,0;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=14,0;FSAR=1,0;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.0158625,-0.107631;FXX=0.0333296;HRUN=6,1;LEN=2,2;MLLD=99.4796,18.1457;QD=3.8078;RBI=0.02636,0.150986;REFB=-0.0108466,-0.0809575;REVB=-0.021053,-0.105889;RO=37;SAF=12,3;SAR=0,1;SRF=11;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.808678,0.465419;STB=0.943987,0.5;STBP=0,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.187219,0;OID=.,.;OPOS=124957633,124957627;OREF=GC,CG;OALT=CG,GC;OMAPALT=CGGGGGCG,GCGGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:90:87:37:67:12,4:15,0:0.172414,0:0,1:12,3:11:26:1,0:14,0:23:44 chr12 124968349 . T C 499.36 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0765421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3609;QD=18.3251;RBI=0.0772075;REFB=0.00188276;REVB=0.0101151;RO=52;SAF=27;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845477;STB=0.504328;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00200196;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:56:53:53:0.486239:26:27:26:26:26:27:29:27 chr12 125263061 . C T 280.63 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.603;QD=51.024;RBI=0.0794949;REFB=0;REVB=0.00750371;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215877;OID=.;OPOS=125263061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:12:10:0:0 chr12 125270773 . A G 3117.36 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.469;QD=61.7298;RBI=0.059013;REFB=0;REVB=0.038523;RO=0;SAF=114;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31745e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08961e-05;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:202:0:0:200:202:1:86:114:0:0:87:115:0:0 chr12 125284748 . A G 833.99 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.596;QD=57.5165;RBI=0.0141972;REFB=0;REVB=-0.0133389;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26046e-05;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr12 125298877 . G A 3089.08 PASS AF=0.995122;AO=202;DP=205;FAO=204;FDP=205;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0070594;FXX=0.0238084;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.192;QD=60.2747;RBI=0.0143993;REFB=-0.0861448;REVB=0.01255;RO=1;SAF=96;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447245;STB=0.502304;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00111924;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:205:205:1:1:202:204:0.995122:106:96:0:1:108:96:0:1 chr12 125323760 . ACCCC ACCC,ACCCT 655.34 PASS AF=0.898876,0.101124;AO=30,11;DP=94;FAO=80,9;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=30,9;FSAR=50,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116879,-0.0264903;FXX=0.0531858;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.5706,203.279;QD=29.4534;RBI=0.901747,0.097653;REFB=-0.023512,0.0111225;REVB=0.89414,0.0939913;RO=44;SAF=22,11;SAR=8,0;SRF=6;SRR=38;SSEN=0.518519,0;SSEP=0,0;SSSB=0.57053,0.843557;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000842328,0.0775716;OID=.,.;OPOS=125323761,125323764;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=ACCC,ACCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.898876,0.101124:30,11:94:80,9:89:0:30,9:50,0:0:0:36:44:22,11:8,0:6:38 chr12 125324553 . C T 214.58 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0147459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.462;QD=45.1742;RBI=0.0147581;REFB=-0.161666;REVB=-0.000600271;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00236462;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:0:1:9:9:0:1 chr12 125324566 . G A 306.07 PASS AF=0.870968;AO=24;DP=32;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0125701;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.691;QD=39.4934;RBI=0.0450645;REFB=-0.198275;REVB=0.0432759;RO=6;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312849;STB=0.551084;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0066631;OID=.;OPOS=125324566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:32:31:6:4:24:27:0.870968:14:10:3:3:17:10:3:1 chr12 125324570 . C T 460.63 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00990926;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.086;QD=52.6431;RBI=0.0410306;REFB=-0.0669339;REVB=0.0398161;RO=2;SAF=13;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665844;STB=0.535692;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0131097;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:2:2:33:33:0.942857:20:13:2:0:20:13:2:0 chr12 125386076 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.774;QD=62.3505;RBI=0.0550927;REFB=0;REVB=0.0546312;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219968;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr12 125397750 . A G 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6747;QD=61.3741;RBI=0.0411858;REFB=0;REVB=-0.0352512;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446643;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr12 125398500 . G A 724.08 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0234898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.136;QD=59.1087;RBI=0.0235086;REFB=0.00646734;REVB=-0.000940705;RO=2;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058354;STB=0.503104;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0003025;OID=.;OPOS=125398500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:27:20:1:1:27:20:1:1 chr12 125398733 . C T 1084.27 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0433095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4075;QD=58.6092;RBI=0.0433911;REFB=-0.054045;REVB=-0.0026602;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133212;STB=0.50704;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00130703;OID=.;OPOS=125398733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:37:35:1:0:38:35:1:0 chr12 125399286 . C T 3083.47 PASS AF=1;AO=166;DP=204;FAO=200;FDP=200;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=101;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4722;QD=61.6693;RBI=0.0879833;REFB=0;REVB=0.0820504;RO=1;SAF=83;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569936;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00346473;OID=.;OPOS=125399286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:200:1:0:166:200:1:83:83:0:1:99:101:0:0 chr12 125434580 . C T 1900.79 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391246;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.957;QD=61.8142;RBI=0.0549048;REFB=0;REVB=0.0385202;RO=0;SAF=75;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31747e-05;OID=.;OPOS=125434580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:48:75:0:0:48:75:0:0 chr12 125434716 . G A 1917.67 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.47;QD=60.8783;RBI=0.0213039;REFB=0.0295479;REVB=0.00821059;RO=1;SAF=48;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613123;STB=0.503225;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=1.31859e-05;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:77:48:0:1:77:48:0:1 chr12 125437019 . T C 2741.56 PASS AF=1;AO=175;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221907;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2079;QD=62.3082;RBI=0.0235438;REFB=0;REVB=0.00786638;RO=0;SAF=73;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59213e-06;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:175:176:1:102:73:0:0:102:74:0:0 chr12 125438516 . T C 3097.44 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309735;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.052;QD=63.5372;RBI=0.0105948;REFB=0;REVB=-0.0101319;RO=0;SAF=89;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246988;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:195:0:0:192:195:1:103:89:0:0:105:90:0:0 chr12 125438523 . C T 3048.68 PASS AF=0.994898;AO=184;DP=186;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1171;QD=62.2179;RBI=0.0863882;REFB=-0.0789616;REVB=0.0813763;RO=0;SAF=81;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502369;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00031821;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:186:196:0:1:184:195:0.994898:103:81:0:0:105:90:0:1 chr12 125448960 . C T 2335.53 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.492;QD=63.1224;RBI=0.0247204;REFB=-0.150321;REVB=0.0220384;RO=1;SAF=79;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598224;STB=0.503144;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000169535;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:146:147:0.993243:67:79:1:0:68:79:1:0 chr12 125467158 . C T 618.93 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.0134175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.126;QD=16.3954;RBI=0.0319922;REFB=-0.0099559;REVB=-0.0290426;RO=84;SAF=26;SAR=41;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327858;STB=0.518249;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0129267;OID=.;OPOS=125467158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:84:84:67:67:0.443709:41:26:30:54:41:26:30:54 chr12 125562784 . C T 456.77 PASS AF=0.458716;AO=48;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=-0.0242721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.349;QD=16.7623;RBI=0.0244222;REFB=-0.0338161;REVB=-0.00270353;RO=58;SAF=26;SAR=22;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166329;STB=0.585074;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0300569;OID=.;OPOS=125562784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:59:48:50:0.458716:22:26:41:17:22:28:42:17 chr12 125562809 . G A 1500.09 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00820453;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.468;QD=62.5036;RBI=0.0319356;REFB=0.152346;REVB=0.0308637;RO=1;SAF=59;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129888;STB=0.506848;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000263906;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:36:59:0:1:36:59:0:1 chr12 125626685 . C T 803.15 PASS AF=0.474286;AO=83;DP=175;FAO=83;FDP=175;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=0.0325212;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.64;QD=18.3577;RBI=0.0326061;REFB=-0.0211842;REVB=-0.0023512;RO=92;SAF=41;SAR=42;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108303;STB=0.559771;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0332211;OID=.;OPOS=125626685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:92:92:83:83:0.474286:42:41:35:57:42:41:35:57 chr12 125834395 . T C 1560.19 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543794;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4901;QD=60.0071;RBI=0.0543989;REFB=0;REVB=-0.00145457;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187336;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chr12 126068417 . T C 5184.39 PASS AF=1;AO=327;DP=328;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.946;QD=63.2243;RBI=0.0330301;REFB=0;REVB=0.00492306;RO=0;SAF=144;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93999e-06;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:328:328:0:0:327:328:1:183:144:0:0:183:145:0:0 chr12 126137060 . C T 1449.11 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0228664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7418;QD=57.3904;RBI=0.0229077;REFB=0.0443599;REVB=0.00137529;RO=2;SAF=56;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250801;STB=0.501322;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.000894532;OID=.;OPOS=126137060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:43:56:1:1:43:56:1:1 chr12 127068865 . A G 700.49 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.324;QD=60.9121;RBI=0.0806112;REFB=-0.117997;REVB=0.0805242;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162974;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:45:46:1:27:18:1:0:27:19:0:0 chr12 127068892 . C T 1432.91 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9725;QD=62.9851;RBI=0.0903956;REFB=0;REVB=-0.0834544;RO=0;SAF=28;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016883;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:62:28:0:0:63:28:0:0 chr12 127650467 . G C 18426.0 PASS AF=0.958828;AO=1203;DP=1266;FAO=1211;FDP=1263;FR=.;FRO=52;FSAF=536;FSAR=675;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0252519;FXX=0.00863415;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8035;QD=58.3563;RBI=0.0334764;REFB=-0.065614;REVB=0.0219774;RO=45;SAF=530;SAR=673;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00801901;STB=0.507196;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00248189;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:1266:1263:45:52:1203:1211:0.958828:673:530:25:20:675:536:32:20 chr12 127650471 . AT GG 20310.4 PASS AF=0.966472;AO=1214;DP=1270;FAO=1326;FDP=1372;FR=.;FRO=46;FSAF=643;FSAR=683;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0493561;FXX=0.00507611;HRUN=1;LEN=2;MLLD=321.682;QD=59.2139;RBI=0.0503987;REFB=-0.0254222;REVB=0.0101982;RO=45;SAF=544;SAR=670;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434312;STB=0.501236;STBP=0.63;TYPE=mnp;VARB=0.000767727;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:1270:1372:45:46:1214:1326:0.966472:670:544:23:22:683:643:24:22 chr12 127650538 . A G 29936.6 PASS AF=0.969;AO=3073;DP=3174;FAO=1938;FDP=2000;FR=.;FRO=62;FSAF=943;FSAR=995;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.00309627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8012;QD=59.8733;RBI=0.0576714;REFB=-0.0100708;REVB=-0.0575883;RO=91;SAF=1496;SAR=1577;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00283872;STB=0.503918;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000454563;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:3174:2000:91:62:3073:1938:0.969:1577:1496:49:42:995:943:38:24 chr12 127650583 . T G 29720.9 PASS AF=0.96645;AO=2566;DP=2659;FAO=1930;FDP=1997;FR=.;FRO=67;FSAF=1003;FSAR=927;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0631724;FXX=0.00149999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8518;QD=59.5312;RBI=0.0687782;REFB=-0.0293816;REVB=0.0271973;RO=85;SAF=1331;SAR=1235;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00282089;STB=0.501094;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00109251;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:2659:1997:85:67:2566:1930:0.96645:1235:1331:48:37:927:1003:37:30 chr12 127650599 . A G 30000.2 PASS AF=0.971328;AO=1392;DP=2094;FAO=1931;FDP=1988;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=1091;FSAR=840;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0747529;FXX=0.00599997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.28;QD=60.3627;RBI=0.0747584;REFB=-0.0665819;REVB=0.000914679;RO=65;SAF=544;SAR=848;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131572;STB=0.50215;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00204681;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:2094:1988:65:57:1392:1931:0.971328:848:544:35:30:840:1091:28:29 chr12 127650616 . G A 3452.59 PASS AF=0.270093;AO=493;DP=1828;FAO=494;FDP=1829;FR=.;FRO=1335;FSAF=263;FSAR=231;FSRF=678;FSRR=657;FWDB=0.0121469;FXX=0.00163755;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7334;QD=7.55078;RBI=0.0174046;REFB=-0.0048607;REVB=0.0124649;RO=1331;SAF=262;SAR=231;SRF=674;SRR=657;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313033;STB=0.517933;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0141592;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1828:1829:1331:1335:493:494:0.270093:231:262:674:657:231:263:678:657 chr12 127650639 . A G 13911.9 PASS AF=0.947818;AO=703;DP=1003;FAO=999;FDP=1054;FR=.;FRO=55;FSAF=420;FSAR=579;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0455121;FXX=0.00283819;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.178;QD=52.7966;RBI=0.054784;REFB=-0.0743061;REVB=0.0304948;RO=38;SAF=389;SAR=314;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00787021;STB=0.507649;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00348737;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:1003:1054:38:55:703:999:0.947818:314:389:18:20:579:420:31:24 chr12 127650662 . T C 2988.8 PASS AF=0.869565;AO=197;DP=235;FAO=220;FDP=253;FR=.;FRO=33;FSAF=95;FSAR=125;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0119166;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.18;QD=47.2538;RBI=0.0125453;REFB=-0.0275708;REVB=0.00392168;RO=32;SAF=79;SAR=118;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270781;STB=0.511041;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0047301;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:253:32:33:197:220:0.869565:118:79:16:16:125:95:17:16 chr12 127650669 . A G 711.73 PASS AF=0.697674;AO=58;DP=84;FAO=60;FDP=86;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0336076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.417;QD=33.1037;RBI=0.0345703;REFB=-0.0265975;REVB=-0.00810154;RO=25;SAF=32;SAR=26;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625994;STB=0.533322;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00929548;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:25:26:58:60:0.697674:26:32:11:14:28:32:11:15 chr12 127650675 . G C 63.07 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0368344;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.694;QD=7.64446;RBI=0.0496634;REFB=-0.00977122;REVB=-0.0333118;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305426;STB=0.694188;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0325027;OID=.;OPOS=127650675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:34:33:24:24:9:9:0.272727:7:2:11:13:7:2:11:13 chr12 127650883 . G T 197.8 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0108919;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7098;QD=34.3992;RBI=0.0473975;REFB=-0.036741;REVB=0.0461291;RO=5;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461155;STB=0.502535;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0180175;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:24:23:5:5:18:18:0.782609:7:11:3:2:7:11:3:2 chr12 127650890 . G C 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0279874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.839;QD=34.4523;RBI=0.0461827;REFB=-0.0391542;REVB=-0.0367362;RO=6;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433519;STB=0.523786;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00998132;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:8:12:3:3:8:12:3:3 chr12 127650927 . TA T,TT 381.36 PASS AF=0.74359,0.0769231;AO=29,3;DP=39;FAO=29,3;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=20,3;FSAR=9,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0108246,0.0531453;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.5615,15.2206;QD=39.1137;RBI=0.0380793,0.0619378;REFB=-0.020262,-0.0546414;REVB=-0.0365083,-0.03181;RO=7;SAF=20,3;SAR=9,0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0485074,0.649962;STB=0.526297,0.99534;STBP=0.579,0.138;TYPE=del,snp;VARB=0.00171114,0.07315;OID=.,.;OPOS=127650928,127650928;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.74359,0.0769231:29,3:39:29,3:39:7:20,3:9,0:4:3:41:7:20,3:9,0:4:3 chr12 128899673 . A G 512.65 PASS AF=0.390411;AO=57;DP=147;FAO=57;FDP=146;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0129631;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5837;QD=14.0451;RBI=0.07394;REFB=-0.00855406;REVB=-0.0727948;RO=89;SAF=24;SAR=33;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188932;STB=0.510682;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0184634;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:89:89:57:57:0.390411:33:24:39:50:33:24:39:50 chr12 128900005 . G A 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00981061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.286;QD=15.4095;RBI=0.0105111;REFB=-0.014428;REVB=-0.00377284;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562776;STB=0.531783;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0163182;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:11:16:22:12:11:16:22:12 chr12 129181810 . A G 6079.29 PASS AF=0.989744;AO=386;DP=390;FAO=386;FDP=390;FR=.;FRO=4;FSAF=179;FSAR=207;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00308266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.597;QD=62.3517;RBI=0.0390542;REFB=-0.0228352;REVB=-0.0389324;RO=4;SAF=179;SAR=207;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105427;STB=0.505525;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000173624;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:390:390:4:4:386:386:0.989744:207:179:4:0:207:179:4:0 chr12 129181834 . A G 6958.06 PASS AF=1;AO=434;DP=436;FAO=436;FDP=436;FR=.;FRO=0;FSAF=202;FSAR=234;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258108;FXX=0.00456611;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8189;QD=63.8354;RBI=0.0259528;REFB=0;REVB=0.00271082;RO=0;SAF=201;SAR=233;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016948;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:436:436:0:0:434:436:1:233:201:0:0:234:202:0:0 chr12 129189941 . G A 198.27 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00620829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.06;QD=18.8825;RBI=0.0178002;REFB=-0.00870621;REVB=-0.0166825;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177743;STB=0.571359;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00817026;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:20:22:20:20:0.47619:10:10:6:14:10:10:8:14 chr12 129190021 . A G 542.14 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0315757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9762;QD=57.0669;RBI=0.0315834;REFB=-0.0977221;REVB=0.000694209;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0205304;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:17:20:0:1:17:20:0:1 chr12 129190474 . G A 1505.91 PASS AF=0.470948;AO=154;DP=332;FAO=154;FDP=327;FR=.;FRO=173;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=100;FSRR=73;FWDB=0.0167382;FXX=0.0209575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.873;QD=18.421;RBI=0.0171549;REFB=-0.0119671;REVB=-0.00375837;RO=166;SAF=82;SAR=72;SRF=99;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608648;STB=0.524283;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0126871;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:327:166:173:154:154:0.470948:72:82:99:67:72:82:100:73 chr12 129278864 . A G 253.6 PASS AF=0.954545;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0422032;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=66.5099;QD=46.1096;RBI=0.0724196;REFB=-0.129505;REVB=-0.0588515;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399998;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0031937;OID=.;OPOS=129278864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:22:1:1:19:21:0.954545:11:8:0:1:11:10:0:1 chr12 129298735 . C G 3978.75 PASS AF=0.908795;AO=278;DP=305;FAO=279;FDP=307;FR=.;FRO=28;FSAF=228;FSAR=51;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0821237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2992;QD=51.8404;RBI=0.0823028;REFB=-0.102162;REVB=0.00542627;RO=27;SAF=227;SAR=51;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506055;STB=0.530808;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0308818;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:305:307:27:28:278:279:0.908795:51:227:17:10:51:228:17:11 chr12 129298799 . T C 2300.93 PASS AF=0.868421;AO=165;DP=190;FAO=165;FDP=190;FR=.;FRO=25;FSAF=60;FSAR=105;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0135388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9674;QD=48.4406;RBI=0.0151894;REFB=-0.0205947;REVB=-0.00688624;RO=23;SAF=60;SAR=105;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481587;STB=0.523557;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00609646;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:23:25:165:165:0.868421:105:60:4:19:105:60:5:20 chr12 129298848 . G A 4021.15 PASS AF=0.974265;AO=264;DP=272;FAO=265;FDP=272;FR=.;FRO=7;FSAF=50;FSAR=215;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0948977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5319;QD=59.1346;RBI=0.0974917;REFB=-0.0869554;REVB=0.0223398;RO=8;SAF=49;SAR=215;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563772;STB=0.508009;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00404221;OID=.;OPOS=129298848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:272:272:8:7:264:265:0.974265:215:49:1:7:215:50:0:7 chr12 129299385 . G A 1463.43 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0412234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.145;QD=60.9761;RBI=0.0431739;REFB=0.0285993;REVB=0.0128303;RO=1;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839243;STB=0.50877;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000858433;OID=.;OPOS=129299385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:56:38:0:1:56:38:0:2 chr12 129329082 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.262;QD=62.3503;RBI=0.0390943;REFB=0;REVB=0.0347566;RO=0;SAF=6;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74847e-05;OID=.;OPOS=129329082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:37:6:0:0:37:6:0:0 chr12 129383848 . GTGT G 974.16 PASS AF=0.416031;AO=107;DP=264;FAO=109;FDP=262;FR=.;FRO=153;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=69;FSRR=84;FWDB=0.0082969;FXX=0.0223872;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.422;QD=14.8726;RBI=0.0122504;REFB=-0.016506;REVB=-0.00901302;RO=142;SAF=53;SAR=54;SRF=64;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457497;STB=0.531284;STBP=0.379;TYPE=del;VARB=0.0246253;OID=.;OPOS=129383849;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416031:107:264:109:262:153:55:54:69:84:99:142:53:54:64:78 chr12 129559421 . C T 1157.21 PASS AF=0.462121;AO=122;DP=264;FAO=122;FDP=264;FR=.;FRO=142;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=70;FSRR=72;FWDB=0.00271371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.489;QD=17.5335;RBI=0.00656461;REFB=-0.00581526;REVB=0.00597745;RO=142;SAF=50;SAR=72;SRF=70;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821994;STB=0.545447;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00735732;OID=.;OPOS=129559421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:142:142:122:122:0.462121:72:50:70:72:72:50:70:72 chr12 129559557 . C T 404.15 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0148479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.586;QD=19.477;RBI=0.0151215;REFB=-0.00683753;REVB=0.00286318;RO=41;SAF=15;SAR=26;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919001;STB=0.558253;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00782447;OID=.;OPOS=129559557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:26:15:19:22:26:15:20:22 chr12 130185054 . A T 731.67 PASS AF=0.40404;AO=80;DP=198;FAO=80;FDP=198;FR=.;FRO=118;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=0.0286311;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4393;QD=14.7812;RBI=0.0451874;REFB=-0.0196072;REVB=-0.0349594;RO=118;SAF=36;SAR=44;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00817064;STB=0.504586;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0259969;OID=.;OPOS=130185054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:118:118:80:80:0.40404:44:36:54:64:44:36:54:64 chr12 130649320 . T C 332.08 PASS AF=0.309859;AO=11;DP=73;FAO=22;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=25;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0972407;FXX=0.0657808;HRUN=13;LEN=1;MLLD=79.8994;QD=18.7087;RBI=0.0991189;REFB=-0.0826112;REVB=-0.019204;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.849756;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.022018;OID=.;OPOS=130649320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:0:25:11:22:0.309859:10:1:0:0:21:1:9:16 chr12 130649543 . C G 1731.25 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.627;QD=60.7456;RBI=0.0587554;REFB=0;REVB=0.0295926;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013927;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:64:50:0:0:64:50:0:0 chr12 130649770 . C T 851.92 PASS AF=0.616;AO=77;DP=125;FAO=77;FDP=125;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0210588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.155;QD=27.2615;RBI=0.0210889;REFB=-0.0180723;REVB=0.00112551;RO=48;SAF=32;SAR=45;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119567;STB=0.564837;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0126824;OID=.;OPOS=130649770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:48:48:77:77:0.616:45:32:28:20:45:32:28:20 chr12 130649962 . C T 508.54 PASS AF=0.41791;AO=56;DP=134;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=0.0191093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1163;QD=15.1803;RBI=0.0293981;REFB=-0.00134817;REVB=0.0223402;RO=77;SAF=25;SAR=31;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101436;STB=0.552054;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00206212;OID=.;OPOS=130649962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:77:78:56:56:0.41791:31:25:27:50:31:25:28:50 chr12 130650016 . G C 1772.19 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436005;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.818;QD=60.5876;RBI=0.0453557;REFB=0;REVB=0.0124951;RO=0;SAF=40;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031864;OID=.;OPOS=130650016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:117:0:0:110:117:1:70:40:0:0:76:41:0:0 chr12 130650180 . A G 399.92 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=53;FWDB=0.017173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.866;QD=13.4425;RBI=0.0184264;REFB=-0.0215177;REVB=-0.00667984;RO=69;SAF=18;SAR=29;SRF=19;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124566;STB=0.579019;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0244197;OID=.;OPOS=130650180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:69:72:47:47:0.394958:29:18:19:50:29:18:19:53 chr12 130839165 . G A 946.36 PASS AF=0.489583;AO=94;DP=192;FAO=94;FDP=192;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=0.0292496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.993;QD=19.7158;RBI=0.0301989;REFB=0.00357677;REVB=0.00751222;RO=97;SAF=47;SAR=47;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523211;STB=0.531243;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00209312;OID=.;OPOS=130839165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:97:98:94:94:0.489583:47:47:43:54:47:47:43:55 chr12 130841638 . G A 175.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00993985;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.621;QD=13.2654;RBI=0.011496;REFB=-0.00549866;REVB=-0.00577555;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124183;STB=0.567501;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00800414;OID=.;OPOS=130841638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:32:21:21:0.396226:14:7:13:16:14:7:14:18 chr12 130847389 . A G 1753.38 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153982;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.601;QD=60.9872;RBI=0.00453489;REFB=0;REVB=0.00426546;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110725;OID=.;OPOS=130847389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:63:52:0:0:63:52:0:0 chr12 130884347 . A G 172.66 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0430739;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.144;QD=10.9624;RBI=0.0436211;REFB=-0.00960934;REVB=-0.00688771;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770974;STB=0.512732;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0177881;OID=.;OPOS=130884347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:38:41:22:22:0.349206:13:9:13:25:13:9:16:25 chr12 130912757 . C T 442.67 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00925618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4829;QD=16.2449;RBI=0.0492016;REFB=-0.00525489;REVB=-0.0483231;RO=59;SAF=24;SAR=25;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481472;STB=0.521926;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00344189;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:59:60:49:49:0.449541:25:24:26:33:25:24:27:33 chr12 130921471 . T C 320.8 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.0224777;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.129;QD=18.0734;RBI=0.022478;REFB=-0.0663985;REVB=0.000114299;RO=36;SAF=12;SAR=22;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170117;STB=0.598796;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.05762;OID=.;OPOS=130921471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:36:37:34:34:0.478873:22:12:7:29:22:12:7:30 chr12 131275484 . G A 693.62 PASS AF=0.489362;AO=68;DP=141;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00601003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.847;QD=19.6771;RBI=0.0120831;REFB=-4.39238e-05;REVB=-0.0104824;RO=72;SAF=27;SAR=41;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186221;STB=0.605281;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=4.69662e-05;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:72:72:68:69:0.489362:41:27:43:29:42:27:43:29 chr12 131276448 . G T 3043.78 PASS AF=0.989899;AO=194;DP=198;FAO=196;FDP=198;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=134;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00552316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.774;QD=61.4905;RBI=0.0143222;REFB=-0.111147;REVB=-0.0132144;RO=4;SAF=60;SAR=134;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306872;STB=0.507936;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000699298;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:198:198:4:2:194:196:0.989899:134:60:4:0:134:62:2:0 chr12 131296908 . C G 69.57 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=50;FSRR=3;FWDB=-0.0125761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.624;QD=4.28122;RBI=0.0157673;REFB=-0.00511611;REVB=0.00951056;RO=52;SAF=11;SAR=1;SRF=49;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121354;STB=0.580836;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0214974;OID=.;OPOS=131296908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:52:53:12:12:0.184615:1:11:49:3:1:11:50:3 chr12 131299974 . A G 1680.31 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428178;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.436;QD=60.5518;RBI=0.0435678;REFB=0;REVB=0.00804874;RO=0;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8111e-05;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:64:47:0:0:64:47:0:0 chr12 131306314 . C G 399.26 PASS AF=0.418182;AO=45;DP=109;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0098671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9587;QD=14.5185;RBI=0.0350455;REFB=-0.0165496;REVB=0.0336278;RO=64;SAF=21;SAR=24;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671893;STB=0.543459;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0237885;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:64:64:45:46:0.418182:24:21:34:30:25:21:34:30 chr12 131466562 . T C 2321.69 PASS AF=1;AO=152;DP=156;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463131;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6411;QD=60.6979;RBI=0.0144814;REFB=-0.0723441;REVB=0.0137209;RO=0;SAF=75;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345789;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:156:153:0:0:152:153:1:77:75:0:0:78:75:0:0 chr12 131590404 . G A 991.98 PASS AF=0.460177;AO=104;DP=225;FAO=104;FDP=226;FR=.;FRO=122;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=-0.0011031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.688;QD=17.5571;RBI=0.00387735;REFB=-0.00556143;REVB=-0.00371713;RO=121;SAF=60;SAR=44;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554686;STB=0.53312;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00584228;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:121:122:104:104:0.460177:44:60:63:58:44:60:63:59 chr12 131620588 . A G 1784.13 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487895;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7084;QD=60.996;RBI=0.0488463;REFB=0;REVB=-0.00235636;RO=0;SAF=69;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648465;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:46:69:0:0:47:70:0:0 chr12 131622735 . T C 177.76 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0112297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.079;QD=8.67099;RBI=0.0293486;REFB=-0.0101109;REVB=-0.0271152;RO=58;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131067;STB=0.577714;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0192389;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:58:24:24:0.292683:11:13:25:33:11:13:25:33 chr12 132237848 . T C 812.97 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.901;QD=57.0503;RBI=0.0245174;REFB=0;REVB=-0.00309514;RO=0;SAF=2;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51868e-06;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:54:2:0:0:55:2:0:0 chr12 132271113 . T C 3877.88 PASS AF=1;AO=241;DP=243;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.912;QD=63.8334;RBI=0.032851;REFB=0;REVB=-0.0132478;RO=0;SAF=125;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29767e-05;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:243:0:0:241:243:1:116:125:0:0:116:127:0:0 chr12 132325239 . G A 1236.87 PASS AF=0.44186;AO=132;DP=301;FAO=133;FDP=301;FR=.;FRO=168;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=85;FSRR=83;FWDB=-0.0122867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.066;QD=16.4368;RBI=0.0343967;REFB=-0.00445129;REVB=0.0321274;RO=167;SAF=69;SAR=63;SRF=84;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198935;STB=0.511382;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00559094;OID=.;OPOS=132325239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:167:168:132:133:0.44186:63:69:84:83:63:70:85:83 chr12 132396603 . C T 2545.41 PASS AF=0.54102;AO=243;DP=450;FAO=244;FDP=451;FR=.;FRO=207;FSAF=112;FSAR=132;FSRF=79;FSRR=128;FWDB=0.0198851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.834;QD=22.5757;RBI=0.0235966;REFB=-0.0460886;REVB=0.0127036;RO=196;SAF=111;SAR=132;SRF=68;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919614;STB=0.535961;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0307108;OID=.;OPOS=132396603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:450:451:196:207:243:244:0.54102:132:111:68:128:132:112:79:128 chr12 132402020 . T C 1813.24 PASS AF=0.412245;AO=196;DP=481;FAO=202;FDP=490;FR=.;FRO=288;FSAF=99;FSAR=103;FSRF=115;FSRR=173;FWDB=-0.0744704;FXX=0.00608507;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4294;QD=14.8019;RBI=0.076944;REFB=-0.00228476;REVB=0.019353;RO=274;SAF=97;SAR=99;SRF=106;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113513;STB=0.553493;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00529931;OID=.;OPOS=132402020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:490:274:288:196:202:0.412245:99:97:106:168:103:99:115:173 chr12 132403161 . A G 2990.19 PASS AF=1;AO=186;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512229;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.486;QD=63.621;RBI=0.0516275;REFB=0;REVB=0.00645039;RO=0;SAF=53;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5801e-05;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:186:188:1:133:53:0:0:133:55:0:0 chr12 132406666 . G C 1344.25 PASS AF=0.459547;AO=142;DP=308;FAO=142;FDP=309;FR=.;FRO=167;FSAF=63;FSAR=79;FSRF=86;FSRR=81;FWDB=-0.0154659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.626;QD=17.4013;RBI=0.0696754;REFB=-0.0203405;REVB=-0.0679372;RO=164;SAF=63;SAR=79;SRF=85;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727276;STB=0.538688;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0330608;OID=.;OPOS=132406666;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:309:164:167:142:142:0.459547:79:63:85:79:79:63:86:81 chr12 132508389 . A G 845.19 PASS AF=0.533784;AO=79;DP=148;FAO=79;FDP=148;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0316749;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.777;QD=22.8429;RBI=0.0337888;REFB=-0.00410162;REVB=0.0117635;RO=69;SAF=35;SAR=44;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178339;STB=0.51657;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00293647;OID=.;OPOS=132508389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:69:69:79:79:0.533784:44:35:32:37:44:35:33:36 chr12 132538025 . A G 267.54 PASS AF=0.3;AO=35;DP=121;FAO=36;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=0.0241117;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1018;QD=8.91809;RBI=0.032395;REFB=-0.0118282;REVB=0.0216347;RO=81;SAF=18;SAR=17;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937382;STB=0.56663;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0292599;OID=.;OPOS=132538025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:81:84:35:36:0.3:17:18:48:33:18:18:50:34 chr12 132547090 . A G 94.89 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0404696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8164;QD=11.1637;RBI=0.0424593;REFB=-0.0401749;REVB=-0.0128456;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354589;STB=0.705597;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0590907;OID=.;OPOS=132547090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:18:4:6:6:18:4 chr12 132588833 . T C,TC 42.0 PASS AF=0,0.290323;AO=3,7;DP=32;FAO=0,9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=0,4;FSAR=0,5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0625412,0.0112433;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=240.802,17.9385;QD=5.41994;RBI=0.0667508,0.0595953;REFB=-0.00376062,-0.101523;REVB=-0.0233296,0.0585251;RO=22;SAF=2,3;SAR=1,4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.226546,-0.0307537;STB=0.5,0.53948;STBP=1,0.804;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.199553;OID=.,.;OPOS=132588833,132588834;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:32:31:22:22:3,7:0,9:0,0.290323:1,4:2,3:10:12:0,5:0,4:11:11 chr12 132589430 . G A 423.58 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00790846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.294;QD=48.4088;RBI=0.0345154;REFB=-0.00546486;REVB=0.0335972;RO=2;SAF=21;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188614;STB=0.500989;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.000548688;OID=.;OPOS=132589430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:35:2:3:32:32:0.914286:11:21:1:1:11:21:2:1 chr12 132589466 . G A 230.29 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00577041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.961;QD=46.0572;RBI=0.0179531;REFB=0.107264;REVB=0.0170004;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831815;STB=0.545405;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00122562;OID=.;OPOS=132589466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:5:13:0:1:5:14:0:1 chr12 132589649 . C T 171.41 PASS AF=0.255319;AO=24;DP=95;FAO=24;FDP=94;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.00514723;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.854;QD=7.29385;RBI=0.0229154;REFB=-0.00512093;REVB=-0.0223298;RO=70;SAF=6;SAR=18;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17547;STB=0.607499;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0115465;OID=.;OPOS=132589649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:70:70:24:24:0.255319:18:6:26:44:18:6:26:44 chr12 132598995 . C T 179.08 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00488209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7049;QD=15.9182;RBI=0.0396381;REFB=-0.00612978;REVB=-0.0393363;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153533;STB=0.578229;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0113193;OID=.;OPOS=132598995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:26:19:19:0.422222:7:12:12:13:7:12:13:13 chr12 132624252 . G A 294.69 PASS AF=0.434211;AO=29;DP=72;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0252593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.889;QD=15.5101;RBI=0.0305552;REFB=-0.0237202;REVB=-0.0171928;RO=43;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300944;STB=0.524366;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.033533;OID=.;OPOS=132624252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:43:43:29:33:0.434211:17:12:19:24:17:16:19:24 chr12 132626425 . G A 1193.0 PASS AF=0.537037;AO=116;DP=216;FAO=116;FDP=216;FR=.;FRO=100;FSAF=48;FSAR=68;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.0242685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9705;QD=22.0926;RBI=0.0278082;REFB=-0.0201182;REVB=-0.013577;RO=99;SAF=48;SAR=68;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112036;STB=0.563555;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0165435;OID=.;OPOS=132626425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:99:100:116:116:0.537037:68:48:54:45:68:48:55:45 chr12 132626668 . T C 241.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.01308;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.652;QD=12.2329;RBI=0.0297094;REFB=-0.0114044;REVB=0.0266751;RO=48;SAF=15;SAR=14;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493164;STB=0.53985;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0186974;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:48:50:29:29:0.367089:14:15:27:21:14:15:29:21 chr12 132627365 . G A 571.92 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0223322;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.862;QD=23.1077;RBI=0.0329225;REFB=-0.0043267;REVB=0.0241902;RO=46;SAF=36;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216068;STB=0.619154;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00282099;OID=.;OPOS=132627365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:46:46:53:53:0.535354:17:36:20:26:17:36:20:26 chr12 132628281 . C T 458.55 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=63;FWDB=0.0226678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.649;QD=15.677;RBI=0.0285158;REFB=-0.00155773;REVB=0.0173009;RO=63;SAF=7;SAR=44;SRF=2;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275521;STB=0.629901;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00175283;OID=.;OPOS=132628281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:63:66:51:51:0.435897:44:7:2:61:44:7:3:63 chr12 132628285 . G A 490.98 PASS AF=0.469027;AO=52;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=57;FWDB=0.0915403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8253;QD=17.3799;RBI=0.121205;REFB=0.0021225;REVB=0.0794416;RO=57;SAF=7;SAR=45;SRF=3;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194748;STB=0.610465;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000119495;OID=.;OPOS=132628285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:57:60:52:53:0.469027:45:7:3:54:46:7:3:57 chr12 132635521 . T C 374.41 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.00484612;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.055;QD=17.8289;RBI=0.0101822;REFB=-0.00343236;REVB=-0.008955;RO=46;SAF=23;SAR=16;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131492;STB=0.568809;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00435138;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:46:45:39:39:0.464286:16:23:33:13:16:23:32:13 chr12 132635581 . C T 519.45 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0473855;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2382;QD=20.5721;RBI=0.0527325;REFB=-0.0336544;REVB=-0.0231372;RO=47;SAF=30;SAR=23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840385;STB=0.551368;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0298684;OID=.;OPOS=132635581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:47:48:53:53:0.524752:23:30:22:25:23:30:22:26 chr12 132682481 . T G 6378.27 PASS AF=1;AO=398;DP=398;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=177;FSAR=221;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.067;QD=64.1032;RBI=0.00601293;REFB=0;REVB=0.00520531;RO=0;SAF=177;SAR=221;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12564e-06;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:398:398:0:0:398:398:1:221:177:0:0:221:177:0:0 chr12 132682484 . A G 6256.99 PASS AF=1;AO=391;DP=391;FAO=392;FDP=392;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=212;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828031;FXX=0.00254446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.802;QD=63.8468;RBI=0.083737;REFB=0;REVB=0.012471;RO=0;SAF=179;SAR=212;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99619e-05;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:391:392:0:0:391:392:1:212:179:0:0:212:180:0:0 chr12 132811399 . A G 257.31 PASS AF=1;AO=16;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000954233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9171;QD=51.4624;RBI=0.161946;REFB=0;REVB=0.161943;RO=0;SAF=16;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182667;OID=.;OPOS=132811399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:16:20:1:0:16:0:0:5:15:0:0 chr12 132811431 . G A 123.76 PASS AF=0.518519;AO=11;DP=35;FAO=14;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0831169;FXX=0.128991;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.3291;QD=18.3342;RBI=0.0831415;REFB=-0.101098;REVB=0.00201992;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.625487;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0707701;OID=.;OPOS=132811431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:27:11:13:11:14:0.518519:5:6:6:5:5:9:5:8 chr12 132811498 . TC T 761.63 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.9246;QD=46.8698;RBI=0.0736034;REFB=0;REVB=-0.072247;RO=0;SAF=15;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0011484;OID=.;OPOS=132811499;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:65:65:65:0:17:48:0:0:14:0:15:48:0:0 chr12 132824440 . CT CTC,TC 45.94 PASS AF=0.109375,0.0078125;AO=15,7;DP=130;FAO=14,1;FDP=128;FR=.;FRO=113;FSAF=4,0;FSAR=10,1;FSRF=17;FSRR=96;FWDB=-0.0452751,-0.0505935;FXX=0.0153834;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=117.784,119.85;QD=1.4357;RBI=0.0533271,0.0633395;REFB=-0.00307364,-0.00150316;REVB=-0.0281771,-0.0381076;RO=105;SAF=5,0;SAR=10,7;SRF=16;SRR=89;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.30904,-0.408844;STB=0.668583,0.983517;STBP=0.38,0.566;TYPE=ins,mnp;VARB=0.165588,0.142677;OID=.,.;OPOS=132824442,132824440;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:130:128:105:113:15,7:14,1:0.109375,0.0078125:10,7:5,0:16:89:10,1:4,0:17:96 chr12 132824450 . G T 395.89 PASS AF=0.376;AO=47;DP=126;FAO=47;FDP=125;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=44;FSRF=18;FSRR=60;FWDB=-0.00749264;FXX=0.00793588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.354;QD=12.6685;RBI=0.0150752;REFB=-0.0172487;REVB=-0.0130814;RO=78;SAF=3;SAR=44;SRF=18;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418315;STB=0.747433;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0307188;OID=.;OPOS=132824450;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:78:78:47:47:0.376:44:3:18:60:44:3:18:60 chr12 132862976 . G A 400.21 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00261458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.599;QD=14.5531;RBI=0.0100072;REFB=0.00414687;REVB=0.00965965;RO=63;SAF=23;SAR=23;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734255;STB=0.536348;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00495419;OID=.;OPOS=132862976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:46:46:0.418182:23:23:27:36:23:23:28:36 chr12 132905556 . G A 475.93 PASS AF=0.584416;AO=43;DP=75;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0174459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.209;QD=24.7234;RBI=0.023982;REFB=-0.0144613;REVB=0.0164552;RO=32;SAF=11;SAR=32;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167725;STB=0.570641;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00859686;OID=.;OPOS=132905556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:32:32:43:45:0.584416:32:11:14:18:32:13:14:18 chr12 133124555 . GCC GC,G,GGC 2426.81 PASS AF=0.582329,0.417671,0;AO=81,79,9;DP=228;FAO=145,104,0;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=135,103,0;FSAR=10,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.171254,-0.0760393,0.0182181;FXX=0.0158097;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=12.8763,16.2541,6.97713;QD=38.9848;RBI=0.200422,0.093736,0.100867;REFB=0.105501,0.0756871,-0.00214226;REVB=0.104121,0.0548129,0.0992082;RO=8;SAF=80,78,3;SAR=1,1,6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0.445946,0.445946,0;SSSB=0.274451,0.273478,-0.417055;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.104082,0.0516032,0;OID=.,.,.;OPOS=133124556,133124556,133124556;OREF=C,CC,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GC,G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.582329,0.417671,0:81,79,9:228:145,104,0:249:0:135,103,0:10,1,0:0:0:99:8:80,78,3:1,1,6:7:1 chr12 133159733 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0351007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.266;QD=17.6437;RBI=0.035323;REFB=0.0212232;REVB=0.00395632;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193732;STB=0.613759;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0231788;OID=.;OPOS=133159733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:4:3:2:7:4:3 chr12 133181399 . T C 1510.86 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.966;QD=63.615;RBI=0.0251627;REFB=0;REVB=-0.0131976;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0185e-05;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:40:55:0:0:40:55:0:0 chr12 133181408 . C G 377.48 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0133589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.528;QD=16.2355;RBI=0.0155758;REFB=-0.0302135;REVB=0.00800901;RO=51;SAF=25;SAR=15;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386546;STB=0.524067;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0342724;OID=.;OPOS=133181408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:51:53:40:40:0.430108:15:25:30:21:15:25:31:22 chr12 133182818 . G A 1473.08 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382213;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.85;QD=63.3583;RBI=0.0583678;REFB=0;REVB=0.0441127;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337484;OID=.;OPOS=133182818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:53:39:0:0:53:40:0:0 chr12 133196596 . T C 1533.37 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398494;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.193;QD=63.8905;RBI=0.0534184;REFB=0;REVB=0.0532695;RO=0;SAF=69;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61219e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69437e-05;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:27:69:0:0:27:69:0:0 chr12 133196909 . A G 350.99 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0229902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6919;QD=17.9996;RBI=0.0243602;REFB=-0.000404249;REVB=0.00805411;RO=41;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160864;STB=0.5895;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000540507;OID=.;OPOS=133196909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:18:19:28:13:18:19:28:13 chr12 133201947 . T C 1231.94 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0588058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.278;QD=60.0947;RBI=0.071776;REFB=-0.140517;REVB=0.0411543;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119868;STB=0.506328;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000840401;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:39:42:0:1:39:42:0:1 chr12 133202004 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.12;QD=59.8557;RBI=0.0491586;REFB=0;REVB=0.033835;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021292;OID=.;OPOS=133202004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr12 133208979 . T C 2474.54 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.286;QD=61.4792;RBI=0.0169024;REFB=0;REVB=0.00750573;RO=0;SAF=69;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.72236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02697e-05;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:160:161:1:91:69:0:0:92:69:0:0 chr12 133219831 . T C 2947.67 PASS AF=0.989418;AO=184;DP=189;FAO=187;FDP=189;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0085308;FXX=0.0207243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.229;QD=62.3845;RBI=0.0484145;REFB=-0.039847;REVB=0.047657;RO=2;SAF=85;SAR=99;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110696;STB=0.505746;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00101943;OID=.;OPOS=133219831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:189:189:2:2:184:187:0.989418:99:85:2:0:101:86:2:0 chr12 133236000 . C T 1749.42 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.278;QD=60.8494;RBI=0.01003;REFB=0;REVB=-0.00798392;RO=0;SAF=41;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03744e-06;OID=.;OPOS=133236000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:74:41:0:0:74:41:0:0 chr12 133245001 . C T 798.85 PASS AF=0.555556;AO=75;DP=135;FAO=75;FDP=135;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0194253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.408;QD=23.6695;RBI=0.0198482;REFB=0.00268507;REVB=0.00407538;RO=60;SAF=43;SAR=32;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154109;STB=0.584148;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00259396;OID=.;OPOS=133245001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:60:60:75:75:0.555556:32:43:23:37:32:43:23:37 chr12 133294101 . T C 396.62 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0258088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.079;QD=17.8256;RBI=0.027783;REFB=-0.00425111;REVB=-0.0102861;RO=48;SAF=13;SAR=28;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105738;STB=0.559292;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00520451;OID=.;OPOS=133294101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:28:13:20:28:28:13:20:28 chr12 133295353 . C T 806.44 PASS AF=0.461538;AO=84;DP=182;FAO=84;FDP=182;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=-0.00552181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.157;QD=17.7239;RBI=0.00751427;REFB=-0.0194062;REVB=0.00509645;RO=98;SAF=47;SAR=37;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218635;STB=0.512108;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0206187;OID=.;OPOS=133295353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:98:98:84:84:0.461538:37:47:57:41:37:47:57:41 chr12 133363376 . G T 1713.57 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.61;QD=60.1252;RBI=0.0442103;REFB=0;REVB=-0.00579611;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02286e-05;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:114:0:0:111:114:1:56:55:0:0:57:57:0:0 chr12 133393323 . C T 847.71 PASS AF=0.535032;AO=84;DP=157;FAO=84;FDP=157;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00275148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324;QD=21.5976;RBI=0.00615589;REFB=-0.000481212;REVB=0.00550675;RO=73;SAF=44;SAR=40;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609072;STB=0.533325;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.000426401;OID=.;OPOS=133393323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:73:73:84:84:0.535032:40:44:33:40:40:44:33:40 chr12 133411987 . G C 2847.05 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.435;QD=62.9183;RBI=0.0266044;REFB=0;REVB=-5.46015e-05;RO=0;SAF=82;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61221e-06;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:181:181:1:99:82:0:0:99:82:0:0 chr12 133417126 . CTTTTTTTTC CATTTTTTTC,CTTTTTTT,CTTTTTTTC 59.55 PASS AF=0.121212,0,0.424242;AO=4,4,6;DP=31;FAO=4,0,14;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=4,0,5;FSAR=0,0,9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.000587552,0.00995365,0.0493753;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=98.4483,23.475,9.27763;QD=7.21826;RBI=0.00111084,0.0236491,0.0901273;REFB=0.00397273,0.028226,-0.0370985;REVB=-0.000942738,0.0214524,0.075399;RO=13;SAF=4,2,2;SAR=0,2,4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.615129,-0.313021,-0.445571;STB=0.996326,0.5,0.658312;STBP=0.116,1,0.117;TYPE=snp,del,del;VARB=0.104274,0,0.0383895;OID=.,.,.;OPOS=133417127,133417134,133417127;OREF=T,TC,T;OALT=A,-,-;OMAPALT=CATTTTTTTC,CTTTTTTT,CTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.121212,0,0.424242:4,4,6:31:4,0,14:33:15:4,0,5:0,0,9:10:5:40:13:4,2,2:0,2,4:10:3 chr12 133417982 . T TAA 177.95 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=73;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0628692;FXX=0.0270234;HRUN=3;LEN=2;MLLD=27.7667;QD=9.88616;RBI=0.0703382;REFB=0.0205259;REVB=-0.0315424;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590161;STB=0.519468;STBP=0.789;TYPE=ins;VARB=-0.0305156;OID=.;OPOS=133417983;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:24:73:30:72:42:14:16:21:21:99:43:11:13:22:21 chr12 133423695 . A G 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00703487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.762;QD=27.2513;RBI=0.0114602;REFB=-0.00520278;REVB=-0.00904687;RO=18;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268812;STB=0.51484;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00467109;OID=.;OPOS=133423695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:14:13:8:10:14:13:8:10 chr12 133433173 . T C 914.46 PASS AF=0.893333;AO=67;DP=75;FAO=67;FDP=75;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0253629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3203;QD=48.7714;RBI=0.0603667;REFB=-0.102286;REVB=-0.0547801;RO=3;SAF=31;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435582;STB=0.557126;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00987499;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:75:75:3:8:67:67:0.893333:36:31:3:0:36:31:8:0 chr12 133433240 . C T 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0958347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.329;QD=8.11448;RBI=0.0976335;REFB=-0.00603005;REVB=0.018655;RO=37;SAF=3;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380867;STB=0.743749;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00741823;OID=.;OPOS=133433240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:11:3:19:18:11:3:20:18 chr12 133433300 . C T 85.29 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.106778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0823;QD=11.3726;RBI=0.134445;REFB=-0.0436508;REVB=-0.0816935;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.571306;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0587603;OID=.;OPOS=133433300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:14:5:4:7:14:5 chr12 133435716 . T G 769.17 PASS AF=0.557252;AO=73;DP=131;FAO=73;FDP=131;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00521967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.251;QD=23.4861;RBI=0.00634138;REFB=-0.0125794;REVB=-0.00360112;RO=58;SAF=39;SAR=34;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696332;STB=0.538033;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00847715;OID=.;OPOS=133435716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:58:58:73:73:0.557252:34:39:26:32:34:39:26:32 chr12 133502802 . T G 614.72 PASS AF=0.4;AO=70;DP=176;FAO=70;FDP=175;FR=.;FRO=105;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-9.25819e-05;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.304;QD=14.0507;RBI=0.0126575;REFB=-0.0118374;REVB=-0.0126571;RO=104;SAF=33;SAR=37;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105547;STB=0.508605;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0271049;OID=.;OPOS=133502802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:104:105:70:70:0.4:37:33:48:56:37:33:48:57 chr12 133587980 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.044;QD=57.1771;RBI=0.0120809;REFB=0;REVB=-0.00208463;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51819e-05;OID=.;OPOS=133587980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr12 133618022 . G A 468.15 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=81;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0309785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4888;QD=22.8367;RBI=0.0366926;REFB=0.00638446;REVB=-0.0196643;RO=37;SAF=21;SAR=23;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747482;STB=0.535447;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00440973;OID=.;OPOS=133618022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:37:37:44:45:0.54878:23:21:21:16:23:22:21:16 chr12 133634450 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.754;QD=45.8058;RBI=0.00545829;REFB=0;REVB=0.0021265;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38474e-05;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr12 133664122 . G A 59.53 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0367093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.054;QD=15.8737;RBI=0.0439636;REFB=-0.0490595;REVB=0.0241914;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0379282;OID=.;OPOS=133664122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:6:7:8:8:0.533333:5:3:1:5:6:2:2:5 chr12 133677542 . T C 226.3 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0337901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.4332;QD=17.4077;RBI=0.0338906;REFB=0.0201901;REVB=0.00260842;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306291;STB=0.517228;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0194531;OID=.;OPOS=133677542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:16:11:11:14:16:11 chr12 133682655 . A G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00251596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.688;QD=15.7844;RBI=0.00614969;REFB=-0.0165946;REVB=0.00561148;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246747;STB=0.64335;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0229237;OID=.;OPOS=133682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:9:8:10:4:9:8 chr12 133683261 . T C 317.22 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00281388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.318;QD=25.8954;RBI=0.0363541;REFB=-0.0242864;REVB=0.036245;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373672;STB=0.520695;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0148445;OID=.;OPOS=133683261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:16:12:10:11:16:12:10:11 chr12 133683280 . A T 266.76 PASS AF=0.54717;AO=27;DP=49;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0071621;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.0679;QD=20.1327;RBI=0.0121078;REFB=-0.0497539;REVB=0.00976239;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516261;STB=0.52664;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0318595;OID=.;OPOS=133683280;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:22:24:27:29:0.54717:13:14:10:12:14:15:11:13 chr12 133683628 . A T 276.26 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0393108;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.033;QD=15.5639;RBI=0.0394362;REFB=-0.00574158;REVB=-0.0031419;RO=40;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986574;STB=0.555521;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00622262;OID=.;OPOS=133683628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:40:40:31:31:0.43662:18:13:13:27:18:13:13:27 chr12 133683750 . C A 80.97 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00265843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.091;QD=10.4472;RBI=0.00379342;REFB=-0.0115657;REVB=-0.00270606;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300856;STB=0.65491;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0209698;OID=.;OPOS=133683750;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:30:31:19:20:10:11:0.354839:4:6:6:13:5:6:6:14 chr12 133732624 . C T 270.73 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00324915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1578;QD=23.542;RBI=0.0151838;REFB=-0.0356898;REVB=0.0148321;RO=20;SAF=6;SAR=19;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111901;STB=0.55501;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0284185;OID=.;OPOS=133732624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:19:6:7:13:19:6:7:14 chr12 133778796 . C T 212.74 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.019189;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.465;QD=16.0554;RBI=0.0191908;REFB=0.0119482;REVB=0.000264544;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00285481;STB=0.501617;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.012705;OID=.;OPOS=133778796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:12:17:14:10:12:17 chr12 133780459 . C T 150.51 PASS AF=0.36;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0178899;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9926;QD=12.0406;RBI=0.0552023;REFB=-0.0194106;REVB=-0.0522231;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181259;STB=0.610988;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0152971;OID=.;OPOS=133780459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:32:17:18:0.36:6:11:14:15:7:11:14:18 chr12 133781231 . GA G 173.6 PASS AF=0.454545;AO=26;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.129529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.6249;QD=10.5211;RBI=0.131377;REFB=0.0014997;REVB=0.0219613;RO=34;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283806;STB=0.509272;STBP=0.923;TYPE=del;VARB=0.0105336;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:26:66:30:66:36:13:17:15:21:99:34:10:16:14:20 chr12 133781428 . A C 786.94 PASS AF=0.524476;AO=75;DP=144;FAO=75;FDP=143;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.000813335;FXX=0.00694396;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.565;QD=22.0123;RBI=0.00256274;REFB=-0.00940461;REVB=-0.00243025;RO=66;SAF=27;SAR=48;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200516;STB=0.610448;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00743781;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:66:68:75:75:0.524476:48:27:39:27:48:27:40:28 chr12 133781605 . A G 433.33 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00130475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.785;QD=20.6347;RBI=0.00654353;REFB=-0.0186083;REVB=0.00641213;RO=41;SAF=19;SAR=24;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244104;STB=0.513507;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0174486;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:24:19:17:24:24:19:17:24 chr12 133787532 . GC CG,G 36.96 PASS AF=0.00757576,0.106061;AO=15,28;DP=141;FAO=1,14;FDP=132;FR=.;FRO=117;FSAF=1,10;FSAR=0,4;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=-0.0658962,0.0267163;FXX=0.0638253;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=59.9677,8.66245;QD=1.11985;RBI=0.0770196,0.264838;REFB=-0.0176803,-0.15919;REVB=-0.0398713,-0.263487;RO=72;SAF=15,9;SAR=0,19;SRF=52;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0.4;SSSB=0.671507,-0.457818;STB=0.988727,0.636588;STBP=0.478,0.312;TYPE=mnp,del;VARB=0.122498,0.188556;OID=.,.;OPOS=133787532,133787533;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:141:132:72:117:15,28:1,14:0.00757576,0.106061:0,19:15,9:52:20:0,4:1,10:67:50 chr12 133795885 . G A 1574.68 PASS AF=0.418269;AO=173;DP=417;FAO=174;FDP=416;FR=.;FRO=242;FSAF=93;FSAR=81;FSRF=121;FSRR=121;FWDB=0.0129824;FXX=0.00239802;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.576;QD=15.1412;RBI=0.0134542;REFB=-9.57635e-05;REVB=0.00353151;RO=235;SAF=92;SAR=81;SRF=115;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439947;STB=0.520097;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000103954;OID=.;OPOS=133795885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:416:235:242:173:174:0.418269:81:92:115:120:81:93:121:121 chr12 133795960 . A G 1011.7 PASS AF=0.452991;AO=106;DP=234;FAO=106;FDP=234;FR=.;FRO=128;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=48;FSRR=80;FWDB=-0.00125626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.234;QD=17.294;RBI=0.00666934;REFB=-0.0122278;REVB=0.00654996;RO=127;SAF=51;SAR=55;SRF=48;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102295;STB=0.558383;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0173092;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:127:128:106:106:0.452991:55:51:48:79:55:51:48:80 chr13 19600126 . G A 375.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.446;QD=55.6353;RBI=0.028748;REFB=0;REVB=-0.013708;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31618e-05;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr13 19600200 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.983;QD=50.4134;RBI=0.00750973;REFB=0;REVB=0.00260804;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103017;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr13 19600475 . C A 2385.9 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8682;QD=61.1769;RBI=0.0348577;REFB=0;REVB=0.0285434;RO=0;SAF=83;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9955e-05;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:73:83:0:0:73:83:0:0 chr13 19751544 . C T 1586.86 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00930057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.562;QD=64.1154;RBI=0.0184411;REFB=0;REVB=0.015924;RO=0;SAF=61;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10154e-05;OID=.;OPOS=19751544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:37:61:0:0:38:61:0:0 chr13 19753585 . GT G,TG 2877.15 PASS AF=0.912214,0.0877863;AO=47,25;DP=246;FAO=239,23;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=132,0;FSAR=107,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.0133,0.0693607;FXX=0.00757547;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=14.7981,145.774;QD=43.9259;RBI=1.10407,0.0704224;REFB=0,0;REVB=0.438416,-0.0121822;RO=168;SAF=12,0;SAR=35,25;SRF=118;SRR=50;SSEN=0.326923,0;SSEP=0.324136,0;SSSB=-0.530127,-0.770309;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0432001,0.0658922;OID=.,.;OPOS=19753586,19753585;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:68:246:262:168:0:47,25:239,23:0.912214,0.0877863:35,25:12,0:118:50:107,23:132,0:0:0 chr13 19999913 . G A 1923.91 PASS AF=0.860606;AO=141;DP=165;FAO=142;FDP=165;FR=.;FRO=23;FSAF=33;FSAR=109;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.000526549;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.592;QD=46.6403;RBI=0.00226065;REFB=-0.0378927;REVB=0.00219847;RO=24;SAF=32;SAR=109;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114647;STB=0.560778;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00516701;OID=.;OPOS=19999913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:24:23:141:142:0.860606:109:32:13:11:109:33:13:10 chr13 19999927 . T G 73.5 PASS AF=0.110465;AO=19;DP=172;FAO=19;FDP=172;FR=.;FRO=153;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=110;FWDB=0.00467929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.36;QD=1.70937;RBI=0.00515434;REFB=-0.00363318;REVB=-0.00216137;RO=151;SAF=8;SAR=11;SRF=42;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194021;STB=0.632969;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0521384;OID=.;OPOS=19999927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:172:172:151:153:19:19:0.110465:11:8:42:109:11:8:43:110 chr13 19999968 . T C 2084.41 PASS AF=0.892857;AO=149;DP=167;FAO=150;FDP=168;FR=.;FRO=18;FSAF=42;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=0.0978923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.45;QD=49.6288;RBI=0.098553;REFB=-0.0481254;REVB=0.0113924;RO=18;SAF=41;SAR=108;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729666;STB=0.538457;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00566304;OID=.;OPOS=19999968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:167:168:18:18:149:150:0.892857:108:41:0:18:108:42:0:18 chr13 20000630 . T C 869.25 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444388;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.149;QD=57.9497;RBI=0.065031;REFB=0;REVB=-0.0474786;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.42781e-06;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr13 20006620 . C T 174.65 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0207041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2514;QD=8.02988;RBI=0.0356258;REFB=-0.0342146;REVB=-0.0289921;RO=61;SAF=3;SAR=21;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530421;STB=0.824611;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0341393;OID=.;OPOS=20006620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:61:63:24:24:0.275862:21:3:31:30:21:3:32:31 chr13 20038584 . A G 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.557;QD=58.0577;RBI=0.0323591;REFB=0;REVB=0.00510932;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50059e-05;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr13 20066994 . T C 193.35 PASS AF=0.168889;AO=38;DP=225;FAO=38;FDP=225;FR=.;FRO=187;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=73;FSRR=114;FWDB=0.0184307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.0143;QD=3.43733;RBI=0.0186752;REFB=0.00138989;REVB=-0.00301208;RO=187;SAF=14;SAR=24;SRF=73;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300061;STB=0.519393;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0146141;OID=.;OPOS=20066994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:187:187:38:38:0.168889:24:14:73:114:24:14:73:114 chr13 20277413 . T C 458.73 PASS AF=0.354037;AO=57;DP=161;FAO=57;FDP=161;FR=.;FRO=104;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=-0.0418098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.008;QD=11.397;RBI=0.0418098;REFB=-0.0204772;REVB=-5.18215e-05;RO=103;SAF=27;SAR=30;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01967;STB=0.507871;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0392181;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:103:104:57:57:0.354037:30:27:47:56:30:27:48:56 chr13 20398669 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0971964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2017;QD=58.7812;RBI=0.102977;REFB=0;REVB=0.0340164;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122584;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr13 20398742 . C T 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4459;QD=62.3479;RBI=0.0637453;REFB=0;REVB=-0.0394798;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000845616;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr13 20539389 . A G 415.88 PASS AF=0.431193;AO=45;DP=107;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0332077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.809;QD=15.2618;RBI=0.0344909;REFB=-0.0253435;REVB=-0.00932016;RO=61;SAF=24;SAR=21;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247583;STB=0.509415;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0311689;OID=.;OPOS=20539389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:61:62:45:47:0.431193:21:24:34:27:22:25:34:28 chr13 20660368 . CT C 31.04 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.134118;FXX=0.0344709;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.04146;QD=4.43417;RBI=0.199187;REFB=-0.110185;REVB=0.147268;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129195;STB=0.530977;STBP=0.808;TYPE=del;VARB=0.123133;OID=.;OPOS=20660369;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:10:28:11:28:17:4:7:7:10:31:16:5:5:6:10 chr13 20716533 . G T 3036.23 PASS AF=0.995146;AO=186;DP=189;FAO=205;FDP=206;FR=.;FRO=1;FSAF=116;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0673167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7646;QD=58.9559;RBI=0.0847366;REFB=-0.167399;REVB=0.0514661;RO=1;SAF=106;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591457;STB=0.502793;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00549851;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:206:1:1:186:205:0.995146:80:106:0:1:89:116:0:1 chr13 20763380 . T C 1026.1 PASS AF=0.504854;AO=104;DP=207;FAO=104;FDP=206;FR=.;FRO=102;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.0384224;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4982;QD=19.9242;RBI=0.0384256;REFB=0.00226399;REVB=-0.000495449;RO=103;SAF=53;SAR=51;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448507;STB=0.50495;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00366226;OID=.;OPOS=20763380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:103:102:104:104:0.504854:51:53:53:50:51:53:53:49 chr13 20763642 . C T 787.33 PASS AF=0.509554;AO=80;DP=158;FAO=80;FDP=157;FR=.;FRO=77;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00282679;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.245;QD=20.0594;RBI=0.00949171;REFB=-0.011731;REVB=-0.009061;RO=75;SAF=48;SAR=32;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722003;STB=0.534023;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0133456;OID=.;OPOS=20763642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:75:77:80:80:0.509554:32:48:39:36:32:48:41:36 chr13 21063524 . A G 269.27 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.014238;FXX=0.0853554;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.883;QD=14.3612;RBI=0.0207678;REFB=0.000673353;REVB=-0.0151189;RO=44;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117061;STB=0.573154;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00215767;OID=.;OPOS=21063524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:17:13:24:20:17:13:25:20 chr13 21157165 . GAAAAAAAT GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAAATT 103.21 PASS AF=0.173913,0.652174,0;AO=6,9,4;DP=37;FAO=4,15,0;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=3,13,0;FSAR=1,2,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0569313,-0.0641629,0.00714608;FXX=0.302939;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=11.6592,8.79889,7.14117;QD=17.9491;RBI=0.137086,0.129461,0.0433523;REFB=0.0312214,-0.0275659,-0.0590255;REVB=-0.124705,-0.112443,-0.0427593;RO=6;SAF=6,9,2;SAR=0,0,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.759974,0.798541,0;STB=0.5,0.549225,0.5;STBP=1,0.676,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0469907,0.0848766,-0.0518583;OID=.,.,.;OPOS=21157172,21157166,21157172;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.173913,0.652174,0:6,9,4:37:4,15,0:23:4:3,13,0:1,2,0:3:1:16:6:6,9,2:0,0,2:3:3 chr13 21205192 . G A,T 737.56 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=49,3;DP=52;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259465,0.00491667;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.52,66.1611;QD=55.6651;RBI=0.0417951,0.0260979;REFB=0,0;REVB=-0.0327659,-0.0256306;RO=0;SAF=26,2;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00271339,0.118902;OID=.,.;OPOS=21205192,21205192;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:52:53:0:0:49,3:50,3:0.943396,0.0566038:23,1:26,2:0:0:23,1:27,2:0:0 chr13 21356650 . T A 4867.35 PASS AF=1;AO=311;DP=313;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000665642;FXX=0.0158223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.553;QD=62.6026;RBI=0.0409465;REFB=0.0223889;REVB=-0.0409411;RO=1;SAF=158;SAR=153;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00310744;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44366e-05;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:313:311:1:0:311:311:1:153:158:0:1:153:158:0:0 chr13 21562832 . C T 2299.68 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000855409;FXX=0.00680226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.734;QD=63.005;RBI=0.0029573;REFB=0.00801584;REVB=-0.00283088;RO=1;SAF=71;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665108;STB=0.503496;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-2.31063e-05;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:146:1:1:145:145:0.993151:74:71:1:0:74:71:1:0 chr13 21562948 . G A 504.43 PASS AF=0.459016;AO=54;DP=123;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0039324;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.558;QD=16.5388;RBI=0.0696955;REFB=-0.0373164;REVB=0.0695845;RO=66;SAF=25;SAR=29;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385152;STB=0.512169;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0311956;OID=.;OPOS=21562948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:66:66:54:56:0.459016:29:25:28:38:31:25:28:38 chr13 21620085 . T C 1790.19 PASS AF=0.967742;AO=120;DP=125;FAO=120;FDP=124;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000663356;FXX=0.0236202;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.025;QD=57.7481;RBI=0.0186529;REFB=0.0966719;REVB=-0.0186411;RO=3;SAF=58;SAR=62;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695581;STB=0.507538;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-6.88624e-05;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:125:124:3:4:120:120:0.967742:62:58:1:2:62:58:1:3 chr13 21714920 . G A 1281.55 PASS AF=0.955556;AO=85;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00425866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.064;QD=56.9579;RBI=0.031746;REFB=-0.147735;REVB=0.031459;RO=4;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227669;STB=0.511625;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00128508;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:4:4:85:86:0.955556:41:44:1:3:42:44:1:3 chr13 21720956 . C T 1066.05 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.675;QD=58.4136;RBI=0.0513731;REFB=-0.0786848;REVB=-0.0499398;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126112;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00050606;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:35:37:1:0:35:37:1:0 chr13 21732094 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.923;QD=61.6953;RBI=0.0211056;REFB=0;REVB=-0.0168292;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47894e-05;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:55:27:0:0:55:27:0:0 chr13 21752154 . G A 1113.58 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267039;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.223;QD=60.1935;RBI=0.0306253;REFB=0;REVB=-0.0149937;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02683e-05;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:71:74:1:39:32:0:0:40:34:0:0 chr13 22275394 . A G 2370.17 PASS AF=0.993333;AO=147;DP=148;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.552;QD=63.2046;RBI=0.0355929;REFB=-0.0845141;REVB=0.0301028;RO=1;SAF=73;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647064;STB=0.503401;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=3.42045e-05;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:150:1:1:147:149:0.993333:74:73:1:0:76:73:1:0 chr13 22275583 . G A 1924.39 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000171502;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.819;QD=61.0919;RBI=0.0270979;REFB=-0.117382;REVB=-0.0270974;RO=1;SAF=68;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826295;STB=0.504347;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=4.83992e-05;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:126:1:1:125:125:0.992063:57:68:0:1:57:68:0:1 chr13 23251016 . CTTTT CTTT,CTTTG 667.79 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=53,5;DP=61;FAO=60,2;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=34,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0703213,-0.0199357;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.9655,7.197;QD=43.083;RBI=0.0869227,0.0417213;REFB=0,0;REVB=0.0510927,-0.0366502;RO=1;SAF=25,0;SAR=28,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0165303,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0143695,0.0917574;OID=.,.;OPOS=23251017,23251020;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTTT,CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.967742,0.0322581:53,5:61:60,2:62:0:26,0:34,2:0:0:6:1:25,0:28,5:0:1 chr13 23253313 . T C 1659.6 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.182;QD=60.349;RBI=0.143258;REFB=0;REVB=0.133195;RO=0;SAF=81;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352806;OID=.;OPOS=23253313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:110:0:0:104:110:1:23:81:0:0:24:86:0:0 chr13 23824783 . T G 3327.75 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8599;QD=62.2009;RBI=0.0693959;REFB=0;REVB=0.0689161;RO=0;SAF=92;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77401e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05618e-05;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:214:0:0:214:214:1:122:92:0:0:122:92:0:0 chr13 23898509 . T C 4396.24 PASS AF=0.992908;AO=279;DP=282;FAO=280;FDP=282;FR=.;FRO=2;FSAF=146;FSAR=134;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0306945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.246;QD=62.358;RBI=0.0394197;REFB=-0.0639521;REVB=0.0247338;RO=2;SAF=145;SAR=134;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653123;STB=0.503401;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000443539;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:282:282:2:2:279:280:0.992908:134:145:2:0:134:146:2:0 chr13 23898664 . A G 2252.72 PASS AF=0.986842;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0222054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.826;QD=59.2822;RBI=0.0236572;REFB=0.0377824;REVB=0.00815992;RO=2;SAF=55;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353579;STB=0.501886;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=2.28313e-05;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:152:2:2:149:150:0.986842:94:55:1:1:95:55:1:1 chr13 23905711 . A G 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00336211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2396;QD=17.5684;RBI=0.0974425;REFB=0.00953497;REVB=0.0973845;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922242;STB=0.551688;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00721421;OID=.;OPOS=23905711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:17:14:16:13:17:14 chr13 23907677 . C T 1500.68 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00536971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.522;QD=58.2789;RBI=0.00539534;REFB=-0.112826;REVB=0.000525318;RO=0;SAF=62;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32893e-08;STB=0.506172;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000373592;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:0:1:101:102:0.990291:39:62:0:0:40:62:0:1 chr13 23907909 . A G 279.55 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00905588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.393;QD=14.1545;RBI=0.00907745;REFB=-0.00249259;REVB=-0.000625344;RO=47;SAF=9;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268501;STB=0.6587;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00636377;OID=.;OPOS=23907909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:47:47:31:32:0.405063:22:9:25:22:23:9:25:22 chr13 23908034 . A G 597.56 PASS AF=0.630952;AO=52;DP=83;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0686126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.517;QD=28.4553;RBI=0.0687011;REFB=-0.00362423;REVB=-0.00348587;RO=31;SAF=30;SAR=22;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646892;STB=0.530601;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00195812;OID=.;OPOS=23908034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:31:31:52:53:0.630952:22:30:15:16:23:30:15:16 chr13 23908739 . A AG 33.11 PASS AF=0.0894309;AO=13;DP=123;FAO=11;FDP=123;FR=.;FRO=112;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=-0.0435322;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=27.5338;QD=1.0767;RBI=0.0528077;REFB=-0.000412384;REVB=-0.0298932;RO=107;SAF=12;SAR=1;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599913;STB=0.917356;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=-0.0273413;OID=.;OPOS=23908740;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0894309:13:123:11:123:112:10:1:48:64:33:107:12:1:43:64 chr13 23909162 . A G 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0720523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.201;QD=30.1498;RBI=0.0723461;REFB=-0.0216455;REVB=0.00651363;RO=8;SAF=4;SAR=15;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725002;STB=0.539837;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00909396;OID=.;OPOS=23909162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:15:4:1:7:15:4:1:7 chr13 23910099 . ATAA ATA,TAAT 76.06 PASS AF=0.315789,0.0526316;AO=11,3;DP=61;FAO=18,3;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7,0;FSAR=11,3;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0346204,-0.0831046;FXX=0.0806322;HRUN=4,3;LEN=1,4;MLLD=9.75913,151.901;QD=5.33762;RBI=0.0914188,0.0969817;REFB=-0.00383604,0.0154992;REVB=-0.0846098,-0.0499907;RO=34;SAF=3,0;SAR=8,3;SRF=14;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.185662,-0.494208;STB=0.538255,0.996093;STBP=0.719,0.084;TYPE=del,mnp;VARB=-0.1555,0.137496;OID=.,.;OPOS=23910101,23910099;OREF=A,ATAA;OALT=-,TAAT;OMAPALT=ATA,TAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:61:57:34:36:11,3:18,3:0.315789,0.0526316:8,3:3,0:14:20:11,3:7,0:16:20 chr13 23911820 . A G 124.89 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0408723;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6697;QD=16.6519;RBI=0.0433715;REFB=0.0194634;REVB=-0.0145102;RO=17;SAF=1;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529428;STB=0.797683;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.020887;OID=.;OPOS=23911820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:17:16:14:14:0.466667:13:1:7:10:13:1:6:10 chr13 23929842 . T C 431.21 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.00932329;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.163;QD=19.8257;RBI=0.0275219;REFB=-0.0112981;REVB=0.0258947;RO=44;SAF=27;SAR=15;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395738;STB=0.517233;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0117824;OID=.;OPOS=23929842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:42:43:0.494253:15:27:30:14:15:28:30:14 chr13 23985391 . T C 616.61 PASS AF=0.426829;AO=68;DP=162;FAO=70;FDP=164;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.017353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.912;QD=15.0394;RBI=0.0240884;REFB=-0.0214225;REVB=0.016707;RO=92;SAF=37;SAR=31;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112052;STB=0.546753;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0307557;OID=.;OPOS=23985391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:92:94:68:70:0.426829:31:37:40:52:33:37:42:52 chr13 24167505 . T A 1143.51 PASS AF=0.546341;AO=107;DP=201;FAO=112;FDP=205;FR=.;FRO=93;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0159806;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.162;QD=22.3124;RBI=0.0207999;REFB=-0.0272426;REVB=0.0133137;RO=93;SAF=42;SAR=65;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613757;STB=0.532583;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0233754;OID=.;OPOS=24167505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:205:93:93:107:112:0.546341:65:42:43:50:68:44:43:50 chr13 24234517 . A G 634.18 PASS AF=0.420118;AO=71;DP=169;FAO=71;FDP=169;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.0254256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6807;QD=15.0102;RBI=0.0255862;REFB=-0.00634458;REVB=-0.00286212;RO=98;SAF=41;SAR=30;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153847;STB=0.58608;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0130575;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:98:98:71:71:0.420118:30:41:42:56:30:41:42:56 chr13 24243200 . T C 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.101915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.955;QD=16.5614;RBI=0.1033;REFB=-0.0140082;REVB=0.0168591;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591833;STB=0.533309;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0120699;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:14:13:13:18:14:13:13:18 chr13 24411772 . T C 2342.04 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.048;QD=60.8321;RBI=0.0531122;REFB=0;REVB=0.0498445;RO=0;SAF=58;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25947e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:95:58:0:0:96:58:0:0 chr13 24465717 . A G 102.42 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0396517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6338;QD=7.72981;RBI=0.0409939;REFB=-0.0127333;REVB=-0.0104042;RO=38;SAF=11;SAR=3;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342282;STB=0.722046;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0115139;OID=.;OPOS=24465717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:39:14:14:0.264151:3:11:20:18:3:11:20:19 chr13 24465743 . A G 366.64 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.993;QD=50.5706;RBI=0.0358278;REFB=-0.162668;REVB=0.0115547;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164211;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:29:29:1:0:27:29:1:12:15:0:1:14:15:0:0 chr13 24468704 . G A 1356.2 PASS AF=0.467797;AO=138;DP=295;FAO=138;FDP=295;FR=.;FRO=157;FSAF=58;FSAR=80;FSRF=67;FSRR=90;FWDB=0.0311933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4794;QD=18.3892;RBI=0.116235;REFB=0.00908458;REVB=0.111971;RO=157;SAF=58;SAR=80;SRF=67;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638973;STB=0.503524;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0102026;OID=.;OPOS=24468704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:157:157:138:138:0.467797:80:58:67:90:80:58:67:90 chr13 24471039 . T G 844.12 PASS AF=0.395833;AO=94;DP=239;FAO=95;FDP=240;FR=.;FRO=145;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=57;FSRR=88;FWDB=-0.00332406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.231;QD=14.0687;RBI=0.00666097;REFB=-0.00169648;REVB=-0.00577228;RO=144;SAF=35;SAR=59;SRF=57;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268316;STB=0.515884;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00280097;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:144:145:94:95:0.395833:59:35:57:87:60:35:57:88 chr13 24471048 . C T 855.48 PASS AF=0.391837;AO=96;DP=241;FAO=96;FDP=245;FR=.;FRO=149;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=62;FSRR=87;FWDB=-0.0186364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.785;QD=13.9671;RBI=0.0268591;REFB=-0.0261759;REVB=-0.0193415;RO=145;SAF=36;SAR=60;SRF=58;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283336;STB=0.52631;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0220435;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:245:145:149:96:96:0.391837:60:36:58:87:60:36:62:87 chr13 24797913 . C T 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00444297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.533;QD=15.7382;RBI=0.00888255;REFB=-0.015654;REVB=0.00769153;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984594;STB=0.555518;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0144295;OID=.;OPOS=24797913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:15:14:21:15:15:14:21:15 chr13 24798120 . T C 152.33 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0176418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0522;QD=21.0106;RBI=0.0760069;REFB=0.0284987;REVB=-0.0739312;RO=13;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162596;STB=0.590452;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0260028;OID=.;OPOS=24798120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:13:3:1:12:13:3:1:12 chr13 24876752 . T C 223.97 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0132071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.375;QD=14.931;RBI=0.0136809;REFB=-0.0260815;REVB=0.00356925;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17827;STB=0.58772;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0409114;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:34:25:26:0.433333:14:11:21:13:14:12:21:13 chr13 24895559 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0636;QD=55.0979;RBI=0.125283;REFB=0;REVB=0.120024;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330033;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr13 24895682 . A AG 1361.82 PASS AF=1;AO=17;DP=129;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.6099;QD=42.8921;RBI=0.116435;REFB=0;REVB=-0.0814544;RO=112;SAF=14;SAR=3;SRF=46;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499151;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00124127;OID=.;OPOS=24895683;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:129:127:127:0:60:67:0:0:27:112:14:3:46:66 chr13 24895684 . A G 1514.82 PASS AF=0.861538;AO=112;DP=130;FAO=112;FDP=130;FR=.;FRO=18;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0175961;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6135;QD=46.61;RBI=0.0302407;REFB=-0.0472539;REVB=-0.0245943;RO=17;SAF=47;SAR=65;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101311;STB=0.557698;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00615609;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:130:130:17:18:112:112:0.861538:65:47:14:3:65:47:15:3 chr13 25000617 . C G 523.38 PASS AF=0.455285;AO=55;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0152984;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.422;QD=17.0203;RBI=0.0297867;REFB=0.00684954;REVB=0.0255579;RO=68;SAF=34;SAR=21;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13426;STB=0.574086;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00830009;OID=.;OPOS=25000617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:67:55:56:0.455285:21:34:33:35:21:35:33:34 chr13 25008588 . A G 2018.52 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290162;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.188;QD=62.1084;RBI=0.0291461;REFB=0;REVB=0.00274883;RO=0;SAF=68;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45864e-05;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:129:130:1:61:68:0:0:62:68:0:0 chr13 25008630 . A G 2493.73 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.155;QD=61.5736;RBI=0.03793;REFB=0;REVB=0.0363213;RO=0;SAF=80;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28333e-05;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:162:0:0:160:162:1:80:80:0:0:81:81:0:0 chr13 25008903 . G T 726.87 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0497635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.588;QD=52.8634;RBI=0.052029;REFB=-0.0584346;REVB=0.0151859;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.521731;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000635295;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:0:2:53:53:0.963636:31:22:0:0:31:22:2:0 chr13 25009099 . A C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1401;QD=58.7815;RBI=0.0608502;REFB=0;REVB=-0.0585753;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427105;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr13 25009297 . G T 463.57 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00290603;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.11;QD=16.4096;RBI=0.00387308;REFB=-0.00575619;REVB=0.00256042;RO=60;SAF=24;SAR=27;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069071;STB=0.546201;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00607005;OID=.;OPOS=25009297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:62:51:51:0.451327:27:24:24:36:27:24:24:38 chr13 25009441 . C G 476.68 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.00530028;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.569;QD=15.1325;RBI=0.0138998;REFB=-0.00194408;REVB=0.0128496;RO=73;SAF=24;SAR=29;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438106;STB=0.524581;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00231288;OID=.;OPOS=25009441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:73:73:53:53:0.420635:29:24:30:43:29:24:30:43 chr13 25009485 . C G 217.23 PASS AF=0.36;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.102329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9719;QD=11.5856;RBI=0.107043;REFB=-0.0130163;REVB=0.0314184;RO=47;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148855;STB=0.578114;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.023195;OID=.;OPOS=25009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:47:48:27:27:0.36:13:14:18:29:13:14:19:29 chr13 25016008 . C T 469.97 PASS AF=0.361963;AO=57;DP=161;FAO=59;FDP=163;FR=.;FRO=104;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.00883232;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.331;QD=11.533;RBI=0.00889533;REFB=-0.00744042;REVB=-0.00105694;RO=103;SAF=21;SAR=36;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135663;STB=0.559367;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0125273;OID=.;OPOS=25016008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:103:104:57:59:0.361963:36:21:50:53:36:23:50:54 chr13 25016092 . C T 176.48 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0447941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4095;QD=8.40356;RBI=0.0546137;REFB=-0.0175378;REVB=-0.0312434;RO=60;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323023;STB=0.519215;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0424793;OID=.;OPOS=25016092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:60:24:24:0.285714:15:9:21:39:15:9:21:39 chr13 25016762 . G A 51.87 PASS AF=0.0985915;AO=14;DP=142;FAO=14;FDP=142;FR=.;FRO=128;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=70;FWDB=-0.0405011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.276;QD=1.46125;RBI=0.0407822;REFB=-0.00300329;REVB=-0.00477991;RO=127;SAF=8;SAR=6;SRF=57;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144921;STB=0.605429;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0332271;OID=.;OPOS=25016762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:142:142:127:128:14:14:0.0985915:6:8:57:70:6:8:58:70 chr13 25020863 . G A 1257.76 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.824;QD=61.3543;RBI=0.0190372;REFB=0;REVB=-0.00219189;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78222e-05;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:82:0:0:78:82:1:39:39:0:0:41:41:0:0 chr13 25020906 . TGGGG TGGG,TGGGA 803.97 PASS AF=0.225806,0.774194;AO=15,40;DP=62;FAO=14,48;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=8,24;FSAR=6,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00964572,0.0810686;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=19.2488,22.002;QD=51.8691;RBI=0.120998,0.170497;REFB=0,0;REVB=-0.120613,-0.149991;RO=0;SAF=10,18;SAR=5,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.19993e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.108421,0.0574291;OID=.,.;OPOS=25020907,25020910;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.225806,0.774194:15,40:62:14,48:62:0:8,24:6,24:0:0:25:0:10,18:5,22:0:0 chr13 25021154 . C T 77.91 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0288247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6738;QD=14.1657;RBI=0.0338744;REFB=-0.0329056;REVB=0.0177935;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252837;STB=0.650827;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0396404;OID=.;OPOS=25021154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:5:7:8:2:5:7 chr13 25021200 . A C 705.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312661;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.397;QD=62.702;RBI=0.0348166;REFB=-0.0784798;REVB=-0.0153175;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325967;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr13 25021211 . C T 660.09 PASS AF=0.894737;AO=51;DP=57;FAO=51;FDP=57;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00404699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.738;QD=46.3218;RBI=0.0333097;REFB=-0.0289815;REVB=0.0330629;RO=6;SAF=20;SAR=31;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122147;STB=0.50651;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00275339;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:57:57:6:6:51:51:0.894737:31:20:2:4:31:20:2:4 chr13 25021245 . A G 695.17 PASS AF=0.833333;AO=55;DP=66;FAO=55;FDP=66;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0178069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9638;QD=42.1314;RBI=0.0267463;REFB=0.0233273;REVB=0.0199569;RO=10;SAF=19;SAR=36;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788445;STB=0.551867;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00604195;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:10:11:55:55:0.833333:36:19:6:4:36:19:7:4 chr13 25021263 . T C 42.1 PASS AF=0.12;AO=8;DP=74;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.00420077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.312;QD=2.24528;RBI=0.0265471;REFB=-0.00628213;REVB=0.0262126;RO=66;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317964;STB=0.759821;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0236649;OID=.;OPOS=25021263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:75:66:66:8:9:0.12:3:5:23:43:3:6:23:43 chr13 25021323 . A G 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.021461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.785;QD=3.22782;RBI=0.0224115;REFB=-0.000399096;REVB=-0.0064575;RO=48;SAF=6;SAR=2;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43403;STB=0.799315;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0060062;OID=.;OPOS=25021323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:2:6:18:30:2:6:18:30 chr13 25027744 . A G 2312.47 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.306;QD=63.7923;RBI=0.0239099;REFB=0;REVB=-0.0213629;RO=0;SAF=69;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19256e-05;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:144:145:1:75:69:0:0:75:70:0:0 chr13 25029218 . C T 1056.38 PASS AF=0.597561;AO=98;DP=164;FAO=98;FDP=164;FR=.;FRO=66;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0243309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4181;QD=25.7655;RBI=0.0610431;REFB=-0.0368772;REVB=-0.0559845;RO=65;SAF=47;SAR=51;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360488;STB=0.516222;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0225725;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:65:66:98:98:0.597561:51:47:28:37:51:47:29:37 chr13 25029295 . C T 343.19 PASS AF=0.34127;AO=43;DP=126;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0213229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.399;QD=10.895;RBI=0.0232203;REFB=-0.00880766;REVB=-0.00919334;RO=83;SAF=17;SAR=26;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073295;STB=0.542263;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0134689;OID=.;OPOS=25029295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:83:83:43:43:0.34127:26:17:38:45:26:17:38:45 chr13 25052261 . C T 501.78 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00472466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.635;QD=18.5842;RBI=0.0103518;REFB=-0.0172752;REVB=-0.00921071;RO=55;SAF=25;SAR=28;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664592;STB=0.536769;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0110895;OID=.;OPOS=25052261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:28:25:22:33:28:25:22:33 chr13 25075859 . C T 467.78 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.0171902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.091;QD=14.0686;RBI=0.0189625;REFB=-0.0237827;REVB=-0.00800458;RO=80;SAF=24;SAR=29;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165082;STB=0.509317;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0333436;OID=.;OPOS=25075859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:80:80:53:53:0.398496:29:24:35:45:29:24:35:45 chr13 25265103 . A G 421.25 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0140801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.788;QD=15.8961;RBI=0.0176687;REFB=-0.0047631;REVB=0.0106741;RO=59;SAF=23;SAR=24;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654259;STB=0.53659;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00671503;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:24:23:25:34:24:23:25:34 chr13 25265139 . T C 811.63 PASS AF=0.525641;AO=81;DP=157;FAO=82;FDP=156;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0078149;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7595;QD=20.8111;RBI=0.0398889;REFB=-0.0134372;REVB=-0.0391159;RO=73;SAF=42;SAR=39;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456021;STB=0.524994;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0135306;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:73:74:81:82:0.525641:39:42:34:39:40:42:34:40 chr13 25266932 . C A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0329633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.677;QD=13.5806;RBI=0.0332919;REFB=-0.00643434;REVB=0.00466644;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162442;STB=0.594059;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00657328;OID=.;OPOS=25266932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:9:19:9:8:9:19 chr13 25272870 . C T 1038.75 PASS AF=0.497653;AO=102;DP=210;FAO=106;FDP=213;FR=.;FRO=107;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=67;FSRR=40;FWDB=0.0561244;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.609;QD=19.507;RBI=0.0608349;REFB=-0.0034699;REVB=-0.0234721;RO=105;SAF=59;SAR=43;SRF=66;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478356;STB=0.51668;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00301932;OID=.;OPOS=25272870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:213:105:107:102:106:0.497653:43:59:66:39:43:63:67:40 chr13 25277795 . A G 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00651821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.175;QD=17.5012;RBI=0.010708;REFB=-0.0191222;REVB=-0.00849555;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108981;STB=0.561356;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0235343;OID=.;OPOS=25277795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:10:16:14:14:10:16:14:14 chr13 25356053 . T C 350.33 PASS AF=0.387387;AO=42;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0126598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.7523;QD=12.6243;RBI=0.0221864;REFB=-0.00728988;REVB=0.0182199;RO=68;SAF=28;SAR=14;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219;STB=0.604702;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0169926;OID=.;OPOS=25356053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:68:42:43:0.387387:14:28:32:36:15:28:33:35 chr13 25367301 . C T 458.39 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0362347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1338;QD=18.3355;RBI=0.0362363;REFB=-0.0171261;REVB=-0.000341422;RO=53;SAF=19;SAR=27;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546486;STB=0.52395;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0233066;OID=.;OPOS=25367301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:54:46:46:0.46:27:19:19:34:27:19:20:34 chr13 25419176 . A G 1778.49 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0113287;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2073;QD=59.283;RBI=0.0121351;REFB=-0.116571;REVB=-0.00434986;RO=2;SAF=39;SAR=79;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237295;STB=0.512498;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000687008;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:79:39:2:0:79:39:2:0 chr13 25460428 . A G 2257.56 PASS AF=0.980892;AO=151;DP=157;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0123138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.988;QD=57.5176;RBI=0.0129948;REFB=-0.134313;REVB=0.0041514;RO=0;SAF=84;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74685e-08;STB=0.510488;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-2.26162e-05;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:157:0:3:151:154:0.980892:67:84:0:0:70:84:0:3 chr13 25466955 . T C 1177.76 PASS AF=0.443262;AO=125;DP=282;FAO=125;FDP=282;FR=.;FRO=157;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=79;FSRR=78;FWDB=0.00424756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.147;QD=16.7058;RBI=0.00916167;REFB=-0.0235221;REVB=-0.00811754;RO=153;SAF=62;SAR=63;SRF=77;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00722242;STB=0.503999;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0293009;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:153:157:125:125:0.443262:63:62:77:76:63:62:79:78 chr13 25479714 . G A 279.25 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0215214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.36;QD=11.758;RBI=0.0226247;REFB=-0.00192562;REVB=0.00697895;RO=62;SAF=21;SAR=12;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157766;STB=0.591299;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0047648;OID=.;OPOS=25479714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:62:33:33:0.347368:12:21:31:31:12:21:31:31 chr13 25517089 . TC T 217.08 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.104933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.8072;QD=15.7875;RBI=0.109313;REFB=0.0712081;REVB=0.0306314;RO=23;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171933;STB=0.518784;STBP=0.772;TYPE=del;VARB=-0.0561648;OID=.;OPOS=25517090;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:29:55:30:55:25:12:18:11:14:99:23:12:17:10:13 chr13 25525544 . T C 792.39 PASS AF=0.461111;AO=81;DP=178;FAO=83;FDP=180;FR=.;FRO=97;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=0.0251288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.636;QD=17.6086;RBI=0.0324994;REFB=-0.00557263;REVB=-0.0206096;RO=95;SAF=49;SAR=32;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577872;STB=0.532351;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00710085;OID=.;OPOS=25525544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:95:97:81:83:0.461111:32:49:52:43:32:51:54:43 chr13 25671008 . C T 36.84 PASS AF=0.0742857;AO=13;DP=175;FAO=13;FDP=175;FR=.;FRO=162;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=76;FSRR=86;FWDB=-0.0193503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.91;QD=0.841967;RBI=0.0424244;REFB=-0.00425023;REVB=-0.0377544;RO=160;SAF=7;SAR=6;SRF=74;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841359;STB=0.563825;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.043653;OID=.;OPOS=25671008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:175:175:160:162:13:13:0.0742857:6:7:74:86:6:7:76:86 chr13 25671015 . A G 35.93 PASS AF=0.0759494;AO=12;DP=158;FAO=12;FDP=158;FR=.;FRO=146;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=62;FSRR=84;FWDB=-0.0301545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7251;QD=0.909576;RBI=0.040714;REFB=-0.00052807;REVB=0.0273557;RO=145;SAF=8;SAR=4;SRF=62;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26114;STB=0.715106;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00618298;OID=.;OPOS=25671015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:158:158:145:146:12:12:0.0759494:4:8:62:83:4:8:62:84 chr13 25671062 . A G 74.98 PASS AF=0.141509;AO=15;DP=106;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.0248637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.414;QD=2.82961;RBI=0.039375;REFB=-0.00551973;REVB=-0.0305317;RO=91;SAF=7;SAR=8;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341453;STB=0.523416;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0315933;OID=.;OPOS=25671062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:106:106:91:91:15:15:0.141509:8:7:40:51:8:7:40:51 chr13 25671080 . A G 75.54 PASS AF=0.162791;AO=14;DP=86;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0166176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.484;QD=3.51341;RBI=0.0364215;REFB=-0.0100801;REVB=-0.0324096;RO=72;SAF=7;SAR=7;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017396;STB=0.511611;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0398785;OID=.;OPOS=25671080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:86:72:72:14:14:0.162791:7:7:35:37:7:7:35:37 chr13 25671089 . G T 77.6 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0383614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.972;QD=3.83188;RBI=0.0484105;REFB=-0.00973603;REVB=0.0295292;RO=66;SAF=7;SAR=7;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506164;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0389256;OID=.;OPOS=25671089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:66:67:14:14:0.17284:7:7:33:33:7:7:34:33 chr13 25671097 . A AT 80.19 PASS AF=0.184211;AO=13;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0137276;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=150.835;QD=4.22044;RBI=0.0325332;REFB=-0.00546733;REVB=-0.0294951;RO=62;SAF=6;SAR=7;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124859;STB=0.539418;STBP=0.776;TYPE=ins;VARB=0.0174848;OID=.;OPOS=25671098;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184211:13:76:14:76:62:7:7:28:34:80:62:6:7:28:34 chr13 25671122 . C T 60.36 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0125038;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.122;QD=2.87418;RBI=0.0158824;REFB=-0.00331097;REVB=-0.00979319;RO=71;SAF=6;SAR=6;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261673;STB=0.52377;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00948876;OID=.;OPOS=25671122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:84:84:71:72:12:12:0.142857:6:6:34:37:6:6:34:38 chr13 25671143 . A G 30.77 PASS AF=0.0784314;AO=7;DP=103;FAO=8;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=94;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=0.139285;FXX=0.0097078;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.6243;QD=1.20669;RBI=0.153685;REFB=-0.0174128;REVB=-0.0649507;RO=69;SAF=2;SAR=5;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23725;STB=0.718821;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0320813;OID=.;OPOS=25671143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:103:102:69:94:7:8:0.0784314:5:2:34:35:6:2:45:49 chr13 25671271 . A G 155.83 PASS AF=0.118694;AO=39;DP=338;FAO=40;FDP=337;FR=.;FRO=297;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=116;FSRR=181;FWDB=-0.0071723;FXX=0.0174922;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.219;QD=1.84965;RBI=0.0238754;REFB=-0.00210969;REVB=-0.0227726;RO=297;SAF=19;SAR=20;SRF=116;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122716;STB=0.575117;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.017077;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:337:297:297:39:40:0.118694:20:19:116:181:21:19:116:181 chr13 25671274 . C T 161.9 PASS AF=0.120944;AO=38;DP=341;FAO=41;FDP=339;FR=.;FRO=298;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=114;FSRR=184;FWDB=-0.00725142;FXX=0.0173908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.473;QD=1.91035;RBI=0.0167343;REFB=4.82466e-06;REVB=-0.0150815;RO=292;SAF=18;SAR=20;SRF=114;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106083;STB=0.572188;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.000181422;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:339:292:298:38:41:0.120944:20:18:114:178:22:19:114:184 chr13 25671292 . C T 238.67 PASS AF=0.138889;AO=55;DP=396;FAO=55;FDP=396;FR=.;FRO=341;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=135;FSRR=206;FWDB=-0.036698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0077;QD=2.41078;RBI=0.111424;REFB=-0.00627756;REVB=-0.105207;RO=336;SAF=21;SAR=34;SRF=131;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109218;STB=0.512756;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0607606;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:396:336:341:55:55:0.138889:34:21:131:205:34:21:135:206 chr13 25671310 . TTATGA T 85.1 PASS AF=0.131646;AO=49;DP=405;FAO=52;FDP=395;FR=.;FRO=343;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=143;FSRR=200;FWDB=-0.0131586;FXX=0.0174125;HRUN=2;LEN=5;MLLD=341.728;QD=0.861749;RBI=0.0188227;REFB=-0.00374885;REVB=-0.0134591;RO=346;SAF=18;SAR=31;SRF=144;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646638;STB=0.529209;STBP=0.652;TYPE=del;VARB=0.0236872;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.131646:49:405:52:395:343:20:32:143:200:85:346:18:31:144:202 chr13 25671320 . A G 213.0 PASS AF=0.127404;AO=51;DP=416;FAO=53;FDP=416;FR=.;FRO=363;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=154;FSRR=209;FWDB=-0.0169631;FXX=0.00478457;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5291;QD=2.04805;RBI=0.0665321;REFB=-0.0130109;REVB=-0.0643333;RO=362;SAF=19;SAR=32;SRF=153;SRR=209;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659935;STB=0.560221;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0732235;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:416:362:363:51:53:0.127404:32:19:153:209:34:19:154:209 chr13 25671332 . CA C 65.44 PASS AF=0.127764;AO=50;DP=411;FAO=52;FDP=407;FR=.;FRO=355;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=153;FSRR=202;FWDB=-0.00342891;FXX=0.0121356;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.8756;QD=0.643132;RBI=0.00922883;REFB=0.0134087;REVB=0.00856819;RO=344;SAF=20;SAR=30;SRF=149;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043229;STB=0.559685;STBP=0.384;TYPE=del;VARB=-0.0809193;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.127764:50:411:52:407:355:19:33:153:202:65:344:20:30:149:195 chr13 25671369 . G T 195.47 PASS AF=0.120283;AO=50;DP=424;FAO=51;FDP=424;FR=.;FRO=373;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=174;FSRR=199;FWDB=-0.0102497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5876;QD=1.84404;RBI=0.0321592;REFB=0.000982601;REVB=-0.030482;RO=363;SAF=17;SAR=33;SRF=170;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16608;STB=0.602699;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00588253;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:424:424:363:373:50:51:0.120283:33:17:170:193:33:18:174:199 chr13 25671398 . C T 138.77 PASS AF=0.103275;AO=41;DP=397;FAO=41;FDP=397;FR=.;FRO=356;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=169;FSRR=187;FWDB=-0.0197134;FXX=0.00501241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.774;QD=1.39823;RBI=0.0199636;REFB=-0.000845836;REVB=-0.00315049;RO=353;SAF=14;SAR=27;SRF=167;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165152;STB=0.622466;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00650306;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:397:353:356:41:41:0.103275:27:14:167:186:27:14:169:187 chr13 25825889 . T C 672.78 PASS AF=0.447853;AO=73;DP=163;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=0.0345998;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5868;QD=16.51;RBI=0.0380179;REFB=0.0101165;REVB=0.0157547;RO=90;SAF=33;SAR=40;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637769;STB=0.53543;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0151113;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:90:90:73:73:0.447853:40:33:35:55:40:33:35:55 chr13 25831336 . T C 462.73 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.00108969;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6996;QD=14.6898;RBI=0.00520275;REFB=0.00350015;REVB=0.00508736;RO=74;SAF=25;SAR=27;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118493;STB=0.566581;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00505427;OID=.;OPOS=25831336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:74:74:52:52:0.412698:27:25:44:30:27:25:44:30 chr13 25831888 . T C 887.55 PASS AF=0.47619;AO=90;DP=183;FAO=90;FDP=189;FR=.;FRO=99;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=59;FSRR=40;FWDB=0.0140678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.983;QD=18.784;RBI=0.0582837;REFB=-0.0119594;REVB=-0.0565604;RO=90;SAF=49;SAR=41;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10305;STB=0.527325;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0112952;OID=.;OPOS=25831888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:189:90:99:90:90:0.47619:41:49:59:31:41:49:59:40 chr13 25876011 . G A 1587.56 PASS AF=0.487805;AO=159;DP=326;FAO=160;FDP=328;FR=.;FRO=168;FSAF=84;FSAR=76;FSRF=71;FSRR=97;FWDB=0.0161869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.542;QD=19.3604;RBI=0.0161957;REFB=-0.0112426;REVB=0.000531353;RO=167;SAF=84;SAR=75;SRF=70;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101543;STB=0.552289;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0141928;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:328:167:168:159:160:0.487805:75:84:70:97:76:84:71:97 chr13 26273385 . G C 2630.97 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695034;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0116;QD=62.2714;RBI=0.0523541;REFB=0;REVB=-0.0518907;RO=0;SAF=88;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159885;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:169:0:0:168:169:1:80:88:0:0:81:88:0:0 chr13 26620777 . G A 1057.62 PASS AF=0.514563;AO=106;DP=206;FAO=106;FDP=206;FR=.;FRO=100;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=0.00130484;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.948;QD=20.5364;RBI=0.00146012;REFB=-0.010509;REVB=-0.000655224;RO=98;SAF=52;SAR=54;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530057;STB=0.528825;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0106391;OID=.;OPOS=26620777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:98:100:106:106:0.514563:54:52:54:44:54:52:55:45 chr13 26620924 . G A 879.81 PASS AF=0.481081;AO=88;DP=185;FAO=89;FDP=185;FR=.;FRO=96;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.000448655;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.181;QD=19.0229;RBI=0.0093756;REFB=-0.0229761;REVB=0.00936486;RO=94;SAF=46;SAR=42;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312529;STB=0.525389;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.024178;OID=.;OPOS=26620924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:94:96:88:89:0.481081:42:46:46:48:42:47:46:50 chr13 26620978 . G T 717.09 PASS AF=0.450292;AO=77;DP=171;FAO=77;FDP=171;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.0291756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1683;QD=16.7741;RBI=0.0293153;REFB=-0.0234634;REVB=-0.0028581;RO=94;SAF=38;SAR=39;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356974;STB=0.519831;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0291195;OID=.;OPOS=26620978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:94:94:77:77:0.450292:39:38:43:51:39:38:43:51 chr13 26625047 . G A 487.8 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0499598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.399;QD=24.39;RBI=0.0503651;REFB=-0.00670125;REVB=0.00637613;RO=31;SAF=21;SAR=25;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440281;STB=0.518551;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00437768;OID=.;OPOS=26625047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:34:46:46:0.575:25:21:16:15:25:21:17:17 chr13 27250823 . T C 582.09 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0203983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.276;QD=19.085;RBI=0.0219956;REFB=-0.00281346;REVB=0.00822895;RO=62;SAF=23;SAR=37;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651697;STB=0.536067;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00246159;OID=.;OPOS=27250823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:37:23:28:34:37:23:28:34 chr13 28009031 . G C 622.22 PASS AF=0.433333;AO=65;DP=150;FAO=65;FDP=150;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0108599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.25;QD=16.5926;RBI=0.0285556;REFB=-0.0077956;REVB=0.02641;RO=83;SAF=39;SAR=26;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473825;STB=0.527464;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00838926;OID=.;OPOS=28009031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:83:85:65:65:0.433333:26:39:46:37:26:39:47:38 chr13 28009920 . G C 600.96 PASS AF=0.470149;AO=61;DP=133;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.000627506;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.04;QD=17.939;RBI=0.00137765;REFB=-0.00572316;REVB=-0.00122644;RO=68;SAF=26;SAR=35;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575161;STB=0.54236;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0149789;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:68:71:61:63:0.470149:35:26:25:43:35:28:26:45 chr13 28121707 . G A 2592.1 PASS AF=0.982659;AO=170;DP=173;FAO=170;FDP=173;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00570944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.506;QD=59.9329;RBI=0.00904166;REFB=0.143392;REVB=-0.00701099;RO=0;SAF=78;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502192;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.000226775;OID=.;OPOS=28121707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:173:173:0:3:170:170:0.982659:92:78:0:0:92:78:1:2 chr13 28143229 . A G 1935.06 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036068;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7047;QD=61.4304;RBI=0.0390388;REFB=0;REVB=-0.0149374;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218232;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:124:126:1:67:57:0:0:68:58:0:0 chr13 28367061 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.082;QD=37.4885;RBI=0.0451939;REFB=0;REVB=0.0394349;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001479;OID=.;OPOS=28367061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr13 28537242 . A C 2065.77 PASS AF=0.902439;AO=147;DP=163;FAO=148;FDP=164;FR=.;FRO=16;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0152939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5474;QD=50.3847;RBI=0.0283147;REFB=-0.00905447;REVB=-0.023829;RO=16;SAF=77;SAR=70;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188748;STB=0.509595;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00820629;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:163:164:16:16:147:148:0.902439:70:77:10:6:70:78:10:6 chr13 28537317 . G A 1641.76 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.419;QD=60.2481;RBI=0.0620023;REFB=0;REVB=0.0363457;RO=0;SAF=47;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011886;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:62:47:0:0:62:47:0:0 chr13 28610183 . A G 1104.01 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364436;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.939;QD=60.4936;RBI=0.0387965;REFB=0;REVB=-0.0133054;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103529;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr13 28624294 . G A 3133.66 PASS AF=1;AO=193;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.715;QD=63.9521;RBI=0.00757608;REFB=0;REVB=-0.00650599;RO=0;SAF=102;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26966e-06;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:193:196:1:91:102:0:0:91:105:0:0 chr13 28636084 . G A 2121.69 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.768;QD=62.8649;RBI=0.0196672;REFB=0;REVB=0.000868626;RO=0;SAF=74;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24612e-06;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:61:74:0:0:61:74:0:0 chr13 28835527 . T C,TC 2973.19 PASS AF=0.0106383,0.989362;AO=8,179;DP=194;FAO=2,186;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=2,79;FSAR=0,107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134427,0.0250898;FXX=0.0309262;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=254.879,277.906;QD=63.2594;RBI=0.0203156,0.0296576;REFB=0,0;REVB=-0.015232,-0.0158139;RO=6;SAF=7,74;SAR=1,105;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.260084,-0.0160561;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0132291,0.000134675;OID=.,.;OPOS=28835527,28835528;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:194:188:6:0:8,179:2,186:0.0106383,0.989362:1,105:7,74:4:2:0,107:2,79:0:0 chr13 28867563 . G A 227.75 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=34;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0148634;FXX=0.0294031;HRUN=7;LEN=1;MLLD=291.497;QD=27.6061;RBI=0.0373345;REFB=-0.00636237;REVB=0.0342483;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301148;STB=0.69983;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00265462;OID=.;OPOS=28867563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:8:12:14:21:0.636364:6:8:8:0:12:9:12:0 chr13 28869147 . G GGATATAAAC 255.48 PASS AF=0.326316;AO=29;DP=98;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.02487;FXX=0.0306091;HRUN=2;LEN=9;MLLD=292.773;QD=10.7569;RBI=0.0270229;REFB=-0.0024372;REVB=-0.0105698;RO=66;SAF=14;SAR=15;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109643;STB=0.552812;STBP=0.47;TYPE=ins;VARB=0.00504848;OID=.;OPOS=28869148;OREF=-;OALT=GATATAAAC;OMAPALT=GGATATAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326316:29:98:31:95:64:15:16:36:28:99:66:14:15:38:28 chr13 28883061 . G A,T 805.24 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=54,2;DP=56;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337306,0.00711069;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=244.084,10.5608;QD=56.5082;RBI=0.0346157,0.136941;REFB=0,0;REVB=0.00777767,-0.136756;RO=0;SAF=20,2;SAR=34,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.77753e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000523928,0.0958042;OID=.,.;OPOS=28883061,28883061;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:56:57:0:0:54,2:55,2:0.964912,0.0350877:34,0:20,2:0:0:34,0:21,2:0:0 chr13 28970917 . C T 382.41 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0318557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3361;QD=52.7462;RBI=0.0742204;REFB=0.0972363;REVB=0.0670364;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251595;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0113959;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:10:18:1:0:10:18:1:0 chr13 29275102 . T C 1172.61 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336208;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.898;QD=60.1337;RBI=0.0336235;REFB=0;REVB=-0.000427516;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227024;OID=.;OPOS=29275102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:75:78:1:45:30:0:0:48:30:0:0 chr13 29291977 . GTTTTTTTCA GTTTTTTCA,GTTTTTTCAT 513.98 PASS AF=0.926606,0.0733945;AO=32,4;DP=110;FAO=101,8;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=39,8;FSAR=62,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.677962,0.0315747;FXX=0.0267833;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=6.57608,22.1952;QD=18.8616;RBI=0.908801,0.210902;REFB=0,0;REVB=0.605215,0.208525;RO=49;SAF=11,4;SAR=21,0;SRF=17;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00374383,0.611404;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0368708,-0.230356;OID=.,.;OPOS=29291978,29291984;OREF=T,TCA;OALT=-,CAT;OMAPALT=GTTTTTTCA,GTTTTTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.926606,0.0733945:32,4:110:101,8:109:0:39,8:62,0:0:0:18:49:11,4:21,0:17:32 chr13 29600599 . T TC 59.67 PASS AF=0.0901163;AO=48;DP=358;FAO=31;FDP=344;FR=.;FRO=313;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=144;FSRR=169;FWDB=-0.0438145;FXX=0.0114939;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.3528;QD=0.693821;RBI=0.045275;REFB=-0.00426731;REVB=0.0114067;RO=300;SAF=46;SAR=2;SRF=131;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.67587;STB=0.934497;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.15611;OID=.;OPOS=29600600;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0901163:48:358:31:344:313:29:2:144:169:59:300:46:2:131:169 chr13 29898768 . A C 728.58 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.122;QD=57.1437;RBI=0.0462305;REFB=0;REVB=0.0254197;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019038;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:20:31:0:0 chr13 30084173 . G A 1909.73 PASS AF=0.992;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311793;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.19;QD=61.1115;RBI=0.0312055;REFB=-0.116021;REVB=-0.00127753;RO=1;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071447;STB=0.503759;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000309079;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:125:1:1:124:124:0.992:66:58:0:1:66:58:0:1 chr13 30087768 . C T 871.18 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0865512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7125;QD=56.2053;RBI=0.0866076;REFB=-0.0310537;REVB=0.00312509;RO=1;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108531;STB=0.505745;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00637924;OID=.;OPOS=30087768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:43:18:0:1:43:18:0:1 chr13 30087778 . T A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.335;QD=58.2394;RBI=0.0247372;REFB=0;REVB=0.0130522;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121211;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:44:18:0:0:44:18:0:0 chr13 30091714 . G A 2277.43 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00274873;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.253;QD=62.8255;RBI=0.0136842;REFB=-0.100775;REVB=0.0134053;RO=1;SAF=56;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841555;STB=0.504424;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000143705;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:143:144:0.993103:87:56:1:0:88:56:1:0 chr13 30091817 . AAG A,AA,AAC 3539.75 PASS AF=1,0,0;AO=41,34,154;DP=235;FAO=228,0,0;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=74,0,0;FSAR=154,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159012,0.111446,0.090292;FXX=0;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=229.608,221.937,211.361;QD=62.1009;RBI=0.174539,0.134429,0.127753;REFB=0,0,0;REVB=-0.071966,-0.0751726,-0.0903777;RO=0;SAF=36,32,5;SAR=5,2,149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.52432e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.000335866,0,0.00955082;OID=.,.,.;OPOS=30091818,30091819,30091819;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:41,34,154:235:228,0,0:228:0:74,0,0:154,0,0:0:0:19:0:36,32,5:5,2,149:0:0 chr13 30107067 . G C 3472.67 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.472;QD=62.5706;RBI=0.0303529;REFB=0;REVB=0.0251536;RO=0;SAF=123;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2885e-06;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:222:0:0:219:222:1:96:123:0:0:97:125:0:0 chr13 30339472 . C T 423.26 PASS AF=0.421053;AO=49;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0199226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7769;QD=14.8511;RBI=0.0382712;REFB=-0.00790522;REVB=-0.0326769;RO=65;SAF=22;SAR=27;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.559013;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0139467;OID=.;OPOS=30339472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:66:49:48:0.421053:27:22:37:28:26:22:37:29 chr13 30781111 . C A 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.027;QD=57.708;RBI=0.0291656;REFB=0;REVB=0.0127736;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130749;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr13 31036642 . C G 414.45 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.000862788;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2327;QD=18.8389;RBI=0.0338144;REFB=-0.00238318;REVB=0.0338034;RO=45;SAF=15;SAR=27;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106807;STB=0.554768;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00361334;OID=.;OPOS=31036642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:45:46:42:42:0.477273:27:15:21:24:27:15:21:25 chr13 31036681 . A G 1002.58 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120802;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.695;QD=59.8552;RBI=0.0162499;REFB=0;REVB=0.0108687;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166486;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr13 31231806 . T C 670.85 PASS AF=0.492754;AO=67;DP=138;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.00730462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4923;QD=19.4449;RBI=0.0513009;REFB=8.49296e-05;REVB=0.0507782;RO=69;SAF=33;SAR=34;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667438;STB=0.550815;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000566827;OID=.;OPOS=31231806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:69:70:67:68:0.492754:34:33:39:30:35:33:41:29 chr13 31233063 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0383483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1665;QD=20.7545;RBI=0.049956;REFB=0.0184745;REVB=-0.0320158;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264335;STB=0.649798;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00883332;OID=.;OPOS=31233063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:5:10:4:8:5:10:4:8 chr13 31287978 . G GGTGT 596.57 PASS AF=0.774194;AO=44;DP=126;FAO=48;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00374143;FXX=0.460829;HRUN=2;LEN=4;MLLD=140.555;QD=38.4885;RBI=0.0304837;REFB=-0.137933;REVB=0.0302533;RO=76;SAF=20;SAR=24;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137273;STB=0.551609;STBP=0.16;TYPE=ins;VARB=0.0354137;OID=.;OPOS=31287979;OREF=-;OALT=GTGT;OMAPALT=GGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.774194:44:126:48:62:14:20:28:9:5:97:76:20:24:44:32 chr13 31287979 . G GTA 329.76 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=127;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0216909;FXX=0.0956439;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.779;QD=12.6831;RBI=0.0391573;REFB=-0.0461009;REVB=-0.0326005;RO=86;SAF=25;SAR=15;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188891;STB=0.588191;STBP=0.164;TYPE=ins;VARB=0.0769366;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:40:127:40:104:64:25:15:31:33:99:86:25:15:40:46 chr13 31480827 . A G 1353.5 PASS AF=0.989011;AO=79;DP=81;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.257;QD=59.4943;RBI=0.0345773;REFB=0.0116358;REVB=0.0164321;RO=0;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00164268;OID=.;OPOS=31480827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:91:0:1:79:90:0.989011:28:51:0:0:34:56:1:0 chr13 31728703 . T C 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.000596164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.526;QD=15.0639;RBI=0.0255949;REFB=-0.0172431;REVB=-0.025588;RO=33;SAF=20;SAR=7;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425818;STB=0.752757;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0251417;OID=.;OPOS=31728703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:35:27:27:0.435484:7:20:10:23:7:20:10:25 chr13 31821240 . C T 731.92 PASS AF=0.45614;AO=78;DP=171;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.00205577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7698;QD=17.1209;RBI=0.0279619;REFB=-0.000749552;REVB=-0.0278862;RO=93;SAF=35;SAR=43;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399298;STB=0.522144;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000958418;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:93:93:78:78:0.45614:43:35:38:55:43:35:38:55 chr13 31821992 . T C 1516.34 PASS AF=0.972727;AO=101;DP=105;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.020405;FXX=0.0350846;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.623;QD=55.1397;RBI=0.0204144;REFB=-0.00591822;REVB=-0.000621216;RO=3;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260948;STB=0.512603;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00111124;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:110:3:3:101:107:0.972727:53:48:0:3:58:49:0:3 chr13 31891746 . G A 977.4 PASS AF=0.524862;AO=94;DP=180;FAO=95;FDP=181;FR=.;FRO=86;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.00441169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1701;QD=21.6;RBI=0.0289914;REFB=-0.0160856;REVB=0.0286538;RO=86;SAF=50;SAR=44;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985752;STB=0.551033;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.010379;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:86:86:94:95:0.524862:44:50:36:50:45:50:36:50 chr13 32676114 . A G 526.89 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.000429797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.893;QD=21.9535;RBI=0.0226856;REFB=-0.0051051;REVB=0.0226816;RO=45;SAF=21;SAR=29;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791717;STB=0.538836;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00511188;OID=.;OPOS=32676114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:45:46:50:50:0.520833:29:21:23:22:29:21:23:23 chr13 32760476 . C A 898.91 PASS AF=0.520468;AO=89;DP=171;FAO=89;FDP=171;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.00964874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.387;QD=21.0272;RBI=0.0123317;REFB=0.000109307;REVB=0.00767936;RO=80;SAF=42;SAR=47;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735807;STB=0.545372;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.000104929;OID=.;OPOS=32760476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:80:82:89:89:0.520468:47:42:31:49:47:42:31:51 chr13 32776603 . T C 949.16 PASS AF=0.465116;AO=100;DP=216;FAO=100;FDP=215;FR=.;FRO=115;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=52;FSRR=63;FWDB=-0.0138173;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9994;QD=17.6589;RBI=0.0147585;REFB=-0.0260742;REVB=-0.00518604;RO=115;SAF=48;SAR=52;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269971;STB=0.514922;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0305771;OID=.;OPOS=32776603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:115:115:100:100:0.465116:52:48:52:63:52:48:52:63 chr13 32785086 . G A 442.73 PASS AF=0.442478;AO=47;DP=111;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00773672;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.326;QD=15.6719;RBI=0.013861;REFB=-0.0327153;REVB=0.011501;RO=61;SAF=35;SAR=12;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216695;STB=0.634333;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0375971;OID=.;OPOS=32785086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:61:63:47:50:0.442478:12:35:34:27:12:38:35:28 chr13 32832149 . T C 1710.36 PASS AF=0.974576;AO=113;DP=116;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0117555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.917;QD=57.9784;RBI=0.0749846;REFB=-0.204915;REVB=0.0740574;RO=2;SAF=46;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139617;STB=0.51079;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.000962817;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:116:118:2:3:113:115:0.974576:67:46:0:2:68:47:0:3 chr13 32885654 . T C 955.26 PASS AF=0.479798;AO=95;DP=199;FAO=95;FDP=198;FR=.;FRO=103;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.115191;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.857;QD=19.2981;RBI=0.11562;REFB=-0.0180221;REVB=-0.00995238;RO=103;SAF=51;SAR=44;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021084;STB=0.51163;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0112699;OID=.;OPOS=32885654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:103:103:95:95:0.479798:44:51:53:50:44:51:53:50 chr13 32885658 . G A 799.66 PASS AF=0.461111;AO=83;DP=182;FAO=83;FDP=180;FR=.;FRO=97;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.00891182;FXX=0.0163925;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.634;QD=17.7703;RBI=0.0108699;REFB=-0.0173659;REVB=0.00622374;RO=96;SAF=45;SAR=38;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409546;STB=0.520017;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0170854;OID=.;OPOS=32885658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:96:97:83:83:0.461111:38:45:48:48:38:45:49:48 chr13 32906729 . A C 520.0 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00444553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.692;QD=23.1111;RBI=0.00986581;REFB=-0.0176732;REVB=-0.00880747;RO=41;SAF=14;SAR=35;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206382;STB=0.613986;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0151852;OID=.;OPOS=32906729;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:35:14:21:20:35:14:21:20 chr13 32912299 . T C 189.21 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0670598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.761;QD=13.0486;RBI=0.0689079;REFB=-0.0136864;REVB=0.0158521;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976283;STB=0.556005;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0259614;OID=.;OPOS=32912299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:20:15:12:11:20:15 chr13 32912345 . GAAAAAAAT AGAAAAAAT,GAAAAAAT,GAAAAAATA 57.73 PASS AF=0.0232558,0.27907,0.0465116;AO=2,12,2;DP=45;FAO=1,12,2;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=0,9,2;FSAR=1,3,0;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0218855,-0.0618652,-0.154247;FXX=0.0227221;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=138.087,11.961,20.9258;QD=5.37007;RBI=0.0231539,0.06467,0.173122;REFB=-0.00324526,-0.0454901,-0.0389702;REVB=-0.00755828,0.0188388,-0.0786067;RO=22;SAF=0,11,2;SAR=2,1,0;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.44653,0.654527,0.563482;STB=0.990508,0.66637,0.994385;STBP=0.266,0.205,0.169;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0193416,0.0415733,0.0545565;OID=.,.,.;OPOS=32912345,32912346,32912352;OREF=GA,A,AT;OALT=AG,-,TA;OMAPALT=AGAAAAAAT,GAAAAAAT,GAAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:45:43:22:28:2,12,2:1,12,2:0.0232558,0.27907,0.0465116:2,1,0:0,11,2:8:14:1,3,0:0,9,2:15:13 chr13 32913055 . A G 2980.11 PASS AF=1;AO=187;DP=191;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0600453;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8685;QD=63.4066;RBI=0.0677118;REFB=0;REVB=-0.0312962;RO=0;SAF=70;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116203;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:188:0:0:187:188:1:117:70:0:0:117:71:0:0 chr13 32915005 . G C 1062.07 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.018;QD=59.8351;RBI=0.0205854;REFB=0;REVB=-0.0203464;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.26545e-05;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr13 32929387 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.991;QD=50.4126;RBI=0.026312;REFB=0;REVB=0.00490953;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257883;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr13 32972884 . A G 123.94 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0437935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.669;QD=17.0948;RBI=0.0684035;REFB=-0.0193838;REVB=0.0525468;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124945;STB=0.551651;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0244103;OID=.;OPOS=32972884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:7:7:9:5:7:7:9:6 chr13 33232435 . A G 329.54 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0104925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.254;QD=13.3149;RBI=0.0112122;REFB=-0.0254177;REVB=-0.00395234;RO=60;SAF=14;SAR=23;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152367;STB=0.58773;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.029077;OID=.;OPOS=33232435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:62:37:37:0.373737:23:14:31:29:23:14:32:30 chr13 33315206 . G A 127.0 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0050166;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.96;QD=18.1434;RBI=0.116128;REFB=-0.00864301;REVB=0.11602;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12462;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00414584;OID=.;OPOS=33315206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:6:8:6:8:6:8 chr13 33590851 . T C 4104.67 PASS AF=1;AO=262;DP=263;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.094;QD=62.4284;RBI=0.0609782;REFB=0;REVB=-0.0594162;RO=0;SAF=146;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81472e-05;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:263:263:0:0:262:263:1:116:146:0:0:117:146:0:0 chr13 33629393 . C T 839.57 PASS AF=0.406926;AO=93;DP=220;FAO=94;FDP=231;FR=.;FRO=137;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=60;FSRR=77;FWDB=-0.000841166;FXX=0.00431016;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.814;QD=14.538;RBI=0.0168062;REFB=-0.0130616;REVB=-0.0167851;RO=127;SAF=40;SAR=53;SRF=53;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135174;STB=0.501076;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.019164;OID=.;OPOS=33629393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:231:127:137:93:94:0.406926:53:40:53:74:53:41:60:77 chr13 33635463 . T C 1532.94 PASS AF=0.510274;AO=145;DP=289;FAO=149;FDP=292;FR=.;FRO=143;FSAF=39;FSAR=110;FSRF=64;FSRR=79;FWDB=0.00580894;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.098;QD=20.9992;RBI=0.0185349;REFB=-0.0344269;REVB=0.0176011;RO=144;SAF=39;SAR=106;SRF=65;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189527;STB=0.605835;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0220259;OID=.;OPOS=33635463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:292:144:143:145:149:0.510274:106:39:65:79:110:39:64:79 chr13 33635835 . T C 1575.31 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212217;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.656;QD=60.0119;RBI=0.00238035;REFB=0;REVB=-0.00107818;RO=0;SAF=36;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76565e-05;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:69:36:0:0:69:36:0:0 chr13 33678505 . C T 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0143481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.448;QD=14.42;RBI=0.014508;REFB=-0.00999979;REVB=-0.00214804;RO=37;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216808;STB=0.623562;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0169274;OID=.;OPOS=33678505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:9:18:17:20:9:18:17:20 chr13 33703656 . T C 968.47 PASS AF=0.482412;AO=94;DP=198;FAO=96;FDP=199;FR=.;FRO=103;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=63;FSRR=40;FWDB=0.00131882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.789;QD=19.4668;RBI=0.007403;REFB=-0.00472195;REVB=0.00728458;RO=103;SAF=49;SAR=45;SRF=63;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862103;STB=0.541988;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00469737;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:103:103:94:96:0.482412:45:49:63:40:45:51:63:40 chr13 36639771 . A C 618.24 PASS AF=0.43949;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=0.0498509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2685;QD=15.7514;RBI=0.0498584;REFB=-0.0163051;REVB=-0.000862329;RO=82;SAF=22;SAR=47;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127803;STB=0.575796;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0362698;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:82:88:69:69:0.43949:47:22:36:46:47:22:39:49 chr13 36686138 . T C 1567.31 PASS AF=0.545788;AO=148;DP=273;FAO=149;FDP=273;FR=.;FRO=124;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=0.0275931;FXX=0.0108692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.13;QD=22.9643;RBI=0.0306504;REFB=-0.0234101;REVB=0.0133444;RO=112;SAF=78;SAR=70;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035655;STB=0.510681;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0178414;OID=.;OPOS=36686138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:112:124:148:149:0.545788:70:78:54:58:71:78:62:62 chr13 36744800 . G A 1553.01 PASS AF=0.473054;AO=158;DP=336;FAO=158;FDP=334;FR=.;FRO=176;FSAF=56;FSAR=102;FSRF=61;FSRR=115;FWDB=-0.021197;FXX=0.00890181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.266;QD=18.5989;RBI=0.022536;REFB=-0.0181165;REVB=0.00765222;RO=172;SAF=56;SAR=102;SRF=60;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00580236;STB=0.504525;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0173466;OID=.;OPOS=36744800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:334:172:176:158:158:0.473054:102:56:60:112:102:56:61:115 chr13 36744910 . C T 620.73 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0365023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.897;QD=21.2217;RBI=0.0444045;REFB=-0.0128594;REVB=-0.0252852;RO=55;SAF=23;SAR=39;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907365;STB=0.549912;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0117196;OID=.;OPOS=36744910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:62:62:0.529915:39:23:26:29:39:23:26:29 chr13 36801415 . C T 1127.16 PASS AF=0.387387;AO=129;DP=333;FAO=129;FDP=333;FR=.;FRO=204;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=98;FSRR=106;FWDB=0.00334779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.044;QD=13.5394;RBI=0.00362653;REFB=-0.00482555;REVB=-0.0013943;RO=203;SAF=62;SAR=67;SRF=98;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233119;STB=0.50014;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00843877;OID=.;OPOS=36801415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:203:204:129:129:0.387387:67:62:98:105:67:62:98:106 chr13 36828237 . T C 631.02 PASS AF=0.460993;AO=62;DP=139;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0879299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8311;QD=17.9012;RBI=0.18066;REFB=0.00263392;REVB=0.157818;RO=76;SAF=29;SAR=33;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837751;STB=0.557331;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000609258;OID=.;OPOS=36828237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:76:76:62:65:0.460993:33:29:42:34:36:29:42:34 chr13 36855375 . C T 2050.71 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0217795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.6287;QD=60.7618;RBI=0.0218296;REFB=-0.0516063;REVB=0.00147916;RO=1;SAF=72;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772858;STB=0.508063;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000568872;OID=.;OPOS=36855375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:1:2:133:133:0.985185:61:72:0:1:61:72:0:2 chr13 36855405 . A G 1452.31 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=98;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00933221;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.509;QD=60.5128;RBI=0.014598;REFB=-0.151294;REVB=0.0112254;RO=2;SAF=42;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220383;STB=0.511361;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-6.92911e-06;OID=.;OPOS=36855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:96:2:2:93:94:0.979167:51:42:2:0:51:43:2:0 chr13 36857639 . T C 1679.62 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0308;QD=59.4555;RBI=0.103858;REFB=-0.126058;REVB=0.0975882;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00156334;OID=.;OPOS=36857639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:113:0:1:111:112:0.99115:55:56:0:0:55:57:0:1 chr13 36877977 . T TC 601.7 PASS AF=1;AO=5;DP=43;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833242;FXX=0.113611;HRUN=0;LEN=1;MLLD=219.929;QD=61.7129;RBI=0.0873654;REFB=0;REVB=-0.0262638;RO=37;SAF=1;SAR=4;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000446511;OID=.;OPOS=36877978;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:43:39:39:0:20:19:0:0:3:37:1:4:19:18 chr13 36877978 . T C 440.98 PASS AF=0.777778;AO=33;DP=45;FAO=35;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0151828;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=209.486;QD=39.1981;RBI=0.0221967;REFB=0.000754088;REVB=0.0161918;RO=9;SAF=18;SAR=15;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401822;STB=0.553835;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-7.84889e-06;OID=.;OPOS=36877978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:45:45:9:10:33:35:0.777778:15:18:4:5:16:19:3:7 chr13 36886469 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.646;QD=59.5016;RBI=0.0473911;REFB=0;REVB=0.0435291;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119856;OID=.;OPOS=36886469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:36:33:0:0 chr13 36939688 . C T 1896.4 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7674;QD=61.6714;RBI=0.0309316;REFB=0;REVB=-0.0273007;RO=0;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139412;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:58:65:0:0:58:65:0:0 chr13 36939758 . A G 2496.53 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827146;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.216;QD=61.6428;RBI=0.0139942;REFB=0;REVB=0.0112881;RO=0;SAF=88;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47885e-05;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:162:0:0:162:162:1:74:88:0:0:74:88:0:0 chr13 37269675 . C A 567.56 PASS AF=0.421053;AO=63;DP=152;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.00511362;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5522;QD=14.9358;RBI=0.0057386;REFB=-0.0186893;REVB=0.00260431;RO=85;SAF=25;SAR=38;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092256;STB=0.504309;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0285591;OID=.;OPOS=37269675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:85:88:63:64:0.421053:38:25:33:52:39:25:35:53 chr13 37269835 . G A 3148.96 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394421;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.631;QD=61.4431;RBI=0.0396841;REFB=0.00145295;REVB=-0.00437563;RO=0;SAF=95;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50391e-05;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:206:205:0:0:205:205:1:110:95:0:0:110:95:0:0 chr13 37271428 . GCACACACACACACACACAT GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA 234.64 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=16,2;DP=20;FAO=18,1;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112864,0.083877;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=147.368,124.102;QD=49.3979;RBI=0.132956,0.106652;REFB=0,0;REVB=0.0702781,0.0658739;RO=0;SAF=5,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.36667e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00072659,0.00221621;OID=.,.;OPOS=37271429,37271445;OREF=CA,CAT;OALT=-,TAA;OMAPALT=GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.947368,0.0526316:16,2:20:18,1:19:0:6,0:12,1:0:0:6:0:5,0:11,2:0:0 chr13 37271707 . A T 1281.35 PASS AF=0.577889;AO=115;DP=199;FAO=115;FDP=199;FR=.;FRO=84;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.0152135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.811;QD=25.7558;RBI=0.0216521;REFB=-0.030617;REVB=0.0154066;RO=84;SAF=53;SAR=62;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253276;STB=0.513745;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0211753;OID=.;OPOS=37271707;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:84:84:115:115:0.577889:62:53:36:48:62:53:36:48 chr13 37372429 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3708;QD=56.9998;RBI=0.0111933;REFB=0;REVB=0.0013457;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138742;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr13 37580139 . G A 832.18 PASS AF=0.509091;AO=84;DP=166;FAO=84;FDP=165;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.010947;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.1;QD=20.1739;RBI=0.011109;REFB=-0.00061373;REVB=0.00189017;RO=81;SAF=31;SAR=53;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115512;STB=0.563561;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000639376;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:81:81:84:84:0.509091:53:31:40:41:53:31:40:41 chr13 37583831 . G A 196.35 PASS AF=0.243902;AO=30;DP=123;FAO=30;FDP=123;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=67;FWDB=0.0419404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.843;QD=6.38547;RBI=0.043268;REFB=-0.00313312;REVB=0.010636;RO=92;SAF=10;SAR=20;SRF=26;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735764;STB=0.54714;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00718468;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:92:93:30:30:0.243902:20:10:26:66:20:10:26:67 chr13 37625601 . T C 673.72 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0677758;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.081;QD=62.672;RBI=0.0714817;REFB=0;REVB=0.0227172;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00276e-05;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr13 37679268 . G T 2298.5 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951834;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3191;QD=63.8472;RBI=0.0413124;REFB=0;REVB=0.0402009;RO=0;SAF=71;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399185;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:73:71:0:0:73:71:0:0 chr13 37679535 . G C 3082.32 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.532;QD=63.5529;RBI=0.01141;REFB=0;REVB=-0.0113177;RO=0;SAF=103;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31153e-06;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:194:0:0:193:194:1:90:103:0:0:90:104:0:0 chr13 37679729 . C T 1494.58 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115696;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1943;QD=63.5992;RBI=0.120553;REFB=0;REVB=0.0338745;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501051;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:55:39:0:0:55:39:0:0 chr13 37679776 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.529;QD=57.7122;RBI=0.0316583;REFB=0;REVB=0.0125142;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31476e-05;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr13 38357264 . G A 796.57 PASS AF=0.509434;AO=81;DP=159;FAO=81;FDP=159;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0325427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1392;QD=20.0394;RBI=0.0454731;REFB=0.0210757;REVB=0.0317612;RO=78;SAF=36;SAR=45;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613089;STB=0.5337;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0174496;OID=.;OPOS=38357264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:78:78:81:81:0.509434:45:36:40:38:45:36:40:38 chr13 38429073 . G A 295.76 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0230525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.993;QD=13.0003;RBI=0.0368804;REFB=-0.017299;REVB=0.028788;RO=56;SAF=23;SAR=11;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325685;STB=0.690624;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0292738;OID=.;OPOS=38429073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:57:34:34:0.373626:11:23:21:35:11:23:21:36 chr13 38924083 . A T 5271.08 PASS AF=1;AO=329;DP=331;FAO=335;FDP=335;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476256;FXX=0.00593454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.958;QD=62.9382;RBI=0.0261785;REFB=0;REVB=0.0257417;RO=0;SAF=163;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1426e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114913;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:331:335:0:0:329:335:1:166:163:0:0:171:164:0:0 chr13 38924263 . T C 4884.18 PASS AF=0.975535;AO=316;DP=326;FAO=319;FDP=327;FR=.;FRO=8;FSAF=168;FSAR=151;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0440595;FXX=0.0120842;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7325;QD=59.7453;RBI=0.0573277;REFB=0.0176402;REVB=-0.0366774;RO=8;SAF=168;SAR=148;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00441296;STB=0.502414;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-1.10269e-05;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:326:327:8:8:316:319:0.975535:148:168:5:3:151:168:5:3 chr13 39262057 . G A 3895.37 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135796;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.737;QD=61.8313;RBI=0.0266867;REFB=0;REVB=0.0229733;RO=0;SAF=110;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45576e-05;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:251:252:0:0:250:252:1:140:110:0:0:141:111:0:0 chr13 39263713 . GT G,GC 1509.25 PASS AF=0.0808081,0.919192;AO=28,69;DP=99;FAO=8,91;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=7,45;FSAR=1,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100654,0.0198908;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.8145,65.6882;QD=60.9796;RBI=0.0100742,0.0256113;REFB=0,0;REVB=0.000420375,0.0161337;RO=0;SAF=22,29;SAR=6,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0823431,0.0225259;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0808081,0.919192:28,69:99:8,91:99:0:7,45:1,46:0:0:14:0:22,29:6,40:0:0 chr13 39266484 . G A 1822.43 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.148;QD=61.2582;RBI=0.0277643;REFB=0;REVB=0.017314;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.18118e-06;OID=.;OPOS=39266484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:60:59:0:0:60:59:0:0 chr13 39430313 . A AT 1633.39 PASS AF=0.987952;AO=29;DP=187;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0571394;FXX=0.117015;HRUN=0;LEN=1;MLLD=175.101;QD=39.3587;RBI=0.0601508;REFB=-0.065703;REVB=0.0187939;RO=157;SAF=3;SAR=26;SRF=99;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638584;STB=0.50495;STBP=0.305;TYPE=ins;VARB=0.00149492;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987952:29:187:164:166:2:100:64:2:0:21:157:3:26:99:58 chr13 39430314 . C G,T 2626.2 PASS AF=0.143617,0.819149;AO=26,151;DP=186;FAO=27,154;FDP=188;FR=.;FRO=7;FSAF=0,96;FSAR=27,58;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0347221,-0.00194772;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=55.7758,224.236;QD=55.8766;RBI=0.0350844,0.0124431;REFB=-0.0140421,-0.0280896;REVB=-0.00502916,0.0122897;RO=6;SAF=0,96;SAR=26,55;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.873234,-0.0155597;STB=0.999388,0.510879;STBP=0,0.202;TYPE=snp,snp;VARB=0.0295345,0.00119983;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:186:188:6:7:26,151:27,154:0.143617,0.819149:26,55:0,96:5:1:27,58:0,96:6:1 chr13 39433606 . A G 765.62 PASS AF=0.521127;AO=72;DP=141;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0355617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.745;QD=21.5667;RBI=0.0380492;REFB=-0.0189346;REVB=0.0135318;RO=68;SAF=36;SAR=36;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506472;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0175216;OID=.;OPOS=39433606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:68:68:72:74:0.521127:36:36:34:34:38:36:34:34 chr13 39455266 . G A 1492.73 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.933;QD=63.5205;RBI=0.00930563;REFB=0;REVB=-0.0083155;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69437e-06;OID=.;OPOS=39455266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:51:41:0:0:53:41:0:0 chr13 39608335 . TAAAAAAAAAAAAC TAAAAAAAAAAACA,TAAAAAAAAAAC 186.05 PASS AF=0.714286,0.214286;AO=3,4;DP=31;FAO=20,6;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=5,3;FSAR=15,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00428293,-0.0048523;FXX=0.096743;HRUN=12,12;LEN=2,2;MLLD=13.4332,7.17964;QD=26.5788;RBI=0.172138,0.241526;REFB=-0.224093,-0.180034;REVB=-0.172085,-0.241477;RO=5;SAF=3,1;SAR=0,3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.743083,0.0609289;STB=0.529381,0.5;STBP=0.541,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0843333,0.0996683;OID=.,.;OPOS=39608347,39608336;OREF=AC,AA;OALT=CA,-;OMAPALT=TAAAAAAAAAAACA,TAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.714286,0.214286:3,4:31:20,6:28:2:5,3:15,3:1:1:19:5:3,1:0,3:1:4 chr13 39917634 . C T 1552.29 PASS AF=0.501608;AO=156;DP=311;FAO=156;FDP=311;FR=.;FRO=155;FSAF=75;FSAR=81;FSRF=60;FSRR=95;FWDB=-0.0356487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1343;QD=19.9651;RBI=0.0391981;REFB=-0.0138259;REVB=-0.0162992;RO=155;SAF=75;SAR=81;SRF=60;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857287;STB=0.546918;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0100573;OID=.;OPOS=39917634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:155:155:156:156:0.501608:81:75:60:95:81:75:60:95 chr13 40298623 . T C 75.38 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=11;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0108285;FXX=0.062461;HRUN=18;LEN=1;MLLD=77.1741;QD=20.1008;RBI=0.164605;REFB=-0.0934555;REVB=0.164248;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0409024;OID=.;OPOS=40298623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:15:5:5:5:10:0.666667:1:4:4:1:2:8:4:1 chr13 41133066 . T G 45.7 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0031057;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=166.939;QD=8.70503;RBI=0.00429039;REFB=-0.0195739;REVB=0.00296008;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319625;STB=0.70519;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0109983;OID=.;OPOS=41133066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:9:5:1:6:9:5 chr13 41134122 . C T 245.27 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0119532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.908;QD=13.258;RBI=0.0194042;REFB=-0.00349721;REVB=-0.0152855;RO=45;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647816;STB=0.53694;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00703881;OID=.;OPOS=41134122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:17:12:16:29:17:12:16:29 chr13 41379272 . C T 1615.24 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00760632;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.617;QD=58.207;RBI=0.0152465;REFB=-0.0249647;REVB=0.0132136;RO=2;SAF=54;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500083;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000701355;OID=.;OPOS=41379272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:108:109:0.981982:54:54:1:1:55:54:1:1 chr13 41383962 . C G 866.82 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00210243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.419;QD=53.3429;RBI=0.00701114;REFB=-0.0261218;REVB=0.00668848;RO=3;SAF=22;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293552;STB=0.51557;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000691619;OID=.;OPOS=41383962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:40:22:2:1:40:22:2:1 chr13 41515182 . T C 1573.48 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.053488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.533;QD=58.8216;RBI=0.0654372;REFB=-0.0612242;REVB=0.037697;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000403321;OID=.;OPOS=41515182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:54:52:0:0:54:52:0:1 chr13 41515368 . T C 4542.32 PASS AF=1;AO=282;DP=291;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192587;FXX=0.0137452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.945;QD=63.3076;RBI=0.0888096;REFB=-0.0505617;REVB=0.0866963;RO=0;SAF=127;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153099;OID=.;OPOS=41515368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:291:287:0:0:282:287:1:155:127:0:0:160:127:0:0 chr13 41657136 . A T 1212.88 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737481;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.799;QD=61.4114;RBI=0.0798602;REFB=0;REVB=0.030641;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79551e-05;OID=.;OPOS=41657136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:73:79:1:46:27:0:0:48:31:0:0 chr13 41696073 . G A 231.03 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0214204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.011;QD=16.5019;RBI=0.021447;REFB=-0.00279523;REVB=0.00106675;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134233;STB=0.56826;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00166629;OID=.;OPOS=41696073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:17:9:14:15:17:9:14:16 chr13 41705495 . A G 562.08 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0102592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.587;QD=29.1991;RBI=0.0174243;REFB=-0.0343038;REVB=0.0140838;RO=27;SAF=16;SAR=34;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367896;STB=0.519992;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0195082;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:27:50:50:0.649351:34:16:10:17:34:16:10:17 chr13 41706628 . G A 1295.77 PASS AF=0.463668;AO=134;DP=289;FAO=134;FDP=289;FR=.;FRO=155;FSAF=85;FSAR=49;FSRF=70;FSRR=85;FWDB=-0.0130739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.5972;QD=17.9345;RBI=0.013086;REFB=-0.0160709;REVB=-0.000563257;RO=155;SAF=85;SAR=49;SRF=70;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18079;STB=0.599932;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0226811;OID=.;OPOS=41706628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:155:155:134:134:0.463668:49:85:70:85:49:85:70:85 chr13 41706800 . A G 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.863;QD=61.2611;RBI=0.0104384;REFB=0;REVB=0.00144432;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05708e-06;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:54:65:0:0:54:65:0:0 chr13 41834744 . C T 460.33 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0625616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3077;QD=14.4984;RBI=0.0695106;REFB=-0.0136982;REVB=0.0302948;RO=73;SAF=23;SAR=29;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624076;STB=0.533547;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0186693;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:75:52:52:0.409449:29:23:28:45:29:23:29:46 chr13 41902939 . T C 1597.43 PASS AF=0.956522;AO=92;DP=116;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=77;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00441996;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2011;QD=55.5629;RBI=0.013045;REFB=-0.0517965;REVB=0.0122734;RO=0;SAF=21;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50273e-08;STB=0.535205;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00968926;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:116:115:0:5:92:110:0.956522:71:21:0:0:77:33:5:0 chr13 42032572 . T C 3594.65 PASS AF=1;AO=228;DP=229;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0935548;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.03;QD=63.0641;RBI=0.0938514;REFB=0;REVB=-0.00745584;RO=0;SAF=96;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44662e-05;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:229:228:0:0:228:228:1:132:96:0:0:132:96:0:0 chr13 42185868 . C G 613.08 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=46;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00639523;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.438;QD=23.1349;RBI=0.00730905;REFB=-0.00569391;REVB=0.00353881;RO=46;SAF=14;SAR=46;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157995;STB=0.586891;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00381557;OID=.;OPOS=42185868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:46:46:60:60:0.566038:46:14:18:28:46:14:18:28 chr13 42381889 . T C 1306.11 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.088;QD=60.7491;RBI=0.0263134;REFB=-0.0786532;REVB=-0.00870371;RO=1;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101877;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=1.12183e-05;OID=.;OPOS=42381889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:46:39:0:1:46:39:0:1 chr13 42703682 . T C 337.82 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00288285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0451;QD=17.5492;RBI=0.00702917;REFB=-0.00112903;REVB=0.0064108;RO=40;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176104;STB=0.604862;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0029831;OID=.;OPOS=42703682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:14:22:17:23:14:22:17:24 chr13 42764564 . C G 197.93 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00926985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.171;QD=18.85;RBI=0.0244586;REFB=-0.00720839;REVB=-0.0226339;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238541;STB=0.502401;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0075684;OID=.;OPOS=42764564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:11:9:10:11:11:9:10:12 chr13 42793479 . G A 401.47 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0278367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4557;QD=18.8929;RBI=0.0730436;REFB=-0.028773;REVB=0.0675314;RO=45;SAF=16;SAR=24;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148435;STB=0.592783;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0302647;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:44:40:41:0.482353:24:16:25:20:25:16:25:19 chr13 42803341 . T C 4367.3 PASS AF=1;AO=279;DP=279;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817587;FXX=0.0035841;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9088;QD=62.8388;RBI=0.00968814;REFB=0.00890412;REVB=-0.00519762;RO=0;SAF=130;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16001e-06;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:279:278:0:0:279:278:1:149:130:0:0:148:130:0:0 chr13 43148559 . GCCCCCT GCCCCCC,GCCCCTC 45.04 PASS AF=0.206897,0;AO=3,2;DP=30;FAO=6,0;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3,0;FSAR=3,0;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0238254,-0.0371275;FXX=0.0333222;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=128.238,85.226;QD=6.21181;RBI=0.0400749,0.06135;REFB=-0.0135035,-0.0190983;REVB=-0.0322234,-0.0488403;RO=17;SAF=1,2;SAR=2,0;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.153843,0.540081;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0402658,0.155722;OID=.,.;OPOS=43148565,43148564;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=GCCCCCC,GCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897,0:3,2:30:6,0:29:20:3,0:3,0:10:10:36:17:1,2:2,0:8:9 chr13 43462422 . A T 158.57 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00596208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.153;QD=11.3266;RBI=0.00650389;REFB=-0.0257855;REVB=0.00259888;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507968;STB=0.545755;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0415061;OID=.;OPOS=43462422;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:36:20:20:0.357143:7:13:20:13:7:13:21:15 chr13 43463388 . TAAAAA AAAAAT,AATAAA,TAAAA 32.49 PASS AF=0,0,0.257143;AO=3,4,12;DP=77;FAO=0,0,18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=0,0,2;FSAR=0,0,16;FSRF=8;FSRR=44;FWDB=0.00541347,0.0137045,0.0157834;FXX=0.102551;HRUN=1,1,7;LEN=6,3,1;MLLD=74.0661,29.9293,7.16984;QD=1.85669;RBI=0.00723651,0.0171444,0.078008;REFB=-0.00666584,-0.0169292,-0.0737544;REVB=-0.00480222,-0.0103013,0.0763946;RO=36;SAF=3,0,1;SAR=0,4,11;SRF=4;SRR=32;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.765336,-0.459988,-0.0962466;STB=0.5,0.5,0.571341;STBP=1,1,0.654;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0.1853,-0.0299156;OID=.,.,.;OPOS=43463388,43463388,43463389;OREF=TAAAAA,TAA,A;OALT=AAAAAT,AAT,-;OMAPALT=AAAAAT,AATAAA,TAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:34:77:70:36:52:3,4,12:0,0,18:0,0,0.257143:0,4,11:3,0,1:4:32:0,0,16:0,0,2:8:44 chr13 43469157 . G A 525.16 PASS AF=0.39726;AO=58;DP=146;FAO=58;FDP=146;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=60;FWDB=-0.0250627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.168;QD=14.3878;RBI=0.0323463;REFB=-0.0098696;REVB=0.0204486;RO=88;SAF=32;SAR=26;SRF=28;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246343;STB=0.638174;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0112871;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:88:88:58:58:0.39726:26:32:28:60:26:32:28:60 chr13 43469211 . G A 467.06 PASS AF=0.351515;AO=58;DP=164;FAO=58;FDP=165;FR=.;FRO=107;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=75;FWDB=-0.000886728;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.634;QD=11.3226;RBI=0.0125719;REFB=-0.0065275;REVB=-0.0125406;RO=106;SAF=33;SAR=25;SRF=32;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296329;STB=0.669996;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00960883;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:106:107:58:58:0.351515:25:33:32:74:25:33:32:75 chr13 43597865 . A G 737.12 PASS AF=0.49359;AO=73;DP=152;FAO=77;FDP=156;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.00622612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.077;QD=18.9004;RBI=0.0110751;REFB=-0.0359612;REVB=0.00915938;RO=79;SAF=39;SAR=34;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335049;STB=0.505746;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0356019;OID=.;OPOS=43597865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:156:79:79:73:77:0.49359:34:39:45:34:34:43:45:34 chr13 43788158 . G A 2162.33 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165576;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.539;QD=63.1337;RBI=0.0187644;REFB=0;REVB=0.008829;RO=0;SAF=75;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41112e-05;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:136:137:1:61:75:0:0:62:75:0:0 chr13 45492146 . G A 545.48 PASS AF=0.588235;AO=49;DP=84;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0152885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2964;QD=25.6698;RBI=0.0255229;REFB=-0.0406323;REVB=-0.0204372;RO=34;SAF=23;SAR=26;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229845;STB=0.502355;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.015735;OID=.;OPOS=45492146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:34:35:49:50:0.588235:26:23:17:17:26:24:17:18 chr13 45515395 . G A 416.02 PASS AF=0.518519;AO=36;DP=83;FAO=42;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.000924359;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.26;QD=20.544;RBI=0.00523023;REFB=-0.0219367;REVB=-0.0051479;RO=26;SAF=16;SAR=20;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165237;STB=0.537296;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0138912;OID=.;OPOS=45515395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:26:37:36:42:0.518519:20:16:11:15:24:18:13:24 chr13 45563464 . G C 2469.04 PASS AF=0.45679;AO=257;DP=565;FAO=259;FDP=567;FR=.;FRO=308;FSAF=83;FSAR=176;FSRF=152;FSRR=156;FWDB=0.0161739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.018;QD=17.4183;RBI=0.0169291;REFB=-0.0182513;REVB=0.00499963;RO=304;SAF=83;SAR=174;SRF=150;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17772;STB=0.600143;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0175438;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:565:567:304:308:257:259:0.45679:174:83:150:154:176:83:152:156 chr13 46067593 . G A 1286.13 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0378184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.28;QD=60.5237;RBI=0.0584126;REFB=-0.0681528;REVB=0.0445174;RO=1;SAF=30;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155226;STB=0.508195;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000784321;OID=.;OPOS=46067593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:1:1:82:84:0.988235:52:30:1:0:54:30:1:0 chr13 46077381 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.981;QD=60.6102;RBI=0.0119122;REFB=0;REVB=-0.0116948;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03522e-05;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr13 46103935 . A G 1590.79 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.884;QD=58.9182;RBI=0.109506;REFB=-0.131197;REVB=0.108694;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.504672;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000669095;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:53:54:0:0:53:54:0:1 chr13 46108853 . TG CA 2408.5 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863986;FXX=0.0125778;HRUN=2;LEN=2;MLLD=251.788;QD=61.363;RBI=0.0088472;REFB=0;REVB=0.00190414;RO=0;SAF=72;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.06978e-06;OID=.;OPOS=46108853;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:157:0:0:157:157:1:85:72:0:0:85:72:0:0 chr13 46115731 . C A 2602.06 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4329;QD=61.9537;RBI=0.0792446;REFB=0;REVB=0.0559502;RO=0;SAF=78;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45183e-07;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:90:78:0:0:90:78:0:0 chr13 46137837 . T C 4476.87 PASS AF=1;AO=283;DP=286;FAO=283;FDP=283;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722889;FXX=0.0104891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.357;QD=63.2773;RBI=0.057101;REFB=-0.0795311;REVB=0.0566416;RO=1;SAF=138;SAR=145;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215219;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:286:283:1:0:283:283:1:145:138:1:0:145:138:0:0 chr13 46288145 . A G 324.61 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=48;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0948446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8157;QD=26.499;RBI=0.103354;REFB=-0.00162502;REVB=-0.0410684;RO=20;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919726;STB=0.556149;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=9.14592e-05;OID=.;OPOS=46288145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:20:28:29:0.591837:16:12:11:9:17:12:11:9 chr13 46357380 . CA AC,C 72.06 PASS AF=0,0.511628;AO=3,21;DP=44;FAO=0,22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=0,8;FSAR=0,14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.228583,-0.255651;FXX=0.0444346;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=16.4537,6.57482;QD=6.70336;RBI=0.294003,0.278462;REFB=-0.0567667,-0.141566;REVB=-0.184899,-0.110381;RO=15;SAF=1,8;SAR=2,13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0780786,-0.0150202;STB=0.5,0.557469;STBP=1,0.451;TYPE=mnp,del;VARB=0.0666967,0.0950502;OID=.,.;OPOS=46357380,46357381;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:44:43:15:21:3,21:0,22:0,0.511628:2,13:1,8:6:9:0,14:0,8:10:11 chr13 46541673 . T A 1541.89 PASS AF=0.955357;AO=106;DP=111;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0172322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.748;QD=55.0674;RBI=0.025318;REFB=-0.0859096;REVB=0.0185487;RO=3;SAF=59;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235181;STB=0.501779;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.000912516;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:111:112:3:5:106:107:0.955357:47:59:3:0:47:60:3:2 chr13 46562935 . A G 1586.89 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229515;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.707;QD=59.3232;RBI=0.0285108;REFB=-0.0477657;REVB=0.0169144;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198704;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:108:107:0:0:106:107:1:56:50:0:0:57:50:0:0 chr13 46629944 . A G 1032.28 PASS AF=0.891566;AO=74;DP=83;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0126325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.496;QD=49.7484;RBI=0.0130696;REFB=-0.0206904;REVB=0.0033516;RO=8;SAF=36;SAR=38;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00248612;STB=0.504562;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00195961;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:8:9:74:74:0.891566:38:36:4:4:38:36:4:5 chr13 46638826 . G A 1245.76 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.027;QD=61.5192;RBI=0.0124944;REFB=0;REVB=0.00179278;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25997e-05;OID=.;OPOS=46638826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr13 46641481 . T C 2437.05 PASS AF=0.993827;AO=159;DP=160;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00733664;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.463;QD=60.1742;RBI=0.0134031;REFB=-0.0245091;REVB=0.0112168;RO=0;SAF=95;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47089e-08;STB=0.502564;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=2.51224e-05;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:162:0:1:159:161:0.993827:64:95:0:0:64:97:1:0 chr13 46656669 . A G 3996.42 PASS AF=1;AO=257;DP=259;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251689;FXX=0.0153251;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.757;QD=62.2011;RBI=0.026246;REFB=-0.0917718;REVB=0.00744175;RO=1;SAF=102;SAR=155;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465073;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175184;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:259:257:1:0:257:257:1:155:102:1:0:155:102:0:0 chr13 46700642 . G T 407.91 PASS AF=0.381679;AO=45;DP=127;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.00262349;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.98;QD=12.4552;RBI=0.0173965;REFB=-0.00413059;REVB=0.0171975;RO=78;SAF=14;SAR=31;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10622;STB=0.558035;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00826941;OID=.;OPOS=46700642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:131:78:81:45:50:0.381679:31:14:31:47:35:15:31:50 chr13 46708291 . T C 535.27 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.00201771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.241;QD=15.7431;RBI=0.00693825;REFB=-0.0105838;REVB=0.00663839;RO=77;SAF=22;SAR=36;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250024;STB=0.510976;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.013532;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:78:58:58:0.426471:36:22:31:46:36:22:31:47 chr13 46801970 . A G 905.81 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837284;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.82;QD=58.4395;RBI=0.0838902;REFB=0;REVB=0.00520714;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117708;OID=.;OPOS=46801970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr13 46802177 . A G 1662.42 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312698;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.496;QD=60.4515;RBI=0.0405812;REFB=0;REVB=0.0258656;RO=0;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102594;OID=.;OPOS=46802177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:64:46:0:0:64:46:0:0 chr13 46946157 . C T 1893.6 PASS AF=0.969231;AO=125;DP=130;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00145518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.004;QD=58.2646;RBI=0.0210584;REFB=-0.0209506;REVB=0.0210081;RO=3;SAF=50;SAR=75;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123311;STB=0.503037;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.000544071;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:130:130:3:4:125:126:0.969231:75:50:2:1:75:51:2:2 chr13 46948548 . G A 1306.3 PASS AF=0.956044;AO=86;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.034016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.82;QD=57.4199;RBI=0.0340644;REFB=-0.105232;REVB=0.00181524;RO=3;SAF=35;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388872;STB=0.52631;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000572462;OID=.;OPOS=46948548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:91:91:3:4:86:87:0.956044:51:35:3:0:51:36:4:0 chr13 46948660 . A G 102.15 PASS AF=0.2;AO=17;DP=86;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.0670041;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6406;QD=4.8072;RBI=0.0702053;REFB=-0.0042427;REVB=0.0209581;RO=68;SAF=4;SAR=13;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196266;STB=0.627126;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0145372;OID=.;OPOS=46948660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:68:68:17:17:0.2:13:4:25:43:13:4:25:43 chr13 47127813 . C T 602.01 PASS AF=0.398844;AO=69;DP=173;FAO=69;FDP=173;FR=.;FRO=104;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=64;FWDB=0.0236641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7378;QD=13.9192;RBI=0.0363138;REFB=-0.0141905;REVB=0.0275445;RO=103;SAF=28;SAR=41;SRF=39;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301872;STB=0.513264;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0244864;OID=.;OPOS=47127813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:103:104:69:69:0.398844:41:28:39:64:41:28:40:64 chr13 47260054 . T C 2173.13 PASS AF=0.979021;AO=140;DP=143;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00392881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1735;QD=60.7869;RBI=0.0130619;REFB=-0.0763205;REVB=0.012457;RO=2;SAF=75;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012509;STB=0.502762;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00414028;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:143:143:2:3:140:140:0.979021:65:75:2:0:65:75:2:1 chr13 47273458 . G C,T 2010.2 PASS AF=0.940741,0.0518519;AO=124,7;DP=131;FAO=127,7;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=52,2;FSAR=75,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0173301,-0.00334277;FXX=0.0145975;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.465,230.086;QD=59.5615;RBI=0.0184578,0.00650872;REFB=-0.112063,-0.0140875;REVB=0.00635256,-0.00558474;RO=0;SAF=52,2;SAR=72,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.61425e-08,-3.27427e-08;STB=0.504761,0.599698;STBP=0.294,0.285;TYPE=snp,snp;VARB=0.00336338,-0.0141006;OID=.,.;OPOS=47273458,47273458;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:131:135:0:1:124,7:127,7:0.940741,0.0518519:72,5:52,2:0:0:75,5:52,2:1:0 chr13 47279454 . A G 2714.82 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.763;QD=62.4096;RBI=0.00755802;REFB=0;REVB=-0.00581961;RO=0;SAF=91;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67254e-06;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:174:0:0:173:174:1:82:91:0:0:83:91:0:0 chr13 47308109 . A G 4502.9 PASS AF=0.983389;AO=293;DP=301;FAO=296;FDP=301;FR=.;FRO=5;FSAF=125;FSAR=171;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0240323;FXX=0.00331115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.08;QD=59.8392;RBI=0.0240809;REFB=-0.0893208;REVB=0.00152907;RO=4;SAF=124;SAR=169;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111519;STB=0.50038;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.000378755;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:301:301:4:5:293:296:0.983389:169:124:0:4:171:125:2:3 chr13 47315984 . T C 467.44 PASS AF=0.459459;AO=50;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0113568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.997;QD=16.8446;RBI=0.0117814;REFB=-0.0214891;REVB=0.00313445;RO=60;SAF=17;SAR=33;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179507;STB=0.591621;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0167844;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:50:51:0.459459:33:17:31:29:33:18:31:29 chr13 47354101 . C T 415.36 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0169381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5581;QD=15.2424;RBI=0.0580808;REFB=0.00298501;REVB=0.0555561;RO=62;SAF=13;SAR=34;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230505;STB=0.630114;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00298421;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:34:13:30:32:34:13:30:32 chr13 47469940 . G A 818.69 PASS AF=0.538462;AO=77;DP=143;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00664158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.925;QD=22.9005;RBI=0.00674795;REFB=-0.00609121;REVB=0.00119342;RO=66;SAF=31;SAR=46;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837515;STB=0.545881;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00525864;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:66:66:77:77:0.538462:46:31:33:33:46:31:33:33 chr13 47470824 . C T 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5092;QD=62.3363;RBI=0.0962668;REFB=0;REVB=0.095501;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121429;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr13 48033224 . G A 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.27;QD=61.8519;RBI=0.0246761;REFB=0;REVB=-0.012431;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08731e-05;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr13 48619855 . C T 2749.02 PASS AF=0.994382;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0644142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8389;QD=61.7758;RBI=0.0673696;REFB=-0.0873272;REVB=-0.0197349;RO=1;SAF=86;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550332;STB=0.50289;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000115918;OID=.;OPOS=48619855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:178:1:1:177:177:0.994382:91:86:1:0:91:86:1:0 chr13 48916895 . C T 226.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0245057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.331;QD=11.1764;RBI=0.0265331;REFB=-0.00228205;REVB=-0.0101722;RO=53;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143762;STB=0.582903;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00422705;OID=.;OPOS=48916895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:15:13:18:35:15:13:18:35 chr13 48954241 . A T 39.54 PASS AF=0.103226;AO=20;DP=145;FAO=16;FDP=155;FR=.;FRO=139;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=74;FSRR=65;FWDB=-0.0951421;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.8982;QD=1.02037;RBI=0.104062;REFB=-0.00871547;REVB=-0.0421525;RO=121;SAF=6;SAR=14;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270708;STB=0.752097;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0931564;OID=.;OPOS=48954241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:145:155:121:139:20:16:0.103226:14:6:62:59:12:4:74:65 chr13 49051481 . T A 372.31 PASS AF=0.482353;AO=32;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0184227;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=34.0345;QD=17.5205;RBI=0.0273914;REFB=-0.0333939;REVB=0.0202705;RO=25;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872393;STB=0.504617;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0690025;OID=.;OPOS=49051481;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:25:44:32:41:0.482353:15:17:16:9:19:22:24:20 chr13 49107241 . T C 2771.31 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.6;QD=62.6286;RBI=0.0434487;REFB=0;REVB=-0.0147428;RO=0;SAF=39;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.85331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06936e-05;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:138:39:0:0:138:39:0:0 chr13 49283031 . C T 510.51 PASS AF=0.515789;AO=47;DP=93;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.00990935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.629;QD=21.495;RBI=0.0177803;REFB=-0.0277851;REVB=0.0147629;RO=46;SAF=25;SAR=22;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128911;STB=0.57022;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0204489;OID=.;OPOS=49283031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:46:46:47:49:0.515789:22:25:31:15:23:26:31:15 chr13 49783215 . A T 511.9 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0147873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9283;QD=17.2068;RBI=0.0547595;REFB=0.0118741;REVB=-0.0527251;RO=64;SAF=24;SAR=31;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151382;STB=0.584164;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0153982;OID=.;OPOS=49783215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:31:24:38:26:31:24:38:26 chr13 49840024 . A G 1396.0 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1285;QD=62.7418;RBI=0.0647377;REFB=0;REVB=-0.0638179;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356763;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:37:52:0:0:37:52:0:0 chr13 50008301 . A G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.068387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.072;QD=62.3139;RBI=0.0690067;REFB=0;REVB=0.00922695;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016615;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:35:51:0:0:35:51:0:0 chr13 50050620 . A G 970.13 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.101072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3324;QD=56.2391;RBI=0.128904;REFB=-0.0660444;REVB=0.080005;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145365;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00348226;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:1:1:66:68:0.985507:32:34:0:1:34:34:0:1 chr13 50057097 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9991;QD=63.5827;RBI=0.0353312;REFB=0;REVB=-0.0351099;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393035;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:35:12:0:0:35:12:0:0 chr13 50057633 . A G 1192.28 PASS AF=0.404192;AO=131;DP=333;FAO=135;FDP=334;FR=.;FRO=199;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=127;FSRR=72;FWDB=-0.0096046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.991;QD=14.2789;RBI=0.0197386;REFB=-0.0209426;REVB=0.0172442;RO=194;SAF=61;SAR=70;SRF=127;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200219;STB=0.605462;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0292459;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:334:194:199:131:135:0.404192:70:61:127:67:73:62:127:72 chr13 50080847 . A G 798.6 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.372;QD=54.1424;RBI=0.104464;REFB=-0.155107;REVB=-0.0141522;RO=1;SAF=21;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381588;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:1:0:56:59:1:35:21:1:0:35:24:0:0 chr13 50106550 . GA G 246.28 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.2701;QD=44.7774;RBI=0.0732283;REFB=0;REVB=-0.0235872;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00224588;OID=.;OPOS=50106551;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:22:22:22:0:8:14:0:0:5:0:8:14:0:0 chr13 50106584 . G A 304.33 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.554;QD=52.9275;RBI=0.011143;REFB=0;REVB=0.0106827;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523111;OID=.;OPOS=50106584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:20:23:1:11:9:0:0:14:9:0:0 chr13 50123622 . G C 2619.34 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0057759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3326;QD=61.2711;RBI=0.0631712;REFB=-0.00202711;REVB=0.0629066;RO=1;SAF=90;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591228;STB=0.503105;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00019792;OID=.;OPOS=50123622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:1:170:170:0.994152:80:90:0:1:80:90:0:1 chr13 50126382 . G A 689.47 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1061;QD=62.6791;RBI=0.10192;REFB=0;REVB=0.0906794;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624751;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:21:21:0:0:23:21:0:0 chr13 50141345 . G A 1826.1 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190472;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.135;QD=61.3814;RBI=0.0197683;REFB=0;REVB=-0.0052908;RO=0;SAF=50;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46036e-05;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:69:50:0:0:69:50:0:0 chr13 50205540 . C CAAT 157.49 PASS AF=0.414634;AO=15;DP=44;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0122912;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=3;MLLD=241.782;QD=15.3649;RBI=0.0133441;REFB=-0.0254828;REVB=0.00519531;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252682;STB=0.645902;STBP=0.152;TYPE=ins;VARB=0.0327697;OID=.;OPOS=50205541;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=CAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:15:44:17:41:24:7:10:16:8:99:24:7:8:17:7 chr13 50206001 . A T 1174.63 PASS AF=0.469466;AO=123;DP=263;FAO=123;FDP=262;FR=.;FRO=139;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=63;FSRR=76;FWDB=0.0426624;FXX=0.00380214;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0894;QD=17.9333;RBI=0.0487654;REFB=-0.0290449;REVB=0.0236216;RO=136;SAF=53;SAR=70;SRF=59;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284357;STB=0.512042;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0364;OID=.;OPOS=50206001;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:262:136:139:123:123:0.469466:70:53:59:77:70:53:63:76 chr13 50207885 . G A 1415.62 PASS AF=0.588496;AO=129;DP=208;FAO=133;FDP=226;FR=.;FRO=93;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0104333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.8533;QD=25.0553;RBI=0.0408699;REFB=-0.0272755;REVB=-0.0395157;RO=78;SAF=63;SAR=66;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260207;STB=0.513562;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0202879;OID=.;OPOS=50207885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:226:78:93:129:133:0.588496:66:63:41:37:70:63:41:52 chr13 50273831 . T C 268.98 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0765187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3372;QD=18.8759;RBI=0.0782073;REFB=-0.0264251;REVB=0.0161641;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133537;STB=0.508469;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.035544;OID=.;OPOS=50273831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:28:28:29:0.508772:15:13:12:13:15:14:14:14 chr13 50273970 . C T 253.48 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0293966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7883;QD=12.8343;RBI=0.0354716;REFB=-0.00185152;REVB=-0.0198514;RO=45;SAF=11;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10925;STB=0.540417;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00132392;OID=.;OPOS=50273970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:49:30:30:0.379747:19:11:21:24:19:11:21:28 chr13 50283819 . T C 1194.88 PASS AF=0.504274;AO=117;DP=233;FAO=118;FDP=234;FR=.;FRO=116;FSAF=40;FSAR=78;FSRF=34;FSRR=82;FWDB=-0.011615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.337;QD=20.4254;RBI=0.01213;REFB=-0.0282964;REVB=0.00349685;RO=116;SAF=40;SAR=77;SRF=34;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501118;STB=0.525793;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0342309;OID=.;OPOS=50283819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:116:116:117:118:0.504274:77:40:34:82:78:40:34:82 chr13 50296115 . C T 1290.65 PASS AF=1;AO=72;DP=92;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682147;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1611;QD=62.1999;RBI=0.00744233;REFB=0;REVB=-0.00297589;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22978e-05;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:83:0:0:72:83:1:34:38:0:0:42:41:0:0 chr13 50296116 . G T 108.55 PASS AF=0.189474;AO=17;DP=95;FAO=18;FDP=95;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0188205;FXX=0.0104156;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.3408;QD=4.57062;RBI=0.0443868;REFB=-0.0146723;REVB=0.0401993;RO=78;SAF=4;SAR=13;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361383;STB=0.700371;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00825751;OID=.;OPOS=50296116;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:78:77:17:18:0.189474:13:4:40:38:13:5:40:37 chr13 50587718 . A G 100.62 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.331;QD=40.2466;RBI=0.123696;REFB=0;REVB=0.0516211;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00374639;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:6:4:0:0 chr13 50588496 . T C 278.63 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0265573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.664;QD=41.2791;RBI=0.0722261;REFB=-0.0895227;REVB=-0.0671664;RO=4;SAF=17;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157884;STB=0.586128;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00792921;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:6:17:1:3:6:17:1:3 chr13 50591480 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.872;QD=61.6839;RBI=0.0516961;REFB=0;REVB=0.0496789;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128169;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr13 50592459 . T C 1674.63 PASS AF=0.950413;AO=114;DP=122;FAO=115;FDP=121;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.026895;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.202;QD=55.3597;RBI=0.0470983;REFB=-0.0722951;REVB=0.0386641;RO=4;SAF=59;SAR=55;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014977;STB=0.500647;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00280758;OID=.;OPOS=50592459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:122:121:4:6:114:115:0.950413:55:59:3:1:56:59:3:3 chr13 51387124 . A G 688.2 PASS AF=0.459627;AO=74;DP=161;FAO=74;FDP=161;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=0.0370157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3908;QD=17.098;RBI=0.0416688;REFB=-0.00588762;REVB=0.0191345;RO=87;SAF=29;SAR=45;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167852;STB=0.593181;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00833186;OID=.;OPOS=51387124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:87:87:74:74:0.459627:45:29:49:38:45:29:49:38 chr13 51417535 . G A 382.03 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0354094;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9957;QD=19.591;RBI=0.0364013;REFB=-0.0304397;REVB=0.00843983;RO=39;SAF=20;SAR=19;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926927;STB=0.551425;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0201998;OID=.;OPOS=51417535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:19:20:24:15:19:20:24:15 chr13 51594741 . T G 950.4 PASS AF=0.448485;AO=55;DP=167;FAO=74;FDP=165;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0602441;FXX=0.0119753;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.9144;QD=23.0399;RBI=0.070596;REFB=0.0136946;REVB=-0.0368029;RO=59;SAF=36;SAR=19;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174194;STB=0.567516;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0580472;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:59:68:55:74:0.448485:19:36:28:31:26:48:35:33 chr13 51603768 . T C 634.26 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=119;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0156025;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.017;QD=21.3196;RBI=0.0173457;REFB=-0.0170656;REVB=0.00757871;RO=54;SAF=28;SAR=35;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625921;STB=0.526307;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0131256;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:54:56:63:63:0.529412:35:28:28:26:35:28:28:28 chr13 52440130 . A G 201.73 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0153585;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.812;QD=11.5275;RBI=0.0160185;REFB=0.00423813;REVB=0.00455075;RO=45;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12296;STB=0.571547;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00844424;OID=.;OPOS=52440130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:17:8:19:26:17:8:19:26 chr13 52544805 . C G 2669.66 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00758194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2235;QD=61.7263;RBI=0.00759113;REFB=0;REVB=-0.000373446;RO=1;SAF=68;SAR=104;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694806;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55947e-05;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:173:173:1:0:172:173:1:104:68:1:0:104:69:0:0 chr13 52548140 . A C 2912.56 PASS AF=0.989848;AO=184;DP=188;FAO=195;FDP=197;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0396777;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3737;QD=59.1382;RBI=0.142504;REFB=-0.128697;REVB=0.136869;RO=1;SAF=84;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473766;STB=0.500716;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00438572;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:188:197:1:2:184:195:0.989848:100:84:0:1:111:84:1:1 chr13 52603194 . G T 2865.91 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.559;QD=62.9871;RBI=0.0304166;REFB=0;REVB=-0.00405277;RO=0;SAF=66;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.32402e-06;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:116:66:0:0:116:66:0:0 chr13 52603775 . C T 885.15 PASS AF=1;AO=57;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.83;QD=58.0427;RBI=0.0204091;REFB=0;REVB=0.00705714;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40976e-05;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:57:61:1:23:34:0:0:27:34:0:0 chr13 52605675 . A G 447.45 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.819;QD=57.7353;RBI=0.0275174;REFB=0;REVB=0.021134;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121525;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr13 52607169 . T C 582.41 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0034678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.76;QD=58.2407;RBI=0.0207317;REFB=-0.0891357;REVB=0.0204396;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323034;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0009429;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:25:14:1:0:25:14:1:0 chr13 52709938 . A C 826.46 PASS AF=0.553191;AO=76;DP=141;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00293936;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.551;QD=23.4456;RBI=0.0122906;REFB=-0.00983085;REVB=0.011934;RO=59;SAF=50;SAR=26;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140499;STB=0.569458;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00820883;OID=.;OPOS=52709938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:59:63:76:78:0.553191:26:50:29:30:28:50:31:32 chr13 52952497 . C T 729.12 PASS AF=0.386364;AO=85;DP=219;FAO=85;FDP=220;FR=.;FRO=135;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=69;FSRR=66;FWDB=-0.0264843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5221;QD=13.2567;RBI=0.0282091;REFB=-0.00829767;REVB=0.00971284;RO=133;SAF=40;SAR=45;SRF=69;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522309;STB=0.524874;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0097542;OID=.;OPOS=52952497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:133:135:85:85:0.386364:45:40:69:64:45:40:69:66 chr13 52971893 . G A 768.69 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6656;QD=56.9399;RBI=0.0880694;REFB=0;REVB=0.0869387;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033859;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:23:30:0:0:24:30:0:0 chr13 52974231 . TAAAA AAATA,TA,TAAAT 203.77 PASS AF=0,0.703704,0.296296;AO=3,11,2;DP=28;FAO=0,19,8;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,0;FSAR=0,16,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.161028,-1.12578,-0.202787;FXX=0.0689417;HRUN=2,15,15;LEN=4,3,1;MLLD=94.5843,8.81964,117.352;QD=30.1884;RBI=0.18023,1.13102,0.210832;REFB=0,0,0;REVB=-0.0809499,-0.108738,-0.0576852;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=3,11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.141728,0.184885;OID=.,.,.;OPOS=52974231,52974232,52974235;OREF=TAAA,AAA,A;OALT=AAAT,-,T;OMAPALT=AAATA,TA,TAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:46:28:27:0:0:3,11,2:0,19,8:0,0.703704,0.296296:3,11,2:0,0,0:0:0:0,16,8:0,3,0:0:0 chr13 53035783 . T C 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00713152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6171;QD=55.8043;RBI=0.035386;REFB=0.014282;REVB=-0.0346599;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154685;STB=0.508194;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00186905;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:29:30:1:0:29:30:1:0 chr13 53035925 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.913;QD=56.9372;RBI=0.0629018;REFB=0;REVB=-0.00597529;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119657;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr13 53035960 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0189081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5248;QD=14.1952;RBI=0.0238933;REFB=0.00633832;REVB=-0.0146073;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221949;STB=0.629453;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00822592;OID=.;OPOS=53035960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:5:10:10:12:5:10:10:12 chr13 53050479 . G A 1525.92 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450197;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.778;QD=59.8401;RBI=0.0475375;REFB=0;REVB=-0.0152657;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139273;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:41:61:0:0:41:61:0:0 chr13 53422553 . A G 458.44 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0380078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2143;QD=14.2152;RBI=0.0400792;REFB=-0.00593535;REVB=-0.0127181;RO=77;SAF=18;SAR=34;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929604;STB=0.552561;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00603982;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:34:18:33:44:34:18:33:44 chr13 53608632 . C T 1629.59 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050754;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.472;QD=60.355;RBI=0.0543013;REFB=0;REVB=-0.0193044;RO=0;SAF=43;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40284e-05;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:65:43:0:0:65:43:0:0 chr13 55748673 . T C 3051.89 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640139;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.357;QD=63.5811;RBI=0.16185;REFB=0;REVB=0.161723;RO=1;SAF=99;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514804;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443513;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:192:1:0:191:192:1:92:99:0:1:93:99:0:0 chr13 58206779 . G C 1070.49 PASS AF=0.474359;AO=106;DP=230;FAO=111;FDP=234;FR=.;FRO=123;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=44;FSRR=79;FWDB=0.017486;FXX=0.00847422;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8865;QD=18.2989;RBI=0.045056;REFB=-0.0196135;REVB=0.0415245;RO=121;SAF=47;SAR=59;SRF=43;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871211;STB=0.535745;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0317847;OID=.;OPOS=58206779;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:234:121:123:106:111:0.474359:59:47:43:78:64:47:44:79 chr13 58458579 . C T 2440.71 PASS AF=0.436027;AO=258;DP=595;FAO=259;FDP=594;FR=.;FRO=335;FSAF=134;FSAR=125;FSRF=148;FSRR=187;FWDB=0.0189586;FXX=0.00335565;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.772;QD=16.4358;RBI=0.0227918;REFB=-0.018797;REVB=-0.0126505;RO=334;SAF=133;SAR=125;SRF=147;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767114;STB=0.542549;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0309986;OID=.;OPOS=58458579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:595:594:334:335:258:259:0.436027:125:133:147:187:125:134:148:187 chr13 60385029 . CTTTTTTTG CTTTTTTG,CTTTTTTGT 35.2 PASS AF=0.266667,0.0133333;AO=20,4;DP=79;FAO=20,1;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=8,1;FSAR=12,0;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.138062,-0.0839923;FXX=0.0384566;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.92559,108.775;QD=1.87718;RBI=0.138584,0.0845065;REFB=-0.139965,-0.0111557;REVB=-0.0120196,-0.00930792;RO=44;SAF=5,4;SAR=15,0;SRF=18;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.212311,0.594357;STB=0.519533,0.991412;STBP=0.829,0.277;TYPE=del,mnp;VARB=0.135595,0.103219;OID=.,.;OPOS=60385030,60385036;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=CTTTTTTG,CTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.0133333:20,4:79:20,1:75:54:8,1:12,0:23:31:34:44:5,4:15,0:18:26 chr13 60385058 . C CTAT 42.85 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0168544;FXX=0.27688;HRUN=1;LEN=3;MLLD=173.128;QD=3.64688;RBI=0.0549586;REFB=-0.00256217;REVB=-0.0523104;RO=62;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229819;STB=0.581586;STBP=0.705;TYPE=ins;VARB=0.00552661;OID=.;OPOS=60385059;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148936:7:70:7:47:40:4:3:19:21:42:62:4:3:23:39 chr13 60385059 . T TATTAC 114.83 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0130577;FXX=0;HRUN=7;LEN=5;MLLD=262.827;QD=7.06658;RBI=0.01681;REFB=-0.00495777;REVB=-0.0105864;RO=51;SAF=1;SAR=16;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641371;STB=0.908519;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.024548;OID=.;OPOS=60385060;OREF=-;OALT=ATTAC;OMAPALT=TATTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261538:17:68:17:65:48:1:16:24:24:99:51:1:16:25:26 chr13 60453495 . A G 533.47 PASS AF=0.386503;AO=63;DP=163;FAO=63;FDP=163;FR=.;FRO=100;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=0.0173484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.823;QD=13.0912;RBI=0.0199798;REFB=-0.00139117;REVB=-0.00991096;RO=100;SAF=26;SAR=37;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523602;STB=0.529613;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00181947;OID=.;OPOS=60453495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:100:100:63:63:0.386503:37:26:46:54:37:26:46:54 chr13 61986918 . C A 769.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6522;QD=56.9911;RBI=0.0640484;REFB=0;REVB=-0.0639172;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000680051;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr13 61989175 . G T 4992.54 PASS AF=1;AO=318;DP=319;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.966;QD=62.6024;RBI=0.0166998;REFB=0;REVB=0.00641835;RO=0;SAF=180;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4945e-05;OID=.;OPOS=61989175;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:319:319:0:0:318:319:1:138:180:0:0:139:180:0:0 chr13 64413891 . T A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0270115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9826;QD=17.6171;RBI=0.032886;REFB=-0.0106222;REVB=0.0187582;RO=26;SAF=5;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317772;STB=0.692722;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0159317;OID=.;OPOS=64413891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:19:5:13:13:19:5:14:13 chr13 64415127 . TCCCCCCCT TCCCCCCTC 55.66 PASS AF=0.097561;AO=13;DP=130;FAO=12;FDP=123;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=104;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=-0.061616;FXX=0.0390594;HRUN=7;LEN=2;MLLD=73.6806;QD=1.80997;RBI=0.0616281;REFB=0.00144225;REVB=0.00122272;RO=62;SAF=11;SAR=2;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462822;STB=0.790616;STBP=0.05;TYPE=mnp;VARB=0.104498;OID=.;OPOS=64415134;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.097561:13:130:12:123:104:10:2:56:48:48:62:11:2:31:31 chr13 64415157 . AGGGT AGGTG 54.3 PASS AF=0.169231;AO=12;DP=69;FAO=11;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.264915;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=2;MLLD=22.6555;QD=3.3413;RBI=0.268689;REFB=-0.000992803;REVB=0.0448778;RO=36;SAF=3;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257374;STB=0.905768;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=-0.00249031;OID=.;OPOS=64415160;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=AGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169231:12:69:11:65:54:1:10:31:23:54:36:3:9:16:20 chr13 67205463 . C A 874.21 PASS AF=0.422907;AO=96;DP=227;FAO=96;FDP=227;FR=.;FRO=131;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=-0.0179144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.25;QD=15.4046;RBI=0.0192753;REFB=-0.0042849;REVB=-0.00711421;RO=121;SAF=36;SAR=60;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124692;STB=0.554274;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00800068;OID=.;OPOS=67205463;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:121:131:96:96:0.422907:60:36:60:61:60:36:61:70 chr13 67802339 . A T 1143.25 PASS AF=0.443636;AO=122;DP=276;FAO=122;FDP=275;FR=.;FRO=153;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=73;FSRR=80;FWDB=-0.00116357;FXX=0.00362306;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.859;QD=16.6291;RBI=0.00116573;REFB=-0.00808937;REVB=7.09441e-05;RO=153;SAF=50;SAR=72;SRF=73;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687569;STB=0.538156;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0107761;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:153:153:122:122:0.443636:72:50:73:80:72:50:73:80 chr13 69267981 . T C 1643.6 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.884;QD=59.2287;RBI=0.0228585;REFB=-0.0608855;REVB=0.0192045;RO=1;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855347;STB=0.504504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000294679;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:55:55:0:1:55:55:0:1 chr13 70681598 . T C 562.9 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.0201594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.918;QD=18.0129;RBI=0.0306297;REFB=-0.0148172;REVB=-0.0230603;RO=65;SAF=37;SAR=22;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193486;STB=0.513864;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0142953;OID=.;OPOS=70681598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:66:59:59:0.472:22:37:42:23:22:37:43:23 chr13 71033601 . T C 92.86 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0177035;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.335;QD=8.84378;RBI=0.0217593;REFB=-0.00946391;REVB=0.0126513;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591692;STB=0.536229;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0254957;OID=.;OPOS=71033601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:42:42:30:30:12:12:0.285714:5:7:16:14:5:7:16:14 chr13 73280182 . T C 501.35 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.489;QD=58.9828;RBI=0.0369641;REFB=0;REVB=0.0351317;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002188;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr13 73301655 . A C 2368.55 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=357.63;QD=60.3452;RBI=0.0134795;REFB=0.0107986;REVB=0.00761495;RO=1;SAF=101;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00857091;STB=0.504504;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-3.83394e-05;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:156:156:0.993631:55:101:0:1:55:101:0:1 chr13 73301728 . T C 1549.22 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4588;QD=63.8854;RBI=0.0486012;REFB=0;REVB=0.0167483;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125185;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:42:55:0:0:42:55:0:0 chr13 73302261 . G A 536.06 PASS AF=0.483051;AO=56;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0592812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.38;QD=18.1714;RBI=0.0673002;REFB=-0.0125425;REVB=0.0318601;RO=62;SAF=22;SAR=34;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102582;STB=0.505414;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0154063;OID=.;OPOS=73302261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:61:56:57:0.483051:34:22:25:37:34:23:24:37 chr13 73319171 . T C 555.31 PASS AF=0.364641;AO=66;DP=179;FAO=66;FDP=181;FR=.;FRO=115;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=71;FSRR=44;FWDB=0.0133698;FXX=0.0109284;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.269;QD=12.2721;RBI=0.0225072;REFB=-0.0140561;REVB=-0.0181059;RO=113;SAF=33;SAR=33;SRF=70;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13318;STB=0.574564;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0220846;OID=.;OPOS=73319171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:113:115:66:66:0.364641:33:33:70:43:33:33:71:44 chr13 73329358 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.441;QD=57.2373;RBI=0.0310987;REFB=0;REVB=-0.0102438;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41211e-05;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:31:25:0:0 chr13 73343039 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.152;QD=58.6003;RBI=0.0155232;REFB=0;REVB=-0.000709581;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96176e-05;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr13 73349359 . G C 516.21 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0396986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4513;QD=19.119;RBI=0.0521274;REFB=-0.0494684;REVB=-0.0337829;RO=54;SAF=30;SAR=24;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182638;STB=0.600778;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0345007;OID=.;OPOS=73349359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:24:30:19:35:24:30:19:35 chr13 73350079 . T C 1130.01 PASS AF=0.456274;AO=119;DP=263;FAO=120;FDP=263;FR=.;FRO=143;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=70;FSRR=73;FWDB=0.0029018;FXX=0.00378774;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5015;QD=17.1865;RBI=0.013737;REFB=-0.0264952;REVB=-0.013427;RO=142;SAF=55;SAR=64;SRF=69;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234199;STB=0.517019;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0337354;OID=.;OPOS=73350079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:142:143:119:120:0.456274:64:55:69:73:65:55:70:73 chr13 73357819 . C T 373.88 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0063468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.002;QD=14.8073;RBI=0.00715601;REFB=-0.00452781;REVB=-0.00330554;RO=58;SAF=9;SAR=33;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269879;STB=0.650356;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00430087;OID=.;OPOS=73357819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:59:42:42:0.415842:33:9:25:33:33:9:25:34 chr13 73369642 . A G 515.66 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0384857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6372;QD=20.0257;RBI=0.0600014;REFB=0.0226405;REVB=0.0460328;RO=50;SAF=19;SAR=34;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111913;STB=0.561852;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0149534;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:34:19:24:26:34:19:24:26 chr13 73650111 . AC A,AA 557.51 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=9,35;DP=44;FAO=4,34;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029315,0.0248233;FXX=0.0499875;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.551,218.108;QD=58.6856;RBI=0.0588717,0.0584426;REFB=0,0;REVB=0.051054,0.0529088;RO=0;SAF=1,19;SAR=8,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.1382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.014973,0.00407655;OID=.,.;OPOS=73650112,73650112;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:9,35:44:4,34:38:0:2,15:2,19:0:0:13:0:1,19:8,16:0:0 chr13 73650117 . G A 702.92 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.959;QD=61.1231;RBI=0.071899;REFB=0;REVB=0.0202724;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121736;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:45:46:1:26:19:1:0:26:20:0:0 chr13 74518210 . G A 281.65 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00105819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.805;QD=17.0699;RBI=0.0239746;REFB=-0.0261897;REVB=-0.0239512;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506246;STB=0.518179;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.026297;OID=.;OPOS=74518210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:17:13:17:18:17:14:17:18 chr13 74988714 . C T 3744.36 PASS AF=0.438251;AO=397;DP=912;FAO=401;FDP=915;FR=.;FRO=514;FSAF=212;FSAR=189;FSRF=262;FSRR=252;FWDB=-0.00643619;FXX=0.00109169;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.309;QD=16.3688;RBI=0.0437312;REFB=-0.0353434;REVB=-0.043255;RO=501;SAF=208;SAR=189;SRF=262;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000987221;STB=0.510667;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0459169;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:912:915:501:514:397:401:0.438251:189:208:262:239:189:212:262:252 chr13 75814017 . C CT 403.9 PASS AF=1;AO=5;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944636;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.835;QD=35.9024;RBI=0.0972262;REFB=0;REVB=-0.0230124;RO=41;SAF=4;SAR=1;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337383;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00115072;OID=.;OPOS=75814018;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:46:45:45:0:24:21:0:0:9:41:4:1:21:20 chr13 75814018 . C T 666.8 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0140283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.747;QD=57.9825;RBI=0.0275708;REFB=-0.0461403;REVB=0.0237351;RO=2;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037388;STB=0.501991;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00236554;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:20:24:1:1:20:24:1:1 chr13 75814070 . C G 63.13 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0216462;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.662;QD=7.65214;RBI=0.0296834;REFB=0.00124381;REVB=0.0203113;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391836;STB=0.510181;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00398942;OID=.;OPOS=75814070;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:34:33:23:24:9:9:0.272727:4:5:12:11:4:5:13:11 chr13 75814344 . C A 335.95 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0274924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.321;QD=19.7616;RBI=0.0397135;REFB=-0.0149591;REVB=0.0286588;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272727;STB=0.515143;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0140643;OID=.;OPOS=75814344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:17:18:18:15:17:18:18:15 chr13 75814349 . A T 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00814694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.003;QD=16.3498;RBI=0.0141598;REFB=-0.0155881;REVB=0.0115813;RO=42;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104543;STB=0.558789;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0167987;OID=.;OPOS=75814349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:15:19:19:23:15:19:19:23 chr13 75863238 . C A 312.57 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.016393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7804;QD=21.9349;RBI=0.020607;REFB=-0.0142145;REVB=0.0124867;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383563;STB=0.521178;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0129242;OID=.;OPOS=75863238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:19:13:9:16:19:13:9:16 chr13 75884216 . C T 656.18 PASS AF=0.464052;AO=70;DP=152;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.0108718;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.041;QD=17.155;RBI=0.0405162;REFB=-0.031002;REVB=-0.0390304;RO=81;SAF=25;SAR=45;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768477;STB=0.542761;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0369674;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:81:82:70:71:0.464052:45:25:35:46:46:25:35:47 chr13 75936519 . C G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.557;QD=61.0492;RBI=0.0200502;REFB=0;REVB=0.0104236;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42467e-06;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr13 76055820 . G C 2629.51 PASS AF=0.461538;AO=281;DP=607;FAO=282;FDP=611;FR=.;FRO=329;FSAF=148;FSAR=134;FSRF=143;FSRR=186;FWDB=-0.0841988;FXX=0.00163396;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.2641;QD=17.2145;RBI=0.0845723;REFB=-0.0161736;REVB=-0.00793972;RO=324;SAF=146;SAR=135;SRF=144;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730041;STB=0.548437;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0183498;OID=.;OPOS=76055820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:607:611:324:329:281:282:0.461538:135:146:144:180:134:148:143:186 chr13 76124151 . C T 3224.39 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036274;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8251;QD=62.0074;RBI=0.0741909;REFB=0;REVB=-0.0647185;RO=0;SAF=82;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.58447e-05;OID=.;OPOS=76124151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:208:0:0:208:208:1:126:82:0:0:126:82:0:0 chr13 76378459 . T C 3348.78 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021567;FXX=0.00460808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.537;QD=62.0145;RBI=0.0267265;REFB=-0.0501929;REVB=0.0157852;RO=1;SAF=106;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12362e-05;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:216:1:0:216:216:1:110:106:0:1:110:106:0:0 chr13 76382100 . C T 343.84 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00945272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.756;QD=22.5466;RBI=0.0164331;REFB=-0.0104708;REVB=0.0134422;RO=26;SAF=10;SAR=24;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178062;STB=0.602033;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0147813;OID=.;OPOS=76382100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:26:34:35:0.57377:24:10:13:13:25:10:13:13 chr13 76395620 . C T 248.53 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0262653;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.533;QD=13.8071;RBI=0.0266405;REFB=0.00751682;REVB=0.00445508;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177843;STB=0.510138;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.0118982;OID=.;OPOS=76395620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:43:43:29:29:0.402778:16:13:20:23:16:13:20:23 chr13 76397731 . G A 386.82 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0514829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1063;QD=15.7884;RBI=0.0519774;REFB=-0.0241605;REVB=-0.00715231;RO=57;SAF=24;SAR=17;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221078;STB=0.624388;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.040091;OID=.;OPOS=76397731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:17:24:21:36:17:24:21:36 chr13 76423248 . T C 1051.67 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00810946;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0474;QD=58.4259;RBI=0.0181042;REFB=-0.107963;REVB=0.0161864;RO=1;SAF=34;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137051;STB=0.507244;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000939395;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:37:34:1:0:37:34:1:0 chr13 76429413 . G A 613.67 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=48;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=24;FWDB=0.000538241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.487;QD=17.1655;RBI=0.00856896;REFB=-0.0126257;REVB=-0.00855204;RO=78;SAF=48;SAR=16;SRF=54;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725477;STB=0.538104;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.016828;OID=.;OPOS=76429413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:78:79:64:64:0.447552:16:48:54:24:16:48:55:24 chr13 76457183 . T C 569.35 PASS AF=0.428571;AO=59;DP=144;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.0135832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.511;QD=15.4925;RBI=0.0169448;REFB=-0.0103018;REVB=0.0101303;RO=82;SAF=30;SAR=29;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214163;STB=0.502268;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0119722;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:82:84:59:63:0.428571:29:30:40:42:32:31:41:43 chr13 76709108 . G A 1033.36 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.84;QD=59.049;RBI=0.0326876;REFB=0;REVB=0.0267875;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320776;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:1:0:69:70:1:36:33:1:0:36:34:0:0 chr13 76709223 . C A 3723.79 PASS AF=0.979508;AO=125;DP=244;FAO=239;FDP=244;FR=.;FRO=5;FSAF=113;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00705578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6221;QD=61.0457;RBI=0.0118051;REFB=-0.0691908;REVB=0.00946446;RO=0;SAF=112;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60968e-08;STB=0.509727;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00200412;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:244:244:0:5:125:239:0.979508:13:112:0:0:126:113:0:5 chr13 77522725 . GACTT G 1696.82 PASS AF=0.936;AO=113;DP=128;FAO=117;FDP=125;FR=.;FRO=8;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00975938;FXX=0.0671592;HRUN=1;LEN=4;MLLD=263.504;QD=54.2984;RBI=0.0240924;REFB=-0.00537352;REVB=0.0220272;RO=2;SAF=56;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166537;STB=0.524801;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.000479856;OID=.;OPOS=77522726;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.936:113:128:117:125:8:57:60:7:1:22:2:56:57:2:0 chr13 77570078 . T G 685.14 PASS AF=0.540323;AO=65;DP=122;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0128379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.051;QD=22.1013;RBI=0.0141976;REFB=-0.0149013;REVB=0.00606312;RO=56;SAF=39;SAR=26;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557612;STB=0.532458;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.013067;OID=.;OPOS=77570078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:56:57:65:67:0.540323:26:39:30:26:26:41:31:26 chr13 77574983 . A G 218.14 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0071136;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.472;QD=11.332;RBI=0.0204693;REFB=-0.00547219;REVB=-0.0191934;RO=50;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878111;STB=0.550826;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00996743;OID=.;OPOS=77574983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:50:50:27:27:0.350649:13:14:22:28:13:14:22:28 chr13 77663138 . C T 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0036909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.448;QD=13.3342;RBI=0.0300312;REFB=-0.00117317;REVB=-0.0298036;RO=38;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067545;STB=0.531995;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00207567;OID=.;OPOS=77663138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:16:10:17:21:16:10:17:22 chr13 77751892 . C T 585.66 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=157;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.000326785;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.315;QD=15.017;RBI=0.00862705;REFB=-0.0166993;REVB=-0.00862086;RO=88;SAF=37;SAR=29;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156768;STB=0.509439;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0213147;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:88:90:66:66:0.423077:29:37:48:40:29:37:49:41 chr13 78146301 . C T 2903.55 PASS AF=0.974093;AO=188;DP=193;FAO=188;FDP=193;FR=.;FRO=5;FSAF=93;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0783511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8067;QD=60.1771;RBI=0.0819062;REFB=-0.0695657;REVB=-0.0238691;RO=1;SAF=93;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509268;STB=0.507636;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0034712;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:193:193:1:5:188:188:0.974093:95:93:1:0:95:93:1:4 chr13 78178550 . G A 940.62 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1511;QD=57.8844;RBI=0.121725;REFB=0;REVB=0.0336272;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123306;OID=.;OPOS=78178550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:44:19:0:0:46:19:0:0 chr13 78475313 . T C 418.4 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0146068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9442;QD=17.8043;RBI=0.0238972;REFB=-0.00382091;REVB=-0.0189135;RO=50;SAF=25;SAR=18;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173795;STB=0.591673;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00724833;OID=.;OPOS=78475313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:18:25:20:30:18:25:21:30 chr13 78477674 . A G 1589.66 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.759;QD=59.9872;RBI=0.0315582;REFB=0;REVB=-0.0022894;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99112e-05;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr13 78521890 . C A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00551029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.714;QD=14.6492;RBI=0.0198944;REFB=-0.00598183;REVB=0.0191161;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183534;STB=0.605916;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0139827;OID=.;OPOS=78521890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:6:13:7:7:6:13 chr13 79213195 . A G 225.53 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0216853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.223;QD=11.0013;RBI=0.0225293;REFB=-0.0104754;REVB=0.00610881;RO=54;SAF=19;SAR=9;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380411;STB=0.719547;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0240606;OID=.;OPOS=79213195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:54:28:28:0.341463:9:19:18:36:9:19:18:36 chr13 79940811 . T C 327.31 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00964645;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.818;QD=22.5729;RBI=0.0142469;REFB=-0.0101985;REVB=-0.0104843;RO=22;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662171;STB=0.511034;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00797073;OID=.;OPOS=79940811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:25:33:33:0.568966:15:18:10:12:15:18:13:12 chr13 80910241 . CT C 34.09 PASS AF=0.215517;AO=29;DP=117;FAO=25;FDP=116;FR=.;FRO=91;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.0815055;FXX=0.00854628;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.81903;QD=1.17548;RBI=0.0912014;REFB=-0.0833396;REVB=-0.0409213;RO=70;SAF=13;SAR=16;SRF=39;SRR=31;SSEN=0.456311;SSEP=0;SSSB=-0.1296;STB=0.511378;STBP=0.862;TYPE=del;VARB=0.139601;OID=.;OPOS=80910242;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215517:29:117:25:116:91:13:12:46:45:34:70:13:16:39:31 chr13 80910786 . C A 911.76 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0754712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.848;QD=55.2582;RBI=0.101898;REFB=0.0144828;REVB=-0.0684638;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129402;STB=0.501922;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00188379;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:36:28:0:1:36:28:1:1 chr13 80910792 . T G 230.14 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00144435;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.756;QD=14.1621;RBI=0.0411449;REFB=-0.00551646;REVB=0.0411195;RO=37;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430176;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0116187;OID=.;OPOS=80910792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:38:27:27:0.415385:15:12:18:19:15:12:18:20 chr13 80910851 . A C 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00502444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.238;QD=13.0371;RBI=0.0087182;REFB=-0.0101876;REVB=0.00712475;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999283;STB=0.566139;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0150487;OID=.;OPOS=80910851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:8:10:20:11:8:10:21:11 chr13 80911525 . G A 758.08 PASS AF=0.553846;AO=72;DP=130;FAO=72;FDP=130;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0161693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.689;QD=23.3254;RBI=0.0167763;REFB=-0.00532279;REVB=-0.00447192;RO=58;SAF=26;SAR=46;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000846778;STB=0.500463;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00374091;OID=.;OPOS=80911525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:58:58:72:72:0.553846:46:26:21:37:46:26:21:37 chr13 84452680 . GAAAAAAA GAAAAAAC,GAAAAAA 63.31 PASS AF=0,0.45;AO=3,17;DP=39;FAO=0,18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=0,9;FSAR=0,9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.18411,-0.132214;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=113.11,8.07798;QD=6.33125;RBI=0.184289,0.13454;REFB=-0.00584477,-0.117633;REVB=-0.00811643,0.0249085;RO=17;SAF=3,8;SAR=0,9;SRF=3;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749989,0.267568;STB=0.5,0.599893;STBP=1,0.251;TYPE=snp,del;VARB=0,0.124904;OID=.,.;OPOS=84452687,84452681;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=GAAAAAAC,GAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.45:3,17:39:0,18:40:22:0,9:0,9:7:15:64:17:3,8:0,9:3:14 chr13 86367009 . C A 1960.24 PASS AF=1;AO=111;DP=130;FAO=127;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024245;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.336;QD=61.7398;RBI=0.0975728;REFB=0;REVB=0.0945126;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204722;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:127:0:0:111:127:1:58:53:0:0:70:57:0:0 chr13 86367973 . CTTTTTC CTTTTC,CTTTTCT,TCTTTTC,TTCTTTC 617.78 PASS AF=1,0,0,0;AO=34,11,6,3;DP=57;FAO=54,0,0,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0,0,0;FSAR=13,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0953723,-0.108718,0.0948215,0.053656;FXX=0.0689536;HRUN=5,5,1,1;LEN=1,2,2,3;MLLD=16.6261,6.13047,7.86348,24.7452;QD=45.7615;RBI=0.0966744,0.188176,0.166851,0.092158;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0158131,-0.153592,-0.137289,-0.0749275;RO=0;SAF=30,8,0,0;SAR=4,3,6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp,mnp;VARB=0.00435502,0,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=86367974,86367978,86367973,86367973;OREF=T,TC,CT,CTT;OALT=-,CT,TC,TTC;OMAPALT=CTTTTC,CTTTTCT,TCTTTTC,TTCTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:54:0:0:34,11,6,3:54,0,0,0:1,0,0,0:4,3,6,3:30,8,0,0:0:0:13,0,0,0:41,0,0,0:0:0 chr13 86369120 . C T 1266.62 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246764;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.575;QD=61.7865;RBI=0.0257662;REFB=0;REVB=-0.00741451;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469822;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:45:35:0:0:47:35:0:0 chr13 88331240 . AT A,ATTGTA 459.08 PASS AF=0.142857,0.828571;AO=4,27;DP=36;FAO=5,29;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=5,16;FSAR=0,13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0019639,0.0232472;FXX=0.0277701;HRUN=2,2;LEN=1,4;MLLD=25.1933,259.268;QD=52.4665;RBI=0.0309848,0.0251969;REFB=0.137145,-0.0297358;REVB=-0.0309225,0.00971872;RO=1;SAF=4,15;SAR=0,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0299926;STB=0.5,0.515141;STBP=1,0.532;TYPE=del,ins;VARB=-0.0724858,0.00795358;OID=.,.;OPOS=88331241,88331242;OREF=T,-;OALT=-,TGTA;OMAPALT=A,ATTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.828571:4,27:36:5,29:35:1:5,16:0,13:1:0:26:1:4,15:0,12:1:0 chr13 95034763 . G A 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000512363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.769;QD=62.3139;RBI=0.0392842;REFB=0;REVB=0.0392808;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88638e-05;OID=.;OPOS=95034763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr13 95264604 . C T 713.11 PASS AF=0.473333;AO=71;DP=150;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=0.00187598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.737;QD=19.0164;RBI=0.022504;REFB=-0.0161315;REVB=-0.0224257;RO=79;SAF=32;SAR=39;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131216;STB=0.572398;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0165577;OID=.;OPOS=95264604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:79:79:71:71:0.473333:39:32:25:54:39:32:25:54 chr13 95279505 . T A 259.18 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0190303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.587;QD=24.1095;RBI=0.0190807;REFB=-0.00868252;REVB=-0.00138622;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257775;STB=0.621318;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0076453;OID=.;OPOS=95279505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:19:23:24:0.55814:10:13:5:15:11:13:5:14 chr13 95280923 . A T 1054.55 PASS AF=0.475983;AO=106;DP=225;FAO=109;FDP=229;FR=.;FRO=120;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=0.046296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.354;QD=18.42;RBI=0.0463082;REFB=-0.0391875;REVB=-0.00106385;RO=118;SAF=49;SAR=57;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522625;STB=0.525577;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0432768;OID=.;OPOS=95280923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:229:118:120:106:109:0.475983:57:49:61:57:58:51:62:58 chr13 95364046 . C G 1700.71 PASS AF=0.429907;AO=183;DP=427;FAO=184;FDP=428;FR=.;FRO=244;FSAF=89;FSAR=95;FSRF=134;FSRR=110;FWDB=-0.00534161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.77;QD=15.8945;RBI=0.0143297;REFB=-0.0223396;REVB=-0.0132969;RO=244;SAF=88;SAR=95;SRF=134;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702074;STB=0.537277;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0277154;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:428:244:244:183:184:0.429907:95:88:134:110:95:89:134:110 chr13 95364337 . T G 314.59 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0229793;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.191;QD=14.4637;RBI=0.0229868;REFB=-0.0106627;REVB=-0.000587417;RO=52;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352558;STB=0.520015;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.016175;OID=.;OPOS=95364337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:17:18:25:27:17:18:25:27 chr13 95672950 . A G 362.0 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0484384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.318;QD=17.8767;RBI=0.0492338;REFB=0.00146601;REVB=0.00881374;RO=43;SAF=12;SAR=26;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153089;STB=0.585869;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.000926286;OID=.;OPOS=95672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:26:12:20:23:26:12:20:23 chr13 95673135 . C T 309.68 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.00316939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7152;QD=11.261;RBI=0.00808208;REFB=0.0250788;REVB=0.00743471;RO=60;SAF=17;SAR=22;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687994;STB=0.590695;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0400075;OID=.;OPOS=95673135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:71:39:39:0.354545:22:17:30:30:22:17:41:30 chr13 95673518 . T C 1563.43 PASS AF=0.510135;AO=149;DP=298;FAO=151;FDP=296;FR=.;FRO=145;FSAF=75;FSAR=76;FSRF=66;FSRR=79;FWDB=-0.0153973;FXX=0.00671118;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.26;QD=21.1274;RBI=0.0210575;REFB=-0.00404813;REVB=-0.0143647;RO=145;SAF=73;SAR=76;SRF=66;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313465;STB=0.520341;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00387929;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:296:145:145:149:151:0.510135:76:73:66:79:76:75:66:79 chr13 95673938 . TA T,TG 2493.54 PASS AF=0.235294,0.764706;AO=42,128;DP=173;FAO=40,130;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=10,62;FSAR=30,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738254,0.0533538;FXX=0.0116272;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.972,125.726;QD=58.6715;RBI=0.0783481,0.0607203;REFB=0,0;REVB=0.0262341,0.0289883;RO=0;SAF=11,61;SAR=31,67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.72514e-08,5.14595e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00416586,-0.000732866;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.235294,0.764706:42,128:173:40,130:170:0:10,62:30,68:0:0:99:0:11,61:31,67:0:0 chr13 95714976 . C T 428.8 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0042003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.786;QD=17.1521;RBI=0.00794818;REFB=0.00584841;REVB=0.00674767;RO=56;SAF=21;SAR=23;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938172;STB=0.55256;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00818428;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:44:44:0.44:23:21:32:24:23:21:32:24 chr13 95726541 . A G 660.09 PASS AF=0.426901;AO=73;DP=170;FAO=73;FDP=171;FR=.;FRO=98;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=0.00609387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.311;QD=15.4407;RBI=0.0433287;REFB=-0.0139771;REVB=0.0428981;RO=96;SAF=37;SAR=36;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599492;STB=0.527294;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0170208;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:96:98:73:73:0.426901:36:37:43:53:36:37:45:53 chr13 95727780 . T C 402.14 PASS AF=0.358209;AO=48;DP=136;FAO=48;FDP=134;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.0193959;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3602;QD=12.0043;RBI=0.0371474;REFB=0.0117286;REVB=0.0316817;RO=86;SAF=19;SAR=29;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664735;STB=0.538052;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0143805;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:86:86:48:48:0.358209:29:19:39:47:29:19:39:47 chr13 95815856 . T C 235.77 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0263068;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6596;QD=24.8182;RBI=0.0661426;REFB=-0.0282978;REVB=0.060686;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610537;STB=0.53395;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0250974;OID=.;OPOS=95815856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:10:6:10:12:10:6 chr13 95858978 . T C 518.75 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=127;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0119202;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.18;QD=16.4682;RBI=0.0130555;REFB=0.0121575;REVB=-0.00532507;RO=59;SAF=16;SAR=32;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113702;STB=0.544856;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0107081;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:59:70:48:56:0.444444:32:16:26:33:34:22:33:37 chr13 95858996 . T C 433.82 PASS AF=0.448598;AO=46;DP=105;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0198617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.363;QD=16.2174;RBI=0.020239;REFB=-0.0229912;REVB=0.00389013;RO=58;SAF=20;SAR=26;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136352;STB=0.523043;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0274903;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:58:59:46:48:0.448598:26:20:26:32:28:20:27:32 chr13 95859035 . C A 250.47 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0337103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.349;QD=20.0379;RBI=0.0343808;REFB=-0.0269142;REVB=-0.00675663;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105797;STB=0.559393;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.021772;OID=.;OPOS=95859035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:14:10:8:18:14:10:8:18 chr13 95861804 . A G 2320.03 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.049162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.301;QD=62.2827;RBI=0.0494547;REFB=-0.0968837;REVB=-0.00537265;RO=2;SAF=65;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149579;STB=0.500786;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000442692;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:147:147:0.986577:82:65:1:1:82:65:1:1 chr13 96540141 . T C 8439.95 PASS AF=0.981818;AO=538;DP=549;FAO=540;FDP=550;FR=.;FRO=10;FSAF=252;FSAR=288;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0036229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.9516;QD=61.3815;RBI=0.0158412;REFB=-0.088164;REVB=0.0154213;RO=11;SAF=252;SAR=286;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145081;STB=0.506702;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00378946;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:549:550:11:10:538:540:0.981818:286:252:1:10:288:252:1:9 chr13 96540143 . T C 8540.39 PASS AF=1;AO=543;DP=551;FAO=550;FDP=550;FR=.;FRO=0;FSAF=256;FSAR=294;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.00966e-05;FXX=0.00722009;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.787;QD=62.1119;RBI=0.0594993;REFB=-0.102768;REVB=0.0594993;RO=7;SAF=256;SAR=287;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00801474;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21737e-05;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:551:550:7:0:543:550:1:287:256:1:6:294:256:0:0 chr13 96543207 . G A 417.67 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00119215;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.322;QD=17.0476;RBI=0.00504999;REFB=-0.0128146;REVB=-0.00490726;RO=55;SAF=21;SAR=22;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207186;STB=0.511622;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0194517;OID=.;OPOS=96543207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:55:43:43:0.438776:22:21:28:27:22:21:28:27 chr13 96601679 . C T 588.93 PASS AF=0.358974;AO=69;DP=196;FAO=70;FDP=195;FR=.;FRO=125;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=62;FSRR=63;FWDB=-0.0164591;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1747;QD=12.0806;RBI=0.0477214;REFB=-0.00637901;REVB=-0.0447932;RO=119;SAF=32;SAR=37;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451344;STB=0.524978;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0131403;OID=.;OPOS=96601679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:119:125:69:70:0.358974:37:32:60:59:38:32:62:63 chr13 96624836 . A G 386.52 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00564177;FXX=0.0416623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.405;QD=16.8051;RBI=0.00566996;REFB=-0.0198636;REVB=-0.000564612;RO=49;SAF=18;SAR=22;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158309;STB=0.582033;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0264526;OID=.;OPOS=96624836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:49:52:40:40:0.434783:22:18:30:19:22:18:31:21 chr13 96638636 . A C 2494.38 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0507977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.229;QD=60.8386;RBI=0.0533418;REFB=0.00967493;REVB=0.0162773;RO=1;SAF=66;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715516;STB=0.503759;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=1.84334e-05;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:97:66:1:0:97:66:1:0 chr13 96821982 . G T 1387.51 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.765;QD=60.3264;RBI=0.0241556;REFB=0.032411;REVB=0.0159354;RO=2;SAF=35;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00480906;STB=0.502537;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=2.62916e-05;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:55:35:1:1:55:35:1:1 chr13 97489457 . G A 366.59 PASS AF=0.351562;AO=45;DP=127;FAO=45;FDP=128;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.0215308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.813;QD=11.456;RBI=0.0270583;REFB=-0.00279975;REVB=0.0163883;RO=81;SAF=23;SAR=22;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10248;STB=0.550065;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0044565;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:81:83:45:45:0.351562:22:23:34:47:22:23:36:47 chr13 97639059 . A G 150.57 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0113734;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.151;QD=17.2081;RBI=0.0140736;REFB=-0.0180836;REVB=-0.0082892;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457626;STB=0.526283;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.021569;OID=.;OPOS=97639059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:19:16:16:0.457143:6:10:11:8:6:10:11:8 chr13 97639414 . C T 538.86 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0267399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.551;QD=21.7723;RBI=0.02674;REFB=0.0139921;REVB=-6.87292e-05;RO=48;SAF=21;SAR=30;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232139;STB=0.512815;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0107062;OID=.;OPOS=97639414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:30:21:21:27:30:21:21:27 chr13 98645253 . A G 242.5 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0113725;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.195;QD=12.4357;RBI=0.0140612;REFB=-0.00336185;REVB=0.00826947;RO=49;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1635;STB=0.593605;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00655006;OID=.;OPOS=98645253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:49:49:29:29:0.371795:14:15:18:31:14:15:18:31 chr13 98674667 . A T 472.33 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.039909;FXX=0.03529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1807;QD=23.0405;RBI=0.0409475;REFB=-0.0268086;REVB=-0.00916317;RO=40;SAF=21;SAR=24;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710037;STB=0.557511;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0166433;OID=.;OPOS=98674667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:40:37:45:45:0.54878:24:21:22:18:24:21:22:15 chr13 98829176 . T C 2221.76 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.084;QD=62.5847;RBI=0.0338285;REFB=-0.0999867;REVB=-0.00614871;RO=1;SAF=50;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941423;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84768e-05;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:142:142:1:0:141:142:1:91:50:1:0:91:51:0:0 chr13 98896776 . C T 2376.41 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.162;QD=60.5456;RBI=0.0330945;REFB=0;REVB=0.0130615;RO=1;SAF=72;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065614;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105792;OID=.;OPOS=98896776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:156:157:1:0:154:157:1:82:72:1:0:84:73:0:0 chr13 99088006 . G A 645.9 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00721411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7112;QD=21.5298;RBI=0.0172135;REFB=-0.0176632;REVB=0.0156289;RO=55;SAF=19;SAR=45;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268266;STB=0.644226;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0275113;OID=.;OPOS=99088006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:55:56:64:64:0.533333:45:19:33:22:45:19:33:23 chr13 99088113 . C T 296.7 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.04213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1161;QD=15.6158;RBI=0.046966;REFB=-0.0217143;REVB=-0.0207572;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165385;STB=0.593367;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0229844;OID=.;OPOS=99088113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:20:13:24:19:20:13:24:19 chr13 99100547 . T C 2307.83 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.859;QD=61.1345;RBI=0.0116127;REFB=0;REVB=0.00761685;RO=0;SAF=78;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.09162e-07;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:73:78:0:0:73:78:0:0 chr13 99112680 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3716;QD=56.1909;RBI=0.117144;REFB=0;REVB=-0.0386966;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139565;OID=.;OPOS=99112680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr13 99324248 . T C 183.48 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.951;QD=45.8704;RBI=0.115298;REFB=0;REVB=0.113224;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208335;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:1:0:15:16:1:8:7:0:1:9:7:0:0 chr13 99324524 . T C 238.97 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.055175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8467;QD=14.0571;RBI=0.0562233;REFB=0.00673359;REVB=0.0108064;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330014;STB=0.529391;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.010937;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:40:27:28:0.411765:14:13:18:22:14:14:18:22 chr13 99356612 . A G 1314.37 PASS AF=0.46;AO=138;DP=301;FAO=138;FDP=300;FR=.;FRO=162;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=65;FSRR=97;FWDB=-0.00339083;FXX=0.00332215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.064;QD=17.5249;RBI=0.0102858;REFB=-0.00301992;REVB=0.00971083;RO=163;SAF=60;SAR=78;SRF=65;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361122;STB=0.518516;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00365585;OID=.;OPOS=99356612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:300:163:162:138:138:0.46:78:60:65:98:78:60:65:97 chr13 99376181 . C T 2315.22 PASS AF=1;AO=131;DP=134;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838894;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.256;QD=63.4306;RBI=0.140649;REFB=0;REVB=0.140398;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130639;OID=.;OPOS=99376181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:146:0:0:131:146:1:64:67:0:0:79:67:0:0 chr13 99447005 . T C 863.37 PASS AF=0.451777;AO=89;DP=197;FAO=89;FDP=197;FR=.;FRO=108;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=64;FWDB=-0.0216887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2057;QD=17.5303;RBI=0.0393656;REFB=-0.00069358;REVB=-0.032852;RO=108;SAF=40;SAR=49;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421808;STB=0.523385;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000825782;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:108:108:89:89:0.451777:49:40:44:64:49:40:44:64 chr13 99448441 . T A 228.24 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00481461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.783;QD=13.833;RBI=0.0337684;REFB=-0.00307782;REVB=-0.0334234;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503368;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0072702;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:39:26:27:0.409091:13:13:19:19:14:13:19:20 chr13 99449717 . C T 724.34 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=166;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.0200178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5321;QD=17.4541;RBI=0.0314156;REFB=-0.00203105;REVB=-0.0242121;RO=88;SAF=34;SAR=43;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783971;STB=0.54053;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00224616;OID=.;OPOS=99449717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:88:89:77:77:0.463855:43:34:46:42:43:34:46:43 chr13 99457431 . T G 1186.33 PASS AF=0.423333;AO=127;DP=300;FAO=127;FDP=300;FR=.;FRO=173;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=78;FSRR=95;FWDB=0.0231575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.491;QD=15.8177;RBI=0.0238327;REFB=-0.000408675;REVB=0.00563264;RO=173;SAF=69;SAR=58;SRF=78;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955729;STB=0.553207;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000631655;OID=.;OPOS=99457431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:173:173:127:127:0.423333:58:69:78:95:58:69:78:95 chr13 99512774 . A G 789.7 PASS AF=0.493902;AO=81;DP=164;FAO=81;FDP=164;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0439327;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.751;QD=19.261;RBI=0.0439422;REFB=-0.0252201;REVB=0.000915583;RO=82;SAF=31;SAR=50;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763676;STB=0.54567;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0246797;OID=.;OPOS=99512774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:82:83:81:81:0.493902:50:31:38:44:50:31:39:44 chr13 99540406 . A C 82.3 PASS AF=0.37931;AO=6;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.176549;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=15.0551;QD=11.3521;RBI=0.195408;REFB=-0.00495462;REVB=-0.0837545;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.0935468;OID=.;OPOS=99540406;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:28:29:6:10:6:11:0.37931:4:2:2:4:6:5:4:6 chr13 99575568 . G A 448.59 PASS AF=0.5;AO=44;DP=87;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00195182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8772;QD=19.9371;RBI=0.0150233;REFB=-0.00142795;REVB=-0.014896;RO=43;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303238;STB=0.522378;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0019463;OID=.;OPOS=99575568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:43:45:44:45:0.5:24:20:21:22:25:20:22:23 chr13 99853443 . T G 940.95 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0099;QD=57.0273;RBI=0.0485021;REFB=0.0742705;REVB=-0.046223;RO=1;SAF=4;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768357;STB=0.504064;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00209205;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:61:4:0:1:61:4:0:1 chr13 99857984 . T C 208.97 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00712488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.919;QD=9.4988;RBI=0.0325909;REFB=-0.0146998;REVB=0.0318025;RO=60;SAF=9;SAR=18;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163809;STB=0.603096;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0310317;OID=.;OPOS=99857984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:61:27:27:0.306818:18:9:28:32:18:9:29:32 chr13 100004108 . G A 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0183684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.176;QD=17.0631;RBI=0.0184014;REFB=-0.00220352;REVB=0.00110186;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619424;STB=0.534858;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00232787;OID=.;OPOS=100004108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:18:10:13:18:18:10:13:18 chr13 100188585 . A T 306.9 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0044806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.978;QD=18.0532;RBI=0.0322029;REFB=0.00564592;REVB=0.0318897;RO=34;SAF=12;SAR=21;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699063;STB=0.527843;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00595561;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:33:33:0.485294:21:12:10:24:21:12:11:24 chr13 100436131 . CAT C 1998.24 PASS AF=1;AO=122;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363537;FXX=0.0370343;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.901;QD=61.4842;RBI=0.046105;REFB=0;REVB=0.0283564;RO=0;SAF=68;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000221815;OID=.;OPOS=100436132;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:122:130:130:130:0:72:58:0:0:11:0:68:54:0:0 chr13 100436228 . G C 694.43 PASS AF=0.519084;AO=67;DP=130;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.000216608;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6848;QD=21.2039;RBI=0.00772507;REFB=0.00913892;REVB=-0.00772203;RO=60;SAF=42;SAR=25;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692268;STB=0.546725;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00879416;OID=.;OPOS=100436228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:60:63:67:68:0.519084:25:42:33:27:25:43:34:29 chr13 100517197 . G C 147.42 PASS AF=0.186567;AO=25;DP=129;FAO=25;FDP=134;FR=.;FRO=109;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=70;FWDB=-0.0900952;FXX=0.0563341;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1344;QD=4.40065;RBI=0.108298;REFB=-0.0347969;REVB=-0.0600944;RO=101;SAF=13;SAR=12;SRF=33;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247197;STB=0.630671;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.180168;OID=.;OPOS=100517197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:134:101:109:25:25:0.186567:12:13:33:68:12:13:39:70 chr13 100517209 . G A 42.7 PASS AF=0.1;AO=12;DP=110;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=-0.150724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.917;QD=1.55286;RBI=0.151456;REFB=-0.00811483;REVB=-0.0148708;RO=97;SAF=5;SAR=7;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00741784;STB=0.556988;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0716698;OID=.;OPOS=100517209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:110:110:97:99:12:11:0.1:7:5:41:56:7:4:42:57 chr13 100518580 . A G 2868.54 PASS AF=0.973822;AO=185;DP=190;FAO=186;FDP=191;FR=.;FRO=5;FSAF=102;FSAR=84;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0391132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.967;QD=60.0741;RBI=0.0535394;REFB=-0.100881;REVB=-0.0365599;RO=4;SAF=102;SAR=83;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018302;STB=0.51196;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000938081;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:190:191:4:5:185:186:0.973822:83:102:4:0:84:102:5:0 chr13 100537232 . T C 1970.96 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.538;QD=62.0774;RBI=0.017492;REFB=0;REVB=0.0135279;RO=0;SAF=65;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77432e-05;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:61:65:0:0:61:66:0:0 chr13 100945533 . G A 2087.15 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348862;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.343;QD=62.7716;RBI=0.0379044;REFB=0;REVB=-0.0148222;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7063e-06;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:132:133:1:71:61:0:0:72:61:0:0 chr13 101287365 . T C 1227.95 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.715;QD=61.3976;RBI=0.0376409;REFB=0;REVB=-0.023423;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69975e-05;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:49:29:0:0:49:31:0:0 chr13 101287404 . G A 1332.18 PASS AF=0.977778;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00050662;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.001;QD=59.2081;RBI=0.00701149;REFB=-0.0969139;REVB=0.00699316;RO=2;SAF=34;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0047062;STB=0.502659;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.000239857;OID=.;OPOS=101287404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:90:2:2:86:88:0.977778:52:34:1:1:54:34:1:1 chr13 101289969 . C T 3044.45 PASS AF=0.994975;AO=190;DP=198;FAO=198;FDP=199;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0032727;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.728;QD=61.195;RBI=0.0241555;REFB=-0.152768;REVB=0.0239328;RO=6;SAF=55;SAR=135;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206899;STB=0.501754;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.000514529;OID=.;OPOS=101289969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:198:199:6:1:190:198:0.994975:135:55:0:6:142:56:0:1 chr13 101795317 . A C 307.72 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0205227;FXX=0.0609682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1493;QD=15.9854;RBI=0.0255696;REFB=-0.0110002;REVB=0.015252;RO=43;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602623;STB=0.539545;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0169634;OID=.;OPOS=101795317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:43:44:33:33:0.428571:18:15:17:26:18:15:17:27 chr13 101795422 . A G 717.7 PASS AF=0.445087;AO=75;DP=174;FAO=77;FDP=173;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.00322308;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.574;QD=16.5943;RBI=0.00545253;REFB=-0.0206999;REVB=-0.00439794;RO=98;SAF=30;SAR=45;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929093;STB=0.554964;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0210871;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:98:96:75:77:0.445087:45:30:48:50:46:31:48:48 chr13 102366825 . A G 3055.11 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2541;QD=63.6481;RBI=0.0375316;REFB=0;REVB=0.00976321;RO=0;SAF=83;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.9527e-05;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:192:192:1:109:83:0:0:109:83:0:0 chr13 102431351 . G C 2056.89 PASS AF=0.985185;AO=132;DP=136;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00339698;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.7;QD=60.945;RBI=0.00630048;REFB=-0.108557;REVB=-0.00530628;RO=2;SAF=66;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141835;STB=0.507352;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-5.33863e-06;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:135:2:2:132:133:0.985185:66:66:0:2:67:66:0:2 chr13 103328660 . A G 417.24 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0282205;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.486;QD=17.0301;RBI=0.032299;REFB=-0.0131754;REVB=-0.0157108;RO=55;SAF=32;SAR=11;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344941;STB=0.694504;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0234564;OID=.;OPOS=103328660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:55:43:43:0.438776:11:32:23:32:11:32:23:32 chr13 103346806 . C G 810.0 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0117638;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=280.172;QD=51.4283;RBI=0.0118274;REFB=-0.157231;REVB=0.00122547;RO=3;SAF=25;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225913;STB=0.504949;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00094651;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:63:63:3:4:59:59:0.936508:34:25:2:1:34:25:2:2 chr13 103384824 . G A 1002.32 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151372;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.724;QD=59.8398;RBI=0.0219854;REFB=0;REVB=-0.0159443;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83397e-05;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:31:36:0:0 chr13 103385015 . A G 2237.1 PASS AF=1;AO=126;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.645;QD=63.0169;RBI=0.0553442;REFB=0;REVB=0.0539964;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404612;OID=.;OPOS=103385015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:126:142:1:62:64:0:0:76:66:0:0 chr13 103385299 . A C 1693.7 PASS AF=0.974359;AO=114;DP=118;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0296574;FXX=0.0168053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.803;QD=57.9044;RBI=0.0299076;REFB=-0.0302106;REVB=0.00386089;RO=3;SAF=52;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103143;STB=0.505434;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.000438971;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:117:3:3:114:114:0.974359:62:52:2:1:62:52:2:1 chr13 103385798 . T C 1638.89 PASS AF=0.94958;AO=111;DP=117;FAO=113;FDP=119;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0327277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9534;QD=55.0889;RBI=0.0329219;REFB=-0.0444283;REVB=-0.00357059;RO=6;SAF=36;SAR=75;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176019;STB=0.509638;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00555834;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:117:119:6:6:111:113:0.94958:75:36:1:5:75:38:1:5 chr13 103386116 . C G 1167.39 PASS AF=0.975;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00292716;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.304;QD=58.3694;RBI=0.0277222;REFB=0.00132709;REVB=0.0275672;RO=0;SAF=25;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505131;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=3.65372e-05;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:80:0:2:78:78:0.975:53:25:0:0:53:25:1:1 chr13 103386283 . A G 3388.18 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674742;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.096;QD=62.4548;RBI=0.00697446;REFB=0;REVB=-0.00176508;RO=0;SAF=101;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11351e-06;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:218:217:0:0:217:217:1:116:101:0:0:116:101:0:0 chr13 103388220 . A G 1956.81 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331621;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.399;QD=62.1211;RBI=0.0374131;REFB=0;REVB=0.017321;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183335;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:63:63:0:0:63:63:0:0 chr13 103388370 . C T 440.28 PASS AF=0.465347;AO=46;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0386256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5414;QD=17.4369;RBI=0.0391304;REFB=-0.0444428;REVB=0.00626506;RO=54;SAF=19;SAR=27;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809568;STB=0.529399;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0352303;OID=.;OPOS=103388370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:46:47:0.465347:27:19:18:36:28:19:19:35 chr13 103391634 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0190126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.048;QD=16.1193;RBI=0.0392159;REFB=-0.0685601;REVB=-0.0342988;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316258;STB=0.679738;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0270519;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:11:2:6:6:11:2 chr13 103394003 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0452544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.034;QD=8.81133;RBI=0.0465222;REFB=-0.0130278;REVB=0.0107867;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141704;STB=0.58795;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0245946;OID=.;OPOS=103394003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:7:4:3:3:7:4 chr13 103394716 . T C 507.32 PASS AF=0.443548;AO=54;DP=123;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.00115846;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.265;QD=16.365;RBI=0.0407084;REFB=-0.0168781;REVB=0.0406919;RO=68;SAF=38;SAR=16;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300336;STB=0.674593;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0170842;OID=.;OPOS=103394716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:68:69:54:55:0.443548:16:38:28:40:16:39:28:41 chr13 103395819 . C T 1913.78 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560257;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.884;QD=61.7349;RBI=0.00666896;REFB=0;REVB=-0.00361749;RO=0;SAF=52;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10554e-05;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:123:124:1:71:52:0:0:72:52:0:0 chr13 103396716 . C G 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0591577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.76;QD=18.7632;RBI=0.0593771;REFB=-0.0111714;REVB=0.00509905;RO=46;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735786;STB=0.541038;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0107675;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:26:16:21:25:26:16:21:25 chr13 103397583 . C G 817.09 PASS AF=0.522293;AO=80;DP=155;FAO=82;FDP=157;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0247441;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9049;QD=20.8175;RBI=0.0625273;REFB=-0.0151308;REVB=0.0574229;RO=74;SAF=33;SAR=47;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179351;STB=0.511973;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0136328;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:74:75:80:82:0.522293:47:33:32:42:49:33:32:43 chr13 103397937 . T G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00174493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.117;QD=15.7005;RBI=0.00453722;REFB=-0.0192559;REVB=0.00418827;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043351;STB=0.512179;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0184087;OID=.;OPOS=103397937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:6:9:10:8:6:9:11:8 chr13 103400083 . G A 602.55 PASS AF=0.446809;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0120271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1297;QD=17.0936;RBI=0.0403607;REFB=-0.00427781;REVB=0.0385271;RO=78;SAF=30;SAR=33;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182219;STB=0.501015;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00461156;OID=.;OPOS=103400083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:78:78:63:63:0.446809:33:30:37:41:33:30:37:41 chr13 103400729 . G A 359.39 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0640885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.63;QD=17.3202;RBI=0.0644022;REFB=-0.00909783;REVB=0.00634824;RO=44;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288855;STB=0.510551;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0137425;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:45:38:38:0.457831:17:21:23:21:17:21:24:21 chr13 103402522 . C T 576.72 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00056273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.803;QD=21.3599;RBI=0.0234349;REFB=-0.0253336;REVB=-0.0234281;RO=50;SAF=23;SAR=35;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722002;STB=0.539684;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0229966;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:35:23:24:26:35:23:24:26 chr13 103410782 . T C 213.5 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.017025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2244;QD=16.1129;RBI=0.0760317;REFB=-0.00647577;REVB=0.0741011;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555195;STB=0.550978;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00717067;OID=.;OPOS=103410782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:29:23:24:0.45283:11:12:13:15:11:13:13:16 chr13 103410914 . A T 411.9 PASS AF=0.5;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.0127863;FXX=0.03529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.086;QD=20.0928;RBI=0.0139711;REFB=-0.0154515;REVB=-0.00563031;RO=41;SAF=22;SAR=19;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239399;STB=0.632197;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.023809;OID=.;OPOS=103410914;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:41:41:41:41:0.5:19:22:11:30:19:22:11:30 chr13 103420670 . AT ATAA,ATA,TA 294.23 PASS AF=0,0.983607,0;AO=7,29,3;DP=60;FAO=0,60,0;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=0,12,0;FSAR=0,48,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0421431,-0.0736701,0.00420264;FXX=0.0161264;HRUN=7,7,5;LEN=2,1,2;MLLD=9.39623,7.80327,6.93698;QD=19.2937;RBI=0.0532833,0.1211,0.0826956;REFB=0.00720488,0.0104987,-0.0658071;REVB=0.0326048,0.0961139,0.0825887;RO=15;SAF=3,2,1;SAR=4,27,2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.108749,-0.388658,0;STB=0.5,0.505153,0.5;STBP=1,0.64,1;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=-0.00773642,-0.000616502,0.0960402;OID=.,.,.;OPOS=103420672,103420672,103420670;OREF=-,-,AT;OALT=AA,A,TA;OMAPALT=ATAA,ATA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:7:60:61:15:1:7,29,3:0,60,0:0,0.983607,0:4,27,2:3,2,1:5:10:0,48,0:0,12,0:0:1 chr13 103420680 . C A 213.08 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=-0.00865532;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1616;QD=14.446;RBI=0.0365037;REFB=-0.00697103;REVB=-0.0354627;RO=33;SAF=4;SAR=21;SRF=4;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077031;STB=0.514128;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00551006;OID=.;OPOS=103420680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:25:25:0.423729:21:4:4:29:21:4:5:29 chr13 103449202 . T C 3317.33 PASS AF=0.941176;AO=222;DP=240;FAO=224;FDP=238;FR=.;FRO=14;FSAF=121;FSAR=103;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0274082;FXX=0.00833299;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.012;QD=55.7534;RBI=0.0276571;REFB=-0.113025;REVB=0.0037021;RO=11;SAF=120;SAR=102;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241585;STB=0.5066;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000672381;OID=.;OPOS=103449202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:240:238:11:14:222:224:0.941176:102:120:3:8:103:121:6:8 chr13 103450973 . T C 707.88 PASS AF=0.492958;AO=70;DP=142;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0149412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.641;QD=19.9402;RBI=0.0233194;REFB=-0.00116213;REVB=-0.017904;RO=72;SAF=27;SAR=43;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082017;STB=0.545309;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00104025;OID=.;OPOS=103450973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:72:72:70:70:0.492958:43:27:34:38:43:27:34:38 chr13 103527849 . G C 957.42 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0104576;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.702;QD=54.7094;RBI=0.010461;REFB=-0.0135007;REVB=-0.000267686;RO=1;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103874;STB=0.516124;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000421016;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:70:1:3:67:67:0.957143:45:22:0:1:45:22:0:3 chr13 103527930 . G C 1171.66 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.007;QD=60.8656;RBI=0.0454158;REFB=0;REVB=0.0431102;RO=0;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112278;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:51:26:0:0:51:26:0:0 chr13 103528002 . G C 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0447577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.722;QD=12.9977;RBI=0.0577199;REFB=0.00691438;REVB=0.0364464;RO=57;SAF=12;SAR=22;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137447;STB=0.5789;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0116628;OID=.;OPOS=103528002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:22:12:27:30:22:12:27:30 chr13 103528337 . G A 608.5 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=149;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=58;FWDB=-0.0144191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.442;QD=16.3354;RBI=0.0164649;REFB=-0.000837391;REVB=0.00794859;RO=85;SAF=31;SAR=33;SRF=27;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172019;STB=0.595747;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00128571;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:85:85:64:64:0.42953:33:31:27:58:33:31:27:58 chr13 103705044 . A C 631.22 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0326952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.019;QD=17.7808;RBI=0.0327031;REFB=-0.0218676;REVB=0.000719206;RO=75;SAF=33;SAR=32;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103867;STB=0.556884;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.027692;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:75:77:65:65:0.457746:32:33:30:45:32:33:31:46 chr13 106119446 . G A 739.64 PASS AF=0.496774;AO=73;DP=151;FAO=77;FDP=155;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0299968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5974;QD=19.0875;RBI=0.0603862;REFB=0.0130352;REVB=-0.0524088;RO=78;SAF=35;SAR=38;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288218;STB=0.509517;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0136925;OID=.;OPOS=106119446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:155:78:78:73:77:0.496774:38:35:35:43:41:36:35:43 chr13 106124937 . A G 965.48 PASS AF=0.502646;AO=93;DP=187;FAO=95;FDP=189;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=0.00756817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.225;QD=20.4335;RBI=0.0339704;REFB=-0.0228697;REVB=-0.0331166;RO=94;SAF=38;SAR=55;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00594012;STB=0.502242;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0225693;OID=.;OPOS=106124937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:94:94:93:95:0.502646:55:38:39:55:56:39:39:55 chr13 107144320 . G A 505.34 PASS AF=0.384615;AO=60;DP=156;FAO=60;FDP=156;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0155558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.793;QD=12.9574;RBI=0.0270051;REFB=-0.0180617;REVB=-0.0220747;RO=96;SAF=32;SAR=28;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249815;STB=0.514134;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0320832;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:96:96:60:60:0.384615:28:32:49:47:28:32:49:47 chr13 107145463 . G C 4903.6 PASS AF=1;AO=301;DP=302;FAO=313;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.064;QD=62.6658;RBI=0.0361865;REFB=0;REVB=0.00478598;RO=0;SAF=145;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34447e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:302:313:0:0:301:313:1:156:145:0:0:161:152:0:0 chr13 108518715 . C T 107.73 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0426707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8868;QD=5.7457;RBI=0.073722;REFB=-0.0361786;REVB=-0.0601177;RO=54;SAF=9;SAR=8;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361859;STB=0.536008;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0887288;OID=.;OPOS=108518715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:58:17:17:0.226667:8:9:27:27:8:9:28:30 chr13 108518717 . C G 32.97 PASS AF=0.1;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0151755;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.887;QD=1.88386;RBI=0.0433132;REFB=-0.0180615;REVB=-0.0405677;RO=60;SAF=6;SAR=1;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505835;STB=0.882022;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.152496;OID=.;OPOS=108518717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:68:70:60:63:7:7:0.1:1:6:24:36:1:6:25:38 chr13 108518727 . T C 188.55 PASS AF=0.362319;AO=22;DP=66;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00517438;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.819;QD=10.9306;RBI=0.00786359;REFB=-0.0268688;REVB=0.0059213;RO=44;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27859;STB=0.613262;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0426109;OID=.;OPOS=108518727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:44:44:22:25:0.362319:9:13:15:29:12:13:15:29 chr13 108862436 . GTAAAAAT AGTAAAAT,GTAAAAATA,GTAAAAT,GTAAAATA,GTATAAAT 80.86 PASS AF=0,0.0392157,0.196078,0.0784314,0.0784314;AO=3,7,8,3,3;DP=52;FAO=0,2,10,4,4;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=0,2,2,4,0;FSAR=0,0,8,0,4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00119922,0.00777108,0.112837,0.057935,0.00841295;FXX=0;HRUN=1,1,5,5,5;LEN=3,1,1,2,1;MLLD=107.408,20.3378,10.0264,22.6885,171.031;QD=6.34177;RBI=0.0286865,0.117561,0.146961,0.127979,0.0329048;REFB=-0.0244199,-0.0596687,-0.11005,-0.0868859,-0.00565584;REVB=-0.0286614,-0.117304,-0.0941554,-0.114115,-0.0318112;RO=22;SAF=0,5,2,2,0;SAR=3,2,6,1,3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.602032,0.210547,-0.351349,0.134471,-0.602032;STB=0.5,0.994594,0.757347,0.997154,0.997296;STBP=1,0.195,0.1,0.039,0.03;TYPE=mnp,ins,del,mnp,snp;VARB=0,0.125419,0.0512636,0.148258,0.103499;OID=.,.,.,.,.;OPOS=108862436,108862444,108862438,108862442,108862439;OREF=GTA,-,A,AT,A;OALT=AGT,A,-,TA,T;OMAPALT=AGTAAAAT,GTAAAAATA,GTAAAAT,GTAAAATA,GTATAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:32:52:51:22:31:3,7,8,3,3:0,2,10,4,4:0,0.0392157,0.196078,0.0784314,0.0784314:3,2,6,1,3:0,5,2,2,0:12:10:0,0,8,0,4:0,2,2,4,0:16:15 chr13 109438084 . T A 3610.54 PASS AF=1;AO=226;DP=228;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.775;QD=63.0661;RBI=0.0186748;REFB=0;REVB=0.0185948;RO=0;SAF=93;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74056e-06;OID=.;OPOS=109438084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:228:229:0:0:226:229:1:133:93:0:0:134:95:0:0 chr13 109518578 . T C 559.75 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.00970386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.77;QD=15.993;RBI=0.00970388;REFB=-0.00717658;REVB=-2.03403e-05;RO=80;SAF=29;SAR=31;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851853;STB=0.504767;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00924631;OID=.;OPOS=109518578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:80:60:60:0.428571:31:29:38:42:31:29:38:42 chr13 109535415 . G C 1044.66 PASS AF=0.55;AO=99;DP=180;FAO=99;FDP=180;FR=.;FRO=81;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0190327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.402;QD=23.2146;RBI=0.0191174;REFB=-0.00387138;REVB=0.00179742;RO=80;SAF=57;SAR=42;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422695;STB=0.520544;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00365708;OID=.;OPOS=109535415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:80:81:99:99:0.55:42:57:42:38:42:57:43:38 chr13 109661359 . C G 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.552;QD=58.9607;RBI=0.0340073;REFB=0;REVB=0.0316174;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120522;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:44:22:0:0:44:22:0:0 chr13 109717928 . A G 644.67 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126281;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.437;QD=59.9694;RBI=0.0173568;REFB=-0.0799653;REVB=0.0119075;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0020827;OID=.;OPOS=109717928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:27:15:0:0:27:15:1:0 chr13 109779906 . C T 3649.45 PASS AF=0.940075;AO=251;DP=267;FAO=251;FDP=267;FR=.;FRO=16;FSAF=133;FSAR=118;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.119846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.464;QD=54.6734;RBI=0.126396;REFB=-0.103722;REVB=-0.040161;RO=14;SAF=133;SAR=118;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114044;STB=0.509489;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00568479;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:267:267:14:16:251:251:0.940075:118:133:9:5:118:133:11:5 chr13 109793474 . T C 3550.23 PASS AF=0.995614;AO=226;DP=226;FAO=227;FDP=228;FR=.;FRO=1;FSAF=131;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0559589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.577;QD=62.2847;RBI=0.0854694;REFB=0.059027;REVB=-0.0646035;RO=0;SAF=130;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50259;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000706545;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:226:228:0:1:226:227:0.995614:96:130:0:0:96:131:0:1 chr13 109793720 . A C 5978.01 PASS AF=1;AO=363;DP=374;FAO=377;FDP=377;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=234;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703062;FXX=0.0156654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.28;QD=63.4272;RBI=0.0738321;REFB=0;REVB=0.0225437;RO=0;SAF=133;SAR=230;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32252e-05;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:374:377:0:0:363:377:1:230:133:0:0:234:143:0:0 chr13 110408608 . C T 2402.61 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.907;QD=61.2129;RBI=0.0121137;REFB=0;REVB=-0.00543539;RO=0;SAF=73;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79731e-05;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:83:73:0:0:83:74:0:0 chr13 110435953 . A G 681.73 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=154;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0168806;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.937;QD=17.9402;RBI=0.0796674;REFB=-0.0168262;REVB=-0.0778585;RO=77;SAF=40;SAR=32;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340002;STB=0.529404;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0165479;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:77:80:72:72:0.473684:32:40:40:37:32:40:40:40 chr13 110436232 . G A 393.94 PASS AF=0.5;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0159646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.266;QD=19.6969;RBI=0.0198689;REFB=-0.0231302;REVB=0.0118282;RO=38;SAF=5;SAR=35;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186811;STB=0.636284;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0151869;OID=.;OPOS=110436232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:38:40:40:40:0.5:35:5:9:29:35:5:11:29 chr13 110819586 . G A 2048.88 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.046;QD=61.6206;RBI=0.0234057;REFB=-0.00530755;REVB=-0.0113171;RO=1;SAF=56;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621337;STB=0.503267;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=2.24344e-05;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:76:56:0:1:76:56:0:1 chr13 110839550 . T G 3666.89 PASS AF=1;AO=211;DP=241;FAO=240;FDP=240;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=118;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623023;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1411;QD=61.1148;RBI=0.0684754;REFB=0;REVB=0.0284129;RO=0;SAF=89;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151297;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:241:240:0:0:211:240:1:122:89:0:0:122:118:0:0 chr13 110843985 . T C 1149.03 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0330822;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.729;QD=58.1786;RBI=0.0369135;REFB=-0.15072;REVB=0.0163762;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.514702;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000413446;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:79:0:2:77:77:0.974684:44:33:0:0:44:33:2:0 chr13 110857823 . C T 2245.38 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=145;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0014724;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.86;QD=62.8077;RBI=0.0205564;REFB=-0.0121646;REVB=0.0205036;RO=1;SAF=55;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543467;STB=0.502857;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=2.56592e-06;OID=.;OPOS=110857823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:143:1:1:142:142:0.993007:87:55:0:1:87:55:0:1 chr13 110857895 . A G 1901.74 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.399;QD=60.8557;RBI=0.0438875;REFB=-0.00204804;REVB=0.021633;RO=0;SAF=43;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358054;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:125:125:0:0:123:125:1:80:43:0:0:80:45:0:0 chr13 110861785 . C G 1876.34 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0478203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.013;QD=60.5272;RBI=0.0528931;REFB=-0.100779;REVB=0.022603;RO=0;SAF=49;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79611e-08;STB=0.50505;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000316777;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:123:123:0.991935:74:49:0:0:74:49:1:0 chr13 110864225 . A T 6217.11 PASS AF=1;AO=391;DP=395;FAO=391;FDP=391;FR=.;FRO=0;FSAF=159;FSAR=232;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133373;FXX=0.0101263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.22;QD=63.6021;RBI=0.0174953;REFB=-0.0840388;REVB=0.0113226;RO=2;SAF=159;SAR=232;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000939357;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26054e-06;OID=.;OPOS=110864225;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:395:391:2:0:391:391:1:232:159:1:1:232:159:0:0 chr13 110959356 . C G 958.87 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.137795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.614;QD=57.246;RBI=0.138184;REFB=-0.0534535;REVB=0.0103688;RO=1;SAF=17;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269769;STB=0.514281;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000323542;OID=.;OPOS=110959356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:49:17:1:0:49:17:1:0 chr13 111077197 . G A 5235.53 PASS AF=0.952255;AO=337;DP=376;FAO=359;FDP=377;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=169;FSAR=190;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.022499;FXX=0.00527691;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.649;QD=55.5494;RBI=0.0335316;REFB=-0.148831;REVB=0.0248629;RO=10;SAF=169;SAR=168;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110677;STB=0.51091;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00327595;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:376:377:10:15:337:359:0.952255:168:169:3:7:190:169:3:12 chr13 111098226 . C T 2217.43 PASS AF=0.986111;AO=139;DP=145;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0423986;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.014;QD=61.5953;RBI=0.0436167;REFB=-0.122458;REVB=-0.0102358;RO=2;SAF=71;SAR=68;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137766;STB=0.507142;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000200652;OID=.;OPOS=111098226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:144:2:2:139:142:0.986111:68:71:0:2:69:73:0:2 chr13 111154058 . T A 1962.95 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010367;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.987;QD=62.3158;RBI=0.0260687;REFB=0;REVB=-0.0239187;RO=0;SAF=53;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123819;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:126:0:0:126:126:1:73:53:0:0:73:53:0:0 chr13 111154061 . T C 2008.38 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1894;QD=62.2755;RBI=0.0257342;REFB=0;REVB=0.0246825;RO=0;SAF=55;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9334e-05;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:74:55:0:0:74:55:0:0 chr13 111155773 . T C 1944.15 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000697042;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.835;QD=62.2127;RBI=0.00485458;REFB=0;REVB=0.00480428;RO=0;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92585e-06;OID=.;OPOS=111155773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:125:0:0:125:125:1:67:58:0:0:67:58:0:0 chr13 111155779 . G A 523.19 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00254574;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.462;QD=17.0144;RBI=0.00709825;REFB=-0.0205005;REVB=0.00662604;RO=65;SAF=21;SAR=35;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717153;STB=0.541386;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0232915;OID=.;OPOS=111155779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:65:67:56:56:0.455285:35:21:29:36:35:21:30:37 chr13 111156499 . C T 4194.44 PASS AF=0.944444;AO=270;DP=291;FAO=289;FDP=306;FR=.;FRO=17;FSAF=144;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=-0.033268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7041;QD=54.8292;RBI=0.0362797;REFB=-0.000202768;REVB=-0.0144726;RO=21;SAF=129;SAR=141;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395734;STB=0.527685;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=3.41248e-05;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:291:306:21:17:270:289:0.944444:141:129:4:17:145:144:0:17 chr13 111158874 . A G 719.25 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=-0.0368041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0588;QD=19.0531;RBI=0.0536689;REFB=-0.0160493;REVB=-0.0390617;RO=77;SAF=34;SAR=40;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150607;STB=0.582985;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0284506;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:77:74:74:0.490066:40:34:48:29:40:34:48:29 chr13 111164614 . T C 465.8 PASS AF=0.385714;AO=48;DP=132;FAO=54;FDP=140;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.0173085;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.965;QD=13.3086;RBI=0.01817;REFB=-0.0165804;REVB=-0.00552843;RO=77;SAF=21;SAR=27;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752129;STB=0.544117;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0197886;OID=.;OPOS=111164614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:140:77:86:48:54:0.385714:27:21:39:38:29:25:46:40 chr13 111176393 . A G 1654.91 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196672;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.502;QD=59.104;RBI=0.0291794;REFB=0.0156804;REVB=-0.0215554;RO=1;SAF=57;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825611;STB=0.504273;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=2.18796e-05;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:110:111:0.991071:53:57:1:0:53:58:1:0 chr13 111279817 . A G 875.87 PASS AF=0.473404;AO=90;DP=189;FAO=89;FDP=188;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.0637514;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.743;QD=18.6356;RBI=0.0773988;REFB=-0.00326567;REVB=-0.0438901;RO=99;SAF=31;SAR=59;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101131;STB=0.553916;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00369454;OID=.;OPOS=111279817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:99:99:90:89:0.473404:59:31:44:55:58:31:44:55 chr13 111290630 . T C 228.14 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0622657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5054;QD=9.60597;RBI=0.0733551;REFB=-0.0628571;REVB=-0.0387808;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233984;STB=0.532972;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0826244;OID=.;OPOS=111290630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:66:29:29:0.305263:15:14:11:31:15:14:35:31 chr13 111290967 . T C 676.59 PASS AF=0.435294;AO=74;DP=171;FAO=74;FDP=170;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=63;FWDB=0.000852278;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.514;QD=15.9198;RBI=0.00173638;REFB=-0.00164145;REVB=0.00151282;RO=96;SAF=32;SAR=42;SRF=33;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929737;STB=0.55171;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00140831;OID=.;OPOS=111290967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:96:96:74:74:0.435294:42:32:33:63:42:32:33:63 chr13 111291044 . T C 565.69 PASS AF=0.479675;AO=58;DP=122;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=0.000659374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.865;QD=18.3965;RBI=0.00238266;REFB=-0.00522407;REVB=0.00228961;RO=64;SAF=23;SAR=35;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084871;STB=0.543079;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00494956;OID=.;OPOS=111291044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:64:64:58:59:0.479675:35:23:20:44:36:23:20:44 chr13 111293915 . T G 838.47 PASS AF=0.403433;AO=94;DP=233;FAO=94;FDP=233;FR=.;FRO=139;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=-0.0225444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1686;QD=14.3944;RBI=0.0401443;REFB=-0.00727041;REVB=0.0332162;RO=137;SAF=36;SAR=58;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11504;STB=0.564992;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.011834;OID=.;OPOS=111293915;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:137:139:94:94:0.403433:58:36:67:70:58:36:68:71 chr13 111315405 . G A 499.43 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00880551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5991;QD=53.9925;RBI=0.01952;REFB=0.137243;REVB=-0.0174211;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518991;STB=0.527762;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00946004;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:18:17:2:0:18:17:2:0 chr13 111319754 . T C 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.648;QD=60.255;RBI=0.0189113;REFB=0;REVB=-0.0141062;RO=0;SAF=40;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43412e-06;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:69:40:0:0:69:40:0:0 chr13 111340342 . G A 537.11 PASS AF=0.491228;AO=55;DP=115;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00021259;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.557;QD=18.846;RBI=0.00410247;REFB=-0.0081228;REVB=0.00409696;RO=59;SAF=26;SAR=29;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649495;STB=0.544415;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00933913;OID=.;OPOS=111340342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:59:58:55:56:0.491228:29:26:32:27:30:26:32:26 chr13 111365104 . A G 4332.06 PASS AF=1;AO=272;DP=275;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024282;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3604;QD=62.7835;RBI=0.0317914;REFB=-0.109965;REVB=0.0205202;RO=1;SAF=135;SAR=137;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190237;OID=.;OPOS=111365104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:275:276:1:0:272:276:1:137:135:1:0:141:135:0:0 chr13 111368163 . CT C,CG 801.46 PASS AF=0.189655,0.810345;AO=11,47;DP=58;FAO=11,47;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=11,26;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016059,-0.00388719;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.6943,82.2589;QD=55.2731;RBI=0.018398,0.019957;REFB=0,0;REVB=0.00897752,0.0195748;RO=0;SAF=11,26;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0024726,0.00175909;OID=.,.;OPOS=111368164,111368164;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.189655,0.810345:11,47:58:11,47:58:0:11,26:0,21:0:0:48:0:11,26:0,21:0:0 chr13 111368316 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0481374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.134;QD=34.6657;RBI=0.0845255;REFB=0.0270614;REVB=0.0694792;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000760424;OID=.;OPOS=111368316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:6:4:0:0:6:4:1:0 chr13 111372392 . T A 145.17 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.578;QD=44.6676;RBI=0.0445251;REFB=0;REVB=-0.00717269;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206903;OID=.;OPOS=111372392;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr13 111531885 . C A 337.96 PASS AF=0.387387;AO=31;DP=100;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0313513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.517;QD=12.1787;RBI=0.0318293;REFB=-0.00635449;REVB=-0.00549597;RO=68;SAF=20;SAR=11;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255842;STB=0.654248;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0142783;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:111:68:68:31:43:0.387387:11:20:29:39:14:29:29:39 chr13 111806245 . A G 6951.4 PASS AF=1;AO=430;DP=431;FAO=438;FDP=438;FR=.;FRO=0;FSAF=281;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641964;FXX=0.00454535;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.555;QD=63.4831;RBI=0.0684544;REFB=0;REVB=0.0237662;RO=0;SAF=275;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94238e-05;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:431:438:0:0:430:438:1:155:275:0:0:157:281:0:0 chr13 111870037 . T C 327.29 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00952539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.006;QD=17.6915;RBI=0.0488243;REFB=-0.0300022;REVB=0.0478861;RO=38;SAF=23;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247291;STB=0.632288;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0215855;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:12:23:15:23:12:23:16:23 chr13 111980537 . C T 3421.04 PASS AF=1;AO=218;DP=218;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.706;QD=62.4848;RBI=0.0367529;REFB=0;REVB=0.0347808;RO=0;SAF=109;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36165e-05;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:219:0:0:218:219:1:109:109:0:0:109:110:0:0 chr13 111992247 . C A 667.61 PASS AF=0.482014;AO=66;DP=140;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.0197684;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0624;QD=19.2119;RBI=0.0207556;REFB=-0.0187295;REVB=0.00632505;RO=72;SAF=49;SAR=17;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190023;STB=0.597085;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0200698;OID=.;OPOS=111992247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:72:72:66:67:0.482014:17:49:41:31:18:49:41:31 chr13 112725791 . G A 329.62 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0345744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1987;QD=20.9285;RBI=0.0420899;REFB=0.010403;REVB=-0.0240035;RO=25;SAF=17;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046133;STB=0.523796;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0411046;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:25:29:34:34:0.539683:17:17:11:14:17:17:13:16 chr13 113153217 . C A 702.52 PASS AF=0.413978;AO=77;DP=187;FAO=77;FDP=186;FR=.;FRO=109;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=-0.0125958;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.537;QD=15.108;RBI=0.0135123;REFB=-0.0016329;REVB=0.00489159;RO=108;SAF=28;SAR=49;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485099;STB=0.530625;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00148186;OID=.;OPOS=113153217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:108:109:77:77:0.413978:49:28:44:64:49:28:45:64 chr13 113153271 . G A 505.94 PASS AF=0.425373;AO=49;DP=129;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.0191305;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.886;QD=15.1025;RBI=0.0266401;REFB=-0.0151649;REVB=0.0185397;RO=79;SAF=23;SAR=26;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706359;STB=0.548677;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.020837;OID=.;OPOS=113153271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:134:79:77:49:57:0.425373:26:23:32:47:30:27:30:47 chr13 113201891 . T A 44.28 PASS AF=0.134328;AO=8;DP=65;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0355966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.534;QD=2.64373;RBI=0.0774351;REFB=-0.0057185;REVB=-0.0687682;RO=56;SAF=0;SAR=8;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.610453;STB=0.78428;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.135567;OID=.;OPOS=113201891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:65:67:56:58:8:9:0.134328:8:0:20:36:8:1:20:38 chr13 113479820 . A G 2474.81 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6346;QD=61.4859;RBI=0.0194781;REFB=0;REVB=0.0120354;RO=0;SAF=75;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76197e-05;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:86:75:0:0:86:75:0:0 chr13 113508839 . G C 1514.85 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0451451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6473;QD=62.4679;RBI=0.0551895;REFB=-0.125977;REVB=0.0317459;RO=1;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839387;STB=0.504424;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000865027;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:56:40:0:1:56:40:0:1 chr13 113527967 . G A 420.93 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00324275;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6793;QD=20.2858;RBI=0.0292262;REFB=-0.00706477;REVB=0.0290458;RO=39;SAF=21;SAR=21;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1005;STB=0.554191;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00459699;OID=.;OPOS=113527967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:39:41:42:42:0.506024:21:21:15:24:21:21:16:25 chr13 113536132 . T C 1312.67 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435828;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.395;QD=61.7726;RBI=0.0213434;REFB=0;REVB=-0.0208937;RO=0;SAF=25;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287682;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:58:25:0:0:60:25:0:0 chr13 113735608 . G A 1911.21 PASS AF=0.929577;AO=128;DP=138;FAO=132;FDP=142;FR=.;FRO=10;FSAF=78;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0467118;FXX=0.0206882;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.299;QD=53.8368;RBI=0.0556252;REFB=-0.0711742;REVB=0.0302021;RO=3;SAF=78;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00261916;STB=0.513832;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00165252;OID=.;OPOS=113735608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:138:142:3:10:128:132:0.929577:50:78:2:1:54:78:4:6 chr13 113739226 . T C 3880.69 PASS AF=1;AO=243;DP=244;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024204;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.833;QD=63.8796;RBI=0.0643254;REFB=0;REVB=0.059598;RO=0;SAF=131;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.78146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91938e-05;OID=.;OPOS=113739226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:243:0:0:243:243:1:112:131:0:0:112:131:0:0 chr13 113744441 . C T 2407.06 PASS AF=0.964286;AO=164;DP=168;FAO=162;FDP=168;FR=.;FRO=6;FSAF=83;FSAR=79;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0295995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0493;QD=57.3108;RBI=0.0313355;REFB=-0.0282698;REVB=-0.010285;RO=1;SAF=85;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055658;STB=0.505516;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00769657;OID=.;OPOS=113744441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:168:168:1:6:164:162:0.964286:79:85:1:0:79:83:4:2 chr13 113747070 . A C 717.3 PASS AF=0.450292;AO=77;DP=170;FAO=77;FDP=171;FR=.;FRO=94;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.0311713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.687;QD=16.779;RBI=0.04059;REFB=-0.00638215;REVB=-0.0259982;RO=92;SAF=49;SAR=28;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148658;STB=0.589047;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00796269;OID=.;OPOS=113747070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:92:94:77:77:0.450292:28:49:45:47:28:49:45:49 chr13 113747124 . A G 2351.93 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.137;QD=61.0891;RBI=0.0104912;REFB=0;REVB=-0.00570206;RO=0;SAF=77;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99912e-06;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:77:77:0:0:77:77:0:0 chr13 113747135 . T C 2353.58 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631189;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6727;QD=64.0429;RBI=0.0934667;REFB=0;REVB=0.0689349;RO=0;SAF=80;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766243;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:145:147:1:65:80:0:0:67:80:0:0 chr13 113752277 . G A 43.47 PASS AF=0.0872483;AO=12;DP=148;FAO=13;FDP=149;FR=.;FRO=136;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=71;FSRR=65;FWDB=-0.00782125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.948;QD=1.16699;RBI=0.0308486;REFB=-6.32793e-05;REVB=-0.0298406;RO=135;SAF=0;SAR=12;SRF=70;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604375;STB=0.917512;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00684131;OID=.;OPOS=113752277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:148:149:135:136:12:13:0.0872483:12:0:70:65:12:1:71:65 chr13 113792754 . T C 346.05 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00774199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.786;QD=24.7176;RBI=0.00985998;REFB=-0.0228463;REVB=0.0061058;RO=21;SAF=24;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142232;STB=0.571385;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0141042;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:22:34:34:0.607143:10:24:11:10:10:24:12:10 chr13 113801737 . C T 499.42 PASS AF=0.375;AO=60;DP=162;FAO=60;FDP=160;FR=.;FRO=100;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=-0.0221382;FXX=0.0123449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.609;QD=12.4856;RBI=0.0232227;REFB=0.00659973;REVB=-0.00701404;RO=99;SAF=31;SAR=29;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651784;STB=0.533434;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0103713;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:99:100:60:60:0.375:29:31:57:42:29:31:57:43 chr13 113812962 . G A 566.7 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00473938;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.19;QD=26.9858;RBI=0.00969345;REFB=-0.00998609;REVB=0.00845584;RO=33;SAF=27;SAR=24;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973569;STB=0.553052;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00509797;OID=.;OPOS=113812962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:33:33:51:51:0.607143:24:27:13:20:24:27:13:20 chr13 113818900 . A G 2980.2 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3397;QD=63.4085;RBI=0.0688312;REFB=0;REVB=-0.0674407;RO=0;SAF=74;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153559;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:188:0:0:187:188:1:113:74:0:0:113:75:0:0 chr13 113897320 . C T 778.09 PASS AF=0.473684;AO=81;DP=172;FAO=81;FDP=171;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0310394;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.895;QD=18.201;RBI=0.0310396;REFB=-0.0142465;REVB=-0.000119019;RO=88;SAF=33;SAR=48;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779489;STB=0.543678;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0138308;OID=.;OPOS=113897320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:88:90:81:81:0.473684:48:33:43:45:48:33:44:46 chr13 113909339 . A G 389.9 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.00184439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.054;QD=16.417;RBI=0.0102294;REFB=-0.0134927;REVB=-0.0100618;RO=54;SAF=9;SAR=32;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44991;STB=0.754022;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0231044;OID=.;OPOS=113909339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:32:9:35:19:32:9:35:19 chr13 113965176 . C A 591.76 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00415082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.205;QD=56.3577;RBI=0.0124945;REFB=-0.0471077;REVB=0.0117849;RO=2;SAF=10;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292456;STB=0.515617;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=1.73155e-05;OID=.;OPOS=113965176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:30:10:1:1:30:10:1:1 chr13 114083316 . C T 496.39 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0137659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.554;QD=20.9005;RBI=0.0288234;REFB=-0.0218286;REVB=-0.0253236;RO=46;SAF=25;SAR=23;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568724;STB=0.526074;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.017726;OID=.;OPOS=114083316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:47:48:48:0.505263:23:25:21:25:23:25:22:25 chr13 114152755 . C T 492.42 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0130057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.984;QD=20.0986;RBI=0.0209201;REFB=-0.0278065;REVB=-0.016386;RO=50;SAF=12;SAR=36;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204865;STB=0.614407;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0223219;OID=.;OPOS=114152755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:36:12:22:28:36:12:22:28 chr13 114154419 . G A 583.54 PASS AF=0.522124;AO=58;DP=115;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.010172;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.088;QD=20.6562;RBI=0.0170923;REFB=-0.0115705;REVB=0.013736;RO=57;SAF=24;SAR=34;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258903;STB=0.527463;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0116137;OID=.;OPOS=114154419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:57:54:58:59:0.522124:34:24:22:35:35:24:19:35 chr13 114156093 . C T 581.54 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0164565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0753;QD=21.945;RBI=0.0779392;REFB=-0.00779412;REVB=0.076182;RO=47;SAF=24;SAR=34;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802172;STB=0.539669;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00961669;OID=.;OPOS=114156093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:48:58:58:0.54717:34:24:24:23:34:24:24:24 chr13 114175004 . C T 728.16 PASS AF=0.487179;AO=76;DP=156;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.00294853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.984;QD=18.6706;RBI=0.00959784;REFB=-0.00941021;REVB=0.00913371;RO=80;SAF=32;SAR=44;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108791;STB=0.560066;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00909883;OID=.;OPOS=114175004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:80:80:76:76:0.487179:44:32:43:37:44:32:43:37 chr13 114175032 . G A 718.18 PASS AF=0.486301;AO=71;DP=146;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.00326612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.974;QD=19.6761;RBI=0.010609;REFB=-0.00640407;REVB=0.0100937;RO=73;SAF=30;SAR=41;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128043;STB=0.577443;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00866693;OID=.;OPOS=114175032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:73:75:71:71:0.486301:41:30:41:32:41:30:43:32 chr13 114204175 . C T 225.36 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0494681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6438;QD=13.2563;RBI=0.0494691;REFB=-0.034268;REVB=-0.000312616;RO=40;SAF=6;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268803;STB=0.67036;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0374804;OID=.;OPOS=114204175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:40:41:26:27:0.397059:20:6:18:22:21:6:19:22 chr13 114312354 . T G 3585.41 PASS AF=0.987179;AO=227;DP=227;FAO=231;FDP=234;FR=.;FRO=3;FSAF=113;FSAR=118;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00219328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.842;QD=61.2891;RBI=0.00220521;REFB=0.00729986;REVB=-0.000229095;RO=0;SAF=109;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502276;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-4.95709e-05;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:227:234:0:3:227:231:0.987179:118:109:0:0:118:113:2:1 chr13 114453605 . C CTGTGTGCACG 157.14 PASS AF=0.308824;AO=20;DP=73;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.022467;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=10;MLLD=255.239;QD=9.24325;RBI=0.0274856;REFB=-0.0135704;REVB=-0.0158334;RO=51;SAF=5;SAR=15;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243432;STB=0.62045;STBP=0.24;TYPE=ins;VARB=0.0260774;OID=.;OPOS=114453606;OREF=-;OALT=TGTGTGCACG;OMAPALT=CTGTGTGCACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308824:20:73:21:68:47:5:16:18:29:99:51:5:15:22:29 chr13 114453619 . C G 31.07 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.153143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4067;QD=2.34504;RBI=0.164449;REFB=-0.0204591;REVB=-0.0599231;RO=46;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236489;STB=0.701708;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0923212;OID=.;OPOS=114453619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:46:47:6:6:0.113208:5:1:15:31:5:1:16:31 chr13 114453873 . G C 219.2 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0205278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1504;QD=13.9173;RBI=0.0577147;REFB=0.00346956;REVB=0.0539407;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162119;STB=0.592521;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00298435;OID=.;OPOS=114453873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:10:16:17:20:10:16:17:20 chr13 114453912 . C T 420.48 PASS AF=0.463158;AO=41;DP=93;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.000648322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.74;QD=17.7043;RBI=0.0102415;REFB=-0.0213062;REVB=-0.010221;RO=49;SAF=17;SAR=24;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013922;STB=0.500244;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0237072;OID=.;OPOS=114453912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:49:51:41:44:0.463158:24:17:21:28:25:19:22:29 chr13 114453997 . CAT C 332.87 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0152764;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.937;QD=15.6643;RBI=0.0388481;REFB=-0.00426411;REVB=0.0357184;RO=47;SAF=10;SAR=26;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145888;STB=0.586416;STBP=0.231;TYPE=del;VARB=0.00576927;OID=.;OPOS=114453998;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423529:36:88:36:85:49:10:26:20:29:99:47:10:26:19:28 chr13 114524944 . A G 2073.95 PASS AF=0.438;AO=218;DP=497;FAO=219;FDP=500;FR=.;FRO=281;FSAF=122;FSAR=97;FSRF=139;FSRR=142;FWDB=0.00390887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.983;QD=16.5916;RBI=0.0199218;REFB=-0.0276774;REVB=-0.0195345;RO=279;SAF=121;SAR=97;SRF=139;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579033;STB=0.535251;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0409139;OID=.;OPOS=114524944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:497:500:279:281:218:219:0.438:97:121:139:140:97:122:139:142 chr13 114525098 . C T 2135.57 PASS AF=0.561605;AO=196;DP=345;FAO=196;FDP=349;FR=.;FRO=153;FSAF=97;FSAR=99;FSRF=87;FSRR=66;FWDB=-0.0515163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9358;QD=24.4764;RBI=0.0601818;REFB=-0.0278784;REVB=-0.0311115;RO=148;SAF=97;SAR=99;SRF=87;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737558;STB=0.532301;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.017966;OID=.;OPOS=114525098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:349:148:153:196:196:0.561605:99:97:87:61:99:97:87:66 chr13 114530114 . G A 475.08 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00805729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.887;QD=17.7598;RBI=0.0382962;REFB=-0.000193166;REVB=-0.037439;RO=56;SAF=14;SAR=37;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183457;STB=0.602463;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=5.51266e-05;OID=.;OPOS=114530114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:37:14:25:31:37:14:25:31 chr13 114531565 . C G 714.91 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=138;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00474343;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3646;QD=20.7219;RBI=0.0278053;REFB=0.00823622;REVB=-0.0273977;RO=68;SAF=38;SAR=32;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090892;STB=0.550027;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00709255;OID=.;OPOS=114531565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:68:68:70:70:0.507246:32:38:30:38:32:38:30:38 chr13 114545925 . A G 541.78 PASS AF=0.278388;AO=76;DP=276;FAO=76;FDP=273;FR=.;FRO=197;FSAF=10;FSAR=66;FSRF=95;FSRR=102;FWDB=0.00822626;FXX=0.0108692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.903;QD=7.93809;RBI=0.0515039;REFB=-0.00477646;REVB=-0.0508427;RO=190;SAF=10;SAR=66;SRF=93;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513825;STB=0.804786;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0279472;OID=.;OPOS=114545925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:273:190:197:76:76:0.278388:66:10:93:97:66:10:95:102 chr13 114623809 . G A 556.59 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=0.00886141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.41;QD=18.7088;RBI=0.0328584;REFB=0.0105419;REVB=0.0316409;RO=60;SAF=26;SAR=32;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140488;STB=0.580676;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0095507;OID=.;OPOS=114623809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:61:58:58:0.487395:32:26:18:42:32:26:18:43 chr13 114623880 . G A 790.99 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.451;QD=55.5081;RBI=0.0459227;REFB=-0.0891423;REVB=0.00770215;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145428;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:57:0:0:56:57:1:36:20:0:0:36:21:0:0 chr13 114747187 . G C 308.3 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.211807;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1703;QD=16.2261;RBI=0.214739;REFB=-0.018804;REVB=0.0353634;RO=30;SAF=7;SAR=27;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764406;STB=0.625926;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0171963;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:30:42:34:34:0.447368:27:7:6:24:27:7:16:26 chr13 114780764 . A G 2159.65 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.521;QD=63.0555;RBI=0.0356865;REFB=0;REVB=-0.0252063;RO=0;SAF=50;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30613e-08;OID=.;OPOS=114780764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:87:50:0:0:87:50:0:0 chr14 19378030 . T A 242.39 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0147901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.788;QD=29.381;RBI=0.11299;REFB=0.0158989;REVB=0.112018;RO=11;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164281;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00286815;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:11:11:21:22:0.666667:12:9:5:6:12:10:5:6 chr14 19686757 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.524;QD=39.2067;RBI=0.0113797;REFB=0;REVB=0.00425278;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180583;OID=.;OPOS=19686757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr14 19686792 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.857;QD=35.5743;RBI=0.0386741;REFB=0;REVB=0.0357992;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722933;OID=.;OPOS=19686792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr14 20002224 . C T 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=24;FWDB=-0.00121726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.197;QD=5.57561;RBI=0.0152688;REFB=-0.00388821;REVB=-0.0152202;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596435;STB=0.832967;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0101001;OID=.;OPOS=20002224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:6:1:0:24:6:1:0:24 chr14 20216298 . T C 2949.93 PASS AF=0.989474;AO=187;DP=190;FAO=188;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=106;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00713245;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2738;QD=62.1038;RBI=0.0539409;REFB=-0.15206;REVB=0.0534672;RO=2;SAF=81;SAR=106;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116101;STB=0.506023;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00423862;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:190:190:2:2:187:188:0.989474:106:81:2:0:106:82:2:0 chr14 20248828 . C T 605.14 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00114828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.131;QD=19.0594;RBI=0.00878772;REFB=-0.0180803;REVB=0.00871237;RO=65;SAF=26;SAR=36;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377461;STB=0.502087;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0204259;OID=.;OPOS=20248828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:65:62:62:0.488189:36:26:27:38:36:26:27:38 chr14 20249176 . G A 967.19 PASS AF=0.455357;AO=102;DP=225;FAO=102;FDP=224;FR=.;FRO=122;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=71;FSRR=51;FWDB=-0.00497335;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.878;QD=17.2712;RBI=0.00978527;REFB=-0.00453055;REVB=-0.00842717;RO=122;SAF=54;SAR=48;SRF=71;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520635;STB=0.528815;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00492961;OID=.;OPOS=20249176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:122:122:102:102:0.455357:48:54:71:51:48:54:71:51 chr14 20249456 . G A 731.79 PASS AF=0.503497;AO=71;DP=142;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0635077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9068;QD=20.4697;RBI=0.0671561;REFB=-0.0134496;REVB=0.0218339;RO=71;SAF=36;SAR=35;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127762;STB=0.503496;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0128901;OID=.;OPOS=20249456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:71:71:71:72:0.503497:35:36:35:36:36:36:35:36 chr14 20295763 . C T 635.05 PASS AF=0.39779;AO=72;DP=181;FAO=72;FDP=181;FR=.;FRO=109;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.0127164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.398;QD=14.0343;RBI=0.0214872;REFB=-0.0213318;REVB=-0.0173203;RO=109;SAF=37;SAR=35;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00969098;STB=0.505452;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0307345;OID=.;OPOS=20295763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:109:109:72:72:0.39779:35:37:57:52:35:37:57:52 chr14 20295834 . T C 962.43 PASS AF=0.451327;AO=101;DP=225;FAO=102;FDP=226;FR=.;FRO=124;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=0.0245018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.466;QD=17.0342;RBI=0.0296704;REFB=0.000932858;REVB=-0.0167331;RO=124;SAF=47;SAR=54;SRF=52;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461062;STB=0.52295;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00110438;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:124:124:101:102:0.451327:54:47:52:72:55:47:52:72 chr14 20296004 . C T 1424.5 PASS AF=0.480392;AO=147;DP=306;FAO=147;FDP=306;FR=.;FRO=159;FSAF=73;FSAR=74;FSRF=78;FSRR=81;FWDB=-0.00211159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.243;QD=18.6209;RBI=0.0490442;REFB=-0.00698706;REVB=-0.0489987;RO=158;SAF=73;SAR=74;SRF=78;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00275802;STB=0.503134;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00728117;OID=.;OPOS=20296004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:158:159:147:147:0.480392:74:73:78:80:74:73:78:81 chr14 20296177 . C G 1065.72 PASS AF=0.453815;AO=113;DP=251;FAO=113;FDP=249;FR=.;FRO=136;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=79;FSRR=57;FWDB=0.00979039;FXX=0.00796781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9846;QD=17.12;RBI=0.0298421;REFB=-0.00269385;REVB=0.0281904;RO=136;SAF=47;SAR=66;SRF=78;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155364;STB=0.589897;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00344699;OID=.;OPOS=20296177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:249:136:136:113:113:0.453815:66:47:78:58:66:47:79:57 chr14 20389606 . G A 1612.47 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262013;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.453;QD=60.2792;RBI=0.0281164;REFB=0;REVB=0.0101992;RO=0;SAF=27;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21223e-05;OID=.;OPOS=20389606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:80:27:0:0:80:27:0:0 chr14 20389721 . G A 412.12 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.226;QD=56.8444;RBI=0.0260846;REFB=0;REVB=0.0222281;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24018e-05;OID=.;OPOS=20389721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:16:11:0:0:17:12:0:0 chr14 20404238 . G A 1126.82 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00109614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.231;QD=57.7856;RBI=0.0181986;REFB=0.0349687;REVB=-0.0181655;RO=2;SAF=44;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00392447;STB=0.502074;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000395209;OID=.;OPOS=20404238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:32:44:1:1:32:44:1:1 chr14 20404736 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00788414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.943;QD=62.6697;RBI=0.0267587;REFB=0;REVB=-0.0255708;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113695;OID=.;OPOS=20404736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr14 20404767 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.079;QD=60.2298;RBI=0.0799416;REFB=0;REVB=0.0279224;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262071;OID=.;OPOS=20404767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr14 20444490 . C T 1358.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.173;QD=62.4632;RBI=0.0043596;REFB=0;REVB=0.00151846;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21808e-06;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr14 20470399 . G A 552.96 PASS AF=0.443609;AO=58;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0380828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.787;QD=16.6304;RBI=0.0380897;REFB=-0.0113362;REVB=0.000725924;RO=74;SAF=23;SAR=35;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119092;STB=0.570069;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0127705;OID=.;OPOS=20470399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:74:74:58:59:0.443609:35:23:38:36:36:23:38:36 chr14 20470737 . G A 625.63 PASS AF=0.421687;AO=70;DP=160;FAO=70;FDP=166;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.00126477;FXX=0.00598767;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.43;QD=15.0754;RBI=0.0012674;REFB=0.00467958;REVB=-8.1484e-05;RO=90;SAF=35;SAR=35;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672694;STB=0.530112;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00536942;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:166:90:96:70:70:0.421687:35:35:51:39:35:35:53:43 chr14 20470903 . T C 513.27 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0026592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.188;QD=15.793;RBI=0.00265987;REFB=-0.00277412;REVB=-5.9381e-05;RO=74;SAF=20;SAR=36;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15016;STB=0.584252;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00361426;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:74:56:56:0.430769:36:20:37:37:36:20:37:37 chr14 20482471 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.788;QD=49.5992;RBI=0.0701389;REFB=0;REVB=0.0698102;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030998;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr14 20502331 . T C 198.85 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0164959;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.032;QD=19.3995;RBI=0.0362834;REFB=-0.007096;REVB=-0.0323167;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971332;STB=0.573694;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00705303;OID=.;OPOS=20502331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:21:19:20:0.487805:6:13:13:9:6:14:12:9 chr14 20528207 . G A 1097.31 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2456;QD=60.1263;RBI=0.12566;REFB=0;REVB=-0.016716;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924066;OID=.;OPOS=20528207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr14 20528321 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.341;QD=58.1409;RBI=0.0306522;REFB=0;REVB=0.0203605;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71339e-05;OID=.;OPOS=20528321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr14 20528359 . G T 130.41 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.078214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6597;QD=43.4691;RBI=0.090691;REFB=0;REVB=-0.0459068;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00584393;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr14 20528362 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.033;QD=43.4843;RBI=0.0212461;REFB=0;REVB=-0.0167156;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32231e-05;OID=.;OPOS=20528362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr14 20528448 . TCATAGATTTGCTCACTGAC T 542.27 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218365;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=19;MLLD=610.619;QD=60.2522;RBI=0.0050756;REFB=0;REVB=-0.00458185;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.94861e-06;OID=.;OPOS=20528449;OREF=CATAGATTTGCTCACTGAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:36:36:36:0:28:8:0:0:4:0:28:7:0:0 chr14 20528505 . T A 1396.23 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.673;QD=62.7519;RBI=0.0659467;REFB=0;REVB=0.0649888;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193923;OID=.;OPOS=20528505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr14 20528528 . G A 1629.53 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0334895;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.992;QD=58.1975;RBI=0.0338512;REFB=-0.140118;REVB=-0.00493491;RO=1;SAF=57;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825611;STB=0.500325;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000502346;OID=.;OPOS=20528528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:1:2:110:110:0.982143:53:57:1:0:53:57:1:1 chr14 20529019 . C T 1942.48 PASS AF=0.969925;AO=128;DP=132;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0261825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.255;QD=58.4204;RBI=0.0303496;REFB=-0.0373853;REVB=0.0153484;RO=4;SAF=57;SAR=71;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321805;STB=0.516946;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00097383;OID=.;OPOS=20529019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:132:133:4:4:128:129:0.969925:71:57:4:0:72:57:4:0 chr14 20529043 . C G 1674.56 PASS AF=0.966102;AO=113;DP=118;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0612156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9544;QD=56.7647;RBI=0.0675317;REFB=0.0936263;REVB=0.0285162;RO=4;SAF=48;SAR=65;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498743;STB=0.502425;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00210727;OID=.;OPOS=20529043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:118:118:4:4:113:114:0.966102:65:48:2:2:65:49:2:2 chr14 20586042 . G C 700.19 PASS AF=0.458333;AO=67;DP=158;FAO=77;FDP=168;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=0.0121337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.948;QD=16.6711;RBI=0.0133661;REFB=-0.00805998;REVB=-0.005606;RO=88;SAF=30;SAR=37;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186021;STB=0.504931;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00810198;OID=.;OPOS=20586042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:168:88:91:67:77:0.458333:37:30:41:47:43:34:41:50 chr14 20586432 . C T 689.52 PASS AF=0.47619;AO=70;DP=147;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00533207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.933;QD=18.7624;RBI=0.0216361;REFB=-0.000237653;REVB=-0.0209688;RO=77;SAF=24;SAR=46;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185759;STB=0.603036;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000153724;OID=.;OPOS=20586432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:77:77:70:70:0.47619:46:24:41:36:46:24:41:36 chr14 20665790 . T A 955.23 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.126;QD=58.7834;RBI=0.0280062;REFB=0;REVB=0.0216451;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99166e-06;OID=.;OPOS=20665790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:21:43:0:0:22:43:0:0 chr14 20665840 . G A 1270.68 PASS AF=0.988095;AO=79;DP=81;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0478714;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0726;QD=60.5086;RBI=0.0597532;REFB=0.209758;REVB=0.03576;RO=1;SAF=55;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853079;STB=0.504272;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00178008;OID=.;OPOS=20665840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:84:1:1:79:83:0.988095:24:55:1:0:25:58:1:0 chr14 20665887 . G C 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5295;QD=64.1537;RBI=0.0330595;REFB=0;REVB=-0.00817999;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237366;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:41:58:0:0:41:58:0:0 chr14 20692188 . T C 592.01 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0197709;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.926;QD=18.6459;RBI=0.0198892;REFB=-0.0284117;REVB=0.00216598;RO=60;SAF=25;SAR=36;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673072;STB=0.563213;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0323101;OID=.;OPOS=20692188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:127:60:66:61:61:0.480315:36:25:29:31:36:25:35:31 chr14 20692291 . C T 692.3 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.00259405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.605;QD=19.5014;RBI=0.017316;REFB=-0.0100344;REVB=-0.0171206;RO=73;SAF=32;SAR=37;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027411;STB=0.515147;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0171254;OID=.;OPOS=20692291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:73:73:69:69:0.485915:37:32:36:37:37:32:36:37 chr14 20692453 . G T 638.31 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0350158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.56;QD=26.0534;RBI=0.0400035;REFB=0.0114275;REVB=-0.0193437;RO=41;SAF=23;SAR=34;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028077;STB=0.515337;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00860409;OID=.;OPOS=20692453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:34:23:18:23:34:23:18:23 chr14 20692574 . T C 449.23 PASS AF=0.359477;AO=55;DP=153;FAO=55;FDP=153;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=0.00334944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.902;QD=11.7446;RBI=0.00638487;REFB=-0.0203616;REVB=0.00543579;RO=98;SAF=20;SAR=35;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179161;STB=0.602386;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0338585;OID=.;OPOS=20692574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:98:98:55:55:0.359477:35:20:51:47:35:20:51:47 chr14 20692643 . T C 568.39 PASS AF=0.407407;AO=66;DP=162;FAO=66;FDP=162;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=-0.0142662;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.927;QD=14.0343;RBI=0.0142692;REFB=-0.0066707;REVB=0.000293177;RO=96;SAF=24;SAR=42;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477713;STB=0.526873;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0106227;OID=.;OPOS=20692643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:96:96:66:66:0.407407:42:24:39:57:42:24:39:57 chr14 20697600 . T G 649.92 PASS AF=0.403315;AO=74;DP=180;FAO=73;FDP=181;FR=.;FRO=108;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=0.0280042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8567;QD=14.3629;RBI=0.0326188;REFB=-0.0227918;REVB=-0.0167258;RO=106;SAF=26;SAR=48;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151844;STB=0.577847;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0362186;OID=.;OPOS=20697600;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:106:108:74:73:0.403315:48:26:52:54:47:26:52:56 chr14 20698068 . G T 220.4 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00553816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5121;QD=24.4889;RBI=0.0964119;REFB=-0.0239993;REVB=-0.0962527;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720767;STB=0.531885;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0146346;OID=.;OPOS=20698068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:15:20:21:0.583333:7:13:11:4:7:14:11:4 chr14 20698239 . T C 646.62 PASS AF=0.440994;AO=71;DP=162;FAO=71;FDP=161;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.00499493;FXX=0.00617246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.922;QD=16.0652;RBI=0.0253636;REFB=0.0091524;REVB=-0.0248669;RO=90;SAF=40;SAR=31;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861788;STB=0.548028;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00997828;OID=.;OPOS=20698239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:90:90:71:71:0.440994:31:40:43:47:31:40:43:47 chr14 20698298 . T G 611.54 PASS AF=0.397727;AO=70;DP=176;FAO=70;FDP=176;FR=.;FRO=106;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=0.0533746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0138;QD=13.8985;RBI=0.0873752;REFB=-0.0156072;REVB=-0.0691779;RO=101;SAF=42;SAR=28;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203143;STB=0.599971;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0348454;OID=.;OPOS=20698298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:101:106:70:70:0.397727:28:42:41:60:28:42:46:60 chr14 20764585 . A C 1659.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1856;QD=60.3492;RBI=0.0155115;REFB=0;REVB=0.000803551;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94054e-05;OID=.;OPOS=20764585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:52:58:0:0:52:58:0:0 chr14 20770036 . T C 2351.85 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.407;QD=61.0871;RBI=0.061141;REFB=0;REVB=0.0604269;RO=0;SAF=94;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44269e-05;OID=.;OPOS=20770036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:60:94:0:0:60:94:0:0 chr14 20824181 . T C 985.99 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.49;QD=57.9992;RBI=0.053892;REFB=0;REVB=0.0366286;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000988822;OID=.;OPOS=20824181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:35:33:0:0 chr14 20852029 . A G 281.98 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0150362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.735;QD=14.6483;RBI=0.0227983;REFB=0.00451313;REVB=0.017137;RO=45;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109251;STB=0.561999;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00527632;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:19:13:23:22:19:13:23:22 chr14 20852817 . G A 568.36 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0226001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.45;QD=18.7888;RBI=0.0328733;REFB=-0.015573;REVB=0.0238724;RO=60;SAF=26;SAR=33;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696418;STB=0.530596;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0173291;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:62:59:59:0.487603:33:26:31:29:33:26:31:31 chr14 20854734 . A G 2662.17 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611681;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.243;QD=62.2729;RBI=0.00934549;REFB=0;REVB=-0.00706561;RO=0;SAF=76;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51574e-07;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:95:76:0:0:95:76:0:0 chr14 20872881 . G T 373.21 PASS AF=0.453488;AO=37;DP=85;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00109578;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.512;QD=17.3586;RBI=0.0129729;REFB=0.000594032;REVB=0.0129265;RO=48;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761461;STB=0.549974;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00063169;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:48:47:37:39:0.453488:18:19:21:27:18:21:21:26 chr14 20876253 . A G 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0336191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.905;QD=18.1597;RBI=0.0338925;REFB=-0.0199101;REVB=-0.00429618;RO=37;SAF=20;SAR=16;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868232;STB=0.559238;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0219959;OID=.;OPOS=20876253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:39:36:36:0.48:16:20:24:13:16:20:26:13 chr14 20897064 . C T 410.31 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0146989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.797;QD=18.2358;RBI=0.0154293;REFB=-0.0204106;REVB=0.00469091;RO=46;SAF=16;SAR=26;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213631;STB=0.608459;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0228952;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:48:42:42:0.466667:26:16:28:18:26:16:28:20 chr14 20897676 . T C 896.4 PASS AF=0.467662;AO=92;DP=199;FAO=94;FDP=201;FR=.;FRO=107;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=70;FSRR=37;FWDB=-0.00482576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.504;QD=17.8389;RBI=0.0193265;REFB=-0.024525;REVB=0.0187143;RO=107;SAF=54;SAR=38;SRF=70;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683602;STB=0.532703;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0269888;OID=.;OPOS=20897676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:107:107:92:94:0.467662:38:54:70:37:38:56:70:37 chr14 20898058 . G C 541.72 PASS AF=0.544554;AO=48;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0229338;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.459;QD=21.4544;RBI=0.0602356;REFB=-0.0604142;REVB=-0.0556989;RO=28;SAF=26;SAR=22;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765379;STB=0.551866;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.035443;OID=.;OPOS=20898058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:28:46:48:55:0.544554:22:26:12:16:26:29:19:27 chr14 20916249 . T C 88.27 PASS AF=0.245614;AO=11;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0140615;FXX=0.0338926;HRUN=6;LEN=1;MLLD=124.162;QD=6.1941;RBI=0.0141334;REFB=-0.00748602;REVB=0.00142375;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235659;STB=0.584293;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0168202;OID=.;OPOS=20916249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:57:57:32:43:11:14:0.245614:7:4:18:14:9:5:20:23 chr14 20916958 . T C 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.000281462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.101;QD=17.2246;RBI=0.0155193;REFB=-0.0110281;REVB=-0.0155167;RO=39;SAF=20;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268618;STB=0.515041;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0155765;OID=.;OPOS=20916958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:14:20:24:15:14:20:24:15 chr14 20920250 . T C 695.06 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00967374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.581;QD=21.5524;RBI=0.0296276;REFB=-0.0240646;REVB=-0.0280038;RO=61;SAF=32;SAR=36;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242089;STB=0.513287;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0246459;OID=.;OPOS=20920250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:61:61:68:68:0.527132:36:32:27:34:36:32:27:34 chr14 20924204 . A G 426.18 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0180042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.14;QD=14.0885;RBI=0.0206768;REFB=-0.00482592;REVB=-0.0101676;RO=71;SAF=17;SAR=32;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202254;STB=0.618522;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00905533;OID=.;OPOS=20924204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:71:72:49:49:0.404959:32:17:38:33:32:17:39:33 chr14 20925154 . T G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.014316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.751;QD=16.0339;RBI=0.0305159;REFB=-0.0132368;REVB=-0.0269494;RO=28;SAF=16;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286012;STB=0.666481;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0251971;OID=.;OPOS=20925154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:4:16:16:12:4:16:16:12 chr14 20940606 . G A 703.8 PASS AF=0.480519;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.000274228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.807;QD=18.2805;RBI=0.0369446;REFB=0.00547847;REVB=-0.0369436;RO=79;SAF=30;SAR=44;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721142;STB=0.54349;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00849158;OID=.;OPOS=20940606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:79:80:74:74:0.480519:44:30:38:41:44:30:39:41 chr14 20940626 . C T 827.36 PASS AF=0.522013;AO=83;DP=159;FAO=83;FDP=159;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00377797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=335.486;QD=20.8142;RBI=0.0057914;REFB=-0.00418369;REVB=-0.00438945;RO=75;SAF=33;SAR=50;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848072;STB=0.550034;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00351514;OID=.;OPOS=20940626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:75:76:83:83:0.522013:50:33:37:38:50:33:38:38 chr14 20948314 . C G 228.28 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0371807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9115;QD=21.7407;RBI=0.0535241;REFB=0.00289076;REVB=0.0385023;RO=20;SAF=3;SAR=19;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10389;STB=0.558766;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.000613069;OID=.;OPOS=20948314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:19:3:4:16:19:3:4:16 chr14 20978834 . G A 490.9 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0258284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.955;QD=19.2511;RBI=0.0285832;REFB=-0.0198335;REVB=-0.0122431;RO=51;SAF=19;SAR=32;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190588;STB=0.510537;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0199264;OID=.;OPOS=20978834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:32:19:18:33:32:19:18:33 chr14 21024619 . A G 665.86 PASS AF=0.439759;AO=73;DP=166;FAO=73;FDP=166;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=0.00883438;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3367;QD=16.0448;RBI=0.0303779;REFB=-0.0100211;REVB=-0.0290649;RO=93;SAF=35;SAR=38;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476612;STB=0.526552;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00915947;OID=.;OPOS=21024619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:93:93:73:73:0.439759:38:35:49:44:38:35:49:44 chr14 21024786 . A G 1104.53 PASS AF=0.462151;AO=116;DP=251;FAO=116;FDP=251;FR=.;FRO=135;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=78;FSRR=57;FWDB=-0.00267689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.669;QD=17.602;RBI=0.00319466;REFB=-0.0137864;REVB=-0.00174359;RO=134;SAF=59;SAR=57;SRF=78;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714421;STB=0.537248;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0141144;OID=.;OPOS=21024786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:134:135:116:116:0.462151:57:59:78:56:57:59:78:57 chr14 21058902 . G A 2252.25 PASS AF=1;AO=147;DP=151;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197846;FXX=0.0264883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.424;QD=61.2857;RBI=0.0211538;REFB=0;REVB=0.0210611;RO=0;SAF=87;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139044;OID=.;OPOS=21058902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:147:0:0:147:147:1:60:87:0:0:60:87:0:0 chr14 21081996 . C T 3244.52 PASS AF=0.951754;AO=217;DP=229;FAO=217;FDP=228;FR=.;FRO=11;FSAF=102;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0194978;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.56;QD=56.9214;RBI=0.0626518;REFB=-0.105733;REVB=0.0595406;RO=11;SAF=102;SAR=115;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349988;STB=0.518396;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00148064;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:229:228:11:11:217:217:0.951754:115:102:1:10:115:102:1:10 chr14 21099400 . G A 516.31 PASS AF=0.386076;AO=61;DP=158;FAO=61;FDP=158;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.0220844;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.498;QD=13.0711;RBI=0.0301448;REFB=-0.0167878;REVB=-0.020518;RO=97;SAF=24;SAR=37;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134116;STB=0.575911;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0269069;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:97:97:61:61:0.386076:37:24:50:47:37:24:50:47 chr14 21101155 . C T 427.44 PASS AF=0.436364;AO=47;DP=109;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00297858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.212;QD=15.5432;RBI=0.0119345;REFB=-0.0161689;REVB=0.0115568;RO=62;SAF=19;SAR=28;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049244;STB=0.532408;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.019816;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:62:62:47:48:0.436364:28:19:28:34:29:19:28:34 chr14 21109141 . C T 1141.65 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332834;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.471;QD=60.8883;RBI=0.0658611;REFB=0;REVB=0.0568322;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310675;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr14 21109170 . T A 1418.65 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00930114;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.22;QD=63.051;RBI=0.0474664;REFB=0;REVB=-0.0465462;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176637;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:55:35:0:0:55:35:0:0 chr14 21109671 . A G 485.2 PASS AF=0.477477;AO=44;DP=104;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.000442101;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.326;QD=17.4846;RBI=0.0133433;REFB=-0.00854814;REVB=0.013336;RO=55;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733587;STB=0.509269;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00930855;OID=.;OPOS=21109671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:111:55:58:44:53:0.477477:24:20:21:34:32:21:22:36 chr14 21109726 . G A 477.78 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0411801;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.604;QD=21.967;RBI=0.0438249;REFB=-0.0297971;REVB=-0.0149939;RO=40;SAF=16;SAR=30;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250364;STB=0.509306;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0204663;OID=.;OPOS=21109726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:40:41:46:46:0.528736:30:16:15:25:30:16:15:26 chr14 21128133 . T C 942.93 PASS AF=0.454955;AO=100;DP=223;FAO=101;FDP=222;FR=.;FRO=121;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=65;FWDB=-0.0374402;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4116;QD=16.9898;RBI=0.0390946;REFB=0.00776723;REVB=-0.0112525;RO=121;SAF=48;SAR=52;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170207;STB=0.512193;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00603521;OID=.;OPOS=21128133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:121:121:100:101:0.454955:52:48:56:65:52:49:56:65 chr14 21149930 . T C 1074.71 PASS AF=0.528497;AO=102;DP=194;FAO=102;FDP=193;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.00371714;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.868;QD=22.2739;RBI=0.0200056;REFB=-0.0210583;REVB=0.0196572;RO=92;SAF=47;SAR=55;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529023;STB=0.526311;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0141111;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:92:91:102:102:0.528497:55:47:48:44:55:47:47:44 chr14 21151483 . T G 3086.39 PASS AF=0.507488;AO=299;DP=596;FAO=305;FDP=601;FR=.;FRO=296;FSAF=134;FSAR=171;FSRF=120;FSRR=176;FWDB=0.0427033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0564;QD=20.5417;RBI=0.0474135;REFB=-0.0312608;REVB=0.0206026;RO=296;SAF=130;SAR=169;SRF=120;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273167;STB=0.517034;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.030021;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:596:601:296:296:299:305:0.507488:169:130:120:176:171:134:120:176 chr14 21152167 . G C 466.15 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0367352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.451;QD=13.812;RBI=0.0516044;REFB=0.00128879;REVB=0.0362428;RO=82;SAF=21;SAR=32;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607686;STB=0.534395;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00154086;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:82:82:53:53:0.392593:32:21:37:45:32:21:37:45 chr14 21152259 . T C 387.97 PASS AF=0.365079;AO=36;DP=131;FAO=46;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.00866313;FXX=0.038165;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.537;QD=12.3166;RBI=0.0377515;REFB=-0.00652418;REVB=-0.0367441;RO=50;SAF=14;SAR=22;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2355;STB=0.584219;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0115842;OID=.;OPOS=21152259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:126:50:80:36:46:0.365079:22:14:31:19:31:15:36:44 chr14 21167576 . A T 577.19 PASS AF=0.508621;AO=58;DP=115;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0129228;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7893;QD=19.9032;RBI=0.121623;REFB=-0.0271802;REVB=-0.120934;RO=50;SAF=31;SAR=27;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045972;STB=0.525415;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0267335;OID=.;OPOS=21167576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:50:57:58:59:0.508621:27:31:24:26:28:31:27:30 chr14 21168055 . T C 919.03 PASS AF=0.571429;AO=82;DP=149;FAO=88;FDP=154;FR=.;FRO=66;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00787178;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.537;QD=23.8708;RBI=0.00828212;REFB=-0.0138668;REVB=0.00257461;RO=66;SAF=41;SAR=41;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371303;STB=0.529197;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00843211;OID=.;OPOS=21168055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:154:66:66:82:88:0.571429:41:41:30:36:42:46:30:36 chr14 21168084 . C T 1628.87 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0356286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4086;QD=58.1738;RBI=0.0373539;REFB=-0.0290136;REVB=0.0112212;RO=1;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797874;STB=0.500653;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0048326;OID=.;OPOS=21168084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:1:2:110:110:0.982143:59:51:0:1:59:51:1:1 chr14 21215997 . C T 1234.67 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00438371;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.577;QD=60.2278;RBI=0.00455126;REFB=-0.0856172;REVB=0.00122355;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101833;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000215729;OID=.;OPOS=21215997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:81:81:0.987805:35:46:1:0:35:46:1:0 chr14 21216423 . A C 1018.58 PASS AF=0.551136;AO=97;DP=176;FAO=97;FDP=176;FR=.;FRO=79;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.0122896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.314;QD=23.1495;RBI=0.0122995;REFB=-0.018388;REVB=-0.000491603;RO=79;SAF=45;SAR=52;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453881;STB=0.524754;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0135511;OID=.;OPOS=21216423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:79:79:97:97:0.551136:52:45:41:38:52:45:41:38 chr14 21216499 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0355536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.924;QD=18.0868;RBI=0.0389038;REFB=-0.00745157;REVB=-0.0157941;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101431;STB=0.547476;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00593383;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:27:25:26:0.490566:14:11:9:18:15:11:9:18 chr14 21238318 . G A 298.21 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.000585198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4948;QD=20.927;RBI=0.012922;REFB=-0.0140095;REVB=-0.0129088;RO=26;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569432;STB=0.531625;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0108125;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:21:10:10:16:21:10:10:16 chr14 21238322 . C G 214.49 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.011554;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1186;QD=14.5417;RBI=0.0500378;REFB=-0.0171188;REVB=0.0486856;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406233;STB=0.523082;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0154201;OID=.;OPOS=21238322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:34:25:25:0.423729:16:9:11:23:16:9:11:23 chr14 21238871 . A G 408.25 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.0039532;FXX=0.0170926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2243;QD=14.2002;RBI=0.0254134;REFB=-0.0242828;REVB=-0.025104;RO=62;SAF=19;SAR=28;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05265;STB=0.541146;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0268015;OID=.;OPOS=21238871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:68:47:47:0.408696:28:19:22:40:28:19:23:45 chr14 21238926 . T C 378.81 PASS AF=0.387931;AO=45;DP=116;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=0.00742947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.217;QD=13.0624;RBI=0.007967;REFB=-0.0337155;REVB=0.00287682;RO=71;SAF=22;SAR=23;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195326;STB=0.610123;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0312975;OID=.;OPOS=21238926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:71:71:45:45:0.387931:23:22:22:49:23:22:22:49 chr14 21238946 . A G 435.35 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=0.0136236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.672;QD=13.9312;RBI=0.0223481;REFB=-0.00810622;REVB=0.0177154;RO=75;SAF=21;SAR=29;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111634;STB=0.56279;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0182544;OID=.;OPOS=21238946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:75:75:50:50:0.4:29:21:24:51:29:21:24:51 chr14 21238979 . A T 448.72 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.00630372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.081;QD=15.7447;RBI=0.0144959;REFB=0.0070032;REVB=-0.0130535;RO=64;SAF=23;SAR=27;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135172;STB=0.575382;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00737949;OID=.;OPOS=21238979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:27:23:21:43:27:23:21:43 chr14 21239104 . G C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00762812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.98;QD=14.3343;RBI=0.0182424;REFB=-0.0171245;REVB=0.016571;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142989;STB=0.583162;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0130162;OID=.;OPOS=21239104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:2:8:6:3:2:8 chr14 21250124 . G A 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0144013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.112;QD=11.2962;RBI=0.0169238;REFB=-0.00836093;REVB=0.00888913;RO=34;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189016;STB=0.610988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0183206;OID=.;OPOS=21250124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:7:11:15:19:7:11:15:19 chr14 21250366 . T C 2059.9 PASS AF=0.93038;AO=141;DP=153;FAO=147;FDP=158;FR=.;FRO=11;FSAF=76;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.00177188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5311;QD=52.1494;RBI=0.0261245;REFB=-0.162633;REVB=0.0260644;RO=1;SAF=75;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714996;STB=0.535943;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00363233;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:153:158:1:11:141:147:0.93038:66:75:0:1:71:76:0:11 chr14 21360216 . C G 328.87 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.014151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.716;QD=17.3088;RBI=0.0485216;REFB=-0.019866;REVB=0.0464122;RO=40;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275861;STB=0.651049;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0174683;OID=.;OPOS=21360216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:39:26:26:0.342105:10:16:14:26:10:16:14:25 chr14 21360344 . G C 543.44 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0212849;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8802;QD=22.4099;RBI=0.0423132;REFB=-0.0237933;REVB=-0.0365699;RO=45;SAF=26;SAR=25;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933796;STB=0.556072;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0235103;OID=.;OPOS=21360344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:45:46:51:51:0.525773:25:26:18:27:25:26:18:28 chr14 21387994 . A G 792.14 PASS AF=0.43299;AO=84;DP=190;FAO=84;FDP=194;FR=.;FRO=110;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.00515292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.096;QD=16.3328;RBI=0.00545121;REFB=-0.00184733;REVB=0.00177852;RO=105;SAF=33;SAR=51;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142003;STB=0.572159;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00249858;OID=.;OPOS=21387994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:194:105:110:84:84:0.43299:51:33:56:49:51:33:57:53 chr14 21388266 . G C 445.98 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0032981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.991;QD=15.3786;RBI=0.0380327;REFB=-0.0146941;REVB=-0.0378895;RO=65;SAF=28;SAR=22;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993998;STB=0.559976;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0202948;OID=.;OPOS=21388266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:66:50:50:0.431034:22:28:30:35:22:28:30:36 chr14 21458320 . CCCCG C 961.31 PASS AF=0.409429;AO=143;DP=416;FAO=165;FDP=403;FR=.;FRO=238;FSAF=84;FSAR=81;FSRF=115;FSRR=123;FWDB=0.0310635;FXX=0.028915;HRUN=5;LEN=4;MLLD=266.13;QD=9.54156;RBI=0.0315805;REFB=-0.00563298;REVB=-0.00569083;RO=226;SAF=69;SAR=74;SRF=107;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099052;STB=0.515289;STBP=0.606;TYPE=del;VARB=0.00843919;OID=.;OPOS=21458321;OREF=CCCG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409429:143:416:165:403:238:84:81:115:123:99:226:69:74:107:119 chr14 21467913 . T G 641.51 PASS AF=0.448718;AO=70;DP=157;FAO=70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0134941;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.354;QD=16.4489;RBI=0.0150467;REFB=0.00155864;REVB=0.00665668;RO=86;SAF=32;SAR=38;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884474;STB=0.549199;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.002245;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:86:86:70:70:0.448718:38:32:47:39:38:32:47:39 chr14 21469147 . CTTTTTTG CTTTCTTG,CTTTTTGT 525.14 PASS AF=0.5875,0;AO=35,4;DP=82;FAO=47,0;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=18,0;FSAR=29,0;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0267947,-0.21587;FXX=0.0243873;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=221.237,18.4255;QD=26.2572;RBI=0.0268597,0.218146;REFB=-0.0420482,-0.0601241;REVB=-0.00186753,-0.0314303;RO=15;SAF=10,4;SAR=25,0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.154626,0.661837;STB=0.578973,0.5;STBP=0.091,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0195353,0.0917463;OID=.,.;OPOS=21469151,21469153;OREF=T,TG;OALT=C,GT;OMAPALT=CTTTCTTG,CTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5875,0:35,4:82:47,0:80:29:18,0:29,0:17:12:99:15:10,4:25,0:8:7 chr14 21486137 . G C 2453.04 PASS AF=1;AO=156;DP=158;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7818;QD=60.945;RBI=0.0306635;REFB=0;REVB=-0.0247668;RO=0;SAF=61;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140711;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:161:0:0:156:161:1:95:61:0:0:95:66:0:0 chr14 21500121 . G T 1481.18 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00772695;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.594;QD=62.3654;RBI=0.0452899;REFB=-0.0537605;REVB=0.0446259;RO=0;SAF=59;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06074e-08;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000228687;OID=.;OPOS=21500121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:95:0:1:94:94:0.989474:35:59:0:0:35:59:1:0 chr14 21511458 . G C 653.34 PASS AF=0.9375;AO=44;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.101284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.3425;QD=54.4453;RBI=0.101747;REFB=-0.168875;REVB=-0.0096892;RO=3;SAF=24;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146504;STB=0.507039;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0174999;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:48:48:3:3:44:45:0.9375:20:24:2:1:20:25:2:1 chr14 21511497 . C T 980.26 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.14433e-05;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.279;QD=59.4098;RBI=0.0109889;REFB=0;REVB=-0.0109887;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147932;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr14 21542753 . G A 847.81 PASS AF=0.47027;AO=87;DP=185;FAO=87;FDP=185;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=36;FWDB=-0.0103986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.841;QD=18.3311;RBI=0.0177806;REFB=-0.0100751;REVB=0.0144229;RO=98;SAF=42;SAR=45;SRF=62;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143236;STB=0.579047;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00908155;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:98:98:87:87:0.47027:45:42:62:36:45:42:62:36 chr14 21546354 . C T 351.1 PASS AF=0.396226;AO=39;DP=103;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0147598;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.996;QD=13.2492;RBI=0.0183122;REFB=-0.0123777;REVB=0.0108391;RO=64;SAF=25;SAR=14;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124379;STB=0.539467;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.018329;OID=.;OPOS=21546354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:64:64:39:42:0.396226:14:25:34:30:17:25:34:30 chr14 21549893 . G C 623.3 PASS AF=0.433333;AO=63;DP=147;FAO=65;FDP=150;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=0.0180648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.344;QD=16.6214;RBI=0.0411997;REFB=-0.0254686;REVB=0.037028;RO=84;SAF=30;SAR=33;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145392;STB=0.584496;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0243144;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:84:85:63:65:0.433333:33:30:52:32:35:30:52:33 chr14 21551058 . G A 392.13 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00358387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.925;QD=14.659;RBI=0.00648974;REFB=0.00277504;REVB=-0.00541041;RO=62;SAF=21;SAR=24;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050929;STB=0.528666;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00406375;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:24:21:32:30:24:21:32:30 chr14 21551069 . T C 1568.45 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.88;QD=64.0185;RBI=0.0123755;REFB=0;REVB=0.00175692;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9059e-05;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr14 21556963 . A AT,T 1109.3 PASS AF=0.975904,0.0240964;AO=72,4;DP=84;FAO=81,2;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43,2;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.084794,0.0510829;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=21.288,6.20922;QD=53.4603;RBI=0.129207,0.0581544;REFB=0,0;REVB=0.0974901,0.0277935;RO=6;SAF=41,2;SAR=31,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0102565,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00118549,-0.0119019;OID=.,.;OPOS=21556964,21556963;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:84:83:6:0:72,4:81,2:0.975904,0.0240964:31,2:41,2:3:3:38,0:43,2:0:0 chr14 21560706 . C G 300.52 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0236696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5556;QD=25.0431;RBI=0.0660422;REFB=0.00488824;REVB=0.0616548;RO=21;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769806;STB=0.542824;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00263215;OID=.;OPOS=21560706;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:19:8:8:13:19:8:8:13 chr14 21562560 . T C 291.33 PASS AF=0.345794;AO=38;DP=108;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00718965;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6094;QD=10.8908;RBI=0.0380946;REFB=-0.00361665;REVB=-0.03741;RO=67;SAF=19;SAR=19;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415291;STB=0.500505;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00616887;OID=.;OPOS=21562560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:67:70:38:37:0.345794:19:19:36:31:18:19:36:34 chr14 21570273 . T C 1491.22 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.526;QD=63.4564;RBI=0.0410755;REFB=0;REVB=0.0146474;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35854e-05;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:46:48:0:0:46:48:0:0 chr14 21570614 . A C 2741.14 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.948;QD=62.2987;RBI=0.0334257;REFB=0;REVB=0.0333205;RO=0;SAF=77;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60097e-05;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:175:176:1:98:77:0:0:98:78:0:0 chr14 21623290 . T C 3006.45 PASS AF=1;AO=186;DP=193;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157006;FXX=0.045683;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0005;QD=63.9671;RBI=0.06268;REFB=0;REVB=0.0606817;RO=0;SAF=71;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.17972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150954;OID=.;OPOS=21623290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:188:0:0:186:188:1:115:71:0:0:117:71:0:0 chr14 21623489 . C T 366.79 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.000190602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.224;QD=24.453;RBI=0.00858248;REFB=-0.00850709;REVB=-0.00858036;RO=24;SAF=9;SAR=27;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131105;STB=0.571392;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0040692;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:27:9:3:21:27:9:3:21 chr14 21623648 . G A 146.11 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0356322;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.099;QD=25.4099;RBI=0.0357702;REFB=-0.00781337;REVB=0.00313863;RO=5;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302113;STB=0.511612;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00211908;OID=.;OPOS=21623648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:23:23:5:8:15:15:0.652174:7:8:3:2:7:8:4:4 chr14 21623836 . G A 453.32 PASS AF=0.361842;AO=56;DP=149;FAO=55;FDP=152;FR=.;FRO=97;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=-0.0410178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1213;QD=11.9294;RBI=0.0714023;REFB=-0.0365109;REVB=-0.0584451;RO=93;SAF=17;SAR=39;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128113;STB=0.558951;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0709477;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:93:97:56:55:0.361842:39:17:38:55:38:17:38:59 chr14 21770681 . A G 2293.12 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207345;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.885;QD=61.1499;RBI=0.0279125;REFB=0;REVB=-0.0186866;RO=0;SAF=71;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.87369e-06;OID=.;OPOS=21770681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:150:150:1:79:71:0:0:79:71:0:0 chr14 21785790 . G A 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3699;QD=58.0576;RBI=0.0464567;REFB=0;REVB=-0.0142883;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039438;OID=.;OPOS=21785790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr14 21829129 . C G 1851.69 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00585195;FXX=0.00799936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.825;QD=59.7318;RBI=0.0144255;REFB=0.011806;REVB=0.0131852;RO=2;SAF=50;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186202;STB=0.509802;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000234237;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:2:2:122:122:0.983871:72:50:2:0:72:50:2:0 chr14 21831052 . T C 1465.58 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00283107;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.75;QD=58.6231;RBI=0.118242;REFB=-0.0788364;REVB=0.118208;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000270272;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:49:50:0:0:49:50:1:0 chr14 21871653 . C T 1589.86 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7932;QD=59.9948;RBI=0.021617;REFB=0;REVB=-0.0114285;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64773e-05;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr14 21899631 . C T 2387.71 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558904;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.418;QD=61.2233;RBI=0.0562437;REFB=0;REVB=0.00629338;RO=0;SAF=62;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1826e-05;OID=.;OPOS=21899631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:94:62:0:0:94:62:0:0 chr14 21960816 . T C 1657.18 PASS AF=0.95;AO=114;DP=120;FAO=114;FDP=120;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0285855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.311;QD=55.2394;RBI=0.0292606;REFB=0.00391701;REVB=-0.00624907;RO=6;SAF=49;SAR=65;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228201;STB=0.512037;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.000186536;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:120:120:6:6:114:114:0.95:65:49:4:2:65:49:4:2 chr14 21960969 . G A 637.94 PASS AF=0.584906;AO=55;DP=104;FAO=62;FDP=106;FR=.;FRO=44;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.0507002;FXX=0.00934492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.147;QD=24.0731;RBI=0.0528381;REFB=-0.00601568;REVB=-0.0148781;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.669637;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00203517;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:0:44:55:62:0.584906:19:36:0:0:21:41:11:33 chr14 21991040 . G GA 50.17 PASS AF=0.123377;AO=22;DP=155;FAO=19;FDP=154;FR=.;FRO=135;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=48;FSRR=87;FWDB=-0.0567234;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=114.73;QD=1.30321;RBI=0.0594466;REFB=-0.00448504;REVB=-0.0177866;RO=133;SAF=19;SAR=3;SRF=47;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600826;STB=0.920492;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.144593;OID=.;OPOS=21991041;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.123377:22:155:19:154:135:17:2:48:87:50:133:19:3:47:86 chr14 21993498 . G A 471.53 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0400345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5781;QD=20.957;RBI=0.0556295;REFB=-0.0192125;REVB=0.0386249;RO=44;SAF=29;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579651;STB=0.532096;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0191246;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:17:29:25:19:17:29:25:19 chr14 22038450 . G A 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0133916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5419;QD=16.7313;RBI=0.0374056;REFB=-0.0113654;REVB=0.0349263;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377923;STB=0.521222;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0124226;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:16:15:16:20:16:15:16:20 chr14 22038659 . T C 160.08 PASS AF=0.363636;AO=18;DP=53;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00684056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.44;QD=11.6422;RBI=0.0370638;REFB=-0.0256503;REVB=0.0364271;RO=35;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956708;STB=0.577236;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0420213;OID=.;OPOS=22038659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:35:35:18:20:0.363636:14:4:10:25:16:4:10:25 chr14 22090594 . C G 1588.01 PASS AF=0.434783;AO=168;DP=391;FAO=170;FDP=391;FR=.;FRO=221;FSAF=79;FSAR=91;FSRF=102;FSRR=119;FWDB=-0.0188033;FXX=0.00255096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.377;QD=16.2456;RBI=0.0210449;REFB=-0.0105727;REVB=0.009451;RO=219;SAF=78;SAR=90;SRF=101;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00317751;STB=0.501799;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0132707;OID=.;OPOS=22090594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:391:219:221:168:170:0.434783:90:78:101:118:91:79:102:119 chr14 22102745 . C A 400.64 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00799891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.923;QD=21.3677;RBI=0.00856079;REFB=-0.0335107;REVB=0.00305034;RO=35;SAF=10;SAR=30;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229852;STB=0.627838;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0223843;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:30:10:17:18:30:10:17:18 chr14 22111660 . C T 1473.05 PASS AF=0.503472;AO=145;DP=288;FAO=145;FDP=288;FR=.;FRO=143;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=71;FSRR=72;FWDB=0.0104231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.745;QD=20.4591;RBI=0.0137087;REFB=-0.00610633;REVB=0.00890427;RO=143;SAF=73;SAR=72;SRF=71;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629278;STB=0.503448;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00622013;OID=.;OPOS=22111660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:143:143:145:145:0.503472:72:73:71:72:72:73:71:72 chr14 22133374 . GT G 173.23 PASS AF=0.848485;AO=19;DP=37;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0360911;FXX=0.108079;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.7542;QD=20.998;RBI=0.0968917;REFB=-0.00601692;REVB=0.089919;RO=9;SAF=6;SAR=13;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646685;STB=0.526297;STBP=0.572;TYPE=del;VARB=0.0561601;OID=.;OPOS=22133375;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.848485:19:37:28:33:5:10:18:1:4:16:9:6:13:2:7 chr14 22133416 . A G 513.79 PASS AF=0.5;AO=46;DP=96;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.00527063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.851;QD=20.5516;RBI=0.00538324;REFB=-0.00376469;REVB=0.00109532;RO=49;SAF=15;SAR=31;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212709;STB=0.533144;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00460232;OID=.;OPOS=22133416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:49:50:46:50:0.5:31:15:15:34:32:18:15:35 chr14 22133648 . G A 1305.99 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1114;QD=60.7435;RBI=0.039311;REFB=-0.0986122;REVB=0.0317977;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.505493;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00108715;OID=.;OPOS=22133648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:40:45:0:0:40:45:1:0 chr14 22133997 . A G 2280.78 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280164;FXX=0.027209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.861;QD=63.798;RBI=0.0314227;REFB=0;REVB=-0.0142291;RO=0;SAF=77;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96032e-05;OID=.;OPOS=22133997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:141:143:1:64:77:0:0:66:77:0:0 chr14 22236756 . G C 1882.52 PASS AF=0.976744;AO=125;DP=129;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0237688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9585;QD=58.3727;RBI=0.0501996;REFB=-0.115943;REVB=0.0442158;RO=3;SAF=64;SAR=61;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00795589;STB=0.503692;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0113463;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:129:129:3:3:125:126:0.976744:61:64:1:2:62:64:2:1 chr14 22237070 . C T 2167.06 PASS AF=0.985816;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00274919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.511;QD=61.4768;RBI=0.0136458;REFB=-0.0308653;REVB=0.013366;RO=2;SAF=62;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121879;STB=0.506409;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=6.73752e-06;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:141:2:2:139:139:0.985816:77:62:0:2:77:62:0:2 chr14 22237127 . C T 1751.82 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0106433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.944;QD=59.8912;RBI=0.0293452;REFB=-0.143214;REVB=0.027347;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.504504;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000223937;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:116:116:0.991453:55:61:0:0:55:61:0:1 chr14 22294079 . T G 558.67 PASS AF=0.460938;AO=58;DP=127;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0115083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.212;QD=17.4583;RBI=0.0119883;REFB=-0.00461812;REVB=0.00335836;RO=68;SAF=23;SAR=35;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185925;STB=0.602676;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00640171;OID=.;OPOS=22294079;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:68:69:58:59:0.460938:35:23:40:28:36:23:40:29 chr14 22309847 . T C 659.14 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00266652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.695;QD=21.6113;RBI=0.0117966;REFB=-0.0075191;REVB=-0.0114912;RO=57;SAF=29;SAR=36;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684564;STB=0.537574;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00879157;OID=.;OPOS=22309847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:57:57:65:65:0.532787:36:29:30:27:36:29:30:27 chr14 22309948 . T C 718.11 PASS AF=0.642105;AO=61;DP=95;FAO=61;FDP=95;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0396093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.671;QD=30.2364;RBI=0.0465799;REFB=-0.0446996;REVB=0.024511;RO=33;SAF=28;SAR=33;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168288;STB=0.504165;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0141451;OID=.;OPOS=22309948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:33:34:61:61:0.642105:33:28:16:17:33:28:16:18 chr14 22314985 . T C 3140.13 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.592;QD=61.5711;RBI=0.0270453;REFB=0;REVB=0.00389431;RO=0;SAF=87;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17628e-06;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:204:0:0:202:204:1:115:87:0:0:117:87:0:0 chr14 22315212 . A G 3172.47 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.449;QD=64.0903;RBI=0.0381199;REFB=0;REVB=0.0275781;RO=0;SAF=114;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7801e-05;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:198:0:0:193:198:1:79:114:0:0:79:119:0:0 chr14 22337393 . G A 769.47 PASS AF=0.512658;AO=75;DP=153;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0204483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2023;QD=19.4801;RBI=0.0733757;REFB=-0.0203272;REVB=-0.0704689;RO=77;SAF=23;SAR=52;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148982;STB=0.56362;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0220645;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:158:77:77:75:81:0.512658:52:23:35:42:54:27:35:42 chr14 22356491 . G T 535.43 PASS AF=0.443609;AO=58;DP=132;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0331264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5805;QD=16.1032;RBI=0.0402759;REFB=-0.00520583;REVB=0.0229082;RO=71;SAF=27;SAR=31;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825845;STB=0.538625;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00890707;OID=.;OPOS=22356491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:71:74:58:59:0.443609:31:27:39:32:32:27:39:35 chr14 22356551 . T C 410.72 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.00466205;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9514;QD=14.5389;RBI=0.0198801;REFB=-0.00400741;REVB=0.0193257;RO=68;SAF=20;SAR=27;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790136;STB=0.537368;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00602096;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:68:66:47:47:0.415929:27:20:24:44:27:20:24:42 chr14 22362971 . A G 961.35 PASS AF=0.436441;AO=102;DP=236;FAO=103;FDP=236;FR=.;FRO=133;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=0.0207077;FXX=0.00421923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1367;QD=16.2941;RBI=0.0531888;REFB=-0.0170314;REVB=-0.0489922;RO=131;SAF=53;SAR=49;SRF=60;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622298;STB=0.52725;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0315302;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:131:133:102:103:0.436441:49:53:60:71:50:53:62:71 chr14 22386449 . C T 1603.76 PASS AF=0.512903;AO=154;DP=308;FAO=159;FDP=310;FR=.;FRO=151;FSAF=71;FSAR=88;FSRF=63;FSRR=88;FWDB=-0.00931358;FXX=0.00958436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.637;QD=20.6937;RBI=0.0103308;REFB=-0.00432109;REVB=-0.00447009;RO=151;SAF=66;SAR=88;SRF=62;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016635;STB=0.514491;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00400242;OID=.;OPOS=22386449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:310:151:151:154:159:0.512903:88:66:62:89:88:71:63:88 chr14 22392304 . G A 355.93 PASS AF=0.304348;AO=46;DP=159;FAO=49;FDP=161;FR=.;FRO=112;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=0.0112789;FXX=0.0122692;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4591;QD=8.84302;RBI=0.0590938;REFB=0.00268657;REVB=-0.0580075;RO=113;SAF=26;SAR=20;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12682;STB=0.560198;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00629994;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:113:112:46:49:0.304348:20:26:52:61:22:27:52:60 chr14 22392366 . C T 622.75 PASS AF=0.414201;AO=70;DP=169;FAO=70;FDP=169;FR=.;FRO=99;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=0.00594024;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.018;QD=14.7395;RBI=0.0148483;REFB=-0.00381801;REVB=-0.0136083;RO=97;SAF=40;SAR=30;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11176;STB=0.562694;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00501037;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:97:99:70:70:0.414201:30:40:45:52:30:40:46:53 chr14 22392626 . A C 816.36 PASS AF=0.522293;AO=82;DP=157;FAO=82;FDP=157;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0135352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.158;QD=20.799;RBI=0.017964;REFB=-0.00552866;REVB=-0.0118111;RO=75;SAF=41;SAR=41;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290339;STB=0.51592;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00504758;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:75:75:82:82:0.522293:41:41:40:35:41:41:40:35 chr14 22392703 . G C 566.8 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=134;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.0012348;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.62;QD=17.0465;RBI=0.00802463;REFB=-0.00873448;REVB=0.00792906;RO=73;SAF=23;SAR=37;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578131;STB=0.532139;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0119114;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:73:73:60:60:0.451128:37:23:24:49:37:23:24:49 chr14 22509188 . T C 2338.86 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0170669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1635;QD=62.3697;RBI=0.0335347;REFB=-0.0488164;REVB=-0.0288669;RO=2;SAF=41;SAR=107;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880684;STB=0.504629;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00198896;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:2:2:148:148:0.986667:107:41:0:2:107:41:0:2 chr14 22521051 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000952248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.53;QD=61.6953;RBI=0.0194767;REFB=0;REVB=-0.0194534;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03806e-05;OID=.;OPOS=22521051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr14 22591988 . C A 490.89 PASS AF=0.452174;AO=49;DP=116;FAO=52;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.028437;FXX=0.00861995;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.176;QD=17.0746;RBI=0.0339955;REFB=-0.0202461;REVB=-0.0186288;RO=38;SAF=26;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244217;STB=0.529562;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0181373;OID=.;OPOS=22591988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:38:60:49:52:0.452174:23:26:19:19:24:28:29:31 chr14 22600490 . C T 361.02 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00189442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.263;QD=15.2008;RBI=0.0430518;REFB=-0.0153182;REVB=0.0430101;RO=56;SAF=23;SAR=16;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761232;STB=0.543086;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0240463;OID=.;OPOS=22600490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:16:23:29:27:16:23:29:27 chr14 22616547 . A G 1550.0 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250829;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.307;QD=59.6153;RBI=0.0295742;REFB=0;REVB=0.015668;RO=0;SAF=72;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62505e-05;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:31:72:0:0:31:73:0:0 chr14 22631678 . C T 1510.35 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.39;QD=59.2294;RBI=0.0450491;REFB=0;REVB=0.0449107;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50433e-05;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:102:0:0:95:102:1:42:53:0:0:47:55:0:0 chr14 22636784 . A C 816.82 PASS AF=0.871429;AO=65;DP=74;FAO=61;FDP=70;FR=.;FRO=9;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00867099;FXX=0.0540468;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.645;QD=46.6753;RBI=0.017593;REFB=-0.034443;REVB=0.0153077;RO=9;SAF=34;SAR=31;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179956;STB=0.50609;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.000451663;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:74:70:9:9:65:61:0.871429:31:34:4:5:31:30:4:5 chr14 22636874 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6237;QD=51.1845;RBI=0.0576149;REFB=0;REVB=0.0476211;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352953;OID=.;OPOS=22636874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr14 22670458 . C T 2392.07 PASS AF=0.981481;AO=159;DP=162;FAO=159;FDP=162;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0270241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0198;QD=59.0636;RBI=0.0484705;REFB=-0.0433568;REVB=0.0402378;RO=2;SAF=73;SAR=86;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109353;STB=0.50857;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00393528;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:162:162:2:3:159:159:0.981481:86:73:0:2:86:73:0:3 chr14 22670975 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9665;QD=59.0169;RBI=0.0811611;REFB=0;REVB=-0.0712102;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554737;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr14 22690209 . A C 847.9 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8146;QD=55.6;RBI=0.107973;REFB=-0.0957537;REVB=0.0177484;RO=2;SAF=34;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269469;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00677048;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:2:0:59:61:1:25:34:2:0:25:36:0:0 chr14 22695084 . C T 1380.07 PASS AF=0.978495;AO=87;DP=90;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00974018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1477;QD=59.3581;RBI=0.0457311;REFB=0.0271834;REVB=0.0446818;RO=3;SAF=30;SAR=57;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022304;STB=0.50349;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00035766;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:93:3:2:87:91:0.978495:57:30:2:1:59:32:1:1 chr14 22739862 . A T 608.32 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0245684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8341;QD=22.7409;RBI=0.0585357;REFB=-0.025877;REVB=-0.0531302;RO=47;SAF=32;SAR=28;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353534;STB=0.519344;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0199749;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:47:60:60:0.560748:28:32:23:24:28:32:23:24 chr14 22740245 . A G 516.0 PASS AF=0.404255;AO=57;DP=143;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=0.0326567;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.307;QD=14.6384;RBI=0.0357485;REFB=-0.00949567;REVB=0.0145427;RO=83;SAF=23;SAR=34;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465396;STB=0.529002;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0174846;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:83:84:57:57:0.404255:34:23:30:53:34:23:30:54 chr14 22740270 . G A 556.41 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=55;FWDB=0.0152103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.408;QD=15.5638;RBI=0.0152848;REFB=0.00836047;REVB=-0.00150719;RO=83;SAF=26;SAR=34;SRF=28;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102978;STB=0.557572;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0125351;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:83:83:60:60:0.41958:34:26:28:55:34:26:28:55 chr14 22887459 . CG C 288.39 PASS AF=0.452381;AO=54;DP=125;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0904684;FXX=0.0078734;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.0713;QD=9.15518;RBI=0.133355;REFB=0.0206999;REVB=0.0979742;RO=68;SAF=15;SAR=39;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=-0.16832;STB=0.58736;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=-0.0143736;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:54:125:57:126:69:16:41:29:40:99:68:15:39:29:39 chr14 22891883 . G C 560.32 PASS AF=0.593023;AO=51;DP=86;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.019497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.499;QD=26.0616;RBI=0.0237288;REFB=-0.000716415;REVB=-0.0135249;RO=34;SAF=26;SAR=25;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717934;STB=0.544609;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.000277682;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:35:51:51:0.593023:25:26:14:20:25:26:14:21 chr14 22942890 . G T 1460.36 PASS AF=0.570213;AO=134;DP=237;FAO=134;FDP=235;FR=.;FRO=101;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.00430531;FXX=0.00843846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.282;QD=24.8571;RBI=0.0189543;REFB=-0.00242347;REVB=-0.0184589;RO=101;SAF=60;SAR=74;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455259;STB=0.524718;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00222456;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:235:101:101:134:134:0.570213:74:60:51:50:74:60:51:50 chr14 22947903 . C T 544.79 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0190263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.41;QD=18.6252;RBI=0.0192633;REFB=-0.00663846;REVB=0.0030126;RO=60;SAF=25;SAR=32;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068355;STB=0.537787;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00623307;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:57:57:0.487179:32:25:22:38:32:25:22:38 chr14 22961854 . A G 901.89 PASS AF=0.502793;AO=91;DP=179;FAO=90;FDP=179;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.032959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2698;QD=20.154;RBI=0.0631044;REFB=0.0335442;REVB=-0.0538133;RO=88;SAF=42;SAR=49;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243481;STB=0.508219;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0283852;OID=.;OPOS=22961854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:88:89:91:90:0.502793:49:42:43:45:48:42:43:46 chr14 22964880 . A C 169.47 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.042219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.797;QD=10.5921;RBI=0.0430536;REFB=-0.0292257;REVB=-0.00843593;RO=42;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181446;STB=0.605837;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0328202;OID=.;OPOS=22964880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:9:13:18:24:9:13:18:24 chr14 22972742 . G A 652.03 PASS AF=0.410112;AO=73;DP=178;FAO=73;FDP=178;FR=.;FRO=105;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-0.025991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.862;QD=14.6524;RBI=0.0265643;REFB=-0.00625285;REVB=0.00548924;RO=105;SAF=38;SAR=35;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665936;STB=0.53734;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0111148;OID=.;OPOS=22972742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:105:105:73:73:0.410112:35:38:48:57:35:38:48:57 chr14 22972783 . AC A 1812.29 PASS AF=1;AO=144;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000496583;FXX=0.0193536;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.2227;QD=47.6919;RBI=0.143481;REFB=0;REVB=-0.14348;RO=0;SAF=66;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.18654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000999956;OID=.;OPOS=22972784;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:144:151:152:152:0:68:84:0:0:33:0:66:78:0:0 chr14 22972815 . C T 478.94 PASS AF=0.388489;AO=54;DP=140;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.00899682;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.169;QD=13.7823;RBI=0.0136458;REFB=-0.0108359;REVB=-0.0102599;RO=85;SAF=29;SAR=25;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122165;STB=0.569054;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0199461;OID=.;OPOS=22972815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:85:85:54:54:0.388489:25:29:36:49:25:29:36:49 chr14 22975700 . T G 1002.65 PASS AF=0.438017;AO=106;DP=242;FAO=106;FDP=242;FR=.;FRO=136;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=61;FSRR=75;FWDB=0.00758951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.179;QD=16.5728;RBI=0.0179129;REFB=-0.000767827;REVB=-0.0162256;RO=136;SAF=41;SAR=65;SRF=61;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646568;STB=0.535967;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000865356;OID=.;OPOS=22975700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:136:136:106:106:0.438017:65:41:61:75:65:41:61:75 chr14 22978335 . C T 5556.4 PASS AF=1;AO=345;DP=347;FAO=347;FDP=347;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=190;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421385;FXX=0.00573049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.413;QD=64.0508;RBI=0.0445671;REFB=0;REVB=0.0145111;RO=0;SAF=156;SAR=189;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140355;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:347:347:0:0:345:347:1:189:156:0:0:190:157:0:0 chr14 22984586 . A C 3514.55 PASS AF=0.995708;AO=217;DP=221;FAO=232;FDP=233;FR=.;FRO=1;FSAF=124;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000717411;FXX=0.00427332;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.649;QD=60.3356;RBI=0.00482277;REFB=-0.0490813;REVB=0.00476911;RO=1;SAF=124;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382698;STB=0.502008;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000418159;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:221:233:1:1:217:232:0.995708:93:124:1:0:108:124:1:0 chr14 22988972 . G C 2301.91 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.629;QD=60.9778;RBI=0.0145509;REFB=0;REVB=-0.006476;RO=0;SAF=77;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8949e-05;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:151:0:0:148:151:1:71:77:0:0:72:79:0:0 chr14 22993278 . A AG 1519.05 PASS AF=1;AO=135;DP=146;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220391;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.2887;QD=42.4909;RBI=0.0498503;REFB=0;REVB=-0.0447139;RO=8;SAF=73;SAR=62;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000934762;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:135:146:143:143:0:77:66:0:0:26:8:73:62:6:2 chr14 22994636 . C T 603.54 PASS AF=0.398844;AO=69;DP=174;FAO=69;FDP=173;FR=.;FRO=104;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=-0.0115289;FXX=0.0057468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.229;QD=13.9547;RBI=0.0115781;REFB=-0.0136436;REVB=-0.00106648;RO=104;SAF=33;SAR=36;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642253;STB=0.536134;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0206505;OID=.;OPOS=22994636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:104:104:69:69:0.398844:36:33:56:48:36:33:56:48 chr14 22997524 . A G 3126.11 PASS AF=1;AO=186;DP=191;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775558;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3549;QD=60.7012;RBI=0.0346483;REFB=0.0234053;REVB=0.0337692;RO=4;SAF=89;SAR=97;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00253083;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:191:206:4:0:186:206:1:97:89:1:3:111:95:0:0 chr14 22998590 . AG A 1583.97 PASS AF=1;AO=128;DP=132;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.004188;FXX=0.0151504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.4782;QD=48.7374;RBI=0.0115805;REFB=0;REVB=0.0107967;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00128124;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:128:132:130:130:0:64:66:0:0:28:0:64:64:0:0 chr14 22998619 . AC A 1370.29 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.172689;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.2277;QD=48.0804;RBI=0.176551;REFB=0;REVB=0.0367218;RO=0;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00152262;OID=.;OPOS=22998620;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:112:115:114:114:0:54:60:0:0:25:0:54:58:0:0 chr14 23000062 . T C 1264.67 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.72;QD=61.6913;RBI=0.0400871;REFB=0;REVB=-0.00960128;RO=0;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84416e-05;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:53:29:0:0:53:29:0:0 chr14 23025932 . A T 6371.95 PASS AF=1;AO=391;DP=392;FAO=397;FDP=397;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=235;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442335;FXX=0.00501241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.308;QD=64.201;RBI=0.0463402;REFB=0;REVB=-0.0138137;RO=0;SAF=156;SAR=235;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41237e-06;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:392:397:0:0:391:397:1:235:156:0:0:235:162:0:0 chr14 23044002 . G T 347.92 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.020396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.171;QD=14.805;RBI=0.0302471;REFB=0.00574566;REVB=-0.0223359;RO=55;SAF=25;SAR=13;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143294;STB=0.587497;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00801766;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:56:38:38:0.404255:13:25:29:26:13:25:29:27 chr14 23081223 . T C 1593.69 PASS AF=1;AO=64;DP=94;FAO=100;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9071;QD=63.7474;RBI=0.126788;REFB=0;REVB=0.122419;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00095692;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:100:0:0:64:100:1:29:35:0:0:59:41:0:0 chr14 23102969 . G A 226.32 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000729718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.46;QD=15.6086;RBI=0.0107803;REFB=-0.0165696;REVB=-0.0107555;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592558;STB=0.525587;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0163878;OID=.;OPOS=23102969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:15:11:15:16:15:11:15:17 chr14 23236524 . C T 2532.4 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180525;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.366;QD=61.766;RBI=0.0315885;REFB=0;REVB=0.0259218;RO=0;SAF=119;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94249e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80925e-05;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:45:119:0:0:45:119:0:0 chr14 23240328 . T A 2640.24 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7969;QD=62.1233;RBI=0.017297;REFB=0;REVB=0.00994836;RO=0;SAF=99;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22281e-05;OID=.;OPOS=23240328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:71:99:0:0:71:99:0:0 chr14 23240382 . CA AC,C 37.44 PASS AF=0,0.186992;AO=6,26;DP=123;FAO=0,23;FDP=123;FR=.;FRO=100;FSAF=0,12;FSAR=0,11;FSRF=60;FSRR=40;FWDB=0.00643007,0.205321;FXX=0.0159987;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=39.9396,8.45879;QD=1.21754;RBI=0.148033,0.228545;REFB=-0.0266113,-0.103402;REVB=-0.147893,-0.100379;RO=73;SAF=0,9;SAR=6,17;SRF=48;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.634772,-0.36848;STB=0.5,0.564048;STBP=1,0.511;TYPE=mnp,del;VARB=0.0820832,0.129763;OID=.,.;OPOS=23240382,23240383;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:123:123:73:100:6,26:0,23:0,0.186992:6,17:0,9:48:25:0,11:0,12:60:40 chr14 23240713 . T TAGC 1089.68 PASS AF=0.916667;AO=69;DP=88;FAO=77;FDP=84;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0307439;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=3;MLLD=316.302;QD=51.8893;RBI=0.0545627;REFB=-0.0701287;REVB=0.0450766;RO=15;SAF=26;SAR=43;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549285;STB=0.517136;STBP=0.32;TYPE=ins;VARB=0.00495401;OID=.;OPOS=23240714;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:69:88:77:84:7:29:48:4:3:24:15:26:43:8:7 chr14 23242828 . T C,G 1092.52 PASS AF=0.96,0.04;AO=71,3;DP=75;FAO=72,3;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36,3;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889567,-0.059956;FXX=0.0131562;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=58.7065,17.4949;QD=58.2676;RBI=0.0134719,0.0654544;REFB=0,0;REVB=-0.0101172,0.0262594;RO=1;SAF=36,3;SAR=35,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0133193,0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000776505,0.138761;OID=.,.;OPOS=23242828,23242828;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:75:75:1:0:71,3:72,3:0.96,0.04:35,0:36,3:0:1:36,0:36,3:0:0 chr14 23248112 . A G 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0107296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3537;QD=16.5326;RBI=0.0279899;REFB=0.00332805;REVB=0.0258517;RO=42;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648231;STB=0.542833;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.0051822;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:16:19:20:22:16:19:20:23 chr14 23282110 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.989;QD=60.031;RBI=0.0446768;REFB=0;REVB=0.0272031;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20687e-05;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr14 23282449 . C T 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0221954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.06;QD=56.8271;RBI=0.0295249;REFB=-0.0117671;REVB=0.0194701;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160078;STB=0.508472;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=3.25764e-05;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:35:29:1:0:35:29:1:0 chr14 23299135 . G T 3905.49 PASS AF=1;AO=246;DP=248;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144656;FXX=0.0120477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.913;QD=63.5039;RBI=0.0211412;REFB=0.0626857;REVB=-0.0154175;RO=2;SAF=107;SAR=139;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00101696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43496e-05;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:248:246:2:0:246:246:1:139:107:1:1:139:107:0:0 chr14 23299286 . T C 2568.41 PASS AF=0.994048;AO=165;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0236826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.662;QD=61.1527;RBI=0.0295613;REFB=-0.0592313;REVB=-0.017692;RO=0;SAF=79;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.21542e-08;STB=0.502824;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=9.28872e-05;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:168:0:1:165:167:0.994048:86:79:0:0:88:79:0:1 chr14 23303641 . A C 1285.94 PASS AF=0.965909;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.032654;FXX=0.0833246;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.641;QD=58.4519;RBI=0.0412668;REFB=-0.0764844;REVB=0.0252322;RO=4;SAF=47;SAR=37;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00518822;STB=0.508004;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00105788;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:88:88:4:3:84:85:0.965909:37:47:2:2:37:48:1:2 chr14 23306048 . C T 2203.24 PASS AF=0.955696;AO=151;DP=158;FAO=151;FDP=158;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=146;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0414483;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=319.278;QD=55.7781;RBI=0.0435256;REFB=-0.112067;REVB=0.013286;RO=7;SAF=5;SAR=146;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141718;STB=0.575115;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000202292;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:158:158:7:7:151:151:0.955696:146:5:2:5:146:5:2:5 chr14 23312554 . C G 676.16 PASS AF=0.575221;AO=65;DP=113;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00572687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.344;QD=23.9347;RBI=0.0457903;REFB=0.00182987;REVB=-0.0454308;RO=44;SAF=28;SAR=37;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519115;STB=0.529727;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00142889;OID=.;OPOS=23312554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:44:48:65:65:0.575221:37:28:22:22:37:28:24:24 chr14 23312923 . T C 338.22 PASS AF=0.37963;AO=32;DP=111;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.0556817;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5179;QD=12.5267;RBI=0.0588245;REFB=-0.000895107;REVB=-0.0189702;RO=55;SAF=4;SAR=28;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568971;STB=0.731594;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000319123;OID=.;OPOS=23312923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:55:67:32:41:0.37963:28:4:32:23:30:11:43:24 chr14 23321900 . G A 883.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.175;QD=57.9129;RBI=0.0383579;REFB=0;REVB=0.0167718;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116888;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:24:36:0:0:24:37:0:0 chr14 23346025 . G A 152.88 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0412628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.164;QD=11.9904;RBI=0.0412851;REFB=-0.00946868;REVB=-0.00135742;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2381;STB=0.639842;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0132416;OID=.;OPOS=23346025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:12:6:18:15:12:6:18:15 chr14 23371055 . G C 312.88 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00237217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.491;QD=14.3854;RBI=0.0318051;REFB=-0.0139735;REVB=0.0317165;RO=51;SAF=13;SAR=22;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127699;STB=0.56751;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0197656;OID=.;OPOS=23371055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:52:35:35:0.402299:22:13:25:26:22:13:25:27 chr14 23371255 . G GGGC 75.63 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0234777;FXX=0.0624805;HRUN=3;LEN=3;MLLD=207.233;QD=10.0843;RBI=0.0295968;REFB=-0.0403887;REVB=-0.0180214;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168239;STB=0.599808;STBP=0.475;TYPE=ins;VARB=0.0796435;OID=.;OPOS=23371256;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:38:10:30:20:5:5:7:13:75:29:4:5:9:20 chr14 23374435 . G A 712.62 PASS AF=0.452941;AO=65;DP=158;FAO=77;FDP=170;FR=.;FRO=93;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.000829109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.746;QD=16.7675;RBI=0.00258419;REFB=-0.0317234;REVB=0.00244757;RO=93;SAF=41;SAR=24;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157364;STB=0.526599;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0374447;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:170:93:93:65:77:0.452941:24:41:45:48:36:41:45:48 chr14 23374862 . C T 178.73 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00161939;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.173;QD=14.5901;RBI=0.0311279;REFB=-0.0159298;REVB=-0.0310858;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035408;STB=0.520526;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0289204;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:12:18:12:7:12:18 chr14 23377612 . CTTT CTTC,CTT 116.48 PASS AF=0.52381,0.47619;AO=3,4;DP=22;FAO=11,10;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3,10;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126462,-1.54794;FXX=0.0454339;HRUN=13,13;LEN=1,1;MLLD=140.601,2.81881;QD=22.1874;RBI=0.126465,1.55131;REFB=-0.0621985,-0.551669;REVB=-0.000925899,-0.102165;RO=0;SAF=3,4;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0844937,-0.482827;OID=.,.;OPOS=23377615,23377613;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTTC,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.52381,0.47619:3,4:22:11,10:21:0:3,10:8,0:0:0:43:0:3,4:0,0:0:0 chr14 23398902 . C T 372.27 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=16;FWDB=-0.00792737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.009;QD=13.4151;RBI=0.0676457;REFB=-0.0365659;REVB=0.0671796;RO=66;SAF=28;SAR=16;SRF=50;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146191;STB=0.585149;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0566012;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:66:67:44:44:0.396396:16:28:50:16:16:28:51:16 chr14 23398990 . T G 324.76 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0150603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.166;QD=14.5961;RBI=0.0240839;REFB=-0.0108604;REVB=-0.0187942;RO=53;SAF=21;SAR=15;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586968;STB=0.533315;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0195772;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:15:21:28:25:15:21:28:25 chr14 23426182 . C A 346.94 PASS AF=0.34127;AO=42;DP=123;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0348042;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.781;QD=11.0139;RBI=0.0358351;REFB=-0.0223548;REVB=0.0085334;RO=77;SAF=14;SAR=28;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201885;STB=0.621696;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0293511;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:77:83:42:43:0.34127:28:14:39:38:28:15:44:39 chr14 23440742 . A G 179.09 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0249251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.823;QD=15.573;RBI=0.0267369;REFB=-0.0115595;REVB=0.00967473;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246456;STB=0.641112;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0322378;OID=.;OPOS=23440742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:18:9:11:8:18:9 chr14 23441179 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00412749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.941;QD=15.6194;RBI=0.0293479;REFB=-0.00761925;REVB=-0.0290562;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457137;STB=0.526287;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00892316;OID=.;OPOS=23441179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:10:15:10:8:10:15 chr14 23511579 . G A 1273.62 PASS AF=0.446254;AO=137;DP=307;FAO=137;FDP=307;FR=.;FRO=170;FSAF=49;FSAR=88;FSRF=76;FSRR=94;FWDB=-0.00876369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.434;QD=16.5944;RBI=0.0103812;REFB=-0.0115861;REVB=0.00556477;RO=170;SAF=49;SAR=88;SRF=76;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941743;STB=0.552256;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0114965;OID=.;OPOS=23511579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:170:170:137:137:0.446254:88:49:76:94:88:49:76:94 chr14 23548783 . A AGAACGT 515.51 PASS AF=0.346154;AO=61;DP=188;FAO=63;FDP=182;FR=.;FRO=119;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=-0.0222518;FXX=0.0319132;HRUN=1;LEN=6;MLLD=284.57;QD=11.33;RBI=0.0306149;REFB=-0.0128678;REVB=-0.0210268;RO=119;SAF=33;SAR=28;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714286;STB=0.53967;STBP=0.443;TYPE=ins;VARB=0.023425;OID=.;OPOS=23548784;OREF=-;OALT=GAACGT;OMAPALT=AGAACGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:61:188:63:182:119:34:29:57:62:99:119:33:28:57:62 chr14 23549379 . C G 2054.53 PASS AF=1;AO=108;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.897;QD=61.7905;RBI=0.0503248;REFB=0;REVB=0.0487345;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002173;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:108:133:1:56:52:0:0:72:61:0:0 chr14 23549785 . T C 598.56 PASS AF=0.431507;AO=63;DP=147;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0284493;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.071;QD=16.3989;RBI=0.0302011;REFB=-0.0241206;REVB=0.0101363;RO=82;SAF=23;SAR=40;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786591;STB=0.54818;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0397859;OID=.;OPOS=23549785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:82:83:63:63:0.431507:40:23:36:46:40:23:37:46 chr14 23549878 . TTCCTCCTCCTCCTCCTCC TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCT 269.69 PASS AF=0.38,0.22;AO=12,11;DP=52;FAO=19,11;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=5,9;FSAR=14,2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0273435,0.0855098;FXX=0.0384541;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=113.214,40.4596;QD=21.5752;RBI=0.0368413,0.0855365;REFB=-0.0690346,-0.0164551;REVB=-0.0246904,0.002137;RO=18;SAF=0,9;SAR=12,2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.77777,0.515146;STB=0.554396,0.807811;STBP=0.584,0.024;TYPE=del,snp;VARB=0.0666778,0.0678653;OID=.,.;OPOS=23549879,23549896;OREF=TCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38,0.22:12,11:52:19,11:50:20:5,9:14,2:7:13:99:18:0,9:12,2:6:12 chr14 23567774 . T A 364.52 PASS AF=0.632653;AO=28;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0130262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.571;QD=29.757;RBI=0.0457103;REFB=-0.0311931;REVB=-0.043815;RO=13;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20244;STB=0.544208;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0238021;OID=.;OPOS=23567774;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:18:28:31:0.632653:11:17:12:1:14:17:12:6 chr14 23568286 . A G 179.95 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0128994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.591;QD=14.996;RBI=0.0172356;REFB=-0.00717419;REVB=-0.0114311;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468637;STB=0.536386;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0124093;OID=.;OPOS=23568286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:9:10:16:12:9:10:17:12 chr14 23568376 . G A 219.02 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0444396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.939;QD=13.9063;RBI=0.0453777;REFB=-0.0176411;REVB=-0.00917925;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188947;STB=0.60776;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0280649;OID=.;OPOS=23568376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:10:16:16:21:10:16:16:21 chr14 23568597 . G T 399.56 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00304028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.004;QD=18.5843;RBI=0.00416449;REFB=0.00495125;REVB=-0.002846;RO=45;SAF=24;SAR=16;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189218;STB=0.609703;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00477147;OID=.;OPOS=23568597;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:45:40:41:0.476744:16:24:18:27:16:25:18:27 chr14 23569106 . A G 1412.75 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0190058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.154;QD=59.4843;RBI=0.0403617;REFB=-0.0539062;REVB=-0.0356068;RO=2;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185832;STB=0.503922;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00072361;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:2:3:92:92:0.968421:50:42:0:2:50:42:1:2 chr14 23571671 . A T 2273.18 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.47;QD=63.5855;RBI=0.0290281;REFB=0;REVB=0.00948282;RO=0;SAF=69;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7638e-05;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:72:69:0:0:74:69:0:0 chr14 23573659 . C T 767.23 PASS AF=0.506849;AO=74;DP=147;FAO=74;FDP=146;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00570131;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.799;QD=21.02;RBI=0.00584598;REFB=-0.00869724;REVB=0.0012925;RO=72;SAF=28;SAR=46;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745362;STB=0.541061;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00763102;OID=.;OPOS=23573659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:72:72:74:74:0.506849:46:28:33:39:46:28:33:39 chr14 23574094 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0362127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.136;QD=14.2615;RBI=0.0368399;REFB=-0.0231249;REVB=0.00676903;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138257;STB=0.562418;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0313283;OID=.;OPOS=23574094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:24:16:16:0.4:12:4:8:14:12:4:8:16 chr14 23594921 . T C 355.07 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0282742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.821;QD=18.937;RBI=0.0288927;REFB=-0.0119585;REVB=0.0059462;RO=38;SAF=27;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183804;STB=0.602919;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0196924;OID=.;OPOS=23594921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:10:27:21:17:10:27:21:17 chr14 23595721 . A G 2253.89 PASS AF=1;AO=146;DP=152;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475215;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0408;QD=60.1037;RBI=0.0475606;REFB=0;REVB=0.00192889;RO=0;SAF=93;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15659e-05;OID=.;OPOS=23595721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:150:0:0:146:150:1:53:93:0:0:57:93:0:0 chr14 23596243 . T A,TCA 779.16 PASS AF=0.0438596,0.359649;AO=11,81;DP=232;FAO=10,82;FDP=228;FR=.;FRO=136;FSAF=6,35;FSAR=4,47;FSRF=68;FSRR=68;FWDB=-0.0551477,-0.0302863;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=48.9917,162.493;QD=13.6695;RBI=0.0755525,0.0445764;REFB=-0.0363328,-0.0376344;REVB=-0.0516421,-0.0327077;RO=137;SAF=7,35;SAR=4,46;SRF=71;SRR=66;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.131017,-0.0959401;STB=0.59322,0.546007;STBP=0.561,0.289;TYPE=snp,ins;VARB=0.0559226,0.0539285;OID=.,.;OPOS=23596243,23596244;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:232:228:137:136:11,81:10,82:0.0438596,0.359649:4,46:7,35:71:66:4,47:6,35:68:68 chr14 23598952 . A G 2400.59 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908922;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.201;QD=60.3923;RBI=0.0948049;REFB=0;REVB=0.0269549;RO=0;SAF=57;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225115;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:159:159:0:0:157:159:1:100:57:0:0:100:59:0:0 chr14 23744800 . ACATCATCATCATCATCATCATCA ACATCATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT 114.81 PASS AF=0.255319,0.0638298;AO=9,3;DP=49;FAO=12,3;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=1,1;FSAR=11,2;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.00505457,-0.00185342;FXX=0.040808;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=101.421,173.563;QD=9.77114;RBI=0.0206438,0.0139795;REFB=-0.035128,-0.00881584;REVB=-0.0200155,-0.0138561;RO=26;SAF=0,1;SAR=9,2;SRF=5;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.688376,0.20019;STB=0.675076,0.66578;STBP=0.316,0.787;TYPE=del,snp;VARB=0.0877065,0.070172;OID=.,.;OPOS=23744801,23744823;OREF=CAT,A;OALT=-,T;OMAPALT=ACATCATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319,0.0638298:9,3:49:12,3:47:32:1,1:11,2:6:26:91:26:0,1:9,2:5:21 chr14 23744826 . TTCCTCCTCCTCCTCCTCC TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCT 150.76 PASS AF=0.482759,0.0689655;AO=14,3;DP=32;FAO=14,2;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=2,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0574509,0.0753945;FXX=0.0644953;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=160.989,54.9454;QD=20.7945;RBI=0.0652943,0.0788158;REFB=-0.0234931,-0.0191039;REVB=-0.031028,-0.0229696;RO=12;SAF=2,0;SAR=12,3;SRF=0;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.302967,0;STB=0.675498,0.5;STBP=0.356,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0149681,-0.0288344;OID=.,.;OPOS=23744827,23744844;OREF=TCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759,0.0689655:14,3:32:14,2:29:13:2,0:12,2:0:13:99:12:2,0:12,3:0:12 chr14 23745533 . C T 870.29 PASS AF=0.559441;AO=80;DP=144;FAO=80;FDP=143;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0359423;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5856;QD=24.3436;RBI=0.0386899;REFB=-0.00715108;REVB=-0.0143198;RO=61;SAF=36;SAR=44;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203203;STB=0.504586;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00849826;OID=.;OPOS=23745533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:61:63:80:80:0.559441:44:36:29:32:44:36:29:34 chr14 23746269 . C G 883.56 PASS AF=0.432432;AO=96;DP=225;FAO=96;FDP=222;FR=.;FRO=126;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=81;FWDB=-0.00753895;FXX=0.0133327;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.469;QD=15.92;RBI=0.00867561;REFB=-0.0101495;REVB=0.00429307;RO=129;SAF=49;SAR=47;SRF=47;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150136;STB=0.586699;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0119694;OID=.;OPOS=23746269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:222:129:126:96:96:0.432432:47:49:47:82:47:49:45:81 chr14 23777374 . A G 4245.62 PASS AF=1;AO=269;DP=270;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017997;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.61;QD=62.8981;RBI=0.0292957;REFB=0;REVB=0.023116;RO=0;SAF=101;SAR=168;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78837e-06;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:270:270:0:0:269:270:1:168:101:0:0:169:101:0:0 chr14 23780569 . TTA T,TT 127.25 PASS AF=0.392857,0.321429;AO=9,7;DP=33;FAO=11,9;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=5,2;FSAR=6,7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.146584,0.188875;FXX=0.0344709;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=15.0976,11.195;QD=18.1786;RBI=0.228104,0.344771;REFB=-0.0458835,-0.0830557;REVB=0.17477,0.288432;RO=14;SAF=3,2;SAR=6,5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0.391304,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.373608,-0.439136;STB=0.622427,0.756168;STBP=0.257,0.041;TYPE=del,del;VARB=0.108579,0.13783;OID=.,.;OPOS=23780570,23780571;OREF=TA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.392857,0.321429:9,7:33:11,9:28:8:5,2:6,7:6:2:34:14:3,2:6,5:10:4 chr14 23817491 . G A 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0054821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.802;QD=13.7269;RBI=0.0129095;REFB=-0.00584184;REVB=-0.0116876;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24987;STB=0.641453;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00626535;OID=.;OPOS=23817491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:12:13:10:26:12:13:10:26 chr14 23826822 . C T 1009.73 PASS AF=0.485981;AO=104;DP=214;FAO=104;FDP=214;FR=.;FRO=110;FSAF=35;FSAR=69;FSRF=43;FSRR=67;FWDB=-0.0036288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.932;QD=18.8734;RBI=0.00372791;REFB=0.00553336;REVB=0.000853915;RO=108;SAF=35;SAR=69;SRF=43;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623256;STB=0.530659;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00633718;OID=.;OPOS=23826822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:108:110:104:104:0.485981:69:35:43:65:69:35:43:67 chr14 23829041 . TG GT 96.76 PASS AF=0.113565;AO=29;DP=306;FAO=36;FDP=317;FR=.,HEALED;FRO=275;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=142;FSRR=133;FWDB=0.00463309;FXX=0.0305801;HRUN=1;LEN=2;MLLD=92.717;QD=1.22094;RBI=0.0713932;REFB=-0.00256693;REVB=-0.0712427;RO=185;SAF=4;SAR=25;SRF=111;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564282;STB=0.876;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0211646;OID=.;OPOS=23829041;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:306:317:185:275:29:36:0.113565:25:4:111:74:32:4:142:133 chr14 23830042 . T C 243.36 PASS AF=0.391892;AO=28;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00325257;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7568;QD=13.1543;RBI=0.0116682;REFB=-0.00634619;REVB=0.0112057;RO=46;SAF=20;SAR=8;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130186;STB=0.546186;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.020151;OID=.;OPOS=23830042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:45:28:29:0.391892:8:20:28:18:9:20:28:17 chr14 23902753 . G A 474.38 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=22;FWDB=-0.00324311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.708;QD=14.9412;RBI=0.022888;REFB=-0.000232103;REVB=-0.022657;RO=74;SAF=31;SAR=22;SRF=52;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129453;STB=0.572388;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000316563;OID=.;OPOS=23902753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:74:53:53:0.417323:22:31:52:22:22:31:52:22 chr14 23944505 . G A 503.17 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00371899;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.466;QD=15.7241;RBI=0.0353211;REFB=-0.00879963;REVB=0.0351248;RO=73;SAF=19;SAR=36;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057049;STB=0.532008;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.011292;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:73:73:55:55:0.429688:36:19:29:44:36:19:29:44 chr14 23944514 . C A 419.95 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0194812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.846;QD=14.6071;RBI=0.0228226;REFB=-0.00427609;REVB=-0.0118893;RO=67;SAF=17;SAR=31;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703033;STB=0.539635;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00597367;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:31:17:28:39:31:17:28:39 chr14 23947374 . G A 439.4 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0226876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.553;QD=15.8342;RBI=0.0230854;REFB=-0.00585142;REVB=-0.00426706;RO=61;SAF=29;SAR=20;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148389;STB=0.578682;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00917183;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:62:49:49:0.441441:20:29:27:34:20:29:28:34 chr14 23992742 . T G 562.83 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.000687996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.86;QD=16.433;RBI=0.00730076;REFB=-0.00811275;REVB=-0.00726827;RO=77;SAF=30;SAR=30;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032667;STB=0.518242;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00680788;OID=.;OPOS=23992742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:77:77:60:60:0.437956:30:30:41:36:30:30:41:36 chr14 23994237 . C G 529.12 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0138156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.667;QD=19.4171;RBI=0.0687021;REFB=-0.0218297;REVB=0.0672987;RO=54;SAF=22;SAR=33;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107969;STB=0.55968;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0234863;OID=.;OPOS=23994237;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:55:55:0.504587:33:22:28:26:33:22:28:26 chr14 23994517 . A G 493.98 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.00544851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.109;QD=15.9349;RBI=0.0280348;REFB=-0.0173031;REVB=-0.0275002;RO=69;SAF=27;SAR=27;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182499;STB=0.604802;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0275407;OID=.;OPOS=23994517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:70:54:54:0.435484:27:27:22:47:27:27:22:48 chr14 24004353 . A AC 72.9 PASS AF=0.195402;AO=24;DP=88;FAO=17;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.132234;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.1642;QD=3.3515;RBI=0.151979;REFB=-0.00646876;REVB=-0.0749108;RO=64;SAF=7;SAR=17;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172906;STB=0.664907;STBP=0.165;TYPE=ins;VARB=0.0273489;OID=.;OPOS=24004354;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195402:24:88:17:87:70:4:13:29:41:72:64:7:17:27:37 chr14 24026493 . A G 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0128758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0142;QD=22.3967;RBI=0.0255807;REFB=0.0236736;REVB=-0.022104;RO=23;SAF=3;SAR=22;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225906;STB=0.628452;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0205984;OID=.;OPOS=24026493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:22:3:6:17:22:3:6:17 chr14 24458162 . G C 2420.96 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8206;QD=61.29;RBI=0.0522355;REFB=0;REVB=-0.0521684;RO=0;SAF=73;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44084e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166661;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:84:73:0:0:85:73:0:0 chr14 24458211 . A T 3739.08 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109996;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.13;QD=63.1069;RBI=0.0122232;REFB=-0.0783903;REVB=-0.00533053;RO=0;SAF=109;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19938e-05;OID=.;OPOS=24458211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:232:237:0:0:231:237:1:122:109:0:0:127:110:0:0 chr14 24505722 . C G 3381.76 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.575;QD=62.3366;RBI=0.0246965;REFB=0;REVB=0.00188819;RO=0;SAF=108;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84449e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67523e-06;OID=.;OPOS=24505722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:217:0:0:210:217:1:102:108:0:0:106:111:0:0 chr14 24507003 . A C 2424.19 PASS AF=0.987654;AO=157;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0104501;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5011;QD=59.8565;RBI=0.0467117;REFB=-0.132037;REVB=-0.0455278;RO=2;SAF=69;SAR=88;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010689;STB=0.505494;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00209825;OID=.;OPOS=24507003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:162:162:2:2:157:160:0.987654:88:69:0:2:90:70:0:2 chr14 24527220 . C T 1072.23 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0204655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.286;QD=57.1856;RBI=0.0275241;REFB=-0.140506;REVB=0.0184048;RO=1;SAF=31;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150135;STB=0.515621;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00542611;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:42:31:1:0:42:31:2:0 chr14 24529209 . C T 1532.98 PASS AF=0.946903;AO=107;DP=113;FAO=107;FDP=113;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0325926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.668;QD=54.2648;RBI=0.0328244;REFB=-0.0730524;REVB=0.00389365;RO=2;SAF=54;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00016271;STB=0.517455;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00193941;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:113:113:2:6:107:107:0.946903:53:54:1:1:53:54:5:1 chr14 24529260 . C T 1465.84 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220998;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.632;QD=58.6335;RBI=0.0235912;REFB=-0.0653341;REVB=0.00825492;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.504504;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000151746;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:98:99:0.99:44:54:0:0:44:55:1:0 chr14 24529890 . A G 727.07 PASS AF=1;AO=43;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188057;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.84;QD=57.0251;RBI=0.0207214;REFB=0;REVB=-0.00870171;RO=0;SAF=1;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232758;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:43:51:1:42:1:0:0:42:9:0:0 chr14 24543808 . G C 631.01 PASS AF=0.595745;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0030901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.529;QD=26.8513;RBI=0.00332283;REFB=-0.0236449;REVB=0.00122167;RO=38;SAF=37;SAR=19;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00232865;STB=0.50127;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0152039;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:38:56:56:0.595745:19:37:25:13:19:37:25:13 chr14 24545366 . T C 227.37 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.074648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.301;QD=28.4206;RBI=0.0802428;REFB=0.0105131;REVB=-0.0294378;RO=11;SAF=6;SAR=15;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993583;STB=0.505489;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00900916;OID=.;OPOS=24545366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:32:32:11:11:21:21:0.65625:15:6:3:8:15:6:3:8 chr14 24545375 . C T 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.896;QD=59.0165;RBI=0.0393007;REFB=0;REVB=0.0281912;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290672;OID=.;OPOS=24545375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr14 24563339 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00335872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.262;QD=58.5877;RBI=0.0349501;REFB=0;REVB=0.0347884;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98701e-05;OID=.;OPOS=24563339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr14 24567498 . A C 3706.76 PASS AF=1;AO=234;DP=236;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199741;FXX=0.00423711;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1959;QD=63.0938;RBI=0.0713375;REFB=0.0350778;REVB=-0.0684841;RO=1;SAF=139;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00341646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00090448;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:236:235:1:0:234:235:1:95:139:1:0:96:139:0:0 chr14 24567508 . T C 901.33 PASS AF=0.410788;AO=98;DP=242;FAO=99;FDP=241;FR=.;FRO=142;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=92;FSRR=50;FWDB=-0.00199066;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4279;QD=14.9598;RBI=0.0044581;REFB=0.00287285;REVB=-0.00398897;RO=140;SAF=48;SAR=50;SRF=91;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168457;STB=0.595577;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00459789;OID=.;OPOS=24567508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:140:142:98:99:0.410788:50:48:91:49:51:48:92:50 chr14 24569418 . A G 1079.01 PASS AF=0.468354;AO=105;DP=236;FAO=111;FDP=237;FR=.;FRO=126;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=-0.0421922;FXX=0.0042015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.337;QD=18.2111;RBI=0.0439093;REFB=-0.0204309;REVB=-0.0121592;RO=94;SAF=62;SAR=43;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115974;STB=0.549558;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0255823;OID=.;OPOS=24569418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:94:126:105:111:0.468354:43:62:43:51:47:64:61:65 chr14 24614361 . T G 2026.29 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00226302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.217;QD=61.8715;RBI=0.0443043;REFB=0;REVB=0.0442465;RO=0;SAF=74;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577866;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:131:0:0:129:131:1:55:74:0:0:57:74:0:0 chr14 24615435 . T C 2529.31 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.966;QD=61.6905;RBI=0.0274102;REFB=0;REVB=0.000547918;RO=0;SAF=79;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14401e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74453e-05;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:85:79:0:0:85:79:0:0 chr14 24617238 . C T 1919.12 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185637;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.73;QD=60.9244;RBI=0.0705818;REFB=-0.062667;REVB=0.0680969;RO=1;SAF=66;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798528;STB=0.504201;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00013032;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:126:1:1:125:125:0.992063:59:66:0:1:59:66:0:1 chr14 24641838 . C T 397.48 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0130861;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4282;QD=20.3837;RBI=0.0158354;REFB=0.00601469;REVB=0.00891703;RO=37;SAF=20;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10566;STB=0.564071;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00326853;OID=.;OPOS=24641838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:37:38:40:40:0.512821:20:20:14:23:20:20:14:24 chr14 24642348 . C T 366.11 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0139514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.873;QD=16.2717;RBI=0.0260023;REFB=-0.011558;REVB=-0.0219425;RO=51;SAF=26;SAR=13;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857441;STB=0.548362;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0157081;OID=.;OPOS=24642348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:13:26:30:21:13:26:30:21 chr14 24646406 . G A,GGAA 1244.04 PASS AF=0.0408163,0.857143;AO=6,82;DP=103;FAO=4,84;FDP=98;FR=.;FRO=10;FSAF=4,45;FSAR=0,39;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.033603,-0.03147;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=51.2816,229.197;QD=50.7772;RBI=0.0366394,0.0315591;REFB=-0.005653,-0.0620342;REVB=0.0146044,0.00236924;RO=14;SAF=6,43;SAR=0,39;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.719988,-0.0129452;STB=0.996433,0.506879;STBP=0.1,0.72;TYPE=snp,ins;VARB=0.0820261,0.00449198;OID=.,.;OPOS=24646406,24646407;OREF=G,-;OALT=A,GAA;OMAPALT=A,GGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:103:98:14:10:6,82:4,84:0.0408163,0.857143:0,39:6,43:8:6:0,39:4,45:6:4 chr14 24647814 . T C 452.45 PASS AF=0.353333;AO=50;DP=147;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.00129531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.961;QD=12.0653;RBI=0.0176937;REFB=-0.0138802;REVB=0.0176462;RO=97;SAF=25;SAR=25;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295825;STB=0.51057;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0315804;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:97:97:50:53:0.353333:25:25:51:46:26:27:51:46 chr14 24652882 . A G 516.89 PASS AF=0.440945;AO=55;DP=126;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0636266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8548;QD=16.2799;RBI=0.0668728;REFB=-0.0257293;REVB=0.0205824;RO=68;SAF=28;SAR=27;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556332;STB=0.503936;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.026156;OID=.;OPOS=24652882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:68:71:55:56:0.440945:27:28:35:33:28:28:35:36 chr14 24653523 . G C 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0166427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.371;QD=28.1268;RBI=0.025764;REFB=-0.0227079;REVB=-0.0196674;RO=14;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376817;STB=0.520816;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0114776;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:15:9:6:8:15:9:6:8 chr14 24653954 . G A 252.53 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0272672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.472;QD=12.6267;RBI=0.0300753;REFB=-0.0102056;REVB=0.0126896;RO=50;SAF=10;SAR=20;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789473;STB=0.545424;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0230739;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:20:10:20:30:20:10:20:30 chr14 24653965 . C T 500.08 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0826749;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.459;QD=26.6709;RBI=0.0829673;REFB=-0.000820143;REVB=-0.00695951;RO=29;SAF=17;SAR=29;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189144;STB=0.510315;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0014067;OID=.;OPOS=24653965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:29:29:46:46:0.613333:29:17:10:19:29:17:10:19 chr14 24654489 . T C 2132.72 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308456;FXX=0.0144917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.765;QD=62.7272;RBI=0.0396425;REFB=-0.00534407;REVB=-0.0249013;RO=0;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79423e-05;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:137:136:0:0:136:136:1:69:67:0:0:69:67:0:0 chr14 24657407 . T G 2281.0 PASS AF=1;AO=94;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=83;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460131;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.408;QD=63.8043;RBI=0.111365;REFB=0;REVB=0.101415;RO=0;SAF=69;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207713;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:94:143:1:25:69:0:0:60:83:0:0 chr14 24682767 . C T 806.48 PASS AF=0.420561;AO=90;DP=215;FAO=90;FDP=214;FR=.;FRO=124;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=0.0266422;FXX=0.00465095;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.184;QD=15.0744;RBI=0.0277363;REFB=-0.0116826;REVB=0.00771339;RO=123;SAF=33;SAR=57;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112634;STB=0.565681;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0134286;OID=.;OPOS=24682767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:123:124:90:90:0.420561:57:33:58:65:57:33:59:65 chr14 24702789 . C T 693.27 PASS AF=0.439306;AO=75;DP=174;FAO=76;FDP=173;FR=.;FRO=97;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.00380174;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.372;QD=16.0292;RBI=0.0153332;REFB=-0.00986152;REVB=-0.0148544;RO=97;SAF=31;SAR=44;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835591;STB=0.549531;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0115833;OID=.;OPOS=24702789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:97:97:75:76:0.439306:44:31:48:49:45:31:48:49 chr14 24705295 . T C 481.46 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0646492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.2376;QD=17.3497;RBI=0.0648047;REFB=0.00805235;REVB=0.00448731;RO=58;SAF=17;SAR=35;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23647;STB=0.627865;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00387265;OID=.;OPOS=24705295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:59:52:52:0.468468:35:17:33:25:35:17:33:26 chr14 24736027 . G A 1652.83 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0241796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.138;QD=57.4896;RBI=0.0252885;REFB=-0.0712185;REVB=0.00740659;RO=2;SAF=41;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00479839;STB=0.508408;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00405497;OID=.;OPOS=24736027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:2:3:112:112:0.973913:71:41:1:1:71:41:2:1 chr14 24736961 . T C 2404.06 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.32;QD=60.4796;RBI=0.0273489;REFB=-0.105777;REVB=-0.0224843;RO=0;SAF=61;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.13237e-08;STB=0.504065;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000698253;OID=.;OPOS=24736961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:0:1:158:158:0.993711:97:61:0:0:97:61:1:0 chr14 24771256 . T C 3533.43 PASS AF=1;AO=223;DP=223;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.903;QD=62.8165;RBI=0.0444739;REFB=0;REVB=0.0443284;RO=0;SAF=102;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86162e-05;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:225:0:0:223:225:1:121:102:0:0:122:103:0:0 chr14 24786293 . T G 565.88 PASS AF=0.821429;AO=45;DP=58;FAO=46;FDP=56;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0115982;FXX=0.0508388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.947;QD=40.4199;RBI=0.0327705;REFB=0.00608731;REVB=0.0306494;RO=0;SAF=6;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44635e-08;STB=0.668294;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00257187;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:58:56:0:10:45:46:0.821429:39:6:0:0:40:6:7:3 chr14 24786823 . C A 215.21 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00337033;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.579;QD=20.4959;RBI=0.00666679;REFB=0.00618119;REVB=0.00575213;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125635;STB=0.573015;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00842481;OID=.;OPOS=24786823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:21:21:21:0.5:8:13:9:10:8:13:10:11 chr14 24786976 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.749;QD=57.3849;RBI=0.040544;REFB=0;REVB=0.0344867;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193446;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr14 24793600 . G A 1504.06 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.617;QD=63.329;RBI=0.0150547;REFB=0;REVB=0.00945168;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29896e-05;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:91:95:1:40:51:0:0:42:53:0:0 chr14 24839557 . TGGGGGC TGGGC,TGGGGC,TGGGGG,TGTGGGC 934.67 PASS AF=0.178082,0.40411,0.273973,0.136986;AO=34,19,25,13;DP=157;FAO=26,59,40,20;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=0,6,40,0;FSAR=26,53,0,20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0942513,-0.186837,-0.338931,-0.0544527;FXX=0.0987593;HRUN=5,5,4,5;LEN=2,1,1,1;MLLD=18.482,11.8484,10.1224,132.482;QD=25.6075;RBI=0.144321,0.277094,0.341708,0.114694;REFB=0.0377675,0.0550049,-0.0411711,0.0170652;REVB=-0.109294,-0.204629,-0.0434794,-0.100944;RO=1;SAF=0,0,25,0;SAR=34,19,0,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.326531,0.326531,0,0;SSEP=0,0,0.594203,0;SSSB=0,0,0.869292,0;STB=0.5,0.504671,0.999501,0.5;STBP=1,0.653,0.01,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0182166,0.0174748,0.0478337,0.152436;OID=.,.,.,.;OPOS=24839558,24839558,24839563,24839559;OREF=GG,G,C,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TGGGC,TGGGGC,TGGGGG,TGTGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.178082,0.40411,0.273973,0.136986:34,19,25,13:157:26,59,40,20:146:1:0,6,40,0:26,53,0,20:0:1:99:1:0,0,25,0:34,19,0,13:0:1 chr14 24846757 . A G 1312.41 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406016;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.252;QD=62.4959;RBI=0.0134347;REFB=0;REVB=0.0128065;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233027;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:33:51:0:0:33:51:0:0 chr14 24877699 . A G 464.59 PASS AF=0.42623;AO=48;DP=119;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.00215319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.5;QD=15.2325;RBI=0.0101885;REFB=-0.0275275;REVB=0.00995839;RO=66;SAF=18;SAR=30;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415353;STB=0.517827;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0371344;OID=.;OPOS=24877699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:66:70:48:52:0.42623:30:18:25:41:32:20:29:41 chr14 24885001 . C T 1436.91 PASS AF=0.446746;AO=151;DP=340;FAO=151;FDP=338;FR=.;FRO=187;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=96;FSRR=91;FWDB=0.00966044;FXX=0.00588218;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.074;QD=17.0049;RBI=0.0107021;REFB=-0.0229992;REVB=-0.00460563;RO=175;SAF=77;SAR=74;SRF=84;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291152;STB=0.501901;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0328528;OID=.;OPOS=24885001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:338:175:187:151:151:0.446746:74:77:84:91:74:77:96:91 chr14 24898556 . G C 1000.97 PASS AF=0.5;AO=102;DP=206;FAO=102;FDP=204;FR=.;FRO=102;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=0.0142352;FXX=0.00970827;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.427;QD=19.6268;RBI=0.0156472;REFB=-0.0203138;REVB=-0.00649574;RO=101;SAF=50;SAR=52;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405089;STB=0.524538;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0237244;OID=.;OPOS=24898556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:204:101:102:102:102:0.5:52:50:45:56:52:50:45:57 chr14 24898558 . C T 822.01 PASS AF=0.439024;AO=90;DP=205;FAO=90;FDP=205;FR=.;FRO=115;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=0.0176536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.425;QD=16.0392;RBI=0.0183067;REFB=-0.00723919;REVB=-0.00484627;RO=108;SAF=35;SAR=55;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120693;STB=0.580521;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00650864;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:108:115:90:90:0.439024:55:35:55:53:55:35:61:54 chr14 24901248 . A AC 121.41 PASS AF=0.605263;AO=7;DP=43;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00524693;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.846;QD=12.7803;RBI=0.0341374;REFB=-0.030716;REVB=-0.0337317;RO=36;SAF=7;SAR=0;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.631238;STB=0.582022;STBP=0.229;TYPE=ins;VARB=0.0590523;OID=.;OPOS=24901249;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.605263:7:43:23:38:15:14:9:12:3:99:36:7:0:25:11 chr14 24901249 . A C 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=-0.00764197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.516;QD=14.7422;RBI=0.030787;REFB=-0.00808917;REVB=0.0298235;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422015;STB=0.737482;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.012499;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:22:3:9:8:22:3 chr14 24901276 . G T 199.6 PASS AF=0.944444;AO=12;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.136746;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.9715;QD=44.3546;RBI=0.138876;REFB=-0.0566054;REVB=0.0242329;RO=1;SAF=12;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517221;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00875476;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:12:17:0.944444:0:12:1:0:3:14:1:0 chr14 24909362 . T C 1723.62 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0110653;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.834;QD=58.9273;RBI=0.0128122;REFB=0.0300795;REVB=0.00645832;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.507935;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-6.06489e-05;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:117:0:2:115:115:0.982906:53:62:0:0:53:62:2:0 chr14 24909475 . C G 820.26 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.749;QD=55.6106;RBI=0.034244;REFB=-0.0173637;REVB=-0.0299721;RO=1;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324978;STB=0.517235;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=3.01485e-06;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:14:44:0:1:14:44:0:1 chr14 24909731 . C T 1559.06 PASS AF=0.955752;AO=107;DP=113;FAO=108;FDP=113;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=79;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0466686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0516;QD=55.188;RBI=0.0466833;REFB=-0.0206427;REVB=-0.00117011;RO=2;SAF=28;SAR=79;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326933;STB=0.539675;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00452228;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:113:113:2:5:107:108:0.955752:79:28:2:0:79:29:5:0 chr14 24910210 . C A 3346.65 PASS AF=0.969163;AO=220;DP=228;FAO=220;FDP=227;FR=.;FRO=7;FSAF=94;FSAR=126;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0187585;FXX=0.00873324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.453;QD=58.9718;RBI=0.0328569;REFB=-0.0612307;REVB=0.0269758;RO=1;SAF=94;SAR=126;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037667;STB=0.513488;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000444558;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:228:227:1:7:220:220:0.969163:126:94:0:1:126:94:6:1 chr14 24910973 . TT GA 1269.66 PASS AF=1;AO=73;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188631;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=91.9729;QD=61.9347;RBI=0.117788;REFB=0;REVB=0.116267;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00033948;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:73:82:1:33:40:0:0:41:41:0:0 chr14 24912008 . T C 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0117495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=348.48;QD=21.1201;RBI=0.0119429;REFB=0.000353742;REVB=0.00214026;RO=32;SAF=7;SAR=30;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231166;STB=0.501278;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285047;OID=.;OPOS=24912008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:30:7:6:26:30:7:6:26 chr14 24970942 . A G 770.36 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0171664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6007;QD=55.0259;RBI=0.0333974;REFB=-0.0292305;REVB=-0.0286479;RO=2;SAF=27;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033633;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00296633;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:2:1:54:55:0.982143:27:27:2:0:27:28:1:0 chr14 24975435 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.032;QD=53.9112;RBI=0.0303936;REFB=0;REVB=-0.0071031;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21608e-05;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr14 25075943 . C G 34.12 PASS AF=0.0588235;AO=6;DP=154;FAO=9;FDP=153;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=136;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=63;FSRR=73;FWDB=-0.186168;FXX=0.0129024;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.0709;QD=0.892129;RBI=0.195662;REFB=-0.019609;REVB=0.0602072;RO=79;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233678;STB=0.687374;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0385334;OID=.;OPOS=25075943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:154:153:79:136:6:9:0.0588235:3:3:23:56:3:6:63:73 chr14 25076836 . G A 194.57 PASS AF=0.115813;AO=52;DP=450;FAO=52;FDP=449;FR=.;FRO=397;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=153;FSRR=244;FWDB=-0.00635594;FXX=0.00222217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9322;QD=1.73334;RBI=0.0115492;REFB=-0.006766;REVB=-0.00964287;RO=392;SAF=22;SAR=30;SRF=151;SRR=241;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495256;STB=0.534479;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0462451;OID=.;OPOS=25076836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:450:449:392:397:52:52:0.115813:30:22:151:241:30:22:153:244 chr14 25076877 . G C 34.94 PASS AF=0.0528736;AO=23;DP=436;FAO=23;FDP=435;FR=.,HEALED;FRO=412;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=155;FSRR=257;FWDB=0.0061017;FXX=0.00911141;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.261;QD=0.32129;RBI=0.0846081;REFB=-0.00185917;REVB=-0.0843878;RO=310;SAF=15;SAR=8;SRF=148;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191401;STB=0.744889;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0327514;OID=.;OPOS=25076877;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:436:435:310:412:23:23:0.0528736:8:15:148:162:8:15:155:257 chr14 25100282 . A G 300.86 PASS AF=0.65;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00224395;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.171;QD=30.0857;RBI=0.0231553;REFB=0.00968833;REVB=-0.0230463;RO=14;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672566;STB=0.536937;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0235249;OID=.;OPOS=25100282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:14:14:26:26:0.65:12:14:9:5:12:14:9:5 chr14 25101589 . G C 131.46 PASS AF=0.125475;AO=30;DP=263;FAO=33;FDP=263;FR=.,HEALED;FRO=230;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=101;FSRR=129;FWDB=0.000239954;FXX=0.00378774;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.208;QD=1.99935;RBI=0.0931322;REFB=-0.0020745;REVB=-0.0931319;RO=153;SAF=23;SAR=7;SRF=98;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191589;STB=0.746305;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.01144;OID=.;OPOS=25101589;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:153:230:30:33:0.125475:7:23:98:55:9:24:101:129 chr14 25101629 . T C 472.0 PASS AF=0.21902;AO=76;DP=346;FAO=76;FDP=347;FR=.;FRO=271;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=100;FSRR=171;FWDB=0.0771569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9807;QD=5.44092;RBI=0.086918;REFB=-0.00136555;REVB=0.0400195;RO=270;SAF=31;SAR=45;SRF=99;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555403;STB=0.5318;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00602812;OID=.;OPOS=25101629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:347:270:271:76:76:0.21902:45:31:99:171:45:31:100:171 chr14 25101878 . C CT 640.56 PASS AF=0.475728;AO=96;DP=211;FAO=98;FDP=206;FR=.;FRO=108;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.0260837;FXX=0.0236956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8453;QD=12.4381;RBI=0.0318107;REFB=0.0293836;REVB=-0.0182088;RO=111;SAF=50;SAR=46;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158412;STB=0.500495;STBP=0.982;TYPE=ins;VARB=-0.0323609;OID=.;OPOS=25101879;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475728:96:211:98:206:108:50:48:55:53:99:111:50:46:56:55 chr14 25101897 . C T 1084.5 PASS AF=0.5;AO=99;DP=219;FAO=110;FDP=220;FR=.;FRO=110;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=-0.00892373;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.601;QD=19.7181;RBI=0.00894658;REFB=0.00172483;REVB=0.000639012;RO=86;SAF=47;SAR=52;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215045;STB=0.518173;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0017554;OID=.;OPOS=25101897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:86:110:99:110:0.5:52:47:43:43:56:54:58:52 chr14 25102160 . C T 770.64 PASS AF=0.503185;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=157;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0341165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0199;QD=19.6341;RBI=0.0475881;REFB=-0.00427353;REVB=0.0331767;RO=78;SAF=39;SAR=40;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172861;STB=0.509511;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00378586;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:78:78:79:79:0.503185:40:39:40:38:40:39:40:38 chr14 25103414 . G A 1248.5 PASS AF=0.472527;AO=129;DP=272;FAO=129;FDP=273;FR=.;FRO=144;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=71;FSRR=73;FWDB=-0.00336317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.719;QD=18.293;RBI=0.00337968;REFB=-0.0195967;REVB=-0.000333682;RO=143;SAF=56;SAR=73;SRF=71;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600222;STB=0.531376;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0206185;OID=.;OPOS=25103414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:143:144:129:129:0.472527:73:56:71:72:73:56:71:73 chr14 25281607 . CA C 48.07 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.057067;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=15.2753;QD=10.1193;RBI=0.080125;REFB=-0.0381125;REVB=0.0562439;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0.390244;SSEP=0;SSSB=-0.0815412;STB=0.548274;STBP=0.809;TYPE=del;VARB=0.0645428;OID=.;OPOS=25281608;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:8:19:8:19:11:7:1:10:1:47:11:7:1:10:1 chr14 29238428 . CCTTTT C 119.71 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0103469;FXX=0.119019;HRUN=2;LEN=5;MLLD=301.607;QD=12.941;RBI=0.0132101;REFB=-0.0115104;REVB=-0.00821259;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155642;STB=0.527365;STBP=0.757;TYPE=del;VARB=0.0139555;OID=.;OPOS=29238429;OREF=CTTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459459:17:41:17:37:20:11:6:12:8:99:19:11:6:12:7 chr14 29247285 . CTTTTTTTTTTTTTG CCTTTTTTTTTTTTG,CTTTTCTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTGT,TTTCTTTTTTTTTTG,TTTTCTTTTTTTTTG 814.78 PASS AF=0,0.367347,0.193878,0.438776,0,0,0;AO=7,5,10,17,4,7,6;DP=94;FAO=0,36,19,43,0,0,0;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,19,39,0,0,0;FSAR=0,36,0,4,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129218,0.00209474,0.0689916,0.105929,-0.00789383,-0.000171527,0.000108493;FXX=0.048539;HRUN=13,13,13,13,13,2,2;LEN=1,1,3,2,2,4,5;MLLD=12.2926,144.833,12.5707,11.4171,13.5214,138.683,138.029;QD=33.2563;RBI=0.443629,0.0660946,0.12604,0.16013,0.200902,0.0766417,0.0651533;REFB=-0.135621,-0.0999452,-0.20506,-0.22403,-0.0802054,-0.0878488,-0.0946001;REVB=0.424393,0.0660614,0.105481,0.120086,0.200747,0.0766415,0.0651532;RO=0;SAF=6,0,10,17,3,0,0;SAR=1,5,0,0,1,7,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,del,mnp,mnp,mnp;VARB=0,0.0237911,0.0604746,0.0321514,-0.370624,-0.315202,-0.023411;OID=.,.,.,.,.,.,.;OPOS=29247286,29247290,29247286,29247286,29247298,29247285,29247285;OREF=T,T,TTT,TT,TG,CTTT,CTTTT;OALT=C,C,-,-,GT,TTTC,TTTTC;OMAPALT=CCTTTTTTTTTTTTG,CTTTTCTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTGT,TTTCTTTTTTTTTTG,TTTTCTTTTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:99:94:98:0:0:7,5,10,17,4,7,6:0,36,19,43,0,0,0:0,0.367347,0.193878,0.438776,0,0,0:1,5,0,0,1,7,6:6,0,10,17,3,0,0:0:0:0,36,0,4,0,0,0:0,0,19,39,0,0,0:0:0 chr14 29261309 . A AAAC,AAC 278.65 PASS AF=0.827586,0;AO=12,6;DP=53;FAO=24,0;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=10,0;FSAR=14,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0364479,0.0319067;FXX=0.452745;HRUN=8,8;LEN=3,2;MLLD=124.143,125.163;QD=38.4338;RBI=0.0662865,0.0654972;REFB=-0.127327,-0.12213;REVB=0.0553665,0.0572;RO=0;SAF=6,2;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.566418,0.5;STBP=0.13,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0517182,0;OID=.,.;OPOS=29261310,29261310;OREF=-,-;OALT=AAC,AC;OMAPALT=AAAC,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.827586,0:12,6:53:24,0:29:5:10,0:14,0:4:1:34:0:6,2:6,4:0:0 chr14 30045978 . C T 570.77 PASS AF=0.472441;AO=57;DP=124;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=58;FWDB=0.0163675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.735;QD=17.9769;RBI=0.0173352;REFB=-0.0201545;REVB=0.00571098;RO=66;SAF=23;SAR=34;SRF=9;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288438;STB=0.655008;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0145542;OID=.;OPOS=30045978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:66:67:57:60:0.472441:34:23:9:57:36:24:9:58 chr14 31059969 . G A 1422.37 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0013;QD=62.5218;RBI=0.025505;REFB=0;REVB=-0.0133902;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089367;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:47:43:0:0:48:43:0:0 chr14 31099738 . A G 1592.81 PASS AF=0.956522;AO=111;DP=115;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0443344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2973;QD=55.4023;RBI=0.0479748;REFB=-0.0633478;REVB=0.0183315;RO=4;SAF=49;SAR=62;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205854;STB=0.506789;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0171236;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:115:115:4:5:111:110:0.956522:62:49:3:1:61:49:3:2 chr14 31108977 . T C 1064.27 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00424714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.397;QD=56.014;RBI=0.00609124;REFB=-0.208263;REVB=-0.00436635;RO=3;SAF=32;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422981;STB=0.522382;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000685574;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:76:76:3:3:73:73:0.960526:41:32:3:0:41:32:3:0 chr14 31191772 . T C 2096.88 PASS AF=0.941935;AO=145;DP=154;FAO=146;FDP=155;FR=.;FRO=9;FSAF=49;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.00847885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.754;QD=54.113;RBI=0.00895834;REFB=-0.125376;REVB=-0.00289152;RO=6;SAF=49;SAR=96;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287941;STB=0.522165;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000780349;OID=.;OPOS=31191772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:154:155:6:9:145:146:0.941935:96:49:0:6:97:49:0:9 chr14 31355096 . C G 662.78 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0099429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.322;QD=18.8021;RBI=0.017667;REFB=-0.00825982;REVB=0.0146035;RO=74;SAF=28;SAR=39;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530653;STB=0.529403;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00795928;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:74:67:67:0.475177:39:28:35:39:39:28:35:39 chr14 31359847 . T A 1569.6 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2862;QD=64.0654;RBI=0.0583665;REFB=0;REVB=0.0571581;RO=1;SAF=46;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233931;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:1:0:95:98:1:49:46:1:0:51:47:0:0 chr14 31381351 . T C 451.04 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0135877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.338;QD=19.1933;RBI=0.0158103;REFB=-0.0110188;REVB=0.0080833;RO=48;SAF=17;SAR=28;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379664;STB=0.527765;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0109328;OID=.;OPOS=31381351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:48:49:45:45:0.478723:28:17:20:28:28:17:21:28 chr14 31570401 . G A 493.61 PASS AF=0.442623;AO=53;DP=121;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0186916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.756;QD=16.1838;RBI=0.0225892;REFB=-0.00846392;REVB=0.0126845;RO=68;SAF=32;SAR=21;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616493;STB=0.538592;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0131576;OID=.;OPOS=31570401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:68:68:53:54:0.442623:21:32:37:31:21:33:37:31 chr14 31582380 . A G 1071.78 PASS AF=0.961039;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00978286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4879;QD=55.677;RBI=0.0101145;REFB=-0.0511217;REVB=0.0025687;RO=2;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023638;STB=0.504949;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0112136;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:77:2:3:73:74:0.961039:39:34:0:2:40:34:1:2 chr14 31582526 . T C 1303.21 PASS AF=0.505792;AO=131;DP=259;FAO=131;FDP=259;FR=.;FRO=128;FSAF=69;FSAR=62;FSRF=65;FSRR=63;FWDB=0.00485255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.142;QD=20.1268;RBI=0.00531617;REFB=-0.0108345;REVB=0.00217128;RO=127;SAF=69;SAR=62;SRF=65;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134197;STB=0.509359;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0100224;OID=.;OPOS=31582526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:127:128:131:131:0.505792:62:69:65:62:62:69:65:63 chr14 31617919 . A G 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0230218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.45;QD=13.9987;RBI=0.0264213;REFB=0.00531248;REVB=-0.0129646;RO=55;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167493;STB=0.590193;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00676894;OID=.;OPOS=31617919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:56:36:36:0.391304:14:22:25:30:14:22:26:30 chr14 31647241 . G A 551.41 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00408547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7798;QD=19.519;RBI=0.00613662;REFB=0.00708518;REVB=0.00457898;RO=56;SAF=31;SAR=26;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395089;STB=0.521813;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0053078;OID=.;OPOS=31647241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:26:31:28:28:26:31:28:28 chr14 31819047 . C T 1369.16 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.197;QD=60.8515;RBI=0.0178588;REFB=-0.052065;REVB=0.0121306;RO=1;SAF=58;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160567;STB=0.508473;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000246115;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:1:1:87:89:0.988889:29:58:0:1:29:60:0:1 chr14 31819913 . A G 748.96 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00790403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8383;QD=51.6523;RBI=0.0336643;REFB=-0.143728;REVB=0.0327232;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.519993;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00315896;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:0:3:55:55:0.948276:36:19:0:0:36:19:0:3 chr14 31858162 . T A 326.09 PASS AF=0.439024;AO=35;DP=81;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0347525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0013;QD=15.9067;RBI=0.0348778;REFB=-0.0154635;REVB=-0.00295353;RO=46;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036254;STB=0.527762;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0422069;OID=.;OPOS=31858162;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:46:46:35:36:0.439024:18:17:24:22:19:17:24:22 chr14 31864485 . G C 3156.07 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223298;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.879;QD=64.0827;RBI=0.0164912;REFB=0;REVB=0.0163394;RO=0;SAF=125;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21981e-07;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:197:0:0:197:197:1:72:125:0:0:72:125:0:0 chr14 32071665 . G A 2606.02 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299334;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.264;QD=62.0482;RBI=0.0308584;REFB=0;REVB=-0.00749869;RO=0;SAF=55;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09418e-05;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:168:0:0:168:168:1:113:55:0:0:113:55:0:0 chr14 32414145 . C A 1874.94 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=127;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0159509;FXX=0.0314936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.151;QD=60.9735;RBI=0.0337945;REFB=0.028991;REVB=0.0297932;RO=1;SAF=51;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664454;STB=0.503496;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-7.79344e-05;OID=.;OPOS=32414145;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:123:1:1:122:122:0.99187:71:51:0:1:71:51:0:1 chr14 32419331 . C T 1447.59 PASS AF=0.990196;AO=93;DP=94;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00266916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.332;QD=56.7683;RBI=0.00913509;REFB=-0.00057794;REVB=0.00873644;RO=1;SAF=30;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155393;STB=0.506492;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000385411;OID=.;OPOS=32419331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:102:1:1:93:101:0.990196:63:30:1:0:63:38:1:0 chr14 33015014 . G A 207.1 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3359;QD=48.7298;RBI=0.0442513;REFB=0;REVB=-0.041372;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000530652;OID=.;OPOS=33015014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:11:6:0:0 chr14 33046387 . A AG 1551.51 PASS AF=1;AO=16;DP=119;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823882;FXX=0.0336106;HRUN=0;LEN=1;MLLD=152.472;QD=53.9655;RBI=0.120129;REFB=0.00259809;REVB=-0.0874256;RO=103;SAF=1;SAR=15;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553754;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.02032e-05;OID=.;OPOS=33046388;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:119:115:115:0:46:69:0:0:6:103:1:15:45:58 chr14 33046388 . A G 1343.28 PASS AF=0.848739;AO=101;DP=119;FAO=101;FDP=119;FR=.;FRO=18;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=-0.00262184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.777;QD=45.1524;RBI=0.00603164;REFB=-0.0514014;REVB=0.005432;RO=18;SAF=45;SAR=56;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11413;STB=0.560473;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00141499;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:119:119:18:18:101:101:0.848739:56:45:1:17:56:45:1:17 chr14 33292743 . A C 47.59 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0130601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.93;QD=11.198;RBI=0.0161792;REFB=-0.0204418;REVB=0.00954995;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922775;STB=0.517192;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0224591;OID=.;OPOS=33292743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:4:3:3:6:4:3:4:6 chr14 33293122 . A G 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.000788703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.847;QD=14.2304;RBI=0.0374619;REFB=-0.0086968;REVB=-0.0374536;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508173;STB=0.528945;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0116126;OID=.;OPOS=33293122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:15:11:17:19:15:11:17:19 chr14 33293531 . T A 820.29 PASS AF=0.538462;AO=77;DP=143;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00926751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.0836;QD=22.9452;RBI=0.0175275;REFB=-0.0175719;REVB=0.014877;RO=65;SAF=36;SAR=41;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336526;STB=0.522002;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0132491;OID=.;OPOS=33293531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:65:66:77:77:0.538462:41:36:33:32:41:36:34:32 chr14 33294042 . G A 439.49 PASS AF=0.449541;AO=48;DP=108;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.0468177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.635;QD=16.1282;RBI=0.0470131;REFB=-0.0104437;REVB=-0.00428178;RO=60;SAF=20;SAR=28;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122366;STB=0.56302;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0166066;OID=.;OPOS=33294042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:60:60:48:49:0.449541:28:20:18:42:29:20:18:42 chr14 34047414 . T C 208.83 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0246029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.7568;QD=43.9649;RBI=0.0313252;REFB=-0.0573931;REVB=-0.0193898;RO=1;SAF=12;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366754;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00430837;OID=.;OPOS=34047414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:19:1:1:17:18:0.947368:5:12:1:0:6:12:1:0 chr14 34270027 . G A 3339.28 PASS AF=0.48227;AO=337;DP=707;FAO=340;FDP=705;FR=.;FRO=365;FSAF=202;FSAR=138;FSRF=202;FSRR=163;FWDB=-0.00382842;FXX=0.00983132;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.641;QD=18.9463;RBI=0.00595201;REFB=-0.0283051;REVB=0.00455738;RO=359;SAF=201;SAR=136;SRF=197;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461271;STB=0.521662;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0301133;OID=.;OPOS=34270027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:707:705:359:365:337:340:0.48227:136:201:197:162:138:202:202:163 chr14 34393602 . A G 263.03 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.117441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4197;QD=47.8244;RBI=0.12396;REFB=-0.0671362;REVB=0.0396684;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517225;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00528313;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:0:1:21:21:0.954545:14:7:0:0:14:7:0:1 chr14 34394733 . C T 559.99 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00551076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.19;QD=17.6375;RBI=0.017382;REFB=-0.0136548;REVB=-0.0164853;RO=68;SAF=30;SAR=29;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223274;STB=0.512406;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0125761;OID=.;OPOS=34394733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:68:59:59:0.464567:29:30:33:35:29:30:33:35 chr14 35062312 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.031;QD=62.671;RBI=0.0133576;REFB=0;REVB=0.0133065;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27584e-05;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr14 35099099 . A G 597.84 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0432808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3749;QD=16.492;RBI=0.0710222;REFB=0.000946482;REVB=-0.0563109;RO=82;SAF=21;SAR=42;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164553;STB=0.592203;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00217197;OID=.;OPOS=35099099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:82:82:63:63:0.434483:42:21:40:42:42:21:40:42 chr14 35181786 . T C 377.64 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0122107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9049;QD=12.9108;RBI=0.0353874;REFB=0.00815524;REVB=0.0332139;RO=72;SAF=23;SAR=22;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132316;STB=0.574967;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0107061;OID=.;OPOS=35181786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:72:45:45:0.384615:22:23:28:44:22:23:28:44 chr14 35546372 . GT G,GC 668.51 PASS AF=0.383085,0.0348259;AO=52,19;DP=192;FAO=77,7;FDP=201;FR=.;FRO=117;FSAF=35,3;FSAR=42,4;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=0.0359333,0.0417325;FXX=0.00985173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.31,159.802;QD=13.3037;RBI=0.0383486,0.0431775;REFB=-0.0256046,-0.0219126;REVB=0.0133944,0.011077;RO=116;SAF=30,4;SAR=22,15;SRF=58;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0919809,-0.377932;STB=0.530067,0.571225;STBP=0.505,0.753;TYPE=del,snp;VARB=0.0377874,0.0174297;OID=.,.;OPOS=35546373,35546373;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383085,0.0348259:52,19:192:77,7:201:117:35,3:42,4:59:58:99:116:30,4:22,15:58:58 chr14 35577290 . CA C 31.83 PASS AF=0.173469;AO=23;DP=97;FAO=17;FDP=98;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.164586;FXX=0.0101;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.82679;QD=1.29912;RBI=0.199766;REFB=-0.0839009;REVB=-0.113216;RO=59;SAF=3;SAR=20;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583116;STB=0.756976;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.145362;OID=.;OPOS=35577291;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173469:23:97:17:98:81:4:13:44:37:31:59:3:20:35:24 chr14 35591174 . T C 1127.5 PASS AF=0.454545;AO=120;DP=264;FAO=120;FDP=264;FR=.;FRO=144;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=84;FSRR=60;FWDB=-0.0559305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7149;QD=17.0834;RBI=0.0847614;REFB=-0.0134283;REVB=-0.0636889;RO=144;SAF=58;SAR=62;SRF=84;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983907;STB=0.554399;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0135067;OID=.;OPOS=35591174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:144:144:120:120:0.454545:62:58:84:60:62:58:84:60 chr14 35747918 . C T 656.99 PASS AF=0.41954;AO=72;DP=174;FAO=73;FDP=174;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=74;FWDB=-0.0465994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0716;QD=15.1032;RBI=0.0467479;REFB=0.0117476;REVB=0.00372307;RO=101;SAF=27;SAR=45;SRF=27;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124524;STB=0.573771;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0141949;OID=.;OPOS=35747918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:101:101:72:73:0.41954:45:27:27:74:45:28:27:74 chr14 35871217 . G A 196.71 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00805501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.477;QD=18.2987;RBI=0.0245441;REFB=-0.0145022;REVB=-0.0231847;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423538;STB=0.515207;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.036801;OID=.;OPOS=35871217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:11:9:10:12:11:9:11:12 chr14 35873770 . G A 4049.7 PASS AF=0.451923;AO=422;DP=937;FAO=423;FDP=936;FR=.;FRO=513;FSAF=240;FSAR=183;FSRF=245;FSRR=268;FWDB=0.0325364;FXX=0.00213217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0964;QD=17.3064;RBI=0.0534761;REFB=-0.0137557;REVB=0.0424391;RO=510;SAF=239;SAR=183;SRF=244;SRR=266;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876834;STB=0.549453;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0172113;OID=.;OPOS=35873770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:937:936:510:513:422:423:0.451923:183:239:244:266:183:240:245:268 chr14 36003547 . GGCCCCA GCCCA,GGCCC,GGCCCA,GGGCCCA 795.9 PASS AF=0,0,1,0;AO=30,20,28,6;DP=113;FAO=0,0,111,0;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,42,0;FSAR=0,0,69,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948401,-0.0464408,-0.0176342,-0.00476;FXX=0.0176975;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,2,1,1;MLLD=7.85897,99.652,9.86173,5.21261;QD=28.681;RBI=0.0789705,0.0585463,0.158259,0.261077;REFB=-0.0715769,-0.0148513,-0.146121,-0.113118;REVB=-0.0783989,-0.0356499,0.157274,0.261034;RO=14;SAF=1,17,14,6;SAR=29,3,14,0;SRF=4;SRR=10;SSEN=0.5,0,0,0;SSEP=0,0.533333,0.533333,0;SSSB=-0.507753,0.491573,0.130522,0.7826;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0758372,0,0.0611057,0;OID=.,.,.,.;OPOS=36003548,36003552,36003549,36003549;OREF=GC,CA,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=GCCCA,GGCCC,GGCCCA,GGGCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:30,20,28,6:113:0,0,111,0:111:0:0,0,42,0:0,0,69,0:0:0:3:14:1,17,14,6:29,3,14,0:4:10 chr14 36004075 . A G 743.55 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.365;QD=56.1172;RBI=0.0162775;REFB=0;REVB=-0.0128101;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48284e-06;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:50:53:1:19:31:0:0:19:34:0:0 chr14 36004247 . C CG 57.23 PASS AF=0.127753;AO=82;DP=455;FAO=58;FDP=454;FR=.;FRO=396;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=113;FSRR=283;FWDB=-0.0495278;FXX=0.00219775;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.5699;QD=0.50426;RBI=0.0625498;REFB=-0.0137856;REVB=-0.0382032;RO=369;SAF=55;SAR=27;SRF=101;SRR=268;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484617;STB=0.8663;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.10722;OID=.;OPOS=36004248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.127753:82:455:58:454:396:45:13:113:283:57:369:55:27:101:268 chr14 36005056 . CTT C,CT 150.9 PASS AF=0,1;AO=6,17;DP=34;FAO=0,34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136612,-0.250306;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=8.65815,6.9974;QD=17.7524;RBI=0.156512,0.291322;REFB=-0.0127119,-0.00937169;REVB=0.0763751,0.149048;RO=5;SAF=2,7;SAR=4,10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.120202,0.0918578;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00161222,-0.0154479;OID=.,.;OPOS=36005057,36005057;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:6,17:34:0,34:34:0:0,14:0,20:0:0:3:5:2,7:4,10:1:4 chr14 36005659 . T C 260.49 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.000311893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2647;QD=24.8083;RBI=0.018358;REFB=-0.0105179;REVB=0.0183554;RO=18;SAF=4;SAR=20;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195036;STB=0.609654;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0191058;OID=.;OPOS=36005659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:20:4:6:12:20:4:6:12 chr14 36153177 . T C 2145.91 PASS AF=0.931677;AO=150;DP=161;FAO=150;FDP=161;FR=.;FRO=11;FSAF=43;FSAR=107;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0239785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.714;QD=53.3146;RBI=0.0289111;REFB=-0.0539451;REVB=0.0161519;RO=11;SAF=43;SAR=107;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942766;STB=0.549775;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00112917;OID=.;OPOS=36153177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:161:161:11:11:150:150:0.931677:107:43:10:1:107:43:10:1 chr14 36191030 . A G 2059.71 PASS AF=0.978102;AO=132;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00501777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.931;QD=60.1377;RBI=0.0105332;REFB=-0.0412128;REVB=0.00926121;RO=3;SAF=47;SAR=85;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00104661;STB=0.500419;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.000102603;OID=.;OPOS=36191030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:137:3:3:132:134:0.978102:85:47:1:2:87:47:1:2 chr14 36334905 . CTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTT 373.3 PASS AF=0.157895,0.842105;AO=7,15;DP=86;FAO=9,48;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=9,48;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0810565,-0.153031;FXX=0.33717;HRUN=15,15;LEN=1,3;MLLD=136.257,8.43897;QD=26.1963;RBI=0.0831612,0.153077;REFB=0.182328,0.326553;REVB=-0.0185912,-0.00376734;RO=0;SAF=7,15;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.100705,-0.031547;OID=.,.;OPOS=36334917,36334906;OREF=T,TTT;OALT=A,-;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.157895,0.842105:7,15:86:9,48:57:0:9,48:0,0:0:0:53:0:7,15:0,0:0:0 chr14 36400983 . T G 380.48 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0146781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.147;QD=11.9837;RBI=0.0261428;REFB=-0.013989;REVB=-0.0216332;RO=81;SAF=19;SAR=27;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774565;STB=0.544298;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0295704;OID=.;OPOS=36400983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:81:81:46:46:0.362205:27:19:39:42:27:19:39:42 chr14 36840807 . A G 1500.3 PASS AF=0.529197;AO=143;DP=274;FAO=145;FDP=274;FR=.;FRO=129;FSAF=69;FSAR=76;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=0.00703223;FXX=0.00724611;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.454;QD=21.9021;RBI=0.0118239;REFB=-0.016774;REVB=0.00950533;RO=131;SAF=68;SAR=75;SRF=58;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287979;STB=0.519738;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0137514;OID=.;OPOS=36840807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:131:129:143:145:0.529197:75:68:58:73:76:69:56:73 chr14 37063123 . C T 1175.85 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0250675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.705;QD=59.5367;RBI=0.0278746;REFB=-0.0137611;REVB=0.0121906;RO=1;SAF=34;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137178;STB=0.507245;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000486258;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:44:34:1:0:44:34:1:0 chr14 37063294 . A G 1066.24 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.102;QD=58.4243;RBI=0.0175099;REFB=-0.109436;REVB=-0.00644598;RO=1;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111286;STB=0.505881;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000253894;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:42:30:0:1:42:30:0:1 chr14 37135752 . C T 1807.11 PASS AF=0.576389;AO=166;DP=288;FAO=166;FDP=288;FR=.;FRO=122;FSAF=64;FSAR=102;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=0.00411188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.745;QD=25.0988;RBI=0.0218766;REFB=-0.0145622;REVB=-0.0214867;RO=112;SAF=64;SAR=102;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012696;STB=0.521634;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0533187;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:112:122:166:166:0.576389:102:64:43:69:102:64:53:69 chr14 37135753 . G C 1053.4 PASS AF=0.410526;AO=109;DP=277;FAO=117;FDP=285;FR=.;FRO=168;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=66;FSRR=102;FWDB=0.0322934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.815;QD=14.7846;RBI=0.049101;REFB=-0.00344261;REVB=0.0369871;RO=168;SAF=40;SAR=69;SRF=66;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029794;STB=0.510637;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00147327;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:285:168:168:109:117:0.410526:69:40:66:102:69:48:66:102 chr14 37180685 . T C 2335.55 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.329;QD=61.0602;RBI=0.0390833;REFB=0;REVB=-0.00149048;RO=0;SAF=67;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51461e-05;OID=.;OPOS=37180685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:86:67:0:0:86:67:0:0 chr14 37203697 . G A 2335.52 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0582;QD=61.0593;RBI=0.0920856;REFB=0;REVB=-0.0888088;RO=0;SAF=67;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221633;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:86:67:0:0:86:67:0:0 chr14 37344229 . A AG 289.14 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0155308;FXX=0.0185151;HRUN=0;LEN=1;MLLD=157.851;QD=21.8215;RBI=0.0171946;REFB=-0.0152872;REVB=0.00737909;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214126;STB=0.622565;STBP=0.05;TYPE=ins;VARB=0.0108641;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566038:30:55:30:53:23:15:15:5:18:99:25:15:15:6:19 chr14 37641880 . C A 226.89 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0882233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6725;QD=15.6478;RBI=0.0967452;REFB=-0.00841857;REVB=-0.0397025;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091505;STB=0.565988;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00555757;OID=.;OPOS=37641880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:32:26:26:0.448276:14:12:11:19:14:12:11:21 chr14 38061742 . C T 2064.63 PASS AF=0.985294;AO=129;DP=129;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00670201;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.006;QD=60.7245;RBI=0.0805102;REFB=-0.0224133;REVB=0.0802307;RO=0;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05633e-08;STB=0.507245;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000219973;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:136:0:2:129:134:0.985294:65:64:0:0:68:66:0:2 chr14 38218343 . A G 433.23 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00809093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.975;QD=18.0511;RBI=0.0348264;REFB=-0.0104617;REVB=-0.0338736;RO=52;SAF=17;SAR=27;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18551;STB=0.603663;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0161057;OID=.;OPOS=38218343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:27:17:30:22:27:17:30:22 chr14 38266074 . C T 829.88 PASS AF=0.502994;AO=84;DP=167;FAO=84;FDP=167;FR=.;FRO=83;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.00265072;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.273;QD=19.8772;RBI=0.015723;REFB=0.00811271;REVB=-0.0154979;RO=82;SAF=43;SAR=41;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873021;STB=0.544758;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00733505;OID=.;OPOS=38266074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:82:83:84:84:0.502994:41:43:34:48:41:43:35:48 chr14 38277999 . C T 324.48 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00454739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.955;QD=19.6653;RBI=0.0588924;REFB=-0.030574;REVB=-0.0587165;RO=32;SAF=23;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136455;STB=0.576062;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0271615;OID=.;OPOS=38277999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:11:23:17:15:11:23:17:15 chr14 38678685 . G C 61.67 PASS AF=0.294118;AO=8;DP=32;FAO=10;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.000427079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.7519;QD=7.25561;RBI=0.0281864;REFB=-0.0169711;REVB=-0.0281832;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.686295;STB=0.8992;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0382347;OID=.;OPOS=38678685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:32:34:20:24:8:10:0.294118:7:1:16:4:9:1:16:8 chr14 39602849 . CTTT C,CT,CTT,TCTT 53.41 PASS AF=0,0,0.166667,0.833333;AO=2,2,3,3;DP=12;FAO=0,0,2,10;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,1,10;FSAR=0,0,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.268051,-0.332915,-0.946983,-0.0529778;FXX=0;HRUN=13,13,13,1;LEN=3,2,1,2;MLLD=12.659,8.31321,3.52384,18.1501;QD=17.8043;RBI=0.300799,0.370404,0.991321,0.279342;REFB=-0.0946624,-0.101527,-0.0752576,-0.0169182;REVB=-0.136488,-0.162379,-0.293157,-0.274272;RO=1;SAF=2,2,2,3;SAR=0,0,1,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,-0.163246,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0.0906544,0.176977,-0.187211,-0.281967;OID=.,.,.,.;OPOS=39602850,39602850,39602850,39602849;OREF=TTT,TT,T,CT;OALT=-,-,-,TC;OMAPALT=C,CT,CTT,TCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:8:12:12:1:0:2,2,3,3:0,0,2,10:0,0,0.166667,0.833333:0,0,1,0:2,2,2,3:1:0:0,0,1,0:0,0,1,10:0:0 chr14 39650234 . A T 216.88 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239706;FXX=0.105208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.4847;QD=51.0313;RBI=0.0243895;REFB=0;REVB=0.00450122;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00664357;OID=.;OPOS=39650234;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr14 39650824 . C T 312.05 PASS AF=0.862069;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00493619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.181;QD=43.041;RBI=0.0145929;REFB=-0.0420409;REVB=-0.0137327;RO=3;SAF=20;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161665;STB=0.625418;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0212913;OID=.;OPOS=39650824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:29:3:4:24:25:0.862069:4:20:1:2:4:21:1:3 chr14 39650924 . A G 593.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.971;QD=60.8997;RBI=0.0354409;REFB=0;REVB=0.0123611;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226862;OID=.;OPOS=39650924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:29:9:0:0:30:9:0:0 chr14 39703324 . A G 3654.58 PASS AF=0.975309;AO=234;DP=243;FAO=237;FDP=243;FR=.;FRO=6;FSAF=113;FSAR=124;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00493188;FXX=0.0201605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.959;QD=60.1577;RBI=0.0360006;REFB=0.0442187;REVB=-0.0356611;RO=6;SAF=113;SAR=121;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000814856;STB=0.500574;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.000229074;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:243:243:6:6:234:237:0.975309:121:113:3:3:124:113:3:3 chr14 39716201 . A G 2322.49 PASS AF=1;AO=147;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.022;QD=61.933;RBI=0.0426509;REFB=-0.0410455;REVB=0.0103986;RO=2;SAF=69;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150747;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:150:150:2:0:147:150:1:78:69:2:0:79:71:0:0 chr14 39722023 . G C 920.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2872;QD=58.4144;RBI=0.0232306;REFB=0;REVB=-0.0135806;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7248e-05;OID=.;OPOS=39722023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr14 39736680 . T C 1642.06 PASS AF=0.982301;AO=109;DP=115;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0193327;FXX=0.0258598;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.896;QD=58.1262;RBI=0.0228592;REFB=0.00285087;REVB=0.0121981;RO=2;SAF=48;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00206819;STB=0.500885;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-9.98165e-05;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:113:2:2:109:111:0.982301:61:48:1:1:61:50:1:1 chr14 39784014 . A G 845.91 PASS AF=0.844156;AO=64;DP=77;FAO=65;FDP=77;FR=.;FRO=12;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0640609;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9832;QD=43.9432;RBI=0.0906904;REFB=-0.0506424;REVB=0.0641946;RO=13;SAF=29;SAR=35;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965662;STB=0.544476;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00657377;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:77:77:13:12:64:65:0.844156:35:29:2:11:36:29:2:10 chr14 39818028 . A G 2549.5 PASS AF=0.994012;AO=165;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.002;QD=61.0659;RBI=0.0206682;REFB=-0.127083;REVB=-0.00310551;RO=1;SAF=94;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665539;STB=0.503496;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-2.5101e-05;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:165:166:0.994012:71:94:0:1:71:95:0:1 chr14 39818032 . G A 807.16 PASS AF=0.477273;AO=82;DP=175;FAO=84;FDP=176;FR=.;FRO=92;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.00860195;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.599;QD=18.3445;RBI=0.0142926;REFB=-0.00359293;REVB=0.0114142;RO=93;SAF=51;SAR=31;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944388;STB=0.553629;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00352306;OID=.;OPOS=39818032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:93:92:82:84:0.477273:31:51:49:44:31:53:49:43 chr14 39819734 . T G 2965.14 PASS AF=0.97449;AO=191;DP=196;FAO=191;FDP=196;FR=.;FRO=5;FSAF=86;FSAR=105;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0163379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.624;QD=60.513;RBI=0.0254608;REFB=-0.0787594;REVB=0.0195275;RO=1;SAF=86;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451386;STB=0.501295;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000197994;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:196:196:1:5:191:191:0.97449:105:86:0:1:105:86:2:3 chr14 39868646 . C A 216.71 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0261032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.646;QD=15.4791;RBI=0.0337305;REFB=-0.0139757;REVB=-0.0213629;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105835;STB=0.559952;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0127745;OID=.;OPOS=39868646;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:14:11:17:14:14:11:17:14 chr14 39871017 . T C 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0912703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.2024;QD=17.0886;RBI=0.0916424;REFB=-0.0040997;REVB=0.00825;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161077;STB=0.590836;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0023271;OID=.;OPOS=39871017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:15:10:16:12:15:10:16:12 chr14 39901157 . C A 145.42 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0917358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.47;QD=16.1577;RBI=0.0920217;REFB=-0.0138974;REVB=0.00724834;RO=20;SAF=3;SAR=13;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510138;STB=0.794583;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00413706;OID=.;OPOS=39901157;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:13:3:14:6:13:3:14:6 chr14 42360633 . T C 829.18 PASS AF=0.467391;AO=79;DP=177;FAO=86;FDP=184;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.00626179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.773;QD=18.0257;RBI=0.0341708;REFB=-0.00792732;REVB=0.0335922;RO=98;SAF=41;SAR=38;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290698;STB=0.500759;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00861047;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:184:98:98:79:86:0.467391:38:41:48:50:44:42:48:50 chr14 42998026 . T C 1431.27 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0381658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.416;QD=57.829;RBI=0.0503008;REFB=-0.0624413;REVB=0.0327649;RO=2;SAF=35;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538496;STB=0.51222;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00312463;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:99:2:5:94:94:0.949495:59:35:1:1:59:35:3:2 chr14 44974966 . G A 604.19 PASS AF=0.333333;AO=76;DP=228;FAO=76;FDP=228;FR=.;FRO=152;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=67;FSRR=85;FWDB=0.00684629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.253;QD=10.5999;RBI=0.00709028;REFB=0.00158138;REVB=-0.00184403;RO=152;SAF=40;SAR=36;SRF=67;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991757;STB=0.556819;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00300977;OID=.;OPOS=44974966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:152:152:76:76:0.333333:36:40:67:85:36:40:67:85 chr14 44975052 . A G 509.16 PASS AF=0.360465;AO=62;DP=172;FAO=62;FDP=172;FR=.;FRO=110;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.00307962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2135;QD=11.8408;RBI=0.0280014;REFB=-0.0118799;REVB=0.0278315;RO=110;SAF=27;SAR=35;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319772;STB=0.518217;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0281778;OID=.;OPOS=44975052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:110:110:62:62:0.360465:35:27:51:59:35:27:51:59 chr14 44975606 . G T 753.7 PASS AF=0.51049;AO=73;DP=143;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0084272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4024;QD=21.0824;RBI=0.0591117;REFB=0.00274818;REVB=0.0585079;RO=70;SAF=33;SAR=40;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428558;STB=0.523574;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00265897;OID=.;OPOS=44975606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:70:70:73:73:0.51049:40:33:35:35:40:33:35:35 chr14 45376442 . TC CT 41.22 PASS AF=0.135593;AO=9;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=-0.0671188;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=44.5342;QD=2.79456;RBI=0.0675715;REFB=-0.0096912;REVB=-0.00780866;RO=49;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.713357;STB=0.935703;STBP=0.082;TYPE=mnp;VARB=0.0205958;OID=.;OPOS=45376442;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:59:59:49:51:9:8:0.135593:1:8:10:39:1:7:12:39 chr14 45432870 . G C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00406277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2092;QD=15.6192;RBI=0.0291976;REFB=0.00448096;REVB=-0.0289136;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106652;STB=0.542325;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00707305;OID=.;OPOS=45432870;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:18:18:0.418605:12:6:10:13:12:6:10:15 chr14 45433155 . C G 603.8 PASS AF=0.42236;AO=68;DP=161;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.0282193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5329;QD=15.0013;RBI=0.0302564;REFB=-0.00186993;REVB=0.010914;RO=92;SAF=22;SAR=46;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275145;STB=0.651464;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00419404;OID=.;OPOS=45433155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:92:93:68:68:0.42236:46:22:54:38:46:22:54:39 chr14 45515838 . A G 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0143768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.084;QD=20.5632;RBI=0.0148504;REFB=-0.0140658;REVB=-0.0037205;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697044;STB=0.503873;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0123748;OID=.;OPOS=45515838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:13:16:14:11:13:16:14:11 chr14 45606287 . C T 877.75 PASS AF=0.530488;AO=86;DP=162;FAO=87;FDP=164;FR=.;FRO=77;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.0372983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4786;QD=21.4086;RBI=0.0879129;REFB=0.000669703;REVB=0.0796085;RO=76;SAF=42;SAR=44;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691542;STB=0.536964;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000114161;OID=.;OPOS=45606287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:76:77:86:87:0.530488:44:42:31:45:44:43:32:45 chr14 45650900 . A G 322.63 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.106208;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.521;QD=18.9779;RBI=0.106417;REFB=-0.0107853;REVB=-0.00667006;RO=34;SAF=11;SAR=23;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114639;OID=.;OPOS=45650900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:34:34:34:0.5:23:11:11:23:23:11:11:23 chr14 45664721 . C G 487.22 PASS AF=0.379085;AO=58;DP=153;FAO=58;FDP=153;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=0.00578024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.609;QD=12.7378;RBI=0.0505408;REFB=-0.0171608;REVB=0.0502092;RO=94;SAF=34;SAR=24;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174685;STB=0.595654;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.02199;OID=.;OPOS=45664721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:94:95:58:58:0.379085:24:34:40:54:24:34:41:54 chr14 45665468 . C G 434.21 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00531125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.633;QD=17.0278;RBI=0.0178748;REFB=-0.0088037;REVB=-0.0170675;RO=55;SAF=20;SAR=27;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462613;STB=0.525815;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00954905;OID=.;OPOS=45665468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:27:20:26:29:27:20:26:29 chr14 45696037 . T G 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00359437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.158;QD=16.6179;RBI=0.0137858;REFB=0.00560193;REVB=0.0133089;RO=28;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2354;STB=0.634113;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00857337;OID=.;OPOS=45696037;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:7:16:13:15:7:16:13:15 chr14 45711594 . T C 554.23 PASS AF=0.413793;AO=60;DP=145;FAO=60;FDP=145;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.000706022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.829;QD=15.289;RBI=0.0486032;REFB=-0.0225348;REVB=0.0485981;RO=83;SAF=35;SAR=25;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118017;STB=0.559656;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0291145;OID=.;OPOS=45711594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:85:60:60:0.413793:25:35:39:44:25:35:41:44 chr14 47309496 . G T 470.31 PASS AF=0.389262;AO=53;DP=140;FAO=58;FDP=149;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.00981528;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7834;QD=12.6259;RBI=0.0261007;REFB=-0.012536;REVB=-0.0241849;RO=62;SAF=17;SAR=36;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314889;STB=0.645187;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0233065;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:149:62:91:53:58:0.389262:36:17:40:22:39:19:51:40 chr14 47341131 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.009;QD=51.9165;RBI=0.0210726;REFB=0;REVB=-0.000533935;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150613;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr14 47528470 . T C 1771.57 PASS AF=0.983471;AO=118;DP=122;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0212693;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.6098;QD=58.5642;RBI=0.0261233;REFB=-0.148827;REVB=0.0151672;RO=2;SAF=41;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226008;STB=0.511626;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.000468878;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:121:2:2:118:119:0.983471:77:41:2:0:77:42:2:0 chr14 47528551 . T A 1939.33 PASS AF=0.984615;AO=127;DP=131;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0253294;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.009;QD=59.6716;RBI=0.0288691;REFB=-0.140957;REVB=0.0138509;RO=3;SAF=40;SAR=87;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034306;STB=0.511903;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000268093;OID=.;OPOS=47528551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:131:130:3:2:127:128:0.984615:87:40:3:0:87:41:2:0 chr14 48143852 . C T 856.38 PASS AF=0.53125;AO=85;DP=160;FAO=85;FDP=160;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.0306045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.258;QD=21.4094;RBI=0.0306213;REFB=-0.0316416;REVB=0.0010147;RO=75;SAF=43;SAR=42;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807242;STB=0.544159;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0247506;OID=.;OPOS=48143852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:75:75:85:85:0.53125:42:43:45:30:42:43:45:30 chr14 50019417 . G C 124.27 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0122472;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.003;QD=8.72098;RBI=0.0242731;REFB=-0.00250803;REVB=0.0209569;RO=40;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301483;STB=0.676355;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00607641;OID=.;OPOS=50019417;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:40:40:17:17:0.298246:9:8:9:31:9:8:9:31 chr14 50044392 . T C 613.98 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00401677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.796;QD=20.2969;RBI=0.00566485;REFB=0.00269339;REVB=-0.0039945;RO=59;SAF=33;SAR=29;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110716;STB=0.560937;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00297727;OID=.;OPOS=50044392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:59:62:62:0.512397:29:33:24:35:29:33:24:35 chr14 50065359 . C G 1130.36 PASS AF=0.466667;AO=119;DP=255;FAO=119;FDP=255;FR=.;FRO=136;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=77;FSRR=59;FWDB=0.0472889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7688;QD=17.7311;RBI=0.048308;REFB=-0.0161893;REVB=-0.00987039;RO=135;SAF=70;SAR=49;SRF=76;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249856;STB=0.512089;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0194942;OID=.;OPOS=50065359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:135:136:119:119:0.466667:49:70:76:59:49:70:77:59 chr14 50065445 . A C 774.99 PASS AF=0.516779;AO=70;DP=143;FAO=77;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=22;FWDB=-0.0139084;FXX=0.0132442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.714;QD=20.805;RBI=0.0139724;REFB=-0.0381463;REVB=0.0013361;RO=50;SAF=41;SAR=29;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449877;STB=0.538336;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.021762;OID=.;OPOS=50065445;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:149:50:70:70:77:0.516779:29:41:29:21:30:47:48:22 chr14 50065717 . G C 1173.18 PASS AF=0.525114;AO=115;DP=220;FAO=115;FDP=219;FR=.;FRO=104;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.0144245;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.634;QD=21.4279;RBI=0.0168871;REFB=-0.0169331;REVB=0.00878109;RO=104;SAF=49;SAR=66;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00585829;STB=0.503203;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0165942;OID=.;OPOS=50065717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:104:104:115:115:0.525114:66:49:45:59:66:49:45:59 chr14 50074122 . T A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.00982378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8699;QD=22.8297;RBI=0.0132025;REFB=0.00462532;REVB=0.00882034;RO=10;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496631;STB=0.777432;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00248386;OID=.;OPOS=50074122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:4:11:0:10:4:11:0:10 chr14 50074520 . C T 457.79 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0155983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.781;QD=17.7782;RBI=0.0208086;REFB=-2.33361e-05;REVB=-0.0137729;RO=52;SAF=29;SAR=20;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014269;STB=0.519536;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-2.13627e-05;OID=.;OPOS=50074520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:54:49:49:0.475728:20:29:30:22:20:29:30:24 chr14 50085571 . G A 618.37 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0712938;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.437;QD=19.1741;RBI=0.0713455;REFB=-0.0166766;REVB=-0.00271517;RO=65;SAF=41;SAR=22;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151738;STB=0.58071;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0197985;OID=.;OPOS=50085571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:65:66:63:63:0.488372:22:41:32:33:22:41:33:33 chr14 50088754 . T G 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00268891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.644;QD=14.9204;RBI=0.00495955;REFB=-0.00863118;REVB=-0.00416736;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103392;STB=0.558556;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0127658;OID=.;OPOS=50088754;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:15:13:21:16:15:13:21:16 chr14 50089558 . A G 148.37 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00495127;FXX=0.0499875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.142;QD=15.6178;RBI=0.028133;REFB=-0.0191585;REVB=0.0276939;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102765;STB=0.57423;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0323096;OID=.;OPOS=50089558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:10:6:10:11:10:6:11:11 chr14 50092598 . T C 334.49 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0154362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.423;QD=20.9057;RBI=0.0167343;REFB=-0.0132607;REVB=-0.00646219;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821821;STB=0.542833;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0207203;OID=.;OPOS=50092598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:29:34:35:0.546875:18:16:16:12:19:16:16:13 chr14 50100386 . T C 198.98 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0103769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.043;QD=11.3704;RBI=0.011235;REFB=-0.00850875;REVB=-0.00430642;RO=44;SAF=12;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146901;STB=0.590838;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0111142;OID=.;OPOS=50100386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:45:25:25:0.357143:13:12:27:17:13:12:28:17 chr14 50101030 . GC CG,GCG 693.29 PASS AF=0,0.530172;AO=15,80;DP=247;FAO=0,123;FDP=232;FR=.;FRO=109;FSAF=0,1;FSAR=0,122;FSRF=11;FSRR=98;FWDB=-0.00903823,-0.00926251;FXX=0.025209;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=27.5056,25.017;QD=11.9532;RBI=0.00930954,0.0165012;REFB=-0.00498825,-0.0183189;REVB=0.00223111,0.0136563;RO=144;SAF=0,1;SAR=15,79;SRF=12;SRR=132;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.502099,-0.541314;STB=0.5,0.869259;STBP=1,0;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00113156,0.0828002;OID=.,.;OPOS=50101030,50101032;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:247:232:144:109:15,80:0,123:0,0.530172:15,79:0,1:12:132:0,122:0,1:11:98 chr14 50101370 . G A 1203.83 PASS AF=0.461538;AO=126;DP=273;FAO=126;FDP=273;FR=.;FRO=147;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=64;FSRR=83;FWDB=0.0118074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.781;QD=17.6385;RBI=0.0392608;REFB=-0.0262176;REVB=0.0374433;RO=146;SAF=55;SAR=71;SRF=64;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00182509;STB=0.50062;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0300173;OID=.;OPOS=50101370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:146:147:126:126:0.461538:71:55:64:82:71:55:64:83 chr14 50101682 . C G 1658.08 PASS AF=0.495495;AO=165;DP=333;FAO=165;FDP=333;FR=.;FRO=168;FSAF=83;FSAR=82;FSRF=91;FSRR=77;FWDB=0.0362882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.354;QD=19.9169;RBI=0.0363612;REFB=-0.0228474;REVB=-0.00230407;RO=168;SAF=83;SAR=82;SRF=91;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355617;STB=0.519495;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0196857;OID=.;OPOS=50101682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:168:168:165:165:0.495495:82:83:91:77:82:83:91:77 chr14 50120858 . C T 558.66 PASS AF=0.565217;AO=51;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00128847;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.523;QD=24.2896;RBI=0.0137725;REFB=0.00889862;REVB=-0.0137121;RO=41;SAF=21;SAR=30;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181024;STB=0.510305;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00454147;OID=.;OPOS=50120858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:40:51:52:0.565217:30:21:16:25:30:22:16:24 chr14 50121507 . G C 1088.47 PASS AF=0.402685;AO=120;DP=298;FAO=120;FDP=298;FR=.;FRO=178;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=73;FSRR=105;FWDB=0.0077821;FXX=0.00334437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.381;QD=14.6103;RBI=0.0497365;REFB=0.00368665;REVB=-0.0491239;RO=177;SAF=55;SAR=65;SRF=72;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05562;STB=0.529141;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00566004;OID=.;OPOS=50121507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:177:178:120:120:0.402685:65:55:72:105:65:55:73:105 chr14 50131846 . G T 165.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00822674;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.033;QD=20.7068;RBI=0.0143391;REFB=-0.0333379;REVB=-0.0117444;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115311;STB=0.564981;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0312097;OID=.;OPOS=50131846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:5:10:9:8:5:10 chr14 50140880 . T C 585.72 PASS AF=0.408537;AO=67;DP=162;FAO=67;FDP=164;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=0.0117121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2687;QD=14.286;RBI=0.0129759;REFB=0.00503533;REVB=0.00558572;RO=95;SAF=32;SAR=35;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690818;STB=0.504101;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00708603;OID=.;OPOS=50140880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:95:97:67:67:0.408537:35:32:46:49:35:32:47:50 chr14 50195679 . A G 3747.07 PASS AF=1;AO=235;DP=236;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954799;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.91;QD=63.5096;RBI=0.0135248;REFB=0;REVB=0.00957893;RO=0;SAF=108;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41299e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:236:0:0:235:236:1:127:108:0:0:128:108:0:0 chr14 50251369 . A G,T 1951.38 PASS AF=0.960938,0.0390625;AO=122,5;DP=128;FAO=123,5;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=43,4;FSAR=80,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179515,-0.00280746;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.749,167.17;QD=60.9805;RBI=0.0181544,0.00586407;REFB=0,0;REVB=-0.00270624,-0.00514834;RO=0;SAF=43,4;SAR=79,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.09296e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=2.40592e-05,0.0186866;OID=.,.;OPOS=50251369,50251369;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:128:128:0:0:122,5:123,5:0.960938,0.0390625:79,1:43,4:0:0:80,1:43,4:0:0 chr14 50298962 . T A 1315.92 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.931;QD=61.9257;RBI=0.0200016;REFB=0;REVB=0.0173043;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08416e-05;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:34:50:0:0:34:51:0:0 chr14 50320391 . A G 202.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.307;QD=47.5972;RBI=0.0866667;REFB=0;REVB=-0.0860333;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012251;OID=.;OPOS=50320391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:6:11:0:0 chr14 50477643 . G C 1384.93 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138813;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.77;QD=61.5525;RBI=0.0467677;REFB=-0.0384653;REVB=-0.0446601;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111504;STB=0.505881;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=9.04312e-05;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:1:1:89:89:0.988889:42:47:0:1:42:47:0:1 chr14 50575408 . C T 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00373847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2874;QD=17.7315;RBI=0.0396247;REFB=-0.0157015;REVB=-0.0394479;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293785;STB=0.666481;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.019027;OID=.;OPOS=50575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:5:14:7:10:5:14 chr14 50575411 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00190163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.256;QD=18.3451;RBI=0.00629097;REFB=0.00699028;REVB=0.00599667;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274772;STB=0.655563;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00578763;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:5:13:7:10:5:13 chr14 50583083 . G T 399.2 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0152883;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1237;QD=20.7376;RBI=0.0164336;REFB=-0.0105302;REVB=0.0060276;RO=30;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131016;STB=0.504585;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00823425;OID=.;OPOS=50583083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:30:37:40:40:0.519481:22:18:14:16:22:18:17:20 chr14 50585248 . C T 909.23 PASS AF=0.438053;AO=99;DP=227;FAO=99;FDP=226;FR=.;FRO=127;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=53;FSRR=74;FWDB=0.0291274;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.389;QD=16.0925;RBI=0.0340404;REFB=-0.0193533;REVB=0.0176167;RO=126;SAF=40;SAR=59;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172897;STB=0.507725;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0223398;OID=.;OPOS=50585248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:126:127:99:99:0.438053:59:40:53:73:59:40:53:74 chr14 50623657 . G A 719.12 PASS AF=0.418848;AO=78;DP=189;FAO=80;FDP=191;FR=.;FRO=111;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=69;FWDB=-0.0526264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9377;QD=15.0602;RBI=0.0695854;REFB=-0.0250562;REVB=-0.0455258;RO=108;SAF=32;SAR=46;SRF=42;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230344;STB=0.520599;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0367297;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:191:108:111:78:80:0.418848:46:32:42:66:47:33:42:69 chr14 50623669 . G A 42.53 PASS AF=0.0809249;AO=14;DP=173;FAO=14;FDP=173;FR=.;FRO=159;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=67;FSRR=92;FWDB=-0.0888525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.472;QD=0.983354;RBI=0.0946061;REFB=-0.00458937;REVB=-0.0324893;RO=158;SAF=2;SAR=12;SRF=67;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355902;STB=0.798749;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.100509;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:173:173:158:159:14:14:0.0809249:12:2:67:91:12:2:67:92 chr14 50623679 . G A 244.15 PASS AF=0.307018;AO=35;DP=114;FAO=35;FDP=114;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=-0.0581477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8551;QD=8.56665;RBI=0.0864018;REFB=-0.0346884;REVB=-0.0639071;RO=79;SAF=19;SAR=16;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221117;STB=0.628572;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.101152;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:79:79:35:35:0.307018:16:19:28:51:16:19:28:51 chr14 50623683 . A G 280.12 PASS AF=0.35;AO=36;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.00782208;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6557;QD=11.2047;RBI=0.0661196;REFB=-0.0478118;REVB=-0.0656553;RO=63;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20906;STB=0.638579;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0952108;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:65:36:35:0.35:16:20:23:40:15:20:23:42 chr14 50704331 . C T 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0179384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.749;QD=21.8388;RBI=0.0212293;REFB=-0.0257791;REVB=-0.0113534;RO=23;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17961;STB=0.591522;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0226961;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:16:9:13:10:16:9:13:11 chr14 50713678 . CT CG,GA 657.65 PASS AF=0.911111,0.0888889;AO=35,4;DP=45;FAO=41,4;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22,4;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254957,-0.0209715;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=142.962,174.134;QD=58.4579;RBI=0.0428659,0.0219165;REFB=0,0;REVB=0.0344595,0.00636608;RO=0;SAF=17,4;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.11116e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00171743,-0.000907736;OID=.,.;OPOS=50713679,50713678;OREF=T,CT;OALT=G,GA;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:45:45:0:0:35,4:41,4:0.911111,0.0888889:18,0:17,4:0:0:19,0:22,4:0:0 chr14 50769717 . G A 206.86 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0125755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5034;QD=17.2381;RBI=0.0515542;REFB=-0.00283981;REVB=0.0499969;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417974;STB=0.523787;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00553298;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:14:7:8:19:14:7:8:19 chr14 50778816 . A C 992.29 PASS AF=0.462222;AO=103;DP=219;FAO=104;FDP=225;FR=.;FRO=121;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=74;FSRR=47;FWDB=-0.0322694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.434;QD=17.6407;RBI=0.0325015;REFB=-0.0173216;REVB=-0.00387719;RO=114;SAF=62;SAR=41;SRF=73;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385174;STB=0.508636;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0173279;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:225:114:121:103:104:0.462222:41:62:73:41:42:62:74:47 chr14 50786004 . A G 246.88 PASS AF=0.473684;AO=21;DP=60;FAO=27;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0744734;FXX=0.0499917;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.933;QD=17.325;RBI=0.104727;REFB=-0.00492375;REVB=-0.0736306;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.574943;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0342396;OID=.;OPOS=50786004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:21:30:21:27:0.473684:13:8:8:13:18:9:14:16 chr14 50788213 . C T 381.59 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.00275547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.078;QD=13.3891;RBI=0.0536612;REFB=-0.00122924;REVB=-0.0535904;RO=67;SAF=26;SAR=19;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168284;STB=0.603203;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00128261;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:69:45:45:0.394737:19:26:28:39:19:26:28:41 chr14 50798743 . G A 417.55 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0112181;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.664;QD=19.4207;RBI=0.0115519;REFB=-0.0161039;REVB=-0.00275705;RO=43;SAF=25;SAR=17;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11972;STB=0.572591;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00884585;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:43:44:42:42:0.488372:17:25:20:23:17:25:20:24 chr14 50799126 . G C 598.4 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0207614;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5213;QD=25.4637;RBI=0.0215936;REFB=-0.00399041;REVB=0.00593712;RO=40;SAF=19;SAR=35;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230838;STB=0.512615;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00315617;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:40:40:54:54:0.574468:35:19:13:27:35:19:13:27 chr14 50802727 . A C 357.03 PASS AF=0.34375;AO=43;DP=126;FAO=44;FDP=128;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0134808;FXX=0.0153834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.6363;QD=11.1573;RBI=0.0135866;REFB=-0.00146455;REVB=0.00169255;RO=83;SAF=17;SAR=26;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168378;STB=0.583295;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00086251;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:83:84:43:44:0.34375:26:17:45:38:26:18:45:39 chr14 50802840 . A G 343.41 PASS AF=0.401961;AO=40;DP=104;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00992857;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3689;QD=13.4669;RBI=0.0167766;REFB=0.00343979;REVB=-0.0135232;RO=61;SAF=14;SAR=26;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863091;STB=0.538093;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00442407;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:61:61:40:41:0.401961:26:14:26:35:26:15:26:35 chr14 50824839 . G A 704.9 PASS AF=0.582609;AO=64;DP=115;FAO=67;FDP=115;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0101762;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.61;QD=24.5182;RBI=0.025041;REFB=-0.0263741;REVB=0.02288;RO=50;SAF=28;SAR=36;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130077;STB=0.569322;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0198687;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:48:64:67:0.582609:36:28:30:20:39:28:28:20 chr14 50844367 . G GA 129.66 PASS AF=0.263514;AO=26;DP=155;FAO=39;FDP=148;FR=.;FRO=109;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=0.125605;FXX=0.0263141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.2539;QD=3.50438;RBI=0.139897;REFB=-0.0498255;REVB=0.0615991;RO=126;SAF=26;SAR=0;SRF=52;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.766304;STB=0.73828;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.121865;OID=.;OPOS=50844368;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263514:26:155:39:148:109:29:10:46:63:99:126:26:0:52:74 chr14 50935150 . A G 1572.5 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.247;QD=62.9;RBI=0.012071;REFB=-0.0523405;REVB=0.00129603;RO=1;SAF=45;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104245;STB=0.505493;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-1.07905e-05;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:54:45:1:0:54:45:1:0 chr14 51057727 . G A 1603.08 PASS AF=0.973214;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0426054;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.096;QD=57.2528;RBI=0.0426665;REFB=0.000637491;REVB=-0.00228144;RO=2;SAF=58;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00128492;STB=0.505602;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.000123354;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:112:2:3:108:109:0.973214:50:58:1:1:50:59:1:2 chr14 51101906 . AAT AA,A 35.71 PASS AF=0,0.28;AO=4,4;DP=28;FAO=0,7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=0,2;FSAR=0,5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.127924,0.0813338;FXX=0;HRUN=6,5;LEN=1,2;MLLD=13.0312,22.6634;QD=5.71402;RBI=0.263386,0.0888219;REFB=-0.0307654,-0.0668793;REVB=-0.230233,0.035695;RO=18;SAF=0,1;SAR=4,3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0.449355,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.624541,-0.178715;STB=0.5,0.507022;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0326063,0.110768;OID=.,.;OPOS=51101908,51101907;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.28:4,4:28:0,7:25:18:0,2:0,5:5:13:33:18:0,1:4,3:7:11 chr14 51192659 . G A 5432.39 PASS AF=0.986072;AO=352;DP=360;FAO=354;FDP=359;FR=.;FRO=5;FSAF=162;FSAR=192;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0211578;FXX=0.0027777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.421;QD=60.5281;RBI=0.0211578;REFB=-0.0432443;REVB=3.98454e-05;RO=6;SAF=161;SAR=191;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120922;STB=0.504799;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000219291;OID=.;OPOS=51192659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:360:359:6:5:352:354:0.986072:191:161:5:1:192:162:4:1 chr14 51204996 . C T 1605.21 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9562;QD=60.0077;RBI=0.0439729;REFB=0;REVB=0.0370699;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90427e-05;OID=.;OPOS=51204996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:60:46:0:0:61:46:0:0 chr14 51237701 . A G 2614.0 PASS AF=0.988372;AO=169;DP=173;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0338864;FXX=0.0114936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.978;QD=60.7908;RBI=0.0402152;REFB=-0.0576512;REVB=0.0216558;RO=2;SAF=68;SAR=101;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093306;STB=0.504901;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000198588;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:173:172:2:2:169:170:0.988372:101:68:0:2:101:69:0:2 chr14 51239067 . C G 1623.91 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0333;QD=60.1449;RBI=0.0244811;REFB=0;REVB=-0.0209224;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173295;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:49:59:0:0:49:59:0:0 chr14 51324884 . A G 1484.6 PASS AF=0.989583;AO=92;DP=94;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.021325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.743;QD=61.8584;RBI=0.0394048;REFB=-0.0648029;REVB=0.0331359;RO=1;SAF=58;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137378;STB=0.506665;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=9.98886e-05;OID=.;OPOS=51324884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:96:1:1:92:95:0.989583:34:58:0:1:37:58:0:1 chr14 51324893 . AAAGAGAG AAAGA,AAAGAG,AAGAG 1116.66 PASS AF=0,1,0;AO=9,33,16;DP=77;FAO=0,75,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42,0;FSAR=0,33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192069,-0.00196325,-0.00414385;FXX=0.0259707;HRUN=1,1,5;LEN=3,2,3;MLLD=187.918,210.73,198.666;QD=59.5554;RBI=0.018354,0.0209316,0.024003;REFB=0,0,0;REVB=0.0182532,0.0208393,0.0236425;RO=0;SAF=6,17,11;SAR=3,16,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.60901e-08,5.36667e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.000238165,0;OID=.,.,.;OPOS=51324898,51324895,51324894;OREF=GAG,AG,AAG;OALT=-,-,-;OMAPALT=AAAGA,AAAGAG,AAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:9,33,16:77:0,75,0:75:0:0,42,0:0,33,0:0:0:6:0:6,17,11:3,16,5:0:0 chr14 51368610 . A G 2955.84 PASS AF=0.98;AO=196;DP=201;FAO=196;FDP=200;FR=.;FRO=4;FSAF=104;FSAR=92;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0335896;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.759;QD=59.1168;RBI=0.0482556;REFB=-0.0929553;REVB=0.034646;RO=1;SAF=104;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455757;STB=0.509433;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000570512;OID=.;OPOS=51368610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:201:200:1:4:196:196:0.98:92:104:1:0:92:104:4:0 chr14 51378589 . CCT CC,C 1925.78 PASS AF=1,0;AO=131,21;DP=172;FAO=172,0;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=123,0;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067942,-0.0266953;FXX=0.00578001;HRUN=3,2;LEN=1,2;MLLD=22.2507,5.55134;QD=44.7857;RBI=0.118765,0.202702;REFB=0.0402237,0.160363;REVB=0.0974115,-0.200936;RO=1;SAF=115,0;SAR=16,21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0287725,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000127744,0;OID=.,.;OPOS=51378591,51378590;OREF=T,CT;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:131,21:172:172,0:172:0:123,0:49,0:0:0:30:1:115,0:16,21:0:1 chr14 51383432 . G A 1840.67 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.186;QD=61.3556;RBI=0.0149868;REFB=0;REVB=-0.00718853;RO=0;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09071e-05;OID=.;OPOS=51383432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:68:52:0:0:68:52:0:0 chr14 51446216 . T G 1177.78 PASS AF=0.471264;AO=123;DP=262;FAO=123;FDP=261;FR=.;FRO=138;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=58;FSRR=80;FWDB=0.00542024;FXX=0.00381665;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.935;QD=18.0502;RBI=0.00614985;REFB=-0.00160016;REVB=0.00290547;RO=137;SAF=54;SAR=69;SRF=58;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152323;STB=0.510078;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00173063;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:137:138:123:123:0.471264:69:54:58:79:69:54:58:80 chr14 51712092 . T C 705.75 PASS AF=0.4;AO=77;DP=194;FAO=78;FDP=195;FR=.;FRO=117;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=80;FWDB=0.0165405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.959;QD=14.477;RBI=0.0165433;REFB=-0.00870908;REVB=0.000307959;RO=117;SAF=29;SAR=48;SRF=37;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704727;STB=0.544207;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0113891;OID=.;OPOS=51712092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:117:117:77:78:0.4:48:29:37:80:48:30:37:80 chr14 51716188 . T G 1109.85 PASS AF=0.906977;AO=77;DP=85;FAO=78;FDP=86;FR=.;FRO=8;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00878936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.566;QD=51.6207;RBI=0.0146403;REFB=-0.0424255;REVB=0.0117084;RO=8;SAF=35;SAR=42;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367425;STB=0.519851;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0020048;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:85:86:8:8:77:78:0.906977:42:35:2:6:42:36:2:6 chr14 51716467 . G A 1110.91 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123184;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.383;QD=60.0492;RBI=0.0148794;REFB=0;REVB=0.00834587;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122054;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:33:40:0:0:33:41:0:0 chr14 52384093 . G C 545.66 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00963148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.427;QD=17.1862;RBI=0.0213639;REFB=-0.0215799;REVB=-0.0190696;RO=67;SAF=22;SAR=36;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210239;STB=0.616935;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.019927;OID=.;OPOS=52384093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:69:58:58:0.456693:36:22:40:27:36:22:41:28 chr14 52418587 . T C 335.7 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0143415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0024;QD=14.5959;RBI=0.0304491;REFB=-0.0201261;REVB=0.0268602;RO=55;SAF=22;SAR=15;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11049;STB=0.562726;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0247461;OID=.;OPOS=52418587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:15:22:27:28:15:22:27:28 chr14 52418617 . C T 346.56 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.000181217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.184;QD=13.725;RBI=0.00511589;REFB=-0.00395844;REVB=-0.00511268;RO=59;SAF=22;SAR=18;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080981;STB=0.505492;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00860154;OID=.;OPOS=52418617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:59:61:40:40:0.39604:18:22:32:27:18:22:33:28 chr14 52418636 . G T 292.56 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0137788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.37;QD=12.4492;RBI=0.0410315;REFB=0.00631462;REVB=0.0386487;RO=60;SAF=20;SAR=14;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434049;STB=0.524953;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.0108647;OID=.;OPOS=52418636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:14:20:33:27:14:20:33:27 chr14 52433339 . C T 833.72 PASS AF=0.491329;AO=85;DP=173;FAO=85;FDP=173;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0572058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2689;QD=19.2768;RBI=0.0649082;REFB=0.00924015;REVB=0.0306687;RO=88;SAF=44;SAR=41;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362637;STB=0.519974;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00885827;OID=.;OPOS=52433339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:88:88:85:85:0.491329:41:44:49:39:41:44:49:39 chr14 52478315 . A G 619.72 PASS AF=0.460432;AO=63;DP=138;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00300908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.413;QD=17.8338;RBI=0.00419868;REFB=-0.00578305;REVB=-0.00292821;RO=75;SAF=37;SAR=26;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799345;STB=0.547811;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00780965;OID=.;OPOS=52478315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:75:75:63:64:0.460432:26:37:38:37:26:38:38:37 chr14 52481917 . C T 709.13 PASS AF=0.398058;AO=82;DP=206;FAO=82;FDP=206;FR=.;FRO=124;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=74;FWDB=0.00905612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.065;QD=13.7696;RBI=0.0100781;REFB=-0.00304983;REVB=-0.004422;RO=123;SAF=41;SAR=41;SRF=49;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108711;STB=0.558238;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00353093;OID=.;OPOS=52481917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:123:124:82:82:0.398058:41:41:49:74:41:41:50:74 chr14 52481918 . C G 30.41 PASS AF=0.0679612;AO=14;DP=206;FAO=14;FDP=206;FR=.;FRO=192;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=87;FSRR=105;FWDB=0.00324842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5384;QD=0.590555;RBI=0.0344453;REFB=-0.00147106;REVB=-0.0342918;RO=177;SAF=4;SAR=10;SRF=85;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218982;STB=0.66399;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.121026;OID=.;OPOS=52481918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:206:206:177:192:14:14:0.0679612:10:4:85:92:10:4:87:105 chr14 52496387 . C A 2668.61 PASS AF=0.956757;AO=177;DP=185;FAO=177;FDP=185;FR=.;FRO=8;FSAF=76;FSAR=101;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.021183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.393;QD=57.6997;RBI=0.0242404;REFB=-0.000344154;REVB=0.0117847;RO=7;SAF=76;SAR=101;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209599;STB=0.514089;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=1.52779e-06;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:185:185:7:8:177:177:0.956757:101:76:5:2:101:76:6:2 chr14 52496407 . C T 2370.31 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1344;QD=64.0624;RBI=0.0357415;REFB=0;REVB=-0.0231235;RO=0;SAF=60;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021041;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:88:60:0:0:88:60:0:0 chr14 52507429 . A G 6413.2 PASS AF=1;AO=399;DP=399;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=184;FSAR=216;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.189;QD=64.132;RBI=0.00848017;REFB=0;REVB=0.00682327;RO=0;SAF=184;SAR=215;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36786e-06;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:399:400:0:0:399:400:1:215:184:0:0:216:184:0:0 chr14 52509501 . T C 879.05 PASS AF=0.446512;AO=94;DP=209;FAO=96;FDP=215;FR=.;FRO=119;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=-0.0497621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9042;QD=16.3545;RBI=0.0565927;REFB=-0.0310365;REVB=-0.0269531;RO=115;SAF=40;SAR=54;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000562841;STB=0.505026;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.038731;OID=.;OPOS=52509501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:215:115:119:94:96:0.446512:54:40:49:66:54:42:51:68 chr14 52520368 . C T 427.55 PASS AF=0.37594;AO=50;DP=132;FAO=50;FDP=133;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.00324961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.906;QD=12.8585;RBI=0.0198637;REFB=-0.025988;REVB=0.0195961;RO=82;SAF=22;SAR=28;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118753;STB=0.563676;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0491163;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:82:83:50:50:0.37594:28:22:45:37:28:22:45:38 chr14 52520853 . A G 2969.9 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.543;QD=63.1893;RBI=0.0542928;REFB=0;REVB=0.0216708;RO=0;SAF=80;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.13156e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49345e-05;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:188:0:0:183:188:1:103:80:0:0:103:85:0:0 chr14 52535648 . G T 1804.74 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.536;QD=61.1775;RBI=0.00782431;REFB=0;REVB=-0.00656385;RO=0;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40369e-06;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:66:51:0:0:66:52:0:0 chr14 52536512 . T C 2254.41 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4267;QD=63.5044;RBI=0.020177;REFB=0;REVB=0.0196202;RO=0;SAF=56;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37449e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15398e-05;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:86:56:0:0:86:56:0:0 chr14 52741929 . C G 476.78 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00254126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.031;QD=19.4602;RBI=0.0141568;REFB=-0.00762875;REVB=-0.0139269;RO=51;SAF=26;SAR=21;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592017;STB=0.532912;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00686072;OID=.;OPOS=52741929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:21:26:25:26:21:26:25:26 chr14 52741950 . A G 306.48 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0115647;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.789;QD=18.0284;RBI=0.0115676;REFB=0.000721119;REVB=-0.000259548;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141225;STB=0.561288;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000932801;OID=.;OPOS=52741950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:32:33:0.485294:13:19:15:19:14:19:16:19 chr14 52742644 . C T 624.39 PASS AF=0.447368;AO=67;DP=151;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0236092;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.084;QD=16.4314;RBI=0.0298694;REFB=-0.0216602;REVB=-0.0182973;RO=83;SAF=28;SAR=39;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064544;STB=0.542867;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0272422;OID=.;OPOS=52742644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:83:84:67:68:0.447368:39:28:40:43:40:28:41:43 chr14 52743206 . A G 369.48 PASS AF=0.418367;AO=36;DP=96;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0350181;FXX=0.0101;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.929;QD=15.0807;RBI=0.0549889;REFB=-0.0944374;REVB=0.0423971;RO=40;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113768;STB=0.506677;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0411221;OID=.;OPOS=52743206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:40:57:36:41:0.418367:23:13:14:26:24:17:23:34 chr14 52781341 . A T 2806.98 PASS AF=0.491259;AO=279;DP=573;FAO=281;FDP=572;FR=.;FRO=291;FSAF=129;FSAR=152;FSRF=142;FSRR=149;FWDB=0.0279882;FXX=0.00694432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.272;QD=19.6293;RBI=0.0291542;REFB=-0.0265898;REVB=-0.00816256;RO=290;SAF=127;SAR=152;SRF=141;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289957;STB=0.514764;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0176691;OID=.;OPOS=52781341;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:573:572:290:291:279:281:0.491259:152:127:141:149:152:129:142:149 chr14 52906081 . T C,G 1246.84 PASS AF=0.0843373,0.915663;AO=7,76;DP=83;FAO=7,76;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42;FSAR=7,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362776,-0.0125242;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.307,127.351;QD=60.0887;RBI=0.00646748,0.034751;REFB=0,0;REVB=-0.00535421,0.0324157;RO=0;SAF=0,42;SAR=7,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.6391e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.175557,-0.00115614;OID=.,.;OPOS=52906081,52906081;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:83:83:0:0:7,76:7,76:0.0843373,0.915663:7,34:0,42:0:0:7,34:0,42:0:0 chr14 52907353 . C T 1666.41 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402141;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.98;QD=60.0507;RBI=0.0407885;REFB=0;REVB=-0.00682096;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97014e-05;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:59:52:0:0:59:52:0:0 chr14 52907367 . T C 416.42 PASS AF=0.40678;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0343082;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.153;QD=14.1159;RBI=0.0347869;REFB=0.000418187;REVB=-0.00575117;RO=69;SAF=21;SAR=27;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430265;STB=0.528834;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.000157163;OID=.;OPOS=52907367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:69:70:48:48:0.40678:27:21:33:36:27:21:34:36 chr14 52937255 . C T 430.76 PASS AF=0.387597;AO=49;DP=128;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.00523517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.293;QD=13.3568;RBI=0.0135891;REFB=-0.00969974;REVB=-0.0125402;RO=79;SAF=28;SAR=21;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0020062;STB=0.506507;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0186133;OID=.;OPOS=52937255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:79:79:49:50:0.387597:21:28:45:34:21:29:45:34 chr14 53019944 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.741;QD=33.4285;RBI=0.0370804;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774738;OID=.;OPOS=53019944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr14 53063621 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0142284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.906;QD=10.3903;RBI=0.0179049;REFB=-0.0245419;REVB=0.0108691;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0154078;OID=.;OPOS=53063621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:5:6:3:4:5:6 chr14 53124807 . C T 235.36 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0199431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.814;QD=12.8962;RBI=0.0233059;REFB=-0.0135215;REVB=-0.0120597;RO=42;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0158888;OID=.;OPOS=53124807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:45:28:28:0.383562:16:12:18:24:16:12:21:24 chr14 53345378 . G A 937.48 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.019;QD=58.5925;RBI=0.0188371;REFB=0;REVB=-0.00935596;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70847e-05;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr14 53529669 . A T 1959.45 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.698;QD=61.7151;RBI=0.0195146;REFB=0;REVB=0.0193096;RO=0;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.506e-05;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:127:0:0:120:127:1:68:52:0:0:74:53:0:0 chr14 53619463 . G A 2273.75 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.624;QD=63.6015;RBI=0.0336321;REFB=0;REVB=0.0021172;RO=0;SAF=73;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76311e-05;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:70:73:0:0:70:73:0:0 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 2437.03 PASS AF=0.153061,0.75;AO=30,140;DP=199;FAO=30,147;FDP=196;FR=.;FRO=19;FSAF=30,79;FSAR=0,68;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0250234,-0.0562213;FXX=0.0150746;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=98.3261,181.689;QD=49.7353;RBI=0.0343113,0.056741;REFB=-0.0588971,-0.0514267;REVB=0.0234755,0.00766229;RO=18;SAF=30,77;SAR=0,63;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.848994,-0.037655;STB=0.999399,0.523031;STBP=0.004,0.087;TYPE=snp,ins;VARB=0.0103582,0.00179342;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:199:196:18:19:30,140:30,147:0.153061,0.75:0,63:30,77:13:5:0,68:30,79:14:5 chr14 53619544 . G A 7239.71 PASS AF=0.942857;AO=476;DP=498;FAO=495;FDP=525;FR=.;FRO=30;FSAF=224;FSAR=271;FSRF=30;FSRR=0;FWDB=0.0439009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.035;QD=55.1597;RBI=0.0610259;REFB=-0.0525621;REVB=0.0423896;RO=6;SAF=218;SAR=258;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129553;STB=0.53138;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00395637;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:498:525:6:30:476:495:0.942857:258:218:6:0:271:224:30:0 chr14 54875276 . C A 75.24 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0122731;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.396;QD=5.78763;RBI=0.0122732;REFB=-0.00206561;REVB=-4.67821e-05;RO=41;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189051;STB=0.620478;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00770093;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:5:6:16:25:5:6:16:25 chr14 54875514 . A G 146.31 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0685703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4525;QD=16.7214;RBI=0.0687871;REFB=-0.0198175;REVB=-0.0054575;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212598;STB=0.622483;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.033433;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:5:11:9:10:5:11:9:10 chr14 54903505 . TAAAAAAAAAAC ATAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAACA,TAAAAAAAAC 257.81 PASS AF=0.140625,0.78125,0.078125,0;AO=9,20,7,8;DP=66;FAO=9,50,5,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,2,0;FSAR=9,43,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245,0.578492,0.316017,0.346383;FXX=0.0447694;HRUN=1,10,10,10;LEN=2,1,2,2;MLLD=110.535,4.6328,10.8001,7.26544;QD=16.1132;RBI=0.0269253,0.57858,0.31749,0.347466;REFB=0.0291462,0.239621,0.206086,0.185275;REVB=-0.0111679,0.0100805,-0.0305421,-0.0274107;RO=10;SAF=0,2,2,0;SAR=9,18,5,8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.767579,-0.253392,-0.0167433,-0.753653;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,del;VARB=0.0499906,-0.00767651,-0.0052888,0.0149919;OID=.,.,.,.;OPOS=54903505,54903506,54903515,54903506;OREF=TA,A,AC,AA;OALT=AT,-,CA,-;OMAPALT=ATAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAACA,TAAAAAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:50:66:64:10:0:9,20,7,8:9,50,5,0:0.140625,0.78125,0.078125,0:9,18,5,8:0,2,2,0:3:7:9,43,3,0:0,7,2,0:0:0 chr14 55255673 . C T 4583.38 PASS AF=1;AO=287;DP=293;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747222;FXX=0.0136514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.308;QD=63.4377;RBI=0.084132;REFB=0;REVB=0.0386624;RO=0;SAF=125;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75047e-05;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:293:289:0:0:287:289:1:162:125:0:0:163:126:0:0 chr14 55308770 . C A 2882.06 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8016;QD=62.9957;RBI=0.0471875;REFB=0;REVB=-0.0146427;RO=0;SAF=89;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197226;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:94:89:0:0:94:89:0:0 chr14 55344901 . C T 975.34 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.732;QD=57.3728;RBI=0.0349474;REFB=0.0180649;REVB=0.00846061;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-3.49907e-06;OID=.;OPOS=55344901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:0:1:65:67:0.985294:35:30:0:0:35:32:1:0 chr14 55864130 . A G 582.68 PASS AF=0.522124;AO=58;DP=112;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00599396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.156;QD=20.6257;RBI=0.0103425;REFB=-0.0231779;REVB=0.00842847;RO=53;SAF=24;SAR=34;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00116292;STB=0.500311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185243;OID=.;OPOS=55864130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:53:54:58:59:0.522124:34:24:22:31:35:24:22:32 chr14 55907172 . C G 1491.68 PASS AF=0.366255;AO=177;DP=485;FAO=178;FDP=486;FR=.;FRO=308;FSAF=124;FSAR=54;FSRF=171;FSRR=137;FWDB=-0.0296714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7184;QD=12.2772;RBI=0.0334252;REFB=-0.000703585;REVB=0.01539;RO=303;SAF=123;SAR=54;SRF=167;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174324;STB=0.597858;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000888445;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:485:486:303:308:177:178:0.366255:54:123:167:136:54:124:171:137 chr14 56958247 . C T 643.85 PASS AF=0.416185;AO=72;DP=174;FAO=72;FDP=173;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.00818799;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5047;QD=14.8867;RBI=0.0128689;REFB=-0.00329365;REVB=0.00992803;RO=102;SAF=29;SAR=43;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143546;STB=0.57758;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00786328;OID=.;OPOS=56958247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:102:101:72:72:0.416185:43:29:55:47:43:29:54:47 chr14 57052511 . G T 1300.98 PASS AF=0.503846;AO=130;DP=260;FAO=131;FDP=260;FR=.;FRO=129;FSAF=76;FSAR=55;FSRF=57;FSRR=72;FWDB=-0.0101195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.59;QD=20.0151;RBI=0.0795479;REFB=-0.0179399;REVB=-0.0789016;RO=127;SAF=75;SAR=55;SRF=55;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129914;STB=0.568858;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0115307;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:127:129:130:131:0.503846:55:75:55:72:55:76:57:72 chr14 57072338 . C T 513.75 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0260248;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.497;QD=17.2688;RBI=0.037152;REFB=-0.0162088;REVB=-0.0265138;RO=63;SAF=29;SAR=26;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490376;STB=0.531449;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0177571;OID=.;OPOS=57072338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:63:64:55:55:0.462185:26:29:30:33:26:29:30:34 chr14 57101682 . A G 850.02 PASS AF=0.455;AO=90;DP=201;FAO=91;FDP=200;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=35;FSRR=74;FWDB=-0.00892881;FXX=0.0196069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6809;QD=17.0003;RBI=0.00919571;REFB=-0.0124956;REVB=0.00219942;RO=108;SAF=33;SAR=57;SRF=35;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457825;STB=0.531053;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0176033;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:108:109:90:91:0.455:57:33:35:73:57:34:35:74 chr14 57115622 . C G 487.96 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.00452858;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7481;QD=18.0727;RBI=0.00798437;REFB=0.00106133;REVB=0.00657588;RO=57;SAF=19;SAR=33;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147975;STB=0.504617;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00125002;OID=.;OPOS=57115622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:57:56:52:52:0.481481:33:19:20:37:33:19:20:36 chr14 57866623 . A G,T 1365.18 PASS AF=0.885714,0.0666667;AO=94,6;DP=105;FAO=93,7;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=38,1;FSAR=55,6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0136764,-0.12531;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=85.7095,18.0826;QD=52.007;RBI=0.0261621,0.125498;REFB=-0.0217729,-5.84802e-05;REVB=0.0223027,-0.00686562;RO=1;SAF=38,1;SAR=56,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00839243,0.0789211;STB=0.521734,0.646735;STBP=0.081,0.718;TYPE=snp,snp;VARB=0.00170083,0.0847082;OID=.,.;OPOS=57866623,57866623;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:105:105:1:5:94,6:93,7:0.885714,0.0666667:56,5:38,1:0:1:55,6:38,1:0:5 chr14 57876265 . G A 3345.82 PASS AF=1;AO=214;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2702;QD=62.2478;RBI=0.0502783;REFB=0;REVB=0.0156003;RO=0;SAF=114;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.92018e-05;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:214:215:1:100:114:0:0:100:115:0:0 chr14 57876575 . TTA CTA,TAA,T 1167.05 PASS AF=0.674699,0.0963855,0.228916;AO=43,8,14;DP=85;FAO=56,8,19;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45,7,0;FSAR=11,1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980759,-0.0989101,0.0541317;FXX=0.0879024;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=25.4703,11.2819,11.5823;QD=56.2436;RBI=0.104851,0.14424,0.229048;REFB=0,0,0;REVB=-0.0370777,0.104985,-0.22256;RO=0;SAF=40,8,0;SAR=3,0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0400039,0.0595253,0.0538782;OID=.,.,.;OPOS=57876575,57876576,57876576;OREF=T,T,TA;OALT=C,A,-;OMAPALT=CTA,TAA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:90:85:83:0:0:43,8,14:56,8,19:0.674699,0.0963855,0.228916:3,0,14:40,8,0:0:0:11,1,19:45,7,0:0:0 chr14 57938124 . C T 508.13 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00569076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7422;QD=20.74;RBI=0.0178247;REFB=0.00148195;REVB=-0.0168919;RO=49;SAF=23;SAR=26;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736309;STB=0.540749;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00165289;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:26:23:27:22:26:23:27:22 chr14 57938260 . T C 1695.03 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.703;QD=60.5366;RBI=0.0232484;REFB=0;REVB=0.0218859;RO=0;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96385e-05;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:66:46:0:0:66:46:0:0 chr14 57945689 . G A 1324.84 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0826213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.322;QD=60.912;RBI=0.0834151;REFB=0.0955587;REVB=0.0114805;RO=1;SAF=42;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111471;STB=0.505881;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000550235;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:44:42:1:0:44:42:1:0 chr14 57948380 . T C 353.4 PASS AF=0.376068;AO=42;DP=115;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0111582;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.953;QD=12.0821;RBI=0.0126319;REFB=-0.0212768;REVB=0.00592108;RO=73;SAF=17;SAR=25;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383362;STB=0.518746;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0378202;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:73:73:42:44:0.376068:25:17:32:41:26:18:32:41 chr14 57957664 . T A 3191.49 PASS AF=0.985849;AO=209;DP=213;FAO=209;FDP=212;FR=.;FRO=3;FSAF=99;FSAR=110;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00229575;FXX=0.00469462;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.743;QD=60.2167;RBI=0.0100247;REFB=0.0147889;REVB=0.00975827;RO=3;SAF=99;SAR=110;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142139;STB=0.507462;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.000196703;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:213:212:3:3:209:209:0.985849:110:99:3:0:110:99:3:0 chr14 58678057 . G A 1114.23 PASS AF=0.509091;AO=112;DP=220;FAO=112;FDP=220;FR=.;FRO=108;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=-0.00512187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.983;QD=20.2588;RBI=0.0269134;REFB=-0.00628978;REVB=-0.0264215;RO=108;SAF=65;SAR=47;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122183;STB=0.567002;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00453822;OID=.;OPOS=58678057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:108:108:112:112:0.509091:47:65:48:60:47:65:48:60 chr14 58706609 . C T 1504.19 PASS AF=0.488818;AO=153;DP=312;FAO=153;FDP=313;FR=.;FRO=160;FSAF=90;FSAR=63;FSRF=71;FSRR=89;FWDB=0.00779529;FXX=0.00318461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.122;QD=19.2229;RBI=0.00781184;REFB=0.00198679;REVB=0.000508142;RO=158;SAF=90;SAR=63;SRF=71;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129284;STB=0.574225;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00228607;OID=.;OPOS=58706609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:313:158:160:153:153:0.488818:63:90:71:87:63:90:71:89 chr14 58766617 . A G 669.38 PASS AF=0.461538;AO=71;DP=156;FAO=72;FDP=156;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.000365176;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8694;QD=17.1637;RBI=0.0113011;REFB=-0.00139494;REVB=-0.0112952;RO=84;SAF=25;SAR=46;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794742;STB=0.538509;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00186093;OID=.;OPOS=58766617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:84:84:71:72:0.461538:46:25:36:48:46:26:36:48 chr14 58838668 . A G 958.63 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0134118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.442;QD=57.2317;RBI=0.0136153;REFB=-0.220589;REVB=0.00234516;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145365;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00134061;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:34:32:1:0:34:32:1:0 chr14 58838701 . C T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8463;QD=64.1527;RBI=0.0377746;REFB=0;REVB=-0.0268161;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000366052;OID=.;OPOS=58838701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr14 58839339 . A C 1182.29 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0206253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.396;QD=58.3848;RBI=0.0295015;REFB=-0.0529187;REVB=0.0210935;RO=1;SAF=40;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116883;STB=0.512192;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000820179;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:1:2:79:79:0.975309:39:40:1:0:39:40:2:0 chr14 58917454 . G A 2236.45 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.79;QD=63.4455;RBI=0.0441538;REFB=0;REVB=0.0377751;RO=0;SAF=32;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131705;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:141:0:0:139:141:1:107:32:0:0:109:32:0:0 chr14 58937416 . T C 1709.86 PASS AF=0.974576;AO=115;DP=119;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0232395;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4911;QD=57.9613;RBI=0.0310201;REFB=-0.0115761;REVB=-0.0205468;RO=3;SAF=41;SAR=74;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00121981;STB=0.500643;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00245267;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:118:3:3:115:115:0.974576:74:41:1:2:74:41:1:2 chr14 58953746 . C G 1785.74 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7728;QD=61.0509;RBI=0.0402892;REFB=0;REVB=-0.0347487;RO=0;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50553e-05;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:51:65:0:0:51:66:0:0 chr14 59010649 . T C 357.7 PASS AF=0.377193;AO=42;DP=115;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00808893;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.979;QD=12.5507;RBI=0.00839779;REFB=-0.00333814;REVB=-0.00225658;RO=71;SAF=18;SAR=24;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404044;STB=0.529252;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00527776;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:71:71:42:43:0.377193:24:18:33:38:25:18:33:38 chr14 59112732 . C T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=-0.0109864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.796;QD=21.1302;RBI=0.0136254;REFB=0.000285693;REVB=-0.00805907;RO=21;SAF=20;SAR=2;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01124;STB=0.506323;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.000317223;OID=.;OPOS=59112732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:2:20:19:2:2:20:19:2 chr14 59789727 . G A 736.52 PASS AF=0.5;AO=71;DP=143;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0819396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8843;QD=20.459;RBI=0.103663;REFB=0.0275114;REVB=-0.0634972;RO=72;SAF=35;SAR=36;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00625238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0287246;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:72:72:71:72:0.5:36:35:35:37:37:35:35:37 chr14 59797235 . A G 1324.99 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00859324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.43;QD=60.919;RBI=0.0223551;REFB=-0.048919;REVB=0.0206375;RO=1;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920002;STB=0.504853;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000131434;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:51:35:0:1:51:35:0:1 chr14 59835972 . A C 54.39 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00903474;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=208.405;QD=8.70201;RBI=0.00905034;REFB=-0.00899565;REVB=0.000531184;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703661;STB=0.56684;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0153187;OID=.;OPOS=59835972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:5:3:7:9:5:3:8:9 chr14 59939727 . T C 998.67 PASS AF=0.49;AO=98;DP=200;FAO=98;FDP=200;FR=.;FRO=102;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=0.0191139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4521;QD=19.9733;RBI=0.0299136;REFB=-0.0281047;REVB=0.0230104;RO=102;SAF=48;SAR=50;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082036;STB=0.54513;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0306885;OID=.;OPOS=59939727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:102:102:98:98:0.49:50:48:59:43:50:48:59:43 chr14 59950417 . T G 744.37 PASS AF=0.4875;AO=77;DP=158;FAO=78;FDP=160;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0101451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.761;QD=18.6093;RBI=0.0217162;REFB=-0.0277545;REVB=0.0192008;RO=81;SAF=40;SAR=37;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220982;STB=0.505626;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0311033;OID=.;OPOS=59950417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:81:82:77:78:0.4875:37:40:44:37:37:41:44:38 chr14 59950690 . A C 1078.44 PASS AF=0.460581;AO=111;DP=241;FAO=111;FDP=241;FR=.;FRO=130;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=-0.0127713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.422;QD=17.8995;RBI=0.0177995;REFB=-0.0229662;REVB=0.0123983;RO=130;SAF=54;SAR=57;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281836;STB=0.515584;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0371255;OID=.;OPOS=59950690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:130:130:111:111:0.460581:57:54:67:63:57:54:67:63 chr14 59951278 . T C 557.63 PASS AF=0.422535;AO=60;DP=142;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.014773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.039;QD=15.7078;RBI=0.0159485;REFB=-0.00965116;REVB=-0.00600933;RO=82;SAF=26;SAR=34;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455434;STB=0.525497;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0132018;OID=.;OPOS=59951278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:82:82:60:60:0.422535:34:26:32:50:34:26:32:50 chr14 59988324 . C T 889.0 PASS AF=0.574468;AO=81;DP=141;FAO=81;FDP=141;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0352751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.094;QD=25.22;RBI=0.0358041;REFB=0.00681203;REVB=0.00613226;RO=58;SAF=39;SAR=42;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388162;STB=0.527668;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00474836;OID=.;OPOS=59988324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:58:60:81:81:0.574468:42:39:25:33:42:39:25:35 chr14 60004844 . C T 399.7 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0084039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5397;QD=18.5906;RBI=0.0107507;REFB=-0.0129505;REVB=0.00670468;RO=44;SAF=20;SAR=21;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947074;STB=0.557741;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0159152;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:45:41:41:0.476744:21:20:17:27:21:20:17:28 chr14 60031996 . G A 988.93 PASS AF=0.497537;AO=101;DP=203;FAO=101;FDP=203;FR=.;FRO=102;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=65;FWDB=0.00577456;FXX=0.00490172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.225;QD=19.4862;RBI=0.0104079;REFB=-0.0139533;REVB=-0.008659;RO=102;SAF=45;SAR=56;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774112;STB=0.542485;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0121723;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:102:102:101:101:0.497537:56:45:37:65:56:45:37:65 chr14 60043422 . A G 4675.62 PASS AF=1;AO=294;DP=296;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462001;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.38;QD=63.3983;RBI=0.0492833;REFB=-0.0920051;REVB=-0.0171579;RO=0;SAF=120;SAR=174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173591;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:296:295:0:0:294:295:1:174:120:0:0:175:120:0:0 chr14 60063472 . A G 3268.84 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0932;QD=61.6763;RBI=0.00654065;REFB=0;REVB=0.00303209;RO=0;SAF=85;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01791e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253038;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:212:0:0:209:212:1:124:85:0:0:127:85:0:0 chr14 60574426 . G A 649.34 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0135835;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.932;QD=18.2912;RBI=0.0136061;REFB=-0.00992359;REVB=-0.000783882;RO=75;SAF=39;SAR=27;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692772;STB=0.535283;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0118757;OID=.;OPOS=60574426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:75:76:66:66:0.464789:27:39:39:36:27:39:40:36 chr14 60574539 . A G 1735.92 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187863;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6179;QD=59.8592;RBI=0.0188203;REFB=-0.0929068;REVB=-0.00113041;RO=1;SAF=44;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106699;STB=0.505617;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=3.35477e-05;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:116:1:1:115:115:0.991379:71:44:1:0:71:44:1:0 chr14 60575240 . T C 362.07 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0012092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.044;QD=23.3592;RBI=0.0203219;REFB=0.0001732;REVB=0.0202859;RO=26;SAF=12;SAR=24;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109432;STB=0.506021;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.000146132;OID=.;OPOS=60575240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:24:12:9:17:24:12:9:17 chr14 60575869 . A G 901.21 PASS AF=0.47644;AO=91;DP=191;FAO=91;FDP=191;FR=.;FRO=100;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.0111853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.73;QD=18.8735;RBI=0.0177146;REFB=-0.0154163;REVB=-0.0137366;RO=100;SAF=46;SAR=45;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905292;STB=0.549937;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0190191;OID=.;OPOS=60575869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:100:100:91:91:0.47644:45:46:41:59:45:46:41:59 chr14 60576241 . G C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0244594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.423;QD=14.6539;RBI=0.0289423;REFB=-0.0165045;REVB=-0.0154725;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.699474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0186937;OID=.;OPOS=60576241;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:3:5:2:6:3:5 chr14 60576637 . A T 682.37 PASS AF=0.46;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.00865817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.069;QD=18.1964;RBI=0.00865825;REFB=-0.010815;REVB=-3.84657e-05;RO=81;SAF=25;SAR=44;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340616;STB=0.518927;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0126285;OID=.;OPOS=60576637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:81:69:69:0.46:44:25:32:49:44:25:32:49 chr14 60576750 . T G 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00615408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.436;QD=21.227;RBI=0.00751742;REFB=-0.00181436;REVB=0.00431727;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115754;STB=0.564159;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00122487;OID=.;OPOS=60576750;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:14:15:9:15:14:15:9:15 chr14 60576951 . A G 370.56 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.00399253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.178;QD=14.8222;RBI=0.0161078;REFB=-0.00450579;REVB=-0.0156052;RO=60;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114329;STB=0.564709;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00577461;OID=.;OPOS=60576951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:60:40:40:0.4:19:21:25:35:19:21:25:35 chr14 60577712 . A G 503.85 PASS AF=0.391608;AO=55;DP=143;FAO=56;FDP=143;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0131173;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.376;QD=14.0938;RBI=0.0298144;REFB=-0.00751441;REVB=-0.0267738;RO=86;SAF=27;SAR=28;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022337;STB=0.514359;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0109374;OID=.;OPOS=60577712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:86:87:55:56:0.391608:28:27:44:42:29:27:44:43 chr14 60577873 . C G 38.13 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0697606;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6238;QD=8.02791;RBI=0.0737329;REFB=-0.00440561;REVB=0.0238746;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316032;STB=0.519934;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00450871;OID=.;OPOS=60577873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:4:9:4:2:4:9 chr14 60581863 . G A 420.91 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=97;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00661687;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.927;QD=17.7223;RBI=0.00663665;REFB=-0.00224818;REVB=-0.000511936;RO=52;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680772;STB=0.531985;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00261663;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:52:52:42:43:0.452632:23:19:20:32:24:19:20:32 chr14 60581935 . C T 2397.18 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.193;QD=61.0746;RBI=0.0063177;REFB=0;REVB=-0.00301017;RO=0;SAF=70;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34127e-06;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:155:157:1:85:70:0:0:87:70:0:0 chr14 60582053 . G A 431.92 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00259442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.872;QD=23.0356;RBI=0.00614002;REFB=-0.0262226;REVB=0.00556496;RO=33;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173671;STB=0.50955;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.020798;OID=.;OPOS=60582053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:20:22:18:15:20:22:18:15 chr14 60585131 . A G 835.82 PASS AF=0.514286;AO=58;DP=176;FAO=90;FDP=175;FR=.;FRO=85;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.0574845;FXX=0.0056815;HRUN=6;LEN=1;MLLD=59.6759;QD=19.1045;RBI=0.057529;REFB=-0.0588961;REVB=0.00226142;RO=56;SAF=25;SAR=33;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139409;STB=0.563991;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0142961;OID=.;OPOS=60585131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:56:85:58:90:0.514286:33:25:25:31:40:50:36:49 chr14 60591199 . A T 554.35 PASS AF=0.405063;AO=64;DP=158;FAO=64;FDP=158;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.02645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9507;QD=14.0342;RBI=0.0264505;REFB=0.00951836;REVB=0.000170763;RO=94;SAF=38;SAR=26;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155749;STB=0.587601;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0147178;OID=.;OPOS=60591199;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:94:94:64:64:0.405063:26:38:42:52:26:38:42:52 chr14 60591829 . T C 530.05 PASS AF=0.411348;AO=57;DP=140;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0228082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.085;QD=15.0368;RBI=0.0314719;REFB=-0.00186775;REVB=0.0216855;RO=81;SAF=28;SAR=29;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360017;STB=0.524814;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00438813;OID=.;OPOS=60591829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:81:83:57:58:0.411348:29:28:37:44:29:29:38:45 chr14 60591887 . G A 576.48 PASS AF=0.465116;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0100134;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.89;QD=17.8752;RBI=0.0105648;REFB=-0.0212808;REVB=0.00336853;RO=66;SAF=31;SAR=29;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272565;STB=0.518253;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0232953;OID=.;OPOS=60591887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:69:60:60:0.465116:29:31:36:30:29:31:38:31 chr14 60601308 . G A 359.75 PASS AF=0.394495;AO=42;DP=110;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.00125078;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.767;QD=13.202;RBI=0.0384903;REFB=-0.0130783;REVB=-0.0384699;RO=67;SAF=21;SAR=21;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105046;STB=0.571031;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0223756;OID=.;OPOS=60601308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:67:66:42:43:0.394495:21:21:27:40:21:22:26:40 chr14 60611585 . T C 331.78 PASS AF=0.344262;AO=41;DP=122;FAO=42;FDP=122;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.00656617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.161;QD=10.8781;RBI=0.00656886;REFB=-0.0121983;REVB=0.00018788;RO=78;SAF=26;SAR=15;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170404;STB=0.596339;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0181479;OID=.;OPOS=60611585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:78:80:41:42:0.344262:15:26:38:40:15:27:40:40 chr14 60611648 . C T 689.56 PASS AF=0.390476;AO=73;DP=201;FAO=82;FDP=210;FR=.;FRO=128;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=76;FWDB=-0.0127572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.532;QD=13.1344;RBI=0.0129448;REFB=-0.0161171;REVB=0.00219596;RO=128;SAF=46;SAR=27;SRF=52;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249526;STB=0.600874;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0293739;OID=.;OPOS=60611648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:210:128:128:73:82:0.390476:27:46:52:76:35:47:52:76 chr14 60611675 . G A 756.55 PASS AF=0.395455;AO=87;DP=220;FAO=87;FDP=220;FR=.;FRO=133;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=-0.000597166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.076;QD=13.7554;RBI=0.0286916;REFB=-0.000395137;REVB=-0.0286854;RO=132;SAF=42;SAR=45;SRF=54;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794527;STB=0.546589;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000911504;OID=.;OPOS=60611675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:132:133:87:87:0.395455:45:42:54:78:45:42:54:79 chr14 60615914 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0442954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1633;QD=19.1326;RBI=0.0471333;REFB=0.0399787;REVB=0.0161081;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281149;STB=0.666029;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0205703;OID=.;OPOS=60615914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:2:0:3:2:2:0 chr14 60616042 . C T 566.82 PASS AF=0.414966;AO=61;DP=147;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.020987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6463;QD=15.4236;RBI=0.039071;REFB=-0.0171975;REVB=-0.0329559;RO=85;SAF=29;SAR=32;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803177;STB=0.541514;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.016704;OID=.;OPOS=60616042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:85:86:61:61:0.414966:32:29:47:38:32:29:47:39 chr14 60923783 . C T 1437.75 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0244236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7682;QD=61.8385;RBI=0.0244421;REFB=-0.0946631;REVB=0.000952335;RO=1;SAF=31;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150451;STB=0.507935;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000252948;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:61:31:1:0:61:31:1:0 chr14 61124940 . A G 1560.47 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121856;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.569;QD=60.0181;RBI=0.0014716;REFB=0;REVB=0.000825067;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46112e-05;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr14 61176485 . T C 848.54 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.879;QD=56.5691;RBI=0.0598361;REFB=0;REVB=0.0360134;RO=0;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269517;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:0:0:59:60:1:41:18:0:0:41:19:0:0 chr14 61180657 . T G 3106.31 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.393;QD=61.817;RBI=0.0278637;REFB=0;REVB=0.0118036;RO=0;SAF=75;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55102e-05;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:201:0:0:200:201:1:125:75:0:0:125:76:0:0 chr14 61445967 . A G 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.599;QD=58.9591;RBI=0.0487063;REFB=0;REVB=-0.0471061;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013844;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:44:22:0:0:44:22:0:0 chr14 61449328 . T A 3327.28 PASS AF=0.982143;AO=218;DP=225;FAO=220;FDP=224;FR=.;FRO=4;FSAF=115;FSAR=105;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0348682;FXX=0.00444425;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.902;QD=59.4157;RBI=0.037468;REFB=-0.17181;REVB=0.0137135;RO=1;SAF=113;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451609;STB=0.504068;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000696611;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:225:224:1:4:218:220:0.982143:105:113:0:1:105:115:3:1 chr14 61509924 . T C 1376.48 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0235074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.089;QD=59.2037;RBI=0.0253909;REFB=-0.0835248;REVB=0.00959701;RO=2;SAF=42;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00137914;STB=0.506473;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000262009;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:2:3:90:90:0.967742:48:42:1:1:48:42:2:1 chr14 61747644 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.677;QD=59.3228;RBI=0.0517429;REFB=0;REVB=-0.000487557;RO=0;SAF=17;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110924;OID=.;OPOS=61747644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:51:17:0:0:51:17:0:0 chr14 61997226 . C T 3797.16 PASS AF=1;AO=238;DP=238;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110546;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.896;QD=63.5508;RBI=0.0153471;REFB=0;REVB=0.0106457;RO=0;SAF=120;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142284;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:239:0:0:238:239:1:118:120:0:0:118:121:0:0 chr14 62037421 . C T 724.0 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=167;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.0138218;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.909;QD=17.4459;RBI=0.0149222;REFB=-0.00719908;REVB=0.0056242;RO=89;SAF=34;SAR=43;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771873;STB=0.504278;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00876487;OID=.;OPOS=62037421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:89:89:77:77:0.463855:43:34:40:49:43:34:40:49 chr14 62462766 . T C 383.3 PASS AF=0.370968;AO=46;DP=124;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00297028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.986;QD=12.3645;RBI=0.0236263;REFB=-0.0105942;REVB=-0.0234388;RO=78;SAF=21;SAR=25;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868431;STB=0.504948;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0165461;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:78:78:46:46:0.370968:25:21:35:43:25:21:35:43 chr14 62463214 . C T 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.000530852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.521;QD=13.2239;RBI=0.0145165;REFB=-0.0128523;REVB=0.0145067;RO=36;SAF=5;SAR=19;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629629;STB=0.536259;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0105464;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:19:5:9:27:19:5:9:27 chr14 63174616 . T C 2941.93 PASS AF=0.979695;AO=191;DP=196;FAO=193;FDP=197;FR=.;FRO=4;FSAF=97;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0163758;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.0712;QD=59.7347;RBI=0.018872;REFB=-0.131615;REVB=-0.00938003;RO=3;SAF=97;SAR=94;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00513912;STB=0.500053;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0168373;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:196:197:3:4:191:193:0.979695:94:97:1:2:96:97:2:2 chr14 63758429 . C A 928.47 PASS AF=0.484375;AO=89;DP=189;FAO=93;FDP=192;FR=.;FRO=99;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.00978035;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1195;QD=19.3432;RBI=0.0241779;REFB=-0.0224675;REVB=0.0221114;RO=100;SAF=44;SAR=45;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419446;STB=0.50504;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0319377;OID=.;OPOS=63758429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:192:100:99:89:93:0.484375:45:44:49:51:47:46:48:51 chr14 63758432 . A G 967.19 PASS AF=0.48;AO=96;DP=200;FAO=96;FDP=200;FR=.;FRO=104;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.0291544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.516;QD=19.3438;RBI=0.0295015;REFB=0.000609695;REVB=-0.00451176;RO=104;SAF=49;SAR=47;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279432;STB=0.51541;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.000579294;OID=.;OPOS=63758432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:104:104:96:96:0.48:47:49:50:54:47:49:50:54 chr14 63779665 . T A 627.26 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00351971;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.572;QD=20.3988;RBI=0.00938268;REFB=-0.0174915;REVB=0.00869749;RO=60;SAF=37;SAR=26;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00362192;STB=0.501995;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0132903;OID=.;OPOS=63779665;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:60:60:63:63:0.512195:26:37:35:25:26:37:35:25 chr14 63784407 . A AG,G 2036.77 PASS AF=0.741259,0.258741;AO=88,43;DP=145;FAO=106,37;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=80,3;FSAR=26,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391693,0.00486294;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.8799,16.7901;QD=56.9727;RBI=0.122372,0.0908546;REFB=0,0;REVB=-0.115934,-0.0907243;RO=13;SAF=68,6;SAR=20,37;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0273021,-0.353348;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0118839,0.049525;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:145:143:13:0:88,43:106,37:0.741259,0.258741:20,37:68,6:9:4:26,34:80,3:0:0 chr14 63842235 . T C 356.11 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0169762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.485;QD=16.5635;RBI=0.0204972;REFB=0.0178263;REVB=0.0114867;RO=45;SAF=11;SAR=27;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166986;STB=0.5804;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0108466;OID=.;OPOS=63842235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:48:38:38:0.44186:27:11:20:25:27:11:20:28 chr14 64084799 . A T 434.01 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.000943485;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.862;QD=20.6673;RBI=0.032796;REFB=-0.0129852;REVB=0.0327824;RO=40;SAF=24;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158575;STB=0.58146;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0134011;OID=.;OPOS=64084799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:40:41:43:43:0.511905:19:24:15:25:19:24:16:25 chr14 64315069 . C T 288.19 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.01121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.715;QD=20.9589;RBI=0.0167745;REFB=-0.0327767;REVB=0.0124787;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930115;STB=0.542345;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0317249;OID=.;OPOS=64315069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:25:29:30:0.545455:16:13:14:11:16:14:14:11 chr14 64423187 . C A 261.19 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0536346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.348;QD=12.7411;RBI=0.0536949;REFB=-0.000789566;REVB=0.00254413;RO=50;SAF=11;SAR=19;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105598;STB=0.562872;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00218734;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:51:30:31:0.378049:19:11:23:27:20:11:23:28 chr14 64447776 . T C 639.17 PASS AF=0.543103;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0433997;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.313;QD=22.0403;RBI=0.0476731;REFB=-0.0188724;REVB=0.019728;RO=51;SAF=27;SAR=36;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670081;STB=0.537302;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.020283;OID=.;OPOS=64447776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:51:53:63:63:0.543103:36:27:26:25:36:27:27:26 chr14 64484470 . T C 244.61 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0479683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.957;QD=19.1853;RBI=0.0481095;REFB=-0.0169954;REVB=-0.00368326;RO=23;SAF=1;SAR=24;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592854;STB=0.786597;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0160787;OID=.;OPOS=64484470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:25:25:26:0.509804:24:1:8:15:24:2:10:15 chr14 64491695 . T C 1919.7 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224486;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.248;QD=61.926;RBI=0.0306988;REFB=0;REVB=0.0209398;RO=0;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87355e-05;OID=.;OPOS=64491695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:66:58:0:0:66:58:0:0 chr14 64494278 . C T 3151.35 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.791;QD=63.9868;RBI=0.0185905;REFB=0;REVB=-0.017834;RO=0;SAF=91;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.37115e-06;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:197:0:0:195:197:1:104:91:0:0:105:92:0:0 chr14 64496749 . C T 1121.09 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130271;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.792;QD=60.5995;RBI=0.130376;REFB=0;REVB=-0.00524603;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016211;OID=.;OPOS=64496749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr14 64497930 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.291;QD=55.6561;RBI=0.00584234;REFB=0;REVB=0.00482044;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17245e-05;OID=.;OPOS=64497930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr14 64498037 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00279074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.949;QD=57.8849;RBI=0.0270326;REFB=0;REVB=0.0268881;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83838e-05;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:44:16:0:0:44:16:0:0 chr14 64519035 . A G 393.41 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.868;QD=56.201;RBI=0.0852829;REFB=0;REVB=0.0134565;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721619;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr14 64519455 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8519;QD=37.4846;RBI=0.189578;REFB=0;REVB=0.178979;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011066;OID=.;OPOS=64519455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr14 64522674 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.187;QD=57.1774;RBI=0.025313;REFB=0;REVB=0.023266;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145812;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr14 64522843 . A G 1592.24 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418594;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3031;QD=60.0844;RBI=0.0611391;REFB=0;REVB=0.0445621;RO=0;SAF=44;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267512;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:62:44:0:0:62:44:0:0 chr14 64540823 . A G 607.4 PASS AF=0.530435;AO=60;DP=114;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00730048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.104;QD=21.1271;RBI=0.00906333;REFB=-0.00285816;REVB=-0.00537092;RO=53;SAF=37;SAR=23;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110447;STB=0.559934;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00225387;OID=.;OPOS=64540823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:53:54:60:61:0.530435:23:37:26:27:24:37:26:28 chr14 64551688 . C T 2624.26 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000847623;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.307;QD=62.1126;RBI=0.0106692;REFB=0;REVB=0.0106355;RO=0;SAF=94;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34676e-05;OID=.;OPOS=64551688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:169:0:0:169:169:1:75:94:0:0:75:94:0:0 chr14 64565582 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.934;QD=58.2391;RBI=0.0465219;REFB=0;REVB=0.0234242;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52314e-05;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:44:18:0:0:44:18:0:0 chr14 64588746 . C A,CA 37.1 PASS AF=0,0.466667;AO=4,2;DP=15;FAO=0,7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=0,5;FSAR=0,2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0484942,0.181747;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=31.7193,16.7197;QD=9.89227;RBI=0.0504794,0.184258;REFB=-0.0351444,-0.0835408;REVB=-0.014017,-0.0303171;RO=9;SAF=4,0;SAR=0,2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.738373,-0.532037;STB=0.5,0.740074;STBP=1,0.113;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.140972;OID=.,.;OPOS=64588746,64588747;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:15:15:9:8:4,2:0,7:0,0.466667:0,2:4,0:3:6:0,2:0,5:2:6 chr14 64591835 . G A 207.05 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0638151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3552;QD=9.10099;RBI=0.0880971;REFB=-0.0139127;REVB=-0.0607349;RO=64;SAF=15;SAR=12;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12387;STB=0.572812;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0269431;OID=.;OPOS=64591835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:64:27:27:0.296703:12:15:42:22:12:15:42:22 chr14 64612845 . C T 357.06 PASS AF=0.5;AO=34;DP=72;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00334786;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.657;QD=19.3004;RBI=0.00506935;REFB=-0.0176466;REVB=0.0038066;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397567;STB=0.513566;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0165262;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:35:37:34:37:0.5:16:18:17:18:17:20:19:18 chr14 64612858 . C A 1234.39 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.339;QD=60.9575;RBI=0.0160235;REFB=0;REVB=-0.00587617;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025209;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:41:38:0:0:41:40:0:0 chr14 64637147 . C A 1263.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468495;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7356;QD=61.6299;RBI=0.102746;REFB=0;REVB=0.102639;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782669;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:83:82:1:35:48:0:0:34:48:0:0 chr14 64656855 . T C 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0161471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.796;QD=15.9155;RBI=0.0280803;REFB=-0.0044636;REVB=0.0229733;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201122;STB=0.612827;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00465744;OID=.;OPOS=64656855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:14:14:24:10:14:14:24:10 chr14 64657684 . C A,T 2904.63 PASS AF=0.949239,0.0456853;AO=187,7;DP=199;FAO=187,9;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=119,0;FSAR=68,9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0201497,-0.0103752;FXX=0.0198995;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=173.707,104.13;QD=58.9773;RBI=0.0225714,0.0212766;REFB=-0.0735665,0.029827;REVB=0.0101713,-0.0185755;RO=0;SAF=119,0;SAR=68,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.502092,0.997961;STBP=0.518,0.037;TYPE=snp,snp;VARB=0.000431236,0.24881;OID=.,.;OPOS=64657684,64657684;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:199:197:0:1:187,7:187,9:0.949239,0.0456853:68,7:119,0:0:0:68,9:119,0:1:0 chr14 64694749 . T G 519.82 PASS AF=0.451613;AO=55;DP=122;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0143896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.359;QD=16.7685;RBI=0.0157004;REFB=-0.00229637;REVB=0.00628029;RO=65;SAF=23;SAR=32;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102791;STB=0.539521;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00199433;OID=.;OPOS=64694749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:65:68:55:56:0.451613:32:23:34:31:32:24:34:34 chr14 64724051 . C T 366.7 PASS AF=0.401869;AO=42;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0684608;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.917;QD=13.7083;RBI=0.0685285;REFB=-0.0148825;REVB=0.00304607;RO=64;SAF=17;SAR=25;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184021;STB=0.60906;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0155644;OID=.;OPOS=64724051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:42:43:0.401869:25:17:37:27:26:17:37:27 chr14 64805001 . A G 507.55 PASS AF=0.538462;AO=45;DP=88;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.000933556;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.037;QD=22.31;RBI=0.0126981;REFB=-0.013188;REVB=-0.0126638;RO=43;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177099;STB=0.501585;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0107247;OID=.;OPOS=64805001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:43:42:45:49:0.538462:26:19:19:24:27:22:19:23 chr14 64855041 . T C 4870.78 PASS AF=1;AO=269;DP=316;FAO=312;FDP=312;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=137;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606639;FXX=0.0157724;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.174;QD=62.4459;RBI=0.0283813;REFB=0;REVB=0.0277254;RO=0;SAF=129;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493641;OID=.;OPOS=64855041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:316:312:0:0:269:312:1:140:129:0:0:175:137:0:0 chr14 64882380 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.914;QD=58.5998;RBI=0.0365976;REFB=0;REVB=0.0272095;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63323e-05;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr14 64908845 . G A 663.38 PASS AF=0.382653;AO=75;DP=194;FAO=75;FDP=196;FR=.;FRO=121;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=-0.00825857;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.872;QD=13.5385;RBI=0.00908065;REFB=-0.0151982;REVB=-0.00377548;RO=119;SAF=26;SAR=49;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150096;STB=0.580563;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0198781;OID=.;OPOS=64908845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:119:121:75:75:0.382653:49:26:57:62:49:26:57:64 chr14 64935720 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.881;QD=52.6132;RBI=0.0292664;REFB=0;REVB=0.0210632;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434339;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr14 64954683 . A G 795.88 PASS AF=0.403587;AO=90;DP=225;FAO=90;FDP=223;FR=.;FRO=133;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=74;FWDB=-0.00516244;FXX=0.00888849;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.769;QD=14.2758;RBI=0.0209027;REFB=-0.00489506;REVB=-0.0202551;RO=131;SAF=41;SAR=49;SRF=57;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021849;STB=0.507189;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00641802;OID=.;OPOS=64954683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:223:131:133:90:90:0.403587:49:41:57:74:49:41:59:74 chr14 65008251 . C T 385.17 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.024776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9385;QD=20.5425;RBI=0.0356611;REFB=-0.00369523;REVB=-0.0256488;RO=35;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00125301;STB=0.506153;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00364057;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:39:39:0.52:19:20:18:17:19:20:18:18 chr14 65016702 . T G 405.64 PASS AF=0.375;AO=48;DP=128;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=27;FWDB=-0.00817382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.086;QD=12.6762;RBI=0.00858166;REFB=-0.024834;REVB=-0.00261412;RO=78;SAF=29;SAR=19;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878872;STB=0.538712;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0403123;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:80:48:48:0.375:19:29:53:25:19:29:53:27 chr14 65031534 . C T 356.64 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0211664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.012;QD=19.2779;RBI=0.0235294;REFB=-0.00215788;REVB=-0.0102769;RO=36;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878069;STB=0.557244;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00209422;OID=.;OPOS=65031534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:24:13:16:20:24:13:17:20 chr14 65241228 . A G 1069.75 PASS AF=0.486607;AO=109;DP=223;FAO=109;FDP=224;FR=.;FRO=115;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=0.0107712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.923;QD=19.1027;RBI=0.019846;REFB=-0.011634;REVB=-0.0166687;RO=114;SAF=60;SAR=49;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307818;STB=0.519327;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.010993;OID=.;OPOS=65241228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:114:115:109:109:0.486607:49:60:59:55:49:60:59:56 chr14 65242044 . C T 497.85 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0364772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.961;QD=18.1038;RBI=0.0370059;REFB=-0.0265163;REVB=-0.00623321;RO=57;SAF=31;SAR=22;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557145;STB=0.530921;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0235043;OID=.;OPOS=65242044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:22:31:30:27:22:31:30:27 chr14 65412748 . G C 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.012322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.44;QD=20.7504;RBI=0.027889;REFB=-0.0116163;REVB=-0.0250192;RO=38;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304331;STB=0.516846;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0130479;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:23:18:18:20:23:18:18:20 chr14 65417070 . C A 695.43 PASS AF=0.465839;AO=74;DP=160;FAO=75;FDP=161;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0473151;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.138;QD=17.2778;RBI=0.0509838;REFB=-0.0282812;REVB=0.0189903;RO=85;SAF=29;SAR=45;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780342;STB=0.549568;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0265407;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:85:86:74:75:0.465839:45:29:40:45:46:29:41:45 chr14 65419293 . A G 243.05 PASS AF=0.381579;AO=28;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0582092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1366;QD=12.7922;RBI=0.0596494;REFB=0.0177715;REVB=0.0130286;RO=48;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949204;STB=0.575766;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0280266;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:47:28:29:0.381579:17:11:15:33:17:12:14:33 chr14 65520040 . CG C,GC 138.92 PASS AF=0.72973,0;AO=17,3;DP=36;FAO=27,0;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=5,0;FSAR=22,0;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.16897,0.15291;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=9.11744,18.0005;QD=15.0181;RBI=0.270154,0.182298;REFB=-0.0367807,-0.0368393;REVB=0.210791,-0.0992523;RO=14;SAF=4,0;SAR=13,3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0540552,-0.563498;STB=0.58573,0.5;STBP=0.155,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.087359,-0.00467062;OID=.,.;OPOS=65520041,65520040;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:36:37:14:10:17,3:27,0:0.72973,0:13,3:4,0:4:10:22,0:5,0:4:6 chr14 65801821 . T C 169.16 PASS AF=0.302632;AO=22;DP=75;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00182287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.142;QD=8.90318;RBI=0.00364547;REFB=-0.00948068;REVB=0.00315698;RO=52;SAF=14;SAR=8;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186222;STB=0.615373;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0205591;OID=.;OPOS=65801821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:52:53:22:23:0.302632:8:14:25:27:8:15:26:27 chr14 65878807 . C T 398.43 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.00117002;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.379;QD=15.0351;RBI=0.033142;REFB=-0.0248038;REVB=0.0331214;RO=58;SAF=17;SAR=29;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264829;STB=0.647784;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0425942;OID=.;OPOS=65878807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:58:60:46:46:0.433962:29:17:37:21:29:17:38:22 chr14 66028446 . A G 1715.82 PASS AF=0.915385;AO=119;DP=131;FAO=119;FDP=130;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=106;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0618012;FXX=0.0225547;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.359;QD=52.7945;RBI=0.0626089;REFB=-0.00411744;REVB=0.0100243;RO=1;SAF=13;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351337;STB=0.636693;STBP=0;TYPE=snp;VARB=6.95687e-05;OID=.;OPOS=66028446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:131:130:1:11:119:119:0.915385:106:13:1:0:106:13:10:1 chr14 66974474 . T C 225.91 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0367678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.437;QD=13.2887;RBI=0.0383343;REFB=-0.0324679;REVB=-0.0108465;RO=40;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051187;STB=0.548269;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0297059;OID=.;OPOS=66974474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:41:26:27:0.397059:18:8:14:26:19:8:15:26 chr14 67147816 . T C 312.77 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0173611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9848;QD=21.9488;RBI=0.0545544;REFB=0.000352214;REVB=0.0517183;RO=25;SAF=12;SAR=20;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472068;STB=0.52605;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.000377879;OID=.;OPOS=67147816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:20:12:8:17:20:12:8:17 chr14 67666829 . GCCCCCCCGA CCGCCCCCCG,GCCCCCCCG,GCCCCCCGA 280.82 PASS AF=0,0,1;AO=3,7,10;DP=56;FAO=0,0,58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,11;FSAR=0,0,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258734,-0.106791,0.161455;FXX=0.0169463;HRUN=1,2,7;LEN=10,1,1;MLLD=35.8296,11.0567,6.94017;QD=19.367;RBI=0.393383,0.918549,0.171112;REFB=0.0591888,-0.0736828,0.0429307;REVB=-0.392531,-0.91232,0.0566697;RO=3;SAF=0,0,9;SAR=3,7,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0.59901,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.664835,-0.771117,0.394666;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.0289602,0.012329;OID=.,.,.;OPOS=67666829,67666838,67666830;OREF=GCCCCCCCGA,A,C;OALT=CCGCCCCCCG,-,-;OMAPALT=CCGCCCCCCG,GCCCCCCCG,GCCCCCCGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:5:56:58:3:0:3,7,10:0,0,58:0,0,1:3,7,1:0,0,9:1:2:0,0,47:0,0,11:0:0 chr14 67667019 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0249234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3709;QD=14.3342;RBI=0.0423312;REFB=-0.0101029;REVB=-0.0342163;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033981;STB=0.519956;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00944243;OID=.;OPOS=67667019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:3:7:6:3:3:7 chr14 67671701 . C T 171.02 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0180175;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2579;QD=22.0677;RBI=0.0358861;REFB=-0.0315977;REVB=0.0310352;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286756;STB=0.661466;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0189934;OID=.;OPOS=67671701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:14:14:17:17:0.548387:6:11:4:10:6:11:4:10 chr14 67769177 . A C 1211.28 PASS AF=0.390805;AO=134;DP=344;FAO=136;FDP=348;FR=.;FRO=212;FSAF=48;FSAR=88;FSRF=91;FSRR=121;FWDB=0.00013613;FXX=0.00286525;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.009;QD=13.9227;RBI=0.00274337;REFB=-0.00584827;REVB=-0.00273999;RO=206;SAF=48;SAR=86;SRF=91;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094987;STB=0.5494;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00897599;OID=.;OPOS=67769177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:348:206:212:134:136:0.390805:86:48:91:115:88:48:91:121 chr14 67800316 . G A 433.4 PASS AF=0.52439;AO=41;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00816386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.779;QD=21.1416;RBI=0.00926928;REFB=-0.00471943;REVB=-0.00438987;RO=38;SAF=16;SAR=25;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692527;STB=0.533318;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00439297;OID=.;OPOS=67800316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:38:39:41:43:0.52439:25:16:12:26:27:16:12:27 chr14 67800815 . G A 145.1 PASS AF=0.352941;AO=16;DP=49;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00261555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4929;QD=11.3807;RBI=0.0317468;REFB=-0.0279686;REVB=0.0316389;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120539;STB=0.603336;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0488116;OID=.;OPOS=67800815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:33:33:16:18:0.352941:8:8:13:20:8:10:13:20 chr14 67938818 . G A 1072.12 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0260649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.647;QD=57.1797;RBI=0.0333057;REFB=-0.0310164;REVB=0.0207339;RO=2;SAF=50;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107544;STB=0.521733;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000964814;OID=.;OPOS=67938818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:23:50:1:1:22:51:0:2 chr14 67938866 . C T 530.04 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0278166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.405;QD=25.2397;RBI=0.0281688;REFB=-0.0155844;REVB=0.00444065;RO=34;SAF=23;SAR=26;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450024;STB=0.518727;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0151626;OID=.;OPOS=67938866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:34:35:49:49:0.583333:26:23:18:16:26:23:18:17 chr14 68024134 . A T 481.05 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0405964;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.138;QD=22.3744;RBI=0.0406709;REFB=-0.0253075;REVB=0.00246045;RO=39;SAF=24;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501261;STB=0.533319;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0203322;OID=.;OPOS=68024134;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:40:46:46:0.534884:22:24:18:21:22:24:18:22 chr14 68029313 . G A 230.73 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0120488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.935;QD=14.4205;RBI=0.0132067;REFB=-0.0135097;REVB=0.00540763;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398143;STB=0.502895;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0166465;OID=.;OPOS=68029313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:34:37:27:27:0.421875:13:14:19:15:13:14:19:18 chr14 68042255 . A G 256.12 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00104857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5955;QD=13.4797;RBI=0.0286848;REFB=-0.00656248;REVB=-0.0286656;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156351;STB=0.500892;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0111855;OID=.;OPOS=68042255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:17:13:20:26:17:13:20:26 chr14 68042574 . A G 1106.23 PASS AF=0.484848;AO=112;DP=231;FAO=112;FDP=231;FR=.;FRO=119;FSAF=72;FSAR=40;FSRF=76;FSRR=43;FWDB=0.00409808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6315;QD=19.1555;RBI=0.0341542;REFB=-0.0302584;REVB=0.0339075;RO=119;SAF=72;SAR=40;SRF=76;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427481;STB=0.502353;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0378253;OID=.;OPOS=68042574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:119:119:112:112:0.484848:40:72:76:43:40:72:76:43 chr14 68045935 . G A 645.71 PASS AF=0.440994;AO=71;DP=161;FAO=71;FDP=161;FR=.;FRO=90;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.0399102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.584;QD=16.0425;RBI=0.0401891;REFB=-0.00771757;REVB=-0.0047263;RO=90;SAF=42;SAR=29;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256779;STB=0.514313;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0121759;OID=.;OPOS=68045935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:90:90:71:71:0.440994:29:42:51:39:29:42:51:39 chr14 68053149 . A G 760.27 PASS AF=0.467836;AO=79;DP=169;FAO=80;FDP=171;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.028452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.996;QD=17.7841;RBI=0.0422756;REFB=-0.0100512;REVB=-0.0312684;RO=90;SAF=26;SAR=53;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183794;STB=0.599577;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0127786;OID=.;OPOS=68053149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:90:91:79:80:0.467836:53:26:46:44:53:27:47:44 chr14 68053802 . T C 228.86 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00551701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8019;QD=16.0605;RBI=0.0525815;REFB=-0.0210544;REVB=0.0522913;RO=31;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151113;STB=0.58573;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0259676;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:8:18:17:14:8:18:17:14 chr14 68053977 . A C 3273.6 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9694;QD=62.0588;RBI=0.0474081;REFB=0;REVB=-0.0393372;RO=0;SAF=83;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98655e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92402e-05;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:211:0:0:211:211:1:128:83:0:0:128:83:0:0 chr14 68055613 . C G 511.08 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.00883772;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.373;QD=16.8953;RBI=0.00911159;REFB=-0.00836017;REVB=0.00221715;RO=66;SAF=27;SAR=28;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172037;STB=0.595533;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00344612;OID=.;OPOS=68055613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:66:66:55:55:0.454545:28:27:44:22:28:27:44:22 chr14 68193819 . C T 885.89 PASS AF=0.471204;AO=90;DP=191;FAO=90;FDP=191;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=60;FSRR=41;FWDB=0.0119766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.459;QD=18.5526;RBI=0.0123936;REFB=-0.0111435;REVB=-0.00318787;RO=101;SAF=40;SAR=50;SRF=60;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142479;STB=0.578686;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00990538;OID=.;OPOS=68193819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:101:101:90:90:0.471204:50:40:60:41:50:40:60:41 chr14 68213744 . G A 1481.24 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.69;QD=61.7184;RBI=0.0256306;REFB=0;REVB=0.0132289;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847706;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:45:48:0:0:48:48:0:0 chr14 68214788 . T C 929.51 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400172;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.696;QD=59.0167;RBI=0.00600216;REFB=0;REVB=0.00447349;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84374e-05;OID=.;OPOS=68214788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr14 68218165 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.277;QD=62.982;RBI=0.0215649;REFB=0;REVB=0.00763223;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37051e-05;OID=.;OPOS=68218165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr14 68234539 . T C 1767.6 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.089;QD=60.9518;RBI=0.0436632;REFB=0;REVB=0.0295223;RO=0;SAF=53;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19943e-05;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:63:53:0:0:63:53:0:0 chr14 68264867 . A G 901.98 PASS AF=1;AO=41;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.849;QD=58.1919;RBI=0.0650015;REFB=0;REVB=0.0271958;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176796;OID=.;OPOS=68264867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:41:62:1:21:20:0:0:29:33:0:0 chr14 68616597 . G A 463.16 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.088806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9617;QD=52.9326;RBI=0.125668;REFB=0.0533195;REVB=-0.0889158;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266901;STB=0.500866;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00722984;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:16:17:1:0:16:17:1:1 chr14 68935789 . T C 2330.41 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0544;QD=63.8469;RBI=0.0173506;REFB=0;REVB=-0.0109741;RO=0;SAF=69;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38047e-06;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:77:69:0:0:77:69:0:0 chr14 69012355 . C G 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.965;QD=63.6147;RBI=0.0385676;REFB=0;REVB=0.00148558;RO=0;SAF=33;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71632e-05;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:62:33:0:0:62:33:0:0 chr14 69117512 . T C 329.73 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0531947;FXX=0.0185168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.255;QD=12.4427;RBI=0.0532274;REFB=-0.00530595;REVB=0.00186664;RO=66;SAF=15;SAR=25;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106691;STB=0.560945;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00418534;OID=.;OPOS=69117512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:66:66:40:40:0.377358:25:15:31:35:25:15:31:35 chr14 69262441 . A G 2395.0 PASS AF=0.95858;AO=159;DP=167;FAO=162;FDP=169;FR=.;FRO=7;FSAF=84;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00860116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.263;QD=56.6864;RBI=0.024635;REFB=0.0365748;REVB=-0.0230847;RO=7;SAF=81;SAR=78;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179251;STB=0.509648;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000435587;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:167:169:7:7:159:162:0.95858:78:81:2:5:78:84:2:5 chr14 69263074 . G A 686.9 PASS AF=0.938776;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0235221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3867;QD=56.0734;RBI=0.0412076;REFB=-0.0478739;REVB=-0.0338345;RO=2;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027637;STB=0.505718;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0382271;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:49:2:3:45:46:0.938776:33:12:0:2:34:12:1:2 chr14 69695792 . G A 1952.2 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6463;QD=61.9747;RBI=0.0524732;REFB=0;REVB=0.0333868;RO=0;SAF=59;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263861;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:67:59:0:0:67:59:0:0 chr14 69703158 . A G 4819.89 PASS AF=0.987382;AO=312;DP=318;FAO=313;FDP=317;FR=.;FRO=4;FSAF=119;FSAR=194;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0193659;FXX=0.00314456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.101;QD=60.8187;RBI=0.0200569;REFB=-0.198466;REVB=-0.00521927;RO=5;SAF=118;SAR=194;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019777;STB=0.508264;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000687176;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:318:317:5:4:312:313:0.987382:194:118:5:0:194:119:4:0 chr14 69704553 . G T 3235.35 PASS AF=0.990566;AO=210;DP=212;FAO=210;FDP=212;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=126;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00437235;FXX=0.0185177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.703;QD=61.0444;RBI=0.037476;REFB=-0.0608577;REVB=0.0372201;RO=1;SAF=84;SAR=126;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003766;STB=0.500982;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000269702;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:212:212:1:2:210:210:0.990566:126:84:0:1:126:84:1:1 chr14 69799806 . C T 179.03 PASS AF=0.348485;AO=22;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0292516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5964;QD=10.8501;RBI=0.046806;REFB=0.00524046;REVB=-0.0365396;RO=43;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193382;STB=0.62293;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0390809;OID=.;OPOS=69799806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:22:23:0.348485:9:13:18:25:9:14:18:25 chr14 69799892 . A G 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0133459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.653;QD=13.224;RBI=0.0205559;REFB=-0.00659275;REVB=-0.0156342;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175093;STB=0.61529;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00881588;OID=.;OPOS=69799892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:36:24:24:0.4:10:14:14:20:10:14:14:22 chr14 69820946 . C A 311.35 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0016126;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.212;QD=13.5371;RBI=0.00975855;REFB=-0.0129936;REVB=-0.00962439;RO=55;SAF=28;SAR=7;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394311;STB=0.728921;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0385779;OID=.;OPOS=69820946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:55:57:35:35:0.380435:7:28:26:29:7:28:27:30 chr14 70038786 . A G 4871.06 PASS AF=1;AO=307;DP=308;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514163;FXX=0.00952351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.154;QD=62.4494;RBI=0.00626092;REFB=0;REVB=-0.00357251;RO=0;SAF=141;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.26228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196509;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:308:312:0:0:307:312:1:166:141:0:0:170:142:0:0 chr14 70171418 . T C 585.56 PASS AF=0.336364;AO=74;DP=220;FAO=74;FDP=220;FR=.;FRO=146;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=70;FSRR=76;FWDB=0.0109573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.0089;QD=10.6466;RBI=0.0185519;REFB=-0.0248907;REVB=0.0149703;RO=146;SAF=31;SAR=43;SRF=70;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709774;STB=0.540701;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0298363;OID=.;OPOS=70171418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:146:146:74:74:0.336364:43:31:70:76:43:31:70:76 chr14 70178770 . C G 447.35 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0151438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.328;QD=15.5599;RBI=0.0163012;REFB=-0.0127641;REVB=0.00603299;RO=64;SAF=23;SAR=27;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558409;STB=0.535663;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0163796;OID=.;OPOS=70178770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:65:50:50:0.434783:27:23:33:31:27:23:34:31 chr14 70180778 . C G 2191.19 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588858;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.44;QD=63.0558;RBI=0.00625645;REFB=0;REVB=0.00211371;RO=0;SAF=43;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26456e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292721;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:136:139:1:93:43:0:0:94:45:0:0 chr14 70263648 . C T 804.08 PASS AF=0.503067;AO=82;DP=163;FAO=82;FDP=163;FR=.;FRO=81;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.00679456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.107;QD=19.7321;RBI=0.0116708;REFB=-0.0273214;REVB=0.00948902;RO=78;SAF=48;SAR=34;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995142;STB=0.552212;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0195168;OID=.;OPOS=70263648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:78:81:82:82:0.503067:34:48:37:41:34:48:39:42 chr14 70634087 . A G 3906.9 PASS AF=1;AO=251;DP=255;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283715;FXX=0.0156857;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.453;QD=62.2614;RBI=0.0867482;REFB=0;REVB=-0.0819774;RO=0;SAF=144;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16373e-05;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:255:251:0:0:251:251:1:107:144:0:0:107:144:0:0 chr14 70712880 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.047;QD=56.7066;RBI=0.0366877;REFB=0;REVB=0.00575714;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174048;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr14 70713156 . G A 540.65 PASS AF=0.396226;AO=63;DP=161;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.00397816;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.69;QD=13.6013;RBI=0.0123737;REFB=-0.0096005;REVB=0.0117168;RO=96;SAF=30;SAR=33;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589141;STB=0.533203;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0187354;OID=.;OPOS=70713156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:96:96:63:63:0.396226:33:30:51:45:33:30:51:45 chr14 70713858 . T C 865.48 PASS AF=0.51462;AO=80;DP=165;FAO=88;FDP=171;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0480296;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.733;QD=20.2451;RBI=0.0480621;REFB=-0.0284957;REVB=0.00176776;RO=84;SAF=31;SAR=49;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959109;STB=0.518966;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0305961;OID=.;OPOS=70713858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:171:84:83:80:88:0.51462:49:31:41:43:49:39:40:43 chr14 70827773 . T C 1954.81 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00555896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.069;QD=61.0877;RBI=0.00621316;REFB=-0.0474763;REVB=0.00277512;RO=1;SAF=68;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693714;STB=0.503649;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000449533;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:59:68:1:0:59:68:1:0 chr14 70839389 . A C 294.7 PASS AF=0.467742;AO=26;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00534103;FXX=0.0312451;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.922;QD=19.0131;RBI=0.022727;REFB=-0.0133099;REVB=-0.0220905;RO=21;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451556;STB=0.540442;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0164093;OID=.;OPOS=70839389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:21:26:26:29:0.467742:15:11:9:12:18:11:12:14 chr14 70924249 . A G 1179.11 PASS AF=1;AO=69;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100316;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.012;QD=61.2524;RBI=0.0744233;REFB=0;REVB=0.0737442;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269004;OID=.;OPOS=70924249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:69:77:1:27:42:0:0:35:42:0:0 chr14 70924450 . C T 119.6 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0217342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.733;QD=6.64455;RBI=0.0218461;REFB=-0.0117273;REVB=-0.00220811;RO=53;SAF=5;SAR=13;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333801;STB=0.7107;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0353552;OID=.;OPOS=70924450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:54:18:18:0.25:13:5:29:24:13:5:30:24 chr14 70924462 . A G 107.07 PASS AF=0.25;AO=16;DP=67;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0130282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.442;QD=6.29799;RBI=0.0325974;REFB=-0.00201508;REVB=0.0298808;RO=51;SAF=4;SAR=12;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373821;STB=0.69329;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0074757;OID=.;OPOS=70924462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:51:51:16:17:0.25:12:4:28:23:12:5:28:23 chr14 70924501 . C G 778.17 PASS AF=0.833333;AO=60;DP=74;FAO=60;FDP=72;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00169853;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.635;QD=43.2316;RBI=0.0112857;REFB=0.00896104;REVB=-0.0111572;RO=12;SAF=28;SAR=32;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419392;STB=0.522381;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00221947;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:74:72:12:12:60:60:0.833333:32:28:4:8:32:28:4:8 chr14 70924566 . CA GT 175.54 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=68;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0251745;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.205;QD=10.1761;RBI=0.0269119;REFB=-0.00875634;REVB=-0.00951293;RO=45;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121915;STB=0.590471;STBP=0.279;TYPE=mnp;VARB=0.02035;OID=.;OPOS=70924566;OREF=CA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:45:46:22:23:0.333333:8:14:24:21:8:15:24:22 chr14 70924693 . T C 62.54 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0289257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.023;QD=3.20727;RBI=0.0458392;REFB=-0.00422895;REVB=0.0355603;RO=64;SAF=2;SAR=10;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465506;STB=0.818036;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0301649;OID=.;OPOS=70924693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:78:64:66:12:12:0.153846:10:2:34:30:10:2:35:31 chr14 70924852 . A C 181.61 PASS AF=0.198675;AO=30;DP=151;FAO=30;FDP=151;FR=.;FRO=121;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=67;FWDB=0.00370498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0581;QD=4.81077;RBI=0.0173521;REFB=-0.00565833;REVB=-0.0169519;RO=121;SAF=14;SAR=16;SRF=54;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262027;STB=0.516434;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0219336;OID=.;OPOS=70924852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:121:121:30:30:0.198675:16:14:54:67:16:14:54:67 chr14 70924955 . A C 429.7 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.000964891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.202;QD=14.566;RBI=0.0273667;REFB=-0.0149022;REVB=0.0273497;RO=68;SAF=22;SAR=27;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18781;STB=0.608979;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0210644;OID=.;OPOS=70924955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:69:49:49:0.415254:27:22:43:25:27:22:44:25 chr14 70925257 . A G 288.46 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.239;QD=52.448;RBI=0.036935;REFB=0;REVB=0.0223457;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038247;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:8:12:0:0:10:12:0:0 chr14 70991650 . A C 197.07 PASS AF=0.302326;AO=25;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=12;FWDB=0.0242682;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.8561;QD=9.16601;RBI=0.0571035;REFB=-0.0153358;REVB=-0.0516901;RO=55;SAF=19;SAR=6;SRF=43;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357995;STB=0.531227;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0760284;OID=.;OPOS=70991650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:60:25:26:0.302326:6:19:43:12:6:20:48:12 chr14 71109153 . C G 621.73 PASS AF=0.36019;AO=76;DP=211;FAO=76;FDP=211;FR=.;FRO=135;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=-0.00323748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.351;QD=11.7863;RBI=0.00766081;REFB=-0.0107195;REVB=-0.00694311;RO=135;SAF=31;SAR=45;SRF=60;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421702;STB=0.523986;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0203535;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:135:135:76:76:0.36019:45:31:60:75:45:31:60:75 chr14 71138414 . G A 56.85 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-0.00601982;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.549;QD=10.3366;RBI=0.00938302;REFB=0.00115898;REVB=-0.00719741;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446325;STB=0.749651;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.0037656;OID=.;OPOS=71138414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:14:14:8:8:0.363636:7:1:0:14:7:1:0:14 chr14 71138589 . G A 335.53 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.000991442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.042;QD=13.2885;RBI=0.00395884;REFB=-0.0331349;REVB=0.00383268;RO=61;SAF=11;SAR=28;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173342;STB=0.595351;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0423553;OID=.;OPOS=71138589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:62:39:39:0.386139:28:11:26:35:28:11:26:36 chr14 71139279 . G T 795.09 PASS AF=0.463687;AO=80;DP=176;FAO=83;FDP=179;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=62;FWDB=0.00779035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.347;QD=17.7673;RBI=0.014801;REFB=-0.0132554;REVB=-0.0125849;RO=92;SAF=32;SAR=48;SRF=31;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644304;STB=0.524547;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0122523;OID=.;OPOS=71139279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:179:92:96:80:83:0.463687:48:32:31:61:50:33:34:62 chr14 71199452 . G A 821.8 PASS AF=0.566176;AO=77;DP=136;FAO=77;FDP=136;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00156106;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.852;QD=24.1706;RBI=0.00630551;REFB=-0.0108505;REVB=-0.00610922;RO=54;SAF=27;SAR=50;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147364;STB=0.593799;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00765955;OID=.;OPOS=71199452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:54:59:77:77:0.566176:50:27:29:25:50:27:33:26 chr14 71204973 . C T 474.33 PASS AF=0.47;AO=46;DP=99;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=-0.00224387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.209;QD=18.9731;RBI=0.00315084;REFB=-0.0243273;REVB=-0.00221198;RO=53;SAF=29;SAR=17;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11266;STB=0.557751;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0236127;OID=.;OPOS=71204973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:53:53:46:47:0.47:17:29:39:14:17:30:39:14 chr14 71374702 . G A 2682.03 PASS AF=0.4496;AO=281;DP=630;FAO=281;FDP=625;FR=.;FRO=344;FSAF=142;FSAR=139;FSRF=165;FSRR=179;FWDB=0.0276785;FXX=0.0141954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1217;QD=17.165;RBI=0.028117;REFB=-0.0174141;REVB=0.00494666;RO=338;SAF=142;SAR=139;SRF=164;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199287;STB=0.514134;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0212449;OID=.;OPOS=71374702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:630:625:338:344:281:281:0.4496:139:142:164:174:139:142:165:179 chr14 71444788 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0219371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.194;QD=17.9407;RBI=0.0220935;REFB=-0.00439578;REVB=0.00262433;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018094;STB=0.510298;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0050789;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:10:12:10:9:10:12 chr14 71577898 . C G 180.55 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0309;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2856;QD=12.8964;RBI=0.0359117;REFB=-0.00340308;REVB=-0.0182987;RO=33;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273599;STB=0.649861;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00336117;OID=.;OPOS=71577898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:34:22:22:0.392857:15:7:19:14:15:7:19:15 chr14 71915415 . T G,TGTG 712.13 PASS AF=0.16,0.8;AO=10,37;DP=50;FAO=8,40;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=0,22;FSAR=8,18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0313264,-0.014639;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=57.6878,215.38;QD=56.97;RBI=0.0317136,0.0146803;REFB=-0.0409575,-0.0153104;REVB=0.00494044,-0.00109926;RO=3;SAF=1,21;SAR=9,16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.209237,0.0332629;STB=0.997707,0.502403;STBP=0.094,0.884;TYPE=snp,ins;VARB=0.0790212,0.00177471;OID=.,.;OPOS=71915415,71915416;OREF=T,-;OALT=G,GTG;OMAPALT=G,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:50:50:3:2:10,37:8,40:0.16,0.8:9,16:1,21:1:2:8,18:0,22:1:1 chr14 72055468 . A C,T 940.33 PASS AF=0.940299,0.0447761;AO=62,3;DP=67;FAO=63,3;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31,0;FSAR=32,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235001,-0.037349;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.1141,46.8528;QD=56.1391;RBI=0.0743785,0.0620136;REFB=-0.000176414,-0.012315;REVB=0.0705684,0.049505;RO=1;SAF=30,0;SAR=32,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0154778,-0.727144;STB=0.507934,0.994936;STBP=0.541,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=0.0011982,0.0203942;OID=.,.;OPOS=72055468,72055468;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:67:67:1:1:62,3:63,3:0.940299,0.0447761:32,3:30,0:1:0:32,3:31,0:1:0 chr14 72117156 . T C 1428.87 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.051194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.468;QD=57.732;RBI=0.0799861;REFB=-0.092284;REVB=0.061457;RO=4;SAF=50;SAR=44;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247678;STB=0.506683;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00472123;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:99:4:5:94:94:0.949495:44:50:2:2:44:50:2:3 chr14 73079291 . G GA,GAA 685.17 PASS AF=0,1;AO=14,34;DP=59;FAO=0,56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.40429,0.215441;FXX=0.0666556;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=12.4001,24.6869;QD=48.9407;RBI=0.435939,0.228885;REFB=0,0;REVB=0.163074,0.0772886;RO=7;SAF=9,16;SAR=5,18;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0469771,-0.0770871;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00856852;OID=.,.;OPOS=73079292,73079292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:14,34:59:0,56:56:0:0,31:0,25:0:0:12:7:9,16:5,18:5:2 chr14 73220020 . A G 297.25 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.109782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7225;QD=15.8532;RBI=0.10988;REFB=0.00529464;REVB=0.00463663;RO=42;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288457;STB=0.661844;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0100883;OID=.;OPOS=73220020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:13:20:13:29:13:20:13:29 chr14 73240486 . A G 80.98 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00548993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4513;QD=19.0533;RBI=0.0757959;REFB=0.00321953;REVB=0.0755969;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186168;STB=0.571284;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00179929;OID=.;OPOS=73240486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:9:10:0.588235:6:3:4:3:6:4:4:3 chr14 73358945 . A C 3966.89 PASS AF=0.984791;AO=260;DP=265;FAO=259;FDP=263;FR=.;FRO=4;FSAF=113;FSAR=146;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0412682;FXX=0.0295192;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.155;QD=60.3329;RBI=0.0420183;REFB=-0.063327;REVB=-0.00790388;RO=3;SAF=114;SAR=146;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00232189;STB=0.500985;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.000326143;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:265:263:3:4:260:259:0.984791:146:114:1:2:146:113:2:2 chr14 73360819 . T TTGTC 1845.21 PASS AF=0.851852;AO=134;DP=165;FAO=138;FDP=162;FR=.;FRO=24;FSAF=55;FSAR=83;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00944671;FXX=0.0181807;HRUN=2;LEN=4;MLLD=295.403;QD=45.5607;RBI=0.0157774;REFB=-0.0149964;REVB=0.0126367;RO=24;SAF=54;SAR=80;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10117;STB=0.553123;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.001857;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.851852:134:165:138:162:24:55:83:18:6:99:24:54:80:18:6 chr14 73422350 . T G 719.65 PASS AF=0.450292;AO=75;DP=172;FAO=77;FDP=171;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.000723843;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.968;QD=16.8339;RBI=0.0519924;REFB=-0.0175419;REVB=0.0519874;RO=96;SAF=39;SAR=36;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000840887;STB=0.512712;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0184925;OID=.;OPOS=73422350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:96:94:75:77:0.450292:36:39:50:46:37:40:51:43 chr14 73429755 . G A 134.18 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.0150734;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.414;QD=7.89305;RBI=0.0159835;REFB=-0.00660207;REVB=-0.0053162;RO=48;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116985;STB=0.50199;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136727;OID=.;OPOS=73429755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:49:19:19:0.279412:14:5:13:35:14:5:13:36 chr14 73528645 . G A 694.78 PASS AF=0.589286;AO=66;DP=112;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0231945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.895;QD=24.8136;RBI=0.0249027;REFB=-0.0199597;REVB=0.00906432;RO=44;SAF=34;SAR=32;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445388;STB=0.532963;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0173413;OID=.;OPOS=73528645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:44:46:66:66:0.589286:32:34:20:24:32:34:20:26 chr14 73711394 . A G 686.07 PASS AF=0.385714;AO=80;DP=211;FAO=81;FDP=210;FR=.;FRO=129;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=76;FWDB=-0.00841488;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.347;QD=13.0679;RBI=0.00850024;REFB=-0.00569748;REVB=0.00120163;RO=128;SAF=38;SAR=42;SRF=54;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05833;STB=0.536091;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0104134;OID=.;OPOS=73711394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:128:129:80:81:0.385714:42:38:54:74:43:38:53:76 chr14 73727509 . T G 439.34 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00489815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.833;QD=24.7516;RBI=0.00509522;REFB=-0.0199466;REVB=-0.00140338;RO=29;SAF=16;SAR=26;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567039;STB=0.53101;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0115534;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:26:16:9:20:26:16:9:20 chr14 73730695 . A G 139.67 PASS AF=0.377778;AO=14;DP=41;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00934125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.388;QD=12.4151;RBI=0.0104649;REFB=-0.025953;REVB=-0.00471754;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102754;STB=0.51074;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0417954;OID=.;OPOS=73730695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:27:28:14:17:0.377778:7:7:16:11:7:10:16:12 chr14 73957772 . A G 562.37 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0628635;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4192;QD=19.7323;RBI=0.0840833;REFB=-0.0293887;REVB=-0.0558406;RO=57;SAF=29;SAR=29;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551471;STB=0.526307;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0597398;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:57:56:58:58:0.508772:29:29:25:32:29:29:25:31 chr14 73957981 . G GC 226.67 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136167;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.3147;QD=50.3701;RBI=0.112173;REFB=0;REVB=0.112165;RO=4;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101197;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00708329;OID=.;OPOS=73957982;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:22:18:18:0:8:10:0:0:4:4:8:10:3:1 chr14 73958375 . T C 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.00487796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.767;QD=16.9791;RBI=0.0261873;REFB=-0.000872495;REVB=0.0257289;RO=29;SAF=20;SAR=6;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811687;STB=0.545421;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.000935912;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:6:20:24:5:6:20:24:5 chr14 73958812 . T C 514.68 PASS AF=0.38125;AO=57;DP=157;FAO=61;FDP=160;FR=.;FRO=99;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.00938428;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.257;QD=12.867;RBI=0.0121198;REFB=-0.0186467;REVB=-0.00766973;RO=100;SAF=26;SAR=31;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182214;STB=0.52933;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0254338;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:100:99:57:61:0.38125:31:26:44:56:31:30:44:55 chr14 73963383 . T C 350.98 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=0.0165778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.185;QD=13.3705;RBI=0.0167765;REFB=-0.0216316;REVB=0.0025743;RO=63;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135447;STB=0.576237;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0330759;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:25:17:18:45:25:17:18:45 chr14 73969610 . G A 416.0 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0242724;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.32;QD=13.983;RBI=0.0272223;REFB=-0.00310691;REVB=0.012325;RO=71;SAF=23;SAR=25;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120548;STB=0.567874;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00480742;OID=.;OPOS=73969610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:71:71:48:48:0.403361:25:23:26:45:25:23:26:45 chr14 73989859 . C T 2110.09 PASS AF=0.985507;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00919614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.562;QD=61.1619;RBI=0.0407583;REFB=-0.10885;REVB=0.0397074;RO=1;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674303;STB=0.507041;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000335272;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:138:1:2:136:136:0.985507:70:66:0:1:70:66:0:2 chr14 74042189 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.981;QD=42.1826;RBI=0.0481597;REFB=0;REVB=0.0422122;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877419;OID=.;OPOS=74042189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr14 74061968 . T C 1098.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0903556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4101;QD=60.1888;RBI=0.0940076;REFB=0;REVB=0.025948;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284366;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:24:48:0:0:24:49:0:0 chr14 74083901 . G A 1069.44 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.84;QD=58.5994;RBI=0.0201573;REFB=0;REVB=0.0177956;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176026;OID=.;OPOS=74083901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:42:29:0:0:44:29:0:0 chr14 74168625 . G A 318.93 PASS AF=0.350877;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00673878;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.58;QD=11.1905;RBI=0.00928605;REFB=-0.00284702;REVB=-0.00638902;RO=74;SAF=23;SAR=17;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18986;STB=0.608887;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00542612;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:74:74:40:40:0.350877:17:23:30:44:17:23:30:44 chr14 74181044 . T C 157.37 PASS AF=0.305556;AO=20;DP=71;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.010102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.656;QD=8.74261;RBI=0.0144326;REFB=-0.0285507;REVB=-0.0103077;RO=50;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288216;STB=0.531222;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0663437;OID=.;OPOS=74181044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:50:50:20:22:0.305556:14:6:14:36:15:7:14:36 chr14 74196686 . T C 1052.62 PASS AF=0.540541;AO=100;DP=185;FAO=100;FDP=185;FR=.;FRO=85;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0226883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.672;QD=22.7593;RBI=0.0231232;REFB=-0.023712;REVB=0.00446362;RO=84;SAF=48;SAR=52;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763484;STB=0.544229;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0199088;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:84:85:100:100:0.540541:52:48:48:36:52:48:49:36 chr14 74196792 . T C 305.31 PASS AF=0.350427;AO=37;DP=112;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.00990749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1056;QD=10.438;RBI=0.0157262;REFB=-0.0283329;REVB=0.0122129;RO=75;SAF=2;SAR=35;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601346;STB=0.704859;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0791865;OID=.;OPOS=74196792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:117:75:76:37:41:0.350427:35:2:28:47:35:6:28:48 chr14 74196844 . T C 357.63 PASS AF=0.354839;AO=44;DP=124;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=60;FWDB=-0.00816011;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.007;QD=11.5364;RBI=0.0118239;REFB=-0.00132403;REVB=-0.00855674;RO=79;SAF=11;SAR=33;SRF=20;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00471693;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266399;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:79:80:44:44:0.354839:33:11:20:59:33:11:20:60 chr14 74206481 . T C 587.87 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0170601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2953;QD=22.6104;RBI=0.0172251;REFB=-0.0175707;REVB=0.00237871;RO=46;SAF=38;SAR=20;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059632;STB=0.532699;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0152851;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:20:38:27:19:20:38:27:19 chr14 74340797 . A T 1788.22 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7315;QD=60.1084;RBI=0.0207979;REFB=-0.0932203;REVB=-0.00956279;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.504347;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000496103;OID=.;OPOS=74340797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:0:1:118:118:0.991597:61:57:0:0:61:57:1:0 chr14 74404756 . T C 582.41 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170326;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.213;QD=58.241;RBI=0.0172655;REFB=-0.0547796;REVB=0.00282669;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000201949;OID=.;OPOS=74404756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:24:15:0:0:24:15:1:0 chr14 74428000 . A T 1573.57 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000654416;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.276;QD=59.9456;RBI=0.0167153;REFB=0;REVB=0.0167025;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1411e-05;OID=.;OPOS=74428000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:53:51:0:0:54:51:0:0 chr14 74489735 . G A 2980.56 PASS AF=0.980198;AO=196;DP=201;FAO=198;FDP=202;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0397135;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.229;QD=59.021;RBI=0.0404454;REFB=-0.162899;REVB=0.00765918;RO=2;SAF=76;SAR=120;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078709;STB=0.508129;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0007204;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:201:202:2:4:196:198:0.980198:120:76:0:2:121:77:0:4 chr14 74514674 . A T 2037.71 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017745;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.244;QD=62.2203;RBI=0.0020158;REFB=0;REVB=-0.000956355;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61409e-06;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:68:62:0:0:69:62:0:0 chr14 74539324 . AC A,AA 592.34 PASS AF=0.977273,0;AO=20,32;DP=55;FAO=43,0;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=9,0;FSAR=34,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0283064,-0.0373331;FXX=0.0434688;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.273,210.424;QD=53.8491;RBI=0.0340617,0.0405976;REFB=-0.0913798,-0.0902072;REVB=0.018946,0.0159502;RO=1;SAF=2,10;SAR=18,22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.182146,-0.0444006;STB=0.526303,0.5;STBP=0.117,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000559677,-0.0221654;OID=.,.;OPOS=74539325,74539325;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.977273,0:20,32:55:43,0:44:1:9,0:34,0:1:0:7:1:2,10:18,22:1:0 chr14 74824212 . GC CG 38.05 PASS AF=0.0780488;AO=16;DP=205;FAO=16;FDP=205;FR=.;FRO=189;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=76;FSRR=113;FWDB=-0.0556967;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=94.2583;QD=0.742433;RBI=0.0595481;REFB=-0.00282613;REVB=-0.0210678;RO=185;SAF=15;SAR=1;SRF=73;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580555;STB=0.948968;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.170271;OID=.;OPOS=74824212;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:205:205:185:189:16:16:0.0780488:1:15:73:112:1:15:76:113 chr14 74824365 . A G 475.08 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.00965954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.408;QD=17.7599;RBI=0.0219392;REFB=-0.021436;REVB=0.0196983;RO=56;SAF=41;SAR=10;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185152;STB=0.603815;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0213846;OID=.;OPOS=74824365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:10:41:37:19:10:41:37:19 chr14 74876181 . T G 3885.05 PASS AF=0.980769;AO=257;DP=260;FAO=255;FDP=260;FR=.;FRO=5;FSAF=134;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00351577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9006;QD=59.7701;RBI=0.0113561;REFB=-0.146009;REVB=0.0107982;RO=3;SAF=134;SAR=123;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114833;STB=0.510121;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00328396;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:260:260:3:5:257:255:0.980769:123:134:0:3:121:134:0:5 chr14 74967627 . A AG 38.76 PASS AF=0.0712401;AO=45;DP=386;FAO=27;FDP=379;FR=.;FRO=352;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=157;FSRR=195;FWDB=0.00661503;FXX=0.0078532;HRUN=0;LEN=1;MLLD=152.242;QD=0.409059;RBI=0.029743;REFB=-0.000344332;REVB=-0.0289981;RO=330;SAF=33;SAR=12;SRF=143;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370736;STB=0.863814;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0117304;OID=.;OPOS=74967628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0712401:45:386:27:379:352:23:4:157:195:38:330:33:12:143:187 chr14 74994011 . C T 133.92 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0102365;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.308;QD=14.88;RBI=0.0495512;REFB=-0.0445006;REVB=-0.0484824;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309894;STB=0.666444;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0351759;OID=.;OPOS=74994011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:21:15:15:0.416667:5:10:7:13:5:10:8:13 chr14 75019002 . C T 2163.74 PASS AF=0.416813;AO=234;DP=568;FAO=238;FDP=571;FR=.;FRO=333;FSAF=132;FSAR=106;FSRF=148;FSRR=185;FWDB=-0.0278495;FXX=0.00349034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.438;QD=15.1575;RBI=0.028702;REFB=-0.0119606;REVB=0.00694327;RO=330;SAF=131;SAR=103;SRF=147;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120065;STB=0.564114;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0198242;OID=.;OPOS=75019002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:568:571:330:333:234:238:0.416813:103:131:147:183:106:132:148:185 chr14 75022271 . G T 1244.53 PASS AF=0.589474;AO=111;DP=189;FAO=112;FDP=190;FR=.;FRO=78;FSAF=101;FSAR=11;FSRF=64;FSRR=14;FWDB=0.045083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8631;QD=26.2007;RBI=0.076456;REFB=0.0244752;REVB=0.0617498;RO=78;SAF=100;SAR=11;SRF=64;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1477;STB=0.581781;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0171515;OID=.;OPOS=75022271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:78:78:111:112:0.589474:11:100:64:14:11:101:64:14 chr14 75279395 . T A 706.43 PASS AF=0.48951;AO=70;DP=143;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0144715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.519;QD=19.7602;RBI=0.0162364;REFB=-0.0157231;REVB=-0.00736182;RO=72;SAF=28;SAR=42;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131526;STB=0.576249;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0124824;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:72:73:70:70:0.48951:42:28:39:33:42:28:40:33 chr14 75359670 . G A 794.72 PASS AF=0.442105;AO=80;DP=187;FAO=84;FDP=190;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=62;FWDB=0.0104038;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.722;QD=16.731;RBI=0.0104163;REFB=-0.0132536;REVB=0.000510563;RO=105;SAF=28;SAR=52;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650074;STB=0.519995;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0139019;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:190:105:106:80:84:0.442105:52:28:43:62:52:32:44:62 chr14 75367807 . C T 1107.46 PASS AF=0.389571;AO=127;DP=327;FAO=127;FDP=326;FR=.;FRO=199;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=99;FSRR=100;FWDB=-0.0690872;FXX=0.00305801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6263;QD=13.5884;RBI=0.0807246;REFB=0.000823232;REVB=-0.0417542;RO=199;SAF=51;SAR=76;SRF=99;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105809;STB=0.559472;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00185382;OID=.;OPOS=75367807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:326:199:199:127:127:0.389571:76:51:99:100:76:51:99:100 chr14 75386576 . G A 1250.68 PASS AF=0.561321;AO=119;DP=211;FAO=119;FDP=212;FR=.;FRO=93;FSAF=74;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.00883757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.775;QD=23.5977;RBI=0.0120466;REFB=-0.0388745;REVB=0.00818638;RO=88;SAF=74;SAR=45;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025567;STB=0.52883;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0384352;OID=.;OPOS=75386576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:88:93:119:119:0.561321:45:74:52:36:45:74:52:41 chr14 75388183 . C T 446.64 PASS AF=0.474747;AO=46;DP=100;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0266823;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.904;QD=18.046;RBI=0.0270725;REFB=-0.0175267;REVB=0.00458015;RO=54;SAF=14;SAR=32;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303236;STB=0.662579;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0122526;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:54:52:46:47:0.474747:32:14:33:21:33:14:31:21 chr14 75412908 . A G 3552.43 PASS AF=0.991342;AO=224;DP=233;FAO=229;FDP=231;FR=.;FRO=2;FSAF=130;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0187445;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.008;QD=61.5139;RBI=0.084355;REFB=-0.00850798;REVB=-0.082246;RO=1;SAF=125;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478878;STB=0.500597;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=2.16231e-06;OID=.;OPOS=75412908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:233:231:1:2:224:229:0.991342:99:125:0:1:99:130:1:1 chr14 75483812 . T C 3197.54 PASS AF=0.976852;AO=210;DP=215;FAO=211;FDP=216;FR=.;FRO=5;FSAF=92;FSAR=119;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0370131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.474;QD=59.2137;RBI=0.0370207;REFB=-0.0268679;REVB=-0.000747858;RO=5;SAF=92;SAR=118;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162382;STB=0.508546;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000983113;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:215:216:5:5:210:211:0.976852:118:92:4:1:119:92:4:1 chr14 75513883 . T C 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.005;QD=63.052;RBI=0.041953;REFB=0;REVB=-0.00519485;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11297e-05;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr14 75537381 . C T 1530.93 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.219;QD=63.7887;RBI=0.0142622;REFB=0;REVB=-0.000175334;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77432e-05;OID=.;OPOS=75537381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:55:40:0:0:56:40:0:0 chr14 75538217 . G T 594.23 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8675;QD=60.9464;RBI=0.0644782;REFB=0;REVB=-0.0639869;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000677387;OID=.;OPOS=75538217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr14 75544470 . T A 446.18 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.087;QD=57.5713;RBI=0.0053384;REFB=0;REVB=-0.00491686;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.50392e-06;OID=.;OPOS=75544470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:19:12:0:0 chr14 75574087 . C T 1249.77 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0119163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.101;QD=60.23;RBI=0.0133201;REFB=0.0294192;REVB=0.00595216;RO=1;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145681;STB=0.50769;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-4.44205e-05;OID=.;OPOS=75574087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:32:50:0:1:32:50:0:1 chr14 75590822 . G A 2078.74 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.056591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.148;QD=61.1393;RBI=0.0567895;REFB=-0.128855;REVB=-0.00474453;RO=2;SAF=78;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120313;STB=0.503144;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000507284;OID=.;OPOS=75590822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:136:136:2:1:134:135:0.992647:56:78:2:0:56:79:1:0 chr14 75600697 . C T 436.38 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.797;QD=56.3064;RBI=0.0252794;REFB=0;REVB=-0.0141895;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171628;OID=.;OPOS=75600697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:22:9:0:0 chr14 75705656 . G A 569.19 PASS AF=0.487603;AO=58;DP=120;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.000757002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.716;QD=18.816;RBI=0.00394762;REFB=-0.00753411;REVB=0.00387436;RO=62;SAF=23;SAR=35;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833554;STB=0.549522;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00639122;OID=.;OPOS=75705656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:62:62:58:59:0.487603:35:23:30:32:36:23:30:32 chr14 75705863 . C T 280.88 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0182033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.621;QD=14.404;RBI=0.0184583;REFB=-0.00912538;REVB=-0.00305769;RO=46;SAF=9;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244997;STB=0.639908;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0213578;OID=.;OPOS=75705863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:23:9:23:23:23:9:23:23 chr14 75746690 . C T 407.35 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.00945712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7222;QD=14.4195;RBI=0.011477;REFB=-0.0132193;REVB=0.00650266;RO=65;SAF=24;SAR=23;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446407;STB=0.529222;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.013993;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:66:47:47:0.415929:23:24:36:29:23:24:37:29 chr14 75758885 . A G 1587.77 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8575;QD=64.1523;RBI=0.00804635;REFB=0;REVB=0.00707707;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82217e-05;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chr14 75759060 . C T 334.32 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0163201;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.947;QD=19.1039;RBI=0.0163895;REFB=-0.0293999;REVB=-0.00150688;RO=34;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920196;STB=0.557345;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0183901;OID=.;OPOS=75759060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:35:35:35:0.5:18:17:13:21:18:17:13:22 chr14 75904660 . A G 6334.74 PASS AF=1;AO=395;DP=398;FAO=395;FDP=395;FR=.;FRO=0;FSAF=214;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410406;FXX=0.0100248;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.505;QD=64.1493;RBI=0.0661178;REFB=0;REVB=-0.0518385;RO=0;SAF=214;SAR=181;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5713e-06;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:398:395:0:0:395:395:1:181:214:0:0:181:214:0:0 chr14 75937022 . G A 264.01 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0212743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.299;QD=15.305;RBI=0.0226905;REFB=-0.0137562;REVB=0.00789065;RO=38;SAF=22;SAR=7;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126563;STB=0.58968;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0205861;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:29:30:0.434783:7:22:25:13:7:23:25:14 chr14 76045362 . T C 516.49 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.017501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.618;QD=19.1294;RBI=0.0195932;REFB=-0.0199001;REVB=-0.00880969;RO=54;SAF=27;SAR=27;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837903;STB=0.546279;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0189248;OID=.;OPOS=76045362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:27:27:22:32:27:27:22:32 chr14 76045858 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0119372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.532;QD=21.7443;RBI=0.025825;REFB=-0.0301034;REVB=0.0229005;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980137;STB=0.555479;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0208896;OID=.;OPOS=76045858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:5:6:10:5:5:6 chr14 76045963 . C G 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0558237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1407;QD=15.6454;RBI=0.0607341;REFB=-0.0210078;REVB=-0.0239237;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411415;STB=0.523445;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0257159;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:12:17:12:10:12:17 chr14 76156609 . C T 359.49 PASS AF=0.463415;AO=36;DP=80;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.000218975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.176;QD=17.5362;RBI=0.00930764;REFB=0.00272035;REVB=-0.00930506;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121298;STB=0.569715;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00309469;OID=.;OPOS=76156609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:43:44:36:38:0.463415:22:14:22:21:23:15:23:21 chr14 76175550 . A G 564.63 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.000865324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.287;QD=24.2851;RBI=0.0132756;REFB=-0.000855292;REVB=-0.0132474;RO=41;SAF=23;SAR=29;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226168;STB=0.512395;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.000831769;OID=.;OPOS=76175550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:29:23:17:24:29:23:17:24 chr14 76175565 . C A 374.4 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0503013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.748;QD=15.5998;RBI=0.0505792;REFB=0.00602578;REVB=0.00529521;RO=56;SAF=16;SAR=24;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865601;STB=0.548911;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00828572;OID=.;OPOS=76175565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:24:16:27:29:24:16:27:29 chr14 76175594 . G A 234.98 PASS AF=0.349398;AO=28;DP=82;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00833299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.522;QD=11.3243;RBI=0.0112728;REFB=-0.00482696;REVB=-0.00759191;RO=54;SAF=9;SAR=19;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230615;STB=0.615959;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0098024;OID=.;OPOS=76175594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:54:54:28:29:0.349398:19:9:28:26:19:10:28:26 chr14 76224153 . T A 1870.51 PASS AF=0.992;AO=120;DP=122;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0320642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.692;QD=59.8565;RBI=0.0878297;REFB=0.0201784;REVB=0.0817676;RO=1;SAF=56;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736466;STB=0.503649;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000111298;OID=.;OPOS=76224153;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:125:1:1:120:124:0.992:64:56:0:1:68:56:0:1 chr14 76368544 . T C 1812.94 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0254264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.699;QD=59.4408;RBI=0.0314172;REFB=-0.152688;REVB=0.0184537;RO=1;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772376;STB=0.508063;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000421366;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:122:122:1:2:120:120:0.983607:61:59:0:1:61:59:0:2 chr14 76619167 . A C 399.28 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00436672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.979;QD=19.2422;RBI=0.0043987;REFB=0.000384461;REVB=0.000529493;RO=42;SAF=23;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341738;STB=0.518993;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.000379129;OID=.;OPOS=76619167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:18:23:22:20:18:23:22:20 chr14 76621213 . C T 418.44 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=131;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0168398;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.356;QD=12.8751;RBI=0.0301927;REFB=-0.00880254;REVB=-0.0250603;RO=81;SAF=27;SAR=22;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116476;STB=0.56617;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0148617;OID=.;OPOS=76621213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:81:81:49:49:0.376923:22:27:36:45:22:27:36:45 chr14 76638358 . A G 806.14 PASS AF=0.435897;AO=85;DP=195;FAO=85;FDP=195;FR=.;FRO=110;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=66;FWDB=-0.013112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.964;QD=16.5361;RBI=0.035523;REFB=-0.0151498;REVB=-0.0330145;RO=110;SAF=43;SAR=42;SRF=44;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107246;STB=0.559639;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0178371;OID=.;OPOS=76638358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:110:110:85:85:0.435897:42:43:44:66:42:43:44:66 chr14 76662370 . T C 594.13 PASS AF=0.357143;AO=70;DP=196;FAO=70;FDP=196;FR=.;FRO=126;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=72;FWDB=-0.0132126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0552;QD=12.1252;RBI=0.0219982;REFB=-0.00854124;REVB=0.0175882;RO=126;SAF=28;SAR=42;SRF=54;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033316;STB=0.518982;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0226234;OID=.;OPOS=76662370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:126:126:70:70:0.357143:42:28:54:72:42:28:54:72 chr14 76662376 . G GT 93.22 PASS AF=0.245902;AO=52;DP=189;FAO=45;FDP=183;FR=.;FRO=138;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=59;FSRR=79;FWDB=0.0209052;FXX=0.00543449;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.4157;QD=2.0376;RBI=0.0794902;REFB=-0.0478694;REVB=-0.076692;RO=128;SAF=17;SAR=35;SRF=55;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13324;STB=0.539126;STBP=0.584;TYPE=ins;VARB=0.097185;OID=.;OPOS=76662377;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245902:52:189:45:183:138:17:28:59:79:93:128:17:35:55:73 chr14 76662446 . C T 744.93 PASS AF=0.717647;AO=60;DP=85;FAO=61;FDP=85;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0652427;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3922;QD=35.0556;RBI=0.0661849;REFB=-0.0113059;REVB=-0.011128;RO=25;SAF=21;SAR=39;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529937;STB=0.529402;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00275682;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:25:24:60:61:0.717647:39:21:11:14:39:22:11:13 chr14 76957887 . T C 3199.65 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4482;QD=63.993;RBI=0.0122411;REFB=0;REVB=-0.0119311;RO=0;SAF=106;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35751e-05;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:199:200:1:93:106:0:0:93:107:0:0 chr14 77236380 . C T 1096.3 PASS AF=0.522613;AO=104;DP=199;FAO=104;FDP=199;FR=.;FRO=95;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.00407926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.17;QD=22.0362;RBI=0.00679648;REFB=0.00171404;REVB=-0.00543616;RO=95;SAF=64;SAR=40;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153277;STB=0.583971;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00130474;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:95:95:104:104:0.522613:40:64:42:53:40:64:42:53 chr14 77245286 . C T 2454.15 PASS AF=0.493902;AO=242;DP=492;FAO=243;FDP=492;FR=.;FRO=249;FSAF=126;FSAR=117;FSRF=134;FSRR=115;FWDB=0.0352193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9343;QD=19.9525;RBI=0.0473685;REFB=-0.0205529;REVB=0.0316761;RO=245;SAF=126;SAR=116;SRF=133;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204538;STB=0.509957;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0216509;OID=.;OPOS=77245286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:492:492:245:249:242:243:0.493902:116:126:133:112:117:126:134:115 chr14 77269788 . A C 245.22 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00835807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.602;QD=15.5693;RBI=0.0157147;REFB=-0.00850312;REVB=0.0133076;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012469;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102638;OID=.;OPOS=77269788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:28:28:0.444444:12:16:19:15:12:16:20:15 chr14 77293072 . C A 166.25 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00921295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.851;QD=22.1664;RBI=0.0222987;REFB=-0.0343457;REVB=0.0203065;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157698;STB=0.599893;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0263564;OID=.;OPOS=77293072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:13:16:17:0.566667:11:5:2:11:11:6:2:11 chr14 77294876 . T C 728.64 PASS AF=0.490323;AO=75;DP=154;FAO=76;FDP=155;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=0.0036833;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.11;QD=18.8035;RBI=0.0571813;REFB=-0.0204734;REVB=0.0570625;RO=79;SAF=32;SAR=43;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694743;STB=0.535202;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0183456;OID=.;OPOS=77294876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:79:79:75:76:0.490323:43:32:28:51:44:32:28:51 chr14 77323782 . G A 275.81 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0313227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8604;QD=15.7604;RBI=0.0392816;REFB=-0.00196228;REVB=-0.0237051;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149306;STB=0.590436;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00414426;OID=.;OPOS=77323782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:14:17:15:23:14:17:15:24 chr14 77332367 . C T 713.92 PASS AF=0.445087;AO=77;DP=173;FAO=77;FDP=173;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=63;FWDB=-0.00830092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.252;QD=16.5069;RBI=0.0193172;REFB=-0.00868494;REVB=0.0174427;RO=92;SAF=28;SAR=49;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00524293;STB=0.511997;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0103457;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:92:96:77:77:0.445087:49:28:33:59:49:28:33:63 chr14 77336521 . G A 323.34 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00682752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.115;QD=19.3038;RBI=0.0158957;REFB=-0.00698337;REVB=0.0143548;RO=32;SAF=22;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106474;STB=0.568225;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00518886;OID=.;OPOS=77336521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:33:34:34:0.507463:12:22:17:15:12:22:17:16 chr14 77492891 . G A 681.12 PASS AF=0.462025;AO=72;DP=158;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0103893;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.195;QD=17.2436;RBI=0.0112179;REFB=-0.00818851;REVB=0.00423139;RO=83;SAF=28;SAR=44;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1384;STB=0.579854;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00942626;OID=.;OPOS=77492891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:83:85:72:73:0.462025:44:28:44:39:45:28:45:40 chr14 77494682 . G A 1415.71 PASS AF=0.510949;AO=136;DP=272;FAO=140;FDP=274;FR=.;FRO=134;FSAF=78;FSAR=62;FSRF=73;FSRR=61;FWDB=0.0782414;FXX=0.00724611;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2002;QD=20.6674;RBI=0.1252;REFB=-0.0216842;REVB=0.0977417;RO=136;SAF=75;SAR=61;SRF=75;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506119;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0203414;OID=.;OPOS=77494682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:274:136:134:136:140:0.510949:61:75:75:61:62:78:73:61 chr14 77697967 . A G 1918.08 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174315;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.707;QD=61.8735;RBI=0.0405646;REFB=0;REVB=-0.0366283;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74536e-05;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:57:67:0:0:57:67:0:0 chr14 77703057 . A G 707.55 PASS AF=0.981818;AO=50;DP=51;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.916;QD=51.4582;RBI=0.0216671;REFB=-0.178712;REVB=-0.0123627;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159576;STB=0.507689;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0019621;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:55:1:1:50:54:0.981818:21:29:1:0:22:32:1:0 chr14 77723259 . G C 1910.04 PASS AF=0.955556;AO=128;DP=135;FAO=129;FDP=135;FR=.;FRO=6;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0376252;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.711;QD=56.5936;RBI=0.0383878;REFB=-0.0888945;REVB=0.00761364;RO=3;SAF=68;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205005;STB=0.52083;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00119851;OID=.;OPOS=77723259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:135:135:3:6:128:129:0.955556:60:68:3:0:60:69:6:0 chr14 77745193 . A C 2389.51 PASS AF=0.993671;AO=156;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.014858;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.731;QD=60.494;RBI=0.0159923;REFB=0.0536837;REVB=0.0059155;RO=1;SAF=53;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459691;STB=0.502415;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-6.55305e-05;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:156:157:0.993671:103:53:0:1:103:54:0:1 chr14 77746812 . T C 319.51 PASS AF=0.378641;AO=38;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0393358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.419;QD=12.4082;RBI=0.0393505;REFB=-0.0103624;REVB=-0.00107316;RO=64;SAF=19;SAR=19;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514695;STB=0.537027;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0204438;OID=.;OPOS=77746812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:38:39:0.378641:19:19:29:35:19:20:29:35 chr14 77751332 . T C 894.04 PASS AF=0.550633;AO=87;DP=159;FAO=87;FDP=158;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.00647566;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0281;QD=22.6338;RBI=0.0327326;REFB=0.00644719;REVB=0.0320857;RO=68;SAF=46;SAR=41;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586051;STB=0.535031;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00285358;OID=.;OPOS=77751332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:68:71:87:87:0.550633:41:46:31:37:41:46:32:39 chr14 77751925 . C T 2974.37 PASS AF=0.994737;AO=187;DP=190;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0116488;FXX=0.0104161;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1358;QD=62.6183;RBI=0.0126569;REFB=-0.000133738;REVB=-0.00495;RO=3;SAF=94;SAR=93;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149511;STB=0.502618;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-6.23904e-05;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:190:190:3:1:187:189:0.994737:93:94:3:0:94:95:1:0 chr14 77786863 . C A 1027.99 PASS AF=0.567251;AO=97;DP=171;FAO=97;FDP=171;FR=.;FRO=74;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0265585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.271;QD=24.0466;RBI=0.0283991;REFB=-0.00911019;REVB=-0.0100574;RO=74;SAF=49;SAR=48;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578044;STB=0.531447;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0071372;OID=.;OPOS=77786863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:74:74:97:97:0.567251:48:49:32:42:48:49:32:42 chr14 77794283 . T C 3294.43 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026942;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9671;QD=62.159;RBI=0.0368834;REFB=0;REVB=-0.0251895;RO=0;SAF=109;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70462e-06;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:212:0:0:211:212:1:102:109:0:0:102:110:0:0 chr14 77926011 . C T 1324.85 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.12865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3735;QD=60.9124;RBI=0.129528;REFB=-0.0187783;REVB=0.0150533;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997443;STB=0.505262;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000459994;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:47:39:0:1:47:39:0:1 chr14 77928525 . A G 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0301331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.803;QD=58.4202;RBI=0.0306801;REFB=-0.0794879;REVB=-0.00576761;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000635295;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:39:33:0:0:39:33:0:1 chr14 77935520 . G A 2277.13 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0479607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.726;QD=62.8174;RBI=0.0482046;REFB=-0.0651552;REVB=0.00484354;RO=1;SAF=63;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748849;STB=0.503936;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000233246;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:144:144:0.993103:81:63:1:0:81:63:1:0 chr14 77951124 . C T 2721.19 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528666;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.967;QD=62.5561;RBI=0.066839;REFB=0;REVB=0.0408971;RO=0;SAF=78;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89132e-05;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:174:0:0:174:174:1:96:78:0:0:96:78:0:0 chr14 77976325 . T C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.251;QD=57.2352;RBI=0.0770142;REFB=0;REVB=0.0768228;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168391;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr14 77987958 . C A 695.61 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.625;QD=60.4878;RBI=0.0365521;REFB=0.0893723;REVB=-0.024919;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268394;STB=0.514279;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000605168;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:28:17:1:0:28:17:1:0 chr14 78014103 . G A 309.49 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0288506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.678;QD=16.0772;RBI=0.0369044;REFB=-0.0263922;REVB=-0.0230126;RO=40;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171894;STB=0.574425;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0308692;OID=.;OPOS=78014103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:43:34:34:0.441558:16:18:14:26:16:18:17:26 chr14 78028803 . A G 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.706;QD=59.1409;RBI=0.0254789;REFB=0;REVB=-0.0249602;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26425e-05;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr14 78174473 . A C 3156.77 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193728;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9382;QD=64.0968;RBI=0.0281529;REFB=0;REVB=-0.0204275;RO=0;SAF=77;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40921e-05;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:120:77:0:0:120:77:0:0 chr14 78184566 . C A 690.32 PASS AF=0.578947;AO=66;DP=114;FAO=66;FDP=114;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00158271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.718;QD=24.2217;RBI=0.0307828;REFB=-0.0256104;REVB=-0.030742;RO=47;SAF=23;SAR=43;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097089;STB=0.558423;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0156016;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:47:48:66:66:0.578947:43:23:22:25:43:23:23:25 chr14 78197365 . C T 289.15 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0116974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.223;QD=16.7621;RBI=0.0121079;REFB=-0.0356983;REVB=-0.00312632;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00253091;STB=0.507242;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.038161;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:37:31:32:0.463768:15:16:19:18:16:16:19:18 chr14 78287414 . T C 506.9 PASS AF=0.414815;AO=56;DP=135;FAO=56;FDP=135;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=55;FWDB=0.0510074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.275;QD=15.0194;RBI=0.0511521;REFB=-0.0173141;REVB=0.00384421;RO=78;SAF=22;SAR=34;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949642;STB=0.555915;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.041257;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:78:79:56:56:0.414815:34:22:24:54:34:22:24:55 chr14 79181226 . C T 1061.27 PASS AF=0.396104;AO=122;DP=308;FAO=122;FDP=308;FR=.;FRO=186;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=78;FSRR=108;FWDB=-0.000405661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.168;QD=13.7828;RBI=0.0028551;REFB=-0.00387947;REVB=0.00282614;RO=186;SAF=52;SAR=70;SRF=78;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00757902;STB=0.504249;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00522384;OID=.;OPOS=79181226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:186:186:122:122:0.396104:70:52:78:108:70:52:78:108 chr14 80963383 . A AGC 373.97 PASS AF=0.443182;AO=35;DP=114;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00444699;FXX=0.0927739;HRUN=0;LEN=2;MLLD=296.587;QD=16.9986;RBI=0.00785935;REFB=0.000257939;REVB=-0.00648025;RO=72;SAF=22;SAR=13;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715966;STB=0.501844;STBP=0.98;TYPE=ins;VARB=-0.000422041;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443182:35:114:39:88:49:24:15:30:19:99:72:22:13:41:31 chr14 81329198 . C T 396.51 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.000757321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2452;QD=14.1612;RBI=0.0142876;REFB=-0.0263418;REVB=0.0142675;RO=66;SAF=24;SAR=22;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407741;STB=0.522983;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0373947;OID=.;OPOS=81329198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:22:24:37:29:22:24:37:29 chr14 81610583 . G C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0794;QD=62.0191;RBI=0.0628305;REFB=0;REVB=0.0612363;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533138;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr14 86088056 . T C 1934.0 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.569;QD=61.888;RBI=0.0160247;REFB=0;REVB=-0.0151396;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42463e-05;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:67:57:0:0:68:57:0:0 chr14 86091415 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7252;QD=62.0081;RBI=0.0296122;REFB=0;REVB=0.000249778;RO=0;SAF=22;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133205;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:62:22:0:0:62:22:0:0 chr14 86092246 . A G 833.49 PASS AF=0.485714;AO=85;DP=177;FAO=85;FDP=175;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=0.00839761;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8888;QD=19.0511;RBI=0.0321887;REFB=-0.00933355;REVB=0.031074;RO=89;SAF=43;SAR=42;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938013;STB=0.548454;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0061158;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:89:90:85:85:0.485714:42:43:54:35:42:43:54:36 chr14 86093344 . C T 545.31 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.000137144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5996;QD=15.5803;RBI=0.0160938;REFB=-0.00550589;REVB=-0.0160932;RO=81;SAF=33;SAR=26;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898874;STB=0.505039;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00825991;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:81:81:59:59:0.421429:26:33:46:35:26:33:46:35 chr14 86093378 . C T 669.52 PASS AF=0.445122;AO=73;DP=164;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0239039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.523;QD=16.3296;RBI=0.0239567;REFB=-0.00605305;REVB=0.00158998;RO=91;SAF=36;SAR=37;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232551;STB=0.512941;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00809543;OID=.;OPOS=86093378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:91:91:73:73:0.445122:37:36:47:44:37:36:47:44 chr14 86094035 . G A 530.54 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0027323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1047;QD=20.6037;RBI=0.0109495;REFB=-0.0127378;REVB=-0.0106031;RO=49;SAF=29;SAR=25;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408804;STB=0.522514;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0110061;OID=.;OPOS=86094035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:25:29:24:25:25:29:24:25 chr14 88400449 . T C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.060603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.229;QD=55.0447;RBI=0.0758424;REFB=-0.059341;REVB=0.0455998;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209431;STB=0.511107;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00468572;OID=.;OPOS=88400449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:33:22:1:0:33:22:1:0 chr14 88400485 . C CG 306.37 PASS AF=1;AO=6;DP=58;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945992;FXX=0.452745;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.41;QD=42.2574;RBI=0.0633755;REFB=-0.0108078;REVB=0.0626655;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00408175;OID=.;OPOS=88400486;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:58:29:29:0:8:21:0:0:4:48:3:3:22:26 chr14 88400486 . A G,T 664.72 PASS AF=0.90566,0.0566038;AO=43,6;DP=51;FAO=48,3;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=23,0;FSAR=25,3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00840698,-0.0257376;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.421,66.9865;QD=50.1678;RBI=0.0498278,0.0270334;REFB=-0.151784,-0.180249;REVB=0.0491135,-0.00826934;RO=2;SAF=19,3;SAR=24,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0468927,-0.215133;STB=0.520825,0.995982;STBP=0.265,0.069;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00824343,0.0930601;OID=.,.;OPOS=88400486,88400486;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:51:53:2:2:43,6:48,3:0.90566,0.0566038:24,3:19,3:2:0:25,3:23,0:2:0 chr14 88401213 . T C 1239.33 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8166;QD=60.4552;RBI=0.175308;REFB=0;REVB=0.173526;RO=1;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191589;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:1:0:79:82:1:46:33:0:1:48:34:0:0 chr14 88407875 . T A 2080.74 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.018;QD=62.5786;RBI=0.0333057;REFB=0;REVB=0.0195963;RO=0;SAF=52;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68352e-05;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:133:0:0:125:133:1:73:52:0:0:78:55:0:0 chr14 88411947 . T C 4184.98 PASS AF=1;AO=267;DP=267;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.127;QD=62.6963;RBI=0.047103;REFB=0;REVB=0.0248748;RO=0;SAF=130;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76679e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18958e-05;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:267:267:0:0:267:267:1:137:130:0:0:137:130:0:0 chr14 88431898 . C T 1346.17 PASS AF=0.956989;AO=91;DP=94;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=76;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0154896;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5575;QD=57.8999;RBI=0.0231871;REFB=-0.00266585;REVB=-0.0172543;RO=3;SAF=15;SAR=76;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858446;STB=0.56665;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00144997;OID=.;OPOS=88431898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:93:3:4:91:89:0.956989:76:15:3:0:76:13:4:0 chr14 88431969 . T C 194.86 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=34;FWDB=0.0312253;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.863;QD=12.3723;RBI=0.0312642;REFB=-0.0176988;REVB=-0.00155979;RO=39;SAF=4;SAR=20;SRF=5;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795447;STB=0.545419;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0225874;OID=.;OPOS=88431969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:39:24:24:0.380952:20:4:5:34:20:4:5:34 chr14 88477413 . C T 1764.64 PASS AF=0.983471;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0384694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5648;QD=58.3353;RBI=0.0424864;REFB=0.000783024;REVB=-0.0180332;RO=3;SAF=47;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00319235;STB=0.506943;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00121643;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:121:121:3:2:118:119:0.983471:71:47:1:2:71:48:0:2 chr14 88651826 . A AAC,AC,C 705.82 PASS AF=0.302632,0.00657895,0.190789;AO=35,31,11;DP=215;FAO=46,1,29;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=42,1,0;FSAR=4,0,29;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0291664,0.0136071,0.00307979;FXX=0.0318451;HRUN=5,1,5;LEN=2,1,1;MLLD=125.923,130.981,107.651;QD=18.5741;RBI=0.03095,0.0136164,0.0361498;REFB=-0.105915,-0.0974678,-0.114093;REVB=-0.0103549,-0.000502006,0.0360183;RO=131;SAF=31,11,5;SAR=4,20,6;SRF=56;SRR=75;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.60209,-0.0974286,0.0305411;STB=0.836473,0.989563,0.999573;STBP=0,0.489,0;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.132524,0.0369974,0.0256223;OID=.,.,.;OPOS=88651827,88651827,88651826;OREF=-,-,A;OALT=AC,C,C;OMAPALT=AAC,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:152:131:76:35,31,11:46,1,29:0.302632,0.00657895,0.190789:4,20,6:31,11,5:56:75:4,0,29:42,1,0:40:36 chr14 88652389 . C T 2539.95 PASS AF=0.504;AO=252;DP=501;FAO=252;FDP=500;FR=.;FRO=248;FSAF=110;FSAR=142;FSRF=134;FSRR=114;FWDB=0.0199349;FXX=0.00199597;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.262;QD=20.3196;RBI=0.0321075;REFB=-0.0169605;REVB=-0.0251692;RO=248;SAF=110;SAR=142;SRF=134;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944502;STB=0.551645;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0152257;OID=.;OPOS=88652389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:501:500:248:248:252:252:0.504:142:110:134:114:142:110:134:114 chr14 88693725 . G C 494.26 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0337043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4531;QD=17.6519;RBI=0.0542053;REFB=-0.00912974;REVB=-0.0424527;RO=59;SAF=31;SAR=22;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573926;STB=0.531903;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00861792;OID=.;OPOS=88693725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:59:53:53:0.473214:22:31:31:28:22:31:31:28 chr14 88792816 . T G 2658.21 PASS AF=0.994186;AO=171;DP=176;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0070131;FXX=0.022726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.444;QD=61.8189;RBI=0.0253246;REFB=0.0402546;REVB=0.0243342;RO=1;SAF=83;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537811;STB=0.502825;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00017011;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:172:1:1:171:171:0.994186:88:83:0:1:88:83:0:1 chr14 88852279 . TG T,TT 3501.07 PASS AF=0.996764,0.00323625;AO=260,21;DP=307;FAO=308,1;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=151,1;FSAR=157,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413986,0.0593662;FXX=0.0127791;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.0661,7.64232;QD=45.3213;RBI=0.0733401,0.0595162;REFB=0,0;REVB=-0.0605387,0.00422383;RO=1;SAF=136,6;SAR=124,15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00382921,0.0297929;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00066763,-0.000142011;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.996764,0.00323625:260,21:307:308,1:309:0:151,1:157,0:0:0:8:1:136,6:124,15:0:1 chr14 89094243 . G C 381.79 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.00289241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2688;QD=17.1593;RBI=0.00612068;REFB=0.00385958;REVB=0.00539414;RO=47;SAF=29;SAR=11;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272712;STB=0.507344;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00458907;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:49:40:40:0.449438:11:29:33:14:11:29:35:14 chr14 89154624 . T C 253.16 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0115104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.036;QD=19.1062;RBI=0.015543;REFB=0.000546924;REVB=-0.010445;RO=26;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183604;STB=0.60276;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000450124;OID=.;OPOS=89154624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:10:17:11:15:10:17:11:15 chr14 89623525 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0372498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.751;QD=15.7817;RBI=0.0414231;REFB=-0.008081;REVB=-0.0181197;RO=29;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00324444;STB=0.501843;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0103545;OID=.;OPOS=89623525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:8:15:19:10:8:15:19:10 chr14 89627942 . C T 689.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000194028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.714;QD=62.6557;RBI=0.0255974;REFB=0;REVB=0.0255966;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002046;OID=.;OPOS=89627942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr14 89750819 . A G 1956.69 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394004;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.954;QD=62.117;RBI=0.0397465;REFB=0;REVB=0.00523413;RO=0;SAF=74;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120962;OID=.;OPOS=89750819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:52:74:0:0:52:74:0:0 chr14 89867978 . T C 3056.18 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8274;QD=63.6705;RBI=0.0287361;REFB=0;REVB=0.0235075;RO=0;SAF=87;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.196e-05;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:192:192:1:105:87:0:0:105:87:0:0 chr14 89884022 . A C 407.7 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0230128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.994;QD=15.3849;RBI=0.0406069;REFB=-0.00906215;REVB=-0.0334564;RO=60;SAF=16;SAR=30;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175942;STB=0.598936;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0168653;OID=.;OPOS=89884022;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:30:16:31:29:30:16:31:29 chr14 90178913 . T C 838.83 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358376;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.734;QD=57.85;RBI=0.0358387;REFB=0;REVB=-0.000279994;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178935;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr14 90178992 . G A 310.15 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.009597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.532;QD=28.8515;RBI=0.00981818;REFB=-0.0133361;REVB=0.00207226;RO=16;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546842;STB=0.530098;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00898063;OID=.;OPOS=90178992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:14:13:9:7:14:13:9:7 chr14 90302996 . T G 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.0491759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.344;QD=12.0466;RBI=0.0514817;REFB=-0.0012896;REVB=0.0152348;RO=53;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164183;STB=0.593692;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0033674;OID=.;OPOS=90302996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:18:12:14:39:18:12:14:39 chr14 90303383 . A G 550.96 PASS AF=0.435714;AO=50;DP=130;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.00358964;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.766;QD=15.7416;RBI=0.0268093;REFB=-0.0150702;REVB=0.0265679;RO=75;SAF=22;SAR=28;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113186;STB=0.564393;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0211569;OID=.;OPOS=90303383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:140:75:79:50:61:0.435714:28:22:41:34:34:27:44:35 chr14 90303435 . T A 616.18 PASS AF=0.425926;AO=69;DP=162;FAO=69;FDP=162;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.0150698;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=354.387;QD=15.2144;RBI=0.0150789;REFB=-0.00271152;REVB=-0.000522903;RO=93;SAF=31;SAR=38;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467692;STB=0.526157;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00329184;OID=.;OPOS=90303435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:93:93:69:69:0.425926:38:31:46:47:38:31:46:47 chr14 90303445 . T C 656.22 PASS AF=0.455128;AO=71;DP=158;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.00956542;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.07;QD=16.8262;RBI=0.0134289;REFB=-0.00590382;REVB=-0.00942534;RO=85;SAF=31;SAR=40;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568175;STB=0.525157;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0185536;OID=.;OPOS=90303445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:85:85:71:71:0.455128:40:31:42:43:40:31:41:44 chr14 90341494 . G A 2520.54 PASS AF=0.988024;AO=165;DP=168;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0444035;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6962;QD=60.3721;RBI=0.0466336;REFB=-0.0544093;REVB=-0.0142487;RO=2;SAF=78;SAR=87;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000623392;STB=0.500328;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000299569;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:168:167:2:2:165:165:0.988024:87:78:1:1:87:78:1:1 chr14 90730071 . C T 638.33 PASS AF=0.427711;AO=71;DP=166;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.0357914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5344;QD=15.3814;RBI=0.0406419;REFB=-0.000374216;REVB=0.0192546;RO=95;SAF=33;SAR=38;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125245;STB=0.506997;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000447805;OID=.;OPOS=90730071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:95:95:71:71:0.427711:38:33:43:52:38:33:43:52 chr14 90767607 . C T 3079.84 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.412;QD=61.2904;RBI=0.0439433;REFB=0;REVB=0.0209921;RO=0;SAF=86;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8491e-05;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:201:0:0:193:201:1:107:86:0:0:110:91:0:0 chr14 90865462 . C G 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.491;QD=59.9956;RBI=0.0340677;REFB=0;REVB=0.0186103;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51199e-05;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:65:41:0:0:65:41:0:0 chr14 90871478 . T C 871.18 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00456386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.357;QD=56.2049;RBI=0.00458999;REFB=-0.0513543;REVB=-0.000489058;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129329;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=4.11787e-06;OID=.;OPOS=90871478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:25:36:1:0:25:36:1:0 chr14 91084338 . C T 2162.4 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0354397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1576;QD=62.2273;RBI=0.0354577;REFB=-0.0831863;REVB=0.00112908;RO=1;SAF=63;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748681;STB=0.503936;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00409746;OID=.;OPOS=91084338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:75:63:1:0:75:63:1:0 chr14 91123575 . T C 1094.77 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123856;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4012;QD=59.9872;RBI=0.0221809;REFB=0;REVB=-0.0184008;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386797;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:74:73:1:50:24:0:0:49:24:0:0 chr14 91161862 . C T 16260.9 PASS AF=1;AO=1012;DP=1017;FAO=1020;FDP=1020;FR=.;FRO=0;FSAF=565;FSAR=455;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010475;FXX=0.00293252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.15;QD=63.7681;RBI=0.0340186;REFB=0;REVB=0.0323657;RO=0;SAF=563;SAR=449;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41763e-06;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:89:1017:1020:0:0:1012:1020:1:449:563:0:0:455:565:0:0 chr14 91165572 . G A 2509.83 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.665;QD=61.5909;RBI=0.00862274;REFB=0;REVB=0.00631103;RO=0;SAF=80;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72899e-05;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:82:80:0:0:82:81:0:0 chr14 91671124 . G A 624.74 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=156;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.0579698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.672;QD=16.019;RBI=0.106193;REFB=-0.00537253;REVB=0.0889743;RO=83;SAF=33;SAR=36;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050908;STB=0.521733;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0086162;OID=.;OPOS=91671124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:83:87:69:69:0.442308:36:33:44:39:36:33:45:42 chr14 91700846 . G A 504.13 PASS AF=0.405797;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=59;FWDB=-0.0209332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.806;QD=14.6125;RBI=0.0993588;REFB=-0.0453163;REVB=0.0971286;RO=81;SAF=26;SAR=30;SRF=23;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1947;STB=0.611485;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.049694;OID=.;OPOS=91700846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:81:82:56:56:0.405797:30:26:23:58:30:26:23:59 chr14 91717214 . C T 763.23 PASS AF=0.447514;AO=81;DP=181;FAO=81;FDP=181;FR=.;FRO=100;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=71;FWDB=0.00746405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.101;QD=16.8669;RBI=0.0117378;REFB=-0.00692032;REVB=0.00905897;RO=99;SAF=32;SAR=49;SRF=28;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12;STB=0.562293;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00744225;OID=.;OPOS=91717214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:99:100:81:81:0.447514:49:32:28:71:49:32:29:71 chr14 91739081 . A G 1342.44 PASS AF=0.405333;AO=141;DP=371;FAO=152;FDP=375;FR=.;FRO=223;FSAF=120;FSAR=32;FSRF=157;FSRR=66;FWDB=-0.00189068;FXX=0.0208872;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.964;QD=14.3193;RBI=0.0136253;REFB=-0.0138971;REVB=0.0134935;RO=230;SAF=117;SAR=24;SRF=158;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227627;STB=0.5702;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0198531;OID=.;OPOS=91739081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:375:230:223:141:152:0.405333:24:117:158:72:32:120:157:66 chr14 91751788 . TC T 334.52 PASS AF=0.648936;AO=43;DP=95;FAO=61;FDP=94;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.14658;FXX=0.0105252;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.8694;QD=14.2347;RBI=0.192627;REFB=0.0275668;REVB=-0.124977;RO=33;SAF=20;SAR=23;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839896;STB=0.512311;STBP=0.762;TYPE=del;VARB=0.00415301;OID=.;OPOS=91751789;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.648936:43:95:61:94:33:28:33:14:19:99:33:20:23:15:18 chr14 91773494 . G A 890.24 PASS AF=0.546667;AO=82;DP=150;FAO=82;FDP=150;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0616434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.351;QD=23.7396;RBI=0.0616516;REFB=-0.0211976;REVB=0.00100643;RO=68;SAF=34;SAR=48;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841002;STB=0.545983;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0169253;OID=.;OPOS=91773494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:68:68:82:82:0.546667:48:34:35:33:48:34:35:33 chr14 91792320 . G A 776.85 PASS AF=0.380342;AO=89;DP=234;FAO=89;FDP=234;FR=.;FRO=145;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=61;FSRR=84;FWDB=0.00155947;FXX=0.024999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.259;QD=13.2795;RBI=0.0196053;REFB=-0.0183865;REVB=0.0195432;RO=139;SAF=42;SAR=47;SRF=59;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517666;STB=0.531947;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0238785;OID=.;OPOS=91792320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:139:145:89:89:0.380342:47:42:59:80:47:42:61:84 chr14 91883499 . G A 3002.72 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039669;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.539;QD=63.5495;RBI=0.0642339;REFB=0;REVB=-0.0505209;RO=0;SAF=85;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86621e-05;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:189:0:0:189:189:1:104:85:0:0:104:85:0:0 chr14 91883967 . G T 1258.88 PASS AF=0.429907;AO=138;DP=321;FAO=138;FDP=321;FR=.;FRO=183;FSAF=77;FSAR=61;FSRF=87;FSRR=96;FWDB=-0.00492354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.087;QD=15.687;RBI=0.0414032;REFB=-0.0199058;REVB=0.0411094;RO=181;SAF=77;SAR=61;SRF=86;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848033;STB=0.54718;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0274849;OID=.;OPOS=91883967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:181:183:138:138:0.429907:61:77:86:95:61:77:87:96 chr14 91925027 . G T 372.66 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=0.0105526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.005;QD=18.1786;RBI=0.0274711;REFB=-0.00569251;REVB=0.0253634;RO=43;SAF=29;SAR=9;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564697;STB=0.516658;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0062689;OID=.;OPOS=91925027;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:43:38:39:0.47561:9:29:33:10:10:29:33:10 chr14 91942087 . AG A,AA 391.06 PASS AF=0.611111,0.0925926;AO=30,8;DP=54;FAO=33,5;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=9,4;FSAR=24,1;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0148168,-0.0261466;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.648,41.2386;QD=28.9674;RBI=0.040152,0.0517559;REFB=-0.00324268,-0.00192101;REVB=-0.0373181,-0.0446657;RO=15;SAF=9,4;SAR=21,4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.275382,-0.252475;STB=0.647679,0.614878;STBP=0.004,0.66;TYPE=del,snp;VARB=0.00530028,-0.00963335;OID=.,.;OPOS=91942088,91942088;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.611111,0.0925926:30,8:54:33,5:54:16:9,4:24,1:11:5:99:15:9,4:21,4:11:4 chr14 92040736 . C T 977.11 PASS AF=0.416031;AO=109;DP=266;FAO=109;FDP=262;FR=.;FRO=153;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=79;FSRR=74;FWDB=-0.0016231;FXX=0.015037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.088;QD=14.9176;RBI=0.0707128;REFB=0.00366152;REVB=-0.0706942;RO=151;SAF=57;SAR=52;SRF=77;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135516;STB=0.503858;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00696597;OID=.;OPOS=92040736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:262:151:153:109:109:0.416031:52:57:77:74:52:57:79:74 chr14 92040793 . C G 1224.97 PASS AF=0.421875;AO=132;DP=317;FAO=135;FDP=320;FR=.;FRO=185;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=94;FSRR=91;FWDB=-0.0130674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1747;QD=15.3121;RBI=0.0208474;REFB=-0.00860295;REVB=0.0162436;RO=181;SAF=73;SAR=59;SRF=92;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467073;STB=0.51893;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0103823;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:320:181:185:132:135:0.421875:59:73:92:89:62:73:94:91 chr14 92084004 . C G 912.56 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281851;FXX=0.0605969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.128;QD=58.8746;RBI=0.0290842;REFB=0;REVB=0.00717575;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.97316e-05;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:29:33:0:0 chr14 92088016 . G A 1587.75 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.604;QD=64.1517;RBI=0.0225268;REFB=0;REVB=-0.0177544;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53726e-06;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:44:55:0:0:44:55:0:0 chr14 92181405 . G A 1387.03 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0112639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.624;QD=60.3057;RBI=0.0152194;REFB=0.0797942;REVB=0.0102349;RO=2;SAF=40;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231059;STB=0.512192;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.000560192;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:50:40:2:0:50:40:2:0 chr14 92249126 . G A 2304.8 PASS AF=1;AO=119;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244881;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.358;QD=60.2562;RBI=0.024911;REFB=0;REVB=0.00457056;RO=0;SAF=45;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15375e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172507;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:119:153:1:74:45:0:0:94:59:0:0 chr14 92268615 . T G 1607.09 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.461;QD=64.2835;RBI=0.0408712;REFB=0;REVB=0.0280942;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107305;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:43:56:0:0:43:57:0:0 chr14 92280037 . T C 724.22 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.078;QD=53.6458;RBI=0.0684661;REFB=0;REVB=0.0666265;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106115;OID=.;OPOS=92280037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:54:0:0:46:54:1:22:24:0:0:26:28:0:0 chr14 92280038 . A C 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00969627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.2627;QD=2.84612;RBI=0.0420874;REFB=0.00566578;REVB=0.0409552;RO=47;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122416;STB=0.58922;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00297161;OID=.;OPOS=92280038;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:4:3:25:22:4:3:25:22 chr14 92344300 . A G 465.57 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.636;QD=58.1961;RBI=0.0584391;REFB=0;REVB=0.0541588;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140442;OID=.;OPOS=92344300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:16:16:0:0 chr14 92347680 . A G 2027.11 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5154;QD=62.3727;RBI=0.0473628;REFB=0;REVB=-0.0350128;RO=0;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190643;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:72:58:0:0:72:58:0:0 chr14 92443583 . TTGA T 160.28 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.011718;FXX=0.0374953;HRUN=2;LEN=3;MLLD=335.867;QD=8.32621;RBI=0.0143604;REFB=-0.00162974;REVB=0.00830125;RO=39;SAF=9;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22997;STB=0.61282;STBP=0.13;TYPE=del;VARB=0.00268627;OID=.;OPOS=92443584;OREF=TGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:28:73:28:77:49:9:19:24:25:99:39:9:19:21:18 chr14 92549888 . T C 379.26 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.019182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.473;QD=16.6709;RBI=0.110101;REFB=0.00147041;REVB=0.108417;RO=51;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489143;STB=0.527459;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.000969276;OID=.;OPOS=92549888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:20:20:23:28:20:20:23:28 chr14 92588002 . T G 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.836;QD=60.8809;RBI=0.0698284;REFB=0;REVB=-0.0255677;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012204;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr14 92732101 . A C 868.84 PASS AF=0.412017;AO=96;DP=234;FAO=96;FDP=233;FR=.;FRO=137;FSAF=30;FSAR=66;FSRF=35;FSRR=102;FWDB=-0.014684;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.444;QD=14.9157;RBI=0.0147207;REFB=0.00247753;REVB=-0.00104001;RO=137;SAF=30;SAR=66;SRF=35;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721182;STB=0.540185;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0042962;OID=.;OPOS=92732101;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:137:137:96:96:0.412017:66:30:35:102:66:30:35:102 chr14 92792255 . G A 1896.14 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1797;QD=61.6632;RBI=0.0368031;REFB=0;REVB=0.00754376;RO=0;SAF=72;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119169;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:51:72:0:0:51:72:0:0 chr14 92909073 . TG CG,GC 2086.9 PASS AF=0.963768,0.0362319;AO=126,6;DP=137;FAO=133,5;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=77,0;FSAR=56,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820258,-0.00640578;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=142.238,63.6101;QD=60.4898;RBI=0.0749744,0.0284163;REFB=0,0;REVB=0.0745244,0.0276849;RO=0;SAF=76,0;SAR=50,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000152414,0.0376268;OID=.,.;OPOS=92909073,92909073;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:137:138:0:0:126,6:133,5:0.963768,0.0362319:50,6:76,0:0:0:56,5:77,0:0:0 chr14 92920371 . C T 1241.14 PASS AF=0.477612;AO=128;DP=268;FAO=128;FDP=268;FR=.;FRO=140;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=60;FSRR=80;FWDB=-0.0010896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.918;QD=18.5244;RBI=0.0208934;REFB=-0.0122992;REVB=0.0208649;RO=139;SAF=58;SAR=70;SRF=60;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205283;STB=0.51297;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0124762;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:139:140:128:128:0.477612:70:58:60:79:70:58:60:80 chr14 92950085 . G A 501.8 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.020329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.045;QD=18.5853;RBI=0.0232552;REFB=-0.0156517;REVB=-0.0112933;RO=55;SAF=33;SAR=20;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140816;STB=0.578089;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0178691;OID=.;OPOS=92950085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:20:33:26:29:20:33:26:29 chr14 92958502 . TG T 1974.83 PASS AF=1;AO=125;DP=130;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446889;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.953;QD=61.7135;RBI=0.0556181;REFB=0;REVB=0.0554382;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.44657e-05;OID=.;OPOS=92958503;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:125:130:128:128:0:58:70:0:0:11:0:57:68:0:0 chr14 92959228 . G A 543.73 PASS AF=0.410596;AO=62;DP=152;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.0169707;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8074;QD=14.4035;RBI=0.0172985;REFB=-0.00433906;REVB=-0.00335137;RO=90;SAF=28;SAR=34;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00762685;STB=0.514701;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00792253;OID=.;OPOS=92959228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:90:89:62:62:0.410596:34:28:40:50:34:28:38:51 chr14 93118038 . A G 740.97 PASS AF=0.432432;AO=78;DP=184;FAO=80;FDP=185;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.030261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.257;QD=16.021;RBI=0.0333324;REFB=-0.01492;REVB=-0.0139757;RO=105;SAF=30;SAR=48;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770249;STB=0.533325;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0145974;OID=.;OPOS=93118038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:105:105:78:80:0.432432:48:30:48:57:48:32:48:57 chr14 93118669 . G A 315.82 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.000181844;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6014;QD=14.3554;RBI=0.0108029;REFB=-0.0119763;REVB=0.0108013;RO=46;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08048;STB=0.544161;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0356576;OID=.;OPOS=93118669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:46:53:35:35:0.397727:21:14:22:24:21:14:25:28 chr14 93154537 . TGGCGGCGGCGGCGGCG TGGCGGCGGCGGCG,TGGCGGCGGCGGCGGGA 507.39 PASS AF=1,0;AO=31,2;DP=38;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593393,-0.0121763;FXX=0.105235;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=161.282,93.8416;QD=59.6924;RBI=0.0992433,0.0341919;REFB=0,0;REVB=0.0795493,-0.0319504;RO=0;SAF=12,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.47712e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000715308,0;OID=.,.;OPOS=93154538,93154552;OREF=GGC,CG;OALT=-,GA;OMAPALT=TGGCGGCGGCGGCG,TGGCGGCGGCGGCGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:31,2:38:34,0:34:0:12,0:22,0:0:0:3:0:12,0:19,2:0:0 chr14 93178191 . A G 2621.54 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.187;QD=62.0483;RBI=0.00456022;REFB=0;REVB=-0.00123285;RO=0;SAF=62;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21347e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43583e-06;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:168:169:1:106:62:0:0:106:63:0:0 chr14 93199080 . C T 485.59 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00307004;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.82;QD=16.1863;RBI=0.00649955;REFB=-0.0100599;REVB=0.00572878;RO=66;SAF=22;SAR=31;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247113;STB=0.510161;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0120783;OID=.;OPOS=93199080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:67:53:53:0.441667:31:22:29:37:31:22:29:38 chr14 93276654 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.358;QD=61.2129;RBI=0.0173115;REFB=0;REVB=-0.0164027;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01851e-05;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr14 93399169 . G A 1421.48 PASS AF=0.432961;AO=155;DP=358;FAO=155;FDP=358;FR=.;FRO=203;FSAF=56;FSAR=99;FSRF=113;FSRR=90;FWDB=0.0495566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5222;QD=15.8825;RBI=0.0564597;REFB=-0.0213968;REVB=0.0270525;RO=203;SAF=56;SAR=99;SRF=113;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202434;STB=0.612506;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0278487;OID=.;OPOS=93399169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:203:203:155:155:0.432961:99:56:113:90:99:56:113:90 chr14 93401178 . A G 746.84 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.06919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9659;QD=63.5612;RBI=0.0692846;REFB=0;REVB=0.00361996;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000860594;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr14 93407062 . A G 2017.31 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187345;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.523;QD=61.5972;RBI=0.0374436;REFB=-0.000333191;REVB=0.0324198;RO=1;SAF=60;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067414;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76953e-05;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:131:131:1:0:130:131:1:70:60:0:1:71:60:0:0 chr14 93407301 . C A 868.98 PASS AF=0.548387;AO=85;DP=155;FAO=85;FDP=155;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.00774229;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.912;QD=22.4252;RBI=0.00799327;REFB=-0.0158704;REVB=0.00198729;RO=70;SAF=38;SAR=47;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637679;STB=0.534789;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0114023;OID=.;OPOS=93407301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:70:70:85:85:0.548387:47:38:26:44:47:38:26:44 chr14 93693831 . C T 808.71 PASS AF=0.417431;AO=89;DP=216;FAO=91;FDP=218;FR=.;FRO=127;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=0.0101095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4359;QD=14.8388;RBI=0.0254398;REFB=-0.00839781;REVB=0.0233448;RO=126;SAF=47;SAR=42;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377625;STB=0.529322;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0140124;OID=.;OPOS=93693831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:218:126:127:89:91:0.417431:42:47:62:64:42:49:62:65 chr14 93703854 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8178;QD=51.1841;RBI=0.0338714;REFB=0;REVB=-0.00731613;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111529;OID=.;OPOS=93703854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr14 93705708 . T C 717.98 PASS AF=0.447674;AO=77;DP=172;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=0.0484031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2824;QD=16.6972;RBI=0.0841532;REFB=0.00488989;REVB=0.0688397;RO=93;SAF=35;SAR=42;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102815;STB=0.562681;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00500312;OID=.;OPOS=93705708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:93:95:77:77:0.447674:42:35:52:41:42:35:54:41 chr14 93760396 . ATT ATA,AT 372.55 PASS AF=0.12987,0.87013;AO=5,22;DP=78;FAO=10,67;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34;FSAR=10,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675793,0.914868;FXX=0.0128189;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=164.329,6.05024;QD=19.3531;RBI=0.0695552,0.933982;REFB=-0.0516467,0.0710192;REVB=-0.0164613,0.187984;RO=31;SAF=0,4;SAR=5,18;SRF=26;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.787875,-0.626107;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.184736,0.00640272;OID=.,.;OPOS=93760398,93760397;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12987,0.87013:5,22:78:10,67:77:0:0,34:10,33:0:0:42:31:0,4:5,18:26:5 chr14 93799221 . G A 1120.57 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140389;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5612;QD=60.5715;RBI=0.14178;REFB=0;REVB=0.0198087;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319177;OID=.;OPOS=93799221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr14 93943998 . G A 2591.31 PASS AF=1;AO=168;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2139;QD=60.9719;RBI=0.0322134;REFB=-0.0166152;REVB=0.0279015;RO=2;SAF=85;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238592;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:171:170:2:0:168:170:1:83:85:0:2:85:85:0:0 chr14 94391699 . G A 319.51 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0643375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.6098;QD=24.578;RBI=0.0797201;REFB=-0.0195696;REVB=0.0470742;RO=19;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046919;STB=0.513615;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0124364;OID=.;OPOS=94391699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:20:30:30:0.576923:17:13:7:12:17:13:8:12 chr14 94405871 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358893;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.962;QD=61.3364;RBI=0.0385692;REFB=0;REVB=0.014126;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02277e-05;OID=.;OPOS=94405871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr14 94410275 . CA C 1859.07 PASS AF=1;AO=168;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.8645;QD=42.2516;RBI=0.026397;REFB=0;REVB=0.0237005;RO=1;SAF=85;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000517477;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:168:175:176:176:0:86:90:0:0:35:1:85:83:1:0 chr14 94417421 . G A 5093.15 PASS AF=1;AO=314;DP=319;FAO=331;FDP=331;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132661;FXX=0.00898177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5923;QD=61.5486;RBI=0.0396142;REFB=0.051961;REVB=0.0373269;RO=0;SAF=163;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45364e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333339;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:319:331:0:0:314:331:1:151:163:0:0:157:174:0:0 chr14 94417541 . A G 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.965;QD=63.4759;RBI=0.00892327;REFB=0;REVB=-0.00426362;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74238e-05;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr14 94417586 . G A 1011.37 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515614;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.337;QD=59.4922;RBI=0.0596123;REFB=0;REVB=0.0299174;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304608;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr14 94467549 . C T 410.54 PASS AF=0.47191;AO=40;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00734185;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.164;QD=18.4511;RBI=0.0263195;REFB=-0.000864771;REVB=-0.0252747;RO=46;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416135;STB=0.529398;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00129017;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:47:40:42:0.47191:20:20:25:21:22:20:25:22 chr14 94510964 . T C 459.85 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00819091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.354;QD=15.8568;RBI=0.0139369;REFB=-0.0151475;REVB=0.0112759;RO=64;SAF=25;SAR=26;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369458;STB=0.516068;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0144421;OID=.;OPOS=94510964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:65:51:51:0.439655:26:25:29:35:26:25:30:35 chr14 94524216 . T C 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00390547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.947;QD=19.1729;RBI=0.0357553;REFB=-0.0284445;REVB=-0.0355414;RO=31;SAF=24;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260959;STB=0.63991;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.01973;OID=.;OPOS=94524216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:9:24:14:17:9:24:15:17 chr14 94564035 . A G 876.69 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.292;QD=57.4875;RBI=0.0105582;REFB=0;REVB=-0.00804075;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219092;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:36:24:0:0:36:25:0:0 chr14 94564039 . A G 769.44 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7488;QD=56.9955;RBI=0.0498535;REFB=0;REVB=0.000177974;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593241;OID=.;OPOS=94564039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:31:23:0:0 chr14 94564058 . G A 683.32 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3635;QD=60.7391;RBI=0.152388;REFB=0;REVB=0.129851;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437547;OID=.;OPOS=94564058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:28:15:0:0:30:15:0:0 chr14 94756450 . T A 1420.14 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0015058;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.189;QD=57.3793;RBI=0.0479681;REFB=-0.105733;REVB=0.0479445;RO=2;SAF=54;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219972;STB=0.50116;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0051626;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:99:2:2:97:97:0.979798:43:54:1:1:43:54:1:1 chr14 94756750 . T C 3148.79 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.476;QD=61.7409;RBI=0.0532012;REFB=0;REVB=0.049809;RO=0;SAF=72;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49765e-05;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:204:0:0:203:204:1:131:72:0:0:132:72:0:0 chr14 94756794 . T C 2358.07 PASS AF=0.958824;AO=161;DP=168;FAO=163;FDP=170;FR=.;FRO=7;FSAF=64;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0472586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7529;QD=55.484;RBI=0.0492197;REFB=-0.0448441;REVB=0.0137553;RO=5;SAF=63;SAR=98;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125065;STB=0.50155;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.015439;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:168:170:5:7:161:163:0.958824:98:63:3:2:99:64:3:4 chr14 94776221 . A C 3169.51 PASS AF=1;AO=206;DP=208;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159879;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.694;QD=61.544;RBI=0.0161601;REFB=0.0382597;REVB=0.00235273;RO=0;SAF=88;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94116e-05;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:208:206:0:0:206:206:1:118:88:0:0:118:88:0:0 chr14 94780545 . G A 758.15 PASS AF=0.430851;AO=81;DP=190;FAO=81;FDP=188;FR=.;FRO=107;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=0.0426754;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3952;QD=16.1308;RBI=0.0509528;REFB=-0.00221516;REVB=0.0278389;RO=105;SAF=42;SAR=39;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717362;STB=0.539723;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00276386;OID=.;OPOS=94780545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:188:105:107:81:81:0.430851:39:42:47:58:39:42:48:59 chr14 94780608 . G A 413.97 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00117885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.021;QD=16.559;RBI=0.00961768;REFB=-0.00587489;REVB=0.00954516;RO=57;SAF=17;SAR=26;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1168;STB=0.565721;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00991304;OID=.;OPOS=94780608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:57:43:43:0.43:26:17:29:28:26:17:29:28 chr14 94929541 . G A 1089.4 PASS AF=0.495495;AO=110;DP=223;FAO=110;FDP=222;FR=.;FRO=112;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.0139982;FXX=0.0044841;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.83;QD=19.6289;RBI=0.0151573;REFB=-0.0272458;REVB=0.00581336;RO=112;SAF=64;SAR=46;SRF=63;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018157;STB=0.50998;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.025435;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:112:112:110:110:0.495495:46:64:63:49:46:64:63:49 chr14 94931105 . A G 558.06 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.000749415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.532;QD=18.9172;RBI=0.0147996;REFB=0.00716301;REVB=0.0147807;RO=60;SAF=30;SAR=28;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770137;STB=0.542576;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00475336;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:60:58:58:0.491525:28:30:26:34:28:30:26:34 chr14 94933473 . C A 845.33 PASS AF=0.537415;AO=79;DP=147;FAO=79;FDP=147;FR=.;FRO=68;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.000889288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.017;QD=23.0022;RBI=0.00482266;REFB=0.00484546;REVB=0.00473996;RO=67;SAF=44;SAR=35;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728301;STB=0.542625;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00573632;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:67:68:79:79:0.537415:35:44:43:24:35:44:44:24 chr14 94933640 . A T 291.84 PASS AF=0.356436;AO=35;DP=100;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00141059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.894;QD=11.5582;RBI=0.0127908;REFB=-0.0123946;REVB=-0.0127128;RO=64;SAF=17;SAR=18;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160409;STB=0.504948;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.021326;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:64:65:35:36:0.356436:18:17:32:32:18:18:33:32 chr14 94933695 . G A 282.95 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0812872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9743;QD=14.8922;RBI=0.0822251;REFB=0.0146671;REVB=0.0123836;RO=43;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199285;STB=0.504947;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0147437;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:44:32:32:0.421053:17:15:21:22:17:15:21:23 chr14 95029852 . G T 571.21 PASS AF=0.432624;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0420419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8229;QD=16.2045;RBI=0.0474127;REFB=0.00974249;REVB=0.021919;RO=79;SAF=35;SAR=26;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132005;STB=0.570275;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0150988;OID=.;OPOS=95029852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:79:80:61:61:0.432624:26:35:35:44:26:35:36:44 chr14 95053849 . T C 824.42 PASS AF=0.435407;AO=91;DP=209;FAO=91;FDP=209;FR=.;FRO=118;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=70;FWDB=-0.0214253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.363;QD=15.7784;RBI=0.0237975;REFB=0.00685956;REVB=0.0103575;RO=116;SAF=43;SAR=48;SRF=48;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05962;STB=0.537378;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0068886;OID=.;OPOS=95053849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:116:118:91:91:0.435407:48:43:48:68:48:43:48:70 chr14 95053863 . C T 763.01 PASS AF=0.419512;AO=86;DP=205;FAO=86;FDP=205;FR=.;FRO=119;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=75;FWDB=-0.0114372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.454;QD=14.8879;RBI=0.0135706;REFB=-0.00261811;REVB=0.00730432;RO=118;SAF=39;SAR=47;SRF=43;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941491;STB=0.549475;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00443297;OID=.;OPOS=95053863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:118:119:86:86:0.419512:47:39:43:75:47:39:44:75 chr14 95053890 . GC AT 631.68 PASS AF=0.378947;AO=71;DP=194;FAO=72;FDP=190;FR=.;FRO=118;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=73;FWDB=-0.00615091;FXX=0.0256397;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.71;QD=13.2985;RBI=0.0143451;REFB=-0.00498891;REVB=-0.0129595;RO=118;SAF=24;SAR=47;SRF=45;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522494;STB=0.532809;STBP=0.513;TYPE=mnp;VARB=0.00789091;OID=.;OPOS=95053890;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:190:118:118:71:72:0.378947:47:24:45:73:48:24:45:73 chr14 95080803 . G A 374.55 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00484171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4123;QD=49.9404;RBI=0.0810739;REFB=-0.0554675;REVB=-0.0809292;RO=2;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102941;STB=0.555514;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0109228;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:8:20:0:2:8:20:0:2 chr14 95107973 . C T 323.5 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0812572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3778;QD=16.8053;RBI=0.106904;REFB=-0.0303755;REVB=0.0694673;RO=42;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369928;STB=0.52076;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0396816;OID=.;OPOS=95107973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:18:17:22:20:18:17:22:20 chr14 95553875 . AT A 31.69 PASS AF=0.177778;AO=43;DP=134;FAO=24;FDP=135;FR=.;FRO=111;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=0.110488;FXX=0.0073524;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.51913;QD=0.938959;RBI=0.110739;REFB=-0.0883901;REVB=-0.00745455;RO=80;SAF=12;SAR=31;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184633;STB=0.618079;STBP=0.229;TYPE=del;VARB=0.12393;OID=.;OPOS=95553876;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177778:43:134:24:135:111:7:17:47:64:31:80:12:31:34:46 chr14 95555205 . C T 1749.28 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5651;QD=60.8445;RBI=0.0322767;REFB=0;REVB=0.0318886;RO=0;SAF=42;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160625;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:73:42:0:0:73:42:0:0 chr14 95660242 . A G 465.32 PASS AF=0.485149;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00120129;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.797;QD=18.4286;RBI=0.00125337;REFB=-0.00572646;REVB=-0.000357516;RO=51;SAF=23;SAR=25;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136769;STB=0.584145;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00584957;OID=.;OPOS=95660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:51:52:48:49:0.485149:25:23:17:34:25:24:17:35 chr14 95786115 . C T 8758.29 PASS AF=1;AO=553;DP=555;FAO=556;FDP=556;FR=.;FRO=0;FSAF=244;FSAR=312;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764612;FXX=0.00358417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.664;QD=63.0093;RBI=0.077942;REFB=-0.0693223;REVB=0.0151208;RO=0;SAF=242;SAR=311;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97746e-05;OID=.;OPOS=95786115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:555:556:0:0:553:556:1:311:242:0:0:312:244:0:0 chr14 95903307 . TAGA T 425.99 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00248853;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.851;QD=18.725;RBI=0.0338991;REFB=-0.0219812;REVB=-0.0338076;RO=45;SAF=19;SAR=23;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116177;STB=0.585029;STBP=0.133;TYPE=del;VARB=0.0295527;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472527:42:92:43:91:48:19:24:29:19:99:45:19:23:26:19 chr14 95906321 . G A 8458.77 PASS AF=0.990842;AO=535;DP=544;FAO=541;FDP=546;FR=.;FRO=5;FSAF=181;FSAR=360;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0232232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.729;QD=61.969;RBI=0.0361571;REFB=-0.027999;REVB=0.0277132;RO=3;SAF=176;SAR=359;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2588e-05;STB=0.500673;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.000196302;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:544:546:3:5:535:541:0.990842:359:176:1:2:360:181:2:3 chr14 95910933 . T C 202.01 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0221702;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.222;QD=9.85405;RBI=0.0225311;REFB=-0.00845323;REVB=0.00401664;RO=57;SAF=9;SAR=17;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607705;STB=0.505194;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0177552;OID=.;OPOS=95910933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:57:56:26:26:0.317073:17:9:20:37:17:9:19:37 chr14 95918625 . T C 2164.78 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00235515;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3547;QD=62.2958;RBI=0.0182934;REFB=-0.0331001;REVB=0.0181412;RO=1;SAF=75;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629719;STB=0.503311;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000134629;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:63:75:1:0:63:75:1:0 chr14 95921741 . C T 1669.25 PASS AF=1;AO=94;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530679;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.241;QD=60.1532;RBI=0.0563625;REFB=0;REVB=-0.0189876;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838559;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:94:111:1:39:55:0:0:43:68:0:0 chr14 95923670 . A C 1280.1 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.437;QD=61.6914;RBI=0.0501314;REFB=0;REVB=0.0132438;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31488e-05;OID=.;OPOS=95923670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:50:30:0:0:50:33:0:0 chr14 95999820 . T C 741.57 PASS AF=0.507042;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00894282;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.586;QD=20.8893;RBI=0.0152949;REFB=0.0104014;REVB=-0.012408;RO=70;SAF=33;SAR=39;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117949;STB=0.506492;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.01066;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:70:70:72:72:0.507042:39:33:33:37:39:33:33:37 chr14 96131432 . A G 437.78 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0556926;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2166;QD=21.3552;RBI=0.0620979;REFB=-0.0132841;REVB=-0.0274677;RO=38;SAF=14;SAR=29;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26523;STB=0.652553;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0105925;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:38:39:43:43:0.52439:29:14:24:14:29:14:25:14 chr14 96134589 . C T 732.75 PASS AF=0.5;AO=75;DP=152;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.00620032;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4503;QD=19.5401;RBI=0.0844829;REFB=-0.0146115;REVB=0.0842551;RO=75;SAF=40;SAR=35;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605072;STB=0.533324;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0173756;OID=.;OPOS=96134589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:75:75:75:75:0.5:35:40:35:40:35:40:35:40 chr14 96136794 . A G 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0158533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2548;QD=23.8245;RBI=0.0798842;REFB=0.00623999;REVB=0.0782953;RO=28;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564873;STB=0.531019;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00267342;OID=.;OPOS=96136794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:18:21:13:15:18:21:13:15 chr14 96157187 . G A 690.64 PASS AF=0.474026;AO=70;DP=156;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00700998;FXX=0.0253149;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.984;QD=17.9387;RBI=0.00711419;REFB=-0.0120987;REVB=-0.00121325;RO=80;SAF=31;SAR=39;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311908;STB=0.501786;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0106729;OID=.;OPOS=96157187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:80:81:70:73:0.474026:39:31:38:42:39:34:38:43 chr14 96556914 . T C 2401.77 PASS AF=1;AO=156;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445947;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.144;QD=61.1917;RBI=0.0762157;REFB=0;REVB=0.0618073;RO=0;SAF=90;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42364e-07;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:156:157:1:66:90:0:0:67:90:0:0 chr14 96557121 . T C 1051.55 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242704;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6392;QD=60.0885;RBI=0.040495;REFB=0;REVB=0.0324159;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437035;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr14 96557873 . G T 1527.41 PASS AF=0.990566;AO=99;DP=103;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181856;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.58;QD=57.6383;RBI=0.0458733;REFB=-0.0982712;REVB=0.0421147;RO=1;SAF=42;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111598;STB=0.505881;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000886464;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:106:1:1:99:105:0.990566:57:42:1:0:63:42:1:0 chr14 96558235 . T C 1529.06 PASS AF=0.981481;AO=104;DP=107;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0511341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9566;QD=56.632;RBI=0.0637143;REFB=-0.0790144;REVB=0.0380108;RO=3;SAF=50;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00989519;STB=0.50035;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00730635;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:107:108:3:2:104:106:0.981481:54:50:2:1:55:51:1:1 chr14 96558881 . C G 2136.76 PASS AF=0.985714;AO=137;DP=141;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0137914;FXX=0.0140835;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.174;QD=61.0502;RBI=0.0234343;REFB=-0.0661913;REVB=0.0189464;RO=2;SAF=55;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280259;STB=0.501394;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000379231;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:140:2:2:137:138:0.985714:82:55:1:1:82:56:1:1 chr14 96559723 . G A 2388.8 PASS AF=0.9875;AO=158;DP=160;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0312578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.826;QD=59.72;RBI=0.0372979;REFB=-0.0457843;REVB=0.0203491;RO=2;SAF=72;SAR=86;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130308;STB=0.506848;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000157525;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:160:160:2:2:158:158:0.9875:86:72:2:0:86:72:2:0 chr14 96559791 . C T 756.39 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286289;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.067;QD=57.0857;RBI=0.0478812;REFB=0;REVB=0.0383796;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119807;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr14 96560092 . G A 1493.7 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00488125;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6903;QD=58.5766;RBI=0.00842735;REFB=0.0343294;REVB=0.00686976;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.504672;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000643905;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:101:101:0.990196:48:53:0:0:48:53:1:0 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC G 1491.1 PASS AF=0.700422;AO=153;DP=219;FAO=166;FDP=237;FR=.;FRO=71;FSAF=110;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0110738;FXX=0.0849388;HRUN=4;LEN=9;MLLD=269.99;QD=25.1662;RBI=0.0300112;REFB=-0.0348613;REVB=0.0278934;RO=0;SAF=103;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54599;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.0127716;OID=.;OPOS=96671208;OREF=GGTGGGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.700422:153:219:166:237:71:110:56:37:34:99:0:103:50:0:0 chr14 96707457 . A G 1214.87 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00957842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.46;QD=59.9935;RBI=0.0316853;REFB=-0.118782;REVB=-0.0302028;RO=1;SAF=39;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119854;STB=0.506328;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000929775;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:81:1:1:80:80:0.987654:41:39:1:0:41:39:1:0 chr14 96708667 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.379;QD=58.9623;RBI=0.0171768;REFB=0;REVB=-0.0158058;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63189e-05;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr14 96708782 . A T 2341.1 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.644;QD=63.7034;RBI=0.0206128;REFB=0;REVB=0.0161489;RO=0;SAF=67;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98201e-05;OID=.;OPOS=96708782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:147:0:0:144:147:1:77:67:0:0:80:67:0:0 chr14 96709359 . A AC 1306.98 PASS AF=1;AO=106;DP=117;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592655;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.6123;QD=47.0985;RBI=0.059367;REFB=0;REVB=0.00346893;RO=9;SAF=56;SAR=50;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205825;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000928127;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:117:111:111:0:59:52:0:0:23:9:56:50:6:3 chr14 96730142 . A G 3843.52 PASS AF=0.991837;AO=241;DP=243;FAO=243;FDP=245;FR=.;FRO=2;FSAF=137;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0218881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.638;QD=62.7514;RBI=0.0222938;REFB=0.0422018;REVB=-0.00423395;RO=2;SAF=136;SAR=105;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00899076;STB=0.504673;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-8.83306e-05;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:243:245:2:2:241:243:0.991837:105:136:0:2:106:137:0:2 chr14 96742603 . G A 432.75 PASS AF=0.352941;AO=54;DP=154;FAO=54;FDP=153;FR=.;FRO=99;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=75;FWDB=0.0108095;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8935;QD=11.3138;RBI=0.0305412;REFB=-0.0111566;REVB=0.0285643;RO=100;SAF=26;SAR=28;SRF=24;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281527;STB=0.656643;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0249462;OID=.;OPOS=96742603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:100:99:54:54:0.352941:28:26:24:76:28:26:24:75 chr14 96751010 . T C 475.45 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0561409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.812;QD=19.21;RBI=0.0572018;REFB=-0.0296358;REVB=-0.0109656;RO=51;SAF=16;SAR=31;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722874;STB=0.536216;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0339452;OID=.;OPOS=96751010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:52:47:47:0.474747:31:16:21:30:31:16:21:31 chr14 96751968 . TAAAAAAT TAAAAATA 80.72 PASS AF=0.298246;AO=9;DP=62;FAO=17;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.010725;FXX=0.0806322;HRUN=6;LEN=2;MLLD=62.094;QD=5.66446;RBI=0.105846;REFB=-0.0126658;REVB=-0.105302;RO=22;SAF=9;SAR=0;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.702323;STB=0.650962;STBP=0.203;TYPE=mnp;VARB=0.116416;OID=.;OPOS=96751974;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298246:9:62:17:57:39:14:3:26:13:79:22:9:0:18:4 chr14 96771959 . A G 576.36 PASS AF=0.389535;AO=67;DP=171;FAO=67;FDP=172;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=-0.00206477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.343;QD=13.4038;RBI=0.0146582;REFB=-0.00854826;REVB=0.0145121;RO=103;SAF=35;SAR=32;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102087;STB=0.557077;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0159753;OID=.;OPOS=96771959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:103:105:67:67:0.389535:32:35:44:59:32:35:45:60 chr14 96777468 . G C 472.73 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0240343;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.308;QD=16.0247;RBI=0.0263504;REFB=-0.0210133;REVB=0.0108025;RO=66;SAF=23;SAR=29;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123795;STB=0.506923;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0226788;OID=.;OPOS=96777468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:29:23:30:36:29:23:30:36 chr14 96781912 . T C 934.52 PASS AF=0.492063;AO=92;DP=188;FAO=93;FDP=189;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.00521181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0798;QD=19.7783;RBI=0.029904;REFB=-0.000189544;REVB=-0.0294463;RO=96;SAF=34;SAR=58;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562179;STB=0.527078;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-4.60245e-06;OID=.;OPOS=96781912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:96:96:92:93:0.492063:58:34:41:55:58:35:41:55 chr14 96797724 . G A 542.28 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0175192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.221;QD=15.1687;RBI=0.0179316;REFB=-0.00763466;REVB=0.00382348;RO=84;SAF=29;SAR=30;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885871;STB=0.504977;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.010083;OID=.;OPOS=96797724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:84:84:59:59:0.412587:30:29:42:42:30:29:42:42 chr14 96829290 . G A 887.19 PASS AF=0.360825;AO=105;DP=291;FAO=105;FDP=291;FR=.;FRO=186;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=101;FSRR=85;FWDB=-0.0164809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.999;QD=12.195;RBI=0.031386;REFB=-0.0139311;REVB=-0.0267107;RO=186;SAF=50;SAR=55;SRF=101;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752328;STB=0.542625;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0232841;OID=.;OPOS=96829290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:186:186:105:105:0.360825:55:50:101:85:55:50:101:85 chr14 96922752 . C G 1865.85 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151812;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.303;QD=61.1755;RBI=0.067705;REFB=0;REVB=0.065981;RO=0;SAF=54;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110513;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:121:122:1:67:54:0:0:67:55:0:0 chr14 97104758 . A G 2873.98 PASS AF=1;AO=162;DP=188;FAO=183;FDP=183;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=99;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420432;FXX=0.0161282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.093;QD=62.8193;RBI=0.0740186;REFB=0;REVB=0.0738991;RO=1;SAF=96;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715494;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248528;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:188:183:1:0:162:183:1:66:96:0:1:84:99:0:0 chr14 97299853 . A G 298.31 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00108975;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.4274;QD=15.7002;RBI=0.0401754;REFB=-0.0102846;REVB=0.0401606;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03868;STB=0.52827;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0120958;OID=.;OPOS=97299853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:43:33:33:0.434211:17:16:22:20:17:16:23:20 chr14 97321689 . C T 585.65 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=157;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0469298;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3104;QD=15.0167;RBI=0.0586901;REFB=-0.00226163;REVB=-0.0352437;RO=90;SAF=31;SAR=35;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146414;STB=0.508194;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00244069;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:90:90:66:66:0.423077:35:31:41:49:35:31:41:49 chr14 98435696 . T C 4647.79 PASS AF=1;AO=297;DP=300;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124629;FXX=0.0324665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.201;QD=62.3864;RBI=0.0329108;REFB=-0.0802959;REVB=0.0304598;RO=1;SAF=130;SAR=167;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258267;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:300:298:1:0:297:298:1:167:130:0:1:167:131:0:0 chr14 98444369 . T C 2911.97 PASS AF=1;AO=180;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103221;FXX=0.0107521;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.825;QD=63.3038;RBI=0.0117381;REFB=0;REVB=0.00558907;RO=0;SAF=96;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24249e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201104;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:184:0:0:180:184:1:84:96:0:0:87:97:0:0 chr14 98817896 . T C 576.4 PASS AF=0.409938;AO=66;DP=161;FAO=66;FDP=161;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.0602912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9992;QD=14.3204;RBI=0.0605358;REFB=0.0133768;REVB=-0.00543628;RO=95;SAF=38;SAR=28;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637436;STB=0.535812;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.019319;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:95:95:66:66:0.409938:28:38:49:46:28:38:49:46 chr14 99642360 . C G 886.46 PASS AF=0.375451;AO=104;DP=275;FAO=104;FDP=277;FR=.;FRO=173;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=52;FSRR=121;FWDB=-0.0487202;FXX=0.00359699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2224;QD=12.8008;RBI=0.0498047;REFB=-0.00838316;REVB=-0.0103371;RO=164;SAF=42;SAR=62;SRF=49;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122413;STB=0.568731;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0123;OID=.;OPOS=99642360;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:277:164:173:104:104:0.375451:62:42:49:115:62:42:52:121 chr14 99876505 . A G 73.3 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00328282;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.972;QD=4.72899;RBI=0.0116983;REFB=-0.00331725;REVB=-0.0112282;RO=50;SAF=11;SAR=1;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.662978;STB=0.92535;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0141502;OID=.;OPOS=99876505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:63:62:50:50:12:12:0.193548:1:11:18:32:1:11:18:32 chr14 100039109 . C G 671.06 PASS AF=0.447853;AO=73;DP=161;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.00837971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.455;QD=16.4677;RBI=0.0130052;REFB=-0.0118605;REVB=-0.00994561;RO=88;SAF=31;SAR=42;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423321;STB=0.504893;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0165071;OID=.;OPOS=100039109;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:88:90:73:73:0.447853:42:31:37:51:42:31:39:51 chr14 100049433 . C G 154.71 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00640519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2848;QD=14.734;RBI=0.0570819;REFB=-0.0234009;REVB=0.0567214;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316138;STB=0.518288;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0325171;OID=.;OPOS=100049433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:14:11:8:9:14:11 chr14 100070030 . G A 1030.12 PASS AF=0.493023;AO=97;DP=206;FAO=106;FDP=215;FR=.;FRO=109;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=0.0393716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.756;QD=19.165;RBI=0.0924421;REFB=-0.0402521;REVB=0.0836387;RO=107;SAF=48;SAR=49;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000457774;STB=0.516542;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0397424;OID=.;OPOS=100070030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:215:107:109:97:106:0.493023:49:48:53:54:51:55:53:56 chr14 100189287 . C T 572.12 PASS AF=0.429577;AO=61;DP=142;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.010132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.399;QD=16.116;RBI=0.0129695;REFB=-0.00114757;REVB=-0.00809626;RO=81;SAF=22;SAR=39;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260685;STB=0.645767;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00125899;OID=.;OPOS=100189287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:81:81:61:61:0.429577:39:22:50:31:39:22:50:31 chr14 100331926 . G A 551.4 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00289589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6239;QD=19.5184;RBI=0.0115109;REFB=-0.00588892;REVB=-0.0111407;RO=56;SAF=27;SAR=30;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119394;STB=0.56584;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00504299;OID=.;OPOS=100331926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:30:27:34:22:30:27:34:22 chr14 100375707 . C T 1113.14 PASS AF=0.484979;AO=112;DP=233;FAO=113;FDP=233;FR=.;FRO=120;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=-0.0275037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4804;QD=19.1097;RBI=0.0293093;REFB=0.00794084;REVB=-0.0101282;RO=120;SAF=60;SAR=52;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492514;STB=0.524551;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0073521;OID=.;OPOS=100375707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:120:120:112:113:0.484979:52:60:58:62:53:60:58:62 chr14 100380948 . T C 750.86 PASS AF=0.470238;AO=78;DP=167;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0196165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.627;QD=17.8776;RBI=0.0197408;REFB=0.00102816;REVB=-0.00221129;RO=89;SAF=34;SAR=44;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241477;STB=0.516288;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00118813;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:89:89:78:79:0.470238:44:34:41:48:45:34:41:48 chr14 100411774 . G A 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.879;QD=62.0078;RBI=0.019302;REFB=0;REVB=0.0040577;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71227e-05;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr14 100607595 . C T 451.59 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0348787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4407;QD=19.4234;RBI=0.0361362;REFB=-0.0256077;REVB=0.00944988;RO=47;SAF=20;SAR=25;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415998;STB=0.528833;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0282281;OID=.;OPOS=100607595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:48:45:45:0.483871:25:20:23:24:25:20:24:24 chr14 100615665 . T C 5100.79 PASS AF=1;AO=323;DP=325;FAO=325;FDP=325;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.899;QD=62.779;RBI=0.0397202;REFB=0;REVB=0.0275129;RO=1;SAF=165;SAR=158;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00300973;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14322e-06;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:325:325:1:0:323:325:1:158:165:0:1:159:166:0:0 chr14 100615961 . C T 208.28 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0396526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0211;QD=15.1478;RBI=0.0459444;REFB=-0.0237239;REVB=0.0232069;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322693;STB=0.690321;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0302315;OID=.;OPOS=100615961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:8:16:10:20:8:16:10:21 chr14 100625902 . C T 7288.52 PASS AF=1;AO=459;DP=460;FAO=464;FDP=464;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=271;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397714;FXX=0.00215049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.847;QD=62.8321;RBI=0.0590772;REFB=0;REVB=0.0436847;RO=1;SAF=190;SAR=269;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00250597;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00596e-05;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:460:464:1:0:459:464:1:269:190:1:0:271:193:0:0 chr14 100758502 . G A 768.67 PASS AF=0.427083;AO=82;DP=191;FAO=82;FDP=192;FR=.;FRO=110;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=-0.0284327;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.72;QD=16.0139;RBI=0.0284676;REFB=-0.0199931;REVB=-0.00140984;RO=106;SAF=44;SAR=38;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941278;STB=0.552079;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0229326;OID=.;OPOS=100758502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:106:110:82:82:0.427083:38:44:47:59:38:44:49:61 chr14 100792126 . C T 812.49 PASS AF=0.497006;AO=83;DP=167;FAO=83;FDP=167;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.035536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7171;QD=19.4608;RBI=0.0426839;REFB=-0.0109931;REVB=-0.0236453;RO=84;SAF=38;SAR=45;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125032;STB=0.568786;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.011878;OID=.;OPOS=100792126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:84:84:83:83:0.497006:45:38:50:34:45:38:50:34 chr14 100792482 . C A 661.22 PASS AF=0.429412;AO=73;DP=169;FAO=73;FDP=170;FR=.;FRO=97;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=60;FWDB=0.0313094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.476;QD=15.5582;RBI=0.0345059;REFB=-0.0156625;REVB=-0.0145043;RO=96;SAF=42;SAR=31;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191672;STB=0.609443;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0208914;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:96:97:73:73:0.429412:31:42:37:59:31:42:37:60 chr14 100795338 . G C 960.35 PASS AF=0.459459;AO=101;DP=221;FAO=102;FDP=222;FR=.;FRO=120;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=-0.073129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9903;QD=17.3036;RBI=0.0859579;REFB=0.00451475;REVB=0.0451765;RO=120;SAF=57;SAR=44;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717039;STB=0.536487;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.005107;OID=.;OPOS=100795338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:120:120:101:102:0.459459:44:57:59:61:45:57:59:61 chr14 100808845 . G A 754.64 PASS AF=0.545455;AO=72;DP=132;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=59;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=0.0473067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.537;QD=22.8678;RBI=0.049374;REFB=-0.0132251;REVB=0.0141375;RO=58;SAF=13;SAR=59;SRF=16;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119627;STB=0.560966;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0108061;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:58:60:72:72:0.545455:59:13:16:42:59:13:16:44 chr14 100832391 . T C 701.29 PASS AF=0.477419;AO=74;DP=155;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.021455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.389;QD=18.0978;RBI=0.0238213;REFB=-0.0238362;REVB=0.0103508;RO=79;SAF=36;SAR=38;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658015;STB=0.542468;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0187879;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:79:81:74:74:0.477419:38:36:44:35:38:36:46:35 chr14 100847523 . T C 734.21 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.021038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5488;QD=61.184;RBI=0.0316991;REFB=-0.027423;REVB=0.0237114;RO=1;SAF=16;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284823;STB=0.515145;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000384546;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:31:16:1:0:31:16:1:0 chr14 100847707 . A G 937.13 PASS AF=0.482587;AO=97;DP=202;FAO=97;FDP=201;FR=.;FRO=104;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=-0.00333003;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.84;QD=18.6494;RBI=0.0157486;REFB=-0.00481228;REVB=-0.0153925;RO=104;SAF=39;SAR=58;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00174064;STB=0.50096;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00486179;OID=.;OPOS=100847707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:104:104:97:97:0.482587:58:39:42:62:58:39:42:62 chr14 100847930 . A G 386.94 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0116287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.048;QD=15.3245;RBI=0.0142194;REFB=0.00643718;REVB=-0.00818322;RO=57;SAF=17;SAR=26;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168967;STB=0.599861;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00731402;OID=.;OPOS=100847930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:58:43:43:0.425743:26:17:32:25:26:17:33:25 chr14 100996312 . T C 385.7 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=103;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.046;QD=14.8346;RBI=0.0387762;REFB=-0.0411932;REVB=-0.0284013;RO=59;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554109;STB=0.5323;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0449032;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:59:60:43:44:0.423077:21:22:27:32:21:23:28:32 chr14 101005215 . T C 639.56 PASS AF=0.45;AO=63;DP=151;FAO=72;FDP=160;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.00645487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.87;QD=15.989;RBI=0.00676749;REFB=-0.035255;REVB=0.00203313;RO=88;SAF=22;SAR=41;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127288;STB=0.577756;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0513311;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:160:88:88:63:72:0.45:41:22:41:47:48:24:41:47 chr14 101005236 . A G 498.01 PASS AF=0.419847;AO=55;DP=131;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0201294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.013;QD=15.2065;RBI=0.0236363;REFB=-0.00961121;REVB=-0.0123886;RO=76;SAF=17;SAR=38;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196004;STB=0.610491;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0124347;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:76:76:55:55:0.419847:38:17:37:39:38:17:37:39 chr14 101138230 . A C 1424.29 PASS AF=0.943925;AO=101;DP=106;FAO=101;FDP=107;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0106369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2368;QD=53.2446;RBI=0.0411501;REFB=-0.0198861;REVB=0.0397516;RO=5;SAF=41;SAR=60;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191544;STB=0.504227;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00440013;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:106:107:5:6:101:101:0.943925:60:41:1:4:60:41:2:4 chr14 101198417 . A G 2811.64 PASS AF=0.98913;AO=177;DP=180;FAO=182;FDP=184;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0122867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.368;QD=61.1226;RBI=0.0343796;REFB=-0.0886151;REVB=0.0321091;RO=1;SAF=95;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498479;STB=0.50505;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000141532;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:180:184:1:2:177:182:0.98913:82:95:1:0:84:98:2:0 chr14 101200645 . T C 842.53 PASS AF=0.911765;AO=61;DP=72;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00532726;FXX=0.0555478;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.464;QD=49.5606;RBI=0.0289765;REFB=-0.122023;REVB=0.0284826;RO=6;SAF=33;SAR=28;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351085;STB=0.51758;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00273528;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:72:68:6:6:61:62:0.911765:28:33:2:4:29:33:2:4 chr14 101301038 . C G 765.14 PASS AF=0.506849;AO=74;DP=146;FAO=74;FDP=146;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0651224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.137;QD=20.9627;RBI=0.0825495;REFB=-0.0361225;REVB=0.0507296;RO=71;SAF=31;SAR=43;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161325;STB=0.505881;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0283183;OID=.;OPOS=101301038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:71:72:74:74:0.506849:43:31:31:40:43:31:31:41 chr14 101302211 . G T 581.48 PASS AF=0.417722;AO=65;DP=158;FAO=66;FDP=158;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=-0.00736185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.996;QD=14.721;RBI=0.00737762;REFB=-0.018509;REVB=0.0004822;RO=87;SAF=27;SAR=38;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383088;STB=0.502377;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0232736;OID=.;OPOS=101302211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:87:92:65:66:0.417722:38:27:33:54:39:27:38:54 chr14 101348584 . C G 377.61 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00750698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.85;QD=21.5776;RBI=0.00780356;REFB=0.0285983;REVB=-0.00213091;RO=30;SAF=11;SAR=27;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186173;STB=0.620623;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0252166;OID=.;OPOS=101348584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:32:38:38:0.542857:27:11:15:15:27:11:17:15 chr14 101349017 . A G 1285.58 PASS AF=0.556561;AO=120;DP=217;FAO=123;FDP=221;FR=.;FRO=98;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.0169375;FXX=0.0045043;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8897;QD=23.2685;RBI=0.0212966;REFB=-0.00803859;REVB=-0.0129099;RO=97;SAF=58;SAR=62;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414485;STB=0.526312;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00680798;OID=.;OPOS=101349017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:221:97:98:120:123:0.556561:62:58:42:55:63:60:42:56 chr14 101350298 . T C 737.81 PASS AF=0.569106;AO=70;DP=122;FAO=70;FDP=123;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0624343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6501;QD=23.9938;RBI=0.0652165;REFB=0.0140537;REVB=0.0188454;RO=52;SAF=37;SAR=33;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223679;STB=0.508263;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0153169;OID=.;OPOS=101350298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:52:53:70:70:0.569106:33:37:26:26:33:37:27:26 chr14 101507727 . C T 504.0 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0186573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.413;QD=18.8412;RBI=0.0203495;REFB=0.00453122;REVB=0.00812439;RO=54;SAF=31;SAR=22;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072271;STB=0.503998;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00691503;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:22:31:32:22:22:31:32:22 chr14 101522589 . C T 928.09 PASS AF=0.462617;AO=95;DP=211;FAO=99;FDP=214;FR=.;FRO=115;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.0145739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.011;QD=17.3475;RBI=0.0145741;REFB=-0.0172694;REVB=8.2817e-05;RO=115;SAF=43;SAR=52;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025465;STB=0.523859;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0189858;OID=.;OPOS=101522589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:214:115:115:95:99:0.462617:52:43:55:60:56:43:55:60 chr14 102431074 . T C 557.65 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0170737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7028;QD=22.0849;RBI=0.0195144;REFB=-0.00300191;REVB=-0.00944979;RO=46;SAF=26;SAR=29;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123166;STB=0.567455;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00168398;OID=.;OPOS=102431074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:55:55:0.544554:29:26:15:31:29:26:15:31 chr14 102453876 . G A 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00553058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.586;QD=15.7537;RBI=0.00916047;REFB=-0.0122922;REVB=-0.00730252;RO=46;SAF=16;SAR=19;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130124;STB=0.573292;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0190725;OID=.;OPOS=102453876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:19:16:27:19:19:16:27:19 chr14 102483120 . A G 424.17 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0163395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.456;QD=18.6449;RBI=0.0564586;REFB=-0.016721;REVB=-0.0540425;RO=48;SAF=18;SAR=25;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182971;STB=0.510199;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0187329;OID=.;OPOS=102483120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:25:18:21:27:25:18:21:27 chr14 102514227 . T C 494.73 PASS AF=0.477477;AO=52;DP=110;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0142461;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.183;QD=17.8281;RBI=0.0255187;REFB=-0.041847;REVB=-0.021172;RO=58;SAF=20;SAR=32;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532294;STB=0.509269;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0451708;OID=.;OPOS=102514227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:58:58:52:53:0.477477:32:20:22:36:32:21:22:36 chr14 102550803 . G A,T 715.5 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=48,3;DP=51;FAO=48,3;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=28,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268241,-0.0279432;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.3438,169.719;QD=56.1179;RBI=0.00311863,0.0319365;REFB=0,0;REVB=-0.00159076,-0.0154634;RO=0;SAF=19,1;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00462408,-0.0102705;OID=.,.;OPOS=102550803,102550803;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:51:51:0:0:48,3:48,3:0.941176,0.0588235:29,2:19,1:0:0:28,3:20,0:0:0 chr14 102568296 . G A 2488.78 PASS AF=0.976331;AO=165;DP=169;FAO=165;FDP=169;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0170056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3663;QD=58.906;RBI=0.0640956;REFB=-0.140344;REVB=-0.0617985;RO=1;SAF=74;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638748;STB=0.504752;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00233781;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:169:169:1:4:165:165:0.976331:91:74:1:0:91:74:1:3 chr14 102568367 . T A 2235.91 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.683;QD=63.43;RBI=0.0245556;REFB=0;REVB=0.0234122;RO=0;SAF=63;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70286e-05;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:78:63:0:0:78:63:0:0 chr14 102675350 . G C 1439.02 PASS AF=0.534351;AO=140;DP=262;FAO=140;FDP=262;FR=.;FRO=122;FSAF=44;FSAR=96;FSRF=45;FSRR=77;FWDB=0.00360091;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.303;QD=21.9697;RBI=0.00410283;REFB=-0.0171182;REVB=0.00196638;RO=119;SAF=44;SAR=96;SRF=45;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608162;STB=0.52884;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0146857;OID=.;OPOS=102675350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:119:122:140:140:0.534351:96:44:45:74:96:44:45:77 chr14 102676266 . C T 48.24 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0300592;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7884;QD=11.3513;RBI=0.0464826;REFB=-0.0210045;REVB=0.0354552;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461008;STB=0.749554;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0332008;OID=.;OPOS=102676266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:11:10:6:7:0.411765:1:5:11:0:2:5:10:0 chr14 102689619 . C T 1254.51 PASS AF=0.516949;AO=122;DP=235;FAO=122;FDP=236;FR=.;FRO=114;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=64;FSRR=50;FWDB=-0.0188102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.514;QD=21.2628;RBI=0.0200438;REFB=-0.00677884;REVB=0.00692329;RO=113;SAF=54;SAR=68;SRF=63;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101024;STB=0.557368;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00638805;OID=.;OPOS=102689619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:113:114:122:122:0.516949:68:54:63:50:68:54:64:50 chr14 102689926 . AAT A,AAG 250.2 PASS AF=0.52,0;AO=22,2;DP=54;FAO=26,0;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=10,0;FSAR=16,0;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00443362,0.0462729;FXX=0.0384541;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=287.745,45.4871;QD=20.0158;RBI=0.00697107,0.0465149;REFB=0.00183177,0.00263105;REVB=-0.00537948,0.00473902;RO=25;SAF=9,0;SAR=13,2;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.453704,0;SSSB=0.00884366,-0.44242;STB=0.516117,0.5;STBP=0.843,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00163085,0;OID=.,.;OPOS=102689927,102689928;OREF=AT,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52,0:22,2:54:26,0:50:24:10,0:16,0:10:14:99:25:9,0:13,2:10:15 chr14 102692657 . T C 1392.54 PASS AF=0.47138;AO=140;DP=296;FAO=140;FDP=297;FR=.;FRO=157;FSAF=66;FSAR=74;FSRF=60;FSRR=97;FWDB=-0.0172003;FXX=0.00668874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.197;QD=18.7548;RBI=0.0277757;REFB=-0.0116941;REVB=-0.0218092;RO=154;SAF=66;SAR=74;SRF=58;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911273;STB=0.547592;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0154913;OID=.;OPOS=102692657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:297:154:157:140:140:0.47138:74:66:58:96:74:66:60:97 chr14 102695693 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0223094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.318;QD=10.0752;RBI=0.0260176;REFB=-0.00824097;REVB=-0.0133868;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274631;STB=0.666263;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00938459;OID=.;OPOS=102695693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:9:5:5:3:9:5 chr14 102700117 . G C 882.36 PASS AF=0.489011;AO=89;DP=182;FAO=89;FDP=182;FR=.;FRO=93;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.00772215;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.651;QD=19.3925;RBI=0.0193911;REFB=-0.0201302;REVB=-0.0177871;RO=93;SAF=47;SAR=42;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609102;STB=0.533556;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0212735;OID=.;OPOS=102700117;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:93:93:89:89:0.489011:42:47:43:50:42:47:43:50 chr14 102792386 . T C 1127.1 PASS AF=0.577778;AO=97;DP=174;FAO=104;FDP=180;FR=.;FRO=76;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0174976;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.922;QD=25.0467;RBI=0.0197615;REFB=-0.0239999;REVB=-0.0091842;RO=76;SAF=46;SAR=51;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631782;STB=0.522218;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.019041;OID=.;OPOS=102792386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:180:76:76:97:104:0.577778:51:46:42:34:52:52:42:34 chr14 102792631 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00152214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.827;QD=16.884;RBI=0.00493487;REFB=-0.0290127;REVB=0.00469426;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176662;STB=0.590117;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.033881;OID=.;OPOS=102792631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:4:11:9:7:4:11:10:7 chr14 102798055 . G A 378.32 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0280191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9805;QD=16.4488;RBI=0.0303085;REFB=0.00305441;REVB=-0.0115557;RO=52;SAF=21;SAR=19;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637208;STB=0.535813;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00500215;OID=.;OPOS=102798055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:19:21:24:28:19:21:24:28 chr14 102965367 . TCACCA T 444.99 PASS AF=0.556962;AO=40;DP=77;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0411545;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=5;MLLD=190.859;QD=22.5311;RBI=0.0440143;REFB=-0.0753762;REVB=0.0156067;RO=23;SAF=16;SAR=24;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832044;STB=0.558154;STBP=0.233;TYPE=del;VARB=0.0536287;OID=.;OPOS=102965368;OREF=CACCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.556962:40:77:44:79:35:17:27:18:17:99:23:16:24:12:11 chr14 102965435 . A G 881.57 PASS AF=0.558621;AO=81;DP=146;FAO=81;FDP=145;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=61;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0046478;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9574;QD=24.3192;RBI=0.00965384;REFB=-0.0166894;REVB=0.00846135;RO=64;SAF=20;SAR=61;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224603;STB=0.623289;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0174988;OID=.;OPOS=102965435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:64:64:81:81:0.558621:61:20:31:33:61:20:31:33 chr14 102965437 . A T 883.48 PASS AF=0.558621;AO=81;DP=146;FAO=81;FDP=145;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=61;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0207643;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.548;QD=24.372;RBI=0.0394003;REFB=-0.00709949;REVB=-0.0334847;RO=64;SAF=20;SAR=61;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224603;STB=0.623289;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00918828;OID=.;OPOS=102965437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:64:64:81:81:0.558621:61:20:31:33:61:20:31:33 chr14 103161736 . A AG,G 1576.46 PASS AF=0.99115,0.00884956;AO=104,6;DP=116;FAO=112,1;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=55,1;FSAR=57,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498526,-0.0230869;FXX=0.00877116;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.5524,4.81456;QD=55.804;RBI=0.0991702,0.11393;REFB=0,0;REVB=-0.0990448,-0.111566;RO=4;SAF=52,2;SAR=52,4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0175531,-0.279564;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000365835,-0.0713642;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:113:4:0:104,6:112,1:0.99115,0.00884956:52,4:52,2:3:1:57,0:55,1:0:0 chr14 103193028 . G A 528.71 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0171849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6368;QD=16.7843;RBI=0.0187665;REFB=-0.00988444;REVB=-0.00754056;RO=69;SAF=32;SAR=25;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678186;STB=0.537802;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00984247;OID=.;OPOS=103193028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:69:57:57:0.452381:25:32:34:35:25:32:34:35 chr14 103369723 . G A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0112114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.788;QD=16.6153;RBI=0.0661562;REFB=-0.0213123;REVB=0.0651993;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213306;STB=0.622495;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0194276;OID=.;OPOS=103369723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:12:9:11:6:12:9 chr14 103410811 . G A 318.38 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00939046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.313;QD=18.1929;RBI=0.00939145;REFB=-0.0179632;REVB=0.000136085;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781107;STB=0.543599;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0247344;OID=.;OPOS=103410811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:16:18:16:20:16:18:16:20 chr14 103566785 . C T 1261.1 PASS AF=0.44702;AO=135;DP=302;FAO=135;FDP=302;FR=.;FRO=167;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=91;FSRR=76;FWDB=0.01033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.332;QD=16.7033;RBI=0.0105943;REFB=-0.0105297;REVB=0.00235164;RO=167;SAF=62;SAR=73;SRF=91;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854294;STB=0.547305;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0136887;OID=.;OPOS=103566785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:167:167:135:135:0.44702:73:62:91:76:73:62:91:76 chr14 103566835 . C G 971.09 PASS AF=0.429134;AO=108;DP=252;FAO=109;FDP=254;FR=.;FRO=145;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=78;FSRR=67;FWDB=0.00555986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.418;QD=15.2928;RBI=0.0134354;REFB=-0.0179068;REVB=-0.012231;RO=144;SAF=46;SAR=62;SRF=78;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11903;STB=0.566403;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.026085;OID=.;OPOS=103566835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:254:144:145:108:109:0.429134:62:46:78:66:63:46:78:67 chr14 103566904 . G A 1100.06 PASS AF=0.474576;AO=112;DP=236;FAO=112;FDP=236;FR=.;FRO=124;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=74;FWDB=-0.00394287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.03;QD=18.6452;RBI=0.00897683;REFB=-0.00735984;REVB=0.00806457;RO=124;SAF=59;SAR=53;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117336;STB=0.564646;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00751226;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:124:124:112:112:0.474576:53:59:50:74:53:59:50:74 chr14 103568614 . T A 2557.08 PASS AF=0.48855;AO=251;DP=536;FAO=256;FDP=524;FR=.;FRO=268;FSAF=129;FSAR=127;FSRF=149;FSRR=119;FWDB=9.63783e-05;FXX=0.0314227;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.003;QD=19.5197;RBI=0.0284571;REFB=-0.015274;REVB=0.028457;RO=260;SAF=129;SAR=122;SRF=148;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514829;STB=0.526639;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0162684;OID=.;OPOS=103568614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:536:524:260:268:251:256:0.48855:122:129:148:112:127:129:149:119 chr14 103568729 . A G 453.74 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6353;QD=54.9987;RBI=0.0646;REFB=-0.0123109;REVB=-0.0624637;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00542543;OID=.;OPOS=103568729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:1:0:20:12:1:0 chr14 103568981 . A C 740.32 PASS AF=0.465116;AO=70;DP=164;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.020602;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.855;QD=17.2168;RBI=0.0220218;REFB=-0.0158706;REVB=0.00777928;RO=90;SAF=26;SAR=44;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422872;STB=0.505708;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0172853;OID=.;OPOS=103568981;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:172:90:92:70:80:0.465116:44:26:37:53:47:33:37:55 chr14 103576395 . G A 1891.64 PASS AF=0.43871;AO=204;DP=465;FAO=204;FDP=465;FR=.;FRO=261;FSAF=98;FSAR=106;FSRF=140;FSRR=121;FWDB=0.005785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8514;QD=16.2722;RBI=0.0769912;REFB=-0.0110849;REVB=0.0767736;RO=260;SAF=98;SAR=106;SRF=140;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587152;STB=0.531404;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0162292;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:465:465:260:261:204:204:0.43871:106:98:140:120:106:98:140:121 chr14 103576415 . A G 6373.12 PASS AF=1;AO=403;DP=405;FAO=407;FDP=407;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=228;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129139;FXX=0.00245092;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2983;QD=62.6351;RBI=0.0474972;REFB=-0.0181603;REVB=0.0457079;RO=1;SAF=178;SAR=225;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267383;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37313e-05;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:405:407:1:0:403:407:1:225:178:1:0:228:179:0:0 chr14 103576443 . TC CG 1774.82 PASS AF=0.461538;AO=185;DP=407;FAO=186;FDP=403;FR=.;FRO=217;FSAF=72;FSAR=114;FSRF=89;FSRR=128;FWDB=0.00934832;FXX=0.0122546;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.227;QD=17.6161;RBI=0.0109539;REFB=-0.0171748;REVB=0.00570939;RO=215;SAF=71;SAR=114;SRF=89;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308255;STB=0.512995;STBP=0.645;TYPE=mnp;VARB=0.0179474;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:403:215:217:185:186:0.461538:114:71:89:126:114:72:89:128 chr14 103576775 . C T 386.02 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00049841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.756;QD=14.8468;RBI=0.00245953;REFB=-0.010749;REVB=0.0024085;RO=59;SAF=20;SAR=24;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140535;STB=0.57388;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00956305;OID=.;OPOS=103576775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:60:44:44:0.423077:24:20:35:24:24:20:35:25 chr14 103602278 . A G 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.000191649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.034;QD=14.6859;RBI=0.000347833;REFB=-0.00164999;REVB=0.000290273;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912265;STB=0.551631;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00280843;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:16:15:17:26:16:15:17:26 chr14 103808153 . A G 2136.74 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.803;QD=62.8453;RBI=0.0220486;REFB=0;REVB=0.0173348;RO=0;SAF=54;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51721e-05;OID=.;OPOS=103808153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:82:54:0:0:82:54:0:0 chr14 103808199 . T TAAAC 856.1 PASS AF=0.781609;AO=59;DP=91;FAO=68;FDP=87;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0382142;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=4;MLLD=265.938;QD=39.3611;RBI=0.0401251;REFB=0.0172822;REVB=-0.0122352;RO=21;SAF=17;SAR=42;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106199;STB=0.536483;STBP=0.229;TYPE=ins;VARB=-0.00329293;OID=.;OPOS=103808200;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.781609:59:91:68:87:19:22:46:9:10:99:21:17:42:10:11 chr14 103808472 . C T 348.6 PASS AF=0.8;AO=28;DP=35;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.009852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.876;QD=39.8404;RBI=0.0128357;REFB=0.00223446;REVB=-0.00822761;RO=7;SAF=18;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137056;STB=0.574414;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00827684;OID=.;OPOS=103808472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:7:7:28:28:0.8:10:18:2:5:10:18:2:5 chr14 103852725 . C T 2416.75 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.147;QD=61.1836;RBI=0.0753316;REFB=0;REVB=0.00051221;RO=1;SAF=70;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674819;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48483e-05;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:1:0:157:158:1:87:70:1:0:87:71:0:0 chr14 103934488 . T C 2268.84 PASS AF=0.980645;AO=152;DP=155;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00778575;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=287.046;QD=58.5508;RBI=0.0178066;REFB=-0.0308535;REVB=-0.0160143;RO=3;SAF=76;SAR=76;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613431;STB=0.503225;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=4.79048e-05;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:155:155:3:3:152:152:0.980645:76:76:2:1:76:76:2:1 chr14 103969909 . A G 701.17 PASS AF=0.477419;AO=74;DP=154;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.0249548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.618;QD=18.0947;RBI=0.0273742;REFB=-0.0117355;REVB=0.0112519;RO=80;SAF=23;SAR=51;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937041;STB=0.549448;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0107196;OID=.;OPOS=103969909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:80:81:74:74:0.477419:51:23:32:48:51:23:32:49 chr14 103986255 . C T 3872.32 PASS AF=1;AO=248;DP=250;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297506;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.424;QD=61.7104;RBI=0.050714;REFB=-0.0135774;REVB=0.0410708;RO=2;SAF=115;SAR=133;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000556344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54419e-05;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:250:251:2:0:248:251:1:133:115:1:1:134:117:0:0 chr14 103988180 . G T 1246.31 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8523;QD=61.5461;RBI=0.0435513;REFB=0;REVB=0.0257141;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302691;OID=.;OPOS=103988180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:43:37:0:0:43:38:0:0 chr14 103996396 . G A 2263.14 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718709;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.899;QD=62.8649;RBI=0.0734518;REFB=-0.11523;REVB=0.015157;RO=1;SAF=69;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684194;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373445;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:145:144:1:0:143:144:1:74:69:1:0:74:70:0:0 chr14 104001517 . G A 734.62 PASS AF=0.651685;AO=55;DP=90;FAO=58;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=1;FWDB=0.00636793;FXX=0.0219756;HRUN=6;LEN=1;MLLD=179.079;QD=33.0167;RBI=0.012499;REFB=-0.0466558;REVB=-0.0107553;RO=16;SAF=38;SAR=17;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163041;STB=0.58552;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0140797;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:90:89:16:20:55:58:0.651685:17:38:16:0:19:39:19:1 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 226.63 PASS AF=0.298077;AO=30;DP=109;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00283416;FXX=0.0458673;HRUN=2;LEN=12;MLLD=438.219;QD=8.7165;RBI=0.0184442;REFB=-0.00798477;REVB=-0.0182251;RO=77;SAF=14;SAR=16;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0010524;STB=0.522374;STBP=0.781;TYPE=ins;VARB=0.0180789;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298077:30:109:31:104:73:15:16:33:40:99:77:14:16:36:41 chr14 104194196 . C G 2885.67 PASS AF=0.524528;AO=277;DP=528;FAO=278;FDP=530;FR=.;FRO=252;FSAF=144;FSAR=134;FSRF=126;FSRR=126;FWDB=-0.000629162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.194;QD=21.7786;RBI=0.0115093;REFB=-0.0233486;REVB=0.0114921;RO=251;SAF=143;SAR=134;SRF=125;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159208;STB=0.508557;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0229326;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:528:530:251:252:277:278:0.524528:134:143:125:126:134:144:126:126 chr14 104201549 . C T 1970.87 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2009;QD=62.0745;RBI=0.065315;REFB=0;REVB=0.0652066;RO=0;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303925;OID=.;OPOS=104201549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:68:59:0:0:68:59:0:0 chr14 104208286 . G T 1110.8 PASS AF=0.550265;AO=104;DP=189;FAO=104;FDP=189;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=25;FSRR=60;FWDB=0.00957582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.105;QD=23.509;RBI=0.00961742;REFB=-0.0063858;REVB=0.000893543;RO=83;SAF=40;SAR=64;SRF=25;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732427;STB=0.543851;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00547011;OID=.;OPOS=104208286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:83:85:104:104:0.550265:64:40:25:58:64:40:25:60 chr14 104261002 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAT 409.49 PASS AF=0.02,0.78,0.2;AO=13,14,2;DP=51;FAO=1,39,10;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,10;FSAR=1,36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182965,0.0472832,0.00623179;FXX=0.0565931;HRUN=13,13,13;LEN=1,2,1;MLLD=3.89332,11.6261,175.116;QD=32.759;RBI=0.250605,0.102521,0.00927955;REFB=-0.0301186,-0.0214416,0.00330569;REVB=0.17125,0.0909659,0.00687567;RO=1;SAF=0,0,2;SAR=13,14,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.697199;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.134388,0.033911,0.0353471;OID=.,.,.;OPOS=104261003,104261003,104261012;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.02,0.78,0.2:13,14,2:51:1,39,10:50:0:0,3,10:1,36,0:0:0:62:1:0,0,2:13,14,0:0:1 chr14 104429453 . A G 3102.78 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727986;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.657;QD=61.7469;RBI=0.0153579;REFB=0;REVB=0.0135229;RO=0;SAF=93;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1202e-06;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:201:0:0:201:201:1:108:93:0:0:108:93:0:0 chr14 104465037 . T C 1701.72 PASS AF=0.958678;AO=114;DP=120;FAO=116;FDP=121;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0388389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.363;QD=56.2554;RBI=0.0606385;REFB=-0.00378154;REVB=0.0465678;RO=6;SAF=49;SAR=65;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387839;STB=0.515053;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00160692;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:120:121:6:5:114:116:0.958678:65:49:5:1:65:51:4:1 chr14 104480071 . G A 534.06 PASS AF=0.4;AO=63;DP=155;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=13;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=68;FWDB=-0.00944897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6043;QD=13.7821;RBI=0.0369438;REFB=-0.00339442;REVB=-0.035715;RO=88;SAF=13;SAR=50;SRF=22;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065922;STB=0.550382;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00579095;OID=.;OPOS=104480071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:88:93:63:62:0.4:50:13:22:66:49:13:25:68 chr14 104480201 . C A 2461.85 PASS AF=0.97619;AO=163;DP=170;FAO=164;FDP=168;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0125255;FXX=0.011764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3299;QD=58.6154;RBI=0.0135898;REFB=-0.0852833;REVB=-0.00527196;RO=3;SAF=67;SAR=96;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146359;STB=0.5101;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0031688;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:170:168:3:4:163:164:0.97619:96:67:0:3:97:67:0:4 chr14 104559552 . G C 553.73 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0390758;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.294;QD=21.0946;RBI=0.0422277;REFB=-0.0139969;REVB=-0.0160081;RO=49;SAF=31;SAR=25;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716506;STB=0.539392;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0134894;OID=.;OPOS=104559552;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:49:49:56:56:0.533333:25:31:23:26:25:31:23:26 chr14 104559623 . T C 4199.37 PASS AF=1;AO=259;DP=261;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224268;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.07;QD=62.2129;RBI=0.0739679;REFB=-0.10543;REVB=0.0704861;RO=0;SAF=134;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800386;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:261:270:0:0:259:270:1:125:134:0:0:132:138:0:0 chr14 104559852 . T C 730.69 PASS AF=0.493243;AO=69;DP=144;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=16;FWDB=-0.0353608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7893;QD=19.7484;RBI=0.0623507;REFB=-0.00814709;REVB=-0.0513538;RO=74;SAF=30;SAR=39;SRF=59;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331556;STB=0.659774;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.007502;OID=.;OPOS=104559852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:148:74:75:69:73:0.493243:39:30:59:15:39:34:59:16 chr14 104559919 . T C 554.83 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=12;FWDB=-0.0433629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.7923;QD=18.4944;RBI=0.0433865;REFB=0.00172583;REVB=-0.0014305;RO=59;SAF=25;SAR=33;SRF=47;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325729;STB=0.687441;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00434936;OID=.;OPOS=104559919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:59:62:58:58:0.483333:33:25:47:12:33:25:50:12 chr14 104559922 . C G 506.12 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=10;FWDB=-0.0186551;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.553;QD=17.7585;RBI=0.0286018;REFB=-0.0024195;REVB=0.0216806;RO=59;SAF=24;SAR=30;SRF=49;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355749;STB=0.698048;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00284431;OID=.;OPOS=104559922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:59:60:54:54:0.473684:30:24:49:10:30:24:50:10 chr14 104563932 . G T 1289.03 PASS AF=0.505747;AO=125;DP=255;FAO=132;FDP=261;FR=.;FRO=129;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=-0.00268519;FXX=0.0113632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.569;QD=19.7552;RBI=0.0173313;REFB=-0.00735979;REVB=0.017122;RO=128;SAF=53;SAR=72;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346118;STB=0.505262;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00668908;OID=.;OPOS=104563932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:261:128:129:125:132:0.505747:72:53:59:69:72:60:60:69 chr14 104571054 . C G 2174.88 PASS AF=0.530151;AO=211;DP=401;FAO=211;FDP=398;FR=.;FRO=187;FSAF=67;FSAR=144;FSRF=90;FSRR=97;FWDB=0.014653;FXX=0.00995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1872;QD=21.8581;RBI=0.033315;REFB=0.00514184;REVB=-0.0299196;RO=189;SAF=67;SAR=144;SRF=93;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162735;STB=0.583349;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00475976;OID=.;OPOS=104571054;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:401:398:189:187:211:211:0.530151:144:67:93:96:144:67:90:97 chr14 104624156 . GCC GC,GCG 7027.4 PASS AF=0.965074,0.0349265;AO=154,25;DP=545;FAO=525,19;FDP=544;FR=.;FRO=0;FSAF=314,0;FSAR=211,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.02586,0.130959;FXX=0.00183483;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.5571,228.722;QD=51.6721;RBI=1.07067,0.130994;REFB=0,0;REVB=0.306507,-0.0030244;RO=355;SAF=1,0;SAR=153,25;SRF=307;SRR=48;SSEN=0.487603,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.882786,-0.782414;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00431109,0.0616174;OID=.,.;OPOS=104624157,104624158;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.965074,0.0349265:154,25:545:525,19:544:0:314,0:211,19:0:0:14:355:1,0:153,25:307:48 chr14 104633266 . G A 552.61 PASS AF=0.408163;AO=60;DP=147;FAO=60;FDP=147;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=0.00294866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.609;QD=15.037;RBI=0.00296101;REFB=-0.0263045;REVB=-0.000270129;RO=86;SAF=18;SAR=42;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125363;STB=0.568123;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0336284;OID=.;OPOS=104633266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:86:87:60:60:0.408163:42:18:35:51:42:18:35:52 chr14 104641612 . T C 1340.1 PASS AF=0.519084;AO=121;DP=253;FAO=136;FDP=262;FR=.;FRO=126;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=0.0085316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.772;QD=20.4596;RBI=0.0170832;REFB=-0.0201699;REVB=-0.0148003;RO=121;SAF=60;SAR=61;SRF=49;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829532;STB=0.545463;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0130882;OID=.;OPOS=104641612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:262:121:126:121:136:0.519084:61:60:49:72:67:69:52:74 chr14 104642341 . A G 1696.66 PASS AF=0.515432;AO=167;DP=324;FAO=167;FDP=324;FR=.;FRO=157;FSAF=24;FSAR=143;FSRF=43;FSRR=114;FWDB=-0.0212608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.34;QD=20.9465;RBI=0.0221661;REFB=-0.0145221;REVB=-0.00627012;RO=156;SAF=24;SAR=143;SRF=43;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197852;STB=0.608341;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0134617;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:324:156:157:167:167:0.515432:143:24:43:113:143:24:43:114 chr14 104642422 . A G 285.38 PASS AF=0.342593;AO=35;DP=106;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0211799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.084;QD=10.5695;RBI=0.0258003;REFB=-0.0130793;REVB=-0.0147333;RO=68;SAF=17;SAR=18;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330791;STB=0.522749;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0145462;OID=.;OPOS=104642422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:68:71:35:37:0.342593:18:17:35:33:19:18:37:34 chr14 104643270 . C T 747.18 PASS AF=0.496644;AO=73;DP=149;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=57;FSRF=23;FSRR=52;FWDB=0.0200025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.813;QD=20.0586;RBI=0.0213239;REFB=-0.0298574;REVB=0.00738955;RO=76;SAF=16;SAR=57;SRF=24;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11996;STB=0.551643;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0309041;OID=.;OPOS=104643270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:76:75:73:74:0.496644:57:16:24:52:57:17:23:52 chr14 104643409 . A G 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0159271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.292;QD=26.3379;RBI=0.0268324;REFB=-0.0268614;REVB=-0.0215941;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274337;STB=0.652041;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0279148;OID=.;OPOS=104643409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:15:8:11:4:15:8:11:4 chr14 104644147 . C T 232.96 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0795502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0271;QD=12.765;RBI=0.083495;REFB=-0.012255;REVB=0.025361;RO=44;SAF=16;SAR=12;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463753;STB=0.518059;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0204011;OID=.;OPOS=104644147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:45:28:28:0.383562:12:16:27:17:12:16:27:18 chr14 104646448 . G A 1995.32 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024997;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.047;QD=61.3944;RBI=0.103393;REFB=-0.137929;REVB=0.100326;RO=0;SAF=52;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00237453;OID=.;OPOS=104646448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:130:0:1:129:129:0.992308:77:52:0:0:77:52:1:0 chr14 104710651 . C T 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0494556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4563;QD=24.7077;RBI=0.0502159;REFB=0.0295342;REVB=0.00870487;RO=17;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322893;STB=0.51799;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0231226;OID=.;OPOS=104710651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:17:6:5:12:17:6:5:12 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 817.16 PASS AF=0.325301;AO=99;DP=275;FAO=108;FDP=332;FR=.;FRO=224;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=114;FSRR=110;FWDB=0.0105881;FXX=0.0647869;HRUN=1;LEN=9;MLLD=263.137;QD=9.84531;RBI=0.0234881;REFB=-0.0231496;REVB=0.0209663;RO=111;SAF=49;SAR=50;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263825;STB=0.518515;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=0.0462121;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325301:99:275:108:332:224:52:56:114:110:99:111:49:50:58:53 chr14 105058498 . A G 630.9 PASS AF=0.492308;AO=63;DP=129;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0203556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.266;QD=19.4123;RBI=0.029936;REFB=-0.0266441;REVB=0.0219503;RO=66;SAF=27;SAR=36;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806903;STB=0.539639;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0294808;OID=.;OPOS=105058498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:66:66:63:64:0.492308:36:27:34:32:36:28:34:32 chr14 105070791 . G T 775.86 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.0125678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5404;QD=22.3269;RBI=0.0375337;REFB=-0.0131272;REVB=0.0353671;RO=65;SAF=21;SAR=53;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557354;STB=0.530609;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00964905;OID=.;OPOS=105070791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:65:65:74:74:0.532374:53:21:22:43:53:21:22:43 chr14 105071055 . G A 778.02 PASS AF=0.582677;AO=69;DP=122;FAO=74;FDP=127;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=54;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0507956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2535;QD=24.5045;RBI=0.052402;REFB=-0.037855;REVB=0.0128755;RO=50;SAF=16;SAR=53;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109006;STB=0.544737;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0192723;OID=.;OPOS=105071055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:127:50:53:69:74:0.582677:53:16:17:33:54:20:19:34 chr14 105150467 . G A 417.43 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0108177;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3163;QD=17.0378;RBI=0.0263452;REFB=-0.011459;REVB=0.0240218;RO=55;SAF=9;SAR=34;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277158;STB=0.657213;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0171046;OID=.;OPOS=105150467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:34:9:24:31:34:9:24:31 chr14 105167807 . C T 3399.69 PASS AF=0.990991;AO=220;DP=222;FAO=220;FDP=222;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=118;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0155882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.426;QD=61.2556;RBI=0.0159164;REFB=-0.0221004;REVB=0.00321552;RO=0;SAF=102;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500329;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=2.66725e-06;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:222:222:0:2:220:220:0.990991:118:102:0:0:118:102:1:1 chr14 105170222 . G A 252.99 PASS AF=0.394737;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0076801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.498;QD=13.3151;RBI=0.00943351;REFB=-0.00186034;REVB=-0.00547788;RO=44;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102435;STB=0.546379;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00166199;OID=.;OPOS=105170222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:46:29:30:0.394737:13:16:20:24:14:16:21:25 chr14 105173831 . G T 482.73 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0192236;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.699;QD=18.5665;RBI=0.0196165;REFB=-0.00740676;REVB=-0.00390657;RO=53;SAF=23;SAR=28;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712107;STB=0.539463;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0087775;OID=.;OPOS=105173831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:53:53:51:51:0.490385:28:23:28:25:28:23:28:25 chr14 105177351 . CA C,CG 3851.28 PASS AF=0.971888,0.0281124;AO=229,17;DP=250;FAO=242,7;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=117,0;FSAR=125,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234239,0.00542056;FXX=0.00399984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.5415,67.7608;QD=61.8679;RBI=0.0108035,0.00570547;REFB=0,0;REVB=-0.0105465,0.00178041;RO=0;SAF=114,2;SAR=115,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.95117e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000798237,0.00737971;OID=.,.;OPOS=105177352,105177352;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.971888,0.0281124:229,17:250:242,7:249:0:117,0:125,7:0:0:5:0:114,2:115,15:0:0 chr14 105179194 . T C 3536.25 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748007;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.577;QD=62.5886;RBI=0.0407551;REFB=0.0208207;REVB=0.0400628;RO=1;SAF=105;SAR=120;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451662;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7692e-05;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:226:226:1:0:225:226:1:120:105:1:0:121:105:0:0 chr14 105180565 . T C 2374.17 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0673;QD=60.1056;RBI=0.0414408;REFB=-0.0466972;REVB=-0.0343326;RO=1;SAF=56;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034315;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:146:158:1:0:145:158:1:89:56:1:0:89:69:0:0 chr14 105180706 . A C 1605.73 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.59;QD=60.0274;RBI=0.0146096;REFB=0;REVB=-9.35246e-05;RO=0;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40621e-06;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:104:107:1:61:43:0:0:62:45:0:0 chr14 105309608 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1075;QD=35.5748;RBI=0.0611709;REFB=0;REVB=-0.0260098;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00471771;OID=.;OPOS=105309608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr14 105309966 . G A 476.01 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164726;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.698;QD=56.0009;RBI=0.040503;REFB=0.109109;REVB=0.037002;RO=1;SAF=7;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621254;STB=0.533312;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0006419;OID=.;OPOS=105309966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:33:33:0.970588:26:7:1:0:26:7:1:0 chr14 105310163 . G A 233.48 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00714423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6864;QD=15.0633;RBI=0.0822832;REFB=-0.0236402;REVB=0.0819725;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217077;STB=0.512306;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0335509;OID=.;OPOS=105310163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:16:11:15:20:16:11:15:20 chr14 105310258 . GCCTCCCCTCCCCTCCCCTA GCCTCCCCTCCCCT,GCCTCCCCTCCCCTA 1212.07 PASS AF=0,1;AO=15,51;DP=99;FAO=0,98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=0,49;FSAR=0,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371647,0.0906932;FXX=0.0101;HRUN=4,4;LEN=6,5;MLLD=67.0653,112.919;QD=49.4721;RBI=0.0378848,0.0951267;REFB=0,0;REVB=-0.00735144,0.0287024;RO=0;SAF=12,15;SAR=3,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.746e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00625355;OID=.,.;OPOS=105310272,105310259;OREF=CCCCTA,CCTCC;OALT=-,-;OMAPALT=GCCTCCCCTCCCCT,GCCTCCCCTCCCCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:15,51:99:0,98:98:0:0,49:0,49:0:0:21:0:12,15:3,36:0:0 chr14 105310498 . T C 1028.87 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0295967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2002;QD=57.9645;RBI=0.0920394;REFB=-0.0634935;REVB=-0.0871509;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122785;STB=0.506327;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-2.64975e-05;OID=.;OPOS=105310498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:38:31:0:1:39:31:0:1 chr14 105310677 . T G 764.8 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.001;QD=56.6522;RBI=0.0600683;REFB=0;REVB=0.00873221;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37882e-05;OID=.;OPOS=105310677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:24:26:0:0:24:30:0:0 chr14 105311249 . G A 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0207792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.3;QD=10.8325;RBI=0.0217421;REFB=-0.015239;REVB=0.00639856;RO=40;SAF=15;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156324;STB=0.584943;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0281462;OID=.;OPOS=105311249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:22:22:0.349206:7:15:22:18:7:15:23:18 chr14 105312054 . A G 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.689;QD=59.3215;RBI=0.0058448;REFB=0;REVB=-0.00395532;RO=0;SAF=17;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.17175e-06;OID=.;OPOS=105312054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:51:17:0:0:51:17:0:0 chr14 105312067 . T C 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.28;QD=58.2374;RBI=0.0313818;REFB=0;REVB=0.0146357;RO=0;SAF=15;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96046e-05;OID=.;OPOS=105312067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:47:15:0:0:47:15:0:0 chr14 105344293 . C T 734.08 PASS AF=0.489933;AO=71;DP=149;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0563861;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.717;QD=19.707;RBI=0.0564204;REFB=-0.00785533;REVB=-0.00196765;RO=76;SAF=27;SAR=44;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114993;STB=0.560996;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00718111;OID=.;OPOS=105344293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:76:76:71:73:0.489933:44:27:38:38:45:28:38:38 chr14 105344761 . C T 325.19 PASS AF=0.409091;AO=35;DP=87;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0443312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.969;QD=14.7815;RBI=0.0458611;REFB=-0.0295303;REVB=-0.0117467;RO=52;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254843;STB=0.522715;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0430983;OID=.;OPOS=105344761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:52:52:35:36:0.409091:18:17:24:28:18:18:24:28 chr14 105344823 . G A 539.84 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0157671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.043;QD=24.5381;RBI=0.0185033;REFB=-0.0107636;REVB=0.00968361;RO=38;SAF=22;SAR=28;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363749;STB=0.519918;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00808472;OID=.;OPOS=105344823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:50:50:0.568182:28:22:15:23:28:22:15:23 chr14 105346632 . G A 344.15 PASS AF=0.529412;AO=24;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=32;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.210296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.101;QD=20.2442;RBI=0.210297;REFB=-0.00741371;REVB=-0.000316565;RO=21;SAF=5;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233302;STB=0.569994;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00834329;OID=.;OPOS=105346632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:32:24:36:0.529412:19:5:9:12:20:16:19:13 chr14 105349388 . A C 1091.66 PASS AF=1;AO=49;DP=75;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.975;QD=60.6475;RBI=0.127046;REFB=0;REVB=-0.00192618;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267136;OID=.;OPOS=105349388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:72:0:0:49:72:1:36:13:0:0:33:39:0:0 chr14 105350355 . A G 556.23 PASS AF=0.416107;AO=60;DP=148;FAO=62;FDP=149;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.00761635;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.962;QD=14.9323;RBI=0.0183749;REFB=-0.00126799;REVB=0.016722;RO=81;SAF=26;SAR=34;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751575;STB=0.54793;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00280468;OID=.;OPOS=105350355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:81:87:60:62:0.416107:34:26:41:40:35:27:45:42 chr14 105350799 . C T 95.34 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.784;QD=34.6673;RBI=0.0328158;REFB=-0.13918;REVB=0.0291737;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00440783;OID=.;OPOS=105350799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:6:4:0:0:6:4:0:1 chr14 105350868 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0649059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.264;QD=39.3181;RBI=0.0650745;REFB=-0.00371558;REVB=0.0046815;RO=1;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17901;STB=0.599828;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000501089;OID=.;OPOS=105350868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:11:2:1:0:11:2:1:0 chr14 105352884 . CGCAGGA C 519.2 PASS AF=0.443548;AO=51;DP=144;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.00874991;FXX=0.132858;HRUN=1;LEN=6;MLLD=277.488;QD=16.7485;RBI=0.00875053;REFB=-0.0155695;REVB=0.000104466;RO=77;SAF=15;SAR=36;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227287;STB=0.585783;STBP=0.107;TYPE=del;VARB=0.0184711;OID=.;OPOS=105352885;OREF=GCAGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443548:51:144:55:124:69:19:36:34:35:99:77:15:36:38:39 chr14 105354293 . A G 2146.24 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133122;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.428;QD=62.6639;RBI=0.0518567;REFB=0;REVB=0.0501189;RO=0;SAF=64;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141342;OID=.;OPOS=105354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:137:0:0:130:137:1:66:64:0:0:72:65:0:0 chr14 105355968 . CCGAGG CCGAG,GACCGA 759.93 PASS AF=0.90411,0.0958904;AO=8,7;DP=73;FAO=66,7;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=16,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.600584,0.0913273;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,6;MLLD=15.5932,97.5068;QD=41.6401;RBI=0.927253,0.174503;REFB=0.211676,0.144466;REVB=-0.706468,-0.148696;RO=36;SAF=7,0;SAR=1,7;SRF=34;SRR=2;SSEN=0.415966,0;SSEP=0.366849,0;SSSB=-0.257666,-0.858882;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0390417,0.202775;OID=.,.;OPOS=105355972,105355968;OREF=G,CCGAGG;OALT=-,GACCGA;OMAPALT=CCGAG,GACCGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:73:73:36:0:8,7:66,7:0.90411,0.0958904:1,7:7,0:34:2:16,7:50,0:0:0 chr14 105361424 . G A 1156.52 PASS AF=0.554404;AO=107;DP=191;FAO=107;FDP=193;FR=.;FRO=86;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=-0.0233313;FXX=0.00515437;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.145;QD=23.9693;RBI=0.0233319;REFB=-0.0267262;REVB=-0.000170035;RO=83;SAF=44;SAR=63;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416183;STB=0.523541;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0248448;OID=.;OPOS=105361424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:83:86:107:107:0.554404:63:44:30:53:63:44:31:55 chr14 105361934 . T C 1608.81 PASS AF=0.949153;AO=108;DP=116;FAO=112;FDP=118;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0151321;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.296;QD=54.536;RBI=0.0198283;REFB=-0.0256538;REVB=0.0128134;RO=5;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405109;STB=0.516077;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000418297;OID=.;OPOS=105361934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:116:118:5:6:108:112:0.949153:56:52:0:5:58:54:1:5 chr14 105393556 . G C 884.98 PASS AF=0.566667;AO=82;DP=149;FAO=85;FDP=150;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0439719;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9077;QD=23.5996;RBI=0.0439978;REFB=-0.0234407;REVB=0.00150885;RO=64;SAF=35;SAR=47;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00875025;STB=0.515294;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0217318;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:64:65:82:85:0.566667:47:35:28:36:50:35:29:36 chr14 105398392 . G A 479.89 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=-0.00341106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.952;QD=18.2815;RBI=0.00401256;REFB=-0.0309121;REVB=-0.00211312;RO=54;SAF=11;SAR=40;SRF=13;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335308;STB=0.518631;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.038812;OID=.;OPOS=105398392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:40:11:13:41:40:11:13:41 chr14 105404014 . G A 425.32 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0547465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.125;QD=18.9032;RBI=0.0549486;REFB=0.00307942;REVB=0.00470898;RO=47;SAF=23;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626291;STB=0.534868;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00576985;OID=.;OPOS=105404014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:20:23:22:25:20:23:22:25 chr14 105405599 . G C 614.59 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00707784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.396;QD=21.9495;RBI=0.0124412;REFB=-0.0122857;REVB=0.0102317;RO=51;SAF=29;SAR=32;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122988;STB=0.506743;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0100132;OID=.;OPOS=105405599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:51:61:61:0.544643:32:29:25:26:32:29:25:26 chr14 105405942 . G A 492.42 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0360758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.5;QD=20.0988;RBI=0.0434939;REFB=-0.0255695;REVB=-0.0242952;RO=49;SAF=25;SAR=23;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650582;STB=0.540582;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0253401;OID=.;OPOS=105405942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:23:25:29:20:23:25:30:20 chr14 105406238 . A C 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0114512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.957;QD=23.9645;RBI=0.0115372;REFB=-0.00642825;REVB=0.0014056;RO=18;SAF=19;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411822;STB=0.73242;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00440341;OID=.;OPOS=105406238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:4:19:7:11:4:19:7:11 chr14 105406848 . G A 298.53 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0201377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.991;QD=19.2598;RBI=0.0208299;REFB=-0.0359828;REVB=0.00532487;RO=30;SAF=22;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203585;STB=0.61366;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.028232;OID=.;OPOS=105406848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:10:22:14:16:10:22:14:16 chr14 105407031 . A G 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0253243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.34;QD=14.119;RBI=0.0285626;REFB=-0.0300136;REVB=0.0132099;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072935;STB=0.541494;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0468479;OID=.;OPOS=105407031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:13:14:17:21:13:14:17:21 chr14 105407208 . T C 331.44 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0206869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7448;QD=18.6728;RBI=0.0312397;REFB=-0.00100672;REVB=0.0234088;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218204;STB=0.605037;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000888806;OID=.;OPOS=105407208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:36:35:35:0.492958:16:19:10:24:16:19:12:24 chr14 105407327 . G A 213.51 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0559682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.578;QD=16.1137;RBI=0.0560228;REFB=0.0144869;REVB=-0.00247302;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181523;STB=0.601928;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0157879;OID=.;OPOS=105407327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:7:22:14:10:7:22 chr14 105407525 . G A 235.42 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0270686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8463;QD=13.2632;RBI=0.0384755;REFB=-0.0110164;REVB=-0.0273433;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220888;STB=0.625535;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0195333;OID=.;OPOS=105407525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:13:15:14:29:13:15:14:29 chr14 105407798 . T C 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00658183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3181;QD=27.2641;RBI=0.00793742;REFB=-0.011662;REVB=0.00443646;RO=13;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563967;STB=0.531222;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00299673;OID=.;OPOS=105407798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:10:12:6:7:10:12:6:7 chr14 105408030 . A G 401.09 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.00471996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.757;QD=24.3085;RBI=0.00473017;REFB=-0.00654873;REVB=0.000310635;RO=27;SAF=25;SAR=14;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148065;STB=0.58072;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00435204;OID=.;OPOS=105408030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:14:25:22:5:14:25:22:5 chr14 105408315 . T C 758.89 PASS AF=0.51773;AO=73;DP=141;FAO=73;FDP=141;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.000426483;FXX=0.00704176;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4352;QD=21.5287;RBI=0.0171613;REFB=0.00326741;REVB=-0.017156;RO=67;SAF=28;SAR=45;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714926;STB=0.536245;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00371788;OID=.;OPOS=105408315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:67:68:73:73:0.51773:45:28:31:36:45:28:31:37 chr14 105408811 . A G 629.13 PASS AF=0.589474;AO=56;DP=95;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.030953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5431;QD=26.4895;RBI=0.0705836;REFB=-0.00382617;REVB=-0.0634347;RO=39;SAF=26;SAR=30;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172834;STB=0.509431;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00328584;OID=.;OPOS=105408811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:39:56:56:0.589474:30:26:19:20:30:26:19:20 chr14 105408827 . A C 632.37 PASS AF=0.580952;AO=61;DP=106;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0667873;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5087;QD=24.0901;RBI=0.0671305;REFB=-0.0181628;REVB=-0.00678026;RO=45;SAF=28;SAR=33;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578506;STB=0.536238;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0183925;OID=.;OPOS=105408827;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:45:44:61:61:0.580952:33:28:24:21:33:28:24:20 chr14 105408955 . A G 595.83 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.000474197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.262;QD=19.3766;RBI=0.0355877;REFB=-0.0171462;REVB=-0.0355846;RO=62;SAF=31;SAR=30;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810249;STB=0.544712;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0201554;OID=.;OPOS=105408955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:62:61:61:0.495935:30:31:37:25:30:31:37:25 chr14 105409959 . G T 1099.22 PASS AF=0.468619;AO=108;DP=233;FAO=112;FDP=239;FR=.;FRO=127;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=0.0737591;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8606;QD=18.3971;RBI=0.0748024;REFB=-0.015402;REVB=0.0124494;RO=125;SAF=49;SAR=59;SRF=64;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05672;STB=0.516341;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0159164;OID=.;OPOS=105409959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:239:125:127:108:112:0.468619:59:49:64:61:59:53:64:63 chr14 105410183 . T C 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0502172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.612;QD=20.9022;RBI=0.0505608;REFB=-0.0126191;REVB=0.00588528;RO=28;SAF=19;SAR=14;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236831;STB=0.630782;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0117799;OID=.;OPOS=105410183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:14:19:8:20:14:19:8:20 chr14 105410411 . C T 475.27 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00536051;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.546;QD=21.6033;RBI=0.0108405;REFB=-0.00677344;REVB=-0.00942239;RO=42;SAF=26;SAR=19;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056748;STB=0.507619;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00661306;OID=.;OPOS=105410411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:45:46:0.522727:19:26:24:18:19:27:24:18 chr14 105410775 . A G 413.69 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00364129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.503;QD=16.3839;RBI=0.0145509;REFB=-0.00561584;REVB=-0.0140879;RO=56;SAF=17;SAR=28;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887325;STB=0.549749;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00591913;OID=.;OPOS=105410775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:28:17:26:30:28:17:26:30 chr14 105410827 . C T 313.85 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0125422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.637;QD=14.5977;RBI=0.0126604;REFB=-0.00742891;REVB=-0.00172585;RO=51;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959397;STB=0.554471;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0108465;OID=.;OPOS=105410827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:21:14:25:26:21:14:25:26 chr14 105411162 . C T 394.5 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00901192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.597;QD=19.9749;RBI=0.0181334;REFB=-0.0165082;REVB=0.0157355;RO=39;SAF=8;SAR=32;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394368;STB=0.720809;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00659548;OID=.;OPOS=105411162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:32:8:23:16:32:8:23:16 chr14 105411700 . A G 548.95 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00661949;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6378;QD=20.5216;RBI=0.0555217;REFB=-0.03777;REVB=-0.0551257;RO=51;SAF=25;SAR=31;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827911;STB=0.545501;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.048704;OID=.;OPOS=105411700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:51:51:56:56:0.523364:31:25:18:33:31:25:18:33 chr14 105411781 . G A 771.42 PASS AF=0.617391;AO=71;DP=115;FAO=71;FDP=115;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.020644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3929;QD=26.832;RBI=0.0497183;REFB=-0.0339266;REVB=0.0452298;RO=44;SAF=40;SAR=31;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771553;STB=0.54186;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0189549;OID=.;OPOS=105411781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:44:44:71:71:0.617391:31:40:20:24:31:40:20:24 chr14 105412259 . GG CC 716.14 PASS AF=0.483871;AO=75;DP=156;FAO=75;FDP=155;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0203518;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=2;MLLD=95.0887;QD=18.481;RBI=0.020909;REFB=-0.00595478;REVB=0.004795;RO=80;SAF=38;SAR=37;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295807;STB=0.516336;STBP=0.709;TYPE=mnp;VARB=0.00624594;OID=.;OPOS=105412259;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:80:80:75:75:0.483871:37:38:38:42:37:38:38:42 chr14 105412541 . CA TG 56.63 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.0169762;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.287;QD=3.06116;RBI=0.0170581;REFB=-0.00421944;REVB=-0.00166953;RO=62;SAF=3;SAR=8;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732834;STB=0.545908;STBP=0.787;TYPE=mnp;VARB=0.0341605;OID=.;OPOS=105412541;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:62:63:11:11:0.148649:8:3:20:42:8:3:20:43 chr14 105412554 . T G 42.85 PASS AF=0.126761;AO=7;DP=68;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.0145913;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.675;QD=2.414;RBI=0.0157859;REFB=-0.00185124;REVB=-0.00602389;RO=59;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110443;STB=0.505251;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0340867;OID=.;OPOS=105412554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:68:71:59:62:7:9:0.126761:4:3:20:39:6:3:21:41 chr14 105412561 . C T 63.08 PASS AF=0.177419;AO=10;DP=61;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0371239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.017;QD=4.06955;RBI=0.0376481;REFB=-0.0179146;REVB=-0.00626049;RO=51;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356731;STB=0.507872;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0227676;OID=.;OPOS=105412561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:61:62:51:51:10:11:0.177419:6:4:19:32:7:4:19:32 chr14 105413142 . TG CA 50.77 PASS AF=0.104;AO=13;DP=125;FAO=13;FDP=125;FR=.;FRO=112;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=68;FWDB=-0.0242256;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.52;QD=1.62459;RBI=0.0242385;REFB=-4.10403e-05;REVB=0.000791148;RO=111;SAF=1;SAR=12;SRF=43;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459844;STB=0.870279;STBP=0.015;TYPE=mnp;VARB=0.000123436;OID=.;OPOS=105413142;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:125:125:111:112:13:13:0.104:12:1:43:68:12:1:44:68 chr14 105413204 . G T 476.17 PASS AF=0.388489;AO=54;DP=139;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.000700617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.609;QD=13.7028;RBI=0.0213899;REFB=-0.000353355;REVB=0.0213785;RO=85;SAF=27;SAR=27;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317785;STB=0.517979;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.000667004;OID=.;OPOS=105413204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:85:85:54:54:0.388489:27:27:40:45:27:27:40:45 chr14 105413223 . A G 482.98 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=132;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0142485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.243;QD=14.6359;RBI=0.0222726;REFB=-0.0131033;REVB=-0.0171187;RO=75;SAF=28;SAR=26;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153629;STB=0.50337;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0192949;OID=.;OPOS=105413223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:75:78:54:54:0.409091:26:28:40:35:26:28:40:38 chr14 105413791 . G A 661.65 PASS AF=0.482014;AO=66;DP=138;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0271133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6072;QD=19.0403;RBI=0.0612349;REFB=0.000827667;REVB=0.0549052;RO=71;SAF=22;SAR=44;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117954;STB=0.572497;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.000364284;OID=.;OPOS=105413791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:71:72:66:67:0.482014:44:22:32:39:45:22:33:39 chr14 105414238 . C A 551.12 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0132026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.111;QD=20.7968;RBI=0.0272371;REFB=-0.0183169;REVB=0.0238233;RO=50;SAF=22;SAR=34;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242362;STB=0.513338;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.015963;OID=.;OPOS=105414238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:50:56:56:0.528302:34:22:21:29:34:22:21:29 chr14 105414252 . C T 572.8 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0318299;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7417;QD=23.6207;RBI=0.0395558;REFB=-0.0199687;REVB=0.0234845;RO=36;SAF=21;SAR=32;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139622;STB=0.504683;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0174607;OID=.;OPOS=105414252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:36:44:53:53:0.546392:32:21:8:28:32:21:17:27 chr14 105414280 . T G 610.07 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0450994;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7755;QD=25.1576;RBI=0.0460632;REFB=-0.0329328;REVB=-0.00937353;RO=41;SAF=26;SAR=29;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648874;STB=0.529601;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0220255;OID=.;OPOS=105414280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:41:42:55:55:0.56701:29:26:16:25:29:26:17:25 chr14 105414629 . G A 332.17 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00157807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.027;QD=13.8403;RBI=0.0100074;REFB=-0.00470541;REVB=0.00988219;RO=59;SAF=16;SAR=21;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118554;STB=0.567531;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00718248;OID=.;OPOS=105414629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:21:16:32:27:21:16:32:27 chr14 105414790 . A G 667.73 PASS AF=0.470199;AO=71;DP=152;FAO=71;FDP=151;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0205276;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0084;QD=17.6883;RBI=0.0375395;REFB=-0.00595549;REVB=-0.0314298;RO=77;SAF=34;SAR=37;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137792;STB=0.504576;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00955891;OID=.;OPOS=105414790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:77:80:71:71:0.470199:37:34:38:39:37:34:39:41 chr14 105414810 . C G 704.54 PASS AF=0.480519;AO=73;DP=153;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.00972378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.679;QD=18.2996;RBI=0.0198659;REFB=-0.00197034;REVB=0.0173234;RO=79;SAF=38;SAR=35;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609046;STB=0.526475;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00242488;OID=.;OPOS=105414810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:79:80:73:74:0.480519:35:38:36:43:36:38:37:43 chr14 105415200 . G C 30.81 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0105173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7982;QD=1.36917;RBI=0.0604988;REFB=-0.00117602;REVB=0.0595776;RO=82;SAF=1;SAR=7;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391952;STB=0.829208;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0222473;OID=.;OPOS=105415200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:82:82:8:8:0.0888889:7:1:36:46:7:1:36:46 chr14 105415352 . G C 3895.42 PASS AF=0.992157;AO=250;DP=253;FAO=253;FDP=255;FR=.;FRO=2;FSAF=127;FSAR=126;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.031025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.217;QD=61.1046;RBI=0.0511819;REFB=-0.144345;REVB=0.0407068;RO=2;SAF=126;SAR=124;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.04834e-05;STB=0.500015;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000231547;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:253:255:2:2:250:253:0.992157:124:126:1:1:126:127:1:1 chr14 105415431 . C G 57.1 PASS AF=0.0763889;AO=22;DP=288;FAO=22;FDP=288;FR=.;FRO=266;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=119;FSRR=147;FWDB=0.0140368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1044;QD=0.793023;RBI=0.0204033;REFB=0.0016299;REVB=-0.0148076;RO=263;SAF=6;SAR=16;SRF=116;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200725;STB=0.671429;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0251679;OID=.;OPOS=105415431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:288:288:263:266:22:22:0.0763889:16:6:116:147:16:6:119:147 chr14 105415433 . T C 57.3 PASS AF=0.0766551;AO=22;DP=287;FAO=22;FDP=287;FR=.;FRO=265;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=118;FSRR=147;FWDB=-0.0286509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.224;QD=0.798668;RBI=0.0676028;REFB=-0.00133336;REVB=-0.0612312;RO=264;SAF=6;SAR=16;SRF=118;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206634;STB=0.669656;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.02357;OID=.;OPOS=105415433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:287:287:264:265:22:22:0.0766551:16:6:118:146:16:6:118:147 chr14 105415469 . T C 1474.71 PASS AF=0.555102;AO=136;DP=240;FAO=136;FDP=245;FR=.;FRO=109;FSAF=55;FSAR=81;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=-0.0120817;FXX=0.00406488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.7148;QD=24.0769;RBI=0.0139931;REFB=-0.00959227;REVB=-0.00705969;RO=104;SAF=55;SAR=81;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390066;STB=0.520672;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00874832;OID=.;OPOS=105415469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:245:104:109:136:136:0.555102:81:55:47:57:81:55:49:60 chr14 105415497 . T C 247.57 PASS AF=0.200935;AO=43;DP=214;FAO=43;FDP=214;FR=.;FRO=171;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=72;FSRR=99;FWDB=0.0173917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.025;QD=4.62741;RBI=0.0179017;REFB=-0.00183031;REVB=-0.00424263;RO=171;SAF=17;SAR=26;SRF=72;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341428;STB=0.521279;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00877936;OID=.;OPOS=105415497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:171:171:43:43:0.200935:26:17:72:99:26:17:72:99 chr14 105415551 . C G 198.48 PASS AF=0.211921;AO=32;DP=151;FAO=32;FDP=151;FR=.;FRO=119;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=75;FWDB=0.0191752;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7938;QD=5.25763;RBI=0.0223103;REFB=-0.0109584;REVB=-0.0114044;RO=113;SAF=15;SAR=17;SRF=43;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113663;STB=0.579054;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0313384;OID=.;OPOS=105415551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:113:119:32:32:0.211921:17:15:43:70:17:15:44:75 chr14 105415577 . G A 152.84 PASS AF=0.217391;AO=25;DP=117;FAO=25;FDP=115;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=60;FWDB=0.0238508;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6808;QD=5.31629;RBI=0.0681954;REFB=0.0191682;REVB=0.0638886;RO=92;SAF=11;SAR=14;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121175;STB=0.58639;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0413115;OID=.;OPOS=105415577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:92:90:25:25:0.217391:14:11:32:60:14:11:30:60 chr14 105415587 . G A 147.05 PASS AF=0.22449;AO=22;DP=98;FAO=22;FDP=98;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=-0.021563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.787;QD=6.00189;RBI=0.0253628;REFB=0.00292474;REVB=0.0133532;RO=76;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107041;STB=0.565758;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00467515;OID=.;OPOS=105415587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:76:76:22:22:0.22449:13:9:25:51:13:9:25:51 chr14 105415607 . C G 62.97 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.000495248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.264;QD=3.27125;RBI=0.00961037;REFB=-0.00244477;REVB=-0.0095976;RO=65;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204712;STB=0.636153;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.014893;OID=.;OPOS=105415607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:65:65:12:12:0.155844:6:6:22:43:6:6:22:43 chr14 105415608 . G C 181.26 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.00969539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.332;QD=9.41616;RBI=0.0131494;REFB=-0.013011;REVB=-0.00888298;RO=52;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110196;STB=0.569421;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0317299;OID=.;OPOS=105415608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:53:24:24:0.311688:14:10:17:35:14:10:17:36 chr14 105415812 . T C 475.05 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00262992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.579;QD=24.3615;RBI=0.0133737;REFB=-0.033047;REVB=-0.0131126;RO=32;SAF=30;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182074;STB=0.607094;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0221043;OID=.;OPOS=105415812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:32:33:45:45:0.576923:15:30:14:18:15:30:14:19 chr14 105416010 . T C 432.17 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00628832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.636;QD=17.8212;RBI=0.02444;REFB=-0.00474608;REVB=-0.0236172;RO=53;SAF=30;SAR=14;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197246;STB=0.610673;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00588263;OID=.;OPOS=105416010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:14:30:26:27:14:30:26:27 chr14 105416220 . T A 492.88 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0103567;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.309;QD=18.5994;RBI=0.0181413;REFB=-0.00535618;REVB=0.0148946;RO=54;SAF=28;SAR=24;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136865;STB=0.575729;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00615799;OID=.;OPOS=105416220;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:54:54:52:52:0.490566:24:28:21:33:24:28:21:33 chr14 105416685 . C G 1972.67 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00452543;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.756;QD=62.1314;RBI=0.0468978;REFB=0;REVB=-0.0466789;RO=0;SAF=47;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165871;OID=.;OPOS=105416685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:80:47:0:0:80:47:0:0 chr14 105416823 . G A 546.62 PASS AF=0.401274;AO=63;DP=161;FAO=63;FDP=157;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0199936;FXX=0.0248432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4285;QD=13.9266;RBI=0.0224502;REFB=-0.0180271;REVB=0.0102112;RO=93;SAF=39;SAR=24;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100546;STB=0.560255;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0351183;OID=.;OPOS=105416823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:157:93:94:63:63:0.401274:24:39:49:44:24:39:49:45 chr14 105416959 . A G 260.29 PASS AF=0.278195;AO=35;DP=132;FAO=37;FDP=133;FR=.;FRO=96;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.00714028;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8141;QD=7.8283;RBI=0.0332408;REFB=-0.00846325;REVB=-0.0324649;RO=94;SAF=19;SAR=16;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000374713;STB=0.506739;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0207452;OID=.;OPOS=105416959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:94:96:35:37:0.278195:16:19:51:43:17:20:51:45 chr14 105417102 . T C 357.29 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.00541264;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.727;QD=12.4273;RBI=0.0095459;REFB=-0.013686;REVB=-0.00786306;RO=68;SAF=15;SAR=28;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039185;STB=0.517825;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0221641;OID=.;OPOS=105417102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:72:43:43:0.373913:28:15:26:42:28:15:27:45 chr14 105417396 . C G 1073.68 PASS AF=0.441065;AO=116;DP=266;FAO=116;FDP=263;FR=.;FRO=147;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=80;FSRR=67;FWDB=0.00312207;FXX=0.0112778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.353;QD=16.3297;RBI=0.00537414;REFB=-0.00471808;REVB=0.00437425;RO=147;SAF=64;SAR=52;SRF=80;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00763325;STB=0.504237;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00703965;OID=.;OPOS=105417396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:263:147:147:116:116:0.441065:52:64:80:67:52:64:80:67 chr14 105417765 . AG AA,CA 227.58 PASS AF=0.386667,0;AO=3,23;DP=73;FAO=29,0;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=22,0;FSAR=7,0;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.039338,0.0336846;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=253.612,246.817;QD=12.1375;RBI=0.0395497,0.0338217;REFB=-0.0194563,-0.0157017;REVB=0.00408676,-0.00304209;RO=46;SAF=3,18;SAR=0,5;SRF=20;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.513784,0.416956;STB=0.711611,0.5;STBP=0.011,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0272601,0;OID=.,.;OPOS=105417766,105417765;OREF=G,AG;OALT=A,CA;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:46:46:3,23:29,0:0.386667,0:0,5:3,18:20:26:7,0:22,0:20:26 chr14 105417768 . C A 241.94 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00395184;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.253;QD=13.2569;RBI=0.00663474;REFB=-0.00301019;REVB=-0.00532943;RO=45;SAF=22;SAR=7;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356682;STB=0.698625;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00297367;OID=.;OPOS=105417768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:45:44:29:29:0.39726:7:22:20:25:7:22:20:24 chr14 105417774 . G A 244.21 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0100368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.988;QD=13.3812;RBI=0.0164963;REFB=-0.00866609;REVB=0.0130916;RO=43;SAF=22;SAR=6;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395892;STB=0.738683;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00675616;OID=.;OPOS=105417774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:28:29:0.39726:6:22:19:24:6:23:19:25 chr14 105417837 . A G 273.76 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0205179;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.619;QD=14.7977;RBI=0.024793;REFB=-0.0172913;REVB=0.0139179;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585831;STB=0.54061;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0154516;OID=.;OPOS=105417837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:13:18:22:20:13:18:22:21 chr14 105417894 . C G 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.000505331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.1;QD=19.4997;RBI=0.00318913;REFB=-0.00842615;REVB=0.00314884;RO=30;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256597;STB=0.514277;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00750678;OID=.;OPOS=105417894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:18:14:14:16:18:14:14:16 chr14 105418234 . GA AT 86.01 PASS AF=0.142857;AO=17;DP=126;FAO=18;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=-0.0244015;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.764;QD=2.73032;RBI=0.0608052;REFB=-0.0039701;REVB=-0.0556941;RO=75;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300332;STB=0.586595;STBP=0.467;TYPE=mnp;VARB=0.0192225;OID=.;OPOS=105418234;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:126:126:75:108:17:18:0.142857:8:9:22:53:8:10:49:59 chr14 105418260 . T A 59.58 PASS AF=0.108696;AO=15;DP=138;FAO=15;FDP=138;FR=.;FRO=123;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=0.00384346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.088;QD=1.72682;RBI=0.00384396;REFB=-0.00291195;REVB=6.19859e-05;RO=119;SAF=7;SAR=8;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261049;STB=0.524797;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.010997;OID=.;OPOS=105418260;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:138:138:119:123:15:15:0.108696:8:7:53:66:8:7:54:69 chr14 105418264 . G A 54.58 PASS AF=0.105263;AO=14;DP=134;FAO=14;FDP=133;FR=.;FRO=119;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=65;FWDB=0.00357019;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.528;QD=1.64159;RBI=0.0200734;REFB=-0.00246898;REVB=-0.0197533;RO=110;SAF=6;SAR=8;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430157;STB=0.522843;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0446206;OID=.;OPOS=105418264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:134:133:110:119:14:14:0.105263:8:6:51:59:8:6:54:65 chr14 105418269 . G A 59.8 PASS AF=0.114504;AO=14;DP=130;FAO=15;FDP=131;FR=.;FRO=116;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=64;FWDB=0.0106866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2985;QD=1.82589;RBI=0.0456781;REFB=-0.00390359;REVB=-0.0444104;RO=116;SAF=6;SAR=8;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240964;STB=0.516372;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0427917;OID=.;OPOS=105418269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:130:131:116:116:14:15:0.114504:8:6:52:64:8:7:52:64 chr14 105418275 . T C 59.47 PASS AF=0.116279;AO=15;DP=129;FAO=15;FDP=129;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=-0.0283684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.234;QD=1.84407;RBI=0.0370796;REFB=-0.00253427;REVB=0.0238775;RO=110;SAF=7;SAR=8;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262638;STB=0.524967;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0245305;OID=.;OPOS=105418275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:129:129:110:114:15:15:0.116279:8:7:49:61:8:7:50:64 chr14 105418344 . T G 491.74 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0401055;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2023;QD=17.2541;RBI=0.0402456;REFB=0.0170935;REVB=0.00335527;RO=59;SAF=33;SAR=20;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127454;STB=0.571838;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0327758;OID=.;OPOS=105418344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:59:61:53:53:0.464912:20:33:29:30:20:33:30:31 chr14 105418391 . C T 420.35 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0232518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.158;QD=16.4843;RBI=0.0285425;REFB=-0.0233801;REVB=0.0165538;RO=55;SAF=30;SAR=16;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110061;STB=0.557545;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0305549;OID=.;OPOS=105418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:56:46:46:0.45098:16:30:30:25:16:30:31:25 chr14 105418502 . G T 100.2 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0127976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.196;QD=5.56678;RBI=0.0157823;REFB=-0.000349261;REVB=0.00923601;RO=56;SAF=10;SAR=6;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690887;STB=0.543423;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00296302;OID=.;OPOS=105418502;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:56:56:16:16:0.222222:6:10:32:24:6:10:32:24 chr14 105418504 . G T 260.14 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0103432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.338;QD=14.8653;RBI=0.0115492;REFB=0.000355961;REVB=-0.0051385;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260992;STB=0.514783;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.000558653;OID=.;OPOS=105418504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:12:18:23:17:12:18:23:17 chr14 105418535 . C G 37.85 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00313498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.204;QD=2.19443;RBI=0.0618716;REFB=-0.00104692;REVB=-0.0617922;RO=60;SAF=5;SAR=3;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110712;STB=0.576015;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00939272;OID=.;OPOS=105418535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:68:69:60:61:8:8:0.115942:3:5:32:28:3:5:33:28 chr14 105418638 . A G 409.83 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00206552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.318;QD=20.751;RBI=0.0142134;REFB=-0.00440969;REVB=0.0140625;RO=38;SAF=29;SAR=12;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304782;STB=0.669146;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00318098;OID=.;OPOS=105418638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:12:29:14:24:12:29:14:24 chr14 105419234 . T C 883.4 PASS AF=0.570423;AO=81;DP=142;FAO=81;FDP=142;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0109941;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8442;QD=24.8845;RBI=0.0260193;REFB=-0.0166171;REVB=-0.0235825;RO=61;SAF=43;SAR=38;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108025;STB=0.558814;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0129787;OID=.;OPOS=105419234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:61:61:81:81:0.570423:38:43:24:37:38:43:24:37 chr14 105419549 . G T 186.99 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00183919;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.095;QD=10.6852;RBI=0.01159;REFB=-0.00615772;REVB=0.0114432;RO=46;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490245;STB=0.528548;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00901207;OID=.;OPOS=105419549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:12:12:21:25:12:12:21:25 chr14 105419557 . G A 206.52 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00338114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.425;QD=11.0146;RBI=0.00558736;REFB=-0.00484714;REVB=0.0044482;RO=49;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142257;STB=0.508258;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0144609;OID=.;OPOS=105419557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:14:12:22:27:14:12:22:27 chr14 105419559 . A G 30.81 PASS AF=0.16;AO=28;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0802616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.6164;QD=1.64299;RBI=0.20546;REFB=-0.100626;REVB=-0.189134;RO=46;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470648;STB=0.850506;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.379298;OID=.;OPOS=105419559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:75:75:46:63:28:12:0.16:14:14:21:25:2:10:25:38 chr14 105419568 . A G 268.53 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0243287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.56;QD=13.9494;RBI=0.0260808;REFB=0.00327703;REVB=-0.00939824;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620871;STB=0.528997;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0052396;OID=.;OPOS=105419568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:14:17:22:23:14:17:23:23 chr14 105419610 . C G 396.64 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00551405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.113;QD=17.8266;RBI=0.016529;REFB=-0.0123093;REVB=0.0155821;RO=48;SAF=19;SAR=22;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152531;STB=0.508526;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0106038;OID=.;OPOS=105419610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:22:19:23:25:22:19:23:25 chr14 105420215 . T C 699.07 PASS AF=0.50365;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.0201185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.958;QD=20.4106;RBI=0.0213292;REFB=-0.0132828;REVB=-0.00708406;RO=68;SAF=34;SAR=35;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113099;STB=0.562204;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0104358;OID=.;OPOS=105420215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:68:69:69:0.50365:35:34:25:43:35:34:25:43 chr14 105461067 . C T 1434.41 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.79;QD=63.0511;RBI=0.0136728;REFB=0;REVB=0.0130138;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23672e-05;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:89:91:1:51:38:0:0:53:38:0:0 chr14 105477180 . A G 318.83 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.00325877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.9283;QD=13.0136;RBI=0.035669;REFB=-0.0139277;REVB=0.0355198;RO=61;SAF=13;SAR=23;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202014;STB=0.504308;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0130908;OID=.;OPOS=105477180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:61:62:36:36:0.367347:23:13:21:40:23:13:22:40 chr14 105477613 . T C 502.6 PASS AF=0.581395;AO=41;DP=82;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00315821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.614;QD=23.3767;RBI=0.00784792;REFB=-0.0385468;REVB=0.0071844;RO=33;SAF=25;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175672;STB=0.5686;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0210516;OID=.;OPOS=105477613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:33:36:41:50:0.581395:16:25:13:20:21:29:15:21 chr14 105517775 . G A 785.33 PASS AF=0.509554;AO=80;DP=157;FAO=80;FDP=157;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=-0.00964283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.697;QD=20.0083;RBI=0.0546171;REFB=0.00695538;REVB=0.0537591;RO=77;SAF=35;SAR=45;SRF=51;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198605;STB=0.608943;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00643994;OID=.;OPOS=105517775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:77:77:80:80:0.509554:45:35:51:26:45:35:51:26 chr14 105518336 . G T 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.010924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.867;QD=18.6758;RBI=0.0162723;REFB=-0.0144652;REVB=0.0120604;RO=32;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281749;STB=0.515707;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0133356;OID=.;OPOS=105518336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:17:15:14:18:17:15:14:18 chr14 105609335 . A G 646.26 PASS AF=0.455128;AO=70;DP=154;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.00332208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.199;QD=16.5709;RBI=0.0714089;REFB=-0.00993409;REVB=-0.0713315;RO=84;SAF=43;SAR=27;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438414;STB=0.516512;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0114936;OID=.;OPOS=105609335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:84:85:70:71:0.455128:27:43:48:36:28:43:49:36 chr14 105609836 . G A 1045.09 PASS AF=0.591463;AO=96;DP=165;FAO=97;FDP=164;FR=.;FRO=67;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00380135;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.515;QD=25.4899;RBI=0.0143458;REFB=-0.0187749;REVB=0.013833;RO=66;SAF=40;SAR=56;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521332;STB=0.52897;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0129944;OID=.;OPOS=105609836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:66:67:96:97:0.591463:56:40:32:34:56:41:33:34 chr14 105614734 . C T 524.52 PASS AF=0.446154;AO=55;DP=128;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=0.081802;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.162;QD=16.1389;RBI=0.0822312;REFB=-0.0288414;REVB=0.00838981;RO=69;SAF=23;SAR=32;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731198;STB=0.557224;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0392483;OID=.;OPOS=105614734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:69:72:55:58:0.446154:32:23:24:45:32:26:25:47 chr14 105642334 . T G 801.65 PASS AF=0.400881;AO=89;DP=226;FAO=91;FDP=227;FR=.;FRO=136;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=79;FWDB=-0.00133218;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.873;QD=14.126;RBI=0.0024864;REFB=-0.00279086;REVB=0.0020994;RO=135;SAF=48;SAR=41;SRF=57;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125129;STB=0.564637;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00400796;OID=.;OPOS=105642334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:135:136:89:91:0.400881:41:48:57:78:43:48:57:79 chr14 105643652 . A C 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00604016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3214;QD=13.4392;RBI=0.0134381;REFB=-0.0224954;REVB=0.0120041;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623598;STB=0.872965;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0182323;OID=.;OPOS=105643652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:9:1:9:4:9:1:9:4 chr14 105683996 . TGC CTG,TCG,TG 304.12 PASS AF=0,0,0.598684;AO=22,7,57;DP=155;FAO=0,0,91;FDP=152;FR=.;FRO=61;FSAF=0,0,47;FSAR=0,0,44;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.00512475,-0.0535627,-0.0216882;FXX=0.0193536;HRUN=1,1,5;LEN=3,2,1;MLLD=25.1776,75.6842,7.62414;QD=8.00321;RBI=0.0219516,0.107878,0.110823;REFB=-0.0490431,-0.050434,-0.217762;REVB=-0.021345,-0.0936409,-0.10868;RO=50;SAF=0,5,38;SAR=22,2,19;SRF=37;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.847277,-0.0384652,-0.0721776;STB=0.5,0.5,0.562777;STBP=1,1,0.067;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0.0422916,0.18043;OID=.,.,.;OPOS=105683996,105683997,105683998;OREF=TGC,GC,C;OALT=CTG,CG,-;OMAPALT=CTG,TCG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:155:152:50:61:22,7,57:0,0,91:0,0,0.598684:22,2,19:0,5,38:37:13:0,0,44:0,0,47:41:20 chr14 105715548 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG,GCCC 220.8 PASS AF=0.621622,0.0540541,0.216216;AO=10,6,10;DP=38;FAO=23,2,8;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=21,2,8;FSAR=2,0,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0362137,0.00108015,-0.0196222;FXX=0.0263089;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=10.1134,10.3506,13.4623;QD=23.8703;RBI=0.044294,0.336725,0.0273978;REFB=-0.115348,-0.0971204,-0.0743602;REVB=-0.0255055,0.336723,-0.0191209;RO=5;SAF=10,6,10;SAR=0,0,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.543443,0.5,0.5;STBP=0.648,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00788765,0.0111635,0.0662215;OID=.,.,.;OPOS=105715549,105715553,105715549;OREF=C,C,CC;OALT=-,G,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.621622,0.0540541,0.216216:10,6,10:38:23,2,8:37:4:21,2,8:2,0,0:4:0:22:5:10,6,10:0,0,0:5:0 chr14 105916420 . C T 2165.74 PASS AF=0.985816;AO=138;DP=142;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.041003;FXX=0.013985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.737;QD=61.4394;RBI=0.056382;REFB=-0.0391405;REVB=0.0387;RO=2;SAF=61;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121875;STB=0.506328;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000306699;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:141:2:2:138:139:0.985816:77:61:0:2:78:61:0:2 chr14 105935824 . G A 1373.15 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0114918;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.107;QD=60.3583;RBI=0.0172286;REFB=-0.122571;REVB=0.0128361;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509802;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=2.5601e-05;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:0:2:89:89:0.978022:50:39:0:0:50:39:0:2 chr14 105953595 . T C 1453.46 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1016;QD=63.1939;RBI=0.0615888;REFB=0;REVB=-0.0513206;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206921;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:44:46:0:0:46:46:0:0 chr14 105962234 . T C 1554.09 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.298;QD=59.7727;RBI=0.0434862;REFB=0;REVB=-0.0337906;RO=0;SAF=63;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78881e-06;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:39:63:0:0:39:65:0:0 chr14 105962369 . A G 3040.97 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559617;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.716;QD=63.6852;RBI=0.0154839;REFB=0;REVB=0.0144372;RO=0;SAF=74;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97106e-05;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:117:74:0:0:117:74:0:0 chr14 105963700 . C T 437.9 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0152805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7965;QD=21.6246;RBI=0.0163061;REFB=-0.0319127;REVB=0.00569165;RO=38;SAF=23;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0073101;STB=0.504035;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0260119;OID=.;OPOS=105963700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:20:23:20:18:20:23:20:18 chr14 105995534 . G A 425.66 PASS AF=0.456311;AO=46;DP=102;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0469377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9093;QD=16.5306;RBI=0.0767014;REFB=0.0096431;REVB=0.0606626;RO=55;SAF=28;SAR=18;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455434;STB=0.513646;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00588669;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:55:56:46:47:0.456311:18:28:31:24:19:28:32:24 chr14 105996119 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00248326;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.288;QD=21.1726;RBI=0.00307625;REFB=-0.0249789;REVB=-0.0018157;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.59984;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0143202;OID=.;OPOS=105996119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:6:2:6:6:6:2 chr14 106053491 . C T 895.53 PASS AF=0.71;AO=71;DP=100;FAO=71;FDP=100;FR=.;FRO=29;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00385403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.767;QD=35.821;RBI=0.0275811;REFB=-0.00518819;REVB=0.0273105;RO=29;SAF=38;SAR=33;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157545;STB=0.584592;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00150832;OID=.;OPOS=106053491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:29:29:71:71:0.71:33:38:7:22:33:38:7:22 chr14 106053559 . A G 147.53 PASS AF=0.226804;AO=22;DP=96;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00570454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.087;QD=6.08367;RBI=0.0245057;REFB=-0.0111321;REVB=-0.0238325;RO=74;SAF=10;SAR=12;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400013;STB=0.519756;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0330488;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:74:75:22:22:0.226804:12:10:36:38:12:10:36:39 chr14 106053577 . A G 49.43 PASS AF=0.119565;AO=11;DP=92;FAO=11;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0212629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3171;QD=2.14922;RBI=0.0755329;REFB=-0.00429606;REVB=-0.0724783;RO=81;SAF=8;SAR=3;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32544;STB=0.735388;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0268122;OID=.;OPOS=106053577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:92:92:81:81:11:11:0.119565:3:8:37:44:3:8:37:44 chr14 106053975 . G A 1023.67 PASS AF=0.45339;AO=107;DP=236;FAO=107;FDP=236;FR=.;FRO=129;FSAF=37;FSAR=70;FSRF=50;FSRR=79;FWDB=-5.10543e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1034;QD=17.3503;RBI=0.00114852;REFB=-0.0268632;REVB=-0.00114739;RO=129;SAF=37;SAR=70;SRF=50;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448275;STB=0.52486;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0276166;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:129:129:107:107:0.45339:70:37:50:79:70:37:50:79 chr14 106054428 . C G 31.94 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00357039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.789;QD=2.60733;RBI=0.0462575;REFB=-0.0089011;REVB=-0.0461195;RO=41;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100818;STB=0.558623;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0918171;OID=.;OPOS=106054428;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:48:49:41:43:6:6:0.122449:2:4:24:17:2:4:26:17 chr14 106054456 . A G 202.69 PASS AF=0.273585;AO=29;DP=105;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.012521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7872;QD=7.64872;RBI=0.072006;REFB=-0.00291737;REVB=-0.0709091;RO=76;SAF=16;SAR=13;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149995;STB=0.514089;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00625794;OID=.;OPOS=106054456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:76:77:29:29:0.273585:13:16:41:35:13:16:41:36 chr14 106054568 . A G 1859.79 PASS AF=0.553459;AO=175;DP=316;FAO=176;FDP=318;FR=.;FRO=142;FSAF=64;FSAR=112;FSRF=70;FSRR=72;FWDB=-0.0305325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.593;QD=23.3936;RBI=0.0332901;REFB=-0.042918;REVB=-0.0132665;RO=139;SAF=64;SAR=111;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110916;STB=0.560328;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0300099;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:318:139:142:175:176:0.553459:111:64:69:70:112:64:70:72 chr14 106066454 . T C 2159.66 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.454;QD=63.0559;RBI=0.0295143;REFB=0;REVB=0.0266341;RO=0;SAF=51;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71275e-06;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:86:51:0:0:86:51:0:0 chr14 106066690 . A C 233.9 PASS AF=0.594595;AO=18;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0271017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.95;QD=25.2861;RBI=0.0284402;REFB=-0.0144416;REVB=0.00862226;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232408;STB=0.606654;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.014122;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:18:22:0.594595:11:7:2:13:14:8:2:13 chr14 106067298 . T C 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0182209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.639;QD=21.9193;RBI=0.0243671;REFB=-0.0195929;REVB=0.0161789;RO=29;SAF=19;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119559;STB=0.565921;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0112057;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:17:19:11:18:17:19:11:18 chr14 106067958 . C T 1687.05 PASS AF=0.494083;AO=167;DP=341;FAO=167;FDP=338;FR=.;FRO=171;FSAF=60;FSAR=107;FSRF=68;FSRR=103;FWDB=0.00883408;FXX=0.0087974;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.709;QD=19.9651;RBI=0.0128596;REFB=-0.0163139;REVB=-0.00934499;RO=167;SAF=60;SAR=107;SRF=68;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467413;STB=0.520837;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.016674;OID=.;OPOS=106067958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:338:167:171:167:167:0.494083:107:60:68:99:107:60:68:103 chr14 106090846 . T C 921.88 PASS AF=0.467337;AO=93;DP=199;FAO=93;FDP=199;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=0.0102367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.823;QD=18.5301;RBI=0.0102585;REFB=-0.0117347;REVB=0.000667651;RO=105;SAF=38;SAR=55;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855377;STB=0.506836;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0148469;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:105:106:93:93:0.467337:55:38:42:63:55:38:42:64 chr14 106090927 . G T 6134.54 PASS AF=1;AO=384;DP=384;FAO=385;FDP=385;FR=.;FRO=0;FSAF=204;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280422;FXX=0.00259061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.432;QD=63.7355;RBI=0.0281514;REFB=0;REVB=0.00247686;RO=0;SAF=204;SAR=180;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.541e-06;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:384:385:0:0:384:385:1:180:204:0:0:181:204:0:0 chr14 106091329 . G C 1534.35 PASS AF=0.555133;AO=146;DP=263;FAO=146;FDP=263;FR=.;FRO=117;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=-0.000740185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9576;QD=23.3362;RBI=0.00242633;REFB=-0.0140159;REVB=0.00231067;RO=117;SAF=75;SAR=71;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426554;STB=0.523189;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00889848;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:117:117:146:146:0.555133:71:75:54:63:71:75:54:63 chr14 106091504 . A G 479.35 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0134243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.557;QD=22.5576;RBI=0.0140351;REFB=-0.0136667;REVB=-0.00409538;RO=39;SAF=26;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107879;STB=0.5594;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0107027;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:20:26:17:22:20:26:17:22 chr14 106091555 . C T 331.33 PASS AF=0.586207;AO=30;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0152493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.23;QD=22.85;RBI=0.0159618;REFB=-0.0144375;REVB=0.00471572;RO=19;SAF=21;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968898;STB=0.581346;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0187358;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:24:30:34:0.586207:9:21:11:8:12:22:11:13 chr14 106091697 . T C 286.37 PASS AF=0.484848;AO=30;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0168426;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8083;QD=17.3556;RBI=0.0310493;REFB=-0.0194038;REVB=0.0260842;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146482;STB=0.516119;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0156825;OID=.;OPOS=106091697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:34:30:32:0.484848:15:15:16:15:15:17:17:17 chr14 106091743 . CA C 284.89 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00150917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.008;QD=20.349;RBI=0.00222247;REFB=-0.0200136;REVB=0.00163149;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441436;STB=0.531229;STBP=0.65;TYPE=del;VARB=0.0133581;OID=.;OPOS=106091744;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:29:56:30:56:26:17:13:13:13:99:26:16:13:13:13 chr14 106092152 . G A 1402.65 PASS AF=0.470968;AO=146;DP=311;FAO=146;FDP=310;FR=.;FRO=164;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=83;FSRR=81;FWDB=-0.00522599;FXX=0.00641005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.699;QD=18.0987;RBI=0.0379651;REFB=0.00131583;REVB=0.0376037;RO=163;SAF=81;SAR=65;SRF=82;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498159;STB=0.525924;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.000993724;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:310:163:164:146:146:0.470968:65:81:82:81:65:81:83:81 chr14 106092383 . C G 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5763;QD=62.0153;RBI=0.0483025;REFB=0;REVB=0.0129129;RO=0;SAF=6;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000472824;OID=.;OPOS=106092383;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:36:6:0:0:36:6:0:0 chr14 106109573 . T C 487.71 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=8;FWDB=0.011009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.995;QD=21.6759;RBI=0.0162803;REFB=-0.0224365;REVB=0.0119937;RO=43;SAF=36;SAR=11;SRF=35;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601766;STB=0.533092;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0163019;OID=.;OPOS=106109573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:11:36:35:8:11:36:35:8 chr14 106109752 . A C 3221.41 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303097;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4042;QD=61.9502;RBI=0.0420773;REFB=0;REVB=-0.029186;RO=0;SAF=112;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153736;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:208:0:0:208:208:1:96:112:0:0:96:112:0:0 chr14 106110057 . G A 2409.82 PASS AF=0.533643;AO=228;DP=429;FAO=230;FDP=431;FR=.;FRO=201;FSAF=105;FSAR=125;FSRF=91;FSRR=110;FWDB=0.0431816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6494;QD=22.3649;RBI=0.0479547;REFB=-0.00818017;REVB=-0.0208566;RO=200;SAF=103;SAR=125;SRF=91;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281083;STB=0.501779;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00856918;OID=.;OPOS=106110057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:431:200:201:228:230:0.533643:125:103:91:109:125:105:91:110 chr14 106110137 . C T 1009.54 PASS AF=0.421053;AO=112;DP=266;FAO=112;FDP=266;FR=.;FRO=154;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=66;FSRR=88;FWDB=0.00189532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.126;QD=15.181;RBI=0.0470832;REFB=-0.0003874;REVB=0.0470451;RO=154;SAF=58;SAR=54;SRF=66;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925403;STB=0.551558;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000648036;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:154:154:112:112:0.421053:54:58:66:88:54:58:66:88 chr14 106110914 . G T 1650.02 PASS AF=0.501529;AO=164;DP=327;FAO=164;FDP=327;FR=.;FRO=163;FSAF=71;FSAR=93;FSRF=76;FSRR=87;FWDB=-0.0011644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.707;QD=20.1837;RBI=0.00881211;REFB=-0.0305445;REVB=-0.00873484;RO=157;SAF=71;SAR=93;SRF=70;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117542;STB=0.51684;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0305158;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:327:157:163:164:164:0.501529:93:71:70:87:93:71:76:87 chr14 106110966 . C T 1055.07 PASS AF=0.445312;AO=114;DP=256;FAO=114;FDP=256;FR=.;FRO=142;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=53;FSRR=89;FWDB=0.0247825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.683;QD=16.4854;RBI=0.0247876;REFB=-0.0144851;REVB=-0.000500722;RO=138;SAF=59;SAR=55;SRF=53;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131681;STB=0.579681;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.023201;OID=.;OPOS=106110966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:138:142:114:114:0.445312:55:59:53:85:55:59:53:89 chr14 106173790 . A G 1027.01 PASS AF=0.685039;AO=87;DP=127;FAO=87;FDP=127;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=63;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0235582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4676;QD=32.3469;RBI=0.0322734;REFB=-0.013826;REVB=-0.0220587;RO=40;SAF=24;SAR=63;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22687;STB=0.622475;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00737321;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:40:40:87:87:0.685039:63:24:25:15:63:24:25:15 chr14 106173808 . G A 95.46 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=102;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=65;FWDB=0.0204581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1731;QD=3.74345;RBI=0.0280056;REFB=-0.0183651;REVB=0.0191254;RO=84;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545652;STB=0.839701;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0614703;OID=.;OPOS=106173808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:102:102:84:85:17:17:0.166667:5:12:20:64:5:12:20:65 chr14 106174261 . C G 691.0 PASS AF=0.482517;AO=69;DP=143;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.0118511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.985;QD=19.3286;RBI=0.0151632;REFB=-0.00158288;REVB=-0.00945911;RO=74;SAF=39;SAR=30;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148947;STB=0.582301;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00175853;OID=.;OPOS=106174261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:74:74:69:69:0.482517:30:39:30:44:30:39:30:44 chr14 106188230 . C T 199.55 PASS AF=0.268519;AO=29;DP=109;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=22;FWDB=0.0480614;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.089;QD=7.39065;RBI=0.0529972;REFB=-0.0138444;REVB=-0.0223341;RO=80;SAF=15;SAR=14;SRF=57;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245539;STB=0.651069;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0255832;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:80:79:29:29:0.268519:14:15:57:23:14:15:57:22 chr14 106204113 . C T 1320.25 PASS AF=0.46875;AO=135;DP=288;FAO=135;FDP=288;FR=.;FRO=153;FSAF=46;FSAR=89;FSRF=65;FSRR=88;FWDB=0.000312236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.411;QD=18.3369;RBI=0.00261314;REFB=-0.0119822;REVB=-0.00259442;RO=150;SAF=46;SAR=89;SRF=64;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883207;STB=0.548186;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0130636;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:150:153:135:135:0.46875:89:46:64:86:89:46:65:88 chr14 106207843 . T C 1244.05 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.03134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.827;QD=55.9122;RBI=0.0367556;REFB=-0.0299224;REVB=0.0192037;RO=5;SAF=40;SAR=44;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029451;STB=0.515571;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00267746;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:89:89:5:5:84:84:0.94382:44:40:1:4:44:40:1:4 chr14 106207862 . G C 383.31 PASS AF=0.335714;AO=42;DP=135;FAO=47;FDP=140;FR=.;FRO=93;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.030693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.553;QD=10.9517;RBI=0.0454905;REFB=-0.0114226;REVB=0.0335757;RO=92;SAF=17;SAR=25;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113473;STB=0.59077;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0235612;OID=.;OPOS=106207862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:140:92:93:42:47:0.335714:25:17:46:46:30:17:46:47 chr14 106209119 . T C 511.07 PASS AF=0.390728;AO=58;DP=150;FAO=59;FDP=151;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0181377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.95;QD=13.5383;RBI=0.0340131;REFB=-0.0235145;REVB=-0.0287735;RO=92;SAF=29;SAR=29;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589424;STB=0.538224;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0330335;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:92:92:58:59:0.390728:29:29:51:41:30:29:51:41 chr14 106209340 . T C 2984.57 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475731;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.295;QD=63.5015;RBI=0.0258811;REFB=0;REVB=0.0254401;RO=0;SAF=88;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88078e-05;OID=.;OPOS=106209340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:187:188:1:99:88:0:0:100:88:0:0 chr14 106235762 . GCCCGC GCCCAT,GCCGC 2131.08 PASS AF=0.0558376,0.944162;AO=10,24;DP=199;FAO=11,186;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=9,83;FSAR=2,103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000984289,0.614649;FXX=0.0100497;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=143.872,13.2432;QD=43.2707;RBI=0.0827874,1.01131;REFB=0,0;REVB=0.0827816,0.803094;RO=159;SAF=8,21;SAR=2,3;SRF=60;SRR=99;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.411054,0.591592;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0665886,0.0501113;OID=.,.;OPOS=106235766,106235763;OREF=GC,C;OALT=AT,-;OMAPALT=GCCCAT,GCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0558376,0.944162:10,24:199:11,186:197:0:9,83:2,103:0:0:23:159:8,21:2,3:60:99 chr14 106236143 . G A 1481.47 PASS AF=0.550388;AO=142;DP=256;FAO=142;FDP=258;FR=.;FRO=116;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=0.00284266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.061;QD=22.9686;RBI=0.00372405;REFB=-0.00467978;REVB=-0.00240578;RO=114;SAF=68;SAR=74;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114583;STB=0.502133;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00385165;OID=.;OPOS=106236143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:258:114:116:142:142:0.550388:74:68:53:61:74:68:55:61 chr14 106237624 . C T 260.82 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0136235;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.238;QD=20.4562;RBI=0.0188997;REFB=0.0103026;REVB=0.0130996;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082199;STB=0.545817;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00785127;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:13:11:15:12:13:11 chr14 106237642 . T G 652.06 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.419;QD=62.1005;RBI=0.0134995;REFB=0;REVB=-0.0128702;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08345e-05;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:15:25:0:0:16:26:0:0 chr14 106303846 . C T 1606.99 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.93;QD=64.2797;RBI=0.0292005;REFB=0;REVB=0.0125946;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38597e-05;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:54:46:0:0:54:46:0:0 chr14 106307418 . G A 5424.29 PASS AF=0.954787;AO=358;DP=381;FAO=359;FDP=376;FR=.;FRO=17;FSAF=146;FSAR=213;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0428697;FXX=0.0157064;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.332;QD=57.7052;RBI=0.0446472;REFB=-0.0240756;REVB=0.0124726;RO=14;SAF=145;SAR=213;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249502;STB=0.508052;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00107845;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:381:376:14:17:358:359:0.954787:213:145:1:13:213:146:4:13 chr14 106321590 . C A 3729.4 PASS AF=0.98008;AO=243;DP=250;FAO=246;FDP=251;FR=.;FRO=5;FSAF=112;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0130881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.088;QD=59.4326;RBI=0.0130915;REFB=0.00555338;REVB=-0.000300409;RO=3;SAF=111;SAR=132;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107077;STB=0.509157;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-2.30581e-05;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:250:251:3:5:243:246:0.98008:132:111:0:3:134:112:0:5 chr14 106329435 . T G 1757.48 PASS AF=0.975207;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0116253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2147;QD=58.0984;RBI=0.011912;REFB=-0.00281013;REVB=-0.00259767;RO=3;SAF=58;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824469;STB=0.504342;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-2.77212e-07;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:121:3:3:118:118:0.975207:60:58:2:1:60:58:2:1 chr14 106329451 . GTA ACC 1533.37 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172524;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=3;MLLD=198.762;QD=63.8906;RBI=0.0174705;REFB=0;REVB=0.00275167;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.48115e-05;OID=.;OPOS=106329451;OREF=GTA;OALT=ACC;OMAPALT=ACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr14 106370603 . G C 1582.76 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0895318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2187;QD=63.9499;RBI=0.0979466;REFB=0;REVB=0.039719;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294089;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:57:42:0:0:57:42:0:0 chr14 106385332 . G C 3508.53 PASS AF=1;AO=224;DP=228;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1311;QD=61.2844;RBI=0.112408;REFB=-0.14852;REVB=0.0443309;RO=2;SAF=124;SAR=100;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017828;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:228:229:2:0:224:229:1:100:124:2:0:102:127:0:0 chr14 106436780 . A G 566.96 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00011465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.971;QD=59.6803;RBI=0.0302664;REFB=0;REVB=0.0302662;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241989;OID=.;OPOS=106436780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:11:26:0:0:12:26:0:0 chr14 106437036 . TCATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA T 42.36 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0127266;FXX=0;HRUN=1;LEN=38;MLLD=1238.44;QD=7.70238;RBI=0.0129294;REFB=-0.00146821;REVB=0.00228099;RO=14;SAF=0;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.679223;STB=0.571205;STBP=0.767;TYPE=del;VARB=0.00446092;OID=.;OPOS=106437037;OREF=CATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:6:22:7:22:15:1:6:3:12:42:14:0:6:3:11 chr14 106452690 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0224271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0603;QD=14.6504;RBI=0.0225232;REFB=-0.0122266;REVB=0.0020781;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13075;STB=0.583261;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0148336;OID=.;OPOS=106452690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:10:13:13:17:10:13:13:18 chr14 106452766 . T A 722.73 PASS AF=0.60177;AO=67;DP=112;FAO=68;FDP=113;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00841916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.574;QD=25.5834;RBI=0.0775592;REFB=-0.029363;REVB=0.0771008;RO=45;SAF=26;SAR=41;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092606;STB=0.507411;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0128242;OID=.;OPOS=106452766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:45:45:67:68:0.60177:41:26:18:27:42:26:18:27 chr14 106452817 . A G 422.19 PASS AF=0.359712;AO=50;DP=138;FAO=50;FDP=139;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=0.00598177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4488;QD=12.1492;RBI=0.0323064;REFB=-0.0107425;REVB=-0.0317478;RO=88;SAF=20;SAR=30;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159321;STB=0.512043;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0243506;OID=.;OPOS=106452817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:88:89:50:50:0.359712:30:20:34:54:30:20:34:55 chr14 106471268 . A G 1623.98 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.318;QD=60.1475;RBI=0.0317484;REFB=0;REVB=-0.0245583;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15088e-05;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:106:108:1:45:61:0:0:45:63:0:0 chr14 106471273 . C T 1566.61 PASS AF=0.947826;AO=109;DP=115;FAO=109;FDP=115;FR=.;FRO=6;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0685279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7212;QD=54.4906;RBI=0.0912503;REFB=-0.0940346;REVB=0.060254;RO=4;SAF=61;SAR=48;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405889;STB=0.505672;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.011333;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:115:115:4:6:109:109:0.947826:48:61:2:2:48:61:4:2 chr14 106471353 . C T 3033.17 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9758;QD=62.8636;RBI=0.0542605;REFB=-0.0863353;REVB=-0.0422512;RO=1;SAF=104;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004557;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998718;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:192:193:1:0:191:193:1:87:104:1:0:87:106:0:0 chr14 106471388 . C A 3120.63 PASS AF=0.994924;AO=195;DP=197;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026732;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.561;QD=63.363;RBI=0.0443394;REFB=-0.0686791;REVB=0.035375;RO=1;SAF=99;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478637;STB=0.502512;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=9.2814e-05;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:197:1:1:195:196:0.994924:96:99:1:0:97:99:1:0 chr14 106471509 . C A 35.8 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0163421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0511;QD=1.93526;RBI=0.0337712;REFB=0.00222717;REVB=0.0295538;RO=66;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107565;STB=0.580884;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0142763;OID=.;OPOS=106471509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:66:66:8:8:0.108108:4:4:27:39:4:4:27:39 chr14 106471515 . C A 31.08 PASS AF=0.1;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0111533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.889;QD=1.77614;RBI=0.0173161;REFB=-0.0076365;REVB=0.0132458;RO=61;SAF=4;SAR=3;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204118;STB=0.639617;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0406357;OID=.;OPOS=106471515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:70:61:63:7:7:0.1:3:4:24:37:3:4:26:37 chr14 106471522 . C T 33.95 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0228652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.329;QD=2.15582;RBI=0.0234172;REFB=-0.0126602;REVB=-0.0050542;RO=55;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17804;STB=0.624653;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0454523;OID=.;OPOS=106471522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:55:56:7:7:0.111111:3:4:23:32:3:4:24:32 chr14 106471528 . C A 600.14 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0894882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1956;QD=45.2932;RBI=0.09081;REFB=-0.0244189;REVB=-0.0154376;RO=6;SAF=20;SAR=27;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051819;STB=0.527675;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00387322;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:6:6:47:47:0.886792:27:20:4:2:27:20:4:2 chr14 106471534 . A C,G 759.17 PASS AF=0.122449,0.877551;AO=6,43;DP=49;FAO=6,43;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=4,18;FSAR=2,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163826,-0.0232614;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=217.957,50.2235;QD=61.9734;RBI=0.0166189,0.0614828;REFB=0,0;REVB=0.0027923,-0.0569125;RO=0;SAF=4,18;SAR=2,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.65211e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00809483,-0.00595522;OID=.,.;OPOS=106471534,106471534;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:49:49:0:0:6,43:6,43:0.122449,0.877551:2,25:4,18:0:0:2,25:4,18:0:0 chr14 106471547 . A G 554.81 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7606;QD=59.9789;RBI=0.14854;REFB=0;REVB=0.134077;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00473159;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:18:15:0:0:22:15:0:0 chr14 106471685 . G A 804.8 PASS AF=0.66055;AO=72;DP=109;FAO=72;FDP=109;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.232;QD=29.534;RBI=0.0369395;REFB=-0.0358802;REVB=0.0243246;RO=37;SAF=27;SAR=45;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159289;STB=0.508597;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0205412;OID=.;OPOS=106471685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:37:37:72:72:0.66055:45:27:13:24:45:27:13:24 chr14 106471689 . A C 265.92 PASS AF=0.324324;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.00452988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.463;QD=9.58274;RBI=0.0276578;REFB=-0.0117867;REVB=-0.0272843;RO=75;SAF=12;SAR=24;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084037;STB=0.548992;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0273987;OID=.;OPOS=106471689;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:75:75:36:36:0.324324:24:12:30:45:24:12:30:45 chr14 106478120 . T C 82.83 PASS AF=0.52381;AO=9;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00811792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4229;QD=15.7781;RBI=0.0126013;REFB=0.00650307;REVB=0.00963807;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946172;STB=0.613825;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00395156;OID=.;OPOS=106478120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:20:21:9:10:9:11:0.52381:4:5:4:5:4:7:4:6 chr14 106478334 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.6;QD=40.7629;RBI=0.0126778;REFB=0;REVB=-0.00829253;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23865e-05;OID=.;OPOS=106478334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr14 106478354 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.08;QD=44.6898;RBI=0.036345;REFB=0;REVB=0.0333028;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56978e-05;OID=.;OPOS=106478354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr14 106478358 . A G 72.38 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0534005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7582;QD=20.6794;RBI=0.122901;REFB=-0.052134;REVB=-0.110693;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966199;STB=0.526256;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0250053;OID=.;OPOS=106478358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:14:4:5:9:9:0.642857:6:3:2:2:6:3:2:3 chr14 106478401 . G A 733.95 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0163529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.295;QD=61.1627;RBI=0.022817;REFB=-0.0181281;REVB=0.0159122;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268575;STB=0.51428;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000715844;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:30:17:1:0:30:17:1:0 chr14 106478513 . C G 2333.97 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.023;QD=60.2315;RBI=0.0293826;REFB=-0.0540159;REVB=0.0024073;RO=1;SAF=61;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00773454;STB=0.504065;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000120137;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:154:154:0.993548:93:61:1:0:93:61:1:0 chr14 106478556 . T C 589.84 PASS AF=0.435065;AO=63;DP=150;FAO=67;FDP=154;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.0206786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1004;QD=15.3205;RBI=0.0491379;REFB=-0.0112838;REVB=0.0445749;RO=87;SAF=22;SAR=41;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210148;STB=0.512101;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0179572;OID=.;OPOS=106478556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:87:87:63:67:0.435065:41:22:32:55:41:26:32:55 chr14 106494269 . T C 2366.13 PASS AF=1;AO=126;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.229757;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7652;QD=61.0614;RBI=0.236239;REFB=0;REVB=0.0549579;RO=0;SAF=40;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.11213e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137495;OID=.;OPOS=106494269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:126:155:1:86:40:0:0:92:63:0:0 chr14 106518415 . C A 50.32 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00392724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.134;QD=2.2118;RBI=0.00995708;REFB=-0.00124106;REVB=-0.00914988;RO=80;SAF=5;SAR=6;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971224;STB=0.507029;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00961665;OID=.;OPOS=106518415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:91:91:80:80:11:11:0.120879:6:5:37:43:6:5:37:43 chr14 106518418 . A G 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0109131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.349;QD=12.998;RBI=0.0125501;REFB=-0.0117091;REVB=0.00619753;RO=56;SAF=14;SAR=20;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097022;STB=0.550429;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0204112;OID=.;OPOS=106518418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:57:34:34:0.373626:20:14:28:28:20:14:28:29 chr14 106518848 . T C 332.67 PASS AF=0.439024;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.100112;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9227;QD=16.2277;RBI=0.100179;REFB=-0.00176345;REVB=0.00364623;RO=46;SAF=19;SAR=16;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672945;STB=0.53037;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00179389;OID=.;OPOS=106518848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:46:35:36:0.439024:16:19:28:18:16:20:28:18 chr14 106573248 . C A 90.04 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.00423196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.591;QD=5.9045;RBI=0.00451691;REFB=0.00638919;REVB=0.00157892;RO=47;SAF=6;SAR=8;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304894;STB=0.687539;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0246459;OID=.;OPOS=106573248;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:14:14:0.229508:8:6:32:15:8:6:32:15 chr14 106573251 . G A 94.15 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00174829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.511;QD=5.62105;RBI=0.025191;REFB=0.00498194;REVB=-0.0251302;RO=52;SAF=7;SAR=8;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183109;STB=0.614027;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00631571;OID=.;OPOS=106573251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:8:7:32:20:8:7:32:20 chr14 106573311 . C T 348.81 PASS AF=0.358333;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0082865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.72;QD=11.6269;RBI=0.0141431;REFB=-0.0237935;REVB=-0.0114613;RO=77;SAF=21;SAR=22;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784195;STB=0.544871;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0395286;OID=.;OPOS=106573311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:77:77:43:43:0.358333:22:21:43:34:22:21:43:34 chr14 106573352 . A T 85.34 PASS AF=0.151724;AO=19;DP=143;FAO=22;FDP=145;FR=.;FRO=123;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=70;FSRR=53;FWDB=0.0143393;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.716;QD=2.35408;RBI=0.016016;REFB=-0.0198896;REVB=-0.00713423;RO=122;SAF=14;SAR=5;SRF=69;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230767;STB=0.559578;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.120379;OID=.;OPOS=106573352;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:143:145:122:123:19:22:0.151724:5:14:69:53:8:14:70:53 chr14 106573354 . A G 118.9 PASS AF=0.157534;AO=23;DP=146;FAO=23;FDP=146;FR=.;FRO=123;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=0.00908777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2473;QD=3.25761;RBI=0.0090931;REFB=0.00132084;REVB=-0.000311289;RO=123;SAF=15;SAR=8;SRF=69;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120917;STB=0.580453;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.00796934;OID=.;OPOS=106573354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:123:123:23:23:0.157534:8:15:69:54:8:15:69:54 chr14 106573357 . GT TA 109.14 PASS AF=0.14966;AO=22;DP=147;FAO=22;FDP=147;FR=.;FRO=125;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=70;FSRR=55;FWDB=-0.0511404;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=53.3128;QD=2.96976;RBI=0.0635767;REFB=-0.0109767;REVB=-0.0377711;RO=124;SAF=14;SAR=8;SRF=69;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104816;STB=0.567505;STBP=0.567;TYPE=mnp;VARB=0.0676984;OID=.;OPOS=106573357;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:124:125:22:22:0.14966:8:14:69:55:8:14:70:55 chr14 106573364 . C T 119.63 PASS AF=0.157534;AO=23;DP=147;FAO=23;FDP=146;FR=.;FRO=123;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=-0.0255637;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.006;QD=3.27763;RBI=0.0486048;REFB=-0.00756414;REVB=-0.0413391;RO=123;SAF=13;SAR=10;SRF=69;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00548503;STB=0.503629;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0264138;OID=.;OPOS=106573364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:123:123:23:23:0.157534:10:13:69:54:10:13:69:54 chr14 106586259 . T G 313.2 PASS AF=0.411765;AO=33;DP=83;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0310094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.41;QD=14.7389;RBI=0.0390217;REFB=-0.0259045;REVB=0.0236877;RO=50;SAF=23;SAR=10;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00380207;STB=0.509814;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0328903;OID=.;OPOS=106586259;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:50:50:33:35:0.411765:10:23:35:15:11:24:35:15 chr14 106641761 . A G 591.72 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00439776;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.317;QD=19.2429;RBI=0.00653967;REFB=0.00510185;REVB=-0.00484015;RO=62;SAF=37;SAR=24;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846101;STB=0.546782;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00510776;OID=.;OPOS=106641761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:62:62:61:61:0.495935:24:37:32:30:24:37:32:30 chr14 106691778 . T A 30.29 PASS AF=0.0662983;AO=12;DP=181;FAO=12;FDP=181;FR=.;FRO=169;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=85;FSRR=84;FWDB=-0.00129724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.986;QD=0.669371;RBI=0.0390021;REFB=-0.0024754;REVB=0.0389805;RO=166;SAF=7;SAR=5;SRF=85;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765911;STB=0.575128;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0469653;OID=.;OPOS=106691778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:181:181:166:169:12:12:0.0662983:5:7:85:81:5:7:85:84 chr14 106733520 . C A 591.8 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.00893353;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2503;QD=15.4719;RBI=0.0184452;REFB=0.01474;REVB=0.0161374;RO=87;SAF=29;SAR=37;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00915922;STB=0.505118;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0141446;OID=.;OPOS=106733520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:87:87:66:66:0.431373:37:29:39:48:37:29:39:48 chr14 106733593 . G A 878.26 PASS AF=0.486339;AO=89;DP=183;FAO=89;FDP=183;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=0.00015831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.055;QD=19.1969;RBI=0.0156878;REFB=-0.00758914;REVB=0.015687;RO=94;SAF=39;SAR=50;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120095;STB=0.506619;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00964377;OID=.;OPOS=106733593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:94:94:89:89:0.486339:50:39:40:54:50:39:40:54 chr14 106780541 . A G 50.65 PASS AF=0.0903614;AO=15;DP=166;FAO=15;FDP=166;FR=.;FRO=151;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=66;FSRR=85;FWDB=-0.047957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.254;QD=1.22058;RBI=0.0557632;REFB=-0.00322468;REVB=-0.0284545;RO=150;SAF=11;SAR=4;SRF=66;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336883;STB=0.76035;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0445731;OID=.;OPOS=106780541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:166:166:150:151:15:15:0.0903614:4:11:66:84:4:11:66:85 chr14 106780586 . G C 78.25 PASS AF=0.09375;AO=24;DP=256;FAO=24;FDP=256;FR=.;FRO=232;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=106;FSRR=126;FWDB=-0.00770614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.296;QD=1.2226;RBI=0.0338903;REFB=-0.000762554;REVB=-0.0330026;RO=231;SAF=17;SAR=7;SRF=105;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299711;STB=0.724032;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0132869;OID=.;OPOS=106780586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:256:256:231:232:24:24:0.09375:7:17:105:126:7:17:106:126 chr14 106780597 . C T 86.35 PASS AF=0.0934256;AO=28;DP=287;FAO=27;FDP=289;FR=.;FRO=262;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=126;FSRR=136;FWDB=-0.00355342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.101;QD=1.19514;RBI=0.081278;REFB=-0.00123086;REVB=-0.0812002;RO=257;SAF=19;SAR=9;SRF=126;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228598;STB=0.702109;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0209486;OID=.;OPOS=106780597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:287:289:257:262:28:27:0.0934256:9:19:126:131:8:19:126:136 chr14 106780647 . A G 76.19 PASS AF=0.0841121;AO=27;DP=318;FAO=27;FDP=321;FR=.;FRO=294;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=135;FSRR=159;FWDB=-0.00830063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4703;QD=0.949349;RBI=0.0225241;REFB=-0.0011326;REVB=-0.0209388;RO=291;SAF=19;SAR=8;SRF=134;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281673;STB=0.720158;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0170311;OID=.;OPOS=106780647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:318:321:291:294:27:27:0.0841121:8:19:134:157:8:19:135:159 chr14 106780672 . T G 35.67 PASS AF=0.0620438;AO=17;DP=280;FAO=17;FDP=274;FR=.;FRO=257;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=114;FSRR=143;FWDB=0.0162927;FXX=0.0214278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.997;QD=0.520699;RBI=0.0165924;REFB=-0.000317285;REVB=-0.00313933;RO=258;SAF=11;SAR=6;SRF=116;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205654;STB=0.685849;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00533238;OID=.;OPOS=106780672;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:280:274:258:257:17:17:0.0620438:6:11:116:142:6:11:114:143 chr14 106780817 . A C 1522.98 PASS AF=1;AO=82;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.75;QD=59.7248;RBI=0.108731;REFB=0;REVB=0.0322722;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690032;OID=.;OPOS=106780817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:82:102:1:50:32:0:0:53:49:0:0 chr14 106791006 . C T 902.35 PASS AF=0.560811;AO=79;DP=145;FAO=83;FDP=148;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.00442308;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.004;QD=24.3879;RBI=0.00797982;REFB=-0.0312294;REVB=-0.00664183;RO=65;SAF=38;SAR=41;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110713;STB=0.570301;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.023662;OID=.;OPOS=106791006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:65:65:79:83:0.560811:41:38:40:25:44:39:41:24 chr14 106791119 . A G 1466.26 PASS AF=0.483871;AO=149;DP=312;FAO=150;FDP=310;FR=.;FRO=160;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=84;FSRR=76;FWDB=0.00562941;FXX=0.0127384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.426;QD=18.9195;RBI=0.00865042;REFB=-0.0141334;REVB=-0.00656806;RO=159;SAF=73;SAR=76;SRF=84;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036019;STB=0.516338;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0167422;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:310:159:160:149:150:0.483871:76:73:84:75:76:74:84:76 chr14 106791131 . A G 442.22 PASS AF=0.231023;AO=69;DP=303;FAO=70;FDP=303;FR=.;FRO=233;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=123;FSRR=110;FWDB=-2.25799e-05;FXX=0.00655716;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.405;QD=5.83783;RBI=0.00786088;REFB=-0.00844312;REVB=-0.00786085;RO=231;SAF=29;SAR=40;SRF=123;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14258;STB=0.58729;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0347753;OID=.;OPOS=106791131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:231:233:69:70:0.231023:40:29:123:108:41:29:123:110 chr14 106791200 . GC AG 824.34 PASS AF=0.480226;AO=84;DP=180;FAO=85;FDP=177;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0265605;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.46;QD=18.6292;RBI=0.0347155;REFB=-0.0129777;REVB=-0.0223542;RO=92;SAF=38;SAR=46;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555072;STB=0.527109;STBP=0.484;TYPE=mnp;VARB=0.0163054;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:177:92:92:84:85:0.480226:46:38:47:45:46:39:47:45 chr14 106805212 . C G 728.73 PASS AF=0.496552;AO=60;DP=133;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.108627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7822;QD=20.1029;RBI=0.117584;REFB=-0.0514986;REVB=0.0450113;RO=73;SAF=21;SAR=39;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186595;STB=0.545302;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0257407;OID=.;OPOS=106805212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:145:73:73:60:72:0.496552:39:21:39:34:40:32:39:34 chr14 106805236 . C T 1071.92 PASS AF=0.470085;AO=110;DP=234;FAO=110;FDP=234;FR=.;FRO=124;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.0164387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.514;QD=18.3234;RBI=0.0278659;REFB=-0.016072;REVB=0.0225006;RO=123;SAF=48;SAR=62;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574325;STB=0.533974;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0167869;OID=.;OPOS=106805236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:123:124:110:110:0.470085:62:48:61:62:62:48:62:62 chr14 106805278 . A G 1523.12 PASS AF=0.453757;AO=157;DP=348;FAO=157;FDP=346;FR=.;FRO=189;FSAF=70;FSAR=87;FSRF=98;FSRR=91;FWDB=0.000809676;FXX=0.00859574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.458;QD=17.6084;RBI=0.0237883;REFB=0.00463619;REVB=-0.0237745;RO=190;SAF=70;SAR=87;SRF=97;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642911;STB=0.539809;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00347543;OID=.;OPOS=106805278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:346:190:189:157:157:0.453757:87:70:97:93:87:70:98:91 chr14 106805299 . A G 36.64 PASS AF=0.0545024;AO=23;DP=419;FAO=23;FDP=422;FR=.;FRO=399;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=181;FSRR=218;FWDB=-0.00513242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.965;QD=0.347272;RBI=0.0168585;REFB=-0.00147938;REVB=-0.0160582;RO=396;SAF=9;SAR=14;SRF=180;SRR=216;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651689;STB=0.560183;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0190995;OID=.;OPOS=106805299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:419:422:396:399:23:23:0.0545024:14:9:180:216:14:9:181:218 chr14 106805341 . G A 159.17 PASS AF=0.103226;AO=48;DP=465;FAO=48;FDP=465;FR=.;FRO=417;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=191;FSRR=226;FWDB=-0.078735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.974;QD=1.36923;RBI=0.0790394;REFB=-0.00121219;REVB=-0.00692988;RO=417;SAF=19;SAR=29;SRF=191;SRR=226;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778476;STB=0.556903;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0179589;OID=.;OPOS=106805341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:465:465:417:417:48:48:0.103226:29:19:191:226:29:19:191:226 chr14 106805343 . A G 166.02 PASS AF=0.105376;AO=49;DP=464;FAO=49;FDP=465;FR=.;FRO=416;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=190;FSRR=226;FWDB=0.00360941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.353;QD=1.42812;RBI=0.0219644;REFB=-0.00236394;REVB=-0.0216658;RO=415;SAF=20;SAR=29;SRF=190;SRR=225;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623135;STB=0.544218;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0201443;OID=.;OPOS=106805343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:465:415:416:49:49:0.105376:29:20:190:225:29:20:190:226 chr14 106805380 . GT GG,TG 1910.1 PASS AF=0.407507,0.123324;AO=142,47;DP=374;FAO=152,46;FDP=373;FR=.;FRO=175;FSAF=55,18;FSAR=97,28;FSRF=85;FSRR=90;FWDB=0.0244779,-0.114488;FXX=0.00267373;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=287.742,35.8003;QD=20.4836;RBI=0.024638,0.11462;REFB=-0.0154743,-0.0186696;REVB=-0.00280376,-0.00548675;RO=161;SAF=51,19;SAR=91,28;SRF=74;SRR=87;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.101653,-0.0716788;STB=0.569025,0.575845;STBP=0.01,0.267;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0241882,-0.00233624;OID=.,.;OPOS=106805381,106805380;OREF=T,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:373:161:175:142,47:152,46:0.407507,0.123324:91,28:51,19:74:87:97,28:55,18:85:90 chr14 106805386 . G C 192.76 PASS AF=0.128767;AO=47;DP=365;FAO=47;FDP=365;FR=.;FRO=318;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=140;FSRR=178;FWDB=-0.0152523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8065;QD=2.11238;RBI=0.0172396;REFB=0.00401581;REVB=0.00803557;RO=317;SAF=18;SAR=29;SRF=140;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766937;STB=0.551494;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0258847;OID=.;OPOS=106805386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:365:317:318:47:47:0.128767:29:18:140:177:29:18:140:178 chr14 106805395 . G A 1227.92 PASS AF=0.412121;AO=135;DP=329;FAO=136;FDP=330;FR=.;FRO=194;FSAF=52;FSAR=84;FSRF=98;FSRR=96;FWDB=-0.0172084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.375;QD=14.8839;RBI=0.0175774;REFB=-0.000520394;REVB=0.00358268;RO=192;SAF=52;SAR=83;SRF=97;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128727;STB=0.573759;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00136239;OID=.;OPOS=106805395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:330:192:194:135:136:0.412121:83:52:97:95:84:52:98:96 chr14 106805402 . T G 287.38 PASS AF=0.175719;AO=55;DP=313;FAO=55;FDP=313;FR=.;FRO=258;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=120;FSRR=138;FWDB=-0.0207197;FXX=0.00318461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.503;QD=3.67257;RBI=0.0209618;REFB=0.0053443;REVB=0.00317635;RO=258;SAF=22;SAR=33;SRF=120;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856909;STB=0.554667;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0199291;OID=.;OPOS=106805402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:258:258:55:55:0.175719:33:22:120:138:33:22:120:138 chr14 106805408 . C T 1060.06 PASS AF=0.4;AO=120;DP=299;FAO=120;FDP=300;FR=.;FRO=180;FSAF=45;FSAR=75;FSRF=87;FSRR=93;FWDB=0.0130237;FXX=0.00332215;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.059;QD=14.1341;RBI=0.0152103;REFB=2.62872e-05;REVB=0.00785737;RO=178;SAF=45;SAR=75;SRF=85;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112794;STB=0.566999;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.000294318;OID=.;OPOS=106805408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:300:178:180:120:120:0.4:75:45:85:93:75:45:87:93 chr14 106805439 . TA CG,TG 3305.12 PASS AF=0.213636,0.786364;AO=48,173;DP=222;FAO=47,173;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=14,72;FSAR=33,101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211835,0.0322689;FXX=0.0090086;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=66.7973,124.427;QD=60.0931;RBI=0.0384599,0.0345295;REFB=0,0;REVB=-0.0321002,-0.0122883;RO=0;SAF=15,72;SAR=33,101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00601186,0.000801162;OID=.,.;OPOS=106805439,106805440;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:222:220:0:0:48,173:47,173:0.213636,0.786364:33,101:15,72:0:0:33,101:14,72:0:0 chr14 106805481 . G A 60.94 PASS AF=0.125;AO=13;DP=104;FAO=13;FDP=104;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.00891235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.507;QD=2.344;RBI=0.0231091;REFB=-0.00594165;REVB=-0.0213213;RO=91;SAF=7;SAR=6;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135927;STB=0.509672;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0410068;OID=.;OPOS=106805481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:104:104:91:91:13:13:0.125:6:7:50:41:6:7:50:41 chr14 106805485 . C G 62.01 PASS AF=0.127451;AO=13;DP=102;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.0441206;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6932;QD=2.43164;RBI=0.0445775;REFB=0.00637818;REVB=-0.0063657;RO=89;SAF=7;SAR=6;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150022;STB=0.510622;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0424871;OID=.;OPOS=106805485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:102:102:89:89:13:13:0.127451:6:7:49:40:6:7:49:40 chr14 106805508 . G A 1475.79 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0389072;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.1041;QD=57.3123;RBI=0.0452538;REFB=-0.137423;REVB=0.0231113;RO=1;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958391;STB=0.500289;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00312476;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:1:2:101:101:0.980583:49:52:0:1:49:52:1:1 chr14 106866565 . C A 3332.85 PASS AF=0.973568;AO=216;DP=223;FAO=221;FDP=227;FR=.;FRO=6;FSAF=103;FSAR=118;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00455134;FXX=0.00873324;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.27;QD=58.7286;RBI=0.00460424;REFB=-0.189398;REVB=-0.000695996;RO=6;SAF=98;SAR=118;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110404;STB=0.505323;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.000550649;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:223:227:6:6:216:221:0.973568:118:98:4:2:118:103:4:2 chr14 106877550 . GA GC,GG 2592.07 PASS AF=0.954286,0.0457143;AO=138,8;DP=176;FAO=167,8;FDP=175;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59,8;FSAR=108,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107185,0.0230332;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.8646,47.5299;QD=59.2473;RBI=0.0831509,0.023259;REFB=0,0;REVB=0.0824572,-0.00323308;RO=1;SAF=54,8;SAR=84,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00872256,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00417504,-0.0309591;OID=.,.;OPOS=106877551,106877551;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.954286,0.0457143:138,8:176:167,8:175:0:59,8:108,0:0:0:14:1:54,8:84,0:1:0 chr14 106877591 . G C 71.49 PASS AF=0.129032;AO=16;DP=124;FAO=16;FDP=124;FR=.;FRO=108;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=65;FWDB=-0.0444382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2708;QD=2.30628;RBI=0.0521999;REFB=0.00534985;REVB=0.0273875;RO=105;SAF=10;SAR=6;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274615;STB=0.690436;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0360909;OID=.;OPOS=106877591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:124:124:105:108:16:16:0.129032:6:10:42:63:6:10:43:65 chr14 106877637 . A G 86.53 PASS AF=0.12069;AO=21;DP=175;FAO=21;FDP=174;FR=.;FRO=153;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=75;FWDB=0.00537935;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.936;QD=1.98919;RBI=0.0438874;REFB=-0.000393823;REVB=0.0435565;RO=154;SAF=11;SAR=10;SRF=78;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215106;STB=0.512317;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00445054;OID=.;OPOS=106877637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:175:174:154:153:21:21:0.12069:10:11:78:76:10:11:78:75 chr14 106926328 . A C 2179.99 PASS AF=0.961538;AO=140;DP=146;FAO=150;FDP=156;FR=.;FRO=6;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0190559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7497;QD=55.8971;RBI=0.114658;REFB=-0.131839;REVB=0.113063;RO=6;SAF=70;SAR=70;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260135;STB=0.513073;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0094344;OID=.;OPOS=106926328;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:146:156:6:6:140:150:0.961538:70:70:5:1:76:74:5:1 chr14 106926362 . C T 1461.67 PASS AF=0.928571;AO=104;DP=112;FAO=104;FDP=112;FR=.;FRO=8;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0189486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.177;QD=52.2026;RBI=0.023853;REFB=-0.13495;REVB=0.0144885;RO=4;SAF=51;SAR=53;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168903;STB=0.508246;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000906121;OID=.;OPOS=106926362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:112:112:4:8:104:104:0.928571:53:51:1:3:53:51:3:5 chr14 106926388 . T C 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.787;QD=63.3358;RBI=0.0105016;REFB=0;REVB=-0.0041619;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2711e-05;OID=.;OPOS=106926388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:41:52:0:0:41:52:0:0 chr14 106926456 . A C 534.1 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5605;QD=56.2213;RBI=0.0395417;REFB=-0.0903617;REVB=0.027731;RO=2;SAF=18;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132561;OID=.;OPOS=106926456;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:2:0:36:38:1:18:18:2:0:18:20:0:0 chr14 106926649 . C A 888.42 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00813378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.142;QD=56.4079;RBI=0.0103977;REFB=-0.134505;REVB=-0.00647723;RO=1;SAF=36;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129354;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000165216;OID=.;OPOS=106926649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:26:36:1:0:26:36:1:0 chr14 106963101 . C T 2868.54 PASS AF=0.913242;AO=200;DP=221;FAO=200;FDP=219;FR=.;FRO=19;FSAF=78;FSAR=122;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0121237;FXX=0.00904936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.9;QD=52.3935;RBI=0.0176631;REFB=0.00083384;REVB=0.0128453;RO=19;SAF=78;SAR=122;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003737;STB=0.501969;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-4.86358e-05;OID=.;OPOS=106963101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:221:219:19:19:200:200:0.913242:122:78:7:12:122:78:7:12 chr14 106963102 . G T 57.02 PASS AF=0.0863636;AO=19;DP=221;FAO=19;FDP=220;FR=.;FRO=201;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=80;FSRR=121;FWDB=-0.0209083;FXX=0.00452468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.2965;QD=1.03667;RBI=0.0623149;REFB=-0.00826124;REVB=0.0587025;RO=202;SAF=7;SAR=12;SRF=80;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338842;STB=0.528577;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0131357;OID=.;OPOS=106963102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:221:220:202:201:19:19:0.0863636:12:7:80:122:12:7:80:121 chr14 106993886 . A G 756.76 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350534;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.215;QD=57.114;RBI=0.0111975;REFB=0;REVB=0.0106347;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112752;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr14 106993945 . T C 1362.16 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.632;QD=62.6281;RBI=0.076283;REFB=0;REVB=0.0755947;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001478;OID=.;OPOS=106993945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:87:0:0:82:87:1:44:38:0:0:48:39:0:0 chr14 106994009 . GCT TTC 1547.83 PASS AF=1;AO=92;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522522;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.845;QD=63.8282;RBI=0.0583373;REFB=0;REVB=0.0259413;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.66114e-05;OID=.;OPOS=106994009;OREF=GCT;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:92:97:1:49:43:0:0:50:47:0:0 chr14 106994015 . G A 1513.02 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.356;QD=59.9216;RBI=0.0514591;REFB=0;REVB=0.0123823;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58561e-05;OID=.;OPOS=106994015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:51:49:0:0:52:49:0:0 chr14 106994063 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137576;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.72;QD=57.5453;RBI=0.00709837;REFB=0;REVB=0.00696377;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26024e-06;OID=.;OPOS=106994063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr14 107013129 . A C 1300.34 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3436;QD=60.4809;RBI=0.0373516;REFB=-0.0125062;REVB=0.0329167;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00105193;OID=.;OPOS=107013129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:46:39:0:0:46:39:0:1 chr14 107034705 . G A 30.3 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0129951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.958;QD=1.68344;RBI=0.0476504;REFB=-0.00250721;REVB=-0.0458442;RO=60;SAF=3;SAR=4;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635852;STB=0.516083;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0318785;OID=.;OPOS=107034705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:67:72:60:65:7:7:0.0972222:4:3:29:31:4:3:29:36 chr14 107034707 . G T 36.19 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00935901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.519;QD=1.98287;RBI=0.0456696;REFB=-0.00178442;REVB=-0.0447003;RO=65;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634686;STB=0.547827;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0198353;OID=.;OPOS=107034707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:4:4:29:36:4:4:29:36 chr14 107034967 . T C 81.45 PASS AF=0.111702;AO=21;DP=186;FAO=21;FDP=188;FR=.;FRO=167;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=99;FWDB=-0.0372544;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2724;QD=1.73293;RBI=0.077143;REFB=-0.00614971;REVB=-0.0675512;RO=165;SAF=12;SAR=9;SRF=68;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194535;STB=0.642727;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0451436;OID=.;OPOS=107034967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:186:188:165:167:21:21:0.111702:9:12:68:97:9:12:68:99 chr14 107035002 . A G 133.16 PASS AF=0.164474;AO=25;DP=153;FAO=25;FDP=152;FR=.;FRO=127;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=83;FWDB=-0.0269768;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.252;QD=3.50422;RBI=0.0413917;REFB=-0.00361784;REVB=-0.0313931;RO=123;SAF=15;SAR=10;SRF=43;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312736;STB=0.702623;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0156368;OID=.;OPOS=107035002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:123:127:25:25:0.164474:10:15:43:80:10:15:44:83 chr14 107035020 . C T 154.87 PASS AF=0.176829;AO=29;DP=165;FAO=29;FDP=164;FR=.;FRO=135;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=87;FWDB=0.0898585;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6533;QD=3.77728;RBI=0.0920411;REFB=-0.00209437;REVB=0.0199252;RO=136;SAF=14;SAR=15;SRF=48;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169771;STB=0.605529;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.012651;OID=.;OPOS=107035020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:136:135:29:29:0.176829:15:14:48:88:15:14:48:87 chr14 107035163 . GA CC 136.23 PASS AF=0.153005;AO=27;DP=182;FAO=28;FDP=183;FR=.;FRO=155;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=101;FWDB=-0.00337946;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.355;QD=2.97766;RBI=0.00584588;REFB=-0.00404953;REVB=-0.00477007;RO=155;SAF=11;SAR=16;SRF=54;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800195;STB=0.54013;STBP=0.664;TYPE=mnp;VARB=0.0230728;OID=.;OPOS=107035163;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:155:155:27:28:0.153005:16:11:54:101:17:11:54:101 chr14 107035168 . T A 132.15 PASS AF=0.155172;AO=27;DP=174;FAO=27;FDP=174;FR=.;FRO=147;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=95;FWDB=-0.0206739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.08;QD=3.03795;RBI=0.0225916;REFB=-0.0050544;REVB=-0.00910884;RO=147;SAF=11;SAR=16;SRF=52;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726846;STB=0.547745;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0227504;OID=.;OPOS=107035168;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:147:147:27:27:0.155172:16:11:52:95:16:11:52:95 chr14 107035182 . T G 122.81 PASS AF=0.155844;AO=24;DP=154;FAO=24;FDP=154;FR=.;FRO=130;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=83;FWDB=-0.0141602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.604;QD=3.18991;RBI=0.0147857;REFB=-0.00277521;REVB=-0.00425522;RO=130;SAF=10;SAR=14;SRF=47;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738423;STB=0.548603;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0149036;OID=.;OPOS=107035182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:130:130:24:24:0.155844:14:10:47:83:14:10:47:83 chr14 107048690 . G A 148.6 PASS AF=0.18705;AO=26;DP=139;FAO=26;FDP=139;FR=.;FRO=113;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.0133239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.105;QD=4.2763;RBI=0.0346531;REFB=-0.00515611;REVB=-0.0319892;RO=113;SAF=16;SAR=10;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12088;STB=0.577167;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0235027;OID=.;OPOS=107048690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:113:113:26:26:0.18705:10:16:59:54:10:16:59:54 chr14 107048702 . G A 302.78 PASS AF=0.232323;AO=46;DP=197;FAO=46;FDP=198;FR=.;FRO=152;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=86;FSRR=66;FWDB=-0.00124234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.34;QD=6.11681;RBI=0.0146404;REFB=-0.00585097;REVB=-0.0145876;RO=151;SAF=20;SAR=26;SRF=86;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169164;STB=0.599609;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0227047;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:151:152:46:46:0.232323:26:20:86:65:26:20:86:66 chr14 107048749 . C G 2061.99 PASS AF=0.589342;AO=187;DP=320;FAO=188;FDP=319;FR=.;FRO=131;FSAF=102;FSAR=86;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=-0.0474643;FXX=0.0031249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.725;QD=25.8556;RBI=0.0498192;REFB=-0.0180142;REVB=-0.0151358;RO=130;SAF=101;SAR=86;SRF=65;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305301;STB=0.515978;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.011415;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:319:130:131:187:188:0.589342:86:101:65:65:86:102:66:65 chr14 107048767 . G T 1449.56 PASS AF=0.441926;AO=156;DP=353;FAO=156;FDP=353;FR=.;FRO=197;FSAF=86;FSAR=70;FSRF=108;FSRR=89;FWDB=0.00668554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.156;QD=16.4257;RBI=0.0420021;REFB=-0.00726134;REVB=-0.0414666;RO=197;SAF=86;SAR=70;SRF=108;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00311236;STB=0.501724;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00999554;OID=.;OPOS=107048767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:353:197:197:156:156:0.441926:70:86:108:89:70:86:108:89 chr14 107048885 . C T 656.33 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=145;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.00664996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.58;QD=17.9817;RBI=0.00864861;REFB=0.00413659;REVB=0.00552961;RO=78;SAF=43;SAR=24;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142369;STB=0.583026;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00400954;OID=.;OPOS=107048885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:78:79:67:67:0.458904:24:43:39:39:24:43:39:40 chr14 107048929 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.646;QD=51.9165;RBI=0.0327331;REFB=0;REVB=-0.0212219;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297362;OID=.;OPOS=107048929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr14 107078790 . C T 2126.12 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036395;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.173;QD=62.0765;RBI=0.0367895;REFB=-0.0392287;REVB=0.00537334;RO=1;SAF=61;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629665;STB=0.503311;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000158664;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:137:1:1:136:136:0.992701:75:61:0:1:75:61:0:1 chr14 107083283 . C T 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0284751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.596;QD=3.02363;RBI=0.0352916;REFB=-0.00224007;REVB=0.0208486;RO=49;SAF=4;SAR=4;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188695;STB=0.620406;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0192273;OID=.;OPOS=107083283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:49:50:8:8:0.137931:4:4:32:17:4:4:32:18 chr14 107083286 . A G 68.36 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0283619;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.253;QD=4.08139;RBI=0.0416046;REFB=0.00105341;REVB=-0.0304392;RO=56;SAF=8;SAR=4;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327197;STB=0.511092;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00588622;OID=.;OPOS=107083286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:68:67:56:55:12:12:0.179104:4:8:36:20:4:8:36:19 chr14 107083633 . T C 7614.46 PASS AF=1;AO=480;DP=481;FAO=480;FDP=480;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=289;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109378;FXX=0.00207896;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3271;QD=63.4538;RBI=0.0401264;REFB=-0.0142414;REVB=-0.0386069;RO=0;SAF=191;SAR=289;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.17114e-05;OID=.;OPOS=107083633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:481:480:0:0:480:480:1:289:191:0:0:289:191:0:0 chr14 107113763 . A G 120.36 PASS AF=0.213483;AO=19;DP=89;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0196647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.855;QD=5.40927;RBI=0.0197108;REFB=-0.00421706;REVB=0.00134642;RO=70;SAF=7;SAR=12;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218038;STB=0.636649;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0195876;OID=.;OPOS=107113763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:70:70:19:19:0.213483:12:7:38:32:12:7:38:32 chr14 107113780 . G A 192.39 PASS AF=0.264151;AO=28;DP=106;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00913826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.581;QD=7.25997;RBI=0.0130213;REFB=0.0010989;REVB=0.00927618;RO=78;SAF=11;SAR=17;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163259;STB=0.598035;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0041221;OID=.;OPOS=107113780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:78:78:28:28:0.264151:17:11:41:37:17:11:41:37 chr14 107113785 . C T 209.04 PASS AF=0.258333;AO=31;DP=120;FAO=31;FDP=120;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.00629936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.854;QD=6.96798;RBI=0.0361806;REFB=-0.00599175;REVB=-0.035628;RO=88;SAF=12;SAR=19;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126997;STB=0.580733;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0233741;OID=.;OPOS=107113785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:88:89:31:31:0.258333:19:12:43:45:19:12:44:45 chr14 107113846 . A G 436.85 PASS AF=0.294118;AO=58;DP=204;FAO=60;FDP=204;FR=.;FRO=144;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=66;FSRR=78;FWDB=-0.00445331;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.862;QD=8.56564;RBI=0.00536266;REFB=-0.0142944;REVB=-0.00298766;RO=146;SAF=18;SAR=40;SRF=66;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184125;STB=0.593072;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0404092;OID=.;OPOS=107113846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:146:144:58:60:0.294118:40:18:66:80:40:20:66:78 chr14 107113851 . C T 1721.83 PASS AF=0.707317;AO=139;DP=205;FAO=145;FDP=205;FR=.;FRO=60;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.0222838;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.895;QD=33.5968;RBI=0.0234919;REFB=-0.0170943;REVB=0.00743634;RO=61;SAF=60;SAR=79;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608098;STB=0.536178;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00773312;OID=.;OPOS=107113851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:61:60:139:145:0.707317:79:60:20:41:79:66:20:40 chr14 107113855 . A G 441.77 PASS AF=0.291866;AO=59;DP=207;FAO=61;FDP=209;FR=.;FRO=148;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=69;FSRR=79;FWDB=-0.00476319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.954;QD=8.45486;RBI=0.0123096;REFB=0.000761488;REVB=-0.0113507;RO=148;SAF=20;SAR=39;SRF=69;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161745;STB=0.603205;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00128688;OID=.;OPOS=107113855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:209:148:148:59:61:0.291866:39:20:69:79:41:20:69:79 chr14 107113858 . A G 440.88 PASS AF=0.290476;AO=61;DP=210;FAO=61;FDP=210;FR=.;FRO=149;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=69;FSRR=80;FWDB=0.0216161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.001;QD=8.39771;RBI=0.0223343;REFB=-0.00392364;REVB=-0.00561847;RO=147;SAF=20;SAR=41;SRF=69;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179358;STB=0.601218;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00711387;OID=.;OPOS=107113858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:147:149:61:61:0.290476:41:20:69:78:41:20:69:80 chr14 107113968 . C A 97.17 PASS AF=0.166667;AO=19;DP=108;FAO=18;FDP=108;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0265735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.887;QD=3.59882;RBI=0.0273755;REFB=-0.00716657;REVB=0.00657804;RO=88;SAF=5;SAR=14;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232293;STB=0.698138;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0433589;OID=.;OPOS=107113968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:108:108:88:90:19:18:0.166667:14:5:38:50:14:4:39:51 chr14 107114009 . T C 919.24 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7008;QD=58.3647;RBI=0.0505755;REFB=0;REVB=-0.0179639;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329885;OID=.;OPOS=107114009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr14 107114193 . A G 1041.16 PASS AF=0.986301;AO=69;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0615637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.988;QD=57.0498;RBI=0.0736307;REFB=-0.092159;REVB=0.0403904;RO=1;SAF=49;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955148;STB=0.505049;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000653101;OID=.;OPOS=107114193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:73:1:1:69:72:0.986301:20:49:1:0:23:49:1:0 chr14 107131063 . A G 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0263015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.522;QD=38.2053;RBI=0.0318706;REFB=-0.0216651;REVB=-0.0179991;RO=2;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11358;STB=0.562417;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00194344;OID=.;OPOS=107131063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:7:8:0:2:7:8:0:2 chr14 107131128 . G T 139.67 PASS AF=0.928571;AO=11;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0616663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.973;QD=39.9059;RBI=0.0806712;REFB=-0.157943;REVB=-0.0520106;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00333117;OID=.;OPOS=107131128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:14:14:1:1:11:13:0.928571:7:4:1:0:7:6:1:0 chr14 107131410 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8839;QD=57.1059;RBI=0.0661299;REFB=0;REVB=0.0184115;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845101;OID=.;OPOS=107131410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:27:28:0:0 chr14 107170055 . G A 2104.87 PASS AF=0.978417;AO=135;DP=141;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00620135;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4355;QD=60.5717;RBI=0.0321915;REFB=-0.0871107;REVB=0.0315885;RO=2;SAF=78;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120318;STB=0.509433;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000888454;OID=.;OPOS=107170055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:141:139:2:3:135:136:0.978417:57:78:2:0:58:78:3:0 chr14 107170062 . A G 1983.62 PASS AF=0.970588;AO=131;DP=136;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=78;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.095663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1804;QD=58.3418;RBI=0.0959045;REFB=-0.140561;REVB=0.00680117;RO=5;SAF=78;SAR=53;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148664;STB=0.512498;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00465726;OID=.;OPOS=107170062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:136:136:5:4:131:132:0.970588:53:78:4:1:54:78:4:0 chr14 107170077 . C T 1847.87 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0579282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4214;QD=59.6088;RBI=0.0587879;REFB=-0.098518;REVB=0.0100168;RO=1;SAF=77;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061303;STB=0.506409;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000997636;OID=.;OPOS=107170077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:1:2:122:122:0.983871:45:77:1:0:45:77:2:0 chr14 107170219 . C G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.619;QD=60.5473;RBI=0.0269518;REFB=0;REVB=-0.00617225;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00905e-05;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:24:51:0:0:24:51:0:0 chr14 107178832 . A G 3155.17 PASS AF=0.981132;AO=207;DP=212;FAO=208;FDP=212;FR=.;FRO=4;FSAF=101;FSAR=107;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0315109;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2321;QD=59.5315;RBI=0.0586007;REFB=-0.0286402;REVB=-0.0494075;RO=4;SAF=101;SAR=106;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184876;STB=0.509708;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=4.10609e-05;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:212:212:4:4:207:208:0.981132:106:101:4:0:107:101:4:0 chr14 107178965 . A C 2694.76 PASS AF=0.994286;AO=173;DP=176;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0696351;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.733;QD=61.5944;RBI=0.0707086;REFB=-0.0905122;REVB=0.0122744;RO=0;SAF=74;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000203344;OID=.;OPOS=107178965;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:176:175:0:1:173:174:0.994286:99:74:0:0:99:75:1:0 chr14 107179268 . A G 2320.41 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134209;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.394;QD=61.0633;RBI=0.0214289;REFB=0;REVB=-0.0167056;RO=0;SAF=68;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.65545e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51157e-05;OID=.;OPOS=107179268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:152:0:0:149:152:1:81:68:0:0:83:69:0:0 chr14 107211211 . G A 714.15 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00906625;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.841;QD=52.9002;RBI=0.0115152;REFB=-0.0353386;REVB=0.00709951;RO=2;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00407395;STB=0.502164;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000171151;OID=.;OPOS=107211211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:54:2:2:52:52:0.962963:23:29:1:1:23:29:1:1 chr14 107282846 . G A 55.35 PASS AF=0.0684932;AO=25;DP=365;FAO=25;FDP=365;FR=.;FRO=340;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=175;FSRR=165;FWDB=-0.0114458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.223;QD=0.606567;RBI=0.0280555;REFB=-0.00125692;REVB=-0.0256146;RO=336;SAF=20;SAR=5;SRF=173;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322761;STB=0.776913;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0186932;OID=.;OPOS=107282846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:365:365:336:340:25:25:0.0684932:5:20:173:163:5:20:175:165 chr14 107282852 . T C 53.6 PASS AF=0.0673854;AO=22;DP=369;FAO=25;FDP=371;FR=.;FRO=346;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=176;FSRR=170;FWDB=0.0240903;FXX=0.0026881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.42;QD=0.577901;RBI=0.0291243;REFB=-0.000832175;REVB=-0.0163672;RO=347;SAF=19;SAR=3;SRF=177;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379676;STB=0.781018;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0178957;OID=.;OPOS=107282852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:369:371:347:346:22:25:0.0673854:3:19:177:170:5:20:176:170 chr14 107282859 . G A 57.03 PASS AF=0.0686016;AO=26;DP=379;FAO=26;FDP=379;FR=.;FRO=353;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=179;FSRR=174;FWDB=0.0190653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6946;QD=0.601921;RBI=0.0215698;REFB=-0.0030056;REVB=0.0100881;RO=351;SAF=22;SAR=4;SRF=177;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385817;STB=0.829397;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0427025;OID=.;OPOS=107282859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:379:379:351:353:26:26:0.0686016:4:22:177:174:4:22:179:174 chr14 107282872 . T A 68.67 PASS AF=0.0736041;AO=29;DP=394;FAO=29;FDP=394;FR=.;FRO=365;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=184;FSRR=181;FWDB=-0.0055402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.644;QD=0.697121;RBI=0.0226193;REFB=-0.00113958;REVB=-0.0219304;RO=363;SAF=24;SAR=5;SRF=182;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37579;STB=0.810825;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0141122;OID=.;OPOS=107282872;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:394:394:363:365:29:29:0.0736041:5:24:182:181:5:24:184:181 chr14 107282909 . T C 91.69 PASS AF=0.0890805;AO=30;DP=347;FAO=31;FDP=348;FR=.;FRO=317;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=165;FSRR=152;FWDB=-0.00278106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.223;QD=1.05391;RBI=0.0208009;REFB=0.000259753;REVB=0.0206142;RO=314;SAF=24;SAR=6;SRF=163;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343666;STB=0.742394;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0088306;OID=.;OPOS=107282909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:347:348:314:317:30:31:0.0890805:6:24:163:151:7:24:165:152 chr14 107282926 . A T 90.89 PASS AF=0.0914634;AO=30;DP=326;FAO=30;FDP=328;FR=.;FRO=298;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=156;FSRR=142;FWDB=-0.028003;FXX=0.00303942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.697;QD=1.10846;RBI=0.0372006;REFB=-0.00146454;REVB=-0.024489;RO=293;SAF=24;SAR=6;SRF=156;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336819;STB=0.766652;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0369761;OID=.;OPOS=107282926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:326:328:293:298:30:30:0.0914634:6:24:156:137:6:24:156:142 chr14 107282935 . A T 95.69 PASS AF=0.0952381;AO=30;DP=317;FAO=30;FDP=315;FR=.;FRO=285;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=150;FSRR=135;FWDB=-0.0601477;FXX=0.00630895;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9768;QD=1.21512;RBI=0.0761759;REFB=-0.000687295;REVB=-0.0467442;RO=280;SAF=24;SAR=6;SRF=146;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350835;STB=0.764042;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00874842;OID=.;OPOS=107282935;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:317:315:280:285:30:30:0.0952381:6:24:146:134:6:24:150:135 chr14 107282973 . G C 56.38 PASS AF=0.0869565;AO=18;DP=206;FAO=18;FDP=207;FR=.;FRO=189;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=88;FSRR=101;FWDB=-0.0686107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.431;QD=1.08954;RBI=0.0724295;REFB=-0.000888861;REVB=-0.0232077;RO=188;SAF=14;SAR=4;SRF=88;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359799;STB=0.782436;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0220451;OID=.;OPOS=107282973;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:206:207:188:189:18:18:0.0869565:4:14:88:100:4:14:88:101 chr15 20170150 . C T 1970.96 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.686;QD=62.0774;RBI=0.0220597;REFB=0;REVB=0.0155963;RO=0;SAF=65;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81407e-05;OID=.;OPOS=20170150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:62:65:0:0:62:65:0:0 chr15 20362818 . G T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0208;QD=55.654;RBI=0.0588789;REFB=0;REVB=0.00369546;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122614;OID=.;OPOS=20362818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr15 20462585 . A G 187.5 PASS AF=0.165919;AO=37;DP=223;FAO=37;FDP=223;FR=.;FRO=186;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=81;FSRR=105;FWDB=0.00077047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.158;QD=3.36325;RBI=0.0152986;REFB=-0.00450835;REVB=-0.0152791;RO=185;SAF=19;SAR=18;SRF=80;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104403;STB=0.564867;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0274068;OID=.;OPOS=20462585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:185:186:37:37:0.165919:18:19:80:105:18:19:81:105 chr15 20462603 . G T 373.15 PASS AF=0.232653;AO=56;DP=246;FAO=57;FDP=245;FR=.;FRO=188;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=85;FSRR=103;FWDB=-0.000690121;FXX=0.0120963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.047;QD=6.09228;RBI=0.0105247;REFB=-0.00454306;REVB=-0.0105021;RO=189;SAF=25;SAR=31;SRF=84;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255297;STB=0.503104;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0165264;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:189:188:56:57:0.232653:31:25:84:105:31:26:85:103 chr15 20462613 . G C 447.14 PASS AF=0.258964;AO=65;DP=248;FAO=65;FDP=251;FR=.;FRO=186;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=82;FSRR=104;FWDB=-0.00442502;FXX=0.0039681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.82;QD=7.12567;RBI=0.0222516;REFB=-0.000631477;REVB=-0.0218071;RO=182;SAF=34;SAR=31;SRF=81;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968131;STB=0.560695;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0034326;OID=.;OPOS=20462613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:251:182:186:65:65:0.258964:31:34:81:101:31:34:82:104 chr15 20588705 . C A 1296.19 PASS AF=0.584541;AO=120;DP=206;FAO=121;FDP=207;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=82;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.0167722;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2548;QD=25.0472;RBI=0.0499642;REFB=-0.0176294;REVB=-0.0470649;RO=83;SAF=38;SAR=82;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585549;STB=0.528601;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0199834;OID=.;OPOS=20588705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:83:86:120:121:0.584541:82:38:32:51:82:39:33:53 chr15 20645751 . G A 215.78 PASS AF=0.20904;AO=34;DP=173;FAO=37;FDP=177;FR=.;FRO=140;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=79;FSRR=61;FWDB=-0.026219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.349;QD=4.8764;RBI=0.0303809;REFB=-0.00728479;REVB=0.015348;RO=136;SAF=12;SAR=22;SRF=79;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286982;STB=0.687834;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0408535;OID=.;OPOS=20645751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:177:136:140:34:37:0.20904:22:12:79:57:25:12:79:61 chr15 20645827 . A G 977.85 PASS AF=0.5;AO=96;DP=192;FAO=96;FDP=192;FR=.;FRO=96;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=38;FSRR=58;FWDB=0.00734876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0075;QD=20.3718;RBI=0.0136732;REFB=-0.0184909;REVB=-0.0115305;RO=86;SAF=43;SAR=53;SRF=28;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10833;STB=0.526467;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0245804;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:86:96:96:96:0.5:53:43:28:58:53:43:38:58 chr15 20648687 . GCAGA G 50.0 PASS AO=141;DP=462;LEN=4;RO=321;SAF=81;SAR=70;SRF=155;SRR=156;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=20648688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:462:321:141:70:81:155:156 chr15 20874846 . G A 366.21 PASS AF=0.124834;AO=94;DP=752;FAO=94;FDP=753;FR=.;FRO=659;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=283;FSRR=376;FWDB=-0.00425278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0786;QD=1.94535;RBI=0.0219164;REFB=-0.000363962;REVB=-0.0214998;RO=650;SAF=44;SAR=50;SRF=279;SRR=371;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501505;STB=0.534101;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00355189;OID=.;OPOS=20874846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:752:753:650:659:94:94:0.124834:50:44:279:371:50:44:283:376 chr15 20874897 . A G 6894.9 PASS AF=0.656885;AO=581;DP=884;FAO=582;FDP=886;FR=.;FRO=304;FSAF=237;FSAR=345;FSRF=137;FSRR=167;FWDB=0.0211944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.614;QD=31.1282;RBI=0.0317686;REFB=-0.0316429;REVB=-0.0236652;RO=300;SAF=236;SAR=345;SRF=136;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308835;STB=0.515348;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0153965;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:884:886:300:304:581:582:0.656885:345:236:136:164:345:237:137:167 chr15 20874927 . T A 2595.2 PASS AF=0.376829;AO=272;DP=786;FAO=309;FDP=820;FR=.;FRO=511;FSAF=113;FSAR=196;FSRF=224;FSRR=287;FWDB=0.00179198;FXX=0.00364516;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.23;QD=12.6595;RBI=0.0142089;REFB=-0.00887553;REVB=0.0140954;RO=503;SAF=99;SAR=173;SRF=223;SRR=280;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095151;STB=0.547551;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0144431;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:786:820:503:511:272:309:0.376829:173:99:223:280:196:113:224:287 chr15 20876452 . G A 160.68 PASS AF=0.108491;AO=46;DP=424;FAO=46;FDP=424;FR=.;FRO=378;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=220;FSRR=158;FWDB=-0.0195975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6604;QD=1.51584;RBI=0.0207853;REFB=-0.00176495;REVB=-0.0069257;RO=377;SAF=30;SAR=16;SRF=220;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895403;STB=0.566131;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0143489;OID=.;OPOS=20876452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:424:424:377:378:46:46:0.108491:16:30:220:157:16:30:220:158 chr15 20876515 . A G 4665.56 PASS AF=0.729572;AO=374;DP=514;FAO=375;FDP=514;FR=.;FRO=139;FSAF=204;FSAR=171;FSRF=76;FSRR=63;FWDB=0.0174802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.012;QD=36.3079;RBI=0.0221691;REFB=-0.026106;REVB=0.013635;RO=139;SAF=204;SAR=170;SRF=76;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000671477;STB=0.500753;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00993869;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:514:514:139:139:374:375:0.729572:170:204:76:63:171:204:76:63 chr15 22016194 . G A 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.000576383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.102;QD=25.4947;RBI=0.0114089;REFB=0.0172676;REVB=-0.0113944;RO=7;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132373;STB=0.574359;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00669072;OID=.;OPOS=22016194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:5:9:3:4:5:9:3:4 chr15 22368862 . G A 1928.76 PASS AF=0.419291;AO=213;DP=509;FAO=213;FDP=508;FR=.;FRO=295;FSAF=106;FSAR=107;FSRF=138;FSRR=157;FWDB=0.00938526;FXX=0.0019646;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5944;QD=15.1871;RBI=0.0189395;REFB=0.00164536;REVB=-0.0164506;RO=294;SAF=106;SAR=107;SRF=138;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294861;STB=0.517339;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00219271;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:509:508:294:295:213:213:0.419291:107:106:138:156:107:106:138:157 chr15 22368905 . G A 1005.33 PASS AF=0.381877;AO=116;DP=308;FAO=118;FDP=309;FR=.;FRO=191;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=75;FSRR=116;FWDB=0.020718;FXX=0.0032257;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.845;QD=13.014;RBI=0.0223057;REFB=-0.0116846;REVB=0.00826478;RO=190;SAF=61;SAR=55;SRF=75;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143953;STB=0.586654;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0195748;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:309:190:191:116:118:0.381877:55:61:75:115:55:63:75:116 chr15 22369175 . CT GG 521.27 PASS AF=0.342246;AO=62;DP=185;FAO=64;FDP=187;FR=.;FRO=123;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=-0.00617293;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.011;QD=11.1502;RBI=0.00899209;REFB=-0.0104306;REVB=0.00653854;RO=123;SAF=24;SAR=38;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100147;STB=0.554548;STBP=0.304;TYPE=mnp;VARB=0.0197517;OID=.;OPOS=22369175;OREF=CT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:123:123:62:64:0.342246:38:24:58:65:39:25:58:65 chr15 22369248 . T C 1721.48 PASS AF=0.619835;AO=149;DP=242;FAO=150;FDP=242;FR=.;FRO=92;FSAF=79;FSAR=71;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.00378943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.978;QD=28.4543;RBI=0.0237533;REFB=-0.00579444;REVB=-0.0234491;RO=92;SAF=78;SAR=71;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141856;STB=0.506413;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00407314;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:92:92:149:150:0.619835:71:78:50:42:71:79:50:42 chr15 22369279 . C G 1142.41 PASS AF=0.345;AO=138;DP=399;FAO=138;FDP=400;FR=.;FRO=262;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=117;FSRR=145;FWDB=-0.00204169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.607;QD=11.4241;RBI=0.0121035;REFB=-0.0102213;REVB=-0.0119301;RO=261;SAF=69;SAR=69;SRF=117;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595284;STB=0.534995;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0173369;OID=.;OPOS=22369279;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:400:261:262:138:138:0.345:69:69:117:144:69:69:117:145 chr15 22369290 . A G 232.22 PASS AF=0.126087;AO=57;DP=459;FAO=58;FDP=460;FR=.;FRO=402;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=179;FSRR=223;FWDB=-0.0143058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.157;QD=2.01934;RBI=0.0145182;REFB=-0.00462569;REVB=0.00247426;RO=401;SAF=31;SAR=26;SRF=179;SRR=222;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1233;STB=0.592209;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0554778;OID=.;OPOS=22369290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:459:460:401:402:57:58:0.126087:26:31:179:222:26:32:179:223 chr15 22369426 . G A 448.67 PASS AF=0.162832;AO=92;DP=564;FAO=92;FDP=565;FR=.;FRO=473;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=223;FSRR=250;FWDB=-0.0145238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.795;QD=3.17643;RBI=0.0201423;REFB=-0.000579668;REVB=-0.013956;RO=472;SAF=34;SAR=58;SRF=223;SRR=249;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136439;STB=0.58734;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00372248;OID=.;OPOS=22369426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:565:472:473:92:92:0.162832:58:34:223:249:58:34:223:250 chr15 22382704 . G C 114.11 PASS AF=0.116;AO=29;DP=250;FAO=29;FDP=250;FR=.;FRO=221;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=100;FSRR=121;FWDB=0.0215109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8557;QD=1.8257;RBI=0.0370806;REFB=-0.00241157;REVB=-0.0302034;RO=221;SAF=14;SAR=15;SRF=100;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037852;STB=0.526822;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0184149;OID=.;OPOS=22382704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:221:221:29:29:0.116:15:14:100:121:15:14:100:121 chr15 22382739 . A G 2367.32 PASS AF=0.969512;AO=159;DP=164;FAO=159;FDP=164;FR=.;FRO=5;FSAF=106;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00980869;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.425;QD=57.7395;RBI=0.0105833;REFB=-0.159473;REVB=-0.00397448;RO=4;SAF=106;SAR=53;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345562;STB=0.515835;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000401326;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:164:164:4:5:159:159:0.969512:53:106:0:4:53:106:1:4 chr15 22382897 . A G 743.44 PASS AF=0.19128;AO=139;DP=711;FAO=136;FDP=711;FR=.;FRO=575;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=336;FSRR=239;FWDB=-0.00159693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9187;QD=4.1825;RBI=0.0984771;REFB=-0.00771188;REVB=-0.0984642;RO=571;SAF=67;SAR=72;SRF=335;SRR=236;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135921;STB=0.574004;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0297386;OID=.;OPOS=22382897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:711:711:571:575:139:136:0.19128:72:67:335:236:69:67:336:239 chr15 22383066 . A G 3177.2 PASS AF=0.577465;AO=286;DP=497;FAO=287;FDP=497;FR=.;FRO=210;FSAF=156;FSAR=131;FSRF=90;FSRR=120;FWDB=0.00150687;FXX=0.00200799;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.238;QD=25.571;RBI=0.0274671;REFB=-0.00336188;REVB=0.0274257;RO=210;SAF=155;SAR=131;SRF=90;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088678;STB=0.548538;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00190546;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:497:497:210:210:286:287:0.577465:131:155:90:120:131:156:90:120 chr15 22383189 . G A 483.58 PASS AF=0.175803;AO=93;DP=530;FAO=93;FDP=529;FR=.;FRO=436;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=228;FSRR=208;FWDB=-0.000359797;FXX=0.00188676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.389;QD=3.65654;RBI=0.0135535;REFB=-0.000222607;REVB=-0.0135487;RO=436;SAF=49;SAR=44;SRF=228;SRR=208;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514481;STB=0.50326;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00100712;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:530:529:436:436:93:93:0.175803:44:49:228:208:44:49:228:208 chr15 22383482 . GA G 337.37 PASS AF=0.318519;AO=43;DP=140;FAO=43;FDP=135;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=-0.00053755;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.742;QD=9.99603;RBI=0.0117621;REFB=-0.00421093;REVB=0.0117498;RO=95;SAF=21;SAR=22;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117693;STB=0.573816;STBP=0.274;TYPE=del;VARB=0.00764346;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318519:43:140:43:135:92:21:22:35:57:99:95:21:22:37:58 chr15 22413700 . A G 3028.74 PASS AF=0.984694;AO=193;DP=196;FAO=193;FDP=196;FR=.;FRO=3;FSAF=105;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0083539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9074;QD=61.8111;RBI=0.0301365;REFB=-0.0577856;REVB=0.0289555;RO=3;SAF=105;SAR=88;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159546;STB=0.508379;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0046322;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:196:196:3:3:193:193:0.984694:88:105:0:3:88:105:0:3 chr15 22413844 . T G 2859.78 PASS AF=0.414698;AO=314;DP=764;FAO=316;FDP=762;FR=.;FRO=446;FSAF=167;FSAR=149;FSRF=219;FSRR=227;FWDB=0.00348203;FXX=0.00651882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.439;QD=15.012;RBI=0.0148647;REFB=-0.00772907;REVB=0.0144512;RO=446;SAF=166;SAR=148;SRF=217;SRR=229;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444442;STB=0.521934;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0102442;OID=.;OPOS=22413844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:764:762:446:446:314:316:0.414698:148:166:217:229:149:167:219:227 chr15 22413954 . C T 2993.61 PASS AF=0.423927;AO=326;DP=771;FAO=326;FDP=769;FR=.;FRO=443;FSAF=169;FSAR=157;FSRF=216;FSRR=227;FWDB=0.0054346;FXX=0.002594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.705;QD=15.5714;RBI=0.00631764;REFB=-0.00718376;REVB=-0.00322145;RO=428;SAF=169;SAR=157;SRF=216;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140849;STB=0.517754;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00945383;OID=.;OPOS=22413954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:771:769:428:443:326:326:0.423927:157:169:216:212:157:169:216:227 chr15 22414005 . C T 2467.48 PASS AF=0.4;AO=276;DP=690;FAO=276;FDP=690;FR=.;FRO=414;FSAF=135;FSAR=141;FSRF=188;FSRR=226;FWDB=0.00522489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.53;QD=14.3042;RBI=0.00527839;REFB=-0.00909644;REVB=0.000749607;RO=409;SAF=135;SAR=141;SRF=186;SRR=223;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368361;STB=0.521042;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0175437;OID=.;OPOS=22414005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:690:690:409:414:276:276:0.4:141:135:186:223:141:135:188:226 chr15 22414100 . A G 434.06 PASS AF=0.160777;AO=87;DP=560;FAO=91;FDP=566;FR=.;FRO=475;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=212;FSRR=263;FWDB=-0.0062417;FXX=0.00352106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.252;QD=3.06755;RBI=0.0649656;REFB=-0.00472627;REVB=-0.064665;RO=471;SAF=54;SAR=33;SRF=212;SRR=259;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21956;STB=0.622046;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0169477;OID=.;OPOS=22414100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:560:566:471:475:87:91:0.160777:33:54:212:259:37:54:212:263 chr15 22414190 . T C 3551.73 PASS AF=0.775862;AO=270;DP=348;FAO=270;FDP=348;FR=.;FRO=78;FSAF=134;FSAR=136;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.00469748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8579;QD=40.8245;RBI=0.00759198;REFB=0.00577926;REVB=0.00596421;RO=78;SAF=134;SAR=136;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417656;STB=0.522165;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00173173;OID=.;OPOS=22414190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:78:78:270:270:0.775862:136:134:31:47:136:134:31:47 chr15 22414353 . A G 388.97 PASS AF=0.356061;AO=47;DP=132;FAO=47;FDP=132;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.00199774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.335;QD=11.7869;RBI=0.00725353;REFB=-0.00570143;REVB=0.006973;RO=85;SAF=15;SAR=32;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180473;STB=0.603728;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0158249;OID=.;OPOS=22414353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:85:85:47:47:0.356061:32:15:40:45:32:15:40:45 chr15 22440297 . A G 2284.3 PASS AF=0.993197;AO=143;DP=144;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00964244;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.934;QD=62.1577;RBI=0.0324881;REFB=-0.0180397;REVB=-0.0310242;RO=1;SAF=68;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694185;STB=0.503496;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00270103;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:147:1:1:143:146:0.993197:75:68:1:0:75:71:1:0 chr15 22440322 . A G 2594.11 PASS AF=0.988304;AO=169;DP=171;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0156384;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.605;QD=60.681;RBI=0.0436237;REFB=0.0306143;REVB=-0.0407243;RO=2;SAF=85;SAR=84;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111957;STB=0.505882;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-5.47201e-05;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:171:2:2:169:169:0.988304:84:85:0:2:84:85:0:2 chr15 22440816 . A G 5424.77 PASS AF=0.828157;AO=397;DP=486;FAO=400;FDP=483;FR=.;FRO=83;FSAF=161;FSAR=239;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0184895;FXX=0.00821338;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.204;QD=44.9256;RBI=0.0236191;REFB=-0.0214055;REVB=-0.0146969;RO=83;SAF=158;SAR=239;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121709;STB=0.505567;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00497971;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:486:483:83:83:397:400:0.828157:239:158:36:47:239:161:36:47 chr15 22448436 . G A 283.09 PASS AF=0.194553;AO=50;DP=257;FAO=50;FDP=257;FR=.;FRO=207;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=117;FSRR=90;FWDB=0.00192568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.524;QD=4.40601;RBI=0.0204257;REFB=-0.00335682;REVB=0.0203347;RO=207;SAF=21;SAR=29;SRF=117;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185583;STB=0.615552;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.014148;OID=.;OPOS=22448436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:207:207:50:50:0.194553:29:21:117:90:29:21:117:90 chr15 22448456 . C T 371.96 PASS AF=0.205128;AO=64;DP=312;FAO=64;FDP=312;FR=.;FRO=248;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=115;FSRR=133;FWDB=-0.0189892;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6915;QD=4.76867;RBI=0.0462458;REFB=-0.00145023;REVB=-0.0421674;RO=246;SAF=39;SAR=25;SRF=113;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192462;STB=0.615425;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00501094;OID=.;OPOS=22448456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:312:246:248:64:64:0.205128:25:39:113:133:25:39:115:133 chr15 22448565 . C T 352.28 PASS AF=0.20132;AO=61;DP=307;FAO=61;FDP=303;FR=.;FRO=242;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=64;FSRR=178;FWDB=0.0154136;FXX=0.0130289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.498;QD=4.6506;RBI=0.0176444;REFB=-0.00149027;REVB=-0.00858755;RO=235;SAF=14;SAR=47;SRF=60;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452841;STB=0.537839;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00669167;OID=.;OPOS=22448565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:303:235:242:61:61:0.20132:47:14:60:175:47:14:64:178 chr15 22840279 . G T 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00371255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.968;QD=10.4728;RBI=0.0257256;REFB=-0.0123755;REVB=-0.0254563;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480656;STB=0.528441;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0245763;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:8:9:20:15:8:9:20:15 chr15 22873784 . C T 472.38 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.00393802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8255;QD=16.2889;RBI=0.0258495;REFB=-0.0081281;REVB=-0.0255477;RO=64;SAF=14;SAR=38;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157078;STB=0.588199;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0165274;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:64:52:52:0.448276:38:14:26:38:38:14:26:38 chr15 22926229 . G A 494.16 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00474729;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6954;QD=17.4923;RBI=0.0534672;REFB=-0.0167566;REVB=-0.0532561;RO=57;SAF=30;SAR=23;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703444;STB=0.552929;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00513689;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:57:60:53:53:0.469027:23:30:28:29:23:30:28:32 chr15 23052632 . T C 2238.88 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.474;QD=62.626;RBI=0.0203819;REFB=0.0354201;REVB=0.00746282;RO=1;SAF=68;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646924;STB=0.503355;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000223865;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:141:142:0.993007:73:68:0:1:74:68:0:1 chr15 23059394 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.118;QD=57.5441;RBI=0.0102992;REFB=0;REVB=0.00730898;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74295e-05;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr15 23098401 . C T 537.68 PASS AF=0.403974;AO=60;DP=150;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0123386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.009;QD=14.2433;RBI=0.0133649;REFB=-0.0187197;REVB=0.00513611;RO=90;SAF=29;SAR=31;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534271;STB=0.525194;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0345226;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:90:90:60:61:0.403974:31:29:39:51:32:29:39:51 chr15 23098449 . C T 812.85 PASS AF=0.389831;AO=92;DP=239;FAO=92;FDP=236;FR=.;FRO=144;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=88;FWDB=0.0246064;FXX=0.0125518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.81;QD=13.7771;RBI=0.0328479;REFB=-0.0194036;REVB=-0.0217603;RO=138;SAF=45;SAR=47;SRF=54;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105081;STB=0.561343;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0275679;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:236:138:144:92:92:0.389831:47:45:54:84:47:45:56:88 chr15 23098503 . G T 239.82 PASS AF=0.140049;AO=50;DP=404;FAO=57;FDP=407;FR=.,HEALED;FRO=350;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=145;FSRR=205;FWDB=-0.0204228;FXX=0.0169078;HRUN=6;LEN=1;MLLD=134.273;QD=2.35698;RBI=0.0411916;REFB=-0.00780032;REVB=0.0357722;RO=250;SAF=14;SAR=36;SRF=94;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139947;STB=0.591371;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0284546;OID=.;OPOS=23098503;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:407:250:350:50:57:0.140049:36:14:94:156:39:18:145:205 chr15 23098518 . G A 284.21 PASS AF=0.149038;AO=62;DP=416;FAO=62;FDP=416;FR=.;FRO=354;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=150;FSRR=204;FWDB=-0.0249612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1403;QD=2.73276;RBI=0.025418;REFB=-0.00129662;REVB=0.00479753;RO=350;SAF=21;SAR=41;SRF=147;SRR=203;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110927;STB=0.576727;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00734143;OID=.;OPOS=23098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:416:350:354:62:62:0.149038:41:21:147:203:41:21:150:204 chr15 23099355 . G C 742.67 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3382;QD=56.0507;RBI=0.044815;REFB=0;REVB=-0.0228982;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207767;OID=.;OPOS=23099355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:24:29:0:0 chr15 23158339 . G C 9594.51 PASS AF=0.900133;AO=672;DP=748;FAO=676;FDP=751;FR=.;FRO=75;FSAF=370;FSAR=306;FSRF=70;FSRR=5;FWDB=0.0485403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.875;QD=51.1026;RBI=0.0751624;REFB=-0.0611467;REVB=-0.0573867;RO=75;SAF=367;SAR=305;SRF=71;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777633;STB=0.539184;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00622036;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:748:751:75:75:672:676:0.900133:305:367:71:4:306:370:70:5 chr15 23158537 . T C 88.36 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.694;QD=39.2691;RBI=0.0545551;REFB=0;REVB=0.0545551;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470212;OID=.;OPOS=23158537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:8:0:0:0:9:0:0:0 chr15 23259270 . A G 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0789999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.43;QD=32.822;RBI=0.0790075;REFB=-0.0899704;REVB=-0.0010933;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00961545;OID=.;OPOS=23259270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:0:1:5:4:0:1 chr15 23259835 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0177929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.788;QD=20.2683;RBI=0.0224543;REFB=-0.000103049;REVB=-0.0136971;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427514;STB=0.524115;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00011661;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:11:10:9:12:11:10 chr15 23261950 . A G 1256.08 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0437286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6509;QD=59.1095;RBI=0.0490977;REFB=-0.0551016;REVB=-0.0223247;RO=2;SAF=38;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00189174;STB=0.500999;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00417891;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:45:38:1:1:45:38:1:1 chr15 23326356 . G C 505.07 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=-0.00599582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.13;QD=19.0591;RBI=0.0154642;REFB=-0.00475623;REVB=0.0142545;RO=53;SAF=36;SAR=16;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476311;STB=0.522777;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00490113;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:53:53:52:53:0.5:16:36:39:14:16:37:39:14 chr15 23445448 . A G 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0282964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8669;QD=8.06768;RBI=0.108962;REFB=0.00660182;REVB=0.105223;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172566;STB=0.588097;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0164993;OID=.;OPOS=23445448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:45:32:33:12:12:0.266667:7:5:9:23:7:5:10:23 chr15 23686253 . T C 33.38 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0281923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3845;QD=3.33821;RBI=0.0560151;REFB=-0.0130354;REVB=-0.0484034;RO=34;SAF=5;SAR=1;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167882;STB=0.624532;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.057395;OID=.;OPOS=23686253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:1:5:25:9:1:5:25:9 chr15 23686598 . T C 165.56 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=-0.00842539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0293;QD=9.73872;RBI=0.0524078;REFB=-0.0429884;REVB=-0.0517261;RO=45;SAF=20;SAR=2;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338772;STB=0.702472;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0559568;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:46:22:22:0.323529:2:20:34:11:2:20:35:11 chr15 23686673 . G A 268.17 PASS AF=0.366667;AO=34;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0756754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.6755;QD=11.9186;RBI=0.0818116;REFB=-0.0831715;REVB=0.0310865;RO=51;SAF=30;SAR=4;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383319;STB=0.735868;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.131862;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:57:34:33:0.366667:4:30:33:18:4:29:36:21 chr15 23686687 . T G 371.65 PASS AF=0.428571;AO=37;DP=94;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=12;FWDB=-0.000934913;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.978;QD=15.1695;RBI=0.0653293;REFB=-0.0491664;REVB=0.0653226;RO=54;SAF=20;SAR=17;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21713;STB=0.674255;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0672651;OID=.;OPOS=23686687;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:54:56:37:42:0.428571:17:20:40:14:22:20:44:12 chr15 23687214 . C G 879.32 PASS AF=0.426667;AO=97;DP=227;FAO=96;FDP=225;FR=.;FRO=129;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=63;FSRR=66;FWDB=-0.0339236;FXX=0.0131573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2765;QD=15.6323;RBI=0.0530063;REFB=0.00298753;REVB=-0.0407291;RO=129;SAF=48;SAR=49;SRF=63;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663277;STB=0.506665;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00477361;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:225:129:129:97:96:0.426667:49:48:63:66:48:48:63:66 chr15 23688944 . A G 621.05 PASS AF=0.433962;AO=68;DP=157;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.0102793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9547;QD=15.6238;RBI=0.021784;REFB=-0.0139123;REVB=-0.0192063;RO=89;SAF=32;SAR=36;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134625;STB=0.501648;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0218499;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:89:90:68:69:0.433962:36:32:42:47:37:32:42:48 chr15 23889033 . G T 211.87 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00269476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.726;QD=16.6175;RBI=0.0148755;REFB=0.00599553;REVB=-0.0146293;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703989;STB=0.500894;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00468278;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:28:23:23:0.45098:14:9:8:17:14:9:11:17 chr15 23889739 . G T 1957.23 PASS AF=0.446352;AO=207;DP=466;FAO=208;FDP=466;FR=.;FRO=258;FSAF=108;FSAR=100;FSRF=120;FSRR=138;FWDB=0.000673794;FXX=0.00427341;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.481;QD=16.8003;RBI=0.000758199;REFB=-0.000349526;REVB=-0.00034766;RO=258;SAF=107;SAR=100;SRF=120;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519254;STB=0.529933;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000380284;OID=.;OPOS=23889739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:466:466:258:258:207:208:0.446352:100:107:120:138:100:108:120:138 chr15 23931507 . G A 819.16 PASS AF=0.604839;AO=75;DP=124;FAO=75;FDP=124;FR=.;FRO=49;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00648112;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.916;QD=26.4244;RBI=0.00955055;REFB=0.00609165;REVB=0.00701485;RO=49;SAF=37;SAR=38;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620742;STB=0.533683;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00344342;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:49:49:75:75:0.604839:38:37:20:29:38:37:20:29 chr15 24921649 . T C 308.25 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0691681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.568;QD=15.8079;RBI=0.0694872;REFB=0.00352603;REVB=-0.00665161;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227324;STB=0.512813;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00382738;OID=.;OPOS=24921649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:17:17:23:21:17:17:23:21 chr15 24921771 . G C 662.19 PASS AF=0.429412;AO=73;DP=169;FAO=73;FDP=170;FR=.;FRO=97;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.0276697;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7243;QD=15.581;RBI=0.0413973;REFB=0.00457758;REVB=0.0307916;RO=90;SAF=31;SAR=42;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108316;STB=0.581059;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00821352;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:90:97:73:73:0.429412:42:31:48:42:42:31:55:42 chr15 24922230 . C G 368.38 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00960117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.831;QD=16.7446;RBI=0.0165051;REFB=-0.0138958;REVB=0.0134252;RO=49;SAF=5;SAR=34;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33799;STB=0.693759;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0291988;OID=.;OPOS=24922230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:34:5:17:32:34:5:17:32 chr15 24923327 . ACCCA AACCT,ACCA 589.97 PASS AF=0.112903,0.887097;AO=6,22;DP=63;FAO=7,55;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=7,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219979,0.179711;FXX=0.0312451;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=82.8025,13.0467;QD=38.0625;RBI=0.0843039,0.743909;REFB=-0.012653,-0.0280361;REVB=0.0813833,0.721876;RO=24;SAF=0,22;SAR=6,0;SRF=4;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.617633,0.870859;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.130201,0.0571921;OID=.,.;OPOS=24923328,24923328;OREF=CCCA,C;OALT=ACCT,-;OMAPALT=AACCT,ACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.112903,0.887097:6,22:63:7,55:62:0:0,31:7,24:0:0:26:24:0,22:6,0:4:20 chr15 24923390 . C T 413.49 PASS AF=0.443396;AO=39;DP=98;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.01081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6614;QD=15.6033;RBI=0.118272;REFB=0.00353472;REVB=0.117777;RO=59;SAF=21;SAR=18;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121264;STB=0.53659;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00153299;OID=.;OPOS=24923390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:106:59:59:39:47:0.443396:18:21:25:34:24:23:25:34 chr15 24924663 . T C 503.91 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0240618;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.69;QD=19.7613;RBI=0.0268545;REFB=-0.0123216;REVB=-0.0119246;RO=50;SAF=24;SAR=28;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104853;STB=0.557873;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0100806;OID=.;OPOS=24924663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:50:50:52:52:0.509804:28:24:29:21:28:24:29:21 chr15 24924729 . T C 557.5 PASS AF=0.579545;AO=49;DP=85;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0177623;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.24;QD=25.3411;RBI=0.0253682;REFB=-0.0118599;REVB=0.018112;RO=34;SAF=17;SAR=32;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986517;STB=0.547634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00779199;OID=.;OPOS=24924729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:34:37:49:51:0.579545:32:17:16:18:33:18:17:20 chr15 24926963 . T TA 48.34 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0687796;FXX=0.079984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.589;QD=4.20384;RBI=0.118691;REFB=-0.0647141;REVB=-0.0967311;RO=57;SAF=4;SAR=4;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947841;STB=0.565057;STBP=0.715;TYPE=ins;VARB=0.147112;OID=.;OPOS=24926964;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173913:8:69:8:46:38:4:4:16:22:48:57:4:4:24:33 chr15 24927795 . CTTTTTTAC CTTTTACTT,CTTTTTAC 481.06 PASS AF=0.0776699,0.92233;AO=9,19;DP=139;FAO=8,95;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=8,24;FSAR=0,71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124959,-0.31169;FXX=0.258974;HRUN=6,6;LEN=4,1;MLLD=26.2189,7.09213;QD=18.6821;RBI=0.192931,0.880482;REFB=0.120641,0.12368;REVB=0.146996,0.823467;RO=55;SAF=9,3;SAR=0,16;SRF=5;SRR=50;SSEN=0,0.456311;SSEP=0,0;SSSB=0.847112,0.181577;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.217043,-0.0249603;OID=.,.;OPOS=24927800,24927796;OREF=TTAC,T;OALT=ACTT,-;OMAPALT=CTTTTACTT,CTTTTTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0776699,0.92233:9,19:139:8,95:103:0:8,24:0,71:0:0:23:55:9,3:0,16:5:50 chr15 25307562 . A G 1579.38 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.03;QD=59.5994;RBI=0.0234581;REFB=0;REVB=0.0110676;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179592;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:50:55:0:0:51:55:0:0 chr15 25330550 . T A 1492.0 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00874454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.36;QD=57.3844;RBI=0.036864;REFB=-0.0852364;REVB=0.0358119;RO=1;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886831;STB=0.509257;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000198032;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:1:2:102:102:0.980769:53:49:0:1:53:49:0:2 chr15 25334018 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.45;QD=42.1826;RBI=0.062229;REFB=0;REVB=0.0505773;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909461;OID=.;OPOS=25334018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr15 25924539 . T C 1983.46 PASS AF=0.454545;AO=198;DP=454;FAO=215;FDP=473;FR=.;FRO=258;FSAF=116;FSAR=99;FSRF=115;FSRR=143;FWDB=0.0326372;FXX=0.00210966;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0689;QD=16.7734;RBI=0.0538182;REFB=-0.000875563;REVB=0.0427927;RO=255;SAF=104;SAR=94;SRF=113;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832802;STB=0.551064;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00100699;OID=.;OPOS=25924539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:454:473:255:258:198:215:0.454545:94:104:113:142:99:116:115:143 chr15 25925094 . C G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00321358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=344.468;QD=10.3903;RBI=0.00346522;REFB=0.0014251;REVB=-0.00129641;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00305115;OID=.;OPOS=25925094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:3:8:4:3:3:8 chr15 25926179 . C T 835.6 PASS AF=0.532051;AO=83;DP=157;FAO=83;FDP=156;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0164222;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.598;QD=21.4257;RBI=0.0228757;REFB=-0.00849431;REVB=0.0159251;RO=72;SAF=26;SAR=57;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722356;STB=0.544165;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00796813;OID=.;OPOS=25926179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:72:73:83:83:0.532051:57:26:28:44:57:26:29:44 chr15 25926186 . G A 2216.4 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.552;QD=63.3258;RBI=0.0163857;REFB=0;REVB=0.0135655;RO=0;SAF=50;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68063e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94959e-05;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:90:50:0:0:90:50:0:0 chr15 25926198 . C G 473.29 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.0431027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.35;QD=14.7903;RBI=0.043616;REFB=0.00566967;REVB=0.00667191;RO=75;SAF=21;SAR=32;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848715;STB=0.547579;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00811034;OID=.;OPOS=25926198;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:75:53:53:0.414062:32:21:24:51:32:21:24:51 chr15 25926204 . C G 443.37 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.00171149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5343;QD=15.0295;RBI=0.017844;REFB=0.00525621;REVB=-0.0177618;RO=68;SAF=20;SAR=30;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509405;STB=0.52856;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00767412;OID=.;OPOS=25926204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:68:50:50:0.423729:30:20:24:44:30:20:24:44 chr15 25961964 . A G 2403.95 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.795;QD=61.2471;RBI=0.0361502;REFB=0;REVB=0.0246769;RO=0;SAF=73;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63177e-05;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:83:73:0:0:83:74:0:0 chr15 26260621 . C T 634.78 PASS AF=0.467626;AO=65;DP=139;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0330566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4336;QD=18.2669;RBI=0.0430499;REFB=0.00646036;REVB=0.0275781;RO=74;SAF=29;SAR=36;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519293;STB=0.528814;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00673907;OID=.;OPOS=26260621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:74:74:65:65:0.467626:36:29:37:37:36:29:37:37 chr15 27061564 . GAAAAAAAAAAAA GAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAC 126.61 PASS AF=0.689655,0.310345;AO=9,5;DP=32;FAO=20,9;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1;FSAR=19,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.197463,-0.165912;FXX=0.0937207;HRUN=13,13;LEN=1,1;MLLD=2.62371,185.053;QD=17.463;RBI=1.22767,0.17766;REFB=-0.983553,-0.0621681;REVB=-1.21169,-0.063533;RO=0;SAF=0,1;SAR=9,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.64695,0.0743054;OID=.,.;OPOS=27061565,27061576;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.689655,0.310345:9,5:32:20,9:29:0:1,1:19,8:0:0:69:0:0,1:9,4:0:0 chr15 27182357 . T C 577.61 PASS AF=0.423841;AO=64;DP=151;FAO=64;FDP=151;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.0194241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.151;QD=15.301;RBI=0.023622;REFB=0.00194928;REVB=0.0134426;RO=87;SAF=30;SAR=34;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1087;STB=0.560806;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00270707;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:87:87:64:64:0.423841:34:30:50:37:34:30:50:37 chr15 27184435 . C T 872.46 PASS AF=0.463918;AO=89;DP=193;FAO=90;FDP=194;FR=.;FRO=104;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=0.0100835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.091;QD=17.989;RBI=0.0231748;REFB=0.010339;REVB=0.020866;RO=104;SAF=51;SAR=38;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717213;STB=0.536028;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.01182;OID=.;OPOS=27184435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:104:104:89:90:0.463918:38:51:52:52:39:51:52:52 chr15 27184482 . C T 460.86 PASS AF=0.373239;AO=53;DP=143;FAO=53;FDP=142;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.0489316;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.579;QD=12.982;RBI=0.0535644;REFB=-0.0085306;REVB=-0.0217909;RO=90;SAF=32;SAR=21;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673992;STB=0.541469;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0173236;OID=.;OPOS=27184482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:90:89:53:53:0.373239:21:32:49:41:21:32:48:41 chr15 27184517 . G A 476.56 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.00718677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.701;QD=15.2498;RBI=0.0142339;REFB=-0.00742874;REVB=0.0122863;RO=72;SAF=28;SAR=25;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281166;STB=0.515771;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0106337;OID=.;OPOS=27184517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:72:53:53:0.424:25:28:40:32:25:28:40:32 chr15 27188459 . C T 510.97 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0324115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.091;QD=21.2906;RBI=0.0345775;REFB=-0.0205884;REVB=0.0120454;RO=47;SAF=23;SAR=26;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115805;STB=0.563846;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0216367;OID=.;OPOS=27188459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:26:23:16:31:26:23:16:31 chr15 27516740 . GAGTC G 1301.2 PASS AF=1;AO=79;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107363;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=4;MLLD=338.953;QD=61.962;RBI=0.0112016;REFB=0;REVB=-0.00319521;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000193489;OID=.;OPOS=27516741;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:87:84:84:0:37:47:0:0:7:0:35:44:0:0 chr15 27772676 . C T 4682.88 PASS AF=1;AO=302;DP=305;FAO=303;FDP=303;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265471;FXX=0.00655716;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.316;QD=61.8202;RBI=0.0281966;REFB=-0.101123;REVB=0.00950248;RO=2;SAF=152;SAR=150;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00631632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40239e-05;OID=.;OPOS=27772676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:305:303:2:0:302:303:1:150:152:0:2:151:152:0:0 chr15 28090173 . C T 806.49 PASS AF=0.386555;AO=92;DP=239;FAO=92;FDP=238;FR=.;FRO=146;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=72;FSRR=74;FWDB=0.0159448;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.824;QD=13.5544;RBI=0.0276932;REFB=-0.00594165;REVB=-0.0226424;RO=145;SAF=45;SAR=47;SRF=71;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000570509;STB=0.502467;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00924662;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:145:146:92:92:0.386555:47:45:71:74:47:45:72:74 chr15 28096538 . A G 1334.96 PASS AF=0.503759;AO=135;DP=267;FAO=134;FDP=266;FR=.;FRO=132;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=72;FSRR=60;FWDB=0.0499912;FXX=0.00374518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1116;QD=20.0746;RBI=0.0551223;REFB=-0.0314354;REVB=-0.0232239;RO=132;SAF=70;SAR=65;SRF=71;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175044;STB=0.515175;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0306714;OID=.;OPOS=28096538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:132:132:135:134:0.503759:65:70:71:61:65:69:72:60 chr15 28197037 . T C 469.66 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00878387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.229;QD=20.6443;RBI=0.0124696;REFB=-0.0253987;REVB=0.00885071;RO=45;SAF=24;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303064;STB=0.516771;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0203076;OID=.;OPOS=28197037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:22:24:25:20:22:24:25:20 chr15 28231793 . T C,G 2127.96 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=131,6;DP=138;FAO=132,6;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=56,5;FSAR=76,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145982,0.00994158;FXX=0.00719373;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.251,174.93;QD=61.6799;RBI=0.0591937,0.0342342;REFB=0,0;REVB=0.0573654,-0.0327589;RO=0;SAF=56,5;SAR=75,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.00949e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00181229,-0.010541;OID=.,.;OPOS=28231793,28231793;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:138:138:0:0:131,6:132,6:0.956522,0.0434783:75,1:56,5:0:0:76,1:56,5:0:0 chr15 28235773 . C T 419.94 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.00137729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.771;QD=14.6066;RBI=0.0122333;REFB=-0.0132843;REVB=-0.0121555;RO=67;SAF=25;SAR=23;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138526;STB=0.507795;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0182737;OID=.;OPOS=28235773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:23:25:34:33:23:25:34:33 chr15 28356557 . G A,GA,GAA 223.36 PASS AF=0.0144928,0.811594,0.0289855;AO=4,30,9;DP=90;FAO=1,56,2;FDP=69;FR=.;FRO=10;FSAF=0,16,0;FSAR=1,40,2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00485561,0.0133702,0.00855956;FXX=0;HRUN=1,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=232.261,6.58009,8.90567;QD=12.9484;RBI=0.018559,0.197319,0.0879414;REFB=-0.00301017,-0.163402,-0.092284;REVB=0.0179126,0.196865,0.0875238;RO=45;SAF=0,8,3;SAR=4,22,6;SRF=29;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.61836,-0.399664,-0.36751;STB=0.989266,0.538447,0.994204;STBP=0.5,0.175,0.191;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.00130254,0.098955,0.0950824;OID=.,.,.;OPOS=28356557,28356558,28356558;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:13:90:69:45:10:4,30,9:1,56,2:0.0144928,0.811594,0.0289855:4,22,6:0,8,3:29:16:1,40,2:0,16,0:5:5 chr15 28362459 . G A 1835.14 PASS AF=0.976;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00037853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.325;QD=58.7244;RBI=0.0222531;REFB=-0.0981589;REVB=0.0222499;RO=1;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785219;STB=0.504197;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.000713164;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:125:1:3:122:122:0.976:60:62:0:1:60:62:1:2 chr15 28412872 . G A 416.84 PASS AF=0.331288;AO=53;DP=161;FAO=54;FDP=163;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=0.00483067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.023;QD=10.2292;RBI=0.020968;REFB=-7.30139e-05;REVB=-0.020404;RO=108;SAF=35;SAR=18;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139725;STB=0.574835;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=8.90574e-05;OID=.;OPOS=28412872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:108:109:53:54:0.331288:18:35:59:49:19:35:59:50 chr15 28414665 . T C 2178.56 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0313559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1169;QD=62.2444;RBI=0.084447;REFB=-0.0922386;REVB=0.0784098;RO=0;SAF=75;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38759e-08;STB=0.503311;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00088671;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:0:1:139:139:0.992857:64:75:0:0:64:75:1:0 chr15 28419587 . G A 371.54 PASS AF=0.187845;AO=68;DP=334;FAO=68;FDP=362;FR=.;FRO=294;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=161;FSRR=133;FWDB=-0.0174537;FXX=0.00549435;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.765;QD=4.10544;RBI=0.0753694;REFB=-0.0117622;REVB=-0.0733207;RO=265;SAF=40;SAR=28;SRF=159;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157179;STB=0.533633;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0519786;OID=.;OPOS=28419587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:362:265:294:68:68:0.187845:28:40:159:106:28:40:161:133 chr15 28419746 . G A 1690.98 PASS AF=0.59387;AO=155;DP=261;FAO=155;FDP=261;FR=.;FRO=106;FSAF=80;FSAR=75;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=0.0831734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.142;QD=25.9154;RBI=0.0835507;REFB=-0.0255881;REVB=0.00793145;RO=106;SAF=80;SAR=75;SRF=61;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446846;STB=0.524161;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0154894;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:106:106:155:155:0.59387:75:80:61:45:75:80:61:45 chr15 28422609 . C T 391.63 PASS AF=0.364341;AO=47;DP=129;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-4.88451e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.421;QD=12.1437;RBI=0.0166289;REFB=-0.00202748;REVB=0.0166289;RO=81;SAF=29;SAR=18;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165657;STB=0.598493;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00283977;OID=.;OPOS=28422609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:81:82:47:47:0.364341:18:29:38:43:18:29:38:44 chr15 28447562 . A G 67.28 PASS AF=0.208333;AO=9;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.146946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.7571;QD=5.60666;RBI=0.150001;REFB=0.0156751;REVB=-0.0301178;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200854;STB=0.562377;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0702674;OID=.;OPOS=28447562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:48:48:31:38:9:10:0.208333:4:5:12:19:5:5:16:22 chr15 28517436 . T C 911.14 PASS AF=0.358065;AO=108;DP=312;FAO=111;FDP=310;FR=.;FRO=199;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=100;FSRR=99;FWDB=0.00545502;FXX=0.0127384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.268;QD=11.7566;RBI=0.0147224;REFB=-0.000838554;REVB=-0.0136745;RO=190;SAF=55;SAR=53;SRF=96;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449849;STB=0.504504;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0011624;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:310:190:199:108:111:0.358065:53:55:96:94:56:55:100:99 chr15 28517454 . G T 282.6 PASS AF=0.171875;AO=55;DP=320;FAO=55;FDP=320;FR=.;FRO=265;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=119;FSRR=146;FWDB=-0.000241535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.62;QD=3.53253;RBI=0.0230936;REFB=-0.00487416;REVB=-0.0230924;RO=265;SAF=29;SAR=26;SRF=119;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101056;STB=0.564486;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0250272;OID=.;OPOS=28517454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:265:265:55:55:0.171875:26:29:119:146:26:29:119:146 chr15 28632820 . T C 194.98 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0266795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.39;QD=6.96371;RBI=0.0392664;REFB=-0.0155727;REVB=-0.0288107;RO=83;SAF=12;SAR=17;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128749;STB=0.577463;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0413126;OID=.;OPOS=28632820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:83:83:29:29:0.258929:17:12:43:40:17:12:43:40 chr15 28953403 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.675;QD=45.8068;RBI=0.031898;REFB=0;REVB=-0.0287693;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182798;OID=.;OPOS=28953403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr15 28953412 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.601;QD=45.8068;RBI=0.0382944;REFB=0;REVB=0.0170788;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339335;OID=.;OPOS=28953412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr15 29090572 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00809682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.916;QD=15.2625;RBI=0.0501378;REFB=0.00865281;REVB=0.0494797;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112115;STB=0.565116;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00818039;OID=.;OPOS=29090572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:8:8:5:8:8:8 chr15 29410238 . A G 684.76 PASS AF=0.404255;AO=76;DP=189;FAO=76;FDP=188;FR=.;FRO=112;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=67;FSRR=45;FWDB=0.00177948;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.596;QD=14.5693;RBI=0.00443067;REFB=-0.00601248;REVB=-0.00405762;RO=111;SAF=37;SAR=39;SRF=67;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123321;STB=0.566147;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0104785;OID=.;OPOS=29410238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:111:112:76:76:0.404255:39:37:67:44:39:37:67:45 chr15 29415560 . G A 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00920975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.824;QD=18.6164;RBI=0.0116313;REFB=-0.0121049;REVB=0.00710409;RO=44;SAF=22;SAR=19;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051008;STB=0.533508;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00951624;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:45:41:41:0.476744:19:22:26:18:19:22:27:18 chr15 29415698 . A G 3098.91 PASS AF=0.994924;AO=194;DP=196;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=124;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218279;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.243;QD=62.9221;RBI=0.0244706;REFB=-0.0913354;REVB=-0.0110613;RO=1;SAF=70;SAR=124;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00675446;STB=0.503448;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00111548;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:197:1:1:194:196:0.994924:124:70:1:0:124:72:1:0 chr15 29416901 . A G 590.41 PASS AF=0.388571;AO=68;DP=179;FAO=68;FDP=175;FR=.;FRO=107;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=0.0173965;FXX=0.0223451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.618;QD=13.495;RBI=0.0299076;REFB=-0.0279294;REVB=-0.0243274;RO=105;SAF=34;SAR=34;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975258;STB=0.559983;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0359429;OID=.;OPOS=29416901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:175:105:107:68:68:0.388571:34:34:43:62:34:34:43:64 chr15 29418520 . C T 578.25 PASS AF=0.336406;AO=73;DP=217;FAO=73;FDP=217;FR=.;FRO=144;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=80;FWDB=0.0692674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4137;QD=10.659;RBI=0.0693637;REFB=-0.0121931;REVB=-0.00365412;RO=141;SAF=31;SAR=42;SRF=63;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259686;STB=0.513378;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0262468;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:141:144:73:73:0.336406:42:31:63:78:42:31:64:80 chr15 29418573 . AT GC 465.02 PASS AF=0.335196;AO=57;DP=181;FAO=60;FDP=179;FR=.;FRO=119;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=60;FSRR=59;FWDB=-0.00319885;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.264;QD=10.3914;RBI=0.0279787;REFB=-0.015536;REVB=-0.0277952;RO=113;SAF=27;SAR=30;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253372;STB=0.536122;STBP=0.468;TYPE=mnp;VARB=0.037118;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:179:113:119:57:60:0.335196:30:27:56:57:33:27:60:59 chr15 30008856 . C A 2771.48 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.627;QD=62.6322;RBI=0.0613845;REFB=0;REVB=0.028292;RO=0;SAF=106;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61606e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97133e-05;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:71:106:0:0:71:106:0:0 chr15 30008889 . G A 2823.09 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.97;QD=62.046;RBI=0.0306893;REFB=-0.0594152;REVB=-0.00489071;RO=1;SAF=97;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563412;STB=0.502958;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=9.15768e-05;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:1:1:181:181:0.994505:84:97:0:1:84:97:0:1 chr15 30516461 . A C 359.87 PASS AF=0.317881;AO=41;DP=148;FAO=48;FDP=151;FR=.;FRO=103;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=0.0129173;FXX=0.0258048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.035;QD=9.53298;RBI=0.0218381;REFB=-0.0318966;REVB=-0.0176082;RO=106;SAF=17;SAR=24;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138722;STB=0.536409;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0670526;OID=.;OPOS=30516461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:106:103:41:48:0.317881:24:17:56:50:24:24:57:46 chr15 30516531 . A G 122.27 PASS AF=0.121457;AO=30;DP=247;FAO=30;FDP=247;FR=.;FRO=217;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=116;FSRR=101;FWDB=-0.00970582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1235;QD=1.98003;RBI=0.0159497;REFB=-0.0102018;REVB=0.0126566;RO=215;SAF=23;SAR=7;SRF=115;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307092;STB=0.718388;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0417688;OID=.;OPOS=30516531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:215:217:30:30:0.121457:7:23:115:100:7:23:116:101 chr15 30664453 . C T 1785.74 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8185;QD=61.051;RBI=0.0460639;REFB=0;REVB=0.0430402;RO=0;SAF=44;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26857e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234569;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:73:44:0:0:73:44:0:0 chr15 30665280 . TCA T 233.43 PASS AF=0.299065;AO=31;DP=106;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00630122;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=330.392;QD=8.72648;RBI=0.00886362;REFB=0.0049605;REVB=0.00623365;RO=74;SAF=12;SAR=19;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152427;STB=0.570963;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=-0.011283;OID=.;OPOS=30665281;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.299065:31:106:32:107:75:13:19:38:37:99:74:12:19:38:36 chr15 30888946 . T A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00550697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.491;QD=12.0516;RBI=0.0106455;REFB=0.00579564;REVB=0.00911042;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140406;STB=0.583156;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00689126;OID=.;OPOS=30888946;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:4:9:5:4:4:9 chr15 31197564 . G A 550.58 PASS AF=0.662162;AO=49;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.031035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1856;QD=29.7613;RBI=0.0510125;REFB=-0.0214112;REVB=-0.0404859;RO=24;SAF=31;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109971;STB=0.553868;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00980946;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:24:25:49:49:0.662162:18:31:11:13:18:31:12:13 chr15 31229420 . T C 1013.22 PASS AF=0.475113;AO=105;DP=221;FAO=105;FDP=221;FR=.;FRO=116;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=-0.0164162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7978;QD=18.3387;RBI=0.0444102;REFB=0.0246282;REVB=0.0412648;RO=116;SAF=48;SAR=57;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250883;STB=0.513835;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.0226529;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:116:116:105:105:0.475113:57:48:50:66:57:48:50:66 chr15 31231190 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.909;QD=56.9561;RBI=0.0206519;REFB=0;REVB=-0.0102878;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73159e-05;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr15 31267123 . A T 497.4 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0777275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7149;QD=26.528;RBI=0.0780496;REFB=-0.0106898;REVB=-0.00708389;RO=29;SAF=23;SAR=23;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122141;STB=0.506664;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00672972;OID=.;OPOS=31267123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:29:46:46:0.613333:23:23:15:14:23:23:15:14 chr15 31267147 . C T 267.31 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0243846;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.691;QD=13.3653;RBI=0.0259931;REFB=-0.00491821;REVB=-0.00900179;RO=49;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191791;STB=0.51096;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0080202;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:14:17:26:23:14:17:26:23 chr15 31294654 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0273293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6948;QD=16.1989;RBI=0.0362184;REFB=0.0145626;REVB=-0.0237672;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361596;STB=0.713517;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.02212;OID=.;OPOS=31294654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:3:0:3:2:3:0 chr15 31330280 . A G 3289.63 PASS AF=1;AO=208;DP=214;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118731;FXX=0.0540516;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.627;QD=62.6596;RBI=0.0268679;REFB=0;REVB=0.0241022;RO=0;SAF=104;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757352;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:210:0:0:208:210:1:104:104:0:0:106:104:0:0 chr15 31342744 . C T 3758.14 PASS AF=0.991701;AO=237;DP=241;FAO=239;FDP=241;FR=.;FRO=2;FSAF=111;FSAR=128;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0427195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.547;QD=62.3758;RBI=0.05148;REFB=-0.144136;REVB=-0.0287268;RO=2;SAF=110;SAR=127;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858553;STB=0.504464;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000273295;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:241:241:2:2:237:239:0.991701:127:110:2:0:128:111:2:0 chr15 31362352 . C T 1549.77 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.052;QD=59.6067;RBI=0.0298778;REFB=0;REVB=0.0280529;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00605e-05;OID=.;OPOS=31362352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:104:0:0:98:104:1:41:57:0:0:45:59:0:0 chr15 31362654 . G A 261.71 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0137138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.784;QD=14.7442;RBI=0.0182638;REFB=-0.0227172;REVB=0.0120623;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252219;STB=0.521113;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0226552;OID=.;OPOS=31362654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:15:15:19:21:15:15:19:22 chr15 31369123 . A G 1797.14 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0406;QD=60.9201;RBI=0.041754;REFB=0;REVB=-0.00940045;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115578;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:60:57:0:0:60:58:0:0 chr15 31515856 . G A 340.09 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0882495;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2245;QD=28.9439;RBI=0.106771;REFB=-0.0249308;REVB=0.0601007;RO=17;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313618;STB=0.506603;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0187526;OID=.;OPOS=31515856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:17:18:29:29:0.617021:14:15:8:9:14:15:9:9 chr15 31664397 . G A 1262.8 PASS AF=0.525862;AO=122;DP=232;FAO=122;FDP=232;FR=.;FRO=110;FSAF=82;FSAR=40;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.0157555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.414;QD=21.7723;RBI=0.0157784;REFB=-0.00302572;REVB=0.000849135;RO=110;SAF=82;SAR=40;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110621;STB=0.560598;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00313914;OID=.;OPOS=31664397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:110:110:122:122:0.525862:40:82:61:49:40:82:61:49 chr15 31664654 . CA AC 47.74 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0230878;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=32.7771;QD=4.06333;RBI=0.124865;REFB=-0.177265;REVB=0.122712;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413546;STB=0.503302;STBP=0.999;TYPE=mnp;VARB=-0.00751296;OID=.;OPOS=31664654;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:45:47:31:37:7:7:0.148936:2:5:11:20:4:3:16:21 chr15 31669122 . G A 553.09 PASS AF=0.487395;AO=57;DP=116;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.0136518;FXX=0.0165276;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.051;QD=18.5913;RBI=0.014873;REFB=-0.0183279;REVB=0.00590213;RO=58;SAF=19;SAR=38;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419852;STB=0.509674;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0173612;OID=.;OPOS=31669122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:58:61:57:58:0.487395:38:19:17:41:38:20:20:41 chr15 31669255 . C T 1589.56 PASS AF=0.462366;AO=103;DP=378;FAO=172;FDP=372;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=200;FSAF=77;FSAR=95;FSRF=93;FSRR=107;FWDB=0.0333748;FXX=0.0158726;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0389;QD=17.092;RBI=0.20063;REFB=-0.0220524;REVB=0.197834;RO=155;SAF=67;SAR=36;SRF=88;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094129;STB=0.509398;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0299914;OID=.;OPOS=31669255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:372:155:200:103:172:0.462366:36:67:88:67:95:77:93:107 chr15 31793930 . A G 2421.51 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0495041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.533;QD=60.5379;RBI=0.0517081;REFB=0.0452336;REVB=-0.0149358;RO=1;SAF=93;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508879;STB=0.502645;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-3.31864e-05;OID=.;OPOS=31793930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:1:1:158:159:0.99375:65:93:1:0:65:94:1:0 chr15 32450704 . G A 897.4 PASS AF=0.420601;AO=98;DP=234;FAO=98;FDP=233;FR=.;FRO=135;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=94;FSRR=41;FWDB=0.00200166;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.429;QD=15.406;RBI=0.0355961;REFB=-0.0216401;REVB=0.0355398;RO=135;SAF=57;SAR=41;SRF=94;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125602;STB=0.569798;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0363733;OID=.;OPOS=32450704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:135:135:98:98:0.420601:41:57:94:41:41:57:94:41 chr15 32450712 . A G 806.69 PASS AF=0.415525;AO=91;DP=219;FAO=91;FDP=219;FR=.;FRO=128;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=88;FSRR=40;FWDB=-0.023089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.076;QD=14.7341;RBI=0.026605;REFB=-0.00962213;REVB=-0.0132183;RO=126;SAF=53;SAR=38;SRF=88;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127381;STB=0.564462;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0275453;OID=.;OPOS=32450712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:126:128:91:91:0.415525:38:53:88:38:38:53:88:40 chr15 32686392 . T C 213.97 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00786834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.075;QD=45.0471;RBI=0.0512564;REFB=0.0156767;REVB=0.0506489;RO=1;SAF=14;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316909;STB=0.517223;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.000163924;OID=.;OPOS=32686392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:4:14:1:0:4:14:1:0 chr15 32890282 . C T 434.98 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00249054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.103;QD=15.2623;RBI=0.0354622;REFB=-0.0123948;REVB=-0.0353746;RO=64;SAF=23;SAR=26;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467269;STB=0.521855;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.018579;OID=.;OPOS=32890282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:64:65:49:49:0.429825:26:23:33:31:26:23:33:32 chr15 33010412 . G A 710.04 PASS AF=0.402985;AO=81;DP=201;FAO=81;FDP=201;FR=.;FRO=120;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=74;FWDB=0.00528848;FXX=0.00495025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.1204;QD=14.1301;RBI=0.0104231;REFB=-0.0304689;REVB=-0.00898181;RO=118;SAF=40;SAR=41;SRF=46;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110329;STB=0.566068;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0257659;OID=.;OPOS=33010412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:118:120:81:81:0.402985:41:40:46:72:41:40:46:74 chr15 33010736 . G A 118.59 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.011072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.109;QD=14.3742;RBI=0.026969;REFB=-0.0240843;REVB=0.0245914;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118539;STB=0.54539;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0242533;OID=.;OPOS=33010736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:6:7:8:11:7:7:8:11 chr15 33023670 . C T 1051.0 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.028221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6201;QD=56.8107;RBI=0.0450849;REFB=-0.0943384;REVB=0.03516;RO=2;SAF=41;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00410732;STB=0.502314;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00355044;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:74:2:2:71:72:0.972973:30:41:1:1:30:42:1:1 chr15 33023685 . A C 1570.03 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651339;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4845;QD=64.083;RBI=0.0701405;REFB=0;REVB=0.0260243;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328207;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr15 33023951 . T C 1143.42 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.421;QD=59.3985;RBI=0.154628;REFB=0;REVB=0.145634;RO=2;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278103;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277093;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:2:0:75:77:1:33:42:0:2:35:42:0:0 chr15 33023985 . A G 862.57 PASS AF=1;AO=51;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125998;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8257;QD=57.5048;RBI=0.141569;REFB=0;REVB=0.0645458;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244714;OID=.;OPOS=33023985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:51:60:1:31:20:0:0:31:29:0:0 chr15 33025627 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.996;QD=61.2132;RBI=0.0270257;REFB=0;REVB=-0.0267162;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02785e-05;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr15 33025979 . C T 733.11 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5666;QD=56.3929;RBI=0.0218219;REFB=0;REVB=-0.0215578;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277956;OID=.;OPOS=33025979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr15 33096555 . TAAAAA TAAAA,TAAAAT,TAAA 721.11 PASS AF=0.138462,0.861538,0;AO=9,38,7;DP=65;FAO=9,56,0;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=8,39,0;FSAR=1,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548634,0.0167448,0.0274583;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=12.6351,18.3205,8.63009;QD=44.3758;RBI=0.211589,0.0784841,0.127985;REFB=-0.0507005,0.0159035,-0.0689932;REVB=-0.204352,-0.076677,-0.125004;RO=2;SAF=6,32,3;SAR=3,6,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.12691,-0.0283949,-0.216951;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.05332,0.0108571,0.054287;OID=.,.,.;OPOS=33096556,33096560,33096556;OREF=A,A,AA;OALT=-,T,-;OMAPALT=TAAAA,TAAAAT,TAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.138462,0.861538,0:9,38,7:65:9,56,0:65:0:8,39,0:1,17,0:0:0:18:2:6,32,3:3,6,4:2:0 chr15 33187448 . T A 1029.87 PASS AF=0.442623;AO=108;DP=244;FAO=108;FDP=244;FR=.;FRO=136;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=59;FSRR=77;FWDB=-0.00325837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.559;QD=16.8832;RBI=0.0184275;REFB=-0.0272376;REVB=0.0181372;RO=135;SAF=45;SAR=63;SRF=59;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208879;STB=0.509802;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0338982;OID=.;OPOS=33187448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:135:136:108:108:0.442623:63:45:59:76:63:45:59:77 chr15 33191023 . A G 1686.25 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240997;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.043;QD=60.2232;RBI=0.0242512;REFB=0;REVB=-0.00270702;RO=0;SAF=36;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88442e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29456e-05;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:75:36:0:0:76:36:0:0 chr15 33261232 . G A 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00227047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.749;QD=43.0159;RBI=0.010582;REFB=-0.0455656;REVB=-0.0103355;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51722;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000684771;OID=.;OPOS=33261232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:2:14:0:0:2:14:1:0 chr15 33359574 . C A 483.85 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0450495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2988;QD=14.7741;RBI=0.0450603;REFB=-0.00721276;REVB=-0.000983959;RO=77;SAF=22;SAR=32;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366349;STB=0.52062;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0109202;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:77:77:54:54:0.412214:32:22:34:43:32:22:34:43 chr15 33603228 . C T 490.64 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0232215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.549;QD=15.7004;RBI=0.0250837;REFB=-0.00452873;REVB=0.00948443;RO=71;SAF=36;SAR=18;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127126;STB=0.571401;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00558521;OID=.;OPOS=33603228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:71:54:54:0.432:18:36:39:32:18:36:39:32 chr15 33905410 . A G 708.89 PASS AF=0.474684;AO=75;DP=158;FAO=75;FDP=158;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0106069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.951;QD=17.9467;RBI=0.0244748;REFB=0.00954539;REVB=0.022057;RO=83;SAF=40;SAR=35;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145365;STB=0.508042;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0111834;OID=.;OPOS=33905410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:83:83:75:75:0.474684:35:40:43:40:35:40:43:40 chr15 33954652 . C T 481.66 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=15;FWDB=0.00874516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.353;QD=17.3573;RBI=0.00921662;REFB=-0.0181816;REVB=0.00291002;RO=59;SAF=36;SAR=16;SRF=44;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617054;STB=0.534211;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.022654;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:59:52:52:0.468468:16:36:44:15:16:36:44:15 chr15 34014753 . T C 1518.09 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0037;QD=58.9548;RBI=0.0613101;REFB=0;REVB=0.0590737;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059004;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:103:0:0:101:103:1:47:54:0:0:49:54:0:0 chr15 34015013 . G A 1788.62 PASS AF=0.991667;AO=117;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3896;QD=59.6208;RBI=0.0751369;REFB=0.0505145;REVB=0.0688696;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-2.88281e-05;OID=.;OPOS=34015013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:117:119:0.991667:63:54:0:0:65:54:1:0 chr15 34016274 . G A 1495.67 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-9.54917e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.043;QD=62.3197;RBI=0.0323464;REFB=0.0965461;REVB=0.0323463;RO=1;SAF=48;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977679;STB=0.505154;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000138366;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:47:48:1:0:47:48:1:0 chr15 34113010 . C T 1319.62 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.708;QD=62.0999;RBI=0.0259085;REFB=0;REVB=0.0123902;RO=0;SAF=24;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41033e-05;OID=.;OPOS=34113010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:60:24:0:0:61:24:0:0 chr15 34158266 . A G 3115.33 PASS AF=1;AO=196;DP=198;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271668;FXX=0.0101005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7221;QD=63.5782;RBI=0.0442709;REFB=-0.0960857;REVB=0.0349554;RO=0;SAF=90;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024221;OID=.;OPOS=34158266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:196:0:0:196:196:1:106:90:0:0:106:90:0:0 chr15 34356988 . G A 1698.9 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605907;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.076;QD=60.6751;RBI=0.0318148;REFB=0;REVB=0.0312325;RO=0;SAF=45;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4153e-05;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:67:45:0:0:67:45:0:0 chr15 34357259 . T A 1090.38 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00778214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.577;QD=57.3884;RBI=0.008028;REFB=0.0169868;REVB=-0.00197157;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126148;STB=0.513154;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-5.26626e-05;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:74:74:0.973684:37:37:0:1:37:37:0:2 chr15 34434105 . GTTT GTGT,G,GT,GTT,TGTT 235.72 PASS AF=0,0,0.322581,0.129032,0.548387;AO=2,3,4,7,3;DP=30;FAO=0,0,10,4,17;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7,2,14;FSAR=0,0,3,2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191345,-0.0706192,-0.0842398,-0.0779874,0.0609614;FXX=0.0605877;HRUN=12,12,12,12,1;LEN=1,3,2,1,2;MLLD=191.521,9.68968,9.64474,8.18021,18.1907;QD=30.4153;RBI=0.0195915,0.0986781,0.117971,0.127643,0.113089;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.00420675,0.0689224,0.0825876,0.101049,0.095251;RO=6;SAF=2,3,3,5,2;SAR=0,0,1,2,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.606693,0.672276,0.254893,0.183303,0.167835;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,mnp;VARB=0,0.0662641,0.0617783,-0.00515708,0.0229784;OID=.,.,.,.,.;OPOS=34434107,34434106,34434106,34434106,34434105;OREF=T,TTT,TT,T,GT;OALT=G,-,-,-,TG;OMAPALT=GTGT,G,GT,GTT,TGTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/5:27:30:31:6:0:2,3,4,7,3:0,0,10,4,17:0,0,0.322581,0.129032,0.548387:0,0,1,2,1:2,3,3,5,2:3:3:0,0,3,2,3:0,0,7,2,14:0:0 chr15 34517929 . T C 1100.54 PASS AF=0.550802;AO=103;DP=188;FAO=103;FDP=187;FR=.;FRO=84;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=22;FSRR=62;FWDB=-0.00030154;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.077;QD=23.541;RBI=0.0144871;REFB=-0.0166086;REVB=0.0144839;RO=84;SAF=41;SAR=62;SRF=22;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120591;STB=0.565505;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0147424;OID=.;OPOS=34517929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:84:84:103:103:0.550802:62:41:22:62:62:41:22:62 chr15 34522108 . ACT A 354.45 PASS AF=0.422222;AO=28;DP=94;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=0.0120067;FXX=0.052626;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.413;QD=15.7535;RBI=0.012372;REFB=-0.0242699;REVB=-0.00298433;RO=48;SAF=5;SAR=23;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15102;STB=0.510394;STBP=0.902;TYPE=del;VARB=0.0310069;OID=.;OPOS=34522109;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422222:28:94:38:90:52:9:29:13:39:99:48:5:23:13:35 chr15 34522935 . GAGAC G 471.18 PASS AF=0.452174;AO=49;DP=111;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0079838;FXX=0.0799936;HRUN=1;LEN=4;MLLD=266.398;QD=16.389;RBI=0.010357;REFB=-0.0172909;REVB=0.00659743;RO=57;SAF=26;SAR=23;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128395;STB=0.513038;STBP=0.818;TYPE=del;VARB=0.0209399;OID=.;OPOS=34522936;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452174:49:111:52:115:63:26:26:33:30:99:57:26:23:31:26 chr15 34522985 . C G 2324.91 PASS AF=1;AO=144;DP=147;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259023;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3537;QD=64.1355;RBI=0.0582566;REFB=0;REVB=0.0521815;RO=0;SAF=75;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13227e-05;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:145:0:0:144:145:1:69:75:0:0:70:75:0:0 chr15 34524995 . G T 2241.96 PASS AF=1;AO=138;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157189;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.414;QD=63.1539;RBI=0.0157194;REFB=0;REVB=-0.000130357;RO=0;SAF=62;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39397e-05;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:138:142:1:76:62:0:0:77:65:0:0 chr15 34525035 . T C 466.16 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.011751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7087;QD=13.8122;RBI=0.0172846;REFB=0.00698333;REVB=0.0126756;RO=81;SAF=21;SAR=32;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396881;STB=0.519262;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0106594;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:81:82:53:53:0.392593:32:21:35:46:32:21:35:47 chr15 34528948 . G A 617.28 PASS AF=0.428571;AO=69;DP=161;FAO=69;FDP=161;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=0.0210893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.814;QD=15.336;RBI=0.0524085;REFB=-0.00618332;REVB=0.047978;RO=90;SAF=36;SAR=33;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344192;STB=0.518694;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00942959;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:90:92:69:69:0.428571:33:36:50:40:33:36:51:41 chr15 34542872 . C G 240.56 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0257755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6401;QD=14.8037;RBI=0.0509873;REFB=0.0070942;REVB=-0.0439923;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517844;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0111826;OID=.;OPOS=34542872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:36:37:27:28:0.430769:12:15:20:16:12:16:20:17 chr15 34544468 . C T 553.65 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0298946;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4652;QD=21.9269;RBI=0.0323563;REFB=0.00914271;REVB=-0.0123793;RO=47;SAF=25;SAR=30;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114336;STB=0.500907;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.0149678;OID=.;OPOS=34544468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:47:46:55:55:0.544554:30:25:22:25:30:25:21:25 chr15 34551082 . G A 643.68 PASS AF=0.432927;AO=69;DP=162;FAO=71;FDP=164;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.0030711;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.418;QD=15.6995;RBI=0.0153017;REFB=-0.00336019;REVB=-0.0149903;RO=93;SAF=30;SAR=39;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728995;STB=0.531107;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00435987;OID=.;OPOS=34551082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:93:93:69:71:0.432927:39:30:47:46:39:32:47:46 chr15 34635863 . G C 714.1 PASS AF=0.463415;AO=76;DP=164;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0122923;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4513;QD=17.4172;RBI=0.0150908;REFB=-0.0052167;REVB=-0.00875393;RO=88;SAF=37;SAR=39;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237327;STB=0.513154;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00588887;OID=.;OPOS=34635863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:88:88:76:76:0.463415:39:37:45:43:39:37:45:43 chr15 34638198 . A G 534.18 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.00762456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.694;QD=15.5966;RBI=0.0088852;REFB=-0.00778553;REVB=0.00456211;RO=78;SAF=30;SAR=28;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613528;STB=0.530293;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0121836;OID=.;OPOS=34638198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:79:58:58:0.423358:28:30:45:33:28:30:45:34 chr15 34640218 . C T 3029.86 PASS AF=0.967136;AO=203;DP=212;FAO=206;FDP=213;FR=.;FRO=7;FSAF=99;FSAR=107;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0297264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.388;QD=56.8988;RBI=0.0449565;REFB=-0.144646;REVB=0.0337258;RO=3;SAF=98;SAR=105;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051058;STB=0.501712;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.000785712;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:212:213:3:7:203:206:0.967136:105:98:2:1:107:99:3:4 chr15 34640378 . T C,G 930.09 PASS AF=0.940299,0.0597015;AO=57,3;DP=61;FAO=63,4;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=46,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639872,-0.00533297;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.24,138.231;QD=55.5277;RBI=0.0195388,0.00556196;REFB=0,0;REVB=0.0184613,-0.0015795;RO=0;SAF=17,0;SAR=40,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.57065e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00144938,0.0600075;OID=.,.;OPOS=34640378,34640378;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:61:67:0:0:57,3:63,4:0.940299,0.0597015:40,3:17,0:0:0:46,3:17,1:0:0 chr15 34659257 . G A 2072.31 PASS AF=0.90303;AO=125;DP=167;FAO=149;FDP=165;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=101;FSAR=48;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00550501;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.772;QD=50.2379;RBI=0.0104373;REFB=-0.0440888;REVB=-0.00886749;RO=18;SAF=84;SAR=41;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016322;STB=0.505842;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00320295;OID=.;OPOS=34659257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:167:165:18:16:125:149:0.90303:41:84:11:7:48:101:10:6 chr15 34673722 . C T 680.3 PASS AF=0.478873;AO=68;DP=142;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.00105764;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.355;QD=19.1632;RBI=0.00107183;REFB=0.0133082;REVB=-0.000173796;RO=74;SAF=33;SAR=35;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392809;STB=0.536413;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0162091;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:74:74:68:68:0.478873:35:33:39:35:36:32:40:34 chr15 35045057 . G A 730.81 PASS AF=0.475309;AO=77;DP=162;FAO=77;FDP=162;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.00971454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.282;QD=18.0446;RBI=0.0295209;REFB=-0.0165905;REVB=0.0278767;RO=85;SAF=29;SAR=48;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058253;STB=0.53225;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0182727;OID=.;OPOS=35045057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:85:85:77:77:0.475309:48:29:37:48:48:29:37:48 chr15 35045312 . T A 205.69 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0228387;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.177;QD=14.6924;RBI=0.0228585;REFB=-0.00680412;REVB=-0.000951507;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683754;STB=0.538803;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00987282;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:32:24:24:0.428571:15:9:10:22:15:9:10:22 chr15 35080931 . T C 377.52 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00640287;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.794;QD=13.9824;RBI=0.00642816;REFB=-0.00279226;REVB=-0.000569602;RO=64;SAF=26;SAR=18;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965569;STB=0.554582;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00421847;OID=.;OPOS=35080931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:64:64:44:44:0.407407:18:26:32:32:18:26:32:32 chr15 35149008 . C T 2783.58 PASS AF=0.880531;AO=197;DP=228;FAO=199;FDP=226;FR=.;FRO=27;FSAF=94;FSAR=105;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.00938547;FXX=0.00877155;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.816;QD=49.267;RBI=0.00940907;REFB=0.00910981;REVB=-0.000666049;RO=0;SAF=92;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38106e-08;STB=0.539016;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00116158;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:226:0:27:197:199:0.880531:105:92:0:0:105:94:4:23 chr15 35230927 . A AAG 44.21 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0202432;FXX=0.346868;HRUN=6;LEN=2;MLLD=221.087;QD=5.52583;RBI=0.0284468;REFB=-0.00948519;REVB=-0.0199858;RO=44;SAF=5;SAR=1;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300927;STB=0.693703;STBP=0.342;TYPE=ins;VARB=0.0433516;OID=.;OPOS=35230928;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875:6:51:6:32:26:5:1:17:9:44:44:5:1:27:17 chr15 35230931 . A AT 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0106356;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=293.719;QD=4.36796;RBI=0.0199052;REFB=-0.00720116;REVB=-0.0168256;RO=43;SAF=8;SAR=1;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435759;STB=0.808173;STBP=0.076;TYPE=ins;VARB=0.0411462;OID=.;OPOS=35230932;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173077:9:52:9:52:43:8:1:26:17:56:43:8:1:26:17 chr15 35230934 . A ATAGT,T 651.38 PASS AF=0.784314,0.176471;AO=39,9;DP=52;FAO=40,9;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=23,8;FSAR=17,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00167743,0.000986726;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=176.117,97.0685;QD=51.089;RBI=0.0173129,0.0161147;REFB=-0.161799,-0.059265;REVB=0.0172314,-0.0160845;RO=3;SAF=22,8;SAR=17,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0597422,-0.140735;STB=0.520823,0.555441;STBP=0.304,0.64;TYPE=ins,snp;VARB=0.00344423,0.00770388;OID=.,.;OPOS=35230935,35230934;OREF=-,A;OALT=TAGT,T;OMAPALT=ATAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:58:52:51:3:2:39,9:40,9:0.784314,0.176471:17,1:22,8:3:0:17,1:23,8:2:0 chr15 35256624 . C G 1989.5 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.492;QD=62.1719;RBI=0.0320058;REFB=0;REVB=-0.0139421;RO=0;SAF=71;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57745e-05;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:57:71:0:0:57:71:0:0 chr15 35272234 . C G 59.25 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.161;QD=33.8551;RBI=0.0823152;REFB=0;REVB=-0.0115786;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00679431;OID=.;OPOS=35272234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:5:2:0:0 chr15 35609803 . AGA AAA,AAG,GAA 38.46 PASS AF=0.142857,0,0.285714;AO=2,2,2;DP=23;FAO=3,0,6;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1,0,1;FSAR=2,0,5;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0459917,0.118866,0.0950573;FXX=0.0869187;HRUN=1,1,12;LEN=1,2,2;MLLD=128.71,7.69336,14.6802;QD=7.32507;RBI=0.0464043,0.119318,0.151016;REFB=-0.00569374,-0.0537417,-0.110403;REVB=0.00617482,-0.0103742,-0.117345;RO=13;SAF=0,0,0;SAR=2,2,2;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.448443,-0.448443,-0.448443;STB=0.763618,0.5,0.615066;STBP=0.806,1,0.798;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.310009,0.294793,0.113666;OID=.,.,.;OPOS=35609804,35609804,35609803;OREF=G,GA,AG;OALT=A,AG,GA;OMAPALT=AAA,AAG,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:21:23:21:13:12:2,2,2:3,0,6:0.142857,0,0.285714:2,2,2:0,0,0:2:11:2,0,5:1,0,1:1:11 chr15 36946303 . C G 3845.45 PASS AF=1;AO=248;DP=253;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358369;FXX=0.0158097;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.746;QD=61.7743;RBI=0.0541351;REFB=-0.0622756;REVB=0.0405749;RO=1;SAF=116;SAR=132;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409151;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25342e-06;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:253:249:1:0:248:249:1:132:116:1:0:133:116:0:0 chr15 36983962 . T C 478.08 PASS AF=0.481132;AO=50;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.000854997;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.988;QD=18.0406;RBI=0.000911403;REFB=-0.000333574;REVB=0.000315649;RO=55;SAF=27;SAR=23;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165134;STB=0.585414;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.000249533;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:50:51:0.481132:23:27:20:35:24:27:20:35 chr15 37173267 . G A 3093.09 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7449;QD=61.5541;RBI=0.0756489;REFB=0;REVB=-0.0756484;RO=0;SAF=101;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2762e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225042;OID=.;OPOS=37173267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:201:0:0:199:201:1:98:101:0:0:99:102:0:0 chr15 37343040 . C G 468.97 PASS AF=0.420635;AO=52;DP=123;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0118175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.83;QD=14.888;RBI=0.0816565;REFB=-0.0255186;REVB=-0.0807969;RO=69;SAF=28;SAR=24;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228054;STB=0.503455;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0451204;OID=.;OPOS=37343040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:69:73:52:53:0.420635:24:28:37:32:25:28:39:34 chr15 38233869 . T C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.366;QD=59.8291;RBI=0.0079948;REFB=0;REVB=0.000643794;RO=0;SAF=40;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15547e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71196e-06;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:63:40:0:0:63:40:0:0 chr15 38614525 . G A 616.99 PASS AF=0.447368;AO=61;DP=145;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=0.0251967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.725;QD=16.2366;RBI=0.0287893;REFB=-0.0083853;REVB=0.0139264;RO=82;SAF=27;SAR=34;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676942;STB=0.549986;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00948307;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:152:82:84:61:68:0.447368:34:27:31:51:36:32:32:52 chr15 38643574 . T C 495.62 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0230453;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.742;QD=23.0521;RBI=0.0230718;REFB=-0.00986471;REVB=-0.00110701;RO=39;SAF=15;SAR=32;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833295;STB=0.545935;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0104807;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:39:39:47:47:0.546512:32:15:16:23:32:15:16:23 chr15 38645589 . A C 798.63 PASS AF=0.527778;AO=75;DP=142;FAO=76;FDP=144;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.01191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1108;QD=22.184;RBI=0.0187214;REFB=0.00684844;REVB=0.0144445;RO=66;SAF=35;SAR=40;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015576;STB=0.511744;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00499372;OID=.;OPOS=38645589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:66:68:75:76:0.527778:40:35:32:34:41:35:33:35 chr15 38857631 . C G 860.09 PASS AF=0.537975;AO=85;DP=158;FAO=85;FDP=158;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.0227162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1871;QD=21.7744;RBI=0.0231601;REFB=0.0101368;REVB=-0.00451269;RO=72;SAF=29;SAR=56;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562779;STB=0.507663;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00956169;OID=.;OPOS=38857631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:72:73:85:85:0.537975:56:29:25:47:56:29:26:47 chr15 38988815 . C G 503.88 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0198494;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.583;QD=15.5041;RBI=0.0201627;REFB=0.00958267;REVB=-0.00354069;RO=75;SAF=28;SAR=27;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709941;STB=0.539801;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0129667;OID=.;OPOS=38988815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:75:75:55:55:0.423077:27:28:33:42:27:28:33:42 chr15 39545032 . T G 2235.95 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.1;QD=63.4313;RBI=0.0378704;REFB=0;REVB=0.0281069;RO=0;SAF=60;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50943e-05;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:81:60:0:0:81:60:0:0 chr15 39545148 . C T 179.82 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0138918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.721;QD=15.6369;RBI=0.0145256;REFB=-0.00445572;REVB=0.00424415;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0021328;STB=0.501227;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00590751;OID=.;OPOS=39545148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:10:17:12:7:10:17 chr15 39545268 . G A 854.12 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268156;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.438;QD=57.9062;RBI=0.027795;REFB=0;REVB=0.00731367;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82134e-05;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr15 39879717 . G A 698.05 PASS AF=0.474359;AO=72;DP=155;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0212243;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.8;QD=17.8988;RBI=0.0216434;REFB=-0.00826405;REVB=-0.00423861;RO=83;SAF=26;SAR=46;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253439;STB=0.500184;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00956503;OID=.;OPOS=39879717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:83:82:72:74:0.474359:46:26:32:51:46:28:31:51 chr15 39880358 . C T 963.72 PASS AF=0.5;AO=95;DP=192;FAO=95;FDP=190;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.00346294;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.706;QD=20.2888;RBI=0.027792;REFB=-0.0159252;REVB=-0.0275754;RO=92;SAF=44;SAR=51;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622548;STB=0.536834;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0185933;OID=.;OPOS=39880358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:92:95:95:95:0.5:51:44:49:43:51:44:51:44 chr15 39880822 . A G 1546.52 PASS AF=0.483077;AO=156;DP=325;FAO=157;FDP=325;FR=.;FRO=168;FSAF=77;FSAR=80;FSRF=54;FSRR=114;FWDB=0.0131562;FXX=0.00611602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4084;QD=19.0341;RBI=0.0219513;REFB=-0.00277943;REVB=0.017572;RO=168;SAF=76;SAR=80;SRF=54;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157593;STB=0.587683;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00277493;OID=.;OPOS=39880822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:325:168:168:156:157:0.483077:80:76:54:114:80:77:54:114 chr15 39910052 . C G 515.92 PASS AF=0.404255;AO=56;DP=140;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0791994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0645;QD=14.6361;RBI=0.0859672;REFB=0.00282076;REVB=-0.0334337;RO=84;SAF=18;SAR=38;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23565;STB=0.624346;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00382182;OID=.;OPOS=39910052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:84:84:56:57:0.404255:38:18:45:39:38:19:45:39 chr15 39910404 . G A 154.52 PASS AF=0.350877;AO=18;DP=55;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0211127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.779;QD=10.8438;RBI=0.0211137;REFB=-0.00596539;REVB=-0.000213795;RO=35;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203906;STB=0.624877;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0108907;OID=.;OPOS=39910404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:35:37:18:20:0.350877:11:7:20:15:12:8:22:15 chr15 39910431 . A G 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0162643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.144;QD=10.6984;RBI=0.0164019;REFB=0.00856395;REVB=-0.00212034;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246153;STB=0.656932;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0356512;OID=.;OPOS=39910431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:10:5:17:14:10:5:18:14 chr15 40226415 . GC G,GG 1027.92 PASS AF=1,0;AO=56,21;DP=146;FAO=160,0;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=101,0;FSAR=59,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.236858,0.14882;FXX=0.00621079;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.92984,6.71528;QD=25.698;RBI=0.249393,0.181428;REFB=0.0293088,0.135491;REVB=0.0780717,-0.103772;RO=33;SAF=47,1;SAR=9,20;SRF=22;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.186378,-0.743588;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00817414,-0.109403;OID=.,.;OPOS=40226416,40226416;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:56,21:146:160,0:160:0:101,0:59,0:0:0:5:33:47,1:9,20:22:11 chr15 40226495 . T C 6695.78 PASS AF=0.967105;AO=441;DP=459;FAO=441;FDP=456;FR=.;FRO=15;FSAF=223;FSAR=218;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.00395656;FXX=0.00869546;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.425;QD=58.7349;RBI=0.00711375;REFB=-0.0134044;REVB=0.00591194;RO=14;SAF=223;SAR=218;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248263;STB=0.514074;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=5.16963e-06;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:459:456:14:15:441:441:0.967105:218:223:13:1:218:223:14:1 chr15 40259848 . A C 768.03 PASS AF=0.521127;AO=73;DP=143;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0109848;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.715;QD=21.6346;RBI=0.0153292;REFB=-0.0119673;REVB=0.0106921;RO=66;SAF=38;SAR=35;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109266;STB=0.561986;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.010548;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:66:68:73:74:0.521127:35:38:26:40:35:39:27:41 chr15 40265799 . A G 1962.93 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3434;QD=60.8662;RBI=0.112228;REFB=-0.00114283;REVB=-0.111308;RO=1;SAF=58;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683738;STB=0.503597;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.000556902;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:129:1:1:127:128:0.992248:69:58:0:1:69:59:0:1 chr15 40268998 . G GGACGAC 1371.68 PASS AF=0.333984;AO=169;DP=537;FAO=171;FDP=512;FR=.;FRO=341;FSAF=80;FSAR=91;FSRF=136;FSRR=205;FWDB=-0.0186513;FXX=0.0411977;HRUN=2;LEN=6;MLLD=255.465;QD=10.7163;RBI=0.0402556;REFB=-0.0205441;REVB=-0.0356742;RO=344;SAF=79;SAR=90;SRF=136;SRR=208;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085687;STB=0.546423;STBP=0.15;TYPE=ins;VARB=0.0382679;OID=.;OPOS=40268999;OREF=-;OALT=GACGAC;OMAPALT=GGACGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333984:169:537:171:512:341:80:91:136:205:99:344:79:90:136:208 chr15 40269010 . G C 50.4 PASS AF=0.0583658;AO=30;DP=515;FAO=30;FDP=514;FR=.;FRO=484;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=215;FSRR=269;FWDB=-0.040434;FXX=0.00387589;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.097;QD=0.392187;RBI=0.0509248;REFB=-0.00478004;REVB=-0.0309584;RO=483;SAF=11;SAR=19;SRF=214;SRR=269;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081746;STB=0.575398;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0679735;OID=.;OPOS=40269010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:515:514:483:484:30:30:0.0583658:19:11:214:269:19:11:215:269 chr15 40313141 . C T 918.39 PASS AF=0.468599;AO=97;DP=205;FAO=97;FDP=207;FR=.;FRO=110;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.041174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1966;QD=17.7466;RBI=0.041815;REFB=-0.0122705;REVB=-0.0072936;RO=107;SAF=48;SAR=49;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062604;STB=0.531701;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0124514;OID=.;OPOS=40313141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:107:110:97:97:0.468599:49:48:60:47:49:48:61:49 chr15 40327290 . A G 2499.64 PASS AF=0.476548;AO=248;DP=528;FAO=254;FDP=533;FR=.;FRO=279;FSAF=131;FSAR=123;FSRF=132;FSRR=147;FWDB=0.0165437;FXX=0.00187262;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.227;QD=18.759;RBI=0.0190162;REFB=-0.0103963;REVB=-0.00937671;RO=278;SAF=129;SAR=119;SRF=132;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043569;STB=0.522304;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0145786;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:528:533:278:279:248:254:0.476548:119:129:132:146:123:131:132:147 chr15 40327301 . G A 2271.0 PASS AF=0.465483;AO=236;DP=510;FAO=236;FDP=507;FR=.;FRO=271;FSAF=114;FSAR=122;FSRF=127;FSRR=144;FWDB=-0.0272595;FXX=0.00588224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4178;QD=17.9171;RBI=0.0418028;REFB=-0.00856415;REVB=-0.0316922;RO=266;SAF=114;SAR=122;SRF=125;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126651;STB=0.507718;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00719064;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:510:507:266:271:236:236:0.465483:122:114:125:141:122:114:127:144 chr15 40327793 . CCTGCTGC CCTGCTGCT,CCTGC 720.09 PASS AF=0,0.347328;AO=30,61;DP=264;FAO=0,91;FDP=262;FR=.;FRO=171;FSAF=0,32;FSAR=0,59;FSRF=64;FSRR=107;FWDB=0.074962,-0.00612605;FXX=0.0223872;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=10.692,294.213;QD=10.9938;RBI=0.405704,0.0222259;REFB=0.0597619,-0.0189488;REVB=-0.398718,-0.0213649;RO=119;SAF=0,23;SAR=30,38;SRF=49;SRR=70;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.746513,-0.0420168;STB=0.5,0.516031;STBP=1,0.699;TYPE=ins,del;VARB=0,0.0359063;OID=.,.;OPOS=40327801,40327794;OREF=-,CTG;OALT=T,-;OMAPALT=CCTGCTGCT,CCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.347328:30,61:264:0,91:262:171:0,32:0,59:64:107:99:119:0,23:30,38:49:70 chr15 40328575 . G C 2246.71 PASS AF=0.980392;AO=150;DP=157;FAO=150;FDP=153;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0378274;FXX=0.0254761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.574;QD=58.7375;RBI=0.066528;REFB=-0.0743225;REVB=0.0547271;RO=3;SAF=60;SAR=90;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259067;STB=0.501362;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.000584064;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:153:3:3:150:150:0.980392:90:60:1:2:90:60:1:2 chr15 40328665 . G A 304.58 PASS AF=0.402299;AO=32;DP=85;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0091212;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.45;QD=14.0036;RBI=0.0129514;REFB=-0.0230886;REVB=-0.00919467;RO=42;SAF=5;SAR=27;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36302;STB=0.673362;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0254794;OID=.;OPOS=40328665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:42:52:32:35:0.402299:27:5:18:24:27:8:25:27 chr15 40330564 . C T 936.19 PASS AF=0.956522;AO=68;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0309598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.6844;QD=54.272;RBI=0.0479371;REFB=-0.0245858;REVB=-0.0365986;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171824;STB=0.50341;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000116346;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:1:3:68:66:0.956522:41:27:1:0:39:27:1:2 chr15 40383347 . T C 1949.99 PASS AF=0.992188;AO=122;DP=124;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00335271;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.462;QD=60.9371;RBI=0.0295758;REFB=-0.0712703;REVB=0.0293851;RO=0;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64881e-08;STB=0.503759;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=6.71324e-05;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:128:0:1:122:127:0.992188:62:60:0:0:66:61:0:1 chr15 40383779 . A C 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-8.34169e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=331.314;QD=22.3968;RBI=0.00593452;REFB=-0.000960524;REVB=0.00593393;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178711;STB=0.59992;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000810863;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:15:10:14:9:15:10:14:9 chr15 40426913 . C A 1511.28 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431936;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.155;QD=59.8525;RBI=0.0432232;REFB=0;REVB=-0.00159755;RO=0;SAF=31;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12e-05;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:100:101:1:69:31:0:0:69:32:0:0 chr15 40477831 . G A 1553.61 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2191;QD=59.7542;RBI=0.0333171;REFB=0;REVB=-0.00358429;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112924;OID=.;OPOS=40477831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:49:55:0:0:49:55:0:0 chr15 40488851 . G A 522.73 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0409527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.388;QD=21.1205;RBI=0.0410729;REFB=-0.024709;REVB=0.00313961;RO=48;SAF=25;SAR=25;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924097;STB=0.545437;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0244932;OID=.;OPOS=40488851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:49:50:50:0.505051:25:25:19:29:25:25:20:29 chr15 40544493 . A G 1275.6 PASS AF=0.471631;AO=130;DP=279;FAO=133;FDP=282;FR=.;FRO=149;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=68;FSRR=81;FWDB=-0.00522336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.949;QD=18.0936;RBI=0.0354891;REFB=-0.0129343;REVB=-0.0351026;RO=148;SAF=70;SAR=60;SRF=68;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761886;STB=0.536907;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0135479;OID=.;OPOS=40544493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:282:148:149:130:133:0.471631:60:70:68:80:63:70:68:81 chr15 40544520 . G C 1159.79 PASS AF=0.471774;AO=118;DP=245;FAO=117;FDP=248;FR=.;FRO=131;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=-0.0370236;FXX=0.0040159;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6613;QD=18.7064;RBI=0.0398199;REFB=0.011886;REVB=0.0146588;RO=126;SAF=53;SAR=65;SRF=60;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025551;STB=0.506736;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.015498;OID=.;OPOS=40544520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:248:126:131:118:117:0.471774:65:53:60:66:64:53:61:70 chr15 40544617 . G A 632.21 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=0.0610146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6284;QD=16.421;RBI=0.0618449;REFB=-0.00786317;REVB=0.0101001;RO=84;SAF=45;SAR=24;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728848;STB=0.537983;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0105819;OID=.;OPOS=40544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:85:69:69:0.448052:24:45:49:35:24:45:50:35 chr15 40573716 . A G 4414.82 PASS AF=1;AO=278;DP=280;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011844;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.376;QD=63.295;RBI=0.0262979;REFB=0;REVB=-0.0234798;RO=0;SAF=137;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39639e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63805e-05;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:280:279:0:0:278:279:1:141:137:0:0:142:137:0:0 chr15 40583560 . G C,T 789.93 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,48;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299446,0.0307462;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.753,91.0259;QD=63.1944;RBI=0.0350743,0.0311546;REFB=0,0;REVB=-0.0182626,-0.00502799;RO=0;SAF=1,23;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0743789,0.000457319;OID=.,.;OPOS=40583560,40583560;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:50:50:0:0:2,48:2,48:0.04,0.96:1,25:1,23:0:0:1,25:1,23:0:0 chr15 40583876 . T G 1225.76 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000839824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8921;QD=61.2881;RBI=0.0609011;REFB=0;REVB=0.0608953;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234039;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:33:46:0:0:34:46:0:0 chr15 40595474 . A C 3172.3 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.843;QD=64.0869;RBI=0.0213997;REFB=0;REVB=0.0128494;RO=0;SAF=122;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64671e-05;OID=.;OPOS=40595474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:198:198:1:76:122:0:0:76:122:0:0 chr15 40595565 . C T 2532.43 PASS AF=0.982456;AO=164;DP=170;FAO=168;FDP=171;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=77;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0519802;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.031;QD=59.2381;RBI=0.0534481;REFB=-0.149559;REVB=0.0124403;RO=3;SAF=91;SAR=73;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154269;STB=0.508107;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000542213;OID=.;OPOS=40595565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:170:171:3:3:164:168:0.982456:73:91:3:0:77:91:3:0 chr15 40627845 . G A 123.9 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0409874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6285;QD=17.0895;RBI=0.126716;REFB=-0.0111409;REVB=0.119904;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294556;STB=0.669851;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0143909;OID=.;OPOS=40627845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:6:9:4:10:6:9 chr15 40633138 . A T 957.72 PASS AF=0.489691;AO=95;DP=194;FAO=95;FDP=194;FR=.;FRO=99;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.0527321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1857;QD=19.7469;RBI=0.0556298;REFB=-0.0319708;REVB=-0.0177201;RO=99;SAF=49;SAR=46;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660421;STB=0.536353;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0319524;OID=.;OPOS=40633138;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:99:99:95:95:0.489691:46:49:44:55:46:49:44:55 chr15 40655845 . C G 87.22 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0120852;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.4835;QD=8.94573;RBI=0.0183845;REFB=-0.0558398;REVB=0.0138542;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119597;STB=0.570697;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0836556;OID=.;OPOS=40655845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:36:39:25:27:11:12:0.307692:5:6:11:14:5:7:13:14 chr15 40655873 . G C 169.15 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0164882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.27;QD=13.0117;RBI=0.0343876;REFB=-0.0348461;REVB=-0.0301769;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146393;STB=0.576534;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0424788;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:13:7:15:16:13:7:15:17 chr15 40656141 . T C 400.72 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0039007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.025;QD=16.1906;RBI=0.00804779;REFB=-0.00282506;REVB=-0.00703928;RO=57;SAF=11;SAR=31;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683687;STB=0.538627;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00391683;OID=.;OPOS=40656141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:31:11:18:39:31:11:18:39 chr15 40662501 . G A 578.4 PASS AF=0.413333;AO=62;DP=150;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=0.00207529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.179;QD=15.4239;RBI=0.0319582;REFB=-0.038102;REVB=-0.0318907;RO=88;SAF=31;SAR=31;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142859;STB=0.579975;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0448692;OID=.;OPOS=40662501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:88:88:62:62:0.413333:31:31:32:56:31:31:32:56 chr15 40710723 . G A 841.06 PASS AF=0.427273;AO=91;DP=217;FAO=94;FDP=220;FR=.;FRO=126;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=0.0587811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6585;QD=15.292;RBI=0.0587887;REFB=-0.0197009;REVB=0.000946195;RO=126;SAF=55;SAR=36;SRF=60;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134801;STB=0.562852;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0268769;OID=.;OPOS=40710723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:220:126:126:91:94:0.427273:36:55:60:66:39:55:60:66 chr15 40751555 . C A 1302.11 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9864;QD=62.0052;RBI=0.0246862;REFB=0;REVB=-0.0041883;RO=0;SAF=56;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27151e-05;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:26:56:0:0:28:56:0:0 chr15 40764616 . G A 617.98 PASS AF=0.480916;AO=62;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.013693;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.595;QD=18.8697;RBI=0.013728;REFB=-0.0161155;REVB=-0.000979803;RO=68;SAF=31;SAR=31;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504119;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0166054;OID=.;OPOS=40764616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:68:62:63:0.480916:31:31:34:34:32:31:34:34 chr15 40845952 . A G 574.38 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0286394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.324;QD=21.0783;RBI=0.034295;REFB=-0.000678407;REVB=0.0188662;RO=50;SAF=30;SAR=28;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104148;STB=0.561048;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.000527485;OID=.;OPOS=40845952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:51:58:58:0.53211:28:30:32:18:28:30:33:18 chr15 40849408 . C T 479.96 PASS AF=0.4;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.00446542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1678;QD=14.221;RBI=0.0433212;REFB=0.00480604;REVB=-0.0430905;RO=81;SAF=24;SAR=30;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527861;STB=0.52979;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0058511;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:81:81:54:54:0.4:30:24:40:41:30:24:40:41 chr15 40855210 . T A 350.05 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0036023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.616;QD=13.5941;RBI=0.00360328;REFB=-0.00134828;REVB=8.38284e-05;RO=61;SAF=18;SAR=23;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385439;STB=0.507674;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00198782;OID=.;OPOS=40855210;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:62:41:41:0.398058:23:18:27:34:23:18:28:34 chr15 40856989 . C T 960.16 PASS AF=0.886076;AO=70;DP=79;FAO=70;FDP=79;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0242176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.5;QD=48.6159;RBI=0.0246532;REFB=-0.118842;REVB=0.00461361;RO=6;SAF=27;SAR=43;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436318;STB=0.54612;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00296007;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:6:9:70:70:0.886076:43:27:4:2:43:27:7:2 chr15 40862064 . C T 744.16 PASS AF=0.398148;AO=87;DP=216;FAO=86;FDP=216;FR=.;FRO=130;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=66;FSRR=64;FWDB=0.0179395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3277;QD=13.7807;RBI=0.0280304;REFB=-0.0131267;REVB=-0.0215377;RO=128;SAF=46;SAR=41;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222488;STB=0.509377;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0266874;OID=.;OPOS=40862064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:128:130:87:86:0.398148:41:46:65:63:41:45:66:64 chr15 40898643 . G C 453.63 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0172181;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.223;QD=14.8731;RBI=0.0199917;REFB=0.00097679;REVB=0.010159;RO=71;SAF=31;SAR=20;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17776;STB=0.599961;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00228091;OID=.;OPOS=40898643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:71:51:51:0.418033:20:31:31:40:20:31:31:40 chr15 40903684 . A G 826.01 PASS AF=0.433333;AO=91;DP=210;FAO=91;FDP=210;FR=.;FRO=119;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=52;FSRR=67;FWDB=-0.00409313;FXX=0.00473911;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.14;QD=15.7335;RBI=0.00541883;REFB=-0.0138167;REVB=-0.00355105;RO=117;SAF=30;SAR=61;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115795;STB=0.565694;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0197143;OID=.;OPOS=40903684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:117:119:91:91:0.433333:61:30:51:66:61:30:52:67 chr15 40913840 . G T 821.26 PASS AF=0.522013;AO=82;DP=161;FAO=83;FDP=159;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=52;FWDB=0.00506653;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.686;QD=20.6608;RBI=0.0136332;REFB=-0.00150889;REVB=-0.0126568;RO=77;SAF=36;SAR=46;SRF=25;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104051;STB=0.563729;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000934004;OID=.;OPOS=40913840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:77:76:82:83:0.522013:46:36:25:52:46:37:24:52 chr15 40915190 . A G 37.37 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00979593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.342;QD=8.79195;RBI=0.0601354;REFB=-0.0113242;REVB=-0.0593321;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447794;STB=0.764069;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0325506;OID=.;OPOS=40915190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:10:1:3:3:10:1 chr15 40916237 . A G 155.75 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0542889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3213;QD=15.5754;RBI=0.0718882;REFB=-0.0220011;REVB=0.0471236;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145897;STB=0.592375;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0239256;OID=.;OPOS=40916237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:10:7:6:16:10:7:6:17 chr15 41043871 . A G 162.95 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.037441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.067;QD=19.7519;RBI=0.0375558;REFB=-0.035754;REVB=-0.00293506;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778032;STB=0.616733;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0355685;OID=.;OPOS=41043871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:10:16:17:17:0.515152:10:7:3:7:10:7:3:13 chr15 41105926 . T G 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0100009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.45;QD=18.3095;RBI=0.0113688;REFB=-0.00722784;REVB=-0.00540655;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169649;STB=0.600786;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00966912;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:22:15:23:16:22:15:24:16 chr15 41146880 . T C 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0120129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.696;QD=15.9469;RBI=0.0127772;REFB=0.00231671;REVB=-0.00435274;RO=47;SAF=21;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13741;STB=0.577422;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00411078;OID=.;OPOS=41146880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:15:21:21:26:15:21:21:26 chr15 41148199 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.821;QD=59.8557;RBI=0.0228606;REFB=0;REVB=0.0217452;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1949e-05;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr15 41148516 . G A 441.08 PASS AF=0.445455;AO=48;DP=109;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.00968311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.691;QD=16.0391;RBI=0.0127941;REFB=-0.0333699;REVB=0.00836224;RO=57;SAF=19;SAR=29;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462609;STB=0.525681;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0432819;OID=.;OPOS=41148516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:57:61:48:49:0.445455:29:19:20:37:30:19:21:40 chr15 41149161 . G C 732.35 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563868;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.374;QD=63.6827;RBI=0.00835402;REFB=0;REVB=0.00616401;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87322e-05;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:34:12:0:0:34:12:0:0 chr15 41190989 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0095735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.259;QD=15.6506;RBI=0.0190162;REFB=-0.026403;REVB=-0.0164306;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311226;STB=0.517906;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0285398;OID=.;OPOS=41190989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:15:6:5:11:15:6 chr15 41245676 . G A 873.7 PASS AF=0.514793;AO=87;DP=169;FAO=87;FDP=169;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0305619;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.742;QD=20.6792;RBI=0.0354319;REFB=0.00247672;REVB=0.0179274;RO=81;SAF=39;SAR=48;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619507;STB=0.53114;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00181693;OID=.;OPOS=41245676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:81:82:87:87:0.514793:48:39:42:39:48:39:42:40 chr15 41271718 . C T 4743.86 PASS AF=1;AO=293;DP=294;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.698;QD=62.2145;RBI=0.0496498;REFB=0;REVB=0.0494599;RO=1;SAF=131;SAR=162;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00293496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15997e-06;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:294:305:1:0:293:305:1:162:131:0:1:173:132:0:0 chr15 41476209 . T C 947.0 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601815;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.765;QD=58.2768;RBI=0.0106756;REFB=0;REVB=0.00881762;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460822;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:37:27:0:0:37:28:0:0 chr15 41476465 . G A 518.38 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0211773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.632;QD=22.7858;RBI=0.0212556;REFB=-0.00203248;REVB=-0.00182247;RO=42;SAF=26;SAR=23;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115644;STB=0.563496;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00145322;OID=.;OPOS=41476465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:23:26:28:14:23:26:28:14 chr15 41483682 . A G 420.35 PASS AF=0.512195;AO=40;DP=78;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0158521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.333;QD=20.5046;RBI=0.0166988;REFB=-0.0151613;REVB=-0.00524981;RO=38;SAF=16;SAR=24;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537041;STB=0.503081;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0199339;OID=.;OPOS=41483682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:38:40:40:42:0.512195:24:16:13:25:26:16:15:25 chr15 41484287 . C A 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00437691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=361.123;QD=17.1584;RBI=0.00461755;REFB=-0.0103177;REVB=-0.00147122;RO=44;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930799;STB=0.55221;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.011678;OID=.;OPOS=41484287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:22:15:22:22:22:15:22:22 chr15 41508037 . A G 348.56 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0722884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8577;QD=17.428;RBI=0.0766065;REFB=-0.0143654;REVB=0.0253562;RO=43;SAF=11;SAR=25;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190638;STB=0.611702;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0156161;OID=.;OPOS=41508037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:36:37:0.4625:25:11:21:22:26:11:21:22 chr15 41509288 . T A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0152885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.41;QD=13.5052;RBI=0.0154257;REFB=-0.00742888;REVB=0.00205272;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24777;STB=0.646796;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0104254;OID=.;OPOS=41509288;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:9:3:8:9:9:3:8:9 chr15 41564393 . A G 150.1 PASS AF=0.714286;AO=14;DP=20;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0338547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.853;QD=28.5896;RBI=0.0455921;REFB=-0.00143488;REVB=0.0305368;RO=6;SAF=11;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19672;STB=0.615215;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000883419;OID=.;OPOS=41564393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:21:6:6:14:15:0.714286:3:11:3:3:3:12:3:3 chr15 41805237 . C T 193.31 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00432878;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.175;QD=13.8075;RBI=0.0112235;REFB=-0.00620534;REVB=0.0103551;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199197;STB=0.650862;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0113105;OID=.;OPOS=41805237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:33:23:23:0.410714:13:10:18:10:13:10:23:10 chr15 41813279 . C T 398.87 PASS AF=0.331126;AO=50;DP=151;FAO=50;FDP=151;FR=.;FRO=101;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0213567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.664;QD=10.566;RBI=0.02198;REFB=-0.00822786;REVB=0.00519736;RO=100;SAF=18;SAR=32;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1203;STB=0.573289;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0157953;OID=.;OPOS=41813279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:100:101:50:50:0.331126:32:18:46:54:32:18:47:54 chr15 41815516 . G C 2719.49 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582157;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.498;QD=62.5169;RBI=0.0114272;REFB=0;REVB=0.00983315;RO=0;SAF=91;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72055e-06;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:83:91:0:0:83:91:0:0 chr15 41820200 . C T 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00365527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.445;QD=16.0053;RBI=0.00448351;REFB=-0.00247341;REVB=-0.00259632;RO=45;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155985;STB=0.587889;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00316243;OID=.;OPOS=41820200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:21:14:25:20:21:14:25:20 chr15 41829230 . A G 377.9 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.000688683;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.745;QD=21.2901;RBI=0.0240254;REFB=-0.0371038;REVB=0.0240155;RO=32;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332787;STB=0.512652;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0391754;OID=.;OPOS=41829230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:32:33:38:38:0.535211:14:24:19:13:14:24:20:13 chr15 41991315 . A T 1097.55 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6578;QD=60.1397;RBI=0.0214945;REFB=0;REVB=-0.015604;RO=0;SAF=23;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151107;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:50:23:0:0:50:23:0:0 chr15 42026764 . C T 2795.55 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.715;QD=62.4703;RBI=0.035158;REFB=0;REVB=0.0343687;RO=0;SAF=80;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24214e-05;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:179:0:0:177:179:1:97:80:0:0:98:81:0:0 chr15 42041712 . G A 420.92 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.564;QD=56.1229;RBI=0.0215902;REFB=0;REVB=0.0074489;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115568;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:12:16:0:0:13:17:0:0 chr15 42111753 . G C,GA 699.63 PASS AF=0,0.933333;AO=7,9;DP=69;FAO=0,56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=0,56;FSAR=0,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0962999,0.0972502;FXX=0.0476115;HRUN=10,0;LEN=1,1;MLLD=58.5849,36.0862;QD=46.6418;RBI=0.0962999,0.0972502;REFB=0.026912,-0.182854;REVB=0,0;RO=42;SAF=7,9;SAR=0,0;SRF=36;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.568743,0.62072;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0303233;OID=.,.;OPOS=42111753,42111754;OREF=G,-;OALT=C,A;OMAPALT=C,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:69:60:42:4:7,9:0,56:0,0.933333:0,0:7,9:36:6:0,0:0,56:4:0 chr15 42134097 . C T 1135.12 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.004;QD=60.5397;RBI=0.0392561;REFB=0;REVB=0.0367079;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101916;OID=.;OPOS=42134097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr15 42135988 . C T 9239.7 PASS AF=0.986777;AO=595;DP=608;FAO=597;FDP=605;FR=.;FRO=8;FSAF=269;FSAR=328;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0230158;FXX=0.00656804;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.176;QD=61.089;RBI=0.0374764;REFB=-0.098195;REVB=0.0295763;RO=3;SAF=269;SAR=326;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437435;STB=0.50268;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000283262;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:608:605:3:8:595:597:0.986777:326:269:0:3:328:269:2:6 chr15 42138321 . A G 346.39 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.135;QD=53.2903;RBI=0.0189253;REFB=0;REVB=0.0171195;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416649;OID=.;OPOS=42138321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chr15 42139642 . C T 1557.62 PASS AF=0.939655;AO=109;DP=116;FAO=109;FDP=116;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0369772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.744;QD=53.7111;RBI=0.0482431;REFB=-0.0453888;REVB=0.0309852;RO=2;SAF=15;SAR=94;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999334;STB=0.517946;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000636384;OID=.;OPOS=42139642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:116:116:2:7:109:109:0.939655:94:15:0:2:94:15:0:7 chr15 42149472 . T C 4004.52 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627134;FXX=0.00769201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.61;QD=62.0856;RBI=0.0199603;REFB=-0.0107678;REVB=0.0189495;RO=1;SAF=107;SAR=151;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74927e-06;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:259:258:1:0:258:258:1:151:107:0:1:151:107:0:0 chr15 42149506 . G C 3311.8 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076973;FXX=0.00465095;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.98;QD=61.9028;RBI=0.00769861;REFB=-0.0545879;REVB=0.000142221;RO=1;SAF=72;SAR=136;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38766e-06;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:214:1:0:208:214:1:136:72:0:1:136:78:0:0 chr15 42168368 . C T 819.02 PASS AF=0.482759;AO=82;DP=171;FAO=84;FDP=174;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.00693242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.894;QD=18.8279;RBI=0.0196928;REFB=-0.0200178;REVB=-0.0184322;RO=89;SAF=30;SAR=52;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049835;STB=0.523071;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0188999;OID=.;OPOS=42168368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:174:89:90:82:84:0.482759:52:30:37:52:53:31:37:53 chr15 42171537 . A G 1965.09 PASS AF=0.48995;AO=193;DP=396;FAO=195;FDP=398;FR=.;FRO=203;FSAF=99;FSAR=96;FSRF=117;FSRR=86;FWDB=0.0045322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7182;QD=19.7497;RBI=0.0127589;REFB=-0.0166368;REVB=-0.0119268;RO=192;SAF=99;SAR=94;SRF=108;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452361;STB=0.535064;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.019427;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:398:192:203:193:195:0.48995:94:99:108:84:96:99:117:86 chr15 42178155 . T C 1367.0 PASS AF=0.421203;AO=148;DP=350;FAO=147;FDP=349;FR=.;FRO=202;FSAF=87;FSAR=60;FSRF=119;FSRR=83;FWDB=0.0140662;FXX=0.00285706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6601;QD=15.6677;RBI=0.0184669;REFB=-0.0184698;REVB=-0.0119652;RO=199;SAF=87;SAR=61;SRF=119;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108289;STB=0.501633;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0256808;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:349:199:202:148:147:0.421203:61:87:119:80:60:87:119:83 chr15 42187492 . T C 389.1 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0562809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.871;QD=18.7519;RBI=0.0563643;REFB=0.00190566;REVB=0.00306642;RO=43;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757257;STB=0.542148;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.002357;OID=.;OPOS=42187492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:20:20:18:25:20:20:18:25 chr15 42211486 . A G 1163.08 PASS AF=0.43662;AO=123;DP=274;FAO=124;FDP=284;FR=.;FRO=160;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=68;FSRR=92;FWDB=0.0190337;FXX=0.0104526;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.402;QD=16.3814;RBI=0.0964902;REFB=-0.00911882;REVB=-0.0945943;RO=148;SAF=63;SAR=60;SRF=67;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058666;STB=0.546731;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0104801;OID=.;OPOS=42211486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:284:148:160:123:124:0.43662:60:63:67:81:61:63:68:92 chr15 42281719 . G A 629.1 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0213454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0418;QD=19.0638;RBI=0.0250423;REFB=-0.00118621;REVB=0.0130956;RO=65;SAF=26;SAR=38;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799751;STB=0.549117;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00156076;OID=.;OPOS=42281719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:68:64:64:0.484848:38:26:32:33:38:26:34:34 chr15 42287578 . G A 2457.94 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.94;QD=60.6898;RBI=0.0288011;REFB=-0.0225899;REVB=0.0060609;RO=1;SAF=81;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583834;STB=0.503067;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000157305;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:161:161:0.993827:80:81:1:0:80:81:1:0 chr15 42297112 . GC G,GG 821.74 PASS AF=0.587444,0.0269058;AO=124,8;DP=221;FAO=131,6;FDP=223;FR=.;FRO=86;FSAF=78,1;FSAR=53,5;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0676683,0.0438853;FXX=0.00888849;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.5396,15.4054;QD=14.7398;RBI=0.0824139,0.0444953;REFB=-0.153313,-0.065815;REVB=-0.047043,-0.00734251;RO=70;SAF=75,1;SAR=49,7;SRF=38;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0429666,-0.485708;STB=0.515242,0.849582;STBP=0.603,0.113;TYPE=del,snp;VARB=0.124809,-0.0219869;OID=.,.;OPOS=42297113,42297113;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.587444,0.0269058:124,8:221:131,6:223:86:78,1:53,5:48:38:99:70:75,1:49,7:38:32 chr15 42371752 . A T 1434.35 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.294;QD=63.0483;RBI=0.0169958;REFB=0;REVB=-0.0121276;RO=0;SAF=58;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45581e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21791e-05;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:33:58:0:0:33:58:0:0 chr15 42373810 . G C 7295.25 PASS AF=1;AO=465;DP=470;FAO=467;FDP=467;FR=.;FRO=0;FSAF=238;FSAR=229;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732949;FXX=0.0126847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.85;QD=62.4861;RBI=0.0245825;REFB=-0.0443278;REVB=0.0234644;RO=4;SAF=238;SAR=227;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426509;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98676e-05;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:470:467:4:0:465:467:1:227:238:1:3:229:238:0:0 chr15 42377744 . C G 1421.31 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000288126;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.108;QD=63.1692;RBI=0.026285;REFB=0;REVB=0.0262834;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145273;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:44:45:0:0:44:46:0:0 chr15 42433802 . A G 1313.17 PASS AF=0.541126;AO=125;DP=231;FAO=125;FDP=231;FR=.;FRO=106;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=-0.00620219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.719;QD=22.7389;RBI=0.009482;REFB=-0.0206347;REVB=0.00717226;RO=105;SAF=54;SAR=71;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1169;STB=0.561605;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0191111;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:105:106:125:125:0.541126:71:54:60:45:71:54:60:46 chr15 42434254 . G A 669.26 PASS AF=0.492647;AO=67;DP=135;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=20;FWDB=-0.00113126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.923;QD=19.6842;RBI=0.00892007;REFB=0.00151722;REVB=0.00884805;RO=68;SAF=40;SAR=27;SRF=48;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105938;STB=0.561038;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00145583;OID=.;OPOS=42434254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:68:69:67:67:0.492647:27:40:48:20:27:40:49:20 chr15 42434336 . G C 632.96 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.00118968;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.203;QD=18.0845;RBI=0.00295709;REFB=-0.00964668;REVB=0.00270722;RO=73;SAF=44;SAR=21;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197937;STB=0.617969;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00777098;OID=.;OPOS=42434336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:75:65:65:0.464286:21:44:35:38:21:44:35:40 chr15 42434837 . T C 958.39 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474533;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.65;QD=58.9776;RBI=0.0475828;REFB=0;REVB=0.0035079;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03663e-05;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr15 42439376 . G A 777.38 PASS AF=0.496894;AO=80;DP=161;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0191372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.76;QD=19.3138;RBI=0.103368;REFB=0.000343064;REVB=0.101581;RO=81;SAF=41;SAR=39;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508503;STB=0.527999;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000150435;OID=.;OPOS=42439376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:81:81:80:80:0.496894:39:41:37:44:39:41:37:44 chr15 42442823 . G C 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0133601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.203;QD=20.64;RBI=0.0140075;REFB=0.00505448;REVB=-0.00420939;RO=32;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213472;STB=0.617585;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00510026;OID=.;OPOS=42442823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:18:18:8:24:18:18:8:24 chr15 42444920 . GA AC 72.02 PASS AF=0.129032;AO=21;DP=161;FAO=20;FDP=155;FR=.;FRO=135;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=66;FSRR=69;FWDB=-0.0301504;FXX=0.0372648;HRUN=2;LEN=2;MLLD=50.5124;QD=1.85857;RBI=0.0695587;REFB=-0.00914497;REVB=-0.0626846;RO=112;SAF=15;SAR=6;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247831;STB=0.686086;STBP=0.098;TYPE=mnp;VARB=0.109985;OID=.;OPOS=42444920;OREF=GA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:161:155:112:135:21:20:0.129032:6:15:59:53:6:14:66:69 chr15 42445554 . G T 467.27 PASS AF=0.584416;AO=44;DP=76;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.035182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.062;QD=24.274;RBI=0.0469329;REFB=-0.00767088;REVB=-0.0310633;RO=32;SAF=18;SAR=26;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272299;STB=0.510865;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00552228;OID=.;OPOS=42445554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:32:32:44:45:0.584416:26:18:12:20:27:18:12:20 chr15 42446362 . A G 278.27 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.030026;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.162;QD=13.2509;RBI=0.0300314;REFB=-0.0255791;REVB=0.000572377;RO=52;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243999;STB=0.513945;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0195205;OID=.;OPOS=42446362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:52:52:32:32:0.380952:19:13:20:32:19:13:20:32 chr15 42446398 . G A 397.26 PASS AF=0.428571;AO=41;DP=97;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0130073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.753;QD=16.2149;RBI=0.02041;REFB=-0.0166193;REVB=-0.0157282;RO=56;SAF=14;SAR=27;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00248223;STB=0.503815;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0217787;OID=.;OPOS=42446398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:56:56:41:42:0.428571:27:14:19:37:28:14:19:37 chr15 42448659 . C A 906.47 PASS AF=0.4375;AO=98;DP=219;FAO=98;FDP=224;FR=.;FRO=126;FSAF=64;FSAR=34;FSRF=76;FSRR=50;FWDB=-0.00307739;FXX=0.00444425;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.2269;QD=16.187;RBI=0.0562798;REFB=-0.0109091;REVB=-0.0561956;RO=119;SAF=64;SAR=34;SRF=74;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336369;STB=0.53038;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0156758;OID=.;OPOS=42448659;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:224:119:126:98:98:0.4375:34:64:74:45:34:64:76:50 chr15 42453963 . T C 428.77 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0305603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9787;QD=13.0922;RBI=0.0511389;REFB=-0.0134132;REVB=-0.0410031;RO=80;SAF=22;SAR=28;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165531;STB=0.512736;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0305059;OID=.;OPOS=42453963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:80:81:50:50:0.381679:28:22:34:46:28:22:34:47 chr15 42458347 . T C 379.64 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00225653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.547;QD=22.0083;RBI=0.0179521;REFB=-0.00697142;REVB=-0.0178097;RO=31;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244523;STB=0.519074;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0123015;OID=.;OPOS=42458347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:37:38:0.550725:19:18:16:15:20:18:16:15 chr15 42459034 . T C 2088.4 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.365;QD=61.8787;RBI=0.0322858;REFB=-0.121871;REVB=0.0147184;RO=0;SAF=63;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000274082;OID=.;OPOS=42459034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:135:135:0:1:134:134:0.992593:71:63:0:0:71:63:0:1 chr15 42483769 . C G 121.13 PASS AF=0.288136;AO=16;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0077068;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.522;QD=8.2119;RBI=0.0176528;REFB=0.0034519;REVB=0.0158816;RO=40;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121072;STB=0.529497;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0024617;OID=.;OPOS=42483769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:42:16:17:0.288136:10:6:19:21:10:7:19:23 chr15 42491848 . A C 436.56 PASS AF=0.466019;AO=45;DP=102;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0448116;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.025;QD=16.9537;RBI=0.0480381;REFB=-0.0252785;REVB=0.0173084;RO=56;SAF=22;SAR=23;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113357;STB=0.572786;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0298862;OID=.;OPOS=42491848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:56:55:45:48:0.466019:23:22:21:35:24:24:20:35 chr15 42502896 . A T 590.07 PASS AF=0.480315;AO=60;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0179535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.252;QD=18.5848;RBI=0.0245908;REFB=-0.0210451;REVB=-0.0168042;RO=67;SAF=29;SAR=31;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339087;STB=0.510877;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0221966;OID=.;OPOS=42502896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:66:60:61:0.480315:31:29:30:37:32:29:30:36 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 284.61 PASS AF=0.05,0.6,0;AO=9,15,10;DP=57;FAO=2,24,0;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=0,5,0;FSAR=2,19,0;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0320285,0.041447,0.0461235;FXX=0.0476077;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=334.916,338.854,334.599;QD=28.461;RBI=0.0333804,0.0422565,0.0466161;REFB=-0.0145404,-0.0128129,-0.0104298;REVB=0.00940361,0.00823133,0.00675891;RO=23;SAF=5,0,0;SAR=4,15,10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.336475,-0.779724,-0.727991;STB=0.991301,0.538164,0.5;STBP=0.434,0.645,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00712931,0.0131869,0.00208179;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.6,0:9,15,10:57:2,24,0:40:14:0,5,0:2,19,0:2:12:99:23:5,0,0:4,15,10:6:17 chr15 42568547 . C G 495.85 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00409246;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.649;QD=25.7585;RBI=0.00525824;REFB=-0.020024;REVB=0.00330164;RO=30;SAF=14;SAR=32;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179671;STB=0.593283;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.015193;OID=.;OPOS=42568547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:30:31:46:46:0.597403:32:14:16:14:32:14:16:15 chr15 42575956 . A G 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00955893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.049;QD=18.0551;RBI=0.0196754;REFB=-0.00663598;REVB=0.0171973;RO=35;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241075;STB=0.501347;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00885153;OID=.;OPOS=42575956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:18:15:16:19:18:15:16:19 chr15 42575963 . A G 336.62 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0273291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.343;QD=17.2626;RBI=0.0394465;REFB=0.00941811;REVB=0.0284455;RO=41;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058022;STB=0.525627;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0165026;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:42:36:36:0.461538:18:18:18:23:18:18:19:23 chr15 42579948 . T C 229.6 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=76;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00873163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.663;QD=11.9272;RBI=0.00873164;REFB=0.00274636;REVB=9.52185e-06;RO=49;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18192;STB=0.590342;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00318467;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:49:49:27:28:0.363636:11:16:21:28:12:16:21:28 chr15 42579984 . G A 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00831123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.228;QD=10.6444;RBI=0.0181554;REFB=0.000393399;REVB=0.0161414;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118029;STB=0.568898;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.000744889;OID=.;OPOS=42579984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:10:10:15:23:10:10:15:23 chr15 42640302 . T A 753.81 PASS AF=0.51049;AO=73;DP=143;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.041301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7292;QD=21.0855;RBI=0.0413122;REFB=-0.0154598;REVB=-0.000962639;RO=70;SAF=37;SAR=36;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696254;STB=0.538274;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0127827;OID=.;OPOS=42640302;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:70:70:73:73:0.51049:36:37:30:40:36:37:30:40 chr15 42643529 . T C 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=349.759;QD=61.2612;RBI=0.0172827;REFB=0;REVB=0.00804854;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0545e-05;OID=.;OPOS=42643529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:65:54:0:0:65:54:0:0 chr15 42643538 . A G 606.53 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0119253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.339;QD=19.2548;RBI=0.0119352;REFB=-0.00922107;REVB=0.000485668;RO=64;SAF=32;SAR=30;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100796;STB=0.555651;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0114119;OID=.;OPOS=42643538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:62:62:0.492063:30:32:26:38:30:32:26:38 chr15 42696606 . G T 355.6 PASS AF=0.354839;AO=41;DP=123;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.00809633;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.014;QD=11.4708;RBI=0.0227892;REFB=-0.0238898;REVB=0.0213025;RO=82;SAF=17;SAR=24;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222314;STB=0.614048;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0456429;OID=.;OPOS=42696606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:82:80:41:44:0.354839:24:17:50:32:26:18:47:33 chr15 42703177 . G A 541.64 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.030156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.113;QD=18.2064;RBI=0.0509393;REFB=-0.0132169;REVB=0.0410539;RO=60;SAF=27;SAR=30;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244002;STB=0.513724;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0151541;OID=.;OPOS=42703177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:62:57:57:0.478992:30:27:30:30:30:27:31:31 chr15 42706022 . A T 669.27 PASS AF=0.587156;AO=64;DP=109;FAO=64;FDP=109;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0376529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.267;QD=24.5604;RBI=0.0382183;REFB=-0.000698224;REVB=0.00655001;RO=45;SAF=30;SAR=34;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866864;STB=0.547177;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000685835;OID=.;OPOS=42706022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:45:45:64:64:0.587156:34:30:16:29:34:30:16:29 chr15 42706287 . T C 365.06 PASS AF=0.411765;AO=41;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00865167;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4901;QD=14.3161;RBI=0.00996607;REFB=-0.0212897;REVB=-0.00494684;RO=59;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239112;STB=0.511326;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0298471;OID=.;OPOS=42706287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:60:41:42:0.411765:22:19:26:33:23:19:26:34 chr15 42729508 . G A 971.61 PASS AF=0.480952;AO=101;DP=210;FAO=101;FDP=210;FR=.;FRO=109;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-0.0107363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.931;QD=18.5069;RBI=0.0110614;REFB=0.00737852;REVB=-0.00266204;RO=109;SAF=52;SAR=49;SRF=58;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162729;STB=0.508969;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00914726;OID=.;OPOS=42729508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:109:109:101:101:0.480952:49:52:58:51:49:52:58:51 chr15 42740369 . C T 693.59 PASS AF=0.489362;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.000489644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.8;QD=19.6764;RBI=0.0121849;REFB=-0.000948676;REVB=-0.012175;RO=72;SAF=32;SAR=37;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309533;STB=0.517086;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00132569;OID=.;OPOS=42740369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:72:72:69:69:0.489362:37:32:31:41:37:32:31:41 chr15 42742464 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00482394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.459;QD=57.3857;RBI=0.0111521;REFB=0;REVB=0.0100548;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19992e-06;OID=.;OPOS=42742464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:30:27:0:0 chr15 42834962 . C T 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0222959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.906;QD=14.259;RBI=0.0345789;REFB=-0.00807542;REVB=-0.026431;RO=41;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140505;STB=0.579769;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0137619;OID=.;OPOS=42834962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:16:13:24:17:16:13:24:17 chr15 43022911 . G A 754.6 PASS AF=0.437838;AO=80;DP=185;FAO=81;FDP=185;FR=.;FRO=104;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.0358614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.0032;QD=16.3156;RBI=0.0774994;REFB=-0.0189676;REVB=0.0687032;RO=103;SAF=39;SAR=41;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469342;STB=0.526604;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0303532;OID=.;OPOS=43022911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:103:104:80:81:0.437838:41:39:55:48:42:39:55:49 chr15 43027841 . AC ACG,AG,CG 63.13 PASS AF=0.206897,0,0;AO=14,4,5;DP=87;FAO=18,0,0;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=4,0,0;FSAR=14,0,0;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=-0.0401324,-0.0781982,-0.0404938;FXX=0;HRUN=0,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=27.3908,49.6734,52.1178;QD=2.90274;RBI=0.0483136,0.0940463,0.080818;REFB=-0.0335482,-0.0124191,-0.0115293;REVB=0.0268997,-0.052247,-0.0699415;RO=64;SAF=3,2,0;SAR=11,2,5;SRF=45;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.562454,-0.208756,-0.645828;STB=0.825145,0.5,0.5;STBP=0.006,1,1;TYPE=ins,snp,mnp;VARB=0.175702,0,0;OID=.,.,.;OPOS=43027843,43027842,43027841;OREF=-,C,AC;OALT=G,G,CG;OMAPALT=ACG,AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:87:87:64:69:14,4,5:18,0,0:0.206897,0,0:11,2,5:3,2,0:45:19:14,0,0:4,0,0:46:23 chr15 43094353 . G A 767.69 PASS AF=0.540741;AO=73;DP=136;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=50;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00143268;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.633;QD=22.7464;RBI=0.00640678;REFB=-0.0346153;REVB=-0.00624453;RO=62;SAF=50;SAR=23;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139497;STB=0.576603;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0194674;OID=.;OPOS=43094353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:62:62:73:73:0.540741:23:50:33:29:23:50:33:29 chr15 43545728 . G A 392.13 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00412707;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.117;QD=14.6589;RBI=0.0406488;REFB=-0.00968078;REVB=0.0404387;RO=62;SAF=32;SAR=13;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324963;STB=0.683385;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0117299;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:62:62:45:45:0.420561:13:32:25:37:13:32:25:37 chr15 43568794 . G A 1228.33 PASS AF=0.551402;AO=118;DP=214;FAO=118;FDP=214;FR=.;FRO=96;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.000162603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.156;QD=22.9595;RBI=0.00795204;REFB=-0.00971317;REVB=-0.00795038;RO=96;SAF=56;SAR=62;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134231;STB=0.50731;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0066627;OID=.;OPOS=43568794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:96:96:118:118:0.551402:62:56:44:52:62:56:44:52 chr15 43571390 . C G 660.2 PASS AF=0.431953;AO=73;DP=169;FAO=73;FDP=169;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.0452833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6973;QD=15.6261;RBI=0.0532212;REFB=-0.00252876;REVB=0.0279629;RO=96;SAF=29;SAR=44;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423051;STB=0.523627;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0039578;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:96:96:73:73:0.431953:44:29:42:54:44:29:42:54 chr15 43571958 . C A 943.63 PASS AF=0.485294;AO=98;DP=204;FAO=99;FDP=204;FR=.;FRO=105;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=0.0439518;FXX=0.00487781;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5891;QD=18.5026;RBI=0.0450912;REFB=-0.0246398;REVB=0.0100726;RO=106;SAF=51;SAR=47;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813192;STB=0.549629;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0269107;OID=.;OPOS=43571958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:106:105:98:99:0.485294:47:51:46:60:47:52:45:60 chr15 43579566 . A G 277.48 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0198379;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.371;QD=15.8562;RBI=0.0506504;REFB=0.00353685;REVB=-0.0466039;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220931;STB=0.512457;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00499577;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:16:15:18:21:16:15:18:21 chr15 43579621 . C T 348.89 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00477817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.316;QD=15.0061;RBI=0.0146319;REFB=-0.00702032;REVB=0.0138297;RO=55;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00100221;STB=0.500567;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010332;OID=.;OPOS=43579621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:20:18:26:29:20:18:26:29 chr15 43621947 . A G 1176.92 PASS AF=0.475806;AO=117;DP=249;FAO=118;FDP=248;FR=.;FRO=130;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=61;FSRR=69;FWDB=0.0108882;FXX=0.0040159;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.068;QD=18.9827;RBI=0.0226691;REFB=-0.00447098;REVB=0.0198831;RO=130;SAF=50;SAR=67;SRF=61;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405483;STB=0.524235;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00497969;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:130:130:117:118:0.475806:67:50:61:69:68:50:61:69 chr15 43632549 . T C 502.17 PASS AF=0.453782;AO=51;DP=117;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0209474;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.763;QD=16.8795;RBI=0.0212312;REFB=-0.000847635;REVB=0.00345992;RO=65;SAF=25;SAR=26;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090637;STB=0.544699;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00280144;OID=.;OPOS=43632549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:65:65:51:54:0.453782:26:25:26:39:28:26:26:39 chr15 43650384 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0036255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.726;QD=14.4116;RBI=0.0324475;REFB=-0.0200306;REVB=-0.0322443;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509793;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0382458;OID=.;OPOS=43650384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:10:8:12:15:10:8:12:16 chr15 43661802 . T C 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00111424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.015;QD=12.5474;RBI=0.013783;REFB=-0.00300429;REVB=-0.0137379;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894867;STB=0.551245;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00576668;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:12:15:28:16:12:15:28:16 chr15 43690300 . T C 1221.73 PASS AF=0.604396;AO=109;DP=182;FAO=110;FDP=182;FR=.;FRO=72;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00540123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.036;QD=26.8512;RBI=0.0126443;REFB=0.00703074;REVB=-0.0114327;RO=70;SAF=52;SAR=57;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455878;STB=0.531376;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00361103;OID=.;OPOS=43690300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:70:72:109:110:0.604396:57:52:29:41:57:53:29:43 chr15 43821123 . G C 30.91 PASS AF=0.0683761;AO=9;DP=118;FAO=8;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=106;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.0617143;FXX=0.00847386;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.873;QD=1.05676;RBI=0.0645415;REFB=-0.0209796;REVB=-0.0188932;RO=82;SAF=4;SAR=5;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505668;STB=0.535001;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0673666;OID=.;OPOS=43821123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:118:117:82:106:9:8:0.0683761:5:4:40:42:4:4:49:57 chr15 44038899 . C T 4201.21 PASS AF=0.945578;AO=280;DP=297;FAO=278;FDP=294;FR=.;FRO=16;FSAF=179;FSAR=99;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0313376;FXX=0.0101007;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.225;QD=57.1593;RBI=0.0377889;REFB=-0.0181533;REVB=0.0211176;RO=14;SAF=181;SAR=99;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210344;STB=0.513821;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000479222;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:297:294:14:16:280:278:0.945578:99:181:12:2:99:179:14:2 chr15 44061802 . C T 1641.79 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8624;QD=60.2491;RBI=0.0279287;REFB=0;REVB=-0.00782698;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116397;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:60:48:0:0:61:48:0:0 chr15 44120559 . T G 1252.05 PASS AF=1;AO=69;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.533;QD=61.0759;RBI=0.0273827;REFB=0;REVB=0.0259372;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43032e-05;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:69:82:1:36:33:0:0:48:34:0:0 chr15 44120560 . C G 66.99 PASS AF=0.158537;AO=12;DP=81;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0601916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1343;QD=3.26757;RBI=0.0618628;REFB=-0.0563801;REVB=-0.0142823;RO=69;SAF=1;SAR=11;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546671;STB=0.894048;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.100911;OID=.;OPOS=44120560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:81:82:69:69:12:13:0.158537:11:1:33:36:12:1:33:36 chr15 44912607 . TGAAAAAAAAC ATGAAAAAAAC,TGAAAAAAAC,TGAAAAAAACA,TGAAAAAACAC 219.36 PASS AF=0,0.804878,0,0.0365854;AO=7,35,5,3;DP=83;FAO=0,66,0,3;FDP=82;FR=.;FRO=13;FSAF=0,16,0,3;FSAR=0,50,0,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00828324,0.112802,-0.148997,0.00745398;FXX=0.0120467;HRUN=1,8,8,8;LEN=3,1,2,1;MLLD=14.4153,7.05428,17.2133,234.005;QD=10.7006;RBI=0.0107992,0.173865,0.150893,0.00749961;REFB=-0.054436,-0.0815957,-0.00483346,-0.0106869;REVB=0.006929,0.132306,0.0238418,-0.000826026;RO=24;SAF=0,8,5,3;SAR=7,27,0,0;SRF=7;SRR=17;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.673679,-0.0634778,0.742438,0.669239;STB=0.5,0.562053,0.5,0.995851;STBP=1,0.028,1,0.108;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=0,0.114424,0,0.0408231;OID=.,.,.,.;OPOS=44912607,44912609,44912616,44912615;OREF=TGA,A,AC,A;OALT=ATG,-,CA,C;OMAPALT=ATGAAAAAAAC,TGAAAAAAAC,TGAAAAAAACA,TGAAAAAACAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:83:82:24:13:7,35,5,3:0,66,0,3:0,0.804878,0,0.0365854:7,27,0,0:0,8,5,3:7:17:0,50,0,0:0,16,0,3:7:6 chr15 44966389 . T C 651.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0685384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2179;QD=62.0086;RBI=0.0759296;REFB=0;REVB=-0.032677;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144655;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr15 45047573 . C T 416.91 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.071879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.793;QD=14.2534;RBI=0.0748807;REFB=-0.0124355;REVB=0.0209886;RO=67;SAF=19;SAR=29;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101995;STB=0.566747;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0136298;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:69:48:48:0.410256:29:19:33:34:29:19:35:34 chr15 45048651 . C T 338.73 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.00409166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.724;QD=15.224;RBI=0.0198114;REFB=-0.00245258;REVB=-0.0193843;RO=51;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126992;STB=0.563843;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.003461;OID=.;OPOS=45048651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:52:37:37:0.41573:21:16:16:35:21:16:17:35 chr15 45361180 . A T 173.71 PASS AF=0.195946;AO=29;DP=148;FAO=29;FDP=148;FR=.;FRO=119;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=65;FWDB=0.0113262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.861;QD=4.69486;RBI=0.0139408;REFB=-0.00174277;REVB=-0.00812796;RO=119;SAF=11;SAR=18;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976082;STB=0.561647;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00743848;OID=.;OPOS=45361180;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:119:119:29:29:0.195946:18:11:54:65:18:11:54:65 chr15 45365724 . C T 741.98 PASS AF=0.5;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0242021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.801;QD=19.5257;RBI=0.0248015;REFB=-0.00281865;REVB=0.00541953;RO=76;SAF=29;SAR=47;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126083;STB=0.506945;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00316743;OID=.;OPOS=45365724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:76:76:76:76:0.5:47:29:30:46:47:29:30:46 chr15 45365905 . G C 484.63 PASS AF=0.415385;AO=53;DP=130;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.00729452;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.11;QD=14.9117;RBI=0.0126286;REFB=-0.000484507;REVB=-0.0103088;RO=76;SAF=24;SAR=29;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00577062;STB=0.509176;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000637693;OID=.;OPOS=45365905;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:76:76:53:54:0.415385:29:24:34:42:29:25:34:42 chr15 45392075 . G A 2843.72 PASS AF=0.978723;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=188;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0290945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9333;QD=60.5047;RBI=0.0368443;REFB=-0.0854374;REVB=0.0226055;RO=0;SAF=82;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509614;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0102104;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:185:188:0:4:184:184:0.978723:102:82:0:0:102:82:0:4 chr15 45400358 . C G 1490.21 PASS AF=0.969697;AO=69;DP=97;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0250786;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.255;QD=60.2105;RBI=0.0328507;REFB=-0.0999434;REVB=0.0212188;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50069;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00168831;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:99:0:3:69:96:0.969697:29:40:0:0:34:62:2:1 chr15 45404066 . G A 4260.51 PASS AF=0.902439;AO=296;DP=329;FAO=296;FDP=328;FR=.;FRO=32;FSAF=134;FSAR=162;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0265957;FXX=0.00303942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.659;QD=51.9574;RBI=0.0274773;REFB=-0.119006;REVB=0.00690452;RO=20;SAF=134;SAR=162;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178625;STB=0.519961;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00129913;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:329:328:20:32:296:296:0.902439:162:134:12:8:162:134:21:11 chr15 45408414 . C G 1322.09 PASS AF=1;AO=69;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0683926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5569;QD=62.2162;RBI=0.149346;REFB=0;REVB=0.132765;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570096;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:69:85:1:32:37:0:0:46:39:0:0 chr15 45408933 . T C 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0647857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.817;QD=63.0507;RBI=0.0667064;REFB=0;REVB=0.0158919;RO=0;SAF=17;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.9222e-05;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:74:17:0:0:74:17:0:0 chr15 45442896 . T C 4300.95 PASS AF=1;AO=270;DP=271;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.129;QD=62.5593;RBI=0.0245338;REFB=0;REVB=0.00960488;RO=0;SAF=120;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133354;OID=.;OPOS=45442896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:271:275:0:0:270:275:1:150:120:0:0:151:124:0:0 chr15 45457458 . G T 4152.26 PASS AF=0.975;AO=271;DP=281;FAO=273;FDP=280;FR=.;FRO=7;FSAF=150;FSAR=123;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00398003;FXX=0.00355859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9793;QD=59.318;RBI=0.0772756;REFB=-0.195327;REVB=0.077173;RO=8;SAF=148;SAR=123;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254062;STB=0.50305;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00430503;OID=.;OPOS=45457458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:281:280:8:7:271:273:0.975:123:148:4:4:123:150:3:4 chr15 45467540 . C G 1346.49 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.157;QD=60.5165;RBI=0.0711933;REFB=-0.0611202;REVB=0.0285374;RO=1;SAF=35;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162945;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:89:1:0:81:89:1:46:35:1:0:47:42:0:0 chr15 45653707 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.622;QD=62.6711;RBI=0.0302562;REFB=0;REVB=0.00574955;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81187e-05;OID=.;OPOS=45653707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr15 45654327 . A G 4340.52 PASS AF=0.979021;AO=281;DP=287;FAO=280;FDP=286;FR=.;FRO=6;FSAF=140;FSAR=140;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0213171;FXX=0.0034842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0156;QD=60.7065;RBI=0.025066;REFB=-0.0618626;REVB=-0.0131865;RO=5;SAF=141;SAR=140;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167216;STB=0.506993;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00556439;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:287:286:5:6:281:280:0.979021:140:141:0:5:140:140:1:5 chr15 45661678 . T A 3149.66 PASS AF=0.990385;AO=205;DP=207;FAO=206;FDP=208;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=113;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00131403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.113;QD=60.5703;RBI=0.0279858;REFB=-0.0496147;REVB=0.0279549;RO=1;SAF=93;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509441;STB=0.505319;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000288445;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:207:208:1:2:205:206:0.990385:112:93:1:0:113:93:2:0 chr15 45695382 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.732;QD=40.7629;RBI=0.116167;REFB=0;REVB=0.115123;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143108;OID=.;OPOS=45695382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr15 45695695 . G A 5993.75 PASS AF=0.941452;AO=402;DP=428;FAO=402;FDP=427;FR=.;FRO=25;FSAF=210;FSAR=192;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.044349;FXX=0.00233639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2782;QD=56.1475;RBI=0.0619164;REFB=-0.0112971;REVB=0.0432065;RO=22;SAF=210;SAR=192;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112935;STB=0.502207;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00097507;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:428:427:22:25:402:402:0.941452:192:210:14:8:192:210:14:11 chr15 45777344 . T C 411.49 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00271203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0517;QD=16.6259;RBI=0.00373834;REFB=0.00936039;REVB=-0.00257295;RO=56;SAF=24;SAR=19;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588668;STB=0.533066;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0142192;OID=.;OPOS=45777344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:19:24:28:28:19:24:28:28 chr15 45779810 . G A 1568.43 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.758;QD=64.0177;RBI=0.033339;REFB=0;REVB=-6.93647e-05;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4114e-05;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:44:54:0:0:44:54:0:0 chr15 45781192 . G A 729.84 PASS AF=0.518248;AO=70;DP=137;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0341896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0074;QD=21.3093;RBI=0.0384402;REFB=-0.0184107;REVB=0.0175703;RO=66;SAF=26;SAR=44;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767232;STB=0.544734;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0237967;OID=.;OPOS=45781192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:66:66:70:71:0.518248:44:26:30:36:45:26:30:36 chr15 45814306 . A G 483.52 PASS AF=0.49505;AO=49;DP=100;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0141524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.211;QD=19.1494;RBI=0.0164839;REFB=-0.0063046;REVB=0.00845144;RO=51;SAF=23;SAR=26;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00110787;STB=0.50476;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00603831;OID=.;OPOS=45814306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:51:51:49:50:0.49505:26:23:24:27:26:24:24:27 chr15 45968435 . T C 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00657824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.684;QD=17.0592;RBI=0.0209228;REFB=-0.00339568;REVB=-0.0198618;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685377;STB=0.538438;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0051903;OID=.;OPOS=45968435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:18:15:20:18:18:15:20:18 chr15 48053229 . C A 185.37 PASS AF=0.377049;AO=24;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0689462;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9243;QD=12.1555;RBI=0.101518;REFB=-0.018832;REVB=-0.0745144;RO=36;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153268;STB=0.644646;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0284717;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:38:24:23:0.377049:16:8:17:19:16:7:20:18 chr15 48058071 . G A 490.86 PASS AF=0.469027;AO=52;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00497862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.594;QD=17.3756;RBI=0.0283551;REFB=-0.0248971;REVB=-0.0279146;RO=60;SAF=29;SAR=23;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119439;STB=0.56027;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0262301;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:60:60:52:53:0.469027:23:29:26:34:24:29:26:34 chr15 48063076 . T C 1417.51 PASS AF=0.516605;AO=137;DP=270;FAO=140;FDP=271;FR=.;FRO=131;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=-0.0123915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.414;QD=20.9226;RBI=0.0125034;REFB=-0.0270982;REVB=0.00166907;RO=131;SAF=68;SAR=69;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00666656;STB=0.505297;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0253332;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:131:131:137:140:0.516605:69:68:66:65:71:69:66:65 chr15 48426484 . A G 1731.13 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.317;QD=60.7415;RBI=0.0614932;REFB=0;REVB=0.0605684;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1816e-05;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:69:45:0:0:69:45:0:0 chr15 48443699 . T C 1731.21 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8429;QD=60.7443;RBI=0.027922;REFB=0;REVB=-0.0104748;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016522;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:60:53:0:0:61:53:0:0 chr15 48460927 . C T 3067.93 PASS AF=1;AO=199;DP=202;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352087;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.417;QD=61.3586;RBI=0.0132811;REFB=-0.000569163;REVB=-0.012806;RO=1;SAF=89;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69884e-05;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:200:1:0:199:200:1:110:89:0:1:111:89:0:0 chr15 48495508 . C T 1395.19 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.523;QD=62.7052;RBI=0.0306248;REFB=0;REVB=0.00299371;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83484e-05;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:40:46:0:0:41:48:0:0 chr15 48539587 . T C 2177.56 PASS AF=1;AO=137;DP=142;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821513;FXX=0.0352088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.598;QD=63.5785;RBI=0.0141412;REFB=0;REVB=-0.0115102;RO=0;SAF=79;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59527e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27853e-05;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:137:0:0:137:137:1:58:79:0:0:58:79:0:0 chr15 48580713 . T C 1048.04 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0801226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.275;QD=58.2243;RBI=0.0804432;REFB=-0.081012;REVB=0.00717489;RO=1;SAF=21;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219816;STB=0.511625;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000335831;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:50:21:1:0:50:21:1:0 chr15 48701029 . C T 866.89 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0109677;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.143;QD=53.3469;RBI=0.0152743;REFB=-0.103863;REVB=0.0106309;RO=1;SAF=21;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219486;STB=0.516707;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00189038;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:1:3:62:62:0.953846:41:21:1:0:41:21:2:1 chr15 48702457 . C A 2208.27 PASS AF=0.980132;AO=147;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=87;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0134041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.874;QD=58.4971;RBI=0.0173086;REFB=0.0118875;REVB=0.0109507;RO=3;SAF=60;SAR=87;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231816;STB=0.511998;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000126008;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:3:3:147:148:0.980132:87:60:3:0:87:61:3:0 chr15 48807637 . C T 3372.07 PASS AF=1;AO=217;DP=220;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152311;FXX=0.013574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4078;QD=61.8729;RBI=0.0624267;REFB=-0.0284472;REVB=0.0605401;RO=1;SAF=114;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085116;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:220:218:1:0:217:218:1:103:114:0:1:104:114:0:0 chr15 49052345 . G A 793.2 PASS AF=0.551471;AO=72;DP=134;FAO=75;FDP=136;FR=.;FRO=61;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.013435;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.937;QD=23.3294;RBI=0.0201299;REFB=-0.0247096;REVB=-0.0149905;RO=61;SAF=51;SAR=21;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113173;STB=0.559762;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0203644;OID=.;OPOS=49052345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:61:61:72:75:0.551471:21:51:36:25:21:54:37:24 chr15 49171337 . GA AG,G 93.89 PASS AF=0,0.92;AO=2,11;DP=28;FAO=0,23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=0,13;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0458318,0.263486;FXX=0.107105;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=16.0693,8.0251;QD=15.022;RBI=0.0459071,0.272011;REFB=-0.0360507,-0.038457;REVB=0.00262793,0.0675655;RO=12;SAF=0,2;SAR=2,9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.630414,-0.468943;STB=0.5,0.545415;STBP=1,0.163;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0655001;OID=.,.;OPOS=49171337,49171338;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:28:25:12:2:2,11:0,23:0,0.92:2,9:0,2:8:4:0,10:0,13:0:2 chr15 49288160 . A G 1301.4 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0617;QD=61.9713;RBI=0.0605347;REFB=0;REVB=0.0561874;RO=0;SAF=29;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263451;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:55:29:0:0:55:29:0:0 chr15 49325289 . A C 939.95 PASS AF=0.477157;AO=94;DP=197;FAO=94;FDP=197;FR=.;FRO=103;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.0132235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.053;QD=19.0853;RBI=0.0135909;REFB=0.000681811;REVB=0.00313883;RO=103;SAF=45;SAR=49;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889589;STB=0.549068;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.000741903;OID=.;OPOS=49325289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:103:103:94:94:0.477157:49:45:59:44:49:45:59:44 chr15 49716845 . T C 170.57 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0153648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.648;QD=10.8296;RBI=0.105918;REFB=-0.0047029;REVB=0.104798;RO=41;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738324;STB=0.517226;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0140554;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:41:21:22:0.349206:15:6:14:27:15:7:14:27 chr15 49717648 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0913631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.414;QD=9.49445;RBI=0.0922733;REFB=-0.017926;REVB=-0.0129284;RO=24;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133345;STB=0.581662;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0363974;OID=.;OPOS=49717648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:8:3:9:15:8:3:9:15 chr15 50151140 . A G 380.75 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0054139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.639;QD=19.5255;RBI=0.021572;REFB=-0.0246424;REVB=-0.0208816;RO=39;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023256;STB=0.512916;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0207721;OID=.;OPOS=50151140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:18:21:22:17:18:21:22:17 chr15 50152583 . G T 2545.34 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.731;QD=61.7052;RBI=0.0156654;REFB=0;REVB=-0.00553596;RO=0;SAF=92;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05607e-05;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:165:0:0:164:165:1:72:92:0:0:73:92:0:0 chr15 50189448 . C A 277.01 PASS AF=0.364583;AO=23;DP=86;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00840592;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.37;QD=11.5421;RBI=0.0122503;REFB=-0.0260166;REVB=0.0089113;RO=58;SAF=10;SAR=13;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372223;STB=0.538439;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0491262;OID=.;OPOS=50189448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:96:58:61:23:35:0.364583:13:10:27:31:21:14:28:33 chr15 50226313 . G T 366.83 PASS AF=0.389381;AO=41;DP=110;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=-0.0994824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3618;QD=12.9852;RBI=0.142916;REFB=-0.0114004;REVB=0.102607;RO=69;SAF=13;SAR=28;SRF=18;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738217;STB=0.525889;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0182379;OID=.;OPOS=50226313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:69:69:41:44:0.389381:28:13:18:51:31:13:18:51 chr15 50311135 . C A 405.06 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0101234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3951;QD=13.9677;RBI=0.022004;REFB=-0.0157684;REVB=-0.0195369;RO=69;SAF=19;SAR=28;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10982;STB=0.562055;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0257847;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:47:47:0.405172:28:19:35:34:28:19:35:34 chr15 50311148 . A G 414.62 PASS AF=0.4;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0209793;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.56;QD=13.8206;RBI=0.0269395;REFB=-0.00760645;REVB=-0.0168997;RO=72;SAF=18;SAR=30;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164668;STB=0.593181;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00906614;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:72:72:48:48:0.4:30:18:38:34:30:18:38:34 chr15 50474766 . A C 3098.11 PASS AF=0.990338;AO=200;DP=205;FAO=205;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=113;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0205693;FXX=0.00956892;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.985;QD=59.8668;RBI=0.0346395;REFB=0.0570937;REVB=0.0278711;RO=2;SAF=113;SAR=87;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124671;STB=0.5005;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=9.40858e-05;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:205:207:2:2:200:205:0.990338:87:113:1:1:92:113:1:1 chr15 50646783 . C T 716.59 PASS AF=0.581197;AO=68;DP=117;FAO=68;FDP=117;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=44;FWDB=0.0617171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5029;QD=24.4987;RBI=0.0629287;REFB=-0.0295951;REVB=0.0122889;RO=49;SAF=17;SAR=51;SRF=5;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166775;STB=0.590039;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0223398;OID=.;OPOS=50646783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:49:49:68:68:0.581197:51:17:5:44:51:17:5:44 chr15 50773755 . G A 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.63;QD=60.2546;RBI=0.0248845;REFB=0;REVB=-0.0035217;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25472e-05;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:65:44:0:0:65:44:0:0 chr15 50867082 . G A 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.855;QD=63.2795;RBI=0.0605075;REFB=0;REVB=-0.0328774;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000688792;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr15 50873111 . GTAAAAAAAAAAC AGTAAAAAAAAAC,GTAAAAAAAAAC,GTAAAAAAAAACA,GTAAAAAAAAC,GTAAAAAAAACAC 139.28 PASS AF=0,0.733333,0.0444444,0.0666667,0.155556;AO=2,14,2,5,4;DP=47;FAO=0,33,2,3,7;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,2,1,2;FSAR=0,21,0,2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502079,0.339829,-0.0983716,0.191771,0.0356263;FXX=0.0425441;HRUN=1,10,10,10,10;LEN=3,1,2,2,1;MLLD=12.9918,3.65642,14.094,7.39215,153.669;QD=12.3808;RBI=0.0502404,0.339919,0.122505,0.192737,0.0370837;REFB=-0.1735,-0.299537,-0.182189,-0.19804,-0.0347706;REVB=0.00180463,0.00782311,-0.0730098,-0.0192681,-0.0102942;RO=10;SAF=0,6,2,1,0;SAR=2,8,0,4,4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.57573,-0.0531474,0.57573,-0.347085,-0.694591;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,del,snp;VARB=0,0.0743185,-0.141995,0.03021,0.0116966;OID=.,.,.,.,.;OPOS=50873111,50873113,50873122,50873113,50873121;OREF=GTA,A,AC,AA,A;OALT=AGT,-,CA,-,C;OMAPALT=AGTAAAAAAAAAC,GTAAAAAAAAAC,GTAAAAAAAAACA,GTAAAAAAAAC,GTAAAAAAAACAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/5:38:47:45:10:0:2,14,2,5,4:0,33,2,3,7:0,0.733333,0.0444444,0.0666667,0.155556:2,8,0,4,4:0,6,2,1,0:5:5:0,21,0,2,5:0,12,2,1,2:0:0 chr15 50878630 . G A 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0177056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.117;QD=18.6163;RBI=0.0315742;REFB=-0.00324687;REVB=-0.0261427;RO=45;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107028;STB=0.559609;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00337007;OID=.;OPOS=50878630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:19:22:19:26:19:22:19:26 chr15 50888568 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0147722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.552;QD=15.2625;RBI=0.0148266;REFB=0.00280859;REVB=-0.00126905;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145117;STB=0.58366;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00305194;OID=.;OPOS=50888568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:5:11:7:6:5:11 chr15 50981098 . T C 946.57 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0261793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0872;QD=55.6807;RBI=0.0264943;REFB=-0.0907592;REVB=0.00407308;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.517852;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00412852;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:0:2:66:66:0.970588:39:27:0:0:39:27:2:0 chr15 51057719 . C A 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00836793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.491;QD=17.7296;RBI=0.0477504;REFB=-0.0231449;REVB=0.0470115;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360395;STB=0.70564;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0340536;OID=.;OPOS=51057719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:12:5:13:6:12:5:13:6 chr15 51217361 . T C 3441.07 PASS AF=1;AO=214;DP=217;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.758;QD=62.2818;RBI=0.00230666;REFB=0;REVB=0.000997409;RO=0;SAF=100;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75126e-07;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:217:221:0:0:214:221:1:114:100:0:0:116:105:0:0 chr15 51294832 . G A 761.19 PASS AF=0.467836;AO=80;DP=171;FAO=80;FDP=171;FR=.;FRO=91;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=0.016091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9989;QD=17.8056;RBI=0.0347866;REFB=0.00264878;REVB=-0.0308413;RO=91;SAF=44;SAR=36;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955339;STB=0.55288;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00434704;OID=.;OPOS=51294832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:91:91:80:80:0.467836:36:44:41:50:36:44:41:50 chr15 51295934 . G A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0184891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.443;QD=9.85827;RBI=0.0376947;REFB=-0.0118473;REVB=-0.0328489;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225048;STB=0.538402;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0163208;OID=.;OPOS=51295934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:29:13:13:0.309524:6:7:14:13:6:7:14:15 chr15 51502844 . A C 795.48 PASS AF=0.388889;AO=91;DP=230;FAO=91;FDP=234;FR=.;FRO=143;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=71;FSRR=72;FWDB=0.0018084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3022;QD=13.5979;RBI=0.0611126;REFB=-0.0353627;REVB=0.0610858;RO=138;SAF=45;SAR=46;SRF=68;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00187979;STB=0.501221;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0551201;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:234:138:143:91:91:0.388889:46:45:68:70:46:45:71:72 chr15 51502986 . G A 1234.65 PASS AF=0.538462;AO=119;DP=220;FAO=119;FDP=221;FR=.;FRO=102;FSAF=76;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.0219631;FXX=0.0045043;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.248;QD=22.3466;RBI=0.0252301;REFB=-0.00734706;REVB=-0.012417;RO=101;SAF=76;SAR=43;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14233;STB=0.57579;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0070741;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:101:102:119:119:0.538462:43:76:48:53:43:76:49:53 chr15 51503881 . T A 325.25 PASS AF=0.371134;AO=28;DP=98;FAO=36;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0240996;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.77;QD=13.4125;RBI=0.0531025;REFB=-0.0236559;REVB=-0.0473189;RO=56;SAF=19;SAR=9;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21251;STB=0.527762;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0470688;OID=.;OPOS=51503881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:56:58:28:36:0.371134:9:19:28:28:17:19:28:30 chr15 51503897 . G A 349.88 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0382604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.141;QD=15.2121;RBI=0.0402795;REFB=-0.0123111;REVB=-0.0125928;RO=53;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616608;STB=0.541155;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0136845;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:54:38:38:0.413043:23:15:24:29:23:15:25:29 chr15 51520131 . C G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0285849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.149;QD=12.869;RBI=0.0287714;REFB=-0.000719462;REVB=-0.00327074;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412301;STB=0.523787;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00112908;OID=.;OPOS=51520131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:10:11:16:17:10:11:16:17 chr15 51529112 . T C 997.64 PASS AF=0.477064;AO=103;DP=218;FAO=104;FDP=218;FR=.;FRO=114;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.0159683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7397;QD=18.3054;RBI=0.0196939;REFB=-0.013515;REVB=-0.0115267;RO=113;SAF=63;SAR=40;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112509;STB=0.566461;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0177686;OID=.;OPOS=51529112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:113:114:103:104:0.477064:40:63:56:57:40:64:56:58 chr15 51696856 . G A 1566.54 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.379;QD=59.6778;RBI=0.0312914;REFB=0;REVB=0.0246443;RO=0;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21276e-05;OID=.;OPOS=51696856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:42:61:0:0:43:62:0:0 chr15 51766595 . CAAAA CAAA,CAAAC 882.84 PASS AF=0.874016,0.125984;AO=16,10;DP=130;FAO=111,16;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=38,16;FSAR=73,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.541723,0.0403942;FXX=0.0230751;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.57311,178.44;QD=27.806;RBI=1.15875,0.12069;REFB=0,0;REVB=1.02432,0.113729;RO=87;SAF=14,10;SAR=2,0;SRF=20;SRR=67;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.699231,0.75591;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0251589,0.0599159;OID=.,.;OPOS=51766596,51766599;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CAAA,CAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.874016,0.125984:16,10:130:111,16:127:0:38,16:73,0:0:0:71:87:14,10:2,0:20:67 chr15 52404862 . A C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0300373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.353;QD=17.644;RBI=0.0326985;REFB=-0.0311735;REVB=-0.0129211;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123424;STB=0.571275;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0135033;OID=.;OPOS=52404862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:2:5:5:4:2:5 chr15 52517714 . C T 185.1 PASS AF=0.415094;AO=19;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0307131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.3509;QD=13.9698;RBI=0.0358982;REFB=-0.0497785;REVB=-0.0185845;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489346;STB=0.561986;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0370482;OID=.;OPOS=52517714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:30:19:22:0.415094:8:11:16:14:8:14:16:14 chr15 52531941 . A G 908.29 PASS AF=0.455399;AO=97;DP=214;FAO=97;FDP=213;FR=.;FRO=116;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=0.019283;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.883;QD=17.0571;RBI=0.0243811;REFB=-0.00858361;REVB=-0.01492;RO=115;SAF=52;SAR=45;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141034;STB=0.505589;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0107337;OID=.;OPOS=52531941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:115:116:97:97:0.455399:45:52:60:55:45:52:61:55 chr15 52539673 . C T 2332.53 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0767771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7795;QD=63.0412;RBI=0.0812744;REFB=-0.0398466;REVB=0.0266607;RO=1;SAF=60;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786047;STB=0.504132;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000109904;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:87:60:1:0:87:60:1:0 chr15 52556429 . A G 1593.37 PASS AF=0.990826;AO=105;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00305328;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.762;QD=58.4722;RBI=0.0636422;REFB=-0.0312093;REVB=-0.0635689;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000366195;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:109:0:1:105:108:0.990826:51:54:0:0:52:56:1:0 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT 632.19 PASS AF=1;AO=34;DP=52;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382585;FXX=0.111086;HRUN=3;LEN=9;MLLD=281.505;QD=63.2191;RBI=0.0471079;REFB=0;REVB=0.0274853;RO=10;SAF=10;SAR=24;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992572;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.15453e-05;OID=.;OPOS=52604137;OREF=-;OALT=TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:52:40:40:0:10:30:0:0:3:10:10:24:5:5 chr15 52611451 . A G 6729.78 PASS AF=1;AO=427;DP=429;FAO=427;FDP=427;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=242;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410321;FXX=0.0046619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.128;QD=63.0424;RBI=0.0466467;REFB=-0.0631404;REVB=0.0221875;RO=1;SAF=185;SAR=242;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00257321;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65129e-05;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:429:427:1:0:427:427:1:242:185:1:0:242:185:0:0 chr15 52667552 . G A 2234.39 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.031;QD=63.3869;RBI=0.0243597;REFB=0;REVB=-0.0215655;RO=0;SAF=52;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04138e-05;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:88:52:0:0:88:53:0:0 chr15 52689526 . T C 2317.57 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0416115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.2121;QD=60.1966;RBI=0.0419194;REFB=-0.100676;REVB=0.00507163;RO=0;SAF=72;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61649e-08;STB=0.503067;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=8.6904e-06;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:154:0:1:153:153:0.993506:81:72:0:0:81:72:0:1 chr15 52689631 . T G 2443.45 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0429002;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7991;QD=60.7069;RBI=0.0907036;REFB=-0.150142;REVB=-0.0799169;RO=1;SAF=67;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704841;STB=0.503649;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00292875;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:1:1:159:160:0.993789:92:67:1:0:92:68:1:0 chr15 52901283 . TT CC 1512.36 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250455;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=2;MLLD=85.5706;QD=58.7323;RBI=0.0439695;REFB=-0.0100332;REVB=0.0361392;RO=1;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087051;STB=0.504586;STBP=0.511;TYPE=mnp;VARB=0.000172809;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:1:1:101:102:0.990291:54:47:0:1:54:48:0:1 chr15 53049634 . C T 831.67 PASS AF=0.437186;AO=87;DP=199;FAO=87;FDP=199;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.0186649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.252;QD=16.717;RBI=0.0186658;REFB=-0.012751;REVB=-0.000178693;RO=111;SAF=48;SAR=39;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161686;STB=0.506137;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0141225;OID=.;OPOS=53049634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:111:112:87:87:0.437186:39:48:63:48:39:48:63:49 chr15 53081221 . C A 619.19 PASS AF=0.414201;AO=70;DP=157;FAO=70;FDP=169;FR=.;FRO=99;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=-0.0427309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1668;QD=14.6553;RBI=0.0437202;REFB=-0.0335951;REVB=-0.00924798;RO=87;SAF=46;SAR=24;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760876;STB=0.513389;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0646066;OID=.;OPOS=53081221;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:169:87:99:70:70:0.414201:24:46:51:36:24:46:63:36 chr15 53809958 . A C 259.49 PASS AF=0.402778;AO=25;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00246985;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=291.077;QD=14.4162;RBI=0.00923084;REFB=-0.0249442;REVB=-0.00889428;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214684;STB=0.567637;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.017065;OID=.;OPOS=53809958;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:41:25:29:0.402778:8:17:14:16:9:20:24:17 chr15 53994493 . A G 1692.25 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.529;QD=60.4375;RBI=0.0492883;REFB=0;REVB=0.0288767;RO=0;SAF=38;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38733e-05;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:112:0:0:108:112:1:70:38:0:0:71:41:0:0 chr15 54008795 . T C 762.66 PASS AF=0.509804;AO=77;DP=154;FAO=78;FDP=153;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0363327;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9579;QD=19.9389;RBI=0.0558229;REFB=0.0134436;REVB=0.0423807;RO=75;SAF=35;SAR=42;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00109627;STB=0.508873;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00996178;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:75:75:77:78:0.509804:42:35:34:41:43:35:35:40 chr15 54008845 . T C 2510.49 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6596;QD=61.607;RBI=0.0401975;REFB=0;REVB=0.00236208;RO=0;SAF=73;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.42676e-05;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:90:73:0:0:90:73:0:0 chr15 54306925 . G A 2587.46 PASS AF=0.988304;AO=167;DP=170;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0544192;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9517;QD=60.5253;RBI=0.0551281;REFB=0.0760479;REVB=0.00881248;RO=2;SAF=64;SAR=103;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915078;STB=0.504761;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000521425;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:171:2:2:167:169:0.988304:103:64:0:2:104:65:0:2 chr15 54336662 . A G 2454.37 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.725;QD=61.3593;RBI=0.0142354;REFB=0;REVB=-0.00965823;RO=0;SAF=64;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92801e-07;OID=.;OPOS=54336662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:159:160:1:95:64:0:0:96:64:0:0 chr15 54624313 . T A 496.74 PASS AF=0.378378;AO=56;DP=149;FAO=56;FDP=148;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.0024283;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.827;QD=13.4253;RBI=0.0292346;REFB=-0.0059837;REVB=0.0291335;RO=92;SAF=30;SAR=26;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074796;STB=0.542415;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00660797;OID=.;OPOS=54624313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:92:92:56:56:0.378378:26:30:43:49:26:30:43:49 chr15 54841874 . A G,T 1391.63 PASS AF=0.917526,0.0412371;AO=89,4;DP=97;FAO=89,4;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=40,4;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00652994,0.0465087;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=210.204,21.0186;QD=57.3869;RBI=0.0135584,0.0590596;REFB=-0.0355934,-0.0640049;REVB=0.0118824,0.0364002;RO=4;SAF=40,4;SAR=49,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0371258,0.794086;STB=0.519603,0.997494;STBP=0.088,0.005;TYPE=snp,snp;VARB=0.000292179,0.136369;OID=.,.;OPOS=54841874,54841874;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:97:97:4:4:89,4:89,4:0.917526,0.0412371:49,0:40,4:0:4:49,0:40,4:0:4 chr15 54847677 . C T 2668.02 PASS AF=0.988571;AO=173;DP=176;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0289915;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.852;QD=60.9833;RBI=0.0337269;REFB=-0.143562;REVB=-0.0172337;RO=0;SAF=89;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505882;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000717881;OID=.;OPOS=54847677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:176:175:0:2:173:173:0.988571:84:89:0:0:84:89:0:2 chr15 54919047 . A G 1814.51 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9108;QD=60.9918;RBI=0.0106115;REFB=0;REVB=0.00273196;RO=0;SAF=42;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28659e-05;OID=.;OPOS=54919047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:75:42:0:0:76:43:0:0 chr15 55489065 . G A 1049.11 PASS AF=0.445312;AO=110;DP=253;FAO=114;FDP=256;FR=.;FRO=142;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=75;FSRR=67;FWDB=0.000494697;FXX=0.00775164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.443;QD=16.3924;RBI=0.00406154;REFB=-0.00474169;REVB=-0.0040313;RO=143;SAF=61;SAR=49;SRF=75;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308128;STB=0.513679;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00648756;OID=.;OPOS=55489065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:256:143:142:110:114:0.445312:49:61:75:68:51:63:75:67 chr15 55619796 . T C 484.8 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0219885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.384;QD=21.0783;RBI=0.022161;REFB=-0.00374338;REVB=-0.00275997;RO=44;SAF=21;SAR=26;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033527;STB=0.51219;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00354457;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:45:47:47:0.51087:26:21:18:26:26:21:19:26 chr15 55632859 . G T 2083.05 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.5488;QD=62.6481;RBI=0.0712364;REFB=0;REVB=-0.024984;RO=0;SAF=54;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211532;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:79:54:0:0:79:54:0:0 chr15 55652719 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0346527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.59;QD=12.8688;RBI=0.0560565;REFB=0.00392762;REVB=-0.0440627;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231514;STB=0.635527;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00378844;OID=.;OPOS=55652719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:5:11:5:6:5:11 chr15 55652845 . A G 292.22 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0498124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4534;QD=11.4594;RBI=0.0507428;REFB=-0.00262254;REVB=0.00967226;RO=66;SAF=17;SAR=19;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312536;STB=0.517983;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00446965;OID=.;OPOS=55652845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:66:36:36:0.352941:19:17:33:33:19:17:33:33 chr15 55653031 . A G 136.81 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0106597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9007;QD=18.2408;RBI=0.0166696;REFB=-0.0446565;REVB=0.0128158;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174999;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0255612;OID=.;OPOS=55653031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:6:9:6:9:6:9 chr15 55722872 . G C 458.95 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00956519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5926;QD=18.3578;RBI=0.0173277;REFB=0.00105332;REVB=0.0144484;RO=54;SAF=18;SAR=28;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1775;STB=0.599083;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00120715;OID=.;OPOS=55722872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:28:18:31:23:28:18:31:23 chr15 55759193 . T C 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0338519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1195;QD=23.819;RBI=0.0351712;REFB=0.0150637;REVB=-0.00954277;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229021;STB=0.627472;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0105741;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:13:9:12:5:13:9:12:5 chr15 55790530 . C T 729.63 PASS AF=0.632653;AO=62;DP=98;FAO=62;FDP=98;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0223172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.731;QD=29.781;RBI=0.0256159;REFB=0.00557487;REVB=0.0125745;RO=36;SAF=36;SAR=26;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554982;STB=0.530111;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00284648;OID=.;OPOS=55790530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:36:36:62:62:0.632653:26:36:18:18:26:36:18:18 chr15 56120962 . T C 261.38 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.00191575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.887;QD=14.7258;RBI=0.0039531;REFB=-0.0176237;REVB=0.00345788;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212506;STB=0.619643;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0229532;OID=.;OPOS=56120962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:15:15:12:29:15:15:12:29 chr15 56139153 . T C 1451.12 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.734;QD=62.4138;RBI=0.175538;REFB=0;REVB=0.172646;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020838;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:38:53:0:0:40:53:0:0 chr15 56140995 . T A 404.95 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0122274;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.144;QD=15.8805;RBI=0.0122325;REFB=-0.0185351;REVB=0.000354169;RO=58;SAF=20;SAR=25;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00389148;STB=0.506605;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0235216;OID=.;OPOS=56140995;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:58:57:45:45:0.441176:25:20:26:32:25:20:26:31 chr15 56152729 . T C 556.52 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.014685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.439;QD=15.567;RBI=0.0225551;REFB=-0.00262081;REVB=-0.0171196;RO=83;SAF=18;SAR=42;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190387;STB=0.607269;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00454347;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:83:83:60:60:0.41958:42:18:39:44:42:18:39:44 chr15 56152872 . C T 971.68 PASS AF=0.534091;AO=94;DP=176;FAO=94;FDP=176;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0263111;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1131;QD=22.0837;RBI=0.0483648;REFB=-0.0131465;REVB=-0.0405817;RO=81;SAF=38;SAR=56;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563134;STB=0.522513;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00724355;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:81:82:94:94:0.534091:56:38:38:43:56:38:37:45 chr15 56207811 . T G 453.52 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.000311021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.242;QD=19.7184;RBI=0.0130142;REFB=-0.01922;REVB=0.0130105;RO=46;SAF=24;SAR=21;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10986;STB=0.554229;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0249171;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:21:24:30:16:21:24:30:17 chr15 56208535 . G A 438.51 PASS AF=0.5;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0119222;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.537;QD=19.9321;RBI=0.028569;REFB=-0.000371053;REVB=0.0259624;RO=44;SAF=14;SAR=29;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147761;STB=0.585897;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00257415;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:43:44:0.5:29:14:21:23:30:14:21:23 chr15 56258659 . A T 427.3 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0179044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.394;QD=15.538;RBI=0.0203052;REFB=-0.0159575;REVB=-0.00957772;RO=61;SAF=25;SAR=23;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366541;STB=0.524705;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.028892;OID=.;OPOS=56258659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:62:48:48:0.436364:23:25:34:27:23:25:35:27 chr15 56285695 . C T 1506.33 PASS AF=0.488889;AO=153;DP=314;FAO=154;FDP=315;FR=.;FRO=161;FSAF=77;FSAR=77;FSRF=62;FSRR=99;FWDB=0.0265881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.358;QD=19.128;RBI=0.0273322;REFB=-0.017079;REVB=0.00633404;RO=160;SAF=76;SAR=77;SRF=61;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107722;STB=0.558723;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0191469;OID=.;OPOS=56285695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:315:160:161:153:154:0.488889:77:76:61:99:77:77:62:99 chr15 56322148 . C T 464.94 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2414;QD=58.1178;RBI=0.0781768;REFB=0;REVB=-0.0521086;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0015737;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr15 56322156 . T C 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00691834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3223;QD=21.0155;RBI=0.0294142;REFB=0.0398721;REVB=0.028589;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579797;STB=0.53267;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0264046;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:4:9:10:6:4:9 chr15 56386403 . G A 1145.94 PASS AF=0.535885;AO=112;DP=212;FAO=112;FDP=209;FR=.;FRO=97;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=32;FSRR=65;FWDB=-0.00148069;FXX=0.0141503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0224;QD=21.9318;RBI=0.00335101;REFB=0.00455289;REVB=-0.00300613;RO=97;SAF=51;SAR=61;SRF=32;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108851;STB=0.559307;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0040345;OID=.;OPOS=56386403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:209:97:97:112:112:0.535885:61:51:32:65:61:51:32:65 chr15 56386577 . T G 1958.01 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365876;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.113;QD=61.1878;RBI=0.0407368;REFB=0.0115962;REVB=-0.017912;RO=1;SAF=58;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081221;STB=0.504201;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-8.17144e-05;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:128:1:1:126:127:0.992188:68:58:1:0:68:59:1:0 chr15 56387859 . T C 907.66 PASS AF=0.557047;AO=83;DP=149;FAO=83;FDP=149;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=63;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=0.00808488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.655;QD=24.3666;RBI=0.0119524;REFB=-0.0290147;REVB=-0.00880313;RO=66;SAF=20;SAR=63;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814389;STB=0.544581;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0229163;OID=.;OPOS=56387859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:66:66:83:83:0.557047:63:20:21:45:63:20:21:45 chr15 56387931 . C T 1507.11 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0282059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8815;QD=58.5284;RBI=0.0368724;REFB=0.0698973;REVB=-0.0237488;RO=1;SAF=39;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120095;STB=0.506328;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00196083;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:63:39:1:0:63:39:1:0 chr15 56388033 . T C 495.09 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0180242;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.392;QD=16.1006;RBI=0.018157;REFB=-0.00295082;REVB=0.00219191;RO=66;SAF=28;SAR=26;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137379;STB=0.579108;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00255876;OID=.;OPOS=56388033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:66:69:54:54:0.439024:26:28:25:41:26:28:26:43 chr15 56471449 . T G 273.7 PASS AF=0.299213;AO=37;DP=123;FAO=38;FDP=127;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=0.0424803;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4098;QD=8.62055;RBI=0.0543047;REFB=-0.0032502;REVB=0.0338293;RO=83;SAF=27;SAR=10;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357286;STB=0.700605;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00823097;OID=.;OPOS=56471449;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:127:83:89:37:38:0.299213:10:27:36:47:11:27:38:51 chr15 56721264 . G A 932.94 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769993;FXX=0.0596926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.479;QD=59.234;RBI=0.00770555;REFB=0;REVB=-0.00029404;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9204e-06;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr15 56923714 . G A 1720.73 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938446;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.523;QD=60.9109;RBI=0.0101292;REFB=0;REVB=0.00381227;RO=0;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75347e-05;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:52:60:0:0:52:61:0:0 chr15 56946980 . T G 618.34 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0364248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4891;QD=16.0608;RBI=0.055944;REFB=-0.0176698;REVB=0.0424613;RO=84;SAF=45;SAR=23;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144535;STB=0.588268;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0207991;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:86:68:68:0.441558:23:45:44:40:23:45:44:42 chr15 56959028 . C T 564.94 PASS AF=0.388235;AO=66;DP=170;FAO=66;FDP=170;FR=.;FRO=104;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=73;FWDB=-0.0352703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.968;QD=13.2926;RBI=0.0364619;REFB=-0.00499573;REVB=-0.00924507;RO=103;SAF=25;SAR=41;SRF=31;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918801;STB=0.553813;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00827961;OID=.;OPOS=56959028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:103:104:66:66:0.388235:41:25:31:72:41:25:31:73 chr15 57213283 . A G 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0167661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.875;QD=15.5688;RBI=0.0167746;REFB=-0.00433871;REVB=-0.000534433;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215923;STB=0.621417;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00644711;OID=.;OPOS=57213283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:13:15:11:24:13:15:11:24 chr15 57697337 . GT TG,TT 33.87 PASS AF=0,0.119048;AO=8,5;DP=121;FAO=0,15;FDP=126;FR=.;FRO=111;FSAF=0,1;FSAR=0,14;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=0.0309285,-0.0123977;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=31.8973,167.728;QD=1.0753;RBI=0.0560385,0.013574;REFB=-0.0514227,-0.00772008;REVB=0.0467305,-0.00552734;RO=101;SAF=0,2;SAR=8,3;SRF=53;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.574457,-0.111504;STB=0.5,0.924375;STBP=1,0.001;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.258719;OID=.,.;OPOS=57697337,57697337;OREF=GT,G;OALT=TG,T;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:121:126:101:111:8,5:0,15:0,0.119048:8,3:0,2:53:48:0,14:0,1:58:53 chr15 57731335 . A C 736.99 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496278;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4248;QD=64.0859;RBI=0.0650917;REFB=0;REVB=0.042119;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126313;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr15 57731728 . A G 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.872;QD=59.8287;RBI=0.0112995;REFB=0;REVB=0.00110399;RO=0;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91258e-05;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:45:58:0:0:45:58:0:0 chr15 57835903 . T G 365.29 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0358637;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3283;QD=17.1902;RBI=0.0647671;REFB=0.031168;REVB=-0.0539312;RO=45;SAF=26;SAR=12;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113187;STB=0.563603;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0352157;OID=.;OPOS=57835903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:45:46:38:39:0.458824:12:26:26:19:12:27:27:19 chr15 57840127 . T C 1177.1 PASS AF=0.44964;AO=124;DP=278;FAO=125;FDP=278;FR=.;FRO=153;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=77;FSRR=76;FWDB=0.0016321;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.723;QD=16.9367;RBI=0.0529945;REFB=-0.0152599;REVB=0.0529694;RO=150;SAF=67;SAR=57;SRF=75;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399907;STB=0.518058;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0182279;OID=.;OPOS=57840127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:150:153:124:125:0.44964:57:67:75:75:58:67:77:76 chr15 57918090 . A G 2228.58 PASS AF=0.979452;AO=143;DP=146;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0168203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9152;QD=61.057;RBI=0.033637;REFB=-0.0253094;REVB=0.0291295;RO=2;SAF=62;SAR=81;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00177331;STB=0.502236;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00177882;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:146:146:2:3:143:143:0.979452:81:62:1:1:80:63:1:2 chr15 57925836 . C T 1498.32 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000621319;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7692;QD=62.4299;RBI=0.0340255;REFB=-0.0271926;REVB=-0.0340198;RO=1;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977679;STB=0.505154;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000116416;OID=.;OPOS=57925836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:1:1:95:95:0.989583:48:47:0:1:48:47:0:1 chr15 57967219 . T C 2738.25 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285686;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.204;QD=62.5885;RBI=0.0286441;REFB=0;REVB=-0.00207814;RO=0;SAF=97;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73716e-05;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:78:97:0:0:78:97:0:0 chr15 58006854 . G A 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0244996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.372;QD=17.9527;RBI=0.0249879;REFB=-0.015941;REVB=0.0049159;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149254;STB=0.583274;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0160521;OID=.;OPOS=58006854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:8:20:15:12:8:20 chr15 58471368 . C T 3642.16 PASS AF=1;AO=222;DP=222;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.112;QD=62.7959;RBI=0.0364525;REFB=0;REVB=0.0364317;RO=0;SAF=105;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00373e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:222:232:0:0:222:232:1:117:105:0:0:125:107:0:0 chr15 58476281 . A G 1415.34 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.061;QD=62.9038;RBI=0.0263603;REFB=0;REVB=0.00987353;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21658e-05;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr15 58834741 . G T 861.03 PASS AF=0.468085;AO=87;DP=188;FAO=88;FDP=188;FR=.;FRO=100;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.0324146;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.204;QD=18.3198;RBI=0.0333301;REFB=-0.0200797;REVB=0.00775827;RO=99;SAF=52;SAR=35;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100443;STB=0.560764;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0275803;OID=.;OPOS=58834741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:99:100:87:88:0.468085:35:52:49:50:35:53:49:51 chr15 58838010 . A G 3183.09 PASS AF=0.905738;AO=215;DP=247;FAO=221;FDP=244;FR=.;FRO=23;FSAF=125;FSAR=96;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.000772471;FXX=0.023999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4764;QD=52.1818;RBI=0.0146183;REFB=-0.0289879;REVB=0.0145979;RO=20;SAF=123;SAR=92;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527063;STB=0.533106;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0113201;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:247:244:20:23:215:221:0.905738:92:123:5:15:96:125:5:18 chr15 58838011 . T G 69.28 PASS AF=0.0905512;AO=21;DP=252;FAO=23;FDP=254;FR=.;FRO=231;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=127;FSRR=104;FWDB=0.0174111;FXX=0.00392141;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.7977;QD=1.09097;RBI=0.0239141;REFB=-0.00451366;REVB=0.0163933;RO=231;SAF=5;SAR=16;SRF=127;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355334;STB=0.756729;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0122128;OID=.;OPOS=58838011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:252:254:231:231:21:23:0.0905512:16:5:127:104:17:6:127:104 chr15 58853079 . C A 1279.55 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.18;QD=61.6653;RBI=0.0565596;REFB=0;REVB=0.0558934;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23987e-05;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:39:42:0:0:41:42:0:0 chr15 58853109 . A G 1409.63 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.651;QD=61.2883;RBI=0.09629;REFB=-0.0934079;REVB=0.0920855;RO=2;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185798;STB=0.504853;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000483575;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:2:1:90:91:0.98913:50:40:0:2:51:40:0:1 chr15 58860963 . C A 218.09 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0122126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.092;QD=11.4783;RBI=0.0122287;REFB=-0.00995384;REVB=0.000628021;RO=49;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179466;STB=0.510378;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0168259;OID=.;OPOS=58860963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:15:12:21:28:15:12:21:28 chr15 58892410 . T C 450.69 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.011938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.252;QD=19.8106;RBI=0.011938;REFB=-0.00687325;REVB=9.59195e-06;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692891;STB=0.538407;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00785623;OID=.;OPOS=58892410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:23:22:19:27:23:22:19:27 chr15 58947625 . A G 75.86 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0966316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3189;QD=12.6429;RBI=0.0973647;REFB=0.015741;REVB=-0.0119252;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435168;STB=0.6996;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.030805;OID=.;OPOS=58947625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:23:24:14:14:9:10:0.416667:7:2:9:5:7:3:9:5 chr15 58983425 . G C 643.69 PASS AF=0.598039;AO=61;DP=102;FAO=61;FDP=102;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00629611;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.583;QD=25.2426;RBI=0.0101996;REFB=-0.0112152;REVB=-0.00802434;RO=40;SAF=32;SAR=29;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723732;STB=0.544098;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00876618;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:40:41:61:61:0.598039:29:32:17:23:29:32:17:24 chr15 58983588 . T A 901.69 PASS AF=0.546584;AO=88;DP=161;FAO=88;FDP=161;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.0173487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2544;QD=22.4022;RBI=0.037653;REFB=-0.000678678;REVB=0.0334182;RO=73;SAF=44;SAR=44;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398053;STB=0.521734;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000716461;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:73:73:88:88:0.546584:44:44:40:33:44:44:40:33 chr15 58985163 . GTT GGT,TTG 514.05 PASS AF=0.457447,0;AO=30,4;DP=95;FAO=43,0;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=32,0;FSAR=11,0;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0414081,-0.1108;FXX=0.0105252;HRUN=2,3;LEN=1,3;MLLD=36.913,37.6627;QD=21.8744;RBI=0.0813792,0.158012;REFB=0.00182481,0.0136351;REVB=0.0700568,-0.112655;RO=36;SAF=27,0;SAR=3,4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.491448,-0.605259;STB=0.648575,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0523008,0;OID=.,.;OPOS=58985164,58985163;OREF=T,GTT;OALT=G,TTG;OMAPALT=GGT,TTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:36:42:30,4:43,0:0.457447,0:3,4:27,0:20:16:11,0:32,0:20:22 chr15 59147037 . A T 571.17 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.172;QD=60.1235;RBI=0.0314107;REFB=0;REVB=0.0232836;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593824;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:17:21:0:0 chr15 59147413 . T A 674.53 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0110878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.682;QD=57.4071;RBI=0.0159279;REFB=-0.160339;REVB=0.011435;RO=2;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323812;STB=0.517234;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00226169;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:47:2:2:44:45:0.957447:28:16:0:2:28:17:0:2 chr15 59147436 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00735441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.503;QD=17.56;RBI=0.00751091;REFB=-0.0138986;REVB=0.00152526;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150387;STB=0.57383;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0143549;OID=.;OPOS=59147436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:11:7:11:9:11:7:11:10 chr15 59147800 . C T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0133784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.934;QD=8.08966;RBI=0.0208126;REFB=-0.0150808;REVB=-0.015943;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576075;STB=0.846483;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0282576;OID=.;OPOS=59147800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:2:7:5:17:2:7:5:17 chr15 59323048 . C G 164.06 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00388305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.498;QD=12.8676;RBI=0.0272413;REFB=-0.00501888;REVB=0.0269631;RO=32;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276398;STB=0.661982;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0113921;OID=.;OPOS=59323048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:5:14:16:16:5:14:16:16 chr15 59347929 . C A 690.87 PASS AF=0.41989;AO=76;DP=181;FAO=76;FDP=181;FR=.;FRO=105;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.0281251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2316;QD=15.2679;RBI=0.0283509;REFB=0.0153189;REVB=0.00357102;RO=105;SAF=41;SAR=35;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353127;STB=0.501975;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0213392;OID=.;OPOS=59347929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:105:105:76:76:0.41989:35:41:57:48:35:41:57:48 chr15 59368167 . G A 884.64 PASS AF=0.46875;AO=90;DP=192;FAO=90;FDP=192;FR=.;FRO=102;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.0348747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.445;QD=18.4301;RBI=0.0377287;REFB=-0.0180416;REVB=0.0143948;RO=102;SAF=46;SAR=44;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459238;STB=0.525383;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0255811;OID=.;OPOS=59368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:102:102:90:90:0.46875:44:46:57:45:44:46:57:45 chr15 59383329 . T C 385.24 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=65;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0240217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.711;QD=23.3479;RBI=0.0249779;REFB=-0.00548878;REVB=0.00684499;RO=28;SAF=12;SAR=25;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00258651;STB=0.502761;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00285548;OID=.;OPOS=59383329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:28:37:38:0.575758:25:12:9:19:26:12:9:19 chr15 59429160 . G A 298.33 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0224613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5594;QD=13.5603;RBI=0.0242263;REFB=-0.00975754;REVB=-0.00907759;RO=54;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034251;STB=0.519567;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0207283;OID=.;OPOS=59429160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:23:11:19:35:23:11:19:35 chr15 59453384 . T C 992.64 PASS AF=0.451282;AO=65;DP=195;FAO=88;FDP=195;FR=.,HEALED;FRO=95;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.00641254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.7;QD=20.3618;RBI=0.00647996;REFB=-0.012769;REVB=-0.000932345;RO=91;SAF=15;SAR=50;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371272;STB=0.590032;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0169879;OID=.;OPOS=59453384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:91:95:65:88:0.451282:50:15:51:40:54:34:53:42 chr15 59499472 . G A 172.92 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0226515;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.274;QD=8.75533;RBI=0.0678911;REFB=-0.0241875;REVB=-0.0640008;RO=58;SAF=10;SAR=13;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784773;STB=0.558934;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0444652;OID=.;OPOS=59499472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:58:56:23:23:0.291139:13:10:29:29:13:10:29:27 chr15 59500117 . T C 446.77 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00252009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.528;QD=16.7016;RBI=0.00754587;REFB=-0.00513737;REVB=-0.00711262;RO=57;SAF=21;SAR=28;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247891;STB=0.508193;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0052827;OID=.;OPOS=59500117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:58:49:49:0.457944:28:21:23:34:28:21:24:34 chr15 59500255 . C T 238.57 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00685035;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.631;QD=20.3039;RBI=0.00685112;REFB=-0.00892892;REVB=-0.000102484;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046491;STB=0.556768;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00852146;OID=.;OPOS=59500255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:22:23:0.489362:9:13:13:11:9:14:12:12 chr15 59500346 . C T 223.93 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00772985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.839;QD=10.6635;RBI=0.102065;REFB=0.00371013;REVB=-0.101772;RO=56;SAF=15;SAR=13;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0152673;OID=.;OPOS=59500346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:13:15:30:26:13:15:30:26 chr15 59500405 . T C 259.67 PASS AF=0.283465;AO=35;DP=122;FAO=36;FDP=127;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=-0.00699952;FXX=0.00781189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.963;QD=8.17865;RBI=0.0078328;REFB=-0.00146048;REVB=-0.00351561;RO=85;SAF=18;SAR=17;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182025;STB=0.515596;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00411734;OID=.;OPOS=59500405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:127:85:91:35:36:0.283465:17:18:45:40:17:19:50:41 chr15 59510189 . G A 785.65 PASS AF=0.468571;AO=82;DP=175;FAO=82;FDP=175;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.00472458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=330.525;QD=17.9576;RBI=0.0132717;REFB=-0.00186816;REVB=0.0124023;RO=93;SAF=36;SAR=46;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10507;STB=0.558145;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00218632;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:93:93:82:82:0.468571:46:36:51:42:46:36:51:42 chr15 59682428 . G A 605.63 PASS AF=0.405882;AO=69;DP=170;FAO=69;FDP=170;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=-0.0182672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.436;QD=14.2501;RBI=0.0246761;REFB=-0.0101869;REVB=0.0165898;RO=100;SAF=40;SAR=29;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743092;STB=0.539035;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0154347;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:100:101:69:69:0.405882:29:40:51:49:29:40:52:49 chr15 59682486 . G GT 276.8 PASS AF=0.412214;AO=55;DP=136;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0147597;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.3213;QD=8.45179;RBI=0.063715;REFB=-0.042392;REVB=-0.0619819;RO=80;SAF=32;SAR=23;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869741;STB=0.55897;STBP=0.299;TYPE=ins;VARB=0.0434125;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412214:55:136:54:131:77:32:22:38:39:99:80:32:23:40:40 chr15 59682493 . C T 779.96 PASS AF=0.574803;AO=73;DP=127;FAO=73;FDP=127;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00240579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.76;QD=24.5658;RBI=0.018603;REFB=-0.00790699;REVB=-0.0184468;RO=54;SAF=37;SAR=36;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815003;STB=0.544382;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00657339;OID=.;OPOS=59682493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:54:54:73:73:0.574803:36:37:33:21:36:37:33:21 chr15 59784493 . C T 2014.7 PASS AF=0.970803;AO=132;DP=137;FAO=133;FDP=137;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.030632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.665;QD=58.8235;RBI=0.0329072;REFB=-0.0532198;REVB=0.0120234;RO=4;SAF=72;SAR=60;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166147;STB=0.508794;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000989009;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:137:137:4:4:132:133:0.970803:60:72:1:3:60:73:1:3 chr15 59866305 . C T 1601.82 PASS AF=0.973214;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000698226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2994;QD=57.208;RBI=0.0129597;REFB=-0.00711451;REVB=0.0129409;RO=1;SAF=35;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133664;STB=0.519477;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00122027;OID=.;OPOS=59866305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:112:1:3:107:109:0.973214:72:35:1:0:72:37:3:0 chr15 59911421 . A T 529.92 PASS AF=0.482759;AO=44;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.016081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.846;QD=18.2731;RBI=0.0292067;REFB=-0.0360557;REVB=0.024381;RO=46;SAF=27;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146573;STB=0.517235;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0558961;OID=.;OPOS=59911421;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:46:60:44:56:0.482759:17:27:21:25:28:28:28:32 chr15 59911892 . G T 755.52 PASS AF=0.41791;AO=84;DP=201;FAO=84;FDP=201;FR=.;FRO=117;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=80;FWDB=-0.00521058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.72;QD=15.0352;RBI=0.0182578;REFB=-0.00993115;REVB=0.0174985;RO=117;SAF=32;SAR=52;SRF=37;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729841;STB=0.540697;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0131472;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:117:117:84:84:0.41791:52:32:37:80:52:32:37:80 chr15 59911970 . A C 1166.17 PASS AF=0.522727;AO=114;DP=220;FAO=115;FDP=220;FR=.;FRO=105;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=-0.0226025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4705;QD=21.2031;RBI=0.0258344;REFB=-0.0350572;REVB=-0.0125117;RO=103;SAF=43;SAR=71;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455723;STB=0.527468;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0243522;OID=.;OPOS=59911970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:103:105:114:115:0.522727:71:43:44:59:72:43:45:60 chr15 59912253 . A C 305.03 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0593935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0043;QD=16.268;RBI=0.0593955;REFB=-0.0131213;REVB=-0.000480004;RO=41;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397795;STB=0.501193;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0249082;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:33:34:0.453333:18:15:17:24:19:15:18:23 chr15 59912625 . G A 996.27 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.368;QD=58.6041;RBI=0.0567057;REFB=0;REVB=-0.0560333;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103005;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:64:68:1:28:36:0:0:31:37:0:0 chr15 59963488 . A G 188.87 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00644509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.471;QD=11.1102;RBI=0.0297792;REFB=-0.00341059;REVB=0.0290734;RO=44;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215086;STB=0.624896;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00497293;OID=.;OPOS=59963488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:9:15:19:25:9:15:19:25 chr15 59981515 . A G 199.12 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00126876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.571;QD=27.4648;RBI=0.0481248;REFB=-0.0427809;REVB=0.0481081;RO=10;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854737;STB=0.547478;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0225175;OID=.;OPOS=59981515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:7:12:5:5:7:12:5:5 chr15 59981590 . G A 284.02 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.033466;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.028;QD=36.6471;RBI=0.0383999;REFB=-0.0136802;REVB=0.0188303;RO=7;SAF=17;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00298533;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00479718;OID=.;OPOS=59981590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:7:17:5:2:7:17:5:2 chr15 60678298 . T A 358.04 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211998;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.685;QD=55.0836;RBI=0.0212015;REFB=0;REVB=0.000267602;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60666e-05;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chr15 60690089 . A C,G 1201.78 PASS AF=0.148148,0.851852;AO=12,69;DP=81;FAO=12,69;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=4,41;FSAR=8,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274864,0.0119116;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.813,56.1608;QD=59.3471;RBI=0.0277563,0.0121272;REFB=0,0;REVB=-0.00386121,0.00227634;RO=0;SAF=4,41;SAR=8,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.14031,-0.00923839;OID=.,.;OPOS=60690089,60690089;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:59:81:81:0:0:12,69:12,69:0.148148,0.851852:8,28:4,41:0:0:8,28:4,41:0:0 chr15 60715800 . T G 592.76 PASS AF=0.903226;AO=37;DP=57;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0377284;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=45.1141;QD=38.2424;RBI=0.191386;REFB=-0.133712;REVB=0.187631;RO=6;SAF=25;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510023;STB=0.507754;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0200235;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:57:62:6:6:37:56:0.903226:12:25:3:3:23:33:4:2 chr15 60724118 . C G 737.04 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0182058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.81;QD=50.8306;RBI=0.0188849;REFB=-0.0196654;REVB=0.00501857;RO=3;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047855;STB=0.525415;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000157853;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:54:55:0.948276:28:26:0:3:28:27:0:3 chr15 60734697 . A G 726.87 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311936;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.133;QD=57.0092;RBI=0.0322487;REFB=0;REVB=0.00818139;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2133e-05;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr15 60789798 . G T 1362.64 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00570482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1578;QD=61.2423;RBI=0.0138328;REFB=-0.0745696;REVB=-0.0126017;RO=1;SAF=40;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116984;STB=0.506171;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000258868;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:47:40:1:0:48:40:1:0 chr15 62160874 . C T 349.13 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0392935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.027;QD=13.827;RBI=0.0455728;REFB=-0.0259556;REVB=-0.0230846;RO=55;SAF=21;SAR=19;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163522;STB=0.500248;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0294967;OID=.;OPOS=62160874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:101:55:61:40:40:0.39604:19:21:28:27:19:21:32:29 chr15 62199580 . T A 347.88 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0446043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.712;QD=14.8034;RBI=0.0448504;REFB=-0.0132281;REVB=0.00469139;RO=55;SAF=11;SAR=27;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226657;STB=0.635028;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0203222;OID=.;OPOS=62199580;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:56:38:38:0.404255:27:11:27:28:27:11:28:28 chr15 62202482 . C T 11943.7 PASS AF=1;AO=742;DP=743;FAO=755;FDP=755;FR=.;FRO=0;FSAF=361;FSAR=394;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174073;FXX=0.00132273;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.391;QD=63.2781;RBI=0.0189773;REFB=0;REVB=-0.00755801;RO=1;SAF=354;SAR=388;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134762;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.01789e-06;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:65:743:755:1:0:742:755:1:388:354:1:0:394:361:0:0 chr15 62212447 . A G 400.76 PASS AF=0.532468;AO=39;DP=75;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0130804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8268;QD=20.8186;RBI=0.0194953;REFB=0.00404527;REVB=-0.0144558;RO=36;SAF=26;SAR=13;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516521;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00339133;OID=.;OPOS=62212447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:36:36:39:41:0.532468:13:26:24:12:15:26:24:12 chr15 62212781 . T C 1062.98 PASS AF=0.558659;AO=100;DP=179;FAO=100;FDP=179;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00392756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.071;QD=23.7538;RBI=0.00818038;REFB=-0.0257322;REVB=-0.00717586;RO=78;SAF=42;SAR=58;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340881;STB=0.521745;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0178625;OID=.;OPOS=62212781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:78:79:100:100:0.558659:58:42:36:42:58:42:37:42 chr15 62254989 . T C 1273.26 PASS AF=0.518987;AO=122;DP=237;FAO=123;FDP=237;FR=.;FRO=114;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=0.0133913;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.247;QD=21.4896;RBI=0.0600235;REFB=0.00839605;REVB=0.0585106;RO=110;SAF=59;SAR=63;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299928;STB=0.509784;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00625641;OID=.;OPOS=62254989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:110:114:122:123:0.518987:63:59:57:53:64:59:57:57 chr15 62259637 . C T 822.05 PASS AF=0.9375;AO=61;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0131691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6027;QD=51.3779;RBI=0.051047;REFB=0.0145717;REVB=-0.0493191;RO=3;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479258;STB=0.517739;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00464129;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:64:3:4:61:60:0.9375:28:33:0:3:28:32:1:3 chr15 62299603 . T G 697.86 PASS AF=0.548387;AO=57;DP=125;FAO=68;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0561061;FXX=0.00799936;HRUN=6;LEN=1;MLLD=68.4311;QD=22.5115;RBI=0.0561336;REFB=-0.00152648;REVB=-0.00175724;RO=31;SAF=30;SAR=27;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566269;STB=0.53743;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0034504;OID=.;OPOS=62299603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:31:56:57:68:0.548387:27:30:19:12:36:32:31:25 chr15 62316035 . C T 322.67 PASS AF=0.576923;AO=27;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0112885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.503;QD=24.8208;RBI=0.0131726;REFB=0.00531618;REVB=0.00678881;RO=18;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203442;STB=0.60862;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0029399;OID=.;OPOS=62316035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:20:27:30:0.576923:19:8:10:8:21:9:11:9 chr15 62539781 . A G 540.11 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0120793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.489;QD=19.4633;RBI=0.0155165;REFB=-0.0143823;REVB=-0.00973919;RO=55;SAF=33;SAR=23;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731861;STB=0.540437;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0131288;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:23:33:28:27:23:33:28:27 chr15 62990971 . C T 600.15 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=143;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0410298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4948;QD=16.7873;RBI=0.054673;REFB=0.00310198;REVB=-0.0361344;RO=79;SAF=24;SAR=39;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514978;STB=0.525794;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00375105;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:79:80:63:63:0.440559:39:24:34:45:39:24:34:46 chr15 63009804 . C T 915.97 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.737;QD=58.1565;RBI=0.0720328;REFB=0;REVB=0.0533271;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025978;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr15 63047778 . C T 2603.09 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.755;QD=61.9784;RBI=0.0807769;REFB=0;REVB=0.0642499;RO=0;SAF=81;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99687e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191114;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:87:81:0:0:87:81:0:0 chr15 63340416 . A G 82.27 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0309842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8549;QD=8.89428;RBI=0.130735;REFB=-0.0105108;REVB=-0.12701;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254659;STB=0.637444;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0160762;OID=.;OPOS=63340416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:37:25:26:11:11:0.297297:6:5:17:8:6:5:17:9 chr15 63340982 . TCCCCCCCC TCCCCCCGT 80.26 PASS AF=0.368421;AO=2;DP=20;FAO=7;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0164144;FXX=0.049975;HRUN=8;LEN=2;MLLD=268.024;QD=16.897;RBI=0.0257472;REFB=-0.0115067;REVB=-0.0198365;RO=5;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.78221;STB=0.764197;STBP=0.217;TYPE=mnp;VARB=-0.00805313;OID=.;OPOS=63340989;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=TCCCCCCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:2:20:7:19:9:3:4:0:9:33:5:2:0:0:5 chr15 63351840 . C A 631.72 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0914;QD=61.6307;RBI=0.0451231;REFB=0;REVB=-0.0238133;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000691395;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr15 63363421 . T TGTTTT 50.0 PASS AO=78;DP=206;LEN=5;RO=128;SAF=42;SAR=52;SRF=53;SRR=59;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=63363421;OREF=-;OALT=TGTTT;OMAPALT=TGTTTT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:206:128:78:52:42:53:59 chr15 63414083 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.675;QD=48.7372;RBI=0.037817;REFB=0;REVB=0.0245581;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596097;OID=.;OPOS=63414083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr15 63433766 . G A 1434.26 PASS AF=0.970874;AO=95;DP=98;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0380454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5961;QD=55.6995;RBI=0.046883;REFB=-0.0585067;REVB=-0.0273964;RO=3;SAF=43;SAR=52;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012512;STB=0.505744;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0308091;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:98:103:3:3:95:100:0.970874:52:43:2:1:53:47:2:1 chr15 63446199 . CAAAATT C 218.51 PASS AF=0.484848;AO=30;DP=71;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.031063;FXX=0.0704126;HRUN=4;LEN=6;MLLD=299.916;QD=13.2428;RBI=0.0370926;REFB=-0.000109309;REVB=0.0202718;RO=27;SAF=9;SAR=21;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689299;STB=0.540572;STBP=0.579;TYPE=del;VARB=0.000144299;OID=.;OPOS=63446200;OREF=AAAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:30:71:32:66:34:10:22:13:21:99:27:9:21:10:17 chr15 63548787 . G A 479.47 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0130115;FXX=0.0394685;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.846;QD=26.2723;RBI=0.0191814;REFB=-0.046962;REVB=-0.0140935;RO=22;SAF=12;SAR=29;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195525;STB=0.512361;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0300493;OID=.;OPOS=63548787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:73:22:25:41:41:0.561644:29:12:7:15:29:12:8:17 chr15 63986898 . T C 652.61 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=103;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.000426041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3368;QD=25.344;RBI=0.0172035;REFB=-0.0241022;REVB=0.0171982;RO=40;SAF=33;SAR=29;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593046;STB=0.537077;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0182582;OID=.;OPOS=63986898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:40:41:62:62:0.601942:29:33:18:22:29:33:18:23 chr15 64041563 . T C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00182228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.072;QD=17.2469;RBI=0.00472807;REFB=0.000432288;REVB=-0.00436279;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00545082;STB=0.509082;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.000486775;OID=.;OPOS=64041563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:12:9:11:15:12:9:12:15 chr15 64215375 . G C 1396.0 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4456;QD=62.7415;RBI=0.0171791;REFB=0;REVB=-0.0164218;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.66636e-05;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chr15 64385851 . T C 1328.11 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=91;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0162953;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1794;QD=59.027;RBI=0.0352833;REFB=-0.0939826;REVB=0.031295;RO=3;SAF=45;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305413;STB=0.510636;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00657302;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:91:90:3:2:87:88:0.977778:42:45:3:0:42:46:2:0 chr15 64418397 . G A 1452.35 PASS AF=1;AO=70;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8327;QD=62.4666;RBI=0.0303853;REFB=0;REVB=0.0279202;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354436;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:70:93:1:46:24:0:0:51:42:0:0 chr15 64418398 . C A 148.99 PASS AF=0.234043;AO=22;DP=94;FAO=22;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=-0.0332238;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=93.05;QD=6.33991;RBI=0.0627893;REFB=0.00531078;REVB=0.0532793;RO=72;SAF=17;SAR=5;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506683;STB=0.807782;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0010582;OID=.;OPOS=64418398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:72:72:22:22:0.234043:5:17:25:47:5:17:25:47 chr15 64430607 . T C 579.3 PASS AF=1;AO=21;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045795;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.576;QD=60.9785;RBI=0.0632283;REFB=0;REVB=0.0435963;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220516;OID=.;OPOS=64430607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:21:38:1:8:13:0:0:22:16:0:0 chr15 64634884 . C A 1126.22 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0352755;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.817;QD=59.2745;RBI=0.0457505;REFB=0.0226383;REVB=-0.0291333;RO=1;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114011;STB=0.506022;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00024723;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:1:1:75:75:0.986842:41:34:0:1:41:34:0:1 chr15 64737225 . G A 734.22 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0394526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.806;QD=61.1853;RBI=0.0494043;REFB=0.0524243;REVB=0.0297368;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000387746;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:47:47:0.979167:18:29:0:0:18:29:1:0 chr15 64792532 . G T 2238.86 PASS AF=0.993007;AO=140;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00878201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.439;QD=62.6255;RBI=0.0432929;REFB=0.0116869;REVB=-0.0423928;RO=1;SAF=66;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714971;STB=0.503703;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000163914;OID=.;OPOS=64792532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:140:142:0.993007:74:66:1:0:75:67:1:0 chr15 64792896 . G A 2392.49 PASS AF=0.993789;AO=153;DP=153;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116281;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.408;QD=59.4408;RBI=0.040532;REFB=-0.0464472;REVB=-0.0388283;RO=0;SAF=64;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70284e-08;STB=0.502645;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=6.04718e-05;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:153:161:0:1:153:160:0.993789:89:64:0:0:94:66:0:1 chr15 64793617 . A G 1606.97 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.125;QD=64.2788;RBI=0.00846252;REFB=0;REVB=0.00208468;RO=0;SAF=37;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40615e-05;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:63:37:0:0:63:37:0:0 chr15 64915106 . C T 2238.73 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00293937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5695;QD=62.6218;RBI=0.0506812;REFB=-0.0933874;REVB=0.0505959;RO=1;SAF=72;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674472;STB=0.503546;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000817632;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:1:1:142:142:0.993007:70:72:0:1:70:72:0:1 chr15 65041622 . C A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.074;QD=58.1377;RBI=0.0338928;REFB=0;REVB=0.031316;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321372;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr15 65108479 . T C 1256.07 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0384509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9066;QD=59.1089;RBI=0.0446;REFB=0.016042;REVB=0.0225983;RO=1;SAF=48;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976579;STB=0.501887;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00283947;OID=.;OPOS=65108479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:83:83:0.976471:35:48:1:0:35:48:1:1 chr15 65153690 . G A 2504.5 PASS AF=0.993939;AO=143;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=77;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.241;QD=60.7152;RBI=0.0304466;REFB=0.00667044;REVB=0.0252518;RO=1;SAF=75;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694185;STB=0.502857;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-1.32877e-05;OID=.;OPOS=65153690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:1:1:143:164:0.993939:68:75:0:1:87:77:0:1 chr15 65157482 . C T 685.43 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.473;QD=62.312;RBI=0.0796656;REFB=0;REVB=0.019208;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338586;OID=.;OPOS=65157482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:22:20:0:0:22:22:0:0 chr15 65159797 . T G 278.71 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0016699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.6358;QD=48.4719;RBI=0.0620788;REFB=-0.0927648;REVB=-0.0620564;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542958;STB=0.529385;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00093637;OID=.;OPOS=65159797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:14:8:1:0:14:8:1:0 chr15 65236875 . T C 3274.26 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.3;QD=62.0713;RBI=0.0498265;REFB=0;REVB=0.0497776;RO=0;SAF=84;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19238e-05;OID=.;OPOS=65236875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:211:0:0:211:211:1:127:84:0:0:127:84:0:0 chr15 65312614 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAATA 195.96 PASS AF=0,0.65,0,0.35;AO=5,4,2,2;DP=20;FAO=0,13,0,7;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,7;FSAR=0,13,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.201777,0.0779115,0.0897974,0.103295;FXX=0.259163;HRUN=14,14,14,14;LEN=2,3,1,1;MLLD=4.48373,10.5401,148.655,142.242;QD=39.1925;RBI=0.220784,0.100247,0.0898038,0.103302;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0896215,0.0630812,0.00107063,0.00120925;RO=0;SAF=0,0,2,2;SAR=5,4,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=-0.152049,0.0481313,0,0.000676097;OID=.,.,.,.;OPOS=65312615,65312615,65312625,65312624;OREF=AA,AAA,A,A;OALT=-,-,G,T;OMAPALT=CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.65,0,0.35:5,4,2,2:20:0,13,0,7:20:0:0,0,0,7:0,13,0,0:0:0:58:0:0,0,2,2:5,4,0,0:0:0 chr15 65347405 . G A 1779.73 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0375283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.473;QD=58.3517;RBI=0.0496658;REFB=-0.0402771;REVB=0.0325318;RO=3;SAF=50;SAR=69;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202012;STB=0.510637;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000244663;OID=.;OPOS=65347405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:122:3:3:119:119:0.97541:69:50:0:3:69:50:0:3 chr15 65369395 . C T 175.9 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0677321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.867;QD=46.9079;RBI=0.07845;REFB=0;REVB=0.0395823;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000710768;OID=.;OPOS=65369395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:9:6:0:0 chr15 65369531 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5104;QD=44.6895;RBI=0.0254492;REFB=0;REVB=-0.0156286;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166841;OID=.;OPOS=65369531;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr15 65369951 . A G 672.91 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0290867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9959;QD=50.7858;RBI=0.0318124;REFB=-0.0364588;REVB=-0.0128838;RO=2;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044017;STB=0.512972;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00749197;OID=.;OPOS=65369951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:53:53:2:3:50:50:0.943396:28:22:1:1:28:22:2:1 chr15 65370353 . T C 4719.59 PASS AF=1;AO=296;DP=297;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118176;FXX=0.00336689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4615;QD=63.7782;RBI=0.0196798;REFB=-0.054698;REVB=-0.0157366;RO=0;SAF=144;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5649e-06;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:297:296:0:0:296:296:1:152:144:0:0:152:144:0:0 chr15 65448189 . T C 1537.2 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367831;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4964;QD=62.743;RBI=0.046011;REFB=0.0286501;REVB=0.027641;RO=1;SAF=44;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106569;STB=0.505617;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-1.34126e-06;OID=.;OPOS=65448189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:98:1:1:97:97:0.989796:53:44:1:0:53:44:1:0 chr15 65449169 . C T 1589.86 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.529;QD=59.9949;RBI=0.00362435;REFB=0;REVB=0.00154328;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27454e-06;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:52:54:0:0:52:54:0:0 chr15 65489128 . C T 874.44 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0232245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.931;QD=54.6523;RBI=0.0384266;REFB=-0.176338;REVB=0.0306142;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154778;STB=0.516124;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000927753;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:62:62:0.96875:30:32:0:1:30:32:0:2 chr15 65489688 . T C 2086.81 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00327936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.43;QD=61.8314;RBI=0.0146411;REFB=-0.113117;REVB=-0.0142691;RO=1;SAF=53;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583272;STB=0.503067;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000136247;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:81:53:0:1:81:53:0:1 chr15 65490901 . T C 1965.43 PASS AF=0.977273;AO=125;DP=131;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00899243;FXX=0.00751823;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.86;QD=59.5585;RBI=0.00922688;REFB=-0.00452928;REVB=0.00206677;RO=3;SAF=72;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261316;STB=0.513272;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=1.08768e-05;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:132:3:3:125:129:0.977273:53:72:0:3:55:74:0:3 chr15 65619427 . T A 259.93 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.93231e-17;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.506;QD=51.985;RBI=0.0516112;REFB=0;REVB=0.0516112;RO=0;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112401;OID=.;OPOS=65619427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:20:0:0:0:20:0:0:0 chr15 65620156 . C T 1650.61 PASS AF=0.950413;AO=114;DP=121;FAO=115;FDP=121;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0824694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4917;QD=54.5656;RBI=0.121504;REFB=-0.104769;REVB=0.0892303;RO=6;SAF=23;SAR=91;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191158;STB=0.503166;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0029644;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:121:121:6:6:114:115:0.950413:91:23:2:4:91:24:1:5 chr15 65621441 . C A 1858.45 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.13;QD=61.4364;RBI=0.0819696;REFB=0;REVB=0.0818854;RO=0;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108829;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:62:57:0:0:64:57:0:0 chr15 65621857 . T C 1862.74 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601249;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.02;QD=61.5783;RBI=0.0640983;REFB=0;REVB=0.022217;RO=0;SAF=46;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04499e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18147e-05;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:75:46:0:0:75:46:0:0 chr15 65667724 . A G 1358.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.007;QD=62.4623;RBI=0.0503134;REFB=0;REVB=-0.00361424;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50506e-05;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr15 65676617 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.796;QD=57.176;RBI=0.00610545;REFB=0;REVB=0.00330323;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5973e-05;OID=.;OPOS=65676617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr15 65676726 . C T 774.09 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00015588;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.883;QD=57.3403;RBI=0.0135438;REFB=0;REVB=0.0135429;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50011e-05;OID=.;OPOS=65676726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr15 65748564 . ATTT AT,ATTA,ATT 664.82 PASS AF=0.102273,0.102273,0.795455;AO=9,12,27;DP=87;FAO=9,9,70;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=8,9,31;FSAR=1,0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409285,-0.0289661,0.107161;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=11.475,196.094,9.11374;QD=30.2191;RBI=0.554883,0.113995,1.1227;REFB=0,0,0;REVB=0.553371,0.110254,1.11757;RO=26;SAF=9,12,26;SAR=0,0,1;SRF=1;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.868888,0.87454,0.823619;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0493238,0.0569064,-0.0440302;OID=.,.,.;OPOS=65748565,65748567,65748565;OREF=TT,T,T;OALT=-,A,-;OMAPALT=AT,ATTA,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.102273,0.102273,0.795455:9,12,27:87:9,9,70:88:0:8,9,31:1,0,39:0:0:43:26:9,12,26:0,0,1:1:25 chr15 65916527 . A T 3438.51 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.386;QD=62.5184;RBI=0.0265956;REFB=0;REVB=0.00393811;RO=0;SAF=104;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80176e-05;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:220:0:0:219:220:1:115:104:0:0:115:105:0:0 chr15 66011630 . A G 3094.75 PASS AF=1;AO=188;DP=190;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.617;QD=63.1582;RBI=0.0422598;REFB=-0.019955;REVB=0.0304121;RO=0;SAF=72;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0644e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30402e-05;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:190:196:0:0:188:196:1:116:72:0:0:123:73:0:0 chr15 66023799 . G T 334.65 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473427;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.391;QD=53.5439;RBI=0.0474171;REFB=0;REVB=-0.00265517;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00656024;OID=.;OPOS=66023799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr15 66191077 . A G 425.58 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0505717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1457;QD=15.3361;RBI=0.0684535;REFB=-0.0175568;REVB=0.0461345;RO=63;SAF=17;SAR=31;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799519;STB=0.544927;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0240274;OID=.;OPOS=66191077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:31:17:27:36:31:17:27:36 chr15 66257408 . T C 1837.32 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0811136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4937;QD=61.244;RBI=0.0871723;REFB=0;REVB=0.0319309;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171251;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:62:58:0:0:62:58:0:0 chr15 66274690 . T C 3724.57 PASS AF=1;AO=235;DP=235;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0444;QD=63.3969;RBI=0.0650477;REFB=0;REVB=0.010905;RO=0;SAF=118;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.85815e-05;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:235:0:0:235:235:1:117:118:0:0:117:118:0:0 chr15 66411441 . C T 1415.49 PASS AF=0.552301;AO=132;DP=239;FAO=132;FDP=239;FR=.;FRO=107;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=40;FSRR=67;FWDB=0.0183447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.559;QD=23.6903;RBI=0.0357294;REFB=-0.00155897;REVB=0.0306605;RO=107;SAF=59;SAR=73;SRF=40;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613343;STB=0.533346;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00134091;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:107:107:132:132:0.552301:73:59:40:67:73:59:40:67 chr15 66625161 . A G 339.6 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00955718;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.356;QD=17.6416;RBI=0.010717;REFB=-0.010676;REVB=-0.0048491;RO=41;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541559;STB=0.530344;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0108042;OID=.;OPOS=66625161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:23:13:17:24:23:13:17:24 chr15 66640619 . C A 1047.56 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394982;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.129;QD=59.8608;RBI=0.00465626;REFB=0;REVB=0.0024657;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26654e-06;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr15 66641732 . G C 327.9 PASS AF=0.555556;AO=23;DP=43;FAO=25;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0175282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.157;QD=29.1467;RBI=0.020329;REFB=-0.0438941;REVB=0.0102972;RO=10;SAF=9;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114141;STB=0.522709;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0146115;OID=.;OPOS=66641732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:43:45:10:12:23:25:0.555556:14:9:2:8:15:10:4:8 chr15 66644521 . C G 570.86 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.272;QD=60.0908;RBI=0.024596;REFB=0;REVB=0.0245173;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208583;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:27:10:0:0:28:10:0:0 chr15 66782048 . C T 504.82 PASS AF=0.408759;AO=55;DP=138;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.00857239;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2647;QD=14.7394;RBI=0.029302;REFB=0.00272314;REVB=0.02802;RO=83;SAF=22;SAR=33;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101794;STB=0.542546;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00839668;OID=.;OPOS=66782048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:83:81:55:56:0.408759:33:22:41:42:33:23:39:42 chr15 66832466 . A G 644.17 PASS AF=0.59375;AO=57;DP=96;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00760876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.855;QD=26.8404;RBI=0.00805653;REFB=-0.0229734;REVB=0.0026485;RO=39;SAF=26;SAR=31;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931532;STB=0.550707;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0138494;OID=.;OPOS=66832466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:39:39:57:57:0.59375:31:26:13:26:31:26:13:26 chr15 67073549 . C T 1344.92 PASS AF=0.517375;AO=131;DP=259;FAO=134;FDP=259;FR=.;FRO=125;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=0.040693;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.799;QD=20.7709;RBI=0.0416998;REFB=-0.010548;REVB=0.00910818;RO=126;SAF=58;SAR=73;SRF=66;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728337;STB=0.531137;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0101852;OID=.;OPOS=67073549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:126:125:131:134:0.517375:73:58:66:60:74:60:64:61 chr15 67234251 . A G 2371.68 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0317272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.268;QD=59.665;RBI=0.0422334;REFB=-0.157146;REVB=0.0278755;RO=1;SAF=79;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598446;STB=0.50004;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000196574;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:159:159:1:2:157:157:0.987421:78:79:1:0:78:79:1:1 chr15 67457335 . A G 2214.35 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.768;QD=63.2671;RBI=0.0153382;REFB=0;REVB=-0.0103438;RO=0;SAF=81;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92685e-05;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:58:81:0:0:59:81:0:0 chr15 67484297 . C T 385.96 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00497689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.162;QD=14.8444;RBI=0.00676036;REFB=-0.00719517;REVB=-0.00457527;RO=58;SAF=20;SAR=24;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808925;STB=0.535886;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00982136;OID=.;OPOS=67484297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:60:44:44:0.423077:24:20:31:27:24:20:31:29 chr15 67486046 . A T 46.76 PASS AF=0.25;AO=3;DP=26;FAO=7;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0724237;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.227;QD=6.68054;RBI=0.0756416;REFB=-0.0180087;REVB=-0.0218277;RO=18;SAF=2;SAR=1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.687892;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.156798;OID=.;OPOS=67486046;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:26:28:18:19:3:7:0.25:1:2:12:6:1:6:13:6 chr15 67486775 . T C 253.28 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0249027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.826;QD=19.1153;RBI=0.0390977;REFB=-0.0310806;REVB=0.0301411;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826047;STB=0.546184;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0371227;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:12:15:12:14:12:15:12:14 chr15 67486847 . T C 144.6 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00186369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.007;QD=15.6322;RBI=0.00221341;REFB=0.000454227;REVB=-0.00119409;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062308;STB=0.503593;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.000528705;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:8:13:10:6:8:13 chr15 67494304 . T G 651.26 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=51;FSRF=18;FSRR=53;FWDB=-0.00351305;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.755;QD=19.0148;RBI=0.0137651;REFB=-0.00151249;REVB=0.0133093;RO=71;SAF=15;SAR=51;SRF=18;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342059;STB=0.518958;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00165506;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:71:66:66:0.481752:51:15:18:53:51:15:18:53 chr15 67528374 . T G 382.56 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.00919663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7155;QD=13.5418;RBI=0.080287;REFB=-9.91193e-05;REVB=0.0797585;RO=68;SAF=18;SAR=27;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129844;STB=0.50735;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000751294;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:68:45:45:0.39823:27:18:28:40:27:18:28:40 chr15 67547301 . C A 2200.12 PASS AF=0.502304;AO=214;DP=423;FAO=218;FDP=434;FR=.;FRO=216;FSAF=156;FSAR=62;FSRF=143;FSRR=73;FWDB=0.0202608;FXX=0.0022988;HRUN=5;LEN=1;MLLD=93.1201;QD=20.2776;RBI=0.020268;REFB=-0.0192768;REVB=0.000539728;RO=208;SAF=154;SAR=60;SRF=137;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657968;STB=0.531842;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.01697;OID=.;OPOS=67547301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:434:208:216:214:218:0.502304:60:154:137:71:62:156:143:73 chr15 67574440 . C G 261.63 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00446364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.575;QD=14.7399;RBI=0.0156777;REFB=-0.00773966;REVB=0.0150288;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332648;STB=0.501886;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0121079;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:16:14:19:22:16:14:19:22 chr15 67692502 . T C 3097.17 PASS AF=0.994898;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000331304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.575;QD=63.2075;RBI=0.0557073;REFB=0.0366486;REVB=-0.0557063;RO=1;SAF=92;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460141;STB=0.502415;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000188353;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:196:1:1:195:195:0.994898:103:92:0:1:103:92:0:1 chr15 67768151 . G C 3184.54 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.759;QD=61.8358;RBI=0.0202329;REFB=0;REVB=0.0200349;RO=0;SAF=83;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17335e-05;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:206:206:1:123:83:0:0:123:83:0:0 chr15 67841568 . A G 922.34 PASS AF=0.441964;AO=99;DP=225;FAO=99;FDP=224;FR=.;FRO=125;FSAF=30;FSAR=69;FSRF=52;FSRR=73;FWDB=0.0104784;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.013;QD=16.4703;RBI=0.0226345;REFB=0.00518916;REVB=0.020063;RO=122;SAF=30;SAR=69;SRF=51;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127384;STB=0.570463;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00643996;OID=.;OPOS=67841568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:122:125:99:99:0.441964:69:30:51:71:69:30:52:73 chr15 67951150 . G T 297.51 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0102929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.002;QD=13.3711;RBI=0.0128703;REFB=-0.00580354;REVB=-0.0077265;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071995;STB=0.534986;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0105757;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:55:34:34:0.382022:16:18:24:28:16:18:26:29 chr15 68117300 . T A 1607.03 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.491;QD=60.076;RBI=0.0513462;REFB=0;REVB=0.0159551;RO=0;SAF=41;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15697e-05;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:66:41:0:0:66:41:0:0 chr15 68483919 . GTAACTAAC GTAAC,GTAACTAAT 137.53 PASS AF=0.483871,0;AO=15,3;DP=35;FAO=15,0;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7,0;FSAR=8,0;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00395391,-0.0779385;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=232.273,65.677;QD=17.7452;RBI=0.0521504,0.0781953;REFB=-0.00769755,0.0288478;REVB=0.0520003,-0.00633194;RO=17;SAF=7,0;SAR=8,3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00364105,-0.599987;STB=0.515131,0.5;STBP=0.87,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00690595,0;OID=.,.;OPOS=68483920,68483927;OREF=TAAC,C;OALT=-,T;OMAPALT=GTAAC,GTAACTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871,0:15,3:35:15,0:31:16:7,0:8,0:7:9:99:17:7,0:8,3:8:9 chr15 68583175 . T C 2299.99 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275242;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.421;QD=63.0134;RBI=0.0458645;REFB=-0.0565676;REVB=0.0366874;RO=1;SAF=57;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826983;STB=0.504347;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0011271;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:146:1:1:145:145:0.993151:88:57:1:0:88:57:1:0 chr15 68603625 . C T 2926.24 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033563;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.909;QD=62.9299;RBI=0.0395266;REFB=-0.0457803;REVB=0.0208778;RO=1;SAF=90;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526123;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84687e-05;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:187:186:1:0:186:186:1:96:90:1:0:96:90:0:0 chr15 68605169 . G A 620.42 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00341134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.298;QD=19.5407;RBI=0.0230063;REFB=-0.0234519;REVB=0.0227519;RO=63;SAF=26;SAR=37;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073062;STB=0.536766;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0202181;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:64:63:63:0.496063:37:26:31:32:37:26:31:33 chr15 68609647 . G T 529.56 PASS AF=0.445312;AO=56;DP=127;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=55;FWDB=-0.0224209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.317;QD=16.5487;RBI=0.0299183;REFB=-0.022444;REVB=0.0198093;RO=71;SAF=16;SAR=40;SRF=16;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770374;STB=0.539313;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0228;OID=.;OPOS=68609647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:71:71:56:57:0.445312:40:16:16:55:41:16:16:55 chr15 68612556 . T C 3684.19 PASS AF=1;AO=223;DP=225;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0050963;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.205;QD=63.2479;RBI=0.0421767;REFB=0;REVB=0.0418676;RO=0;SAF=114;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02963e-05;OID=.;OPOS=68612556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:225:233:0:0:223:233:1:109:114:0:0:118:115:0:0 chr15 68624290 . G A 2831.68 PASS AF=0.994475;AO=180;DP=186;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0614828;FXX=0.0372321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.92;QD=62.5785;RBI=0.0616077;REFB=-0.0550279;REVB=0.00392162;RO=0;SAF=75;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=4.66424e-05;OID=.;OPOS=68624290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:181:0:1:180:180:0.994475:105:75:0:0:105:75:1:0 chr15 68624396 . A C 762.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.158;QD=56.4722;RBI=0.0356969;REFB=0;REVB=0.0162352;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81041e-05;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:22:32:0:0 chr15 68628143 . C T 4333.48 PASS AF=0.953177;AO=284;DP=298;FAO=285;FDP=299;FR=.;FRO=14;FSAF=142;FSAR=143;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.315;QD=57.973;RBI=0.0575414;REFB=-0.101286;REVB=0.00787458;RO=11;SAF=141;SAR=143;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292989;STB=0.520145;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00100978;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:298:299:11:14:284:285:0.953177:143:141:10:1:143:142:13:1 chr15 68649587 . G A 1480.09 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.467;QD=58.6174;RBI=0.0148659;REFB=-0.0741769;REVB=-0.00816106;RO=1;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921125;STB=0.504853;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000346468;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:51:49:0:1:51:49:0:1 chr15 69011119 . C T 271.68 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0479499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.6;QD=14.6856;RBI=0.0480061;REFB=-0.0267525;REVB=0.00232297;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586284;STB=0.533194;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0312067;OID=.;OPOS=69011119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:17:14:17:26:17:14:17:26 chr15 69019582 . G C 604.21 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0225857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.882;QD=23.9291;RBI=0.0259537;REFB=-0.0159733;REVB=-0.012786;RO=43;SAF=28;SAR=30;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137665;STB=0.507521;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0126211;OID=.;OPOS=69019582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:43:58:58:0.574257:30:28:20:23:30:28:20:23 chr15 69238445 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0149562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.77;QD=11.3693;RBI=0.0239714;REFB=-0.0194328;REVB=-0.0187334;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18633;STB=0.610583;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0407746;OID=.;OPOS=69238445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:7:12:5:6:7:12 chr15 69325581 . C T 4326.01 PASS AF=1;AO=275;DP=275;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430434;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6345;QD=62.9238;RBI=0.0621606;REFB=0;REVB=0.0448465;RO=0;SAF=144;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50156e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217844;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:275:275:0:0:275:275:1:131:144:0:0:131:144:0:0 chr15 69327825 . C T 2206.41 PASS AF=0.973856;AO=149;DP=153;FAO=149;FDP=153;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=5.11878e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.959;QD=57.6839;RBI=0.0369334;REFB=-0.0543802;REVB=0.0369333;RO=1;SAF=96;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00492919;STB=0.510203;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000687518;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:153:153:1:4:149:149:0.973856:53:96:1:0:53:96:4:0 chr15 69339787 . G A 805.17 PASS AF=0.386831;AO=93;DP=252;FAO=94;FDP=243;FR=.;FRO=149;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=74;FSRR=75;FWDB=0.0038741;FXX=0.0395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.223;QD=13.2539;RBI=0.00977311;REFB=-0.0103666;REVB=0.00897246;RO=136;SAF=56;SAR=37;SRF=73;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710597;STB=0.561577;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0193293;OID=.;OPOS=69339787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:243:136:149:93:94:0.386831:37:56:73:63:38:56:74:75 chr15 69542968 . G A 657.81 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6361;QD=61.1915;RBI=0.0618218;REFB=0;REVB=0.0401111;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243392;OID=.;OPOS=69542968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:22:20:0:0:23:20:0:0 chr15 69561518 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00666865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.087;QD=59.4343;RBI=0.0222555;REFB=0;REVB=0.0212329;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93908e-05;OID=.;OPOS=69561518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr15 69564343 . C T 1858.63 PASS AF=0.97619;AO=123;DP=126;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0792857;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2576;QD=59.0042;RBI=0.0838049;REFB=-0.0208584;REVB=-0.0271485;RO=3;SAF=51;SAR=72;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193813;STB=0.510202;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000636466;OID=.;OPOS=69564343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:126:126:3:3:123:123:0.97619:72:51:0:3:72:51:0:3 chr15 69652451 . G A 1320.25 PASS AF=0.46875;AO=135;DP=288;FAO=135;FDP=288;FR=.;FRO=153;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=81;FSRR=72;FWDB=0.0117551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.903;QD=18.3369;RBI=0.0130138;REFB=0.00149328;REVB=-0.00558355;RO=153;SAF=63;SAR=72;SRF=81;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604383;STB=0.533328;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00195752;OID=.;OPOS=69652451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:153:153:135:135:0.46875:72:63:81:72:72:63:81:72 chr15 69683945 . C G 461.3 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0432672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4755;QD=18.8284;RBI=0.0833174;REFB=-0.0232239;REVB=-0.071202;RO=52;SAF=22;SAR=24;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164713;STB=0.59136;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.025553;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:24:22:16:36:24:22:16:36 chr15 69684050 . C T 749.81 PASS AF=0.533333;AO=72;DP=135;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.0557598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.011;QD=22.2166;RBI=0.0591851;REFB=-0.00815851;REVB=-0.0198424;RO=63;SAF=23;SAR=49;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135154;STB=0.507411;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00803872;OID=.;OPOS=69684050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:63:63:72:72:0.533333:49:23:21:42:49:23:21:42 chr15 69697756 . G A 1395.84 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.041;QD=62.7343;RBI=0.0279315;REFB=0;REVB=0.0233041;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77725e-06;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:55:33:0:0:56:33:0:0 chr15 69709748 . C A 551.96 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00156024;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.325;QD=19.1987;RBI=0.0119603;REFB=-0.00946815;REVB=-0.0118581;RO=55;SAF=19;SAR=38;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082201;STB=0.55344;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00746833;OID=.;OPOS=69709748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:55:58:57:57:0.495652:38:19:23:32:38:19:25:33 chr15 69728949 . A G 1107.99 PASS AF=0.486957;AO=112;DP=230;FAO=112;FDP=230;FR=.;FRO=118;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=63;FSRR=55;FWDB=-0.00905977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.194;QD=19.2694;RBI=0.00921139;REFB=0.00386632;REVB=0.00166439;RO=118;SAF=56;SAR=56;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316049;STB=0.517388;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00504458;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:118:118:112:112:0.486957:56:56:63:55:56:56:63:55 chr15 69732736 . C T 809.52 PASS AF=0.516779;AO=77;DP=149;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0289911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.077;QD=21.732;RBI=0.0290171;REFB=0.00491754;REVB=0.00122699;RO=72;SAF=37;SAR=40;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00492552;STB=0.502705;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00532062;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:72:72:77:77:0.516779:40:37:35:37:40:37:35:37 chr15 69740350 . A G 308.5 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0727051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0441;QD=19.2812;RBI=0.0798514;REFB=-0.00960563;REVB=0.0330184;RO=31;SAF=10;SAR=23;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279353;STB=0.655753;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00961019;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:23:10:19:12:23:10:19:12 chr15 70341341 . TAAAAAAAAAAAA AAATAAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAG,TAAAATAAAAAAA 327.25 PASS AF=0.0263158,0.605263,0.210526,0.157895;AO=3,15,2,3;DP=38;FAO=1,23,8,6;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,8,0;FSAR=1,23,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208451,-0.242086,-0.0734131,-0.0329305;FXX=0.0499875;HRUN=2,15,15,15;LEN=4,3,1,1;MLLD=71.7716,8.0043,171.809,93.8934;QD=34.4477;RBI=0.030478,0.248867,0.0741684,0.0410474;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0222349,-0.0576976,-0.0105579,-0.0245045;RO=0;SAF=0,0,2,0;SAR=3,15,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,snp;VARB=0.0250689,-0.0656345,0.000320467,0.114153;OID=.,.,.,.;OPOS=70341341,70341342,70341353,70341346;OREF=TAAA,AAA,A,A;OALT=AAAT,-,G,T;OMAPALT=AAATAAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAG,TAAAATAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:52:38:38:0:0:3,15,2,3:1,23,8,6:0.0263158,0.605263,0.210526,0.157895:3,15,0,3:0,0,2,0:0:0:1,23,0,6:0,0,8,0:0:0 chr15 70347362 . C A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.326;QD=54.5175;RBI=0.0603792;REFB=0;REVB=0.0527788;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466383;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr15 70347816 . A AG 748.26 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495671;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=164.718;QD=62.3551;RBI=0.0497456;REFB=0;REVB=0.00421131;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000395111;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:48:48:48:0:23:25:0:0:4:0:23:24:0:0 chr15 70347915 . A G 421.54 PASS AF=0.436364;AO=44;DP=107;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0141715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.835;QD=15.3289;RBI=0.0348903;REFB=-0.0185974;REVB=0.0318827;RO=57;SAF=24;SAR=20;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070115;STB=0.533852;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0202411;OID=.;OPOS=70347915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:57:62:44:48:0.436364:20:24:35:22:23:25:36:26 chr15 70347920 . T C 591.6 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00217194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.317;QD=20.3999;RBI=0.0224242;REFB=0.00473619;REVB=-0.0223188;RO=54;SAF=35;SAR=25;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00818956;STB=0.514701;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00387317;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:56:60:60:0.517241:25:35:31:23:25:35:31:25 chr15 70350607 . C T 598.52 PASS AF=0.348624;AO=68;DP=220;FAO=76;FDP=218;FR=.,HEALED;FRO=142;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=61;FSRR=81;FWDB=-0.0295946;FXX=0.0090905;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0808;QD=10.982;RBI=0.253049;REFB=-0.0192782;REVB=-0.251312;RO=99;SAF=45;SAR=23;SRF=59;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752533;STB=0.613967;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0456611;OID=.;OPOS=70350607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:218:99:142:68:76:0.348624:23:45:59:40:30:46:61:81 chr15 70351788 . T C 604.52 PASS AF=0.426667;AO=61;DP=147;FAO=64;FDP=150;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.00575934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.11;QD=16.1205;RBI=0.00597439;REFB=-0.0152533;REVB=-0.00158851;RO=85;SAF=33;SAR=28;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049627;STB=0.520036;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0197202;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:85:86:61:64:0.426667:28:33:50:35:29:35:50:36 chr15 70358467 . C CG 36.02 PASS AF=0.162162;AO=42;DP=153;FAO=24;FDP=148;FR=.;FRO=124;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=-0.0670913;FXX=0.00671096;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.5243;QD=0.973551;RBI=0.0726211;REFB=-0.0163326;REVB=-0.0277954;RO=105;SAF=37;SAR=5;SRF=40;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.625556;STB=0.86554;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.194323;OID=.;OPOS=70358468;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162162:42:153:24:148:124:21:3:56:68:36:105:37:5:40:65 chr15 70368432 . T C 405.52 PASS AF=0.555556;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0129532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.364;QD=22.5289;RBI=0.0256353;REFB=-0.014152;REVB=-0.022122;RO=32;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315184;STB=0.511121;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0132188;OID=.;OPOS=70368432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:39:40:0.555556:21:18:16:16:21:19:16:16 chr15 70371777 . C G 412.57 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0234201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1035;QD=27.054;RBI=0.0532585;REFB=0.0054768;REVB=-0.0478326;RO=21;SAF=17;SAR=22;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067652;STB=0.526665;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00499092;OID=.;OPOS=70371777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:22:39:39:0.639344:22:17:7:14:22:17:8:14 chr15 70960068 . G A,T 418.07 PASS AF=0.878788,0.0606061;AO=29,2;DP=33;FAO=29,2;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=6,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00447084,-0.0148118;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.032,34.0921;QD=50.6745;RBI=0.00633634,0.0630187;REFB=-0.111699,0.0684387;REVB=0.00449007,-0.0612533;RO=0;SAF=6,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.520819,0.994977;STBP=0.59,0.131;TYPE=snp,snp;VARB=0.000649254,0.0991786;OID=.,.;OPOS=70960068,70960068;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:33:33:0:2:29,2:29,2:0.878788,0.0606061:23,0:6,2:0:0:23,0:6,2:0:2 chr15 70991925 . G C 3476.98 PASS AF=0.978541;AO=225;DP=234;FAO=228;FDP=233;FR=.;FRO=5;FSAF=133;FSAR=95;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00802649;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.702;QD=59.6906;RBI=0.0139955;REFB=-0.0836182;REVB=0.0114651;RO=4;SAF=130;SAR=95;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00587857;STB=0.50479;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.000175042;OID=.;OPOS=70991925;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:234:233:4:5:225:228:0.978541:95:130:3:1:95:133:4:1 chr15 71125093 . G A 552.98 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0205586;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7624;QD=16.6309;RBI=0.0460791;REFB=-0.0065319;REVB=0.0412386;RO=71;SAF=34;SAR=25;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296445;STB=0.502741;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00814942;OID=.;OPOS=71125093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:71:74:59:59:0.443609:25:34:43:28:25:34:43:31 chr15 71125204 . A G 528.02 PASS AF=0.444444;AO=51;DP=130;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0193797;FXX=0.0666617;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.8481;QD=16.7625;RBI=0.0199377;REFB=0.00569673;REVB=0.00468382;RO=48;SAF=19;SAR=32;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409232;STB=0.563502;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000669213;OID=.;OPOS=71125204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:126:48:70:51:56:0.444444:32:19:20:28:35:21:34:36 chr15 71184278 . G T 1108.73 PASS AF=0.447368;AO=119;DP=266;FAO=119;FDP=266;FR=.;FRO=147;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=83;FSRR=64;FWDB=0.00975307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6682;QD=16.6726;RBI=0.0205419;REFB=-0.0120954;REVB=-0.0180789;RO=144;SAF=49;SAR=70;SRF=81;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149335;STB=0.584574;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0154687;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:144:147:119:119:0.447368:70:49:81:63:70:49:83:64 chr15 71184495 . A G 887.44 PASS AF=0.303896;AO=117;DP=385;FAO=117;FDP=385;FR=.;FRO=268;FSAF=30;FSAR=87;FSRF=166;FSRR=102;FWDB=-0.0259305;FXX=0.00259061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.385;QD=9.22017;RBI=0.0538607;REFB=-0.0147981;REVB=-0.0472079;RO=159;SAF=30;SAR=87;SRF=72;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231075;STB=0.75042;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0411392;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:159:268:117:117:0.303896:87:30:72:87:87:30:166:102 chr15 71276480 . GCAA G 139.63 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0458804;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250.964;QD=12.4116;RBI=0.0484524;REFB=-0.0115677;REVB=0.0155763;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247361;STB=0.644279;STBP=0.187;TYPE=del;VARB=0.026304;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355556:16:45:16:45:29:8:8:8:21:99:26:8:8:7:19 chr15 71403406 . T C 624.35 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0166213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.344;QD=21.7164;RBI=0.0170445;REFB=-0.0307808;REVB=-0.00377459;RO=51;SAF=29;SAR=33;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464724;STB=0.533228;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0194344;OID=.;OPOS=71403406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:53:62:62:0.53913:33:29:21:30:33:29:21:32 chr15 71433916 . T A 54.96 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0366979;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=50.2585;QD=4.31028;RBI=0.056785;REFB=0.00037649;REVB=-0.0433335;RO=35;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515395;STB=0.875398;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0341094;OID=.;OPOS=71433916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:51:51:35:41:7:7:0.137255:1:6:15:20:1:6:16:25 chr15 71953045 . G A 2421.84 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.84;QD=60.5461;RBI=0.0449372;REFB=-0.0516783;REVB=0.0242785;RO=1;SAF=43;SAR=116;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408443;STB=0.502146;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000204055;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:1:1:159:159:0.99375:116:43:0:1:116:43:0:1 chr15 72050214 . C G 461.21 PASS AF=0.416;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0316454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.453;QD=14.7587;RBI=0.0382049;REFB=-0.00697076;REVB=0.0214052;RO=70;SAF=30;SAR=22;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794039;STB=0.557253;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0119867;OID=.;OPOS=72050214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:73:52:52:0.416:22:30:35:35:22:30:35:38 chr15 72070067 . A G 434.91 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0217979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.708;QD=20.9596;RBI=0.0243004;REFB=-0.029665;REVB=-0.0107407;RO=40;SAF=16;SAR=27;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136773;STB=0.575757;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0229534;OID=.;OPOS=72070067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:27:16:21:19:27:16:21:19 chr15 72070075 . G A 324.76 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00426663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.978;QD=17.0924;RBI=0.016218;REFB=-0.00310331;REVB=0.0156467;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923093;STB=0.551669;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00447999;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:18:17:16:25:18:17:16:25 chr15 72073003 . C T 728.09 PASS AF=0.487179;AO=76;DP=156;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.00262885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.179;QD=18.6689;RBI=0.0152199;REFB=-0.0190525;REVB=-0.0149912;RO=77;SAF=37;SAR=39;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11315;STB=0.551104;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0156398;OID=.;OPOS=72073003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:77:80:76:76:0.487179:39:37:28:49:39:37:31:49 chr15 72104306 . G A 2870.98 PASS AF=0.482412;AO=285;DP=596;FAO=288;FDP=597;FR=.;FRO=309;FSAF=156;FSAR=132;FSRF=144;FSRR=165;FWDB=0.0272842;FXX=0.00333884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.65;QD=19.2361;RBI=0.0385333;REFB=-0.0110456;REVB=-0.02721;RO=303;SAF=154;SAR=131;SRF=144;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612442;STB=0.539168;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0120373;OID=.;OPOS=72104306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:596:597:303:309:285:288:0.482412:131:154:144:159:132:156:144:165 chr15 72105928 . AC A 1870.11 PASS AF=1;AO=156;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0525099;FXX=0.00581362;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.6844;QD=43.7453;RBI=0.0543909;REFB=0;REVB=-0.0141804;RO=2;SAF=65;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00206338;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000231697;OID=.;OPOS=72105929;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:156:172:171:171:0:72:99:0:0:32:2:65:91:1:1 chr15 72191073 . T C 474.23 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0177276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.045;QD=18.969;RBI=0.0179846;REFB=-0.00799225;REVB=-0.00302945;RO=53;SAF=19;SAR=28;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24056;STB=0.633641;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00955248;OID=.;OPOS=72191073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:28:19:35:18:28:19:35:18 chr15 72191266 . C T 1878.36 PASS AF=0.984252;AO=121;DP=124;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0477555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1176;QD=59.1609;RBI=0.0610216;REFB=-0.171375;REVB=0.0379875;RO=3;SAF=53;SAR=68;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106521;STB=0.500958;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00264549;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:124:127:3:2:121:125:0.984252:68:53:2:1:70:55:1:1 chr15 72432583 . A G 770.57 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704008;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.626;QD=64.2142;RBI=0.0707604;REFB=0;REVB=0.00712408;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484561;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr15 72433144 . A G 563.34 PASS AF=0.5;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00288647;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.709;QD=19.4255;RBI=0.00723938;REFB=-0.0157371;REVB=-0.00663904;RO=57;SAF=23;SAR=35;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390574;STB=0.517873;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0170815;OID=.;OPOS=72433144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:57:58:58:58:0.5:35:23:25:32:35:23:25:33 chr15 72433182 . C T 409.52 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00969625;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.187;QD=17.4264;RBI=0.0125094;REFB=-0.0139226;REVB=0.0079036;RO=53;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160247;STB=0.513334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0183305;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:52:42:42:0.446809:26:16:21:32:26:16:21:31 chr15 72637795 . T C 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.498;QD=61.6941;RBI=0.0364863;REFB=0;REVB=-0.0200292;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118189;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:37:45:0:0:37:45:0:0 chr15 72638892 . T C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.981;QD=59.9375;RBI=0.0257357;REFB=0;REVB=0.00646725;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9834e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr15 72700069 . G A 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0245886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3385;QD=17.9425;RBI=0.0256208;REFB=-0.0128288;REVB=-0.00719899;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146244;STB=0.508191;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0129248;OID=.;OPOS=72700069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:16:13:13:15:16:13 chr15 72879653 . A ATTG 727.91 PASS AF=0.875;AO=56;DP=65;FAO=56;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00157069;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=293.001;QD=45.4941;RBI=0.00839587;REFB=-0.0146146;REVB=-0.00824764;RO=9;SAF=30;SAR=26;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342548;STB=0.511232;STBP=0.671;TYPE=ins;VARB=0.00112713;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:56:65:56:64:8:30:26:5:3:40:9:30:26:6:3 chr15 72904223 . C T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00465817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.465;QD=23.2632;RBI=0.017246;REFB=-0.0114122;REVB=-0.016605;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745436;STB=0.54163;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.009295;OID=.;OPOS=72904223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:10:9:13:10:10:9 chr15 72987588 . G T 1416.19 PASS AF=0.961165;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.148111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3424;QD=54.9977;RBI=0.149876;REFB=0.0630834;REVB=-0.022938;RO=4;SAF=30;SAR=69;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046285;STB=0.502442;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.0269835;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:103:103:4:4:99:99:0.961165:69:30:1:3:69:30:1:3 chr15 73002035 . G A 949.99 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.65;QD=58.4608;RBI=0.01301;REFB=0;REVB=0.0125351;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97422e-05;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr15 73023937 . T C 2862.32 PASS AF=0.978947;AO=185;DP=189;FAO=186;FDP=190;FR=.;FRO=4;FSAF=85;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0193077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2659;QD=60.2595;RBI=0.0410153;REFB=-0.149308;REVB=0.0361865;RO=3;SAF=84;SAR=101;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00650938;STB=0.500912;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00457927;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:189:190:3:4:185:186:0.978947:101:84:2:1:101:85:2:2 chr15 73052840 . T C 428.78 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0112314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8467;QD=19.7141;RBI=0.032603;REFB=-0.0038771;REVB=0.0306074;RO=44;SAF=18;SAR=24;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128429;STB=0.563772;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00329562;OID=.;OPOS=73052840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:42:43:0.494253:24:18:25:19:24:19:25:19 chr15 73052845 . A G 422.08 PASS AF=0.506024;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0537181;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.437;QD=20.3413;RBI=0.0537219;REFB=0.00409772;REVB=0.000640674;RO=41;SAF=18;SAR=23;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13142;STB=0.565435;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00244613;OID=.;OPOS=73052845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:41:42:0.506024:23:18:24:17:23:19:24:17 chr15 73067234 . T C 1748.66 PASS AF=1;AO=114;DP=118;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00173615;FXX=0.0420133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.152;QD=61.3566;RBI=0.0204922;REFB=0;REVB=0.0204185;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333764;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:114:0:0:114:114:1:63:51:0:0:63:51:0:0 chr15 73541513 . A G 652.72 PASS AF=0.452229;AO=70;DP=156;FAO=71;FDP=157;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.0216693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3344;QD=16.6298;RBI=0.0264145;REFB=0.0152294;REVB=0.0151052;RO=85;SAF=44;SAR=26;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147617;STB=0.582016;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.019739;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:85:86:70:71:0.452229:26:44:41:44:26:45:42:44 chr15 73545732 . T C,TC 480.57 PASS AF=0.885714,0.114286;AO=30,4;DP=34;FAO=31,4;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=4,4;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231148,-0.0127176;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=90.1757,130.879;QD=54.9225;RBI=0.05261,0.021929;REFB=0,0;REVB=0.0472601,-0.0178645;RO=0;SAF=5,3;SAR=25,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0395637,0.00426574;OID=.,.;OPOS=73545732,73545733;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:34:35:0:0:30,4:31,4:0.885714,0.114286:25,1:5,3:0:0:27,0:4,4:0:0 chr15 73564881 . C T 468.54 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00756829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.748;QD=18.0208;RBI=0.0202666;REFB=-0.00964762;REVB=0.0188004;RO=54;SAF=23;SAR=27;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106367;STB=0.559026;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0151951;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:27:23:31:23:27:23:31:23 chr15 73614114 . T C 1597.32 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221713;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5864;QD=60.2761;RBI=0.0399981;REFB=0;REVB=0.0332908;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29193e-05;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr15 73614834 . T C 222.98 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.696;QD=49.5503;RBI=0.028715;REFB=0;REVB=0.0282112;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134353;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chr15 73617435 . G A 916.27 PASS AF=0.481675;AO=91;DP=190;FAO=92;FDP=191;FR=.;FRO=99;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=-0.00565344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3022;QD=19.1889;RBI=0.0135249;REFB=-0.00682952;REVB=-0.0122867;RO=97;SAF=35;SAR=56;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01716;STB=0.512355;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00600712;OID=.;OPOS=73617435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:97:99:91:92:0.481675:56:35:39:58:56:36:41:58 chr15 74032783 . A G 1048.02 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00261352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2253;QD=58.2236;RBI=0.00490107;REFB=-0.0183665;REVB=-0.00414608;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000495322;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:39:32:0:0:39:32:1:0 chr15 74219542 . G A 31.48 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0115416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1591;QD=13.9898;RBI=0.0115416;REFB=-0.0523247;REVB=0;RO=4;SAF=5;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.14169;OID=.;OPOS=74219542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:0:5:4:0:0:5:4:0 chr15 74219546 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.285;QD=40.7628;RBI=0.036848;REFB=0;REVB=0.035687;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043694;OID=.;OPOS=74219546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr15 74244278 . C G 555.69 PASS AF=0.404908;AO=60;DP=156;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=67;FWDB=-0.008195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.884;QD=13.6364;RBI=0.0126326;REFB=-0.0283423;REVB=-0.00961381;RO=95;SAF=20;SAR=40;SRF=30;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215861;STB=0.504385;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0584617;OID=.;OPOS=74244278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:163:95:97:60:66:0.404908:40:20:30:65:46:20:30:67 chr15 74244344 . C T 1511.71 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.393;QD=63.651;RBI=0.0193755;REFB=0;REVB=0.0165777;RO=0;SAF=34;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77497e-05;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:60:34:0:0:60:35:0:0 chr15 74277795 . T C 7854.46 PASS AF=1;AO=500;DP=500;FAO=499;FDP=499;FR=.;FRO=0;FSAF=226;FSAR=273;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0900941;FXX=0.00399194;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.5;QD=62.9616;RBI=0.0901756;REFB=0.0545339;REVB=0.00383191;RO=0;SAF=226;SAR=274;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68883e-05;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:500:499:0:0:500:499:1:274:226:0:0:273:226:0:0 chr15 74328116 . A G 858.71 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0527268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2833;QD=55.4004;RBI=0.0594176;REFB=-0.132706;REVB=-0.0273922;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00172527;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:40:21:0:0:40:21:0:1 chr15 74328141 . G T 884.28 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.048979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0775;QD=54.4172;RBI=0.0643687;REFB=-0.1523;REVB=0.0417659;RO=1;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116608;STB=0.512191;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00601496;OID=.;OPOS=74328141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:65:1:2:63:63:0.969231:40:23:0:1:40:23:0:2 chr15 74368293 . A G 542.06 PASS AF=0.307692;AO=71;DP=234;FAO=72;FDP=234;FR=.;FRO=162;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=81;FSRR=81;FWDB=0.00948365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.217;QD=9.26595;RBI=0.0144417;REFB=0.0113571;REVB=0.0108914;RO=157;SAF=32;SAR=39;SRF=81;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776558;STB=0.538597;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0217768;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:157:162:71:72:0.307692:39:32:81:76:40:32:81:81 chr15 74368297 . C G 616.34 PASS AF=0.314516;AO=78;DP=250;FAO=78;FDP=248;FR=.;FRO=170;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=83;FSRR=87;FWDB=0.0261718;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.644;QD=9.94099;RBI=0.0675693;REFB=0.0116824;REVB=0.0622948;RO=169;SAF=34;SAR=44;SRF=83;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658718;STB=0.536129;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0392137;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:248:169:170:78:78:0.314516:44:34:83:86:44:34:83:87 chr15 74467856 . G A 319.35 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0200575;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.06;QD=25.047;RBI=0.0233245;REFB=-0.0329547;REVB=-0.011905;RO=20;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223782;STB=0.62215;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0182863;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:20:20:31:31:0.607843:14:17:17:3:14:17:17:3 chr15 74473739 . C T 825.22 PASS AF=0.553957;AO=77;DP=139;FAO=77;FDP=139;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0222918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.565;QD=23.7474;RBI=0.0355806;REFB=-0.0319191;REVB=-0.0277319;RO=61;SAF=25;SAR=52;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761612;STB=0.53885;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0246666;OID=.;OPOS=74473739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:61:62:77:77:0.553957:52:25:25:36:52:25:25:37 chr15 74509732 . G A 1002.76 PASS AF=0.524324;AO=96;DP=180;FAO=97;FDP=185;FR=.;FRO=88;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=33;FWDB=0.0329402;FXX=0.0106946;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.2105;QD=21.6814;RBI=0.0395586;REFB=-0.0358844;REVB=-0.021905;RO=83;SAF=51;SAR=45;SRF=55;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112979;STB=0.547548;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0259441;OID=.;OPOS=74509732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:185:83:88:96:97:0.524324:45:51:55:28:46:51:55:33 chr15 74622678 . G A 335.46 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00515681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.237;QD=22.3637;RBI=0.00952653;REFB=-0.0138973;REVB=-0.00801012;RO=26;SAF=14;SAR=20;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00914965;STB=0.505048;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0102814;OID=.;OPOS=74622678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:20:14:11:15:20:14:11:15 chr15 74702778 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.018697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.391;QD=12.9421;RBI=0.021457;REFB=-0.0128054;REVB=0.0105273;RO=25;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133596;STB=0.5795;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0285596;OID=.;OPOS=74702778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:13:2:5:20:13:2:5:20 chr15 74703022 . G A 265.82 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00765464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7724;QD=19.3326;RBI=0.036739;REFB=-0.0444684;REVB=0.0359328;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103509;STB=0.549262;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0482287;OID=.;OPOS=74703022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:26:28:29:0.527273:15:13:9:17:16:13:9:17 chr15 74703929 . T C 828.84 PASS AF=0.440191;AO=89;DP=206;FAO=92;FDP=209;FR=.;FRO=117;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=-0.0328246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9046;QD=15.863;RBI=0.0328517;REFB=0.00482237;REVB=0.00133271;RO=116;SAF=39;SAR=50;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719085;STB=0.537731;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00474592;OID=.;OPOS=74703929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:209:116:117:89:92:0.440191:50:39:59:57:51:41:60:57 chr15 74706943 . G A 1477.74 PASS AF=0.433604;AO=160;DP=369;FAO=160;FDP=369;FR=.;FRO=209;FSAF=83;FSAR=77;FSRF=92;FSRR=117;FWDB=0.0547096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5582;QD=16.0189;RBI=0.074531;REFB=-0.00738038;REVB=0.0506136;RO=208;SAF=83;SAR=77;SRF=91;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826416;STB=0.544404;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00999573;OID=.;OPOS=74706943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:369:208:209:160:160:0.433604:77:83:91:117:77:83:92:117 chr15 74710593 . C T 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0063059;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.766;QD=17.2246;RBI=0.016649;REFB=-0.0207179;REVB=0.0154086;RO=39;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366566;STB=0.520536;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.02571;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:17:17:21:18:17:17:21:18 chr15 74749014 . TA CT,T,TG 638.11 PASS AF=0,0.27451,0.5;AO=4,21,43;DP=105;FAO=0,28,51;FDP=102;FR=.;FRO=23;FSAF=0,3,27;FSAR=0,25,24;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0576493,0.145441,0.0758091;FXX=0.0285687;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=21.2207,7.92359,88.2581;QD=25.024;RBI=0.0644899,0.239162,0.079919;REFB=0.032954,0.0324927,0.0169311;REVB=-0.0289051,-0.189856,-0.0252988;RO=12;SAF=0,3,21;SAR=4,18,22;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.707566,-0.395259,-0.03847;STB=0.5,0.791825,0.511178;STBP=1,0,0.785;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.111319,0.0118362;OID=.,.,.;OPOS=74749014,74749015,74749015;OREF=TA,A,A;OALT=CT,-,G;OMAPALT=CT,T,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:105:102:12:23:4,21,43:0,28,51:0,0.27451,0.5:4,18,22:0,3,21:7:5:0,25,24:0,3,27:13:10 chr15 74783370 . C T 180.39 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0414525;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2262;QD=12.8853;RBI=0.0474373;REFB=-0.00719031;REVB=-0.0230649;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236724;STB=0.63624;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0108105;OID=.;OPOS=74783370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:34:22:22:0.392857:8:14:14:20:8:14:14:20 chr15 74836316 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0316641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.234;QD=17.3208;RBI=0.0316648;REFB=-0.0165768;REVB=-0.000212199;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169121;STB=0.596892;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0194462;OID=.;OPOS=74836316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:10:8:10:6:10:8 chr15 74888196 . A G 100.92 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0125908;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4711;QD=5.60686;RBI=0.0312727;REFB=-0.0022185;REVB=0.0286261;RO=56;SAF=6;SAR=10;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156778;STB=0.611747;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00921013;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:56:56:16:16:0.222222:10:6:28:28:10:6:29:27 chr15 74889163 . C T 463.5 PASS AF=0.389706;AO=51;DP=137;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0492135;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1716;QD=13.6323;RBI=0.0498049;REFB=0.0138783;REVB=-0.00765252;RO=82;SAF=32;SAR=19;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618677;STB=0.528373;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0144108;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:82:83:51:53:0.389706:19:32:47:35:20:33:48:35 chr15 74908132 . G A 240.08 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00899414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.254;QD=27.4372;RBI=0.218551;REFB=-0.0120326;REVB=0.218366;RO=14;SAF=18;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177501;STB=0.529384;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0107553;OID=.;OPOS=74908132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:35:14:13:21:22:0.628571:3:18:10:4:4:18:10:3 chr15 75012985 . T C 586.72 PASS AF=0.43662;AO=62;DP=141;FAO=62;FDP=142;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0109936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.922;QD=16.5273;RBI=0.0260491;REFB=-0.00987892;REVB=-0.0236156;RO=79;SAF=26;SAR=36;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113292;STB=0.559907;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0157073;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:79:80:62:62:0.43662:36:26:42:37:36:26:42:38 chr15 75015305 . C T 536.41 PASS AF=0.402597;AO=62;DP=151;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.0170358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.452;QD=13.9327;RBI=0.0216661;REFB=0.0041566;REVB=0.0133865;RO=89;SAF=26;SAR=36;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795728;STB=0.555115;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00504368;OID=.;OPOS=75015305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:89:92:62:62:0.402597:36:26:44:45:36:26:47:45 chr15 75091012 . C T 399.96 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00649742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.635;QD=18.6028;RBI=0.0184839;REFB=-0.00264031;REVB=-0.0173043;RO=45;SAF=27;SAR=14;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245945;STB=0.637238;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00244563;OID=.;OPOS=75091012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:14:27:18:27:14:27:18:27 chr15 75131661 . A G 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00723996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.322;QD=28.0214;RBI=0.0115583;REFB=-0.0167928;REVB=0.00900979;RO=17;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188676;STB=0.613417;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0111649;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:16:12:12:5:16:12:13:5 chr15 75135447 . T C 182.84 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0375344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5185;QD=17.4132;RBI=0.101194;REFB=-0.0189464;REVB=-0.093975;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307386;STB=0.674639;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0250173;OID=.;OPOS=75135447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:16:7:12:7:16:7 chr15 75305040 . A G 309.04 PASS AF=0.32;AO=40;DP=126;FAO=40;FDP=125;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=0.00956692;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.787;QD=9.88931;RBI=0.0108069;REFB=-0.00745869;REVB=0.0050262;RO=83;SAF=20;SAR=20;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912432;STB=0.55997;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0160457;OID=.;OPOS=75305040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:83:85:40:40:0.32:20:20:48:35:20:20:50:35 chr15 75312715 . C G 248.28 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00522194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.906;QD=16.2804;RBI=0.00567234;REFB=-0.0210875;REVB=-0.00221512;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151448;STB=0.59227;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0191823;OID=.;OPOS=75312715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:13:15:12:20:13:15:12:21 chr15 75336729 . A G 2402.39 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.085;QD=61.2073;RBI=0.0370493;REFB=0;REVB=-0.00706188;RO=0;SAF=81;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01689e-05;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:76:81:0:0:76:81:0:0 chr15 75498548 . A G 2273.98 PASS AF=1;AO=136;DP=139;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.252;QD=63.166;RBI=0.039497;REFB=0;REVB=0.0267583;RO=0;SAF=71;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33759e-05;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:144:0:0:136:144:1:65:71:0:0:71:73:0:0 chr15 75499602 . C A 1447.11 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257581;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9572;QD=62.9178;RBI=0.0283325;REFB=0;REVB=0.0118004;RO=0;SAF=28;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82333e-05;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:63:28:0:0:64:28:0:0 chr15 75499619 . T C 1434.32 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.638;QD=63.0469;RBI=0.0125899;REFB=0;REVB=-0.0115321;RO=0;SAF=30;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4242e-05;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:61:30:0:0:61:30:0:0 chr15 75499861 . G A 1609.29 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989734;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.248;QD=60.1602;RBI=0.0314674;REFB=0;REVB=0.0298704;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36163e-05;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:59:48:0:0:59:48:0:0 chr15 75499995 . T G 743.18 PASS AF=0.342007;AO=92;DP=277;FAO=92;FDP=269;FR=.;FRO=177;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=81;FSRR=96;FWDB=-0.00186762;FXX=0.0288798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.069;QD=11.051;RBI=0.0120174;REFB=-0.0156615;REVB=0.0118714;RO=166;SAF=53;SAR=39;SRF=79;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113807;STB=0.577885;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0236118;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:269:166:177:92:92:0.342007:39:53:79:87:39:53:81:96 chr15 75503147 . G A 2030.89 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0319537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.587;QD=61.542;RBI=0.0321269;REFB=-0.131007;REVB=0.00333094;RO=1;SAF=63;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748452;STB=0.503936;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000285235;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:68:63:1:0:68:63:1:0 chr15 75650836 . G A 1523.18 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.792;QD=58.5837;RBI=0.0188828;REFB=-0.0787293;REVB=0.0120447;RO=1;SAF=38;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724475;STB=0.503816;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000153622;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:65:38:0:1:65:38:0:1 chr15 75893474 . G A 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0101449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.331;QD=17.8004;RBI=0.0231447;REFB=-0.00353583;REVB=0.0208029;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136729;STB=0.577903;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00519508;OID=.;OPOS=75893474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:8:12:11:13:8:12:11:13 chr15 75971412 . T A 467.76 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0283107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1699;QD=19.9045;RBI=0.0299477;REFB=-0.0268744;REVB=0.00976577;RO=47;SAF=24;SAR=22;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164589;STB=0.595548;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0311909;OID=.;OPOS=75971412;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:48:46:46:0.489362:22:24:16:31:22:24:16:32 chr15 75971505 . T C 227.16 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00998695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.891;QD=21.131;RBI=0.0146344;REFB=-0.0231986;REVB=-0.0106971;RO=21;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11114;STB=0.562754;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0157386;OID=.;OPOS=75971505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:6:16:13:8:6:16:13:8 chr15 75971676 . G T 987.35 PASS AF=0.516129;AO=95;DP=187;FAO=96;FDP=186;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=83;FSRF=23;FSRR=67;FWDB=-0.0793022;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.981;QD=21.2332;RBI=0.0797168;REFB=-0.0356971;REVB=-0.00811956;RO=89;SAF=12;SAR=83;SRF=23;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214252;STB=0.605079;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0260161;OID=.;OPOS=75971676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:89:90:95:96:0.516129:83:12:23:66:83:13:23:67 chr15 75972027 . A C 36.1 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.994;QD=7.59918;RBI=0.00286603;REFB=-0.00847734;REVB=0.00286603;RO=12;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189479;OID=.;OPOS=75972027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:19:12:13:6:6:0.315789:6:0:0:12:6:0:0:13 chr15 75980112 . A G 460.5 PASS AF=0.362416;AO=53;DP=147;FAO=54;FDP=149;FR=.;FRO=95;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.00862886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.004;QD=12.3623;RBI=0.00975874;REFB=-0.00152761;REVB=-0.00455806;RO=94;SAF=21;SAR=32;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129691;STB=0.575408;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00200892;OID=.;OPOS=75980112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:94:95:53:54:0.362416:32:21:48:46:33:21:48:47 chr15 75981550 . C T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0286813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.483;QD=17.0639;RBI=0.0298033;REFB=-0.00587442;REVB=-0.00810073;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103355;STB=0.557828;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00578928;OID=.;OPOS=75981550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:17:11:9:22:17:11:9:22 chr15 75981972 . A G 1198.61 PASS AF=0.478764;AO=124;DP=258;FAO=124;FDP=259;FR=.;FRO=135;FSAF=83;FSAR=41;FSRF=74;FSRR=61;FWDB=-0.00811399;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.853;QD=18.5113;RBI=0.0329644;REFB=-0.0171008;REVB=-0.0319502;RO=132;SAF=83;SAR=41;SRF=74;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110103;STB=0.568062;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0201223;OID=.;OPOS=75981972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:132:135:124:124:0.478764:41:83:74:58:41:83:74:61 chr15 75982072 . G A 232.88 PASS AF=0.124736;AO=59;DP=475;FAO=59;FDP=473;FR=.;FRO=414;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=168;FSRR=246;FWDB=-0.0120443;FXX=0.00421044;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3217;QD=1.96937;RBI=0.0261712;REFB=-0.00120651;REVB=0.023235;RO=413;SAF=14;SAR=45;SRF=167;SRR=246;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23681;STB=0.667747;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00364647;OID=.;OPOS=75982072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:475:473:413:414:59:59:0.124736:45:14:167:246:45:14:168:246 chr15 75982085 . C T 207.19 PASS AF=0.118534;AO=55;DP=471;FAO=55;FDP=464;FR=.;FRO=409;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=163;FSRR=246;FWDB=0.00173058;FXX=0.0148617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.262;QD=1.78608;RBI=0.0129247;REFB=-0.00409664;REVB=-0.0128083;RO=413;SAF=14;SAR=41;SRF=167;SRR=246;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208208;STB=0.64358;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0230668;OID=.;OPOS=75982085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:471:464:413:409:55:55:0.118534:41:14:167:246:41:14:163:246 chr15 75982872 . G A 471.19 PASS AF=0.407692;AO=53;DP=130;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.00751105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3578;QD=14.4981;RBI=0.0709603;REFB=-0.000481117;REVB=0.0705617;RO=77;SAF=25;SAR=28;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366078;STB=0.52062;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.000865465;OID=.;OPOS=75982872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:77:77:53:53:0.407692:28:25:39:38:28:25:39:38 chr15 76019567 . A T 901.61 PASS AF=0.440909;AO=97;DP=222;FAO=97;FDP=220;FR=.;FRO=123;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=57;FSRR=66;FWDB=0.0669307;FXX=0.0178563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1743;QD=16.3929;RBI=0.0704533;REFB=-0.0111274;REVB=-0.0219991;RO=121;SAF=49;SAR=48;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423164;STB=0.523323;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0141518;OID=.;OPOS=76019567;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:220:121:123:97:97:0.440909:48:49:56:65:48:49:57:66 chr15 76030993 . A G 431.98 PASS AF=0.444444;AO=30;DP=113;FAO=48;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=1;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=57;FWDB=-0.150529;FXX=0.0442439;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.339;QD=15.9992;RBI=0.158063;REFB=-0.0353111;REVB=0.0482158;RO=56;SAF=1;SAR=29;SRF=1;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162059;STB=0.525242;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0645519;OID=.;OPOS=76030993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:108:56:58:30:48:0.444444:29:1:1:55:47:1:1:57 chr15 76071821 . G A 136.67 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0163175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8501;QD=10.9337;RBI=0.0192633;REFB=-0.0269698;REVB=-0.0102378;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864058;STB=0.559206;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0543305;OID=.;OPOS=76071821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:7:9:21:12:7:9:22:12 chr15 76074504 . C T 160.65 PASS AF=0.255556;AO=23;DP=90;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0732237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.436;QD=7.14005;RBI=0.0749457;REFB=-0.00635441;REVB=-0.015973;RO=67;SAF=15;SAR=8;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109846;STB=0.566845;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0226585;OID=.;OPOS=76074504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:67:67:23:23:0.255556:8:15:38:29:8:15:38:29 chr15 76074518 . T G 143.85 PASS AF=0.244186;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0177759;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.597;QD=6.69053;RBI=0.0196286;REFB=-0.0120053;REVB=0.00832467;RO=67;SAF=12;SAR=9;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612982;STB=0.525228;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0409992;OID=.;OPOS=76074518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:67:65:21:21:0.244186:9:12:35:32:9:12:35:30 chr15 76078564 . A G 564.3 PASS AF=0.508772;AO=57;DP=114;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00996906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.766;QD=19.8001;RBI=0.0246134;REFB=-0.00577875;REVB=0.0225041;RO=56;SAF=27;SAR=30;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236492;STB=0.516974;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00465998;OID=.;OPOS=76078564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:56:57:58:0.508772:30:27:28:28:31:27:28:28 chr15 76078918 . C T 237.05 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00357908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1955;QD=19.7539;RBI=0.0262046;REFB=-0.0137463;REVB=-0.025959;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200335;STB=0.613282;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.015523;OID=.;OPOS=76078918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:15:8:14:11:15:8:14:11 chr15 76191802 . G A 2010.69 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165444;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4012;QD=61.395;RBI=0.0277054;REFB=-0.0717633;REVB=-0.0222232;RO=0;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-9.06425e-05;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:132:131:0:1:130:130:0.992366:65:65:0:0:65:65:0:1 chr15 76298132 . A G 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0341005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0359;QD=11.4384;RBI=0.0489243;REFB=-0.00377723;REVB=0.035082;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304843;STB=0.680392;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0152103;OID=.;OPOS=76298132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:24:13:13:0.351351:9:4:11:7:9:4:14:10 chr15 76496232 . G A 1510.78 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9617;QD=63.6119;RBI=0.0313387;REFB=0;REVB=-0.0170113;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1669e-05;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:57:38:0:0:57:38:0:0 chr15 76496340 . C T 240.31 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0555586;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.069;QD=41.7927;RBI=0.0617185;REFB=-0.163945;REVB=0.0268778;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.535681;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00381091;OID=.;OPOS=76496340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:23:23:1:2:20:21:0.913043:8:12:1:0:8:13:2:0 chr15 76496954 . TGGGGGGG TGGGGGG,TGGGGGGC 142.55 PASS AF=0.221719,0.0723982;AO=58,21;DP=225;FAO=49,16;FDP=221;FR=.;FRO=156;FSAF=23,16;FSAR=26,0;FSRF=97;FSRR=59;FWDB=-0.0227254,0.0498671;FXX=0.0432882;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.18695,22.157;QD=2.58017;RBI=0.0890377,0.0888673;REFB=-0.144218,-0.0739189;REVB=-0.0860888,0.0735572;RO=110;SAF=32,21;SAR=26,0;SRF=73;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.131935,0.683699;STB=0.614733,0.99918;STBP=0.072,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.1058,0.139457;OID=.,.;OPOS=76496955,76496961;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGGGG,TGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.221719,0.0723982:58,21:225:49,16:221:156:23,16:26,0:97:59:72:110:32,21:26,0:73:37 chr15 76496977 . G C 4284.37 PASS AF=1;AO=272;DP=272;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804801;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.685;QD=63.0054;RBI=0.014298;REFB=0;REVB=-0.0118179;RO=0;SAF=140;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62344e-05;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:272:272:0:0:272:272:1:132:140:0:0:132:140:0:0 chr15 76630303 . T C 2287.62 PASS AF=0.433099;AO=246;DP=573;FAO=246;FDP=568;FR=.;FRO=322;FSAF=122;FSAR=124;FSRF=169;FSRR=153;FWDB=-0.0709481;FXX=0.0104528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.275;QD=16.11;RBI=0.0711538;REFB=-0.00620063;REVB=0.00540647;RO=306;SAF=122;SAR=124;SRF=153;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00407747;STB=0.516384;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00696039;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:573:568:306:322:246:246:0.433099:124:122:153:153:124:122:169:153 chr15 76634680 . T C 392.05 PASS AF=0.367188;AO=47;DP=128;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.00109038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.148;QD=12.2515;RBI=0.0303847;REFB=0.003927;REVB=0.0303652;RO=81;SAF=23;SAR=24;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00495418;STB=0.502826;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00681321;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:81:81:47:47:0.367188:24:23:40:41:24:23:40:41 chr15 76673716 . T C 659.02 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.000856676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.743;QD=21.6073;RBI=0.0193398;REFB=-0.0153668;REVB=0.0193208;RO=57;SAF=30;SAR=35;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103895;STB=0.505702;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0144056;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:57:57:65:65:0.532787:35:30:27:30:35:30:27:30 chr15 76726465 . G T 770.11 PASS AF=0.42029;AO=87;DP=206;FAO=87;FDP=207;FR=.;FRO=120;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=65;FSRR=55;FWDB=-0.0292596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1793;QD=14.8813;RBI=0.0512102;REFB=-0.0445847;REVB=-0.0420281;RO=114;SAF=46;SAR=41;SRF=63;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244472;STB=0.500838;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0361246;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:114:120:87:87:0.42029:41:46:63:51:40:47:65:55 chr15 77176158 . T C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0191015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.934;QD=16.7279;RBI=0.0251524;REFB=-0.0405718;REVB=0.0163639;RO=19;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230172;STB=0.633959;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0312099;OID=.;OPOS=77176158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:13:3:7:12:13:3:7:12 chr15 77176200 . A T 138.96 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0188909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.511;QD=19.8516;RBI=0.0322435;REFB=-0.00452814;REVB=-0.0261299;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381393;STB=0.521709;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00601011;OID=.;OPOS=77176200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:12:3:3:10:12:3:3:10 chr15 77324880 . A G 541.34 PASS AF=0.407643;AO=53;DP=147;FAO=64;FDP=157;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.0109097;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.459;QD=13.7921;RBI=0.0199533;REFB=-0.0172037;REVB=0.0167066;RO=89;SAF=24;SAR=29;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668337;STB=0.517729;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.026073;OID=.;OPOS=77324880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:157:89:93:53:64:0.407643:29:24:35:54:39:25:39:54 chr15 77325279 . C T 1634.71 PASS AF=0.478134;AO=164;DP=345;FAO=164;FDP=343;FR=.;FRO=179;FSAF=80;FSAR=84;FSRF=93;FSRR=86;FWDB=0.00535016;FXX=0.00867027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.085;QD=19.0636;RBI=0.0053622;REFB=-0.0216571;REVB=-0.000359158;RO=176;SAF=80;SAR=84;SRF=91;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275358;STB=0.516563;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0209139;OID=.;OPOS=77325279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:343:176:179:164:164:0.478134:84:80:91:85:84:80:93:86 chr15 77405002 . TACACAC T,TACATAC 138.89 PASS AF=0.761905,0.0714286;AO=10,3;DP=18;FAO=32,3;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=22,0;FSAR=10,3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.102829,0.00736598;FXX=0.0869376;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=45.3165,40.398;QD=13.2277;RBI=0.114613,0.0488784;REFB=-0.0408883,0.00973315;REVB=0.0506199,-0.0483202;RO=0;SAF=1,0;SAR=9,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,0;STB=0.578896,0.994663;STBP=0.065,0.232;TYPE=del,snp;VARB=0.137979,0.11893;OID=.,.;OPOS=77405003,77405006;OREF=ACACAC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TACATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.761905,0.0714286:10,3:18:32,3:42:7:22,0:10,3:2:5:75:0:1,0:9,3:0:0 chr15 77907145 . G A 1792.07 PASS AF=0.960317;AO=121;DP=126;FAO=121;FDP=126;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0336096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.609;QD=56.8912;RBI=0.0336114;REFB=-0.0494584;REVB=-0.000347469;RO=5;SAF=46;SAR=75;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332435;STB=0.517524;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00365772;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:126:126:5:5:121:121:0.960317:75:46:4:1:75:46:4:1 chr15 77907535 . C G 3515.47 PASS AF=1;AO=224;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.626;QD=62.7763;RBI=0.00888908;REFB=0;REVB=-0.00845791;RO=0;SAF=56;SAR=168;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27091e-06;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:224:0:0:224:224:1:168:56:0:0:168:56:0:0 chr15 77907775 . T C 1807.41 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358624;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.656;QD=61.2683;RBI=0.0407692;REFB=0;REVB=0.0193911;RO=0;SAF=67;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25683e-05;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:51:67:0:0:51:67:0:0 chr15 77907784 . G A 1967.74 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.676;QD=61.976;RBI=0.0319983;REFB=0;REVB=-0.00661012;RO=0;SAF=71;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.695e-05;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:125:127:1:54:71:0:0:55:72:0:0 chr15 78208880 . G A 3311.75 PASS AF=1;AO=214;DP=215;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450779;FXX=0.00465095;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.3755;QD=61.9018;RBI=0.0342886;REFB=-0.0227068;REVB=0.033991;RO=0;SAF=96;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73936e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59379e-05;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:215:214:0:0:214:214:1:118:96:0:0:118:96:0:0 chr15 78209131 . T C 157.23 PASS AF=0.9375;AO=11;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.135887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3649;QD=39.3077;RBI=0.135989;REFB=-0.0413503;REVB=0.00525892;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0016834;OID=.;OPOS=78209131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:11:15:0.9375:5:6:0:0:5:10:1:0 chr15 78209436 . C T 1478.65 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114301;FXX=0.0210504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.315;QD=63.598;RBI=0.011669;REFB=0;REVB=-0.00234921;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73376e-05;OID=.;OPOS=78209436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:92:93:1:41:51:0:0:41:52:0:0 chr15 78211345 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.311;QD=62.9079;RBI=0.0233375;REFB=0;REVB=-0.0196068;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37859e-05;OID=.;OPOS=78211345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr15 78276660 . A G 1591.58 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032986;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.435;QD=60.0598;RBI=0.0354786;REFB=0;REVB=-0.0130635;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36905e-05;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:53:52:0:0:53:53:0:0 chr15 78403004 . A G 1556.48 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.48;QD=59.8648;RBI=0.00769266;REFB=0;REVB=-0.00646149;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31067e-06;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:45:59:0:0:45:59:0:0 chr15 78565478 . C T 546.04 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00125428;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.75;QD=18.6679;RBI=0.010199;REFB=-0.0171574;REVB=-0.0101215;RO=61;SAF=31;SAR=26;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486945;STB=0.522569;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0171187;OID=.;OPOS=78565478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:61:60:57:57:0.487179:26:31:30:31:26:31:30:30 chr15 78587910 . A G 3167.34 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.55;QD=61.8018;RBI=0.0489862;REFB=0;REVB=0.00145922;RO=0;SAF=97;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14829e-05;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:205:0:0:201:205:1:104:97:0:0:105:100:0:0 chr15 78632830 . C G 1896.83 PASS AF=0.438034;AO=203;DP=468;FAO=205;FDP=468;FR=.;FRO=263;FSAF=112;FSAR=93;FSRF=180;FSRR=83;FWDB=-0.000457061;FXX=0.0147365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3842;QD=16.2122;RBI=0.00971786;REFB=-0.000511217;REVB=0.0097071;RO=253;SAF=110;SAR=93;SRF=177;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162457;STB=0.579407;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-9.2728e-05;OID=.;OPOS=78632830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:468:468:253:263:203:205:0.438034:93:110:177:76:93:112:180:83 chr15 78633595 . T G 2158.46 PASS AF=0.992806;AO=125;DP=128;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0300605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.888;QD=62.114;RBI=0.0634256;REFB=-0.186581;REVB=0.0558496;RO=1;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736657;STB=0.503311;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000306114;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:139:1:1:125:138:0.992806:64:61:0:1:75:63:0:1 chr15 78758677 . G C 2246.69 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.47;QD=62.8445;RBI=0.029317;REFB=0;REVB=-0.00489268;RO=0;SAF=74;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267782;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:143:0:0:138:143:1:64:74:0:0:64:79:0:0 chr15 78780104 . T C 1508.95 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0226618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.023;QD=60.3581;RBI=0.0256345;REFB=0.00040358;REVB=0.0119821;RO=2;SAF=41;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00303283;STB=0.50748;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=2.4031e-05;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:100:2:3:97:97:0.97:56:41:1:1:56:41:2:1 chr15 78789488 . C T 287.6 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0338846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.395;QD=15.978;RBI=0.0381054;REFB=-0.0161471;REVB=-0.0174314;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109335;STB=0.552599;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0175468;OID=.;OPOS=78789488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:31:32:0.444444:16:15:15:25:17:15:15:25 chr15 78789672 . A G 295.43 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0292412;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.021;QD=22.2965;RBI=0.0296495;REFB=-0.014139;REVB=0.00490408;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852991;STB=0.547139;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00848821;OID=.;OPOS=78789672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:23:30:30:0.566038:15:15:14:9:15:15:14:9 chr15 78790841 . A G 579.67 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.00978494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.644;QD=17.1753;RBI=0.0122534;REFB=-0.0162199;REVB=0.00737572;RO=72;SAF=15;SAR=46;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107196;STB=0.554712;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0180331;OID=.;OPOS=78790841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:74:61:61:0.451852:46:15:24:48:46:15:24:50 chr15 78841220 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.973;QD=58.4191;RBI=0.0584773;REFB=0;REVB=0.0133766;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109739;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr15 78885574 . T A 608.36 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.00748725;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.194;QD=20.978;RBI=0.0136364;REFB=-0.0142991;REVB=0.011397;RO=55;SAF=20;SAR=41;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344926;STB=0.509395;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0125324;OID=.;OPOS=78885574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:55:55:61:61:0.525862:41:20:20:35:41:20:19:36 chr15 78887709 . G GTCTC 855.27 PASS AF=0.462766;AO=86;DP=199;FAO=87;FDP=188;FR=.;FRO=101;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=0.00588957;FXX=0.0408142;HRUN=1;LEN=4;MLLD=258.34;QD=18.1973;RBI=0.00617932;REFB=-0.0153622;REVB=-0.00187002;RO=108;SAF=41;SAR=45;SRF=42;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088683;STB=0.557509;STBP=0.155;TYPE=ins;VARB=0.0194014;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462766:86:199:87:188:101:42:45:38:63:99:108:41:45:42:66 chr15 78911181 . T C 325.96 PASS AF=0.385417;AO=36;DP=95;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0163624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.248;QD=13.5817;RBI=0.0184421;REFB=0.00306145;REVB=-0.00850767;RO=58;SAF=20;SAR=16;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603384;STB=0.546973;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00464389;OID=.;OPOS=78911181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:58:59:36:37:0.385417:16:20:29:29:16:21:29:30 chr15 79054900 . C G 293.98 PASS AF=0.425;AO=29;DP=76;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0451837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0499;QD=14.6991;RBI=0.0524336;REFB=-0.0254106;REVB=0.0266029;RO=47;SAF=8;SAR=21;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158031;STB=0.623367;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.036189;OID=.;OPOS=79054900;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:47:46:29:34:0.425:21:8:19:28:26:8:19:27 chr15 79058378 . A G 35.11 PASS AF=0.230769;AO=3;DP=13;FAO=3;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00530755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.801;QD=10.8035;RBI=0.0194769;REFB=-0.0095162;REVB=-0.0187398;RO=6;SAF=1;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208152;STB=0.665772;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0142328;OID=.;OPOS=79058378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:13:13:6:7:3:3:0.230769:2:1:1:5:2:1:1:6 chr15 79058572 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.793;QD=55.6555;RBI=0.0779085;REFB=0;REVB=0.0666411;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415571;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr15 79058923 . G A 1544.01 PASS AF=0.947368;AO=108;DP=114;FAO=108;FDP=114;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00574912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.4162;QD=54.1758;RBI=0.0133254;REFB=-0.0548554;REVB=-0.0120214;RO=5;SAF=67;SAR=41;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544401;STB=0.534084;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000436239;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:114:114:5:6:108:108:0.947368:41:67:0:5:41:67:0:6 chr15 79058960 . G A 889.29 PASS AF=0.469072;AO=89;DP=193;FAO=91;FDP=194;FR=.;FRO=103;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=-0.00424869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.866;QD=18.3359;RBI=0.0428918;REFB=-0.0104087;REVB=0.0426808;RO=102;SAF=44;SAR=45;SRF=62;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109501;STB=0.56267;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.014973;OID=.;OPOS=79058960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:102:103:89:91:0.469072:45:44:62:40:47:44:62:41 chr15 79066581 . G A 944.83 PASS AF=0.508197;AO=93;DP=184;FAO=93;FDP=183;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.00893807;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.217;QD=20.652;RBI=0.009231;REFB=-0.0153289;REVB=0.002307;RO=90;SAF=40;SAR=53;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731315;STB=0.540167;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0121591;OID=.;OPOS=79066581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:90:90:93:93:0.508197:53:40:46:44:53:40:46:44 chr15 79082108 . C T 637.18 PASS AF=0.440994;AO=70;DP=161;FAO=71;FDP=161;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0223537;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.68;QD=15.8306;RBI=0.0276315;REFB=-0.0213115;REVB=0.0162422;RO=90;SAF=39;SAR=31;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124545;STB=0.558489;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0275745;OID=.;OPOS=79082108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:90:90:70:71:0.440994:31:39:39:51:32:39:40:50 chr15 79089007 . T C 1880.53 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00375978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.365;QD=60.6622;RBI=0.0588267;REFB=-0.0887126;REVB=0.0587064;RO=1;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085597;STB=0.504504;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00040233;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:55:68:0:1:55:68:0:1 chr15 79089111 . A G 472.88 PASS AF=0.485437;AO=49;DP=104;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.013656;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.476;QD=18.3644;RBI=0.0171014;REFB=-0.00501559;REVB=0.0102943;RO=53;SAF=24;SAR=25;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878201;STB=0.543308;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00629399;OID=.;OPOS=79089111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:53:53:49:50:0.485437:25:24:21:32:26:24:21:32 chr15 79092750 . G C 1629.62 PASS AF=0.443299;AO=171;DP=387;FAO=172;FDP=388;FR=.;FRO=216;FSAF=92;FSAR=80;FSRF=119;FSRR=97;FWDB=-0.00619426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.859;QD=16.8002;RBI=0.0348774;REFB=-0.00763161;REVB=0.0343229;RO=216;SAF=91;SAR=80;SRF=119;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190155;STB=0.508985;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0103826;OID=.;OPOS=79092750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:388:216:216:171:172:0.443299:80:91:119:97:80:92:119:97 chr15 79152897 . T C 1489.4 PASS AF=0.473684;AO=153;DP=325;FAO=153;FDP=323;FR=.;FRO=170;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=111;FSRR=59;FWDB=0.00213613;FXX=0.00615366;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.177;QD=18.4445;RBI=0.00231517;REFB=-0.0123632;REVB=0.000892711;RO=168;SAF=81;SAR=72;SRF=111;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126635;STB=0.565737;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0128531;OID=.;OPOS=79152897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:323:168:170:153:153:0.473684:72:81:111:57:72:81:111:59 chr15 79189579 . TCTTC CTTTC,TCTTT,TCTTTTC 161.32 PASS AF=0,0.179487,0.282051;AO=4,7,7;DP=45;FAO=0,7,11;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=0,5,9;FSAR=0,2,2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0613128,-0.0169839,-0.0467627;FXX=0.133304;HRUN=6,1,2;LEN=2,1,2;MLLD=22.7261,228.61,25.7937;QD=16.5454;RBI=0.203807,0.0392655,0.199213;REFB=-0.0520457,-0.0174625,-0.061996;REVB=-0.194365,-0.0354024,-0.193646;RO=17;SAF=0,5,5;SAR=4,2,2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.731236,0.0114368,0.0114368;STB=0.5,0.617624,0.701714;STBP=1,0.487,0.157;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0.072709,0.0527987,-0.0166231;OID=.,.,.;OPOS=79189579,79189583,79189581;OREF=TC,C,-;OALT=CT,T,TT;OMAPALT=CTTTC,TCTTT,TCTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:87:45:39:17:21:4,7,7:0,7,11:0,0.179487,0.282051:4,2,2:0,5,5:12:5:0,2,2:0,5,9:12:9 chr15 79191209 . C T 455.07 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00770688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.102;QD=16.5479;RBI=0.0112039;REFB=-0.00895897;REVB=-0.00813217;RO=60;SAF=30;SAR=20;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831694;STB=0.54645;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0147319;OID=.;OPOS=79191209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:60:50:50:0.454545:20:30:31:29:20:30:31:29 chr15 79217690 . G C 1216.94 PASS AF=0.975904;AO=78;DP=81;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0411824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.149;QD=58.6477;RBI=0.0413431;REFB=-0.0859807;REVB=-0.00364196;RO=2;SAF=28;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326087;STB=0.515621;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00935327;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:83:2:2:78:81:0.975904:50:28:2:0:50:31:2:0 chr15 79224747 . C T 834.43 PASS AF=0.505952;AO=84;DP=167;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.017558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.868;QD=19.8673;RBI=0.0205001;REFB=-0.00203021;REVB=-0.0105818;RO=83;SAF=45;SAR=39;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269045;STB=0.517431;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00256024;OID=.;OPOS=79224747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:83:83:84:85:0.505952:39:45:42:41:39:46:42:41 chr15 79231518 . A G 538.6 PASS AF=0.525773;AO=50;DP=94;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.001054;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.222;QD=22.2101;RBI=0.0180717;REFB=-0.0105386;REVB=-0.018041;RO=43;SAF=12;SAR=38;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263379;STB=0.657237;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.018521;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:43:46:50:51:0.525773:38:12:22:21:39:12:24:22 chr15 79231526 . A AG 374.2 PASS AF=0.558824;AO=29;DP=85;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00299285;FXX=0.0422476;HRUN=0;LEN=1;MLLD=222.479;QD=22.0115;RBI=0.0379053;REFB=-0.0394548;REVB=-0.0377869;RO=54;SAF=4;SAR=25;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440362;STB=0.537017;STBP=0.554;TYPE=ins;VARB=0.0378461;OID=.;OPOS=79231527;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558824:29:85:38:68:30:9:29:9:21:99:54:4:25:24:30 chr15 79231527 . A G 60.37 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=85;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.0117115;FXX=0.0117633;HRUN=10;LEN=1;MLLD=159.4;QD=2.87485;RBI=0.0280386;REFB=-0.0024109;REVB=-0.0254756;RO=72;SAF=5;SAR=8;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695092;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00872672;OID=.;OPOS=79231527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:85:84:72:72:13:12:0.142857:8:5:24:48:8:4:24:48 chr15 79277247 . A C 3901.83 PASS AF=1;AO=242;DP=242;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100151;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.598;QD=63.9644;RBI=0.0110952;REFB=0;REVB=0.00477508;RO=0;SAF=125;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00754e-05;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:244:0:0:242:244:1:117:125:0:0:118:126:0:0 chr15 79586361 . T C 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.587;QD=56.1805;RBI=0.0250812;REFB=0;REVB=0.0139996;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28745e-05;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr15 79587964 . C A 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0240074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=347.211;QD=18.6057;RBI=0.0268721;REFB=0.00377211;REVB=0.0120729;RO=42;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175319;STB=0.509773;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00409737;OID=.;OPOS=79587964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:23:16:18:24:23:16:18:24 chr15 79588710 . C T 499.07 PASS AF=0.457627;AO=53;DP=109;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.0207878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.764;QD=16.9176;RBI=0.0472287;REFB=-0.0220289;REVB=-0.0424078;RO=56;SAF=26;SAR=27;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908563;STB=0.566621;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0272483;OID=.;OPOS=79588710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:118:56:64:53:54:0.457627:27:26:22:34:28:26:23:41 chr15 79589174 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.566;QD=60.2306;RBI=0.058278;REFB=0;REVB=0.0564598;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103443;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr15 79590208 . A G 623.69 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00389519;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.522;QD=59.399;RBI=0.00890733;REFB=0.0480052;REVB=0.0080105;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00111207;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:0:1:23:18:0:1 chr15 79606137 . G A 1767.68 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.409;QD=60.9546;RBI=0.0153356;REFB=0;REVB=0.00746014;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90105e-06;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:50:65:0:0:51:65:0:0 chr15 79614418 . A G 3834.4 PASS AF=0.992032;AO=249;DP=252;FAO=249;FDP=251;FR=.;FRO=2;FSAF=125;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00394511;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.536;QD=61.1059;RBI=0.01658;REFB=-0.139577;REVB=-0.0161038;RO=0;SAF=125;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=9.95853e-05;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:252:251:0:2:249:249:0.992032:124:125:0:0:124:125:0:2 chr15 79675301 . T C 434.72 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00123503;FXX=0.00934492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7295;QD=16.4045;RBI=0.0935255;REFB=0.00306372;REVB=-0.0935174;RO=52;SAF=32;SAR=16;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164232;STB=0.61433;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0067371;OID=.;OPOS=79675301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:106:52:58:48:48:0.45283:16:32:26:26:16:32:27:31 chr15 79749155 . C T 605.52 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00424832;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.611;QD=18.7757;RBI=0.0105931;REFB=-0.00932241;REVB=0.00970391;RO=67;SAF=38;SAR=24;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087375;STB=0.548438;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00847682;OID=.;OPOS=79749155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:67:67:62:62:0.48062:24:38:35:32:24:38:35:32 chr15 79750127 . A G 202.05 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0147321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.28;QD=15.8471;RBI=0.0165056;REFB=-0.0130282;REVB=-0.00744328;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203914;STB=0.606232;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0267167;OID=.;OPOS=79750127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:27:28:22:23:0.45098:7:15:13:14:8:15:13:15 chr15 79750256 . A G 197.63 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00647118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7153;QD=14.6392;RBI=0.0445969;REFB=-0.0286157;REVB=-0.0441249;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783139;STB=0.552629;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0362779;OID=.;OPOS=79750256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:12:11:12:18:12:11:12:19 chr15 79750307 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.435;QD=62.9827;RBI=0.0268052;REFB=0;REVB=0.0252268;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138308;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr15 79755604 . A G 752.36 PASS AF=0.414634;AO=84;DP=204;FAO=85;FDP=205;FR=.;FRO=120;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=-0.00385599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.331;QD=14.6801;RBI=0.00923916;REFB=-0.00276489;REVB=-0.00839604;RO=114;SAF=54;SAR=30;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178728;STB=0.608209;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00438658;OID=.;OPOS=79755604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:114:120:84:85:0.414634:30:54:54:60:30:55:56:64 chr15 79761231 . T C 823.0 PASS AF=0.534247;AO=76;DP=144;FAO=78;FDP=146;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.00889525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.883;QD=22.5478;RBI=0.0291684;REFB=-0.0339515;REVB=0.0277789;RO=68;SAF=31;SAR=45;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167943;STB=0.59596;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0196594;OID=.;OPOS=79761231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:68:68:76:78:0.534247:45:31:41:27:47:31:41:27 chr15 79764056 . G T 279.96 PASS AF=0.411765;AO=9;DP=39;FAO=14;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0504456;FXX=0.17069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.098;QD=32.9366;RBI=0.0614282;REFB=-0.0451575;REVB=0.0350523;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590428;STB=0.611608;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.05818;OID=.;OPOS=79764056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:39:34:14:10:9:14:0.411765:8:1:9:5:8:6:7:3 chr15 79764365 . AGT AGA,A 952.94 PASS AF=0,0.450893;AO=21,89;DP=243;FAO=0,101;FDP=224;FR=.;FRO=123;FSAF=0,50;FSAR=0,51;FSRF=44;FSRR=79;FWDB=-0.057153,-0.00146406;FXX=0.0705365;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=56.1843,248.372;QD=17.0168;RBI=0.0614441,0.0107419;REFB=0.00335625,-0.015381;REVB=0.0225589,-0.0106417;RO=123;SAF=6,44;SAR=15,45;SRF=44;SRR=79;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.103647,0.14258;STB=0.5,0.575512;STBP=1,0.049;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0173681;OID=.,.;OPOS=79764367,79764366;OREF=T,GT;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.450893:21,89:243:0,101:224:123:0,50:0,51:44:79:99:123:6,44:15,45:44:79 chr15 80191343 . G A 603.86 PASS AF=0.42236;AO=68;DP=161;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.00284512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.287;QD=15.0026;RBI=0.0126981;REFB=0.00102945;REVB=-0.0123752;RO=93;SAF=36;SAR=32;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691153;STB=0.538675;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00144123;OID=.;OPOS=80191343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:93:93:68:68:0.42236:32:36:43:50:32:36:43:50 chr15 80215300 . T C 787.46 PASS AF=0.528169;AO=75;DP=142;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.00390097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.627;QD=22.182;RBI=0.0283938;REFB=-0.0168843;REVB=-0.0281246;RO=66;SAF=28;SAR=47;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323126;STB=0.514834;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0126972;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:66:67:75:75:0.528169:47:28:27:39:47:28:27:40 chr15 80216532 . A T 976.34 PASS AF=0.485577;AO=101;DP=209;FAO=101;FDP=208;FR=.;FRO=107;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=37;FSRR=70;FWDB=-0.0165267;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.488;QD=18.7757;RBI=0.020798;REFB=-0.00375836;REVB=-0.0126264;RO=107;SAF=36;SAR=65;SRF=37;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010871;STB=0.505985;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0030604;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:107:107:101:101:0.485577:65:36:37:70:65:36:37:70 chr15 80217100 . A G 667.66 PASS AF=0.394737;AO=75;DP=190;FAO=75;FDP=190;FR=.;FRO=115;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=0.0171219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8898;QD=14.0559;RBI=0.0180182;REFB=-0.0132779;REVB=-0.00561197;RO=115;SAF=30;SAR=45;SRF=56;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951757;STB=0.553634;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0246193;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:115:115:75:75:0.394737:45:30:56:59:45:30:56:59 chr15 80259964 . C T 691.03 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.010451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9876;QD=49.3595;RBI=0.0219591;REFB=-0.00468496;REVB=-0.0193126;RO=4;SAF=29;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262506;STB=0.513961;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00208791;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:4:4:52:52:0.928571:23:29:3:1:23:29:3:1 chr15 80260014 . T C 902.3 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00217779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5519;QD=58.2126;RBI=0.00312013;REFB=0;REVB=-0.00223438;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03481e-05;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr15 80263217 . C T 1607.07 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.11;QD=64.2827;RBI=0.0584247;REFB=0;REVB=0.0239995;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.65138e-05;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:54:46:0:0:54:46:0:0 chr15 80263345 . A C,T 1463.22 PASS AF=0.94,0.06;AO=93,6;DP=99;FAO=94,6;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51,4;FSAR=43,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272835,-0.0273013;FXX=0.00990001;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=284.116,241.753;QD=58.5289;RBI=0.0333514,0.0360072;REFB=0,0;REVB=-0.0191814,-0.0234767;RO=0;SAF=50,4;SAR=43,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000814296,0.0241323;OID=.,.;OPOS=80263345,80263345;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:99:100:0:0:93,6:94,6:0.94,0.06:43,2:50,4:0:0:43,2:51,4:0:0 chr15 80263406 . C T 801.8 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6137;QD=57.2717;RBI=0.0573289;REFB=0;REVB=0.00728365;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670811;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:29:27:0:0 chr15 80472561 . C T 2175.19 PASS AF=0.532134;AO=206;DP=391;FAO=207;FDP=389;FR=.;FRO=182;FSAF=115;FSAR=92;FSRF=96;FSRR=86;FWDB=0.018139;FXX=0.0176763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3326;QD=22.367;RBI=0.0256527;REFB=-0.0209594;REVB=0.0181395;RO=178;SAF=115;SAR=91;SRF=95;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211276;STB=0.513263;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0205504;OID=.;OPOS=80472561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:389:178:182:206:207:0.532134:91:115:95:83:92:115:96:86 chr15 80987812 . T C 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7332;QD=37.481;RBI=0.0623037;REFB=0;REVB=0.0392073;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000613636;OID=.;OPOS=80987812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr15 81047404 . T C 578.89 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.0389381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6336;QD=21.6405;RBI=0.0535527;REFB=0.000699693;REVB=0.0367657;RO=48;SAF=30;SAR=28;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220016;STB=0.614559;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000893777;OID=.;OPOS=81047404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:48:49:58:58:0.542056:28:30:12:36:28:30:13:36 chr15 81047829 . C A 502.36 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=49;FWDB=0.00564638;FXX=0.0319974;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.921;QD=16.6071;RBI=0.00626317;REFB=-0.00416432;REVB=-0.00271029;RO=69;SAF=31;SAR=23;SRF=18;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307214;STB=0.664426;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00514234;OID=.;OPOS=81047829;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:69:67:54:54:0.446281:23:31:18:51:23:31:18:49 chr15 81212608 . G A 1349.42 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00829612;FXX=0.0222198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.719;QD=61.3373;RBI=0.0135181;REFB=-0.0594067;REVB=-0.010673;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000193704;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:86:87:0.988636:54:32:0:0:55:32:1:0 chr15 81592802 . A G 1321.72 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.488;QD=62.1988;RBI=0.0227299;REFB=0;REVB=0.0174692;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6268e-05;OID=.;OPOS=81592802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:0:0:81:85:1:43:38:0:0:45:40:0:0 chr15 81598269 . T G 2945.43 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.483;QD=62.3372;RBI=0.0110577;REFB=0;REVB=0.00746927;RO=0;SAF=79;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67528e-06;OID=.;OPOS=81598269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:189:0:0:184:189:1:105:79:0:0:108:81:0:0 chr15 81598416 . G A 738.71 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0214;QD=54.7193;RBI=0.028183;REFB=-0.0988264;REVB=-0.023357;RO=1;SAF=38;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303689;STB=0.516123;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00899651;OID=.;OPOS=81598416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:15:38:0:1:15:38:0:1 chr15 81600995 . A G 2290.59 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043147;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.494;QD=61.0825;RBI=0.043409;REFB=0;REVB=-0.00476219;RO=0;SAF=68;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55778e-05;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:82:68:0:0:82:68:0:0 chr15 81616329 . G A 286.69 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-1.26616e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.255;QD=11.3541;RBI=0.00819026;REFB=-0.0148099;REVB=-0.00819026;RO=64;SAF=9;SAR=26;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156611;STB=0.594428;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0196725;OID=.;OPOS=81616329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:66:35:35:0.346535:26:9:24:40:26:9:25:41 chr15 81624768 . C T 415.1 PASS AF=0.431193;AO=45;DP=107;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0106218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.864;QD=15.233;RBI=0.0188998;REFB=-0.010349;REVB=0.0156327;RO=62;SAF=28;SAR=17;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112325;STB=0.559011;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0135951;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:62:62:45:47:0.431193:17:28:32:30:18:29:32:30 chr15 81625028 . C T 542.17 PASS AF=0.371429;AO=60;DP=170;FAO=65;FDP=175;FR=.;FRO=110;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=65;FSRR=45;FWDB=-0.00359794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.468;QD=12.3924;RBI=0.00415479;REFB=-0.0103355;REVB=0.00207776;RO=110;SAF=44;SAR=16;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184443;STB=0.607684;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0179709;OID=.;OPOS=81625028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:175:110:110:60:65:0.371429:16:44:65:45:17:48:65:45 chr15 81636267 . C T 352.12 PASS AF=0.392523;AO=41;DP=106;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0166031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.16;QD=13.1633;RBI=0.0177931;REFB=-0.00851859;REVB=0.00639779;RO=65;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784042;STB=0.551378;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0140883;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:65:65:41:42:0.392523:21:20:27:38:21:21:27:38 chr15 82443939 . G A 438.83 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0123252;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3434;QD=17.553;RBI=0.0422618;REFB=-0.0105056;REVB=-0.0404246;RO=52;SAF=22;SAR=25;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120449;STB=0.561653;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0160042;OID=.;OPOS=82443939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:53:47:47:0.47:25:22:31:21:25:22:31:22 chr15 82444437 . A G 640.41 PASS AF=0.485075;AO=65;DP=135;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.000362995;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.922;QD=19.1168;RBI=0.0158035;REFB=-0.0107562;REVB=0.0157993;RO=66;SAF=35;SAR=30;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213577;STB=0.516124;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0132479;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:66:69:65:65:0.485075:30:35:34:32:30:35:35:34 chr15 82512429 . C G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9339;QD=61.5359;RBI=0.00646185;REFB=0;REVB=-0.000451369;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30361e-05;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:51:30:0:0:51:30:0:0 chr15 82555242 . A G 830.93 PASS AF=0.457895;AO=76;DP=179;FAO=87;FDP=190;FR=.;FRO=103;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.0105305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.722;QD=17.4932;RBI=0.0192602;REFB=-0.0264154;REVB=0.0161266;RO=103;SAF=40;SAR=36;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520683;STB=0.503816;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0337623;OID=.;OPOS=82555242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:190:103:103:76:87:0.457895:36:40:49:54:45:42:49:54 chr15 82558034 . G C 514.3 PASS AF=0.440945;AO=54;DP=125;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00959147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.019;QD=16.1984;RBI=0.0100665;REFB=-0.000816379;REVB=-0.00305582;RO=68;SAF=30;SAR=24;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181955;STB=0.523531;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000916565;OID=.;OPOS=82558034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:68:71:54:56:0.440945:24:30:39:29:26:30:41:30 chr15 82563991 . C T 575.11 PASS AF=0.472441;AO=59;DP=126;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.00565812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.843;QD=18.1137;RBI=0.0347188;REFB=-0.00241371;REVB=-0.0342547;RO=67;SAF=29;SAR=30;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128263;STB=0.566355;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00203202;OID=.;OPOS=82563991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:67:67:59:60:0.472441:30:29:24:43:31:29:24:43 chr15 82574879 . T C 81.6 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0180527;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.476;QD=7.77155;RBI=0.0207529;REFB=-0.0028678;REVB=0.0102364;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069427;STB=0.543299;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00883585;OID=.;OPOS=82574879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:43:42:31:31:11:11:0.261905:7:4:13:18:7:4:13:18 chr15 82636940 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8335;QD=49.5965;RBI=0.0945277;REFB=0;REVB=-0.0931635;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00233865;OID=.;OPOS=82636940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr15 82636963 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00386291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.648;QD=18.4832;RBI=0.0484923;REFB=-0.012016;REVB=0.0483382;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382695;STB=0.521716;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0191297;OID=.;OPOS=82636963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:8:13:11:8:8:13 chr15 82637061 . C T 1560.82 PASS AF=0.888889;AO=112;DP=126;FAO=112;FDP=126;FR=.;FRO=14;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0762705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.558;QD=49.55;RBI=0.0819923;REFB=-0.155031;REVB=0.0300921;RO=12;SAF=58;SAR=54;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733156;STB=0.537842;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0111263;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:126:126:12:14:112:112:0.888889:54:58:11:1:54:58:12:2 chr15 82637079 . C T 1517.86 PASS AF=0.915254;AO=108;DP=118;FAO=108;FDP=118;FR=.;FRO=10;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0632265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.156;QD=51.4527;RBI=0.0645923;REFB=-0.109308;REVB=0.0132129;RO=10;SAF=54;SAR=54;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641444;STB=0.533892;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00308775;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:118:118:10:10:108:108:0.915254:54:54:9:1:54:54:9:1 chr15 82637159 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.824;QD=33.4285;RBI=0.106342;REFB=0;REVB=-0.00476953;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216327;OID=.;OPOS=82637159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr15 83014106 . T C 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.008;QD=56.7011;RBI=0.0310323;REFB=0;REVB=0.0305988;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316186;OID=.;OPOS=83014106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr15 83215251 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.51;QD=59.1432;RBI=0.00917037;REFB=0;REVB=0.00123967;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34751e-05;OID=.;OPOS=83215251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:41:25:0:0:41:26:0:0 chr15 83224696 . C T 3625.68 PASS AF=1;AO=229;DP=232;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139206;FXX=0.0127654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.645;QD=62.5117;RBI=0.0310806;REFB=-0.0226966;REVB=0.0277889;RO=2;SAF=105;SAR=124;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00762344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68652e-05;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:232:232:2:0:229:232:1:124:105:0:2:125:107:0:0 chr15 83297138 . C T 1531.06 PASS AF=1;AO=82;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.073;QD=63.7943;RBI=0.0815548;REFB=0;REVB=0.0736143;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479465;OID=.;OPOS=83297138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:82:96:1:52:30:0:0:64:32:0:0 chr15 83499738 . C T 516.5 PASS AF=0.388535;AO=61;DP=158;FAO=61;FDP=157;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.00195722;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.141;QD=13.1593;RBI=0.00283899;REFB=-0.00756183;REVB=-0.0020565;RO=96;SAF=23;SAR=38;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179881;STB=0.60174;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0118746;OID=.;OPOS=83499738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:96:96:61:61:0.388535:38:23:52:44:38:23:52:44 chr15 83561452 . A G 323.89 PASS AF=0.311111;AO=42;DP=135;FAO=42;FDP=135;FR=.;FRO=93;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=0.0171331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.32;QD=9.59685;RBI=0.0183197;REFB=-0.00650549;REVB=-0.00648608;RO=93;SAF=19;SAR=23;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880159;STB=0.551262;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0219949;OID=.;OPOS=83561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:93:93:42:42:0.311111:23:19:49:44:23:19:49:44 chr15 83680287 . A G 2811.96 PASS AF=0.516068;AO=273;DP=522;FAO=273;FDP=529;FR=.;FRO=256;FSAF=151;FSAR=122;FSRF=159;FSRR=97;FWDB=0.00547116;FXX=0.00188676;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.646;QD=21.2625;RBI=0.0137332;REFB=-0.027518;REVB=0.0125963;RO=249;SAF=151;SAR=122;SRF=152;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510902;STB=0.533508;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0272276;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:522:529:249:256:273:273:0.516068:122:151:152:97:122:151:159:97 chr15 84324594 . T C 780.17 PASS AF=0.457143;AO=80;DP=192;FAO=80;FDP=175;FR=.;FRO=95;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.0109145;FXX=0.0885371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3512;QD=17.8324;RBI=0.0158916;REFB=-0.00924215;REVB=0.0115505;RO=90;SAF=56;SAR=24;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185031;STB=0.619895;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0126471;OID=.;OPOS=84324594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:175:90:95:80:80:0.457143:24:56:47:43:24:56:47:48 chr15 84386216 . T C 231.09 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00108776;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.401;QD=14.2211;RBI=0.00698986;REFB=-0.00814573;REVB=-0.0069047;RO=38;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951402;STB=0.539505;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00796681;OID=.;OPOS=84386216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:38:26:27:0.415385:10:16:20:18:11:16:20:18 chr15 84488636 . A G 2290.16 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342764;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.858;QD=61.071;RBI=0.0357476;REFB=0;REVB=-0.01015;RO=0;SAF=82;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30889e-06;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:150:150:1:68:82:0:0:69:81:0:0 chr15 84493651 . T C 3785.7 PASS AF=0.983871;AO=242;DP=249;FAO=244;FDP=248;FR=.;FRO=4;FSAF=117;FSAR=127;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0469974;FXX=0.0040159;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7136;QD=61.0597;RBI=0.0586225;REFB=-0.12165;REVB=-0.0350405;RO=5;SAF=116;SAR=126;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306538;STB=0.500331;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00795528;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:249:248:5:4:242:244:0.983871:126:116:2:3:127:117:2:2 chr15 84539619 . C G 2286.29 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6726;QD=62.6381;RBI=0.0401281;REFB=-0.0921694;REVB=0.0254018;RO=0;SAF=69;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07191e-08;STB=0.503597;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000566553;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:146:0:1:144:145:0.993151:75:69:0:0:76:69:1:0 chr15 84581904 . T C 1774.05 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109634;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1005;QD=61.174;RBI=0.12246;REFB=0;REVB=0.122456;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544386;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:116:116:1:56:60:0:0:56:60:0:0 chr15 84582124 . G T 1647.47 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.036;QD=59.9079;RBI=0.014914;REFB=0;REVB=-0.00647634;RO=0;SAF=32;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5308e-05;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:77:32:0:0:77:33:0:0 chr15 84639350 . C T 2906.11 PASS AF=0.994624;AO=183;DP=184;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375169;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.055;QD=62.4971;RBI=0.0421005;REFB=0.0421888;REVB=0.0191033;RO=1;SAF=81;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584165;STB=0.50303;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=1.7574e-05;OID=.;OPOS=84639350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:186:1:1:183:185:0.994624:102:81:1:0:103:82:1:0 chr15 84651185 . C A 2173.83 PASS AF=1;AO=108;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.243;QD=63.0095;RBI=0.0245507;REFB=0;REVB=0.00165483;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95275e-05;OID=.;OPOS=84651185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:108:138:1:62:46:0:0:64:74:0:0 chr15 84651290 . T C 740.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.95;QD=56.9452;RBI=0.0525001;REFB=0;REVB=0.0235854;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95843e-05;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr15 84909385 . G A 1462.82 PASS AF=0.928571;AO=103;DP=112;FAO=104;FDP=112;FR=.;FRO=8;FSAF=32;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.097193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0294;QD=52.2436;RBI=0.0976944;REFB=-0.0420961;REVB=-0.00988535;RO=9;SAF=32;SAR=71;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158008;STB=0.504853;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00337218;OID=.;OPOS=84909385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:112:112:9:8:103:104:0.928571:71:32:2:7:72:32:2:6 chr15 84909434 . G A 35.43 PASS AF=0.09375;AO=9;DP=96;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.0160231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.56;QD=1.47624;RBI=0.017325;REFB=-0.0117478;REVB=-0.00658908;RO=86;SAF=1;SAR=8;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406332;STB=0.832949;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0892774;OID=.;OPOS=84909434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:96:96:86:87:9:9:0.09375:8:1:36:50:8:1:36:51 chr15 84911245 . A G 117.73 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0464538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7618;QD=13.0814;RBI=0.0946281;REFB=-0.0343821;REVB=-0.082441;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208041;STB=0.512178;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0354431;OID=.;OPOS=84911245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:9:13:8:6:9:13 chr15 85149771 . G T 1894.18 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1177;QD=60.6138;RBI=0.064508;REFB=0;REVB=0.0442499;RO=0;SAF=57;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412779;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:122:125:1:65:57:0:0:68:57:0:0 chr15 85163998 . G C 1352.03 PASS AF=0.988764;AO=80;DP=81;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.2;QD=60.7654;RBI=0.0574366;REFB=-0.0951094;REVB=0.0555091;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.506328;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000208034;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:89:0:1:80:88:0.988764:35:45:0:0:39:49:0:1 chr15 85188994 . T C 1360.52 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143688;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.288;QD=62.5529;RBI=0.0209813;REFB=0;REVB=0.0152889;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03584e-05;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:83:87:1:39:44:0:0:43:44:0:0 chr15 85198362 . G T 516.73 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.532;QD=59.055;RBI=0.0519426;REFB=0;REVB=0.00078175;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105458;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:18:14:0:0:19:16:0:0 chr15 85333953 . A G 2079.0 PASS AF=0.978261;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0122126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.77;QD=60.2608;RBI=0.0130674;REFB=-0.092043;REVB=0.00464848;RO=2;SAF=65;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000514626;STB=0.504029;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000657391;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:138:2:3:135:135:0.978261:70:65:1:1:70:65:2:1 chr15 85341859 . G A 3043.81 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.392;QD=63.4127;RBI=0.0343174;REFB=0;REVB=-0.00516449;RO=0;SAF=99;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54982e-05;OID=.;OPOS=85341859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:192:0:0:187:192:1:88:99:0:0:90:102:0:0 chr15 85360101 . T C 3565.92 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158185;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.084;QD=62.8356;RBI=0.0169573;REFB=0;REVB=0.00610926;RO=0;SAF=106;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98975e-05;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:227:0:0:225:227:1:119:106:0:0:121:106:0:0 chr15 85383839 . G A 2256.54 PASS AF=0.973154;AO=145;DP=149;FAO=145;FDP=149;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0300734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.914;QD=60.5782;RBI=0.0340867;REFB=-0.194652;REVB=0.0160467;RO=1;SAF=63;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576456;STB=0.511903;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000346768;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:149:149:1:4:145:145:0.973154:82:63:0:1:82:63:0:4 chr15 85401259 . C T 3717.19 PASS AF=0.979508;AO=239;DP=242;FAO=239;FDP=244;FR=.;FRO=5;FSAF=97;FSAR=142;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0075396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.9179;QD=60.9376;RBI=0.0251412;REFB=0.0226329;REVB=0.0239841;RO=1;SAF=97;SAR=142;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488809;STB=0.508346;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000344801;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:242:244:1:5:239:239:0.979508:142:97:1:0:142:97:4:1 chr15 85401419 . T C 3392.71 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.914;QD=62.2516;RBI=0.0271158;REFB=0;REVB=0.0180433;RO=0;SAF=82;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22573e-07;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:205:218:0:0:204:218:1:122:82:0:0:135:83:0:0 chr15 85411941 . A G 2067.3 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6704;QD=61.7104;RBI=0.0322376;REFB=-0.066328;REVB=-0.0138295;RO=1;SAF=58;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812469;STB=0.504273;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00193052;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:75:58:1:0:75:58:1:0 chr15 85467275 . C T 979.83 PASS AF=0.524862;AO=94;DP=182;FAO=95;FDP=181;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=0.0206587;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.035;QD=21.6536;RBI=0.0208231;REFB=-0.0011764;REVB=-0.00261153;RO=86;SAF=38;SAR=56;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204009;STB=0.60804;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0011683;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:86:86:94:95:0.524862:56:38:55:31:56:39:55:31 chr15 85476441 . G A 1209.36 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.596;QD=61.2335;RBI=0.0856688;REFB=0;REVB=0.0449874;RO=0;SAF=11;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215055;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:73:79:1:62:11:0:0:68:11:0:0 chr15 85478410 . A G 1554.37 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0298384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5555;QD=57.5693;RBI=0.0357501;REFB=-0.0729682;REVB=-0.019691;RO=2;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150613;STB=0.507811;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00466359;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:108:2:2:105:106:0.981481:62:43:0:2:63:43:0:2 chr15 85478696 . C T 725.94 PASS AF=0.487179;AO=76;DP=157;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.0410985;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5617;QD=18.6138;RBI=0.0428302;REFB=-0.00610771;REVB=0.0120557;RO=80;SAF=40;SAR=36;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244783;STB=0.51351;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00553692;OID=.;OPOS=85478696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:80:80:76:76:0.487179:36:40:40:40:36:40:40:40 chr15 85607670 . G T 438.48 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0313968;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8106;QD=18.8591;RBI=0.0328112;REFB=-0.00940747;REVB=-0.00952971;RO=49;SAF=18;SAR=26;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209617;STB=0.51167;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.013794;OID=.;OPOS=85607670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:49:49:44:44:0.473118:26:18:19:30:26:18:19:30 chr15 86122654 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.467;QD=48.7353;RBI=0.0445137;REFB=0;REVB=0.0336518;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37455e-05;OID=.;OPOS=86122654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr15 86122779 . T C 1172.0 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.847;QD=60.8832;RBI=0.0295939;REFB=0;REVB=0.00333521;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35443e-05;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:50:26:0:0:51:26:0:0 chr15 86122916 . T C 1767.33 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.115;QD=60.9426;RBI=0.0213555;REFB=0;REVB=0.00689083;RO=0;SAF=45;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55696e-05;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:70:45:0:0:71:45:0:0 chr15 86123019 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.438;QD=62.0218;RBI=0.0564339;REFB=0;REVB=0.0301897;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21504e-05;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr15 86123833 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.313;QD=63.2868;RBI=0.0157238;REFB=0;REVB=-0.0114793;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68524e-05;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr15 86123924 . C T 1139.94 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00454614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.708;QD=55.6066;RBI=0.0378583;REFB=-0.0542176;REVB=0.0375844;RO=1;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116869;STB=0.523803;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000290448;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:82:82:1:4:78:78:0.95122:40:38:0:1:40:38:0:4 chr15 86123988 . G A 1264.52 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4058;QD=61.684;RBI=0.0692645;REFB=0;REVB=0.0329766;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185235;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr15 86124419 . C T 1264.55 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.021;QD=61.6855;RBI=0.0296353;REFB=0;REVB=-0.0222716;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.87174e-06;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:37:45:0:0:37:45:0:0 chr15 86124483 . C G 1153.53 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9395;QD=60.7123;RBI=0.0389551;REFB=0;REVB=0.00109889;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300658;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr15 86124555 . G A 1154.31 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.349;QD=60.7532;RBI=0.0729963;REFB=0;REVB=0.0091767;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127975;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:42:34:0:0 chr15 86124616 . A G 2310.2 PASS AF=0.993197;AO=142;DP=143;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0395283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.72;QD=62.8625;RBI=0.050314;REFB=0.010785;REVB=0.0311289;RO=1;SAF=70;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674472;STB=0.503496;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-7.58885e-05;OID=.;OPOS=86124616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:147:1:1:142:146:0.993197:72:70:1:0:75:71:1:0 chr15 86124946 . T C 727.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359696;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.59;QD=57.0866;RBI=0.0405119;REFB=0;REVB=-0.0186388;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6597e-05;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr15 86124968 . G A 976.81 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00856645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.535;QD=57.4591;RBI=0.0518422;REFB=-0.096852;REVB=0.0511295;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126017;STB=0.506665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000272303;OID=.;OPOS=86124968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:37:30:0:1:37:30:0:1 chr15 86125031 . G A 1869.87 PASS AF=0.961538;AO=125;DP=130;FAO=125;FDP=130;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0292067;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.185;QD=57.5343;RBI=0.0390176;REFB=-0.153;REVB=0.0258717;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521005;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000430226;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:130:130:0:5:125:125:0.961538:68:57:0:0:68:57:5:0 chr15 86287910 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.459;QD=58.2396;RBI=0.0209206;REFB=0;REVB=0.0143367;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16202e-05;OID=.;OPOS=86287910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr15 86288518 . G C 1230.88 PASS AF=0.987952;AO=77;DP=77;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00121903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8564;QD=59.3193;RBI=0.00873228;REFB=-0.102928;REVB=-0.00864677;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.506171;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00108816;OID=.;OPOS=86288518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:83:0:1:77:82:0.987952:39:38:0:0:40:42:0:1 chr15 86292324 . G C 1950.53 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.618;QD=60.0163;RBI=0.033461;REFB=0;REVB=0.033177;RO=0;SAF=55;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242632;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:130:0:0:123:130:1:68:55:0:0:73:57:0:0 chr15 86368898 . G A 454.71 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.0247426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.249;QD=19.7701;RBI=0.0387599;REFB=0.00406684;REVB=-0.0298351;RO=46;SAF=23;SAR=22;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210086;STB=0.608988;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00666782;OID=.;OPOS=86368898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:46:47:45:45:0.48913:22:23:34:12:22:23:34:13 chr15 86368959 . A T 917.85 PASS AF=0.470874;AO=98;DP=207;FAO=97;FDP=206;FR=.;FRO=109;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=65;FSRR=44;FWDB=-0.00136871;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3996;QD=17.8224;RBI=0.0116673;REFB=-0.000997228;REVB=0.0115867;RO=102;SAF=45;SAR=53;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101164;STB=0.575097;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00204196;OID=.;OPOS=86368959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:102:109:98:97:0.470874:53:45:58:44:53:44:65:44 chr15 86800209 . C T 1323.0 PASS AF=0.440994;AO=141;DP=321;FAO=142;FDP=322;FR=.;FRO=180;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=61;FSRR=119;FWDB=-0.0108655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.648;QD=16.4348;RBI=0.026315;REFB=-0.0159617;REVB=-0.023967;RO=168;SAF=61;SAR=80;SRF=57;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950569;STB=0.552479;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0166807;OID=.;OPOS=86800209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:322:168:180:141:142:0.440994:80:61:57:111:81:61:61:119 chr15 86806029 . C T 985.35 PASS AF=0.413534;AO=110;DP=267;FAO=110;FDP=266;FR=.;FRO=156;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=81;FSRR=75;FWDB=0.00621237;FXX=0.011152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9355;QD=14.8173;RBI=0.0125197;REFB=-0.00481492;REVB=-0.0108696;RO=151;SAF=56;SAR=54;SRF=78;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774898;STB=0.505949;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0082786;OID=.;OPOS=86806029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:151:156:110:110:0.413534:54:56:78:73:54:56:81:75 chr15 86807761 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.083;QD=61.5363;RBI=0.0292714;REFB=0;REVB=0.00597244;RO=0;SAF=22;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9864e-05;OID=.;OPOS=86807761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:59:22:0:0:59:22:0:0 chr15 86814866 . A G 2301.0 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0693361;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0758;QD=63.041;RBI=0.0877322;REFB=-0.0354289;REVB=0.0537535;RO=1;SAF=78;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605815;STB=0.503184;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000459412;OID=.;OPOS=86814866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:146:1:1:145:145:0.993151:67:78:1:0:67:78:1:0 chr15 86838497 . C T 528.47 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00740047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.089;QD=19.0438;RBI=0.0344437;REFB=-0.00527886;REVB=-0.0336393;RO=54;SAF=24;SAR=32;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113221;STB=0.566986;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00517684;OID=.;OPOS=86838497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:55:56:56:0.504505:32:24:30:24:32:24:31:24 chr15 86940622 . T C 3198.4 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.451;QD=63.9679;RBI=0.023084;REFB=0;REVB=0.0222388;RO=0;SAF=107;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88714e-05;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:200:0:0:195:200:1:88:107:0:0:90:110:0:0 chr15 87217613 . A G 1840.0 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.581;QD=60.8265;RBI=0.0155268;REFB=0;REVB=-0.0014404;RO=1;SAF=64;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840699;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87025e-05;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:1:0:120:121:1:56:64:0:1:57:64:0:0 chr15 87531281 . A C 2309.07 PASS AF=0.969697;AO=156;DP=165;FAO=160;FDP=165;FR=.;FRO=5;FSAF=85;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.013592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1453;QD=55.9775;RBI=0.0798506;REFB=-0.20764;REVB=0.0786853;RO=8;SAF=84;SAR=72;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015215;STB=0.50399;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0102376;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:165:165:8:5:156:160:0.969697:72:84:3:5:75:85:2:3 chr15 88476365 . G A 527.47 PASS AF=0.438462;AO=56;DP=129;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=-0.00253441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.865;QD=16.2299;RBI=0.0329308;REFB=-0.00193163;REVB=0.0328332;RO=73;SAF=25;SAR=31;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238133;STB=0.635716;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00334311;OID=.;OPOS=88476365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:73:73:56:57:0.438462:31:25:50:23:32:25:50:23 chr15 88509689 . ACCCCCA ACCCCAC 35.25 PASS AF=0.0869565;AO=13;DP=142;FAO=12;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=126;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=-0.155753;FXX=0.0142847;HRUN=5;LEN=2;MLLD=148.653;QD=1.02166;RBI=0.159146;REFB=-0.0036454;REVB=-0.0326842;RO=80;SAF=12;SAR=1;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658066;STB=0.901628;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.198483;OID=.;OPOS=88509694;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=ACCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0869565:13:142:12:138:126:11:1:64:62:35:80:12:1:28:52 chr15 88520734 . T C 262.89 PASS AF=0.402597;AO=29;DP=75;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0424353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.659;QD=13.6565;RBI=0.0424825;REFB=-0.0139225;REVB=0.00200071;RO=46;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249631;STB=0.536604;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0224335;OID=.;OPOS=88520734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:46:46:29:31:0.402597:17:12:18:28:17:14:18:28 chr15 88576185 . G C 2014.34 PASS AF=0.496368;AO=194;DP=405;FAO=205;FDP=413;FR=.;FRO=208;FSAF=83;FSAR=122;FSRF=108;FSRR=100;FWDB=0.0263004;FXX=0.00721136;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9554;QD=19.5094;RBI=0.0274256;REFB=-0.0199331;REVB=0.00777509;RO=211;SAF=80;SAR=114;SRF=111;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1088;STB=0.55842;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0219237;OID=.;OPOS=88576185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:413:211:208:194:205:0.496368:114:80:111:100:122:83:108:100 chr15 88679785 . G A 2602.09 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.081;QD=61.9545;RBI=0.0436709;REFB=0;REVB=0.0364252;RO=0;SAF=79;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24014e-05;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:88:79:0:0:89:79:0:0 chr15 89169858 . A G 1038.99 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.352;QD=59.3707;RBI=0.00482102;REFB=0;REVB=-0.00468456;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36774e-06;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:32:35:0:0:34:36:0:0 chr15 89172558 . G C 1821.74 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.237;QD=61.2349;RBI=0.00278089;REFB=0;REVB=-0.00100971;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05635e-06;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:61:57:0:0:62:57:0:0 chr15 89173657 . A T 1257.01 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742494;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.82;QD=60.5789;RBI=0.0468527;REFB=0;REVB=0.0462606;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331228;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:83:0:0:78:83:1:39:39:0:0:44:39:0:0 chr15 89173732 . T C 2367.97 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0305348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8236;QD=60.3305;RBI=0.0309502;REFB=-0.0730886;REVB=-0.00505401;RO=1;SAF=70;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550009;STB=0.50289;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00324369;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:156:156:0.993631:86:70:0:1:86:70:0:1 chr15 89174748 . G C 1231.36 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0640917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9527;QD=60.0662;RBI=0.0758269;REFB=-0.0370546;REVB=0.0405212;RO=0;SAF=54;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00359021;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:80:81:0.987805:26:54:0:0:27:54:0:1 chr15 89193497 . A T 589.72 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0142126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.86;QD=17.4733;RBI=0.024359;REFB=-0.0262803;REVB=0.0197829;RO=73;SAF=29;SAR=33;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911312;STB=0.550639;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0346927;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:33:29:41:32:33:29:41:32 chr15 89195178 . G C 1859.6 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.699;QD=61.4744;RBI=0.0283488;REFB=0;REVB=0.0206478;RO=0;SAF=72;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06731e-05;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:48:72:0:0:49:72:0:0 chr15 89195245 . C T 638.57 PASS AF=0.622222;AO=56;DP=90;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0487469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8149;QD=28.3808;RBI=0.0487475;REFB=0.00548219;REVB=0.000224764;RO=34;SAF=39;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854347;STB=0.546547;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00261901;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:34:34:56:56:0.622222:17:39:20:14:17:39:20:14 chr15 89195264 . A G 222.62 PASS AF=0.349398;AO=24;DP=85;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.00343035;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.408;QD=10.7288;RBI=0.00468761;REFB=-0.00969074;REVB=0.00319475;RO=51;SAF=20;SAR=4;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242043;STB=0.589018;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0232371;OID=.;OPOS=89195264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:51:54:24:29:0.349398:4:20:35:16:7:22:35:19 chr15 89195526 . A G 2568.08 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0054445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.997;QD=61.1448;RBI=0.013691;REFB=-0.103092;REVB=0.0125619;RO=1;SAF=80;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591187;STB=0.503105;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-1.0607e-05;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:168:1:1:167:167:0.994048:87:80:1:0:87:80:1:0 chr15 89391160 . C A 2439.86 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392794;FXX=0.00624961;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.786;QD=61.3801;RBI=0.00502975;REFB=0;REVB=-0.0031416;RO=0;SAF=77;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68864e-06;OID=.;OPOS=89391160;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:159:159:1:82:77:0:0:82:77:0:0 chr15 89392745 . T C 7929.14 PASS AF=1;AO=501;DP=504;FAO=504;FDP=504;FR=.;FRO=0;FSAF=257;FSAR=247;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304242;FXX=0.00395249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4438;QD=62.9297;RBI=0.0104723;REFB=-0.0344684;REVB=0.0100206;RO=0;SAF=257;SAR=244;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43694e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887282;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:504:504:0:0:501:504:1:244:257:0:0:247:257:0:0 chr15 89398330 . G A 1740.77 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0216989;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.578;QD=59.0092;RBI=0.0291319;REFB=-0.0365714;REVB=0.0194377;RO=2;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150715;STB=0.507935;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000256836;OID=.;OPOS=89398330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:118:2:2:116:116:0.983051:62:54:0:2:62:54:0:2 chr15 89398553 . C A 1517.72 PASS AF=0.972222;AO=102;DP=105;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00163145;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4276;QD=56.2118;RBI=0.0179144;REFB=-0.0176326;REVB=-0.01784;RO=3;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281606;STB=0.514283;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000141699;OID=.;OPOS=89398553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:108:3:3:102:105:0.972222:49:53:0:3:51:54:0:3 chr15 89400339 . A C 579.15 PASS AF=0.542056;AO=56;DP=106;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0225562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.805;QD=21.6503;RBI=0.0248113;REFB=-0.0152105;REVB=-0.0103352;RO=48;SAF=26;SAR=30;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117094;STB=0.566868;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0154093;OID=.;OPOS=89400339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:48:49:56:58:0.542056:30:26:29:19:31:27:30:19 chr15 89401109 . A G 4263.58 PASS AF=1;AO=270;DP=271;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390324;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.104;QD=62.9311;RBI=0.0127789;REFB=0;REVB=-0.0121682;RO=0;SAF=119;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.72506e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88943e-05;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:271:271:0:0:270:271:1:151:119:0:0:151:120:0:0 chr15 89401615 . T G 785.14 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.921;QD=64.0932;RBI=0.0564345;REFB=0;REVB=0.00987187;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176755;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr15 89402051 . A G 703.25 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083417;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.579;QD=57.4083;RBI=0.0103705;REFB=0;REVB=-0.00616142;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277113;OID=.;OPOS=89402051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr15 89402239 . T C 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.696;QD=60.029;RBI=0.0465232;REFB=0;REVB=0.00372137;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.48138e-05;OID=.;OPOS=89402239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr15 89402596 . T G 716.12 PASS AF=0.483871;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=155;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0232117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.058;QD=18.4805;RBI=0.0232203;REFB=-0.0255922;REVB=0.000631945;RO=78;SAF=36;SAR=39;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421569;STB=0.523214;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0223176;OID=.;OPOS=89402596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:78:80:75:75:0.483871:39:36:41:37:39:36:42:38 chr15 89422360 . A G 2281.36 PASS AF=0.495671;AO=229;DP=463;FAO=229;FDP=462;FR=.;FRO=233;FSAF=105;FSAR=124;FSRF=114;FSRR=119;FWDB=-0.0102305;FXX=0.00215978;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.558;QD=19.752;RBI=0.0267609;REFB=-0.0261773;REVB=-0.0247281;RO=233;SAF=105;SAR=124;SRF=114;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284409;STB=0.515576;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0289957;OID=.;OPOS=89422360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:462:233:233:229:229:0.495671:124:105:114:119:124:105:114:119 chr15 89436244 . T C 2004.82 PASS AF=0.992366;AO=122;DP=124;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00567205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7628;QD=61.2159;RBI=0.116344;REFB=-0.0581418;REVB=0.116206;RO=1;SAF=55;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085593;STB=0.504424;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00100986;OID=.;OPOS=89436244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:124:131:1:1:122:130:0.992366:67:55:1:0:74:56:1:0 chr15 89436295 . G A 2121.67 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.48;QD=62.8642;RBI=0.018208;REFB=0;REVB=0.016061;RO=0;SAF=56;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69246e-05;OID=.;OPOS=89436295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:79:56:0:0:79:56:0:0 chr15 89450003 . G A 1388.47 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.727;QD=62.403;RBI=0.0258837;REFB=0;REVB=0.0130821;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262933;OID=.;OPOS=89450003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:48:39:0:0:48:41:0:0 chr15 89450546 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.627;QD=62.9081;RBI=0.029877;REFB=0;REVB=0.000294009;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6605e-05;OID=.;OPOS=89450546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr15 89450587 . G T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.606;QD=58.4193;RBI=0.00926427;REFB=0;REVB=-0.000430196;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42139e-05;OID=.;OPOS=89450587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr15 89739259 . G C 583.55 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0817352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.944;QD=17.6833;RBI=0.0820241;REFB=0.00103309;REVB=0.006878;RO=70;SAF=34;SAR=27;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692187;STB=0.542359;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00131901;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:71:61:61:0.462121:27:34:34:36:27:34:34:37 chr15 89740373 . G C 318.81 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0195838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.487;QD=15.7436;RBI=0.0269582;REFB=-0.0125569;REVB=0.0185261;RO=46;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294887;STB=0.516644;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0150792;OID=.;OPOS=89740373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:23:12:17:29:23:12:17:29 chr15 89740384 . T G 394.77 PASS AF=0.476744;AO=37;DP=84;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0474698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.772;QD=18.3615;RBI=0.0475366;REFB=-0.00391225;REVB=-0.00252087;RO=45;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450147;STB=0.505822;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00271325;OID=.;OPOS=89740384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:45:45:37:41:0.476744:24:13:16:29:26:15:16:29 chr15 89740469 . T C 662.46 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00110374;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.831;QD=19.9236;RBI=0.00850475;REFB=-0.0258307;REVB=0.00843282;RO=68;SAF=28;SAR=38;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568345;STB=0.53483;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0247418;OID=.;OPOS=89740469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:68:67:66:66:0.496241:38:28:33:35:38:28:33:34 chr15 89740616 . G A 2573.18 PASS AF=0.994118;AO=163;DP=167;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149744;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6632;QD=60.5453;RBI=0.0317307;REFB=-0.11091;REVB=0.027975;RO=0;SAF=92;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502645;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00288661;OID=.;OPOS=89740616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:167:170:0:1:163:169:0.994118:71:92:0:0:75:94:1:0 chr15 89744476 . G T 3967.9 PASS AF=1;AO=234;DP=235;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.058;QD=63.7414;RBI=0.0326686;REFB=0;REVB=0.0151668;RO=0;SAF=106;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4124e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:235:249:0:0:234:249:1:128:106:0:0:134:115:0:0 chr15 89804043 . C T 491.74 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0398757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1528;QD=18.5561;RBI=0.0603379;REFB=-0.0129347;REVB=-0.0452834;RO=54;SAF=24;SAR=28;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158323;STB=0.508769;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0162375;OID=.;OPOS=89804043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:28:24:24:30:28:24:24:30 chr15 89806710 . C T 257.81 PASS AF=0.309735;AO=35;DP=113;FAO=35;FDP=113;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00819928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5605;QD=9.1259;RBI=0.0472284;REFB=-0.0320958;REVB=-0.0465113;RO=78;SAF=16;SAR=19;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204182;STB=0.51194;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0409109;OID=.;OPOS=89806710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:78:78:35:35:0.309735:19:16:37:41:19:16:37:41 chr15 89820008 . T C 703.87 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00936375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.452;QD=19.4171;RBI=0.028293;REFB=-0.00362931;REVB=0.0266986;RO=73;SAF=38;SAR=32;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207309;STB=0.511882;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00457451;OID=.;OPOS=89820008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:73:75:70:70:0.482759:32:38:38:35:32:38:39:36 chr15 89836228 . G C 408.9 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.011239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2205;QD=17.9738;RBI=0.0197425;REFB=-0.00711263;REVB=-0.0162312;RO=49;SAF=14;SAR=28;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991358;STB=0.555528;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00553096;OID=.;OPOS=89836228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:28:14:21:28:28:14:21:28 chr15 89838236 . G A 2273.64 PASS AF=0.993421;AO=148;DP=149;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0693918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3491;QD=59.8327;RBI=0.0760758;REFB=0.0785625;REVB=-0.0311818;RO=1;SAF=59;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053144;STB=0.502702;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00317569;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:152:1:1:148:151:0.993421:89:59:0:1:92:59:0:1 chr15 89838318 . A T 401.17 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.0268345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.061;QD=16.3742;RBI=0.0269162;REFB=-0.00554257;REVB=-0.00209532;RO=56;SAF=19;SAR=23;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175081;STB=0.597858;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00988132;OID=.;OPOS=89838318;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:23:19:16:40:23:19:16:40 chr15 89858602 . T C 387.83 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00575923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.605;QD=15.9929;RBI=0.0147708;REFB=-0.00512132;REVB=0.0136017;RO=56;SAF=14;SAR=27;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239075;STB=0.634903;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0103828;OID=.;OPOS=89858602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:27:14:32:24:27:14:32:24 chr15 89878377 . A T 3646.99 PASS AF=0.991453;AO=232;DP=238;FAO=232;FDP=234;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=138;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0295011;FXX=0.016806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.259;QD=62.3417;RBI=0.0484756;REFB=-0.0421893;REVB=-0.0384652;RO=1;SAF=94;SAR=138;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344095;STB=0.50084;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000450156;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:238:234:1:2:232:232:0.991453:138:94:0:1:138:94:1:1 chr15 90126121 . C T 468.12 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00154352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.588;QD=22.8352;RBI=0.0111331;REFB=0.011782;REVB=0.0110256;RO=37;SAF=28;SAR=17;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472641;STB=0.525966;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00891053;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:17:28:25:12:17:28:25:12 chr15 90128966 . C T 1267.36 PASS AF=0.464539;AO=131;DP=282;FAO=131;FDP=282;FR=.;FRO=151;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=82;FSRR=69;FWDB=-0.00433654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.821;QD=17.9767;RBI=0.00441627;REFB=-0.0130795;REVB=-0.00083537;RO=147;SAF=64;SAR=67;SRF=80;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533541;STB=0.529153;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0150572;OID=.;OPOS=90128966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:147:151:131:131:0.464539:67:64:80:67:67:64:82:69 chr15 90138670 . C T 693.12 PASS AF=0.489362;AO=69;DP=140;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0541331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.218;QD=19.663;RBI=0.0543177;REFB=0.00249585;REVB=-0.00447364;RO=71;SAF=26;SAR=43;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057516;STB=0.536103;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00288839;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:71:72:69:69:0.489362:43:26:31:40:43:26:32:40 chr15 90168108 . C T 640.33 PASS AF=0.44898;AO=66;DP=147;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0277606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.474;QD=17.4238;RBI=0.0327921;REFB=-0.0265006;REVB=-0.0174547;RO=77;SAF=33;SAR=33;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081905;STB=0.551005;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0266308;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:77:81:66:66:0.44898:33:33:45:32:33:33:48:33 chr15 90174789 . C T 1545.68 PASS AF=0.538182;AO=148;DP=276;FAO=148;FDP=275;FR=.;FRO=127;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=56;FSRR=71;FWDB=0.0445847;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9119;QD=22.4826;RBI=0.0583752;REFB=-0.00103954;REVB=0.0376812;RO=127;SAF=78;SAR=70;SRF=56;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728551;STB=0.539694;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00136997;OID=.;OPOS=90174789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:127:127:148:148:0.538182:70:78:56:71:70:78:56:71 chr15 90174824 . C T 1434.82 PASS AF=0.514599;AO=141;DP=274;FAO=141;FDP=274;FR=.;FRO=133;FSAF=75;FSAR=66;FSRF=70;FSRR=63;FWDB=-0.00470196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.03;QD=20.9463;RBI=0.00869389;REFB=-0.0144972;REVB=-0.00731268;RO=130;SAF=75;SAR=66;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014551;STB=0.502728;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0144891;OID=.;OPOS=90174824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:130:133:141:141:0.514599:66:75:67:63:66:75:70:63 chr15 90176073 . C A 845.82 PASS AF=0.505952;AO=84;DP=170;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0455136;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.57;QD=20.1386;RBI=0.0488989;REFB=-0.0161961;REVB=0.0178776;RO=83;SAF=40;SAR=44;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275832;STB=0.512312;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0179329;OID=.;OPOS=90176073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:83:83:84:85:0.505952:44:40:37:46:45:40:37:46 chr15 90176432 . T G 1133.88 PASS AF=0.470356;AO=117;DP=251;FAO=119;FDP=253;FR=.;FRO=134;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=66;FSRR=68;FWDB=0.00241068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.586;QD=17.9269;RBI=0.0162391;REFB=-0.0147409;REVB=-0.0160592;RO=134;SAF=49;SAR=68;SRF=66;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722135;STB=0.538838;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0164201;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:253:134:134:117:119:0.470356:68:49:66:68:69:50:66:68 chr15 90191827 . T C 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0128102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.98;QD=12.8368;RBI=0.0742194;REFB=0.00537378;REVB=-0.0731055;RO=38;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229361;STB=0.522562;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00669303;OID=.;OPOS=90191827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:39:25:25:0.390625:10:15:22:16:10:15:22:17 chr15 90195967 . C G 1114.49 PASS AF=0.497778;AO=112;DP=226;FAO=112;FDP=225;FR=.;FRO=113;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=0.000194033;FXX=0.00442458;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.5766;QD=19.8131;RBI=0.0195657;REFB=0.0140017;REVB=-0.0195647;RO=111;SAF=66;SAR=46;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118706;STB=0.556616;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0130664;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:111:113:112:112:0.497778:46:66:51:60:46:66:54:59 chr15 90213229 . G C 559.0 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.0110894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.535;QD=17.4687;RBI=0.0203837;REFB=-0.0205793;REVB=-0.0171032;RO=69;SAF=34;SAR=25;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252311;STB=0.514034;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0239422;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:69:59:59:0.460938:25:34:38:31:25:34:38:31 chr15 90246401 . C T 306.43 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00770038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1787;QD=22.6983;RBI=0.0310425;REFB=-0.0168299;REVB=0.0300723;RO=23;SAF=22;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291599;STB=0.661546;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0157858;OID=.;OPOS=90246401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:9:22:8:15:9:22:8:15 chr15 90616413 . C A 551.4 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00133618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.436;QD=19.5184;RBI=0.0185451;REFB=-0.00996907;REVB=0.0184969;RO=56;SAF=27;SAR=30;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716106;STB=0.539521;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00987645;OID=.;OPOS=90616413;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:30:27:31:25:30:27:31:25 chr15 90617539 . C T 112.14 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0191379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.489;QD=8.46314;RBI=0.0206849;REFB=-0.0060668;REVB=0.00784874;RO=38;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394203;STB=0.523898;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0257597;OID=.;OPOS=90617539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:7:8:19:19:7:8:19:19 chr15 90623052 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00975502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.27;QD=60.9786;RBI=0.0159786;REFB=0;REVB=0.0126552;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28575e-06;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr15 90628537 . G A 349.23 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=1;FWDB=0.0461911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7013;QD=25.3982;RBI=0.0549178;REFB=-0.00603489;REVB=0.0297043;RO=21;SAF=12;SAR=22;SRF=20;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400629;STB=0.718248;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00393056;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:22:12:20:1:22:12:20:1 chr15 90628549 . G A 162.05 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0148501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.985;QD=12.2304;RBI=0.0312195;REFB=-0.00835053;REVB=-0.0274615;RO=33;SAF=19;SAR=1;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.739283;STB=0.935274;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0449295;OID=.;OPOS=90628549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:1:19:11:22:1:19:11:22 chr15 90673809 . G C 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.215;QD=57.382;RBI=0.0115606;REFB=0;REVB=-0.00494254;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50621e-06;OID=.;OPOS=90673809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr15 90764219 . G A 602.34 PASS AF=0.419753;AO=68;DP=162;FAO=68;FDP=162;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=-0.00382344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.157;QD=14.8725;RBI=0.00471465;REFB=-0.00666871;REVB=-0.00275849;RO=94;SAF=42;SAR=26;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353213;STB=0.519796;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00879818;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:94:94:68:68:0.419753:26:42:55:39:26:42:55:39 chr15 90771749 . GT G,GG 490.87 PASS AF=0.23913,0.202899;AO=18,25;DP=139;FAO=33,28;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=15,6;FSAR=18,22;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0928266,-0.083728;FXX=0.00719373;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.056,96.8144;QD=14.2281;RBI=0.0929896,0.0838801;REFB=0.00138057,0.000630915;REVB=0.00550284,0.00504827;RO=69;SAF=0,4;SAR=18,21;SRF=33;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.752696,-0.445216;STB=0.518261,0.717586;STBP=0.798,0.012;TYPE=del,snp;VARB=-0.033685,0.0132574;OID=.,.;OPOS=90771750,90771750;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913,0.202899:18,25:139:33,28:138:77:15,6:18,22:37:40:99:69:0,4:18,21:33:36 chr15 90772200 . G A 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0177076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.504;QD=18.7914;RBI=0.0224181;REFB=-0.0158171;REVB=-0.0137481;RO=47;SAF=19;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141502;STB=0.52005;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0180701;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:49:44:44:0.473118:25:19:21:26:25:19:23:26 chr15 90772831 . C T 380.68 PASS AF=0.415094;AO=43;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0122247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5364;QD=14.3652;RBI=0.0739129;REFB=-0.0208501;REVB=-0.0728949;RO=62;SAF=16;SAR=27;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693585;STB=0.544283;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0179185;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:43:44:0.415094:27:16:27:35:28:16:27:35 chr15 90774259 . G C 239.88 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0192993;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.311;QD=11.846;RBI=0.026131;REFB=-0.0230052;REVB=0.0176173;RO=52;SAF=22;SAR=7;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275783;STB=0.660733;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0304165;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:52:52:29:29:0.358025:7:22:28:24:7:22:28:24 chr15 90774447 . TAGAG T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00287522;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=289.183;QD=13.3361;RBI=0.0137519;REFB=-0.0112091;REVB=-0.0134479;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978192;STB=0.557019;STBP=0.557;TYPE=del;VARB=0.0146539;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:15:39:15:39:24:7:8:9:15:99:24:7:8:9:15 chr15 90784207 . A G 3863.97 PASS AF=1;AO=226;DP=228;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.101;QD=63.3437;RBI=0.0349284;REFB=0;REVB=0.0263965;RO=0;SAF=125;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99887e-05;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:228:244:0:0:226:244:1:101:125:0:0:115:129:0:0 chr15 90784250 . T C 1130.46 PASS AF=0.547264;AO=107;DP=197;FAO=110;FDP=201;FR=.;FRO=91;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.0144577;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.752;QD=22.4966;RBI=0.0171973;REFB=-0.0185108;REVB=-0.00931246;RO=88;SAF=52;SAR=55;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116076;STB=0.510723;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0122322;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:201:88:91:107:110:0.547264:55:52:44:44:57:53:46:45 chr15 90794102 . G A 63.66 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=8;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0193499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.215;QD=10.6101;RBI=0.0282126;REFB=-0.0210363;REVB=-0.0205313;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126056;STB=0.721148;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0545417;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:29:24:17:15:9:8:0.333333:6:3:4:13:3:5:4:11 chr15 90794757 . T G 269.45 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00283359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.377;QD=18.9089;RBI=0.0165019;REFB=-0.00641087;REVB=0.0162568;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143316;STB=0.579727;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00680768;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:14:15:19:9:14:15:19:9 chr15 90794845 . G A 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0271695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.028;QD=20.9022;RBI=0.0286283;REFB=-0.0133446;REVB=0.00902194;RO=28;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227567;STB=0.62518;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00855433;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:16:17:22:6:16:17:22:6 chr15 90796558 . G A 349.87 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0217664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.42;QD=15.2117;RBI=0.0469897;REFB=0.00941845;REVB=0.0416444;RO=54;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115517;STB=0.565184;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0112387;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:19:19:21:33:19:19:21:33 chr15 90800408 . C G 361.13 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0015418;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2031;QD=15.0469;RBI=0.0165066;REFB=0.012295;REVB=-0.0164345;RO=57;SAF=26;SAR=13;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992698;STB=0.556361;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.0259192;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:57:57:39:39:0.40625:13:26:33:24:13:26:33:24 chr15 90800449 . C T 421.51 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0230955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4588;QD=18.528;RBI=0.0676174;REFB=-0.011846;REVB=-0.0635509;RO=48;SAF=29;SAR=14;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00832055;STB=0.504638;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0112088;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:14:29:32:16:14:29:32:16 chr15 90809633 . G A 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0203465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.581;QD=16.2721;RBI=0.0249674;REFB=0.00774721;REVB=0.0144705;RO=39;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237382;STB=0.513361;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0108432;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:18:14:18:21:18:14:18:21 chr15 90818400 . A T 641.17 PASS AF=0.5;AO=63;DP=128;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0170738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.676;QD=19.7281;RBI=0.018657;REFB=-0.0218428;REVB=0.00752143;RO=64;SAF=35;SAR=28;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794884;STB=0.546748;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0226587;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:64:65:63:65:0.5:28:35:41:23:30:35:41:24 chr15 90819132 . C T 229.28 PASS AF=0.432836;AO=22;DP=62;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00794515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.617;QD=13.6884;RBI=0.0176288;REFB=-0.0334948;REVB=0.0157369;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115523;STB=0.526748;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0458588;OID=.;OPOS=90819132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:31:38:22:29:0.432836:11:11:19:12:12:17:24:14 chr15 90819641 . A C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0173912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9746;QD=14.6504;RBI=0.0370503;REFB=0.00310653;REVB=-0.032715;RO=31;SAF=18;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247381;STB=0.642721;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00487419;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:5:18:18:13:5:18:18:13 chr15 90819876 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.000598019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8656;QD=11.0197;RBI=0.0398923;REFB=-0.00728939;REVB=0.0398878;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12327;STB=0.576643;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0134074;OID=.;OPOS=90819876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:2:6:5:1:2:6 chr15 90820063 . T C 118.33 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0158959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.074;QD=15.7773;RBI=0.0312095;REFB=-0.016684;REVB=-0.0268581;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305054;STB=0.642653;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0200983;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:13:14:0.466667:4:9:6:10:5:9:6:10 chr15 90820721 . C T 224.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.000863583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.681;QD=19.9906;RBI=0.00202976;REFB=-0.00533417;REVB=-0.00183689;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331526;STB=0.686112;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00496972;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:17:6:14:8:17:6 chr15 90892246 . G C 855.61 PASS AF=0.391837;AO=96;DP=245;FAO=96;FDP=245;FR=.;FRO=149;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=72;FSRR=77;FWDB=0.00703908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.525;QD=13.9691;RBI=0.0123873;REFB=-0.00660759;REVB=-0.010193;RO=148;SAF=48;SAR=48;SRF=71;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218774;STB=0.510202;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00986405;OID=.;OPOS=90892246;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:148:149:96:96:0.391837:48:48:71:77:48:48:72:77 chr15 90892293 . C T 3574.06 PASS AF=1;AO=228;DP=229;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605616;FXX=0.00436662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3755;QD=62.7029;RBI=0.0464316;REFB=0.0585987;REVB=0.0460349;RO=1;SAF=113;SAR=115;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000903924;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:229:228:1:0:228:228:1:115:113:1:0:115:113:0:0 chr15 90892412 . C T 362.36 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0343831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5033;QD=14.0723;RBI=0.0354341;REFB=0.0127899;REVB=0.00856611;RO=61;SAF=21;SAR=21;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11182;STB=0.563077;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0223629;OID=.;OPOS=90892412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:21:21:24:37:21:21:24:37 chr15 90892585 . G C 109.77 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0741441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6121;QD=14.6363;RBI=0.0862019;REFB=-0.0228703;REVB=0.0439706;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142857;STB=0.583204;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0260611;OID=.;OPOS=90892585;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:8:9:5:8:8:9 chr15 90897952 . C T 814.41 PASS AF=0.477273;AO=82;DP=174;FAO=84;FDP=176;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.0871997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0924;QD=18.5094;RBI=0.0961599;REFB=-0.00075398;REVB=0.0405331;RO=92;SAF=32;SAR=50;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968426;STB=0.544967;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00181132;OID=.;OPOS=90897952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:92:92:82:84:0.477273:50:32:45:47:50:34:45:47 chr15 90903311 . A G 540.54 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0180339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.845;QD=51.4804;RBI=0.0290907;REFB=-0.201901;REVB=0.0228264;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.550993;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00296286;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:42:42:0:4:38:38:0.904762:11:27:0:0:11:27:1:3 chr15 91010776 . T C 321.7 PASS AF=0.443038;AO=31;DP=75;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0174128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.252;QD=16.2883;RBI=0.0207017;REFB=-0.0132074;REVB=0.0111961;RO=43;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331331;STB=0.515388;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0176138;OID=.;OPOS=91010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:43:44:31:35:0.443038:20:11:14:29:23:12:14:30 chr15 91019924 . CAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAG 35.07 PASS AF=0.137255,0.0588235,0.0588235;AO=7,13,3;DP=52;FAO=7,3,3;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=1,0,1;FSAR=6,3,2;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.263578,-0.239695,-0.0885771;FXX=0.0192271;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=6.86899,9.23088,309.203;QD=2.75097;RBI=0.284621,0.275958,0.091147;REFB=-0.0117418,-0.00238498,0.000498891;REVB=0.107404,-0.136744,-0.0214912;RO=22;SAF=1,4,1;SAR=6,9,2;SRF=3;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0157592,0.243034,0.310898;STB=0.631148,0.994837,0.607206;STBP=0.6,0.249,0.804;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.133796,-0.0168958,0.0244291;OID=.,.,.;OPOS=91019925,91019925,91019931;OREF=-,A,A;OALT=A,-,G;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.137255,0.0588235,0.0588235:7,13,3:52:7,3,3:51:38:1,0,1:6,3,2:9:29:18:22:1,4,1:6,9,2:3:19 chr15 91045408 . G A 609.62 PASS AF=0.432432;AO=64;DP=147;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.015686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.975;QD=16.4762;RBI=0.0174953;REFB=-0.0208111;REVB=-0.00774824;RO=82;SAF=30;SAR=34;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017732;STB=0.509335;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.025961;OID=.;OPOS=91045408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:82:84:64:64:0.432432:34:30:37:45:34:30:38:46 chr15 91185971 . G A 416.18 PASS AF=0.434343;AO=42;DP=98;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.023502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6434;QD=16.8154;RBI=0.0336068;REFB=-0.0171972;REVB=0.0240223;RO=56;SAF=14;SAR=28;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177154;STB=0.588999;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0210933;OID=.;OPOS=91185971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:56:56:42:43:0.434343:28:14:28:28:28:15:28:28 chr15 91185994 . C T 394.25 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0157903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.692;QD=14.8772;RBI=0.0178346;REFB=0.00398057;REVB=0.00829099;RO=61;SAF=17;SAR=28;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691042;STB=0.538915;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00643951;OID=.;OPOS=91185994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:61:45:45:0.424528:28:17:27:34:28:17:27:34 chr15 91295110 . C T 371.48 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0229899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.834;QD=15.0093;RBI=0.0358097;REFB=-0.0096755;REVB=-0.0274554;RO=58;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138071;STB=0.571612;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0127195;OID=.;OPOS=91295110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:58:59:40:40:0.40404:21:19:20:38:21:19:21:38 chr15 91424574 . G C 1893.8 PASS AF=0.382199;AO=112;DP=570;FAO=219;FDP=573;FR=.;FRO=354;FSAF=93;FSAR=126;FSRF=210;FSRR=144;FWDB=0.00282218;FXX=0.00520824;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.045;QD=13.2202;RBI=0.0374677;REFB=-0.0134584;REVB=-0.0373612;RO=256;SAF=6;SAR=106;SRF=184;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.780561;STB=0.603233;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0238753;OID=.;OPOS=91424574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:570:573:256:354:112:219:0.382199:106:6:184:72:126:93:210:144 chr15 91428290 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.443;QD=61.2132;RBI=0.0302689;REFB=0;REVB=0.0290523;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87964e-05;OID=.;OPOS=91428290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr15 91428589 . T G 2480.83 PASS AF=1;AO=160;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120867;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.583;QD=61.6356;RBI=0.0205251;REFB=0;REVB=0.0165888;RO=0;SAF=73;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32308e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17075e-06;OID=.;OPOS=91428589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:160:161:1:87:73:0:0:88:73:0:0 chr15 91428636 . G A 2200.93 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200114;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.249;QD=63.336;RBI=0.0573336;REFB=0;REVB=0.0537278;RO=0;SAF=73;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53081e-05;OID=.;OPOS=91428636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:138:139:1:65:73:0:0:65:74:0:0 chr15 91430436 . T C 3175.61 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113406;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.624;QD=64.1538;RBI=0.0322007;REFB=0;REVB=0.0301376;RO=0;SAF=91;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3283e-05;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:198:0:0:197:198:1:106:91:0:0:107:91:0:0 chr15 91452595 . A G 2279.7 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161386;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.568;QD=63.7678;RBI=0.0598664;REFB=0;REVB=-0.0576501;RO=0;SAF=51;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.20427e-05;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:92:51:0:0:92:51:0:0 chr15 91474236 . T C 1603.8 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.63;QD=64.1519;RBI=0.0444763;REFB=0;REVB=0.0412111;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84465e-05;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:51:47:0:0:52:48:0:0 chr15 91474738 . G C 2303.29 PASS AF=0.980892;AO=153;DP=156;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0334594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.234;QD=58.6824;RBI=0.0557932;REFB=-0.0467697;REVB=0.044647;RO=2;SAF=77;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123523;STB=0.503309;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000818044;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:157:2:3:153:154:0.980892:76:77:0:2:76:78:1:2 chr15 91478544 . A C 3935.15 PASS AF=1;AO=247;DP=248;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163557;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9943;QD=63.7271;RBI=0.0247586;REFB=-0.0356165;REVB=0.0185872;RO=1;SAF=136;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427492;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519807;OID=.;OPOS=91478544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:248:247:1:0:247:247:1:111:136:0:1:111:136:0:0 chr15 91485867 . C T 1559.16 PASS AF=0.484663;AO=158;DP=324;FAO=158;FDP=326;FR=.;FRO=168;FSAF=70;FSAR=88;FSRF=91;FSRR=77;FWDB=0.000693175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.56;QD=19.1308;RBI=0.0244606;REFB=-0.00134648;REVB=-0.0244508;RO=166;SAF=70;SAR=88;SRF=91;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981604;STB=0.550892;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00148614;OID=.;OPOS=91485867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:326:166:168:158:158:0.484663:88:70:91:75:88:70:91:77 chr15 91509592 . T C 1381.1 PASS AF=0.970588;AO=94;DP=100;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0352796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0348;QD=54.1608;RBI=0.043051;REFB=-0.019041;REVB=-0.0246726;RO=4;SAF=44;SAR=50;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411698;STB=0.515148;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00171093;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:100:102:4:3:94:99:0.970588:50:44:4:0:51:48:3:0 chr15 91517479 . G A 1510.7 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5212;QD=63.6083;RBI=0.0523227;REFB=0;REVB=0.045231;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325179;OID=.;OPOS=91517479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chr15 91524841 . G T 1749.02 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0083712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.506;QD=60.8356;RBI=0.0099504;REFB=0;REVB=0.00537899;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05452e-06;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:69:45:0:0:70:45:0:0 chr15 91543761 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.173;QD=56.7066;RBI=0.0267649;REFB=0;REVB=0.0136878;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185281;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr15 91836683 . T C 1804.16 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.347;QD=61.1578;RBI=0.0735369;REFB=0;REVB=0.0735033;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71225e-05;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:67:50:0:0:68:50:0:0 chr15 92638193 . G A 827.87 PASS AF=0.480226;AO=84;DP=174;FAO=85;FDP=177;FR=.;FRO=92;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.0249073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.185;QD=18.7089;RBI=0.0249074;REFB=-0.0122812;REVB=6.24709e-05;RO=90;SAF=47;SAR=37;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038697;STB=0.511795;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0141134;OID=.;OPOS=92638193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:177:90:92:84:85:0.480226:37:47:54:36:37:48:54:38 chr15 92647645 . G C 1569.77 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.65;QD=63.425;RBI=0.0215746;REFB=0;REVB=-0.00977411;RO=0;SAF=20;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06469e-05;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:76:20:0:0:78:21:0:0 chr15 93198671 . A G 4462.78 PASS AF=1;AO=278;DP=279;FAO=283;FDP=283;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8522;QD=63.0781;RBI=0.0441511;REFB=0;REVB=-0.00137907;RO=0;SAF=95;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.70237e-05;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:279:283:0:0:278:283:1:183:95:0:0:183:100:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 2980.28 PASS AF=0.800971,0.199029;AO=134,35;DP=195;FAO=165,41;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=58,11;FSAR=107,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178447,-0.017928;FXX=0.0373814;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=229.413,111.986;QD=57.8695;RBI=0.0291679,0.0213473;REFB=0,0;REVB=0.0230724,-0.0115885;RO=0;SAF=29,14;SAR=105,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.45613e-08,-4.27896e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00916657,0.0236883;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.800971,0.199029:134,35:195:165,41:206:0:58,11:107,30:0:0:99:0:29,14:105,21:0:0 chr15 93198697 . T C 42.37 PASS AF=0.0806452;AO=11;DP=185;FAO=15;FDP=186;FR=.;FRO=171;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=116;FWDB=-0.0480888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7423;QD=0.911091;RBI=0.062035;REFB=-0.0106713;REVB=-0.0391894;RO=171;SAF=9;SAR=2;SRF=55;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480341;STB=0.832975;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0682991;OID=.;OPOS=93198697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:185:186:171:171:11:15:0.0806452:2:9:55:116:4:11:55:116 chr15 93447631 . T G 1448.21 PASS AF=0.45858;AO=129;DP=305;FAO=155;FDP=338;FR=.;FRO=183;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=88;FSRR=95;FWDB=0.0157182;FXX=0.00588218;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.136;QD=17.1386;RBI=0.0171201;REFB=-0.0138784;REVB=-0.00678502;RO=138;SAF=58;SAR=71;SRF=65;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202616;STB=0.508889;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0156154;OID=.;OPOS=93447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:338:138:183:129:155:0.45858:71:58:65:73:83:72:88:95 chr15 93510603 . A G 1996.53 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0318003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.437;QD=60.5009;RBI=0.03377;REFB=-0.0437544;REVB=0.0113646;RO=2;SAF=49;SAR=81;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376846;STB=0.501983;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000276896;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:2:2:130:130:0.984848:81:49:1:1:81:49:1:1 chr15 93521604 . A G 2300.98 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.51;QD=60.1563;RBI=0.0179585;REFB=-0.0234841;REVB=0.0114553;RO=1;SAF=76;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062181;STB=0.503268;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=1.38387e-05;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:152:152:0.993464:76:76:0:1:76:76:0:1 chr15 93536197 . C T 233.4 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00237197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.073;QD=12.7888;RBI=0.0257256;REFB=-0.0242972;REVB=-0.0256161;RO=45;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205879;STB=0.617678;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0505129;OID=.;OPOS=93536197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:12:16:17:28:12:16:17:28 chr15 93570241 . T C 4090.2 PASS AF=0.971014;AO=268;DP=277;FAO=268;FDP=276;FR=.;FRO=8;FSAF=101;FSAR=167;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00888047;FXX=0.00360998;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.721;QD=59.2782;RBI=0.0219646;REFB=-0.191935;REVB=0.0200893;RO=1;SAF=101;SAR=167;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028466;STB=0.511448;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000500967;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:277:276:1:8:268:268:0.971014:167:101:0:1:167:101:6:2 chr15 93588264 . G C 204.95 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0350296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.918;QD=22.772;RBI=0.0747988;REFB=-0.0507185;REVB=-0.0660893;RO=16;SAF=14;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35805;STB=0.705667;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0181543;OID=.;OPOS=93588264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:16:19:20:0.555556:5:14:5:11:5:15:5:11 chr15 93588336 . A C 1784.66 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400057;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.753;QD=61.0142;RBI=0.0439833;REFB=0;REVB=0.0182778;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232806;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:54:63:0:0:54:63:0:0 chr15 93609460 . A T 1186.84 PASS AF=0.534562;AO=115;DP=216;FAO=116;FDP=217;FR=.;FRO=101;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=0.00424382;FXX=0.00458695;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.882;QD=21.8773;RBI=0.0224579;REFB=0.00296804;REVB=-0.0220533;RO=101;SAF=63;SAR=52;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791428;STB=0.544868;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00201982;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:101:101:115:116:0.534562:52:63:46:55:52:64:46:55 chr15 93616933 . C G 4776.2 PASS AF=1;AO=296;DP=297;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0777309;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.805;QD=64.11;RBI=0.089299;REFB=0;REVB=0.0439569;RO=0;SAF=172;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41043e-05;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:297:298:0:0:296:298:1:124:172:0:0:124:174:0:0 chr15 93616975 . A G 2791.64 PASS AF=1;AO=170;DP=172;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033324;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.196;QD=62.383;RBI=0.0334593;REFB=0;REVB=0.00300621;RO=0;SAF=78;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47664e-05;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:179:0:0:170:179:1:92:78:0:0:94:85:0:0 chr15 93632123 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.236;QD=56.9372;RBI=0.025797;REFB=0;REVB=-0.0220158;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176408;OID=.;OPOS=93632123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr15 93750027 . C T 263.52 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0026106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.321;QD=19.5202;RBI=0.00464249;REFB=-0.0129769;REVB=-0.00383894;RO=25;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346542;STB=0.526297;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00931143;OID=.;OPOS=93750027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:18:10:8:17:18:10:8:18 chr15 93750256 . G T 1606.86 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.739;QD=60.0697;RBI=0.0156343;REFB=0;REVB=0.014848;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29345e-05;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:52:54:0:0:52:55:0:0 chr15 94304132 . C T 1208.89 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6008;QD=61.2096;RBI=0.00621541;REFB=0;REVB=-0.0061218;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06156e-05;OID=.;OPOS=94304132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:29:50:0:0:29:50:0:0 chr15 94304189 . T C 1071.58 PASS AF=0.788991;AO=86;DP=110;FAO=86;FDP=109;FR=.;FRO=23;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=22;FSRR=1;FWDB=0.00222273;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.922;QD=39.3241;RBI=0.0190532;REFB=-0.0306023;REVB=-0.0189231;RO=8;SAF=34;SAR=52;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993262;STB=0.617707;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00416557;OID=.;OPOS=94304189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:8:23:86:86:0.788991:52:34:8:0:52:34:22:1 chr15 94841691 . G A 623.59 PASS AF=0.470588;AO=63;DP=134;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=57;FSRF=7;FSRR=65;FWDB=-0.0213415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.512;QD=18.3407;RBI=0.0243277;REFB=-0.0128948;REVB=0.0116781;RO=71;SAF=7;SAR=56;SRF=7;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03116;STB=0.516944;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0253967;OID=.;OPOS=94841691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:71:72:63:64:0.470588:56:7:7:64:57:7:7:65 chr15 94884108 . G C 921.03 PASS AF=0.470874;AO=97;DP=207;FAO=97;FDP=206;FR=.;FRO=109;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=0.0347314;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3201;QD=17.8842;RBI=0.0446764;REFB=0.00966801;REVB=-0.0281018;RO=108;SAF=46;SAR=51;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374365;STB=0.517993;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00837032;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:108:109:97:97:0.470874:51:46:47:61:51:46:48:61 chr15 94945719 . G T 364.45 PASS AF=0.372881;AO=43;DP=120;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0212032;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.824;QD=12.3541;RBI=0.0409222;REFB=-0.019198;REVB=-0.0350007;RO=74;SAF=26;SAR=17;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204676;STB=0.621587;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0299457;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:74:74:43:44:0.372881:17:26:31:43:17:27:31:43 chr15 98015489 . A G 1521.4 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0563597;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.094;QD=62.738;RBI=0.0576412;REFB=-0.107311;REVB=0.012087;RO=1;SAF=44;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010656;STB=0.505617;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00148549;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:97:1:1:96:96:0.989691:52:44:1:0:52:44:1:0 chr15 98301844 . GC CT,G,GT,TG 701.02 PASS AF=0.0217391,0.130435,0.826087,0.0217391;AO=2,7,30,2;DP=44;FAO=1,6,38,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,28,0;FSAR=1,6,10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228258,-0.00415496,-0.00533535,0.00818978;FXX=0.041658;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=70.2149,101.803,110.103,107.127;QD=60.9582;RBI=0.029489,0.01741,0.0396332,0.0139313;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0294005,0.0169069,0.0392725,0.0112699;RO=0;SAF=0,0,27,0;SAR=2,7,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,3.84607e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,mnp;VARB=0.0859644,-0.0165496,0.00420237,0.0835245;OID=.,.,.,.;OPOS=98301844,98301845,98301845,98301844;OREF=GC,C,C,GC;OALT=CT,-,T,TG;OMAPALT=CT,G,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:11:44:46:0:0:2,7,30,2:1,6,38,1:0.0217391,0.130435,0.826087,0.0217391:2,7,3,2:0,0,27,0:0:0:1,6,10,1:0,0,28,0:0:0 chr15 98504100 . G C 673.08 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.02899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.778;QD=52.7904;RBI=0.0946988;REFB=-0.0928287;REVB=0.0901523;RO=2;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391617;STB=0.520825;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000434993;OID=.;OPOS=98504100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:51:2:2:48:49:0.960784:23:25:0:2:23:26:0:2 chr15 98513845 . T C 1811.01 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.076;QD=60.8744;RBI=0.0380448;REFB=0;REVB=0.0155981;RO=0;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201901;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:67:51:0:0:67:52:0:0 chr15 98995081 . A G 2733.2 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.807;QD=62.4732;RBI=0.0428673;REFB=0;REVB=0.010641;RO=0;SAF=83;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54803e-05;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:175:0:0:173:175:1:90:83:0:0:92:83:0:0 chr15 99023968 . T G 205.32 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00816297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.646;QD=12.8325;RBI=0.0081969;REFB=-0.0115378;REVB=-0.000745079;RO=39;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459041;STB=0.526295;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0214791;OID=.;OPOS=99023968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:15:10:14:25:15:10:14:25 chr15 99478225 . G A 697.61 PASS AF=0.486111;AO=69;DP=143;FAO=70;FDP=144;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0121727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.057;QD=19.3782;RBI=0.0124652;REFB=-0.0118194;REVB=-0.00268463;RO=72;SAF=30;SAR=39;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700905;STB=0.540979;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0155368;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:72:74:69:70:0.486111:39:30:26:46:39:31:27:47 chr15 99501758 . A G 354.18 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.029894;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.122;QD=15.9182;RBI=0.0300245;REFB=0.00452382;REVB=0.00279645;RO=52;SAF=20;SAR=18;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046619;STB=0.520699;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00604622;OID=.;OPOS=99501758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:52:51:38:38:0.426966:18:20:25:27:18:20:25:26 chr15 99501929 . GAAAAAAAAAAG GAAAAAAAAAG,GAAAAAAAAAGA 154.94 PASS AF=0.734375,0.21875;AO=21,4;DP=71;FAO=47,14;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=25,14;FSAR=22,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.433531,-0.0269977;FXX=0.085702;HRUN=10,10;LEN=1,2;MLLD=4.06986,125.912;QD=9.68392;RBI=0.434589,0.027005;REFB=-0.164908,-0.0187839;REVB=0.0303158,-0.000630256;RO=18;SAF=13,4;SAR=8,0;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.2338,0.713887;STB=0.52829,0.5;STBP=0.12,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.146225,0.0256724;OID=.,.;OPOS=99501930,99501939;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAAAAAAAG,GAAAAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.734375,0.21875:21,4:71:47,14:64:3:25,14:22,0:3:0:47:18:13,4:8,0:6:12 chr15 99503199 . GGTGTGTGTGTGTGTA GGTGTGTGTGTGTA,GGTGTGTGTGTGTATG 591.52 PASS AF=0.9,0.1;AO=24,4;DP=43;FAO=36,4;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=18,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627609,-0.0099363;FXX=0.0476077;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=124.294,92.9584;QD=59.1523;RBI=0.114979,0.0498546;REFB=0,0;REVB=0.0963395,0.0488543;RO=0;SAF=15,1;SAR=9,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0111347,-0.0107715;OID=.,.;OPOS=99503200,99503212;OREF=GT,GTA;OALT=-,ATG;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTA,GGTGTGTGTGTGTATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9,0.1:24,4:43:36,4:40:0:18,1:18,3:0:0:19:0:15,1:9,3:0:0 chr15 99504437 . C T 985.26 PASS AF=0.424125;AO=107;DP=254;FAO=109;FDP=257;FR=.;FRO=148;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=76;FSRR=72;FWDB=0.0133594;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.494;QD=15.3347;RBI=0.0136585;REFB=-0.00209197;REVB=-0.00284256;RO=141;SAF=47;SAR=60;SRF=74;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876581;STB=0.542292;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00246319;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:257:141:148:107:109:0.424125:60:47:74:67:61:48:76:72 chr15 99504671 . C T 465.51 PASS AF=0.365385;AO=54;DP=152;FAO=57;FDP=156;FR=.;FRO=99;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=-0.0164805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2803;QD=11.9361;RBI=0.0376431;REFB=0.00928473;REVB=0.0338437;RO=96;SAF=19;SAR=35;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125001;STB=0.544953;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0208343;OID=.;OPOS=99504671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:156:96:99:54:57:0.365385:35:19:44:52:35:22:45:54 chr15 99511732 . A G 1171.52 PASS AF=0.432526;AO=124;DP=289;FAO=125;FDP=289;FR=.;FRO=164;FSAF=77;FSAR=48;FSRF=73;FSRR=91;FWDB=-0.0074318;FXX=0.00687262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.315;QD=16.2148;RBI=0.0271213;REFB=-0.00969482;REVB=-0.0260832;RO=162;SAF=76;SAR=48;SRF=73;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166863;STB=0.597817;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0120145;OID=.;OPOS=99511732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:162:164:124:125:0.432526:48:76:73:89:48:77:73:91 chr15 99646107 . A AG,G 1144.41 PASS AF=1,0;AO=72,5;DP=101;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=50,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737896,0.04693;FXX=0.0374953;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=214.891,111.802;QD=59.4497;RBI=0.090127,0.0471803;REFB=0,0;REVB=0.0517491,-0.00485339;RO=23;SAF=27,0;SAR=45,5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0490972,-0.667745;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00116555,0.00391395;OID=.,.;OPOS=99646108,99646107;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:101:77:23:0:72,5:77,0:1,0:45,5:27,0:11:12:50,0:27,0:0:0 chr15 99653800 . T C 562.81 PASS AF=0.403727;AO=65;DP=161;FAO=65;FDP=161;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.0182174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9284;QD=13.983;RBI=0.0637226;REFB=-0.00306885;REVB=0.0610631;RO=93;SAF=38;SAR=27;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501792;STB=0.538629;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00404314;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:93:96:65:65:0.403727:27:38:50:43:27:38:50:46 chr15 99669628 . A T 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0011763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.418;QD=22.0561;RBI=0.00416392;REFB=-0.00862799;REVB=-0.00399431;RO=38;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885224;STB=0.548759;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00929698;OID=.;OPOS=99669628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:22:22:23:15:22:22:23:15 chr15 99670161 . C T 494.08 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.000218721;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.986;QD=20.1665;RBI=0.0154166;REFB=-0.0274066;REVB=-0.015415;RO=50;SAF=14;SAR=34;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113743;STB=0.563325;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0288911;OID=.;OPOS=99670161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:50:50:48:48:0.489796:34:14:20:30:34:14:20:30 chr15 99670278 . C T 266.43 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0636527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.513;QD=13.4901;RBI=0.0636541;REFB=-0.0357534;REVB=0.0004245;RO=48;SAF=9;SAR=22;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127226;STB=0.572974;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0476511;OID=.;OPOS=99670278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:22:9:19:29:22:9:19:29 chr15 99670989 . T C 355.58 PASS AF=0.536232;AO=33;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00387238;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.051;QD=20.6135;RBI=0.00830178;REFB=-0.0549797;REVB=0.00734332;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427783;STB=0.55822;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0415693;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:32:33:37:0.536232:19:14:16:18:23:14:16:16 chr15 99671760 . T C 2029.21 PASS AF=0.519789;AO=197;DP=379;FAO=197;FDP=379;FR=.;FRO=182;FSAF=95;FSAR=102;FSRF=78;FSRR=104;FWDB=0.000263016;FXX=0.00263151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.946;QD=21.4165;RBI=0.021824;REFB=-0.0042236;REVB=-0.0218224;RO=182;SAF=95;SAR=102;SRF=78;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473769;STB=0.525846;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00365998;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:379:182:182:197:197:0.519789:102:95:78:104:102:95:78:104 chr15 99672722 . A G 409.94 PASS AF=0.518987;AO=38;DP=76;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00329182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.129;QD=20.7563;RBI=0.00393011;REFB=-0.0201572;REVB=0.00214702;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828552;STB=0.554704;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.017307;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:37:38:38:41:0.518987:17:21:17:20:18:23:17:21 chr15 99677707 . G A 723.76 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.562;QD=54.6237;RBI=0.0192694;REFB=-0.0862323;REVB=-0.00598477;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00491571;OID=.;OPOS=99677707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:0:1:29:23:0:1 chr15 99715352 . A G 585.16 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.032635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.598;QD=15.004;RBI=0.033636;REFB=-0.0123375;REVB=-0.00814471;RO=90;SAF=26;SAR=40;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420434;STB=0.523553;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0183937;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:90:90:66:66:0.423077:40:26:39:51:40:26:39:51 chr15 99826010 . AA AT,TT 100.1 PASS AF=0.178082,0.0958904;AO=10,7;DP=72;FAO=13,7;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=4,5;FSAR=9,2;FSRF=11;FSRR=42;FWDB=0.0620918,0.032305;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=57.8872,70.2504;QD=5.48498;RBI=0.066493,0.0353601;REFB=-0.00024188,-0.00056572;REVB=-0.0237893,-0.0143779;RO=48;SAF=4,5;SAR=6,2;SRF=11;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.242274,0.539948;STB=0.601631,0.872321;STBP=0.513,0.162;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0186164,0.0224415;OID=.,.;OPOS=99826011,99826010;OREF=A,AA;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:72:73:48:53:10,7:13,7:0.178082,0.0958904:6,2:4,5:11:37:9,2:4,5:11:42 chr15 100246936 . T C 413.71 PASS AF=0.4;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.0128528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.638;QD=13.7904;RBI=0.0205186;REFB=-0.0155167;REVB=-0.0159944;RO=71;SAF=28;SAR=20;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636773;STB=0.508543;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.020472;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:72:48:48:0.4:20:28:41:30:20:28:41:31 chr15 100246942 . G A 1933.98 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.178;QD=61.8873;RBI=0.00826548;REFB=0;REVB=0.0053631;RO=0;SAF=70;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81412e-06;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:54:70:0:0:54:71:0:0 chr15 100257173 . T C 821.21 PASS AF=0.512346;AO=83;DP=162;FAO=83;FDP=162;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=0.02239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.116;QD=20.2769;RBI=0.0229106;REFB=-0.0109842;REVB=0.00485616;RO=78;SAF=36;SAR=47;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115443;STB=0.559113;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.010729;OID=.;OPOS=100257173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:78:79:83:83:0.512346:47:36:24:54:47:36:25:54 chr15 100269635 . G C 716.02 PASS AF=0.482993;AO=71;DP=147;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0168182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.464;QD=19.4837;RBI=0.0487656;REFB=-0.00993812;REVB=0.0457737;RO=74;SAF=38;SAR=33;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450959;STB=0.518243;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00923635;OID=.;OPOS=100269635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:74:76:71:71:0.482993:33:38:36:38:33:38:38:38 chr15 100269680 . G C 567.11 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00298671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.046;QD=18.5937;RBI=0.00740063;REFB=-0.00701653;REVB=-0.00677118;RO=63;SAF=31;SAR=28;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133392;STB=0.507385;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00853654;OID=.;OPOS=100269680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:63:59:59:0.483607:28:31:34:29:28:31:34:29 chr15 100269737 . G A 484.59 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0844683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9455;QD=24.2293;RBI=0.0865415;REFB=-0.140554;REVB=-0.0188293;RO=15;SAF=22;SAR=21;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236645;STB=0.628033;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0430009;OID=.;OPOS=100269737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:15:29:43:43:0.5375:21:22:15:0:21:22:24:5 chr15 100269749 . G A 422.74 PASS AF=0.506329;AO=30;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0352647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8166;QD=21.4047;RBI=0.0410112;REFB=-0.0558491;REVB=0.0209361;RO=27;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224906;STB=0.545432;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0237855;OID=.;OPOS=100269749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:27:34:30:40:0.506329:18:12:18:9:18:22:22:12 chr15 100269796 . A G 1047.77 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.285;QD=59.0293;RBI=0.0319751;REFB=0;REVB=0.00515336;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512879;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:38:31:0:0:38:33:0:0 chr15 100332799 . A C 514.26 PASS AF=0.52;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00656911;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7422;QD=20.5705;RBI=0.0264361;REFB=-0.038336;REVB=-0.0256069;RO=47;SAF=26;SAR=26;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641838;STB=0.539985;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0503177;OID=.;OPOS=100332799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:47:48:52:52:0.52:26:26:27:20:26:26:28:20 chr15 100332807 . C T 463.23 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0430565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3728;QD=17.9895;RBI=0.080479;REFB=-0.0472376;REVB=-0.0679927;RO=53;SAF=28;SAR=22;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120494;STB=0.506685;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0595988;OID=.;OPOS=100332807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:22:28:29:24:22:28:29:24 chr15 100332919 . T C 59.14 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00820693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.911;QD=5.25722;RBI=0.0150221;REFB=-0.0169778;REVB=-0.0125822;RO=36;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409551;STB=0.782453;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0612651;OID=.;OPOS=100332919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:8:1:13:23:8:1:13:23 chr15 100339897 . T C 2223.4 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0447289;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.039;QD=62.6309;RBI=0.0516592;REFB=-0.124113;REVB=0.0258456;RO=0;SAF=75;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2556e-08;STB=0.503759;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000273698;OID=.;OPOS=100339897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:142:0:1:141:141:0.992958:66:75:0:0:66:75:0:1 chr15 100339938 . C T 1572.48 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.816;QD=62.8993;RBI=0.0303533;REFB=-0.125876;REVB=0.0169543;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00113871;OID=.;OPOS=100339938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:49:50:0:0:49:50:0:1 chr15 100339960 . G A 250.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0302769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7637;QD=20.0298;RBI=0.0461059;REFB=-0.0381901;REVB=0.0347715;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144451;STB=0.580922;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0340612;OID=.;OPOS=100339960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:10:14:19:7:10:14:19:7 chr15 100340375 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.161904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9991;QD=33.4282;RBI=0.162238;REFB=0;REVB=0.0104053;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0143;OID=.;OPOS=100340375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr15 100347024 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.855;QD=37.4885;RBI=0.0840855;REFB=0;REVB=0.0191637;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018467;OID=.;OPOS=100347024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr15 100512047 . A G 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0656789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.285;QD=19.5189;RBI=0.0658713;REFB=0.00788528;REVB=-0.00503055;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159954;STB=0.589269;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0035657;OID=.;OPOS=100512047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:17:11:15:11:17:11:15:11 chr15 100512079 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0246838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.552;QD=23.0883;RBI=0.0334578;REFB=-0.0066089;REVB=-0.0225862;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00524053;OID=.;OPOS=100512079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:11:11:9:9:11:11:9:9 chr15 100514614 . T C 230.6 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0194847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.652;QD=10.0262;RBI=0.0590604;REFB=-0.014592;REVB=-0.0557537;RO=62;SAF=16;SAR=13;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790645;STB=0.551688;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0316101;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:62:63:29:29:0.315217:13:16:30:32:13:16:30:33 chr15 100672237 . T G 1085.87 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375183;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.904;QD=60.3262;RBI=0.0435838;REFB=0;REVB=0.043422;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229093;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr15 100794363 . C T 710.57 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0747341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7963;QD=52.6347;RBI=0.0748612;REFB=-0.101773;REVB=0.00436008;RO=2;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336162;STB=0.51785;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0160935;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:27:25:0:2:27:25:0:2 chr15 100801698 . G A 2067.75 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000878352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.518;QD=61.724;RBI=0.00155754;REFB=-0.0504296;REVB=0.00128624;RO=1;SAF=86;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549553;STB=0.50289;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000368659;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:47:86:1:0:47:86:1:0 chr15 100821467 . G A 6676.16 PASS AF=1;AO=395;DP=449;FAO=448;FDP=448;FR=.;FRO=0;FSAF=226;FSAR=222;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496265;FXX=0.00444435;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.642;QD=59.6086;RBI=0.0621433;REFB=-0.0996542;REVB=0.0374033;RO=1;SAF=179;SAR=216;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0026588;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331745;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:449:448:1:0:395:448:1:216:179:1:0:222:226:0:0 chr15 100821576 . G A 3431.86 PASS AF=1;AO=214;DP=215;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200456;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.209;QD=62.3975;RBI=0.0204259;REFB=0;REVB=0.00392322;RO=0;SAF=72;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.444e-05;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:215:220:0:0:214:220:1:142:72:0:0:144:76:0:0 chr15 100942962 . T C 850.33 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.657;QD=57.6495;RBI=0.0718068;REFB=0;REVB=0.0103701;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129696;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:28:29:0:0:29:30:0:0 chr15 101041896 . T C 1044.2 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.299;QD=59.6686;RBI=0.0423774;REFB=0;REVB=0.0410116;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223643;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr15 101324497 . A T 589.21 PASS AF=0.508475;AO=58;DP=115;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0810951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.95;QD=19.9733;RBI=0.0820123;REFB=-0.00270547;REVB=0.0122312;RO=56;SAF=23;SAR=35;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125624;STB=0.558385;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00339798;OID=.;OPOS=101324497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:56:58:58:60:0.508475:35:23:30:26:35:25:31:27 chr15 101421673 . G A 289.84 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0180124;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.511;QD=13.8018;RBI=0.0463312;REFB=-0.0219002;REVB=-0.0426865;RO=51;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759347;STB=0.543352;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0399857;OID=.;OPOS=101421673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:51:51:33:33:0.392857:21:12:22:29:21:12:22:29 chr15 101445766 . C A 587.82 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0103728;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.152;QD=19.5941;RBI=0.0329073;REFB=-0.032408;REVB=-0.0312297;RO=60;SAF=33;SAR=27;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150058;STB=0.582754;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0259841;OID=.;OPOS=101445766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:60:60:60:0.5:27:33:23:37:27:33:23:37 chr15 101562793 . G A 833.89 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6182;QD=57.5099;RBI=0.0869767;REFB=0;REVB=-0.0160412;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321011;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr15 101591923 . A G 557.07 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.0158366;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.426;QD=15.4742;RBI=0.0158611;REFB=-0.00676087;REVB=0.000882026;RO=82;SAF=37;SAR=23;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243706;STB=0.642549;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0101822;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:82:84:60:60:0.416667:23:37:31:51:23:37:31:53 chr15 101598200 . G A 506.64 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0222942;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3201;QD=17.7769;RBI=0.0462727;REFB=-0.0279398;REVB=0.0405479;RO=59;SAF=32;SAR=22;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174521;STB=0.592558;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0267001;OID=.;OPOS=101598200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:59:60:54:54:0.473684:22:32:24:35:22:32:25:35 chr15 101598314 . C T 858.31 PASS AF=0.44878;AO=92;DP=216;FAO=92;FDP=205;FR=.;FRO=113;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.0178877;FXX=0.055297;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.483;QD=16.7475;RBI=0.0262253;REFB=-0.00449221;REVB=-0.0191781;RO=98;SAF=57;SAR=35;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372375;STB=0.565203;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00717576;OID=.;OPOS=101598314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:205:98:113:92:92:0.44878:35:57:57:41:35:57:57:56 chr15 101606889 . GC AA 610.63 PASS AF=0.393258;AO=70;DP=178;FAO=70;FDP=178;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.000434575;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=295.649;QD=13.7219;RBI=0.0317598;REFB=-0.0109076;REVB=0.0317569;RO=107;SAF=38;SAR=32;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411085;STB=0.526071;STBP=0.576;TYPE=mnp;VARB=0.0173999;OID=.;OPOS=101606889;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:107:108:70:70:0.393258:32:38:54:53:32:38:54:54 chr15 101607513 . T C 1841.56 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197449;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.751;QD=61.3855;RBI=0.0199661;REFB=0;REVB=0.00296368;RO=0;SAF=48;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77322e-06;OID=.;OPOS=101607513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:72:48:0:0:72:48:0:0 chr15 101717171 . TA AT,T 69.36 PASS AF=0.5,0.5;AO=2,5;DP=29;FAO=7,7;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=7,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276743,-0.00299087;FXX=0.263019;HRUN=1,12;LEN=2,1;MLLD=38.2241,6.54849;QD=19.8159;RBI=0.104412,0.290037;REFB=-0.0433017,-0.198358;REVB=-0.100678,-0.290021;RO=22;SAF=0,1;SAR=2,4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.589202,-0.524257;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0311414,-0.131217;OID=.,.;OPOS=101717171,101717172;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:29:14:22:0:2,5:7,7:0.5,0.5:2,4:0,1:15:7:7,6:0,1:0:0 chr15 101717680 . G T 591.27 PASS AF=0.430464;AO=65;DP=151;FAO=65;FDP=151;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0100635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.002;QD=15.6628;RBI=0.019371;REFB=-0.0144402;REVB=-0.0165518;RO=86;SAF=35;SAR=30;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274293;STB=0.515333;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0220389;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:86:86:65:65:0.430464:30:35:44:42:30:35:44:42 chr15 101718106 . G A 224.52 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.000497084;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.356;QD=19.1079;RBI=0.0230068;REFB=-0.00172101;REVB=0.0230014;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976477;STB=0.564456;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00190059;OID=.;OPOS=101718106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:25:22:22:0.468085:14:8:12:14:14:8:12:13 chr15 101718190 . C T 268.55 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00257493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8409;QD=11.676;RBI=0.0183267;REFB=-0.00203356;REVB=0.0181449;RO=60;SAF=11;SAR=21;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684188;STB=0.539622;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00567036;OID=.;OPOS=101718190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:21:11:24:36:21:11:24:36 chr15 101718529 . T C 1278.76 PASS AF=0.596859;AO=114;DP=191;FAO=114;FDP=191;FR=.;FRO=77;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0035167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4796;QD=26.7804;RBI=0.0206421;REFB=-0.0383073;REVB=-0.0203404;RO=77;SAF=47;SAR=67;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223802;STB=0.512124;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.027614;OID=.;OPOS=101718529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:77:77:114:114:0.596859:67:47:34:43:67:47:34:43 chr15 101718700 . G A 283.69 PASS AF=0.370787;AO=25;DP=88;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0128245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.383;QD=12.7499;RBI=0.0160147;REFB=-0.00697546;REVB=0.00959176;RO=51;SAF=16;SAR=9;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111031;STB=0.574069;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0204439;OID=.;OPOS=101718700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:56:25:33:0.370787:9:16:37:14:15:18:37:19 chr15 101718950 . T C 951.08 PASS AF=0.648438;AO=83;DP=128;FAO=83;FDP=128;FR=.;FRO=45;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.00683936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.965;QD=29.7211;RBI=0.0268866;REFB=-0.0145984;REVB=0.0260021;RO=45;SAF=52;SAR=31;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599045;STB=0.53229;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00791407;OID=.;OPOS=101718950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:45:45:83:83:0.648438:31:52:32:13:31:52:32:13 chr15 101827137 . C T 453.51 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00837458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.529;QD=19.7177;RBI=0.0426529;REFB=-0.0196403;REVB=-0.0418227;RO=47;SAF=30;SAR=15;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264409;STB=0.646993;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0164006;OID=.;OPOS=101827137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:15:30:18:29:15:30:18:29 chr15 101827855 . C T 726.37 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.0190867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.846;QD=20.7534;RBI=0.0211666;REFB=-0.00650679;REVB=-0.00915;RO=69;SAF=35;SAR=36;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104303;STB=0.557331;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00661538;OID=.;OPOS=101827855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:69:69:71:71:0.507143:36:35:26:43:36:35:26:43 chr15 101910550 . G A 946.27 PASS AF=0.448889;AO=98;DP=222;FAO=101;FDP=225;FR=.;FRO=124;FSAF=67;FSAR=34;FSRF=88;FSRR=36;FWDB=0.027405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.892;QD=16.8226;RBI=0.0275692;REFB=-0.00117471;REVB=0.00300482;RO=123;SAF=65;SAR=33;SRF=87;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504166;STB=0.529111;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00144031;OID=.;OPOS=101910550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:225:123:124:98:101:0.448889:33:65:87:36:34:67:88:36 chr15 102192548 . A C 2008.42 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.447;QD=62.2765;RBI=0.0620299;REFB=0;REVB=-0.00452664;RO=0;SAF=67;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93209e-05;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:62:67:0:0:62:67:0:0 chr15 102223771 . G A 634.77 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=145;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0549699;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8573;QD=17.8808;RBI=0.062169;REFB=0.000339774;REVB=-0.0290395;RO=74;SAF=41;SAR=24;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129387;STB=0.583604;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00111913;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:142:74:77:65:65:0.457746:24:41:37:37:24:41:37:40 chr15 102224341 . G A 768.67 PASS AF=0.433862;AO=82;DP=189;FAO=82;FDP=189;FR=.;FRO=107;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.0223607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.677;QD=16.2681;RBI=0.0286532;REFB=-0.00359138;REVB=-0.0179167;RO=107;SAF=39;SAR=43;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180065;STB=0.510033;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00402291;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:107:107:82:82:0.433862:43:39:49:58:43:39:49:58 chr15 102284675 . A G 424.34 PASS AF=0.22623;AO=67;DP=303;FAO=69;FDP=305;FR=.;FRO=236;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=122;FSRR=114;FWDB=-0.00700523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.299;QD=5.56517;RBI=0.00706538;REFB=-0.0085193;REVB=-0.000919932;RO=235;SAF=30;SAR=37;SRF=121;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858382;STB=0.563587;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0262855;OID=.;OPOS=102284675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:305:235:236:67:69:0.22623:37:30:121:114:39:30:122:114 chr15 102284706 . G A 232.01 PASS AF=0.195238;AO=41;DP=210;FAO=41;FDP=210;FR=.;FRO=169;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=83;FSRR=86;FWDB=0.00468975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3328;QD=4.4192;RBI=0.0164829;REFB=0.000214718;REVB=0.0158017;RO=165;SAF=15;SAR=26;SRF=79;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147924;STB=0.602598;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.000927915;OID=.;OPOS=102284706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:165:169:41:41:0.195238:26:15:79:86:26:15:83:86 chr15 102389423 . C G 1193.75 PASS AF=0.510917;AO=117;DP=232;FAO=117;FDP=229;FR=.;FRO=112;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=0.00465208;FXX=0.0129305;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.91;QD=20.8516;RBI=0.0181584;REFB=-0.0153861;REVB=-0.0175524;RO=111;SAF=54;SAR=63;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382838;STB=0.518865;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0149508;OID=.;OPOS=102389423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:229:111:112:117:117:0.510917:63:54:56:55:63:54:56:56 chr15 102506321 . A G 358.99 PASS AF=0.107463;AO=108;DP=1010;FAO=108;FDP=1005;FR=.;FRO=897;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=506;FSRR=391;FWDB=0.0483862;FXX=0.00495045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.073;QD=1.42882;RBI=0.0561156;REFB=-0.000610647;REVB=-0.0284207;RO=873;SAF=51;SAR=57;SRF=503;SRR=370;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130232;STB=0.581501;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00404294;OID=.;OPOS=102506321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1010:1005:873:897:108:108:0.107463:57:51:503:370:57:51:506:391 chr15 102515257 . C T 111.55 PASS AF=0.0988372;AO=34;DP=344;FAO=34;FDP=344;FR=.;FRO=310;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=131;FSRR=179;FWDB=0.0115975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0317;QD=1.29712;RBI=0.0212084;REFB=0.00393397;REVB=-0.0177566;RO=307;SAF=13;SAR=21;SRF=129;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047739;STB=0.537673;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.018904;OID=.;OPOS=102515257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:344:307:310:34:34:0.0988372:21:13:129:178:21:13:131:179 chr15 102516350 . G A 520.32 PASS AF=0.393333;AO=51;DP=142;FAO=59;FDP=150;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0275984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8958;QD=13.8753;RBI=0.0381556;REFB=0.00224817;REVB=0.0263472;RO=91;SAF=25;SAR=26;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541156;STB=0.507934;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00161068;OID=.;OPOS=102516350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:150:91:91:51:59:0.393333:26:25:49:42:28:31:49:42 chr16 67415 . C A 48.44 PASS AF=0.0903226;AO=14;DP=155;FAO=14;FDP=155;FR=.;FRO=141;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=81;FWDB=0.0135806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4794;QD=1.25008;RBI=0.0211742;REFB=-0.000757763;REVB=0.0162454;RO=141;SAF=7;SAR=7;SRF=60;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873365;STB=0.567647;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00798266;OID=.;OPOS=67415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:155:155:141:141:14:14:0.0903226:7:7:60:81:7:7:60:81 chr16 103517 . A C 3984.33 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.071;QD=62.2551;RBI=0.056572;REFB=0;REVB=-0.0302563;RO=0;SAF=121;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76784e-06;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:256:256:0:0:255:256:1:134:121:0:0:135:121:0:0 chr16 108585 . T C 584.17 PASS AF=0.445255;AO=52;DP=137;FAO=61;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0217938;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.987;QD=17.056;RBI=0.0218321;REFB=-0.00801369;REVB=-0.00129224;RO=57;SAF=20;SAR=32;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358726;STB=0.568132;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00841521;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:57:76:52:61:0.445255:32:20:24:33:34:27:43:33 chr16 113883 . G GCC 719.67 PASS AF=1;AO=59;DP=68;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269552;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=2;MLLD=41.6407;QD=47.9781;RBI=0.0327268;REFB=0;REVB=0.0185596;RO=9;SAF=32;SAR=27;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059225;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.27061e-05;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:68:60:60:0:33:27:0:0:13:9:32:27:7:2 chr16 113886 . GC G 663.32 PASS AF=1;AO=57;DP=64;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856084;FXX=0.0781128;HRUN=5;LEN=1;MLLD=23.9265;QD=44.9706;RBI=0.0892021;REFB=-0.0373547;REVB=0.0250641;RO=1;SAF=34;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136707;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00478696;OID=.;OPOS=113887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:64:59:59:0:35:24:0:0:10:1:34:23:1:0 chr16 278745 . TG GT 42.28 PASS AF=0.111111;AO=22;DP=164;FAO=18;FDP=162;FR=.;FRO=144;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=94;FSRR=50;FWDB=-0.0139432;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=2;MLLD=55.5031;QD=1.04399;RBI=0.0560937;REFB=-0.00727253;REVB=-0.0543332;RO=119;SAF=2;SAR=20;SRF=79;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.670221;STB=0.920469;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.181002;OID=.;OPOS=278745;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:164:162:119:144:22:18:0.111111:20:2:79:40:16:2:94:50 chr16 322934 . C T 598.1 PASS AF=0.412121;AO=68;DP=165;FAO=68;FDP=165;FR=.;FRO=97;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.00464698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.315;QD=14.4995;RBI=0.00581217;REFB=-0.023192;REVB=0.00349096;RO=97;SAF=31;SAR=37;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00847605;STB=0.504755;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0166223;OID=.;OPOS=322934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:97:97:68:68:0.412121:37:31:45:52:37:31:45:52 chr16 336660 . G A 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.14;QD=54.7457;RBI=0.0493234;REFB=0.00154942;REVB=-0.0366022;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.507689;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-1.34435e-05;OID=.;OPOS=336660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:21:32:1:0:21:32:1:0 chr16 447910 . G A 1100.58 PASS AF=0.381381;AO=127;DP=334;FAO=127;FDP=333;FR=.;FRO=206;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=72;FSRR=134;FWDB=-0.0133887;FXX=0.00299392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.051;QD=13.2202;RBI=0.0430015;REFB=-0.00974799;REVB=0.0408641;RO=204;SAF=62;SAR=65;SRF=70;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160348;STB=0.586171;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0123767;OID=.;OPOS=447910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:333:204:206:127:127:0.381381:65:62:70:134:65:62:72:134 chr16 450165 . T C 271.26 PASS AF=0.48;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0477998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7688;QD=21.7007;RBI=0.0641621;REFB=-0.0292887;REVB=-0.0428014;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671389;STB=0.545418;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0338532;OID=.;OPOS=450165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:24:24:24:0.48:9:15:16:7:9:15:17:7 chr16 455646 . A G 275.5 PASS AF=0.442857;AO=29;DP=68;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00222556;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.286;QD=15.7427;RBI=0.0180656;REFB=-0.0167015;REVB=-0.017928;RO=39;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229233;STB=0.509428;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0231956;OID=.;OPOS=455646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:39:39:29:31:0.442857:12:17:22:17:13:18:22:17 chr16 456416 . T G 508.8 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=130;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=65;FSRR=15;FWDB=-0.00134707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.775;QD=14.5373;RBI=0.0911365;REFB=-0.0159517;REVB=0.0911266;RO=79;SAF=43;SAR=5;SRF=65;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176447;STB=0.549984;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.029428;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:140:79:80:48:60:0.428571:5:43:65:14:15:45:65:15 chr16 570557 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.367;QD=58.6006;RBI=0.0229594;REFB=0;REVB=0.0092257;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39525e-05;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr16 593277 . T G 4437.74 PASS AF=0.501706;AO=425;DP=866;FAO=441;FDP=879;FR=.;FRO=438;FSAF=206;FSAR=235;FSRF=224;FSRR=214;FWDB=-0.00865415;FXX=0.00340132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.054;QD=20.1945;RBI=0.00927935;REFB=-0.0178424;REVB=0.00334843;RO=437;SAF=199;SAR=226;SRF=222;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369094;STB=0.522102;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0169766;OID=.;OPOS=593277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:866:879:437:438:425:441:0.501706:226:199:222:215:235:206:224:214 chr16 602313 . C A 2696.26 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4589;QD=62.3412;RBI=0.0168017;REFB=0;REVB=0.00419603;RO=0;SAF=93;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97733e-05;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:80:93:0:0:80:93:0:0 chr16 603471 . A G 878.89 PASS AF=0.537037;AO=67;DP=168;FAO=87;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.049244;FXX=0.0299383;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.459;QD=21.7009;RBI=0.0492616;REFB=-0.015059;REVB=0.00131371;RO=54;SAF=21;SAR=46;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069337;STB=0.540807;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0111383;OID=.;OPOS=603471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:162:54:71:67:87:0.537037:46:21:21:33:53:34:34:37 chr16 622565 . A G 640.36 PASS AF=0.445946;AO=66;DP=147;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=50;FSAR=16;FSRF=64;FSRR=18;FWDB=-0.044311;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2747;QD=17.3071;RBI=0.0543103;REFB=-0.0412919;REVB=-0.0314029;RO=79;SAF=50;SAR=16;SRF=62;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371766;STB=0.517588;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0528487;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:79:82:66:66:0.445946:16:50:62:17:16:50:64:18 chr16 624114 . A G 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00708152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2105;QD=11.6326;RBI=0.117199;REFB=-0.00392349;REVB=-0.116985;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277675;STB=0.666325;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000805244;OID=.;OPOS=624114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:7:9:3:7:7:9 chr16 624713 . C T 854.3 PASS AF=0.442857;AO=92;DP=208;FAO=93;FDP=210;FR=.;FRO=117;FSAF=19;FSAR=74;FSRF=24;FSRR=93;FWDB=0.029561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.207;QD=16.2723;RBI=0.0303682;REFB=-0.00780594;REVB=0.0069555;RO=116;SAF=19;SAR=73;SRF=24;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000573469;STB=0.500708;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0100734;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:210:116:117:92:93:0.442857:73:19:24:92:74:19:24:93 chr16 632073 . C T 525.69 PASS AF=0.5;AO=54;DP=109;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00989931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.533;QD=19.1161;RBI=0.0274031;REFB=-0.0172752;REVB=-0.0255526;RO=55;SAF=35;SAR=19;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296363;STB=0.519848;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00896135;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:55:55:54:55:0.5:19:35:34:21:19:36:34:21 chr16 632113 . GCG CGA,GCA 413.88 PASS AF=0,0.341935;AO=9,53;DP=153;FAO=0,53;FDP=155;FR=.;FRO=102;FSAF=0,32;FSAR=0,21;FSRF=68;FSRR=34;FWDB=-0.0153158,-0.0182752;FXX=0.0189861;HRUN=5,4;LEN=3,1;MLLD=199.128,173.217;QD=10.6808;RBI=0.0158784,0.0188956;REFB=-0.0220295,-0.0239775;REVB=-0.00418923,-0.00480215;RO=68;SAF=8,32;SAR=1,21;SRF=49;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.298946,-0.12684;STB=0.5,0.544025;STBP=1,0.448;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0407399;OID=.,.;OPOS=632113,632115;OREF=GCG,G;OALT=CGA,A;OMAPALT=CGA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:153:155:68:102:9,53:0,53:0,0.341935:1,21:8,32:49:19:0,21:0,32:68:34 chr16 632138 . C T 749.9 PASS AF=0.412621;AO=82;DP=203;FAO=85;FDP=206;FR=.;FRO=121;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=0.0570313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.69;QD=14.5611;RBI=0.0583319;REFB=-0.0165056;REVB=0.0122491;RO=118;SAF=42;SAR=40;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306759;STB=0.512794;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0237483;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:206:118:121:82:85:0.412621:40:42:57:61:41:44:60:61 chr16 632180 . G C 756.21 PASS AF=0.409524;AO=86;DP=210;FAO=86;FDP=210;FR=.;FRO=124;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=-0.018411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.465;QD=14.404;RBI=0.0184432;REFB=-0.00753959;REVB=0.00108891;RO=123;SAF=35;SAR=51;SRF=60;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863248;STB=0.550967;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00989663;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:123:124:86:86:0.409524:51:35:60:63:51:35:61:63 chr16 632198 . T A 699.68 PASS AF=0.402062;AO=75;DP=195;FAO=78;FDP=194;FR=.;FRO=116;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=0.01294;FXX=0.0299985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.292;QD=14.4264;RBI=0.0297929;REFB=-0.00956542;REVB=0.0268361;RO=102;SAF=26;SAR=49;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144223;STB=0.573626;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0109296;OID=.;OPOS=632198;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:102:116:75:78:0.402062:49:26:49:53:49:29:57:59 chr16 632225 . T C 687.8 PASS AF=0.413043;AO=75;DP=183;FAO=76;FDP=184;FR=.;FRO=108;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=0.0330652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.217;QD=14.9523;RBI=0.0400696;REFB=-0.034924;REVB=0.0226333;RO=108;SAF=25;SAR=50;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211353;STB=0.612426;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0214238;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:108:108:75:76:0.413043:50:25:57:51:50:26:57:51 chr16 632230 . CG C 545.28 PASS AF=0.385965;AO=61;DP=171;FAO=66;FDP=171;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=0.0455188;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.891;QD=12.7551;RBI=0.0463139;REFB=-0.0125838;REVB=-0.00854473;RO=95;SAF=22;SAR=39;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137834;STB=0.586316;STBP=0.077;TYPE=del;VARB=0.0150975;OID=.;OPOS=632231;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965:61:171:66:171:105:26:40:56:49:99:95:22:39:46:49 chr16 632233 . T C 574.25 PASS AF=0.395349;AO=64;DP=171;FAO=68;FDP=172;FR=.;FRO=104;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.0777268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7558;QD=13.3545;RBI=0.0914023;REFB=-0.0115314;REVB=-0.0480929;RO=107;SAF=24;SAR=40;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195918;STB=0.571211;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0202493;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:107:104:64:68:0.395349:40:24:59:48:40:28:55:49 chr16 633125 . T C 1518.43 PASS AF=0.467456;AO=153;DP=335;FAO=158;FDP=338;FR=.;FRO=180;FSAF=64;FSAR=94;FSRF=105;FSRR=75;FWDB=0.00895509;FXX=0.00294977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.897;QD=17.9696;RBI=0.0515671;REFB=-0.0134966;REVB=0.0507836;RO=177;SAF=61;SAR=92;SRF=103;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178332;STB=0.594925;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0180978;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:338:177:180:153:158:0.467456:92:61:103:74:94:64:105:75 chr16 633353 . TG CA 1100.06 PASS AF=0.363636;AO=127;DP=366;FAO=132;FDP=363;FR=.;FRO=231;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=131;FSRR=100;FWDB=-0.021651;FXX=0.0162597;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.335;QD=12.1218;RBI=0.0242036;REFB=-0.0131664;REVB=-0.0108189;RO=224;SAF=55;SAR=72;SRF=126;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145399;STB=0.59048;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.020861;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:363:224:231:127:132:0.363636:72:55:126:98:76:56:131:100 chr16 633764 . G A 1302.91 PASS AF=0.546256;AO=124;DP=227;FAO=124;FDP=227;FR=.;FRO=103;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.013614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9099;QD=22.9587;RBI=0.0141471;REFB=-0.0055408;REVB=0.00384683;RO=103;SAF=52;SAR=72;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721301;STB=0.539319;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00366385;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:103:103:124:124:0.546256:72:52:52:51:72:52:52:51 chr16 678843 . C T 1752.38 PASS AF=0.5;AO=172;DP=344;FAO=172;FDP=344;FR=.;FRO=172;FSAF=86;FSAR=86;FSRF=89;FSRR=83;FWDB=0.0688031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.781;QD=20.3765;RBI=0.0689751;REFB=-0.0234726;REVB=0.00486828;RO=172;SAF=86;SAR=86;SRF=89;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159191;STB=0.50872;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0256908;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:344:172:172:172:172:0.5:86:86:89:83:86:86:89:83 chr16 679814 . T C 6275.69 PASS AF=0.980815;AO=402;DP=415;FAO=409;FDP=417;FR=.;FRO=8;FSAF=163;FSAR=246;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00799727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7281;QD=60.1984;RBI=0.0229108;REFB=0.0139513;REVB=-0.0214697;RO=12;SAF=157;SAR=245;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332406;STB=0.505485;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00356479;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:415:417:12:8:402:409:0.980815:245:157:4:8:246:163:1:7 chr16 681280 . G T 515.97 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00191185;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.021;QD=21.725;RBI=0.0382851;REFB=-0.0182578;REVB=-0.0382373;RO=46;SAF=33;SAR=16;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421385;STB=0.523296;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0176939;OID=.;OPOS=681280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:46:46:49:49:0.515789:16:33:29:17:16:33:29:17 chr16 700644 . G C 666.71 PASS AF=0.455696;AO=72;DP=157;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.00917977;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.431;QD=16.8786;RBI=0.00992587;REFB=-0.0231698;REVB=0.00377552;RO=85;SAF=34;SAR=38;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213863;STB=0.508807;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0249839;OID=.;OPOS=700644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:85:86:72:72:0.455696:38:34:42:43:38:34:42:44 chr16 701656 . C T 679.42 PASS AF=0.51938;AO=67;DP=129;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00694348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.354;QD=21.0674;RBI=0.012262;REFB=-0.0195262;REVB=0.0101066;RO=59;SAF=30;SAR=37;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375802;STB=0.509687;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0191353;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:59:62:67:67:0.51938:37:30:29:30:37:30:29:33 chr16 705360 . T C 1591.14 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911349;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.091;QD=64.2884;RBI=0.0181714;REFB=0;REVB=0.0157208;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90864e-06;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chr16 705795 . C T 583.59 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=0.0120219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.713;QD=20.8426;RBI=0.0284635;REFB=-0.0684371;REVB=-0.0258001;RO=53;SAF=24;SAR=35;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262386;STB=0.64387;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0594662;OID=.;OPOS=705795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:35:24:38:15:35:24:38:15 chr16 705844 . T C 1711.13 PASS AF=0.936508;AO=117;DP=126;FAO=118;FDP=126;FR=.;FRO=8;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0334905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6853;QD=54.3217;RBI=0.0679558;REFB=-0.0236401;REVB=-0.0591302;RO=8;SAF=48;SAR=69;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728459;STB=0.537729;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00992328;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:126:126:8:8:117:118:0.936508:69:48:8:0:69:49:8:0 chr16 705920 . G C 602.64 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=0.0392836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2216;QD=20.4284;RBI=0.0450998;REFB=-0.00118813;REVB=-0.0221539;RO=56;SAF=37;SAR=24;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288724;STB=0.661738;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000404761;OID=.;OPOS=705920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:56:57:61:61:0.516949:24:37:15:41:24:37:15:42 chr16 706010 . C CA 449.45 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.5995;QD=48.5891;RBI=0.0218372;REFB=0;REVB=-0.00320615;RO=2;SAF=14;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123575;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000621192;OID=.;OPOS=706011;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:39:37:37:0:14:23:0:0:8:2:14:23:1:1 chr16 708275 . C A 1173.91 PASS AF=0.460967;AO=123;DP=267;FAO=124;FDP=269;FR=.;FRO=145;FSAF=73;FSAR=51;FSRF=66;FSRR=79;FWDB=0.0843308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9205;QD=17.4559;RBI=0.0966445;REFB=0.0343614;REVB=0.0472066;RO=143;SAF=72;SAR=51;SRF=66;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12121;STB=0.572399;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0391086;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:269:143:145:123:124:0.460967:51:72:66:77:51:73:66:79 chr16 709001 . C A 1523.44 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0503568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.722;QD=58.594;RBI=0.0515642;REFB=-0.0840265;REVB=0.0110932;RO=1;SAF=67;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703016;STB=0.503703;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000150468;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:36:67:1:0:36:67:1:0 chr16 709152 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0915246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.73;QD=14.6506;RBI=0.0932056;REFB=-0.0107796;REVB=0.017622;RO=31;SAF=6;SAR=17;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470598;STB=0.526744;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0153133;OID=.;OPOS=709152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:17:6:7:24:17:6:7:24 chr16 711712 . C T 4524.49 PASS AF=0.989691;AO=286;DP=292;FAO=288;FDP=291;FR=.;FRO=3;FSAF=159;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.112291;FXX=0.0102037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.975;QD=62.1923;RBI=0.145486;REFB=-0.10553;REVB=0.0925034;RO=4;SAF=159;SAR=127;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147791;STB=0.505747;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000278984;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:292:291:4:3:286:288:0.989691:127:159:0:4:129:159:0:3 chr16 711905 . A G 1742.04 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.31;QD=60.5928;RBI=0.0409401;REFB=0;REVB=-0.0289691;RO=0;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07884e-07;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:61:52:0:0:62:53:0:0 chr16 712867 . A G 1255.9 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364484;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.321;QD=61.2634;RBI=0.038784;REFB=0;REVB=0.0132555;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133752;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr16 713118 . GT TG,TT 35.4 PASS AF=0.0980392,0.0784314;AO=4,2;DP=51;FAO=5,4;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=1,2;FSAR=4,2;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.040692,-0.0105596;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=27.7587,188.187;QD=2.77645;RBI=0.0533438,0.0128492;REFB=-0.0835836,-0.00409782;REVB=0.0344923,-0.00732092;RO=41;SAF=2,0;SAR=2,2;SRF=17;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0918934,-0.375759;STB=0.746603,0.543263;STBP=0.289,0.889;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0675381,0.0620469;OID=.,.;OPOS=713118,713118;OREF=GT,G;OALT=TG,T;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:51:51:41:42:4,2:5,4:0.0980392,0.0784314:2,2:2,0:17:24:4,2:1,2:19:23 chr16 715990 . G A,C 3608.75 PASS AF=0.914894,0.0851064;AO=215,18;DP=234;FAO=215,20;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=93,18;FSAR=122,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597382,0.00434608;FXX=0.0126045;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.3539,230.487;QD=61.4255;RBI=0.105818,0.0214276;REFB=0,0;REVB=0.0873433,-0.0209822;RO=0;SAF=93,16;SAR=122,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000876551,0.0756199;OID=.,.;OPOS=715990,715990;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:234:235:0:0:215,18:215,20:0.914894,0.0851064:122,2:93,16:0:0:122,2:93,18:0:0 chr16 716273 . T C 480.99 PASS AF=0.449153;AO=49;DP=114;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0144457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.842;QD=16.3047;RBI=0.0144479;REFB=-0.0192658;REVB=-0.000252852;RO=65;SAF=24;SAR=25;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287468;STB=0.505616;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0186192;OID=.;OPOS=716273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:118:65:65:49:53:0.449153:25:24:30:35:28:25:30:35 chr16 716287 . C A 453.36 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.027249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.407;QD=16.3374;RBI=0.0303183;REFB=0.00446519;REVB=0.0132925;RO=59;SAF=23;SAR=27;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231849;STB=0.500544;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00247578;OID=.;OPOS=716287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:61:50:50:0.45045:27:23:27:32:27:23:28:33 chr16 717523 . G T 2638.36 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.99;QD=62.0791;RBI=0.0354382;REFB=0;REVB=0.032983;RO=0;SAF=73;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21443e-05;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:170:0:0:168:170:1:95:73:0:0:96:74:0:0 chr16 717544 . G C 878.43 PASS AF=0.547297;AO=81;DP=148;FAO=81;FDP=148;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0949185;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8471;QD=23.7415;RBI=0.095046;REFB=-0.0110148;REVB=0.00492015;RO=67;SAF=34;SAR=47;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270855;STB=0.514793;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0105975;OID=.;OPOS=717544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:67:67:81:81:0.547297:47:34:26:41:47:34:26:41 chr16 718514 . C G 616.05 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=164;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=0.00372233;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.357;QD=15.1178;RBI=0.00675144;REFB=-0.00660249;REVB=0.00563261;RO=94;SAF=31;SAR=38;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106912;STB=0.559798;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0157628;OID=.;OPOS=718514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:94:94:69:69:0.423313:38:31:52:42:38:31:52:42 chr16 719592 . G A 749.7 PASS AF=0.5;AO=73;DP=146;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=-0.00157442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6059;QD=20.5397;RBI=0.00416342;REFB=-0.0191439;REVB=-0.00385425;RO=68;SAF=29;SAR=44;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687402;STB=0.514383;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0136882;OID=.;OPOS=719592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:68:73:73:73:0.5:44:29:22:46:44:29:27:46 chr16 720152 . T C 170.05 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00605293;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.389;QD=14.1707;RBI=0.00720054;REFB=0.00466933;REVB=-0.00389997;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970462;STB=0.578864;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00564293;OID=.;OPOS=720152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:22:29:18:19:0.395833:8:10:10:12:8:11:13:16 chr16 720960 . C T 446.08 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0191058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.343;QD=18.2073;RBI=0.0192553;REFB=-0.00976961;REVB=0.00239523;RO=52;SAF=31;SAR=14;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118747;STB=0.562471;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0134008;OID=.;OPOS=720960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:53:45:45:0.459184:14:31:30:22:14:31:31:22 chr16 720986 . G A 558.54 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0119633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.839;QD=23.2724;RBI=0.0130152;REFB=-0.0342013;REVB=-0.00512576;RO=44;SAF=31;SAR=21;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754959;STB=0.541405;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.022898;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:21:31:30:14:21:31:30:14 chr16 722331 . C T 963.58 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524308;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.297;QD=59.2972;RBI=0.0562265;REFB=0;REVB=0.0203083;RO=0;SAF=50;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200505;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:15:50:0:0:15:50:0:0 chr16 722548 . A G 748.35 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.697;QD=56.4791;RBI=0.069417;REFB=0;REVB=-0.00225074;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151315;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:30:21:0:0:32:21:0:0 chr16 735921 . T C 281.6 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00555284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.223;QD=17.0667;RBI=0.00564646;REFB=0.00320449;REVB=0.00102394;RO=35;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188443;STB=0.510567;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00405565;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:18:13:14:21:18:13:14:21 chr16 740404 . C G 473.05 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0172361;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5667;QD=20.5673;RBI=0.0616118;REFB=-0.00903415;REVB=0.0591517;RO=40;SAF=26;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883938;STB=0.565686;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.02283;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:40:46:45:46:0.5:19:26:19:21:19:27:21:25 chr16 746884 . A C 1839.0 PASS AF=0.409274;AO=197;DP=489;FAO=203;FDP=496;FR=.;FRO=293;FSAF=83;FSAR=120;FSRF=125;FSRR=168;FWDB=-0.0714535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2853;QD=14.8306;RBI=0.0870431;REFB=-0.0161304;REVB=0.0497082;RO=291;SAF=80;SAR=117;SRF=124;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220555;STB=0.510804;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0244888;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:489:496:291:293:197:203:0.409274:117:80:124:167:120:83:125:168 chr16 746914 . G A 1630.61 PASS AF=0.438903;AO=174;DP=400;FAO=176;FDP=401;FR=.;FRO=225;FSAF=68;FSAR=108;FSRF=108;FSRR=117;FWDB=-0.00626207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.188;QD=16.2655;RBI=0.00748651;REFB=-0.0122011;REVB=0.00410296;RO=224;SAF=68;SAR=106;SRF=107;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904789;STB=0.554034;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0176664;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:401:224:225:174:176:0.438903:106:68:107:117:108:68:108:117 chr16 772061 . C T 3216.86 PASS AF=0.878327;AO=231;DP=265;FAO=231;FDP=263;FR=.;FRO=32;FSAF=93;FSAR=138;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.00396129;FXX=0.00754688;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.603;QD=48.9256;RBI=0.0261685;REFB=0.0118882;REVB=0.025867;RO=29;SAF=93;SAR=138;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511723;STB=0.531536;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000315697;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:263:29:32:231:231:0.878327:138:93:5:24:138:93:5:27 chr16 772062 . G T 79.49 PASS AF=0.0929368;AO=25;DP=269;FAO=25;FDP=269;FR=.;FRO=244;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=95;FSRR=149;FWDB=0.0242775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.4255;QD=1.18196;RBI=0.0506558;REFB=-0.0034623;REVB=0.0444591;RO=243;SAF=2;SAR=23;SRF=94;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448698;STB=0.866055;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00428923;OID=.;OPOS=772062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:269:269:243:244:25:25:0.0929368:23:2:94:149:23:2:95:149 chr16 772141 . G C 3091.18 PASS AF=0.985714;AO=203;DP=207;FAO=207;FDP=210;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00394506;FXX=0.0140838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.767;QD=58.8797;RBI=0.0192749;REFB=-0.174573;REVB=0.0188669;RO=1;SAF=84;SAR=119;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563665;STB=0.506072;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00106508;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:207:210:1:3:203:207:0.985714:119:84:1:0:122:85:0:3 chr16 773341 . G A 832.28 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169794;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.882;QD=57.3988;RBI=0.038516;REFB=0;REVB=0.0345713;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185538;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr16 774520 . C T 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000623382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.332;QD=62.3466;RBI=0.0598701;REFB=0;REVB=0.0598668;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364009;OID=.;OPOS=774520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr16 774692 . A G 3150.26 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1298;QD=63.9646;RBI=0.0670588;REFB=0;REVB=-0.064294;RO=0;SAF=116;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.7411e-05;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:197:0:0:196:197:1:80:116:0:0:80:117:0:0 chr16 778024 . T C 2363.81 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.969;QD=61.0016;RBI=0.013779;REFB=0;REVB=0.0130773;RO=0;SAF=67;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07895e-05;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:154:155:1:87:67:0:0:87:68:0:0 chr16 778820 . G A 2273.84 PASS AF=0.993464;AO=150;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00681472;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4984;QD=59.4469;RBI=0.0200434;REFB=-0.00695454;REVB=-0.0188493;RO=1;SAF=92;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514246;STB=0.502645;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000204434;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:150:152:0.993464:58:92:1:0:58:94:1:0 chr16 781633 . G A,C 1797.68 PASS AF=0.966942,0.0247934;AO=116,5;DP=122;FAO=117,3;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=47,0;FSAR=70,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184857,0.0608228;FXX=0.0162588;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.333,87.4648;QD=59.4275;RBI=0.0544857,0.0610656;REFB=-0.10113,-0.121285;REVB=0.051254,-0.00544071;RO=0;SAF=47,0;SAR=69,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.505262,0.994936;STBP=0.284,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=0.00205674,0.119276;OID=.,.;OPOS=781633,781633;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:122:121:0:1:116,5:117,3:0.966942,0.0247934:69,5:47,0:0:0:70,3:47,0:1:0 chr16 784765 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.191132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5911;QD=56.9379;RBI=0.191467;REFB=0;REVB=-0.0113202;RO=0;SAF=10;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873106;OID=.;OPOS=784765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:43:10:0:0:43:10:0:0 chr16 839262 . A G 6924.06 PASS AF=1;AO=433;DP=433;FAO=436;FDP=436;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=251;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.35;QD=63.5235;RBI=0.082968;REFB=0;REVB=-0.00211719;RO=0;SAF=182;SAR=251;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56562e-05;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:433:436:0:0:433:436:1:251:182:0:0:251:185:0:0 chr16 845730 . G T 789.45 PASS AF=0.451087;AO=82;DP=184;FAO=83;FDP=184;FR=.;FRO=101;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=15;FSRR=86;FWDB=0.000616218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3964;QD=17.162;RBI=0.0348074;REFB=-0.0132744;REVB=0.0348019;RO=102;SAF=26;SAR=56;SRF=16;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201831;STB=0.619762;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0170509;OID=.;OPOS=845730;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:102:101:82:83:0.451087:56:26:16:86:56:27:15:86 chr16 863336 . T C 347.45 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0237616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.26;QD=17.1582;RBI=0.0342383;REFB=-0.0250044;REVB=-0.0246506;RO=44;SAF=19;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531187;STB=0.52975;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0242262;OID=.;OPOS=863336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:18:19:25:19:18:19:25:19 chr16 863498 . G C 1137.15 PASS AF=0.470356;AO=117;DP=251;FAO=119;FDP=253;FR=.;FRO=134;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=57;FSRR=77;FWDB=0.00852536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.755;QD=17.9786;RBI=0.0261875;REFB=-0.0106048;REVB=0.0247609;RO=134;SAF=63;SAR=54;SRF=57;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109008;STB=0.559349;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0106574;OID=.;OPOS=863498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:253:134:134:117:119:0.470356:54:63:57:77:55:64:57:77 chr16 929711 . C T 525.51 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00807085;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.93;QD=17.5169;RBI=0.012779;REFB=-0.01502;REVB=0.00990783;RO=62;SAF=27;SAR=29;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169104;STB=0.509526;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0171972;OID=.;OPOS=929711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:64:56:56:0.466667:29:27:31:31:29:27:32:32 chr16 1034834 . T C 4308.86 PASS AF=1;AO=274;DP=276;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107054;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0072;QD=62.6743;RBI=0.0230633;REFB=0;REVB=0.0204282;RO=1;SAF=112;SAR=162;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423825;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47406e-05;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:276:275:1:0:274:275:1:162:112:1:0:162:113:0:0 chr16 1115904 . G A 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0163991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.308;QD=15.7836;RBI=0.0174059;REFB=-0.0181895;REVB=0.00583381;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434626;STB=0.502509;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0192047;OID=.;OPOS=1115904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:11:6:5:9:11:6 chr16 1116169 . A G 1731.23 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.524;QD=60.7448;RBI=0.0284431;REFB=0;REVB=0.0278937;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10454e-05;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:64:50:0:0:64:50:0:0 chr16 1116220 . T TG 117.51 PASS AF=1;AO=14;DP=39;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.253165;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.39118;QD=18.8015;RBI=0.295992;REFB=-0.03571;REVB=0.153358;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0281302;OID=.;OPOS=1116221;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:14:39:25:25:0:11:14:0:0:4:22:4:10:11:11 chr16 1116445 . A G 749.89 PASS AF=1;AO=36;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.464;QD=63.8207;RBI=0.177723;REFB=0;REVB=0.176113;RO=0;SAF=35;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.00013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890722;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:36:47:1:1:35:0:0:11:36:0:0 chr16 1129872 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.471;QD=53.2771;RBI=0.0617534;REFB=0;REVB=0.0606178;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504262;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr16 1129912 . A G 381.92 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302187;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.629;QD=56.5809;RBI=0.0250063;REFB=0;REVB=-0.024823;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149803;OID=.;OPOS=1129912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr16 1131181 . C T 4234.96 PASS AF=1;AO=270;DP=276;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127721;FXX=0.0180499;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.858;QD=62.2788;RBI=0.0130524;REFB=-0.0131754;REVB=0.00269047;RO=3;SAF=141;SAR=129;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00396453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01169e-05;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:276:272:3:0:270:272:1:129:141:1:2:130:142:0:0 chr16 1131373 . G A 189.03 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00532064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.618;QD=21.0031;RBI=0.0354768;REFB=-0.00952137;REVB=0.0350755;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720853;STB=0.526288;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00490258;OID=.;OPOS=1131373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:9:10:7:9:9:10:8:9 chr16 1131393 . A G 563.76 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0395631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6641;QD=57.8213;RBI=0.052535;REFB=0.0232327;REVB=-0.0345643;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00227267;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:1:0:20:18:1:0 chr16 1252369 . C T 2276.95 PASS AF=1;AO=143;DP=150;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211424;FXX=0.0333311;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.311;QD=62.8123;RBI=0.0617153;REFB=0;REVB=0.0579808;RO=2;SAF=77;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3538e-05;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:150:145:2:0:143:145:1:66:77:0:2:68:77:0:0 chr16 1254369 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0149619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.672;QD=23.3998;RBI=0.0178616;REFB=-0.0439119;REVB=0.00975591;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370397;STB=0.713728;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00876864;OID=.;OPOS=1254369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:2:6:0:3:2:6:0:3 chr16 1260481 . T C 1163.68 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249013;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.479;QD=61.2465;RBI=0.005137;REFB=0;REVB=-0.00449311;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206487;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:31:44:0:0:32:44:0:0 chr16 1261219 . A G 611.0 PASS AF=0.433121;AO=68;DP=157;FAO=68;FDP=157;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0030236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.485;QD=15.567;RBI=0.00359077;REFB=-0.00989894;REVB=-0.00193687;RO=89;SAF=29;SAR=39;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035264;STB=0.519697;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0252814;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:89:89:68:68:0.433121:39:29:41:48:39:29:41:48 chr16 1261222 . A G 605.44 PASS AF=0.425;AO=67;DP=160;FAO=68;FDP=160;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.0202558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0606;QD=15.1359;RBI=0.0367818;REFB=0.000639808;REVB=-0.0307018;RO=92;SAF=29;SAR=38;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474315;STB=0.530159;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00136487;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:92:92:67:68:0.425:38:29:44:48:39:29:44:48 chr16 1261282 . T C 1857.95 PASS AF=0.954198;AO=125;DP=131;FAO=125;FDP=131;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0049549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.203;QD=56.7314;RBI=0.0214481;REFB=-0.0267068;REVB=0.0208679;RO=5;SAF=54;SAR=71;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172995;STB=0.512422;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000387138;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:131:131:5:6:125:125:0.954198:71:54:1:4:71:54:1:5 chr16 1268494 . C T 380.52 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.00846634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.687;QD=19.7674;RBI=0.0115595;REFB=-0.0141779;REVB=0.00787045;RO=38;SAF=22;SAR=17;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26311;STB=0.645301;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0174983;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:17:22:10:28:17:22:10:28 chr16 1268542 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.000428246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1912;QD=16.172;RBI=0.000474832;REFB=0.00408019;REVB=-0.000205111;RO=20;SAF=2;SAR=14;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.626014;STB=0.861848;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00342934;OID=.;OPOS=1268542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:14:2:15:5:14:2:15:5 chr16 1269003 . A G 544.62 PASS AF=0.345865;AO=46;DP=131;FAO=46;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=44;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.00163836;FXX=0.029195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.193;QD=16.3796;RBI=0.0111335;REFB=-0.0262769;REVB=0.0110123;RO=70;SAF=44;SAR=2;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.642655;STB=0.886636;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0217696;OID=.;OPOS=1269003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:70:72:46:46:0.345865:2:44:43:27:2:44:43:29 chr16 1269029 . T C 591.18 PASS AF=0.449275;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.00822033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.45;QD=17.1357;RBI=0.023656;REFB=-0.00431792;REVB=0.0221818;RO=76;SAF=37;SAR=25;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360534;STB=0.520062;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00605604;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:76:76:62:62:0.449275:25:37:48:28:25:37:48:28 chr16 1270055 . T C 1564.22 PASS AF=0.410377;AO=174;DP=425;FAO=174;FDP=424;FR=.;FRO=250;FSAF=97;FSAR=77;FSRF=151;FSRR=99;FWDB=-0.0393424;FXX=0.00235289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5625;QD=14.7568;RBI=0.04982;REFB=-0.0153236;REVB=-0.0305648;RO=248;SAF=97;SAR=77;SRF=149;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466115;STB=0.527977;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0186298;OID=.;OPOS=1270055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:424:248:250:174:174:0.410377:77:97:149:99:77:97:151:99 chr16 1270162 . G A 1079.15 PASS AF=0.536842;AO=102;DP=191;FAO=102;FDP=190;FR=.;FRO=88;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.00169478;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1689;QD=22.7189;RBI=0.0121259;REFB=-0.0238931;REVB=-0.0120069;RO=88;SAF=55;SAR=47;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621921;STB=0.533974;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0207059;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:88:88:102:102:0.536842:47:55:41:47:47:55:41:47 chr16 1270349 . T C 1844.11 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151463;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.037;QD=61.4705;RBI=0.0287877;REFB=0;REVB=-0.024481;RO=0;SAF=72;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75881e-05;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:48:72:0:0:48:72:0:0 chr16 1271890 . G T 234.91 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0412527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.013;QD=15.4039;RBI=0.0798011;REFB=-0.0244612;REVB=0.0683113;RO=34;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131258;STB=0.574412;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0168765;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:10:17:17:17:10:17:17:17 chr16 1272038 . G A,C 1300.42 PASS AF=0.965116,0.0348837;AO=78,5;DP=83;FAO=83,3;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33,3;FSAR=50,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100312,-0.0330612;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.204,32.6699;QD=60.4848;RBI=0.101259,0.0557903;REFB=0,0;REVB=-0.0138138,-0.044939;RO=0;SAF=28,5;SAR=50,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000386463,0.144619;OID=.,.;OPOS=1272038,1272038;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:83:86:0:0:78,5:83,3:0.965116,0.0348837:50,0:28,5:0:0:50,0:33,3:0:0 chr16 1272865 . G A 2251.54 PASS AF=0.521429;AO=217;DP=419;FAO=219;FDP=420;FR=.;FRO=201;FSAF=96;FSAR=123;FSRF=82;FSRR=119;FWDB=0.0105162;FXX=0.00237524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.32;QD=21.4432;RBI=0.0106046;REFB=-0.00760255;REVB=0.0013664;RO=202;SAF=94;SAR=123;SRF=82;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245952;STB=0.514824;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00727293;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:420:202:201:217:219:0.521429:123:94:82:120:123:96:82:119 chr16 1273444 . G T 554.96 PASS AF=0.343284;AO=68;DP=200;FAO=69;FDP=201;FR=.;FRO=132;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=63;FSRR=69;FWDB=-0.0168637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.284;QD=11.0441;RBI=0.0186238;REFB=-0.00701541;REVB=-0.00790332;RO=131;SAF=26;SAR=42;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116006;STB=0.567868;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0158668;OID=.;OPOS=1273444;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:131:132:68:69:0.343284:42:26:63:68:43:26:63:69 chr16 1291188 . C T 431.93 PASS AF=0.367347;AO=47;DP=144;FAO=54;FDP=147;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0122979;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1661;QD=11.7531;RBI=0.0135681;REFB=-0.0150476;REVB=0.00573177;RO=78;SAF=26;SAR=21;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058552;STB=0.513269;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0272208;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:78:93:47:54:0.367347:21:26:39:39:25:29:48:45 chr16 1291597 . C G 202.01 PASS AF=0.170306;AO=39;DP=227;FAO=39;FDP=229;FR=.;FRO=190;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=73;FSRR=117;FWDB=-0.00738986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.305;QD=3.52855;RBI=0.0148876;REFB=-0.00412803;REVB=0.012924;RO=187;SAF=15;SAR=24;SRF=70;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140673;STB=0.500355;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0171897;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:229:187:190:39:39:0.170306:24:15:70:117:24:15:73:117 chr16 1291622 . A G 561.65 PASS AF=0.302041;AO=73;DP=244;FAO=74;FDP=245;FR=.;FRO=171;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=69;FSRR=102;FWDB=-0.0101758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.016;QD=9.16973;RBI=0.017571;REFB=-0.00578051;REVB=0.0143246;RO=167;SAF=28;SAR=45;SRF=67;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222075;STB=0.51847;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0127374;OID=.;OPOS=1291622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:167:171:73:74:0.302041:45:28:67:100:46:28:69:102 chr16 1306346 . C T 308.76 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00243943;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.213;QD=13.2799;RBI=0.00858355;REFB=-0.0389575;REVB=-0.00822961;RO=55;SAF=23;SAR=12;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239692;STB=0.622333;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.040894;OID=.;OPOS=1306346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:55:58:35:35:0.376344:12:23:24:31:12:23:27:31 chr16 1306355 . T C 310.06 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0478664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8605;QD=13.7806;RBI=0.0501459;REFB=-0.0414046;REVB=-0.0149474;RO=54;SAF=23;SAR=12;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284986;STB=0.657053;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0357905;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:55:35:35:0.388889:12:23:21:33:12:23:22:33 chr16 1306559 . AG AC,A 418.32 PASS AF=0.00990099,0.485149;AO=7,40;DP=102;FAO=1,49;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=0,36;FSAR=1,13;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00491293,0.0702019;FXX=0.00980296;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=116.638,22.0014;QD=16.5671;RBI=0.0185932,0.128152;REFB=-0.000668077,-0.00692118;REVB=-0.0179323,0.107213;RO=43;SAF=0,36;SAR=7,4;SRF=28;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.721517,0.39842;STB=0.990926,0.608975;STBP=0.301,0.055;TYPE=snp,del;VARB=-0.0492008,0.0112302;OID=.,.;OPOS=1306560,1306560;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00990099,0.485149:7,40:102:1,49:101:51:0,36:1,13:28:23:99:43:0,36:7,4:28:15 chr16 1306680 . C T 339.28 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.00198423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7695;QD=11.5994;RBI=0.0273021;REFB=-0.006821;REVB=-0.0272299;RO=74;SAF=23;SAR=19;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172289;STB=0.602047;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0130327;OID=.;OPOS=1306680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:75:42:42:0.358974:19:23:29:45:19:23:29:46 chr16 1306981 . G A 763.65 PASS AF=0.49375;AO=78;DP=158;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0214626;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.024;QD=19.0911;RBI=0.0230214;REFB=-0.00241764;REVB=-0.00832727;RO=80;SAF=43;SAR=35;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358445;STB=0.513123;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00189613;OID=.;OPOS=1306981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:80:81:78:79:0.49375:35:43:41:39:36:43:42:39 chr16 1311361 . C T 1209.3 PASS AF=0.490119;AO=123;DP=252;FAO=124;FDP=253;FR=.;FRO=129;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=58;FSRR=71;FWDB=0.0245582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.923;QD=19.1194;RBI=0.036027;REFB=-0.0164535;REVB=0.0263598;RO=127;SAF=69;SAR=54;SRF=56;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11096;STB=0.558668;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0162416;OID=.;OPOS=1311361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:253:127:129:123:124:0.490119:54:69:56:71:54:70:58:71 chr16 1370597 . G C 1624.34 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.174;QD=60.1606;RBI=0.0328961;REFB=0;REVB=0.00655794;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56884e-05;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:59:49:0:0:59:49:0:0 chr16 1370614 . C G 1208.78 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.011;QD=61.2039;RBI=0.0931417;REFB=0;REVB=0.0924773;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158363;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:41:36:0:0:43:36:0:0 chr16 1370630 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0805;QD=57.3848;RBI=0.0310263;REFB=0;REVB=-0.0307568;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189475;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr16 1374818 . A G 1187.07 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00163206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.794;QD=57.906;RBI=0.0313686;REFB=-0.0742669;REVB=0.0313262;RO=3;SAF=58;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348864;STB=0.506837;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00098594;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:82:3:2:79:80:0.97561:21:58:1:2:22:58:1:1 chr16 1389153 . C A 4077.28 PASS AF=0.967626;AO=268;DP=277;FAO=269;FDP=278;FR=.;FRO=9;FSAF=142;FSAR=127;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0319881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6348;QD=58.6659;RBI=0.0420195;REFB=-0.111235;REVB=0.027247;RO=9;SAF=142;SAR=126;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121953;STB=0.506313;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00382194;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:277:278:9:9:268:269:0.967626:126:142:3:6:127:142:3:6 chr16 1391871 . C G 1831.77 PASS AF=0.932836;AO=125;DP=134;FAO=125;FDP=134;FR=.;FRO=9;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0233108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.824;QD=54.6798;RBI=0.0233768;REFB=-0.13735;REVB=-0.0017559;RO=1;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683676;STB=0.514799;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00254336;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:134:134:1:9:125:125:0.932836:69:56:0:1:69:56:6:3 chr16 1394507 . A C 2241.59 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.264;QD=63.1435;RBI=0.0662876;REFB=0;REVB=0.0046537;RO=0;SAF=72;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33252e-05;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:142:0:0:138:142:1:66:72:0:0:68:74:0:0 chr16 1400822 . G A 854.41 PASS AF=0.483333;AO=87;DP=180;FAO=87;FDP=180;FR=.;FRO=93;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.0130144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.14;QD=18.9869;RBI=0.0130172;REFB=-0.00225191;REVB=0.000271099;RO=92;SAF=51;SAR=36;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814659;STB=0.54795;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00285626;OID=.;OPOS=1400822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:92:93:87:87:0.483333:36:51:46:46:36:51:46:47 chr16 1413427 . G A 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.000768785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.183;QD=12.8976;RBI=0.00766231;REFB=-0.0147418;REVB=0.00762364;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243473;STB=0.646589;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0226596;OID=.;OPOS=1413427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:10:7:6:23:10:7:6:24 chr16 1419947 . A G 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.245;QD=58.5958;RBI=0.00833765;REFB=0;REVB=0.000349731;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10999e-05;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr16 1433766 . T C 4061.2 PASS AF=1;AO=260;DP=261;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162955;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.144;QD=62.48;RBI=0.0432632;REFB=0;REVB=0.0400769;RO=0;SAF=156;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.23158e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82352e-05;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:261:260:0:0:260:260:1:104:156:0:0:104:156:0:0 chr16 1447278 . A G 1460.04 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828595;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.533;QD=63.4799;RBI=0.0102182;REFB=0;REVB=-0.00597954;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79854e-05;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:90:92:1:52:38:0:0:54:38:0:0 chr16 1484392 . G C 1733.92 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182423;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.184;QD=60.8392;RBI=0.0286972;REFB=0;REVB=0.0221528;RO=0;SAF=75;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79499e-05;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:39:75:0:0:39:75:0:0 chr16 1484473 . A G 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.534;QD=61.8756;RBI=0.00466199;REFB=0;REVB=-0.00134533;RO=0;SAF=70;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77472e-06;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:55:70:0:0:55:70:0:0 chr16 1488646 . A G 1010.11 PASS AF=0.407942;AO=113;DP=277;FAO=113;FDP=277;FR=.;FRO=164;FSAF=39;FSAR=74;FSRF=67;FSRR=97;FWDB=-0.0212503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5902;QD=14.5864;RBI=0.0270786;REFB=0.00266404;REVB=-0.0167832;RO=164;SAF=39;SAR=74;SRF=67;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722264;STB=0.540474;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00311426;OID=.;OPOS=1488646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:164:164:113:113:0.407942:74:39:67:97:74:39:67:97 chr16 1503879 . T A 3337.09 PASS AF=1;AO=213;DP=216;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270448;FXX=0.0272715;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.869;QD=62.3755;RBI=0.0271935;REFB=0;REVB=-0.00283993;RO=0;SAF=110;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446394;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:214:0:0:213:214:1:103:110:0:0:104:110:0:0 chr16 1536372 . G A 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.832;QD=51.1758;RBI=0.0344413;REFB=0;REVB=0.0309969;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405862;OID=.;OPOS=1536372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr16 1536535 . C T 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0612634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1348;QD=58.0572;RBI=0.0988208;REFB=0;REVB=-0.0775394;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143355;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:42:19:0:0:42:19:0:0 chr16 1537454 . CT C,CC,CG 803.39 PASS AF=0.870968,0.0645161,0.0483871;AO=21,32,7;DP=61;FAO=54,4,3;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33,2,3;FSAR=21,2,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131815,0.0213603,-0.0326505;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=82.2762,69.999,72.0812;QD=51.8314;RBI=0.032605,0.0340786,0.0453419;REFB=-0.0286526,-0.0278421,-0.022571;REVB=0.0298217,0.0265535,0.0314616;RO=1;SAF=5,25,7;SAR=16,7,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0279913,0.0620845,0.794046;STB=0.511624,0.599516,0.994936;STBP=0.29,0.523,0.122;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0041293,0.0163951,0.00157378;OID=.,.,.;OPOS=1537455,1537455,1537455;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.870968,0.0645161,0.0483871:21,32,7:61:54,4,3:62:1:33,2,3:21,2,0:0:1:11:1:5,25,7:16,7,0:0:1 chr16 1537839 . G A 2474.59 PASS AF=0.993865;AO=161;DP=162;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029277;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.351;QD=60.7262;RBI=0.0352021;REFB=-0.0921051;REVB=0.019546;RO=0;SAF=70;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31345e-08;STB=0.502702;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000362027;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:163:0:1:161:162:0.993865:91:70:0:0:92:70:0:1 chr16 1538363 . C A 3773.3 PASS AF=0.987654;AO=240;DP=243;FAO=240;FDP=243;FR=.;FRO=3;FSAF=148;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0309658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.329;QD=62.1119;RBI=0.0439413;REFB=-0.0195609;REVB=0.0311763;RO=2;SAF=148;SAR=92;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194278;STB=0.500653;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00015457;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:243:243:2:3:240:240:0.987654:92:148:1:1:92:148:2:1 chr16 1538433 . A G 2935.4 PASS AF=0.969697;AO=191;DP=198;FAO=192;FDP=198;FR=.;FRO=6;FSAF=113;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0120709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2489;QD=59.3011;RBI=0.026249;REFB=-0.0645313;REVB=0.0233089;RO=7;SAF=113;SAR=78;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408329;STB=0.518291;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00654923;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:198:198:7:6:191:192:0.969697:78:113:0:7:79:113:0:6 chr16 1538464 . C T 2299.68 PASS AF=0.986577;AO=146;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0366841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.706;QD=61.7362;RBI=0.0381672;REFB=0.0850164;REVB=0.0105363;RO=2;SAF=83;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113209;STB=0.500978;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-7.81972e-05;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:146:147:0.986577:63:83:2:0:63:84:1:1 chr16 1544301 . GA CG 1308.36 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522664;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.47;QD=62.303;RBI=0.0275093;REFB=0;REVB=0.0270082;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.0104e-05;OID=.;OPOS=1544301;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:36:48:0:0:36:48:0:0 chr16 1547477 . T C 785.48 PASS AF=0.441489;AO=82;DP=184;FAO=83;FDP=188;FR=.;FRO=105;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=-0.00767346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.797;QD=16.7122;RBI=0.0169449;REFB=-0.0230215;REVB=-0.0151078;RO=101;SAF=31;SAR=51;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291998;STB=0.53232;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0358019;OID=.;OPOS=1547477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:188:101:105:82:83:0.441489:51:31:41:60:52:31:45:60 chr16 1552761 . C T 385.33 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0035933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.262;QD=13.8857;RBI=0.0103614;REFB=-0.0118237;REVB=0.00971834;RO=65;SAF=17;SAR=28;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579624;STB=0.538219;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0229531;OID=.;OPOS=1552761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:66:45:45:0.405405:28:17:28:37:28:17:29:37 chr16 1555589 . A G 576.45 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0177027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.281;QD=18.3001;RBI=0.0188197;REFB=-0.00812525;REVB=-0.0063873;RO=66;SAF=33;SAR=27;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104334;STB=0.557825;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0100142;OID=.;OPOS=1555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:66:60:60:0.47619:27:33:29:37:27:33:29:37 chr16 1573890 . G A 828.68 PASS AF=0.4375;AO=91;DP=208;FAO=91;FDP=208;FR=.;FRO=117;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=0.0207596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.114;QD=15.9362;RBI=0.037091;REFB=-0.0220251;REVB=0.0307373;RO=116;SAF=47;SAR=44;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166151;STB=0.506871;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0262574;OID=.;OPOS=1573890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:116:117:91:91:0.4375:44:47:58:58:44:47:59:58 chr16 1614097 . A G 806.73 PASS AF=0.435897;AO=85;DP=196;FAO=85;FDP=195;FR=.;FRO=110;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=-0.0283532;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.307;QD=16.5483;RBI=0.0285033;REFB=-0.00388989;REVB=0.00292171;RO=108;SAF=39;SAR=46;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00518683;STB=0.507601;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00609134;OID=.;OPOS=1614097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:108:110:85:85:0.435897:46:39:49:59:46:39:49:61 chr16 1616201 . C T 439.4 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00983452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.71;QD=19.3144;RBI=0.0157354;REFB=-0.00324258;REVB=0.0122835;RO=46;SAF=24;SAR=20;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619185;STB=0.539982;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00400486;OID=.;OPOS=1616201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:47:44:44:0.483516:20:24:22:24:20:24:22:25 chr16 1682281 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4347;QD=59.8382;RBI=0.0159664;REFB=0;REVB=0.0119767;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89246e-05;OID=.;OPOS=1682281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr16 1706698 . CGGGG CGGG,CGGGC 480.84 PASS AF=0.898305,0.101695;AO=22,5;DP=61;FAO=53,6;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36,5;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.507544,0.188649;FXX=0.0327815;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.8416,9.84012;QD=32.5994;RBI=0.511776,0.238127;REFB=0,0;REVB=0.0656777,0.145314;RO=28;SAF=10,4;SAR=12,1;SRF=24;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.390669,-0.11874;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0536953,-0.113775;OID=.,.;OPOS=1706699,1706702;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.898305,0.101695:22,5:61:53,6:59:0:36,5:17,1:0:0:20:28:10,4:12,1:24:4 chr16 1812972 . G C 478.46 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=46;FWDB=-0.0453714;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2564;QD=16.7881;RBI=0.0473595;REFB=-0.00779525;REVB=-0.0135781;RO=62;SAF=24;SAR=28;SRF=16;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204531;STB=0.613219;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00981837;OID=.;OPOS=1812972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:62:62:52:52:0.45614:28:24:16:46:28:24:16:46 chr16 1814391 . T C 508.71 PASS AF=0.515789;AO=46;DP=92;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00659767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.3;QD=21.4191;RBI=0.0214461;REFB=-0.0225941;REVB=-0.0204061;RO=44;SAF=26;SAR=20;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266592;STB=0.51764;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0277123;OID=.;OPOS=1814391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:44:46:46:49:0.515789:20:26:25:19:22:27:27:19 chr16 1814440 . A G 355.15 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00904035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.001;QD=18.9411;RBI=0.0679072;REFB=-0.0261666;REVB=-0.0673027;RO=38;SAF=23;SAR=14;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616578;STB=0.53425;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0294634;OID=.;OPOS=1814440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:14:23:26:12:14:23:26:12 chr16 1818503 . G C 277.5 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0281581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.612;QD=16.0871;RBI=0.0317225;REFB=-0.0133311;REVB=-0.0146095;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730923;STB=0.541172;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0193006;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:14:17:18:20:14:17:18:20 chr16 1820992 . T A 393.16 PASS AF=0.445652;AO=39;DP=90;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0086728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.749;QD=17.094;RBI=0.0108286;REFB=-0.0125991;REVB=-0.00648398;RO=51;SAF=22;SAR=17;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106954;STB=0.560321;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0143405;OID=.;OPOS=1820992;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:51:51:39:41:0.445652:17:22:34:17:18:23:34:17 chr16 1823024 . G T 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0429318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8022;QD=10.1712;RBI=0.0629667;REFB=-0.0172446;REVB=0.0460616;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27543;STB=0.666172;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0340142;OID=.;OPOS=1823024;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:7:2:3:3:7:2 chr16 1827836 . T C 330.05 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00320962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.133;QD=18.3359;RBI=0.00990072;REFB=-0.0164523;REVB=0.00936604;RO=37;SAF=11;SAR=24;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932432;STB=0.552182;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0146261;OID=.;OPOS=1827836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:24:11:15:22:24:11:15:22 chr16 1836796 . C A 367.28 PASS AF=0.389381;AO=38;DP=115;FAO=44;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0606098;FXX=0.0173898;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.926;QD=13.0009;RBI=0.0609469;REFB=-0.00804251;REVB=-0.0064019;RO=45;SAF=13;SAR=25;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105603;STB=0.605379;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0131064;OID=.;OPOS=1836796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:45:69:38:44:0.389381:25:13:20:25:29:15:35:34 chr16 1838640 . T C 1213.38 PASS AF=0.488372;AO=117;DP=251;FAO=126;FDP=258;FR=.;FRO=132;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=77;FSRR=55;FWDB=0.0027284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.474;QD=18.8121;RBI=0.00344319;REFB=-0.0138135;REVB=0.00210034;RO=125;SAF=47;SAR=70;SRF=74;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178543;STB=0.574887;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.015021;OID=.;OPOS=1838640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:258:125:132:117:126:0.488372:70:47:74:51:71:55:77:55 chr16 1842209 . A G 617.39 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0216968;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.935;QD=18.5682;RBI=0.0318707;REFB=-0.0185959;REVB=-0.023345;RO=70;SAF=36;SAR=27;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412404;STB=0.522869;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0196468;OID=.;OPOS=1842209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:70:70:63:63:0.473684:27:36:37:33:27:36:37:33 chr16 1842386 . C T 569.35 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.140288;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.62;QD=27.4387;RBI=0.146981;REFB=-0.0352732;REVB=0.0438467;RO=32;SAF=17;SAR=34;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148648;STB=0.581164;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0200404;OID=.;OPOS=1842386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:32:32:51:51:0.614458:34:17:17:15:34:17:17:15 chr16 1843672 . T C 3307.9 PASS AF=0.505393;AO=325;DP=645;FAO=328;FDP=649;FR=.;FRO=321;FSAF=175;FSAR=153;FSRF=144;FSRR=177;FWDB=-0.0409973;FXX=0.00307215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.231;QD=20.3876;RBI=0.0421326;REFB=-0.0336148;REVB=0.00971502;RO=314;SAF=174;SAR=151;SRF=140;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804902;STB=0.541961;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0402763;OID=.;OPOS=1843672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:645:649:314:321:325:328:0.505393:151:174:140:174:153:175:144:177 chr16 1859432 . G C 260.72 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0432646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.95;QD=14.4844;RBI=0.0485066;REFB=-0.0181888;REVB=0.0219333;RO=42;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444877;STB=0.525264;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0254306;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:13:17:22:20:13:17:22:20 chr16 1877494 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.019978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.338;QD=11.8303;RBI=0.0253734;REFB=-0.0109299;REVB=-0.0156426;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281499;STB=0.516748;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0266395;OID=.;OPOS=1877494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:7:11:7:4:7:11 chr16 1877534 . G T 157.84 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00523879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.598;QD=16.6146;RBI=0.0325635;REFB=-0.0133504;REVB=0.0321393;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872856;STB=0.549942;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0136998;OID=.;OPOS=1877534;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:13:8:8:9:13:8 chr16 1877558 . G A 188.67 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0147985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1829;QD=14.2394;RBI=0.0154408;REFB=0.0109518;REVB=0.00440721;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300867;STB=0.517226;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0151614;OID=.;OPOS=1877558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:16:15:10:12:16:15 chr16 1878031 . GC AT 250.98 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.02377;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.78;QD=12.0956;RBI=0.0239542;REFB=0.000497017;REVB=0.00296491;RO=53;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600519;STB=0.53463;STBP=0.634;TYPE=mnp;VARB=-0.000825426;OID=.;OPOS=1878031;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:53:53:30:30:0.361446:18:12:24:29:18:12:24:29 chr16 1878067 . C G 125.24 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.017755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.73;QD=10.4369;RBI=0.0187117;REFB=-0.014129;REVB=-0.00590659;RO=33;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166869;STB=0.599867;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0265901;OID=.;OPOS=1878067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:6:9:15:18:6:9:15:18 chr16 1878492 . G A 353.29 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0412271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.937;QD=18.3525;RBI=0.0413068;REFB=-0.0130514;REVB=0.00256433;RO=38;SAF=13;SAR=24;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631987;STB=0.544641;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.021819;OID=.;OPOS=1878492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:40:37:37:0.480519:24:13:11:27:24:13:11:29 chr16 1878521 . C G 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0143251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.923;QD=9.6222;RBI=0.0145496;REFB=-0.0199708;REVB=0.0025459;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902959;STB=0.567498;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0313833;OID=.;OPOS=1878521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:40:19:19:0.322034:10:9:15:23:10:9:15:25 chr16 1878597 . T C 124.78 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0203548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.9735;QD=10.1863;RBI=0.025904;REFB=0.010666;REVB=0.0160218;RO=34;SAF=3;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38385;STB=0.733606;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0144014;OID=.;OPOS=1878597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:12:3:17:17:12:3:17:17 chr16 1878641 . A C 61.93 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0134276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.958;QD=7.50712;RBI=0.0237425;REFB=-0.0160256;REVB=0.0195807;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330945;STB=0.705442;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0407993;OID=.;OPOS=1878641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:24:24:9:9:0.272727:6:3:15:9:6:3:15:9 chr16 1894912 . C T 100.02 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=46;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0158654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8619;QD=8.51232;RBI=0.0430263;REFB=-0.0126193;REVB=-0.0399944;RO=34;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146675;STB=0.537255;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0415297;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:34:34:12:13:0.276596:9:3:12:22:9:4:12:22 chr16 1894961 . A G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0231438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.74;QD=10.1416;RBI=0.0252005;REFB=-0.0164387;REVB=-0.00997144;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809768;STB=0.548936;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0208235;OID=.;OPOS=1894961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:10:15:8:4:10:15 chr16 1918125 . T G 865.69 PASS AF=0.521212;AO=86;DP=166;FAO=86;FDP=165;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0226869;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.561;QD=20.9865;RBI=0.0237337;REFB=-0.000981964;REVB=-0.00697073;RO=79;SAF=46;SAR=40;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691147;STB=0.537889;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00108862;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:79:79:86:86:0.521212:40:46:36:43:40:46:36:43 chr16 1961674 . G C 2787.82 PASS AF=0.989011;AO=179;DP=181;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0204967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.846;QD=61.2707;RBI=0.0227492;REFB=-0.0250979;REVB=0.00986988;RO=1;SAF=76;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459979;STB=0.50081;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=6.22011e-05;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:181:182:1:2:179:180:0.989011:103:76:0:1:103:77:1:1 chr16 1962046 . CG TA,TG 922.3 PASS AF=0.476923,0.523077;AO=31,34;DP=66;FAO=31,34;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=14,10;FSAR=17,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251315,-0.00822462;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=62.645,112.931;QD=56.757;RBI=0.0467555,0.00929321;REFB=0,0;REVB=0.0394269,0.00432659;RO=0;SAF=14,10;SAR=17,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00140946,0.0226646;OID=.,.;OPOS=1962046,1962046;OREF=CG,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:65:0:0:31,34:31,34:0.476923,0.523077:17,24:14,10:0:0:17,24:14,10:0:0 chr16 1962132 . G A 357.7 PASS AF=0.931034;AO=21;DP=28;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.141533;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=90.4436;QD=49.3372;RBI=0.141955;REFB=-0.164642;REVB=0.010932;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521157;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00158008;OID=.;OPOS=1962132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:29:0:2:21:27:0.931034:14:7:0:0:20:7:1:1 chr16 1988605 . G T 154.08 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.106162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5778;QD=14.6738;RBI=0.117657;REFB=-0.00350806;REVB=0.0507219;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122584;STB=0.571341;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00230409;OID=.;OPOS=1988605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:10:15:12:5:10:15 chr16 2014283 . A G 288.61 PASS AF=0.516129;AO=29;DP=59;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0168988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.713;QD=18.6199;RBI=0.0275424;REFB=-0.0244264;REVB=0.0217489;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167938;STB=0.596716;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0266239;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:30:30:29:32:0.516129:14:15:21:9:16:16:21:9 chr16 2018612 . TGC CTG,TG 43.11 PASS AF=0,0.27027;AO=4,9;DP=38;FAO=0,10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=0,2;FSAR=0,8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.046024,-0.0542682;FXX=0.0263089;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=33.3763,12.5672;QD=4.66072;RBI=0.0475625,0.0571871;REFB=-0.0224994,-0.10476;REVB=0.0119993,-0.0180367;RO=22;SAF=0,3;SAR=4,6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.671782,-0.291584;STB=0.5,0.790617;STBP=1,0.036;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.147671;OID=.,.;OPOS=2018612,2018614;OREF=TGC,C;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:38:37:22:27:4,9:0,10:0,0.27027:4,6:0,3:13:9:0,8:0,2:16:11 chr16 2024131 . T C 366.33 PASS AF=0.62069;AO=35;DP=57;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.102954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.434;QD=25.264;RBI=0.104719;REFB=-0.0489409;REVB=0.0191441;RO=19;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213735;STB=0.58616;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0212216;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:19:22:35:36:0.62069:17:18:16:3:18:18:16:6 chr16 2029083 . G A 732.31 PASS AF=0.484277;AO=74;DP=156;FAO=77;FDP=159;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0125763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.462;QD=18.4229;RBI=0.0126928;REFB=-0.0277805;REVB=0.00171592;RO=81;SAF=39;SAR=35;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147387;STB=0.566122;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0299379;OID=.;OPOS=2029083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:81:82:74:77:0.484277:35:39:30:51:38:39:31:51 chr16 2144182 . G A 1504.47 PASS AF=0.495146;AO=151;DP=307;FAO=153;FDP=309;FR=.;FRO=156;FSAF=91;FSAR=62;FSRF=63;FSRR=93;FWDB=-0.00463774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.929;QD=19.4753;RBI=0.0268229;REFB=-0.0137878;REVB=0.0264189;RO=156;SAF=91;SAR=60;SRF=63;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184145;STB=0.596318;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.011371;OID=.;OPOS=2144182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:309:156:156:151:153:0.495146:60:91:63:93:62:91:63:93 chr16 2226328 . C T 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0294961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.305;QD=20.4366;RBI=0.038638;REFB=-0.0409106;REVB=-0.0249574;RO=26;SAF=21;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332043;STB=0.684658;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0262579;OID=.;OPOS=2226328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:9:21:8:18:9:21:8:18 chr16 2257105 . C G 2947.76 PASS AF=0.964646;AO=190;DP=199;FAO=191;FDP=198;FR=.;FRO=7;FSAF=89;FSAR=102;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0175711;FXX=0.0099995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.218;QD=59.5506;RBI=0.0178256;REFB=0.0348307;REVB=-0.00300117;RO=4;SAF=88;SAR=102;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841715;STB=0.501328;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.000335245;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:199:198:4:7:190:191:0.964646:102:88:1:3:102:89:3:4 chr16 2260567 . C T 2865.06 PASS AF=0.974747;AO=181;DP=188;FAO=193;FDP=198;FR=.;FRO=5;FSAF=115;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0502837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=82.2645;QD=57.88;RBI=0.0657012;REFB=-0.0578099;REVB=0.0422872;RO=6;SAF=107;SAR=74;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574806;STB=0.510336;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00186693;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:188:198:6:5:181:193:0.974747:74:107:3:3:78:115:1:4 chr16 2260612 . T C 1775.77 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.771;QD=60.7102;RBI=0.0326902;REFB=0;REVB=0.0321913;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41416e-05;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:112:117:1:59:53:0:0:60:57:0:0 chr16 2263146 . A G 1372.62 PASS AF=1;AO=72;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6902;QD=62.3918;RBI=0.102212;REFB=0;REVB=0.0884585;RO=0;SAF=58;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150334;OID=.;OPOS=2263146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:72:88:1:14:58:0:0:24:64:0:0 chr16 2263516 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4469;QD=48.7337;RBI=0.0672194;REFB=0;REVB=0.0161247;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165241;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr16 2282256 . G A 1621.45 PASS AF=0.99115;AO=58;DP=116;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0425256;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.271;QD=57.3963;RBI=0.127341;REFB=-0.163244;REVB=0.12003;RO=1;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116494;STB=0.504064;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00123343;OID=.;OPOS=2282256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:116:113:1:1:58:112:0.99115:40:18:0:1:61:51:0:1 chr16 2283964 . C T 650.74 PASS AF=0.40884;AO=73;DP=182;FAO=74;FDP=181;FR=.;FRO=107;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=63;FWDB=0.0753386;FXX=0.0054942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.982;QD=14.3809;RBI=0.0833208;REFB=0.00338518;REVB=0.0355872;RO=105;SAF=25;SAR=48;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654744;STB=0.537934;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00502183;OID=.;OPOS=2283964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:105:107:73:74:0.40884:48:25:42:63:48:26:44:63 chr16 2285357 . C T 451.76 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00443654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.467;QD=16.1343;RBI=0.0132716;REFB=-0.00954176;REVB=0.0125081;RO=62;SAF=24;SAR=26;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517154;STB=0.528896;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.012445;OID=.;OPOS=2285357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:26:24:33:29:26:24:33:29 chr16 2331430 . A G 1555.82 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.098;QD=59.8393;RBI=0.00508462;REFB=0;REVB=0.00398308;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21283e-06;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:54:48:0:0:56:48:0:0 chr16 2367336 . G A 382.03 PASS AF=0.575758;AO=34;DP=62;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0890075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.165;QD=23.1534;RBI=0.0890909;REFB=-0.0308537;REVB=0.00385433;RO=28;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856154;STB=0.570341;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0205954;OID=.;OPOS=2367336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:28:28:34:38:0.575758:21:13:8:20:21:17:8:20 chr16 2512523 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.00496771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.763;QD=22.3977;RBI=0.0109699;REFB=-0.0184316;REVB=0.00978063;RO=19;SAF=3;SAR=19;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169764;STB=0.59351;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0119148;OID=.;OPOS=2512523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:19:3:1:18:19:3:1:18 chr16 2578609 . T TC 52.24 PASS AF=0.291667;AO=12;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0668976;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=20.7032;QD=4.35357;RBI=0.0671256;REFB=-0.0396628;REVB=-0.00552689;RO=35;SAF=1;SAR=11;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.69197;STB=0.812077;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.155616;OID=.;OPOS=2578610;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:12:48:14:48:34:3:11:23:11:52:35:1:11:24:11 chr16 2766483 . AGGGC ACGGC,AGG,AGGC,GACGG 867.81 PASS AF=0,0,0.974359,0;AO=3,11,11,3;DP=80;FAO=0,0,76,0;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,35,0;FSAR=0,0,41,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.113237,-0.232604,0.0190406,-0.137854;FXX=0.0370325;HRUN=3,3,3,1;LEN=1,2,1,5;MLLD=23.6315,6.05594,15.5625,63.8659;QD=44.503;RBI=0.167153,0.444436,0.0936381,0.187035;REFB=0.129692,0.308466,0.118574,0.1506;REVB=-0.122954,-0.378707,0.0916818,-0.126406;RO=4;SAF=1,7,11,0;SAR=2,4,0,3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.413613,0.295997,0.840896,0;STB=0.5,0.5,0.501018,0.5;STBP=1,1,0.876,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0,-0.00653745,0.00162341,0.0471114;OID=.,.,.,.;OPOS=2766484,2766486,2766484,2766483;OREF=G,GC,G,AGGGC;OALT=C,-,-,GACGG;OMAPALT=ACGGC,AGG,AGGC,GACGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:4:80:78:4:2:3,11,11,3:0,0,76,0:0,0,0.974359,0:2,4,0,3:1,7,11,0:0:4:0,0,41,0:0,0,35,0:1:1 chr16 2812890 . A G 1272.27 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240272;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.125;QD=60.5842;RBI=0.0254797;REFB=-0.0593795;REVB=0.00847993;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.506665;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=3.92662e-05;OID=.;OPOS=2812890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:0:1:83:83:0.988095:37:46:0:0:37:46:0:1 chr16 2812939 . C A 784.94 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5424;QD=55.0838;RBI=0.0243161;REFB=0.00912671;REVB=0.0161444;RO=2;SAF=29;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314024;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00111084;OID=.;OPOS=2812939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:2:1:55:56:0.982456:26:29:2:0:26:30:1:0 chr16 2814162 . G A 714.7 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00365918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.168;QD=60.8255;RBI=0.0122316;REFB=-0.0948012;REVB=0.0116715;RO=1;SAF=28;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00219477;OID=.;OPOS=2814162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:18:28:1:0:18:28:1:0 chr16 2815237 . A C 1225.68 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0126182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.68;QD=57.679;RBI=0.0535048;REFB=0.0124495;REVB=-0.0519956;RO=3;SAF=48;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01728;STB=0.509131;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.000485911;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:3:3:82:82:0.964706:34:48:1:2:34:48:1:2 chr16 2818161 . T C 2965.23 PASS AF=0.97449;AO=191;DP=196;FAO=191;FDP=196;FR=.;FRO=5;FSAF=117;FSAR=74;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00628501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1186;QD=60.515;RBI=0.00689483;REFB=-0.116635;REVB=0.00283502;RO=5;SAF=117;SAR=74;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199116;STB=0.510459;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00618707;OID=.;OPOS=2818161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:196:196:5:5:191:191:0.97449:74:117:5:0:74:117:5:0 chr16 2818704 . T G 1566.17 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.811;QD=63.9253;RBI=0.0745926;REFB=0;REVB=0.0742901;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122997;OID=.;OPOS=2818704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:55:42:0:0:56:42:0:0 chr16 2821573 . C T 450.44 PASS AF=0.442478;AO=49;DP=112;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.00684643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.797;QD=15.9449;RBI=0.0122772;REFB=-0.0108821;REVB=-0.010191;RO=62;SAF=21;SAR=28;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135493;STB=0.575652;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0124643;OID=.;OPOS=2821573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:62:63:49:50:0.442478:28:21:35:27:29:21:35:28 chr16 2821988 . TCCTC TCGTC,TCTC,TCTCG 1470.27 PASS AF=0.0186916,0.981308,0;AO=4,68,10;DP=88;FAO=2,105,0;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=2,60,0;FSAR=0,45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366043,-0.0851601,-0.0797274;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,3;MLLD=21.6002,23.7678,16.6793;QD=54.9635;RBI=0.097112,0.118631,0.0867976;REFB=0,0,0;REVB=-0.0899493,-0.0825905,-0.0343127;RO=0;SAF=3,39,10;SAR=1,29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.228917,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.109495,-0.000126728,0.124306;OID=.,.,.;OPOS=2821990,2821989,2821990;OREF=C,C,CTC;OALT=G,-,TCG;OMAPALT=TCGTC,TCTC,TCTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0186916,0.981308,0:4,68,10:88:2,105,0:107:0:2,60,0:0,45,0:0:0:3:0:3,39,10:1,29,0:0:0 chr16 2867450 . G C 430.38 PASS AF=0.398438;AO=44;DP=121;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.0188262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.137;QD=13.4495;RBI=0.0573896;REFB=-0.0265904;REVB=0.0542138;RO=76;SAF=17;SAR=27;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113807;STB=0.554418;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0354158;OID=.;OPOS=2867450;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:128:76:77:44:51:0.398438:27:17:37:39:31:20:37:40 chr16 2871555 . G A 1538.64 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.729;QD=59.1784;RBI=0.0633542;REFB=0;REVB=0.0632861;RO=1;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104275;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64704e-05;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:104:1:0:103:104:1:45:58:0:1:46:58:0:0 chr16 2891212 . G A 442.44 PASS AF=0.423729;AO=49;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0314869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1963;QD=14.998;RBI=0.0315436;REFB=-0.0326285;REVB=0.00189095;RO=69;SAF=19;SAR=30;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170427;STB=0.603854;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0455359;OID=.;OPOS=2891212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:68:49:50:0.423729:30:19:38:31:31:19:38:30 chr16 2892438 . T TC 188.21 PASS AF=0.220339;AO=76;DP=296;FAO=65;FDP=295;FR=.;FRO=230;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=153;FSRR=77;FWDB=-0.0210661;FXX=0.00673378;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.3775;QD=2.55199;RBI=0.0347729;REFB=-0.0281145;REVB=-0.0276654;RO=218;SAF=24;SAR=52;SRF=142;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404236;STB=0.793306;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.130554;OID=.;OPOS=2892439;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220339:76:296:65:295:230:17:48:153:77:99:218:24:52:142:76 chr16 2902933 . CGGGGA CGGG,CGGGA 33.19 PASS AF=0,0.526316;AO=3,6;DP=22;FAO=0,10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=0,9;FSAR=0,1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0112556,-0.14634;FXX=0.136302;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=170.389,10.3404;QD=6.98785;RBI=0.0114941,0.14712;REFB=-0.0185182,0.0331274;REVB=0.00232946,-0.0151315;RO=8;SAF=2,6;SAR=1,0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.177018,0.754315;STB=0.5,0.805219;STBP=1,0.036;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0631235;OID=.,.;OPOS=2902937,2902934;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.526316:3,6:22:0,10:19:9:0,9:0,1:4:5:34:8:2,6:1,0:4:4 chr16 2902974 . CAGAGGT C 50.43 PASS AF=0.129412;AO=9;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.021738;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=6;MLLD=296.988;QD=2.37304;RBI=0.0220737;REFB=-0.0045145;REVB=0.00383482;RO=67;SAF=1;SAR=8;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428379;STB=0.850888;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.0274024;OID=.;OPOS=2902975;OREF=AGAGGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.129412:9:85:11:85:74:1:10:30:44:50:67:1:8:28:39 chr16 2986553 . T TC 30.07 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.100768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.5781;QD=5.01086;RBI=0.125329;REFB=-0.104057;REVB=0.0745199;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135949;STB=0.699533;STBP=0.185;TYPE=ins;VARB=0.16751;OID=.;OPOS=2986554;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:25:8:24:16:3:5:11:5:30:16:4:4:10:6 chr16 3065455 . ACCCCCCC ACCCCCC,ACCCCCCG,GACCCCCC 270.67 PASS AF=0.4081,0,0;AO=112,12,13;DP=317;FAO=131,0,0;FDP=321;FR=.;FRO=190;FSAF=66,0,0;FSAR=65,0,0;FSRF=120;FSRR=70;FWDB=0.0377047,0.0458077,-0.00412029;FXX=0.00925897;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=6.51405,18.278,16.7998;QD=3.3728;RBI=0.0573894,0.0937593,0.0258946;REFB=-0.117909,-0.03978,-0.0472336;REVB=-0.0432654,-0.0818075,-0.0255646;RO=147;SAF=72,0,4;SAR=40,12,9;SRF=94;SRR=53;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.00377427,-0.645954,-0.363443;STB=0.575703,0.5,0.5;STBP=0.019,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.106976,0,0;OID=.,.,.;OPOS=3065456,3065462,3065455;OREF=C,C,AC;OALT=-,G,GA;OMAPALT=ACCCCCC,ACCCCCCG,GACCCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:321:147:190:112,12,13:131,0,0:0.4081,0,0:40,12,9:72,0,4:94:53:65,0,0:66,0,0:120:70 chr16 3119167 . T C 62.18 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00258861;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5421;QD=6.37733;RBI=0.0153425;REFB=-0.007742;REVB=-0.0151226;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701218;STB=0.555429;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0124873;OID=.;OPOS=3119167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:41:39:31:30:9:9:0.230769:6:3:12:19:6:3:12:18 chr16 3119304 . A G 137.6 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0971117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.777;QD=7.24224;RBI=0.097642;REFB=-0.00540179;REVB=0.0101626;RO=52;SAF=3;SAR=17;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275124;STB=0.697531;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00965218;OID=.;OPOS=3119304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:52:56:20:20:0.263158:17:3:16:36:17:3:19:37 chr16 3131663 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0314853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.108;QD=12.3961;RBI=0.0325276;REFB=0.00487013;REVB=-0.00816831;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471002;STB=0.776909;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00595393;OID=.;OPOS=3131663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:0:5:2:3:0:5 chr16 3132197 . A G 842.23 PASS AF=0.530201;AO=79;DP=149;FAO=79;FDP=149;FR=.;FRO=70;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0136652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6697;QD=22.6101;RBI=0.0189062;REFB=-0.00161672;REVB=-0.0130654;RO=68;SAF=51;SAR=28;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201669;STB=0.611015;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00139589;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:68:70:79:79:0.530201:28:51:28:40:28:51:29:41 chr16 3170188 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5859;QD=52.6111;RBI=0.0663408;REFB=0;REVB=0.0243852;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139043;OID=.;OPOS=3170188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr16 3207446 . G A 2682.73 PASS AF=0.988636;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.016617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.033;QD=60.9712;RBI=0.016711;REFB=-0.0580677;REVB=0.00177012;RO=2;SAF=96;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981257;STB=0.505154;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=7.70674e-06;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:176:176:2:2:174:174:0.988636:78:96:2:0:78:96:2:0 chr16 3208911 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.594;QD=64.4145;RBI=0.0345408;REFB=0;REVB=0.03335;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144966;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr16 3208914 . T C 715.0 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0162687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.621;QD=57.1999;RBI=0.0192285;REFB=-0.0219515;REVB=-0.01025;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200087;STB=0.509366;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00126434;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:1:3:47:47:0.94:24:23:1:0:24:23:1:2 chr16 3254470 . T C 418.51 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0017595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7118;QD=14.4315;RBI=0.0545525;REFB=-0.0153317;REVB=-0.0545241;RO=68;SAF=18;SAR=30;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250586;STB=0.640967;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0212436;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:68:48:48:0.413793:30:18:42:26:30:18:42:26 chr16 3254972 . T C 524.04 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00327976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.116;QD=17.3236;RBI=0.0113007;REFB=-0.0232908;REVB=-0.0108143;RO=65;SAF=13;SAR=43;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229865;STB=0.628919;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0338355;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:43:13:28:37:43:13:28:37 chr16 3266071 . A G 251.65 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0197087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3603;QD=14.8029;RBI=0.0241129;REFB=-0.011253;REVB=-0.0138925;RO=39;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864049;STB=0.540824;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0263434;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:39:28:29:0.426471:18:10:11:28:19:10:11:28 chr16 3293888 . C T 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0192417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.581;QD=14.132;RBI=0.0346249;REFB=0.00317197;REVB=0.0287861;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572863;STB=0.533298;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00634764;OID=.;OPOS=3293888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:12:7:13:18:12:7:13:18 chr16 3293922 . A T 235.11 PASS AF=0.378378;AO=20;DP=78;FAO=28;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0475988;FXX=0.0512755;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.3232;QD=12.7085;RBI=0.0944563;REFB=-0.0166282;REVB=0.0815865;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327;STB=0.535689;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0235467;OID=.;OPOS=3293922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:74:29:46:20:28:0.378378:13:7:11:18:15:13:24:22 chr16 3297073 . A G 557.7 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00249883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.64;QD=22.0869;RBI=0.00322371;REFB=-0.0321776;REVB=-0.0020367;RO=46;SAF=25;SAR=30;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162831;STB=0.589254;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0206502;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:55:55:0.544554:30:25:30:16:30:25:30:16 chr16 3297175 . T C 929.07 PASS AF=0.502732;AO=92;DP=184;FAO=92;FDP=183;FR=.;FRO=91;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.0386406;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.592;QD=20.3076;RBI=0.0397281;REFB=0.0023892;REVB=-0.00923158;RO=92;SAF=49;SAR=43;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398322;STB=0.519431;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.0033112;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:92:91:92:92:0.502732:43:49:53:39:43:49:52:39 chr16 3297181 . C T 936.84 PASS AF=0.494681;AO=92;DP=187;FAO=93;FDP=188;FR=.;FRO=95;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=0.0222576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1648;QD=19.9327;RBI=0.0636103;REFB=0.0139873;REVB=0.0595891;RO=95;SAF=48;SAR=44;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062843;STB=0.531822;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0130084;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:95:95:92:93:0.494681:44:48:56:39:44:49:56:39 chr16 3299749 . G A 1071.89 PASS AF=0.596386;AO=99;DP=166;FAO=99;FDP=166;FR=.;FRO=67;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00418035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.968;QD=25.8286;RBI=0.0236136;REFB=-0.014104;REVB=0.0232406;RO=67;SAF=52;SAR=47;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00900534;STB=0.504882;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00836931;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:67:67:99:99:0.596386:47:52:36:31:47:52:36:31 chr16 3304626 . C G 783.11 PASS AF=0.515723;AO=68;DP=146;FAO=82;FDP=159;FR=.;FRO=77;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0468511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.547;QD=19.7009;RBI=0.0766115;REFB=-0.00947947;REVB=0.060616;RO=71;SAF=45;SAR=23;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15075;STB=0.551342;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0164956;OID=.;OPOS=3304626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:159:71:77:68:82:0.515723:23:45:36:35:32:50:39:38 chr16 3334170 . G C 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0203937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.154;QD=21.8719;RBI=0.0230352;REFB=-0.0183017;REVB=-0.0107106;RO=23;SAF=8;SAR=20;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250273;STB=0.513879;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0170135;OID=.;OPOS=3334170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:20:8:6:17:20:8:6:17 chr16 3405994 . A G 525.27 PASS AF=0.495495;AO=54;DP=110;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00648788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.705;QD=18.9288;RBI=0.0182665;REFB=0.00560945;REVB=0.0170755;RO=56;SAF=41;SAR=13;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189001;STB=0.594166;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00552046;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:56:56:54:55:0.495495:13:41:33:23:14:41:33:23 chr16 3406387 . C G 883.52 PASS AF=0.932432;AO=58;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.055493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4603;QD=47.7579;RBI=0.0739692;REFB=-0.0840812;REVB=0.0489078;RO=0;SAF=52;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.567547;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0408012;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:74:74:0:5:58:69:0.932432:6:52:0:0:16:53:0:5 chr16 3419934 . G T 741.73 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.037;QD=63.1255;RBI=0.0420492;REFB=0;REVB=0.0411928;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101515;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:43:47:1:20:23:0:0:22:25:0:0 chr16 3452193 . T G 466.69 PASS AF=0.494845;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0118597;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9715;QD=19.245;RBI=0.0461485;REFB=-0.00172339;REVB=0.0445985;RO=45;SAF=25;SAR=22;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967792;STB=0.577253;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00198132;OID=.;OPOS=3452193;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:97:45:49:47:48:0.494845:22:25:19:26:22:26:19:30 chr16 3486285 . C A 602.3 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.00169653;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.966;QD=16.6151;RBI=0.0192102;REFB=-0.00979725;REVB=-0.0191351;RO=79;SAF=31;SAR=32;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142307;STB=0.509307;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0131983;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:79:82:63:63:0.434483:32:31:40:39:32:31:39:43 chr16 3490922 . G C 244.06 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0398837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6349;QD=18.7741;RBI=0.0526034;REFB=-0.00188052;REVB=-0.0342988;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136531;STB=0.576412;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00019322;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:12:14:10:16:12:14:10:16 chr16 3534892 . G A,C 892.55 PASS AF=0.984127,0.015873;AO=60,3;DP=63;FAO=62,1;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=54,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159833,0.00548019;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=248.665,16.6025;QD=56.67;RBI=0.0429494,0.101394;REFB=0,0;REVB=0.0398646,-0.101246;RO=0;SAF=8,0;SAR=52,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.09955e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000205688,0.175188;OID=.,.;OPOS=3534892,3534892;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:63:63:0:0:60,3:62,1:0.984127,0.015873:52,3:8,0:0:0:54,1:8,0:0:0 chr16 3535116 . T C 4525.04 PASS AF=1;AO=285;DP=285;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=177;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0681967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2138;QD=63.5093;RBI=0.0683368;REFB=0;REVB=-0.00437348;RO=0;SAF=177;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81785e-05;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:285:285:0:0:285:285:1:108:177:0:0:108:177:0:0 chr16 3535540 . G A 1490.12 PASS AF=0.989691;AO=93;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000714417;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.173;QD=61.4481;RBI=0.0489308;REFB=0.0103099;REVB=0.0489256;RO=1;SAF=48;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977519;STB=0.504949;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000209131;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:1:1:93:96:0.989691:45:48:1:0:46:50:1:0 chr16 3536872 . G A 889.66 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183216;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.534;QD=58.3382;RBI=0.0415015;REFB=0;REVB=0.0372383;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139165;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:42:17:0:0:44:17:0:0 chr16 3613150 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.353;QD=62.3508;RBI=0.0118796;REFB=0;REVB=-0.00823567;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33156e-05;OID=.;OPOS=3613150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr16 3613207 . G A 625.46 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0182822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.104;QD=25.7921;RBI=0.025289;REFB=-0.0220289;REVB=0.0174726;RO=41;SAF=23;SAR=33;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559869;STB=0.530554;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0198445;OID=.;OPOS=3613207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:56:56:0.57732:33:23:14:27:33:23:14:27 chr16 3613637 . G A 414.25 PASS AF=0.5;AO=32;DP=92;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0197911;FXX=0.0208312;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.7712;QD=17.6277;RBI=0.0213088;REFB=-0.0249531;REVB=-0.00789795;RO=41;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415273;STB=0.563659;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.056719;OID=.;OPOS=3613637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:41:47:32:47:0.5:12:20:24:17:24:23:29:18 chr16 3639139 . A G 1402.86 PASS AF=0.496429;AO=139;DP=281;FAO=139;FDP=280;FR=.;FRO=141;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=49;FSRR=92;FWDB=-0.00354962;FXX=0.0175432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.432;QD=20.0409;RBI=0.0073025;REFB=-0.0215943;REVB=-0.00638175;RO=139;SAF=70;SAR=69;SRF=48;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14445;STB=0.578501;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0121311;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:280:139:141:139:139:0.496429:69:70:48:91:69:70:49:92 chr16 3640274 . G A 743.77 PASS AF=0.503311;AO=81;DP=156;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.0105622;FXX=0.0320492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.455;QD=19.7025;RBI=0.0143514;REFB=-0.00371133;REVB=-0.00971611;RO=74;SAF=41;SAR=40;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417135;STB=0.542786;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00341063;OID=.;OPOS=3640274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:151:74:75:81:76:0.503311:40:41:41:33:40:36:42:33 chr16 3640477 . C T 446.84 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00124516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.116;QD=14.0738;RBI=0.0272355;REFB=-0.00571849;REVB=-0.027207;RO=76;SAF=25;SAR=26;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175166;STB=0.509885;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0181575;OID=.;OPOS=3640477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:76:76:51:51:0.401575:26:25:36:40:26:25:36:40 chr16 3656557 . G A 525.41 PASS AF=0.510204;AO=48;DP=96;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0419862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8369;QD=21.4453;RBI=0.0644321;REFB=-0.0245813;REVB=0.0488739;RO=48;SAF=22;SAR=26;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571632;STB=0.522056;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0228835;OID=.;OPOS=3656557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:48:48:48:50:0.510204:26:22:19:29:28:22:19:29 chr16 3707747 . G A 902.84 PASS AF=0.466019;AO=93;DP=204;FAO=96;FDP=206;FR=.;FRO=110;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.0429075;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6491;QD=17.5308;RBI=0.0791865;REFB=0.00126931;REVB=0.0665541;RO=109;SAF=42;SAR=51;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339277;STB=0.528758;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.000220339;OID=.;OPOS=3707747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:109:110:93:96:0.466019:51:42:53:56:54:42:54:56 chr16 3724465 . G C 1368.24 PASS AF=0.498182;AO=137;DP=275;FAO=137;FDP=275;FR=.;FRO=138;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=53;FSRR=85;FWDB=-0.0370153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8027;QD=19.9016;RBI=0.0371773;REFB=0.00919094;REVB=0.00346699;RO=137;SAF=57;SAR=80;SRF=53;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275431;STB=0.516614;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00813047;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:137:138:137:137:0.498182:80:57:53:84:80:57:53:85 chr16 4013467 . C T 511.22 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00736963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.97;QD=17.0405;RBI=0.00784274;REFB=-0.0155544;REVB=0.00268276;RO=65;SAF=23;SAR=32;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00279668;STB=0.501557;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0171636;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:32:23:27:38:32:23:27:38 chr16 4015313 . A G 430.24 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00533707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.74;QD=20.0109;RBI=0.00790179;REFB=-0.0174709;REVB=-0.005827;RO=42;SAF=9;SAR=33;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193612;STB=0.60157;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0174358;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:42:43:42:43:0.5:33:9:16:26:33:10:17:26 chr16 4015316 . A G 377.63 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0629926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.357;QD=18.8816;RBI=0.07542;REFB=0.0212677;REVB=-0.0414742;RO=41;SAF=9;SAR=30;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23029;STB=0.629299;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0503678;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:30:9:18:23:30:9:18:23 chr16 4016676 . A G 777.23 PASS AF=0.503356;AO=75;DP=149;FAO=75;FDP=149;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0348449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.487;QD=20.8652;RBI=0.0354217;REFB=-0.00635649;REVB=-0.00636613;RO=73;SAF=33;SAR=42;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133207;STB=0.56988;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00880778;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:73:74:75:75:0.503356:42:33:43:30:42:33:43:31 chr16 4027605 . C T 333.44 PASS AF=0.341463;AO=42;DP=123;FAO=42;FDP=123;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0204321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.706;QD=10.8434;RBI=0.0210786;REFB=5.63677e-05;REVB=-0.00518043;RO=81;SAF=18;SAR=24;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184548;STB=0.510633;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-4.18505e-05;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:81:81:42:42:0.341463:24:18:36:45:24:18:36:45 chr16 4033436 . T C 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0189782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.03;QD=17.3997;RBI=0.0216004;REFB=-0.00185115;REVB=-0.0103154;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20961;STB=0.622427;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00130822;OID=.;OPOS=4033436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:11:2:4:9:11:2:4:9 chr16 4164364 . C T 210.78 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0269731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.402;QD=14.0521;RBI=0.105717;REFB=-0.0293939;REVB=-0.102218;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166102;STB=0.553149;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0342815;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:32:35:24:25:0.416667:13:11:20:12:13:12:20:15 chr16 4165069 . G A 266.78 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00385161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.288;QD=18.3986;RBI=0.0170042;REFB=-0.029865;REVB=-0.0165623;RO=29;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642495;STB=0.535955;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0235197;OID=.;OPOS=4165069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:11:18:16:13:11:18:16:13 chr16 4165432 . T C 970.95 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611416;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3887;QD=59.7508;RBI=0.10332;REFB=0;REVB=0.0832865;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117332;OID=.;OPOS=4165432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:46:19:0:0:46:19:0:0 chr16 4242028 . A T 990.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00054873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.054;QD=59.1337;RBI=0.00884742;REFB=0;REVB=0.00883039;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29333e-05;OID=.;OPOS=4242028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr16 4242093 . C T 922.82 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.107077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1292;QD=54.2832;RBI=0.117836;REFB=-0.174114;REVB=-0.0491931;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125975;STB=0.512817;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0100216;OID=.;OPOS=4242093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:65:66:0.970588:28:37:1:0:28:38:2:0 chr16 4245693 . A G 2474.84 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.559;QD=61.4868;RBI=0.0236619;REFB=0;REVB=0.0088932;RO=0;SAF=81;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22422e-05;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:80:81:0:0:80:81:0:0 chr16 4307646 . A G 825.58 PASS AF=0.418182;AO=92;DP=219;FAO=92;FDP=220;FR=.;FRO=128;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=45;FSRR=83;FWDB=0.00775485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6969;QD=15.0106;RBI=0.0109836;REFB=-0.0157679;REVB=0.0077783;RO=126;SAF=35;SAR=57;SRF=44;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034645;STB=0.517967;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0283017;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:126:128:92:92:0.418182:57:35:44:82:57:35:45:83 chr16 4310143 . G A 303.91 PASS AF=0.360825;AO=34;DP=96;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.025015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8929;QD=12.5322;RBI=0.0500642;REFB=-0.00934064;REVB=0.0433667;RO=62;SAF=19;SAR=15;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118427;STB=0.503561;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0122712;OID=.;OPOS=4310143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:62:62:34:35:0.360825:15:19:34:28:16:19:34:28 chr16 4310468 . C G 1138.92 PASS AF=0.421769;AO=123;DP=293;FAO=124;FDP=294;FR=.;FRO=170;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=91;FSRR=79;FWDB=-0.00908485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.815;QD=15.4955;RBI=0.0185115;REFB=-0.00836643;REVB=0.0161289;RO=168;SAF=66;SAR=57;SRF=90;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000907437;STB=0.502925;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0115485;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:294:168:170:123:124:0.421769:57:66:90:78:57:67:91:79 chr16 4386814 . T C 2159.56 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.579;QD=63.0527;RBI=0.0209481;REFB=0;REVB=0.0207539;RO=0;SAF=72;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61956e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:65:72:0:0:65:72:0:0 chr16 4431202 . A G 1498.92 PASS AF=0.449438;AO=159;DP=356;FAO=160;FDP=356;FR=.;FRO=196;FSAF=77;FSAR=83;FSRF=101;FSRR=95;FWDB=0.0643673;FXX=0.00280104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.989;QD=16.8418;RBI=0.0664836;REFB=-0.00931255;REVB=-0.0166409;RO=195;SAF=76;SAR=83;SRF=100;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346938;STB=0.518748;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00802255;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:356:195:196:159:160:0.449438:83:76:100:95:83:77:101:95 chr16 4432029 . A C 345.93 PASS AF=0.272222;AO=48;DP=179;FAO=49;FDP=180;FR=.;FRO=131;FSAF=5;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=89;FWDB=-0.0490781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.685;QD=7.68737;RBI=0.0517112;REFB=-0.00761958;REVB=-0.0162907;RO=126;SAF=5;SAR=43;SRF=42;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425839;STB=0.756547;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0236674;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:126:131:48:49:0.272222:43:5:42:84:44:5:42:89 chr16 4625274 . A G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00710285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.221;QD=16.4805;RBI=0.0292614;REFB=-0.00593926;REVB=-0.0283863;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439071;STB=0.510991;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00863293;OID=.;OPOS=4625274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:11:8:10:14:11:8:11:14 chr16 4625938 . A T 108.43 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.018131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.905;QD=16.681;RBI=0.0296229;REFB=-0.0279256;REVB=0.023426;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481956;STB=0.726859;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0223416;OID=.;OPOS=4625938;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:13:13:10:11:0.423077:2:8:4:9:3:8:4:9 chr16 4787935 . G C 205.05 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0162957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0156;QD=15.7728;RBI=0.0163531;REFB=-0.0274215;REVB=0.00136944;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108539;STB=0.542821;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0385532;OID=.;OPOS=4787935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:16:7:6:22:16:7:7:22 chr16 4790273 . G A 387.13 PASS AF=0.414141;AO=39;DP=95;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0549845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1261;QD=15.6418;RBI=0.132174;REFB=-0.00813103;REVB=0.120194;RO=56;SAF=17;SAR=22;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122462;STB=0.590217;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0114132;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:56:58:39:41:0.414141:22:17:31:25:24:17:33:25 chr16 4794873 . C T 718.66 PASS AF=0.452941;AO=77;DP=170;FAO=77;FDP=170;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=0.00425912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.008;QD=16.9097;RBI=0.0404281;REFB=-0.0202335;REVB=-0.0402032;RO=93;SAF=36;SAR=41;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478418;STB=0.526552;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0244755;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:93:93:77:77:0.452941:41:36:39:54:41:36:39:54 chr16 4796393 . A G 619.06 PASS AF=0.460432;AO=61;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.00498754;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.42;QD=17.8145;RBI=0.021708;REFB=-0.014608;REVB=0.0211273;RO=70;SAF=38;SAR=23;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088483;STB=0.503954;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0383995;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:70:75:61:64:0.460432:23:38:43:27:26:38:44:31 chr16 4797457 . C T 908.66 PASS AF=0.391791;AO=104;DP=267;FAO=105;FDP=268;FR=.;FRO=163;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=69;FSRR=94;FWDB=-0.00405652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7633;QD=13.562;RBI=0.0124176;REFB=0.0187504;REVB=-0.0117364;RO=162;SAF=60;SAR=44;SRF=68;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169452;STB=0.595398;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0296405;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:268:162:163:104:105:0.391791:44:60:68:94:44:61:69:94 chr16 4802386 . G T 1130.67 PASS AF=0.421927;AO=119;DP=293;FAO=127;FDP=301;FR=.;FRO=174;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=82;FSRR=92;FWDB=0.0405084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1002;QD=15.0256;RBI=0.043182;REFB=0.00326946;REVB=0.0149585;RO=174;SAF=53;SAR=66;SRF=82;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277107;STB=0.513075;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00521195;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:301:174:174:119:127:0.421927:66:53:82:92:70:57:82:92 chr16 4815608 . A G 955.03 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.624;QD=58.7708;RBI=0.0633272;REFB=0;REVB=-0.0632928;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294562;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr16 4846068 . T C 488.12 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00592193;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.293;QD=16.5464;RBI=0.00652567;REFB=-0.0171208;REVB=0.00274137;RO=65;SAF=26;SAR=27;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472366;STB=0.526356;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0232232;OID=.;OPOS=4846068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:27:26:35:30:27:26:35:30 chr16 4847524 . T C 541.28 PASS AF=0.54;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.000117252;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.612;QD=21.6513;RBI=0.0306877;REFB=-0.0194863;REVB=0.0306875;RO=41;SAF=28;SAR=26;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215764;STB=0.597903;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0200189;OID=.;OPOS=4847524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:100:41:46:54:54:0.54:26:28:10:31:26:28:14:32 chr16 4855279 . A G 520.35 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00557281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.582;QD=20.406;RBI=0.0142092;REFB=-0.0147843;REVB=0.0130707;RO=49;SAF=24;SAR=29;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855456;STB=0.547152;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.012366;OID=.;OPOS=4855279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:29:24:27:22:29:24:27:22 chr16 4861709 . G C 1642.3 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.524;QD=60.268;RBI=0.0238295;REFB=0;REVB=0.0228238;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44478e-06;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:59:49:0:0:60:49:0:0 chr16 4909898 . A G 675.73 PASS AF=0.45625;AO=73;DP=160;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=54;FSRF=24;FSRR=63;FWDB=-0.030364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.538;QD=16.8932;RBI=0.0305354;REFB=-0.0231555;REVB=-0.00323141;RO=85;SAF=19;SAR=54;SRF=22;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182828;STB=0.510888;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0395994;OID=.;OPOS=4909898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:85:87:73:73:0.45625:54:19:22:63:54:19:24:63 chr16 4910861 . C G 447.82 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=126;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.00246678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.649;QD=14.2165;RBI=0.002503;REFB=-0.0169133;REVB=-0.00042423;RO=75;SAF=26;SAR=25;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143971;STB=0.580975;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0273561;OID=.;OPOS=4910861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:75:51:51:0.404762:25:26:28:47:25:26:28:47 chr16 4920916 . AAGGGGGC AAAGGGGC,AAGGGGC,AAGGGGCG,AGGGGC 43.37 PASS AF=0,0,0.105263,0.131579;AO=2,5,4,6;DP=40;FAO=0,0,4,5;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=0,0,4,2;FSAR=0,0,0,3;FSRF=27;FSRR=2;FWDB=-0.0812561,-0.189316,-0.123426,-0.13743;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,1,2,2;MLLD=21.1757,12.8321,47.9713,23.9261;QD=4.56478;RBI=0.0827236,0.225584,0.141085,0.208047;REFB=-0.0400027,-0.0874593,-0.0114038,-0.0566257;REVB=0.0155125,-0.122668,-0.0683449,-0.156193;RO=21;SAF=1,4,4,4;SAR=1,1,0,2;SRF=19;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.52386,-0.242433,0.532701,-0.396609;STB=0.5,0.5,0.995291,0.896207;STBP=1,1,0.4,0.463;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0,0,0.184161,0.156863;OID=.,.,.,.;OPOS=4920918,4920918,4920922,4920917;OREF=G,G,GC,AG;OALT=A,-,CG,-;OMAPALT=AAAGGGGC,AAGGGGC,AAGGGGCG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0,0.105263,0.131579:2,5,4,6:40:0,0,4,5:38:29:0,0,4,2:0,0,0,3:27:2:25:21:1,4,4,4:1,1,0,2:19:2 chr16 4930100 . C T 884.92 PASS AF=0.452381;AO=95;DP=211;FAO=95;FDP=210;FR=.;FRO=115;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=0.00126355;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6348;QD=16.8556;RBI=0.0163287;REFB=0.00775905;REVB=-0.0162798;RO=113;SAF=43;SAR=52;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336059;STB=0.518895;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00985141;OID=.;OPOS=4930100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:113:115:95:95:0.452381:52:43:55:58:52:43:56:59 chr16 4933939 . G C 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0329451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.265;QD=13.515;RBI=0.0330271;REFB=-0.0138157;REVB=-0.00232622;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569695;STB=0.530546;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0220672;OID=.;OPOS=4933939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:42:28:28:0.4:18:10:11:25:18:10:17:25 chr16 4934549 . G A 116.27 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0641297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.112;QD=20.2214;RBI=0.0657091;REFB=-0.0776369;REVB=0.0143202;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0472497;OID=.;OPOS=4934549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:5:5:6:7:5:5 chr16 4934564 . C G 127.98 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0526076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.788;QD=20.476;RBI=0.0529878;REFB=-0.0474736;REVB=-0.00633628;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531474;STB=0.55165;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.023888;OID=.;OPOS=4934564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:10:11:14:14:0.56:6:8:5:5:6:8:5:6 chr16 4938160 . T G 1751.88 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.465;QD=59.8933;RBI=0.0379089;REFB=-0.071262;REVB=0.036499;RO=1;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840513;STB=0.504424;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000137526;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:56:60:0:1:56:60:0:1 chr16 4940809 . A G 5246.89 PASS AF=1;AO=331;DP=333;FAO=334;FDP=334;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=190;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000952245;FXX=0.0059522;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.386;QD=62.837;RBI=0.0683011;REFB=-0.0791463;REVB=-0.0682944;RO=2;SAF=142;SAR=189;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00502127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025125;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:333:334:2:0:331:334:1:189:142:0:2:190:144:0:0 chr16 4942099 . C T 870.85 PASS AF=0.534161;AO=86;DP=162;FAO=86;FDP=161;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00371834;FXX=0.00617246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.153;QD=21.6361;RBI=0.00662257;REFB=-0.000764384;REVB=-0.00548018;RO=69;SAF=42;SAR=44;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153988;STB=0.502312;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.000675633;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:69:75:86:86:0.534161:44:42:35:34:44:42:37:38 chr16 4944518 . C G 1629.55 PASS AF=0.982143;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0456497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.566;QD=58.1982;RBI=0.0458446;REFB=-0.120861;REVB=0.00422374;RO=2;SAF=53;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000470925;STB=0.500162;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000368402;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:109:110:0.982143:56:53:1:1:56:54:1:1 chr16 4945687 . G T 958.02 PASS AF=0.467593;AO=100;DP=216;FAO=101;FDP=216;FR=.;FRO=115;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=0.00301033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.094;QD=17.7411;RBI=0.0498602;REFB=-0.0179734;REVB=-0.0497693;RO=115;SAF=47;SAR=53;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332686;STB=0.520801;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0182059;OID=.;OPOS=4945687;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:115:115:100:101:0.467593:53:47:58:57:54:47:58:57 chr16 5074952 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.737;QD=61.3363;RBI=0.0181506;REFB=0;REVB=0.0119398;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23794e-06;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr16 5075542 . G A 792.25 PASS AF=0.426396;AO=83;DP=196;FAO=84;FDP=197;FR=.;FRO=113;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=0.00153459;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.052;QD=16.0863;RBI=0.00217646;REFB=-0.00195879;REVB=-0.00154338;RO=111;SAF=41;SAR=42;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200296;STB=0.519507;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00248239;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:111:113:83:84:0.426396:42:41:57:54:43:41:59:54 chr16 5075633 . G A 859.77 PASS AF=0.572464;AO=79;DP=138;FAO=79;FDP=138;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0524929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9438;QD=24.9207;RBI=0.0565382;REFB=-0.0116314;REVB=0.0210015;RO=59;SAF=32;SAR=47;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288061;STB=0.515698;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0123335;OID=.;OPOS=5075633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:59:59:79:79:0.572464:47:32:26:33:47:32:26:33 chr16 5097947 . A G 242.43 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0427112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8602;QD=14.9187;RBI=0.0660438;REFB=-0.0101684;REVB=0.0503741;RO=37;SAF=7;SAR=21;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00909486;STB=0.505151;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0119006;OID=.;OPOS=5097947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:21:7:9:28:21:7:9:28 chr16 5106184 . C T 444.49 PASS AF=0.310345;AO=56;DP=206;FAO=63;FDP=203;FR=.;FRO=140;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=63;FSRR=77;FWDB=-0.0121326;FXX=0.0287068;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.1708;QD=8.75833;RBI=0.0322099;REFB=-0.0157942;REVB=-0.0298376;RO=95;SAF=14;SAR=42;SRF=30;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915051;STB=0.623996;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0542245;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:203:95:140:56:63:0.310345:42:14:30:65:45:18:63:77 chr16 5128817 . G A 2238.95 PASS AF=0.986755;AO=146;DP=148;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0526955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.169;QD=59.31;RBI=0.0710692;REFB=-0.0939413;REVB=0.0476866;RO=2;SAF=84;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150916;STB=0.507811;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00137775;OID=.;OPOS=5128817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:151:2:2:146:149:0.986755:62:84:0:2:63:86:0:2 chr16 5139186 . G C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.804;QD=61.6832;RBI=0.0532981;REFB=0;REVB=0.0371621;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34509e-06;OID=.;OPOS=5139186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr16 5139217 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.857;QD=56.1916;RBI=0.0277933;REFB=0;REVB=0.0244362;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100801;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr16 5140561 . C T 1655.06 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=114;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00568646;FXX=0.0263135;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.933;QD=59.6417;RBI=0.00825762;REFB=-0.115585;REVB=0.0059877;RO=1;SAF=40;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673428;STB=0.503545;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000189103;OID=.;OPOS=5140561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:111:1:1:110:110:0.990991:70:40:0:1:70:40:0:1 chr16 5145474 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.473;QD=49.5992;RBI=0.0190433;REFB=0;REVB=0.00916238;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.43531e-05;OID=.;OPOS=5145474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr16 5289893 . C A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.053793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5326;QD=13.5053;RBI=0.0917993;REFB=0.0131105;REVB=0.074387;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310145;STB=0.681519;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0120107;OID=.;OPOS=5289893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:4:8:6:11:4:8:6:11 chr16 5649140 . T TTAGGAAA 876.88 PASS AF=1;AO=57;DP=91;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068901;FXX=0.144907;HRUN=1;LEN=7;MLLD=325.384;QD=59.4494;RBI=0.0159452;REFB=0;REVB=0.0143798;RO=31;SAF=24;SAR=33;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.77887e-05;OID=.;OPOS=5649141;OREF=-;OALT=TAGGAAA;OMAPALT=TTAGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:91:59:59:0:25:34:0:0:5:31:24:33:19:12 chr16 6923966 . A G 2102.66 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.452;QD=62.7659;RBI=0.0450769;REFB=0;REVB=-0.0264245;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34863e-05;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:72:62:0:0:72:62:0:0 chr16 7760884 . T G 345.14 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=36;FWDB=-0.000980456;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.893;QD=17.0437;RBI=0.0171485;REFB=-0.0171855;REVB=-0.0171204;RO=43;SAF=8;SAR=28;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526191;STB=0.547504;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0394019;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:44:36:37:0.45679:28:8:8:35:28:9:8:36 chr16 7761529 . C T 251.06 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00239876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.654;QD=19.6909;RBI=0.0165267;REFB=-0.0245178;REVB=-0.0163517;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198564;STB=0.611561;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0271771;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:18:8:13:12:18:8:13:12 chr16 8722629 . G C 227.16 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00304936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.572;QD=21.1311;RBI=0.0144209;REFB=0.00601671;REVB=-0.0140948;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183632;STB=0.603353;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00770405;OID=.;OPOS=8722629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:9:12:8:14:9:12 chr16 8728953 . C T 3651.58 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116558;FXX=0.00431016;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.53;QD=63.2309;RBI=0.0146484;REFB=0;REVB=0.00887221;RO=0;SAF=115;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30089e-05;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:231:0:0:231:231:1:116:115:0:0:116:115:0:0 chr16 8736028 . T C 3483.77 PASS AF=0.986842;AO=225;DP=228;FAO=225;FDP=228;FR=.;FRO=3;FSAF=110;FSAR=115;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0225338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4611;QD=61.1188;RBI=0.071149;REFB=0.0650273;REVB=-0.0674863;RO=3;SAF=110;SAR=115;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128158;STB=0.506726;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00311467;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:228:228:3:3:225:225:0.986842:115:110:3:0:115:110:3:0 chr16 8738427 . T C 1697.27 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.938;QD=59.5533;RBI=0.027441;REFB=-0.0158192;REVB=0.0248911;RO=1;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008116;STB=0.504273;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=1.24296e-05;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:112:113:0.991228:58:54:0:1:58:55:0:1 chr16 8738499 . G A 2008.33 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.409;QD=62.2738;RBI=0.0320861;REFB=0;REVB=0.0120708;RO=0;SAF=72;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77222e-05;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:57:72:0:0:57:72:0:0 chr16 8738579 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.349;QD=61.0492;RBI=0.0474732;REFB=0;REVB=0.0144637;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76058e-05;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr16 8739954 . G A 1854.04 PASS AF=1;AO=108;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218701;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4846;QD=60.7883;RBI=0.089687;REFB=-0.0678208;REVB=0.0869796;RO=1;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904086;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611489;OID=.;OPOS=8739954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:122:122:1:0:108:122:1:52:56:0:1:66:56:0:0 chr16 8740015 . A C 1791.95 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0672766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5954;QD=59.2382;RBI=0.0816081;REFB=0.037171;REVB=-0.0461923;RO=2;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153168;STB=0.508063;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.001276;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:119:119:0.983471:61:58:0:2:61:58:0:2 chr16 8740418 . T C 1715.41 PASS AF=0.991304;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0451952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.261;QD=59.6664;RBI=0.0478549;REFB=-0.101536;REVB=-0.0157317;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000401558;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:115:0:1:112:114:0.991304:50:62:0:0:52:62:1:0 chr16 8740503 . G A 1380.12 PASS AF=1;AO=78;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113881;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.816;QD=62.7327;RBI=0.0328303;REFB=0;REVB=0.0307919;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117037;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:78:88:1:33:45:0:0:42:46:0:0 chr16 8875763 . T C 375.95 PASS AF=0.425743;AO=35;DP=94;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0254897;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.092;QD=14.8891;RBI=0.0265888;REFB=-0.0303099;REVB=-0.0075658;RO=57;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01592;STB=0.549837;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0414621;OID=.;OPOS=8875763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:101:57:58:35:43:0.425743:21:14:22:35:23:20:22:36 chr16 8877854 . C G 381.24 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=-0.00955708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6552;QD=13.3767;RBI=0.029199;REFB=-0.00461789;REVB=-0.0275907;RO=69;SAF=18;SAR=27;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756632;STB=0.542732;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00715846;OID=.;OPOS=8877854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:69:45:45:0.394737:27:18:23:46:27:18:23:46 chr16 8952248 . A G 1822.7 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.777;QD=61.2671;RBI=0.0142242;REFB=0;REVB=0.000972419;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10259e-05;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:119:0:0:116:119:1:58:58:0:0:61:58:0:0 chr16 8953081 . C G 1835.82 PASS AF=0.473282;AO=186;DP=393;FAO=186;FDP=393;FR=.;FRO=207;FSAF=103;FSAR=83;FSRF=100;FSRR=107;FWDB=-0.00561861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.524;QD=18.6852;RBI=0.010318;REFB=-0.0244595;REVB=-0.00865398;RO=207;SAF=103;SAR=83;SRF=100;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678776;STB=0.537353;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.026015;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:207:207:186:186:0.473282:83:103:100:107:83:103:100:107 chr16 8979046 . A G 1970.88 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.113;QD=62.075;RBI=0.0214757;REFB=0;REVB=-0.0204867;RO=0;SAF=71;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14073e-05;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:56:71:0:0:56:71:0:0 chr16 8986977 . T C 42.3 PASS AF=0.227273;AO=5;DP=24;FAO=5;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0939388;FXX=0.119952;HRUN=9;LEN=1;MLLD=24.5418;QD=7.6915;RBI=0.11557;REFB=-0.109359;REVB=0.067319;RO=12;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492347;STB=0.815104;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.106163;OID=.;OPOS=8986977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:24:22:12:14:5:5:0.227273:4:1:8:4:4:1:9:5 chr16 9030444 . C G 2124.28 PASS AF=1;AO=134;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182903;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9076;QD=62.0227;RBI=0.0803354;REFB=0;REVB=0.0782256;RO=1;SAF=74;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785658;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130874;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:137:137:1:0:134:137:1:60:74:0:1:62:75:0:0 chr16 9211117 . CTTTTT CTTTTC,CTT,CTTT,CTTTT 216.23 PASS AF=0.297297,0,0.189189,0.513514;AO=2,5,7,11;DP=49;FAO=11,0,7,19;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7,19;FSAR=11,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049108,-0.145179,-0.180171,-0.552559;FXX=0.288406;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,3,2,1;MLLD=225.043,12.462,9.59529,4.05686;QD=23.3763;RBI=0.0496565,0.145905,0.180742,0.558097;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.00735987,0.0145395,0.0143568,0.0784283;RO=0;SAF=0,5,7,11;SAR=2,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=-0.00164136,0.0637807,0.143972,-0.428069;OID=.,.,.,.;OPOS=9211122,9211118,9211118,9211118;OREF=T,TTT,TT,T;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=CTTTTC,CTT,CTTT,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.297297,0,0.189189,0.513514:2,5,7,11:49:11,0,7,19:37:0:0,0,7,19:11,0,0,0:0:0:86:0:0,5,7,11:2,0,0,0:0:0 chr16 9693953 . C G 223.88 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00952144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.439;QD=19.4677;RBI=0.0108357;REFB=-0.041454;REVB=0.00517258;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353827;STB=0.519982;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0351114;OID=.;OPOS=9693953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:12:10:10:14:12:10:10:14 chr16 9693997 . C G 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0710909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.848;QD=18.1534;RBI=0.0739314;REFB=-0.0239303;REVB=0.0202962;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15601;STB=0.588395;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0331706;OID=.;OPOS=9693997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:9:16:10:11:9:16 chr16 10524656 . GGAC G 86.62 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0194454;FXX=0.0806322;HRUN=2;LEN=3;MLLD=212.67;QD=6.07881;RBI=0.0224586;REFB=-0.0181473;REVB=-0.0112368;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319677;STB=0.69831;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.0583807;OID=.;OPOS=10524657;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298246:17:60:17:57:40:12:5:17:23:86:31:12:5:13:18 chr16 10575824 . C A 265.11 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.079355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5446;QD=15.5946;RBI=0.0817425;REFB=-0.00510955;REVB=-0.0196116;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985625;STB=0.555519;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00438421;OID=.;OPOS=10575824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:14:16:24:14:14:16:24:14 chr16 10631912 . C T 540.11 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0117756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.938;QD=19.4635;RBI=0.0293392;REFB=-0.012664;REVB=-0.0268723;RO=55;SAF=19;SAR=37;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241358;STB=0.513336;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0111096;OID=.;OPOS=10631912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:37:19:20:35:37:19:20:35 chr16 10769958 . T C 1030.47 PASS AF=0.475336;AO=105;DP=225;FAO=106;FDP=223;FR=.;FRO=117;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=70;FSRR=47;FWDB=-0.00993458;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.255;QD=18.4838;RBI=0.0154857;REFB=-0.0157724;REVB=-0.0118791;RO=117;SAF=57;SAR=48;SRF=70;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053635;STB=0.527196;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0151833;OID=.;OPOS=10769958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:223:117:117:105:106:0.475336:48:57:70:47:48:58:70:47 chr16 10775855 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0224762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.879;QD=12.0517;RBI=0.0271291;REFB=-0.00472551;REVB=0.0151924;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167732;STB=0.599782;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00382271;OID=.;OPOS=10775855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:5:8:4:5:5:8 chr16 10788406 . G T 434.49 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00320202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.02;QD=18.2945;RBI=0.0076318;REFB=-0.0176172;REVB=-0.00692759;RO=51;SAF=21;SAR=23;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501155;STB=0.527964;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0183384;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:23:21:27:24:23:21:27:24 chr16 10862964 . A G 337.64 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0559195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3699;QD=20.1578;RBI=0.0569295;REFB=0.0250772;REVB=-0.0106761;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717908;STB=0.53977;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0307471;OID=.;OPOS=10862964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:16:19:20:12:16:19:20:12 chr16 10995933 . A G 1386.88 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.101;QD=62.3315;RBI=0.0354799;REFB=0;REVB=0.0229992;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3265e-05;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:47:40:0:0:48:41:0:0 chr16 11000848 . G C 518.12 PASS AF=0.284884;AO=48;DP=171;FAO=49;FDP=172;FR=.,HEALED;FRO=105;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.0227236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7796;QD=12.0492;RBI=0.0234455;REFB=0.000442773;REVB=0.00577327;RO=103;SAF=17;SAR=31;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203199;STB=0.6019;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00636133;OID=.;OPOS=11000848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:103:105:48:49:0.284884:31:17:54:49:31:18:54:51 chr16 11001743 . G A 501.78 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.00710092;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.4546;QD=17.0095;RBI=0.00740963;REFB=-0.00892792;REVB=-0.00211651;RO=63;SAF=27;SAR=27;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177233;STB=0.593187;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0135469;OID=.;OPOS=11001743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:63:64:54:54:0.457627:27:27:43:20:27:27:43:21 chr16 11001770 . G T 936.93 PASS AF=0.505376;AO=91;DP=184;FAO=94;FDP=186;FR=.;FRO=92;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.0681809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5917;QD=20.1489;RBI=0.0688663;REFB=-0.0270128;REVB=0.0096919;RO=92;SAF=50;SAR=41;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354557;STB=0.521074;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0274732;OID=.;OPOS=11001770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:92:92:91:94:0.505376:41:50:47:45:42:52:47:45 chr16 11002133 . C G 293.48 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.034183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.377;QD=14.8596;RBI=0.0342829;REFB=-0.020607;REVB=-0.00261482;RO=46;SAF=12;SAR=21;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656707;STB=0.50372;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0263115;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:21:12:17:29:21:12:17:29 chr16 11002904 . G A 535.56 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.00292127;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2881;QD=15.7516;RBI=0.0299426;REFB=-0.00304114;REVB=0.0297997;RO=77;SAF=27;SAR=31;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120677;STB=0.563615;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00286404;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:77:78:58:58:0.426471:31:27:45:32:31:27:45:33 chr16 11002927 . A G 2474.86 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.882;QD=61.4873;RBI=0.0349846;REFB=0;REVB=0.0346326;RO=0;SAF=73;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38489e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:88:73:0:0:88:73:0:0 chr16 11023208 . T C 525.88 PASS AF=0.478632;AO=53;DP=114;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0138667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.993;QD=17.9787;RBI=0.0140011;REFB=-0.00764416;REVB=0.00193507;RO=61;SAF=24;SAR=29;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741926;STB=0.555059;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00996229;OID=.;OPOS=11023208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:61:61:53:56:0.478632:29:24:23:38:29:27:23:38 chr16 11361895 . C G 660.31 PASS AF=0.465278;AO=65;DP=144;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00836946;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.191;QD=18.3419;RBI=0.0131448;REFB=0.000719567;REVB=-0.0101359;RO=77;SAF=18;SAR=47;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256286;STB=0.626627;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000870856;OID=.;OPOS=11361895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:77:77:65:67:0.465278:47:18:40:37:47:20:40:37 chr16 11362729 . G A 446.76 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0180485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0512;QD=16.7014;RBI=0.0288586;REFB=-0.00142767;REVB=0.0225182;RO=58;SAF=21;SAR=28;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700149;STB=0.539068;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00288351;OID=.;OPOS=11362729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:28:21:29:29:28:21:29:29 chr16 11367143 . G A 2515.79 PASS AF=0.988024;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0311435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.384;QD=60.2586;RBI=0.0427856;REFB=-0.137087;REVB=0.0293376;RO=1;SAF=87;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543873;STB=0.505681;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00015432;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:167:1:2:165:165:0.988024:78:87:1:0:78:87:2:0 chr16 11374866 . G T 1024.23 PASS AF=0.512953;AO=99;DP=193;FAO=99;FDP=193;FR=.;FRO=94;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=34;FSRR=60;FWDB=-0.0100224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7092;QD=21.2277;RBI=0.0100625;REFB=-0.00971789;REVB=-0.000897922;RO=94;SAF=46;SAR=53;SRF=34;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926811;STB=0.550742;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0083804;OID=.;OPOS=11374866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:94:94:99:99:0.512953:53:46:34:60:53:46:34:60 chr16 11387117 . A G 4064.71 PASS AF=0.985075;AO=264;DP=268;FAO=264;FDP=268;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=184;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0243601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.459;QD=60.6673;RBI=0.027892;REFB=-0.000294606;REVB=-0.0135849;RO=4;SAF=80;SAR=184;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0017872;STB=0.500938;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-1.65253e-05;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:268:268:4:4:264:264:0.985075:184:80:1:3:184:80:1:3 chr16 11387129 . C A 1383.91 PASS AF=0.527132;AO=136;DP=258;FAO=136;FDP=258;FR=.;FRO=122;FSAF=45;FSAR=91;FSRF=35;FSRR=87;FWDB=0.00871095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.965;QD=21.4559;RBI=0.00883442;REFB=-0.00593998;REVB=0.00147186;RO=121;SAF=45;SAR=91;SRF=35;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412087;STB=0.523868;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00522658;OID=.;OPOS=11387129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:121:122:136:136:0.527132:91:45:35:86:91:45:35:87 chr16 11387164 . T C 810.18 PASS AF=0.469274;AO=84;DP=179;FAO=84;FDP=179;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=61;FSRF=29;FSRR=66;FWDB=-0.0100572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.268;QD=18.1047;RBI=0.0132664;REFB=-0.00666569;REVB=0.00865151;RO=95;SAF=23;SAR=61;SRF=29;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371646;STB=0.520592;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00787156;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:95:95:84:84:0.469274:61:23:29:66:61:23:29:66 chr16 11540712 . T C 1295.76 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.3;QD=61.703;RBI=0.0766163;REFB=0;REVB=0.0241763;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138114;OID=.;OPOS=11540712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:84:0:0:77:84:1:44:33:0:0:45:39:0:0 chr16 11541896 . G A 1445.37 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938949;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4098;QD=63.5328;RBI=0.0121501;REFB=0;REVB=-0.00771112;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253287;OID=.;OPOS=11541896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr16 11542894 . C T 921.21 PASS AF=0.443946;AO=99;DP=223;FAO=99;FDP=223;FR=.;FRO=124;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=0.00266645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.484;QD=16.524;RBI=0.00283016;REFB=-0.0120509;REVB=0.000948613;RO=124;SAF=49;SAR=50;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00301835;STB=0.501676;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0156355;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:124:124:99:99:0.443946:50:49:61:63:50:49:61:63 chr16 11544673 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0352507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.477;QD=11.9536;RBI=0.0463065;REFB=-0.00903116;REVB=0.0300279;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224141;STB=0.635998;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00718439;OID=.;OPOS=11544673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:5:6:6:2:5:6 chr16 11553883 . C G 3662.35 PASS AF=1;AO=232;DP=237;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056311;FXX=0.0126577;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.102;QD=62.6043;RBI=0.0573258;REFB=-0.108731;REVB=0.0107385;RO=1;SAF=124;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038279;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425959;OID=.;OPOS=11553883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:237:234:1:0:232:234:1:108:124:1:0:108:126:0:0 chr16 11556014 . G C 4704.94 PASS AF=1;AO=297;DP=297;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602495;FXX=0.00331115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.01;QD=62.5241;RBI=0.0679196;REFB=0;REVB=0.0313539;RO=0;SAF=149;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81702e-05;OID=.;OPOS=11556014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:297:301:0:0:297:301:1:148:149:0:0:149:152:0:0 chr16 11556121 . A G 4059.2 PASS AF=1;AO=259;DP=259;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439581;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.696;QD=62.4492;RBI=0.0526634;REFB=0;REVB=0.0290021;RO=0;SAF=128;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52431e-05;OID=.;OPOS=11556121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:260:0:0:259:260:1:131:128:0:0:131:129:0:0 chr16 11658459 . A AT 304.06 PASS AF=0.52459;AO=30;DP=62;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0144425;FXX=0.0161264;HRUN=0;LEN=1;MLLD=159.226;QD=19.9383;RBI=0.0191907;REFB=-0.00541295;REVB=0.0126372;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177828;STB=0.596958;STBP=0.141;TYPE=ins;VARB=0.00338819;OID=.;OPOS=11658460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52459:30:62:32:61:29:14:18:7:22:99:29:13:17:7:22 chr16 11792171 . C T 61.2 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.011446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6507;QD=6.61648;RBI=0.0284082;REFB=-0.00638165;REVB=0.0260003;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284209;STB=0.654199;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0311565;OID=.;OPOS=11792171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:26:28:9:9:0.243243:3:6:11:15:3:6:13:15 chr16 11852354 . A C 763.14 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0577;QD=63.5948;RBI=0.0661424;REFB=0;REVB=-0.0182704;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561461;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr16 11933678 . G C 284.07 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0350701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.915;QD=12.7673;RBI=0.0419716;REFB=-0.00851937;REVB=-0.0230587;RO=56;SAF=15;SAR=18;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127706;STB=0.573127;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0122332;OID=.;OPOS=11933678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:33:33:0.370787:18:15:32:24:18:15:32:24 chr16 11940390 . T C 293.21 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.000197254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.277;QD=14.6605;RBI=0.01477;REFB=-0.00986987;REVB=0.0147686;RO=45;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154336;STB=0.600866;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0198966;OID=.;OPOS=11940390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:47:33:33:0.4125:21:12:23:22:21:12:25:22 chr16 11969724 . G C 1561.37 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497378;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4216;QD=64.3862;RBI=0.0505693;REFB=0;REVB=0.00913236;RO=0;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0391e-05;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:37:60:0:0:37:60:0:0 chr16 12009279 . A G 536.24 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00446458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.449;QD=54.9992;RBI=0.0174432;REFB=-0.045925;REVB=0.0168622;RO=0;SAF=30;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00464e-08;STB=0.562464;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000399596;OID=.;OPOS=12009279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:37:37:0.948718:7:30:0:0:7:30:0:2 chr16 12021332 . G A 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0076088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.887;QD=13.457;RBI=0.0173778;REFB=-0.0374777;REVB=0.0156235;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231583;STB=0.636116;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0287453;OID=.;OPOS=12021332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:9:6:7:4:9:6 chr16 12021346 . C T 53.88 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00524584;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.521;QD=7.18344;RBI=0.0138227;REFB=-0.0288559;REVB=-0.0127886;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34426;STB=0.713796;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0836785;OID=.;OPOS=12021346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:30:30:22:22:8:8:0.266667:3:5:7:15:3:5:7:15 chr16 12021353 . G C 51.17 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0293556;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4062;QD=5.11728;RBI=0.067566;REFB=0.00216815;REVB=-0.0608557;RO=32;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36544;STB=0.734775;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.0169474;OID=.;OPOS=12021353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:40:40:32:32:8:8:0.2:3:5:10:22:3:5:10:22 chr16 12021356 . C T 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0286224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.956;QD=4.78733;RBI=0.0469406;REFB=-0.0157075;REVB=-0.0372046;RO=34;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320806;STB=0.709744;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0725171;OID=.;OPOS=12021356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:3:5:12:22:3:5:12:22 chr16 12021361 . G A 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0292729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4889;QD=4.10168;RBI=0.0427012;REFB=-0.0173153;REVB=0.0310884;RO=38;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304248;STB=0.699534;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0256272;OID=.;OPOS=12021361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:38:40:8:8:0.166667:3:5:14:24:3:5:15:25 chr16 12021486 . G A 192.31 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0533184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.866;QD=16.0255;RBI=0.0565647;REFB=-0.0403508;REVB=0.0188867;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159436;STB=0.590344;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0537045;OID=.;OPOS=12021486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:14:6:5:23:14:6:5:23 chr16 12027474 . CAT C 854.7 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501883;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.365;QD=57.9459;RBI=0.0512164;REFB=0;REVB=0.0102104;RO=0;SAF=8;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15842e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.32217e-05;OID=.;OPOS=12027475;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:60:59:59:0:8:51:0:0:5:0:8:51:0:0 chr16 12027781 . A C 310.8 PASS AF=0.280255;AO=44;DP=157;FAO=44;FDP=157;FR=.;FRO=113;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=71;FWDB=0.0152207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2765;QD=7.91845;RBI=0.0665976;REFB=-0.000516318;REVB=0.064835;RO=113;SAF=20;SAR=24;SRF=42;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103394;STB=0.560776;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00255072;OID=.;OPOS=12027781;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:113:113:44:44:0.280255:24:20:42:71:24:20:42:71 chr16 12060163 . A G 1499.26 PASS AF=0.971698;AO=102;DP=107;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.023161;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.336;QD=56.576;RBI=0.0373116;REFB=-0.165629;REVB=0.0292527;RO=2;SAF=36;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256252;STB=0.519477;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000680253;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:107:106:2:3:102:103:0.971698:66:36:2:0:66:37:3:0 chr16 12061626 . G A 563.1 PASS AF=0.465116;AO=57;DP=126;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.000331174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.71;QD=17.4604;RBI=0.0601121;REFB=-0.0184147;REVB=-0.0601112;RO=66;SAF=27;SAR=30;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152346;STB=0.581369;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0146755;OID=.;OPOS=12061626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:66:69:57:60:0.465116:30:27:21:45:30:30:24:45 chr16 12162969 . A G 678.5 PASS AF=0.416667;AO=74;DP=179;FAO=75;FDP=180;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=0.00233038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.602;QD=15.0778;RBI=0.0132043;REFB=-0.00571292;REVB=-0.012997;RO=105;SAF=26;SAR=48;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756032;STB=0.545298;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00769258;OID=.;OPOS=12162969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:105:105:74:75:0.416667:48:26:44:61:49:26:44:61 chr16 12621176 . C G 638.7 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0293772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.912;QD=20.4385;RBI=0.0307737;REFB=-0.00422248;REVB=-0.00916529;RO=61;SAF=24;SAR=40;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477351;STB=0.526307;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00529977;OID=.;OPOS=12621176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:61:64:64:0.512:40:24:26:35:40:24:26:35 chr16 12666984 . T A 302.7 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0617956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.762;QD=17.0537;RBI=0.0630624;REFB=0.00241279;REVB=0.0125764;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645936;STB=0.53621;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00441599;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:16:17:17:21:16:17:17:21 chr16 12757346 . GTTTTTTA GTATTTTT,GTTTTTA,GTTTTTAA 62.53 PASS AF=0.0609756,0.304878,0;AO=4,15,15;DP=93;FAO=5,25,0;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=0,18,0;FSAR=5,7,0;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0501952,-0.149619,-0.031227;FXX=0.0465062;HRUN=6,6,6;LEN=6,1,1;MLLD=178.43,7.55565,9.03634;QD=3.05009;RBI=0.0881241,0.162806,0.130141;REFB=-0.0105501,-0.166559,-0.091047;REVB=-0.0724314,0.0641855,0.126339;RO=30;SAF=0,13,15;SAR=4,2,0;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.645896,0.401637,0.782672;STB=0.99825,0.581271,0.5;STBP=0.004,0.357,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.061983,0.172611,0;OID=.,.,.;OPOS=12757348,12757347,12757352;OREF=TTTTTA,T,T;OALT=ATTTTT,-,A;OMAPALT=GTATTTTT,GTTTTTA,GTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0609756,0.304878,0:4,15,15:93:5,25,0:82:52:0,18,0:5,7,0:32:20:41:30:0,13,15:4,2,0:18:12 chr16 13002359 . T C 2385.25 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022251;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.916;QD=64.0335;RBI=0.0140762;REFB=0;REVB=-0.0138992;RO=0;SAF=65;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52115e-05;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:147:149:1:82:65:0:0:83:66:0:0 chr16 14304175 . A C 698.92 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.163;QD=60.7752;RBI=0.0194403;REFB=-0.138935;REVB=0.0174038;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102277;OID=.;OPOS=14304175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:0:0:45:46:1:32:13:0:0:32:14:0:0 chr16 14311035 . T C 1727.95 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496208;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.913;QD=60.6297;RBI=0.0507754;REFB=0;REVB=0.0107665;RO=0;SAF=38;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02228e-05;OID=.;OPOS=14311035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:114:0:0:109:114:1:71:38:0:0:72:42:0:0 chr16 14356373 . T C 1460.04 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132488;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.138;QD=62.1296;RBI=0.0152256;REFB=-0.11959;REVB=-0.00750265;RO=1;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920605;STB=0.504853;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00108002;OID=.;OPOS=14356373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:51:42:0:1:51:42:0:1 chr16 14356920 . A C 1121.21 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0157688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.979;QD=56.7701;RBI=0.0279504;REFB=-0.146073;REVB=0.0230775;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012618;STB=0.500164;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000822376;OID=.;OPOS=14356920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:76:77:0.974684:37:39:0:1:38:39:1:1 chr16 14359205 . G A 574.68 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.057;QD=60.4924;RBI=0.0027872;REFB=0;REVB=-0.000480373;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07382e-06;OID=.;OPOS=14359205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:19:19:0:0 chr16 14359233 . T A 766.2 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7402;QD=63.8496;RBI=0.0356611;REFB=0;REVB=-0.0330685;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427244;OID=.;OPOS=14359233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr16 14369420 . T TC 420.83 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.8524;QD=46.7584;RBI=0.0648338;REFB=0;REVB=0.0538735;RO=5;SAF=12;SAR=19;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.504e-05;OID=.;OPOS=14369421;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:38:36:36:0:14:22:0:0:8:5:12:19:3:2 chr16 14742400 . T G 763.73 PASS AF=0.425743;AO=79;DP=195;FAO=86;FDP=202;FR=.;FRO=116;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=0.00805388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.589;QD=15.1233;RBI=0.0343944;REFB=-0.016251;REVB=0.0334381;RO=110;SAF=44;SAR=35;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216419;STB=0.506957;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0210744;OID=.;OPOS=14742400;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:202:110:116:79:86:0.425743:35:44:59:51:39:47:62:54 chr16 14989420 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0638886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.539;QD=12.8608;RBI=0.0639698;REFB=-0.0179708;REVB=0.00322281;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300057;STB=0.68509;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0224622;OID=.;OPOS=14989420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:3:5:6:1:3:5 chr16 15069026 . G C 30.72 PASS AF=0.0613027;AO=20;DP=261;FAO=16;FDP=261;FR=.;FRO=245;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=147;FSRR=98;FWDB=-0.0473201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.478;QD=0.470817;RBI=0.0834985;REFB=-0.00108536;REVB=-0.0687954;RO=223;SAF=4;SAR=16;SRF=145;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486454;STB=0.753881;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0578731;OID=.;OPOS=15069026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:261:261:223:245:20:16:0.0613027:16:4:145:78:11:5:147:98 chr16 15082865 . C T 375.88 PASS AF=0.317881;AO=48;DP=149;FAO=48;FDP=151;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=0.0141287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9311;QD=9.95704;RBI=0.0148749;REFB=-0.0223442;REVB=-0.00465211;RO=101;SAF=21;SAR=27;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147796;STB=0.578698;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0454667;OID=.;OPOS=15082865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:101:103:48:48:0.317881:27:21:57:44:27:21:57:46 chr16 15083131 . A T 394.9 PASS AF=0.340426;AO=46;DP=141;FAO=48;FDP=141;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=-0.00578614;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.73;QD=11.2029;RBI=0.0121033;REFB=-0.0130181;REVB=0.0106307;RO=94;SAF=25;SAR=21;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870462;STB=0.534046;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0273188;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:94:93:46:48:0.340426:21:25:58:36:21:27:57:36 chr16 15083383 . G A 489.45 PASS AF=0.30137;AO=65;DP=220;FAO=66;FDP=219;FR=.;FRO=153;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=86;FWDB=0.0049927;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.914;QD=8.93967;RBI=0.0826214;REFB=0.000461191;REVB=0.0824704;RO=153;SAF=26;SAR=39;SRF=67;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470002;STB=0.531723;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00100449;OID=.;OPOS=15083383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:153:153:65:66:0.30137:39:26:67:86:40:26:67:86 chr16 15091601 . G C 86.26 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0368183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.391;QD=12.3228;RBI=0.0426517;REFB=-0.0220742;REVB=0.0215309;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235598;STB=0.637358;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0518496;OID=.;OPOS=15091601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:4:13:6:5:4:13 chr16 15095675 . C A 276.7 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0228455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2387;QD=11.2938;RBI=0.023863;REFB=-0.0257016;REVB=-0.00689392;RO=65;SAF=15;SAR=18;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997665;STB=0.557622;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0296531;OID=.;OPOS=15095675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:65:33:33:0.336735:18:15:24:41:18:15:24:41 chr16 15098047 . C G 287.3 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.00191371;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.565;QD=11.1574;RBI=0.00635964;REFB=-0.00990397;REVB=0.00606488;RO=66;SAF=21;SAR=15;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442273;STB=0.529396;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0172772;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:66:67:36:36:0.349515:15:21:41:25:15:21:42:25 chr16 15110077 . C T 172.67 PASS AF=0.26087;AO=24;DP=93;FAO=24;FDP=92;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0974356;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6772;QD=7.50743;RBI=0.0990236;REFB=-0.0100344;REVB=-0.0176629;RO=64;SAF=8;SAR=16;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189404;STB=0.595338;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0249843;OID=.;OPOS=15110077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:64:68:24:24:0.26087:16:8:31:33:16:8:31:37 chr16 15111218 . C T 259.53 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0247803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.1229;QD=9.88693;RBI=0.041988;REFB=-0.00771181;REVB=-0.0338958;RO=71;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173347;STB=0.600607;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0165055;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:71:71:34:34:0.32381:15:19:29:42:15:19:29:42 chr16 15116625 . G T 570.41 PASS AF=0.684932;AO=48;DP=71;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00244647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5261;QD=31.2554;RBI=0.0129128;REFB=-0.0402368;REVB=-0.0126789;RO=21;SAF=26;SAR=22;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168863;STB=0.521851;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0244491;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:21:23:48:50:0.684932:22:26:12:9:23:27:14:9 chr16 15129970 . A G 593.15 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00780848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.493;QD=24.7145;RBI=0.0123576;REFB=-0.0103665;REVB=-0.00957796;RO=40;SAF=29;SAR=25;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297725;STB=0.504657;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00485408;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:42:54:54:0.5625:25:29:23:17:25:29:23:19 chr16 15131962 . A G 268.41 PASS AF=0.272727;AO=36;DP=134;FAO=39;FDP=143;FR=.;FRO=104;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.032666;FXX=0.00694396;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7228;QD=7.50785;RBI=0.0383698;REFB=-0.00690087;REVB=0.0201289;RO=98;SAF=18;SAR=18;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534966;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00864643;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:143:98:104:36:39:0.272727:18:18:49:49:18:21:51:53 chr16 15131974 . G T 313.28 PASS AF=0.308271;AO=41;DP=133;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.00607713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.276;QD=9.42189;RBI=0.0169618;REFB=0.00591328;REVB=-0.0158357;RO=92;SAF=22;SAR=19;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690908;STB=0.540303;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0164055;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:92:92:41:41:0.308271:19:22:44:48:19:22:44:48 chr16 15133889 . T G 841.8 PASS AF=0.415929;AO=95;DP=226;FAO=94;FDP=226;FR=.;FRO=132;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=89;FWDB=-0.0113769;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.968;QD=14.8991;RBI=0.0203051;REFB=-0.00584485;REVB=-0.0168185;RO=129;SAF=42;SAR=53;SRF=43;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115877;STB=0.578496;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0134281;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:129:132:95:94:0.415929:53:42:43:86:51:43:43:89 chr16 15155407 . G A 131.95 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0396792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.822;QD=14.6612;RBI=0.0426891;REFB=-0.0317474;REVB=-0.0157455;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057395;STB=0.533289;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0305986;OID=.;OPOS=15155407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:11:10:8:7:11:10 chr16 15178499 . G A 187.15 PASS AF=0.214286;AO=30;DP=140;FAO=30;FDP=140;FR=.;FRO=110;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.0195074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.229;QD=5.34705;RBI=0.0303931;REFB=-0.015957;REVB=-0.0233067;RO=109;SAF=16;SAR=14;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101297;STB=0.502391;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0511166;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:109:110:30:30:0.214286:14:16:59:50:14:16:59:51 chr16 15221957 . T C 800.39 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5698;QD=64.031;RBI=0.0105737;REFB=0;REVB=0.00453429;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331857;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chr16 15248720 . C A 685.6 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101269;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.846;QD=54.8482;RBI=0.0101269;REFB=-0.11064;REVB=0;RO=0;SAF=49;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185676;OID=.;OPOS=15248720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:0:1:49:49:0.98:0:49:0:0:0:49:1:0 chr16 15248798 . A G 1058.88 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.253;QD=59.655;RBI=0.0768983;REFB=0;REVB=0.0746776;RO=0;SAF=60;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79746e-05;OID=.;OPOS=15248798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:71:0:0:64:71:1:4:60:0:0:10:61:0:0 chr16 15696387 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0812331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8579;QD=14.079;RBI=0.0812642;REFB=-0.00816332;REVB=-0.00224652;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219837;STB=0.624831;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0163346;OID=.;OPOS=15696387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:1:15:10:2:1:15 chr16 15820863 . C T 3789.34 PASS AF=0.991736;AO=239;DP=242;FAO=240;FDP=242;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.028609;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.259;QD=62.6337;RBI=0.0329009;REFB=-0.124287;REVB=0.0162478;RO=1;SAF=103;SAR=136;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349178;STB=0.503623;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000215907;OID=.;OPOS=15820863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:242:242:1:2:239:240:0.991736:136:103:0:1:137:103:0:2 chr16 15839034 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3491;QD=64.415;RBI=0.0754037;REFB=0;REVB=0.074141;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842619;OID=.;OPOS=15839034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr16 15843899 . G A 700.33 PASS AF=0.959184;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00263275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.096;QD=57.1698;RBI=0.0121841;REFB=-0.105466;REVB=0.0118963;RO=1;SAF=39;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119021;STB=0.512495;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000597167;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:49:1:2:45:47:0.959184:6:39:1:0:8:39:2:0 chr16 15850204 . A G 1491.54 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.166;QD=63.4699;RBI=0.0421428;REFB=0;REVB=0.0320095;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26834e-05;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:91:94:1:39:52:0:0:41:53:0:0 chr16 15971028 . C A,G 1508.76 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=4,91;DP=95;FAO=2,94;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=2,38;FSAR=0,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430262,0.0307908;FXX=0.0303;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.1617,65.9902;QD=62.8651;RBI=0.00539738,0.04049;REFB=0,0;REVB=-0.00325872,0.0262939;RO=0;SAF=3,37;SAR=1,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.14779,0.00121275;OID=.,.;OPOS=15971028,15971028;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:95:96:0:0:4,91:2,94:0.0208333,0.979167:1,54:3,37:0:0:0,56:2,38:0:0 chr16 15973654 . G T 801.28 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.087;QD=57.2345;RBI=0.0410778;REFB=0;REVB=-0.0396145;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23953e-05;OID=.;OPOS=15973654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:25:31:0:0 chr16 15982422 . C A 1001.53 PASS AF=0.565476;AO=93;DP=166;FAO=95;FDP=168;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=0.0252634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.925;QD=23.846;RBI=0.0279822;REFB=-0.0108287;REVB=0.0120319;RO=72;SAF=36;SAR=57;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169846;STB=0.582716;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00702291;OID=.;OPOS=15982422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:72:73:93:95:0.565476:57:36:43:29:57:38:43:30 chr16 16138322 . T C 679.8 PASS AF=0.462025;AO=73;DP=158;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=0.0011956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.687;QD=17.2101;RBI=0.00913426;REFB=-0.0276855;REVB=0.00905568;RO=85;SAF=32;SAR=41;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971937;STB=0.553777;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0324941;OID=.;OPOS=16138322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:85:85:73:73:0.462025:41:32:29:56:41:32:29:56 chr16 16139714 . T C 520.4 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=-0.00246881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.654;QD=16.7872;RBI=0.0185847;REFB=-0.00624967;REVB=-0.0184199;RO=66;SAF=33;SAR=23;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633524;STB=0.541652;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00908554;OID=.;OPOS=16139714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:66:68:56:56:0.451613:23:33:43:23:23:33:45:23 chr16 16162019 . T C 903.15 PASS AF=0.494565;AO=86;DP=180;FAO=91;FDP=184;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=0.0246686;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4408;QD=19.6336;RBI=0.0869619;REFB=-0.00993315;REVB=0.0833896;RO=94;SAF=41;SAR=45;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421053;STB=0.527466;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0124588;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:184:94:93:86:91:0.494565:45:41:49:45:48:43:49:44 chr16 16228242 . G A 168.82 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0223044;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.98;QD=10.079;RBI=0.0223942;REFB=-0.00862205;REVB=0.00200309;RO=42;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33138;STB=0.708914;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0262429;OID=.;OPOS=16228242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:42:45:22:22:0.328358:8:14:14:28:8:14:14:31 chr16 16251599 . C T 828.06 PASS AF=0.480226;AO=85;DP=177;FAO=85;FDP=177;FR=.;FRO=92;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.00359279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.65;QD=18.7132;RBI=0.0121094;REFB=0.00332342;REVB=0.0115641;RO=91;SAF=48;SAR=37;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249114;STB=0.511186;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00365621;OID=.;OPOS=16251599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:91:92:85:85:0.480226:37:48:49:42:37:48:50:42 chr16 16256963 . GA CG,G,GG 54.8 PASS AF=0.0392157,0.176471,0.0392157;AO=2,8,2;DP=52;FAO=2,9,2;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=0,1,0;FSAR=2,8,2;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0576025,-0.0847825,-0.0773235;FXX=0.0192271;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=143.858,16.858,32.4461;QD=4.29771;RBI=0.0648227,0.0964856,0.0844577;REFB=-0.00426079,-0.0573659,-0.0289272;REVB=-0.0297309,-0.0460588,-0.0339732;RO=36;SAF=0,0,0;SAR=2,8,2;SRF=21;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.470457,-0.732555,-0.470457;STB=0.995534,0.883748,0.995534;STBP=0.103,0.018,0.103;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.187789,0.0839254,0.0332724;OID=.,.,.;OPOS=16256963,16256964,16256964;OREF=GA,A,A;OALT=CG,-,G;OMAPALT=CG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:52:51:36:38:2,8,2:2,9,2:0.0392157,0.176471,0.0392157:2,8,2:0,0,0:21:15:2,8,2:0,1,0:22:16 chr16 16271357 . T C 2258.41 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105636;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.926;QD=63.6171;RBI=0.0141742;REFB=0;REVB=-0.00945076;RO=0;SAF=61;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35266e-05;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:81:61:0:0:81:61:0:0 chr16 16272670 . T C 2250.42 PASS AF=1;AO=123;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=76;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338097;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4036;QD=60.8222;RBI=0.0769013;REFB=-0.0237185;REVB=0.0690703;RO=1;SAF=71;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00467848;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:149:148:1:0:123:148:1:52:71:0:1:72:76:0:0 chr16 16278050 . C T 60.31 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0102047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.474;QD=17.2301;RBI=0.0422445;REFB=0.00647226;REVB=-0.0409935;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246937;STB=0.642528;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0175807;OID=.;OPOS=16278050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:1:5:4:4:1:5 chr16 16278863 . G T 831.18 PASS AF=0.386454;AO=97;DP=254;FAO=97;FDP=251;FR=.;FRO=154;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=77;FSRR=77;FWDB=-0.0180064;FXX=0.0118106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.391;QD=13.2459;RBI=0.0185582;REFB=-0.00671764;REVB=-0.00449153;RO=157;SAF=54;SAR=43;SRF=79;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589726;STB=0.534955;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0133405;OID=.;OPOS=16278863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:251:157:154:97:97:0.386454:43:54:79:78:43:54:77:77 chr16 16278869 . G C 747.74 PASS AF=0.36214;AO=88;DP=243;FAO=88;FDP=243;FR=.;FRO=155;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=74;FSRR=81;FWDB=0.0457796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3995;QD=12.3085;RBI=0.0459884;REFB=0.00918265;REVB=0.00437807;RO=155;SAF=49;SAR=39;SRF=74;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893677;STB=0.550705;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.009244;OID=.;OPOS=16278869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:155:155:88:88:0.36214:39:49:74:81:39:49:74:81 chr16 16281007 . A G 136.82 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0266868;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.303;QD=16.0959;RBI=0.0311414;REFB=-0.01558;REVB=-0.0160501;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868987;STB=0.549935;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0153822;OID=.;OPOS=16281007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:6:13:9:6:6:13 chr16 16468294 . C T 289.92 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.012307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.549;QD=14.1424;RBI=0.0211363;REFB=-0.00542059;REVB=0.0171838;RO=49;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395472;STB=0.522454;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00706106;OID=.;OPOS=16468294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:19:14:19:30:19:14:19:30 chr16 17196433 . G C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00963053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4805;QD=16.8244;RBI=0.0241497;REFB=0.0229965;REVB=0.0221464;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104249;STB=0.559268;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00828299;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:8:20:13:8:8:20 chr16 17196622 . T TTC 65.82 PASS AF=0.409091;AO=7;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.000694219;FXX=0;HRUN=8;LEN=2;MLLD=305.858;QD=11.9676;RBI=0.00345889;REFB=-0.017127;REVB=0.00338851;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613202;STB=0.583156;STBP=0.559;TYPE=ins;VARB=0.0270625;OID=.;OPOS=17196623;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:7:23:9:22:13:5:4:9:4:65:16:4:3:10:6 chr16 18823379 . T C 2295.0 PASS AF=0.909091;AO=163;DP=179;FAO=160;FDP=176;FR=.;FRO=16;FSAF=92;FSAR=68;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00662631;FXX=0.0167588;HRUN=7;LEN=1;MLLD=187.084;QD=52.1591;RBI=0.00813237;REFB=-0.136171;REVB=-0.0047146;RO=2;SAF=92;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0015106;STB=0.501162;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.000879801;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:179:176:2:16:163:160:0.909091:71:92:1:1:68:92:9:7 chr16 19041595 . G A 1917.76 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.659;QD=60.8812;RBI=0.0188689;REFB=-0.0319581;REVB=0.00227541;RO=1;SAF=52;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904904;STB=0.504761;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=6.89822e-06;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:126:1:1:124:125:0.992063:72:52:1:0:73:52:1:0 chr16 19067933 . G A,C 3010.42 PASS AF=0.956098,0.0341463;AO=193,9;DP=205;FAO=196,7;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=123,7;FSAR=73,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0189953,-0.0237466;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=89.0178,7.96888;QD=58.7398;RBI=0.0200557,0.0273351;REFB=-0.0907383,-0.0496393;REVB=-0.00643498,-0.0135391;RO=1;SAF=119,9;SAR=74,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00398529,0;STB=0.501377,0.997414;STBP=0.768,0.103;TYPE=snp,snp;VARB=0.00237625,0.0284268;OID=.,.;OPOS=19067933,19067933;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:205:205:1:2:193,9:196,7:0.956098,0.0341463:74,0:119,9:1:0:73,0:123,7:1:1 chr16 19080184 . C T 1480.4 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0379267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8368;QD=58.6299;RBI=0.0412528;REFB=-0.0563964;REVB=0.0162282;RO=1;SAF=29;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00672921;STB=0.503545;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.000294339;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:101:1:1:99:100:0.990099:70:29:0:1:70:30:0:1 chr16 19080225 . AAC AACTG,CTG 757.92 PASS AF=0.885246,0.0491803;AO=47,3;DP=70;FAO=54,3;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=8,0;FSAR=46,3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0109153,-0.0105744;FXX=0.102926;HRUN=0,3;LEN=2,3;MLLD=322.371,286.495;QD=49.6995;RBI=0.0239363,0.0221766;REFB=-0.0688386,-0.0621866;REVB=0.0213027,0.0194931;RO=12;SAF=6,0;SAR=41,3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152258,-0.590401;STB=0.599959,0.997134;STBP=0.003,0.009;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00385196,-0.0620787;OID=.,.;OPOS=19080228,19080225;OREF=-,AAC;OALT=TG,CTG;OMAPALT=AACTG,CTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:70:61:12:4:47,3:54,3:0.885246,0.0491803:41,3:6,0:4:8:46,3:8,0:4:0 chr16 19085298 . C T 3583.66 PASS AF=1;AO=227;DP=228;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.532;QD=62.8712;RBI=0.0247058;REFB=0;REVB=0.0217197;RO=0;SAF=85;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5249e-06;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:228:0:0:227:228:1:142:85:0:0:143:85:0:0 chr16 19128048 . G A 376.76 PASS AF=0.493671;AO=37;DP=77;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00829851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.061;QD=19.0765;RBI=0.0189884;REFB=-0.0239346;REVB=-0.0170791;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792335;STB=0.544704;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.023517;OID=.;OPOS=19128048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:40:40:37:39:0.493671:16:21:26:14:17:22:26:14 chr16 19128436 . G A 359.94 PASS AF=0.366667;AO=43;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0028234;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7824;QD=11.9979;RBI=0.0138873;REFB=0.00388152;REVB=0.0135973;RO=75;SAF=19;SAR=24;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278371;STB=0.526808;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0104892;OID=.;OPOS=19128436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:76:43:44:0.366667:24:19:35:40:25:19:36:40 chr16 19128775 . G A 165.93 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00262535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7909;QD=22.1235;RBI=0.10102;REFB=-0.000477214;REVB=0.100985;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156716;STB=0.588131;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00248794;OID=.;OPOS=19128775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:5:8:7:10:5:8 chr16 19128995 . C A 781.53 PASS AF=0.610169;AO=72;DP=118;FAO=72;FDP=118;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00367684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.435;QD=26.4926;RBI=0.0689189;REFB=0.00540567;REVB=-0.0688207;RO=46;SAF=37;SAR=35;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212787;STB=0.511548;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00385132;OID=.;OPOS=19128995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:46:46:72:72:0.610169:35:37:25:21:35:37:25:21 chr16 19129513 . GT AC 469.26 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0172815;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.251;QD=20.1834;RBI=0.0172919;REFB=-0.0121939;REVB=-0.000601087;RO=47;SAF=32;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143127;STB=0.579674;STBP=0.168;TYPE=mnp;VARB=0.0136627;OID=.;OPOS=19129513;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:47:47:46:46:0.494624:14:32:26:21:14:32:26:21 chr16 19130010 . A AG 152.09 PASS AF=0.548387;AO=4;DP=34;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00680218;FXX=0.0312402;HRUN=0;LEN=1;MLLD=121.928;QD=19.6251;RBI=0.0106357;REFB=-0.0132262;REVB=-0.00817609;RO=27;SAF=0;SAR=4;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521288;STB=0.754313;STBP=0.057;TYPE=ins;VARB=0.0263607;OID=.;OPOS=19130011;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387:4:34:17:31:14:1:16:4:10:99:27:0:4:5:22 chr16 19130011 . T G 109.22 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.000263967;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.989;QD=13.2382;RBI=0.00390425;REFB=-0.00734604;REVB=-0.00389532;RO=20;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298023;STB=0.681467;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0141648;OID=.;OPOS=19130011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:20:13:13:0.393939:12:1:4:16:12:1:4:16 chr16 19132447 . A C 130.62 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0142268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.074;QD=22.7171;RBI=0.071487;REFB=-0.0247159;REVB=0.0700571;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884995;STB=0.549928;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0130056;OID=.;OPOS=19132447;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:4:5:6:8:4:5 chr16 19132780 . T C 621.92 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0258287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.939;QD=19.9013;RBI=0.0285109;REFB=-0.0114765;REVB=0.0120727;RO=62;SAF=34;SAR=29;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935462;STB=0.551568;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0168964;OID=.;OPOS=19132780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:62:63:63:0.504:29:34:27:35:29:34:27:35 chr16 19310092 . T C 527.91 PASS AF=0.411348;AO=56;DP=139;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.00186492;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.512;QD=14.9761;RBI=0.0135199;REFB=-0.0195852;REVB=-0.0133906;RO=82;SAF=27;SAR=29;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327149;STB=0.514701;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0270684;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:82:83:56:58:0.411348:29:27:37:45:30:28:38:45 chr16 19336855 . A C 82.27 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00431403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2104;QD=19.3586;RBI=0.0365148;REFB=0.0274719;REVB=0.0362591;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211612;STB=0.512171;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0166732;OID=.;OPOS=19336855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:3:4:6:4:3:4 chr16 19475099 . C A 561.34 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0135072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.123;QD=23.6355;RBI=0.0151177;REFB=-0.000452587;REVB=-0.0067898;RO=43;SAF=27;SAR=25;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101864;STB=0.555893;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000335842;OID=.;OPOS=19475099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:52:52:0.547368:25:27:17:26:25:27:17:26 chr16 19509938 . G GCA 2291.99 PASS AF=0.95122;AO=155;DP=166;FAO=156;FDP=164;FR=.;FRO=8;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0167111;FXX=0.0238081;HRUN=1;LEN=2;MLLD=300.367;QD=55.9021;RBI=0.0167127;REFB=-0.0649728;REVB=-0.000227417;RO=9;SAF=80;SAR=75;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421856;STB=0.524997;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.000392447;OID=.;OPOS=19509939;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95122:155:166:156:164:8:80:76:0:8:16:9:80:75:1:8 chr16 19514483 . C T 486.21 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00720672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5009;QD=21.3721;RBI=0.0351236;REFB=-0.00662182;REVB=-0.0343763;RO=44;SAF=18;SAR=29;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125007;STB=0.569142;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00333276;OID=.;OPOS=19514483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:29:18:23:21:29:18:23:21 chr16 19547357 . A G 627.25 PASS AF=0.405714;AO=71;DP=175;FAO=71;FDP=175;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=0.0107653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.632;QD=14.3371;RBI=0.0283393;REFB=0.00254946;REVB=0.026215;RO=101;SAF=41;SAR=30;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138129;STB=0.574653;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00307527;OID=.;OPOS=19547357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:101:104:71:71:0.405714:30:41:45:56:30:41:47:57 chr16 19547503 . C T 593.32 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0164355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.009;QD=20.6373;RBI=0.0182373;REFB=-0.00872172;REVB=0.00790418;RO=55;SAF=29;SAR=31;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381748;STB=0.521001;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00592968;OID=.;OPOS=19547503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:31:29:29:26:31:29:29:26 chr16 19547747 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8152;QD=62.3504;RBI=0.0308927;REFB=0;REVB=0.0235111;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546703;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr16 19548461 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0147544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.705;QD=21.353;RBI=0.0149046;REFB=-0.0156374;REVB=-0.00211087;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263102;STB=0.647279;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0150897;OID=.;OPOS=19548461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:1:8:7:6:1:8 chr16 19590334 . G A 457.4 PASS AF=0.389706;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0053792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.322;QD=13.4529;RBI=0.0475738;REFB=-0.0102492;REVB=-0.0472687;RO=83;SAF=27;SAR=26;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166674;STB=0.50943;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0137636;OID=.;OPOS=19590334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:83:83:53:53:0.389706:26:27:41:42:26:27:41:42 chr16 19648898 . T C 388.2 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00890936;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.1705;QD=24.6479;RBI=0.0161056;REFB=-0.0284482;REVB=0.0134169;RO=23;SAF=17;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214743;STB=0.502957;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0138202;OID=.;OPOS=19648898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:25:38:38:0.603175:21:17:11:12:21:17:11:14 chr16 19653708 . TG T 294.45 PASS AF=0.377778;AO=33;DP=89;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0363718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.807;QD=13.0866;RBI=0.0365257;REFB=-0.00720173;REVB=0.00334949;RO=54;SAF=17;SAR=16;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164413;STB=0.518314;STBP=0.781;TYPE=del;VARB=0.019761;OID=.;OPOS=19653709;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377778:33:89:34:90:56:18:16:28:28:99:54:17:16:27:27 chr16 19680546 . T C 476.77 PASS AF=0.424;AO=52;DP=124;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.010821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.894;QD=15.2568;RBI=0.0115701;REFB=-0.014908;REVB=0.00409551;RO=72;SAF=28;SAR=24;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181953;STB=0.605931;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.016759;OID=.;OPOS=19680546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:72:72:52:53:0.424:24:28:26:46:24:29:26:46 chr16 19800213 . T C 305.72 PASS AF=0.364583;AO=33;DP=95;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00020321;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.021;QD=12.7383;RBI=0.0110339;REFB=-0.00848841;REVB=-0.011032;RO=62;SAF=19;SAR=14;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498195;STB=0.519626;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0141371;OID=.;OPOS=19800213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:62:61:33:35:0.364583:14:19:33:29:15:20:33:28 chr16 19868687 . G C 1666.55 PASS AF=0.957983;AO=114;DP=119;FAO=114;FDP=119;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00762248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.89;QD=56.0183;RBI=0.00839124;REFB=-0.00734498;REVB=0.00350865;RO=4;SAF=56;SAR=58;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166421;STB=0.512969;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000400348;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:119:119:4:5:114:114:0.957983:58:56:3:1:58:56:4:1 chr16 20043330 . T C 1588.73 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.282;QD=59.9522;RBI=0.0386458;REFB=0;REVB=0.0172566;RO=0;SAF=37;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10424e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151846;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:69:37:0:0:69:37:0:0 chr16 20360101 . G A 746.8 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2383;QD=63.5573;RBI=0.0325401;REFB=0;REVB=0.0170038;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586515;OID=.;OPOS=20360101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr16 20387421 . G A 554.65 PASS AF=0.386905;AO=65;DP=169;FAO=65;FDP=168;FR=.;FRO=103;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.00663149;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1464;QD=13.206;RBI=0.0260604;REFB=0.023427;REVB=-0.0252025;RO=104;SAF=28;SAR=37;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444803;STB=0.527877;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0373202;OID=.;OPOS=20387421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:104:103:65:65:0.386905:37:28:49:55:37:28:49:54 chr16 20439199 . G A 562.94 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0704139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.37;QD=18.0141;RBI=0.0715013;REFB=-0.0033463;REVB=0.0124225;RO=66;SAF=25;SAR=34;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101956;STB=0.556597;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00268237;OID=.;OPOS=20439199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:66:59:59:0.472:34:25:35:31:34:25:35:31 chr16 20441053 . C G 4093.16 PASS AF=1;AO=263;DP=264;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155985;FXX=0.00378774;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.895;QD=62.2534;RBI=0.0165375;REFB=-0.088422;REVB=0.0054932;RO=0;SAF=122;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47511e-05;OID=.;OPOS=20441053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:264:263:0:0:263:263:1:141:122:0:0:141:122:0:0 chr16 20441084 . T C 3659.63 PASS AF=1;AO=228;DP=230;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213522;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.445;QD=63.0971;RBI=0.0520839;REFB=0;REVB=0.0520401;RO=0;SAF=109;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166212;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:232:0:0:228:232:1:119:109:0:0:120:112:0:0 chr16 20471450 . G A 413.7 PASS AF=0.538462;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00262405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.264;QD=21.2154;RBI=0.008693;REFB=-0.0159355;REVB=0.0082875;RO=33;SAF=29;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146977;STB=0.596659;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00920296;OID=.;OPOS=20471450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:33:36:41:42:0.538462:12:29:18:15:12:30:19:17 chr16 20476852 . T C 2573.4 PASS AF=0.912371;AO=164;DP=181;FAO=177;FDP=194;FR=.;FRO=17;FSAF=98;FSAR=79;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0185432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.495;QD=53.0597;RBI=0.0259312;REFB=-0.0271022;REVB=0.0181267;RO=16;SAF=88;SAR=76;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256246;STB=0.513531;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00381457;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:181:194:16:17:164:177:0.912371:76:88:11:5:79:98:12:5 chr16 20477004 . C T 907.87 PASS AF=0.577465;AO=57;DP=141;FAO=82;FDP=142;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=59;FSRF=13;FSRR=47;FWDB=-0.0172031;FXX=0.0138879;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.587;QD=25.5737;RBI=0.0178018;REFB=-0.0381758;REVB=-0.00457818;RO=54;SAF=23;SAR=34;SRF=12;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173357;STB=0.534407;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.035374;OID=.;OPOS=20477004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:54:60:57:82:0.577465:34:23:12:42:59:23:13:47 chr16 20488696 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.927;QD=54.5177;RBI=0.0565278;REFB=0;REVB=0.0383958;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324857;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr16 20494408 . C T 1283.53 PASS AF=0.453925;AO=132;DP=292;FAO=133;FDP=293;FR=.;FRO=160;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=91;FSRR=69;FWDB=0.0207057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.748;QD=17.5226;RBI=0.0208112;REFB=-0.00120775;REVB=-0.00209273;RO=159;SAF=73;SAR=59;SRF=90;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130152;STB=0.510981;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00172726;OID=.;OPOS=20494408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:293:159:160:132:133:0.453925:59:73:90:69:60:73:91:69 chr16 20570661 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.644;QD=47.8216;RBI=0.0397756;REFB=0;REVB=0.0337115;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155637;OID=.;OPOS=20570661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:6:10:0:0 chr16 20576048 . C A 1283.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.968;QD=61.8512;RBI=0.0250813;REFB=0;REVB=-0.00303279;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60132e-05;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr16 20635418 . C T 1008.67 PASS AF=0.5;AO=74;DP=196;FAO=98;FDP=196;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=0.0219667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2097;QD=20.5852;RBI=0.143026;REFB=-0.0485851;REVB=0.141329;RO=95;SAF=41;SAR=33;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154446;STB=0.510384;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0493942;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:95:98:74:98:0.5:33:41:38:57:55:43:41:57 chr16 20636814 . G A 889.48 PASS AF=0.502825;AO=87;DP=175;FAO=89;FDP=177;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.00182145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.871;QD=20.1011;RBI=0.00609512;REFB=-0.0202057;REVB=0.0058166;RO=87;SAF=34;SAR=53;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963311;STB=0.542699;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0208594;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:87:88:87:89:0.502825:53:34:43:44:53:36:43:45 chr16 20638576 . A T 2368.56 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4577;QD=61.1242;RBI=0.0933593;REFB=0;REVB=0.040579;RO=0;SAF=63;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397126;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:155:0:0:147:155:1:84:63:0:0:87:68:0:0 chr16 20648702 . G A 541.96 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.00233856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.874;QD=16.6757;RBI=0.0238087;REFB=-0.00518571;REVB=0.0236936;RO=71;SAF=27;SAR=31;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110168;STB=0.564954;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00722801;OID=.;OPOS=20648702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:72:58:58:0.446154:31:27:41:30:31:27:42:30 chr16 20748331 . C A 933.48 PASS AF=0.538462;AO=91;DP=169;FAO=91;FDP=169;FR=.;FRO=78;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0143265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3015;QD=22.0943;RBI=0.0243413;REFB=-0.049458;REVB=0.0196786;RO=76;SAF=49;SAR=42;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229541;STB=0.511924;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0405219;OID=.;OPOS=20748331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:76:78:91:91:0.538462:42:49:43:33:42:49:44:34 chr16 20753123 . T C 4776.33 PASS AF=1;AO=296;DP=296;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.994;QD=64.1118;RBI=0.0415847;REFB=0;REVB=0.0401091;RO=0;SAF=153;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.76701e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19926e-05;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:296:298:0:0:296:298:1:143:153:0:0:145:153:0:0 chr16 20753139 . G A 1561.73 PASS AF=0.510135;AO=151;DP=296;FAO=151;FDP=296;FR=.;FRO=145;FSAF=75;FSAR=76;FSRF=77;FSRR=68;FWDB=-0.00137508;FXX=0.00336689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.069;QD=21.1045;RBI=0.0199414;REFB=0.0107975;REVB=0.019894;RO=144;SAF=75;SAR=76;SRF=77;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339295;STB=0.51682;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0096326;OID=.;OPOS=20753139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:144:145:151:151:0.510135:76:75:77:67:76:75:77:68 chr16 20796387 . G C 599.74 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0154773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7727;QD=18.3126;RBI=0.0353994;REFB=0.0188558;REVB=0.0318366;RO=69;SAF=32;SAR=30;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132045;STB=0.573088;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0194123;OID=.;OPOS=20796387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:69:62:62:0.473282:30:32:26:43:30:32:26:43 chr16 20809283 . C A 358.46 PASS AF=0.352;AO=44;DP=126;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00048772;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.224;QD=11.4708;RBI=0.032895;REFB=-0.0185413;REVB=-0.0328914;RO=81;SAF=22;SAR=22;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062779;STB=0.535984;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0309047;OID=.;OPOS=20809283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:81:81:44:44:0.352:22:22:36:45:22:22:36:45 chr16 20811681 . C T 311.75 PASS AF=0.338843;AO=33;DP=113;FAO=41;FDP=121;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.0053582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.326;QD=10.3059;RBI=0.0121895;REFB=-0.00190626;REVB=0.0109487;RO=78;SAF=15;SAR=18;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145294;STB=0.549272;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0051039;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:78:80:33:41:0.338843:18:15:45:33:21:20:45:35 chr16 20855309 . A G 2987.1 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1657;QD=63.219;RBI=0.0150986;REFB=0;REVB=-0.00194553;RO=0;SAF=82;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.744e-05;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:189:0:0:188:189:1:106:82:0:0:106:83:0:0 chr16 20870760 . GA AG,G 875.08 PASS AF=0.0851064,0.914894;AO=7,30;DP=96;FAO=8,86;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=0,61;FSAR=8,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100859,0.797263;FXX=0.0408122;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=199.937,11.8611;QD=37.2375;RBI=0.102843,0.797625;REFB=0,0;REVB=-0.0201039,-0.0240222;RO=46;SAF=0,12;SAR=7,18;SRF=46;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.89201,-0.60127;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.066071,0.0181029;OID=.,.;OPOS=20870760,20870761;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:96:94:46:0:7,30:8,86:0.0851064,0.914894:7,18:0,12:46:0:8,25:0,61:0:0 chr16 20873767 . T G 456.71 PASS AF=0.475248;AO=40;DP=109;FAO=48;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0061356;FXX=0.0733878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.141;QD=18.0877;RBI=0.0319971;REFB=0.00090197;REVB=0.0314033;RO=37;SAF=18;SAR=22;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148093;STB=0.572488;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0011312;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:101:37:53:40:48:0.475248:22:18:23:14:30:18:27:26 chr16 20959918 . G A 1659.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.202;QD=60.3497;RBI=0.019629;REFB=0;REVB=0.00589804;RO=0;SAF=37;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68485e-05;OID=.;OPOS=20959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:73:37:0:0:73:37:0:0 chr16 20966273 . G A 2328.03 PASS AF=0.98125;AO=156;DP=160;FAO=157;FDP=160;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00745252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.494;QD=58.2008;RBI=0.0513602;REFB=-0.148729;REVB=0.0508166;RO=2;SAF=63;SAR=93;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101205;STB=0.507852;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00130176;OID=.;OPOS=20966273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:160:160:2:3:156:157:0.98125:93:63:0:2:94:63:0:3 chr16 20966362 . T C 1952.24 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4563;QD=61.976;RBI=0.0685579;REFB=0;REVB=0.0537876;RO=0;SAF=49;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035604;OID=.;OPOS=20966362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:77:49:0:0:77:49:0:0 chr16 20975069 . G A 1405.82 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00113635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.051;QD=60.4653;RBI=0.0200788;REFB=-0.0457885;REVB=0.0200466;RO=2;SAF=46;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201612;STB=0.510636;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00174924;OID=.;OPOS=20975069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:45:46:2:0:45:46:2:0 chr16 20975303 . A G 2274.77 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030282;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.681;QD=63.63;RBI=0.0302821;REFB=0;REVB=6.72334e-05;RO=0;SAF=72;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54147e-05;OID=.;OPOS=20975303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:70:72:0:0:71:72:0:0 chr16 20975522 . A G 327.39 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501672;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.933;QD=54.5655;RBI=0.00556343;REFB=0;REVB=0.00240504;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72402e-05;OID=.;OPOS=20975522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chr16 20976360 . T G 1555.1 PASS AF=0.955752;AO=105;DP=111;FAO=108;FDP=113;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.000206195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5636;QD=55.0477;RBI=0.00254015;REFB=-0.111252;REVB=-0.00253176;RO=5;SAF=53;SAR=52;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025442;STB=0.513272;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00237497;OID=.;OPOS=20976360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:111:113:5:5:105:108:0.955752:52:53:4:1:54:54:4:1 chr16 20981162 . T C 3503.73 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259086;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.104;QD=62.8471;RBI=0.0111737;REFB=0;REVB=0.0108692;RO=0;SAF=115;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38088e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6133e-05;OID=.;OPOS=20981162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:223:0:0:224:223:1:109:115:0:0:108:115:0:0 chr16 21008690 . T C 2922.81 PASS AF=0.964467;AO=189;DP=197;FAO=190;FDP=197;FR=.;FRO=7;FSAF=77;FSAR=113;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0192831;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.706;QD=59.3464;RBI=0.0197379;REFB=-0.0849915;REVB=-0.00421293;RO=2;SAF=77;SAR=112;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019111;STB=0.509706;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000242852;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:197:197:2:7:189:190:0.964467:112:77:1:1:113:77:1:6 chr16 21045369 . A G 1098.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9584;QD=60.1996;RBI=0.0743111;REFB=0;REVB=-0.0584681;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1197e-05;OID=.;OPOS=21045369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr16 21078693 . T G 1695.23 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.773;QD=60.5438;RBI=0.0464361;REFB=0;REVB=0.0462611;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59859e-05;OID=.;OPOS=21078693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:62:50:0:0:62:50:0:0 chr16 21132298 . T C 2336.85 PASS AF=1;AO=152;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000931178;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.682;QD=61.094;RBI=0.0104485;REFB=0;REVB=-0.0104069;RO=0;SAF=67;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63991e-05;OID=.;OPOS=21132298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:152:153:1:85:67:0:0:85:68:0:0 chr16 21132338 . T C 260.36 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00227222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.757;QD=12.11;RBI=0.00229227;REFB=-0.00730155;REVB=-0.000302532;RO=54;SAF=11;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164928;STB=0.601321;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00839611;OID=.;OPOS=21132338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:55:31:31:0.360465:20:11:27:27:20:11:28:27 chr16 21132749 . A C 871.3 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317468;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.277;QD=58.0867;RBI=0.0328187;REFB=0;REVB=0.00831925;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92635e-05;OID=.;OPOS=21132749;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr16 21145648 . C T 1162.68 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3957;QD=60.3988;RBI=0.0156549;REFB=0;REVB=0.0122603;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045675;OID=.;OPOS=21145648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:45:29:0:0:47:30:0:0 chr16 21145657 . G A 230.53 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0120876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0575;QD=12.1332;RBI=0.0422932;REFB=-0.0122732;REVB=0.0405291;RO=47;SAF=8;SAR=20;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169749;STB=0.606614;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0426718;OID=.;OPOS=21145657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:20:8:20:27:20:8:21:27 chr16 21151913 . G T 607.46 PASS AF=0.425;AO=64;DP=156;FAO=68;FDP=160;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.00386389;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.606;QD=15.1865;RBI=0.0219909;REFB=-0.00755316;REVB=-0.0216487;RO=92;SAF=28;SAR=36;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773653;STB=0.531678;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0121189;OID=.;OPOS=21151913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:160:92:92:64:68:0.425:36:28:47:45:37:31:47:45 chr16 21151980 . T C 856.36 PASS AF=0.53125;AO=85;DP=160;FAO=85;FDP=160;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.00250108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.304;QD=21.409;RBI=0.00474575;REFB=-0.00885436;REVB=0.0040332;RO=75;SAF=42;SAR=43;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012089;STB=0.506618;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00883416;OID=.;OPOS=21151980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:75:75:85:85:0.53125:43:42:36:39:43:42:36:39 chr16 21190853 . A C 1345.07 PASS AF=0.932692;AO=95;DP=99;FAO=97;FDP=104;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0230833;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.713;QD=51.7335;RBI=0.0230898;REFB=-0.0704398;REVB=-0.000549276;RO=3;SAF=47;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293045;STB=0.503771;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00285049;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:99:104:3:7:95:97:0.932692:48:47:3:0:50:47:3:4 chr16 21222941 . C A 1746.3 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.735;QD=60.7409;RBI=0.0392322;REFB=0;REVB=0.0216431;RO=0;SAF=68;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02733e-05;OID=.;OPOS=21222941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:45:68:0:0:46:69:0:0 chr16 21272591 . G C 3348.29 PASS AF=1;AO=209;DP=218;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0916744;FXX=0.00904936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9848;QD=61.1561;RBI=0.0964443;REFB=0;REVB=0.029955;RO=0;SAF=96;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247734;OID=.;OPOS=21272591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:218:219:0:0:209:219:1:113:96:0:0:123:96:0:0 chr16 21531133 . C G 102.06 PASS AF=0.142857;AO=21;DP=149;FAO=21;FDP=147;FR=.;FRO=126;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=-0.00296628;FXX=0.0134219;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5689;QD=2.7772;RBI=0.0203098;REFB=-0.00286841;REVB=0.020092;RO=127;SAF=14;SAR=7;SRF=60;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245238;STB=0.66348;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0250517;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:127:126:21:21:0.142857:7:14:60:67:7:14:60:66 chr16 21531154 . G C 157.09 PASS AF=0.171429;AO=29;DP=175;FAO=30;FDP=175;FR=.;FRO=145;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=77;FSRR=68;FWDB=-0.0417026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.728;QD=3.59062;RBI=0.042661;REFB=-0.00723878;REVB=-0.00899175;RO=145;SAF=18;SAR=11;SRF=77;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117087;STB=0.586957;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0428736;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:145:145:29:30:0.171429:11:18:77:68:11:19:77:68 chr16 21531457 . T C 272.88 PASS AF=0.197531;AO=48;DP=244;FAO=48;FDP=243;FR=.;FRO=195;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=108;FSRR=87;FWDB=-0.0123245;FXX=0.00816293;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1115;QD=4.49184;RBI=0.0785861;REFB=-0.00228029;REVB=-0.0776136;RO=196;SAF=30;SAR=18;SRF=108;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981363;STB=0.55908;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00524648;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:196:195:48:48:0.197531:18:30:108:88:18:30:108:87 chr16 21531473 . G A 384.79 PASS AF=0.224638;AO=62;DP=276;FAO=62;FDP=276;FR=.;FRO=214;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=117;FSRR=97;FWDB=-0.037831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.7524;QD=5.57667;RBI=0.0385857;REFB=-0.00145147;REVB=0.00759384;RO=213;SAF=35;SAR=27;SRF=117;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196668;STB=0.51397;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0074547;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:213:214:62:62:0.224638:27:35:117:96:27:35:117:97 chr16 21531494 . T C 2636.89 PASS AF=0.651163;AO=219;DP=339;FAO=224;FDP=344;FR=.;FRO=120;FSAF=128;FSAR=96;FSRF=71;FSRR=49;FWDB=0.0206404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.889;QD=30.6615;RBI=0.0209806;REFB=-0.0334075;REVB=-0.00376278;RO=120;SAF=123;SAR=96;SRF=71;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201519;STB=0.507221;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0173556;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:344:120:120:219:224:0.651163:96:123:71:49:96:128:71:49 chr16 21531609 . C T 1845.2 PASS AF=0.708333;AO=152;DP=217;FAO=153;FDP=216;FR=.;FRO=63;FSAF=71;FSAR=82;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0375219;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.57;QD=34.1704;RBI=0.0375721;REFB=-0.045846;REVB=0.00194162;RO=59;SAF=70;SAR=82;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553734;STB=0.529135;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0240819;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:59:63:152:153:0.708333:82:70:21:38:82:71:23:40 chr16 21531681 . C G 356.03 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0502976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6773;QD=21.9095;RBI=0.050491;REFB=-0.0172837;REVB=0.00441507;RO=27;SAF=20;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865746;STB=0.547918;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0139667;OID=.;OPOS=21531681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:27:29:36:36:0.553846:16:20:12:15:16:20:13:16 chr16 21730449 . C T 429.71 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0172188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.223;QD=14.5663;RBI=0.0230448;REFB=-0.0257464;REVB=-0.0153158;RO=68;SAF=26;SAR=23;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137407;STB=0.572579;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0367801;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:69:49:49:0.415254:23:26:27:41:23:26:28:41 chr16 21742188 . G A 117.76 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.024611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.499;QD=12.3957;RBI=0.0258665;REFB=-0.00663162;REVB=-0.00796111;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225447;STB=0.631404;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.011995;OID=.;OPOS=21742188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:17:7:7:7:17:7 chr16 21747633 . A C 87.19 PASS AF=0.125786;AO=18;DP=159;FAO=20;FDP=159;FR=.;FRO=139;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=0.00766798;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.998;QD=2.19338;RBI=0.023724;REFB=-0.00541765;REVB=-0.0224506;RO=140;SAF=8;SAR=10;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420684;STB=0.578601;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0484095;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:159:159:140:139:18:20:0.125786:10:8:67:73:12:8:68:71 chr16 21747639 . G T 106.87 PASS AF=0.141104;AO=23;DP=163;FAO=23;FDP=163;FR=.;FRO=140;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=68;FSRR=72;FWDB=-0.0013862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1715;QD=2.62251;RBI=0.0596192;REFB=-0.00322534;REVB=-0.0596031;RO=138;SAF=8;SAR=15;SRF=67;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177293;STB=0.620808;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00884003;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:138:140:23:23:0.141104:15:8:67:71:15:8:68:72 chr16 21747662 . G A 114.21 PASS AF=0.146341;AO=24;DP=167;FAO=24;FDP=164;FR=.;FRO=140;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=78;FWDB=-0.0195515;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.426;QD=2.78558;RBI=0.0247524;REFB=-0.00702571;REVB=-0.0151795;RO=136;SAF=9;SAR=15;SRF=63;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114617;STB=0.559886;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0278872;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:164:136:140:24:24:0.146341:15:9:63:73:15:9:62:78 chr16 22111704 . G A 209.55 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0133018;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.73;QD=13.5195;RBI=0.0134991;REFB=0.00214096;REVB=0.00229959;RO=39;SAF=4;SAR=21;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265014;STB=0.664653;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00235022;OID=.;OPOS=22111704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:39:37:25:25:0.403226:21:4:13:26:21:4:13:24 chr16 22137603 . G A 436.88 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0229926;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.619;QD=15.603;RBI=0.0276854;REFB=-0.00451595;REVB=-0.0154215;RO=60;SAF=29;SAR=20;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108061;STB=0.56567;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00693617;OID=.;OPOS=22137603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:60:63:49:49:0.4375:20:29:29:31:20:29:30:33 chr16 22144318 . C T 426.06 PASS AF=0.455446;AO=45;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.121843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4414;QD=16.8737;RBI=0.125141;REFB=-0.00738666;REVB=0.0285422;RO=55;SAF=25;SAR=20;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116936;STB=0.570047;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0126426;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:45:46:0.455446:20:25:24:31:20:26:24:31 chr16 22155629 . A G 1386.29 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0282811;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.45;QD=61.613;RBI=0.0285577;REFB=-0.145912;REVB=-0.00396524;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.506328;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000142842;OID=.;OPOS=22155629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:0:1:87:89:0.988889:39:48:0:0:39:50:0:1 chr16 22161136 . T C 1661.26 PASS AF=1;AO=86;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.4219;QD=59.8654;RBI=0.16968;REFB=0;REVB=0.0232193;RO=0;SAF=15;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.89571e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782098;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:86:111:1:71:15:0:0:72:39:0:0 chr16 22178256 . G A 1961.36 PASS AF=0.933333;AO=138;DP=150;FAO=140;FDP=150;FR=.;FRO=10;FSAF=79;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00303351;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9866;QD=52.3028;RBI=0.086859;REFB=-0.20282;REVB=0.0868061;RO=11;SAF=78;SAR=60;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668938;STB=0.531215;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00853109;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:150:150:11:10:138:140:0.933333:60:78:1:10:61:79:1:9 chr16 22262514 . C A 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0063433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.261;QD=59.853;RBI=0.0359962;REFB=0;REVB=-0.0354329;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105087;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr16 22269867 . A G 1376.42 PASS AF=0.967742;AO=68;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0261765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.243;QD=59.201;RBI=0.0269183;REFB=-0.088225;REVB=0.00627612;RO=1;SAF=28;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165801;STB=0.50502;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.000383993;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:1:3:68:90:0.967742:40:28:1:0:44:46:2:1 chr16 22357850 . C CAG 1609.38 PASS AF=1;AO=102;DP=117;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178123;FXX=0.0613981;HRUN=0;LEN=2;MLLD=241.423;QD=60.1638;RBI=0.0199344;REFB=0;REVB=0.00894997;RO=10;SAF=46;SAR=56;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253293;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.03748e-05;OID=.;OPOS=22357851;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:102:117:107:107:0:51:56:0:0:9:10:46:56:6:4 chr16 22563785 . G A 36.4 PASS AF=0.0647773;AO=16;DP=243;FAO=16;FDP=247;FR=.;FRO=231;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=116;FSRR=115;FWDB=0.0183016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4374;QD=0.589414;RBI=0.0196071;REFB=0.000192411;REVB=-0.00703479;RO=223;SAF=3;SAR=13;SRF=113;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348103;STB=0.800755;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00385645;OID=.;OPOS=22563785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:243:247:223:231:16:16:0.0647773:13:3:113:110:13:3:116:115 chr16 22826339 . A G 4188.69 PASS AF=1;AO=267;DP=268;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365279;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.067;QD=62.752;RBI=0.00562363;REFB=0;REVB=0.00427578;RO=0;SAF=113;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62098e-05;OID=.;OPOS=22826339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:268:267:0:0:267:267:1:154:113:0:0:154:113:0:0 chr16 23072833 . C T 473.21 PASS AF=0.380282;AO=54;DP=141;FAO=54;FDP=142;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0226655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.575;QD=13.3299;RBI=0.0226762;REFB=-0.00192389;REVB=-0.000698415;RO=85;SAF=27;SAR=27;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444962;STB=0.521119;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00415596;OID=.;OPOS=23072833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:85:88:54:54:0.380282:27:27:39:46:27:27:41:47 chr16 23073531 . C G 528.11 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00844195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0572;QD=24.8522;RBI=0.0457686;REFB=0.0186602;REVB=0.0449833;RO=35;SAF=25;SAR=24;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403865;STB=0.516076;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0145584;OID=.;OPOS=23073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:36:49:49:0.576471:24:25:16:19:24:25:17:19 chr16 23098422 . A G 1306.58 PASS AF=0.454545;AO=134;DP=297;FAO=135;FDP=297;FR=.;FRO=162;FSAF=43;FSAR=92;FSRF=54;FSRR=108;FWDB=0.00293568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4658;QD=17.5971;RBI=0.0479543;REFB=0.00218473;REVB=-0.0478643;RO=158;SAF=42;SAR=92;SRF=53;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02476;STB=0.509243;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00325226;OID=.;OPOS=23098422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:158:162:134:135:0.454545:92:42:53:105:92:43:54:108 chr16 23200761 . T C 381.01 PASS AF=0.421569;AO=42;DP=101;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00583723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.806;QD=14.9414;RBI=0.0199028;REFB=-0.00889821;REVB=-0.0190276;RO=58;SAF=22;SAR=20;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245166;STB=0.525102;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0179606;OID=.;OPOS=23200761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:58:59:42:43:0.421569:20:22:29:29:20:23:29:30 chr16 23200848 . T C 1092.9 PASS AF=0.511628;AO=109;DP=214;FAO=110;FDP=215;FR=.;FRO=105;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.0510732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0161;QD=20.3331;RBI=0.0693801;REFB=-0.0120555;REVB=-0.0469587;RO=101;SAF=57;SAR=52;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103202;STB=0.501696;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.01466;OID=.;OPOS=23200848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:101:105:109:110:0.511628:52:57:54:47:52:58:55:50 chr16 23360199 . T C 206.73 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0515058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.169;QD=17.9765;RBI=0.0519203;REFB=-0.0170102;REVB=0.00654735;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401324;STB=0.533445;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.016942;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:25:20:21:0.456522:8:12:14:11:8:13:14:11 chr16 23477997 . CCA C 280.99 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=86;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=1.61194e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=288.749;QD=12.919;RBI=0.00928929;REFB=-0.0143687;REVB=-0.00928928;RO=44;SAF=19;SAR=22;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201437;STB=0.609468;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=0.018707;OID=.;OPOS=23477998;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:41:86:42:87:45:19:23:30:15:99:44:19:22:30:14 chr16 23489711 . C G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0275745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.639;QD=15.9154;RBI=0.0336959;REFB=-0.00308449;REVB=-0.0193664;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857841;STB=0.548353;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00293412;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:14:14:14:20:14:14:14:20 chr16 23490353 . T G 116.37 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00912098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.548;QD=23.2748;RBI=0.017896;REFB=-0.0427301;REVB=0.0153973;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871479;STB=0.549903;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00516556;OID=.;OPOS=23490353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:20:20:7:7:10:10:0.5:6:4:2:5:6:4:2:5 chr16 23536684 . T C 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0139705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.538;QD=21.065;RBI=0.0192207;REFB=-0.0232837;REVB=-0.0132009;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172364;STB=0.58816;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0211362;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:16:8:12:11:16:8:12:12 chr16 23546561 . G C 426.9 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0232565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8183;QD=21.8923;RBI=0.0274442;REFB=-0.0233314;REVB=-0.0145712;RO=36;SAF=22;SAR=20;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266553;STB=0.514699;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0167227;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:20:22:20:16:20:22:20:16 chr16 23563501 . C T 2109.12 PASS AF=0.426168;AO=228;DP=535;FAO=228;FDP=535;FR=.;FRO=307;FSAF=118;FSAR=110;FSRF=147;FSRR=160;FWDB=-0.00471541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.933;QD=15.7691;RBI=0.00513643;REFB=-0.0151859;REVB=0.00203663;RO=303;SAF=118;SAR=110;SRF=146;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367114;STB=0.522208;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0232014;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:535:535:303:307:228:228:0.426168:110:118:146:157:110:118:147:160 chr16 23582153 . G A 332.85 PASS AF=0.5;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0277873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2884;QD=19.0201;RBI=0.0278361;REFB=0.00224162;REVB=-0.00164831;RO=34;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903167;STB=0.558106;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00332118;OID=.;OPOS=23582153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:35:35:35:0.5:14:21:17:17:14:21:17:18 chr16 23585061 . T C 1505.96 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00163636;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.048;QD=62.1013;RBI=0.00602465;REFB=-0.0283109;REVB=0.00579817;RO=1;SAF=38;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123146;STB=0.506492;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000127607;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:1:1:95:96:0.989691:57:38:1:0:58:38:1:0 chr16 23607503 . AG AC,GC 1209.95 PASS AF=0.391892,0;AO=139,14;DP=345;FAO=145,0;FDP=370;FR=.;FRO=225;FSAF=74,0;FSAR=71,0;FSRF=86;FSRR=139;FWDB=0.0226209,-0.0363307;FXX=0.00269535;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=50.559,37.6021;QD=13.0805;RBI=0.0545122,0.182787;REFB=0.0105076,0.00208252;REVB=0.0495971,-0.17914;RO=176;SAF=75,0;SAR=64,14;SRF=85;SRR=91;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0571159,-0.572591;STB=0.577685,0.5;STBP=0.02,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0139294,0;OID=.,.;OPOS=23607504,23607503;OREF=G,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:370:176:225:139,14:145,0:0.391892,0:64,14:75,0:85:91:71,0:74,0:86:139 chr16 23646191 . T C 584.49 PASS AF=0.430556;AO=61;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0171301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9912;QD=16.2358;RBI=0.0257633;REFB=-0.0130783;REVB=0.0192433;RO=79;SAF=40;SAR=21;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15747;STB=0.571941;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.012675;OID=.;OPOS=23646191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:79:82:61:62:0.430556:21:40:40:39:22:40:43:39 chr16 23677006 . A G 723.78 PASS AF=0.490323;AO=73;DP=153;FAO=76;FDP=155;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00718218;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.983;QD=18.6782;RBI=0.0141815;REFB=-0.00271615;REVB=0.0122282;RO=80;SAF=35;SAR=38;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194355;STB=0.516651;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00290063;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:80:79:73:76:0.490323:38:35:40:40:40:36:40:39 chr16 23701538 . A G 289.96 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0368885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.945;QD=16.5692;RBI=0.0369423;REFB=-0.0198164;REVB=0.00199312;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020758;STB=0.511662;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0201078;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:15:17:21:17:15:17:21:17 chr16 23711925 . C G 715.07 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=152;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00414601;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.394;QD=18.9421;RBI=0.0060055;REFB=-0.0125794;REVB=-0.00434472;RO=77;SAF=36;SAR=38;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295656;STB=0.522949;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0109895;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:77:77:74:74:0.490066:38:36:35:42:38:36:34:43 chr16 23767447 . T C 441.12 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.023367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.889;QD=13.2666;RBI=0.0235841;REFB=-0.0209633;REVB=0.00319281;RO=81;SAF=32;SAR=19;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946815;STB=0.550517;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0374089;OID=.;OPOS=23767447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:81:82:51:51:0.383459:19:32:44:37:19:32:45:37 chr16 24564879 . GTA G,GTATA 79.62 PASS AF=0.416667,0.0833333;AO=5,3;DP=22;FAO=10,2;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2,0;FSAR=8,2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0360077,-0.0272823;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=174.809,61.1213;QD=13.2694;RBI=0.0369811,0.052682;REFB=-0.0917266,-0.0597544;REVB=0.00842879,-0.0450674;RO=10;SAF=1,0;SAR=4,3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.347085,-0.649379;STB=0.695219,0.994326;STBP=0.117,0.18;TYPE=del,ins;VARB=0.10193,0.291445;OID=.,.;OPOS=24564880,24564880;OREF=TA,-;OALT=-,TA;OMAPALT=G,GTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0.0833333:5,3:22:10,2:24:12:2,0:8,2:6:6:74:10:1,0:4,3:5:5 chr16 24788434 . C A 228.87 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0403627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.675;QD=11.7367;RBI=0.0456068;REFB=-0.0310968;REVB=-0.0212328;RO=49;SAF=11;SAR=17;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21795;STB=0.631248;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0378078;OID=.;OPOS=24788434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:50:28:28:0.358974:17:11:29:20:17:11:30:20 chr16 24788645 . T A 299.11 PASS AF=0.37234;AO=28;DP=91;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0192295;FXX=0.0504999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.887;QD=12.7282;RBI=0.0218048;REFB=-0.0250783;REVB=0.0102799;RO=59;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231253;STB=0.541329;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0424266;OID=.;OPOS=24788645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:59:59:28:35:0.37234:18:10:20:39:24:11:22:37 chr16 24801737 . G A 380.25 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00103412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.814;QD=24.9347;RBI=0.0204409;REFB=-0.0106748;REVB=-0.0204147;RO=24;SAF=11;SAR=26;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220582;STB=0.621346;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00727473;OID=.;OPOS=24801737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:26:11:14:10:26:11:14:10 chr16 24802325 . C T 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0115082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.481;QD=20.7371;RBI=0.0147109;REFB=-0.00616007;REVB=0.0091636;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246085;STB=0.638558;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00753943;OID=.;OPOS=24802325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:7:11:5:11:7:11:5:11 chr16 24834233 . C T 400.01 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.019019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.107;QD=15.8418;RBI=0.0365162;REFB=-0.0109951;REVB=0.0311723;RO=56;SAF=22;SAR=22;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504948;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0175005;OID=.;OPOS=24834233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:57:44:44:0.435644:22:22:28:28:22:22:28:29 chr16 24836213 . C A,CA 79.25 PASS AF=0,0.567568;AO=2,11;DP=35;FAO=0,21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=0,3;FSAR=0,18;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0103264,-0.0936015;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=309.778,7.98856;QD=8.56729;RBI=0.0103267,0.165208;REFB=-0.0016142,-0.0124601;REVB=7.81026e-05,0.136134;RO=13;SAF=0,1;SAR=2,10;SRF=1;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.430155,0.0409687;STB=0.5,0.516114;STBP=1,0.9;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0649391;OID=.,.;OPOS=24836213,24836214;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:35:37:13:16:2,11:0,21:0,0.567568:2,10:0,1:1:12:0,18:0,3:2:14 chr16 24902194 . T C 4245.23 PASS AF=0.992806;AO=274;DP=278;FAO=276;FDP=278;FR=.;FRO=2;FSAF=127;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.10438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.182;QD=61.0825;RBI=0.105257;REFB=-0.0584788;REVB=0.0135594;RO=2;SAF=126;SAR=148;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000558334;STB=0.503333;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000125483;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:278:278:2:2:274:276:0.992806:148:126:1:1:149:127:0:2 chr16 25043277 . G A 573.06 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0081304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8491;QD=26.0483;RBI=0.0832825;REFB=-0.0326402;REVB=0.0828847;RO=36;SAF=20;SAR=32;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467322;STB=0.525538;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0246036;OID=.;OPOS=25043277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:32:20:16:20:32:20:16:20 chr16 25137289 . G C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.017;QD=62.9825;RBI=0.0311802;REFB=0;REVB=0.0123822;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04506e-05;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr16 25137385 . G A 413.61 PASS AF=0.294118;AO=55;DP=190;FAO=55;FDP=187;FR=.;FRO=132;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=73;FSRR=59;FWDB=-0.0149461;FXX=0.0157886;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1751;QD=8.84731;RBI=0.0288094;REFB=0.000854918;REVB=-0.0246292;RO=129;SAF=27;SAR=28;SRF=72;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807536;STB=0.543779;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00272444;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:187:129:132:55:55:0.294118:28:27:72:57:28:27:73:59 chr16 25137449 . A T 944.8 PASS AF=0.525714;AO=92;DP=178;FAO=92;FDP=175;FR=.;FRO=83;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0136922;FXX=0.016853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.405;QD=21.5954;RBI=0.0137608;REFB=-0.025201;REVB=-0.00137237;RO=82;SAF=57;SAR=35;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157865;STB=0.583895;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0198595;OID=.;OPOS=25137449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:175:82:83:92:92:0.525714:35:57:36:46:35:57:37:46 chr16 25239805 . G C 371.27 PASS AF=0.365854;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.0465546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1139;QD=12.0737;RBI=0.0899953;REFB=0.00794584;REVB=0.0770183;RO=77;SAF=14;SAR=31;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812698;STB=0.552203;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0114997;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:77:78:45:45:0.365854:31:14:29:48:31:14:30:48 chr16 25255506 . C T 386.75 PASS AF=0.42268;AO=39;DP=95;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=9;FWDB=-0.00333566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.246;QD=15.9484;RBI=0.0110918;REFB=-0.00574257;REVB=0.0105784;RO=56;SAF=20;SAR=19;SRF=47;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35027;STB=0.700963;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00804145;OID=.;OPOS=25255506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:56:56:39:41:0.42268:19:20:47:9:21:20:47:9 chr16 25258035 . A G 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0113242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.803;QD=12.1431;RBI=0.0180993;REFB=-0.0244641;REVB=0.0141191;RO=32;SAF=16;SAR=3;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489076;STB=0.782886;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0209248;OID=.;OPOS=25258035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:3:16:14:18:3:16:15:18 chr16 25263278 . G A 559.65 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.00635841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7208;QD=15.9899;RBI=0.0106171;REFB=-0.00268854;REVB=-0.00850252;RO=80;SAF=35;SAR=25;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217755;STB=0.512191;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00388184;OID=.;OPOS=25263278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:80:60:60:0.428571:25:35:45:35:25:35:45:35 chr16 25268368 . A G 203.64 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.000898153;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.939;QD=23.2735;RBI=0.00673395;REFB=-0.0232473;REVB=0.00667378;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675673;STB=0.580568;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0173412;OID=.;OPOS=25268368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:15:15:20:0.571429:10:5:4:11:11:9:4:11 chr16 26148981 . T TTGTTATAAAGCTTAA 468.49 PASS AF=0.25;AO=65;DP=289;FAO=71;FDP=284;FR=.;FRO=213;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=100;FSRR=113;FWDB=-0.0187441;FXX=0.0104526;HRUN=2;LEN=15;MLLD=520.903;QD=6.59849;RBI=0.0212092;REFB=-0.00514265;REVB=-0.00992411;RO=218;SAF=23;SAR=42;SRF=104;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161099;STB=0.55752;STBP=0.262;TYPE=ins;VARB=0.0147184;OID=.;OPOS=26148982;OREF=-;OALT=TGTTATAAAGCTTAA;OMAPALT=TTGTTATAAAGCTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:65:289:71:284:213:28:43:100:113:99:218:23:42:104:114 chr16 27226106 . G A 462.55 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0215127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.206;QD=19.0743;RBI=0.0281968;REFB=-0.00794218;REVB=-0.0182281;RO=51;SAF=20;SAR=26;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712979;STB=0.539694;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00834283;OID=.;OPOS=27226106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:26:20:26:25:26:20:26:25 chr16 27238110 . C T 911.21 PASS AF=0.464646;AO=92;DP=198;FAO=92;FDP=198;FR=.;FRO=106;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=0.00173397;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.005;QD=18.4083;RBI=0.0100257;REFB=-0.00523475;REVB=0.00987457;RO=104;SAF=47;SAR=45;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172695;STB=0.514396;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00597515;OID=.;OPOS=27238110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:104:106:92:92:0.464646:45:47:55:49:45:47:57:49 chr16 27246617 . T C 417.92 PASS AF=0.552632;AO=41;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00879839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4745;QD=21.9959;RBI=0.0109247;REFB=-0.00611473;REVB=-0.00647591;RO=34;SAF=20;SAR=21;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824792;STB=0.549976;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00424082;OID=.;OPOS=27246617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:41:42:0.552632:21:20:20:14:22:20:20:14 chr16 27371158 . C T 237.78 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0208342;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8984;QD=11.3226;RBI=0.0323245;REFB=0.00148991;REVB=-0.0247145;RO=55;SAF=16;SAR=13;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483676;STB=0.528033;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.00327528;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:55:55:29:29:0.345238:13:16:28:27:13:16:28:27 chr16 27373872 . A C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0539527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.595;QD=10.0343;RBI=0.056753;REFB=-0.0196983;REVB=-0.0176069;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.65516;STB=0.887733;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.079999;OID=.;OPOS=27373872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:0:7:1:4:0:7 chr16 27373915 . G T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00839693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.128;QD=18.8207;RBI=0.049219;REFB=-0.0122239;REVB=0.0484975;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972526;STB=0.555466;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0102463;OID=.;OPOS=27373915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:3:7:7:5:3:7 chr16 27373964 . T C 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0117358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.81;QD=21.0081;RBI=0.020701;REFB=0.00285714;REVB=0.017053;RO=25;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671681;STB=0.537288;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0018731;OID=.;OPOS=27373964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:12:18:13:12:12:18:13:12 chr16 27373972 . T C 304.63 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00612905;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5252;QD=19.6534;RBI=0.0157876;REFB=-0.00092687;REVB=0.0145493;RO=32;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854272;STB=0.52994;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.000688248;OID=.;OPOS=27373972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:32:30:32:32:0.516129:13:19:16:16:13:19:16:14 chr16 27374180 . T C 37.81 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00547048;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.689;QD=7.56162;RBI=0.00875565;REFB=-0.000464885;REVB=-0.00683632;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225087;STB=0.666111;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00100557;OID=.;OPOS=27374180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:15:14:6:6:0.3:2:4:7:8:2:4:6:8 chr16 27374400 . A G 605.2 PASS AF=0.535088;AO=60;DP=113;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00702963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.484;QD=21.235;RBI=0.00712244;REFB=-0.00892138;REVB=0.00114605;RO=53;SAF=31;SAR=29;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383673;STB=0.524582;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00751869;OID=.;OPOS=27374400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:53:53:60:61:0.535088:29:31:25:28:29:32:25:28 chr16 27772901 . G A 1250.89 PASS AF=0.901961;AO=92;DP=105;FAO=92;FDP=102;FR=.;FRO=10;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0434106;FXX=0.0285687;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.317;QD=49.0546;RBI=0.0454732;REFB=-0.0874443;REVB=-0.01354;RO=8;SAF=42;SAR=50;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633776;STB=0.533724;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000925991;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:105:102:8:10:92:92:0.901961:50:42:7:1:50:42:8:2 chr16 28123226 . G A 1280.0 PASS AF=0.442308;AO=138;DP=312;FAO=138;FDP=312;FR=.;FRO=174;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=76;FSRR=98;FWDB=-0.000799933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.467;QD=16.4103;RBI=0.0210046;REFB=0.00111207;REVB=0.0209893;RO=173;SAF=68;SAR=70;SRF=75;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595495;STB=0.531246;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00149667;OID=.;OPOS=28123226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:312:173:174:138:138:0.442308:70:68:75:98:70:68:76:98 chr16 28354090 . C G 120.04 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0686345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.884;QD=6.76267;RBI=0.0715485;REFB=-0.0199419;REVB=-0.0202111;RO=49;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194268;STB=0.507928;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0845122;OID=.;OPOS=28354090;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:49:53:18:18:0.253521:8:10:28:21:8:10:30:23 chr16 28508245 . C G 481.68 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0207688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.454;QD=28.7568;RBI=0.102928;REFB=-0.0298697;REVB=-0.100811;RO=23;SAF=18;SAR=26;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159114;STB=0.58607;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00827947;OID=.;OPOS=28508245;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:26:18:4:19:26:18:4:19 chr16 28508447 . A G 647.54 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=56;FWDB=0.0120763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.061;QD=18.37;RBI=0.0143498;REFB=-0.033959;REVB=-0.00775115;RO=75;SAF=23;SAR=43;SRF=19;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104455;STB=0.557662;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0335873;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:75:66:66:0.468085:43:23:19:56:43:23:19:56 chr16 28508716 . T C 961.55 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393772;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.685;QD=59.1725;RBI=0.0434574;REFB=0;REVB=0.0183843;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85304e-05;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr16 28602991 . A G 579.37 PASS AF=0.513043;AO=60;DP=116;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.041332;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.544;QD=20.152;RBI=0.0443394;REFB=-0.0227572;REVB=-0.0160516;RO=56;SAF=31;SAR=29;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108322;STB=0.572871;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0219805;OID=.;OPOS=28602991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:56:56:60:59:0.513043:29:31:22:34:28:31:21:35 chr16 28603393 . T C 921.2 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00557971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6356;QD=56.6895;RBI=0.066838;REFB=0.013031;REVB=-0.0666047;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145314;STB=0.50769;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00122941;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:32:32:1:0:32:32:1:0 chr16 28617485 . C T 2930.39 PASS AF=0.961165;AO=197;DP=205;FAO=198;FDP=206;FR=.;FRO=8;FSAF=90;FSAR=108;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00665046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.914;QD=56.9009;RBI=0.0680698;REFB=-0.0667233;REVB=0.0677442;RO=8;SAF=90;SAR=107;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154927;STB=0.508021;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00170405;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:205:206:8:8:197:198:0.961165:107:90:2:6:108:90:2:6 chr16 28617507 . C T 101.95 PASS AF=0.11588;AO=27;DP=233;FAO=27;FDP=233;FR=.;FRO=206;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=91;FSRR=115;FWDB=-0.0213589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.496;QD=1.75012;RBI=0.0216203;REFB=-0.00468333;REVB=-0.00335196;RO=206;SAF=15;SAR=12;SRF=91;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140805;STB=0.59955;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0406042;OID=.;OPOS=28617507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:206:206:27:27:0.11588:12:15:91:115:12:15:91:115 chr16 28617552 . C G 145.12 PASS AF=0.127273;AO=35;DP=275;FAO=35;FDP=275;FR=.;FRO=240;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=101;FSRR=139;FWDB=-0.0044892;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.858;QD=2.1109;RBI=0.00894283;REFB=-0.00316617;REVB=-0.00773442;RO=235;SAF=20;SAR=15;SRF=100;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183323;STB=0.629142;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0198011;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:235:240:35:35:0.127273:15:20:100:135:15:20:101:139 chr16 28619911 . T C 234.99 PASS AF=0.156051;AO=49;DP=313;FAO=49;FDP=314;FR=.;FRO=265;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=121;FSRR=144;FWDB=-0.0361506;FXX=0.0031745;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.904;QD=2.99344;RBI=0.0451394;REFB=-0.00718145;REVB=-0.0270314;RO=263;SAF=15;SAR=34;SRF=121;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2074;STB=0.633889;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0367725;OID=.;OPOS=28619911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:314:263:265:49:49:0.156051:34:15:121:142:34:15:121:144 chr16 28619920 . A G 255.04 PASS AF=0.164516;AO=51;DP=308;FAO=51;FDP=310;FR=.;FRO=259;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=119;FSRR=140;FWDB=0.000989543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.841;QD=3.29085;RBI=0.0158595;REFB=-0.00430165;REVB=-0.0158286;RO=251;SAF=16;SAR=35;SRF=118;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209699;STB=0.627855;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0294897;OID=.;OPOS=28619920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:310:251:259:51:51:0.164516:35:16:118:133:35:16:119:140 chr16 28620120 . C T 862.92 PASS AF=0.239714;AO=134;DP=559;FAO=134;FDP=559;FR=.;FRO=425;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=177;FSRR=248;FWDB=0.00324757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0401;QD=6.17474;RBI=0.00591868;REFB=-0.00286231;REVB=0.00494813;RO=420;SAF=64;SAR=70;SRF=176;SRR=244;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749585;STB=0.546767;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00745386;OID=.;OPOS=28620120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:559:559:420:425:134:134:0.239714:70:64:176:244:70:64:177:248 chr16 28621311 . T C 4322.12 PASS AF=0.762222;AO=320;DP=455;FAO=343;FDP=450;FR=.;FRO=107;FSAF=170;FSAR=173;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=0.0236479;FXX=0.0486248;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.319;QD=38.4188;RBI=0.0268624;REFB=-0.042742;REVB=0.0127421;RO=102;SAF=148;SAR=172;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018758;STB=0.517855;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0116222;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:455:450:102:107:320:343:0.762222:172:148:43:59:173:170:45:62 chr16 28649787 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0122508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.803;QD=16.1991;RBI=0.0453213;REFB=-0.0248805;REVB=-0.0436341;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0230929;OID=.;OPOS=28649787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:3:0:2:3:3:0 chr16 28842311 . A G 1426.04 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.523;QD=62.683;RBI=0.0196446;REFB=0;REVB=0.0184985;RO=0;SAF=24;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73968e-06;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:66:24:0:0:67:24:0:0 chr16 28848508 . A G 1055.14 PASS AF=0.462185;AO=105;DP=235;FAO=110;FDP=238;FR=.;FRO=128;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=71;FSRR=57;FWDB=-0.00111325;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.286;QD=17.7334;RBI=0.0147432;REFB=-0.00242796;REVB=0.0147011;RO=127;SAF=43;SAR=62;SRF=71;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148143;STB=0.583741;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00136439;OID=.;OPOS=28848508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:238:127:128:105:110:0.462185:62:43:71:56:66:44:71:57 chr16 28848529 . TAAAAAAAAT ATAAAAAAAT,TAAAAAAAT,TAAAAAAATA 167.67 PASS AF=0,0.530435,0;AO=8,36,7;DP=116;FAO=0,61,0;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=0,20,0;FSAR=0,41,0;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.0383574,0.00135983,-0.109404;FXX=0.0254216;HRUN=1,8,8;LEN=2,1,2;MLLD=10.8632,6.82378,12.2993;QD=5.83201;RBI=0.0646574,0.0711046,0.137049;REFB=-0.0827274,-0.160841,-0.106542;REVB=0.0520508,0.0710916,-0.0825426;RO=48;SAF=6,7,2;SAR=2,29,5;SRF=14;SRR=34;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.514562,-0.140497,-0.0085881;STB=0.5,0.527174,0.5;STBP=1,0.582,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=-0.0609742,0.153542,-0.0690484;OID=.,.,.;OPOS=28848529,28848530,28848537;OREF=TA,A,AT;OALT=AT,-,TA;OMAPALT=ATAAAAAAAT,TAAAAAAAT,TAAAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:116:115:48:54:8,36,7:0,61,0:0,0.530435,0:2,29,5:6,7,2:14:34:0,41,0:0,20,0:15:39 chr16 28909622 . G A 502.87 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=1.34468e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.242;QD=18.6248;RBI=0.0137053;REFB=-0.00979151;REVB=-0.0137053;RO=53;SAF=21;SAR=32;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700775;STB=0.540021;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0101048;OID=.;OPOS=28909622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:53:55:53:53:0.490741:32:21:25:28:32:21:26:29 chr16 28913710 . G T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0828984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.774;QD=17.8009;RBI=0.0829765;REFB=-0.00860665;REVB=0.00359896;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229436;STB=0.639878;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0104423;OID=.;OPOS=28913710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:19:20:0.454545:12:7:4:20:12:8:4:20 chr16 28915527 . G A 1752.43 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.529;QD=59.912;RBI=0.0288812;REFB=-0.0878156;REVB=0.0269016;RO=1;SAF=44;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106699;STB=0.505617;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=1.70844e-05;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:1:1:115:116:0.991453:71:44:1:0:72:44:1:0 chr16 28917404 . C G 1043.99 PASS AF=0.523077;AO=100;DP=193;FAO=102;FDP=195;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.00419219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3856;QD=21.4152;RBI=0.0192066;REFB=-0.0190626;REVB=0.0187435;RO=91;SAF=41;SAR=59;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843926;STB=0.535318;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0183831;OID=.;OPOS=28917404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:91:93:100:102:0.523077:59:41:46:45:59:43:46:47 chr16 28944396 . C G 1250.73 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508917;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3616;QD=61.7643;RBI=0.0532815;REFB=0;REVB=0.0530379;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607315;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr16 28993369 . C T 310.97 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0151042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4331;QD=13.9761;RBI=0.0159211;REFB=-0.0241929;REVB=0.00503443;RO=54;SAF=14;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885132;STB=0.55043;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0370841;OID=.;OPOS=28993369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:21:14:26:28:21:14:26:28 chr16 28995757 . C A 1463.23 PASS AF=0.945455;AO=103;DP=110;FAO=104;FDP=110;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00437786;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.313;QD=53.2085;RBI=0.0153525;REFB=-0.210101;REVB=-0.0147151;RO=4;SAF=53;SAR=50;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167068;STB=0.517178;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00230032;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:110:110:4:6:103:104:0.945455:50:53:3:1:50:54:5:1 chr16 29057392 . A G 706.86 PASS AF=0.471698;AO=75;DP=159;FAO=75;FDP=159;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.0137728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.961;QD=17.7826;RBI=0.0142732;REFB=0.00807942;REVB=-0.00374618;RO=84;SAF=40;SAR=35;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137085;STB=0.507587;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00852636;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:84:84:75:75:0.471698:35:40:46:38:35:40:46:38 chr16 29097556 . C CAT 38.89 PASS AF=0.12963;AO=6;DP=55;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0240511;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=91.4525;QD=2.88104;RBI=0.024475;REFB=0.0106778;REVB=-0.00453561;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968006;STB=0.642098;STBP=0.466;TYPE=ins;VARB=-0.0874679;OID=.;OPOS=29097557;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12963:6:55:7:54:47:4:3:19:28:38:48:3:3:20:28 chr16 29124421 . T C 2373.05 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114117;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.183;QD=64.1365;RBI=0.0115483;REFB=0;REVB=0.00177081;RO=0;SAF=66;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64918e-05;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:148:148:1:82:66:0:0:82:66:0:0 chr16 29580611 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9784;QD=56.191;RBI=0.0554755;REFB=0;REVB=0.0255015;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000489594;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr16 29679989 . A G 1312.09 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00345073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.373;QD=59.6406;RBI=0.0312695;REFB=-0.066594;REVB=0.0310785;RO=2;SAF=55;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00650075;STB=0.503432;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.000409859;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:31:55:1:1:31:55:1:1 chr16 29680256 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.627;QD=33.4282;RBI=0.00968034;REFB=0;REVB=0.00968034;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166044;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr16 29680524 . CTTTT CTTTC,CT,CTT 692.55 PASS AF=0.304348,0.467391,0.228261;AO=5,13,28;DP=98;FAO=28,43,21;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=0,40,21;FSAR=28,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822025,-0.0252042,-0.0509851;FXX=0.123798;HRUN=14,14,14;LEN=1,3,2;MLLD=180.073,12.6795,6.61024;QD=30.111;RBI=0.0486596,0.0763526,0.180684;REFB=0,0,0;REVB=-0.0479603,-0.0720727,-0.173341;RO=2;SAF=0,13,28;SAR=5,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.78221,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0172191,0.107193,-0.140426;OID=.,.,.;OPOS=29680528,29680525,29680525;OREF=T,TTT,TT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTC,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.304348,0.467391,0.228261:5,13,28:98:28,43,21:92:0:0,40,21:28,3,0:0:0:99:2:0,13,28:5,0,0:2:0 chr16 29708350 . A G 1572.89 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4386;QD=59.9195;RBI=0.0169871;REFB=0;REVB=-0.0081489;RO=0;SAF=36;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0442e-05;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:69:36:0:0:69:36:0:0 chr16 29790864 . G A 2264.19 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=146;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0253501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3312;QD=62.0326;RBI=0.0955671;REFB=-0.0770628;REVB=0.0921436;RO=2;SAF=62;SAR=82;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114564;STB=0.506023;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00148082;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:146:2:2:144:144:0.986301:82:62:0:2:82:62:0:2 chr16 29791561 . T G 2284.79 PASS AF=0.987013;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.039888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5472;QD=59.3451;RBI=0.0402169;REFB=-0.195487;REVB=0.00513295;RO=2;SAF=73;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000412095;STB=0.500171;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00250129;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:153:154:2:2:151:152:0.987013:78:73:1:1:78:74:1:1 chr16 29791721 . G C 670.27 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.334;QD=62.3503;RBI=0.0673499;REFB=0;REVB=-0.059122;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032325;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:20:21:0:0:21:22:0:0 chr16 29811319 . C T 536.68 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0401;QD=59.6312;RBI=0.0638822;REFB=0;REVB=0.0547509;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724547;OID=.;OPOS=29811319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:9:26:0:0:9:27:0:0 chr16 29814234 . G A 2127.85 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220076;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.217;QD=62.1269;RBI=0.0362125;REFB=-0.0415361;REVB=0.0287579;RO=1;SAF=47;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100065;STB=0.505262;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=6.19218e-05;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:89:47:1:0:89:47:1:0 chr16 29821004 . CTGGGGGG CTGGGGGC,CTGGGG,CTGGGGG,GCTGGGGG 109.96 PASS AF=0.0819672,0.0163934,0.377049,0;AO=5,7,15,5;DP=65;FAO=5,1,23,0;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=5,0,8,0;FSAR=0,1,15,0;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=-0.0237981,-0.0439606,-0.0839784,-0.00417881;FXX=0.061529;HRUN=8,8,8,1;LEN=1,2,1,3;MLLD=197.483,13.3104,7.00783,143.519;QD=7.21021;RBI=0.03737,0.0461649,0.0895403,0.0755553;REFB=-0.0106475,-0.0659507,-0.127327,-0.0157199;REVB=-0.0288127,-0.0140947,-0.0310659,-0.0754397;RO=23;SAF=5,3,5,0;SAR=0,4,10,5;SRF=4;SRR=19;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.7915,0.341664,0.204034,-0.587378;STB=0.998919,0.983513,0.632669,0.5;STBP=0,0.546,0.162,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.0731283,0.111494,-0.0905063,0;OID=.,.,.,.;OPOS=29821011,29821006,29821006,29821004;OREF=G,GG,G,CTG;OALT=C,-,-,GCT;OMAPALT=CTGGGGGC,CTGGGG,CTGGGGG,GCTGGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:59:65:61:23:32:5,7,15,5:5,1,23,0:0.0819672,0.0163934,0.377049,0:0,4,10,5:5,3,5,0:4:19:0,1,15,0:5,0,8,0:5:27 chr16 29821744 . G A 2124.54 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.028;QD=62.0304;RBI=0.0141167;REFB=-0.0340762;REVB=4.46821e-05;RO=1;SAF=62;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063812;STB=0.503355;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=1.49797e-05;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:74:62:0:1:74:62:0:1 chr16 29824787 . C G 214.69 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=0.0466004;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1829;QD=20.4466;RBI=0.0466612;REFB=0.00555078;REVB=0.00238057;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338776;STB=0.69277;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00446609;OID=.;OPOS=29824787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:13:8:1:19:13:8:1:20 chr16 29825126 . T C 2015.83 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00531119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9431;QD=60.6265;RBI=0.0208586;REFB=-0.0633727;REVB=-0.0201711;RO=2;SAF=44;SAR=87;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00524678;STB=0.502761;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00181412;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:2:2:131:131:0.984962:87:44:1:1:87:44:1:1 chr16 29826538 . T C 647.93 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.029443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.381;QD=57.594;RBI=0.0376057;REFB=-0.00247395;REVB=0.0233943;RO=2;SAF=28;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323695;STB=0.517233;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=3.86531e-05;OID=.;OPOS=29826538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:15:28:2:0:15:28:2:0 chr16 29882490 . C T 344.0 PASS AF=0.469136;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.039342;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2504;QD=16.9875;RBI=0.0480541;REFB=-0.0165768;REVB=-0.0275936;RO=43;SAF=12;SAR=25;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098901;STB=0.560312;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0232342;OID=.;OPOS=29882490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:43:43:37:38:0.469136:25:12:18:25:26:12:18:25 chr16 29899123 . G T 1255.34 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0222645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0827;QD=59.0749;RBI=0.0304102;REFB=-0.0270776;REVB=0.0207141;RO=2;SAF=44;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134667;STB=0.500711;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00221683;OID=.;OPOS=29899123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:39:44:1:1:39:44:1:1 chr16 29908433 . C G 3167.19 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2248;QD=61.4988;RBI=0.00748616;REFB=0;REVB=0.00692975;RO=0;SAF=67;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90409e-06;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:205:206:0:0:205:206:1:138:67:0:0:138:68:0:0 chr16 29918034 . T C,G 575.52 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=34,4;DP=38;FAO=38,1;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163549,-0.0272584;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.26,86.5864;QD=59.0276;RBI=0.124271,0.030549;REFB=0,0;REVB=0.12319,0.013792;RO=0;SAF=31,4;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=5.65255e-05,0.188019;OID=.,.;OPOS=29918034,29918034;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:38:39:0:0:34,4:38,1:0.974359,0.025641:3,0:31,4:0:0:3,0:35,1:0:0 chr16 29994922 . C T 854.93 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.614;QD=56.0611;RBI=0.0225697;REFB=-0.0532109;REVB=0.0172649;RO=1;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122592;STB=0.506491;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000165298;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:38:22:0:1:38:22:0:1 chr16 29998200 . A G 2492.87 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.667;QD=61.5524;RBI=0.0305849;REFB=0;REVB=-0.0304249;RO=0;SAF=53;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44959e-05;OID=.;OPOS=29998200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:109:53:0:0:109:53:0:0 chr16 30004876 . T G,TG 70.04 PASS AF=0,0.191489;AO=10,17;DP=94;FAO=0,18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=0,16;FSAR=0,2;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0361278,-0.0512217;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=152.424,53.3726;QD=2.98043;RBI=0.0370072,0.0671453;REFB=-0.000966398,-0.0131212;REVB=-0.00801958,-0.0434146;RO=66;SAF=9,15;SAR=1,2;SRF=34;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.508874,0.520253;STB=0.5,0.831943;STBP=1,0.003;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.195269;OID=.,.;OPOS=30004876,30004877;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:94:94:66:76:10,17:0,18:0,0.191489:1,2:9,15:34:32:0,2:0,16:42:34 chr16 30006914 . T C 868.15 PASS AF=0.46114;AO=89;DP=193;FAO=89;FDP=193;FR=.;FRO=104;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=35;FSRR=69;FWDB=-0.0325296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3603;QD=17.9927;RBI=0.0684066;REFB=-0.00794694;REVB=-0.0601771;RO=103;SAF=31;SAR=58;SRF=35;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091112;STB=0.507017;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00902712;OID=.;OPOS=30006914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:103:104:89:89:0.46114:58:31:35:68:58:31:35:69 chr16 30018500 . C T 946.66 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0637611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1971;QD=55.6861;RBI=0.0681537;REFB=0.0326619;REVB=0.0240719;RO=2;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024218;STB=0.512817;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00105748;OID=.;OPOS=30018500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:38:28:0:2:38:28:0:2 chr16 30021402 . C T 2695.9 PASS AF=0.93299;AO=181;DP=194;FAO=181;FDP=194;FR=.;FRO=13;FSAF=78;FSAR=103;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0140566;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.694;QD=55.5856;RBI=0.0368343;REFB=-0.0240682;REVB=0.0340467;RO=5;SAF=78;SAR=103;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00161351;STB=0.519027;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000240215;OID=.;OPOS=30021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:194:194:5:13:181:181:0.93299:103:78:2:3:103:78:2:11 chr16 30037128 . A C 1026.99 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.014;QD=59.5354;RBI=0.0487447;REFB=0;REVB=0.0198389;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105351;OID=.;OPOS=30037128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:69:0:0:64:69:1:40:24:0:0:40:29:0:0 chr16 30081367 . G T 593.59 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0175677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.706;QD=19.3038;RBI=0.0183927;REFB=-0.0206383;REVB=-0.00544671;RO=62;SAF=29;SAR=32;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365991;STB=0.520208;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0201588;OID=.;OPOS=30081367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:62:61:61:0.495935:32:29:27:35:32:29:27:35 chr16 30097630 . C T 153.34 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00556565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.349;QD=13.9399;RBI=0.00798681;REFB=-0.00529702;REVB=-0.00572824;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293769;STB=0.526432;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0123365;OID=.;OPOS=30097630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:10:7:10:16:10:7:10:17 chr16 30097847 . ACTGG ACTG,TGCGT 698.29 PASS AF=0.948276,0.0517241;AO=36,6;DP=106;FAO=110,6;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=77,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.986303,0.0615431;FXX=0.0169477;HRUN=5,1;LEN=1,5;MLLD=8.04059,178.9;QD=24.0791;RBI=0.988393,0.118722;REFB=0.0691787,0.109748;REVB=-0.0642316,-0.101525;RO=35;SAF=0,0;SAR=36,6;SRF=29;SRR=6;SSEN=0.416667,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.882968,-0.794263;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0084948,0.275498;OID=.,.;OPOS=30097850,30097847;OREF=G,ACTGG;OALT=-,TGCGT;OMAPALT=ACTG,TGCGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:106:116:35:0:36,6:110,6:0.948276,0.0517241:36,6:0,0:29:6:77,6:33,0:0:0 chr16 30119525 . C A 1970.93 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000945346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.673;QD=62.0765;RBI=0.000962162;REFB=0;REVB=0.000179099;RO=0;SAF=65;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.17212e-07;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:62:65:0:0:62:65:0:0 chr16 30198151 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.58;QD=53.9112;RBI=0.0199895;REFB=0;REVB=-0.0199533;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.20948e-05;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr16 30199579 . C T 340.1 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0840236;FXX=0.0119033;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.2851;QD=16.3902;RBI=0.114937;REFB=-0.0505868;REVB=0.0784251;RO=45;SAF=24;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224335;STB=0.631923;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0648901;OID=.;OPOS=30199579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:45:46:37:37:0.445783:13:24:19:26:13:24:19:27 chr16 30199584 . G A 394.26 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.020891;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7361;QD=19.2322;RBI=0.0209476;REFB=-0.00633485;REVB=-0.00153781;RO=41;SAF=16;SAR=24;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169093;STB=0.59995;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00486506;OID=.;OPOS=30199584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:42:40:40:0.487805:24:16:24:17:24:16:25:17 chr16 30393660 . G A 1362.48 PASS AF=0.957447;AO=90;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0121738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.431;QD=57.9777;RBI=0.0123602;REFB=-0.0324431;REVB=-0.00213823;RO=4;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394446;STB=0.520829;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00110393;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:94:4:4:90:90:0.957447:46:44:0:4:46:44:0:4 chr16 30408765 . C T 1501.47 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0268654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5282;QD=61.2845;RBI=0.0283085;REFB=-0.0105334;REVB=-0.0089232;RO=2;SAF=48;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187637;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:48:48:1:1:48:48:1:1 chr16 30455945 . A C 301.1 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00195762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.417;QD=14.1696;RBI=0.0208341;REFB=-0.0193494;REVB=0.0207419;RO=51;SAF=22;SAR=12;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12961;STB=0.573869;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0316668;OID=.;OPOS=30455945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:12:22:27:24:12:22:27:24 chr16 30518041 . G C 591.42 PASS AF=0.484127;AO=60;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0298546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.796;QD=18.7753;RBI=0.0404036;REFB=-0.0127698;REVB=0.0272241;RO=64;SAF=35;SAR=25;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192817;STB=0.596868;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0197233;OID=.;OPOS=30518041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:65:60:61:0.484127:25:35:24:40:26:35:25:40 chr16 30536672 . A G 380.3 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.010898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9348;QD=16.9023;RBI=0.017023;REFB=-0.0206716;REVB=-0.0130773;RO=50;SAF=16;SAR=24;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105977;STB=0.559213;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.03063;OID=.;OPOS=30536672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:24:16:15:35:24:16:15:35 chr16 30666367 . C T 430.55 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0512472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9071;QD=20.0256;RBI=0.0515714;REFB=-0.0193761;REVB=-0.00577361;RO=43;SAF=32;SAR=11;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353882;STB=0.697152;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0414615;OID=.;OPOS=30666367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:11:32:16:27:11:32:16:27 chr16 30724070 . G T 1812.3 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0194236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.323;QD=59.4197;RBI=0.0241715;REFB=-0.0254387;REVB=-0.0143869;RO=0;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00207e-08;STB=0.501404;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00153085;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:122:122:0:2:120:120:0.983607:70:50:0:0:70:50:1:1 chr16 30724867 . T C 437.09 PASS AF=0.457143;AO=47;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00260421;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.073;QD=16.651;RBI=0.00294286;REFB=-0.00617861;REVB=-0.0013706;RO=57;SAF=20;SAR=27;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166811;STB=0.595002;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00846825;OID=.;OPOS=30724867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:47:48:0.457143:27:20:34:23:27:21:35:22 chr16 30732218 . C T 452.91 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0079707;FXX=0.0104156;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.953;QD=19.07;RBI=0.0109788;REFB=-0.0130226;REVB=0.00754994;RO=48;SAF=20;SAR=25;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126389;STB=0.567279;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0178544;OID=.;OPOS=30732218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:48:50:45:45:0.473684:25:20:15:33:25:20:16:34 chr16 30734963 . C A 1508.73 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0230856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.237;QD=57.4753;RBI=0.0240333;REFB=-0.129411;REVB=-0.00668242;RO=1;SAF=77;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612335;STB=0.506409;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000124498;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:1:2:103:103:0.980952:26:77:1:0:26:77:2:0 chr16 30762640 . C T 867.96 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0285923;FXX=0.0149231;HRUN=6;LEN=1;MLLD=175.338;QD=52.6038;RBI=0.0287412;REFB=-0.104013;REVB=-0.00292089;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185128;STB=0.503017;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.000710714;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:66:1:3:63:63:0.954545:38:25:1:0:38:25:1:2 chr16 30772004 . GAAAA GAA,GAAAG 346.75 PASS AF=0.5,0.0428571;AO=34,3;DP=70;FAO=35,3;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=9,3;FSAR=26,0;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0279339,-0.0390831;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=30.7258,254.661;QD=19.8143;RBI=0.0360483,0.0393789;REFB=0.00956404,-0.0035513;REVB=-0.0227854,-0.00481765;RO=28;SAF=8,3;SAR=26,0;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.309319,0.527771;STB=0.674593,0.995836;STBP=0.003,0.14;TYPE=del,snp;VARB=-0.00526818,0.114043;OID=.,.;OPOS=30772005,30772008;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.0428571:34,3:70:35,3:70:32:9,3:26,0:19:13:99:28:8,3:26,0:16:12 chr16 30779716 . A G 4079.64 PASS AF=1;AO=254;DP=256;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412068;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.017;QD=62.2846;RBI=0.0626234;REFB=0;REVB=0.047156;RO=0;SAF=82;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01672e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72179e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:256:262:0:0:254:262:1:172:82:0:0:178:84:0:0 chr16 30780828 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.528;QD=58.6004;RBI=0.0264254;REFB=0;REVB=0.0171606;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36622e-05;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr16 30795390 . C G 216.28 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00570699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.83;QD=29.8319;RBI=0.0267212;REFB=-0.0280883;REVB=-0.0261046;RO=9;SAF=17;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745643;STB=0.541357;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.01279;OID=.;OPOS=30795390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:3:17:7:2:3:17:7:2 chr16 30886643 . T C 2539.69 PASS AF=0.97191;AO=167;DP=176;FAO=173;FDP=178;FR=.;FRO=5;FSAF=86;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0157671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8884;QD=57.0718;RBI=0.036962;REFB=-0.0451607;REVB=0.0334304;RO=8;SAF=83;SAR=84;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105992;STB=0.508346;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00248613;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:176:178:8:5:167:173:0.97191:84:83:3:5:87:86:1:4 chr16 30900235 . G A 399.91 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0150677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.455;QD=15.8381;RBI=0.0150679;REFB=-0.0119913;REVB=-7.48655e-05;RO=54;SAF=22;SAR=22;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146231;STB=0.584121;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0109994;OID=.;OPOS=30900235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:57:44:44:0.435644:22:22:35:19:22:22:37:20 chr16 30964940 . A G 2505.88 PASS AF=0.965517;AO=163;DP=175;FAO=168;FDP=174;FR=.;FRO=6;FSAF=79;FSAR=89;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.076522;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4118;QD=57.6065;RBI=0.089526;REFB=-0.0825994;REVB=-0.0464681;RO=6;SAF=74;SAR=89;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370263;STB=0.51829;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.01226;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:175:174:6:6:163:168:0.965517:89:74:6:0:89:79:6:0 chr16 30999142 . A G 419.44 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=0.0196078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0348;QD=25.8115;RBI=0.0363635;REFB=-0.00119943;REVB=-0.0306242;RO=0;SAF=32;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.784664;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00109627;OID=.;OPOS=30999142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:0:25:40:40:0.615385:8:32:0:0:8:32:2:23 chr16 30999462 . T C 2228.95 PASS AF=1;AO=141;DP=144;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445765;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8059;QD=62.7874;RBI=0.0551476;REFB=-0.0917851;REVB=-0.0324685;RO=0;SAF=66;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088261;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:144:142:0:0:141:142:1:75:66:0:0:76:66:0:0 chr16 31075175 . G A,C 2220.45 PASS AF=0.788079,0.211921;AO=119,27;DP=146;FAO=119,32;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=74,0;FSAR=45,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239389,-0.0286675;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.58,84.4505;QD=58.8198;RBI=0.0256363,0.0287878;REFB=0,0;REVB=0.00917302,-0.00262943;RO=0;SAF=74,0;SAR=45,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.15375e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00201612,0.0963834;OID=.,.;OPOS=31075175,31075175;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:146:151:0:0:119,27:119,32:0.788079,0.211921:45,27:74,0:0:0:45,32:74,0:0:0 chr16 31075708 . C G 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.773;QD=61.6778;RBI=0.0298763;REFB=0;REVB=-0.00211821;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113643;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr16 31088347 . G A 2602.25 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3846;QD=61.9582;RBI=0.0927402;REFB=0;REVB=0.046341;RO=0;SAF=79;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.36235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467329;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:168:0:0:163:168:1:84:79:0:0:86:82:0:0 chr16 31088625 . A G 807.6 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.234;QD=56.6736;RBI=0.0595385;REFB=0;REVB=0.025134;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62086e-05;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:23:34:0:0 chr16 31093892 . A G 2362.42 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.288;QD=60.575;RBI=0.0401615;REFB=0;REVB=-0.0385783;RO=0;SAF=81;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92647e-05;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:156:0:0:153:156:1:72:81:0:0:75:81:0:0 chr16 31099011 . T C 779.84 PASS AF=0.574803;AO=73;DP=127;FAO=73;FDP=127;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0264537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.525;QD=24.5618;RBI=0.0269925;REFB=-0.0148928;REVB=-0.00536581;RO=54;SAF=40;SAR=33;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375892;STB=0.520489;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00859781;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:54:54:73:73:0.574803:33:40:27:27:33:40:27:27 chr16 31121793 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.249;QD=56.955;RBI=0.0280254;REFB=0;REVB=0.0251877;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77262e-05;OID=.;OPOS=31121793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr16 31141826 . A G 614.66 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.944;QD=59.9665;RBI=0.0274668;REFB=0;REVB=-0.00449934;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136445;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:30:10:0:0:30:11:0:0 chr16 31141880 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.536;QD=60.9759;RBI=0.039197;REFB=0;REVB=0.0363178;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113043;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr16 31144689 . G T 99.78 PASS AF=0.212766;AO=19;DP=90;FAO=20;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=0.0793922;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.3418;QD=4.2458;RBI=0.0890339;REFB=-0.0758646;REVB=0.0402979;RO=51;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426135;STB=0.783751;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.168298;OID=.;OPOS=31144689;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:90:94:51:72:19:20:0.212766:6:13:16:35:6:14:22:50 chr16 31153105 . A G 1936.18 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0372433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2851;QD=60.9822;RBI=0.0586966;REFB=0.0011857;REVB=-0.0453677;RO=1;SAF=58;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812169;STB=0.504273;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-3.779e-05;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:127:1:1:125:126:0.992126:67:58:1:0:68:58:1:0 chr16 31154146 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.465;QD=55.6535;RBI=0.0584793;REFB=0;REVB=-0.0032237;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619771;OID=.;OPOS=31154146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr16 31193942 . C A 661.48 PASS AF=0.647727;AO=57;DP=88;FAO=57;FDP=88;FR=.;FRO=31;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0284794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.484;QD=30.0674;RBI=0.0314281;REFB=-0.0147837;REVB=-0.0132911;RO=31;SAF=31;SAR=26;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143032;STB=0.57746;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00875217;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:31:31:57:57:0.647727:26:31:10:21:26:31:10:21 chr16 31195279 . C T 652.72 PASS AF=0.547009;AO=64;DP=111;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0228223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.611;QD=22.3152;RBI=0.0277019;REFB=-0.0305316;REVB=0.0157016;RO=47;SAF=27;SAR=37;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861786;STB=0.573927;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0276637;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:117:47:53:64:64:0.547009:37:27:25:22:37:27:31:22 chr16 31230463 . C T 773.97 PASS AF=0.648148;AO=68;DP=106;FAO=70;FDP=108;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0230344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.53;QD=28.6655;RBI=0.037055;REFB=-0.0381409;REVB=0.0290256;RO=37;SAF=27;SAR=41;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689967;STB=0.536312;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0181534;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:37:38:68:70:0.648148:41:27:11:26:43:27:11:27 chr16 31308901 . G A 690.08 PASS AF=0.476821;AO=71;DP=151;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.00397978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.82;QD=18.2803;RBI=0.00651165;REFB=-0.00690231;REVB=0.00515392;RO=78;SAF=32;SAR=39;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119044;STB=0.571828;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00705622;OID=.;OPOS=31308901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:79:71:72:0.476821:39:32:45:33:40:32:46:33 chr16 31336719 . G A 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00731594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.049;QD=13.7244;RBI=0.0276387;REFB=0.000549184;REVB=0.0266529;RO=45;SAF=12;SAR=18;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951835;STB=0.554311;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00076907;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:18:12:22:23:18:12:22:23 chr16 31374535 . C G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0131804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.28;QD=14.1955;RBI=0.014501;REFB=-0.0092862;REVB=0.00604626;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510191;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00895623;OID=.;OPOS=31374535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:10:5:7:14:10:5:7:15 chr16 31422429 . T C 754.55 PASS AF=0.545455;AO=72;DP=132;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00524066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.832;QD=22.8651;RBI=0.0634479;REFB=0.00235085;REVB=0.0632311;RO=58;SAF=30;SAR=42;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031556;STB=0.515661;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00149964;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:58:60:72:72:0.545455:42:30:22:36:42:30:23:37 chr16 31448170 . T C 953.95 PASS AF=0.469767;AO=100;DP=214;FAO=101;FDP=215;FR=.;FRO=114;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.0383489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4876;QD=17.7478;RBI=0.03987;REFB=-0.0207498;REVB=-0.0109076;RO=113;SAF=47;SAR=53;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160997;STB=0.509103;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.023784;OID=.;OPOS=31448170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:113:114:100:101:0.469767:53:47:55:58:54:47:55:59 chr16 31539934 . G T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0203602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5582;QD=11.3689;RBI=0.0358299;REFB=-0.0322501;REVB=0.0294829;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359763;STB=0.521434;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0485492;OID=.;OPOS=31539934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:11:8:5:6:11:8 chr16 31724836 . T C 538.99 PASS AF=0.515152;AO=52;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.043194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3634;QD=21.7772;RBI=0.0889121;REFB=0.00312789;REVB=-0.0777151;RO=47;SAF=26;SAR=26;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274969;STB=0.524931;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00583783;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:48:52:51:0.515152:26:26:22:25:25:26:22:26 chr16 31765220 . G A 317.57 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=115;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.104498;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1652;QD=10.7652;RBI=0.10687;REFB=-0.0476599;REVB=-0.0223889;RO=74;SAF=13;SAR=28;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185282;STB=0.604619;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0831355;OID=.;OPOS=31765220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:74:77:41:41:0.347458:28:13:35:39:28:13:36:41 chr16 31926619 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.741;QD=54.5147;RBI=0.0687597;REFB=0;REVB=0.0167371;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248255;OID=.;OPOS=31926619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:20:4:0:0:20:5:0:0 chr16 31985650 . C A,CA 152.8 PASS AF=0.0253165,0.183544;AO=11,28;DP=163;FAO=4,29;FDP=158;FR=.;FRO=125;FSAF=0,4;FSAR=4,25;FSRF=27;FSRR=98;FWDB=-0.0297278,-0.0640617;FXX=0.0124992;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=101.736,101.56;QD=3.86837;RBI=0.0356895,0.0645772;REFB=0.00432883,0.00103963;REVB=-0.0197484,-0.00814342;RO=121;SAF=0,6;SAR=11,22;SRF=27;SRR=94;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.503607,-0.0165567;STB=0.996076,0.611594;STBP=0.161,0.32;TYPE=snp,ins;VARB=0.116275,0.0846232;OID=.,.;OPOS=31985650,31985651;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:163:158:121:125:11,28:4,29:0.0253165,0.183544:11,22:0,6:27:94:4,25:0,4:27:98 chr16 32077537 . G T 1057.04 PASS AF=0.335038;AO=130;DP=390;FAO=131;FDP=391;FR=.;FRO=260;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=120;FSRR=140;FWDB=-0.00369134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.031;QD=10.8137;RBI=0.0103839;REFB=-0.00623582;REVB=0.00970567;RO=259;SAF=65;SAR=65;SRF=119;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047275;STB=0.528099;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0122063;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:391:259:260:130:131:0.335038:65:65:119:140:65:66:120:140 chr16 32077580 . A G 942.32 PASS AF=0.338028;AO=119;DP=353;FAO=120;FDP=355;FR=.;FRO=235;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=113;FSRR=122;FWDB=0.0327444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3018;QD=10.6177;RBI=0.0623226;REFB=-0.0041248;REVB=-0.0530274;RO=232;SAF=54;SAR=65;SRF=111;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287308;STB=0.51497;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00692501;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:355:232:235:119:120:0.338028:65:54:111:121:65:55:113:122 chr16 32191941 . C T 54.0 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=0.00936561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.874;QD=3.32321;RBI=0.0414578;REFB=-0.0039815;REVB=-0.040386;RO=55;SAF=6;SAR=4;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175405;STB=0.617238;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0278269;OID=.;OPOS=32191941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:55:55:10:10:0.153846:4:6:40:15:4:6:40:15 chr16 32889057 . T G 45.23 PASS AF=0.0575816;AO=30;DP=519;FAO=30;FDP=521;FR=.;FRO=491;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=237;FSRR=254;FWDB=-0.0718631;FXX=0.00191567;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.946;QD=0.347227;RBI=0.0766479;REFB=-0.000316973;REVB=-0.026657;RO=484;SAF=4;SAR=26;SRF=236;SRR=248;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380335;STB=0.848118;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0363594;OID=.;OPOS=32889057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:519:521:484:491:30:30:0.0575816:26:4:236:248:26:4:237:254 chr16 33629700 . G A 498.87 PASS AF=0.266667;AO=71;DP=250;FAO=72;FDP=270;FR=.;FRO=198;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=104;FSRR=94;FWDB=0.00512694;FXX=0.0036899;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.813;QD=7.39062;RBI=0.0372908;REFB=-0.00947602;REVB=-0.0369366;RO=177;SAF=40;SAR=31;SRF=103;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230753;STB=0.522382;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0257554;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:270:177:198:71:72:0.266667:31:40:103:74:32:40:104:94 chr16 33629846 . T A 458.42 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0207585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.043;QD=14.2144;RBI=0.0220798;REFB=-0.0111856;REVB=0.00752339;RO=77;SAF=30;SAR=22;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081315;STB=0.504585;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0170035;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:22:30:45:32:22:30:45:32 chr16 33629950 . G T 726.88 PASS AF=0.381166;AO=85;DP=224;FAO=85;FDP=223;FR=.;FRO=138;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=119;FSRR=19;FWDB=0.00164382;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.853;QD=13.0381;RBI=0.0212683;REFB=0.0013016;REVB=-0.0212047;RO=138;SAF=35;SAR=50;SRF=119;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473603;STB=0.761196;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00367819;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:138:138:85:85:0.381166:50:35:119:19:50:35:119:19 chr16 33629973 . G A 638.99 PASS AF=0.348018;AO=78;DP=227;FAO=79;FDP=227;FR=.;FRO=148;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=119;FSRR=29;FWDB=-0.0241808;FXX=0.00438577;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.436;QD=11.2598;RBI=0.0243165;REFB=-0.0194165;REVB=-0.00256577;RO=146;SAF=30;SAR=48;SRF=117;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452955;STB=0.750964;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0209241;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:146:148:78:79:0.348018:48:30:117:29:48:31:119:29 chr16 33630022 . A T 525.96 PASS AF=0.258503;AO=75;DP=294;FAO=76;FDP=294;FR=.;FRO=218;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=114;FSRR=104;FWDB=-0.00794809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.11;QD=7.15597;RBI=0.00993317;REFB=0.000708084;REVB=0.00595783;RO=218;SAF=30;SAR=45;SRF=114;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154368;STB=0.595444;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0019684;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:218:218:75:76:0.258503:45:30:114:104:46:30:114:104 chr16 33784710 . C T 959.55 PASS AF=0.465438;AO=101;DP=217;FAO=101;FDP=217;FR=.;FRO=116;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=66;FSRR=50;FWDB=0.0722682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7213;QD=17.6875;RBI=0.0743893;REFB=-0.00834844;REVB=0.0176375;RO=115;SAF=50;SAR=51;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675841;STB=0.539478;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00884264;OID=.;OPOS=33784710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:115:116:101:101:0.465438:51:50:65:50:51:50:66:50 chr16 33961123 . T C 49.63 PASS AF=0.0927152;AO=14;DP=149;FAO=14;FDP=151;FR=.;FRO=137;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=73;FSRR=64;FWDB=-0.0323928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2531;QD=1.31462;RBI=0.054985;REFB=-0.00182784;REVB=-0.0444303;RO=135;SAF=5;SAR=9;SRF=73;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214046;STB=0.657697;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0149279;OID=.;OPOS=33961123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:149:151:135:137:14:14:0.0927152:9:5:73:62:9:5:73:64 chr16 33961159 . A G 35.47 PASS AF=0.0718232;AO=13;DP=179;FAO=13;FDP=181;FR=.;FRO=168;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=83;FSRR=85;FWDB=0.00710161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5322;QD=0.783914;RBI=0.00710168;REFB=0.00068062;REVB=-3.14593e-05;RO=165;SAF=4;SAR=9;SRF=83;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216035;STB=0.675309;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00947749;OID=.;OPOS=33961159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:179:181:165:168:13:13:0.0718232:9:4:83:82:9:4:83:85 chr16 33961238 . C A 54.66 PASS AF=0.0815451;AO=19;DP=233;FAO=19;FDP=233;FR=.;FRO=214;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=94;FSRR=120;FWDB=0.00581078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.039;QD=0.938452;RBI=0.0247545;REFB=-0.0035469;REVB=-0.0240628;RO=211;SAF=8;SAR=11;SRF=94;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286048;STB=0.517033;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0340538;OID=.;OPOS=33961238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:233:233:211:214:19:19:0.0815451:11:8:94:117:11:8:94:120 chr16 33961249 . CC CG,TG 169.26 PASS AF=0.0782609,0.0869565;AO=18,20;DP=231;FAO=18,20;FDP=230;FR=.;FRO=192;FSAF=5,8;FSAR=13,12;FSRF=87;FSRR=105;FWDB=-0.0535346,-0.00649542;FXX=0.00432882;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=54.9763,163.722;QD=2.94357;RBI=0.0536198,0.00653176;REFB=-0.00592639,-0.00326919;REVB=-0.00302145,-0.000688099;RO=192;SAF=5,8;SAR=13,12;SRF=87;SRR=105;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.212064,-0.0643052;STB=0.669457,0.549083;STBP=0.158,0.692;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0403059,0.0297488;OID=.,.;OPOS=33961250,33961249;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:231:230:192:192:18,20:18,20:0.0782609,0.0869565:13,12:5,8:87:105:13,12:5,8:87:105 chr16 33961265 . A G 99.66 PASS AF=0.108871;AO=26;DP=248;FAO=27;FDP=248;FR=.;FRO=221;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=94;FSRR=127;FWDB=-0.00664749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.333;QD=1.60736;RBI=0.0542754;REFB=0.000960384;REVB=-0.0538668;RO=217;SAF=3;SAR=23;SRF=92;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435021;STB=0.836823;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0243168;OID=.;OPOS=33961265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:217:221:26:27:0.108871:23:3:92:125:24:3:94:127 chr16 33961295 . C T 52.73 PASS AF=0.0818182;AO=18;DP=220;FAO=18;FDP=220;FR=.;FRO=202;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=76;FSRR=126;FWDB=0.002571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.276;QD=0.95867;RBI=0.00313146;REFB=-0.00520704;REVB=-0.00178774;RO=198;SAF=4;SAR=14;SRF=76;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210553;STB=0.666465;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0617236;OID=.;OPOS=33961295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:220:220:198:202:18:18:0.0818182:14:4:76:122:14:4:76:126 chr16 33961302 . G C 111.9 PASS AF=0.126829;AO=26;DP=205;FAO=26;FDP=205;FR=.;FRO=179;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=72;FSRR=107;FWDB=-0.0050585;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.622;QD=2.18348;RBI=0.0112932;REFB=-0.00272804;REVB=-0.010097;RO=179;SAF=4;SAR=22;SRF=72;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366098;STB=0.763937;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0334187;OID=.;OPOS=33961302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:179:179:26:26:0.126829:22:4:72:107:22:4:72:107 chr16 33961314 . G T 119.19 PASS AF=0.139785;AO=26;DP=186;FAO=26;FDP=186;FR=.;FRO=160;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=69;FSRR=91;FWDB=0.0189445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.494;QD=2.56315;RBI=0.0271212;REFB=0.000149443;REVB=0.019408;RO=158;SAF=4;SAR=22;SRF=69;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406476;STB=0.780128;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00343281;OID=.;OPOS=33961314;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:158:160:26:26:0.139785:22:4:69:89:22:4:69:91 chr16 33961317 . G A 346.58 PASS AF=0.273743;AO=49;DP=179;FAO=49;FDP=179;FR=.;FRO=130;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=79;FWDB=0.0165461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.576;QD=7.74484;RBI=0.0175997;REFB=0.00772309;REVB=0.00599822;RO=130;SAF=17;SAR=32;SRF=51;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599812;STB=0.53555;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0135032;OID=.;OPOS=33961317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:130:130:49:49:0.273743:32:17:51:79:32:17:51:79 chr16 33961318 . G T 123.68 PASS AF=0.148571;AO=26;DP=175;FAO=26;FDP=175;FR=.;FRO=149;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=63;FSRR=86;FWDB=-0.0248965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.461;QD=2.82701;RBI=0.0252306;REFB=-0.00805734;REVB=0.00409261;RO=148;SAF=4;SAR=22;SRF=63;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399065;STB=0.77311;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0299324;OID=.;OPOS=33961318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:148:149:26:26:0.148571:22:4:63:85:22:4:63:86 chr16 33961322 . G A 61.41 PASS AF=0.0994152;AO=16;DP=170;FAO=17;FDP=171;FR=.;FRO=154;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=95;FWDB=0.00539005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.336;QD=1.43644;RBI=0.0226993;REFB=-0.00196173;REVB=-0.0220501;RO=153;SAF=7;SAR=9;SRF=59;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635388;STB=0.526851;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0208538;OID=.;OPOS=33961322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:170:171:153:154:16:17:0.0994152:9:7:59:94:10:7:59:95 chr16 33961323 . G C 137.93 PASS AF=0.163636;AO=27;DP=169;FAO=27;FDP=165;FR=.;FRO=138;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=82;FWDB=-0.0442292;FXX=0.0236672;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.353;QD=3.34368;RBI=0.0492747;REFB=-0.00900817;REVB=-0.0217203;RO=136;SAF=6;SAR=21;SRF=56;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274008;STB=0.677981;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0460064;OID=.;OPOS=33961323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:165:136:138:27:27:0.163636:21:6:56:80:21:6:56:82 chr16 33961327 . G T 341.27 PASS AF=0.280702;AO=48;DP=169;FAO=48;FDP=171;FR=.;FRO=123;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=74;FWDB=-0.0167648;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.137;QD=7.98296;RBI=0.031615;REFB=-0.0105506;REVB=-0.0268039;RO=120;SAF=17;SAR=31;SRF=49;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069994;STB=0.53405;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.032265;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:120:123:48:48:0.280702:31:17:49:71:31:17:49:74 chr16 33961352 . G A 170.01 PASS AF=0.208955;AO=28;DP=134;FAO=28;FDP=134;FR=.;FRO=106;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=70;FWDB=0.0144902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.1;QD=5.07497;RBI=0.0852749;REFB=-0.00279256;REVB=0.0840348;RO=106;SAF=13;SAR=15;SRF=36;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163044;STB=0.600476;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0108937;OID=.;OPOS=33961352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:106:106:28:28:0.208955:15:13:36:70:15:13:36:70 chr16 33961370 . A C 793.43 PASS AF=0.7;AO=65;DP=97;FAO=70;FDP=100;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00782992;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.709;QD=31.7371;RBI=0.00887305;REFB=-0.0392196;REVB=0.00417414;RO=30;SAF=22;SAR=43;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141502;STB=0.5558;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0168611;OID=.;OPOS=33961370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:30:30:65:70:0.7:43:22:17:13:43:27:17:13 chr16 33961379 . G C 220.17 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0854717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3164;QD=10.0078;RBI=0.0863416;REFB=-0.016056;REVB=0.0122251;RO=60;SAF=7;SAR=21;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379825;STB=0.723365;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0996311;OID=.;OPOS=33961379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:60:28:28:0.318182:21:7:34:26:21:7:34:26 chr16 33961382 . C T 211.04 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0116151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.188;QD=9.93104;RBI=0.0228162;REFB=-0.0267052;REVB=0.0196385;RO=56;SAF=9;SAR=18;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25677;STB=0.639895;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0350089;OID=.;OPOS=33961382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:58:27:27:0.317647:18:9:31:25:18:9:31:27 chr16 33961386 . G A 216.42 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0041262;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.249;QD=11.3906;RBI=0.0266925;REFB=-0.0209015;REVB=0.0263717;RO=48;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895601;STB=0.557781;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0610923;OID=.;OPOS=33961386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:48:49:27:27:0.355263:13:14:21:27:13:14:21:28 chr16 33961400 . G C 130.93 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0230054;FXX=0.174575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.276;QD=10.0714;RBI=0.0276559;REFB=-0.00953104;REVB=-0.0153493;RO=36;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332716;STB=0.70564;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0207712;OID=.;OPOS=33961400;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:52:36:35:17:17:0.326923:5:12:15:21:5:12:14:21 chr16 33961444 . G A 135.9 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00447375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.897;QD=17.5348;RBI=0.0184413;REFB=-0.0123918;REVB=0.0178904;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839727;STB=0.547883;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0236772;OID=.;OPOS=33961444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:5:11:9:6:5:11 chr16 33961448 . C T 135.88 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0380434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.92;QD=17.5329;RBI=0.0431864;REFB=-0.0110881;REVB=0.0204393;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839727;STB=0.547883;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0139185;OID=.;OPOS=33961448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:5:11:9:6:5:11 chr16 33961453 . A G 208.93 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0120297;FXX=0.096743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.732;QD=29.8468;RBI=0.013177;REFB=-0.0328207;REVB=0.00537754;RO=9;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832254;STB=0.546169;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.019504;OID=.;OPOS=33961453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:31:28:9:9:19:19:0.678571:13:6:4:5:13:6:4:5 chr16 33961464 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0219159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.763;QD=16.6261;RBI=0.0232475;REFB=-0.00911104;REVB=0.00775516;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162267;STB=0.592887;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00924559;OID=.;OPOS=33961464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:4:10:7:6:4:10 chr16 33961481 . AT CC 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0150184;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.823;QD=14.6989;RBI=0.038897;REFB=-0.0163126;REVB=-0.0358807;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268155;STB=0.666419;STBP=0.151;TYPE=mnp;VARB=0.0306514;OID=.;OPOS=33961481;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:6:6:3:11:6:6:3:12 chr16 33961563 . C G 50.69 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0296161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.304;QD=2.85576;RBI=0.0343681;REFB=-0.00486915;REVB=-0.0174371;RO=61;SAF=4;SAR=6;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268576;STB=0.684438;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0139312;OID=.;OPOS=33961563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:61:61:10:10:0.140845:6:4:38:23:6:4:38:23 chr16 33961607 . G T 54.1 PASS AF=0.116505;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=103;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.0137827;FXX=0.0190458;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.73;QD=2.10083;RBI=0.0286558;REFB=-0.00514178;REVB=-0.0251236;RO=86;SAF=5;SAR=7;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101905;STB=0.56899;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0404172;OID=.;OPOS=33961607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:99:103:86:91:12:12:0.116505:7:5:43:43:7:5:45:46 chr16 33961628 . A G 62.65 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=107;FAO=15;FDP=110;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.0226812;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.592;QD=2.27808;RBI=0.0275072;REFB=-0.00282378;REVB=-0.0155631;RO=91;SAF=6;SAR=6;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466858;STB=0.555481;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0338253;OID=.;OPOS=33961628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:107:110:91:95:12:15:0.136364:6:6:42:49:9:6:44:51 chr16 33961659 . G A 72.29 PASS AF=0.1;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0369268;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.2091;QD=3.21295;RBI=0.064839;REFB=0.00509086;REVB=0.0532964;RO=68;SAF=2;SAR=7;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354748;STB=0.751487;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0142841;OID=.;OPOS=33961659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:88:90:68:75:9:9:0.1:7:2:35:33:7:2:37:38 chr16 33961672 . T A 41.66 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0274666;FXX=0.0609682;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.003;QD=2.16424;RBI=0.0349467;REFB=-0.00581261;REVB=-0.021607;RO=62;SAF=1;SAR=8;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448259;STB=0.83538;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.051553;OID=.;OPOS=33961672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:74:77:62:68:9:9:0.116883:8:1:27:35:8:1:29:39 chr16 33961702 . C A 74.06 PASS AF=0.183099;AO=13;DP=71;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.019141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.806;QD=4.17219;RBI=0.0193795;REFB=-0.00901777;REVB=0.00303096;RO=58;SAF=5;SAR=8;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535093;STB=0.534831;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0217381;OID=.;OPOS=33961702;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:71:71:58:58:13:13:0.183099:8:5:20:38:8:5:20:38 chr16 33961705 . A G 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00857593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.943;QD=9.26734;RBI=0.0163749;REFB=-0.0241281;REVB=-0.0139495;RO=46;SAF=6;SAR=15;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16451;STB=0.597988;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0268419;OID=.;OPOS=33961705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:15:6:19:27:15:6:19:27 chr16 33961713 . C T 40.8 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00548654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.814;QD=2.59078;RBI=0.0398674;REFB=-0.00814429;REVB=-0.0394881;RO=55;SAF=1;SAR=7;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408279;STB=0.810701;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0647309;OID=.;OPOS=33961713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:7:1:23:32:7:1:23:32 chr16 33961725 . G A 71.13 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0809625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.834;QD=5.17277;RBI=0.0826453;REFB=-0.00110526;REVB=-0.0165924;RO=44;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859105;STB=0.555457;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.007977;OID=.;OPOS=33961725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:6:5:17:27:6:5:17:27 chr16 33961779 . C A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0290909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.296;QD=4.81088;RBI=0.0590895;REFB=-0.0146992;REVB=-0.0514324;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44118;STB=0.801399;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0418353;OID=.;OPOS=33961779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:1:5:11:12:1:5:11:12 chr16 33961792 . C T 31.43 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0230818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.9128;QD=3.39829;RBI=0.0598785;REFB=-0.0281295;REVB=0.0552509;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101503;STB=0.603419;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.125719;OID=.;OPOS=33961792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:35:37:29:31:6:6:0.162162:4:2:12:17:4:2:14:17 chr16 33961810 . T C 94.18 PASS AF=0.222222;AO=15;DP=71;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0796185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2635;QD=5.23198;RBI=0.0872729;REFB=-0.0104498;REVB=-0.0357414;RO=53;SAF=4;SAR=11;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107019;STB=0.599867;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0281641;OID=.;OPOS=33961810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:71:72:53:56:15:16:0.222222:11:4:18:35:12:4:20:36 chr16 33961827 . CCT C 62.69 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.0189839;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=2;MLLD=108.514;QD=3.58257;RBI=0.019084;REFB=-0.00162561;REVB=-0.00195287;RO=54;SAF=4;SAR=12;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722119;STB=0.545395;STBP=0.767;TYPE=del;VARB=0.00637463;OID=.;OPOS=33961828;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228571:16:70:16:70:54:4:12:16:38:62:54:4:12:16:38 chr16 33961855 . T G 112.44 PASS AF=0.246377;AO=16;DP=68;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.0374486;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.229;QD=6.51828;RBI=0.0375368;REFB=-0.00088724;REVB=0.00257126;RO=52;SAF=1;SAR=15;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466005;STB=0.815821;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00361298;OID=.;OPOS=33961855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:52:52:16:17:0.246377:15:1:14:38:16:1:14:38 chr16 33961881 . A G 236.78 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0272823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.235;QD=15.7856;RBI=0.0309607;REFB=-0.0174584;REVB=-0.014637;RO=32;SAF=3;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318848;STB=0.689424;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0205955;OID=.;OPOS=33961881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:19:19:0.316667:16:3:12:20:16:3:12:20 chr16 33961898 . C T 100.0 PASS AF=0.26;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00922891;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.621;QD=7.99969;RBI=0.0408274;REFB=-0.00889082;REVB=-0.0397706;RO=32;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163321;STB=0.564411;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0476154;OID=.;OPOS=33961898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:50:32:37:13:13:0.26:10:3:11:21:10:3:11:26 chr16 33961902 . C G 170.09 PASS AF=0.4;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0188135;FXX=0.081616;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.643;QD=15.1192;RBI=0.0194584;REFB=-0.0142894;REVB=0.00496784;RO=27;SAF=3;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288205;STB=0.669887;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0110762;OID=.;OPOS=33961902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:45:27:27:18:18:0.4:15:3:10:17:15:3:10:17 chr16 33961942 . A G 41.94 PASS AF=0.189189;AO=8;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00844701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.6;QD=4.53415;RBI=0.104899;REFB=-0.00359661;REVB=-0.104558;RO=28;SAF=1;SAR=7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622872;STB=0.886334;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0751371;OID=.;OPOS=33961942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:37:37:28:30:8:7:0.189189:7:1:19:9:6:1:20:10 chr16 33961944 . G C 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0227293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3742;QD=5.21404;RBI=0.103987;REFB=-0.00275359;REVB=-0.101472;RO=31;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455505;STB=0.794499;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00190023;OID=.;OPOS=33961944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:6:2:20:11:6:2:20:11 chr16 33961952 . G T 99.84 PASS AF=0.295455;AO=12;DP=43;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0383883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6262;QD=9.07629;RBI=0.0593164;REFB=-0.000750576;REVB=0.0452192;RO=31;SAF=3;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45122;STB=0.729391;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00740818;OID=.;OPOS=33961952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:31:31:12:13:0.295455:9:3:20:11:9:4:20:11 chr16 33961960 . G C 126.46 PASS AF=0.326087;AO=13;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0267404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4758;QD=10.9964;RBI=0.0894431;REFB=-0.0240503;REVB=0.0853523;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412379;STB=0.765678;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.050304;OID=.;OPOS=33961960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:31:13:15:0.326087:9:4:21:10:11:4:21:10 chr16 33961968 . C G 179.09 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0104079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.509;QD=15.2418;RBI=0.0159878;REFB=-0.0660487;REVB=0.0121362;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313019;STB=0.679557;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0340698;OID=.;OPOS=33961968;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:12:7:19:9:12:7:19:9 chr16 33961975 . C T 169.57 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00618742;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.089;QD=12.3326;RBI=0.0410149;REFB=-0.00317354;REVB=-0.0405455;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568249;STB=0.532841;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00633631;OID=.;OPOS=33961975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:34:34:21:21:0.381818:11:10:18:16:11:10:18:16 chr16 33961982 . G T 159.09 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.000883007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7568;QD=11.57;RBI=0.0639247;REFB=-0.00485997;REVB=0.0639186;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509082;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00615769;OID=.;OPOS=33961982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:20:20:0.363636:10:10:17:17:10:10:17:18 chr16 33961990 . C G 162.68 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0512666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3009;QD=10.8455;RBI=0.051329;REFB=-0.0194916;REVB=-0.00252992;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843123;STB=0.540374;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0337498;OID=.;OPOS=33961990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:21:21:0.35:11:10:21:17:11:10:21:18 chr16 33962009 . T C 237.17 PASS AF=0.4;AO=24;DP=66;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0133264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.968;QD=13.5525;RBI=0.0170019;REFB=-0.0253354;REVB=0.010558;RO=42;SAF=10;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194578;STB=0.59912;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0353156;OID=.;OPOS=33962009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:42:42:24:28:0.4:14:10:25:17:16:12:25:17 chr16 33962026 . A T 234.29 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0339173;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5271;QD=12.3312;RBI=0.0475125;REFB=-0.0123335;REVB=-0.0332724;RO=48;SAF=12;SAR=16;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234889;STB=0.634593;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0572459;OID=.;OPOS=33962026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:76:48:48:28:28:0.368421:16:12:31:17:16:12:31:17 chr16 33962078 . C T 148.9 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00909055;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.015;QD=7.73515;RBI=0.0172778;REFB=-0.00517309;REVB=-0.014693;RO=52;SAF=7;SAR=14;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268194;STB=0.67225;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0292319;OID=.;OPOS=33962078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:52:56:21:21:0.272727:14:7:29:23:14:7:32:24 chr16 33962100 . AG CA,CG 92.99 PASS AF=0.0754717,0.188679;AO=4,10;DP=59;FAO=4,10;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=1,5;FSAR=3,5;FSRF=33;FSRR=6;FWDB=-0.0180168,-0.0237933;FXX=0.101678;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=170.626,138.316;QD=7.01836;RBI=0.0211745,0.035566;REFB=-0.00468959,-0.00480276;REVB=-0.0111245,-0.0264352;RO=39;SAF=1,5;SAR=3,5;SRF=33;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.619569,-0.455164;STB=0.917845,0.775126;STBP=0.43,0.121;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0252001,0.0242738;OID=.,.;OPOS=33962100,33962100;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:59:53:39:39:4,10:4,10:0.0754717,0.188679:3,5:1,5:33:6:3,5:1,5:33:6 chr16 33962111 . G A 41.52 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=3;FWDB=0.0325572;FXX=0.105235;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.035;QD=4.88496;RBI=0.0369677;REFB=-0.0533856;REVB=0.0175111;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=23;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.620815;STB=0.591572;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.117538;OID=.;OPOS=33962111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:37:34:23:27:6:6:0.176471:1:5:23:0:1:5:24:3 chr16 33962246 . A G 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0548474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.122;QD=4.63834;RBI=0.0592369;REFB=-0.00812777;REVB=-0.022378;RO=41;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532211;STB=0.535635;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0635049;OID=.;OPOS=33962246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:4:5:21:20:4:5:21:20 chr16 33962253 . G A 41.19 PASS AF=0.14;AO=6;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00101005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2866;QD=3.29522;RBI=0.045;REFB=-0.00102968;REVB=0.0449887;RO=42;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405838;STB=0.697102;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00468232;OID=.;OPOS=33962253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:50:50:42:43:6:7:0.14:1:5:21:21:2:5:21:22 chr16 33962277 . GT CC,GG 110.5 PASS AF=0.0909091,0.2;AO=5,11;DP=55;FAO=5,11;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=1,6;FSAR=4,5;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0162754,-0.0870164;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=100.437,47.7297;QD=8.03608;RBI=0.0328784,0.089909;REFB=-0.00353404,0.00420558;REVB=-0.0285675,0.0226226;RO=39;SAF=1,6;SAR=4,5;SRF=19;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.33949,0.0710721;STB=0.768104,0.545372;STBP=0.285,0.769;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0346037,-0.0416088;OID=.,.;OPOS=33962277,33962278;OREF=GT,T;OALT=CC,G;OMAPALT=CC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:75:55:55:39:39:5,11:5,11:0.0909091,0.2:4,5:1,6:19:20:4,5:1,6:19:20 chr16 33962280 . CG TA 79.87 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0763047;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.124;QD=5.8087;RBI=0.079291;REFB=-0.00626295;REVB=-0.0215557;RO=42;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18778;STB=0.609429;STBP=0.433;TYPE=mnp;VARB=0.037449;OID=.;OPOS=33962280;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:42:43:12:12:0.218182:5:7:18:24:5:7:19:24 chr16 33962291 . G A 81.49 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00700668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2597;QD=6.03628;RBI=0.0853347;REFB=-0.0191846;REVB=0.0850465;RO=41;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745788;STB=0.555464;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.044961;OID=.;OPOS=33962291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:41:42:12:12:0.222222:6:6:18:23:6:6:18:24 chr16 33962298 . T G 140.08 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0428794;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7782;QD=10.3759;RBI=0.0708215;REFB=-0.0250788;REVB=-0.0563653;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962951;STB=0.556898;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0451147;OID=.;OPOS=33962298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:36:36:18:18:0.333333:11:7:17:19:11:7:17:19 chr16 33962320 . G T 49.32 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0333287;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.209;QD=3.65338;RBI=0.0562727;REFB=-0.00696135;REVB=-0.0453411;RO=27;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422197;STB=0.803717;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.05734;OID=.;OPOS=33962320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:54:27:46:8:8:0.148148:7:1:11:16:7:1:19:27 chr16 33962327 . T A 45.87 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.04192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.039;QD=3.33597;RBI=0.0422129;REFB=-0.00403578;REVB=-0.00496439;RO=47;SAF=1;SAR=7;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405404;STB=0.799129;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0229364;OID=.;OPOS=33962327;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:7:1:19:28:7:1:19:28 chr16 33962329 . C G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0550863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.759;QD=17.9528;RBI=0.0561247;REFB=-0.0312538;REVB=-0.0107463;RO=28;SAF=7;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21262;STB=0.62006;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0363155;OID=.;OPOS=33962329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:20:7:13:15:20:7:13:15 chr16 33962334 . G C 53.21 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0362065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2853;QD=3.8008;RBI=0.0406439;REFB=0.00393585;REVB=0.0184666;RO=47;SAF=1;SAR=8;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439656;STB=0.815498;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.016114;OID=.;OPOS=33962334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:8:1:19:28:8:1:19:28 chr16 33962369 . C T 59.3 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.175678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.44;QD=15.8134;RBI=0.176575;REFB=-0.020568;REVB=0.0177724;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32619;STB=0.683871;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0235444;OID=.;OPOS=33962369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:0:7:6:2:0:7 chr16 33962375 . CC GG 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=222.481;QD=10.0339;RBI=0.00708033;REFB=-0.0249272;REVB=0.00708033;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0290139;OID=.;OPOS=33962375;OREF=CC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:5:0:0:7:5:0:0:7 chr16 33962412 . A C 420.8 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00200697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.451;QD=49.5062;RBI=0.0401985;REFB=-0.0632839;REVB=0.0401483;RO=2;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005511;STB=0.51055;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00508459;OID=.;OPOS=33962412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:2:3:31:31:0.911765:17:14:1:1:17:14:1:2 chr16 33962416 . G A,C 387.96 PASS AF=0.611111,0.25;AO=22,9;DP=36;FAO=22,9;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=13,0;FSAR=9,9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00471784,-0.0167896;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=183.5,39.321;QD=43.1068;RBI=0.0464662,0.105462;REFB=-0.0514001,-0.00102661;REVB=0.0462261,-0.104117;RO=5;SAF=14,0;SAR=8,9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0843894,-0.793284;STB=0.501741,0.998247;STBP=0.998,0.009;TYPE=snp,snp;VARB=0.0143372,0.0703212;OID=.,.;OPOS=33962416,33962416;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:64:36:36:5:5:22,9:22,9:0.611111,0.25:8,9:14,0:2:3:9,9:13,0:3:2 chr16 33962422 . C A 359.7 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0065347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.7741;QD=31.9736;RBI=0.051449;REFB=-0.0114135;REVB=0.0510324;RO=15;SAF=14;SAR=16;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20817;STB=0.613222;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00348152;OID=.;OPOS=33962422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:16:14:2:13:16:14:2:13 chr16 33962434 . CG C,CA 584.12 PASS AF=0.188679,0.698113;AO=10,38;DP=57;FAO=10,37;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=0,18;FSAR=10,19;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0238563,0.0143178;FXX=0.036357;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.935,67.7946;QD=44.0847;RBI=0.0276084,0.0386169;REFB=-0.0401379,-0.0151305;REVB=-0.0138961,0.0358646;RO=7;SAF=0,18;SAR=10,20;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.788545,0.054758;STB=0.998236,0.521399;STBP=0.05,0.485;TYPE=del,snp;VARB=0.0494073,-0.00305838;OID=.,.;OPOS=33962435,33962435;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.188679,0.698113:10,38:57:10,37:53:6:0,18:10,19:2:4:68:7:0,18:10,20:2:5 chr16 33962500 . T G 75.57 PASS AF=0.137931;AO=16;DP=115;FAO=16;FDP=116;FR=.;FRO=100;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.0236397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.262;QD=2.60602;RBI=0.0266823;REFB=-0.00299247;REVB=0.0123736;RO=99;SAF=1;SAR=15;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536841;STB=0.894286;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0125524;OID=.;OPOS=33962500;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:115:116:99:100:16:16:0.137931:15:1:40:59:15:1:41:59 chr16 33962542 . T A 95.58 PASS AF=0.141844;AO=20;DP=141;FAO=20;FDP=141;FR=.;FRO=121;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=65;FWDB=0.0232574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3685;QD=2.7116;RBI=0.0295414;REFB=-0.00154855;REVB=0.018215;RO=120;SAF=3;SAR=17;SRF=56;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437749;STB=0.80271;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0207023;OID=.;OPOS=33962542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:141:141:120:121:20:20:0.141844:17:3:56:64:17:3:56:65 chr16 33962561 . GG CA 1113.71 PASS AF=0.731707;AO=90;DP=122;FAO=90;FDP=123;FR=.;FRO=33;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0117733;FXX=0.061064;HRUN=2;LEN=2;MLLD=181.011;QD=36.2182;RBI=0.0146371;REFB=-0.0441777;REVB=0.00869681;RO=26;SAF=40;SAR=50;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125636;STB=0.53038;STBP=0.258;TYPE=mnp;VARB=0.010912;OID=.;OPOS=33962561;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:26:33:90:90:0.731707:50:40:4:22:50:40:11:22 chr16 33962570 . G A 696.87 PASS AF=0.53125;AO=68;DP=128;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0209881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.785;QD=21.777;RBI=0.021276;REFB=0.00388659;REVB=-0.00348842;RO=60;SAF=34;SAR=34;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128352;STB=0.570292;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00341134;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:60:60:68:68:0.53125:34:34:21:39:34:34:21:39 chr16 33962582 . C T 69.43 PASS AF=0.131579;AO=15;DP=114;FAO=15;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.0180422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.309;QD=2.43597;RBI=0.0182448;REFB=-0.00118209;REVB=0.00271165;RO=98;SAF=3;SAR=12;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356681;STB=0.757211;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00438465;OID=.;OPOS=33962582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:114:114:98:99:15:15:0.131579:12:3:46:52:12:3:47:52 chr16 33962586 . G A 108.58 PASS AF=0.18018;AO=17;DP=108;FAO=20;FDP=111;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.00840238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.262;QD=3.91276;RBI=0.0176143;REFB=-0.00773069;REVB=0.0154811;RO=91;SAF=8;SAR=9;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676457;STB=0.567501;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0281704;OID=.;OPOS=33962586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:91:91:17:20:0.18018:9:8:38:53:10:10:38:53 chr16 33962608 . T G 42.36 PASS AF=0.104167;AO=8;DP=94;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0118153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.591;QD=1.76502;RBI=0.0591207;REFB=-0.00344075;REVB=0.057928;RO=85;SAF=3;SAR=5;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134324;STB=0.681834;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0219664;OID=.;OPOS=33962608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:94:96:85:86:8:10:0.104167:5:3:42:43:7:3:43:43 chr16 33962619 . G A 407.1 PASS AF=0.5;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.017683;FXX=0.101112;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.941;QD=20.355;RBI=0.0206333;REFB=-0.0176842;REVB=0.0106322;RO=39;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079891;STB=0.549975;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0197176;OID=.;OPOS=33962619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:80:39:40:40:40:0.5:20:20:16:23:20:20:16:24 chr16 33962622 . G A 31.35 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0694284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.907;QD=1.42484;RBI=0.0715338;REFB=-0.00221685;REVB=-0.0172274;RO=80;SAF=3;SAR=5;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114975;STB=0.592252;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0528054;OID=.;OPOS=33962622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:80:80:8:8:0.0909091:5:3:38:42:5:3:38:42 chr16 33962626 . G T 32.18 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0496818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.704;QD=1.51437;RBI=0.0773772;REFB=-0.000931934;REVB=-0.0593207;RO=77;SAF=3;SAR=5;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107497;STB=0.585369;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0185942;OID=.;OPOS=33962626;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:85:85:77:77:8:8:0.0941176:5:3:36:41:5:3:36:41 chr16 33962641 . G T 367.43 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00991544;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3086;QD=18.6042;RBI=0.021369;REFB=-0.0100775;REVB=-0.0189293;RO=40;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921221;STB=0.544281;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0177304;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:41:38:38:0.481013:19:19:16:24:19:19:17:24 chr16 33962669 . G A 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0145168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.409;QD=2.03396;RBI=0.0161291;REFB=0.000406109;REVB=0.00702916;RO=55;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520216;STB=0.533238;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00295279;OID=.;OPOS=33962669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:55:58:7:7:0.107692:4:3:26:29:4:3:27:31 chr16 33962682 . T C 230.57 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0821441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.938;QD=17.7358;RBI=0.0822205;REFB=-0.000160538;REVB=-0.00354406;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142352;STB=0.556918;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.000156632;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:24:25:0.480769:13:11:8:18:14:11:9:18 chr16 33962697 . C T 113.15 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0461444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2432;QD=9.62951;RBI=0.0462048;REFB=-0.00142479;REVB=0.00236183;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102189;STB=0.569525;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0107308;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:8:6:11:21:8:6:11:22 chr16 33962709 . C G 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0250802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.519;QD=11.0158;RBI=0.0287978;REFB=-0.0125423;REVB=0.0141526;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427466;STB=0.52551;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0196753;OID=.;OPOS=33962709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:9:5:11:17:9:5:11:17 chr16 33962757 . T G 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0235865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8617;QD=4.01753;RBI=0.0591979;REFB=0.00195022;REVB=-0.0542962;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119068;STB=0.583048;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.023892;OID=.;OPOS=33962757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:4:2:12:16:4:2:12:16 chr16 33962761 . TA AG 34.13 PASS AF=0.181818;AO=5;DP=32;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00812992;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.759;QD=4.13715;RBI=0.0158581;REFB=-0.00353156;REVB=-0.0136155;RO=27;SAF=2;SAR=3;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052991;STB=0.595417;STBP=0.588;TYPE=mnp;VARB=0.0163239;OID=.;OPOS=33962761;OREF=TA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:33:27:27:5:6:0.181818:3:2:12:15:4:2:12:15 chr16 33962770 . A G 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00515447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.433;QD=6.31775;RBI=0.00516495;REFB=-0.01077;REVB=-0.000328834;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246785;STB=0.660587;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0191039;OID=.;OPOS=33962770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:6:2:11:14:6:2:11:14 chr16 33962779 . G A 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0305873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.082;QD=3.88749;RBI=0.0435236;REFB=-0.0237425;REVB=-0.0309633;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181457;STB=0.627018;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.055278;OID=.;OPOS=33962779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:4:2:14:15:4:2:14:15 chr16 33962832 . CA CG,GG 66.64 PASS AF=0.194444,0.0833333;AO=7,3;DP=36;FAO=7,3;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4,2;FSAR=3,1;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00707592,0.0239073;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=148.752,161.025;QD=7.40414;RBI=0.0197744,0.0286804;REFB=-0.00853734,-0.0051332;REVB=0.0184651,0.0158431;RO=25;SAF=4,2;SAR=3,1;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.15473,0.237638;STB=0.585962,0.680627;STBP=0.635,0.565;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0274974,0.0182494;OID=.,.;OPOS=33962833,33962832;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:36:36:25:26:7,3:7,3:0.194444,0.0833333:3,1:4,2:11:14:3,1:4,2:12:14 chr16 33962844 . C A 66.4 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00881495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.262;QD=6.9894;RBI=0.0303147;REFB=0.0240021;REVB=0.0290047;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129007;STB=0.598343;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0188178;OID=.;OPOS=33962844;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:38:38:27:28:8:8:0.210526:3:5:14:13:3:5:14:14 chr16 33962867 . C T 95.57 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00566973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.804;QD=7.35167;RBI=0.010335;REFB=-0.0112538;REVB=-0.008641;RO=39;SAF=8;SAR=5;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323241;STB=0.520093;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0287094;OID=.;OPOS=33962867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:5:8:23:16:5:8:23:16 chr16 33962868 . G A 56.54 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0176223;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.548;QD=4.3496;RBI=0.0176961;REFB=-0.00206559;REVB=0.00161493;RO=45;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276981;STB=0.541394;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0109841;OID=.;OPOS=33962868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:54:52:45:43:9:9:0.173077:4:5:26:19:4:5:26:17 chr16 33962877 . C T 47.89 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00863817;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2155;QD=3.04089;RBI=0.0225105;REFB=-0.00103049;REVB=-0.0207871;RO=54;SAF=5;SAR=4;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229504;STB=0.516093;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00464996;OID=.;OPOS=33962877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:63:54:54:9:9:0.142857:4:5:31:23:4:5:31:23 chr16 33962891 . A T 270.65 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0164416;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.336;QD=14.0595;RBI=0.0208512;REFB=0.00620476;REVB=0.0128236;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620871;STB=0.528997;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00579388;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:45:46:31:31:0.402597:14:17:22:23:14:17:23:23 chr16 33962900 . C T 30.06 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0131557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.674;QD=1.39797;RBI=0.0595895;REFB=-0.00163104;REVB=-0.0581191;RO=75;SAF=5;SAR=3;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166315;STB=0.635501;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00476992;OID=.;OPOS=33962900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:86:86:75:78:8:8:0.0930233:3:5:36:39:3:5:37:41 chr16 33962904 . T A 36.82 PASS AF=0.1;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0141223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6191;QD=1.6365;RBI=0.0512307;REFB=-0.00430074;REVB=-0.0492458;RO=80;SAF=6;SAR=3;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263693;STB=0.695229;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0804753;OID=.;OPOS=33962904;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:90:80:81:9:9:0.1:3:6:35:45:3:6:36:45 chr16 33962907 . AGGA CAAG,CGGG,TGGG 312.48 PASS AF=0.0674157,0.0674157,0.292135;AO=6,6,25;DP=91;FAO=6,6,26;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=3,4,15;FSAR=3,2,11;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00272285,-0.000188722,0.0129672;FXX=0.0219756;HRUN=2,2,2;LEN=4,4,4;MLLD=139.09,153.499,178.564;QD=14.0439;RBI=0.0102585,0.0137919,0.0217842;REFB=-0.00815468,-0.000491468,0.000696478;REVB=-0.00989059,-0.0137906,-0.0175043;RO=50;SAF=3,4,15;SAR=3,2,10;SRF=21;SRR=29;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0923878,0.277558,0.204017;STB=0.578691,0.718411,0.608226;STBP=0.735,0.296,0.162;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.0200201,0.00330393,-0.00172585;OID=.,.,.;OPOS=33962907,33962907,33962907;OREF=AGGA,AGGA,AGGA;OALT=CAAG,CGGG,TGGG;OMAPALT=CAAG,CGGG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:91:89:50:51:6,6,25:6,6,26:0.0674157,0.0674157,0.292135:3,2,10:3,4,15:21:29:3,2,11:3,4,15:21:30 chr16 33962918 . G A 47.49 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=101;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.00183882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.747;QD=1.88087;RBI=0.00990888;REFB=-0.0062037;REVB=-0.00973677;RO=90;SAF=6;SAR=5;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107161;STB=0.579463;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0355018;OID=.;OPOS=33962918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:101:90:90:11:11:0.108911:5:6:41:49:5:6:41:49 chr16 33962923 . G A 176.14 PASS AF=0.252427;AO=26;DP=105;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.00188368;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.902;QD=6.84018;RBI=0.0165292;REFB=0.00795213;REVB=0.0164215;RO=79;SAF=15;SAR=11;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210495;STB=0.618923;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0198053;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:79:77:26:26:0.252427:11:15:32:47:11:15:32:45 chr16 33962930 . G T 182.72 PASS AF=0.245614;AO=28;DP=114;FAO=28;FDP=114;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.0154322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.428;QD=6.41125;RBI=0.0201066;REFB=-0.00801926;REVB=0.0128889;RO=86;SAF=16;SAR=12;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23026;STB=0.638725;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0267165;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:86:86:28:28:0.245614:12:16:33:53:12:16:33:53 chr16 33962978 . AT GC 141.48 PASS AF=0.16875;AO=27;DP=160;FAO=27;FDP=160;FR=.;FRO=133;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=77;FWDB=0.00714268;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.056;QD=3.53693;RBI=0.00819152;REFB=0.00398901;REVB=-0.00401038;RO=131;SAF=1;SAR=26;SRF=56;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637609;STB=0.934613;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.0326554;OID=.;OPOS=33962978;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:131:133:27:27:0.16875:26:1:56:75:26:1:56:77 chr16 33962996 . TG CG,CT 1005.94 PASS AF=0.62406,0.0300752;AO=79,17;DP=143;FAO=83,4;FDP=133;FR=.;FRO=46;FSAF=25,3;FSAR=58,1;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00745547,-0.0113298;FXX=0.101345;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=256.575,159.333;QD=30.2537;RBI=0.013117,0.0226575;REFB=-0.0137105,-0.00734427;REVB=0.0107921,0.0196213;RO=46;SAF=24,6;SAR=55,11;SRF=20;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10054,-0.103228;STB=0.554127,0.777519;STBP=0.12,0.298;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00487478,0.0281758;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:133:46:46:79,17:83,4:0.62406,0.0300752:55,11:24,6:20:26:58,1:25,3:20:26 chr16 33963000 . T C 897.47 PASS AF=0.568493;AO=71;DP=134;FAO=83;FDP=146;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00903065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.384;QD=24.5883;RBI=0.0364313;REFB=-0.0157067;REVB=0.0352943;RO=63;SAF=23;SAR=48;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838203;STB=0.561462;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0113616;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:146:63:63:71:83:0.568493:48:23:26:37:59:24:26:37 chr16 33963003 . A G 550.55 PASS AF=0.521277;AO=32;DP=145;FAO=49;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00199056;FXX=0.347198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.252;QD=23.4276;RBI=0.044025;REFB=-0.0181215;REVB=0.04398;RO=65;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636174;STB=0.600269;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.023378;OID=.;OPOS=33963003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:94:65:42:32:49:0.521277:19:13:23:42:36:13:19:23 chr16 33963004 . G A 92.04 PASS AF=0.13125;AO=21;DP=160;FAO=21;FDP=160;FR=.;FRO=139;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=92;FWDB=-0.0100787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.49;QD=2.30109;RBI=0.031443;REFB=-0.00177499;REVB=-0.0297839;RO=139;SAF=4;SAR=17;SRF=47;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231081;STB=0.665211;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0602069;OID=.;OPOS=33963004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:160:160:139:139:21:21:0.13125:17:4:47:92:17:4:47:92 chr16 33963015 . T C 1999.52 PASS AF=0.666667;AO=171;DP=257;FAO=172;FDP=258;FR=.;FRO=86;FSAF=47;FSAR=125;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.011232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.048;QD=31.0003;RBI=0.0336347;REFB=-0.0232045;REVB=0.0317039;RO=84;SAF=47;SAR=124;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119841;STB=0.570768;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0119712;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:258:84:86:171:172:0.666667:124:47:37:47:125:47:39:47 chr16 33963020 . C A 3698.05 PASS AF=0.80758;AO=225;DP=345;FAO=277;FDP=343;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=75;FSAR=202;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0876069;FXX=0.00867027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.2;QD=43.126;RBI=0.0908116;REFB=-0.0382505;REVB=0.0239118;RO=66;SAF=50;SAR=175;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147422;STB=0.549775;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.010792;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:343:66:66:225:277:0.80758:175:50:32:34:202:75:32:34 chr16 33963024 . A C 52.41 PASS AF=0.0619469;AO=28;DP=469;FAO=28;FDP=452;FR=.;FRO=424;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=121;FSRR=303;FWDB=0.0364904;FXX=0.0362466;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2911;QD=0.463807;RBI=0.0782541;REFB=0.000331628;REVB=0.0692254;RO=439;SAF=14;SAR=14;SRF=120;SRR=319;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259118;STB=0.701207;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00685199;OID=.;OPOS=33963024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:469:452:439:424:28:28:0.0619469:14:14:120:319:14:14:121:303 chr16 33963041 . C T 113.98 PASS AF=0.0643216;AO=62;DP=991;FAO=64;FDP=995;FR=.;FRO=931;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=337;FSRR=594;FWDB=-0.00498269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.447;QD=0.458228;RBI=0.0050376;REFB=5.09824e-06;REVB=0.000741717;RO=929;SAF=31;SAR=31;SRF=336;SRR=593;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153444;STB=0.629108;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000136463;OID=.;OPOS=33963041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:991:995:929:931:62:64:0.0643216:31:31:336:593:32:32:337:594 chr16 33963046 . T C 14414.6 PASS AF=0.916512;AO=927;DP=1028;FAO=988;FDP=1078;FR=.;FRO=90;FSAF=372;FSAR=616;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.000866104;FXX=0.00919109;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.22;QD=53.4865;RBI=0.0661611;REFB=-0.024764;REVB=0.0661554;RO=90;SAF=364;SAR=563;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130271;STB=0.507983;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00489965;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1028:1078:90:90:927:988:0.916512:563:364:42:48:616:372:42:48 chr16 33963086 . A G 19259.1 PASS AF=0.95906;AO=1271;DP=1318;FAO=1265;FDP=1319;FR=.;FRO=54;FSAF=503;FSAR=762;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0233074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.623;QD=58.4051;RBI=0.0344904;REFB=-0.0259648;REVB=0.0254235;RO=41;SAF=508;SAR=763;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000929109;STB=0.505943;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00403726;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:1318:1319:41:54:1271:1265:0.95906:763:508:17:24:762:503:29:25 chr16 33963106 . T C 20022.2 PASS AF=0.974359;AO=1292;DP=1331;FAO=1292;FDP=1326;FR=.;FRO=34;FSAF=521;FSAR=771;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0105434;FXX=0.00375655;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.831;QD=60.3989;RBI=0.0110457;REFB=-0.0664727;REVB=0.00329312;RO=29;SAF=521;SAR=771;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124435;STB=0.508036;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000861163;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:1331:1326:29:34:1292:1292:0.974359:771:521:20:9:771:521:24:10 chr16 33963108 . A G 19257.5 PASS AF=0.956916;AO=1253;DP=1309;FAO=1266;FDP=1323;FR=.;FRO=57;FSAF=525;FSAR=741;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0181705;FXX=0.00150942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.556;QD=58.2238;RBI=0.0197275;REFB=0.00754513;REVB=-0.00768156;RO=55;SAF=513;SAR=740;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00374104;STB=0.50106;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000627544;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:1309:1323:55:57:1253:1266:0.956916:740:513:25:30:741:525:25:32 chr16 33963175 . C G 23283.0 PASS AF=0.988048;AO=1479;DP=1504;FAO=1488;FDP=1506;FR=.;FRO=18;FSAF=664;FSAR=824;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0207712;FXX=0.00264899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.088;QD=61.8407;RBI=0.0220518;REFB=-0.0373011;REVB=-0.00740556;RO=19;SAF=655;SAR=824;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334055;STB=0.50065;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.000416314;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:1504:1506:19:18:1479:1488:0.988048:824:655:11:8:824:664:9:9 chr16 33963202 . A G 15702.4 PASS AF=0.985294;AO=1002;DP=1017;FAO=1005;FDP=1020;FR=.;FRO=15;FSAF=447;FSAR=558;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00480377;FXX=0.00195693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.745;QD=61.5782;RBI=0.0112856;REFB=-0.0295309;REVB=0.0102121;RO=15;SAF=445;SAR=557;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000643496;STB=0.500326;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000371119;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:1017:1020:15:15:1002:1005:0.985294:557:445:7:8:558:447:7:8 chr16 33963210 . AT GC 13036.3 PASS AF=0.984706;AO=833;DP=868;FAO=837;FDP=850;FR=.;FRO=13;FSAF=382;FSAR=455;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.000157074;FXX=0.0207371;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.184;QD=61.3471;RBI=0.0338744;REFB=-0.0255459;REVB=-0.033874;RO=13;SAF=379;SAR=454;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000193957;STB=0.500079;STBP=0.967;TYPE=mnp;VARB=0.00032268;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:868:850:13:13:833:837:0.984706:454:379:6:7:455:382:6:7 chr16 33963224 . T C 11281.6 PASS AF=0.976032;AO=732;DP=752;FAO=733;FDP=751;FR=.;FRO=18;FSAF=362;FSAR=371;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0239202;FXX=0.00132977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7624;QD=60.0883;RBI=0.0250177;REFB=-0.0238237;REVB=0.00732893;RO=15;SAF=361;SAR=371;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357286;STB=0.503848;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000379175;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:752:751:15:18:732:733:0.976032:371:361:6:9:371:362:6:12 chr16 33963248 . T C 10739.9 PASS AF=0.950928;AO=714;DP=752;FAO=717;FDP=754;FR=.;FRO=37;FSAF=316;FSAR=401;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0145583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.199;QD=56.9756;RBI=0.0271212;REFB=-0.0427656;REVB=0.0228827;RO=34;SAF=315;SAR=399;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231981;STB=0.511661;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00186679;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:752:754:34:37:714:717:0.950928:399:315:24:10:401:316:25:12 chr16 33963279 . T C 9235.74 PASS AF=0.922515;AO=637;DP=684;FAO=631;FDP=684;FR=.;FRO=53;FSAF=243;FSAR=388;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=-0.0139791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3673;QD=54.0102;RBI=0.018783;REFB=0.0259652;REVB=0.0125453;RO=46;SAF=248;SAR=389;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523812;STB=0.53282;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00999974;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:684:684:46:53:637:631:0.922515:389:248:36:10:388:243:42:11 chr16 33963283 . C CGG 5766.75 PASS AF=0.959484;AO=416;DP=681;FAO=521;FDP=543;FR=.;FRO=22;FSAF=172;FSAR=349;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.111481;FXX=0.0670092;HRUN=2;LEN=2;MLLD=27.6166;QD=42.4807;RBI=0.111855;REFB=-0.0308344;REVB=0.00914467;RO=200;SAF=91;SAR=325;SRF=154;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376266;STB=0.509796;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.00384862;OID=.;OPOS=33963284;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.959484:416:681:521:543:22:172:349:12:10:12:200:91:325:154:46 chr16 33963288 . CA CG,GG 8089.85 PASS AF=0.955908,0;AO=490,37;DP=573;FAO=542,0;FDP=567;FR=.;FRO=25;FSAF=181,0;FSAR=361,0;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0161918,0.0041456;FXX=0.010471;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=135.196,92.8033;QD=57.0712;RBI=0.0165379,0.00424934;REFB=-0.0131235,-0.00175152;REVB=0.0033659,0.000933235;RO=27;SAF=130,37;SAR=360,0;SRF=16;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0408928,0.857489;STB=0.511119,0.5;STBP=0.022,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000823304,0;OID=.,.;OPOS=33963289,33963288;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:573:567:27:25:490,37:542,0:0.955908,0:360,0:130,37:16:11:361,0:181,0:14:11 chr16 33963329 . T C 5463.0 PASS AF=0.898824;AO=378;DP=422;FAO=382;FDP=425;FR=.;FRO=43;FSAF=158;FSAR=224;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0208478;FXX=0.00234736;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7137;QD=51.4165;RBI=0.0276639;REFB=-0.0110705;REVB=-0.0181841;RO=43;SAF=155;SAR=223;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387234;STB=0.519786;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00248953;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:425:43:43:378:382:0.898824:223:155:26:17:224:158:26:17 chr16 33963332 . A G 5736.85 PASS AF=0.922353;AO=389;DP=424;FAO=392;FDP=425;FR=.;FRO=33;FSAF=171;FSAR=221;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0202731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4992;QD=53.9938;RBI=0.0216785;REFB=-0.0357203;REVB=-0.00767871;RO=32;SAF=171;SAR=218;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134266;STB=0.508602;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00240984;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:424:425:32:33:389:392:0.922353:218:171:17:15:221:171:18:15 chr16 33963395 . AT TC 2602.33 PASS AF=0.797619;AO=161;DP=257;FAO=201;FDP=252;FR=.;FRO=51;FSAF=79;FSAR=122;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0122108;FXX=0.027026;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.967;QD=41.3068;RBI=0.0335075;REFB=-0.0227421;REVB=0.0312033;RO=51;SAF=67;SAR=94;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038785;STB=0.51273;STBP=0.433;TYPE=mnp;VARB=0.00634622;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:252:51:51:161:201:0.797619:94:67:17:34:122:79:17:34 chr16 33963424 . A G 1464.48 PASS AF=0.673913;AO=111;DP=173;FAO=124;FDP=184;FR=.;FRO=60;FSAF=46;FSAR=78;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0237775;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.415;QD=31.8365;RBI=0.0582303;REFB=-0.0258278;REVB=-0.0531545;RO=60;SAF=34;SAR=77;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453262;STB=0.501504;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00611965;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:184:60:60:111:124:0.673913:77:34:22:38:78:46:22:38 chr16 33963427 . T C 1198.18 PASS AF=0.646067;AO=90;DP=161;FAO=115;FDP=178;FR=.;FRO=63;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00728228;FXX=0.0378358;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.761;QD=26.9254;RBI=0.0285434;REFB=-0.0161419;REVB=0.0275988;RO=54;SAF=28;SAR=62;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753314;STB=0.507041;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00684345;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:178:54:63:90:115:0.646067:62:28:22:32:69:46:24:39 chr16 33963437 . T C 2420.39 PASS AF=0.751938;AO=194;DP=258;FAO=194;FDP=258;FR=.;FRO=64;FSAF=59;FSAR=135;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.0164384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.0588;QD=37.5254;RBI=0.016454;REFB=-0.00249998;REVB=-0.000717395;RO=64;SAF=59;SAR=135;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300117;STB=0.515986;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00501781;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:64:64:194:194:0.751938:135:59:23:41:135:59:23:41 chr16 33963445 . A G 2927.33 PASS AF=0.762712;AO=223;DP=294;FAO=225;FDP=295;FR=.;FRO=70;FSAF=73;FSAR=152;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.00872858;FXX=0.00673378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4006;QD=39.6925;RBI=0.060576;REFB=-0.00341366;REVB=-0.0599438;RO=69;SAF=72;SAR=151;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027123;STB=0.516391;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.000998501;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:295:69:70:223:225:0.762712:151:72:26:43:152:73:27:43 chr16 33963468 . A G 46.05 PASS AF=0.0647059;AO=22;DP=340;FAO=22;FDP=340;FR=.;FRO=318;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=109;FSRR=209;FWDB=-0.013664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.275;QD=0.541808;RBI=0.0136719;REFB=0.00163957;REVB=0.000464275;RO=315;SAF=7;SAR=15;SRF=109;SRR=206;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336084;STB=0.525974;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0136003;OID=.;OPOS=33963468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:340:340:315:318:22:22:0.0647059:15:7:109:206:15:7:109:209 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 2455.02 PASS AF=0.606164,0.116438;AO=174,33;DP=300;FAO=177,34;FDP=292;FR=.;FRO=81;FSAF=55,10;FSAR=122,24;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.0117499,-0.0138725;FXX=0.0363024;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=210.16,112.357;QD=33.6304;RBI=0.0215186,0.0305303;REFB=0.0100221,0.00403879;REVB=0.0180275,0.0271965;RO=78;SAF=54,9;SAR=120,24;SRF=31;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0573762,-0.169055;STB=0.525859,0.570722;STBP=0.259,0.362;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00342039,-0.0141879;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:292:78:81:174,33:177,34:0.606164,0.116438:120,24:54,9:31:47:122,24:55,10:31:50 chr16 33963490 . T C 1807.55 PASS AF=0.580986;AO=165;DP=285;FAO=165;FDP=284;FR=.;FRO=119;FSAF=56;FSAR=109;FSRF=41;FSRR=78;FWDB=-0.0659072;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6119;QD=25.4584;RBI=0.0879257;REFB=0.00662273;REVB=0.0581995;RO=112;SAF=56;SAR=109;SRF=40;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01472;STB=0.502399;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0051059;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:284:112:119:165:165:0.580986:109:56:40:72:109:56:41:78 chr16 33963528 . T C 1714.97 PASS AF=0.69378;AO=136;DP=203;FAO=145;FDP=209;FR=.;FRO=64;FSAF=52;FSAR=93;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.00374923;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.822;QD=32.8223;RBI=0.0139734;REFB=-0.036601;REVB=0.013461;RO=63;SAF=45;SAR=91;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735734;STB=0.525866;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0150283;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:209:63:64:136:145:0.69378:91:45:28:35:93:52:28:36 chr16 33963560 . C A 54.74 PASS AF=0.0885417;AO=17;DP=192;FAO=17;FDP=192;FR=.;FRO=175;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=98;FWDB=-0.0291252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.601;QD=1.1404;RBI=0.0348465;REFB=-0.00162185;REVB=-0.0191312;RO=175;SAF=4;SAR=13;SRF=77;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254701;STB=0.703153;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0172271;OID=.;OPOS=33963560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:192:192:175:175:17:17:0.0885417:13:4:77:98:13:4:77:98 chr16 33963563 . G C 1145.08 PASS AF=0.583333;AO=105;DP=180;FAO=105;FDP=180;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00305709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.166;QD=25.4461;RBI=0.00879551;REFB=-0.00823462;REVB=-0.00824713;RO=75;SAF=38;SAR=67;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136397;STB=0.574145;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00486269;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:75:75:105:105:0.583333:67:38:40:35:67:38:40:35 chr16 33963571 . T C 1018.61 PASS AF=0.59375;AO=95;DP=160;FAO=95;FDP=160;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00197839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.851;QD=25.4652;RBI=0.0166261;REFB=0.00856729;REVB=0.016508;RO=65;SAF=39;SAR=56;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11984;STB=0.565042;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00753727;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:65:65:95:95:0.59375:56:39:37:28:56:39:37:28 chr16 33963588 . G A 73.38 PASS AF=0.122302;AO=17;DP=139;FAO=17;FDP=139;FR=.;FRO=122;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=48;FWDB=0.00351721;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.391;QD=2.11159;RBI=0.00620842;REFB=-0.000842546;REVB=0.00511602;RO=120;SAF=6;SAR=11;SRF=74;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318185;STB=0.712894;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0103348;OID=.;OPOS=33963588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:139:139:120:122:17:17:0.122302:11:6:74:46:11:6:74:48 chr16 33963591 . T C 252.07 PASS AF=0.289256;AO=35;DP=121;FAO=35;FDP=121;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.00978453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.097;QD=8.33277;RBI=0.0104392;REFB=0.000113782;REVB=-0.00363874;RO=83;SAF=27;SAR=8;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382308;STB=0.737563;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000319808;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:83:86:35:35:0.289256:8:27:39:44:8:27:39:47 chr16 33963595 . A G 362.96 PASS AF=0.41;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.017929;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5144;QD=14.5186;RBI=0.0594572;REFB=0.00531895;REVB=-0.0566896;RO=59;SAF=22;SAR=19;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029419;STB=0.516626;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00591289;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:59:59:41:41:0.41:19:22:30:29:19:22:30:29 chr16 33963597 . C T 377.55 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00627678;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.102;QD=15.2547;RBI=0.00684567;REFB=0.00217373;REVB=0.00273225;RO=56;SAF=25;SAR=17;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800582;STB=0.550636;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00269786;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:56:57:42:42:0.424242:17:25:29:27:17:25:29:28 chr16 33963599 . T C 135.51 PASS AF=0.21;AO=21;DP=101;FAO=21;FDP=100;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0204394;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2042;QD=5.42019;RBI=0.020444;REFB=0.00704076;REVB=-0.00043058;RO=78;SAF=18;SAR=3;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515338;STB=0.824666;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0297627;OID=.;OPOS=33963599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:78:79:21:21:0.21:3:18:37:41:3:18:38:41 chr16 33963605 . T C 512.21 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0416095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.949;QD=18.6259;RBI=0.0459235;REFB=-0.016506;REVB=-0.0194325;RO=56;SAF=32;SAR=22;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036841;STB=0.520408;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0210392;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:22:32:31:25:22:32:31:25 chr16 33963624 . T C 294.21 PASS AF=0.302326;AO=39;DP=131;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.00873784;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.309;QD=9.12275;RBI=0.0229511;REFB=0.00279107;REVB=-0.0212227;RO=89;SAF=32;SAR=7;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4133;STB=0.75519;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00376464;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:89:90:39:39:0.302326:7:32:46:43:7:32:45:45 chr16 33963636 . AA GG 308.74 PASS AF=0.29078;AO=41;DP=142;FAO=41;FDP=141;FR=.;FRO=100;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=0.0110852;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=2;MLLD=280.516;QD=8.75852;RBI=0.0118588;REFB=-0.00264568;REVB=0.00421286;RO=99;SAF=34;SAR=7;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423428;STB=0.750784;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00531229;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:99:100:41:41:0.29078:7:34:52:47:7:34:53:47 chr16 33963643 . CAA C,TAA 140.25 PASS AF=0.133858,0.0708661;AO=16,9;DP=128;FAO=17,9;FDP=127;FR=.;FRO=101;FSAF=8,5;FSAR=9,4;FSRF=68;FSRR=33;FWDB=0.0647564,0.00814959;FXX=0.00781189;HRUN=3,2;LEN=2,1;MLLD=41.2455,209.634;QD=4.41729;RBI=0.0830908,0.0386479;REFB=-0.000224134,-0.00109688;REVB=-0.0520644,-0.0377788;RO=92;SAF=8,5;SAR=8,4;SRF=67;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.298335,-0.21786;STB=0.670407,0.611929;STBP=0.163,0.501;TYPE=del,snp;VARB=-0.00518705,0.0289278;OID=.,.;OPOS=33963644,33963643;OREF=AA,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:128:127:92:101:16,9:17,9:0.133858,0.0708661:8,4:8,5:67:25:9,4:8,5:68:33 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G 81.76 PASS AF=0.211009;AO=23;DP=113;FAO=23;FDP=109;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.00306436;FXX=0.0762647;HRUN=3;LEN=8;MLLD=320.153;QD=3.00034;RBI=0.0160195;REFB=-0.0049621;REVB=-0.0157237;RO=71;SAF=20;SAR=3;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475303;STB=0.839576;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0156142;OID=.;OPOS=33963654;OREF=GGTTTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211009:23:113:23:109:86:20:3:41:45:81:71:20:3:39:32 chr16 33963678 . C T 1232.36 PASS AF=0.719424;AO=99;DP=139;FAO=100;FDP=139;FR=.;FRO=39;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0143108;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.803;QD=35.4635;RBI=0.0153381;REFB=-0.00448355;REVB=-0.00551877;RO=37;SAF=52;SAR=47;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334596;STB=0.512038;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00164209;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:37:39:99:100:0.719424:47:52:17:20:47:53:19:20 chr16 33963708 . GT AC 99.13 PASS AF=0.151515;AO=20;DP=133;FAO=20;FDP=132;FR=.;FRO=112;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=-0.0109928;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=2;MLLD=218.571;QD=3.00395;RBI=0.0113505;REFB=0.000679832;REVB=0.00282692;RO=112;SAF=19;SAR=1;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.66678;STB=0.948087;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.010126;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:112:112:20:20:0.151515:1:19:48:64:1:19:48:64 chr16 33963722 . C G 416.93 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=130;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=26;FWDB=0.0016958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.315;QD=12.8285;RBI=0.00493197;REFB=-0.00189281;REVB=-0.00463126;RO=81;SAF=16;SAR=33;SRF=55;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37604;STB=0.712725;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00475274;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:81:81:49:49:0.376923:33:16:55:26:33:16:55:26 chr16 33963732 . AG CA,CG 346.43 PASS AF=0.0390625,0.3125;AO=5,40;DP=128;FAO=5,40;FDP=128;FR=.;FRO=83;FSAF=4,13;FSAR=1,27;FSRF=57;FSRR=26;FWDB=-0.0214934,0.00556198;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=136.515,121.331;QD=10.8259;RBI=0.0215935,0.0176104;REFB=-0.00474028,0.00135185;REVB=0.00207738,-0.016709;RO=83;SAF=4,13;SAR=1,27;SRF=57;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.134656,-0.405004;STB=0.638439,0.732733;STBP=0.628,0.001;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0143572,-0.00187442;OID=.,.;OPOS=33963732,33963732;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:128:128:83:83:5,40:5,40:0.0390625,0.3125:1,27:4,13:57:26:1,27:4,13:57:26 chr16 33963737 . GC AT 734.4 PASS AF=0.366667;AO=43;DP=121;FAO=44;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.00946686;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.757;QD=24.4801;RBI=0.0120689;REFB=-0.0149998;REVB=0.00748579;RO=49;SAF=17;SAR=26;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315628;STB=0.683302;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.000907774;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:49:48:43:44:0.366667:26:17:36:13:27:17:36:12 chr16 33963769 . C A 746.59 PASS AF=0.717647;AO=61;DP=86;FAO=61;FDP=85;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=4.02065e-05;FXX=0.0116266;HRUN=5;LEN=1;MLLD=340.196;QD=35.1336;RBI=0.00864297;REFB=-0.000990785;REVB=0.00864288;RO=24;SAF=29;SAR=32;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129201;STB=0.506953;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000364965;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:24:24:61:61:0.717647:32:29:12:12:32:29:12:12 chr16 33963775 . G C 377.77 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0523363;FXX=0.370745;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.5778;QD=26.9838;RBI=0.0546684;REFB=0.0230959;REVB=0.015797;RO=19;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117349;STB=0.566405;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00692275;OID=.;OPOS=33963775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:56:19:19:20:20:0.357143:6:14:11:8:6:14:11:8 chr16 33963778 . G A 56.97 PASS AF=0.117117;AO=13;DP=111;FAO=13;FDP=111;FR=.;FRO=98;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.0178886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.519;QD=2.05285;RBI=0.0194671;REFB=-0.00136478;REVB=0.0076789;RO=98;SAF=3;SAR=10;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294471;STB=0.717135;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0098702;OID=.;OPOS=33963778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:111:111:98:98:13:13:0.117117:10:3:45:53:10:3:45:53 chr16 33963783 . G C,T 1198.36 PASS AF=0.2,0.634783;AO=23,73;DP=115;FAO=23,73;FDP=115;FR=.;FRO=19;FSAF=2,37;FSAR=21,36;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00768235,0.0161838;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=132.342,178.426;QD=41.6821;RBI=0.022611,0.020878;REFB=0.00232538,-0.00503685;REVB=0.0212659,0.0131899;RO=19;SAF=2,37;SAR=21,36;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.566543,-0.0278924;STB=0.824421,0.514895;STBP=0.001,0.623;TYPE=snp,snp;VARB=0.0123873,0.00012821;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:115:115:19:19:23,73:23,73:0.2,0.634783:21,36:2,37:11:8:21,36:2,37:11:8 chr16 33963788 . A C 94.93 PASS AF=0.13986;AO=20;DP=143;FAO=20;FDP=143;FR=.;FRO=123;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=87;FWDB=-0.00644619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.234;QD=2.65531;RBI=0.00650316;REFB=-0.000932516;REVB=-0.000858889;RO=121;SAF=14;SAR=6;SRF=36;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477382;STB=0.81248;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00548986;OID=.;OPOS=33963788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:143:143:121:123:20:20:0.13986:6:14:36:85:6:14:36:87 chr16 33963809 . G C 2165.77 PASS AF=0.799043;AO=167;DP=209;FAO=167;FDP=209;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=145;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00738752;FXX=0.0187785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6182;QD=41.4501;RBI=0.0305183;REFB=-0.0334552;REVB=0.0296107;RO=40;SAF=22;SAR=145;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273927;STB=0.65033;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00642152;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:40:42:167:167:0.799043:145:22:23:17:145:22:24:18 chr16 33963816 . TG GA 1558.12 PASS AF=0.627803;AO=136;DP=226;FAO=140;FDP=223;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=130;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.013722;FXX=0.0219289;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.34;QD=27.9484;RBI=0.0408951;REFB=-0.0317235;REVB=0.0385242;RO=83;SAF=10;SAR=126;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537875;STB=0.802039;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0375298;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:223:83:83:136:140:0.627803:126:10:42:41:130:10:43:40 chr16 33963822 . A G 2972.73 PASS AF=0.732308;AO=238;DP=325;FAO=238;FDP=325;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=203;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.00208308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.385;QD=36.5875;RBI=0.00482595;REFB=-0.0262935;REVB=-0.00435322;RO=85;SAF=35;SAR=203;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269423;STB=0.642946;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00937696;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:325:85:87:238:238:0.732308:203:35:42:43:203:35:42:45 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 5734.88 PASS AF=0.774131,0.0656371;AO=388,34;DP=524;FAO=401,34;FDP=518;FR=.;FRO=83;FSAF=123,34;FSAR=278,0;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.00159599,-0.00730409;FXX=0.00956005;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=196.715,101.774;QD=44.2848;RBI=0.0172228,0.0440145;REFB=-0.0188057,-0.00750046;REVB=-0.0171487,-0.0434043;RO=88;SAF=120,34;SAR=268,0;SRF=44;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0755271,0.806984;STB=0.538967,0.999618;STBP=0.001,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00745123,-0.0226057;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:524:518:88:83:388,34:401,34:0.774131,0.0656371:268,0:120,34:44:44:278,0:123,34:42:41 chr16 33963855 . T C 13555.7 PASS AF=0.902604;AO=935;DP=1038;FAO=936;FDP=1037;FR=.;FRO=101;FSAF=356;FSAR=580;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=0.00168551;FXX=0.00192491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8684;QD=52.2883;RBI=0.00388597;REFB=0.0159775;REVB=0.0035014;RO=96;SAF=356;SAR=579;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203386;STB=0.508745;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00112674;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1038:1037:96:101:935:936:0.902604:579:356:47:49:580:356:47:54 chr16 33963875 . A G 22061.5 PASS AF=0.978547;AO=1408;DP=1439;FAO=1414;FDP=1445;FR=.;FRO=31;FSAF=616;FSAR=798;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0138281;FXX=0.000691558;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4763;QD=61.07;RBI=0.0424254;REFB=0.0339829;REVB=-0.0401086;RO=31;SAF=613;SAR=795;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000670277;STB=0.500355;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.000615453;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:1439:1445:31:31:1408:1414:0.978547:795:613:13:18:798:616:13:18 chr16 33963881 . C G 20958.9 PASS AF=0.930171;AO=1406;DP=1526;FAO=1412;FDP=1518;FR=.;FRO=106;FSAF=606;FSAR=806;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=-0.00232708;FXX=0.00784309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.014;QD=55.2276;RBI=0.0230541;REFB=0.00471616;REVB=-0.0229364;RO=101;SAF=600;SAR=806;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011481;STB=0.506379;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.000333652;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1526:1518:101:106:1406:1412:0.930171:806:600:52:49:806:606:55:51 chr16 33963912 . T C 27111.6 PASS AF=0.970264;AO=1755;DP=1813;FAO=1762;FDP=1816;FR=.;FRO=54;FSAF=796;FSAR=966;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0264627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.334;QD=59.7172;RBI=0.0335942;REFB=-0.0589449;REVB=0.0206954;RO=54;SAF=795;SAR=960;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00163829;STB=0.500892;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00128803;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:1813:1816:54:54:1755:1762:0.970264:960:795:26:28:966:796:26:28 chr16 33963961 . C G 29345.4 PASS AF=0.96272;AO=1994;DP=2091;FAO=1911;FDP=1985;FR=.;FRO=74;FSAF=848;FSAR=1063;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0327565;FXX=0.00749996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.247;QD=59.1343;RBI=0.0339308;REFB=-0.037219;REVB=-0.0088493;RO=70;SAF=886;SAR=1108;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00103359;STB=0.502123;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000757561;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:2091:1985:70:74:1994:1911:0.96272:1108:886:30:40:1063:848:37:37 chr16 33963975 . A G 27323.6 PASS AF=0.923;AO=1857;DP=2013;FAO=1846;FDP=2000;FR=.;FRO=154;FSAF=841;FSAR=1005;FSRF=81;FSRR=73;FWDB=-0.00728935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.183;QD=54.6471;RBI=0.0107106;REFB=-0.000809642;REVB=0.00784746;RO=152;SAF=843;SAR=1014;SRF=79;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955492;STB=0.505458;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=4.8369e-05;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:2013:2000:152:154:1857:1846:0.923:1014:843:79:73:1005:841:81:73 chr16 33963991 . A G 27305.2 PASS AF=0.955828;AO=1787;DP=1875;FAO=1796;FDP=1879;FR=.;FRO=83;FSAF=833;FSAR=963;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0274385;FXX=0.00159404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.946;QD=58.127;RBI=0.0274525;REFB=0.00350528;REVB=-0.000877053;RO=85;SAF=827;SAR=960;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000679713;STB=0.500265;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00017365;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:1875:1879:85:83:1787:1796:0.955828:960:827:40:45:963:833:38:45 chr16 33964012 . C A 60.34 PASS AF=0.0455433;AO=70;DP=1534;FAO=70;FDP=1537;FR=.;FRO=1467;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=701;FSRR=766;FWDB=-0.00748917;FXX=0.000650191;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.831;QD=0.15703;RBI=0.0223489;REFB=-0.0007892;REVB=-0.0210567;RO=1459;SAF=42;SAR=28;SRF=701;SRR=758;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113523;STB=0.615789;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0141801;OID=.;OPOS=33964012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:1534:1537:1459:1467:70:70:0.0455433:28:42:701:758:28:42:701:766 chr16 33964017 . A G 18931.9 PASS AF=0.936681;AO=1151;DP=1249;FAO=1287;FDP=1374;FR=.;FRO=87;FSAF=594;FSAR=693;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.00239715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2188;QD=55.1146;RBI=0.00463329;REFB=-0.0187101;REVB=0.00396497;RO=85;SAF=561;SAR=590;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005508;STB=0.503546;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00079767;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1249:1374:85:87:1151:1287:0.936681:590:561:45:40:693:594:45:42 chr16 33964025 . C T 116.38 PASS AF=0.0593607;AO=59;DP=1295;FAO=78;FDP=1314;FR=.;FRO=1236;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=585;FSRR=651;FWDB=0.0595978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.36;QD=0.354269;RBI=0.0613122;REFB=-0.0011483;REVB=-0.0143975;RO=1232;SAF=31;SAR=28;SRF=584;SRR=648;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488353;STB=0.60873;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0273651;OID=.;OPOS=33964025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1295:1314:1232:1236:59:78:0.0593607:28:31:584:648:32:46:585:651 chr16 33964028 . G A 62.14 PASS AF=0.048336;AO=61;DP=1262;FAO=61;FDP=1262;FR=.;FRO=1201;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=574;FSRR=627;FWDB=-0.0346829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9116;QD=0.196958;RBI=0.0783106;REFB=-0.00052127;REVB=-0.0702115;RO=1194;SAF=32;SAR=29;SRF=571;SRR=623;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452623;STB=0.544299;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.014129;OID=.;OPOS=33964028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:1262:1262:1194:1201:61:61:0.048336:29:32:571:623:29:32:574:627 chr16 33964048 . G A 114.17 PASS AF=0.0640155;AO=66;DP=1030;FAO=66;FDP=1031;FR=.;FRO=965;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=432;FSRR=533;FWDB=-0.0203349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7673;QD=0.442944;RBI=0.0321422;REFB=0.000598876;REVB=0.024892;RO=963;SAF=40;SAR=26;SRF=432;SRR=531;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16999;STB=0.645603;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00517423;OID=.;OPOS=33964048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1030:1031:963:965:66:66:0.0640155:26:40:432:531:26:40:432:533 chr16 33964050 . G A 115.34 PASS AF=0.0648703;AO=63;DP=1004;FAO=65;FDP=1002;FR=.;FRO=937;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=411;FSRR=526;FWDB=-0.015596;FXX=0.00199201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.898;QD=0.460453;RBI=0.0156863;REFB=-0.000142617;REVB=-0.00168065;RO=937;SAF=38;SAR=25;SRF=411;SRR=526;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176401;STB=0.661516;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00378763;OID=.;OPOS=33964050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1004:1002:937:937:63:65:0.0648703:25:38:411:526:25:40:411:526 chr16 33964062 . C T 397.91 PASS AF=0.128173;AO=100;DP=787;FAO=101;FDP=788;FR=.;FRO=687;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=224;FSRR=463;FWDB=-0.0487407;FXX=0.00505044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.388;QD=2.01986;RBI=0.051198;REFB=-0.01538;REVB=0.0156709;RO=684;SAF=52;SAR=48;SRF=223;SRR=461;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251825;STB=0.663117;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0591318;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:787:788:684:687:100:101:0.128173:48:52:223:461:49:52:224:463 chr16 33964064 . T C 6469.05 PASS AF=0.708672;AO=489;DP=736;FAO=523;FDP=738;FR=.;FRO=215;FSAF=123;FSAR=400;FSRF=119;FSRR=96;FWDB=0.00273571;FXX=0.00539076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6896;QD=35.0626;RBI=0.00654864;REFB=-0.0506378;REVB=0.00594984;RO=205;SAF=111;SAR=378;SRF=116;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230248;STB=0.613399;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0178997;OID=.;OPOS=33964064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:736:738:205:215:489:523:0.708672:378:111:116:89:400:123:119:96 chr16 33964070 . AG GC 5813.04 PASS AF=0.693997;AO=468;DP=697;FAO=474;FDP=683;FR=.;FRO=209;FSAF=125;FSAR=349;FSRF=118;FSRR=91;FWDB=0.0189168;FXX=0.0228895;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.698;QD=34.0442;RBI=0.0361285;REFB=-0.0572501;REVB=0.0307802;RO=207;SAF=125;SAR=343;SRF=116;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193711;STB=0.606596;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0195791;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:697:683:207:209:468:474:0.693997:343:125:116:91:349:125:118:91 chr16 33964082 . T C 5214.73 PASS AF=0.680818;AO=425;DP=637;FAO=433;FDP=636;FR=.;FRO=203;FSAF=123;FSAR=310;FSRF=110;FSRR=93;FWDB=0.00717498;FXX=0.00469476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.893;QD=32.7971;RBI=0.0162602;REFB=-0.0125182;REVB=0.0145916;RO=200;SAF=119;SAR=306;SRF=107;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1733;STB=0.593022;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00789143;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:637:636:200:203:425:433:0.680818:306:119:107:93:310:123:110:93 chr16 33964091 . T C 7766.41 PASS AF=0.918966;AO=454;DP=580;FAO=533;FDP=580;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=186;FSAR=347;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0454429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.006;QD=53.5614;RBI=0.0454715;REFB=-0.02533;REVB=0.00161347;RO=45;SAF=110;SAR=344;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702452;STB=0.518691;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00304486;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:580:580:45:46:454:533:0.918966:344:110:25:20:347:186:26:20 chr16 33964108 . G C 2462.69 PASS AF=0.555024;AO=230;DP=403;FAO=232;FDP=418;FR=.;FRO=186;FSAF=77;FSAR=155;FSRF=90;FSRR=96;FWDB=0.0294899;FXX=0.00712572;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.511;QD=23.5664;RBI=0.0351385;REFB=-0.0126799;REVB=0.0191066;RO=173;SAF=76;SAR=154;SRF=83;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127196;STB=0.572519;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0076398;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:403:418:173:186:230:232:0.555024:154:76:83:90:155:77:90:96 chr16 33964119 . A G 206.89 PASS AF=0.139466;AO=47;DP=337;FAO=47;FDP=337;FR=.;FRO=290;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=122;FSRR=168;FWDB=0.0141302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.952;QD=2.45569;RBI=0.0193834;REFB=-0.000177079;REVB=0.0132685;RO=288;SAF=20;SAR=27;SRF=122;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251939;STB=0.504265;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00101858;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:337:288:290:47:47:0.139466:27:20:122:166:27:20:122:168 chr16 33964134 . G C 1096.98 PASS AF=0.426523;AO=118;DP=277;FAO=119;FDP=279;FR=.;FRO=160;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=75;FSRR=85;FWDB=-0.0228568;FXX=0.0035713;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.44;QD=15.7273;RBI=0.0230678;REFB=0.00116762;REVB=0.00311265;RO=158;SAF=56;SAR=62;SRF=73;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012952;STB=0.505886;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00508839;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:279:158:160:118:119:0.426523:62:56:73:85:62:57:75:85 chr16 33964143 . T C 885.72 PASS AF=0.396154;AO=102;DP=259;FAO=103;FDP=260;FR=.;FRO=157;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=76;FSRR=81;FWDB=-0.0768599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6643;QD=13.6265;RBI=0.0839764;REFB=-0.00872381;REVB=-0.0338317;RO=153;SAF=52;SAR=50;SRF=74;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279639;STB=0.518402;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0122788;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:260:153:157:102:103:0.396154:50:52:74:79:50:53:76:81 chr16 33964153 . G T 212.46 PASS AF=0.165323;AO=41;DP=249;FAO=41;FDP=248;FR=.;FRO=207;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=102;FSRR=105;FWDB=-0.00411568;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.421;QD=3.42679;RBI=0.00718598;REFB=-0.00243397;REVB=-0.00589062;RO=205;SAF=20;SAR=21;SRF=100;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.414e-08;STB=0.50413;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0114453;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:205:207:41:41:0.165323:21:20:100:105:21:20:102:105 chr16 33964154 . C T 426.93 PASS AF=0.255144;AO=62;DP=244;FAO=62;FDP=243;FR=.;FRO=181;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=94;FSRR=87;FWDB=-0.0192801;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.878;QD=7.02763;RBI=0.0271405;REFB=-0.00919393;REVB=-0.0191019;RO=176;SAF=24;SAR=38;SRF=91;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162887;STB=0.599113;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0210924;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:176:181:62:62:0.255144:38:24:91:85:38:24:94:87 chr16 33964168 . G A 363.97 PASS AF=0.268041;AO=50;DP=192;FAO=52;FDP=194;FR=.;FRO=142;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=85;FSRR=57;FWDB=-0.0188392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.786;QD=7.50452;RBI=0.019476;REFB=-0.00910857;REVB=0.0049394;RO=141;SAF=20;SAR=30;SRF=85;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247906;STB=0.639994;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0186685;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:194:141:142:50:52:0.268041:30:20:85:56:31:21:85:57 chr16 33964196 . T C 242.12 PASS AF=0.257353;AO=35;DP=136;FAO=35;FDP=136;FR=.;FRO=101;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=0.00789925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.951;QD=7.12121;RBI=0.0147786;REFB=-0.00674735;REVB=-0.0124904;RO=101;SAF=19;SAR=16;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144888;STB=0.508685;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0184035;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:101:101:35:35:0.257353:16:19:56:45:16:19:56:45 chr16 33964202 . C T 607.99 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.00419967;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.309;QD=19.3012;RBI=0.00488026;REFB=-0.0096515;REVB=0.0024859;RO=64;SAF=28;SAR=34;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115943;STB=0.564043;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0150955;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:64:64:62:62:0.492063:34:28:37:27:34:28:37:27 chr16 33964204 . T G 176.48 PASS AF=0.227642;AO=28;DP=124;FAO=28;FDP=123;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.0223572;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.172;QD=5.73925;RBI=0.0256482;REFB=-0.003568;REVB=0.0125692;RO=95;SAF=11;SAR=17;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19344;STB=0.618633;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0231834;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:95:95:28:28:0.227642:17:11:52:43:17:11:52:43 chr16 33964233 . CC TA,TC 132.74 PASS AF=0.048,0.152;AO=6,19;DP=124;FAO=6,19;FDP=125;FR=.;FRO=100;FSAF=1,9;FSAR=5,10;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.0104993,-0.00691304;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=241.871,180.497;QD=4.2476;RBI=0.012513,0.00692035;REFB=-0.00439933,-0.00538644;REVB=-0.00680724,0.000317958;RO=99;SAF=1,9;SAR=5,10;SRF=52;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.34907,-0.0652296;STB=0.837398,0.54717;STBP=0.115,0.691;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0500705,0.023143;OID=.,.;OPOS=33964233,33964233;OREF=CC,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:97:124:125:99:100:6,19:6,19:0.048,0.152:5,10:1,9:52:47:5,10:1,9:53:47 chr16 33964237 . CT CG,TG 225.22 PASS AF=0.220339,0.0677966;AO=26,8;DP=118;FAO=26,8;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=12,2;FSAR=14,6;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.00744905,-0.0175575;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=185.26,241.18;QD=7.63452;RBI=0.0218439,0.0197219;REFB=-0.0113645,-0.00862752;REVB=-0.0205346,-0.00898261;RO=79;SAF=12,2;SAR=14,6;SRF=46;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.148859,-0.367763;STB=0.56541,0.765309;STBP=0.466,0.141;TYPE=snp,mnp;VARB=0.032432,0.0123526;OID=.,.;OPOS=33964238,33964237;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:79:84:26,8:26,8:0.220339,0.0677966:14,6:12,2:46:33:14,6:12,2:46:38 chr16 33964242 . CA CG,GG 144.19 PASS AF=0.125,0.0916667;AO=15,11;DP=121;FAO=15,11;FDP=120;FR=.;FRO=94;FSAF=8,4;FSAR=7,7;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0165568,-0.0171163;FXX=0.00826378;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=117.668,199.745;QD=4.80647;RBI=0.0437054,0.0293325;REFB=-0.0110913,-0.00531082;REVB=-0.0404479,-0.0238208;RO=91;SAF=8,4;SAR=7,7;SRF=50;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0202621,-0.219623;STB=0.507984,0.657837;STBP=0.945,0.283;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00897531,0.0476837;OID=.,.;OPOS=33964243,33964242;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:121:120:91:94:15,11:15,11:0.125,0.0916667:7,7:8,4:50:41:7,7:8,4:51:43 chr16 33964276 . A G 92.89 PASS AF=0.159292;AO=18;DP=113;FAO=18;FDP=113;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0796609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.344;QD=3.2883;RBI=0.0857259;REFB=-0.00398523;REVB=-0.0316713;RO=92;SAF=9;SAR=9;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137445;STB=0.522099;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0198032;OID=.;OPOS=33964276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:113:113:92:95:18:18:0.159292:9:9:47:45:9:9:50:45 chr16 33964293 . G A 59.71 PASS AF=0.122642;AO=13;DP=107;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.0156388;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.86;QD=2.25323;RBI=0.0233877;REFB=-0.00540591;REVB=-0.01739;RO=93;SAF=7;SAR=6;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142353;STB=0.500729;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139403;OID=.;OPOS=33964293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:107:106:93:93:13:13:0.122642:6:7:49:44:6:7:50:43 chr16 33965449 . G C 485.7 PASS AF=0.288793;AO=67;DP=232;FAO=67;FDP=232;FR=.;FRO=165;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=73;FSRR=92;FWDB=-0.000236695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9716;QD=8.37419;RBI=0.0323079;REFB=-0.0243829;REVB=0.032307;RO=164;SAF=26;SAR=41;SRF=73;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714792;STB=0.539964;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0599152;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:164:165:67:67:0.288793:41:26:73:91:41:26:73:92 chr16 33965456 . T C 956.06 PASS AF=0.441558;AO=102;DP=231;FAO=102;FDP=231;FR=.;FRO=129;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=0.00777262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3665;QD=16.5552;RBI=0.00777319;REFB=-0.0158742;REVB=-9.38878e-05;RO=129;SAF=37;SAR=65;SRF=62;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123097;STB=0.568499;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0180778;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:129:129:102:102:0.441558:65:37:62:67:65:37:62:67 chr16 33965459 . C T 565.3 PASS AF=0.317391;AO=73;DP=230;FAO=73;FDP=230;FR=.;FRO=157;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=71;FSRR=86;FWDB=0.00187467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5602;QD=9.83129;RBI=0.0437698;REFB=-0.000162953;REVB=-0.0437296;RO=156;SAF=28;SAR=45;SRF=71;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870991;STB=0.548429;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000446711;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:156:157:73:73:0.317391:45:28:71:85:45:28:71:86 chr16 33965460 . G A 120.54 PASS AF=0.126087;AO=30;DP=231;FAO=29;FDP=230;FR=.;FRO=201;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=89;FSRR=112;FWDB=0.0589534;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.942;QD=2.09637;RBI=0.0607341;REFB=0.00597771;REVB=0.0145987;RO=200;SAF=10;SAR=20;SRF=88;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140714;STB=0.589407;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.043621;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:200:201:30:29:0.126087:20:10:88:112:19:10:89:112 chr16 33965470 . G A 56.84 PASS AF=0.0844444;AO=19;DP=225;FAO=19;FDP=225;FR=.;FRO=206;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=98;FSRR=108;FWDB=-0.0374131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5627;QD=1.01044;RBI=0.0462292;REFB=0.00217745;REVB=0.0271552;RO=206;SAF=6;SAR=13;SRF=98;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188912;STB=0.650464;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0238342;OID=.;OPOS=33965470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:225:225:206:206:19:19:0.0844444:13:6:98:108:13:6:98:108 chr16 33965487 . C T 84.28 PASS AF=0.102128;AO=24;DP=235;FAO=24;FDP=235;FR=.;FRO=211;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=93;FSRR=118;FWDB=-0.0209153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.949;QD=1.43457;RBI=0.0258257;REFB=-0.00588101;REVB=0.0151498;RO=210;SAF=16;SAR=8;SRF=93;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26818;STB=0.697901;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0373249;OID=.;OPOS=33965487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:235:235:210:211:24:24:0.102128:8:16:93:117:8:16:93:118 chr16 33965489 . A T 59.38 PASS AF=0.0843882;AO=20;DP=236;FAO=20;FDP=237;FR=.;FRO=217;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=104;FSRR=113;FWDB=0.0237479;FXX=0.0042015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9364;QD=1.00215;RBI=0.0629091;REFB=0.00503647;REVB=0.0582545;RO=216;SAF=6;SAR=14;SRF=104;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214657;STB=0.668811;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0539252;OID=.;OPOS=33965489;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:236:237:216:217:20:20:0.0843882:14:6:104:112:14:6:104:113 chr16 33965493 . T C 59.47 PASS AF=0.0847458;AO=20;DP=236;FAO=20;FDP=236;FR=.;FRO=216;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=106;FSRR=110;FWDB=0.000363717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7846;QD=1.00792;RBI=0.00705183;REFB=-0.00593933;REVB=-0.00704244;RO=215;SAF=6;SAR=14;SRF=105;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222201;STB=0.67802;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0413207;OID=.;OPOS=33965493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:236:236:215:216:20:20:0.0847458:14:6:105:110:14:6:106:110 chr16 33965496 . A T 69.58 PASS AF=0.090535;AO=22;DP=244;FAO=22;FDP=243;FR=.;FRO=221;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=114;FSRR=107;FWDB=-0.00270801;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9069;QD=1.14527;RBI=0.0291505;REFB=-0.00119688;REVB=-0.0290244;RO=218;SAF=6;SAR=16;SRF=112;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287053;STB=0.722145;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0114416;OID=.;OPOS=33965496;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:244:243:218:221:22:22:0.090535:16:6:112:106:16:6:114:107 chr16 33965505 . C T 187.9 PASS AF=0.152344;AO=39;DP=256;FAO=39;FDP=256;FR=.;FRO=217;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=118;FSRR=99;FWDB=0.00565433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.616;QD=2.93597;RBI=0.0175563;REFB=-0.00412152;REVB=-0.0166208;RO=217;SAF=14;SAR=25;SRF=118;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235935;STB=0.655203;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0199375;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:217:217:39:39:0.152344:25:14:118:99:25:14:118:99 chr16 33965507 . G C 1257.11 PASS AF=0.501976;AO=127;DP=254;FAO=127;FDP=253;FR=.;FRO=126;FSAF=77;FSAR=50;FSRF=55;FSRR=71;FWDB=0.00146686;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.541;QD=19.8753;RBI=0.014568;REFB=-0.0185469;REVB=-0.0144939;RO=125;SAF=77;SAR=50;SRF=55;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151871;STB=0.585335;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0276686;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:125:126:127:127:0.501976:50:77:55:70:50:77:55:71 chr16 33965533 . A C 1787.09 PASS AF=0.633745;AO=154;DP=243;FAO=154;FDP=243;FR=.;FRO=89;FSAF=107;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.00264355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.169;QD=29.4172;RBI=0.0508867;REFB=0.000303086;REVB=-0.050818;RO=88;SAF=107;SAR=47;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184292;STB=0.597857;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000118919;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:88:89:154:154:0.633745:47:107:39:49:47:107:40:49 chr16 33965537 . CA CG,TG 1534.51 PASS AF=0.530973,0.0973451;AO=120,22;DP=209;FAO=120,22;FDP=226;FR=.;FRO=84;FSAF=89,14;FSAR=31,8;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.0026629,0.00712746;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=126.924,123.802;QD=27.1595;RBI=0.0519394,0.0377083;REFB=-0.00718583,-0.00840623;REVB=-0.0518711,-0.0370285;RO=64;SAF=89,14;SAR=31,8;SRF=38;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.116723,0.0552484;STB=0.630242,0.63624;STBP=0,0.163;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00118535,0.0182543;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:226:64:84:120,22:120,22:0.530973,0.0973451:31,8:89,14:38:26:31,8:89,14:39:45 chr16 33965539 . G GC 388.81 PASS AF=0.457711;AO=84;DP=226;FAO=92;FDP=201;FR=.;FRO=109;FSAF=72;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.0309283;FXX=0.0986503;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.4383;QD=7.73742;RBI=0.0549507;REFB=-0.107699;REVB=-0.0454204;RO=140;SAF=68;SAR=16;SRF=71;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388016;STB=0.667657;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.107021;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457711:84:226:92:201:109:72:20:57:52:99:140:68:16:71:69 chr16 33965542 . C T 66.22 PASS AF=0.0901288;AO=21;DP=233;FAO=21;FDP=233;FR=.;FRO=212;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=130;FSRR=82;FWDB=-0.006876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.748;QD=1.13686;RBI=0.00992033;REFB=0.00033903;REVB=-0.00715077;RO=200;SAF=11;SAR=10;SRF=125;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123847;STB=0.582088;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00399024;OID=.;OPOS=33965542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:233:233:200:212:21:21:0.0901288:10:11:125:75:10:11:130:82 chr16 33965554 . A G 1186.02 PASS AF=0.493151;AO=62;DP=221;FAO=108;FDP=219;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=92;FSAF=77;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.0173045;FXX=0.0135129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.016;QD=21.6625;RBI=0.0201082;REFB=-0.0379717;REVB=-0.0102419;RO=70;SAF=33;SAR=29;SRF=19;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247293;STB=0.637925;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0422739;OID=.;OPOS=33965554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:219:70:92:62:108:0.493151:29:33:19:51:31:77:40:52 chr16 33965560 . TT AC,AT 1464.45 PASS AF=0.504717,0.136792;AO=109,29;DP=216;FAO=107,29;FDP=212;FR=.;FRO=76;FSAF=77,18;FSAR=30,11;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0158685,-0.000386214;FXX=0.0185177;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=209.128,243.63;QD=27.6312;RBI=0.0162305,0.0051183;REFB=-0.0091732,-0.0136155;REVB=0.00340882,0.0051037;RO=74;SAF=78,18;SAR=31,11;SRF=34;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.21073,0.195159;STB=0.619326,0.616115;STBP=0,0.156;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00870643,-0.000814459;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:212:74:76:109,29:107,29:0.504717,0.136792:31,11:78,18:34:40:30,11:77,18:35:41 chr16 34969362 . C T 977.82 PASS AF=0.725664;AO=66;DP=113;FAO=82;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=-0.0942286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4335;QD=34.6131;RBI=0.149789;REFB=-0.053688;REVB=0.116437;RO=30;SAF=45;SAR=21;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337198;STB=0.618529;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0229444;OID=.;OPOS=34969362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:30:30:66:82:0.725664:21:45:3:27:37:45:3:27 chr16 34980627 . T C 754.68 PASS AF=0.454545;AO=80;DP=176;FAO=80;FDP=176;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0554329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8523;QD=17.1518;RBI=0.0605136;REFB=0.0405118;REVB=-0.024271;RO=96;SAF=39;SAR=41;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225179;STB=0.512497;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0702314;OID=.;OPOS=34980627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:96:96:80:80:0.454545:41:39:49:47:41:39:49:47 chr16 46565019 . T G 1776.2 PASS AF=0.96;AO=120;DP=125;FAO=120;FDP=125;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00182302;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.634;QD=56.8383;RBI=0.0180971;REFB=-0.0569233;REVB=0.018005;RO=5;SAF=54;SAR=66;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267519;STB=0.514099;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00021068;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:125:125:5:5:120:120:0.96:66:54:4:1:66:54:4:1 chr16 46590024 . T C 1330.99 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0035176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5684;QD=59.82;RBI=0.0984667;REFB=-0.0875439;REVB=-0.0984038;RO=2;SAF=36;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00377938;STB=0.501995;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000986372;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:51:36:1:1:51:36:1:1 chr16 46642286 . G A 599.99 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000550263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4641;QD=59.9986;RBI=0.00840147;REFB=0;REVB=0.00838343;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105456;OID=.;OPOS=46642286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:37:40:1:20:17:0:0:20:20:0:0 chr16 46655210 . A G 4767.96 PASS AF=1;AO=301;DP=306;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439562;FXX=0.00651445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.636;QD=62.5306;RBI=0.0442178;REFB=0;REVB=0.00480304;RO=0;SAF=154;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75378e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71082e-06;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:306:305:0:0:301:305:1:147:154:0:0:147:158:0:0 chr16 46696284 . G A 1614.52 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00785938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.377;QD=59.7971;RBI=0.0106285;REFB=0;REVB=0.00715509;RO=0;SAF=32;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83115e-07;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:75:32:0:0:75:33:0:0 chr16 46773999 . C A 2013.56 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4649;QD=61.0169;RBI=0.0607677;REFB=0;REVB=-0.0465624;RO=1;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826332;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183472;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:132:1:0:126:132:1:57:69:0:1:58:74:0:0 chr16 48122582 . G A 3579.93 PASS AF=0.987124;AO=229;DP=232;FAO=230;FDP=233;FR=.;FRO=3;FSAF=107;FSAR=123;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0917447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9195;QD=61.458;RBI=0.0967621;REFB=-0.170149;REVB=0.0307541;RO=3;SAF=106;SAR=123;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050468;STB=0.502605;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00742738;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:232:233:3:3:229:230:0.987124:123:106:2:1:123:107:2:1 chr16 48234327 . C T 459.26 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.012326;FXX=0.0350846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.387;QD=16.7004;RBI=0.0212792;REFB=-0.0225462;REVB=0.0173457;RO=60;SAF=27;SAR=23;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428119;STB=0.52387;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0278465;OID=.;OPOS=48234327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:110:60:60:50:50:0.454545:23:27:35:25:23:27:35:25 chr16 48258198 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.646;QD=58.9622;RBI=0.0365945;REFB=0;REVB=0.0136369;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14101e-05;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr16 48575878 . G A 650.28 PASS AF=0.542373;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0256822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.658;QD=22.0434;RBI=0.0344259;REFB=-0.00226769;REVB=0.0229253;RO=54;SAF=28;SAR=36;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215227;STB=0.511799;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00119726;OID=.;OPOS=48575878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:54:64:64:0.542373:36:28:25:29:36:28:25:29 chr16 49525238 . C T 430.66 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0168686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6575;QD=20.0309;RBI=0.0213344;REFB=-0.0101897;REVB=-0.0130617;RO=43;SAF=20;SAR=23;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210977;STB=0.511698;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0105411;OID=.;OPOS=49525238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:23:20:19:24:23:20:19:24 chr16 49672520 . A G 387.47 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0412644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3526;QD=21.2312;RBI=0.0919205;REFB=-0.0414284;REVB=-0.0821378;RO=33;SAF=20;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734354;STB=0.533316;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0348828;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:19:20:14:19:19:20:15:19 chr16 50059279 . C A 4049.69 PASS AF=0.970909;AO=266;DP=275;FAO=267;FDP=275;FR=.;FRO=8;FSAF=111;FSAR=156;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0329481;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.481;QD=58.9046;RBI=0.0346165;REFB=-0.0625579;REVB=0.0106174;RO=2;SAF=110;SAR=156;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858857;STB=0.509974;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000158425;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:275:275:2:8:266:267:0.970909:156:110:2:0:156:111:6:2 chr16 50069772 . A G 1621.8 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00290641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.976;QD=58.9746;RBI=0.0104065;REFB=-0.00243893;REVB=-0.00999239;RO=1;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082545;STB=0.504347;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-6.47432e-06;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:110:1:1:107:109:0.990909:57:50:0:1:57:52:0:1 chr16 50071011 . C CTTTAG,G 358.67 PASS AF=0.591837,0.0612245;AO=23,2;DP=50;FAO=29,3;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=5,0;FSAR=24,3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00466726,-0.0320432;FXX=0.019996;HRUN=3,1;LEN=5,1;MLLD=260.579,75.7075;QD=29.2794;RBI=0.00472197,0.0378041;REFB=0.00215371,-0.0283329;REVB=-0.000716735,0.0200595;RO=18;SAF=3,0;SAR=20,2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.485418,-0.571416;STB=0.698873,0.996679;STBP=0.003,0.073;TYPE=ins,snp;VARB=0.000751457,0.0688598;OID=.,.;OPOS=50071012,50071011;OREF=-,C;OALT=TTTAG,G;OMAPALT=CTTTAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:18:17:23,2:29,3:0.591837,0.0612245:20,2:3,0:11:7:24,3:5,0:10:7 chr16 50263762 . G A 575.6 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.168;QD=60.5891;RBI=0.0490732;REFB=0;REVB=0.0102214;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012435;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:9:28:0:0:10:28:0:0 chr16 50265818 . C T 213.03 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00600333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6569;QD=16.0774;RBI=0.0394814;REFB=0.00577007;REVB=-0.0390223;RO=28;SAF=5;SAR=19;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186046;STB=0.621566;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0111576;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:19:5:10:18:19:5:11:18 chr16 50326661 . A G 2808.73 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.786;QD=62.7649;RBI=0.0349255;REFB=0;REVB=0.028495;RO=0;SAF=94;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13908e-05;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:178:179:1:84:94:0:0:85:94:0:0 chr16 50368663 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000104001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.141;QD=57.6806;RBI=0.00956053;REFB=0;REVB=-0.00955996;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98882e-05;OID=.;OPOS=50368663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr16 50641292 . G GT,T 41.22 PASS AF=0.458333,0;AO=3,3;DP=26;FAO=11,0;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4,0;FSAR=7,0;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.209044,-0.0262502;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=9.10356,192.547;QD=6.87024;RBI=0.209705,0.0277744;REFB=-0.0693137,-0.00162675;REVB=0.0166393,-0.0090743;RO=20;SAF=1,0;SAR=2,3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.182508,-0.594329;STB=0.512173,0.5;STBP=0.941,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.109968,0;OID=.,.;OPOS=50641293,50641292;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:26:24:20:13:3,3:11,0:0.458333,0:2,3:1,0:10:10:7,0:4,0:5:8 chr16 50642201 . G C 2388.92 PASS AF=1;AO=156;DP=158;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348913;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.189;QD=61.2543;RBI=0.0362539;REFB=0;REVB=-0.00984566;RO=0;SAF=60;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.38879e-05;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:156:0:0:156:156:1:96:60:0:0:96:60:0:0 chr16 51171175 . C T 3986.43 PASS AF=1;AO=257;DP=259;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118572;FXX=0.00772171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5445;QD=62.0456;RBI=0.00424578;REFB=-0.0956524;REVB=-0.00407685;RO=1;SAF=110;SAR=147;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00323214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291844;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:259:257:1:0:257:257:1:147:110:0:1:147:110:0:0 chr16 51173559 . G A 443.05 PASS AF=0.466667;AO=48;DP=104;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00946979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.195;QD=16.878;RBI=0.064108;REFB=-0.0262298;REVB=0.0634047;RO=56;SAF=23;SAR=25;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664687;STB=0.531519;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0194265;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:56:56:48:49:0.466667:25:23:23:33:26:23:23:33 chr16 51705448 . C T 1362.54 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00325459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.378;QD=61.2377;RBI=0.00555353;REFB=0.0436858;REVB=0.00449992;RO=1;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957343;STB=0.505049;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000754779;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:49:39:0:1:49:39:0:1 chr16 53262964 . C T 2079.95 PASS AF=0.489461;AO=205;DP=434;FAO=209;FDP=427;FR=.;FRO=218;FSAF=70;FSAR=139;FSRF=86;FSRR=132;FWDB=-0.0223471;FXX=0.0251136;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8097;QD=19.4843;RBI=0.0244521;REFB=-0.0215016;REVB=-0.00992521;RO=199;SAF=69;SAR=136;SRF=83;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787564;STB=0.533376;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0132273;OID=.;OPOS=53262964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:427:199:218:205:209:0.489461:136:69:83:116:139:70:86:132 chr16 53341747 . AT A,AG 2715.19 PASS AF=0.0282486,0.971751;AO=22,142;DP=178;FAO=5,172;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=5,78;FSAR=0,94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0643662,-0.00626773;FXX=0.00561766;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.506,65.3589;QD=61.3603;RBI=0.0646596,0.0186211;REFB=0,0;REVB=-0.00615277,0.0175345;RO=0;SAF=22,52;SAR=0,90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.50162e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.141493,0.00254827;OID=.,.;OPOS=53341748,53341748;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0282486,0.971751:22,142:178:5,172:177:0:5,78:0,94:0:0:5:0:22,52:0,90:0:0 chr16 53396356 . T C 2415.95 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0259445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3573;QD=60.0235;RBI=0.106431;REFB=0.000192948;REVB=0.10322;RO=0;SAF=76;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34543e-08;STB=0.502958;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00141034;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:0:1:159:160:0.993789:83:76:0:0:84:76:0:1 chr16 53397537 . G A 484.02 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00581263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.334;QD=16.2695;RBI=0.0169496;REFB=-0.0043619;REVB=0.0159218;RO=65;SAF=27;SAR=26;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320699;STB=0.52202;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00570707;OID=.;OPOS=53397537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:65:66:53:53:0.445378:26:27:31:34:26:27:31:35 chr16 53404203 . C A 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7877;QD=58.2352;RBI=0.0710267;REFB=0;REVB=-0.0704967;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000573691;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:43:19:0:0:43:19:0:0 chr16 53503934 . G A 772.03 PASS AF=0.513158;AO=78;DP=152;FAO=78;FDP=152;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.00999115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6242;QD=20.3166;RBI=0.0413508;REFB=0.00653822;REVB=0.0401256;RO=74;SAF=38;SAR=40;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726976;STB=0.539909;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00705053;OID=.;OPOS=53503934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:74:74:78:78:0.513158:40:38:30:44:40:38:30:44 chr16 53503943 . C G 793.12 PASS AF=0.503106;AO=79;DP=161;FAO=81;FDP=161;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.0121178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.846;QD=19.7047;RBI=0.0274701;REFB=-0.0113177;REVB=0.0246529;RO=78;SAF=42;SAR=37;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132184;STB=0.564863;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00809083;OID=.;OPOS=53503943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:78:80:79:81:0.503106:37:42:30:48:39:42:31:49 chr16 53504721 . T C 603.03 PASS AF=0.512605;AO=59;DP=118;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0152812;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.728;QD=20.27;RBI=0.0173824;REFB=-0.011176;REVB=-0.00828459;RO=57;SAF=32;SAR=27;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.570035;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00848618;OID=.;OPOS=53504721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:57:58:59:61:0.512605:27:32:23:34:28:33:23:35 chr16 53513055 . T C 174.07 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0717842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4302;QD=11.6046;RBI=0.0824151;REFB=0.00872488;REVB=0.0404881;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770974;STB=0.544546;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.0119065;OID=.;OPOS=53513055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:13:9:13:25:13:9:13:25 chr16 53682949 . C T 841.53 PASS AF=0.405172;AO=94;DP=233;FAO=94;FDP=232;FR=.;FRO=138;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=56;FSRR=82;FWDB=-0.0299527;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1252;QD=14.5092;RBI=0.07674;REFB=-0.00650577;REVB=-0.0706531;RO=138;SAF=49;SAR=45;SRF=56;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12224;STB=0.5684;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00687371;OID=.;OPOS=53682949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:138:138:94:94:0.405172:45:49:56:82:45:49:56:82 chr16 53945351 . G A 745.78 PASS AF=0.465116;AO=78;DP=171;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=0.00283721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8728;QD=17.3436;RBI=0.00536959;REFB=-0.0058664;REVB=0.00455881;RO=92;SAF=26;SAR=52;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506411;STB=0.533001;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00654076;OID=.;OPOS=53945351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:92:92:78:80:0.465116:52:26:35:57:54:26:35:57 chr16 54279640 . G T 485.07 PASS AF=0.381944;AO=55;DP=144;FAO=55;FDP=144;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=0.0116521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.955;QD=13.4741;RBI=0.0140539;REFB=-0.0150493;REVB=0.00785759;RO=89;SAF=21;SAR=34;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513505;STB=0.529137;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0233031;OID=.;OPOS=54279640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:89:89:55:55:0.381944:34:21:38:51:34:21:38:51 chr16 54279687 . G C 540.77 PASS AF=0.406897;AO=58;DP=144;FAO=59;FDP=145;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.0144025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.835;QD=14.9179;RBI=0.0153616;REFB=-0.0161173;REVB=0.00534288;RO=86;SAF=20;SAR=38;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579456;STB=0.525117;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0137276;OID=.;OPOS=54279687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:86:86:58:59:0.406897:38:20:34:52:38:21:34:52 chr16 54279693 . A G 515.8 PASS AF=0.401408;AO=56;DP=141;FAO=57;FDP=142;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.00171838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.008;QD=14.5296;RBI=0.00629171;REFB=-0.0205666;REVB=0.0060525;RO=85;SAF=20;SAR=36;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489741;STB=0.531655;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0289712;OID=.;OPOS=54279693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:85:85:56:57:0.401408:36:20:34:51:37:20:34:51 chr16 55325460 . T C 584.44 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=55;FWDB=0.0227107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.889;QD=17.7102;RBI=0.0242207;REFB=0.00762654;REVB=0.00841803;RO=70;SAF=22;SAR=39;SRF=16;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144866;STB=0.58251;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.010697;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:70:71:61:61:0.462121:39:22:16:54:39:22:16:55 chr16 55523705 . T C 812.82 PASS AF=0.449735;AO=85;DP=189;FAO=85;FDP=189;FR=.;FRO=104;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=-0.0280334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.459;QD=17.2026;RBI=0.0307072;REFB=-0.0140247;REVB=-0.0125324;RO=104;SAF=45;SAR=40;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861493;STB=0.547815;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0192985;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:104:104:85:85:0.449735:40:45:46:58:40:45:46:58 chr16 55536727 . C T 801.45 PASS AF=0.52027;AO=75;DP=147;FAO=77;FDP=148;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0883747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1026;QD=21.6609;RBI=0.10203;REFB=-0.00858424;REVB=0.0509909;RO=72;SAF=40;SAR=35;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913509;STB=0.552586;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0101066;OID=.;OPOS=55536727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:72:71:75:77:0.52027:35:40:31:41:36:41:30:41 chr16 55539614 . A C 198.66 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0143992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.085;QD=19.3818;RBI=0.0188318;REFB=0.0136758;REVB=-0.0121367;RO=21;SAF=4;SAR=16;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135966;STB=0.507685;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0266234;OID=.;OPOS=55539614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:16:4:4:17:16:4:4:17 chr16 55562466 . G A 1700.57 PASS AF=0.458333;AO=176;DP=379;FAO=176;FDP=384;FR=.;FRO=208;FSAF=58;FSAR=118;FSRF=81;FSRR=127;FWDB=-0.0318732;FXX=0.00518121;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.752;QD=17.7142;RBI=0.0377123;REFB=-0.019552;REVB=-0.0201573;RO=202;SAF=58;SAR=118;SRF=76;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501834;STB=0.535799;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0245249;OID=.;OPOS=55562466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:384:202:208:176:176:0.458333:118:58:76:126:118:58:81:127 chr16 55601388 . A G 748.96 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=52;FWDB=0.0161311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.01;QD=19.8401;RBI=0.0196027;REFB=-0.0113384;REVB=-0.011138;RO=75;SAF=41;SAR=35;SRF=23;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208209;STB=0.61423;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0162297;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:75:76:76:0.503311:35:41:23:52:35:41:23:52 chr16 55731835 . G A 808.84 PASS AF=0.516779;AO=76;DP=148;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00929369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.32;QD=21.7138;RBI=0.0488597;REFB=0.00876925;REVB=0.0479677;RO=71;SAF=31;SAR=45;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000505959;STB=0.500091;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0105071;OID=.;OPOS=55731835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:71:72:76:77:0.516779:45:31:29:42:46:31:29:43 chr16 55803989 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.6819;QD=37.4884;RBI=0.081562;REFB=0;REVB=-0.0160425;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00448526;OID=.;OPOS=55803989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr16 55806311 . G T 733.3 PASS AF=0.458824;AO=78;DP=170;FAO=78;FDP=170;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.00221304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.303;QD=17.2541;RBI=0.00764518;REFB=-0.010747;REVB=-0.00731787;RO=91;SAF=45;SAR=33;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123029;STB=0.571151;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.011405;OID=.;OPOS=55806311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:91:92:78:78:0.458824:33:45:41:50:33:45:41:51 chr16 55806409 . T C 3511.0 PASS AF=1;AO=223;DP=226;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320084;FXX=0.0176204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8815;QD=62.9776;RBI=0.0365124;REFB=0;REVB=0.0175675;RO=0;SAF=105;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34389e-08;OID=.;OPOS=55806409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:223:0:0:223:223:1:118:105:0:0:118:105:0:0 chr16 55862691 . G A 798.73 PASS AF=0.40724;AO=90;DP=223;FAO=90;FDP=221;FR=.;FRO=131;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=-0.0113014;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.123;QD=14.4567;RBI=0.0113175;REFB=-0.00205481;REVB=-0.000603753;RO=133;SAF=52;SAR=38;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111186;STB=0.557769;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00253717;OID=.;OPOS=55862691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:221:133:131:90:90:0.40724:38:52:63:70:38:52:63:68 chr16 55862717 . T C 695.77 PASS AF=0.335878;AO=88;DP=261;FAO=88;FDP=262;FR=.;FRO=174;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=79;FSRR=95;FWDB=-0.0178247;FXX=0.00757547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.33;QD=10.6225;RBI=0.017905;REFB=0.003737;REVB=0.00169417;RO=171;SAF=52;SAR=36;SRF=79;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149201;STB=0.590888;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00795407;OID=.;OPOS=55862717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:171:174:88:88:0.335878:36:52:79:92:36:52:79:95 chr16 55862720 . T C 708.38 PASS AF=0.340996;AO=89;DP=260;FAO=89;FDP=261;FR=.;FRO=172;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=78;FSRR=94;FWDB=0.00740639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.887;QD=10.8564;RBI=0.0127106;REFB=-0.00740796;REVB=-0.0103298;RO=171;SAF=54;SAR=35;SRF=78;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17397;STB=0.60122;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0117798;OID=.;OPOS=55862720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:171:172:89:89:0.340996:35:54:78:93:35:54:78:94 chr16 55862762 . C G 698.54 PASS AF=0.308442;AO=88;DP=304;FAO=95;FDP=308;FR=.;FRO=213;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=92;FSRR=121;FWDB=0.00335629;FXX=0.00964599;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.891;QD=9.07199;RBI=0.00351271;REFB=-0.0110548;REVB=-0.00103655;RO=214;SAF=48;SAR=40;SRF=93;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134231;STB=0.572161;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0239227;OID=.;OPOS=55862762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:308:214:213:88:95:0.308442:40:48:93:121:44:51:92:121 chr16 55862791 . T C 593.66 PASS AF=0.273312;AO=85;DP=312;FAO=85;FDP=311;FR=.;FRO=226;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=88;FSRR=138;FWDB=-0.00978131;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.017;QD=7.63555;RBI=0.0652208;REFB=-0.0121732;REVB=-0.0644832;RO=225;SAF=42;SAR=43;SRF=87;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133481;STB=0.576241;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0291978;OID=.;OPOS=55862791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:311:225:226:85:85:0.273312:43:42:87:138:43:42:88:138 chr16 55862824 . C T 559.32 PASS AF=0.280576;AO=78;DP=278;FAO=78;FDP=278;FR=.;FRO=200;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=75;FSRR=125;FWDB=0.0130064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9088;QD=8.04783;RBI=0.0136166;REFB=0.000982682;REVB=-0.00403059;RO=199;SAF=39;SAR=39;SRF=75;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151637;STB=0.589906;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00340218;OID=.;OPOS=55862824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:199:200:78:78:0.280576:39:39:75:124:39:39:75:125 chr16 55862836 . G A 471.79 PASS AF=0.267176;AO=51;DP=243;FAO=70;FDP=262;FR=.;FRO=192;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=70;FSRR=122;FWDB=0.0310823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.883;QD=7.20287;RBI=0.03109;REFB=-0.0048702;REVB=0.000691797;RO=190;SAF=15;SAR=36;SRF=68;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09308;STB=0.589269;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0360569;OID=.;OPOS=55862836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:262:190:192:51:70:0.267176:36:15:68:122:36:34:70:122 chr16 55862883 . C A 1353.87 PASS AF=0.642857;AO=116;DP=182;FAO=117;FDP=182;FR=.;FRO=65;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.00657632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.315;QD=29.7554;RBI=0.0115158;REFB=-0.0137288;REVB=-0.00945329;RO=64;SAF=51;SAR=65;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648269;STB=0.535698;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00715368;OID=.;OPOS=55862883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:64:65:116:117:0.642857:65:51:22:42:66:51:22:43 chr16 55883618 . T C 830.84 PASS AF=0.441624;AO=85;DP=200;FAO=87;FDP=197;FR=.;FRO=110;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.0261841;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7082;QD=16.8698;RBI=0.0436633;REFB=-0.00793684;REVB=0.0349411;RO=111;SAF=31;SAR=54;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155251;STB=0.574176;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0107433;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:197:111:110:85:87:0.441624:54:31:57:54:54:33:56:54 chr16 55897289 . C T 719.82 PASS AF=0.245614;AO=63;DP=289;FAO=70;FDP=285;FR=.,HEALED;FRO=187;FSAF=16;FSAR=54;FSRF=90;FSRR=97;FWDB=0.072373;FXX=0.0138404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3785;QD=10.1027;RBI=0.0735162;REFB=0.000453519;REVB=0.0129145;RO=187;SAF=13;SAR=50;SRF=90;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379414;STB=0.703132;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0342455;OID=.;OPOS=55897289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:285:187:187:63:70:0.245614:50:13:90:97:54:16:90:97 chr16 55905636 . A G 3312.04 PASS AF=1;AO=212;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10611;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2184;QD=62.1979;RBI=0.106262;REFB=0;REVB=0.00569562;RO=0;SAF=94;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211794;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:213:0:0:212:213:1:118:94:0:0:119:94:0:0 chr16 56228066 . A G 2311.36 PASS AF=1;AO=151;DP=155;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870881;FXX=0.0258048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.328;QD=61.228;RBI=0.014304;REFB=0;REVB=0.0113472;RO=0;SAF=69;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47443e-05;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:151:0:0:151:151:1:82:69:0:0:82:69:0:0 chr16 56228219 . G C 671.18 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=149;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0511258;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.223;QD=18.1399;RBI=0.0516484;REFB=0.00399502;REVB=0.00732833;RO=80;SAF=34;SAR=34;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852247;STB=0.547284;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00625292;OID=.;OPOS=56228219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:80:80:68:68:0.459459:34:34:33:47:34:34:33:47 chr16 56368689 . C T 474.94 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.0194872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.652;QD=15.0775;RBI=0.0227905;REFB=-0.0247576;REVB=0.0118177;RO=73;SAF=31;SAR=22;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190177;STB=0.510674;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0340206;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:73:73:53:53:0.420635:22:31:44:29:22:31:44:29 chr16 56395610 . G A 1362.55 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.638;QD=61.2384;RBI=0.0628068;REFB=0.030347;REVB=0.0611527;RO=1;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119955;STB=0.506328;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=6.21613e-06;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:39:49:0:1:39:49:0:1 chr16 56396486 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.808;QD=59.1432;RBI=0.0265921;REFB=0;REVB=0.0121445;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90664e-05;OID=.;OPOS=56396486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr16 56510299 . A C 650.96 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1108;QD=61.9963;RBI=0.0683774;REFB=0;REVB=-0.0602646;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364973;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr16 56545175 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0117489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.698;QD=12.5694;RBI=0.0126053;REFB=-0.00151863;REVB=-0.00456698;RO=26;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106656;STB=0.56329;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0032992;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:12:3:7:19:12:3:7:19 chr16 56548501 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.438;QD=59.8558;RBI=0.0231552;REFB=0;REVB=0.0200458;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55114e-05;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr16 56553723 . T G 48.48 PASS AF=0.103175;AO=13;DP=126;FAO=13;FDP=126;FR=.;FRO=113;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=71;FWDB=-0.00780552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.143;QD=1.53913;RBI=0.0253034;REFB=0.000262092;REVB=-0.0240694;RO=111;SAF=1;SAR=12;SRF=41;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446875;STB=0.860753;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00229811;OID=.;OPOS=56553723;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:126:126:111:113:13:13:0.103175:12:1:41:70:12:1:42:71 chr16 56601720 . A G 773.09 PASS AF=0.50641;AO=79;DP=156;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=56;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.00180539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.613;QD=19.8227;RBI=0.00840425;REFB=0.00559289;REVB=-0.00820805;RO=75;SAF=23;SAR=56;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219878;STB=0.616228;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00360096;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:75:77:79:79:0.50641:56:23:39:36:56:23:39:38 chr16 56601722 . T C 764.1 PASS AF=0.509934;AO=77;DP=151;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.00512428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.618;QD=20.2411;RBI=0.00737002;REFB=-0.00529064;REVB=-0.00529707;RO=72;SAF=23;SAR=54;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180299;STB=0.607509;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00503458;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:72:74:77:77:0.509934:54:23:35:37:54:23:37:37 chr16 56643205 . C T 192.69 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00171391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3495;QD=13.7639;RBI=0.0108731;REFB=-0.00595866;REVB=0.0107372;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809336;STB=0.538428;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00279149;OID=.;OPOS=56643205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:33:23:23:0.410714:14:9:15:17:14:9:15:18 chr16 56651456 . C A 818.8 PASS AF=0.461957;AO=84;DP=184;FAO=85;FDP=184;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=64;FSRR=35;FWDB=-0.00300904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.689;QD=17.8;RBI=0.025723;REFB=-0.0213144;REVB=0.0255464;RO=96;SAF=43;SAR=41;SRF=64;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150233;STB=0.569722;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.023969;OID=.;OPOS=56651456;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:96:99:84:85:0.461957:41:43:64:32:41:44:64:35 chr16 56667282 . C A 448.14 PASS AF=0.556962;AO=42;DP=78;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0116042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.15;QD=22.6908;RBI=0.0387369;REFB=-0.01015;REVB=0.036958;RO=35;SAF=17;SAR=25;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115201;STB=0.570725;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0080721;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:35:35:42:44:0.556962:25:17:19:16:27:17:19:16 chr16 56673227 . C A 191.98 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.090481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2882;QD=17.0652;RBI=0.0980559;REFB=-0.0112171;REVB=0.0377909;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127152;STB=0.560915;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.010927;OID=.;OPOS=56673227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:20:20:0.444444:11:9:14:10:11:9:14:11 chr16 56673249 . T C 150.21 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00668442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0616;QD=16.2384;RBI=0.0335246;REFB=-0.0222444;REVB=0.0328515;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329428;STB=0.515905;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0356937;OID=.;OPOS=56673249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:15:17:0.459459:8:7:10:10:9:8:10:10 chr16 56673828 . A G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00606152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.616;QD=14.3998;RBI=0.048748;REFB=-0.0214764;REVB=-0.0483697;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251026;STB=0.507037;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0325569;OID=.;OPOS=56673828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:15:10:14:19:15:10:14:20 chr16 56686470 . C T 452.49 PASS AF=0.411765;AO=43;DP=123;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.00770718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.431;QD=13.3085;RBI=0.0167347;REFB=-0.00455252;REVB=0.0148542;RO=80;SAF=31;SAR=12;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140687;STB=0.514172;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0622808;OID=.;OPOS=56686470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:136:80:80:43:56:0.411765:12:31:49:31:23:33:49:31 chr16 56686471 . G T 857.79 PASS AF=0.572464;AO=79;DP=138;FAO=79;FDP=138;FR=.;FRO=59;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0107571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.152;QD=24.8634;RBI=0.012135;REFB=3.60077e-05;REVB=-0.00561637;RO=59;SAF=49;SAR=30;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500375;STB=0.52728;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.000449073;OID=.;OPOS=56686471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:59:59:79:79:0.572464:30:49:33:26:30:49:33:26 chr16 56701294 . T A 219.64 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00480049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.942;QD=27.455;RBI=0.00957031;REFB=-0.0232505;REVB=0.00827926;RO=11;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243745;STB=0.506323;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0104586;OID=.;OPOS=56701294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:11:11:20:21:0.65625:12:8:4:7:13:8:4:7 chr16 56709728 . GA CG 249.74 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370967;FXX=0.0951928;HRUN=5;LEN=2;MLLD=127.494;QD=52.5772;RBI=0.0371034;REFB=0;REVB=0.000701804;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00151807;OID=.;OPOS=56709728;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:19:0:0:19:19:1:2:17:0:0:2:17:0:0 chr16 56855496 . C G 1731.28 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.421;QD=60.7466;RBI=0.0352681;REFB=0;REVB=0.0345527;RO=0;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67098e-05;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:59:55:0:0:59:55:0:0 chr16 56868700 . A G 1549.08 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.631;QD=59.0126;RBI=0.0596281;REFB=0;REVB=0.00761241;RO=1;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75073e-05;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:105:105:1:0:104:105:1:65:39:0:1:66:39:0:0 chr16 56904587 . C G 1916.93 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671491;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8479;QD=61.8365;RBI=0.00895943;REFB=0;REVB=-0.00593139;RO=0;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96635e-06;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:59:65:0:0:59:65:0:0 chr16 56913513 . C T 727.8 PASS AF=0.510791;AO=71;DP=139;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0178237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.915;QD=20.9439;RBI=0.0199999;REFB=-0.0327654;REVB=0.00907262;RO=68;SAF=27;SAR=44;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161069;STB=0.588694;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0301744;OID=.;OPOS=56913513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:68:68:71:71:0.510791:44:27:38:30:44:27:38:30 chr16 56938387 . C T 686.32 PASS AF=0.519084;AO=67;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0255135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9309;QD=20.9562;RBI=0.0306462;REFB=-0.00434282;REVB=-0.016978;RO=61;SAF=24;SAR=43;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121007;STB=0.562481;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00279315;OID=.;OPOS=56938387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:63:67:68:0.519084:43:24:30:31:44:24:30:33 chr16 57005301 . C T 1342.93 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736409;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6558;QD=62.4621;RBI=0.00842737;REFB=0;REVB=-0.00409766;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01763e-05;OID=.;OPOS=57005301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:45:40:0:0:46:40:0:0 chr16 57067595 . A T 487.06 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0179744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.407;QD=27.0591;RBI=0.022434;REFB=-0.00902345;REVB=-0.013424;RO=25;SAF=21;SAR=24;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612403;STB=0.547114;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00726219;OID=.;OPOS=57067595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:27:45:45:0.625:24:21:14:11:24:21:16:11 chr16 57070004 . C A,CT,T 427.43 PASS AF=0.555556,0.388889,0;AO=6,7,20;DP=37;FAO=20,14,0;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=0,11,0;FSAR=20,3,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00392747,0.0396207,0.0519066;FXX=0.0270197;HRUN=6,0,6;LEN=1,1,1;MLLD=131.316,87.2436,93.4326;QD=47.4922;RBI=0.0127005,0.0406961,0.0527705;REFB=-0.122057,-0.101556,-0.105256;REVB=0.012078,-0.00929354,-0.0095097;RO=4;SAF=0,7,4;SAR=6,0,16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.764666,0.779585,-0.129917;STB=0.999082,0.54161,0.5;STBP=0.002,0.62,1;TYPE=snp,ins,snp;VARB=0.00522611,0.0505157,0.087098;OID=.,.,.;OPOS=57070004,57070005,57070004;OREF=C,-,C;OALT=A,T,T;OMAPALT=A,CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:88:37:36:4:2:6,7,20:20,14,0:0.555556,0.388889,0:6,0,16:0,7,4:2:2:20,3,0:0,11,0:2:0 chr16 57071113 . TA CG 1769.97 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329079;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.137;QD=59.9991;RBI=0.0621015;REFB=-0.137251;REVB=-0.0526656;RO=1;SAF=66;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714204;STB=0.503759;STBP=0.495;TYPE=mnp;VARB=0.00097434;OID=.;OPOS=57071113;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:51:66:1:0:51:66:1:0 chr16 57073683 . G C 2273.88 PASS AF=1;AO=87;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.761;QD=63.6051;RBI=0.0528167;REFB=0;REVB=-0.0521383;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.72022e-05;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:87:143:1:37:50:0:0:57:86:0:0 chr16 57095841 . AAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA AAAAAGAAAGAAAGAAAG,AAAAAGAAAGAAAGAAAGA,AAAAGAAAGAAAGAAAGA,AGAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGA 292.18 PASS AF=0.0434783,0.956522,0,0;AO=4,7,5,2;DP=26;FAO=1,22,0,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,0,0;FSAR=1,13,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0930514,0.0987114,0.09413,-0.0242047;FXX=0.079968;HRUN=3,3,7,7;LEN=5,4,5,5;MLLD=196.238,213.581,206.851,74.5285;QD=50.8138;RBI=0.09693,0.104222,0.101141,0.0295798;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0271453,0.0334409,0.0369999,0.0170029;RO=0;SAF=0,3,3,0;SAR=4,4,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0.0232076,9.6109e-05,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=57095859,57095843,57095842,57095842;OREF=AAAGA,AAAG,AAAAG,AAAAG;OALT=-,-,-,GAAAA;OMAPALT=AAAAAGAAAGAAAGAAAG,AAAAAGAAAGAAAGAAAGA,AAAAGAAAGAAAGAAAGA,AGAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0434783,0.956522,0,0:4,7,5,2:26:1,22,0,0:23:0:0,9,0,0:1,13,0,0:0:0:4:0:0,3,3,0:4,4,2,2:0:0 chr16 57392733 . A C 861.1 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235661;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0164;QD=58.3795;RBI=0.0369019;REFB=0;REVB=0.028397;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819053;OID=.;OPOS=57392733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:58:59:1:38:20:0:0:38:21:0:0 chr16 57499902 . T C 1337.03 PASS AF=0.946809;AO=89;DP=94;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0159564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3514;QD=56.8949;RBI=0.0398202;REFB=-0.0787565;REVB=0.0364834;RO=4;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450617;STB=0.529405;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0145519;OID=.;OPOS=57499902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:94:94:4:5:89:89:0.946809:40:49:0:4:40:49:0:5 chr16 57503213 . C T 2282.55 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128249;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1452;QD=60.8681;RBI=0.0135851;REFB=0;REVB=0.00448063;RO=0;SAF=67;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.67496e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107993;OID=.;OPOS=57503213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:82:67:0:0:83:67:0:0 chr16 57562804 . G A 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.724;QD=46.8429;RBI=0.0796945;REFB=0;REVB=0.0783103;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105722;OID=.;OPOS=57562804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr16 57595999 . A G 553.01 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.00441835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.973;QD=16.6317;RBI=0.0135311;REFB=-0.00570031;REVB=-0.0127894;RO=73;SAF=29;SAR=30;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134944;STB=0.578195;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0059951;OID=.;OPOS=57595999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:73:74:59:59:0.443609:30:29:26:47:30:29:26:48 chr16 57601792 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00663305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.206;QD=14.6657;RBI=0.00678468;REFB=-0.0218358;REVB=-0.00142637;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218022;STB=0.626207;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0247525;OID=.;OPOS=57601792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:13:8:9:6:13:8 chr16 57689385 . C G 704.14 PASS AF=0.438202;AO=71;DP=171;FAO=78;FDP=178;FR=.;FRO=100;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=65;FWDB=-0.00567856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.757;QD=15.8233;RBI=0.0174273;REFB=-0.0190597;REVB=-0.0164762;RO=96;SAF=26;SAR=45;SRF=35;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00178799;STB=0.528134;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.022236;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:178:96:100:71:78:0.438202:45:26:35:61:47:31:35:65 chr16 57689883 . T C 406.66 PASS AF=0.461538;AO=41;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0723633;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5692;QD=17.8754;RBI=0.0972239;REFB=-0.00389538;REVB=-0.064931;RO=49;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614384;STB=0.540211;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00273757;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:41:42:0.461538:20:21:22:27:20:22:22:27 chr16 57723752 . A G 2282.64 PASS AF=0.993421;AO=149;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0395333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5423;QD=60.0695;RBI=0.0755322;REFB=-0.0134276;REVB=-0.0643601;RO=1;SAF=76;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621742;STB=0.503355;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=4.4802e-05;OID=.;OPOS=57723752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:149:151:0.993421:73:76:1:0:74:77:0:1 chr16 57786711 . C T 291.54 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00336336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.374;QD=17.1493;RBI=0.0148617;REFB=-0.01252;REVB=0.0144761;RO=34;SAF=18;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801468;STB=0.556784;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0119992;OID=.;OPOS=57786711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:36:32:32:0.470588:14:18:22:12:14:18:24:12 chr16 57787906 . C T 1625.75 PASS AF=0.512739;AO=161;DP=313;FAO=161;FDP=314;FR=.;FRO=153;FSAF=85;FSAR=76;FSRF=84;FSRR=69;FWDB=0.00149183;FXX=0.0031745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.047;QD=20.7101;RBI=0.00151183;REFB=-0.0115177;REVB=-0.000245078;RO=150;SAF=85;SAR=76;SRF=81;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106764;STB=0.510309;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0110024;OID=.;OPOS=57787906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:314:150:153:161:161:0.512739:76:85:81:69:76:85:84:69 chr16 57795394 . G A 449.23 PASS AF=0.462264;AO=48;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00805759;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.409;QD=16.9521;RBI=0.030538;REFB=-0.0203408;REVB=0.0294559;RO=55;SAF=30;SAR=18;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114502;STB=0.547599;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0256452;OID=.;OPOS=57795394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:57:48:49:0.462264:18:30:28:27:19:30:30:27 chr16 57805176 . A G 1063.89 PASS AF=0.450593;AO=114;DP=252;FAO=114;FDP=253;FR=.;FRO=139;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=76;FSRR=63;FWDB=-0.0268778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.096;QD=16.8205;RBI=0.0273152;REFB=-0.0182297;REVB=0.00486866;RO=138;SAF=61;SAR=53;SRF=76;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155589;STB=0.506451;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0258443;OID=.;OPOS=57805176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:253:138:139:114:114:0.450593:53:61:76:62:53:61:76:63 chr16 57937788 . T C 1304.63 PASS AF=0.421365;AO=141;DP=335;FAO=142;FDP=337;FR=.;FRO=195;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=90;FSRR=105;FWDB=0.017098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7197;QD=15.4852;RBI=0.030956;REFB=-0.0132213;REVB=0.0258056;RO=193;SAF=73;SAR=68;SRF=89;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058684;STB=0.530373;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0282481;OID=.;OPOS=57937788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:337:193:195:141:142:0.421365:68:73:89:104:69:73:90:105 chr16 57937856 . G C,T 3597.89 PASS AF=0.550388,0.434109;AO=138,111;DP=258;FAO=142,112;FDP=258;FR=.;FRO=4;FSAF=62,61;FSAR=80,51;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0755603,0.0284726;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=34.4305,176.272;QD=55.7813;RBI=0.0853473,0.0302669;REFB=-0.186183,-0.102535;REVB=0.0396837,-0.0102662;RO=7;SAF=58,60;SAR=80,51;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0407823,-0.0359369;STB=0.508705,0.507146;STBP=0.263,0.412;TYPE=snp,snp;VARB=0.0142111,0.0103205;OID=.,.;OPOS=57937856,57937856;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:258:258:7:4:138,111:142,112:0.550388,0.434109:80,51:58,60:6:1:80,51:62,61:3:1 chr16 57950057 . G A 906.86 PASS AF=0.4375;AO=96;DP=226;FAO=98;FDP=224;FR=.;FRO=126;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=-0.00109727;FXX=0.0132153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5414;QD=16.1939;RBI=0.00925162;REFB=-0.00417973;REVB=-0.00918632;RO=125;SAF=52;SAR=44;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384007;STB=0.517244;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00673363;OID=.;OPOS=57950057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:224:125:126:96:98:0.4375:44:52:63:62:46:52:63:63 chr16 57996960 . C T 1007.06 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.028;QD=59.2389;RBI=0.041635;REFB=0;REVB=0.0206103;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142403;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr16 58030634 . C T 552.26 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=0.0104066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.556;QD=18.1068;RBI=0.0148169;REFB=-0.010679;REVB=-0.0105472;RO=62;SAF=16;SAR=42;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350227;STB=0.523537;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0124328;OID=.;OPOS=58030634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:64:58:58:0.47541:42:16:19:43:42:16:20:44 chr16 58030741 . G A 217.04 PASS AF=0.4;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00520995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.876;QD=13.3561;RBI=0.0148137;REFB=-0.00608238;REVB=0.0138673;RO=38;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668178;STB=0.543592;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0108565;OID=.;OPOS=58030741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:39:26:26:0.4:17:9:11:27:17:9:11:28 chr16 58080009 . C T 1387.77 PASS AF=0.989362;AO=89;DP=92;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0955053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.829;QD=59.0542;RBI=0.152671;REFB=-0.142326;REVB=0.11911;RO=3;SAF=19;SAR=70;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198778;STB=0.503401;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0067122;OID=.;OPOS=58080009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:94:3:1:89:93:0.989362:70:19:0:3:73:20:0:1 chr16 58191966 . C T 1994.88 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6443;QD=61.381;RBI=0.0760465;REFB=0;REVB=0.0749889;RO=0;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119012;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:130:0:0:123:130:1:67:56:0:0:73:57:0:0 chr16 58201628 . T C 472.53 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0146649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.2;QD=16.1549;RBI=0.0301931;REFB=-0.0152066;REVB=-0.0263925;RO=64;SAF=25;SAR=27;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498382;STB=0.523488;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0133995;OID=.;OPOS=58201628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:65:52:52:0.444444:27:25:34:30:27:25:34:31 chr16 58292303 . G A 320.29 PASS AF=0.378641;AO=36;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0183994;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.31;QD=12.4384;RBI=0.0184334;REFB=-0.0155387;REVB=-0.00111929;RO=64;SAF=17;SAR=19;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00388183;STB=0.51146;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.032444;OID=.;OPOS=58292303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:36:39:0.378641:19:17:30:34:20:19:30:34 chr16 58318604 . T C 722.47 PASS AF=0.496503;AO=70;DP=142;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0165753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.303;QD=20.2089;RBI=0.0169002;REFB=-0.0162561;REVB=0.00329826;RO=72;SAF=34;SAR=36;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000364849;STB=0.503447;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0168738;OID=.;OPOS=58318604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:72:72:70:71:0.496503:36:34:35:37:36:35:35:37 chr16 58327646 . A G 924.45 PASS AF=0.497297;AO=92;DP=185;FAO=92;FDP=185;FR=.;FRO=93;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=37;FWDB=0.00207502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.26;QD=19.9881;RBI=0.011799;REFB=-0.0202461;REVB=-0.0116151;RO=91;SAF=51;SAR=41;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461047;STB=0.524442;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0201299;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:91:93:92:92:0.497297:41:51:55:36:41:51:56:37 chr16 58540531 . A G 2972.2 PASS AF=0.994924;AO=83;DP=199;FAO=196;FDP=197;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=95;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0697082;FXX=0.0198995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.046;QD=60.3492;RBI=0.0785078;REFB=0;REVB=0.0361143;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307242;OID=.;OPOS=58540531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:199:197:0:0:83:196:0.994924:37:46:0:0:101:95:0:0 chr16 58542901 . G A 842.98 PASS AF=0.432558;AO=92;DP=214;FAO=93;FDP=215;FR=.;FRO=122;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=0.0166694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2315;QD=15.6834;RBI=0.0188029;REFB=-0.0115298;REVB=-0.00869943;RO=121;SAF=40;SAR=52;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879228;STB=0.54924;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0185346;OID=.;OPOS=58542901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:121:122:92:93:0.432558:52:40:63:58:53:40:63:59 chr16 58545426 . A G 5532.26 PASS AF=1;AO=351;DP=351;FAO=353;FDP=353;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.388;QD=62.6885;RBI=0.0436775;REFB=0;REVB=0.00935491;RO=0;SAF=184;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67033e-05;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:351:353:0:0:351:353:1:167:184:0:0:168:185:0:0 chr16 58549932 . T C 1507.27 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00679842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.782;QD=58.5349;RBI=0.0122584;REFB=0.0168328;REVB=0.0102005;RO=1;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854891;STB=0.504504;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-9.26675e-05;OID=.;OPOS=58549932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:55:47:0:1:55:47:0:1 chr16 58552921 . G A 1477.14 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312842;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.113;QD=63.5329;RBI=0.0316012;REFB=0;REVB=-0.00446452;RO=0;SAF=34;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014557;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:58:34:0:0:58:35:0:0 chr16 58553944 . A G 396.55 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0101613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.451;QD=17.8224;RBI=0.0477611;REFB=-0.00188525;REVB=0.0466677;RO=46;SAF=18;SAR=23;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408182;STB=0.510539;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00202559;OID=.;OPOS=58553944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:48:41:41:0.460674:23:18:20:26:23:18:22:26 chr16 58575489 . G A 343.32 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.0203182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.607;QD=13.8716;RBI=0.0223825;REFB=-0.00612995;REVB=-0.00938856;RO=61;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213632;STB=0.620992;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0117976;OID=.;OPOS=58575489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:18:20:20:41:18:20:20:41 chr16 58577421 . C T 722.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.544;QD=56.6304;RBI=0.00864598;REFB=0;REVB=0.0019353;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174101;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:31:20:0:0 chr16 58579274 . C T 1382.27 PASS AF=0.445455;AO=134;DP=319;FAO=147;FDP=330;FR=.;FRO=183;FSAF=79;FSAR=68;FSRF=87;FSRR=96;FWDB=-0.00107248;FXX=0.00602391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.071;QD=16.7548;RBI=0.0017842;REFB=-0.0315086;REVB=0.00142589;RO=183;SAF=67;SAR=67;SRF=88;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198293;STB=0.534396;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0505279;OID=.;OPOS=58579274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:330:183:183:134:147:0.445455:67:67:88:95:68:79:87:96 chr16 58587737 . C T 357.34 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0290436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.874;QD=14.4378;RBI=0.0290687;REFB=0.00644672;REVB=-0.00120868;RO=55;SAF=19;SAR=20;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052754;STB=0.502332;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00740145;OID=.;OPOS=58587737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:55:60:39:39:0.393939:20:19:24:31:20:19:29:31 chr16 58633158 . G A 351.84 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0732278;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.137;QD=15.4654;RBI=0.0732324;REFB=-0.0121202;REVB=0.000822786;RO=53;SAF=25;SAR=13;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323184;STB=0.682112;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0305162;OID=.;OPOS=58633158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:53:53:38:38:0.417582:13:25:18:35:13:25:18:35 chr16 58712340 . C T 545.59 PASS AF=0.483051;AO=56;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00340534;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7636;QD=18.4946;RBI=0.0159692;REFB=-0.0235011;REVB=-0.0156019;RO=61;SAF=33;SAR=23;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153456;STB=0.588274;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0355613;OID=.;OPOS=58712340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:56:57:0.483051:23:33:26:35:23:34:26:35 chr16 58713850 . C T 1410.1 PASS AF=0.484536;AO=141;DP=292;FAO=141;FDP=291;FR=.;FRO=150;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=66;FSRR=84;FWDB=0.0213974;FXX=0.00342454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.948;QD=19.3829;RBI=0.0247414;REFB=0.0029266;REVB=-0.0124212;RO=148;SAF=72;SAR=69;SRF=66;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602496;STB=0.536366;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00364585;OID=.;OPOS=58713850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:291:148:150:141:141:0.484536:69:72:66:82:69:72:66:84 chr16 58743454 . A C 668.31 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0289319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.943;QD=21.2161;RBI=0.030373;REFB=-0.00852256;REVB=0.00924486;RO=59;SAF=24;SAR=42;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241303;STB=0.510074;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0090257;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:59:60:66:66:0.52381:42:24:23:36:42:24:23:37 chr16 58750604 . G A 287.52 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00462496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2078;QD=18.5494;RBI=0.0367745;REFB=-0.012112;REVB=-0.0364825;RO=31;SAF=23;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138684;STB=0.577836;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0115778;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:8:23:19:12:8:23:19:12 chr16 58757668 . A C 368.6 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00828935;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.074;QD=16.5661;RBI=0.00895464;REFB=-0.00346805;REVB=-0.00338708;RO=50;SAF=22;SAR=17;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123846;STB=0.569585;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00371247;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:50:50:39:39:0.438202:17:22:22:28:17:22:22:28 chr16 58757683 . A G 342.44 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00576839;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.955;QD=12.9223;RBI=0.00635573;REFB=0.00324728;REVB=-0.00266852;RO=60;SAF=25;SAR=16;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134601;STB=0.60069;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00442456;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:60:65:41:41:0.386792:16:25:29:31:16:25:29:36 chr16 58804449 . T C 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0538682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0622;QD=9.8432;RBI=0.055101;REFB=-0.00907919;REVB=0.0115903;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32941;STB=0.6996;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0167784;OID=.;OPOS=58804449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:8:12:3:7:8:12 chr16 64980818 . C T 1011.83 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012354;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.01;QD=57.0045;RBI=0.0518683;REFB=-0.0180725;REVB=0.0503756;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000360408;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:71:0:1:69:70:0.985915:32:37:0:0:33:37:1:0 chr16 65016087 . A C 3447.76 PASS AF=1;AO=221;DP=223;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464534;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2574;QD=62.4029;RBI=0.0519792;REFB=-0.00652429;REVB=0.023322;RO=0;SAF=86;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22734e-05;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:223:221:0:0:221:221:1:135:86:0:0:135:86:0:0 chr16 65022234 . C T 673.08 PASS AF=0.468966;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0267221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7914;QD=18.5678;RBI=0.043117;REFB=-0.0108633;REVB=-0.033838;RO=76;SAF=31;SAR=37;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421667;STB=0.520059;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0126559;OID=.;OPOS=65022234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:77:68:68:0.468966:37:31:38:38:37:31:38:39 chr16 66420885 . C T 3146.49 PASS AF=1;AO=196;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159289;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.306;QD=63.8882;RBI=0.0163693;REFB=0;REVB=0.00377134;RO=0;SAF=94;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01606e-05;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:197:0:0:196:197:1:102:94:0:0:102:95:0:0 chr16 66432423 . TC CC,CT 1261.65 PASS AF=0.521739,0.478261;AO=46,44;DP=93;FAO=48,44;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=15,25;FSAR=33,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040782,0.0973321;FXX=0.0107515;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=79.9961,72.6688;QD=54.8541;RBI=0.0610374,0.114724;REFB=0,0;REVB=0.0454136,0.0607293;RO=0;SAF=15,25;SAR=31,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00122893,0.0406557;OID=.,.;OPOS=66432423,66432423;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:93:92:0:0:46,44:48,44:0.521739,0.478261:31,19:15,25:0:0:33,19:15,25:0:0 chr16 66436882 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 246.19 PASS AF=0.179126,0.0394922;AO=179,53;DP=721;FAO=127,28;FDP=709;FR=.;FRO=554;FSAF=62,0;FSAR=65,28;FSRF=262;FSRR=292;FWDB=0.0663988,-0.101784;FXX=0.0180053;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.92978,65.7736;QD=1.38894;RBI=0.0683498,0.102325;REFB=-0.128194,-0.0132291;REVB=0.0162138,-0.0105177;RO=382;SAF=80,1;SAR=99,52;SRF=177;SRR=205;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.019669,-0.64999;STB=0.51243,0.999609;STBP=0.753,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.128882,0.0354658;OID=.,.;OPOS=66436883,66436889;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.179126,0.0394922:179,53:721:127,28:709:554:62,0:65,28:262:292:99:382:80,1:99,52:177:205 chr16 66527192 . G A 158.85 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.000152657;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=124.112;QD=17.1734;RBI=0.00876157;REFB=-0.0146592;REVB=-0.00876024;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265834;STB=0.511169;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00925186;OID=.;OPOS=66527192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:18:20:17:17:0.459459:9:8:9:9:9:8:9:11 chr16 66584002 . T C 1400.57 PASS AF=0.478548;AO=143;DP=302;FAO=145;FDP=303;FR=.;FRO=158;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=76;FSRR=82;FWDB=-0.0374585;FXX=0.00655716;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9969;QD=18.4894;RBI=0.0544665;REFB=-0.028064;REVB=-0.0395407;RO=157;SAF=66;SAR=77;SRF=75;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015439;STB=0.513549;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0277831;OID=.;OPOS=66584002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:303:157:158:143:145:0.478548:77:66:75:82:79:66:76:82 chr16 66600479 . G A 198.45 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.135967;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.659;QD=14.6999;RBI=0.136037;REFB=-0.00914467;REVB=-0.00436606;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193174;STB=0.533304;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0110919;OID=.;OPOS=66600479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:31:23:23:0.425926:16:7:9:19:16:7:11:20 chr16 66613525 . G A 676.56 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=169;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=0.00653744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.531;QD=16.0132;RBI=0.00654685;REFB=-0.0145208;REVB=0.000351001;RO=94;SAF=34;SAR=40;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344221;STB=0.521803;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0150182;OID=.;OPOS=66613525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:94:95:74:74:0.43787:40:34:40:54:40:34:40:55 chr16 66614008 . T C 592.15 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.025262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7732;QD=21.9315;RBI=0.0327919;REFB=-0.041531;REVB=0.0209079;RO=49;SAF=33;SAR=26;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141369;STB=0.577474;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0294787;OID=.;OPOS=66614008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:49:59:59:0.546296:26:33:19:30:26:33:19:30 chr16 66656102 . C T 510.57 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00273854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.45;QD=18.3988;RBI=0.0264029;REFB=-0.0195328;REVB=-0.0262605;RO=57;SAF=28;SAR=26;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901481;STB=0.549915;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0173622;OID=.;OPOS=66656102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:54:54:0.486486:26:28:24:33:26:28:24:33 chr16 66765067 . G A 2205.47 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0178042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.525;QD=61.6915;RBI=0.0402359;REFB=-0.143298;REVB=0.0360824;RO=1;SAF=64;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737156;STB=0.50065;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000377749;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:1:2:141:141:0.986014:77:64:1:0:77:64:1:1 chr16 66792714 . T C 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4599;QD=64.1505;RBI=0.0169984;REFB=0;REVB=-0.0168059;RO=0;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014914;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:37:12:0:0:37:12:0:0 chr16 66812797 . C T 1396.38 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.051;QD=62.7587;RBI=0.0266348;REFB=0;REVB=-0.00998373;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83619e-05;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:49:39:0:0:49:40:0:0 chr16 66919929 . G C 67.88 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0127855;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.743;QD=10.4436;RBI=0.0274868;REFB=0.00211773;REVB=-0.0243322;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215431;STB=0.631281;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00465704;OID=.;OPOS=66919929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:28:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:9:8:6:3:9:8 chr16 66920510 . A G 470.26 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0197635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.451;QD=26.1255;RBI=0.0299313;REFB=-0.00157552;REVB=-0.0224786;RO=28;SAF=25;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00235573;STB=0.501286;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.000375674;OID=.;OPOS=66920510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:44:44:0.611111:19:25:16:12:19:25:16:12 chr16 66920949 . G A 611.46 PASS AF=0.504;AO=59;DP=122;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0209083;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1116;QD=19.5668;RBI=0.0419789;REFB=-0.0101451;REVB=0.0364015;RO=57;SAF=28;SAR=31;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304885;STB=0.519707;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00542363;OID=.;OPOS=66920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:57:62:59:63:0.504:31:28:29:28:35:28:30:32 chr16 66946748 . G C 668.99 PASS AF=0.46;AO=59;DP=140;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0049128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.995;QD=17.8397;RBI=0.0254129;REFB=-0.0128785;REVB=0.0249335;RO=78;SAF=22;SAR=37;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183662;STB=0.55205;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0174437;OID=.;OPOS=66946748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:150:78:81:59:69:0.46:37:22:43:35:39:30:43:38 chr16 66948130 . G A 724.52 PASS AF=0.469512;AO=77;DP=163;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.000947836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.956;QD=17.6711;RBI=0.00442892;REFB=-0.00819581;REVB=-0.0043263;RO=86;SAF=33;SAR=44;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907878;STB=0.553401;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0107654;OID=.;OPOS=66948130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:86:87:77:77:0.469512:44:33:45:41:44:33:46:41 chr16 67037054 . A C 440.71 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.000463058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.735;QD=19.5869;RBI=0.0233025;REFB=-0.0282113;REVB=-0.0232979;RO=46;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419687;STB=0.523316;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0234275;OID=.;OPOS=67037054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:20:24:23:23:20:24:23:23 chr16 67181999 . A G 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.000430289;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.833;QD=19.2766;RBI=0.0531757;REFB=-0.0182886;REVB=0.053174;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661965;STB=0.53682;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0160801;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:16:18:15:18:16:18:15:18 chr16 67233266 . A C 1577.54 PASS AF=0.516447;AO=156;DP=291;FAO=157;FDP=304;FR=.;FRO=147;FSAF=86;FSAR=71;FSRF=65;FSRR=82;FWDB=-0.0201372;FXX=0.00327858;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8274;QD=20.757;RBI=0.0894601;REFB=-0.00664057;REVB=-0.0871643;RO=134;SAF=86;SAR=70;SRF=65;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563725;STB=0.551022;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00543163;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:304:134:147:156:157:0.516447:70:86:65:69:71:86:65:82 chr16 67574233 . G T 189.69 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0269786;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.869;QD=13.0817;RBI=0.0269821;REFB=-0.0160297;REVB=0.000434387;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157389;STB=0.590088;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0276393;OID=.;OPOS=67574233;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:22:13:12:11:22:13 chr16 67691194 . C T 393.86 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=32;FWDB=0.124912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0364;QD=20.1981;RBI=0.125966;REFB=-0.0171962;REVB=0.0162569;RO=38;SAF=9;SAR=31;SRF=6;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896719;STB=0.549395;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0139812;OID=.;OPOS=67691194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:31:9:6:32:31:9:6:32 chr16 67691668 . A G 389.39 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=9.46947e-05;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.831;QD=14.2897;RBI=0.0124829;REFB=-0.00840297;REVB=-0.0124826;RO=64;SAF=18;SAR=27;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732288;STB=0.541335;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00753514;OID=.;OPOS=67691668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:64:64:45:45:0.412844:27:18:30:34:27:18:30:34 chr16 67963887 . G A 824.31 PASS AF=0.447917;AO=86;DP=192;FAO=86;FDP=192;FR=.;FRO=106;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=66;FWDB=-0.0323214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.452;QD=17.1731;RBI=0.0461919;REFB=0.00894144;REVB=-0.0330002;RO=106;SAF=27;SAR=59;SRF=40;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708265;STB=0.539428;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00879236;OID=.;OPOS=67963887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:106:106:86:86:0.447917:59:27:40:66:59:27:40:66 chr16 67965002 . T C 550.94 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0205836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.898;QD=20.7903;RBI=0.0257649;REFB=-0.0192922;REVB=-0.0154965;RO=50;SAF=17;SAR=39;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036298;STB=0.519993;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0202748;OID=.;OPOS=67965002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:50:56:56:0.528302:39:17:17:33:39:17:17:33 chr16 68025801 . G C 1196.03 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3303;QD=59.063;RBI=0.0514767;REFB=-0.135181;REVB=-0.0297969;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151854;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:81:0:0:78:81:1:42:36:0:0:43:38:0:0 chr16 68026992 . C CG 44.91 PASS AF=0.243243;AO=17;DP=77;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00414881;FXX=0.038956;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.469;QD=2.42753;RBI=0.0708799;REFB=-0.00209869;REVB=-0.0707584;RO=59;SAF=13;SAR=4;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201815;STB=0.730046;STBP=0.036;TYPE=ins;VARB=0.196792;OID=.;OPOS=68026993;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243:17:77:18:74:56:15:3:33:23:44:59:13:4:37:22 chr16 68057096 . T C 2846.99 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1557;QD=62.9169;RBI=0.104969;REFB=0;REVB=-0.00635488;RO=0;SAF=83;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197194;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:181:181:1:98:83:0:0:98:83:0:0 chr16 68100461 . C T 324.66 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0173121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8507;QD=14.5912;RBI=0.0397468;REFB=-0.0253095;REVB=0.0357785;RO=51;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186442;STB=0.510938;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0477007;OID=.;OPOS=68100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:53:36:36:0.404494:19:17:25:26:19:17:26:27 chr16 68569440 . T G 346.15 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0175098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.836;QD=19.5011;RBI=0.0245875;REFB=-0.00948171;REVB=0.0172613;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401221;STB=0.522281;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00957505;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:20:16:14:21:20:16:14:21 chr16 68569459 . T C 358.59 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.019878;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.025;QD=19.3831;RBI=0.0199248;REFB=-0.00568433;REVB=0.00136522;RO=37;SAF=15;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498155;STB=0.527721;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0064974;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:37:37:37:0.5:22:15:17:20:22:15:17:20 chr16 68598007 . A G 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0403256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4643;QD=16.071;RBI=0.0654218;REFB=0.000803974;REVB=0.0515157;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232851;STB=0.630877;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.000778704;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:12:17:12:23:12:17:12:23 chr16 68713730 . G A 1788.26 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0704038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.034;QD=60.1097;RBI=0.074658;REFB=0.0335986;REVB=0.0248419;RO=1;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725153;STB=0.503816;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.000521486;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:65:53:0:1:65:53:0:1 chr16 68713823 . C A 2239.03 PASS AF=0.966667;AO=145;DP=150;FAO=145;FDP=150;FR=.;FRO=5;FSAF=75;FSAR=70;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.040926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0461;QD=59.7076;RBI=0.0413384;REFB=-0.0273382;REVB=0.00582502;RO=4;SAF=75;SAR=70;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246841;STB=0.516127;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00847261;OID=.;OPOS=68713823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:150:150:4:5:145:145:0.966667:70:75:4:0:70:75:5:0 chr16 68721470 . T C 1305.77 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492235;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.567;QD=62.1797;RBI=0.00620938;REFB=0;REVB=0.00378508;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76353e-05;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr16 68721533 . G C 367.11 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0403786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.534;QD=16.4992;RBI=0.0500787;REFB=-0.032212;REVB=-0.0296217;RO=49;SAF=20;SAR=19;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022826;STB=0.518424;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0345182;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:49:50:39:39:0.438202:19:20:24:25:19:20:24:26 chr16 68725783 . G A 378.91 PASS AF=0.455556;AO=39;DP=84;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00381372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1632;QD=16.8402;RBI=0.0761843;REFB=-0.0204675;REVB=0.0760888;RO=45;SAF=24;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206294;STB=0.574501;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0238888;OID=.;OPOS=68725783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:90:45:49:39:41:0.455556:15:24:18:27:17:24:22:27 chr16 68729785 . C A 537.36 PASS AF=0.54;AO=53;DP=99;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00586867;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3662;QD=21.4943;RBI=0.00619679;REFB=-0.0060707;REVB=-0.0019897;RO=46;SAF=23;SAR=30;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193344;STB=0.505616;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00566246;OID=.;OPOS=68729785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:46:46:53:54:0.54:30:23:21:25:30:24:21:25 chr16 68732049 . A C 310.92 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0543929;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.733;QD=16.1519;RBI=0.0561531;REFB=-0.0227181;REVB=-0.0139494;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064419;STB=0.530403;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0247253;OID=.;OPOS=68732049;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:43:34:34:0.441558:20:14:20:22:20:14:20:23 chr16 68771372 . C T 770.66 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.436;QD=55.0472;RBI=0.0186698;REFB=-0.126219;REVB=0.0130387;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000275816;OID=.;OPOS=68771372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:32:23:0:1:32:23:0:1 chr16 68776416 . G A 232.09 PASS AF=0.7;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0250332;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.641;QD=30.9452;RBI=0.029616;REFB=-0.0300301;REVB=-0.0158256;RO=9;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393933;STB=0.51524;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0144223;OID=.;OPOS=68776416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:31:30:9:9:20:21:0.7:12:8:3:6:13:8:3:6 chr16 68857441 . T C 573.19 PASS AF=0.432624;AO=61;DP=141;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=53;FWDB=0.011623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.298;QD=16.2607;RBI=0.0183671;REFB=-0.00224309;REVB=0.0142217;RO=79;SAF=30;SAR=31;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15246;STB=0.587796;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00271175;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:79:80:61:61:0.432624:31:30:27:52:31:30:27:53 chr16 68869449 . A G,T 676.49 PASS AF=0.893617,0.0638298;AO=42,2;DP=47;FAO=42,3;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=14,2;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0322905,0.0272844;FXX=0.040808;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=170.109,175.668;QD=57.5736;RBI=0.0326157,0.0343803;REFB=0.109886,-0.0405779;REVB=0.00459389,-0.0209181;RO=2;SAF=14,2;SAR=28,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0323575,0.727176;STB=0.517233,0.74849;STBP=0.409,0.313;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00143244,0.0924187;OID=.,.;OPOS=68869449,68869449;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:47:47:2:2:42,2:42,3:0.893617,0.0638298:28,0:14,2:0:2:28,1:14,2:0:2 chr16 68919559 . T C 595.9 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0170248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.808;QD=17.7881;RBI=0.0258313;REFB=-0.0107518;REVB=-0.0194271;RO=72;SAF=26;SAR=36;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654512;STB=0.536383;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.015862;OID=.;OPOS=68919559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:72:72:62:62:0.462687:36:26:35:37:36:26:35:37 chr16 69008037 . C T 435.03 PASS AF=0.392308;AO=50;DP=128;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0122778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7102;QD=13.3856;RBI=0.0168196;REFB=0.00106485;REVB=-0.0114958;RO=74;SAF=20;SAR=30;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00594356;STB=0.508193;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00453443;OID=.;OPOS=69008037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:74:79:50:51:0.392308:30:20:30:44:31:20:32:47 chr16 69143577 . A G 529.91 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0211323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.188;QD=16.5598;RBI=0.0245;REFB=-0.0107179;REVB=0.0123967;RO=71;SAF=26;SAR=31;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507126;STB=0.528302;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0126988;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:71:57:57:0.445312:31:26:36:35:31:26:36:35 chr16 69334880 . CAAAAAAAAAAAAG CAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAGA 87.81 PASS AF=0.4,0.6;AO=4,2;DP=21;FAO=6,9;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316116,-0.0253954;FXX=0.285578;HRUN=12,12;LEN=1,2;MLLD=7.70766,26.991;QD=23.4149;RBI=0.0369031,0.0824928;REFB=-0.529474,-0.433674;REVB=-0.0190406,0.0784865;RO=4;SAF=1,2;SAR=3,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.338535,0.767801;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.171057,0.0872317;OID=.,.;OPOS=69334881,69334892;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.6:4,2:21:6,9:15:0:0,5:6,4:0:0:29:4:1,2:3,0:0:4 chr16 69338271 . G A 506.83 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0792331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2011;QD=23.0376;RBI=0.0807903;REFB=0.00389121;REVB=-0.0157855;RO=40;SAF=27;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726898;STB=0.539983;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00725015;OID=.;OPOS=69338271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:21:27:19:21:21:27:19:21 chr16 69458591 . C T 482.29 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.056647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0791;QD=16.0765;RBI=0.0681426;REFB=0.0331827;REVB=-0.0378752;RO=67;SAF=19;SAR=34;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000305728;STB=0.500171;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0431328;OID=.;OPOS=69458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:34:19:24:43:34:19:24:43 chr16 69499731 . T C 280.71 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0105816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7018;QD=28.0705;RBI=0.0452159;REFB=-0.00833357;REVB=-0.0439603;RO=15;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100365;STB=0.555288;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00632207;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:12:13:10:5:12:13:10:5 chr16 69704122 . C CTG 434.96 PASS AF=1;AO=27;DP=36;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302823;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=266.86;QD=56.1239;RBI=0.0537008;REFB=0;REVB=0.0443481;RO=7;SAF=11;SAR=16;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.91066e-05;OID=.;OPOS=69704123;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:36:31:31:0:12:19:0:0:4:7:11:16:2:5 chr16 69733460 . G A 1545.81 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3707;QD=59.4544;RBI=0.0192;REFB=0;REVB=-0.0160455;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:55:47:0:0:57:47:0:0 chr16 69733665 . T G 1007.74 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0198449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.829;QD=55.2187;RBI=0.0217272;REFB=-0.132657;REVB=0.00884594;RO=2;SAF=38;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226602;STB=0.508659;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00144095;OID=.;OPOS=69733665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:2:3:70:70:0.958904:32:38:1:1:32:38:1:2 chr16 69733755 . A G 214.97 PASS AF=0.553191;AO=17;DP=38;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0783073;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.6087;QD=18.2955;RBI=0.079866;REFB=-0.181149;REVB=-0.0157018;RO=21;SAF=15;SAR=2;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565229;STB=0.587209;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.238007;OID=.;OPOS=69733755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:47:21:21:17:26:0.553191:2:15:8:13:11:15:8:13 chr16 69735271 . T A 2477.96 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.817;QD=61.1842;RBI=0.0744571;REFB=0;REVB=0.0574758;RO=0;SAF=88;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101472;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:162:0:0:157:162:1:69:88:0:0:72:90:0:0 chr16 69963355 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.004;QD=57.0008;RBI=0.0274437;REFB=0;REVB=0.000253068;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3539e-05;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr16 69963403 . G A 159.07 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00665274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.543;QD=10.0996;RBI=0.0216491;REFB=-0.0134394;REVB=-0.0206016;RO=42;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818022;STB=0.5479;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0263048;OID=.;OPOS=69963403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:10:11:25:17:10:11:25:17 chr16 69967897 . T C 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.101;QD=64.1538;RBI=0.0249915;REFB=0;REVB=0.00544407;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17255e-05;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chr16 69970329 . A G 888.47 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105194;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.804;QD=58.2603;RBI=0.0445776;REFB=0;REVB=0.0433186;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132524;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr16 69973297 . C T 1035.68 PASS AF=0.451883;AO=108;DP=239;FAO=108;FDP=239;FR=.;FRO=131;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=0.00895824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.545;QD=17.3335;RBI=0.00896393;REFB=-0.00629027;REVB=-0.000319259;RO=131;SAF=54;SAR=54;SRF=60;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415406;STB=0.523008;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00773841;OID=.;OPOS=69973297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:131:131:108:108:0.451883:54:54:60:71:54:54:60:71 chr16 69988373 . T C 2220.05 PASS AF=0.993103;AO=141;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.04413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8272;QD=61.2426;RBI=0.0980126;REFB=-0.102087;REVB=0.0875157;RO=4;SAF=83;SAR=58;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031662;STB=0.504065;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00326969;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:145:145:4:1:141:144:0.993103:58:83:0:4:61:83:0:1 chr16 70010516 . ATGT A 266.63 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00976661;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=300.499;QD=23.185;RBI=0.0164807;REFB=-0.016966;REVB=0.013275;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929322;STB=0.562452;STBP=0.429;TYPE=del;VARB=0.0165258;OID=.;OPOS=70010517;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.543478:24:48:25:46:21:16:9:16:5:99:21:16:8:16:5 chr16 70010589 . T C 599.42 PASS AF=0.322034;AO=76;DP=238;FAO=76;FDP=236;FR=.;FRO=160;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=120;FWDB=-0.0132615;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.573;QD=10.1596;RBI=0.0165379;REFB=-0.0116725;REVB=0.00988107;RO=160;SAF=42;SAR=34;SRF=40;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350751;STB=0.698744;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.015939;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:236:160:160:76:76:0.322034:34:42:40:120:34:42:40:120 chr16 70010610 . C T 694.48 PASS AF=0.335878;AO=88;DP=262;FAO=88;FDP=262;FR=.;FRO=174;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=125;FWDB=0.0124285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.541;QD=10.6028;RBI=0.023665;REFB=0.00962705;REVB=-0.0201387;RO=174;SAF=48;SAR=40;SRF=49;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302502;STB=0.671151;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0181269;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:174:174:88:88:0.335878:40:48:49:125:40:48:49:125 chr16 70016573 . G A 4474.05 PASS AF=1;AO=283;DP=284;FAO=283;FDP=283;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176451;FXX=0.0070173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.785;QD=63.2375;RBI=0.050069;REFB=0.0103997;REVB=0.0468568;RO=1;SAF=156;SAR=127;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304709;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190793;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:284:283:1:0:283:283:1:127:156:1:0:127:156:0:0 chr16 70064261 . C T 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5981;QD=47.8137;RBI=0.075295;REFB=0;REVB=0.0682217;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130698;OID=.;OPOS=70064261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr16 70161263 . T C 86.14 PASS AF=0.21875;AO=13;DP=63;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0251133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.431;QD=5.38381;RBI=0.0255275;REFB=-0.00321327;REVB=0.00458011;RO=50;SAF=10;SAR=3;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503473;STB=0.773701;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0150537;OID=.;OPOS=70161263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:63:64:50:50:13:14:0.21875:3:10:17:33:4:10:17:33 chr16 70164334 . A G 318.28 PASS AF=0.248677;AO=47;DP=189;FAO=47;FDP=189;FR=.;FRO=142;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=70;FSRR=72;FWDB=0.000181674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.316;QD=6.73599;RBI=0.0133376;REFB=-0.00613201;REVB=0.0133363;RO=142;SAF=23;SAR=24;SRF=70;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450371;STB=0.502702;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0176723;OID=.;OPOS=70164334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:142:142:47:47:0.248677:24:23:70:72:24:23:70:72 chr16 70165914 . T C 121.75 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00395668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.914;QD=7.05795;RBI=0.0105892;REFB=-0.00772963;REVB=0.00982224;RO=50;SAF=5;SAR=13;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303019;STB=0.69196;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0106525;OID=.;OPOS=70165914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:51:18:18:0.26087:13:5:26:24:13:5:27:24 chr16 70180088 . A T 540.32 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.000629809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.05;QD=22.0538;RBI=0.0110709;REFB=-0.00327197;REVB=0.011053;RO=46;SAF=23;SAR=28;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521778;STB=0.522718;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00307023;OID=.;OPOS=70180088;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:47:51:51:0.520408:28:23:18:28:28:23:19:28 chr16 70190401 . C T 54.21 PASS AF=0.32;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0309651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.607;QD=8.67288;RBI=0.0960029;REFB=-0.0137308;REVB=-0.090872;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51995;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0300365;OID=.;OPOS=70190401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:16:17:8:8:0.32:4:4:8:8:4:4:8:9 chr16 70191029 . T G 709.39 PASS AF=0.346614;AO=87;DP=251;FAO=87;FDP=251;FR=.;FRO=164;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=83;FSRR=81;FWDB=-0.00727912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.975;QD=11.305;RBI=0.0306045;REFB=-0.0218947;REVB=-0.0297263;RO=163;SAF=42;SAR=45;SRF=83;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302468;STB=0.515248;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0337033;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:163:164:87:87:0.346614:45:42:83:80:45:42:83:81 chr16 70191161 . C T 632.0 PASS AF=0.315589;AO=83;DP=263;FAO=83;FDP=263;FR=.;FRO=180;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=79;FSRR=101;FWDB=0.00230006;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2874;QD=9.61209;RBI=0.00438341;REFB=0.0064375;REVB=0.00373149;RO=179;SAF=35;SAR=48;SRF=79;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237562;STB=0.512021;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00874095;OID=.;OPOS=70191161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:179:180:83:83:0.315589:48:35:79:100:48:35:79:101 chr16 70191333 . T C 1072.43 PASS AF=0.654676;AO=91;DP=140;FAO=91;FDP=139;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0184187;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.247;QD=30.8612;RBI=0.0308957;REFB=-0.0507192;REVB=0.0248051;RO=48;SAF=37;SAR=54;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879878;STB=0.547463;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0242817;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:48:48:91:91:0.654676:54:37:26:22:54:37:26:22 chr16 70191556 . G A 218.8 PASS AF=0.210811;AO=41;DP=184;FAO=39;FDP=185;FR=.;FRO=146;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=69;FSRR=77;FWDB=0.035047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.1406;QD=4.73076;RBI=0.0445629;REFB=-0.0179245;REVB=0.0275238;RO=127;SAF=21;SAR=20;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695277;STB=0.511512;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0517167;OID=.;OPOS=70191556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:127:146:41:39:0.210811:20:21:58:69:20:19:69:77 chr16 70191566 . A G 1000.1 PASS AF=0.565476;AO=94;DP=168;FAO=95;FDP=168;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0618812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9454;QD=23.812;RBI=0.068756;REFB=-0.0116947;REVB=-0.0299684;RO=71;SAF=42;SAR=52;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535726;STB=0.524385;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0131775;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:71:73:94:95:0.565476:52:42:27:44:52:43:29:44 chr16 70287177 . A G 736.42 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5522;QD=56.6477;RBI=0.0277233;REFB=0;REVB=0.000995157;RO=2;SAF=25;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356895;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:2:0:50:52:1:25:25:2:0:25:27:0:0 chr16 70303580 . G A 409.45 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00197681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.585;QD=17.998;RBI=0.0229121;REFB=-0.0218118;REVB=0.0228267;RO=49;SAF=18;SAR=24;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200021;STB=0.511177;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0258657;OID=.;OPOS=70303580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:24:18:22:27:24:18:22:27 chr16 70395387 . C T 310.19 PASS AF=0.351351;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0478976;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.134;QD=11.178;RBI=0.0482849;REFB=-0.00713129;REVB=-0.0061034;RO=72;SAF=15;SAR=24;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538707;STB=0.531008;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0126897;OID=.;OPOS=70395387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:72:72:39:39:0.351351:24:15:31:41:24:15:31:41 chr16 70506907 . T C 582.89 PASS AF=0.438356;AO=57;DP=140;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00671534;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.979;QD=15.9695;RBI=0.00878831;REFB=-0.0175783;REVB=0.00566909;RO=82;SAF=31;SAR=26;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205291;STB=0.503865;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0231238;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:146:82:82:57:64:0.438356:26:31:43:39:30:34:43:39 chr16 70546234 . G A 247.41 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00434577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.004;QD=13.9386;RBI=0.00575469;REFB=-0.00729716;REVB=0.00377236;RO=42;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114548;STB=0.555077;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0128444;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:42:28:29:0.408451:15:13:15:27:16:13:15:27 chr16 70548297 . G A 2097.68 PASS AF=1;AO=114;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3031;QD=61.2461;RBI=0.109171;REFB=0;REVB=0.109143;RO=0;SAF=68;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00742996;OID=.;OPOS=70548297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:137:0:0:114:137:1:46:68:0:0:69:68:0:0 chr16 70569215 . A T 672.17 PASS AF=0.464516;AO=72;DP=155;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=0.012189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.034;QD=17.3464;RBI=0.0443203;REFB=-0.0169032;REVB=-0.0426113;RO=83;SAF=35;SAR=37;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121168;STB=0.567038;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0161197;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:83:83:72:72:0.464516:37:35:30:53:37:35:30:53 chr16 70602221 . C T 422.02 PASS AF=0.364964;AO=49;DP=136;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.00721839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.936;QD=12.3218;RBI=0.0422886;REFB=-0.0230738;REVB=-0.041668;RO=87;SAF=25;SAR=24;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435763;STB=0.530909;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0352433;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:87:87:49:50:0.364964:24:25:41:46:24:26:41:46 chr16 70796515 . G A 3275.07 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204304;FXX=0.00469462;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.375;QD=61.7938;RBI=0.0239786;REFB=-0.157067;REVB=0.0125527;RO=1;SAF=71;SAR=141;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00666218;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295494;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:213:212:1:0:212:212:1:141:71:1:0:141:71:0:0 chr16 70818759 . A G 1337.24 PASS AF=0.525097;AO=115;DP=237;FAO=136;FDP=259;FR=.;FRO=123;FSAF=51;FSAR=85;FSRF=53;FSRR=70;FWDB=0.00456881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.531;QD=20.6523;RBI=0.00557412;REFB=-0.034981;REVB=0.00319323;RO=108;SAF=36;SAR=79;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136106;STB=0.527915;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0344382;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:259:108:123:115:136:0.525097:79:36:49:59:85:51:53:70 chr16 70883694 . G A 531.59 PASS AF=0.228495;AO=85;DP=372;FAO=85;FDP=372;FR=.;FRO=287;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=128;FSRR=159;FWDB=-0.053466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.756;QD=5.71602;RBI=0.0580521;REFB=-0.00416366;REVB=-0.0226148;RO=282;SAF=38;SAR=47;SRF=125;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00489644;STB=0.500832;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0158204;OID=.;OPOS=70883694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:372:282:287:85:85:0.228495:47:38:125:157:47:38:128:159 chr16 70884524 . C G 440.76 PASS AF=0.348993;AO=52;DP=148;FAO=52;FDP=149;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=-0.0149475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0911;QD=11.8325;RBI=0.021439;REFB=-0.00734341;REVB=-0.015369;RO=96;SAF=15;SAR=37;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161967;STB=0.590675;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0122452;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:96:97:52:52:0.348993:37:15:40:56:37:15:40:57 chr16 70884534 . T A 410.85 PASS AF=0.357664;AO=49;DP=137;FAO=49;FDP=137;FR=.;FRO=88;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.0239861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.42;QD=11.9957;RBI=0.0239861;REFB=-0.00509497;REVB=-1.38972e-05;RO=87;SAF=14;SAR=35;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120129;STB=0.574131;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00844132;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:87:88:49:49:0.357664:35:14:33:54:35:14:34:54 chr16 70886630 . C T 568.04 PASS AF=0.414013;AO=63;DP=154;FAO=65;FDP=157;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.0385799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6533;QD=14.4723;RBI=0.0514272;REFB=-0.017526;REVB=0.0340052;RO=88;SAF=27;SAR=36;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274155;STB=0.518142;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0330916;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:88:92:63:65:0.414013:36:27:40:48:38:27:41:51 chr16 70889147 . A G 1506.87 PASS AF=0.45614;AO=156;DP=342;FAO=156;FDP=342;FR=.;FRO=186;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=68;FSRR=118;FWDB=0.00582493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8649;QD=17.6243;RBI=0.00629376;REFB=-0.00978364;REVB=0.00238362;RO=186;SAF=73;SAR=83;SRF=68;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102101;STB=0.556294;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0115637;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:186:186:156:156:0.45614:83:73:68:118:83:73:68:118 chr16 70891640 . T C 1160.12 PASS AF=0.467433;AO=119;DP=257;FAO=122;FDP=261;FR=.;FRO=139;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=72;FSRR=67;FWDB=0.0242048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9145;QD=17.7795;RBI=0.0349785;REFB=-0.0205127;REVB=0.0252512;RO=138;SAF=63;SAR=56;SRF=72;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747841;STB=0.507907;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0233487;OID=.;OPOS=70891640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:261:138:139:119:122:0.467433:56:63:72:66:57:65:72:67 chr16 70894024 . C T 2368.76 PASS AF=0.428331;AO=253;DP=594;FAO=254;FDP=593;FR=.;FRO=339;FSAF=98;FSAR=156;FSRF=157;FSRR=182;FWDB=-0.0144543;FXX=0.00336129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.783;QD=15.9781;RBI=0.0152334;REFB=0.00357305;REVB=-0.00480933;RO=340;SAF=98;SAR=155;SRF=156;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076222;STB=0.545645;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00615929;OID=.;OPOS=70894024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:594:593:340:339:253:254:0.428331:155:98:156:184:156:98:157:182 chr16 70896015 . GA G 1068.21 PASS AF=0.478754;AO=167;DP=353;FAO=169;FDP=353;FR=.;FRO=184;FSAF=77;FSAR=92;FSRF=94;FSRR=90;FWDB=-0.126621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.3722;QD=12.1044;RBI=0.137367;REFB=-0.030575;REVB=-0.0532624;RO=183;SAF=76;SAR=91;SRF=93;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506245;STB=0.528874;STBP=0.286;TYPE=del;VARB=0.0318897;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478754:167:353:169:353:184:77:92:94:90:99:183:76:91:93:90 chr16 70896033 . C T 1884.73 PASS AF=0.481297;AO=192;DP=405;FAO=193;FDP=401;FR=.;FRO=208;FSAF=80;FSAR=113;FSRF=105;FSRR=103;FWDB=-0.00232517;FXX=0.0098763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.431;QD=18.8003;RBI=0.0227739;REFB=-0.00517727;REVB=0.0226549;RO=204;SAF=80;SAR=112;SRF=103;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837991;STB=0.547461;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00623746;OID=.;OPOS=70896033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:401:204:208:192:193:0.481297:112:80:103:101:113:80:105:103 chr16 70896118 . A G 1848.58 PASS AF=0.452214;AO=194;DP=429;FAO=194;FDP=429;FR=.;FRO=235;FSAF=75;FSAR=119;FSRF=101;FSRR=134;FWDB=-0.0175173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5455;QD=17.2362;RBI=0.0326476;REFB=0.00134137;REVB=-0.0275501;RO=235;SAF=75;SAR=119;SRF=101;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446103;STB=0.52466;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00196184;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:429:235:235:194:194:0.452214:119:75:101:134:119:75:101:134 chr16 70897039 . C G 1074.83 PASS AF=0.399329;AO=119;DP=298;FAO=119;FDP=298;FR=.;FRO=179;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=90;FSRR=89;FWDB=0.0102922;FXX=0.00334437;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.778;QD=14.4272;RBI=0.0155075;REFB=-0.00221289;REVB=0.0115997;RO=178;SAF=56;SAR=63;SRF=89;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315083;STB=0.519364;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0033926;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:178:179:119:119:0.399329:63:56:89:89:63:56:90:89 chr16 70902559 . C T 2473.67 PASS AF=0.46593;AO=252;DP=540;FAO=253;FDP=543;FR=.;FRO=290;FSAF=94;FSAR=159;FSRF=111;FSRR=179;FWDB=0.0124507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.304;QD=18.2222;RBI=0.0190207;REFB=-0.0141987;REVB=-0.0143794;RO=286;SAF=93;SAR=159;SRF=110;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160693;STB=0.506393;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0180006;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:540:543:286:290:252:253:0.46593:159:93:110:176:159:94:111:179 chr16 70902568 . C T 2224.59 PASS AF=0.463415;AO=228;DP=494;FAO=228;FDP=492;FR=.;FRO=264;FSAF=87;FSAR=141;FSRF=96;FSRR=168;FWDB=-0.00625424;FXX=0.0040485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.907;QD=18.0861;RBI=0.0121012;REFB=0.00425703;REVB=-0.0103597;RO=263;SAF=87;SAR=141;SRF=95;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211077;STB=0.510248;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00503678;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:494:492:263:264:228:228:0.463415:141:87:95:168:141:87:96:168 chr16 70902683 . G A 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0050604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.59;QD=11.3453;RBI=0.00507974;REFB=0.00398352;REVB=0.000442789;RO=39;SAF=3;SAR=19;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351955;STB=0.709664;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0082789;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:19:3:14:25:19:3:14:25 chr16 70908239 . G A 891.92 PASS AF=0.433036;AO=96;DP=223;FAO=97;FDP=224;FR=.;FRO=127;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=63;FSRR=64;FWDB=-0.00501155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.915;QD=15.9271;RBI=0.0416171;REFB=0.00364669;REVB=0.0413142;RO=127;SAF=55;SAR=41;SRF=63;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792024;STB=0.54651;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0041627;OID=.;OPOS=70908239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:127:127:96:97:0.433036:41:55:63:64:41:56:63:64 chr16 70908736 . A G 980.85 PASS AF=0.394265;AO=110;DP=282;FAO=110;FDP=279;FR=.;FRO=169;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=81;FSRR=88;FWDB=-0.00461828;FXX=0.0412357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.852;QD=14.0623;RBI=0.0105409;REFB=-0.0018511;REVB=-0.0094753;RO=152;SAF=52;SAR=58;SRF=75;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215549;STB=0.503985;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00355873;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:279:152:169:110:110:0.394265:58:52:75:77:58:52:81:88 chr16 70913386 . G A 1075.31 PASS AF=0.474138;AO=109;DP=231;FAO=110;FDP=232;FR=.;FRO=122;FSAF=38;FSAR=72;FSRF=51;FSRR=71;FWDB=-0.00121861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.297;QD=18.5399;RBI=0.00518568;REFB=-0.0209019;REVB=-0.00504046;RO=122;SAF=38;SAR=71;SRF=51;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712541;STB=0.541117;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0206837;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:122:122:109:110:0.474138:71:38:51:71:72:38:51:71 chr16 70917855 . A G 1905.25 PASS AF=0.466825;AO=197;DP=422;FAO=197;FDP=422;FR=.;FRO=225;FSAF=106;FSAR=91;FSRF=86;FSRR=139;FWDB=-0.0185935;FXX=0.00471687;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5946;QD=18.0593;RBI=0.0368532;REFB=-0.0129259;REVB=0.0318189;RO=223;SAF=106;SAR=91;SRF=83;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159018;STB=0.582521;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0145488;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:422:223:225:197:197:0.466825:91:106:83:140:91:106:86:139 chr16 70917931 . C G 1962.21 PASS AF=0.540462;AO=168;DP=328;FAO=187;FDP=346;FR=.;FRO=159;FSAF=94;FSAR=93;FSRF=71;FSRR=88;FWDB=0.04632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.68;QD=22.6846;RBI=0.0469967;REFB=-0.0101667;REVB=0.00794604;RO=159;SAF=80;SAR=88;SRF=71;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264727;STB=0.525786;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0100096;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:346:159:159:168:187:0.540462:88:80:71:88:93:94:71:88 chr16 70926334 . G C 1335.11 PASS AF=0.382872;AO=152;DP=398;FAO=152;FDP=397;FR=.;FRO=245;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=114;FSRR=131;FWDB=0.00408256;FXX=0.0025125;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.648;QD=13.452;RBI=0.0203576;REFB=-0.00558558;REVB=0.0199441;RO=238;SAF=78;SAR=74;SRF=114;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371524;STB=0.529501;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00558532;OID=.;OPOS=70926334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:397:238:245:152:152:0.382872:74:78:114:124:74:78:114:131 chr16 70934994 . C T 1222.73 PASS AF=0.496;AO=122;DP=247;FAO=124;FDP=250;FR=.;FRO=126;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=72;FSRR=54;FWDB=0.0556069;FXX=0.00398391;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8647;QD=19.5636;RBI=0.0686738;REFB=-0.0215474;REVB=0.0402985;RO=125;SAF=43;SAR=79;SRF=71;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20285;STB=0.611474;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0215495;OID=.;OPOS=70934994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:250:125:126:122:124:0.496:79:43:71:54:80:44:72:54 chr16 70942688 . A C 1597.8 PASS AF=0.457766;AO=168;DP=367;FAO=168;FDP=367;FR=.;FRO=199;FSAF=81;FSAR=87;FSRF=97;FSRR=102;FWDB=-0.0106153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.833;QD=17.4147;RBI=0.0226956;REFB=-0.0135888;REVB=-0.0200601;RO=199;SAF=81;SAR=87;SRF=97;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520527;STB=0.502873;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0133655;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:367:199:199:168:168:0.457766:87:81:97:102:87:81:97:102 chr16 70954513 . T C 645.31 PASS AF=0.373206;AO=78;DP=204;FAO=78;FDP=209;FR=.;FRO=131;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=73;FSRR=58;FWDB=-0.0108355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3153;QD=12.3505;RBI=0.104203;REFB=-0.0195556;REVB=-0.103638;RO=126;SAF=48;SAR=30;SRF=73;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411262;STB=0.537805;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0293121;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:209:126:131:78:78:0.373206:30:48:73:53:30:48:73:58 chr16 70954571 . CT TA 532.93 PASS AF=0.335052;AO=65;DP=195;FAO=65;FDP=194;FR=.;FRO=129;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=75;FSRR=54;FWDB=-0.0208446;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.427;QD=10.9882;RBI=0.0223088;REFB=-0.0154237;REVB=0.0079489;RO=127;SAF=43;SAR=22;SRF=73;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106919;STB=0.557281;STBP=0.263;TYPE=mnp;VARB=0.0224591;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:127:129:65:65:0.335052:22:43:73:54:22:43:75:54 chr16 70954606 . C T 409.41 PASS AF=0.329193;AO=53;DP=161;FAO=53;FDP=161;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=66;FSRR=42;FWDB=-0.0257586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.352;QD=10.1718;RBI=0.0346055;REFB=-0.0248983;REVB=-0.0231093;RO=108;SAF=38;SAR=15;SRF=66;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140113;STB=0.581288;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0544055;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:108:108:53:53:0.329193:15:38:66:42:15:38:66:42 chr16 70954691 . T C 208.36 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0661218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3665;QD=11.4172;RBI=0.0981911;REFB=-0.0116448;REVB=-0.0725907;RO=46;SAF=12;SAR=14;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11414;STB=0.572272;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0228391;OID=.;OPOS=70954691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:14:12:26:20:14:12:27:20 chr16 70954703 . GGCGCTCCTTCTCCGT G 96.7 PASS AF=0.315789;AO=15;DP=58;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0214804;FXX=0.0806322;HRUN=2;LEN=15;MLLD=265.166;QD=6.78629;RBI=0.0218665;REFB=-0.0101939;REVB=-0.00409102;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121342;STB=0.598348;STBP=0.358;TYPE=del;VARB=0.0195139;OID=.;OPOS=70954704;OREF=GCGCTCCTTCTCCGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:15:58:18:57:39:8:10:23:16:96:35:7:8:20:15 chr16 70954774 . A G 361.0 PASS AF=0.41;AO=40;DP=99;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0151424;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.225;QD=14.4398;RBI=0.0633817;REFB=-0.0170269;REVB=-0.0615463;RO=58;SAF=17;SAR=23;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970257;STB=0.555911;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0252067;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:58:59:40:41:0.41:23:17:30:28:24:17:30:29 chr16 70954809 . C A 509.67 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00657979;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.026;QD=18.2024;RBI=0.00682243;REFB=0.00188173;REVB=-0.0018033;RO=58;SAF=23;SAR=31;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375435;STB=0.520826;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00184056;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:58:54:54:0.482143:31:23:27:31:31:23:27:31 chr16 70954915 . G T 2885.77 PASS AF=0.969849;AO=193;DP=199;FAO=193;FDP=199;FR=.;FRO=6;FSAF=99;FSAR=94;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00299643;FXX=0.0292669;HRUN=4;LEN=1;MLLD=336.109;QD=58.0053;RBI=0.00771344;REFB=-0.048588;REVB=-0.00710764;RO=6;SAF=99;SAR=94;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000743618;STB=0.500391;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00021648;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:199:199:6:6:193:193:0.969849:94:99:3:3:94:99:3:3 chr16 70954945 . T A 1161.86 PASS AF=0.543269;AO=113;DP=208;FAO=113;FDP=208;FR=.;FRO=95;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.00523886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.254;QD=22.3435;RBI=0.0138396;REFB=-0.011081;REVB=0.0128098;RO=95;SAF=55;SAR=58;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671136;STB=0.50366;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00664413;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:95:95:113:113:0.543269:58:55:47:48:58:55:47:48 chr16 70972595 . T C 923.23 PASS AF=0.445946;AO=99;DP=222;FAO=99;FDP=222;FR=.;FRO=123;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=-0.0173909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4917;QD=16.6348;RBI=0.0208581;REFB=0.0025334;REVB=-0.0115161;RO=122;SAF=50;SAR=49;SRF=65;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276092;STB=0.51297;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00422041;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:122:123:99:99:0.445946:49:50:65:57:49:50:65:58 chr16 70972620 . G C 1104.78 PASS AF=0.536082;AO=101;DP=191;FAO=104;FDP=194;FR=.;FRO=90;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.0458203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.546;QD=22.7789;RBI=0.0463544;REFB=-0.0212197;REVB=-0.00701639;RO=90;SAF=48;SAR=53;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218459;STB=0.505851;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0180419;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:194:90:90:101:104:0.536082:53:48:43:47:53:51:43:47 chr16 70975565 . T C 1246.66 PASS AF=0.420245;AO=137;DP=326;FAO=137;FDP=326;FR=.;FRO=189;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=83;FSRR=106;FWDB=0.00178053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.371;QD=15.2965;RBI=0.0207248;REFB=-0.0121804;REVB=0.0206482;RO=186;SAF=71;SAR=66;SRF=82;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799517;STB=0.545757;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0145849;OID=.;OPOS=70975565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:186:189:137:137:0.420245:66:71:82:104:66:71:83:106 chr16 70975667 . T C 1176.35 PASS AF=0.440141;AO=125;DP=285;FAO=125;FDP=284;FR=.;FRO=159;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=75;FSRR=84;FWDB=-0.00498007;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.524;QD=16.5683;RBI=0.00823128;REFB=-0.014193;REVB=0.00655385;RO=157;SAF=66;SAR=59;SRF=74;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568651;STB=0.531504;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.016955;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:284:157:159:125:125:0.440141:59:66:74:83:59:66:75:84 chr16 70986480 . G A 1832.77 PASS AF=0.443182;AO=192;DP=438;FAO=195;FDP=440;FR=.;FRO=245;FSAF=110;FSAR=85;FSRF=120;FSRR=125;FWDB=0.0611154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9248;QD=16.6616;RBI=0.062503;REFB=0.0110097;REVB=-0.0130968;RO=246;SAF=108;SAR=84;SRF=121;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719914;STB=0.541614;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0155839;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:440:246:245:192:195:0.443182:84:108:121:125:85:110:120:125 chr16 70989299 . C T 1466.9 PASS AF=0.44507;AO=157;DP=353;FAO=158;FDP=355;FR=.;FRO=197;FSAF=67;FSAR=91;FSRF=83;FSRR=114;FWDB=0.00801084;FXX=0.0111418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.39;QD=16.5285;RBI=0.0181585;REFB=-0.00753271;REVB=0.0162959;RO=185;SAF=66;SAR=91;SRF=72;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315497;STB=0.501552;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0101386;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:355:185:197:157:158:0.44507:91:66:72:113:91:67:83:114 chr16 70989335 . G A 1771.86 PASS AF=0.460396;AO=186;DP=396;FAO=186;FDP=404;FR=.;FRO=218;FSAF=88;FSAR=98;FSRF=92;FSRR=126;FWDB=-0.00401907;FXX=0.00246907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.451;QD=17.5432;RBI=0.00516961;REFB=-0.0213947;REVB=-0.00325145;RO=209;SAF=88;SAR=98;SRF=86;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596673;STB=0.527733;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0215818;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:404:209:218:186:186:0.460396:98:88:86:123:98:88:92:126 chr16 70993566 . A G 2135.22 PASS AF=0.419929;AO=235;DP=561;FAO=236;FDP=562;FR=.;FRO=326;FSAF=110;FSAR=126;FSRF=158;FSRR=168;FWDB=0.00466844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4847;QD=15.1973;RBI=0.0312134;REFB=0.00813003;REVB=-0.0308623;RO=326;SAF=109;SAR=126;SRF=158;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218466;STB=0.5108;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.0114182;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:561:562:326:326:235:236:0.419929:126:109:158:168:126:110:158:168 chr16 71008169 . T C 1104.84 PASS AF=0.453846;AO=118;DP=260;FAO=118;FDP=260;FR=.;FRO=142;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=46;FSRR=96;FWDB=0.0055819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.747;QD=16.9975;RBI=0.00660045;REFB=-0.012194;REVB=-0.00352254;RO=141;SAF=60;SAR=58;SRF=46;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179354;STB=0.600451;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0164083;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:141:142:118:118:0.453846:58:60:46:95:58:60:46:96 chr16 71012855 . T C 1295.42 PASS AF=0.444089;AO=139;DP=315;FAO=139;FDP=313;FR=.;FRO=174;FSAF=91;FSAR=48;FSRF=96;FSRR=78;FWDB=-0.00469243;FXX=0.00949337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.689;QD=16.5549;RBI=0.0300745;REFB=-0.00988801;REVB=0.0297062;RO=173;SAF=91;SAR=48;SRF=96;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106155;STB=0.560895;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0107492;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:313:173:174:139:139:0.444089:48:91:96:77:48:91:96:78 chr16 71025245 . C T 556.45 PASS AF=0.403727;AO=61;DP=159;FAO=65;FDP=161;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.00175544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.037;QD=13.8249;RBI=0.00797934;REFB=-0.00908722;REVB=-0.00778385;RO=93;SAF=28;SAR=33;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00360855;STB=0.508178;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0113367;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:93:96:61:65:0.403727:33:28:43:50:35:30:43:53 chr16 71026076 . C G 979.07 PASS AF=0.403636;AO=109;DP=275;FAO=111;FDP=275;FR=.;FRO=164;FSAF=36;FSAR=75;FSRF=72;FSRR=92;FWDB=0.0499553;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4019;QD=14.241;RBI=0.0518732;REFB=-0.00985627;REVB=-0.013975;RO=163;SAF=35;SAR=74;SRF=72;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139114;STB=0.573966;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0148098;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:163:164:109:111:0.403636:74:35:72:91:75:36:72:92 chr16 71026098 . C T 560.64 PASS AF=0.370166;AO=65;DP=179;FAO=67;FDP=181;FR=.;FRO=114;FSAF=11;FSAR=56;FSRF=32;FSRR=82;FWDB=-0.0829128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.608;QD=12.3898;RBI=0.0829302;REFB=-0.0143867;REVB=0.00169789;RO=108;SAF=11;SAR=54;SRF=28;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153977;STB=0.613309;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0238859;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:108:114:65:67:0.370166:54:11:28:80:56:11:32:82 chr16 71054178 . T C 1269.13 PASS AF=0.407932;AO=143;DP=354;FAO=144;FDP=353;FR=.;FRO=209;FSAF=57;FSAR=87;FSRF=82;FSRR=127;FWDB=0.0123034;FXX=0.00282478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.654;QD=14.3811;RBI=0.0158352;REFB=-0.0016237;REVB=0.00996886;RO=207;SAF=56;SAR=87;SRF=82;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00502342;STB=0.502161;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00205394;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:353:207:209:143:144:0.407932:87:56:82:125:87:57:82:127 chr16 71061495 . A G 1988.82 PASS AF=0.421663;AO=218;DP=518;FAO=218;FDP=517;FR=.;FRO=299;FSAF=133;FSAR=85;FSRF=142;FSRR=157;FWDB=0.0126078;FXX=0.00385349;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.94;QD=15.3874;RBI=0.0126383;REFB=-0.02025;REVB=-0.000877197;RO=296;SAF=133;SAR=85;SRF=140;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143987;STB=0.579284;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0211588;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:518:517:296:299:218:218:0.421663:85:133:140:156:85:133:142:157 chr16 71094434 . G A 748.73 PASS AF=0.185923;AO=140;DP=752;FAO=140;FDP=753;FR=.;FRO=613;FSAF=33;FSAR=107;FSRF=217;FSRR=396;FWDB=-0.020094;FXX=0.00132624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5504;QD=3.97732;RBI=0.0341071;REFB=-0.00133207;REVB=0.0275595;RO=587;SAF=33;SAR=107;SRF=201;SRR=386;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168453;STB=0.617067;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00820861;OID=.;OPOS=71094434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:752:753:587:613:140:140:0.185923:107:33:201:386:107:33:217:396 chr16 71098649 . T C 1421.37 PASS AF=0.413158;AO=157;DP=381;FAO=157;FDP=380;FR=.;FRO=223;FSAF=84;FSAR=73;FSRF=96;FSRR=127;FWDB=0.00804918;FXX=0.0026246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8504;QD=14.9618;RBI=0.0106418;REFB=0.00234458;REVB=0.00696119;RO=221;SAF=84;SAR=73;SRF=96;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105285;STB=0.561114;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00279356;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:380:221:223:157:157:0.413158:73:84:96:125:73:84:96:127 chr16 71100830 . T C 723.09 PASS AF=0.438202;AO=78;DP=178;FAO=78;FDP=178;FR=.;FRO=100;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=0.00279011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.851;QD=16.2492;RBI=0.00624324;REFB=-0.000939733;REVB=-0.0055851;RO=98;SAF=26;SAR=52;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814875;STB=0.546926;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00120299;OID=.;OPOS=71100830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:98:100:78:78:0.438202:52:26:40:58:52:26:41:59 chr16 71100838 . T C 342.61 PASS AF=0.296296;AO=47;DP=162;FAO=48;FDP=162;FR=.;FRO=114;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=70;FWDB=-0.0067686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.305;QD=8.45961;RBI=0.0257253;REFB=-0.00529776;REVB=0.0248189;RO=112;SAF=18;SAR=29;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00120838;STB=0.508193;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0123071;OID=.;OPOS=71100838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:112:114:47:48:0.296296:29:18:43:69:30:18:44:70 chr16 71101200 . T C 720.02 PASS AF=0.455621;AO=77;DP=169;FAO=77;FDP=169;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.01159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.333;QD=17.042;RBI=0.0143193;REFB=0.00714678;REVB=0.0084092;RO=92;SAF=29;SAR=48;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814403;STB=0.545268;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0103911;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:92:92:77:77:0.455621:48:29:42:50:48:29:42:50 chr16 71101270 . C T 467.57 PASS AF=0.353659;AO=58;DP=164;FAO=58;FDP=164;FR=.;FRO=106;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=0.0309055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.391;QD=11.4041;RBI=0.0326574;REFB=-0.00158777;REVB=0.0105526;RO=106;SAF=25;SAR=33;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891043;STB=0.550912;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00326044;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:106:106:58:58:0.353659:33:25:54:52:33:25:54:52 chr16 71103269 . T C 2373.47 PASS AF=0.415605;AO=260;DP=627;FAO=261;FDP=628;FR=.;FRO=367;FSAF=112;FSAR=149;FSRF=161;FSRR=206;FWDB=0.00842561;FXX=0.00632901;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.125;QD=15.1176;RBI=0.0234749;REFB=-0.0140658;REVB=-0.0219107;RO=360;SAF=112;SAR=148;SRF=160;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145308;STB=0.5057;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0197436;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:627:628:360:367:260:261:0.415605:148:112:160:200:149:112:161:206 chr16 71109904 . C A 1338.38 PASS AF=0.459547;AO=141;DP=312;FAO=142;FDP=309;FR=.;FRO=167;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=78;FSRR=89;FWDB=0.0191648;FXX=0.00961508;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.093;QD=17.3253;RBI=0.0191653;REFB=-0.0140817;REVB=-0.000136892;RO=163;SAF=67;SAR=74;SRF=75;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014675;STB=0.506395;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.014381;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:309:163:167:141:142:0.459547:74:67:75:88:74:68:78:89 chr16 71113780 . C T 295.78 PASS AF=0.44;AO=30;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0341867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.13;QD=15.7748;RBI=0.0343973;REFB=-0.00427399;REVB=0.00380073;RO=35;SAF=19;SAR=11;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117457;STB=0.581309;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00230955;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:42:30:33:0.44:11:19:26:9:14:19:30:12 chr16 71122408 . C T 443.6 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0299438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3735;QD=17.7439;RBI=0.0616097;REFB=0.00843019;REVB=-0.0538436;RO=55;SAF=12;SAR=33;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172117;STB=0.596854;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0119276;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:33:12:23:32:33:12:23:32 chr16 71163579 . C T 1314.12 PASS AF=0.529412;AO=125;DP=237;FAO=126;FDP=238;FR=.;FRO=112;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=45;FSRR=67;FWDB=-0.0219869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.437;QD=22.0861;RBI=0.0487925;REFB=-0.0123884;REVB=0.0435578;RO=110;SAF=58;SAR=67;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475205;STB=0.527837;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0104569;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:238:110:112:125:126:0.529412:67:58:45:65:68:58:45:67 chr16 71163693 . A G 427.38 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0299017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.17;QD=14.2459;RBI=0.0301346;REFB=-0.0379234;REVB=-0.00373966;RO=70;SAF=20;SAR=29;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883713;STB=0.508471;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0537838;OID=.;OPOS=71163693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:71:49:49:0.408333:29:20:28:42:29:20:28:43 chr16 71237702 . C T 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0169386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.107;QD=58.9878;RBI=0.0224792;REFB=-0.0646138;REVB=0.0147783;RO=1;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119781;STB=0.506327;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000553165;OID=.;OPOS=71237702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:39:36:0:1:39:36:0:1 chr16 71264523 . T A 2101.84 PASS AF=1;AO=130;DP=133;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0029;QD=61.8187;RBI=0.0185526;REFB=0;REVB=0.0135448;RO=0;SAF=23;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154349;OID=.;OPOS=71264523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:136:0:0:130:136:1:107:23:0:0:113:23:0:0 chr16 71264561 . A G 2529.45 PASS AF=1;AO=162;DP=169;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557787;FXX=0.0233904;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.912;QD=60.5856;RBI=0.0563893;REFB=-0.0663304;REVB=-0.00827566;RO=1;SAF=28;SAR=134;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353823;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080388;OID=.;OPOS=71264561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:169:167:1:0:162:167:1:134:28:0:1:135:32:0:0 chr16 71316549 . GAAAAAAAG AGAAAAAAG,GAAAAAAG,GAAAAAAGT 31.16 PASS AF=0.0175439,0.263158,0;AO=3,9,2;DP=56;FAO=1,15,0;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=0,8,0;FSAR=1,7,0;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0400528,0.00377246,-0.00761609;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=71.8108,7.66065,111.349;QD=2.18692;RBI=0.0648893,0.0551254,0.0103519;REFB=-0.0163692,-0.121007,-0.00703997;REVB=-0.0510529,0.0549962,-0.00701124;RO=33;SAF=0,5,0;SAR=3,4,2;SRF=16;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.527022,0.0854607,-0.436652;STB=0.98881,0.56863,0.5;STBP=0.476,0.543,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0236847,0.0855349,0;OID=.,.,.;OPOS=71316549,71316550,71316556;OREF=GA,A,AG;OALT=AG,-,GT;OMAPALT=AGAAAAAAG,GAAAAAAG,GAAAAAAGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:56:57:33:41:3,9,2:1,15,0:0.0175439,0.263158,0:3,4,2:0,5,0:16:17:1,7,0:0,8,0:18:23 chr16 71318577 . T C 1194.27 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00668018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.261;QD=59.7134;RBI=0.0236942;REFB=-0.101372;REVB=0.022733;RO=1;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011984;STB=0.506328;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000277445;OID=.;OPOS=71318577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:39:40:0:1:39:40:0:1 chr16 71319539 . C T 482.03 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0343701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.724;QD=53.5585;RBI=0.0357745;REFB=-0.134019;REVB=-0.00992512;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541642;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000789429;OID=.;OPOS=71319539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:0:2:34:34:0.944444:11:23:0:0:11:23:0:2 chr16 71319646 . G A 1564.23 PASS AF=0.990566;AO=98;DP=103;FAO=105;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.05;QD=59.0277;RBI=0.0274924;REFB=0;REVB=0.00691628;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664846;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:106:0:0:98:105:0.990566:56:42:0:0:59:46:0:0 chr16 71487206 . T C 387.21 PASS AF=0.350746;AO=47;DP=134;FAO=47;FDP=134;FR=.;FRO=87;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.0326201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7664;QD=11.5584;RBI=0.0443974;REFB=0.0125349;REVB=-0.0301174;RO=87;SAF=20;SAR=27;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167961;STB=0.596174;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0252784;OID=.;OPOS=71487206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:87:87:47:47:0.350746:27:20:50:37:27:20:50:37 chr16 71509588 . G A 619.05 PASS AF=0.651163;AO=53;DP=83;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0205162;FXX=0.0227247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6171;QD=28.7929;RBI=0.029921;REFB=-0.0271415;REVB=0.0217796;RO=30;SAF=32;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484122;STB=0.533524;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0197374;OID=.;OPOS=71509588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:30:30:53:56:0.651163:21:32:16:14:21:35:16:14 chr16 71509634 . G C 334.44 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00173168;FXX=0.048187;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.513;QD=16.9339;RBI=0.0508493;REFB=-0.0126443;REVB=-0.0508198;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199435;STB=0.633703;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00746884;OID=.;OPOS=71509634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:37:43:35:36:0.455696:16:19:12:25:17:19:12:31 chr16 71509685 . C G 243.86 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00842506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.29;QD=18.7583;RBI=0.0130591;REFB=-0.0152231;REVB=-0.00997796;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17285;STB=0.59694;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0212557;OID=.;OPOS=71509685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:10:16:11:15:10:16:11:15 chr16 71509796 . C G 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0939739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.177;QD=22.6785;RBI=0.105432;REFB=0.0362758;REVB=0.0477987;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721239;STB=0.540904;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0100649;OID=.;OPOS=71509796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:1:4:7:3:1:4 chr16 71660310 . G A 2699.12 PASS AF=0.962162;AO=181;DP=185;FAO=178;FDP=185;FR=.;FRO=7;FSAF=117;FSAR=61;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.110447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.53;QD=58.3594;RBI=0.135065;REFB=-0.184185;REVB=0.0777436;RO=1;SAF=120;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00774031;STB=0.508436;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00740095;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:185:185:1:7:181:178:0.962162:61:120:0:1:61:117:6:1 chr16 71668634 . T G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00795629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.345;QD=54.4808;RBI=0.0107735;REFB=-0.0436654;REVB=0.00726394;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.518507;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00368066;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:31:31:0.96875:13:18:0:0:13:18:0:1 chr16 71674882 . C G 645.72 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1651;QD=60.0669;RBI=0.0745127;REFB=-0.0551032;REVB=0.0226157;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190703;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:25:18:0:0 chr16 71678932 . T C 808.84 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6369;QD=54.8367;RBI=0.0343742;REFB=-0.0550373;REVB=-0.0251163;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000268725;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:57:58:0.983051:30:27:0:1:30:28:0:1 chr16 71679057 . C T 728.23 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5032;QD=57.1157;RBI=0.016091;REFB=0;REVB=-0.0149501;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.69273e-05;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr16 71800384 . T A 841.46 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00717747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.576;QD=54.2875;RBI=0.0111107;REFB=0.0365625;REVB=-0.00848123;RO=2;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024187;STB=0.512496;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00197114;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:62:2:2:59:60:0.967742:38:21:0:2:39:21:0:2 chr16 71886530 . T A 914.96 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.486;QD=58.0927;RBI=0.00847498;REFB=0;REVB=0.00283869;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105125;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:27:35:0:0:28:35:0:0 chr16 71889173 . C T 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.797;QD=61.8756;RBI=0.0182468;REFB=0;REVB=0.0120499;RO=0;SAF=33;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98498e-07;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:92:33:0:0:92:33:0:0 chr16 71890489 . C G 2733.83 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.575;QD=62.4876;RBI=0.0213493;REFB=0;REVB=0.0133117;RO=0;SAF=80;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72905e-06;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:95:80:0:0:95:80:0:0 chr16 71981414 . C CTTTG 2003.9 PASS AF=0.937063;AO=130;DP=148;FAO=134;FDP=143;FR=.;FRO=9;FSAF=51;FSAR=83;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00911068;FXX=0.027209;HRUN=3;LEN=4;MLLD=289.345;QD=56.0531;RBI=0.00917169;REFB=-0.0204835;REVB=0.00105612;RO=10;SAF=49;SAR=81;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176516;STB=0.511611;STBP=0.332;TYPE=ins;VARB=-1.63138e-06;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.937063:130:148:134:143:9:51:83:5:4:23:10:49:81:5:5 chr16 71983772 . G C 1453.45 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.327;QD=63.1933;RBI=0.00879898;REFB=0;REVB=0.00476393;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41009e-05;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr16 71986946 . A G 1955.3 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020735;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4106;QD=62.073;RBI=0.0284876;REFB=0;REVB=-0.0195347;RO=0;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20344e-06;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:59:67:0:0:59:67:0:0 chr16 71986995 . G A 1228.88 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.182;QD=60.6856;RBI=0.0221323;REFB=0;REVB=0.0145029;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09656e-05;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:77:81:1:45:32:0:0:46:35:0:0 chr16 71988106 . C T 2297.14 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434598;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.373;QD=63.8094;RBI=0.0554892;REFB=0;REVB=0.0345008;RO=0;SAF=65;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126315;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:79:65:0:0:79:65:0:0 chr16 72001136 . G A 425.78 PASS AF=0.401639;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0041805;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.647;QD=13.9598;RBI=0.0075406;REFB=0.00443586;REVB=0.00627567;RO=72;SAF=26;SAR=23;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00299875;STB=0.502183;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00584352;OID=.;OPOS=72001136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:72:73:49:49:0.401639:23:26:38:34:23:26:39:34 chr16 72007232 . G A 842.04 PASS AF=0.525;AO=84;DP=160;FAO=84;FDP=160;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=24;FSRR=52;FWDB=-0.017926;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.341;QD=21.0509;RBI=0.0179451;REFB=-0.00408314;REVB=0.000827514;RO=74;SAF=33;SAR=51;SRF=22;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876418;STB=0.539001;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00392586;OID=.;OPOS=72007232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:74:76:84:84:0.525:51:33:22:52:51:33:24:52 chr16 72007399 . C T 322.14 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00919599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.077;QD=28.0119;RBI=0.0112044;REFB=-0.0251868;REVB=0.00640097;RO=18;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106451;STB=0.558781;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.014551;OID=.;OPOS=72007399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:18:10:9:9:18:10:9:9 chr16 72011181 . G T 379.53 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0107202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.958;QD=16.6825;RBI=0.0134778;REFB=-0.00863617;REVB=0.00816868;RO=51;SAF=17;SAR=23;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337325;STB=0.518928;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.012287;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:23:17:20:31:23:17:20:31 chr16 72011193 . A C 413.18 PASS AF=0.446602;AO=45;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0122013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8905;QD=16.0457;RBI=0.0206144;REFB=-0.0227264;REVB=-0.0166157;RO=56;SAF=18;SAR=27;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292551;STB=0.504561;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0396126;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:57:45:46:0.446602:27:18:24:32:27:19:24:33 chr16 72011261 . A G 562.88 PASS AF=0.437956;AO=59;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0309489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3138;QD=16.4344;RBI=0.0411434;REFB=0.015093;REVB=-0.0271097;RO=78;SAF=29;SAR=30;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13559;STB=0.567631;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0238529;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:77:59:60:0.437956:30:29:28:50:31:29:28:49 chr16 72013797 . G C 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.0101614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.91;QD=15.1528;RBI=0.0102115;REFB=-0.0116623;REVB=-0.00101038;RO=43;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102883;STB=0.55786;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0152914;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:21:11:11:32:21:11:11:32 chr16 72020134 . T C 477.62 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0187044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1192;QD=15.4071;RBI=0.0477056;REFB=0.0142767;REVB=-0.0438859;RO=70;SAF=25;SAR=28;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014265;STB=0.504118;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0197718;OID=.;OPOS=72020134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:71:53:53:0.427419:28:25:34:36:28:25:34:37 chr16 72020294 . G A 384.69 PASS AF=0.41;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=0.015742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.015;QD=15.3875;RBI=0.0703601;REFB=-0.012095;REVB=-0.0685765;RO=52;SAF=13;SAR=28;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112675;STB=0.51999;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0223863;OID=.;OPOS=72020294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:100:52:59:41:41:0.41:28:13:17:35:28:13:17:42 chr16 72020323 . A G 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=0.00182569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.655;QD=16.8123;RBI=0.0118789;REFB=-0.0163604;REVB=-0.0117378;RO=47;SAF=10;SAR=28;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037797;STB=0.521162;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0188508;OID=.;OPOS=72020323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:28:10:11:36:28:10:11:36 chr16 72027191 . T A 382.36 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0266406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.298;QD=13.5347;RBI=0.030251;REFB=-0.00534725;REVB=-0.0143317;RO=67;SAF=23;SAR=22;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354196;STB=0.52436;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00626552;OID=.;OPOS=72027191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:68:45:45:0.39823:22:23:32:35:22:23:32:36 chr16 72032231 . T A 506.92 PASS AF=0.473684;AO=53;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.00631921;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.433;QD=17.7866;RBI=0.00632024;REFB=-0.00930749;REVB=-0.000114243;RO=59;SAF=23;SAR=30;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150353;STB=0.581365;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00893593;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:60:53:54:0.473684:30:23:35:24:30:24:36:24 chr16 72033801 . G T 491.13 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.064468;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4491;QD=18.3601;RBI=0.0676721;REFB=-0.0784924;REVB=-0.0205762;RO=38;SAF=22;SAR=30;SRF=35;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372606;STB=0.617415;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0329448;OID=.;OPOS=72033801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:38:55:52:52:0.485981:30:22:35:3:30:22:36:19 chr16 72042682 . A C 2793.43 PASS AF=0.963731;AO=183;DP=192;FAO=186;FDP=193;FR=.;FRO=7;FSAF=65;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0245857;FXX=0.00515437;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.054;QD=57.895;RBI=0.0394841;REFB=-0.0710356;REVB=0.0308957;RO=8;SAF=65;SAR=118;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311849;STB=0.514055;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000446839;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:192:193:8:7:183:186:0.963731:118:65:0:8:121:65:0:7 chr16 72818964 . AT ATA,TA 1731.81 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=109,6;DP=141;FAO=126,6;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=56,6;FSAR=70,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0878016,-0.0335989;FXX=0.0638253;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=19.3418,204.751;QD=52.479;RBI=0.0907141,0.0380672;REFB=0,0;REVB=-0.0228019,-0.0178948;RO=0;SAF=50,6;SAR=59,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00730076,0.0418304;OID=.,.;OPOS=72818966,72818964;OREF=-,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=ATA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:141:132:0:0:109,6:126,6:0.954545,0.0454545:59,0:50,6:0:0:70,0:56,6:0:0 chr16 72821618 . A G 247.17 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0326047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.108;QD=25.3507;RBI=0.0583465;REFB=-0.0559672;REVB=-0.0483864;RO=16;SAF=21;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568026;STB=0.823178;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0118312;OID=.;OPOS=72821618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:2:21:6:10:2:21:6:10 chr16 72821621 . G A 247.42 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00426989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.731;QD=26.0444;RBI=0.0343593;REFB=-0.059585;REVB=0.0340929;RO=14;SAF=21;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557322;STB=0.810185;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.022698;OID=.;OPOS=72821621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:2:21:5:9:2:21:6:9 chr16 72827758 . T C 1433.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.213;QD=63.0119;RBI=0.021677;REFB=0;REVB=0.0215363;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28807e-05;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:88:91:1:38:50:0:0:40:51:0:0 chr16 72828403 . A G 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7992;QD=58.2368;RBI=0.0383401;REFB=0;REVB=-0.0353169;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185069;OID=.;OPOS=72828403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr16 72829630 . A G 1530.64 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.635;QD=63.1194;RBI=0.0564967;REFB=0;REVB=0.0335045;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016728;OID=.;OPOS=72829630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:51:44:0:0:51:46:0:0 chr16 72831652 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.479;QD=57.0002;RBI=0.0347006;REFB=0;REVB=0.0336889;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175668;OID=.;OPOS=72831652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr16 72832135 . T A 1952.24 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.576;QD=61.9757;RBI=0.0264606;REFB=0;REVB=-0.0034961;RO=0;SAF=72;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26485e-05;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:54:72:0:0:54:72:0:0 chr16 72991660 . C G 1749.72 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449347;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0538;QD=60.86;RBI=0.0451936;REFB=0;REVB=-0.00483048;RO=0;SAF=33;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120813;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:112:115:1:79:33:0:0:81:34:0:0 chr16 72991715 . A G 777.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036181;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.726;QD=56.5339;RBI=0.0378334;REFB=0;REVB=-0.0110589;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443122;OID=.;OPOS=72991715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:32:23:0:0 chr16 73143402 . C CAGA 216.4 PASS AF=0.393939;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00250019;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=3;MLLD=225.194;QD=13.1154;RBI=0.00515327;REFB=0.00196727;REVB=0.00450613;RO=41;SAF=19;SAR=6;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247511;STB=0.607912;STBP=0.182;TYPE=ins;VARB=-0.00251976;OID=.;OPOS=73143403;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:25:67:26:66:40:19:7:23:17:99:41:19:6:23:18 chr16 74366531 . A C 142.73 PASS AF=0.241758;AO=19;DP=89;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.00493598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.599;QD=6.27366;RBI=0.0053893;REFB=-0.00666254;REVB=-0.00216348;RO=65;SAF=10;SAR=9;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928626;STB=0.548737;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0157029;OID=.;OPOS=74366531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:65:69:19:22:0.241758:9:10:39:26:10:12:42:27 chr16 74394671 . T C 263.28 PASS AF=0.253247;AO=39;DP=154;FAO=39;FDP=154;FR=.;FRO=115;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=-0.0100178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.267;QD=6.83852;RBI=0.0157488;REFB=-0.00938125;REVB=0.0121519;RO=113;SAF=15;SAR=24;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182098;STB=0.609162;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0194047;OID=.;OPOS=74394671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:113:115:39:39:0.253247:24:15:60:53:24:15:61:54 chr16 74425314 . G A 139.38 PASS AF=0.179856;AO=25;DP=136;FAO=25;FDP=139;FR=.;FRO=114;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=-0.0281814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.749;QD=4.01096;RBI=0.0406416;REFB=-0.000912378;REVB=0.0292839;RO=110;SAF=9;SAR=16;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213633;STB=0.649767;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00489962;OID=.;OPOS=74425314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:110:114:25:25:0.179856:16:9:58:52:16:9:62:52 chr16 74425358 . G A 913.68 PASS AF=0.436123;AO=97;DP=226;FAO=99;FDP=227;FR=.;FRO=128;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=70;FSRR=58;FWDB=-0.00271357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.441;QD=16.1;RBI=0.0446186;REFB=0.0012929;REVB=-0.044536;RO=128;SAF=45;SAR=52;SRF=70;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846191;STB=0.551989;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00158347;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:128:128:97:99:0.436123:52:45:70:58:54:45:70:58 chr16 74425548 . A G 4316.46 PASS AF=0.805897;AO=328;DP=409;FAO=328;FDP=407;FR=.;FRO=79;FSAF=197;FSAR=131;FSRF=52;FSRR=27;FWDB=0.0164972;FXX=0.00488986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1539;QD=42.4222;RBI=0.0275967;REFB=-0.0624426;REVB=0.0221228;RO=76;SAF=197;SAR=131;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262502;STB=0.51171;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0195184;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:407:76:79:328:328:0.805897:131:197:51:25:131:197:52:27 chr16 74425569 . C T 790.68 PASS AF=0.329966;AO=98;DP=297;FAO=98;FDP=297;FR=.;FRO=199;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=114;FSRR=85;FWDB=0.00599617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.975;QD=10.6489;RBI=0.0280987;REFB=-0.0402038;REVB=-0.0274514;RO=195;SAF=55;SAR=43;SRF=110;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034006;STB=0.507932;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0741854;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:195:199:98:98:0.329966:43:55:110:85:43:55:114:85 chr16 74425702 . GG AA 710.94 PASS AF=0.252723;AO=69;DP=423;FAO=116;FDP=459;FR=.;FRO=343;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=178;FSRR=165;FWDB=-0.00588109;FXX=0.0234038;HRUN=2;LEN=2;MLLD=168.726;QD=6.19553;RBI=0.0220516;REFB=-0.0134895;REVB=0.0212529;RO=339;SAF=55;SAR=14;SRF=176;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385795;STB=0.524626;STBP=0.548;TYPE=mnp;VARB=0.0330609;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:459:339:343:69:116:0.252723:14:55:176:163:52:64:178:165 chr16 74425732 . G T 1030.18 PASS AF=0.302632;AO=137;DP=456;FAO=138;FDP=456;FR=.;FRO=318;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=181;FSRR=137;FWDB=0.00055455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.517;QD=9.03668;RBI=0.0324638;REFB=-0.023462;REVB=-0.0324591;RO=317;SAF=68;SAR=69;SRF=180;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863431;STB=0.548239;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0517739;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:456:456:317:318:137:138:0.302632:69:68:180:137:69:69:181:137 chr16 74425769 . C T 972.83 PASS AF=0.300459;AO=130;DP=437;FAO=131;FDP=436;FR=.;FRO=305;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=152;FSRR=153;FWDB=-0.0121226;FXX=0.00228828;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4358;QD=8.92508;RBI=0.0517856;REFB=-0.0268113;REVB=-0.0503467;RO=303;SAF=60;SAR=70;SRF=151;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445791;STB=0.522916;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0974199;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:436:303:305:130:131:0.300459:70:60:151:152:70:61:152:153 chr16 74425787 . G T 887.22 PASS AF=0.320917;AO=112;DP=349;FAO=112;FDP=349;FR=.;FRO=237;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=114;FSRR=123;FWDB=0.0032145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.636;QD=10.1688;RBI=0.00957424;REFB=-0.0181518;REVB=-0.00901849;RO=234;SAF=48;SAR=64;SRF=113;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646295;STB=0.535974;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0305781;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:349:234:237:112:112:0.320917:64:48:113:121:64:48:114:123 chr16 74425793 . T C 927.65 PASS AF=0.353125;AO=114;DP=319;FAO=113;FDP=320;FR=.;FRO=207;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=97;FSRR=110;FWDB=0.00311014;FXX=0.00621099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.992;QD=11.5956;RBI=0.0180808;REFB=-0.0240052;REVB=-0.0178113;RO=199;SAF=51;SAR=63;SRF=91;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112489;STB=0.511253;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0280617;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:320:199:207:114:113:0.353125:63:51:91:108:62:51:97:110 chr16 74425795 . G A 933.96 PASS AF=0.35873;AO=113;DP=316;FAO=113;FDP=315;FR=.;FRO=202;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=97;FSRR=105;FWDB=0.0218523;FXX=0.00316446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8562;QD=11.8598;RBI=0.030458;REFB=-0.0519274;REVB=-0.0212172;RO=192;SAF=50;SAR=63;SRF=89;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237046;STB=0.524371;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0145858;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:315:192:202:113:113:0.35873:63:50:89:103:63:50:97:105 chr16 74425826 . G A 346.08 PASS AF=0.25641;AO=50;DP=195;FAO=50;FDP=195;FR=.;FRO=145;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=65;FSRR=80;FWDB=-0.00928101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.395;QD=7.09903;RBI=0.0146682;REFB=-0.00965469;REVB=-0.0113587;RO=145;SAF=21;SAR=29;SRF=65;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358774;STB=0.521421;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0254883;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:145:145:50:50:0.25641:29:21:65:80:29:21:65:80 chr16 74537591 . C T 740.33 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.219;QD=54.8391;RBI=0.0120814;REFB=-0.193758;REVB=0.0049318;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154473;STB=0.508194;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000754141;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:1:1:53:53:0.981481:23:30:1:0:23:30:1:0 chr16 74657635 . T C 359.04 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00143575;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.498;QD=17.097;RBI=0.0121147;REFB=-0.014832;REVB=0.0120293;RO=45;SAF=17;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832812;STB=0.552604;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0195666;OID=.;OPOS=74657635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:45:46:38:38:0.452381:21:17:24:21:21:17:25:21 chr16 74664743 . T C 706.42 PASS AF=0.48951;AO=68;DP=141;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=-0.0136472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.11;QD=19.76;RBI=0.0191816;REFB=0.00423814;REVB=-0.0134791;RO=73;SAF=33;SAR=35;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108707;STB=0.566415;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00562074;OID=.;OPOS=74664743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:73:73:68:70:0.48951:35:33:27:46:35:35:27:46 chr16 74664810 . A T 745.97 PASS AF=0.517241;AO=74;DP=145;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0730448;FXX=0.0397325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.365;QD=20.5786;RBI=0.0740629;REFB=-0.0303416;REVB=0.0122378;RO=68;SAF=35;SAR=39;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278623;STB=0.511059;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.034006;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:68:70:74:75:0.517241:39:35:30:38:39:36:32:38 chr16 74670458 . C T 403.07 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=44;FWDB=-0.0251037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0654;QD=16.7945;RBI=0.0504952;REFB=0.0080856;REVB=-0.0438129;RO=54;SAF=16;SAR=26;SRF=10;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222868;STB=0.623556;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.010652;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:26:16:10:44:26:16:10:44 chr16 74695079 . G T 2422.95 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0462202;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5732;QD=60.5737;RBI=0.0471435;REFB=0.0326269;REVB=-0.00928456;RO=0;SAF=78;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38159e-08;STB=0.503067;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00022694;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:160:0:1:158:159:0.99375:80:78:0:0:81:78:0:1 chr16 75203200 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0316897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7495;QD=21.7443;RBI=0.0400358;REFB=-0.0260631;REVB=0.024467;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252524;STB=0.514266;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0259291;OID=.;OPOS=75203200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:4:7:10:5:4:7 chr16 75238103 . C T 2477.67 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965463;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2716;QD=61.5569;RBI=0.0117086;REFB=0;REVB=0.0066241;RO=0;SAF=75;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45697e-05;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:86:75:0:0:86:75:0:0 chr16 75269267 . A G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.82;QD=59.8329;RBI=0.0437594;REFB=0;REVB=-0.0171786;RO=0;SAF=42;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13182e-05;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:60:42:0:0:60:42:0:0 chr16 75269534 . C T 1402.65 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0197668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.373;QD=55.0059;RBI=0.0454027;REFB=-0.0957994;REVB=0.0408739;RO=3;SAF=54;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065845;STB=0.502021;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00341688;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:102:3:4:98:98:0.960784:44:54:2:1:44:54:2:2 chr16 75276775 . G A 289.55 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.011028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.833;QD=46.3277;RBI=0.0466095;REFB=-0.156075;REVB=0.045286;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.541631;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00238726;OID=.;OPOS=75276775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:12:11:1:0:12:11:2:0 chr16 75281964 . A C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.884;QD=61.3363;RBI=0.0226674;REFB=0;REVB=-0.014921;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26492e-06;OID=.;OPOS=75281964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr16 75327916 . A G,T 1620.91 PASS AF=0.964286,0.0267857;AO=107,4;DP=112;FAO=108,3;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=45,2;FSAR=63,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0552159,-0.0263468;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=117.242,58.1876;QD=57.8895;RBI=0.0694011,0.0266646;REFB=-0.0569567,-0.0324651;REVB=0.0420442,0.00410433;RO=1;SAF=44,3;SAR=63,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00747485,0.272709;STB=0.503936,0.665547;STBP=0.504,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=0.000279949,0.132834;OID=.,.;OPOS=75327916,75327916;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:112:112:1:1:107,4:108,3:0.964286,0.0267857:63,1:44,3:0:1:63,1:45,2:0:1 chr16 75564668 . C G 564.1 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.000148762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.029;QD=16.5913;RBI=0.038848;REFB=0.0103072;REVB=-0.0388477;RO=75;SAF=31;SAR=29;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166261;STB=0.512766;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0139038;OID=.;OPOS=75564668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:76:60:60:0.441176:29:31:40:35:29:31:41:35 chr16 75564952 . G T 231.5 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.042398;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1672;QD=22.585;RBI=0.0674068;REFB=-0.019892;REVB=0.0524032;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202888;STB=0.601716;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0185964;OID=.;OPOS=75564952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:19:22:22:0.536585:14:8:12:8:14:8:11:8 chr16 75565239 . CAAA CA,CAACA,CAAC 137.44 PASS AF=0.4,0.0666667,0.533333;AO=2,2,5;DP=16;FAO=6,1,8;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,2;FSAR=6,1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722332,-0.0228962,-0.0238396;FXX=0.062461;HRUN=10,0,10;LEN=2,1,1;MLLD=14.2807,128.34,132.265;QD=36.6498;RBI=0.115568,0.0274241,0.0289925;REFB=0,0,0;REVB=-0.0902127,-0.0150945,-0.0164996;RO=0;SAF=0,1,1;SAR=2,1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=-0.0293378,0.00384815,0.0178772;OID=.,.,.;OPOS=75565240,75565242,75565242;OREF=AA,-,A;OALT=-,C,C;OMAPALT=CA,CAACA,CAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.4,0.0666667,0.533333:2,2,5:16:6,1,8:15:0:0,0,2:6,1,6:0:0:32:0:0,1,1:2,1,4:0:0 chr16 75565284 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.214;QD=63.872;RBI=0.0317551;REFB=0;REVB=0.0315534;RO=0;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94056e-05;OID=.;OPOS=75565284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:37:11:0:0:37:11:0:0 chr16 75565420 . A G 1539.32 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0445056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.022;QD=58.6406;RBI=0.0447198;REFB=-0.0110017;REVB=-0.00437192;RO=1;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839826;STB=0.504347;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=9.92822e-05;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:103:104:0.990476:56:47:0:1:57:47:0:1 chr16 75574030 . C T 405.58 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0066645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.086;QD=15.162;RBI=0.0102962;REFB=-0.000904957;REVB=0.00784836;RO=61;SAF=23;SAR=23;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416061;STB=0.523354;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00117698;OID=.;OPOS=75574030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:23:23:28:33:23:23:28:33 chr16 75590092 . G C 1296.61 PASS AF=0.425982;AO=141;DP=329;FAO=141;FDP=331;FR=.;FRO=190;FSAF=62;FSAR=79;FSRF=79;FSRR=111;FWDB=0.0213573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7027;QD=15.6689;RBI=0.0631961;REFB=-0.0509087;REVB=-0.0594779;RO=187;SAF=62;SAR=79;SRF=78;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236127;STB=0.513982;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0624932;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:331:187:190:141:141:0.425982:79:62:78:109:79:62:79:111 chr16 75600365 . G A 1771.82 PASS AF=0.433409;AO=187;DP=455;FAO=192;FDP=443;FR=.;FRO=251;FSAF=111;FSAR=81;FSRF=136;FSRR=115;FWDB=-0.00186077;FXX=0.0306339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.884;QD=15.9983;RBI=0.0125484;REFB=-0.0107808;REVB=0.0124096;RO=248;SAF=111;SAR=76;SRF=134;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559863;STB=0.520937;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0120692;OID=.;OPOS=75600365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:455:443:248:251:187:192:0.433409:76:111:134:114:81:111:136:115 chr16 75642772 . A G 635.81 PASS AF=0.373786;AO=76;DP=205;FAO=77;FDP=206;FR=.;FRO=129;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=68;FSRR=61;FWDB=-0.00892466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6039;QD=12.3458;RBI=0.0340152;REFB=-0.0125059;REVB=-0.0328236;RO=128;SAF=37;SAR=39;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491665;STB=0.521043;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.019612;OID=.;OPOS=75642772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:128:129:76:77:0.373786:39:37:68:60:39:38:68:61 chr16 75646576 . G T 1195.27 PASS AF=0.485714;AO=119;DP=244;FAO=119;FDP=245;FR=.;FRO=126;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=72;FSRR=54;FWDB=-0.0287328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.229;QD=19.5146;RBI=0.0468431;REFB=-0.0191474;REVB=-0.036996;RO=119;SAF=46;SAR=73;SRF=70;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184686;STB=0.595861;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0239697;OID=.;OPOS=75646576;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:119:126:119:119:0.485714:73:46:70:49:73:46:72:54 chr16 75646685 . G T 809.0 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.134411;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1751;QD=56.7721;RBI=0.140471;REFB=-0.0491544;REVB=-0.0408148;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000883665;OID=.;OPOS=75646685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr16 75652551 . T C 538.89 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=-0.0192185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.995;QD=21.7732;RBI=0.0208755;REFB=-0.00241114;REVB=-0.00815069;RO=48;SAF=11;SAR=40;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172886;STB=0.50955;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00196886;OID=.;OPOS=75652551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:40:11:11:37:40:11:11:37 chr16 75728368 . A G 329.52 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.0182419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9608;QD=12.4348;RBI=0.0298172;REFB=0.0145145;REVB=-0.023586;RO=65;SAF=17;SAR=23;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098132;STB=0.559401;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0114003;OID=.;OPOS=75728368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:65:66:40:40:0.377358:23:17:22:43:23:17:22:44 chr16 75894994 . T G 3744.67 PASS AF=0.387039;AO=430;DP=1113;FAO=430;FDP=1111;FR=.;FRO=681;FSAF=211;FSAR=219;FSRF=284;FSRR=397;FWDB=-0.00936246;FXX=0.00179693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0747;QD=13.4822;RBI=0.0100614;REFB=-0.00301275;REVB=-0.00368466;RO=660;SAF=211;SAR=219;SRF=281;SRR=379;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070581;STB=0.545243;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00463269;OID=.;OPOS=75894994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1113:1111:660:681:430:430:0.387039:219:211:281:379:219:211:284:397 chr16 76311602 . G GT 1059.79 PASS AF=1;AO=87;DP=93;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199915;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.5557;QD=48.1722;RBI=0.164571;REFB=0;REVB=0.163352;RO=3;SAF=35;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00452977;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00253036;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:93:88:88:0:36:52:0:0:19:3:35:52:1:2 chr16 76528874 . G A 982.3 PASS AF=0.413534;AO=110;DP=267;FAO=110;FDP=266;FR=.;FRO=156;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=63;FSRR=93;FWDB=-0.0203579;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.622;QD=14.7714;RBI=0.0233253;REFB=-0.00434159;REVB=-0.0113854;RO=151;SAF=44;SAR=66;SRF=60;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028648;STB=0.502347;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00606425;OID=.;OPOS=76528874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:151:156:110:110:0.413534:66:44:60:91:66:44:63:93 chr16 76532583 . A G 2100.26 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023706;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.312;QD=62.2299;RBI=0.0256826;REFB=0;REVB=-0.00988028;RO=0;SAF=50;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46198e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189109;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:135:0:0:127:135:1:77:50:0:0:80:55:0:0 chr16 76587202 . T G 1014.41 PASS AF=0.451477;AO=105;DP=236;FAO=107;FDP=237;FR=.;FRO=130;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=-0.0134872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9596;QD=17.1209;RBI=0.015781;REFB=-0.00519343;REVB=-0.00819355;RO=130;SAF=56;SAR=49;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017952;STB=0.504384;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00609036;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:130:130:105:107:0.451477:49:56:67:63:51:56:67:63 chr16 76587331 . T C 1359.46 PASS AF=0.438066;AO=145;DP=333;FAO=145;FDP=331;FR=.;FRO=186;FSAF=67;FSAR=78;FSRF=94;FSRR=92;FWDB=-0.0588058;FXX=0.00600583;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.792;QD=16.4285;RBI=0.0603015;REFB=0.00220038;REVB=-0.0133474;RO=187;SAF=67;SAR=78;SRF=95;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467262;STB=0.524383;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00294708;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:331:187:186:145:145:0.438066:78:67:95:92:78:67:94:92 chr16 77228389 . A T 480.1 PASS AF=0.402985;AO=54;DP=134;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.0261811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.778;QD=14.3313;RBI=0.0372056;REFB=-0.0100877;REVB=-0.026435;RO=80;SAF=35;SAR=19;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162184;STB=0.591656;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0166868;OID=.;OPOS=77228389;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:80:80:54:54:0.402985:19:35:40:40:19:35:40:40 chr16 77228629 . A G 740.35 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7182;QD=56.9503;RBI=0.0398466;REFB=0;REVB=-0.0137821;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000585805;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr16 77228866 . T C 2200.19 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0638053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.065;QD=62.4167;RBI=0.070294;REFB=-0.0720736;REVB=0.0294979;RO=1;SAF=63;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113478;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:141:141:1:0:140:141:1:77:63:0:1:78:63:0:0 chr16 77232746 . A C 429.73 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0229446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.86;QD=17.3627;RBI=0.0233626;REFB=-0.0106268;REVB=0.00439974;RO=54;SAF=23;SAR=21;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415007;STB=0.507583;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0173829;OID=.;OPOS=77232746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:54:55:44:44:0.444444:21:23:28:26:21:23:28:27 chr16 77233338 . C T 3381.26 PASS AF=0.388554;AO=387;DP=997;FAO=387;FDP=996;FR=.;FRO=609;FSAF=141;FSAR=246;FSRF=324;FSRR=285;FWDB=0.000933286;FXX=0.00499495;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.84;QD=13.5793;RBI=0.00767897;REFB=-0.00953618;REVB=0.00762204;RO=607;SAF=141;SAR=246;SRF=323;SRR=284;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186233;STB=0.604398;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0138356;OID=.;OPOS=77233338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:997:996:607:609:387:387:0.388554:246:141:323:284:246:141:324:285 chr16 77233394 . A G 10355.6 PASS AF=1;AO=643;DP=646;FAO=646;FDP=646;FR=.;FRO=0;FSAF=290;FSAR=356;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311833;FXX=0.00462242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.93;QD=64.1211;RBI=0.044835;REFB=0;REVB=0.0322146;RO=0;SAF=289;SAR=354;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.67181e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50917e-06;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:56:646:646:0:0:643:646:1:354:289:0:0:356:290:0:0 chr16 77246218 . G A 304.04 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00793656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.683;QD=14.8314;RBI=0.00861022;REFB=-0.0167236;REVB=0.00333869;RO=48;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395516;STB=0.522375;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0248672;OID=.;OPOS=77246218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:14:20:30:18:14:20:30:18 chr16 77246795 . C G 1760.51 PASS AF=0.414013;AO=194;DP=472;FAO=195;FDP=471;FR=.;FRO=276;FSAF=103;FSAR=92;FSRF=129;FSRR=147;FWDB=-0.0617913;FXX=0.0021186;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.723;QD=14.9513;RBI=0.0621564;REFB=0.0032777;REVB=-0.0067276;RO=275;SAF=102;SAR=92;SRF=128;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634361;STB=0.535603;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00469651;OID=.;OPOS=77246795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:471:275:276:194:195:0.414013:92:102:128:147:92:103:129:147 chr16 77353973 . G T 1859.35 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.398;QD=61.466;RBI=0.0348725;REFB=0;REVB=0.0324412;RO=0;SAF=49;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04879e-05;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:72:49:0:0:72:49:0:0 chr16 77359919 . A T 1453.4 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.393;QD=63.1912;RBI=0.015231;REFB=0;REVB=0.00515627;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36609e-05;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr16 77389956 . A G 468.31 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0151469;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.214;QD=16.8761;RBI=0.0152536;REFB=-0.00823483;REVB=0.00180162;RO=60;SAF=21;SAR=30;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197325;STB=0.609842;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00625981;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:30:21:37:23:30:21:37:23 chr16 77769369 . C T 10291.5 PASS AF=1;AO=642;DP=647;FAO=644;FDP=644;FR=.;FRO=0;FSAF=372;FSAR=272;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602811;FXX=0.00923063;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.19;QD=63.9223;RBI=0.0610293;REFB=-0.0829632;REVB=0.00952715;RO=2;SAF=370;SAR=272;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000463585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114637;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:647:644:2:0:642:644:1:272:370:1:1:272:372:0:0 chr16 77769834 . G A 1274.69 PASS AF=0.504065;AO=122;DP=244;FAO=124;FDP=246;FR=.;FRO=122;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=62;FSRR=60;FWDB=0.0147502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.338;QD=20.7266;RBI=0.0151314;REFB=-0.0121306;REVB=-0.0033752;RO=120;SAF=55;SAR=67;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446741;STB=0.532234;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0116253;OID=.;OPOS=77769834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:246:120:122:122:124:0.504065:67:55:60:60:69:55:62:60 chr16 78013123 . C T 2271.11 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.617;QD=63.5276;RBI=0.0189932;REFB=0;REVB=-0.00494674;RO=0;SAF=53;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28907e-07;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:89:53:0:0:89:54:0:0 chr16 78063000 . T C 1328.08 PASS AF=0.956522;AO=88;DP=92;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0300661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.064;QD=57.7426;RBI=0.042742;REFB=-0.0393744;REVB=0.0303794;RO=4;SAF=27;SAR=61;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300629;STB=0.515869;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00213175;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:92:4:4:88:88:0.956522:61:27:0:4:61:27:0:4 chr16 78063064 . G T 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6716;QD=64.4127;RBI=0.00791579;REFB=0;REVB=-0.00591621;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127419;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:37:13:0:0:37:13:0:0 chr16 78065139 . A G 1670.7 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000577214;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.799;QD=57.6103;RBI=0.009048;REFB=0.0315574;REVB=0.00902957;RO=2;SAF=67;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201933;STB=0.515787;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000109445;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:2:3:113:113:0.974138:46:67:0:2:46:67:0:3 chr16 78586531 . T C 3826.85 PASS AF=0.992063;AO=248;DP=252;FAO=250;FDP=252;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0302717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1233;QD=60.7437;RBI=0.0366393;REFB=-0.10531;REVB=0.0206414;RO=1;SAF=114;SAR=134;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416303;STB=0.503676;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000871742;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:252:252:1:2:248:250:0.992063:134:114:1:0:135:115:0:2 chr16 79245786 . A G 734.68 PASS AF=0.461538;AO=78;DP=169;FAO=78;FDP=169;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.025352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.746;QD=17.3888;RBI=0.0254425;REFB=-0.0222056;REVB=0.00214327;RO=91;SAF=27;SAR=51;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150569;STB=0.583669;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0235051;OID=.;OPOS=79245786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:91:91:78:78:0.461538:51:27:45:46:51:27:45:46 chr16 79245930 . G C 508.53 PASS AF=0.354286;AO=61;DP=175;FAO=62;FDP=175;FR=.;FRO=113;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=0.0230726;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.602;QD=11.6235;RBI=0.0230783;REFB=-0.0052481;REVB=0.000514692;RO=113;SAF=28;SAR=33;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617045;STB=0.529402;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00997737;OID=.;OPOS=79245930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:113:113:61:62:0.354286:33:28:58:55:33:29:58:55 chr16 79245956 . C G 558.59 PASS AF=0.362162;AO=66;DP=186;FAO=67;FDP=185;FR=.;FRO=118;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=-0.00453169;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.81;QD=12.0776;RBI=0.0326769;REFB=-0.00149303;REVB=-0.0323611;RO=115;SAF=33;SAR=33;SRF=51;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632054;STB=0.542541;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00434815;OID=.;OPOS=79245956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:115:118:66:67:0.362162:33:33:51:64:33:34:52:66 chr16 79245961 . T C 616.5 PASS AF=0.38172;AO=71;DP=186;FAO=71;FDP=186;FR=.;FRO=115;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=65;FWDB=-0.0088751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.128;QD=13.2581;RBI=0.00992772;REFB=-0.00762573;REVB=-0.00444885;RO=115;SAF=36;SAR=35;SRF=50;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079009;STB=0.544617;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0078237;OID=.;OPOS=79245961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:115:115:71:71:0.38172:35:36:50:65:35:36:50:65 chr16 79245998 . A ATTCTC 367.7 PASS AF=0.295858;AO=48;DP=172;FAO=50;FDP=169;FR=.;FRO=119;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=74;FWDB=-0.0200153;FXX=0.0174408;HRUN=2;LEN=5;MLLD=278.558;QD=8.70286;RBI=0.0369923;REFB=-0.010674;REVB=-0.0311097;RO=119;SAF=23;SAR=25;SRF=43;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14491;STB=0.558525;STBP=0.335;TYPE=ins;VARB=0.0222494;OID=.;OPOS=79245999;OREF=-;OALT=TTCTC;OMAPALT=ATTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295858:48:172:50:169:119:23:27:45:74:99:119:23:25:43:76 chr16 79633805 . TGCC T 590.59 PASS AF=0.526786;AO=49;DP=119;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0189084;FXX=0.0427314;HRUN=1;LEN=3;MLLD=197.963;QD=21.0926;RBI=0.0391779;REFB=-0.0824219;REVB=0.034313;RO=45;SAF=18;SAR=31;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900863;STB=0.532054;STBP=0.496;TYPE=del;VARB=0.0704738;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526786:49:119:59:112:53:25:34:26:27:99:45:18:31:21:24 chr16 79634380 . ATT A,AT 58.56 PASS AF=0,0.695652;AO=3,9;DP=25;FAO=0,16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=0,4;FSAR=0,12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0820051,0.13691;FXX=0.079968;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=11.5468,7.79874;QD=10.1852;RBI=0.095458,0.165867;REFB=0.00995185,0.0107964;REVB=-0.048861,-0.093635;RO=6;SAF=0,3;SAR=3,6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.672276,-0.122922;STB=0.5,0.567478;STBP=1,0.405;TYPE=del,del;VARB=0,0.0330131;OID=.,.;OPOS=79634381,79634381;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.695652:3,9:25:0,16:23:7:0,4:0,12:3:4:20:6:0,3:3,6:3:3 chr16 79634442 . A T 203.31 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0273927;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5875;QD=29.0448;RBI=0.05796;REFB=-0.051651;REVB=-0.0510784;RO=8;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177295;STB=0.583582;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0275934;OID=.;OPOS=79634442;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:28:8:9:19:19:0.678571:13:6:5:3:13:6:5:4 chr16 81010073 . C T 117.55 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0254142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.892;QD=12.3738;RBI=0.0272433;REFB=-0.00737067;REVB=-0.00981419;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480427;STB=0.775536;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.017205;OID=.;OPOS=81010073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:4:20:5:9:4:20 chr16 81050965 . A T 1307.02 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131824;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.192;QD=62.2389;RBI=0.052334;REFB=0;REVB=-0.0506466;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15233e-05;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr16 81061827 . G A 662.95 PASS AF=0.45283;AO=72;DP=159;FAO=72;FDP=159;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.00755334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6183;QD=16.6779;RBI=0.011187;REFB=-0.0039712;REVB=-0.00825197;RO=85;SAF=30;SAR=42;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186124;STB=0.511275;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00317355;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:85:87:72:72:0.45283:42:30:37:48:42:30:38:49 chr16 81062171 . C T 713.4 PASS AF=0.628571;AO=65;DP=104;FAO=66;FDP=105;FR=.;FRO=39;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0083611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.557;QD=27.177;RBI=0.00904679;REFB=-0.0338787;REVB=-0.0034549;RO=38;SAF=37;SAR=28;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101197;STB=0.55231;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0227205;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:38:39:65:66:0.628571:28:37:16:22:28:38:17:22 chr16 81077049 . G A 627.35 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0154714;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.774;QD=16.0859;RBI=0.0170964;REFB=-0.0103439;REVB=0.00727492;RO=87;SAF=33;SAR=36;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185579;STB=0.510338;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0125691;OID=.;OPOS=81077049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:87:87:69:69:0.442308:36:33:40:47:36:33:40:47 chr16 81077915 . T C 272.78 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.98;QD=51.9574;RBI=0.0643332;REFB=0;REVB=0.00751257;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015262;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:18:21:1:7:11:0:0:8:13:0:0 chr16 81095363 . C T 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00869774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.102;QD=59.0423;RBI=0.0129786;REFB=-0.0241549;REVB=0.00963287;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000928594;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:1:0:16:25:1:0 chr16 81142257 . T C 305.12 PASS AF=0.478873;AO=32;DP=67;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0200435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.708;QD=17.1899;RBI=0.0202855;REFB=-0.0276339;REVB=-0.00312401;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119176;STB=0.563344;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0432663;OID=.;OPOS=81142257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:35:37:32:34:0.478873:17:15:12:23:17:17:14:23 chr16 81145807 . C G 4576.0 PASS AF=0.993127;AO=288;DP=292;FAO=289;FDP=291;FR=.;FRO=2;FSAF=112;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0219651;FXX=0.00682571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2829;QD=62.9003;RBI=0.0247003;REFB=-0.124964;REVB=-0.0112979;RO=0;SAF=111;SAR=177;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32377e-08;STB=0.502809;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000430976;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:292:291:0:2:288:289:0.993127:177:111:0:0:177:112:0:2 chr16 81151122 . A C 2566.11 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.828;QD=61.834;RBI=0.00792066;REFB=0;REVB=0.00186519;RO=0;SAF=92;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42325e-06;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:165:166:1:73:92:0:0:74:92:0:0 chr16 81157324 . G A 1218.4 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6739;QD=60.1678;RBI=0.0559751;REFB=-0.0483758;REVB=-0.0238654;RO=1;SAF=31;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119325;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:1:0:80:81:1:49:31:1:0:49:32:0:0 chr16 81157385 . G T 270.54 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0117233;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6252;QD=16.6484;RBI=0.0355887;REFB=-0.016924;REVB=0.0336024;RO=35;SAF=9;SAR=21;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782552;STB=0.544139;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0201208;OID=.;OPOS=81157385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:21:9:13:22:21:9:13:22 chr16 81161473 . G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 121.55 PASS AF=0.155844;AO=23;DP=158;FAO=24;FDP=154;FR=.;FRO=130;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=72;FSRR=58;FWDB=-0.00424859;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=22;MLLD=485.609;QD=3.15722;RBI=0.00529445;REFB=-0.00308352;REVB=-0.00315922;RO=131;SAF=9;SAR=14;SRF=73;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208737;STB=0.648916;STBP=0.115;TYPE=ins;VARB=0.0143873;OID=.;OPOS=81161474;OREF=-;OALT=TACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC;OMAPALT=GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.155844:23:158:24:154:130:9:15:72:58:99:131:9:14:73:58 chr16 81161552 . C T 407.71 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00532362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.819;QD=15.3852;RBI=0.0178204;REFB=-0.0033961;REVB=-0.0170066;RO=60;SAF=10;SAR=36;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263283;STB=0.649227;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00355395;OID=.;OPOS=81161552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:36:10:26:34:36:10:26:34 chr16 81161569 . T G 324.72 PASS AF=0.395604;AO=35;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.018462;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1596;QD=14.2732;RBI=0.0248211;REFB=-0.000676931;REVB=-0.0165904;RO=55;SAF=7;SAR=28;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394311;STB=0.73044;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00107895;OID=.;OPOS=81161569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:35:36:0.395604:28:7:29:26:29:7:29:26 chr16 81161571 . T C 312.75 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0121673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.393;QD=14.3793;RBI=0.015241;REFB=-0.0187059;REVB=0.00917841;RO=52;SAF=7;SAR=28;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36469;STB=0.709545;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0405128;OID=.;OPOS=81161571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:28:7:26:26:28:7:26:26 chr16 81161578 . G A 308.34 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.017897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.535;QD=15.8122;RBI=0.0201299;REFB=-0.0308532;REVB=0.00921471;RO=44;SAF=7;SAR=26;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270029;STB=0.658433;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0481971;OID=.;OPOS=81161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:33:34:0.435897:26:7:19:25:27:7:19:25 chr16 81161608 . T C 300.88 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00470172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.801;QD=16.9512;RBI=0.0258783;REFB=-0.00745285;REVB=-0.0254476;RO=38;SAF=9;SAR=23;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985906;STB=0.560937;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00987896;OID=.;OPOS=81161608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:32:33:0.464789:23:9:14:24:24:9:14:24 chr16 81173136 . T C 2571.53 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0330926;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9108;QD=61.2269;RBI=0.0342994;REFB=-0.12926;REVB=0.00901825;RO=1;SAF=83;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563205;STB=0.502958;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000620627;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:168:1:1:167:167:0.994048:84:83:0:1:84:83:0:1 chr16 81173193 . C T 786.95 PASS AF=0.471264;AO=82;DP=174;FAO=82;FDP=174;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.0125967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.168;QD=18.0907;RBI=0.0139715;REFB=-0.0206952;REVB=0.00604386;RO=90;SAF=36;SAR=46;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895258;STB=0.555292;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0300862;OID=.;OPOS=81173193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:90:92:82:82:0.471264:46:36:48:42:46:36:50:42 chr16 81181821 . T C 2453.51 PASS AF=0.993827;AO=157;DP=160;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00896851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3431;QD=60.5806;RBI=0.00960171;REFB=0.0229799;REVB=-0.00342909;RO=1;SAF=73;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563045;STB=0.50289;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-8.51091e-05;OID=.;OPOS=81181821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:162:1:1:157:161:0.993827:84:73:0:1:86:75:0:1 chr16 81185416 . A G 1350.96 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0945052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2399;QD=62.1132;RBI=0.10154;REFB=0;REVB=0.0371373;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510376;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:45:41:0:0:46:41:0:0 chr16 81190601 . T C 2075.44 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0047729;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.142;QD=61.0424;RBI=0.0220724;REFB=-0.0114305;REVB=0.0215502;RO=2;SAF=77;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163839;STB=0.508619;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=3.27608e-05;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:136:2:2:134:134:0.985294:57:77:0:2:57:77:0:2 chr16 81190613 . A G 2386.89 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5161;QD=63.6505;RBI=0.0354339;REFB=0;REVB=0.0300657;RO=1;SAF=82;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704614;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211174;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:150:150:1:0:149:150:1:67:82:0:1:68:82:0:0 chr16 81198306 . C A 1859.76 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.322;QD=61.4796;RBI=0.057107;REFB=0;REVB=0.00576613;RO=0;SAF=61;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8058e-05;OID=.;OPOS=81198306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:119:121:1:58:61:0:0:58:63:0:0 chr16 81199520 . T C 1250.19 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0382342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1204;QD=60.2502;RBI=0.038311;REFB=-0.129185;REVB=-0.0024257;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000979036;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:42:40:0:0:42:40:0:1 chr16 81199538 . T C 990.51 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3509;QD=59.1351;RBI=0.0289821;REFB=0;REVB=0.0232047;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77914e-05;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr16 81199544 . G A 884.48 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.642;QD=57.9988;RBI=0.0233512;REFB=0;REVB=-0.000903928;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43603e-05;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:32:27:0:0:33:28:0:0 chr16 81199554 . CA TG 790.96 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101842;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.921;QD=64.5682;RBI=0.101862;REFB=0;REVB=0.00200461;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000370433;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:28:19:0:0:28:21:0:0 chr16 81208175 . C T 516.46 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.085;QD=19.1281;RBI=0.0383786;REFB=-0.0235908;REVB=0.0231638;RO=53;SAF=31;SAR=23;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175279;STB=0.592053;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0175687;OID=.;OPOS=81208175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:54:54:54:0.5:23:31:20:33:23:31:21:33 chr16 81208203 . G T 836.8 PASS AF=0.549296;AO=77;DP=141;FAO=78;FDP=142;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.00477646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.835;QD=23.5719;RBI=0.00980043;REFB=-0.00725564;REVB=-0.00855768;RO=63;SAF=39;SAR=38;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11639;STB=0.561944;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00659344;OID=.;OPOS=81208203;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:63:64:77:78:0.549296:38:39:23:40:38:40:24:40 chr16 81208515 . G A 327.26 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.021296;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.59;QD=15.0464;RBI=0.0236736;REFB=0.00249441;REVB=-0.0103403;RO=47;SAF=11;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155077;STB=0.615949;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00267408;OID=.;OPOS=81208515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:51:36:36:0.413793:25:11:21:26:25:11:25:26 chr16 81209207 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.592;QD=57.3851;RBI=0.0156526;REFB=0;REVB=0.0143604;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49398e-05;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr16 81209234 . C T 248.43 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0101364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.62;QD=13.996;RBI=0.0118348;REFB=-0.0185179;REVB=0.00610875;RO=42;SAF=7;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321383;STB=0.684413;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0165646;OID=.;OPOS=81209234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:22:7:22:20:22:7:22:20 chr16 81213378 . A G 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.266;QD=63.0507;RBI=0.00712253;REFB=0;REVB=0.00102325;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37043e-06;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr16 81232275 . G A 708.58 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.159;QD=62.9848;RBI=0.0272486;REFB=0;REVB=0.0198094;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68664e-05;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:24:21:0:0 chr16 81232564 . T G 4800.23 PASS AF=1;AO=308;DP=309;FAO=308;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137264;FXX=0.00323614;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.3592;QD=62.3407;RBI=0.0394182;REFB=0.0334914;REVB=-0.036951;RO=1;SAF=135;SAR=173;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06679e-05;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:309:308:1:0:308:308:1:173:135:1:0:173:135:0:0 chr16 81241098 . C T 1806.37 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.967;QD=60.2122;RBI=0.0251469;REFB=-0.0582618;REVB=0.0221143;RO=1;SAF=44;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106722;STB=0.505617;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000150135;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:75:44:1:0:75:44:1:0 chr16 81241100 . G C 1840.91 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=342.571;QD=61.3637;RBI=0.0413242;REFB=0;REVB=0.0377124;RO=0;SAF=45;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61483e-05;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:75:45:0:0:75:45:0:0 chr16 81242102 . G A 2019.23 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404786;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.664;QD=61.1888;RBI=0.0163599;REFB=0;REVB=-0.0158512;RO=0;SAF=74;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543748;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:132:0:0:128:132:1:54:74:0:0:58:74:0:0 chr16 81242194 . T C 2371.35 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.647;QD=61.1962;RBI=0.0342873;REFB=0;REVB=0.0164881;RO=0;SAF=80;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14034e-05;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:155:0:0:146:155:1:66:80:0:0:68:87:0:0 chr16 81248745 . A G 5916.34 PASS AF=0.9725;AO=389;DP=403;FAO=389;FDP=400;FR=.;FRO=11;FSAF=179;FSAR=210;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0572774;FXX=0.00990075;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.181;QD=59.1634;RBI=0.0606326;REFB=-0.0345552;REVB=0.0198901;RO=1;SAF=179;SAR=210;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0022672;STB=0.512399;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000472698;OID=.;OPOS=81248745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:403:400:1:11:389:389:0.9725:210:179:0:1:210:179:10:1 chr16 81249954 . T A 2677.62 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.612;QD=62.2703;RBI=0.0354487;REFB=0;REVB=0.0336655;RO=0;SAF=75;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.80769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27239e-05;OID=.;OPOS=81249954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:97:75:0:0:97:75:0:0 chr16 81253745 . C G 2227.25 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.734;QD=59;RBI=0.0519147;REFB=0;REVB=0.0445967;RO=0;SAF=80;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075691;OID=.;OPOS=81253745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:137:151:0:0:137:151:1:57:80:0:0:65:86:0:0 chr16 81253759 . A G 2246.89 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604712;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8737;QD=63.7416;RBI=0.0613432;REFB=0;REVB=0.0103065;RO=0;SAF=82;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660684;OID=.;OPOS=81253759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:141:0:0:141:141:1:59:82:0:0:59:82:0:0 chr16 81253917 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.236;QD=61.5363;RBI=0.0336274;REFB=0;REVB=0.0333134;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67293e-05;OID=.;OPOS=81253917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr16 81279120 . T C 452.19 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.013375;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.771;QD=16.295;RBI=0.0258027;REFB=-0.00381029;REVB=-0.0220655;RO=59;SAF=26;SAR=24;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217748;STB=0.520599;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00352271;OID=.;OPOS=81279120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:59:61:50:50:0.45045:24:26:32:27:24:26:34:27 chr16 81301694 . A T 486.66 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=-0.00709669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.218;QD=16.6381;RBI=0.0119028;REFB=-0.00652338;REVB=-0.00955578;RO=64;SAF=32;SAR=21;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878001;STB=0.548813;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00759803;OID=.;OPOS=81301694;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:64:53:53:0.452991:21:32:44:20:21:32:44:20 chr16 81314496 . C T 642.66 PASS AF=0.456954;AO=69;DP=152;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=0.013533;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4861;QD=17.0242;RBI=0.0137835;REFB=0.00149987;REVB=-0.00261591;RO=80;SAF=31;SAR=38;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983326;STB=0.559857;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00221303;OID=.;OPOS=81314496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:80:82:69:69:0.456954:38:31:28:52:38:31:28:54 chr16 81413551 . T A 1688.91 PASS AF=0.513932;AO=166;DP=323;FAO=166;FDP=323;FR=.;FRO=157;FSAF=67;FSAR=99;FSRF=56;FSRR=101;FWDB=-0.00601187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.121;QD=20.9153;RBI=0.0230091;REFB=-0.0113414;REVB=0.0222098;RO=157;SAF=67;SAR=99;SRF=56;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437747;STB=0.523905;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00943863;OID=.;OPOS=81413551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:157:157:166:166:0.513932:99:67:56:101:99:67:56:101 chr16 81497952 . A G 429.84 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00658417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.908;QD=16.6929;RBI=0.00669256;REFB=-0.0126928;REVB=-0.00119958;RO=55;SAF=21;SAR=26;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779097;STB=0.538732;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0124448;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:56:47:47:0.456311:26:21:29:26:26:21:29:27 chr16 81679151 . A G 1872.22 PASS AF=0.976378;AO=123;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0270241;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.977;QD=58.9677;RBI=0.0288842;REFB=-0.132685;REVB=-0.0101976;RO=3;SAF=59;SAR=64;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235409;STB=0.512395;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000347001;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:127:127:3:3:123:124:0.976378:64:59:3:0:65:59:3:0 chr16 81726738 . G A 1101.25 PASS AF=0.487069;AO=109;DP=232;FAO=113;FDP=232;FR=.;FRO=119;FSAF=76;FSAR=37;FSRF=67;FSRR=52;FWDB=0.00995425;FXX=0.0169484;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0542;QD=18.987;RBI=0.0380093;REFB=-0.0354132;REVB=0.0366827;RO=113;SAF=76;SAR=33;SRF=67;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108591;STB=0.561084;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0304759;OID=.;OPOS=81726738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:113:119:109:113:0.487069:33:76:67:46:37:76:67:52 chr16 81726863 . C G 1196.94 PASS AF=0.486166;AO=123;DP=253;FAO=123;FDP=253;FR=.;FRO=130;FSAF=75;FSAR=48;FSRF=63;FSRR=67;FWDB=-0.005124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.981;QD=18.924;RBI=0.0275239;REFB=-0.00165909;REVB=-0.0270427;RO=129;SAF=75;SAR=48;SRF=63;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115284;STB=0.5656;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00189434;OID=.;OPOS=81726863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:129:130:123:123:0.486166:48:75:63:66:48:75:63:67 chr16 81743328 . A G 791.77 PASS AF=0.603306;AO=73;DP=121;FAO=73;FDP=121;FR=.;FRO=48;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0407425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.107;QD=26.1743;RBI=0.040759;REFB=-0.030451;REVB=0.00115904;RO=48;SAF=41;SAR=32;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909134;STB=0.549385;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0190985;OID=.;OPOS=81743328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:48:48:73:73:0.603306:32:41:21:27:32:41:21:27 chr16 81744972 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTA,TATTTTTT 32.39 PASS AF=0.305556,0.0277778,0;AO=5,2,2;DP=38;FAO=11,1,0;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5,1,0;FSAR=6,0,0;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.110538,0.0506551,0.0465343;FXX=0.0769034;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=8.26049,9.86965,38.9499;QD=3.59938;RBI=0.227982,0.0664552,0.0835706;REFB=-0.0103215,-0.068383,0.00253724;REVB=0.199391,0.0430157,-0.0694161;RO=14;SAF=3,1,0;SAR=2,1,2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0505846,-0.148032,-0.608678;STB=0.587472,0.988251,0.5;STBP=0.516,0.467,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.02816,-0.0922196,0.0929802;OID=.,.,.;OPOS=81744973,81744979,81744972;OREF=T,T,AT;OALT=-,A,TA;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA,TATTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:38:36:14:24:5,2,2:11,1,0:0.305556,0.0277778,0:2,1,2:3,1,0:9:5:6,0,0:5,1,0:14:10 chr16 81892708 . T A 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00339022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.834;QD=21.9192;RBI=0.0168447;REFB=-0.012016;REVB=0.0165;RO=29;SAF=24;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710782;STB=0.539304;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00952672;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:12:24:17:12:12:24:17:12 chr16 81902079 . T C 1744.01 PASS AF=0.983193;AO=115;DP=118;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.04595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5837;QD=58.6223;RBI=0.0878774;REFB=-0.0755714;REVB=0.0749068;RO=2;SAF=50;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143861;STB=0.507574;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000701862;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:119:2:2:115:117:0.983193:65:50:0:2:65:52:0:2 chr16 81902139 . G C 2159.45 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7879;QD=63.0496;RBI=0.0546516;REFB=0;REVB=0.02431;RO=0;SAF=51;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334415;OID=.;OPOS=81902139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:86:51:0:0:86:51:0:0 chr16 81929488 . C T 1723.8 PASS AF=0.531847;AO=166;DP=316;FAO=167;FDP=314;FR=.;FRO=147;FSAF=74;FSAR=93;FSRF=62;FSRR=85;FWDB=0.0200086;FXX=0.00632891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.15;QD=21.9593;RBI=0.0285242;REFB=-0.011708;REVB=-0.0203294;RO=146;SAF=74;SAR=92;SRF=61;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243743;STB=0.510146;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00830333;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:314:146:147:166:167:0.531847:92:74:61:85:93:74:62:85 chr16 81941319 . C T 1193.79 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116435;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.933;QD=61.2202;RBI=0.0232037;REFB=0;REVB=0.0200708;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70799e-05;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr16 81971403 . T C 421.87 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00781183;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.336;QD=23.1162;RBI=0.00797102;REFB=-0.0164497;REVB=0.00158507;RO=30;SAF=27;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180119;STB=0.600784;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0189029;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:32:41:41:0.561644:14:27:13:17:14:27:14:18 chr16 81995543 . G T 250.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0277434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.555;QD=20.0294;RBI=0.0358872;REFB=-0.0183844;REVB=0.0227639;RO=26;SAF=20;SAR=4;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410977;STB=0.523236;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0208759;OID=.;OPOS=81995543;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:4:20:21:5:4:20:21:5 chr16 82182354 . G A 484.68 PASS AF=0.373418;AO=55;DP=156;FAO=59;FDP=158;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=0.00294146;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.674;QD=12.2703;RBI=0.0100097;REFB=-0.00661106;REVB=0.00956773;RO=101;SAF=32;SAR=23;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110066;STB=0.540503;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0116679;OID=.;OPOS=82182354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:101:99:55:59:0.373418:23:32:49:52:26:33:49:50 chr16 82203705 . A C 355.81 PASS AF=0.293413;AO=49;DP=167;FAO=49;FDP=167;FR=.;FRO=118;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=63;FSRR=55;FWDB=-0.0417949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.122;QD=8.52242;RBI=0.0544186;REFB=-0.0108242;REVB=-0.0348506;RO=116;SAF=22;SAR=27;SRF=63;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112856;STB=0.559868;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0240265;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:116:118:49:49:0.293413:27:22:63:53:27:22:63:55 chr16 82203711 . G T 383.45 PASS AF=0.297143;AO=52;DP=175;FAO=52;FDP=175;FR=.;FRO=123;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=-0.0399302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.637;QD=8.76455;RBI=0.0400871;REFB=-0.00957228;REVB=-0.00354386;RO=122;SAF=23;SAR=29;SRF=65;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108524;STB=0.560486;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0672752;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:122:123:52:52:0.297143:29:23:65:57:29:23:65:58 chr16 82203742 . T C 403.34 PASS AF=0.298343;AO=54;DP=181;FAO=54;FDP=181;FR=.;FRO=127;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=-0.0551054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4395;QD=8.91365;RBI=0.0561213;REFB=-0.0109969;REVB=0.0106298;RO=127;SAF=23;SAR=31;SRF=65;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103606;STB=0.560487;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0184508;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:127:127:54:54:0.298343:31:23:65:62:31:23:65:62 chr16 82203758 . C T 398.37 PASS AF=0.325;AO=52;DP=160;FAO=52;FDP=160;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=-0.00200164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1601;QD=9.95927;RBI=0.0713379;REFB=-0.00264072;REVB=0.0713098;RO=105;SAF=22;SAR=30;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128022;STB=0.570782;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00647345;OID=.;OPOS=82203758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:105:108:52:52:0.325:30:22:56:49:30:22:57:51 chr16 82203768 . G T 416.49 PASS AF=0.342466;AO=50;DP=146;FAO=50;FDP=146;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.00326083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.481;QD=11.4108;RBI=0.00560292;REFB=-0.0129029;REVB=-0.00455628;RO=95;SAF=21;SAR=29;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979973;STB=0.559822;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0217425;OID=.;OPOS=82203768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:95:96:50:50:0.342466:29:21:48:47:29:21:49:47 chr16 82487931 . T C 909.67 PASS AF=0.514286;AO=90;DP=176;FAO=90;FDP=175;FR=.;FRO=85;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=60;FSRR=25;FWDB=-0.000174697;FXX=0.0056815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.454;QD=20.7925;RBI=0.00123941;REFB=-0.0115212;REVB=-0.00122704;RO=82;SAF=51;SAR=39;SRF=58;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127306;STB=0.570115;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00913579;OID=.;OPOS=82487931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:82:85:90:90:0.514286:39:51:58:24:39:51:60:25 chr16 82673047 . C T 2623.85 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00358892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.485;QD=61.3765;RBI=0.0359712;REFB=-0.128795;REVB=0.0357917;RO=1;SAF=74;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638833;STB=0.503355;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000103159;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:1:170:170:0.994152:96:74:1:0:96:74:1:0 chr16 82903030 . A C 489.37 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.153741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3868;QD=55.9274;RBI=0.156908;REFB=-0.101587;REVB=0.0313645;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00733133;OID=.;OPOS=82903030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:33:34:0.971429:19:14:0:0:20:14:0:1 chr16 83065664 . G A 1562.96 PASS AF=0.517123;AO=150;DP=292;FAO=151;FDP=292;FR=.;FRO=141;FSAF=75;FSAR=76;FSRF=66;FSRR=75;FWDB=-0.00518772;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.555;QD=21.4104;RBI=0.0132855;REFB=-0.0213596;REVB=0.0122308;RO=142;SAF=75;SAR=75;SRF=66;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313083;STB=0.513813;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0212514;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:142:141:150:151:0.517123:75:75:66:76:76:75:66:75 chr16 83214480 . C A 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0170403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.731;QD=10.8531;RBI=0.0226299;REFB=-0.00699228;REVB=0.014891;RO=39;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176527;STB=0.603101;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0131033;OID=.;OPOS=83214480;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:13:8:21:18:13:8:21:18 chr16 83817019 . A G 1084.85 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.743;QD=58.6405;RBI=0.0297051;REFB=0;REVB=-0.00152635;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78701e-05;OID=.;OPOS=83817019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:74:0:0:67:74:1:42:25:0:0:47:27:0:0 chr16 83983071 . C T 1537.2 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671239;FXX=0.039996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.353;QD=64.0499;RBI=0.0552158;REFB=0;REVB=0.0548063;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4989e-05;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:96:0:0:96:96:1:44:52:0:0:44:52:0:0 chr16 83984776 . A C 4301.18 PASS AF=0.957377;AO=294;DP=306;FAO=292;FDP=305;FR=.;FRO=13;FSAF=70;FSAR=222;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0018548;FXX=0.00973994;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7735;QD=56.409;RBI=0.0221751;REFB=-0.0384843;REVB=-0.0220974;RO=11;SAF=73;SAR=221;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509653;STB=0.525749;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00481278;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:306:305:11:13:294:292:0.957377:221:73:9:2:222:70:9:4 chr16 83984844 . A C 5303.83 PASS AF=1;AO=329;DP=331;FAO=334;FDP=334;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=236;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638883;FXX=0.0059522;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.087;QD=63.5189;RBI=0.00960719;REFB=0;REVB=0.00717503;RO=0;SAF=96;SAR=233;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11976e-05;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:331:334:0:0:329:334:1:233:96:0:0:236:98:0:0 chr16 83984850 . C G 4900.68 PASS AF=1;AO=315;DP=319;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=220;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229229;FXX=0.0125388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.471;QD=62.2309;RBI=0.0269756;REFB=0.0255488;REVB=0.0142205;RO=0;SAF=95;SAR=220;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04343e-05;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:319:315:0:0:315:315:1:220:95:0:0:220:95:0:0 chr16 84035446 . C G 2253.81 PASS AF=0.510393;AO=221;DP=434;FAO=221;FDP=433;FR=.;FRO=212;FSAF=124;FSAR=97;FSRF=104;FSRR=108;FWDB=-0.0172083;FXX=0.00230409;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.869;QD=20.8204;RBI=0.0205412;REFB=0.00184279;REVB=0.0112167;RO=208;SAF=124;SAR=97;SRF=103;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589168;STB=0.534749;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00205151;OID=.;OPOS=84035446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:433:208:212:221:221:0.510393:97:124:103:105:97:124:104:108 chr16 84067004 . C T 631.21 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=25;FSRR=52;FWDB=0.0249464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.174;QD=17.7806;RBI=0.0249532;REFB=-0.0185073;REVB=-0.000583733;RO=76;SAF=17;SAR=48;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807249;STB=0.542505;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0239481;OID=.;OPOS=84067004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:76:77:65:65:0.457746:48:17:25:51:48:17:25:52 chr16 84070500 . C G 366.2 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0134326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.477;QD=16.2756;RBI=0.0274971;REFB=-0.0175744;REVB=-0.0239928;RO=51;SAF=16;SAR=23;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815625;STB=0.545758;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.023774;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:23:16:17:34:23:16:17:34 chr16 84115393 . G A 1018.23 PASS AF=0.415441;AO=113;DP=274;FAO=113;FDP=272;FR=.;FRO=159;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=73;FSRR=86;FWDB=0.00959882;FXX=0.007299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.117;QD=14.974;RBI=0.0183091;REFB=-0.0125454;REVB=-0.0155912;RO=161;SAF=54;SAR=59;SRF=73;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025812;STB=0.510995;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0176988;OID=.;OPOS=84115393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:272:161:159:113:113:0.415441:59:54:73:88:59:54:73:86 chr16 84125373 . G A 798.22 PASS AF=0.4375;AO=84;DP=194;FAO=84;FDP=192;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.0108447;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.266;QD=16.6295;RBI=0.0229737;REFB=0.00324585;REVB=-0.020253;RO=106;SAF=43;SAR=41;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308555;STB=0.522305;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00394395;OID=.;OPOS=84125373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:192:106:108:84:84:0.4375:41:43:51:55:41:43:51:57 chr16 84157193 . A T 357.52 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.078;QD=55.0029;RBI=0.0431152;REFB=0;REVB=0.0118746;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274031;OID=.;OPOS=84157193;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:13:10:0:0:14:12:0:0 chr16 84158248 . G C 2008.38 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.078;QD=62.2753;RBI=0.020706;REFB=0;REVB=0.00902536;RO=0;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36226e-05;OID=.;OPOS=84158248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:70:59:0:0:70:59:0:0 chr16 84203730 . G C 144.73 PASS AF=0.365385;AO=17;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0705075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9381;QD=11.1332;RBI=0.0709873;REFB=-0.033369;REVB=0.00823918;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159798;STB=0.54094;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.15124;OID=.;OPOS=84203730;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:33:17:19:0.365385:8:9:17:16:8:11:17:16 chr16 84209634 . C G 650.87 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=128;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.00696408;FXX=0.0223864;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.3;QD=19.874;RBI=0.012186;REFB=-0.0114642;REVB=-0.01;RO=62;SAF=25;SAR=40;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173434;STB=0.504949;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0119461;OID=.;OPOS=84209634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:62:66:65:65:0.496183:40:25:25:37:40:25:26:40 chr16 84212779 . G A 217.24 PASS AF=0.564103;AO=20;DP=37;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00425761;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.013;QD=22.2809;RBI=0.0236102;REFB=-0.0354291;REVB=0.0232231;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107385;STB=0.580576;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0144765;OID=.;OPOS=84212779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:17:17:20:22:0.564103:7:13:13:4:9:13:13:4 chr16 84212928 . G A 430.25 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0108398;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.655;QD=22.0639;RBI=0.0127866;REFB=-0.0289133;REVB=-0.0067821;RO=32;SAF=19;SAR=23;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621997;STB=0.509221;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0257994;OID=.;OPOS=84212928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:32:36:42:42:0.538462:23:19:17:15:23:19:17:19 chr16 84213652 . G A 1050.93 PASS AF=0.405594;AO=108;DP=276;FAO=116;FDP=286;FR=.;FRO=170;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=109;FSRR=61;FWDB=0.000654161;FXX=0.0205472;HRUN=8;LEN=1;MLLD=222.794;QD=14.6983;RBI=0.00352552;REFB=-0.00694232;REVB=0.0034643;RO=61;SAF=56;SAR=52;SRF=47;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170505;STB=0.588779;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00946845;OID=.;OPOS=84213652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:286:61:170:108:116:0.405594:52:56:47:14:59:57:109:61 chr16 84217062 . C T 1218.45 PASS AF=0.976471;AO=81;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.02561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.326;QD=57.3389;RBI=0.0394913;REFB=-0.114799;REVB=0.0300615;RO=3;SAF=29;SAR=52;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225225;STB=0.503523;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00106994;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:85:3:2:81:83:0.976471:52:29:2:1:53:30:1:1 chr16 84218565 . T C 292.42 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00689528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.998;QD=14.6209;RBI=0.0069149;REFB=-0.00763105;REVB=-0.000520565;RO=46;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912949;STB=0.557788;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0106726;OID=.;OPOS=84218565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:15:18:21:25:15:18:21:26 chr16 84224967 . G A 171.18 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0111359;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.509;QD=24.4537;RBI=0.0378963;REFB=-0.0225115;REVB=-0.0362232;RO=9;SAF=15;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472845;STB=0.77995;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0126658;OID=.;OPOS=84224967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:9:11:17:17:0.607143:2:15:3:6:2:15:4:7 chr16 84228199 . G T 461.14 PASS AF=0.381295;AO=53;DP=139;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.000685652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.573;QD=13.2703;RBI=0.00710612;REFB=-0.00798968;REVB=0.00707296;RO=85;SAF=27;SAR=26;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106073;STB=0.563238;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0268845;OID=.;OPOS=84228199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:85:86:53:53:0.381295:26:27:35:50:26:27:35:51 chr16 84228237 . A C 336.78 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0311204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.342;QD=12.3591;RBI=0.0317609;REFB=-0.0157908;REVB=-0.00634638;RO=68;SAF=13;SAR=28;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794447;STB=0.545432;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0185934;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:68:68:41:41:0.376147:28:13:26:42:28:13:26:42 chr16 84228305 . C G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.00243309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.301;QD=14.0975;RBI=0.0110155;REFB=-0.00280828;REVB=-0.0107434;RO=18;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882936;STB=0.550948;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00349145;OID=.;OPOS=84228305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:11:2:2:16:11:2:2:16 chr16 84228770 . G C 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.000989576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.767;QD=18.2083;RBI=0.0205035;REFB=-0.0102329;REVB=0.0204796;RO=53;SAF=20;SAR=25;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00821236;STB=0.504585;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0100607;OID=.;OPOS=84228770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:25:20:24:29:25:20:24:29 chr16 84228873 . C T 1134.59 PASS AF=0.418605;AO=126;DP=302;FAO=126;FDP=301;FR=.;FRO=175;FSAF=76;FSAR=50;FSRF=107;FSRR=68;FWDB=-0.0188131;FXX=0.0098681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7317;QD=15.0776;RBI=0.0687323;REFB=0.0176436;REVB=0.0661074;RO=176;SAF=76;SAR=50;SRF=107;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522372;STB=0.505022;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0262321;OID=.;OPOS=84228873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:301:176:175:126:126:0.418605:50:76:107:69:50:76:107:68 chr16 84229559 . T C 2350.39 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0952185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.937;QD=61.0491;RBI=0.0956177;REFB=0;REVB=-0.00872796;RO=0;SAF=82;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207629;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:72:82:0:0:72:82:0:0 chr16 84229580 . C T 789.06 PASS AF=0.523179;AO=79;DP=153;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00537587;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.476;QD=20.9022;RBI=0.00538649;REFB=-0.0234346;REVB=0.000338036;RO=72;SAF=42;SAR=37;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574936;STB=0.531511;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0192644;OID=.;OPOS=84229580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:72:72:79:79:0.523179:37:42:43:29:37:42:43:29 chr16 84230376 . T C 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.105;QD=58.9593;RBI=0.0468867;REFB=0;REVB=-0.00970383;RO=0;SAF=13;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016203;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:53:13:0:0:53:13:0:0 chr16 84230500 . A C 1749.45 PASS AF=0.473684;AO=177;DP=379;FAO=180;FDP=380;FR=.;FRO=200;FSAF=81;FSAR=99;FSRF=77;FSRR=123;FWDB=0.0129998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.143;QD=18.4152;RBI=0.0153011;REFB=-0.00938836;REVB=-0.00807011;RO=198;SAF=79;SAR=98;SRF=77;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056159;STB=0.534793;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00947308;OID=.;OPOS=84230500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:380:198:200:177:180:0.473684:98:79:77:121:99:81:77:123 chr16 84256103 . C T 528.37 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0104284;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.274;QD=19.0403;RBI=0.0106615;REFB=-0.00550415;REVB=-0.00221693;RO=55;SAF=19;SAR=36;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104931;STB=0.563651;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00677392;OID=.;OPOS=84256103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:56:55:55:0.495495:36:19:25:30:36:19:26:30 chr16 84256410 . C T 1467.19 PASS AF=0.557312;AO=140;DP=253;FAO=141;FDP=253;FR=.;FRO=112;FSAF=84;FSAR=57;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=0.00253547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.401;QD=23.1967;RBI=0.0302363;REFB=-0.00941974;REVB=0.0301298;RO=112;SAF=84;SAR=56;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688265;STB=0.535303;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00714918;OID=.;OPOS=84256410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:112:112:140:141:0.557312:56:84:58:54:57:84:58:54 chr16 84256422 . C T 956.53 PASS AF=0.381944;AO=109;DP=286;FAO=110;FDP=288;FR=.;FRO=178;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=101;FSRR=77;FWDB=0.0426267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.088;QD=13.2851;RBI=0.042752;REFB=-0.0119566;REVB=-0.00327111;RO=177;SAF=52;SAR=57;SRF=101;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102535;STB=0.552761;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0154861;OID=.;OPOS=84256422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:288:177:178:109:110:0.381944:57:52:101:76:57:53:101:77 chr16 84270381 . G A 1593.26 PASS AF=0.506369;AO=159;DP=314;FAO=159;FDP=314;FR=.;FRO=155;FSAF=72;FSAR=87;FSRF=75;FSRR=80;FWDB=-0.0273125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1375;QD=20.2963;RBI=0.0479267;REFB=0.0134155;REVB=0.0393826;RO=155;SAF=72;SAR=87;SRF=75;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281528;STB=0.515413;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0127643;OID=.;OPOS=84270381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:314:155:155:159:159:0.506369:87:72:75:80:87:72:75:80 chr16 84270565 . G GCCAGCTCCT 140.19 PASS AF=0.25;AO=18;DP=99;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.114826;FXX=0.14892;HRUN=2;LEN=9;MLLD=158.595;QD=7.00929;RBI=0.115977;REFB=-0.0198921;REVB=-0.0162965;RO=71;SAF=9;SAR=9;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884925;STB=0.537556;STBP=0.724;TYPE=ins;VARB=0.0667053;OID=.;OPOS=84270566;OREF=-;OALT=CCAGCTCCT;OMAPALT=GCCAGCTCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:18:99:20:80:60:11:9:30:30:99:71:9:9:36:35 chr16 84270743 . G A 923.61 PASS AF=0.445946;AO=99;DP=222;FAO=99;FDP=222;FR=.;FRO=123;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=0.0120172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.224;QD=16.6415;RBI=0.0137002;REFB=-0.00304483;REVB=-0.00657878;RO=122;SAF=48;SAR=51;SRF=68;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720772;STB=0.537615;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00374249;OID=.;OPOS=84270743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:122:123:99:99:0.445946:51:48:68:54:51:48:68:55 chr16 84402275 . G C 2245.07 PASS AF=0.483051;AO=127;DP=464;FAO=228;FDP=472;FR=.;FRO=244;FSAF=174;FSAR=54;FSRF=156;FSRR=88;FWDB=-0.0116611;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.596;QD=19.026;RBI=0.0328671;REFB=-0.0183505;REVB=-0.0307289;RO=180;SAF=81;SAR=46;SRF=116;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757803;STB=0.580974;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0199191;OID=.;OPOS=84402275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:472:180:244:127:228:0.483051:46:81:116:64:54:174:156:88 chr16 84438512 . G A 1883.93 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000811291;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.589;QD=61.7684;RBI=0.00540364;REFB=0;REVB=0.00534239;RO=0;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36105e-06;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:122:0:0:123:122:1:58:65:0:0:58:64:0:0 chr16 84444349 . A C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.326;QD=59.9376;RBI=0.0267383;REFB=0;REVB=0.0233756;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21755e-06;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr16 84485573 . C A 3098.22 PASS AF=0.994898;AO=192;DP=193;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00808161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.524;QD=63.2289;RBI=0.0717843;REFB=-0.0859138;REVB=0.0713279;RO=1;SAF=92;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473844;STB=0.502439;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000431744;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:193:196:1:1:192:195:0.994898:100:92:0:1:102:93:0:1 chr16 84493144 . C G 1530.04 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.516;QD=63.7518;RBI=0.0329807;REFB=0;REVB=0.0300643;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14003e-05;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:52:43:0:0:53:43:0:0 chr16 84494020 . G T 1290.78 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00192056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.121;QD=57.3681;RBI=0.00988589;REFB=-0.161363;REVB=0.00969754;RO=4;SAF=49;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154953;STB=0.508186;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000111424;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:90:90:4:4:86:86:0.955556:37:49:3:1:37:49:3:1 chr16 84494275 . C T 1488.07 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065832;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.402;QD=59.5226;RBI=0.00993539;REFB=0;REVB=-0.00744133;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129902;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:99:100:1:51:48:0:0:51:49:0:0 chr16 84513531 . C T 1850.8 PASS AF=0.441176;AO=195;DP=443;FAO=195;FDP=442;FR=.;FRO=247;FSAF=111;FSAR=84;FSRF=136;FSRR=111;FWDB=-0.00459781;FXX=0.0045044;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.463;QD=16.7493;RBI=0.00475374;REFB=-0.000162963;REVB=-0.00120756;RO=244;SAF=111;SAR=84;SRF=135;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162941;STB=0.510579;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.000184163;OID=.;OPOS=84513531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:442:244:247:195:195:0.441176:84:111:135:109:84:111:136:111 chr16 84516309 . G A 629.42 PASS AF=0.547009;AO=61;DP=114;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.0226478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1743;QD=21.5188;RBI=0.0298947;REFB=0.0191593;REVB=0.0195134;RO=53;SAF=22;SAR=39;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549488;STB=0.542999;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0027705;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:53:53:61:64:0.547009:39:22:16:37:39:25:16:37 chr16 84520321 . AGGGT ACGGC,AGGGC 174.03 PASS AF=0,0.411765;AO=2,9;DP=51;FAO=0,21;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=0,7;FSAR=0,14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0461774,0.0377995;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=4,1;MLLD=72.0823,39.0386;QD=13.6491;RBI=0.135573,0.0650033;REFB=0.00688475,-0.0321091;REVB=-0.127466,-0.0528831;RO=22;SAF=0,5;SAR=2,4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.518239,0.0116534;STB=0.5,0.563318;STBP=1,0.499;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0501492;OID=.,.;OPOS=84520322,84520325;OREF=GGGT,T;OALT=CGGC,C;OMAPALT=ACGGC,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.411765:2,9:51:0,21:51:30:0,7:0,14:13:17:99:22:0,5:2,4:12:10 chr16 84520396 . A G 1523.99 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0122729;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.145;QD=61.5753;RBI=0.0456739;REFB=-0.140919;REVB=-0.0439941;RO=2;SAF=41;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00303283;STB=0.501599;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000803896;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:99:2:2:97:97:0.979798:56:41:1:1:56:41:1:1 chr16 84520537 . T C 2048.85 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00344286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.124;QD=61.6194;RBI=0.0173128;REFB=-0.0847892;REVB=-0.016967;RO=0;SAF=63;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-5.93291e-05;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:0:1:132:132:0.992481:69:63:0:0:69:63:0:1 chr16 84522897 . G C 554.15 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0135595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9873;QD=16.7926;RBI=0.042245;REFB=-0.00841091;REVB=-0.0400098;RO=72;SAF=39;SAR=20;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166097;STB=0.589602;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0131132;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:73:59:59:0.44697:20:39:36:36:20:39:37:36 chr16 84691044 . C T 914.42 PASS AF=0.526316;AO=90;DP=171;FAO=90;FDP=171;FR=.;FRO=81;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0178437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.009;QD=21.39;RBI=0.0577566;REFB=0.0136562;REVB=0.0549312;RO=80;SAF=59;SAR=31;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129826;STB=0.568776;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0135015;OID=.;OPOS=84691044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:80:81:90:90:0.526316:31:59:41:39:31:59:42:39 chr16 84778690 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183435;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.135;QD=63.2868;RBI=0.0240308;REFB=0;REVB=0.015524;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01384e-05;OID=.;OPOS=84778690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr16 84778694 . T C 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.18;QD=62.3477;RBI=0.00480076;REFB=0;REVB=0.00315581;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40592e-06;OID=.;OPOS=84778694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr16 84778697 . G C 654.92 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415021;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2569;QD=62.3732;RBI=0.0449407;REFB=0;REVB=-0.0447487;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011721;OID=.;OPOS=84778697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr16 84778775 . G A 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0417565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.735;QD=30.8222;RBI=0.0425561;REFB=-0.0296699;REVB=-0.00821078;RO=3;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308588;STB=0.517213;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00468553;OID=.;OPOS=84778775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:7:5:1:2:7:5:1:2 chr16 84808824 . C G 357.24 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00632515;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.332;QD=18.558;RBI=0.0295549;REFB=-0.00565118;REVB=-0.0288701;RO=36;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604904;STB=0.535392;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00567848;OID=.;OPOS=84808824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:40:37:37:0.480519:16:21:18:18:16:21:20:20 chr16 84882997 . C T 582.38 PASS AF=0.458647;AO=60;DP=132;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00151561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.73;QD=17.5152;RBI=0.00207437;REFB=-0.00939312;REVB=-0.00141631;RO=71;SAF=25;SAR=35;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033871;STB=0.519224;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0126937;OID=.;OPOS=84882997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:71:72:60:61:0.458647:35:25:32:39:36:25:32:40 chr16 84883102 . C T 1806.61 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265991;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.738;QD=61.241;RBI=0.0274123;REFB=0;REVB=0.00662733;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40345e-05;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:67:50:0:0:67:51:0:0 chr16 84922859 . C T 1787.99 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.002579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.756;QD=60.1004;RBI=0.0360575;REFB=-0.0182408;REVB=0.0359651;RO=1;SAF=61;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772287;STB=0.504064;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=6.34349e-05;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:57:61:1:0:57:61:1:0 chr16 85009463 . T C 1795.78 PASS AF=0.991525;AO=113;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.466;QD=60.8738;RBI=0.0141644;REFB=0;REVB=-0.00451272;RO=0;SAF=66;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00460301;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:118:118:0:0:113:117:0.991525:47:66:0:0:47:70:0:0 chr16 85009510 . C T 451.17 PASS AF=0.374101;AO=52;DP=140;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=29;FWDB=0.0220836;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.564;QD=12.9832;RBI=0.0297731;REFB=-0.00776121;REVB=0.0199688;RO=87;SAF=34;SAR=18;SRF=58;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156848;STB=0.508909;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00857342;OID=.;OPOS=85009510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:87:87:52:52:0.374101:18:34:58:29:18:34:58:29 chr16 85009970 . A G 2929.08 PASS AF=1;AO=184;DP=188;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141438;FXX=0.0157886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.868;QD=62.6541;RBI=0.0142416;REFB=-0.121388;REVB=-0.00166622;RO=1;SAF=101;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004691;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67879e-05;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:188:187:1:0:184:187:1:83:101:1:0:84:103:0:0 chr16 85015541 . G A 857.35 PASS AF=0.533333;AO=80;DP=147;FAO=80;FDP=150;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0158322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.745;QD=22.8626;RBI=0.0191973;REFB=-0.0138646;REVB=-0.0108572;RO=67;SAF=31;SAR=49;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775173;STB=0.540493;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0118585;OID=.;OPOS=85015541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:67:70:80:80:0.533333:49:31:32:35:49:31:33:37 chr16 85112002 . T G 856.0 PASS AF=0.444976;AO=93;DP=209;FAO=93;FDP=209;FR=.;FRO=116;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=0.00472412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4912;QD=16.3828;RBI=0.0343474;REFB=-0.00469905;REVB=-0.034021;RO=116;SAF=44;SAR=49;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162733;STB=0.509036;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00611966;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:116:116:93:93:0.444976:49:44:53:63:49:44:53:63 chr16 85141292 . T C 718.95 PASS AF=0.487013;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0117997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.847;QD=18.674;RBI=0.0153331;REFB=-0.00526436;REVB=-0.0097914;RO=75;SAF=20;SAR=55;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218346;STB=0.617701;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00746225;OID=.;OPOS=85141292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:75:79:75:75:0.487013:55:20:36:39:55:20:37:42 chr16 85145977 . T C 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0111638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.291;QD=13.8305;RBI=0.0160901;REFB=-0.00265018;REVB=0.0115871;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109752;STB=0.556033;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00392967;OID=.;OPOS=85145977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:17:10:18:20:17:10:18:21 chr16 85705880 . C T 626.32 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0098337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.968;QD=20.368;RBI=0.0334525;REFB=0.00999719;REVB=0.0319745;RO=60;SAF=28;SAR=35;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347122;STB=0.51912;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00828331;OID=.;OPOS=85705880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:60:60:63:63:0.512195:35:28:29:31:35:28:29:31 chr16 85705901 . G A 722.54 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=152;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.0117709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.358;QD=18.89;RBI=0.0147386;REFB=-0.00356829;REVB=-0.00886971;RO=77;SAF=37;SAR=38;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835372;STB=0.548949;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00494032;OID=.;OPOS=85705901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:77:78:75:75:0.490196:38:37:31:46:38:37:31:47 chr16 85706047 . A C 747.44 PASS AF=0.5;AO=77;DP=153;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00837162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.7903;QD=19.414;RBI=0.0139983;REFB=-0.0104671;REVB=0.0112192;RO=75;SAF=34;SAR=43;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944004;STB=0.558426;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0109156;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:75:77:77:77:0.5:43:34:41:34:43:34:43:34 chr16 85707289 . C G 342.95 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00303792;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.209;QD=16.1386;RBI=0.0101989;REFB=-0.0163382;REVB=0.00973593;RO=48;SAF=6;SAR=31;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482378;STB=0.774835;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0129108;OID=.;OPOS=85707289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:31:6:28:20:31:6:28:20 chr16 85814899 . T TAGTC 1477.98 PASS AF=0.884298;AO=105;DP=124;FAO=107;FDP=121;FR=.;FRO=14;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0316644;FXX=0.0319974;HRUN=1;LEN=4;MLLD=272.372;QD=48.8587;RBI=0.0322861;REFB=-0.0132984;REVB=0.00630555;RO=14;SAF=44;SAR=61;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345445;STB=0.517803;STBP=0.265;TYPE=ins;VARB=0.00128709;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.884298:105:124:107:121:14:45:62:8:6:58:14:44:61:8:6 chr16 85834818 . G A 1388.24 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0198305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.314;QD=60.3582;RBI=0.0198545;REFB=-0.0306808;REVB=-0.000975237;RO=2;SAF=30;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157938;STB=0.508195;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00235194;OID=.;OPOS=85834818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:89:90:0.978261:59:30:0:2:60:30:0:2 chr16 85838653 . T C 2863.19 PASS AF=0.978836;AO=185;DP=189;FAO=185;FDP=189;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0462316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.079;QD=60.5966;RBI=0.0549097;REFB=-0.176673;REVB=0.0296263;RO=3;SAF=74;SAR=111;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0021105;STB=0.503311;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00140495;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:189:189:3:4:185:185:0.978836:111:74:1:2:111:74:1:3 chr16 85945231 . C T 909.04 PASS AF=0.517241;AO=90;DP=174;FAO=90;FDP=174;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0407619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.356;QD=20.8974;RBI=0.0447181;REFB=-0.0295126;REVB=-0.0183895;RO=84;SAF=36;SAR=54;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581423;STB=0.531908;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0293708;OID=.;OPOS=85945231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:84:84:90:90:0.517241:54:36:39:45:54:36:39:45 chr16 86069722 . A G 1376.76 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.623;QD=62.5801;RBI=0.0436922;REFB=0;REVB=-0.033565;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91573e-05;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr16 86069738 . C G 376.43 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0620687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3272;QD=16.0183;RBI=0.0650719;REFB=0.00299585;REVB=0.0195405;RO=54;SAF=18;SAR=22;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511729;STB=0.528832;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00356708;OID=.;OPOS=86069738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:22:18:27:27:22:18:27:27 chr16 86069788 . GT TG 262.29 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0070361;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.609;QD=11.6574;RBI=0.046211;REFB=-0.0123401;REVB=-0.0456722;RO=59;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125171;STB=0.507242;STBP=0.903;TYPE=mnp;VARB=0.0245035;OID=.;OPOS=86069788;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:59:59:31:31:0.344444:17:14:26:33:17:14:26:33 chr16 86069827 . A G 252.16 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0311117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.837;QD=10.3982;RBI=0.0313371;REFB=-0.00766254;REVB=-0.00375178;RO=66;SAF=15;SAR=16;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697968;STB=0.540695;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.022036;OID=.;OPOS=86069827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:31:31:0.319588:16:15:28:38:16:15:28:38 chr16 86371123 . G A 740.85 PASS AF=0.402844;AO=85;DP=210;FAO=85;FDP=211;FR=.;FRO=126;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=-0.0120303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.904;QD=14.0446;RBI=0.0322208;REFB=-0.00997084;REVB=-0.0298906;RO=125;SAF=46;SAR=39;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565061;STB=0.529379;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0104086;OID=.;OPOS=86371123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:125:126:85:85:0.402844:39:46:61:64:39:46:62:64 chr16 86371258 . A G 1020.5 PASS AF=0.463519;AO=104;DP=230;FAO=108;FDP=233;FR=.;FRO=125;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=0.0146416;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.894;QD=17.5193;RBI=0.0149728;REFB=-0.00744644;REVB=-0.00313158;RO=125;SAF=45;SAR=59;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312602;STB=0.505565;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00738793;OID=.;OPOS=86371258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:233:125:125:104:108:0.463519:59:45:58:67:59:49:58:67 chr16 86547496 . C T 763.92 PASS AF=0.49375;AO=79;DP=158;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.00335635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0366;QD=19.0979;RBI=0.0185467;REFB=0.00594631;REVB=0.0182404;RO=79;SAF=41;SAR=38;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148996;STB=0.58726;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00587855;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:79:81:79:79:0.49375:38:41:28:51:38:41:28:53 chr16 86564671 . G T 353.67 PASS AF=0.367521;AO=42;DP=117;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00208727;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2126;QD=12.0911;RBI=0.0191176;REFB=-0.00835376;REVB=-0.0190033;RO=73;SAF=22;SAR=20;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340416;STB=0.530614;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0172363;OID=.;OPOS=86564671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:73:74:42:43:0.367521:20:22:36:37:20:23:36:38 chr16 86565826 . C G 3130.86 PASS AF=0.964602;AO=212;DP=226;FAO=218;FDP=226;FR=.;FRO=8;FSAF=145;FSAR=73;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0108674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8197;QD=55.4134;RBI=0.0189979;REFB=-0.0773722;REVB=-0.0155826;RO=10;SAF=143;SAR=69;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321503;STB=0.513422;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00154988;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:226:226:10:8:212:218:0.964602:69:143:10:0:73:145:8:0 chr16 86566039 . C T 479.2 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0338207;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.396;QD=15.458;RBI=0.0341215;REFB=-0.00565978;REVB=0.00452061;RO=69;SAF=18;SAR=35;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403568;STB=0.510068;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0195599;OID=.;OPOS=86566039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:71:53:53:0.427419:35:18:21:48:35:18:23:48 chr16 86566042 . G A 407.79 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=0.00169256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.068;QD=14.3085;RBI=0.010546;REFB=-0.00803522;REVB=0.0104093;RO=67;SAF=18;SAR=29;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613555;STB=0.534496;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0194731;OID=.;OPOS=86566042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:47:47:0.412281:29:18:22:45:29:18:22:45 chr16 86574818 . C G 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0339718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.386;QD=10.7533;RBI=0.0341036;REFB=-0.0105158;REVB=0.00299578;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114311;STB=0.551921;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0146083;OID=.;OPOS=86574818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:26:13:13:0.333333:7:6:9:16:7:6:10:16 chr16 86575737 . C T 402.54 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0108627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6477;QD=20.1271;RBI=0.0169324;REFB=-0.00891635;REVB=0.0129887;RO=39;SAF=32;SAR=9;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133062;STB=0.574187;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00820336;OID=.;OPOS=86575737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:9:32:26:13:9:32:26:13 chr16 87336669 . C A 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0187627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=357.865;QD=9.60058;RBI=0.0199298;REFB=-0.00696347;REVB=0.00672013;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29704;STB=0.674913;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0180498;OID=.;OPOS=87336669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:10:7:25:12:10:7:25:12 chr16 87350773 . C A,CA 4406.77 PASS AF=0.955326,0.0378007;AO=243,44;DP=298;FAO=278,11;FDP=291;FR=.;FRO=2;FSAF=114,11;FSAR=164,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.1623,-0.018744;FXX=0.00682571;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=169.327,48.3638;QD=60.5742;RBI=0.164726,0.104132;REFB=-0.0372961,-0.102254;REVB=0.0281701,0.102432;RO=10;SAF=79,44;SAR=164,0;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0400853,0.875316;STB=0.50303,0.998448;STBP=0.245,0.003;TYPE=snp,ins;VARB=0.00435962,0.115994;OID=.,.;OPOS=87350773,87350774;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:298:291:10:2:243,44:278,11:0.955326,0.0378007:164,0:79,44:8:2:164,0:114,11:0:2 chr16 87417621 . G A 1295.48 PASS AF=0.475;AO=132;DP=281;FAO=133;FDP=280;FR=.;FRO=147;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=64;FSRR=83;FWDB=-0.00732143;FXX=0.0106003;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.264;QD=18.5069;RBI=0.00997604;REFB=0.00228146;REVB=0.00677629;RO=141;SAF=72;SAR=60;SRF=58;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125441;STB=0.559453;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00304173;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:280:141:147:132:133:0.475:60:72:58:83:60:73:64:83 chr16 87436720 . G T 693.42 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000375897;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.859;QD=63.0385;RBI=0.00986267;REFB=0;REVB=-0.00985551;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29961e-05;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr16 87436764 . A G 636.54 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.59;QD=60.6224;RBI=0.05593;REFB=0;REVB=0.000237095;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44052e-05;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:27:13:0:0:27:15:0:0 chr16 87445270 . T C 590.72 PASS AF=0.449275;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.000818458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.882;QD=17.1223;RBI=0.0163412;REFB=-0.0181516;REVB=-0.0163207;RO=75;SAF=32;SAR=30;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747596;STB=0.545016;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0220132;OID=.;OPOS=87445270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:75:76:62:62:0.449275:30:32:33:42:30:32:33:43 chr16 87446368 . C T 490.97 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00345294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.16;QD=19.2538;RBI=0.0055965;REFB=-0.0295368;REVB=-0.00440432;RO=49;SAF=32;SAR=19;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161352;STB=0.589999;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0267075;OID=.;OPOS=87446368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:51:51:51:0.5:19:32:22:27:19:32:23:28 chr16 87493737 . T C 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00576586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.869;QD=19.0374;RBI=0.00906901;REFB=0.00557696;REVB=0.00700013;RO=45;SAF=14;SAR=28;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15288;STB=0.585324;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00494082;OID=.;OPOS=87493737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:28:14:22:23:28:14:22:23 chr16 87678144 . T C 252.84 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0112729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.214;QD=15.095;RBI=0.0209224;REFB=-0.0216835;REVB=-0.0176257;RO=37;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305848;STB=0.663557;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.023809;OID=.;OPOS=87678144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:12:17:10:27:12:17:11:27 chr16 87678165 . G A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0124929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.643;QD=15.064;RBI=0.016683;REFB=-0.00570736;REVB=-0.0110566;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217984;STB=0.623287;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0145983;OID=.;OPOS=87678165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:11:16:13:22:11:16:13:22 chr16 87729334 . C CA 154.49 PASS AF=0.318182;AO=20;DP=69;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00641233;FXX=0.0149231;HRUN=0;LEN=1;MLLD=237.846;QD=9.36329;RBI=0.00681682;REFB=-0.0194035;REVB=0.00231323;RO=48;SAF=5;SAR=15;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418483;STB=0.714082;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.0441219;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:20:69:21:66:45:6:15:27:18:99:48:5:15:29:19 chr16 87738313 . C T 431.03 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.00991452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.13;QD=20.2837;RBI=0.0127882;REFB=-0.0160678;REVB=0.0080772;RO=41;SAF=6;SAR=36;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158709;STB=0.562469;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0175601;OID=.;OPOS=87738313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:42:42:43:0.505882:36:6:10:31:36:7:10:32 chr16 87738709 . GCTTCCT G 1459.49 PASS AF=0.451039;AO=152;DP=342;FAO=152;FDP=337;FR=.;FRO=185;FSAF=85;FSAR=67;FSRF=82;FSRR=103;FWDB=-0.0387361;FXX=0.0117299;HRUN=1;LEN=6;MLLD=350.291;QD=17.3234;RBI=0.0387615;REFB=-0.00633821;REVB=-0.00140071;RO=175;SAF=85;SAR=67;SRF=74;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131912;STB=0.563586;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.0076849;OID=.;OPOS=87738710;OREF=CTTCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451039:152:342:152:337:185:85:67:82:103:99:175:85:67:74:101 chr16 87738853 . T C 715.52 PASS AF=0.522388;AO=69;DP=133;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.114743;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.91;QD=21.3588;RBI=0.114852;REFB=-0.00571661;REVB=-0.00500182;RO=62;SAF=22;SAR=47;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110343;STB=0.556648;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00553146;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:62:64:69:70:0.522388:47:22:27:35:47:23:28:36 chr16 87788864 . G A 784.41 PASS AF=0.465909;AO=82;DP=176;FAO=82;FDP=176;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.00624941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.516;QD=17.8276;RBI=0.00853089;REFB=-0.0235539;REVB=-0.00580698;RO=94;SAF=37;SAR=45;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369835;STB=0.52048;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0258693;OID=.;OPOS=87788864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:94:94:82:82:0.465909:45:37:46:48:45:37:46:48 chr16 88017809 . C T 299.27 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0134364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1056;QD=16.3981;RBI=0.041778;REFB=0.00760491;REVB=0.0395584;RO=39;SAF=21;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986873;STB=0.563597;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00783261;OID=.;OPOS=88017809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:12:21:21:18:12:21:21:19 chr16 88052161 . C A 3324.11 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.693;QD=62.1328;RBI=0.0414841;REFB=0;REVB=0.0391529;RO=0;SAF=109;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28615e-05;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:214:0:0:212:214:1:103:109:0:0:105:109:0:0 chr16 88066717 . C T 364.25 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0394711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4144;QD=21.1161;RBI=0.0400834;REFB=0.00147154;REVB=-0.00697932;RO=32;SAF=23;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787036;STB=0.543578;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00277041;OID=.;OPOS=88066717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:14:23:17:15:14:23:17:15 chr16 88105053 . T A 793.33 PASS AF=0.477011;AO=80;DP=171;FAO=83;FDP=174;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.00170776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.496;QD=18.2374;RBI=0.00193908;REFB=-0.0212777;REVB=0.000918464;RO=90;SAF=26;SAR=54;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101538;STB=0.552926;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0263684;OID=.;OPOS=88105053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:174:90:91:80:83:0.477011:54:26:38:52:56:27:38:53 chr16 88105725 . G A 4952.07 PASS AF=0.978659;AO=316;DP=324;FAO=321;FDP=328;FR=.;FRO=7;FSAF=169;FSAR=152;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.040768;FXX=0.00303942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.849;QD=60.3911;RBI=0.110325;REFB=-0.0620319;REVB=0.102516;RO=5;SAF=169;SAR=147;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139002;STB=0.507082;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00169364;OID=.;OPOS=88105725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:324:328:5:7:316:321:0.978659:147:169:5:0:152:169:6:1 chr16 88123598 . C G 1448.84 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000643526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0035;QD=57.3799;RBI=0.0108929;REFB=0.0737079;REVB=0.0108739;RO=2;SAF=54;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172427;STB=0.509089;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=4.12451e-05;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:45:54:2:0:45:54:2:0 chr16 88123697 . C A 1216.06 PASS AF=0.964706;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0105865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5417;QD=57.2265;RBI=0.0643017;REFB=-0.121026;REVB=0.0634242;RO=3;SAF=40;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116786;STB=0.505881;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00411827;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:85:3:3:81:82:0.964706:41:40:2:1:41:41:2:1 chr16 88124525 . A G 188.94 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0145666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.92;QD=20.9929;RBI=0.105899;REFB=-0.0337498;REVB=-0.104893;RO=17;SAF=15;SAR=4;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128078;STB=0.57136;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0226608;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:4:15:15:2:4:15:15:2 chr16 88134285 . A G 1444.88 PASS AF=0.980392;AO=97;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.134095;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.9803;QD=56.6621;RBI=0.135298;REFB=0.169735;REVB=0.0180027;RO=3;SAF=36;SAR=61;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037889;STB=0.513155;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00508242;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:102:3:2:97:100:0.980392:61:36:3:0:63:37:2:0 chr16 88494947 . T C 2522.89 PASS AF=0.892157;AO=189;DP=205;FAO=182;FDP=204;FR=.;FRO=22;FSAF=98;FSAR=84;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00293353;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4312;QD=49.4684;RBI=0.0192002;REFB=-0.0186243;REVB=-0.0189747;RO=16;SAF=105;SAR=84;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176705;STB=0.510637;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.016954;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:205:204:16:22:189:182:0.892157:84:105:7:9:84:98:14:8 chr16 88494976 . A C 905.93 PASS AF=0.42437;AO=94;DP=230;FAO=101;FDP=238;FR=.;FRO=137;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=66;FSRR=71;FWDB=0.0026229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.676;QD=15.2256;RBI=0.0527917;REFB=-0.0233646;REVB=0.0527265;RO=131;SAF=46;SAR=48;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088064;STB=0.503751;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0275917;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:238:131:137:94:101:0.42437:48:46:63:68:53:48:66:71 chr16 88495349 . G A 404.86 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0160907;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.42;QD=19.0523;RBI=0.0218685;REFB=-0.00431353;REVB=-0.0148094;RO=42;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138339;STB=0.502111;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00466673;OID=.;OPOS=88495349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:42:44:41:41:0.482353:16:25:25:17:16:25:27:17 chr16 88495401 . CGGGGGG CGGGG,CGGGGGC 160.37 PASS AF=0.125,0.8125;AO=2,6;DP=17;FAO=2,13;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=1,2;FSAR=1,11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0996911,0.0852355;FXX=0.0587889;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=11.5199,19.371;QD=40.0913;RBI=0.284552,0.213803;REFB=-0.0734442,-0.0760296;REVB=-0.266517,-0.196079;RO=1;SAF=0,1;SAR=2,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.513514,0;SSSB=-0.697199,-0.281147;STB=0.665164,0.599828;STBP=0.662,0.099;TYPE=del,snp;VARB=0.0810785,-0.0176723;OID=.,.;OPOS=88495402,88495407;OREF=GG,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGGG,CGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.8125:2,6:17:2,13:16:1:1,2:1,11:1:0:11:1:0,1:2,5:1:0 chr16 88495654 . A G 516.6 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0173877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1054;QD=17.8137;RBI=0.0829681;REFB=-0.0205147;REVB=0.0811256;RO=61;SAF=34;SAR=21;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278775;STB=0.515485;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0242629;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:55:55:0.474138:21:34:36:25:21:34:36:25 chr16 88497400 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4822;QD=39.2067;RBI=0.0522804;REFB=0;REVB=0.0234057;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198922;OID=.;OPOS=88497400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr16 88497446 . A G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00591665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.708;QD=19.7024;RBI=0.0697697;REFB=-0.00777501;REVB=-0.0695183;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204867;STB=0.511614;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0062406;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:10:6:6:11:10:6 chr16 88498221 . C T 421.32 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.00471129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.017;QD=15.8987;RBI=0.00773199;REFB=-0.00300809;REVB=0.00613086;RO=59;SAF=19;SAR=28;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20342;STB=0.613742;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00558835;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:28:19:36:23:28:19:36:23 chr16 88498297 . T G 157.86 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00610557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.217;QD=16.6169;RBI=0.0179074;REFB=-0.0181162;REVB=-0.0168344;RO=21;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214495;STB=0.624835;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0146724;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:14:3:7:14:14:3:7:14 chr16 88498312 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0119557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.411;QD=16.8981;RBI=0.0296991;REFB=-0.00191494;REVB=0.0271863;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245151;STB=0.514256;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013167;OID=.;OPOS=88498312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:9:1:1:8:9:1:1:8 chr16 88498804 . G A 2144.94 PASS AF=0.539683;AO=204;DP=378;FAO=204;FDP=378;FR=.;FRO=174;FSAF=104;FSAR=100;FSRF=92;FSRR=82;FWDB=0.0198331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.144;QD=22.6978;RBI=0.0233687;REFB=0.00267445;REVB=0.012359;RO=174;SAF=104;SAR=100;SRF=92;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160282;STB=0.50872;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0023218;OID=.;OPOS=88498804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:378:174:174:204:204:0.539683:100:104:92:82:100:104:92:82 chr16 88499539 . C G 1009.36 PASS AF=0.479452;AO=104;DP=219;FAO=105;FDP=219;FR=.;FRO=114;FSAF=67;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.00292739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.608;QD=18.4359;RBI=0.0203195;REFB=-0.0207358;REVB=-0.0201076;RO=108;SAF=67;SAR=37;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164312;STB=0.583639;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0157835;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:108:114:104:105:0.479452:37:67:51:57:38:67:55:59 chr16 88500340 . G A 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0243147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.221;QD=30.5926;RBI=0.0243588;REFB=0.0204506;REVB=-0.00146507;RO=2;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.571292;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0019372;OID=.;OPOS=88500340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:6:4:0:2:6:4:0:2 chr16 88502090 . G A 556.08 PASS AF=0.44697;AO=58;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=51;FWDB=-0.0292054;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.473;QD=16.851;RBI=0.0305719;REFB=-0.0132906;REVB=-0.00903782;RO=73;SAF=26;SAR=32;SRF=22;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151494;STB=0.579592;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0172536;OID=.;OPOS=88502090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:73:58:59:0.44697:32:26:22:51:33:26:22:51 chr16 88502482 . C T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00645359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.162;QD=12.4134;RBI=0.0191309;REFB=0.0135882;REVB=0.0180095;RO=37;SAF=8;SAR=15;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290247;STB=0.667001;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0217015;OID=.;OPOS=88502482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:15:8:23:14:15:8:23:14 chr16 88502505 . A G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3691;QD=56.9991;RBI=0.0294563;REFB=0;REVB=-0.0166885;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29518e-05;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr16 88504868 . A G 3484.65 PASS AF=1;AO=222;DP=224;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368408;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.492;QD=62.7865;RBI=0.0597358;REFB=0;REVB=-0.0470226;RO=0;SAF=94;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12208e-05;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:222:0:0:222:222:1:128:94:0:0:128:94:0:0 chr16 88505635 . A G 1740.41 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=119;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.042713;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0272;QD=60.0143;RBI=0.0453219;REFB=-0.0528362;REVB=-0.0151551;RO=1;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940276;STB=0.50495;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000377769;OID=.;OPOS=88505635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:119:116:1:1:115:115:0.991379:50:65:0:1:50:65:0:1 chr16 88505734 . C T 803.43 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0133016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.849;QD=55.4087;RBI=0.0157352;REFB=0.175584;REVB=-0.00840607;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.507934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-6.88699e-05;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:26:31:0:0:26:31:1:0 chr16 88535341 . G A 3905.5 PASS AF=0.980843;AO=256;DP=262;FAO=256;FDP=261;FR=.;FRO=5;FSAF=108;FSAR=148;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0122044;FXX=0.00381665;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.072;QD=59.8544;RBI=0.0160716;REFB=-0.0908925;REVB=0.0104569;RO=5;SAF=108;SAR=148;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000818684;STB=0.50043;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.000100322;OID=.;OPOS=88535341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:262:261:5:5:256:256:0.980843:148:108:2:3:148:108:2:3 chr16 88535407 . C G 3152.24 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100619;FXX=0.00502487;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6591;QD=63.6817;RBI=0.100812;REFB=-0.0541697;REVB=-0.00622943;RO=1;SAF=81;SAR=116;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584341;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529454;OID=.;OPOS=88535407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:198:198:1:0:197:198:1:116:81:1:0:116:82:0:0 chr16 88552344 . C T 888.34 PASS AF=0.385185;AO=103;DP=271;FAO=104;FDP=270;FR=.;FRO=166;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=80;FSRR=86;FWDB=0.0365196;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9824;QD=13.1606;RBI=0.0366137;REFB=-0.00940875;REVB=-0.00262323;RO=160;SAF=60;SAR=43;SRF=79;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969421;STB=0.558728;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.01739;OID=.;OPOS=88552344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:160:166:103:104:0.385185:43:60:79:81:44:60:80:86 chr16 88552370 . A G 4205.69 PASS AF=1;AO=261;DP=261;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.485;QD=62.7715;RBI=0.0425685;REFB=0;REVB=0.013388;RO=0;SAF=126;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75041e-05;OID=.;OPOS=88552370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:261:268:0:0:261:268:1:135:126:0:0:135:133:0:0 chr16 88594567 . C T 794.68 PASS AF=0.471591;AO=81;DP=170;FAO=83;FDP=176;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.0674565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3535;QD=18.061;RBI=0.0702572;REFB=-0.0367626;REVB=0.019639;RO=89;SAF=32;SAR=49;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531645;STB=0.534238;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0283095;OID=.;OPOS=88594567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:176:89:93:81:83:0.471591:49:32:40:49:49:34:44:49 chr16 88599023 . A G 1942.83 PASS AF=0.455752;AO=194;DP=446;FAO=206;FDP=452;FR=.;FRO=246;FSAF=92;FSAR=114;FSRF=136;FSRR=110;FWDB=0.00234867;FXX=0.00877174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.513;QD=17.1932;RBI=0.0156407;REFB=-0.0167456;REVB=-0.0154633;RO=247;SAF=82;SAR=112;SRF=136;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12959;STB=0.557763;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0191481;OID=.;OPOS=88599023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:452:247:246:194:206:0.455752:112:82:136:111:114:92:136:110 chr16 88599697 . AG CC 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294436;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=292.245;QD=37.4885;RBI=0.0309329;REFB=0;REVB=0.00948242;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00022249;OID=.;OPOS=88599697;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr16 88633052 . G C 432.27 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0109199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.681;QD=14.9057;RBI=0.0193771;REFB=-0.00863613;REVB=-0.0160071;RO=67;SAF=26;SAR=23;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849842;STB=0.547733;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0120513;OID=.;OPOS=88633052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:67:49:49:0.422414:23:26:30:37:23:26:30:37 chr16 88644005 . A G 485.25 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0153506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7573;QD=16.3108;RBI=0.0224159;REFB=-0.0261772;REVB=-0.016335;RO=64;SAF=14;SAR=40;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135213;STB=0.582057;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0293245;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:65:54:54:0.453782:40:14:24:40:40:14:25:40 chr16 88709828 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.311;QD=58.4191;RBI=0.0426778;REFB=0;REVB=0.00442871;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.42278e-05;OID=.;OPOS=88709828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr16 88713236 . A G 380.98 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00450261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.478;QD=14.3765;RBI=0.00911936;REFB=0.00430078;REVB=-0.00793027;RO=61;SAF=19;SAR=25;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00587723;STB=0.50744;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00522337;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:62:44:44:0.415094:25:19:26:35:25:19:26:36 chr16 88717074 . G A 298.93 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00216013;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2355;QD=29.1638;RBI=0.0475911;REFB=-0.0115361;REVB=0.047542;RO=15;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157387;STB=0.508664;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00576002;OID=.;OPOS=88717074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:15:15:26:26:0.634146:15:11:6:9:15:11:6:9 chr16 88717386 . T C 5026.71 PASS AF=1;AO=319;DP=322;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156186;FXX=0.00619176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.444;QD=62.6382;RBI=0.0280783;REFB=-0.0732791;REVB=-0.0233335;RO=2;SAF=188;SAR=131;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00109679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307188;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:322:321:2:0:319:321:1:131:188:1:1:132:189:0:0 chr16 88724347 . G T 1591.11 PASS AF=1;AO=95;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.247;QD=64.2875;RBI=0.0567696;REFB=0;REVB=0.0519697;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010056;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:95:99:1:44:51:0:0:48:51:0:0 chr16 88767769 . G C 763.4 PASS AF=0.506494;AO=77;DP=154;FAO=78;FDP=154;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0116257;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0925;QD=19.8286;RBI=0.013381;REFB=-0.0211396;REVB=-0.00662524;RO=75;SAF=24;SAR=53;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17538;STB=0.594738;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0208108;OID=.;OPOS=88767769;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:75:76:77:78:0.506494:53:24:37:38:53:25:38:38 chr16 88778615 . G A 2594.56 PASS AF=0.966292;AO=172;DP=178;FAO=172;FDP=178;FR=.;FRO=6;FSAF=100;FSAR=72;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0467925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.276;QD=58.3048;RBI=0.0592728;REFB=-0.0507852;REVB=0.0363831;RO=3;SAF=100;SAR=72;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140629;STB=0.514561;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000999032;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:178:178:3:6:172:172:0.966292:72:100:3:0:72:100:6:0 chr16 88779739 . A G 5671.83 PASS AF=1;AO=359;DP=362;FAO=361;FDP=361;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=206;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163095;FXX=0.0136608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.155;QD=62.8457;RBI=0.0212964;REFB=-0.0470781;REVB=-0.0136944;RO=1;SAF=154;SAR=205;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0030883;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33683e-05;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:362:361:1:0:359:361:1:205:154:1:0:206:155:0:0 chr16 88780634 . AGGTGTGGGTGT AGGTGT,AGGTGTGTGTGG 698.99 PASS AF=0.654545,0.345455;AO=33,7;DP=52;FAO=36,19;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15,5;FSAR=21,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029966,0.0509027;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=6,5;MLLD=187.454,41.9055;QD=50.8355;RBI=0.0464575,0.140048;REFB=0,0;REVB=0.0355012,0.130469;RO=0;SAF=13,5;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.82173e-08,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00903872,0.236789;OID=.,.;OPOS=88780635,88780641;OREF=GGTGTG,GGTGT;OALT=-,TGTGG;OMAPALT=AGGTGT,AGGTGTGTGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.654545,0.345455:33,7:52:36,19:55:0:15,5:21,14:0:0:99:0:13,5:20,2:0:0 chr16 88781040 . A G 3787.7 PASS AF=1;AO=238;DP=239;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165442;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.643;QD=63.3925;RBI=0.0183603;REFB=0.011091;REVB=0.00796181;RO=1;SAF=126;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423642;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87686e-05;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:239:239:1:0:238:239:1:112:126:0:1:112:127:0:0 chr16 88781125 . T C 1525.28 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9703;QD=59.8148;RBI=0.0667816;REFB=0;REVB=0.0466237;RO=0;SAF=30;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20848e-06;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:72:30:0:0:72:30:0:0 chr16 88782676 . A G 2294.15 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.224;QD=63.7263;RBI=0.012094;REFB=0;REVB=0.0113446;RO=0;SAF=73;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83799e-06;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:144:0:0:140:144:1:67:73:0:0:71:73:0:0 chr16 88783449 . C G 1358.47 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8815;QD=62.4584;RBI=0.0153911;REFB=0;REVB=0.0149047;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74511e-05;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:56:30:0:0:57:30:0:0 chr16 88783521 . T C 1302.07 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0577469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5942;QD=62.0031;RBI=0.0643165;REFB=0;REVB=-0.0283178;RO=0;SAF=25;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000620403;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:59:25:0:0:59:25:0:0 chr16 88787704 . G C 3118.29 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.01;QD=61.7484;RBI=0.0147389;REFB=0;REVB=0.0128848;RO=0;SAF=103;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23102e-06;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:99:103:0:0:99:103:0:0 chr16 88788477 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.06172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.239;QD=56.7054;RBI=0.0649602;REFB=0;REVB=0.02026;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000486239;OID=.;OPOS=88788477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr16 88792047 . A G 1959.08 PASS AF=0.984962;AO=126;DP=128;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00605793;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5363;QD=58.9198;RBI=0.0449592;REFB=-0.0688999;REVB=-0.0445492;RO=2;SAF=54;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130149;STB=0.506409;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00707672;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:128:133:2:2:126:131:0.984962:72:54:0:2:77:54:0:2 chr16 88792097 . A G 1368.35 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.806;QD=61.4989;RBI=0.0187206;REFB=0;REVB=0.00207682;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02808e-05;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:89:0:0:82:89:1:49:33:0:0:55:34:0:0 chr16 88803124 . T C 5898.58 PASS AF=1;AO=368;DP=374;FAO=377;FDP=377;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=224;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035904;FXX=0.00527691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2298;QD=62.5844;RBI=0.0148378;REFB=-0.127543;REVB=0.0143969;RO=2;SAF=148;SAR=220;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431815;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120867;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:374:377:2:0:368:377:1:220:148:0:2:224:153:0:0 chr16 88803982 . C G 3259.07 PASS AF=1;AO=206;DP=208;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574157;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2645;QD=61.4918;RBI=0.100342;REFB=-0.0827565;REVB=0.0822924;RO=1;SAF=113;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509455;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749924;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:208:212:1:0:206:212:1:93:113:0:1:97:115:0:0 chr16 88804734 . A G 1529.61 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.362;QD=63.7336;RBI=0.0597098;REFB=0;REVB=-0.0320805;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17151e-05;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr16 88804924 . TC CT,T 893.87 PASS AF=0,1;AO=4,60;DP=64;FAO=0,64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486508,0.0848214;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=5.41322,25.5876;QD=55.8671;RBI=0.06761,0.141508;REFB=0,0;REVB=-0.046949,0.113269;RO=0;SAF=0,24;SAR=4,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.9695e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00395067;OID=.,.;OPOS=88804924,88804925;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:64:64:0:0:4,60:0,64:0,1:4,36:0,24:0:0:0,40:0,24:0:0 chr16 88805183 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0224;QD=58.5875;RBI=0.0381809;REFB=0;REVB=0.0129723;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086756;OID=.;OPOS=88805183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr16 88805231 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0858175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6694;QD=51.9136;RBI=0.0875739;REFB=0;REVB=0.0174511;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286216;OID=.;OPOS=88805231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr16 88805236 . G A 207.07 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.732;QD=48.7229;RBI=0.0713409;REFB=0;REVB=-0.0336026;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309666;OID=.;OPOS=88805236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr16 88808743 . A G 1306.05 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00038399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.84;QD=60.7464;RBI=0.00428257;REFB=-0.119216;REVB=0.00426532;RO=1;SAF=34;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137286;STB=0.507245;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000623248;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:51:34:1:0:51:34:1:0 chr16 88809773 . G C 3955.81 PASS AF=1;AO=250;DP=250;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748596;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.619;QD=62.0518;RBI=0.085633;REFB=0;REVB=0.041582;RO=0;SAF=113;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1703e-05;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:250:255:0:0:250:255:1:137:113:0:0:137:118:0:0 chr16 88872145 . T C 2709.03 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8647;QD=62.2765;RBI=0.0649452;REFB=0;REVB=0.0614818;RO=0;SAF=86;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135128;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:88:86:0:0:88:86:0:0 chr16 88872511 . T C 2049.23 PASS AF=0.992481;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0409161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.42;QD=61.631;RBI=0.0450468;REFB=-0.175072;REVB=0.0188439;RO=1;SAF=61;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067417;STB=0.503546;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00149911;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:133:1:1:131:132:0.992481:70:61:0:1:70:62:0:1 chr16 88921634 . C G 522.74 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00761139;FXX=0.0215031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.832;QD=22.9777;RBI=0.0111356;REFB=-0.0209617;REVB=-0.00812829;RO=35;SAF=20;SAR=29;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167825;STB=0.61807;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0226247;OID=.;OPOS=88921634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:35:42:49:49:0.538462:29:20:22:13:29:20:28:14 chr16 88942648 . TA T,TTAA,TT 51.11 PASS AF=0,0.175258,0;AO=14,12,6;DP=101;FAO=0,17,0;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=0,5,0;FSAR=0,12,0;FSRF=25;FSRR=55;FWDB=0.149488,-0.184067,-0.0419276;FXX=0.010203;HRUN=7,6,7;LEN=1,2,1;MLLD=9.54166,17.9116,14.9081;QD=2.10779;RBI=0.360953,0.232129,0.235142;REFB=0.021908,-0.0281616,-0.00021195;REVB=-0.328543,0.141434,-0.231374;RO=53;SAF=2,9,0;SAR=12,3,6;SRF=14;SRR=39;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.232089,0.553055,-0.530318;STB=0.5,0.517964,0.5;STBP=1,0.891,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=0,0.117302,0;OID=.,.,.;OPOS=88942649,88942649,88942649;OREF=A,-,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=T,TTAA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.175258,0:14,12,6:101:0,17,0:97:80:0,5,0:0,12,0:25:55:53:53:2,9,0:12,3,6:14:39 chr16 89017014 . G C 31.44 PASS AF=0.2;AO=3;DP=27;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0250215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.87;QD=4.19141;RBI=0.0275044;REFB=-0.0269163;REVB=-0.01142;RO=24;SAF=1;SAR=2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179144;STB=0.635901;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0950825;OID=.;OPOS=89017014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:27:30:24:24:3:6:0.2:2:1:12:12:4:2:12:12 chr16 89119156 . CTTTTTTT CTTTTTTC,CTTT 221.25 PASS AF=0.307692,0.692308;AO=2,9;DP=35;FAO=8,18;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366943,-0.0917195;FXX=0.257069;HRUN=16,16;LEN=1,4;MLLD=197.661,8.61322;QD=34.038;RBI=0.0367078,0.092399;REFB=0,0;REVB=-0.000993996,-0.0111854;RO=0;SAF=0,9;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00348729,0.00699089;OID=.,.;OPOS=89119163,89119157;OREF=T,TTTT;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTTTC,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.307692,0.692308:2,9:35:8,18:26:0:0,18:8,0:0:0:57:0:0,9:2,0:0:0 chr16 89167094 . T C 216.0 PASS AF=0.276786;AO=31;DP=112;FAO=31;FDP=112;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.00679194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.917;QD=7.71423;RBI=0.0175972;REFB=-0.00130399;REVB=0.0162337;RO=80;SAF=16;SAR=15;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140679;STB=0.578264;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00687163;OID=.;OPOS=89167094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:80:81:31:31:0.276786:15:16:32:48:15:16:33:48 chr16 89167140 . G C 301.18 PASS AF=0.3125;AO=37;DP=125;FAO=40;FDP=128;FR=.;FRO=88;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=0.00897606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.869;QD=9.4118;RBI=0.0490367;REFB=-0.0216805;REVB=0.0482082;RO=87;SAF=18;SAR=19;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101251;STB=0.536548;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.073985;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:87:88:37:40:0.3125:19:18:35:52:22:18:35:53 chr16 89167395 . C T 235.11 PASS AF=0.289474;AO=33;DP=114;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.0139654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8013;QD=8.24938;RBI=0.0477654;REFB=-0.0223035;REVB=0.0456782;RO=80;SAF=20;SAR=13;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201273;STB=0.622618;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.060889;OID=.;OPOS=89167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:80:81:33:33:0.289474:13:20:35:45:13:20:35:46 chr16 89167404 . T C 298.65 PASS AF=0.322314;AO=39;DP=121;FAO=39;FDP=121;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0190472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.289;QD=9.8728;RBI=0.0218413;REFB=0.00319093;REVB=0.0106887;RO=82;SAF=24;SAR=15;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191817;STB=0.611408;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00739302;OID=.;OPOS=89167404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:82:82:39:39:0.322314:15:24:37:45:15:24:37:45 chr16 89167431 . G C 325.25 PASS AF=0.292208;AO=44;DP=153;FAO=45;FDP=154;FR=.;FRO=109;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=0.0384681;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.844;QD=8.44796;RBI=0.0746115;REFB=0.00995206;REVB=0.0639303;RO=109;SAF=22;SAR=22;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105787;STB=0.569342;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00731229;OID=.;OPOS=89167431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:109:109:44:45:0.292208:22:22:64:45:23:22:64:45 chr16 89167443 . T C 378.61 PASS AF=0.316456;AO=50;DP=161;FAO=50;FDP=158;FR=.;FRO=108;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=-0.00698797;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.17;QD=9.58509;RBI=0.00725529;REFB=-0.0111743;REVB=-0.00195129;RO=108;SAF=26;SAR=24;SRF=62;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640954;STB=0.537117;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0211088;OID=.;OPOS=89167443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:158:108:108:50:50:0.316456:24:26:62:46:24:26:62:46 chr16 89167458 . C A 500.05 PASS AF=0.335135;AO=62;DP=175;FAO=62;FDP=185;FR=.;FRO=123;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=-0.00954033;FXX=0.00537606;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.279;QD=10.8119;RBI=0.0316486;REFB=-0.0148076;REVB=-0.0301764;RO=111;SAF=32;SAR=30;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581309;STB=0.513622;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0265565;OID=.;OPOS=89167458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:185:111:123:62:62:0.335135:30:32:63:48:30:32:66:57 chr16 89180883 . G A 664.78 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=131;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.00944433;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.327;QD=20.4548;RBI=0.0215282;REFB=-0.0145008;REVB=0.019346;RO=63;SAF=25;SAR=41;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145541;STB=0.584297;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0125773;OID=.;OPOS=89180883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:63:64:66:66:0.507692:41:25:34:29:41:25:35:29 chr16 89211764 . G A 503.58 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=130;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.0166988;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4109;QD=15.7369;RBI=0.0512217;REFB=-0.0116374;REVB=0.0484233;RO=71;SAF=19;SAR=36;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382223;STB=0.523668;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0319766;OID=.;OPOS=89211764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:71:73:55:55:0.429688:36:19:27:44:36:19:28:45 chr16 89235184 . T G 625.45 PASS AF=0.474074;AO=61;DP=132;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0032092;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.646;QD=18.5318;RBI=0.0043423;REFB=-0.0218189;REVB=-0.00292516;RO=66;SAF=26;SAR=35;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00190613;STB=0.523802;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0250237;OID=.;OPOS=89235184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:66:71:61:64:0.474074:35:26:28:38:35:29:29:42 chr16 89245890 . G T 2278.31 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=149;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0593131;FXX=0.0268438;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3778;QD=62.8499;RBI=0.0775286;REFB=-0.0596866;REVB=0.0499264;RO=0;SAF=64;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1673e-08;STB=0.503144;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000710441;OID=.;OPOS=89245890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:145:0:1:143:144:0.993103:79:64:0:0:79:65:0:1 chr16 89246670 . T C 1208.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.061;QD=61.2116;RBI=0.028383;REFB=0;REVB=-0.0280999;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56708e-05;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr16 89251851 . A G 1866.57 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234378;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5513;QD=60.7016;RBI=0.0522276;REFB=-0.0300011;REVB=-0.0466732;RO=0;SAF=16;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102505;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:124:123:0:0:122:123:1:106:16:0:0:107:16:0:0 chr16 89256695 . G A 528.57 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0196265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.73;QD=22.2554;RBI=0.0428229;REFB=-0.0141344;REVB=0.0380605;RO=43;SAF=29;SAR=21;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386149;STB=0.511833;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0123592;OID=.;OPOS=89256695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:43:45:50:50:0.526316:21:29:23:20:21:29:25:20 chr16 89259993 . A G 5382.58 PASS AF=0.988473;AO=341;DP=346;FAO=343;FDP=347;FR=.;FRO=4;FSAF=109;FSAR=234;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0178743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1112;QD=62.0471;RBI=0.0464492;REFB=-0.191185;REVB=-0.0428723;RO=5;SAF=108;SAR=233;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215694;STB=0.509008;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00208618;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:346:347:5:4:341:343:0.988473:233:108:5:0:234:109:4:0 chr16 89265087 . A G 2162.18 PASS AF=0.992908;AO=129;DP=132;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.15884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4433;QD=61.3385;RBI=0.170547;REFB=-0.25988;REVB=0.0620989;RO=3;SAF=71;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196539;STB=0.503067;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00581741;OID=.;OPOS=89265087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:141:3:1:129:140:0.992908:58:71:3:0:59:81:1:0 chr16 89265100 . GC AT,TC 2261.53 PASS AF=0.951724,0.0482759;AO=135,7;DP=147;FAO=138,7;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=75,7;FSAR=63,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189726,0.00370387;FXX=0.0136045;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=169.983,56.8601;QD=62.3872;RBI=0.0204867,0.0432212;REFB=0,0;REVB=0.00772949,0.0430622;RO=0;SAF=72,7;SAR=63,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000255116,0.0183137;OID=.,.;OPOS=89265100,89265100;OREF=GC,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:147:145:0:0:135,7:138,7:0.951724,0.0482759:63,0:72,7:0:0:63,0:75,7:0:0 chr16 89265466 . AC CC,CG,GC 1129.9 PASS AF=0.0394737,0,0.960526;AO=4,5,68;DP=77;FAO=3,0,73;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,13;FSAR=3,0,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306595,0.0639808,0.0895343;FXX=0.0129853;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=124.884,33.09,63.6996;QD=59.4687;RBI=0.0343766,0.069318,0.0897526;REFB=0,0,0;REVB=-0.0155481,0.0266727,-0.00625588;RO=0;SAF=0,5,8;SAR=4,0,60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.0961062,0,0.000954802;OID=.,.,.;OPOS=89265466,89265466,89265466;OREF=A,AC,A;OALT=C,CG,G;OMAPALT=CC,CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:8:77:76:0:0:4,5,68:3,0,73:0.0394737,0,0.960526:4,0,60:0,5,8:0:0:3,0,60:0,0,13:0:0 chr16 89291210 . G GGTGA 1089.33 PASS AF=0.811321;AO=84;DP=108;FAO=86;FDP=106;FR=.;FRO=20;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0305974;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=4;MLLD=319.816;QD=41.1068;RBI=0.0346796;REFB=-0.0339265;REVB=-0.016324;RO=21;SAF=39;SAR=45;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935913;STB=0.553598;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0043379;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.811321:84:108:86:106:20:40:46:15:5:99:21:39:45:15:6 chr16 89291213 . A G 54.91 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0753003;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1224;QD=2.17456;RBI=0.0771904;REFB=-0.0148956;REVB=-0.0169773;RO=89;SAF=7;SAR=5;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148329;STB=0.607025;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0318806;OID=.;OPOS=89291213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:103:101:89:89:12:12:0.118812:5:7:41:48:5:7:41:48 chr16 89291951 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.114;QD=60.6103;RBI=0.0435749;REFB=0;REVB=0.0185501;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70984e-05;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr16 89293271 . A C 2303.33 PASS AF=0.986486;AO=146;DP=149;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0159802;FXX=0.00671096;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.119;QD=62.252;RBI=0.0379077;REFB=0.0103584;REVB=0.0343748;RO=2;SAF=87;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255707;STB=0.501344;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-1.04827e-05;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:148:2:2:146:146:0.986486:59:87:1:1:59:87:1:1 chr16 89293614 . A G 1492.49 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=353.292;QD=58.529;RBI=0.0179016;REFB=-0.00583804;REVB=-0.00122382;RO=1;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978143;STB=0.505154;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=5.47121e-06;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:48:53:0:1:48:53:0:1 chr16 89294184 . G A 820.15 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00961014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.674;QD=55.6034;RBI=0.0227633;REFB=-0.0867164;REVB=0.0206352;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00228465;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:30:28:0:1:30:28:0:1 chr16 89294381 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.952;QD=53.9065;RBI=0.0394973;REFB=0;REVB=0.0363737;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383441;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr16 89294439 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.828;QD=42.1826;RBI=0.0622921;REFB=0;REVB=0.0146654;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172246;OID=.;OPOS=89294439;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr16 89294511 . C T 330.47 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0316056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.922;QD=50.8418;RBI=0.0526821;REFB=-0.169218;REVB=0.0421484;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044143;STB=0.52379;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00198055;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:15:10:1:0:15:10:1:0 chr16 89294697 . C T 772.65 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3038;QD=61.8119;RBI=0.0758748;REFB=0.0004617;REVB=0.0695815;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000961357;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:28:21:0:0:28:21:0:1 chr16 89299200 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.934;QD=51.9167;RBI=0.047321;REFB=0;REVB=0.0472265;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354621;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr16 89299227 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.986;QD=55.6554;RBI=0.0242046;REFB=0;REVB=0.0208209;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222297;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr16 89299280 . T A 436.32 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00856328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7828;QD=52.8871;RBI=0.0255369;REFB=-0.0852883;REVB=0.0240583;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0147222;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:32:33:0:1:31:32:0.969697:13:18:0:0:14:18:0:1 chr16 89299383 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5795;QD=33.4285;RBI=0.103418;REFB=0;REVB=-0.102752;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0100971;OID=.;OPOS=89299383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr16 89299442 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0676625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5503;QD=28.5376;RBI=0.257859;REFB=0.0100171;REVB=0.248823;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0137341;OID=.;OPOS=89299442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:1:0:3:4:1:0 chr16 89299830 . A G 43.71 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00572908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.55;QD=21.8569;RBI=0.131798;REFB=-0.190315;REVB=0.131673;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215133;STB=0.624607;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0176416;OID=.;OPOS=89299830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:0:2:3:3:0:2 chr16 89299890 . A G 117.9 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0801975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.063;QD=33.6859;RBI=0.0828869;REFB=-0.15228;REVB=0.0209429;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069361;STB=0.571312;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0268451;OID=.;OPOS=89299890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:14:14:1:2:12:12:0.857143:6:6:1:0:6:6:2:0 chr16 89299899 . A G 289.28 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.026;QD=52.5968;RBI=0.0165607;REFB=0;REVB=0.0124616;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301908;OID=.;OPOS=89299899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr16 89300015 . A G 267.9 PASS AF=0.88;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0426591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.112;QD=42.8638;RBI=0.0541723;REFB=-0.0146228;REVB=0.0333891;RO=2;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13106;STB=0.599904;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00113974;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:25:2:3:21:22:0.88:15:6:2:0:16:6:3:0 chr16 89300146 . C CG 71.12 PASS AF=1;AO=2;DP=15;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681937;FXX=0.428266;HRUN=0;LEN=1;MLLD=56.6355;QD=35.561;RBI=0.118138;REFB=0;REVB=0.096469;RO=13;SAF=2;SAR=0;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0391688;OID=.;OPOS=89300147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:15:8:8:0:6:2:0:0:3:13:2:0:9:4 chr16 89300147 . A G 128.15 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.111771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9835;QD=36.614;RBI=0.112524;REFB=-0.0909363;REVB=-0.0130006;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.526276;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0184082;OID=.;OPOS=89300147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:1:1:12:13:0.928571:4:8:1:0:4:9:1:0 chr16 89350178 . G A 566.39 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=134;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0236645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.551;QD=16.9072;RBI=0.023728;REFB=-0.0218532;REVB=-0.00173501;RO=74;SAF=33;SAR=27;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176147;STB=0.509815;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0284351;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:74:74:60:60:0.447761:27:33:42:32:27:33:42:32 chr16 89590168 . T C,TATCTC 664.21 PASS AF=0.041958,0.440559;AO=6,63;DP=148;FAO=6,63;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=3,26;FSAR=3,37;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0109733,-0.012478;FXX=0.0205465;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=166.955,256.653;QD=18.5793;RBI=0.0119078,0.0189512;REFB=-0.00221007,-0.00774324;REVB=-0.00462405,-0.0142635;RO=76;SAF=3,26;SAR=3,37;SRF=44;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.084115,-0.163122;STB=0.574756,0.590807;STBP=0.726,0.054;TYPE=snp,ins;VARB=0.0324804,0.00689139;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:148:143:76:74:6,63:6,63:0.041958,0.440559:3,37:3,26:44:32:3,37:3,26:43:31 chr16 89590243 . G A 781.89 PASS AF=0.510204;AO=75;DP=147;FAO=75;FDP=147;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.00177563;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.702;QD=21.276;RBI=0.00184554;REFB=-0.00547988;REVB=0.000503128;RO=71;SAF=26;SAR=49;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721617;STB=0.536976;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00482908;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:71:72:75:75:0.510204:49:26:30:41:49:26:30:42 chr16 89644001 . T C 1071.01 PASS AF=0.486607;AO=109;DP=222;FAO=109;FDP=224;FR=.;FRO=115;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=-0.012555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1888;QD=19.1251;RBI=0.0328433;REFB=-0.0200343;REVB=-0.0303489;RO=113;SAF=55;SAR=54;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165277;STB=0.509049;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0242793;OID=.;OPOS=89644001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:113:115:109:109:0.486607:54:55:55:58:54:55:56:59 chr16 89651175 . T C,TC 123.93 PASS AF=0.030303,0.348485;AO=4,15;DP=66;FAO=2,23;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=0,12;FSAR=2,11;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0402148,0.10802;FXX=0.0149231;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=295.701,12.5903;QD=7.51116;RBI=0.0560245,0.132144;REFB=-0.00655524,-0.0286046;REVB=-0.0390066,-0.0761161;RO=44;SAF=0,8;SAR=4,7;SRF=25;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.583597,-0.0425674;STB=0.995614,0.540948;STBP=0.102,0.613;TYPE=snp,ins;VARB=0.0876706,0.0353653;OID=.,.;OPOS=89651175,89651176;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:66:66:44:41:4,15:2,23:0.030303,0.348485:4,7:0,8:25:19:2,11:0,12:24:17 chr16 89652191 . C T 41.67 PASS AF=0.0711297;AO=16;DP=240;FAO=17;FDP=239;FR=.;FRO=222;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=74;FSRR=148;FWDB=-0.0320223;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.368;QD=0.697484;RBI=0.0334655;REFB=-0.00614561;REVB=-0.00972167;RO=205;SAF=11;SAR=5;SRF=74;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350267;STB=0.809937;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0870659;OID=.;OPOS=89652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:240:239:205:222:16:17:0.0711297:5:11:74:131:5:12:74:148 chr16 89653943 . C T 634.54 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0123777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.026;QD=21.5097;RBI=0.0138515;REFB=-0.0221472;REVB=-0.00621734;RO=55;SAF=36;SAR=27;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175288;STB=0.596124;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0271467;OID=.;OPOS=89653943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:55:63:63:0.533898:27:36:20:35:27:36:20:35 chr16 89661807 . C T 1490.08 PASS AF=0.498339;AO=150;DP=301;FAO=150;FDP=301;FR=.;FRO=151;FSAF=93;FSAR=57;FSRF=82;FSRR=69;FWDB=-0.000641333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.12;QD=19.8017;RBI=0.0645248;REFB=-0.0302765;REVB=-0.0645216;RO=150;SAF=93;SAR=57;SRF=82;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695955;STB=0.540169;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.030291;OID=.;OPOS=89661807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:150:151:150:150:0.498339:57:93:82:68:57:93:82:69 chr16 89662990 . T C 2376.85 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159157;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7786;QD=64.2393;RBI=0.0384925;REFB=0;REVB=-0.0350479;RO=0;SAF=71;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28047e-05;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:77:71:0:0:77:71:0:0 chr16 89663025 . C T 472.14 PASS AF=0.49;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0555854;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.307;QD=18.8857;RBI=0.0690937;REFB=-0.0462506;REVB=-0.041039;RO=51;SAF=22;SAR=27;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919842;STB=0.551;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0482993;OID=.;OPOS=89663025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:51:51:49:49:0.49:27:22:28:23:27:22:28:23 chr16 89704365 . G C 469.07 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0178108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.278;QD=39.0889;RBI=0.0198425;REFB=0.0348504;REVB=0.00874651;RO=12;SAF=13;SAR=23;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566349;STB=0.530596;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00224746;OID=.;OPOS=89704365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:12:12:36:36:0.75:23:13:3:9:23:13:3:9 chr16 89712374 . A C 424.44 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0120086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.25;QD=18.8641;RBI=0.0175482;REFB=-0.0214947;REVB=-0.0127958;RO=46;SAF=24;SAR=19;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944976;STB=0.558113;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0358239;OID=.;OPOS=89712374;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:19:24:21:25:19:24:21:26 chr16 89712375 . GCCCCG CGCCCG,GCCCCA 441.62 PASS AF=0,0.505747;AO=4,40;DP=88;FAO=0,44;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=0,24;FSAR=0,20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0375738,-0.0112835;FXX=0.0113623;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=51.0689,135.62;QD=20.3045;RBI=0.230779,0.0605475;REFB=-0.0321969,-0.0232605;REVB=-0.227699,0.0594868;RO=24;SAF=0,23;SAR=4,17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.661284,-0.00585686;STB=0.5,0.562472;STBP=1,0.27;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0198249;OID=.,.;OPOS=89712375,89712380;OREF=GC,G;OALT=CG,A;OMAPALT=CGCCCG,GCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:88:87:24:43:4,40:0,44:0,0.505747:4,17:0,23:14:10:0,20:0,24:18:25 chr16 89713563 . C G 823.49 PASS AF=0.55;AO=77;DP=140;FAO=77;FDP=140;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.056325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.512;QD=23.5282;RBI=0.0573924;REFB=-0.0316577;REVB=-0.0110174;RO=63;SAF=33;SAR=44;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920008;STB=0.550295;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0238845;OID=.;OPOS=89713563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:63:63:77:77:0.55:44:33:34:29:44:33:34:29 chr16 89724313 . C G 548.32 PASS AF=0.333333;AO=48;DP=187;FAO=63;FDP=189;FR=.,HEALED;FRO=120;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=71;FWDB=-0.00288086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.008;QD=11.6046;RBI=0.0225156;REFB=-0.0131992;REVB=0.0223305;RO=109;SAF=30;SAR=18;SRF=40;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300868;STB=0.575326;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0301289;OID=.;OPOS=89724313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:109:120:48:63:0.333333:18:30:40:69:30:33:49:71 chr16 89762432 . C G 545.41 PASS AF=0.41989;AO=51;DP=185;FAO=76;FDP=181;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.00689863;FXX=0.0320838;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.652;QD=12.0532;RBI=0.0271243;REFB=-0.0151352;REVB=-0.0262323;RO=68;SAF=22;SAR=29;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509331;STB=0.520193;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0315271;OID=.;OPOS=89762432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:181:68:105:51:76:0.41989:29:22:29:39:41:35:52:53 chr16 89764549 . G A 277.68 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00291127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.588;QD=20.5687;RBI=0.00980042;REFB=-0.0305342;REVB=0.00935803;RO=22;SAF=10;SAR=19;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161163;STB=0.512812;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0258015;OID=.;OPOS=89764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:25:29:29:0.537037:19:10:8:14:19:10:8:17 chr16 89777761 . C T 578.64 PASS AF=0.483871;AO=59;DP=123;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0071778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.399;QD=18.6658;RBI=0.00752524;REFB=-0.017179;REVB=0.00226021;RO=64;SAF=20;SAR=39;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529809;STB=0.532533;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0149791;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:64:64:59:60:0.483871:39:20:25:39:40:20:25:39 chr16 89782989 . A G 302.15 PASS AF=0.441558;AO=32;DP=73;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0950506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.066;QD=15.6959;RBI=0.120244;REFB=-0.0325185;REVB=-0.0736481;RO=41;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186788;STB=0.581881;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0359428;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:41:43:32:34:0.441558:12:20:18:23:14:20:19:24 chr16 89783187 . C T 1879.69 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7671;QD=61.1282;RBI=0.0505328;REFB=0;REVB=0.0239151;RO=0;SAF=48;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74065e-05;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:123:0:0:121:123:1:73:48:0:0:74:49:0:0 chr16 89784065 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0121486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.13;QD=13.5055;RBI=0.0149355;REFB=0.00640608;REVB=0.00868797;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353727;STB=0.708727;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00979062;OID=.;OPOS=89784065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:9:3:10:7:9:3:10:7 chr16 89785603 . A C 515.69 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0153867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9793;QD=20.0266;RBI=0.0581476;REFB=0.000308261;REVB=-0.0560749;RO=49;SAF=22;SAR=31;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839235;STB=0.541821;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.000672215;OID=.;OPOS=89785603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:50:53:53:0.514563:31:22:25:24:31:22:25:25 chr16 89789898 . T C 1032.16 PASS AF=0.441406;AO=112;DP=255;FAO=113;FDP=256;FR=.;FRO=143;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=66;FSRR=77;FWDB=-0.0559749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3063;QD=16.1275;RBI=0.0569492;REFB=-0.00169921;REVB=-0.0104894;RO=142;SAF=55;SAR=57;SRF=66;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264909;STB=0.514087;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00250549;OID=.;OPOS=89789898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:256:142:143:112:113:0.441406:57:55:66:76:58:55:66:77 chr16 89799950 . C T 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00842611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8496;QD=18.0732;RBI=0.027381;REFB=0.0124573;REVB=0.0260523;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430646;STB=0.52406;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00983547;OID=.;OPOS=89799950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:17:13:12:19:17:13:12:19 chr16 89805914 . T C 838.35 PASS AF=0.521739;AO=83;DP=160;FAO=84;FDP=161;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.0286507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2211;QD=20.8285;RBI=0.0288201;REFB=-0.0220107;REVB=0.00311975;RO=76;SAF=40;SAR=43;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111208;STB=0.554219;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.012632;OID=.;OPOS=89805914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:76:77:83:84:0.521739:43:40:27:49:44:40:28:49 chr16 89806343 . C A 316.78 PASS AF=0.421687;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00458495;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.999;QD=15.2664;RBI=0.0123972;REFB=-0.00963231;REVB=-0.0115182;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430509;STB=0.515853;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0126705;OID=.;OPOS=89806343;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:34:35:0.421687:17:17:22:26:18:17:22:26 chr16 89806347 . A T 1320.98 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.505;QD=62.1636;RBI=0.00879016;REFB=0;REVB=0.00787867;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09278e-05;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:44:40:0:0:45:40:0:0 chr16 89807233 . C G 444.77 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0378238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.576;QD=17.9706;RBI=0.0462021;REFB=-0.0211061;REVB=-0.0265329;RO=53;SAF=23;SAR=22;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166626;STB=0.514151;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.02411;OID=.;OPOS=89807233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:22:23:28:25:22:23:29:25 chr16 89809319 . T C 305.91 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=0;FSRF=23;FSRR=0;FWDB=0.00780524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4057;QD=22.6597;RBI=0.00780524;REFB=-0.0335389;REVB=0;RO=21;SAF=31;SAR=0;SRF=21;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178571;OID=.;OPOS=89809319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:21:23:31:31:0.574074:0:31:21:0:0:31:23:0 chr16 89825065 . G A 521.75 PASS AF=0.528846;AO=46;DP=98;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00673886;FXX=0.0280348;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7642;QD=20.0673;RBI=0.0727843;REFB=-0.0459449;REVB=0.0724716;RO=49;SAF=35;SAR=11;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267549;STB=0.562021;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0308355;OID=.;OPOS=89825065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:104:49:49:46:55:0.528846:11:35:25:24:20:35:25:24 chr16 89828437 . A G 433.3 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0321354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.413;QD=20.6332;RBI=0.0321988;REFB=-0.0420258;REVB=-0.00202031;RO=41;SAF=20;SAR=23;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200612;STB=0.511106;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0387219;OID=.;OPOS=89828437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:23:20:20:21:23:20:20:21 chr16 89836323 . C T 1208.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.142;QD=61.2119;RBI=0.0429847;REFB=0;REVB=0.0407187;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17689e-05;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr16 89839766 . G C 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0155445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.546;QD=18.7957;RBI=0.0155532;REFB=-0.00082482;REVB=-0.000519707;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13982;STB=0.578881;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000837526;OID=.;OPOS=89839766;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:9:18:12:11:9:18 chr16 89845194 . A G 739.73 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.457;QD=54.7948;RBI=0.051873;REFB=-0.160553;REVB=-0.0484337;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159704;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000823902;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:24:29:1:0:24:29:1:0 chr16 89849480 . C T 692.1 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0570576;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.594;QD=49.4355;RBI=0.0582105;REFB=-0.0213827;REVB=0.0115277;RO=4;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648251;STB=0.53447;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000378501;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:57:56:4:4:52:52:0.928571:27:25:0:4:27:25:0:4 chr16 89857935 . G A 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.0139778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.894;QD=10.3429;RBI=0.0197379;REFB=0.000746023;REVB=-0.0139357;RO=40;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876464;STB=0.534852;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00355235;OID=.;OPOS=89857935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:41:21:21:0.33871:15:6:9:31:15:6:10:31 chr16 89858417 . C A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00900824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.218;QD=18.9665;RBI=0.0126552;REFB=-0.00944848;REVB=0.00888855;RO=25;SAF=5;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377967;STB=0.715581;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00903042;OID=.;OPOS=89858417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:17:5:15:10:17:5:15:10 chr16 89866043 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9356;QD=64.4153;RBI=0.0978637;REFB=0;REVB=0.0761762;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173574;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr16 89986154 . G A 369.59 PASS AF=0.596774;AO=36;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0343337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.334;QD=23.8442;RBI=0.0612606;REFB=-0.0225264;REVB=0.0507352;RO=26;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2081;STB=0.59891;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00945906;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:25:36:37:0.596774:21:15:18:8:21:16:17:8 chr16 90037828 . G A 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0180415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9174;QD=59.0421;RBI=0.0261705;REFB=0.0089849;REVB=-0.0189578;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000975165;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:1:0:18:23:1:0 chr16 90038786 . C A 2335.53 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.067;QD=61.0596;RBI=0.00285902;REFB=0;REVB=0.00230942;RO=0;SAF=69;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81783e-06;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:84:69:0:0:84:69:0:0 chr16 90095484 . C T 733.64 PASS AF=0.375546;AO=86;DP=229;FAO=86;FDP=229;FR=.;FRO=143;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=66;FSRR=77;FWDB=-0.0193252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.209;QD=12.8147;RBI=0.0197279;REFB=-0.0171398;REVB=-0.00396555;RO=141;SAF=34;SAR=52;SRF=65;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740911;STB=0.542448;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0296944;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:141:143:86:86:0.375546:52:34:65:76:52:34:66:77 chr16 90095561 . C T 355.31 PASS AF=0.580645;AO=33;DP=68;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.065496;FXX=0.101435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.681;QD=22.9234;RBI=0.0656544;REFB=-0.013392;REVB=0.00455892;RO=25;SAF=9;SAR=24;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820653;STB=0.519739;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0133117;OID=.;OPOS=90095561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:62:25:26:33:36:0.580645:24:9:9:16:25:11:9:17 chr16 90095596 . AT GC 38.62 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0581873;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.808;QD=9.08708;RBI=0.0683186;REFB=-0.00519871;REVB=-0.0358003;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.698104;STB=0.876102;STBP=0.059;TYPE=mnp;VARB=0.0115903;OID=.;OPOS=90095596;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:9:11:6:6:0.352941:1:5:0:9:1:5:2:9 chr16 90096003 . C G 755.76 PASS AF=0.581967;AO=71;DP=122;FAO=71;FDP=122;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00874605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.67;QD=24.7791;RBI=0.0155509;REFB=-0.0149506;REVB=-0.0128583;RO=51;SAF=33;SAR=38;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106579;STB=0.505804;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00894182;OID=.;OPOS=90096003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:51:51:71:71:0.581967:38:33:23:28:38:33:23:28 chr16 90096052 . CCTT C 443.55 PASS AF=0.396907;AO=76;DP=205;FAO=77;FDP=194;FR=.;FRO=117;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=70;FWDB=0.00238096;FXX=0.0536559;HRUN=2;LEN=3;MLLD=205.801;QD=9.14526;RBI=0.0245265;REFB=-0.0251582;REVB=-0.0244107;RO=115;SAF=29;SAR=47;SRF=46;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207622;STB=0.515979;STBP=0.718;TYPE=del;VARB=0.0368642;OID=.;OPOS=90096053;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396907:76:205:77:194:117:29:48:47:70:99:115:29:47:46:69 chr16 90096067 . G A 1239.59 PASS AF=0.548387;AO=117;DP=217;FAO=119;FDP=217;FR=.;FRO=98;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=0.0342197;FXX=0.0136357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.474;QD=22.8496;RBI=0.0430468;REFB=-0.00689772;REVB=0.0261159;RO=93;SAF=46;SAR=71;SRF=36;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00517803;STB=0.500571;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00460524;OID=.;OPOS=90096067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:93:98:117:119:0.548387:71:46:36:57:73:46:38:60 chr16 90097748 . C T 239.73 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00449603;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.021;QD=19.9771;RBI=0.0141558;REFB=-0.034701;REVB=0.0134228;RO=24;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252528;STB=0.652042;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0321852;OID=.;OPOS=90097748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:25:23:23:0.479167:8:15:9:15:8:15:9:16 chr16 90099244 . G C 68.07 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0305522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9337;QD=14.3307;RBI=0.0357728;REFB=-0.0147206;REVB=0.0186079;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15627;STB=0.592381;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0196578;OID=.;OPOS=90099244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:5:5:6:3:5:5 chr16 90109711 . A G 146.29 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0831176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1542;QD=16.7193;RBI=0.0941836;REFB=0.0221968;REVB=-0.0442948;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514284;STB=0.529376;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0319226;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:12:4:4:15:12:4:4:15 chr16 90110027 . G A 403.82 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00138265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.919;QD=22.1269;RBI=0.00942716;REFB=-0.019536;REVB=0.00932521;RO=33;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376139;STB=0.502074;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0126418;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:18:22:18:15:18:22:18:15 chr16 90110284 . G A 311.59 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00273002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.348;QD=16.3995;RBI=0.00349067;REFB=-0.0247945;REVB=0.00217526;RO=41;SAF=9;SAR=25;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342559;STB=0.514697;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0238161;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:42:34:34:0.447368:25:9:12:29:25:9:12:30 chr16 90110289 . C A 296.67 PASS AF=0.492308;AO=29;DP=62;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0142741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.025;QD=18.2568;RBI=0.033102;REFB=-0.0191747;REVB=0.0298663;RO=33;SAF=7;SAR=22;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110481;STB=0.577612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0196461;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:33:33:29:32:0.492308:22:7:11:22:25:7:11:22 chr16 90141355 . A C 2273.78 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5908;QD=63.6021;RBI=0.0604219;REFB=0;REVB=-0.0600388;RO=0;SAF=59;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134121;OID=.;OPOS=90141355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:84:59:0:0:84:59:0:0 chr16 90160829 . G A 482.07 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0533763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5938;QD=20.7343;RBI=0.0634488;REFB=-0.0291009;REVB=0.0343034;RO=46;SAF=24;SAR=23;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992545;STB=0.505492;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0291957;OID=.;OPOS=90160829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:23:24:24:22:23:24:24:22 chr16 90160953 . T C 119.54 PASS AF=0.253333;AO=13;DP=69;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0235127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.979;QD=6.37571;RBI=0.0244531;REFB=-0.022762;REVB=0.00671615;RO=56;SAF=3;SAR=10;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210678;STB=0.597592;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.060621;OID=.;OPOS=90160953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:75:56:56:13:19:0.253333:10:3:21:35:14:5:21:35 chr16 90161003 . C CG,CGG 317.96 PASS AF=0,0.398649;AO=15,40;DP=148;FAO=0,59;FDP=148;FR=.;FRO=89;FSAF=0,31;FSAR=0,28;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.181426,-0.0960587;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=15.7207,25.9306;QD=8.59339;RBI=0.285901,0.150802;REFB=-0.0183557,-0.00963038;REVB=0.220961,0.11625;RO=77;SAF=4,24;SAR=11,16;SRF=33;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.220557,0.194799;STB=0.5,0.579017;STBP=1,0.13;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0335232,0.0179874;OID=.,.;OPOS=90161004,90161004;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.398649:15,40:148:0,59:148:89:0,31:0,28:35:54:99:77:4,24:11,16:33:44 chr16 90161065 . A T 495.29 PASS AF=0.37037;AO=60;DP=158;FAO=60;FDP=162;FR=.;FRO=102;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.0377819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8534;QD=12.2295;RBI=0.0537658;REFB=-0.0178771;REVB=-0.038253;RO=98;SAF=35;SAR=25;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147061;STB=0.595255;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0423187;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:162:98:102:60:60:0.37037:25:35:44:54:25:35:44:58 chr16 90232832 . A C 474.19 PASS AF=0.266409;AO=69;DP=259;FAO=69;FDP=259;FR=.;FRO=190;FSAF=55;FSAR=14;FSRF=140;FSRR=50;FWDB=-0.0164176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.85;QD=7.32332;RBI=0.0330262;REFB=-0.0132753;REVB=-0.0286565;RO=188;SAF=55;SAR=14;SRF=138;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110186;STB=0.563181;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.039792;OID=.;OPOS=90232832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:188:190:69:69:0.266409:14:55:138:50:14:55:140:50 chr16 90232893 . C A 782.39 PASS AF=0.368421;AO=87;DP=242;FAO=91;FDP=247;FR=.;FRO=156;FSAF=69;FSAR=22;FSRF=116;FSRR=40;FWDB=0.0967459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2049;QD=12.6702;RBI=0.112335;REFB=-0.0223914;REVB=0.0570914;RO=154;SAF=65;SAR=22;SRF=114;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010163;STB=0.512455;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0408271;OID=.;OPOS=90232893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:247:154:156:87:91:0.368421:22:65:114:40:22:69:116:40 chr17 6115 . G C 2849.71 PASS AF=0.994536;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.425;QD=62.2888;RBI=0.0449029;REFB=-0.0337809;REVB=0.0392731;RO=1;SAF=82;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473735;STB=0.502487;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=7.47543e-05;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:183:1:1:182:182:0.994536:100:82:0:1:100:82:0:1 chr17 6157 . A G 1861.93 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244323;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.195;QD=61.5514;RBI=0.038191;REFB=0;REVB=0.0293533;RO=0;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79749e-05;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:67:53:0:0:68:53:0:0 chr17 171098 . T G 625.63 PASS AF=0.361905;AO=76;DP=210;FAO=76;FDP=210;FR=.;FRO=134;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=76;FSRR=58;FWDB=-0.00518221;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.498;QD=11.9167;RBI=0.0147878;REFB=-0.0192646;REVB=-0.0138501;RO=133;SAF=44;SAR=32;SRF=75;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172226;STB=0.50769;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0343068;OID=.;OPOS=171098;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:133:134:76:76:0.361905:32:44:75:58:32:44:76:58 chr17 171137 . C A 589.56 PASS AF=0.352657;AO=73;DP=207;FAO=73;FDP=207;FR=.;FRO=134;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=64;FSRR=70;FWDB=0.0203203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.384;QD=11.3925;RBI=0.0233808;REFB=-0.00620946;REVB=0.0115648;RO=123;SAF=40;SAR=33;SRF=60;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667248;STB=0.545538;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0157918;OID=.;OPOS=171137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:123:134:73:73:0.352657:33:40:60:63:33:40:64:70 chr17 181474 . T C 1178.97 PASS AF=0.441696;AO=126;DP=281;FAO=125;FDP=283;FR=.;FRO=158;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=74;FSRR=84;FWDB=-0.0268153;FXX=0.003521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.101;QD=16.6639;RBI=0.0392662;REFB=-0.0085178;REVB=-0.028684;RO=153;SAF=70;SAR=56;SRF=72;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843241;STB=0.551267;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00771057;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:283:153:158:126:125:0.441696:56:70:72:81:55:70:74:84 chr17 260142 . G T 39.04 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0283983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8043;QD=12.011;RBI=0.0589174;REFB=0.0468538;REVB=0.0516217;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160904;STB=0.599629;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0458082;OID=.;OPOS=260142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:2:5:5:1:2:5 chr17 292759 . C T 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.072144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.202;QD=16.8239;RBI=0.0751944;REFB=-0.00743412;REVB=0.0212003;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211651;STB=0.620578;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0120065;OID=.;OPOS=292759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:10:18:9:12:10:18 chr17 505129 . A C 866.23 PASS AF=0.453659;AO=93;DP=209;FAO=93;FDP=205;FR=.;FRO=112;FSAF=28;FSAR=65;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.0397841;FXX=0.0191378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.736;QD=16.9021;RBI=0.0425136;REFB=-0.0160747;REVB=-0.0149876;RO=106;SAF=28;SAR=65;SRF=44;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122942;STB=0.587738;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0162352;OID=.;OPOS=505129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:205:106:112:93:93:0.453659:65:28:44:62:65:28:50:62 chr17 636266 . A AGGGCC,C 317.79 PASS AF=0.692308,0.0512821;AO=23,2;DP=40;FAO=27,2;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=15,0;FSAR=12,2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0340441,-0.0118836;FXX=0.0249938;HRUN=3,2;LEN=5,1;MLLD=176.618,49.4123;QD=32.5936;RBI=0.0349085,0.0276931;REFB=-0.0166839,-0.0683352;REVB=0.00772056,0.0250137;RO=12;SAF=13,0;SAR=10,2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119203,-0.671794;STB=0.539848,0.995847;STBP=0.457,0.099;TYPE=ins,snp;VARB=0.0125642,0.00824775;OID=.,.;OPOS=636267,636266;OREF=-,A;OALT=GGGCC,C;OMAPALT=AGGGCC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:40:39:12:10:23,2:27,2:0.692308,0.0512821:10,2:13,0:9:3:12,2:15,0:7:3 chr17 636320 . T TCTC 521.73 PASS AF=0.396104;AO=60;DP=159;FAO=61;FDP=154;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.0330347;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.774;QD=13.5515;RBI=0.0338558;REFB=-0.0390403;REVB=0.00741128;RO=98;SAF=25;SAR=35;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103184;STB=0.535203;STBP=0.508;TYPE=ins;VARB=0.0564433;OID=.;OPOS=636321;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396104:60:159:61:154:93:26:35:45:48:99:98:25:35:50:48 chr17 644986 . A C 665.14 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.00883338;FXX=0.0151504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.023;QD=20.4657;RBI=0.00934089;REFB=-0.00707934;REVB=0.00303704;RO=64;SAF=32;SAR=34;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846007;STB=0.546547;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00672511;OID=.;OPOS=644986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:64:64:66:66:0.507692:34:32:25:39:34:32:25:39 chr17 648157 . G A 315.65 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0161819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.122;QD=17.5361;RBI=0.0620821;REFB=-0.0104046;REVB=0.0599361;RO=37;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225894;STB=0.521391;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0136571;OID=.;OPOS=648157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:38:34:34:0.472222:21:13:15:22:21:13:16:22 chr17 648186 . GC AT 509.84 PASS AF=0.5;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00232628;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.796;QD=20.8097;RBI=0.072528;REFB=0.0174977;REVB=0.0724906;RO=49;SAF=23;SAR=26;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932213;STB=0.551515;STBP=0.323;TYPE=mnp;VARB=-0.0119407;OID=.;OPOS=648186;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:49:49:49:49:0.5:26:23:18:31:26:23:18:31 chr17 648498 . C T 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.591;QD=62.9783;RBI=0.014088;REFB=0;REVB=0.00278447;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36301e-05;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr17 649232 . C T 383.21 PASS AF=0.389831;AO=45;DP=117;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=-0.0159134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.49;QD=12.9901;RBI=0.0162703;REFB=-0.00554818;REVB=0.00338928;RO=71;SAF=20;SAR=25;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118366;STB=0.567965;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0120378;OID=.;OPOS=649232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:71:72:45:46:0.389831:25:20:24:47:25:21:25:47 chr17 649505 . T A 307.55 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0123733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.619;QD=34.1719;RBI=0.0137225;REFB=-0.0519702;REVB=-0.00593377;RO=10;SAF=8;SAR=18;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661937;STB=0.536056;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0161395;OID=.;OPOS=649505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:18:8:2:8:18:8:2:8 chr17 649547 . G C 94.89 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.000179299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6335;QD=11.1633;RBI=0.115007;REFB=-0.0380256;REVB=0.115007;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064554;STB=0.554364;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0747545;OID=.;OPOS=649547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:21:22:12:12:0.352941:7:5:10:11:7:5:11:11 chr17 649935 . G C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3053;QD=57.3856;RBI=0.0550523;REFB=0;REVB=-0.0548857;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000406886;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr17 650206 . C T 275.66 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00609167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5072;QD=25.6431;RBI=0.0251765;REFB=-0.0110646;REVB=0.0244284;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322235;STB=0.525308;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0100491;OID=.;OPOS=650206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:18:24:25:0.581395:13:11:9:9:14:11:9:9 chr17 685640 . G T 588.52 PASS AF=0.531532;AO=60;DP=112;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0401567;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0543;QD=21.2079;RBI=0.0675637;REFB=-0.00592407;REVB=0.054335;RO=51;SAF=22;SAR=38;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140413;STB=0.588465;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00591088;OID=.;OPOS=685640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:51:52:60:59:0.531532:38:22:27:24:38:21:28:24 chr17 685752 . G A 424.8 PASS AF=0.367647;AO=50;DP=136;FAO=50;FDP=136;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.0614312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0961;QD=12.4941;RBI=0.0925361;REFB=-0.00125634;REVB=0.0692036;RO=86;SAF=27;SAR=23;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186617;STB=0.510634;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00352435;OID=.;OPOS=685752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:86:86:50:50:0.367647:23:27:45:41:23:27:45:41 chr17 704017 . A G 935.51 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9712;QD=58.4693;RBI=0.0600338;REFB=0;REVB=-0.0382578;RO=0;SAF=52;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14192e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000771069;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:12:52:0:0:12:52:0:0 chr17 704042 . T G 262.68 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=7;FWDB=0.0248471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8509;QD=15.0104;RBI=0.0792791;REFB=-0.00331519;REVB=-0.0752847;RO=40;SAF=23;SAR=7;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871387;STB=0.548989;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00422296;OID=.;OPOS=704042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:7:23:33:7:7:23:33:7 chr17 767307 . AGGGG AGGGA,AGGG 32.44 PASS AF=0.0151515,0.136364;AO=3,14;DP=66;FAO=1,9;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=0,1;FSAR=1,8;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0543692,0.0037945;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=91.8921,15.0539;QD=1.96593;RBI=0.0855967,0.125888;REFB=-0.00105729,-0.0454898;REVB=-0.0661119,-0.12583;RO=49;SAF=0,1;SAR=3,13;SRF=24;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.468352,-0.606009;STB=0.98867,0.83248;STBP=0.462,0.065;TYPE=snp,del;VARB=0.0898308,0.0565961;OID=.,.;OPOS=767311,767308;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGGGA,AGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0151515,0.136364:3,14:66:1,9:66:56:0,1:1,8:24:32:27:49:0,1:3,13:24:25 chr17 908502 . A G 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0470096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3666;QD=57.3925;RBI=0.0596935;REFB=-0.043748;REVB=-0.0367887;RO=1;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170335;STB=0.509086;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-4.90531e-05;OID=.;OPOS=908502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:27:10:0:1:27:10:0:1 chr17 908529 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.495;QD=51.9166;RBI=0.0481479;REFB=0;REVB=0.0105387;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588374;OID=.;OPOS=908529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr17 970413 . C T 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.895;QD=60.2255;RBI=0.0549878;REFB=0;REVB=0.0488854;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144547;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr17 1183354 . T C 1105.1 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110929;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4497;QD=60.5532;RBI=0.121389;REFB=0;REVB=-0.0492966;RO=2;SAF=28;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00619769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121933;OID=.;OPOS=1183354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:2:0:73:73:1:45:28:1:1:45:28:0:0 chr17 1183464 . A G 2331.46 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.05;QD=63.8755;RBI=0.0372581;REFB=0;REVB=-0.0357642;RO=0;SAF=88;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66173e-05;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:58:88:0:0:58:88:0:0 chr17 1201721 . C T 490.12 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0392988;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.319;QD=56.0134;RBI=0.0506378;REFB=-0.02542;REVB=0.0319343;RO=1;SAF=11;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406014;STB=0.521726;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000261689;OID=.;OPOS=1201721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:23:11:1:0:23:11:1:0 chr17 1209700 . A G 38.83 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00482338;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=132.216;QD=11.9484;RBI=0.0225322;REFB=-0.0338157;REVB=-0.0220099;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429211;STB=0.69176;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.020336;OID=.;OPOS=1209700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:5:6:0.461538:3:2:0:6:3:3:1:6 chr17 1209747 . A G 55.19 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0147278;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.667;QD=8.49127;RBI=0.0256466;REFB=0.00739573;REVB=0.0209962;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401836;STB=0.749375;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0074151;OID=.;OPOS=1209747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:27:26:18:18:8:8:0.307692:2:6:7:11:2:6:7:11 chr17 1373612 . C T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0252591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.191;QD=23.5283;RBI=0.0267094;REFB=0.00656259;REVB=-0.00868154;RO=14;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343833;STB=0.545407;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00253976;OID=.;OPOS=1373612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:5:15:10:4:5:15:10:5 chr17 1384066 . A G 1158.01 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177932;FXX=0.0602337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.589;QD=59.3852;RBI=0.0180547;REFB=0;REVB=0.0030619;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139014;OID=.;OPOS=1384066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:72:78:1:25:47:0:0:30:48:0:0 chr17 1384067 . C G 45.67 PASS AF=0.119048;AO=7;DP=81;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=0.00944467;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=61.611;QD=2.17457;RBI=0.0185408;REFB=0.00120973;REVB=0.015955;RO=74;SAF=3;SAR=4;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230184;STB=0.698267;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.000704914;OID=.;OPOS=1384067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:81:84:74:74:7:10:0.119048:4:3:47:27:6:4:47:27 chr17 1387484 . G A 879.8 PASS AF=0.494444;AO=85;DP=177;FAO=89;FDP=180;FR=.;FRO=91;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.00641979;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.108;QD=19.551;RBI=0.0139803;REFB=-0.0143992;REVB=0.0124191;RO=74;SAF=48;SAR=37;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377589;STB=0.528461;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.014869;OID=.;OPOS=1387484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:180:74:91:85:89:0.494444:37:48:45:29:40:49:45:46 chr17 1424948 . A G 423.76 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0109404;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=228.098;QD=16.1431;RBI=0.0114608;REFB=-0.00258748;REVB=-0.00341424;RO=58;SAF=16;SAR=31;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420492;STB=0.523545;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00211009;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:31:16:22:36:31:16:22:36 chr17 1489076 . G A 501.4 PASS AF=0.569767;AO=46;DP=85;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0108146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.5381;QD=23.3207;RBI=0.0131216;REFB=-0.0553343;REVB=-0.00743104;RO=29;SAF=23;SAR=23;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855599;STB=0.5306;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0366315;OID=.;OPOS=1489076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:29:37:46:49:0.569767:23:23:18:11:26:23:20:17 chr17 1489088 . C G 1409.26 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.566;QD=62.6339;RBI=0.0245329;REFB=0;REVB=-0.00702578;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24389e-05;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:46:43:0:0:46:44:0:0 chr17 1516480 . T C 1834.78 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656926;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.97;QD=61.1593;RBI=0.066415;REFB=0;REVB=0.00976875;RO=0;SAF=41;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123935;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:120:0:0:114:120:1:73:41:0:0:74:46:0:0 chr17 1538546 . C T 4913.25 PASS AF=0.987539;AO=315;DP=323;FAO=317;FDP=321;FR=.;FRO=4;FSAF=138;FSAR=179;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0102408;FXX=0.00619176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.59;QD=61.2242;RBI=0.0446789;REFB=-0.0554302;REVB=0.0434894;RO=4;SAF=137;SAR=178;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00765663;STB=0.503983;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000888806;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:323:321:4:4:315:317:0.987539:178:137:3:1:179:138:3:1 chr17 1538628 . C G 3865.87 PASS AF=1;AO=249;DP=251;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296931;FXX=0.00793619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.102;QD=61.8539;RBI=0.0335825;REFB=-0.107036;REVB=-0.0156876;RO=1;SAF=129;SAR=120;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368088;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95951e-05;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:251:250:1:0:249:250:1:120:129:1:0:121:129:0:0 chr17 1542153 . G A 1215.13 PASS AF=0.903226;AO=84;DP=93;FAO=84;FDP=93;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0192046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9718;QD=52.2636;RBI=0.0294273;REFB=-0.0470373;REVB=-0.0222969;RO=8;SAF=36;SAR=48;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119471;STB=0.512497;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.018759;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:93:93:8:9:84:84:0.903226:48:36:4:4:48:36:5:4 chr17 1542190 . G A 874.61 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145865;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.093;QD=58.3072;RBI=0.0272476;REFB=0;REVB=0.0230144;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26767e-05;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr17 1611433 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00732787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.447;QD=35.5759;RBI=0.0168113;REFB=0;REVB=-0.0151302;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294136;OID=.;OPOS=1611433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr17 1630208 . C T 552.3 PASS AF=0.410959;AO=60;DP=146;FAO=60;FDP=146;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0114136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.778;QD=15.1316;RBI=0.0169545;REFB=-0.0181177;REVB=0.0125374;RO=84;SAF=17;SAR=43;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24295;STB=0.63825;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0207081;OID=.;OPOS=1630208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:84:86:60:60:0.410959:43:17:42:42:43:17:43:43 chr17 1630395 . T C 541.95 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0145073;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.418;QD=22.1205;RBI=0.0289157;REFB=-0.00434159;REVB=0.0250131;RO=47;SAF=18;SAR=33;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24946;STB=0.637627;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00178121;OID=.;OPOS=1630395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:47:47:51:51:0.520408:33:18:30:17:33:18:30:17 chr17 1630584 . A G 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.037843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.664;QD=10.81;RBI=0.0379413;REFB=-0.0205553;REVB=-0.00272839;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10274;STB=0.559939;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0344814;OID=.;OPOS=1630584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:11:8:12:24:11:8:12:24 chr17 1636934 . A G 1399.31 PASS AF=0.548117;AO=130;DP=237;FAO=131;FDP=239;FR=.;FRO=108;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=71;FSRR=37;FWDB=-0.0182502;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.649;QD=23.4194;RBI=0.018426;REFB=-0.0255713;REVB=-0.00253861;RO=107;SAF=62;SAR=68;SRF=71;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154109;STB=0.579374;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0245414;OID=.;OPOS=1636934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:107:108:130:131:0.548117:68:62:71:36:68:63:71:37 chr17 1637074 . A G 3541.23 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.521;QD=62.6767;RBI=0.0385534;REFB=0;REVB=-0.0328298;RO=0;SAF=136;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50143e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08868e-05;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:226:0:0:225:226:1:89:136:0:0:90:136:0:0 chr17 1637302 . A G 2912.75 PASS AF=0.989362;AO=185;DP=187;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0401924;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1601;QD=61.9735;RBI=0.0435833;REFB=0.107879;REVB=-0.0168546;RO=2;SAF=98;SAR=87;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108184;STB=0.505681;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00122643;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:188:2:2:185:186:0.989362:87:98:0:2:87:99:0:2 chr17 1639458 . A G 576.56 PASS AF=0.424837;AO=65;DP=149;FAO=65;FDP=153;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=0.0121178;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6005;QD=15.0735;RBI=0.051225;REFB=-0.00399926;REVB=-0.0497711;RO=84;SAF=34;SAR=31;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855519;STB=0.532636;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0067439;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:153:84:88:65:65:0.424837:31:34:51:33:31:34:51:37 chr17 1673276 . C T 839.42 PASS AF=0.446701;AO=88;DP=197;FAO=88;FDP=197;FR=.;FRO=109;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=0.0610673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.723;QD=17.0441;RBI=0.0628364;REFB=-0.0278884;REVB=0.014805;RO=107;SAF=43;SAR=45;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158563;STB=0.513897;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0311382;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:107:109:88:88:0.446701:45:43:54:53:45:43:56:53 chr17 1674429 . T C 403.12 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00923695;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.179;QD=16.6235;RBI=0.0178492;REFB=0.00215631;REVB=-0.0152733;RO=56;SAF=24;SAR=18;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197578;STB=0.616225;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00246312;OID=.;OPOS=1674429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:56:55:42:42:0.43299:18:24:21:35:18:24:20:35 chr17 1680002 . T C 542.16 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154434;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2847;QD=60.2395;RBI=0.0303177;REFB=0;REVB=-0.0260895;RO=0;SAF=30;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534074;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:6:30:0:0:6:30:0:0 chr17 1684605 . G T 499.3 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0192453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=346.023;QD=21.475;RBI=0.019961;REFB=-0.0132638;REVB=-0.00529707;RO=44;SAF=26;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330589;STB=0.506772;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0106643;OID=.;OPOS=1684605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:45:48:48:0.516129:22:26:24:20:22:26:25:20 chr17 1686410 . T C 1396.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.404;QD=62.7607;RBI=0.0353564;REFB=0;REVB=0.0114824;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31438e-05;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr17 1690752 . G A 3040.05 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047142;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4605;QD=63.6659;RBI=0.0800599;REFB=0;REVB=0.0647087;RO=0;SAF=78;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103339;OID=.;OPOS=1690752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:191:0:0:191:191:1:113:78:0:0:113:78:0:0 chr17 1782957 . C T 1485.8 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0104834;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.39;QD=61.2702;RBI=0.0319652;REFB=-0.040593;REVB=0.0301972;RO=2;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242997;STB=0.512818;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00067458;OID=.;OPOS=1782957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:97:2:2:95:95:0.979381:38:57:0:2:38:57:0:2 chr17 1801144 . C T 2391.49 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=160;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111841;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.184;QD=60.544;RBI=0.0212587;REFB=-0.0640627;REVB=0.0180789;RO=0;SAF=72;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44759e-08;STB=0.502924;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-1.92404e-06;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:158:0:1:157:157:0.993671:85:72:0:0:85:72:0:1 chr17 1838107 . G A 370.45 PASS AF=0.324324;AO=47;DP=156;FAO=48;FDP=148;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.00618739;FXX=0.0512788;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.568;QD=10.0123;RBI=0.012732;REFB=-0.0138388;REVB=-0.0111275;RO=96;SAF=30;SAR=17;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256222;STB=0.643754;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0256439;OID=.;OPOS=1838107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:148:96:100:47:48:0.324324:17:30:40:56:18:30:41:59 chr17 1839674 . G C 900.24 PASS AF=0.46798;AO=95;DP=203;FAO=95;FDP=203;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=0.00849841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4523;QD=17.7387;RBI=0.0253032;REFB=0.00237131;REVB=-0.0238333;RO=107;SAF=37;SAR=58;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403139;STB=0.520203;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00273585;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:107:108:95:95:0.46798:58:37:46:61:58:37:46:62 chr17 1840468 . C T 1132.04 PASS AF=0.485106;AO=114;DP=235;FAO=114;FDP=235;FR=.;FRO=121;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=0.0172924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.444;QD=19.2687;RBI=0.0216458;REFB=-0.00262773;REVB=0.0130197;RO=121;SAF=54;SAR=60;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593687;STB=0.532671;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00267738;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:121:121:114:114:0.485106:60:54:65:56:60:54:65:56 chr17 1943888 . T C 1531.11 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.761;QD=63.7962;RBI=0.04113;REFB=0;REVB=0.040134;RO=0;SAF=30;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50602e-05;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:96:0:0:91:96:1:61:30:0:0:65:31:0:0 chr17 1962394 . C T 2026.92 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00899121;FXX=0.0147048;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.423;QD=60.5052;RBI=0.0387986;REFB=-0.0677359;REVB=0.0377424;RO=2;SAF=82;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364948;STB=0.50303;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000464313;OID=.;OPOS=1962394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:134:134:2:1:132:133:0.992537:50:82:1:1:51:82:1:0 chr17 2202943 . T C 1545.47 PASS AF=0.989899;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.709;QD=62.4434;RBI=0.0320375;REFB=0.00437671;REVB=0.0139321;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506172;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000109558;OID=.;OPOS=2202943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:99:0:1:95:98:0.989899:56:39:0:0:58:40:1:0 chr17 2203167 . T G 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0315;QD=60.3488;RBI=0.0501662;REFB=0;REVB=-0.043805;RO=0;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.82385e-05;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:55:55:0:0:55:55:0:0 chr17 2203348 . T C 234.64 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.109;QD=49.3969;RBI=0.0359891;REFB=0;REVB=0.035227;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428136;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:13:5:0:0:14:5:0:0 chr17 2203453 . A G 1379.62 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354717;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.914;QD=62.7098;RBI=0.035506;REFB=0;REVB=-0.00155939;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229584;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:55:32:0:0:56:32:0:0 chr17 2236404 . T C 657.59 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0537347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9448;QD=59.7812;RBI=0.0541841;REFB=0.136396;REVB=-0.00696422;RO=1;SAF=6;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125273;STB=0.506664;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00574977;OID=.;OPOS=2236404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:37:6:0:1:37:6:0:1 chr17 2266799 . G A 3232.49 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100836;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1972;QD=61.5713;RBI=0.151254;REFB=-0.173123;REVB=0.112737;RO=1;SAF=118;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532221;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00464514;OID=.;OPOS=2266799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:208:210:1:0:207:210:1:89:118:0:1:91:119:0:0 chr17 2266812 . T C 3450.39 PASS AF=0.986726;AO=223;DP=226;FAO=223;FDP=226;FR=.;FRO=3;FSAF=120;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0793533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.343;QD=61.0688;RBI=0.0837954;REFB=-0.176017;REVB=0.0269205;RO=3;SAF=120;SAR=103;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136733;STB=0.507176;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00052309;OID=.;OPOS=2266812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:226:226:3:3:223:223:0.986726:103:120:0:3:103:120:0:3 chr17 2268311 . G A 3451.01 PASS AF=0.933333;AO=237;DP=254;FAO=238;FDP=255;FR=.;FRO=17;FSAF=122;FSAR=116;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0118842;FXX=0.0039061;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.244;QD=54.1335;RBI=0.0384672;REFB=-0.12811;REVB=0.0365854;RO=4;SAF=122;SAR=115;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000467454;STB=0.52631;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00244198;OID=.;OPOS=2268311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:254:255:4:17:237:238:0.933333:115:122:2:2:116:122:2:15 chr17 2297571 . G A 1537.4 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0492362;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5484;QD=62.7509;RBI=0.0521567;REFB=-0.131753;REVB=0.0172081;RO=1;SAF=24;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193473;STB=0.510202;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000905836;OID=.;OPOS=2297571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:73:24:1:0:73:24:1:0 chr17 2318550 . G C 2063.33 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016245;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.541;QD=61.1358;RBI=0.0194352;REFB=0;REVB=0.0106688;RO=0;SAF=48;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259237;OID=.;OPOS=2318550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:135:0:0:125:135:1:77:48:0:0:77:58:0:0 chr17 2318551 . A C 35.6 PASS AF=0.0808824;AO=11;DP=136;FAO=11;FDP=136;FR=.;FRO=125;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=48;FSRR=77;FWDB=-0.0366634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4794;QD=1.04716;RBI=0.0398383;REFB=-0.0390802;REVB=-0.0155848;RO=125;SAF=10;SAR=1;SRF=48;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55388;STB=0.930105;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0309728;OID=.;OPOS=2318551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:136:136:125:125:11:11:0.0808824:1:10:48:77:1:10:48:77 chr17 2606715 . G A 5232.34 PASS AF=1;AO=331;DP=334;FAO=333;FDP=333;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241093;FXX=0.00892831;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.689;QD=62.8509;RBI=0.00288314;REFB=0.00694121;REVB=0.0015811;RO=2;SAF=161;SAR=170;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000155888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418689;OID=.;OPOS=2606715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:334:333:2:0:331:333:1:170:161:1:1:170:163:0:0 chr17 2868935 . T C 1320.94 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.561;QD=62.162;RBI=0.0402946;REFB=0;REVB=-9.7649e-05;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08568e-05;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:37:47:0:0:38:47:0:0 chr17 2883588 . C A 634.22 PASS AF=0.5;AO=66;DP=128;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0112632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1922;QD=19.8194;RBI=0.0210859;REFB=-0.0081696;REVB=-0.0178258;RO=62;SAF=31;SAR=35;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692114;STB=0.55459;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00702301;OID=.;OPOS=2883588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:62:64:66:64:0.5:35:31:34:28:35:29:36:28 chr17 2929392 . G A 1466.65 PASS AF=0.979167;AO=95;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00853066;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.18;QD=61.1105;RBI=0.0129789;REFB=-0.0847282;REVB=-0.00978162;RO=1;SAF=52;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903231;STB=0.509432;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00211987;OID=.;OPOS=2929392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:1:2:95:94:0.979167:43:52:1:0:42:52:2:0 chr17 2929674 . T C 3616.76 PASS AF=1;AO=229;DP=231;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280383;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.499;QD=63.1749;RBI=0.029247;REFB=0;REVB=-0.00832087;RO=0;SAF=115;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76183e-05;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:229:0:0:229:229:1:114:115:0:0:114:115:0:0 chr17 2930339 . G A 1272.28 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.764;QD=61.3145;RBI=0.070264;REFB=0;REVB=-0.0245901;RO=0;SAF=26;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742362;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:56:26:0:0:56:27:0:0 chr17 2938715 . C G 632.8 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0586948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.289;QD=19.6218;RBI=0.0603818;REFB=-0.00854253;REVB=-0.0141734;RO=65;SAF=34;SAR=30;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495968;STB=0.527379;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00883597;OID=.;OPOS=2938715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:65:64:64:0.496124:30:34:31:34:30:34:31:34 chr17 2940720 . C A 550.69 PASS AF=0.44697;AO=58;DP=129;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=56;FWDB=-0.000618064;FXX=0.0364937;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.2926;QD=16.6874;RBI=0.0110631;REFB=-0.0280707;REVB=-0.0110459;RO=71;SAF=22;SAR=36;SRF=17;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153705;STB=0.586387;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0395208;OID=.;OPOS=2940720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:71:73:58:59:0.44697:36:22:17:54:37:22:17:56 chr17 2940759 . A G 879.5 PASS AF=0.458537;AO=94;DP=206;FAO=94;FDP=205;FR=.;FRO=111;FSAF=34;FSAR=60;FSRF=32;FSRR=79;FWDB=-0.0153609;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.505;QD=17.1609;RBI=0.0308987;REFB=-0.0193175;REVB=-0.0268099;RO=110;SAF=34;SAR=60;SRF=32;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076624;STB=0.544085;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0196574;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:110:111:94:94:0.458537:60:34:32:78:60:34:32:79 chr17 2966032 . C G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0998338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.419;QD=11.1034;RBI=0.0998548;REFB=0.00155101;REVB=0.00204483;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392579;STB=0.737044;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0100778;OID=.;OPOS=2966032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:7:3:5:2:7:3 chr17 3057413 . T C 1321.83 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.111702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2347;QD=60.774;RBI=0.116668;REFB=0.00254539;REVB=0.0336733;RO=1;SAF=37;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126298;STB=0.506328;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000524241;OID=.;OPOS=3057413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:1:1:84:86:0.988506:47:37:1:0:47:39:1:0 chr17 3057511 . G T 1255.76 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6986;QD=59.0946;RBI=0.0595035;REFB=0.0527096;REVB=0.057749;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133394;STB=0.501887;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00348697;OID=.;OPOS=3057511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:83:83:0.976471:48:35:1:0:48:35:1:1 chr17 3100827 . T C 1249.93 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00238843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.493;QD=60.2376;RBI=0.0141921;REFB=0.00251805;REVB=-0.0139897;RO=1;SAF=54;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869025;STB=0.504586;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-9.07792e-06;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:28:54:1:0:28:54:1:0 chr17 3101076 . G C 1638.19 PASS AF=0.973684;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0154112;FXX=0.0086949;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.359;QD=57.4803;RBI=0.0209857;REFB=-0.103153;REVB=0.0142441;RO=2;SAF=55;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000151341;STB=0.504267;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000787534;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:114:2:3:111:111:0.973684:56:55:1:1:56:55:1:2 chr17 3101578 . G T 2066.1 PASS AF=0.971223;AO=135;DP=139;FAO=135;FDP=139;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.020524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.738;QD=59.456;RBI=0.0341732;REFB=-0.0855075;REVB=-0.0273235;RO=3;SAF=70;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00765801;STB=0.500534;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00118174;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:139:139:3:4:135:135:0.971223:65:70:1:2:65:70:2:2 chr17 3101691 . G T 692.89 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104641;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.638;QD=62.9898;RBI=0.011607;REFB=0;REVB=0.00502231;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72312e-05;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr17 3181384 . C T 1261.97 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=87;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0202242;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.146;QD=58.6965;RBI=0.0361952;REFB=0.0319441;REVB=0.0300179;RO=2;SAF=36;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300365;STB=0.501403;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-7.9858e-05;OID=.;OPOS=3181384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:86:2:2:83:84:0.976744:47:36:1:1:47:37:1:1 chr17 3195503 . C T 2082.64 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079513;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.226;QD=62.1685;RBI=0.0133797;REFB=0;REVB=0.0107607;RO=0;SAF=60;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16614e-05;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:132:134:1:72:60:0:0:73:61:0:0 chr17 3214181 . T G 895.48 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125821;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.851;QD=58.7197;RBI=0.015439;REFB=0;REVB=-0.0089473;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270385;OID=.;OPOS=3214181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr17 3300934 . A T 485.37 PASS AF=0.381944;AO=55;DP=144;FAO=55;FDP=144;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.0438426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.769;QD=13.4825;RBI=0.0441392;REFB=-0.0150554;REVB=0.00510805;RO=89;SAF=33;SAR=22;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05538;STB=0.531417;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0257537;OID=.;OPOS=3300934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:89:89:55:55:0.381944:22:33:49:40:22:33:49:40 chr17 3301549 . G A 481.65 PASS AF=0.5;AO=45;DP=92;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0167957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.299;QD=20.4959;RBI=0.0182573;REFB=-0.0152931;REVB=-0.00715786;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210086;STB=0.597291;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.013291;OID=.;OPOS=3301549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:46:47:45:47:0.5:23:22:12:34:25:22:13:34 chr17 3337057 . A G 1698.22 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384102;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7173;QD=60.6508;RBI=0.00552936;REFB=0;REVB=-0.00397749;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84858e-06;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:62:50:0:0:62:50:0:0 chr17 3343519 . T C 1438.35 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0199958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9911;QD=61.8645;RBI=0.0353864;REFB=-0.0597983;REVB=-0.0291953;RO=1;SAF=41;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114219;STB=0.506023;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000180667;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:51:41:1:0:51:41:1:0 chr17 3352294 . A G 1575.57 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188048;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.372;QD=60.0218;RBI=0.0256267;REFB=0;REVB=0.0174099;RO=0;SAF=32;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48461e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101235;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:73:32:0:0:73:32:0:0 chr17 3352331 . C T 1677.23 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.604;QD=59.3711;RBI=0.00556906;REFB=-0.11813;REVB=-0.00294133;RO=0;SAF=33;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594575;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:112:113:0:0:111:113:1:78:33:0:0:80:33:0:0 chr17 3416555 . C A 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0705527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5991;QD=16.5326;RBI=0.0708125;REFB=-0.00200788;REVB=-0.00605979;RO=43;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762329;STB=0.542833;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00131185;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:16:19:20:23:16:19:20:23 chr17 3422032 . G A 2140.58 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.582;QD=62.9584;RBI=0.0281331;REFB=0;REVB=-0.00537142;RO=0;SAF=71;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54884e-05;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:65:71:0:0:65:71:0:0 chr17 3422073 . C T 714.82 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00553129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1384;QD=20.8705;RBI=0.00611287;REFB=-0.00443423;REVB=0.0026023;RO=67;SAF=31;SAR=39;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136498;STB=0.575057;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00393797;OID=.;OPOS=3422073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:67:70:70:0.510949:39:31:40:27:39:31:40:27 chr17 3422077 . G A 643.72 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0467552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4082;QD=19.5066;RBI=0.0503505;REFB=-0.00121353;REVB=0.0186848;RO=67;SAF=37;SAR=28;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982761;STB=0.55429;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00248093;OID=.;OPOS=3422077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:28:37:31:36:28:37:31:36 chr17 3436080 . C T 512.59 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0109621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.089;QD=17.2297;RBI=0.0140718;REFB=0.0042042;REVB=-0.00882319;RO=64;SAF=28;SAR=27;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691359;STB=0.538448;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00513858;OID=.;OPOS=3436080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:27:28:28:36:27:28:28:36 chr17 3445901 . T G 722.12 PASS AF=0.496503;AO=71;DP=143;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.00529774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.849;QD=20.1991;RBI=0.00693799;REFB=-0.0190754;REVB=0.00447991;RO=72;SAF=32;SAR=39;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704134;STB=0.538775;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0170524;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:72:72:71:71:0.496503:39:32:27:45:39:32:27:45 chr17 3447914 . C T 313.25 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5779;QD=50.1192;RBI=0.0218017;REFB=-0.130352;REVB=0.00278903;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0252349;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:0:1:13:11:0:1 chr17 3458072 . T C 2053.64 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.004546;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.928;QD=62.7066;RBI=0.00645784;REFB=0;REVB=-0.00458667;RO=0;SAF=72;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74545e-05;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:58:72:0:0:59:72:0:0 chr17 3475490 . C T 499.63 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=131;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0521774;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5716;QD=15.3731;RBI=0.0654173;REFB=-0.0106346;REVB=-0.0394582;RO=72;SAF=27;SAR=28;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330258;STB=0.501398;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0186505;OID=.;OPOS=3475490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:72:75:55:55:0.423077:28:27:33:39:28:27:37:38 chr17 3476990 . G A 530.8 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00267095;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.967;QD=21.2322;RBI=0.0044842;REFB=-0.016171;REVB=0.00360196;RO=47;SAF=23;SAR=30;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446212;STB=0.524537;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.016269;OID=.;OPOS=3476990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:30:23:18:29:30:23:18:29 chr17 3480447 . T C 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0349057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.678;QD=24.0747;RBI=0.0349577;REFB=-0.0683727;REVB=-0.00190534;RO=6;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119706;STB=0.54775;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0190859;OID=.;OPOS=3480447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:6:7:13:13:0.65:9:4:3:3:9:4:3:4 chr17 3480910 . A G 385.13 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0418978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.574;QD=23.3413;RBI=0.0464947;REFB=-0.0108775;REVB=-0.0201576;RO=28;SAF=24;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201213;STB=0.511067;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00730071;OID=.;OPOS=3480910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:14:24:17:11:14:24:17:11 chr17 3486702 . G A 230.48 PASS AF=0.479167;AO=16;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0106145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.192;QD=19.2064;RBI=0.018573;REFB=-0.00559938;REVB=0.0152411;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155401;STB=0.647562;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0111201;OID=.;OPOS=3486702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:25:16:23:0.479167:8:8:15:8:14:9:17:8 chr17 3492201 . C T 230.66 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.0324269;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3711;QD=14.1947;RBI=0.0635633;REFB=0.00716302;REVB=0.0546698;RO=37;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378197;STB=0.718162;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0106514;OID=.;OPOS=3492201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:38:27:27:0.415385:10:17:9:28:10:17:9:29 chr17 3514028 . G C 747.02 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8153;QD=63.5762;RBI=0.0529519;REFB=0;REVB=0.0200027;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225321;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:17:29:0:0:17:30:0:0 chr17 3564401 . T G 1339.73 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.023;QD=62.3132;RBI=0.0601374;REFB=0;REVB=0.0598932;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55636e-05;OID=.;OPOS=3564401;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:37:49:0:0:37:49:0:0 chr17 3572773 . A G 31.36 PASS AF=0.121212;AO=7;DP=63;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=-0.0324533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2575;QD=1.9007;RBI=0.0518369;REFB=-0.0185641;REVB=-0.0404209;RO=56;SAF=0;SAR=7;SRF=42;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.741163;STB=0.928219;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.153987;OID=.;OPOS=3572773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:63:66:56:58:7:8:0.121212:7:0:42:14:7:1:42:16 chr17 3572796 . TTA T,TTT 98.27 PASS AF=0.326923,0;AO=13,11;DP=73;FAO=17,0;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11,0;FSAR=6,0;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.0985365,0.103894;FXX=0.0877039;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=21.0964,15.9542;QD=7.55943;RBI=0.28304,0.286114;REFB=-0.0498638,0.0295503;REVB=-0.265335,-0.266585;RO=35;SAF=7,0;SAR=6,11;SRF=30;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.414873,-0.845657;STB=0.596755,0.5;STBP=0.384,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0913758,0;OID=.,.;OPOS=3572797,3572798;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326923,0:13,11:73:17,0:52:35:11,0:6,0:27:8:99:35:7,0:6,11:30:5 chr17 3582954 . C T 3454.29 PASS AF=1;AO=219;DP=222;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016142;FXX=0.0176983;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.977;QD=62.2394;RBI=0.0604384;REFB=-0.0743758;REVB=0.0582429;RO=1;SAF=117;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405502;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34991e-05;OID=.;OPOS=3582954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:222:222:1:0:219:222:1:102:117:1:0:103:119:0:0 chr17 3594276 . TGG TG,T 1239.4 PASS AF=1,0;AO=93,13;DP=116;FAO=116,0;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=86,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100095,-0.0520013;FXX=0.00854628;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=17.6315,7.62413;QD=42.738;RBI=0.229917,0.121048;REFB=-0.00966456,-0.0161205;REVB=-0.206985,-0.109309;RO=1;SAF=26,1;SAR=67,12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00702472,0.0363094;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00348311,0;OID=.,.;OPOS=3594277,3594277;OREF=G,GG;OALT=-,-;OMAPALT=TG,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:93,13:116:116,0:116:0:30,0:86,0:0:0:21:1:26,1:67,12:0:1 chr17 3649214 . G A 1425.02 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9145;QD=62.6383;RBI=0.0435563;REFB=0;REVB=-0.0419106;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168182;OID=.;OPOS=3649214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:45:45:0:0:46:45:0:0 chr17 3657159 . C T 2049.29 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117659;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.258;QD=62.5737;RBI=0.0128661;REFB=0;REVB=0.0052058;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77793e-06;OID=.;OPOS=3657159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:64:67:0:0:64:67:0:0 chr17 3657175 . T C 2389.71 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.903;QD=64.1532;RBI=0.0207548;REFB=0;REVB=-0.00242833;RO=0;SAF=73;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86075e-06;OID=.;OPOS=3657175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:76:73:0:0:76:73:0:0 chr17 3704385 . C T 1078.32 PASS AF=0.52451;AO=107;DP=204;FAO=107;FDP=204;FR=.;FRO=97;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=0.0306029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.842;QD=21.1435;RBI=0.0313425;REFB=-0.0231;REVB=-0.00676857;RO=96;SAF=62;SAR=45;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00577936;STB=0.50605;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0198453;OID=.;OPOS=3704385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:96:97:107:107:0.52451:45:62:55:41:45:62:55:42 chr17 3775848 . T C 992.1 PASS AF=0.497462;AO=91;DP=191;FAO=98;FDP=197;FR=.;FRO=99;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.0011669;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.799;QD=20.1442;RBI=0.00358131;REFB=-0.0237483;REVB=0.00338587;RO=100;SAF=52;SAR=39;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124697;STB=0.56394;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0217666;OID=.;OPOS=3775848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:197:100:99:91:98:0.497462:39:52:44:56:42:56:44:55 chr17 3775916 . TG CG,GT 794.48 PASS AF=0.448649,0;AO=79,7;DP=177;FAO=83,0;FDP=185;FR=.;FRO=102;FSAF=43,0;FSAR=40,0;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=-0.0106746,0.0321974;FXX=0.0106946;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=65.8885,46.1228;QD=17.1779;RBI=0.0353807,0.29793;REFB=-0.00506373,-0.0441567;REVB=-0.0337319,-0.296185;RO=66;SAF=43,0;SAR=36,7;SRF=46;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.13004,-0.696445;STB=0.515369,0.5;STBP=0.723,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00825219,0.0780337;OID=.,.;OPOS=3775916,3775916;OREF=T,TG;OALT=C,GT;OMAPALT=CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:185:66:102:79,7:83,0:0.448649,0:36,7:43,0:46:20:40,0:43,0:50:52 chr17 3818788 . G A 1052.01 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033961;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.87;QD=60.115;RBI=0.034867;REFB=0;REVB=0.00789655;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90843e-05;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr17 3818830 . A G 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1386;QD=61.2127;RBI=0.0233724;REFB=0;REVB=-0.00775135;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88715e-05;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:52:27:0:0:52:27:0:0 chr17 3819002 . T C 352.19 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=62;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0033131;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.478;QD=23.4793;RBI=0.0128561;REFB=-0.0289992;REVB=-0.0124219;RO=19;SAF=16;SAR=4;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141722;STB=0.586159;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0164518;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:19:25:20:35:0.583333:4:16:17:2:17:18:18:7 chr17 3828086 . C G 735.18 PASS AF=0.427807;AO=65;DP=191;FAO=80;FDP=187;FR=.,HEALED;FRO=101;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=0.0977022;FXX=0.0209413;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.1719;QD=15.7258;RBI=0.110885;REFB=-0.0553212;REVB=0.0524375;RO=92;SAF=36;SAR=29;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790748;STB=0.56145;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0604788;OID=.;OPOS=3828086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:187:92:101:65:80:0.427807:29:36:44:48:31:49:51:50 chr17 3828702 . T C 680.27 PASS AF=0.503704;AO=63;DP=130;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0117704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.226;QD=20.1562;RBI=0.0125134;REFB=-0.0099295;REVB=-0.00424781;RO=67;SAF=41;SAR=22;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246792;STB=0.646542;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0107262;OID=.;OPOS=3828702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:135:67:67:63:68:0.503704:22:41:26:41:22:46:26:41 chr17 3909404 . C A 467.68 PASS AF=0.459459;AO=50;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.0179372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.588;QD=16.8534;RBI=0.0285489;REFB=-0.0240662;REVB=0.0222102;RO=60;SAF=26;SAR=24;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144979;STB=0.585074;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.035471;OID=.;OPOS=3909404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:50:51:0.459459:24:26:40:20:25:26:40:20 chr17 3916823 . G A 434.84 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00897979;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.084;QD=22.017;RBI=0.0346906;REFB=-0.0090179;REVB=-0.0335082;RO=37;SAF=18;SAR=24;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162911;STB=0.589885;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0108942;OID=.;OPOS=3916823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:24:18:23:14:24:18:23:14 chr17 3926110 . C G 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0251665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.047;QD=15.6248;RBI=0.0271657;REFB=0.0278747;REVB=0.0102283;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969551;STB=0.565144;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0168652;OID=.;OPOS=3926110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:10:7:7:15:10:7:7:16 chr17 3947644 . T C 670.04 PASS AF=0.467105;AO=71;DP=151;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0364409;FXX=0.0129862;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1825;QD=17.6326;RBI=0.0391073;REFB=-0.022783;REVB=-0.0141932;RO=80;SAF=25;SAR=46;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170649;STB=0.591869;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0276729;OID=.;OPOS=3947644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:80:81:71:71:0.467105:46:25:42:38:46:25:42:39 chr17 3953083 . T C 804.96 PASS AF=0.47191;AO=83;DP=179;FAO=84;FDP=178;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=-0.00427772;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.021;QD=18.089;RBI=0.00477838;REFB=-0.00107499;REVB=-0.00212932;RO=92;SAF=36;SAR=47;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520374;STB=0.525247;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000969836;OID=.;OPOS=3953083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:92:94:83:84:0.47191:47:36:35:57:47:37:37:57 chr17 3953102 . A G 838.55 PASS AF=0.480447;AO=79;DP=173;FAO=86;FDP=179;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.000524935;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.573;QD=18.7385;RBI=0.0201457;REFB=-0.0131175;REVB=0.0201389;RO=89;SAF=34;SAR=45;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364602;STB=0.500874;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0140815;OID=.;OPOS=3953102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:179:89:93:79:86:0.480447:45:34:35:54:51:35:38:55 chr17 3966064 . A G 595.65 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00550946;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.367;QD=19.2144;RBI=0.0115684;REFB=-0.00978271;REVB=-0.0101722;RO=63;SAF=32;SAR=29;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299125;STB=0.516533;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0116955;OID=.;OPOS=3966064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:63:63:61:61:0.491935:29:32:31:32:29:32:31:32 chr17 3981290 . A G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0292184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.932;QD=22.6;RBI=0.0305564;REFB=-0.0368508;REVB=-0.00894324;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960076;STB=0.553706;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0341049;OID=.;OPOS=3981290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:11:9:13:10:11:9 chr17 4015997 . A G 334.39 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00335411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.807;QD=19.3851;RBI=0.027343;REFB=-0.0165665;REVB=-0.0271365;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00386223;STB=0.506325;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0300833;OID=.;OPOS=4015997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:34:35:35:0.507246:15:20:19:14:15:20:19:15 chr17 4058111 . T C 577.6 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.0925078;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6051;QD=21.3928;RBI=0.0966259;REFB=-0.00630049;REVB=-0.0279084;RO=47;SAF=27;SAR=31;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191837;STB=0.607423;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00251131;OID=.;OPOS=4058111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:47:50:58:58:0.537037:31:27:33:14:31:27:35:15 chr17 4068153 . C T 845.97 PASS AF=0.483333;AO=81;DP=174;FAO=87;FDP=180;FR=.;FRO=93;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.00493506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.691;QD=18.7994;RBI=0.0152729;REFB=-0.0140991;REVB=0.0144536;RO=89;SAF=29;SAR=52;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176124;STB=0.608515;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0105433;OID=.;OPOS=4068153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:180:89:93:81:87:0.483333:52:29:48:41:57:30:51:42 chr17 4088291 . C T 1402.7 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146364;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.287;QD=61.657;RBI=0.0188646;REFB=-0.0794099;REVB=-0.0119016;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106495;STB=0.505493;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000363148;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:1:1:89:90:0.989011:45:44:1:0:45:45:1:0 chr17 4089699 . G A 158.6 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.05141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3497;QD=17.1457;RBI=0.0514502;REFB=-0.0571469;REVB=-0.00203369;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164156;STB=0.593118;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0499229;OID=.;OPOS=4089699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:15:5:7:10:15:5 chr17 4098748 . G A 527.16 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.00418301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.084;QD=19.1696;RBI=0.00518982;REFB=-0.0118923;REVB=0.00307191;RO=54;SAF=26;SAR=29;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126657;STB=0.564251;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0123425;OID=.;OPOS=4098748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:55:55:55:0.5:29:26:18:36:29:26:19:36 chr17 4109722 . G A 1112.57 PASS AF=0.49569;AO=104;DP=227;FAO=115;FDP=232;FR=.;FRO=117;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=48;FSRR=69;FWDB=0.0358185;FXX=0.0127654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.474;QD=19.1822;RBI=0.0442123;REFB=-0.0277971;REVB=0.0259183;RO=123;SAF=48;SAR=56;SRF=49;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625898;STB=0.530126;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0235506;OID=.;OPOS=4109722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:232:123:117:104:115:0.49569:56:48:49:74:61:54:48:69 chr17 4175203 . TA AT,T,TT 35.65 PASS AF=0.0666667,0.2,0.0333333;AO=2,5,3;DP=37;FAO=2,6,1;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=0,1,0;FSAR=2,5,1;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0434297,0.163928,0.0864167;FXX=0.142816;HRUN=2,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=173.511,11.206,21.139;QD=4.75317;RBI=0.13532,0.209306,0.0963425;REFB=-0.00144543,-0.0973534,-0.0718337;REVB=-0.128162,-0.130141,0.0425914;RO=23;SAF=0,0,0;SAR=2,5,3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.592955,-0.740066,-0.666175;STB=0.996535,0.878035,0.993695;STBP=0.053,0.085,0.158;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.245016,0.0331032,0.117358;OID=.,.,.;OPOS=4175203,4175204,4175204;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,T;OMAPALT=AT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:37:30:23:21:2,5,3:2,6,1:0.0666667,0.2,0.0333333:2,5,3:0,0,0:16:7:2,5,1:0,1,0:15:6 chr17 4440907 . A G 925.56 PASS AF=0.563758;AO=84;DP=149;FAO=84;FDP=149;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0722376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5167;QD=24.8473;RBI=0.0724055;REFB=-0.00682561;REVB=-0.00492764;RO=65;SAF=34;SAR=50;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167915;STB=0.509149;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00511867;OID=.;OPOS=4440907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:65:65:84:84:0.563758:50:34:25:40:50:34:25:40 chr17 4446457 . G A 544.85 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0296417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.139;QD=22.9412;RBI=0.0296766;REFB=-0.0291748;REVB=0.00143831;RO=42;SAF=25;SAR=26;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050751;STB=0.527067;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0258279;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:44:51:51:0.536842:26:25:18:24:26:25:19:25 chr17 4453620 . T C 532.1 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00455655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.572;QD=15.3123;RBI=0.0281201;REFB=-0.0138604;REVB=0.0277484;RO=81;SAF=22;SAR=36;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962472;STB=0.554111;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0237561;OID=.;OPOS=4453620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:81:81:58:58:0.417266:36:22:38:43:36:22:38:43 chr17 4455500 . T C 2139.84 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.076;QD=62.9364;RBI=0.0103831;REFB=0;REVB=-0.00682759;RO=0;SAF=62;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52894e-05;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:74:62:0:0:74:62:0:0 chr17 4457580 . G A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.07881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3833;QD=18.4897;RBI=0.0830532;REFB=0.0114387;REVB=0.0262073;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1344;STB=0.5764;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0105652;OID=.;OPOS=4457580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:14:8:13:13:14:8:13:13 chr17 4463023 . G A 4746.37 PASS AF=0.962963;AO=312;DP=331;FAO=312;FDP=324;FR=.;FRO=12;FSAF=171;FSAR=141;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.030312;FXX=0.0211474;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.507;QD=58.5971;RBI=0.0542399;REFB=-0.0430677;REVB=-0.0449795;RO=11;SAF=171;SAR=141;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296919;STB=0.516948;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000276685;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:331:324:11:12:312:312:0.962963:141:171:11:0:141:171:12:0 chr17 4495740 . G A 834.24 PASS AF=0.559441;AO=62;DP=145;FAO=80;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0131432;FXX=0.0137922;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.266;QD=23.3355;RBI=0.129138;REFB=-0.0367029;REVB=0.128468;RO=47;SAF=25;SAR=37;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354384;STB=0.514551;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0326998;OID=.;OPOS=4495740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:47:62:62:80:0.559441:37:25:21:26:49:31:26:36 chr17 4497160 . T C 1386.92 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101789;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.851;QD=61.6409;RBI=0.0407447;REFB=0;REVB=0.0394527;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878058;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:85:90:1:41:44:0:0:46:44:0:0 chr17 4545581 . C T 775.78 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0917324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.612;QD=53.5023;RBI=0.0936829;REFB=-0.205388;REVB=0.019017;RO=2;SAF=20;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448351;STB=0.523801;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00146186;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:58:2:2:56:56:0.965517:36:20:2:0:36:20:2:0 chr17 4575283 . A G 1803.87 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.791;QD=61.1482;RBI=0.0128204;REFB=0;REVB=0.00187092;RO=0;SAF=60;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29054e-06;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:57:60:0:0:57:61:0:0 chr17 4575433 . C A 104.42 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00291088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.138;QD=19.8901;RBI=0.0387139;REFB=-0.063752;REVB=0.0386043;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265953;STB=0.650921;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0524286;OID=.;OPOS=4575433;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:7:2:7:5:7:2 chr17 4620497 . C T 1461.54 PASS AF=0.971154;AO=100;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0371245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6348;QD=56.2129;RBI=0.0606504;REFB=0.00459242;REVB=0.0479609;RO=4;SAF=49;SAR=51;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371588;STB=0.51456;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000385541;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:4:3:100:101:0.971154:51:49:4:0:51:50:3:0 chr17 4622638 . C T 497.21 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00947847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2268;QD=23.6768;RBI=0.0256724;REFB=-0.0304686;REVB=0.0238586;RO=37;SAF=18;SAR=29;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150397;STB=0.582654;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0200101;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:29:18:21:16:29:18:21:16 chr17 4638484 . T C 561.5 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00292878;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.204;QD=21.8057;RBI=0.0209457;REFB=-0.0138328;REVB=-0.0207399;RO=47;SAF=23;SAR=33;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205247;STB=0.593944;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0124707;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:47:47:56:56:0.543689:33:23:31:16:33:23:29:18 chr17 4638563 . G A 767.14 PASS AF=0.476471;AO=79;DP=168;FAO=81;FDP=170;FR=.;FRO=89;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=0.02083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4047;QD=18.0502;RBI=0.0238973;REFB=0.00790546;REVB=0.011713;RO=89;SAF=47;SAR=32;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105656;STB=0.504503;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00604063;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:89:89:79:81:0.476471:32:47:52:37:33:48:52:37 chr17 4638737 . A G 419.46 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=71;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00915436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.777;QD=22.9839;RBI=0.0551313;REFB=-0.00999474;REVB=-0.054366;RO=30;SAF=18;SAR=22;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661613;STB=0.542817;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0139702;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:30:32:40:41:0.561644:22:18:11:19:23:18:11:21 chr17 4641755 . C T 505.51 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0222098;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=311.836;QD=17.7372;RBI=0.0228964;REFB=-0.012067;REVB=0.00556512;RO=60;SAF=31;SAR=23;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550768;STB=0.530601;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0140656;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:23:31:31:29:23:31:31:29 chr17 4649378 . T C 337.67 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00872936;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.132;QD=19.2953;RBI=0.0149598;REFB=3.9342e-05;REVB=-0.0121488;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129203;STB=0.57174;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00147249;OID=.;OPOS=4649378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:35:35:35:35:0.5:18:17:12:23:18:17:12:23 chr17 4684095 . G A 429.94 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=18;FWDB=-0.000142071;FXX=0.00833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.736;QD=14.4519;RBI=0.00815229;REFB=0.0099574;REVB=0.00815105;RO=69;SAF=33;SAR=16;SRF=51;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802883;STB=0.547926;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0135289;OID=.;OPOS=4684095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:69:70:49:49:0.411765:16:33:51:18:16:33:52:18 chr17 4693054 . G A 1816.32 PASS AF=0.875817;AO=133;DP=156;FAO=134;FDP=153;FR=.;FRO=19;FSAF=80;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.00759001;FXX=0.0254761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.605;QD=47.4855;RBI=0.0279709;REFB=-0.0857903;REVB=0.0269214;RO=17;SAF=80;SAR=53;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118186;STB=0.568373;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0186939;OID=.;OPOS=4693054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:156:153:17:19:133:134:0.875817:53:80:1:16:54:80:1:18 chr17 4693170 . T C 1068.31 PASS AF=0.986486;AO=58;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0666356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9342;QD=57.7465;RBI=0.0815773;REFB=0.0153194;REVB=0.047059;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136737;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000235076;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:58:73:0.986486:34:24:0:1:35:38:0:1 chr17 4701402 . C T 363.51 PASS AF=0.407767;AO=41;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0210107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.687;QD=14.1169;RBI=0.0215976;REFB=-0.0128661;REVB=-0.00500091;RO=61;SAF=17;SAR=24;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594849;STB=0.541528;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0183401;OID=.;OPOS=4701402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:41:42:0.407767:24:17:22:39:24:18:22:39 chr17 4712394 . GA G,GT 473.9 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=8,26;DP=34;FAO=3,30;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601448,0.0551382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.049,198.278;QD=57.4429;RBI=0.0621734,0.0576572;REFB=0,0;REVB=0.0157521,0.0168564;RO=0;SAF=7,12;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0253319,-0.00137844;OID=.,.;OPOS=4712395,4712395;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:8,26:34:3,30:33:0:2,17:1,13:0:0:10:0:7,12:1,14:0:0 chr17 4722133 . C T 264.29 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.161;QD=50.3399;RBI=0.0335326;REFB=0;REVB=0.0283276;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114418;OID=.;OPOS=4722133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:18:21:1:12:6:0:0:15:6:0:0 chr17 4722876 . G A 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0206804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.99;QD=18.1751;RBI=0.0252438;REFB=-0.00820875;REVB=0.0144766;RO=32;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188336;STB=0.605276;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00756037;OID=.;OPOS=4722876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:19:12:19:13:19:12:19:13 chr17 4793052 . C T 484.41 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0948972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2878;QD=15.753;RBI=0.0949063;REFB=-0.0282761;REVB=0.00131305;RO=66;SAF=16;SAR=38;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109219;STB=0.560718;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0495428;OID=.;OPOS=4793052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:69:54:54:0.439024:38:16:26:40:38:16:27:42 chr17 4796271 . C T 817.56 PASS AF=0.459459;AO=84;DP=185;FAO=85;FDP=185;FR=.;FRO=100;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.00570093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.669;QD=17.677;RBI=0.0168108;REFB=-0.0153415;REVB=-0.0158147;RO=100;SAF=40;SAR=44;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233526;STB=0.51592;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0237382;OID=.;OPOS=4796271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:100:100:84:85:0.459459:44:40:50:50:45:40:50:50 chr17 4796274 . T C 2922.88 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.503;QD=63.1974;RBI=0.00494012;REFB=0;REVB=0.00447099;RO=0;SAF=90;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37711e-06;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:185:0:0:183:185:1:93:90:0:0:95:90:0:0 chr17 4796286 . C T 2701.92 PASS AF=0.923858;AO=181;DP=198;FAO=182;FDP=197;FR=.;FRO=15;FSAF=87;FSAR=95;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.026955;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.664;QD=54.8612;RBI=0.0373289;REFB=-0.107584;REVB=0.0258239;RO=15;SAF=87;SAR=94;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203627;STB=0.500866;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00135373;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:198:197:15:15:181:182:0.923858:94:87:7:8:95:87:7:8 chr17 4801125 . C G 178.29 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.0194127;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.137;QD=19.2746;RBI=0.0200568;REFB=-0.00795827;REVB=0.00504198;RO=18;SAF=2;SAR=16;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507455;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00863038;OID=.;OPOS=4801125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:18:19:0.513514:16:2:2:16:17:2:2:16 chr17 4801163 . C A 615.92 PASS AF=0.877551;AO=42;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.057188;FXX=0.019996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=160.47;QD=50.2793;RBI=0.0573256;REFB=-0.0451536;REVB=0.00397024;RO=2;SAF=1;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223561;STB=0.533318;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000270771;OID=.;OPOS=4801163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:49:49:2:6:42:43:0.877551:41:1:0:2:42:1:0:6 chr17 4801273 . T C,TC,TCTC 89.09 PASS AF=0.0192308,0.0769231,0.192308;AO=2,7,6;DP=55;FAO=1,4,10;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=0,0,0;FSAR=1,4,10;FSRF=0;FSRR=37;FWDB=0,0,0;FXX=0.0545355;HRUN=2,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=39.9046,20.543,251.833;QD=6.85284;RBI=0.104437,0.16462,0.0266068;REFB=-0.0109715,-0.0120788,-0.00769715;REVB=-0.104437,-0.16462,-0.0266068;RO=33;SAF=0,0,0;SAR=2,7,6;SRF=0;SRR=33;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.0171851,0.134314,0.024443;OID=.,.,.;OPOS=4801273,4801274,4801274;OREF=T,-,-;OALT=C,C,CTC;OMAPALT=C,TC,TCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:68:55:52:33:37:2,7,6:1,4,10:0.0192308,0.0769231,0.192308:2,7,6:0,0,0:0:33:1,4,10:0,0,0:0:37 chr17 4802317 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0126532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.268;QD=16.2715;RBI=0.0156729;REFB=-0.0376224;REVB=0.00924864;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11279;STB=0.565128;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0437263;OID=.;OPOS=4802317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:8:10:10:5:8:10 chr17 4836973 . A G 210.32 PASS AF=0.466667;AO=17;DP=41;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0433449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.213;QD=18.6953;RBI=0.0436395;REFB=-0.0200838;REVB=0.00506239;RO=24;SAF=14;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389944;STB=0.749722;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0206269;OID=.;OPOS=4836973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:24:24:17:21:0.466667:3:14:12:12:3:18:12:12 chr17 4849284 . G A 403.41 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.1021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7575;QD=16.8089;RBI=0.113923;REFB=-0.00688177;REVB=0.0505376;RO=54;SAF=10;SAR=32;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142741;STB=0.580685;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0113609;OID=.;OPOS=4849284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:32:10:19:35:32:10:19:35 chr17 4856376 . A G 571.15 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.0271154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4528;QD=17.5739;RBI=0.0271231;REFB=-0.0136908;REVB=-0.000645637;RO=70;SAF=38;SAR=22;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265528;STB=0.647459;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0241691;OID=.;OPOS=4856376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:70:60:60:0.461538:22:38:25:45:22:38:25:45 chr17 4862645 . CAT C 323.21 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00548229;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.927;QD=19.2963;RBI=0.0608656;REFB=-0.0492395;REVB=-0.0606182;RO=33;SAF=22;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249144;STB=0.626259;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.0503099;OID=.;OPOS=4862646;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507463:33:69:34:67:33:22:12:13:20:99:33:22:11:13:20 chr17 4863410 . A G 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3353;QD=62.337;RBI=0.026958;REFB=0;REVB=-0.0258739;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000451227;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr17 4875566 . T C 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=5;FWDB=-0.00860837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.692;QD=13.0313;RBI=0.018651;REFB=-0.00940879;REVB=0.0165456;RO=42;SAF=16;SAR=11;SRF=37;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349402;STB=0.694761;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0151556;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:11:16:37:5:11:16:37:5 chr17 4883045 . C T 271.63 PASS AF=0.484848;AO=29;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0151071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.997;QD=16.4625;RBI=0.0151259;REFB=-0.0223689;REVB=0.000753685;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128991;STB=0.544905;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0331578;OID=.;OPOS=4883045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:29:32:0.484848:14:15:13:21:17:15:13:21 chr17 4890932 . C A 895.23 PASS AF=0.469697;AO=93;DP=197;FAO=93;FDP=198;FR=.;FRO=105;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=64;FWDB=0.011809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7722;QD=18.0855;RBI=0.0444253;REFB=-0.00346529;REVB=0.0428271;RO=104;SAF=48;SAR=45;SRF=41;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116241;STB=0.566404;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00378244;OID=.;OPOS=4890932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:104:105:93:93:0.469697:45:48:41:63:45:48:41:64 chr17 4892176 . C G 499.54 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0309277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.0772;QD=16.9336;RBI=0.0344185;REFB=-0.0328154;REVB=-0.0151033;RO=62;SAF=30;SAR=24;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536631;STB=0.530292;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0349404;OID=.;OPOS=4892176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:64:54:54:0.457627:24:30:31:31:24:30:32:32 chr17 4904564 . T C 292.4 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0251124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.69;QD=14.6199;RBI=0.0254765;REFB=-0.00530533;REVB=-0.00429229;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782669;STB=0.512055;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00860751;OID=.;OPOS=4904564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:47:33:33:0.4125:19:14:19:25:19:14:19:28 chr17 4936336 . A T 329.55 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00836977;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.706;QD=12.4359;RBI=0.0223723;REFB=-0.00162224;REVB=0.0207477;RO=66;SAF=14;SAR=26;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103156;STB=0.55897;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00265692;OID=.;OPOS=4936336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:66:66:40:40:0.377358:26:14:29:37:26:14:29:37 chr17 4937575 . T C 189.36 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.134056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3934;QD=20.471;RBI=0.135588;REFB=0.00301643;REVB=-0.020321;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326109;STB=0.51427;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0147336;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:17:17:18:0.486486:9:8:7:8:9:9:9:8 chr17 4996915 . AC A 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.908;QD=45.8001;RBI=0.05705;REFB=0;REVB=0.0115163;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000575212;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:14:14:14:0:9:5:0:0:4:0:9:5:0:0 chr17 4997039 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7991;QD=57.1774;RBI=0.0967188;REFB=0;REVB=0.0715063;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0707e-05;OID=.;OPOS=4997039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr17 4997176 . C T 434.02 PASS AF=0.6;AO=41;DP=69;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00272217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.055;QD=24.801;RBI=0.021669;REFB=0.0037003;REVB=0.0214974;RO=27;SAF=18;SAR=23;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787431;STB=0.544283;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00164358;OID=.;OPOS=4997176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:27:28:41:42:0.6:23:18:9:18:24:18:9:19 chr17 4997433 . G A 427.18 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0374343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3567;QD=24.764;RBI=0.0502321;REFB=-0.00430495;REVB=0.0334953;RO=27;SAF=13;SAR=28;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130081;STB=0.565624;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00208007;OID=.;OPOS=4997433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:28:41:41:0.594203:28:13:13:14:28:13:13:15 chr17 4997715 . A G 289.31 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0185599;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.828;QD=18.3691;RBI=0.0188184;REFB=-0.00061582;REVB=0.00310822;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157321;STB=0.587574;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000774644;OID=.;OPOS=4997715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:15:16:22:10:15:16:22:10 chr17 4997787 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.852;QD=63.0523;RBI=0.0276254;REFB=0;REVB=0.00710832;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22429e-05;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:36:53:0:0:38:53:0:0 chr17 4998030 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3908;QD=37.4885;RBI=0.0697402;REFB=0;REVB=-0.0469571;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227911;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr17 4998228 . G C 485.64 PASS AF=0.484848;AO=42;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0130979;FXX=0.009999;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3158;QD=19.6216;RBI=0.0694159;REFB=-0.0121506;REVB=0.068169;RO=42;SAF=20;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505687;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0176945;OID=.;OPOS=4998228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:51:42:48:0.484848:22:20:20:22:23:25:26:25 chr17 4998586 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.169;QD=57.2025;RBI=0.0252532;REFB=0;REVB=0.0189391;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180461;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr17 4998852 . G C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.89;QD=61.3341;RBI=0.0217414;REFB=0;REVB=-0.00315964;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16864e-05;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr17 5015129 . C A 720.35 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=133;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.020735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.878;QD=21.6647;RBI=0.0270772;REFB=-0.018102;REVB=0.0174136;RO=63;SAF=37;SAR=33;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962452;STB=0.505282;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0197791;OID=.;OPOS=5015129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:63:63:70:70:0.526316:33:37:34:29:33:37:34:29 chr17 5035657 . G T 927.58 PASS AF=0.486911;AO=91;DP=189;FAO=93;FDP=191;FR=.;FRO=98;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.0287773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.865;QD=19.4257;RBI=0.0288598;REFB=-0.031105;REVB=-0.00217981;RO=96;SAF=33;SAR=58;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142195;STB=0.582847;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0330311;OID=.;OPOS=5035657;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:191:96:98:91:93:0.486911:58:33:49:47:60:33:50:48 chr17 5036274 . C A 48.05 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=99;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.00548888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.217;QD=1.94149;RBI=0.0104935;REFB=-0.00127898;REVB=0.00894346;RO=88;SAF=4;SAR=7;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164449;STB=0.621999;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0107917;OID=.;OPOS=5036274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:99:99:88:88:11:11:0.111111:7:4:44:44:7:4:44:44 chr17 5036281 . G C 50.62 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.0470329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.942;QD=2.24988;RBI=0.0475409;REFB=-0.00183282;REVB=0.00693128;RO=79;SAF=4;SAR=7;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21772;STB=0.656406;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0139802;OID=.;OPOS=5036281;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:90:90:79:79:11:11:0.122222:7:4:43:36:7:4:43:36 chr17 5039138 . C T 392.82 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.022007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9255;QD=22.4468;RBI=0.0220767;REFB=-0.0293133;REVB=0.00175268;RO=29;SAF=24;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105587;STB=0.559788;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0343647;OID=.;OPOS=5039138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:31:39:39:0.557143:15:24:14:15:15:24:15:16 chr17 5042422 . G A 400.23 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0181865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.797;QD=18.6154;RBI=0.0510193;REFB=-0.0181892;REVB=-0.0476678;RO=45;SAF=20;SAR=21;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103786;STB=0.557741;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0237526;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:21:20:17:28:21:20:17:28 chr17 5042715 . G A 340.74 PASS AF=0.333333;AO=43;DP=129;FAO=43;FDP=129;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.0097279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.483;QD=10.5655;RBI=0.0414013;REFB=-0.00714816;REVB=0.0402422;RO=86;SAF=15;SAR=28;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255493;STB=0.647564;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0260753;OID=.;OPOS=5042715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:86:86:43:43:0.333333:28:15:49:37:28:15:49:37 chr17 5042837 . C T 1481.26 PASS AF=0.539623;AO=143;DP=265;FAO=143;FDP=265;FR=.;FRO=122;FSAF=56;FSAR=87;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=0.00762929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.998;QD=22.3586;RBI=0.0142153;REFB=0.00494973;REVB=-0.0119945;RO=122;SAF=56;SAR=87;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869032;STB=0.547401;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0040426;OID=.;OPOS=5042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:122:122:143:143:0.539623:87:56:60:62:87:56:60:62 chr17 5042894 . T C 3848.02 PASS AF=1;AO=239;DP=241;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735823;FXX=0.00823011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.007;QD=63.8676;RBI=0.0104338;REFB=0;REVB=0.00739729;RO=0;SAF=117;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64694e-05;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:241:0:0:239:241:1:122:117:0:0:122:119:0:0 chr17 5051848 . T C 689.0 PASS AF=0.413043;AO=76;DP=185;FAO=76;FDP=184;FR=.;FRO=108;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.0275653;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.044;QD=14.9783;RBI=0.0304845;REFB=-0.0108306;REVB=0.0130176;RO=104;SAF=44;SAR=32;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724762;STB=0.54139;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0155268;OID=.;OPOS=5051848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:104:108:76:76:0.413043:32:44:53:51:32:44:55:53 chr17 5072333 . T G 177.45 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0230923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7825;QD=21.5089;RBI=0.0268407;REFB=-0.0211479;REVB=0.013681;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589725;STB=0.545404;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0204608;OID=.;OPOS=5072333;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:17:18:0.545455:9:8:6:9:9:9:6:9 chr17 5084763 . G A 1198.14 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.887;QD=60.6652;RBI=0.060922;REFB=0;REVB=0.0209705;RO=0;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25552e-05;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:54:24:0:0:55:24:0:0 chr17 5280440 . T C 503.57 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.0320003;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1532;QD=17.3644;RBI=0.0323883;REFB=0.0109181;REVB=0.00499814;RO=61;SAF=39;SAR=15;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577092;STB=0.529059;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0102892;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:62:54:54:0.465517:15:39:41:20:15:39:42:20 chr17 5284698 . A G 279.63 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.036497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.368;QD=48.6316;RBI=0.0384274;REFB=-0.0727662;REVB=0.0120263;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.533302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000694338;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:15:7:0:0:15:7:1:0 chr17 5284719 . T C 476.4 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.052;QD=57.7458;RBI=0.0669629;REFB=0;REVB=0.0666487;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219336;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:17:16:0:0 chr17 5284770 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.887;QD=56.0119;RBI=0.0223428;REFB=0.0347151;REVB=-0.0133745;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000174531;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:0:1:14:20:0:1 chr17 5287297 . AG A 888.25 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.1388;QD=48.0132;RBI=0.164348;REFB=0;REVB=-0.118841;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00370957;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:74:74:74:0:38:36:0:0:16:0:36:36:0:0 chr17 5288760 . A G 874.3 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3045;QD=57.3312;RBI=0.11199;REFB=0;REVB=-0.0202022;RO=0;SAF=18;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501874;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:42:18:0:0:42:19:0:0 chr17 5288769 . CAG CG,CGC 905.9 PASS AF=0.984615,0.0153846;AO=59,3;DP=65;FAO=64,1;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466908,-0.0128636;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=106.171,85.7208;QD=55.7475;RBI=0.046726,0.0216793;REFB=-0.0646951,-0.0530556;REVB=-0.0018132,-0.0174505;RO=1;SAF=18,3;SAR=41,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0113712,0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000491677,0.0872561;OID=.,.;OPOS=5288770,5288770;OREF=A,AG;OALT=-,GC;OMAPALT=CG,CGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.984615,0.0153846:59,3:65:64,1:65:0:20,1:44,0:0:0:3:1:18,3:41,0:0:1 chr17 5288794 . G C 906.6 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2939;QD=57.5616;RBI=0.0629736;REFB=0;REVB=-0.0627929;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628454;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:59:63:1:38:21:0:0:42:21:0:0 chr17 5289580 . A G 1492.18 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.227;QD=58.5169;RBI=0.0124432;REFB=-0.0910396;REVB=0.00405293;RO=1;SAF=38;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123204;STB=0.506492;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000280667;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:63:38:1:0:63:38:1:0 chr17 5290033 . T C 1468.41 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0505559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2988;QD=61.8277;RBI=0.0849084;REFB=-0.0845288;REVB=-0.0682168;RO=1;SAF=50;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938906;STB=0.504949;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000202616;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:44:50:1:0:44:50:1:0 chr17 5290703 . G A 1933.55 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.635;QD=61.8734;RBI=0.0201797;REFB=0;REVB=0.0195228;RO=0;SAF=63;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17536e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:62:63:0:0:62:63:0:0 chr17 5294976 . T A 1488.45 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166688;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.288;QD=60.1392;RBI=0.0246365;REFB=0;REVB=0.0245801;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364547;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:56:43:0:0:56:43:0:0 chr17 5308377 . C T 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=-0.00181425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.002;QD=15.2438;RBI=0.0088511;REFB=-0.00544954;REVB=0.00866317;RO=61;SAF=22;SAR=25;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220487;STB=0.626636;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00718147;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:25:22:42:19:25:22:43:19 chr17 5326089 . C T 336.77 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0176247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.28;QD=12.3584;RBI=0.0410693;REFB=-0.0112581;REVB=-0.0370953;RO=67;SAF=25;SAR=16;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480809;STB=0.532885;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0198505;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:68:41:41:0.376147:16:25:38:29:16:25:38:30 chr17 5326145 . C G 219.07 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0222932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.889;QD=9.62928;RBI=0.0245729;REFB=0.00777426;REVB=0.0103364;RO=63;SAF=16;SAR=12;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0171915;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:63:28:28:0.307692:12:16:36:27:12:16:36:27 chr17 5326162 . G A 1048.08 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0507965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.748;QD=58.2267;RBI=0.0514088;REFB=-0.0146655;REVB=0.00791046;RO=1;SAF=35;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133193;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-1.33735e-05;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:36:35:1:0:36:35:1:0 chr17 5328633 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0243297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.427;QD=16.1065;RBI=0.0305967;REFB=-0.0231375;REVB=-0.0185532;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114288;STB=0.506571;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0304686;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:14:8:6:11:14:8 chr17 5334850 . G A 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00760353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0131;QD=13.9455;RBI=0.0215065;REFB=-0.0060796;REVB=-0.0201175;RO=48;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122231;STB=0.506952;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00746587;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:21:11:16:32:21:11:16:32 chr17 5334873 . GA G 290.41 PASS AF=0.480769;AO=49;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0311925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.1538;QD=11.1697;RBI=0.0556883;REFB=-0.0527897;REVB=-0.0461325;RO=54;SAF=17;SAR=32;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142298;STB=0.503864;STBP=0.939;TYPE=del;VARB=0.0574432;OID=.;OPOS=5334874;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480769:49:104:50:104:54:17:33:18:36:99:54:17:32:18:36 chr17 5347576 . G A 507.72 PASS AF=0.405797;AO=56;DP=139;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.00428021;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5818;QD=14.7165;RBI=0.0044631;REFB=-0.00938701;REVB=0.00126452;RO=80;SAF=30;SAR=26;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414582;STB=0.522435;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0135795;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:80:82:56:56:0.405797:26:30:46:34:26:30:47:35 chr17 5356913 . C T 667.07 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.148;QD=62.0534;RBI=0.0114595;REFB=0;REVB=0.0114132;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36727e-05;OID=.;OPOS=5356913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:21:20:0:0:22:21:0:0 chr17 5359323 . GGC G,GG,GGG 354.2 PASS AF=0,1,0;AO=12,21,2;DP=51;FAO=0,48,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30,0;FSAR=0,18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321773,-0.0356695,0.00246334;FXX=0.020404;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=7.39798,9.82728,9.73973;QD=29.5164;RBI=0.182589,0.122174,0.299878;REFB=-0.00150159,-0.00610288,-0.00950446;REVB=-0.179731,0.116851,0.299868;RO=8;SAF=0,18,0;SAR=12,3,2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0.347962,0,0;SSEP=0,0.466357,0;SSSB=-0.827576,0.198022,-0.634114;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00782324,0;OID=.,.,.;OPOS=5359324,5359325,5359325;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:12,21,2:51:0,48,0:48:0:0,30,0:0,18,0:0:0:3:8:0,18,0:12,3,2:5:3 chr17 5393461 . T C 934.05 PASS AF=0.494681;AO=91;DP=186;FAO=93;FDP=188;FR=.;FRO=95;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.0485501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.133;QD=19.8735;RBI=0.0646287;REFB=-0.00494584;REVB=0.0426586;RO=95;SAF=48;SAR=43;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303811;STB=0.516259;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00570317;OID=.;OPOS=5393461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:188:95:95:91:93:0.494681:43:48:47:48:44:49:47:48 chr17 5393524 . A G 494.9 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0110246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.678;QD=15.2275;RBI=0.015546;REFB=-0.00221644;REVB=0.0109607;RO=74;SAF=25;SAR=30;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050663;STB=0.500705;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00271065;OID=.;OPOS=5393524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:74:75:55:55:0.423077:30:25:34:40:30:25:34:41 chr17 5393603 . C T 148.63 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00400977;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.513;QD=11.6572;RBI=0.0192819;REFB=-0.00245928;REVB=-0.0188604;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405415;STB=0.523783;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0058998;OID=.;OPOS=5393603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:33:33:18:18:0.352941:11:7:14:19:11:7:14:19 chr17 5393784 . T TTTAA 209.78 PASS AF=0.4;AO=23;DP=75;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00255068;FXX=0.0714184;HRUN=3;LEN=4;MLLD=229.764;QD=12.9097;RBI=0.0376638;REFB=-0.0269939;REVB=-0.0375774;RO=50;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122035;STB=0.599219;STBP=0.234;TYPE=ins;VARB=0.044008;OID=.;OPOS=5393785;OREF=-;OALT=TTAA;OMAPALT=TTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:23:75:26:65:39:15:11:16:23:99:50:13:10:23:27 chr17 5404011 . T C 821.38 PASS AF=0.395745;AO=90;DP=232;FAO=93;FDP=235;FR=.;FRO=142;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=58;FSRR=84;FWDB=0.010778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.033;QD=13.9809;RBI=0.0111911;REFB=-0.00199822;REVB=0.00301272;RO=141;SAF=45;SAR=45;SRF=58;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962596;STB=0.558488;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00383524;OID=.;OPOS=5404011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:235:141:142:90:93:0.395745:45:45:58:83:46:47:58:84 chr17 5404062 . C T 526.98 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0174132;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.966;QD=21.7312;RBI=0.0186939;REFB=-0.0241898;REVB=-0.00680037;RO=40;SAF=13;SAR=35;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14843;STB=0.618947;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0221393;OID=.;OPOS=5404062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:40:45:48:48:0.494845:35:13:17:23:35:13:22:23 chr17 5418107 . G A 653.05 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=151;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0153203;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.213;QD=17.5315;RBI=0.0249037;REFB=-0.0138074;REVB=0.0196337;RO=76;SAF=44;SAR=25;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171665;STB=0.596344;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0157436;OID=.;OPOS=5418107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:76:80:69:69:0.463087:25:44:35:41:25:44:37:43 chr17 5418799 . G A 415.53 PASS AF=0.33557;AO=50;DP=147;FAO=50;FDP=149;FR=.;FRO=99;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=63;FWDB=-0.00416013;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.5;QD=11.1551;RBI=0.0425996;REFB=-0.0169143;REVB=-0.042396;RO=95;SAF=22;SAR=28;SRF=35;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840654;STB=0.552103;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0367108;OID=.;OPOS=5418799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:95:99:50:50:0.33557:28:22:35:60:28:22:36:63 chr17 5424886 . G A 679.11 PASS AF=0.51938;AO=66;DP=129;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0319944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1305;QD=21.0575;RBI=0.0353634;REFB=0.0151876;REVB=0.015064;RO=63;SAF=20;SAR=46;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941711;STB=0.557295;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0154492;OID=.;OPOS=5424886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:62:66:67:0.51938:46:20:25:38:47:20:25:37 chr17 5425077 . T C 1208.65 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.902;QD=61.1973;RBI=0.0260287;REFB=0;REVB=0.0248249;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13868e-05;OID=.;OPOS=5425077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr17 5440197 . T C 934.19 PASS AF=0.508287;AO=92;DP=181;FAO=92;FDP=181;FR=.;FRO=89;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=59;FSRR=30;FWDB=-0.0158295;FXX=0.0109284;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.024;QD=20.6451;RBI=0.0277744;REFB=-0.0057746;REVB=-0.0228221;RO=89;SAF=59;SAR=33;SRF=59;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211874;STB=0.511625;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00634451;OID=.;OPOS=5440197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:89:89:92:92:0.508287:33:59:59:30:33:59:59:30 chr17 5487164 . C G 1841.89 PASS AF=0.510029;AO=177;DP=348;FAO=178;FDP=349;FR=.;FRO=171;FSAF=83;FSAR=95;FSRF=75;FSRR=96;FWDB=-0.0287776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5542;QD=21.1105;RBI=0.0497358;REFB=-0.00895289;REVB=0.0405648;RO=171;SAF=82;SAR=95;SRF=75;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223353;STB=0.513656;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00762982;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:349:171:171:177:178:0.510029:95:82:75:96:95:83:75:96 chr17 5991344 . C T 2409.58 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.892;QD=64.2555;RBI=0.0519616;REFB=0;REVB=0.0370355;RO=0;SAF=71;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29893e-05;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:78:71:0:0:78:72:0:0 chr17 6014176 . A G 2249.31 PASS AF=0.993056;AO=141;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.397;QD=62.4809;RBI=0.0608008;REFB=-0.0497659;REVB=-0.0508612;RO=1;SAF=55;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549723;STB=0.502824;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00109512;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:144:144:1:1:141:143:0.993056:86:55:0:1:88:55:0:1 chr17 6330068 . T C 398.4 PASS AF=0.445545;AO=43;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00671383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.527;QD=15.7784;RBI=0.0121948;REFB=-0.022044;REVB=0.0101803;RO=48;SAF=12;SAR=31;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149061;STB=0.623822;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0208007;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:48:56:43:45:0.445545:31:12:20:28:33:12:26:30 chr17 6331803 . T C 551.69 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0540291;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3261;QD=20.8186;RBI=0.054279;REFB=-0.0119841;REVB=0.00520326;RO=48;SAF=20;SAR=36;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021942;STB=0.519281;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0265877;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:48:50:56:56:0.528302:36:20:16:32:36:20:16:34 chr17 6353679 . A C 1369.67 PASS AF=0.900901;AO=100;DP=111;FAO=100;FDP=111;FR=.;FRO=11;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0210701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.219;QD=49.3573;RBI=0.0243786;REFB=0.0245358;REVB=0.0122625;RO=10;SAF=50;SAR=50;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687518;STB=0.531525;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0019037;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:111:111:10:11:100:100:0.900901:50:50:1:9:50:50:2:9 chr17 6364753 . A G 3119.27 PASS AF=1;AO=173;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473451;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.652;QD=61.7677;RBI=0.0587973;REFB=0;REVB=-0.034865;RO=0;SAF=65;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43499e-05;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:202:0:0:173:202:1:108:65:0:0:113:89:0:0 chr17 6381939 . G A 472.23 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.01013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.094;QD=14.6427;RBI=0.0123358;REFB=-0.0184415;REVB=-0.00703953;RO=76;SAF=27;SAR=26;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147554;STB=0.582817;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.021827;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:76:53:53:0.410853:26:27:28:48:26:27:28:48 chr17 6483046 . T C 2797.08 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112725;FXX=0.0219768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.248;QD=62.8558;RBI=0.0120059;REFB=0;REVB=-0.00413189;RO=0;SAF=63;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000850106;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:176:178:1:113:63:0:0:114:64:0:0 chr17 6493198 . T C 5084.92 PASS AF=1;AO=319;DP=321;FAO=325;FDP=325;FR=.;FRO=0;FSAF=187;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112351;FXX=0.00611602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6978;QD=62.5837;RBI=0.0171351;REFB=0.0214398;REVB=-0.0129376;RO=0;SAF=183;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90331e-05;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:321:325:0:0:319:325:1:136:183:0:0:138:187:0:0 chr17 6511781 . A G 2144.99 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146919;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.295;QD=63.088;RBI=0.0241197;REFB=0;REVB=0.0191288;RO=0;SAF=63;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90495e-05;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:134:136:1:71:63:0:0:73:63:0:0 chr17 6515387 . A G 2776.31 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200784;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.256;QD=62.7415;RBI=0.0237603;REFB=0;REVB=0.0127047;RO=0;SAF=92;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35177e-05;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:176:177:1:84:92:0:0:85:92:0:0 chr17 6515454 . C T 1024.33 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102267;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.781;QD=60.2545;RBI=0.0319327;REFB=0;REVB=0.0302508;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278599;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr17 6531648 . A G 5694.94 PASS AF=1;AO=359;DP=361;FAO=362;FDP=362;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=198;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.112;QD=62.9275;RBI=0.0315345;REFB=0;REVB=0.016019;RO=2;SAF=163;SAR=196;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00049003;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.90304e-06;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:361:362:2:0:359:362:1:196:163:1:1:198:164:0:0 chr17 6546259 . T C 1457.48 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291873;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=320.833;QD=62.0206;RBI=0.0292104;REFB=-0.0970459;REVB=-0.0011633;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=1.77658e-05;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:56:37:0:0:56:37:0:1 chr17 6556022 . A G 947.07 PASS AF=0.544379;AO=87;DP=164;FAO=92;FDP=169;FR=.;FRO=77;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0207849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.929;QD=22.4159;RBI=0.0211308;REFB=-0.00951803;REVB=0.00380783;RO=76;SAF=51;SAR=36;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00518463;STB=0.504915;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0080259;OID=.;OPOS=6556022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:169:76:77:87:92:0.544379:36:51:45:31:38:54:46:31 chr17 6556194 . T TAGAAG 155.25 PASS AF=0.223214;AO=25;DP=112;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=-0.0225548;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=5;MLLD=290.557;QD=5.5445;RBI=0.0231552;REFB=-0.00335684;REVB=0.00523873;RO=87;SAF=10;SAR=15;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273089;STB=0.516841;STBP=0.869;TYPE=ins;VARB=0.0125135;OID=.;OPOS=6556195;OREF=-;OALT=AGAAG;OMAPALT=TAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223214:25:112:25:112:87:10:15:33:54:99:87:10:15:33:54 chr17 6556326 . G A 400.37 PASS AF=0.366412;AO=46;DP=129;FAO=48;FDP=131;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.00264145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.439;QD=12.2251;RBI=0.0173334;REFB=-0.00806877;REVB=-0.017131;RO=77;SAF=23;SAR=23;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499743;STB=0.524632;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0166316;OID=.;OPOS=6556326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:77:83:46:48:0.366412:23:23:35:42:23:25:40:43 chr17 6556538 . G C 2031.47 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722491;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0941;QD=62.5066;RBI=0.0740754;REFB=0;REVB=0.0163475;RO=0;SAF=75;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286802;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:55:75:0:0:55:75:0:0 chr17 6556541 . A T 1973.1 PASS AF=0.977444;AO=128;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0350247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.183;QD=59.3412;RBI=0.0459876;REFB=-0.0794925;REVB=0.0298014;RO=2;SAF=75;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00258751;STB=0.501906;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.000474793;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:2:3:128:130:0.977444:53:75:1:1:54:76:2:1 chr17 6558768 . C T 722.94 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00189949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0397;QD=60.2446;RBI=0.0685799;REFB=-0.0656782;REVB=0.0685536;RO=1;SAF=36;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128881;STB=0.506846;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0169754;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:11:36:1:0:11:36:1:0 chr17 6607435 . G A 499.98 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=55;FWDB=-0.0047608;FXX=0.0149243;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.321;QD=15.151;RBI=0.00854298;REFB=-0.00128128;REVB=0.00709346;RO=77;SAF=20;SAR=35;SRF=22;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901559;STB=0.550441;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00134987;OID=.;OPOS=6607435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:77:55:55:0.416667:35:20:22:55:35:20:22:55 chr17 6665512 . C A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.004309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.961;QD=17.1564;RBI=0.0116702;REFB=-0.0255802;REVB=-0.0108456;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238057;STB=0.63756;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0194285;OID=.;OPOS=6665512;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:13:4:9:11:13:4:9:11 chr17 6683215 . C T 463.33 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00111003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.9944;QD=52.9522;RBI=0.0313771;REFB=-0.0976253;REVB=-0.0313575;RO=1;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444293;STB=0.513177;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00241661;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:10:23:0:1:10:23:1:1 chr17 6690161 . C T 2059.17 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045406;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7925;QD=62.3991;RBI=0.0494225;REFB=0;REVB=-0.0195161;RO=0;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8303e-05;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:131:132:1:68:63:0:0:68:64:0:0 chr17 6716242 . G A 1720.32 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484237;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.945;QD=60.8962;RBI=0.0393629;REFB=0;REVB=0.0390639;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7832e-05;OID=.;OPOS=6716242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:113:113:1:62:51:0:0:62:51:0:0 chr17 6733672 . T C 2373.24 PASS AF=0.987421;AO=155;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0022693;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7723;QD=59.7041;RBI=0.0692784;REFB=-0.0141085;REVB=0.0692412;RO=1;SAF=58;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048796;STB=0.50505;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-6.06606e-05;OID=.;OPOS=6733672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:159:159:1:2:155:157:0.987421:97:58:0:1:98:59:0:2 chr17 6899559 . C G 2160.24 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0458851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6803;QD=62.1652;RBI=0.0642848;REFB=-0.0494868;REVB=-0.0450232;RO=1;SAF=45;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508521;STB=0.502673;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=4.61895e-05;OID=.;OPOS=6899559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:93:45:0:1:93:45:0:1 chr17 6904934 . A G 1583.37 PASS AF=0.925;AO=111;DP=122;FAO=111;FDP=120;FR=.;FRO=9;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0197612;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.995;QD=52.7789;RBI=0.0360401;REFB=0.0202565;REVB=0.0301394;RO=8;SAF=64;SAR=47;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557372;STB=0.524159;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00149937;OID=.;OPOS=6904934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:122:120:8:9:111:111:0.925:47:64:8:0:47:64:8:1 chr17 6913652 . G A 412.11 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.000178618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.936;QD=17.1713;RBI=0.0291505;REFB=-0.00198457;REVB=0.02915;RO=53;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00216332;STB=0.501211;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00219578;OID=.;OPOS=6913652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:21:22:27:26:21:22:27:26 chr17 6919093 . T C 1124.71 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304507;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.098;QD=60.7949;RBI=0.0451305;REFB=0;REVB=0.0333094;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51967e-07;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr17 6928018 . TC AG,TCCAG 277.43 PASS AF=0.0344828,0.862069;AO=3,14;DP=26;FAO=1,25;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=1,13;FSAR=0,12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0698527,0.0125882;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,3;MLLD=241.942,127.623;QD=38.2662;RBI=0.15375,0.163027;REFB=-0.11503,-0.244769;REVB=0.136966,0.16254;RO=3;SAF=0,9;SAR=3,5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.664835,0.103575;STB=0.990053,0.519984;STBP=0.474,0.611;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0728001,0.0335055;OID=.,.;OPOS=6928018,6928020;OREF=TC,-;OALT=AG,CAG;OMAPALT=AG,TCCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:26:29:3:3:3,14:1,25:0.0344828,0.862069:3,5:0,9:1:2:0,12:1,13:1:2 chr17 6929924 . T C 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.391;QD=60.2546;RBI=0.0528247;REFB=0;REVB=-0.0328288;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.92001e-05;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:52:57:0:0:52:57:0:0 chr17 6931174 . GCT G,GAG 195.6 PASS AF=0.380952,0;AO=24,3;DP=66;FAO=24,0;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12,0;FSAR=12,0;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00834813,-0.0210529;FXX=0.0307645;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=204.85,154.858;QD=12.4187;RBI=0.00939362,0.0218657;REFB=-0.0216038,-0.0123465;REVB=-0.00430684,-0.00590629;RO=39;SAF=12,0;SAR=12,3;SRF=22;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0689037,-0.538343;STB=0.53965,0.5;STBP=0.634,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0207776,0;OID=.,.;OPOS=6931175,6931175;OREF=CT,CT;OALT=-,AG;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952,0:24,3:66:24,0:63:39:12,0:12,0:22:17:99:39:12,0:12,3:22:17 chr17 6943266 . G A 338.53 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.108851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.504;QD=15.5644;RBI=0.108861;REFB=0.00025106;REVB=-0.0014507;RO=50;SAF=25;SAR=12;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207816;STB=0.61762;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.000808289;OID=.;OPOS=6943266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:12:25:24:26:12:25:24:26 chr17 6979179 . A G 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.00147005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.908;QD=18.087;RBI=0.0046944;REFB=-0.0193376;REVB=-0.00445829;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275898;STB=0.635088;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0168684;OID=.;OPOS=6979179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:16:10:3:23:16:10:4:23 chr17 6981353 . G C 982.52 PASS AF=0.556213;AO=94;DP=169;FAO=94;FDP=169;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0252465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.16;QD=23.2549;RBI=0.0291118;REFB=-0.0320738;REVB=0.0144953;RO=73;SAF=36;SAR=58;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120844;STB=0.50796;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0273717;OID=.;OPOS=6981353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:73:75:94:94:0.556213:58:36:29:44:58:36:30:45 chr17 6981397 . A G 1171.96 PASS AF=0.587912;AO=105;DP=180;FAO=107;FDP=182;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0157455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.989;QD=25.7573;RBI=0.0160473;REFB=-0.0338646;REVB=-0.00309757;RO=75;SAF=37;SAR=68;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071875;STB=0.537341;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0232282;OID=.;OPOS=6981397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:75:75:105:107:0.587912:68:37:33:42:69:38:33:42 chr17 7011129 . C T 405.63 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0456112;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8543;QD=19.5483;RBI=0.0456919;REFB=-0.0120891;REVB=-0.00271426;RO=42;SAF=25;SAR=16;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890786;STB=0.504948;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0126652;OID=.;OPOS=7011129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:42:42:41:41:0.493976:16:25:26:16:16:25:26:16 chr17 7012073 . G T 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00773405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9124;QD=13.849;RBI=0.0105375;REFB=0.0140313;REVB=-0.00715711;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209208;STB=0.51218;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0246179;OID=.;OPOS=7012073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:13:12:8:8:13:12 chr17 7012077 . C T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0196929;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.575;QD=13.4591;RBI=0.020564;REFB=-0.0116848;REVB=-0.00592176;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0312743;OID=.;OPOS=7012077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:13:13:8:8:13:13 chr17 7012079 . C T 141.04 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0120551;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=97.7333;QD=13.4326;RBI=0.0132439;REFB=-0.00550026;REVB=0.00548406;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0264353;OID=.;OPOS=7012079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:13:13:8:8:13:13 chr17 7080316 . C T 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0322965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4045;QD=10.1695;RBI=0.0323062;REFB=0.0243326;REVB=-0.00079006;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373885;STB=0.768236;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0151921;OID=.;OPOS=7080316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:8:9:6:6:0.4:5:1:4:4:5:1:5:4 chr17 7120419 . C T 2504.97 PASS AF=1;AO=118;DP=169;FAO=168;FDP=168;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=102;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127837;FXX=0.00591681;HRUN=7;LEN=1;MLLD=43.4337;QD=59.6422;RBI=0.093999;REFB=0;REVB=0.0931257;RO=0;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000493227;OID=.;OPOS=7120419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:168:0:0:118:168:1:50:68:0:0:66:102:0:0 chr17 7128727 . C T 1268.49 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0564391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.243;QD=60.4045;RBI=0.0584512;REFB=-0.0750895;REVB=-0.0152041;RO=1;SAF=43;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108876;STB=0.505746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000203819;OID=.;OPOS=7128727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:40:43:1:0:40:43:1:0 chr17 7132556 . C T 1706.65 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.222;QD=60.4124;RBI=0.0390358;REFB=0;REVB=-0.0188816;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24014e-05;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:59:53:0:0:59:54:0:0 chr17 7134129 . A G 1525.68 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5589;QD=59.8308;RBI=0.060616;REFB=0;REVB=-0.00425143;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216707;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:54:48:0:0:54:48:0:0 chr17 7142072 . GACCCC CGACCC,GACCC,GACCCCT,GACCCT 445.69 PASS AF=0,0.207084,0.111717,0.0245232;AO=18,82,38,13;DP=371;FAO=0,76,41,9;FDP=367;FR=.;FRO=241;FSAF=0,50,41,9;FSAR=0,26,0,0;FSRF=60;FSRR=181;FWDB=-0.053922,-0.111364,-0.0399715,-0.0396225;FXX=0.0107814;HRUN=1,5,1,5;LEN=3,1,1,1;MLLD=84.2943,11.0144,153.672,154.325;QD=4.85767;RBI=0.0677809,0.11593,0.0417287,0.0415516;REFB=-0.0515485,-0.150756,-0.0103231,-0.016411;REVB=-0.0410691,0.0322153,-0.0119818,-0.0125136;RO=172;SAF=0,69,38,13;SAR=18,13,0,0;SRF=28;SRR=144;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.5275,0.705024,0.853644,0.760677;STB=0.5,0.783436,0.999825,0.999388;STBP=1,0,0,0;TYPE=mnp,del,ins,snp;VARB=0,0.179825,0.0279478,0.0228623;OID=.,.,.,.;OPOS=7142072,7142074,7142078,7142077;OREF=GAC,C,-,C;OALT=CGA,-,T,T;OMAPALT=CGACCC,GACCC,GACCCCT,GACCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:371:367:172:241:18,82,38,13:0,76,41,9:0,0.207084,0.111717,0.0245232:18,13,0,0:0,69,38,13:28:144:0,26,0,0:0,50,41,9:60:181 chr17 7154534 . G A 4109.51 PASS AF=1;AO=257;DP=258;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184724;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.875;QD=62.2653;RBI=0.0251168;REFB=-0.231695;REVB=0.0170183;RO=1;SAF=160;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212647;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:258:264:1:0:257:264:1:97:160:0:1:101:163:0:0 chr17 7158203 . T G 69.5 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.438;QD=34.7522;RBI=0.157161;REFB=0;REVB=0.0246176;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215855;OID=.;OPOS=7158203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:6:1:0:0:7:1:0:0 chr17 7163723 . A C 1245.73 PASS AF=1;AO=62;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3955;QD=61.5177;RBI=0.0276014;REFB=0;REVB=0.01858;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45953e-05;OID=.;OPOS=7163723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:62:81:1:44:18:0:0:45:36:0:0 chr17 7163739 . A G 1223.86 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939084;FXX=0.048187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.942;QD=61.9675;RBI=0.00939592;REFB=0;REVB=0.000308962;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139079;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr17 7185788 . T C 1902.62 PASS AF=1;AO=117;DP=132;FAO=124;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574785;FXX=0.0461503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.897;QD=61.3747;RBI=0.0585508;REFB=0;REVB=0.0111541;RO=0;SAF=39;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116185;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:132:124:0:0:117:124:1:78:39:0:0:88:36:0:0 chr17 7187123 . T C 1227.37 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.764;QD=61.3687;RBI=0.0487877;REFB=0;REVB=0.04877;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128554;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr17 7213560 . C G 179.01 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0261015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.225;QD=10.849;RBI=0.0421713;REFB=-0.00120338;REVB=-0.033123;RO=43;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080395;STB=0.504681;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00287787;OID=.;OPOS=7213560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:10:13:24:19:10:13:24:19 chr17 7213694 . C A 287.96 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00154572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.855;QD=18.5778;RBI=0.0041193;REFB=-0.00507727;REVB=0.00381829;RO=31;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916211;STB=0.551234;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00378682;OID=.;OPOS=7213694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:20:11:14:17:20:11:14:17 chr17 7213773 . GGTG GG,GGTT 87.3 PASS AF=0.314286,0.0285714;AO=7,2;DP=35;FAO=11,1;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7,0;FSAR=4,1;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00674816,-0.00801211;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=249.511,255.181;QD=9.97724;RBI=0.0214853,0.0278625;REFB=-0.014441,-0.0154784;REVB=0.020398,0.0266856;RO=19;SAF=5,1;SAR=2,1;SRF=4;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.531742,0.322878;STB=0.713925,0.986178;STBP=0.12,0.483;TYPE=del,snp;VARB=0.0220444,0.0257913;OID=.,.;OPOS=7213774,7213776;OREF=GT,G;OALT=-,T;OMAPALT=GG,GGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286,0.0285714:7,2:35:11,1:35:23:7,0:4,1:7:16:79:19:5,1:2,1:4:15 chr17 7216540 . G A 243.84 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=59;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0124981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.612;QD=15.482;RBI=0.0164045;REFB=-0.0147838;REVB=-0.0106257;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204313;STB=0.624913;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.017492;OID=.;OPOS=7216540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:35:35:24:28:0.444444:11:13:12:23:12:16:12:23 chr17 7217463 . T C 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0243223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.254;QD=22.3745;RBI=0.0252102;REFB=-0.00122748;REVB=-0.00663191;RO=27;SAF=13;SAR=22;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325264;STB=0.517918;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.000555476;OID=.;OPOS=7217463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:22:13:9:18:22:13:9:18 chr17 7219230 . A G 755.24 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0722284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2339;QD=54.9262;RBI=0.0754659;REFB=-0.181647;REVB=-0.0218667;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00472245;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:55:1:1:52:54:0.981818:28:24:1:0:28:26:1:0 chr17 7221385 . G A 1743.34 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00236529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.042;QD=58.1115;RBI=0.0512064;REFB=-0.0653641;REVB=0.0511517;RO=3;SAF=54;SAR=63;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978468;STB=0.505154;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.000283694;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:3:3:117:117:0.975:63:54:2:1:63:54:2:1 chr17 7230845 . G T 147.16 PASS AF=0.533333;AO=11;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00377901;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.682;QD=19.6208;RBI=0.0182353;REFB=-0.00559301;REVB=-0.0178394;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43326;STB=0.701878;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0042166;OID=.;OPOS=7230845;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:30:8:13:11:16:0.533333:8:3:7:1:11:5:10:3 chr17 7257845 . AGGGT AGGT,AGGTG,AGGTGT 280.15 PASS AF=0.730769,0,0.269231;AO=7,2,4;DP=35;FAO=19,0,7;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0,3;FSAR=8,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.942967,0.498591,0.0572793;FXX=0.0714031;HRUN=3,3,0;LEN=1,2,1;MLLD=15.9805,6.08383,99.921;QD=43.1005;RBI=0.949885,0.503517,0.0598082;REFB=0,0,0;REVB=0.114432,-0.0702625,-0.0172076;RO=19;SAF=0,0,0;SAR=7,2,4;SRF=17;SRR=2;SSEN=0.409557,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.838023,-0.753739,-0.808881;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.00957041,0,0.173079;OID=.,.,.;OPOS=7257846,7257848,7257848;OREF=G,GT,-;OALT=-,TG,T;OMAPALT=AGGT,AGGTG,AGGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.730769,0,0.269231:7,2,4:35:19,0,7:26:0:11,0,3:8,0,4:0:0:46:19:0,0,0:7,2,4:17:2 chr17 7258186 . TGGGGGGT TGGGGG,TGGGGGT 31.06 PASS AF=0,0.481481;AO=6,6;DP=29;FAO=0,13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=0,4;FSAR=0,9;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00973555,0.068137;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=218.533,10.557;QD=4.60199;RBI=0.0146175,0.291498;REFB=-0.00467614,-0.0946143;REVB=0.0109037,-0.283422;RO=14;SAF=1,3;SAR=5,3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0.769231,0.769231;SSEP=0,0;SSSB=-0.619041,-0.324321;STB=0.5,0.737358;STBP=1,0.025;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0113918;OID=.,.;OPOS=7258192,7258187;OREF=GT,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGGG,TGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.481481:6,6:29:0,13:27:14:0,4:0,9:11:3:32:14:1,3:5,3:11:3 chr17 7292107 . G A 1581.59 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0175321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.007;QD=56.9943;RBI=0.0480419;REFB=-0.155953;REVB=0.0447286;RO=1;SAF=55;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085524;STB=0.504755;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00126848;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:111:111:1:3:108:108:0.972973:53:55:1:0:53:55:1:2 chr17 7318396 . C T 1513.15 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.584;QD=59.9268;RBI=0.0326701;REFB=0;REVB=0.0167206;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22374e-05;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:48:53:0:0:48:53:0:0 chr17 7318935 . C T 2721.28 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.918;QD=62.2006;RBI=0.0368852;REFB=0;REVB=0.0319352;RO=0;SAF=93;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35222e-05;OID=.;OPOS=7318935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:173:175:1:80:93:0:0:82:93:0:0 chr17 7330168 . GCCCCCTA GCCCCTA,GCCTCCCT 232.7 PASS AF=0.608696,0.391304;AO=7,2;DP=32;FAO=14,9;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206186,-0.0704737;FXX=0.257981;HRUN=5,5;LEN=1,5;MLLD=13.5159,110.332;QD=40.4701;RBI=0.213212,0.114281;REFB=0,0;REVB=-0.0542835,0.089964;RO=3;SAF=6,0;SAR=1,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.381818,0;SSSB=-0.175667,-0.74993;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0501897,0.0428782;OID=.,.;OPOS=7330169,7330171;OREF=C,CCCTA;OALT=-,TCCCT;OMAPALT=GCCCCTA,GCCTCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.608696,0.391304:7,2:32:14,9:23:0:13,0:1,9:0:0:78:3:6,0:1,2:3:0 chr17 7351938 . A C 61.62 PASS AF=0.127451;AO=11;DP=95;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0236979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.123;QD=2.41639;RBI=0.0256996;REFB=-0.0290649;REVB=-0.00994399;RO=83;SAF=10;SAR=1;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606676;STB=0.927831;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.112902;OID=.;OPOS=7351938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:95:102:83:89:11:13:0.127451:1:10:31:52:1:12:37:52 chr17 7363088 . T C 273.35 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00442526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.211;QD=24.8502;RBI=0.0148554;REFB=0.00749585;REVB=0.014181;RO=19;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131927;STB=0.57284;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0079323;OID=.;OPOS=7363088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:9:16:15:4:9:16:15:4 chr17 7363430 . ATTTTTTTTTT ATTTTTTT,ATTTTTTTTTG,ATTTTTTTTT 71.81 PASS AF=0.0769231,0.153846,0.653846;AO=6,3,4;DP=31;FAO=2,4,17;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=0,3,16;FSAR=2,1,1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.200307,-0.0493538,-0.616357;FXX=0.161238;HRUN=11,11,11;LEN=3,1,1;MLLD=8.97334,164.926,3.48561;QD=11.0484;RBI=0.207199,0.0514315,0.624139;REFB=-0.18721,-0.0205372,-0.41402;REVB=-0.0529946,-0.0144708,-0.0982531;RO=3;SAF=4,2,4;SAR=2,1,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.236104,-0.352427,0;STB=0.995982,0.666019,0.54281;STBP=0.052,0.715,0.627;TYPE=del,snp,del;VARB=0.16283,0.0252472,-0.238745;OID=.,.,.;OPOS=7363431,7363440,7363431;OREF=TTT,T,T;OALT=-,G,-;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTTTG,ATTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0769231,0.153846,0.653846:6,3,4:31:2,4,17:26:3:0,3,16:2,1,1:3:0:27:3:4,2,4:2,1,0:3:0 chr17 7363474 . C G 184.32 PASS AF=0.392857;AO=20;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00270438;FXX=0.0344768;HRUN=7;LEN=1;MLLD=274.995;QD=13.1656;RBI=0.00995696;REFB=-0.0041464;REVB=0.00958266;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135243;STB=0.543438;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00380132;OID=.;OPOS=7363474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:18:34:20:22:0.392857:14:6:8:10:15:7:13:21 chr17 7366651 . C G 404.78 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0125032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.504;QD=32.3821;RBI=0.0245268;REFB=-0.104812;REVB=0.0211006;RO=17;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702835;STB=0.538438;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0315382;OID=.;OPOS=7366651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:21:12:8:9:21:12:8:9 chr17 7385454 . G A 532.2 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0032828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.379;QD=16.8953;RBI=0.00888195;REFB=-0.0172961;REVB=0.00825301;RO=67;SAF=32;SAR=25;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124592;STB=0.569181;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0211725;OID=.;OPOS=7385454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:69:57:57:0.452381:25:32:29:38:25:32:30:39 chr17 7386055 . C T 4435.26 PASS AF=0.969595;AO=287;DP=296;FAO=287;FDP=296;FR=.;FRO=9;FSAF=103;FSAR=184;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00610531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.98;QD=59.9359;RBI=0.0066597;REFB=-0.153659;REVB=0.00266023;RO=4;SAF=103;SAR=184;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110995;STB=0.506473;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00048791;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:296:296:4:9:287:287:0.969595:184:103:3:1:184:103:5:4 chr17 7386279 . TG CA 1392.86 PASS AF=0.942857;AO=98;DP=105;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0167015;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.375;QD=53.0614;RBI=0.0195839;REFB=-0.0135325;REVB=0.0102269;RO=6;SAF=46;SAR=52;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00335501;STB=0.501446;STBP=0.924;TYPE=mnp;VARB=0.00112902;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:105:105:6:6:98:99:0.942857:52:46:3:3:52:47:3:3 chr17 7400137 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.637;QD=58.2396;RBI=0.029738;REFB=0;REVB=0.019261;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58451e-05;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr17 7402600 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.734;QD=58.2392;RBI=0.0505703;REFB=0;REVB=0.0477479;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023224;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr17 7404107 . T C 2408.42 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6743;QD=64.2246;RBI=0.00865784;REFB=0;REVB=-0.0084229;RO=0;SAF=80;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84286e-05;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:69:80:0:0:70:80:0:0 chr17 7404991 . T C 1922.62 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00449827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.518;QD=60.0817;RBI=0.0281593;REFB=-0.193047;REVB=0.0277977;RO=1;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078537;STB=0.500373;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00171074;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:128:128:1:2:126:126:0.984375:60:66:0:1:60:66:1:1 chr17 7405937 . C T 275.13 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0117908;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.182;QD=12.9472;RBI=0.0205622;REFB=-0.00774963;REVB=-0.0168458;RO=52;SAF=18;SAR=14;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679783;STB=0.545023;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0165686;OID=.;OPOS=7405937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:52:53:32:32:0.376471:14:18:26:26:14:18:26:27 chr17 7412403 . T C 1385.78 PASS AF=0.529183;AO=136;DP=257;FAO=136;FDP=257;FR=.;FRO=121;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=-0.0422377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9215;QD=21.5686;RBI=0.0762392;REFB=0.0121116;REVB=-0.0634697;RO=121;SAF=71;SAR=65;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04396;STB=0.523997;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0109208;OID=.;OPOS=7412403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:121:121:136:136:0.529183:65:71:57:64:65:71:57:64 chr17 7416683 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.142;QD=53.2768;RBI=0.0474714;REFB=0;REVB=0.0341463;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045789;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr17 7417086 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3255;QD=37.4883;RBI=0.00893029;REFB=0;REVB=-0.00893029;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288357;OID=.;OPOS=7417086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr17 7460517 . G C 415.54 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0380797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8368;QD=16.1373;RBI=0.0738551;REFB=-0.0114599;REVB=-0.0632812;RO=57;SAF=23;SAR=23;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433754;STB=0.524261;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0100385;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:23:23:26:31:23:23:26:31 chr17 7460559 . T G 1287.16 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.314;QD=60.5721;RBI=0.0454829;REFB=-0.13273;REVB=0.0418334;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116923;STB=0.506023;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000479206;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:82:84:0.988235:42:40:1:0:43:41:1:0 chr17 7462969 . A G 1794.09 PASS AF=0.960317;AO=121;DP=126;FAO=121;FDP=126;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00813211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0569;QD=56.9554;RBI=0.0148002;REFB=-0.0165204;REVB=0.0123659;RO=5;SAF=54;SAR=67;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188024;STB=0.509907;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00287247;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:126:126:5:5:121:121:0.960317:67:54:1:4:67:54:1:4 chr17 7470285 . CA C 1457.17 PASS AF=1;AO=132;DP=144;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.9727;QD=39.3829;RBI=0.0709595;REFB=0;REVB=-0.0569458;RO=3;SAF=67;SAR=65;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000629261;OID=.;OPOS=7470286;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:132:144:148:148:0:73:75:0:0:29:3:67:65:3:0 chr17 7475159 . A T 1082.03 PASS AF=0.548223;AO=101;DP=193;FAO=108;FDP=197;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=83;FSRF=19;FSRR=70;FWDB=0.0131618;FXX=0.034312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.416;QD=21.9701;RBI=0.0132898;REFB=-0.00354363;REVB=0.00184046;RO=92;SAF=22;SAR=79;SRF=26;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784489;STB=0.511567;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00353437;OID=.;OPOS=7475159;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:197:92:89:101:108:0.548223:79:22:26:66:83:25:19:70 chr17 7477938 . G C 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.275;QD=62.3135;RBI=0.0301205;REFB=0;REVB=0.0278835;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74067e-05;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr17 7479892 . C T 757.61 PASS AF=0.521429;AO=73;DP=140;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0300187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5487;QD=21.6459;RBI=0.0411483;REFB=-0.0238691;REVB=0.0281435;RO=65;SAF=26;SAR=47;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135511;STB=0.568335;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0208751;OID=.;OPOS=7479892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:65:67:73:73:0.521429:47:26:33:32:47:26:33:34 chr17 7482125 . A G 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0897386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0768;QD=19.9043;RBI=0.0899673;REFB=-0.0222636;REVB=-0.00641091;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142216;STB=0.578896;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0204059;OID=.;OPOS=7482125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:15:15:9:18:15:15:9:18 chr17 7490379 . G C 82.94 PASS AF=0.769231;AO=5;DP=9;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0290923;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=152.412;QD=25.5198;RBI=0.0459018;REFB=-0.10047;REVB=0.0355052;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.615165;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00268846;OID=.;OPOS=7490379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:9:13:2:3:5:10:0.769231:0:5:2:0:5:5:3:0 chr17 7530271 . C T 298.63 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.00185192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.663;QD=23.89;RBI=0.00356175;REFB=0.00699494;REVB=-0.00304244;RO=22;SAF=17;SAR=10;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350655;STB=0.701141;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00857182;OID=.;OPOS=7530271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:10:17:4:18:10:17:4:19 chr17 7557419 . A G 1219.85 PASS AF=0.976471;AO=80;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00781599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.4;QD=57.4046;RBI=0.00901086;REFB=-0.169644;REVB=-0.00448396;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126242;STB=0.512497;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00267982;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:84:85:1:2:80:83:0.976471:43:37:1:0:44:39:2:0 chr17 7572314 . G T 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0144506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.996;QD=13.6998;RBI=0.0460397;REFB=-0.022019;REVB=-0.0437131;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147794;STB=0.571352;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0239535;OID=.;OPOS=7572314;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:10:8:9:20:10:8:10:20 chr17 7578115 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.887;QD=60.6102;RBI=0.0282686;REFB=0;REVB=-0.0279468;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.51304e-05;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr17 7579472 . G C 895.36 PASS AF=0.784091;AO=68;DP=88;FAO=69;FDP=88;FR=.;FRO=19;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.00157508;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.059;QD=40.6981;RBI=0.00698658;REFB=-0.0429189;REVB=-0.00680672;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.592264;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00881612;OID=.;OPOS=7579472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:0:19:68:69:0.784091:32:36:0:0:32:37:2:17 chr17 7579800 . T TC 196.64 PASS AF=1;AO=3;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581455;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=55.9992;QD=46.2673;RBI=0.0581455;REFB=0;REVB=0;RO=14;SAF=3;SAR=0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00100563;OID=.;OPOS=7579801;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:17:17:17:0:17:0:0:0:4:14:3:0:14:0 chr17 7579801 . G C 143.13 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0421609;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.5061;QD=33.6768;RBI=0.0421609;REFB=0.0025023;REVB=0;RO=3;SAF=14;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496393;OID=.;OPOS=7579801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:0:14:3:0:0:14:3:0 chr17 7608921 . GGC G,GG 61.06 PASS AF=0.0217391,0.478261;AO=6,14;DP=49;FAO=1,22;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=0,6;FSAR=1,16;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0843854,-0.255916;FXX=0.041658;HRUN=4,7;LEN=2,1;MLLD=16.1346,7.71082;QD=5.30969;RBI=0.0989327,0.258257;REFB=0.0361557,-0.0478501;REVB=-0.051641,0.0346933;RO=20;SAF=1,3;SAR=5,11;SRF=4;SRR=16;SSEN=0.416667,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0647405,0.0217504;STB=0.984583,0.53681;STBP=0.505,0.707;TYPE=del,del;VARB=-0.0900678,0.0446669;OID=.,.;OPOS=7608922,7608923;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0217391,0.478261:6,14:49:1,22:46:23:0,6:1,16:5:18:55:20:1,3:5,11:4:16 chr17 7613765 . G A 906.27 PASS AF=0.553459;AO=88;DP=159;FAO=88;FDP=159;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.00154973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.812;QD=22.7993;RBI=0.00247399;REFB=-0.00990675;REVB=0.00192847;RO=71;SAF=37;SAR=51;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459538;STB=0.52505;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00732435;OID=.;OPOS=7613765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:71:71:88:88:0.553459:51:37:26:45:51:37:26:45 chr17 7614601 . G A 214.09 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0156415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.182;QD=9.62199;RBI=0.0223036;REFB=-0.0183227;REVB=-0.0158995;RO=61;SAF=10;SAR=18;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161533;STB=0.594972;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0417346;OID=.;OPOS=7614601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:61:28:28:0.314607:18:10:30:31:18:10:30:31 chr17 7673605 . A G 578.33 PASS AF=0.476562;AO=56;DP=123;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.020555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.693;QD=18.0727;RBI=0.0273613;REFB=-0.00399686;REVB=0.0180591;RO=67;SAF=25;SAR=31;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160451;STB=0.510613;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00389794;OID=.;OPOS=7673605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:67:67:56:61:0.476562:31:25:31:36:34:27:31:36 chr17 7673928 . C G 580.96 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0125249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6617;QD=17.2135;RBI=0.0136838;REFB=-0.00795981;REVB=0.00551137;RO=74;SAF=27;SAR=34;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237201;STB=0.513202;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.012543;OID=.;OPOS=7673928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:74:61:61:0.451852:34:27:31:43:34:27:31:43 chr17 7681412 . C G 1021.17 PASS AF=0.597484;AO=95;DP=159;FAO=95;FDP=159;FR=.;FRO=64;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00105909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8791;QD=25.6898;RBI=0.00464174;REFB=0.000376102;REVB=-0.00451931;RO=64;SAF=52;SAR=43;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353397;STB=0.519165;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.000279147;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:64:64:95:95:0.597484:43:52:32:32:43:52:32:32 chr17 7722047 . C A 1467.84 PASS AF=0.477848;AO=151;DP=316;FAO=151;FDP=316;FR=.;FRO=165;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=71;FSRR=94;FWDB=-0.000555201;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.467;QD=18.5802;RBI=0.0120921;REFB=-0.00347589;REVB=0.0120793;RO=164;SAF=80;SAR=71;SRF=71;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914899;STB=0.55181;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00458636;OID=.;OPOS=7722047;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:164:165:151:151:0.477848:71:80:71:93:71:80:71:94 chr17 7750232 . T C 245.02 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00548234;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.59;QD=28.8253;RBI=0.117654;REFB=0.00152293;REVB=0.117526;RO=12;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213687;STB=0.622636;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=8.40775e-05;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:12:12:21:22:0.647059:15:6:7:5:16:6:7:5 chr17 7751388 . C A 514.41 PASS AF=0.434109;AO=56;DP=129;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=67;FWDB=-0.0116325;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.764;QD=15.9506;RBI=0.0123241;REFB=-0.0104988;REVB=-0.00407054;RO=71;SAF=11;SAR=45;SRF=5;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235738;STB=0.616891;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0148579;OID=.;OPOS=7751388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:73:56:56:0.434109:45:11:5:66:45:11:6:67 chr17 7751751 . C T 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0383231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.95;QD=16.4162;RBI=0.0455612;REFB=-0.0135755;REVB=0.0246406;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180327;STB=0.603627;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0178962;OID=.;OPOS=7751751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:6:10:6:8:6:10 chr17 7757986 . TA AG 30.85 PASS AF=0.129032;AO=9;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0182368;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=156.897;QD=1.99028;RBI=0.0789037;REFB=-0.00625665;REVB=-0.0767672;RO=47;SAF=3;SAR=6;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454536;STB=0.711053;STBP=0.261;TYPE=mnp;VARB=0.141758;OID=.;OPOS=7757986;OREF=TA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:62:62:47:54:9:8:0.129032:6:3:34:13:5:3:34:20 chr17 7760704 . A G 1362.11 PASS AF=0.455975;AO=141;DP=320;FAO=145;FDP=318;FR=.;FRO=173;FSAF=64;FSAR=81;FSRF=82;FSRR=91;FWDB=0.0242323;FXX=0.012422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.962;QD=17.1334;RBI=0.0251418;REFB=-0.00305689;REVB=0.00670121;RO=177;SAF=60;SAR=81;SRF=82;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385069;STB=0.517909;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00399899;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:318:177:173:141:145:0.455975:81:60:82:95:81:64:82:91 chr17 7761926 . C T 253.28 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0566892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.281;QD=17.4674;RBI=0.0591974;REFB=-0.0217954;REVB=0.0170488;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110609;STB=0.551688;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.025283;OID=.;OPOS=7761926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:30:27:28:0.482759:14:13:18:12:14:14:18:12 chr17 7843053 . C T 478.25 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.665;QD=57.9695;RBI=0.121176;REFB=0;REVB=0.0355836;RO=1;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143077;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:1:0:30:33:1:23:7:0:1:24:9:0:0 chr17 7847955 . C A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3223;QD=53.9086;RBI=0.00763847;REFB=0;REVB=0.00763847;RO=0;SAF=0;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181473;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:24:0:0:0:24:0:0:0 chr17 7849087 . C G 2899.96 PASS AF=0.989362;AO=185;DP=187;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0329939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7819;QD=61.7013;RBI=0.033803;REFB=0.0185955;REVB=0.00735163;RO=2;SAF=81;SAR=104;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116095;STB=0.506023;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000263484;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:188:2:2:185:186:0.989362:104:81:2:0:104:82:2:0 chr17 7906519 . G T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1753;QD=57.1061;RBI=0.0120266;REFB=0;REVB=0.00766805;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178864;OID=.;OPOS=7906519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr17 7942901 . C G 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.012514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.368;QD=19.8666;RBI=0.0128502;REFB=-0.0100067;REVB=0.00292005;RO=34;SAF=23;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472465;STB=0.526256;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0104322;OID=.;OPOS=7942901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:13:23:20:14:13:23:20:14 chr17 7951819 . A G 959.97 PASS AF=0.495;AO=95;DP=196;FAO=99;FDP=200;FR=.;FRO=101;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=0.0133285;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.309;QD=19.1994;RBI=0.0141857;REFB=-0.0113447;REVB=-0.0048565;RO=99;SAF=56;SAR=39;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107425;STB=0.566714;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0099188;OID=.;OPOS=7951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:200:99:101:95:99:0.495:39:56:47:52:40:59:47:54 chr17 7983681 . G A 971.76 PASS AF=0.492308;AO=96;DP=194;FAO=96;FDP=195;FR=.;FRO=99;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.0251312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4176;QD=19.9336;RBI=0.0278107;REFB=-0.0205277;REVB=-0.0119103;RO=97;SAF=46;SAR=50;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491432;STB=0.502888;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0298519;OID=.;OPOS=7983681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:97:99:96:96:0.492308:50:46:47:50:50:46:48:51 chr17 7983799 . A G 991.71 PASS AF=0.545977;AO=94;DP=173;FAO=95;FDP=174;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=0.0133889;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.726;QD=22.798;RBI=0.0143368;REFB=-0.0185144;REVB=0.0051264;RO=79;SAF=40;SAR=54;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614768;STB=0.53604;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.014377;OID=.;OPOS=7983799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:79:79:94:95:0.545977:54:40:28:51:54:41:28:51 chr17 7983969 . G C 1183.57 PASS AF=0.483607;AO=118;DP=245;FAO=118;FDP=244;FR=.;FRO=126;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=49;FSRR=77;FWDB=-0.0234846;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.375;QD=19.4028;RBI=0.0308804;REFB=-0.0190721;REVB=-0.0200518;RO=126;SAF=50;SAR=68;SRF=49;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336724;STB=0.518521;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0196132;OID=.;OPOS=7983969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:126:126:118:118:0.483607:68:50:49:77:68:50:49:77 chr17 7999957 . G A 437.41 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=40;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0261587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1009;QD=24.3005;RBI=0.0336854;REFB=0.00251491;REVB=0.0212234;RO=30;SAF=40;SAR=2;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554557;STB=0.814836;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00104686;OID=.;OPOS=7999957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:2:40:19:11:2:40:19:11 chr17 8022065 . G A 242.1 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00512613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.94;QD=14.8984;RBI=0.0196372;REFB=-0.0195443;REVB=0.0189563;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487122;STB=0.50276;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0371006;OID=.;OPOS=8022065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:15:13:17:20:15:13:17:20 chr17 8023057 . A C 235.05 PASS AF=0.402778;AO=26;DP=70;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.000437198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.265;QD=13.0581;RBI=0.0235304;REFB=-0.0173198;REVB=-0.0235263;RO=43;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496267;STB=0.502957;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0198309;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:43:43:26:29:0.402778:15:11:18:25:17:12:18:25 chr17 8023059 . A C 248.41 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00293483;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.431;QD=13.8007;RBI=0.00352715;REFB=-0.00672115;REVB=0.00195641;RO=44;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00512047;STB=0.502957;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00896523;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:44:43:29:29:0.402778:17:12:18:26:17:12:18:25 chr17 8023143 . G A 319.74 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0366348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.326;QD=18.5358;RBI=0.0399709;REFB=0.00570897;REVB=0.0159863;RO=32;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501927;STB=0.509428;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.00520291;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:35:34:34:0.492754:21:13:14:18:21:13:14:21 chr17 8024237 . T C 1899.74 PASS AF=0.992126;AO=121;DP=122;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0384898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9077;QD=59.8343;RBI=0.042572;REFB=-0.0533028;REVB=-0.0181908;RO=0;SAF=48;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99806e-08;STB=0.50495;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00109733;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:127:0:1:121:126:0.992126:73:48:0:0:76:50:1:0 chr17 8026364 . C T 4374.61 PASS AF=0.542484;AO=409;DP=760;FAO=415;FDP=765;FR=.;FRO=350;FSAF=203;FSAR=212;FSRF=162;FSRR=188;FWDB=0.0272037;FXX=0.00130547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.992;QD=22.8738;RBI=0.0272056;REFB=-0.0469127;REVB=-0.000323733;RO=347;SAF=200;SAR=209;SRF=162;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187319;STB=0.512044;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0427022;OID=.;OPOS=8026364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:760:765:347:350:409:415:0.542484:209:200:162:185:212:203:162:188 chr17 8047081 . G A 125.86 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00234323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.944;QD=18.6466;RBI=0.0545966;REFB=-0.046665;REVB=0.0545463;RO=12;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380121;STB=0.576802;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0307743;OID=.;OPOS=8047081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:2:12:10:2:2:12:10:3 chr17 8048169 . T C 624.93 PASS AF=0.43949;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=57;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=30;FWDB=0.0181205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.622;QD=15.9218;RBI=0.0181316;REFB=-0.0343622;REVB=0.000636024;RO=87;SAF=57;SAR=12;SRF=57;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241558;STB=0.634296;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0374606;OID=.;OPOS=8048169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:87:88:69:69:0.43949:12:57:57:30:12:57:58:30 chr17 8048283 . G A 83.36 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0135134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.607;QD=9.80743;RBI=0.015495;REFB=-0.0183038;REVB=0.00758173;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288232;STB=0.650873;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0798246;OID=.;OPOS=8048283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:21:23:11:11:0.323529:8:3:11:10:8:3:11:12 chr17 8062583 . A G 918.36 PASS AF=0.455814;AO=97;DP=215;FAO=98;FDP=215;FR=.;FRO=117;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=0.00816706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.456;QD=17.0858;RBI=0.008853;REFB=0.00361553;REVB=-0.00341682;RO=117;SAF=51;SAR=46;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038079;STB=0.518082;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00424497;OID=.;OPOS=8062583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:117:117:97:98:0.455814:46:51:57:60:47:51:57:60 chr17 8064083 . T G 871.73 PASS AF=0.25256;AO=56;DP=296;FAO=74;FDP=293;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=186;FSAF=62;FSAR=12;FSRF=115;FSRR=71;FWDB=-0.0105497;FXX=0.0134676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.121;QD=11.9007;RBI=0.0108225;REFB=-0.0153079;REVB=-0.00241452;RO=138;SAF=52;SAR=4;SRF=92;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520132;STB=0.707776;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0329628;OID=.;OPOS=8064083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:293:138:186:56:74:0.25256:4:52:92:46:12:62:115:71 chr17 8076778 . C T 321.85 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00483693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.045;QD=13.9936;RBI=0.0116894;REFB=-0.0116988;REVB=-0.0106417;RO=56;SAF=23;SAR=13;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761115;STB=0.543398;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0144441;OID=.;OPOS=8076778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:13:23:32:24:13:23:32:24 chr17 8076802 . T A 364.63 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00931805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6228;QD=16.0277;RBI=0.0240372;REFB=-0.00304546;REVB=-0.0221576;RO=50;SAF=25;SAR=14;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853971;STB=0.538902;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00378062;OID=.;OPOS=8076802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:52:39:39:0.428571:14:25:28:22:14:25:30:22 chr17 8079029 . G C 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0752685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4034;QD=14.0472;RBI=0.0756682;REFB=-0.00591173;REVB=-0.00776758;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510626;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0105644;OID=.;OPOS=8079029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:9:9:14:14:9:9:14:15 chr17 8090908 . A G 572.27 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.00864058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2805;QD=22.0102;RBI=0.0523203;REFB=0.0227536;REVB=-0.0516019;RO=47;SAF=33;SAR=24;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875827;STB=0.547929;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0238665;OID=.;OPOS=8090908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:24:33:32:15:24:33:32:15 chr17 8092694 . T G 716.3 PASS AF=0.404878;AO=81;DP=204;FAO=83;FDP=205;FR=.;FRO=122;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=-0.0112264;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3108;QD=13.9765;RBI=0.0262283;REFB=-0.0162289;REVB=-0.0237043;RO=112;SAF=38;SAR=43;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228123;STB=0.517947;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0293446;OID=.;OPOS=8092694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:112:122:81:83:0.404878:43:38:55:57:44:39:61:61 chr17 8108331 . A G 421.71 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0235874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.89;QD=18.1379;RBI=0.038334;REFB=-0.0402929;REVB=-0.030218;RO=50;SAF=24;SAR=19;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22638;STB=0.625928;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0451803;OID=.;OPOS=8108331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:19:24:16:34:19:24:16:34 chr17 8108339 . G A 315.74 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=0.0253968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.021;QD=15.0351;RBI=0.0383534;REFB=-0.0102799;REVB=-0.02874;RO=49;SAF=24;SAR=11;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417587;STB=0.734727;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0243834;OID=.;OPOS=8108339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:11:24:13:36:11:24:13:36 chr17 8130004 . G A 533.6 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=0.00403487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.26;QD=17.0751;RBI=0.0132501;REFB=-0.0132964;REVB=0.0126209;RO=66;SAF=32;SAR=25;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24567;STB=0.63484;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0143948;OID=.;OPOS=8130004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:68:57:57:0.456:25:32:20:46:25:32:21:47 chr17 8132763 . T C 130.06 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0032351;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.122;QD=17.9387;RBI=0.0154431;REFB=-0.00931741;REVB=0.0151005;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890391;STB=0.550949;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0178055;OID=.;OPOS=8132763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:5:10:8:6:5:10 chr17 8135061 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.403;QD=57.5449;RBI=0.00638662;REFB=0;REVB=-0.00289184;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10892e-05;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr17 8141707 . T C 1472.54 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3196;QD=63.3349;RBI=0.0225502;REFB=0;REVB=-0.00107804;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08035e-05;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:42:50:0:0:43:50:0:0 chr17 8157310 . C T 883.73 PASS AF=0.558621;AO=81;DP=146;FAO=81;FDP=145;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0144014;FXX=0.00684885;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.519;QD=24.3786;RBI=0.0208516;REFB=-0.0170061;REVB=0.0150795;RO=64;SAF=36;SAR=45;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578663;STB=0.531579;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0119409;OID=.;OPOS=8157310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:64:64:81:81:0.558621:45:36:33:31:45:36:33:31 chr17 8161149 . C T 807.83 PASS AF=0.509317;AO=82;DP=161;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.00708711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.769;QD=20.0703;RBI=0.0177712;REFB=0.00749528;REVB=-0.0162969;RO=77;SAF=46;SAR=36;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937186;STB=0.504309;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00785484;OID=.;OPOS=8161149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:77:79:82:82:0.509317:36:46:44:33:36:46:45:34 chr17 8167600 . T C 552.68 PASS AF=0.649351;AO=43;DP=71;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=6.27646e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.128;QD=28.7104;RBI=0.00172795;REFB=-0.0207315;REVB=-0.00172681;RO=25;SAF=5;SAR=38;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629105;STB=0.50588;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0137899;OID=.;OPOS=8167600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:25:27:43:50:0.649351:38:5:2:23:43:7:4:23 chr17 8168224 . T C 159.07 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00126151;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.74;QD=11.3624;RBI=0.0108313;REFB=-0.0115045;REVB=-0.0107576;RO=36;SAF=6;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342672;STB=0.6998;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0171529;OID=.;OPOS=8168224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:36:20:20:0.357143:14:6:22:14:14:6:22:14 chr17 8172732 . A G 375.89 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0778899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8776;QD=13.9219;RBI=0.0856542;REFB=-0.00651469;REVB=0.0356342;RO=62;SAF=25;SAR=19;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137313;STB=0.568151;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00884221;OID=.;OPOS=8172732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:62:64:44:44:0.407407:19:25:27:35:19:25:29:35 chr17 8215534 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0159328;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.249;QD=18.8287;RBI=0.0173918;REFB=-0.0111956;REVB=-0.00697302;RO=22;SAF=4;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200944;STB=0.615258;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0110946;OID=.;OPOS=8215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:16:4:8:14:16:4:8:14 chr17 8216468 . T C 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0140734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.194;QD=11.4186;RBI=0.0228457;REFB=-0.0213381;REVB=-0.0179962;RO=47;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054619;STB=0.531621;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0340723;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:14:12:24:23:14:12:24:23 chr17 8272765 . CGG CG,CGA 377.12 PASS AF=0.393939,0.575758;AO=19,13;DP=33;FAO=13,19;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=1,9;FSAR=12,10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0562514,-0.103104;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.3502,28.2032;QD=45.712;RBI=0.0661234,0.137462;REFB=0.0818496,0.00676922;REVB=-0.0347574,0.0909146;RO=1;SAF=1,9;SAR=18,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.224771,0;SSSB=0.0248957,0.100229;STB=0.51997,0.523785;STBP=0.663,0.512;TYPE=del,snp;VARB=0.013189,0.0202818;OID=.,.;OPOS=8272766,8272767;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.393939,0.575758:19,13:33:13,19:33:1:1,9:12,10:0:1:83:1:1,9:18,4:0:1 chr17 8339283 . C T 1717.02 PASS AF=0.459184;AO=179;DP=402;FAO=180;FDP=392;FR=.;FRO=212;FSAF=72;FSAR=108;FSRF=70;FSRR=142;FWDB=0.00480622;FXX=0.0344819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.605;QD=17.5206;RBI=0.0179275;REFB=-0.0348847;REVB=0.0172713;RO=208;SAF=71;SAR=108;SRF=69;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672367;STB=0.539952;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0387864;OID=.;OPOS=8339283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:392:208:212:179:180:0.459184:108:71:69:139:108:72:70:142 chr17 8339307 . G A 6107.71 PASS AF=0.961905;AO=402;DP=419;FAO=404;FDP=420;FR=.;FRO=16;FSAF=160;FSAR=244;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0326677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.382;QD=58.1687;RBI=0.0692767;REFB=-0.132582;REVB=0.0610907;RO=14;SAF=159;SAR=243;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737921;STB=0.505829;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00249022;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:419:420:14:16:402:404:0.961905:243:159:4:10:244:160:4:12 chr17 8378932 . A G 520.39 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0161659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2308;QD=16.7866;RBI=0.0204139;REFB=-0.0220586;REVB=-0.0124656;RO=68;SAF=29;SAR=27;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00310274;STB=0.501729;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0181932;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:27:29:35:33:27:29:35:33 chr17 8383817 . C T 763.87 PASS AF=0.5;AO=74;DP=148;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0072291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.379;QD=20.6452;RBI=0.0210509;REFB=-0.0217388;REVB=0.0197707;RO=74;SAF=32;SAR=42;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122634;STB=0.567549;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0217471;OID=.;OPOS=8383817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:74:74:74:74:0.5:42:32:42:32:42:32:42:32 chr17 8383894 . A G 1243.31 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5948;QD=59.9186;RBI=0.0242092;REFB=0.0279963;REVB=0.00928791;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106407;STB=0.505617;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000942613;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:44:37:0:1:44:38:0:1 chr17 8416901 . C T 598.89 PASS AF=0.446809;AO=62;DP=140;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.0686492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9499;QD=16.9897;RBI=0.0996928;REFB=-0.00566594;REVB=0.0722907;RO=78;SAF=33;SAR=29;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320197;STB=0.51362;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0086565;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:78:78:62:63:0.446809:29:33:44:34:29:34:44:34 chr17 8424270 . G A 1153.42 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.513;QD=58.401;RBI=0.0244322;REFB=-0.104224;REVB=-0.0152759;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000670066;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:77:78:0.987342:30:47:0:0:30:48:1:0 chr17 8450357 . C A 512.43 PASS AF=0.490909;AO=52;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0118837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.034;QD=18.6338;RBI=0.022593;REFB=-0.0152393;REVB=-0.0192151;RO=56;SAF=28;SAR=24;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479929;STB=0.517447;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0168723;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:52:54:0.490909:24:28:33:23:24:30:33:23 chr17 8647931 . G C 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0572173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.436;QD=10.1573;RBI=0.0606012;REFB=0.00752585;REVB=0.0199671;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925662;STB=0.555477;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0542945;OID=.;OPOS=8647931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:7:7:13:18:7:7:13:18 chr17 8701092 . A G 493.32 PASS AF=0.552941;AO=46;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0559902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5257;QD=23.2153;RBI=0.101303;REFB=-0.0092104;REVB=-0.0844243;RO=38;SAF=23;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216346;STB=0.516509;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00721746;OID=.;OPOS=8701092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:46:47:0.552941:23:23:18:20:23:24:18:20 chr17 8701116 . G A 325.12 PASS AF=0.404494;AO=34;DP=87;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0309104;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.365;QD=14.6119;RBI=0.0450948;REFB=-0.0334004;REVB=0.0328343;RO=53;SAF=17;SAR=17;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302493;STB=0.516845;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0363114;OID=.;OPOS=8701116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:53:53:34:36:0.404494:17:17:28:25:18:18:28:25 chr17 8701799 . G T 212.36 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0149411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2517;QD=14.3971;RBI=0.0197791;REFB=-0.00476727;REVB=0.0129606;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251026;STB=0.524456;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00616516;OID=.;OPOS=8701799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:15:10:14:19:15:10:15:19 chr17 8725214 . A AG 775.71 PASS AF=1;AO=65;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0822599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.633;QD=43.0949;RBI=0.0878201;REFB=0;REVB=-0.0307518;RO=8;SAF=24;SAR=41;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822337;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00116404;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:74:72:72:0:29:43:0:0:14:8:24:41:6:2 chr17 8792029 . A G 310.08 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0114705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4056;QD=28.845;RBI=0.0150534;REFB=-0.0297467;REVB=0.00974854;RO=16;SAF=10;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424684;STB=0.523347;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.017718;OID=.;OPOS=8792029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:17:10:5:11:17:10:5:11 chr17 8792514 . G A 506.66 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00734608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1228;QD=23.0299;RBI=0.0588013;REFB=0.00787878;REVB=0.0583406;RO=40;SAF=19;SAR=29;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180775;STB=0.509936;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00901427;OID=.;OPOS=8792514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:29:19:15:25:29:19:15:25 chr17 9086712 . C T 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0343717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.997;QD=19.6674;RBI=0.0380638;REFB=-0.0114629;REVB=-0.0163537;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491355;STB=0.52783;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00944735;OID=.;OPOS=9086712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:12:7:8:11:12:7:8:11 chr17 9395231 . G A 941.62 PASS AF=0.984848;AO=62;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.701;QD=57.068;RBI=0.0148888;REFB=-0.0237585;REVB=0.00831205;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=3.88479e-05;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:62:65:0.984848:40:22:0:0:43:22:1:0 chr17 9471711 . T G 902.54 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.795;QD=58.2281;RBI=0.0646102;REFB=0;REVB=0.00854558;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28735e-05;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr17 9479098 . C A 3543.24 PASS AF=0.92803;AO=244;DP=264;FAO=245;FDP=264;FR=.;FRO=19;FSAF=107;FSAR=138;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00192925;FXX=0.00377344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.764;QD=53.6855;RBI=0.059396;REFB=-0.0867334;REVB=0.0593647;RO=11;SAF=107;SAR=137;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214613;STB=0.516613;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0013905;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:264:264:11:19:244:245:0.92803:137:107:2:9:138:107:4:15 chr17 9586165 . C T 346.78 PASS AF=0.349593;AO=43;DP=124;FAO=43;FDP=123;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.0152511;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.077;QD=11.2773;RBI=0.0226257;REFB=-0.018334;REVB=0.016713;RO=81;SAF=22;SAR=21;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924198;STB=0.557637;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0360185;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:81:80:43:43:0.349593:21:22:48:33:21:22:48:32 chr17 9632247 . A G 690.48 PASS AF=0.441176;AO=74;DP=169;FAO=75;FDP=170;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.016441;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.987;QD=16.2466;RBI=0.0165445;REFB=-0.0147589;REVB=0.00184767;RO=95;SAF=30;SAR=44;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123078;STB=0.565615;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0173657;OID=.;OPOS=9632247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:95:95:74:75:0.441176:44:30:50:45:45:30:49:46 chr17 9676134 . G A 694.8 PASS AF=0.548387;AO=67;DP=122;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.000166797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.032;QD=22.4128;RBI=0.0407365;REFB=-0.0123889;REVB=0.0407362;RO=54;SAF=22;SAR=45;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251738;STB=0.632573;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0144555;OID=.;OPOS=9676134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:54:56:67:68:0.548387:45:22:34:20:46:22:34:22 chr17 9676148 . C T 745.8 PASS AF=0.559055;AO=69;DP=126;FAO=71;FDP=127;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0319482;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.181;QD=23.4896;RBI=0.0326358;REFB=-0.0131967;REVB=0.00666388;RO=53;SAF=22;SAR=47;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250045;STB=0.629507;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00655545;OID=.;OPOS=9676148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:53:56:69:71:0.559055:47:22:33:20:48:23:34:22 chr17 9694551 . G A 536.36 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0055756;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7627;QD=15.7754;RBI=0.0151818;REFB=-0.0200889;REVB=0.0141209;RO=78;SAF=23;SAR=35;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946712;STB=0.55309;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.033499;OID=.;OPOS=9694551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:78:78:58:58:0.426471:35:23:38:40:35:23:38:40 chr17 9712255 . G A 852.78 PASS AF=0.521472;AO=85;DP=165;FAO=85;FDP=163;FR=.;FRO=78;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0140942;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.335;QD=20.9271;RBI=0.0141207;REFB=-0.00505953;REVB=-0.000864751;RO=80;SAF=47;SAR=38;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090978;STB=0.555959;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00463355;OID=.;OPOS=9712255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:80:78:85:85:0.521472:38:47:36:44:38:47:34:44 chr17 9814202 . C G 361.78 PASS AF=0.394495;AO=44;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0311724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5499;QD=13.2765;RBI=0.0549242;REFB=-0.0207325;REVB=-0.045221;RO=61;SAF=19;SAR=25;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129307;STB=0.585814;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0140715;OID=.;OPOS=9814202;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:66:44:43:0.394495:25:19:34:27:25:18:37:29 chr17 10216510 . G A 5807.43 PASS AF=1;AO=369;DP=370;FAO=369;FDP=369;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168185;FXX=0.00270263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.887;QD=62.9531;RBI=0.0256161;REFB=-0.0743053;REVB=0.0193217;RO=1;SAF=191;SAR=178;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00249185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13745e-05;OID=.;OPOS=10216510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:370:369:1:0:369:369:1:178:191:1:0:178:191:0:0 chr17 10223697 . G T 505.9 PASS AF=0.49;AO=47;DP=98;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00241812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.919;QD=20.2361;RBI=0.0099241;REFB=-0.00942613;REVB=-0.00962499;RO=51;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756652;STB=0.540546;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00961562;OID=.;OPOS=10223697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:51:51:47:49:0.49:22:25:23:28:23:26:23:28 chr17 10223714 . T C 495.7 PASS AF=0.494949;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00928362;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.73;QD=20.0281;RBI=0.046467;REFB=-0.0306845;REVB=0.0455302;RO=51;SAF=21;SAR=27;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121504;STB=0.55599;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0133618;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:51:50:48:49:0.494949:27:21:29:22:27:22:28:22 chr17 10236465 . G A 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.205;QD=60.3495;RBI=0.0272004;REFB=0;REVB=0.00958849;RO=0;SAF=73;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4132e-05;OID=.;OPOS=10236465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:37:73:0:0:37:73:0:0 chr17 10243717 . G A 1812.25 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2389;QD=59.9092;RBI=0.0912368;REFB=-0.0493855;REVB=0.00797982;RO=0;SAF=48;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.16314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956767;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:121:121:0:0:119:121:1:71:48:0:0:71:50:0:0 chr17 10318635 . CA C,CG 3217.0 PASS AF=0.0648148,0.935185;AO=22,192;DP=216;FAO=14,202;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=14,79;FSAR=0,123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027948,0.0365668;FXX=0.00460808;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.237,155.496;QD=59.574;RBI=0.0538231,0.0606184;REFB=0,0;REVB=0.0459982,0.0483473;RO=0;SAF=20,73;SAR=2,119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.80459e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.032667,0.00364245;OID=.,.;OPOS=10318636,10318636;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0648148,0.935185:22,192:216:14,202:216:0:14,79:0,123:0:0:15:0:20,73:2,119:0:0 chr17 10346781 . T C 3557.24 PASS AF=0.983051;AO=230;DP=237;FAO=232;FDP=236;FR=.;FRO=4;FSAF=116;FSAR=116;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0257757;FXX=0.00421923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.868;QD=60.2921;RBI=0.0261629;REFB=-0.0455104;REVB=0.00448457;RO=4;SAF=114;SAR=116;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828307;STB=0.504237;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.000599012;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:237:236:4:4:230:232:0.983051:116:114:3:1:116:116:3:1 chr17 10348354 . T C 1823.14 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.487;QD=60.7713;RBI=0.0284545;REFB=0;REVB=0.0275821;RO=0;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76191e-05;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:120:0:0:117:120:1:52:65:0:0:52:68:0:0 chr17 10350385 . ATTT AT,ATTC,ATT 1885.76 PASS AF=0,0.0853081,0.914692;AO=57,13,33;DP=212;FAO=0,18,193;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,88;FSAR=0,0,105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.285187,-0.084366,-0.710353;FXX=0.0231471;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=9.61883,232.559,10.6219;QD=35.749;RBI=0.51452,0.118608,1.13468;REFB=0,0,0;REVB=0.428252,0.0833677,0.884819;RO=97;SAF=57,13,28;SAR=0,0,5;SRF=1;SRR=96;SSEN=0.452899,0,0.452899;SSEP=0,0,0;SSSB=0.906373,0.89781,0.818986;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.216523,-0.0507323;OID=.,.,.;OPOS=10350386,10350388,10350386;OREF=TT,T,T;OALT=-,C,-;OMAPALT=AT,ATTC,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0853081,0.914692:57,13,33:212:0,18,193:211:0:0,18,88:0,0,105:0:0:53:97:57,13,28:0,0,5:1:96 chr17 10355371 . C T 1592.4 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.6342;QD=56.368;RBI=0.162132;REFB=-0.164715;REVB=0.159517;RO=3;SAF=65;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00912083;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:108:113:3:0:105:113:1:40:65:1:2:46:67:0:0 chr17 10355763 . T C 3383.3 PASS AF=1;AO=217;DP=220;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634649;FXX=0.013574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.753;QD=62.0789;RBI=0.0596548;REFB=-0.107603;REVB=0.0593162;RO=0;SAF=92;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147736;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:220:218:0:0:217:218:1:125:92:0:0:126:92:0:0 chr17 10363410 . A G 7000.79 PASS AF=1;AO=447;DP=450;FAO=449;FDP=449;FR=.;FRO=0;FSAF=217;FSAR=232;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963728;FXX=0.00882983;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.072;QD=62.3679;RBI=0.0447764;REFB=0.00549641;REVB=-0.043727;RO=2;SAF=216;SAR=231;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00411491;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24748e-05;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:450:449:2:0:447:449:1:231:216:0:2:232:217:0:0 chr17 10403994 . G A 515.54 PASS AF=0.4375;AO=43;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0157128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.035;QD=16.1105;RBI=0.0416586;REFB=-0.0260354;REVB=-0.0385817;RO=69;SAF=5;SAR=38;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485155;STB=0.595203;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0390501;OID=.;OPOS=10403994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:72:43:56:0.4375:38:5:31:38:39:17:33:39 chr17 10415840 . A G 1512.93 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.605;QD=59.9181;RBI=0.0169635;REFB=0;REVB=0.00369377;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27131e-05;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:50:51:0:0:50:51:0:0 chr17 10416219 . TA T 55.32 PASS AF=0.305263;AO=36;DP=98;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0433665;FXX=0.0306091;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.22467;QD=2.32914;RBI=0.0763763;REFB=-0.101042;REVB=-0.0628703;RO=48;SAF=14;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0.439394;SSSB=-0.114793;STB=0.52553;STBP=0.785;TYPE=del;VARB=0.068149;OID=.;OPOS=10416220;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305263:36:98:29:95:66:13:16:32:34:55:48:14:22:24:24 chr17 10427924 . G A,C 2528.26 PASS AF=0.926966,0.0393258;AO=165,7;DP=178;FAO=165,7;FDP=178;FR=.;FRO=6;FSAF=66,6;FSAR=99,1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0306331,0.00636217;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=202.51,129.658;QD=56.8148;RBI=0.0306548,0.0167497;REFB=-0.0571998,-0.0434084;REVB=0.00115318,-0.0154944;RO=6;SAF=66,6;SAR=99,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00693753,0.372308;STB=0.503649,0.726508;STBP=0.679,0.16;TYPE=snp,snp;VARB=0.00247427,0.15268;OID=.,.;OPOS=10427924,10427924;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:178:178:6:6:165,7:165,7:0.926966,0.0393258:99,1:66,6:3:3:99,1:66,6:3:3 chr17 10448769 . A T 4061.17 PASS AF=1;AO=260;DP=261;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130945;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.015;QD=62.4796;RBI=0.0137549;REFB=0;REVB=-0.00421087;RO=0;SAF=100;SAR=160;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30482e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74265e-05;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:261:260:0:0:260:260:1:160:100:0:0:160:100:0:0 chr17 10450816 . T C 3930.32 PASS AF=1;AO=255;DP=257;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430728;FXX=0.0077818;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.985;QD=61.6521;RBI=0.0214604;REFB=0.00168405;REVB=-0.0210237;RO=1;SAF=118;SAR=137;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346706;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8983e-06;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:257:255:1:0:255:255:1:137:118:0:1:137:118:0:0 chr17 10541741 . A G 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9511;QD=57.1956;RBI=0.0398766;REFB=0;REVB=0.0397097;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608683;OID=.;OPOS=10541741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr17 10614442 . A G 598.85 PASS AF=0.623529;AO=53;DP=86;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0767006;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2095;QD=28.1813;RBI=0.078279;REFB=0.0112834;REVB=-0.0156406;RO=33;SAF=23;SAR=30;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00697879;STB=0.510644;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00578749;OID=.;OPOS=10614442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:33:32:53:53:0.623529:30:23:14:19:30:23:13:19 chr17 10617803 . G T 177.87 PASS AF=0.380952;AO=19;DP=58;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0195974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7425;QD=11.2936;RBI=0.0492269;REFB=-0.0640544;REVB=-0.0451578;RO=39;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16713;STB=0.50793;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.111085;OID=.;OPOS=10617803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:39:39:19:24:0.380952:12:7:20:19:12:12:20:19 chr17 10633181 . A G 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0216054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.812;QD=25.711;RBI=0.0245494;REFB=-0.000789705;REVB=-0.0116569;RO=6;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119706;STB=0.56746;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000370921;OID=.;OPOS=10633181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:9:4:3:3:9:4:3:3 chr17 11166782 . G A 657.66 PASS AF=0.41954;AO=73;DP=175;FAO=73;FDP=174;FR=.;FRO=101;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=-0.0199785;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3428;QD=15.1186;RBI=0.0205002;REFB=0.0179019;REVB=0.0045956;RO=100;SAF=27;SAR=46;SRF=38;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111942;STB=0.50396;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0238953;OID=.;OPOS=11166782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:100:101:73:73:0.41954:46:27:38:62:46:27:38:63 chr17 11523082 . A G 1898.61 PASS AF=0.992;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00774529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.715;QD=60.7556;RBI=0.0419577;REFB=0.127169;REVB=-0.0412367;RO=1;SAF=42;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582984;STB=0.50303;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000933227;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:123:124:0.992:81:42:0:1:82:42:0:1 chr17 11583089 . T C 2285.23 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00976167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.686;QD=60.1376;RBI=0.0315395;REFB=0.0684967;REVB=0.0299909;RO=1;SAF=68;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576559;STB=0.50303;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-5.69431e-05;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:152:1:1:150:151:0.993421:82:68:0:1:82:69:0:1 chr17 11648332 . C T 1830.35 PASS AF=0.969231;AO=110;DP=120;FAO=126;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=51;FSAR=75;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.124308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6563;QD=56.3183;RBI=0.12432;REFB=-0.0801046;REVB=-0.00175423;RO=4;SAF=39;SAR=71;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462305;STB=0.518865;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00195253;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:120:130:4:4:110:126:0.969231:71:39:4:0:75:51:4:0 chr17 11651057 . A G 1161.13 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0648734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8778;QD=55.9583;RBI=0.0718901;REFB=0.0837515;REVB=0.0309779;RO=4;SAF=37;SAR=42;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484694;STB=0.525635;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00935994;OID=.;OPOS=11651057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:83:4:4:79:79:0.951807:42:37:4:0:42:37:4:0 chr17 11757556 . C G 1587.93 PASS AF=0.964602;AO=109;DP=113;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0991843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5038;QD=56.2099;RBI=0.113373;REFB=-0.132043;REVB=0.0549177;RO=1;SAF=43;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713867;STB=0.514703;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00448106;OID=.;OPOS=11757556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:113:113:1:4:109:109:0.964602:66:43:0:1:66:43:0:4 chr17 11786951 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.656;QD=62.0079;RBI=0.00548984;REFB=0;REVB=-0.00127113;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15912e-05;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr17 11787936 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.089;QD=58.0602;RBI=0.0398446;REFB=0;REVB=0.0186542;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016527;OID=.;OPOS=11787936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:42:19:0:0:42:19:0:0 chr17 11833287 . A G 255.67 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.013196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.223;QD=11.1159;RBI=0.0191437;REFB=-0.00540739;REVB=-0.0138689;RO=61;SAF=14;SAR=17;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273445;STB=0.515868;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0134394;OID=.;OPOS=11833287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:61:61:31:31:0.336957:17:14:29:32:17:14:29:32 chr17 11833365 . G A 61.52 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.128608;FXX=0.079984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.003;QD=5.34955;RBI=0.129936;REFB=-0.0122209;REVB=-0.0185338;RO=26;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271472;STB=0.810701;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0218997;OID=.;OPOS=11833365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:50:46:26:34:8:8:0.173913:7:1:7:19:7:1:15:19 chr17 11835331 . G A 873.7 PASS AF=0.494382;AO=88;DP=179;FAO=88;FDP=178;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.0133346;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0652;QD=19.6338;RBI=0.0378565;REFB=0.0132047;REVB=-0.0354302;RO=90;SAF=43;SAR=45;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512167;STB=0.533793;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0151476;OID=.;OPOS=11835331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:90:90:88:88:0.494382:45:43:49:41:45:43:50:40 chr17 11865462 . G A 490.68 PASS AF=0.425197;AO=53;DP=129;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.00779625;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.666;QD=15.4544;RBI=0.00913189;REFB=-0.0101249;REVB=-0.00475499;RO=72;SAF=21;SAR=32;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798859;STB=0.553439;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0102606;OID=.;OPOS=11865462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:72:73:53:54:0.425197:32:21:34:38:33:21:35:38 chr17 11881775 . G A 388.73 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.00923783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.172;QD=13.1772;RBI=0.0137814;REFB=-0.00135915;REVB=0.0102269;RO=72;SAF=21;SAR=25;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106284;STB=0.560224;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00260161;OID=.;OPOS=11881775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:72:72:46:46:0.389831:25:21:40:32:25:21:40:32 chr17 12820632 . A C 777.41 PASS AF=0.496894;AO=78;DP=159;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.0710184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.736;QD=19.3146;RBI=0.0711771;REFB=0.00749392;REVB=0.00475136;RO=80;SAF=42;SAR=36;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171937;STB=0.601696;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0106973;OID=.;OPOS=12820632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:80:81:78:80:0.496894:36:42:28:52:36:44:28:53 chr17 12820646 . G C 832.93 PASS AF=0.512195;AO=84;DP=164;FAO=84;FDP=164;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.0220816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3841;QD=20.3154;RBI=0.0261788;REFB=-0.0170222;REVB=-0.0140618;RO=79;SAF=28;SAR=56;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194139;STB=0.60423;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0160435;OID=.;OPOS=12820646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:79:80:84:84:0.512195:56:28:43:36:56:28:43:37 chr17 12852459 . A G 205.79 PASS AF=0.318182;AO=19;DP=81;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0231882;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.208;QD=9.35391;RBI=0.0422705;REFB=-0.0344936;REVB=0.0353427;RO=56;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122553;STB=0.5083;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0475602;OID=.;OPOS=12852459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:88:56:60:19:28:0.318182:10:9:21:35:16:12:25:35 chr17 12862170 . C T 285.92 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0367477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.71;QD=21.9937;RBI=0.0398026;REFB=-0.00843723;REVB=-0.0152923;RO=23;SAF=21;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217553;STB=0.621213;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0130471;OID=.;OPOS=12862170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:8:21:11:12:8:21:11:12 chr17 14095309 . A G 914.89 PASS AF=0.4375;AO=98;DP=226;FAO=98;FDP=224;FR=.;FRO=126;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=72;FWDB=0.0313877;FXX=0.0260858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.78;QD=16.3373;RBI=0.0427759;REFB=-0.0181616;REVB=-0.0290618;RO=122;SAF=55;SAR=43;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134441;STB=0.574358;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0303373;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:224:122:126:98:98:0.4375:43:55:52:70:43:55:54:72 chr17 14095514 . G C 374.38 PASS AF=0.220217;AO=61;DP=277;FAO=61;FDP=277;FR=.;FRO=216;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=89;FSRR=127;FWDB=-0.0216819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.053;QD=5.40622;RBI=0.0217893;REFB=-0.00681386;REVB=-0.00216075;RO=214;SAF=26;SAR=35;SRF=89;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135439;STB=0.511347;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0222846;OID=.;OPOS=14095514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:214:216:61:61:0.220217:35:26:89:125:35:26:89:127 chr17 14111176 . C A 494.99 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=134;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0317306;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.818;QD=14.7757;RBI=0.0317382;REFB=0.00421133;REVB=0.00069275;RO=79;SAF=23;SAR=32;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11939;STB=0.567197;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00588585;OID=.;OPOS=14111176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:79:79:55:55:0.410448:32:23:42:37:32:23:42:37 chr17 14139276 . G A 107.56 PASS AF=0.160305;AO=21;DP=131;FAO=21;FDP=131;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.0289333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0797;QD=3.28431;RBI=0.0311018;REFB=0.00340641;REVB=0.01141;RO=106;SAF=8;SAR=13;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163984;STB=0.59343;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0143234;OID=.;OPOS=14139276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:106:110:21:21:0.160305:13:8:54:52:13:8:54:56 chr17 14139891 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.907;QD=50.4135;RBI=0.0296458;REFB=0;REVB=-0.000155124;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193659;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr17 14140103 . A G 1538.9 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253602;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.949;QD=62.8124;RBI=0.0264843;REFB=-0.150078;REVB=0.00763406;RO=1;SAF=40;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117088;STB=0.506172;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000785174;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:57:40:1:0:57:40:1:0 chr17 14248422 . CT C,CC 737.52 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=16,36;DP=53;FAO=1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459684,0.0730072;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.488,136.011;QD=56.7325;RBI=0.0461506,0.074129;REFB=0,0;REVB=0.0040963,0.0128473;RO=0;SAF=15,14;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0357788,0.00178319;OID=.,.;OPOS=14248423,14248423;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0192308,0.980769:16,36:53:1,51:52:0:0,29:1,22:0:0:3:0:15,14:1,22:0:0 chr17 14249167 . C T 1550.9 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.35;QD=63.9546;RBI=0.0227934;REFB=0;REVB=0.0206035;RO=0;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28788e-05;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:38:57:0:0:38:59:0:0 chr17 15154966 . T A 849.2 PASS AF=0.380228;AO=101;DP=262;FAO=100;FDP=263;FR=.;FRO=163;FSAF=30;FSAR=70;FSRF=47;FSRR=116;FWDB=-0.0209739;FXX=0.00378774;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.216;QD=12.9156;RBI=0.021378;REFB=-0.0035835;REVB=0.00413701;RO=161;SAF=30;SAR=71;SRF=47;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00669291;STB=0.508658;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00613969;OID=.;OPOS=15154966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:263:161:163:101:100:0.380228:71:30:47:114:70:30:47:116 chr17 15207364 . T G 496.66 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00331443;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.676;QD=16.2838;RBI=0.00384749;REFB=-0.00935216;REVB=-0.00195389;RO=69;SAF=17;SAR=37;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175446;STB=0.585333;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.012232;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:69:68:54:54:0.442623:37:17:33:36:37:17:31:37 chr17 15215660 . T C 604.31 PASS AF=0.403509;AO=69;DP=171;FAO=69;FDP=171;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=-0.00697053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.203;QD=14.1358;RBI=0.0101566;REFB=0.00435376;REVB=0.007387;RO=102;SAF=27;SAR=42;SRF=40;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000949043;STB=0.500533;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00939003;OID=.;OPOS=15215660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:102:102:69:69:0.403509:42:27:40:62:42:27:40:62 chr17 15234895 . C T 193.73 PASS AF=0.375;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0435859;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.337;QD=12.108;RBI=0.0455332;REFB=-0.00589469;REVB=-0.0131738;RO=39;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185159;STB=0.593849;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0179172;OID=.;OPOS=15234895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:40:24:24:0.375:14:10:10:29:14:10:11:29 chr17 15311975 . G A 700.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4547;QD=62.2361;RBI=0.0572274;REFB=0;REVB=-0.0542683;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335599;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:26:17:0:0:26:19:0:0 chr17 15341183 . A C 816.36 PASS AF=0.419355;AO=91;DP=218;FAO=91;FDP=217;FR=.;FRO=126;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=66;FSRR=60;FWDB=0.00306235;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.676;QD=15.0482;RBI=0.0138245;REFB=-0.00333243;REVB=0.013481;RO=126;SAF=43;SAR=48;SRF=66;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532845;STB=0.529763;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00346942;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:126:126:91:91:0.419355:48:43:66:60:48:43:66:60 chr17 15443734 . A G 419.37 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.385;QD=55.916;RBI=0.0480212;REFB=0;REVB=0.047016;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122959;OID=.;OPOS=15443734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:9:20:0:0:9:21:0:0 chr17 15443742 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.618;QD=60.6089;RBI=0.0208117;REFB=0;REVB=0.0207753;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70263e-05;OID=.;OPOS=15443742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr17 15477417 . A G 857.69 PASS AF=1;AO=46;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.936;QD=58.1487;RBI=0.139474;REFB=0;REVB=0.139442;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256402;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:46:59:1:28:18:0:0:41:18:0:0 chr17 15492426 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000903441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2196;QD=46.8475;RBI=0.00554339;REFB=0;REVB=0.00546928;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114169;OID=.;OPOS=15492426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr17 15611495 . T C 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.266;QD=60.5459;RBI=0.0315889;REFB=0;REVB=0.0271398;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76594e-05;OID=.;OPOS=15611495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:51:61:0:0:51:61:0:0 chr17 15620647 . G A 862.83 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304521;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5258;QD=57.5223;RBI=0.0273849;REFB=0;REVB=-0.027215;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227431;OID=.;OPOS=15620647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:21:38:0:0:22:38:0:0 chr17 15690281 . C T 1343.75 PASS AF=0.988764;AO=85;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00809078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7593;QD=60.3933;RBI=0.16542;REFB=0.0875425;REVB=0.165222;RO=2;SAF=48;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286387;STB=0.505153;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=6.69713e-05;OID=.;OPOS=15690281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:2:1:85:88:0.988764:37:48:1:1:40:48:1:0 chr17 15690294 . CCTT C 1191.95 PASS AF=0.971698;AO=98;DP=104;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0107997;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=3;MLLD=185.062;QD=44.9792;RBI=0.0202975;REFB=-0.0293654;REVB=0.0171859;RO=1;SAF=56;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.385093;SSSB=-0.00839512;STB=0.506596;STBP=0.478;TYPE=del;VARB=0.0014983;OID=.;OPOS=15690295;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.971698:98:104:103:106:3:58:45:1:2:6:1:56:42:1:0 chr17 15690793 . T C 4879.35 PASS AF=0.987461;AO=311;DP=317;FAO=315;FDP=319;FR=.;FRO=4;FSAF=125;FSAR=190;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0258078;FXX=0.00623034;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.493;QD=61.1831;RBI=0.0261789;REFB=-0.024622;REVB=0.00439234;RO=3;SAF=123;SAR=188;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00118499;STB=0.50135;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.000175629;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:317:319:3:4:311:315:0.987461:188:123:1:2:190:125:2:2 chr17 15690928 . G C 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.884;QD=62.762;RBI=0.00881283;REFB=0;REVB=-0.00875383;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10626e-05;OID=.;OPOS=15690928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr17 16068340 . C T 278.11 PASS AF=0.215859;AO=41;DP=220;FAO=49;FDP=227;FR=.;FRO=178;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=93;FSRR=85;FWDB=-0.00779369;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.079;QD=4.90064;RBI=0.0226121;REFB=-0.0131626;REVB=-0.0212265;RO=177;SAF=23;SAR=18;SRF=93;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460829;STB=0.541552;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0477225;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:227:177:178:41:49:0.215859:18:23:93:84:26:23:93:85 chr17 16068343 . G A 313.71 PASS AF=0.217949;AO=51;DP=230;FAO=51;FDP=234;FR=.;FRO=183;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=97;FSRR=86;FWDB=-0.0370511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.277;QD=5.36249;RBI=0.0406704;REFB=-0.00584825;REVB=-0.0167718;RO=179;SAF=25;SAR=26;SRF=96;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587657;STB=0.531133;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0168833;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:234:179:183:51:51:0.217949:26:25:96:83:26:25:97:86 chr17 16068362 . C T 497.61 PASS AF=0.267658;AO=72;DP=269;FAO=72;FDP=269;FR=.;FRO=197;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=104;FSRR=93;FWDB=-0.00593737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.699;QD=7.39939;RBI=0.0185107;REFB=-0.00689727;REVB=-0.0175327;RO=196;SAF=39;SAR=33;SRF=104;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137706;STB=0.510119;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.016559;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:196:197:72:72:0.267658:33:39:104:92:33:39:104:93 chr17 16068377 . C G 518.12 PASS AF=0.260417;AO=75;DP=288;FAO=75;FDP=288;FR=.;FRO=213;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=109;FSRR=104;FWDB=0.0110987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.074;QD=7.19614;RBI=0.0128537;REFB=0.00267566;REVB=-0.00648359;RO=208;SAF=41;SAR=34;SRF=104;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058132;STB=0.525927;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00634529;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:208:213:75:75:0.260417:34:41:104:104:34:41:109:104 chr17 16068383 . G A 564.82 PASS AF=0.278169;AO=75;DP=283;FAO=79;FDP=284;FR=.;FRO=205;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=105;FSRR=100;FWDB=-0.000733409;FXX=0.0104526;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.431;QD=7.95522;RBI=0.00529645;REFB=-0.00256787;REVB=-0.00524542;RO=207;SAF=44;SAR=31;SRF=106;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935885;STB=0.532488;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00670858;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:284:207:205:75:79:0.278169:31:44:106:101:35:44:105:100 chr17 16068396 . G A 695.11 PASS AF=0.310345;AO=88;DP=288;FAO=90;FDP=290;FR=.;FRO=200;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=106;FSRR=94;FWDB=-0.0249594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.539;QD=9.58778;RBI=0.0365289;REFB=-0.0024311;REVB=0.0266718;RO=196;SAF=51;SAR=37;SRF=105;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531244;STB=0.533409;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0106005;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:290:196:200:88:90:0.310345:37:51:105:91:38:52:106:94 chr17 16068463 . C T 277.6 PASS AF=0.193548;AO=48;DP=248;FAO=48;FDP=248;FR=.;FRO=200;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=98;FSRR=102;FWDB=-0.0216801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.779;QD=4.4774;RBI=0.0219073;REFB=-0.00734757;REVB=-0.00314706;RO=199;SAF=28;SAR=20;SRF=98;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117372;STB=0.57544;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0288602;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:199:200:48:48:0.193548:20:28:98:101:20:28:98:102 chr17 16527795 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.876;QD=40.7629;RBI=0.00692141;REFB=0;REVB=-0.00327311;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43161e-05;OID=.;OPOS=16527795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr17 16664991 . G A 400.18 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1024;QD=53.3571;RBI=0.0483092;REFB=-0.136237;REVB=-0.0295336;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511104;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0077512;OID=.;OPOS=16664991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:22:7:0:0:22:7:0:1 chr17 16735618 . G A 3378.62 PASS AF=0.995455;AO=218;DP=221;FAO=219;FDP=220;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0195331;FXX=0.0090086;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.23;QD=61.4294;RBI=0.0320372;REFB=-0.0608777;REVB=0.0253938;RO=2;SAF=106;SAR=112;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000238545;STB=0.502222;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000119294;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:221:220:2:1:218:219:0.995455:112:106:1:1:112:107:0:1 chr17 16746358 . G A 1572.95 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4403;QD=59.9217;RBI=0.0269946;REFB=0;REVB=0.00657356;RO=0;SAF=73;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48461e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0428e-05;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:32:73:0:0:32:73:0:0 chr17 16828665 . GTT GTG,GT 992.84 PASS AF=0.137725,0.862275;AO=17,67;DP=168;FAO=23,144;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=0,84;FSAR=23,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318025,0.497528;FXX=0.00595203;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=210.585,7.53551;QD=23.7805;RBI=0.0388011,0.594343;REFB=-0.00208144,0.0699799;REVB=-0.0222289,0.325129;RO=64;SAF=0,37;SAR=17,30;SRF=43;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.801397,-0.108948;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.172243,0.0153215;OID=.,.;OPOS=16828667,16828666;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.137725,0.862275:17,67:168:23,144:167:0:0,84:23,60:0:0:99:64:0,37:17,30:43:21 chr17 16828713 . A T 853.76 PASS AF=0.452736;AO=91;DP=201;FAO=91;FDP=201;FR=.;FRO=110;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=-0.0234799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3264;QD=16.9903;RBI=0.0247061;REFB=-0.00248645;REVB=-0.00768675;RO=110;SAF=42;SAR=49;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523249;STB=0.528996;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00246192;OID=.;OPOS=16828713;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:110:110:91:91:0.452736:49:42:45:65:49:42:45:65 chr17 16828790 . TG CA 552.26 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0150281;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.459;QD=18.1069;RBI=0.0183384;REFB=-0.028665;REVB=0.0105098;RO=62;SAF=24;SAR=34;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664494;STB=0.545856;STBP=0.348;TYPE=mnp;VARB=0.0418771;OID=.;OPOS=16828790;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:64:58:58:0.47541:34:24:30:32:34:24:32:32 chr17 16836425 . G A 864.25 PASS AF=0.4;AO=94;DP=238;FAO=96;FDP=240;FR=.;FRO=144;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=73;FSRR=71;FWDB=-0.0148934;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.661;QD=14.4041;RBI=0.023688;REFB=-0.00960097;REVB=0.0184203;RO=143;SAF=37;SAR=57;SRF=72;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119945;STB=0.567711;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0147963;OID=.;OPOS=16836425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:240:143:144:94:96:0.4:57:37:72:71:58:38:73:71 chr17 16842912 . A G 1016.23 PASS AF=0.548023;AO=97;DP=177;FAO=97;FDP=177;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0137627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.61;QD=22.9657;RBI=0.0396605;REFB=-0.0439109;REVB=-0.037196;RO=80;SAF=38;SAR=59;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102288;STB=0.555862;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0398934;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:80:80:97:97:0.548023:59:38:41:39:59:38:41:39 chr17 16842991 . G A 1017.03 PASS AF=0.495238;AO=104;DP=210;FAO=104;FDP=210;FR=.;FRO=106;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0112516;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.19;QD=19.3719;RBI=0.0277228;REFB=-0.0124866;REVB=-0.0253369;RO=106;SAF=47;SAR=57;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356642;STB=0.519609;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0126545;OID=.;OPOS=16842991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:106:106:104:104:0.495238:57:47:52:54:57:47:52:54 chr17 16855878 . C T 981.99 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.137995;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.915;QD=56.1137;RBI=0.144345;REFB=-0.104762;REVB=0.0423428;RO=2;SAF=36;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255292;STB=0.506492;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00186995;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:2:1:67:69:0.985714:31:36:2:0:31:38:1:0 chr17 16892265 . G A 600.69 PASS AF=0.521368;AO=60;DP=116;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.060451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5701;QD=20.5363;RBI=0.0645743;REFB=-0.00646416;REVB=-0.0227051;RO=56;SAF=22;SAR=38;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057365;STB=0.525904;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00432405;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:56:56:60:61:0.521368:38:22:24:32:38:23:24:32 chr17 16892273 . A G 489.34 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.000724521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7254;QD=18.2929;RBI=0.0427194;REFB=0.0166087;REVB=0.0427132;RO=53;SAF=18;SAR=34;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856592;STB=0.539876;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0107725;OID=.;OPOS=16892273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:55:52:52:0.485981:34:18:23:30:34:18:23:32 chr17 17039561 . CCAG C 371.65 PASS AF=0.538462;AO=62;DP=106;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=50;FSRF=8;FSRR=40;FWDB=-0.120516;FXX=0.415707;HRUN=2;LEN=3;MLLD=182.132;QD=14.2942;RBI=0.120544;REFB=-0.0753003;REVB=0.00262422;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.250253;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.564491;STBP=0.317;TYPE=del;VARB=0.0684113;OID=.;OPOS=17039562;OREF=CAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:62:106:56:104:48:6:50:8:40:99:0:28:34:0:0 chr17 17046024 . C A 1553.05 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.128048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0068;QD=62.7496;RBI=0.129395;REFB=-0.0222509;REVB=-0.0186215;RO=1;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106577;STB=0.505617;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00291082;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:44:54:0:1:44:54:0:1 chr17 17062241 . C G 8950.46 PASS AF=0.940252;AO=600;DP=640;FAO=598;FDP=636;FR=.;FRO=38;FSAF=240;FSAR=358;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00515703;FXX=0.0062499;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.733;QD=56.2922;RBI=0.0105646;REFB=-0.032249;REVB=0.00922044;RO=35;SAF=243;SAR=357;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027321;STB=0.514233;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000451299;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:640:636:35:38:600:598:0.940252:357:243:23:12:358:240:24:14 chr17 17069105 . G A 1139.06 PASS AF=0.987013;AO=77;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.406;QD=59.172;RBI=0.0202128;REFB=0.0046706;REVB=0.00677632;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000136838;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:77:76:0.987013:45:32:0:0:44:32:0:1 chr17 17168164 . G A 1530.05 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.111;QD=63.7519;RBI=0.0357521;REFB=0;REVB=0.0123687;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76197e-05;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:61:34:0:0:62:34:0:0 chr17 17179481 . G A 1044.26 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.475;QD=59.6719;RBI=0.038802;REFB=0;REVB=-0.00547642;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102731;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:34:36:0:0 chr17 17250159 . C T 436.18 PASS AF=0.403226;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0175661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.548;QD=14.0703;RBI=0.0185736;REFB=-0.0225952;REVB=0.00603428;RO=71;SAF=27;SAR=23;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394525;STB=0.508449;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0398165;OID=.;OPOS=17250159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:71:74:50:50:0.403226:23:27:41:30:23:27:41:33 chr17 17363784 . A C 321.92 PASS AF=0.492754;AO=35;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0191494;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.859;QD=18.6622;RBI=0.0202532;REFB=-0.0197225;REVB=-0.0065951;RO=34;SAF=23;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660368;STB=0.542939;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0149191;OID=.;OPOS=17363784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:35:35:34:0.492754:12:23:20:14:11:23:21:14 chr17 17397818 . G C 456.32 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0149325;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.079;QD=16.5935;RBI=0.035676;REFB=-0.0562761;REVB=-0.0324006;RO=59;SAF=21;SAR=29;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132035;STB=0.511231;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0569881;OID=.;OPOS=17397818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:60:50:50:0.454545:29:21:24:35:29:21:24:36 chr17 17397982 . T C 3236.4 PASS AF=0.955752;AO=216;DP=227;FAO=216;FDP=226;FR=.;FRO=10;FSAF=94;FSAR=122;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.035141;FXX=0.00440509;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.434;QD=57.2814;RBI=0.0352551;REFB=-0.0913522;REVB=0.00283431;RO=7;SAF=94;SAR=122;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265478;STB=0.506093;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.000824159;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:227:226:7:10:216:216:0.955752:122:94:0:7:122:94:3:7 chr17 17409560 . C T 993.96 PASS AF=0.521505;AO=96;DP=185;FAO=97;FDP=186;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=74;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=-0.00758151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7439;QD=21.3756;RBI=0.00765876;REFB=-0.0234972;REVB=-0.00108509;RO=89;SAF=22;SAR=74;SRF=32;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146894;STB=0.574599;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0254724;OID=.;OPOS=17409560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:89:89:96:97:0.521505:74:22:32:57:74:23:32:57 chr17 17682484 . G A 772.96 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154499;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.916;QD=57.2559;RBI=0.0195887;REFB=0;REVB=-0.0120424;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81629e-05;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr17 17696531 . G C 2261.48 PASS AF=0.95092;AO=155;DP=163;FAO=155;FDP=163;FR=.;FRO=8;FSAF=83;FSAR=72;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0247925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9912;QD=55.4965;RBI=0.025058;REFB=-0.0619323;REVB=-0.00363841;RO=7;SAF=83;SAR=72;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147689;STB=0.504418;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00430619;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:163:163:7:8:155:155:0.95092:72:83:5:2:72:83:5:3 chr17 17696755 . C A 3205.27 PASS AF=0.990566;AO=210;DP=212;FAO=210;FDP=212;FR=.;FRO=2;FSAF=109;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0262957;FXX=0.00934536;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.563;QD=60.4767;RBI=0.0523116;REFB=-0.0331925;REVB=-0.0452222;RO=2;SAF=109;SAR=101;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000342835;STB=0.50018;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-2.89749e-05;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:212:212:2:2:210:210:0.990566:101:109:1:1:101:109:1:1 chr17 17715101 . G A 1595.67 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.084;QD=59.6512;RBI=0.0321961;REFB=0;REVB=0.0253444;RO=0;SAF=24;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97035e-05;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:82:24:0:0:82:25:0:0 chr17 17896205 . C T 479.2 PASS AF=0.375;AO=57;DP=152;FAO=57;FDP=152;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.0637337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.205;QD=12.6105;RBI=0.0637347;REFB=-0.00631144;REVB=0.000373267;RO=95;SAF=18;SAR=39;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196023;STB=0.611724;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00932054;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:95:95:57:57:0.375:39:18:46:49:39:18:46:49 chr17 17942293 . C T 1541.96 PASS AF=0.476048;AO=158;DP=326;FAO=159;FDP=334;FR=.;FRO=175;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=72;FSRR=103;FWDB=0.0681681;FXX=0.00298499;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.4564;QD=18.4666;RBI=0.085799;REFB=-0.0289387;REVB=0.0521016;RO=168;SAF=79;SAR=79;SRF=66;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100593;STB=0.548022;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0328427;OID=.;OPOS=17942293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:334:168:175:158:159:0.476048:79:79:66:102:79:80:72:103 chr17 17969354 . A AT,T 30.23 PASS AF=0.272727,0;AO=3,2;DP=23;FAO=6,0;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5,0;FSAR=1,0;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0451168,-0.0145417;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=19.4019,27.2962;QD=5.49661;RBI=0.0483134,0.0371453;REFB=-0.0420605,-0.0276016;REVB=-0.0172817,0.0341805;RO=18;SAF=3,1;SAR=0,1;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.696566,0.235288;STB=0.877291,0.5;STBP=0.071,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.102659,0.0660426;OID=.,.;OPOS=17969355,17969354;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:22:18:16:3,2:6,0:0.272727,0:0,1:3,1:5:13:1,0:5,0:4:12 chr17 17997146 . C G 578.61 PASS AF=0.576087;AO=51;DP=91;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0553606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8808;QD=25.1568;RBI=0.0586341;REFB=0.0356355;REVB=-0.0193176;RO=39;SAF=13;SAR=38;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212694;STB=0.609043;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0259592;OID=.;OPOS=17997146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:39:39:51:53:0.576087:38:13:19:20:39:14:19:20 chr17 18003671 . T G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.463;QD=59.8291;RBI=0.0261218;REFB=0;REVB=0.0235691;RO=0;SAF=32;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41303e-05;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:71:32:0:0:71:32:0:0 chr17 18023897 . G A 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00968096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7615;QD=15.161;RBI=0.0837904;REFB=-0.0513333;REVB=0.0832293;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607014;STB=0.536378;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0293994;OID=.;OPOS=18023897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:22:16:16:0.421053:7:9:10:10:7:9:11:11 chr17 18024266 . T G 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00159491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.479;QD=18.1594;RBI=0.0250212;REFB=-0.0130208;REVB=-0.0249703;RO=39;SAF=32;SAR=4;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351806;STB=0.700895;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0173843;OID=.;OPOS=18024266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:4:32:26:13:4:32:26:13 chr17 18025527 . A G 925.28 PASS AF=0.464455;AO=98;DP=211;FAO=98;FDP=211;FR=.;FRO=113;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=-0.00550368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.235;QD=17.5408;RBI=0.00801194;REFB=-0.00984683;REVB=0.00582243;RO=113;SAF=48;SAR=50;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398543;STB=0.522037;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0111312;OID=.;OPOS=18025527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:113:113:98:98:0.464455:50:48:60:53:50:48:60:53 chr17 18039800 . G A 876.68 PASS AF=0.454106;AO=94;DP=209;FAO=94;FDP=207;FR=.;FRO=113;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=-0.00152992;FXX=0.014285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.332;QD=16.9406;RBI=0.0017289;REFB=-0.020016;REVB=-0.000805245;RO=113;SAF=50;SAR=44;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000930715;STB=0.500516;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.02436;OID=.;OPOS=18039800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:207:113:113:94:94:0.454106:44:50:60:53:44:50:60:53 chr17 18046898 . T C 237.01 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=2;FWDB=0.0101094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0202;QD=19.7509;RBI=0.0105002;REFB=-0.0304751;REVB=-0.00283805;RO=25;SAF=22;SAR=1;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16438;STB=0.594498;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0307595;OID=.;OPOS=18046898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:1:22:23:2:1:22:23:2 chr17 18052867 . T C 2045.09 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7851;QD=62.4455;RBI=0.0501004;REFB=0;REVB=0.0421881;RO=0;SAF=102;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74465e-05;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:29:102:0:0:29:102:0:0 chr17 18077175 . T C 905.33 PASS AF=0.414226;AO=99;DP=237;FAO=99;FDP=239;FR=.;FRO=140;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=72;FSRR=68;FWDB=-0.0107035;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.739;QD=15.152;RBI=0.0107373;REFB=-0.00903687;REVB=-0.000850725;RO=138;SAF=52;SAR=47;SRF=70;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187979;STB=0.506435;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0128727;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:138:140:99:99:0.414226:47:52:70:68:47:52:72:68 chr17 18087299 . C T 778.7 PASS AF=0.506757;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0168269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.828;QD=21.0459;RBI=0.0243556;REFB=-0.0219619;REVB=-0.0176082;RO=72;SAF=37;SAR=38;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188104;STB=0.513607;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0223783;OID=.;OPOS=18087299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:72:73:75:75:0.506757:38:37:34:38:38:37:34:39 chr17 18137141 . A G 5119.74 PASS AF=1;AO=325;DP=326;FAO=325;FDP=325;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639189;FXX=0.00306739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.137;QD=63.0122;RBI=0.0192465;REFB=-0.0945439;REVB=0.0181541;RO=1;SAF=162;SAR=163;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2921e-05;OID=.;OPOS=18137141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:326:325:1:0:325:325:1:163:162:1:0:163:162:0:0 chr17 18148047 . G C 110.41 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=5;FWDB=-0.0105745;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=149.84;QD=6.22016;RBI=0.0110781;REFB=-0.0179658;REVB=-0.00330235;RO=48;SAF=12;SAR=5;SRF=43;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337981;STB=0.717471;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0189444;OID=.;OPOS=18148047;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:48:54:17:17:0.239437:5:12:43:5:5:12:49:5 chr17 18148048 . GCA GCG,GGG 652.55 PASS AF=0.553191,0.404255;AO=9,17;DP=48;FAO=26,19;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=26,19;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215848,0.0369252;FXX=0.040808;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=37.2324,168.64;QD=55.5365;RBI=0.0215848,0.0369252;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=9,17;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=4.64504e-05,0.0689936;OID=.,.;OPOS=18148050,18148049;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=GCG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.553191,0.404255:9,17:48:26,19:47:0:26,19:0,0:0:0:99:0:9,17:0,0:0:0 chr17 18149456 . G A 631.2 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=0.00445725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9718;QD=17.7804;RBI=0.0724989;REFB=-0.00337305;REVB=-0.0723617;RO=77;SAF=18;SAR=47;SRF=24;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413883;STB=0.523045;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00258528;OID=.;OPOS=18149456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:77:65:65:0.457746:47:18:24:53:47:18:24:53 chr17 18167397 . G T 360.21 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0273361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2766;QD=18.2385;RBI=0.0326224;REFB=-0.015404;REVB=0.0178034;RO=39;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177381;STB=0.564281;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0143385;OID=.;OPOS=18167397;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:41:37:38:0.481013:24:13:21:18:24:14:20:21 chr17 18167505 . T C 490.27 PASS AF=0.375796;AO=59;DP=157;FAO=59;FDP=157;FR=.;FRO=98;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.010883;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.533;QD=12.491;RBI=0.0182925;REFB=-0.014533;REVB=0.0147029;RO=98;SAF=33;SAR=26;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135366;STB=0.507676;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0253356;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:98:98:59:59:0.375796:26:33:56:42:26:33:56:42 chr17 18167684 . G A 957.45 PASS AF=0.47619;AO=99;DP=210;FAO=100;FDP=210;FR=.;FRO=110;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=68;FWDB=0.0242681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.701;QD=18.2372;RBI=0.0243381;REFB=-0.0270152;REVB=-0.00184388;RO=109;SAF=48;SAR=51;SRF=42;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095018;STB=0.551714;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0315658;OID=.;OPOS=18167684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:109:110:99:100:0.47619:51:48:42:67:52:48:42:68 chr17 18220770 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.015572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0912;QD=22.1887;RBI=0.0391762;REFB=0.0228735;REVB=-0.0359485;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325798;STB=0.501823;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.012549;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:10:12:13:11:10:12 chr17 18230380 . T C 652.06 PASS AF=0.547009;AO=63;DP=116;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0290947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.497;QD=22.2925;RBI=0.0318196;REFB=-0.0113331;REVB=-0.0128835;RO=53;SAF=25;SAR=38;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504171;STB=0.531643;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00900125;OID=.;OPOS=18230380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:53:53:63:64:0.547009:38:25:18:35:38:26:18:35 chr17 18256979 . C T 533.39 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00653931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8866;QD=17.0686;RBI=0.0208037;REFB=0.0052342;REVB=0.0197492;RO=68;SAF=30;SAR=27;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00303279;STB=0.501689;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00831534;OID=.;OPOS=18256979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:68:57:57:0.456:27:30:36:32:27:30:36:32 chr17 18284262 . G A 446.03 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0150719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.506;QD=20.7457;RBI=0.016932;REFB=-0.00657942;REVB=0.00771551;RO=42;SAF=27;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017034;STB=0.50943;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00715628;OID=.;OPOS=18284262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:17:27:25:17:17:27:25:17 chr17 18291544 . A G 401.3 PASS AF=0.303371;AO=53;DP=177;FAO=54;FDP=178;FR=.;FRO=124;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=73;FWDB=-0.0360735;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.565;QD=9.01802;RBI=0.0538529;REFB=-0.0170576;REVB=-0.0399855;RO=120;SAF=20;SAR=33;SRF=50;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049081;STB=0.530072;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0420891;OID=.;OPOS=18291544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:120:124:53:54:0.303371:33:20:50:70:34:20:51:73 chr17 18291559 . T C 366.2 PASS AF=0.277174;AO=51;DP=183;FAO=51;FDP=184;FR=.;FRO=133;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=78;FWDB=-0.00294868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.947;QD=7.96088;RBI=0.0238637;REFB=-0.0297671;REVB=-0.0236808;RO=131;SAF=19;SAR=32;SRF=53;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412712;STB=0.531168;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0553776;OID=.;OPOS=18291559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:131:133:51:51:0.277174:32:19:53:78:32:19:55:78 chr17 18333915 . C T 400.03 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0518704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.714;QD=53.337;RBI=0.051888;REFB=-0.00869033;REVB=-0.00135318;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037234;STB=0.519986;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00076656;OID=.;OPOS=18333915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:12:17:0:1:12:17:0:1 chr17 18380154 . A G 453.61 PASS AF=0.159322;AO=94;DP=590;FAO=94;FDP=590;FR=.;FRO=496;FSAF=63;FSAR=31;FSRF=252;FSRR=244;FWDB=-0.0141776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.72;QD=3.07534;RBI=0.0164492;REFB=-0.00375202;REVB=-0.00834082;RO=495;SAF=63;SAR=31;SRF=251;SRR=244;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215957;STB=0.639505;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0231381;OID=.;OPOS=18380154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:590:590:495:496:94:94:0.159322:31:63:251:244:31:63:252:244 chr17 18390993 . C T 331.68 PASS AF=0.26087;AO=47;DP=184;FAO=48;FDP=184;FR=.;FRO=136;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=81;FWDB=0.00926073;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.505;QD=7.21049;RBI=0.0113948;REFB=3.59739e-05;REVB=0.00663933;RO=136;SAF=23;SAR=24;SRF=55;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106371;STB=0.555583;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=5.14707e-05;OID=.;OPOS=18390993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:136:136:47:48:0.26087:24:23:55:81:25:23:55:81 chr17 18391003 . G A 393.82 PASS AF=0.256637;AO=57;DP=226;FAO=58;FDP=226;FR=.;FRO=168;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=74;FSRR=94;FWDB=-0.0147336;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.004;QD=6.97017;RBI=0.0278963;REFB=-0.0040354;REVB=0.023688;RO=168;SAF=31;SAR=26;SRF=74;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128784;STB=0.569518;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00917939;OID=.;OPOS=18391003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:168:168:57:58:0.256637:26:31:74:94:27:31:74:94 chr17 18528623 . A G 2493.88 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0313284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0402;QD=60.8262;RBI=0.0505876;REFB=-0.0516345;REVB=-0.0397196;RO=1;SAF=95;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498293;STB=0.502617;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00253977;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:68:95:1:0:68:95:1:0 chr17 18542519 . T G 988.72 PASS AF=0.658915;AO=85;DP=131;FAO=85;FDP=129;FR=.;FRO=44;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0499325;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0733;QD=30.6579;RBI=0.0525303;REFB=-0.0171777;REVB=-0.0163147;RO=44;SAF=52;SAR=33;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583969;STB=0.531509;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0134542;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:44:44:85:85:0.658915:33:52:23:21:33:52:23:21 chr17 18681833 . C G 82.06 PASS AF=0.133333;AO=18;DP=135;FAO=18;FDP=135;FR=.;FRO=117;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=-0.00128875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.352;QD=2.43128;RBI=0.00998246;REFB=-0.00355524;REVB=0.00989893;RO=114;SAF=10;SAR=8;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696949;STB=0.537149;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0285683;OID=.;OPOS=18681833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:135:135:114:117:18:18:0.133333:8:10:57:57:8:10:60:57 chr17 18684642 . G T 961.46 PASS AF=0.519337;AO=94;DP=181;FAO=94;FDP=181;FR=.;FRO=87;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0160007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.2807;QD=21.2478;RBI=0.0188315;REFB=-0.0217046;REVB=-0.00992994;RO=87;SAF=43;SAR=51;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223094;STB=0.512227;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0159471;OID=.;OPOS=18684642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:87:87:94:94:0.519337:51:43:42:45:51:43:42:45 chr17 18694277 . G A 1446.32 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0253495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.208;QD=56.1679;RBI=0.0416995;REFB=-0.0781744;REVB=0.0331097;RO=3;SAF=55;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651196;STB=0.503434;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00153504;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:3:3:100:100:0.970874:45:55:2:1:45:55:2:1 chr17 18702220 . T C 3228.65 PASS AF=0.986175;AO=210;DP=215;FAO=214;FDP=217;FR=.;FRO=3;FSAF=120;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00753298;FXX=0.00458695;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3248;QD=59.5143;RBI=0.0515995;REFB=-0.127577;REVB=0.0510467;RO=5;SAF=120;SAR=90;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257254;STB=0.507853;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00263072;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:215:217:5:3:210:214:0.986175:90:120:0:5:94:120:0:3 chr17 18709578 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0470177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7894;QD=14.0438;RBI=0.0777761;REFB=-0.0163418;REVB=0.0619552;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0252602;OID=.;OPOS=18709578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:4:0:1:4:4:0 chr17 18775900 . A G 456.66 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.013837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0481;QD=16.7581;RBI=0.0493086;REFB=-0.0148581;REVB=-0.0473273;RO=59;SAF=24;SAR=26;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121563;STB=0.567601;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0200261;OID=.;OPOS=18775900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:26:24:21:38:26:24:21:38 chr17 18855611 . T C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0195944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.281;QD=21.6301;RBI=0.0195948;REFB=0.00112975;REVB=-0.000122894;RO=24;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819321;STB=0.545424;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.000913064;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:12:18:12:12:12:18:12:12 chr17 18874685 . C CGGT 359.15 PASS AF=0.317241;AO=40;DP=150;FAO=46;FDP=145;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.00497503;FXX=0.0202689;HRUN=2;LEN=3;MLLD=311.599;QD=9.90765;RBI=0.031432;REFB=-0.00167356;REVB=-0.0310358;RO=101;SAF=27;SAR=13;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301828;STB=0.664682;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.00310361;OID=.;OPOS=18874686;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=CGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317241:40:150:46:145:99:31:15:43:56:99:101:27:13:43:58 chr17 18874720 . C G 824.45 PASS AF=0.447917;AO=86;DP=192;FAO=86;FDP=192;FR=.;FRO=106;FSAF=58;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.0448922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1933;QD=17.176;RBI=0.0515319;REFB=-0.0098669;REVB=0.0253028;RO=106;SAF=58;SAR=28;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254311;STB=0.641527;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0103721;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:106:106:86:86:0.447917:28:58:45:61:28:58:45:61 chr17 19186810 . G A 223.06 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0342509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7122;QD=17.4949;RBI=0.0848473;REFB=0.00892204;REVB=0.077627;RO=27;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716914;STB=0.548345;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00431769;OID=.;OPOS=19186810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:23:24:0.470588:7:16:17:10:7:17:17:10 chr17 19216733 . T C 58.55 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0543566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.153;QD=4.87878;RBI=0.0544819;REFB=-0.00900757;REVB=-0.00369364;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207261;STB=0.636075;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0504972;OID=.;OPOS=19216733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:4:5:15:24:4:5:15:24 chr17 19216917 . T C 686.64 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0186312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8163;QD=59.7075;RBI=0.0400891;REFB=-0.0498302;REVB=0.0354967;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268199;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00189647;OID=.;OPOS=19216917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:46:1:1:43:45:0.978261:26:17:1:0:26:19:1:0 chr17 19232078 . T C 2658.93 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1622;QD=62.1972;RBI=0.0775867;REFB=0;REVB=-0.0771717;RO=0;SAF=83;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126504;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:88:83:0:0:88:83:0:0 chr17 19265952 . C T 5745.06 PASS AF=0.984169;AO=369;DP=378;FAO=373;FDP=379;FR=.;FRO=6;FSAF=121;FSAR=252;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0207893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0955;QD=60.6338;RBI=0.0516833;REFB=-0.0924677;REVB=0.0473177;RO=6;SAF=117;SAR=252;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122587;STB=0.503164;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00192534;OID=.;OPOS=19265952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:378:379:6:6:369:373:0.984169:252:117:4:2:252:121:3:3 chr17 19411489 . G C 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00126127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.608;QD=14.9037;RBI=0.0512825;REFB=0.00339452;REVB=0.051267;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293531;STB=0.516654;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00324401;OID=.;OPOS=19411489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:13:13:16:18:13:13:16:18 chr17 19460972 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.469;QD=60.3767;RBI=0.0197259;REFB=0;REVB=-0.000254903;RO=0;SAF=55;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21888e-05;OID=.;OPOS=19460972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:19:55:0:0:19:55:0:0 chr17 19568258 . C T 245.03 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0125083;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.182;QD=16.612;RBI=0.0144345;REFB=-0.00296249;REVB=-0.00720404;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258372;STB=0.644451;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00268594;OID=.;OPOS=19568258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:16:12:22:9:16:12:22:9 chr17 19578873 . A T 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.615;QD=61.2611;RBI=0.00627218;REFB=0;REVB=-0.000487135;RO=0;SAF=47;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.20685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98964e-06;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:72:47:0:0:72:47:0:0 chr17 19595585 . C T 110.34 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=31;FWDB=0.0159601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3108;QD=8.827;RBI=0.0274513;REFB=-0.0117174;REVB=0.0223349;RO=35;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365662;STB=0.689446;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0325026;OID=.;OPOS=19595585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:36:14:14:0.28:9:5:4:31:9:5:5:31 chr17 19642313 . GC CG,G 40.55 PASS AF=0,0.3;AO=2,13;DP=30;FAO=0,9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=0,4;FSAR=0,5;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0216552,-0.161875;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=43.7719,9.31975;QD=5.40614;RBI=0.204176,0.177273;REFB=-0.0201793,-0.145281;REVB=-0.203024,-0.0722631;RO=12;SAF=0,8;SAR=2,5;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.773311,-0.293034;STB=0.5,0.774193;STBP=1,0.093;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.156646;OID=.,.;OPOS=19642313,19642314;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:30:30:12:21:2,13:0,9:0,0.3:2,5:0,8:11:1:0,5:0,4:18:3 chr17 19642820 . C T 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00533865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.481;QD=12.2433;RBI=0.037649;REFB=-0.0054635;REVB=0.0372686;RO=58;SAF=17;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549824;STB=0.525988;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00988453;OID=.;OPOS=19642820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:59:33:33:0.358696:16:17:27:31:16:17:28:31 chr17 19644472 . A T 516.56 PASS AF=0.405405;AO=59;DP=148;FAO=60;FDP=148;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=59;FWDB=0.00746114;FXX=0.0326776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.695;QD=13.9611;RBI=0.0228712;REFB=-0.000808766;REVB=-0.02162;RO=79;SAF=32;SAR=27;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203268;STB=0.61973;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00122792;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:79:88:59:60:0.405405:27:32:27:52:28:32:29:59 chr17 19645938 . A C 417.19 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0195344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.035;QD=15.4517;RBI=0.0354865;REFB=-0.0145756;REVB=-0.029626;RO=61;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471617;STB=0.526429;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0228921;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:24:23:27:34:24:23:27:34 chr17 19678475 . G A 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.459;QD=57.6751;RBI=0.0378118;REFB=0;REVB=0.0129764;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124633;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr17 19713740 . C T 3002.59 PASS AF=0.99;AO=194;DP=197;FAO=198;FDP=200;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.108858;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9461;QD=60.0518;RBI=0.112937;REFB=-0.122784;REVB=-0.0300781;RO=1;SAF=90;SAR=104;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526214;STB=0.500253;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00165106;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:197:200:1:2:194:198:0.99:104:90:1:0:104:94:1:1 chr17 19729495 . T C 1641.9 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.499;QD=60.2532;RBI=0.00982439;REFB=0;REVB=0.00810746;RO=0;SAF=45;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29942e-05;OID=.;OPOS=19729495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:64:45:0:0:64:45:0:0 chr17 19768088 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA 32.28 PASS AF=0.123967,0,0;AO=23,17,13;DP=138;FAO=15,0,0;FDP=121;FR=.;FRO=106;FSAF=4,0,0;FSAR=11,0,0;FSRF=36;FSRR=70;FWDB=-0.175773,-0.19511,-0.0307568;FXX=0.0396794;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=15.6048,7.67501,15.0961;QD=1.06724;RBI=0.175776,0.251314,0.164866;REFB=-0.0468358,-0.0625172,-0.0190522;REVB=0.0009483,-0.158401,-0.161972;RO=70;SAF=8,4,10;SAR=15,13,3;SRF=26;SRR=44;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0316843,-0.201173,0.473331;STB=0.57581,0.5,0.5;STBP=0.58,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.190781,0,0;OID=.,.,.;OPOS=19768093,19768089,19768093;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.123967,0,0:23,17,13:138:15,0,0:121:106:4,0,0:11,0,0:36:70:33:70:8,4,10:15,13,3:26:44 chr17 20107773 . T C 1606.85 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.898;QD=60.0692;RBI=0.0501075;REFB=0;REVB=-0.046086;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385006;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:50:56:0:0:50:57:0:0 chr17 20108239 . A T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.556;QD=61.0489;RBI=0.0339805;REFB=0;REVB=0.0226612;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96033e-05;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr17 20109189 . C T 1775.16 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105597;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7172;QD=61.2124;RBI=0.0113761;REFB=0;REVB=-0.00423167;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471479;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:116:116:1:64:52:0:0:64:52:0:0 chr17 20163528 . CA C,CG 1440.79 PASS AF=0.931373,0.0686275;AO=18,84;DP=102;FAO=95,7;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=57,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336544,-0.111922;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.814,162.44;QD=56.5015;RBI=0.0367209,0.120303;REFB=0,0;REVB=0.0146905,-0.044118;RO=0;SAF=18,20;SAR=0,64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,8.14185e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0011955,0.00534253;OID=.,.;OPOS=20163529,20163529;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.931373,0.0686275:18,84:102:95,7:102:0:38,0:57,7:0:0:20:0:18,20:0,64:0:0 chr17 20227530 . C A 99.99 PASS AF=0.28;AO=11;DP=52;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00211458;FXX=0.0740604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.143;QD=7.99925;RBI=0.00246584;REFB=-0.0131708;REVB=0.00126843;RO=40;SAF=3;SAR=8;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392169;STB=0.76052;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0231799;OID=.;OPOS=20227530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:40:36:11:14:0.28:8:3:24:16:10:4:24:12 chr17 20244264 . G C 490.11 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00747391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.737;QD=56.012;RBI=0.0156015;REFB=-0.0847404;REVB=0.0136948;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346006;STB=0.518508;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=7.34731e-05;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:1:0:21:13:1:0 chr17 20268754 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.142;QD=39.2059;RBI=0.0373293;REFB=0;REVB=-0.00159249;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831078;OID=.;OPOS=20268754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr17 20361493 . T C 581.97 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.00750613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.186;QD=19.081;RBI=0.0610209;REFB=0.00375696;REVB=-0.0605575;RO=61;SAF=25;SAR=35;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531365;STB=0.524071;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00304607;OID=.;OPOS=20361493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:62:60:60:0.491803:35:25:22:39:35:25:23:39 chr17 20370735 . T C,G 494.32 PASS AF=0.861111,0.111111;AO=31,3;DP=35;FAO=31,4;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14,3;FSAR=17,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00144412,-0.00716123;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.884,83.1227;QD=54.9242;RBI=0.0552705,0.00977359;REFB=-0.0458955,-0.0299915;REVB=-0.0552516,0.0066513;RO=0;SAF=13,3;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.33668e-08,0;STB=0.51723,0.571096;STBP=0.322,0.672;TYPE=snp,snp;VARB=0.0148417,-0.0443713;OID=.,.;OPOS=20370735,20370735;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:35:36:0:1:31,3:31,4:0.861111,0.111111:18,0:13,3:0:0:17,1:14,3:1:0 chr17 20370767 . G C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.058;QD=60.5101;RBI=0.0305515;REFB=-0.0152129;REVB=-0.0111384;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000339132;OID=.;OPOS=20370767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:25:20:1:0:25:20:1:0 chr17 20370796 . T C 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.841;QD=60.8523;RBI=0.0416349;REFB=-0.0561191;REVB=0.0119937;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00192889;OID=.;OPOS=20370796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:26:20:1:0:26:20:1:0 chr17 20370806 . G A 619.84 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0591263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.35;QD=59.0325;RBI=0.0761631;REFB=-0.0884147;REVB=0.0480094;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00424678;OID=.;OPOS=20370806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:21:20:1:0:21:20:1:0 chr17 20769862 . T A 263.7 PASS AF=0.330097;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0199443;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.835;QD=10.2407;RBI=0.0411034;REFB=-0.00733628;REVB=-0.0359405;RO=66;SAF=14;SAR=20;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671772;STB=0.545217;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0214867;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:66:69:34:34:0.330097:20:14:31:35:20:14:33:36 chr17 20769866 . G A 277.41 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0164166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5378;QD=10.2746;RBI=0.0400685;REFB=0.0115148;REVB=-0.036551;RO=72;SAF=15;SAR=21;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648552;STB=0.537597;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0141392;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:72:72:36:36:0.333333:21:15:34:38:21:15:34:38 chr17 20769896 . G T 415.62 PASS AF=0.371212;AO=48;DP=132;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00705575;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.403;QD=12.5946;RBI=0.0220297;REFB=-0.0131789;REVB=-0.0208692;RO=82;SAF=21;SAR=27;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829418;STB=0.535965;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0169505;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:82:83:48:49:0.371212:27:21:42:40:27:22:42:41 chr17 20769899 . G T 451.69 PASS AF=0.382353;AO=52;DP=136;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0111771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.926;QD=13.2849;RBI=0.026907;REFB=-0.00764102;REVB=-0.0244757;RO=84;SAF=25;SAR=27;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338998;STB=0.519223;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0121347;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:84:84:52:52:0.382353:27:25:43:41:27:25:43:41 chr17 20769904 . G A 507.97 PASS AF=0.402878;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0165041;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9449;QD=14.6177;RBI=0.0196335;REFB=-0.00197821;REVB=0.0106343;RO=83;SAF=26;SAR=30;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570023;STB=0.532122;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00341939;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:83:83:56:56:0.402878:30:26:43:40:30:26:43:40 chr17 20769954 . T G 470.21 PASS AF=0.430894;AO=51;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0291678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.181;QD=15.2913;RBI=0.0301324;REFB=-0.0153489;REVB=-0.00756293;RO=70;SAF=23;SAR=28;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506606;STB=0.516123;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0170986;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:70:51:53:0.430894:28:23:35:35:28:25:35:35 chr17 20769964 . C A 433.54 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.114069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5782;QD=15.0795;RBI=0.122288;REFB=-0.0081196;REVB=-0.0440766;RO=66;SAF=24;SAR=25;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104288;STB=0.505855;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0091721;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:66:49:49:0.426087:25:24:33:33:25:24:33:33 chr17 20769968 . G A 436.36 PASS AF=0.433628;AO=48;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0237221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.249;QD=15.4464;RBI=0.03054;REFB=-0.0203701;REVB=-0.0192341;RO=64;SAF=25;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212165;STB=0.505778;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0266632;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:64:48:49:0.433628:23:25:32:32:24:25:32:32 chr17 20769995 . C T 318.37 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0662816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.127;QD=18.1925;RBI=0.0804328;REFB=-0.0316651;REVB=0.0455651;RO=36;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157947;STB=0.588183;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0347407;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:14:20:15:21:14:20:15:21 chr17 20770002 . CC AG 300.06 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0216918;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=2;MLLD=219.234;QD=18.7539;RBI=0.0229196;REFB=-0.0291873;REVB=-0.00740082;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126168;STB=0.562461;STBP=0.342;TYPE=mnp;VARB=0.0253662;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:14:18:13:18:14:18:14:18 chr17 20770017 . C T 37.37 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0172065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.631;QD=2.66913;RBI=0.0205688;REFB=-0.000983649;REVB=0.0112698;RO=49;SAF=5;SAR=2;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203064;STB=0.651721;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0289632;OID=.;OPOS=20770017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:2:5:27:22:2:5:27:22 chr17 20903068 . C A 1278.05 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.099;QD=60.8593;RBI=0.0094808;REFB=0;REVB=0.0085598;RO=0;SAF=21;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104482;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:61:21:0:0:62:22:0:0 chr17 20903080 . C A 1336.6 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.785;QD=62.1676;RBI=0.0278503;REFB=0;REVB=0.0122457;RO=0;SAF=23;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40608e-05;OID=.;OPOS=20903080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:61:23:0:0:63:23:0:0 chr17 20914514 . G A 771.22 PASS AF=0.427861;AO=85;DP=201;FAO=86;FDP=201;FR=.;FRO=115;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=65;FWDB=0.0202727;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1487;QD=15.3477;RBI=0.0339899;REFB=0.0292557;REVB=0.0272824;RO=114;SAF=33;SAR=52;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536351;STB=0.53044;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0142688;OID=.;OPOS=20914514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:114:115:85:86:0.427861:52:33:50:64:53:33:50:65 chr17 20924523 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.291;QD=59.323;RBI=0.0153066;REFB=0;REVB=-0.00341821;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21391e-05;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:30:36:0:0:30:38:0:0 chr17 21117589 . C A 1013.15 PASS AF=0.561404;AO=96;DP=171;FAO=96;FDP=171;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.0213071;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6545;QD=23.6995;RBI=0.0243057;REFB=-0.00906784;REVB=0.0116952;RO=74;SAF=43;SAR=53;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455412;STB=0.527308;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00650096;OID=.;OPOS=21117589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:74:75:96:96:0.561404:53:43:29:45:53:43:29:46 chr17 21132915 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.783;QD=56.7066;RBI=0.0193413;REFB=0;REVB=0.0064362;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251042;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr17 21144074 . G A 1780.4 PASS AF=0.931298;AO=122;DP=133;FAO=122;FDP=131;FR=.;FRO=9;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0109588;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.272;QD=54.3633;RBI=0.0109882;REFB=-0.176832;REVB=0.00080312;RO=9;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641309;STB=0.533829;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0017516;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:133:131:9:9:122:122:0.931298:62:60:0:9:62:60:0:9 chr17 21144139 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG 31.93 PASS AF=0.196078,0;AO=18,2;DP=51;FAO=10,0;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=2,0;FSAR=8,0;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0617977,-0.0145412;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.3806,65.7675;QD=2.50419;RBI=0.181586,0.103093;REFB=-0.149256,-0.0157177;REVB=-0.170747,-0.102062;RO=30;SAF=2,0;SAR=16,2;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.500608,-0.442851;STB=0.64614,0.5;STBP=0.351,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.153461,0.043896;OID=.,.;OPOS=21144140,21144144;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196078,0:18,2:51:10,0:51:41:2,0:8,0:14:27:32:30:2,0:16,2:14:16 chr17 21144155 . C G 784.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.339;QD=57.055;RBI=0.0491264;REFB=0;REVB=0.0489783;RO=0;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142818;OID=.;OPOS=21144155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:43:11:0:0:44:11:0:0 chr17 21144352 . G A 1134.58 PASS AF=0.97561;AO=72;DP=76;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00134825;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.8397;QD=55.3454;RBI=0.0335618;REFB=-0.0952351;REVB=0.0335347;RO=3;SAF=49;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298148;STB=0.502886;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.004109;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:82:3:2:72:80:0.97561:23:49:1:2:31:49:1:1 chr17 21194769 . C T 313.17 PASS AF=0.308271;AO=41;DP=133;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0130748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2401;QD=9.41851;RBI=0.0139535;REFB=-0.00611027;REVB=-0.00487326;RO=91;SAF=24;SAR=17;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108173;STB=0.559556;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0155668;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:91:92:41:41:0.308271:17:24:45:46:17:24:46:46 chr17 21194771 . A T 312.5 PASS AF=0.30597;AO=41;DP=134;FAO=41;FDP=134;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.0161339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0098;QD=9.32838;RBI=0.0219955;REFB=-0.0204269;REVB=-0.0149498;RO=93;SAF=24;SAR=17;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108539;STB=0.563432;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0419786;OID=.;OPOS=21194771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:93:93:41:41:0.30597:17:24:46:47:17:24:46:47 chr17 21194785 . T C 355.44 PASS AF=0.3125;AO=45;DP=145;FAO=45;FDP=144;FR=.;FRO=99;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=0.0068687;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.843;QD=9.87326;RBI=0.00693755;REFB=-0.0129279;REVB=-0.000974962;RO=99;SAF=25;SAR=20;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718156;STB=0.541777;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0280186;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:99:99:45:45:0.3125:20:25:49:50:20:25:49:50 chr17 21194820 . G A 450.48 PASS AF=0.376812;AO=52;DP=138;FAO=52;FDP=138;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.00177854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.194;QD=13.0574;RBI=0.00820734;REFB=-0.0142749;REVB=-0.00801232;RO=84;SAF=29;SAR=23;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165377;STB=0.600128;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0192089;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:84:86:52:52:0.376812:23:29:34:50:23:29:34:52 chr17 21194843 . T C 594.7 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=57;FWDB=-0.0489187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.179;QD=17.6207;RBI=0.0497628;REFB=-0.0103051;REVB=-0.00912679;RO=73;SAF=32;SAR=30;SRF=16;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288778;STB=0.659044;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0314013;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:30:32:16:57:30:32:16:57 chr17 21194852 . G A 581.49 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=56;FWDB=0.0190878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.757;QD=17.358;RBI=0.019667;REFB=0.00165661;REVB=0.00473795;RO=72;SAF=30;SAR=31;SRF=17;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252132;STB=0.641708;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0012347;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:72:73:61:61:0.455224:31:30:17:55:31:30:17:56 chr17 21194859 . G A 563.59 PASS AF=0.458647;AO=57;DP=131;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=54;FWDB=0.042952;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5577;QD=16.95;RBI=0.0477902;REFB=0.00462747;REVB=-0.020953;RO=73;SAF=27;SAR=30;SRF=19;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219382;STB=0.623774;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00405294;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:73:72:57:61:0.458647:30:27:19:54:32:29:18:54 chr17 21199022 . A T 262.77 PASS AF=0.32;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.000856228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.778;QD=10.5106;RBI=0.004739;REFB=-0.0174727;REVB=-0.004661;RO=66;SAF=10;SAR=22;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32201;STB=0.687383;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0150279;OID=.;OPOS=21199022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:66:68:32:32:0.32:22:10:39:27:22:10:40:28 chr17 21199037 . G A 255.72 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0260975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0807;QD=11.1181;RBI=0.0261987;REFB=-0.000143456;REVB=-0.00230104;RO=60;SAF=9;SAR=22;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304015;STB=0.672374;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.000693147;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:61:31:31:0.336957:22:9:33:27:22:9:33:28 chr17 21199083 . T A 107.34 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0258325;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.304;QD=7.80636;RBI=0.029494;REFB=-0.0177787;REVB=-0.0142331;RO=36;SAF=2;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519526;STB=0.823214;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0216553;OID=.;OPOS=21199083;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:40:15:15:0.272727:13:2:19:17:13:2:21:19 chr17 21199390 . C T 424.33 PASS AF=0.364964;AO=50;DP=138;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0022114;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6424;QD=12.389;RBI=0.0237811;REFB=-0.000452606;REVB=0.0236781;RO=87;SAF=30;SAR=20;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193768;STB=0.603457;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00112088;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:87:87:50:50:0.364964:20:30:37:50:20:30:38:49 chr17 21199403 . C T 487.38 PASS AF=0.36875;AO=59;DP=162;FAO=59;FDP=160;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.011725;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.584;QD=12.1844;RBI=0.0555254;REFB=-0.0023453;REVB=-0.0542733;RO=103;SAF=31;SAR=28;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130972;STB=0.568844;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00271837;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:103:101:59:59:0.36875:28:31:42:61:28:31:42:59 chr17 21201719 . T C 1158.63 PASS AF=0.487395;AO=116;DP=234;FAO=116;FDP=238;FR=.;FRO=122;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=-0.0573721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3909;QD=19.4728;RBI=0.0589792;REFB=-0.0428957;REVB=-0.0136745;RO=118;SAF=52;SAR=64;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477189;STB=0.535033;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0412794;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:238:118:122:116:116:0.487395:64:52:59:59:64:52:63:59 chr17 21202191 . C A 1415.16 PASS AF=0.534091;AO=134;DP=245;FAO=141;FDP=264;FR=.;FRO=123;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=56;FSRR=67;FWDB=0.0350996;FXX=0.0294107;HRUN=7;LEN=1;MLLD=45.7085;QD=21.4418;RBI=0.0406715;REFB=-0.0653054;REVB=0.0205474;RO=109;SAF=62;SAR=72;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119033;STB=0.50399;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0391133;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:264:109:123:134:141:0.534091:72:62:52:57:78:63:56:67 chr17 21202237 . G C 1428.74 PASS AF=0.604651;AO=130;DP=215;FAO=130;FDP=215;FR=.;FRO=85;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=26;FSRR=59;FWDB=0.0386586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.376;QD=26.5812;RBI=0.0401229;REFB=-0.0273288;REVB=0.0107405;RO=85;SAF=68;SAR=62;SRF=26;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158137;STB=0.58536;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0165657;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:85:85:130:130:0.604651:62:68:26:59:62:68:26:59 chr17 21203893 . T C 684.87 PASS AF=0.410811;AO=75;DP=186;FAO=76;FDP=185;FR=.;FRO=109;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=0.00341144;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.454;QD=14.8079;RBI=0.00952695;REFB=0.00417826;REVB=-0.00889522;RO=111;SAF=30;SAR=45;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355733;STB=0.508584;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00573882;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:111:109:75:76:0.410811:45:30:48:63:45:31:46:63 chr17 21203934 . G A 505.33 PASS AF=0.384615;AO=60;DP=156;FAO=60;FDP=156;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=61;FWDB=0.0405291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.832;QD=12.9573;RBI=0.0526802;REFB=0.00445844;REVB=0.0336541;RO=94;SAF=23;SAR=37;SRF=35;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126035;STB=0.512269;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00477512;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:94:96:60:60:0.384615:37:23:35:59:37:23:35:61 chr17 21203949 . C T 483.78 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=132;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.0372999;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2056;QD=14.7719;RBI=0.03996;REFB=-0.0347189;REVB=0.0143361;RO=76;SAF=21;SAR=33;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348453;STB=0.51638;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0586964;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:76:77:54:54:0.412214:33:21:32:44:33:21:32:45 chr17 21204187 . G T 386.99 PASS AF=0.324503;AO=49;DP=151;FAO=49;FDP=151;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=40;FWDB=0.0270837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.69;QD=10.2515;RBI=0.0271317;REFB=-0.0062584;REVB=-0.00161418;RO=102;SAF=28;SAR=21;SRF=62;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437871;STB=0.525282;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0103283;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:102:102:49:49:0.324503:21:28:62:40:21:28:62:40 chr17 21204192 . C T 362.04 PASS AF=0.304348;AO=49;DP=161;FAO=49;FDP=161;FR=.;FRO=112;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=67;FSRR=45;FWDB=0.0111778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.077;QD=8.99474;RBI=0.0215293;REFB=0.00380405;REVB=0.0184002;RO=112;SAF=29;SAR=20;SRF=67;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00789066;STB=0.504597;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00878296;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:112:112:49:49:0.304348:20:29:67:45:20:29:67:45 chr17 21204210 . C T 467.96 PASS AF=0.310881;AO=60;DP=193;FAO=60;FDP=193;FR=.;FRO=133;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=76;FSRR=57;FWDB=0.00557315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4962;QD=9.69871;RBI=0.0336376;REFB=0.00560141;REVB=0.0331727;RO=133;SAF=36;SAR=24;SRF=76;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350462;STB=0.520336;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0120508;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:133:133:60:60:0.310881:24:36:76:57:24:36:76:57 chr17 21204257 . G A 550.9 PASS AF=0.307692;AO=72;DP=233;FAO=72;FDP=234;FR=.;FRO=162;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=81;FSRR=81;FWDB=0.016651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.837;QD=9.41714;RBI=0.0188431;REFB=-0.00516299;REVB=-0.00882084;RO=160;SAF=42;SAR=30;SRF=79;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107411;STB=0.558173;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0095761;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:160:162:72:72:0.307692:30:42:79:81:30:42:81:81 chr17 21204266 . T C 540.7 PASS AF=0.306034;AO=71;DP=226;FAO=71;FDP=232;FR=.;FRO=161;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=84;FSRR=77;FWDB=0.00667062;FXX=0.00429166;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.393;QD=9.32241;RBI=0.0275087;REFB=0.00206695;REVB=-0.0266877;RO=154;SAF=42;SAR=29;SRF=83;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635187;STB=0.549209;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00554032;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:232:154:161:71:71:0.306034:29:42:83:71:29:42:84:77 chr17 21204308 . G T 395.24 PASS AF=0.27451;AO=56;DP=204;FAO=56;FDP=204;FR=.;FRO=148;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=75;FSRR=73;FWDB=0.00690773;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.782;QD=7.74983;RBI=0.00984377;REFB=-0.000264052;REVB=0.00701306;RO=148;SAF=30;SAR=26;SRF=75;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356693;STB=0.521045;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.000485001;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:148:148:56:56:0.27451:26:30:75:73:26:30:75:73 chr17 21205460 . C T 944.55 PASS AF=0.573248;AO=90;DP=157;FAO=90;FDP=157;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00983686;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.9;QD=24.0649;RBI=0.0219282;REFB=-0.0325814;REVB=0.019598;RO=62;SAF=43;SAR=47;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288291;STB=0.519039;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0274817;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:62:67:90:90:0.573248:47:43:32:30:47:43:35:32 chr17 21206556 . C T 663.98 PASS AF=0.411111;AO=74;DP=180;FAO=74;FDP=180;FR=.;FRO=106;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=28;FSRR=78;FWDB=0.00601622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.219;QD=14.755;RBI=0.0146708;REFB=-0.0119256;REVB=0.0133805;RO=105;SAF=21;SAR=53;SRF=28;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222993;STB=0.514394;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00733817;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:105:106:74:74:0.411111:53:21:28:77:53:21:28:78 chr17 21207813 . T G 210.86 PASS AF=0.143293;AO=47;DP=328;FAO=47;FDP=328;FR=.;FRO=281;FSAF=6;FSAR=41;FSRF=140;FSRR=141;FWDB=-0.0100639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5244;QD=2.57149;RBI=0.0135853;REFB=0.00298202;REVB=-0.00912569;RO=279;SAF=6;SAR=41;SRF=139;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508836;STB=0.845561;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.014246;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:328:279:281:47:47:0.143293:41:6:139:140:41:6:140:141 chr17 21207835 . G A 315.29 PASS AF=0.185897;AO=58;DP=314;FAO=58;FDP=312;FR=.;FRO=254;FSAF=10;FSAR=48;FSRF=129;FSRR=125;FWDB=0.0480332;FXX=0.00636922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.696;QD=4.04212;RBI=0.0492129;REFB=0.00652959;REVB=-0.0107107;RO=254;SAF=10;SAR=48;SRF=128;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457587;STB=0.793989;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0301265;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:312:254:254:58:58:0.185897:48:10:128:126:48:10:129:125 chr17 21207844 . C T 816.08 PASS AF=0.33557;AO=100;DP=298;FAO=100;FDP=298;FR=.;FRO=198;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=79;FSRR=119;FWDB=-0.00959468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.193;QD=10.9541;RBI=0.0180358;REFB=-0.0118666;REVB=-0.015272;RO=195;SAF=50;SAR=50;SRF=78;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115986;STB=0.567101;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.020137;OID=.;OPOS=21207844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:195:198:100:100:0.33557:50:50:78:117:50:50:79:119 chr17 21208413 . C T 597.58 PASS AF=0.352381;AO=74;DP=210;FAO=74;FDP=210;FR=.;FRO=136;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=57;FSRR=79;FWDB=0.00186377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.056;QD=11.3825;RBI=0.00943134;REFB=-0.000478927;REVB=-0.00924535;RO=136;SAF=41;SAR=33;SRF=57;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152422;STB=0.586739;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000828328;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:136:136:74:74:0.352381:33:41:57:79:33:41:57:79 chr17 21208449 . G T 453.87 PASS AF=0.345455;AO=57;DP=165;FAO=57;FDP=165;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.00339035;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.201;QD=11.0029;RBI=0.0177768;REFB=-0.00593495;REVB=-0.0174505;RO=108;SAF=38;SAR=19;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217536;STB=0.624955;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00914672;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:108:108:57:57:0.345455:19:38:52:56:19:38:52:56 chr17 21215483 . C T 1960.64 PASS AF=0.488943;AO=199;DP=408;FAO=199;FDP=407;FR=.;FRO=208;FSAF=93;FSAR=106;FSRF=97;FSRR=111;FWDB=-0.00151548;FXX=0.00245092;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.429;QD=19.2692;RBI=0.00613196;REFB=-0.0135307;REVB=-0.00594174;RO=206;SAF=93;SAR=106;SRF=97;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00329437;STB=0.500508;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0140974;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:407:206:208:199:199:0.488943:106:93:97:109:106:93:97:111 chr17 21215537 . C A 1389.72 PASS AF=0.434018;AO=148;DP=340;FAO=148;FDP=341;FR=.;FRO=193;FSAF=61;FSAR=87;FSRF=92;FSRR=101;FWDB=-0.00175859;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.995;QD=16.3017;RBI=0.0110662;REFB=-0.013018;REVB=0.0109256;RO=190;SAF=61;SAR=87;SRF=90;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634901;STB=0.537184;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0151168;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:341:190:193:148:148:0.434018:87:61:90:100:87:61:92:101 chr17 21215552 . C T 1150.98 PASS AF=0.403077;AO=130;DP=325;FAO=131;FDP=325;FR=.;FRO=194;FSAF=49;FSAR=82;FSRF=87;FSRR=107;FWDB=-0.00273601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.046;QD=14.1659;RBI=0.0133733;REFB=-0.0135174;REVB=0.0130904;RO=186;SAF=48;SAR=82;SRF=80;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674215;STB=0.546311;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0212232;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:325:186:194:130:131:0.403077:82:48:80:106:82:49:87:107 chr17 21215557 . G A 1364.78 PASS AF=0.455696;AO=143;DP=315;FAO=144;FDP=316;FR=.;FRO=172;FSAF=62;FSAR=82;FSRF=71;FSRR=101;FWDB=-0.00165789;FXX=0.00628911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.192;QD=17.2757;RBI=0.00309475;REFB=-0.00502495;REVB=-0.00261321;RO=164;SAF=62;SAR=81;SRF=66;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308387;STB=0.509885;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00627599;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:316:164:172:143:144:0.455696:81:62:66:98:82:62:71:101 chr17 21216788 . C T 667.98 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0204973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.537;QD=19.503;RBI=0.0276733;REFB=0.00245488;REVB=-0.0185922;RO=70;SAF=38;SAR=29;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049409;STB=0.527305;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00220931;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:70:67:67:0.489051:29:38:36:34:29:38:36:34 chr17 21216846 . G C 528.88 PASS AF=0.478632;AO=55;DP=116;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00060035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3436;QD=18.0814;RBI=0.066171;REFB=-0.00887956;REVB=0.0661683;RO=61;SAF=37;SAR=18;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101952;STB=0.559924;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0100886;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:61:61:55:56:0.478632:18:37:35:26:18:38:35:26 chr17 21217513 . G A 958.58 PASS AF=0.478469;AO=100;DP=209;FAO=100;FDP=209;FR=.;FRO=109;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=-0.0089225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8214;QD=18.3461;RBI=0.0267581;REFB=0.00644611;REVB=0.0252266;RO=109;SAF=47;SAR=53;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369288;STB=0.520358;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00860855;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:109:109:100:100:0.478469:53:47:47:62:53:47:47:62 chr17 21217547 . T C 885.0 PASS AF=0.454545;AO=95;DP=209;FAO=95;FDP=209;FR=.;FRO=114;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=0.00263887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.771;QD=16.9377;RBI=0.0104496;REFB=-0.000836542;REVB=-0.0101109;RO=111;SAF=49;SAR=46;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00221734;STB=0.50383;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00145365;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:111:114:95:95:0.454545:46:49:57:54:46:49:58:56 chr17 21217586 . G T 724.45 PASS AF=0.411765;AO=81;DP=204;FAO=84;FDP=204;FR=.;FRO=120;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=-0.00885291;FXX=0.0285701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.5;QD=14.2049;RBI=0.00997241;REFB=-0.0101723;REVB=-0.00459074;RO=115;SAF=40;SAR=41;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034557;STB=0.521693;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0116158;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:115:120:81:84:0.411765:41:40:53:62:41:43:57:63 chr17 21217596 . C G 679.74 PASS AF=0.3125;AO=48;DP=195;FAO=60;FDP=192;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=115;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.0176036;FXX=0.0253794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.726;QD=14.1612;RBI=0.028405;REFB=-0.0320963;REVB=-0.0222926;RO=72;SAF=15;SAR=33;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151774;STB=0.518327;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0520772;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:192:72:115:48:60:0.3125:33:15:32:40:34:26:53:62 chr17 21217660 . C T 806.28 PASS AF=0.416667;AO=90;DP=219;FAO=90;FDP=216;FR=.;FRO=126;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=-0.00353242;FXX=0.013698;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.908;QD=14.931;RBI=0.00555799;REFB=-0.00821987;REVB=0.00429107;RO=126;SAF=50;SAR=40;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499753;STB=0.527944;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0120363;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:216:126:126:90:90:0.416667:40:50:64:62:40:50:64:62 chr17 21217690 . C T 815.24 PASS AF=0.432692;AO=90;DP=208;FAO=90;FDP=208;FR=.;FRO=118;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=0.0304961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8813;QD=15.6776;RBI=0.0308761;REFB=-0.0174706;REVB=0.00482912;RO=118;SAF=52;SAR=38;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054093;STB=0.530145;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0238281;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:118:118:90:90:0.432692:38:52:62:56:38:52:62:56 chr17 21217727 . T C 523.13 PASS AF=0.397351;AO=59;DP=151;FAO=60;FDP=151;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0689214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.715;QD=13.8578;RBI=0.0704373;REFB=-0.00944294;REVB=-0.0145342;RO=83;SAF=31;SAR=28;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702641;STB=0.536616;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0162887;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:83:91:59:60:0.397351:28:31:38:45:28:32:43:48 chr17 21217749 . G C 398.0 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.00732903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5921;QD=14.3422;RBI=0.0229285;REFB=-0.0258942;REVB=-0.0217256;RO=59;SAF=20;SAR=26;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993657;STB=0.520824;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.03469;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:65:46:46:0.414414:26:20:20:39:26:20:26:39 chr17 21318663 . G A 384.25 PASS AF=0.373984;AO=46;DP=123;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=52;FWDB=-0.012918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.515;QD=12.4959;RBI=0.0129216;REFB=-0.0100448;REVB=0.000304651;RO=77;SAF=19;SAR=27;SRF=25;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102588;STB=0.558176;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0171632;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:77:77:46:46:0.373984:27:19:25:52:27:19:25:52 chr17 21318671 . G A 140.54 PASS AF=0.185185;AO=25;DP=135;FAO=25;FDP=135;FR=.;FRO=110;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=66;FWDB=-0.00607305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.409;QD=4.1642;RBI=0.056265;REFB=-0.00907851;REVB=0.0559363;RO=110;SAF=7;SAR=18;SRF=44;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169473;STB=0.60947;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0353462;OID=.;OPOS=21318671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:110:110:25:25:0.185185:18:7:44:66:18:7:44:66 chr17 21318698 . C T 359.98 PASS AF=0.312102;AO=45;DP=155;FAO=49;FDP=157;FR=.;FRO=108;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=0.0450802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4969;QD=9.17137;RBI=0.0463159;REFB=0.00183734;REVB=0.0106271;RO=107;SAF=12;SAR=33;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261559;STB=0.621727;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0036514;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:107:108:45:49:0.312102:33:12:50:57:34:15:51:57 chr17 21318770 . G A 407.01 PASS AF=0.325153;AO=53;DP=163;FAO=53;FDP=163;FR=.;FRO=110;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.00888794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.377;QD=9.98789;RBI=0.00898177;REFB=-0.00608422;REVB=0.0012949;RO=110;SAF=18;SAR=35;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151837;STB=0.587986;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0122795;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:110:110:53:53:0.325153:35:18:51:59:35:18:51:59 chr17 21318773 . G A 385.47 PASS AF=0.31677;AO=51;DP=161;FAO=51;FDP=161;FR=.;FRO=110;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=0.00884907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.291;QD=9.57686;RBI=0.018533;REFB=-0.00751761;REVB=-0.016284;RO=109;SAF=18;SAR=33;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140441;STB=0.578916;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0126354;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:109:110:51:51:0.31677:33:18:51:58:33:18:51:59 chr17 21318782 . G A 397.78 PASS AF=0.322981;AO=52;DP=162;FAO=52;FDP=161;FR=.;FRO=109;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=-0.0201944;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9919;QD=9.88283;RBI=0.0344104;REFB=-0.0219322;REVB=0.0278614;RO=109;SAF=20;SAR=32;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100047;STB=0.557934;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.033122;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:109:109:52:52:0.322981:32:20:51:58:32:20:51:58 chr17 21318867 . G A 436.0 PASS AF=0.25;AO=66;DP=264;FAO=66;FDP=264;FR=.;FRO=198;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=99;FSRR=99;FWDB=0.0329923;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0067;QD=6.60609;RBI=0.0372498;REFB=0.00105267;REVB=-0.0172932;RO=197;SAF=20;SAR=46;SRF=99;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258914;STB=0.653642;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00198681;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:197:198:66:66:0.25:46:20:99:98:46:20:99:99 chr17 21318897 . G C 1033.5 PASS AF=0.391892;AO=116;DP=296;FAO=116;FDP=296;FR=.;FRO=180;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=72;FSRR=108;FWDB=-0.0247341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.505;QD=13.9663;RBI=0.0661821;REFB=-0.0122881;REVB=-0.0613864;RO=180;SAF=54;SAR=62;SRF=72;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717803;STB=0.540247;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0198191;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:180:180:116:116:0.391892:62:54:72:108:62:54:72:108 chr17 21318912 . C A 407.19 PASS AF=0.221843;AO=65;DP=293;FAO=65;FDP=293;FR=.;FRO=228;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=112;FSRR=116;FWDB=0.0292783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9811;QD=5.55889;RBI=0.0615428;REFB=-0.00108623;REVB=0.0541322;RO=226;SAF=22;SAR=43;SRF=112;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205205;STB=0.622208;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00484952;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:226:228:65:65:0.221843:43:22:112:114:43:22:112:116 chr17 21318918 . G A 415.37 PASS AF=0.221477;AO=66;DP=298;FAO=66;FDP=298;FR=.;FRO=232;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=115;FSRR=117;FWDB=0.0534259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5267;QD=5.57549;RBI=0.0572938;REFB=0.0142469;REVB=0.0206942;RO=230;SAF=24;SAR=42;SRF=115;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176756;STB=0.604691;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0513648;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:230:232:66:66:0.221477:42:24:115:115:42:24:115:117 chr17 21318948 . C T 329.81 PASS AF=0.199301;AO=56;DP=287;FAO=57;FDP=286;FR=.;FRO=229;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=100;FSRR=129;FWDB=-0.0290212;FXX=0.0103803;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8428;QD=4.61271;RBI=0.0320485;REFB=-0.0120561;REVB=-0.0135971;RO=230;SAF=19;SAR=37;SRF=103;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146176;STB=0.572139;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0434517;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:286:230:229:56:57:0.199301:37:19:103:127:37:20:100:129 chr17 21318951 . CA CG,TG 1786.26 PASS AF=0.403571,0.203571;AO=112,57;DP=280;FAO=113,57;FDP=280;FR=.;FRO=110;FSAF=50,23;FSAR=63,34;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=-0.0239257,-0.0224861;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=73.0927,196.245;QD=25.518;RBI=0.0379152,0.0323587;REFB=-0.0165336,-0.0143295;REVB=-0.0294129,-0.0232693;RO=107;SAF=50,23;SAR=62,34;SRF=46;SRR=61;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0149278,-0.0310077;STB=0.512177,0.509996;STBP=0.708,0.845;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00429969,0.0225127;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:107:110:112,57:113,57:0.403571,0.203571:62,34:50,23:46:61:63,34:50,23:46:64 chr17 21318969 . C T 409.13 PASS AF=0.236162;AO=64;DP=271;FAO=64;FDP=271;FR=.;FRO=207;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=94;FSRR=113;FWDB=-0.00512845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9404;QD=6.03879;RBI=0.0120323;REFB=-0.00254135;REVB=-0.0108847;RO=199;SAF=29;SAR=35;SRF=87;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203415;STB=0.500756;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0132156;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:199:207:64:64:0.236162:35:29:87:112:35:29:94:113 chr17 21318981 . C T 444.16 PASS AF=0.250936;AO=67;DP=267;FAO=67;FDP=267;FR=.;FRO=200;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=86;FSRR=114;FWDB=0.0153529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2594;QD=6.65416;RBI=0.0301599;REFB=-0.0148;REVB=-0.0259597;RO=195;SAF=31;SAR=36;SRF=83;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468469;STB=0.524705;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0374962;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:195:200:67:67:0.250936:36:31:83:112:36:31:86:114 chr17 21319007 . GG AC,GC 1449.07 PASS AF=0.400844,0.181435;AO=94,44;DP=238;FAO=95,43;FDP=237;FR=.;FRO=99;FSAF=48,16;FSAR=47,27;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=-0.00178422,-0.00370892;FXX=0.0286874;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=229.436,216.778;QD=24.4569;RBI=0.0116452,0.00535804;REFB=-0.0199783,-0.0236858;REVB=0.0115077,0.00386685;RO=93;SAF=47,17;SAR=47,27;SRF=37;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0925266,-0.0141149;STB=0.54645,0.530858;STBP=0.193,0.633;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0219867,0.00300003;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:93:99:94,44:95,43:0.400844,0.181435:47,27:47,17:37:56:47,27:48,16:41:58 chr17 21319069 . G A 439.18 PASS AF=0.225397;AO=71;DP=317;FAO=71;FDP=315;FR=.;FRO=244;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=123;FSRR=121;FWDB=-0.0171989;FXX=0.00630895;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8075;QD=5.5769;RBI=0.0192304;REFB=-0.00765091;REVB=-0.00860273;RO=245;SAF=28;SAR=43;SRF=122;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133569;STB=0.585722;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0359966;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:315:245:244:71:71:0.225397:43:28:122:123:43:28:123:121 chr17 21319079 . C A 434.84 PASS AF=0.221184;AO=71;DP=319;FAO=71;FDP=321;FR=.;FRO=250;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=123;FSRR=127;FWDB=-0.00459385;FXX=0.00310549;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3102;QD=5.41854;RBI=0.0364269;REFB=0.00465707;REVB=0.0361361;RO=247;SAF=27;SAR=44;SRF=121;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142167;STB=0.588367;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0159147;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:321:247:250:71:71:0.221184:44:27:121:126:44:27:123:127 chr17 21319087 . G A 509.02 PASS AF=0.235119;AO=79;DP=335;FAO=79;FDP=336;FR=.;FRO=257;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=129;FSRR=128;FWDB=0.00370831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.66;QD=6.05977;RBI=0.00371898;REFB=0.0011433;REVB=0.000281575;RO=256;SAF=30;SAR=49;SRF=129;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159405;STB=0.594663;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00410963;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:336:256:257:79:79:0.235119:49:30:129:127:49:30:129:128 chr17 21319110 . G A 576.0 PASS AF=0.254491;AO=85;DP=334;FAO=85;FDP=334;FR=.;FRO=249;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=124;FSRR=125;FWDB=0.020902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3845;QD=6.89819;RBI=0.025502;REFB=-0.0109726;REVB=-0.0146102;RO=249;SAF=30;SAR=55;SRF=124;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185763;STB=0.610644;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0235468;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:334:249:249:85:85:0.254491:55:30:124:125:55:30:124:125 chr17 21319121 . C T 931.98 PASS AF=0.349693;AO=114;DP=326;FAO=114;FDP=326;FR=.;FRO=212;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=94;FSRR=118;FWDB=-0.0154888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.6071;QD=11.4353;RBI=0.0247711;REFB=-0.002093;REVB=-0.0193314;RO=211;SAF=58;SAR=56;SRF=93;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077648;STB=0.542457;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00676052;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:211:212:114:114:0.349693:56:58:93:118:56:58:94:118 chr17 21319171 . G A 551.38 PASS AF=0.275618;AO=75;DP=279;FAO=78;FDP=283;FR=.;FRO=205;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=99;FSRR=106;FWDB=0.000964109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1037;QD=7.79333;RBI=0.0322094;REFB=-0.00523371;REVB=-0.0321949;RO=203;SAF=28;SAR=47;SRF=97;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132466;STB=0.572678;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0136389;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:283:203:205:75:78:0.275618:47:28:97:106:48:30:99:106 chr17 21319208 . C T 344.81 PASS AF=0.263441;AO=48;DP=186;FAO=49;FDP=186;FR=.;FRO=137;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=72;FWDB=0.015011;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.841;QD=7.41519;RBI=0.0158872;REFB=-0.00928455;REVB=-0.00520332;RO=135;SAF=22;SAR=26;SRF=65;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028802;STB=0.503741;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0176079;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:135:137:48:49:0.263441:26:22:65:70:26:23:65:72 chr17 21319230 . G C 433.63 PASS AF=0.341615;AO=55;DP=161;FAO=55;FDP=161;FR=.;FRO=106;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=0.0297029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.243;QD=10.7735;RBI=0.0309453;REFB=-0.0170734;REVB=-0.00868055;RO=106;SAF=20;SAR=35;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106577;STB=0.561298;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0367639;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:106:106:55:55:0.341615:35:20:48:58:35:20:48:58 chr17 21319251 . C T 234.29 PASS AF=0.22093;AO=39;DP=174;FAO=38;FDP=172;FR=.;FRO=134;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=76;FWDB=-0.0110881;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.884;QD=5.44865;RBI=0.0135362;REFB=0.000907338;REVB=0.00776414;RO=133;SAF=23;SAR=16;SRF=58;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193016;STB=0.63264;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00310665;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:172:133:134:39:38:0.22093:16:23:58:75:15:23:58:76 chr17 21319272 . C T 388.49 PASS AF=0.270531;AO=56;DP=206;FAO=56;FDP=207;FR=.;FRO=151;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=73;FSRR=78;FWDB=-0.00839088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.501;QD=7.50704;RBI=0.0347062;REFB=-0.0137487;REVB=-0.0336767;RO=150;SAF=33;SAR=23;SRF=72;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135071;STB=0.577515;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0484969;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:150:151:56:56:0.270531:23:33:72:78:23:33:73:78 chr17 21319285 . C T 424.52 PASS AF=0.267544;AO=61;DP=228;FAO=61;FDP=228;FR=.;FRO=167;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=81;FSRR=86;FWDB=0.0343732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0534;QD=7.44775;RBI=0.0633409;REFB=-0.0123355;REVB=0.0532029;RO=167;SAF=38;SAR=23;SRF=81;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172362;STB=0.602089;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0273742;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:167:167:61:61:0.267544:23:38:81:86:23:38:81:86 chr17 21319302 . T C 1678.37 PASS AF=0.6125;AO=147;DP=241;FAO=147;FDP=240;FR=.;FRO=93;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.00735442;FXX=0.0123452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6686;QD=27.9728;RBI=0.0100901;REFB=-0.034616;REVB=0.00690813;RO=88;SAF=74;SAR=73;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553099;STB=0.513267;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0228152;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:88:93:147:147:0.6125:73:74:45:43:73:74:50:43 chr17 21319311 . C T 522.56 PASS AF=0.278195;AO=74;DP=267;FAO=74;FDP=266;FR=.;FRO=192;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=91;FSRR=101;FWDB=0.00787279;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.465;QD=7.85806;RBI=0.0142221;REFB=-0.00243089;REVB=0.0118443;RO=190;SAF=46;SAR=28;SRF=90;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182668;STB=0.60734;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00966464;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:190:192:74:74:0.278195:28:46:90:100:28:46:91:101 chr17 21319369 . G A 519.85 PASS AF=0.229917;AO=83;DP=363;FAO=83;FDP=361;FR=.;FRO=278;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=135;FSRR=143;FWDB=-0.0116981;FXX=0.00550949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.576;QD=5.76013;RBI=0.0120413;REFB=-0.00943113;REVB=-0.00285415;RO=279;SAF=43;SAR=40;SRF=135;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436165;STB=0.524979;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0381072;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:361:279:278:83:83:0.229917:40:43:135:144:40:43:135:143 chr17 21319392 . G A 417.08 PASS AF=0.200549;AO=73;DP=364;FAO=73;FDP=364;FR=.;FRO=291;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=142;FSRR=149;FWDB=-0.0290397;FXX=0.00273965;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.155;QD=4.58332;RBI=0.0290404;REFB=-0.00641183;REVB=-0.000198558;RO=290;SAF=34;SAR=39;SRF=141;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264719;STB=0.517798;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0360346;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:364:290:291:73:73:0.200549:39:34:141:149:39:34:142:149 chr17 21319399 . A G 1065.11 PASS AF=0.360335;AO=129;DP=358;FAO=129;FDP=358;FR=.;FRO=229;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=126;FSRR=103;FWDB=-0.00908547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.109;QD=11.9006;RBI=0.0110325;REFB=-0.00592317;REVB=-0.0062587;RO=224;SAF=50;SAR=79;SRF=121;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172339;STB=0.6044;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00709213;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:224:229:129:129:0.360335:79:50:121:103:79:50:126:103 chr17 21319407 . C T 367.69 PASS AF=0.187675;AO=67;DP=357;FAO=67;FDP=357;FR=.;FRO=290;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=144;FSRR=146;FWDB=0.0550937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1374;QD=4.11975;RBI=0.0670868;REFB=0.00954628;REVB=-0.0382796;RO=288;SAF=31;SAR=36;SRF=143;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438726;STB=0.527542;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0158481;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:357:288:290:67:67:0.187675:36:31:143:145:36:31:144:146 chr17 21319436 . G A 241.83 PASS AF=0.162162;AO=48;DP=296;FAO=48;FDP=296;FR=.;FRO=248;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=128;FSRR=120;FWDB=-0.021275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.846;QD=3.26796;RBI=0.0228552;REFB=-0.00153436;REVB=-0.00835083;RO=242;SAF=22;SAR=26;SRF=125;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751272;STB=0.548349;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00576212;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:242:248:48:48:0.162162:26:22:125:117:26:22:128:120 chr17 21319439 . T G 225.52 PASS AF=0.156463;AO=46;DP=294;FAO=46;FDP=294;FR=.;FRO=248;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=130;FSRR=118;FWDB=-0.00769401;FXX=0.00338972;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.509;QD=3.06824;RBI=0.0097442;REFB=-0.00240298;REVB=0.00597928;RO=247;SAF=21;SAR=25;SRF=129;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846625;STB=0.556924;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00934628;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:247:248:46:46:0.156463:25:21:129:118:25:21:130:118 chr17 21319452 . G A 186.57 PASS AF=0.149254;AO=40;DP=268;FAO=40;FDP=268;FR=.;FRO=228;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=123;FSRR=105;FWDB=-0.00423274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.418;QD=2.78464;RBI=0.0372688;REFB=-0.0062537;REVB=-0.0370276;RO=224;SAF=20;SAR=20;SRF=120;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459366;STB=0.533565;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0314664;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:224:228:40:40:0.149254:20:20:120:104:20:20:123:105 chr17 21319465 . T C 124.46 PASS AF=0.125523;AO=30;DP=237;FAO=30;FDP=239;FR=.;FRO=209;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=107;FSRR=102;FWDB=-0.0135547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1589;QD=2.08298;RBI=0.0329376;REFB=-0.00186881;REVB=-0.0300193;RO=207;SAF=15;SAR=15;SRF=106;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152187;STB=0.510453;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0144304;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:207:209:30:30:0.125523:15:15:106:101:15:15:107:102 chr17 21319470 . T C 117.83 PASS AF=0.122363;AO=29;DP=237;FAO=29;FDP=237;FR=.;FRO=208;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=109;FSRR=99;FWDB=-0.0184909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7475;QD=1.98872;RBI=0.0185521;REFB=-0.00415256;REVB=-0.0015056;RO=208;SAF=14;SAR=15;SRF=109;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517373;STB=0.536156;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.019263;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:208:208:29:29:0.122363:15:14:109:99:15:14:109:99 chr17 21319473 . G A 817.91 PASS AF=0.410714;AO=91;DP=223;FAO=92;FDP=224;FR=.;FRO=132;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=81;FSRR=51;FWDB=0.00125211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.261;QD=14.6054;RBI=0.0123202;REFB=-0.00530285;REVB=-0.0122564;RO=132;SAF=39;SAR=52;SRF=81;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193784;STB=0.60428;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00788384;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:132:132:91:92:0.410714:52:39:81:51:52:40:81:51 chr17 21319488 . C T 99.77 PASS AF=0.120603;AO=24;DP=196;FAO=24;FDP=199;FR=.;FRO=175;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=95;FSRR=80;FWDB=0.0174477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.123;QD=2.00541;RBI=0.0181092;REFB=0.000101306;REVB=0.00484975;RO=172;SAF=10;SAR=14;SRF=93;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154084;STB=0.609868;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.000982498;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:199:172:175:24:24:0.120603:14:10:93:79:14:10:95:80 chr17 21319519 . G C 155.41 PASS AF=0.15311;AO=32;DP=209;FAO=32;FDP=209;FR=.;FRO=177;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=86;FSRR=91;FWDB=-0.016852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.208;QD=2.97434;RBI=0.0183331;REFB=-0.00599252;REVB=0.00721896;RO=177;SAF=20;SAR=12;SRF=86;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178679;STB=0.618173;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0461441;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:177:177:32:32:0.15311:12:20:86:91:12:20:86:91 chr17 21319523 . C T 139.44 PASS AF=0.143541;AO=30;DP=209;FAO=30;FDP=209;FR=.;FRO=179;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=87;FSRR=92;FWDB=0.0013331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.121;QD=2.66871;RBI=0.016509;REFB=-0.000312548;REVB=-0.0164551;RO=178;SAF=20;SAR=10;SRF=87;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228498;STB=0.655844;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00196031;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:178:179:30:30:0.143541:10:20:87:91:10:20:87:92 chr17 21319527 . C T 180.06 PASS AF=0.167464;AO=35;DP=209;FAO=35;FDP=209;FR=.;FRO=174;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=84;FSRR=90;FWDB=-0.00771095;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.197;QD=3.44614;RBI=0.0278694;REFB=-0.00167557;REVB=-0.0267814;RO=173;SAF=24;SAR=11;SRF=83;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267104;STB=0.670998;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0146603;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:173:174:35:35:0.167464:11:24:83:90:11:24:84:90 chr17 21319543 . G A 281.46 PASS AF=0.201681;AO=48;DP=238;FAO=48;FDP=238;FR=.;FRO=190;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=96;FSRR=94;FWDB=0.00255063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.112;QD=4.73047;RBI=0.0137354;REFB=-0.00497339;REVB=-0.0134965;RO=190;SAF=35;SAR=13;SRF=96;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299463;STB=0.687327;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0390555;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:190:190:48:48:0.201681:13:35:96:94:13:35:96:94 chr17 21319560 . G T 296.19 PASS AF=0.198473;AO=52;DP=262;FAO=52;FDP=262;FR=.;FRO=210;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=114;FSRR=96;FWDB=0.00124489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4943;QD=4.52197;RBI=0.067542;REFB=0.00707433;REVB=0.0675306;RO=210;SAF=37;SAR=15;SRF=114;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230229;STB=0.644481;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0317876;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:210:210:52:52:0.198473:15:37:114:96:15:37:114:96 chr17 21319650 . CGAG C 500.24 PASS AF=0.237654;AO=69;DP=322;FAO=77;FDP=324;FR=.;FRO=247;FSAF=58;FSAR=19;FSRF=117;FSRR=130;FWDB=0.00953275;FXX=0.0299392;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.6;QD=6.17577;RBI=0.0111483;REFB=-0.0143378;REVB=0.00578019;RO=239;SAF=50;SAR=19;SRF=115;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319771;STB=0.722093;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0398768;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.237654:69:322:77:324:247:58:19:117:130:99:239:50:19:115:124 chr17 21319682 . C T 517.4 PASS AF=0.233918;AO=80;DP=343;FAO=80;FDP=342;FR=.;FRO=262;FSAF=59;FSAR=21;FSRF=125;FSRR=137;FWDB=0.00514827;FXX=0.00291537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.864;QD=6.05144;RBI=0.00526576;REFB=-0.00358712;REVB=0.00110616;RO=262;SAF=59;SAR=21;SRF=125;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341794;STB=0.706908;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00745466;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:342:262:262:80:80:0.233918:21:59:125:137:21:59:125:137 chr17 21319716 . G A 430.73 PASS AF=0.241758;AO=66;DP=275;FAO=66;FDP=273;FR=.;FRO=207;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=92;FSRR=115;FWDB=-0.0111728;FXX=0.0108692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5075;QD=6.31108;RBI=0.0231368;REFB=-0.00535653;REVB=0.0202603;RO=196;SAF=43;SAR=23;SRF=87;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259931;STB=0.656441;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00447531;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:273:196:207:66:66:0.241758:23:43:87:109:23:43:92:115 chr17 21319728 . T C 524.68 PASS AF=0.273723;AO=74;DP=275;FAO=75;FDP=274;FR=.;FRO=199;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=81;FSRR=118;FWDB=-0.0603058;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.208;QD=7.65954;RBI=0.060462;REFB=-0.0158596;REVB=0.00434458;RO=198;SAF=45;SAR=29;SRF=81;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24285;STB=0.637895;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0479207;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:274:198:199:74:75:0.273723:29:45:81:117:30:45:81:118 chr17 21319743 . A G 463.56 PASS AF=0.257463;AO=68;DP=267;FAO=69;FDP=268;FR=.;FRO=199;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=82;FSRR=117;FWDB=-0.00937111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.682;QD=6.91876;RBI=0.0294498;REFB=-0.00974147;REVB=-0.027919;RO=197;SAF=39;SAR=29;SRF=82;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194787;STB=0.622699;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.017459;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:268:197:199:68:69:0.257463:29:39:82:115:29:40:82:117 chr17 21319767 . C T 866.68 PASS AF=0.466321;AO=90;DP=259;FAO=90;FDP=193;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.000812624;FXX=0.271688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.69;QD=17.9623;RBI=0.00338647;REFB=-0.0168867;REVB=0.00328752;RO=101;SAF=35;SAR=55;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103972;STB=0.558099;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0169225;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:193:101:103:90:90:0.466321:55:35:50:51:55:35:51:52 chr17 21319785 . C T 758.55 PASS AF=0.35743;AO=89;DP=249;FAO=89;FDP=249;FR=.;FRO=160;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=82;FSRR=78;FWDB=-0.00474974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.987;QD=12.1856;RBI=0.00917553;REFB=-0.0107858;REVB=-0.0078505;RO=156;SAF=38;SAR=51;SRF=81;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103973;STB=0.555241;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.014425;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:156:160:89:89:0.35743:51:38:81:75:51:38:82:78 chr17 21319786 . G A 339.12 PASS AF=0.217742;AO=54;DP=250;FAO=54;FDP=248;FR=.;FRO=194;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=91;FSRR=103;FWDB=0.0057826;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.325;QD=5.46973;RBI=0.0254098;REFB=0.00517717;REVB=-0.0247431;RO=196;SAF=28;SAR=26;SRF=91;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069311;STB=0.538608;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0254528;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:248:196:194:54:54:0.217742:26:28:91:105:26:28:91:103 chr17 21319845 . C T 214.05 PASS AF=0.187192;AO=38;DP=201;FAO=38;FDP=203;FR=.;FRO=165;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=79;FSRR=86;FWDB=-0.0205722;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.038;QD=4.21779;RBI=0.0208417;REFB=-0.004897;REVB=0.00334076;RO=162;SAF=19;SAR=19;SRF=77;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317367;STB=0.517232;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0164053;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:162:165:38:38:0.187192:19:19:77:85:19:19:79:86 chr17 21319860 . C T 615.61 PASS AF=0.437086;AO=66;DP=179;FAO=66;FDP=151;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.0727;FXX=0.161102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3334;QD=16.3076;RBI=0.0766562;REFB=0.00207093;REVB=0.024308;RO=85;SAF=35;SAR=31;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130897;STB=0.572947;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.000956236;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:151:85:85:66:66:0.437086:31:35:34:51:31:35:34:51 chr17 21319868 . G T 124.05 PASS AF=0.147727;AO=26;DP=176;FAO=26;FDP=176;FR=.;FRO=150;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=65;FSRR=85;FWDB=-0.00927364;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.661;QD=2.81927;RBI=0.0326358;REFB=-0.00473195;REVB=-0.0312905;RO=129;SAF=15;SAR=11;SRF=56;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181025;STB=0.620599;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0320085;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:129:150:26:26:0.147727:11:15:56:73:11:15:65:85 chr17 21319908 . C T 128.39 PASS AF=0.166667;AO=24;DP=144;FAO=24;FDP=144;FR=.;FRO=120;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=72;FWDB=0.0410605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.04;QD=3.56642;RBI=0.0437936;REFB=-0.00521362;REVB=-0.0152286;RO=118;SAF=16;SAR=8;SRF=47;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333677;STB=0.714116;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0253912;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:118:120:24:24:0.166667:8:16:47:71:8:16:48:72 chr17 21319943 . A G 358.62 PASS AF=0.40566;AO=37;DP=101;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0224553;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.655;QD=13.5327;RBI=0.0225152;REFB=-0.0119963;REVB=0.00164168;RO=64;SAF=23;SAR=14;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220429;STB=0.657551;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0205531;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:106:64:63:37:43:0.40566:14:23:27:37:14:29:26:37 chr17 21319955 . G A 97.55 PASS AF=0.173469;AO=17;DP=98;FAO=17;FDP=98;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0534483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7063;QD=3.98165;RBI=0.0534682;REFB=-0.00543865;REVB=-0.0014599;RO=81;SAF=12;SAR=5;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259113;STB=0.670601;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0306574;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:98:98:81:81:17:17:0.173469:5:12:41:40:5:12:41:40 chr17 21319977 . A G 74.63 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00278648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.281;QD=4.26442;RBI=0.0209303;REFB=-0.00404243;REVB=0.020744;RO=55;SAF=11;SAR=2;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425032;STB=0.795011;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0287698;OID=.;OPOS=21319977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:55:57:13:13:0.185714:2:11:30:25:2:11:30:27 chr17 21319989 . C T 168.47 PASS AF=0.422222;AO=17;DP=60;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0287694;FXX=0.249958;HRUN=5;LEN=1;MLLD=84.3988;QD=14.9753;RBI=0.0344646;REFB=0.0243615;REVB=0.0189771;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233441;STB=0.589649;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00589858;OID=.;OPOS=21319989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:45:21:26:17:19:0.422222:8:9:6:15:8:11:11:15 chr17 21319993 . T C 313.42 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00219235;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.595;QD=21.6152;RBI=0.014838;REFB=-0.00950012;REVB=-0.0146751;RO=23;SAF=24;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3003;STB=0.679126;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0123948;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:26:32:32:0.551724:8:24:9:14:8:24:10:16 chr17 21320008 . C T 91.98 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0228559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.263;QD=6.23588;RBI=0.0291836;REFB=-0.00152355;REVB=-0.0181464;RO=45;SAF=13;SAR=1;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.64575;STB=0.910407;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.016338;OID=.;OPOS=21320008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:59:59:45:45:14:14:0.237288:1:13:20:25:1:13:20:25 chr17 21320012 . C T 84.22 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0393037;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.238;QD=5.80835;RBI=0.0432893;REFB=0.00118794;REVB=-0.0181434;RO=45;SAF=12;SAR=1;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632587;STB=0.906298;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00997706;OID=.;OPOS=21320012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:59:58:45:45:13:13:0.224138:1:12:20:25:1:12:20:25 chr17 21320025 . C T 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00593057;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.679;QD=9.93996;RBI=0.00874527;REFB=-0.0103587;REVB=0.00642714;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775064;STB=0.552798;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0128142;OID=.;OPOS=21320025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:45:22:22:0.328358:12:10:23:21:12:10:24:21 chr17 21320041 . G A 220.46 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.011743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.109;QD=9.90814;RBI=0.0139253;REFB=-0.00609673;REVB=-0.00748445;RO=59;SAF=11;SAR=17;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368093;STB=0.512125;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.014029;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:61:28:28:0.314607:17:11:23:36:17:11:25:36 chr17 21320102 . C A 244.97 PASS AF=0.245161;AO=36;DP=154;FAO=38;FDP=155;FR=.;FRO=117;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=66;FWDB=0.002051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.931;QD=6.32185;RBI=0.00205992;REFB=-0.00485966;REVB=0.000191556;RO=112;SAF=8;SAR=28;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294075;STB=0.697286;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0146574;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:112:117:36:38:0.245161:28:8:48:64:30:8:51:66 chr17 21320114 . T G 234.57 PASS AF=0.230303;AO=37;DP=164;FAO=38;FDP=165;FR=.;FRO=127;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=76;FWDB=0.0184401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8279;QD=5.68656;RBI=0.132129;REFB=0.0121716;REVB=-0.130836;RO=126;SAF=7;SAR=30;SRF=51;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325273;STB=0.705807;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0439919;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:126:127:37:38:0.230303:30:7:51:75:31:7:51:76 chr17 21320197 . G C 300.76 PASS AF=0.26506;AO=44;DP=166;FAO=44;FDP=166;FR=.;FRO=122;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=86;FWDB=-0.00135197;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.551;QD=7.24726;RBI=0.011396;REFB=-0.00550822;REVB=-0.0113155;RO=122;SAF=10;SAR=34;SRF=36;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109632;STB=0.565815;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0128068;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:122:122:44:44:0.26506:34:10:36:86:34:10:36:86 chr17 21320210 . C T 291.05 PASS AF=0.257485;AO=43;DP=171;FAO=43;FDP=167;FR=.;FRO=124;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=82;FWDB=0.0038047;FXX=0.0233904;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.249;QD=6.97117;RBI=0.00573157;REFB=-0.00715614;REVB=-0.00428663;RO=119;SAF=13;SAR=30;SRF=41;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597837;STB=0.531215;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00925357;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:167:119:124:43:43:0.257485:30:13:41:78:30:13:42:82 chr17 21320212 . A G 1006.79 PASS AF=0.579268;AO=89;DP=159;FAO=95;FDP=164;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.00611685;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.711;QD=24.5558;RBI=0.00686029;REFB=-0.0148892;REVB=0.00310608;RO=70;SAF=34;SAR=55;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588921;STB=0.518055;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0129761;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:164:70:69:89:95:0.579268:55:34:22:48:61:34:22:47 chr17 21320252 . G T 500.66 PASS AF=0.300448;AO=67;DP=218;FAO=67;FDP=223;FR=.;FRO=156;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=77;FSRR=79;FWDB=-0.00012434;FXX=0.00446409;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.016;QD=8.9804;RBI=0.0061117;REFB=-0.00367246;REVB=-0.00611044;RO=150;SAF=33;SAR=34;SRF=75;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088988;STB=0.500736;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00882941;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:223:150:156:67:67:0.300448:34:33:75:75:34:33:77:79 chr17 21320263 . T C 738.44 PASS AF=0.364017;AO=87;DP=238;FAO=87;FDP=239;FR=.;FRO=152;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=82;FSRR=70;FWDB=0.00140287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.185;QD=12.3588;RBI=0.0213725;REFB=-0.0124214;REVB=-0.0213264;RO=151;SAF=45;SAR=42;SRF=82;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289553;STB=0.506856;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.018243;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:151:152:87:87:0.364017:42:45:82:69:41:46:82:70 chr17 21320279 . C T 531.71 PASS AF=0.292181;AO=71;DP=242;FAO=71;FDP=243;FR=.;FRO=172;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=99;FSRR=73;FWDB=-0.0207967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3425;QD=8.75237;RBI=0.0320715;REFB=0.0151294;REVB=-0.0244147;RO=171;SAF=40;SAR=31;SRF=98;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119918;STB=0.508794;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0438348;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:171:172:71:71:0.292181:31:40:98:73:31:40:99:73 chr17 21320350 . G A 475.96 PASS AF=0.294118;AO=65;DP=221;FAO=65;FDP=221;FR=.;FRO=156;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=82;FSRR=74;FWDB=-0.00743487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.018;QD=8.61464;RBI=0.0106981;REFB=0.00261499;REVB=0.00769235;RO=156;SAF=34;SAR=31;SRF=82;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00310871;STB=0.501814;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00589904;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:156:156:65:65:0.294118:31:34:82:74:31:34:82:74 chr17 21320365 . T C 658.73 PASS AF=0.397849;AO=74;DP=187;FAO=74;FDP=186;FR=.;FRO=112;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=0.027666;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7297;QD=14.1663;RBI=0.0346643;REFB=0.00246554;REVB=-0.0208856;RO=110;SAF=36;SAR=38;SRF=62;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081972;STB=0.54568;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00450396;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:110:112:74:74:0.397849:38:36:62:48:38:36:63:49 chr17 21320404 . AT AA,A 116.06 PASS AF=0.0895522,0.208955;AO=4,8;DP=61;FAO=6,14;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=4,4;FSAR=2,10;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.228166,-0.02462;FXX=0.0289813;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.0091,21.9538;QD=6.92875;RBI=0.327448,0.104988;REFB=-0.0887792,0.00270651;REVB=0.234867,0.102061;RO=47;SAF=2,4;SAR=2,4;SRF=13;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.250014,0.282333;STB=0.808188,0.508658;STBP=0.171,0.949;TYPE=snp,del;VARB=0.146305,-0.010747;OID=.,.;OPOS=21320405,21320405;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0895522,0.208955:4,8:61:6,14:67:47:4,4:2,10:13:34:37:47:2,4:2,4:13:34 chr17 21320711 . C G 236.38 PASS AF=0.187773;AO=43;DP=231;FAO=43;FDP=229;FR=.;FRO=186;FSAF=38;FSAR=5;FSRF=158;FSRR=28;FWDB=-0.0120404;FXX=0.0129305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6975;QD=4.12898;RBI=0.0432795;REFB=-0.0101172;REVB=-0.041571;RO=180;SAF=38;SAR=5;SRF=152;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107798;STB=0.561294;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0441254;OID=.;OPOS=21320711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:229:180:186:43:43:0.187773:5:38:152:28:5:38:158:28 chr17 21320787 . G A 1198.29 PASS AF=0.305182;AO=158;DP=522;FAO=159;FDP=521;FR=.;FRO=362;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=158;FSRR=204;FWDB=-0.0293091;FXX=0.00191567;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.315;QD=9.19989;RBI=0.0440147;REFB=-0.0127986;REVB=-0.0328371;RO=361;SAF=77;SAR=81;SRF=158;SRR=203;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600439;STB=0.533319;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.033879;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:522:521:361:362:158:159:0.305182:81:77:158:203:82:77:158:204 chr17 21320796 . C T 2444.7 PASS AF=0.503119;AO=242;DP=481;FAO=242;FDP=481;FR=.;FRO=239;FSAF=86;FSAR=156;FSRF=106;FSRR=133;FWDB=-0.00312425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.794;QD=20.3301;RBI=0.0155312;REFB=-0.0201146;REVB=-0.0152137;RO=236;SAF=86;SAR=156;SRF=106;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896714;STB=0.546506;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.017221;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:481:236:239:242:242:0.503119:156:86:106:130:156:86:106:133 chr17 21320798 . G C 2037.06 PASS AF=0.518047;AO=237;DP=462;FAO=244;FDP=471;FR=.;FRO=227;FSAF=88;FSAR=156;FSRF=100;FSRR=127;FWDB=0.0201832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.165;QD=17.2999;RBI=0.0447545;REFB=-0.0562741;REVB=0.039945;RO=222;SAF=81;SAR=156;SRF=97;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906154;STB=0.540784;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.105347;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:462:471:222:227:237:244:0.518047:156:81:97:125:156:88:100:127 chr17 21320980 . C G 2231.25 PASS AF=0.636364;AO=196;DP=310;FAO=196;FDP=308;FR=.;FRO=112;FSAF=91;FSAR=105;FSRF=28;FSRR=84;FWDB=0.00372337;FXX=0.0064514;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.58;QD=28.9773;RBI=0.0148987;REFB=-0.0280494;REVB=0.0144259;RO=109;SAF=91;SAR=105;SRF=26;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153057;STB=0.5792;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0126986;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:308:109:112:196:196:0.636364:105:91:26:83:105:91:28:84 chr17 21320991 . C T 488.06 PASS AF=0.254417;AO=72;DP=283;FAO=72;FDP=283;FR=.;FRO=211;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=74;FSRR=137;FWDB=-0.00449204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.823;QD=6.89832;RBI=0.0121498;REFB=-0.0139843;REVB=-0.0112889;RO=209;SAF=25;SAR=47;SRF=74;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940954;STB=0.502863;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0442089;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:209:211:72:72:0.254417:47:25:74:135:47:25:74:137 chr17 21320993 . G T 1905.78 PASS AF=0.604982;AO=170;DP=281;FAO=170;FDP=281;FR=.;FRO=111;FSAF=72;FSAR=98;FSRF=26;FSRR=85;FWDB=0.0421479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.779;QD=27.1286;RBI=0.0423609;REFB=-0.0426504;REVB=-0.00424279;RO=109;SAF=72;SAR=98;SRF=25;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147951;STB=0.578393;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0261799;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:109:111:170:170:0.604982:98:72:25:84:98:72:26:85 chr17 21321005 . C A 441.91 PASS AF=0.264706;AO=63;DP=239;FAO=63;FDP=238;FR=.;FRO=175;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=61;FSRR=114;FWDB=0.00177229;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6438;QD=7.42697;RBI=0.0629988;REFB=-0.016668;REVB=0.0629738;RO=173;SAF=23;SAR=40;SRF=60;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246235;STB=0.51318;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0299174;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:173:175:63:63:0.264706:40:23:60:113:40:23:61:114 chr17 21321016 . T C 1195.32 PASS AF=0.596685;AO=108;DP=181;FAO=108;FDP=181;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=73;FSRF=12;FSRR=61;FWDB=0.0413682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.797;QD=26.4159;RBI=0.0424911;REFB=-0.0306224;REVB=0.009704;RO=73;SAF=35;SAR=73;SRF=12;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143878;STB=0.577502;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0218002;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:73:73:108:108:0.596685:73:35:12:61:73:35:12:61 chr17 21321028 . CC CG,TG 569.83 PASS AF=0.25641,0.264957;AO=30,31;DP=119;FAO=30,31;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=2,6;FSAR=28,25;FSRF=4;FSRR=52;FWDB=-0.0615043,-0.017613;FXX=0.0168053;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=230.358,238.09;QD=19.4812;RBI=0.0618579,0.0186997;REFB=-0.0094019,-0.0104466;REVB=-0.00660467,-0.00628189;RO=56;SAF=2,6;SAR=28,25;SRF=4;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0210155,0.266221;STB=0.512187,0.648802;STBP=0.938,0.196;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0111174,0.0132268;OID=.,.;OPOS=21321029,21321028;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:119:117:56:56:30,31:30,31:0.25641,0.264957:28,25:2,6:4:52:28,25:2,6:4:52 chr17 21322933 . C T 40.32 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00299338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.888;QD=3.29149;RBI=0.00301009;REFB=-0.0048421;REVB=0.000316768;RO=42;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311663;STB=0.721914;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.09238;OID=.;OPOS=21322933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:2:5:19:23:2:5:19:23 chr17 21322972 . GT CC 330.16 PASS AF=0.423529;AO=37;DP=86;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0011174;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.933;QD=15.537;RBI=0.00560697;REFB=0.00100107;REVB=-0.0054945;RO=47;SAF=22;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084954;STB=0.530921;STBP=0.644;TYPE=mnp;VARB=-0.00169809;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:47:49:37:36:0.423529:15:22:24:23:15:21:26:23 chr17 21322975 . G A 121.26 PASS AF=0.218391;AO=19;DP=87;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00558339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.79;QD=5.57529;RBI=0.0118653;REFB=-0.000458892;REVB=-0.0104696;RO=67;SAF=12;SAR=7;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10244;STB=0.559131;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00106899;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:68:19:19:0.218391:7:12:37:30:7:12:38:30 chr17 21323001 . C T 400.9 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0365687;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.018;QD=13.3634;RBI=0.03677;REFB=-0.0125852;REVB=-0.00384228;RO=66;SAF=25;SAR=20;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542373;STB=0.520653;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0195724;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:70:45:50:0.416667:20:25:40:26:21:29:43:27 chr17 21323049 . C T 430.52 PASS AF=0.278539;AO=61;DP=219;FAO=61;FDP=219;FR=.;FRO=158;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=77;FSRR=81;FWDB=-0.00393698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.54;QD=7.86336;RBI=0.0136654;REFB=-0.00856899;REVB=-0.013086;RO=158;SAF=28;SAR=33;SRF=77;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348446;STB=0.520498;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0321532;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:158:158:61:61:0.278539:33:28:77:81:33:28:77:81 chr17 21323056 . G T 195.04 PASS AF=0.168889;AO=38;DP=225;FAO=38;FDP=225;FR=.;FRO=187;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=88;FSRR=99;FWDB=-0.00850271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.746;QD=3.46734;RBI=0.0542678;REFB=-0.00432682;REVB=-0.0535975;RO=186;SAF=19;SAR=19;SRF=88;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346354;STB=0.524432;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0171357;OID=.;OPOS=21323056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:186:187:38:38:0.168889:19:19:88:98:19:19:88:99 chr17 21323074 . T C 167.49 PASS AF=0.145749;AO=36;DP=244;FAO=36;FDP=247;FR=.;FRO=211;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=100;FSRR=111;FWDB=-0.000243753;FXX=0.00803181;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.508;QD=2.71236;RBI=0.0184045;REFB=-0.00361146;REVB=0.0184029;RO=206;SAF=19;SAR=17;SRF=96;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790372;STB=0.545878;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0311307;OID=.;OPOS=21323074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:247:206:211:36:36:0.145749:17:19:96:110:17:19:100:111 chr17 21323096 . G A 964.58 PASS AF=0.412214;AO=108;DP=264;FAO=108;FDP=262;FR=.;FRO=154;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=73;FSRR=81;FWDB=-0.00670064;FXX=0.0113203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.271;QD=14.7264;RBI=0.0194389;REFB=-0.00557701;REVB=-0.0182475;RO=144;SAF=50;SAR=58;SRF=71;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309683;STB=0.506531;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00670259;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:262:144:154:108:108:0.412214:58:50:71:73:58:50:73:81 chr17 21323107 . A G 462.46 PASS AF=0.266932;AO=67;DP=258;FAO=67;FDP=251;FR=.;FRO=184;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=88;FSRR=96;FWDB=0.00582239;FXX=0.0346141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.761;QD=7.36984;RBI=0.00582488;REFB=-0.00815265;REVB=-0.000170107;RO=173;SAF=28;SAR=39;SRF=83;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767617;STB=0.544784;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0237092;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:251:173:184:67:67:0.266932:39:28:83:90:39:28:88:96 chr17 21323119 . T C 110.83 PASS AF=0.11284;AO=29;DP=257;FAO=29;FDP=257;FR=.;FRO=228;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=100;FSRR=128;FWDB=0.0163972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.992;QD=1.72501;RBI=0.0175054;REFB=-0.00879737;REVB=0.00612945;RO=228;SAF=13;SAR=16;SRF=100;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121599;STB=0.50869;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0547487;OID=.;OPOS=21323119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:228:228:29:29:0.11284:16:13:100:128:16:13:100:128 chr17 21323136 . G A 99.08 PASS AF=0.113043;AO=26;DP=230;FAO=26;FDP=230;FR=.;FRO=204;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=90;FSRR=114;FWDB=-0.000998666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.027;QD=1.7232;RBI=0.00730653;REFB=-0.000617081;REVB=-0.00723796;RO=204;SAF=11;SAR=15;SRF=90;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227955;STB=0.516347;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.010923;OID=.;OPOS=21323136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:204:204:26:26:0.113043:15:11:90:114:15:11:90:114 chr17 21825565 . G T 7572.24 PASS AF=1;AO=481;DP=486;FAO=481;FDP=481;FR=.;FRO=0;FSAF=214;FSAR=267;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658166;FXX=0.0123201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.879;QD=62.9708;RBI=0.010921;REFB=-0.101191;REVB=0.00871499;RO=2;SAF=214;SAR=267;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000440971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86247e-06;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:486:481:2:0:481:481:1:267:214:1:1:267:214:0:0 chr17 21826256 . A G 2121.68 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.555;QD=62.8647;RBI=0.00922964;REFB=0;REVB=0.00818751;RO=0;SAF=66;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95774e-06;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:69:66:0:0:69:66:0:0 chr17 22023528 . G C 532.12 PASS AF=0.456;AO=54;DP=124;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.0074317;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.349;QD=17.0278;RBI=0.00787746;REFB=0.00387568;REVB=0.00261234;RO=70;SAF=19;SAR=35;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998124;STB=0.510559;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00439666;OID=.;OPOS=22023528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:70:68:54:57:0.456:35:19:24:46:35:22:25:43 chr17 22023591 . T C 583.63 PASS AF=0.408537;AO=66;DP=163;FAO=67;FDP=164;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=51;FSRF=23;FSRR=74;FWDB=-0.0157716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.595;QD=14.2348;RBI=0.0158199;REFB=0.00138941;REVB=0.00123497;RO=96;SAF=15;SAR=51;SRF=22;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00283751;STB=0.501378;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00239637;OID=.;OPOS=22023591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:96:97:66:67:0.408537:51:15:22:74:51:16:23:74 chr17 25620983 . G C 996.34 PASS AF=0.483568;AO=103;DP=213;FAO=103;FDP=213;FR=.;FRO=110;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.0170983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.44;QD=18.7106;RBI=0.0173531;REFB=-0.0117142;REVB=0.00296275;RO=110;SAF=59;SAR=44;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174427;STB=0.509611;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0119015;OID=.;OPOS=25620983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:110:110:103:103:0.483568:44:59:61:49:44:59:61:49 chr17 25628820 . T C 1540.21 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0147387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.777;QD=61.6085;RBI=0.0179389;REFB=-0.156047;REVB=0.0102262;RO=2;SAF=43;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00235663;STB=0.501243;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-3.64215e-05;OID=.;OPOS=25628820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:55:43:1:1:55:43:1:1 chr17 25909816 . C T 924.62 PASS AF=0.563291;AO=88;DP=157;FAO=89;FDP=158;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=61;FSRF=16;FSRR=53;FWDB=0.0322241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0783;QD=23.4082;RBI=0.0639619;REFB=-0.041871;REVB=0.0552515;RO=67;SAF=27;SAR=61;SRF=14;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953219;STB=0.543217;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0163424;OID=.;OPOS=25909816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:67:69:88:89:0.563291:61:27:14:53:61:28:16:53 chr17 25932609 . C T 2664.65 PASS AF=0.494424;AO=263;DP=542;FAO=266;FDP=538;FR=.;FRO=272;FSAF=148;FSAR=118;FSRF=132;FSRR=140;FWDB=0.0572925;FXX=0.00920793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.82;QD=19.8115;RBI=0.0575002;REFB=-0.00626252;REVB=0.00488312;RO=269;SAF=146;SAR=117;SRF=131;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632021;STB=0.536109;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00671231;OID=.;OPOS=25932609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:542:538:269:272:263:266:0.494424:117:146:131:138:118:148:132:140 chr17 25958304 . G A 973.35 PASS AF=0.46789;AO=102;DP=217;FAO=102;FDP=218;FR=.;FRO=116;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=0.01115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.813;QD=17.8596;RBI=0.01303;REFB=-0.0205799;REVB=0.00674223;RO=115;SAF=57;SAR=45;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442683;STB=0.526911;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0264177;OID=.;OPOS=25958304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:115:116:102:102:0.46789:45:57:59:56:45:57:59:57 chr17 25970633 . G A 821.82 PASS AF=0.469613;AO=84;DP=180;FAO=85;FDP=181;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.00915903;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.397;QD=18.1619;RBI=0.00917478;REFB=-0.0165749;REVB=0.000537291;RO=94;SAF=34;SAR=50;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618751;STB=0.542976;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0178208;OID=.;OPOS=25970633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:94:96:84:85:0.469613:50:34:44:50:51:34:46:50 chr17 26089867 . T C 4984.74 PASS AF=1;AO=317;DP=317;FAO=317;FDP=317;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.979;QD=62.8989;RBI=0.0278123;REFB=0;REVB=0.0115589;RO=0;SAF=155;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69778e-05;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:317:317:0:0:317:317:1:162:155:0:0:162:155:0:0 chr17 26092631 . A G 3102.04 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321461;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.18;QD=61.4265;RBI=0.0332762;REFB=0;REVB=-0.00859831;RO=0;SAF=119;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35543e-05;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:202:0:0:201:202:1:82:119:0:0:82:120:0:0 chr17 26654991 . A C 379.65 PASS AF=0.43956;AO=39;DP=90;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00463995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.733;QD=16.6879;RBI=0.00492866;REFB=-0.000619238;REVB=0.00166211;RO=50;SAF=24;SAR=15;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117872;STB=0.551543;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00071467;OID=.;OPOS=26654991;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:50:51:39:40:0.43956:15:24:25:25:16:24:26:25 chr17 26671945 . A AG,G 2449.06 PASS AF=0.994792,0.00520833;AO=151,9;DP=194;FAO=191,1;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=104,1;FSAR=87,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178008,0.0942205;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.8208,6.4017;QD=51.0221;RBI=0.29219,0.101281;REFB=0,0;REVB=0.231707,0.0371528;RO=31;SAF=92,1;SAR=59,8;SRF=11;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0841226,-0.405179;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00390994,-0.107284;OID=.,.;OPOS=26671946,26671945;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:194:192:31:0:151,9:191,1:0.994792,0.00520833:59,8:92,1:11:20:87,0:104,1:0:0 chr17 26672360 . G GC 174.64 PASS AF=0.952381;AO=13;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0730553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.9801;QD=33.2654;RBI=0.07375;REFB=0.098037;REVB=0.0100988;RO=6;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974122;STB=0.555497;STBP=0.126;TYPE=ins;VARB=-0.0126614;OID=.;OPOS=26672361;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:13:20:20:21:1:4:16:1:0:5:6:4:9:1:5 chr17 26674131 . TAGCCAGGTCGTA T 157.77 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00123066;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=12;MLLD=357.072;QD=9.70861;RBI=0.0149396;REFB=-0.0046244;REVB=-0.0148889;RO=41;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176749;STB=0.596944;STBP=0.3;TYPE=del;VARB=0.00850821;OID=.;OPOS=26674132;OREF=AGCCAGGTCGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323077:21:66:21:65:44:8:13:23:21:99:41:8:13:22:19 chr17 26674151 . CTG C 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0261447;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.169;QD=10.6291;RBI=0.0293322;REFB=-0.0126019;REVB=-0.0132979;RO=43;SAF=9;SAR=14;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161469;STB=0.58708;STBP=0.298;TYPE=del;VARB=0.0187732;OID=.;OPOS=26674152;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.343284:23:67:23:67:44:9:14:23:21:99:43:9:14:23:20 chr17 26676135 . C T 913.72 PASS AF=0.564626;AO=82;DP=146;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0362295;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0108;QD=24.8632;RBI=0.0408905;REFB=0.00672471;REVB=0.0189592;RO=61;SAF=41;SAR=41;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192613;STB=0.50418;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.0046059;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:61:64:82:83:0.564626:41:41:32:29:41:42:33:31 chr17 26684390 . G C,GC 1366.66 PASS AF=0,0.990476;AO=10,82;DP=110;FAO=0,104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=0,50;FSAR=0,54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.149435,0.0412029;FXX=0.00943307;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=5.79217,21.4627;QD=52.0633;RBI=0.152544,0.0878845;REFB=-0.0458104,0.0142072;REVB=0.0306413,0.0776274;RO=17;SAF=10,34;SAR=0,48;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.771282,-0.057053;STB=0.5,0.504586;STBP=1,0.484;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00122478;OID=.,.;OPOS=26684390,26684391;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:110:105:17:1:10,82:0,104:0,0.990476:0,48:10,34:10:7:0,54:0,50:0:1 chr17 26684392 . T C 41.14 PASS AF=0.103774;AO=11;DP=105;FAO=11;FDP=106;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.0847629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.947;QD=1.55245;RBI=0.0952375;REFB=-0.00326457;REVB=0.0434215;RO=94;SAF=6;SAR=5;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916849;STB=0.563987;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0236954;OID=.;OPOS=26684392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:105:106:94:95:11:11:0.103774:5:6:44:50:5:6:45:50 chr17 26684394 . T G 1246.91 PASS AF=0.885714;AO=93;DP=105;FAO=93;FDP=105;FR=.;FRO=12;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0518995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4262;QD=47.5013;RBI=0.0519279;REFB=-0.0106268;REVB=0.00171702;RO=12;SAF=43;SAR=50;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261752;STB=0.513872;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00104117;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:105:105:12:12:93:93:0.885714:50:43:7:5:50:43:7:5 chr17 26684449 . G C 357.99 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2125;QD=55.0749;RBI=0.00704758;REFB=0;REVB=-0.00177212;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128404;OID=.;OPOS=26684449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr17 26686416 . G A 582.64 PASS AF=0.421769;AO=62;DP=148;FAO=62;FDP=147;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.0125675;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.655;QD=15.8542;RBI=0.0135892;REFB=-0.0138056;REVB=-0.00516955;RO=85;SAF=23;SAR=39;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570585;STB=0.532013;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.01677;OID=.;OPOS=26686416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:85:85:62:62:0.421769:39:23:36:49:39:23:36:49 chr17 26691916 . T C 523.1 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0455043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.122;QD=19.3741;RBI=0.0455043;REFB=-0.00970056;REVB=7.65376e-05;RO=53;SAF=29;SAR=26;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116135;STB=0.564028;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0132053;OID=.;OPOS=26691916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:55:55:0.509259:26:29:21:32:26:29:21:32 chr17 26692224 . A AG 1564.31 PASS AF=1;AO=136;DP=148;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153817;FXX=0.0135126;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.0895;QD=42.8578;RBI=0.158908;REFB=0;REVB=0.0398999;RO=7;SAF=74;SAR=62;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00126995;OID=.;OPOS=26692225;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:136:148:146:146:0:76:70:0:0:29:7:74:62:2:5 chr17 26694483 . A G 1035.83 PASS AF=0.577381;AO=97;DP=169;FAO=97;FDP=168;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=72;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.00536064;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.335;QD=24.6625;RBI=0.00840616;REFB=-6.71593e-05;REVB=-0.00647511;RO=70;SAF=25;SAR=72;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169112;STB=0.596577;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=3.26176e-05;OID=.;OPOS=26694483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:70:71:97:97:0.577381:72:25:31:39:72:25:32:39 chr17 26694861 . G A 570.09 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00723713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1339;QD=20.5437;RBI=0.0676867;REFB=-0.0177781;REVB=0.0672987;RO=52;SAF=29;SAR=29;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495901;STB=0.522515;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0241214;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:53:58:58:0.522523:29:29:29:23:29:29:29:24 chr17 26699121 . G C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0983809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.0413;QD=37.4827;RBI=0.134218;REFB=0;REVB=0.0912999;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000568179;OID=.;OPOS=26699121;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr17 26699367 . G GC 1497.86 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058027;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.0036;QD=47.9314;RBI=0.0700083;REFB=0;REVB=-0.0391668;RO=2;SAF=51;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267126;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000356528;OID=.;OPOS=26699368;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:123:126:125:125:0:52:73:0:0:26:2:51:72:1:1 chr17 26708300 . T C 3792.85 PASS AF=0.987705;AO=241;DP=245;FAO=241;FDP=244;FR=.;FRO=3;FSAF=114;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00184219;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.288;QD=62.1778;RBI=0.028917;REFB=-0.0865783;REVB=0.0288582;RO=3;SAF=114;SAR=127;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111238;STB=0.505836;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000794368;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:245:244:3:3:241:241:0.987705:127:114:0:3:127:114:0:3 chr17 26708302 . G T 3680.72 PASS AF=0.971429;AO=238;DP=245;FAO=238;FDP=245;FR=.;FRO=7;FSAF=112;FSAR=126;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0478398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.883;QD=60.0935;RBI=0.0517208;REFB=-0.034983;REVB=0.019657;RO=4;SAF=112;SAR=126;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148864;STB=0.505303;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000121936;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:245:245:4:7:238:238:0.971429:126:112:0:4:126:112:2:5 chr17 26708547 . CTTTC CTTCG 5425.6 PASS AF=0.997093;AO=253;DP=345;FAO=343;FDP=344;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=177;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228171;FXX=0.00289847;HRUN=3;LEN=2;MLLD=42.532;QD=63.0883;RBI=0.261414;REFB=0;REVB=-0.127575;RO=1;SAF=95;SAR=158;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00499133;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000996969;OID=.;OPOS=26708550;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.997093:253:345:343:344:0:177:166:0:0:16:1:95:158:1:0 chr17 26727721 . GA G 1442.75 PASS AF=0.991803;AO=118;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0597371;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.9923;QD=47.3033;RBI=0.12901;REFB=-0.048024;REVB=-0.114347;RO=1;SAF=49;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959426;STB=0.50495;STBP=0.293;TYPE=del;VARB=-0.000529923;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991803:118:123:121:122:1:50:71:1:0:20:1:49:69:1:0 chr17 26824156 . A G 157.73 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0114475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.386;QD=11.2667;RBI=0.0118644;REFB=-0.0126997;REVB=-0.00311753;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146072;STB=0.585022;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0172115;OID=.;OPOS=26824156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:11:9:21:15:11:9:21:15 chr17 26851602 . C T 869.94 PASS AF=0.511765;AO=87;DP=171;FAO=87;FDP=170;FR=.;FRO=83;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0181472;FXX=0.00584761;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.479;QD=20.4691;RBI=0.0186598;REFB=-0.00565574;REVB=-0.00434335;RO=78;SAF=50;SAR=37;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132989;STB=0.510202;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00499765;OID=.;OPOS=26851602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:78:83:87:87:0.511765:37:50:46:32:37:50:46:37 chr17 26857788 . T C 459.01 PASS AF=0.48;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0233412;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.006;QD=18.3604;RBI=0.0235546;REFB=-0.0119715;REVB=0.00316396;RO=50;SAF=30;SAR=18;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435609;STB=0.515866;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0112549;OID=.;OPOS=26857788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:50:52:48:48:0.48:18:30:29:21:18:30:31:21 chr17 27009749 . C T 855.39 PASS AF=0.460733;AO=88;DP=189;FAO=88;FDP=191;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=0.0145736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.843;QD=17.9139;RBI=0.0170447;REFB=0.00079711;REVB=0.00883927;RO=101;SAF=40;SAR=48;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678779;STB=0.542847;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00101152;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:191:101:103:88:88:0.460733:48:40:53:48:48:40:55:48 chr17 27075423 . C T 404.65 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0561861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.977;QD=18.393;RBI=0.0565597;REFB=-0.0104275;REVB=-0.00648993;RO=45;SAF=19;SAR=22;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065619;STB=0.536317;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00706222;OID=.;OPOS=27075423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:46:41:42:0.477273:22:19:24:21:23:19:24:22 chr17 27085564 . A G 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0418824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.985;QD=8.81032;RBI=0.0535871;REFB=0.0122168;REVB=-0.0334281;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123879;STB=0.57561;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0441197;OID=.;OPOS=27085564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:14:9:5:5:14:9 chr17 27185827 . C T 313.15 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.036329;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.974;QD=16.7016;RBI=0.0436721;REFB=-0.0287544;REVB=-0.0242375;RO=40;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368436;STB=0.512188;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0149259;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:20:14:15:25:20:14:16:25 chr17 27207453 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.184;QD=61.8525;RBI=0.0236205;REFB=0;REVB=-0.0235178;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98152e-05;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:52:31:0:0:52:31:0:0 chr17 27228198 . G A 602.4 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0307783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8444;QD=18.679;RBI=0.0446226;REFB=-0.00412931;REVB=0.032309;RO=67;SAF=43;SAR=19;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268188;STB=0.648923;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00541116;OID=.;OPOS=27228198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:67:62:62:0.48062:19:43:28:39:19:43:28:39 chr17 27284443 . A G 3746.21 PASS AF=1;AO=235;DP=235;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168177;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.59;QD=63.495;RBI=0.0186748;REFB=0;REVB=0.00811866;RO=0;SAF=101;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85506e-06;OID=.;OPOS=27284443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:236:0:0:235:236:1:134:101:0:0:134:102:0:0 chr17 27286851 . T C 1011.37 PASS AF=0.488263;AO=104;DP=213;FAO=104;FDP=213;FR=.;FRO=109;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=39;FSRR=70;FWDB=0.00685428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.65;QD=18.9928;RBI=0.0108812;REFB=-0.0246953;REVB=0.00845094;RO=109;SAF=46;SAR=58;SRF=39;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805665;STB=0.54427;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.025787;OID=.;OPOS=27286851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:109:109:104:104:0.488263:58:46:39:70:58:46:39:70 chr17 27422053 . C T 1068.64 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0844459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.66;QD=57.7643;RBI=0.0844962;REFB=-0.0827036;REVB=-0.00291386;RO=1;SAF=17;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270021;STB=0.504503;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.000493684;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:55:17:1:0:55:18:0:1 chr17 27438469 . G A 849.98 PASS AF=0.890411;AO=64;DP=73;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0449827;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=93.6582;QD=46.5745;RBI=0.0514773;REFB=-0.0786262;REVB=0.0250294;RO=7;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111555;STB=0.550944;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00432175;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:73:73:7:8:64:65:0.890411:26:38:0:7:27:38:1:7 chr17 27441076 . TC T,TG 1331.31 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=16,64;DP=88;FAO=4,84;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=3,48;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215636,-0.015479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.117,166.811;QD=60.5143;RBI=0.0249074,0.0155035;REFB=0,0;REVB=0.0124655,0.000871102;RO=0;SAF=8,41;SAR=8,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00971033,0.00476135;OID=.,.;OPOS=27441077,27441077;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.954545:16,64:88:4,84:88:0:3,48:1,36:0:0:6:0:8,41:8,23:0:0 chr17 27580756 . C T 408.17 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0082766;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.636;QD=18.3446;RBI=0.0135171;REFB=-0.0216076;REVB=0.0106869;RO=48;SAF=22;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095363;STB=0.540579;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0183556;OID=.;OPOS=27580756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:47:41:42:0.47191:19:22:21:27:20:22:21:26 chr17 27586683 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0189729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.87;QD=8.30759;RBI=0.0233345;REFB=-0.00925662;REVB=-0.0135841;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0264291;OID=.;OPOS=27586683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:10:8:3:5:10:8 chr17 27588806 . C A 330.93 PASS AF=0.564516;AO=33;DP=57;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0107988;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.1459;QD=21.3506;RBI=0.0843994;REFB=-0.0119515;REVB=-0.0837057;RO=24;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291569;STB=0.523351;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0265026;OID=.;OPOS=27588806;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:62:24:27:33:35:0.564516:15:18:13:11:15:20:14:13 chr17 27588980 . CAG C 129.74 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00641298;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.477;QD=15.7264;RBI=0.0249141;REFB=-0.0235046;REVB=-0.0240746;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253924;STB=0.538411;STBP=0.688;TYPE=del;VARB=0.0228554;OID=.;OPOS=27588981;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:14:33:15:33:18:6:9:6:12:99:18:5:9:6:12 chr17 27835138 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.366;QD=51.1846;RBI=0.0409879;REFB=0;REVB=0.00994347;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373762;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr17 27889578 . T C 981.2 PASS AF=0.461883;AO=103;DP=223;FAO=103;FDP=223;FR=.;FRO=120;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=-0.00975511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.735;QD=17.6;RBI=0.011838;REFB=-0.0167312;REVB=0.0067064;RO=120;SAF=59;SAR=44;SRF=63;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471375;STB=0.526083;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0202844;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:120:120:103:103:0.461883:44:59:63:57:44:59:63:57 chr17 27889986 . T C 1714.53 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010924;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.686;QD=60.6913;RBI=0.0752378;REFB=0;REVB=0.0744405;RO=0;SAF=39;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125423;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:73:39:0:0:73:40:0:0 chr17 27901975 . A G 393.83 PASS AF=0.555556;AO=38;DP=70;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0057195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.801;QD=21.8795;RBI=0.0288476;REFB=-0.0189562;REVB=-0.0282749;RO=32;SAF=23;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994334;STB=0.508543;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0147081;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:32:32:38:40:0.555556:15:23:19:13:17:23:19:13 chr17 27903285 . GGC G,GCC 91.62 PASS AF=0.362319,0;AO=16,7;DP=80;FAO=25,0;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=12,0;FSAR=13,0;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0131815,0.0142737;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=13.5969,11.7687;QD=5.31143;RBI=0.112067,0.242162;REFB=-0.0886606,0.026924;REVB=-0.111289,-0.241741;RO=47;SAF=10,4;SAR=6,3;SRF=24;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0.54717,0;SSSB=0.141266,0.072532;STB=0.541633,0.5;STBP=0.642,1;TYPE=del,snp;VARB=0.169817,0;OID=.,.;OPOS=27903286,27903286;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362319,0:16,7:80:25,0:69:44:12,0:13,0:24:20:92:47:10,4:6,3:24:23 chr17 27904711 . G A 546.39 PASS AF=0.42446;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=55;FWDB=-0.0147248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.251;QD=15.7233;RBI=0.0234978;REFB=-0.0152254;REVB=-0.018312;RO=80;SAF=27;SAR=32;SRF=25;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152991;STB=0.58532;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0239686;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:80:59:59:0.42446:32:27:25:55:32:27:25:55 chr17 27959903 . G A 341.03 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0225941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.226;QD=20.9867;RBI=0.0237485;REFB=-0.0101364;REVB=-0.00731413;RO=30;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150577;STB=0.583141;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00902664;OID=.;OPOS=27959903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:17:18:10:20:17:18:10:20 chr17 28320248 . T A 1925.62 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.29;QD=61.6198;RBI=0.0178149;REFB=0;REVB=0.00680531;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86274e-06;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:125:0:0:120:125:1:63:57:0:0:68:57:0:0 chr17 28381141 . C G 942.21 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186499;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.771;QD=58.8878;RBI=0.018785;REFB=0;REVB=0.0022483;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123675;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr17 28407876 . T G 2607.49 PASS AF=0.994152;AO=159;DP=160;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0410956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2194;QD=60.994;RBI=0.113563;REFB=-0.113908;REVB=0.105866;RO=1;SAF=97;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488021;STB=0.502538;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00135992;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:160:171:1:1:159:170:0.994152:62:97:1:0:72:98:1:0 chr17 28511884 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0017043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.843;QD=22.6322;RBI=0.0207987;REFB=-0.0135783;REVB=-0.0207288;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163432;STB=0.592449;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0062817;OID=.;OPOS=28511884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:3:5:5:8:3:5 chr17 28576076 . T C 775.85 PASS AF=0.458101;AO=81;DP=179;FAO=82;FDP=179;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.00861843;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3665;QD=17.3375;RBI=0.0403182;REFB=-0.0033678;REVB=0.0393862;RO=93;SAF=33;SAR=48;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126668;STB=0.573121;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0052485;OID=.;OPOS=28576076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:93:97:81:82:0.458101:48:33:50:43:49:33:52:45 chr17 28612448 . G C 863.84 PASS AF=0.441315;AO=94;DP=213;FAO=94;FDP=213;FR=.;FRO=119;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=55;FSRR=64;FWDB=0.0216277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5371;QD=16.2224;RBI=0.0321166;REFB=0.00342538;REVB=0.0237428;RO=119;SAF=36;SAR=58;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823061;STB=0.545802;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00458592;OID=.;OPOS=28612448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:119:119:94:94:0.441315:58:36:55:64:58:36:55:64 chr17 28687518 . G T 292.72 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0719312;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.861;QD=19.5149;RBI=0.0719487;REFB=0.011514;REVB=-0.00158791;RO=29;SAF=7;SAR=24;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202481;STB=0.613649;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0130111;OID=.;OPOS=28687518;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:29:31:31:0.516667:24:7:12:17:24:7:12:17 chr17 28712037 . C T 861.37 PASS AF=0.441315;AO=93;DP=212;FAO=94;FDP=213;FR=.;FRO=119;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=0.000729158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.184;QD=16.176;RBI=0.0102345;REFB=-0.00155782;REVB=-0.0102085;RO=119;SAF=46;SAR=47;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497513;STB=0.53051;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00206048;OID=.;OPOS=28712037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:119:119:93:94:0.441315:47:46:53:66:47:47:53:66 chr17 28900708 . G T 338.53 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0375807;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=214.919;QD=26.5512;RBI=0.0383364;REFB=-0.0452739;REVB=0.00757428;RO=19;SAF=12;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477158;STB=0.502616;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0241682;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:20:12:7:12:20:12:7:12 chr17 29029690 . G C 891.0 PASS AF=0.505682;AO=89;DP=176;FAO=89;FDP=176;FR=.;FRO=87;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=0.0288949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5584;QD=20.25;RBI=0.0293305;REFB=-0.0127063;REVB=0.00503631;RO=87;SAF=50;SAR=39;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542448;STB=0.529774;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0125817;OID=.;OPOS=29029690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:87:87:89:89:0.505682:39:50:54:33:39:50:54:33 chr17 29029728 . A C 2197.71 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.757;QD=63.2435;RBI=0.0704514;REFB=0;REVB=0.00482896;RO=0;SAF=82;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30269e-05;OID=.;OPOS=29029728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:57:82:0:0:57:82:0:0 chr17 29109908 . CTA C 95.85 PASS AF=0.25;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0134965;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=296.324;QD=6.84647;RBI=0.0136204;REFB=-0.00982108;REVB=-0.00183288;RO=39;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101102;STB=0.553769;STBP=0.647;TYPE=del;VARB=0.0264465;OID=.;OPOS=29109909;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:14:57:14:56:42:6:8:21:21:95:39:6:8:20:19 chr17 29109954 . A G 100.77 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00955881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.305;QD=5.67724;RBI=0.0110805;REFB=-0.00371395;REVB=-0.00560411;RO=53;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282096;STB=0.500893;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135572;OID=.;OPOS=29109954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:55:16:16:0.225352:9:7:22:31:9:7:24:31 chr17 29110196 . T C 193.06 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00612302;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.757;QD=15.76;RBI=0.0239424;REFB=0.014166;REVB=-0.0231462;RO=29;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300043;STB=0.673972;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0317564;OID=.;OPOS=29110196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:29:20:20:0.408163:15:5:15:14:15:5:15:14 chr17 29111121 . CTTTT CTTTG,CTTT 124.46 PASS AF=0.454545,0.409091;AO=9,5;DP=24;FAO=10,9;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=4,5;FSAR=6,4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00962082,-0.0645545;FXX=0.0832986;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=170.367,6.20062;QD=22.6293;RBI=0.0118703,0.20704;REFB=-0.0280614,-0.129618;REVB=-0.006953,0.196718;RO=6;SAF=4,2;SAR=5,3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152681,-0.231237;STB=0.562373,0.528239;STBP=0.474,0.796;TYPE=snp,del;VARB=0.0217459,0.160794;OID=.,.;OPOS=29111125,29111122;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CTTTG,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.454545,0.409091:9,5:24:10,9:22:3:4,5:6,4:2:1:42:6:4,2:5,3:4:2 chr17 29111368 . A G 507.65 PASS AF=0.387097;AO=60;DP=155;FAO=60;FDP=155;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.039064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.984;QD=13.1005;RBI=0.0399906;REFB=-0.00240904;REVB=0.00855883;RO=92;SAF=29;SAR=31;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760643;STB=0.545596;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00277002;OID=.;OPOS=29111368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:92:95:60:60:0.387097:31:29:51:41:31:29:53:42 chr17 29113016 . A G 406.65 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0268809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0225;QD=20.0816;RBI=0.0274407;REFB=-0.0448396;REVB=0.00551446;RO=40;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225889;STB=0.506663;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0357361;OID=.;OPOS=29113016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:40:40:41:0.506173:19:21:22:18:19:22:22:18 chr17 29159404 . G C 534.19 PASS AF=0.544444;AO=24;DP=88;FAO=49;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0264518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.345;QD=23.742;RBI=0.08083;REFB=-0.0329308;REVB=0.0763793;RO=40;SAF=18;SAR=6;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453993;STB=0.556939;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0422826;OID=.;OPOS=29159404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:40:40:24:49:0.544444:6:18:13:27:27:22:13:27 chr17 29161202 . A T 895.3 PASS AF=0.440909;AO=95;DP=219;FAO=97;FDP=220;FR=.;FRO=123;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=0.0199014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.938;QD=16.2782;RBI=0.0207719;REFB=-0.0137343;REVB=0.00595011;RO=121;SAF=44;SAR=51;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662642;STB=0.540593;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0236341;OID=.;OPOS=29161202;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:121:123:95:97:0.440909:51:44:64:57:52:45:66:57 chr17 29161358 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00105471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.7;QD=10.4723;RBI=0.00566455;REFB=0.00291865;REVB=0.00556549;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318808;STB=0.690598;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00866191;OID=.;OPOS=29161358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:15:9:8:4:15:9 chr17 29161845 . G A 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0283821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.955;QD=19.6972;RBI=0.0293718;REFB=-0.00640614;REVB=-0.00756048;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193394;STB=0.608296;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00723404;OID=.;OPOS=29161845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:5:17:12:9:5:17 chr17 29161955 . ACAATGT A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0119269;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=308.21;QD=13.2052;RBI=0.0367175;REFB=-0.0181019;REVB=0.0347265;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585813;STB=0.83222;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.0110987;OID=.;OPOS=29161956;OREF=CAATGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:13:6:12:6:5:1:1:5:36:7:5:1:1:6 chr17 29162173 . T C 244.37 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00574019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.437;QD=17.4552;RBI=0.00574752;REFB=-0.027433;REVB=0.000290177;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217202;STB=0.523792;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0291973;OID=.;OPOS=29162173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:17:10:11:17:17:10:12:17 chr17 29167653 . A C 1534.32 PASS AF=0.45;AO=137;DP=363;FAO=162;FDP=360;FR=.,HEALED;FRO=196;FSAF=91;FSAR=71;FSRF=96;FSRR=100;FWDB=-0.0197538;FXX=0.0109887;HRUN=6;LEN=1;MLLD=277.098;QD=17.048;RBI=0.0214515;REFB=-0.0231079;REVB=-0.00836399;RO=138;SAF=79;SAR=58;SRF=66;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907043;STB=0.539596;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0239723;OID=.;OPOS=29167653;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:360:138:196:137:162:0.45:58:79:66:72:71:91:96:100 chr17 29187497 . A G 206.81 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00609706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.328;QD=17.2345;RBI=0.0247334;REFB=-0.00850097;REVB=-0.0239701;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138058;STB=0.578871;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00857252;OID=.;OPOS=29187497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:13:8:14:13:13:8:14:13 chr17 29206433 . G A 520.65 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.0323678;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3587;QD=16.7952;RBI=0.032989;REFB=-0.0257152;REVB=0.00637175;RO=68;SAF=24;SAR=32;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00211;STB=0.501176;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0386544;OID=.;OPOS=29206433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:32:24:29:39:32:24:29:39 chr17 29214387 . T C 358.32 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0299901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.824;QD=17.0631;RBI=0.0355176;REFB=-0.0173938;REVB=-0.0190288;RO=46;SAF=17;SAR=21;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072779;STB=0.540808;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0300618;OID=.;OPOS=29214387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:21:17:24:22:21:17:24:22 chr17 29226228 . T C 379.38 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0123159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6391;QD=19.2089;RBI=0.0402564;REFB=-0.0111004;REVB=0.0383262;RO=39;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115181;STB=0.569544;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0100059;OID=.;OPOS=29226228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:39:39:0.493671:19:20:15:24:19:20:15:25 chr17 29233163 . C T 209.93 PASS AF=0.480769;AO=21;DP=48;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00882809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.373;QD=16.1483;RBI=0.0191574;REFB=-0.00747978;REVB=-0.017002;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592063;STB=0.577275;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.015447;OID=.;OPOS=29233163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:27:27:21:25:0.480769:12:9:10:17:12:13:10:17 chr17 29486152 . G A 387.33 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=53;FWDB=0.0293624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.711;QD=12.9111;RBI=0.0300253;REFB=-0.00126326;REVB=-0.00627436;RO=74;SAF=18;SAR=28;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127081;STB=0.571735;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00281891;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:74:74:46:46:0.383333:28:18:21:53:28:18:21:53 chr17 29496819 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0926479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7513;QD=14.0786;RBI=0.0931388;REFB=0.00756996;REVB=-0.00955009;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023118;STB=0.513491;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00627032;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:5:11:8:4:5:11 chr17 29508775 . G A 405.52 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0400364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.354;QD=19.7814;RBI=0.0400949;REFB=0.00647988;REVB=-0.00216493;RO=41;SAF=16;SAR=25;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679939;STB=0.537781;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0053735;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:25:16:19:22:25:16:19:22 chr17 29553485 . G A 513.48 PASS AF=0.42029;AO=34;DP=137;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0173961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6641;QD=14.8835;RBI=0.017963;REFB=-0.00931312;REVB=-0.00447724;RO=56;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253924;STB=0.538909;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0170585;OID=.;OPOS=29553485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:56:80:34:58:0.42029:19:15:26:30:28:30:36:44 chr17 29857460 . G A 502.55 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.000370966;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.222;QD=18.613;RBI=0.0129871;REFB=-0.000759029;REVB=0.0129818;RO=55;SAF=21;SAR=32;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362179;STB=0.502006;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.000728635;OID=.;OPOS=29857460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:55:55:53:53:0.490741:32:21:22:33:32:21:22:33 chr17 29859506 . G T 249.41 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00149451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3259;QD=14.2518;RBI=0.013711;REFB=-0.0306762;REVB=0.0136293;RO=40;SAF=23;SAR=5;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182466;STB=0.624181;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0558541;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:41:28:29:0.414286:5:23:28:12:5:24:28:13 chr17 29890808 . C T 558.13 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0418616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.697;QD=23.0155;RBI=0.0419862;REFB=-0.0104941;REVB=0.00323193;RO=45;SAF=28;SAR=24;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13487;STB=0.574104;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0153789;OID=.;OPOS=29890808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:24:28:17:28:24:28:17:28 chr17 29890870 . C G 451.77 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0040457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.275;QD=16.1345;RBI=0.0200203;REFB=0.0112494;REVB=-0.0196073;RO=61;SAF=18;SAR=32;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150431;STB=0.589065;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.011034;OID=.;OPOS=29890870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:61:62:50:50:0.446429:32:18:31:30:32:18:32:30 chr17 30183857 . T C 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0695866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.957;QD=59.3214;RBI=0.0736692;REFB=0;REVB=0.0241837;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124033;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr17 30222002 . T C 288.51 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.0361651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.087;QD=16.254;RBI=0.038246;REFB=-0.0178664;REVB=-0.0124435;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256376;STB=0.647803;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0245338;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:16:16:9:29:16:16:9:30 chr17 30372739 . C T 205.58 PASS AF=0.267857;AO=30;DP=107;FAO=30;FDP=112;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0140782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.693;QD=7.34196;RBI=0.0169359;REFB=-0.00988206;REVB=-0.00941433;RO=77;SAF=9;SAR=21;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244771;STB=0.627774;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0168552;OID=.;OPOS=30372739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:77:82:30:30:0.267857:21:9:38:39:21:9:38:44 chr17 30470028 . G GC 188.35 PASS AF=0.466667;AO=31;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=0.166645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.2606;QD=10.0454;RBI=0.167549;REFB=-0.0100314;REVB=-0.0173874;RO=41;SAF=2;SAR=29;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299174;STB=0.621277;STBP=0.198;TYPE=ins;VARB=0.00995772;OID=.;OPOS=30470029;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:31:74:35:75:40:3:32:7:33:99:41:2:29:7:34 chr17 30533970 . A G 385.94 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0155021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.344;QD=14.8439;RBI=0.0162975;REFB=-0.0222178;REVB=0.00502929;RO=60;SAF=23;SAR=21;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624946;STB=0.535134;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.027589;OID=.;OPOS=30533970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:21:23:35:25:21:23:35:25 chr17 30625205 . G A 1514.11 PASS AF=0.505119;AO=148;DP=293;FAO=148;FDP=293;FR=.;FRO=145;FSAF=64;FSAR=84;FSRF=86;FSRR=59;FWDB=-0.00311891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.036;QD=20.6704;RBI=0.0559043;REFB=0.00177516;REVB=0.0558172;RO=145;SAF=64;SAR=84;SRF=86;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144739;STB=0.579246;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00206701;OID=.;OPOS=30625205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:145:145:148:148:0.505119:84:64:86:59:84:64:86:59 chr17 31318933 . A ACTG 348.43 PASS AF=0.377193;AO=40;DP=125;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.0173225;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=3;MLLD=277.072;QD=12.2256;RBI=0.0208723;REFB=-0.0208556;REVB=0.011644;RO=82;SAF=20;SAR=20;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08498;STB=0.549895;STBP=0.46;TYPE=ins;VARB=0.0335623;OID=.;OPOS=31318934;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377193:40:125:43:114:71:22:21:42:29:99:82:20:20:47:35 chr17 31618732 . A G 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0196378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.769;QD=22.9084;RBI=0.0323465;REFB=-0.0120718;REVB=-0.0257032;RO=17;SAF=4;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181773;STB=0.602729;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0151321;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:17:4:6:11:17:4:6:11 chr17 32483237 . A G 692.52 PASS AF=0.479167;AO=68;DP=146;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=0.000894335;FXX=0.0204068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.048;QD=19.2367;RBI=0.0267032;REFB=-0.00820477;REVB=-0.0266883;RO=74;SAF=25;SAR=43;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165883;STB=0.516849;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0100605;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:74:75:68:69:0.479167:43:25:26:48:43:26:26:49 chr17 32483270 . C G 601.88 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0489565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0382;QD=18.5193;RBI=0.0491476;REFB=0.0089227;REVB=-0.00433023;RO=53;SAF=30;SAR=32;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122043;STB=0.500745;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.0121763;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:53:68:62:62:0.476923:32:30:18:35:32:30:33:35 chr17 32612894 . G A 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0245646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5415;QD=17.156;RBI=0.0260587;REFB=0.000351709;REVB=0.00869685;RO=20;SAF=1;SAR=16;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42811;STB=0.755499;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00211459;OID=.;OPOS=32612894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:16:1:5:15:16:1:5:15 chr17 32647831 . A C 507.18 PASS AF=0.434109;AO=54;DP=126;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.00359638;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.906;QD=15.7264;RBI=0.0320798;REFB=-0.0214922;REVB=-0.0318776;RO=72;SAF=23;SAR=31;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00482091;STB=0.512492;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0159928;OID=.;OPOS=32647831;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:72:73:54:56:0.434109:31:23:31:41:31:25:31:42 chr17 32904586 . C T 1933.01 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3456;QD=61.8564;RBI=0.0273193;REFB=0;REVB=0.0101239;RO=1;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94456e-05;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:1:0:124:125:1:66:58:0:1:67:58:0:0 chr17 32906008 . C G 1358.82 PASS AF=0.393401;AO=114;DP=394;FAO=155;FDP=394;FR=.;FRO=239;FSAF=80;FSAR=75;FSRF=93;FSRR=146;FWDB=-0.012316;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.9935;QD=13.7951;RBI=0.0203225;REFB=-0.00706887;REVB=-0.0161653;RO=164;SAF=48;SAR=66;SRF=54;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10143;STB=0.576731;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0098933;OID=.;OPOS=32906008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:394:164:239:114:155:0.393401:66:48:54:110:75:80:93:146 chr17 32953258 . G A 702.91 PASS AF=0.404145;AO=73;DP=188;FAO=78;FDP=193;FR=.;FRO=115;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=0.0182926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.602;QD=14.5681;RBI=0.141634;REFB=-0.0197296;REVB=0.140448;RO=115;SAF=27;SAR=46;SRF=67;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230683;STB=0.633806;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0291819;OID=.;OPOS=32953258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:193:115:115:73:78:0.404145:46:27:67:48:50:28:67:48 chr17 33286664 . A G 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.611;QD=62.3147;RBI=0.0198103;REFB=0;REVB=0.0103978;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22053e-05;OID=.;OPOS=33286664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr17 33288363 . C T 7438.59 PASS AF=0.959223;AO=493;DP=515;FAO=494;FDP=515;FR=.;FRO=21;FSAF=177;FSAR=317;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0248154;FXX=0.00193795;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.226;QD=57.7755;RBI=0.0248197;REFB=-0.0753822;REVB=-0.000464164;RO=19;SAF=177;SAR=316;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128089;STB=0.505211;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00119709;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:515:515:19:21:493:494:0.959223:316:177:10:9:317:177:10:11 chr17 33288882 . T G 3096.15 PASS AF=0.990521;AO=200;DP=203;FAO=209;FDP=211;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000121915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.931;QD=58.6948;RBI=0.0131928;REFB=-0.0156802;REVB=0.0131922;RO=2;SAF=79;SAR=121;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207057;STB=0.500767;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00385666;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:203:211:2:2:200:209:0.990521:121:79:1:1:121:88:1:1 chr17 33289046 . G C 305.7 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0571288;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9614;QD=16.0893;RBI=0.0572307;REFB=-0.00479683;REVB=-0.00341374;RO=40;SAF=25;SAR=8;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235377;STB=0.604773;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00530745;OID=.;OPOS=33289046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:42:33:34:0.447368:8:25:22:18:9:25:24:18 chr17 33289113 . AAG AAA,AA,A 88.45 PASS AF=0,0,0.243243;AO=4,12,20;DP=81;FAO=0,0,18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=0,0,10;FSAR=0,0,8;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0904727,-0.250515,-0.170422;FXX=0.0133316;HRUN=6,6,5;LEN=1,1,2;MLLD=18.847,11.1043,21.4153;QD=4.78089;RBI=0.0912953,0.279674,0.197651;REFB=0.0233919,-0.0600958,-0.0799158;REVB=-0.0122278,-0.124338,-0.100112;RO=35;SAF=1,7,12;SAR=3,5,8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0,0.6,0;SSEP=0,0.480519,0;SSSB=-0.150453,0.249737,0.246153;STB=0.5,0.5,0.555494;STBP=1,1,0.627;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.00831784,0.178135;OID=.,.,.;OPOS=33289115,33289115,33289114;OREF=G,G,AG;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.243243:4,12,20:81:0,0,18:74:56:0,0,10:0,0,8:27:29:85:35:1,7,12:3,5,8:13:22 chr17 33289937 . A T 1232.54 PASS AF=1;AO=68;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130634;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.049;QD=61.6269;RBI=0.0161045;REFB=0;REVB=0.00941809;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55843e-05;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:68:80:1:29:39:0:0:36:44:0:0 chr17 33336914 . T G 2133.93 PASS AF=0.972414;AO=139;DP=145;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.016623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.347;QD=58.8671;RBI=0.0283637;REFB=-0.190268;REVB=0.0229821;RO=0;SAF=68;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36214e-08;STB=0.513331;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00219326;OID=.;OPOS=33336914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:145:145:0:4:139:141:0.972414:71:68:0:0:73:68:0:4 chr17 33353531 . C T 927.95 PASS AF=0.452055;AO=97;DP=217;FAO=99;FDP=219;FR=.;FRO=120;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=-0.00242301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.875;QD=16.9489;RBI=0.0260129;REFB=-0.00294548;REVB=0.0258998;RO=120;SAF=50;SAR=47;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651553;STB=0.530143;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0034832;OID=.;OPOS=33353531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:219:120:120:97:99:0.452055:47:50:54:66:49:50:54:66 chr17 33448818 . T C 1531.95 PASS AF=0.963636;AO=107;DP=110;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00947571;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7531;QD=55.7072;RBI=0.088733;REFB=0.0196449;REVB=-0.0882256;RO=3;SAF=54;SAR=53;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886422;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00896981;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:110:110:3:4:107:106:0.963636:53:54:1:2:53:53:2:2 chr17 33454415 . C A 932.57 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0310229;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.185;QD=55.6759;RBI=0.0327313;REFB=-0.00907919;REVB=0.0104365;RO=2;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255209;STB=0.513509;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00022554;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:67:2:2:65:65:0.970149:36:29:0:2:36:29:0:2 chr17 33464864 . C T 1507.21 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00101955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1204;QD=58.5323;RBI=0.0236904;REFB=-0.0816813;REVB=0.0236685;RO=1;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771525;STB=0.504064;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00443478;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:61:41:0:1:61:41:0:1 chr17 33469279 . G C 2528.85 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2108;QD=61.6793;RBI=0.108705;REFB=0;REVB=-0.0320692;RO=0;SAF=63;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.63588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000487487;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:101:63:0:0:101:63:0:0 chr17 33476001 . G A 447.28 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.000309916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.944;QD=18.4446;RBI=0.00705832;REFB=0.000220909;REVB=-0.00705151;RO=52;SAF=25;SAR=20;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720774;STB=0.540212;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.000254697;OID=.;OPOS=33476001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:20:25:25:27:20:25:25:27 chr17 33520663 . C T 754.27 PASS AF=0.435484;AO=78;DP=182;FAO=81;FDP=186;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=0.00564989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.415;QD=16.2209;RBI=0.0228074;REFB=-0.0249827;REVB=0.0220965;RO=104;SAF=44;SAR=34;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153447;STB=0.576676;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0232774;OID=.;OPOS=33520663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:186:104:105:78:81:0.435484:34:44:43:61:36:45:44:61 chr17 33592194 . C G 158.22 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0215614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9986;QD=12.1708;RBI=0.0219582;REFB=-0.000112085;REVB=0.00415564;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392367;STB=0.512182;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00190478;OID=.;OPOS=33592194;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:10:9:14:18:10:9:15:18 chr17 33592621 . C T 1230.9 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061113;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.784;QD=61.5451;RBI=0.0148722;REFB=0;REVB=0.0135586;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44578e-05;OID=.;OPOS=33592621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr17 33680807 . G A 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00329638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.221;QD=44.0893;RBI=0.0100438;REFB=0.0605635;REVB=-0.0094874;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00320322;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:0:1:6:11:0:1 chr17 33680840 . T C 727.46 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4725;QD=57.0558;RBI=0.0495562;REFB=0;REVB=0.0352031;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017117;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94968e-06;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:27:23:0:1:28:23:0:0 chr17 33689926 . T C 4763.55 PASS AF=1;AO=305;DP=305;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0589999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6976;QD=62.4728;RBI=0.0780592;REFB=0;REVB=-0.0511102;RO=0;SAF=125;SAR=180;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.55435e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216203;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:305:305:0:0:305:305:1:180:125:0:0:180:125:0:0 chr17 33690466 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.818;QD=60.2307;RBI=0.0164835;REFB=0;REVB=0.0161799;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70149e-05;OID=.;OPOS=33690466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr17 33768199 . G A 970.11 PASS AF=0.48731;AO=96;DP=197;FAO=96;FDP=197;FR=.;FRO=101;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0215534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.08;QD=19.6977;RBI=0.0261425;REFB=-0.0102335;REVB=-0.0147946;RO=101;SAF=42;SAR=54;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262245;STB=0.514448;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0094116;OID=.;OPOS=33768199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:101:101:96:96:0.48731:54:42:47:54:54:42:47:54 chr17 33768334 . T G 1482.09 PASS AF=0.954128;AO=102;DP=106;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00789864;FXX=0.0438558;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.06;QD=54.3888;RBI=0.024252;REFB=-0.0725724;REVB=0.0229297;RO=4;SAF=48;SAR=54;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211065;STB=0.503275;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000843913;OID=.;OPOS=33768334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:106:109:4:5:102:104:0.954128:54:48:2:2:55:49:2:3 chr17 33768354 . C T 1326.43 PASS AF=0.957895;AO=80;DP=89;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.035837;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.9941;QD=55.8499;RBI=0.0759258;REFB=-0.158391;REVB=0.0669361;RO=9;SAF=38;SAR=42;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153854;STB=0.519604;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0124363;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:89:95:9:4:80:91:0.957895:42:38:5:4:49:42:0:4 chr17 33768937 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0101017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3599;QD=17.6438;RBI=0.0192795;REFB=-0.020082;REVB=0.0164212;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381184;STB=0.719537;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0163294;OID=.;OPOS=33768937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:6:1:6:3:6:1 chr17 33769034 . G A 528.1 PASS AF=0.333333;AO=66;DP=200;FAO=67;FDP=201;FR=.;FRO=134;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=68;FSRR=66;FWDB=0.00466392;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4101;QD=10.5095;RBI=0.0124884;REFB=0.00613412;REVB=0.0115848;RO=134;SAF=33;SAR=33;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869463;STB=0.509947;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0115944;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:134:134:66:67:0.333333:33:33:68:66:34:33:68:66 chr17 33771996 . G A 220.52 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00279006;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.268;QD=16.038;RBI=0.00403912;REFB=-0.0153765;REVB=-0.00292062;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39897;STB=0.718142;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0172936;OID=.;OPOS=33771996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:30:25:25:0.454545:8:17:8:23:8:17:8:22 chr17 33802156 . T G 809.04 PASS AF=0.485549;AO=83;DP=173;FAO=84;FDP=173;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.00242752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.514;QD=18.7061;RBI=0.0123201;REFB=-0.0199681;REVB=0.0120786;RO=88;SAF=44;SAR=39;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025039;STB=0.513809;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0288794;OID=.;OPOS=33802156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:88:89:83:84:0.485549:39:44:49:39:40:44:49:40 chr17 33805150 . T C 2662.11 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121934;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.297;QD=62.2715;RBI=0.0652516;REFB=0;REVB=0.0652402;RO=0;SAF=81;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03975e-05;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:171:0:0:171:171:1:90:81:0:0:90:81:0:0 chr17 33805180 . G C 694.27 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.00548699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.275;QD=17.5765;RBI=0.0206727;REFB=-0.00640694;REVB=-0.0199312;RO=84;SAF=33;SAR=41;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12012;STB=0.566512;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00793592;OID=.;OPOS=33805180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:84:74:74:0.468354:41:33:48:36:41:33:48:36 chr17 33806546 . G A 528.27 PASS AF=0.377246;AO=63;DP=167;FAO=63;FDP=167;FR=.;FRO=104;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=-0.00846963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8057;QD=12.6532;RBI=0.00936836;REFB=0.000677609;REVB=0.00400395;RO=104;SAF=27;SAR=36;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061703;STB=0.503495;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00345057;OID=.;OPOS=33806546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:104:104:63:63:0.377246:36:27:44:60:36:27:44:60 chr17 33806841 . AG A 606.38 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0367024;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.291;QD=20.2127;RBI=0.0368702;REFB=-0.0177824;REVB=-0.00351366;RO=58;SAF=37;SAR=25;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101649;STB=0.555993;STBP=0.229;TYPE=del;VARB=0.0149352;OID=.;OPOS=33806842;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516667:62:121:62:120:58:37:25:28:30:99:58:37:25:28:30 chr17 33806863 . G A 637.38 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.00885611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.54;QD=18.6096;RBI=0.00944671;REFB=-0.0134615;REVB=0.00328779;RO=72;SAF=30;SAR=35;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141148;STB=0.578101;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0105558;OID=.;OPOS=33806863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:72:72:65:65:0.474453:35:30:44:28:35:30:44:28 chr17 33875262 . T A 216.67 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00577618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.223;QD=13.3333;RBI=0.00831042;REFB=-0.000687076;REVB=-0.00597485;RO=39;SAF=21;SAR=5;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363395;STB=0.71068;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000697329;OID=.;OPOS=33875262;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:5:21:20:19:5:21:20:19 chr17 33880455 . C G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0479299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.673;QD=14.1699;RBI=0.0486135;REFB=-0.0192974;REVB=-0.0081235;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271484;STB=0.660047;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0159377;OID=.;OPOS=33880455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:7:5:7:3:7:5 chr17 33885049 . C T 150.14 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00435058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.33;QD=19.3726;RBI=0.0187217;REFB=-0.0118291;REVB=-0.0182092;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283782;STB=0.516109;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00897035;OID=.;OPOS=33885049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:8:7:8:8:8:7 chr17 33901917 . TTAAG T 127.23 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00657196;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=4;MLLD=311.667;QD=7.27009;RBI=0.0199095;REFB=-0.00421059;REVB=-0.0187935;RO=47;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616114;STB=0.541631;STBP=0.608;TYPE=del;VARB=0.00738797;OID=.;OPOS=33901918;OREF=TAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:24:72:24:70:46:8:16:18:28:99:47:8:16:18:29 chr17 33998802 . G C 302.85 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0137196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.549;QD=17.0621;RBI=0.0146479;REFB=-0.0137225;REVB=-0.00513153;RO=38;SAF=24;SAR=9;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394753;STB=0.721514;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.015631;OID=.;OPOS=33998802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:9:24:12:26:9:24:12:26 chr17 34072898 . C T 1230.61 PASS AF=0.479245;AO=127;DP=264;FAO=127;FDP=265;FR=.;FRO=138;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=-0.0123708;FXX=0.00375926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.979;QD=18.5752;RBI=0.0357126;REFB=-0.0125143;REVB=-0.0335015;RO=136;SAF=73;SAR=54;SRF=71;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502544;STB=0.524225;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0125195;OID=.;OPOS=34072898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:265:136:138:127:127:0.479245:54:73:71:65:54:73:73:65 chr17 34091078 . C G 1993.4 PASS AF=0.456522;AO=207;DP=458;FAO=210;FDP=460;FR=.;FRO=250;FSAF=108;FSAR=102;FSRF=68;FSRR=182;FWDB=0.0264244;FXX=0.00216915;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3342;QD=17.3339;RBI=0.0554867;REFB=-0.0301656;REVB=-0.0487906;RO=249;SAF=106;SAR=101;SRF=68;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236412;STB=0.630788;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0352874;OID=.;OPOS=34091078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:458:460:249:250:207:210:0.456522:101:106:68:181:102:108:68:182 chr17 34091523 . CGA C 1617.44 PASS AF=0.516026;AO=159;DP=313;FAO=161;FDP=312;FR=.;FRO=151;FSAF=66;FSAR=95;FSRF=69;FSRR=82;FWDB=-0.0212694;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=2;MLLD=111.361;QD=20.7364;RBI=0.0563729;REFB=-0.0244455;REVB=-0.0522065;RO=148;SAF=66;SAR=93;SRF=68;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399823;STB=0.523317;STBP=0.367;TYPE=del;VARB=0.023655;OID=.;OPOS=34091524;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516026:159:313:161:312:151:66:95:69:82:99:148:66:93:68:80 chr17 34093597 . T C 814.14 PASS AF=0.518987;AO=82;DP=158;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00424328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.91;QD=20.6111;RBI=0.0113517;REFB=-0.0172363;REVB=0.0105288;RO=75;SAF=35;SAR=47;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352416;STB=0.516479;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.015277;OID=.;OPOS=34093597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:75:76:82:82:0.518987:47:35:35:40:47:35:35:41 chr17 34093663 . G A 804.74 PASS AF=0.4375;AO=83;DP=176;FAO=84;FDP=192;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=45;FWDB=-0.0178519;FXX=0.0153838;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.374;QD=16.7655;RBI=0.0184171;REFB=-0.0263378;REVB=-0.00452761;RO=92;SAF=36;SAR=47;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738228;STB=0.579942;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0400841;OID=.;OPOS=34093663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:192:92:108:83:84:0.4375:47:36:47:45:47:37:63:45 chr17 34093681 . G A 1022.99 PASS AF=0.505102;AO=99;DP=197;FAO=99;FDP=196;FR=.;FRO=97;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=61;FSRR=36;FWDB=0.0523713;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5689;QD=20.8773;RBI=0.0534905;REFB=-0.0234989;REVB=-0.010885;RO=96;SAF=50;SAR=49;SRF=60;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107868;STB=0.561346;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0154072;OID=.;OPOS=34093681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:96:97:99:99:0.505102:49:50:60:36:49:50:61:36 chr17 34100350 . G C,GC 2006.09 PASS AF=0,0.992366;AO=7,117;DP=138;FAO=0,130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=0,47;FSAR=0,83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032993,0.00415342;FXX=0.0223864;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=199.267,227.326;QD=61.2547;RBI=0.0409983,0.0418731;REFB=-0.172024,-0.0931555;REVB=0.0243376,0.0416666;RO=9;SAF=1,41;SAR=6,76;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.371799,-0.0139055;STB=0.5,0.502994;STBP=1,0.52;TYPE=snp,ins;VARB=0.0269515,0.000436243;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:138:131:9:1:7,117:0,130:0,0.992366:6,76:1,41:4:5:0,83:0,47:0:1 chr17 34171992 . TG GT,T 54.41 PASS AF=0.113636,0.272727;AO=5,17;DP=47;FAO=5,12;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=0,4;FSAR=5,8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0310131,0.081182;FXX=0.0638162;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=20.3434,7.4397;QD=4.94596;RBI=0.0330691,0.0815969;REFB=-0.0675129,-0.147143;REVB=-0.0114785,-0.00821875;RO=21;SAF=0,5;SAR=5,12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.648846,-0.095668;STB=0.997258,0.528254;STBP=0.047,0.83;TYPE=mnp,del;VARB=0.0502088,0.195237;OID=.,.;OPOS=34171992,34171993;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:47:44:21:27:5,17:5,12:0.113636,0.272727:5,12:0,5:8:13:5,8:0,4:10:17 chr17 34182341 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.369;QD=61.0492;RBI=0.0658402;REFB=0;REVB=0.0658;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84283e-05;OID=.;OPOS=34182341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr17 34195739 . T C 458.78 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.015521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.06;QD=17.8167;RBI=0.0156603;REFB=-0.0140287;REVB=-0.00208472;RO=53;SAF=30;SAR=19;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133643;STB=0.579444;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0141134;OID=.;OPOS=34195739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:53:54:49:49:0.475728:19:30:25:28:19:30:25:29 chr17 34215825 . T C 3902.66 PASS AF=1;AO=247;DP=251;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272361;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.883;QD=60.979;RBI=0.0326624;REFB=-0.00489063;REVB=0.0180285;RO=0;SAF=114;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.59546e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44425e-05;OID=.;OPOS=34215825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:251:256:0:0:247:256:1:133:114:0:0:135:121:0:0 chr17 34216624 . G C 174.08 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0247219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6269;QD=19.3424;RBI=0.0589893;REFB=-0.0240373;REVB=0.053559;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114369;STB=0.565142;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0244716;OID=.;OPOS=34216624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:13:5:7:11:13:5:7:11 chr17 34252537 . A C 736.67 PASS AF=0.431694;AO=79;DP=187;FAO=79;FDP=183;FR=.;FRO=104;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.0121624;FXX=0.0213892;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6523;QD=16.102;RBI=0.0241152;REFB=-0.00590688;REVB=-0.0208235;RO=107;SAF=37;SAR=42;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00110082;STB=0.507076;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00790558;OID=.;OPOS=34252537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:183:107:104:79:79:0.431694:42:37:50:57:42:37:50:54 chr17 34257637 . T C 655.69 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.000624568;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.253;QD=19.2851;RBI=0.00284601;REFB=-0.0265578;REVB=0.00277663;RO=69;SAF=46;SAR=20;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202917;STB=0.609604;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0238783;OID=.;OPOS=34257637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:69:70:66:66:0.485294:20:46:34:35:20:46:35:35 chr17 34261831 . A G 1884.15 PASS AF=0.571906;AO=169;DP=296;FAO=171;FDP=299;FR=.;FRO=128;FSAF=81;FSAR=90;FSRF=63;FSRR=65;FWDB=0.0277081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9459;QD=25.206;RBI=0.0593571;REFB=0.0163208;REVB=0.0524931;RO=127;SAF=82;SAR=87;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236132;STB=0.507936;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0136971;OID=.;OPOS=34261831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:299:127:128:169:171:0.571906:87:82:62:65:90:81:63:65 chr17 34264859 . A G 716.53 PASS AF=0.421622;AO=78;DP=186;FAO=78;FDP=185;FR=.;FRO=107;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=69;FWDB=0.0316698;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.229;QD=15.4924;RBI=0.0325343;REFB=-0.00710821;REVB=-0.0074501;RO=107;SAF=33;SAR=45;SRF=38;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730253;STB=0.54074;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0105321;OID=.;OPOS=34264859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:107:107:78:78:0.421622:45:33:38:69:45:33:38:69 chr17 34303693 . T C 40.97 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=-0.0230349;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=101.671;QD=2.07437;RBI=0.0606293;REFB=-0.00628226;REVB=-0.056083;RO=59;SAF=2;SAR=7;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529337;STB=0.863769;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0311559;OID=.;OPOS=34303693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:69:79:59:70:9:9:0.113924:7:2:41:18:7:2:49:21 chr17 34303694 . T C 76.23 PASS AF=0.175;AO=13;DP=75;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=-0.023685;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=118.929;QD=3.81164;RBI=0.0282419;REFB=-0.00842926;REVB=-0.0153825;RO=59;SAF=4;SAR=9;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474363;STB=0.806081;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0245252;OID=.;OPOS=34303694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:75:80:59:66:13:14:0.175:9:4:42:17:10:4:46:20 chr17 34328461 . A G 1492.21 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.408;QD=58.5181;RBI=0.0318436;REFB=-0.0232212;REVB=-0.024612;RO=1;SAF=47;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998727;STB=0.505262;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00027432;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:54:47:1:0:54:47:1:0 chr17 34340284 . C T 2888.18 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321485;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.326;QD=63.1297;RBI=0.0122683;REFB=0;REVB=0.0118395;RO=0;SAF=93;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10016e-05;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:183:0:0:183:183:1:90:93:0:0:90:93:0:0 chr17 34431287 . G T 4253.53 PASS AF=1;AO=254;DP=259;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.454;QD=62.3228;RBI=0.0352242;REFB=0;REVB=0.0344012;RO=0;SAF=125;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34652e-05;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:259:273:0:0:254:273:1:129:125:0:0:141:132:0:0 chr17 34431961 . T C 221.54 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0432061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.079;QD=25.3194;RBI=0.0545499;REFB=-0.0295777;REVB=0.0333005;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221451;STB=0.62253;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0125151;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:11:10:11:3:11:10:11:3 chr17 34871721 . T C 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00159775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.896;QD=20.4409;RBI=0.0043623;REFB=-0.00797627;REVB=0.00405917;RO=35;SAF=13;SAR=25;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106162;STB=0.55895;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0072571;OID=.;OPOS=34871721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:25:13:16:19:25:13:16:19 chr17 34893326 . A G 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0275806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.573;QD=9.93981;RBI=0.0397027;REFB=-0.00889673;REVB=-0.028559;RO=45;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643458;STB=0.537662;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0139449;OID=.;OPOS=34893326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:13:9:16:29:13:9:16:29 chr17 34958566 . A G 1529.82 PASS AF=0.478528;AO=156;DP=326;FAO=156;FDP=326;FR=.;FRO=170;FSAF=83;FSAR=73;FSRF=98;FSRR=72;FWDB=0.0131643;FXX=0.00305801;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.852;QD=18.7708;RBI=0.0495357;REFB=-0.0157613;REVB=-0.0477545;RO=170;SAF=83;SAR=73;SRF=98;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424256;STB=0.523326;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0177219;OID=.;OPOS=34958566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:170:170:156:156:0.478528:73:83:98:72:73:83:98:72 chr17 34958598 . G C 1704.4 PASS AF=0.515337;AO=165;DP=323;FAO=168;FDP=326;FR=.;FRO=158;FSAF=87;FSAR=81;FSRF=88;FSRR=70;FWDB=-0.0148086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.977;QD=20.9128;RBI=0.0163157;REFB=-0.0106037;REVB=0.006849;RO=158;SAF=87;SAR=78;SRF=88;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266783;STB=0.519;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00966389;OID=.;OPOS=34958598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:326:158:158:165:168:0.515337:78:87:88:70:81:87:88:70 chr17 35343913 . C T 503.91 PASS AF=0.390728;AO=59;DP=153;FAO=59;FDP=151;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0120919;FXX=0.013071;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.999;QD=13.3487;RBI=0.0120977;REFB=-0.00379756;REVB=-0.000375023;RO=90;SAF=30;SAR=29;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907193;STB=0.511781;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00550894;OID=.;OPOS=35343913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:90:92:59:59:0.390728:29:30:45:45:29:30:45:47 chr17 35444172 . A T 805.21 PASS AF=0.456522;AO=79;DP=180;FAO=84;FDP=184;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=-0.00632938;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.679;QD=17.5047;RBI=0.00704457;REFB=-0.00474959;REVB=-0.00309271;RO=99;SAF=35;SAR=44;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293888;STB=0.500792;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00328237;OID=.;OPOS=35444172;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:184:99:100:79:84:0.456522:44:35:41:58:48:36:43:57 chr17 35478362 . T C 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.288;QD=60.8814;RBI=0.0250004;REFB=0;REVB=0.0180273;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94348e-05;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr17 35696804 . G A 309.67 PASS AF=0.574468;AO=24;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00189953;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.616;QD=26.355;RBI=0.012144;REFB=-0.039658;REVB=0.0119945;RO=21;SAF=19;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915053;STB=0.57227;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0257189;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:20:24:27:0.574468:5:19:15:6:6:21:13:7 chr17 35743010 . C G 1319.66 PASS AF=0.956989;AO=88;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0284665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2324;QD=56.7597;RBI=0.0334021;REFB=-0.107184;REVB=0.0174746;RO=1;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108931;STB=0.521734;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00239999;OID=.;OPOS=35743010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:93:1:4:88:89:0.956989:43:45:0:1:44:45:0:4 chr17 35771468 . C T 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4379;QD=56.9345;RBI=0.0407074;REFB=0;REVB=0.0225752;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133015;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr17 35873399 . TA T 2047.01 PASS AF=1;AO=160;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330653;FXX=0.01156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.3242;QD=47.8832;RBI=0.0641567;REFB=0;REVB=-0.0640715;RO=0;SAF=60;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51748e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000483725;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:160:172:171:171:0:68:103:0:0:37:0:60:100:0:0 chr17 35902225 . C G 2201.51 PASS AF=1;AO=123;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.19054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.329;QD=59.9051;RBI=0.190541;REFB=-0.0659565;REVB=0.000638392;RO=1;SAF=52;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119656;OID=.;OPOS=35902225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:147:147:1:0:123:147:1:71:52:1:0:77:70:0:0 chr17 36351912 . C G 437.68 PASS AF=0.311475;AO=57;DP=183;FAO=57;FDP=183;FR=.;FRO=126;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=0.00343023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6796;QD=9.56684;RBI=0.00474504;REFB=-0.00573925;REVB=0.00327855;RO=126;SAF=29;SAR=28;SRF=69;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461861;STB=0.526771;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0230838;OID=.;OPOS=36351912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:126:126:57:57:0.311475:28:29:69:57:28:29:69:57 chr17 36358847 . T A 3802.16 PASS AF=1;AO=239;DP=245;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198504;FXX=0.0121946;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2161;QD=62.587;RBI=0.0428071;REFB=-0.0983894;REVB=0.0379264;RO=3;SAF=137;SAR=102;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103207;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636088;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:245:243:3:0:239:243:1:102:137:3:0:103:140:0:0 chr17 36485585 . CTT CTC,CT 807.07 PASS AF=0.0510949,0.941606;AO=6,50;DP=141;FAO=7,129;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=2,69;FSAR=5,60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119639,0.453414;FXX=0.0283668;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=185.031,8.09539;QD=23.5641;RBI=0.0307602,0.675388;REFB=0.00713299,0.0230659;REVB=-0.0283382,0.500564;RO=62;SAF=2,26;SAR=4,24;SRF=39;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.318984,-0.108888;STB=0.599698,0.503597;STBP=0.285,0.52;TYPE=snp,del;VARB=0.0209919,0.0524721;OID=.,.;OPOS=36485587,36485586;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0510949,0.941606:6,50:141:7,129:137:1:2,69:5,60:1:0:16:62:2,26:4,24:39:23 chr17 36508385 . T C 209.1 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00540026;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.546;QD=15.4886;RBI=0.0130557;REFB=-0.0206481;REVB=0.0118865;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127438;STB=0.589547;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0210931;OID=.;OPOS=36508385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:30:23:24:0.444444:14:9:16:15:15:9:16:14 chr17 36617210 . A G 1320.43 PASS AF=0.459016;AO=139;DP=304;FAO=140;FDP=305;FR=.;FRO=165;FSAF=80;FSAR=60;FSRF=91;FSRR=74;FWDB=-0.029493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.628;QD=17.3171;RBI=0.0308003;REFB=-0.0194019;REVB=-0.00887835;RO=163;SAF=80;SAR=59;SRF=91;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017204;STB=0.510961;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0239189;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:305:163:165:139:140:0.459016:59:80:91:72:60:80:91:74 chr17 36635721 . C T 365.2 PASS AF=0.26087;AO=54;DP=207;FAO=54;FDP=207;FR=.;FRO=153;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=92;FWDB=0.0322739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.565;QD=7.05705;RBI=0.0339331;REFB=0.0028018;REVB=0.010481;RO=153;SAF=38;SAR=16;SRF=61;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37363;STB=0.721439;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00442824;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:153:153:54:54:0.26087:16:38:61:92:16:38:61:92 chr17 36646386 . A G 4866.2 PASS AF=1;AO=312;DP=315;FAO=314;FDP=314;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112879;FXX=0.00632891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.402;QD=61.9898;RBI=0.0112932;REFB=-0.0975314;REVB=-0.000344785;RO=1;SAF=153;SAR=159;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0031074;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205685;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:315:314:1:0:312:314:1:159:153:1:0:161:153:0:0 chr17 36646726 . C T 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0154892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2402;QD=3.4592;RBI=0.0357783;REFB=-0.00205052;REVB=0.0322517;RO=40;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207792;STB=0.648906;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00623092;OID=.;OPOS=36646726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:2:5:22:18:2:5:22:18 chr17 36655138 . ACCCCC ACCCC,ACCCCT 39.39 PASS AF=0.17284,0.0493827;AO=16,3;DP=80;FAO=14,4;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=7,0;FSAR=7,4;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00269965,0.0888659;FXX=0.0121936;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.4838,26.3621;QD=1.94498;RBI=0.121708,0.0918788;REFB=-0.0712911,-0.0317135;REVB=-0.121678,-0.0233361;RO=52;SAF=9,0;SAR=7,3;SRF=33;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0.322581,0;SSSB=-0.0918659,-0.531912;STB=0.597269,0.997917;STBP=0.432,0.012;TYPE=del,snp;VARB=0.0866698,0.125789;OID=.,.;OPOS=36655139,36655143;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=ACCCC,ACCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.17284,0.0493827:16,3:80:14,4:81:63:7,0:7,4:39:24:30:52:9,0:7,3:33:19 chr17 36830562 . G C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0448732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.118;QD=16.1989;RBI=0.0867616;REFB=-0.0530601;REVB=0.0742562;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.635921;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0105869;OID=.;OPOS=36830562;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:3:0:1:4:3:0 chr17 36861983 . T C 6965.23 PASS AF=1;AO=437;DP=438;FAO=439;FDP=439;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=309;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010578;FXX=0.00227268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2049;QD=63.4645;RBI=0.0239844;REFB=0.0532686;REVB=0.0215257;RO=0;SAF=129;SAR=308;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28763e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114738;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:438:439:0:0:437:439:1:308:129:0:0:309:130:0:0 chr17 36868139 . G A 301.83 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.00272733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0894;QD=12.4467;RBI=0.0521854;REFB=-0.0242762;REVB=0.052114;RO=59;SAF=23;SAR=12;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324643;STB=0.688835;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0364911;OID=.;OPOS=36868139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:62:35:35:0.360825:12:23:21:38:12:23:22:40 chr17 36882595 . T A 201.56 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00162192;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.959;QD=20.1557;RBI=0.0108717;REFB=-0.00655383;REVB=0.0107501;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885636;STB=0.54995;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00350133;OID=.;OPOS=36882595;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:12:8:10:10:12:8 chr17 36889559 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0122133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.8;QD=19.1091;RBI=0.0124437;REFB=-0.0153465;REVB=-0.0023834;RO=26;SAF=18;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25167;STB=0.640919;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0252056;OID=.;OPOS=36889559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:9:18:10:16:9:18:10:16 chr17 36906480 . G A 620.69 PASS AF=0.587156;AO=56;DP=99;FAO=64;FDP=109;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0825274;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.5958;QD=22.7776;RBI=0.123364;REFB=-0.045202;REVB=0.0916946;RO=43;SAF=21;SAR=35;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365078;STB=0.510945;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0369574;OID=.;OPOS=36906480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:109:43:45:56:64:0.587156:35:21:18:25:40:24:18:27 chr17 36909061 . A G 2153.61 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.74;QD=62.8791;RBI=0.0457383;REFB=0;REVB=0.00602652;RO=0;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31538e-05;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:129:137:0:0:129:137:1:70:59:0:0:72:65:0:0 chr17 36909499 . A T 892.72 PASS AF=0.550633;AO=87;DP=158;FAO=87;FDP=158;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=13;FSRR=58;FWDB=0.00452836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.789;QD=22.6005;RBI=0.0107666;REFB=-0.0029321;REVB=-0.00976804;RO=70;SAF=41;SAR=46;SRF=12;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251499;STB=0.631863;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00353645;OID=.;OPOS=36909499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:70:71:87:87:0.550633:46:41:12:58:46:41:13:58 chr17 36922839 . C G 596.33 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0171267;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.014;QD=17.539;RBI=0.0895864;REFB=-0.0220369;REVB=-0.087934;RO=74;SAF=32;SAR=30;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553732;STB=0.530796;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.031295;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:74:62:62:0.455882:30:32:34:40:30:32:34:40 chr17 36926731 . T G 643.71 PASS AF=0.458333;AO=67;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0449414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8289;QD=17.8809;RBI=0.0749317;REFB=-0.00245475;REVB=0.0599586;RO=76;SAF=29;SAR=38;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127302;STB=0.560588;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00384962;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:76:78:67:66:0.458333:38:29:43:33:37:29:43:35 chr17 36926767 . G A 532.53 PASS AF=0.452381;AO=56;DP=125;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00440541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.3;QD=16.9056;RBI=0.00536381;REFB=-0.00792886;REVB=-0.00305986;RO=66;SAF=28;SAR=28;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103189;STB=0.556277;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00888286;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:66:69:56:57:0.452381:28:28:40:26:29:28:41:28 chr17 36990036 . GC G 282.17 PASS AF=0.434783;AO=46;DP=113;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.153462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.4043;QD=9.81448;RBI=0.153896;REFB=0.00742941;REVB=0.0115487;RO=61;SAF=23;SAR=23;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0.411168;SSSB=-0.0249598;STB=0.510456;STBP=0.852;TYPE=del;VARB=-0.0107302;OID=.;OPOS=36990037;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:46:113:50:115:65:26:24:35:30:99:61:23:23:32:29 chr17 37017938 . G A 292.21 PASS AF=0.390805;AO=32;DP=80;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0686716;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.648;QD=13.435;RBI=0.0735014;REFB=-0.0134631;REVB=0.0262044;RO=48;SAF=15;SAR=17;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185567;STB=0.58692;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0314277;OID=.;OPOS=37017938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:87:48:53:32:34:0.390805:17:15:31:17:19:15:31:22 chr17 37017969 . T G 310.8 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0366643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1809;QD=12.3089;RBI=0.0418821;REFB=0.0148485;REVB=0.0202446;RO=64;SAF=19;SAR=18;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101228;STB=0.557897;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0246796;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:64:37:37:0.366337:18:19:27:37:18:19:27:37 chr17 37070646 . G A 668.54 PASS AF=0.465753;AO=66;DP=144;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.00633371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.491;QD=18.3162;RBI=0.0228305;REFB=-0.0196708;REVB=0.0219343;RO=78;SAF=29;SAR=37;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469512;STB=0.532821;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0200172;OID=.;OPOS=37070646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:78:78:66:68:0.465753:37:29:38:40:39:29:38:40 chr17 37070658 . A G 687.95 PASS AF=0.503704;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0381439;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1321;QD=20.3836;RBI=0.0386693;REFB=-0.0126415;REVB=-0.00635275;RO=67;SAF=35;SAR=33;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602337;STB=0.533179;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0097193;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:67:67:68:68:0.503704:33:35:30:37:33:35:30:37 chr17 37076331 . G A 444.71 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.00894237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.867;QD=20.4463;RBI=0.0116487;REFB=-0.0299794;REVB=-0.00746495;RO=42;SAF=11;SAR=33;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138845;STB=0.503815;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.029035;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:43:44:44:0.505747:33:11:11:31:33:11:11:32 chr17 37101380 . T C 1207.87 PASS AF=0.964286;AO=62;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00131952;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.405;QD=57.5178;RBI=0.0356744;REFB=-0.113589;REVB=0.03565;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.50487;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.000382313;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:0:3:62:81:0.964286:26:36:0:0:43:38:1:2 chr17 37213317 . C A 1017.93 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000282612;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.083;QD=59.8783;RBI=0.0341323;REFB=0;REVB=0.0341311;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510746;OID=.;OPOS=37213317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:66:68:1:43:23:0:0:45:23:0:0 chr17 37224102 . C T 398.44 PASS AF=0.465909;AO=40;DP=86;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00828563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.931;QD=18.111;RBI=0.0232571;REFB=-0.0165785;REVB=-0.0217311;RO=46;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624381;STB=0.533317;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0210025;OID=.;OPOS=37224102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:46:47:40:41:0.465909:20:20:26:20:20:21:27:20 chr17 37228765 . A G 1349.71 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0137664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8916;QD=59.9871;RBI=0.0283264;REFB=-0.0750871;REVB=-0.0247562;RO=2;SAF=37;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343375;STB=0.501812;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00324401;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:51:37:1:1:51:37:1:1 chr17 37235720 . C T 734.28 PASS AF=0.434066;AO=79;DP=183;FAO=79;FDP=182;FR=.;FRO=103;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.00764189;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.999;QD=16.1381;RBI=0.049411;REFB=-0.0186295;REVB=-0.0488165;RO=103;SAF=44;SAR=35;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00366337;STB=0.502042;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0267861;OID=.;OPOS=37235720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:103:103:79:79:0.434066:35:44:57:46:35:44:57:46 chr17 37235754 . C T 626.94 PASS AF=0.40113;AO=71;DP=177;FAO=71;FDP=177;FR=.;FRO=106;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.00953696;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0629;QD=14.1681;RBI=0.0262692;REFB=0.00202933;REVB=-0.0244769;RO=105;SAF=37;SAR=34;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274894;STB=0.512658;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00421117;OID=.;OPOS=37235754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:105:106:71:71:0.40113:34:37:52:53:34:37:53:53 chr17 37243927 . A G 395.94 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0161784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.16;QD=20.3047;RBI=0.0161794;REFB=-0.00799681;REVB=-0.000179889;RO=38;SAF=13;SAR=27;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170056;STB=0.509429;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00916169;OID=.;OPOS=37243927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:27:13:13:25:27:13:13:25 chr17 37313176 . A G 279.89 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0203571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1122;QD=14.1715;RBI=0.0319186;REFB=0.0319509;REVB=-0.0245842;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111287;STB=0.506325;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.0480736;OID=.;OPOS=37313176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:16:16:24:23:16:16:24:23 chr17 37316988 . T C 558.73 PASS AF=0.464567;AO=58;DP=126;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0164945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.568;QD=17.5977;RBI=0.0179156;REFB=-0.012522;REVB=0.00699293;RO=67;SAF=29;SAR=29;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215838;STB=0.520271;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0150735;OID=.;OPOS=37316988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:67:68:58:59:0.464567:29:29:32:35:29:30:32:36 chr17 37319029 . T G 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00701684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.9;QD=15.419;RBI=0.0123663;REFB=-0.0103561;REVB=0.0101828;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110588;STB=0.562461;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.014371;OID=.;OPOS=37319029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:18:14:23:19:18:14:23:19 chr17 37319065 . C T 352.43 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00176716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6938;QD=18.3083;RBI=0.0148831;REFB=0.00501826;REVB=0.0147778;RO=39;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478062;STB=0.519989;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00563953;OID=.;OPOS=37319065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:19:18:21:18:19:18:21:19 chr17 37319103 . T C 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.000867937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.924;QD=17.064;RBI=0.00880715;REFB=-0.00153727;REVB=-0.00876428;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136014;STB=0.576218;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00147207;OID=.;OPOS=37319103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:14:14:11:20:14:14:11:20 chr17 37321961 . C T 764.19 PASS AF=0.503401;AO=74;DP=147;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.00314499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.18;QD=20.7942;RBI=0.00388005;REFB=-0.0169777;REVB=0.00227239;RO=73;SAF=38;SAR=36;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677133;STB=0.537265;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0153223;OID=.;OPOS=37321961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:73:73:74:74:0.503401:36:38:32:41:36:38:32:41 chr17 37349710 . C G 2498.06 PASS AF=0.48381;AO=249;DP=519;FAO=254;FDP=525;FR=.;FRO=271;FSAF=90;FSAR=164;FSRF=99;FSRR=172;FWDB=0.0297605;FXX=0.0019011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.241;QD=19.0328;RBI=0.0459662;REFB=-0.050871;REVB=0.0350315;RO=267;SAF=88;SAR=161;SRF=98;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139897;STB=0.506172;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0454231;OID=.;OPOS=37349710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:519:525:267:271:249:254:0.48381:161:88:98:169:164:90:99:172 chr17 37410892 . C G 1734.36 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242749;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.095;QD=60.3254;RBI=0.0243903;REFB=0;REVB=-0.00237068;RO=0;SAF=42;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261389;OID=.;OPOS=37410892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:112:115:1:70:42:0:0:73:42:0:0 chr17 37579612 . TG GT 49.02 PASS AF=0.16;AO=11;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=17;FWDB=-0.0253193;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=36.2935;QD=2.61466;RBI=0.13169;REFB=-0.0253852;REVB=0.129233;RO=59;SAF=1;SAR=10;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.71502;STB=0.948046;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.17338;OID=.;OPOS=37579612;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:75:75:59:63:11:12:0.16:10:1:45:14:11:1:46:17 chr17 37856545 . C G 97.82 PASS AF=0.175227;AO=65;DP=328;FAO=58;FDP=331;FR=.,HEALED;FRO=273;FSAF=55;FSAR=3;FSRF=139;FSRR=134;FWDB=-0.0427383;FXX=0.00301196;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.0328;QD=1.18209;RBI=0.0616462;REFB=-0.061122;REVB=-0.0444262;RO=194;SAF=62;SAR=3;SRF=90;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.712439;STB=0.928129;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.167074;OID=.;OPOS=37856545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:328:331:194:273:65:58:0.175227:3:62:90:104:3:55:139:134 chr17 37898543 . T C 1617.68 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0866899;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.829;QD=58.8248;RBI=0.100165;REFB=-0.0117926;REVB=0.0501779;RO=0;SAF=69;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89526e-08;STB=0.506328;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-5.28967e-05;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:0:1:108:109:0.990909:39:69:0:0:39:70:0:1 chr17 38121993 . G A 3997.23 PASS AF=1;AO=252;DP=252;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146032;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6229;QD=61.9726;RBI=0.0375211;REFB=0;REVB=-0.0345627;RO=0;SAF=124;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10767e-06;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:252:258:0:0:252:258:1:128:124:0:0:128:130:0:0 chr17 38131187 . C A 1843.47 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0486991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3155;QD=60.4417;RBI=0.0567459;REFB=-0.144902;REVB=0.0291289;RO=1;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714363;STB=0.503759;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00189019;OID=.;OPOS=38131187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:66:55:0:1:66:55:0:1 chr17 38246286 . A G 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.438;QD=62.6141;RBI=0.0388754;REFB=0;REVB=0.012388;RO=0;SAF=28;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9264e-05;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:60:28:0:0:60:28:0:0 chr17 38282544 . GA AG 37.55 PASS AF=0.0789474;AO=12;DP=149;FAO=12;FDP=152;FR=.;FRO=140;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=71;FWDB=-0.0511035;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=2;MLLD=217.696;QD=0.988235;RBI=0.0656491;REFB=-0.0105208;REVB=-0.0412097;RO=130;SAF=1;SAR=11;SRF=69;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513951;STB=0.903041;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.195689;OID=.;OPOS=38282544;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:149:152:130:140:12:12:0.0789474:11:1:69:61:11:1:69:71 chr17 38288275 . CT C,TC 71.03 PASS AF=0.242991,0.0373832;AO=30,10;DP=115;FAO=26,4;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=8,1;FSAR=18,3;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0104543,-0.00989057;FXX=0.0932124;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=7.91932,19.2073;QD=2.65519;RBI=0.0325875,0.0954651;REFB=-0.112772,-0.0338503;REVB=-0.0308651,-0.0949514;RO=57;SAF=10,1;SAR=20,9;SRF=25;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.126821,-0.485518;STB=0.597977,0.683591;STBP=0.261,0.543;TYPE=del,mnp;VARB=0.112167,0.167983;OID=.,.;OPOS=38288276,38288275;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:115:107:57:77:30,10:26,4:0.242991,0.0373832:20,9:10,1:25:32:18,3:8,1:33:44 chr17 38340928 . A G 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0556787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.351;QD=6.24967;RBI=0.0561733;REFB=-0.000896762;REVB=-0.00743761;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192221;STB=0.646563;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00216591;OID=.;OPOS=38340928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:23:16:17:6:6:0.26087:4:2:8:8:4:2:9:8 chr17 38600092 . G A 416.12 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0111644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.521;QD=16.1598;RBI=0.044744;REFB=-0.0196846;REVB=0.0433288;RO=57;SAF=28;SAR=18;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13534;STB=0.575802;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0200706;OID=.;OPOS=38600092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:18:28:27:30:18:28:27:30 chr17 38784927 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.297;QD=56.9375;RBI=0.0268017;REFB=0;REVB=0.00333379;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31449e-05;OID=.;OPOS=38784927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr17 38855772 . T C 1916.71 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.259;QD=60.8478;RBI=0.0788027;REFB=-0.106107;REVB=0.077034;RO=1;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714507;STB=0.503759;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000590141;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:66:59:0:1:66:59:0:1 chr17 38857446 . C A 3092.03 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.986;QD=63.7531;RBI=0.0177109;REFB=0;REVB=0.0166049;RO=0;SAF=88;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57911e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4194e-05;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:194:0:0:193:194:1:105:88:0:0:106:88:0:0 chr17 38858134 . CA C 2532.33 PASS AF=1;AO=163;DP=172;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718703;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.755;QD=58.2144;RBI=0.0729621;REFB=0;REVB=-0.0125748;RO=1;SAF=42;SAR=121;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111935;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.71456e-05;OID=.;OPOS=38858135;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:163:172:174:174:0:47:127:0:0:14:1:42:121:1:0 chr17 38911212 . G A 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.98;QD=62.6142;RBI=0.0355244;REFB=0;REVB=-0.0345676;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118831;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr17 38911327 . C G 435.21 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0151212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4662;QD=23.8472;RBI=0.0415165;REFB=0.00121382;REVB=0.0386648;RO=31;SAF=27;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153018;STB=0.584138;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.000172832;OID=.;OPOS=38911327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:15:27:14:17:15:27:14:17 chr17 38911363 . G A 228.77 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.00973974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8502;QD=11.7319;RBI=0.0244555;REFB=-0.00333226;REVB=0.0224323;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274079;STB=0.657037;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00966675;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:16:12:34:16:16:12:34:16 chr17 38928014 . A G 1171.44 PASS AF=0.502165;AO=114;DP=230;FAO=116;FDP=231;FR=.;FRO=115;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=-0.0102727;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.855;QD=20.2846;RBI=0.0103176;REFB=-0.0130081;REVB=-0.000961938;RO=112;SAF=67;SAR=47;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723554;STB=0.541254;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0113361;OID=.;OPOS=38928014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:112:115:114:116:0.502165:47:67:57:55:49:67:57:58 chr17 38935812 . A G 2049.38 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233537;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.15;QD=62.5765;RBI=0.0259285;REFB=0;REVB=-0.0112647;RO=0;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.18159e-05;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:60:71:0:0:60:71:0:0 chr17 38936659 . C T 864.45 PASS AF=0.50289;AO=87;DP=173;FAO=87;FDP=173;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.038459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.573;QD=19.9873;RBI=0.0392899;REFB=0.0013296;REVB=-0.00803766;RO=86;SAF=42;SAR=45;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026103;STB=0.514351;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00123085;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:86:86:87:87:0.50289:45:42:44:42:45:42:44:42 chr17 38938316 . C T 103.51 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0551037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.871;QD=19.7157;RBI=0.0555951;REFB=-0.0189501;REVB=-0.00737568;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299996;STB=0.654977;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0189006;OID=.;OPOS=38938316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:9:9:11:12:0.571429:9:2:0:9:10:2:0:9 chr17 38938591 . C G 232.87 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00481513;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.658;QD=23.2873;RBI=0.00847703;REFB=-0.0363144;REVB=-0.00697672;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193489;STB=0.633692;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0101422;OID=.;OPOS=38938591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:22:22:0.55:12:10:4:14:12:10:3:15 chr17 38950239 . C T 1290.73 PASS AF=0.546667;AO=123;DP=225;FAO=123;FDP=225;FR=.;FRO=102;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=0.0359755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.397;QD=22.9463;RBI=0.0360299;REFB=-0.00655832;REVB=0.00197973;RO=102;SAF=59;SAR=64;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157542;STB=0.508582;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00593419;OID=.;OPOS=38950239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:102:102:123:123:0.546667:64:59:47:55:64:59:47:55 chr17 38950251 . A G 1167.14 PASS AF=0.55102;AO=108;DP=196;FAO=108;FDP=196;FR=.;FRO=88;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0287536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.599;QD=23.8192;RBI=0.0287792;REFB=-0.00302115;REVB=0.00121333;RO=87;SAF=54;SAR=54;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329475;STB=0.520404;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00170576;OID=.;OPOS=38950251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:87:88:108:108:0.55102:54:54:40:47:54:54:40:48 chr17 38950272 . T C 599.46 PASS AF=0.414634;AO=68;DP=164;FAO=68;FDP=164;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.0169477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.705;QD=14.621;RBI=0.0191497;REFB=-0.0157105;REVB=-0.00891551;RO=96;SAF=31;SAR=37;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135164;STB=0.507579;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0193422;OID=.;OPOS=38950272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:96:96:68:68:0.414634:37:31:45:51:37:31:45:51 chr17 38955961 . G A 770.46 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0384142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.548;QD=55.0329;RBI=0.0395054;REFB=-0.0653774;REVB=0.00922094;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000128267;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:30:25:1:0:30:25:1:0 chr17 38975147 . G T 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.142653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.038;QD=36.2815;RBI=0.0422575;REFB=0;REVB=0.0422575;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699058;OID=.;OPOS=38975147;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr17 38975149 . G T 38.68 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.647;QD=25.7843;RBI=0.00632106;REFB=-0.0396797;REVB=-0.00632106;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202493;OID=.;OPOS=38975149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr17 38978536 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.283;QD=62.6711;RBI=0.0346552;REFB=0;REVB=0.00171802;RO=0;SAF=6;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20774e-05;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:37:6:0:0:38:6:0:0 chr17 38990834 . G C 2367.9 PASS AF=1;AO=130;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=91;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883093;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.012;QD=63.5677;RBI=0.0755004;REFB=0;REVB=0.0749822;RO=0;SAF=86;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55949e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121025;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:130:149:1:44:86:0:0:58:91:0:0 chr17 38991003 . T C 3752.95 PASS AF=1;AO=234;DP=236;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198895;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.26;QD=63.0749;RBI=0.0390227;REFB=0;REVB=0.0335735;RO=0;SAF=88;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11464e-05;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:238:0:0:234:238:1:146:88:0:0:149:89:0:0 chr17 38991032 . T A 4108.26 PASS AF=1;AO=260;DP=260;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0218;QD=62.483;RBI=0.0662203;REFB=0;REVB=0.0374112;RO=0;SAF=99;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013167;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:260:263:0:0:260:263:1:161:99:0:0:164:99:0:0 chr17 39081713 . A G 819.98 PASS AF=0.378906;AO=97;DP=257;FAO=97;FDP=256;FR=.;FRO=159;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=79;FSRR=80;FWDB=-0.0178148;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.624;QD=12.8122;RBI=0.0255025;REFB=-0.00980472;REVB=-0.0182485;RO=158;SAF=45;SAR=52;SRF=78;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327669;STB=0.520499;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0131959;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:256:158:159:97:97:0.378906:52:45:78:80:52:45:79:80 chr17 39084504 . T C 939.58 PASS AF=0.497354;AO=87;DP=184;FAO=94;FDP=189;FR=.;FRO=95;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.005179;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.721;QD=19.8853;RBI=0.0301474;REFB=-0.0179916;REVB=0.0296992;RO=96;SAF=44;SAR=43;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242272;STB=0.529187;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0171141;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:189:96:95:87:94:0.497354:43:44:51:45:49:45:51:44 chr17 39092735 . C A 271.01 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00305901;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.307;QD=30.1118;RBI=0.019282;REFB=-0.0167322;REVB=0.0190378;RO=9;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173894;STB=0.554044;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00838898;OID=.;OPOS=39092735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:37:36:9:11:23:23:0.638889:10:13:8:1:10:13:8:3 chr17 39114962 . C T 650.85 PASS AF=0.428571;AO=72;DP=168;FAO=72;FDP=168;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=0.00422828;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.083;QD=15.4965;RBI=0.00685836;REFB=-0.00476484;REVB=0.00539989;RO=94;SAF=38;SAR=34;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114192;STB=0.569105;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00547703;OID=.;OPOS=39114962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:94:96:72:72:0.428571:34:38:39:55:34:38:39:57 chr17 39116603 . G T 744.88 PASS AF=0.434783;AO=80;DP=184;FAO=80;FDP=184;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=0.003756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.458;QD=16.1931;RBI=0.020557;REFB=-0.00969667;REVB=-0.020211;RO=104;SAF=43;SAR=37;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00881798;STB=0.504914;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0108179;OID=.;OPOS=39116603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:104:104:80:80:0.434783:37:43:55:49:37:43:55:49 chr17 39116728 . G A 965.37 PASS AF=0.567901;AO=92;DP=162;FAO=92;FDP=162;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0643263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.887;QD=23.8363;RBI=0.0651597;REFB=-0.0129382;REVB=0.0103878;RO=69;SAF=46;SAR=46;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570659;STB=0.506172;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0101235;OID=.;OPOS=39116728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:69:70:92:92:0.567901:46:46:34:35:46:46:34:36 chr17 39119942 . G A 571.78 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=156;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.0180484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.137;QD=14.661;RBI=0.0277137;REFB=-0.0176061;REVB=-0.0210311;RO=91;SAF=31;SAR=34;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411479;STB=0.52307;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0292519;OID=.;OPOS=39119942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:91:91:65:65:0.416667:34:31:47:44:34:31:47:44 chr17 39122797 . G A 1085.95 PASS AF=0.47234;AO=111;DP=235;FAO=111;FDP=235;FR=.;FRO=124;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=-0.0313624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.732;QD=18.4842;RBI=0.0316458;REFB=-0.0163527;REVB=0.00422615;RO=119;SAF=57;SAR=54;SRF=65;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307785;STB=0.514165;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0194104;OID=.;OPOS=39122797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:119:124:111:111:0.47234:54:57:65:54:54:57:67:57 chr17 39123013 . G A 1542.45 PASS AF=0.534296;AO=148;DP=277;FAO=148;FDP=277;FR=.;FRO=129;FSAF=37;FSAR=111;FSRF=52;FSRR=77;FWDB=-0.0120434;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7651;QD=22.2737;RBI=0.016183;REFB=-0.0100188;REVB=-0.0108095;RO=127;SAF=37;SAR=111;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163193;STB=0.586801;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0084394;OID=.;OPOS=39123013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:127:129:148:148:0.534296:111:37:52:75:111:37:52:77 chr17 39134455 . G A 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.024549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.942;QD=60.156;RBI=0.0251929;REFB=-0.0369571;REVB=-0.00565941;RO=1;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136207;STB=0.507243;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00116068;OID=.;OPOS=39134455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:34:10:0:1:34:10:0:1 chr17 39134528 . G A 140.04 PASS AF=0.363636;AO=14;DP=42;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00302492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.489;QD=12.7305;RBI=0.0281991;REFB=0.0058692;REVB=-0.0280364;RO=28;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047539;STB=0.557068;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.0179082;OID=.;OPOS=39134528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:28:28:14:16:0.363636:10:4:9:19:12:4:9:19 chr17 39135084 . A G 1573.0 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.098;QD=59.9239;RBI=0.0157417;REFB=0;REVB=0.0129353;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31921e-05;OID=.;OPOS=39135084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:52:51:0:0:53:52:0:0 chr17 39135205 . A G 1800.26 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.729;QD=61.0257;RBI=0.042821;REFB=0;REVB=0.0338985;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50879e-05;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:61:55:0:0:63:55:0:0 chr17 39135214 . T C 1594.11 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00226684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.895;QD=57.9677;RBI=0.00307691;REFB=-0.0693962;REVB=0.00208058;RO=2;SAF=47;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019767;STB=0.510415;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00233601;OID=.;OPOS=39135214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:61:47:2:0:61:47:2:0 chr17 39137104 . A G 576.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.331;QD=60.6318;RBI=0.036439;REFB=0;REVB=0.0138365;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.81669e-05;OID=.;OPOS=39137104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chr17 39137154 . C G 546.65 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.522;QD=59.0973;RBI=0.0252067;REFB=0;REVB=0.0187661;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144272;OID=.;OPOS=39137154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr17 39137297 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.114;QD=60.0306;RBI=0.0174072;REFB=0;REVB=0.0162306;RO=0;SAF=23;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001184;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:49:23:0:0:49:23:0:0 chr17 39137387 . C T 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9641;QD=58.9619;RBI=0.0431743;REFB=0;REVB=-0.00434306;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334738;OID=.;OPOS=39137387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr17 39137553 . T G 3042.48 PASS AF=0.985366;AO=199;DP=203;FAO=202;FDP=205;FR=.;FRO=3;FSAF=102;FSAR=100;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0142149;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.729;QD=59.3654;RBI=0.0396209;REFB=-0.153644;REVB=0.0369832;RO=4;SAF=101;SAR=98;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184849;STB=0.507246;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000343503;OID=.;OPOS=39137553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:203:205:4:3:199:202:0.985366:98:101:4:0:100:102:3:0 chr17 39138712 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.055;QD=58.4196;RBI=0.0193772;REFB=0;REVB=0.0151119;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2194e-05;OID=.;OPOS=39138712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr17 39139370 . G A 3020.58 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143274;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.66;QD=63.2582;RBI=0.0151206;REFB=-0.193521;REVB=-0.00483305;RO=1;SAF=77;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13493e-05;OID=.;OPOS=39139370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:192:191:1:0:191:191:1:114:77:1:0:114:77:0:0 chr17 39140221 . C T 2424.76 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00835925;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.582;QD=61.3863;RBI=0.0169722;REFB=0;REVB=-0.0147709;RO=0;SAF=62;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16277e-06;OID=.;OPOS=39140221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:157:158:1:95:62:0:0:96:62:0:0 chr17 39140417 . T C 2264.67 PASS AF=1;AO=148;DP=153;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000194377;FXX=0.0389585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7234;QD=61.2072;RBI=0.0341145;REFB=0;REVB=0.0341139;RO=0;SAF=77;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.28844e-05;OID=.;OPOS=39140417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:148:0:0:148:148:1:71:77:0:0:71:77:0:0 chr17 39150357 . A G 603.32 PASS AF=0.401163;AO=69;DP=172;FAO=69;FDP=172;FR=.;FRO=103;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=67;FWDB=-0.00830338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.714;QD=14.0306;RBI=0.00908361;REFB=-0.0168897;REVB=-0.00368319;RO=102;SAF=23;SAR=46;SRF=35;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116446;STB=0.510819;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0245167;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:102:103:69:69:0.401163:46:23:35:67:46:23:36:67 chr17 39165174 . G A 649.36 PASS AF=0.623656;AO=42;DP=83;FAO=58;FDP=93;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0320782;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=76.1783;QD=27.9294;RBI=0.0620907;REFB=-0.0230369;REVB=0.0531624;RO=16;SAF=15;SAR=27;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264098;STB=0.626423;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0144203;OID=.;OPOS=39165174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:93:16:35:42:58:0.623656:27:15:14:2:40:18:22:13 chr17 39165358 . G GAGA 228.04 PASS AF=0.349398;AO=28;DP=90;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00755311;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.273;QD=10.9901;RBI=0.0186621;REFB=-0.0175836;REVB=-0.0170653;RO=62;SAF=11;SAR=17;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708026;STB=0.580097;STBP=0.281;TYPE=ins;VARB=0.0325851;OID=.;OPOS=39165359;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349398:28:90:29:83:54:11:18:27:27:99:62:11:17:28:34 chr17 39183065 . G A 272.84 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0297236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.2227;QD=17.3229;RBI=0.0297448;REFB=-0.0212476;REVB=0.00112356;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153153;STB=0.588986;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.020417;OID=.;OPOS=39183065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:31:33:29:30:0.47619:17:12:8:23:18:12:8:25 chr17 39186031 . C T 804.15 PASS AF=0.435644;AO=88;DP=202;FAO=88;FDP=202;FR=.;FRO=114;FSAF=27;FSAR=61;FSRF=23;FSRR=91;FWDB=0.00602068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5561;QD=15.9237;RBI=0.0218458;REFB=-0.0131848;REVB=0.0209998;RO=108;SAF=27;SAR=61;SRF=22;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127721;STB=0.57365;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.012134;OID=.;OPOS=39186031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:108:114:88:88:0.435644:61:27:22:86:61:27:23:91 chr17 39186168 . A C 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0158857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.334;QD=15.0175;RBI=0.0260911;REFB=-0.000437541;REVB=-0.0206976;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00857114;STB=0.504851;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.000327783;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:17:13:17:23:17:13:17:23 chr17 39186220 . G A 383.67 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0103504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.824;QD=20.1932;RBI=0.0296595;REFB=-0.00638033;REVB=0.0277949;RO=37;SAF=21;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929056;STB=0.551489;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00444826;OID=.;OPOS=39186220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:18:21:16:21:18:21:16:21 chr17 39190953 . GG CA 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.000973526;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=160.69;QD=7.25973;RBI=0.00390894;REFB=-0.0154694;REVB=-0.00378577;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346902;STB=0.536768;STBP=0.795;TYPE=mnp;VARB=0.0409073;OID=.;OPOS=39190953;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:28:29:10:10:0.25641:4:6:16:12:4:6:16:13 chr17 39222129 . A G 334.79 PASS AF=0.239631;AO=52;DP=217;FAO=52;FDP=217;FR=.;FRO=165;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=63;FSRR=102;FWDB=-0.032299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.769;QD=6.17132;RBI=0.0447662;REFB=-0.0195836;REVB=-0.0309965;RO=164;SAF=22;SAR=30;SRF=63;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508518;STB=0.532441;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0704037;OID=.;OPOS=39222129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:164:165:52:52:0.239631:30:22:63:101:30:22:63:102 chr17 39222131 . T G 333.97 PASS AF=0.238532;AO=52;DP=218;FAO=52;FDP=218;FR=.;FRO=166;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=63;FSRR=103;FWDB=-0.0606102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5945;QD=6.12786;RBI=0.0657981;REFB=-0.000767057;REVB=-0.0256084;RO=165;SAF=22;SAR=30;SRF=63;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539736;STB=0.534319;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00151773;OID=.;OPOS=39222131;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:165:166:52:52:0.238532:30:22:63:102:30:22:63:103 chr17 39240504 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00195024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.974;QD=17.0334;RBI=0.0354188;REFB=0.0129363;REVB=-0.0353651;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189746;STB=0.609247;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0114631;OID=.;OPOS=39240504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:5:13:12:10:5:13:12:10 chr17 39240511 . A T 168.71 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.04162;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7614;QD=15.3376;RBI=0.086745;REFB=-0.019454;REVB=-0.0761083;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246564;STB=0.643997;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0264646;OID=.;OPOS=39240511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:4:14:15:11:4:14:15:11 chr17 39240661 . C G 121.55 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0172135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.506;QD=15.1934;RBI=0.0496819;REFB=-0.0165919;REVB=-0.0466046;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35308;STB=0.670813;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0392911;OID=.;OPOS=39240661;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:18:13:14:0.4375:4:9:6:12:5:9:6:12 chr17 39240794 . CA AT 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00971668;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=156.742;QD=10.6977;RBI=0.0630786;REFB=-0.0103952;REVB=-0.0623257;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00740054;STB=0.504419;STBP=0.992;TYPE=mnp;VARB=0.0144617;OID=.;OPOS=39240794;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:19:13:6:9:19:13 chr17 39253815 . G A 187.22 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0403585;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.9993;QD=12.9118;RBI=0.0756755;REFB=-0.0484558;REVB=-0.0640155;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14399;STB=0.515535;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0796418;OID=.;OPOS=39253815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:35:23:23:0.396552:15:8:12:12:15:8:13:22 chr17 39253835 . C T 136.04 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0103258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.863;QD=9.71746;RBI=0.0131251;REFB=-0.00535458;REVB=-0.00810215;RO=37;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272034;STB=0.509793;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0137033;OID=.;OPOS=39253835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:18:18:0.321429:13:5:11:26:13:5:11:27 chr17 39253886 . G C 74.22 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0539149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.27;QD=10.2372;RBI=0.0553419;REFB=-0.0218432;REVB=0.0124862;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981511;STB=0.559872;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0313526;OID=.;OPOS=39253886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:8:2:5:14:8:2:5:14 chr17 39254335 . A AT 1119.67 PASS AF=0.510703;AO=165;DP=331;FAO=167;FDP=327;FR=.;FRO=160;FSAF=90;FSAR=77;FSRF=76;FSRR=84;FWDB=0.0590128;FXX=0.0150598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.0432;QD=13.6963;RBI=0.0910838;REFB=-0.00553377;REVB=0.0693812;RO=164;SAF=89;SAR=76;SRF=77;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636315;STB=0.53131;STBP=0.238;TYPE=ins;VARB=0.00571615;OID=.;OPOS=39254336;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.510703:165:331:167:327:160:90:77:76:84:99:164:89:76:77:87 chr17 39258027 . G A 251.65 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=0.0116827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.5053;QD=12.5823;RBI=0.0510124;REFB=-0.00396901;REVB=-0.0496566;RO=50;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811054;STB=0.546267;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00508204;OID=.;OPOS=39258027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:21:9:12:38:21:9:12:38 chr17 39261949 . TTG CAT,CTG 48.3 PASS AF=0,0.310345;AO=2,8;DP=27;FAO=0,9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=0,3;FSAR=0,6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0828136,-0.132359;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=139.174,41.3874;QD=6.66252;RBI=0.120642,0.137862;REFB=0.0155387,-0.0205473;REVB=-0.0877296,-0.0385608;RO=14;SAF=2,3;SAR=0,5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.521257,-0.204846;STB=0.5,0.710662;STBP=1,0.132;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.113146;OID=.,.;OPOS=39261949,39261949;OREF=TTG,T;OALT=CAT,C;OMAPALT=CAT,CTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:27:29:14:20:2,8:0,9:0,0.310345:0,5:2,3:8:6:0,6:0,3:13:7 chr17 39274069 . G C 272.52 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0411492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2526;QD=12.5297;RBI=0.0458727;REFB=0.00612987;REVB=0.0202744;RO=55;SAF=6;SAR=26;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233269;STB=0.635913;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0121665;OID=.;OPOS=39274069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:26:6:19:36:26:6:19:36 chr17 39274518 . C T 1028.02 PASS AF=0.475336;AO=106;DP=223;FAO=106;FDP=223;FR=.;FRO=117;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=-0.0104462;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.811;QD=18.4399;RBI=0.0429908;REFB=-0.00663796;REVB=0.0417023;RO=117;SAF=48;SAR=58;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245195;STB=0.51352;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0065411;OID=.;OPOS=39274518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:117:117:106:106:0.475336:58:48:50:67:58:48:50:67 chr17 39296158 . G A 33.84 PASS AF=0.0787402;AO=8;DP=129;FAO=10;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=117;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=81;FWDB=-0.0979935;FXX=0.0230751;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.0183;QD=1.06598;RBI=0.115474;REFB=-0.0015533;REVB=-0.0610855;RO=91;SAF=4;SAR=4;SRF=33;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155725;STB=0.591666;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0593635;OID=.;OPOS=39296158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:129:127:91:117:8:10:0.0787402:4:4:33:58:6:4:36:81 chr17 39296167 . A G 37.16 PASS AF=0.0846154;AO=11;DP=131;FAO=11;FDP=130;FR=.;FRO=119;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=80;FWDB=-0.0403378;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.393;QD=1.14347;RBI=0.042844;REFB=-0.00582264;REVB=-0.0144385;RO=119;SAF=5;SAR=6;SRF=39;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152932;STB=0.619396;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0670315;OID=.;OPOS=39296167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:131:130:119:119:11:11:0.0846154:6:5:39:80:6:5:39:80 chr17 39296254 . C T 137.91 PASS AF=0.25641;AO=19;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00942891;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6294;QD=7.07229;RBI=0.00953176;REFB=-0.0273165;REVB=-0.00139647;RO=58;SAF=8;SAR=11;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553382;STB=0.511616;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0552768;OID=.;OPOS=39296254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:19:20:0.25641:11:8:27:31:11:9:27:31 chr17 39305956 . G A 434.26 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0471812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5008;QD=18.2847;RBI=0.0504572;REFB=-0.031527;REVB=0.0178848;RO=47;SAF=16;SAR=28;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101363;STB=0.58099;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0355709;OID=.;OPOS=39305956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:47:51:44:44:0.463158:28:16:22:25:28:16:26:25 chr17 39334133 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4373;QD=54.5172;RBI=0.0765354;REFB=0;REVB=-0.0530488;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00211178;OID=.;OPOS=39334133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr17 39334456 . G A 1956.61 PASS AF=0.949275;AO=128;DP=135;FAO=131;FDP=138;FR=.;FRO=7;FSAF=51;FSAR=80;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.106525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3412;QD=56.7134;RBI=0.12247;REFB=-0.032881;REVB=0.0604262;RO=7;SAF=50;SAR=78;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018594;STB=0.509671;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00184823;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:135:138:7:7:128:131:0.949275:78:50:4:3:80:51:4:3 chr17 39340707 . C T 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.145;QD=63.7517;RBI=0.0590062;REFB=0;REVB=-0.0137306;RO=0;SAF=62;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7524e-05;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:34:62:0:0:34:62:0:0 chr17 39340729 . G A 37.72 PASS AF=0.107527;AO=5;DP=88;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=24;FWDB=-0.0679186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5261;QD=1.62218;RBI=0.0784696;REFB=-0.0381496;REVB=0.0393006;RO=83;SAF=2;SAR=3;SRF=59;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309325;STB=0.883474;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.180021;OID=.;OPOS=39340729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:93:83:83:5:10:0.107527:3:2:59:24:8:2:59:24 chr17 39340812 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000332668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.659;QD=35.5759;RBI=0.0133704;REFB=0;REVB=0.0133662;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024029;OID=.;OPOS=39340812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr17 39340910 . T C 414.94 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579658;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.935;QD=57.2336;RBI=0.0603324;REFB=0;REVB=-0.0167321;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174645;OID=.;OPOS=39340910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr17 39341158 . G A 1381.38 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00490289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.263;QD=61.3947;RBI=0.00521237;REFB=0.0348375;REVB=-0.00176931;RO=1;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869482;STB=0.504503;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000134868;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:1:1:87:89:0.988889:54:33:0:1:55:34:0:1 chr17 39341266 . A G 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0640267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.215;QD=62.6631;RBI=0.0659612;REFB=0;REVB=0.0158573;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225476;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr17 39341293 . AT A,AA 469.71 PASS AF=1,0;AO=10,22;DP=32;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0693427,-0.0938621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=290.993,283.926;QD=58.7141;RBI=0.0771395,0.102601;REFB=0,0;REVB=-0.0337948,-0.0414345;RO=0;SAF=5,5;SAR=5,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.58081e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000372048,0.0208738;OID=.,.;OPOS=39341294,39341294;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:10,22:32:32,0:32:0:10,0:22,0:0:0:4:0:5,5:5,17:0:0 chr17 39341473 . G C 282.75 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0678677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3986;QD=14.8815;RBI=0.0679691;REFB=0.00311054;REVB=-0.0037105;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145886;STB=0.508259;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0022894;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:17:15:20:24:17:15:20:24 chr17 39346139 . A G 161.8 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=-0.0486331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4672;QD=15.7852;RBI=0.0500265;REFB=0.00992203;REVB=-0.0117248;RO=23;SAF=2;SAR=14;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234023;STB=0.63145;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00546724;OID=.;OPOS=39346139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:16:16:0.390244:14:2:1:22:14:2:1:22 chr17 39346518 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.519;QD=58.4196;RBI=0.0191144;REFB=0;REVB=-0.00878056;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55004e-05;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr17 39383335 . C G 1013.86 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.479;QD=57.9349;RBI=0.0316255;REFB=-0.15454;REVB=0.0107273;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00120568;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:1:0:39:30:1:0 chr17 39388852 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8542;QD=43.4861;RBI=0.101357;REFB=0;REVB=0.0868066;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00637354;OID=.;OPOS=39388852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr17 39394674 . A G 729.94 PASS AF=0.483221;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=-0.029712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.851;QD=19.5957;RBI=0.0301284;REFB=-0.00336433;REVB=-0.00499196;RO=77;SAF=44;SAR=28;SRF=52;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642796;STB=0.535448;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00397093;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:77:77:72:72:0.483221:28:44:52:25:28:44:52:25 chr17 39394729 . C A 241.85 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0168764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5461;QD=18.6041;RBI=0.0282786;REFB=-0.0237045;REVB=-0.0226906;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172145;STB=0.596083;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0595855;OID=.;OPOS=39394729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:13:13:18:8:13:13:18:8 chr17 39394755 . C A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0585326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.076;QD=19.134;RBI=0.0591858;REFB=0.0151802;REVB=-0.00876851;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0297701;OID=.;OPOS=39394755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr17 39406409 . C A 970.81 PASS AF=0.419355;AO=104;DP=250;FAO=104;FDP=248;FR=.;FRO=144;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=73;FSRR=71;FWDB=-0.0226821;FXX=0.00799968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5202;QD=15.6582;RBI=0.0521648;REFB=-0.0195889;REVB=0.0469755;RO=144;SAF=52;SAR=52;SRF=73;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00722453;STB=0.504031;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0274024;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:248:144:144:104:104:0.419355:52:52:73:71:52:52:73:71 chr17 39406447 . A G 1077.97 PASS AF=0.434944;AO=117;DP=269;FAO=117;FDP=269;FR=.;FRO=152;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=74;FSRR=78;FWDB=0.0177515;FXX=0.00370357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.791;QD=16.0293;RBI=0.0188666;REFB=-0.00595728;REVB=0.00639004;RO=151;SAF=58;SAR=59;SRF=74;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574123;STB=0.50502;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00862015;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:151:152:117:117:0.434944:59:58:74:77:59:58:74:78 chr17 39406567 . C A 565.63 PASS AF=0.346535;AO=70;DP=202;FAO=70;FDP=202;FR=.;FRO=132;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=69;FWDB=-0.0218085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.217;QD=11.2007;RBI=0.0226189;REFB=-0.00877364;REVB=-0.00600024;RO=132;SAF=34;SAR=36;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966479;STB=0.505521;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0123186;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:132:132:70:70:0.346535:36:34:63:69:36:34:63:69 chr17 39406589 . A G 3262.47 PASS AF=0.995413;AO=212;DP=218;FAO=217;FDP=218;FR=.;FRO=1;FSAF=114;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258952;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.581;QD=59.8619;RBI=0.0303637;REFB=-0.154612;REVB=0.0158555;RO=5;SAF=110;SAR=102;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211575;STB=0.502183;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000431883;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:218:218:5:1:212:217:0.995413:102:110:5:0:103:114:1:0 chr17 39406673 . T G 1484.46 PASS AF=0.539623;AO=143;DP=261;FAO=143;FDP=265;FR=.;FRO=122;FSAF=60;FSAR=83;FSRF=57;FSRR=65;FWDB=0.00900448;FXX=0.00749036;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.615;QD=22.407;RBI=0.00997343;REFB=-0.0110547;REVB=0.00428822;RO=116;SAF=60;SAR=83;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385443;STB=0.522346;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.011605;OID=.;OPOS=39406673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:265:116:122:143:143:0.539623:83:60:54:62:83:60:57:65 chr17 39412372 . G C 410.06 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=45;FWDB=-0.0153291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5118;QD=15.6214;RBI=0.0228697;REFB=-0.0238993;REVB=0.0169718;RO=59;SAF=24;SAR=22;SRF=14;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284362;STB=0.657875;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0213565;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:22:24:14:45:22:24:14:45 chr17 39422677 . C T 1421.2 PASS AF=0.989474;AO=90;DP=93;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0618511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1675;QD=59.84;RBI=0.0619275;REFB=-0.153456;REVB=0.00307589;RO=2;SAF=45;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205972;STB=0.505375;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00191037;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:95:2:1:90:94:0.989474:45:45:2:0:46:48:0:1 chr17 39432562 . A T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0181747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.572;QD=15.2623;RBI=0.0576664;REFB=0.0020339;REVB=0.0547275;RO=16;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298151;STB=0.676607;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00213276;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:2:11:10:6:2:11:10:6 chr17 39458476 . A T 1069.12 PASS AF=0.502326;AO=108;DP=215;FAO=108;FDP=215;FR=.;FRO=107;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=42;FSRR=65;FWDB=0.00396946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.004;QD=19.8907;RBI=0.00690063;REFB=-0.0076456;REVB=-0.00564465;RO=107;SAF=48;SAR=60;SRF=42;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479674;STB=0.526311;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00637278;OID=.;OPOS=39458476;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:107:107:108:108:0.502326:60:48:42:65:60:48:42:65 chr17 39458573 . TGTACAGATGGTTG T 516.24 PASS AF=0.397351;AO=59;DP=156;FAO=60;FDP=151;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=61;FWDB=0.00721599;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=13;MLLD=371.278;QD=13.6752;RBI=0.00751575;REFB=0.00539866;REVB=0.0021014;RO=85;SAF=20;SAR=39;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00256594;STB=0.513569;STBP=0.81;TYPE=del;VARB=-0.00803359;OID=.;OPOS=39458574;OREF=GTACAGATGGTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397351:59:156:60:151:91:21:39:30:61:99:85:20:39:29:56 chr17 39458765 . A G 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0020232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.523;QD=22.8674;RBI=0.0150871;REFB=-0.0291558;REVB=0.0149508;RO=28;SAF=9;SAR=28;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112695;STB=0.562332;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0214429;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:28:9:10:18:28:9:10:18 chr17 39458893 . G A 543.97 PASS AF=0.407895;AO=62;DP=151;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0136456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.97;QD=14.315;RBI=0.0310372;REFB=-0.00485524;REVB=-0.0278766;RO=89;SAF=30;SAR=32;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125652;STB=0.503611;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00584282;OID=.;OPOS=39458893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:89:90:62:62:0.407895:32:30:42:47:32:30:43:47 chr17 39464046 . G C 77.15 PASS AF=0.354839;AO=9;DP=29;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00660018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.448;QD=9.9546;RBI=0.0213053;REFB=-0.0122424;REVB=0.0202572;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22771;STB=0.624061;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0264854;OID=.;OPOS=39464046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:29:31:20:20:9:11:0.354839:4:5:7:13:5:6:7:13 chr17 39464487 . G C 461.45 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.000309232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.2;QD=21.216;RBI=0.0599835;REFB=-0.0303385;REVB=0.0599827;RO=42;SAF=15;SAR=30;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236106;STB=0.513038;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0240125;OID=.;OPOS=39464487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:30:15:13:29:30:15:13:29 chr17 39464736 . C G 252.23 PASS AF=0.453125;AO=27;DP=62;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.058976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7463;QD=15.7644;RBI=0.0597752;REFB=-0.00686147;REVB=0.00974208;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160362;STB=0.5083;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00640715;OID=.;OPOS=39464736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:35:35:27:29:0.453125:15:12:15:20:17:12:15:20 chr17 39465094 . C T 137.88 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00932121;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.838;QD=17.7912;RBI=0.0282699;REFB=0.00117623;REVB=0.026689;RO=14;SAF=14;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480513;STB=0.829049;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00146412;OID=.;OPOS=39465094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:16:15:15:0.483871:1:14:9:5:1:14:9:7 chr17 39465389 . T A 120.33 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0258911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.191;QD=24.0668;RBI=0.0294807;REFB=-0.00418326;REVB=0.0140983;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892086;STB=0.537134;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00204419;OID=.;OPOS=39465389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:7:7:12:13:0.65:7:5:2:5:8:5:2:5 chr17 39471763 . C T 133.68 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00148432;FXX=0.079984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.012;QD=11.6247;RBI=0.00234912;REFB=-0.0275627;REVB=-0.00182076;RO=28;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345215;STB=0.678763;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0306717;OID=.;OPOS=39471763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:28:31:15:15:0.326087:11:4:16:12:11:4:16:15 chr17 39471774 . G A 33.54 PASS AF=0.135135;AO=5;DP=46;FAO=5;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.120348;FXX=0.229119;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8292;QD=3.62641;RBI=0.128238;REFB=-0.00302132;REVB=-0.0442873;RO=18;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122663;STB=0.771591;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.010259;OID=.;OPOS=39471774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:37:18:32:5:5:0.135135:4:1:5:13:4:1:16:16 chr17 39471778 . C T 102.4 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00663732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.372;QD=7.06201;RBI=0.00683419;REFB=-0.0118877;REVB=0.00162854;RO=37;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123825;STB=0.585249;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.028378;OID=.;OPOS=39471778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:58:37:43:15:15:0.258621:10:5:16:21:10:5:19:24 chr17 39471781 . G C 39.44 PASS AF=0.147541;AO=3;DP=53;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0300188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7629;QD=2.58627;RBI=0.0417936;REFB=-0.053712;REVB=-0.0290788;RO=50;SAF=2;SAR=1;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222178;STB=0.626968;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0952482;OID=.;OPOS=39471781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:53:61:50:52:3:9:0.147541:1:2:21:29:4:5:21:31 chr17 39471797 . A AC 45.49 PASS AF=0.153846;AO=13;DP=67;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.121012;FXX=0.0714184;HRUN=0;LEN=1;MLLD=50.0504;QD=2.79927;RBI=0.125327;REFB=-0.0160139;REVB=-0.0326036;RO=52;SAF=1;SAR=12;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.595023;STB=0.86395;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=0.135147;OID=.;OPOS=39471798;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:13:67:10:65:55:1:9:26:29:45:52:1:12:26:26 chr17 39471929 . G A 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00454709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.504;QD=16.1154;RBI=0.0075018;REFB=-0.00666912;REVB=-0.00596666;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900295;STB=0.550978;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00759214;OID=.;OPOS=39471929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:16:13:13:11:16:13 chr17 39503163 . G A 548.41 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=137;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00991263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4623;QD=16.012;RBI=0.035506;REFB=-0.00654688;REVB=0.0340942;RO=78;SAF=24;SAR=35;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701137;STB=0.539264;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00793285;OID=.;OPOS=39503163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:78:59:59:0.430657:35:24:37:41:35:24:37:41 chr17 39535859 . A G 1542.73 PASS AF=0.428941;AO=166;DP=387;FAO=166;FDP=387;FR=.;FRO=221;FSAF=75;FSAR=91;FSRF=118;FSRR=103;FWDB=-0.00447861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.415;QD=15.9455;RBI=0.00672511;REFB=-0.00530527;REVB=-0.00501689;RO=219;SAF=75;SAR=91;SRF=118;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891235;STB=0.546907;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00780196;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:387:219:221:166:166:0.428941:91:75:118:101:91:75:118:103 chr17 39578424 . G T 358.85 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.013702;FXX=0.0258598;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.871;QD=12.7028;RBI=0.0159434;REFB=-0.0155884;REVB=0.00815142;RO=70;SAF=20;SAR=23;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243993;STB=0.513877;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0232767;OID=.;OPOS=39578424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:113:70:70:43:43:0.380531:23:20:31:39:23:20:31:39 chr17 39579059 . G A 176.06 PASS AF=0.25;AO=26;DP=104;FAO=26;FDP=104;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0153079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.055;QD=6.77169;RBI=0.0188043;REFB=-0.00280532;REVB=0.0109211;RO=78;SAF=11;SAR=15;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956099;STB=0.557991;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00659715;OID=.;OPOS=39579059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:78:78:26:26:0.25:15:11:39:39:15:11:39:39 chr17 39579112 . G A 266.37 PASS AF=0.302521;AO=36;DP=121;FAO=36;FDP=119;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0840053;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1839;QD=8.95362;RBI=0.0912715;REFB=-0.0170552;REVB=0.0356875;RO=82;SAF=21;SAR=15;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142256;STB=0.579199;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0414106;OID=.;OPOS=39579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:82:83:36:36:0.302521:15:21:38:44:15:21:39:44 chr17 39580559 . T A 587.47 PASS AF=0.425806;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=0.0156587;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.693;QD=15.1605;RBI=0.0344403;REFB=-0.00342076;REVB=0.0306747;RO=87;SAF=31;SAR=35;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105008;STB=0.550824;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00393571;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:87:89:66:66:0.425806:35:31:32:55:35:31:34:55 chr17 39580562 . T C 610.15 PASS AF=0.42953;AO=63;DP=148;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.00411891;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.58;QD=16.3798;RBI=0.0230824;REFB=-0.00550006;REVB=0.022712;RO=84;SAF=28;SAR=35;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788746;STB=0.544471;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0116271;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:84:85:63:64:0.42953:35:28:31:53:35:29:32:53 chr17 39580660 . T C 303.48 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00814404;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.838;QD=19.5793;RBI=0.0548806;REFB=-0.0121228;REVB=-0.054273;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897984;STB=0.549867;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00833404;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:30:30:32:32:0.516129:17:15:11:19:17:15:11:19 chr17 39593768 . A G 3328.91 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.832;QD=62.2227;RBI=0.0540291;REFB=0;REVB=-0.0462926;RO=0;SAF=88;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29195e-05;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:214:0:0:214:214:1:126:88:0:0:126:88:0:0 chr17 39595484 . G A 119.22 PASS AF=0.129032;AO=28;DP=217;FAO=28;FDP=217;FR=.;FRO=189;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=86;FSRR=103;FWDB=-0.0265338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4756;QD=2.1976;RBI=0.0285657;REFB=-0.0030533;REVB=0.0105811;RO=187;SAF=15;SAR=13;SRF=85;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10221;STB=0.569882;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0300475;OID=.;OPOS=39595484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:187:189:28:28:0.129032:13:15:85:102:13:15:86:103 chr17 39616430 . G T 346.82 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0278467;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.6239;QD=14.9169;RBI=0.0540039;REFB=-0.022432;REVB=0.0462708;RO=54;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576728;STB=0.537615;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0360786;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:54:55:38:38:0.408602:19:19:24:30:19:19:24:31 chr17 39619093 . GT AC 753.32 PASS AF=0.533333;AO=72;DP=136;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.000501273;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.432;QD=22.3205;RBI=0.00163117;REFB=-0.0260343;REVB=-0.00155223;RO=62;SAF=39;SAR=33;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799369;STB=0.500932;STBP=0.981;TYPE=mnp;VARB=0.0195462;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:62:63:72:72:0.533333:33:39:33:29:33:39:34:29 chr17 39619193 . C T 870.42 PASS AF=0.43379;AO=95;DP=220;FAO=95;FDP=219;FR=.;FRO=124;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=-0.00471817;FXX=0.00454525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.75;QD=15.8981;RBI=0.00506146;REFB=-0.000993758;REVB=0.00183229;RO=119;SAF=50;SAR=45;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725175;STB=0.537678;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00152244;OID=.;OPOS=39619193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:119:124:95:95:0.43379:45:50:54:65:45:50:57:67 chr17 39619219 . G A 996.31 PASS AF=0.488038;AO=101;DP=214;FAO=102;FDP=209;FR=.;FRO=107;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.0132778;FXX=0.0279057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.197;QD=19.068;RBI=0.0146784;REFB=-0.00514839;REVB=0.00625747;RO=102;SAF=47;SAR=54;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317461;STB=0.512688;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00623104;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:209:102:107:101:102:0.488038:54:47:51:51:54:48:53:54 chr17 39622068 . G T 3347.68 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584496;FXX=0.00460808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.5526;QD=61.9941;RBI=0.0242535;REFB=-0.0207186;REVB=-0.0235386;RO=1;SAF=95;SAR=121;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89217e-05;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:216:1:0:216:216:1:121:95:1:0:121:95:0:0 chr17 39623363 . T C 574.29 PASS AF=0.418919;AO=61;DP=147;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.0141249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.845;QD=15.5213;RBI=0.0145032;REFB=-0.0237713;REVB=-0.00329079;RO=86;SAF=38;SAR=23;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213245;STB=0.612867;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0289595;OID=.;OPOS=39623363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:86:86:61:62:0.418919:23:38:36:50:24:38:36:50 chr17 39624240 . G C 359.2 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00173137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.895;QD=14.8122;RBI=0.0127268;REFB=0.00443962;REVB=-0.0126085;RO=58;SAF=22;SAR=17;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122022;STB=0.56913;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00545917;OID=.;OPOS=39624240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:17:22:26:32:17:22:26:32 chr17 39624326 . G C 448.48 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0133144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.729;QD=18.6867;RBI=0.0134238;REFB=-0.0259321;REVB=-0.00171029;RO=51;SAF=23;SAR=22;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199303;STB=0.511106;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.028508;OID=.;OPOS=39624326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:22:23:25:26:22:23:25:26 chr17 39633317 . A G 1018.35 PASS AF=1;AO=59;DP=74;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179404;FXX=0.0675584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4749;QD=59.0347;RBI=0.053999;REFB=0;REVB=-0.0509316;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212168;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:69:0:0:59:69:1:32:27:0:0:37:32:0:0 chr17 39633349 . G C 500.76 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00387531;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.21;QD=21.7721;RBI=0.00632225;REFB=-0.011916;REVB=0.00499528;RO=44;SAF=16;SAR=32;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112935;STB=0.562473;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00871984;OID=.;OPOS=39633349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:32:16:20:24:32:16:20:24 chr17 39633354 . C T 380.76 PASS AF=0.431579;AO=38;DP=94;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0110383;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.123;QD=16.0322;RBI=0.0456969;REFB=-0.0059306;REVB=-0.0443437;RO=53;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140241;STB=0.561875;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00541033;OID=.;OPOS=39633354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:53:54:38:41:0.431579:20:18:18:35:23:18:18:36 chr17 39634625 . A G 516.07 PASS AF=0.482759;AO=53;DP=113;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00666903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.437;QD=17.7955;RBI=0.00848776;REFB=-0.030401;REVB=0.00525033;RO=60;SAF=24;SAR=29;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452148;STB=0.5373;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0341626;OID=.;OPOS=39634625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:60:60:53:56:0.482759:29:24:30:30:32:24:30:30 chr17 39637244 . A G 761.85 PASS AF=0.440217;AO=75;DP=183;FAO=81;FDP=184;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=0.00652052;FXX=0.0212755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.57;QD=16.5619;RBI=0.0422399;REFB=-0.0336217;REVB=0.0417336;RO=107;SAF=28;SAR=47;SRF=45;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520753;STB=0.539102;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0406101;OID=.;OPOS=39637244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:107:103:75:81:0.440217:47:28:45:62:51:30:45:58 chr17 39643646 . G A 337.34 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0240741;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.37;QD=16.8668;RBI=0.0265063;REFB=-0.0250288;REVB=-0.0110915;RO=44;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436924;STB=0.524553;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0253252;OID=.;OPOS=39643646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:22:14:19:25:22:14:19:25 chr17 39646021 . A G 1399.8 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509879;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.763;QD=62.9125;RBI=0.0538906;REFB=0;REVB=0.017448;RO=0;SAF=31;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65754e-05;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:58:31:0:0:58:31:0:0 chr17 39659194 . T C 2881.47 PASS AF=0.994624;AO=184;DP=188;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0158684;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.265;QD=61.9672;RBI=0.0185504;REFB=-0.131222;REVB=-0.00960776;RO=2;SAF=107;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122043;STB=0.503184;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=2.64156e-05;OID=.;OPOS=39659194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:188:186:2:1:184:185:0.994624:77:107:0:2:78:107:0:1 chr17 39659913 . G A 1802.02 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.687;QD=61.0853;RBI=0.0408283;REFB=0;REVB=0.0281868;RO=0;SAF=42;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258178;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:76:42:0:0:76:42:0:0 chr17 39661689 . G A 306.08 PASS AF=0.923077;AO=18;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0306433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.119;QD=47.0886;RBI=0.0446953;REFB=-0.0492183;REVB=0.0325371;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0035771;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:0:2:18:24:0.923077:11:7:0:0:12:12:1:1 chr17 39670912 . G C 2086.5 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0715187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3424;QD=61.8222;RBI=0.071804;REFB=0.00444208;REVB=-0.00639415;RO=1;SAF=11;SAR=123;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038496;STB=0.502024;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.000558643;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:123:11:0:1:123:11:0:1 chr17 39673366 . C G 346.51 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0158369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.735;QD=19.5215;RBI=0.0169547;REFB=0.00435281;REVB=-0.00605426;RO=35;SAF=9;SAR=26;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512813;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00641874;OID=.;OPOS=39673366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:35:35:36:0.507042:26:9:9:26:26:10:9:26 chr17 39674641 . T C 2841.54 PASS AF=0.983871;AO=183;DP=187;FAO=183;FDP=186;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=102;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00517079;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.732;QD=61.1083;RBI=0.0136201;REFB=-0.0346082;REVB=-0.0126003;RO=3;SAF=81;SAR=102;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173034;STB=0.50909;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000960753;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:187:186:3:3:183:183:0.983871:102:81:3:0:102:81:3:0 chr17 39681475 . A G 1647.19 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514203;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.157;QD=59.8978;RBI=0.0288692;REFB=0;REVB=-0.0284076;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147873;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:108:110:1:62:46:0:0:62:48:0:0 chr17 39684319 . AGG ACG,AG,AGC,CAG 754.15 PASS AF=0.02,0,0.98,0;AO=2,9,36,2;DP=50;FAO=1,0,49,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,22,0;FSAR=1,0,27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376964,-0.0858271,0.0413927,-0.0599143;FXX=0;HRUN=2,2,2,1;LEN=1,1,1,2;MLLD=110.827,26.4388,35.8072,22.4442;QD=60.3319;RBI=0.0385982,0.0950264,0.101737,0.0660709;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0082945,0.0407888,0.0929356,-0.0278504;RO=0;SAF=1,4,16,0;SAR=1,5,20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.294462,0,0;SSSB=0,0,3.9376e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,mnp;VARB=0.101801,0.0133511,0.00783639,0;OID=.,.,.,.;OPOS=39684320,39684320,39684321,39684319;OREF=G,G,G,AG;OALT=C,-,C,CA;OMAPALT=ACG,AG,AGC,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:5:50:50:0:0:2,9,36,2:1,0,49,0:0.02,0,0.98,0:1,5,20,2:1,4,16,0:0:0:1,0,27,0:0,0,22,0:0:0 chr17 39684410 . G A 767.32 PASS AF=1;AO=45;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123942;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4345;QD=56.8382;RBI=0.135314;REFB=0;REVB=-0.0542966;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169952;OID=.;OPOS=39684410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:45:54:1:24:21:0:0:25:29:0:0 chr17 39723990 . T A 364.55 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.074646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4135;QD=52.0788;RBI=0.0754012;REFB=-0.153489;REVB=-0.0106451;RO=1;SAF=3;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131832;STB=0.57137;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00193526;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:24:3:1:0:24:3:1:0 chr17 39727816 . T G 739.98 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9348;QD=56.9213;RBI=0.0874041;REFB=0;REVB=0.0136406;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551949;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr17 39728050 . G A 727.68 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7205;QD=63.2768;RBI=0.0501206;REFB=0;REVB=-0.0501206;RO=0;SAF=0;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000492842;OID=.;OPOS=39728050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:46:0:0:0:46:0:0:0 chr17 39742718 . A G 1952.23 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.751;QD=61.9756;RBI=0.0280942;REFB=0;REVB=-0.0159043;RO=0;SAF=45;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.76837e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.6632e-05;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:81:45:0:0:81:45:0:0 chr17 39742894 . G A,C 656.25 PASS AF=0.906977,0.0930233;AO=40,3;DP=43;FAO=39,4;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=25,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015328,0.0592055;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=217.696,183.376;QD=61.0464;RBI=0.0172179,0.0595439;REFB=0,0;REVB=0.00784263,0.0063391;RO=0;SAF=15,0;SAR=25,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00175551,-0.00584983;OID=.,.;OPOS=39742894,39742894;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:43:43:0:0:40,3:39,4:0.906977,0.0930233:25,3:15,0:0:0:25,3:14,1:0:0 chr17 39742898 . GC AT 639.59 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211083;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.502;QD=62.3985;RBI=0.029695;REFB=0;REVB=0.0208862;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.7708e-05;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr17 39743081 . G A 3973.84 PASS AF=1;AO=248;DP=248;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.524;QD=64.0942;RBI=0.0606269;REFB=0;REVB=0.0422943;RO=0;SAF=92;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71515e-05;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:248:248:0:0:248:248:1:156:92:0:0:156:92:0:0 chr17 39766503 . AA AG,GA 660.33 PASS AF=0.929825,0.0350877;AO=32,2;DP=55;FAO=53,2;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=27,2;FSAR=26,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.15162,-0.0965574;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=27.7214,107.055;QD=46.3392;RBI=0.152899,0.0982386;REFB=0.0608508,-0.0296847;REVB=0.0197318,-0.0180968;RO=0;SAF=8,2;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.51785,0.5;STBP=0.228,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0111583,0.145256;OID=.,.;OPOS=39766504,39766503;OREF=A,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:57:0:2:32,2:53,2:0.929825,0.0350877:24,0:8,2:0:0:26,0:27,2:2:0 chr17 39766611 . G A 92.55 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0294672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.017;QD=10.0053;RBI=0.0388341;REFB=-0.0184879;REVB=-0.0252938;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993944;STB=0.576791;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0356115;OID=.;OPOS=39766611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:36:37:24:25:12:12:0.324324:8:4:10:14:8:4:11:14 chr17 39767744 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1442;QD=58.5874;RBI=0.0525422;REFB=0;REVB=-0.0489714;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034454;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr17 39786864 . CG C,CA 1618.91 PASS AF=0.0625,0.928571;AO=45,63;DP=112;FAO=7,104;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=7,54;FSAR=0,50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.112107,0.119776;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.893,148.312;QD=57.8182;RBI=0.112256,0.120407;REFB=-0.144095,-0.144332;REVB=-0.00577309,-0.0123072;RO=1;SAF=45,13;SAR=0,50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0349353;STB=0.5,0.504586;STBP=1,0.486;TYPE=del,snp;VARB=-0.0362514,0.00275637;OID=.,.;OPOS=39786865,39786865;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.928571:45,63:112:7,104:112:1:7,54:0,50:1:0:10:1:45,13:0,50:1:0 chr17 39795623 . T C 887.94 PASS AF=0.54375;AO=87;DP=160;FAO=87;FDP=160;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=22;FSRR=51;FWDB=-0.0040457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.489;QD=22.1984;RBI=0.00950596;REFB=-0.0208766;REVB=0.00860207;RO=72;SAF=37;SAR=50;SRF=21;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115772;STB=0.558832;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0154087;OID=.;OPOS=39795623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:72:73:87:87:0.54375:50:37:21:51:50:37:22:51 chr17 39871700 . G A 1624.36 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.951;QD=60.1614;RBI=0.0534658;REFB=0;REVB=0.0354059;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253924;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:55:53:0:0:55:53:0:0 chr17 39874267 . T A 2182.33 PASS AF=0.985714;AO=135;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896365;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.993;QD=62.3521;RBI=0.0285982;REFB=0;REVB=0.0271572;RO=0;SAF=66;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188305;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:140:140:0:0:135:138:0.985714:69:66:0:0:72:66:0:0 chr17 39874283 . T A 2123.72 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00680547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0605;QD=62.0064;RBI=0.0274062;REFB=-0.0582724;REVB=-0.0265478;RO=1;SAF=65;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725767;STB=0.503816;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000432804;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:71:65:1:0:71:65:1:0 chr17 39879729 . CAGA C,CAGC,CAGG 753.56 PASS AF=0.839286,0.107143,0.0535714;AO=43,6,5;DP=56;FAO=47,6,3;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0,1;FSAR=8,6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159364,-0.0363716,-0.0982474;FXX=0.0175408;HRUN=1,2,2;LEN=3,1,1;MLLD=248.408,63.0245,46.3686;QD=53.8257;RBI=0.0502773,0.0518947,0.126126;REFB=0,0,0;REVB=-0.0476848,-0.0370157,-0.0790902;RO=0;SAF=35,0,2;SAR=8,6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.54187e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00332406,0.00839405,0.0598256;OID=.,.,.;OPOS=39879730,39879732,39879732;OREF=AGA,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CAGC,CAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.839286,0.107143,0.0535714:43,6,5:56:47,6,3:56:0:39,0,1:8,6,2:0:0:29:0:35,0,2:8,6,3:0:0 chr17 39880340 . A C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.258;QD=58.6005;RBI=0.0380891;REFB=0;REVB=0.0246565;RO=0;SAF=45;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79144e-05;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:19:45:0:0:19:45:0:0 chr17 39880545 . C T 2385.86 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.607;QD=61.1759;RBI=0.0296076;REFB=0;REVB=0.0118404;RO=0;SAF=58;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57328e-05;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:98:58:0:0:98:58:0:0 chr17 39880573 . G A 1422.97 PASS AF=0.970874;AO=93;DP=99;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0843858;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.744;QD=55.261;RBI=0.0845469;REFB=0.0937152;REVB=0.00521607;RO=3;SAF=15;SAR=78;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178856;STB=0.509315;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00016922;OID=.;OPOS=39880573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:99:103:3:3:93:100:0.970874:78:15:0:3:79:21:0:3 chr17 39881289 . G C 1901.85 PASS AF=0.977099;AO=125;DP=131;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0158355;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.15;QD=58.0717;RBI=0.0161106;REFB=-0.0592385;REVB=0.00296422;RO=5;SAF=70;SAR=55;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412518;STB=0.512603;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000766482;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:131:131:5:3:125:128:0.977099:55:70:0:5:58:70:0:3 chr17 39883350 . G A 2496.25 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148918;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.265;QD=61.6357;RBI=0.0338361;REFB=0;REVB=0.0303828;RO=0;SAF=68;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17469e-05;OID=.;OPOS=39883350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:162:0:0:162:162:1:94:68:0:0:94:68:0:0 chr17 39883559 . G A 676.89 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00353583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.038;QD=60.1677;RBI=0.0652623;REFB=-0.144709;REVB=0.0651664;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0013012;OID=.;OPOS=39883559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:25:19:0:0:25:19:0:1 chr17 39883595 . T C,G 901.76 PASS AF=0.938462,0.0615385;AO=55,5;DP=61;FAO=61,4;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31,2;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012851,0.00886115;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.076,178.809;QD=55.493;RBI=0.0229013,0.0168384;REFB=0,0;REVB=0.0189557,0.0143182;RO=0;SAF=29,2;SAR=26,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.40922e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00385378,-0.0236524;OID=.,.;OPOS=39883595,39883595;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:61:65:0:0:55,5:61,4:0.938462,0.0615385:26,3:29,2:0:0:30,2:31,2:0:0 chr17 39884091 . G C 1287.34 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.555;QD=60.5805;RBI=0.0195054;REFB=-0.0644244;REVB=0.0154162;RO=1;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104104;STB=0.505493;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=8.30148e-05;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:45:39:0:1:45:39:0:1 chr17 39884583 . G A 2030.69 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=136;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0525121;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4912;QD=60.1686;RBI=0.0936092;REFB=-0.159969;REVB=0.0774931;RO=2;SAF=69;SAR=63;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148478;STB=0.511626;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00430169;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:136:135:2:3:132:132:0.977778:63:69:0:2:63:69:0:3 chr17 39886379 . A AAG,G 56.62 PASS AF=0.583333,0;AO=6,4;DP=11;FAO=7,0;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2,0;FSAR=5,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0466783,-0.0564963;FXX=0.199867;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=160.175,164.244;QD=18.8734;RBI=0.0500002,0.0598263;REFB=-0.158204,-0.161649;REVB=-0.0179207,0.0196815;RO=1;SAF=2,3;SAR=4,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0962265,0.272709;STB=0.713672,0.5;STBP=0.139,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0465867,0;OID=.,.;OPOS=39886380,39886379;OREF=-,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:11:12:1:5:6,4:7,0:0.583333,0:4,1:2,3:0:1:5,0:2,0:4:1 chr17 39890715 . A T 3247.11 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278882;FXX=0.0140838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.302;QD=61.8498;RBI=0.0357852;REFB=0;REVB=0.0224238;RO=0;SAF=92;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260306;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:210:0:0:207:210:1:115:92:0:0:115:95:0:0 chr17 39890876 . T C 272.47 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.927;QD=51.8988;RBI=0.139514;REFB=0;REVB=-0.0433154;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00485243;OID=.;OPOS=39890876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr17 39912145 . T A 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0155383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.704;QD=12.5788;RBI=0.0156101;REFB=0.00454338;REVB=0.00149533;RO=31;SAF=15;SAR=2;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.573457;STB=0.842247;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0124024;OID=.;OPOS=39912145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:2:15:13:18:2:15:13:18 chr17 39925925 . A G 2011.7 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321186;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.263;QD=62.3783;RBI=0.0360237;REFB=0;REVB=0.0163126;RO=0;SAF=50;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.168e-05;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:79:50:0:0:79:50:0:0 chr17 39959189 . C G 1365.67 PASS AF=1;AO=74;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.741;QD=62.0757;RBI=0.0367276;REFB=0;REVB=0.0358484;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070411;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:74:88:1:31:43:0:0:39:49:0:0 chr17 39964244 . C T 668.3 PASS AF=0.418079;AO=73;DP=178;FAO=74;FDP=177;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=0.0763354;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.665;QD=15.1028;RBI=0.0767362;REFB=-0.0173613;REVB=0.00783254;RO=101;SAF=37;SAR=36;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597323;STB=0.542361;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0145598;OID=.;OPOS=39964244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:101:103:73:74:0.418079:36:37:57:44:37:37:59:44 chr17 39967442 . T C 497.74 PASS AF=0.571429;AO=46;DP=83;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00441323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.575;QD=23.7018;RBI=0.00441435;REFB=-0.00392202;REVB=9.96234e-05;RO=35;SAF=22;SAR=24;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207439;STB=0.603407;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00308354;OID=.;OPOS=39967442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:35:36:46:48:0.571429:24:22:26:9:25:23:26:10 chr17 39983808 . G C 1555.18 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050917;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2439;QD=59.8146;RBI=0.0524689;REFB=0;REVB=0.0126668;RO=0;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53241e-05;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:62:41:0:0:63:41:0:0 chr17 39983820 . G A 1571.95 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138617;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.731;QD=64.1612;RBI=0.0159968;REFB=0;REVB=0.00798437;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7089e-05;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chr17 39983849 . G C 1175.7 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550701;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2453;QD=61.0752;RBI=0.0656231;REFB=0;REVB=0.0356885;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111922;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr17 39987130 . T C 1480.01 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00156203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8754;QD=58.6145;RBI=0.0303135;REFB=-0.0608863;REVB=0.0302732;RO=1;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810947;STB=0.504273;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0081032;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:58:42:0:1:58:42:0:1 chr17 39991867 . A ATATC 1713.09 PASS AF=0.991379;AO=108;DP=124;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00667404;FXX=0.0333306;HRUN=0;LEN=4;MLLD=331.379;QD=59.0721;RBI=0.00730548;REFB=-0.0393473;REVB=-0.00297106;RO=7;SAF=58;SAR=50;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372255;STB=0.503875;STBP=0.518;TYPE=ins;VARB=4.81759e-05;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991379:108:124:115:116:1:64:51:1:0:5:7:58:50:6:1 chr17 39998141 . C T 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.86;QD=61.2125;RBI=0.00913431;REFB=0;REVB=0.00556174;RO=0;SAF=25;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35347e-05;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:54:25:0:0:54:25:0:0 chr17 40010979 . G A 1052.01 PASS AF=0.986111;AO=66;DP=67;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.007;QD=58.445;RBI=0.0229165;REFB=-0.137698;REVB=0.0182107;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160134;STB=0.507244;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00024371;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:72:1:1:66:71:0.986111:29:37:0:1:34:37:0:1 chr17 40048613 . A G 1914.97 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.387;QD=61.7733;RBI=0.0277674;REFB=0;REVB=0.0234601;RO=0;SAF=49;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77747e-06;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:75:49:0:0:75:49:0:0 chr17 40125864 . G A 624.98 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00647536;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.275;QD=59.5223;RBI=0.00953643;REFB=0.00959892;REVB=-0.00700094;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.510199;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000130478;OID=.;OPOS=40125864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:0:1:41:41:0.97619:24:17:0:0:24:17:0:1 chr17 40146970 . G A 519.54 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.725;QD=59.3763;RBI=0.0555984;REFB=0;REVB=-0.0554421;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376997;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:21:14:0:0 chr17 40173851 . A C 766.34 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.412;QD=63.8617;RBI=0.0539061;REFB=0;REVB=0.0443494;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136048;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr17 40322252 . T C 2569.56 PASS AF=0.994048;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00986231;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8477;QD=61.18;RBI=0.0230592;REFB=-0.0459186;REVB=-0.0208438;RO=1;SAF=91;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630305;STB=0.503268;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-6.70899e-05;OID=.;OPOS=40322252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:168:1:1:166:167:0.994048:75:91:0:1:76:91:0:1 chr17 40459562 . A G 584.94 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00641684;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.248;QD=17.7255;RBI=0.00967167;REFB=-0.032279;REVB=0.00723639;RO=72;SAF=22;SAR=39;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113351;STB=0.55872;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0399406;OID=.;OPOS=40459562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:72:71:61:61:0.462121:39:22:34:38:39:22:33:38 chr17 40459737 . C T 103.26 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0224368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.949;QD=9.83399;RBI=0.0234494;REFB=-0.00155071;REVB=0.00681647;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488446;STB=0.529367;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00677479;OID=.;OPOS=40459737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:5:8:19:10:5:8:19:10 chr17 40475650 . G A,GA 251.88 PASS AF=0,0.515152;AO=3,27;DP=73;FAO=0,34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=0,22;FSAR=0,12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.000473581,-0.0366783;FXX=0.043472;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=23.3559,15.4065;QD=15.2656;RBI=0.0526459,0.12686;REFB=0.00503694,0.0310491;REVB=0.0526437,0.121442;RO=43;SAF=2,19;SAR=1,8;SRF=13;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.347256,0.417364;STB=0.5,0.660684;STBP=1,0.013;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0190012;OID=.,.;OPOS=40475650,40475651;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:73:66:43:32:3,27:0,34:0,0.515152:1,8:2,19:13:30:0,12:0,22:10:22 chr17 40689455 . T C 2256.68 PASS AF=0.993377;AO=145;DP=147;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0529477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8255;QD=59.7796;RBI=0.0793918;REFB=-0.0741264;REVB=0.0591574;RO=1;SAF=79;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715104;STB=0.503597;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00119221;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:147:151:1:1:145:150:0.993377:66:79:0:1:69:81:0:1 chr17 40696233 . C G 1090.96 PASS AF=1;AO=74;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.202402;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.4765;QD=53.2174;RBI=0.213537;REFB=-0.152909;REVB=0.0680543;RO=3;SAF=30;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0250234;OID=.;OPOS=40696233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:3:0:74:82:1:44:30:3:0:44:38:0:0 chr17 40699291 . G A 1369.27 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.013;QD=62.2395;RBI=0.065228;REFB=0;REVB=0.064037;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018079;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:48:38:0:0:50:38:0:0 chr17 40699332 . T C 1901.61 PASS AF=1;AO=121;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110418;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.484;QD=61.3422;RBI=0.0293644;REFB=0;REVB=0.0272093;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127478;OID=.;OPOS=40699332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:121:124:1:66:55:0:0:69:55:0:0 chr17 40705100 . C T 371.65 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00488542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.994;QD=22.8708;RBI=0.00745965;REFB=-0.0329146;REVB=0.00563729;RO=27;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109598;STB=0.551839;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.023528;OID=.;OPOS=40705100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:28:37:37:0.569231:19:18:17:10:19:18:17:11 chr17 40706906 . G A 510.9 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.012389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.024;QD=21.2876;RBI=0.0123904;REFB=-0.0343565;REVB=-0.000188012;RO=47;SAF=19;SAR=30;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111299;STB=0.561577;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0351853;OID=.;OPOS=40706906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:30:19:24:23:30:19:24:23 chr17 40714804 . C A 275.29 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.020273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5175;QD=25.6079;RBI=0.0332668;REFB=-0.02613;REVB=0.0263759;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100354;STB=0.564804;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0106521;OID=.;OPOS=40714804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:18:24:25:0.581395:16:8:4:14:16:9:4:14 chr17 40716520 . A G 512.35 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.00928779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.644;QD=18.6309;RBI=0.0138648;REFB=-0.0162787;REVB=-0.0102942;RO=55;SAF=11;SAR=43;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134046;STB=0.571671;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.019149;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:56:54:54:0.490909:43:11:17:38:43:11:17:39 chr17 40722029 . A G 377.34 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00643739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.898;QD=13.9754;RBI=0.0208036;REFB=-0.00136084;REVB=-0.0197825;RO=64;SAF=21;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023855;STB=0.513473;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00200407;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:44:44:0.407407:23:21:32:32:23:21:32:32 chr17 40725379 . A T 464.12 PASS AF=0.410853;AO=50;DP=126;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0164244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.231;QD=14.3914;RBI=0.0171055;REFB=-0.0188616;REVB=-0.00477889;RO=75;SAF=29;SAR=21;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050365;STB=0.546745;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0258533;OID=.;OPOS=40725379;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:75:76:50:53:0.410853:21:29:40:35:21:32:40:36 chr17 40731597 . T A 735.02 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=149;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.000468128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.996;QD=19.4706;RBI=0.0123705;REFB=-0.0196823;REVB=-0.0123616;RO=74;SAF=33;SAR=42;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821517;STB=0.536867;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0106859;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:74:76:75:75:0.496689:42:33:26:48:42:33:28:48 chr17 40766546 . C G 61.01 PASS AF=0.243243;AO=10;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0220977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.242;QD=6.59533;RBI=0.0230661;REFB=-0.00902606;REVB=0.00661348;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376501;STB=0.803955;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0217193;OID=.;OPOS=40766546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:27:28:10:9:0.243243:7:3:17:10:7:2:18:10 chr17 40811919 . A G 132.45 PASS AF=0.235294;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0345844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8624;QD=6.23285;RBI=0.047459;REFB=-0.00291012;REVB=-0.0325004;RO=64;SAF=13;SAR=7;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243634;STB=0.644483;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00921069;OID=.;OPOS=40811919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:64:65:20:20:0.235294:7:13:29:35:7:13:30:35 chr17 40818451 . G A 318.01 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00438112;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1984;QD=23.1277;RBI=0.0238725;REFB=-0.0450264;REVB=0.023467;RO=23;SAF=8;SAR=23;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12454;STB=0.572985;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0248276;OID=.;OPOS=40818451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:23:31:32:0.581818:23:8:9:14:24:8:9:14 chr17 40818699 . A G 782.85 PASS AF=0.517241;AO=74;DP=143;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=49;FWDB=0.00586836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.082;QD=21.5958;RBI=0.0673616;REFB=-0.0172559;REVB=-0.0671055;RO=69;SAF=36;SAR=38;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161358;STB=0.587624;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0128153;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:69:70:74:75:0.517241:38:36:21:48:39:36:21:49 chr17 40822678 . C T 475.13 PASS AF=0.327869;AO=60;DP=183;FAO=60;FDP=183;FR=.;FRO=123;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=0.002287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.501;QD=10.3854;RBI=0.00801479;REFB=0.00321346;REVB=0.00768157;RO=123;SAF=30;SAR=30;SRF=66;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426947;STB=0.524582;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00654692;OID=.;OPOS=40822678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:123:123:60:60:0.327869:30:30:66:57:30:30:66:57 chr17 40835922 . A C 2596.69 PASS AF=0.551253;AO=242;DP=439;FAO=242;FDP=439;FR=.;FRO=197;FSAF=102;FSAR=140;FSRF=93;FSRR=104;FWDB=-0.0263453;FXX=0.00227268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4459;QD=23.66;RBI=0.0533739;REFB=-0.0163912;REVB=-0.0464187;RO=195;SAF=102;SAR=140;SRF=92;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420853;STB=0.523107;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0144727;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:439:439:195:197:242:242:0.551253:140:102:92:103:140:102:93:104 chr17 40850635 . GTTT GTTG,GTT 890.98 PASS AF=0.031746,0.968254;AO=9,81;DP=190;FAO=6,183;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=6,160;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611128,0.251325;FXX=0.0104707;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=150.855,6.85888;QD=18.8567;RBI=0.0947171,0.940134;REFB=0,0;REVB=0.072364,0.905918;RO=68;SAF=9,81;SAR=0,0;SRF=46;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.593924,0.862277;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.162764,0.0160458;OID=.,.;OPOS=40850638,40850636;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTTG,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.031746,0.968254:9,81:190:6,183:189:0:6,160:0,23:0:0:8:68:9,81:0,0:46:22 chr17 40854534 . G GT 391.9 PASS AF=0.480315;AO=46;DP=133;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0375863;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.9581;QD=12.3431;RBI=0.102161;REFB=-0.00665491;REVB=0.0949951;RO=87;SAF=28;SAR=18;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14487;STB=0.519373;STBP=0.682;TYPE=ins;VARB=0.0098813;OID=.;OPOS=40854535;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480315:46:133:61:127:66:31:30:36:30:99:87:28:18:42:45 chr17 40854536 . G T 43.99 PASS AF=0.0977444;AO=12;DP=125;FAO=13;FDP=133;FR=.;FRO=120;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=54;FWDB=-0.011063;FXX=0.00746213;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1253;QD=1.32295;RBI=0.0221322;REFB=-0.0112389;REVB=0.0191689;RO=113;SAF=1;SAR=11;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56062;STB=0.923491;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.119403;OID=.;OPOS=40854536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:125:133:113:120:12:13:0.0977444:11:1:65:48:12:1:66:54 chr17 40926695 . A T 1015.61 PASS AF=0.518519;AO=95;DP=186;FAO=98;FDP=189;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.016196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.523;QD=21.4944;RBI=0.0376285;REFB=-0.0176423;REVB=0.0339646;RO=90;SAF=47;SAR=48;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834808;STB=0.554635;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.017146;OID=.;OPOS=40926695;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:189:90:91:95:98:0.518519:48:47:53:37:51:47:54:37 chr17 41116234 . G A 972.67 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.616;QD=58.9497;RBI=0.00713241;REFB=0;REVB=-0.00567932;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21587e-05;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr17 41121208 . GGGC G,GG,GGG,GGGG,TGGG 1082.71 PASS AF=0.0410959,0.39726,0.410959,0.150685,0;AO=12,21,18,23,3;DP=78;FAO=3,29,30,11,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,13,7,0;FSAR=3,21,17,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013032,-0.00337049,-0.00498216,-0.0051628,0.00734531;FXX=0.0640943;HRUN=5,5,1,1,5;LEN=3,2,1,1,4;MLLD=205.173,211.014,211.793,208.774,33.8288;QD=59.3264;RBI=0.0694128,0.0673309,0.0643153,0.0614576,0.068603;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.0694005,0.0672465,0.0641221,0.0612404,0.0682087;RO=0;SAF=1,4,11,12,1;SAR=11,17,7,11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-3.23983e-08,4.45803e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp,mnp;VARB=0.00712759,0.000758026,0.00423265,-0.000770044,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=41121209,41121210,41121211,41121211,41121208;OREF=GGC,GC,C,C,GGGC;OALT=-,-,-,G,TGGG;OMAPALT=G,GG,GGG,GGGG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:28:78:73:0:0:12,21,18,23,3:3,29,30,11,0:0.0410959,0.39726,0.410959,0.150685,0:11,17,7,11,2:1,4,11,12,1:0:0:3,21,17,4,0:0,8,13,7,0:0:0 chr17 41121216 . G A 100.98 PASS AF=0.2125;AO=16;DP=80;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00315213;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=104.309;QD=5.0492;RBI=0.00604762;REFB=-0.0325498;REVB=-0.00516117;RO=61;SAF=4;SAR=12;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224222;STB=0.660812;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00783828;OID=.;OPOS=41121216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:61:63:16:17:0.2125:12:4:25:36:13:4:26:37 chr17 41121217 . G A 590.84 PASS AF=0.658228;AO=52;DP=79;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0133133;FXX=0.0124984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=243.175;QD=29.9157;RBI=0.0134524;REFB=-0.0108509;REVB=-0.00192922;RO=27;SAF=17;SAR=35;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106024;STB=0.557598;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00352494;OID=.;OPOS=41121217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:27:27:52:52:0.658228:35:17:13:14:35:17:13:14 chr17 41133071 . T C 2841.95 PASS AF=0.994536;AO=177;DP=182;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00277886;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.248;QD=62.1191;RBI=0.00898341;REFB=0.051594;REVB=-0.00854281;RO=1;SAF=68;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434766;STB=0.502222;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-7.16695e-05;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:183:1:1:177:182:0.994536:109:68:0:1:112:70:0:1 chr17 41165493 . A G 1489.27 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396409;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.791;QD=59.5707;RBI=0.0396733;REFB=0;REVB=-0.00160246;RO=0;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3247e-05;OID=.;OPOS=41165493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:97:100:1:39:58:0:0:41:59:0:0 chr17 41165878 . C T 936.49 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140606;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2032;QD=57.6303;RBI=0.031108;REFB=0;REVB=0.027749;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151144;OID=.;OPOS=41165878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:46:17:0:0:48:17:0:0 chr17 41174025 . A C 699.41 PASS AF=0.474359;AO=74;DP=157;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.0408399;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.249;QD=17.9337;RBI=0.0540849;REFB=-0.0175703;REVB=-0.0354581;RO=81;SAF=47;SAR=27;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180873;STB=0.514277;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0236776;OID=.;OPOS=41174025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:81:82:74:74:0.474359:27:47:50:31:27:47:50:32 chr17 41196408 . G A 314.19 PASS AF=0.351351;AO=38;DP=115;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=-0.00676297;FXX=0.059317;HRUN=7;LEN=1;MLLD=153.377;QD=11.3221;RBI=0.0313986;REFB=-0.012158;REVB=-0.0306616;RO=46;SAF=22;SAR=16;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263393;STB=0.663288;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0344559;OID=.;OPOS=41196408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:111:46:72:38:39:0.351351:16:22:14:32:17:22:22:50 chr17 41223094 . T C 845.83 PASS AF=0.47541;AO=85;DP=181;FAO=87;FDP=183;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.0119993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.569;QD=18.4881;RBI=0.0147723;REFB=-0.0240481;REVB=0.0086161;RO=95;SAF=38;SAR=47;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155102;STB=0.505326;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.024446;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:183:95:96:85:87:0.47541:47:38:44:51:48:39:44:52 chr17 41234470 . A G 885.79 PASS AF=0.497207;AO=89;DP=179;FAO=89;FDP=179;FR=.;FRO=90;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.00972303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.107;QD=19.7942;RBI=0.0190011;REFB=-0.00882585;REVB=0.016325;RO=88;SAF=46;SAR=43;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117753;STB=0.558575;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0097137;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:88:90:89:89:0.497207:43:46:34:54:43:46:36:54 chr17 41244000 . T C 588.5 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00575103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.476;QD=23.3071;RBI=0.00593017;REFB=-0.0175204;REVB=-0.00144659;RO=44;SAF=23;SAR=34;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232779;STB=0.512742;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0158687;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:44:57:57:0.564356:34:23:19:25:34:23:19:25 chr17 41244435 . T C 219.81 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0369768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4253;QD=11.8817;RBI=0.048897;REFB=-0.00470215;REVB=0.0319943;RO=45;SAF=7;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272918;STB=0.673046;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0100671;OID=.;OPOS=41244435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:47:27:27:0.364865:20:7:22:23:20:7:24:23 chr17 41244936 . G A 200.13 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0030453;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.95;QD=15.1038;RBI=0.00673173;REFB=-0.0022197;REVB=0.00600353;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238839;STB=0.636555;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00372258;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:30:23:23:0.433962:7:16:14:16:7:16:14:16 chr17 41245237 . A G 390.35 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0172688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0209;QD=19.0414;RBI=0.0307161;REFB=0.03328;REVB=0.0254021;RO=42;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133077;STB=0.573992;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0230233;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:18:22:17:25:18:22:17:25 chr17 41245466 . G A 360.69 PASS AF=0.363636;AO=44;DP=121;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.00443806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7956;QD=11.9236;RBI=0.0464267;REFB=-0.0010517;REVB=0.046214;RO=75;SAF=29;SAR=15;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217231;STB=0.616967;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00214755;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:75:77:44:44:0.363636:15:29:35:40:15:29:37:40 chr17 41246753 . A G 352.66 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0255038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.601;QD=21.0541;RBI=0.0320936;REFB=-0.0152182;REVB=0.0194822;RO=31;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040458;STB=0.522376;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.013224;OID=.;OPOS=41246753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:18:18:17:14:18:18:17:14 chr17 41267807 . AG A 44.25 PASS AF=0.421053;AO=14;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0215819;FXX=0.0256345;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.20032;QD=4.65803;RBI=0.0721634;REFB=-0.15188;REVB=-0.0688605;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045221;STB=0.520807;STBP=0.853;TYPE=del;VARB=0.139945;OID=.;OPOS=41267808;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:14:37:16:38:22:6:10:9:13:44:19:6:8:9:10 chr17 41277187 . G C 105.53 PASS AF=0.35;AO=9;DP=35;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0508283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.77;QD=10.5528;RBI=0.0508301;REFB=-0.0112189;REVB=0.000421771;RO=24;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334256;STB=0.549925;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0281107;OID=.;OPOS=41277187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:40:24:26:9:14:0.35:8:1:7:17:11:3:7:19 chr17 41291953 . C G 436.53 PASS AF=0.52381;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.000171076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6702;QD=20.787;RBI=0.0685659;REFB=-0.0123704;REVB=-0.0685657;RO=40;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00571586;STB=0.507809;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.015517;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:43:44:0.52381:18:25:23:17:18:26:23:17 chr17 41330024 . T C 343.02 PASS AF=0.338583;AO=43;DP=128;FAO=43;FDP=127;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.0165462;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2786;QD=10.8038;RBI=0.0286107;REFB=-0.00555728;REVB=0.0233408;RO=84;SAF=18;SAR=25;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532442;STB=0.530712;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0109867;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:84:84:43:43:0.338583:25:18:39:45:25:18:39:45 chr17 41331460 . G A 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0368766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.583;QD=12.869;RBI=0.0431771;REFB=-0.00236755;REVB=-0.0224584;RO=33;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236457;STB=0.636235;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0052255;OID=.;OPOS=41331460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:8:13:13:20:8:13:13:20 chr17 41332804 . T C 622.44 PASS AF=0.875;AO=49;DP=56;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0543228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6229;QD=44.4597;RBI=0.0617556;REFB=-0.00569896;REVB=0.0293733;RO=3;SAF=15;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852534;STB=0.576239;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00379878;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:56:56:3:7:49:49:0.875:34:15:3:0:34:15:6:1 chr17 41361960 . A G 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.00875918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.441;QD=13.7203;RBI=0.0150267;REFB=-0.00583444;REVB=-0.0122098;RO=45;SAF=8;SAR=23;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690792;STB=0.545893;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00770291;OID=.;OPOS=41361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:47:31:31:0.397436:23:8:14:31:23:8:15:32 chr17 41362272 . C G 212.36 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=0.0364826;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7032;QD=9.65288;RBI=0.0456167;REFB=0.00998371;REVB=0.0273843;RO=59;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231171;STB=0.630549;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0125919;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:88:59:61:27:27:0.306818:14:13:17:42:14:13:18:43 chr17 41464741 . G A 202.99 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0173562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.055;QD=21.9446;RBI=0.0174409;REFB=-0.00574134;REVB=0.00171685;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422077;STB=0.5333;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00491314;OID=.;OPOS=41464741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:17:19:20:0.540541:11:8:8:9:12:8:8:9 chr17 41477710 . A G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00796591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.689;QD=15.1602;RBI=0.00799143;REFB=-0.0188898;REVB=-0.000638178;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012446;STB=0.509987;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.011649;OID=.;OPOS=41477710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:22:15:16:0.421053:7:8:12:10:7:9:12:10 chr17 41478455 . C T 119.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00772188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.554;QD=13.6611;RBI=0.0347781;REFB=-0.0152889;REVB=-0.03391;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310684;STB=0.683922;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0237715;OID=.;OPOS=41478455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:10:11:11:3:10:11 chr17 41489846 . T C 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0129112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.231;QD=24.5166;RBI=0.0197531;REFB=-0.0157942;REVB=0.0149495;RO=21;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126875;STB=0.516117;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00735756;OID=.;OPOS=41489846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:15:12:9:12:15:12:9:13 chr17 41522213 . T A 515.8 PASS AF=0.470085;AO=54;DP=116;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00500405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1308;QD=17.6341;RBI=0.0532279;REFB=0.00103478;REVB=0.0529922;RO=61;SAF=34;SAR=20;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398659;STB=0.531342;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.000921021;OID=.;OPOS=41522213;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:61:62:54:55:0.470085:20:34:36:25:20:35:36:26 chr17 41603882 . T C 761.6 PASS AF=0.509934;AO=77;DP=151;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0113037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.092;QD=20.175;RBI=0.0114879;REFB=-0.00771877;REVB=-0.0020488;RO=74;SAF=44;SAR=33;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040126;STB=0.522067;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0079687;OID=.;OPOS=41603882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:74:74:77:77:0.509934:33:44:39:35:33:44:39:35 chr17 41843979 . C G 1494.57 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0599498;FXX=0.0196059;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.706;QD=59.7827;RBI=0.0604554;REFB=0;REVB=-0.00780248;RO=0;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281551;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:61:39:0:0:61:39:0:0 chr17 41846508 . A G 1483.6 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.438;QD=58.1804;RBI=0.0876312;REFB=0;REVB=0.0847847;RO=0;SAF=67;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138812;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:102:0:0:94:102:1:27:67:0:0:31:71:0:0 chr17 41959808 . T C 9529.62 PASS AF=0.97619;AO=615;DP=633;FAO=615;FDP=630;FR=.;FRO=15;FSAF=305;FSAR=310;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0181827;FXX=0.00473926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.527;QD=60.5056;RBI=0.0387018;REFB=-0.0247128;REVB=-0.0341645;RO=14;SAF=305;SAR=310;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153444;STB=0.507239;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000475454;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:633:630:14:15:615:615:0.97619:310:305:12:2:310:305:12:3 chr17 41960343 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000234654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.871;QD=58.4194;RBI=0.0120573;REFB=0;REVB=0.012055;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72433e-05;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:43:20:0:0:43:20:0:0 chr17 41960633 . CG GC 4496.38 PASS AF=1;AO=284;DP=288;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312753;FXX=0.0103445;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.882;QD=62.6673;RBI=0.0325632;REFB=-0.088596;REVB=0.00906733;RO=1;SAF=140;SAR=144;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00330012;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000597281;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:288:287:1:0:284:287:1:144:140:0:1:145:142:0:0 chr17 41961451 . T C 775.26 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.549;QD=63.2862;RBI=0.0101211;REFB=0;REVB=0.00426493;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30719e-05;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:28:19:0:0:29:20:0:0 chr17 41994794 . C T 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.232;QD=64.1532;RBI=0.0238408;REFB=0;REVB=0.0177269;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20818e-05;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chr17 42030743 . G C 4478.78 PASS AF=0.993103;AO=274;DP=279;FAO=288;FDP=290;FR=.;FRO=2;FSAF=169;FSAR=119;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0291544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0012;QD=61.7763;RBI=0.181446;REFB=-0.0354978;REVB=0.179089;RO=2;SAF=167;SAR=107;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00158866;STB=0.502941;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00086064;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:279:290:2:2:274:288:0.993103:107:167:1:1:119:169:2:0 chr17 42152103 . G A 1511.92 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0361271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.22;QD=56.5203;RBI=0.0365736;REFB=0.0178222;REVB=-0.00569723;RO=3;SAF=44;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132365;STB=0.506979;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.000439416;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:3:3:104:104:0.971963:60:44:2:1:60:44:2:1 chr17 42155408 . G A 460.28 PASS AF=0.596491;AO=25;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0181513;FXX=0.0499917;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.57;QD=32.3;RBI=0.0401004;REFB=-0.048073;REVB=-0.0357571;RO=7;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136724;STB=0.557489;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0172289;OID=.;OPOS=42155408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:57:57:7:8:25:34:0.596491:12:13:6:1:14:20:7:1 chr17 42164885 . G C 230.01 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0608554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.993;QD=13.3341;RBI=0.0815736;REFB=-0.0240916;REVB=-0.054322;RO=39;SAF=4;SAR=23;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285492;STB=0.679095;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0605205;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:39:41:27:28:0.405797:23:4:13:26:24:4:14:27 chr17 42169152 . C CG 30.28 PASS AF=0.129032;AO=32;DP=159;FAO=20;FDP=155;FR=.;FRO=135;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=97;FWDB=-0.000460712;FXX=0.012738;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.811;QD=0.781493;RBI=0.0522426;REFB=-0.0024171;REVB=-0.0522406;RO=124;SAF=13;SAR=19;SRF=36;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161203;STB=0.725388;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.0910171;OID=.;OPOS=42169153;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.129032:32:159:20:155:135:11:9:38:97:30:124:13:19:36:88 chr17 42213347 . G A 1610.92 PASS AF=0.990826;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019431;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.507;QD=59.1163;RBI=0.0362407;REFB=0.00211859;REVB=0.0305913;RO=1;SAF=66;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713735;STB=0.503759;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=3.80926e-05;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:1:1:106:108:0.990826:40:66:1:0:42:66:1:0 chr17 42225547 . A C 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0997659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.206;QD=64.15;RBI=0.099779;REFB=0;REVB=0.00161554;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049799;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr17 42248346 . A T 2214.46 PASS AF=1;AO=139;DP=143;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.004048;FXX=0.0279701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.603;QD=63.7254;RBI=0.00763357;REFB=0;REVB=0.00647187;RO=0;SAF=46;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313496;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:139:0:0:139:139:1:93:46:0:0:93:46:0:0 chr17 42254281 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9699;QD=47.8222;RBI=0.0491357;REFB=0;REVB=-0.0243415;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360892;OID=.;OPOS=42254281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr17 42254417 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.042;QD=51.9154;RBI=0.0254526;REFB=0;REVB=0.00144135;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253469;OID=.;OPOS=42254417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr17 42254527 . T C,G 2293.06 PASS AF=0.0864198,0.91358;AO=14,137;DP=151;FAO=14,148;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=13,85;FSAR=1,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123685,-0.0123787;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.308,107.907;QD=56.6189;RBI=0.0223279,0.0329131;REFB=0,0;REVB=0.0222937,0.0304966;RO=0;SAF=13,85;SAR=1,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.76369e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.004716,0.000305948;OID=.,.;OPOS=42254527,42254527;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:151:162:0:0:14,137:14,148:0.0864198,0.91358:1,52:13,85:0:0:1,63:13,85:0:0 chr17 42255097 . T C 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.861;QD=60.2416;RBI=0.026257;REFB=-0.050457;REVB=0.00377099;RO=1;SAF=29;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160483;STB=0.508473;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000831733;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:53:29:1:0:53:29:1:0 chr17 42270291 . A G 1660.23 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.35124e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.162;QD=60.3721;RBI=0.02408;REFB=0;REVB=0.0240799;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1211e-05;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:108:110:1:59:49:0:0:60:50:0:0 chr17 42287519 . C T 1857.86 PASS AF=0.96875;AO=125;DP=128;FAO=124;FDP=128;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00589676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.87;QD=58.0582;RBI=0.0259077;REFB=-0.0204791;REVB=-0.0252277;RO=3;SAF=60;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654098;STB=0.507318;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00436711;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:128:128:3:4:125:124:0.96875:65:60:1:2:64:60:1:3 chr17 42392622 . T C 6398.07 PASS AF=1;AO=399;DP=399;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=202;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.222;QD=64.141;RBI=0.0190395;REFB=0;REVB=0.00633388;RO=0;SAF=197;SAR=202;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05918e-05;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:399:399:0:0:399:399:1:202:197:0:0:202:197:0:0 chr17 42398052 . A G 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-7.70189e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.769;QD=59.0422;RBI=0.00897911;REFB=0.018647;REVB=0.00897878;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000158055;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:25:16:0:1:25:16:0:1 chr17 42398757 . C A,G 1171.06 PASS AF=0.851852,0.135802;AO=69,11;DP=81;FAO=69,11;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=27,6;FSAR=42,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368004,-0.0189636;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=158.389,16.072;QD=57.8303;RBI=0.0482214,0.0455821;REFB=-0.0330201,0.0324935;REVB=0.0311614,-0.0414501;RO=0;SAF=27,6;SAR=42,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.56939e-08,0;STB=0.505881,0.545372;STBP=0.531,0.563;TYPE=snp,snp;VARB=0.00131041,0.0651779;OID=.,.;OPOS=42398757,42398757;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:53:81:81:0:1:69,11:69,11:0.851852,0.135802:42,5:27,6:0:0:42,5:27,6:0:1 chr17 42432013 . G A 98.39 PASS AF=0.733333;AO=10;DP=14;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.138717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.508;QD=26.2364;RBI=0.139014;REFB=-0.0247036;REVB=0.0090901;RO=4;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198514;STB=0.610929;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0178811;OID=.;OPOS=42432013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:15:4:4:10:11:0.733333:7:3:0:4:7:4:0:4 chr17 42449789 . G A 409.14 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00574998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.283;QD=23.3795;RBI=0.019207;REFB=-0.00395617;REVB=-0.0183261;RO=29;SAF=22;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779414;STB=0.549975;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00230336;OID=.;OPOS=42449789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:30:40:40:0.571429:18:22:13:16:18:22:13:17 chr17 42453065 . A C 316.45 PASS AF=0.385417;AO=35;DP=95;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=14;FWDB=-0.0041463;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.608;QD=13.1852;RBI=0.00914037;REFB=-0.0182344;REVB=-0.00814583;RO=58;SAF=27;SAR=8;SRF=45;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006887;STB=0.526302;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0188444;OID=.;OPOS=42453065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:58:59:35:37:0.385417:8:27:45:13:10:27:45:14 chr17 42454463 . G C 176.47 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00835729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4345;QD=8.40344;RBI=0.0384945;REFB=0.00166378;REVB=0.0375763;RO=60;SAF=13;SAR=11;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505743;STB=0.530096;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00348484;OID=.;OPOS=42454463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:60:24:24:0.285714:11:13:35:25:11:13:35:25 chr17 42475983 . G C 647.16 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=0.00773073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.286;QD=19.9125;RBI=0.00809966;REFB=-0.0128854;REVB=0.00241667;RO=63;SAF=23;SAR=42;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278272;STB=0.66005;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.011767;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:63:65:65:65:0.5:42:23:42:21:42:23:44:21 chr17 42734006 . T TC 181.44 PASS AF=0.226974;AO=70;DP=317;FAO=69;FDP=304;FR=.;FRO=235;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=151;FSRR=84;FWDB=-0.0450578;FXX=0.0256402;HRUN=0;LEN=1;MLLD=107.318;QD=2.3874;RBI=0.0836608;REFB=-0.00434523;REVB=-0.0704906;RO=235;SAF=24;SAR=46;SRF=153;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37848;STB=0.738245;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.114162;OID=.;OPOS=42734007;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226974:70:317:69:304:235:22:47:151:84:99:235:24:46:153:82 chr17 42745130 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0283189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7901;QD=14.0788;RBI=0.028917;REFB=0.000328075;REVB=-0.00585074;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170124;STB=0.599828;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00256604;OID=.;OPOS=42745130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:8:8:4:8:8:8 chr17 42851729 . C T 808.92 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.117;QD=56.766;RBI=0.0366132;REFB=0;REVB=0.0147171;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213892;OID=.;OPOS=42851729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:41:15:0:0:42:15:0:0 chr17 42852604 . G T 1540.57 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00760381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6459;QD=59.8279;RBI=0.0231688;REFB=0;REVB=0.0218855;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62528e-05;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:44:59:0:0:44:59:0:0 chr17 42852610 . T C 1541.94 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997943;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.982;QD=59.8813;RBI=0.0200498;REFB=0;REVB=0.0173898;RO=0;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67493e-06;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:43:60:0:0:43:60:0:0 chr17 42854610 . T C 2258.3 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138596;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9838;QD=60.2213;RBI=0.0224904;REFB=-0.11228;REVB=0.0177124;RO=0;SAF=59;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000491289;OID=.;OPOS=42854610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:150:0:1:149:149:0.993333:90:59:0:0:90:59:0:1 chr17 42855554 . T C 2331.62 PASS AF=1;AO=144;DP=149;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377701;FXX=0.0266649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.889;QD=63.88;RBI=0.0646811;REFB=0;REVB=0.0525077;RO=0;SAF=80;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25563e-05;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:146:0:0:144:146:1:64:80:0:0:66:80:0:0 chr17 42857430 . G A 2174.45 PASS AF=0.965753;AO=140;DP=146;FAO=141;FDP=146;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0302491;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83;QD=59.5739;RBI=0.0304863;REFB=-0.168942;REVB=-0.00379607;RO=0;SAF=53;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51381;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00137968;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:146:146:0:5:140:141:0.965753:87:53:0:0:88:53:0:5 chr17 42857517 . C T 1896.22 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.96;QD=61.6657;RBI=0.0501358;REFB=0;REVB=-0.0302273;RO=0;SAF=52;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12706e-05;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:71:52:0:0:71:52:0:0 chr17 42857930 . G C,GC 1990.07 PASS AF=0,0.57362;AO=40,132;DP=367;FAO=0,187;FDP=326;FR=.;FRO=139;FSAF=0,118;FSAR=0,69;FSRF=67;FSRR=72;FWDB=-0.0124893,-0.00987745;FXX=0.0355019;HRUN=8,0;LEN=1,1;MLLD=214.628,218.361;QD=24.4181;RBI=0.0278242,0.0240942;REFB=0.0400227,0.0367952;REVB=0.0248637,0.0219765;RO=177;SAF=35,83;SAR=5,49;SRF=83;SRR=94;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.552328,0.167585;STB=0.5,0.565853;STBP=1,0.006;TYPE=snp,ins;VARB=0.0298209,-0.0302072;OID=.,.;OPOS=42857930,42857931;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:367:326:177:139:40,132:0,187:0,0.57362:5,49:35,83:83:94:0,69:0,118:67:72 chr17 42880753 . C T 179.54 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00472102;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8585;QD=13.8105;RBI=0.046855;REFB=-0.00286089;REVB=-0.0466166;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163805;STB=0.594502;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00215505;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:31:21:21:0.403846:7:14:16:15:7:14:16:15 chr17 42925559 . C T 508.39 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.000635098;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.822;QD=17.996;RBI=0.00716527;REFB=-0.00838262;REVB=-0.00713707;RO=56;SAF=32;SAR=22;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700577;STB=0.526872;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00897368;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:56:59:54:54:0.477876:22:32:29:27:22:32:32:27 chr17 42927721 . G A 255.14 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0190662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.53;QD=10.9737;RBI=0.0192323;REFB=0.00273511;REVB=-0.00252233;RO=63;SAF=16;SAR=14;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00545026;OID=.;OPOS=42927721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:62:30:31:0.333333:14:16:32:31:15:16:32:30 chr17 42961009 . C T 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00683493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.593;QD=17.2648;RBI=0.0148112;REFB=0.000724212;REVB=-0.0131398;RO=42;SAF=19;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382332;STB=0.502142;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.000915882;OID=.;OPOS=42961009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:17:19:22:20:17:19:22:20 chr17 42978926 . G A 440.98 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=24;FWDB=-0.0170244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.806;QD=14.6992;RBI=0.0193275;REFB=-0.0163425;REVB=-0.0091501;RO=70;SAF=18;SAR=32;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303167;STB=0.670091;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0154428;OID=.;OPOS=42978926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:70:50:50:0.416667:32:18:46:24:32:18:46:24 chr17 42983095 . G A 272.26 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0939742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2708;QD=17.2865;RBI=0.130871;REFB=-0.0115063;REVB=0.0910827;RO=33;SAF=19;SAR=11;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328402;STB=0.683336;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0157879;OID=.;OPOS=42983095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:11:19:9:24:11:19:9:24 chr17 43111688 . G A 440.58 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0158913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.86;QD=19.5811;RBI=0.0162168;REFB=-0.0207345;REVB=0.00323294;RO=45;SAF=24;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843452;STB=0.545434;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0191427;OID=.;OPOS=43111688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:46:43:44:0.488889:19:24:21:24:20:24:21:25 chr17 43175906 . C T 662.75 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.00577027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7313;QD=18.8014;RBI=0.0163527;REFB=-0.0015727;REVB=-0.0153008;RO=74;SAF=32;SAR=35;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340257;STB=0.518842;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00305019;OID=.;OPOS=43175906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:74:67:67:0.475177:35:32:38:36:35:32:38:36 chr17 43181287 . A G 1491.37 PASS AF=0.979592;AO=93;DP=95;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0305025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.327;QD=60.8724;RBI=0.0474011;REFB=0.0269891;REVB=0.0362831;RO=2;SAF=57;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00474171;STB=0.502465;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.000161945;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:98:2:2:93:96:0.979592:36:57:1:1:37:59:1:1 chr17 43181325 . A G 527.35 PASS AF=0.51;AO=49;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00479317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.796;QD=21.094;RBI=0.0191027;REFB=-0.0176923;REVB=0.0184916;RO=49;SAF=30;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760644;STB=0.528835;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0138542;OID=.;OPOS=43181325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:49:51:0.51:19:30:26:23:21:30:26:23 chr17 43183028 . G A 905.75 PASS AF=0.462312;AO=92;DP=199;FAO=92;FDP=199;FR=.;FRO=107;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=0.0202366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.817;QD=18.206;RBI=0.0283667;REFB=-0.00737318;REVB=-0.0198784;RO=107;SAF=41;SAR=51;SRF=45;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247434;STB=0.51369;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00833145;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:107:107:92:92:0.462312:51:41:45:62:51:41:45:62 chr17 43192548 . GT GTC,TC 652.22 PASS AF=1,0;AO=47,2;DP=54;FAO=53,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121989,0.0982569;FXX=0.0185151;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=18.6167,8.76824;QD=49.2245;RBI=0.135922,0.125674;REFB=0,0;REVB=0.0599451,-0.0783547;RO=4;SAF=26,0;SAR=21,2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00790698,-0.623114;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00436321,0;OID=.,.;OPOS=43192550,43192548;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:4:0:47,2:53,0:1,0:21,2:26,0:2:2:25,0:28,0:0:0 chr17 43192821 . A G 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.047144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.876;QD=19.9045;RBI=0.0492421;REFB=0.00383481;REVB=-0.0142206;RO=27;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390347;STB=0.521725;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00370877;OID=.;OPOS=43192821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:12:18:15:12:12:18:15:12 chr17 43195663 . A G 569.52 PASS AF=0.411392;AO=63;DP=159;FAO=65;FDP=158;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.018687;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.21;QD=14.4182;RBI=0.0189026;REFB=-0.00865704;REVB=0.0028464;RO=89;SAF=47;SAR=16;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232474;STB=0.645985;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0111077;OID=.;OPOS=43195663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:89:93:63:65:0.411392:16:47:49:40:16:49:50:43 chr17 43195699 . G A 967.23 PASS AF=0.451327;AO=99;DP=226;FAO=102;FDP=226;FR=.;FRO=124;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=0.0714746;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1452;QD=17.1191;RBI=0.0732672;REFB=-0.00186097;REVB=0.0161081;RO=123;SAF=57;SAR=42;SRF=56;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120545;STB=0.575299;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00241915;OID=.;OPOS=43195699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:123:124:99:102:0.451327:42:57:56:67:42:60:56:68 chr17 43198430 . ACCCCCG ACCCC,ACCCCG 31.24 PASS AF=0,0.156146;AO=38,88;DP=308;FAO=0,47;FDP=301;FR=.;FRO=254;FSAF=0,32;FSAR=0,15;FSRF=128;FSRR=126;FWDB=-0.0583228,-0.176153;FXX=0.00660044;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=98.0995,8.99231;QD=0.415091;RBI=0.0853398,0.19953;REFB=-0.0166119,-0.181986;REVB=-0.0623004,-0.0937149;RO=171;SAF=20,68;SAR=18,20;SRF=71;SRR=100;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.142734,0.428273;STB=0.5,0.652711;STBP=1,0.024;TYPE=del,del;VARB=0,0.196344;OID=.,.;OPOS=43198435,43198431;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=ACCCC,ACCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.156146:38,88:308:0,47:301:254:0,32:0,15:128:126:31:171:20,68:18,20:71:100 chr17 43227766 . T TTTGG 669.24 PASS AF=1;AO=36;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199393;FXX=0.0652032;HRUN=3;LEN=4;MLLD=274.838;QD=62.2548;RBI=0.0216849;REFB=0;REVB=-0.00852395;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.20209e-05;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:43:43:43:0:19:24:0:0:4:1:16:20:1:0 chr17 43310394 . T TG 48.2 PASS AF=0.22619;AO=21;DP=85;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00811566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.2588;QD=2.29523;RBI=0.0492035;REFB=-0.0555601;REVB=0.0485295;RO=63;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250013;STB=0.569549;STBP=0.519;TYPE=ins;VARB=0.0732487;OID=.;OPOS=43310395;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22619:21:85:19:84:65:9:10:25:40:48:63:12:9:23:40 chr17 43318778 . GC CG 751.55 PASS AF=0.84507;AO=58;DP=71;FAO=60;FDP=71;FR=.;FRO=11;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00319024;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=193.516;QD=42.3407;RBI=0.0182434;REFB=-0.0946915;REVB=0.0179623;RO=10;SAF=32;SAR=26;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042065;STB=0.517596;STBP=0.508;TYPE=mnp;VARB=0.00225622;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:71:71:10:11:58:60:0.84507:26:32:4:6:26:34:5:6 chr17 43319770 . C T 675.04 PASS AF=0.485714;AO=65;DP=137;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0490426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.119;QD=19.2868;RBI=0.0522001;REFB=-0.0130859;REVB=-0.0178793;RO=72;SAF=20;SAR=45;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128752;STB=0.551255;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0116437;OID=.;OPOS=43319770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:72:72:65:68:0.485714:45:20:31:41:45:23:31:41 chr17 43324289 . G C,GC 41.72 PASS AF=0,0.058908;AO=42,76;DP=718;FAO=0,41;FDP=696;FR=.;FRO=655;FSAF=0,5;FSAR=0,36;FSRF=302;FSRR=353;FWDB=-0.0712559,-0.0895061;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=39.0519,18.6155;QD=0.239747;RBI=0.116306,0.204143;REFB=-0.0162927,-0.0364013;REVB=-0.0919224,-0.183475;RO=598;SAF=1,23;SAR=41,53;SRF=302;SRR=296;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.541833,-0.256635;STB=0.5,0.850166;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.126432;OID=.,.;OPOS=43324289,43324290;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:718:696:598:655:42,76:0,41:0,0.058908:41,53:1,23:302:296:0,36:0,5:302:353 chr17 43333125 . C T 503.35 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0226742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.131;QD=15.9793;RBI=0.02296;REFB=-0.00480347;REVB=0.00361147;RO=70;SAF=38;SAR=17;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284233;STB=0.663057;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00336416;OID=.;OPOS=43333125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:71:55:55:0.436508:17:38:29:41:17:38:29:42 chr17 43333785 . AAGAC A 255.92 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.028618;FXX=0.106185;HRUN=2;LEN=4;MLLD=245.801;QD=10.1356;RBI=0.0296566;REFB=-0.0180619;REVB=0.00777942;RO=64;SAF=21;SAR=21;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665945;STB=0.524741;STBP=0.693;TYPE=del;VARB=0.0253407;OID=.;OPOS=43333786;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415842:42:113:42:101:59:21:21:32:27:99:64:21:21:36:28 chr17 43340936 . G A 1318.28 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455511;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.934;QD=62.0368;RBI=0.049258;REFB=0;REVB=0.0187469;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14297e-05;OID=.;OPOS=43340936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:35:49:0:0:35:50:0:0 chr17 43342141 . G C 2235.93 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.624;QD=63.4308;RBI=0.0382829;REFB=0;REVB=-0.0318179;RO=0;SAF=48;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71891e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44024e-05;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:93:48:0:0:93:48:0:0 chr17 43364293 . C CG 916.93 PASS AF=1;AO=74;DP=85;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218918;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.964;QD=47.6325;RBI=0.0241874;REFB=0;REVB=-0.0102849;RO=10;SAF=33;SAR=41;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000547545;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:85:77:77:0:35:42:0:0:17:10:33:41:5:5 chr17 43679276 . TG GT,T 55.27 PASS AF=0.0185185,0.37037;AO=2,25;DP=55;FAO=1,20;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=1,11;FSAR=0,9;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.00768324,0.0202597;FXX=0.0181785;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=153.817,7.09743;QD=4.09417;RBI=0.0572096,0.233027;REFB=-0.0135738,-0.208129;REVB=-0.0566914,-0.232145;RO=26;SAF=2,11;SAR=0,14;SRF=24;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.344512,-0.42754;STB=0.985117,0.63393;STBP=0.499,0.179;TYPE=mnp,del;VARB=0.137137,0.181218;OID=.,.;OPOS=43679276,43679277;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:55:54:26:33:2,25:1,20:0.0185185,0.37037:0,14:2,11:24:2:0,9:1,11:25:8 chr17 43923180 . G A 1770.22 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206086;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.773;QD=61.0421;RBI=0.0488021;REFB=0;REVB=0.0442373;RO=0;SAF=75;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31063e-05;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:115:116:1:40:75:0:0:41:75:0:0 chr17 43923898 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.368;QD=55.6561;RBI=0.0268252;REFB=0;REVB=0.0116968;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285064;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr17 43924412 . T C 2819.94 PASS AF=1;AO=180;DP=182;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178315;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.459;QD=62.3192;RBI=0.0184451;REFB=0.0155357;REVB=-0.00471797;RO=1;SAF=60;SAR=120;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0039511;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105783;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:181:1:0:180:181:1:120:60:0:1:121:60:0:0 chr17 44067382 . T C 263.53 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0285577;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6138;QD=19.5204;RBI=0.0297647;REFB=-0.0261223;REVB=0.00838995;RO=26;SAF=9;SAR=19;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528308;STB=0.529391;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0298187;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:19:9:7:19:19:9:7:19 chr17 44077044 . T C 463.0 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.674;QD=57.8751;RBI=0.0557106;REFB=0;REVB=0.0443893;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855859;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:27:32:1:19:8:0:0:23:9:0:0 chr17 44117135 . C T 399.72 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.00555988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.471;QD=12.8941;RBI=0.0412232;REFB=-0.00908291;REVB=-0.0408465;RO=74;SAF=41;SAR=6;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456539;STB=0.771318;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0127286;OID=.;OPOS=44117135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:74:77:47:47:0.379032:6:41:41:33:6:41:42:35 chr17 44144993 . C G 817.07 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.337;QD=57.3381;RBI=0.0392733;REFB=0;REVB=0.0331782;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17305e-05;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:33:24:0:0 chr17 44248499 . G C 449.75 PASS AF=0.45045;AO=49;DP=110;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.000956866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.75;QD=16.2073;RBI=0.00478988;REFB=0.00836757;REVB=0.00469333;RO=61;SAF=26;SAR=23;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00599046;STB=0.502526;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0107305;OID=.;OPOS=44248499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:61:61:49:50:0.45045:23:26:32:29:24:26:32:29 chr17 44408406 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3409;QD=39.2067;RBI=0.0173452;REFB=0;REVB=0.0153503;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915794;OID=.;OPOS=44408406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr17 44998563 . G A 874.57 PASS AF=0.404167;AO=96;DP=239;FAO=97;FDP=240;FR=.;FRO=143;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=62;FSRR=81;FWDB=-0.0243227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0326;QD=14.5762;RBI=0.10108;REFB=-0.0175147;REVB=-0.0981095;RO=141;SAF=51;SAR=45;SRF=61;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104422;STB=0.554764;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0226484;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:141:143:96:97:0.404167:45:51:61:80:46:51:62:81 chr17 45000529 . G C 1454.6 PASS AF=0.436464;AO=158;DP=362;FAO=158;FDP=362;FR=.;FRO=204;FSAF=72;FSAR=86;FSRF=89;FSRR=115;FWDB=-0.0069793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.99;QD=16.0729;RBI=0.00758237;REFB=-0.0176499;REVB=0.00296337;RO=202;SAF=72;SAR=86;SRF=89;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154324;STB=0.511052;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0185395;OID=.;OPOS=45000529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:362:202:204:158:158:0.436464:86:72:89:113:86:72:89:115 chr17 45000547 . G C 5216.47 PASS AF=0.991045;AO=332;DP=335;FAO=332;FDP=335;FR=.;FRO=3;FSAF=133;FSAR=199;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0168292;FXX=0.0029761;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.8322;QD=62.2862;RBI=0.0408935;REFB=-0.00543442;REVB=-0.03727;RO=3;SAF=133;SAR=199;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472774;STB=0.502478;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-8.17026e-05;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:335:335:3:3:332:332:0.991045:199:133:2:1:199:133:2:1 chr17 45214564 . A T 70.79 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00518179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.962;QD=7.26071;RBI=0.0251706;REFB=-0.0179583;REVB=-0.0246314;RO=28;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295107;STB=0.538383;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.04917;OID=.;OPOS=45214564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:39:28:29:10:10:0.25641:7:3:9:19:7:3:10:19 chr17 45214606 . G T 44.64 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.00907531;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.868;QD=3.13293;RBI=0.0173173;REFB=-0.00266599;REVB=-0.0147488;RO=45;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149448;STB=0.580432;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0111568;OID=.;OPOS=45214606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:56:57:45:49:8:8:0.140351:6:2:16:29:6:2:16:33 chr17 45214631 . G A 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0151243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.225;QD=8.84631;RBI=0.0165676;REFB=0.00238713;REVB=-0.00676303;RO=38;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111157;STB=0.566248;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.0055275;OID=.;OPOS=45214631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:10:6:11:27:10:6:11:27 chr17 45214636 . T C 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0234615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.133;QD=3.44841;RBI=0.0241369;REFB=-0.000595658;REVB=-0.00567007;RO=46;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651941;STB=0.545344;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00308182;OID=.;OPOS=45214636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:5:3:15:31:5:3:15:31 chr17 45214643 . A C 86.67 PASS AF=0.24;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0359399;FXX=0.0565931;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.321;QD=6.93396;RBI=0.0775933;REFB=0.0011369;REVB=0.068768;RO=38;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953081;STB=0.559345;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00174246;OID=.;OPOS=45214643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:53:50:38:38:12:12:0.24:7:5:13:25:7:5:13:25 chr17 45214682 . A G 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00706551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.737;QD=4.16606;RBI=0.0170586;REFB=0.00284652;REVB=-0.0155266;RO=33;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250271;STB=0.517191;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0103722;OID=.;OPOS=45214682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:5:2:10:23:5:2:10:23 chr17 45219276 . A G 32.41 PASS AF=0.0733333;AO=11;DP=150;FAO=11;FDP=150;FR=.;FRO=139;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=80;FWDB=-0.0219385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.482;QD=0.864369;RBI=0.0219568;REFB=-0.000481166;REVB=-0.000896316;RO=133;SAF=1;SAR=10;SRF=54;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404568;STB=0.868796;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0032285;OID=.;OPOS=45219276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:150:150:133:139:11:11:0.0733333:10:1:54:79:10:1:59:80 chr17 45234298 . G C 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0205514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.322;QD=11.6308;RBI=0.103941;REFB=-0.00048314;REVB=0.101889;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154872;STB=0.593026;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00173291;OID=.;OPOS=45234298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:7:9:7:3:7:9 chr17 45234343 . T G 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0143074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.73;QD=13.9118;RBI=0.0170905;REFB=-0.0182308;REVB=-0.0093479;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109455;STB=0.563028;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0208427;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:13:8:15:16:13:8:15:16 chr17 45234360 . A C 173.74 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0137078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.721;QD=12.8694;RBI=0.0164687;REFB=-0.0232881;REVB=-0.00912773;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805773;STB=0.546573;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0152216;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:13:8:15:18:13:8:15:18 chr17 45234403 . TT GG 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00148222;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=151.849;QD=13.6997;RBI=0.00228313;REFB=0.00587066;REVB=0.00173658;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856516;STB=0.549944;STBP=0.611;TYPE=mnp;VARB=-0.00862793;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:11:7:14:16:11:7:14:16 chr17 45234406 . CA C 68.98 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0657629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.683;QD=5.99816;RBI=0.0660827;REFB=-0.00802086;REVB=0.00649386;RO=37;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406263;STB=0.535642;STBP=0.822;TYPE=del;VARB=0.0175216;OID=.;OPOS=45234407;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217391:10:47:10:46:36:4:6:16:20:68:37:4:6:16:21 chr17 45234416 . A G 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0292522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4388;QD=9.33493;RBI=0.0292565;REFB=0.00222985;REVB=0.000498128;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495167;STB=0.52999;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00897684;OID=.;OPOS=45234416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:7:6:13:18:7:6:13:18 chr17 45234417 . A G 69.41 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0122026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.447;QD=6.31041;RBI=0.0190153;REFB=-0.00383184;REVB=-0.0145835;RO=34;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510356;STB=0.532644;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0339941;OID=.;OPOS=45234417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:6:4:15:19:6:4:15:19 chr17 45234420 . T G 228.4 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00382404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6333;QD=21.7525;RBI=0.064625;REFB=-0.00381787;REVB=0.0645118;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724577;STB=0.526292;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00486912;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:12:10:7:12:12:10:8:12 chr17 45234430 . A G 87.37 PASS AF=0.266667;AO=10;DP=43;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00990198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.179;QD=7.76592;RBI=0.0177475;REFB=-0.00686315;REVB=-0.0147284;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067096;STB=0.533278;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0264008;OID=.;OPOS=45234430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:43:45:33:33:10:12:0.266667:6:4:15:18:6:6:15:18 chr17 45234434 . A G 79.69 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0344384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.538;QD=7.08363;RBI=0.0352574;REFB=-0.00800451;REVB=0.0075552;RO=34;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193791;STB=0.512173;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0338446;OID=.;OPOS=45234434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:6:5:16:18:6:5:16:18 chr17 45234449 . G A 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.000925491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8112;QD=5.39704;RBI=0.033349;REFB=-0.0130393;REVB=-0.0333361;RO=35;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503224;STB=0.532921;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0243535;OID=.;OPOS=45234449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:5:4:17:18:5:4:17:18 chr17 45249306 . T C 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0198684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.189;QD=2.25295;RBI=0.0247841;REFB=0.00159049;REVB=0.0148156;RO=60;SAF=4;SAR=4;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00952126;OID=.;OPOS=45249306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:60:60:8:8:0.117647:4:4:30:30:4:4:30:30 chr17 45249316 . T C 54.99 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00302841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.533;QD=2.85664;RBI=0.00539549;REFB=-0.00984107;REVB=-0.00446543;RO=66;SAF=7;SAR=4;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151428;STB=0.605574;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0424895;OID=.;OPOS=45249316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:77:77:66:66:11:11:0.142857:4:7:34:32:4:7:34:32 chr17 45249330 . T G 50.2 PASS AF=0.119565;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.00203404;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.846;QD=2.1825;RBI=0.00233682;REFB=-0.00685389;REVB=0.00115041;RO=82;SAF=7;SAR=4;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137614;STB=0.594966;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0399372;OID=.;OPOS=45249330;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:93:92:82:81:11:11:0.119565:4:7:43:39:4:7:43:38 chr17 45266522 . T C 248.79 PASS AF=0.28;AO=35;DP=125;FAO=35;FDP=125;FR=.;FRO=90;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.00281033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2027;QD=7.96125;RBI=0.0701976;REFB=-0.0122817;REVB=-0.0701413;RO=90;SAF=18;SAR=17;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00965108;STB=0.505718;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.030433;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:90:90:35:35:0.28:17:18:47:43:17:18:47:43 chr17 45266535 . T C 378.69 PASS AF=0.356589;AO=46;DP=129;FAO=46;FDP=129;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.00459217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.105;QD=11.7422;RBI=0.00868091;REFB=0.00382167;REVB=-0.00736683;RO=83;SAF=27;SAR=19;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919732;STB=0.552689;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0157046;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:83:83:46:46:0.356589:19:27:42:41:19:27:42:41 chr17 45266571 . T A 439.33 PASS AF=0.45;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00730843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.962;QD=17.5732;RBI=0.00854161;REFB=-0.00518854;REVB=0.00442109;RO=53;SAF=29;SAR=15;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207148;STB=0.59721;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00662745;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:55:44:45:0.45:15:29:24:29:16:29:26:29 chr17 45388586 . T A 1037.03 PASS AF=0.457627;AO=108;DP=236;FAO=108;FDP=236;FR=.;FRO=128;FSAF=71;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=76;FWDB=-0.00253341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.036;QD=17.5767;RBI=0.0388117;REFB=-0.00410775;REVB=0.0387289;RO=126;SAF=71;SAR=37;SRF=52;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24185;STB=0.638037;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00397237;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:126:128:108:108:0.457627:37:71:52:74:37:71:52:76 chr17 45438778 . A G 692.13 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0105128;FXX=0.00621079;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.493;QD=17.3032;RBI=0.0149392;REFB=-0.0190871;REVB=-0.0106143;RO=79;SAF=31;SAR=43;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133334;STB=0.506605;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0191846;OID=.;OPOS=45438778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:160:79:86:74:74:0.4625:43:31:32:47:43:31:35:51 chr17 45438886 . CAGTG C 326.7 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0099944;FXX=0.0416623;HRUN=1;LEN=4;MLLD=276.897;QD=14.2045;RBI=0.0167289;REFB=-0.00972009;REVB=-0.0134152;RO=55;SAF=19;SAR=17;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777135;STB=0.54937;STBP=0.468;TYPE=del;VARB=0.013802;OID=.;OPOS=45438887;OREF=AGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:36:96:36:92:56:19:17:25:31:99:55:19:17:25:30 chr17 45451894 . G A 875.18 PASS AF=0.497175;AO=88;DP=178;FAO=88;FDP=177;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0692385;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8527;QD=19.7782;RBI=0.0700481;REFB=-0.000968655;REVB=-0.0106189;RO=89;SAF=40;SAR=48;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672882;STB=0.537029;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00102925;OID=.;OPOS=45451894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:89:89:88:88:0.497175:48:40:47:42:48:40:47:42 chr17 45567593 . ATC A 202.08 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0207268;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=277.373;QD=12.0643;RBI=0.0288203;REFB=-0.0289788;REVB=-0.0200253;RO=39;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145633;STB=0.589143;STBP=0.295;TYPE=del;VARB=0.0442766;OID=.;OPOS=45567594;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373134:24:67:25:67:42:17:8:23:19:99:39:16:8:21:18 chr17 45569815 . A G 352.95 PASS AF=0.298701;AO=20;DP=75;FAO=23;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=34;FWDB=0.0107778;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.964;QD=18.3353;RBI=0.0157872;REFB=-0.0103196;REVB=-0.0115358;RO=33;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479574;STB=0.743692;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0201458;OID=.;OPOS=45569815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:33:35:20:23:0.298701:15:5:0:33:15:8:1:34 chr17 45700384 . C CCTA 420.16 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0267149;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=3;MLLD=230.202;QD=20.4958;RBI=0.0268694;REFB=-0.0176426;REVB=-0.00287731;RO=41;SAF=23;SAR=18;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238248;STB=0.630077;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.0183368;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512195:41:84:42:82:40:24:18:12:28:99:41:23:18:12:29 chr17 45759767 . C T 691.07 PASS AF=0.405263;AO=76;DP=189;FAO=77;FDP=190;FR=.;FRO=113;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=-0.0166217;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9397;QD=14.5488;RBI=0.0179165;REFB=0.00149247;REVB=0.00668746;RO=112;SAF=42;SAR=34;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655056;STB=0.550668;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00289461;OID=.;OPOS=45759767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:112:113:76:77:0.405263:34:42:55:57:33:44:55:58 chr17 45760349 . T C 1993.77 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.552;QD=61.3468;RBI=0.0222924;REFB=-0.139086;REVB=-0.00270327;RO=0;SAF=46;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505376;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=6.84497e-05;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:129:129:0.992308:83:46:0:0:83:46:1:0 chr17 45760429 . T C 699.21 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154169;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.929;QD=54.8401;RBI=0.0254025;REFB=-0.145129;REVB=0.0201892;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000531051;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:49:50:0.980392:25:24:0:0:26:24:1:0 chr17 45760433 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.293;QD=64.4154;RBI=0.00489362;REFB=0;REVB=0.00412714;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20109e-06;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr17 45811210 . A G 33.58 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00976146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.487;QD=19.1884;RBI=0.131966;REFB=0.000708417;REVB=0.131605;RO=2;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210252;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00669145;OID=.;OPOS=45811210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:2:2:4:5:0.714286:1:3:2:0:2:3:2:0 chr17 45885687 . A G 3124.44 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353487;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.416;QD=64.091;RBI=0.0371122;REFB=0;REVB=0.0113041;RO=0;SAF=98;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72696e-05;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:194:195:1:96:98:0:0:96:99:0:0 chr17 45905903 . TG T 81.75 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0696001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.5862;QD=8.60542;RBI=0.0884341;REFB=-0.13422;REVB=-0.0545565;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0.588235;SSEP=0;SSSB=0.0927571;STB=0.552431;STBP=0.521;TYPE=del;VARB=0.160619;OID=.;OPOS=45905904;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:19:38:19:38:19:10:9:8:11:81:19:10:9:8:11 chr17 45915788 . T C 1275.09 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.83;QD=61.4499;RBI=0.0236168;REFB=0;REVB=0.0188948;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55669e-05;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:77:83:1:44:33:0:0:48:35:0:0 chr17 45994044 . C T 2450.07 PASS AF=1;AO=155;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103208;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3372;QD=61.2517;RBI=0.106737;REFB=0;REVB=0.106237;RO=0;SAF=97;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408156;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:155:160:1:58:97:0:0:63:97:0:0 chr17 45994094 . T C 3641.73 PASS AF=1;AO=231;DP=233;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113494;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2227;QD=62.7885;RBI=0.116608;REFB=-0.079802;REVB=-0.026769;RO=0;SAF=145;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52593e-05;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:233:232:0:0:231:232:1:86:145:0:0:87:145:0:0 chr17 45994154 . G A 2320.04 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0958985;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3646;QD=64.0012;RBI=0.096059;REFB=0;REVB=-0.00555002;RO=0;SAF=12;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015823;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:133:12:0:0:133:12:0:0 chr17 46002744 . G T 1584.28 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00795243;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.498;QD=64.0113;RBI=0.0119513;REFB=0;REVB=0.00892141;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245905;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:96:99:1:55:41:0:0:58:41:0:0 chr17 46005792 . A ACT 2081.56 PASS AF=0.91875;AO=143;DP=162;FAO=147;FDP=160;FR=.;FRO=13;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0165984;FXX=0.0361424;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.954;QD=52.0391;RBI=0.0166591;REFB=-0.030094;REVB=-0.00142082;RO=14;SAF=66;SAR=77;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177696;STB=0.506376;STBP=0.613;TYPE=ins;VARB=0.00292028;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.91875:143:162:147:160:13:68:79:5:8:40:14:66:77:5:9 chr17 46026156 . A G 1227.5 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000240169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.736;QD=61.3751;RBI=0.040848;REFB=0;REVB=-0.0408473;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.44536e-05;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:37:42:0:0:37:43:0:0 chr17 46134801 . G A 646.17 PASS AF=0.464789;AO=64;DP=140;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0364332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5272;QD=18.202;RBI=0.0617245;REFB=0.032656;REVB=0.0498251;RO=75;SAF=44;SAR=20;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27367;STB=0.641105;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0276458;OID=.;OPOS=46134801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:75:76:64:66:0.464789:20:44:31:44:22:44:31:45 chr17 46136133 . G C 670.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0875901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.719;QD=62.3377;RBI=0.0889636;REFB=0;REVB=0.0155723;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000450393;OID=.;OPOS=46136133;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr17 46136969 . G C 207.8 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0642269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.171;QD=25.1881;RBI=0.100207;REFB=0.0183452;REVB=0.076918;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257122;STB=0.642718;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0113107;OID=.;OPOS=46136969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:8:12:3:10:8:12:3:10 chr17 46137055 . GCTGGAC G 980.01 PASS AF=0.86747;AO=69;DP=82;FAO=72;FDP=83;FR=.;FRO=11;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0122468;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=6;MLLD=310.372;QD=47.2295;RBI=0.0484803;REFB=-0.0557886;REVB=0.046908;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.529644;STBP=0.18;TYPE=del;VARB=0.0062048;OID=.;OPOS=46137056;OREF=CTGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.86747:69:82:72:83:11:42:30:4:7:53:0:42:27:0:0 chr17 46166073 . G A 2354.49 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200552;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.289;QD=61.1556;RBI=0.0279875;REFB=0;REVB=0.0195215;RO=0;SAF=45;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69481e-05;OID=.;OPOS=46166073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:109:45:0:0:109:45:0:0 chr17 46262171 . C T 579.1 PASS AF=0.391813;AO=67;DP=172;FAO=67;FDP=171;FR=.;FRO=104;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=0.00335007;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.516;QD=13.5463;RBI=0.0096503;REFB=-0.00276095;REVB=0.00905015;RO=104;SAF=24;SAR=43;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15749;STB=0.589014;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00393517;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:104:104:67:67:0.391813:43:24:52:52:43:24:52:52 chr17 46507417 . G A 1613.77 PASS AF=0.395699;AO=185;DP=466;FAO=184;FDP=465;FR=.;FRO=281;FSAF=89;FSAR=95;FSRF=107;FSRR=174;FWDB=-0.0285462;FXX=0.00214588;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.693;QD=13.8819;RBI=0.0285725;REFB=-0.00392166;REVB=-0.0012249;RO=279;SAF=89;SAR=96;SRF=107;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105732;STB=0.562504;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00682442;OID=.;OPOS=46507417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:466:465:279:281:185:184:0.395699:96:89:107:172:95:89:107:174 chr17 46607021 . T C 4957.48 PASS AF=0.972892;AO=323;DP=333;FAO=323;FDP=332;FR=.;FRO=9;FSAF=144;FSAR=179;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0899156;FXX=0.00300291;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.863;QD=59.7287;RBI=0.0912636;REFB=-0.0449363;REVB=0.0156275;RO=10;SAF=144;SAR=179;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200756;STB=0.509199;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0166842;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:333:332:10:9:323:323:0.972892:179:144:1:9:179:144:1:8 chr17 46626811 . G A,GGACA 411.99 PASS AF=0,0.861111;AO=2,28;DP=45;FAO=0,31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=0,9;FSAR=0,22;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0107345,-0.00283385;FXX=0.0526177;HRUN=3,3;LEN=1,4;MLLD=165.006,319.296;QD=45.7768;RBI=0.0123646,0.00335386;REFB=-0.00562734,-0.0168353;REVB=0.0061363,-0.00179378;RO=11;SAF=2,8;SAR=0,20;SRF=1;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767034,0.131729;STB=0.5,0.515409;STBP=1,0.737;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00246854;OID=.,.;OPOS=46626811,46626812;OREF=G,-;OALT=A,GACA;OMAPALT=A,GGACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:45:36:11:5:2,28:0,31:0,0.861111:0,20:2,8:1:10:0,22:0,9:1:4 chr17 46629593 . G T 2694.04 PASS AF=0.962366;AO=177;DP=186;FAO=179;FDP=186;FR=.;FRO=7;FSAF=71;FSAR=108;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0615565;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.98;QD=57.9364;RBI=0.0709358;REFB=-0.156676;REVB=0.0352517;RO=4;SAF=70;SAR=107;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00640643;STB=0.512422;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000990406;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:186:186:4:7:177:179:0.962366:107:70:1:3:108:71:5:2 chr17 46653036 . AAT A,AA,AAA 924.67 PASS AF=0.047619,0.460317,0.00529101;AO=25,55,22;DP=210;FAO=9,87,1;FDP=189;FR=.;FRO=92;FSAF=1,28,0;FSAR=8,59,1;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=0.0269835,0.0693335,0.0902489;FXX=0.078045;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=207.001,211.506,210.086;QD=19.5698;RBI=0.0271693,0.0694204,0.0903196;REFB=-0.0144369,-0.0120538,-0.00985215;REVB=-0.00317145,-0.00347384,-0.00357271;RO=93;SAF=17,10,6;SAR=8,45,16;SRF=31;SRR=62;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.418526,-0.230503,-0.0909625;STB=0.794392,0.51513,0.987206;STBP=0.097,0.718,0.509;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0139737,0.00877114,0.0144437;OID=.,.,.;OPOS=46653037,46653038,46653038;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.047619,0.460317,0.00529101:25,55,22:210:9,87,1:189:92:1,28,0:8,59,1:32:60:99:93:17,10,6:8,45,16:31:62 chr17 46670520 . T C 2549.12 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0193975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.401;QD=61.0568;RBI=0.019811;REFB=-0.0190113;REVB=-0.00402669;RO=1;SAF=97;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488114;STB=0.502564;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=4.25288e-06;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:166:166:0.994012:69:97:1:0:69:97:1:0 chr17 46684929 . A G 421.17 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0457422;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.494;QD=22.7661;RBI=0.0460329;REFB=-0.0158006;REVB=0.00516501;RO=33;SAF=23;SAR=18;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372577;STB=0.520501;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.016355;OID=.;OPOS=46684929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:33:33:41:41:0.554054:18:23:20:13:18:23:20:13 chr17 46688256 . T C 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6682;QD=58.5995;RBI=0.0870279;REFB=0;REVB=0.0716915;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815605;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr17 46842983 . T C 1582.15 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289091;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.958;QD=63.9254;RBI=0.0119649;REFB=0;REVB=0.0116104;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09859e-05;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr17 46881748 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.982;QD=57.3857;RBI=0.0238516;REFB=0;REVB=-0.0198721;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.53719e-06;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr17 46923384 . G A 2716.79 PASS AF=1;AO=173;DP=178;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188627;FXX=0.0224706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.907;QD=62.455;RBI=0.0192323;REFB=0;REVB=-0.0037525;RO=0;SAF=100;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23899e-05;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:174:0:0:173:174:1:73:100:0:0:73:101:0:0 chr17 46926615 . G A 1208.83 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4554;QD=61.2065;RBI=0.135185;REFB=0;REVB=0.132483;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119919;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:29:50:0:0:29:50:0:0 chr17 46934007 . A C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.675;QD=63.871;RBI=0.0377801;REFB=0;REVB=0.0327559;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220566;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr17 46970836 . A G 1731.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.529;QD=60.7475;RBI=0.0327267;REFB=0;REVB=0.0315687;RO=0;SAF=46;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44333e-05;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:68:46:0:0:68:46:0:0 chr17 46971140 . G A 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7124;QD=58.5823;RBI=0.00375476;REFB=0;REVB=0.00341038;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29606e-05;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr17 46972479 . ATCTC A 1488.14 PASS AF=1;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033101;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=4;MLLD=268.408;QD=64.0062;RBI=0.0417049;REFB=0;REVB=0.0253697;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.13415e-05;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:97:93:93:0:49:44:0:0:8:0:49:44:0:0 chr17 47000251 . C T 2696.34 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.238;QD=62.3432;RBI=0.00428835;REFB=0;REVB=-0.00295617;RO=0;SAF=76;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72156e-07;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:97:76:0:0:97:76:0:0 chr17 47014675 . C T 735.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.18;QD=56.553;RBI=0.0158245;REFB=0;REVB=0.0151656;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17289e-05;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:32:18:0:0:34:18:0:0 chr17 47026836 . G C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0607;QD=63.8711;RBI=0.0398336;REFB=0;REVB=-0.0380482;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144431;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:35:13:0:0:35:13:0:0 chr17 47039132 . T C 1191.09 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.183;QD=60.3084;RBI=0.0301197;REFB=0;REVB=0.0158275;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141783;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:34:42:0:0:35:44:0:0 chr17 47076549 . TCGG CTGG,CTTG,TCTG,TCTT 382.33 PASS AF=0.0344828,0,0.896552,0.0689655;AO=4,2,13,5;DP=29;FAO=1,0,26,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,13,2;FSAR=0,0,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238514,0.00599149,0.0186648,0.00193858;FXX=0.0333222;HRUN=4,4,8,8;LEN=2,3,1,2;MLLD=46.7287,37.0744,58.6642,40.2474;QD=52.7355;RBI=0.0243883,0.0142613,0.0388505,0.0142179;REFB=0,0,0,0;REVB=0.00508931,0.0129416,0.0340733,0.0140851;RO=0;SAF=2,2,5,5;SAR=2,0,8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,-3.60098e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,snp,mnp;VARB=-0.0417649,0,0.0014136,0.00381452;OID=.,.,.,.;OPOS=47076549,47076549,47076551,47076551;OREF=TC,TCG,G,GG;OALT=CT,CTT,T,TT;OMAPALT=CTGG,CTTG,TCTG,TCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:10:29:29:0:0:4,2,13,5:1,0,26,2:0.0344828,0,0.896552,0.0689655:2,0,8,0:2,2,5,5:0:0:0,0,13,0:1,0,13,2:0:0 chr17 47128247 . C T 289.29 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0206059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.373;QD=10.7145;RBI=0.0289994;REFB=0.00269877;REVB=-0.020405;RO=71;SAF=23;SAR=14;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240906;STB=0.638815;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00448808;OID=.;OPOS=47128247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:71:71:37:37:0.342593:14:23:29:42:14:23:29:42 chr17 47210429 . A G 1330.19 PASS AF=0.59;AO=117;DP=200;FAO=118;FDP=200;FR=.;FRO=82;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.0805484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5125;QD=26.6039;RBI=0.105653;REFB=0.0203323;REVB=-0.06837;RO=83;SAF=48;SAR=69;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000488574;STB=0.505419;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0271923;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:83:82:117:118:0.59:69:48:34:49:69:49:33:49 chr17 47241604 . T C 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.933;QD=59.924;RBI=0.0178603;REFB=0;REVB=-0.0156412;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.58519e-06;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr17 47297297 . T C 6718.46 PASS AF=0.971366;AO=440;DP=454;FAO=441;FDP=454;FR=.;FRO=13;FSAF=265;FSAR=176;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0330886;FXX=0.00219775;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.478;QD=59.1935;RBI=0.0337952;REFB=-0.00869467;REVB=0.00687455;RO=12;SAF=264;SAR=176;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123413;STB=0.505034;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=2.9622e-05;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:454:454:12:13:440:441:0.971366:176:264:10:2:176:265:10:3 chr17 47372792 . AT A,TA 55.87 PASS AF=0.305085,0;AO=17,6;DP=60;FAO=18,0;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=7,0;FSAR=11,0;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0667274,-0.0453359;FXX=0.0166639;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=9.85867,21.6341;QD=3.78805;RBI=0.0846571,0.194201;REFB=-0.103068,-0.0268866;REVB=-0.0520989,-0.188835;RO=34;SAF=8,0;SAR=9,6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.033353,-0.647883;STB=0.536022,0.5;STBP=0.721,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.150069,0;OID=.,.;OPOS=47372793,47372792;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:59:34:41:17,6:18,0:0.305085,0:9,6:8,0:15:19:11,0:7,0:18:23 chr17 47888852 . A G 534.11 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.573;QD=59.3453;RBI=0.0715982;REFB=0;REVB=0.0626227;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120586;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:14:20:0:0:16:20:0:0 chr17 47903381 . C T 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0715126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.92;QD=64.0204;RBI=0.0715144;REFB=0;REVB=-0.00051636;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.133e-05;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:51:47:0:0:51:47:0:0 chr17 48067439 . G A 975.48 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0243944;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.3161;QD=54.9564;RBI=0.0282584;REFB=-0.0390529;REVB=0.0142637;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.521121;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000858791;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:71:1:3:68:68:0.957746:34:34:1:0:34:34:3:0 chr17 48067953 . T C 2292.17 PASS AF=0.986577;AO=145;DP=150;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0251206;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.752;QD=61.5347;RBI=0.110625;REFB=-0.0736568;REVB=0.107735;RO=1;SAF=86;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799197;STB=0.508063;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000305362;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:150:149:1:2:145:147:0.986577:59:86:0:1:61:86:0:2 chr17 48070878 . C T 6419.39 PASS AF=1;AO=405;DP=406;FAO=408;FDP=408;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=232;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.239;QD=62.9352;RBI=0.0172759;REFB=0;REVB=-0.00346636;RO=0;SAF=174;SAR=231;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88229e-06;OID=.;OPOS=48070878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:406:408:0:0:405:408:1:231:174:0:0:232:176:0:0 chr17 48258140 . T C 2754.54 PASS AF=0.994382;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=106;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.159;QD=61.8997;RBI=0.0477853;REFB=0.000712717;REVB=0.0358557;RO=1;SAF=106;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665744;STB=0.503496;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=2.34289e-05;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:178:1:1:177:177:0.994382:71:106:0:1:71:106:0:1 chr17 48258321 . C T 1320.45 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.773;QD=62.1388;RBI=0.0125956;REFB=0;REVB=-0.00572576;RO=0;SAF=23;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30773e-06;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:61:23:0:0:62:23:0:0 chr17 48262775 . A G 76.28 PASS AF=0.384615;AO=8;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00393401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.978;QD=11.7352;RBI=0.00511715;REFB=-0.00702189;REVB=-0.00327243;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.678847;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0103133;OID=.;OPOS=48262775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:12:16:8:10:0.384615:2:6:6:6:2:8:9:7 chr17 48265495 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.238;QD=59.1428;RBI=0.0182659;REFB=0;REVB=0.00842062;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24609e-05;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr17 48267206 . C T 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0311897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.745;QD=19.9754;RBI=0.0455521;REFB=-0.0211254;REVB=-0.0331993;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133915;STB=0.575681;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0339167;OID=.;OPOS=48267206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:11:9:12:8:11:9 chr17 48267291 . G C 582.4 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.054398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.558;QD=58.2396;RBI=0.0566822;REFB=-0.0731737;REVB=-0.0159288;RO=1;SAF=11;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407079;STB=0.521728;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00367635;OID=.;OPOS=48267291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:28:11:1:0:28:11:1:0 chr17 48268223 . A G 1915.62 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.731;QD=61.7943;RBI=0.0205122;REFB=0;REVB=0.00830312;RO=0;SAF=50;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50424e-05;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:73:50:0:0:73:51:0:0 chr17 48432295 . T G 33.07 PASS AF=0.0873016;AO=13;DP=127;FAO=11;FDP=126;FR=.;FRO=115;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=66;FSRR=49;FWDB=0.00455024;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.255;QD=1.04985;RBI=0.0414216;REFB=-0.00395255;REVB=-0.0411709;RO=112;SAF=1;SAR=12;SRF=66;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589294;STB=0.918347;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.149075;OID=.;OPOS=48432295;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:127:126:112:115:13:11:0.0873016:12:1:66:46:10:1:66:49 chr17 48456033 . T C 495.56 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00594597;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.459;QD=15.9857;RBI=0.00745457;REFB=-0.00607048;REVB=-0.00449623;RO=68;SAF=26;SAR=28;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995759;STB=0.554335;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00683202;OID=.;OPOS=48456033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:124:68:70:54:54:0.435484:28:26:26:42:28:26:27:43 chr17 48598785 . G A 2159.76 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0604191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.797;QD=62.1513;RBI=0.0604328;REFB=-0.0459286;REVB=0.00128689;RO=1;SAF=54;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872215;STB=0.504587;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000175187;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:137:138:0.992806:83:54:1:0:84:54:1:0 chr17 48599450 . A T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.657;QD=56.9381;RBI=0.018188;REFB=0;REVB=0.0114588;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94906e-05;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr17 48603344 . C CG 95.69 PASS AF=0.160494;AO=34;DP=163;FAO=26;FDP=162;FR=.;FRO=136;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=87;FWDB=-0.0660893;FXX=0.00613459;HRUN=0;LEN=1;MLLD=33.7086;QD=2.36274;RBI=0.0686082;REFB=-0.0154156;REVB=-0.0184199;RO=123;SAF=25;SAR=9;SRF=40;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491281;STB=0.789365;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.140062;OID=.;OPOS=48603345;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.160494:34:163:26:162:136:19:7:49:87:95:123:25:9:40:83 chr17 48603503 . C T 1416.6 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0675517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.636;QD=61.5912;RBI=0.0715011;REFB=-0.137774;REVB=0.0234346;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00102575;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:45:46:0:0:45:46:0:1 chr17 48606537 . C G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5322;QD=64.1523;RBI=0.0148184;REFB=0;REVB=-0.00692556;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024033;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr17 48607614 . G A 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.347;QD=58.2429;RBI=0.0276703;REFB=-0.0637447;REVB=0.0200755;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000588809;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:24:15:1:0:24:15:1:0 chr17 48608717 . T C 2594.28 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008851;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.124;QD=61.7686;RBI=0.0131706;REFB=0;REVB=0.00975317;RO=0;SAF=75;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108462;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:166:168:1:91:75:0:0:93:75:0:0 chr17 48610272 . G C 4311.49 PASS AF=1;AO=224;DP=290;FAO=274;FDP=274;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=152;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350963;FXX=0.0179205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.025;QD=62.9414;RBI=0.0881103;REFB=0;REVB=0.0808188;RO=0;SAF=149;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79234e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166066;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:290:274:0:0:224:274:1:75:149:0:0:122:152:0:0 chr17 48613837 . A G 3987.28 PASS AF=0.992308;AO=258;DP=260;FAO=258;FDP=260;FR=.;FRO=2;FSAF=128;FSAR=130;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0221611;FXX=0.00383127;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.649;QD=61.3428;RBI=0.0306309;REFB=-0.0239784;REVB=0.0211456;RO=2;SAF=128;SAR=130;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6922e-05;STB=0.50003;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000119565;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:260:260:2:2:258:258:0.992308:130:128:1:1:130:128:1:1 chr17 48625469 . CAAAAAACA CAAAAACA,CAAAAACAA,CAAAAACAG,CCAAAAACA 141.16 PASS AF=0.58,0,0.08,0.02;AO=8,2,3,10;DP=50;FAO=29,0,4,1;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=9,0,0,0;FSAR=20,0,4,1;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.161927,-0.156066,-0.0962926,-0.0307089;FXX=0.107124;HRUN=6,6,6,6;LEN=1,2,3,1;MLLD=9.00064,15.6819,112.897,9.34347;QD=11.293;RBI=0.233615,0.165348,0.0968506,0.0990794;REFB=-0.182506,-0.0754515,0.000827659,-0.168724;REVB=0.168391,0.0546219,-0.0103817,0.0942003;RO=19;SAF=4,1,0,3;SAR=4,1,3,7;SRF=1;SRR=18;SSEN=0.377953,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.547019,0.624815,-0.471159,0.400153;STB=0.581697,0.5,0.995488,0.98276;STBP=0.207,1,0.328,0.57;TYPE=del,mnp,mnp,snp;VARB=0.193088,0,0.125551,-0.0388668;OID=.,.,.,.;OPOS=48625470,48625475,48625475,48625470;OREF=A,AC,ACA,A;OALT=-,CA,CAG,C;OMAPALT=CAAAAACA,CAAAAACAA,CAAAAACAG,CCAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.58,0,0.08,0.02:8,2,3,10:50:29,0,4,1:50:16:9,0,0,0:20,0,4,1:2:14:58:19:4,1,0,3:4,1,3,7:1:18 chr17 48625480 . AGGGGGA AAGGGGA,AGGGGA,AGGGGAC,AGGGGAG 38.41 PASS AF=0,0.26087,0,0.0434783;AO=4,6,2,3;DP=50;FAO=0,12,0,2;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=0,4,0,2;FSAR=0,8,0,0;FSRF=1;FSRR=31;FWDB=-0.0180861,-0.177021,-0.0957921,-0.125289;FXX=0.115362;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,1,2,2;MLLD=20.4961,9.61727,113.642,23.4565;QD=3.33998;RBI=0.031965,0.177174,0.097134,0.125391;REFB=-0.0600647,-0.113846,-0.0124055,-0.0568816;REVB=0.0263563,0.00736056,-0.0160902,0.00507855;RO=25;SAF=0,1,1,3;SAR=4,5,1,0;SRF=0;SRR=25;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.63712,0.810222,0.872332;STB=0.5,0.79565,0.5,0.999112;STBP=1,0.204,1,0;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.168333,0.0151067,0.00905034;OID=.,.,.,.;OPOS=48625481,48625481,48625485,48625485;OREF=G,G,GA,GA;OALT=A,-,AC,AG;OMAPALT=AAGGGGA,AGGGGA,AGGGGAC,AGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.26087,0,0.0434783:4,6,2,3:50:0,12,0,2:46:32:0,4,0,2:0,8,0,0:1:31:26:25:0,1,1,3:4,5,1,0:0:25 chr17 48629458 . A G 3447.3 PASS AF=0.986726;AO=222;DP=226;FAO=223;FDP=226;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=157;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0121126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9039;QD=61.0141;RBI=0.046497;REFB=0.0477707;REVB=-0.0448916;RO=4;SAF=65;SAR=157;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284144;STB=0.51111;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00567709;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:226:226:4:3:222:223:0.986726:157:65:4:0:157:66:3:0 chr17 48653354 . C A 2139.24 PASS AF=0.948718;AO=147;DP=156;FAO=148;FDP=156;FR=.;FRO=8;FSAF=61;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0656627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.682;QD=54.8523;RBI=0.0658292;REFB=-0.0106318;REVB=0.00467872;RO=5;SAF=61;SAR=86;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000963474;STB=0.508606;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.000452731;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:156:156:5:8:147:148:0.948718:86:61:2:3:87:61:2:6 chr17 48712705 . G A 2794.1 PASS AF=0.989011;AO=176;DP=179;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.025236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.848;QD=61.4087;RBI=0.0397351;REFB=-0.133263;REVB=0.0306924;RO=2;SAF=68;SAR=108;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873323;STB=0.504424;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000456553;OID=.;OPOS=48712705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:179:182:2:2:176:180:0.989011:108:68:0:2:112:68:0:2 chr17 48712711 . C G 2767.71 PASS AF=0.978261;AO=180;DP=184;FAO=180;FDP=184;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0390548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.808;QD=60.1676;RBI=0.0442344;REFB=-0.195307;REVB=0.0207702;RO=0;SAF=69;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508849;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000785391;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:184:184:0:4:180:180:0.978261:111:69:0:0:111:69:0:4 chr17 48753423 . C T 459.52 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=-0.00624438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6613;QD=14.3601;RBI=0.00642339;REFB=-0.0190377;REVB=-0.00150584;RO=76;SAF=18;SAR=34;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31056;STB=0.674697;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0164895;OID=.;OPOS=48753423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:76:76:52:52:0.40625:34:18:49:27:34:18:49:27 chr17 48755388 . C T 649.73 PASS AF=0.41206;AO=66;DP=177;FAO=82;FDP=199;FR=.;FRO=117;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=65;FWDB=0.0309482;FXX=0.00499975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=26.8952;QD=13.06;RBI=0.0699964;REFB=-0.0411711;REVB=0.062783;RO=111;SAF=44;SAR=22;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271241;STB=0.628504;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0683177;OID=.;OPOS=48755388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:199:111:117:66:82:0.41206:22:44:47:64:28:54:52:65 chr17 48761105 . C T 201.97 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=36;FWDB=-0.00643994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.629;QD=12.058;RBI=0.0378764;REFB=-0.0419118;REVB=0.0373249;RO=42;SAF=4;SAR=21;SRF=6;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357491;STB=0.520532;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0499952;OID=.;OPOS=48761105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:21:4:6:36:21:4:6:36 chr17 48774319 . G A 448.33 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.00134785;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.269;QD=15.594;RBI=0.029233;REFB=-0.00902526;REVB=-0.0292019;RO=64;SAF=28;SAR=22;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916617;STB=0.555688;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0114287;OID=.;OPOS=48774319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:65:50:50:0.434783:22:28:30:34:22:28:30:35 chr17 48777220 . G GTCA 301.34 PASS AF=0.378947;AO=31;DP=120;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.0148491;FXX=0.0594001;HRUN=1;LEN=3;MLLD=230.203;QD=12.6878;RBI=0.0164023;REFB=-0.0229861;REVB=-0.00696716;RO=84;SAF=11;SAR=20;SRF=27;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454451;STB=0.526673;STBP=0.726;TYPE=ins;VARB=0.036046;OID=.;OPOS=48777221;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=GTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378947:31:120:36:95:59:13:23:19:40:99:84:11:20:27:57 chr17 48834023 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.013049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.384;QD=12.7822;RBI=0.0267725;REFB=0.00123834;REVB=-0.0233771;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703453;STB=0.541584;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00206014;OID=.;OPOS=48834023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:8:6:5:5:8:6 chr17 48834032 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0153084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.826;QD=13.4409;RBI=0.0153961;REFB=0.000698537;REVB=0.00164086;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11072;STB=0.565089;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.000342055;OID=.;OPOS=48834032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:8:5:5:5:8:5 chr17 48834080 . A G 163.48 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0334994;FXX=0.049975;HRUN=27;LEN=1;MLLD=27.846;QD=34.4175;RBI=0.0512495;REFB=-0.0902162;REVB=-0.0387852;RO=2;SAF=4;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181062;STB=0.580538;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0338681;OID=.;OPOS=48834080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:2:3:16:16:0.842105:12:4:2:0:12:4:2:1 chr17 49255306 . TTAATAATAATAATAA TTAATAATAATAA,TTAATAATAATAAA,TTAATAATAATAAAAC 325.94 PASS AF=0.491228,0.0175439,0.105263;AO=18,6,4;DP=58;FAO=28,1,6;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=10,1,5;FSAR=18,0,1;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0172306,0.0110994,0.00284241;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,2,3;MLLD=181.317,180.868,108.215;QD=22.8731;RBI=0.0255575,0.0276418,0.0647682;REFB=-0.0177203,-0.0136721,0.00289383;REVB=0.0188758,0.0253155,-0.0647058;RO=22;SAF=6,4,3;SAR=12,2,1;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.291139,0.0390845,0.149252;STB=0.624188,0.98725,0.702351;STBP=0.051,0.491,0.314;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.014531,0.0501699,0.0016421;OID=.,.,.;OPOS=49255307,49255318,49255319;OREF=TAA,AT,TAA;OALT=-,-,AAC;OMAPALT=TTAATAATAATAA,TTAATAATAATAAA,TTAATAATAATAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491228,0.0175439,0.105263:18,6,4:58:28,1,6:57:22:10,1,5:18,0,1:14:8:99:22:6,4,3:12,2,1:14:8 chr17 49338257 . C T 2116.71 PASS AF=0.467949;AO=217;DP=465;FAO=219;FDP=468;FR=.;FRO=249;FSAF=69;FSAR=150;FSRF=69;FSRR=180;FWDB=0.023385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.563;QD=18.0915;RBI=0.0246998;REFB=-0.00528286;REVB=-0.00795133;RO=246;SAF=69;SAR=148;SRF=67;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519278;STB=0.523807;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00468424;OID=.;OPOS=49338257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:465:468:246:249:217:219:0.467949:148:69:67:179:150:69:69:180 chr17 49713300 . G A 1084.4 PASS AF=0.441509;AO=117;DP=266;FAO=117;FDP=265;FR=.;FRO=148;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=71;FSRR=77;FWDB=-0.0341154;FXX=0.00749036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.121;QD=16.3683;RBI=0.0345369;REFB=-0.0148593;REVB=0.00537898;RO=147;SAF=60;SAR=57;SRF=70;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367519;STB=0.518472;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0180103;OID=.;OPOS=49713300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:147:148:117:117:0.441509:57:60:70:77:57:60:71:77 chr17 51901084 . A G 1153.9 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0226006;FXX=0.048187;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.171;QD=58.4253;RBI=0.0232395;REFB=-0.105302;REVB=-0.00541181;RO=2;SAF=35;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00192627;STB=0.50116;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000867179;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:79:2:2:76:77:0.974684:41:35:1:1:42:35:1:1 chr17 51901385 . C T 2384.53 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.504;QD=64.0143;RBI=0.0320686;REFB=0;REVB=0.0228559;RO=0;SAF=64;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14524e-05;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:147:149:1:83:64:0:0:83:66:0:0 chr17 51901643 . C T 2064.9 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.835;QD=62.5728;RBI=0.00834772;REFB=0;REVB=-0.00156463;RO=0;SAF=54;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06009e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27285e-06;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:131:132:1:77:54:0:0:77:55:0:0 chr17 51901703 . C G 781.72 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.588;QD=56.8525;RBI=0.0741091;REFB=0;REVB=-0.0740984;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129405;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:30:25:0:0 chr17 51902252 . C T 2409.4 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.203;QD=64.2505;RBI=0.0234584;REFB=0;REVB=0.0187177;RO=0;SAF=65;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67068e-05;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:148:150:1:83:65:0:0:84:66:0:0 chr17 51902492 . A AAAT 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369873;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=302.04;QD=43.4862;RBI=0.0464116;REFB=0;REVB=0.0280353;RO=4;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252575;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.64674e-05;OID=.;OPOS=51902493;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:16:12:12:0:3:9:0:0:4:4:3:9:3:1 chr17 53076799 . G A 1198.39 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.073;QD=59.9196;RBI=0.0291772;REFB=-0.077864;REVB=-0.00200624;RO=1;SAF=26;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178571;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271124;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:80:1:0:79:80:1:53:26:1:0:53:27:0:0 chr17 53076986 . G A 312.82 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.858;QD=52.1365;RBI=0.042908;REFB=0;REVB=-0.0266919;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00643433;OID=.;OPOS=53076986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr17 53237959 . T C 1433.62 PASS AF=0.468553;AO=148;DP=317;FAO=149;FDP=318;FR=.;FRO=169;FSAF=77;FSAR=72;FSRF=98;FSRR=71;FWDB=-0.0059082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.787;QD=18.0329;RBI=0.00786435;REFB=-0.0078921;REVB=-0.0051905;RO=168;SAF=77;SAR=71;SRF=97;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553332;STB=0.533645;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00882526;OID=.;OPOS=53237959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:318:168:169:148:149:0.468553:71:77:97:71:72:77:98:71 chr17 53238728 . G A 4771.46 PASS AF=0.978125;AO=312;DP=320;FAO=313;FDP=320;FR=.;FRO=7;FSAF=149;FSAR=164;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0511296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4535;QD=59.6432;RBI=0.0946899;REFB=-0.131239;REVB=0.0796991;RO=4;SAF=149;SAR=163;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000542685;STB=0.501041;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00310674;OID=.;OPOS=53238728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:320:320:4:7:312:313:0.978125:163:149:2:2:164:149:3:4 chr17 53400110 . T C 3861.55 PASS AF=1;AO=251;DP=253;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150066;FXX=0.00790483;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.169;QD=61.5386;RBI=0.0291449;REFB=-0.132695;REVB=0.0249845;RO=2;SAF=129;SAR=122;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00733251;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7495e-05;OID=.;OPOS=53400110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:253:251:2:0:251:251:1:122:129:2:0:122:129:0:0 chr17 53400918 . GT G 1520.31 PASS AF=1;AO=119;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0783124;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.9763;QD=47.1414;RBI=0.141006;REFB=0;REVB=-0.11726;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00181438;OID=.;OPOS=53400919;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:119:127:129:129:0:57:72:0:0:28:0:54:65:0:0 chr17 53485186 . C T 46.71 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0118429;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0181;QD=8.49322;RBI=0.0341179;REFB=-0.014327;REVB=-0.0319965;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769493;STB=0.52624;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0245064;OID=.;OPOS=53485186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:22:14:15:7:7:0.318182:3:4:7:7:3:4:8:7 chr17 53851228 . C T 3463.08 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657034;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7607;QD=62.3978;RBI=0.00909397;REFB=-0.0762322;REVB=-0.00628736;RO=1;SAF=88;SAR=132;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538348;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186351;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:221:222:1:0:220:222:1:132:88:1:0:134:88:0:0 chr17 54450038 . C A 817.61 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.007;QD=57.376;RBI=0.0250211;REFB=0;REVB=0.0204576;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24285e-05;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr17 54450134 . G A 1026.88 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.046;QD=59.5294;RBI=0.114752;REFB=0;REVB=-0.0210182;RO=0;SAF=20;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4987e-05;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:48:20:0:0:48:21:0:0 chr17 54534634 . G A 984.02 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00067884;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.118;QD=59.6376;RBI=0.0719575;REFB=0;REVB=-0.0719543;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100147;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr17 54921494 . A C 1026.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.485;QD=59.4963;RBI=0.0438994;REFB=0;REVB=0.00960503;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99594e-05;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr17 54966805 . A G 598.44 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0126201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.376;QD=25.7391;RBI=0.016348;REFB=-0.00717834;REVB=-0.0103918;RO=38;SAF=24;SAR=30;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382549;STB=0.514558;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00727816;OID=.;OPOS=54966805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:39:54:54:0.580645:30:24:15:23:30:24:16:23 chr17 54978794 . G A 1647.29 PASS AF=0.965812;AO=112;DP=118;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0227195;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.201;QD=56.3176;RBI=0.0460395;REFB=-0.0953476;REVB=0.0400432;RO=2;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163659;STB=0.508101;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00240236;OID=.;OPOS=54978794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:118:117:2:4:112:113:0.965812:57:55:0:2:58:55:1:3 chr17 55027850 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.568;QD=59.839;RBI=0.0070705;REFB=0;REVB=-0.00570978;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17692e-05;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr17 55182811 . CT C 861.88 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756394;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.828;QD=44.1991;RBI=0.0861591;REFB=0;REVB=0.0412561;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00236259;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:78:78:78:0:37:41:0:0:16:0:34:41:0:0 chr17 55183203 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.355;QD=61.6838;RBI=0.0484325;REFB=0;REVB=-0.0315074;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17833e-05;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr17 55183716 . T C 2159.51 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.934;QD=63.0514;RBI=0.0124504;REFB=0;REVB=0.0121889;RO=0;SAF=89;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92872e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93383e-06;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:48:89:0:0:48:89:0:0 chr17 55822171 . T C 373.33 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0172352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.002;QD=12.3415;RBI=0.0234974;REFB=-0.0214631;REVB=-0.0159712;RO=76;SAF=19;SAR=26;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574627;STB=0.532772;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0381803;OID=.;OPOS=55822171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:76:76:45:45:0.371901:26:19:36:40:26:19:36:40 chr17 55822214 . T A 614.26 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.00448637;FXX=0.0258048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6102;QD=16.2719;RBI=0.0701823;REFB=-0.0198042;REVB=0.0700388;RO=78;SAF=33;SAR=34;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519215;STB=0.504151;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00996013;OID=.;OPOS=55822214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:84:67:67:0.443709:34:33:38:40:34:33:42:42 chr17 55822467 . G A 675.65 PASS AF=0.470199;AO=71;DP=151;FAO=71;FDP=151;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=0.00603845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5696;QD=17.8981;RBI=0.00687082;REFB=0.00316741;REVB=-0.003278;RO=78;SAF=39;SAR=32;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512071;STB=0.534032;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00376312;OID=.;OPOS=55822467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:80:71:71:0.470199:32:39:47:31:32:39:49:31 chr17 56382234 . GC CG 32.75 PASS AF=0.0718232;AO=14;DP=185;FAO=13;FDP=181;FR=.;FRO=168;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=83;FSRR=85;FWDB=-0.0215267;FXX=0.0216205;HRUN=4;LEN=2;MLLD=88.1744;QD=0.723763;RBI=0.0514544;REFB=-0.00143711;REVB=-0.046735;RO=153;SAF=10;SAR=4;SRF=73;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271066;STB=0.684915;STBP=0.168;TYPE=mnp;VARB=0.133047;OID=.;OPOS=56382234;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:185:181:153:168:14:13:0.0718232:4:10:73:80:4:9:83:85 chr17 56435885 . G T 1235.41 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.447;QD=61.0077;RBI=0.0961593;REFB=0;REVB=0.0960915;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222111;OID=.;OPOS=56435885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:29:50:0:0:30:51:0:0 chr17 56492800 . T C 2331.56 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3315;QD=63.8784;RBI=0.0280065;REFB=0;REVB=0.0243029;RO=0;SAF=72;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35696e-05;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:74:72:0:0:74:72:0:0 chr17 56544280 . T G 1324.73 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00285471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6691;QD=60.9073;RBI=0.00591276;REFB=-0.0328775;REVB=0.00517796;RO=1;SAF=34;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01373;STB=0.507245;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00202158;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:52:34:1:0:52:34:1:0 chr17 56584205 . A C 1526.56 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.201;QD=59.8651;RBI=0.0295162;REFB=0;REVB=0.0193486;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65264e-05;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:40:60:0:0:40:62:0:0 chr17 56585872 . G C 3387.95 PASS AF=1;AO=216;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542371;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.794;QD=62.4508;RBI=0.00961406;REFB=0;REVB=-0.0079381;RO=0;SAF=100;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65203e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94495e-06;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:218:217:0:0:216:217:1:116:100:0:0:116:101:0:0 chr17 56598439 . T C 2312.63 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.472;QD=63.7966;RBI=0.0286178;REFB=0;REVB=0.0247447;RO=0;SAF=66;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04189e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42579e-05;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:79:66:0:0:79:66:0:0 chr17 56621286 . G T 1795.92 PASS AF=0.918519;AO=124;DP=135;FAO=124;FDP=135;FR=.;FRO=11;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.016568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5029;QD=53.2124;RBI=0.0321416;REFB=0.0228026;REVB=0.0275425;RO=11;SAF=63;SAR=61;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222845;STB=0.511765;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0018119;OID=.;OPOS=56621286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:135:135:11:11:124:124:0.918519:61:63:4:7:61:63:4:7 chr17 56621288 . C T 32.14 PASS AF=0.0797101;AO=11;DP=138;FAO=11;FDP=138;FR=.;FRO=127;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=0.0268748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3194;QD=0.931631;RBI=0.0315331;REFB=-0.0137826;REVB=0.016495;RO=127;SAF=4;SAR=7;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15743;STB=0.629394;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.176548;OID=.;OPOS=56621288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:138:138:127:127:11:11:0.0797101:7:4:64:63:7:4:64:63 chr17 56621359 . T C 2391.06 PASS AF=1;AO=150;DP=153;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182681;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.404;QD=60.1525;RBI=0.0763644;REFB=-0.0736733;REVB=0.0763425;RO=0;SAF=92;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846626;OID=.;OPOS=56621359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:153:159:0:0:150:159:1:58:92:0:0:66:93:0:0 chr17 56636854 . T C 1126.85 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0200346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.578;QD=57.7872;RBI=0.0270552;REFB=0.0130585;REVB=0.0181824;RO=2;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286554;STB=0.515148;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.000217198;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:32:44:0:2:32:44:0:2 chr17 56772341 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00116628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6954;QD=15.3789;RBI=0.0423914;REFB=-0.00303579;REVB=0.0423754;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131584;STB=0.57564;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.005647;OID=.;OPOS=56772341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:11:3:4:8:11:3 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 1854.43 PASS AF=1,0;AO=83,35;DP=132;FAO=131,0;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=63,0;FSAR=68,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106766,-0.0258809;FXX=0.00757518;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=22.3166,14.0647;QD=56.6237;RBI=0.106797,0.256141;REFB=0,0;REVB=0.00255466,-0.25483;RO=0;SAF=53,3;SAR=30,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00109797,-0.00127374;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:83,35:132:131,0:131:0:63,0:68,0:0:0:10:0:53,3:30,32:0:0 chr17 57477616 . G A 714.36 PASS AF=0.496454;AO=66;DP=137;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0125597;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.679;QD=20.2656;RBI=0.0260959;REFB=-0.0170539;REVB=-0.0228747;RO=70;SAF=27;SAR=39;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859227;STB=0.547327;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0150533;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:70:71:66:70:0.496454:39:27:35:35:41:29:36:35 chr17 57478206 . TTC T 645.29 PASS AF=0.375;AO=108;DP=322;FAO=120;FDP=320;FR=.;FRO=200;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=92;FSRR=108;FWDB=0.000453426;FXX=0.0184043;HRUN=2;LEN=2;MLLD=293.563;QD=8.0661;RBI=0.00775171;REFB=-0.0101556;REVB=-0.00773844;RO=181;SAF=60;SAR=48;SRF=88;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771344;STB=0.57193;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.0179882;OID=.;OPOS=57478207;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:108:322:120:320:200:69:51:92:108:99:181:60:48:88:93 chr17 57951973 . G A 297.77 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.000343487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.697;QD=13.535;RBI=0.00567925;REFB=-0.00978629;REVB=-0.00566885;RO=54;SAF=14;SAR=20;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761053;STB=0.543453;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0183293;OID=.;OPOS=57951973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:20:14:26:28:20:14:26:28 chr17 57963537 . A G 334.23 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0105604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4939;QD=16.7116;RBI=0.011215;REFB=0.010029;REVB=0.00377547;RO=42;SAF=14;SAR=22;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133343;STB=0.56924;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0125708;OID=.;OPOS=57963537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:44:36:36:0.45:22:14:11:31:22:14:12:32 chr17 58024275 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0171887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.271;QD=13.5766;RBI=0.0198008;REFB=-0.0238205;REVB=0.00982946;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414547;STB=0.524235;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.022858;OID=.;OPOS=58024275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:11:8:6:7:11:8 chr17 58024324 . A G 130.97 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0166375;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=227.479;QD=10.2717;RBI=0.0177914;REFB=-0.00629009;REVB=-0.00630299;RO=35;SAF=5;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269768;STB=0.661448;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0107201;OID=.;OPOS=58024324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:11:5:19:16:11:5:19:16 chr17 58031412 . A G 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0172573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.665;QD=10.4293;RBI=0.0173197;REFB=-0.00869451;REVB=-0.00146878;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298295;STB=0.517832;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0182599;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:5:9:20:10:5:9:20:10 chr17 58179753 . C T 923.16 PASS AF=0.494624;AO=92;DP=186;FAO=92;FDP=186;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.00604188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.618;QD=19.8529;RBI=0.0104991;REFB=0.00168986;REVB=-0.00858642;RO=94;SAF=33;SAR=59;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954449;STB=0.552613;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00240727;OID=.;OPOS=58179753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:94:94:92:92:0.494624:59:33:43:51:59:33:43:51 chr17 58508618 . T C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0149372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.244;QD=12.8691;RBI=0.0220171;REFB=-0.0179553;REVB=0.016175;RO=33;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579719;STB=0.533303;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0233014;OID=.;OPOS=58508618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:15:6:8:25:15:6:8:25 chr17 58786625 . A G 2869.05 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854883;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8158;QD=63.056;RBI=0.0381262;REFB=0;REVB=0.0371554;RO=0;SAF=88;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85763e-05;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:181:182:1:93:88:0:0:93:89:0:0 chr17 58824567 . T C 1539.56 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272852;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9539;QD=63.487;RBI=0.0538003;REFB=0;REVB=0.046368;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138573;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:48:48:0:0:48:49:0:0 chr17 59482166 . C G 481.51 PASS AF=0.495327;AO=46;DP=101;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0261035;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.184;QD=18.0005;RBI=0.0298581;REFB=-0.0385659;REVB=0.0144952;RO=55;SAF=36;SAR=10;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259156;STB=0.624134;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0235608;OID=.;OPOS=59482166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:107:55:54:46:53:0.495327:10:36:31:24:12:41:31:23 chr17 59482169 . CGGGG GGGGA 532.16 PASS AF=0.528846;AO=42;DP=106;FAO=55;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0152063;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=5;MLLD=204.389;QD=20.4677;RBI=0.050091;REFB=0.00123548;REVB=-0.0477271;RO=33;SAF=37;SAR=5;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299054;STB=0.61424;STBP=0.026;TYPE=mnp;VARB=-0.00103782;OID=.;OPOS=59482169;OREF=CGGGG;OALT=GGGGA;OMAPALT=GGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:33:49:42:55:0.528846:5:37:22:11:12:43:29:20 chr17 59485555 . C T 524.37 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0135628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.803;QD=17.3345;RBI=0.0144248;REFB=-0.0132783;REVB=-0.00491194;RO=62;SAF=28;SAR=28;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122345;STB=0.5537;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0136386;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:62:65:56:56:0.46281:28:28:23:39:28:28:26:39 chr17 59489425 . C G 2792.07 PASS AF=0.419532;AO=305;DP=728;FAO=305;FDP=727;FR=.;FRO=422;FSAF=155;FSAR=150;FSRF=260;FSRR=162;FWDB=0.00931454;FXX=0.00274345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.254;QD=15.3621;RBI=0.012217;REFB=-0.00616994;REVB=-0.0079054;RO=408;SAF=155;SAR=150;SRF=250;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10831;STB=0.562784;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00753792;OID=.;OPOS=59489425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:728:727:408:422:305:305:0.419532:150:155:250:158:150:155:260:162 chr17 59489893 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0167981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.182;QD=10.0752;RBI=0.016846;REFB=-0.00719579;REVB=-0.00127025;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274631;STB=0.666263;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0156605;OID=.;OPOS=59489893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:9:5:5:3:9:5 chr17 59490235 . C T 475.26 PASS AF=0.481132;AO=49;DP=104;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0247669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.247;QD=17.9344;RBI=0.0266009;REFB=-0.026291;REVB=0.0097062;RO=55;SAF=27;SAR=22;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125807;STB=0.567611;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.025893;OID=.;OPOS=59490235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:55:55:49:51:0.481132:22:27:23:32:23:28:23:32 chr17 59533868 . G C 3455.95 PASS AF=0.472074;AO=356;DP=752;FAO=355;FDP=752;FR=.;FRO=397;FSAF=180;FSAR=175;FSRF=212;FSRR=185;FWDB=-0.0410152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0542;QD=18.3827;RBI=0.0435358;REFB=-0.0192913;REVB=0.0145986;RO=396;SAF=181;SAR=175;SRF=211;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234175;STB=0.514242;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0216208;OID=.;OPOS=59533868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:752:752:396:397:356:355:0.472074:175:181:211:185:175:180:212:185 chr17 59534987 . T G 308.13 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-1.02876e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.069;QD=20.8905;RBI=0.0178547;REFB=-0.0181622;REVB=0.0178547;RO=27;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152043;STB=0.584362;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0128938;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:12:20:12:15:12:20:12:15 chr17 59667953 . G A 751.53 PASS AF=0.506667;AO=76;DP=150;FAO=76;FDP=150;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00360237;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.881;QD=20.0409;RBI=0.00716686;REFB=-0.00675192;REVB=-0.00619571;RO=73;SAF=39;SAR=37;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178274;STB=0.513154;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00651498;OID=.;OPOS=59667953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:73:74:76:76:0.506667:37:39:36:37:37:39:36:38 chr17 59668021 . G C 625.89 PASS AF=0.43949;AO=69;DP=159;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.00628673;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.862;QD=15.9462;RBI=0.0415798;REFB=-0.0184016;REVB=-0.0411018;RO=84;SAF=42;SAR=27;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132701;STB=0.58102;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0189215;OID=.;OPOS=59668021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:84:88:69:69:0.43949:27:42:40:44:27:42:41:47 chr17 59668352 . C T 1504.42 PASS AF=0.503425;AO=146;DP=289;FAO=147;FDP=292;FR=.;FRO=145;FSAF=83;FSAR=64;FSRF=79;FSRR=66;FWDB=0.00850618;FXX=0.00680249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5647;QD=20.6085;RBI=0.0102155;REFB=-0.00473839;REVB=0.00565704;RO=143;SAF=82;SAR=64;SRF=77;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211978;STB=0.509971;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00294819;OID=.;OPOS=59668352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:292:143:145:146:147:0.503425:64:82:77:66:64:83:79:66 chr17 59760174 . G A 375.71 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00116742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.674;QD=23.8544;RBI=0.00792039;REFB=-0.0277088;REVB=0.00783388;RO=24;SAF=13;SAR=24;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184928;STB=0.531838;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0202061;OID=.;OPOS=59760174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:26:37:37:0.587302:24:13:9:15:24:13:11:15 chr17 59760996 . A G 118.87 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0220745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.211;QD=13.2075;RBI=0.0239074;REFB=-0.0309602;REVB=-0.00918034;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168078;STB=0.598286;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0559925;OID=.;OPOS=59760996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:9:13:6:8:9:13 chr17 59763114 . A T 267.98 PASS AF=0.430556;AO=29;DP=70;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0696599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.544;QD=14.8876;RBI=0.0723154;REFB=-0.0426703;REVB=0.0194169;RO=41;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13951;STB=0.592532;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0577643;OID=.;OPOS=59763114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:41:41:29:31:0.430556:11:18:20:21:11:20:20:21 chr17 59763347 . A G 709.15 PASS AF=0.510949;AO=69;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.000771002;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.964;QD=20.705;RBI=0.00414406;REFB=-0.01855;REVB=0.00407171;RO=68;SAF=24;SAR=45;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620547;STB=0.531964;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0183765;OID=.;OPOS=59763347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:67:69:70:0.510949:45:24:28:40:46:24:27:40 chr17 59763465 . T C 1590.95 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507061;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.82;QD=60.036;RBI=0.0310867;REFB=0;REVB=0.0306704;RO=0;SAF=42;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85201e-05;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:64:42:0:0:64:42:0:0 chr17 59926567 . C T 744.74 PASS AF=0.493671;AO=77;DP=156;FAO=78;FDP=158;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0375976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.827;QD=18.8541;RBI=0.0388647;REFB=-0.0235796;REVB=-0.00984302;RO=79;SAF=26;SAR=51;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127711;STB=0.576556;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0259171;OID=.;OPOS=59926567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:79:80:77:78:0.493671:51:26:37:42:52:26:38:42 chr17 59955426 . T G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.65;QD=59.833;RBI=0.0251248;REFB=0;REVB=0.0210171;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61963e-05;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:56:46:0:0:56:46:0:0 chr17 59969000 . T C 423.63 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0371694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6617;QD=16.1381;RBI=0.0419599;REFB=-0.00266831;REVB=0.0194697;RO=58;SAF=22;SAR=25;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014532;STB=0.508127;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00482338;OID=.;OPOS=59969000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:25:22:28:30:25:22:28:30 chr17 60040329 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.777;QD=57.3858;RBI=0.0175463;REFB=0;REVB=0.00900935;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.62534e-06;OID=.;OPOS=60040329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr17 60043884 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.951;QD=61.695;RBI=0.0141784;REFB=0;REVB=-0.00992047;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74884e-07;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr17 60043929 . T C 1027.33 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0236808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.903;QD=55.5311;RBI=0.0331923;REFB=-0.258433;REVB=0.0232582;RO=3;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286401;STB=0.515147;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00172381;OID=.;OPOS=60043929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:74:3:3:71:71:0.959459:48:23:0:3:48:23:0:3 chr17 60083208 . G T 993.06 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0848263;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4031;QD=59.2871;RBI=0.0885513;REFB=0;REVB=-0.025413;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000906791;OID=.;OPOS=60083208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr17 60345508 . A G 697.38 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.861;QD=60.6418;RBI=0.0128878;REFB=-0.135301;REVB=0.00308104;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.511623;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000927261;OID=.;OPOS=60345508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:46:0:1:44:45:0.978261:23:21:0:0:24:21:1:0 chr17 60348325 . G A 4875.42 PASS AF=1;AO=312;DP=313;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138548;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2468;QD=62.5054;RBI=0.0189121;REFB=0.0108421;REVB=0.0128729;RO=1;SAF=162;SAR=150;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87508e-06;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:313:312:1:0:312:312:1:150:162:0:1:150:162:0:0 chr17 60351457 . G A 5999.82 PASS AF=1;AO=378;DP=383;FAO=379;FDP=379;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=227;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403287;FXX=0.0104436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7175;QD=63.3227;RBI=0.0476537;REFB=-0.0925563;REVB=-0.0253865;RO=1;SAF=151;SAR=227;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98824e-05;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:383:379:1:0:378:379:1:227:151:1:0:227:152:0:0 chr17 60493386 . A G 113.03 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0230975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.008;QD=17.3887;RBI=0.0258515;REFB=0.0242827;REVB=0.0116105;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288901;STB=0.669263;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.01427;OID=.;OPOS=60493386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:2:11:8:5:2:11:8:5 chr17 60503892 . A G 201.93 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.7753;QD=47.5121;RBI=0.0797057;REFB=0;REVB=-0.0226612;RO=1;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730056;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:1:0:16:17:1:11:5:1:0:11:6:0:0 chr17 60683503 . A G 505.82 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=137;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.00462111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.564;QD=14.7685;RBI=0.0181317;REFB=-0.00828828;REVB=0.017533;RO=81;SAF=26;SAR=30;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00791924;STB=0.504456;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0129055;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:81:81:56:56:0.408759:30:26:37:44:30:26:37:44 chr17 60753904 . A C 1440.6 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337354;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2285;QD=62.6346;RBI=0.0441207;REFB=0;REVB=-0.0284352;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197997;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:90:92:1:49:41:0:0:50:42:0:0 chr17 60758273 . G C 3237.61 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9905;QD=61.9639;RBI=0.030156;REFB=0;REVB=0.00596213;RO=0;SAF=107;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31245e-05;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:209:209:1:102:107:0:0:102:107:0:0 chr17 60766224 . A G 3915.91 PASS AF=1;AO=245;DP=245;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2235;QD=63.9332;RBI=0.0133603;REFB=0;REVB=0.00839754;RO=0;SAF=118;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23854e-06;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:245:0:0:245:245:1:127:118:0:0:127:118:0:0 chr17 60767015 . G A 4185.47 PASS AF=1;AO=267;DP=267;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.95;QD=62.7037;RBI=0.0248369;REFB=0;REVB=0.0184207;RO=0;SAF=120;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75205e-05;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:267:267:0:0:267:267:1:147:120:0:0:147:120:0:0 chr17 60769803 . A G 566.55 PASS AF=0.418301;AO=64;DP=153;FAO=64;FDP=153;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.00907174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.934;QD=14.8118;RBI=0.00915207;REFB=-0.00870843;REVB=-0.0012099;RO=89;SAF=20;SAR=44;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222677;STB=0.625283;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0105344;OID=.;OPOS=60769803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:89:89:64:64:0.418301:44:20:46:43:44:20:46:43 chr17 61391843 . A AT 43.85 PASS AF=0.121795;AO=25;DP=160;FAO=19;FDP=156;FR=.;FRO=137;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=89;FWDB=-0.0124991;FXX=0.0249984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=107.039;QD=1.12443;RBI=0.0211198;REFB=-0.00254756;REVB=-0.0170241;RO=127;SAF=21;SAR=4;SRF=41;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606971;STB=0.884267;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.153757;OID=.;OPOS=61391844;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.121795:25:160:19:156:137:16:3:48:89:43:127:21:4:41:86 chr17 61559923 . C T 1444.43 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0155872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.757;QD=60.8181;RBI=0.0272879;REFB=-0.0805883;REVB=0.0223979;RO=2;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225624;STB=0.511902;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000288414;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:41:52:0:2:41:52:0:2 chr17 61562309 . C T 1226.29 PASS AF=0.943182;AO=82;DP=88;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0525997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.892;QD=55.7403;RBI=0.0531307;REFB=-0.115167;REVB=-0.00749256;RO=1;SAF=43;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108864;STB=0.518778;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00070264;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:88:88:1:5:82:83:0.943182:39:43:1:0:39:44:1:4 chr17 61562774 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.238;QD=63.2856;RBI=0.0917073;REFB=0;REVB=-0.0103077;RO=0;SAF=10;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584336;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:36:10:0:0:36:10:0:0 chr17 61564052 . A G 1324.82 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.231;QD=60.9113;RBI=0.0268473;REFB=-0.0269021;REVB=-0.0169335;RO=1;SAF=29;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160535;STB=0.508473;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000214876;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:85:86:0.988506:56:29:1:0:57:29:1:0 chr17 61566031 . G A 1859.37 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.687;QD=61.4667;RBI=0.0417326;REFB=0;REVB=0.0384948;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58295e-05;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:59:61:0:0:59:62:0:0 chr17 61573761 . T C 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9429;QD=62.9785;RBI=0.0338413;REFB=0;REVB=0.00697838;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003428;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr17 61776272 . C T 198.23 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0267047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7486;QD=13.2153;RBI=0.0429704;REFB=-0.0127219;REVB=0.0336647;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1875;STB=0.607056;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0287248;OID=.;OPOS=61776272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:13:11:23:13:13:11:23:13 chr17 61776479 . T C 553.11 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.313;QD=59.796;RBI=0.0280157;REFB=0;REVB=0.0204537;RO=0;SAF=32;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11146e-05;OID=.;OPOS=61776479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:3:32:0:0:4:33:0:0 chr17 61805747 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.989;QD=61.6839;RBI=0.0279575;REFB=0;REVB=0.0174287;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72022e-05;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr17 61838259 . G A 1008.51 PASS AF=0.934211;AO=71;DP=76;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00678926;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.1838;QD=53.0794;RBI=0.0880848;REFB=-0.104446;REVB=-0.0878227;RO=5;SAF=31;SAR=40;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00462283;STB=0.502449;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00541206;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:76:76:5:5:71:71:0.934211:40:31:2:3:40:31:2:3 chr17 61901197 . T A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.809;QD=60.7159;RBI=0.00905144;REFB=0;REVB=0.00506525;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.15201e-06;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr17 61902934 . TTG T,TT 285.07 PASS AF=0,0.875;AO=8,21;DP=40;FAO=0,35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=0,6;FSAR=0,29;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.131739,0.0993376;FXX=0;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=9.73241,13.0395;QD=28.5071;RBI=0.180175,0.175023;REFB=0.0793952,-0.031966;REVB=-0.122913,0.144101;RO=7;SAF=2,2;SAR=6,19;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0.326531;SSEP=0,0;SSSB=-0.0368153,-0.202826;STB=0.5,0.506231;STBP=1,0.94;TYPE=del,del;VARB=0,0.0327905;OID=.,.;OPOS=61902935,61902936;OREF=TG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.875:8,21:40:0,35:40:5:0,6:0,29:1:4:7:7:2,2:6,19:2:5 chr17 61903445 . G C 2307.4 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.466;QD=61.1232;RBI=0.0479051;REFB=0;REVB=-0.0470655;RO=0;SAF=70;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61067e-05;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:150:151:1:80:70:0:0:80:71:0:0 chr17 61903597 . G A 200.72 PASS AF=0.386667;AO=20;DP=72;FAO=29;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.104688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.5119;QD=10.7053;RBI=0.104809;REFB=-0.0613853;REVB=0.00504057;RO=35;SAF=3;SAR=17;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230291;STB=0.569635;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.10192;OID=.;OPOS=61903597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:35:46:20:29:0.386667:17:3:10:25:20:9:19:27 chr17 61906846 . T C 1545.28 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.682;QD=59.434;RBI=0.0171716;REFB=0;REVB=0.0170362;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75466e-05;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:46:57:0:0:46:58:0:0 chr17 61908271 . C T 2216.84 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.495;QD=63.3384;RBI=0.0227209;REFB=0;REVB=0.0213918;RO=0;SAF=57;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90019e-05;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:83:57:0:0:83:57:0:0 chr17 61908556 . C T 1785.7 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.61;QD=61.0495;RBI=0.0364683;REFB=0;REVB=0.00422864;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2374e-05;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:60:57:0:0:60:57:0:0 chr17 61910167 . G A 1427.6 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.649;QD=62.7516;RBI=0.0359698;REFB=0;REVB=0.0227319;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39316e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:87:91:1:41:46:0:0:45:46:0:0 chr17 62041068 . T C 5437.31 PASS AF=0.985714;AO=343;DP=348;FAO=345;FDP=350;FR=.;FRO=5;FSAF=190;FSAR=155;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00909694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.37;QD=62.1407;RBI=0.0719385;REFB=-0.0278612;REVB=0.071361;RO=5;SAF=189;SAR=154;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690069;STB=0.503601;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=9.61515e-05;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:348:350:5:5:343:345:0.985714:154:189:4:1:155:190:4:1 chr17 62079286 . G A 1513.59 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109555;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.116;QD=63.7301;RBI=0.0156547;REFB=0;REVB=0.0111825;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07389e-05;OID=.;OPOS=62079286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:40:54:0:0:41:54:0:0 chr17 62121480 . T C 1041.51 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487867;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.758;QD=59.5148;RBI=0.080377;REFB=0;REVB=0.0638774;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192747;OID=.;OPOS=62121480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:28:41:0:0:29:41:0:0 chr17 62125272 . A G 2856.42 PASS AF=0.994565;AO=182;DP=183;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00487331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.066;QD=62.0962;RBI=0.0248097;REFB=-0.0327874;REVB=-0.0243263;RO=1;SAF=90;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526082;STB=0.502732;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=2.75992e-05;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:184:1:1:182:183:0.994565:92:90:1:0:92:91:1:0 chr17 62141455 . A G 2728.26 PASS AF=0.983333;AO=177;DP=181;FAO=177;FDP=180;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=105;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0378254;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7166;QD=60.628;RBI=0.0427378;REFB=0.00728872;REVB=-0.0198937;RO=3;SAF=72;SAR=105;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852572;STB=0.504479;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00109072;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:181:180:3:3:177:177:0.983333:105:72:2:1:105:72:2:1 chr17 62223428 . TAGG GTAG,TAGC 324.21 PASS AF=0,0.568627;AO=2,22;DP=51;FAO=0,29;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=0,19;FSAR=0,10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.000712954,0.00690028;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=3,1;MLLD=22.7844,210.795;QD=25.4279;RBI=0.112511,0.0288718;REFB=-0.0235025,-0.0399699;REVB=-0.112509,-0.0280351;RO=10;SAF=1,17;SAR=1,5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.213474,0.0565692;STB=0.5,0.504422;STBP=1,0.979;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.019519;OID=.,.;OPOS=62223428,62223431;OREF=TAG,G;OALT=GTA,C;OMAPALT=GTAG,TAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:81:51:51:10:14:2,22:0,29:0,0.568627:1,5:1,17:7:3:0,10:0,19:9:5 chr17 62568057 . T C 653.87 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=136;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0205951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.509;QD=19.2315;RBI=0.0235227;REFB=-0.0132311;REVB=0.0113649;RO=70;SAF=28;SAR=38;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00950147;STB=0.505252;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0118446;OID=.;OPOS=62568057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:70:70:66:66:0.485294:38:28:29:41:38:28:29:41 chr17 62602741 . G T 51.9 PASS AF=0.111111;AO=13;DP=115;FAO=13;FDP=117;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=0.00157504;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.966;QD=1.77439;RBI=0.0573889;REFB=-0.00234223;REVB=-0.0573673;RO=101;SAF=4;SAR=9;SRF=58;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316713;STB=0.716898;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.124809;OID=.;OPOS=62602741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:115:117:101:104:13:13:0.111111:9:4:58:43:9:4:58:46 chr17 62782689 . T C 3850.1 PASS AF=1;AO=238;DP=240;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4989;QD=62.8588;RBI=0.0658909;REFB=-0.106169;REVB=0.0616645;RO=2;SAF=74;SAR=164;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00577657;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128177;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:240:245:2:0:238:245:1:164:74:0:2:170:75:0:0 chr17 63533768 . G A 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0197544;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.616;QD=19.2742;RBI=0.028349;REFB=-0.0200579;REVB=-0.020333;RO=36;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869997;STB=0.554223;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.019882;OID=.;OPOS=63533768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:18:19:22:14:18:19:23:14 chr17 63533789 . T C 1589.83 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.389;QD=59.9935;RBI=0.0326985;REFB=0;REVB=0.0271303;RO=0;SAF=45;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54294e-05;OID=.;OPOS=63533789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:61:45:0:0:61:45:0:0 chr17 63534250 . T C 1731.2 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.66;QD=60.7438;RBI=0.0501939;REFB=0;REVB=0.0498119;RO=0;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42156e-05;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:49:64:0:0:50:64:0:0 chr17 63534302 . AA GC 493.97 PASS AF=0.384106;AO=58;DP=151;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.01007;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=2;MLLD=154.417;QD=13.0853;RBI=0.028583;REFB=-0.0166682;REVB=-0.0267504;RO=92;SAF=31;SAR=27;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00204076;STB=0.504699;STBP=0.933;TYPE=mnp;VARB=0.029858;OID=.;OPOS=63534302;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:92:93:58:58:0.384106:27:31:49:43:27:31:49:44 chr17 63554591 . G A 362.51 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00129625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0335;QD=20.7148;RBI=0.0270204;REFB=-0.00859528;REVB=0.0269893;RO=33;SAF=13;SAR=24;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016926;STB=0.509365;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0097663;OID=.;OPOS=63554591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:24:13:11:22:24:13:11:22 chr17 64023642 . A G,T 2498.83 PASS AF=0.952663,0.0414201;AO=158,7;DP=167;FAO=161,7;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=59,6;FSAR=102,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0384059,0.0332686;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=228.112,179.782;QD=59.144;RBI=0.0426427,0.0351968;REFB=-0.0669002,-0.0604266;REVB=0.0185307,0.0114897;RO=0;SAF=59,4;SAR=99,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.61259e-08,0;STB=0.502439,0.666107;STBP=0.528,0.137;TYPE=snp,snp;VARB=0.000403952,0.160111;OID=.,.;OPOS=64023642,64023642;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:167:169:0:1:158,7:161,7:0.952663,0.0414201:99,3:59,4:0:0:102,1:59,6:0:1 chr17 64208230 . G A 2068.16 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457461;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.567;QD=62.6714;RBI=0.00616854;REFB=0;REVB=-0.0041381;RO=0;SAF=63;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73721e-06;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:69:63:0:0:69:63:0:0 chr17 64210757 . C A 887.29 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6906;QD=57.2444;RBI=0.0219445;REFB=0;REVB=0.0159494;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00687038;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:39:21:0:0:41:21:0:0 chr17 64783081 . G A 1921.29 PASS AF=1;AO=123;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421836;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0063;QD=61.4812;RBI=0.043272;REFB=0;REVB=0.00964449;RO=1;SAF=42;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111765;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241359;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:125:1:0:123:125:1:81:42:1:0:81:44:0:0 chr17 64785022 . G A 640.45 PASS AF=0.44898;AO=66;DP=147;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00616851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.619;QD=17.4272;RBI=0.0186983;REFB=-0.0279015;REVB=-0.0176515;RO=81;SAF=33;SAR=33;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549995;STB=0.530603;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.027189;OID=.;OPOS=64785022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:81:81:66:66:0.44898:33:33:36:45:33:33:36:45 chr17 64801021 . A G 1102.22 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0945727;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.381;QD=60.3957;RBI=0.0976575;REFB=0;REVB=0.0243515;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180719;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr17 64881075 . A G 1082.46 PASS AF=0.480349;AO=109;DP=230;FAO=110;FDP=229;FR=.;FRO=119;FSAF=38;FSAR=72;FSRF=41;FSRR=78;FWDB=-0.0154743;FXX=0.0129305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.643;QD=18.9077;RBI=0.0284968;REFB=-0.0269957;REVB=-0.0239294;RO=115;SAF=37;SAR=72;SRF=38;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940829;STB=0.500527;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0285439;OID=.;OPOS=64881075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:115:119:109:110:0.480349:72:37:38:77:72:38:41:78 chr17 65027740 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.925;QD=54.5177;RBI=0.036446;REFB=0;REVB=0.0343996;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106402;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr17 65066879 . A G 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.835;QD=60.7138;RBI=0.0227977;REFB=0;REVB=0.0227475;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14863e-06;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr17 65068129 . ACAA ACCA,CACC 178.77 PASS AF=0.444444,0.388889;AO=6,5;DP=19;FAO=8,7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=0,0;FSAR=8,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0,0;FXX=0.0526039;HRUN=12,1;LEN=1,4;MLLD=30.9878,29.2329;QD=39.7265;RBI=0.0185455,0.0201526;REFB=0.00508771,0.00779976;REVB=-0.0185455,-0.0201526;RO=1;SAF=0,0;SAR=6,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0525825,-0.0232727;OID=.,.;OPOS=65068131,65068129;OREF=A,ACAA;OALT=C,CACC;OMAPALT=ACCA,CACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:19:18:1:1:6,5:8,7:0.444444,0.388889:6,5:0,0:0:1:8,7:0,0:0:1 chr17 65104666 . T G 3122.29 PASS AF=1;AO=195;DP=197;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284182;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.985;QD=64.047;RBI=0.0322328;REFB=0;REVB=0.0152104;RO=0;SAF=70;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90934e-05;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:195:0:0:195:195:1:125:70:0:0:125:70:0:0 chr17 65104743 . G A 2902.17 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.653;QD=63.0906;RBI=0.0466123;REFB=0;REVB=0.029804;RO=0;SAF=63;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.59313e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80078e-05;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:184:0:0:183:184:1:120:63:0:0:120:64:0:0 chr17 65362552 . T A 2381.45 PASS AF=0.479452;AO=242;DP=505;FAO=245;FDP=511;FR=.;FRO=266;FSAF=136;FSAR=109;FSRF=135;FSRR=131;FWDB=0.0181928;FXX=0.00195309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.079;QD=18.6415;RBI=0.0191911;REFB=-0.0245967;REVB=0.00610891;RO=261;SAF=134;SAR=108;SRF=132;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456164;STB=0.524934;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0280253;OID=.;OPOS=65362552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:505:511:261:266:242:245:0.479452:108:134:132:129:109:136:135:131 chr17 65404916 . AAG A 106.03 PASS AF=0.425532;AO=15;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00418655;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=2;MLLD=31.6424;QD=9.02385;RBI=0.0601171;REFB=-0.03576;REVB=0.0599712;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135344;STB=0.526289;STBP=0.759;TYPE=del;VARB=0.0662034;OID=.;OPOS=65404917;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532:15:48:20:47:27:12:8:15:12:99:29:10:5:16:13 chr17 65453288 . C T 719.57 PASS AF=0.407216;AO=79;DP=194;FAO=79;FDP=194;FR=.;FRO=115;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=-0.0386899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0825;QD=14.8365;RBI=0.0386993;REFB=0.00749479;REVB=0.000854926;RO=114;SAF=31;SAR=48;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106223;STB=0.562434;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0114454;OID=.;OPOS=65453288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:114:115:79:79:0.407216:48:31:56:58:48:31:57:58 chr17 65574283 . A G 1690.38 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=117;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0117217;FXX=0.0423693;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.201;QD=59.8363;RBI=0.0289778;REFB=-0.0689138;REVB=0.0265012;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.504131;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000172015;OID=.;OPOS=65574283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:113:0:1:111:112:0.99115:51:60:0:0:52:60:1:0 chr17 65739627 . A G 332.03 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.013663;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.724;QD=15.8108;RBI=0.0151554;REFB=-0.00479723;REVB=-0.00655805;RO=48;SAF=10;SAR=25;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314707;STB=0.682216;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00673571;OID=.;OPOS=65739627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:35:36:0.428571:25:10:28:20:26:10:28:20 chr17 65978851 . T G 704.77 PASS AF=0.859375;AO=55;DP=64;FAO=55;FDP=64;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0685633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8461;QD=44.0482;RBI=0.0698066;REFB=-0.0426755;REVB=0.0131164;RO=8;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101558;STB=0.559979;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00411091;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:64:64:8:9:55:55:0.859375:33:22:0:8:33:22:0:9 chr17 65988049 . T C 848.17 PASS AF=0.494253;AO=86;DP=173;FAO=86;FDP=174;FR=.;FRO=88;FSAF=61;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=57;FWDB=-0.00693127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6993;QD=19.4981;RBI=0.0218949;REFB=-0.0148311;REVB=-0.0207688;RO=87;SAF=61;SAR=25;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339774;STB=0.684974;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0233752;OID=.;OPOS=65988049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:87:88:86:86:0.494253:25:61:30:57:25:61:31:57 chr17 65989048 . T C 782.98 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7782;QD=63.9168;RBI=0.0560166;REFB=0;REVB=-0.046375;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129866;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr17 65989238 . CG C,GC 39.68 PASS AF=0.205128,0.102564;AO=8,2;DP=39;FAO=8,4;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=2,0;FSAR=6,4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0806138,-0.0036821;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.5857,186.036;QD=4.06964;RBI=0.177428,0.00452192;REFB=-0.0912371,-0.0115752;REVB=-0.158058,-0.00262486;RO=23;SAF=2,0;SAR=6,2;SRF=17;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.528754,-0.621043;STB=0.799315,0.997908;STBP=0.078,0.007;TYPE=del,mnp;VARB=0.0147643,0.0908659;OID=.,.;OPOS=65989239,65989238;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:39:23:27:8,2:8,4:0.205128,0.102564:6,2:2,0:17:6:6,4:2,0:18:9 chr17 66016006 . T C 1415.35 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.604;QD=62.9047;RBI=0.0094721;REFB=0;REVB=-0.00520656;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65201e-05;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:47:42:0:0:48:42:0:0 chr17 66016096 . C T 1707.79 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3502;QD=60.4528;RBI=0.0424947;REFB=0;REVB=0.0129863;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295305;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:54:57:0:0:54:59:0:0 chr17 66195372 . C T 562.93 PASS AF=0.403727;AO=65;DP=161;FAO=65;FDP=161;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0402331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.081;QD=13.9859;RBI=0.0438477;REFB=-0.00233324;REVB=-0.0174333;RO=96;SAF=29;SAR=36;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352387;STB=0.519824;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00395622;OID=.;OPOS=66195372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:96:96:65:65:0.403727:36:29:46:50:36:29:46:50 chr17 66246416 . A G 2015.79 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0140319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.08;QD=60.6252;RBI=0.0141666;REFB=-0.0280341;REVB=-0.00194941;RO=2;SAF=66;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00010907;STB=0.500057;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-3.1075e-05;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:2:2:131:131:0.984962:65:66:1:1:65:66:1:1 chr17 66253095 . T A 306.7 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0425592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1617;QD=18.0411;RBI=0.0430873;REFB=-0.000205903;REVB=0.00672522;RO=35;SAF=7;SAR=26;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300095;STB=0.669415;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000691434;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:26:7:17:18:26:7:17:18 chr17 66264567 . TTA TAT,T 394.74 PASS AF=0.00546448,0.284153;AO=6,37;DP=58;FAO=1,52;FDP=183;FR=.;FRO=130;FSAF=0,9;FSAR=1,43;FSRF=64;FSRR=66;FWDB=-0.0151405,-0.0803756;FXX=0.0161282;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=36.7642,114.987;QD=8.6281;RBI=0.0349202,0.0850477;REFB=-0.0321548,-0.0441645;REVB=0.0314672,0.0278007;RO=0;SAF=0,9;SAR=6,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.989978,0.761782;STBP=0.49,0;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0567733,0.120473;OID=.,.;OPOS=66264568,66264568;OREF=TA,TA;OALT=AT,-;OMAPALT=TAT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00546448,0.284153:6,37:58:1,52:183:130:0,9:1,43:64:66:99:0:0,9:6,28:0:0 chr17 66265162 . G A 42.57 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0365354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.02;QD=2.83771;RBI=0.0600913;REFB=-0.001986;REVB=-0.0477087;RO=52;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21406;STB=0.649659;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0176824;OID=.;OPOS=66265162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:4:4:17:35:4:4:17:35 chr17 66267691 . A T 691.54 PASS AF=0.606061;AO=60;DP=99;FAO=60;FDP=99;FR=.;FRO=39;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0140147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.592;QD=27.9411;RBI=0.0159711;REFB=0.0131484;REVB=0.00765924;RO=39;SAF=35;SAR=25;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477683;STB=0.502599;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00390762;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:39:39:60:60:0.606061:25:35:23:16:25:35:23:16 chr17 66364691 . C G 212.19 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0173935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.059;QD=19.7384;RBI=0.0175162;REFB=-0.0133963;REVB=0.00206932;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129307;STB=0.585503;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0133375;OID=.;OPOS=66364691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:13:8:11:10:13:8:12:10 chr17 66364749 . T C 454.93 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.026786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6508;QD=18.0169;RBI=0.0345223;REFB=-0.0263017;REVB=0.0217783;RO=50;SAF=23;SAR=25;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732413;STB=0.533761;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0390005;OID=.;OPOS=66364749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:50:53:48:48:0.475248:25:23:20:30:25:23:22:31 chr17 66364804 . T C 726.36 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0140315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.97;QD=20.753;RBI=0.0147922;REFB=-0.00790191;REVB=-0.0046824;RO=66;SAF=28;SAR=43;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134642;STB=0.505881;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00659618;OID=.;OPOS=66364804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:66:69:71:71:0.507143:43:28:27:39:43:28:28:41 chr17 66391232 . A G 910.33 PASS AF=0.443439;AO=98;DP=221;FAO=98;FDP=221;FR=.;FRO=123;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=50;FSRR=73;FWDB=-0.0328565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8991;QD=16.4765;RBI=0.0328567;REFB=0.00710672;REVB=8.93072e-05;RO=123;SAF=46;SAR=52;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635803;STB=0.535275;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00707272;OID=.;OPOS=66391232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:123:123:98:98:0.443439:52:46:50:73:52:46:50:73 chr17 66449122 . G A 576.49 PASS AF=0.442029;AO=61;DP=138;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0100432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.718;QD=16.7098;RBI=0.0100734;REFB=-0.00218189;REVB=-0.00077967;RO=76;SAF=34;SAR=27;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443017;STB=0.521315;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00350521;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:76:77:61:61:0.442029:27:34:39:37:27:34:40:37 chr17 66533655 . A G 1896.38 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.43;QD=61.6708;RBI=0.0522294;REFB=0;REVB=0.0423306;RO=0;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85114e-05;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:55:68:0:0:55:68:0:0 chr17 66538239 . G T 536.13 PASS AF=0.39375;AO=62;DP=160;FAO=63;FDP=160;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=64;FWDB=0.0608784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.09;QD=13.4031;RBI=0.0686774;REFB=-0.0204599;REVB=0.0317868;RO=96;SAF=18;SAR=44;SRF=33;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673368;STB=0.539099;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0298938;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:96:97:62:63:0.39375:44:18:33:63:45:18:33:64 chr17 66539847 . C T 214.01 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00344275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5549;QD=10.5682;RBI=0.065817;REFB=0.007042;REVB=0.0657269;RO=54;SAF=10;SAR=17;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109445;STB=0.563933;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0120608;OID=.;OPOS=66539847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:54:27:27:0.333333:17:10:25:29:17:10:25:29 chr17 66871411 . G A 508.75 PASS AF=0.38961;AO=59;DP=153;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.00104452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.801;QD=13.2142;RBI=0.0122399;REFB=-0.00339997;REVB=0.0121952;RO=93;SAF=26;SAR=33;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237185;STB=0.51492;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00210232;OID=.;OPOS=66871411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:93:94:59:60:0.38961:33:26:43:50:34:26:43:51 chr17 66872802 . G C 2970.89 PASS AF=1;AO=188;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1233;QD=62.8761;RBI=0.0531641;REFB=0;REVB=0.0177101;RO=1;SAF=84;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183159;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:189:189:1:0:188:189:1:104:84:0:1:105:84:0:0 chr17 66904001 . A C 823.02 PASS AF=0.525641;AO=82;DP=161;FAO=82;FDP=156;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0210579;FXX=0.031054;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.187;QD=21.1031;RBI=0.0211621;REFB=0.00369977;REVB=0.002098;RO=78;SAF=37;SAR=45;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00224192;STB=0.515512;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00401791;OID=.;OPOS=66904001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:156:78:74:82:82:0.525641:45:37:35:43:45:37:31:43 chr17 66918368 . T G 34.39 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0502152;FXX=0.0587889;HRUN=45;LEN=1;MLLD=99.1769;QD=8.59764;RBI=0.208706;REFB=-0.000785839;REVB=-0.202575;RO=9;SAF=0;SAR=5;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.836525;STB=0.915709;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00131045;OID=.;OPOS=66918368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:15:16:9:10:5:6:0.375:5:0:9:0:5:1:10:0 chr17 67031457 . C T 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.219;QD=60.3494;RBI=0.029083;REFB=0;REVB=-0.0271983;RO=0;SAF=35;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17322e-05;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:75:35:0:0:75:35:0:0 chr17 67081830 . T C 539.28 PASS AF=0.398734;AO=62;DP=158;FAO=63;FDP=158;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.00640669;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.874;QD=13.6527;RBI=0.0193643;REFB=-0.00304186;REVB=0.0182737;RO=94;SAF=28;SAR=34;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632306;STB=0.543005;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00538992;OID=.;OPOS=67081830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:94:95:62:63:0.398734:34:28:48:46:35:28:49:46 chr17 67101718 . C T 1880.99 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698789;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.851;QD=61.6719;RBI=0.00699392;REFB=0;REVB=0.000290378;RO=0;SAF=50;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65888e-05;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:72:50:0:0:72:50:0:0 chr17 67125840 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0213909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.834;QD=17.033;RBI=0.0253664;REFB=-0.0243311;REVB=-0.0136339;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203967;STB=0.624151;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0312047;OID=.;OPOS=67125840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:10:8:5:16:10:8:5:17 chr17 67178316 . A G 694.95 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=48;FWDB=0.0220318;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.806;QD=21.2198;RBI=0.024118;REFB=-0.0171761;REVB=0.00981218;RO=62;SAF=20;SAR=48;SRF=14;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740425;STB=0.533324;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0155524;OID=.;OPOS=67178316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:62:63:68:68:0.519084:48:20:14:48:48:20:15:48 chr17 67210992 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.034828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.293;QD=8.3078;RBI=0.0349402;REFB=-0.00829756;REVB=0.00279791;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0238203;OID=.;OPOS=67210992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:9:9:4:4:9:9 chr17 67212031 . A G 360.68 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0580609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.372;QD=17.8112;RBI=0.0591644;REFB=-0.0153331;REVB=0.0113736;RO=42;SAF=25;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155385;STB=0.581749;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0200106;OID=.;OPOS=67212031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:13:25:21:21:13:25:22:21 chr17 67212423 . G A 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00782384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.634;QD=14.8962;RBI=0.0118814;REFB=-0.00427846;REVB=0.00894178;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319806;STB=0.518111;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00583441;OID=.;OPOS=67212423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:15:17:22:22:15:17:22:22 chr17 67215712 . C T 395.02 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.000536381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.376;QD=17.5562;RBI=0.0126823;REFB=-0.0153982;REVB=-0.012671;RO=48;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880387;STB=0.555528;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0306301;OID=.;OPOS=67215712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:49:41:41:0.455556:16:25:25:23:16:25:25:24 chr17 67260926 . A G 843.62 PASS AF=0.44;AO=88;DP=200;FAO=88;FDP=200;FR=.;FRO=112;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.0192152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5142;QD=16.8723;RBI=0.0656973;REFB=-0.0165175;REVB=0.0628244;RO=110;SAF=41;SAR=47;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011423;STB=0.510974;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0216636;OID=.;OPOS=67260926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:110:112:88:88:0.44:47:41:50:60:47:41:50:62 chr17 67267317 . T C 345.37 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00313134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.322;QD=20.0216;RBI=0.00780501;REFB=-0.0226449;REVB=0.00714933;RO=32;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370165;STB=0.520537;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0302089;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:35:36:0.521739:19:16:16:16:19:17:17:16 chr17 67273882 . C A 2311.81 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.199;QD=63.774;RBI=0.0278403;REFB=0;REVB=0.0177364;RO=0;SAF=72;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52965e-05;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:72:72:0:0:73:72:0:0 chr17 67299017 . A G 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00863413;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.146;QD=14.6162;RBI=0.00902653;REFB=-0.0074181;REVB=-0.0026325;RO=38;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547553;STB=0.531013;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00998243;OID=.;OPOS=67299017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:17:11:13:25:17:11:13:25 chr17 67305519 . G A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0198676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4377;QD=18.4387;RBI=0.0613898;REFB=0.0090436;REVB=0.058086;RO=28;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133592;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00864027;OID=.;OPOS=67305519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:12:17:16:12:12:17:17:12 chr17 67513003 . C A 380.47 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=126;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.010422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.463;QD=11.9834;RBI=0.0235841;REFB=-0.00599463;REVB=-0.0211563;RO=80;SAF=15;SAR=31;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160816;STB=0.59676;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0196859;OID=.;OPOS=67513003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:80:81:46:46:0.362205:31:15:37:43:31:15:38:43 chr17 67513055 . A G 345.76 PASS AF=0.378378;AO=40;DP=109;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00526546;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.416;QD=12.46;RBI=0.00889411;REFB=-0.00464598;REVB=0.007168;RO=68;SAF=11;SAR=29;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23559;STB=0.612152;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0051171;OID=.;OPOS=67513055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:68:69:40:42:0.378378:29:11:32:36:29:13:33:36 chr17 67982157 . C T 1540.16 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.997;QD=63.5115;RBI=0.0126907;REFB=0;REVB=0.00924749;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31465e-07;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:40:55:0:0:41:56:0:0 chr17 68173731 . A G 958.49 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.039;QD=57.2235;RBI=0.0953163;REFB=0;REVB=0.0936204;RO=1;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819436;OID=.;OPOS=68173731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:65:67:1:36:29:0:1:38:29:0:0 chr17 70645013 . G A 675.53 PASS AF=0.470199;AO=70;DP=151;FAO=71;FDP=151;FR=.;FRO=80;FSAF=53;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=22;FWDB=-0.0161059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.88;QD=17.8949;RBI=0.0245712;REFB=-0.0169215;REVB=0.0185565;RO=77;SAF=52;SAR=18;SRF=55;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346642;STB=0.514809;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0200373;OID=.;OPOS=70645013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:80:70:71:0.470199:18:52:55:22:18:53:58:22 chr17 70645032 . G A 748.36 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=57;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=0.0128837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.364;QD=19.4378;RBI=0.0182704;REFB=-0.0402416;REVB=-0.0129545;RO=76;SAF=57;SAR=20;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776055;STB=0.548293;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0363454;OID=.;OPOS=70645032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:76:77:77:77:0.5:20:57:51:25:20:57:51:26 chr17 70660158 . T C 1881.11 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407766;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8422;QD=61.6759;RBI=0.0502403;REFB=0;REVB=-0.0293489;RO=0;SAF=70;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00045593;OID=.;OPOS=70660158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:52:70:0:0:52:70:0:0 chr17 70943990 . T C 1559.59 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0152;QD=58.3024;RBI=0.0767567;REFB=-0.10139;REVB=0.050149;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116878;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:106:107:0:0:105:107:1:60:45:0:0:62:45:0:0 chr17 71027797 . C A 233.47 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0530474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.043;QD=15.0624;RBI=0.0540563;REFB=-0.00934634;REVB=-0.010395;RO=34;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115953;STB=0.570999;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0171541;OID=.;OPOS=71027797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:17:10:9:25:17:10:9:26 chr17 71027833 . A G 172.56 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0188164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.426;QD=18.1645;RBI=0.0189421;REFB=-0.0246831;REVB=-0.00217823;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111048;STB=0.550966;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0186375;OID=.;OPOS=71027833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:17:18:0.473684:11:6:5:15:12:6:5:15 chr17 71166701 . A G 820.47 PASS AF=0.509202;AO=83;DP=164;FAO=83;FDP=163;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.00607167;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8803;QD=20.1343;RBI=0.0138436;REFB=0.0132853;REVB=0.012441;RO=79;SAF=40;SAR=43;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120726;STB=0.509552;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.0102744;OID=.;OPOS=71166701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:79:80:83:83:0.509202:43:40:37:42:43:40:37:43 chr17 71167102 . T C 226.97 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0248905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1519;QD=15.6533;RBI=0.0309984;REFB=0.000481634;REVB=-0.018476;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484598;STB=0.527376;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0012553;OID=.;OPOS=71167102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:15:11:12:20:15:11:12:20 chr17 71167133 . T C 164.69 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-0.153648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4735;QD=21.2496;RBI=0.158361;REFB=0.0183768;REVB=0.0383496;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39717;STB=0.718547;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.020395;OID=.;OPOS=71167133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:0:14:9:8:0:14 chr17 71167541 . G A 112.84 PASS AF=0.541667;AO=9;DP=22;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0131137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.93;QD=18.8072;RBI=0.0449933;REFB=0.00468083;REVB=-0.0430398;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385795;STB=0.692012;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0204156;OID=.;OPOS=71167541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:22:24:12:11:9:13:0.541667:6:3:9:3:9:4:8:3 chr17 71192663 . G A 97.28 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0350898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3011;QD=12.9711;RBI=0.0388877;REFB=0.0160437;REVB=0.0167619;RO=18;SAF=11;SAR=1;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488369;STB=0.79936;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0200904;OID=.;OPOS=71192663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:1:11:11:7:1:11:11:7 chr17 71192873 . A G 193.93 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0214896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7882;QD=16.863;RBI=0.0240877;REFB=-0.0104963;REVB=-0.0108817;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137865;STB=0.578868;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0225967;OID=.;OPOS=71192873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:12:14:8:12:12:14 chr17 71196809 . A G 1120.49 PASS AF=0.484979;AO=113;DP=234;FAO=113;FDP=233;FR=.;FRO=120;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=66;FSRR=54;FWDB=0.0323885;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.887;QD=19.2359;RBI=0.0360773;REFB=0.0287617;REVB=0.0158919;RO=120;SAF=47;SAR=66;SRF=66;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126021;STB=0.569388;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0301308;OID=.;OPOS=71196809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:120:120:113:113:0.484979:66:47:66:54:66:47:66:54 chr17 71197439 . C T 1222.82 PASS AF=0.466912;AO=126;DP=273;FAO=127;FDP=272;FR=.;FRO=145;FSAF=75;FSAR=52;FSRF=70;FSRR=75;FWDB=0.00673097;FXX=0.007299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.121;QD=17.9826;RBI=0.00969743;REFB=0.000394933;REVB=0.00698098;RO=143;SAF=74;SAR=52;SRF=69;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10201;STB=0.558151;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.000518363;OID=.;OPOS=71197439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:272:143:145:126:127:0.466912:52:74:69:74:52:75:70:75 chr17 71197748 . G A 115.64 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0264894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9011;QD=11.0138;RBI=0.045343;REFB=-0.0214973;REVB=0.0368008;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124419;STB=0.574359;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0411705;OID=.;OPOS=71197748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:5:9:15:13:5:9:15:13 chr17 71203844 . G A 512.4 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00868852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4789;QD=21.5749;RBI=0.0336321;REFB=0.0269605;REVB=0.0324904;RO=46;SAF=16;SAR=33;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021037;STB=0.511623;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0165258;OID=.;OPOS=71203844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:33:16:16:30:33:16:16:30 chr17 71205854 . A G 500.53 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0214186;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.188;QD=19.4382;RBI=0.0370734;REFB=-0.0124333;REVB=-0.0302602;RO=51;SAF=17;SAR=35;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833798;STB=0.546183;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.010966;OID=.;OPOS=71205854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:51:51:52:52:0.504854:35:17:21:30:35:17:21:30 chr17 71232687 . T C 109.2 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000276324;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.844;QD=13.2367;RBI=0.00468905;REFB=-0.0292496;REVB=-0.0046809;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697263;STB=0.540999;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0456922;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:9:11:8:5:9:11 chr17 71232804 . C A 1589.84 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7327;QD=59.9939;RBI=0.054392;REFB=0;REVB=-0.0528707;RO=0;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134287;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:46:60:0:0:46:60:0:0 chr17 71232807 . T C 419.15 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00921331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.34;QD=15.6692;RBI=0.0522398;REFB=0.000293597;REVB=-0.0514209;RO=59;SAF=31;SAR=16;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157363;STB=0.593631;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.000509338;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:60:47:47:0.439252:16:31:30:29:16:31:30:30 chr17 71232881 . G C 608.89 PASS AF=0.43038;AO=68;DP=158;FAO=68;FDP=158;FR=.;FRO=90;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.0250803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5808;QD=15.4149;RBI=0.0291428;REFB=-0.00178926;REVB=-0.0148418;RO=90;SAF=42;SAR=26;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188897;STB=0.605587;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00236765;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:90:90:68:68:0.43038:26:42:39:51:26:42:39:51 chr17 71233130 . A G 213.04 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0103208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.215;QD=10.3922;RBI=0.0153665;REFB=-0.0217681;REVB=0.0113846;RO=55;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155538;STB=0.509084;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0523927;OID=.;OPOS=71233130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:27:27:0.329268:18:9:19:36:18:9:19:36 chr17 71238433 . G A 885.44 PASS AF=0.398374;AO=98;DP=247;FAO=98;FDP=246;FR=.;FRO=148;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=90;FWDB=-0.00214435;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4228;QD=14.3973;RBI=0.0233022;REFB=0.00126587;REVB=0.0232033;RO=146;SAF=54;SAR=44;SRF=58;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16297;STB=0.594851;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00196704;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:146:148:98:98:0.398374:44:54:58:88:44:54:58:90 chr17 71239215 . AA TT 205.27 PASS AF=0.45098;AO=21;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00442783;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=2;MLLD=161.941;QD=16.0996;RBI=0.0254734;REFB=-0.0173596;REVB=-0.0250856;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643206;STB=0.516115;STBP=0.864;TYPE=mnp;VARB=0.0258739;OID=.;OPOS=71239215;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:21:23:0.45098:8:13:19:9:8:15:19:9 chr17 71239234 . T G 54.47 PASS AF=0.296296;AO=9;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00634821;FXX=0.0357015;HRUN=24;LEN=1;MLLD=136.907;QD=8.07032;RBI=0.0467164;REFB=-0.0182203;REVB=-0.0462831;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427526;STB=0.599733;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0165836;OID=.;OPOS=71239234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:27:19:19:9:8:0.296296:3:6:12:7:2:6:12:7 chr17 71244630 . C T 523.0 PASS AF=0.425373;AO=57;DP=134;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0295018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.895;QD=15.6118;RBI=0.0321042;REFB=-0.0151659;REVB=-0.012662;RO=75;SAF=29;SAR=28;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427209;STB=0.523677;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0178031;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:75:77:57:57:0.425373:28:29:35:40:28:29:36:41 chr17 71282143 . C T 630.21 PASS AF=0.432099;AO=70;DP=162;FAO=70;FDP=162;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=0.0135444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.539;QD=15.5608;RBI=0.024951;REFB=-0.0164162;REVB=-0.0209548;RO=89;SAF=31;SAR=39;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508384;STB=0.523529;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0205428;OID=.;OPOS=71282143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:89:92:70:70:0.432099:39:31:35:54:39:31:37:55 chr17 71334473 . G A 599.5 PASS AF=0.429487;AO=66;DP=156;FAO=67;FDP=156;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=64;FWDB=-0.0085077;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.684;QD=15.3718;RBI=0.0141421;REFB=-0.000993264;REVB=-0.0112969;RO=89;SAF=27;SAR=39;SRF=25;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140686;STB=0.582485;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00126937;OID=.;OPOS=71334473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:89:89:66:67:0.429487:39:27:25:64:39:28:25:64 chr17 71365314 . A G 3593.06 PASS AF=1;AO=229;DP=230;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197828;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.998;QD=62.7609;RBI=0.0237786;REFB=-0.0687551;REVB=-0.0131932;RO=0;SAF=108;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2437e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54231e-06;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:230:229:0:0:229:229:1:121:108:0:0:121:108:0:0 chr17 71380087 . G C 457.14 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0417156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.287;QD=17.4148;RBI=0.0417197;REFB=-0.00811583;REVB=-0.000585642;RO=55;SAF=15;SAR=35;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690161;STB=0.538446;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0125423;OID=.;OPOS=71380087;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:35:15:20:35:35:15:20:35 chr17 71386577 . G T 1026.63 PASS AF=0.541436;AO=98;DP=181;FAO=98;FDP=181;FR=.;FRO=83;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0137189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.256;QD=22.6879;RBI=0.0165364;REFB=-0.0204313;REVB=0.00923292;RO=83;SAF=50;SAR=48;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843612;STB=0.546039;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0165599;OID=.;OPOS=71386577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:83:83:98:98:0.541436:48:50:34:49:48:50:34:49 chr17 71398170 . G C 2389.38 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2083;QD=64.1444;RBI=0.0659486;REFB=0;REVB=-0.0090548;RO=0;SAF=71;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231512;OID=.;OPOS=71398170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:78:71:0:0:78:71:0:0 chr17 71503636 . T C 958.4 PASS AF=0.528409;AO=93;DP=176;FAO=93;FDP=176;FR=.;FRO=83;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.0266453;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.744;QD=21.7818;RBI=0.0322769;REFB=0.00311066;REVB=0.018216;RO=83;SAF=44;SAR=49;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760785;STB=0.541596;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00330204;OID=.;OPOS=71503636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:83:83:93:93:0.528409:49:44:32:51:49:44:32:51 chr17 71746427 . G A 357.48 PASS AF=0.352;AO=44;DP=126;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0117266;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.13;QD=11.4392;RBI=0.0270156;REFB=-0.00174411;REVB=0.0243378;RO=82;SAF=24;SAR=20;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378405;STB=0.517536;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00152811;OID=.;OPOS=71746427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:82:81:44:44:0.352:20:24:42:40:20:24:42:39 chr17 71746435 . C T 384.92 PASS AF=0.343066;AO=47;DP=137;FAO=47;FDP=137;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.0473913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.264;QD=11.2385;RBI=0.0557351;REFB=-0.0194958;REVB=-0.0293337;RO=90;SAF=24;SAR=23;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259657;STB=0.514919;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0264194;OID=.;OPOS=71746435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:90:90:47:47:0.343066:23:24:48:42:23:24:48:42 chr17 71746479 . C G 656.7 PASS AF=0.395722;AO=73;DP=186;FAO=74;FDP=187;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=0.00171112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7478;QD=14.0471;RBI=0.0150824;REFB=-0.00333447;REVB=-0.014985;RO=113;SAF=35;SAR=38;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036464;STB=0.516181;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00413073;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:113:113:73:74:0.395722:38:35:58:55:38:36:58:55 chr17 71746508 . T C 782.2 PASS AF=0.428571;AO=82;DP=194;FAO=84;FDP=196;FR=.;FRO=112;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=-0.00547792;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.195;QD=15.9633;RBI=0.0103088;REFB=-0.0147131;REVB=0.00873286;RO=109;SAF=36;SAR=46;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392714;STB=0.543093;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0185;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:109:112:82:84:0.428571:46:36:52:57:49:35:55:57 chr17 71746796 . A G 577.51 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0484119;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9324;QD=19.9142;RBI=0.0488313;REFB=-0.00717998;REVB=0.0063864;RO=57;SAF=30;SAR=29;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153642;STB=0.508472;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0104811;OID=.;OPOS=71746796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:57:57:59:59:0.508621:29:30:28:29:29:30:28:29 chr17 71747278 . G C 1001.35 PASS AF=0.494949;AO=98;DP=198;FAO=98;FDP=198;FR=.;FRO=100;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=-0.0110659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.503;QD=20.2293;RBI=0.0136541;REFB=-0.00783495;REVB=-0.0079989;RO=100;SAF=51;SAR=47;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187518;STB=0.510314;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00738333;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:100:100:98:98:0.494949:47:51:50:50:47:51:50:50 chr17 71747323 . T C 591.46 PASS AF=0.470149;AO=58;DP=129;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0124487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.022;QD=17.6554;RBI=0.0198198;REFB=-0.0222482;REVB=-0.0154226;RO=63;SAF=29;SAR=29;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372716;STB=0.501424;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0238109;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:134:63:71:58:63:0.470149:29:29:34:29:30:33:37:34 chr17 71747336 . G A 600.17 PASS AF=0.45;AO=62;DP=138;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.00681058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6513;QD=17.1476;RBI=0.0123337;REFB=-0.0276532;REVB=0.0102829;RO=75;SAF=32;SAR=30;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00381048;STB=0.509534;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0315358;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:75:77:62:63:0.45:30:32:39:36:30:33:39:38 chr17 71747394 . C T 344.08 PASS AF=0.338583;AO=43;DP=128;FAO=43;FDP=127;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.00909473;FXX=0.0155027;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7049;QD=10.8371;RBI=0.0139947;REFB=-0.00377962;REVB=0.0106366;RO=84;SAF=28;SAR=15;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243203;STB=0.640288;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00444561;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:84:84:43:43:0.338583:15:28:37:47:15:28:37:47 chr17 71747397 . G A 340.71 PASS AF=0.335938;AO=43;DP=128;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0297999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5934;QD=10.6473;RBI=0.0308048;REFB=-0.0114966;REVB=-0.00780395;RO=83;SAF=28;SAR=15;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249675;STB=0.636766;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0283146;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:83:85:43:43:0.335938:15:28:36:47:15:28:38:47 chr17 71752500 . C CT 2767.67 PASS AF=1;AO=172;DP=180;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286984;FXX=0.00555525;HRUN=0;LEN=1;MLLD=201.922;QD=61.8473;RBI=0.0296285;REFB=0;REVB=0.00736542;RO=2;SAF=90;SAR=82;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114662;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.021e-05;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:172:180:179:179:0:91:88:0:0:15:2:90:82:0:2 chr17 72209858 . A G 1284.43 PASS AF=0.453925;AO=132;DP=293;FAO=133;FDP=293;FR=.;FRO=160;FSAF=50;FSAR=83;FSRF=36;FSRR=124;FWDB=-0.0747313;FXX=0.00340124;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.111;QD=17.5349;RBI=0.0748068;REFB=0.000497914;REVB=-0.00336086;RO=159;SAF=49;SAR=83;SRF=35;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168725;STB=0.591822;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00083802;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:159:160:132:133:0.453925:83:49:35:124:83:50:36:124 chr17 72301432 . A G 737.97 PASS AF=0.503497;AO=72;DP=143;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0208839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.566;QD=20.6425;RBI=0.0208983;REFB=-0.00651263;REVB=0.000777762;RO=71;SAF=43;SAR=29;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184303;STB=0.510152;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00574452;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:71:71:72:72:0.503497:29:43:41:30:29:43:41:30 chr17 72303449 . G A 967.79 PASS AF=0.346041;AO=118;DP=342;FAO=118;FDP=341;FR=.;FRO=223;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=97;FSRR=126;FWDB=0.012927;FXX=0.00292389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.517;QD=11.3524;RBI=0.0181503;REFB=-0.0116285;REVB=0.0127407;RO=220;SAF=48;SAR=70;SRF=95;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029491;STB=0.518966;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0178446;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:341:220:223:118:118:0.346041:70:48:95:125:70:48:97:126 chr17 72305534 . C T 4628.81 PASS AF=0.956656;AO=308;DP=323;FAO=309;FDP=323;FR=.;FRO=14;FSAF=138;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0261807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.077;QD=57.3227;RBI=0.0283347;REFB=-0.189244;REVB=0.0108364;RO=9;SAF=137;SAR=171;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244369;STB=0.519662;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0019934;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:323:323:9:14:308:309:0.956656:171:137:0:9:171:138:0:14 chr17 72305688 . T C 1311.74 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0469777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.653;QD=59.6247;RBI=0.0486121;REFB=-0.111632;REVB=0.0124991;RO=0;SAF=28;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504498;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00069522;OID=.;OPOS=72305688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:88:0:2:86:86:0.977273:58:28:0:0:58:28:1:1 chr17 72308219 . G A 1324.86 PASS AF=0.549784;AO=124;DP=228;FAO=127;FDP=231;FR=.;FRO=104;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=0.14052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0004;QD=22.9413;RBI=0.149829;REFB=-0.0175044;REVB=0.0519904;RO=104;SAF=58;SAR=66;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376451;STB=0.522344;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0230823;OID=.;OPOS=72308219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:231:104:104:124:127:0.549784:66:58:44:60:67:60:44:60 chr17 72308319 . G A 2143.49 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.518;QD=62.1301;RBI=0.026189;REFB=-0.0811793;REVB=-0.000807228;RO=1;SAF=75;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629691;STB=0.503311;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000461114;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:62:75:1:0:62:75:1:0 chr17 72324649 . G GC 152.87 PASS AF=0.5;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00915466;FXX=0.083316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.0369;QD=13.8974;RBI=0.0161074;REFB=0.00516582;REVB=0.0132529;RO=26;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0042153;STB=0.527893;STBP=0.73;TYPE=ins;VARB=-0.0049683;OID=.;OPOS=72324650;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:22:48:22:44:22:6:16:7:15:99:26:6:16:7:19 chr17 72338765 . G A 695.2 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.000210163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7915;QD=21.5565;RBI=0.0158929;REFB=-0.0201406;REVB=-0.0158915;RO=60;SAF=35;SAR=33;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267978;STB=0.510829;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0203422;OID=.;OPOS=72338765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:60:61:68:68:0.527132:33:35:29:31:33:35:30:31 chr17 72346855 . T C 95.99 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00364128;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.718;QD=10.9699;RBI=0.0553125;REFB=-0.0122641;REVB=-0.0551925;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345175;STB=0.702893;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0332979;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:6:17:5:7:6:17 chr17 72350362 . G A 3968.44 PASS AF=0.918033;AO=276;DP=305;FAO=280;FDP=305;FR=.;FRO=25;FSAF=120;FSAR=160;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.110855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7644;QD=52.0451;RBI=0.162819;REFB=-0.209772;REVB=0.119252;RO=14;SAF=118;SAR=158;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200805;STB=0.514285;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.012252;OID=.;OPOS=72350362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:305:305:14:25:276:280:0.918033:158:118:3:11:160:120:15:10 chr17 72351406 . C T 3431.44 PASS AF=0.900356;AO=229;DP=269;FAO=253;FDP=281;FR=.;FRO=28;FSAF=67;FSAR=186;FSRF=28;FSRR=0;FWDB=0.054265;FXX=0.0174819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7503;QD=48.8461;RBI=0.112326;REFB=-0.155941;REVB=0.0983482;RO=9;SAF=54;SAR=175;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730748;STB=0.586413;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00819601;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:269:281:9:28:229:253:0.900356:175:54:9:0:186:67:28:0 chr17 72351761 . A G 3145.0 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.783;QD=61.3658;RBI=0.0205202;REFB=0;REVB=0.00923852;RO=0;SAF=81;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87056e-06;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:205:0:0:196:205:1:115:81:0:0:121:84:0:0 chr17 72366695 . C A 2068.18 PASS AF=0.992754;AO=134;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8284;QD=59.9471;RBI=0.0387363;REFB=0.0287285;REVB=0.0301804;RO=1;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655653;STB=0.503311;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0017545;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:138:138:1:1:134:137:0.992754:72:62:0:1:75:62:0:1 chr17 72368550 . T C 655.89 PASS AF=0.583333;AO=63;DP=108;FAO=63;FDP=108;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=59;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.0349738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9497;QD=24.292;RBI=0.0381965;REFB=-0.0271794;REVB=0.015356;RO=44;SAF=4;SAR=59;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36944;STB=0.719421;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.023616;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:44:45:63:63:0.583333:59:4:11:33:59:4:12:33 chr17 72429869 . C T 901.2 PASS AF=0.47644;AO=91;DP=191;FAO=91;FDP=191;FR=.;FRO=100;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.00837129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.826;QD=18.8732;RBI=0.0434347;REFB=-0.00145969;REVB=-0.0426203;RO=100;SAF=39;SAR=52;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778093;STB=0.542977;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00122019;OID=.;OPOS=72429869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:100:100:91:91:0.47644:52:39:51:49:52:39:51:49 chr17 72439700 . T G 464.71 PASS AF=1;AO=25;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.221;QD=58.0888;RBI=0.034598;REFB=0;REVB=0.0135594;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033366;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:25:32:1:10:15:0:0:13:19:0:0 chr17 72439808 . TG T 2402.0 PASS AF=1;AO=196;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.274386;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.5387;QD=47.098;RBI=0.299304;REFB=0;REVB=-0.119562;RO=0;SAF=80;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00184459;OID=.;OPOS=72439809;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:196:205:204:204:0:88:116:0:0:44:0:80:116:0:0 chr17 72469958 . A G 1654.06 PASS AF=0.466125;AO=172;DP=368;FAO=172;FDP=369;FR=.;FRO=197;FSAF=78;FSAR=94;FSRF=102;FSRR=95;FWDB=-0.00618874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.593;QD=17.9302;RBI=0.0388545;REFB=-0.0173802;REVB=-0.0383585;RO=195;SAF=78;SAR=94;SRF=102;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672296;STB=0.534391;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0201644;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:369:195:197:172:172:0.466125:94:78:102:93:94:78:102:95 chr17 72519798 . C T 401.86 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00486474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1439;QD=14.7473;RBI=0.00595438;REFB=-0.00637882;REVB=-0.0034335;RO=63;SAF=15;SAR=31;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211217;STB=0.619173;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00887934;OID=.;OPOS=72519798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:31:15:33:30:31:15:33:30 chr17 72521897 . G A 285.8 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00297785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.732;QD=13.14;RBI=0.0323303;REFB=-0.00491071;REVB=-0.0321929;RO=54;SAF=12;SAR=21;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787011;STB=0.504502;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00827151;OID=.;OPOS=72521897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:21:12:20:34:21:12:20:34 chr17 72588326 . A C 455.38 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00567595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.496;QD=22.7688;RBI=0.00744753;REFB=-0.00697352;REVB=-0.00482175;RO=36;SAF=23;SAR=21;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109122;STB=0.559996;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00461773;OID=.;OPOS=72588326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:21:23:14:22:21:23:14:22 chr17 72589196 . T C 261.56 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00308418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.114;QD=17.1515;RBI=0.00452759;REFB=-0.0231526;REVB=0.00331465;RO=31;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142198;STB=0.590341;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0232672;OID=.;OPOS=72589196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:20:9:14:17:20:9:15:17 chr17 72589264 . G T 105.47 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.022426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.469;QD=11.1021;RBI=0.0228095;REFB=-0.00129031;REVB=0.00416515;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360562;STB=0.71013;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00242438;OID=.;OPOS=72589264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:25:12:13:0.342105:7:5:18:6:8:5:18:7 chr17 72590267 . T C 409.12 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=42;FWDB=-0.0139897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.921;QD=17.9834;RBI=0.0146059;REFB=-0.00713383;REVB=-0.00419789;RO=49;SAF=6;SAR=36;SRF=7;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00890544;OID=.;OPOS=72590267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:36:6:7:42:36:6:7:42 chr17 72613589 . T G 379.18 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00859123;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.786;QD=24.0749;RBI=0.0210867;REFB=-0.0198118;REVB=-0.0192571;RO=22;SAF=13;SAR=24;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425292;STB=0.56467;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0256524;OID=.;OPOS=72613589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:22:26:37:37:0.587302:24:13:9:13:24:13:13:13 chr17 72615293 . C T 315.36 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.112186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7687;QD=17.5198;RBI=0.118226;REFB=-0.00884281;REVB=0.0373064;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525226;STB=0.529395;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0121621;OID=.;OPOS=72615293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:18:16:20:18:18:16:20:18 chr17 72691928 . T C 846.09 PASS AF=0.432558;AO=93;DP=215;FAO=93;FDP=215;FR=.;FRO=122;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=74;FWDB=0.010404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.5461;QD=15.7411;RBI=0.0107553;REFB=-0.00345265;REVB=0.00272619;RO=119;SAF=46;SAR=47;SRF=47;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100854;STB=0.55748;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00335089;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:119:122:93:93:0.432558:47:46:47:72:47:46:48:74 chr17 72700943 . A G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00105314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5684;QD=17.7318;RBI=0.0164673;REFB=-0.0175953;REVB=-0.0164336;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286962;STB=0.501637;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0184239;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:9:10:9:8:9:10 chr17 72744798 . G C 568.79 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.00430308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.337;QD=15.6907;RBI=0.00759511;REFB=-0.0412207;REVB=-0.00625853;RO=80;SAF=18;SAR=43;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133772;STB=0.593444;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0578424;OID=.;OPOS=72744798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:80:84:61:61:0.42069:43:18:33:47:43:18:37:47 chr17 72838649 . C A 2761.63 PASS AF=0.517308;AO=269;DP=523;FAO=269;FDP=520;FR=.;FRO=251;FSAF=133;FSAR=136;FSRF=119;FSRR=132;FWDB=-0.00863755;FXX=0.00573603;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.562;QD=21.2433;RBI=0.00904309;REFB=-0.012832;REVB=-0.00267775;RO=251;SAF=133;SAR=136;SRF=119;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179888;STB=0.509811;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0123631;OID=.;OPOS=72838649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:523:520:251:251:269:269:0.517308:136:133:119:132:136:133:119:132 chr17 72851133 . A G 240.64 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0218135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.311;QD=16.5958;RBI=0.0222528;REFB=-0.0127464;REVB=0.00439997;RO=31;SAF=10;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189304;STB=0.592524;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0120716;OID=.;OPOS=72851133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:31:26:27:0.465517:16:10:18:13:16:11:18:13 chr17 72860253 . A G 1236.93 PASS AF=0.5;AO=123;DP=249;FAO=125;FDP=250;FR=.;FRO=125;FSAF=46;FSAR=79;FSRF=52;FSRR=73;FWDB=0.0223338;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.389;QD=19.7909;RBI=0.0223344;REFB=-0.00776996;REVB=-0.000172542;RO=125;SAF=45;SAR=78;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564835;STB=0.525447;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00656843;OID=.;OPOS=72860253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:250:125:125:123:125:0.5:78:45:53:72:79:46:52:73 chr17 72860654 . G A 933.93 PASS AF=0.489474;AO=93;DP=189;FAO=93;FDP=190;FR=.;FRO=97;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.00430959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.198;QD=19.6617;RBI=0.024436;REFB=-0.0296274;REVB=-0.0240529;RO=96;SAF=49;SAR=44;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631907;STB=0.537358;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0302324;OID=.;OPOS=72860654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:96:97:93:93:0.489474:44:49:44:52:44:49:44:53 chr17 72862593 . C T 2416.06 PASS AF=0.562025;AO=222;DP=395;FAO=222;FDP=395;FR=.;FRO=173;FSAF=109;FSAR=113;FSRF=104;FSRR=69;FWDB=0.00871544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.987;QD=24.4665;RBI=0.0164447;REFB=-0.00387073;REVB=0.0139453;RO=173;SAF=109;SAR=113;SRF=104;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889003;STB=0.548177;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00329756;OID=.;OPOS=72862593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:395:173:173:222:222:0.562025:113:109:104:69:113:109:104:69 chr17 72863030 . T C 288.1 PASS AF=0.516129;AO=20;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.000742311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7492;QD=18.5871;RBI=0.0129884;REFB=-0.016955;REVB=0.0129672;RO=24;SAF=16;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469648;STB=0.610712;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0359371;OID=.;OPOS=72863030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:30:20:32:0.516129:4:16:8:16:15:17:9:21 chr17 72869078 . A G 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00325736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.704;QD=11.0158;RBI=0.00326128;REFB=-0.00334258;REVB=0.00015994;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185947;STB=0.618887;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00772112;OID=.;OPOS=72869078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:7:7:9:18:7:7:9:19 chr17 72889685 . G A 1697.39 PASS AF=0.438095;AO=184;DP=408;FAO=184;FDP=420;FR=.;FRO=236;FSAF=139;FSAR=45;FSRF=89;FSRR=147;FWDB=0.054003;FXX=0.0117644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.13;QD=16.1656;RBI=0.0780511;REFB=-0.0365343;REVB=-0.0563529;RO=170;SAF=139;SAR=45;SRF=41;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455968;STB=0.722287;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0093129;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:420:170:236:184:184:0.438095:45:139:41:129:45:139:89:147 chr17 72889686 . G A 33.6 PASS AF=0.0527578;AO=22;DP=416;FAO=22;FDP=417;FR=.;FRO=395;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=200;FSRR=195;FWDB=0.0104154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2925;QD=0.322269;RBI=0.0456729;REFB=-0.00736203;REVB=-0.0444694;RO=392;SAF=21;SAR=1;SRF=200;SRR=192;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460517;STB=0.948613;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0399832;OID=.;OPOS=72889686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:416:417:392:395:22:22:0.0527578:1:21:200:192:1:21:200:195 chr17 72889696 . A G 1577.25 PASS AF=0.517007;AO=153;DP=294;FAO=152;FDP=294;FR=.;FRO=142;FSAF=133;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=134;FWDB=0.0261648;FXX=0.00338972;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8215;QD=21.4592;RBI=0.0513503;REFB=-0.00736385;REVB=-0.0441843;RO=141;SAF=133;SAR=20;SRF=8;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.694198;STB=0.883614;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0125688;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:141:142:153:152:0.517007:20:133:8:133:19:133:8:134 chr17 72927123 . G T 1668.44 PASS AF=0.966102;AO=112;DP=117;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0190628;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.2;QD=56.5574;RBI=0.0197882;REFB=0.0501921;REVB=0.00530886;RO=4;SAF=9;SAR=103;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180808;STB=0.509522;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000259395;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:118:4:4:112:114:0.966102:103:9:0:4:103:11:0:4 chr17 72937851 . G A 303.18 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.00159988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9346;QD=14.7891;RBI=0.00520272;REFB=-0.0121927;REVB=0.00495062;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244178;STB=0.637318;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0123052;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:18:16:34:14:18:16:34:14 chr17 72938100 . T C 494.28 PASS AF=0.505263;AO=47;DP=94;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0106847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.773;QD=20.8118;RBI=0.0132514;REFB=-0.0239658;REVB=0.00783822;RO=46;SAF=26;SAR=21;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108833;STB=0.504671;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0255857;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:46:47:47:48:0.505263:21:26:26:20:21:27:26:21 chr17 72939446 . C T 195.14 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0136669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.442;QD=25.1795;RBI=0.0354225;REFB=-0.0428152;REVB=0.0326798;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689653;STB=0.530089;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0236964;OID=.;OPOS=72939446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:12:12:18:19:0.612903:12:6:3:9:13:6:3:9 chr17 72948369 . A G 2441.6 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446169;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9658;QD=61.4238;RBI=0.00687663;REFB=0;REVB=-0.00523271;RO=0;SAF=62;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79994e-06;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:159:159:1:97:62:0:0:97:62:0:0 chr17 72949146 . C T 305.53 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00701475;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.153;QD=14.9038;RBI=0.00793883;REFB=-0.0123685;REVB=-0.0037173;RO=47;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127837;STB=0.577701;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0158187;OID=.;OPOS=72949146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:16:18:19:28:16:18:19:29 chr17 72949167 . T C 420.29 PASS AF=0.569444;AO=40;DP=71;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.032606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.844;QD=23.3492;RBI=0.0388369;REFB=-0.0133264;REVB=-0.0210986;RO=30;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909352;STB=0.560946;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0162502;OID=.;OPOS=72949167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:30:31:40:41:0.569444:22:18:17:13:23:18:18:13 chr17 72949649 . C T 1188.64 PASS AF=0.508696;AO=117;DP=231;FAO=117;FDP=230;FR=.;FRO=113;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.00950799;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.779;QD=20.6721;RBI=0.0337746;REFB=-0.0293282;REVB=0.0324087;RO=113;SAF=60;SAR=57;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00752788;STB=0.504126;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0282798;OID=.;OPOS=72949649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:113:113:117:117:0.508696:57:60:57:56:57:60:57:56 chr17 72950384 . C T 438.88 PASS AF=0.457944;AO=48;DP=104;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=48;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=-0.00565053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.774;QD=16.4068;RBI=0.0769466;REFB=-0.0110349;REVB=-0.0767388;RO=50;SAF=48;SAR=0;SRF=43;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.830741;STB=0.893813;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0122472;OID=.;OPOS=72950384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:50:58:48:49:0.457944:0:48:43:7:1:48:43:15 chr17 72952017 . A G 2158.54 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.863;QD=63.0231;RBI=0.067144;REFB=0;REVB=-0.000454341;RO=0;SAF=54;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01138e-05;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:137:0:0:135:137:1:81:54:0:0:82:55:0:0 chr17 73030547 . C T 653.93 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=136;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0127798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.007;QD=19.2331;RBI=0.0150313;REFB=-0.019147;REVB=0.00791319;RO=70;SAF=33;SAR=33;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265946;STB=0.514701;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.02194;OID=.;OPOS=73030547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:70:70:66:66:0.485294:33:33:33:37:33:33:33:37 chr17 73037868 . C G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.547;QD=57.5452;RBI=0.0271988;REFB=0;REVB=0.0258351;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62748e-05;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr17 73038746 . T C 639.83 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00952926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.343;QD=23.6975;RBI=0.0119399;REFB=-0.0107537;REVB=-0.00719408;RO=46;SAF=18;SAR=44;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128195;STB=0.570236;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00805093;OID=.;OPOS=73038746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:46:46:62:62:0.574074:44:18:20:26:44:18:20:26 chr17 73059820 . C G 1057.4 PASS AF=0.514563;AO=106;DP=205;FAO=106;FDP=206;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=76;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.0206384;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.718;QD=20.5319;RBI=0.0316275;REFB=-0.0261914;REVB=0.0239657;RO=98;SAF=30;SAR=76;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145773;STB=0.57647;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0244312;OID=.;OPOS=73059820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:98:100:106:106:0.514563:76:30:42:56:76:30:42:58 chr17 73060073 . T C 445.71 PASS AF=0.395349;AO=49;DP=127;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0143622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.11;QD=13.8206;RBI=0.0291714;REFB=-0.0110392;REVB=0.0253909;RO=73;SAF=23;SAR=26;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018456;STB=0.528914;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0141936;OID=.;OPOS=73060073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:73:78:49:51:0.395349:26:23:33:40:27:24:33:45 chr17 73060111 . G A 342.29 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00271177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.58;QD=15.7375;RBI=0.0115248;REFB=-0.00706636;REVB=0.0112013;RO=48;SAF=11;SAR=25;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168001;STB=0.613971;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0116033;OID=.;OPOS=73060111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:48:50:36:37:0.425287:25:11:22:26:26:11:24:26 chr17 73085975 . G A 708.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.94;QD=62.971;RBI=0.0417089;REFB=0;REVB=0.0399716;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173544;OID=.;OPOS=73085975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr17 73089524 . G A 824.52 PASS AF=0.47486;AO=85;DP=179;FAO=85;FDP=179;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.0321897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.683;QD=18.4251;RBI=0.0711213;REFB=-0.00241731;REVB=0.0634198;RO=92;SAF=35;SAR=50;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222602;STB=0.513164;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00255456;OID=.;OPOS=73089524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:92:94:85:85:0.47486:50:35:40:52:50:35:41:53 chr17 73089706 . G A 148.53 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00748464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4;QD=10.8022;RBI=0.0879819;REFB=-0.0192065;REVB=0.0876629;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050224;STB=0.502944;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0392092;OID=.;OPOS=73089706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:11:8:15:21:11:8:15:21 chr17 73089852 . T C 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0255709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1081;QD=23.597;RBI=0.0270697;REFB=0.0071215;REVB=0.00888247;RO=21;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187023;STB=0.605005;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00572819;OID=.;OPOS=73089852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:19:6:9:12:19:6:9:12 chr17 73110279 . C T 967.78 PASS AF=0.502646;AO=95;DP=190;FAO=95;FDP=189;FR=.;FRO=94;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.00201031;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.226;QD=20.4821;RBI=0.0149784;REFB=-0.0168413;REVB=0.0148429;RO=90;SAF=47;SAR=48;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150447;STB=0.502673;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0162872;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:90:94:95:95:0.502646:48:47:43:47:48:47:46:48 chr17 73127217 . G C 367.36 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0364491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5933;QD=19.0839;RBI=0.072874;REFB=0.0326119;REVB=0.0631037;RO=39;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492065;STB=0.519825;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0330304;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:39:37:38:0.493506:17:20:19:20:18:20:19:20 chr17 73221439 . C T 1937.66 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353424;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.077;QD=61.0287;RBI=0.0485388;REFB=-0.0555817;REVB=0.0332705;RO=1;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736683;STB=0.503875;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=4.92455e-05;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:127:1:1:126:126:0.992126:64:62:0:1:64:62:0:1 chr17 73222847 . C T 898.71 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.725;QD=57.9815;RBI=0.0631496;REFB=0;REVB=0.0102458;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66877e-05;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:32:28:0:0:33:29:0:0 chr17 73222865 . G A 724.08 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.014884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.184;QD=59.1086;RBI=0.0156096;REFB=-0.049289;REVB=-0.00470391;RO=2;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408476;STB=0.52173;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00122322;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:22:25:0:2:22:25:0:2 chr17 73230856 . C T 3213.3 PASS AF=0.968182;AO=213;DP=220;FAO=213;FDP=220;FR=.;FRO=7;FSAF=100;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0134407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.004;QD=58.4236;RBI=0.0457656;REFB=-0.192959;REVB=0.0437475;RO=5;SAF=100;SAR=113;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206088;STB=0.51502;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00224859;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:220:220:5:7:213:213:0.968182:113:100:0:5:113:100:0:7 chr17 73257986 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.708;QD=57.1998;RBI=0.0730783;REFB=0;REVB=0.0711906;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196698;OID=.;OPOS=73257986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr17 73258479 . C T 1484.27 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113971;FXX=0.0198;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.315;QD=59.9704;RBI=0.0124262;REFB=0;REVB=0.00495155;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08892e-05;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:101:99:1:51:50:0:0:51:48:0:0 chr17 73269530 . A G 1377.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7189;QD=62.611;RBI=0.0779354;REFB=0;REVB=-0.0778921;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417534;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr17 73269676 . C T 1607.03 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7118;QD=60.0759;RBI=0.0258579;REFB=0;REVB=-0.00125875;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31865e-05;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:57:49:0:0:58:49:0:0 chr17 73279624 . A G 1525.83 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.644;QD=59.8364;RBI=0.025158;REFB=0;REVB=-0.0194128;RO=0;SAF=37;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6563e-06;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:64:37:0:0:65:37:0:0 chr17 73315368 . C T 1120.67 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.873;QD=58.9824;RBI=0.0161383;REFB=-0.01116;REVB=0.00200156;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119765;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000700564;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:35:39:1:0:36:39:1:0 chr17 73402246 . C A 177.45 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.015248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9562;QD=39.4326;RBI=0.017327;REFB=-0.0192088;REVB=-0.00822955;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.545399;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00184325;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:1:2:16:16:0.888889:10:6:0:1:10:6:0:2 chr17 73488794 . C T 476.1 PASS AF=0.476636;AO=50;DP=108;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0406977;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.544;QD=17.7982;RBI=0.0489021;REFB=-0.0139452;REVB=-0.0271131;RO=58;SAF=32;SAR=18;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172324;STB=0.607623;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0226496;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:58:56:50:51:0.476636:18:32:27:31:18:33:25:31 chr17 73495692 . C G 855.98 PASS AF=0.523529;AO=65;DP=167;FAO=89;FDP=170;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.101638;FXX=0.00584761;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.1547;QD=20.1407;RBI=0.102792;REFB=-0.034745;REVB=0.0153555;RO=76;SAF=23;SAR=42;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159863;STB=0.506685;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0351531;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:76:81:65:89:0.523529:42:23:39:37:43:46:43:38 chr17 73498339 . G A 503.92 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-8.33511e-05;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.271;QD=14.713;RBI=0.0218239;REFB=-0.00625171;REVB=0.0218237;RO=76;SAF=33;SAR=23;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017007;STB=0.512995;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0112652;OID=.;OPOS=73498339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:76:81:56:56:0.408759:23:33:46:30:23:33:46:35 chr17 73498483 . T C 320.49 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0119837;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.612;QD=13.3539;RBI=0.0119981;REFB=-0.0201384;REVB=0.000586981;RO=60;SAF=6;SAR=30;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384391;STB=0.723543;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0318395;OID=.;OPOS=73498483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:30:6:27:33:30:6:27:33 chr17 73498623 . A G 645.91 PASS AF=0.421053;AO=72;DP=171;FAO=72;FDP=171;FR=.;FRO=99;FSAF=55;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=-0.00142551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.147;QD=15.1089;RBI=0.0887151;REFB=-0.00323444;REVB=-0.0887036;RO=97;SAF=55;SAR=17;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216682;STB=0.63018;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00364522;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:97:99:72:72:0.421053:17:55:57:40:17:55:57:42 chr17 73509823 . T C 401.87 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.00114756;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.07;QD=14.6133;RBI=0.0182596;REFB=-0.0167479;REVB=0.0182235;RO=62;SAF=17;SAR=29;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00153597;STB=0.503386;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0226598;OID=.;OPOS=73509823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:62:64:46:46:0.418182:29:17:23:39:29:17:24:40 chr17 73518203 . G C 542.87 PASS AF=0.401274;AO=62;DP=156;FAO=63;FDP=157;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0206338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.775;QD=13.831;RBI=0.0254659;REFB=-0.014845;REVB=0.0149252;RO=94;SAF=21;SAR=41;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758506;STB=0.53547;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0205842;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:94:94:62:63:0.401274:41:21:38:56:41:22:38:56 chr17 73518284 . G C 457.19 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00726977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.974;QD=15.4979;RBI=0.0144014;REFB=-0.00823756;REVB=0.0124319;RO=67;SAF=17;SAR=34;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255906;STB=0.643621;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.011653;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:34:17:39:28:34:17:39:28 chr17 73519413 . C T 243.73 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0527995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.307;QD=10.7133;RBI=0.065411;REFB=-0.00127852;REVB=0.0386111;RO=60;SAF=14;SAR=16;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.505151;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00275022;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:60:61:30:30:0.32967:16:14:27:33:16:14:28:33 chr17 73552185 . G A 231.45 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0194538;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6191;QD=16.5322;RBI=0.0310834;REFB=-0.0159168;REVB=0.0242431;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124164;STB=0.56978;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.019702;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:10:20:14:12:10:20 chr17 73565171 . T C 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0632906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4989;QD=16.9787;RBI=0.101504;REFB=-0.0218894;REVB=-0.0793563;RO=28;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180445;STB=0.593812;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.021956;OID=.;OPOS=73565171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:26:26:0.472727:9:17:13:15:9:17:14:15 chr17 73571030 . A G 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0653916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.397;QD=10.9731;RBI=0.068804;REFB=-0.0200692;REVB=-0.0213993;RO=31;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141321;STB=0.585243;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0258661;OID=.;OPOS=73571030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:12:3:9:22:12:3:9:22 chr17 73571155 . T C 698.13 PASS AF=0.436782;AO=76;DP=174;FAO=76;FDP=174;FR=.;FRO=98;FSAF=11;FSAR=65;FSRF=33;FSRR=65;FWDB=-0.0475637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1237;QD=16.0489;RBI=0.0815659;REFB=-0.0132949;REVB=0.0662623;RO=98;SAF=11;SAR=65;SRF=33;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29401;STB=0.666616;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0178245;OID=.;OPOS=73571155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:98:98:76:76:0.436782:65:11:33:65:65:11:33:65 chr17 73587784 . A G 737.34 PASS AF=0.484277;AO=76;DP=159;FAO=77;FDP=159;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.00171955;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.399;QD=18.5494;RBI=0.00347801;REFB=-0.00166929;REVB=0.0030232;RO=83;SAF=34;SAR=42;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478242;STB=0.526993;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0019155;OID=.;OPOS=73587784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:83:82:76:77:0.484277:42:34:33:50:43:34:32:50 chr17 73590830 . T G 2272.26 PASS AF=0.980769;AO=152;DP=156;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0437664;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.355;QD=58.263;RBI=0.0456201;REFB=-0.151149;REVB=0.0128722;RO=3;SAF=81;SAR=71;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00494682;STB=0.502527;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.000261655;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:156:3:3:152:153:0.980769:71:81:2:1:71:82:2:1 chr17 73609139 . C T 1065.65 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186356;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.612;QD=60.0368;RBI=0.0423983;REFB=0;REVB=0.0380832;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65901e-05;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr17 73612641 . CA AT,CAT 656.54 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=3,41;DP=47;FAO=3,43;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=3,30;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209398,0.000309724;FXX=0.0212721;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=11.9259,26.4647;QD=57.09;RBI=0.02178,0.12977;REFB=0,0;REVB=0.00599125,0.12977;RO=1;SAF=3,30;SAR=0,11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0153876;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00495365,0.0130278;OID=.,.;OPOS=73612641,73612643;OREF=CA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:47:46:1:0:3,41:3,43:0.0652174,0.934783:0,11:3,30:1:0:0,13:3,30:0:0 chr17 73622272 . T TC 36.04 PASS AF=0.0701107;AO=28;DP=273;FAO=19;FDP=271;FR=.;FRO=252;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=124;FSRR=128;FWDB=-0.0196011;FXX=0.00367634;HRUN=0;LEN=1;MLLD=50.124;QD=0.531946;RBI=0.0375864;REFB=-0.00373562;REVB=-0.0320708;RO=244;SAF=2;SAR=26;SRF=122;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552542;STB=0.880334;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0773656;OID=.;OPOS=73622273;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0701107:28:273:19:271:252:2:17:124:128:36:244:2:26:122:122 chr17 73625430 . G A 2610.82 PASS AF=0.988372;AO=169;DP=171;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0642162;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1623;QD=60.7166;RBI=0.142384;REFB=-0.0660119;REVB=0.127081;RO=2;SAF=92;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121998;STB=0.506409;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00111718;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:172:2:2:169:170:0.988372:77:92:0:2:77:93:0:2 chr17 73625478 . T C 3237.79 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.887;QD=61.9673;RBI=0.0187402;REFB=0;REVB=-0.00537852;RO=0;SAF=100;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48727e-06;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:209:209:1:109:100:0:0:109:100:0:0 chr17 73626923 . G T 59.07 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=4;FWDB=-0.0320377;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=232.382;QD=5.13609;RBI=0.0320414;REFB=-0.0106307;REVB=0.000486237;RO=36;SAF=6;SAR=3;SRF=33;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443751;STB=0.735496;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.045277;OID=.;OPOS=73626923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:46:36:37:9:9:0.195652:3:6:33:3:3:6:33:4 chr17 73627539 . T C 636.0 PASS AF=0.402174;AO=66;DP=176;FAO=74;FDP=184;FR=.;FRO=110;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.00224003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.295;QD=13.826;RBI=0.028916;REFB=-0.00392286;REVB=0.0288291;RO=106;SAF=38;SAR=28;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832524;STB=0.527032;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00529685;OID=.;OPOS=73627539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:184:106:110:66:74:0.402174:28:38:53:53:33:41:56:54 chr17 73627565 . A G 3018.42 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00675448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3032;QD=63.5457;RBI=0.0226211;REFB=0;REVB=-0.0215892;RO=0;SAF=94;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48107e-05;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:190:190:1:96:94:0:0:96:94:0:0 chr17 73698557 . C T 1400.38 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.261;QD=61.5552;RBI=0.040245;REFB=-0.0762716;REVB=0.0183941;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000476896;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:49:41:0:0:49:41:0:1 chr17 73732428 . G A 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.000686694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9018;QD=21.7455;RBI=0.00110349;REFB=-0.00727525;REVB=0.000863801;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224708;STB=0.624896;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00756981;OID=.;OPOS=73732428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:16:4:10:12:16:4 chr17 73750859 . C G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.1291;QD=55.0969;RBI=0.0581886;REFB=0;REVB=-0.0137962;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357237;OID=.;OPOS=73750859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr17 73751278 . G A 815.63 PASS AF=0.546763;AO=76;DP=140;FAO=76;FDP=139;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.025941;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8943;QD=23.4712;RBI=0.0716818;REFB=-0.0137894;REVB=0.0668233;RO=63;SAF=35;SAR=41;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107254;STB=0.558531;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0091636;OID=.;OPOS=73751278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:63:63:76:76:0.546763:41:35:21:42:41:35:21:42 chr17 73753503 . T C 1088.73 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.535;QD=59.6567;RBI=0.00659922;REFB=0;REVB=-0.00563338;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33843e-06;OID=.;OPOS=73753503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:34:37:0:0:36:37:0:0 chr17 73812909 . A G 9128.05 PASS AF=1;AO=552;DP=556;FAO=580;FDP=580;FR=.;FRO=0;FSAF=314;FSAR=266;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5806;QD=62.952;RBI=0.0561416;REFB=0;REVB=0.0529559;RO=2;SAF=312;SAR=240;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000457486;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17008e-05;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:556:580:2:0:552:580:1:240:312:1:1:266:314:0:0 chr17 73816026 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8225;QD=60.6097;RBI=0.0115093;REFB=0;REVB=0.0104363;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113119;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 73895694 . AG AA,A 42.26 PASS AF=0.0740741,0.277778;AO=4,13;DP=53;FAO=4,15;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=2,9;FSAR=2,6;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=0.0665478,0.0373976;FXX=0.0357079;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=26.7879,9.65981;QD=3.13045;RBI=0.0732371,0.226685;REFB=-0.0750568,-0.127019;REVB=0.0305789,-0.223578;RO=31;SAF=2,8;SAR=2,5;SRF=27;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.491293,-0.358884;STB=0.793911,0.678377;STBP=0.495,0.169;TYPE=snp,del;VARB=0.13795,0.0795685;OID=.,.;OPOS=73895695,73895695;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0740741,0.277778:4,13:53:4,15:54:35:2,9:2,6:29:6:31:31:2,8:2,5:27:4 chr17 73949540 . G C 1589.32 PASS AF=1;AO=89;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2816;QD=59.9742;RBI=0.0746232;REFB=0;REVB=-0.0683211;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157718;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:89:106:1:46:43:0:0:47:59:0:0 chr17 73969835 . C T 492.42 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0183585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.863;QD=20.0988;RBI=0.0265555;REFB=-0.00529659;REVB=0.0191875;RO=50;SAF=22;SAR=26;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200226;STB=0.511106;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0045975;OID=.;OPOS=73969835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:26:22:24:26:26:22:24:26 chr17 73997474 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.694;QD=59.6794;RBI=0.0128096;REFB=0;REVB=0.0115792;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92053e-06;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr17 74005763 . C T 455.94 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0324178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.523;QD=15.3256;RBI=0.0324263;REFB=-0.00143716;REVB=0.000743189;RO=68;SAF=27;SAR=24;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756291;STB=0.542356;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00134904;OID=.;OPOS=74005763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:68:51:51:0.428571:24:27:41:27:24:27:41:27 chr17 74014628 . G A 2701.6 PASS AF=0.994286;AO=172;DP=174;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323693;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.19;QD=61.7508;RBI=0.0435411;REFB=-0.0818714;REVB=0.0291214;RO=1;SAF=82;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576936;STB=0.502958;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000441828;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:175:1:1:172:174:0.994286:90:82:1:0:90:84:1:0 chr17 74014668 . T C 1850.17 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.219;QD=61.1626;RBI=0.0366068;REFB=0;REVB=0.0293555;RO=0;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129565;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:121:0:0:114:121:1:59:55:0:0:63:58:0:0 chr17 74017554 . G T 958.05 PASS AF=0.252189;AO=143;DP=570;FAO=144;FDP=571;FR=.;FRO=427;FSAF=79;FSAR=65;FSRF=170;FSRR=257;FWDB=0.00258116;FXX=0.00174822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.451;QD=6.7114;RBI=0.01289;REFB=-0.000628194;REVB=0.0126289;RO=426;SAF=78;SAR=65;SRF=169;SRR=257;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186319;STB=0.611138;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00183099;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:570:571:426:427:143:144:0.252189:65:78:169:257:65:79:170:257 chr17 74017573 . C G 902.96 PASS AF=0.23569;AO=140;DP=594;FAO=140;FDP=594;FR=.;FRO=454;FSAF=74;FSAR=66;FSRF=181;FSRR=273;FWDB=-0.0355148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.257;QD=6.08052;RBI=0.0358432;REFB=-0.00381466;REVB=0.00484101;RO=441;SAF=74;SAR=66;SRF=181;SRR=260;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14963;STB=0.598469;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0111666;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:594:594:441:454:140:140:0.23569:66:74:181:260:66:74:181:273 chr17 74017594 . A G 846.11 PASS AF=0.230637;AO=134;DP=582;FAO=134;FDP=581;FR=.;FRO=447;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=174;FSRR=273;FWDB=-0.00731422;FXX=0.00343047;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4269;QD=5.82521;RBI=0.007483;REFB=-0.0018775;REVB=0.00158036;RO=446;SAF=68;SAR=66;SRF=174;SRR=272;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150393;STB=0.5907;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00518083;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:582:581:446:447:134:134:0.230637:66:68:174:272:66:68:174:273 chr17 74056413 . C T 305.24 PASS AF=0.425;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.03448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.241;QD=15.2622;RBI=0.0453888;REFB=-0.0185276;REVB=0.0295174;RO=45;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221697;STB=0.607496;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0213739;OID=.;OPOS=74056413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:33:34:0.425:14:19:16:29:15:19:17:29 chr17 74066447 . T A 249.13 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.00245342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.04;QD=11.8635;RBI=0.00620977;REFB=-0.0110781;REVB=-0.00570456;RO=54;SAF=14;SAR=16;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200965;STB=0.615311;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.030132;OID=.;OPOS=74066447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:16:14:35:19:16:14:35:19 chr17 74076415 . G A 431.7 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=60;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0136294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1709;QD=28.78;RBI=0.0136728;REFB=-0.0107629;REVB=0.00108772;RO=17;SAF=26;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104536;STB=0.535824;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00500252;OID=.;OPOS=74076415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:20:40:40:0.666667:14:26:8:9:14:26:11:9 chr17 74076642 . G A 142.58 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0342071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.271;QD=14.2578;RBI=0.0342222;REFB=-0.0175051;REVB=0.00101712;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149715;STB=0.586849;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0193603;OID=.;OPOS=74076642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:9:7:14:10:9:7:14:10 chr17 74077797 . C T 495.99 PASS AF=0.477477;AO=52;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00294325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.482;QD=17.8734;RBI=0.00775141;REFB=-0.00717751;REVB=-0.00717088;RO=58;SAF=28;SAR=24;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624015;STB=0.529827;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00563164;OID=.;OPOS=74077797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:52:53:0.477477:24:28:35:23:24:29:35:23 chr17 74080443 . C T 539.96 PASS AF=0.554348;AO=45;DP=87;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.02058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4102;QD=23.4764;RBI=0.0218901;REFB=-0.0121002;REVB=0.00745929;RO=30;SAF=14;SAR=31;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125452;STB=0.616642;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0140179;OID=.;OPOS=74080443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:30:41:45:51:0.554348:31:14:14:16:33:18:25:16 chr17 74288853 . T G 281.32 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0237553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3648;QD=19.4016;RBI=0.0385769;REFB=-0.00130248;REVB=-0.0303951;RO=28;SAF=8;SAR=22;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313666;STB=0.675553;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00106822;OID=.;OPOS=74288853;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:22:8:17:11:22:8:17:11 chr17 74381567 . G A 152.35 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0124085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9683;QD=40.6275;RBI=0.0853149;REFB=-0.0633915;REVB=0.0844077;RO=1;SAF=11;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395718;STB=0.521709;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0214058;OID=.;OPOS=74381567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:3:11:1:0:3:11:1:0 chr17 74383475 . T C 201.0 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00982165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.436;QD=13.8623;RBI=0.0110817;REFB=-0.0222531;REVB=-0.00513221;RO=34;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138397;STB=0.579476;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0251594;OID=.;OPOS=74383475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:17:7:14:20:17:7:14:20 chr17 74387284 . C T 837.52 PASS AF=0.418919;AO=93;DP=222;FAO=93;FDP=222;FR=.;FRO=129;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=70;FSRR=59;FWDB=-0.00565899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.031;QD=15.0905;RBI=0.00629418;REFB=-0.0194719;REVB=0.00275546;RO=129;SAF=51;SAR=42;SRF=70;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603453;STB=0.503371;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0272108;OID=.;OPOS=74387284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:129:129:93:93:0.418919:42:51:70:59:42:51:70:59 chr17 74465839 . CA GC 57.22 PASS AF=0.0793651;AO=15;DP=190;FAO=15;FDP=189;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=171;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=74;FSRR=97;FWDB=-0.0454209;FXX=0.00526288;HRUN=4;LEN=2;MLLD=115.346;QD=1.21092;RBI=0.0527307;REFB=-0.0155892;REVB=-0.0267857;RO=149;SAF=14;SAR=1;SRF=52;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624739;STB=0.939168;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.170997;OID=.;OPOS=74465839;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:190:189:149:171:15:15:0.0793651:1:14:52:97:1:14:74:97 chr17 74475024 . G A 638.29 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.73;QD=60.7899;RBI=0.0845879;REFB=0;REVB=0.0831533;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614018;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:15:26:0:0:16:26:0:0 chr17 74524651 . TT GG 81.13 PASS AF=0.159574;AO=15;DP=94;FAO=15;FDP=94;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=-0.00575327;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=120.821;QD=3.45239;RBI=0.044232;REFB=-0.00121528;REVB=-0.0438562;RO=78;SAF=14;SAR=1;SRF=27;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.687011;STB=0.947109;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00944126;OID=.;OPOS=74524651;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:94:94:78:79:15:15:0.159574:1:14:27:51:1:14:27:52 chr17 74541129 . A G 652.04 PASS AF=0.547009;AO=64;DP=117;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=63;FSAR=1;FSRF=53;FSRR=0;FWDB=-0.041101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2751;QD=22.2921;RBI=0.0428535;REFB=-0.00942502;REVB=0.0121298;RO=51;SAF=63;SAR=1;SRF=51;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269873;STB=0.648011;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00691599;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:51:53:64:64:0.547009:1:63:51:0:1:63:53:0 chr17 74652491 . T C 333.94 PASS AF=0.393617;AO=36;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0344179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.359;QD=14.2102;RBI=0.0400618;REFB=-0.0119674;REVB=0.0205026;RO=57;SAF=15;SAR=21;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145991;STB=0.501193;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00371042;OID=.;OPOS=74652491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:36:37:0.393617:21:15:23:34:22:15:23:34 chr17 74652501 . AT TA 233.18 PASS AF=0.378049;AO=24;DP=77;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0340885;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=2;MLLD=280.589;QD=11.3746;RBI=0.0375929;REFB=-0.0362463;REVB=0.0158492;RO=51;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778584;STB=0.524962;STBP=0.75;TYPE=mnp;VARB=0.055391;OID=.;OPOS=74652501;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:51:51:24:31:0.378049:13:11:20:31:20:11:20:31 chr17 74732507 . A G 1831.24 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757373;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.129;QD=61.0413;RBI=0.00769317;REFB=0;REVB=0.00135032;RO=0;SAF=69;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148566;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:121:120:0:0:120:120:1:51:69:0:0:51:69:0:0 chr17 74733099 . G A 11107.7 PASS AF=1;AO=702;DP=705;FAO=704;FDP=704;FR=.;FRO=0;FSAF=319;FSAR=385;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01814;FXX=0.00141842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.767;QD=63.1117;RBI=0.0214915;REFB=-0.0345281;REVB=0.0115251;RO=1;SAF=318;SAR=384;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149983;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26086e-05;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:52:705:704:1:0:702:704:1:384:318:1:0:385:319:0:0 chr17 74735000 . T C 279.06 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0225755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.798;QD=10.4322;RBI=0.0234348;REFB=-0.00484861;REVB=0.00628788;RO=71;SAF=18;SAR=18;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242213;STB=0.514011;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00946341;OID=.;OPOS=74735000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:71:71:36:36:0.336449:18:18:34:37:18:18:34:37 chr17 74857676 . A G 825.62 PASS AF=0.532468;AO=81;DP=154;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.00967159;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.47;QD=21.4446;RBI=0.00968092;REFB=-0.02536;REVB=0.000424855;RO=72;SAF=33;SAR=48;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290062;STB=0.513403;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0221412;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:72:72:81:82:0.532468:48:33:27:45:49:33:27:45 chr17 74878259 . G A 6547.42 PASS AF=1;AO=413;DP=418;FAO=419;FDP=419;FR=.;FRO=0;FSAF=199;FSAR=220;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195476;FXX=0.0187349;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.908;QD=62.5052;RBI=0.0411579;REFB=-0.0334252;REVB=0.0362196;RO=0;SAF=197;SAR=216;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254144;OID=.;OPOS=74878259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:418:419:0:0:413:419:1:216:197:0:0:220:199:0:0 chr17 74921072 . G C 703.43 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00860145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.78;QD=20.9978;RBI=0.0132739;REFB=-0.0117542;REVB=0.01011;RO=65;SAF=31;SAR=38;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517399;STB=0.528458;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0103129;OID=.;OPOS=74921072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:65:69:69:0.514925:38:31:33:32:38:31:33:32 chr17 74928758 . C T 659.07 PASS AF=0.478873;AO=66;DP=141;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0021439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.854;QD=18.5652;RBI=0.0186947;REFB=-0.00742396;REVB=-0.0185713;RO=74;SAF=43;SAR=23;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124903;STB=0.574614;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0086394;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:74:74:66:68:0.478873:23:43:39:35:23:45:39:35 chr17 74936576 . G A 503.65 PASS AF=0.411765;AO=51;DP=130;FAO=56;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0150448;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2655;QD=14.8133;RBI=0.0150567;REFB=-0.0239521;REVB=-0.000597234;RO=69;SAF=13;SAR=38;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21235;STB=0.599963;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0480709;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:136:69:73:51:56:0.411765:38:13:30:39:39:17:34:39 chr17 74942478 . C T 1081.17 PASS AF=0.486726;AO=109;DP=227;FAO=110;FDP=226;FR=.;FRO=116;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=69;FWDB=0.00923548;FXX=0.0130999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.458;QD=19.1357;RBI=0.0118615;REFB=-0.0124136;REVB=-0.00744312;RO=111;SAF=60;SAR=49;SRF=42;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156991;STB=0.576287;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0128269;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:111:116:109:110:0.486726:49:60:42:69:49:61:47:69 chr17 75085434 . G A 1190.95 PASS AF=0.473282;AO=124;DP=261;FAO=124;FDP=262;FR=.;FRO=138;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=55;FSRR=83;FWDB=0.00268002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.625;QD=18.1825;RBI=0.0110915;REFB=-0.0213515;REVB=-0.0107629;RO=136;SAF=61;SAR=63;SRF=54;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903384;STB=0.549271;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0205948;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:136:138:124:124:0.473282:63:61:54:82:63:61:55:83 chr17 75158261 . C G 427.47 PASS AF=0.343949;AO=54;DP=157;FAO=54;FDP=157;FR=.;FRO=103;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=64;FWDB=-0.0229075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.217;QD=10.891;RBI=0.0308765;REFB=-0.0153825;REVB=-0.0207028;RO=103;SAF=27;SAR=27;SRF=39;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139247;STB=0.579589;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0239976;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:103:103:54:54:0.343949:27:27:39:64:27:27:39:64 chr17 75190846 . A C 1491.58 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.776;QD=63.4716;RBI=0.0600778;REFB=0;REVB=0.0552525;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112067;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr17 75190962 . C T 1228.09 PASS AF=0.966292;AO=82;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.173309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.106;QD=55.1952;RBI=0.17382;REFB=-0.186851;REVB=0.0133168;RO=2;SAF=30;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305225;STB=0.521122;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00256373;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:89:89:2:3:82:86:0.966292:52:30:2:0:52:34:3:0 chr17 75303298 . T C 1849.88 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.801;QD=61.153;RBI=0.0199056;REFB=0;REVB=0.00874348;RO=0;SAF=48;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.16314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32814e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:71:48:0:0:72:49:0:0 chr17 75442271 . C T 764.25 PASS AF=0.49375;AO=79;DP=160;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.0014832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.243;QD=19.1062;RBI=0.0222841;REFB=0.00231629;REVB=0.0222347;RO=81;SAF=44;SAR=35;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092123;STB=0.550771;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00225237;OID=.;OPOS=75442271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:81:81:79:79:0.49375:35:44:37:44:35:44:37:44 chr17 75478481 . C T 1541.3 PASS AF=0.955357;AO=107;DP=112;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0470243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.823;QD=55.0466;RBI=0.0473932;REFB=-0.103563;REVB=-0.00590119;RO=2;SAF=48;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193627;STB=0.524748;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000401033;OID=.;OPOS=75478481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:112:112:2:5:107:107:0.955357:59:48:2:0:59:48:5:0 chr17 75494705 . A G 6560.15 PASS AF=1;AO=415;DP=418;FAO=417;FDP=417;FR=.;FRO=0;FSAF=199;FSAR=218;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029336;FXX=0.00239229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6032;QD=62.9271;RBI=0.0309081;REFB=-0.0402137;REVB=0.00973188;RO=1;SAF=198;SAR=217;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219458;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42979e-05;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:418:417:1:0:415:417:1:217:198:0:1:218:199:0:0 chr17 75495065 . T C 371.43 PASS AF=0.411215;AO=43;DP=106;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00168386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.546;QD=13.8851;RBI=0.00717626;REFB=-0.0121667;REVB=0.00697591;RO=63;SAF=27;SAR=16;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096269;STB=0.559475;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.015934;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:63:63:43:44:0.411215:16:27:34:29:16:28:34:29 chr17 75495397 . T C 261.56 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0386311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.163;QD=14.7357;RBI=0.0391004;REFB=-0.0134627;REVB=0.00603985;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059209;STB=0.516057;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0257163;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:29:30:0.422535:15:14:17:23:16:14:18:23 chr17 75496342 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.851;QD=50.4112;RBI=0.030502;REFB=0;REVB=0.0174892;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715932;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr17 75496361 . A G 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7313;QD=43.0157;RBI=0.0442537;REFB=-0.116316;REVB=-0.0408908;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00425983;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:10:6:0:1:10:6:0:1 chr17 75548687 . G A 412.46 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=-0.00837999;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2195;QD=13.5231;RBI=0.075812;REFB=0.0141247;REVB=-0.0753474;RO=74;SAF=23;SAR=25;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183296;STB=0.603134;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.01647;OID=.;OPOS=75548687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:74:74:48:48:0.393443:25:23:23:51:25:23:23:51 chr17 75559019 . C G,T 1386.47 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=4,86;DP=90;FAO=4,86;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=3,48;FSAR=1,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194404,0.0222547;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.838,281.121;QD=61.6207;RBI=0.0195503,0.0223055;REFB=0,0;REVB=0.00206969,0.00150367;RO=0;SAF=3,48;SAR=1,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0610214,-0.00206408;OID=.,.;OPOS=75559019,75559019;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:90:90:0:0:4,86:4,86:0.0444444,0.955556:1,38:3,48:0:0:1,38:3,48:0:0 chr17 75878090 . A G 589.74 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00148066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0266;QD=20.1622;RBI=0.0648829;REFB=0.0215612;REVB=-0.064866;RO=57;SAF=29;SAR=31;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854242;STB=0.504706;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0171216;OID=.;OPOS=75878090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:31:29:27:30:31:29:27:30 chr17 75878496 . TGC CTG,TG 147.3 PASS AF=0.0789474,0.552632;AO=4,16;DP=43;FAO=3,21;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=0,3;FSAR=3,18;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0368041,-0.139646;FXX=0.116252;HRUN=1,3;LEN=3,1;MLLD=84.723,11.6481;QD=15.5049;RBI=0.0444877,0.17806;REFB=-0.0384368,-0.209739;REVB=0.0249922,0.110472;RO=13;SAF=0,4;SAR=4,12;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0.396318;SSSB=-0.59866,0.108726;STB=0.995316,0.639846;STBP=0.155,0.101;TYPE=mnp,del;VARB=0.154504,0.188372;OID=.,.;OPOS=75878496,75878498;OREF=TGC,C;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:43:38:13:14:4,16:3,21:0.0789474,0.552632:4,12:0,4:2:11:3,18:0,3:5:9 chr17 76093866 . T C 685.77 PASS AF=0.503704;AO=69;DP=135;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0103042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2863;QD=20.319;RBI=0.0464699;REFB=0.00772102;REVB=-0.045313;RO=66;SAF=33;SAR=36;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998411;STB=0.562482;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00683299;OID=.;OPOS=76093866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:67:69:68:0.503704:36:33:39:27:36:32:40:27 chr17 76104573 . CTG C 572.29 PASS AF=0.565657;AO=54;DP=103;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.0089064;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=2;MLLD=287.756;QD=23.1228;RBI=0.0111226;REFB=-0.0101477;REVB=-0.00666247;RO=45;SAF=17;SAR=37;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696164;STB=0.541497;STBP=0.393;TYPE=del;VARB=0.00745728;OID=.;OPOS=76104574;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565657:54:103:56:99:43:19:37:11:32:99:45:17:37:11:34 chr17 76106308 . C T 377.25 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00364264;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.319;QD=17.3448;RBI=0.00501689;REFB=-0.0118645;REVB=-0.0034497;RO=46;SAF=29;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275744;STB=0.650388;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0178682;OID=.;OPOS=76106308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:46:47:40:40:0.45977:11:29:21:25:11:29:22:25 chr17 76117171 . GGC G,GCC 112.63 PASS AF=0.369565,0;AO=11,14;DP=67;FAO=17,0;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=29;FWDB=-0.135515,0.0839484;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.7758,15.454;QD=9.79353;RBI=0.135789,0.198467;REFB=-0.0488328,-0.0262012;REVB=0.00861969,-0.179838;RO=36;SAF=4,13;SAR=7,1;SRF=5;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0.366667,0;SSSB=0.345401,0.788528;STB=0.784119,0.5;STBP=0.061,1;TYPE=del,snp;VARB=0.075075,0;OID=.,.;OPOS=76117172,76117172;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565,0:11,14:67:17,0:46:29:6,0:11,0:0:29:99:36:4,13:7,1:5:31 chr17 76121318 . G A 396.36 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.045854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.384;QD=12.7857;RBI=0.0464004;REFB=-0.01251;REVB=-0.00710022;RO=77;SAF=24;SAR=23;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00452782;STB=0.502574;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0206382;OID=.;OPOS=76121318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:77:77:47:47:0.379032:23:24:39:38:23:24:39:38 chr17 76134828 . C A 251.13 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0504101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.878;QD=15.22;RBI=0.0515109;REFB=-0.0174755;REVB=-0.0105921;RO=37;SAF=9;SAR=20;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115161;STB=0.564619;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0262693;OID=.;OPOS=76134828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:20:9:8:29:20:9:8:29 chr17 76143009 . G A 463.38 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0209004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.188;QD=21.806;RBI=0.0357982;REFB=-0.00848305;REVB=0.0290634;RO=40;SAF=23;SAR=22;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545995;STB=0.530107;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00752414;OID=.;OPOS=76143009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:22:23:23:17:22:23:23:17 chr17 76157266 . T C 460.11 PASS AF=0.422764;AO=51;DP=124;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.00675435;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.852;QD=14.9628;RBI=0.0206331;REFB=-0.0255292;REVB=-0.0194962;RO=70;SAF=30;SAR=21;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149871;STB=0.572921;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0383724;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:70:71:51:52:0.422764:21:30:31:39:22:30:32:39 chr17 76157326 . C G 299.24 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0128831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.423;QD=13.758;RBI=0.0182418;REFB=-0.00770247;REVB=-0.0129147;RO=52;SAF=14;SAR=20;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11498;STB=0.571386;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0109261;OID=.;OPOS=76157326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:53:34:34:0.390805:20:14:27:25:20:14:28:25 chr17 76166939 . C G 254.15 PASS AF=0.323529;AO=30;DP=99;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.000366062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.211;QD=9.96669;RBI=0.0244592;REFB=-0.014764;REVB=-0.0244565;RO=66;SAF=11;SAR=19;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525787;STB=0.512813;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0323979;OID=.;OPOS=76166939;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:66:69:30:33:0.323529:19:11:27:39:19:14:28:41 chr17 76178748 . T C 1218.05 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0763142;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.106;QD=60.1507;RBI=0.0814019;REFB=0.059022;REVB=0.0283269;RO=1;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937607;STB=0.504949;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000827972;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:81:1:1:80:80:0.987654:50:30:0:1:50:30:0:1 chr17 76178751 . C T 360.57 PASS AF=0.463415;AO=39;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0568288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.986;QD=17.5886;RBI=0.0577223;REFB=-0.0207349;REVB=-0.0101171;RO=43;SAF=19;SAR=20;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197856;STB=0.59683;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0323705;OID=.;OPOS=76178751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:39:38:0.463415:20:19:12:31:20:18:13:31 chr17 76183043 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.526;QD=57.7118;RBI=0.0142769;REFB=0;REVB=0.0132341;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54964e-05;OID=.;OPOS=76183043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr17 76210367 . G C 2297.93 PASS AF=0.506608;AO=230;DP=448;FAO=230;FDP=454;FR=.;FRO=224;FSAF=118;FSAR=112;FSRF=127;FSRR=97;FWDB=-0.0308672;FXX=0.00438587;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0424;QD=20.2461;RBI=0.0519039;REFB=-0.00880144;REVB=-0.0417281;RO=218;SAF=118;SAR=112;SRF=127;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621411;STB=0.526657;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00712815;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:454:218:224:230:230:0.506608:112:118:127:91:112:118:127:97 chr17 76219591 . G A 491.8 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0439079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0693;QD=18.5586;RBI=0.0507759;REFB=0.0163778;REVB=0.0255009;RO=54;SAF=35;SAR=17;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116892;STB=0.564935;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0158235;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:17:35:30:24:17:35:30:24 chr17 76227938 . AG A 186.03 PASS AF=1;AO=10;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222127;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.6052;QD=32.3534;RBI=0.228712;REFB=-0.013704;REVB=-0.0544865;RO=2;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994744;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0140187;OID=.;OPOS=76227939;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:23:23:23:0:3:20:0:0:3:2:2:8:0:2 chr17 76230729 . T C 811.54 PASS AF=0.566176;AO=75;DP=137;FAO=77;FDP=136;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0191258;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1883;QD=23.8689;RBI=0.0192931;REFB=-0.0635318;REVB=0.00253535;RO=58;SAF=41;SAR=34;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146716;STB=0.567226;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0517849;OID=.;OPOS=76230729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:58:59:75:77:0.566176:34:41:21:37:35:42:23:36 chr17 76354380 . T G 1223.29 PASS AF=0.38172;AO=141;DP=369;FAO=142;FDP=372;FR=.;FRO=230;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=138;FSRR=92;FWDB=-0.00644477;FXX=0.00534745;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.481;QD=13.1536;RBI=0.02329;REFB=-0.00817015;REVB=0.0223806;RO=225;SAF=66;SAR=75;SRF=136;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148484;STB=0.583021;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0162482;OID=.;OPOS=76354380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:372:225:230:141:142:0.38172:75:66:136:89:76:66:138:92 chr17 76367052 . A G 862.72 PASS AF=0.480663;AO=87;DP=184;FAO=87;FDP=181;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=-0.0111918;FXX=0.0320838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6545;QD=19.0657;RBI=0.0804219;REFB=-0.0146517;REVB=-0.0796394;RO=91;SAF=38;SAR=49;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495544;STB=0.534298;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0158353;OID=.;OPOS=76367052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:181:91:94:87:87:0.480663:49:38:35:56:49:38:35:59 chr17 76367106 . G A 603.81 PASS AF=0.456522;AO=62;DP=137;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.00819076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1691;QD=17.5017;RBI=0.00925095;REFB=0.000380539;REVB=0.00430016;RO=75;SAF=27;SAR=35;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451225;STB=0.506327;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.000503309;OID=.;OPOS=76367106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:75:75:62:63:0.456522:35:27:33:42:36:27:33:42 chr17 76395430 . C T 628.09 PASS AF=0.443038;AO=69;DP=157;FAO=70;FDP=158;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.00514307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5827;QD=15.9009;RBI=0.0220301;REFB=-0.0121672;REVB=-0.0214214;RO=87;SAF=31;SAR=38;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07961;STB=0.544601;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0149991;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:87:88:69:70:0.443038:38:31:46:41:39:31:46:42 chr17 76420085 . T C 818.13 PASS AF=0.423256;AO=91;DP=215;FAO=91;FDP=215;FR=.;FRO=124;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=-0.00359369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.759;QD=15.2209;RBI=0.00559595;REFB=-0.00661672;REVB=0.00428953;RO=123;SAF=31;SAR=60;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142073;STB=0.582192;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0080805;OID=.;OPOS=76420085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:123:124:91:91:0.423256:60:31:58:65:60:31:59:65 chr17 76423097 . G A 3001.94 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110745;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.335;QD=63.1987;RBI=0.0286535;REFB=0.00204601;REVB=-0.0264268;RO=1;SAF=101;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50119e-05;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:191:190:1:0:190:190:1:89:101:0:1:89:101:0:0 chr17 76425341 . A G 749.08 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0065169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.55;QD=19.8433;RBI=0.0106867;REFB=0.00762134;REVB=0.00846973;RO=73;SAF=40;SAR=36;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173724;STB=0.509774;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00698952;OID=.;OPOS=76425341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:73:75:76:76:0.503311:36:40:37:36:36:40:38:37 chr17 76433898 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.504;QD=57.8836;RBI=0.0337573;REFB=0;REVB=0.0322291;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145241;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr17 76449505 . G C 1692.45 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00134104;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.652;QD=59.3842;RBI=0.0222304;REFB=-0.0452431;REVB=-0.0221899;RO=1;SAF=52;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090437;STB=0.504761;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-3.64039e-05;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:114:1:1:113:113:0.991228:61:52:1:0:61:52:1:0 chr17 76451921 . A G 2129.01 PASS AF=0.972028;AO=135;DP=140;FAO=139;FDP=143;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=87;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0155059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.848;QD=59.5527;RBI=0.0175234;REFB=0.0164687;REVB=-0.00816315;RO=4;SAF=51;SAR=84;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358277;STB=0.518516;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-7.86825e-05;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:140:143:4:4:135:139:0.972028:84:51:4:0:87:52:4:0 chr17 76457681 . C A 887.86 PASS AF=0.558621;AO=79;DP=146;FAO=81;FDP=145;FR=.;FRO=64;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0165644;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.259;QD=24.4925;RBI=0.0290536;REFB=-0.0272427;REVB=0.023869;RO=64;SAF=48;SAR=31;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383637;STB=0.513681;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0191733;OID=.;OPOS=76457681;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:64:64:79:81:0.558621:31:48:36:28:33:48:36:28 chr17 76462770 . G A 2950.97 PASS AF=0.970588;AO=197;DP=204;FAO=198;FDP=204;FR=.;FRO=6;FSAF=102;FSAR=96;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0223375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.935;QD=57.8622;RBI=0.0399849;REFB=-0.111744;REVB=0.0331636;RO=3;SAF=101;SAR=96;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139336;STB=0.514284;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000780016;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:204:204:3:6:197:198:0.970588:96:101:3:0:96:102:6:0 chr17 76481693 . C G 752.09 PASS AF=0.414634;AO=85;DP=205;FAO=85;FDP=205;FR=.;FRO=120;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=0.0298085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0382;QD=14.6749;RBI=0.051586;REFB=0.0170997;REVB=0.0421019;RO=118;SAF=41;SAR=44;SRF=56;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809828;STB=0.50431;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0239149;OID=.;OPOS=76481693;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:118:120:85:85:0.414634:44:41:56:62:44:41:57:63 chr17 76482432 . A G 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0188348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8474;QD=13.4948;RBI=0.0199954;REFB=0.00664454;REVB=-0.00671309;RO=44;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11394;STB=0.564927;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00955941;OID=.;OPOS=76482432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:14:15:18:26:14:15:18:26 chr17 76490732 . G A 736.05 PASS AF=0.395349;AO=85;DP=214;FAO=85;FDP=215;FR=.;FRO=130;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=58;FSRR=72;FWDB=2.26472e-05;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.346;QD=13.6939;RBI=0.0130988;REFB=0.00372385;REVB=0.0130988;RO=128;SAF=30;SAR=55;SRF=57;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104189;STB=0.559523;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00451225;OID=.;OPOS=76490732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:128:130:85:85:0.395349:55:30:57:71:55:30:58:72 chr17 76491127 . TG CC 3205.34 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267545;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=2;MLLD=296.244;QD=61.9389;RBI=0.0101239;REFB=0;REVB=-0.00976399;RO=0;SAF=116;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.11396e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:207:0:0:207:207:1:91:116:0:0:91:116:0:0 chr17 76496492 . A G 6765.28 PASS AF=1;AO=395;DP=396;FAO=431;FDP=431;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=268;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.282;QD=62.7869;RBI=0.0314003;REFB=0;REVB=0.027641;RO=0;SAF=152;SAR=243;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61438e-06;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:396:431:0:0:395:431:1:243:152:0:0:268:163:0:0 chr17 76497920 . C A 1947.47 PASS AF=0.977444;AO=129;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0613832;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0366;QD=58.5705;RBI=0.061406;REFB=-0.176729;REVB=0.00167278;RO=2;SAF=56;SAR=73;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019449;STB=0.502242;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00519505;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:133:133:2:3:129:130:0.977444:73:56:1:1:74:56:1:2 chr17 76498692 . C T 1538.1 PASS AF=0.989796;AO=91;DP=92;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.226;QD=62.7796;RBI=0.0432849;REFB=0.024151;REVB=0.00125313;RO=1;SAF=43;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108962;STB=0.505154;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-5.54479e-06;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:98:1:1:91:97:0.989796:48:43:1:0:48:49:0:1 chr17 76503593 . T C 859.95 PASS AF=0.416667;AO=95;DP=230;FAO=95;FDP=228;FR=.;FRO=133;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=52;FSRR=81;FWDB=0.00709178;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.433;QD=15.0869;RBI=0.00737103;REFB=0.00259466;REVB=0.00200967;RO=130;SAF=37;SAR=58;SRF=49;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137109;STB=0.500922;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00329279;OID=.;OPOS=76503593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:228:130:133:95:95:0.416667:58:37:49:81:58:37:52:81 chr17 76503624 . C T 1346.67 PASS AF=0.565022;AO=121;DP=219;FAO=126;FDP=223;FR=.;FRO=97;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=0.0140853;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.511;QD=24.1555;RBI=0.0149265;REFB=-0.0168551;REVB=0.00494011;RO=98;SAF=50;SAR=71;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0042911;STB=0.511809;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0126322;OID=.;OPOS=76503624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:223:98:97:121:126:0.565022:71:50:40:58:72:54:39:58 chr17 76503678 . C A 1049.52 PASS AF=0.534759;AO=100;DP=187;FAO=100;FDP=187;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.00437368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.788;QD=22.4496;RBI=0.0105669;REFB=-0.0300511;REVB=-0.00961922;RO=87;SAF=47;SAR=53;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284363;STB=0.515536;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0199394;OID=.;OPOS=76503678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:87:87:100:100:0.534759:53:47:38:49:53:47:38:49 chr17 76521121 . T C 312.55 PASS AF=0.336134;AO=40;DP=119;FAO=40;FDP=119;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.00664381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.941;QD=10.5059;RBI=0.00750914;REFB=0.00544911;REVB=-0.00349958;RO=78;SAF=18;SAR=22;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130139;STB=0.578908;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00767324;OID=.;OPOS=76521121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:78:79:40:40:0.336134:22:18:44:34:22:18:45:34 chr17 76522785 . C T 166.46 PASS AF=0.38;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0168835;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.782;QD=13.3172;RBI=0.0174036;REFB=-0.0188927;REVB=-0.00422271;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210404;STB=0.63144;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0255914;OID=.;OPOS=76522785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:30:31:19:19:0.38:12:7:17:13:12:7:18:13 chr17 76525565 . A G 295.6 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0356844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2822;QD=15.3556;RBI=0.0361558;REFB=0.025843;REVB=-0.00581992;RO=44;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153224;STB=0.508656;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0354375;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:16:17:22:22:16:17:22:22 chr17 76535948 . T C 697.64 PASS AF=0.625;AO=60;DP=96;FAO=60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0134741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.939;QD=29.0681;RBI=0.027574;REFB=-0.00688172;REVB=0.0240577;RO=36;SAF=29;SAR=31;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126288;STB=0.56849;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00398937;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:36:36:60:60:0.625:31:29:24:12:31:29:24:12 chr17 76557862 . T C 2941.84 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.846;QD=62.9271;RBI=0.011936;REFB=0;REVB=-0.00783525;RO=0;SAF=107;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.13253e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253721;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:187:0:0:184:187:1:77:107:0:0:79:108:0:0 chr17 76557943 . G A 755.95 PASS AF=0.457143;AO=80;DP=175;FAO=80;FDP=175;FR=.;FRO=95;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.016704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.791;QD=17.2788;RBI=0.0226028;REFB=-0.025313;REVB=-0.015227;RO=95;SAF=40;SAR=40;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463585;STB=0.525708;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0258749;OID=.;OPOS=76557943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:95:95:80:80:0.457143:40:40:43:52:40:40:43:52 chr17 76567707 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9525;QD=60.7155;RBI=0.011514;REFB=0;REVB=0.00499225;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8602e-05;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr17 76571044 . G A 437.18 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0346501;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.549;QD=18.6032;RBI=0.0417975;REFB=-0.0286754;REVB=0.0233752;RO=49;SAF=24;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911388;STB=0.545434;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0332719;OID=.;OPOS=76571044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:49:50:44:44:0.468085:20:24:22:27:20:24:23:27 chr17 76672002 . T C 137.93 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0258718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.76;QD=11.4943;RBI=0.0270828;REFB=-0.00887335;REVB=-0.00800802;RO=32;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108509;STB=0.564434;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0120173;OID=.;OPOS=76672002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:6:10:17:15:6:10:17:15 chr17 76798547 . TTTTTTTC T,TT 188.2 PASS AF=0,0.330097;AO=12,21;DP=79;FAO=0,34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=0,17;FSAR=0,17;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00209687,0.0187235;FXX=0.104339;HRUN=7,7;LEN=7,6;MLLD=148.398,152.349;QD=7.30866;RBI=0.0232694,0.0306035;REFB=-0.0289346,-0.025173;REVB=-0.0231748,-0.0242075;RO=18;SAF=9,7;SAR=3,14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.424241,0;STB=0.5,0.533961;STBP=1,0.639;TYPE=del,del;VARB=0.0634773,0.055652;OID=.,.;OPOS=76798548,76798549;OREF=TTTTTTC,TTTTTC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.330097:12,21:79:0,34:103:69:0,17:0,17:31:38:99:18:9,7:3,14:6:12 chr17 76799795 . G A 1229.75 PASS AF=0.414634;AO=136;DP=328;FAO=136;FDP=328;FR=.;FRO=192;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=104;FSRR=88;FWDB=-0.0069732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.974;QD=14.9969;RBI=0.0574951;REFB=-0.0233082;REVB=0.0570707;RO=190;SAF=66;SAR=70;SRF=104;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648326;STB=0.532958;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0353925;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:328:190:192:136:136:0.414634:70:66:104:86:70:66:104:88 chr17 76799860 . T C 1322.7 PASS AF=0.453074;AO=88;DP=330;FAO=140;FDP=309;FR=.,HEALED;FRO=158;FSAF=54;FSAR=86;FSRF=84;FSRR=74;FWDB=-0.0015791;FXX=0.0636344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.018;QD=17.1223;RBI=0.00194407;REFB=-0.01012;REVB=-0.00113396;RO=72;SAF=43;SAR=45;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066549;STB=0.57869;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00756829;OID=.;OPOS=76799860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:309:72:158:88:140:0.453074:45:43:41:31:86:54:84:74 chr17 76799898 . A G 1112.24 PASS AF=0.421603;AO=120;DP=286;FAO=121;FDP=287;FR=.;FRO=166;FSAF=44;FSAR=77;FSRF=93;FSRR=73;FWDB=-0.00195104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.155;QD=15.5016;RBI=0.0128169;REFB=-0.00611946;REVB=-0.0126675;RO=166;SAF=43;SAR=77;SRF=93;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212875;STB=0.615119;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00893271;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:287:166:166:120:121:0.421603:77:43:93:73:77:44:93:73 chr17 76809011 . C G 728.23 PASS AF=0.529851;AO=67;DP=130;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0194564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.188;QD=21.7382;RBI=0.0359981;REFB=-0.0252716;REVB=0.0302871;RO=59;SAF=31;SAR=36;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010192;STB=0.518812;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0214591;OID=.;OPOS=76809011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:134:59:63:67:71:0.529851:36:31:28:31:40:31:30:33 chr17 76817090 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.739;QD=56.9564;RBI=0.0162188;REFB=0;REVB=0.014368;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63744e-05;OID=.;OPOS=76817090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:27:25:0:0 chr17 76867017 . C T 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0218825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.162;QD=16.3494;RBI=0.0375059;REFB=-0.00733308;REVB=0.0304606;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117149;STB=0.565751;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00820446;OID=.;OPOS=76867017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:17:17:26:16:17:17:26:16 chr17 76988785 . G A 803.57 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524959;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.228;QD=57.3982;RBI=0.0525438;REFB=0;REVB=0.00224362;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67113e-05;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr17 76993546 . A G 1785.37 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.649;QD=61.0382;RBI=0.053859;REFB=0;REVB=0.0350892;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172503;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:58:58:0:0:59:58:0:0 chr17 77039835 . G A 1507.93 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00660666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3946;QD=62.1828;RBI=0.0841879;REFB=-0.16689;REVB=0.0839283;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00163561;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:95:96:0.989691:48:47:0:0:49:47:1:0 chr17 77039852 . G A 2189.27 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249016;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.91;QD=62.5507;RBI=0.0532178;REFB=-0.0471946;REVB=0.0470324;RO=1;SAF=75;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629742;STB=0.503311;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000412489;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:140:1:1:139:139:0.992857:64:75:1:0:64:75:1:0 chr17 77040128 . T C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0346028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.675;QD=15.9166;RBI=0.0436651;REFB=-0.0194645;REVB=0.0266325;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955707;STB=0.555467;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0194171;OID=.;OPOS=77040128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:6:9:9:4:6:9 chr17 77042718 . C T 1572.52 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0094282;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.742;QD=62.9008;RBI=0.0108295;REFB=-0.135049;REVB=-0.00532788;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000341596;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:0:1:99:99:0.99:48:51:0:0:48:51:0:1 chr17 77073565 . CG AC,CA 3550.7 PASS AF=0.0344828,0.961207;AO=9,215;DP=249;FAO=8,223;FDP=232;FR=.;FRO=1;FSAF=0,116;FSAR=8,107;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00418802,0.0294899;FXX=0.0682704;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=230.643,204.783;QD=61.219;RBI=0.00905113,0.0303545;REFB=-0.08788,-0.101261;REVB=-0.00802392,-0.0071932;RO=0;SAF=0,116;SAR=9,99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.997736,0.502146;STBP=0.043,0.524;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0313992,0.00547241;OID=.,.;OPOS=77073565,77073566;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:249:232:0:1:9,215:8,223:0.0344828,0.961207:9,99:0,116:0:0:8,107:0,116:1:0 chr17 77075670 . C T 1895.1 PASS AF=0.954887;AO=127;DP=133;FAO=127;FDP=133;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.018409;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.857;QD=56.9955;RBI=0.0238754;REFB=-0.071941;REVB=0.0152035;RO=4;SAF=65;SAR=62;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000685202;STB=0.506991;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000641472;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:133:133:4:6:127:127:0.954887:62:65:2:2:62:65:4:2 chr17 77075673 . A G 2046.08 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.531;QD=62.4756;RBI=0.00802883;REFB=0;REVB=-0.00796045;RO=0;SAF=69;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.55175e-06;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:62:69:0:0:62:69:0:0 chr17 77076440 . G T 1647.14 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011501;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.509;QD=60.4456;RBI=0.0136608;REFB=0;REVB=0.00737185;RO=0;SAF=47;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95015e-05;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:109:0:0:109:109:1:62:47:0:0:62:47:0:0 chr17 77078109 . A G 4041.84 PASS AF=1;AO=220;DP=259;FAO=260;FDP=260;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=125;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000330444;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.825;QD=62.1821;RBI=0.071261;REFB=0;REVB=0.0712603;RO=0;SAF=119;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032163;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:260:0:0:220:260:1:101:119:0:0:135:125:0:0 chr17 77087005 . C CA 3199.51 PASS AF=1;AO=167;DP=229;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106849;FXX=0.0225215;HRUN=0;LEN=1;MLLD=190.28;QD=58.9772;RBI=0.0353187;REFB=-0.21605;REVB=0.0336637;RO=37;SAF=73;SAR=94;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000477031;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:167:229:217:217:0:86:131:0:0:13:37:73:94:13:24 chr17 77087006 . G A 110.2 PASS AF=0.121739;AO=27;DP=230;FAO=28;FDP=230;FR=.;FRO=202;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=75;FSRR=127;FWDB=0.0393159;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.8212;QD=1.91652;RBI=0.0564122;REFB=0.0137818;REVB=0.0404549;RO=198;SAF=11;SAR=16;SRF=75;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375106;STB=0.520012;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0118724;OID=.;OPOS=77087006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:198:202:27:28:0.121739:16:11:75:123:17:11:75:127 chr17 77093768 . T C 2544.34 PASS AF=0.994118;AO=163;DP=165;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265768;FXX=0.00584761;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5434;QD=59.8669;RBI=0.0626321;REFB=0.016656;REVB=-0.0567138;RO=0;SAF=27;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501805;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000691838;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:165:170:0:1:163:169:0.994118:136:27:0:0:138:31:0:1 chr17 77680988 . AGGGGGA AGGGA,AGGGG,AGGGGA 1321.86 PASS AF=0.305019,0,0.528958;AO=67,44,66;DP=270;FAO=79,0,137;FDP=259;FR=.;FRO=43;FSAF=73,0,64;FSAR=6,0,73;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.0433652,-0.0169919,-0.0872242;FXX=0.0512802;HRUN=5,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=18.3044,153.614,11.5629;QD=20.4149;RBI=0.0656648,0.0309793,0.127792;REFB=-0.0664679,-0.00336409,-0.129672;REVB=0.0493084,0.0259035,0.093396;RO=57;SAF=67,6,49;SAR=0,38,17;SRF=35;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.86326,-0.549243,0.131243;STB=0.663231,0.5,0.565882;STBP=0.004,1,0.005;TYPE=del,del,del;VARB=0.0316014,0,0.067099;OID=.,.,.;OPOS=77680989,77680993,77680989;OREF=GG,GA,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGGA,AGGGG,AGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.305019,0,0.528958:67,44,66:270:79,0,137:259:43:73,0,64:6,0,73:32:11:99:57:67,6,49:0,38,17:35:22 chr17 77704912 . T C 2198.94 PASS AF=0.992958;AO=138;DP=141;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00640004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.304;QD=61.9421;RBI=0.0191354;REFB=-0.0262694;REVB=0.0180334;RO=2;SAF=71;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139784;STB=0.503649;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=7.3822e-05;OID=.;OPOS=77704912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:142:2:1:138:141:0.992958:67:71:0:2:68:73:0:1 chr17 77705045 . T C 3736.92 PASS AF=0.995816;AO=236;DP=239;FAO=238;FDP=239;FR=.;FRO=1;FSAF=122;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0290614;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.587;QD=62.5426;RBI=0.0301317;REFB=-0.0569786;REVB=-0.00795979;RO=2;SAF=122;SAR=114;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828689;STB=0.502146;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=7.2822e-05;OID=.;OPOS=77705045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:239:239:2:1:236:238:0.995816:114:122:0:2:116:122:0:1 chr17 77709339 . C G 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00271595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.935;QD=13.9955;RBI=0.00303703;REFB=-0.0172287;REVB=-0.00135911;RO=42;SAF=8;SAR=21;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426955;STB=0.524359;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0238382;OID=.;OPOS=77709339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:21:8:13:29:21:8:13:29 chr17 77757807 . G A 560.13 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00404838;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.717;QD=19.1497;RBI=0.031782;REFB=-0.00486336;REVB=0.0315231;RO=52;SAF=28;SAR=30;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0017117;STB=0.512695;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00484294;OID=.;OPOS=77757807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:52:59:58:58:0.495726:30:28:25:27:30:28:27:32 chr17 77758691 . G A 1324.52 PASS AF=0.490842;AO=133;DP=272;FAO=134;FDP=273;FR=.;FRO=139;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=60;FSRR=79;FWDB=-0.0167711;FXX=0.00727246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.027;QD=19.4069;RBI=0.0168114;REFB=0.00845456;REVB=0.00116321;RO=136;SAF=63;SAR=70;SRF=57;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505595;STB=0.523492;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00856958;OID=.;OPOS=77758691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:136:139:133:134:0.490842:70:63:57:79:70:64:60:79 chr17 77768654 . C A 817.24 PASS AF=0.47027;AO=68;DP=200;FAO=87;FDP=185;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=66;FSAR=21;FSRF=66;FSRR=32;FWDB=0.00402234;FXX=0.079598;HRUN=8;LEN=1;MLLD=284.942;QD=17.67;RBI=0.00521147;REFB=-0.0103417;REVB=-0.00331364;RO=103;SAF=47;SAR=21;SRF=71;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00232252;STB=0.557881;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0122941;OID=.;OPOS=77768654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:185:103:98:68:87:0.47027:21:47:71:32:21:66:66:32 chr17 78013724 . G C 1607.77 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.892;QD=64.3107;RBI=0.0383736;REFB=0;REVB=0.0375273;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78844e-05;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:58:41:0:0:59:41:0:0 chr17 78064015 . G C 1410.96 PASS AF=0.979167;AO=87;DP=90;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.102457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4802;QD=58.7898;RBI=0.115202;REFB=-0.144546;REVB=0.0526697;RO=2;SAF=49;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273376;STB=0.511902;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00583664;OID=.;OPOS=78064015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:96:2:2:87:94:0.979167:38:49:1:1:41:53:0:2 chr17 78064064 . G A 53.68 PASS AF=0.8;AO=6;DP=11;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.011693;FXX=0.0908265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.681;QD=21.4708;RBI=0.016171;REFB=-0.178355;REVB=0.0111703;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0401561;OID=.;OPOS=78064064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:11:10:0:2:6:8:0.8:4:2:0:0:4:4:1:1 chr17 78064145 . A ACAC 81.3 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0392088;FXX=0.124922;HRUN=0;LEN=3;MLLD=150.537;QD=23.2291;RBI=0.0417894;REFB=-0.10737;REVB=0.0144575;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49057;STB=0.691926;STBP=0.104;TYPE=ins;VARB=0.0509641;OID=.;OPOS=78064146;OREF=-;OALT=CAC;OMAPALT=ACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857:9:20:9:14:5:4:5:5:0:27:10:4:5:10:0 chr17 78071052 . T C 1536.65 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869043;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.716;QD=64.027;RBI=0.00872537;REFB=0;REVB=0.000780008;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13277e-05;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:95:96:1:61:34:0:0:62:34:0:0 chr17 78073355 . A G 2474.82 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7269;QD=61.4862;RBI=0.0382639;REFB=0;REVB=-0.0379328;RO=0;SAF=84;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128276;OID=.;OPOS=78073355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:77:84:0:0:77:84:0:0 chr17 78073562 . A G 775.29 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.636;QD=63.2888;RBI=0.0449599;REFB=0;REVB=0.0380625;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223175;OID=.;OPOS=78073562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:19:27:0:0:22:27:0:0 chr17 78078657 . A AC 34.13 PASS AF=0.0986842;AO=25;DP=154;FAO=15;FDP=152;FR=.;FRO=137;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=86;FWDB=-0.0400792;FXX=0.00653552;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.056;QD=0.898238;RBI=0.0714411;REFB=-0.0182801;REVB=-0.0591396;RO=126;SAF=1;SAR=24;SRF=51;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.614214;STB=0.878601;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0734922;OID=.;OPOS=78078658;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0986842:25:154:15:152:137:1:14:51:86:34:126:1:24:51:75 chr17 78078709 . T C 2649.14 PASS AF=1;AO=170;DP=173;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121096;FXX=0.01734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.203;QD=62.3326;RBI=0.0274123;REFB=0;REVB=0.0245925;RO=0;SAF=88;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.85428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15896e-05;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:173:170:0:0:170:170:1:82:88:0:0:82:88:0:0 chr17 78079597 . A G 1933.56 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.666;QD=61.8739;RBI=0.0298266;REFB=0;REVB=-0.0288626;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125784;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr17 78079669 . G A 1414.68 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.264;QD=62.8747;RBI=0.0685114;REFB=0;REVB=0.065655;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018863;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr17 78082504 . G A 2490.26 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00757305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.041;QD=60.7381;RBI=0.0103819;REFB=-0.044274;REVB=-0.00710161;RO=1;SAF=72;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656304;STB=0.503401;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-9.60899e-06;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:164:1:1:162:163:0.993902:90:72:1:0:90:73:1:0 chr17 78085871 . G A 1726.56 PASS AF=0.463542;AO=178;DP=385;FAO=178;FDP=384;FR=.;FRO=206;FSAF=96;FSAR=82;FSRF=89;FSRR=117;FWDB=-0.012354;FXX=0.00259734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.67;QD=17.985;RBI=0.0142657;REFB=-0.00426085;REVB=-0.00713364;RO=206;SAF=96;SAR=82;SRF=89;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104133;STB=0.557384;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00723631;OID=.;OPOS=78085871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:384:206:206:178:178:0.463542:82:96:89:117:82:96:89:117 chr17 78087041 . G A 1491.61 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.794;QD=63.4727;RBI=0.0622169;REFB=0;REVB=0.0332278;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86385e-05;OID=.;OPOS=78087041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:41:52:0:0:41:53:0:0 chr17 78087109 . A G 2287.14 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=149;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00417409;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.554;QD=62.2351;RBI=0.0367085;REFB=0.0155108;REVB=-0.0364704;RO=1;SAF=67;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605815;STB=0.500519;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=4.15046e-05;OID=.;OPOS=78087109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:147:1:2:145:145:0.986395:78:67:0:1:78:67:1:1 chr17 78091405 . G A 4519.89 PASS AF=1;AO=284;DP=285;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.995;QD=63.437;RBI=0.0176398;REFB=0;REVB=0.0113476;RO=0;SAF=147;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85319e-06;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:285:285:0:0:284:285:1:137:147:0:0:138:147:0:0 chr17 78157995 . G A 591.95 PASS AF=0.455882;AO=56;DP=131;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0236463;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.527;QD=17.4104;RBI=0.0261148;REFB=-0.0224961;REVB=0.0110831;RO=74;SAF=20;SAR=36;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109038;STB=0.522237;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0263053;OID=.;OPOS=78157995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:136:74:74:56:62:0.455882:36:20:34:40:36:26:34:40 chr17 78162170 . G A 515.29 PASS AF=0.413043;AO=56;DP=142;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.00177916;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8819;QD=14.9359;RBI=0.0304517;REFB=-0.0171749;REVB=0.0303996;RO=77;SAF=26;SAR=30;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123446;STB=0.569452;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0294367;OID=.;OPOS=78162170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:138:77:81:56:57:0.413043:30:26:45:32:30:27:48:33 chr17 78166385 . C T 2026.68 PASS AF=0.424184;AO=221;DP=522;FAO=221;FDP=521;FR=.;FRO=300;FSAF=114;FSAR=107;FSRF=161;FSRR=139;FWDB=0.0604612;FXX=0.00382402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.631;QD=15.5599;RBI=0.0604641;REFB=-0.00603096;REVB=0.000584831;RO=298;SAF=114;SAR=107;SRF=159;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183567;STB=0.512014;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00706411;OID=.;OPOS=78166385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:522:521:298:300:221:221:0.424184:107:114:159:139:107:114:161:139 chr17 78171944 . G C 1203.76 PASS AF=1;AO=69;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5454;QD=60.1879;RBI=0.0966518;REFB=0;REVB=0.094684;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191447;OID=.;OPOS=78171944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:69:80:1:32:37:0:0:42:38:0:0 chr17 78178893 . C T 1710.86 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0982911;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1083;QD=59.5083;RBI=0.102109;REFB=-0.0589159;REVB=0.0276598;RO=1;SAF=33;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014169;STB=0.503105;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.001002;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:113:114:0.991304:80:33:1:0:80:34:0:1 chr17 78219065 . C A 1181.88 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00666156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.433;QD=58.3646;RBI=0.0227243;REFB=-0.128045;REVB=0.021726;RO=2;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178592;STB=0.509432;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00597734;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:52:27:0:2:52:27:0:2 chr17 78226506 . C G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7121;QD=58.1413;RBI=0.045963;REFB=0;REVB=0.0440308;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622873;OID=.;OPOS=78226506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr17 78293189 . A T 2718.3 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212852;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.697;QD=62.4895;RBI=0.0297787;REFB=0;REVB=0.0208256;RO=0;SAF=87;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68259e-07;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:174:0:0:174:174:1:87:87:0:0:87:87:0:0 chr17 78298938 . A G 1625.86 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5292;QD=59.1221;RBI=0.0572513;REFB=0.0980162;REVB=-0.055278;RO=1;SAF=26;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00568572;STB=0.502993;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00127828;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:83:26:0:1:83:26:0:1 chr17 78325505 . T TA 34.09 PASS AF=0.109589;AO=48;DP=293;FAO=32;FDP=292;FR=.;FRO=260;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=160;FSRR=100;FWDB=-0.021989;FXX=0.00341285;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.32;QD=0.467018;RBI=0.0483656;REFB=-0.00257306;REVB=-0.043078;RO=245;SAF=11;SAR=37;SRF=153;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487885;STB=0.899461;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.125801;OID=.;OPOS=78325506;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.109589:48:293:32:292:260:4:28:160:100:34:245:11:37:153:92 chr17 78341776 . G A 636.38 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0140773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.412;QD=21.7565;RBI=0.0711823;REFB=-0.00984556;REVB=0.0697765;RO=54;SAF=35;SAR=28;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470332;STB=0.525804;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00775713;OID=.;OPOS=78341776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:54:54:63:63:0.538462:28:35:27:27:28:35:27:27 chr17 78444658 . T G 1105.78 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366369;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8211;QD=60.5905;RBI=0.0512271;REFB=0;REVB=0.0358045;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53714e-05;OID=.;OPOS=78444658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr17 78444679 . T C 1656.65 PASS AF=1;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355168;FXX=0.0265463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.478;QD=60.2419;RBI=0.0488213;REFB=0;REVB=0.0334975;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200937;OID=.;OPOS=78444679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:109:110:1:56:53:0:0:57:53:0:0 chr17 78445702 . A G 2016.95 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.888;QD=61.5862;RBI=0.0148752;REFB=-0.0535474;REVB=-0.0142549;RO=0;SAF=49;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3659e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92569e-05;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:130:131:0:0:129:131:1:80:49:0:0:82:49:0:0 chr17 78820329 . C T 3169.02 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328617;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.087;QD=61.8346;RBI=0.0361907;REFB=0;REVB=0.0151616;RO=0;SAF=94;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69318e-06;OID=.;OPOS=78820329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:206:205:0:0:205:205:1:111:94:0:0:111:94:0:0 chr17 78854223 . A G 1098.57 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6821;QD=60.1957;RBI=0.0861753;REFB=0;REVB=-0.0840884;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000797624;OID=.;OPOS=78854223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr17 78896529 . C T 978.8 PASS AF=0.476636;AO=102;DP=214;FAO=102;FDP=214;FR=.;FRO=112;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=0.064282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.459;QD=18.2953;RBI=0.0654048;REFB=-0.0139485;REVB=-0.0120667;RO=106;SAF=53;SAR=49;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878864;STB=0.556813;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0227488;OID=.;OPOS=78896529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:106:112:102:102:0.476636:49:53:45:61:49:53:46:66 chr17 78919558 . C T 740.73 PASS AF=0.387387;AO=86;DP=222;FAO=86;FDP=222;FR=.;FRO=136;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=71;FSRR=65;FWDB=0.0120553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.763;QD=13.3466;RBI=0.0184324;REFB=0.0109939;REVB=0.0139435;RO=134;SAF=42;SAR=44;SRF=69;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287268;STB=0.520623;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0141874;OID=.;OPOS=78919558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:134:136:86:86:0.387387:44:42:69:65:44:42:71:65 chr17 78921117 . C T 779.5 PASS AF=0.536232;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=138;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00157401;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6541;QD=22.5941;RBI=0.00947786;REFB=-0.0181572;REVB=-0.00934624;RO=64;SAF=24;SAR=50;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118382;STB=0.565014;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.012051;OID=.;OPOS=78921117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:64:64:74:74:0.536232:50:24:29:35:50:24:29:35 chr17 78935197 . C T 1246.03 PASS AF=0.545455;AO=119;DP=220;FAO=120;FDP=220;FR=.;FRO=100;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=0.0823801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.126;QD=22.6551;RBI=0.0838262;REFB=-0.0157458;REVB=-0.0155036;RO=101;SAF=58;SAR=61;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352875;STB=0.523506;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0120771;OID=.;OPOS=78935197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:101:100:119:120:0.545455:61:58:45:56:61:59:44:56 chr17 79059230 . C T 2165.83 PASS AF=0.494253;AO=215;DP=437;FAO=215;FDP=435;FR=.;FRO=220;FSAF=95;FSAR=120;FSRF=104;FSRR=116;FWDB=-0.0403124;FXX=0.00457655;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.774;QD=19.9157;RBI=0.0467486;REFB=-0.0161848;REVB=-0.0236717;RO=218;SAF=95;SAR=120;SRF=104;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326602;STB=0.515765;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0232425;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:435:218:220:215:215:0.494253:120:95:104:114:120:95:104:116 chr17 79059332 . GCC GC,GCG 770.41 PASS AF=0.921569,0.0686275;AO=25,5;DP=86;FAO=94,7;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=82,0;FSAR=12,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.591239,0.0430943;FXX=0.0192289;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=9.69096,227.051;QD=30.212;RBI=0.805877,0.131851;REFB=-0.262173,-0.521529;REVB=-0.547608,-0.12461;RO=46;SAF=24,0;SAR=1,5;SRF=45;SRR=1;SSEN=0.341463,0;SSEP=0.509542,0;SSSB=-0.158277,-0.872107;STB=0.519996,0.5;STBP=0.056,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0275987,0.20962;OID=.,.;OPOS=79059333,79059334;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.921569,0.0686275:25,5:86:94,7:102:1:82,0:12,7:0:1:19:46:24,0:1,5:45:1 chr17 79082862 . G A 333.13 PASS AF=0.461538;AO=27;DP=80;FAO=36;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0094131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.073;QD=17.0834;RBI=0.0236467;REFB=-0.0268513;REVB=0.0216924;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281239;STB=0.504502;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0541644;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:43:42:27:36:0.461538:15:12:18:25:22:14:16:26 chr17 79091103 . G T 571.51 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.981;QD=60.1587;RBI=0.0280653;REFB=0;REVB=0.000190233;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58645e-06;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:32:38:1:14:18:0:0:16:22:0:0 chr17 79093822 . A G 604.86 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.040669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7163;QD=17.4061;RBI=0.0410294;REFB=-0.0129695;REVB=0.00542599;RO=76;SAF=36;SAR=27;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075496;STB=0.5042;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0159459;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:76:63:63:0.453237:27:36:44:32:27:36:44:32 chr17 79095144 . G A 1878.95 PASS AF=0.969231;AO=125;DP=130;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0238236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.839;QD=57.8138;RBI=0.0535703;REFB=-0.0124793;REVB=0.0479813;RO=4;SAF=72;SAR=53;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195812;STB=0.510066;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000860162;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:130:130:4:4:125:126:0.969231:53:72:1:3:54:72:1:3 chr17 79095629 . C A 1843.77 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0771998;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.817;QD=59.4765;RBI=0.087214;REFB=-0.0931294;REVB=0.0405767;RO=2;SAF=47;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124991;STB=0.506578;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00046373;OID=.;OPOS=79095629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:124:2:2:122:122:0.983871:75:47:0:2:75:47:0:2 chr17 79155017 . C G 1578.92 PASS AF=0.547445;AO=149;DP=273;FAO=150;FDP=274;FR=.;FRO=124;FSAF=85;FSAR=65;FSRF=47;FSRR=77;FWDB=-0.00494412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.037;QD=23.0499;RBI=0.00552081;REFB=-0.00710282;REVB=-0.00245662;RO=124;SAF=85;SAR=64;SRF=47;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15906;STB=0.584492;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00410229;OID=.;OPOS=79155017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:274:124:124:149:150:0.547445:64:85:47:77:65:85:47:77 chr17 79171967 . A G 1842.93 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.79;QD=60.9234;RBI=0.0548161;REFB=0;REVB=-0.0546346;RO=0;SAF=70;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7969e-05;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:119:121:1:49:70:0:0:51:70:0:0 chr17 79172035 . G A 343.26 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00674448;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.112;QD=15.7822;RBI=0.0154246;REFB=-0.00625494;REVB=-0.013872;RO=50;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474641;STB=0.52676;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00991375;OID=.;OPOS=79172035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:50:50:37:37:0.425287:18:19:28:22:18:19:28:22 chr17 79173184 . T C 1517.36 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130222;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4778;QD=63.8889;RBI=0.013996;REFB=0;REVB=0.00512953;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446501;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:56:39:0:0:56:39:0:0 chr17 79173224 . T C,G 1786.62 PASS AF=0.92562,0.0743802;AO=112,7;DP=120;FAO=112,9;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=59,0;FSAR=53,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349762,-0.0247445;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.464,171.608;QD=59.0618;RBI=0.0386939,0.0253188;REFB=0,0;REVB=0.0165495,0.00536196;RO=0;SAF=59,0;SAR=53,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.35459e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00192369,0.221012;OID=.,.;OPOS=79173224,79173224;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:120:121:0:0:112,7:112,9:0.92562,0.0743802:53,7:59,0:0:0:53,9:59,0:0:0 chr17 79174221 . T C 6709.23 PASS AF=1;AO=424;DP=430;FAO=426;FDP=426;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=263;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298974;FXX=0.0116007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.909;QD=62.9974;RBI=0.0338429;REFB=-0.0768994;REVB=0.0158584;RO=1;SAF=161;SAR=263;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0029555;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333762;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:430:426:1:0:424:426:1:263:161:1:0:263:163:0:0 chr17 79182778 . T C 1641.66 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4159;QD=60.2443;RBI=0.035085;REFB=0;REVB=0.0192921;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277494;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:51:58:0:0:51:58:0:0 chr17 79202956 . T C 2049.84 PASS AF=0.992537;AO=113;DP=137;FAO=133;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207611;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.201;QD=61.1892;RBI=0.0214677;REFB=0;REVB=0.00546249;RO=0;SAF=42;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.03664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861532;OID=.;OPOS=79202956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:137:134:0:0:113:133:0.992537:71:42:0:0:73:60:0:0 chr17 79219500 . AATG A 1296.72 PASS AF=0.42998;AO=201;DP=510;FAO=218;FDP=507;FR=.;FRO=289;FSAF=97;FSAR=121;FSRF=129;FSRR=160;FWDB=-0.00491386;FXX=0.0487796;HRUN=2;LEN=3;MLLD=294.21;QD=10.2305;RBI=0.0127021;REFB=0.000662977;REVB=-0.0117131;RO=232;SAF=88;SAR=113;SRF=88;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583056;STB=0.500815;STBP=0.98;TYPE=del;VARB=-0.000921214;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42998:201:510:218:507:289:97:121:129:160:99:232:88:113:88:144 chr17 79220224 . G C 726.55 PASS AF=0.441341;AO=79;DP=179;FAO=79;FDP=179;FR=.;FRO=100;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=0.0269746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1434;QD=16.2358;RBI=0.0447438;REFB=-0.0384935;REVB=0.0356984;RO=98;SAF=37;SAR=42;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501791;STB=0.532859;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.070734;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:98:100:79:79:0.441341:42:37:41:57:42:37:41:59 chr17 79226230 . C T 775.59 PASS AF=0.47093;AO=81;DP=172;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.019803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.419;QD=18.037;RBI=0.030953;REFB=-0.0286278;REVB=-0.0237893;RO=90;SAF=29;SAR=52;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129676;STB=0.575168;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0287951;OID=.;OPOS=79226230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:90:91:81:81:0.47093:52:29:44:46:52:29:45:46 chr17 79279017 . C G 509.04 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.0299762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3379;QD=21.2102;RBI=0.0428289;REFB=-0.0285036;REVB=0.03059;RO=47;SAF=31;SAR=18;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11066;STB=0.560883;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0297193;OID=.;OPOS=79279017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:18:31:35:12:18:31:35:12 chr17 79409309 . A G 952.78 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000675724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.744;QD=58.6323;RBI=0.031527;REFB=0;REVB=-0.0315197;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.56641e-05;OID=.;OPOS=79409309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:42:22:0:0:42:23:0:0 chr17 79414307 . A G 487.81 PASS AF=0.392857;AO=55;DP=140;FAO=55;FDP=140;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=0.0220811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.006;QD=13.9373;RBI=0.0236873;REFB=-0.0209837;REVB=-0.0085739;RO=84;SAF=26;SAR=29;SRF=29;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138483;STB=0.580786;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0277171;OID=.;OPOS=79414307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:84:85:55:55:0.392857:29:26:29:55:29:26:29:56 chr17 79418770 . C T 449.05 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0239711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2879;QD=16.9452;RBI=0.0246783;REFB=-0.0334466;REVB=-0.00586556;RO=57;SAF=23;SAR=26;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415874;STB=0.502317;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0300577;OID=.;OPOS=79418770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:26:23:27:30:26:23:27:30 chr17 79424516 . A G 321.18 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00868418;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7434;QD=18.6191;RBI=0.0752987;REFB=-0.010164;REVB=-0.0747963;RO=35;SAF=6;SAR=28;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275372;STB=0.655634;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0115202;OID=.;OPOS=79424516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:35:34:34:0.492754:28:6:14:21:28:6:14:21 chr17 79429852 . C T 1002.28 PASS AF=0.477064;AO=104;DP=218;FAO=104;FDP=218;FR=.;FRO=114;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=50;FWDB=-0.0274955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.321;QD=18.3905;RBI=0.0322967;REFB=-0.02457;REVB=-0.0169432;RO=113;SAF=64;SAR=40;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482506;STB=0.529406;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0284098;OID=.;OPOS=79429852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:113:114:104:104:0.477064:40:64:64:49:40:64:64:50 chr17 79478019 . G A 832.55 PASS AF=0.512195;AO=84;DP=164;FAO=84;FDP=164;FR=.;FRO=80;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.0170619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.533;QD=20.3061;RBI=0.0182444;REFB=-0.00798059;REVB=-0.00646118;RO=79;SAF=50;SAR=34;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000276086;STB=0.502412;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00904138;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:79:80:84:84:0.512195:34:50:47:32:34:50:48:32 chr17 79495628 . TG T 1294.67 PASS AF=0.44164;AO=140;DP=320;FAO=140;FDP=317;FR=.;FRO=177;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=108;FSRR=69;FWDB=0.02516;FXX=0.0062694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.287;QD=16.3365;RBI=0.0263276;REFB=-0.00297382;REVB=-0.00775353;RO=177;SAF=73;SAR=67;SRF=108;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900475;STB=0.549846;STBP=0.116;TYPE=del;VARB=0.0029423;OID=.;OPOS=79495629;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44164:140:320:140:317:177:73:67:108:69:99:177:73:67:108:69 chr17 79507108 . G C 212.4 PASS AF=0.407407;AO=17;DP=67;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00996936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.2852;QD=10.489;RBI=0.0333835;REFB=-0.0450025;REVB=0.0318602;RO=49;SAF=3;SAR=14;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460435;STB=0.636278;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0109924;OID=.;OPOS=79507108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:81:49:48:17:33:0.407407:14:3:26:23:23:10:25:23 chr17 79507170 . T C 1116.59 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.426;QD=60.3561;RBI=0.056194;REFB=0;REVB=0.0418189;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99601e-06;OID=.;OPOS=79507170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:74:0:0:68:74:1:29:39:0:0:35:39:0:0 chr17 79507272 . G A 355.98 PASS AF=0.435644;AO=39;DP=99;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=3.44063e-05;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154;QD=14.0983;RBI=0.0563668;REFB=-0.00569667;REVB=0.0563668;RO=48;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739943;STB=0.521906;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00650457;OID=.;OPOS=79507272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:48:57:39:44:0.435644:19:20:21:27:23:21:25:32 chr17 79508400 . T C 1903.11 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000616803;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.887;QD=60.8995;RBI=0.0211846;REFB=-0.112488;REVB=0.0211757;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.503816;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000129695;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:125:125:0:1:124:124:0.992:65:59:0:0:65:59:0:1 chr17 79511135 . A G 812.01 PASS AF=0.554745;AO=76;DP=137;FAO=76;FDP=137;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0424021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.362;QD=23.7083;RBI=0.0430501;REFB=-0.013456;REVB=-0.00744111;RO=61;SAF=33;SAR=43;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100649;STB=0.554985;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0150303;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:61:61:76:76:0.554745:43:33:34:27:43:33:34:27 chr17 79514028 . C G 194.34 PASS AF=0.254237;AO=23;DP=112;FAO=30;FDP=118;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.0119295;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.164;QD=6.58764;RBI=0.0203156;REFB=-0.0146268;REVB=0.0164441;RO=82;SAF=11;SAR=12;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103788;STB=0.533045;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0450625;OID=.;OPOS=79514028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:118:82:88:23:30:0.254237:12:11:46:36:13:17:46:42 chr17 79514129 . G A 262.82 PASS AF=0.5;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0165779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.515;QD=21.0256;RBI=0.0573078;REFB=-0.021388;REVB=0.0548576;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167942;STB=0.618205;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0282227;OID=.;OPOS=79514129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:23:25:24:25:0.5:13:11:15:8:14:11:17:8 chr17 79514832 . G A 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00733269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.375;QD=19.0495;RBI=0.023515;REFB=-0.000336588;REVB=0.0223425;RO=48;SAF=20;SAR=24;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100995;STB=0.556188;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000470274;OID=.;OPOS=79514832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:24:20:27:21:24:20:27:21 chr17 79525118 . T G 339.43 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=57;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0479838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.242;QD=23.409;RBI=0.0485811;REFB=0.00626558;REVB=0.00759421;RO=23;SAF=9;SAR=24;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105173;STB=0.555521;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00467342;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:23:24:33:34:0.586207:24:9:9:14:25:9:9:15 chr17 79589242 . G A 1500.09 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349663;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.596;QD=60.0035;RBI=0.0349845;REFB=0;REVB=0.00112896;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26059e-05;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr17 79596811 . C T 1470.1 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00125951;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=337.589;QD=61.2543;RBI=0.0198145;REFB=-0.0387343;REVB=0.0197745;RO=2;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175547;STB=0.509257;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000508448;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:96:2:2:94:94:0.979167:53:41:0:2:53:41:0:2 chr17 79609410 . G T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.672;QD=58.9625;RBI=0.0369092;REFB=0;REVB=0.00501967;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47161e-05;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr17 79612161 . C T 2900.44 PASS AF=0.969231;AO=189;DP=196;FAO=189;FDP=195;FR=.;FRO=6;FSAF=85;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00285258;FXX=0.00510178;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.071;QD=59.4962;RBI=0.0365349;REFB=-0.0520833;REVB=0.0364234;RO=6;SAF=86;SAR=103;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170472;STB=0.50362;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000268966;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:196:195:6:6:189:189:0.969231:103:86:1:5:104:85:2:4 chr17 79612333 . G A 966.11 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00522125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8875;QD=56.0066;RBI=0.0260237;REFB=-0.115939;REVB=0.0254945;RO=0;SAF=14;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533323;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00145392;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:69:0:2:67:67:0.971014:53:14:0:0:53:14:2:0 chr17 79612382 . T C 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6763;QD=58.1339;RBI=0.0282562;REFB=0;REVB=-0.00326995;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465619;OID=.;OPOS=79612382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr17 79612397 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.336;QD=60.9782;RBI=0.0149693;REFB=0;REVB=-0.00667325;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7212e-05;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr17 79612413 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000268962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.429;QD=62.3509;RBI=0.0403818;REFB=0;REVB=0.0403809;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210217;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr17 79612442 . CT C,CC 1571.95 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=19,86;DP=106;FAO=4,102;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=1,58;FSAR=3,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113817,0.0106558;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.753,157.107;QD=59.3189;RBI=0.0974037,0.0312169;REFB=0,0;REVB=0.0967364,0.029342;RO=0;SAF=6,52;SAR=13,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.851e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0606941,0.00162837;OID=.,.;OPOS=79612443,79612443;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0377358,0.962264:19,86:106:4,102:106:0:1,58:3,44:0:0:9:0:6,52:13,34:0:0 chr17 79612444 . G C 110.94 PASS AF=0.186916;AO=20;DP=107;FAO=20;FDP=107;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=-0.000153927;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.5905;QD=4.14719;RBI=0.0272902;REFB=-0.0271895;REVB=-0.0272898;RO=87;SAF=7;SAR=13;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320267;STB=0.703143;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0621455;OID=.;OPOS=79612444;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:87:87:20:20:0.186916:13:7:53:34:13:7:53:34 chr17 79614481 . A G 483.09 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.675;QD=58.5562;RBI=0.0478012;REFB=0;REVB=0.00861145;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267626;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:27:33:1:19:8:0:0:22:11:0:0 chr17 79614932 . TTAAC T 751.07 PASS AF=0.955224;AO=61;DP=73;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0137892;FXX=0.106652;HRUN=3;LEN=4;MLLD=255.387;QD=44.8401;RBI=0.0141516;REFB=-0.0397518;REVB=0.00318195;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516478;STBP=0.274;TYPE=del;VARB=0.00409344;OID=.;OPOS=79614933;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.955224:61:73:64:67:3:44:20:3:0:3:0:42:19:0:0 chr17 79637349 . T C,G 3732.25 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=221,15;DP=238;FAO=225,15;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=87,11;FSAR=138,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695945,-0.00935251;FXX=0.00826412;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=236.491,190.994;QD=62.2042;RBI=0.0157405,0.0131736;REFB=0,0;REVB=0.0141184,0.00927768;RO=0;SAF=85,11;SAR=136,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.66553e-08,-3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000883941,0.0405406;OID=.,.;OPOS=79637349,79637349;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:238:240:0:0:221,15:225,15:0.9375,0.0625:136,4:85,11:0:0:138,4:87,11:0:0 chr17 79657194 . A G 412.25 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0197885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7115;QD=35.085;RBI=0.0582871;REFB=-0.0231272;REVB=-0.0548252;RO=14;SAF=15;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014352;STB=0.507808;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0108039;OID=.;OPOS=79657194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:18:15:6:8:18:15:6:8 chr17 79781362 . C T 544.88 PASS AF=0.588235;AO=49;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0569503;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.221;QD=25.6413;RBI=0.0575713;REFB=-0.031589;REVB=-0.00843318;RO=36;SAF=19;SAR=30;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218252;STB=0.524743;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0240506;OID=.;OPOS=79781362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:35:49:50:0.588235:30:19:13:23:30:20:12:23 chr17 79825897 . A G 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.657;QD=52.1523;RBI=0.0330824;REFB=0.00153739;REVB=0.0293405;RO=1;SAF=23;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102756;STB=0.555511;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=9.58307e-05;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:4:23:0:1:4:23:0:1 chr17 79872241 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.669;QD=60.0307;RBI=0.0342944;REFB=0;REVB=0.00916076;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5973e-05;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr17 79880994 . CA AC,CAC 128.45 PASS AF=0.0826446,0.173554;AO=17,19;DP=122;FAO=10,21;FDP=121;FR=.;FRO=90;FSAF=9,10;FSAR=1,11;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=-0.0770442,-0.0777645;FXX=0.00819605;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=40.06,31.2292;QD=4.24632;RBI=0.0937934,0.0962542;REFB=-0.00829971,-0.0143442;REVB=-0.053492,-0.0567234;RO=85;SAF=15,3;SAR=2,16;SRF=37;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.570793,-0.405534;STB=0.918954,0.571362;STBP=0.017,0.494;TYPE=mnp,ins;VARB=0.147221,0.162703;OID=.,.;OPOS=79880994,79880996;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:122:121:85:90:17,19:10,21:0.0826446,0.173554:2,16:15,3:37:48:1,11:9,10:35:55 chr17 79891147 . T C 1533.45 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163822;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.388;QD=63.8937;RBI=0.0171217;REFB=0;REVB=-0.00497753;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4356e-05;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:47:49:0:0:47:49:0:0 chr17 79899272 . A G 633.04 PASS AF=0.3125;AO=45;DP=188;FAO=60;FDP=192;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.060853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.0765;QD=13.1884;RBI=0.119581;REFB=-0.016892;REVB=-0.102939;RO=103;SAF=27;SAR=18;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080321;STB=0.508873;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0661715;OID=.;OPOS=79899272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:192:103:109:45:60:0.3125:18:27:55:48:30:30:56:53 chr17 79899495 . G A 1392.59 PASS AF=0.511111;AO=138;DP=270;FAO=138;FDP=270;FR=.;FRO=132;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=52;FSRR=80;FWDB=-0.00239497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.964;QD=20.631;RBI=0.00242862;REFB=-0.0228993;REVB=0.000402901;RO=131;SAF=64;SAR=74;SRF=52;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601061;STB=0.534485;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0205898;OID=.;OPOS=79899495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:131:132:138:138:0.511111:74:64:52:79:74:64:52:80 chr17 79899698 . G A 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.013427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.284;QD=19.0439;RBI=0.014757;REFB=-0.012585;REVB=0.00612249;RO=42;SAF=10;SAR=30;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146561;STB=0.582046;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0126397;OID=.;OPOS=79899698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:30:10:16:26:30:10:16:26 chr17 79910518 . C T 528.42 PASS AF=0.427536;AO=53;DP=135;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=59;FSAR=0;FSRF=79;FSRR=0;FWDB=-0.0063889;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.817;QD=15.3164;RBI=0.0063889;REFB=-0.0198578;REVB=0;RO=78;SAF=53;SAR=0;SRF=78;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0282506;OID=.;OPOS=79910518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:78:79:53:59:0.427536:0:53:78:0:0:59:79:0 chr17 79912164 . G A 449.21 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.0438612;FXX=0.0347796;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.075;QD=16.1876;RBI=0.0475289;REFB=-0.0113479;REVB=0.0183083;RO=58;SAF=18;SAR=31;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421359;STB=0.507543;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.015262;OID=.;OPOS=79912164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:58:62:49:49:0.441441:31:18:19:39:31:18:22:40 chr17 79952700 . G A 1069.43 PASS AF=0.468085;AO=109;DP=233;FAO=110;FDP=235;FR=.;FRO=125;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=70;FSRR=55;FWDB=-0.0161943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.556;QD=18.2031;RBI=0.0207479;REFB=-0.0184461;REVB=0.01297;RO=123;SAF=56;SAR=53;SRF=69;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454498;STB=0.52711;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0191032;OID=.;OPOS=79952700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:235:123:125:109:110:0.468085:53:56:69:54:54:56:70:55 chr17 79974731 . T C 650.33 PASS AF=0.658824;AO=56;DP=85;FAO=56;FDP=85;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.000404494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5385;QD=30.6039;RBI=0.0147238;REFB=-0.0185271;REVB=0.0147182;RO=29;SAF=25;SAR=31;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00117676;STB=0.500637;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0123709;OID=.;OPOS=79974731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:29:29:56:56:0.658824:31:25:13:16:31:25:13:16 chr17 79980756 . C A 732.83 PASS AF=0.458824;AO=78;DP=169;FAO=78;FDP=170;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=56;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.0239434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.73;QD=17.2431;RBI=0.0440581;REFB=-0.0434226;REVB=0.0369842;RO=88;SAF=22;SAR=56;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18472;STB=0.593682;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0519243;OID=.;OPOS=79980756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:88:92:78:78:0.458824:56:22:40:48:56:22:40:52 chr17 79994600 . C T 727.54 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0252219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4456;QD=52.9119;RBI=0.0405197;REFB=-0.162155;REVB=0.0317128;RO=2;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261643;STB=0.513884;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00361423;OID=.;OPOS=79994600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:35:18:0:2:35:18:0:2 chr17 79995490 . C CT,CTT 926.85 PASS AF=0,1;AO=32,43;DP=93;FAO=0,86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=0,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.251724,0.115889;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=8.52685,18.8811;QD=43.1094;RBI=0.473338,0.238574;REFB=0,0;REVB=0.400854,0.208536;RO=16;SAF=7,18;SAR=25,25;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.364429,-0.16585;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00686321;OID=.,.;OPOS=79995491,79995491;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:32,43:93:0,86:86:0:0,31:0,55:0:0:17:16:7,18:25,25:12:4 chr17 80006957 . A C 1339.63 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.846;QD=62.3083;RBI=0.0379943;REFB=0;REVB=0.00926289;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114258;OID=.;OPOS=80006957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:32:53:0:0:32:54:0:0 chr17 80007887 . A G 2814.13 PASS AF=0.994475;AO=178;DP=180;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0458388;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6532;QD=62.1907;RBI=0.0487128;REFB=-0.104905;REVB=0.0164846;RO=1;SAF=78;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473697;STB=0.502439;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00168521;OID=.;OPOS=80007887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:181:1:1:178:180:0.994475:100:78:0:1:102:78:0:1 chr17 80008392 . G T 2543.27 PASS AF=0.988235;AO=163;DP=164;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0710573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6489;QD=59.8417;RBI=0.0723762;REFB=-0.0311712;REVB=-0.0137539;RO=1;SAF=61;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464275;STB=0.504854;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00125672;OID=.;OPOS=80008392;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:170:1:2:163:168:0.988235:102:61:0:1:102:66:0:2 chr17 80009156 . T C 2077.2 PASS AF=1;AO=110;DP=136;FAO=133;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660516;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0744;QD=62.4721;RBI=0.00952516;REFB=0;REVB=-0.00686299;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.02101e-05;OID=.;OPOS=80009156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:133:0:0:110:133:1:59:51:0:0:67:66:0:0 chr17 80009157 . G C 85.95 PASS AF=0.129252;AO=18;DP=146;FAO=19;FDP=147;FR=.;FRO=128;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=71;FWDB=-0.0117683;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.0954;QD=2.33865;RBI=0.0134024;REFB=-0.015709;REVB=-0.00641334;RO=128;SAF=13;SAR=5;SRF=57;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339159;STB=0.749566;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0103713;OID=.;OPOS=80009157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:146:147:128:128:18:19:0.129252:5:13:57:71:5:14:57:71 chr17 80012449 . G A 1596.92 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00150815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5187;QD=58.0699;RBI=0.0263047;REFB=-0.141582;REVB=0.0262614;RO=2;SAF=51;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000815332;STB=0.504853;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000742667;OID=.;OPOS=80012449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:109:110:2:1:107:109:0.990909:56:51:1:1:58:51:1:0 chr17 80012997 . A G 1531.32 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=110;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.076559;FXX=0.0181802;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.648;QD=56.7155;RBI=0.0802389;REFB=-0.127172;REVB=0.0240207;RO=2;SAF=62;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150613;STB=0.511809;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000689882;OID=.;OPOS=80012997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:108:2:3:105:105:0.972222:43:62:2:0:43:62:3:0 chr17 80013235 . A G 2091.63 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619888;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.791;QD=62.9061;RBI=0.0621404;REFB=0;REVB=0.00433758;RO=0;SAF=54;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.91667e-05;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:133:0:0:133:133:1:79:54:0:0:79:54:0:0 chr17 80039481 . G A 468.47 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0139515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5666;QD=15.6157;RBI=0.0154412;REFB=0.0149403;REVB=-0.00661718;RO=68;SAF=20;SAR=32;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119286;STB=0.566903;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0193927;OID=.;OPOS=80039481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:68:52:52:0.433333:32:20:34:34:32:20:34:34 chr17 80099639 . C A 1306.0 PASS AF=0.988372;AO=86;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0398942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1744;QD=60.7441;RBI=0.0693319;REFB=0.0288529;REVB=-0.0567042;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000589806;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:86:85:0.988372:44:42:0:0:43:42:0:1 chr17 80103737 . T C 2822.32 PASS AF=0.983871;AO=182;DP=188;FAO=183;FDP=186;FR=.;FRO=3;FSAF=107;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0223881;FXX=0.0106377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.421;QD=60.6951;RBI=0.0315678;REFB=0.0600635;REVB=0.0222553;RO=4;SAF=106;SAR=76;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346506;STB=0.504168;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.000355621;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:188:186:4:3:182:183:0.983871:76:106:2:2:76:107:1:2 chr17 80136418 . C T 2386.77 PASS AF=0.993671;AO=156;DP=157;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0558851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9597;QD=60.4245;RBI=0.0702026;REFB=-0.0633126;REVB=0.0424883;RO=1;SAF=94;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503462;STB=0.502617;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000587961;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:158:1:1:156:157:0.993671:62:94:1:0:62:95:1:0 chr17 80151881 . G A 4402.49 PASS AF=0.992908;AO=279;DP=291;FAO=280;FDP=282;FR=.;FRO=2;FSAF=134;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0201441;FXX=0.0309268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.766;QD=62.4467;RBI=0.061486;REFB=-0.0279634;REVB=0.0580925;RO=1;SAF=134;SAR=145;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327728;STB=0.503401;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0003911;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:291:282:1:2:279:280:0.992908:145:134:0:1:146:134:0:2 chr17 80159566 . T C 2220.19 PASS AF=0.980263;AO=150;DP=152;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=86;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0468835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5837;QD=58.4259;RBI=0.0721841;REFB=0.0415035;REVB=-0.0548861;RO=2;SAF=64;SAR=86;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146296;STB=0.511626;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00644204;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:152:152:2:3:150:149:0.980263:86:64:2:0:86:63:3:0 chr17 80195582 . T C 1312.73 PASS AF=0.917526;AO=87;DP=97;FAO=89;FDP=97;FR=.;FRO=8;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0109286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.701;QD=54.133;RBI=0.0305169;REFB=-0.0860326;REVB=0.028493;RO=8;SAF=53;SAR=34;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793301;STB=0.539655;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00152919;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:97:97:8:8:87:89:0.917526:34:53:1:7:36:53:1:7 chr17 80218800 . G A 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0992338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5059;QD=51.1806;RBI=0.112673;REFB=0;REVB=-0.0533645;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00427015;OID=.;OPOS=80218800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr17 80280865 . G A 1544.42 PASS AF=0.972477;AO=104;DP=108;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00972936;FXX=0.0353951;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.355;QD=56.6758;RBI=0.0410042;REFB=-0.177688;REVB=0.0398332;RO=2;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155537;STB=0.50282;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00067523;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:108:109:2:3:104:106:0.972477:60:44:0:2:60:46:1:2 chr17 80333346 . C G 77.7 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0203165;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3597;QD=12.4327;RBI=0.0582137;REFB=0.0349106;REVB=0.0545534;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020453;STB=0.567444;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0484627;OID=.;OPOS=80333346;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:16:15:10:10:0.4:2:8:13:3:2:8:13:2 chr17 80373452 . C T 2114.42 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0798875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3642;QD=61.7349;RBI=0.0913244;REFB=-0.0800748;REVB=0.0442508;RO=0;SAF=58;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71349e-08;STB=0.504273;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000703435;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:137:0:1:135:136:0.992701:77:58:0:0:78:58:1:0 chr17 80377690 . T G 606.32 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2319;QD=57.7445;RBI=0.113676;REFB=-0.129932;REVB=0.111365;RO=2;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302498;STB=0.507933;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00302088;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:2:1:40:41:0.97619:30:10:0:2:31:10:0:1 chr17 80391684 . A G 3210.48 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8647;QD=64.2096;RBI=0.00865833;REFB=0;REVB=-0.00667828;RO=0;SAF=58;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25886e-05;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:200:200:1:142:58:0:0:142:58:0:0 chr17 80394530 . G T 1125.43 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6838;QD=59.2332;RBI=0.0717809;REFB=-0.0854644;REVB=0.0644574;RO=1;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260391;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:76:1:0:75:76:1:48:27:0:1:49:27:0:0 chr17 80452592 . G C 206.41 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.201958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.592;QD=48.5679;RBI=0.206885;REFB=0;REVB=0.0448836;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114232;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr17 80452676 . A AG 156.93 PASS AF=1;AO=17;DP=25;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308087;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.1404;QD=31.3867;RBI=0.0998203;REFB=0;REVB=0.0997728;RO=7;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0114434;OID=.;OPOS=80452677;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:25:20:20:0:8:12:0:0:3:7:8:9:1:6 chr17 80481088 . T C 568.72 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0229861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.734;QD=17.2341;RBI=0.0392871;REFB=-0.000451625;REVB=-0.0318609;RO=72;SAF=34;SAR=26;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172967;STB=0.596161;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000334123;OID=.;OPOS=80481088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:72:60:60:0.454545:26:34:28:44:26:34:28:44 chr17 80544971 . G A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00089328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.187;QD=18.4987;RBI=0.00793982;REFB=-0.0122199;REVB=-0.00788941;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339652;STB=0.519027;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0107168;OID=.;OPOS=80544971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:11:16:15:12:11:16:15:12 chr17 80559459 . G A 377.92 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.053755;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4947;QD=17.7843;RBI=0.0796728;REFB=-0.00719229;REVB=-0.0588062;RO=38;SAF=15;SAR=25;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332024;STB=0.630433;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00792081;OID=.;OPOS=80559459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:85:38:45:40:40:0.470588:25:15:29:9:25:15:28:17 chr17 80573681 . A G 237.66 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0340066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2051;QD=18.6403;RBI=0.0789691;REFB=0.0246514;REVB=0.0712718;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259619;STB=0.645051;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0107813;OID=.;OPOS=80573681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:19:7:14:11:19:7 chr17 80614933 . T C 419.88 PASS AF=0.56;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00476931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4576;QD=22.3936;RBI=0.0268344;REFB=-0.0196949;REVB=-0.0264072;RO=32;SAF=32;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383849;STB=0.704161;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0142356;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:33:41:42:0.56:9:32:11:21:10:32:11:22 chr17 80615040 . A C 1749.37 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.167;QD=60.8475;RBI=0.0120451;REFB=0;REVB=-0.00720063;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79477e-05;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:53:62:0:0:53:62:0:0 chr17 80674643 . C G 3827.61 PASS AF=0.984314;AO=250;DP=254;FAO=251;FDP=255;FR=.;FRO=4;FSAF=112;FSAR=139;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00426735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.165;QD=60.0409;RBI=0.058466;REFB=-0.144154;REVB=-0.05831;RO=4;SAF=112;SAR=138;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00915301;STB=0.504816;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00233037;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:254:255:4:4:250:251:0.984314:138:112:3:1:139:112:3:1 chr17 80696410 . A C 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000653645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.602;QD=59.8286;RBI=0.0619295;REFB=0;REVB=0.0619261;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64211e-05;OID=.;OPOS=80696410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:56:47:0:0:56:47:0:0 chr17 80700592 . T C 1749.43 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.038;QD=60.8497;RBI=0.052482;REFB=0;REVB=0.023736;RO=0;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57281e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:50:64:0:0:50:65:0:0 chr17 80706928 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.739;QD=60.2289;RBI=0.0312298;REFB=0;REVB=0.0152015;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15146e-05;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr17 80708601 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.377;QD=54.5177;RBI=0.00512792;REFB=0;REVB=-0.000807709;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05109e-06;OID=.;OPOS=80708601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr17 80887451 . A G 1733.91 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00733632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.877;QD=59.79;RBI=0.0184153;REFB=-0.13502;REVB=0.0168909;RO=0;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000284159;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:0:1:115:115:0.991379:67:48:0:0:67:48:1:0 chr17 80895745 . T C 2640.33 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.478;QD=62.1255;RBI=0.0330214;REFB=0;REVB=0.0283889;RO=0;SAF=73;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3016e-05;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:97:73:0:0:97:73:0:0 chr17 80895769 . A G 2321.95 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420998;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1106;QD=64.0538;RBI=0.0475206;REFB=0;REVB=-0.0220412;RO=0;SAF=72;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98483e-05;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:73:72:0:0:73:72:0:0 chr17 80895933 . A G 802.72 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.952;QD=57.3368;RBI=0.0818074;REFB=0;REVB=0.0807665;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142042;OID=.;OPOS=80895933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:26:25:0:0:31:25:0:0 chr17 80899281 . G A 693.77 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.262;QD=59.0446;RBI=0.0346872;REFB=-0.154053;REVB=0.0124077;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240908;STB=0.512815;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0011964;OID=.;OPOS=80899281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:19:26:0:1:19:27:0:1 chr17 81006387 . G A 1194.18 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504989;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.608;QD=61.24;RBI=0.0446787;REFB=0;REVB=-0.0443924;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126461;OID=.;OPOS=81006387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr17 81043039 . A G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.215;QD=61.0488;RBI=0.0413244;REFB=0;REVB=0.0136345;RO=0;SAF=8;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7047e-05;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:70:8:0:0:70:8:0:0 chr17 81050982 . G C 677.82 PASS AF=0.608247;AO=59;DP=97;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0121973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.598;QD=27.9515;RBI=0.0233116;REFB=-0.0461349;REVB=0.019866;RO=38;SAF=37;SAR=22;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366683;STB=0.519964;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0218193;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:38:38:59:59:0.608247:22:37:22:16:22:37:22:16 chr18 47492 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0173843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.61;QD=16.8248;RBI=0.0350227;REFB=-0.010616;REVB=-0.0304035;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142343;STB=0.580574;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0138029;OID=.;OPOS=47492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:7:14:22:6:7:14:22:6 chr18 49034 . G A 571.58 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00139754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.558;QD=25.6891;RBI=0.0229192;REFB=-0.0257534;REVB=-0.0228765;RO=37;SAF=38;SAR=14;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997929;STB=0.554723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0171442;OID=.;OPOS=49034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:37:52:52:0.58427:14:38:23:14:14:38:23:14 chr18 49169 . C T 349.57 PASS AF=0.5;AO=35;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.000142087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.352;QD=18.3981;RBI=0.0206668;REFB=-0.0133626;REVB=-0.0206663;RO=35;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263067;STB=0.527206;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0144722;OID=.;OPOS=49169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:35:38:35:38:0.5:20:15:14:21:22:16:14:24 chr18 213518 . CAAAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAAG 496.61 PASS AF=0.313433,0.477612,0.208955;AO=18,11,3;DP=72;FAO=21,32,14;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,14;FSAR=21,29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000278273,0.00104239,0.0406619;FXX=0.15188;HRUN=12,12,12;LEN=1,2,1;MLLD=7.55147,9.57557,192.022;QD=29.6481;RBI=0.152312,0.0875997,0.0407805;REFB=0,0,0;REVB=0.152312,0.0875935,0.00310795;RO=14;SAF=0,1,3;SAR=18,10,0;SRF=0;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.371729,0.848346;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0388296,0.10314,0.0340703;OID=.,.,.;OPOS=213519,213519,213527;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.313433,0.477612,0.208955:18,11,3:72:21,32,14:67:0:0,3,14:21,29,0:0:0:93:14:0,1,3:18,10,0:0:14 chr18 252559 . G A 1760.95 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.907;QD=60.7224;RBI=0.0436055;REFB=0;REVB=0.000981789;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16258e-05;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:57:58:0:0:58:58:0:0 chr18 319446 . C A 1191.46 PASS AF=0.459854;AO=113;DP=260;FAO=126;FDP=274;FR=.;FRO=148;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=74;FSRR=74;FWDB=0.0184612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1115;QD=17.3935;RBI=0.0219798;REFB=-0.00527065;REVB=-0.0119286;RO=147;SAF=61;SAR=52;SRF=74;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371493;STB=0.512872;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00631818;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:274:147:148:113:126:0.459854:52:61:74:73:60:66:74:74 chr18 319512 . CAAAAAAAAAAAAA ACAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA 756.05 PASS AF=0.0588235,0,0.161765,0,0.779412;AO=7,14,12,20,31;DP=133;FAO=8,0,22,0,106;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,0,0,9;FSAR=7,0,22,0,97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767465,0.042321,0.150804,-0.00538565,-0.0022841;FXX=0.133749;HRUN=1,13,13,13,13;LEN=2,1,1,2,3;MLLD=15.1365,2.82849,10.1291,8.46828,9.10043;QD=22.2367;RBI=0.190145,0.100113,0.158508,0.00627745,0.0103355;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.173968,-0.0907281,-0.0488137,-0.00322508,-0.0100799;RO=0;SAF=0,2,0,1,0;SAR=7,12,12,19,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,-3.97126e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,del,del;VARB=-0.881033,0,-0.633519,0.0848907,0.125681;OID=.,.,.,.,.;OPOS=319512,319513,319525,319513,319513;OREF=CA,A,A,AA,AAA;OALT=AC,-,G,-,-;OMAPALT=ACAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/5:62:133:136:0:0:7,14,12,20,31:8,0,22,0,106:0.0588235,0,0.161765,0,0.779412:7,12,12,19,31:0,2,0,1,0:0:0:7,0,22,0,97:1,0,0,0,9:0:0 chr18 334742 . C T 1421.57 PASS AF=0.399015;AO=162;DP=406;FAO=162;FDP=406;FR=.;FRO=244;FSAF=64;FSAR=98;FSRF=89;FSRR=155;FWDB=0.0219802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.208;QD=14.0056;RBI=0.0221012;REFB=0.000795609;REVB=0.00230894;RO=244;SAF=64;SAR=98;SRF=89;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343642;STB=0.519205;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00123532;OID=.;OPOS=334742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:406:244:244:162:162:0.399015:98:64:89:155:98:64:89:155 chr18 334758 . T C 6022.13 PASS AF=1;AO=375;DP=383;FAO=396;FDP=396;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=244;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205022;FXX=0.0198015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.691;QD=60.8296;RBI=0.102518;REFB=-0.103338;REVB=0.102498;RO=2;SAF=145;SAR=230;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493462;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:383:396:2:0:375:396:1:230:145:0:2:244:152:0:0 chr18 346821 . C T 1082.76 PASS AF=0.50463;AO=109;DP=216;FAO=109;FDP=216;FR=.;FRO=107;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=47;FSRR=60;FWDB=-0.0024192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2994;QD=20.0511;RBI=0.0116504;REFB=-0.00791363;REVB=-0.0113964;RO=107;SAF=42;SAR=67;SRF=47;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506836;STB=0.527834;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00758009;OID=.;OPOS=346821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:107:107:109:109:0.50463:67:42:47:60:67:42:47:60 chr18 649879 . CTTTTTTTTTTTTT CTTTTTCTTTTTTT,CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTC 395.83 PASS AF=0.23913,0.108696,0.630435,0.0217391;AO=2,7,18,2;DP=48;FAO=11,5,29,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,28,1;FSAR=11,0,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432897,-0.077898,-0.129109,-0.138651;FXX=0.132051;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,4,3,1;MLLD=102.006,12.0363,9.44761,41.1073;QD=34.42;RBI=0.0676212,0.0819442,0.139179,0.141859;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0519484,0.0254312,0.0519767,0.0299971;RO=0;SAF=0,7,18,2;SAR=2,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.0111552,0.020817,-0.0301772,-0.142928;OID=.,.,.,.;OPOS=649885,649880,649880,649892;OREF=T,TTTT,TTT,T;OALT=C,-,-,C;OMAPALT=CTTTTTCTTTTTTT,CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.23913,0.108696,0.630435,0.0217391:2,7,18,2:48:11,5,29,1:46:0:0,5,28,1:11,0,1,0:0:0:89:0:0,7,18,2:2,0,0,0:0:0 chr18 658035 . A G 1148.41 PASS AF=0.420195;AO=128;DP=309;FAO=129;FDP=307;FR=.;FRO=178;FSAF=70;FSAR=59;FSRF=87;FSRR=91;FWDB=0.00612796;FXX=0.0128613;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.914;QD=14.963;RBI=0.0155556;REFB=-0.00397263;REVB=0.0142977;RO=169;SAF=71;SAR=57;SRF=81;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773553;STB=0.531291;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00489598;OID=.;OPOS=658035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:307:169:178:128:129:0.420195:57:71:81:88:59:70:87:91 chr18 658064 . G C 6117.92 PASS AF=1;AO=383;DP=385;FAO=385;FDP=385;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213854;FXX=0.00773176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.371;QD=63.5628;RBI=0.0217;REFB=0.0363469;REVB=0.00368142;RO=0;SAF=188;SAR=195;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52815e-05;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:385:385:0:0:383:385:1:195:188:0:0:196:189:0:0 chr18 658332 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=367.066;QD=39.3181;RBI=0.0380538;REFB=-0.101828;REVB=0.0159709;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521706;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00101991;OID=.;OPOS=658332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:11:2:0:0:11:2:0:1 chr18 662247 . A G 795.48 PASS AF=0.517007;AO=76;DP=147;FAO=76;FDP=147;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0335066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8022;QD=21.6457;RBI=0.0392247;REFB=-0.0213007;REVB=-0.0203932;RO=70;SAF=40;SAR=36;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105278;STB=0.509323;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0193921;OID=.;OPOS=662247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:70:71:76:76:0.517007:36:40:36:34:36:40:36:35 chr18 722009 . TAA T 1021.61 PASS AF=1;AO=82;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264745;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=2;MLLD=165.829;QD=48.0758;RBI=0.0232258;REFB=0;REVB=0.0230744;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-9.32455e-05;OID=.;OPOS=722010;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:86:85:85:0:38:47:0:0:18:0:36:46:0:0 chr18 722402 . T C 1284.07 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.532;QD=61.883;RBI=0.0964264;REFB=0;REVB=0.0628429;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024457;OID=.;OPOS=722402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:41:40:0:0:42:41:0:0 chr18 724612 . A G 756.79 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162772;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5795;QD=55.039;RBI=0.0449141;REFB=-0.119476;REVB=0.0418608;RO=1;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254582;STB=0.513508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0112125;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:18:36:0:1:18:36:0:1 chr18 907675 . G A 4712.98 PASS AF=0.984026;AO=306;DP=313;FAO=308;FDP=313;FR=.;FRO=5;FSAF=116;FSAR=192;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0407798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5219;QD=60.2298;RBI=0.0487125;REFB=-0.22515;REVB=0.0266442;RO=6;SAF=114;SAR=192;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244358;STB=0.510548;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0020479;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:313:313:6:5:306:308:0.984026:192:114:6:0:192:116:5:0 chr18 909561 . A G 5178.22 PASS AF=1;AO=328;DP=331;FAO=329;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=202;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101419;FXX=0.00604211;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.749;QD=62.9571;RBI=0.0101419;REFB=0.0340607;REVB=-1.98348e-05;RO=0;SAF=126;SAR=202;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06381e-06;OID=.;OPOS=909561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:331:329:0:0:328:329:1:202:126:0:0:202:127:0:0 chr18 2538644 . G A 182.28 PASS AF=0.389831;AO=21;DP=57;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0634128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.742;QD=12.3582;RBI=0.0634128;REFB=-0.0202119;REVB=1.9705e-05;RO=36;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312835;STB=0.647112;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0430177;OID=.;OPOS=2538644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:36:36:21:23:0.389831:9:12:10:26:11:12:10:26 chr18 2539016 . C G 1231.27 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164776;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.102;QD=61.5637;RBI=0.0494681;REFB=0;REVB=0.0466431;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242715;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr18 2547500 . G T 533.58 PASS AF=0.482759;AO=54;DP=115;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00677455;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.588;QD=18.3992;RBI=0.00687572;REFB=-0.000622019;REVB=0.00117517;RO=59;SAF=26;SAR=28;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385068;STB=0.525853;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000572623;OID=.;OPOS=2547500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:59:60:54:56:0.482759:28:26:26:33:28:28:27:33 chr18 2705700 . A G 805.16 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.269;QD=64.4124;RBI=0.0258136;REFB=0;REVB=-0.0144211;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0098e-05;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:27:23:0:0 chr18 2707619 . G A 2459.64 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000379854;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.646;QD=61.4911;RBI=0.00814671;REFB=0;REVB=-0.00813785;RO=0;SAF=71;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05979e-05;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:160:0:0:160:160:1:89:71:0:0:89:71:0:0 chr18 2724930 . A T 404.77 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.022643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.803;QD=15.1316;RBI=0.0248985;REFB=-0.00126052;REVB=-0.0103552;RO=61;SAF=19;SAR=27;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810553;STB=0.545547;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00197938;OID=.;OPOS=2724930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:27:19:30:31:27:19:30:31 chr18 2740714 . A G 530.88 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0197334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.982;QD=15.1679;RBI=0.0243396;REFB=-0.020665;REVB=0.0142481;RO=82;SAF=30;SAR=28;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526532;STB=0.502958;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0285431;OID=.;OPOS=2740714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:82:58:58:0.414286:28:30:42:40:28:30:42:40 chr18 2750477 . A G 412.79 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0267384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.676;QD=21.4434;RBI=0.027478;REFB=-0.00391145;REVB=0.00633246;RO=36;SAF=11;SAR=30;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121299;STB=0.567288;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00611154;OID=.;OPOS=2750477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:30:11:14:22:30:11:14:22 chr18 2763697 . C T 915.78 PASS AF=0.549383;AO=86;DP=159;FAO=89;FDP=162;FR=.;FRO=73;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00298324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.324;QD=22.6119;RBI=0.00309095;REFB=-0.00714874;REVB=-0.000808877;RO=73;SAF=53;SAR=33;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359832;STB=0.509394;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00603552;OID=.;OPOS=2763697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:73:73:86:89:0.549383:33:53:42:31:36:53:42:31 chr18 2778979 . G T 2271.23 PASS AF=0.974522;AO=151;DP=156;FAO=153;FDP=157;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.089623;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0255;QD=57.8656;RBI=0.0901746;REFB=0.0437578;REVB=-0.00995812;RO=3;SAF=68;SAR=83;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00808654;STB=0.50768;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0145019;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:156:157:3:4:151:153:0.974522:83:68:2:1:84:69:3:1 chr18 2891478 . T C 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0150161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8449;QD=23.5972;RBI=0.0158092;REFB=-0.0276303;REVB=0.00494448;RO=20;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116599;STB=0.555713;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0270343;OID=.;OPOS=2891478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:9:16:10:10:9:16:11:10 chr18 2891847 . C T 279.91 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0566792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.703;QD=14.1724;RBI=0.0570059;REFB=0.00160843;REVB=-0.00609487;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230868;STB=0.513118;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00151577;OID=.;OPOS=2891847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:17:15:21:26:17:15:21:26 chr18 2913431 . T A,C 2043.55 PASS AF=0.0522388,0.947761;AO=7,127;DP=134;FAO=7,127;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51;FSAR=7,76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189951,0.0027481;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.482,80.6408;QD=61.0013;RBI=0.0203443,0.00280527;REFB=0,0;REVB=0.00728527,0.000563467;RO=0;SAF=0,51;SAR=7,76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.42534e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.011334,-0.000141425;OID=.,.;OPOS=2913431,2913431;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:134:134:0:0:7,127:7,127:0.0522388,0.947761:7,76:0,51:0:0:7,76:0,51:0:0 chr18 2914073 . TAAC TAC,TACT 751.2 PASS AF=0.981481,0.0185185;AO=51,3;DP=54;FAO=53,1;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537553,-0.00794529;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=30.0538,14.7355;QD=55.6444;RBI=0.0587452,0.0151213;REFB=0,0;REVB=-0.0236932,-0.0128657;RO=0;SAF=15,2;SAR=36,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.746e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00204025,-0.0679848;OID=.,.;OPOS=2914074,2914075;OREF=A,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=TAC,TACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.981481,0.0185185:51,3:54:53,1:54:0:16,1:37,0:0:0:4:0:15,2:36,1:0:0 chr18 2920288 . G A 2441.61 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470834;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.991;QD=61.4241;RBI=0.0471825;REFB=0;REVB=0.00305589;RO=0;SAF=71;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37756e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23377e-05;OID=.;OPOS=2920288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:159:159:1:88:71:0:0:88:71:0:0 chr18 2924470 . G A 1094.91 PASS AF=0.480687;AO=107;DP=228;FAO=112;FDP=233;FR=.;FRO=121;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=0.0311756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.955;QD=18.7968;RBI=0.0314217;REFB=-0.026374;REVB=0.00392523;RO=120;SAF=53;SAR=54;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447487;STB=0.507132;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0324057;OID=.;OPOS=2924470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:233:120:121:107:112:0.480687:54:53:60:60:54:58:61:60 chr18 2946291 . C T 4109.04 PASS AF=1;AO=263;DP=263;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2849;QD=62.495;RBI=0.0554252;REFB=0;REVB=-0.0112967;RO=0;SAF=98;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24957e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151038;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:263:263:0:0:263:263:1:165:98:0:0:165:98:0:0 chr18 3025464 . A G 2438.08 PASS AF=0.971098;AO=162;DP=174;FAO=168;FDP=173;FR=.;FRO=5;FSAF=93;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.250918;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.789;QD=56.3717;RBI=0.251535;REFB=-0.108483;REVB=-0.0176201;RO=10;SAF=87;SAR=75;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699315;STB=0.510313;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000993659;OID=.;OPOS=3025464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:174:173:10:5:162:168:0.971098:75:87:6:4:75:93:1:4 chr18 3075503 . C A,CAAA 1150.7 PASS AF=0.0384615,0.948718;AO=7,66;DP=90;FAO=3,74;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=2,30;FSAR=1,44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0545403,0.000505143;FXX=0.123582;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=52.0086,182.672;QD=59.0102;RBI=0.0584714,0.0244858;REFB=-0.105256,-0.02952;REVB=-0.0210775,0.0244806;RO=13;SAF=2,30;SAR=5,36;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.275446,-0.0260392;STB=0.59939,0.508194;STBP=0.681,0.299;TYPE=snp,ins;VARB=0.0782166,0.00193045;OID=.,.;OPOS=3075503,3075504;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:90:78:13:1:7,66:3,74:0.0384615,0.948718:5,36:2,30:7:6:1,44:2,30:1:0 chr18 3075504 . G A 35.5 PASS AF=0.0967742;AO=12;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.00911011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.016;QD=1.52671;RBI=0.0397964;REFB=-0.000639554;REVB=-0.0387396;RO=80;SAF=5;SAR=7;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00527219;STB=0.525491;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0279585;OID=.;OPOS=3075504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:93:93:80:84:12:9:0.0967742:7:5:33:47:5:4:35:49 chr18 3089522 . G T 1483.08 PASS AF=0.962617;AO=103;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0126361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.375;QD=55.4424;RBI=0.0131148;REFB=-0.00598648;REVB=-0.0035113;RO=4;SAF=40;SAR=63;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00830979;STB=0.504383;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.000222271;OID=.;OPOS=3089522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:4:4:103:103:0.962617:63:40:2:2:63:40:2:2 chr18 3176040 . C G 1788.92 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114489;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.66;QD=61.1598;RBI=0.0212282;REFB=0;REVB=0.0178762;RO=0;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04411e-05;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:51:65:0:0:51:66:0:0 chr18 3188976 . A G 4678.95 PASS AF=1;AO=299;DP=303;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=245;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011335;FXX=0.00660044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.038;QD=62.1787;RBI=0.0113581;REFB=0;REVB=0.000724009;RO=0;SAF=56;SAR=243;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1222e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43824e-05;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:303:301:0:0:299:301:1:243:56:0:0:245:56:0:0 chr18 3256112 . A G 175.84 PASS AF=0.307692;AO=21;DP=74;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00033475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.288;QD=9.01717;RBI=0.0112033;REFB=-0.0114238;REVB=0.0111983;RO=52;SAF=8;SAR=13;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188077;STB=0.566966;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0201782;OID=.;OPOS=3256112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:52:54:21:24:0.307692:13:8:28:24:13:11:30:24 chr18 3457539 . A G 1139.03 PASS AF=0.491525;AO=111;DP=232;FAO=116;FDP=236;FR=.;FRO=120;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=66;FSRR=54;FWDB=0.0242357;FXX=0.016666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5527;QD=19.3057;RBI=0.0264586;REFB=-0.0148681;REVB=-0.0106153;RO=114;SAF=59;SAR=52;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00329134;STB=0.503535;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0165404;OID=.;OPOS=3457539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:236:114:120:111:116:0.491525:52:59:61:53:53:63:66:54 chr18 3458211 . T C 54.06 PASS AF=0.0986842;AO=14;DP=150;FAO=15;FDP=152;FR=.;FRO=137;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=73;FSRR=64;FWDB=-0.0513168;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=131.739;QD=1.42255;RBI=0.053739;REFB=-0.00388774;REVB=-0.0159519;RO=131;SAF=11;SAR=3;SRF=67;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334236;STB=0.689774;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.073199;OID=.;OPOS=3458211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:150:152:131:137:14:15:0.0986842:3:11:67:64:4:11:73:64 chr18 3458212 . T C 47.41 PASS AF=0.113821;AO=15;DP=120;FAO=14;FDP=123;FR=.;FRO=109;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.116823;FXX=0.0238076;HRUN=10;LEN=1;MLLD=34.5428;QD=1.54181;RBI=0.116927;REFB=-0.00884804;REVB=-0.00491775;RO=105;SAF=1;SAR=14;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572033;STB=0.917582;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.101382;OID=.;OPOS=3458212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:120:123:105:109:15:14:0.113821:14:1:52:53:13:1:56:53 chr18 3458223 . CCT CC,CCTT,C 46.83 PASS AF=0,0,0.171171;AO=16,14,14;DP=122;FAO=0,0,19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=0,0,6;FSAR=0,0,13;FSRF=29;FSRR=63;FWDB=-0.404573,0.390055,-0.207502;FXX=0.0176975;HRUN=7,7,3;LEN=1,1,2;MLLD=6.92357,6.86992,17.8786;QD=1.68765;RBI=0.459888,0.444343,0.209589;REFB=0.0111067,-0.00522091,-0.00265327;REVB=0.218673,-0.212833,-0.0295067;RO=60;SAF=12,2,4;SAR=4,12,10;SRF=14;SRR=46;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.58367,-0.1842,0.0850057;STB=0.5,0.5,0.500548;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,del;VARB=-0.159987,-0.0864177,0.0189432;OID=.,.,.;OPOS=3458225,3458225,3458224;OREF=T,-,CT;OALT=-,T,-;OMAPALT=CC,CCTT,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.171171:16,14,14:122:0,0,19:111:92:0,0,6:0,0,13:29:63:41:60:12,2,4:4,12,10:14:46 chr18 3571217 . T C 1847.46 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8022;QD=60.0798;RBI=0.0995382;REFB=-0.0529776;REVB=0.0987474;RO=0;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201042;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:123:123:0:0:121:123:1:61:60:0:0:63:60:0:0 chr18 3597089 . CTTTTTTTTTTC CTCTTTTTTTTC,CTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTCT 169.38 PASS AF=0.028169,0.028169,0.816901,0.056338;AO=4,12,24,4;DP=75;FAO=2,2,58,4;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=0,1,41,3;FSAR=2,1,17,1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0111158,-0.025686,-0.031184,-0.0686401;FXX=0.0657808;HRUN=10,10,10,10;LEN=1,2,1,2;MLLD=138.928,6.85599,4.17459,65.5206;QD=9.54256;RBI=0.184096,0.236043,0.445165,0.080343;REFB=-0.000316228,-0.0623301,-0.121313,-0.0195986;REVB=-0.18376,-0.234641,-0.444072,-0.0417556;RO=16;SAF=0,10,17,3;SAR=4,2,7,1;SRF=15;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.827576,-0.219837,-0.223695,-0.399989;STB=0.997126,0.855362,0.528726,0.726523;STBP=0.017,0.748,0.183,0.786;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.278098,-0.0210731,0.0453458,-0.0105301;OID=.,.,.,.;OPOS=3597091,3597090,3597090,3597099;OREF=T,TT,T,TC;OALT=C,-,-,CT;OMAPALT=CTCTTTTTTTTC,CTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.028169,0.028169,0.816901,0.056338:4,12,24,4:75:2,2,58,4:71:5:0,1,41,3:2,1,17,1:5:0:19:16:0,10,17,3:4,2,7,1:15:1 chr18 3597154 . CTCTG C 266.79 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00489947;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=270.677;QD=13.5082;RBI=0.0412922;REFB=-0.0105839;REVB=-0.0410005;RO=43;SAF=19;SAR=11;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815968;STB=0.531786;STBP=0.687;TYPE=del;VARB=0.0167907;OID=.;OPOS=3597155;OREF=TCTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392405:30:76:31:79:48:19:12:27:21:99:43:19:11:24:19 chr18 3597525 . G A 549.74 PASS AF=0.4;AO=60;DP=150;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0193054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.988;QD=14.6598;RBI=0.0282858;REFB=-0.00329241;REVB=0.0206734;RO=90;SAF=31;SAR=29;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885816;STB=0.549873;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00469434;OID=.;OPOS=3597525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:90:90:60:60:0.4:29:31:39:51:29:31:39:51 chr18 3597838 . C T 809.59 PASS AF=0.525974;AO=81;DP=154;FAO=81;FDP=154;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0218989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.063;QD=21.0284;RBI=0.0336948;REFB=0.00190679;REVB=-0.0256082;RO=73;SAF=35;SAR=46;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076988;STB=0.542215;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00196369;OID=.;OPOS=3597838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:73:73:81:81:0.525974:46:35:38:35:46:35:38:35 chr18 3814148 . C G 1440.75 PASS AF=0.450746;AO=151;DP=334;FAO=151;FDP=335;FR=.;FRO=184;FSAF=69;FSAR=82;FSRF=84;FSRR=100;FWDB=-0.00998399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.605;QD=17.203;RBI=0.0194138;REFB=-0.0207657;REVB=0.0166498;RO=183;SAF=69;SAR=82;SRF=83;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339683;STB=0.500239;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0227088;OID=.;OPOS=3814148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:335:183:184:151:151:0.450746:82:69:83:100:82:69:84:100 chr18 5292030 . A G 2350.77 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00557282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3395;QD=60.2761;RBI=0.0505182;REFB=-0.0515114;REVB=-0.0502099;RO=1;SAF=72;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656166;STB=0.503448;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00165422;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:1:1:155:155:0.99359:83:72:1:0:83:72:1:0 chr18 5410574 . A G 3037.66 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.646;QD=63.6159;RBI=0.016977;REFB=0;REVB=-0.0138734;RO=0;SAF=92;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14497e-06;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:99:92:0:0:99:92:0:0 chr18 5630531 . G A 6036.8 PASS AF=0.97543;AO=394;DP=408;FAO=397;FDP=407;FR=.;FRO=10;FSAF=222;FSAR=175;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0239668;FXX=0.00488986;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.671;QD=59.3297;RBI=0.0306312;REFB=-0.0278183;REVB=0.0190752;RO=9;SAF=222;SAR=172;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994872;STB=0.503963;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000177724;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:408:407:9:10:394:397:0.97543:172:222:3:6:175:222:4:6 chr18 5955911 . C T 271.72 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0349431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.724;QD=12.3507;RBI=0.0417083;REFB=-0.0194788;REVB=-0.022772;RO=51;SAF=13;SAR=19;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194514;STB=0.593691;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0288317;OID=.;OPOS=5955911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:51:56:32:32:0.363636:19:13:30:21:19:13:31:25 chr18 5955932 . G A 128.48 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0130997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3415;QD=6.94508;RBI=0.0170366;REFB=-0.00766377;REVB=0.0108923;RO=55;SAF=12;SAR=7;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636648;STB=0.538881;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0216289;OID=.;OPOS=5955932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:55:55:19:19:0.256757:7:12:32:23:7:12:32:23 chr18 5956145 . T C 531.59 PASS AF=0.397436;AO=62;DP=156;FAO=62;FDP=156;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=0.0072406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.186;QD=13.6306;RBI=0.0199446;REFB=-0.0118336;REVB=-0.0185839;RO=94;SAF=32;SAR=30;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740795;STB=0.541705;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0187502;OID=.;OPOS=5956145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:94:94:62:62:0.397436:30:32:55:39:30:32:55:39 chr18 5956238 . C T 856.9 PASS AF=0.409483;AO=95;DP=233;FAO=95;FDP=232;FR=.,HEALED;FRO=137;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=79;FSRR=58;FWDB=0.00573804;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9051;QD=14.7741;RBI=0.056126;REFB=-0.0171633;REVB=-0.0558319;RO=105;SAF=49;SAR=46;SRF=78;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2191;STB=0.536045;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0117792;OID=.;OPOS=5956238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:105:137:95:95:0.409483:46:49:78:27:46:49:79:58 chr18 5960076 . AT TA 109.62 PASS AF=0.13;AO=12;DP=99;FAO=13;FDP=100;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=76;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0163846;FXX=0.0476145;HRUN=2;LEN=2;MLLD=129.534;QD=4.38482;RBI=0.151418;REFB=-0.00214907;REVB=-0.150529;RO=58;SAF=1;SAR=11;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.69554;STB=0.924011;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.0031126;OID=.;OPOS=5960076;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:99:100:58:76:12:13:0.13:11:1:41:17:12:1:44:32 chr18 5960165 . G A 5409.3 PASS AF=1;AO=339;DP=339;FAO=340;FDP=340;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208716;FXX=0.00584778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.139;QD=63.6388;RBI=0.0312425;REFB=0.0929089;REVB=-0.0232481;RO=0;SAF=167;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143911;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:339:340:0:0:339:340:1:172:167:0:0:174:166:0:0 chr18 6046717 . T C 4978.21 PASS AF=1;AO=316;DP=320;FAO=317;FDP=317;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141376;FXX=0.0124607;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8931;QD=62.8166;RBI=0.0498903;REFB=-0.01552;REVB=-0.0498702;RO=1;SAF=125;SAR=191;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00380072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.04694e-05;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:320:317:1:0:316:317:1:191:125:1:0:192:125:0:0 chr18 6455000 . C T 2140.41 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9876;QD=62.9532;RBI=0.0550281;REFB=0;REVB=0.0537986;RO=0;SAF=56;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.88062e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146015;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:136:0:0:133:136:1:77:56:0:0:77:59:0:0 chr18 6455037 . T C 2169.88 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109294;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.257;QD=63.3541;RBI=0.0115468;REFB=0;REVB=-0.00372526;RO=0;SAF=59;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00638e-05;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:136:137:1:77:59:0:0:77:60:0:0 chr18 6588865 . T C 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0447558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.952;QD=18.1751;RBI=0.0450262;REFB=0.0118078;REVB=0.00492735;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127961;STB=0.571383;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0047032;OID=.;OPOS=6588865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:15:16:12:20:15:16:12:20 chr18 6898486 . TA T,TT 69.22 PASS AF=0.142857,0.092437;AO=20,10;DP=115;FAO=17,11;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=5,4;FSAR=12,7;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.00126538,-0.0442115;FXX=0.0555511;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.78312,23.9211;QD=2.32657;RBI=0.179799,0.0797285;REFB=-0.118732,-0.0607986;REVB=-0.179794,0.0663474;RO=65;SAF=5,3;SAR=15,7;SRF=25;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.193068,-0.113413;STB=0.585261,0.519963;STBP=0.471,0.883;TYPE=del,snp;VARB=0.073042,0.13143;OID=.,.;OPOS=6898487,6898487;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857,0.092437:20,10:115:17,11:119:91:5,4:12,7:35:56:29:65:5,3:15,7:25:40 chr18 6928138 . A G 801.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.346;QD=57.2268;RBI=0.0451904;REFB=0;REVB=-0.00942167;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80753e-05;OID=.;OPOS=6928138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:32:24:0:0 chr18 6928180 . G T 673.89 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140116;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0214;QD=62.6873;RBI=0.0721932;REFB=0;REVB=-0.0708204;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000451372;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr18 6956504 . ACAGCTCCAGCTC A 216.58 PASS AF=0.21875;AO=35;DP=152;FAO=35;FDP=160;FR=.;FRO=125;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=0.0338117;FXX=0.0588201;HRUN=1;LEN=12;MLLD=338.135;QD=5.41439;RBI=0.0338763;REFB=-0.000970658;REVB=0.0020901;RO=97;SAF=17;SAR=18;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00145062;STB=0.501786;STBP=0.974;TYPE=del;VARB=0.00339301;OID=.;OPOS=6956505;OREF=CAGCTCCAGCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875:35:152:35:160:125:17:18:61:64:99:97:17:18:47:50 chr18 6977844 . A G 817.69 PASS AF=0.522293;AO=82;DP=159;FAO=82;FDP=157;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0459313;FXX=0.0125778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7897;QD=20.8329;RBI=0.0467146;REFB=-0.00144706;REVB=-0.00851875;RO=72;SAF=31;SAR=51;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142669;STB=0.575932;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0011719;OID=.;OPOS=6977844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:72:75:82:82:0.522293:51:31:39:33:51:31:40:35 chr18 6980523 . T C 1606.96 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00392191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.247;QD=60.0731;RBI=0.00395559;REFB=0;REVB=-0.000515084;RO=0;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61315e-06;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:44:63:0:0:44:63:0:0 chr18 6985270 . C T 692.31 PASS AF=0.465409;AO=74;DP=159;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.019774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.972;QD=17.4165;RBI=0.0207134;REFB=0.00667826;REVB=-0.00616716;RO=85;SAF=38;SAR=36;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494985;STB=0.52742;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00584416;OID=.;OPOS=6985270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:85:85:74:74:0.465409:36:38:48:37:36:38:48:37 chr18 6985631 . C T 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0320211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.257;QD=20.7683;RBI=0.0320457;REFB=-0.00547147;REVB=0.00125649;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183014;STB=0.601951;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00307845;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:16:11:15:9:16:11:15:9 chr18 6986259 . G A 1162.17 PASS AF=0.435088;AO=125;DP=287;FAO=124;FDP=285;FR=.;FRO=161;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=85;FSRR=76;FWDB=0.0021419;FXX=0.0069684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.116;QD=16.3111;RBI=0.0252134;REFB=-0.00489067;REVB=0.0251223;RO=160;SAF=64;SAR=61;SRF=84;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131605;STB=0.511239;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00541338;OID=.;OPOS=6986259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:285:160:161:125:124:0.435088:61:64:84:76:61:63:85:76 chr18 6993673 . T C 3742.54 PASS AF=0.983607;AO=239;DP=244;FAO=240;FDP=244;FR=.;FRO=4;FSAF=127;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0164271;FXX=0.00812975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.093;QD=61.3531;RBI=0.0595311;REFB=-0.116468;REVB=0.0572198;RO=5;SAF=127;SAR=112;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207966;STB=0.508695;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00102971;OID=.;OPOS=6993673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:244:244:5:4:239:240:0.983607:112:127:0:5:113:127:0:4 chr18 6997818 . A C 420.94 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00220033;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.387;QD=14.5153;RBI=0.015057;REFB=-0.0180969;REVB=0.0148954;RO=67;SAF=22;SAR=26;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266501;STB=0.51886;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0235236;OID=.;OPOS=6997818;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:68:48:48:0.413793:26:22:29:38:26:22:29:39 chr18 6999628 . T C 592.8 PASS AF=0.488;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0476677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9371;QD=18.9695;RBI=0.0701326;REFB=-0.00970797;REVB=-0.0514428;RO=64;SAF=29;SAR=32;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227823;STB=0.512601;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0102375;OID=.;OPOS=6999628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:64:64:61:61:0.488:32:29:32:32:32:29:32:32 chr18 7017322 . A G 2392.22 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177627;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.092;QD=64.2207;RBI=0.0193734;REFB=0;REVB=0.00773393;RO=0;SAF=63;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.78262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5002e-05;OID=.;OPOS=7017322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:86:63:0:0:86:63:0:0 chr18 7023371 . A G 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3828;QD=59.3206;RBI=0.00824944;REFB=0;REVB=-0.00641244;RO=0;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.75336e-05;OID=.;OPOS=7023371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:47:21:0:0:47:21:0:0 chr18 7033037 . G A 1862.73 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0886976;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.87;QD=61.5779;RBI=0.0954989;REFB=0;REVB=0.0353945;RO=0;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.725e-05;OID=.;OPOS=7033037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:65:56:0:0:65:56:0:0 chr18 7034508 . T G 1358.36 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9131;QD=62.4532;RBI=0.0479585;REFB=0;REVB=-0.0346482;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10806e-05;OID=.;OPOS=7034508;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr18 7567803 . C G 3452.86 PASS AF=0.954167;AO=228;DP=240;FAO=229;FDP=240;FR=.;FRO=11;FSAF=136;FSAR=93;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0193112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.308;QD=57.5476;RBI=0.0614707;REFB=-0.0714002;REVB=0.0583586;RO=3;SAF=136;SAR=92;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103942;STB=0.515058;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000796534;OID=.;OPOS=7567803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:240:240:3:11:228:229:0.954167:92:136:3:0:93:136:10:1 chr18 8069868 . C T 188.68 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00577892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.43;QD=14.2401;RBI=0.00580083;REFB=-0.0239051;REVB=-0.000503737;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20676;STB=0.609655;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0239112;OID=.;OPOS=8069868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:14:8:17:13:14:8:17:14 chr18 8387195 . G A 1023.08 PASS AF=0.451477;AO=107;DP=237;FAO=107;FDP=237;FR=.;FRO=130;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=58;FSRR=72;FWDB=0.000387597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.805;QD=17.2672;RBI=0.0233821;REFB=-0.0179925;REVB=0.0233789;RO=130;SAF=57;SAR=50;SRF=58;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855323;STB=0.547378;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0227998;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:130:130:107:107:0.451477:50:57:58:72:50:57:58:72 chr18 8387219 . G C 2549.15 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0153072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.172;QD=61.0576;RBI=0.0341929;REFB=-0.0772782;REVB=0.0305752;RO=1;SAF=75;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630305;STB=0.503311;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000481174;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:166:166:0.994012:91:75:1:0:91:75:1:0 chr18 8471976 . A G 1305.62 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0257245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8991;QD=60.7266;RBI=0.0266733;REFB=-0.0148513;REVB=-0.0070509;RO=2;SAF=37;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244347;STB=0.506665;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000487156;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:2:1:83:85:0.988372:46:37:1:1:48:37:1:0 chr18 8545736 . A G 743.88 PASS AF=0.478528;AO=77;DP=162;FAO=78;FDP=163;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.009656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.743;QD=18.2548;RBI=0.0162965;REFB=-0.0274331;REVB=-0.0131278;RO=85;SAF=26;SAR=51;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879748;STB=0.551098;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0292478;OID=.;OPOS=8545736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:85:85:77:78:0.478528:51:26:36:49:52:26:36:49 chr18 8545785 . A G 364.02 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0370782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9945;QD=13.4821;RBI=0.0466301;REFB=0.00411798;REVB=-0.0282768;RO=64;SAF=16;SAR=27;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381547;STB=0.527475;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00792591;OID=.;OPOS=8545785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:64:65:43:43:0.398148:27:16:26:38:27:16:27:38 chr18 8545823 . T C 315.13 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.000764714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1327;QD=12.6054;RBI=0.0126719;REFB=-0.0162712;REVB=-0.0126488;RO=63;SAF=17;SAR=19;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132573;STB=0.51227;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0256214;OID=.;OPOS=8545823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:64:36:36:0.36:19:17:29:34:19:17:29:35 chr18 8545859 . A G 359.32 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00841168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3039;QD=12.9485;RBI=0.0428575;REFB=-0.00363015;REVB=-0.042024;RO=68;SAF=29;SAR=14;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165649;STB=0.594429;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00375658;OID=.;OPOS=8545859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:68:43:43:0.387387:14:29:36:32:14:29:36:32 chr18 8720368 . C T 850.56 PASS AF=0.5;AO=86;DP=172;FAO=86;FDP=172;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0308826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.159;QD=19.7804;RBI=0.0308864;REFB=-0.0106223;REVB=-0.000488516;RO=86;SAF=45;SAR=41;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422672;STB=0.52325;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0119143;OID=.;OPOS=8720368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:86:86:86:86:0.5:41:45:41:45:41:45:41:45 chr18 8783835 . T C 415.61 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0338844;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.507;QD=19.1084;RBI=0.0479273;REFB=-0.0215171;REVB=-0.0338951;RO=45;SAF=9;SAR=32;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276641;STB=0.6586;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0250164;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:41:42:0.482759:32:9:21:24:33:9:21:24 chr18 8784370 . A G 3220.03 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.631;QD=61.9237;RBI=0.0152052;REFB=0;REVB=-0.0143103;RO=0;SAF=82;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.59563e-06;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:126:82:0:0:126:82:0:0 chr18 8784723 . A G 510.5 PASS AF=0.514563;AO=51;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.000658556;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.36;QD=19.8254;RBI=0.000667928;REFB=0.00191818;REVB=-0.000111498;RO=48;SAF=30;SAR=21;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232139;STB=0.532077;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00227166;OID=.;OPOS=8784723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:50:51:53:0.514563:21:30:27:21:22:31:26:24 chr18 8785965 . TCGGGC GTCGGC,TCGG,TCGGC,TGCGGC 270.98 PASS AF=0.0227273,0,0.545455,0;AO=7,19,12,3;DP=83;FAO=2,0,48,0;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=0,0,32,0;FSAR=2,0,16,0;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.0292618,-0.244797,0.00167581,-0.0585138;FXX=0.063823;HRUN=1,3,3,1;LEN=3,2,1,2;MLLD=32.6947,17.8762,9.98208,54.5163;QD=12.3173;RBI=0.0990815,0.340839,0.126786,0.173959;REFB=-0.0422888,-0.0105571,-0.167328,-0.0179916;REVB=-0.094662,-0.237162,-0.126774,-0.163823;RO=30;SAF=0,19,12,0;SAR=7,0,0,3;SRF=7;SRR=23;SSEN=0,0.291999,0.291999,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.636085,0.855496,0.830793,-0.454681;STB=0.992104,0.5,0.69689,0.5;STBP=0.372,1,0,1;TYPE=mnp,del,del,mnp;VARB=0.145054,0,0.0967478,0;OID=.,.,.,.;OPOS=8785965,8785969,8785967,8785966;OREF=TCG,GC,G,CG;OALT=GTC,-,-,GC;OMAPALT=GTCGGC,TCGG,TCGGC,TGCGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:83:88:30:38:7,19,12,3:2,0,48,0:0.0227273,0,0.545455,0:7,0,0,3:0,19,12,0:7:23:2,0,16,0:0,0,32,0:8:30 chr18 8785972 . GGCC GC,GGC,GGCG 1299.38 PASS AF=0.851064,0,0.12766;AO=22,12,13;DP=91;FAO=80,0,12;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=41,0,0;FSAR=39,0,12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.705233,0.608864,0.0211572;FXX=0.0208312;HRUN=2,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=29.6317,15.2126,107.145;QD=55.293;RBI=0.72524,0.609235,0.0385069;REFB=-0.131939,-0.107426,-0.00789316;REVB=0.169174,0.0212557,-0.0321738;RO=19;SAF=3,4,0;SAR=19,8,13;SRF=16;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.276576,0;SSSB=-0.613131,-0.493447,-0.853208;STB=0.512497,0.5,0.5;STBP=0.25,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=4.99771e-05,0.0459769,0.121873;OID=.,.,.;OPOS=8785973,8785974,8785975;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GC,GGC,GGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.851064,0,0.12766:22,12,13:91:80,0,12:94:2:41,0,0:39,0,12:0:2:61:19:3,4,0:19,8,13:16:3 chr18 8786354 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.809;QD=56.1916;RBI=0.0433242;REFB=0;REVB=0.0343208;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001196;OID=.;OPOS=8786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr18 8807035 . G A 495.5 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.016306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7042;QD=16.3802;RBI=0.0163153;REFB=-0.00546382;REVB=0.000552748;RO=66;SAF=26;SAR=28;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011637;STB=0.502145;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00916411;OID=.;OPOS=8807035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:67:54:54:0.446281:28:26:31:35:28:26:32:35 chr18 8809445 . G C 2906.81 PASS AF=1;AO=182;DP=186;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292455;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5059;QD=61.847;RBI=0.0673411;REFB=0;REVB=0.0606591;RO=0;SAF=81;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361595;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:188:0:0:182:188:1:101:81:0:0:103:85:0:0 chr18 8826083 . G C 1606.13 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.447;QD=60.0423;RBI=0.0565619;REFB=0;REVB=0.0195148;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53852e-05;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:56:49:0:0:57:50:0:0 chr18 9117867 . T C 522.97 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00432228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.647;QD=17.1465;RBI=0.00895041;REFB=-0.00315373;REVB=0.00783759;RO=66;SAF=26;SAR=30;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00528224;STB=0.50294;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00394414;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:30:26:31:35:30:26:31:35 chr18 9122591 . T C 68.29 PASS AF=0.12931;AO=15;DP=116;FAO=15;FDP=116;FR=.;FRO=101;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=-0.0167142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.6;QD=2.35471;RBI=0.0175252;REFB=-0.00660731;REVB=0.00526964;RO=101;SAF=1;SAR=14;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61651;STB=0.932756;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0285429;OID=.;OPOS=9122591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:116:116:101:101:15:15:0.12931:14:1:57:44:14:1:57:44 chr18 9122611 . T C 33.41 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.0101634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1837;QD=1.28505;RBI=0.0213956;REFB=-0.00214922;REVB=0.0188275;RO=95;SAF=1;SAR=8;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488892;STB=0.891773;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.032194;OID=.;OPOS=9122611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:95:95:9:9:0.0865385:8:1:52:43:8:1:52:43 chr18 9255982 . A G 648.21 PASS AF=0.511811;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0649764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0844;QD=20.416;RBI=0.0823729;REFB=-0.00100033;REVB=0.0506296;RO=60;SAF=29;SAR=36;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708688;STB=0.537424;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.000694537;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:62:65:65:0.511811:36:29:22:38:36:29:23:39 chr18 9518126 . G A 2370.39 PASS AF=0.987421;AO=156;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0231835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7192;QD=59.6325;RBI=0.0241637;REFB=-0.0535219;REVB=-0.00681237;RO=2;SAF=60;SAR=96;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293273;STB=0.501568;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=3.61004e-05;OID=.;OPOS=9518126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:159:2:2:156:157:0.987421:96:60:1:1:97:60:1:1 chr18 9562042 . C T 1118.77 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00768418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.766;QD=58.8826;RBI=0.0147546;REFB=-0.0109223;REVB=0.0125958;RO=1;SAF=28;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165947;STB=0.50877;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000226917;OID=.;OPOS=9562042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:46:28:1:0:47:28:1:0 chr18 9618005 . A G 724.37 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4175;QD=54.6693;RBI=0.0801107;REFB=-0.158268;REVB=0.0772685;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0030458;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:27:25:0:0:27:25:1:0 chr18 9618049 . C T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.532;QD=57.3848;RBI=0.0422026;REFB=0;REVB=-0.0384185;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82273e-05;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr18 9887393 . C CT 50.95 PASS AF=0.75;AO=2;DP=19;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0454515;FXX=0.466356;HRUN=0;LEN=1;MLLD=124.654;QD=25.4766;RBI=0.0459666;REFB=-0.0248719;REVB=0.00686173;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291053;STB=0.749058;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.012115;OID=.;OPOS=9887394;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:2:19:6:8:2:5:1:0:2:15:17:1:1:13:4 chr18 9887394 . C T 99.66 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.132205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.326;QD=26.5748;RBI=0.132355;REFB=-0.0425215;REVB=-0.00628788;RO=4;SAF=9;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335749;STB=0.691912;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00531861;OID=.;OPOS=9887394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:2:9:1:3:2:9:1:3 chr18 9887497 . G A 151.62 PASS AF=0.8;AO=15;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0750128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3051;QD=30.3242;RBI=0.0793732;REFB=-0.0729992;REVB=0.0259459;RO=4;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833399;STB=0.538414;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.129509;OID=.;OPOS=9887497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:20:20:4:4:15:16:0.8:8:7:1:3:9:7:1:3 chr18 9887546 . G A 226.92 PASS AF=0.869565;AO=19;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0783022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.613;QD=39.4644;RBI=0.0973431;REFB=-0.128688;REVB=0.0578312;RO=4;SAF=16;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526429;STB=0.542816;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00524762;OID=.;OPOS=9887546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:23:23:4:3:19:20:0.869565:3:16:3:1:4:16:3:0 chr18 9888069 . A G 2681.51 PASS AF=0.923858;AO=178;DP=194;FAO=182;FDP=197;FR=.;FRO=15;FSAF=56;FSAR=126;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0396981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2618;QD=54.447;RBI=0.0399009;REFB=-0.0144616;REVB=-0.00401844;RO=16;SAF=54;SAR=124;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0016886;STB=0.509694;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0111806;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:194:197:16:15:178:182:0.923858:124:54:5:11:126:56:3:12 chr18 9955960 . A G 681.86 PASS AF=0.464968;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=0.0428492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.509;QD=17.3723;RBI=0.043228;REFB=-0.010328;REVB=0.00571042;RO=83;SAF=27;SAR=46;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212193;STB=0.514233;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0145274;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:83:84:73:73:0.464968:46:27:29:54:46:27:29:55 chr18 10454960 . C G 4291.69 PASS AF=0.993031;AO=265;DP=269;FAO=285;FDP=287;FR=.;FRO=2;FSAF=134;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0908393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.166;QD=59.8145;RBI=0.0951375;REFB=0.0346826;REVB=0.028273;RO=4;SAF=118;SAR=147;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127939;STB=0.503289;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.000392557;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:269:287:4:2:265:285:0.993031:147:118:0:4:151:134:0:2 chr18 10471732 . G A 752.42 PASS AF=0.572581;AO=71;DP=124;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0130668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.014;QD=24.2716;RBI=0.0130883;REFB=-0.0122035;REVB=0.000749367;RO=53;SAF=40;SAR=31;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278234;STB=0.515175;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00922904;OID=.;OPOS=10471732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:53:53:71:71:0.572581:31:40:28:25:31:40:28:25 chr18 10471764 . C T 713.03 PASS AF=0.571429;AO=68;DP=119;FAO=68;FDP=119;FR=.;FRO=51;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0168357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.348;QD=23.9673;RBI=0.0300396;REFB=-0.0175963;REVB=0.0248785;RO=51;SAF=43;SAR=25;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100334;STB=0.554822;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.015764;OID=.;OPOS=10471764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:51:51:68:68:0.571429:25:43:26:25:25:43:26:25 chr18 10471773 . C G 701.78 PASS AF=0.577586;AO=67;DP=116;FAO=67;FDP=116;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0193381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.391;QD=24.1991;RBI=0.0225126;REFB=-0.0325291;REVB=-0.0115263;RO=48;SAF=40;SAR=27;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758956;STB=0.546205;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0312431;OID=.;OPOS=10471773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:48:49:67:67:0.577586:27:40:24:24:27:40:24:25 chr18 10487918 . C T 3850.77 PASS AF=1;AO=239;DP=244;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206768;FXX=0.0161937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5994;QD=63.3872;RBI=0.0362778;REFB=-0.0497732;REVB=0.0298085;RO=1;SAF=120;SAR=119;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718369;OID=.;OPOS=10487918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:244:243:1:0:239:243:1:119:120:0:1:121:122:0:0 chr18 10670849 . CTTTTT CTTTTC,CTT,CTTT 177.9 PASS AF=0.258065,0.129032,0.612903;AO=2,5,10;DP=35;FAO=8,4,19;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,19;FSAR=8,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408678,-0.118035,-0.251459;FXX=0.162118;HRUN=14,14,14;LEN=1,3,2;MLLD=149.621,10.279,5.21744;QD=22.955;RBI=0.0510003,0.145438,0.335942;REFB=0,0,0;REVB=0.0305098,0.0849691,0.222767;RO=0;SAF=0,5,10;SAR=2,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0221423,0.0125304,-0.0659057;OID=.,.,.;OPOS=10670854,10670850,10670850;OREF=T,TTT,TT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTTC,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.258065,0.129032,0.612903:2,5,10:35:8,4,19:31:0:0,3,19:8,1,0:0:0:57:0:0,5,10:2,0,0:0:0 chr18 10671475 . TAAAAAAAAT TAAAAAAAT,TAAAAAAATA 526.77 PASS AF=0.947977,0.0520231;AO=40,10;DP=178;FAO=164,9;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=67,9;FSAR=97,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.379794,-0.112244;FXX=0.0225976;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=4.96615,213.954;QD=12.1798;RBI=0.943434,0.120772;REFB=0,0;REVB=0.863611,0.0445776;RO=87;SAF=21,10;SAR=19,0;SRF=27;SRR=60;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.251992,0.715178;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0163504,0.215128;OID=.,.;OPOS=10671476,10671483;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.947977,0.0520231:40,10:178:164,9:173:0:67,9:97,0:0:0:16:87:21,10:19,0:27:60 chr18 10741011 . G A 2100.64 PASS AF=0.945578;AO=139;DP=147;FAO=139;FDP=147;FR=.;FRO=8;FSAF=91;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0212517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.8;QD=57.1602;RBI=0.0249718;REFB=-0.02325;REVB=0.0131133;RO=8;SAF=91;SAR=48;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592723;STB=0.531255;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000269418;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:147:147:8:8:139:139:0.945578:48:91:1:7:48:91:1:7 chr18 10748603 . A T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.705;QD=60.8835;RBI=0.0321691;REFB=0;REVB=-0.000654481;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85311e-05;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:29:48:0:0:29:48:0:0 chr18 10752666 . C T 1560.32 PASS AF=0.99;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.735;QD=62.4127;RBI=0.03076;REFB=-0.0510262;REVB=0.00561528;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.504586;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000373331;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:100:0:1:97:99:0.99:54:43:0:0:54:45:0:1 chr18 10758023 . G A 2928.35 PASS AF=0.989583;AO=188;DP=192;FAO=190;FDP=192;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=116;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000648449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.675;QD=61.0072;RBI=0.0135661;REFB=0.0127777;REVB=-0.0135506;RO=2;SAF=72;SAR=116;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130408;STB=0.506666;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.000107642;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:192:192:2:2:188:190:0.989583:116:72:2:0:116:74:2:0 chr18 10762962 . G A 1809.46 PASS AF=0.983607;AO=119;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0745534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.858;QD=59.3266;RBI=0.0786479;REFB=-0.0527847;REVB=0.0250454;RO=2;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163723;STB=0.508619;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00797749;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:2:2:119:120:0.983607:57:62:0:2:57:63:0:2 chr18 10763007 . T C 1751.99 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081179;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7805;QD=60.9388;RBI=0.0279393;REFB=0;REVB=0.0267339;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011046;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:54:61:0:0:54:61:0:0 chr18 10787047 . G A 1190.4 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.276;QD=61.0459;RBI=0.0249235;REFB=0;REVB=0.00723038;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68256e-05;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr18 11609727 . C A 562.31 PASS AF=0.396341;AO=65;DP=166;FAO=65;FDP=164;FR=.;FRO=99;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=0.0209828;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0191;QD=13.7148;RBI=0.0249658;REFB=-0.02051;REVB=-0.0135284;RO=97;SAF=37;SAR=28;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135563;STB=0.508394;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0493105;OID=.;OPOS=11609727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:97:99:65:65:0.396341:28:37:54:43:28:37:55:44 chr18 11609903 . CA GG 2560.29 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183397;FXX=0.023528;HRUN=1;LEN=2;MLLD=334.372;QD=61.6937;RBI=0.0215098;REFB=0;REVB=-0.0112396;RO=0;SAF=93;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000126414;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:164:166:1:71:93:0:0:72:94:0:0 chr18 11609978 . C T 258.39 PASS AF=0.251701;AO=37;DP=147;FAO=37;FDP=147;FR=.;FRO=110;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=65;FSRR=45;FWDB=-0.015431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1686;QD=7.03094;RBI=0.0155006;REFB=-0.00634144;REVB=-0.00146805;RO=110;SAF=18;SAR=19;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129933;STB=0.577826;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.014039;OID=.;OPOS=11609978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:110:110:37:37:0.251701:19:18:65:45:19:18:65:45 chr18 11609981 . T C 261.77 PASS AF=0.262411;AO=37;DP=140;FAO=37;FDP=141;FR=.;FRO=104;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=63;FSRR=41;FWDB=-0.0333575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.493;QD=7.42599;RBI=0.0335786;REFB=-0.00386507;REVB=-0.00384703;RO=102;SAF=18;SAR=19;SRF=61;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137243;STB=0.587583;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0125356;OID=.;OPOS=11609981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:102:104:37:37:0.262411:19:18:61:41:19:18:63:41 chr18 11609994 . C T 430.45 PASS AF=0.395161;AO=48;DP=130;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.000975518;FXX=0.053431;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.966;QD=13.8855;RBI=0.00129279;REFB=-0.0082568;REVB=-0.000848341;RO=82;SAF=24;SAR=24;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121735;STB=0.550423;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0216554;OID=.;OPOS=11609994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:124:82:75:48:49:0.395161:24:24:50:32:25:24:43:32 chr18 11610001 . A G 472.35 PASS AF=0.407692;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00137745;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.836;QD=14.5337;RBI=0.0163231;REFB=-0.0252928;REVB=0.0162648;RO=77;SAF=25;SAR=28;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638358;STB=0.535949;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0223657;OID=.;OPOS=11610001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:77:77:53:53:0.407692:28:25:41:36:28:25:41:36 chr18 11610024 . A G 526.15 PASS AF=0.39726;AO=58;DP=147;FAO=58;FDP=146;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.0309697;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.743;QD=14.4149;RBI=0.0366642;REFB=-0.0264628;REVB=-0.0196251;RO=83;SAF=26;SAR=32;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732164;STB=0.531298;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0204588;OID=.;OPOS=11610024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:83:88:58:58:0.39726:32:26:43:40:32:26:44:44 chr18 11610042 . G A 622.68 PASS AF=0.433962;AO=68;DP=160;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=0.0143033;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.555;QD=15.6649;RBI=0.0219923;REFB=-0.0206522;REVB=-0.0167056;RO=92;SAF=32;SAR=36;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937173;STB=0.550894;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0192713;OID=.;OPOS=11610042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:92:90:68:69:0.433962:36:32:35:57:36:33:35:55 chr18 11610121 . G A 612.62 PASS AF=0.373684;AO=71;DP=190;FAO=71;FDP=190;FR=.;FRO=119;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=70;FWDB=0.051846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7861;QD=12.8973;RBI=0.0984181;REFB=0.00870019;REVB=0.0836548;RO=118;SAF=30;SAR=41;SRF=49;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082385;STB=0.506925;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.0134453;OID=.;OPOS=11610121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:118:119:71:71:0.373684:41:30:49:69:41:30:49:70 chr18 11610149 . G A 416.96 PASS AF=0.33758;AO=53;DP=157;FAO=53;FDP=157;FR=.;FRO=104;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=63;FWDB=-0.0171311;FXX=0.0187488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.634;QD=10.6231;RBI=0.0210995;REFB=-0.00502416;REVB=0.0123171;RO=104;SAF=21;SAR=32;SRF=41;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00240398;STB=0.501382;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0172266;OID=.;OPOS=11610149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:104:104:53:53:0.33758:32:21:41:63:32:21:41:63 chr18 11610162 . GG AT,GC 2115.8 PASS AF=0.292857,0.707143;AO=41,99;DP=140;FAO=41,99;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=13,39;FSAR=28,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266747,-0.00504725;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=226.737,41.4651;QD=60.4515;RBI=0.0170589,0.0232896;REFB=0,0;REVB=0.0168491,0.0227361;RO=0;SAF=13,39;SAR=28,60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.47126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00420987,0.0134689;OID=.,.;OPOS=11610162,11610163;OREF=GG,G;OALT=AT,C;OMAPALT=AT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:140:140:0:0:41,99:41,99:0.292857,0.707143:28,60:13,39:0:0:28,60:13,39:0:0 chr18 11610332 . G T 687.57 PASS AF=0.300971;AO=90;DP=309;FAO=93;FDP=309;FR=.;FRO=216;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=101;FSRR=115;FWDB=-0.00484914;FXX=0.00961508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.964;QD=8.90056;RBI=0.00792859;REFB=-0.0111944;REVB=0.00627283;RO=204;SAF=37;SAR=53;SRF=98;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841866;STB=0.541997;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0298473;OID=.;OPOS=11610332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:204:216:90:93:0.300971:53:37:98:106:55:38:101:115 chr18 11610349 . G A 2108.63 PASS AF=0.684615;AO=146;DP=262;FAO=178;FDP=260;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=80;FSAR=98;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.0191962;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3439;QD=32.4405;RBI=0.136788;REFB=-0.037304;REVB=0.135434;RO=81;SAF=79;SAR=67;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885568;STB=0.511114;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0177899;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:260:81:82:146:178:0.684615:67:79:33:48:98:80:34:48 chr18 11610382 . C A 1096.6 PASS AF=0.594118;AO=99;DP=168;FAO=101;FDP=170;FR=.;FRO=69;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0151446;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4449;QD=25.8024;RBI=0.0536093;REFB=0.00232393;REVB=0.0514257;RO=69;SAF=45;SAR=54;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262153;STB=0.510395;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00112157;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:69:69:99:101:0.594118:54:45:29:40:56:45:29:40 chr18 11610443 . T C 122.31 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0140975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5477;QD=7.19457;RBI=0.0150458;REFB=-0.0186743;REVB=-0.00525703;RO=50;SAF=6;SAR=12;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160204;STB=0.597826;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0414187;OID=.;OPOS=11610443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:12:6:23:27:12:6:23:27 chr18 11610468 . A G 30.89 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0306302;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.492;QD=2.28825;RBI=0.033868;REFB=-0.00420221;REVB=-0.0144511;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481195;STB=0.518457;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0282245;OID=.;OPOS=11610468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:54:48:48:6:6:0.111111:3:3:26:22:3:3:25:23 chr18 11619510 . A C 50.23 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.0311572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6128;QD=4.78375;RBI=0.0367046;REFB=-0.00593675;REVB=-0.0194024;RO=34;SAF=2;SAR=6;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.595586;STB=0.869336;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.024759;OID=.;OPOS=11619510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:6:2:27:7:6:2:27:7 chr18 11619521 . G A 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0541329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2525;QD=9.09219;RBI=0.0564671;REFB=0.0113199;REVB=0.0160672;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301038;STB=0.678212;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0260014;OID=.;OPOS=11619521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:6:7:25:7:6:7:25:7 chr18 11619523 . C A 103.1 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0238063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.146;QD=9.59027;RBI=0.0278317;REFB=-0.0145116;REVB=0.0144175;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234653;STB=0.639512;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0281671;OID=.;OPOS=11619523;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:6:7:22:8:6:7:22:8 chr18 11619541 . G C 81.4 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00846781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.5093;QD=8.13998;RBI=0.0191643;REFB=-0.00796517;REVB=0.0171921;RO=29;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14317;STB=0.589302;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0434699;OID=.;OPOS=11619541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:3:8:18:11:3:8:18:11 chr18 11619552 . C T 623.42 PASS AF=1;AO=24;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0794322;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.023;QD=62.3423;RBI=0.0857361;REFB=0;REVB=0.0322679;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371467;OID=.;OPOS=11619552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:24:40:1:10:14:0:0:16:24:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 4211.2 PASS AF=1;AO=263;DP=274;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342334;FXX=0.0109886;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.428;QD=62.3882;RBI=0.0422106;REFB=0;REVB=0.0246944;RO=0;SAF=120;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.64625e-05;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:263:274:270:270:0:126:144:0:0:23:0:120:143:0:0 chr18 11619908 . A G 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258982;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.374;QD=36.2819;RBI=0.0272849;REFB=0;REVB=0.00858762;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403857;OID=.;OPOS=11619908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr18 11625886 . T C 4434.57 PASS AF=1;AO=281;DP=283;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034474;FXX=0.00704201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3185;QD=62.9017;RBI=0.052517;REFB=-0.164971;REVB=-0.039618;RO=2;SAF=137;SAR=144;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000167951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000958721;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:283:282:2:0:281:282:1:144:137:1:1:144:138:0:0 chr18 11639356 . G C 1824.87 PASS AF=0.412731;AO=199;DP=487;FAO=201;FDP=487;FR=.;FRO=286;FSAF=105;FSAR=96;FSRF=123;FSRR=163;FWDB=-0.00301861;FXX=0.0040899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.622;QD=14.9887;RBI=0.011425;REFB=-0.0154067;REVB=0.011019;RO=287;SAF=105;SAR=94;SRF=123;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104644;STB=0.554056;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.021886;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:487:487:287:286:199:201:0.412731:94:105:123:164:96:105:123:163 chr18 11853053 . A G 1225.77 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.965;QD=60.5318;RBI=0.0539462;REFB=0;REVB=0.0155633;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6986e-05;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:43:35:0:0:46:35:0:0 chr18 11853731 . A G 2483.32 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238167;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.597;QD=61.6973;RBI=0.0254721;REFB=0;REVB=-0.00903284;RO=0;SAF=78;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1707e-05;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:160:161:1:82:78:0:0:83:78:0:0 chr18 11885084 . T C 486.28 PASS AF=0.384615;AO=55;DP=143;FAO=55;FDP=143;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.00335223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.245;QD=13.6021;RBI=0.00428309;REFB=-0.0132378;REVB=-0.00266597;RO=88;SAF=26;SAR=29;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572048;STB=0.532366;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0215562;OID=.;OPOS=11885084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:88:88:55:55:0.384615:29:26:37:51:29:26:37:51 chr18 11886563 . C G 789.12 PASS AF=0.451087;AO=83;DP=183;FAO=83;FDP=184;FR=.;FRO=101;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0213237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.163;QD=17.1547;RBI=0.0213258;REFB=-0.024875;REVB=0.000302797;RO=100;SAF=46;SAR=37;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536483;STB=0.532624;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0291598;OID=.;OPOS=11886563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:100:101:83:83:0.451087:37:46:50:50:37:46:50:51 chr18 11889467 . C T 969.08 PASS AF=0.508021;AO=94;DP=187;FAO=95;FDP=187;FR=.;FRO=92;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=-0.00484084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8702;QD=20.729;RBI=0.0163383;REFB=-0.0133745;REVB=0.0156047;RO=91;SAF=54;SAR=40;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275554;STB=0.509552;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00960398;OID=.;OPOS=11889467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:91:92:94:95:0.508021:40:54:55:36:40:55:55:37 chr18 11893554 . C G 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0116079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.288;QD=18.8953;RBI=0.0116402;REFB=-0.0285514;REVB=0.000867129;RO=44;SAF=18;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990423;STB=0.555145;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0326137;OID=.;OPOS=11893554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:23:18:24:20:23:18:24:20 chr18 12094031 . G T 328.83 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0933993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.8969;QD=18.0178;RBI=0.0941913;REFB=0.016678;REVB=0.0121889;RO=37;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114024;STB=0.558125;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0164996;OID=.;OPOS=12094031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:23:12:17:20:23:12:17:21 chr18 12274104 . G T 350.96 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.057867;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9998;QD=13.6293;RBI=0.0580296;REFB=-0.0116514;REVB=-0.00434065;RO=60;SAF=21;SAR=20;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302925;STB=0.507339;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.023687;OID=.;OPOS=12274104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:60:62:41:41:0.398058:20:21:29:31:20:21:31:31 chr18 12348285 . T C 1453.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.23;QD=63.1927;RBI=0.0394388;REFB=0;REVB=0.0162826;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.20495e-05;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:45:46:0:0:46:46:0:0 chr18 12351342 . C T 3198.93 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.539;QD=61.8151;RBI=0.0295531;REFB=0;REVB=-0.000424864;RO=0;SAF=115;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61297e-05;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:207:0:0:207:207:1:92:115:0:0:92:115:0:0 chr18 12658600 . A G 1702.95 PASS AF=0.490085;AO=173;DP=353;FAO=173;FDP=353;FR=.;FRO=180;FSAF=88;FSAR=85;FSRF=94;FSRR=86;FWDB=-0.00654186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=333.044;QD=19.2968;RBI=0.00683198;REFB=-0.00667494;REVB=-0.00196977;RO=180;SAF=88;SAR=85;SRF=94;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125999;STB=0.506913;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0065308;OID=.;OPOS=12658600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:353:180:180:173:173:0.490085:85:88:94:86:85:88:94:86 chr18 12662148 . G A 722.75 PASS AF=0.518248;AO=70;DP=137;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0275321;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9227;QD=21.1022;RBI=0.0353099;REFB=-0.0077648;REVB=0.0221082;RO=66;SAF=40;SAR=30;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129875;STB=0.566949;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0107907;OID=.;OPOS=12662148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:66:66:70:71:0.518248:30:40:28:38:31:40:28:38 chr18 12718593 . A G 457.59 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0306825;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4666;QD=16.7922;RBI=0.0307777;REFB=0.0132282;REVB=0.00241929;RO=59;SAF=23;SAR=27;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307066;STB=0.51712;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.018557;OID=.;OPOS=12718593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:27:23:29:30:27:23:29:30 chr18 12760740 . T A 447.19 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0475185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5156;QD=21.044;RBI=0.08149;REFB=-0.00593233;REVB=-0.0662013;RO=40;SAF=28;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560917;STB=0.538444;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00516266;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:44:44:0.517647:16:28:23:17:16:28:23:18 chr18 12984144 . C A 1320.85 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.366;QD=62.1577;RBI=0.0311444;REFB=0;REVB=0.0144154;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79144e-05;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr18 13001512 . G C 1457.45 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0367044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.807;QD=62.019;RBI=0.0385588;REFB=-0.0273602;REVB=-0.0118138;RO=1;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903078;STB=0.504761;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00019305;OID=.;OPOS=13001512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:52:41:0:1:52:41:0:1 chr18 13001523 . G A 492.39 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0452657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.432;QD=20.0976;RBI=0.0453069;REFB=-0.00712088;REVB=-0.00193169;RO=48;SAF=19;SAR=29;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389376;STB=0.533728;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00701097;OID=.;OPOS=13001523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:48:50:48:48:0.489796:29:19:21:27:29:19:23:27 chr18 13038431 . A G 826.68 PASS AF=0.477528;AO=84;DP=177;FAO=85;FDP=178;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=-0.00762238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.221;QD=18.577;RBI=0.12831;REFB=0.00678437;REVB=0.128083;RO=93;SAF=36;SAR=48;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299687;STB=0.519995;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00535325;OID=.;OPOS=13038431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:93:93:84:85:0.477528:48:36:37:56:48:37:37:56 chr18 13056333 . C T 675.81 PASS AF=0.602041;AO=59;DP=98;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0238594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.31;QD=27.5842;RBI=0.0285154;REFB=-0.0282182;REVB=0.0156159;RO=39;SAF=28;SAR=31;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046681;STB=0.525415;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0223673;OID=.;OPOS=13056333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:39:39:59:59:0.602041:31:28:21:18:31:28:21:18 chr18 13068132 . T C 3110.46 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.645;QD=61.5933;RBI=0.075426;REFB=0;REVB=0.0205512;RO=0;SAF=72;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34634e-05;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:202:0:0:194:202:1:122:72:0:0:122:80:0:0 chr18 13069782 . C T 1049.68 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778927;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.329;QD=59.9816;RBI=0.0540173;REFB=0;REVB=0.0534528;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161545;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr18 13092424 . G A 471.04 PASS AF=0.440678;AO=51;DP=117;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0341309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.444;QD=15.9675;RBI=0.0370743;REFB=-0.00384569;REVB=-0.0144771;RO=66;SAF=21;SAR=30;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179706;STB=0.59335;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00336542;OID=.;OPOS=13092424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:66:66:51:52:0.440678:30:21:39:27:30:22:39:27 chr18 13095609 . T C 3814.35 PASS AF=1;AO=239;DP=239;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299569;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.526;QD=63.5724;RBI=0.0393133;REFB=0;REVB=0.0254582;RO=0;SAF=110;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.97691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35725e-06;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:239:240:0:0:239:240:1:129:110:0:0:130:110:0:0 chr18 13100451 . A G 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0079491;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.801;QD=16.7314;RBI=0.00799026;REFB=0.000202888;REVB=-0.000809964;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13661;STB=0.576835;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000301864;OID=.;OPOS=13100451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:12:19:17:19:12:19:17:19 chr18 13116432 . G T 5465.41 PASS AF=1;AO=354;DP=360;FAO=354;FDP=354;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887195;FXX=0.0166662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.564;QD=61.756;RBI=0.00887215;REFB=-0.00692751;REVB=5.98489e-05;RO=1;SAF=166;SAR=188;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286568;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11435e-06;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:360:354:1:0:354:354:1:188:166:1:0:188:166:0:0 chr18 14105923 . T C 1390.78 PASS AF=0.978261;AO=91;DP=93;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.031653;FXX=0.0107515;HRUN=7;LEN=1;MLLD=292.605;QD=60.4689;RBI=0.0320364;REFB=-0.00848857;REVB=0.00494174;RO=2;SAF=37;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00394112;STB=0.501994;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=2.59487e-05;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:92:2:2:91:90:0.978261:54:37:1:1:53:37:1:1 chr18 14106039 . T C 281.14 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0357589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.095;QD=21.2182;RBI=0.0398929;REFB=-0.0497861;REVB=0.0176847;RO=23;SAF=8;SAR=21;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108548;STB=0.55345;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0402556;OID=.;OPOS=14106039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:24:29:29:0.54717:21:8:9:14:21:8:9:15 chr18 14183720 . C T 985.3 PASS AF=0.489899;AO=97;DP=198;FAO=97;FDP=198;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.00862168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7331;QD=19.9051;RBI=0.0111497;REFB=-0.0242128;REVB=0.00706978;RO=101;SAF=36;SAR=61;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154902;STB=0.585395;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.024438;OID=.;OPOS=14183720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:101:101:97:97:0.489899:61:36:54:47:61:36:54:47 chr18 14186497 . G C 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000193099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.745;QD=62.1609;RBI=0.00698084;REFB=0;REVB=0.00697817;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15608e-06;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr18 14187255 . A T 124.41 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0253301;FXX=0.115362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7943;QD=10.8178;RBI=0.0444739;REFB=-0.0107198;REVB=0.0365556;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171201;STB=0.51019;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0225946;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:46:31:31:15:15:0.326087:8:7:14:17:8:7:14:17 chr18 14187273 . C G 176.43 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0046202;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.003;QD=11.9614;RBI=0.00859818;REFB=-0.000768084;REVB=-0.00725138;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053617;STB=0.503103;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00103687;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:37:22:22:0.372881:12:10:17:20:12:10:17:20 chr18 14187304 . G A 204.98 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00432201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.15;QD=10.6481;RBI=0.00550016;REFB=-0.000979581;REVB=-0.00340177;RO=50;SAF=10;SAR=16;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877239;STB=0.545419;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0018938;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:51:26:26:0.337662:16:10:23:27:16:10:23:28 chr18 14187327 . T G 105.17 PASS AF=0.2125;AO=17;DP=80;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0197601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.767;QD=5.25842;RBI=0.0202601;REFB=-0.0022708;REVB=0.00447323;RO=63;SAF=7;SAR=10;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215368;STB=0.513579;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00706172;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:63:63:17:17:0.2125:10:7:27:36:10:7:27:36 chr18 14187346 . A G 281.95 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0281598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2033;QD=14.6469;RBI=0.0386082;REFB=0.0032962;REVB=0.0264125;RO=45;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306541;STB=0.672597;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00480655;OID=.;OPOS=14187346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:13:19:13:32:13:19:13:32 chr18 14513678 . T G 107.67 PASS AF=0.1875;AO=18;DP=96;FAO=18;FDP=96;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00864929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.838;QD=4.4863;RBI=0.0105875;REFB=-0.00981082;REVB=-0.00610611;RO=78;SAF=3;SAR=15;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42794;STB=0.780908;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0346132;OID=.;OPOS=14513678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:78:78:18:18:0.1875:15:3:37:41:15:3:37:41 chr18 14524966 . T C 2137.46 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000418996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5653;QD=62.4075;RBI=0.00616248;REFB=0;REVB=-0.00614821;RO=0;SAF=66;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06542e-05;OID=.;OPOS=14524966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:137:0:0:135:137:1:69:66:0:0:70:67:0:0 chr18 14537949 . A G 1929.67 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221292;FXX=0.0310053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.12;QD=61.7496;RBI=0.0225003;REFB=0;REVB=0.0223912;RO=0;SAF=49;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120896;OID=.;OPOS=14537949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:123:125:1:74:49:0:0:74:51:0:0 chr18 14542648 . C A 1573.43 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00849871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.256;QD=58.8197;RBI=0.0255569;REFB=-0.000855867;REVB=0.0241025;RO=0;SAF=35;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21654e-08;STB=0.507041;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=3.61091e-05;OID=.;OPOS=14542648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:0:1:106:106:0.990654:71:35:0:0:71:35:1:0 chr18 14542979 . A G 79.44 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00138928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.07;QD=6.90767;RBI=0.0174652;REFB=-0.016325;REVB=-0.0174098;RO=35;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183398;STB=0.615787;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0241731;OID=.;OPOS=14542979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:7:4:18:17:7:4:18:17 chr18 14543057 . T G 2434.49 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.755;QD=60.8623;RBI=0.0424519;REFB=0;REVB=0.0397108;RO=0;SAF=86;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79592e-05;OID=.;OPOS=14543057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:160:0:0:147:160:1:61:86:0:0:70:90:0:0 chr18 14543098 . C T 2505.02 PASS AF=0.988024;AO=160;DP=163;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00535943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.503;QD=60.0004;RBI=0.0128999;REFB=-0.0126902;REVB=0.0117338;RO=2;SAF=89;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132124;STB=0.506849;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000181787;OID=.;OPOS=14543098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:167:2:2:160:165:0.988024:71:89:0:2:72:93:0:2 chr18 14543139 . T C 2262.52 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0001;QD=63.2874;RBI=0.0417759;REFB=0;REVB=-0.0399197;RO=0;SAF=81;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142789;OID=.;OPOS=14543139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:60:81:0:0:60:83:0:0 chr18 14752957 . G A 2335.15 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000950435;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.157;QD=63.9768;RBI=0.00217083;REFB=0;REVB=0.00195171;RO=0;SAF=57;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66154e-08;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:146:146:1:89:57:0:0:89:57:0:0 chr18 14759244 . G C 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.855;QD=64.0206;RBI=0.0937944;REFB=0;REVB=-0.0937772;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.8322e-05;OID=.;OPOS=14759244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr18 14848820 . C A,T 2106.04 PASS AF=0.0479452,0.917808;AO=7,132;DP=145;FAO=7,134;FDP=146;FR=.;FRO=5;FSAF=0,49;FSAR=7,85;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.017543,-0.00329838;FXX=0.0135126;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.7362,178.736;QD=57.6998;RBI=0.0835577,0.0226624;REFB=-0.0147497,0.00879287;REVB=-0.0816954,0.0224211;RO=5;SAF=0,47;SAR=7,85;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.786958,-0.0183241;STB=0.99785,0.509039;STBP=0.013,0.301;TYPE=snp,snp;VARB=0.153952,0.00099255;OID=.,.;OPOS=14848820,14848820;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:145:146:5:5:7,132:7,134:0.0479452,0.917808:7,85:0,47:3:2:7,85:0,49:3:2 chr18 18529872 . A G 134.23 PASS AF=0.240964;AO=18;DP=82;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0134195;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.208;QD=6.46912;RBI=0.0181307;REFB=-0.0105015;REVB=0.0121919;RO=64;SAF=8;SAR=10;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286348;STB=0.522366;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0354248;OID=.;OPOS=18529872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:64:63:18:20:0.240964:10:8:27:37:12:8:27:36 chr18 18529880 . G A 183.67 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0298522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.559;QD=8.07319;RBI=0.0314222;REFB=-0.0047168;REVB=-0.0098083;RO=66;SAF=11;SAR=14;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382321;STB=0.522852;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0113397;OID=.;OPOS=18529880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:66:66:25:25:0.274725:14:11:27:39:14:11:27:39 chr18 19053049 . A G 443.49 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.000721489;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.292;QD=25.7097;RBI=0.00194858;REFB=-0.040142;REVB=0.00181009;RO=27;SAF=15;SAR=27;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481885;STB=0.526303;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0149587;OID=.;OPOS=19053049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:27:15:8:19:27:15:8:19 chr18 19079853 . A G 3076.02 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.348;QD=63.7517;RBI=0.014495;REFB=0;REVB=0.0135846;RO=0;SAF=105;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.57911e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16264e-05;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:193:0:0:193:193:1:88:105:0:0:88:105:0:0 chr18 19100758 . A ATCT,T 547.76 PASS AF=0.515152,0.010101;AO=47,5;DP=101;FAO=51,1;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=17,0;FSAR=34,1;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0100895,-0.0522415;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=173.932,52.5766;QD=22.1317;RBI=0.027972,0.05509;REFB=-0.0521792,-0.0510761;REVB=-0.026089,-0.0174853;RO=47;SAF=16,1;SAR=31,4;SRF=30;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.270468,-0.459459;STB=0.648217,0.9926;STBP=0.004,0.256;TYPE=ins,snp;VARB=0.0428359,0.161052;OID=.,.;OPOS=19100759,19100758;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:47:47:47,5:51,1:0.515152,0.010101:31,4:16,1:30:17:34,1:17,0:30:17 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 859.86 PASS AF=0.633333,0.366667;AO=24,24;DP=62;FAO=38,22;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22,14;FSAR=16,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.312595,0.051105;FXX=0.11763;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=59.131,54.6387;QD=57.3238;RBI=0.320898,0.0555955;REFB=0,0;REVB=0.0725246,0.0218891;RO=3;SAF=14,16;SAR=10,8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0894972,-0.0793291;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0491338,0.10261;OID=.,.;OPOS=19119975,19119992;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.633333,0.366667:24,24:62:38,22:60:0:22,14:16,8:0:0:99:3:14,16:10,8:3:0 chr18 19153494 . C T 1955.52 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00688758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4264;QD=61.1099;RBI=0.0104002;REFB=-0.124654;REVB=0.00779267;RO=1;SAF=69;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683738;STB=0.503597;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000631419;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:128:1:1:127:127:0.992188:58:69:1:0:58:69:1:0 chr18 19450303 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.805;QD=56.9999;RBI=0.0508795;REFB=0;REVB=0.0508252;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153377;OID=.;OPOS=19450303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr18 19508949 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.404;QD=62.9828;RBI=0.027658;REFB=0;REVB=-0.0242017;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128847;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:34:11:0:0:34:11:0:0 chr18 19840623 . A G 1733.07 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0757454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.103;QD=59.761;RBI=0.0758402;REFB=-0.128545;REVB=-0.00379124;RO=1;SAF=59;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798064;STB=0.504131;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0010964;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:1:1:114:115:0.991379:55:59:1:0:55:60:1:0 chr18 19995753 . T C 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.812;QD=59.9233;RBI=0.00696579;REFB=0;REVB=-0.00656186;RO=0;SAF=39;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51457e-06;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:66:39:0:0:66:39:0:0 chr18 19996011 . G A 751.58 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1754;QD=53.684;RBI=0.0937501;REFB=-0.126411;REVB=0.0860607;RO=1;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285388;STB=0.51428;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00392757;OID=.;OPOS=19996011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:16:38:0:1:17:38:0:1 chr18 20793995 . G A 597.26 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.000665013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.975;QD=18.6644;RBI=0.0139714;REFB=-0.0161832;REVB=0.0139556;RO=66;SAF=34;SAR=28;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143153;STB=0.579133;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0118511;OID=.;OPOS=20793995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:66:66:62:62:0.484375:28:34:26:40:28:34:26:40 chr18 20838286 . G T 1139.04 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0580143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0521;QD=59.1711;RBI=0.120575;REFB=-0.146135;REVB=-0.1057;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00123624;OID=.;OPOS=20838286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:45:31:0:0:45:31:0:1 chr18 20965034 . G A 408.84 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.912;QD=56.3913;RBI=0.0244509;REFB=0;REVB=-0.0150171;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84467e-05;OID=.;OPOS=20965034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:29:0:0:26:29:1:18:8:0:0:20:9:0:0 chr18 21017836 . T C 2016.1 PASS AF=0.992481;AO=128;DP=129;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00911227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.158;QD=60.6347;RBI=0.0173608;REFB=-0.0276048;REVB=0.0147772;RO=1;SAF=78;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940912;STB=0.504761;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000155129;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:133:1:1:128:132:0.992481:50:78:0:1:52:80:0:1 chr18 21413869 . T C 4821.74 PASS AF=1;AO=293;DP=297;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015249;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.395;QD=62.016;RBI=0.0705129;REFB=-0.0627442;REVB=0.0688443;RO=1;SAF=134;SAR=159;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00299006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152757;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:297:311:1:0:293:311:1:159:134:0:1:175:136:0:0 chr18 21437931 . G C 1086.66 PASS AF=0.451613;AO=112;DP=249;FAO=112;FDP=248;FR=.;FRO=136;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=63;FSRR=73;FWDB=-0.00199353;FXX=0.0040159;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.769;QD=17.5267;RBI=0.0102894;REFB=-0.0205157;REVB=-0.0100945;RO=136;SAF=53;SAR=59;SRF=63;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991308;STB=0.50549;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.02227;OID=.;OPOS=21437931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:136:136:112:112:0.451613:59:53:63:73:59:53:63:73 chr18 21441717 . C T 306.8 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0214339;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.8053;QD=17.7853;RBI=0.0252141;REFB=-0.022976;REVB=0.0132793;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638003;STB=0.535661;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0255198;OID=.;OPOS=21441717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:36:33:33:0.478261:17:16:15:21:17:16:15:21 chr18 21511089 . A G 3151.73 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.937;QD=63.9944;RBI=0.0712318;REFB=0;REVB=-0.0212877;RO=0;SAF=81;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43941e-05;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:116:81:0:0:116:81:0:0 chr18 21710321 . C T 4014.64 PASS AF=1;AO=255;DP=255;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.498;QD=62.2425;RBI=0.0419242;REFB=0;REVB=-0.0255984;RO=0;SAF=97;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.53717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82026e-05;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:258:0:0:255:258:1:158:97:0:0:159:99:0:0 chr18 21712554 . C T 545.21 PASS AF=0.487179;AO=56;DP=119;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.00957576;FXX=0.0168053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.102;QD=18.6397;RBI=0.00978705;REFB=-0.0112687;REVB=0.00202266;RO=60;SAF=32;SAR=24;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204486;STB=0.607138;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0176514;OID=.;OPOS=21712554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:60:60:56:57:0.487179:24:32:21:39:25:32:21:39 chr18 21736933 . T G 2477.3 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024313;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.666;QD=61.5478;RBI=0.0243302;REFB=0;REVB=-0.000916392;RO=0;SAF=77;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82494e-05;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:84:77:0:0:84:77:0:0 chr18 21759055 . G C 928.68 PASS AF=0.476923;AO=86;DP=189;FAO=93;FDP=195;FR=.;FRO=102;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0239009;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.946;QD=19.0499;RBI=0.024832;REFB=-0.0125159;REVB=0.00673635;RO=97;SAF=50;SAR=36;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113232;STB=0.545836;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0120354;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:195:97:102:86:93:0.476923:36:50:45:52:42:51:47:55 chr18 21759190 . G C 194.51 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0498202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0064;QD=17.29;RBI=0.0498281;REFB=-0.0105561;REVB=-0.000891063;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259445;STB=0.64692;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00722278;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:7:18:9:11:7:18 chr18 22009559 . CTTAA C 1025.32 PASS AF=1;AO=82;DP=92;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015412;FXX=0.107515;HRUN=2;LEN=4;MLLD=201.754;QD=49.4128;RBI=0.020996;REFB=0;REVB=0.0142583;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.63386e-05;OID=.;OPOS=22009560;OREF=TTAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:92:83:83:0:29:54:0:0:18:0:28:54:0:0 chr18 22020543 . C G 1878.3 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027572;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.697;QD=61.5837;RBI=0.0277048;REFB=0;REVB=-0.00271002;RO=0;SAF=37;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3518e-05;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:120:122:1:83:37:0:0:83:39:0:0 chr18 22775185 . C T 447.5 PASS AF=0.470588;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00419743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.807;QD=17.549;RBI=0.0447471;REFB=0.0197508;REVB=-0.0445498;RO=53;SAF=21;SAR=26;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954979;STB=0.552803;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0302768;OID=.;OPOS=22775185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:53:54:47:48:0.470588:26:21:29:24:27:21:29:25 chr18 23597811 . T C 1525.75 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.091;QD=59.8331;RBI=0.0190858;REFB=0;REVB=0.016072;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13326e-05;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:41:60:0:0:42:60:0:0 chr18 23873463 . T C 4481.03 PASS AF=1;AO=231;DP=288;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209375;FXX=0.0104163;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.318;QD=62.8917;RBI=0.0413812;REFB=-0.0772694;REVB=0.0356935;RO=0;SAF=86;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031298;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:288:285:0:0:231:285:1:145:86:0:0:186:99:0:0 chr18 23879134 . T C 429.8 PASS AF=0.767442;AO=34;DP=44;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00684516;FXX=0.0444346;HRUN=10;LEN=1;MLLD=285.624;QD=39.9816;RBI=0.00875842;REFB=-0.0139005;REVB=-0.00546385;RO=2;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128728;STB=0.523086;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00194696;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:43:2:10:34:33:0.767442:21:13:1:1:20:13:3:7 chr18 23879142 . T A 659.48 PASS AF=0.980769;AO=41;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266475;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.5007;QD=50.7291;RBI=0.284806;REFB=0.112249;REVB=0.283557;RO=4;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246496;STB=0.51428;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00201364;OID=.;OPOS=23879142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:52:4:1:41:51:0.980769:25:16:1:3:34:17:1:0 chr18 24035399 . A G 1381.05 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0426117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.549;QD=61.3802;RBI=0.1072;REFB=-0.0813596;REVB=-0.0983675;RO=1;SAF=34;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013734;STB=0.507245;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00273577;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:55:34:1:0:55:34:1:0 chr18 24269375 . C T 1207.06 PASS AF=0.445614;AO=127;DP=287;FAO=127;FDP=285;FR=.;FRO=158;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=76;FSRR=82;FWDB=-0.0107745;FXX=0.0069684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.405;QD=16.9412;RBI=0.0317239;REFB=-0.0211859;REVB=0.0298382;RO=157;SAF=67;SAR=60;SRF=75;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497405;STB=0.525806;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0214422;OID=.;OPOS=24269375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:285:157:158:127:127:0.445614:60:67:75:82:60:67:76:82 chr18 25531130 . T C 47.6 PASS AF=0.157895;AO=8;DP=56;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.039093;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=124.037;QD=3.34027;RBI=0.047678;REFB=-0.0155181;REVB=-0.0272934;RO=44;SAF=1;SAR=7;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504085;STB=0.852462;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.05415;OID=.;OPOS=25531130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:56:57:44:48:8:9:0.157895:7:1:23:21:8:1:23:25 chr18 25565082 . A G 4487.4 PASS AF=1;AO=284;DP=286;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342346;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2152;QD=62.981;RBI=0.0480833;REFB=-0.0675981;REVB=-0.0337639;RO=2;SAF=110;SAR=174;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00859009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136391;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:286:285:2:0:284:285:1:174:110:2:0:174:111:0:0 chr18 25570228 . G C 3646.79 PASS AF=0.964706;AO=245;DP=257;FAO=246;FDP=255;FR=.;FRO=9;FSAF=108;FSAR=138;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00251972;FXX=0.0077818;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.534;QD=57.2046;RBI=0.0159829;REFB=-0.0666956;REVB=0.015783;RO=9;SAF=109;SAR=136;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00762588;STB=0.50379;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000491488;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:257:255:9:9:245:246:0.964706:136:109:3:6:138:108:3:6 chr18 28570025 . G T 2021.29 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3583;QD=62.1937;RBI=0.00990725;REFB=0;REVB=-0.00436208;RO=0;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21505e-05;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:128:130:1:66:62:0:0:67:63:0:0 chr18 28610988 . C T 1566.13 PASS AF=0.947826;AO=109;DP=115;FAO=109;FDP=115;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0150508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5725;QD=54.4741;RBI=0.0397108;REFB=0.0348853;REVB=-0.0367481;RO=6;SAF=67;SAR=42;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462089;STB=0.524392;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00807588;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:115:115:6:6:109:109:0.947826:42:67:1:5:42:67:1:5 chr18 28611061 . A T 2817.46 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207138;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5018;QD=62.6102;RBI=0.051417;REFB=0;REVB=0.04706;RO=0;SAF=110;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509513;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:180:0:0:177:180:1:67:110:0:0:68:112:0:0 chr18 28611139 . A C 1609.2 PASS AF=0.965217;AO=110;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0233904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.461;QD=55.9723;RBI=0.0382821;REFB=-0.20553;REVB=0.0303052;RO=2;SAF=49;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189795;STB=0.510499;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00269909;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:115:115:2:4:110:111:0.965217:61:49:2:0:61:50:3:1 chr18 28673565 . T C 227.12 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0235388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.256;QD=11.3561;RBI=0.0252413;REFB=0.00599209;REVB=0.00911318;RO=52;SAF=14;SAR=14;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431654;STB=0.524982;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00811652;OID=.;OPOS=28673565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:14:14:28:24:14:14:28:24 chr18 28720147 . C T 4690.21 PASS AF=1;AO=294;DP=295;FAO=294;FDP=294;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228987;FXX=0.0101007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.408;QD=63.8124;RBI=0.0247517;REFB=-0.0529762;REVB=-0.00939658;RO=0;SAF=124;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03049e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20414e-05;OID=.;OPOS=28720147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:295:294:0:0:294:294:1:170:124:0:0:170:124:0:0 chr18 28722039 . G A 1626.4 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3292;QD=59.6845;RBI=0.0572559;REFB=0;REVB=-0.0028714;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321015;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:107:109:1:62:45:0:0:64:45:0:0 chr18 28722103 . T C 2006.16 PASS AF=0.992537;AO=125;DP=126;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221475;FXX=0.0289834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.402;QD=59.8854;RBI=0.0626999;REFB=-0.0245778;REVB=0.058658;RO=1;SAF=50;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940765;STB=0.504761;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00113416;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:134:1:1:125:133:0.992537:75:50:1:0:81:52:1:0 chr18 28722104 . A C 40.21 PASS AF=0.0857143;AO=12;DP=140;FAO=12;FDP=140;FR=.;FRO=128;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=77;FWDB=-0.031821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.9196;QD=1.14876;RBI=0.0655636;REFB=-0.00750008;REVB=0.0573237;RO=128;SAF=6;SAR=6;SRF=51;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117715;STB=0.592708;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00753092;OID=.;OPOS=28722104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:140:140:128:128:12:12:0.0857143:6:6:51:77:6:6:51:77 chr18 28734749 . A G 1875.98 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=127;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0366969;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.611;QD=61.0075;RBI=0.0453459;REFB=-0.118527;REVB=0.026638;RO=1;SAF=68;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693544;STB=0.503649;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000514055;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:123:1:1:122:122:0.99187:54:68:1:0:54:68:1:0 chr18 28968371 . G A 3803.81 PASS AF=0.984127;AO=206;DP=255;FAO=248;FDP=252;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=106;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364163;FXX=0.0117642;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6744;QD=60.378;RBI=0.167512;REFB=0;REVB=0.163506;RO=1;SAF=104;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333574;OID=.;OPOS=28968371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:255:252:1:0:206:248:0.984127:102:104:0:1:142:106:0:0 chr18 28968959 . C T 1472.45 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7423;QD=63.331;RBI=0.0372609;REFB=0;REVB=0.0227815;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08718e-05;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:58:35:0:0:58:35:0:0 chr18 28986333 . A C 1607.04 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.278;QD=60.0764;RBI=0.0360974;REFB=0;REVB=0.0130467;RO=0;SAF=42;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94154e-05;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:64:42:0:0:65:42:0:0 chr18 28993183 . A G 341.01 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0124673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3915;QD=20.985;RBI=0.0334013;REFB=-0.000565232;REVB=0.0309873;RO=30;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396786;STB=0.521956;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00138409;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:17:18:14:16:17:18:14:16 chr18 28993501 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980525;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.9552;QD=43.4853;RBI=0.0115675;REFB=0;REVB=-0.00613719;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000862288;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr18 29055957 . A G 3882.04 PASS AF=1;AO=244;DP=246;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135246;FXX=0.00812975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2403;QD=63.64;RBI=0.00536114;REFB=-0.0258239;REVB=0.00518774;RO=1;SAF=97;SAR=147;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00323161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302837;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:246:244:1:0:244:244:1:147:97:0:1:147:97:0:0 chr18 29104698 . C T 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0282082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.096;QD=14.8962;RBI=0.0401339;REFB=-0.000263115;REVB=0.0285487;RO=44;SAF=22;SAR=10;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410069;STB=0.730875;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000661077;OID=.;OPOS=29104698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:10:22:12:32:10:22:12:32 chr18 29122799 . G A 208.39 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00696271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.744;QD=19.3848;RBI=0.0344747;REFB=-0.0151121;REVB=0.0337643;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101054;STB=0.560331;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0166372;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:20:22:20:21:0.488372:7:13:15:5:8:13:16:6 chr18 29125854 . A G 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00422698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.23;QD=21.1904;RBI=0.00485055;REFB=-0.00802806;REVB=0.00237917;RO=37;SAF=21;SAR=21;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00845561;OID=.;OPOS=29125854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:38:42:42:0.525:21:21:18:19:21:21:19:19 chr18 29126670 . T C 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.756;QD=62.6135;RBI=0.0324802;REFB=0;REVB=0.0218119;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13277e-05;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr18 29178554 . C T 1026.26 PASS AF=0.475336;AO=103;DP=222;FAO=106;FDP=223;FR=.;FRO=117;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=-0.00699966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.965;QD=18.4082;RBI=0.0153816;REFB=-0.0146621;REVB=0.0136967;RO=114;SAF=50;SAR=53;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138687;STB=0.521588;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0189056;OID=.;OPOS=29178554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:114:117:103:106:0.475336:53:50:57:57:56:50:60:57 chr18 29339910 . G A,T 810.59 PASS AF=0.0140845,0.859155;AO=4,62;DP=71;FAO=1,61;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=1,21;FSAR=0,40;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.014795,0.0327683;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.4256,214.328;QD=45.6671;RBI=0.01496,0.0375822;REFB=-0.0410061,-0.0336272;REVB=0.00221572,0.0184026;RO=4;SAF=4,22;SAR=0,40;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0784354;STB=0.5,0.588206;STBP=1,0;TYPE=snp,snp;VARB=0.0662656,0.000470235;OID=.,.;OPOS=29339910,29339910;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:71:71:4:9:4,62:1,61:0.0140845,0.859155:0,40:4,22:4:0:0,40:1,21:9:0 chr18 29432624 . T C 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0440889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.28;QD=9.09915;RBI=0.0536956;REFB=-0.0117388;REVB=-0.0306494;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256909;STB=0.659988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0642167;OID=.;OPOS=29432624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:11:8:2:7:11:8 chr18 29488756 . C T 388.68 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00259733;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8298;QD=16.0282;RBI=0.00828574;REFB=-0.000440318;REVB=-0.00786812;RO=55;SAF=14;SAR=27;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17709;STB=0.605581;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000670879;OID=.;OPOS=29488756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:55:56:41:41:0.42268:27:14:28:27:27:14:29:27 chr18 29497573 . A G 2276.8 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.749;QD=62.8084;RBI=0.0321071;REFB=-0.13454;REVB=0.0304524;RO=1;SAF=72;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655917;STB=0.503448;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00028019;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:144:144:0.993103:72:72:1:0:72:72:1:0 chr18 29710880 . A AAG,G 1284.94 PASS AF=0.838983,0;AO=85,14;DP=129;FAO=99,0;FDP=118;FR=.;FRO=19;FSAF=49,0;FSAR=50,0;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0078868,0.0119421;FXX=0.0559955;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=294.1,191.04;QD=43.5572;RBI=0.0111354,0.0159128;REFB=-0.0144922,-0.00766033;REVB=0.00786107,-0.0105169;RO=23;SAF=45,6;SAR=40,8;SRF=19;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119875,-0.410194;STB=0.547373,0.5;STBP=0.017,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00484118,0;OID=.,.;OPOS=29710881,29710880;OREF=-,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:129:118:23:19:85,14:99,0:0.838983,0:40,8:45,6:19:4:50,0:49,0:15:4 chr18 29795076 . T C 2820.78 PASS AF=1;AO=178;DP=182;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100451;FXX=0.0218567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.955;QD=63.0343;RBI=0.0363997;REFB=0;REVB=0.0349862;RO=0;SAF=79;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55548e-05;OID=.;OPOS=29795076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:179:0:0:178:179:1:99:79:0:0:99:80:0:0 chr18 29795101 . T C 2732.74 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.178;QD=62.4626;RBI=0.0752993;REFB=0;REVB=0.0733436;RO=0;SAF=77;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7191e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:160:175:0:0:160:175:1:83:77:0:0:98:77:0:0 chr18 30050356 . C T 2423.63 PASS AF=0.438776;AO=258;DP=588;FAO=258;FDP=588;FR=.;FRO=330;FSAF=127;FSAR=131;FSRF=186;FSRR=144;FWDB=0.0373874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6325;QD=16.4873;RBI=0.0413012;REFB=-0.00457988;REVB=0.0175493;RO=323;SAF=127;SAR=131;SRF=180;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653674;STB=0.540022;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00915084;OID=.;OPOS=30050356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:588:588:323:330:258:258:0.438776:131:127:180:143:131:127:186:144 chr18 30253010 . TA CA,T,TCA 343.27 PASS AF=0,0.177419,0.483871;AO=5,9,24;DP=62;FAO=0,11,30;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=0,0,12;FSAR=0,11,18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0464862,0.147986,0.0478649;FXX=0.0312451;HRUN=4,2,0;LEN=1,1,1;MLLD=94.0474,15.2851,93.1085;QD=22.1467;RBI=0.0471614,0.14822,0.0483627;REFB=0.00654693,-0.0784969,0.000503845;REVB=0.00795203,0.00832803,0.00692123;RO=16;SAF=4,0,8;SAR=1,9,16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.306506,-0.78666,-0.17357;STB=0.5,0.998807,0.551965;STBP=1,0,0.364;TYPE=snp,del,ins;VARB=0,0.145125,0.0213528;OID=.,.,.;OPOS=30253010,30253011,30253011;OREF=T,A,-;OALT=C,-,C;OMAPALT=CA,T,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:62:62:16:21:5,9,24:0,11,30:0,0.177419,0.483871:1,9,16:4,0,8:9:7:0,11,18:0,0,12:11:10 chr18 30352078 . G C 64.36 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0723906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4765;QD=23.4037;RBI=0.0776377;REFB=-0.0559684;REVB=0.0280573;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203264;STB=0.615125;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.028863;OID=.;OPOS=30352078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:0:3:5:3:0:3 chr18 30352114 . C G 573.11 PASS AF=0.424658;AO=62;DP=149;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.040014;FXX=0.0201329;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3065;QD=15.7015;RBI=0.0421436;REFB=-0.0366518;REVB=-0.0132272;RO=86;SAF=43;SAR=19;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32406;STB=0.669696;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0361654;OID=.;OPOS=30352114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:146:86:84:62:62:0.424658:19:43:33:53:19:43:34:50 chr18 30804756 . C T 1892.79 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469822;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.243;QD=61.5541;RBI=0.0586121;REFB=0;REVB=-0.0350435;RO=0;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.83202e-05;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:121:123:1:63:58:0:0:64:59:0:0 chr18 30846889 . G GT 485.42 PASS AF=0.987805;AO=14;DP=118;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0869822;FXX=0.293078;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0035;QD=23.6792;RBI=0.166483;REFB=-0.0214416;REVB=-0.141953;RO=99;SAF=2;SAR=12;SRF=37;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34786;STB=0.503401;STBP=0.631;TYPE=ins;VARB=0.00747591;OID=.;OPOS=30846890;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987805:14:118:81:82:1:8:73:0:1:6:99:2:12:37:62 chr18 30846895 . A T 1789.49 PASS AF=0.991667;AO=105;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=41;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7973;QD=59.6496;RBI=0.0406589;REFB=-0.0857183;REVB=-0.0383819;RO=1;SAF=34;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663792;STB=0.503184;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0021048;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:105:119:0.991667:71:34:0:1:78:41:0:1 chr18 31320229 . A G 1591.24 PASS AF=0.990741;AO=104;DP=106;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0374911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.1403;QD=58.9347;RBI=0.0550045;REFB=-0.139125;REVB=0.0402482;RO=1;SAF=48;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978349;STB=0.50495;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000909846;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:108:1:1:104:107:0.990741:56:48:1:0:57:50:1:0 chr18 31324934 . A G 1160.03 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.352;QD=59.4889;RBI=0.0286448;REFB=-0.0471883;REVB=-0.00224757;RO=0;SAF=24;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828105;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:78:0:0:77:78:1:53:24:0:0:53:25:0:0 chr18 32834095 . T C 515.22 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00441014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3646;QD=22.1601;RBI=0.0772697;REFB=0.00876544;REVB=0.0771438;RO=43;SAF=21;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699187;STB=0.531633;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00706551;OID=.;OPOS=32834095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:44:49:49:0.526882:28:21:15:28:28:21:16:28 chr18 32834186 . T G 260.85 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00112653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.636;QD=17.1048;RBI=0.0336854;REFB=-0.00481917;REVB=0.0336666;RO=31;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886597;STB=0.540268;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00811477;OID=.;OPOS=32834186;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:15:14:12:19:15:14:13:19 chr18 32844195 . G C 270.74 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00222849;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.502;QD=16.9215;RBI=0.0228467;REFB=-0.00921172;REVB=-0.0227378;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157106;STB=0.594979;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0119714;OID=.;OPOS=32844195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:29:30:0.46875:15:14:22:12:16:14:22:12 chr18 32887277 . CT C 197.16 PASS AF=0.445946;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0399487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.297;QD=10.6574;RBI=0.0468413;REFB=0.00936531;REVB=-0.0244583;RO=40;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373303;STB=0.518507;STBP=0.782;TYPE=del;VARB=-0.0093456;OID=.;OPOS=32887278;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445946:32:73:33:74:41:15:18:20:21:99:40:14:18:19:21 chr18 32889193 . C T 504.36 PASS AF=0.405797;AO=55;DP=137;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=-0.0147536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.966;QD=14.6192;RBI=0.018186;REFB=-0.0224731;REVB=-0.0106329;RO=82;SAF=23;SAR=32;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852017;STB=0.543145;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0296516;OID=.;OPOS=32889193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:82:82:55:56:0.405797:32:23:28:54:33:23:28:54 chr18 32947616 . A ATTTTAT,T 163.48 PASS AF=0.333333,0.031746;AO=12,3;DP=66;FAO=21,2;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11,2;FSAR=10,0;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0132437,0.0214035;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=6,1;MLLD=240.665,50.1478;QD=10.3799;RBI=0.0323864,0.124074;REFB=0.0113483,0.00366065;REVB=-0.0295547,-0.122214;RO=40;SAF=7,2;SAR=5,1;SRF=24;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0209877,0.0686792;STB=0.517225,0.994342;STBP=0.857,0.188;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0218105,0.0132709;OID=.,.;OPOS=32947617,32947616;OREF=-,A;OALT=TTTTAT,T;OMAPALT=ATTTTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:63:40:40:12,3:21,2:0.333333,0.031746:5,1:7,2:24:16:10,0:11,2:22:18 chr18 33647254 . A C 2732.17 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.408;QD=62.4495;RBI=0.0203015;REFB=0;REVB=0.0141511;RO=0;SAF=67;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89444e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54144e-05;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:174:175:1:107:67:0:0:107:68:0:0 chr18 33694120 . G A 930.73 PASS AF=0.419087;AO=101;DP=240;FAO=101;FDP=241;FR=.;FRO=140;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=72;FSRR=68;FWDB=0.0321651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.741;QD=15.4478;RBI=0.0321879;REFB=-0.0116479;REVB=-0.0012111;RO=139;SAF=56;SAR=45;SRF=71;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455907;STB=0.52349;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0161382;OID=.;OPOS=33694120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:139:140:101:101:0.419087:45:56:71:68:45:56:72:68 chr18 33706614 . C G 2121.65 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.525;QD=62.8636;RBI=0.0449779;REFB=0;REVB=0.0438713;RO=0;SAF=46;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79839e-05;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:132:135:1:86:46:0:0:89:46:0:0 chr18 33709977 . G C 821.91 PASS AF=0.424658;AO=93;DP=214;FAO=93;FDP=219;FR=.;FRO=126;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=-0.095146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.0723;QD=15.012;RBI=0.0958539;REFB=-0.0400793;REVB=0.0116277;RO=107;SAF=41;SAR=52;SRF=47;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157716;STB=0.534222;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0523028;OID=.;OPOS=33709977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:219:107:126:93:93:0.424658:52:41:47:60:52:41:63:63 chr18 33713287 . T A 614.12 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.0415882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4674;QD=15.0704;RBI=0.0488372;REFB=-0.0298857;REVB=-0.0256026;RO=94;SAF=31;SAR=38;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852088;STB=0.547673;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0402428;OID=.;OPOS=33713287;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:94:94:69:69:0.423313:38:31:50:44:38:31:50:44 chr18 33718326 . A C 430.65 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.012836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.864;QD=20.0301;RBI=0.0145624;REFB=0.00625632;REVB=-0.00687774;RO=43;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426979;STB=0.523693;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00581689;OID=.;OPOS=33718326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:18:25:23:20:18:25:23:20 chr18 33721325 . C T 253.92 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00306952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3779;QD=21.6103;RBI=0.00865766;REFB=-0.0253161;REVB=-0.00809526;RO=23;SAF=22;SAR=2;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334553;STB=0.692711;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0236551;OID=.;OPOS=33721325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:2:22:17:6:2:22:17:6 chr18 33725931 . G A 488.87 PASS AF=0.373418;AO=59;DP=159;FAO=59;FDP=158;FR=.;FRO=99;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.000692429;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1757;QD=12.3766;RBI=0.00246969;REFB=-0.00465979;REVB=0.00237063;RO=98;SAF=25;SAR=34;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291925;STB=0.512675;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0112555;OID=.;OPOS=33725931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:98:99:59:59:0.373418:34:25:39:59:34:25:40:59 chr18 33726295 . A G 995.47 PASS AF=0.43254;AO=107;DP=252;FAO=109;FDP=252;FR=.;FRO=143;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=53;FSRR=90;FWDB=0.00607499;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6695;QD=15.8011;RBI=0.0138229;REFB=-0.00263809;REVB=-0.0124164;RO=143;SAF=43;SAR=64;SRF=53;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336453;STB=0.524916;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00262363;OID=.;OPOS=33726295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:143:143:107:109:0.43254:64:43:53:90:64:45:53:90 chr18 33750046 . C T 1090.7 PASS AF=0.40678;AO=120;DP=296;FAO=120;FDP=295;FR=.;FRO=175;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=96;FSRR=79;FWDB=-0.0505077;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7178;QD=14.7892;RBI=0.0549718;REFB=-0.0261126;REVB=-0.0216997;RO=175;SAF=59;SAR=61;SRF=96;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603274;STB=0.533723;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0386506;OID=.;OPOS=33750046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:295:175:175:120:120:0.40678:61:59:96:79:61:59:96:79 chr18 33779821 . C A 3089.64 PASS AF=1;AO=200;DP=202;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905268;FXX=0.0147776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.844;QD=61.7929;RBI=0.0142533;REFB=0;REVB=-0.0110093;RO=0;SAF=110;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135509;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:200:0:0:200:200:1:90:110:0:0:90:110:0:0 chr18 33779855 . C T 745.04 PASS AF=0.521739;AO=71;DP=137;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=55;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0085671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.5;QD=21.5953;RBI=0.0131952;REFB=-0.00107552;REVB=0.0100358;RO=66;SAF=55;SAR=16;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283085;STB=0.647624;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000815147;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:66:66:71:72:0.521739:16:55:33:33:17:55:33:33 chr18 33779896 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.431;QD=59.9959;RBI=0.013987;REFB=0;REVB=-0.00805091;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05869e-06;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:43:63:0:0:43:63:0:0 chr18 33780020 . A G 1447.41 PASS AF=1;AO=71;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.918;QD=61.592;RBI=0.0212159;REFB=0;REVB=-0.0188926;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357853;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:71:94:1:48:23:0:0:59:35:0:0 chr18 33780021 . C G 159.38 PASS AF=0.242105;AO=23;DP=95;FAO=23;FDP=95;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.0450665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.269;QD=6.71067;RBI=0.0526843;REFB=-0.0975648;REVB=0.0272882;RO=72;SAF=12;SAR=11;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251547;STB=0.651462;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0384035;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:72:72:23:23:0.242105:11:12:23:49:11:12:23:49 chr18 33785093 . G A 1074.16 PASS AF=0.574713;AO=100;DP=174;FAO=100;FDP=174;FR=.;FRO=74;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00639406;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.43;QD=24.6932;RBI=0.00671456;REFB=-0.0123832;REVB=-0.00204971;RO=72;SAF=49;SAR=51;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137107;STB=0.512998;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00721582;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:72:74:100:100:0.574713:51:49:34:38:51:49:34:40 chr18 33785185 . A G 1825.06 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00659315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.364;QD=60.3324;RBI=0.00731508;REFB=-0.0583058;REVB=-0.00316871;RO=1;SAF=60;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785133;STB=0.504132;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-1.46355e-05;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:60:60:1:0:60:60:1:0 chr18 33831189 . C A 737.18 PASS AF=0.425532;AO=80;DP=184;FAO=80;FDP=188;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=65;FWDB=0.00704967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8672;QD=15.6847;RBI=0.0468683;REFB=-0.0124181;REVB=-0.0463351;RO=102;SAF=37;SAR=43;SRF=42;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516152;STB=0.537376;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.013077;OID=.;OPOS=33831189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:188:102:108:80:80:0.425532:43:37:42:60:43:37:43:65 chr18 34289227 . TGAAAAAG ATGAAAAG,TGAAAAG,TGAAAAGA,TGAAAGAG 164.01 PASS AF=0,0.316327,0.0408163,0.0918367;AO=5,30,5,7;DP=100;FAO=0,31,4,9;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=0,18,0,9;FSAR=0,13,4,0;FSRF=3;FSRR=51;FWDB=-0.00972354,0.0534127,-0.0241527,-0.0231521;FXX=0.0101;HRUN=1,5,5,5;LEN=3,1,2,1;MLLD=120.261,9.29371,20.307,178.634;QD=6.69408;RBI=0.0713458,0.0534149,0.0423822,0.0428211;REFB=-0.0326936,-0.184203,-0.0816501,-0.0222763;REVB=-0.0706801,0.000484003,-0.0348267,-0.0360226;RO=48;SAF=0,18,0,7;SAR=5,12,5,0;SRF=3;SRR=45;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.452351,0.548311,-0.452351,0.853657;STB=0.5,0.808284,0.995266,0.999576;STBP=1,0,0.412,0;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=0,0.14922,0.267174,0.122952;OID=.,.,.,.;OPOS=34289227,34289229,34289233,34289232;OREF=TGA,A,AG,A;OALT=ATG,-,GA,G;OMAPALT=ATGAAAAG,TGAAAAG,TGAAAAGA,TGAAAGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:100:98:48:54:5,30,5,7:0,31,4,9:0,0.316327,0.0408163,0.0918367:5,12,5,0:0,18,0,7:3:45:0,13,4,0:0,18,0,9:3:51 chr18 34398914 . C T 462.37 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0343385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9885;QD=24.3351;RBI=0.0734386;REFB=-0.00146557;REVB=0.064916;RO=32;SAF=21;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174689;STB=0.509576;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00123454;OID=.;OPOS=34398914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:23:21:16:16:23:21:16:16 chr18 34850846 . G A 961.53 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327282;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.807;QD=57.405;RBI=0.0358728;REFB=-0.062935;REVB=0.0146875;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133089;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00225459;OID=.;OPOS=34850846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:35:31:0:1:35:31:0:1 chr18 39761310 . A G 1459.97 PASS AF=0.99;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0386584;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.893;QD=58.3988;RBI=0.0457557;REFB=0.151597;REVB=0.0244769;RO=1;SAF=42;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111598;STB=0.505881;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000462734;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:100:1:1:99:99:0.99:57:42:1:0:57:42:1:0 chr18 39761342 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.066;QD=62.0083;RBI=0.0331807;REFB=0;REVB=-0.00947787;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50568e-05;OID=.;OPOS=39761342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:52:32:0:0:52:32:0:0 chr18 40323497 . G T 53.14 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0264963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.29;QD=7.32941;RBI=0.0265044;REFB=-0.00068684;REVB=-0.000656629;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718033;STB=0.574271;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00130005;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:6:2:6:14:6:2:7:14 chr18 42533130 . A G 2365.52 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031869;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.145;QD=61.0458;RBI=0.00347283;REFB=0;REVB=-0.00137992;RO=0;SAF=60;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78251e-06;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:155:155:1:95:60:0:0:95:60:0:0 chr18 43206985 . A G 4933.99 PASS AF=1;AO=315;DP=317;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607483;FXX=0.00630895;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.062;QD=62.6538;RBI=0.0152235;REFB=-0.0721753;REVB=-0.0139589;RO=1;SAF=146;SAR=169;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.003256;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87671e-05;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:317:315:1:0:315:315:1:169:146:1:0:169:146:0:0 chr18 43247001 . C G 1273.37 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.939;QD=61.3673;RBI=0.0522549;REFB=0;REVB=0.00882694;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223173;OID=.;OPOS=43247001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:50:32:0:0:50:33:0:0 chr18 43262359 . G A 1543.81 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0932277;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2998;QD=59.9536;RBI=0.106421;REFB=0;REVB=-0.051323;RO=0;SAF=25;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.37014e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138027;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:103:0:0:103:103:1:78:25:0:0:78:25:0:0 chr18 43508856 . C G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9498;QD=57.1056;RBI=0.0426915;REFB=0;REVB=-0.0372415;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115553;OID=.;OPOS=43508856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr18 43547127 . TGG T,TG 851.98 PASS AF=0,1;AO=11,77;DP=98;FAO=0,105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=0,52;FSAR=0,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197323,0.0048361;FXX=0.0366939;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=9.19365,12.3402;QD=32.4563;RBI=0.122206,0.230869;REFB=0,0;REVB=-0.122191,-0.230818;RO=3;SAF=1,49;SAR=10,28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.47619,0.47619;SSEP=0,0;SSSB=-0.21804,0.0230516;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0251476,-0.00969137;OID=.,.;OPOS=43547128,43547128;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:11,77:98:0,105:105:0:0,52:0,53:0:0:16:3:1,49:10,28:1:2 chr18 43563677 . T C 367.25 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0328072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9296;QD=16.5055;RBI=0.0328201;REFB=0.00278751;REVB=-0.000919962;RO=49;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379488;STB=0.515284;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00419506;OID=.;OPOS=43563677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:50:39:39:0.438202:20:19:22:27:20:19:23:27 chr18 43565380 . A G 330.26 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0133724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.165;QD=13.4798;RBI=0.0228323;REFB=-0.011101;REVB=0.0185065;RO=60;SAF=14;SAR=23;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134663;STB=0.582397;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0289058;OID=.;OPOS=43565380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:61:37:37:0.377551:23:14:30:30:23:14:31:30 chr18 43565399 . C A 344.26 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00275325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.276;QD=14.0513;RBI=0.00454239;REFB=5.96353e-05;REVB=0.00361288;RO=58;SAF=15;SAR=23;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1138;STB=0.575585;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.000119767;OID=.;OPOS=43565399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:58:60:38:38:0.387755:23:15:29:29:23:15:31:29 chr18 43568717 . T C 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00586167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.202;QD=27.2213;RBI=0.0286913;REFB=0.00112286;REVB=0.0280861;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052231;STB=0.528884;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.000432421;OID=.;OPOS=43568717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:7:8:11:13:7:8 chr18 43701587 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0220645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.887;QD=14.3349;RBI=0.0419807;REFB=-0.0153095;REVB=-0.0357146;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107046;STB=0.562424;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.016944;OID=.;OPOS=43701587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:10:16:12:5:10:16 chr18 43833701 . T TCTG 650.7 PASS AF=0.433735;AO=68;DP=171;FAO=72;FDP=166;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=62;FWDB=0.00457405;FXX=0.0177504;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.502;QD=15.6796;RBI=0.0105502;REFB=0.00855136;REVB=0.00950713;RO=96;SAF=24;SAR=44;SRF=34;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00139955;STB=0.51278;STBP=0.781;TYPE=ins;VARB=-0.010558;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433735:68:171:72:166:94:26:46:32:62:99:96:24:44:34:62 chr18 43843736 . T G 672.04 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0585314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0353;QD=52.7091;RBI=0.0877472;REFB=-0.0631863;REVB=0.0653732;RO=2;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0007528;STB=0.5004;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00407571;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:24:25:1:1:24:25:1:1 chr18 44063598 . G A 5862.79 PASS AF=1;AO=371;DP=371;FAO=371;FDP=371;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=201;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.089;QD=63.2106;RBI=0.00266408;REFB=0;REVB=-0.0024538;RO=0;SAF=170;SAR=201;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80619e-06;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:371:371:0:0:371:371:1:201:170:0:0:201:170:0:0 chr18 44126909 . T C 3895.09 PASS AF=1;AO=213;DP=254;FAO=252;FDP=252;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=106;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550244;FXX=0.00787371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.619;QD=61.8268;RBI=0.0672333;REFB=0;REVB=0.0386346;RO=0;SAF=99;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157916;OID=.;OPOS=44126909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:252:0:0:213:252:1:114:99:0:0:146:106:0:0 chr18 44135143 . T C 1129.34 PASS AF=0.454887;AO=119;DP=265;FAO=121;FDP=266;FR=.;FRO=145;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=68;FSRR=77;FWDB=0.00124053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.832;QD=16.9825;RBI=0.00124344;REFB=-0.0112547;REVB=-8.49695e-05;RO=142;SAF=55;SAR=64;SRF=68;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164798;STB=0.507913;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0175657;OID=.;OPOS=44135143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:142:145:119:121:0.454887:64:55:68:74:66:55:68:77 chr18 44395338 . G T 439.33 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0284592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.824;QD=21.9666;RBI=0.0322196;REFB=-0.0150228;REVB=-0.0151056;RO=36;SAF=14;SAR=29;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22136;STB=0.616965;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0147232;OID=.;OPOS=44395338;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:37:43:43:0.5375:29:14:21:15:29:14:21:16 chr18 44497322 . CGG CGC,CG 677.43 PASS AF=0.0666667,0.688889;AO=9,67;DP=135;FAO=9,93;FDP=135;FR=.;FRO=33;FSAF=0,1;FSAR=9,92;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.0417012,-0.0153262;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=189.727,12.7041;QD=20.0719;RBI=0.0587024,0.0301713;REFB=0.00123543,-0.153426;REVB=-0.0413156,0.0259887;RO=44;SAF=0,1;SAR=9,66;SRF=5;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.607651,-0.512772;STB=0.998149,0.861699;STBP=0.065,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0447522,0.0387131;OID=.,.;OPOS=44497324,44497323;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0666667,0.688889:9,67:135:9,93:135:33:0,1:9,92:7:26:99:44:0,1:9,66:5:39 chr18 44555147 . T G 36.27 PASS AF=0.0578035;AO=19;DP=346;FAO=20;FDP=346;FR=.;FRO=326;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=175;FSRR=151;FWDB=-0.0154276;FXX=0.00288176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.176;QD=0.419274;RBI=0.0171793;REFB=-0.00058602;REVB=-0.00755768;RO=323;SAF=7;SAR=12;SRF=173;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168609;STB=0.627303;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00857115;OID=.;OPOS=44555147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:346:346:323:326:19:20:0.0578035:12:7:173:150:12:8:175:151 chr18 44555312 . G C 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0209307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.817;QD=28.1264;RBI=0.034507;REFB=-0.00736264;REVB=-0.0274342;RO=14;SAF=19;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00599196;STB=0.503309;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00410654;OID=.;OPOS=44555312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:5:19:11:3:5:19:11:3 chr18 44560300 . C T 257.87 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0657053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5923;QD=18.4192;RBI=0.0657583;REFB=-0.0105361;REVB=-0.00264048;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122525;OID=.;OPOS=44560300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:14:14:14:14:14:14:14:14 chr18 44560429 . C A 348.82 PASS AF=0.408602;AO=37;DP=92;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=11;FWDB=-0.00845691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.782;QD=15.0028;RBI=0.039171;REFB=-0.00356508;REVB=0.0382472;RO=54;SAF=25;SAR=12;SRF=44;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180165;STB=0.599151;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00644178;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:54:55:37:38:0.408602:12:25:44:10:13:25:44:11 chr18 44560875 . C A 664.86 PASS AF=0.437126;AO=71;DP=165;FAO=73;FDP=167;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=-0.00130774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.666;QD=15.9248;RBI=0.00694719;REFB=-0.0143611;REVB=0.006823;RO=94;SAF=35;SAR=36;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115677;STB=0.571129;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0166798;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:94:94:71:73:0.437126:36:35:57:37:38:35:57:37 chr18 44561100 . C G 289.93 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.034144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2021;QD=14.1428;RBI=0.0344027;REFB=-0.015886;REVB=-0.0042109;RO=46;SAF=14;SAR=19;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166386;STB=0.587576;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0172068;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:49:33:33:0.402439:19:14:27:19:19:14:28:21 chr18 44561795 . C T 441.4 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0084096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.298;QD=25.2227;RBI=0.010763;REFB=-0.0310038;REVB=-0.00671727;RO=27;SAF=12;SAR=30;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040873;STB=0.517233;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0206885;OID=.;OPOS=44561795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:28:42:42:0.6:30:12:9:18:30:12:9:19 chr18 44610718 . T C 444.8 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.00707563;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.452;QD=13.7924;RBI=0.0311281;REFB=-0.0126718;REVB=-0.0303133;RO=78;SAF=30;SAR=21;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175973;STB=0.599416;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0188747;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:78:78:51:51:0.395349:21:30:33:45:21:30:33:45 chr18 44626630 . T G 465.75 PASS AF=0.410853;AO=52;DP=128;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.02008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.488;QD=14.4419;RBI=0.0201651;REFB=-0.0202586;REVB=0.00185066;RO=74;SAF=9;SAR=43;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345342;STB=0.689927;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0296439;OID=.;OPOS=44626630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:74:76:52:53:0.410853:43:9:32:42:43:10:34:42 chr18 45555829 . T C 2826.09 PASS AF=0.432624;AO=304;DP=707;FAO=305;FDP=705;FR=.;FRO=400;FSAF=160;FSAR=145;FSRF=243;FSRR=157;FWDB=-0.0289513;FXX=0.0084387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.634;QD=16.0345;RBI=0.0372353;REFB=-0.0169281;REVB=-0.0234156;RO=398;SAF=160;SAR=144;SRF=242;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844155;STB=0.547372;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0240931;OID=.;OPOS=45555829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:707:705:398:400:304:305:0.432624:144:160:242:156:145:160:243:157 chr18 45566276 . G A 346.92 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0113063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.173;QD=13.3431;RBI=0.0128478;REFB=-0.00796699;REVB=0.00610199;RO=57;SAF=16;SAR=25;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159655;STB=0.591251;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0122003;OID=.;OPOS=45566276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:63:41:41:0.394231:25:16:31:26:25:16:34:29 chr18 45696158 . G A 168.31 PASS AF=0.34375;AO=18;DP=62;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.020905;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.16;QD=10.5192;RBI=0.022777;REFB=-0.011388;REVB=0.0090427;RO=39;SAF=4;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434051;STB=0.739281;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0154883;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:39:42:18:22:0.34375:14:4:23:16:16:6:27:15 chr18 45696204 . T C 231.49 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0378314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.111;QD=12.3464;RBI=0.0378823;REFB=-0.0204843;REVB=-0.00196407;RO=47;SAF=9;SAR=19;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192224;STB=0.610973;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0389956;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:19:9:23:24:19:9:23:24 chr18 45696256 . A G 163.84 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0126177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.911;QD=9.36198;RBI=0.02355;REFB=0.0019209;REVB=-0.0198845;RO=48;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726446;STB=0.542818;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00476248;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:11:11:21:27:11:11:21:27 chr18 45711740 . T C 1014.64 PASS AF=0.52973;AO=94;DP=183;FAO=98;FDP=185;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.012331;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.655;QD=21.9381;RBI=0.0260217;REFB=-0.0197118;REVB=0.0229146;RO=88;SAF=40;SAR=54;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462844;STB=0.520372;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0181078;OID=.;OPOS=45711740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:185:88:87:94:98:0.52973:54:40:42:46:56:42:41:46 chr18 46001932 . A G 2315.29 PASS AF=0.993197;AO=145;DP=145;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00899882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.919;QD=63.0012;RBI=0.0098987;REFB=-0.0501073;REVB=-0.00412378;RO=0;SAF=88;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000527403;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:147:0:1:145:146:0.993197:57:88:0:0:57:89:1:0 chr18 46284587 . T C 1394.0 PASS AF=0.513011;AO=137;DP=268;FAO=138;FDP=269;FR=.;FRO=131;FSAF=83;FSAR=55;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=-0.0443322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6505;QD=20.7286;RBI=0.0454189;REFB=-0.0241054;REVB=-0.00987597;RO=131;SAF=83;SAR=54;SRF=67;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863778;STB=0.544871;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0301439;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:269:131:131:137:138:0.513011:54:83:67:64:55:83:67:64 chr18 46446589 . T C 679.35 PASS AF=0.443114;AO=74;DP=165;FAO=74;FDP=167;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.0135954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.8002;QD=16.2718;RBI=0.013864;REFB=-0.012394;REVB=-0.00271565;RO=90;SAF=35;SAR=39;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00624649;STB=0.500081;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0151528;OID=.;OPOS=46446589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:90:93:74:74:0.443114:39:35:42:48:39:35:44:49 chr18 46545924 . A G 3841.32 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477797;FXX=0.00411506;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.91;QD=63.4929;RBI=0.0521371;REFB=-0.0377383;REVB=0.0208657;RO=1;SAF=52;SAR=189;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090763;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162176;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:242:242:1:0:241:242:1:189:52:1:0:189:53:0:0 chr18 46545979 . A C 1460.78 PASS AF=0.446064;AO=153;DP=338;FAO=153;FDP=343;FR=.;FRO=190;FSAF=18;FSAR=135;FSRF=25;FSRR=165;FWDB=-0.0286279;FXX=0.00290689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.774;QD=17.0353;RBI=0.0286491;REFB=-0.0425462;REVB=-0.00110231;RO=184;SAF=18;SAR=135;SRF=25;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416804;STB=0.51807;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0541208;OID=.;OPOS=46545979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:343:184:190:153:153:0.446064:135:18:25:159:135:18:25:165 chr18 46576058 . T C 385.29 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=36;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00666559;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.275;QD=23.0021;RBI=0.00667161;REFB=-0.0334003;REVB=-0.00028323;RO=28;SAF=36;SAR=2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527084;STB=0.796832;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0225101;OID=.;OPOS=46576058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:29:38:38:0.567164:2:36:18:10:2:36:19:10 chr18 47318626 . T C 1433.31 PASS AF=0.484746;AO=143;DP=293;FAO=143;FDP=295;FR=.;FRO=152;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=54;FSRR=98;FWDB=0.0309939;FXX=0.00337826;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.478;QD=19.4347;RBI=0.0326711;REFB=-0.0229598;REVB=-0.0103334;RO=150;SAF=66;SAR=77;SRF=54;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961094;STB=0.555548;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0199916;OID=.;OPOS=47318626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:295:150:152:143:143:0.484746:77:66:54:96:77:66:54:98 chr18 47352639 . A C 34.93 PASS AF=0.0797101;AO=11;DP=138;FAO=11;FDP=138;FR=.;FRO=127;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=75;FWDB=0.000848579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.604;QD=1.01259;RBI=0.00411647;REFB=-0.00384477;REVB=0.00402806;RO=125;SAF=5;SAR=6;SRF=50;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062844;STB=0.542093;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0514736;OID=.;OPOS=47352639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:138:138:125:127:11:11:0.0797101:6:5:50:75:6:5:52:75 chr18 47352677 . A C 47.15 PASS AF=0.102564;AO=12;DP=116;FAO=12;FDP=117;FR=.;FRO=105;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=0.0187436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.221;QD=1.61189;RBI=0.022543;REFB=-0.0028045;REVB=-0.0125247;RO=100;SAF=4;SAR=8;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121074;STB=0.60696;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.147319;OID=.;OPOS=47352677;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:116:117:100:105:12:12:0.102564:8:4:43:57:8:4:47:58 chr18 47369758 . C T 1104.92 PASS AF=0.539604;AO=95;DP=189;FAO=109;FDP=202;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0323996;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.325;QD=21.8795;RBI=0.0324215;REFB=-0.0134379;REVB=0.00119011;RO=90;SAF=36;SAR=59;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707299;STB=0.500963;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00947757;OID=.;OPOS=47369758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:202:90:93:95:109:0.539604:59:36:41:49:60:49:42:51 chr18 47383243 . C T 299.06 PASS AF=0.388889;AO=34;DP=87;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.00875717;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.6997;QD=13.2916;RBI=0.0096341;REFB=-0.0277863;REVB=0.00401597;RO=51;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267478;STB=0.629698;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0480183;OID=.;OPOS=47383243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:51:55:34:35:0.388889:16:18:14:37:16:19:18:37 chr18 47397996 . T C 458.94 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00961908;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.239;QD=18.3574;RBI=0.009925;REFB=-0.00819395;REVB=-0.00244517;RO=52;SAF=22;SAR=26;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516206;STB=0.528656;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0100125;OID=.;OPOS=47397996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:26:22:21:31:26:22:21:31 chr18 47398549 . G A 804.15 PASS AF=0.418605;AO=90;DP=215;FAO=90;FDP=215;FR=.;FRO=125;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=59;FSRR=66;FWDB=-0.0150525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.886;QD=14.9609;RBI=0.0171412;REFB=-0.0300257;REVB=-0.0082001;RO=125;SAF=44;SAR=46;SRF=59;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175882;STB=0.509826;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.042785;OID=.;OPOS=47398549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:125:125:90:90:0.418605:46:44:59:66:46:44:59:66 chr18 47405425 . T TGAG 754.83 PASS AF=0.396396;AO=80;DP=233;FAO=88;FDP=222;FR=.;FRO=134;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=61;FSRR=73;FWDB=0.0120814;FXX=0.0220255;HRUN=1;LEN=3;MLLD=227.306;QD=13.6005;RBI=0.0329743;REFB=-0.00335981;REVB=0.0306813;RO=140;SAF=37;SAR=43;SRF=64;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00604341;STB=0.506484;STBP=0.899;TYPE=ins;VARB=0.00515222;OID=.;OPOS=47405426;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396396:80:233:88:222:134:41:47:61:73:99:140:37:43:64:76 chr18 47429022 . C T 2232.25 PASS AF=0.53616;AO=215;DP=402;FAO=215;FDP=401;FR=.;FRO=186;FSAF=127;FSAR=88;FSRF=102;FSRR=84;FWDB=0.00934194;FXX=0.0024875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.587;QD=22.2668;RBI=0.0100404;REFB=-0.00761291;REVB=0.00367923;RO=185;SAF=127;SAR=88;SRF=102;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343277;STB=0.520143;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00665977;OID=.;OPOS=47429022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:401:185:186:215:215:0.53616:88:127:102:83:88:127:102:84 chr18 47472693 . G A 1168.54 PASS AF=0.548223;AO=108;DP=199;FAO=108;FDP=197;FR=.;FRO=89;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=-0.00815636;FXX=0.0100497;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.744;QD=23.7266;RBI=0.0448933;REFB=-0.00874904;REVB=-0.0441462;RO=87;SAF=53;SAR=55;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781165;STB=0.542195;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00816513;OID=.;OPOS=47472693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:197:87:89:108:108:0.548223:55:53:51:36:55:53:52:37 chr18 47500836 . G A 1714.73 PASS AF=0.510638;AO=164;DP=327;FAO=168;FDP=329;FR=.;FRO=161;FSAF=80;FSAR=88;FSRF=81;FSRR=80;FWDB=0.00442235;FXX=0.0120117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.439;QD=20.8478;RBI=0.0468579;REFB=-0.0028323;REVB=0.0466487;RO=156;SAF=80;SAR=84;SRF=80;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223006;STB=0.513183;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00297658;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:329:156:161:164:168:0.510638:84:80:80:76:88:80:81:80 chr18 47506839 . C T 417.17 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0148306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.484;QD=17.2027;RBI=0.0153569;REFB=-0.0140853;REVB=-0.00398613;RO=53;SAF=16;SAR=27;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120401;STB=0.563029;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0225735;OID=.;OPOS=47506839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:54:43:43:0.443299:27:16:26:27:27:16:26:28 chr18 47563299 . T C 1914.93 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9424;QD=61.772;RBI=0.0312383;REFB=0;REVB=0.017474;RO=0;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20207e-05;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:68:56:0:0:68:56:0:0 chr18 47733498 . G T 540.34 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0115854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.024;QD=18.0113;RBI=0.0126655;REFB=-0.0133001;REVB=-0.00511808;RO=55;SAF=34;SAR=23;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046676;STB=0.503648;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0130512;OID=.;OPOS=47733498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:63:57:57:0.475:23:34:30:25:23:34:38:25 chr18 47777937 . G A 374.39 PASS AF=0.4;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0120073;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.266;QD=13.6142;RBI=0.0243306;REFB=0.00161113;REVB=0.0211613;RO=66;SAF=20;SAR=24;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11211;STB=0.563398;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00218002;OID=.;OPOS=47777937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:66:66:44:44:0.4:24:20:37:29:24:20:37:29 chr18 47795629 . C A 964.08 PASS AF=0.567901;AO=92;DP=162;FAO=92;FDP=162;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.0350641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9455;QD=23.8044;RBI=0.0350657;REFB=0.014138;REVB=-0.000337924;RO=70;SAF=40;SAR=52;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398645;STB=0.521687;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0102364;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:70:70:92:92:0.567901:52:40:27:43:52:40:27:43 chr18 47803354 . C T 731.78 PASS AF=0.45614;AO=78;DP=171;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.00327425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.969;QD=17.1176;RBI=0.00504614;REFB=-0.0071987;REVB=-0.00383963;RO=92;SAF=36;SAR=42;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121888;STB=0.57026;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0102379;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:92:93:78:78:0.45614:42:36:54:38:42:36:55:38 chr18 47810251 . C G 720.08 PASS AF=0.455621;AO=77;DP=169;FAO=77;FDP=169;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.0377708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.26;QD=17.0433;RBI=0.0381604;REFB=-0.0383199;REVB=0.0054391;RO=90;SAF=28;SAR=49;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262811;STB=0.522382;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0406107;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:90:92:77:77:0.455621:49:28:35:55:49:28:37:55 chr18 47810351 . A G 467.34 PASS AF=0.440678;AO=45;DP=111;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00549981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.298;QD=15.8419;RBI=0.0241135;REFB=-0.0269574;REVB=0.023478;RO=65;SAF=24;SAR=21;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154864;STB=0.546878;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0304346;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:118:65:66:45:52:0.440678:21:24:25:40:28:24:25:41 chr18 47908556 . G A 475.53 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0191365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.03;QD=19.2133;RBI=0.0191488;REFB=0.00486113;REVB=0.000685712;RO=51;SAF=19;SAR=28;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504604;STB=0.521359;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00460326;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:51:52:47:47:0.474747:28:19:18:33:28:19:19:33 chr18 48190440 . G A 2021.5 PASS AF=0.51436;AO=197;DP=383;FAO=197;FDP=383;FR=.;FRO=186;FSAF=95;FSAR=102;FSRF=87;FSRR=99;FWDB=0.0171052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2964;QD=21.1123;RBI=0.0906081;REFB=-0.0298106;REVB=0.0889789;RO=185;SAF=95;SAR=102;SRF=86;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154311;STB=0.507049;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0290311;OID=.;OPOS=48190440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:383:185:186:197:197:0.51436:102:95:86:99:102:95:87:99 chr18 48327815 . G A 959.82 PASS AF=0.550898;AO=93;DP=160;FAO=92;FDP=167;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0371333;FXX=0.0118336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.353;QD=22.9896;RBI=0.0373306;REFB=-0.00988916;REVB=-0.00383237;RO=65;SAF=37;SAR=56;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138181;STB=0.547099;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00831973;OID=.;OPOS=48327815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:167:65:75:93:92:0.550898:56:37:27:38:56:36:37:38 chr18 48333203 . C G 392.05 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0249094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.3;QD=16.8622;RBI=0.0249295;REFB=-0.0145756;REVB=0.00100083;RO=52;SAF=19;SAR=22;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991727;STB=0.555529;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.021417;OID=.;OPOS=48333203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:22:19:19:33:22:19:19:33 chr18 48577782 . G C 461.08 PASS AF=0.535714;AO=43;DP=83;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0230594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.32;QD=21.9563;RBI=0.0230836;REFB=-0.0257315;REVB=-0.00105586;RO=39;SAF=22;SAR=21;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231181;STB=0.522993;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0233533;OID=.;OPOS=48577782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:39:43:45:0.535714:21:22:21:18:23:22:21:18 chr18 48633216 . G T 555.12 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00852421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.677;QD=22.4293;RBI=0.0164848;REFB=-0.00729019;REVB=0.0141098;RO=47;SAF=28;SAR=24;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872934;STB=0.548013;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00652463;OID=.;OPOS=48633216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:24:28:30:17:24:28:30:17 chr18 48723217 . C T 2182.32 PASS AF=0.967742;AO=149;DP=155;FAO=150;FDP=155;FR=.;FRO=5;FSAF=90;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0231129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.752;QD=56.318;RBI=0.0374584;REFB=-0.0991934;REVB=0.0294775;RO=4;SAF=89;SAR=60;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00789995;STB=0.506738;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00039204;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:155:155:4:5:149:150:0.967742:60:89:3:1:60:90:4:1 chr18 48723439 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.092;QD=45.8068;RBI=0.0858684;REFB=0;REVB=0.00554796;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705431;OID=.;OPOS=48723439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr18 49088752 . A G 362.97 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0144847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.492;QD=21.9981;RBI=0.017691;REFB=-0.0160942;REVB=0.0101571;RO=29;SAF=15;SAR=21;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261322;STB=0.507074;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00996683;OID=.;OPOS=49088752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:36:37:0.560606:21:15:13:16:21:16:13:16 chr18 49867224 . T C 6473.5 PASS AF=1;AO=413;DP=418;FAO=415;FDP=415;FR=.;FRO=0;FSAF=209;FSAR=206;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245228;FXX=0.00717686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.971;QD=62.3952;RBI=0.0315918;REFB=-0.0394493;REVB=-0.0199167;RO=0;SAF=207;SAR=206;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130353;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:418:415:0:0:413:415:1:206:207:0:0:206:209:0:0 chr18 50432602 . C G 637.5 PASS AF=0.42515;AO=71;DP=167;FAO=71;FDP=167;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0109866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7763;QD=15.2694;RBI=0.0109918;REFB=-0.00454264;REVB=-0.0003393;RO=96;SAF=33;SAR=38;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362676;STB=0.520278;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00628259;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:96:96:71:71:0.42515:38:33:48:48:38:33:48:48 chr18 50866236 . G A 796.8 PASS AF=0.383966;AO=91;DP=237;FAO=91;FDP=237;FR=.;FRO=146;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=77;FSRR=69;FWDB=-0.0319465;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.153;QD=13.4482;RBI=0.0511676;REFB=-0.0207408;REVB=0.0399693;RO=145;SAF=44;SAR=47;SRF=77;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517809;STB=0.527007;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0388738;OID=.;OPOS=50866236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:145:146:91:91:0.383966:47:44:77:68:47:44:77:69 chr18 50923713 . A G 289.46 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00805461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.591;QD=14.12;RBI=0.0177535;REFB=0.00315925;REVB=0.0158212;RO=46;SAF=11;SAR=21;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773471;STB=0.535692;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00474317;OID=.;OPOS=50923713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:46:49:32:33:0.402439:21:11:19:27:22:11:19:30 chr18 50936994 . T C 532.71 PASS AF=0.351351;AO=64;DP=184;FAO=65;FDP=185;FR=.;FRO=120;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=0.0138972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.076;QD=11.518;RBI=0.0167398;REFB=-0.0166128;REVB=0.00933211;RO=119;SAF=23;SAR=41;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13129;STB=0.570891;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0253784;OID=.;OPOS=50936994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:119:120:64:65:0.351351:41:23:56:63:41:24:57:63 chr18 50942653 . C T 831.32 PASS AF=0.4375;AO=92;DP=206;FAO=91;FDP=208;FR=.;FRO=117;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=72;FSRR=45;FWDB=-0.0103856;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0546;QD=15.9868;RBI=0.0383833;REFB=-0.00731059;REVB=-0.0369516;RO=114;SAF=59;SAR=33;SRF=72;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104946;STB=0.520087;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0103454;OID=.;OPOS=50942653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:208:114:117:92:91:0.4375:33:59:72:42:32:59:72:45 chr18 51681244 . T C 1306.45 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.038;QD=60.765;RBI=0.0758469;REFB=-0.0458392;REVB=0.0734757;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.506665;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000429745;OID=.;OPOS=51681244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:0:1:84:85:0.988372:47:37:0:0:48:37:1:0 chr18 51795957 . GCGACGACGAC GCGACGAC,GCGACGACGA 2417.29 PASS AF=0.40413,0;AO=207,87;DP=710;FAO=274,0;FDP=678;FR=.;FRO=404;FSAF=121,0;FSAR=153,0;FSRF=170;FSRR=234;FWDB=-0.0213053,-0.0233324;FXX=0.0410178;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=202.038,74.1112;QD=14.2613;RBI=0.0232946,0.147555;REFB=-0.0311304,-0.0572925;REVB=-0.0094193,-0.145699;RO=280;SAF=117,0;SAR=90,87;SRF=170;SRR=110;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.044471,-0.822369;STB=0.51261,0.5;STBP=0.568,1;TYPE=del,del;VARB=0.0421799,0.0731428;OID=.,.;OPOS=51795958,51795967;OREF=CGA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCGACGAC,GCGACGACGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40413,0:207,87:710:274,0:678:404:121,0:153,0:170:234:99:280:117,0:90,87:170:110 chr18 51820805 . G A 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.00541167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.024;QD=7.73048;RBI=0.0233918;REFB=-0.00944994;REVB=-0.0227572;RO=39;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178248;STB=0.607339;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0355206;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:9:5:9:30:9:5:9:30 chr18 52265308 . A C 475.22 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0388629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1718;QD=16.5294;RBI=0.0450284;REFB=0.00153344;REVB=-0.0227428;RO=63;SAF=20;SAR=32;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138973;STB=0.577626;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00223057;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:63:63:52:52:0.452174:32:20:33:30:32:20:33:30 chr18 52570281 . G A 755.79 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598381;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.735;QD=57.041;RBI=0.0356384;REFB=0;REVB=0.0351325;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.298e-05;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:19:33:0:0:20:33:0:0 chr18 52605188 . C T 243.0 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0777782;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6815;QD=24.9233;RBI=0.0779905;REFB=0.0128545;REVB=0.00575033;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128189;STB=0.571362;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00366595;OID=.;OPOS=52605188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:16:21:21:0.538462:10:11:11:5:10:11:11:5 chr18 52891395 . CTTTTTTTTTTTTTTTC CTGCTTTTTTTTTTTTC,CTTTTCTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTCTTA 678.18 PASS AF=0.0421053,0.210526,0.0526316,0.652632,0.0421053;AO=4,4,14,33,4;DP=100;FAO=4,20,5,62,4;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,3,62,4;FSAR=0,20,2,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221008,-0.0323364,-0.0791832,-0.137124,-0.108446;FXX=0.0686207;HRUN=15,15,15,15,15;LEN=2,1,4,3,4;MLLD=191.372,168.881,10.3311,8.81461,62.0301;QD=28.555;RBI=0.0305099,0.0503695,0.0875526,0.152512,0.110623;REFB=-0.0880776,-0.115682,-0.242212,-0.321601,-0.221838;REVB=-0.0210335,-0.0386193,-0.0373563,-0.0667603,-0.0218375;RO=0;SAF=4,0,13,33,4;SAR=0,4,1,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,del,del,mnp;VARB=0.0328588,-0.00167059,-0.0111775,-0.0106361,-0.050157;OID=.,.,.,.,.;OPOS=52891397,52891400,52891396,52891396,52891408;OREF=TT,T,TTTT,TTT,TTTC;OALT=GC,C,-,-,CTTA;OMAPALT=CTGCTTTTTTTTTTTTC,CTTTTCTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTCTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0421053,0.210526,0.0526316,0.652632,0.0421053:4,4,14,33,4:100:4,20,5,62,4:95:0:4,0,3,62,4:0,20,2,0,0:0:0:99:0:4,0,13,33,4:0,4,1,0,0:0:0 chr18 53070914 . G A 362.92 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0345621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.703;QD=14.0941;RBI=0.0345981;REFB=-0.0234489;REVB=0.00157875;RO=61;SAF=20;SAR=22;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000819544;STB=0.500463;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232033;OID=.;OPOS=53070914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:22:20:29:32:22:20:29:32 chr18 53177774 . G C 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0457393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9242;QD=21.6113;RBI=0.0533789;REFB=-0.0170361;REVB=-0.0275177;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275863;STB=0.654324;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.01731;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:16:7:15:9:16:7 chr18 53303101 . C G 2435.29 PASS AF=1;AO=81;DP=161;FAO=156;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162626;FXX=0.0249984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.933;QD=62.4433;RBI=0.141287;REFB=0;REVB=0.141277;RO=0;SAF=62;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32827e-05;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:156:0:0:81:156:1:19:62:0:0:92:64:0:0 chr18 54339818 . C G 2625.51 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=172;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0444537;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4451;QD=61.4155;RBI=0.057326;REFB=-0.0219175;REVB=0.0361958;RO=1;SAF=74;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638833;STB=0.503355;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00122785;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:171:1:1:170:170:0.994152:96:74:1:0:96:74:1:0 chr18 54448778 . G A 827.05 PASS AF=0.447917;AO=85;DP=194;FAO=86;FDP=192;FR=.;FRO=106;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=0.00430912;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.892;QD=17.2302;RBI=0.0597429;REFB=-0.0234183;REVB=0.0595873;RO=106;SAF=50;SAR=35;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514756;STB=0.531243;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0238201;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:192:106:106:85:86:0.447917:35:50:57:49:35:51:57:49 chr18 54815025 . G T 1001.31 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197288;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.581;QD=58.0468;RBI=0.0212038;REFB=-0.152425;REVB=0.00777007;RO=1;SAF=19;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024222;STB=0.512817;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00102671;OID=.;OPOS=54815025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:69:1:1:68:68:0.985507:49:19:1:0:49:19:1:0 chr18 55021725 . A C 1522.74 PASS AF=0.938596;AO=107;DP=114;FAO=107;FDP=114;FR=.;FRO=7;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.015294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.599;QD=53.4296;RBI=0.0159392;REFB=-0.0409107;REVB=0.00448892;RO=6;SAF=49;SAR=58;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295946;STB=0.510668;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.000837953;OID=.;OPOS=55021725;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:114:114:6:7:107:107:0.938596:58:49:1:5:58:49:2:5 chr18 55027334 . G T 1538.16 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5953;QD=63.4294;RBI=0.00483034;REFB=0;REVB=-0.00162981;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103897;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:39:56:0:0:40:57:0:0 chr18 55034359 . T C 742.25 PASS AF=0.514286;AO=72;DP=140;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0146128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.742;QD=21.2073;RBI=0.0173953;REFB=-0.00857029;REVB=0.00943733;RO=68;SAF=32;SAR=40;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139427;STB=0.576598;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00876473;OID=.;OPOS=55034359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:68:68:72:72:0.514286:40:32:41:27:40:32:41:27 chr18 55124087 . A G 293.01 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00426577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.151;QD=27.2568;RBI=0.0420597;REFB=-0.0262515;REVB=0.0418429;RO=17;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150531;STB=0.588168;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0188343;OID=.;OPOS=55124087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:17:25:26:0.604651:14:11:11:6:15:11:11:6 chr18 55143766 . C T 2149.07 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.819;QD=61.8436;RBI=0.0376629;REFB=0;REVB=0.0172521;RO=2;SAF=83;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0033605;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111326;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:139:2:0:135:139:1:52:83:1:1:53:86:0:0 chr18 55144035 . C T 1030.11 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086576;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.366;QD=59.7163;RBI=0.0409243;REFB=0;REVB=-0.039998;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51292e-05;OID=.;OPOS=55144035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr18 55144045 . G A 1208.81 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2904;QD=61.2055;RBI=0.0276012;REFB=0;REVB=-0.0199316;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134181;OID=.;OPOS=55144045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr18 55144748 . G A 2485.07 PASS AF=1;AO=161;DP=164;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650212;FXX=0.024241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.556;QD=61.7409;RBI=0.0115463;REFB=0;REVB=0.00954149;RO=0;SAF=72;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244908;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:164:161:0:0:161:161:1:89:72:0:0:89:72:0:0 chr18 55145575 . C G,T 1700.6 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=109,5;DP=114;FAO=110,4;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=59,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323495,0.00711728;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.4359,150.608;QD=59.67;RBI=0.0317206,0.0248937;REFB=0,0;REVB=0.0315553,-0.0238545;RO=0;SAF=51,0;SAR=58,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00482493,0.0887963;OID=.,.;OPOS=55145575,55145575;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:114:114:0:0:109,5:110,4:0.964912,0.0350877:58,5:51,0:0:0:59,4:51,0:0:0 chr18 55145765 . G C 171.1 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0448137;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.33;QD=12.4439;RBI=0.044856;REFB=-0.00874291;REVB=-0.00194929;RO=33;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095728;STB=0.548732;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0168154;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:15:6:12:21:15:6:12:22 chr18 55145906 . C T 1080.49 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8964;QD=60.0273;RBI=0.0366105;REFB=0;REVB=0.00627157;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168567;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr18 55146261 . G A 725.16 PASS AF=0.379464;AO=85;DP=224;FAO=85;FDP=224;FR=.;FRO=139;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=-0.0254144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.996;QD=12.9492;RBI=0.0265966;REFB=-0.0152869;REVB=-0.00784122;RO=134;SAF=42;SAR=43;SRF=63;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260477;STB=0.503046;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0237;OID=.;OPOS=55146261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:134:139:85:85:0.379464:43:42:63:71:43:42:68:71 chr18 55150271 . A C 731.81 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260344;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.42;QD=63.6355;RBI=0.0408415;REFB=0;REVB=0.031468;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296586;OID=.;OPOS=55150271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr18 55150486 . C CG 44.49 PASS AF=0.092827;AO=39;DP=237;FAO=22;FDP=237;FR=.;FRO=215;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=75;FSRR=140;FWDB=-0.0397111;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.9211;QD=0.750912;RBI=0.0529711;REFB=-0.00729425;REVB=-0.0350567;RO=198;SAF=9;SAR=30;SRF=71;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195765;STB=0.6339;STBP=0.224;TYPE=ins;VARB=0.159759;OID=.;OPOS=55150487;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.092827:39:237:22:237:215:5:17:75:140:44:198:9:30:71:127 chr18 55151334 . G A 270.84 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0293856;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.553;QD=14.2549;RBI=0.0294004;REFB=-0.012148;REVB=-0.000933403;RO=41;SAF=6;SAR=25;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110345;STB=0.613954;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0142372;OID=.;OPOS=55151334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:45:31:31:0.407895:25:6:11:30:25:6:15:30 chr18 55153371 . T C 427.27 PASS AF=0.455446;AO=42;DP=97;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=0.0162652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.567;QD=16.9217;RBI=0.0183365;REFB=-0.0235814;REVB=0.00846572;RO=54;SAF=35;SAR=7;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172189;STB=0.524485;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0306493;OID=.;OPOS=55153371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:54:55:42:46:0.455446:7:35:39:15:11:35:40:15 chr18 55155489 . A G 2061.09 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=137;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0273362;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.294;QD=61.0694;RBI=0.0276244;REFB=-0.0952916;REVB=0.00397958;RO=2;SAF=66;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014184;STB=0.507462;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000614213;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:135:2:2:133:133:0.985185:67:66:2:0:67:66:2:0 chr18 55155711 . C G 885.05 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.708;QD=58.036;RBI=0.0294697;REFB=0;REVB=0.00872605;RO=0;SAF=45;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77897e-05;OID=.;OPOS=55155711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:16:45:0:0:16:45:0:0 chr18 55155870 . G A 2176.25 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434522;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3659;QD=63.0797;RBI=0.0486461;REFB=0;REVB=-0.0218712;RO=0;SAF=52;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04339e-05;OID=.;OPOS=55155870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:135:138:1:83:52:0:0:84:54:0:0 chr18 55158489 . A AATTCTGC 184.91 PASS AF=0.290698;AO=23;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00329233;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=278.695;QD=8.60037;RBI=0.0159304;REFB=-0.0121183;REVB=-0.0155865;RO=62;SAF=13;SAR=10;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793958;STB=0.508373;STBP=0.968;TYPE=ins;VARB=0.0324328;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290698:23:86:25:86:61:13:12:31:30:99:62:13:10:31:31 chr18 55314820 . C A 498.92 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00826357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.796;QD=24.0441;RBI=0.00988648;REFB=-0.00932444;REVB=0.00542731;RO=36;SAF=24;SAR=23;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101792;STB=0.555761;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0124772;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:23:24:23:13:23:24:23:13 chr18 55317676 . C T 2101.98 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7152;QD=62.7456;RBI=0.0557923;REFB=0;REVB=-0.0307968;RO=0;SAF=62;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309233;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:71:62:0:0:72:62:0:0 chr18 55329759 . GAAAAAAAG AGAAAAAAG,GAAAAAAG,GAAAAAAGA,GGAAAAAAG 961.48 PASS AF=0.0451613,0.948387,0.00645161,0;AO=7,50,6,16;DP=163;FAO=7,147,1,0;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=0,85,1,0;FSAR=7,62,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024256,0.6746,0.159807,0.234957;FXX=0.0773764;HRUN=2,7,7,7;LEN=2,1,2,1;MLLD=176.673,8.56437,13.0369,13.9852;QD=24.8123;RBI=0.0624659,0.67687,0.164979,0.235507;REFB=-0.00966045,0.0108568,0.0157016,0.00902676;REVB=-0.0575642,-0.0553882,-0.040983,0.0160742;RO=57;SAF=0,27,2,1;SAR=7,23,4,15;SRF=52;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.8341,-0.377891,-0.681405,-0.82907;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=0.104237,0.0105515,-0.121682,0;OID=.,.,.,.;OPOS=55329759,55329760,55329766,55329760;OREF=GA,A,AG,A;OALT=AG,-,GA,G;OMAPALT=AGAAAAAAG,GAAAAAAG,GAAAAAAGA,GGAAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:163:155:57:0:7,50,6,16:7,147,1,0:0.0451613,0.948387,0.00645161,0:7,23,4,15:0,27,2,1:52:5:7,62,0,0:0,85,1,0:0:0 chr18 55335366 . G T 149.41 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0819678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9127;QD=11.953;RBI=0.0827088;REFB=0.00266409;REVB=0.0110464;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835601;STB=0.549238;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00171433;OID=.;OPOS=55335366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:9:8:18:15:9:8:18:15 chr18 55346232 . A G 929.81 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0506665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6305;QD=55.5108;RBI=0.0510104;REFB=-0.0393342;REVB=0.00591302;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192711;STB=0.50418;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0017912;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:1:2:64:65:0.970149:40:24:1:0:41:24:1:1 chr18 55362532 . T G 1982.22 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.204;QD=61.9444;RBI=0.0589405;REFB=0;REVB=0.0454451;RO=0;SAF=52;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03321e-05;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:128:0:0:123:128:1:71:52:0:0:73:55:0:0 chr18 55364852 . A G 3114.32 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.581;QD=63.8834;RBI=0.00603948;REFB=0;REVB=0.00388098;RO=0;SAF=78;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26634e-06;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:194:195:1:116:78:0:0:117:78:0:0 chr18 55711878 . CGG CGC,CG 5086.51 PASS AF=0.188285,0.811715;AO=99,93;DP=482;FAO=90,388;FDP=478;FR=.;FRO=0;FSAF=0,292;FSAR=90,96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763065,0.832485;FXX=0.0103518;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=188.159,12.7765;QD=42.5649;RBI=0.0800918,0.832528;REFB=0,0;REVB=-0.0243313,0.00843941;RO=259;SAF=0,27;SAR=99,66;SRF=250;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.905645,-0.729252;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0994437,-0.0398062;OID=.,.;OPOS=55711880,55711879;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.188285,0.811715:99,93:482:90,388:478:0:0,292:90,96:0:0:99:259:0,27:99,66:250:9 chr18 56148796 . A G 499.69 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0223553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.913;QD=54.0203;RBI=0.0309339;REFB=-0.0468844;REVB=0.021381;RO=2;SAF=7;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116269;STB=0.562462;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00056071;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:28:7:2:0:28:7:2:0 chr18 56149099 . T C 3744.05 PASS AF=1;AO=234;DP=234;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.368;QD=63.4585;RBI=0.0382935;REFB=0;REVB=0.013608;RO=0;SAF=99;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73387e-05;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:236:0:0:234:236:1:135:99:0:0:136:100:0:0 chr18 56184325 . C T 435.36 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0344163;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.746;QD=16.4285;RBI=0.035138;REFB=0.00022348;REVB=0.00708511;RO=57;SAF=31;SAR=17;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221418;STB=0.628324;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-5.73069e-05;OID=.;OPOS=56184325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:58:48:48:0.45283:17:31:24:33:17:31:24:34 chr18 56196451 . C T 223.78 PASS AF=0.425;AO=14;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00367845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.205;QD=22.3784;RBI=0.00378207;REFB=-0.00800689;REVB=0.000879252;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217434;STB=0.627764;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0290816;OID=.;OPOS=56196451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:40:40:18:18:14:17:0.425:7:7:5:13:8:9:5:13 chr18 56202418 . T C 525.94 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908162;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.8952;QD=60.1076;RBI=0.0612468;REFB=0;REVB=0.0605698;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859159;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr18 56202768 . C A 700.54 PASS AF=0.460123;AO=76;DP=163;FAO=75;FDP=163;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=-0.0509211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0807;QD=17.1912;RBI=0.0595806;REFB=-0.0176682;REVB=-0.0309335;RO=87;SAF=42;SAR=34;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441568;STB=0.516995;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0154563;OID=.;OPOS=56202768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:87:88:76:75:0.460123:34:42:52:35:33:42:52:36 chr18 56202982 . A T 1511.13 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224567;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205;QD=59.8467;RBI=0.0287873;REFB=0;REVB=-0.0180112;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57405e-06;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:58:43:0:0:58:43:0:0 chr18 56203074 . G A 590.81 PASS AF=0.397661;AO=68;DP=171;FAO=68;FDP=171;FR=.;FRO=103;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.0107955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.784;QD=13.82;RBI=0.0333995;REFB=-0.00736596;REVB=-0.0316067;RO=103;SAF=25;SAR=43;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20064;STB=0.613077;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0144086;OID=.;OPOS=56203074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:103:103:68:68:0.397661:43:25:57:46:43:25:57:46 chr18 56203120 . C T 1043.72 PASS AF=0.444898;AO=109;DP=245;FAO=109;FDP=245;FR=.;FRO=136;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=71;FSRR=65;FWDB=-0.00333695;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.802;QD=17.0403;RBI=0.0152853;REFB=-0.00667252;REVB=-0.0149166;RO=136;SAF=54;SAR=55;SRF=71;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266548;STB=0.514786;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00678868;OID=.;OPOS=56203120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:136:136:109:109:0.444898:55:54:71:65:55:54:71:65 chr18 56203411 . G C 671.33 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.025866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.549;QD=50.6663;RBI=0.0261901;REFB=-0.140165;REVB=0.00410769;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5294;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00233932;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:53:53:0:3:50:50:0.943396:24:26:0:0:24:26:0:3 chr18 56203447 . A G 944.6 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.492;QD=57.2483;RBI=0.0656777;REFB=-0.122872;REVB=0.0131732;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014534;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144424;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:66:1:0:65:66:1:32:33:0:1:33:33:0:0 chr18 56203891 . G T 1496.63 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.812;QD=61.7165;RBI=0.0519125;REFB=-0.0867909;REVB=0.0499994;RO=2;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175562;STB=0.504586;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000234151;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:2:1:95:96:0.989691:53:42:0:2:54:42:0:1 chr18 56203898 . T G 1563.77 PASS AF=0.99;AO=85;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.556;QD=62.5508;RBI=0.031739;REFB=0.0541823;REVB=0.0104318;RO=1;SAF=30;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853642;STB=0.504131;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000462358;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:85:99:0.99:55:30:0:1:60:39:0:1 chr18 56204250 . A C 982.35 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00599365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.073;QD=56.1341;RBI=0.0103377;REFB=-0.155195;REVB=0.00842287;RO=1;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116708;STB=0.512192;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0232258;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:1:2:68:68:0.971429:40:28:0:1:40:28:0:2 chr18 56204387 . ACAGTTGATGTGTCCT A 142.74 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=90;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.00174175;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=15;MLLD=451.594;QD=6.48824;RBI=0.0096411;REFB=-0.000968025;REVB=0.00948247;RO=63;SAF=9;SAR=12;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200011;STB=0.519981;STBP=0.856;TYPE=del;VARB=0.00184361;OID=.;OPOS=56204388;OREF=CAGTTGATGTGTCCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238636:21:90:21:88:67:9:12:27:40:99:63:9:12:26:37 chr18 56204410 . C T 259.62 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0129238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.151;QD=9.89034;RBI=0.0284065;REFB=-0.0179411;REVB=-0.0252964;RO=71;SAF=14;SAR=20;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00397685;STB=0.502313;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0286483;OID=.;OPOS=56204410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:71:71:34:34:0.32381:20:14:29:42:20:14:29:42 chr18 56204644 . T G 409.24 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.00516283;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.023;QD=16.2077;RBI=0.006618;REFB=-0.0173644;REVB=0.00414043;RO=56;SAF=17;SAR=27;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697547;STB=0.546198;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0254225;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:56:56:44:45:0.445545:27:17:18:38:27:18:18:38 chr18 56204671 . A T 513.66 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.000137497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7182;QD=19.948;RBI=0.0218038;REFB=-0.0046867;REVB=-0.0218034;RO=50;SAF=24;SAR=29;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024051;STB=0.513269;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00779156;OID=.;OPOS=56204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:29:24:24:26:29:24:24:26 chr18 56204747 . G A 2959.38 PASS AF=0.979381;AO=188;DP=194;FAO=190;FDP=194;FR=.;FRO=4;FSAF=97;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00811829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.56;QD=61.0181;RBI=0.0121996;REFB=-0.15442;REVB=-0.00910627;RO=3;SAF=97;SAR=91;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015436;STB=0.510525;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000321683;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:194:194:3:4:188:190:0.979381:91:97:0:3:93:97:0:4 chr18 56204932 . T G 254.24 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00183917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.489;QD=10.8189;RBI=0.0332978;REFB=0.00322641;REVB=-0.0332469;RO=62;SAF=11;SAR=20;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134558;STB=0.573839;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00713643;OID=.;OPOS=56204932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:63:31:31:0.329787:20:11:29:33:20:11:29:34 chr18 56204945 . C G 221.1 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0142942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7133;QD=10.0498;RBI=0.0239855;REFB=0.000190813;REVB=0.0192608;RO=60;SAF=9;SAR=19;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999695;STB=0.55878;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=9.96465e-05;OID=.;OPOS=56204945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:60:28:28:0.318182:19:9:24:36:19:9:24:36 chr18 56204977 . C T 183.7 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0253172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.051;QD=8.07467;RBI=0.0337412;REFB=-0.00385598;REVB=-0.0223049;RO=66;SAF=6;SAR=19;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320901;STB=0.694065;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0134479;OID=.;OPOS=56204977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:66:66:25:25:0.274725:19:6:32:34:19:6:32:34 chr18 56204991 . C T 207.68 PASS AF=0.3;AO=27;DP=90;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0188853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.342;QD=9.23023;RBI=0.0211859;REFB=-0.0141619;REVB=-0.00960151;RO=63;SAF=7;SAR=20;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27858;STB=0.665936;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0367541;OID=.;OPOS=56204991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:63:27:27:0.3:20:7:30:33:20:7:30:33 chr18 56205262 . A C 194.76 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0109802;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.767;QD=16.5754;RBI=0.0138973;REFB=-0.0053384;REVB=-0.00851878;RO=28;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345915;STB=0.707648;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00797795;OID=.;OPOS=56205262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:27:20:20:0.425532:5:15:12:16:5:15:11:16 chr18 56246439 . CTTT CTT,CTTC 2076.73 PASS AF=0.992857,0;AO=41,85;DP=138;FAO=139,0;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=71,0;FSAR=68,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0824813,-0.229224;FXX=0.0070917;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=24.7087,19.4988;QD=59.3352;RBI=0.102211,0.488499;REFB=0.035079,0.102215;REVB=-0.0603647,-0.431379;RO=1;SAF=31,32;SAR=10,53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0148996,-0.0145728;STB=0.503496,0.5;STBP=0.486,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00127293,0;OID=.,.;OPOS=56246440,56246442;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTT,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992857,0:41,85:138:139,0:140:1:71,0:68,0:1:0:8:1:31,32:10,53:1:0 chr18 56247180 . T C 1153.4 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.923;QD=60.7054;RBI=0.0268091;REFB=0;REVB=0.0195189;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59369e-05;OID=.;OPOS=56247180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr18 56247567 . A G 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.737;QD=58.4154;RBI=0.0102946;REFB=0;REVB=0.00552026;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92602e-05;OID=.;OPOS=56247567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr18 56247600 . C A 799.05 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00999355;FXX=0.0327815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.157;QD=54.1726;RBI=0.0114482;REFB=0.0264259;REVB=0.00558473;RO=1;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028559;STB=0.529401;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-1.371e-05;OID=.;OPOS=56247600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:59:1:2:57:57:0.966102:16:41:0:1:16:41:0:2 chr18 56279025 . T G 1360.2 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0159083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.819;QD=59.1391;RBI=0.0264804;REFB=-0.183742;REVB=0.0211692;RO=2;SAF=48;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00164759;STB=0.500728;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000801323;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:92:92:2:2:89:90:0.978261:41:48:1:1:42:48:1:1 chr18 56470255 . G C 282.41 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.2492;QD=51.3477;RBI=0.119011;REFB=0;REVB=0.111463;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040986;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:1:0:19:22:1:10:9:0:1:13:9:0:0 chr18 56470264 . T TGG 325.75 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0762997;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=2;MLLD=37.6173;QD=46.535;RBI=0.0822063;REFB=0;REVB=-0.0305978;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00137282;OID=.;OPOS=56470265;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:29:28:28:0:16:12:0:0:6:1:15:10:1:0 chr18 56593521 . T G 1208.34 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0445715;FXX=0.0574647;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6142;QD=58.9433;RBI=0.0831934;REFB=-0.048663;REVB=0.0702461;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502886;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00367772;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:0:2:79:80:0.97561:48:31:0:0:49:31:1:1 chr18 56887507 . C A 901.67 PASS AF=0.502793;AO=90;DP=179;FAO=90;FDP=179;FR=.;FRO=89;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.033703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.204;QD=20.1489;RBI=0.0357583;REFB=-0.0283285;REVB=0.0119482;RO=89;SAF=49;SAR=41;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858877;STB=0.547204;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0319999;OID=.;OPOS=56887507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:89:89:90:90:0.502793:41:49:40:49:41:49:40:49 chr18 57013193 . CTTT CTTC,TCTT,TTCT 87.79 PASS AF=0.282609,0,0;AO=7,2,2;DP=45;FAO=13,0,0;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=1,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0284259,-0.105756,-0.0812153;FXX=0;HRUN=9,1,1;LEN=1,2,3;MLLD=167.272,19.9979,34.1755;QD=7.63408;RBI=0.117753,0.28771,0.176462;REFB=-0.00876596,-0.145047,-0.0736847;REVB=-0.114271,-0.267568,-0.156662;RO=15;SAF=0,0,1;SAR=7,2,1;SRF=13;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.829107,-0.736637,-0.448831;STB=0.922426,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0908949,0,0;OID=.,.,.;OPOS=57013196,57013193,57013193;OREF=T,CT,CTT;OALT=C,TC,TTC;OMAPALT=CTTC,TCTT,TTCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:45:46:15:33:7,2,2:13,0,0:0.282609,0,0:7,2,1:0,0,1:13:2:12,0,0:1,0,0:22:11 chr18 57640352 . C CAA 1220.83 PASS AF=1;AO=80;DP=121;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543269;FXX=0.0373797;HRUN=4;LEN=2;MLLD=27.7457;QD=47.4111;RBI=0.0693625;REFB=0;REVB=-0.0431247;RO=19;SAF=28;SAR=52;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00189979;OID=.;OPOS=57640353;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:121:103:103:0:36:67:0:0:22:19:28:52:11:8 chr18 59170304 . C G 2201.05 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166148;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.053;QD=63.3396;RBI=0.0351528;REFB=0;REVB=0.0309785;RO=0;SAF=70;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2062e-05;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:69:70:0:0:69:70:0:0 chr18 59780393 . T A 161.35 PASS AF=0.291139;AO=18;DP=76;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0130597;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.473;QD=8.16948;RBI=0.0147664;REFB=-0.0174966;REVB=0.00689124;RO=58;SAF=6;SAR=12;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307873;STB=0.626529;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0445826;OID=.;OPOS=59780393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:58:56:18:23:0.291139:12:6:34:24:14:9:32:24 chr18 59805532 . T C 1397.34 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0273713;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5212;QD=61.4216;RBI=0.0288545;REFB=-0.101306;REVB=-0.00913215;RO=0;SAF=27;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0118394;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:0:1:90:90:0.989011:63:27:0:0:63:27:0:1 chr18 59807635 . T C 170.88 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00288095;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4833;QD=15.5345;RBI=0.0854032;REFB=-0.0154512;REVB=0.0853546;RO=26;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125323;STB=0.507238;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0224461;OID=.;OPOS=59807635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:26:26:18:18:0.409091:14:4:6:20:14:4:6:20 chr18 59813168 . T C 375.97 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00217331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.2;QD=14.6007;RBI=0.0246033;REFB=-0.00983666;REVB=-0.0245071;RO=60;SAF=19;SAR=24;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258818;STB=0.514592;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0124957;OID=.;OPOS=59813168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:24:19:28:32:24:19:28:32 chr18 59814268 . G A 703.83 PASS AF=0.486667;AO=71;DP=148;FAO=73;FDP=150;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.00629309;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.19;QD=18.7687;RBI=0.00780995;REFB=-0.0231892;REVB=0.00462518;RO=77;SAF=37;SAR=34;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990611;STB=0.546785;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0219529;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:77:77:71:73:0.486667:34:37:32:45:36:37:32:45 chr18 59814324 . G C 1877.81 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.776;QD=61.5676;RBI=0.00621865;REFB=0;REVB=0.00554355;RO=0;SAF=57;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65873e-06;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:65:57:0:0:65:57:0:0 chr18 59942748 . T A 53.39 PASS AF=0.112245;AO=12;DP=92;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.0295573;FXX=0.0101;HRUN=13;LEN=1;MLLD=123.89;QD=2.17916;RBI=0.0426531;REFB=-0.0232021;REVB=-0.0307514;RO=77;SAF=11;SAR=1;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530701;STB=0.881583;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0207937;OID=.;OPOS=59942748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:92:98:77:87:12:11:0.112245:1:11:41:36:1:10:46:41 chr18 60027241 . C T 1985.52 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.728;QD=61.5665;RBI=0.00155773;REFB=0;REVB=0.00107748;RO=1;SAF=61;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115137;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:128:129:1:0:127:129:1:66:61:1:0:66:63:0:0 chr18 60036083 . A G 1013.17 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332531;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1943;QD=59.5984;RBI=0.0357536;REFB=0;REVB=-0.0131361;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67531e-05;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:46:21:0:0:47:21:0:0 chr18 60191428 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0467561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5559;QD=15.6188;RBI=0.0594738;REFB=-0.0129081;REVB=0.036756;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199228;STB=0.606289;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0224974;OID=.;OPOS=60191428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:18:18:0.418605:5:13:13:11:5:13:14:11 chr18 60191533 . CGGGGG CGGG,CGGGG,CGGGGC 594.89 PASS AF=0,0.921053,0.0789474;AO=8,26,13;DP=78;FAO=0,70,6;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=0,53,6;FSAR=0,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.184796,0.365669,0.155552;FXX=0.0379699;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=9.6555,10.6473,8.4828;QD=31.3099;RBI=0.301667,0.558298,0.243654;REFB=0.0398305,0.0245595,-0.038346;REVB=-0.23844,-0.421879,-0.187539;RO=18;SAF=0,21,13;SAR=8,5,0;SRF=18;SRR=0;SSEN=0.311111,0.311111,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.869313,-0.277125,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0186707,-0.150425;OID=.,.,.;OPOS=60191534,60191534,60191538;OREF=GG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.921053,0.0789474:8,26,13:78:0,70,6:76:0:0,53,6:0,17,0:0:0:11:18:0,21,13:8,5,0:18:0 chr18 60237388 . A G 2061.08 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7017;QD=62.4568;RBI=0.0171493;REFB=0;REVB=-0.015454;RO=0;SAF=53;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68683e-05;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:78:53:0:0:79:53:0:0 chr18 60241732 . C T 364.44 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0141143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.958;QD=18.4526;RBI=0.0145129;REFB=-0.0298442;REVB=0.00337776;RO=40;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309133;STB=0.52541;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0284549;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:41:38:38:0.481013:14:24:24:16:14:24:24:17 chr18 60242740 . T C 685.65 PASS AF=0.59633;AO=65;DP=109;FAO=65;FDP=109;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=-0.00640438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.432;QD=25.1614;RBI=0.00718341;REFB=-0.0250999;REVB=-0.0032535;RO=44;SAF=26;SAR=39;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156886;STB=0.584956;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0167338;OID=.;OPOS=60242740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:44:44:65:65:0.59633:39:26:9:35:39:26:9:35 chr18 60244856 . A G 4040.65 PASS AF=1;AO=255;DP=255;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247322;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.517;QD=62.4039;RBI=0.0644735;REFB=0;REVB=0.0595411;RO=0;SAF=121;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03237e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:259:0:0:255:259:1:134:121:0:0:138:121:0:0 chr18 60562298 . A T 676.77 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=169;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=-0.013121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.269;QD=16.0182;RBI=0.0908327;REFB=-0.0125213;REVB=-0.0898801;RO=94;SAF=40;SAR=34;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561433;STB=0.527806;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.018216;OID=.;OPOS=60562298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:94:95:74:74:0.43787:34:40:56:38:34:40:56:39 chr18 60985767 . CGGGGGC CCGGGGT,CGGGGC,CGGGGCC,CGGGGGT,GCGGGGC 426.84 PASS AF=0.115385,0.365385,0,0.442308,0.0769231;AO=9,7,6,9,5;DP=54;FAO=6,19,0,23,4;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,0,12,0;FSAR=6,13,0,11,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631439,-0.214625,-0.18296,0.143495,-0.114535;FXX=0.0370302;HRUN=5,5,5,1,1;LEN=6,1,1,1,2;MLLD=109.01,5.42374,8.98623,108.237,11.259;QD=32.8342;RBI=0.0716875,0.342388,0.194416,0.148635,0.131168;REFB=-0.0545867,-0.0317589,-0.0216535,-0.0524007,-0.0794763;REVB=0.0339403,0.266769,-0.0657526,0.0387499,0.0639268;RO=5;SAF=0,5,0,6,0;SAR=9,2,6,3,5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0.365854,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.779824,0.363051,-0.731761,0.289354,-0.706441;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,snp,mnp;VARB=0.0270539,0.116685,0,0.0620484,0.0881386;OID=.,.,.,.,.;OPOS=60985768,60985768,60985772,60985773,60985767;OREF=GGGGGC,G,G,C,CG;OALT=CGGGGT,-,C,T,GC;OMAPALT=CCGGGGT,CGGGGC,CGGGGCC,CGGGGGT,GCGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:99:54:52:5:0:9,7,6,9,5:6,19,0,23,4:0.115385,0.365385,0,0.442308,0.0769231:9,2,6,3,5:0,5,0,6,0:1:4:6,13,0,11,4:0,6,0,12,0:0:0 chr18 60985775 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG,GCCCGGG 563.33 PASS AF=1,0,0,0;AO=25,8,5,4;DP=56;FAO=49,0,0,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0,0,0;FSAR=33,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436909,-0.17586,-0.22488,-0.116592;FXX=0.140326;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,1,1,2;MLLD=24.0222,12.5141,7.75542,16.7938;QD=45.9862;RBI=0.152467,0.218666,0.224885,0.116621;REFB=-0.0932167,-0.0605514,-0.0159156,-0.0202057;REVB=0.146073,0.129954,0.00154268,0.00260588;RO=4;SAF=2,4,4,4;SAR=23,4,1,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0742072,0.292303,0.554117,0.794086;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.00725052,0.0308524,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=60985780,60985776,60985780,60985779;OREF=CG,C,C,CC;OALT=-,-,G,GG;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG,GCCCGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0,0:25,8,5,4:56:49,0,0,0:49:0:16,0,0,0:33,0,0,0:0:0:3:4:2,4,4,4:23,4,1,0:0:4 chr18 61156606 . G C 738.67 PASS AF=0.506667;AO=74;DP=151;FAO=76;FDP=150;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.00351842;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1915;QD=19.6977;RBI=0.00366801;REFB=-0.0217081;REVB=0.00103684;RO=72;SAF=40;SAR=34;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159785;STB=0.578954;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0194375;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:72:74:74:76:0.506667:34:40:26:46:35:41:28:46 chr18 61160287 . T C 595.23 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=159;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0641996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7768;QD=14.9743;RBI=0.0787568;REFB=0.0229495;REVB=-0.0456185;RO=91;SAF=24;SAR=44;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150402;STB=0.58427;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0253309;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:91:91:68:68:0.427673:44:24:45:46:44:24:45:46 chr18 61160385 . T C 349.9 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00496352;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1932;QD=12.8404;RBI=0.00730843;REFB=-0.00995104;REVB=0.00536438;RO=67;SAF=19;SAR=23;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757314;STB=0.543049;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0176887;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:67:67:42:42:0.385321:23:19:35:32:23:19:35:32 chr18 61170721 . T C 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0201203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.522;QD=14.6688;RBI=0.0235568;REFB=-0.00827458;REVB=0.0122513;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402124;STB=0.727096;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00879678;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:8:16:8:24:8:16:8:24 chr18 61170782 . A G 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0225213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.198;QD=13.4954;RBI=0.0239971;REFB=-0.00343991;REVB=-0.00828562;RO=44;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153673;STB=0.587835;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00882137;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:11:18:21:23:11:18:21:23 chr18 61170925 . T C 2234.94 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.105;QD=63.4026;RBI=0.0546269;REFB=0;REVB=0.0287584;RO=0;SAF=61;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26743e-05;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:80:61:0:0:80:61:0:0 chr18 61233907 . C T 241.67 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.035843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7642;QD=21.9702;RBI=0.0358763;REFB=-0.00602312;REVB=0.00154507;RO=21;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307167;STB=0.517226;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00316762;OID=.;OPOS=61233907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:15:8:8:13:15:8:8:13 chr18 61234004 . G C 441.14 PASS AF=0.445455;AO=47;DP=108;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00421195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.666;QD=16.0413;RBI=0.0342936;REFB=-0.00322376;REVB=0.034034;RO=61;SAF=20;SAR=27;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509018;STB=0.51476;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00590045;OID=.;OPOS=61234004;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:61:61:47:49:0.445455:27:20:29:32:27:22:29:32 chr18 61262367 . C T 624.43 PASS AF=0.439189;AO=65;DP=148;FAO=65;FDP=148;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=0.0303299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.993;QD=16.8765;RBI=0.0306926;REFB=-0.0058746;REVB=0.00470417;RO=81;SAF=29;SAR=36;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899038;STB=0.548551;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00879579;OID=.;OPOS=61262367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:81:83:65:65:0.439189:36:29:29:52:36:29:30:53 chr18 61264298 . G A 1479.21 PASS AF=0.491582;AO=146;DP=297;FAO=146;FDP=297;FR=.;FRO=151;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=60;FSRR=91;FWDB=-0.00822263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.077;QD=19.9221;RBI=0.0124698;REFB=0.000405245;REVB=0.00937464;RO=151;SAF=61;SAR=85;SRF=60;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195451;STB=0.510726;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.000436839;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:151:151:146:146:0.491582:85:61:60:91:85:61:60:91 chr18 61264468 . C T 800.13 PASS AF=0.526316;AO=80;DP=154;FAO=80;FDP=152;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0063281;FXX=0.0129862;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.755;QD=21.0561;RBI=0.0111195;REFB=-0.0114467;REVB=-0.00914322;RO=70;SAF=40;SAR=40;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024345;STB=0.506577;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00913549;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:70:72:80:80:0.526316:40:40:33:37:40:40:35:37 chr18 61310374 . C T 1294.65 PASS AF=0.483516;AO=131;DP=272;FAO=132;FDP=273;FR=.;FRO=141;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=76;FSRR=65;FWDB=-0.0313741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.649;QD=18.9693;RBI=0.0319704;REFB=0.00235845;REVB=-0.00614548;RO=141;SAF=75;SAR=56;SRF=76;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320687;STB=0.51931;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00252746;OID=.;OPOS=61310374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:141:141:131:132:0.483516:56:75:76:65:56:76:76:65 chr18 61322995 . T C 1156.53 PASS AF=0.479339;AO=115;DP=241;FAO=116;FDP=242;FR=.;FRO=126;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=65;FSRR=61;FWDB=0.0135657;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.927;QD=19.1161;RBI=0.0136473;REFB=0.0152558;REVB=0.00149022;RO=125;SAF=59;SAR=56;SRF=64;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000987033;STB=0.500713;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.0171875;OID=.;OPOS=61322995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:125:126:115:116:0.479339:56:59:64:61:56:60:65:61 chr18 61323012 . C G 1313.45 PASS AF=0.522822;AO=126;DP=241;FAO=126;FDP=241;FR=.;FRO=115;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=0.00022353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.94;QD=21.8;RBI=0.00724312;REFB=-0.0132191;REVB=-0.00723967;RO=115;SAF=69;SAR=57;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303519;STB=0.516594;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0144831;OID=.;OPOS=61323012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:115:115:126:126:0.522822:57:69:59:56:57:69:59:56 chr18 61326597 . A C 972.5 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.322;QD=58.9393;RBI=0.0254438;REFB=0;REVB=-0.0123648;RO=0;SAF=63;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42219e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6357e-05;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:3:63:0:0:3:63:0:0 chr18 61326602 . A G 1091.14 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.159;QD=58.9804;RBI=0.0548795;REFB=-0.0221481;REVB=0.0538636;RO=1;SAF=71;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426483;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:74:1:0:73:74:1:2:71:0:1:3:71:0:0 chr18 61326609 . T G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.457;QD=61.5362;RBI=0.0351877;REFB=0;REVB=0.0339057;RO=0;SAF=78;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56174e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68445e-05;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:3:78:0:0:3:78:0:0 chr18 61377579 . A C 2226.03 PASS AF=0.986755;AO=148;DP=152;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0308089;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.002;QD=58.9678;RBI=0.0407654;REFB=-0.0185211;REVB=0.0266951;RO=2;SAF=65;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113216;STB=0.505882;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000130941;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:151:2:2:148:149:0.986755:83:65:0:2:84:65:0:2 chr18 61379838 . T G 1499.69 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0161358;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.496;QD=62.4869;RBI=0.0252213;REFB=-0.0688711;REVB=0.0193843;RO=1;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998257;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000215461;OID=.;OPOS=61379838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:1:1:95:95:0.989583:47:48:0:1:47:48:0:1 chr18 61383354 . C T 478.91 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00950837;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.796;QD=15.3252;RBI=0.0111432;REFB=-0.00996038;REVB=-0.00581051;RO=72;SAF=20;SAR=33;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570982;STB=0.532078;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0174887;OID=.;OPOS=61383354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:72:53:53:0.424:33:20:31:41:33:20:31:41 chr18 61387312 . G A 2220.7 PASS AF=1;AO=138;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126288;FXX=0.0277759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.968;QD=63.4485;RBI=0.05445;REFB=0;REVB=-0.0529653;RO=0;SAF=48;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451289;OID=.;OPOS=61387312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:138:140:1:90:48:0:0:91:49:0:0 chr18 61387333 . T A 2079.19 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.574;QD=62.0654;RBI=0.0234347;REFB=0;REVB=0.00241826;RO=0;SAF=50;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73274e-05;OID=.;OPOS=61387333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:131:134:1:81:50:0:0:84:50:0:0 chr18 61387389 . G A 1352.98 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0496446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0474;QD=60.8081;RBI=0.0523959;REFB=-0.137238;REVB=-0.0167554;RO=1;SAF=26;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178726;STB=0.509432;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00171294;OID=.;OPOS=61387389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:61:26:1:0:62:26:1:0 chr18 61390316 . C A 1421.97 PASS AF=0.958763;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00491575;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.838;QD=58.6379;RBI=0.00719102;REFB=-0.11455;REVB=0.00524845;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.50341;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.000386071;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:97:97:0:4:93:93:0.958763:39:54:0:0:39:54:2:2 chr18 61390332 . C T 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.895;QD=59.8319;RBI=0.0450109;REFB=0;REVB=-0.0149306;RO=0;SAF=64;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53327e-05;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:38:64:0:0:38:64:0:0 chr18 61390361 . T C 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.649;QD=59.996;RBI=0.0184189;REFB=0;REVB=0.00284558;RO=0;SAF=69;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10424e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15375e-06;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:37:69:0:0:37:69:0:0 chr18 61390570 . T G 876.98 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0130583;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.006;QD=54.8115;RBI=0.0215952;REFB=0.0082733;REVB=0.0171997;RO=2;SAF=39;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235969;STB=0.512496;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-9.21512e-06;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:23:39:2:0:23:39:2:0 chr18 61564394 . A G 1987.81 PASS AF=0.984962;AO=122;DP=124;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00904851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0462;QD=59.7837;RBI=0.0750011;REFB=-0.0955597;REVB=0.0744533;RO=0;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64881e-08;STB=0.507245;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0183595;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:124:133:0:2:122:131:0.984962:60:62:0:0:68:63:0:2 chr18 61570503 . C G 2377.26 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202193;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1505;QD=64.2503;RBI=0.0243062;REFB=0;REVB=-0.0134896;RO=0;SAF=55;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40294e-05;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:147:148:1:92:55:0:0:92:56:0:0 chr18 61570529 . C G,T 1490.38 PASS AF=0.91,0.07;AO=90,7;DP=100;FAO=91,7;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=24,7;FSAR=67,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00345357,-0.0228566;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=107.437,10.2216;QD=59.615;RBI=0.00879592,0.0270289;REFB=-0.0340514,-0.166496;REVB=-0.00808956,-0.0144269;RO=2;SAF=24,7;SAR=66,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0122101,0.782089;STB=0.5065,0.997414;STBP=0.528,0.103;TYPE=snp,snp;VARB=0.0030111,0.12442;OID=.,.;OPOS=61570529,61570529;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:100:100:2:2:90,7:91,7:0.91,0.07:66,0:24,7:1:1:67,0:24,7:1:1 chr18 61575213 . T G 1250.3 PASS AF=0.472527;AO=128;DP=273;FAO=129;FDP=273;FR=.;FRO=144;FSAF=49;FSAR=80;FSRF=48;FSRR=96;FWDB=-0.00323326;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.056;QD=18.3194;RBI=0.00706779;REFB=-0.00953895;REVB=0.00628488;RO=144;SAF=48;SAR=80;SRF=48;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432286;STB=0.526363;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0108019;OID=.;OPOS=61575213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:144:144:128:129:0.472527:80:48:48:96:80:49:48:96 chr18 61575232 . A G 4800.94 PASS AF=1;AO=306;DP=310;FAO=306;FDP=306;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236478;FXX=0.0160767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.657;QD=62.7574;RBI=0.0334746;REFB=0;REVB=0.0236925;RO=0;SAF=121;SAR=185;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258707;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:310:306:0:0:306:306:1:185:121:0:0:185:121:0:0 chr18 61582867 . A G 795.71 PASS AF=0.488095;AO=82;DP=168;FAO=82;FDP=168;FR=.;FRO=86;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.00734776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.769;QD=18.9455;RBI=0.0206693;REFB=-0.000576185;REVB=0.0193191;RO=84;SAF=41;SAR=41;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218675;STB=0.505951;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.000729441;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:84:86:82:82:0.488095:41:41:40:44:41:41:42:44 chr18 61587053 . G A 390.79 PASS AF=0.389831;AO=45;DP=117;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0177035;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.639;QD=13.2471;RBI=0.018219;REFB=-0.0110262;REVB=0.00430301;RO=69;SAF=17;SAR=28;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200993;STB=0.608648;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0103694;OID=.;OPOS=61587053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:69:72:45:46:0.389831:28:17:39:30:28:18:41:31 chr18 61587067 . C T 434.28 PASS AF=0.396825;AO=49;DP=125;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.00417525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.028;QD=13.7868;RBI=0.0137393;REFB=-0.000680878;REVB=-0.0130896;RO=75;SAF=18;SAR=31;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207531;STB=0.62519;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00150628;OID=.;OPOS=61587067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:75:76:49:50:0.396825:31:18:42:33:32:18:43:33 chr18 61600384 . C T 628.26 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00957086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.452;QD=22.2392;RBI=0.0123731;REFB=0.00489406;REVB=0.00784173;RO=51;SAF=38;SAR=24;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380378;STB=0.520851;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00414034;OID=.;OPOS=61600384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:51:62:62:0.548673:24:38:29:22:24:38:29:22 chr18 61654297 . A G 732.85 PASS AF=0.489796;AO=72;DP=148;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0150855;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.456;QD=19.9416;RBI=0.0151209;REFB=-0.022958;REVB=0.0010342;RO=73;SAF=30;SAR=42;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00749263;STB=0.50175;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0241825;OID=.;OPOS=61654297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:73:75:72:72:0.489796:42:30:31:42:42:30:31:44 chr18 61654463 . A G 456.08 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=0.0432424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9656;QD=14.8318;RBI=0.0751598;REFB=-0.0192475;REVB=0.0614743;RO=71;SAF=21;SAR=31;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871484;STB=0.548774;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0213574;OID=.;OPOS=61654463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:71:71:52:52:0.422764:31:21:23:48:31:21:23:48 chr18 62036875 . G A 4056.83 PASS AF=1;AO=259;DP=259;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.292;QD=62.4128;RBI=0.0144676;REFB=0;REVB=-0.00307344;RO=0;SAF=124;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28208e-06;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:260:0:0:259:260:1:135:124:0:0:135:125:0:0 chr18 63489378 . C T 2421.4 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00755704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4821;QD=60.5349;RBI=0.00798993;REFB=-0.0280379;REVB=-0.00259424;RO=0;SAF=78;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38159e-08;STB=0.503225;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=8.16142e-05;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:160:0:1:158:159:0.99375:80:78:0:0:82:77:1:0 chr18 63511176 . T C 2037.04 PASS AF=0.504975;AO=203;DP=404;FAO=203;FDP=402;FR=.;FRO=199;FSAF=89;FSAR=114;FSRF=91;FSRR=108;FWDB=0.0381534;FXX=0.00495037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.908;QD=20.269;RBI=0.0459875;REFB=-0.0111609;REVB=0.0256744;RO=199;SAF=89;SAR=114;SRF=91;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017289;STB=0.509458;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0105671;OID=.;OPOS=63511176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:402:199:199:203:203:0.504975:114:89:91:108:114:89:91:108 chr18 63530016 . A G 704.19 PASS AF=0.447059;AO=76;DP=170;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.0278362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.299;QD=16.5693;RBI=0.0385709;REFB=-0.00636776;REVB=-0.0266994;RO=94;SAF=37;SAR=39;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553437;STB=0.530768;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00986104;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:94:94:76:76:0.447059:39:37:51:43:39:37:51:43 chr18 65178103 . G GCA 329.63 PASS AF=0.444444;AO=34;DP=102;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00609786;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.403;QD=16.278;RBI=0.0590937;REFB=-0.0606533;REVB=0.0587783;RO=64;SAF=8;SAR=26;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374139;STB=0.69525;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0946394;OID=.;OPOS=65178104;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:34:102:36:81:45:9:27:26:19:99:64:8:26:35:29 chr18 65179829 . G A 316.83 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00265482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.819;QD=15.269;RBI=0.0227913;REFB=-0.019285;REVB=-0.0226361;RO=48;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094808;STB=0.553602;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0283274;OID=.;OPOS=65179829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:15:20:23:25:15:20:23:25 chr18 66382200 . A G 1909.39 PASS AF=0.482323;AO=191;DP=396;FAO=191;FDP=396;FR=.;FRO=205;FSAF=85;FSAR=106;FSRF=98;FSRR=107;FWDB=0.00695138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7336;QD=19.2868;RBI=0.0110074;REFB=0.00953889;REVB=-0.00853476;RO=205;SAF=85;SAR=106;SRF=98;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031377;STB=0.517237;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0106425;OID=.;OPOS=66382200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:396:205:205:191:191:0.482323:106:85:98:107:106:85:98:107 chr18 66504093 . A C 3141.3 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.634;QD=64.1081;RBI=0.0554517;REFB=0;REVB=0.0287455;RO=0;SAF=80;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83082e-05;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:178:196:0:0:177:196:1:97:80:0:0:101:95:0:0 chr18 66504459 . A T 1254.19 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=6.89655e-05;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.294;QD=60.4431;RBI=0.0651137;REFB=-0.115747;REVB=0.0651137;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.506848;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000329451;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:83:0:1:82:82:0.987952:46:36:0:0:46:36:1:0 chr18 66513615 . A G 1175.83 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0411102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.56;QD=59.5358;RBI=0.041494;REFB=-0.130908;REVB=-0.0056309;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126197;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00194448;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:37:40:0:1:38:40:1:0 chr18 66526176 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.926;QD=60.9783;RBI=0.0560092;REFB=0;REVB=0.0363307;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41697e-05;OID=.;OPOS=66526176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr18 66746506 . C A,CA 47.17 PASS AF=0.00621118,0.118012;AO=10,19;DP=170;FAO=1,19;FDP=161;FR=.;FRO=141;FSAF=0,2;FSAR=1,17;FSRF=65;FSRR=76;FWDB=-0.0747432,-0.0927378;FXX=0.0182916;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=126.033,16.5459;QD=1.17189;RBI=0.0909651,0.171936;REFB=-0.00518606,-0.0370038;REVB=-0.0518468,-0.144781;RO=140;SAF=0,5;SAR=10,14;SRF=68;SRR=72;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.545039,-0.283626;STB=0.989387,0.859201;STBP=0.481,0.001;TYPE=snp,ins;VARB=0.0934283,0.0908757;OID=.,.;OPOS=66746506,66746507;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:170:161:140:141:10,19:1,19:0.00621118,0.118012:10,14:0,5:68:72:1,17:0,2:65:76 chr18 67345034 . T C 3626.75 PASS AF=0.995726;AO=229;DP=237;FAO=233;FDP=234;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0152382;FXX=0.0126577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1576;QD=61.9957;RBI=0.0489983;REFB=-0.0895749;REVB=0.0465686;RO=1;SAF=97;SAR=132;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00359661;STB=0.501831;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000805995;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:237:234:1:1:229:233:0.995726:132:97:0:1:136:97:0:1 chr18 67365668 . A G,T 1898.48 PASS AF=0.945736,0.0465116;AO=120,5;DP=128;FAO=122,6;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=68,2;FSAR=54,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301067,0.0232098;FXX=0.00769172;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.966,8.16016;QD=58.8675;RBI=0.0412139,0.0356613;REFB=-0.0419927,-0.0409156;REVB=0.0281456,-0.0270747;RO=1;SAF=67,1;SAR=53,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00703742,-0.277405;STB=0.503649,0.599655;STBP=0.49,0.252;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000120288,0.263603;OID=.,.;OPOS=67365668,67365668;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:128:129:1:1:120,5:122,6:0.945736,0.0465116:53,4:67,1:1:0:54,4:68,2:1:0 chr18 67531642 . T C 2572.24 PASS AF=0.994048;AO=164;DP=165;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0515425;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.862;QD=61.2438;RBI=0.0586293;REFB=-0.0390374;REVB=0.0279422;RO=0;SAF=61;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36019e-08;STB=0.503875;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000362962;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:168:0:1:164:167:0.994048:103:61:0:0:103:64:1:0 chr18 67718688 . A G 2652.44 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0198251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.938;QD=61.3282;RBI=0.0198678;REFB=-0.0746035;REVB=-0.00130229;RO=1;SAF=85;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556689;STB=0.502924;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=3.3473e-05;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:1:1:172:172:0.99422:87:85:1:0:87:85:1:0 chr18 67863773 . A G 289.83 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0302035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3637;QD=16.8014;RBI=0.0484332;REFB=0.0386291;REVB=-0.0378618;RO=35;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246802;STB=0.501929;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0473613;OID=.;OPOS=67863773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:37:32:32:0.463768:20:12:14:21:20:12:14:23 chr18 67863850 . T TCTC 604.76 PASS AF=0.875;AO=41;DP=52;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0176736;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=3;MLLD=222.885;QD=50.3968;RBI=0.018909;REFB=-0.0362667;REVB=-0.0067228;RO=9;SAF=13;SAR=28;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482598;STB=0.523066;STBP=0.43;TYPE=ins;VARB=0.00872832;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:41:52:42:48:6:14:28:3:3:32:9:13:28:4:5 chr18 67871343 . A C 1434.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.346;QD=63.0512;RBI=0.0690046;REFB=0;REVB=0.0152385;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297632;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:56:35:0:0:56:35:0:0 chr18 67992279 . G A 471.79 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0482436;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.497;QD=18.3219;RBI=0.0482824;REFB=-0.000107499;REVB=0.00193545;RO=53;SAF=16;SAR=34;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115432;STB=0.564229;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-8.16671e-06;OID=.;OPOS=67992279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:53:53:50:50:0.485437:34:16:23:30:34:16:23:30 chr18 67995594 . G T 345.4 PASS AF=0.361345;AO=42;DP=120;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00106906;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.914;QD=11.6101;RBI=0.0050845;REFB=-0.00915472;REVB=-0.00497084;RO=77;SAF=20;SAR=22;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341672;STB=0.515819;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0168338;OID=.;OPOS=67995594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:77:76:42:43:0.361345:22:20:39:38:22:21:39:37 chr18 67995695 . G A 582.29 PASS AF=0.513043;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0385307;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.78;QD=20.2535;RBI=0.0404178;REFB=-0.00287743;REVB=0.012206;RO=54;SAF=30;SAR=29;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08769;STB=0.538856;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00306427;OID=.;OPOS=67995695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:54:56:59:59:0.513043:29:30:22:32:29:30:24:32 chr18 70209177 . C T 2503.64 PASS AF=0.525974;AO=243;DP=461;FAO=243;FDP=462;FR=.;FRO=219;FSAF=113;FSAR=130;FSRF=92;FSRR=127;FWDB=0.0228604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.247;QD=21.6765;RBI=0.0278966;REFB=-0.0467898;REVB=-0.0159883;RO=218;SAF=113;SAR=130;SRF=92;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376303;STB=0.521465;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0396661;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:461:462:218:219:243:243:0.525974:130:113:92:126:130:113:92:127 chr18 70417396 . C T 2164.98 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381222;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.858;QD=63.211;RBI=0.0512077;REFB=0;REVB=-0.0341896;RO=0;SAF=76;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61244e-05;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:136:137:1:60:76:0:0:61:76:0:0 chr18 70532840 . T G 3963.12 PASS AF=1;AO=247;DP=247;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571114;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.17;QD=63.9212;RBI=0.0165721;REFB=0;REVB=-0.0155569;RO=0;SAF=107;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66344e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.48152e-07;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:248:0:0:247:248:1:140:107:0:0:141:107:0:0 chr18 71412428 . C T 207.6 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0408384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.386;QD=15.0984;RBI=0.0409043;REFB=0.00443694;REVB=-0.00232164;RO=31;SAF=17;SAR=7;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432258;STB=0.744331;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00830783;OID=.;OPOS=71412428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:7:17:8:23:7:17:8:23 chr18 71928150 . C T 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.027602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.922;QD=17.379;RBI=0.0279859;REFB=0.00451468;REVB=-0.00461971;RO=37;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636583;STB=0.535692;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00590329;OID=.;OPOS=71928150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:20:13:17:20:20:13:17:20 chr18 72021717 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1369;QD=59.4345;RBI=0.0663442;REFB=0;REVB=-0.049018;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165842;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr18 72114181 . C T 302.99 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0566284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.699;QD=14.602;RBI=0.0586422;REFB=-0.0190314;REVB=0.015236;RO=49;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259377;STB=0.514697;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0273288;OID=.;OPOS=72114181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:14:20:30:19:14:20:30:19 chr18 72114455 . C T 2331.18 PASS AF=1;AO=93;DP=142;FAO=144;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742629;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.146;QD=64.7551;RBI=0.187013;REFB=0;REVB=0.171636;RO=0;SAF=68;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257152;OID=.;OPOS=72114455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:144:0:0:93:144:1:25:68:0:0:68:76:0:0 chr18 72114490 . G A 637.08 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0469293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.327;QD=20.2248;RBI=0.0537199;REFB=0.00046344;REVB=0.0261431;RO=62;SAF=34;SAR=30;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567039;STB=0.53124;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.000883974;OID=.;OPOS=72114490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:62:64:64:0.507937:30:34:29:33:30:34:29:33 chr18 72223591 . G GTGC 1906.35 PASS AF=0.941176;AO=125;DP=144;FAO=128;FDP=136;FR=.;FRO=8;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0598849;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=3;MLLD=252.347;QD=56.0692;RBI=0.094632;REFB=-0.146771;REVB=0.0732736;RO=15;SAF=64;SAR=61;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017852;STB=0.506442;STBP=0.534;TYPE=ins;VARB=0.00858175;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:125:144:128:136:8:66:62:5:3:20:15:64:61:9:6 chr18 72228124 . A G 3444.79 PASS AF=1;AO=218;DP=219;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043943;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.946;QD=62.3492;RBI=0.0452711;REFB=-0.0544611;REVB=-0.0108852;RO=1;SAF=117;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469402;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155245;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:219:221:1:0:218:221:1:101:117:0:1:101:120:0:0 chr18 72234635 . C T 694.43 PASS AF=0.518797;AO=68;DP=132;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.00773634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.473;QD=20.8851;RBI=0.0125319;REFB=-0.0217208;REVB=0.00985895;RO=64;SAF=26;SAR=42;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770122;STB=0.50705;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0224855;OID=.;OPOS=72234635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:64:64:68:69:0.518797:42:26:25:39:43:26:25:39 chr18 72343008 . T C 1358.48 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.61;QD=62.4588;RBI=0.0711266;REFB=0;REVB=0.0386179;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174468;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:49:37:0:0:50:37:0:0 chr18 72344223 . T C 539.38 PASS AF=0.398734;AO=62;DP=157;FAO=63;FDP=158;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=0.00746435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.255;QD=13.6553;RBI=0.00824935;REFB=-0.00277051;REVB=0.00351216;RO=95;SAF=38;SAR=24;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216251;STB=0.62496;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00467174;OID=.;OPOS=72344223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:95:95:62:63:0.398734:24:38:39:56:24:39:39:56 chr18 72345890 . A C 493.07 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.042801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.8658;QD=14.6095;RBI=0.0428155;REFB=0.0136857;REVB=-0.00111474;RO=79;SAF=20;SAR=35;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153554;STB=0.590561;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.01977;OID=.;OPOS=72345890;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:79:80:55:55:0.407407:35:20:40:39:35:20:41:39 chr18 72347482 . T C 591.85 PASS AF=0.458647;AO=59;DP=134;FAO=61;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.00270991;FXX=0.00746213;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.398;QD=17.8001;RBI=0.0161903;REFB=-0.0350688;REVB=-0.0159619;RO=48;SAF=26;SAR=33;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549628;STB=0.546768;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0281736;OID=.;OPOS=72347482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:48:70:59:61:0.458647:33:26:18:30:34:27:25:45 chr18 72776121 . G A 2747.57 PASS AF=0.98895;AO=177;DP=180;FAO=179;FDP=181;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0182675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.86;QD=60.7198;RBI=0.0393773;REFB=-0.0493708;REVB=0.0348837;RO=1;SAF=78;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606399;STB=0.500722;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00153261;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:180:181:1:2:177:179:0.98895:99:78:1:0:101:78:1:1 chr18 72914280 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00643493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.893;QD=49.599;RBI=0.0106252;REFB=0;REVB=-0.00845503;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176939;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr18 72997677 . C T 967.37 PASS AF=0.409774;AO=109;DP=266;FAO=109;FDP=266;FR=.;FRO=157;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=66;FSRR=91;FWDB=0.0135973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.427;QD=14.5469;RBI=0.0215382;REFB=0.00441205;REVB=0.0167035;RO=156;SAF=48;SAR=61;SRF=66;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185214;STB=0.511998;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00507868;OID=.;OPOS=72997677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:156:157:109:109:0.409774:61:48:66:90:61:48:66:91 chr18 72998004 . T C 569.3 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.00454916;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.706;QD=16.6218;RBI=0.0269139;REFB=-0.012429;REVB=-0.0265267;RO=75;SAF=29;SAR=31;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497566;STB=0.534861;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0167365;OID=.;OPOS=72998004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:75:77:60:60:0.437956:31:29:40:35:31:29:42:35 chr18 72998268 . T C 494.64 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.006315;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2762;QD=18.8433;RBI=0.0349856;REFB=-0.0256361;REVB=-0.0344109;RO=52;SAF=27;SAR=25;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521051;STB=0.533467;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.016258;OID=.;OPOS=72998268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:52:53:52:52:0.495238:25:27:24:28:25:27:24:29 chr18 72998886 . T C 955.83 PASS AF=0.531429;AO=93;DP=175;FAO=93;FDP=175;FR=.;FRO=82;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.000476682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.948;QD=21.8475;RBI=0.00836926;REFB=-0.0180949;REVB=0.00835568;RO=82;SAF=47;SAR=46;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568056;STB=0.531067;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0138925;OID=.;OPOS=72998886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:82:82:93:93:0.531429:46:47:36:46:46:47:36:46 chr18 72999359 . T C 1058.95 PASS AF=0.437262;AO=108;DP=259;FAO=115;FDP=263;FR=.;FRO=148;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=71;FSRR=77;FWDB=-0.00909157;FXX=0.0112778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.447;QD=16.1056;RBI=0.0103006;REFB=0.000573595;REVB=-0.00484203;RO=143;SAF=46;SAR=62;SRF=67;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442395;STB=0.5156;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.000585617;OID=.;OPOS=72999359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:263:143:148:108:115:0.437262:62:46:67:76:63:52:71:77 chr18 74072438 . G C 294.66 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0181709;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.301;QD=14.9197;RBI=0.0218492;REFB=-0.0014421;REVB=0.0121327;RO=45;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564557;STB=0.524461;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00196353;OID=.;OPOS=74072438;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:45:46:33:33:0.417722:18:15:18:27:18:15:19:27 chr18 74072834 . GTGTT G,GTGTG,GTGT 273.9 PASS AF=0.243243,0.202703,0;AO=14,31,10;DP=100;FAO=18,15,0;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=16,15,0;FSAR=2,0,0;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00981159,-0.0181006,-0.0483878;FXX=0.108421;HRUN=1,3,3;LEN=4,1,1;MLLD=110.262,84.0325,14.5866;QD=14.8052;RBI=0.0757878,0.129221,0.3443;REFB=-0.063185,-0.0498097,-0.100096;REVB=-0.07515,-0.127947,-0.340882;RO=35;SAF=14,17,0;SAR=0,14,10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.76418,-0.0495286,-0.767509;STB=0.825868,0.999143,0.5;STBP=0.005,0,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0999627,0.0943852,0;OID=.,.,.;OPOS=74072835,74072838,74072837;OREF=TGTT,T,T;OALT=-,G,-;OMAPALT=G,GTGTG,GTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243,0.202703,0:14,31,10:100:18,15,0:74:41:16,15,0:2,0,0:21:20:99:35:14,17,0:0,14,10:21:14 chr18 74090957 . CGGGGGGGC CGGGGGGC,CGGGGGGCG 710.99 PASS AF=0.993506,0;AO=87,7;DP=156;FAO=153,0;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=65,0;FSAR=88,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0396089,-0.122249;FXX=0.0128197;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.12606,14.7861;QD=18.4673;RBI=0.278526,0.162504;REFB=-0.0189058,-0.04789;REVB=0.275696,0.107065;RO=47;SAF=41,6;SAR=46,1;SRF=9;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.185205,0.685434;STB=0.503816,0.5;STBP=0.304,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0442657,0;OID=.,.;OPOS=74090958,74090964;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGGGGC,CGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.993506,0:87,7:156:153,0:154:1:65,0:88,0:1:0:4:47:41,6:46,1:9:38 chr18 74091718 . G A 3735.24 PASS AF=0.531947;AO=356;DP=673;FAO=358;FDP=673;FR=.;FRO=315;FSAF=164;FSAR=194;FSRF=141;FSRR=174;FWDB=-0.00639308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8128;QD=22.2006;RBI=0.00660269;REFB=0.0128833;REVB=-0.00165048;RO=313;SAF=164;SAR=192;SRF=141;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883205;STB=0.504944;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0132909;OID=.;OPOS=74091718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:673:673:313:315:356:358:0.531947:192:164:141:172:194:164:141:174 chr18 74208573 . G A 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0896814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7146;QD=47.8164;RBI=0.124537;REFB=0;REVB=0.0864106;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114952;OID=.;OPOS=74208573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr18 74611127 . A G 1624.19 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.769;QD=59.0614;RBI=0.0429197;REFB=-0.0583354;REVB=0.0149488;RO=1;SAF=42;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111676;STB=0.505881;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=2.15423e-05;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:67:42:1:0:67:42:1:0 chr18 74671768 . T C 1813.7 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192859;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.459;QD=61.4812;RBI=0.0270973;REFB=0;REVB=-0.0190346;RO=0;SAF=47;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.44716e-05;OID=.;OPOS=74671768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:118:0:0:118:118:1:71:47:0:0:71:47:0:0 chr18 74680208 . C T 535.26 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.000193778;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.699;QD=19.8244;RBI=0.0184275;REFB=-0.015236;REVB=0.0184265;RO=51;SAF=15;SAR=40;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842402;STB=0.550588;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0180529;OID=.;OPOS=74680208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:51:53:55:55:0.509259:40:15:18:33:40:15:19:34 chr18 74680259 . C T 1171.5 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.514;QD=60.8571;RBI=0.0324921;REFB=0;REVB=0.00856865;RO=0;SAF=23;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18563e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117629;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:54:23:0:0:54:23:0:0 chr18 74682214 . C T 700.01 PASS AF=0.392344;AO=81;DP=210;FAO=82;FDP=209;FR=.;FRO=127;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=81;FWDB=0.000147316;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3858;QD=13.3972;RBI=0.0581654;REFB=-0.0045501;REVB=-0.0581652;RO=127;SAF=37;SAR=44;SRF=46;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104602;STB=0.555185;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0081245;OID=.;OPOS=74682214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:127:127:81:82:0.392344:44:37:46:81:45:37:46:81 chr18 74691960 . C T 157.91 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0421533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.843;QD=8.09796;RBI=0.0446013;REFB=-0.0155225;REVB=0.0145732;RO=56;SAF=6;SAR=16;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185466;STB=0.612029;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.044606;OID=.;OPOS=74691960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:16:6:23:33:16:6:23:33 chr18 74701984 . G A 1658.67 PASS AF=0.462567;AO=173;DP=374;FAO=173;FDP=374;FR=.;FRO=201;FSAF=63;FSAR=110;FSRF=108;FSRR=93;FWDB=0.0149848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.155;QD=17.7397;RBI=0.0188249;REFB=-0.00197606;REVB=0.0113943;RO=199;SAF=63;SAR=110;SRF=106;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167419;STB=0.595261;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00197215;OID=.;OPOS=74701984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:374:199:201:173:173:0.462567:110:63:106:93:110:63:108:93 chr18 74702864 . G A 616.71 PASS AF=0.425926;AO=69;DP=162;FAO=69;FDP=162;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.00566869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.787;QD=15.2275;RBI=0.0304266;REFB=-0.0198765;REVB=0.0298939;RO=92;SAF=31;SAR=38;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631534;STB=0.538464;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0216306;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:92:93:69:69:0.425926:38:31:47:45:38:31:48:45 chr18 74980809 . G A 776.38 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6777;QD=56.4642;RBI=0.0259188;REFB=0;REVB=0.00857213;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013299;OID=.;OPOS=74980809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:51:55:1:28:23:0:0:31:24:0:0 chr18 76753588 . A G 715.25 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176381;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2865;QD=57.2196;RBI=0.060828;REFB=0;REVB=-0.0582146;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000608238;OID=.;OPOS=76753588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr18 76753768 . C G 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.251;QD=57.2308;RBI=0.0171302;REFB=0;REVB=-0.0041561;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40023e-05;OID=.;OPOS=76753768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr18 76754466 . C T 1992.18 PASS AF=0.943662;AO=131;DP=140;FAO=134;FDP=142;FR=.;FRO=8;FSAF=36;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.00712234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.047;QD=56.1178;RBI=0.045637;REFB=-0.202386;REVB=0.0450778;RO=8;SAF=34;SAR=97;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375978;STB=0.519605;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00202607;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:140:142:8:8:131:134:0.943662:97:34:0:8:98:36:0:8 chr18 76829525 . A G 290.35 PASS AF=0.324786;AO=38;DP=117;FAO=38;FDP=117;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=-0.046436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.746;QD=9.92633;RBI=0.0485519;REFB=-0.0144101;REVB=0.0141768;RO=79;SAF=14;SAR=24;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664717;STB=0.538442;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0308712;OID=.;OPOS=76829525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:79:79:38:38:0.324786:24:14:25:54:24:14:25:54 chr18 77067000 . T G 376.76 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00602215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.01;QD=18.6055;RBI=0.0359511;REFB=-0.0229692;REVB=-0.0354431;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759858;STB=0.542286;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0194677;OID=.;OPOS=77067000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:18:21:26:16:18:21:26:16 chr18 77171061 . T G 868.14 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.281;QD=57.8757;RBI=0.0411945;REFB=0;REVB=0.0306251;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39011e-06;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr18 77246406 . T G 1242.15 PASS AF=0.506276;AO=121;DP=240;FAO=121;FDP=239;FR=.;FRO=118;FSAF=80;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=-0.0107658;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.95;QD=20.789;RBI=0.0112128;REFB=-0.0142299;REVB=-0.00313438;RO=115;SAF=80;SAR=41;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192897;STB=0.596394;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0141447;OID=.;OPOS=77246406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:115:118:121:121:0.506276:41:80:52:63:41:80:56:62 chr18 77420703 . C G 300.72 PASS AF=0.291667;AO=42;DP=144;FAO=42;FDP=144;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=70;FWDB=-0.0178706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8062;QD=8.35321;RBI=0.0232886;REFB=-0.0124138;REVB=-0.0149332;RO=100;SAF=28;SAR=14;SRF=31;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410247;STB=0.736738;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0115014;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:100:102:42:42:0.291667:14:28:31:69:14:28:32:70 chr18 77439532 . T C 429.32 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0232699;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.826;QD=21.7376;RBI=0.024349;REFB=-0.0130095;REVB=-0.00716861;RO=37;SAF=24;SAR=18;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273159;STB=0.650109;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0130404;OID=.;OPOS=77439532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:37:42:42:0.531646:18:24:9:28:18:24:9:28 chr18 77513721 . T C 4321.99 PASS AF=1;AO=275;DP=277;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031161;FXX=0.00721996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.423;QD=62.8653;RBI=0.0314399;REFB=-0.0854775;REVB=0.0041784;RO=0;SAF=132;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54142e-06;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:277:275:0:0:275:275:1:143:132:0:0:143:132:0:0 chr18 77728135 . G T 958.4 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221667;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.278;QD=58.9787;RBI=0.0289915;REFB=0;REVB=-0.0186854;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81707e-06;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr18 77736735 . T C 1118.59 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0650886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0484;QD=58.8731;RBI=0.0662636;REFB=-0.0617316;REVB=0.0124231;RO=1;SAF=34;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137127;STB=0.507244;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000531251;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:41:34:1:0:41:34:1:0 chr18 77772974 . C A 32.86 PASS AF=0.0677083;AO=12;DP=192;FAO=13;FDP=192;FR=.;FRO=179;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=61;FSRR=118;FWDB=-0.0051946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9709;QD=0.684566;RBI=0.0089861;REFB=-0.00076042;REVB=-0.00733254;RO=178;SAF=11;SAR=1;SRF=60;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557432;STB=0.901146;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0159358;OID=.;OPOS=77772974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:192:192:178:179:12:13:0.0677083:1:11:60:118:2:11:61:118 chr18 77773006 . A G 198.04 PASS AF=0.190217;AO=35;DP=184;FAO=35;FDP=184;FR=.;FRO=149;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=91;FWDB=-0.0185614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.975;QD=4.30521;RBI=0.0260536;REFB=-0.00333324;REVB=-0.0182829;RO=147;SAF=23;SAR=12;SRF=56;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344077;STB=0.708956;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.018232;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:147:149:35:35:0.190217:12:23:56:91:12:23:58:91 chr18 77773035 . G A 258.29 PASS AF=0.28125;AO=36;DP=128;FAO=36;FDP=128;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.00189344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.35;QD=8.0715;RBI=0.0100053;REFB=-0.00438334;REVB=-0.00982456;RO=92;SAF=24;SAR=12;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281472;STB=0.666574;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00714296;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:92:92:36:36:0.28125:12:24:40:52:12:24:40:52 chr19 306740 . G A 478.94 PASS AF=0.460177;AO=50;DP=111;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0165051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.149;QD=16.9536;RBI=0.016646;REFB=-0.0243425;REVB=-0.00216146;RO=60;SAF=14;SAR=36;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234464;STB=0.620063;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0295241;OID=.;OPOS=306740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:60:61:50:52:0.460177:36:14:30:30:37:15:30:31 chr19 367178 . C T 1193.1 PASS AF=0.5;AO=118;DP=236;FAO=118;FDP=236;FR=.;FRO=118;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=48;FSRR=70;FWDB=0.0226393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.969;QD=20.222;RBI=0.0295825;REFB=-0.00908195;REVB=0.0190417;RO=118;SAF=50;SAR=68;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158523;STB=0.508698;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00898686;OID=.;OPOS=367178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:118:118:118:118:0.5:68:50:48:70:68:50:48:70 chr19 407900 . A G 1156.65 PASS AF=0.407524;AO=127;DP=316;FAO=130;FDP=319;FR=.;FRO=189;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=101;FSRR=88;FWDB=-0.013401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.943;QD=14.5035;RBI=0.0144094;REFB=-0.029446;REVB=0.00529572;RO=186;SAF=65;SAR=62;SRF=98;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160309;STB=0.515828;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0373854;OID=.;OPOS=407900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:319:186:189:127:130:0.407524:62:65:98:88:64:66:101:88 chr19 422238 . G T 2168.97 PASS AF=0.481481;AO=221;DP=466;FAO=221;FDP=459;FR=.;FRO=238;FSAF=115;FSAR=106;FSRF=118;FSRR=120;FWDB=0.0246194;FXX=0.0150211;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.188;QD=18.9017;RBI=0.0246201;REFB=-0.0240288;REVB=-0.000187627;RO=237;SAF=115;SAR=106;SRF=117;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251724;STB=0.512743;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0257631;OID=.;OPOS=422238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:466:459:237:238:221:221:0.481481:106:115:117:120:106:115:118:120 chr19 453160 . A G 2070.05 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199114;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.799;QD=62.7287;RBI=0.0210392;REFB=0;REVB=-0.0067957;RO=0;SAF=54;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43075e-05;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:78:54:0:0:78:54:0:0 chr19 463528 . G A 5324.6 PASS AF=1;AO=333;DP=333;FAO=335;FDP=335;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5484;QD=63.5773;RBI=0.0577287;REFB=0;REVB=0.0175376;RO=0;SAF=149;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117306;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:333:335:0:0:333:335:1:184:149:0:0:186:149:0:0 chr19 464140 . C T 38.96 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0107782;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.256;QD=11.1327;RBI=0.0187429;REFB=-0.0132265;REVB=-0.0153338;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.646649;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00794307;OID=.;OPOS=464140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:14:7:8:5:6:0.428571:2:3:6:1:2:4:7:1 chr19 464310 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.08;QD=43.4862;RBI=0.00944057;REFB=0;REVB=0.00883688;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47051e-05;OID=.;OPOS=464310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 498524 . A G 881.06 PASS AF=0.465;AO=93;DP=202;FAO=93;FDP=200;FR=.;FRO=107;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=60;FWDB=-0.0101681;FXX=0.0147776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.466;QD=17.6212;RBI=0.0146592;REFB=0.000729914;REVB=-0.0105595;RO=103;SAF=43;SAR=50;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525124;STB=0.512457;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00104869;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:200:103:107:93:93:0.465:50:43:42:61:50:43:47:60 chr19 501719 . T C 347.54 PASS AF=0.777778;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0111456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.683;QD=38.6158;RBI=0.0116672;REFB=-0.0831516;REVB=-0.00344955;RO=5;SAF=9;SAR=19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249722;STB=0.573222;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0124771;OID=.;OPOS=501719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:34:36:5:8:28:28:0.777778:19:9:2:3:19:9:5:3 chr19 501725 . G A 61.8 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0724285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.929;QD=7.27034;RBI=0.0741233;REFB=-0.00978435;REVB=-0.0157599;RO=25;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328842;STB=0.709644;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0195267;OID=.;OPOS=501725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:7:2:12:13:7:2:12:13 chr19 501743 . T C 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0127012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.88;QD=11.5967;RBI=0.024239;REFB=-0.0174024;REVB=-0.0206449;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130543;STB=0.507759;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.040721;OID=.;OPOS=501743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:12:9:5:7:12:9 chr19 501786 . C A 30.21 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0275362;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.324;QD=2.87682;RBI=0.0343929;REFB=-0.00944764;REVB=-0.0206066;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292992;STB=0.666173;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0700996;OID=.;OPOS=501786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:43:42:34:36:6:6:0.142857:3:3:9:25:3:3:11:25 chr19 544140 . G A 1943.8 PASS AF=0.527933;AO=189;DP=357;FAO=189;FDP=358;FR=.;FRO=169;FSAF=78;FSAR=111;FSRF=79;FSRR=90;FWDB=0.0438307;FXX=0.0055554;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.916;QD=21.7184;RBI=0.0444696;REFB=-0.0109808;REVB=0.00751063;RO=167;SAF=78;SAR=111;SRF=79;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530145;STB=0.526413;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00829399;OID=.;OPOS=544140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:358:167:169:189:189:0.527933:111:78:79:88:111:78:79:90 chr19 549080 . A G 2449.96 PASS AF=0.517241;AO=240;DP=464;FAO=240;FDP=464;FR=.;FRO=224;FSAF=103;FSAR=137;FSRF=116;FSRR=108;FWDB=-0.000840505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0839;QD=21.1203;RBI=0.0485336;REFB=0.028005;REVB=-0.0485263;RO=223;SAF=103;SAR=137;SRF=115;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769955;STB=0.543155;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0294875;OID=.;OPOS=549080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:464:223:224:240:240:0.517241:137:103:115:108:137:103:116:108 chr19 549678 . A G 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.74;QD=63.7517;RBI=0.0216636;REFB=0;REVB=0.0025786;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55041e-05;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:54:42:0:0:54:42:0:0 chr19 549724 . CT C,CC 866.81 PASS AF=0.0819672,0.918033;AO=13,46;DP=59;FAO=5,56;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=4,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784309,0.0680328;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=261.666,271.752;QD=56.84;RBI=0.0784392,0.0680356;REFB=0,0;REVB=-0.00114239,-0.00062366;RO=0;SAF=7,21;SAR=6,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.85991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00583191,0.00326135;OID=.,.;OPOS=549725,549725;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0819672,0.918033:13,46:59:5,56:61:0:1,28:4,28:0:0:9:0:7,21:6,25:0:0 chr19 549728 . C G 36.81 PASS AF=0.131148;AO=48;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.114054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.8486;QD=2.41369;RBI=0.119013;REFB=-0.0214839;REVB=0.0339975;RO=9;SAF=25;SAR=23;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552661;STB=0.767349;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.158193;OID=.;OPOS=549728;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:61:61:9:53:48:8:0.131148:23:25:3:6:2:6:23:30 chr19 603625 . T C 250.82 PASS AF=0.322917;AO=29;DP=94;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0034081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.203;QD=10.4509;RBI=0.015101;REFB=-0.012635;REVB=-0.0147113;RO=65;SAF=18;SAR=11;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205378;STB=0.635477;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0314434;OID=.;OPOS=603625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:65:65:29:31:0.322917:11:18:29:36:11:20:29:36 chr19 603634 . T C 267.24 PASS AF=0.330189;AO=34;DP=106;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0179992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.029;QD=10.0844;RBI=0.0180093;REFB=-0.00402064;REVB=-0.000603216;RO=70;SAF=22;SAR=12;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237543;STB=0.61965;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.012815;OID=.;OPOS=603634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:70:71:34:35:0.330189:12:22:31:39:13:22:32:39 chr19 603769 . T C 1213.83 PASS AF=0.493827;AO=117;DP=240;FAO=120;FDP=243;FR=.;FRO=123;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=-0.0249424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.954;QD=19.9807;RBI=0.0461912;REFB=-0.0249353;REVB=0.038878;RO=123;SAF=59;SAR=58;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022536;STB=0.518612;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0280883;OID=.;OPOS=603769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:243:123:123:117:120:0.493827:58:59:65:58:61:59:65:58 chr19 603826 . C T 1166.47 PASS AF=0.53271;AO=114;DP=213;FAO=114;FDP=214;FR=.;FRO=100;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.0322697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3132;QD=21.8032;RBI=0.032588;REFB=0.00411015;REVB=-0.0045436;RO=99;SAF=50;SAR=64;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911994;STB=0.543364;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00426092;OID=.;OPOS=603826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:99:100:114:114:0.53271:64:50:54:45:63:51:54:46 chr19 603874 . C T 646.5 PASS AF=0.533333;AO=63;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.106147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.766;QD=21.5499;RBI=0.106148;REFB=-0.0210556;REVB=-0.000322777;RO=56;SAF=35;SAR=28;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017169;STB=0.505248;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0233451;OID=.;OPOS=603874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:56:63:64:0.533333:28:35:30:26:29:35:30:26 chr19 605171 . T C 4227.9 PASS AF=1;AO=267;DP=270;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484404;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.932;QD=62.1749;RBI=0.0526489;REFB=0;REVB=0.020626;RO=1;SAF=117;SAR=150;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316805;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30982e-05;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:270:272:1:0:267:272:1:150:117:0:1:152:120:0:0 chr19 607984 . G C 258.17 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0448393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.585;QD=13.9551;RBI=0.0892255;REFB=-0.0142266;REVB=-0.0771403;RO=43;SAF=20;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191945;STB=0.603702;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0196338;OID=.;OPOS=607984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:10:20:21:22:10:20:22:22 chr19 613898 . T C 5503.39 PASS AF=1;AO=348;DP=350;FAO=351;FDP=351;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702735;FXX=0.00284083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.047;QD=62.7166;RBI=0.0307826;REFB=0;REVB=0.0299697;RO=0;SAF=182;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63118e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68873e-05;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:350:351:0:0:348:351:1:166:182:0:0:169:182:0:0 chr19 619021 . G C 899.46 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00111791;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.778;QD=54.5128;RBI=0.0513502;REFB=-0.258198;REVB=0.051338;RO=2;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285993;STB=0.514701;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00201094;OID=.;OPOS=619021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:2:2:63:64:0.969697:32:31:0:2:33:31:0:2 chr19 621063 . A G 2660.21 PASS AF=0.917874;AO=188;DP=208;FAO=190;FDP=207;FR=.;FRO=17;FSAF=111;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=-0.0306895;FXX=0.00480746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4949;QD=51.405;RBI=0.0624257;REFB=-0.0175122;REVB=-0.054361;RO=19;SAF=110;SAR=78;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938283;STB=0.548566;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00644208;OID=.;OPOS=621063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:208:207:19:17:188:190:0.917874:78:110:1:18:79:111:0:17 chr19 621070 . G A 3223.9 PASS AF=0.964126;AO=215;DP=223;FAO=215;FDP=223;FR=.;FRO=8;FSAF=111;FSAR=104;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0479619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.679;QD=57.8278;RBI=0.0509324;REFB=-0.172598;REVB=0.0171397;RO=7;SAF=111;SAR=104;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00331383;STB=0.500585;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.000841744;OID=.;OPOS=621070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:223:223:7:8:215:215:0.964126:104:111:4:3:104:111:4:4 chr19 621712 . A G 1478.22 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0194916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5527;QD=58.5433;RBI=0.0826492;REFB=-0.0392492;REVB=-0.0803179;RO=1;SAF=58;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810947;STB=0.504273;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.000119008;OID=.;OPOS=621712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:42:58:1:0:42:58:1:0 chr19 622336 . T G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.914;QD=63.2857;RBI=0.0300272;REFB=0;REVB=0.0179647;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148711;OID=.;OPOS=622336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr19 625198 . A G 2202.06 PASS AF=0.992908;AO=137;DP=137;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.037;QD=62.4699;RBI=0.0303605;REFB=-0.023223;REVB=0.0146569;RO=0;SAF=68;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=9.26517e-05;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:141:0:1:137:140:0.992908:69:68:0:0:71:69:0:1 chr19 641215 . T C 1169.85 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.557;QD=59.9923;RBI=0.0436962;REFB=0;REVB=-0.0369817;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26869e-06;OID=.;OPOS=641215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:74:78:1:47:27:0:0:49:29:0:0 chr19 687078 . G A 235.72 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.00616147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.984;QD=13.2797;RBI=0.0103581;REFB=-0.0101285;REVB=-0.0083262;RO=42;SAF=10;SAR=17;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353732;STB=0.691064;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0258352;OID=.;OPOS=687078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:43:27:28:0.394366:17:10:30:12:17:11:31:12 chr19 687112 . G A 169.48 PASS AF=0.439024;AO=16;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0116062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.692;QD=16.5345;RBI=0.0136403;REFB=-0.00223602;REVB=0.00716633;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206841;STB=0.632635;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00466731;OID=.;OPOS=687112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:23:16:18:0.439024:8:8:13:5:8:10:18:5 chr19 687142 . G A 211.98 PASS AF=0.9;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.018643;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9777;QD=42.3958;RBI=0.0285224;REFB=0.0594665;REVB=0.0215863;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340316;STB=0.535676;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00222595;OID=.;OPOS=687142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:21:20:1:2:18:18:0.9:5:13:1:0:5:13:2:0 chr19 691909 . T C 2863.43 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184951;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.011;QD=62.5886;RBI=0.0384385;REFB=-0.101346;REVB=0.0336964;RO=0;SAF=79;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268484;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:184:183:0:0:183:183:1:104:79:0:0:104:79:0:0 chr19 727097 . G A 2965.3 PASS AF=0.979695;AO=190;DP=195;FAO=193;FDP=197;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=118;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0635217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.5117;QD=60.2092;RBI=0.0635223;REFB=-0.204678;REVB=0.000269583;RO=4;SAF=74;SAR=116;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250392;STB=0.507694;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00358421;OID=.;OPOS=727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:195:197:4:4:190:193:0.979695:116:74:4:0:118:75:3:1 chr19 731144 . A G 3220.68 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427636;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2141;QD=61.9361;RBI=0.0435682;REFB=0;REVB=-0.00833467;RO=0;SAF=81;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14897e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89863e-05;OID=.;OPOS=731144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:207:208:1:126:81:0:0:126:82:0:0 chr19 746409 . G A 929.41 PASS AF=0.535294;AO=91;DP=168;FAO=91;FDP=170;FR=.;FRO=79;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.0113868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.949;QD=21.8684;RBI=0.0162564;REFB=-0.0217081;REVB=0.0116023;RO=77;SAF=49;SAR=42;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00505506;STB=0.509089;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0157877;OID=.;OPOS=746409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:77:79:91:91:0.535294:42:49:41:36:42:49:41:38 chr19 756985 . T G 302.62 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0162635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0967;QD=12.2269;RBI=0.021748;REFB=-0.00812599;REVB=-0.0144386;RO=64;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117902;STB=0.56753;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0154965;OID=.;OPOS=756985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:20:15:21:43:20:15:21:43 chr19 757399 . A C 514.89 PASS AF=0.348066;AO=63;DP=181;FAO=63;FDP=181;FR=.;FRO=118;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=69;FWDB=-0.0126333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.943;QD=11.3788;RBI=0.0144674;REFB=-0.00704877;REVB=-0.00705033;RO=118;SAF=30;SAR=33;SRF=49;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699895;STB=0.539956;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0119007;OID=.;OPOS=757399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:118:118:63:63:0.348066:33:30:49:69:33:30:49:69 chr19 757412 . A G 551.47 PASS AF=0.351064;AO=63;DP=188;FAO=66;FDP=188;FR=.;FRO=122;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=-0.00507728;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.57;QD=11.7334;RBI=0.00523178;REFB=-0.0249132;REVB=-0.00126202;RO=124;SAF=32;SAR=31;SRF=52;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102332;STB=0.532806;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0461124;OID=.;OPOS=757412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:124:122:63:66:0.351064:31:32:52:72:34:32:53:69 chr19 757606 . T C 400.75 PASS AF=0.571429;AO=33;DP=64;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0254957;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.938;QD=22.9002;RBI=0.0259846;REFB=-0.0238139;REVB=0.00501648;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853282;STB=0.553392;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0202578;OID=.;OPOS=757606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:70:29:30:33:40:0.571429:16:17:12:17:19:21:12:18 chr19 846286 . T TC 30.46 PASS AF=0.0723404;AO=27;DP=239;FAO=17;FDP=235;FR=.;FRO=218;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=101;FSRR=117;FWDB=-0.0314873;FXX=0.00843846;HRUN=0;LEN=1;MLLD=63.5705;QD=0.518484;RBI=0.0711435;REFB=-0.00854757;REVB=-0.0637961;RO=211;SAF=27;SAR=0;SRF=93;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.697023;STB=0.941129;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.139971;OID=.;OPOS=846287;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0723404:27:239:17:235:218:16:1:101:117:30:211:27:0:93:118 chr19 880066 . G A 2666.55 PASS AF=0.957672;AO=177;DP=186;FAO=181;FDP=189;FR=.;FRO=8;FSAF=82;FSAR=99;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00572927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.556;QD=56.4348;RBI=0.0152082;REFB=-0.0744128;REVB=0.0140877;RO=9;SAF=82;SAR=95;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0017414;STB=0.502005;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0010454;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:186:189:9:8:177:181:0.957672:95:82:4:5:99:82:4:4 chr19 885818 . A G 1412.41 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3388;QD=62.0842;RBI=0.0743647;REFB=0;REVB=0.0429447;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113339;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:41:48:0:0:43:48:0:0 chr19 893538 . C A 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0222615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.167;QD=16.4447;RBI=0.0243072;REFB=-0.00491993;REVB=0.00976037;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130263;STB=0.574395;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00665863;OID=.;OPOS=893538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:17:10:10:10:17:10 chr19 900951 . A G 3632.18 PASS AF=1;AO=207;DP=247;FAO=240;FDP=240;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=116;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107341;FXX=0.0243893;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.507;QD=60.5364;RBI=0.112582;REFB=-0.0563024;REVB=0.0339527;RO=1;SAF=90;SAR=117;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835403;OID=.;OPOS=900951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:247:240:1:0:207:240:1:117:90:1:0:124:116:0:0 chr19 901507 . A G 2699.22 PASS AF=0.977778;AO=153;DP=160;FAO=176;FDP=180;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=89;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.107;QD=59.9827;RBI=0.0574703;REFB=0;REVB=0.0525918;RO=0;SAF=82;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27658e-05;OID=.;OPOS=901507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:160:180:0:0:153:176:0.977778:71:82:0:0:87:89:0:0 chr19 929753 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.056;QD=39.2067;RBI=0.0304539;REFB=0;REVB=0.0291882;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322827;OID=.;OPOS=929753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 965043 . T C 1107.34 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533847;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.816;QD=60.6764;RBI=0.0533975;REFB=0;REVB=0.00116985;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210352;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr19 972279 . CAGG C,CG 154.54 PASS AF=0,0.551724;AO=4,12;DP=30;FAO=0,16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=0,13;FSAR=0,3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0286805,0.0320784;FXX=0.0333222;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=160.491,164.305;QD=21.3163;RBI=0.0286952,0.0323946;REFB=-0.0351723,-0.042325;REVB=-0.000917971,-0.00451488;RO=13;SAF=4,9;SAR=0,3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.650925,0.14609;STB=0.5,0.622584;STBP=1,0.235;TYPE=del,del;VARB=0,0.026696;OID=.,.;OPOS=972280,972280;OREF=AGG,AG;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.551724:4,12:30:0,16:29:13:0,13:0,3:8:5:99:13:4,9:0,3:8:5 chr19 984533 . T C 812.49 PASS AF=0.428571;AO=90;DP=211;FAO=90;FDP=210;FR=.;FRO=120;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=-0.0176969;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.256;QD=15.4761;RBI=0.0193493;REFB=-0.00536868;REVB=0.00782416;RO=120;SAF=41;SAR=49;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371576;STB=0.520718;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00738682;OID=.;OPOS=984533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:120:120:90:90:0.428571:49:41:59:61:49:41:59:61 chr19 990281 . G A 917.14 PASS AF=0.475248;AO=96;DP=204;FAO=96;FDP=202;FR=.;FRO=106;FSAF=65;FSAR=31;FSRF=77;FSRR=29;FWDB=0.00276904;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.741;QD=18.1612;RBI=0.00282729;REFB=-0.0229076;REVB=-0.000570949;RO=98;SAF=65;SAR=31;SRF=76;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108197;STB=0.530228;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0228024;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:202:98:106:96:96:0.475248:31:65:76:22:31:65:77:29 chr19 991063 . A C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00969988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.954;QD=14.1956;RBI=0.0111199;REFB=-0.0171539;REVB=-0.00543733;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083897;STB=0.548953;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0242306;OID=.;OPOS=991063;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:9:13:10:5:9:13 chr19 991129 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00199028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.979;QD=11.8306;RBI=0.0283549;REFB=-0.00660667;REVB=-0.028285;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345893;STB=0.520511;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0115691;OID=.;OPOS=991129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:12:6:4:7:12:6 chr19 991968 . T C 432.51 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=-0.0698346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5799;QD=18.0212;RBI=0.110494;REFB=-0.0228994;REVB=-0.0856269;RO=51;SAF=26;SAR=18;SRF=40;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201985;STB=0.603615;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.028846;OID=.;OPOS=991968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:52:44:44:0.458333:18:26:40:11:18:26:40:12 chr19 1003172 . C T 4768.55 PASS AF=1;AO=305;DP=308;FAO=306;FDP=306;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173998;FXX=0.0064933;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.502;QD=62.334;RBI=0.0203211;REFB=-0.0333296;REVB=0.0104973;RO=1;SAF=113;SAR=192;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00420212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35548e-06;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:308:306:1:0:305:306:1:192:113:1:0:193:113:0:0 chr19 1036552 . T C 3842.09 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384616;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.27;QD=63.7691;RBI=0.0386968;REFB=0;REVB=-0.00426024;RO=0;SAF=180;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64255e-05;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:241:0:0:241:241:1:61:180:0:0:61:180:0:0 chr19 1038995 . A C 7262.28 PASS AF=1;AO=456;DP=457;FAO=462;FDP=462;FR=.;FRO=0;FSAF=195;FSAR=267;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135285;FXX=0.00215978;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.885;QD=62.8769;RBI=0.0136163;REFB=-0.0860658;REVB=-0.00154334;RO=0;SAF=190;SAR=266;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14207e-05;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:457:462:0:0:456:462:1:266:190:0:0:267:195:0:0 chr19 1042809 . A G 501.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.316;QD=58.9825;RBI=0.0193402;REFB=0;REVB=0.0107852;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12136e-05;OID=.;OPOS=1042809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:13:20:0:0:14:20:0:0 chr19 1047002 . A G 2456.66 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5677;QD=61.4165;RBI=0.0648122;REFB=0;REVB=-0.0631044;RO=0;SAF=70;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242019;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:90:70:0:0:90:70:0:0 chr19 1047161 . A G 3104.32 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.039;QD=61.1689;RBI=0.01564;REFB=0;REVB=0.00139816;RO=0;SAF=89;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.94964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83762e-06;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:185:203:0:0:185:203:1:96:89:0:0:104:99:0:0 chr19 1049305 . C A 10286.3 PASS AF=1;AO=652;DP=659;FAO=654;FDP=654;FR=.;FRO=0;FSAF=364;FSAR=290;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276664;FXX=0.00909077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1552;QD=62.9133;RBI=0.0776488;REFB=-0.124498;REVB=0.0725528;RO=4;SAF=364;SAR=288;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613745;OID=.;OPOS=1049305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:659:654:4:0:652:654:1:288:364:0:4:290:364:0:0 chr19 1052005 . C T 2438.89 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.745;QD=61.3558;RBI=0.0342299;REFB=0;REVB=0.0325417;RO=0;SAF=78;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01708e-05;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:81:78:0:0:81:78:0:0 chr19 1054060 . A G 1343.25 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425612;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.289;QD=62.4769;RBI=0.0426586;REFB=0;REVB=-0.00288106;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.794e-05;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr19 1055191 . G A 1752.45 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304978;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.832;QD=60.9549;RBI=0.0380549;REFB=0;REVB=0.022761;RO=0;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22447e-05;OID=.;OPOS=1055191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:55:60:0:0:55:60:0:0 chr19 1056065 . A G 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.228;QD=57.5428;RBI=0.0262197;REFB=0;REVB=0.0256698;RO=0;SAF=14;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82641e-05;OID=.;OPOS=1056065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:44:14:0:0:44:14:0:0 chr19 1056492 . G C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.8849;QD=56.7046;RBI=0.041399;REFB=0;REVB=0.0175958;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809454;OID=.;OPOS=1056492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr19 1059004 . A G 1129.22 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0693564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3285;QD=60.2249;RBI=0.0696741;REFB=0;REVB=-0.00664608;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541078;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:30:43:0:0:32:43:0:0 chr19 1064193 . G A 6604.73 PASS AF=1;AO=418;DP=423;FAO=421;FDP=421;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=224;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718498;FXX=0.00941154;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.649;QD=62.7528;RBI=0.0260476;REFB=-0.0776033;REVB=0.025037;RO=3;SAF=196;SAR=222;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70223e-05;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:423:421:3:0:418:421:1:222:196:2:1:224:197:0:0 chr19 1065018 . G T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.3544;QD=58.1406;RBI=0.0237202;REFB=0;REVB=-0.017271;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60911e-05;OID=.;OPOS=1065018;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr19 1068734 . T C 5195.61 PASS AF=1;AO=329;DP=330;FAO=329;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245801;FXX=0.00303021;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.901;QD=63.1685;RBI=0.0262132;REFB=-0.064992;REVB=-0.00910761;RO=1;SAF=136;SAR=193;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00349478;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191478;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:330:329:1:0:329:329:1:193:136:1:0:193:136:0:0 chr19 1068738 . G A 4950.67 PASS AF=1;AO=316;DP=316;FAO=316;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.211;QD=62.6667;RBI=0.0622161;REFB=0;REVB=0.0403785;RO=0;SAF=133;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53961e-05;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:316:316:0:0:316:316:1:183:133:0:0:183:133:0:0 chr19 1074000 . A T 4151.29 PASS AF=1;AO=265;DP=266;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188221;FXX=0.00375926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.385;QD=62.661;RBI=0.0216343;REFB=0;REVB=0.0106663;RO=0;SAF=141;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79652e-05;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:266:265:0:0:265:265:1:124:141:0:0:124:141:0:0 chr19 1077985 . A G 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.534;QD=61.374;RBI=0.0942519;REFB=0;REVB=-0.0071532;RO=0;SAF=56;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183441;OID=.;OPOS=1077985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:24:56:0:0:24:56:0:0 chr19 1080311 . G C 759.11 PASS AF=0.949153;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0350246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3967;QD=51.4651;RBI=0.0572512;REFB=-0.100787;REVB=0.0452878;RO=3;SAF=32;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00850175;STB=0.504069;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0209066;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:59:3:3:55:56:0.949153:23:32:2:1:23:33:2:1 chr19 1081617 . A G 639.23 PASS AF=1;AO=30;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1587;QD=62.3636;RBI=0.130851;REFB=0;REVB=0.129586;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168701;OID=.;OPOS=1081617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:30:41:1:10:20:0:0:21:20:0:0 chr19 1094004 . G A 2491.81 PASS AF=0.993902;AO=161;DP=162;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252621;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.071;QD=60.7758;RBI=0.02603;REFB=-0.206768;REVB=0.00627613;RO=0;SAF=54;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65294e-08;STB=0.502325;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=3.43105e-05;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:164:0:1:161:163:0.993902:107:54:0:0:107:56:0:1 chr19 1106615 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.91;QD=56.1912;RBI=0.0120773;REFB=0;REVB=0.011377;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97986e-05;OID=.;OPOS=1106615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr19 1109215 . G A 549.52 PASS AF=0.397516;AO=64;DP=161;FAO=64;FDP=161;FR=.;FRO=97;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.0177647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.111;QD=13.6527;RBI=0.0182316;REFB=-0.0235399;REVB=0.00409988;RO=96;SAF=29;SAR=35;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611665;STB=0.537612;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0293718;OID=.;OPOS=1109215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:96:97:64:64:0.397516:35:29:49:47:35:29:50:47 chr19 1228260 . C A 1186.57 PASS AF=0.458781;AO=127;DP=278;FAO=128;FDP=279;FR=.;FRO=151;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=67;FSRR=84;FWDB=-0.0342847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.8878;QD=17.0118;RBI=0.0397201;REFB=0.00568082;REVB=0.0200562;RO=150;SAF=58;SAR=69;SRF=67;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990618;STB=0.505146;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00809387;OID=.;OPOS=1228260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:279:150:151:127:128:0.458781:69:58:67:83:70:58:67:84 chr19 1231142 . T C 2361.4 PASS AF=1;AO=104;DP=149;FAO=147;FDP=147;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=115;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253549;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.703;QD=64.2558;RBI=0.0571098;REFB=0;REVB=0.0511728;RO=0;SAF=96;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484419;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:147:0:0:104:147:1:8:96:0:0:32:115:0:0 chr19 1234255 . C T 1417.32 PASS AF=0.494881;AO=143;DP=289;FAO=145;FDP=293;FR=.;FRO=148;FSAF=56;FSAR=89;FSRF=58;FSRR=90;FWDB=0.0169625;FXX=0.0330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.766;QD=19.3491;RBI=0.017592;REFB=-0.0281288;REVB=0.00466369;RO=145;SAF=56;SAR=87;SRF=57;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00143909;STB=0.503024;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0287707;OID=.;OPOS=1234255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:293:145:148:143:145:0.494881:87:56:57:88:89:56:58:90 chr19 1272040 . T C 3880.93 PASS AF=1;AO=251;DP=252;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00111316;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.096;QD=61.8476;RBI=0.00128841;REFB=-0.0427673;REVB=0.000648752;RO=1;SAF=107;SAR=144;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443413;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04409e-06;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:252:251:1:0:251:251:1:144:107:1:0:144:107:0:0 chr19 1277275 . G C 1612.02 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306579;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8018;QD=60.2625;RBI=0.037943;REFB=0;REVB=0.0223554;RO=0;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305416;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:45:62:0:0:45:62:0:0 chr19 1321754 . G A 410.24 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00328026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.116;QD=20.5119;RBI=0.0106703;REFB=-0.0181565;REVB=0.0101535;RO=38;SAF=18;SAR=23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158876;STB=0.501547;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0159192;OID=.;OPOS=1321754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:23:18:16:22:23:18:17:22 chr19 1389043 . CAT C 156.78 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00425968;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.888;QD=16.9488;RBI=0.0068603;REFB=-0.0433481;REVB=0.00537763;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238186;STB=0.60899;STBP=0.24;TYPE=del;VARB=0.0500372;OID=.;OPOS=1389044;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459459:16:38:17:37:20:6:11:11:9:99:20:5:11:11:9 chr19 1394466 . G GTGC 126.02 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=45;FWDB=0.00521568;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.54;QD=6.46275;RBI=0.0220474;REFB=-0.0154427;REVB=-0.0214216;RO=59;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305935;STB=0.682595;STBP=0.104;TYPE=ins;VARB=0.0366336;OID=.;OPOS=1394467;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24359:19:78:19:78:59:9:10:14:45:99:59:9:10:14:45 chr19 1440068 . G C 105.16 PASS AF=0.217949;AO=18;DP=76;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0201681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.624;QD=5.39289;RBI=0.0518816;REFB=-0.0096523;REVB=-0.0478011;RO=58;SAF=4;SAR=14;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347867;STB=0.704178;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0335948;OID=.;OPOS=1440068;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:58:61:18:17:0.217949:14:4:28:30:13:4:29:32 chr19 1510661 . A G 937.93 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.318;QD=58.6203;RBI=0.0546936;REFB=0;REVB=0.032002;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323458;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:37:26:0:0:38:26:0:0 chr19 1575326 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0776151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0747;QD=49.5989;RBI=0.112084;REFB=0;REVB=-0.0808625;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00535827;OID=.;OPOS=1575326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr19 1609267 . A G 842.21 PASS AF=0.911765;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00827696;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.392;QD=49.5417;RBI=0.0267442;REFB=-0.0838964;REVB=-0.0254311;RO=3;SAF=33;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173636;STB=0.532248;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00107464;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:68:68:3:6:62:62:0.911765:29:33:1:2:29:33:1:5 chr19 1615796 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.694;QD=39.2068;RBI=0.0766458;REFB=0;REVB=0.0145097;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181156;OID=.;OPOS=1615796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr19 1619339 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.585;QD=50.4131;RBI=0.0583467;REFB=0;REVB=-0.0131807;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000860935;OID=.;OPOS=1619339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr19 1624007 . A G 6927.03 PASS AF=0.982533;AO=451;DP=456;FAO=450;FDP=458;FR=.;FRO=8;FSAF=227;FSAR=223;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0306337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2091;QD=60.4981;RBI=0.0318881;REFB=0.0339029;REVB=0.0088558;RO=5;SAF=230;SAR=221;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607333;STB=0.506474;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00834271;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:456:458:5:8:451:450:0.982533:221:230:4:1:223:227:7:1 chr19 1782798 . A G 319.15 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0312911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.009;QD=20.928;RBI=0.0326221;REFB=0.00126293;REVB=0.00922301;RO=28;SAF=16;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765345;STB=0.542347;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00232608;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:17:16:11:17:17:16:11:17 chr19 1789556 . C T 746.37 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=137;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0393993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4576;QD=21.7918;RBI=0.0396991;REFB=-0.00762585;REVB=0.00486997;RO=64;SAF=42;SAR=30;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051077;STB=0.523323;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00698549;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:64:65:72:72:0.525547:30:42:41:23:30:42:41:24 chr19 1796166 . C T 660.89 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00598281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.89;QD=20.1799;RBI=0.0110075;REFB=-0.0100002;REVB=0.00923967;RO=64;SAF=22;SAR=44;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100599;STB=0.55247;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0109665;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:64:65:66:66:0.503817:44:22:28:36:44:22:28:37 chr19 1796943 . C T 454.38 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0120396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.483;QD=17.476;RBI=0.0134981;REFB=-0.0407195;REVB=0.00610298;RO=54;SAF=31;SAR=18;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213873;STB=0.614544;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0472076;OID=.;OPOS=1796943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:55:49:49:0.471154:18:31:22:32:18:31:23:32 chr19 1799763 . CAAAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAAAT 191.76 PASS AF=0.583333,0.416667;AO=5,2;DP=28;FAO=14,10;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125655,0.0529665;FXX=0.172354;HRUN=15,15;LEN=3,1;MLLD=6.37398,140.339;QD=31.9594;RBI=0.29666,0.0623568;REFB=-0.3234,-0.137498;REVB=-0.268734,-0.0329078;RO=0;SAF=0,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00680812,0.000369743;OID=.,.;OPOS=1799764,1799773;OREF=AAA,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.583333,0.416667:5,2:28:14,10:24:0:0,10:14,0:0:0:80:0:0,2:5,0:0:0 chr19 1806667 . C T 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.021485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.913;QD=16.3237;RBI=0.032947;REFB=-0.0141819;REVB=-0.0249779;RO=48;SAF=16;SAR=22;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220532;STB=0.628506;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0163073;OID=.;OPOS=1806667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:49:38:38:0.436782:22:16:31:17:22:16:32:17 chr19 1810605 . T C 508.34 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.298;QD=56.4826;RBI=0.0229434;REFB=-0.0783425;REVB=0.00439842;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207916;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00207245;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:13:22:1:0:13:22:1:0 chr19 1811547 . A G 1590.83 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.857;QD=63.6331;RBI=0.0591624;REFB=0;REVB=0.0576947;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51278e-05;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:100:0:0:91:100:1:45:46:0:0:53:47:0:0 chr19 1811603 . C T 322.85 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0108143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.156;QD=14.1913;RBI=0.0144188;REFB=-0.0178858;REVB=-0.00953695;RO=55;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164202;STB=0.593169;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0278692;OID=.;OPOS=1811603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:16:20:22:33:16:20:22:33 chr19 1819125 . T C 1186.27 PASS AF=0.481633;AO=117;DP=248;FAO=118;FDP=245;FR=.;FRO=127;FSAF=43;FSAR=75;FSRF=48;FSRR=79;FWDB=-0.012723;FXX=0.0160636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.31;QD=19.3677;RBI=0.0222286;REFB=-0.0166317;REVB=0.0182273;RO=130;SAF=43;SAR=74;SRF=51;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252376;STB=0.507547;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0160962;OID=.;OPOS=1819125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:245:130:127:117:118:0.481633:74:43:51:79:75:43:48:79 chr19 1821637 . A G 1512.77 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.521;QD=59.3243;RBI=0.0821162;REFB=0;REVB=0.0242757;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127038;OID=.;OPOS=1821637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:102:0:0:97:102:1:52:45:0:0:55:47:0:0 chr19 1825927 . TCTC T 767.61 PASS AF=0.591667;AO=67;DP=129;FAO=71;FDP=120;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=52;FSRF=10;FSRR=39;FWDB=0.0111681;FXX=0.111103;HRUN=1;LEN=3;MLLD=253.898;QD=25.5871;RBI=0.0152976;REFB=-0.0142072;REVB=0.0104542;RO=49;SAF=20;SAR=47;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911566;STB=0.534127;STBP=0.457;TYPE=del;VARB=0.00700333;OID=.;OPOS=1825928;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.591667:67:129:71:120:49:19:52:10:39:99:49:20:47:10:39 chr19 1827565 . A G 373.31 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.0225081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8852;QD=12.3408;RBI=0.0436932;REFB=0.000952065;REVB=-0.0374498;RO=76;SAF=30;SAR=15;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427039;STB=0.524379;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00227591;OID=.;OPOS=1827565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:76:76:45:45:0.371901:15:30:48:28:15:30:48:28 chr19 1854557 . A G 932.86 PASS AF=0.492063;AO=90;DP=187;FAO=93;FDP=189;FR=.;FRO=96;FSAF=62;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-3.63268e-05;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.795;QD=19.743;RBI=0.00347201;REFB=-0.0186974;REVB=0.00347182;RO=87;SAF=61;SAR=29;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174619;STB=0.594775;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0269638;OID=.;OPOS=1854557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:87:96:90:93:0.492063:29:61:43:44:31:62:47:49 chr19 1880950 . T C 821.26 PASS AF=0.512346;AO=83;DP=162;FAO=83;FDP=162;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0308736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.96;QD=20.2781;RBI=0.0318957;REFB=-0.0310669;REVB=0.00800996;RO=78;SAF=31;SAR=52;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192793;STB=0.603078;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0343775;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:78:79:83:83:0.512346:52:31:46:32:52:31:46:33 chr19 1905405 . G T 374.17 PASS AF=0.378151;AO=42;DP=116;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0421017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1938;QD=12.5773;RBI=0.135744;REFB=-0.00178264;REVB=0.12905;RO=74;SAF=29;SAR=13;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208609;STB=0.584458;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0055464;OID=.;OPOS=1905405;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:74:74:42:45:0.378151:13:29:38:36:16:29:38:36 chr19 1912817 . C T 223.08 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0104384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.199;QD=16.5243;RBI=0.0510766;REFB=-0.00767484;REVB=0.0499986;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908903;STB=0.551141;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0146035;OID=.;OPOS=1912817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:9:20:15:10:9:20 chr19 1912934 . T C 990.18 PASS AF=0.460177;AO=103;DP=225;FAO=104;FDP=226;FR=.;FRO=122;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=-0.0101733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.454;QD=17.5253;RBI=0.0272422;REFB=-0.0096775;REVB=-0.0252714;RO=120;SAF=47;SAR=56;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307957;STB=0.514035;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0109693;OID=.;OPOS=1912934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:120:122:103:104:0.460177:56:47:51:69:57:47:52:70 chr19 1925970 . T C 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.00321075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.436;QD=13.2876;RBI=0.00355;REFB=-0.00854685;REVB=0.00151447;RO=40;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203382;STB=0.599933;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0039082;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:18:9:7:33:18:9:8:33 chr19 1979386 . C T 582.9 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=150;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.00795115;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.777;QD=15.7541;RBI=0.0119189;REFB=-0.0187649;REVB=0.00887919;RO=88;SAF=34;SAR=28;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507332;STB=0.534954;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.026732;OID=.;OPOS=1979386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:88:86:62:62:0.418919:28:34:44:44:28:34:42:44 chr19 1986520 . G A 560.8 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.000493009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.337;QD=16.1382;RBI=0.0264005;REFB=-0.00629733;REVB=0.0263959;RO=79;SAF=19;SAR=41;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855214;STB=0.547965;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00680997;OID=.;OPOS=1986520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:79:60:60:0.431655:41:19:31:48:41:19:31:48 chr19 1997363 . A G 1624.4 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.552;QD=60.1628;RBI=0.0276874;REFB=0;REVB=-0.0236417;RO=0;SAF=65;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85467e-05;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:43:65:0:0:43:65:0:0 chr19 2041032 . T C 1546.43 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00018085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.61;QD=63.7704;RBI=0.00777446;REFB=0;REVB=0.00777235;RO=0;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82812e-05;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:38:58:0:0:39:58:0:0 chr19 2050823 . G T 640.86 PASS AF=0.401099;AO=70;DP=180;FAO=73;FDP=182;FR=.;FRO=109;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=0.0124751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.634;QD=14.0849;RBI=0.0148102;REFB=-0.0160102;REVB=0.00798221;RO=101;SAF=28;SAR=42;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386967;STB=0.512655;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0169137;OID=.;OPOS=2050823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:101:109:70:73:0.401099:42:28:44:57:45:28:44:65 chr19 2099250 . G A 871.22 PASS AF=0.494382;AO=88;DP=178;FAO=88;FDP=178;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=0.00122435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9454;QD=19.578;RBI=0.088582;REFB=-0.0063473;REVB=0.0885735;RO=89;SAF=40;SAR=48;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778694;STB=0.53941;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00530059;OID=.;OPOS=2099250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:89:90:88:88:0.494382:48:40:33:56:48:40:34:56 chr19 2138654 . T G 238.06 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.00308596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.232;QD=11.6125;RBI=0.0311956;REFB=0.00138572;REVB=0.0310426;RO=53;SAF=12;SAR=17;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230405;STB=0.632665;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00293646;OID=.;OPOS=2138654;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:17:12:33:20:17:12:33:20 chr19 2226676 . G A 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0488168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1267;QD=17.5869;RBI=0.0489734;REFB=-0.0496128;REVB=-0.00391361;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132659;STB=0.567665;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0685332;OID=.;OPOS=2226676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:7:15:15:12:7:15:16:12 chr19 2249477 . G T 826.94 PASS AF=0.429245;AO=91;DP=215;FAO=91;FDP=212;FR=.;FRO=121;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=0.00746772;FXX=0.0185177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.851;QD=15.6026;RBI=0.0110409;REFB=-0.0136116;REVB=0.00813227;RO=118;SAF=51;SAR=40;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027209;STB=0.51342;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0185506;OID=.;OPOS=2249477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:212:118:121:91:91:0.429245:40:51:63:55:40:51:65:56 chr19 2250469 . G A 367.08 PASS AF=0.4;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=0.00428029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.72;QD=14.6832;RBI=0.0113775;REFB=-0.0412199;REVB=-0.0105417;RO=57;SAF=11;SAR=29;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297928;STB=0.518486;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0394529;OID=.;OPOS=2250469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:57:60:40:40:0.4:29:11:17:40:29:11:18:42 chr19 2251817 . T C 3040.42 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4848;QD=63.3422;RBI=0.00593571;REFB=0;REVB=-0.000975195;RO=0;SAF=93;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98037e-06;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:192:0:0:190:192:1:97:93:0:0:97:95:0:0 chr19 2252990 . C G 1050.92 PASS AF=0.44186;AO=114;DP=258;FAO=114;FDP=258;FR=.;FRO=144;FSAF=41;FSAR=73;FSRF=76;FSRR=68;FWDB=-0.0360362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.014;QD=16.2933;RBI=0.0402741;REFB=-0.0196911;REVB=0.0179833;RO=144;SAF=41;SAR=73;SRF=76;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173294;STB=0.596338;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0253022;OID=.;OPOS=2252990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:144:144:114:114:0.44186:73:41:76:68:73:41:76:68 chr19 2255311 . C G 453.51 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0123436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0445;QD=19.7178;RBI=0.0169158;REFB=-0.0208379;REVB=-0.0115663;RO=47;SAF=12;SAR=33;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22914;STB=0.627998;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.01686;OID=.;OPOS=2255311;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:33:12:23:24:33:12:23:24 chr19 2290870 . G C 236.0 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0166446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4772;QD=18.5101;RBI=0.0234421;REFB=-0.0357849;REVB=0.0165073;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829761;STB=0.532232;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.025874;OID=.;OPOS=2290870;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:26:24:25:0.490196:15:9:12:14:15:10:12:14 chr19 2339949 . T C 740.22 PASS AF=0.549618;AO=70;DP=128;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.012885;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.498;QD=22.6022;RBI=0.0622632;REFB=-0.0245328;REVB=-0.0609153;RO=58;SAF=35;SAR=35;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114335;STB=0.564868;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0195157;OID=.;OPOS=2339949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:58:59:70:72:0.549618:35:35:21:37:36:36:21:38 chr19 2339958 . T C 1572.78 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00390201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.601;QD=58.7954;RBI=0.0430175;REFB=-0.0132295;REVB=0.0428401;RO=1;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797668;STB=0.504201;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000160471;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:59:47:0:1:59:47:0:1 chr19 2340154 . G GC 5748.08 PASS AF=1;AO=494;DP=613;FAO=587;FDP=587;FR=.;FRO=0;FSAF=263;FSAR=324;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505021;FXX=0.00339553;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.0303;QD=39.1692;RBI=0.248305;REFB=0;REVB=0.243115;RO=113;SAF=241;SAR=253;SRF=46;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284786;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000896289;OID=.;OPOS=2340155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:494:613:587:587:0:263:324:0:0:99:113:241:253:46:67 chr19 2341047 . C T 344.69 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0619784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1573;QD=16.6117;RBI=0.0634146;REFB=-0.0206171;REVB=0.0134199;RO=45;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089151;STB=0.555526;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0227289;OID=.;OPOS=2341047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:18:19:19:26:18:19:19:27 chr19 2341059 . GT AC 1080.34 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374953;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=2;MLLD=177.632;QD=60.0191;RBI=0.038986;REFB=0;REVB=-0.0106778;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.86782e-05;OID=.;OPOS=2341059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:40:31:0:0:41:31:0:0 chr19 2341301 . G A 1358.25 PASS AF=0.439394;AO=145;DP=330;FAO=145;FDP=330;FR=.;FRO=185;FSAF=61;FSAR=84;FSRF=77;FSRR=108;FWDB=-0.000504704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.043;QD=16.4637;RBI=0.00807012;REFB=-0.00393389;REVB=0.00805432;RO=182;SAF=61;SAR=84;SRF=74;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145661;STB=0.502574;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00532842;OID=.;OPOS=2341301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:182:185:145:145:0.439394:84:61:74:108:84:61:77:108 chr19 2344022 . G A 335.52 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0217502;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0697;QD=15.6055;RBI=0.0333971;REFB=-0.023351;REVB=0.0253436;RO=49;SAF=14;SAR=22;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166633;STB=0.599944;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0268092;OID=.;OPOS=2344022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:49:50:36:36:0.418605:22:14:27:22:22:14:28:22 chr19 2353150 . C A 204.88 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0175199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.266;QD=15.7597;RBI=0.0280579;REFB=-0.0238601;REVB=0.0219158;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284455;STB=0.523344;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0285801;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:15:8:9:19:15:8:9:20 chr19 2389872 . G C 469.25 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00936578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.454;QD=18.5842;RBI=0.0184994;REFB=0.00528903;REVB=0.0159534;RO=51;SAF=26;SAR=23;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191781;STB=0.505875;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00552623;OID=.;OPOS=2389872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:52:49:49:0.485149:23:26:26:25:23:26:27:25 chr19 2396556 . C T 248.6 PASS AF=0.468085;AO=14;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0238025;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.423;QD=21.1574;RBI=0.050553;REFB=-0.0280078;REVB=0.0445988;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961734;STB=0.534576;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0347148;OID=.;OPOS=2396556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:18:23:14:22:0.468085:6:8:12:6:7:15:17:6 chr19 2396611 . C T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00760744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.373;QD=18.4901;RBI=0.00809531;REFB=-0.0182401;REVB=0.00276783;RO=26;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011596;STB=0.506573;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0140437;OID=.;OPOS=2396611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:7:15:18:8:7:15:18:8 chr19 2398849 . A G 2121.67 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.957;QD=62.8642;RBI=0.0236218;REFB=0;REVB=-0.0223134;RO=0;SAF=49;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99536e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60302e-05;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:86:49:0:0:86:49:0:0 chr19 2405456 . C T 648.37 PASS AF=0.405556;AO=73;DP=175;FAO=73;FDP=180;FR=.;FRO=107;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=39;FSRR=68;FWDB=3.81023e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.64;QD=14.4082;RBI=0.0779565;REFB=-0.00353358;REVB=-0.0779565;RO=102;SAF=27;SAR=46;SRF=39;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138801;STB=0.503434;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00429932;OID=.;OPOS=2405456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:180:102:107:73:73:0.405556:46:27:39:63:46:27:39:68 chr19 2410332 . T C 328.86 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.057639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0362;QD=15.8485;RBI=0.0819986;REFB=-0.0148792;REVB=-0.0583225;RO=47;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386191;STB=0.521756;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0176163;OID=.;OPOS=2410332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:17:19:23:24:17:19:23:24 chr19 2413961 . G C 314.97 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00232786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.867;QD=19.9984;RBI=0.0112786;REFB=-0.0227021;REVB=0.0110358;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474038;STB=0.5263;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00900272;OID=.;OPOS=2413961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:15:18:18:12:15:18:18:12 chr19 2418031 . C T 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00829175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.352;QD=21.8981;RBI=0.0267016;REFB=0.00890874;REVB=-0.0253815;RO=25;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16197;STB=0.597879;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00469078;OID=.;OPOS=2418031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:13:20:10:15:13:20:10:16 chr19 2433890 . A G 2006.19 PASS AF=1;AO=127;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283222;FXX=0.0298485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.44;QD=61.7289;RBI=0.0309993;REFB=0;REVB=-0.012602;RO=0;SAF=76;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.42534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739378;OID=.;OPOS=2433890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:127:130:1:51:76:0:0:53:77:0:0 chr19 2511467 . C T 402.13 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0357128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6636;QD=21.7365;RBI=0.0359141;REFB=-0.000923685;REVB=0.00379677;RO=34;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024477;STB=0.513507;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00137771;OID=.;OPOS=2511467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:20:20:16:18:20:20:16:18 chr19 2538760 . A T 123.25 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.000406413;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.474;QD=10.7171;RBI=0.0310099;REFB=-0.0149847;REVB=-0.0310072;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114032;STB=0.597574;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0284654;OID=.;OPOS=2538760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:14:15:0.326087:7:7:12:18:7:8:12:19 chr19 2714720 . A G 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.407;QD=64.0208;RBI=0.0362543;REFB=0;REVB=0.0132295;RO=0;SAF=33;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00379e-05;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:65:33:0:0:65:33:0:0 chr19 2714771 . T C 1369.3 PASS AF=1;AO=76;DP=91;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429317;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2807;QD=62.241;RBI=0.0576675;REFB=0;REVB=0.0385022;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868653;OID=.;OPOS=2714771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:88:0:0:76:88:1:46:30:0:0:54:34:0:0 chr19 2717256 . C G 1223.1 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.163;QD=61.1549;RBI=0.0380708;REFB=0;REVB=0.0378444;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78197e-05;OID=.;OPOS=2717256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr19 2732986 . T C 1564.06 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.27;QD=59.5834;RBI=0.0149552;REFB=0;REVB=0.0130383;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62992e-05;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:62:42:0:0:63:42:0:0 chr19 2762585 . A C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.622;QD=62.0082;RBI=0.0173976;REFB=0;REVB=0.0123128;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11843e-05;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr19 2767192 . G T 2705.0 PASS AF=0.979275;AO=151;DP=182;FAO=189;FDP=193;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=107;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00906506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.829;QD=56.0622;RBI=0.0562216;REFB=-0.0919821;REVB=0.0554859;RO=1;SAF=82;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684394;STB=0.506656;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00501306;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:182:193:1:4:151:189:0.979275:69:82:0:1:107:82:3:1 chr19 2833802 . A G 342.4 PASS AF=0.468354;AO=34;DP=76;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0161351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.101;QD=17.3368;RBI=0.0262921;REFB=-0.0192062;REVB=0.0207589;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117149;STB=0.556289;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0221768;OID=.;OPOS=2833802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:42:42:34:37:0.468354:17:17:26:16:18:19:26:16 chr19 2833864 . G A 577.98 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0102643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7182;QD=24.3362;RBI=0.0161836;REFB=-0.0364167;REVB=-0.012512;RO=41;SAF=29;SAR=24;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130737;STB=0.564682;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0242926;OID=.;OPOS=2833864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:42:53:53:0.557895:24:29:29:12:24:29:29:13 chr19 2834362 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00909935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.711;QD=13.661;RBI=0.0093921;REFB=0.0036516;REVB=-0.00232665;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578865;STB=0.533931;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00639477;OID=.;OPOS=2834362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:14:7:4:10:14:7 chr19 2834808 . T C 155.49 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0164764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3393;QD=15.1693;RBI=0.0273843;REFB=-0.00286497;REVB=0.0218729;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194869;STB=0.612768;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00277686;OID=.;OPOS=2834808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:13:11:11:6:13:11 chr19 2853566 . A G 563.83 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0313188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.058;QD=57.8289;RBI=0.0352914;REFB=-0.0596937;REVB=0.0162671;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322882;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00160912;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:24:14:1:0:24:14:1:0 chr19 2896818 . C T 526.17 PASS AF=0.4;AO=58;DP=145;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=0.0225929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9001;QD=14.5151;RBI=0.023058;REFB=0.0171556;REVB=0.00460766;RO=86;SAF=44;SAR=14;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195562;STB=0.615957;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0220189;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:86:87:58:58:0.4:14:44:52:34:14:44:52:35 chr19 2896948 . T C 715.83 PASS AF=0.415789;AO=79;DP=190;FAO=79;FDP=190;FR=.;FRO=111;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.0266579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.378;QD=15.0701;RBI=0.0266697;REFB=-0.000736157;REVB=0.000793297;RO=111;SAF=40;SAR=39;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00190427;STB=0.501066;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00185983;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:111:111:79:79:0.415789:39:40:56:55:39:40:56:55 chr19 2896953 . A G 695.62 PASS AF=0.417582;AO=76;DP=184;FAO=76;FDP=182;FR=.;FRO=106;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=0.000371365;FXX=0.0215042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.236;QD=15.2883;RBI=0.00078136;REFB=-0.00129478;REVB=0.000687467;RO=107;SAF=35;SAR=41;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364326;STB=0.523044;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00164927;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:182:107:106:76:76:0.417582:41:35:53:54:41:35:53:53 chr19 2915738 . T A 515.84 PASS AF=0.427481;AO=58;DP=132;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0163717;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.8;QD=15.7508;RBI=0.016424;REFB=-0.00539438;REVB=0.00130885;RO=74;SAF=10;SAR=48;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29655;STB=0.669023;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00972759;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:74:75:58:56:0.427481:48:10:29:45:46:10:30:45 chr19 2917186 . T C 506.06 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0228941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.029;QD=16.3244;RBI=0.0329678;REFB=-0.00064728;REVB=0.023722;RO=68;SAF=30;SAR=25;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597024;STB=0.537431;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000819136;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:69:55:55:0.443548:25:30:33:35:25:30:33:36 chr19 2917287 . C A 521.37 PASS AF=0.509434;AO=47;DP=103;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.066023;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.03;QD=19.6744;RBI=0.0699249;REFB=-0.0124026;REVB=-0.0230315;RO=55;SAF=16;SAR=31;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237361;STB=0.574216;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0172404;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:55:52:47:54:0.509434:31:16:32:23:32:22:29:23 chr19 2917612 . T C 490.04 PASS AF=0.534091;AO=46;DP=87;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00867047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.965;QD=22.2743;RBI=0.0109541;REFB=-0.000391056;REVB=-0.00669435;RO=37;SAF=23;SAR=23;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164841;STB=0.591997;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000203718;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:37:41:46:47:0.534091:23:23:11:26:24:23:12:29 chr19 2934282 . T C 492.38 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0167183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5389;QD=20.0971;RBI=0.018605;REFB=-0.0100136;REVB=-0.00816354;RO=50;SAF=20;SAR=28;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959357;STB=0.553242;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0160943;OID=.;OPOS=2934282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:28:20:26:24:28:20:26:24 chr19 2936623 . C T 313.76 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00872593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.112;QD=19.9214;RBI=0.00998518;REFB=-0.0238303;REVB=-0.00485408;RO=30;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197056;STB=0.598396;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0190742;OID=.;OPOS=2936623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:30:32:33:0.52381:20:12:18:12:20:13:18:12 chr19 2994903 . T C 1559.69 PASS AF=0.468927;AO=149;DP=340;FAO=166;FDP=354;FR=.;FRO=188;FSAF=59;FSAR=107;FSRF=82;FSRR=106;FWDB=0.0294537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.936;QD=17.6236;RBI=0.0297125;REFB=-0.00958761;REVB=-0.00391291;RO=185;SAF=42;SAR=107;SRF=81;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175397;STB=0.545557;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00945844;OID=.;OPOS=2994903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:354:185:188:149:166:0.468927:107:42:81:104:107:59:82:106 chr19 2994921 . G A 1910.65 PASS AF=0.476998;AO=194;DP=410;FAO=197;FDP=413;FR=.;FRO=216;FSAF=71;FSAR=126;FSRF=91;FSRR=125;FWDB=-0.0200252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.281;QD=18.505;RBI=0.025194;REFB=-0.00358999;REVB=0.0152881;RO=216;SAF=70;SAR=124;SRF=91;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615058;STB=0.533881;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00463743;OID=.;OPOS=2994921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:413:216:216:194:197:0.476998:124:70:91:125:126:71:91:125 chr19 2997897 . G A 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00143161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.902;QD=19.4774;RBI=0.0251972;REFB=-0.0122883;REVB=0.0251565;RO=41;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109804;STB=0.566869;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00988382;OID=.;OPOS=2997897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:18:23:18:23:18:23:18:24 chr19 3014639 . A G 358.1 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00132516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.107;QD=22.381;RBI=0.019393;REFB=0.00569802;REVB=-0.0193476;RO=28;SAF=11;SAR=25;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532285;STB=0.529273;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00717088;OID=.;OPOS=3014639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:25:11:7:21:25:11:7:21 chr19 3028852 . GGC G,GG,GGG 419.57 PASS AF=0,1,0;AO=18,26,4;DP=87;FAO=0,80,0;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44,0;FSAR=0,36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000443285,0.118452,0.116517;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=7.48482,7.1581,5.40127;QD=20.9783;RBI=0.483244,0.120604,0.469348;REFB=0.0546395,0.0074472,-0.0401159;REVB=-0.483244,-0.0226813,0.454655;RO=21;SAF=2,20,2;SAR=16,6,2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0.382979,0,0;SSSB=-0.599388,0.107869,-0.194534;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0137913,0.00911462,0;OID=.,.,.;OPOS=3028853,3028854,3028854;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:18,26,4:87:0,80,0:80:0:0,44,0:0,36,0:0:0:3:21:2,20,2:16,6,2:14:7 chr19 3062857 . T C 1705.63 PASS AF=0.387033;AO=197;DP=512;FAO=197;FDP=509;FR=.;FRO=312;FSAF=121;FSAR=76;FSRF=170;FSRR=142;FWDB=0.00395173;FXX=0.00585926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.916;QD=13.4038;RBI=0.00453973;REFB=-0.0146502;REVB=0.00223449;RO=310;SAF=121;SAR=76;SRF=168;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813279;STB=0.543939;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0215405;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:512:509:310:312:197:197:0.387033:76:121:168:142:76:121:170:142 chr19 3119239 . C T 1659.4 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.085;QD=60.3417;RBI=0.0221329;REFB=0;REVB=0.0211796;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37743e-05;OID=.;OPOS=3119239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:47:63:0:0:47:63:0:0 chr19 3122243 . C T 302.38 PASS AF=0.333333;AO=39;DP=117;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=-0.015879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.085;QD=10.3376;RBI=0.0168561;REFB=-0.0064703;REVB=0.00565562;RO=78;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167021;STB=0.595926;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0128349;OID=.;OPOS=3122243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:78:78:39:39:0.333333:21:18:25:53:21:18:25:53 chr19 3150238 . A G 1540.5 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.803;QD=59.8253;RBI=0.00563708;REFB=0;REVB=0.00539916;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46382e-06;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:62:40:0:0:62:41:0:0 chr19 3155902 . G A 1967.59 PASS AF=0.97037;AO=128;DP=132;FAO=131;FDP=135;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0163436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.721;QD=58.299;RBI=0.0176618;REFB=-0.141416;REVB=0.0066952;RO=4;SAF=63;SAR=65;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292144;STB=0.514704;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00100358;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:132:135:4:4:128:131:0.97037:65:63:4:0:65:66:4:0 chr19 3207422 . T C 203.22 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0532009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.848;QD=14.2612;RBI=0.105977;REFB=-0.0243713;REVB=0.091656;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244828;STB=0.502207;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0244917;OID=.;OPOS=3207422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:33:23:24:0.421053:12:11:15:18:13:11:15:18 chr19 3207646 . A G 87.99 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0109878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3607;QD=14.0781;RBI=0.0384109;REFB=0.0181139;REVB=0.0368058;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240656;STB=0.63887;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0136928;OID=.;OPOS=3207646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:3:11:6:5:3:11 chr19 3224896 . G C 1614.32 PASS AF=0.482456;AO=157;DP=334;FAO=165;FDP=342;FR=.;FRO=177;FSAF=60;FSAR=105;FSRF=58;FSRR=119;FWDB=0.0143262;FXX=0.00291537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.824;QD=18.8809;RBI=0.0143558;REFB=-0.0218565;REVB=-0.000920716;RO=174;SAF=56;SAR=101;SRF=56;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367176;STB=0.520323;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0247885;OID=.;OPOS=3224896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:342:174:177:157:165:0.482456:101:56:56:118:105:60:58:119 chr19 3534842 . G A 256.84 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.02374;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.002;QD=15.8054;RBI=0.0256127;REFB=-0.0167414;REVB=-0.00961365;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935705;STB=0.549262;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0202875;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:36:29:29:0.446154:16:13:12:22:16:13:13:23 chr19 3543397 . C T 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0121487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.212;QD=18.413;RBI=0.013197;REFB=-0.00427296;REVB=-0.00515478;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015707;STB=0.508767;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0056781;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:14:19:19:15:14:19:19:15 chr19 3548231 . A G 1655.99 PASS AF=0.481268;AO=161;DP=344;FAO=167;FDP=347;FR=.;FRO=180;FSAF=82;FSAR=85;FSRF=69;FSRR=111;FWDB=-0.0118933;FXX=0.00857118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.939;QD=19.0892;RBI=0.037205;REFB=-0.0145755;REVB=-0.0352528;RO=176;SAF=79;SAR=82;SRF=69;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939611;STB=0.555983;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.01745;OID=.;OPOS=3548231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:347:176:180:161:167:0.481268:82:79:69:107:85:82:69:111 chr19 3576314 . CCTT C 1247.27 PASS AF=0.972222;AO=100;DP=109;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00135207;FXX=0.0270246;HRUN=2;LEN=3;MLLD=285.643;QD=46.1951;RBI=0.00605576;REFB=-0.0292128;REVB=0.00590289;RO=0;SAF=30;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500613;STBP=0.954;TYPE=del;VARB=6.58877e-05;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.972222:100:109:105:108:3:33:72:1:2:8:0:30:70:0:0 chr19 3591590 . T C 287.94 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0122571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.039;QD=25.0386;RBI=0.0167769;REFB=0.000463985;REVB=-0.0114555;RO=19;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031099;STB=0.527006;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00045803;OID=.;OPOS=3591590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:20:26:26:0.565217:12:14:11:8:12:14:12:8 chr19 3592133 . A G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0437656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7088;QD=19.6661;RBI=0.0950415;REFB=0.0255688;REVB=0.084365;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237247;STB=0.631503;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0208824;OID=.;OPOS=3592133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:14:20:10:22:14:20:10:22 chr19 3592171 . T C 389.34 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00695167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1249;QD=24.3339;RBI=0.0683424;REFB=-0.0357579;REVB=-0.0679879;RO=26;SAF=18;SAR=20;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124371;STB=0.568071;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0242466;OID=.;OPOS=3592171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:20:18:8:18:20:18:8:18 chr19 3592734 . C T 138.46 PASS AF=0.409091;AO=15;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=24;FWDB=-0.0512574;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.691;QD=12.5868;RBI=0.0512641;REFB=-0.0168832;REVB=0.000828094;RO=28;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173407;STB=0.555499;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0440373;OID=.;OPOS=3592734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:26:15:18:0.409091:13:2:2:26:16:2:2:24 chr19 3595794 . A G 617.52 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0316678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.901;QD=19.1479;RBI=0.0367421;REFB=-0.0130724;REVB=-0.0186315;RO=66;SAF=24;SAR=39;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990987;STB=0.55486;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0116133;OID=.;OPOS=3595794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:66:63:63:0.488372:39:24:32:34:39:24:32:34 chr19 3595923 . G A 357.63 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00568541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.151;QD=17.2353;RBI=0.047217;REFB=-0.0135097;REVB=0.0468734;RO=45;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13776;STB=0.576884;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0153517;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:20:18:15:30:20:18:15:30 chr19 3600198 . C T 105.87 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0330402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9269;QD=21.173;RBI=0.0362886;REFB=-0.0163164;REVB=-0.0150069;RO=8;SAF=9;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367814;STB=0.71016;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0166116;OID=.;OPOS=3600198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:3:9:2:6:3:9:2:6 chr19 3611765 . A G 876.01 PASS AF=1;AO=54;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.942;QD=57.4433;RBI=0.0433587;REFB=0;REVB=0.00620405;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504153;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:54:61:1:27:27:0:0:31:30:0:0 chr19 3611972 . G A 889.49 PASS AF=0.478723;AO=90;DP=188;FAO=90;FDP=188;FR=.;FRO=98;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=72;FSRR=26;FWDB=-0.0104825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.118;QD=18.9254;RBI=0.0191619;REFB=0.00334194;REVB=0.0160405;RO=98;SAF=45;SAR=45;SRF=72;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22288;STB=0.622315;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00409954;OID=.;OPOS=3611972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:98:98:90:90:0.478723:45:45:72:26:45:45:72:26 chr19 3613346 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0059849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.451;QD=18.767;RBI=0.0699416;REFB=-0.0225205;REVB=0.0696851;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00602455;OID=.;OPOS=3613346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr19 3614403 . T C 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.63;QD=61.8513;RBI=0.0500089;REFB=0;REVB=0.0390452;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32994e-05;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr19 3614538 . C T 380.84 PASS AF=0.415094;AO=43;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0563751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.823;QD=14.3714;RBI=0.0567257;REFB=-0.02117;REVB=0.00629668;RO=62;SAF=19;SAR=24;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111233;STB=0.55477;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0294411;OID=.;OPOS=3614538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:43:44:0.415094:24:19:34:28:24:20:34:28 chr19 3618928 . G A 435.3 PASS AF=0.409836;AO=49;DP=121;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00859424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.827;QD=14.2722;RBI=0.00881162;REFB=-0.0134246;REVB=-0.00194518;RO=72;SAF=21;SAR=28;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128417;STB=0.514013;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0228557;OID=.;OPOS=3618928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:72:72:49:50:0.409836:28:21:30:42:28:22:30:42 chr19 3633115 . C A 189.51 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00402957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.14;QD=21.0562;RBI=0.00692083;REFB=-0.031655;REVB=-0.00562676;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988308;STB=0.551568;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0242904;OID=.;OPOS=3633115;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:14:17:18:19:0.527778:8:10:6:8:8:11:8:9 chr19 3653525 . C T 792.54 PASS AF=0.569231;AO=66;DP=131;FAO=74;FDP=130;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0121095;FXX=0.00763301;HRUN=6;LEN=1;MLLD=231.259;QD=24.3857;RBI=0.0134303;REFB=-0.00872629;REVB=0.00580805;RO=39;SAF=27;SAR=39;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729696;STB=0.505616;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0068249;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:39:56:66:74:0.569231:39:27:12:27:44:30:22:34 chr19 3728603 . ACCCCCG ACCCCAC,ACCCCCA 447.56 PASS AF=0,0.511628;AO=3,34;DP=85;FAO=0,44;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=0,17;FSAR=0,27;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0106083,0.00886558;FXX=0.0114929;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=131.554,134.762;QD=20.8165;RBI=0.0155748,0.0815848;REFB=-0.0226996,-0.0200729;REVB=0.0114034,0.0811017;RO=23;SAF=3,10;SAR=0,24;SRF=6;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.689181,0.0298141;STB=0.5,0.568543;STBP=1,0.237;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0221401;OID=.,.;OPOS=3728608,3728609;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=ACCCCAC,ACCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.511628:3,34:85:0,44:86:42:0,17:0,27:22:20:99:23:3,10:0,24:6:17 chr19 3730041 . C T 156.5 PASS AF=0.318182;AO=20;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0530601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9015;QD=9.48498;RBI=0.0635258;REFB=0.00262515;REVB=0.0349308;RO=44;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731238;STB=0.513665;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00635857;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:45:20:21:0.318182:13:7:18:26:13:8:18:27 chr19 3738649 . A C 395.94 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0712126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2831;QD=20.3044;RBI=0.0715105;REFB=0.0348019;REVB=-0.00652019;RO=38;SAF=12;SAR=28;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143718;STB=0.579958;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0295982;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:28:12:17:21:28:12:17:21 chr19 3738971 . A G 496.02 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.03303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2753;QD=17.8746;RBI=0.0398334;REFB=-0.0229426;REVB=-0.0222648;RO=58;SAF=29;SAR=24;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00432637;STB=0.502401;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0225461;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:24:29:32:26:24:29:32:26 chr19 3740658 . T G 4704.66 PASS AF=1;AO=294;DP=296;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.946;QD=63.5764;RBI=0.0289981;REFB=0;REVB=0.0288009;RO=1;SAF=144;SAR=150;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12956e-05;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:296:296:1:0:294:296:1:150:144:0:1:152:144:0:0 chr19 3746087 . G A 697.87 PASS AF=0.466667;AO=70;DP=148;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0242885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.172;QD=18.6099;RBI=0.0253323;REFB=-0.00144773;REVB=0.00719662;RO=78;SAF=31;SAR=39;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424883;STB=0.517296;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00140596;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:78:80:70:70:0.466667:39:31:38:40:39:31:38:42 chr19 3750205 . T TG,TGG 1341.13 PASS AF=0,1;AO=14,85;DP=131;FAO=0,112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=0,48;FSAR=0,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021483,-0.00923366;FXX=0.0508431;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=14.6622,25.4801;QD=47.8976;RBI=0.0641402,0.0349358;REFB=0,0;REVB=0.0604355,0.0336934;RO=18;SAF=4,35;SAR=10,50;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.275051,-0.0482622;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00274607;OID=.,.;OPOS=3750206,3750206;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:14,85:131:0,112:112:0:0,48:0,64:0:0:24:18:4,35:10,50:10:8 chr19 3750615 . T C 1007.99 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0567238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.98;QD=57.5992;RBI=0.0568658;REFB=-0.0701565;REVB=-0.00401691;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000173527;OID=.;OPOS=3750615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:70:0:1:67:69:0.985714:31:36:0:0:31:38:1:0 chr19 3750622 . A C 1134.6 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.077;QD=60.5119;RBI=0.0543809;REFB=0;REVB=0.000845708;RO=1;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209336;OID=.;OPOS=3750622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:1:0:74:75:1:34:40:0:1:35:40:0:0 chr19 3752515 . G A 656.26 PASS AF=0.395722;AO=73;DP=186;FAO=74;FDP=187;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=66;FSRR=47;FWDB=-0.0240392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6414;QD=14.0377;RBI=0.0394582;REFB=-0.030743;REVB=0.03129;RO=112;SAF=35;SAR=38;SRF=65;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108226;STB=0.558808;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0534195;OID=.;OPOS=3752515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:112:113:73:74:0.395722:38:35:65:47:38:36:66:47 chr19 3752874 . A G 2210.07 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00048326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.171;QD=63.1447;RBI=0.0450745;REFB=0;REVB=0.0450719;RO=0;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40036e-05;OID=.;OPOS=3752874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:140:0:0:137:140:1:73:64:0:0:75:65:0:0 chr19 3753769 . C T 992.4 PASS AF=0.43083;AO=109;DP=253;FAO=109;FDP=253;FR=.;FRO=144;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=43;FSRR=101;FWDB=0.00372502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.985;QD=15.6902;RBI=0.0126733;REFB=-0.0157198;REVB=0.0121135;RO=144;SAF=48;SAR=61;SRF=43;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150717;STB=0.583463;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0229259;OID=.;OPOS=3753769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:144:144:109:109:0.43083:61:48:43:101:61:48:43:101 chr19 3760241 . G A 216.0 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0107208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.721;QD=15.1577;RBI=0.0129826;REFB=-0.00827362;REVB=-0.00732204;RO=32;SAF=5;SAR=20;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729827;STB=0.541632;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0058793;OID=.;OPOS=3760241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:20:5:8:24:20:5:8:24 chr19 3762698 . C T 814.29 PASS AF=0.477273;AO=84;DP=176;FAO=84;FDP=176;FR=.;FRO=92;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=67;FSRR=25;FWDB=0.0142308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.885;QD=18.5066;RBI=0.0142433;REFB=-0.00718842;REVB=-0.000597992;RO=91;SAF=55;SAR=29;SRF=66;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755528;STB=0.543629;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00821534;OID=.;OPOS=3762698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:91:92:84:84:0.477273:29:55:66:25:29:55:67:25 chr19 3767265 . C T 494.67 PASS AF=0.486239;AO=52;DP=108;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0430024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.908;QD=18.1532;RBI=0.0446875;REFB=-0.00687017;REVB=-0.012156;RO=56;SAF=27;SAR=25;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134393;STB=0.578284;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00711601;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:56:52:53:0.486239:25:27:21:35:25:28:21:35 chr19 3771880 . C T 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0304571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3806;QD=11.2573;RBI=0.0510211;REFB=-0.0149673;REVB=-0.0409331;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192352;OID=.;OPOS=3771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:6:6:4:4:6:6 chr19 3831449 . G A 634.58 PASS AF=0.626374;AO=54;DP=83;FAO=57;FDP=91;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0187108;FXX=0.0215031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.442;QD=27.8937;RBI=0.0410974;REFB=-0.0416;REVB=0.036591;RO=25;SAF=26;SAR=28;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115897;STB=0.564494;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0129369;OID=.;OPOS=3831449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:91:25:34:54:57:0.626374:28:26:17:8:30:27:22:12 chr19 3831525 . C A 922.28 PASS AF=0.588652;AO=82;DP=140;FAO=83;FDP=141;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0340579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8442;QD=26.1639;RBI=0.0384917;REFB=-0.012567;REVB=0.0179352;RO=57;SAF=34;SAR=48;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588425;STB=0.53074;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00952706;OID=.;OPOS=3831525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:57:58:82:83:0.588652:48:34:28:29:49:34:28:30 chr19 3831765 . G A 735.86 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=133;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0140356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.934;QD=22.1312;RBI=0.0151935;REFB=-0.00501458;REVB=0.00581771;RO=62;SAF=30;SAR=41;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1211;STB=0.5664;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00360033;OID=.;OPOS=3831765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:62:71:71:0.533835:41:30:35:27:41:30:35:27 chr19 3920750 . T C 1053.61 PASS AF=0.477876;AO=108;DP=227;FAO=108;FDP=226;FR=.;FRO=118;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=33;FSRR=85;FWDB=-0.0137794;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.804;QD=18.6479;RBI=0.0143676;REFB=-0.0457856;REVB=0.00406885;RO=119;SAF=41;SAR=67;SRF=33;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106546;STB=0.556916;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0432552;OID=.;OPOS=3920750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:119:118:108:108:0.477876:67:41:33:86:67:41:33:85 chr19 3977486 . A G 937.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.855;QD=58.5964;RBI=0.0355667;REFB=0;REVB=0.0296517;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37522e-05;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr19 3979408 . A G 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.181;QD=61.8502;RBI=0.0408711;REFB=0;REVB=-0.0111229;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240924;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr19 4028783 . C T 1867.7 PASS AF=0.947368;AO=126;DP=133;FAO=126;FDP=133;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=83;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0418636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.025;QD=56.1713;RBI=0.0435698;REFB=-0.174152;REVB=0.0120733;RO=3;SAF=43;SAR=83;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158948;STB=0.529621;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00184032;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:133:133:3:7:126:126:0.947368:83:43:2:1:83:43:6:1 chr19 4033462 . T C 5997.01 PASS AF=1;AO=378;DP=379;FAO=378;FDP=378;FR=.;FRO=0;FSAF=202;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405208;FXX=0.00263845;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.412;QD=63.4604;RBI=0.0417077;REFB=0;REVB=0.00987895;RO=0;SAF=202;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64082e-05;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:379:378:0:0:378:378:1:176:202:0:0:176:202:0:0 chr19 4042858 . G A 2162.35 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0107263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7464;QD=62.226;RBI=0.0541506;REFB=0.0728841;REVB=0.0530776;RO=1;SAF=61;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061347;STB=0.503225;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000152044;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:77:61:0:1:77:61:0:1 chr19 4042923 . A G 2788.63 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4628;QD=62.3159;RBI=0.0208663;REFB=0;REVB=-0.0207563;RO=0;SAF=97;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.37985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80376e-05;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:178:179:1:81:97:0:0:82:97:0:0 chr19 4043024 . T C 1917.68 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0500674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.145;QD=60.8786;RBI=0.0513685;REFB=-0.0349611;REVB=-0.0114881;RO=0;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48103e-08;STB=0.503759;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000145166;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:126:0:1:124:125:0.992063:59:65:0:0:59:66:1:0 chr19 4045518 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.84;QD=43.4862;RBI=0.0275588;REFB=0;REVB=0.0229196;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175856;OID=.;OPOS=4045518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr19 4046571 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC 196.33 PASS AF=0,0.847826,0.152174;AO=18,37,7;DP=101;FAO=0,78,14;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=0,55,10;FSAR=0,23,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.180375,-0.372936,-0.167809;FXX=0.123798;HRUN=11,11,11;LEN=2,1,1;MLLD=7.40762,3.61745,18.9902;QD=8.53609;RBI=0.187729,0.386882,0.169448;REFB=0.20907,0.140567,0.122775;REVB=0.0520259,0.10294,0.0235136;RO=15;SAF=15,25,4;SAR=3,12,3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.202086,0.0054504,-0.108749;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0495702,-0.188657;OID=.,.,.;OPOS=4046572,4046572,4046582;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.847826,0.152174:18,37,7:101:0,78,14:92:0:0,55,10:0,23,4:0:0:38:15:15,25,4:3,12,3:10:5 chr19 4101062 . G T 668.11 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=51;FWDB=0.055419;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.225;QD=19.3654;RBI=0.0584135;REFB=-0.0243138;REVB=-0.0184627;RO=70;SAF=20;SAR=47;SRF=19;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303395;STB=0.510414;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0249194;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:70:71:67:67:0.485507:47:20:19:51:47:20:20:51 chr19 4180836 . C T 407.8 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=-0.00839993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.549;QD=14.3089;RBI=0.011144;REFB=-0.00199703;REVB=0.0073232;RO=67;SAF=30;SAR=17;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731978;STB=0.541116;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00326913;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:47:47:0.412281:17:30:47:20:17:30:47:20 chr19 4200156 . G A 623.08 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0230933;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0663;QD=18.3259;RBI=0.0477447;REFB=-0.0190452;REVB=0.0417882;RO=72;SAF=32;SAR=32;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265152;STB=0.514701;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0275487;OID=.;OPOS=4200156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:72:72:64:64:0.470588:32:32:34:38:32:32:34:38 chr19 4210356 . G A 372.44 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0196809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.487;QD=15.2018;RBI=0.0199319;REFB=-0.00356724;REVB=-0.00315316;RO=58;SAF=20;SAR=20;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180349;STB=0.510199;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00501734;OID=.;OPOS=4210356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:20:20:28:30:20:20:28:30 chr19 4216910 . G A 60.31 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00859332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.551;QD=17.2301;RBI=0.0156633;REFB=-0.0257603;REVB=0.0130956;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199671;STB=0.642528;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0321257;OID=.;OPOS=4216910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:4:4:1:4:4:4:1:5 chr19 4217207 . T G 1305.73 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203209;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.469;QD=62.1775;RBI=0.00424397;REFB=0;REVB=0.00372584;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77495e-05;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr19 4236996 . G A 915.8 PASS AF=0.5;AO=90;DP=183;FAO=91;FDP=182;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.0125469;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.001;QD=20.1275;RBI=0.0129325;REFB=-0.00502678;REVB=-0.00313441;RO=91;SAF=37;SAR=53;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137062;STB=0.571672;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00465477;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:91:91:90:91:0.5:53:37:51:40:53:38:51:40 chr19 4237067 . A G 416.68 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0121616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.411;QD=19.6084;RBI=0.0146345;REFB=-0.0435097;REVB=-0.00814022;RO=42;SAF=15;SAR=27;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684256;STB=0.545433;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0486025;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:43:42:42:0.494118:27:15:18:24:27:15:19:24 chr19 4251069 . T C 764.92 PASS AF=0.417085;AO=82;DP=199;FAO=83;FDP=199;FR=.;FRO=116;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=67;FSRR=49;FWDB=-0.0276266;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1824;QD=15.3752;RBI=0.0278922;REFB=-0.00472466;REVB=0.00383978;RO=114;SAF=51;SAR=31;SRF=65;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562975;STB=0.522443;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00540005;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:114:116:82:83:0.417085:31:51:65:49:32:51:67:49 chr19 4254375 . C T 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000727198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.121;QD=21.5101;RBI=0.0172015;REFB=-0.0197706;REVB=0.0171861;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212294;STB=0.501192;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020541;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:10:9:10:11:10:9 chr19 4254463 . G A 157.37 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0799802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5165;QD=16.1405;RBI=0.0944992;REFB=0.0450327;REVB=-0.0503316;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967593;STB=0.555492;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0537409;OID=.;OPOS=4254463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:22:16:17:0.435897:10:6:6:15:10:7:7:15 chr19 4280186 . C T 937.23 PASS AF=0.450893;AO=95;DP=218;FAO=101;FDP=224;FR=.;FRO=123;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=0.0320381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8035;QD=16.7362;RBI=0.038527;REFB=-0.0167559;REVB=0.0213983;RO=122;SAF=51;SAR=44;SRF=64;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124376;STB=0.503418;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0301427;OID=.;OPOS=4280186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:224:122:123:95:101:0.450893:44:51:64:58:47:54:65:58 chr19 4288332 . A G 273.43 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.000896374;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.481;QD=17.3603;RBI=0.00164215;REFB=-0.0180855;REVB=0.00137592;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119095;STB=0.576871;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0201091;OID=.;OPOS=4288332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:33:30:30:0.47619:18:12:15:13:18:12:18:15 chr19 4292597 . C T 500.7 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0159924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.799;QD=21.7696;RBI=0.102832;REFB=-0.0140877;REVB=0.101581;RO=44;SAF=19;SAR=29;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11488;STB=0.563143;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0143472;OID=.;OPOS=4292597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:29:19:12:32:29:19:12:32 chr19 4325433 . G A 1104.73 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=1.26016e-05;FXX=0.0370325;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.931;QD=56.6528;RBI=0.0171628;REFB=-0.0460817;REVB=0.0171628;RO=3;SAF=33;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00787666;STB=0.504166;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.000201027;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:78:3:3:75:75:0.961538:42:33:1:2:42:33:1:2 chr19 4333711 . C T 3075.04 PASS AF=0.989848;AO=192;DP=194;FAO=195;FDP=197;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00666659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9485;QD=62.4373;RBI=0.0866872;REFB=0.039294;REVB=0.0864305;RO=2;SAF=101;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000512639;STB=0.500235;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-9.81327e-05;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:194:197:2:2:192:195:0.989848:91:101:1:1:93:102:1:1 chr19 4352959 . A G 162.32 PASS AF=1;AO=9;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360301;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3998;QD=46.3781;RBI=0.0529656;REFB=0;REVB=0.0388225;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912536;OID=.;OPOS=4352959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:9:14:1:1:8:0:0:1:13:0:0 chr19 4357555 . A G 3183.74 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.868;QD=61.8202;RBI=0.0593134;REFB=0;REVB=-0.0406245;RO=0;SAF=62;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99351e-06;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:206:206:1:144:62:0:0:144:62:0:0 chr19 4362691 . G C 2608.09 PASS AF=0.977273;AO=171;DP=176;FAO=172;FDP=176;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0041952;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.47;QD=59.2748;RBI=0.0100765;REFB=0.00954631;REVB=0.00916162;RO=4;SAF=82;SAR=89;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100022;STB=0.505166;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.000108068;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:176:176:4:4:171:172:0.977273:89:82:1:3:90:82:1:3 chr19 4442336 . C T 2410.49 PASS AF=1;AO=156;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308407;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.543;QD=60.6412;RBI=0.0461061;REFB=0;REVB=0.0342727;RO=0;SAF=50;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98062e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104723;OID=.;OPOS=4442336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:156:159:1:106:50:0:0:106:53:0:0 chr19 4442999 . T G 1208.77 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1842;QD=61.2034;RBI=0.0419313;REFB=0;REVB=-0.0132087;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209709;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr19 4443046 . T C 1853.98 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124755;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.659;QD=61.7992;RBI=0.0193826;REFB=0;REVB=0.0148339;RO=0;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162587;OID=.;OPOS=4443046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:120:0:0:120:120:1:68:52:0:0:68:52:0:0 chr19 4457650 . C T 2034.58 PASS AF=0.992424;AO=124;DP=125;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0443553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.68;QD=61.6539;RBI=0.0452157;REFB=-0.142372;REVB=0.00877853;RO=1;SAF=38;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123375;STB=0.505494;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000273296;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:125:132:1:1:124:131:0.992424:86:38:1:0:86:45:1:0 chr19 4493708 . A G 1702.58 PASS AF=0.446078;AO=182;DP=409;FAO=182;FDP=408;FR=.;FRO=226;FSAF=101;FSAR=81;FSRF=113;FSRR=113;FWDB=-0.0106674;FXX=0.00244493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.78;QD=16.6919;RBI=0.0212828;REFB=-0.0144176;REVB=0.0184164;RO=221;SAF=101;SAR=81;SRF=113;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435862;STB=0.530597;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0208578;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:408:221:226:182:182:0.446078:81:101:113:108:81:101:113:113 chr19 4508945 . A G 1694.0 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.803;QD=60.5001;RBI=0.0175209;REFB=0;REVB=0.0147416;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02784e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:59:50:0:0:62:50:0:0 chr19 4510723 . G A 246.13 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0124321;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.046;QD=13.4863;RBI=0.0143483;REFB=-0.0142653;REVB=0.00716354;RO=38;SAF=6;SAR=23;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209404;STB=0.679409;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0144406;OID=.;OPOS=4510723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:44:29:29:0.39726:23:6:14:24:23:6:20:24 chr19 4511139 . T TG 100.84 PASS AF=0.65;AO=2;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.037988;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=192.378;QD=20.1674;RBI=0.0557429;REFB=-0.0547217;REVB=-0.0407944;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170612;STB=0.641964;STBP=0.142;TYPE=ins;VARB=0.023477;OID=.;OPOS=4511140;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65:2:20:13:20:7:10:3:3:4:45:18:1:1:12:6 chr19 4511140 . C G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0127384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.214;QD=17.3783;RBI=0.0852025;REFB=-0.0258023;REVB=-0.0842448;RO=10;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327076;STB=0.691913;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0110424;OID=.;OPOS=4511140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:2:9:5:5:2:9:5:5 chr19 4511278 . C T 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0159408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.584;QD=5.15529;RBI=0.0236271;REFB=0.00390593;REVB=0.0174393;RO=56;SAF=6;SAR=9;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125201;STB=0.579439;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0209969;OID=.;OPOS=4511278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:56:56:15:15:0.211268:9:6:28:28:9:6:28:28 chr19 4511281 . G A 139.62 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0375918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.719;QD=7.65012;RBI=0.0378072;REFB=-0.00278079;REVB=-0.0040296;RO=53;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139008;STB=0.583591;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00457019;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:9:11:23:30:9:11:23:30 chr19 4511283 . CA TG 65.89 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00243203;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.854;QD=3.71192;RBI=0.0188018;REFB=0.000656655;REVB=-0.0186438;RO=59;SAF=5;SAR=7;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727641;STB=0.548612;STBP=0.71;TYPE=mnp;VARB=-0.00469453;OID=.;OPOS=4511283;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:59:59:12:12:0.169014:7:5:28:31:7:5:28:31 chr19 4511350 . T A 449.77 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0221706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.781;QD=24.312;RBI=0.0235332;REFB=-0.00959636;REVB=-0.00789133;RO=31;SAF=25;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754373;STB=0.541382;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00892432;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:18:25:15:16:18:25:15:16 chr19 4511453 . G A 379.56 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0234181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4504;QD=22.0032;RBI=0.0761097;REFB=-0.0349907;REVB=0.0724174;RO=31;SAF=21;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562216;STB=0.531018;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0289055;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:17:21:15:16:17:21:15:16 chr19 4511491 . A G 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0216656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6717;QD=2.43213;RBI=0.0252815;REFB=0.00473765;REVB=-0.013029;RO=51;SAF=1;SAR=6;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448293;STB=0.843205;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0322193;OID=.;OPOS=4511491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:51:52:7:7:0.118644:6:1:26:25:6:1:27:25 chr19 4511525 . A G 443.12 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0115436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.167;QD=35.4493;RBI=0.0200091;REFB=-0.0116735;REVB=-0.0163435;RO=15;SAF=18;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105193;STB=0.505718;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00326128;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:17:18:8:7:17:18:8:7 chr19 4511647 . C G 437.16 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0163809;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6245;QD=17.3133;RBI=0.0329509;REFB=0.00139011;REVB=0.0285907;RO=52;SAF=20;SAR=27;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969758;STB=0.540759;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00252661;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:54:47:47:0.465347:27:20:17:35:27:20:19:35 chr19 4511674 . C T 61.95 PASS AF=0.127451;AO=13;DP=102;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=0.0171635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.847;QD=2.4296;RBI=0.0397333;REFB=-0.000692069;REVB=-0.0358351;RO=87;SAF=4;SAR=9;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111582;STB=0.571792;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00826676;OID=.;OPOS=4511674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:102:102:87:89:13:13:0.127451:9:4:34:53:9:4:34:55 chr19 4511677 . A G 65.28 PASS AF=0.12844;AO=14;DP=109;FAO=14;FDP=109;FR=.;FRO=95;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.00861729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.475;QD=2.39577;RBI=0.00861805;REFB=0.00187528;REVB=-0.000114147;RO=95;SAF=5;SAR=9;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069359;STB=0.549166;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.041895;OID=.;OPOS=4511677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:109:109:95:95:14:14:0.12844:9:5:39:56:9:5:39:56 chr19 4511679 . CA TG 74.23 PASS AF=0.140187;AO=15;DP=107;FAO=15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.0122924;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.917;QD=2.77496;RBI=0.0169393;REFB=-0.000418751;REVB=-0.011655;RO=91;SAF=6;SAR=9;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367014;STB=0.521207;STBP=0.858;TYPE=mnp;VARB=0.00174911;OID=.;OPOS=4511679;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:107:107:91:92:15:15:0.140187:9:6:39:52:9:6:39:53 chr19 4511725 . T C 308.28 PASS AF=0.36036;AO=36;DP=107;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0025997;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0168;QD=11.1092;RBI=0.0080276;REFB=-0.00339509;REVB=-0.00759499;RO=71;SAF=16;SAR=20;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007258;STB=0.515596;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00330168;OID=.;OPOS=4511725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:71:71:36:40:0.36036:20:16:32:39:21:19:32:39 chr19 4511730 . T C 401.65 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0057617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.18;QD=13.5009;RBI=0.0118023;REFB=-0.00111915;REVB=0.0103004;RO=71;SAF=19;SAR=28;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506739;STB=0.533514;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00161838;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:71:72:47:47:0.394958:28:19:32:39:28:19:33:39 chr19 4511737 . T C 319.12 PASS AF=0.335938;AO=38;DP=122;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0237304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.3852;QD=9.97255;RBI=0.0507246;REFB=-0.00724452;REVB=0.0448314;RO=84;SAF=12;SAR=26;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199105;STB=0.575292;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0124879;OID=.;OPOS=4511737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:128:84:85:38:43:0.335938:26:12:40:44:27:16:41:44 chr19 4511830 . A G 169.18 PASS AF=0.240741;AO=26;DP=108;FAO=26;FDP=108;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.00792912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.254;QD=6.26587;RBI=0.0193263;REFB=-0.00819351;REVB=-0.0176249;RO=80;SAF=10;SAR=16;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233839;STB=0.632667;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0277662;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:80:82:26:26:0.240741:16:10:46:34:16:10:46:36 chr19 4511860 . G A 139.62 PASS AF=0.208696;AO=18;DP=109;FAO=24;FDP=115;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.00571108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.147;QD=4.85647;RBI=0.010703;REFB=-0.0118116;REVB=0.00905192;RO=89;SAF=9;SAR=9;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00710533;STB=0.561992;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0388672;OID=.;OPOS=4511860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:115:89:91:18:24:0.208696:9:9:45:44:14:10:45:46 chr19 4512514 . G C 513.48 PASS AF=0.592593;AO=44;DP=77;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0069842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.127;QD=25.3572;RBI=0.0146334;REFB=-0.0161859;REVB=0.0128592;RO=33;SAF=27;SAR=17;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26272;STB=0.616391;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00952603;OID=.;OPOS=4512514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:33:33:44:48:0.592593:17:27:9:24:21:27:9:24 chr19 4513143 . CA TG 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565719;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=240.054;QD=53.9112;RBI=0.00755113;REFB=0;REVB=-0.00500157;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.08739e-06;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr19 4513559 . A G 555.04 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0205552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.66;QD=22.4258;RBI=0.0268426;REFB=-0.00239558;REVB=-0.017263;RO=45;SAF=13;SAR=39;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132456;STB=0.577608;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00274229;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:47:52:52:0.525253:39:13:17:28:39:13:18:29 chr19 4525046 . A G 653.87 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=136;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0192783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.012;QD=19.2315;RBI=0.0214339;REFB=-0.00866226;REVB=0.00936795;RO=69;SAF=27;SAR=39;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315249;STB=0.504846;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0065672;OID=.;OPOS=4525046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:69:70:66:66:0.485294:39:27:28:41:39:27:28:42 chr19 4538599 . G A 1680.77 PASS AF=0.571429;AO=156;DP=273;FAO=156;FDP=273;FR=.;FRO=117;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=0.00420715;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.173;QD=24.6267;RBI=0.00619143;REFB=-0.0129876;REVB=0.00454243;RO=116;SAF=80;SAR=76;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00347955;STB=0.503666;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00902987;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:116:117:156:156:0.571429:76:80:60:56:76:80:61:56 chr19 4558431 . C G 571.33 PASS AF=0.416667;AO=63;DP=157;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=72;FSRR=19;FWDB=0.0135023;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.558;QD=14.6495;RBI=0.0254933;REFB=-0.0326022;REVB=0.021624;RO=93;SAF=45;SAR=18;SRF=75;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128024;STB=0.561887;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.044566;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:93:91:63:65:0.416667:18:45:75:18:19:46:72:19 chr19 4653370 . C G 662.67 PASS AF=0.431953;AO=73;DP=169;FAO=73;FDP=169;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=31;FSRR=65;FWDB=-0.0020027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5349;QD=15.6845;RBI=0.0116217;REFB=-0.00325645;REVB=-0.0114479;RO=96;SAF=22;SAR=51;SRF=31;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257091;STB=0.514363;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00297078;OID=.;OPOS=4653370;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:96:96:73:73:0.431953:51:22:31:65:51:22:31:65 chr19 4655166 . A G 510.38 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523752;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.644;QD=60.0448;RBI=0.053337;REFB=0;REVB=0.0100833;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626299;OID=.;OPOS=4655166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr19 4668672 . GA GAA,G 31.84 PASS AF=0,0.470588;AO=2,5;DP=17;FAO=0,8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=0,5;FSAR=0,3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0971603,-0.0771398;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=5.85667,8.26362;QD=7.49133;RBI=0.136159,0.0916383;REFB=-0.08605,0.0579363;REVB=-0.095389,0.0494675;RO=6;SAF=1,4;SAR=1,1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.168213,0.158244;STB=0.5,0.538364;STBP=1,0.794;TYPE=ins,del;VARB=0.0462729,-0.0333834;OID=.,.;OPOS=4668673,4668673;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.470588:2,5:17:0,8:17:9:0,5:0,3:5:4:24:6:1,4:1,1:4:2 chr19 4684911 . C A 130.18 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0107004;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.791;QD=12.7;RBI=0.0156048;REFB=-0.00842236;REVB=-0.0113583;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399634;STB=0.760671;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0105284;OID=.;OPOS=4684911;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:26:15:15:0.365854:4:11:8:15:4:11:8:18 chr19 4769740 . C A 2071.97 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065891;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.374;QD=62.787;RBI=0.0660688;REFB=0;REVB=0.00484305;RO=0;SAF=63;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.77216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57932e-05;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:132:0:0:133:132:1:70:63:0:0:69:63:0:0 chr19 4794257 . T G 990.94 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.436;QD=59.1606;RBI=0.054841;REFB=0;REVB=-0.0210789;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60598e-05;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:30:35:0:0:30:37:0:0 chr19 4794948 . A AAACCTCAC 179.77 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131161;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=8;MLLD=323.189;QD=47.9378;RBI=0.0167709;REFB=0;REVB=0.0104514;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000113329;OID=.;OPOS=4794949;OREF=-;OALT=AACCTCAC;OMAPALT=AAACCTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:16:15:15:0:7:8:0:0:4:0:6:7:0:0 chr19 4795189 . AT A 50.37 PASS AF=0.372093;AO=17;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.125947;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.04586;QD=4.68526;RBI=0.20911;REFB=-0.0697367;REVB=-0.166926;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184081;STB=0.511931;STBP=0.917;TYPE=del;VARB=0.115553;OID=.;OPOS=4795190;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372093:17:42:16:43:27:11:5:19:8:50:21:11:6:17:4 chr19 4816719 . G A 305.53 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0352792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.909;QD=27.1583;RBI=0.03648;REFB=-0.0143546;REVB=0.00928246;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275925;STB=0.515243;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0074269;OID=.;OPOS=4816719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:11:16:10:8:11:16:10:8 chr19 4818378 . T C 502.59 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.000234983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.61;QD=18.7884;RBI=0.0121832;REFB=-0.0148418;REVB=-0.0121809;RO=53;SAF=20;SAR=33;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710975;STB=0.544937;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00942253;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:54:53:53:0.495327:33:20:24:29:33:20:25:29 chr19 4847713 . A G 623.59 PASS AF=0.48855;AO=61;DP=128;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0198423;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.912;QD=19.0409;RBI=0.0224996;REFB=-0.0191848;REVB=-0.0106073;RO=67;SAF=35;SAR=26;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636925;STB=0.505734;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0182796;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:67:67:61:64:0.48855:26:35:38:29:27:37:38:29 chr19 4847874 . A G 740.4 PASS AF=0.490446;AO=77;DP=157;FAO=77;FDP=157;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.123528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.369;QD=18.8636;RBI=0.123605;REFB=-0.011034;REVB=-0.00435174;RO=80;SAF=34;SAR=43;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510042;STB=0.528104;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0125462;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:80:80:77:77:0.490446:43:34:31:49:43:34:31:49 chr19 4852106 . A G 892.56 PASS AF=0.410042;AO=98;DP=241;FAO=98;FDP=239;FR=.;FRO=141;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=99;FSRR=42;FWDB=-0.0538139;FXX=0.00829841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.655;QD=14.9382;RBI=0.0576003;REFB=0.00236151;REVB=0.0205393;RO=141;SAF=54;SAR=44;SRF=99;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164896;STB=0.591754;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00209105;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:239:141:141:98:98:0.410042:44:54:99:42:44:54:99:42 chr19 4852137 . C T 808.59 PASS AF=0.424528;AO=90;DP=212;FAO=90;FDP=212;FR=.;FRO=122;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=82;FSRR=40;FWDB=0.00867866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.463;QD=15.2565;RBI=0.0165522;REFB=-0.00780701;REVB=0.0140946;RO=120;SAF=46;SAR=44;SRF=81;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169434;STB=0.593072;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0107186;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:120:122:90:90:0.424528:44:46:81:39:44:46:82:40 chr19 4859937 . T C 308.14 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0116253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.822;QD=20.891;RBI=0.0176304;REFB=-0.0105337;REVB=0.0132547;RO=27;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764798;STB=0.542347;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0078799;OID=.;OPOS=4859937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:16:16:11:16:16:16:11:16 chr19 4929413 . T C 292.96 PASS AF=0.365591;AO=35;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.0222219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1089;QD=12.6006;RBI=0.174042;REFB=-0.0343859;REVB=-0.172617;RO=57;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12811;STB=0.57801;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0638173;OID=.;OPOS=4929413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:59:35:34:0.365591:20:15:18:39:19:15:19:40 chr19 4929473 . A G 295.83 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.0188807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.26;QD=13.0033;RBI=0.018943;REFB=-0.00782643;REVB=-0.00153542;RO=52;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951118;STB=0.5753;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00990804;OID=.;OPOS=4929473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:57:34:34:0.373626:20:14:17:35:20:14:17:40 chr19 4945974 . T C 1273.3 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2911;QD=61.3636;RBI=0.094754;REFB=0;REVB=0.0944075;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039912;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:34:47:0:0:36:47:0:0 chr19 4950770 . C T 679.92 PASS AF=0.621359;AO=63;DP=103;FAO=64;FDP=103;FR=.;FRO=39;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00794553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.549;QD=26.4047;RBI=0.01134;REFB=-0.00673251;REVB=0.00809094;RO=39;SAF=34;SAR=29;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550812;STB=0.526403;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00414555;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:39:39:63:64:0.621359:29:34:18:21:30:34:18:21 chr19 4954454 . C T 297.84 PASS AF=0.377778;AO=36;DP=92;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00029808;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.543;QD=13.2372;RBI=0.00628759;REFB=-0.0118895;REVB=0.00628052;RO=56;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277199;STB=0.533314;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.011606;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:56:56:36:34:0.377778:19:17:25:31:17:17:25:31 chr19 4954679 . G C,GC 1017.7 PASS AF=0.0114943,0.988506;AO=7,54;DP=86;FAO=1,86;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=1,44;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223138,0.0784293;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=6.77111,16.0284;QD=46.7908;RBI=0.111,0.084715;REFB=0,0;REVB=-0.108734,-0.0320231;RO=24;SAF=3,40;SAR=4,14;SRF=1;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.579021,0.407498;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0614958,0.000213699;OID=.,.;OPOS=4954679,4954680;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:86:87:24:0:7,54:1,86:0.0114943,0.988506:4,14:3,40:1:23:0,42:1,44:0:0 chr19 5041178 . T C 570.77 PASS AF=0.421053;AO=64;DP=152;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.010144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.263;QD=15.0203;RBI=0.0334326;REFB=-0.00572875;REVB=0.0318565;RO=87;SAF=31;SAR=33;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968466;STB=0.550356;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00658571;OID=.;OPOS=5041178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:87:88:64:64:0.421053:33:31:34:53:33:31:35:53 chr19 5110794 . A G 545.03 PASS AF=0.421429;AO=58;DP=139;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0396998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.168;QD=15.5723;RBI=0.0589542;REFB=-0.00333535;REVB=-0.0435835;RO=76;SAF=31;SAR=27;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008312;STB=0.517504;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00623299;OID=.;OPOS=5110794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:76:81:58:59:0.421429:27:31:40:36:28:31:45:36 chr19 5114116 . T G 1235.39 PASS AF=0.524017;AO=120;DP=229;FAO=120;FDP=229;FR=.;FRO=109;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=-0.011279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.791;QD=21.5789;RBI=0.0122555;REFB=-0.00693451;REVB=0.00479389;RO=108;SAF=56;SAR=64;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00322481;STB=0.500585;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0059425;OID=.;OPOS=5114116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:108:109:120:120:0.524017:64:56:50:58:64:56:51:58 chr19 5135392 . A G 2819.05 PASS AF=0.95122;AO=193;DP=204;FAO=195;FDP=205;FR=.;FRO=10;FSAF=105;FSAR=90;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.01655;FXX=0.00485413;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.323;QD=55.0059;RBI=0.0182462;REFB=-0.023769;REVB=0.00768267;RO=10;SAF=105;SAR=88;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415494;STB=0.501887;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00106164;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:204:205:10:10:193:195:0.95122:88:105:5:5:90:105:5:5 chr19 5214697 . A G 2239.25 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028448;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.933;QD=63.5249;RBI=0.0430685;REFB=0;REVB=-0.0429744;RO=0;SAF=76;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.52843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.13703e-05;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:65:76:0:0:65:76:0:0 chr19 5455611 . C T 683.38 PASS AF=0.443787;AO=74;DP=168;FAO=75;FDP=169;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=60;FSRR=34;FWDB=0.0409342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4496;QD=16.1747;RBI=0.0759664;REFB=-0.00280726;REVB=0.0639944;RO=94;SAF=32;SAR=42;SRF=60;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20458;STB=0.608952;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00446261;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:94:94:74:75:0.443787:42:32:60:34:42:33:60:34 chr19 5455735 . G A 789.28 PASS AF=0.446809;AO=81;DP=184;FAO=84;FDP=188;FR=.;FRO=104;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=0.027851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8379;QD=16.7932;RBI=0.0309601;REFB=-0.0229042;REVB=0.0135222;RO=103;SAF=37;SAR=44;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776208;STB=0.548998;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0250056;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:188:103:104:81:84:0.446809:44:37:55:48:47:37:55:49 chr19 5455796 . A G 694.86 PASS AF=0.403141;AO=77;DP=191;FAO=77;FDP=191;FR=.;FRO=114;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=0.00369033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.233;QD=14.5519;RBI=0.0471092;REFB=-0.0261234;REVB=-0.0469645;RO=110;SAF=31;SAR=46;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103739;STB=0.569367;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0401356;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:110:114:77:77:0.403141:46:31:55:55:46:31:59:55 chr19 5455971 . G T 971.91 PASS AF=0.449782;AO=103;DP=229;FAO=103;FDP=229;FR=.;FRO=126;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=66;FSRR=60;FWDB=0.0387728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.165;QD=16.9766;RBI=0.038855;REFB=-0.00709724;REVB=-0.00252688;RO=125;SAF=42;SAR=61;SRF=66;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120006;STB=0.564512;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0142994;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:125:126:103:103:0.449782:61:42:66:59:61:42:66:60 chr19 5455978 . T C 1069.47 PASS AF=0.466102;AO=110;DP=236;FAO=110;FDP=236;FR=.;FRO=126;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=68;FSRR=58;FWDB=-0.0277798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.539;QD=18.1265;RBI=0.0286163;REFB=-0.0141293;REVB=0.00686868;RO=125;SAF=45;SAR=65;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130777;STB=0.570251;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0100866;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:125:126:110:110:0.466102:65:45:68:57:65:45:68:58 chr19 5455990 . G A 1143.77 PASS AF=0.464;AO=116;DP=250;FAO=116;FDP=250;FR=.;FRO=134;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=75;FSRR=59;FWDB=-0.0170624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.27;QD=18.3003;RBI=0.0404864;REFB=-0.0283659;REVB=-0.0367155;RO=134;SAF=52;SAR=64;SRF=75;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107935;STB=0.559615;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0361963;OID=.;OPOS=5455990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:134:134:116:116:0.464:64:52:75:59:64:52:75:59 chr19 5456450 . T C 290.09 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0342486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.201;QD=11.8402;RBI=0.0342486;REFB=-0.00694434;REVB=3.67589e-05;RO=64;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288018;STB=0.665019;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0129877;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:64:34:34:0.346939:14:20:21:43:14:20:21:43 chr19 5591735 . G A 618.85 PASS AF=0.554545;AO=61;DP=110;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00186152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9765;QD=22.5037;RBI=0.0214656;REFB=0.00195802;REVB=-0.0213847;RO=48;SAF=40;SAR=21;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214295;STB=0.6221;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0018278;OID=.;OPOS=5591735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:48:49:61:61:0.554545:21:40:19:29:21:40:19:30 chr19 5696146 . G A 216.5 PASS AF=0.433333;AO=24;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00811331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.583;QD=14.4336;RBI=0.0088558;REFB=-0.00381689;REVB=-0.00354957;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177524;STB=0.533308;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00450311;OID=.;OPOS=5696146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:34:24:26:0.433333:11:13:19:15:13:13:19:15 chr19 5746007 . C T 559.68 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0325771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.486;QD=23.3199;RBI=0.0328926;REFB=-0.0171763;REVB=0.00454479;RO=43;SAF=24;SAR=28;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551607;STB=0.524263;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00813899;OID=.;OPOS=5746007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:44:52:52:0.541667:28:24:17:26:28:24:18:26 chr19 5766090 . T C 105.57 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00240949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8673;QD=11.4134;RBI=0.0260051;REFB=-0.00292089;REVB=-0.0258932;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423692;STB=0.519201;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.011001;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:9:4:7:16:9:4:8:16 chr19 5772950 . G A 624.82 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=144;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0134991;FXX=0.0384591;HRUN=6;LEN=1;MLLD=138.843;QD=16.6618;RBI=0.0183154;REFB=-0.00910984;REVB=-0.0123785;RO=72;SAF=36;SAR=32;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040316;STB=0.529403;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00684241;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:150:72:82:68:68:0.453333:32:36:35:37:32:36:39:43 chr19 5778517 . A T 320.45 PASS AF=0.357798;AO=37;DP=115;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0121788;FXX=0.091659;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0947;QD=11.7597;RBI=0.0146909;REFB=-0.00533846;REVB=-0.00821572;RO=64;SAF=22;SAR=15;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887234;STB=0.566439;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.029194;OID=.;OPOS=5778517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:109:64:70:37:39:0.357798:15:22:33:31:15:24:36:34 chr19 5783634 . T C 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00143491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.534;QD=22.7234;RBI=0.00223529;REFB=-0.0178588;REVB=0.00171393;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033284;STB=0.512109;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0175171;OID=.;OPOS=5783634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:16:20:20:0.555556:13:7:4:9:13:7:6:10 chr19 5783905 . G A 424.1 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0893846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3879;QD=15.1462;RBI=0.101575;REFB=-0.0181724;REVB=0.0482476;RO=64;SAF=21;SAR=27;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481131;STB=0.527016;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0239692;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:27:21:31:33:27:21:31:33 chr19 5784370 . C T 165.7 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00561417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.841;QD=14.4086;RBI=0.0060263;REFB=-0.00193557;REVB=0.00219027;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191516;STB=0.610988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00497156;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:11:7:16:12:11:7:16:12 chr19 5786815 . G A 307.06 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00337246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.928;QD=14.6217;RBI=0.00470686;REFB=-0.0149092;REVB=-0.00328344;RO=49;SAF=12;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147784;STB=0.589691;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0221463;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:49:34:35:0.416667:22:12:24:25:23:12:24:25 chr19 5789565 . T C 1173.15 PASS AF=0.466667;AO=112;DP=257;FAO=126;FDP=270;FR=.;FRO=144;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=76;FSRR=68;FWDB=-0.013693;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.584;QD=17.3799;RBI=0.0166525;REFB=-0.0278025;REVB=0.00947673;RO=144;SAF=57;SAR=55;SRF=76;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190978;STB=0.523266;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0340035;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:270:144:144:112:126:0.466667:55:57:76:68:65:61:76:68 chr19 5831672 . G C 162.47 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.000674739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1996;QD=12.9972;RBI=0.00380367;REFB=0.0105647;REVB=0.00374335;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527664;STB=0.530772;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0176211;OID=.;OPOS=5831672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:7:11:21:11:7:11:21:11 chr19 5832209 . G A 850.91 PASS AF=0.58209;AO=78;DP=134;FAO=78;FDP=134;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0183199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.856;QD=25.4003;RBI=0.0188431;REFB=-0.0137249;REVB=-0.0044096;RO=55;SAF=31;SAR=47;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030667;STB=0.513505;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00943956;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:55:56:78:78:0.58209:47:31:24:31:47:31:24:32 chr19 5844537 . A G 1736.95 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135625;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.707;QD=60.9456;RBI=0.0354945;REFB=0;REVB=0.0328011;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116908;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:114:0:0:114:114:1:67:47:0:0:67:47:0:0 chr19 5844649 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.184;QD=56.1915;RBI=0.0254857;REFB=0;REVB=0.0221495;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252921;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr19 5866654 . A G 971.61 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.455;QD=58.8856;RBI=0.0237955;REFB=0;REVB=0.0120997;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76194e-05;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:36:28:0:0:36:30:0:0 chr19 5866724 . G A 75.33 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0313867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.695;QD=15.0657;RBI=0.059634;REFB=-0.0249052;REVB=0.0507059;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650008;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0266617;OID=.;OPOS=5866724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:20:20:10:10:9:10:0.5:3:6:6:4:4:6:6:4 chr19 5866736 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.117445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.824;QD=44.6896;RBI=0.119192;REFB=0;REVB=-0.0203319;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0040973;OID=.;OPOS=5866736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr19 5867053 . A G 365.35 PASS AF=0.6;AO=35;DP=59;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0211802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.834;QD=24.3568;RBI=0.0280623;REFB=-0.0287646;REVB=-0.0184091;RO=24;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105751;STB=0.511126;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0169601;OID=.;OPOS=5867053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:24:24:35:36:0.6:18:17:12:12:19:17:12:12 chr19 5867177 . G A 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.027957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.745;QD=13.4543;RBI=0.028002;REFB=-0.00878894;REVB=0.00158744;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141797;STB=0.583184;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0144831;OID=.;OPOS=5867177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:9:6:6:5:9:6 chr19 5867748 . G T 57.76 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.005426;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.418;QD=11.0018;RBI=0.0125193;REFB=-0.0145767;REVB=0.0112823;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345943;STB=0.731115;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0256501;OID=.;OPOS=5867748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:12:13:8:8:0.380952:6:2:7:5:6:2:8:5 chr19 5892954 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.256;QD=63.583;RBI=0.00775607;REFB=0;REVB=-0.00691495;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54685e-06;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr19 6007045 . G A 1689.36 PASS AF=0.488636;AO=171;DP=343;FAO=172;FDP=352;FR=.;FRO=180;FSAF=67;FSAR=105;FSRF=72;FSRR=108;FWDB=0.00898806;FXX=0.00845047;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.674;QD=19.1973;RBI=0.0169175;REFB=-0.0105051;REVB=-0.0143324;RO=168;SAF=66;SAR=105;SRF=72;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040247;STB=0.505611;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0114416;OID=.;OPOS=6007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:352:168:180:171:172:0.488636:105:66:72:96:105:67:72:108 chr19 6007724 . G A 742.03 PASS AF=0.424084;AO=81;DP=192;FAO=81;FDP=191;FR=.;FRO=110;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=71;FWDB=-0.00957681;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.408;QD=15.5399;RBI=0.0117356;REFB=-0.0112725;REVB=0.00678297;RO=110;SAF=34;SAR=47;SRF=39;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700006;STB=0.539021;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.014964;OID=.;OPOS=6007724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:110:110:81:81:0.424084:47:34:39:71:47:34:39:71 chr19 6008188 . A C 72.72 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.139644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9149;QD=10.7736;RBI=0.152545;REFB=-0.0517151;REVB=-0.061396;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412652;STB=0.685368;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0578743;OID=.;OPOS=6008188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:27:27:10:17:10:10:0.37037:4:6:1:9:4:6:5:12 chr19 6156483 . T C 2181.76 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.222;QD=62.7843;RBI=0.0816824;REFB=0;REVB=0.0762157;RO=0;SAF=62;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114357;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:139:0:0:137:139:1:75:62:0:0:77:62:0:0 chr19 6161219 . C T 220.63 PASS AF=0.564103;AO=18;DP=35;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0040406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.024;QD=22.6282;RBI=0.0324891;REFB=-0.011249;REVB=0.0322368;RO=17;SAF=16;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492587;STB=0.62488;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0109169;OID=.;OPOS=6161219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:39:17:17:18:22:0.564103:2:16:8:9:6:16:8:9 chr19 6182857 . T A 325.54 PASS AF=0.58;AO=27;DP=48;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0191492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.712;QD=26.0433;RBI=0.0192063;REFB=-0.0143983;REVB=-0.00147976;RO=21;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505356;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00988852;OID=.;OPOS=6182857;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:21:21:27:29:0.58:18:9:7:14:19:10:7:14 chr19 6183233 . G A 492.29 PASS AF=0.464912;AO=52;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0078892;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.912;QD=17.2733;RBI=0.00830975;REFB=-0.0214288;REVB=0.00261007;RO=62;SAF=26;SAR=26;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0255477;OID=.;OPOS=6183233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:61:52:53:0.464912:26:26:31:31:26:27:30:31 chr19 6187657 . C T 218.99 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.135327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.653;QD=21.3646;RBI=0.13856;REFB=0.0079475;REVB=-0.0297532;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386554;STB=0.515681;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0190099;OID=.;OPOS=6187657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:21:22:0.536585:12:9:9:10:12:10:8:11 chr19 6187680 . G A 167.08 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00328252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.956;QD=15.1894;RBI=0.0306744;REFB=-0.00579982;REVB=-0.0304983;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765217;STB=0.544221;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0140861;OID=.;OPOS=6187680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:11:7:12:14:11:7:12:14 chr19 6187686 . G A 182.09 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00339864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.403;QD=16.9389;RBI=0.0142016;REFB=-0.0321978;REVB=-0.0137889;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132079;STB=0.575676;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0383859;OID=.;OPOS=6187686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:12:12:12:7:12:12 chr19 6187800 . G A 359.82 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0369113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.459;QD=13.9736;RBI=0.047738;REFB=-0.0276834;REVB=-0.0302732;RO=61;SAF=15;SAR=27;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943027;STB=0.553415;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0479746;OID=.;OPOS=6187800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:27:15:27:34:27:15:27:34 chr19 6187805 . G C 286.47 PASS AF=0.346154;AO=35;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.00463635;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1411;QD=11.0181;RBI=0.109306;REFB=-0.0157211;REVB=0.109208;RO=63;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734897;STB=0.513238;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0368562;OID=.;OPOS=6187805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:68:35:36:0.346154:20:15:23:40:21:15:27:41 chr19 6230692 . G A 1342.3 PASS AF=0.496324;AO=135;DP=272;FAO=135;FDP=272;FR=.;FRO=137;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=52;FSRR=85;FWDB=-0.00953887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.888;QD=19.7397;RBI=0.00955948;REFB=0.00137111;REVB=-0.000627381;RO=136;SAF=63;SAR=72;SRF=52;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779943;STB=0.544322;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00154602;OID=.;OPOS=6230692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:136:137:135:135:0.496324:72:63:52:84:72:63:52:85 chr19 6312290 . T C 233.37 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0214349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.132;QD=12.7873;RBI=0.0223065;REFB=-0.0141221;REVB=-0.00617464;RO=45;SAF=5;SAR=23;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10978;STB=0.563504;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0399573;OID=.;OPOS=6312290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:23:5:11:34:23:5:11:34 chr19 6333498 . G A 1040.88 PASS AF=0.526596;AO=99;DP=188;FAO=99;FDP=188;FR=.;FRO=89;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.00947064;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.837;QD=22.1463;RBI=0.0187984;REFB=0.00181267;REVB=0.0162385;RO=89;SAF=50;SAR=49;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000490909;STB=0.500269;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.000529363;OID=.;OPOS=6333498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:89:89:99:99:0.526596:49:50:45:44:49:50:45:44 chr19 6375831 . G A 722.36 PASS AF=0.648936;AO=61;DP=95;FAO=61;FDP=94;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0275178;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.688;QD=30.7388;RBI=0.0307694;REFB=-0.00374672;REVB=-0.013767;RO=33;SAF=21;SAR=40;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352033;STB=0.519078;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00227527;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:33:33:61:61:0.648936:40:21:13:20:40:21:13:20 chr19 6376722 . A G 591.03 PASS AF=0.41875;AO=67;DP=160;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.0268684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3464;QD=14.7756;RBI=0.0318622;REFB=-0.0146634;REVB=-0.0171258;RO=93;SAF=47;SAR=20;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127884;STB=0.571946;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.017152;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:93:93:67:67:0.41875:20:47:55:38:20:47:55:38 chr19 6411830 . C G 837.4 PASS AF=0.4;AO=94;DP=235;FAO=94;FDP=235;FR=.;FRO=141;FSAF=70;FSAR=24;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=-0.00711386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.026;QD=14.2537;RBI=0.015363;REFB=-0.00513043;REVB=0.0136167;RO=141;SAF=70;SAR=24;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290844;STB=0.664299;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00785657;OID=.;OPOS=6411830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:141:141:94:94:0.4:24:70:70:71:24:70:70:71 chr19 6415443 . T C 2357.07 PASS AF=1;AO=115;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1206;QD=63.7047;RBI=0.0323811;REFB=0;REVB=0.0263594;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120608;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:115:148:1:51:64:0:0:74:74:0:0 chr19 6417855 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0552228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.485;QD=17.8271;RBI=0.0613703;REFB=-0.017032;REVB=0.0267724;RO=11;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494616;STB=0.794549;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00567845;OID=.;OPOS=6417855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:11:11:12:12:0.521739:11:1:5:6:11:1:5:6 chr19 6419275 . A G 358.26 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0353932;FXX=0.0188661;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2342;QD=13.7793;RBI=0.053586;REFB=0.00971276;REVB=-0.0402341;RO=58;SAF=28;SAR=14;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196491;STB=0.622457;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0135898;OID=.;OPOS=6419275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:58:62:42:42:0.403846:14:28:28:30:14:28:29:33 chr19 6477256 . G T 556.94 PASS AF=0.52381;AO=41;DP=108;FAO=55;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00992949;FXX=0.0277752;HRUN=9;LEN=1;MLLD=263.091;QD=21.2167;RBI=0.0111809;REFB=-0.0133676;REVB=-0.00513982;RO=26;SAF=16;SAR=25;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107514;STB=0.563613;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0069577;OID=.;OPOS=6477256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:105:26:41:41:55:0.52381:25:16:14:12:31:24:24:17 chr19 6535080 . T C 7006.54 PASS AF=1;AO=440;DP=443;FAO=442;FDP=442;FR=.;FRO=0;FSAF=275;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336322;FXX=0.00674142;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.271;QD=63.4076;RBI=0.0230347;REFB=-0.0839329;REVB=-0.0227878;RO=3;SAF=273;SAR=167;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521629;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70919e-05;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:443:442:3:0:440:442:1:167:273:3:0:167:275:0:0 chr19 6586268 . G A 398.43 PASS AF=0.432692;AO=44;DP=103;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0094255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.27;QD=15.3242;RBI=0.0145593;REFB=-0.0253064;REVB=0.0110965;RO=59;SAF=16;SAR=28;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646987;STB=0.541174;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0334409;OID=.;OPOS=6586268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:59:59:44:45:0.432692:28:16:25:34:29:16:25:34 chr19 6665020 . T C 2067.78 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.117326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4817;QD=60.8171;RBI=0.128485;REFB=0.044797;REVB=-0.0523723;RO=1;SAF=96;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123432;STB=0.503902;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00783772;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:1:2:134:134:0.985294:38:96:0:1:38:96:1:1 chr19 6696597 . G A 594.28 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.768;QD=60.952;RBI=0.03967;REFB=0;REVB=0.0103662;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162906;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr19 6697406 . A G 3118.65 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297801;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.55;QD=61.7554;RBI=0.0311419;REFB=0;REVB=-0.0091084;RO=0;SAF=91;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30666e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25077e-05;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:202:0:0:199:202:1:108:91:0:0:108:94:0:0 chr19 6702157 . C G 1577.12 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00286901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.928;QD=57.876;RBI=0.112127;REFB=-0.122432;REVB=0.11209;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.509257;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00129499;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:109:0:2:107:107:0.981651:53:54:0:0:53:54:0:2 chr19 6709704 . C T 417.41 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0252897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.68;QD=22.5627;RBI=0.0334189;REFB=-0.0239622;REVB=-0.021846;RO=32;SAF=27;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206854;STB=0.608137;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0252715;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:33:41:41:0.554054:14:27:13:19:14:27:14:19 chr19 6709848 . C T 298.78 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0400064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.306;QD=18.6737;RBI=0.041209;REFB=0.00217788;REVB=-0.00988273;RO=32;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118669;STB=0.566347;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00337584;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:21:11:15:17:21:11:15:17 chr19 6713291 . C T 346.44 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.120985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1069;QD=16.8994;RBI=0.124845;REFB=-0.00978958;REVB=0.0308052;RO=45;SAF=11;SAR=25;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150316;STB=0.571389;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0145502;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:45:36:37:0.45122:25:11:20:25:25:12:20:25 chr19 6737481 . T C 3185.64 PASS AF=1;AO=205;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02266;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.912;QD=61.8571;RBI=0.0240084;REFB=0;REVB=-0.00793281;RO=0;SAF=119;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50884e-06;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:206:0:0:205:206:1:86:119:0:0:86:120:0:0 chr19 6737509 . G A 3661.95 PASS AF=0.9875;AO=232;DP=242;FAO=237;FDP=240;FR=.;FRO=3;FSAF=146;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0605044;FXX=0.00826412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.158;QD=61.0325;RBI=0.0622797;REFB=-0.0751568;REVB=0.0147641;RO=3;SAF=146;SAR=86;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000974126;STB=0.500669;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.000449207;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:242:240:3:3:232:237:0.9875:86:146:2:1:91:146:2:1 chr19 6833777 . A G 2179.94 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.88;QD=62.2841;RBI=0.0309454;REFB=-0.0646996;REVB=0.0244994;RO=1;SAF=70;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684088;STB=0.503597;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000175926;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:69:70:0:1:69:70:0:1 chr19 6833989 . G T 845.67 PASS AF=0.96875;AO=57;DP=58;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0254593;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.6886;QD=52.8546;RBI=0.0918155;REFB=-0.101913;REVB=0.0882152;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0203021;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:58:64:0:2:57:62:0.96875:35:22:0:0:40:22:0:2 chr19 6897464 . C G 343.36 PASS AF=0.435294;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00876367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.888;QD=16.1579;RBI=0.0310741;REFB=-0.0171487;REVB=0.0298127;RO=48;SAF=13;SAR=23;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815173;STB=0.534865;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0247355;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:48:48:36:37:0.435294:23:13:21:27:23:14:21:27 chr19 6901891 . G A 559.55 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0584418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1566;QD=15.9872;RBI=0.0622002;REFB=-0.007718;REVB=-0.0212936;RO=80;SAF=33;SAR=27;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101944;STB=0.557042;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0103294;OID=.;OPOS=6901891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:80:60:60:0.428571:27:33:36:44:27:33:36:44 chr19 6903920 . A G 474.88 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0362425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1624;QD=17.7524;RBI=0.0803378;REFB=-0.0243981;REVB=-0.0716983;RO=56;SAF=22;SAR=29;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546321;STB=0.530308;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.023295;OID=.;OPOS=6903920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:29:22:21:35:29:22:21:35 chr19 6904137 . C T 527.16 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0100762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.438;QD=19.1695;RBI=0.0106327;REFB=-0.00825879;REVB=-0.00339475;RO=55;SAF=34;SAR=21;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850353;STB=0.547056;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00728096;OID=.;OPOS=6904137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:21:34:29:26:21:34:29:26 chr19 6913811 . A G 1572.99 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0237;QD=59.9233;RBI=0.0540996;REFB=0;REVB=-0.039754;RO=0;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000339395;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:58:46:0:0:59:46:0:0 chr19 6919624 . A C 2451.53 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5653;QD=61.2884;RBI=0.0431907;REFB=0;REVB=-0.0227237;RO=0;SAF=83;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018375;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:159:160:1:76:83:0:0:77:83:0:0 chr19 6919753 . A G 752.24 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535872;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.033;QD=56.7727;RBI=0.0538315;REFB=0;REVB=0.00512242;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523739;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:50:53:1:32:18:0:0:33:20:0:0 chr19 6974564 . C T 453.08 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00754467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.78;QD=19.6991;RBI=0.0120847;REFB=-0.0187244;REVB=0.00944022;RO=44;SAF=20;SAR=25;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295491;STB=0.501222;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0167814;OID=.;OPOS=6974564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:44:47:45:45:0.48913:25:20:21:23:25:20:21:26 chr19 7005904 . GT G,GA 717.57 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=6,44;DP=50;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567873,-0.0428552;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.3925,55.1492;QD=56.2798;RBI=0.0640207,0.0788336;REFB=0,0;REVB=-0.0295608,0.0661677;RO=0;SAF=5,24;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,5.30465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0527235,0.00115314;OID=.,.;OPOS=7005905,7005905;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=G,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0196078,0.980392:6,44:50:1,50:51:0:0,29:1,21:0:0:3:0:5,24:1,20:0:0 chr19 7012026 . A G 152.03 PASS AF=0.19403;AO=14;DP=124;FAO=26;FDP=134;FR=.;FRO=108;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=0.0464631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.074;QD=4.53805;RBI=0.0483837;REFB=-0.00587682;REVB=-0.0134967;RO=108;SAF=7;SAR=7;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451511;STB=0.718689;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0457364;OID=.;OPOS=7012026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:134:108:108:14:26:0.19403:7:7:50:58:7:19:50:58 chr19 7051588 . G A 2266.34 PASS AF=0.625;AO=199;DP=318;FAO=200;FDP=320;FR=.;FRO=120;FSAF=111;FSAR=89;FSRF=71;FSRR=49;FWDB=0.0367577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1605;QD=28.3292;RBI=0.0829641;REFB=-0.0109481;REVB=0.0743769;RO=118;SAF=110;SAR=89;SRF=69;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224281;STB=0.51396;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0073657;OID=.;OPOS=7051588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:320:118:120:199:200:0.625:89:110:69:49:89:111:71:49 chr19 7056553 . C T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0290382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.851;QD=6.5735;RBI=0.0302135;REFB=-0.0202537;REVB=-0.00834478;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38307;STB=0.742119;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.054105;OID=.;OPOS=7056553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:5:11:2:4:5:11 chr19 7112265 . G A 45.38 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0425831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4568;QD=8.2503;RBI=0.0426298;REFB=-0.029967;REVB=0.00199365;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255737;STB=0.657802;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0330395;OID=.;OPOS=7112265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:5:10:3:4:5:10 chr19 7141727 . G A 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0105674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.75;QD=18.0143;RBI=0.0220238;REFB=-0.0239482;REVB=-0.019323;RO=54;SAF=26;SAR=25;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163813;STB=0.594318;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0298731;OID=.;OPOS=7141727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:55:51:51:0.481132:25:26:37:17:25:26:38:17 chr19 7142824 . T C 305.47 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0122297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.772;QD=17.7086;RBI=0.0126735;REFB=-0.00839562;REVB=-0.00332467;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557167;STB=0.522375;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00924592;OID=.;OPOS=7142824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:36:32:33:0.478261:17:15:19:17:17:16:19:17 chr19 7142843 . C G 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0144455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.049;QD=16.9232;RBI=0.0713851;REFB=0.00854084;REVB=0.0699082;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00905392;OID=.;OPOS=7142843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:17:17:20:20:17:17:20:20 chr19 7142921 . C T 258.71 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0313497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.719;QD=14.1761;RBI=0.0320649;REFB=-0.0116086;REVB=0.00673413;RO=43;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118415;STB=0.567228;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0290932;OID=.;OPOS=7142921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:14:16:18:25:14:16:18:25 chr19 7166376 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.752;QD=60.376;RBI=0.0225579;REFB=0;REVB=-0.00540442;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64004e-05;OID=.;OPOS=7166376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr19 7524855 . C T 1227.74 PASS AF=0.435065;AO=134;DP=309;FAO=134;FDP=308;FR=.;FRO=174;FSAF=74;FSAR=60;FSRF=89;FSRR=85;FWDB=0.0368641;FXX=0.00323614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8967;QD=15.9447;RBI=0.065755;REFB=-6.05355e-05;REVB=0.0544495;RO=169;SAF=74;SAR=60;SRF=86;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438666;STB=0.523156;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000431867;OID=.;OPOS=7524855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:308:169:174:134:134:0.435065:60:74:86:83:60:74:89:85 chr19 7528734 . A G 1283.32 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5347;QD=61.8468;RBI=0.0663245;REFB=0;REVB=-0.0655614;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249508;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr19 7532011 . G C 392.2 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0163106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.596;QD=19.3681;RBI=0.0175124;REFB=-0.0279539;REVB=-0.00637567;RO=41;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781336;STB=0.543416;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0272549;OID=.;OPOS=7532011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:19:21:18:23:19:21:18:23 chr19 7533767 . T G 2763.04 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.927;QD=62.4417;RBI=0.0515249;REFB=0;REVB=0.0515022;RO=0;SAF=112;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14409e-05;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:177:0:0:173:177:1:61:112:0:0:65:112:0:0 chr19 7533850 . A G 4934.16 PASS AF=0.981538;AO=319;DP=327;FAO=319;FDP=325;FR=.;FRO=6;FSAF=185;FSAR=134;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00669671;FXX=0.00611602;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.952;QD=60.7281;RBI=0.00683679;REFB=-0.0328905;REVB=0.00137691;RO=4;SAF=185;SAR=134;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140229;STB=0.50781;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00153772;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:327:325:4:6:319:319:0.981538:134:185:0:4:134:185:1:5 chr19 7538039 . A G 3172.29 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.11;QD=64.0867;RBI=0.034184;REFB=0;REVB=0.017857;RO=0;SAF=94;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25872e-05;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:198:198:1:104:94:0:0:104:94:0:0 chr19 7538117 . A G 2068.2 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116024;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9632;QD=62.6726;RBI=0.0197407;REFB=0;REVB=-0.0159712;RO=0;SAF=54;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58847e-05;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:78:54:0:0:78:54:0:0 chr19 7547074 . A C 173.58 PASS AF=0.360656;AO=20;DP=59;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0117906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.366;QD=11.3822;RBI=0.0141679;REFB=-0.0129481;REVB=0.00785563;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198954;STB=0.585722;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0256444;OID=.;OPOS=7547074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:38:39:20:22:0.360656:12:8:22:16:12:10:23:16 chr19 7570978 . T C 528.63 PASS AF=0.491228;AO=54;DP=112;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=45;FWDB=-0.0323319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5928;QD=18.5482;RBI=0.0325313;REFB=-0.0180604;REVB=-0.00359659;RO=58;SAF=18;SAR=36;SRF=13;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120476;STB=0.559112;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0169855;OID=.;OPOS=7570978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:58:58:54:56:0.491228:36:18:13:45:38:18:13:45 chr19 7571030 . T A 308.24 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0151118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.356;QD=18.4025;RBI=0.0244394;REFB=-0.042178;REVB=0.0192072;RO=34;SAF=12;SAR=20;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143659;STB=0.573129;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0461693;OID=.;OPOS=7571030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:34:32:33:0.492537:20:12:8:26:21:12:8:26 chr19 7585090 . GC CG,G 39.33 PASS AF=0.15,0.25;AO=2,8;DP=21;FAO=3,5;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=0,2;FSAR=3,3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0816521,-0.14899;FXX=0.0475964;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=113.765,14.3032;QD=7.86537;RBI=0.0847538,0.166086;REFB=-0.0137227,-0.0890061;REVB=0.0227187,-0.0733926;RO=10;SAF=0,3;SAR=2,5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0.307692;SSSB=-0.513477,0.0763832;STB=0.99513,0.549806;STBP=0.169,0.822;TYPE=mnp,del;VARB=0.0921182,0.137213;OID=.,.;OPOS=7585090,7585091;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:21:20:10:12:2,8:3,5:0.15,0.25:2,5:0,3:3:7:3,3:0,2:4:8 chr19 7593589 . C T 931.66 PASS AF=0.456221;AO=99;DP=217;FAO=99;FDP=217;FR=.;FRO=118;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=67;FSRR=51;FWDB=0.00557928;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.014;QD=17.1735;RBI=0.0272819;REFB=-0.00137948;REVB=0.0267053;RO=117;SAF=44;SAR=55;SRF=66;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116839;STB=0.566892;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00143995;OID=.;OPOS=7593589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:117:118:99:99:0.456221:55:44:66:51:55:44:67:51 chr19 7687428 . G A 542.3 PASS AF=0.528846;AO=53;DP=102;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.0272526;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.171;QD=20.8575;RBI=0.0272616;REFB=-0.000650446;REVB=0.000702153;RO=49;SAF=31;SAR=22;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998614;STB=0.546922;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.000855632;OID=.;OPOS=7687428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:49:49:53:55:0.528846:22:31:34:15:22:33:34:15 chr19 7688614 . T C 253.33 PASS AF=0.379747;AO=29;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0151721;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.43;QD=12.8268;RBI=0.0341656;REFB=-0.0130854;REVB=-0.030612;RO=44;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066825;STB=0.515951;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.015972;OID=.;OPOS=7688614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:49:29:30:0.379747:16:13:20:24:17:13:20:29 chr19 7703605 . C T 580.92 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=-0.010664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.332;QD=18.7392;RBI=0.0228023;REFB=-0.0239812;REVB=-0.020155;RO=63;SAF=16;SAR=44;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058143;STB=0.529402;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0279239;OID=.;OPOS=7703605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:64:60:60:0.483871:44:16:20:43:44:16:20:44 chr19 7705440 . C CTG 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00734644;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.455;QD=14.1389;RBI=0.010941;REFB=-0.0657715;REVB=-0.0081077;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101061;STB=0.558741;STBP=0.553;TYPE=ins;VARB=0.0369015;OID=.;OPOS=7705441;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:14:34:14:34:20:7:7:12:8:99:20:7:7:12:8 chr19 7705452 . G A 303.0 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00157605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.529;QD=25.7874;RBI=0.00828074;REFB=-0.0346744;REVB=0.00812937;RO=20;SAF=19;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172109;STB=0.595745;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0249764;OID=.;OPOS=7705452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:8:19:10:10:8:19:10:10 chr19 7711221 . T C 3684.66 PASS AF=1;AO=230;DP=236;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153841;FXX=0.0210962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.353;QD=63.5286;RBI=0.0154728;REFB=0;REVB=-0.0016543;RO=0;SAF=82;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49295e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118253;OID=.;OPOS=7711221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:232:0:0:230:232:1:148:82:0:0:148:84:0:0 chr19 7712277 . A G 6321.11 PASS AF=1;AO=402;DP=405;FAO=404;FDP=404;FR=.;FRO=0;FSAF=212;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218138;FXX=0.00492599;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.178;QD=62.5853;RBI=0.0218265;REFB=0;REVB=-0.000744581;RO=0;SAF=210;SAR=192;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11705e-05;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:405:404:0:0:402:404:1:192:210:0:0:192:212:0:0 chr19 7747445 . G A 1587.13 PASS AF=0.511706;AO=153;DP=299;FAO=153;FDP=299;FR=.;FRO=146;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=60;FSRR=86;FWDB=-0.0123352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.336;QD=21.2325;RBI=0.0240508;REFB=-0.00239965;REVB=0.0206467;RO=143;SAF=67;SAR=86;SRF=60;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164917;STB=0.513408;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00224415;OID=.;OPOS=7747445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:143:146:153:153:0.511706:86:67:60:83:86:67:60:86 chr19 7755056 . G A 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0152249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8117;QD=13.0229;RBI=0.0473872;REFB=0.00388082;REVB=0.0448748;RO=44;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235635;STB=0.513504;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00592938;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:19:9:15:29:19:9:15:29 chr19 7761667 . A G 253.66 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0784107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7552;QD=15.1439;RBI=0.0784122;REFB=0.00608731;REVB=0.000477765;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487122;STB=0.50052;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00649706;OID=.;OPOS=7761667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:38:28:29:0.432836:13:15:20:17:13:16:21:17 chr19 7763248 . G A 475.35 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0103106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.638;QD=19.206;RBI=0.012003;REFB=-0.014579;REVB=0.00614509;RO=51;SAF=17;SAR=30;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305496;STB=0.523646;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0145736;OID=.;OPOS=7763248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:51:52:47:47:0.474747:30:17:20:31:30:17:21:31 chr19 7763703 . A G 4015.43 PASS AF=1;AO=257;DP=263;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124993;FXX=0.0190107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0674;QD=62.2547;RBI=0.0206241;REFB=-0.0693742;REVB=-0.0164049;RO=1;SAF=124;SAR=133;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357102;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702128;OID=.;OPOS=7763703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:263:258:1:0:257:258:1:133:124:0:1:134:124:0:0 chr19 7794391 . C CG 38.56 PASS AF=0.151515;AO=14;DP=67;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.002007;FXX=0.0149231;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.7586;QD=2.33717;RBI=0.0798901;REFB=-0.0233816;REVB=-0.0798649;RO=51;SAF=11;SAR=3;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49461;STB=0.818101;STBP=0.038;TYPE=ins;VARB=0.173615;OID=.;OPOS=7794392;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.151515:14:67:10:66:56:8:2:23:33:38:51:11:3:19:32 chr19 7928462 . T C 4857.92 PASS AF=1;AO=303;DP=304;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259082;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.537;QD=62.4813;RBI=0.0402603;REFB=-0.0435551;REVB=0.0308165;RO=0;SAF=125;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60708e-05;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:304:311:0:0:303:311:1:178:125:0:0:180:131:0:0 chr19 7938306 . A AG 1161.45 PASS AF=1;AO=105;DP=122;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0881002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.9843;QD=36.8715;RBI=0.11157;REFB=0;REVB=0.0684563;RO=14;SAF=74;SAR=31;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000432861;OID=.;OPOS=7938307;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:105:122:126:126:0:83:43:0:0:25:14:74:31:6:8 chr19 7944348 . TC T 396.12 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261738;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.9399;QD=44.0136;RBI=0.0275204;REFB=-0.0455264;REVB=0.00850322;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00904954;OID=.;OPOS=7944349;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:37:36:36:0:13:23:0:0:6:1:13:21:0:1 chr19 7963914 . A C 851.01 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8122;QD=57.6957;RBI=0.0296674;REFB=0;REVB=0.0296109;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155412;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr19 7968168 . G A 339.19 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0256639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.785;QD=17.8519;RBI=0.0327946;REFB=-0.0125058;REVB=0.0204169;RO=40;SAF=11;SAR=25;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196292;STB=0.610172;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0109371;OID=.;OPOS=7968168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:25:11:20:20:25:11:20:20 chr19 7975586 . C T 246.68 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00732687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.687;QD=15.9147;RBI=0.00759182;REFB=-0.0087386;REVB=0.00198815;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125484;STB=0.556956;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00890734;OID=.;OPOS=7975586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:18:10:8:25:18:10:9:25 chr19 7986638 . C G 175.27 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0107409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.847;QD=10.0157;RBI=0.0107653;REFB=-0.00874221;REVB=-0.000724583;RO=47;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1351;STB=0.579139;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0197615;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:10:13:21:26:10:13:21:26 chr19 8122737 . G A 1084.29 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0579;QD=58.6102;RBI=0.0578354;REFB=-0.0516488;REVB=-0.0534806;RO=1;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141179;STB=0.507461;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000557001;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:33:40:0:1:33:40:0:1 chr19 8122767 . T C 1343.29 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230904;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.299;QD=62.4787;RBI=0.031548;REFB=0;REVB=0.0214966;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200973;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr19 8127075 . C G 339.15 PASS AF=0.41573;AO=36;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00604668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.358;QD=15.2426;RBI=0.0130007;REFB=-0.0029188;REVB=0.0115089;RO=52;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200499;STB=0.519115;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00295847;OID=.;OPOS=8127075;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:52:52:36:37:0.41573:18:18:27:25:19:18:27:25 chr19 8138054 . C A 437.48 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00932054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7312;QD=18.8162;RBI=0.00948155;REFB=-0.0170227;REVB=0.0017399;RO=49;SAF=17;SAR=27;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190615;STB=0.510611;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0142048;OID=.;OPOS=8138054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:27:17:18:31:27:17:18:31 chr19 8145921 . C T 345.68 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0572212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3014;QD=32.1558;RBI=0.0693592;REFB=0.0362016;REVB=0.0391974;RO=14;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522956;STB=0.528622;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0103039;OID=.;OPOS=8145921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:17:12:7:7:17:12:7:7 chr19 8152725 . A G 939.21 PASS AF=0.466981;AO=99;DP=212;FAO=99;FDP=212;FR=.;FRO=113;FSAF=28;FSAR=71;FSRF=43;FSRR=70;FWDB=0.0204205;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.143;QD=17.7209;RBI=0.0253556;REFB=-0.00561621;REVB=-0.0150302;RO=111;SAF=28;SAR=71;SRF=43;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115976;STB=0.560784;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00609333;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:111:113:99:99:0.466981:71:28:43:68:71:28:43:70 chr19 8154984 . G A 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0101472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.095;QD=18.1595;RBI=0.0226302;REFB=-0.00530642;REVB=0.0202278;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739154;STB=0.5344;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00560655;OID=.;OPOS=8154984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:19:17:21:17:19:17:21:18 chr19 8159362 . G T 311.49 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00711419;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.753;QD=15.9738;RBI=0.0115453;REFB=-0.0126847;REVB=0.009093;RO=44;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230105;STB=0.629609;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0122345;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:13:21:17:27:13:21:17:27 chr19 8159409 . G T 1098.2 PASS AF=0.986842;AO=66;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284909;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.636;QD=57.8;RBI=0.0364102;REFB=-0.207211;REVB=0.022671;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.508195;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00107416;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:76:1:1:66:75:0.986842:36:30:1:0:45:30:1:0 chr19 8160334 . G A 292.63 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0888409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1212;QD=17.2138;RBI=0.0980696;REFB=-0.0107403;REVB=0.0415325;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170526;STB=0.509554;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0101888;OID=.;OPOS=8160334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:14:22:19:13:14:22 chr19 8161450 . C T 509.04 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0128552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.56;QD=19.3921;RBI=0.0138859;REFB=0.00709196;REVB=0.00524998;RO=52;SAF=22;SAR=31;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162003;STB=0.589489;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00410466;OID=.;OPOS=8161450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:31:22:31:21:31:22:31:21 chr19 8165868 . G A 892.69 PASS AF=0.450704;AO=96;DP=213;FAO=96;FDP=213;FR=.;FRO=117;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=76;FSRR=41;FWDB=-0.0172795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.145;QD=16.7642;RBI=0.0262647;REFB=-0.0153585;REVB=-0.0197801;RO=117;SAF=34;SAR=62;SRF=76;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290056;STB=0.660692;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.014831;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:117:117:96:96:0.450704:62:34:76:41:62:34:76:41 chr19 8176009 . C T 703.55 PASS AF=0.633663;AO=64;DP=101;FAO=64;FDP=101;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0945414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.267;QD=27.8633;RBI=0.0949638;REFB=-0.0218736;REVB=0.00894676;RO=36;SAF=31;SAR=33;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451109;STB=0.519064;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0151104;OID=.;OPOS=8176009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:36:37:64:64:0.633663:33:31:15:21:33:31:16:21 chr19 8176569 . G A 272.56 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0100598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.455;QD=12.5314;RBI=0.0101691;REFB=-0.0213774;REVB=-0.00148698;RO=55;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170927;STB=0.597642;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0308599;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:16:16:19:36:16:16:19:36 chr19 8176640 . C T 415.36 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0493498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.002;QD=15.2427;RBI=0.0513656;REFB=-0.00248399;REVB=-0.0142489;RO=61;SAF=21;SAR=26;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455665;STB=0.530391;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00311026;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:26:21:30:31:26:21:31:31 chr19 8176919 . C T 1743.33 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00552557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.788;QD=58.1112;RBI=0.0239187;REFB=-0.0981398;REVB=0.0232717;RO=1;SAF=41;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011442;STB=0.500469;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.000135149;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:1:3:117:117:0.975:76:41:1:0:76:41:1:2 chr19 8176945 . T C 666.74 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=15;FSRR=46;FWDB=0.00198093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4143;QD=20.9998;RBI=0.0557511;REFB=-0.0219149;REVB=0.0557158;RO=61;SAF=27;SAR=39;SRF=15;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152672;STB=0.5835;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0175537;OID=.;OPOS=8176945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:66:66:0.519685:39:27:15:46:39:27:15:46 chr19 8181682 . G A 325.95 PASS AF=0.409091;AO=35;DP=87;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00287854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.803;QD=14.8158;RBI=0.0412231;REFB=-0.0169101;REVB=0.0411225;RO=52;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266892;STB=0.507808;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0229009;OID=.;OPOS=8181682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:52:52:35:36:0.409091:20:15:21:31:21:15:21:31 chr19 8191238 . C T 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.498;QD=60.8809;RBI=0.00823469;REFB=0;REVB=0.00282767;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31656e-05;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr19 8191248 . A G 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.517;QD=58.032;RBI=0.0254232;REFB=-0.0692328;REVB=0.0217284;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133173;STB=0.50704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000186502;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:35:35:0:1:35:35:0:1 chr19 8191401 . G A 373.32 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0457576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.48;QD=28.1754;RBI=0.0505008;REFB=-0.0211612;REVB=0.0213676;RO=18;SAF=24;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902878;STB=0.549369;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.01262;OID=.;OPOS=8191401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:11:24:10:8:11:24:10:8 chr19 8196444 . C T 1545.02 PASS AF=1;AO=82;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710227;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.743;QD=60.0009;RBI=0.0704024;REFB=0;REVB=0.0700433;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286129;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:82:103:1:28:54:0:0:40:63:0:0 chr19 8196499 . G A 1073.84 PASS AF=0.486607;AO=109;DP=226;FAO=109;FDP=224;FR=.;FRO=115;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.00564381;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.799;QD=19.1758;RBI=0.0092301;REFB=-0.0330682;REVB=-0.00730358;RO=112;SAF=55;SAR=54;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012457;STB=0.513511;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0351524;OID=.;OPOS=8196499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:224:112:115:109:109:0.486607:54:55:55:57:54:55:55:60 chr19 8203328 . G A 801.56 PASS AF=0.451613;AO=84;DP=186;FAO=84;FDP=186;FR=.;FRO=102;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.0191822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.248;QD=17.2379;RBI=0.0196288;REFB=-0.0014568;REVB=-0.00416316;RO=102;SAF=40;SAR=44;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415856;STB=0.502308;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00156479;OID=.;OPOS=8203328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:102:102:84:84:0.451613:44:40:49:53:44:40:49:53 chr19 8212263 . G A 777.18 PASS AF=0.433862;AO=82;DP=191;FAO=82;FDP=189;FR=.;FRO=107;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=65;FSRR=42;FWDB=-1.62126e-05;FXX=0.0207243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.285;QD=16.4481;RBI=0.00731458;REFB=-0.0153259;REVB=0.00731456;RO=106;SAF=38;SAR=44;SRF=65;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150797;STB=0.581006;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0226999;OID=.;OPOS=8212263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:189:106:107:82:82:0.433862:44:38:65:41:44:38:65:42 chr19 8321182 . A T 715.31 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=148;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0221569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3445;QD=19.3327;RBI=0.0348194;REFB=-0.0124452;REVB=-0.02686;RO=77;SAF=28;SAR=43;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459275;STB=0.525417;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0107806;OID=.;OPOS=8321182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:77:77:71:71:0.47973:43:28:34:43:43:28:34:43 chr19 8321946 . T C 369.66 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0427355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.352;QD=22.4033;RBI=0.058277;REFB=-0.0326804;REVB=-0.0396217;RO=29;SAF=27;SAR=10;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371166;STB=0.705025;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0233297;OID=.;OPOS=8321946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:10:27:8:21:10:27:8:21 chr19 8326904 . G A 546.05 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0241128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.872;QD=18.8294;RBI=0.0487085;REFB=-0.0170741;REVB=0.0423213;RO=58;SAF=21;SAR=36;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108317;STB=0.564949;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0235095;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:59:57:57:0.491379:36:21:28:30:36:21:29:30 chr19 8367033 . T C 946.21 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.68;QD=57.3458;RBI=0.0512688;REFB=-0.0987936;REVB=0.00390756;RO=1;SAF=29;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503181;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:66:1:0:65:66:1:36:29:1:0:36:30:0:0 chr19 8367158 . C T 213.93 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0336042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7333;QD=10.5642;RBI=0.0378948;REFB=0.0117296;REVB=0.017515;RO=54;SAF=15;SAR=12;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426151;STB=0.524843;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.023069;OID=.;OPOS=8367158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:54:27:27:0.333333:12:15:28:26:12:15:28:26 chr19 8367359 . G C 420.51 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0321151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.386;QD=17.8941;RBI=0.0423944;REFB=-0.0141837;REVB=0.0276749;RO=51;SAF=24;SAR=19;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281477;STB=0.515735;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0212593;OID=.;OPOS=8367359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:19:24:27:24:19:24:27:24 chr19 8367709 . C T 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00730325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.492;QD=27.2643;RBI=0.0268364;REFB=-0.0518219;REVB=-0.0258235;RO=13;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105714;STB=0.558684;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0212178;OID=.;OPOS=8367709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:7:15:7:6:7:15:7:6 chr19 8368758 . G A 870.36 PASS AF=0.511765;AO=84;DP=168;FAO=87;FDP=170;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=0.0201237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.489;QD=20.479;RBI=0.0240641;REFB=-0.00489236;REVB=0.0131953;RO=83;SAF=40;SAR=44;SRF=54;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156964;STB=0.592363;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00413716;OID=.;OPOS=8368758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:83:83:84:87:0.511765:44:40:54:29:47:40:54:29 chr19 8368794 . C A 1102.15 PASS AF=0.533333;AO=103;DP=195;FAO=104;FDP=195;FR=.;FRO=91;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.0113673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.795;QD=22.6082;RBI=0.0126605;REFB=-0.0226277;REVB=0.0055743;RO=90;SAF=42;SAR=61;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17334;STB=0.598602;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0208871;OID=.;OPOS=8368794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:90:91:103:104:0.533333:61:42:55:35:62:42:56:35 chr19 8373152 . T C 487.01 PASS AF=0.522222;AO=45;DP=88;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00860007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9914;QD=21.6448;RBI=0.029648;REFB=-0.0495368;REVB=-0.0283733;RO=43;SAF=25;SAR=20;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800359;STB=0.552572;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0384233;OID=.;OPOS=8373152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:43:43:45:47:0.522222:20:25:20:23:20:27:20:23 chr19 8373176 . C T 421.05 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0435032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.051;QD=20.5392;RBI=0.0518447;REFB=-0.0213285;REVB=0.0282018;RO=40;SAF=25;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187178;STB=0.607425;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0219873;OID=.;OPOS=8373176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:40:40:41:42:0.512195:16:25:16:24:16:26:16:24 chr19 8387207 . G A 587.26 PASS AF=0.36019;AO=72;DP=206;FAO=76;FDP=211;FR=.;FRO=135;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=65;FSRR=70;FWDB=0.015468;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.287;QD=11.1329;RBI=0.015679;REFB=-0.0171461;REVB=0.0025635;RO=131;SAF=44;SAR=28;SRF=65;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132161;STB=0.562672;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0313261;OID=.;OPOS=8387207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:211:131:135:72:76:0.36019:28:44:65:66:32:44:65:70 chr19 8398714 . A G 1148.75 PASS AF=0.541063;AO=111;DP=208;FAO=112;FDP=207;FR=.;FRO=95;FSAF=68;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.0356189;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.666;QD=22.1981;RBI=0.0517024;REFB=-0.028863;REVB=0.0374757;RO=95;SAF=68;SAR=43;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172129;STB=0.590877;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0240469;OID=.;OPOS=8398714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:95:95:111:112:0.541063:43:68:39:56:44:68:39:56 chr19 8398889 . TC T 31.17 PASS AF=0.221053;AO=14;DP=93;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.103008;FXX=0.0104156;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.1278;QD=1.31236;RBI=0.223425;REFB=-0.0186949;REVB=-0.198263;RO=66;SAF=4;SAR=10;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308883;STB=0.778209;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=-0.139272;OID=.;OPOS=8398890;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.221053:14:93:21:95:74:4:17:39:35:31:66:4:10:35:31 chr19 8398949 . CTCGCTGTCGCCA C 190.43 PASS AF=0.27957;AO=25;DP=99;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.012631;FXX=0.0605999;HRUN=1;LEN=12;MLLD=279.251;QD=8.19065;RBI=0.0163029;REFB=-0.0139576;REVB=-0.0103074;RO=65;SAF=16;SAR=9;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268558;STB=0.668177;STBP=0.044;TYPE=del;VARB=0.0344158;OID=.;OPOS=8398950;OREF=TCGCTGTCGCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27957:25:99:26:93:67:17:9:28:39:99:65:16:9:27:38 chr19 8551094 . T C 666.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.073;QD=61.9678;RBI=0.0349509;REFB=0;REVB=0.0280433;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53986e-05;OID=.;OPOS=8551094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:25:18:0:0 chr19 8553630 . C T 2922.01 PASS AF=0.994624;AO=185;DP=189;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00524631;FXX=0.0261766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.581;QD=62.839;RBI=0.0292595;REFB=-0.072605;REVB=0.0287853;RO=1;SAF=82;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460048;STB=0.502415;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000584576;OID=.;OPOS=8553630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:186:1:1:185:185:0.994624:103:82:0:1:103:82:0:1 chr19 8563456 . C G 182.81 PASS AF=0.941176;AO=17;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0303378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1855;QD=43.0139;RBI=0.0321746;REFB=0.0246629;REVB=0.0107156;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.0251338;OID=.;OPOS=8563456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:17:16:0.941176:7:10:0:0:7:9:1:0 chr19 8564611 . C T 876.26 PASS AF=0.639344;AO=78;DP=122;FAO=78;FDP=122;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.0119126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.897;QD=28.7299;RBI=0.0204686;REFB=-0.00409591;REVB=-0.016645;RO=43;SAF=21;SAR=57;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112775;STB=0.508883;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00226945;OID=.;OPOS=8564611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:43:44:78:78:0.639344:57:21:11:32:57:21:11:33 chr19 8578035 . T C 614.98 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=21;FWDB=0.00357639;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.843;QD=18.6358;RBI=0.00381403;REFB=-0.013692;REVB=-0.00132524;RO=62;SAF=47;SAR=16;SRF=47;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144;STB=0.533588;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0133919;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:62:69:63:63:0.477273:16:47:47:15:16:47:48:21 chr19 8609201 . T C 359.75 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00857214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.602;QD=13.8367;RBI=0.0209482;REFB=-0.00953197;REVB=-0.019114;RO=62;SAF=23;SAR=19;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134509;STB=0.576011;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0170325;OID=.;OPOS=8609201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:19:23:26:36:19:23:26:36 chr19 8642301 . C T 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00429983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.41;QD=12.5667;RBI=0.00908268;REFB=-0.019374;REVB=-0.00800041;RO=39;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928981;STB=0.558576;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0344501;OID=.;OPOS=8642301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:16:9:11:28:16:9:11:29 chr19 8645786 . A C 3800.88 PASS AF=1;AO=212;DP=225;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270225;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.238;QD=61.803;RBI=0.046941;REFB=0;REVB=0.0383829;RO=0;SAF=78;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120432;OID=.;OPOS=8645786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:225:246:0:0:212:246:1:134:78:0:0:140:106:0:0 chr19 8669931 . G C 2858.17 PASS AF=0.989189;AO=183;DP=186;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=110;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0737022;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.851;QD=61.7983;RBI=0.0819761;REFB=-0.0972257;REVB=0.0358897;RO=0;SAF=110;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26576e-08;STB=0.506756;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00017912;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:186:185:0:2:183:183:0.989189:73:110:0:0:73:110:0:2 chr19 8669976 . C T 750.4 PASS AF=0.490566;AO=77;DP=158;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=28;FWDB=0.00894218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.205;QD=18.8779;RBI=0.0246979;REFB=-0.0127014;REVB=0.0230223;RO=78;SAF=42;SAR=35;SRF=52;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113154;STB=0.55362;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0104893;OID=.;OPOS=8669976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:78:81:77:78:0.490566:35:42:52:26:35:43:53:28 chr19 8808373 . G T 1106.28 PASS AF=0.502262;AO=106;DP=216;FAO=111;FDP=221;FR=.;FRO=110;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=43;FSRR=67;FWDB=0.0452235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5839;QD=20.0233;RBI=0.10588;REFB=-0.00503034;REVB=0.0957362;RO=110;SAF=47;SAR=59;SRF=43;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495588;STB=0.516654;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0055281;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:221:110:110:106:111:0.502262:59:47:43:67:64:47:43:67 chr19 8808900 . A G 230.58 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.148;QD=46.1154;RBI=0.118531;REFB=-0.0387441;REVB=-0.116232;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.518499;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000560409;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:0:1:19:19:0.95:6:13:0:0:6:13:1:0 chr19 8808942 . A G 737.03 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3222;QD=62.7261;RBI=0.0814765;REFB=0;REVB=-0.0559635;RO=0;SAF=35;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157221;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:9:35:0:0:10:37:0:0 chr19 8841558 . T C 874.35 PASS AF=0.540881;AO=85;DP=158;FAO=86;FDP=159;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0142641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.67;QD=21.9963;RBI=0.0232929;REFB=-0.00852973;REVB=-0.0184145;RO=73;SAF=44;SAR=41;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00912745;STB=0.502194;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00568163;OID=.;OPOS=8841558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:73:73:85:86:0.540881:41:44:37:36:42:44:37:36 chr19 8953801 . T C 1289.45 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203824;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2706;QD=62.1422;RBI=0.0227098;REFB=0;REVB=-0.0100145;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125464;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr19 8953922 . C T 856.94 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.615;QD=56.1926;RBI=0.0488217;REFB=-0.109329;REVB=-0.00581815;RO=1;SAF=18;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254925;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114333;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:1:0:60:61:1:42:18:1:0:42:19:0:0 chr19 8961981 . C G 5233.07 PASS AF=1;AO=331;DP=332;FAO=331;FDP=331;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.068778;FXX=0.00301196;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3087;QD=63.2395;RBI=0.111707;REFB=-0.0371556;REVB=0.0880232;RO=0;SAF=156;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119053;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:332:331:0:0:331:331:1:175:156:0:0:175:156:0:0 chr19 8979212 . C T 861.72 PASS AF=0.544218;AO=80;DP=147;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0201355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7006;QD=23.4481;RBI=0.0331542;REFB=0.00826435;REVB=-0.0263395;RO=67;SAF=38;SAR=42;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146406;STB=0.508005;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0107084;OID=.;OPOS=8979212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:67:67:80:80:0.544218:42:38:33:34:42:38:33:34 chr19 8999429 . G T 106.73 PASS AF=0.111554;AO=28;DP=250;FAO=28;FDP=251;FR=.;FRO=223;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=103;FSRR=120;FWDB=0.00620728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.596;QD=1.70087;RBI=0.0352894;REFB=-0.00174103;REVB=-0.0347392;RO=217;SAF=9;SAR=19;SRF=99;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17318;STB=0.629677;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0138263;OID=.;OPOS=8999429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:251:217:223:28:28:0.111554:19:9:99:118:19:9:103:120 chr19 8999438 . A T 161.4 PASS AF=0.139535;AO=36;DP=259;FAO=36;FDP=258;FR=.;FRO=222;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=106;FSRR=116;FWDB=-0.0189933;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3653;QD=2.50224;RBI=0.0195945;REFB=-0.000840745;REVB=-0.00481624;RO=220;SAF=14;SAR=22;SRF=105;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11433;STB=0.577384;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00537716;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:220:222:36:36:0.139535:22:14:105:115:22:14:106:116 chr19 8999449 . G T 157.92 PASS AF=0.136882;AO=36;DP=261;FAO=36;FDP=263;FR=.;FRO=227;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=112;FSRR=115;FWDB=0.0121605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.223;QD=2.40175;RBI=0.0664172;REFB=-0.00861306;REVB=-0.0652945;RO=225;SAF=14;SAR=22;SRF=110;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128628;STB=0.590994;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0549995;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:263:225:227:36:36:0.136882:22:14:110:115:22:14:112:115 chr19 8999453 . C T 2484.82 PASS AF=0.763566;AO=196;DP=258;FAO=197;FDP=258;FR=.;FRO=61;FSAF=93;FSAR=104;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0264555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.546;QD=38.5243;RBI=0.0287661;REFB=-0.0108945;REVB=0.0112959;RO=60;SAF=93;SAR=103;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112655;STB=0.504675;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00316597;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:60:61:196:197:0.763566:103:93:30:30:104:93:30:31 chr19 8999474 . T C 88.66 PASS AF=0.103306;AO=25;DP=242;FAO=25;FDP=242;FR=.;FRO=217;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=105;FSRR=112;FWDB=-0.0296903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.889;QD=1.46545;RBI=0.032562;REFB=-0.00182166;REVB=0.0133705;RO=212;SAF=16;SAR=9;SRF=100;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204909;STB=0.639888;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.013005;OID=.;OPOS=8999474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:242:242:212:217:25:25:0.103306:9:16:100:112:9:16:105:112 chr19 8999478 . T C 104.44 PASS AF=0.114894;AO=27;DP=236;FAO=27;FDP=235;FR=.;FRO=208;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=103;FSRR=105;FWDB=-0.0134418;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.677;QD=1.77767;RBI=0.0269455;REFB=-0.00644845;REVB=-0.0233533;RO=209;SAF=14;SAR=13;SRF=104;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259421;STB=0.520628;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0440016;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:209:208:27:27:0.114894:13:14:104:105:13:14:103:105 chr19 8999498 . G T 40.34 PASS AF=0.0769231;AO=14;DP=183;FAO=14;FDP=182;FR=.;FRO=168;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=84;FSRR=84;FWDB=0.00487079;FXX=0.00546418;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.512;QD=0.886542;RBI=0.0188951;REFB=-0.00205485;REVB=-0.0182565;RO=165;SAF=5;SAR=9;SRF=84;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171019;STB=0.632511;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0160226;OID=.;OPOS=8999498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:183:182:165:168:14:14:0.0769231:9:5:84:81:9:5:84:84 chr19 9001822 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.592;QD=59.8554;RBI=0.0653173;REFB=0;REVB=0.0646465;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161895;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr19 9001833 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.137;QD=61.0492;RBI=0.0454409;REFB=0;REVB=0.0356704;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55242e-05;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr19 9001835 . G A 1134.4 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0349332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.006;QD=56.7199;RBI=0.036184;REFB=-0.0424115;REVB=0.00943137;RO=3;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305085;STB=0.516125;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.000435358;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:45:32:0:3:45:32:0:3 chr19 9002504 . T C 295.83 PASS AF=0.213043;AO=48;DP=230;FAO=49;FDP=230;FR=.;FRO=181;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=95;FSRR=86;FWDB=-0.0289791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.434;QD=5.14489;RBI=0.0343182;REFB=-0.0055434;REVB=-0.0183835;RO=178;SAF=18;SAR=30;SRF=92;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182514;STB=0.608064;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0123626;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:178:181:48:49:0.213043:30:18:92:86:30:19:95:86 chr19 9002519 . G C 227.87 PASS AF=0.172;AO=41;DP=247;FAO=43;FDP=250;FR=.;FRO=207;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=108;FSRR=99;FWDB=-0.00696466;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.83;QD=3.64594;RBI=0.0578426;REFB=-0.00881085;REVB=0.0574218;RO=193;SAF=12;SAR=29;SRF=95;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265039;STB=0.663713;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0732473;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:250:193:207:41:43:0.172:29:12:95:98:29:14:108:99 chr19 9002576 . T C 136.05 PASS AF=0.126866;AO=34;DP=266;FAO=34;FDP=268;FR=.;FRO=234;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=108;FSRR=126;FWDB=-0.0612086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7009;QD=2.03065;RBI=0.105328;REFB=-0.00999208;REVB=-0.0857173;RO=230;SAF=11;SAR=23;SRF=105;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174395;STB=0.625381;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0856564;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:268:230:234:34:34:0.126866:23:11:105:125:23:11:108:126 chr19 9002587 . C T 111.94 PASS AF=0.113725;AO=29;DP=255;FAO=29;FDP=255;FR=.;FRO=226;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=104;FSRR=122;FWDB=0.0182864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1415;QD=1.75597;RBI=0.0319433;REFB=-0.00985687;REVB=-0.0261912;RO=226;SAF=8;SAR=21;SRF=104;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238968;STB=0.672645;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0454746;OID=.;OPOS=9002587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:226:226:29:29:0.113725:21:8:104:122:21:8:104:122 chr19 9002597 . C T 80.36 PASS AF=0.0963855;AO=24;DP=248;FAO=24;FDP=249;FR=.;FRO=225;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=103;FSRR=122;FWDB=0.0567051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.188;QD=1.29087;RBI=0.0664724;REFB=-0.00294638;REVB=-0.0346859;RO=224;SAF=6;SAR=18;SRF=103;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263946;STB=0.700039;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0272649;OID=.;OPOS=9002597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:248:249:224:225:24:24:0.0963855:18:6:103:121:18:6:103:122 chr19 9002612 . TG GA 42.19 PASS AF=0.0730594;AO=16;DP=222;FAO=16;FDP=219;FR=.;FRO=203;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=92;FSRR=111;FWDB=0.00543813;FXX=0.0135129;HRUN=4;LEN=2;MLLD=247.755;QD=0.770603;RBI=0.00553129;REFB=-2.04213e-05;REVB=0.00101091;RO=197;SAF=5;SAR=11;SRF=91;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171365;STB=0.63608;STBP=0.282;TYPE=mnp;VARB=0.000772066;OID=.;OPOS=9002612;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:222:219:197:203:16:16:0.0730594:11:5:91:106:11:5:92:111 chr19 9003618 . C T 4545.58 PASS AF=0.986755;AO=297;DP=302;FAO=298;FDP=302;FR=.;FRO=4;FSAF=107;FSAR=191;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0130334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.319;QD=60.2063;RBI=0.0193037;REFB=-0.016355;REVB=-0.0142395;RO=5;SAF=107;SAR=190;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549692;STB=0.50157;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=9.89339e-05;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:302:302:5:4:297:298:0.986755:190:107:1:4:191:107:1:3 chr19 9003645 . G A 1414.06 PASS AF=0.505376;AO=140;DP=279;FAO=141;FDP=279;FR=.;FRO=138;FSAF=57;FSAR=84;FSRF=46;FSRR=92;FWDB=0.00457088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1206;QD=20.2733;RBI=0.016923;REFB=-0.0157508;REVB=0.0162941;RO=137;SAF=56;SAR=84;SRF=45;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683901;STB=0.536925;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0167262;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:137:138:140:141:0.505376:84:56:45:92:84:57:46:92 chr19 9005674 . G A 757.53 PASS AF=0.553846;AO=71;DP=130;FAO=72;FDP=130;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=10;FWDB=0.0310449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.318;QD=23.3084;RBI=0.0329002;REFB=-0.0183595;REVB=0.0108922;RO=57;SAF=30;SAR=41;SRF=47;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319395;STB=0.677374;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00341962;OID=.;OPOS=9005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:57:58:71:72:0.553846:41:30:47:10:42:30:48:10 chr19 9005719 . A G 1491.36 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3254;QD=63.462;RBI=0.0107457;REFB=0;REVB=0.00987853;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39221e-05;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:51:42:0:0:52:42:0:0 chr19 9006370 . A G 324.37 PASS AF=0.235023;AO=51;DP=217;FAO=51;FDP=217;FR=.;FRO=166;FSAF=8;FSAR=43;FSRF=76;FSRR=90;FWDB=-0.0188563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.629;QD=5.97917;RBI=0.0517664;REFB=-0.0131028;REVB=-0.0482099;RO=166;SAF=8;SAR=43;SRF=76;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441134;STB=0.772335;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0442819;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:166:166:51:51:0.235023:43:8:76:90:43:8:76:90 chr19 9006415 . TT CA,TA 235.68 PASS AF=0.181319,0.043956;AO=33,8;DP=182;FAO=33,8;FDP=182;FR=.;FRO=141;FSAF=8,2;FSAR=25,6;FSRF=58;FSRR=83;FWDB=0.00182132,0.0103268;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=186.168,98.5646;QD=5.17981;RBI=0.00327087,0.0109119;REFB=-0.00909219,-0.0164469;REVB=0.00271687,-0.00352503;RO=137;SAF=8,2;SAR=25,6;SRF=56;SRR=81;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.240256,-0.167705;STB=0.656223,0.668696;STBP=0.065,0.361;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0448408,0.030655;OID=.,.;OPOS=9006415,9006416;OREF=TT,T;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:137:141:33,8:33,8:0.181319,0.043956:25,6:8,2:56:81:25,6:8,2:58:83 chr19 9006418 . G A 247.32 PASS AF=0.217391;AO=40;DP=184;FAO=40;FDP=184;FR=.;FRO=144;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=86;FWDB=-0.014788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.844;QD=5.37648;RBI=0.0163134;REFB=-0.0153445;REVB=-0.00688781;RO=143;SAF=10;SAR=30;SRF=58;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224133;STB=0.637426;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0603762;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:143:144:40:40:0.217391:30:10:58:85:30:10:58:86 chr19 9012840 . G A 47.37 PASS AF=0.0554562;AO=31;DP=559;FAO=31;FDP=559;FR=.;FRO=528;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=193;FSRR=335;FWDB=0.0150963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.479;QD=0.338982;RBI=0.0155227;REFB=-0.000872085;REVB=-0.00361321;RO=527;SAF=9;SAR=22;SRF=193;SRR=334;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861244;STB=0.58033;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0145905;OID=.;OPOS=9012840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:559:559:527:528:31:31:0.0554562:22:9:193:334:22:9:193:335 chr19 9014551 . T C 575.51 PASS AF=0.389535;AO=67;DP=172;FAO=67;FDP=172;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=0.00540481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9553;QD=13.3839;RBI=0.0101432;REFB=0.0110328;REVB=0.0085833;RO=105;SAF=36;SAR=31;SRF=63;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686625;STB=0.538693;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0170142;OID=.;OPOS=9014551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:105:105:67:67:0.389535:31:36:63:42:31:36:63:42 chr19 9014569 . A G 548.83 PASS AF=0.4;AO=63;DP=159;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=-0.0101825;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.594;QD=13.7208;RBI=0.0135455;REFB=-0.010796;REVB=0.00893296;RO=93;SAF=34;SAR=29;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438703;STB=0.531486;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0162456;OID=.;OPOS=9014569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:93:96:63:64:0.4:29:34:54:39:30:34:56:40 chr19 9021075 . T C 38.01 PASS AF=0.0597015;AO=20;DP=335;FAO=20;FDP=335;FR=.;FRO=315;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=157;FSRR=158;FWDB=0.00158276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.159;QD=0.453835;RBI=0.0283777;REFB=-0.0017032;REVB=-0.0283336;RO=313;SAF=7;SAR=13;SRF=155;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152565;STB=0.640291;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0712796;OID=.;OPOS=9021075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:335:335:313:315:20:20:0.0597015:13:7:155:158:13:7:157:158 chr19 9021107 . C G 31.17 PASS AF=0.0526316;AO=20;DP=381;FAO=20;FDP=380;FR=.;FRO=360;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=166;FSRR=194;FWDB=-0.0126599;FXX=0.00523546;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.705;QD=0.328148;RBI=0.0303504;REFB=0.0004317;REVB=0.0275839;RO=360;SAF=8;SAR=12;SRF=166;SRR=194;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615409;STB=0.558827;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00707964;OID=.;OPOS=9021107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:381:380:360:360:20:20:0.0526316:12:8:166:194:12:8:166:194 chr19 9021118 . C T 31.35 PASS AF=0.0527704;AO=20;DP=379;FAO=20;FDP=379;FR=.;FRO=359;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=163;FSRR=196;FWDB=-0.0124349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.88;QD=0.330821;RBI=0.0182767;REFB=-0.000858832;REVB=0.0133944;RO=359;SAF=9;SAR=11;SRF=163;SRR=196;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405806;STB=0.503858;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0179164;OID=.;OPOS=9021118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:379:379:359:359:20:20:0.0527704:11:9:163:196:11:9:163:196 chr19 9024994 . C T 189.04 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0131378;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.441;QD=14.5417;RBI=0.0139529;REFB=-0.00531224;REVB=-0.00469905;RO=33;SAF=16;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32169;STB=0.6615;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00814283;OID=.;OPOS=9024994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:33:30:21:22:0.423077:5:16:16:17:6:16:14:16 chr19 9025584 . T G 35.06 PASS AF=0.0676329;AO=14;DP=206;FAO=14;FDP=207;FR=.;FRO=193;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=86;FSRR=107;FWDB=0.00844898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9294;QD=0.677563;RBI=0.0210331;REFB=-0.0015433;REVB=0.0192615;RO=192;SAF=8;SAR=6;SRF=85;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138347;STB=0.615642;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0215242;OID=.;OPOS=9025584;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:206:207:192:193:14:14:0.0676329:6:8:85:107:6:8:86:107 chr19 9025604 . A G 34.7 PASS AF=0.0669856;AO=14;DP=209;FAO=14;FDP=209;FR=.;FRO=195;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=97;FSRR=98;FWDB=-0.00732099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.275;QD=0.664187;RBI=0.0111733;REFB=-3.05424e-05;REVB=-0.00844074;RO=192;SAF=8;SAR=6;SRF=96;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771476;STB=0.568985;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0191644;OID=.;OPOS=9025604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:209:209:192:195:14:14:0.0669856:6:8:96:96:6:8:97:98 chr19 9028373 . G A 903.97 PASS AF=0.529762;AO=89;DP=168;FAO=89;FDP=168;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0202701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3774;QD=21.5231;RBI=0.0235984;REFB=-0.0158559;REVB=0.0120835;RO=79;SAF=42;SAR=47;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578386;STB=0.531639;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0192936;OID=.;OPOS=9028373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:79:79:89:89:0.529762:47:42:32:47:47:42:32:47 chr19 9033314 . G A 511.6 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00302592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8632;QD=24.0752;RBI=0.0149985;REFB=-0.0169168;REVB=0.0146901;RO=37;SAF=30;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918389;STB=0.550437;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0161041;OID=.;OPOS=9033314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:18:30:19:18:18:30:19:18 chr19 9045874 . G T 566.39 PASS AF=0.462121;AO=49;DP=121;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0121007;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.428;QD=17.1634;RBI=0.0198447;REFB=-0.020384;REVB=0.0157285;RO=70;SAF=17;SAR=32;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117008;STB=0.52301;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0277484;OID=.;OPOS=9045874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:132:70:71:49:61:0.462121:32:17:25:45:41:20:26:45 chr19 9046876 . G T 813.72 PASS AF=0.44;AO=88;DP=201;FAO=88;FDP=200;FR=.;FRO=112;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=70;FWDB=-0.0135773;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.369;QD=16.2743;RBI=0.0346889;REFB=0.0110243;REVB=0.0319214;RO=112;SAF=51;SAR=37;SRF=42;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203963;STB=0.613259;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0104862;OID=.;OPOS=9046876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:112:112:88:88:0.44:37:51:42:70:37:51:42:70 chr19 9047700 . T G 678.08 PASS AF=0.443114;AO=74;DP=167;FAO=74;FDP=167;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0136528;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1598;QD=16.2415;RBI=0.017365;REFB=-0.00718242;REVB=-0.0107305;RO=92;SAF=42;SAR=32;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121414;STB=0.570485;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0108938;OID=.;OPOS=9047700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:92:93:74:74:0.443114:32:42:41:51:32:42:41:52 chr19 9048320 . C T 540.98 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0186553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.263;QD=22.3086;RBI=0.0192379;REFB=-0.0045359;REVB=-0.00469835;RO=46;SAF=20;SAR=31;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204953;STB=0.511287;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00598584;OID=.;OPOS=9048320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:31:20:17:29:31:20:17:29 chr19 9048342 . C T 436.62 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.00596665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9087;QD=18.7791;RBI=0.0183889;REFB=-0.0131733;REVB=0.017394;RO=49;SAF=14;SAR=29;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044526;STB=0.51534;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0191441;OID=.;OPOS=9048342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:49:43:44:0.473118:29:14:18:31:29:15:18:31 chr19 9048421 . T C 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0110888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.753;QD=16.4502;RBI=0.0111185;REFB=-0.0120165;REVB=-0.000812192;RO=44;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081081;STB=0.550534;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0197651;OID=.;OPOS=9048421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:45:36:36:0.444444:20:16:16:28:20:16:16:29 chr19 9048895 . A C 556.97 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0379772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4671;QD=20.2535;RBI=0.0384589;REFB=-0.0150956;REVB=-0.00606735;RO=53;SAF=25;SAR=32;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111442;STB=0.561382;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0130816;OID=.;OPOS=9048895;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:32:25:30:23:32:25:30:23 chr19 9049339 . C G 1252.29 PASS AF=0.462633;AO=130;DP=281;FAO=130;FDP=281;FR=.;FRO=151;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=74;FSRR=77;FWDB=-0.0551087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.252;QD=17.8262;RBI=0.0590824;REFB=-0.0173104;REVB=0.0213017;RO=150;SAF=51;SAR=79;SRF=74;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100229;STB=0.553802;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0167428;OID=.;OPOS=9049339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:150:151:130:130:0.462633:79:51:74:76:79:51:74:77 chr19 9049910 . C T 921.98 PASS AF=0.467337;AO=93;DP=199;FAO=93;FDP=199;FR=.;FRO=106;FSAF=25;FSAR=68;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=0.00675428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.28;QD=18.5323;RBI=0.00694472;REFB=-0.0209094;REVB=-0.00161518;RO=105;SAF=25;SAR=68;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231789;STB=0.626927;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0240876;OID=.;OPOS=9049910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:105:106:93:93:0.467337:68:25:51:54:68:25:51:55 chr19 9056989 . C G 435.16 PASS AF=0.463918;AO=41;DP=95;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=42;FWDB=0.00789063;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3161;QD=17.9447;RBI=0.0147736;REFB=-0.0165099;REVB=-0.0124899;RO=48;SAF=11;SAR=30;SRF=9;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105328;STB=0.590127;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0129042;OID=.;OPOS=9056989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:48:52:41:45:0.463918:30:11:9:39:30:15:10:42 chr19 9057408 . A G 2904.38 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.77;QD=63.1387;RBI=0.0651876;REFB=0;REVB=0.0351033;RO=0;SAF=76;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03302e-05;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:179:184:0:0:177:184:1:101:76:0:0:105:79:0:0 chr19 9057687 . A G 1832.44 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.955;QD=60.5765;RBI=0.00735623;REFB=0;REVB=-0.00211894;RO=1;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725225;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43419e-05;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:121:121:1:0:120:121:1:65:55:0:1:66:55:0:0 chr19 9057721 . C T 387.82 PASS AF=0.512821;AO=37;DP=75;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0211907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2827;QD=19.8883;RBI=0.0465055;REFB=-0.010977;REVB=-0.0413971;RO=36;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373872;STB=0.513507;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00820578;OID=.;OPOS=9057721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:36:38:37:40:0.512821:19:18:16:20:21:19:17:21 chr19 9058624 . G A 1029.66 PASS AF=0.463203;AO=107;DP=231;FAO=107;FDP=231;FR=.;FRO=124;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.0276736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.685;QD=17.8296;RBI=0.0319842;REFB=-0.0349648;REVB=0.0160362;RO=124;SAF=56;SAR=51;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383505;STB=0.5212;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.037421;OID=.;OPOS=9058624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:124:124:107:107:0.463203:51:56:60:64:51:56:60:64 chr19 9058907 . G C 329.71 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00107579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.778;QD=15.7005;RBI=0.00612002;REFB=-0.0207351;REVB=0.00602473;RO=47;SAF=21;SAR=15;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128604;STB=0.512288;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0219468;OID=.;OPOS=9058907;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:36:36:0.428571:15:21:28:19:15:21:29:19 chr19 9058942 . C T 933.21 PASS AF=0.610294;AO=83;DP=136;FAO=83;FDP=136;FR=.;FRO=53;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.000905178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.156;QD=27.4473;RBI=0.00870375;REFB=-0.00965116;REVB=0.00865655;RO=53;SAF=43;SAR=40;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621582;STB=0.503369;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00645245;OID=.;OPOS=9058942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:53:53:83:83:0.610294:40:43:27:26:40:43:27:26 chr19 9059159 . T G 931.47 PASS AF=0.58042;AO=65;DP=144;FAO=83;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0163123;FXX=0.00694396;HRUN=7;LEN=1;MLLD=269.852;QD=26.055;RBI=0.0353005;REFB=-0.0382765;REVB=-0.0313054;RO=34;SAF=21;SAR=44;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141304;STB=0.59087;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0219913;OID=.;OPOS=9059159;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:34:58:65:83:0.58042:44:21:18:16:57:26:30:28 chr19 9059307 . C T 927.22 PASS AF=0.517045;AO=92;DP=173;FAO=91;FDP=176;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0218442;FXX=0.0167588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.101;QD=21.0732;RBI=0.0282744;REFB=-0.027788;REVB=-0.0179519;RO=80;SAF=47;SAR=45;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941853;STB=0.550887;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0266429;OID=.;OPOS=9059307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:176:80:85:92:91:0.517045:45:47:32:48:45:46:34:51 chr19 9059808 . A G 2529.88 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.442;QD=61.7043;RBI=0.0229645;REFB=0;REVB=0.0227083;RO=0;SAF=89;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670026;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:164:0:0:162:164:1:73:89:0:0:74:90:0:0 chr19 9060085 . C T 922.39 PASS AF=0.44;AO=99;DP=227;FAO=99;FDP=225;FR=.;FRO=126;FSAF=34;FSAR=65;FSRF=46;FSRR=80;FWDB=-0.0735443;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.037;QD=16.398;RBI=0.073627;REFB=-0.0101931;REVB=-0.00348888;RO=124;SAF=34;SAR=65;SRF=45;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214372;STB=0.513324;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0118488;OID=.;OPOS=9060085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:225:124:126:99:99:0.44:65:34:45:79:65:34:46:80 chr19 9060541 . C T 1749.77 PASS AF=0.983051;AO=117;DP=120;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0242739;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.964;QD=59.3143;RBI=0.0280459;REFB=-0.071061;REVB=0.0140482;RO=0;SAF=40;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506409;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.000298078;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:118:0:2:117:116:0.983051:77:40:0:0:77:39:0:2 chr19 9060572 . G A 509.7 PASS AF=0.454545;AO=54;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0083231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.023;QD=16.8497;RBI=0.0296759;REFB=-0.0187773;REVB=0.0284848;RO=64;SAF=18;SAR=36;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124721;STB=0.56624;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0184207;OID=.;OPOS=9060572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:66:54:55:0.454545:36:18:29:35:37:18:29:37 chr19 9060605 . G A 1796.76 PASS AF=0.976;AO=120;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00686758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.611;QD=57.4962;RBI=0.0567718;REFB=-0.226377;REVB=0.0563549;RO=3;SAF=56;SAR=64;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217425;STB=0.511109;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00382596;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:125:3:3:120:122:0.976:64:56:0:3:66:56:0:3 chr19 9060812 . T C 2278.03 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.681;QD=62.8422;RBI=0.0314317;REFB=-0.0160456;REVB=0.00436681;RO=1;SAF=81;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760803;STB=0.503999;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00016792;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:145:1:1:143:144:0.993103:62:81:0:1:62:82:0:1 chr19 9061559 . C G 2389.25 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.843;QD=64.1408;RBI=0.030634;REFB=0;REVB=-0.0257203;RO=0;SAF=69;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00031e-06;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:80:69:0:0:80:69:0:0 chr19 9062415 . T G 1677.38 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.184;QD=60.4461;RBI=0.0508999;REFB=0;REVB=0.0326191;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55015e-05;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:61:50:0:0:61:50:0:0 chr19 9062544 . T G 996.74 PASS AF=0.985714;AO=64;DP=65;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0353434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5946;QD=56.9569;RBI=0.0788618;REFB=-0.117348;REVB=-0.0704984;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133044;STB=0.506327;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00913436;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:70:1:1:64:69:0.985714:29:35:1:0:30:39:1:0 chr19 9065203 . T C 373.25 PASS AF=0.513514;AO=36;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0117389;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.608;QD=20.1757;RBI=0.0287184;REFB=-0.0304321;REVB=0.0262096;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805292;STB=0.53342;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0347228;OID=.;OPOS=9065203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:36:36:38:0.513514:22:14:11:25:24:14:11:25 chr19 9065510 . G A 1341.5 PASS AF=0.56;AO=126;DP=225;FAO=126;FDP=225;FR=.;FRO=99;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=30;FSRR=69;FWDB=0.0172613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3476;QD=23.8489;RBI=0.0191897;REFB=-0.00832426;REVB=-0.00838415;RO=98;SAF=53;SAR=73;SRF=30;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963112;STB=0.553985;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00638074;OID=.;OPOS=9065510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:98:99:126:126:0.56:73:53:30:68:73:53:30:69 chr19 9066259 . T C 1228.15 PASS AF=0.438944;AO=133;DP=302;FAO=133;FDP=303;FR=.;FRO=170;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=79;FSRR=91;FWDB=0.0019488;FXX=0.00328937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.42;QD=16.2132;RBI=0.109494;REFB=-0.00180812;REVB=0.109476;RO=166;SAF=67;SAR=66;SRF=79;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279032;STB=0.521902;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0021081;OID=.;OPOS=9066259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:303:166:170:133:133:0.438944:66:67:79:87:66:67:79:91 chr19 9066874 . G T 1575.21 PASS AF=0.527972;AO=151;DP=286;FAO=151;FDP=286;FR=.;FRO=135;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=49;FSRR=86;FWDB=-0.00351149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.488;QD=22.0309;RBI=0.0433594;REFB=-0.0229711;REVB=-0.043217;RO=134;SAF=67;SAR=84;SRF=48;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754144;STB=0.538937;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0162367;OID=.;OPOS=9066874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:134:135:151:151:0.527972:84:67:48:86:84:67:49:86 chr19 9068530 . C T 947.39 PASS AF=0.446903;AO=101;DP=226;FAO=101;FDP=226;FR=.;FRO=125;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=75;FSRR=50;FWDB=-0.00146555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.838;QD=16.7679;RBI=0.00865605;REFB=0.000226171;REVB=-0.00853108;RO=125;SAF=43;SAR=58;SRF=75;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172698;STB=0.595733;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000405743;OID=.;OPOS=9068530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:125:125:101:101:0.446903:58:43:75:50:58:43:75:50 chr19 9069792 . G A 704.52 PASS AF=0.382488;AO=81;DP=218;FAO=83;FDP=217;FR=.,HEALED;FRO=134;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=65;FSRR=69;FWDB=0.118971;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9279;QD=12.9865;RBI=0.126906;REFB=0.00540484;REVB=0.0441692;RO=103;SAF=48;SAR=33;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156853;STB=0.573338;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00174448;OID=.;OPOS=9069792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:103:134:81:83:0.382488:33:48:45:58:33:50:65:69 chr19 9069892 . A C 925.99 PASS AF=0.408907;AO=100;DP=248;FAO=101;FDP=247;FR=.;FRO=146;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=56;FSRR=90;FWDB=-0.00454407;FXX=0.0040321;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.674;QD=14.9958;RBI=0.00658135;REFB=-0.0053593;REVB=0.00476083;RO=140;SAF=43;SAR=57;SRF=53;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553199;STB=0.525685;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00687682;OID=.;OPOS=9069892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:247:140:146:100:101:0.408907:57:43:53:87:58:43:56:90 chr19 9070079 . C G 253.19 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0135914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.138;QD=21.5484;RBI=0.0251436;REFB=-0.0023775;REVB=0.0211536;RO=23;SAF=6;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266369;STB=0.650468;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00433908;OID=.;OPOS=9070079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:18:6:12:11:18:6:12:11 chr19 9070194 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.315;QD=64.0211;RBI=0.0405622;REFB=0;REVB=0.0339675;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52087e-05;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr19 9070225 . G C 2350.99 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0932786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0919;QD=63.9724;RBI=0.104641;REFB=0;REVB=-0.0474214;RO=0;SAF=66;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94291e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017624;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:81:66:0:0:81:66:0:0 chr19 9070837 . G A 2714.13 PASS AF=0.977901;AO=177;DP=182;FAO=177;FDP=181;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0402721;FXX=0.0054942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.319;QD=59.9808;RBI=0.0410789;REFB=-0.0559302;REVB=-0.00810168;RO=3;SAF=73;SAR=104;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00258961;STB=0.501995;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.000284784;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:182:181:3:4:177:177:0.977901:104:73:1:2:104:73:2:2 chr19 9071763 . T A 3212.44 PASS AF=0.990566;AO=210;DP=214;FAO=210;FDP=212;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0144051;FXX=0.00934536;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.199;QD=60.6121;RBI=0.0222687;REFB=-0.0193051;REVB=0.016982;RO=2;SAF=88;SAR=122;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00774495;STB=0.504065;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=5.38285e-05;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:214:212:2:2:210:210:0.990566:122:88:0:2:122:88:0:2 chr19 9071834 . G C 794.13 PASS AF=0.485207;AO=82;DP=169;FAO=82;FDP=169;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=0.0119579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.234;QD=18.7959;RBI=0.0323725;REFB=-0.0238498;REVB=0.030083;RO=87;SAF=26;SAR=56;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651332;STB=0.536007;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0229399;OID=.;OPOS=9071834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:87:87:82:82:0.485207:56:26:33:54:56:26:33:54 chr19 9072221 . G A 313.74 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0460192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1053;QD=14.5928;RBI=0.0479485;REFB=-0.0207707;REVB=-0.0134643;RO=49;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400148;STB=0.537313;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0454122;OID=.;OPOS=9072221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:51:35:35:0.406977:22:13:20:29:22:13:22:29 chr19 9072875 . G A 518.91 PASS AF=0.413043;AO=57;DP=138;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0148265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.496;QD=15.0408;RBI=0.0172156;REFB=-0.0075802;REVB=-0.00874934;RO=81;SAF=26;SAR=31;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652026;STB=0.536647;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.014143;OID=.;OPOS=9072875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:81:81:57:57:0.413043:31:26:42:39:31:26:42:39 chr19 9072975 . G A 719.69 PASS AF=0.428571;AO=78;DP=183;FAO=78;FDP=182;FR=.;FRO=104;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=0.0127052;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.629;QD=15.8172;RBI=0.0139426;REFB=-0.0104667;REVB=0.00574237;RO=103;SAF=29;SAR=49;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796701;STB=0.547796;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0157918;OID=.;OPOS=9072975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:103:104:78:78:0.428571:49:29:46:57:49:29:47:57 chr19 9074073 . G A 346.87 PASS AF=0.388889;AO=39;DP=106;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0168087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4056;QD=12.8471;RBI=0.0269947;REFB=-0.00221826;REVB=-0.021123;RO=67;SAF=10;SAR=29;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188278;STB=0.57572;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00374465;OID=.;OPOS=9074073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:67:66:39:42:0.388889:29:10:27:40:30:12:26:40 chr19 9075565 . C T 1175.87 PASS AF=0.451613;AO=122;DP=276;FAO=126;FDP=279;FR=.;FRO=153;FSAF=44;FSAR=82;FSRF=55;FSRR=98;FWDB=-0.0591016;FXX=0.00711718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5092;QD=16.8583;RBI=0.0591786;REFB=-0.00709243;REVB=0.0030171;RO=152;SAF=43;SAR=79;SRF=54;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307008;STB=0.506172;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00920552;OID=.;OPOS=9075565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:279:152:153:122:126:0.451613:79:43:54:98:82:44:55:98 chr19 9075737 . T C 467.64 PASS AF=0.479592;AO=46;DP=99;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0259807;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.36;QD=19.0872;RBI=0.0585356;REFB=0.00309274;REVB=0.0524539;RO=51;SAF=18;SAR=28;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582573;STB=0.536779;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00277866;OID=.;OPOS=9075737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:51:51:46:47:0.479592:28:18:23:28:29:18:23:28 chr19 9077196 . C T 422.91 PASS AF=0.392;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00483902;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.277;QD=13.533;RBI=0.0147498;REFB=-0.00376175;REVB=-0.0139335;RO=77;SAF=21;SAR=28;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153442;STB=0.58311;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00413663;OID=.;OPOS=9077196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:77:76:49:49:0.392:28:21:44:33:28:21:43:33 chr19 9077581 . G T 1068.92 PASS AF=0.441065;AO=116;DP=263;FAO=116;FDP=263;FR=.;FRO=147;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=70;FSRR=77;FWDB=0.0013676;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.169;QD=16.2574;RBI=0.0317362;REFB=-0.0125584;REVB=-0.0317067;RO=147;SAF=52;SAR=64;SRF=70;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283145;STB=0.515717;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0152576;OID=.;OPOS=9077581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:147:147:116:116:0.441065:64:52:70:77:64:52:70:77 chr19 9080462 . C G 4896.62 PASS AF=0.990566;AO=315;DP=318;FAO=315;FDP=318;FR=.;FRO=3;FSAF=126;FSAR=189;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00485072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.287;QD=61.5927;RBI=0.0279883;REFB=-0.0512392;REVB=0.0275647;RO=2;SAF=126;SAR=189;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00125342;STB=0.502618;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.000239597;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:318:318:2:3:315:315:0.990566:189:126:1:1:189:126:2:1 chr19 9082514 . C A 1703.66 PASS AF=0.523364;AO=152;DP=305;FAO=168;FDP=321;FR=.;FRO=153;FSAF=64;FSAR=104;FSRF=67;FSRR=86;FWDB=0.00507287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.362;QD=21.2294;RBI=0.0107089;REFB=-0.0365731;REVB=0.00943116;RO=148;SAF=61;SAR=91;SRF=66;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414402;STB=0.528386;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0351524;OID=.;OPOS=9082514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:321:148:153:152:168:0.523364:91:61:66:82:104:64:67:86 chr19 9083427 . A G 642.54 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.00430635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.777;QD=17.7253;RBI=0.00470748;REFB=-0.00865507;REVB=0.0019015;RO=78;SAF=31;SAR=35;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116615;STB=0.567901;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00826436;OID=.;OPOS=9083427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:78:79:66:66:0.455172:35:31:46:32:35:31:47:32 chr19 9083457 . C T 672.77 PASS AF=0.468966;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0171847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.716;QD=18.559;RBI=0.0324545;REFB=-0.00509023;REVB=-0.0275315;RO=77;SAF=37;SAR=31;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390683;STB=0.521644;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00601681;OID=.;OPOS=9083457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:77:77:68:68:0.468966:31:37:45:32:31:37:45:32 chr19 9084183 . G A 1094.23 PASS AF=0.441948;AO=118;DP=267;FAO=118;FDP=267;FR=.;FRO=149;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=94;FWDB=0.0135537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.866;QD=16.393;RBI=0.0144706;REFB=-0.0159407;REVB=-0.00506909;RO=148;SAF=64;SAR=54;SRF=54;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176745;STB=0.595782;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0171743;OID=.;OPOS=9084183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:148:149:118:118:0.441948:54:64:54:94:54:64:55:94 chr19 9084299 . T C 631.07 PASS AF=0.558559;AO=61;DP=109;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00130665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.352;QD=22.7411;RBI=0.0181554;REFB=-0.00417289;REVB=-0.0181083;RO=47;SAF=32;SAR=29;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280565;STB=0.520621;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00366148;OID=.;OPOS=9084299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:47:49:61:62:0.558559:29:32:23:24:30:32:23:26 chr19 9085004 . T C 472.21 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00615714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.36;QD=18.3382;RBI=0.0156667;REFB=-0.00280638;REVB=-0.0144061;RO=52;SAF=22;SAR=28;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033898;STB=0.52297;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00276694;OID=.;OPOS=9085004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:53:50:50:0.485437:28:22:21:31:28:22:21:32 chr19 9085643 . A G 522.21 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=137;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=58;FWDB=0.0258134;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.781;QD=15.359;RBI=0.0260171;REFB=-0.0124216;REVB=-0.00324905;RO=80;SAF=23;SAR=34;SRF=22;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143922;STB=0.585797;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0185987;OID=.;OPOS=9085643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:80:79:57:57:0.419118:34:23:22:58:34:23:21:58 chr19 9086318 . G A 346.93 PASS AF=0.514286;AO=33;DP=68;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000891807;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.925;QD=19.8248;RBI=0.00787266;REFB=-0.0375637;REVB=-0.00782199;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533718;STB=0.527762;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0354229;OID=.;OPOS=9086318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:35:34:33:36:0.514286:16:17:16:19:17:19:16:18 chr19 9086819 . G A 513.46 PASS AF=0.486726;AO=51;DP=110;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0124243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.99;QD=18.1757;RBI=0.0208203;REFB=-0.0222708;REVB=0.0167069;RO=56;SAF=24;SAR=27;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109127;STB=0.515146;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0225559;OID=.;OPOS=9086819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:56:58:51:55:0.486726:27:24:27:29:31:24:27:31 chr19 9087615 . T A 1723.74 PASS AF=0.983607;AO=114;DP=117;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0213655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.652;QD=56.5162;RBI=0.0414224;REFB=-0.04513;REVB=0.035487;RO=3;SAF=53;SAR=61;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261165;STB=0.508927;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00170357;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:117:122:3:2:114:120:0.983607:61:53:3:0:65:55:2:0 chr19 9087758 . G A 1692.09 PASS AF=0.537162;AO=159;DP=297;FAO=159;FDP=296;FR=.;FRO=137;FSAF=60;FSAR=99;FSRF=50;FSRR=87;FWDB=0.0142827;FXX=0.00336689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.063;QD=22.8661;RBI=0.0178774;REFB=-0.0249875;REVB=0.010752;RO=136;SAF=60;SAR=99;SRF=50;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00876707;STB=0.506122;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0178459;OID=.;OPOS=9087758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:296:136:137:159:159:0.537162:99:60:50:86:99:60:50:87 chr19 9088017 . T G 2213.11 PASS AF=0.986111;AO=140;DP=142;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00768226;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0067;QD=61.4753;RBI=0.0449128;REFB=-0.16827;REVB=0.0442509;RO=2;SAF=67;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128469;STB=0.506666;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00493185;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:144:2:2:140:142:0.986111:73:67:0:2:74:68:0:2 chr19 9088330 . G A 836.77 PASS AF=0.549296;AO=78;DP=142;FAO=78;FDP=142;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0124528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9658;QD=23.571;RBI=0.0482503;REFB=-0.0118269;REVB=0.0466156;RO=63;SAF=38;SAR=40;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219996;STB=0.508313;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00964341;OID=.;OPOS=9088330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:63:64:78:78:0.549296:40:38:29:34:40:38:30:34 chr19 9088722 . G A 704.96 PASS AF=0.402062;AO=78;DP=194;FAO=78;FDP=194;FR=.;FRO=116;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=0.0112607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.836;QD=14.5353;RBI=0.0239998;REFB=-0.0132526;REVB=0.021194;RO=116;SAF=40;SAR=38;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411552;STB=0.523112;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0169375;OID=.;OPOS=9088722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:116:116:78:78:0.402062:38:40:55:61:38:40:55:61 chr19 9088772 . T C 1441.95 PASS AF=0.508897;AO=134;DP=274;FAO=143;FDP=281;FR=.;FRO=138;FSAF=61;FSAR=82;FSRF=65;FSRR=73;FWDB=-0.00565958;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.373;QD=20.526;RBI=0.0104279;REFB=-0.00480759;REVB=0.00875846;RO=138;SAF=56;SAR=78;SRF=65;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499357;STB=0.522158;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00400264;OID=.;OPOS=9088772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:281:138:138:134:143:0.508897:78:56:65:73:82:61:65:73 chr19 9204307 . A G 1479.71 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288022;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.994;QD=63.6433;RBI=0.0480993;REFB=0;REVB=-0.0385224;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000533693;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr19 9213026 . T C 1098.5 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2593;QD=60.1919;RBI=0.061961;REFB=0;REVB=0.000500191;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511624;OID=.;OPOS=9213026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr19 9213079 . A C 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.044034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2518;QD=57.234;RBI=0.0452643;REFB=-0.0351086;REVB=0.0104818;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136944;STB=0.507244;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00267184;OID=.;OPOS=9213079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:32:34:1:0:32:34:1:0 chr19 9213132 . A G 853.95 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7267;QD=56.9298;RBI=0.10783;REFB=0;REVB=0.0374238;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803681;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:59:60:1:24:35:0:1:25:35:0:0 chr19 9225685 . T C 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0229657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.557;QD=15.1652;RBI=0.0572803;REFB=-0.00424854;REVB=-0.0524749;RO=30;SAF=4;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361832;STB=0.709337;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0111968;OID=.;OPOS=9225685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:19:4:14:16:19:4:14:16 chr19 9226017 . C G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0126073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.553;QD=15.1662;RBI=0.0160135;REFB=-0.010736;REVB=0.00987358;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11009;STB=0.562759;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0153287;OID=.;OPOS=9226017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:14:9:15:15:14:9:15:15 chr19 9226192 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.053427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5848;QD=11.6341;RBI=0.0603221;REFB=0.0158542;REVB=0.0280055;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104401;STB=0.562374;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0255828;OID=.;OPOS=9226192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:8:8:6:4:8:8 chr19 9297606 . C T 103.31 PASS AF=0.371429;AO=8;DP=30;FAO=13;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0315441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.394;QD=11.8065;RBI=0.0315446;REFB=-0.0208097;REVB=0.000176758;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162757;STB=0.540999;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.105422;OID=.;OPOS=9297606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:35:17:20:8:13:0.371429:4:4:11:6:5:8:11:9 chr19 9297874 . G A 404.15 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0245709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.807;QD=19.4769;RBI=0.0326383;REFB=-0.0397364;REVB=-0.0214832;RO=41;SAF=23;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088084;STB=0.555005;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0329624;OID=.;OPOS=9297874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:18:23:19:22:18:23:19:23 chr19 9298078 . C T 66.35 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00394259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.778;QD=12.0632;RBI=0.0832532;REFB=-0.0391798;REVB=-0.0831598;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865477;STB=0.580461;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00854435;OID=.;OPOS=9298078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:3:6:7:5:3:6:7:6 chr19 9298512 . C T 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0346196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.647;QD=20.1587;RBI=0.038728;REFB=0.00681346;REVB=-0.0173592;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810966;STB=0.526283;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00771494;OID=.;OPOS=9298512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:10:6:5:8:10:6:6:8 chr19 9298763 . G GT 35.69 PASS AF=0.4;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0610561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.8553;QD=9.51771;RBI=0.121129;REFB=-0.0633325;REVB=-0.104616;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504079;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=ins;VARB=0.0742174;OID=.;OPOS=9298764;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:5:15:6:15:9:4:2:3:6:35:10:4:1:3:7 chr19 9299060 . GC TT 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0100371;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=299.286;QD=9.56965;RBI=0.01009;REFB=-0.00488614;REVB=-0.00103138;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237275;STB=0.644803;STBP=0.41;TYPE=mnp;VARB=0.00857812;OID=.;OPOS=9299060;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:9:6:5:3:9:6 chr19 9346427 . T C 1359.95 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333807;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.25;QD=61.1213;RBI=0.0506938;REFB=0.0198591;REVB=0.0381522;RO=1;SAF=49;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957159;STB=0.505049;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=4.07174e-05;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:86:88:0.988764:37:49:1:0:39:49:1:0 chr19 9346599 . C G 296.98 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0171198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0259;QD=10.702;RBI=0.051106;REFB=0.0125134;REVB=-0.0481532;RO=72;SAF=19;SAR=19;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504502;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.0236544;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:72:73:38:38:0.342342:19:19:36:36:19:19:36:37 chr19 9361767 . G A 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00266733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0283;QD=12.5458;RBI=0.0331254;REFB=-0.00608634;REVB=-0.0330178;RO=42;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032044;STB=0.518419;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.010198;OID=.;OPOS=9361767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:11:15:23:19:11:15:23:19 chr19 9362343 . C T 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.021754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.859;QD=11.3454;RBI=0.021986;REFB=-0.00755448;REVB=0.00318511;RO=39;SAF=8;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24776;STB=0.643787;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0117977;OID=.;OPOS=9362343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:14:8:23:16:14:8:23:16 chr19 9362443 . C T 400.34 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.006182;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.934;QD=16.1753;RBI=0.00680623;REFB=-0.00222975;REVB=-0.00284738;RO=57;SAF=20;SAR=22;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104787;STB=0.558937;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00290212;OID=.;OPOS=9362443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:22:20:33:24:22:20:33:24 chr19 9362799 . T G 192.99 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0194257;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.907;QD=10.0255;RBI=0.0235563;REFB=-0.00576039;REVB=-0.0133245;RO=52;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111459;STB=0.565166;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0122313;OID=.;OPOS=9362799;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:12:13:22:30:12:13:22:30 chr19 9453187 . G C 359.78 PASS AF=0.580645;AO=34;DP=61;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0421344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.464;QD=23.2116;RBI=0.076837;REFB=-0.00824327;REVB=0.0642544;RO=25;SAF=13;SAR=21;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777609;STB=0.531581;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.008262;OID=.;OPOS=9453187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:25:26:34:36:0.580645:21:13:12:13:22:14:12:14 chr19 9743003 . C T 572.66 PASS AF=0.423077;AO=63;DP=153;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.0115963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.579;QD=14.6835;RBI=0.0116545;REFB=-0.0146825;REVB=-0.00116253;RO=84;SAF=28;SAR=35;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788746;STB=0.525376;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0204675;OID=.;OPOS=9743003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:84:90:63:66:0.423077:35:28:31:53:36:30:37:53 chr19 9968434 . C T 468.55 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0111966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.44;QD=15.6184;RBI=0.0225841;REFB=-0.0162971;REVB=0.0196132;RO=68;SAF=22;SAR=30;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637033;STB=0.5357;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0221281;OID=.;OPOS=9968434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:68:52:52:0.433333:30:22:33:35:30:22:33:35 chr19 10070500 . G A 135.97 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00519648;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.217;QD=17.544;RBI=0.0104199;REFB=-0.0181571;REVB=0.00903166;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221099;STB=0.664884;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.010582;OID=.;OPOS=10070500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:16:15:15:0.483871:11:4:7:7:11:4:9:7 chr19 10071063 . T C 693.11 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.292;QD=54.3615;RBI=0.0523523;REFB=-0.0737137;REVB=0.0361779;RO=1;SAF=8;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113432;STB=0.50588;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00324123;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:41:8:0:1:42:8:0:1 chr19 10077419 . C G 1350.05 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.894;QD=62.0713;RBI=0.0417116;REFB=0;REVB=0.0200539;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97108e-05;OID=.;OPOS=10077419;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:87:0:0:77:87:1:41:36:0:0:47:40:0:0 chr19 10078589 . T C 540.4 PASS AF=0.369318;AO=64;DP=169;FAO=65;FDP=176;FR=.;FRO=111;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.0508519;FXX=0.0112353;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.2632;QD=12.2817;RBI=0.0681286;REFB=0.019737;REVB=0.0453386;RO=105;SAF=31;SAR=33;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147045;STB=0.517399;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0278852;OID=.;OPOS=10078589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:176:105:111:64:65:0.369318:33:31:51:54:34:31:56:55 chr19 10079093 . C T 563.98 PASS AF=0.406667;AO=61;DP=150;FAO=61;FDP=150;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.0494733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.657;QD=15.0393;RBI=0.0497787;REFB=-0.0050493;REVB=-0.00550473;RO=87;SAF=29;SAR=32;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285116;STB=0.522171;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00639115;OID=.;OPOS=10079093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:87:89:61:61:0.406667:32:29:39:48:32:29:39:50 chr19 10080619 . A AG,AGG 314.74 PASS AF=1,0;AO=35,11;DP=70;FAO=51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0989941,-0.0427068;FXX=0.0377287;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.31458,9.08494;QD=24.6853;RBI=0.287371,0.152666;REFB=0.0467054,0.071444;REVB=-0.269782,-0.146571;RO=24;SAF=17,3;SAR=18,8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0202911,-0.227985;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0138647,-0.037123;OID=.,.;OPOS=10080620,10080620;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:35,11:70:51,0:51:0:23,0:28,0:0:0:4:24:17,3:18,8:11:13 chr19 10081276 . C G 611.23 PASS AF=0.440789;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=61;FSAR=6;FSRF=70;FSRR=15;FWDB=-0.0246215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.332;QD=16.0849;RBI=0.0419262;REFB=-0.0182404;REVB=-0.0339351;RO=84;SAF=61;SAR=6;SRF=69;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214221;STB=0.619697;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0224121;OID=.;OPOS=10081276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:84:85:67:67:0.440789:6:61:69:15:6:61:70:15 chr19 10084292 . C G 371.52 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0498281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.277;QD=17.4833;RBI=0.0499728;REFB=-0.0127472;REVB=0.00379995;RO=46;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999814;STB=0.555928;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0183717;OID=.;OPOS=10084292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:18:21:20:26:18:21:20:26 chr19 10084422 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00374747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.879;QD=12.2129;RBI=0.00743849;REFB=-0.0238113;REVB=-0.00642554;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890352;STB=0.552551;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0333579;OID=.;OPOS=10084422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:12:10:7:6:12:10 chr19 10085054 . G A 290.26 PASS AF=0.577778;AO=15;DP=43;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.017597;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.838;QD=25.8012;RBI=0.0185136;REFB=-0.0137602;REVB=0.00575311;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106709;STB=0.512186;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0152382;OID=.;OPOS=10085054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:12:19:15:26:0.577778:11:4:2:10:21:5:4:15 chr19 10085062 . C T 113.36 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0360219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8166;QD=11.336;RBI=0.036294;REFB=-0.00624495;REVB=-0.00443534;RO=25;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235896;STB=0.666389;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00717879;OID=.;OPOS=10085062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:12:2:7:18:12:2:8:18 chr19 10088271 . C G 400.2 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0097475;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.934;QD=14.6863;RBI=0.0767471;REFB=0.000931205;REVB=0.0761255;RO=62;SAF=25;SAR=21;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126247;STB=0.575136;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.000453879;OID=.;OPOS=10088271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:62:63:46:46:0.422018:21:25:26:36:21:25:26:37 chr19 10089262 . G A 1338.09 PASS AF=0.956989;AO=88;DP=94;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000546777;FXX=0.0312467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.913;QD=57.5523;RBI=0.0306987;REFB=-0.133154;REVB=0.0306939;RO=4;SAF=34;SAR=54;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118679;STB=0.506472;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00103936;OID=.;OPOS=10089262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:94:93:4:4:88:89:0.956989:54:34:1:3:54:35:1:3 chr19 10100061 . C A 1573.21 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0231117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4748;QD=58.8114;RBI=0.0399164;REFB=-0.0230839;REVB=-0.0325449;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-2.88701e-05;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:57:49:0:0:57:49:1:0 chr19 10102676 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.329;QD=60.9785;RBI=0.0551681;REFB=0;REVB=0.055077;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50648e-05;OID=.;OPOS=10102676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr19 10104272 . G C 295.78 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00189001;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.517;QD=22.323;RBI=0.0144067;REFB=-0.0380998;REVB=-0.0142822;RO=23;SAF=26;SAR=4;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181797;STB=0.601775;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0258548;OID=.;OPOS=10104272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:4:26:17:6:4:26:17:6 chr19 10104322 . A C 428.14 PASS AF=0.463158;AO=40;DP=91;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=0.00685168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.959;QD=18.027;RBI=0.00685246;REFB=-0.0438753;REVB=-0.000103126;RO=49;SAF=28;SAR=12;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413984;STB=0.527547;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0356005;OID=.;OPOS=10104322;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:49:51:40:44:0.463158:12:28:36:13:14:30:37:14 chr19 10106936 . G C 972.77 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7458;QD=58.9558;RBI=0.0716904;REFB=0;REVB=0.0664047;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424307;OID=.;OPOS=10106936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr19 10108714 . G A 2319.46 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780957;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3479;QD=63.5467;RBI=0.0823369;REFB=0;REVB=0.0260849;RO=0;SAF=74;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191531;OID=.;OPOS=10108714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:146:0:0:143:146:1:69:74:0:0:72:74:0:0 chr19 10112346 . T C 730.11 PASS AF=0.565574;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0275382;FXX=0.039367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.855;QD=23.9381;RBI=0.0277044;REFB=-0.0171598;REVB=0.00303046;RO=58;SAF=32;SAR=37;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00146588;STB=0.50346;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.015028;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:122:58:53:69:69:0.565574:37:32:27:31:37:32:25:28 chr19 10116375 . G T 557.7 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0429028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.845;QD=22.0869;RBI=0.047572;REFB=-0.0137513;REVB=0.0205535;RO=46;SAF=16;SAR=39;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115811;STB=0.563792;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0177718;OID=.;OPOS=10116375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:55:55:0.544554:39:16:19:27:39:16:19:27 chr19 10129552 . C G 921.85 PASS AF=0.538922;AO=90;DP=167;FAO=90;FDP=167;FR=.;FRO=77;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0290751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0281;QD=22.0801;RBI=0.0499968;REFB=-0.0111225;REVB=-0.0406733;RO=77;SAF=51;SAR=39;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731522;STB=0.539999;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00985445;OID=.;OPOS=10129552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:77:77:90:90:0.538922:39:51:37:40:39:51:37:40 chr19 10131999 . TG CA 808.46 PASS AF=0.525974;AO=80;DP=154;FAO=81;FDP=154;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.00652193;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.099;QD=20.9989;RBI=0.00860253;REFB=-0.0141314;REVB=0.00560964;RO=73;SAF=37;SAR=43;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452745;STB=0.521966;STBP=0.579;TYPE=mnp;VARB=0.012504;OID=.;OPOS=10131999;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:73:73:80:81:0.525974:43:37:30:43:44:37:30:43 chr19 10132859 . T A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0201286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.533;QD=11.4401;RBI=0.0218611;REFB=-0.00439066;REVB=-0.008529;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269689;STB=0.65547;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0336487;OID=.;OPOS=10132859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:1:13:7:2:1:13 chr19 10218524 . C G 1015.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.92;QD=58.8688;RBI=0.00631163;REFB=0;REVB=-0.00173723;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602892;OID=.;OPOS=10218524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:26:42:0:0:27:42:0:0 chr19 10220616 . G A 155.48 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0135015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.577;QD=16.3667;RBI=0.0136009;REFB=0.00248467;REVB=-0.00164161;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345274;STB=0.70564;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00264973;OID=.;OPOS=10220616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:5:11:7:14:5:12:7:14 chr19 10224526 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.148;QD=58.1421;RBI=0.0649031;REFB=0;REVB=0.0198042;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251301;OID=.;OPOS=10224526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr19 10225777 . A G 1556.49 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.795;QD=59.8649;RBI=0.0246852;REFB=0;REVB=0.0118339;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92191e-05;OID=.;OPOS=10225777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr19 10226256 . A G 483.16 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.64;QD=58.5651;RBI=0.0574762;REFB=0;REVB=0.0559628;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60329e-05;OID=.;OPOS=10226256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr19 10229297 . C A 741.0 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459962;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.851;QD=57;RBI=0.00693921;REFB=0;REVB=0.00519578;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37907e-05;OID=.;OPOS=10229297;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr19 10265312 . T C 729.34 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00941967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.308;QD=60.7785;RBI=0.01142;REFB=0.0342784;REVB=-0.00645653;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171015;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0010951;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:27:20:0:1:27:20:0:1 chr19 10334663 . T G 255.71 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0135725;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.951;QD=21.3095;RBI=0.0180046;REFB=-0.0184569;REVB=-0.0118301;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00529031;STB=0.522453;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00981529;OID=.;OPOS=10334663;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:21:24:24:24:0.5:15:9:8:13:15:9:8:16 chr19 10369086 . C T 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0075757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.566;QD=15.2375;RBI=0.0481382;REFB=0.00045343;REVB=0.0475384;RO=36;SAF=23;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384155;STB=0.720531;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000310042;OID=.;OPOS=10369086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:5:23:18:18:5:23:18:18 chr19 10370369 . G A 348.3 PASS AF=0.34375;AO=42;DP=127;FAO=44;FDP=128;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.0252125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.198;QD=10.8842;RBI=0.0257526;REFB=-0.0107167;REVB=-0.00524639;RO=84;SAF=15;SAR=27;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441365;STB=0.53702;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0222978;OID=.;OPOS=10370369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:84:84:42:44:0.34375:27:15:33:51:29:15:33:51 chr19 10395683 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.635;QD=49.5989;RBI=0.0606906;REFB=0;REVB=-0.060518;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000606532;OID=.;OPOS=10395683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr19 10397718 . GTTTTTTT GTTTTTTG,GTTTTTT 212.3 PASS AF=0.170732,0.829268;AO=6,10;DP=42;FAO=7,34;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7,9;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0796374,-0.19819;FXX=0.0238039;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=186.586,6.85855;QD=20.7125;RBI=0.0811831,0.710096;REFB=-0.0121608,-0.0359722;REVB=0.0157667,0.681878;RO=13;SAF=6,2;SAR=0,8;SRF=0;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.85447,0.402376;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.153952,0.0143523;OID=.,.;OPOS=10397725,10397719;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTTTTTTG,GTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.170732,0.829268:6,10:42:7,34:41:0:7,9:0,25:0:0:45:13:6,2:0,8:0:13 chr19 10402938 . G A 505.58 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.018413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.368;QD=19.8267;RBI=0.019162;REFB=-0.00985726;REVB=-0.00530478;RO=50;SAF=31;SAR=21;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191172;STB=0.605519;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00841417;OID=.;OPOS=10402938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:21:31:19:31:21:31:19:31 chr19 10403368 . G A 541.23 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00596651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.4486;QD=21.4348;RBI=0.00846028;REFB=0.00313328;REVB=0.00599809;RO=46;SAF=25;SAR=29;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103514;STB=0.551755;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00183608;OID=.;OPOS=10403368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:46:47:54:54:0.534653:29:25:27:19:29:25:27:20 chr19 10426422 . A C 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0217897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.428;QD=15.7906;RBI=0.0219248;REFB=-0.0299558;REVB=0.00243028;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150171;STB=0.599193;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0538102;OID=.;OPOS=10426422;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:39:31:31:0.442857:19:12:20:17:19:12:22:17 chr19 10426628 . T C 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00238025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3466;QD=18.9664;RBI=0.0192462;REFB=-0.0171984;REVB=-0.0190985;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754884;STB=0.542818;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0136281;OID=.;OPOS=10426628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:11:14:14:8:11:14 chr19 10428991 . GGC G,GGG 186.15 PASS AF=0.209677,0;AO=51,15;DP=292;FAO=52,0;FDP=248;FR=.;FRO=196;FSAF=35,0;FSAR=17,0;FSRF=76;FSRR=120;FWDB=0.00116611,-0.0357513;FXX=0.0197621;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.2574,17.5152;QD=3.00238;RBI=0.151005,0.124933;REFB=-0.0723116,0.00122023;REVB=-0.151,0.119709;RO=195;SAF=34,2;SAR=17,13;SRF=85;SRR=110;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0;SSSB=0.293639,-0.3637;STB=0.71752,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=del,snp;VARB=0.199894,0;OID=.,.;OPOS=10428992,10428993;OREF=GC,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209677,0:51,15:292:52,0:248:196:35,0:17,0:76:120:99:195:34,2:17,13:85:110 chr19 10449392 . A G 222.7 PASS AF=0.375;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0380753;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.863;QD=12.3721;RBI=0.0429264;REFB=-0.0123356;REVB=0.0198229;RO=46;SAF=14;SAR=13;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993676;STB=0.56517;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0209058;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:46:45:27:27:0.375:13:14:28:18:13:14:28:17 chr19 10475652 . C A 624.58 PASS AF=0.43949;AO=68;DP=156;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0879837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.889;QD=15.9128;RBI=0.0889673;REFB=-0.0114659;REVB=0.0131926;RO=88;SAF=31;SAR=37;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245793;STB=0.509904;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.014212;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:88:88:68:69:0.43949:37:31:38:50:38:31:38:50 chr19 10488969 . G T 1336.33 PASS AF=0.498141;AO=134;DP=270;FAO=134;FDP=269;FR=.;FRO=135;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=41;FSRR=94;FWDB=0.00102239;FXX=0.0146515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.676;QD=19.8711;RBI=0.00778475;REFB=-0.0167625;REVB=0.00771732;RO=134;SAF=63;SAR=71;SRF=40;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159218;STB=0.584666;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0170459;OID=.;OPOS=10488969;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:134:135:134:134:0.498141:71:63:40:94:71:63:41:94 chr19 10577843 . C A 302.14 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0370244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.739;QD=19.4927;RBI=0.0482144;REFB=-0.0121584;REVB=-0.030884;RO=30;SAF=8;SAR=24;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157528;STB=0.588177;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0116886;OID=.;OPOS=10577843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:24:8:12:18:24:8:12:18 chr19 10579474 . T G 1182.42 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134209;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7386;QD=59.8694;RBI=0.099383;REFB=-0.00289346;REVB=0.0984727;RO=1;SAF=31;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150232;STB=0.507934;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000520228;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:79:1:1:78:78:0.987342:47:31:1:0:47:31:1:0 chr19 10579834 . T C 127.67 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=48;FAO=9;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0348239;FXX=0.0666519;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.648;QD=12.1586;RBI=0.036055;REFB=-0.00235314;REVB=-0.00934097;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041764;STB=0.736288;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00249544;OID=.;OPOS=10579834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:48:42:31:27:12:9:0.214286:5:7:17:14:2:7:13:14 chr19 10599965 . G A 517.24 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00263457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.499;QD=25.2311;RBI=0.00372739;REFB=-0.0211265;REVB=0.00263675;RO=34;SAF=26;SAR=22;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934158;STB=0.50511;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0218111;OID=.;OPOS=10599965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:22:26:18:16:22:26:18:16 chr19 10600442 . G C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.195;QD=57.1056;RBI=0.0369896;REFB=0;REVB=0.0122122;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17931e-05;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr19 10659659 . C T 968.76 PASS AF=0.48731;AO=96;DP=197;FAO=96;FDP=197;FR=.;FRO=101;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=0.00712589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.496;QD=19.6702;RBI=0.0172803;REFB=-0.0303612;REVB=0.0157427;RO=98;SAF=42;SAR=54;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950854;STB=0.554979;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0278094;OID=.;OPOS=10659659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:98:101:96:96:0.48731:54:42:53:45:54:42:55:46 chr19 10665951 . G A 272.01 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00163631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.986;QD=20.5293;RBI=0.0130751;REFB=-0.019834;REVB=0.0129724;RO=24;SAF=5;SAR=21;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217806;STB=0.512186;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0267037;OID=.;OPOS=10665951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:26:26:0.490566:21:5:5:19:21:5:5:19 chr19 10668383 . T C 430.18 PASS AF=0.46;AO=47;DP=101;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.00709037;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.785;QD=17.2071;RBI=0.0398591;REFB=-0.0084166;REVB=-0.0392233;RO=53;SAF=21;SAR=26;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123504;STB=0.556529;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0063554;OID=.;OPOS=10668383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:53:54:47:46:0.46:26:21:17:36:26:20:18:36 chr19 10668452 . A G 666.01 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7813;QD=59.2007;RBI=0.0499496;REFB=-0.173735;REVB=-0.0351033;RO=1;SAF=9;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136157;STB=0.507243;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00343908;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:45:1:1:43:44:0.977778:34:9:0:1:34:10:0:1 chr19 10670184 . C G 348.63 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0559594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.677;QD=17.4313;RBI=0.0574834;REFB=-0.0155909;REVB=-0.0131486;RO=42;SAF=19;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354583;STB=0.513506;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0184409;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:18:19:20:22:18:19:21:22 chr19 10670992 . C T 252.16 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0491559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4516;QD=34.7811;RBI=0.049156;REFB=-0.011391;REVB=9.36076e-05;RO=7;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1857;STB=0.601911;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00522406;OID=.;OPOS=10670992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:15:7:5:2:15:7:5:2 chr19 10671890 . G A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0138942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5143;QD=16.0289;RBI=0.0293809;REFB=-0.00716184;REVB=0.025888;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833889;STB=0.547132;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0123464;OID=.;OPOS=10671890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:13:17:12:13:13:17 chr19 10672493 . C T 308.3 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0172563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.417;QD=28.0271;RBI=0.0188065;REFB=-0.0186813;REVB=0.00747706;RO=17;SAF=5;SAR=22;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556899;STB=0.530807;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00934415;OID=.;OPOS=10672493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:22:5:4:13:22:5:4:13 chr19 10676423 . G A 1004.84 PASS AF=0.479263;AO=104;DP=217;FAO=104;FDP=217;FR=.;FRO=113;FSAF=67;FSAR=37;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=0.0222169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.76;QD=18.5224;RBI=0.0222606;REFB=-0.025112;REVB=0.00139328;RO=113;SAF=67;SAR=37;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112279;STB=0.562016;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0244008;OID=.;OPOS=10676423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:113:113:104:104:0.479263:37:67:60:53:37:67:60:53 chr19 10676681 . T C 247.95 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00767623;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.102;QD=9.44554;RBI=0.0619431;REFB=-0.00636711;REVB=-0.0614656;RO=69;SAF=18;SAR=15;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144585;STB=0.578266;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.018377;OID=.;OPOS=10676681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:69:72:33:33:0.314286:15:18:29:40:15:18:31:41 chr19 10679240 . C G 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0282898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.4;QD=43.016;RBI=0.0283498;REFB=0.148845;REVB=-0.00184435;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.521712;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00264149;OID=.;OPOS=10679240;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:11:5:0:0:11:5:0:1 chr19 10683477 . A G 1755.51 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.242;QD=60.535;RBI=0.0348871;REFB=0;REVB=0.0336837;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89339e-05;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:116:0:0:108:116:1:57:51:0:0:61:55:0:0 chr19 10692000 . T C 510.0 PASS AF=0.421053;AO=56;DP=133;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.011566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.828;QD=15.3383;RBI=0.011866;REFB=0.00283242;REVB=0.00265135;RO=76;SAF=24;SAR=32;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590342;STB=0.507656;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00383406;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:76:77:56:56:0.421053:32:24:33:43:32:24:34:43 chr19 10738639 . C T 1906.06 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317985;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.894;QD=61.9858;RBI=0.0432899;REFB=0;REVB=0.0293746;RO=0;SAF=52;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206089;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:71:52:0:0:71:52:0:0 chr19 10742170 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.986;QD=60.6077;RBI=0.0156872;REFB=0;REVB=-0.00990139;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168037;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr19 10794630 . G T 3407.44 PASS AF=0.990991;AO=220;DP=222;FAO=220;FDP=222;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=120;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0262304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.629;QD=61.3954;RBI=0.0307027;REFB=-0.152681;REVB=0.0159569;RO=1;SAF=100;SAR=120;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474087;STB=0.50495;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000266031;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:222:222:1:2:220:220:0.990991:120:100:1:0:120:100:2:0 chr19 10939792 . T C 3446.92 PASS AF=1;AO=217;DP=219;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233262;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.725;QD=62.3878;RBI=0.0250893;REFB=0;REVB=0.00923896;RO=0;SAF=56;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118137;OID=.;OPOS=10939792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:221:0:0:217:221:1:161:56:0:0:164:57:0:0 chr19 11105608 . T C 394.23 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=90;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0840947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.434;QD=17.3288;RBI=0.0842597;REFB=-0.0244135;REVB=-0.00526919;RO=50;SAF=21;SAR=19;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014899;STB=0.501886;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0279248;OID=.;OPOS=11105608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:50:50:40:41:0.450549:19:21:27:23:19:22:27:23 chr19 11106600 . C T 44.29 PASS AF=0.195122;AO=7;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00312729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.8238;QD=4.3208;RBI=0.00724167;REFB=0.00106553;REVB=0.0065316;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461395;STB=0.613212;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00405881;OID=.;OPOS=11106600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:41:41:30:33:7:8:0.195122:3:4:16:14:3:5:16:17 chr19 11233941 . A G 788.47 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171151;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.661;QD=57.3431;RBI=0.0178727;REFB=0;REVB=-0.00514851;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24771e-05;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chr19 11242044 . G A 1344.25 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00153206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.027;QD=61.1025;RBI=0.0430317;REFB=-0.0578863;REVB=0.0430044;RO=1;SAF=18;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681884;STB=0.503596;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=7.33152e-05;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:69:18:0:1:69:18:0:1 chr19 11242765 . A G 834.16 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7692;QD=57.5284;RBI=0.0457031;REFB=0;REVB=-0.0352599;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24287e-05;OID=.;OPOS=11242765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr19 11319491 . G A,T 758.81 PASS AF=0.946429,0.0357143;AO=53,2;DP=56;FAO=53,2;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=6,0;FSAR=47,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0737687,0.061259;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.0976,99.6737;QD=54.2009;RBI=0.0741401,0.0671032;REFB=-0.145768,-0.0848297;REVB=0.00741198,-0.0273892;RO=0;SAF=6,0;SAR=47,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.55111e-08,0;STB=0.505261,0.5;STBP=0.665,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00375062,0.104179;OID=.,.;OPOS=11319491,11319491;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:56:56:0:1:53,2:53,2:0.946429,0.0357143:47,2:6,0:0:0:47,2:6,0:0:1 chr19 11326119 . A G 1953.85 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.691;QD=62.027;RBI=0.0314074;REFB=0;REVB=0.0307909;RO=0;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70018e-05;OID=.;OPOS=11326119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:126:0:0:123:126:1:67:56:0:0:70:56:0:0 chr19 11326125 . C T 1727.73 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00157839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.904;QD=59.577;RBI=0.0359071;REFB=0.0618554;REVB=0.0358724;RO=1;SAF=49;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095921;STB=0.50505;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000305566;OID=.;OPOS=11326125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:114:115:0.991379:65:49:1:0:66:49:1:0 chr19 11327608 . T C 809.14 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161695;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.451;QD=55.8028;RBI=0.0179532;REFB=-0.0682356;REVB=0.00780154;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=1.8748e-05;OID=.;OPOS=11327608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:0:1:29:28:0:1 chr19 11327626 . A G 1128.28 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0341619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3315;QD=57.8607;RBI=0.0411516;REFB=-0.227076;REVB=-0.0229438;RO=2;SAF=36;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00127989;STB=0.500676;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0022695;OID=.;OPOS=11327626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:2:2:76:76:0.974359:40:36:1:1:40:36:1:1 chr19 11358799 . G A 203.28 PASS AF=0.482759;AO=17;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0110272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.4326;QD=14.0196;RBI=0.0298121;REFB=-0.0615957;REVB=0.0276977;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12645;STB=0.51162;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0825756;OID=.;OPOS=11358799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:30:17:28:0.482759:6:11:21:7:7:21:23:7 chr19 11363146 . A T 1022.48 PASS AF=0.96;AO=70;DP=74;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0356022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0555;QD=54.5325;RBI=0.0556647;REFB=-0.117288;REVB=-0.0427906;RO=1;SAF=16;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286275;STB=0.53845;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00788043;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:75:1:3:70:72:0.96:54:16:1:0:54:18:3:0 chr19 11516007 . T G 364.9 PASS AF=0.527778;AO=35;DP=69;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.000404624;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.357;QD=20.272;RBI=0.0142686;REFB=-0.0275601;REVB=-0.0142628;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134872;STB=0.541645;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0136127;OID=.;OPOS=11516007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:31:34:35:38:0.527778:17:18:11:20:19:19:14:20 chr19 11526759 . G A 851.14 PASS AF=0.46114;AO=89;DP=193;FAO=89;FDP=193;FR=.;FRO=104;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=76;FWDB=-0.00676128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5365;QD=17.6401;RBI=0.00773592;REFB=-0.0557543;REVB=-0.00375893;RO=100;SAF=48;SAR=41;SRF=27;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255045;STB=0.643121;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0171319;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:100:104:89:89:0.46114:41:48:27:73:41:48:28:76 chr19 11526765 . G T 772.05 PASS AF=0.44086;AO=82;DP=186;FAO=82;FDP=186;FR=.;FRO=104;FSAF=22;FSAR=60;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.0123261;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=203.901;QD=16.6033;RBI=0.0125855;REFB=0.00179754;REVB=-0.00254195;RO=103;SAF=22;SAR=60;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240758;STB=0.632655;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00240891;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:103:104:82:82:0.44086:60:22:50:53:60:22:50:54 chr19 11558340 . AGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG AGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG,AGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAA 252.54 PASS AF=0.4375,0.0833333;AO=18,4;DP=49;FAO=21,4;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=19,4;FSAR=2,0;FSRF=23;FSRR=0;FWDB=-0.01992,0.00695238;FXX=0.039992;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=135.134,35.679;QD=21.0446;RBI=0.201411,0.0681523;REFB=-0.127931,-0.102468;REVB=0.200423,-0.0677968;RO=22;SAF=18,4;SAR=0,0;SRF=22;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.688405,0.5;STBP=0.333,1;TYPE=del,snp;VARB=0.10471,0.139262;OID=.,.;OPOS=11558341,11558370;OREF=GAG,G;OALT=-,A;OMAPALT=AGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG,AGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0.0833333:18,4:49:21,4:48:23:19,4:2,0:23:0:99:22:18,4:0,0:22:0 chr19 11564010 . G T 575.03 PASS AF=0.282828;AO=28;DP=197;FAO=56;FDP=198;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=87;FSAF=4;FSAR=52;FSRF=80;FSRR=7;FWDB=-0.0535004;FXX=0.0660346;HRUN=11;LEN=1;MLLD=90.45;QD=11.6168;RBI=0.0543315;REFB=-0.0391267;REVB=0.00946639;RO=21;SAF=0;SAR=28;SRF=21;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.890126;STB=0.948605;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.066434;OID=.;OPOS=11564010;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:21:87:28:56:0.282828:28:0:21:0:52:4:80:7 chr19 11569316 . G A 359.65 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00451297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5354;QD=14.9852;RBI=0.00843881;REFB=-0.0241068;REVB=0.00713069;RO=57;SAF=18;SAR=21;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312211;STB=0.517676;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0357863;OID=.;OPOS=11569316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:21:18:28:29:21:18:28:29 chr19 11664068 . A G 502.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.493;QD=59.0816;RBI=0.0964321;REFB=0;REVB=0.0856073;RO=0;SAF=31;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301552;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:2:31:0:0:3:31:0:0 chr19 11833654 . TA AT,T 57.12 PASS AF=0.0721649,0.134021;AO=12,17;DP=98;FAO=7,13;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=2,1;FSAR=5,12;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.00566162,0.0667367;FXX=0.029997;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=56.7406,9.90314;QD=2.35535;RBI=0.0517099,0.0671858;REFB=-0.00882857,-0.0960773;REVB=-0.051399,-0.00775538;RO=57;SAF=3,2;SAR=9,15;SRF=21;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.170746,-0.419537;STB=0.605743,0.862425;STBP=0.661,0.015;TYPE=mnp,del;VARB=0.120859,0.156496;OID=.,.;OPOS=11833654,11833655;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:98:97:57:77:12,17:7,13:0.0721649,0.134021:9,15:3,2:21:36:5,12:2,1:30:47 chr19 11833719 . G A 349.49 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.000492323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.175;QD=12.8254;RBI=0.00191511;REFB=-0.0148108;REVB=-0.00185074;RO=67;SAF=22;SAR=20;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659993;STB=0.537504;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.024325;OID=.;OPOS=11833719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:67:42:42:0.385321:20:22:31:36:20:22:31:36 chr19 11891003 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.15;QD=58.781;RBI=0.013514;REFB=0;REVB=-0.00113627;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69504e-05;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr19 11892844 . ATT ACT,A,AT,CAT 50.05 PASS AF=0,0,0.789474,0;AO=2,2,5,3;DP=20;FAO=0,0,15,0;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=0,0,5,0;FSAR=0,0,10,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0141897,0.0917078,0.154238,0.0104709;FXX=0.049975;HRUN=7,7,7,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=20.0489,14.4447,6.71893,24.9078;QD=10.536;RBI=0.0918281,0.0920867,0.155286,0.0558325;REFB=-0.0393284,-0.108154,-0.165356,-0.0387728;REVB=-0.0907252,-0.0083456,-0.0180033,0.0548419;RO=7;SAF=1,0,2,1;SAR=1,2,3,2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0720733,-0.577625,-0.0274957,-0.102358;STB=0.5,0.5,0.538409,0.5;STBP=1,1,0.524,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0,0.00912645,0.126534,0;OID=.,.,.,.;OPOS=11892845,11892845,11892845,11892844;OREF=T,TT,T,AT;OALT=C,-,-,CA;OMAPALT=ACT,A,AT,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:13:20:19:7:4:2,2,5,3:0,0,15,0:0,0,0.789474,0:1,2,3,2:1,0,2,1:3:4:0,0,10,0:0,0,5,0:2:2 chr19 11892935 . G C 428.47 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2887;QD=57.1297;RBI=0.0145672;REFB=0;REVB=-0.00020454;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437788;OID=.;OPOS=11892935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:28:30:1:20:8:0:0:20:10:0:0 chr19 11892968 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.486;QD=60.2305;RBI=0.067525;REFB=0;REVB=0.0105886;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232815;OID=.;OPOS=11892968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr19 11918754 . G C 382.42 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0506908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.019;QD=52.7478;RBI=0.0525579;REFB=-0.0578539;REVB=0.0138841;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238715;STB=0.512811;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00226678;OID=.;OPOS=11918754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:19:9:0:1:19:9:0:1 chr19 11942362 . A G 1549.2 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.528;QD=63.8846;RBI=0.00924543;REFB=0;REVB=-0.00830516;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53581e-06;OID=.;OPOS=11942362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:44:52:0:0:44:53:0:0 chr19 11942615 . A C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.376;QD=61.6808;RBI=0.037356;REFB=0;REVB=0.026063;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314001;OID=.;OPOS=11942615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr19 11943697 . G A 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.131;QD=58.1335;RBI=0.0369771;REFB=0;REVB=0.0189105;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181564;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr19 12015975 . A G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.000474648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.894;QD=16.8241;RBI=0.00259287;REFB=0.00384104;REVB=0.00254906;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478369;STB=0.527318;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0127151;OID=.;OPOS=12015975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:12:16:11:10:12:16 chr19 12128726 . T C 322.92 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.017457;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4354;QD=14.04;RBI=0.0181595;REFB=-0.0167179;REVB=-0.00500228;RO=54;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488986;STB=0.516919;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0389482;OID=.;OPOS=12128726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:54:56:36:36:0.391304:19:17:28:26:19:17:28:28 chr19 12222381 . C G 877.04 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.422;QD=57.5108;RBI=0.0283857;REFB=0;REVB=0.0281765;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03913e-05;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:21:38:0:0:23:38:0:0 chr19 12222861 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.051;QD=61.6951;RBI=0.0225386;REFB=0;REVB=0.0133231;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41442e-05;OID=.;OPOS=12222861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:37:45:0:0:37:45:0:0 chr19 12253327 . C T 713.98 PASS AF=0.360169;AO=84;DP=226;FAO=85;FDP=236;FR=.;FRO=151;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=74;FSRR=77;FWDB=-0.0907654;FXX=0.016666;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9117;QD=12.1013;RBI=0.124533;REFB=-0.0367901;REVB=-0.0852652;RO=140;SAF=36;SAR=48;SRF=64;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320548;STB=0.535308;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0632919;OID=.;OPOS=12253327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:236:140:151:84:85:0.360169:48:36:64:76:48:37:74:77 chr19 12256912 . C T 305.58 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0295048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.264;QD=17.715;RBI=0.0313542;REFB=-0.0127848;REVB=-0.0106091;RO=35;SAF=10;SAR=23;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121941;STB=0.518431;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00763674;OID=.;OPOS=12256912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:23:10:11:24:23:10:12:24 chr19 12361591 . A C 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0083555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.575;QD=14.5319;RBI=0.0086532;REFB=-0.0094206;REVB=0.00225019;RO=40;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530162;STB=0.5301;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0146285;OID=.;OPOS=12361591;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:16:13:20:20:16:13:20:20 chr19 12383540 . G C 315.23 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00350611;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.35;QD=20.0146;RBI=0.00480653;REFB=0.00420257;REVB=-0.00328784;RO=30;SAF=10;SAR=23;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291501;STB=0.676362;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00622949;OID=.;OPOS=12383540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:30:30:33:33:0.52381:23:10:19:11:23:10:20:10 chr19 12384580 . T C 236.11 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0265529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.059;QD=15.7404;RBI=0.0267057;REFB=0.00339674;REVB=-0.0028529;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163776;STB=0.592524;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00337414;OID=.;OPOS=12384580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:16:11:19:14:16:11:19:14 chr19 12405552 . T C 9114.2 PASS AF=1;AO=551;DP=555;FAO=583;FDP=583;FR=.;FRO=0;FSAF=264;FSAR=319;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347639;FXX=0.00511937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0757;QD=62.5331;RBI=0.102207;REFB=-0.0795193;REVB=0.0961129;RO=3;SAF=263;SAR=288;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00494782;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436929;OID=.;OPOS=12405552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:555:583:3:0:551:583:1:288:263:0:3:319:264:0:0 chr19 12430160 . A G 500.96 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00239013;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.253;QD=21.5465;RBI=0.0211276;REFB=-0.00407831;REVB=0.020992;RO=43;SAF=29;SAR=19;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101191;STB=0.546145;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00303613;OID=.;OPOS=12430160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:43:45:48:48:0.516129:19:29:21:22:19:29:23:22 chr19 12430433 . A G 486.05 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0168539;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.637;QD=14.9552;RBI=0.0303201;REFB=-0.011443;REVB=0.0252043;RO=75;SAF=25;SAR=29;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239481;STB=0.509176;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0137431;OID=.;OPOS=12430433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:75:76:54:54:0.415385:29:25:33:42:29:25:34:42 chr19 12491302 . TTTC T 440.99 PASS AF=0.436709;AO=66;DP=144;FAO=69;FDP=158;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0152308;FXX=0.0124992;HRUN=3;LEN=3;MLLD=259.986;QD=11.1643;RBI=0.0156335;REFB=-0.0166339;REVB=-0.00352541;RO=74;SAF=29;SAR=37;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674303;STB=0.514775;STBP=0.757;TYPE=del;VARB=0.0194313;OID=.;OPOS=12491303;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436709:66:144:69:158:89:30:39:41:48:99:74:29:37:32:42 chr19 12491498 . C T 567.62 PASS AF=0.451128;AO=59;DP=132;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=53;FWDB=-0.01352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.534;QD=17.0714;RBI=0.0155641;REFB=-0.0280615;REVB=-0.00771042;RO=73;SAF=20;SAR=39;SRF=20;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740741;STB=0.53756;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0235637;OID=.;OPOS=12491498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:73:73:59:60:0.451128:39:20:20:53:40:20:20:53 chr19 12491639 . A G 186.93 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=71;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00263507;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.343;QD=10.385;RBI=0.00837727;REFB=-0.00590847;REVB=-0.00795205;RO=48;SAF=8;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108866;STB=0.543441;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0123236;OID=.;OPOS=12491639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:48:48:23:24:0.333333:15:8:21:27:15:9:21:27 chr19 12491654 . C T 186.09 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0189887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.289;QD=10.4839;RBI=0.0199027;REFB=-0.0140986;REVB=0.00596217;RO=47;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349656;STB=0.520429;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0242172;OID=.;OPOS=12491654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:15:9:19:28:15:9:19:28 chr19 12491779 . T C 723.87 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0134831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.516;QD=22.1027;RBI=0.0209446;REFB=-0.00903323;REVB=-0.0160276;RO=61;SAF=36;SAR=34;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00876007;STB=0.504802;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00476236;OID=.;OPOS=12491779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:61:70:70:0.534351:34:36:32:29:34:36:32:29 chr19 12491949 . T C 342.83 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0358969;FXX=0.043472;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.579;QD=20.7774;RBI=0.036799;REFB=0.0200172;REVB=-0.00809832;RO=31;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943172;STB=0.557825;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0171888;OID=.;OPOS=12491949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:31:31:34:35:0.530303:16:18:13:18:16:19:13:18 chr19 12491955 . A C 276.19 PASS AF=0.5;AO=32;DP=61;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0927824;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2158;QD=18.4126;RBI=0.107047;REFB=-0.0214028;REVB=-0.0533889;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133004;STB=0.583279;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0172869;OID=.;OPOS=12491955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:30:32:30:0.5:16:16:10:19:15:15:10:20 chr19 12492036 . A T 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.032487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.499;QD=29.1641;RBI=0.0327783;REFB=-0.00823612;REVB=0.00435989;RO=3;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242563;STB=0.636115;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00115238;OID=.;OPOS=12492036;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:4:7:0:3:4:7:0:3 chr19 12492039 . G T 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0319098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.614;QD=29.1641;RBI=0.0347838;REFB=-0.0206329;REVB=-0.0138446;RO=3;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242563;STB=0.636115;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00461319;OID=.;OPOS=12492039;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:4:7:0:3:4:7:0:3 chr19 12502457 . A G 1425.33 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0494392;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.173;QD=61.9707;RBI=0.0494899;REFB=-0.0211683;REVB=0.00223859;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-5.14901e-05;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:44:47:0:0:44:47:1:0 chr19 12541214 . G T 1337.75 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7003;QD=62.2207;RBI=0.104162;REFB=0;REVB=-0.10335;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000828313;OID=.;OPOS=12541214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:49:36:0:0:50:36:0:0 chr19 12541532 . C A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.458;QD=61.5363;RBI=0.0157782;REFB=0;REVB=0.00844769;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21542e-05;OID=.;OPOS=12541532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr19 12541542 . C T 1030.0 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0499204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.285;QD=58.0283;RBI=0.0501096;REFB=0.00558117;REVB=-0.00435013;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133173;STB=0.50704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=3.89759e-05;OID=.;OPOS=12541542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:35:35:0:1:35:35:0:1 chr19 12541544 . A C 1012.09 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00758776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.232;QD=57.8335;RBI=0.0124791;REFB=0.0220028;REVB=0.0099073;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013701;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.000609472;OID=.;OPOS=12541544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:34:35:0:1:34:35:0:1 chr19 12541795 . C A 2091.15 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165608;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.349;QD=62.8916;RBI=0.018465;REFB=0;REVB=0.00816676;RO=0;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95476e-05;OID=.;OPOS=12541795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:66:67:0:0:66:67:0:0 chr19 12542355 . A G 1074.86 PASS AF=0.904762;AO=76;DP=84;FAO=76;FDP=84;FR=.;FRO=8;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00147529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.826;QD=51.1839;RBI=0.0243325;REFB=-0.0377235;REVB=0.0242877;RO=3;SAF=46;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461787;STB=0.534874;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000369371;OID=.;OPOS=12542355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:3:8:76:76:0.904762:30:46:2:1:30:46:2:6 chr19 12542653 . TT GA 1522.47 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104918;FXX=0.0190458;HRUN=5;LEN=2;MLLD=289.085;QD=59.1252;RBI=0.0190679;REFB=0;REVB=0.0159219;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000298452;OID=.;OPOS=12542653;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:0:0:101:103:1:60:41:0:0:61:42:0:0 chr19 12543251 . A C 155.26 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.933;QD=44.3587;RBI=0.0599376;REFB=0;REVB=0.0561757;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254549;OID=.;OPOS=12543251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr19 12551715 . A C 2373.74 PASS AF=0.993671;AO=129;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=82;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.101125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.268;QD=60.0947;RBI=0.10135;REFB=-0.0937205;REVB=0.00674772;RO=2;SAF=55;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169648;STB=0.50303;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000147384;OID=.;OPOS=12551715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:2:1:129:157:0.993671:74:55:2:0:75:82:1:0 chr19 12740103 . A T 727.21 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00170262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.767;QD=52.8882;RBI=0.011864;REFB=-0.189716;REVB=0.0117412;RO=2;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392157;STB=0.520825;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000594438;OID=.;OPOS=12740103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:23:30:0:2:23:30:0:2 chr19 12886236 . C T 1133.46 PASS AF=0.485106;AO=114;DP=236;FAO=114;FDP=235;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=103;FSRF=13;FSRR=108;FWDB=0.00821309;FXX=0.00423711;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.915;QD=19.293;RBI=0.0112983;REFB=-0.000436797;REVB=0.00775865;RO=118;SAF=11;SAR=103;SRF=13;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350535;STB=0.515749;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000489174;OID=.;OPOS=12886236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:118:121:114:114:0.485106:103:11:13:105:103:11:13:108 chr19 12958697 . T C 1511.22 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.3938;QD=59.8502;RBI=0.107343;REFB=0;REVB=-0.101564;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408685;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:46:55:0:0:46:55:0:0 chr19 12963143 . T C 1468.59 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000856473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9163;QD=63.165;RBI=0.0960635;REFB=0;REVB=0.0960597;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328379;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:41:49:0:0:44:49:0:0 chr19 12978595 . C G 341.6 PASS AF=0.335938;AO=43;DP=128;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.00396842;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.399;QD=10.675;RBI=0.0171049;REFB=-0.00570173;REVB=-0.0166382;RO=84;SAF=21;SAR=22;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826032;STB=0.550997;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0106872;OID=.;OPOS=12978595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:84:85:43:43:0.335938:22:21:35:49:22:21:35:50 chr19 12985576 . A G 2001.81 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.552;QD=62.0716;RBI=0.0298253;REFB=0;REVB=0.0290812;RO=0;SAF=45;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24444e-05;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:127:129:1:82:45:0:0:83:46:0:0 chr19 12986915 . GC CG,G 723.16 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=14,26;DP=93;FAO=6,87;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=0,45;FSAR=6,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0912852,0.39916;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=34.6089,10.5023;QD=31.1034;RBI=0.0930863,0.562388;REFB=-0.0120447,-0.00769071;REVB=0.0182226,0.396171;RO=37;SAF=0,19;SAR=14,7;SRF=17;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.771139,0.297215;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.106979,0.0340725;OID=.,.;OPOS=12986915,12986916;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:93:93:37:0:14,26:6,87:0.0645161,0.935484:14,7:0,19:17:20:6,42:0,45:0:0 chr19 12989560 . G A 2336.81 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0118746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.638;QD=62.3149;RBI=0.0150634;REFB=-0.0225742;REVB=0.00926819;RO=2;SAF=50;SAR=98;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00960709;STB=0.50505;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-1.30524e-06;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:2:2:148:148:0.986667:98:50:0:2:98:50:0:2 chr19 12996740 . A G 2107.58 PASS AF=0.992754;AO=126;DP=127;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.665;QD=61.0893;RBI=0.024388;REFB=-0.0126834;REVB=0.0212446;RO=1;SAF=57;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826332;STB=0.504273;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=7.20264e-05;OID=.;OPOS=12996740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:138:1:1:126:137:0.992754:69:57:1:0:79:58:1:0 chr19 13010520 . A G 1244.29 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.594;QD=60.6971;RBI=0.0119295;REFB=0;REVB=0.00964646;RO=0;SAF=19;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022341;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:61:19:0:0:63:19:0:0 chr19 13031210 . T C 57.12 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0876974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0339;QD=28.5615;RBI=0.088048;REFB=-0.167079;REVB=-0.00784994;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.026422;OID=.;OPOS=13031210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:0:1:5:2:0:1 chr19 13319693 . A G 801.18 PASS AF=0.982759;AO=48;DP=62;FAO=57;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=53;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0581604;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7066;QD=55.254;RBI=0.0598956;REFB=-0.166726;REVB=0.0143126;RO=1;SAF=44;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105759;STB=0.504671;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00247164;OID=.;OPOS=13319693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:58:1:1:48:57:0.982759:4:44:1:0:4:53:1:0 chr19 13397326 . C T 69.96 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.00838592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.3;QD=11.1929;RBI=0.00838592;REFB=-0.000217313;REVB=0;RO=14;SAF=9;SAR=0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171804;OID=.;OPOS=13397326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:25:25:14:15:9:10:0.4:0:9:14:0:0:10:15:0 chr19 13868669 . G A 285.09 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0379517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3428;QD=15.4104;RBI=0.0685502;REFB=-0.0168467;REVB=0.0570858;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869442;STB=0.549122;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0349864;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:18:14:22:20:18:14:22:20 chr19 13885309 . C T 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.902;QD=58.0591;RBI=0.0158421;REFB=0;REVB=0.0156877;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51501e-05;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr19 13885484 . A G 1253.41 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00266337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1418;QD=56.9732;RBI=0.00473535;REFB=-0.0447618;REVB=-0.00391535;RO=4;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357105;STB=0.518863;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.01045;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:88:4:4:84:84:0.954545:51:33:0:4:51:33:0:4 chr19 13888904 . C T 398.02 PASS AF=0.465909;AO=39;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00952222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.528;QD=18.092;RBI=0.0322955;REFB=-0.010034;REVB=-0.0308598;RO=47;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989794;STB=0.56758;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00600393;OID=.;OPOS=13888904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:39:41:0.465909:21:18:17:30:21:20:17:30 chr19 13910539 . G A 186.05 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0554294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6006;QD=12.4032;RBI=0.0784143;REFB=-0.00913765;REVB=0.0554652;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665189;STB=0.538317;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0198101;OID=.;OPOS=13910539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:11:12:17:20:11:12:17:20 chr19 13936385 . C T 544.99 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0373257;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.06;QD=16.6408;RBI=0.0386371;REFB=-0.00211336;REVB=0.00998107;RO=71;SAF=17;SAR=41;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171925;STB=0.605873;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00268139;OID=.;OPOS=13936385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:71:73:58:58:0.442748:41:17:32:39:41:17:34:39 chr19 13947292 . T C 1380.88 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061681;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.351;QD=62.7671;RBI=0.00622217;REFB=0;REVB=-0.00081848;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66522e-06;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr19 14038791 . C T 346.79 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0306687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4826;QD=13.338;RBI=0.0319004;REFB=-0.0186221;REVB=-0.00877871;RO=63;SAF=19;SAR=22;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124254;STB=0.570238;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0266646;OID=.;OPOS=14038791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:41:41:0.394231:22:19:22:41:22:19:22:41 chr19 14083678 . C A 51.93 PASS AF=0.127907;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=58;FWDB=-0.0140028;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.033;QD=2.4154;RBI=0.0298491;REFB=-0.0121857;REVB=-0.0263608;RO=75;SAF=2;SAR=9;SRF=17;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832044;STB=0.560538;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.073054;OID=.;OPOS=14083678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:86:75:75:11:11:0.127907:9:2:17:58:9:2:17:58 chr19 14141666 . G T 574.73 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0407739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.089;QD=23.7002;RBI=0.0422101;REFB=-0.00294169;REVB=-0.0109171;RO=43;SAF=16;SAR=37;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147335;STB=0.587771;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00218204;OID=.;OPOS=14141666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:44:53:53:0.546392:37:16:20:23:37:16:21:23 chr19 14153293 . T C 341.66 PASS AF=0.555556;AO=32;DP=60;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00372082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.396;QD=21.6928;RBI=0.00439524;REFB=-0.0162945;REVB=0.00233958;RO=27;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154254;STB=0.590688;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0198113;OID=.;OPOS=14153293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:27:28:32:35:0.555556:13:19:11:16:13:22:12:16 chr19 14185226 . T C 342.66 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0351623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.786;QD=12.023;RBI=0.0357331;REFB=-0.00651166;REVB=0.00636152;RO=72;SAF=14;SAR=28;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993707;STB=0.556934;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00647875;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:72:72:42:42:0.368421:28:14:30:42:28:14:30:42 chr19 14507240 . C G 364.26 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0159524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.801;QD=21.1164;RBI=0.0200645;REFB=-0.00497129;REVB=0.0121698;RO=32;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113318;STB=0.506266;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00418742;OID=.;OPOS=14507240;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:18:19:16:16:18:19:16:16 chr19 14515347 . G A 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00622506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.113;QD=16.7315;RBI=0.0131993;REFB=-0.000702748;REVB=0.0116392;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913281;STB=0.551225;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.000677248;OID=.;OPOS=14515347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:16:15:14:22:16:15:14:22 chr19 14561722 . A G 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.108;QD=56.1863;RBI=0.0191862;REFB=0;REVB=0.0137259;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163205;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr19 14578369 . C T 396.31 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00650004;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.044;QD=17.6137;RBI=0.00884707;REFB=-0.0363667;REVB=0.00600168;RO=49;SAF=18;SAR=23;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167343;STB=0.593503;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0515395;OID=.;OPOS=14578369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:49:49:41:41:0.455556:23:18:30:19:23:18:30:19 chr19 14580328 . A G 252.38 PASS AF=0.408451;AO=22;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=42;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00965739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.234;QD=14.2184;RBI=0.0115032;REFB=-0.0180946;REVB=-0.0062497;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242899;STB=0.540566;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0253609;OID=.;OPOS=14580328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:42:22:29:0.408451:13:9:10:16:13:16:26:16 chr19 14580635 . G C 247.33 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0249802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.806;QD=13.7407;RBI=0.0464231;REFB=-0.0170927;REVB=0.0391292;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177843;STB=0.510138;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0129527;OID=.;OPOS=14580635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:16:13:20:23:16:13:20:23 chr19 14580638 . T C 235.43 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00986073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.686;QD=13.2638;RBI=0.0175053;REFB=0.00504026;REVB=0.0144638;RO=43;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000883841;STB=0.500505;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00532733;OID=.;OPOS=14580638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:15:13:20:23:15:13:20:23 chr19 14581063 . A G 761.58 PASS AF=0.553846;AO=71;DP=131;FAO=72;FDP=130;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0239417;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.825;QD=23.4332;RBI=0.030782;REFB=-0.0380522;REVB=-0.0193476;RO=59;SAF=35;SAR=36;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152486;STB=0.523071;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0282889;OID=.;OPOS=14581063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:59:58:71:72:0.553846:36:35:28:31:36:36:26:32 chr19 14582468 . G A 326.4 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0113429;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.01;QD=14.8364;RBI=0.0317117;REFB=-0.0248593;REVB=0.0296137;RO=49;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376926;STB=0.501278;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0235182;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:52:36:36:0.409091:20:16:20:29:20:16:23:29 chr19 14584317 . G A 440.97 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0757231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3552;QD=22.3275;RBI=0.076085;REFB=-0.0338243;REVB=-0.00741234;RO=36;SAF=31;SAR=12;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268248;STB=0.514794;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0386307;OID=.;OPOS=14584317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:12:31:25:11:12:31:25:11 chr19 14589014 . C CG,G 48.82 PASS AF=0.184615,0;AO=11,3;DP=70;FAO=12,0;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=2,0;FSAR=10,0;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.00973864,-0.0643804;FXX=0.0579626;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=81.1073,101.443;QD=3.00433;RBI=0.081549,0.0744396;REFB=-0.00146763,-0.0114213;REVB=-0.0809654,-0.0373686;RO=54;SAF=2,0;SAR=9,3;SRF=20;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.284696,-0.405217;STB=0.673428,0.5;STBP=0.249,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0287905,0;OID=.,.;OPOS=14589015,14589014;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:70:65:54:53:11,3:12,0:0.184615,0:9,3:2,0:20:34:10,0:2,0:17:36 chr19 14589378 . C T 670.22 PASS AF=0.587156;AO=64;DP=109;FAO=64;FDP=109;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00962688;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.068;QD=24.595;RBI=0.00964352;REFB=-0.00788345;REVB=0.000566248;RO=44;SAF=21;SAR=43;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668398;STB=0.532878;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00472279;OID=.;OPOS=14589378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:44:45:64:64:0.587156:43:21:18:26:43:21:18:27 chr19 14590236 . C T 1219.98 PASS AF=0.502092;AO=120;DP=239;FAO=120;FDP=239;FR=.;FRO=119;FSAF=25;FSAR=95;FSRF=45;FSRR=74;FWDB=-0.00592919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2868;QD=20.4181;RBI=0.00621103;REFB=-0.0195209;REVB=-0.00184977;RO=119;SAF=25;SAR=95;SRF=45;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201552;STB=0.611474;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0278732;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:119:119:120:120:0.502092:95:25:45:74:95:25:45:74 chr19 14629150 . G A 1781.63 PASS AF=0.532508;AO=168;DP=318;FAO=172;FDP=323;FR=.;FRO=151;FSAF=82;FSAR=90;FSRF=67;FSRR=84;FWDB=0.0208101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.225;QD=22.0636;RBI=0.0220224;REFB=-0.00984918;REVB=-0.00720581;RO=149;SAF=78;SAR=90;SRF=66;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185109;STB=0.515498;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0103135;OID=.;OPOS=14629150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:323:149:151:168:172:0.532508:90:78:66:83:90:82:67:84 chr19 14682804 . G C 1115.03 PASS AF=0.43956;AO=120;DP=273;FAO=120;FDP=273;FR=.;FRO=153;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=69;FSRR=84;FWDB=-0.00367955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.654;QD=16.3375;RBI=0.0258737;REFB=-0.0145763;REVB=-0.0256107;RO=148;SAF=60;SAR=60;SRF=67;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471443;STB=0.527468;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0184105;OID=.;OPOS=14682804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:148:153:120:120:0.43956:60:60:67:81:60:60:69:84 chr19 14748936 . G A 415.3 PASS AF=0.435185;AO=46;DP=107;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0219336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6004;QD=15.3813;RBI=0.0569245;REFB=0.0154212;REVB=0.0525292;RO=61;SAF=25;SAR=21;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691364;STB=0.531901;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.0273843;OID=.;OPOS=14748936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:61:61:46:47:0.435185:21:25:29:32:22:25:29:32 chr19 14752325 . C T 3044.15 PASS AF=0.994872;AO=192;DP=198;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0157406;FXX=0.0151508;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.244;QD=62.4441;RBI=0.0159026;REFB=-0.152453;REVB=0.0022641;RO=1;SAF=85;SAR=107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442997;STB=0.502304;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=1.7122e-07;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:198:195:1:1:192:194:0.994872:107:85:0:1:108:86:0:1 chr19 14758168 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0296402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6599;QD=13.0911;RBI=0.0333707;REFB=-0.00317608;REVB=-0.0153316;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142088;STB=0.583207;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00530995;OID=.;OPOS=14758168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:8:12:6:7:8:12 chr19 14769339 . C G 8037.92 PASS AF=1;AO=502;DP=511;FAO=519;FDP=519;FR=.;FRO=0;FSAF=262;FSAR=257;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628156;FXX=0.0038387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2461;QD=61.9493;RBI=0.0858306;REFB=-0.105222;REVB=0.05849;RO=2;SAF=259;SAR=243;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00391332;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000844909;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:511:519:2:0:502:519:1:243:259:0:2:257:262:0:0 chr19 14772878 . C T 321.19 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.037678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0223;QD=16.2626;RBI=0.0380529;REFB=0.00131678;REVB=0.00532853;RO=43;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481878;STB=0.520596;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00155191;OID=.;OPOS=14772878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:18:17:23:20:18:17:23:21 chr19 14817548 . T A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.942;QD=59.3228;RBI=0.0314646;REFB=0;REVB=0.0293758;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146545;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr19 14827830 . C A 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.0219631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.044;QD=12.9219;RBI=0.0347559;REFB=0.00662428;REVB=-0.0269369;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182724;STB=0.609576;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0113718;OID=.;OPOS=14827830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:14:8:7:26:14:8:7:27 chr19 14829749 . C T 743.87 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00856266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2866;QD=19.7052;RBI=0.0384323;REFB=-0.0360894;REVB=-0.0374663;RO=75;SAF=40;SAR=36;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177574;STB=0.509774;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.034203;OID=.;OPOS=14829749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:75:76:76:0.503311:36:40:38:37:36:40:38:37 chr19 14847013 . G C 173.13 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0687688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4413;QD=11.3525;RBI=0.0704607;REFB=0.0221427;REVB=0.0153478;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115183;STB=0.573705;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0381324;OID=.;OPOS=14847013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:39:22:22:0.360656:11:11:15:23:11:11:15:24 chr19 14862430 . C G 1560.62 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0125;QD=59.4523;RBI=0.033825;REFB=0;REVB=-0.0278536;RO=0;SAF=35;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40172e-05;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:68:35:0:0:70:35:0:0 chr19 14887598 . CAG CG,CGA,CGAG 78.46 PASS AF=0,0.0344828,0.482759;AO=4,3,7;DP=30;FAO=0,1,14;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=0,1,13;FSAR=0,0,1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0333039,-0.038735,-0.00719033;FXX=0;HRUN=1,1,0;LEN=1,2,1;MLLD=155.277,43.5885,40.8438;QD=10.822;RBI=0.0553928,0.0827526,0.15626;REFB=-0.050577,-0.0158311,-0.029118;REVB=-0.044263,-0.0731273,-0.156095;RO=15;SAF=4,3,5;SAR=0,0,2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.701367,0.656613,0.342331;STB=0.5,0.99339,0.893092;STBP=1,0.233,0.001;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0,0.146179,0.13726;OID=.,.,.;OPOS=14887599,14887599,14887599;OREF=A,AG,-;OALT=-,GA,G;OMAPALT=CG,CGA,CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0344828,0.482759:4,3,7:30:0,1,14:29:14:0,1,13:0,0,1:4:10:52:15:4,3,5:0,0,2:6:9 chr19 14910438 . C T 1023.1 PASS AF=0.985915;AO=64;DP=65;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.924;QD=57.6396;RBI=0.0277773;REFB=-0.0259071;REVB=0.0158965;RO=1;SAF=17;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269675;STB=0.514282;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=6.36052e-05;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:71:1:1:64:70:0.985915:47:17:1:0:53:17:1:0 chr19 14910573 . C T 1371.83 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300014;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.605;QD=60.3;RBI=0.0310361;REFB=-0.0469623;REVB=0.0079471;RO=1;SAF=46;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101917;STB=0.500371;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00148214;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:1:2:89:89:0.978022:43:46:1:0:43:46:1:1 chr19 14951898 . G T 407.73 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=48;FWDB=-0.0552854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7381;QD=15.5326;RBI=0.0609226;REFB=-0.00685042;REVB=0.0255947;RO=58;SAF=11;SAR=35;SRF=11;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708086;STB=0.542466;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0127039;OID=.;OPOS=14951898;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:58:59:46:46:0.438095:35:11:11:47:35:11:11:48 chr19 14974930 . G A 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.844;QD=62.3145;RBI=0.00569275;REFB=0;REVB=0.00505283;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62033e-06;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr19 14975368 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6783;QD=45.8054;RBI=0.0670939;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219603;OID=.;OPOS=14975368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:0:14:0:0:0:14:0:0 chr19 14991963 . C A 465.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.9;QD=58.1259;RBI=0.0357821;REFB=0;REVB=0.0170908;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58879e-05;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:16:16:0:0 chr19 14992031 . A G 632.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.806;QD=61.6723;RBI=0.0485249;REFB=0;REVB=0.0467965;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394268;OID=.;OPOS=14992031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr19 14992042 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.109;QD=62.3507;RBI=0.00875369;REFB=0;REVB=-0.00507056;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0513e-05;OID=.;OPOS=14992042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr19 14992045 . C T 670.07 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9701;QD=62.332;RBI=0.113138;REFB=0;REVB=0.111071;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199937;OID=.;OPOS=14992045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr19 15052983 . T TATC 1967.46 PASS AF=0.942857;AO=131;DP=141;FAO=132;FDP=140;FR=.;FRO=8;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0222743;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=3;MLLD=289.682;QD=56.2131;RBI=0.0236561;REFB=-0.0298127;REVB=0.00796642;RO=8;SAF=62;SAR=69;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107664;STB=0.505434;STBP=0.65;TYPE=ins;VARB=0.00139345;OID=.;OPOS=15052984;OREF=-;OALT=ATC;OMAPALT=TATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942857:131:141:132:140:8:62:70:3:5:19:8:62:69:3:5 chr19 15083693 . C A 807.57 PASS AF=0.512821;AO=64;DP=160;FAO=80;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.0291169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.497;QD=20.707;RBI=0.0383067;REFB=-0.0328915;REVB=0.0248919;RO=77;SAF=35;SAR=29;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16594;STB=0.522382;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0294867;OID=.;OPOS=15083693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:156:77:74:64:80:0.512821:29:35:29:48:45:35:29:45 chr19 15131330 . G A 388.4 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=52;FWDB=-0.0170011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.699;QD=14.2532;RBI=0.0343772;REFB=0.0148238;REVB=0.029879;RO=64;SAF=13;SAR=32;SRF=12;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138112;STB=0.577136;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.017639;OID=.;OPOS=15131330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:45:45:0.412844:32:13:12:52:32:13:12:52 chr19 15133762 . G C 2530.53 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0144585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.819;QD=60.9766;RBI=0.0370699;REFB=-0.0626763;REVB=-0.034134;RO=0;SAF=81;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10315e-08;STB=0.502958;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000149151;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:166:0:1:165:165:0.993976:84:81:0:0:84:81:0:1 chr19 15133787 . C A 693.26 PASS AF=0.474026;AO=73;DP=155;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0032149;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.484;QD=18.0066;RBI=0.0128041;REFB=-0.00501906;REVB=-0.012394;RO=77;SAF=34;SAR=39;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258634;STB=0.5083;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00669539;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:77:81:73:73:0.474026:39:34:38:39:39:34:39:42 chr19 15133926 . C A 156.87 PASS AF=0.414634;AO=15;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.044916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.992;QD=15.3048;RBI=0.0629585;REFB=-0.0431373;REVB=-0.0441171;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114165;STB=0.540147;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0357781;OID=.;OPOS=15133926;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:24:15:17:0.414634:11:4:3:14:11:6:7:17 chr19 15198024 . A T 525.3 PASS AF=0.515464;AO=49;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00740281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.71;QD=21.6617;RBI=0.00916777;REFB=-0.0217176;REVB=-0.005408;RO=46;SAF=32;SAR=17;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250746;STB=0.635181;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.026881;OID=.;OPOS=15198024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:47:49:50:0.515464:17:32:17:29:18:32:17:30 chr19 15198263 . A G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.115;QD=56.9992;RBI=0.0135862;REFB=0;REVB=-0.00532906;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.33058e-05;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr19 15198292 . C G 677.03 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00372035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.749;QD=52.0792;RBI=0.00521231;REFB=-0.0710397;REVB=0.00365063;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501547;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000551741;OID=.;OPOS=15198292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:0:2:50:50:0.961538:27:23:0:0:27:23:1:1 chr19 15198441 . G T 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00631567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.637;QD=20.8117;RBI=0.0125611;REFB=-0.0302075;REVB=0.0108578;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0244572;OID=.;OPOS=15198441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:10:13:13:10:10:13:13:10 chr19 15198507 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0655;QD=64.1537;RBI=0.0168414;REFB=0;REVB=-0.0158063;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205303;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr19 15198606 . C T 518.65 PASS AF=0.514286;AO=53;DP=104;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00361713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5287;QD=19.7579;RBI=0.0188633;REFB=-0.0109678;REVB=-0.0185133;RO=51;SAF=30;SAR=23;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136679;STB=0.569595;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00951404;OID=.;OPOS=15198606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:51:51:53:54:0.514286:23:30:21:30:24:30:21:30 chr19 15198631 . A C 451.34 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.000121596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.531;QD=16.1191;RBI=0.0299053;REFB=0.00220415;REVB=-0.0299051;RO=62;SAF=21;SAR=29;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143102;STB=0.579968;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00318143;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:29:21:35:27:29:21:35:27 chr19 15198751 . T C 738.47 PASS AF=0.503497;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00717486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.123;QD=20.6565;RBI=0.0721498;REFB=-0.0309699;REVB=-0.0717922;RO=70;SAF=39;SAR=33;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101067;STB=0.552051;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0194367;OID=.;OPOS=15198751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:70:71:72:72:0.503497:33:39:30:40:33:39:31:40 chr19 15198764 . T C 2358.88 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139981;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3364;QD=64.1873;RBI=0.017953;REFB=0;REVB=0.0112411;RO=0;SAF=72;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103217;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:147:0:0:147:147:1:75:72:0:0:75:72:0:0 chr19 15198851 . A T 701.57 PASS AF=0.44186;AO=76;DP=172;FAO=76;FDP=172;FR=.;FRO=96;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.00736965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.347;QD=16.3155;RBI=0.00904536;REFB=0.00220057;REVB=-0.0052447;RO=93;SAF=46;SAR=30;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153325;STB=0.594071;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00226202;OID=.;OPOS=15198851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:93:96:76:76:0.44186:30:46:42:51:30:46:42:54 chr19 15225348 . T C 302.1 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.00418631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.8142;QD=13.8897;RBI=0.0289254;REFB=-0.0187049;REVB=-0.0286208;RO=48;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885059;STB=0.551075;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0141969;OID=.;OPOS=15225348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:48:51:36:36:0.413793:21:15:16:32:21:15:17:34 chr19 15225358 . T A 1156.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.834;QD=60.1021;RBI=0.0249408;REFB=0;REVB=0.0203107;RO=0;SAF=20;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133065;OID=.;OPOS=15225358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:54:20:0:0:54:23:0:0 chr19 15226970 . G A 388.4 PASS AF=0.637931;AO=36;DP=57;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0651778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.921;QD=26.7862;RBI=0.0802083;REFB=-0.0342146;REVB=0.0467464;RO=20;SAF=11;SAR=25;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206086;STB=0.62518;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0205819;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:20:21:36:37:0.637931:25:11:12:8:26:11:13:8 chr19 15227030 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0467247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.132;QD=12.9743;RBI=0.0871759;REFB=0.0102689;REVB=-0.0735964;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378639;STB=0.723753;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0204114;OID=.;OPOS=15227030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:11:7:9:3:11:7 chr19 15229993 . A G 1221.14 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0021931;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.958;QD=60.303;RBI=0.025024;REFB=0.0313301;REVB=-0.0249277;RO=1;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141304;STB=0.507461;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000228936;OID=.;OPOS=15229993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:80:80:0.987654:33:47:0:1:33:47:0:1 chr19 15233581 . C A 954.93 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.605;QD=58.7646;RBI=0.040649;REFB=0;REVB=0.00756008;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6456e-05;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:39:26:0:0 chr19 15233732 . G A 235.08 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0400159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1638;QD=15.6722;RBI=0.081897;REFB=-0.0318286;REVB=0.0714553;RO=33;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227288;STB=0.629039;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0731141;OID=.;OPOS=15233732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:19:8:17:16:19:8:17:16 chr19 15270805 . C A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2182;QD=54.5165;RBI=0.0333357;REFB=0;REVB=-0.0289312;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102498;OID=.;OPOS=15270805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr19 15271135 . T G 119.99 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3307;QD=39.9959;RBI=0.0493659;REFB=0;REVB=-0.00306544;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494752;OID=.;OPOS=15271135;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:10:12:1:6:4:0:0:8:4:0:0 chr19 15271771 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.565;QD=55.6558;RBI=0.0770967;REFB=0;REVB=0.0737111;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425769;OID=.;OPOS=15271771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr19 15278057 . A G 2281.62 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0106831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.461;QD=62.0849;RBI=0.0213343;REFB=-0.0643595;REVB=0.0184668;RO=2;SAF=77;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000806001;STB=0.500424;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=8.94703e-07;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:2:2:145:145:0.986395:68:77:1:1:68:77:1:1 chr19 15285052 . T C 2644.23 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362021;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.363;QD=62.2171;RBI=0.0323426;REFB=0;REVB=0.0321393;RO=0;SAF=74;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11371e-05;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:171:170:1:97:74:0:0:97:73:0:0 chr19 15292437 . T C 3461.16 PASS AF=1;AO=200;DP=203;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650703;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.612;QD=61.8064;RBI=0.0656659;REFB=0;REVB=0.00882432;RO=0;SAF=97;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297315;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:203:224:0:0:200:224:1:103:97:0:0:109:115:0:0 chr19 15292599 . G A 281.65 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.011244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.792;QD=17.0699;RBI=0.0119539;REFB=-0.00209996;REVB=0.00405808;RO=35;SAF=11;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182061;STB=0.602342;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00305634;OID=.;OPOS=15292599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:20:11:19:16:20:11:19:16 chr19 15295134 . G A 2595.27 PASS AF=0.994152;AO=169;DP=172;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0678804;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4183;QD=60.7081;RBI=0.0701535;REFB=-0.0212624;REVB=0.0177136;RO=1;SAF=77;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514541;STB=0.502674;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00067276;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:172:171:1:1:169:170:0.994152:92:77:0:1:93:77:0:1 chr19 15302844 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.991;QD=62.3507;RBI=0.0864966;REFB=0;REVB=-0.0622905;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38861e-05;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr19 15303225 . G A 874.75 PASS AF=0.520958;AO=86;DP=164;FAO=87;FDP=167;FR=.;FRO=80;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.00396385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.581;QD=20.9522;RBI=0.0146652;REFB=-0.00530607;REVB=0.0141193;RO=78;SAF=49;SAR=37;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00633936;STB=0.511854;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00415794;OID=.;OPOS=15303225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:167:78:80:86:87:0.520958:37:49:45:33:38:49:47:33 chr19 15350594 . G A 141.06 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0136837;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.174;QD=12.8234;RBI=0.0694439;REFB=-0.0168817;REVB=0.0680824;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011194;STB=0.506571;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0440247;OID=.;OPOS=15350594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:5:11:19:9:5:11:19:9 chr19 15484024 . CAA ACC,CCA 2405.48 PASS AF=0.027907,0.972093;AO=26,15;DP=209;FAO=6,209;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=0,122;FSAR=6,87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048841,0.838193;FXX=0;HRUN=6,3;LEN=3,1;MLLD=187.216,16.9761;QD=44.7531;RBI=0.129676,0.862775;REFB=0,0;REVB=-0.120127,0.204484;RO=112;SAF=0,2;SAR=26,13;SRF=105;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.884651,-0.817299;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.069301,-0.00339766;OID=.,.;OPOS=15484024,15484025;OREF=CAA,A;OALT=ACC,C;OMAPALT=ACC,CCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:209:215:112:0:26,15:6,209:0.027907,0.972093:26,13:0,2:105:7:6,87:0,122:0:0 chr19 15490485 . C T 1646.38 PASS AF=0.480114;AO=169;DP=352;FAO=169;FDP=352;FR=.;FRO=183;FSAF=76;FSAR=93;FSRF=95;FSRR=88;FWDB=0.0111202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.461;QD=18.7088;RBI=0.0479876;REFB=-0.0338992;REVB=0.0466814;RO=183;SAF=76;SAR=93;SRF=95;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065824;STB=0.53619;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0312224;OID=.;OPOS=15490485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:183:183:169:169:0.480114:93:76:95:88:93:76:95:88 chr19 15508362 . G C 3406.53 PASS AF=1;AO=218;DP=219;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056327;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.475;QD=62.5051;RBI=0.0163138;REFB=0;REVB=-0.0153106;RO=0;SAF=102;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46006e-05;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:218:0:0:218:218:1:116:102:0:0:116:102:0:0 chr19 15533821 . A G 1339.73 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.586;QD=62.313;RBI=0.0382015;REFB=0;REVB=-0.0041907;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92296e-05;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:55:31:0:0:55:31:0:0 chr19 15540462 . C CG 71.67 PASS AF=0.180328;AO=54;DP=259;FAO=44;FDP=244;FR=.;FRO=200;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=77;FSRR=123;FWDB=-0.0542985;FXX=0.0200795;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.644;QD=1.17491;RBI=0.0710078;REFB=-0.0084598;REVB=-0.0457578;RO=201;SAF=28;SAR=26;SRF=81;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148032;STB=0.576282;STBP=0.258;TYPE=ins;VARB=0.130009;OID=.;OPOS=15540463;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180328:54:259:44:244:200:21:23:77:123:71:201:28:26:81:120 chr19 15549939 . C T 1068.62 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0932126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3661;QD=58.5547;RBI=0.162756;REFB=-0.135184;REVB=0.13342;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00445008;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:73:0:0:72:73:1:45:27:0:0:46:27:0:0 chr19 15726487 . G T 1406.68 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252815;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.416;QD=61.8322;RBI=0.0733505;REFB=-0.0757995;REVB=0.0688559;RO=1;SAF=50;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938395;STB=0.504949;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0012221;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:88:90:0.989011:38:50:1:0:40:50:1:0 chr19 15726560 . G T 1275.25 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0091852;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.267;QD=60.7262;RBI=0.022661;REFB=-0.0365275;REVB=0.020716;RO=1;SAF=41;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011412;STB=0.506023;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000655335;OID=.;OPOS=15726560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:42:41:1:0:42:41:1:0 chr19 15730498 . G GC 2858.58 PASS AF=1;AO=177;DP=197;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672342;FXX=0.0105258;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.3138;QD=60.8209;RBI=0.0735571;REFB=0;REVB=-0.0732491;RO=17;SAF=67;SAR=110;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.502e-05;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:177:197:188:188:0:71:117:0:0:16:17:67:110:7:10 chr19 15757927 . T C 3210.8 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.712;QD=64.216;RBI=0.0235939;REFB=0;REVB=0.00849814;RO=0;SAF=101;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54144e-05;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:200:200:1:99:101:0:0:99:101:0:0 chr19 15760881 . C A 2253.28 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.473;QD=63.4727;RBI=0.0305085;REFB=0;REVB=0.0204799;RO=0;SAF=78;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99765e-05;OID=.;OPOS=15760881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:64:78:0:0:64:78:0:0 chr19 15763721 . G A 1896.42 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.759;QD=61.672;RBI=0.0333516;REFB=0;REVB=0.010897;RO=0;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34977e-05;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:65:58:0:0:65:58:0:0 chr19 15769378 . CG C,CC,CT 1171.21 PASS AF=0.121951,0.878049,0;AO=27,47,3;DP=82;FAO=10,72,0;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=4,28,0;FSAR=6,44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339881,0.0344786,0.0289759;FXX=0.0120467;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=148.069,152.432,130.859;QD=57.1323;RBI=0.0351223,0.0356405,0.029813;REFB=0,0,0;REVB=0.00885365,0.00902616,0.00701548;RO=0;SAF=9,18,1;SAR=18,29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00188041,0.0102,0;OID=.,.,.;OPOS=15769379,15769379,15769379;OREF=G,G,G;OALT=-,C,T;OMAPALT=C,CC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.121951,0.878049,0:27,47,3:82:10,72,0:82:0:4,28,0:6,44,0:0:0:20:0:9,18,1:18,29,2:0:0 chr19 15769529 . GC TT 1540.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000820084;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.626;QD=59.8334;RBI=0.0336993;REFB=0;REVB=0.0336894;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.78578e-05;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:45:57:0:0:46:57:0:0 chr19 15769625 . A G 1862.46 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0613942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.53;QD=60.5679;RBI=0.0627849;REFB=0.0212058;REVB=-0.0131413;RO=1;SAF=51;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922324;STB=0.504761;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-1.68957e-05;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:1:1:121:122:0.99187:70:51:1:0:70:52:1:0 chr19 15770027 . A T 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00690549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.439;QD=28.5361;RBI=0.0392609;REFB=0.0423695;REVB=-0.0386488;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00897484;OID=.;OPOS=15770027;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:2:5:0:0:2:5:1:0 chr19 15784061 . C A 1677.0 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.292;QD=60.4326;RBI=0.0466699;REFB=0;REVB=0.0460047;RO=0;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186555;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:62:49:0:0:62:49:0:0 chr19 15784386 . C T 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000190181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.789;QD=59.9953;RBI=0.0260998;REFB=0;REVB=0.0260991;RO=0;SAF=45;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08084e-05;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:61:45:0:0:61:45:0:0 chr19 15789098 . A G 1878.66 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=122;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0605051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1773;QD=60.6021;RBI=0.0606169;REFB=-0.0969855;REVB=0.00368006;RO=1;SAF=77;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613003;STB=0.503144;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00341204;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:124:1:1:121:123:0.991935:44:77:1:0:44:79:1:0 chr19 15789140 . A G 2073.57 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101704;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.189;QD=61.8977;RBI=0.0127938;REFB=-0.0828219;REVB=0.0127534;RO=1;SAF=75;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629587;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38467e-05;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:135:134:1:0:133:134:1:58:75:1:0:58:76:0:0 chr19 15791180 . C T 2138.73 PASS AF=0.985714;AO=135;DP=138;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0256092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.976;QD=61.1067;RBI=0.0695648;REFB=-0.0175864;REVB=0.0646795;RO=2;SAF=83;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113161;STB=0.505881;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000164782;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:140:2:2:135:138:0.985714:52:83:2:0:54:84:2:0 chr19 15793235 . T C 1070.94 PASS AF=0.504673;AO=108;DP=214;FAO=108;FDP=214;FR=.;FRO=106;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=0.0141125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.463;QD=20.0177;RBI=0.0160405;REFB=-0.00263683;REVB=0.00762464;RO=106;SAF=56;SAR=52;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252358;STB=0.513848;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00271991;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:106:106:108:108:0.504673:52:56:52:54:52:56:52:54 chr19 15807884 . A G 384.31 PASS AF=0.412844;AO=44;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0195534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5114;QD=14.1031;RBI=0.0337035;REFB=-0.0170936;REVB=-0.0274516;RO=64;SAF=18;SAR=26;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306021;STB=0.509163;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0340841;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:44:45:0.412844:26:18:28:36:26:19:28:36 chr19 15838967 . G A 827.26 PASS AF=0.446154;AO=86;DP=194;FAO=87;FDP=195;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=0.0231761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.15;QD=16.9694;RBI=0.0233686;REFB=-0.0178086;REVB=0.00299283;RO=106;SAF=42;SAR=44;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490329;STB=0.528802;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0258621;OID=.;OPOS=15838967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:106:108:86:87:0.446154:44:42:57:49:44:43:59:49 chr19 15839174 . C T 282.95 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0691878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.328;QD=17.4121;RBI=0.0693233;REFB=-0.016141;REVB=0.00433366;RO=34;SAF=21;SAR=10;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319552;STB=0.517926;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0172625;OID=.;OPOS=15839174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:10:21:22:12:10:21:22:12 chr19 15839365 . C T 225.99 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0145515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2306;QD=20.5448;RBI=0.0452935;REFB=-0.0340209;REVB=0.0428923;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0340444;OID=.;OPOS=15839365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:11:11:11:11:11:11 chr19 15852223 . A C 535.3 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00589301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0323;QD=20.9921;RBI=0.00633182;REFB=0.0127372;REVB=0.00231613;RO=48;SAF=30;SAR=24;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241236;STB=0.513269;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0085444;OID=.;OPOS=15852223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:24:30:28:20:24:30:28:20 chr19 15852242 . C A 503.18 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00175004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.208;QD=17.6556;RBI=0.0336313;REFB=-0.0378298;REVB=0.0335858;RO=59;SAF=31;SAR=23;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464075;STB=0.521774;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0375947;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:60:54:54:0.473684:23:31:31:28:23:31:32:28 chr19 15852280 . T TC 37.9 PASS AF=0.113333;AO=17;DP=151;FAO=17;FDP=150;FR=.;FRO=133;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=71;FSRR=62;FWDB=-0.0324161;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=92.2362;QD=1.01079;RBI=0.0472976;REFB=-0.00682429;REVB=-0.0344421;RO=134;SAF=10;SAR=7;SRF=75;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356032;STB=0.718323;STBP=0.073;TYPE=ins;VARB=0.185948;OID=.;OPOS=15852281;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.113333:17:151:17:150:133:13:4:71:62:37:134:10:7:75:59 chr19 15852872 . G A 508.74 PASS AF=0.325123;AO=66;DP=206;FAO=66;FDP=203;FR=.;FRO=137;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=74;FSRR=63;FWDB=-0.0127743;FXX=0.0145624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2386;QD=10.0245;RBI=0.0531361;REFB=-0.00403742;REVB=0.0515777;RO=137;SAF=28;SAR=38;SRF=74;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135687;STB=0.578139;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0097489;OID=.;OPOS=15852872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:203:137:137:66:66:0.325123:38:28:74:63:38:28:74:63 chr19 15881953 . A G 1150.09 PASS AF=0.487395;AO=115;DP=237;FAO=116;FDP=238;FR=.;FRO=122;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=39;FSRR=83;FWDB=-0.00965482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.07;QD=19.3292;RBI=0.0105739;REFB=-0.0133912;REVB=-0.00431174;RO=120;SAF=54;SAR=61;SRF=38;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144305;STB=0.575892;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0149716;OID=.;OPOS=15881953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:238:120:122:115:116:0.487395:61:54:38:82:62:54:39:83 chr19 15905002 . T C 960.48 PASS AF=0.534483;AO=93;DP=176;FAO=93;FDP=174;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0251881;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.659;QD=22.0799;RBI=0.0264459;REFB=-0.0171954;REVB=-0.00805883;RO=83;SAF=40;SAR=53;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242631;STB=0.506793;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0128589;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:174:83:81:93:93:0.534483:53:40:38:45:53:40:36:45 chr19 15905431 . T C 762.77 PASS AF=0.5;AO=74;DP=148;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0252195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.859;QD=20.6154;RBI=0.0280048;REFB=-0.031403;REVB=-0.0121755;RO=73;SAF=35;SAR=39;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563144;STB=0.533998;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0309495;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:73:74:74:74:0.5:39:35:30:43:39:35:30:44 chr19 15905529 . C A 440.87 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0249968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3244;QD=27.992;RBI=0.0607104;REFB=-0.031281;REVB=0.0553255;RO=22;SAF=15;SAR=26;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119544;STB=0.565185;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0211692;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:22:41:41:0.650794:26:15:12:10:26:15:12:10 chr19 15989696 . G C 247.91 PASS AF=0.222222;AO=36;DP=176;FAO=40;FDP=180;FR=.;FRO=140;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=82;FSRR=58;FWDB=-0.000728512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.811;QD=5.50901;RBI=0.0100872;REFB=-0.00987054;REVB=-0.0100608;RO=137;SAF=27;SAR=9;SRF=81;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228176;STB=0.671206;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0294167;OID=.;OPOS=15989696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:180:137:140:36:40:0.222222:9:27:81:56:9:31:82:58 chr19 15989730 . T C 444.78 PASS AF=0.294686;AO=61;DP=206;FAO=61;FDP=207;FR=.;FRO=146;FSAF=48;FSAR=13;FSRF=84;FSRR=62;FWDB=-0.0244335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.883;QD=8.59469;RBI=0.0404662;REFB=0.00451559;REVB=0.0322571;RO=144;SAF=48;SAR=13;SRF=83;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297566;STB=0.677137;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.019503;OID=.;OPOS=15989730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:144:146:61:61:0.294686:13:48:83:61:13:48:84:62 chr19 15996820 . G A 988.57 PASS AF=0.497537;AO=101;DP=204;FAO=101;FDP=203;FR=.;FRO=102;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=0.00580106;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.635;QD=19.4793;RBI=0.011612;REFB=0.00197988;REVB=-0.0100592;RO=100;SAF=42;SAR=59;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139951;STB=0.581747;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00215942;OID=.;OPOS=15996820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:100:102:101:101:0.497537:59:42:57:43:59:42:59:43 chr19 16003183 . G A 1126.02 PASS AF=0.526066;AO=111;DP=213;FAO=111;FDP=211;FR=.;FRO=100;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=0.00455696;FXX=0.00938923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.908;QD=21.3464;RBI=0.0112916;REFB=-0.0126312;REVB=0.0103312;RO=99;SAF=64;SAR=47;SRF=58;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820872;STB=0.501662;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0125449;OID=.;OPOS=16003183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:211:99:100:111:111:0.526066:47:64:58:41:47:64:58:42 chr19 16024662 . G C 629.36 PASS AF=0.451389;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0122983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.085;QD=17.4821;RBI=0.014397;REFB=-0.00896071;REVB=-0.0074851;RO=78;SAF=29;SAR=36;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101887;STB=0.50173;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0108942;OID=.;OPOS=16024662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:79:65:65:0.451389:36:29:34:44:36:29:35:44 chr19 16025176 . C T 533.86 PASS AF=0.529412;AO=53;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0210132;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1872;QD=20.9357;RBI=0.0256632;REFB=-0.0466624;REVB=0.0147324;RO=48;SAF=28;SAR=25;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296556;STB=0.512066;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0361069;OID=.;OPOS=16025176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:53:54:0.529412:25:28:27:21:25:29:27:21 chr19 16034714 . A G 2731.54 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6667;QD=62.4353;RBI=0.0796342;REFB=0;REVB=-0.0665343;RO=0;SAF=83;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99457e-05;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:175:0:0:173:175:1:90:83:0:0:90:85:0:0 chr19 16040292 . A G 747.51 PASS AF=0.5;AO=71;DP=145;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00483891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3485;QD=20.4797;RBI=0.0263088;REFB=0.00583864;REVB=-0.0258599;RO=73;SAF=36;SAR=35;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000177284;STB=0.506847;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00919796;OID=.;OPOS=16040292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:73:73:71:73:0.5:35:36:37:36:37:36:37:36 chr19 16045141 . T C 2939.63 PASS AF=1;AO=149;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857318;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.523;QD=63.218;RBI=0.0875635;REFB=0;REVB=0.0178162;RO=0;SAF=41;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379768;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:149:186:1:108:41:0:0:120:66:0:0 chr19 16136923 . T C 467.53 PASS AF=0.480769;AO=49;DP=103;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.000309672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.864;QD=17.9821;RBI=0.0198694;REFB=-0.0194373;REVB=-0.019867;RO=47;SAF=25;SAR=24;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131412;STB=0.596293;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0162999;OID=.;OPOS=16136923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:47:54:49:50:0.480769:24:25:17:30:24:26:18:36 chr19 16145533 . A G 288.19 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0152462;FXX=0.0612182;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0467;QD=12.5299;RBI=0.0310268;REFB=-0.00619162;REVB=0.0270225;RO=49;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266412;STB=0.525988;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0241982;OID=.;OPOS=16145533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:92:49:59:33:33:0.358696:16:17:24:25:16:17:28:31 chr19 16145539 . G A 371.49 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00626817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.974;QD=15.0099;RBI=0.00688046;REFB=-0.00577001;REVB=-0.00283738;RO=57;SAF=18;SAR=22;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612727;STB=0.524861;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00873354;OID=.;OPOS=16145539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:59:40:40:0.40404:22:18:29:28:22:18:29:30 chr19 16145653 . G A 562.95 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.00911283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.48;QD=18.0142;RBI=0.0130146;REFB=-0.00458012;REVB=0.00929169;RO=66;SAF=21;SAR=38;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796986;STB=0.504423;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00510193;OID=.;OPOS=16145653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:66:59:59:0.472:38:21:24:42:38:21:24:42 chr19 16145731 . C A 349.96 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0028927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.3078;QD=17.9465;RBI=0.0525628;REFB=0.000133437;REVB=-0.0524832;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138083;STB=0.509549;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00186561;OID=.;OPOS=16145731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:41:37:37:0.474359:21:16:17:21:21:16:17:24 chr19 16146400 . A G 1260.38 PASS AF=0.540179;AO=121;DP=224;FAO=121;FDP=224;FR=.;FRO=103;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=0.00206985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.054;QD=22.5067;RBI=0.00415944;REFB=-0.00437285;REVB=0.00360786;RO=103;SAF=60;SAR=61;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157592;STB=0.508594;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00345335;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:103:103:121:121:0.540179:61:60:53:50:61:60:53:50 chr19 16268207 . TAA TA,T 440.58 PASS AF=0.968254,0.031746;AO=46,11;DP=63;FAO=61,2;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426506,-8.36609e-05;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.2657,9.6752;QD=27.9735;RBI=0.0572453,0.0296281;REFB=-0.0136594,-0.0169383;REVB=-0.0570861,-0.029628;RO=3;SAF=21,8;SAR=25,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0242715,0.0286464;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0056747,0.0169946;OID=.,.;OPOS=16268208,16268208;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.968254,0.031746:46,11:63:61,2:63:0:32,0:29,2:0:0:3:3:21,8:25,3:2:1 chr19 16275655 . C T 1357.92 PASS AF=0.724359;AO=106;DP=151;FAO=113;FDP=156;FR=.;FRO=43;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0165339;FXX=0.0126574;HRUN=8;LEN=1;MLLD=186.304;QD=34.8185;RBI=0.0203659;REFB=-0.0223628;REVB=0.0118912;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.537628;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00496523;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:156:0:43:106:113:0.724359:65:41:0:0:70:43:22:21 chr19 16284239 . A AC 47.83 PASS AF=0.116279;AO=23;DP=130;FAO=15;FDP=129;FR=.;FRO=114;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=-0.167522;FXX=0.00769172;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.9211;QD=1.48311;RBI=0.167628;REFB=-0.00737655;REVB=-0.00596724;RO=105;SAF=9;SAR=14;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366325;STB=0.818789;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.165995;OID=.;OPOS=16284240;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.116279:23:130:15:129:114:2:13:51:63:47:105:9:14:44:61 chr19 16301312 . A G 213.5 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00880716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.793;QD=16.1134;RBI=0.0116872;REFB=-0.013382;REVB=-0.00768272;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313805;STB=0.517752;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0264864;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:19:10:9:15:19:10 chr19 16339715 . C T 798.36 PASS AF=0.451613;AO=83;DP=185;FAO=84;FDP=186;FR=.;FRO=102;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=0.0491907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9221;QD=17.1691;RBI=0.0492683;REFB=-0.00831449;REVB=0.00276419;RO=102;SAF=40;SAR=43;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276686;STB=0.518438;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0102775;OID=.;OPOS=16339715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:102:102:83:84:0.451613:43:40:52:50:44:40:52:50 chr19 16591464 . G A 469.25 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0238422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.904;QD=18.584;RBI=0.0241481;REFB=-0.0118297;REVB=0.00383096;RO=52;SAF=17;SAR=32;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000803499;STB=0.500446;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0111089;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:32:17:18:34:32:17:18:34 chr19 16601194 . C T 218.41 PASS AF=0.304348;AO=28;DP=92;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0076963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.578;QD=9.49607;RBI=0.00874424;REFB=-0.00788177;REVB=0.00415074;RO=64;SAF=11;SAR=17;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109926;STB=0.564827;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0152922;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:64:64:28:28:0.304348:17:11:31:33:17:11:31:33 chr19 16611978 . T C 276.57 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0052406;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.178;QD=20.487;RBI=0.0208248;REFB=0.00200126;REVB=-0.0201546;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111517;STB=0.551688;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00081751;OID=.;OPOS=16611978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:25:28:29:0.537037:16:12:14:11:16:13:14:11 chr19 16612011 . T C 235.29 PASS AF=0.473684;AO=19;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00987716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.484;QD=16.5115;RBI=0.0297326;REFB=-0.0127419;REVB=-0.028044;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278261;STB=0.549501;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0146964;OID=.;OPOS=16612011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:19:27:0.473684:10:9:15:15:16:11:15:15 chr19 16612012 . G C 38.76 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0422595;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.3195;QD=2.72029;RBI=0.0663774;REFB=-0.0147148;REVB=-0.0511868;RO=45;SAF=2;SAR=6;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300427;STB=0.715038;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.20649;OID=.;OPOS=16612012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:57:45:49:8:8:0.140351:6:2:22:23:6:2:24:25 chr19 16628850 . G A 280.98 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00269426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.808;QD=35.1218;RBI=0.0322179;REFB=-0.0197763;REVB=0.032105;RO=8;SAF=15;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599209;STB=0.532759;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00511792;OID=.;OPOS=16628850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:9:15:4:4:9:15:4:4 chr19 16633950 . T C 128.25 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0153636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.714;QD=12.2143;RBI=0.0245945;REFB=-0.00289251;REVB=-0.0192055;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303654;STB=0.652457;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00447796;OID=.;OPOS=16633950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:6:9:22:4:6:9:22:5 chr19 16638975 . GCCCCG GCCC,GCCCG,GCCCGG 233.91 PASS AF=0.722222,0,0;AO=13,7,3;DP=39;FAO=26,0,0;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=21,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.236371,0.11054,-0.136165;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=17.6443,9.06622,9.07321;QD=25.9903;RBI=0.253252,0.15965,0.144425;REFB=-0.190533,-0.191403,-0.0229782;REVB=-0.0909139,-0.115192,-0.0481432;RO=15;SAF=9,5,3;SAR=4,2,0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.159492,0.211684,0.61006;STB=0.617547,0.5,0.5;STBP=0.063,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0898447,0,0;OID=.,.,.;OPOS=16638979,16638976,16638979;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG,GCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222,0,0:13,7,3:39:26,0,0:36:10:21,0,0:5,0,0:5:5:44:15:9,5,3:4,2,0:8:7 chr19 16790859 . C T 1158.11 PASS AF=0.50885;AO=111;DP=224;FAO=115;FDP=226;FR=.;FRO=111;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.00257895;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.895;QD=20.4976;RBI=0.0681012;REFB=0.0166133;REVB=0.0680523;RO=111;SAF=51;SAR=60;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503465;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0140654;OID=.;OPOS=16790859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:226:111:111:111:115:0.50885:60:51:51:60:64:51:50:61 chr19 16842052 . G T 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0102456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.971;QD=19.7383;RBI=0.0105513;REFB=-0.00381878;REVB=0.00252181;RO=44;SAF=24;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944482;STB=0.552438;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00393608;OID=.;OPOS=16842052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:19:24:20:24:19:24:20:24 chr19 16860105 . G A 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.042;QD=62.3139;RBI=0.0187512;REFB=0;REVB=0.00653287;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66857e-05;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:56:30:0:0:56:30:0:0 chr19 16899838 . A T 2510.64 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.064;QD=61.6107;RBI=0.0490726;REFB=0;REVB=-0.0216814;RO=0;SAF=73;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8914e-05;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:90:73:0:0:90:73:0:0 chr19 16976286 . A G 2216.83 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.831;QD=63.338;RBI=0.0310281;REFB=0;REVB=0.00244699;RO=0;SAF=53;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73768e-05;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:87:53:0:0:87:53:0:0 chr19 17014658 . C T 303.31 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0409546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.464;QD=12.3798;RBI=0.0409569;REFB=0.00119639;REVB=0.000439667;RO=63;SAF=11;SAR=24;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174306;STB=0.600691;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00244418;OID=.;OPOS=17014658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:63:35:35:0.357143:24:11:29:34:24:11:29:34 chr19 17025292 . G A 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00325507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.067;QD=14.5319;RBI=0.0110641;REFB=-0.00679639;REVB=-0.0105745;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128865;STB=0.573084;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0121892;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:13:16:17:23:13:16:17:23 chr19 17081790 . G A 2621.64 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.194;QD=62.0507;RBI=0.0300302;REFB=0;REVB=0.0206245;RO=0;SAF=83;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10144e-05;OID=.;OPOS=17081790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:86:83:0:0:86:83:0:0 chr19 17088299 . T C 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0460513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.271;QD=16.3492;RBI=0.0463169;REFB=-0.0329807;REVB=-0.00495299;RO=41;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064153;STB=0.542479;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0393444;OID=.;OPOS=17088299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:42:34:34:0.447368:18:16:22:19:18:16:23:19 chr19 17088319 . G T 235.24 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0066007;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.071;QD=15.1766;RBI=0.00998627;REFB=-0.000498369;REVB=0.00749375;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189095;STB=0.592524;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0016446;OID=.;OPOS=17088319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:35:26:27:0.435484:16:10:20:15:16:11:20:15 chr19 17091368 . T G 768.66 PASS AF=0.433862;AO=82;DP=189;FAO=82;FDP=189;FR=.;FRO=107;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=63;FWDB=-0.0172984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.704;QD=16.2678;RBI=0.0254559;REFB=-0.0248725;REVB=-0.0186754;RO=105;SAF=33;SAR=49;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173394;STB=0.505153;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0333005;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:105:107:82:82:0.433862:49:33:44:61:49:33:44:63 chr19 17100552 . A G 542.11 PASS AF=0.453125;AO=57;DP=126;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.00139808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.287;QD=16.941;RBI=0.00578413;REFB=-0.014845;REVB=0.00561263;RO=59;SAF=36;SAR=21;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193464;STB=0.645068;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0166509;OID=.;OPOS=17100552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:59:70:57:58:0.453125:21:36:25:34:21:37:26:44 chr19 17108135 . C T 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=0.0097345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.37;QD=15.4998;RBI=0.0110208;REFB=-0.016224;REVB=-0.00516694;RO=40;SAF=10;SAR=21;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14955;STB=0.583651;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0193543;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:21:10:8:32:21:10:8:32 chr19 17111297 . A G 445.46 PASS AF=0.395349;AO=50;DP=128;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.0168421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.413;QD=13.8127;RBI=0.0171442;REFB=-0.000273717;REVB=-0.0032041;RO=77;SAF=22;SAR=28;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409222;STB=0.524975;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000614839;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:77:78:50:51:0.395349:28:22:31:46:28:23:32:46 chr19 17273893 . G T 594.03 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.711;QD=60.9263;RBI=0.011199;REFB=0;REVB=0.00654641;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4483e-05;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:24:15:0:0 chr19 17303774 . T G 3051.82 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.96;QD=63.5796;RBI=0.0288706;REFB=0;REVB=0.00461843;RO=0;SAF=87;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94294e-05;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:191:192:1:104:87:0:0:104:88:0:0 chr19 17305440 . T C 1712.98 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8902;QD=60.6365;RBI=0.0489287;REFB=0;REVB=0.0147686;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9856e-05;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:58:55:0:0:58:55:0:0 chr19 17306031 . T C 1073.69 PASS AF=0.986301;AO=62;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.624;QD=58.8323;RBI=0.0459088;REFB=0;REVB=0.0427073;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262069;OID=.;OPOS=17306031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:0:62:72:0.986301:26:36:0:0:32:40:0:0 chr19 17312992 . C T 1259.66 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.879;QD=61.4469;RBI=0.0444439;REFB=0;REVB=0.0322188;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94875e-06;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:38:42:0:0:40:42:0:0 chr19 17316782 . T C 1590.79 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.511;QD=58.9181;RBI=0.0324154;REFB=-0.128382;REVB=0.0229072;RO=1;SAF=50;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939812;STB=0.50495;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00078539;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:57:50:1:0:57:50:1:0 chr19 17317955 . A G 3600.47 PASS AF=1;AO=229;DP=232;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109558;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.965;QD=62.6168;RBI=0.109982;REFB=-0.0499278;REVB=-0.00965571;RO=1;SAF=109;SAR=120;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0043519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591901;OID=.;OPOS=17317955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:232:230:1:0:229:230:1:120:109:1:0:120:110:0:0 chr19 17330060 . T C 2919.99 PASS AF=0.979167;AO=188;DP=192;FAO=188;FDP=192;FR=.;FRO=4;FSAF=84;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0379518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4032;QD=60.8332;RBI=0.0505844;REFB=0.00396903;REVB=-0.0334431;RO=2;SAF=84;SAR=104;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00906826;STB=0.50415;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.000255802;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:192:192:2:4:188:188:0.979167:104:84:0:2:104:84:1:3 chr19 17337555 . C A 177.71 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=0.012995;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.228;QD=12.2558;RBI=0.0186561;REFB=-0.00700813;REVB=0.0133858;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372734;STB=0.711082;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0101554;OID=.;OPOS=17337555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:36:22:22:0.37931:10:12:7:29:10:12:7:29 chr19 17337871 . A G 344.94 PASS AF=0.474359;AO=29;DP=70;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=36;FWDB=0.0123162;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5235;QD=17.6891;RBI=0.0328472;REFB=0.029706;REVB=0.0304508;RO=40;SAF=0;SAR=29;SRF=4;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.796125;STB=0.749807;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00385529;OID=.;OPOS=17337871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:78:40:41:29:37:0.474359:29:0:4:36:36:1:5:36 chr19 17337882 . C G 380.2 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=36;FWDB=-0.0149344;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.393;QD=19.0099;RBI=0.0152132;REFB=-0.012482;REVB=-0.00289943;RO=41;SAF=1;SAR=37;SRF=5;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43342;STB=0.639418;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.011841;OID=.;OPOS=17337882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:38:39:0.4875:37:1:5:36:37:2:5:36 chr19 17338099 . G C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0403477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.252;QD=12.7913;RBI=0.0404521;REFB=-0.0162824;REVB=0.00290428;RO=23;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327811;STB=0.519204;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0207813;OID=.;OPOS=17338099;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:10:4:6:17:10:4:6:17 chr19 17339112 . G A 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=-0.013819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.436;QD=14.6054;RBI=0.0153983;REFB=-0.01123;REVB=0.00679296;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294496;STB=0.665184;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0124455;OID=.;OPOS=17339112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:18:16:37:12:18:16:37:12 chr19 17351535 . G A 388.8 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00600024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.588;QD=16.2001;RBI=0.011937;REFB=-0.018878;REVB=0.0103194;RO=54;SAF=22;SAR=19;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382248;STB=0.515609;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0207128;OID=.;OPOS=17351535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:55:41:41:0.427083:19:22:31:23:19:22:31:24 chr19 17366278 . T C 1540.5 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.344;QD=59.8254;RBI=0.0112552;REFB=0;REVB=0.00101754;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06517e-05;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:54:48:0:0:54:49:0:0 chr19 17392894 . G A 792.45 PASS AF=0.43299;AO=84;DP=194;FAO=84;FDP=194;FR=.;FRO=110;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=0.0147318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.947;QD=16.3392;RBI=0.110992;REFB=-0.0158819;REVB=0.11001;RO=110;SAF=37;SAR=47;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424071;STB=0.523639;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0156101;OID=.;OPOS=17392894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:110:110:84:84:0.43299:47:37:53:57:47:37:53:57 chr19 17393015 . C T 416.22 PASS AF=0.5;AO=32;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0414879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.253;QD=21.3444;RBI=0.0415481;REFB=-0.0248632;REVB=-0.00223705;RO=35;SAF=5;SAR=27;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418883;STB=0.584861;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0170937;OID=.;OPOS=17393015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:35:36:32:39:0.5:27:5:18:17:26:13:18:18 chr19 17393504 . G C 199.66 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0180951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.167;QD=11.7448;RBI=0.0371042;REFB=-0.0193736;REVB=0.0323927;RO=43;SAF=15;SAR=9;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343378;STB=0.518504;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0409139;OID=.;OPOS=17393504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:43:43:24:25:0.367647:9:15:27:16:10:15:27:16 chr19 17393530 . T A 414.62 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0404893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.318;QD=16.7525;RBI=0.0436872;REFB=-0.0223247;REVB=0.016407;RO=56;SAF=24;SAR=19;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135916;STB=0.50763;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0288118;OID=.;OPOS=17393530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:19:24:32:24:19:24:32:24 chr19 17394124 . T G 1102.24 PASS AF=0.405844;AO=125;DP=308;FAO=125;FDP=308;FR=.;FRO=183;FSAF=74;FSAR=51;FSRF=93;FSRR=90;FWDB=-0.0624954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1284;QD=14.3148;RBI=0.0630452;REFB=0.00665539;REVB=-0.0083078;RO=171;SAF=74;SAR=51;SRF=93;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510898;STB=0.55057;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0162896;OID=.;OPOS=17394124;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:171:183:125:125:0.405844:51:74:93:78:51:74:93:90 chr19 17394504 . A C 215.39 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0101104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2922;QD=13.0541;RBI=0.0266438;REFB=-0.00133575;REVB=-0.0246511;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264382;STB=0.51514;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00433797;OID=.;OPOS=17394504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:13:13:21:19:13:13:21:19 chr19 17395003 . A G 821.66 PASS AF=0.436548;AO=85;DP=198;FAO=86;FDP=197;FR=.;FRO=111;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=0.0161625;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.137;QD=16.6834;RBI=0.0175976;REFB=-0.009043;REVB=-0.00696037;RO=113;SAF=31;SAR=54;SRF=48;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649234;STB=0.535706;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0123714;OID=.;OPOS=17395003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:113:111:85:86:0.436548:54:31:48:65:54:32:48:63 chr19 17395055 . C G 724.14 PASS AF=0.415789;AO=79;DP=190;FAO=79;FDP=190;FR=.;FRO=111;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=45;FSRR=66;FWDB=0.0172946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.543;QD=15.245;RBI=0.019102;REFB=-0.0251134;REVB=0.00811076;RO=111;SAF=25;SAR=54;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102416;STB=0.557507;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0388663;OID=.;OPOS=17395055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:111:111:79:79:0.415789:54:25:45:66:54:25:45:66 chr19 17396549 . T C 732.76 PASS AF=0.434066;AO=78;DP=181;FAO=79;FDP=182;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.00794401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4197;QD=16.1045;RBI=0.0346959;REFB=-0.00772366;REVB=0.0337743;RO=102;SAF=36;SAR=42;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491199;STB=0.52068;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00910141;OID=.;OPOS=17396549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:102:103:78:79:0.434066:42:36:52:50:42:37:52:51 chr19 17397480 . TG T 49.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0550026;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2913;QD=28.3092;RBI=0.0550026;REFB=-0.0355794;REVB=-1.01414e-05;RO=12;SAF=6;SAR=0;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.696463;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00598354;OID=.;OPOS=17397481;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:6:19:6:7:1:6:0:1:0:6:12:6:0:9:3 chr19 17397501 . T G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00842155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4581;QD=23.2191;RBI=0.0554608;REFB=-0.0435384;REVB=-0.0548177;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00536066;OID=.;OPOS=17397501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr19 17412366 . G A 207.69 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0344579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.862;QD=13.3995;RBI=0.0369455;REFB=-0.0178372;REVB=0.0133276;RO=37;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097799;STB=0.556141;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0137806;OID=.;OPOS=17412366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:17:8:15:22:17:8:15:22 chr19 17435884 . T C 170.77 PASS AF=0.486486;AO=14;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00620733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.526;QD=18.4621;RBI=0.00857271;REFB=-0.0209384;REVB=-0.00591274;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183534;STB=0.594493;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0224206;OID=.;OPOS=17435884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:14:18:0.486486:7:7:6:13:9:9:6:13 chr19 17435887 . C T 160.46 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00344515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.617;QD=18.3385;RBI=0.0149555;REFB=-0.0323439;REVB=-0.0145533;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106919;STB=0.599886;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0244079;OID=.;OPOS=17435887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:18:17:17:0.485714:8:9:6:9:8:9:6:12 chr19 17438642 . A G 785.32 PASS AF=0.506329;AO=80;DP=160;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.00383938;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.049;QD=19.8816;RBI=0.0188839;REFB=-0.0158789;REVB=0.0184895;RO=78;SAF=32;SAR=48;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148341;STB=0.581612;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0217603;OID=.;OPOS=17438642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:78:78:80:80:0.506329:48:32:44:34:48:32:44:34 chr19 17448961 . A C 973.67 PASS AF=0.416031;AO=109;DP=264;FAO=109;FDP=262;FR=.;FRO=153;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=93;FSRR=60;FWDB=-0.0202341;FXX=0.00757547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.413;QD=14.8652;RBI=0.0228138;REFB=-0.0285045;REVB=-0.0105381;RO=145;SAF=48;SAR=61;SRF=85;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148825;STB=0.596901;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0368233;OID=.;OPOS=17448961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:262:145:153:109:109:0.416031:61:48:85:60:61:48:93:60 chr19 17450016 . T C 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0451351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2287;QD=20.44;RBI=0.0512822;REFB=-0.01446;REVB=-0.0243451;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206577;STB=0.511459;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0198087;OID=.;OPOS=17450016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:19:14:13:16:19:14:13:16 chr19 17535498 . GC CG,GCG 148.36 PASS AF=0,0.128205;AO=13,46;DP=358;FAO=0,45;FDP=351;FR=.;FRO=306;FSAF=0,35;FSAR=0,10;FSRF=144;FSRR=162;FWDB=-0.0149888,-0.024431;FXX=0.00566556;HRUN=3,0;LEN=2,1;MLLD=140.795,133.647;QD=1.6907;RBI=0.0775738,0.0670877;REFB=-0.00148449,-0.00135601;REVB=-0.0761119,-0.0624811;RO=295;SAF=0,35;SAR=13,11;SRF=145;SRR=150;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.453154,0.351805;STB=0.5,0.770685;STBP=1,0.001;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0440778;OID=.,.;OPOS=17535498,17535500;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:358:351:295:306:13,46:0,45:0,0.128205:13,11:0,35:145:150:0,10:0,35:144:162 chr19 17544244 . C T 608.61 PASS AF=0.388889;AO=69;DP=179;FAO=70;FDP=180;FR=.;FRO=110;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=0.0253895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.094;QD=13.5246;RBI=0.0328412;REFB=-0.00927958;REVB=0.0208307;RO=110;SAF=32;SAR=37;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000144094;STB=0.504779;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0143824;OID=.;OPOS=17544244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:110:110:69:70:0.388889:37:32:51:59:37:33:51:59 chr19 17547292 . A G 1743.48 PASS AF=1;AO=113;DP=117;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149006;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.652;QD=61.1749;RBI=0.0161472;REFB=0;REVB=-0.00622129;RO=0;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109923;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:114:0:0:113:114:1:66:47:0:0:66:48:0:0 chr19 17556054 . A G 263.99 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0134754;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.045;QD=12.7223;RBI=0.0167703;REFB=-0.00951597;REVB=0.0099828;RO=52;SAF=13;SAR=18;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468353;STB=0.526881;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0140922;OID=.;OPOS=17556054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:52:52:31:31:0.373494:18:13:24:28:18:13:24:28 chr19 17611490 . T G 557.09 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0169756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.403;QD=20.2579;RBI=0.0200085;REFB=-0.00570441;REVB=0.0105911;RO=53;SAF=36;SAR=21;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837468;STB=0.504614;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00481816;OID=.;OPOS=17611490;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:21:36:33:20:21:36:33:20 chr19 17616171 . G A 616.28 PASS AF=0.38587;AO=58;DP=184;FAO=71;FDP=184;FR=.;FRO=113;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=70;FSRR=43;FWDB=0.0317799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0322;QD=13.3974;RBI=0.0452721;REFB=-0.0215296;REVB=0.0322428;RO=80;SAF=21;SAR=37;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159577;STB=0.602516;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0379741;OID=.;OPOS=17616171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:80:113:58:71:0.38587:37:21:41:39:39:32:70:43 chr19 17622614 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0272197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8637;QD=12.0509;RBI=0.030408;REFB=0.00785733;REVB=-0.013555;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555787;STB=0.533258;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0100891;OID=.;OPOS=17622614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:8:5:3:6:8:5 chr19 17628587 . A G 623.27 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00580284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.221;QD=19.9445;RBI=0.00961495;REFB=0.0086526;REVB=-0.00766644;RO=62;SAF=37;SAR=26;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151222;STB=0.583392;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00938769;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:62:63:63:0.504:26:37:26:36:26:37:26:36 chr19 17648350 . T C 199.36 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0312523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.636;QD=27.498;RBI=0.0356944;REFB=-0.0225395;REVB=-0.0172447;RO=10;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147618;STB=0.582002;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0127436;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:7:12:4:6:7:12:4:6 chr19 17664325 . G A 821.54 PASS AF=0.567164;AO=74;DP=130;FAO=76;FDP=134;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0403367;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.125;QD=24.5237;RBI=0.0421031;REFB=-0.0152052;REVB=0.0120673;RO=56;SAF=34;SAR=40;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602942;STB=0.539463;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0091676;OID=.;OPOS=17664325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:134:56:58:74:76:0.567164:40:34:30:26:41:35:32:26 chr19 17712711 . C T 217.68 PASS AF=0.363636;AO=26;DP=75;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.00978746;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.322;QD=11.3081;RBI=0.0226567;REFB=-0.0149595;REVB=-0.0204336;RO=46;SAF=15;SAR=11;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191758;STB=0.595267;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.02708;OID=.;OPOS=17712711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:46:49:26:28:0.363636:11:15:34:12:12:16:35:14 chr19 17741047 . A G 595.69 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.0287975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.181;QD=17.7819;RBI=0.0288009;REFB=0.00142867;REVB=0.000442325;RO=72;SAF=28;SAR=34;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117241;STB=0.56494;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00191917;OID=.;OPOS=17741047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:72:72:62:62:0.462687:34:28:24:48:34:28:24:48 chr19 17746946 . GA G,GC,GG 2205.16 PASS AF=0.0143885,0,0.985612;AO=43,7,83;DP=141;FAO=2,0,137;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,57;FSAR=2,0,80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421232,-0.00942195,0.0545314;FXX=0.0141834;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=227.278,61.2972,235.857;QD=63.4579;RBI=0.0550911,0.0169149,0.0637554;REFB=0,0,0;REVB=0.0355059,-0.0140477,0.0330314;RO=1;SAF=19,7,25;SAR=24,0,58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0240734,0,-0.0185652;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0404125,0,0.00388139;OID=.,.,.;OPOS=17746947,17746947,17746947;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0143885,0,0.985612:43,7,83:141:2,0,137:139:0:0,0,57:2,0,80:0:0:4:1:19,7,25:24,0,58:1:0 chr19 17777508 . C G 273.49 PASS AF=0.54717;AO=27;DP=51;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0376957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0662;QD=20.6405;RBI=0.0480367;REFB=-0.00307244;REVB=-0.0297752;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962867;STB=0.568017;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00538432;OID=.;OPOS=17777508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:24:24:27:29:0.54717:12:15:16:8:14:15:16:8 chr19 17837425 . C G 294.53 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0333906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9799;QD=15.1041;RBI=0.0343137;REFB=-0.0463116;REVB=-0.00790566;RO=44;SAF=10;SAR=23;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070044;STB=0.549041;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0528308;OID=.;OPOS=17837425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:23:10:16:28:23:10:17:28 chr19 17837968 . GC CG,G 59.3 PASS AF=0.0348837,0.255814;AO=4,27;DP=92;FAO=3,22;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=0,8;FSAR=3,14;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0195762,-0.0624498;FXX=0.0752607;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=132.409,7.04754;QD=2.75829;RBI=0.135023,0.166663;REFB=-0.0113394,-0.142956;REVB=-0.133597,-0.154521;RO=42;SAF=0,19;SAR=4,8;SRF=21;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.560465,0.230187;STB=0.996994,0.652791;STBP=0.055,0.095;TYPE=mnp,del;VARB=0.00246411,0.0943376;OID=.,.;OPOS=17837968,17837969;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:92:86:42:61:4,27:3,22:0.0348837,0.255814:4,8:0,19:21:21:3,14:0,8:35:26 chr19 17837981 . A G 630.7 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.000580604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.263;QD=17.7662;RBI=0.00552773;REFB=-0.0288987;REVB=-0.00549715;RO=77;SAF=34;SAR=31;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919953;STB=0.551097;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0239004;OID=.;OPOS=17837981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:77:65:65:0.457746:31:34:33:44:31:34:33:44 chr19 17885270 . A G 465.09 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0161993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.231;QD=19.5825;RBI=0.016394;REFB=-0.0266345;REVB=0.00251891;RO=48;SAF=18;SAR=28;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102205;STB=0.562589;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0342068;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:48:49:46:46:0.484211:28:18:24:24:28:18:25:24 chr19 17885880 . C T 461.1 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0110343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.128;QD=14.6381;RBI=0.0222587;REFB=-0.0145344;REVB=-0.0193312;RO=74;SAF=29;SAR=23;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104582;STB=0.505884;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0197712;OID=.;OPOS=17885880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:74:52:52:0.412698:23:29:42:32:23:29:42:32 chr19 17886940 . G A 241.29 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00155683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.276;QD=14.6236;RBI=0.00156611;REFB=-0.00710357;REVB=-0.000170204;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688066;STB=0.532415;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00822468;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:38:28:28:0.424242:17:11:17:20:17:11:17:21 chr19 17887024 . T C 2242.09 PASS AF=0.993056;AO=141;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.237;QD=62.2803;RBI=0.0310172;REFB=-0.0741015;REVB=0.0241772;RO=1;SAF=48;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508583;STB=0.502673;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000444489;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:144:1:1:141:143:0.993056:93:48:0:1:93:50:0:1 chr19 17889556 . G C 348.58 PASS AF=0.358333;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0959249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.748;QD=11.6194;RBI=0.0984797;REFB=0.0119951;REVB=0.022286;RO=70;SAF=2;SAR=41;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.673625;STB=0.897566;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0121737;OID=.;OPOS=17889556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:77:43:43:0.358333:41:2:32:38:41:2:34:43 chr19 17892591 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.469;QD=54.5169;RBI=0.16534;REFB=0;REVB=0.0337774;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111599;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr19 17919024 . A T 437.69 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00601487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.416;QD=21.6143;RBI=0.0160373;REFB=-0.0237627;REVB=0.0148666;RO=38;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768768;STB=0.542412;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0174089;OID=.;OPOS=17919024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:21:22:16:22:21:22:16:22 chr19 17922795 . G A 210.12 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0224551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.845;QD=11.838;RBI=0.0296953;REFB=-0.0217756;REVB=-0.0194314;RO=44;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279448;STB=0.510243;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0451018;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:45:26:26:0.366197:10:16:26:18:10:16:27:18 chr19 17932138 . T C 631.32 PASS AF=0.492308;AO=63;DP=129;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0355732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2976;QD=19.4253;RBI=0.0357354;REFB=-0.00528531;REVB=0.00340152;RO=66;SAF=38;SAR=25;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017507;STB=0.506327;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00615864;OID=.;OPOS=17932138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:66:66:63:64:0.492308:25:38:41:25:25:39:41:25 chr19 17932289 . C T 252.77 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0146321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.339;QD=12.9628;RBI=0.0220505;REFB=-0.0396948;REVB=0.0164963;RO=47;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132668;STB=0.575708;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0786986;OID=.;OPOS=17932289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:12:19:23:24:12:19:23:24 chr19 18123738 . T C 415.14 PASS AF=0.446602;AO=44;DP=102;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0104707;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.14;QD=16.122;RBI=0.0106658;REFB=-0.00144146;REVB=-0.0020306;RO=58;SAF=20;SAR=24;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184106;STB=0.59392;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0018794;OID=.;OPOS=18123738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:58:57:44:46:0.446602:24:20:37:21:24:22:37:20 chr19 18180413 . C G 781.56 PASS AF=0.48503;AO=81;DP=167;FAO=81;FDP=167;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.0106371;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.0701;QD=18.72;RBI=0.0250714;REFB=0.00231867;REVB=-0.022703;RO=85;SAF=39;SAR=42;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430242;STB=0.520458;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00497275;OID=.;OPOS=18180413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:85:86:81:81:0.48503:42:39:37:48:42:39:38:48 chr19 18180451 . A G 871.41 PASS AF=0.494382;AO=87;DP=177;FAO=88;FDP=178;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.016199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.345;QD=19.5821;RBI=0.0268461;REFB=-0.0301251;REVB=-0.0214081;RO=89;SAF=42;SAR=45;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622032;STB=0.52819;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0268203;OID=.;OPOS=18180451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:89:90:87:88:0.494382:45:42:49:40:45:43:49:41 chr19 18186575 . G A 415.26 PASS AF=0.432692;AO=43;DP=115;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0174801;FXX=0.118634;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.43;QD=15.9713;RBI=0.0175;REFB=-0.0117081;REVB=0.000833648;RO=51;SAF=20;SAR=23;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716324;STB=0.563609;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0188297;OID=.;OPOS=18186575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:104:51:59:43:45:0.432692:23:20:20:31:24:21:21:38 chr19 18186618 . T C 523.26 PASS AF=0.505051;AO=49;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0158513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.364;QD=21.1416;RBI=0.0162834;REFB=-0.0132735;REVB=0.00372668;RO=49;SAF=27;SAR=22;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200733;STB=0.613991;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0057458;OID=.;OPOS=18186618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:49:49:50:0.505051:22:27:16:33:22:28:16:33 chr19 18191664 . C G 346.33 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273469;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.964;QD=55.4124;RBI=0.0282365;REFB=0;REVB=0.00703164;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188984;OID=.;OPOS=18191664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr19 18266699 . C T 2732.4 PASS AF=1;AO=175;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508264;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.312;QD=62.0999;RBI=0.0606541;REFB=0;REVB=0.0330998;RO=0;SAF=74;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96595e-05;OID=.;OPOS=18266699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:177:176:0:0:175:176:1:101:74:0:0:102:74:0:0 chr19 18279638 . T C 3204.77 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225373;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6346;QD=61.6303;RBI=0.0231862;REFB=-0.00196193;REVB=-0.00544696;RO=1;SAF=103;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36988e-05;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:208:1:0:208:208:1:105:103:0:1:105:103:0:0 chr19 18343950 . G A 2076.12 PASS AF=0.553314;AO=190;DP=345;FAO=192;FDP=347;FR=.;FRO=155;FSAF=97;FSAR=95;FSRF=70;FSRR=85;FWDB=0.0271765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0078;QD=23.9322;RBI=0.0366687;REFB=-0.0300476;REVB=-0.0246177;RO=154;SAF=96;SAR=94;SRF=70;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04178;STB=0.523929;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0156354;OID=.;OPOS=18343950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:347:154:155:190:192:0.553314:94:96:70:84:95:97:70:85 chr19 18359037 . G A 1932.67 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.359;QD=61.8454;RBI=0.0355606;REFB=0;REVB=0.0270005;RO=0;SAF=48;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57227e-05;OID=.;OPOS=18359037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:77:48:0:0:77:48:0:0 chr19 18368810 . G T 1088.83 PASS AF=0.435424;AO=118;DP=271;FAO=118;FDP=271;FR=.;FRO=153;FSAF=42;FSAR=76;FSRF=78;FSRR=75;FWDB=-0.00427878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.026;QD=16.0713;RBI=0.0233166;REFB=-0.00758183;REVB=0.0229206;RO=153;SAF=42;SAR=76;SRF=78;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161333;STB=0.589818;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0118132;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:153:153:118:118:0.435424:76:42:78:75:76:42:78:75 chr19 18368969 . G A 2044.52 PASS AF=0.480278;AO=207;DP=431;FAO=207;FDP=431;FR=.;FRO=224;FSAF=104;FSAR=103;FSRF=110;FSRR=114;FWDB=0.010713;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.642;QD=18.9747;RBI=0.0108631;REFB=-0.0114576;REVB=0.00179959;RO=221;SAF=104;SAR=103;SRF=109;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865575;STB=0.505895;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0131998;OID=.;OPOS=18368969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:431:431:221:224:207:207:0.480278:103:104:109:112:103:104:110:114 chr19 18368988 . G A 1608.04 PASS AF=0.450928;AO=167;DP=373;FAO=170;FDP=377;FR=.;FRO=207;FSAF=83;FSAR=87;FSRF=107;FSRR=100;FWDB=0.00382523;FXX=0.00527691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.155;QD=17.0614;RBI=0.00809631;REFB=-0.0215338;REVB=0.00713568;RO=202;SAF=83;SAR=84;SRF=106;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274806;STB=0.515739;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.027308;OID=.;OPOS=18368988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:377:202:207:167:170:0.450928:84:83:106:96:87:83:107:100 chr19 18369120 . G A 444.61 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00397473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.648;QD=15.2002;RBI=0.0141004;REFB=-0.0162172;REVB=-0.0135286;RO=67;SAF=25;SAR=25;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838274;STB=0.54699;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0194979;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:25:25:28:39:25:25:28:39 chr19 18369211 . T G 358.51 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0254052;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9108;QD=14.4851;RBI=0.0423744;REFB=0.00576646;REVB=0.0339141;RO=60;SAF=5;SAR=34;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425299;STB=0.747101;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0141076;OID=.;OPOS=18369211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:60:60:39:39:0.393939:34:5:25:35:34:5:25:35 chr19 18369270 . C T 143.01 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0118149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.951;QD=10.7929;RBI=0.0130076;REFB=-0.00416543;REVB=-0.00544107;RO=35;SAF=4;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329788;STB=0.696446;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.010312;OID=.;OPOS=18369270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:14:4:17:18:14:4:17:18 chr19 18369581 . G T 245.68 PASS AF=0.5;AO=22;DP=43;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0326734;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.2171;QD=20.4735;RBI=0.0360794;REFB=-0.00955092;REVB=0.0153027;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174248;STB=0.520888;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0108164;OID=.;OPOS=18369581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:48:21:24:22:24:0.5:13:9:9:12:13:11:12:12 chr19 18369596 . GT AC 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0171996;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.619;QD=18.9665;RBI=0.019576;REFB=-0.0158886;REVB=-0.00934855;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137902;STB=0.507805;STBP=0.936;TYPE=mnp;VARB=0.0152738;OID=.;OPOS=18369596;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:11:14:12:10:11:14 chr19 18370063 . A AG 456.63 PASS AF=1;AO=38;DP=45;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8446;QD=46.834;RBI=0.0623862;REFB=0;REVB=0.0128867;RO=6;SAF=10;SAR=28;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169882;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00187341;OID=.;OPOS=18370064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:45:39:39:0:10:29:0:0:8:6:10:28:5:1 chr19 18370160 . A AG,G 237.97 PASS AF=0.914286,0.0857143;AO=25,3;DP=35;FAO=32,3;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15,3;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468317,-0.00493184;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=9.34984,257.543;QD=27.1963;RBI=0.282629,0.0126369;REFB=-0.0223473,-0.0335193;REVB=0.278721,-0.0116348;RO=6;SAF=13,3;SAR=12,0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.125407,0.754726;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0189289,0.00307071;OID=.,.;OPOS=18370161,18370160;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:35:35:6:0:25,3:32,3:0.914286,0.0857143:12,0:13,3:1:5:17,0:15,3:0:0 chr19 18370531 . GT GA,G 102.04 PASS AF=0,0.684211;AO=2,14;DP=38;FAO=0,26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=0,16;FSAR=0,10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0238032,0.235019;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=69.4192,7.08312;QD=10.7416;RBI=0.0664776,0.235824;REFB=-0.0397888,-0.261875;REVB=-0.0620699,0.0194702;RO=20;SAF=2,9;SAR=0,5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0.377953;SSSB=0.471211,0.0462575;STB=0.5,0.51063;STBP=1,0.876;TYPE=snp,del;VARB=0,0.16772;OID=.,.;OPOS=18370532,18370532;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.684211:2,14:38:0,26:38:12:0,16:0,10:7:5:23:20:2,9:0,5:12:8 chr19 18370571 . T C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00420374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.104;QD=19.108;RBI=0.00424134;REFB=-0.000790106;REVB=-0.000563463;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536388;STB=0.799198;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000384867;OID=.;OPOS=18370571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:5:6:9:9:0.6:8:1:4:1:8:1:4:2 chr19 18371394 . C T 64.68 PASS AF=0.5;AO=5;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0151375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.233;QD=16.1694;RBI=0.0238215;REFB=-0.0504017;REVB=0.0183935;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317065;STB=0.6918;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0420342;OID=.;OPOS=18371394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:16:5:6:5:8:0.5:3:2:4:1:6:2:4:2 chr19 18375563 . G A 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00340157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.109;QD=15.7533;RBI=0.0143073;REFB=-0.017505;REVB=0.013897;RO=46;SAF=26;SAR=9;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367893;STB=0.708271;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0225685;OID=.;OPOS=18375563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:9:26:18:28:9:26:18:28 chr19 18375608 . G A 864.07 PASS AF=0.52439;AO=86;DP=164;FAO=86;FDP=164;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=0.000734112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.484;QD=21.0749;RBI=0.0328669;REFB=0.00197513;REVB=0.0328587;RO=78;SAF=35;SAR=51;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212507;STB=0.616331;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00191474;OID=.;OPOS=18375608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:78:78:86:86:0.52439:51:35:51:27:51:35:51:27 chr19 18375659 . C T 1254.43 PASS AF=0.464286;AO=130;DP=280;FAO=130;FDP=280;FR=.;FRO=150;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=65;FSRR=85;FWDB=0.0211825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9426;QD=17.9204;RBI=0.0275383;REFB=0.0037171;REVB=-0.0175971;RO=147;SAF=68;SAR=62;SRF=64;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842319;STB=0.547959;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00459632;OID=.;OPOS=18375659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:147:150:130:130:0.464286:62:68:64:83:62:68:65:85 chr19 18375815 . G A 606.23 PASS AF=0.45;AO=62;DP=141;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=52;FWDB=-0.0105019;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.422;QD=17.3208;RBI=0.0191179;REFB=-0.0122389;REVB=0.0159751;RO=77;SAF=37;SAR=25;SRF=25;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265697;STB=0.641575;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.013486;OID=.;OPOS=18375815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:77:77:62:63:0.45:25:37:25:52:26:37:25:52 chr19 18375846 . G A 458.52 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0264959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.498;QD=15.676;RBI=0.0280337;REFB=-0.0243564;REVB=0.00915718;RO=65;SAF=29;SAR=22;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137737;STB=0.572787;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0302994;OID=.;OPOS=18375846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:66:51:51:0.435897:22:29:28:37:22:29:29:37 chr19 18375882 . G C 369.75 PASS AF=0.430108;AO=38;DP=91;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0272494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7032;QD=15.9032;RBI=0.0579761;REFB=-0.0192968;REVB=-0.0511732;RO=53;SAF=25;SAR=13;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288259;STB=0.670179;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0255708;OID=.;OPOS=18375882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:53:53:38:40:0.430108:13:25:20:33:13:27:20:33 chr19 18376407 . T A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.808;QD=60.6103;RBI=0.0236004;REFB=0;REVB=0.0224727;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83913e-05;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr19 18376517 . C T 202.46 PASS AF=0.442308;AO=24;DP=54;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00231733;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.764;QD=15.5735;RBI=0.00566066;REFB=-0.0112927;REVB=-0.0051646;RO=30;SAF=19;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269956;STB=0.615275;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0146694;OID=.;OPOS=18376517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:30:29:24:23:0.442308:5:19:17:13:5:18:18:11 chr19 18376522 . T G 769.94 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.962;QD=57.0323;RBI=0.0230389;REFB=0;REVB=0.0147311;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92119e-05;OID=.;OPOS=18376522;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:49:54:1:17:32:0:0:20:34:0:0 chr19 18377274 . A G 375.59 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5665;QD=55.6431;RBI=0.0634249;REFB=0;REVB=-0.0591335;RO=0;SAF=24;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132006;OID=.;OPOS=18377274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:3:24:0:0:3:24:0:0 chr19 18377496 . C G 2143.82 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161931;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2943;QD=63.0534;RBI=0.0310387;REFB=0;REVB=0.0264799;RO=0;SAF=51;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139388;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:85:51:0:0:85:51:0:0 chr19 18377647 . G C 189.73 PASS AF=1;AO=11;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2057;QD=47.4323;RBI=0.0134743;REFB=0;REVB=0.00970921;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00508657;OID=.;OPOS=18377647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:11:16:1:2:9:0:0:3:13:0:0 chr19 18377761 . A G 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.030367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.224;QD=11.1104;RBI=0.032947;REFB=-0.0245833;REVB=-0.0127807;RO=44;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152488;STB=0.588164;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0446671;OID=.;OPOS=18377761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:12:12:16:28:12:12:16:28 chr19 18378219 . A G 2142.41 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00682597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.341;QD=62.0989;RBI=0.0227005;REFB=-0.000564522;REVB=0.0216499;RO=1;SAF=62;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760583;STB=0.503999;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=5.79958e-06;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:138:1:1:136:137:0.992754:74:62:1:0:75:62:1:0 chr19 18390864 . A G 96.0 PASS AF=0.382353;AO=11;DP=28;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0664215;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=43.6326;QD=11.2936;RBI=0.0675353;REFB=-0.0858361;REVB=-0.0122148;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229905;STB=0.567464;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0944714;OID=.;OPOS=18390864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:28:34:17:21:11:13:0.382353:4:7:7:10:6:7:9:12 chr19 18392894 . C T 773.91 PASS AF=0.418269;AO=86;DP=208;FAO=87;FDP=208;FR=.;FRO=121;FSAF=60;FSAR=27;FSRF=103;FSRR=18;FWDB=0.0537427;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8737;QD=14.8829;RBI=0.0561408;REFB=0.0268127;REVB=0.0162332;RO=121;SAF=60;SAR=26;SRF=103;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21063;STB=0.619748;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0365677;OID=.;OPOS=18392894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:121:121:86:87:0.418269:26:60:103:18:27:60:103:18 chr19 18392913 . A G 951.87 PASS AF=0.447826;AO=96;DP=227;FAO=103;FDP=230;FR=.;FRO=127;FSAF=73;FSAR=30;FSRF=107;FSRR=20;FWDB=-0.0171286;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3123;QD=16.5542;RBI=0.0264784;REFB=-0.0131429;REVB=-0.0201921;RO=125;SAF=67;SAR=29;SRF=106;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199016;STB=0.596668;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0154839;OID=.;OPOS=18392913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:230:125:127:96:103:0.447826:29:67:106:19:30:73:107:20 chr19 18444360 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.477;QD=58.5878;RBI=0.0418464;REFB=0;REVB=-0.0231609;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1702e-05;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr19 18497024 . G C 727.43 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.598;QD=63.2545;RBI=0.0409864;REFB=0;REVB=-0.0390415;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.11683e-05;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr19 18497141 . T A 525.61 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.00605785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0847;QD=21.6748;RBI=0.0229148;REFB=-0.0118429;REVB=-0.0220995;RO=47;SAF=18;SAR=32;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394197;STB=0.521731;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00792135;OID=.;OPOS=18497141;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:32:18:15:32:32:18:15:32 chr19 18499238 . G T 938.35 PASS AF=0.561728;AO=90;DP=162;FAO=91;FDP=162;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=62;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.0376757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9466;QD=23.1691;RBI=0.0450056;REFB=-0.0165996;REVB=0.024618;RO=70;SAF=28;SAR=62;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293431;STB=0.516663;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.013797;OID=.;OPOS=18499238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:70:71:90:91:0.561728:62:28:24:46:62:29:25:46 chr19 18499422 . C G 100.56 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0409274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2787;QD=16.0892;RBI=0.0529911;REFB=-0.0149176;REVB=-0.0336601;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218591;STB=0.627678;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0123735;OID=.;OPOS=18499422;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:7:6:3:9:7:6 chr19 18502835 . G A 2021.71 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.010367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.934;QD=59.9024;RBI=0.0104618;REFB=-0.0482378;REVB=-0.00140499;RO=3;SAF=59;SAR=73;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191293;STB=0.510066;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=8.6554e-05;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:135:3:3:132:132:0.977778:73:59:0:3:73:59:0:3 chr19 18538742 . A C 226.99 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0484391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.452;QD=13.5514;RBI=0.0496962;REFB=-0.00257473;REVB=-0.0111067;RO=40;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719517;STB=0.541119;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00427035;OID=.;OPOS=18538742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:11:16:21:19:11:16:21:19 chr19 18546678 . T C 581.75 PASS AF=0.491803;AO=59;DP=121;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00839872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.221;QD=19.0738;RBI=0.0107878;REFB=0.01062;REVB=-0.00677032;RO=61;SAF=37;SAR=22;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097809;STB=0.544411;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0071373;OID=.;OPOS=18546678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:61:62:59:60:0.491803:22:37:32:29:23:37:33:29 chr19 18547305 . T A 478.56 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0139538;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9573;QD=24.5418;RBI=0.0141259;REFB=-0.0344037;REVB=0.0021981;RO=33;SAF=22;SAR=23;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00311904;STB=0.50171;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0522707;OID=.;OPOS=18547305;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:33:33:45:45:0.576923:23:22:16:17:23:22:16:17 chr19 18553580 . CAGAT C 150.08 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0125598;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=4;MLLD=332.698;QD=11.1169;RBI=0.0281071;REFB=-0.00194989;REVB=0.0251448;RO=35;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396278;STB=0.730107;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.00337114;OID=.;OPOS=18553581;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351852:19:55:19:54:35:13:6:11:24:99:35:13:6:11:24 chr19 18562438 . C T 615.11 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=55;FWDB=0.00441432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.058;QD=17.2059;RBI=0.0185935;REFB=-0.0306307;REVB=0.0180619;RO=78;SAF=18;SAR=46;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317149;STB=0.515195;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0341298;OID=.;OPOS=18562438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:78:79:64:64:0.447552:46:18:24:54:46:18:24:55 chr19 18679379 . C G 511.48 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0270299;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0309;QD=18.4317;RBI=0.0702568;REFB=0.000588941;REVB=0.064849;RO=57;SAF=33;SAR=21;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113435;STB=0.562924;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000390269;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:57:57:54:54:0.486486:21:33:28:29:21:33:28:29 chr19 18684563 . C T 134.31 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.011437;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.147;QD=15.3494;RBI=0.0372559;REFB=-0.00799288;REVB=-0.035457;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165407;STB=0.509566;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0119536;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:11:9:7:8:11:9 chr19 18700047 . A G 481.38 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00318078;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.151;QD=15.9134;RBI=0.0210058;REFB=-0.0136043;REVB=0.0207636;RO=68;SAF=17;SAR=36;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115768;STB=0.56497;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0215493;OID=.;OPOS=18700047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:68:53:53:0.438017:36:17:29:39:36:17:29:39 chr19 18710535 . G A 877.61 PASS AF=0.559211;AO=84;DP=152;FAO=85;FDP=152;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=11;FSRR=56;FWDB=0.0155311;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9401;QD=23.095;RBI=0.0384641;REFB=0.00786223;REVB=0.0351891;RO=67;SAF=38;SAR=46;SRF=11;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244335;STB=0.633613;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00488112;OID=.;OPOS=18710535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:67:67:84:85:0.559211:46:38:11:56:46:39:11:56 chr19 18726856 . T C 699.28 PASS AF=0.53125;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0165642;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.693;QD=21.8525;RBI=0.023522;REFB=-0.013279;REVB=-0.0167008;RO=60;SAF=35;SAR=33;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410178;STB=0.522501;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0120005;OID=.;OPOS=18726856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:60:60:68:68:0.53125:33:35:28:32:33:35:28:32 chr19 18900013 . TGG T,TG 158.95 PASS AF=0.243243,0.297297;AO=16,24;DP=75;FAO=18,22;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=0,2;FSAR=18,20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.104265,0.205749;FXX=0.038956;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=20.3707,9.40155;QD=8.59175;RBI=0.135636,0.280007;REFB=-0.0458956,-0.0877034;REVB=-0.086752,-0.189924;RO=24;SAF=0,1;SAR=16,23;SRF=17;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.842103,-0.751456;STB=0.999274,0.847079;STBP=0,0.002;TYPE=del,del;VARB=-1.31099e-05,-0.0460301;OID=.,.;OPOS=18900014,18900014;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.243243,0.297297:16,24:75:18,22:74:34:0,2:18,20:18:16:49:24:0,1:16,23:17:7 chr19 18977937 . G C 1541.13 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340759;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3838;QD=59.8497;RBI=0.0312649;REFB=0;REVB=0.0310786;RO=0;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29139e-05;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:62:41:0:0:62:41:0:0 chr19 19040312 . G C 1227.19 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0774835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7481;QD=61.3596;RBI=0.0821355;REFB=0;REVB=-0.0272498;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000849369;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr19 19105286 . G C 121.59 PASS AF=0.263158;AO=17;DP=68;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.00716209;FXX=0.0256377;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.2284;QD=6.39956;RBI=0.00822929;REFB=-0.0146357;REVB=0.00405285;RO=51;SAF=15;SAR=2;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658714;STB=0.904243;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.105842;OID=.;OPOS=19105286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:76:51:56:17:20:0.263158:2:15:16:35:2:18:19:37 chr19 19136541 . C T 918.55 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0152903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.116;QD=51.7493;RBI=0.0210204;REFB=0.0040006;REVB=0.0144244;RO=2;SAF=25;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713924;STB=0.51346;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.000345114;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:71:71:2:5:66:66:0.929577:41:25:1:1:41:25:1:4 chr19 19162559 . C G 40.46 PASS AF=0.1125;AO=10;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0580469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6005;QD=2.02299;RBI=0.0581189;REFB=-0.00387509;REVB=-0.0028918;RO=69;SAF=9;SAR=1;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530967;STB=0.872282;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0814239;OID=.;OPOS=19162559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:69:71:10:9:0.1125:1:9:33:36:1:8:35:36 chr19 19230868 . A G 5307.69 PASS AF=1;AO=315;DP=323;FAO=342;FDP=342;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=194;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042891;FXX=0.00581378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.743;QD=62.0783;RBI=0.0547902;REFB=-0.0851391;REVB=0.0340929;RO=8;SAF=136;SAR=179;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152466;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:323:342:8:0:315:342:1:179:136:1:7:194:148:0:0 chr19 19243175 . C T 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0457274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.937;QD=14.904;RBI=0.0474007;REFB=-0.0165685;REVB=0.0124831;RO=34;SAF=7;SAR=19;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132605;STB=0.575696;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0142294;OID=.;OPOS=19243175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:19:7:13:21:19:7:13:21 chr19 19267910 . G A 226.93 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.036552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7412;QD=15.6501;RBI=0.0367138;REFB=-0.0130594;REVB=-0.00344277;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304601;STB=0.517228;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0191456;OID=.;OPOS=19267910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:13:13:17:15:13:13:17:15 chr19 19329924 . C T 574.39 PASS AF=0.361702;AO=68;DP=182;FAO=68;FDP=188;FR=.;FRO=120;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=-0.0674281;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5151;QD=12.2211;RBI=0.074705;REFB=-0.0302748;REVB=0.0321604;RO=114;SAF=28;SAR=40;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889353;STB=0.562205;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0393818;OID=.;OPOS=19329924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:188:114:120:68:68:0.361702:40:28:56:58:40:28:61:59 chr19 19338942 . G A 406.88 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00688769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.972;QD=20.0926;RBI=0.00729655;REFB=0.013572;REVB=-0.00240819;RO=39;SAF=17;SAR=24;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074856;STB=0.533234;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00703781;OID=.;OPOS=19338942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:40:41:41:0.506173:24:17:13:26:24:17:14:26 chr19 19339285 . G A 634.26 PASS AF=0.380952;AO=72;DP=195;FAO=72;FDP=189;FR=.;FRO=117;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=-0.00131962;FXX=0.0307677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.119;QD=13.4236;RBI=0.00769518;REFB=-0.00657181;REVB=0.00758118;RO=113;SAF=37;SAR=35;SRF=62;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377518;STB=0.520536;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0108013;OID=.;OPOS=19339285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:189:113:117:72:72:0.380952:35:37:62:51:35:37:64:53 chr19 19446936 . G A 1832.85 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0187746;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4303;QD=60.5899;RBI=0.0414146;REFB=-0.0815252;REVB=-0.0369146;RO=1;SAF=51;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092228;STB=0.504854;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00184177;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:121:1:1:120:120:0.991736:69:51:1:0:69:51:1:0 chr19 19449686 . G T 2343.11 PASS AF=0.975155;AO=157;DP=161;FAO=157;FDP=161;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00535748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.745;QD=58.214;RBI=0.00963841;REFB=0.0114605;REVB=0.00801226;RO=4;SAF=72;SAR=85;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.001969;STB=0.501035;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-1.014e-05;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:161:161:4:4:157:157:0.975155:85:72:2:2:85:72:2:2 chr19 19467085 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.016;QD=54.5177;RBI=0.0212162;REFB=0;REVB=0.0112791;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107153;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr19 19467937 . T C 565.63 PASS AF=0.813559;AO=45;DP=60;FAO=48;FDP=59;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0336664;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.734;QD=38.348;RBI=0.0360248;REFB=-0.0133097;REVB=0.0128202;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.593183;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00503814;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:60:59:0:11:45:48:0.813559:24:21:0:0:24:24:0:11 chr19 19468710 . C G 1111.19 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.338;QD=60.0642;RBI=0.11521;REFB=0;REVB=0.0220221;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241128;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:70:74:1:43:27:0:0:43:31:0:0 chr19 19468734 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.777;QD=57.0008;RBI=0.00655944;REFB=0;REVB=0.000840819;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36747e-05;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr19 19625685 . C G 81.77 PASS AF=0.0577508;AO=19;DP=331;FAO=19;FDP=329;FR=.,HEALED;FRO=293;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=147;FSRR=146;FWDB=-0.0489043;FXX=0.00303021;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.5612;QD=0.994203;RBI=0.05133;REFB=-0.00788555;REVB=0.0155928;RO=275;SAF=6;SAR=13;SRF=143;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21812;STB=0.77832;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.134666;OID=.;OPOS=19625685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:331:329:275:293:19:19:0.0577508:13:6:143:132:15:4:147:146 chr19 19735257 . G T 1098.18 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.478;QD=60.174;RBI=0.0269241;REFB=0;REVB=-0.00249039;RO=0;SAF=24;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40078e-05;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:49:24:0:0:49:24:0:0 chr19 19737686 . C T 774.97 PASS AF=0.595041;AO=72;DP=121;FAO=72;FDP=121;FR=.;FRO=49;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00884781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.781;QD=25.6187;RBI=0.00944027;REFB=-0.0124076;REVB=0.00329164;RO=49;SAF=45;SAR=27;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179086;STB=0.597457;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0052858;OID=.;OPOS=19737686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:49:49:72:72:0.595041:27:45:19:30:27:45:19:30 chr19 19790159 . A C 677.97 PASS AF=0.51145;AO=67;DP=131;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0022063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1035;QD=20.7015;RBI=0.0336414;REFB=0.0163725;REVB=0.0335689;RO=63;SAF=32;SAR=35;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406923;STB=0.526188;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0172584;OID=.;OPOS=19790159;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:64:67:67:0.51145:35:32:33:30:35:32:34:30 chr19 19855654 . C T 1772.28 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225394;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.3;QD=61.1132;RBI=0.0341447;REFB=0;REVB=0.0256483;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00306e-05;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:60:56:0:0:60:56:0:0 chr19 19910250 . T C 362.53 PASS AF=0.363636;AO=43;DP=123;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=52;FWDB=-0.0059741;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.6269;QD=11.9843;RBI=0.0294148;REFB=0.00499196;REVB=-0.0288018;RO=76;SAF=22;SAR=21;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204107;STB=0.624807;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00981004;OID=.;OPOS=19910250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:76:77:43:44:0.363636:21:22:25:51:21:23:25:52 chr19 20150125 . T C 231.61 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.000264232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.035;QD=12.3523;RBI=0.00674364;REFB=-0.0077047;REVB=-0.00673846;RO=46;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318688;STB=0.684878;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0180065;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:47:28:28:0.373333:13:15:11:35:13:15:11:36 chr19 20150175 . G C 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=43;FWDB=-0.0067421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.126;QD=12.3842;RBI=0.00767646;REFB=-0.00490344;REVB=-0.00367044;RO=49;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387084;STB=0.716037;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0109365;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:16:13:6:43:16:13:6:43 chr19 20229486 . G A 483.15 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.66;QD=58.5638;RBI=0.0373861;REFB=0;REVB=-0.0199345;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0975e-05;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr19 20369503 . C G 1435.16 PASS AF=0.54251;AO=133;DP=246;FAO=134;FDP=247;FR=.;FRO=113;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=-0.00301908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.54;QD=23.2414;RBI=0.0141126;REFB=0.00422594;REVB=-0.0137859;RO=112;SAF=66;SAR=67;SRF=45;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793445;STB=0.539145;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00405864;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:112:113:133:134:0.54251:67:66:45:67:68:66:46:67 chr19 20727463 . T C 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.024244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.25;QD=12.0234;RBI=0.0243487;REFB=-0.00834732;REVB=-0.00225644;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402508;STB=0.523771;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0137206;OID=.;OPOS=20727463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:4:8:14:6:4:8:14:6 chr19 20808149 . A G 1629.54 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254194;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.678;QD=60.3533;RBI=0.0954356;REFB=0;REVB=0.0919881;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149417;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:61:47:0:0:61:47:0:0 chr19 21133283 . TTAAA T 484.01 PASS AF=0.458333;AO=63;DP=172;FAO=77;FDP=168;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0238253;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=293.777;QD=11.524;RBI=0.031009;REFB=-0.00741554;REVB=0.0198473;RO=94;SAF=25;SAR=38;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133774;STB=0.58168;STBP=0.059;TYPE=del;VARB=0.00816461;OID=.;OPOS=21133284;OREF=TAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:63:172:77:168:91:30:47:49:42:99:94:25:38:49:45 chr19 21299774 . T TATA 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0191715;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=272.141;QD=12.0517;RBI=0.0192101;REFB=-0.00390843;REVB=0.00121757;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807627;STB=0.57128;STBP=0.61;TYPE=ins;VARB=0.0054551;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:9:24:9:22:13:3:6:3:10:66:15:3:6:4:11 chr19 21300462 . A G 360.67 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0279738;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.818;QD=22.5416;RBI=0.0294622;REFB=-0.0252615;REVB=0.00924591;RO=27;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155801;STB=0.594421;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0138111;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:28:36:36:0.5625:23:13:15:12:23:13:16:12 chr19 21476361 . A T 40.65 PASS AF=0.0655738;AO=23;DP=302;FAO=20;FDP=305;FR=.;FRO=285;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=127;FSRR=158;FWDB=-0.0956031;FXX=0.00651445;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.625;QD=0.533079;RBI=0.106378;REFB=-0.0039512;REVB=-0.0466519;RO=278;SAF=22;SAR=1;SRF=123;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570973;STB=0.908125;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.142323;OID=.;OPOS=21476361;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:302:305:278:285:23:20:0.0655738:1:22:123:155:2:18:127:158 chr19 21477431 . T C 680.23 PASS AF=0.515385;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.00578645;FXX=0.0151504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.47;QD=20.9303;RBI=0.0189587;REFB=-0.0230861;REVB=0.0180541;RO=61;SAF=25;SAR=42;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116079;STB=0.50418;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0188587;OID=.;OPOS=21477431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:61:63:67:67:0.515385:42:25:22:39:42:25:23:40 chr19 21492062 . G A 487.75 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00943648;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.966;QD=23.7926;RBI=0.0100619;REFB=-0.0141135;REVB=-0.00349201;RO=34;SAF=21;SAR=25;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169291;STB=0.591444;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0146598;OID=.;OPOS=21492062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:34:36:46:46:0.560976:25:21:23:11:25:21:24:12 chr19 21544571 . G A 738.25 PASS AF=0.47561;AO=77;DP=166;FAO=78;FDP=164;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=57;FWDB=0.0122006;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.003;QD=18.0062;RBI=0.0205772;REFB=-0.00935724;REVB=0.01657;RO=86;SAF=35;SAR=42;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11439;STB=0.559806;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0118268;OID=.;OPOS=21544571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:86:86:77:78:0.47561:42:35:29:57:43:35:29:57 chr19 21607878 . ATAAT A 254.91 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0286589;FXX=0.0657808;HRUN=1;LEN=4;MLLD=217.876;QD=14.3612;RBI=0.0309508;REFB=-0.0175342;REVB=0.0116886;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552081;STB=0.518001;STBP=0.798;TYPE=del;VARB=0.0247332;OID=.;OPOS=21607879;OREF=TAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408451:28:72:29:71:42:14:15:19:23:99:36:14:14:16:20 chr19 21608264 . T C 215.87 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0502913;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.9746;QD=17.9894;RBI=0.0650588;REFB=-0.000833135;REVB=-0.0412726;RO=19;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34437;STB=0.699733;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.044027;OID=.;OPOS=21608264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:22:17:17:0.354167:3:14:10:9:3:14:12:10 chr19 21608269 . AC GT 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-4.21574e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=227.247;QD=26.514;RBI=0.00707603;REFB=-0.0210601;REVB=0.0070759;RO=19;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150889;STB=0.583273;STBP=0.186;TYPE=mnp;VARB=0.0143474;OID=.;OPOS=21608269;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:14:13:13:6:14:13:13:6 chr19 21608272 . A T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.012303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.165;QD=24.5166;RBI=0.0128492;REFB=-0.0178812;REVB=0.00370629;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161338;STB=0.589409;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0114356;OID=.;OPOS=21608272;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:14:13:15:7:14:13:15:7 chr19 21608275 . C T 271.31 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0450059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5726;QD=23.5917;RBI=0.045238;REFB=-0.0217737;REVB=0.00457699;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121189;STB=0.567373;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0168195;OID=.;OPOS=21608275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:12:13:14:7:12:13:14:7 chr19 21608280 . T A 315.57 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.000398316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.068;QD=25.2456;RBI=0.0352263;REFB=-0.028946;REVB=0.035224;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808565;STB=0.544766;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.020834;OID=.;OPOS=21608280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:13:15:14:8:13:15:14:8 chr19 21608283 . A C 276.08 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00808427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.125;QD=21.6529;RBI=0.00873609;REFB=-0.0439487;REVB=-0.00331115;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447282;STB=0.533216;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0249915;OID=.;OPOS=21608283;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:12:15:14:9:13:15:14:9 chr19 21608287 . G C 296.77 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.000817799;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.25;QD=23.7419;RBI=0.0180323;REFB=-0.0117574;REVB=-0.0180138;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114352;STB=0.563064;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0108975;OID=.;OPOS=21608287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:14:15:14:7:14:15:14:7 chr19 21608311 . G A 265.29 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.038065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2696;QD=17.9855;RBI=0.0408468;REFB=0.0174458;REVB=0.0148161;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126706;STB=0.5594;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0169225;OID=.;OPOS=21608311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:30:29:29:0.491525:15:14:17:10:15:14:18:12 chr19 21608319 . A C 242.59 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0275945;FXX=0.0338926;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7817;QD=17.0237;RBI=0.0307045;REFB=-0.0114678;REVB=0.0134653;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329533;STB=0.527253;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0150327;OID=.;OPOS=21608319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:29:30:27:27:0.473684:14:13:15:14:14:13:16:14 chr19 21608959 . TAAAAG T 193.36 PASS AF=0.5;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00656174;FXX=0.0357079;HRUN=4;LEN=5;MLLD=262.236;QD=14.3231;RBI=0.0124916;REFB=0.003895;REVB=0.0106294;RO=23;SAF=19;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165851;STB=0.601731;STBP=0.168;TYPE=del;VARB=-0.00354342;OID=.;OPOS=21608960;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:27:56:27:54:27:19:8:14:13:99:23:19:8:12:11 chr19 21609516 . C T 134.33 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0118969;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.541;QD=14.5221;RBI=0.0132065;REFB=-0.00565442;REVB=0.00573365;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404668;STB=0.701494;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00629573;OID=.;OPOS=21609516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:22:22:14:15:0.405405:4:10:7:15:5:10:7:15 chr19 21609743 . G A 61.54 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0295306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.868;QD=7.03295;RBI=0.054239;REFB=-0.0222962;REVB=-0.0454952;RO=25;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441306;STB=0.767138;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0447798;OID=.;OPOS=21609743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:35:25:26:9:9:0.257143:2:7:10:15:2:7:11:15 chr19 21688602 . C G 399.45 PASS AF=0.375;AO=48;DP=127;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.00940638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.772;QD=12.4827;RBI=0.0126012;REFB=-0.0281053;REVB=-0.00838505;RO=78;SAF=25;SAR=23;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227137;STB=0.513024;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0387824;OID=.;OPOS=21688602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:78:80:48:48:0.375:23:25:39:39:23:25:40:40 chr19 21909948 . G A 1283.18 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0714;QD=61.8398;RBI=0.0647791;REFB=0;REVB=0.0193631;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306323;OID=.;OPOS=21909948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr19 22153495 . A T 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0270604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.852;QD=11.0823;RBI=0.0640347;REFB=-0.00477224;REVB=-0.058036;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980037;STB=0.547738;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0113936;OID=.;OPOS=22153495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:11:12:25:16:11:12:25:17 chr19 22154732 . T C 289.73 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.044205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.96;QD=11.7064;RBI=0.0469898;REFB=-0.0139057;REVB=-0.0159363;RO=60;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161515;STB=0.574425;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.029684;OID=.;OPOS=22154732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:60:65:34:34:0.343434:16:18:23:37:16:18:27:38 chr19 22154954 . C T 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.030258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.075;QD=11.1851;RBI=0.0512125;REFB=-0.0123173;REVB=-0.0413179;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551477;STB=0.542361;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0213377;OID=.;OPOS=22154954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:11:8:16:18:11:8:17:18 chr19 22156482 . G T 337.96 PASS AF=0.386792;AO=42;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0385393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1597;QD=12.7533;RBI=0.0437823;REFB=-0.0314893;REVB=-0.0207753;RO=56;SAF=21;SAR=21;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362757;STB=0.516121;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0508417;OID=.;OPOS=22156482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:65:42:41:0.386792:21:21:30:26:20:21:35:30 chr19 22156585 . G T 128.84 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=35;FWDB=-0.00309577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9218;QD=8.44824;RBI=0.0234447;REFB=-0.0125062;REVB=-0.0232394;RO=43;SAF=3;SAR=15;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395285;STB=0.523782;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0345485;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:15:3:8:35:15:3:8:35 chr19 22156992 . C T 47.46 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00221085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.55;QD=11.8642;RBI=0.00651755;REFB=-0.0158956;REVB=0.00613112;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.555401;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0214847;OID=.;OPOS=22156992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:9:9:6:7:0.4375:3:3:3:6:4:3:3:6 chr19 22157095 . A G 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0435772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.194;QD=22.7174;RBI=0.0531287;REFB=-0.0440427;REVB=0.0303922;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142469;STB=0.580527;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0428247;OID=.;OPOS=22157095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:5:4:9:5:5:4 chr19 22157302 . G A 805.05 PASS AF=0.433673;AO=85;DP=196;FAO=85;FDP=196;FR=.;FRO=111;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.00443692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.798;QD=16.4297;RBI=0.00633191;REFB=0.00274373;REVB=-0.0045174;RO=111;SAF=45;SAR=40;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801295;STB=0.544627;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00306732;OID=.;OPOS=22157302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:111:111:85:85:0.433673:40:45:50:61:40:45:50:61 chr19 22363448 . A T 45.17 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0938821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0224;QD=3.22678;RBI=0.0938827;REFB=-0.00684724;REVB=-0.000319795;RO=47;SAF=2;SAR=6;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343352;STB=0.749376;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0320457;OID=.;OPOS=22363448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:56:47:48:8:8:0.142857:6:2:25:22:6:2:26:22 chr19 22363493 . G A 75.8 PASS AF=0.214286;AO=13;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0298874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1634;QD=5.41423;RBI=0.0974716;REFB=-0.0171068;REVB=-0.0927763;RO=42;SAF=4;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319488;STB=0.682053;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0312775;OID=.;OPOS=22363493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:56:56:42:44:13:12:0.214286:9:4:24:18:8:4:25:19 chr19 22363508 . G A 100.31 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0433326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8502;QD=8.18861;RBI=0.0448296;REFB=-0.0163138;REVB=0.0114882;RO=34;SAF=4;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358993;STB=0.717465;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0347532;OID=.;OPOS=22363508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:36:13:13:0.265306:9:4:21:13:9:4:22:14 chr19 22363826 . G C 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0107306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.062;QD=29.7802;RBI=0.0107347;REFB=0.0214059;REVB=0.000299198;RO=4;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226999;STB=0.628346;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.003714;OID=.;OPOS=22363826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:11:2:2:2:11:2:2:2 chr19 22498943 . T C 66.79 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.00321469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.71;QD=12.7211;RBI=0.0497166;REFB=-0.0137078;REVB=0.0496126;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412314;STB=0.730445;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0265939;OID=.;OPOS=22498943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:12:0:2:7:12:0 chr19 22574818 . T C 32.38 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00461138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.72;QD=16.1915;RBI=0.0292004;REFB=-0.0174691;REVB=0.028834;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0119709;OID=.;OPOS=22574818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:2:1:3:2:2:1 chr19 22575488 . C T 115.35 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0274501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8275;QD=8.23951;RBI=0.0350247;REFB=-0.00123999;REVB=-0.0217536;RO=38;SAF=12;SAR=4;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164347;STB=0.624833;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00531893;OID=.;OPOS=22575488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:40:16:16:0.285714:4:12:24:14:4:12:24:16 chr19 22586192 . A G 94.69 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00536823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.974;QD=10.822;RBI=0.0138291;REFB=-0.00489532;REVB=0.0127446;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275197;STB=0.66637;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00797155;OID=.;OPOS=22586192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:11:12:9:3:11:12 chr19 22817278 . T G 267.38 PASS AF=0.421687;AO=33;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0397406;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.119;QD=12.8856;RBI=0.0502752;REFB=-0.0556444;REVB=0.0307941;RO=49;SAF=12;SAR=21;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157874;STB=0.570691;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0821135;OID=.;OPOS=22817278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:48:33:35:0.421687:21:12:25:24:21:14:25:23 chr19 22848028 . G C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0202331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.745;QD=6.57348;RBI=0.0229911;REFB=-0.00194246;REVB=-0.0109186;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111604;STB=0.590616;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0064657;OID=.;OPOS=22848028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:15:16:6:6:0.272727:3:3:6:9:3:3:6:10 chr19 22868096 . A G 511.31 PASS AF=0.509615;AO=51;DP=102;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.00364101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.558;QD=19.6658;RBI=0.00920224;REFB=-0.0105549;REVB=-0.00845128;RO=50;SAF=22;SAR=29;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122516;STB=0.562358;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0112309;OID=.;OPOS=22868096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:50:51:51:53:0.509615:29:22:15:35:31:22:15:36 chr19 22868147 . G A 489.73 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00742618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.148;QD=19.5892;RBI=0.0365306;REFB=-0.017116;REVB=-0.0357678;RO=52;SAF=22;SAR=26;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699886;STB=0.538835;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0179382;OID=.;OPOS=22868147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:26:22:20:32:26:22:20:32 chr19 22868205 . T C 167.14 PASS AF=0.360656;AO=20;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0243389;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0797;QD=10.9602;RBI=0.0617077;REFB=-0.0383103;REVB=0.0567051;RO=37;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127107;STB=0.550634;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0616117;OID=.;OPOS=22868205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:39:20:22:0.360656:13:7:17:20:13:9:19:20 chr19 22868445 . C T 166.34 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0313834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7457;QD=8.11432;RBI=0.0372363;REFB=-0.0103424;REVB=0.0200406;RO=59;SAF=12;SAR=11;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866856;STB=0.551717;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0307029;OID=.;OPOS=22868445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:59:23:23:0.280488:11:12:35:24:11:12:35:24 chr19 22868470 . G T 106.93 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0199855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.12;QD=6.78949;RBI=0.0235947;REFB=0.0022046;REVB=0.0125414;RO=45;SAF=6;SAR=10;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191591;STB=0.632246;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0147648;OID=.;OPOS=22868470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:45:47:16:16:0.253968:10:6:24:21:10:6:26:21 chr19 22868479 . C T 101.51 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.014159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.508;QD=6.88167;RBI=0.0455647;REFB=-0.0081387;REVB=-0.0433089;RO=40;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149486;STB=0.591714;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.021032;OID=.;OPOS=22868479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:40:44:15:15:0.254237:9:6:21:19:9:6:23:21 chr19 22868484 . C T 117.43 PASS AF=0.290909;AO=15;DP=54;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0107612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.282;QD=8.54065;RBI=0.0301603;REFB=-0.0108498;REVB=-0.0281752;RO=39;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188768;STB=0.581292;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0316555;OID=.;OPOS=22868484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:39:39:15:16:0.290909:10:5:19:20:10:6:19:20 chr19 22937238 . T C 526.7 PASS AF=0.347826;AO=64;DP=186;FAO=64;FDP=184;FR=.;FRO=120;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=100;FWDB=0.00776447;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.782;QD=11.45;RBI=0.0245166;REFB=-0.00859686;REVB=0.0232546;RO=119;SAF=30;SAR=34;SRF=20;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360402;STB=0.702746;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00823356;OID=.;OPOS=22937238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:184:119:120:64:64:0.347826:34:30:20:99:34:30:20:100 chr19 22937334 . G T 514.65 PASS AF=0.394737;AO=57;DP=149;FAO=60;FDP=152;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=63;FWDB=0.0210377;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.768;QD=13.5435;RBI=0.021157;REFB=-0.0180637;REVB=-0.00224373;RO=90;SAF=26;SAR=31;SRF=28;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161587;STB=0.593191;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0337608;OID=.;OPOS=22937334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:90:92:57:60:0.394737:31:26:28:62:32:28:29:63 chr19 22939096 . T G 364.67 PASS AF=0.346154;AO=46;DP=126;FAO=45;FDP=130;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0102789;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4968;QD=11.2207;RBI=0.0548327;REFB=-0.00181099;REVB=-0.0538607;RO=80;SAF=27;SAR=19;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976657;STB=0.555072;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00393151;OID=.;OPOS=22939096;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:80:85:46:45:0.346154:19:27:40:40:19:26:42:43 chr19 22939326 . G A 185.27 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0140578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.576;QD=13.7236;RBI=0.0157817;REFB=0.00483736;REVB=-0.0071722;RO=31;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289709;STB=0.665377;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0082477;OID=.;OPOS=22939326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:21:22:0.407407:14:7:19:12:15:7:19:13 chr19 22939540 . T G 36.62 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0530217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0531;QD=7.32426;RBI=0.133948;REFB=-0.00347068;REVB=-0.123007;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46896;STB=0.802499;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.000809375;OID=.;OPOS=22939540;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:6:8:1:5:6:8 chr19 22940046 . C A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0346513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.743;QD=14.7015;RBI=0.0396824;REFB=-0.00686083;REVB=-0.0193385;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256705;STB=0.649747;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0115314;OID=.;OPOS=22940046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:6:9:4:8:6:9 chr19 22940192 . A AG 109.29 PASS AF=0.368421;AO=10;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0252833;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=61.0849;QD=11.5038;RBI=0.0504223;REFB=-0.04089;REVB=0.0436252;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235244;STB=0.647815;STBP=0.209;TYPE=ins;VARB=0.0281284;OID=.;OPOS=22940193;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:10:39:14:38:24:8:6:19:5:99:27:6:4:21:6 chr19 22940659 . C T 280.31 PASS AF=0.366667;AO=34;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0805641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9627;QD=12.4584;RBI=0.0853922;REFB=0.000444929;REVB=-0.0283062;RO=55;SAF=22;SAR=12;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15442;STB=0.604586;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00253109;OID=.;OPOS=22940659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:57:34:33:0.366667:12:22:28:27:11:22:29:28 chr19 22940694 . C T 403.63 PASS AF=0.347222;AO=48;DP=142;FAO=50;FDP=144;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.0353548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0776;QD=11.2119;RBI=0.0467352;REFB=-0.0140475;REVB=-0.0305649;RO=93;SAF=27;SAR=21;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288309;STB=0.511519;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0354523;OID=.;OPOS=22940694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:93:94:48:50:0.347222:21:27:50:43:22:28:51:43 chr19 22940827 . T C 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0298188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6726;QD=20.872;RBI=0.0320451;REFB=-0.0109661;REVB=0.011736;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213629;STB=0.626525;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0101672;OID=.;OPOS=22940827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:20:21:21:0.512195:13:8:3:16:13:8:3:17 chr19 22941071 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0372519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.042;QD=18.7439;RBI=0.0413953;REFB=-0.0259415;REVB=-0.018052;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.615061;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0242599;OID=.;OPOS=22941071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:1:3:3:4:1:3 chr19 22941591 . A T 137.88 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0125794;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.12;QD=11.2558;RBI=0.0447769;REFB=-0.015119;REVB=-0.0429737;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222656;STB=0.631421;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0330384;OID=.;OPOS=22941591;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:9:7:21:12:9:7:21:12 chr19 22941617 . T C 60.1 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00811752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.617;QD=5.86368;RBI=0.0582634;REFB=-0.0433045;REVB=-0.0576952;RO=32;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218953;STB=0.644386;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0444873;OID=.;OPOS=22941617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:7:2:12:20:7:2:12:20 chr19 22942061 . A C 313.1 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0305767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.069;QD=19.5686;RBI=0.0331542;REFB=-0.0194332;REVB=0.0128168;RO=31;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552866;STB=0.530729;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0101097;OID=.;OPOS=22942061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:16:17:14:17:16:17:14:17 chr19 22942325 . G C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0131424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.944;QD=21.2676;RBI=0.0177058;REFB=-0.009235;REVB=0.0118647;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198416;STB=0.610503;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00500338;OID=.;OPOS=22942325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:11:6:2:12:11:6:2:12 chr19 22942335 . G A 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0037987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.169;QD=23.3816;RBI=0.0146721;REFB=-0.00406093;REVB=-0.0141718;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131062;STB=0.572881;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00255298;OID=.;OPOS=22942335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:12:7:3:11:12:7:3:11 chr19 22952111 . A G 237.06 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00477332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.8956;QD=19.7554;RBI=0.04976;REFB=-0.00203902;REVB=0.0495305;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19247;STB=0.608601;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00498602;OID=.;OPOS=22952111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:14:9:15:10:14:9:15:10 chr19 23316947 . C T 362.0 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.00369022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.163;QD=17.8764;RBI=0.0114628;REFB=-0.0163512;REVB=-0.0108526;RO=43;SAF=16;SAR=22;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216086;STB=0.619583;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0162633;OID=.;OPOS=23316947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:22:16:9:34:22:16:9:34 chr19 23328940 . G A 1084.84 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.816;QD=58.6399;RBI=0.028463;REFB=-0.127754;REVB=0.0103918;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=8.47367e-05;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:48:25:0:0:48:25:1:0 chr19 23405457 . T G 44.39 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.013487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.34;QD=8.87814;RBI=0.0651493;REFB=-0.0181588;REVB=-0.063738;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413404;STB=0.752737;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0255178;OID=.;OPOS=23405457;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:4:9:2:5:4:9 chr19 23406165 . T C 170.87 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00192499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.397;QD=17.5255;RBI=0.0265578;REFB=-0.0039269;REVB=0.0264879;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112459;STB=0.564032;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00544017;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:13:8:9:9:13:8 chr19 23406801 . G C 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0198911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.416;QD=8.08967;RBI=0.0483933;REFB=-0.0126364;REVB=-0.0441165;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21781;STB=0.631328;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0413635;OID=.;OPOS=23406801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:6:3:4:18:6:3:4:18 chr19 23542290 . AG GC 523.2 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.0175224;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=2;MLLD=126.362;QD=15.3881;RBI=0.0244451;REFB=0.00185485;REVB=-0.0170449;RO=79;SAF=32;SAR=25;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173576;STB=0.597256;STBP=0.079;TYPE=mnp;VARB=-0.00215931;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:79:57:57:0.419118:25:32:31:48:25:32:31:48 chr19 23543095 . T C 479.33 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00915443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.914;QD=19.9722;RBI=0.0144131;REFB=-0.0225886;REVB=-0.0111325;RO=49;SAF=24;SAR=23;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.510634;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.023691;OID=.;OPOS=23543095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:23:24:24:25:23:24:24:25 chr19 23545004 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0235001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.114;QD=19.646;RBI=0.025516;REFB=-0.0309982;REVB=0.00994035;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202873;STB=0.553098;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0206535;OID=.;OPOS=23545004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:10:11:0.578947:6:4:1:6:7:4:2:6 chr19 23545447 . A G 180.31 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0582792;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4013;QD=15.3455;RBI=0.0590894;REFB=-0.025112;REVB=0.00975195;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439071;STB=0.526168;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.023673;OID=.;OPOS=23545447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:28:19:19:0.404255:11:8:10:14:11:8:13:15 chr19 23557502 . G A 84.7 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0274706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.009;QD=10.9289;RBI=0.0287807;REFB=-0.00154453;REVB=-0.00858463;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279999;STB=0.650891;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00409214;OID=.;OPOS=23557502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:4:7:7:12:4:7:8:12 chr19 23837195 . T C 361.95 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0109708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.858;QD=15.4021;RBI=0.0110667;REFB=-0.00615652;REVB=0.00145363;RO=53;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997084;STB=0.565799;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00612709;OID=.;OPOS=23837195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:55:39:39:0.414894:19:20:22:31:19:20:22:33 chr19 23837365 . A C 365.06 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0512027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4143;QD=52.1513;RBI=0.0517311;REFB=-0.0860716;REVB=-0.00737509;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00367025;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:0:1:26:27:0.964286:11:15:0:0:12:15:1:0 chr19 23869823 . T G 440.4 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00622049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8324;QD=19.7931;RBI=0.0143828;REFB=0.000806925;REVB=0.0129681;RO=45;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199886;STB=0.516846;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.000879147;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:45:43:44:0.494382:21:22:24:21:22:22:24:21 chr19 23926708 . A G 74.93 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.719;QD=37.4664;RBI=0.0776916;REFB=0;REVB=0.0694088;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648105;OID=.;OPOS=23926708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr19 23927345 . T C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00719802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.291;QD=14.7015;RBI=0.00720205;REFB=-0.0268538;REVB=-0.000240838;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0321633;OID=.;OPOS=23927345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:5:10:8:4:5:10 chr19 23927468 . A G 1880.45 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0013805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.864;QD=60.6597;RBI=0.0139996;REFB=-0.122961;REVB=0.0139313;RO=1;SAF=56;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840822;STB=0.504424;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0022841;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:67:56:1:0:67:56:1:0 chr19 24010928 . A AAG,AG,G 105.12 PASS AF=0.117647,0.588235,0;AO=4,3,7;DP=28;FAO=2,10,0;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,0;FSAR=2,10,0;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=1.63966e-07,1.70207e-07,1.70637e-07;FXX=0.0555247;HRUN=20,0,20;LEN=2,1,1;MLLD=209.784,213.342,175.727;QD=24.7351;RBI=0.0363496,0.0358313,0.0345714;REFB=-0.00342248,-0.00331142,-0.048255;REVB=-0.0363496,-0.0358313,-0.0345714;RO=14;SAF=0,0,3;SAR=4,3,4;SRF=1;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.57437,-0.51188,0.448095;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0551275,-0.00809254,-0.0233449;OID=.,.,.;OPOS=24010929,24010929,24010928;OREF=-,-,A;OALT=AG,G,G;OMAPALT=AAG,AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:28:17:14:5:4,3,7:2,10,0:0.117647,0.588235,0:4,3,4:0,0,3:1:13:2,10,0:0,0,0:0:5 chr19 24183696 . T C 37.28 PASS AF=0.101124;AO=9;DP=89;FAO=9;FDP=89;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.00263349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.962;QD=1.67548;RBI=0.0108933;REFB=0.0010961;REVB=-0.0105702;RO=80;SAF=7;SAR=2;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424493;STB=0.817107;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0103212;OID=.;OPOS=24183696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:89:89:80:80:9:9:0.101124:2:7:32:48:2:7:32:48 chr19 24183731 . T C 30.27 PASS AF=0.0985915;AO=6;DP=70;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.022704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.372;QD=1.70526;RBI=0.0438008;REFB=-0.00100405;REVB=-0.0374572;RO=64;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312871;STB=0.782857;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0198283;OID=.;OPOS=24183731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:71:64:64:6:7:0.0985915:2:4:24:40:2:5:24:40 chr19 24183734 . T C 37.39 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.00536043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.24;QD=2.13682;RBI=0.00992808;REFB=0.00121079;REVB=-0.00835659;RO=62;SAF=5;SAR=3;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276051;STB=0.701585;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0529315;OID=.;OPOS=24183734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:62:62:8:8:0.114286:3:5:24:38:3:5:24:38 chr19 24184114 . A G 163.46 PASS AF=0.238095;AO=25;DP=106;FAO=25;FDP=105;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.00114858;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.529;QD=6.227;RBI=0.00697095;REFB=-0.00450678;REVB=0.00687567;RO=76;SAF=18;SAR=7;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159434;STB=0.612671;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0139796;OID=.;OPOS=24184114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:76:80:25:25:0.238095:7:18:46:30:7:18:47:33 chr19 24184152 . G C 70.63 PASS AF=0.114865;AO=17;DP=148;FAO=17;FDP=148;FR=.;FRO=131;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=76;FSRR=55;FWDB=-0.00389838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.635;QD=1.90891;RBI=0.00459541;REFB=-0.0091096;REVB=-0.0024332;RO=131;SAF=13;SAR=4;SRF=76;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247845;STB=0.682761;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0456824;OID=.;OPOS=24184152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:148:148:131:131:17:17:0.114865:4:13:76:55:4:13:76:55 chr19 24184156 . A G 71.15 PASS AF=0.116438;AO=17;DP=146;FAO=17;FDP=146;FR=.;FRO=129;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=77;FSRR=52;FWDB=-0.0296086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.271;QD=1.94932;RBI=0.0445272;REFB=-0.00145387;REVB=-0.0332567;RO=129;SAF=13;SAR=4;SRF=77;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229635;STB=0.668903;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0227394;OID=.;OPOS=24184156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:146:146:129:129:17:17:0.116438:4:13:77:52:4:13:77:52 chr19 24184166 . A G 32.05 PASS AF=0.0674847;AO=11;DP=163;FAO=11;FDP=163;FR=.,HEALED;FRO=150;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=87;FSRR=63;FWDB=-0.0300056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.597;QD=0.786455;RBI=0.0326568;REFB=-0.000624481;REVB=-0.0128893;RO=134;SAF=10;SAR=1;SRF=72;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442008;STB=0.867616;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0316277;OID=.;OPOS=24184166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:163:163:134:150:11:11:0.0674847:1:10:72:62:1:10:87:63 chr19 24310413 . G C 239.41 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.000459793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4568;QD=16.5107;RBI=0.0183533;REFB=-0.0204985;REVB=0.0183476;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490181;STB=0.527645;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0389187;OID=.;OPOS=24310413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:17:10:13:18:17:10:13:18 chr19 24311799 . ATTG A 127.2 PASS AF=0.411765;AO=19;DP=53;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0138286;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=3;MLLD=215.955;QD=9.97647;RBI=0.0172287;REFB=0.00478516;REVB=-0.010276;RO=30;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394347;STB=0.706017;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=-0.00691861;OID=.;OPOS=24311800;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:19:53:21:51:30:15:6:11:19:99:30:14:5:11:19 chr19 29698809 . G A 520.48 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0148538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.957;QD=16.7895;RBI=0.0196013;REFB=-0.0076772;REVB=0.0127896;RO=68;SAF=21;SAR=35;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111902;STB=0.562477;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00918946;OID=.;OPOS=29698809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:35:21:33:35:35:21:33:35 chr19 29704002 . T C 75.07 PASS AF=1;AO=4;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7157;QD=37.5358;RBI=0.158706;REFB=0;REVB=0.112794;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0129214;OID=.;OPOS=29704002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:4:8:1:0:4:0:0:1:7:0:0 chr19 29704010 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.691;QD=39.2068;RBI=0.0696477;REFB=0;REVB=-0.0128624;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961076;OID=.;OPOS=29704010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr19 29724209 . A G 1749.38 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2897;QD=60.8481;RBI=0.104674;REFB=0;REVB=0.00767355;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337767;OID=.;OPOS=29724209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:53:62:0:0:53:62:0:0 chr19 30165140 . C A 210.27 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00267724;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.537;QD=11.6817;RBI=0.00459109;REFB=-0.0283082;REVB=0.00372967;RO=45;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134558;STB=0.583271;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0441006;OID=.;OPOS=30165140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:45:46:26:26:0.361111:13:13:17:28:13:13:17:29 chr19 30165781 . C G 655.78 PASS AF=0.524194;AO=65;DP=124;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0534956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3041;QD=21.1543;RBI=0.0566251;REFB=0.00528813;REVB=-0.0185642;RO=59;SAF=25;SAR=40;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107615;STB=0.505911;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00454951;OID=.;OPOS=30165781;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:59:65:65:0.524194:40:25:22:37:40:25:22:37 chr19 30414572 . C G 1679.33 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.539;QD=59.4452;RBI=0.0343396;REFB=0.020938;REVB=0.0252019;RO=1;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904314;STB=0.504761;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.000293054;OID=.;OPOS=30414572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:52:60:0:1:52:60:0:1 chr19 30414587 . G T 1635.56 PASS AF=0.973684;AO=109;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0419778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8849;QD=57.3881;RBI=0.042807;REFB=-0.0902113;REVB=0.00838452;RO=2;SAF=60;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.001743;STB=0.503342;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00525496;OID=.;OPOS=30414587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:114:2:3:109:111:0.973684:49:60:1:1:51:60:2:1 chr19 31769763 . G A 2188.7 PASS AF=0.97931;AO=139;DP=143;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00205187;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.466;QD=60.3779;RBI=0.0474803;REFB=-0.106837;REVB=0.047436;RO=0;SAF=54;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58833e-08;STB=0.508473;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000470789;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:143:145:0:3:139:142:0.97931:85:54:0:0:87:55:0:3 chr19 32083696 . T C 3839.85 PASS AF=1;AO=240;DP=240;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000398901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.109;QD=63.732;RBI=0.0212904;REFB=0;REVB=0.0212867;RO=0;SAF=109;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30205e-05;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:241:0:0:240:241:1:131:109:0:0:132:109:0:0 chr19 32873698 . A G 798.92 PASS AF=0.982759;AO=53;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00319798;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.592;QD=55.098;RBI=0.0344587;REFB=-0.0472912;REVB=0.03431;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229721;STB=0.511624;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000389698;OID=.;OPOS=32873698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:1:1:53:57:0.982759:33:20:1:0:36:21:1:0 chr19 32930069 . G A 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9078;QD=58.9605;RBI=0.0247877;REFB=0;REVB=-0.0101362;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42717e-05;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr19 33088126 . TAG T 116.99 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00952347;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=122.669;QD=14.1802;RBI=0.0310314;REFB=-0.0267973;REVB=0.0295339;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208253;STB=0.599867;STBP=0.364;TYPE=del;VARB=0.0535985;OID=.;OPOS=33088127;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:13:34:14:33:19:8:6:14:5:99:19:7:6:14:5 chr19 33096786 . G A 190.76 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0149299;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.209;QD=11.3887;RBI=0.0180019;REFB=-0.000619241;REVB=0.010058;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972548;STB=0.556212;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000657667;OID=.;OPOS=33096786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:43:43:24:24:0.358209:13:11:16:27:13:11:16:27 chr19 33096816 . C T 127.05 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0186395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5217;QD=8.06668;RBI=0.0648279;REFB=-0.0100623;REVB=-0.0620905;RO=43;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15126;STB=0.571351;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0227434;OID=.;OPOS=33096816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:45:18:18:0.285714:9:9:16:27:9:9:18:27 chr19 33099277 . T C 300.9 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0142869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.101;QD=17.1945;RBI=0.0756362;REFB=-0.0133069;REVB=-0.0742746;RO=37;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129037;STB=0.500866;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0210575;OID=.;OPOS=33099277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:32:33:0.471429:16:16:18:19:17:16:18:19 chr19 33099305 . T C 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00050303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.821;QD=17.1584;RBI=0.0118169;REFB=-0.00775419;REVB=-0.0118062;RO=43;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764872;STB=0.549269;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00817202;OID=.;OPOS=33099305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:44:37:37:0.45679:21:16:22:21:21:16:23:21 chr19 33099336 . A G 379.61 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0145467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.758;QD=16.6863;RBI=0.0166438;REFB=0.00823167;REVB=-0.00808769;RO=49;SAF=18;SAR=22;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792362;STB=0.544532;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00766612;OID=.;OPOS=33099336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:51:40:40:0.43956:22:18:26:23:22:18:27:24 chr19 33106621 . C T 613.79 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00045905;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.241;QD=23.1618;RBI=0.00857166;REFB=-0.00793776;REVB=-0.00855936;RO=46;SAF=32;SAR=28;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609471;STB=0.533322;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00624028;OID=.;OPOS=33106621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:46:46:60:60:0.566038:28:32:21:25:28:32:21:25 chr19 33117666 . T C 879.71 PASS AF=0.478723;AO=79;DP=177;FAO=90;FDP=188;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=65;FWDB=-0.0124091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.047;QD=18.7173;RBI=0.0130477;REFB=-0.0220665;REVB=-0.00403193;RO=91;SAF=37;SAR=42;SRF=33;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10349;STB=0.563119;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0218557;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:188:91:98:79:90:0.478723:42:37:33:58:49:41:33:65 chr19 33167208 . C G 2746.01 PASS AF=0.49543;AO=270;DP=547;FAO=271;FDP=547;FR=.;FRO=276;FSAF=84;FSAR=187;FSRF=113;FSRR=163;FWDB=-0.00403293;FXX=0.00364292;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.888;QD=20.0805;RBI=0.00925267;REFB=-0.0268768;REVB=-0.0083275;RO=268;SAF=84;SAR=186;SRF=113;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111706;STB=0.556148;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0252656;OID=.;OPOS=33167208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:547:547:268:276:270:271:0.49543:186:84:113:155:187:84:113:163 chr19 33168412 . C T 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00988867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.98;QD=21.3615;RBI=0.019312;REFB=-0.0201384;REVB=-0.0165882;RO=35;SAF=15;SAR=25;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556198;STB=0.530671;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0161247;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:25:15:11:24:25:15:11:24 chr19 33239450 . C G 452.22 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00046992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.654;QD=19.4504;RBI=0.00437756;REFB=-0.0113817;REVB=0.00435226;RO=48;SAF=15;SAR=30;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219311;STB=0.622167;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00891462;OID=.;OPOS=33239450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:30:15:27:21:30:15:27:21 chr19 33281924 . A G 880.34 PASS AF=0.432432;AO=96;DP=221;FAO=96;FDP=222;FR=.;FRO=126;FSAF=61;FSAR=35;FSRF=84;FSRR=42;FWDB=0.0376534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7813;QD=15.8619;RBI=0.0534296;REFB=-0.00306827;REVB=-0.0379071;RO=124;SAF=61;SAR=35;SRF=83;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375728;STB=0.519337;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00456034;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:124:126:96:96:0.432432:35:61:83:41:35:61:84:42 chr19 33333155 . G A 544.79 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00639797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.619;QD=18.6254;RBI=0.00995475;REFB=-0.00162333;REVB=-0.00762647;RO=60;SAF=32;SAR=25;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726518;STB=0.540233;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00160471;OID=.;OPOS=33333155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:57:57:0.487179:25:32:29:31:25:32:29:31 chr19 33353041 . G A 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0097396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.04;QD=13.7478;RBI=0.0105916;REFB=0.00698098;REVB=0.00416198;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580938;STB=0.521034;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0120808;OID=.;OPOS=33353041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:13:9:11:20:13:9:12:20 chr19 33353061 . G T 211.3 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0200232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.476;QD=14.0863;RBI=0.0443566;REFB=-0.0528961;REVB=-0.03958;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19832;STB=0.540951;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.038176;OID=.;OPOS=33353061;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:60:29:35:25:25:0.416667:14:11:7:22:14:11:13:22 chr19 33353464 . G A 827.33 PASS AF=0.437186;AO=87;DP=199;FAO=87;FDP=199;FR=.;FRO=112;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=67;FWDB=0.00160894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8117;QD=16.6298;RBI=0.00908903;REFB=-0.0223151;REVB=0.00894549;RO=111;SAF=38;SAR=49;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322901;STB=0.520113;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0361375;OID=.;OPOS=33353464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:111:112:87:87:0.437186:49:38:45:66:49:38:45:67 chr19 33353854 . T C 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0174131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.455;QD=11.6769;RBI=0.0244861;REFB=-0.00222334;REVB=-0.0172149;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895601;STB=0.551686;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00396665;OID=.;OPOS=33353854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:14:13:27:21:14:13:27:21 chr19 33355055 . A G 439.84 PASS AF=0.409836;AO=40;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0147148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.919;QD=14.4211;RBI=0.0304555;REFB=-0.0225796;REVB=-0.0266648;RO=41;SAF=23;SAR=17;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17464;STB=0.517531;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0281421;OID=.;OPOS=33355055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:41:72:40:50:0.409836:17:23:31:10:27:23:31:41 chr19 33355081 . G A 541.28 PASS AF=0.409722;AO=59;DP=144;FAO=59;FDP=144;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.0232363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.145;QD=15.0356;RBI=0.0274169;REFB=-0.0326319;REVB=0.0145521;RO=85;SAF=24;SAR=35;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030788;STB=0.517319;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0516936;OID=.;OPOS=33355081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:85:85:59:59:0.409722:35:24:37:48:35:24:37:48 chr19 33390796 . G A 2069.62 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5686;QD=61.3222;RBI=0.0146616;REFB=0;REVB=-0.0110042;RO=0;SAF=47;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314958;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:135:0:0:126:135:1:79:47:0:0:82:53:0:0 chr19 33430816 . T G 3346.54 PASS AF=1;AO=211;DP=219;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831384;FXX=0.0444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.215;QD=62.2613;RBI=0.0937947;REFB=0;REVB=0.0434216;RO=0;SAF=82;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131948;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:219:215:0:0:211:215:1:129:82:0:0:130:85:0:0 chr19 33439187 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0259873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9823;QD=22.1885;RBI=0.0558714;REFB=0.0235379;REVB=-0.0494598;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133528;STB=0.584463;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0123834;OID=.;OPOS=33439187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:11:13:8:13:11:13:8:14 chr19 33444519 . A G 63.9 PASS AF=0.0994475;AO=18;DP=181;FAO=18;FDP=181;FR=.;FRO=163;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=100;FSRR=63;FWDB=0.0339841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8106;QD=1.41225;RBI=0.0360863;REFB=-0.00236431;REVB=-0.0121367;RO=163;SAF=11;SAR=7;SRF=100;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301257;STB=0.50226;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0227475;OID=.;OPOS=33444519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:181:181:163:163:18:18:0.0994475:7:11:100:63:7:11:100:63 chr19 33444556 . T C 1017.96 PASS AF=0.495238;AO=104;DP=210;FAO=104;FDP=210;FR=.;FRO=106;FSAF=82;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=69;FWDB=-0.0270691;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0912;QD=19.3897;RBI=0.0343747;REFB=-0.00403056;REVB=-0.0211869;RO=103;SAF=82;SAR=22;SRF=35;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437123;STB=0.740229;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00362798;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:103:106:104:104:0.495238:22:82:35:68:22:82:37:69 chr19 33444576 . C T 888.23 PASS AF=0.444444;AO=96;DP=216;FAO=96;FDP=216;FR=.;FRO=120;FSAF=76;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=78;FWDB=0.00977979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.12;QD=16.4487;RBI=0.00989525;REFB=-0.0125434;REVB=0.00150721;RO=117;SAF=76;SAR=20;SRF=42;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454829;STB=0.759323;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00949415;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:117:120:96:96:0.444444:20:76:42:75:20:76:42:78 chr19 33444588 . T G 721.04 PASS AF=0.388889;AO=83;DP=215;FAO=84;FDP=216;FR=.;FRO=132;FSAF=70;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=84;FWDB=0.0023414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.729;QD=13.3527;RBI=0.00341617;REFB=0.0019402;REVB=0.00248759;RO=115;SAF=69;SAR=14;SRF=35;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564433;STB=0.805844;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00755059;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:115:132:83:84:0.388889:14:69:35:80:14:70:48:84 chr19 33444707 . C T 403.76 PASS AF=0.6;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0566291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.179;QD=24.8469;RBI=0.0571013;REFB=-0.043499;REVB=-0.00732878;RO=22;SAF=9;SAR=30;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216876;STB=0.596961;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0181833;OID=.;OPOS=33444707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:22:26:39:39:0.6:30:9:11:11:30:9:11:15 chr19 33467357 . G A 533.08 PASS AF=0.414966;AO=56;DP=143;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.00323127;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.84;QD=14.5056;RBI=0.00540042;REFB=-0.0132828;REVB=0.00432706;RO=83;SAF=31;SAR=25;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633553;STB=0.560197;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0210267;OID=.;OPOS=33467357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:147:83:86:56:61:0.414966:25:31:41:42:25:36:42:44 chr19 33467515 . T C 693.62 PASS AF=0.489362;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.00593567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.078;QD=19.6772;RBI=0.00615123;REFB=-0.033906;REVB=0.00161416;RO=72;SAF=34;SAR=35;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708667;STB=0.539114;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0255714;OID=.;OPOS=33467515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:72:72:69:69:0.489362:35:34:41:31:35:34:41:31 chr19 33467576 . G A 487.85 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.000808322;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.834;QD=21.444;RBI=0.0278116;REFB=-0.00691704;REVB=0.0277998;RO=44;SAF=25;SAR=22;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067652;STB=0.537367;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00463369;OID=.;OPOS=33467576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:44:47:47:0.516484:22:25:20:24:22:25:20:24 chr19 33490566 . T C 99.46 PASS AF=0.12;AO=24;DP=199;FAO=24;FDP=200;FR=.;FRO=176;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=68;FSRR=108;FWDB=-0.00719314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.461;QD=1.98921;RBI=0.032452;REFB=-0.000796332;REVB=-0.0316448;RO=170;SAF=8;SAR=16;SRF=66;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740195;STB=0.550681;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00361788;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:170:176:24:24:0.12:16:8:66:104:16:8:68:108 chr19 33490585 . G A 350.23 PASS AF=0.260417;AO=49;DP=191;FAO=50;FDP=192;FR=.;FRO=142;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=88;FWDB=0.00593174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.406;QD=7.29649;RBI=0.0168807;REFB=0.000111943;REVB=0.0158042;RO=142;SAF=18;SAR=31;SRF=54;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172204;STB=0.516123;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.000305486;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:142:142:49:50:0.260417:31:18:54:88:32:18:54:88 chr19 33605300 . A G 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.812;QD=60.6013;RBI=0.0222151;REFB=0;REVB=0.0144438;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024649;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr19 33605312 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.358;QD=59.4355;RBI=0.0294109;REFB=0;REVB=-0.0272496;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121905;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr19 33635761 . C T 489.14 PASS AF=0.392857;AO=55;DP=140;FAO=55;FDP=140;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.00837694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.904;QD=13.9753;RBI=0.0160825;REFB=-0.0086181;REVB=-0.0137285;RO=82;SAF=32;SAR=23;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213904;STB=0.622907;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0132937;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:85:55:55:0.392857:23:32:31:51:23:32:32:53 chr19 33668046 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.336;QD=63.2865;RBI=0.0153923;REFB=0;REVB=0.00346443;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03274e-05;OID=.;OPOS=33668046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr19 33693785 . G A 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.494;QD=61.6941;RBI=0.0160727;REFB=0;REVB=-0.00512826;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0215e-05;OID=.;OPOS=33693785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr19 33696354 . C T 3153.16 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.936;QD=64.0235;RBI=0.067266;REFB=0;REVB=0.0288083;RO=0;SAF=69;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48062e-05;OID=.;OPOS=33696354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:197:0:0:196:197:1:127:69:0:0:127:70:0:0 chr19 33696621 . C T 4906.6 PASS AF=1;AO=312;DP=315;FAO=313;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00062248;FXX=0.00949337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6959;QD=62.7041;RBI=0.0433341;REFB=0;REVB=0.0433297;RO=0;SAF=178;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83539e-05;OID=.;OPOS=33696621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:315:313:0:0:312:313:1:134:178:0:0:135:178:0:0 chr19 33697546 . C T 1280.63 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.619;QD=61.7171;RBI=0.0642957;REFB=0;REVB=0.0548765;RO=0;SAF=21;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70222e-05;OID=.;OPOS=33697546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:59:21:0:0:59:24:0:0 chr19 33698291 . T C 1498.83 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394836;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.473;QD=59.9533;RBI=0.0399989;REFB=0;REVB=0.00639976;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08992e-05;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:99:100:1:53:46:0:0:53:47:0:0 chr19 33700281 . C A 2221.31 PASS AF=0.980263;AO=148;DP=151;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0486966;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.368;QD=58.4556;RBI=0.0489151;REFB=-0.165617;REVB=0.0046183;RO=2;SAF=76;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130266;STB=0.510066;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000252187;OID=.;OPOS=33700281;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:152:2:3:148:149:0.980263:72:76:0:2:73:76:0:3 chr19 33873533 . TTAAAT TAAT,TTAAT,TTTAAA,TTTAAT 193.6 PASS AF=0.138889,0.472222,0,0;AO=8,7,2,6;DP=46;FAO=5,17,0,0;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=3,12,0,0;FSAR=2,5,0,0;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.155516,-0.0989152,0.0201727,0.0565523;FXX=0.0769034;HRUN=8,3,3,3;LEN=2,1,4,1;MLLD=22.9494,21.7149,222.448,17.6433;QD=21.5107;RBI=0.160909,0.105244,0.0207015,0.0565567;REFB=-0.0192655,-0.0184408,-0.00850025,0.00759907;REVB=0.0413092,0.035945,-0.0046492,-0.00070401;RO=15;SAF=7,5,0,1;SAR=1,2,2,5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.592028,0.403073,-0.482498,-0.251248;STB=0.719222,0.692078,0.5,0.5;STBP=0.318,0.023,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.0594459,0.0251653,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=33873534,33873535,33873535,33873535;OREF=TA,A,AAAT,A;OALT=-,-,TAAA,T;OMAPALT=TAAT,TTAAT,TTTAAA,TTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.138889,0.472222,0,0:8,7,2,6:46:5,17,0,0:36:14:3,12,0,0:2,5,0,0:4:10:83:15:7,5,0,1:1,2,2,5:5:10 chr19 33878837 . G A 1958.51 PASS AF=0.492611;AO=197;DP=401;FAO=200;FDP=406;FR=.;FRO=206;FSAF=94;FSAR=106;FSRF=105;FSRR=101;FWDB=0.0702505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.257;QD=19.2957;RBI=0.0769141;REFB=0.0116166;REVB=0.0313152;RO=204;SAF=94;SAR=103;SRF=103;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257593;STB=0.52017;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00995544;OID=.;OPOS=33878837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:401:406:204:206:197:200:0.492611:103:94:103:101:106:94:105:101 chr19 34842488 . T C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.09;QD=59.9373;RBI=0.0114658;REFB=0;REVB=0.000280404;RO=0;SAF=38;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53831e-05;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:63:38:0:0:63:38:0:0 chr19 34843761 . C A 333.71 PASS AF=0.961538;AO=22;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.372;QD=51.3394;RBI=0.0394708;REFB=-0.164186;REVB=0.0295427;RO=1;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250044;STB=0.511619;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00098764;OID=.;OPOS=34843761;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:26:26:1:1:22:25:0.961538:18:4:0:1:21:4:0:1 chr19 34959979 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.728;QD=58.4197;RBI=0.0383832;REFB=0;REVB=0.0353128;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22625e-05;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr19 34972146 . G C 2203.17 PASS AF=0.95;AO=149;DP=158;FAO=152;FDP=160;FR=.;FRO=8;FSAF=63;FSAR=89;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.110067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4877;QD=55.0791;RBI=0.113015;REFB=-0.117434;REVB=0.0256467;RO=9;SAF=61;SAR=88;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285968;STB=0.517178;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00424389;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:158:160:9:8:149:152:0.95:88:61:6:3:89:63:6:2 chr19 35170730 . T C 451.92 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0274772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.269;QD=14.8172;RBI=0.110591;REFB=-0.0112054;REVB=0.107123;RO=71;SAF=24;SAR=27;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813233;STB=0.545699;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0218589;OID=.;OPOS=35170730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:71:51:51:0.418033:27:24:39:32:27:24:39:32 chr19 35175592 . G A 363.45 PASS AF=0.348837;AO=44;DP=128;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0158523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.138;QD=11.2698;RBI=0.031724;REFB=0.000652685;REVB=-0.0274794;RO=84;SAF=15;SAR=29;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925864;STB=0.542335;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00170801;OID=.;OPOS=35175592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:84:84:44:45:0.348837:29:15:35:49:29:16:35:49 chr19 35175775 . C T 541.78 PASS AF=0.460317;AO=56;DP=125;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.00120933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.604;QD=17.1994;RBI=0.0366669;REFB=-0.0219624;REVB=0.0366469;RO=68;SAF=37;SAR=19;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179507;STB=0.595408;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0245393;OID=.;OPOS=35175775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:68:68:56:58:0.460317:19:37:33:35:20:38:33:35 chr19 35231879 . TAAAAAAT TAAAAAAAT,TAAAAAATA,TAAAAAT,TAAAAATA 35.53 PASS AF=0.0731707,0.146341,0,0;AO=5,5,5,2;DP=43;FAO=3,6,0,0;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=1,1,0,0;FSAR=2,5,0,0;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.111716,-0.0476168,0.0881023,-0.0369109;FXX=0.0465008;HRUN=6,0,6,6;LEN=1,1,1,2;MLLD=8.82498,80.3199,9.92927,83.549;QD=3.46637;RBI=0.153679,0.0679245,0.145052,0.0684589;REFB=-0.0188786,-0.00199667,0.0137604,-0.00103762;REVB=0.10553,-0.0484395,-0.11523,-0.0576559;RO=22;SAF=4,0,3,2;SAR=1,5,2,0;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0,0.405172,0;SSEP=0,0,0.391304,0;SSSB=0.36794,-0.678213,0.11704,0.498236;STB=0.725862,0.846344,0.5,0.5;STBP=0.486,0.101,1,1;TYPE=ins,ins,del,mnp;VARB=0.0047521,0.0812082,0,-0.000688601;OID=.,.,.,.;OPOS=35231880,35231887,35231880,35231885;OREF=-,-,A,AT;OALT=A,A,-,TA;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAAATA,TAAAAAT,TAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0731707,0.146341,0,0:5,5,5,2:43:3,6,0,0:41:32:1,1,0,0:2,5,0,0:19:13:28:22:4,0,3,2:1,5,2,0:11:11 chr19 35270362 . G C 1422.28 PASS AF=0.514706;AO=139;DP=271;FAO=140;FDP=272;FR=.;FRO=132;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=53;FSRR=79;FWDB=-0.0259158;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.774;QD=20.9159;RBI=0.0355039;REFB=-0.00158913;REVB=0.0242672;RO=131;SAF=64;SAR=75;SRF=53;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500906;STB=0.527319;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0017305;OID=.;OPOS=35270362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:272:131:132:139:140:0.514706:75:64:53:78:76:64:53:79 chr19 35420841 . A G 579.14 PASS AF=0.48;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.023547;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4917;QD=18.5324;RBI=0.0242967;REFB=-0.00059075;REVB=-0.00598915;RO=64;SAF=30;SAR=30;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145636;STB=0.511996;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.000900077;OID=.;OPOS=35420841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:64:65:60:60:0.48:30:30:33:31:30:30:34:31 chr19 35433604 . G T 104.66 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0448502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3873;QD=8.05048;RBI=0.0476618;REFB=-0.0127319;REVB=0.0161278;RO=38;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120227;STB=0.574513;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0335862;OID=.;OPOS=35433604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:11:3:11:27:11:3:11:27 chr19 35434238 . A G 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.721;QD=60.0767;RBI=0.0227623;REFB=0;REVB=0.0091779;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98886e-05;OID=.;OPOS=35434238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:56:51:0:0:56:51:0:0 chr19 35434512 . T C 1194.31 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194105;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.293;QD=61.2464;RBI=0.0207582;REFB=0;REVB=-0.00735784;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41057e-05;OID=.;OPOS=35434512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:48:30:0:0:48:30:0:0 chr19 35435006 . G A 1133.3 PASS AF=1;AO=65;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.007;QD=60.4426;RBI=0.0267564;REFB=0;REVB=-0.00899039;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277973;OID=.;OPOS=35435006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:65:75:1:30:35:0:0:35:40:0:0 chr19 35435069 . A G 583.71 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0252456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.136;QD=23.825;RBI=0.0291606;REFB=-0.0235115;REVB=0.0145947;RO=44;SAF=30;SAR=24;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643242;STB=0.535294;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.018058;OID=.;OPOS=35435069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:54:54:0.55102:24:30:21:23:24:30:21:23 chr19 35435589 . C T 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0514145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8985;QD=14.1945;RBI=0.0567869;REFB=-0.0103345;REVB=-0.0241101;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149229;STB=0.58684;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0146964;OID=.;OPOS=35435589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:12:10:9:6:12:10 chr19 35449082 . G A 1056.08 PASS AF=0.404844;AO=117;DP=292;FAO=117;FDP=289;FR=.;FRO=172;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=94;FSRR=78;FWDB=0.00371175;FXX=0.0102736;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3953;QD=14.617;RBI=0.020968;REFB=-0.0160308;REVB=0.0206369;RO=170;SAF=52;SAR=65;SRF=93;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108572;STB=0.560665;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0255259;OID=.;OPOS=35449082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:289:170:172:117:117:0.404844:65:52:93:77:65:52:94:78 chr19 35449409 . G A 272.99 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0130245;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.836;QD=19.157;RBI=0.0198562;REFB=-0.0468909;REVB=0.0149877;RO=28;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147643;STB=0.582722;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0259059;OID=.;OPOS=35449409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:28:29:29:0.508772:20:9:13:15:20:9:13:15 chr19 35449760 . G C 463.99 PASS AF=0.46789;AO=48;DP=106;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0190026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3539;QD=17.027;RBI=0.0300824;REFB=-0.0120466;REVB=-0.0233207;RO=58;SAF=17;SAR=31;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266605;STB=0.503839;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0127862;OID=.;OPOS=35449760;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:58:58:48:51:0.46789:31:17:22:36:32:19:22:36 chr19 35450229 . C T 1209.02 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114341;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.72;QD=59.7048;RBI=0.0132042;REFB=-0.0978423;REVB=0.0066039;RO=1;SAF=34;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137195;STB=0.507245;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000117557;OID=.;OPOS=35450229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:79:80:0.987654:45:34:1:0:46:34:1:0 chr19 35487125 . G A 394.2 PASS AF=0.376923;AO=33;DP=129;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=0.0549963;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0602;QD=12.1293;RBI=0.0575906;REFB=-0.0717348;REVB=0.0170903;RO=62;SAF=11;SAR=22;SRF=15;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122646;STB=0.557922;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0755853;OID=.;OPOS=35487125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:62:81:33:49:0.376923:22:11:15:47:27:22:29:52 chr19 35501051 . T C 222.64 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0444182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.364;QD=12.5433;RBI=0.0448626;REFB=-0.0124835;REVB=0.00629876;RO=44;SAF=16;SAR=11;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156644;STB=0.589224;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0170239;OID=.;OPOS=35501051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:11:16:32:12:11:16:32:12 chr19 35506729 . G A 1135.13 PASS AF=0.434164;AO=120;DP=280;FAO=122;FDP=281;FR=.;FRO=159;FSAF=79;FSAR=43;FSRF=80;FSRR=79;FWDB=-0.00243906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.817;QD=16.1584;RBI=0.00399031;REFB=-0.0253;REVB=-0.00315809;RO=157;SAF=79;SAR=41;SRF=79;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165144;STB=0.584993;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0298493;OID=.;OPOS=35506729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:281:157:159:120:122:0.434164:41:79:79:78:43:79:80:79 chr19 35510102 . G C 587.7 PASS AF=0.439716;AO=61;DP=141;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0389739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.825;QD=16.6722;RBI=0.0406009;REFB=-0.0121551;REVB=0.0113785;RO=78;SAF=31;SAR=30;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854844;STB=0.55498;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0151344;OID=.;OPOS=35510102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:78:79:61:62:0.439716:30:31:33:45:30:32:33:46 chr19 35524824 . T C 650.42 PASS AF=0.481752;AO=65;DP=136;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.00576921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.976;QD=18.9902;RBI=0.0257752;REFB=-0.0259264;REVB=0.0251213;RO=71;SAF=30;SAR=35;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135211;STB=0.577813;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0316821;OID=.;OPOS=35524824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:71:71:65:66:0.481752:35:30:43:28:36:30:43:28 chr19 35524939 . C A 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0159464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.533;QD=18.5768;RBI=0.0259436;REFB=-0.0108243;REVB=-0.0204641;RO=31;SAF=10;SAR=21;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211216;STB=0.618242;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.017844;OID=.;OPOS=35524939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:21:10:17:14:21:10:17:14 chr19 35524944 . G C 243.43 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.015861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.1329;QD=17.3881;RBI=0.0235329;REFB=-0.0232539;REVB=-0.0173846;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14047;STB=0.599924;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0178621;OID=.;OPOS=35524944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:27:29:27:27:0.482143:18:9:13:14:18:9:15:14 chr19 35577870 . G A 452.94 PASS AF=0.361842;AO=55;DP=152;FAO=55;FDP=152;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.0523367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.662;QD=11.9196;RBI=0.059425;REFB=-0.0117543;REVB=0.0281461;RO=96;SAF=24;SAR=31;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829405;STB=0.544105;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.024608;OID=.;OPOS=35577870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:96:97:55:55:0.361842:31:24:49:47:31:24:49:48 chr19 35590180 . T A 1438.02 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130114;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.339;QD=63.2098;RBI=0.0479751;REFB=0;REVB=0.046177;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.09112e-05;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:57:34:0:0:57:34:0:0 chr19 35597352 . T C,G 1442.71 PASS AF=0.961165,0.038835;AO=92,4;DP=96;FAO=99,4;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51,4;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100195,0.00392997;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.963,98.2723;QD=56.0276;RBI=0.0728174,0.0536581;REFB=0,0;REVB=0.0721248,0.053514;RO=0;SAF=49,4;SAR=43,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000181801,0.0125044;OID=.,.;OPOS=35597352,35597352;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:96:103:0:0:92,4:99,4:0.961165,0.038835:43,0:49,4:0:0:48,0:51,4:0:0 chr19 35597462 . A G 309.2 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0011301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.989;QD=13.5911;RBI=0.00994208;REFB=-0.0144233;REVB=-0.00987764;RO=56;SAF=25;SAR=10;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191131;STB=0.60969;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.020907;OID=.;OPOS=35597462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:10:25:31:25:10:25:31:25 chr19 35597620 . C T 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0262255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.927;QD=14.3845;RBI=0.031452;REFB=0.00223246;REVB=-0.0173623;RO=50;SAF=15;SAR=19;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124214;STB=0.570489;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00386622;OID=.;OPOS=35597620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:19:15:28:22:19:15:28:22 chr19 35597729 . C T 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00264973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.9157;QD=21.3758;RBI=0.0077208;REFB=0.00348577;REVB=0.00725188;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022833;STB=0.512809;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00319761;OID=.;OPOS=35597729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:9:13:13:10:9:13 chr19 35610245 . A G 951.28 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9821;QD=55.9576;RBI=0.0229277;REFB=0.0273317;REVB=0.0205321;RO=1;SAF=35;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133067;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-5.44264e-05;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:1:1:65:67:0.985294:30:35:1:0:32:35:1:0 chr19 35612159 . C G 417.83 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0399013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7116;QD=20.3817;RBI=0.11176;REFB=0.0193792;REVB=0.104394;RO=38;SAF=27;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258373;STB=0.653906;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0166385;OID=.;OPOS=35612159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:40:42:42:0.512195:15:27:13:25:15:27:13:27 chr19 35614336 . T C 460.82 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0903887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6157;QD=17.2268;RBI=0.103009;REFB=0.00959178;REVB=-0.0494047;RO=57;SAF=17;SAR=33;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248807;STB=0.638653;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.015794;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:57:50:50:0.46729:33:17:34:23:33:17:34:23 chr19 35622695 . A G 2368.4 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.875;QD=64.0109;RBI=0.0328223;REFB=0;REVB=-0.0254265;RO=0;SAF=68;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54386e-06;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:146:148:1:78:68:0:0:78:70:0:0 chr19 35644855 . T C 933.45 PASS AF=0.37931;AO=99;DP=279;FAO=110;FDP=290;FR=.;FRO=180;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=84;FSRR=96;FWDB=0.0461812;FXX=0.00343631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6441;QD=12.8751;RBI=0.0463023;REFB=-0.0120339;REVB=0.00334691;RO=179;SAF=43;SAR=56;SRF=84;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400345;STB=0.515058;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0214228;OID=.;OPOS=35644855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:290:179:180:99:110:0.37931:56:43:84:95:56:54:84:96 chr19 35648365 . T G 2295.47 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314885;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.708;QD=63.7631;RBI=0.0472227;REFB=0;REVB=0.0351917;RO=0;SAF=62;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.2896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100574;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:82:62:0:0:82:62:0:0 chr19 35649324 . C G 1152.62 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.444;QD=60.6644;RBI=0.0124073;REFB=0;REVB=0.00496189;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09665e-05;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:47:25:0:0:49:27:0:0 chr19 35655151 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.386;QD=59.8393;RBI=0.0482362;REFB=0;REVB=0.0130086;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153813;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr19 35660508 . G A 1387.27 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391465;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9895;QD=61.6563;RBI=0.0403852;REFB=-0.116247;REVB=0.00992585;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182498;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:90:90:0:0:88:90:1:44:44:0:0:44:46:0:0 chr19 35719020 . C T 556.77 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0297416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.03;QD=20.2461;RBI=0.0298833;REFB=-0.0171475;REVB=0.00290664;RO=53;SAF=31;SAR=26;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291797;STB=0.501607;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0181704;OID=.;OPOS=35719020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:26:31:29:24:26:31:29:24 chr19 35719106 . A G 253.56 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0142063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8083;QD=17.4868;RBI=0.0143074;REFB=-0.0170354;REVB=-0.00169787;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233684;STB=0.637587;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0222313;OID=.;OPOS=35719106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:16:12:20:9:16:12:21:9 chr19 35757427 . G A 630.45 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0132753;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.315;QD=22.5162;RBI=0.0132922;REFB=-0.0247692;REVB=-0.000670557;RO=50;SAF=37;SAR=25;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192422;STB=0.605305;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0182858;OID=.;OPOS=35757427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:50:50:62:62:0.553571:25:37:18:32:25:37:18:32 chr19 35758275 . G GGGA 1625.52 PASS AF=0.476744;AO=158;DP=347;FAO=164;FDP=344;FR=.;FRO=180;FSAF=103;FSAR=61;FSRF=97;FSRR=83;FWDB=-0.00397409;FXX=0.0171424;HRUN=3;LEN=3;MLLD=212.16;QD=18.9014;RBI=0.0218117;REFB=-0.026596;REVB=-0.0214466;RO=185;SAF=100;SAR=58;SRF=99;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996358;STB=0.548677;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.0275916;OID=.;OPOS=35758276;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.476744:158:347:164:344:180:103:61:97:83:99:185:100:58:99:86 chr19 35770658 . CAAAAAAAAAAT ACAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAT,CAAAAAAAATAG 164.5 PASS AF=0.0322581,0.790323,0.0645161,0.0645161;AO=3,25,8,3;DP=70;FAO=2,49,4,4;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=1,12,2,0;FSAR=1,37,2,4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0893522,-0.201105,-0.114454,-0.0669648;FXX=0.13887;HRUN=1,10,10,10;LEN=2,1,2,3;MLLD=16.3102,3.81343,6.46228,206.515;QD=10.6126;RBI=0.0999487,0.201194,0.11508,0.0686888;REFB=-0.179965,-0.29148,-0.167326,-0.0221282;REVB=-0.0447876,0.00599961,-0.011988,-0.0152927;RO=15;SAF=1,5,3,0;SAR=2,20,5,3;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.188903,0,0.216346,-0.534287;STB=0.798048,0.519473,0.713404,0.5;STBP=0.72,0.376,0.307,1;TYPE=mnp,del,del,mnp;VARB=-0.221899,0.108058,0.0864656,0.0281467;OID=.,.,.,.;OPOS=35770658,35770659,35770659,35770667;OREF=CA,A,AA,AAT;OALT=AC,-,-,TAG;OMAPALT=ACAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAT,CAAAAAAAATAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:22:70:62:15:3:3,25,8,3:2,49,4,4:0.0322581,0.790323,0.0645161,0.0645161:2,20,5,3:1,5,3,0:3:12:1,37,2,4:1,12,2,0:0:3 chr19 35790503 . G A 1025.52 PASS AF=0.512953;AO=97;DP=192;FAO=99;FDP=193;FR=.;FRO=94;FSAF=62;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=0.00700015;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1465;QD=21.2543;RBI=0.0880072;REFB=-0.0098051;REVB=0.0877284;RO=94;SAF=62;SAR=35;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081351;STB=0.537289;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0098655;OID=.;OPOS=35790503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:94:94:97:99:0.512953:35:62:52:42:37:62:52:42 chr19 35790644 . GC AA 899.59 PASS AF=0.54321;AO=88;DP=162;FAO=88;FDP=162;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.00351773;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.626;QD=22.212;RBI=0.0518482;REFB=-0.00332865;REVB=0.0517287;RO=74;SAF=33;SAR=55;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621141;STB=0.533973;STBP=0.355;TYPE=mnp;VARB=0.00317191;OID=.;OPOS=35790644;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:74:74:88:88:0.54321:55:33:33:41:55:33:33:41 chr19 35793589 . C T 401.87 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0173018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.621;QD=14.7474;RBI=0.0202131;REFB=-0.0111552;REVB=-0.0104507;RO=63;SAF=29;SAR=17;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177464;STB=0.599956;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0173069;OID=.;OPOS=35793589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:17:29:29:34:17:29:29:34 chr19 35843086 . G A 2716.82 PASS AF=0.988764;AO=175;DP=179;FAO=176;FDP=178;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0264028;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9112;QD=61.0522;RBI=0.107711;REFB=-0.10845;REVB=0.104425;RO=3;SAF=104;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866306;STB=0.501056;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000729513;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:179:178:3:2:175:176:0.988764:71:104:1:2:72:104:1:1 chr19 35849926 . G A 2321.3 PASS AF=0.446655;AO=245;DP=554;FAO=247;FDP=553;FR=.;FRO=306;FSAF=118;FSAR=129;FSRF=155;FSRR=151;FWDB=0.00969828;FXX=0.00360354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.21;QD=16.7906;RBI=0.0402476;REFB=-0.0210265;REVB=0.0390616;RO=298;SAF=118;SAR=127;SRF=154;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349369;STB=0.515946;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0248253;OID=.;OPOS=35849926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:554:553:298:306:245:247:0.446655:127:118:154:144:129:118:155:151 chr19 35850672 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0185074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.106;QD=13.5766;RBI=0.0186329;REFB=-0.0224166;REVB=-0.0021583;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118539;STB=0.569272;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0264404;OID=.;OPOS=35850672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:8:11:6:7:8:11 chr19 35851239 . G A 95.13 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00444437;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.825;QD=10.5699;RBI=0.0237588;REFB=-0.0158562;REVB=-0.0233394;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064554;STB=0.555981;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0305294;OID=.;OPOS=35851239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:36:21:24:12:12:0.333333:7:5:10:11:7:5:12:12 chr19 35851285 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.667;QD=33.4282;RBI=0.0290303;REFB=0;REVB=0.0281118;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109823;OID=.;OPOS=35851285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr19 35863707 . G A 115.58 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00674497;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.741;QD=10.7513;RBI=0.00755634;REFB=-0.0193529;REVB=-0.00340641;RO=26;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224207;STB=0.508185;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.025195;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:26:29:14:14:0.325581:10:4:7:19:10:4:8:21 chr19 35863809 . T A 98.39 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0421633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2868;QD=7.71719;RBI=0.0427369;REFB=-0.0167519;REVB=0.00697871;RO=38;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202608;STB=0.622727;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0613479;OID=.;OPOS=35863809;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:8:5:9:29:8:5:9:29 chr19 35991373 . C T 1967.05 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0346985;FXX=0.0151504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.917;QD=60.5248;RBI=0.0496206;REFB=-0.16194;REVB=0.0354714;RO=2;SAF=67;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000686636;STB=0.500361;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.000270903;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:2:2:128:128:0.984615:61:67:1:1:61:67:1:1 chr19 35991442 . T G 1661.42 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.722;QD=59.3363;RBI=0.0162625;REFB=0.0632979;REVB=-0.00321943;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.000254133;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:55:56:0:0:55:56:1:0 chr19 36002361 . ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 50.0 PASS AO=55;DP=98;LEN=51;RO=43;SAF=26;SAR=29;SRF=24;SRR=19;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=36002362;OREF=CTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:98:43:55:29:26:24:19 chr19 36002381 . C T 595.96 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0011184;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.824;QD=48.6495;RBI=0.037873;REFB=0.0215935;REVB=0.0378565;RO=4;SAF=36;SAR=9;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494208;STB=0.526304;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00126208;OID=.;OPOS=36002381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:51:49:4:4:45:45:0.918367:9:36:4:0:9:36:4:0 chr19 36002393 . C T 93.62 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0021953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.251;QD=13.3742;RBI=0.0429382;REFB=-0.0150524;REVB=-0.042882;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190233;STB=0.612681;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0254693;OID=.;OPOS=36002393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:28:28:16:16:9:9:0.321429:3:6:13:3:3:6:13:3 chr19 36002710 . C A 1849.59 PASS AF=1;AO=107;DP=123;FAO=121;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591887;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.771;QD=61.1435;RBI=0.0708363;REFB=0;REVB=0.0389163;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353983;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:121:0:0:107:121:1:63:44:0:0:63:58:0:0 chr19 36004106 . A G 1008.44 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7832;QD=59.3198;RBI=0.0315711;REFB=0;REVB=-0.00558686;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229068;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:39:28:0:0:39:29:0:0 chr19 36004171 . C A 287.9 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0341868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.018;QD=25.0349;RBI=0.0344599;REFB=-0.0186365;REVB=-0.00433044;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128985;STB=0.571375;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0154664;OID=.;OPOS=36004171;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:6:14:14:12:6:14 chr19 36050969 . A G 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.00576213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.831;QD=16.2726;RBI=0.0395206;REFB=-0.00225647;REVB=-0.0390983;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207676;STB=0.647803;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00335863;OID=.;OPOS=36050969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:39:32:32:0.450704:16:16:24:9:16:16:30:9 chr19 36066570 . A G 9181.96 PASS AF=0.909091;AO=624;DP=687;FAO=630;FDP=693;FR=.;FRO=63;FSAF=245;FSAR=385;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00487576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.939;QD=52.9983;RBI=0.00510287;REFB=0.00144184;REVB=-0.00150541;RO=63;SAF=243;SAR=381;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216232;STB=0.511327;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.000136507;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:687:693:63:63:624:630:0.909091:381:243:32:31:385:245:32:31 chr19 36066577 . A G 8831.55 PASS AF=0.90118;AO=607;DP=679;FAO=611;FDP=678;FR=.;FRO=67;FSAF=241;FSAR=370;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00186041;FXX=0.00586502;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.786;QD=52.1035;RBI=0.0565427;REFB=0.010337;REVB=0.0565121;RO=67;SAF=240;SAR=367;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220417;STB=0.511633;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000878843;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:679:678:67:67:607:611:0.90118:367:240:34:33:370:241:34:33 chr19 36066634 . A G 7275.03 PASS AF=0.921642;AO=492;DP=536;FAO=494;FDP=536;FR=.;FRO=42;FSAF=235;FSAR=259;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0115288;FXX=0.00186216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1825;QD=54.2913;RBI=0.0322124;REFB=-0.00582666;REVB=-0.0300786;RO=42;SAF=233;SAR=259;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111057;STB=0.505645;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00101844;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:536:536:42:42:492:494:0.921642:259:233:23:19:259:235:23:19 chr19 36066642 . A G 6236.91 PASS AF=0.912951;AO=430;DP=471;FAO=430;FDP=471;FR=.;FRO=41;FSAF=219;FSAR=211;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0612562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.875;QD=52.9674;RBI=0.0613162;REFB=-0.00719421;REVB=-0.00271154;RO=41;SAF=219;SAR=211;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166407;STB=0.50875;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00063746;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:471:471:41:41:430:430:0.912951:211:219:25:16:211:219:25:16 chr19 36066645 . A G 6037.04 PASS AF=0.911063;AO=412;DP=454;FAO=420;FDP=461;FR=.;FRO=41;FSAF=220;FSAR=200;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0119988;FXX=0.00216446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.92;QD=52.3822;RBI=0.0265749;REFB=-0.0272586;REVB=0.0237119;RO=41;SAF=216;SAR=196;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00633273;STB=0.503314;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00295441;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:454:461:41:41:412:420:0.911063:196:216:23:18:200:220:23:18 chr19 36066661 . A G 4401.49 PASS AF=0.877778;AO=316;DP=360;FAO=316;FDP=360;FR=.;FRO=44;FSAF=192;FSAR=124;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00323124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.011;QD=48.9054;RBI=0.0109217;REFB=-0.0120178;REVB=0.0104328;RO=43;SAF=192;SAR=124;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117504;STB=0.507936;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0024522;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:360:43:44:316:316:0.877778:124:192:24:19:124:192:24:20 chr19 36066667 . A G 3361.5 PASS AF=0.833887;AO=251;DP=303;FAO=251;FDP=301;FR=.;FRO=50;FSAF=165;FSAR=86;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0159101;FXX=0.00660044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.99;QD=44.6711;RBI=0.0159888;REFB=-0.00276335;REVB=-0.00158389;RO=52;SAF=165;SAR=86;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688215;STB=0.532041;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000453816;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:301:52:50:251:251:0.833887:86:165:24:28:86:165:24:26 chr19 36066744 . C T 101.93 PASS AF=0.141892;AO=21;DP=148;FAO=21;FDP=148;FR=.;FRO=127;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=73;FWDB=0.00228073;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.732;QD=2.7548;RBI=0.002694;REFB=0.00509627;REVB=-0.00143385;RO=124;SAF=2;SAR=19;SRF=53;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49979;STB=0.852171;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0199832;OID=.;OPOS=36066744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:124:127:21:21:0.141892:19:2:53:71:19:2:54:73 chr19 36066754 . A G 37.87 PASS AF=0.0805369;AO=12;DP=150;FAO=12;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=137;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=81;FWDB=-0.017854;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.632;QD=1.01667;RBI=0.0393336;REFB=-0.00418598;REVB=-0.0350481;RO=97;SAF=1;SAR=11;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470493;STB=0.871318;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0480416;OID=.;OPOS=36066754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:150:149:97:137:12:12:0.0805369:11:1:40:57:11:1:56:81 chr19 36142187 . C T 334.54 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00380882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.067;QD=27.3095;RBI=0.020274;REFB=0.00541969;REVB=0.0199131;RO=20;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834064;STB=0.54611;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00201168;OID=.;OPOS=36142187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:10:19:11:9:10:19:11:9 chr19 36168914 . T C 164.41 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0179321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2038;QD=13.7008;RBI=0.0183823;REFB=-0.0156931;REVB=-0.00404346;RO=30;SAF=13;SAR=5;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291924;STB=0.517026;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.021753;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:5:13:21:9:5:13:21:9 chr19 36205557 . GCCCCTA GCCCCTAC,GCCCTA,GCCCTAC 728.38 PASS AF=0,0.927835,0.0721649;AO=12,13,6;DP=100;FAO=0,90,7;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=0,55,7;FSAR=0,35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512118,0.812494,0.0429074;FXX=0.0202;HRUN=0,4,4;LEN=1,1,3;MLLD=54.1009,9.12362,51.1581;QD=30.0362;RBI=0.0730432,1.06009,0.146777;REFB=0.0157606,-0.00870138,0.0106694;REVB=-0.0520832,0.680917,0.140366;RO=63;SAF=9,5,6;SAR=3,8,0;SRF=39;SRR=24;SSEN=0,0.532819,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.185844,-0.286607,0.538539;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0,0.0681466,0.0412156;OID=.,.,.;OPOS=36205564,36205558,36205561;OREF=-,C,CTA;OALT=C,-,TAC;OMAPALT=GCCCCTAC,GCCCTA,GCCCTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.927835,0.0721649:12,13,6:100:0,90,7:97:0:0,55,7:0,35,0:0:0:20:63:9,5,6:3,8,0:39:24 chr19 36214632 . A AG 2987.89 PASS AF=1;AO=245;DP=270;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139953;FXX=0.0150938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.4175;QD=45.7915;RBI=0.151755;REFB=0;REVB=-0.0586739;RO=20;SAF=107;SAR=138;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000558401;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:245:270:261:261:0:114:147:0:0:56:20:107:138:13:7 chr19 36218478 . C T 585.58 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00353939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.274;QD=21.102;RBI=0.00353939;REFB=-0.0172975;REVB=-4.7568e-06;RO=52;SAF=38;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160703;STB=0.588465;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0191295;OID=.;OPOS=36218478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:52:59:59:0.531532:21:38:24:28:21:38:24:28 chr19 36223992 . CT CTC,TC 56.15 PASS AF=0.157895,0.0210526;AO=13,6;DP=97;FAO=15,2;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=1,0;FSAR=14,2;FSRF=20;FSRR=58;FWDB=-0.0239166,-0.0406873;FXX=0.0104156;HRUN=0,4;LEN=1,2;MLLD=42.449,53.8232;QD=2.36414;RBI=0.0480833,0.0632823;REFB=-0.00234348,0.00217191;REVB=-0.0417133,-0.0484685;RO=76;SAF=1,0;SAR=12,6;SRF=20;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.38671,-0.466597;STB=0.80274,0.992601;STBP=0.047,0.356;TYPE=ins,mnp;VARB=0.11473,0.0669028;OID=.,.;OPOS=36223994,36223992;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:97:95:76:78:13,6:15,2:0.157895,0.0210526:12,6:1,0:20:56:14,2:1,0:20:58 chr19 36224705 . A G 736.14 PASS AF=0.464706;AO=78;DP=169;FAO=79;FDP=170;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.00584393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.28;QD=17.3209;RBI=0.00595601;REFB=-0.0228619;REVB=0.00114998;RO=89;SAF=31;SAR=47;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00707715;STB=0.507935;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0273976;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:89:91:78:79:0.464706:47:31:36:53:48:31:37:54 chr19 36233470 . G A 743.6 PASS AF=0.514286;AO=72;DP=140;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0592311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.602;QD=21.2458;RBI=0.0610027;REFB=-0.0148615;REVB=0.0145948;RO=67;SAF=30;SAR=42;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00112184;STB=0.50245;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0152984;OID=.;OPOS=36233470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:67:68:72:72:0.514286:42:30:28:39:42:30:28:40 chr19 36243089 . T C 2310.35 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.1894;QD=59.2398;RBI=0.0362266;REFB=0;REVB=0.0353194;RO=0;SAF=80;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011542;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:156:0:0:151:156:1:71:80:0:0:74:82:0:0 chr19 36243813 . G A 4034.51 PASS AF=0.981343;AO=263;DP=268;FAO=263;FDP=268;FR=.;FRO=5;FSAF=116;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.012025;FXX=0.00371733;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.071;QD=60.2166;RBI=0.0225539;REFB=0.100526;REVB=0.0190808;RO=5;SAF=116;SAR=147;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159363;STB=0.508361;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.000297592;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:268:268:5:5:263:263:0.981343:147:116:0:5:147:116:0:5 chr19 36258937 . AGGG AGG,AGGC 1355.07 PASS AF=0.929293,0.0707071;AO=87,6;DP=99;FAO=92,7;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=58,1;FSAR=34,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.137533,-0.0833709;FXX=0.0198;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.1128,7.43083;QD=54.7503;RBI=0.138208,0.0903378;REFB=0,0;REVB=-0.0136385,0.0347881;RO=0;SAF=53,1;SAR=34,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00163748,-0.000908426;OID=.,.;OPOS=36258938,36258940;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGG,AGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.929293,0.0707071:87,6:99:92,7:99:0:58,1:34,6:0:0:14:0:53,1:34,5:0:0 chr19 36270052 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.702;QD=59.0169;RBI=0.0284161;REFB=0;REVB=-0.0242401;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125446;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr19 36278346 . G C 726.78 PASS AF=0.514493;AO=71;DP=138;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0226276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.115;QD=21.0659;RBI=0.0253241;REFB=-0.0193767;REVB=-0.0113711;RO=67;SAF=36;SAR=35;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135544;STB=0.507451;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.020688;OID=.;OPOS=36278346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:67:67:71:71:0.514493:35:36:35:32:35:36:35:32 chr19 36278470 . C G 2015.84 PASS AF=0.984962;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0189994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.115;QD=60.6267;RBI=0.0198524;REFB=-0.142647;REVB=0.0057569;RO=1;SAF=78;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605456;STB=0.506249;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000900993;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:133:1:2:130:131:0.984962:52:78:1:0:52:79:2:0 chr19 36290977 . C T 492.25 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0102588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.567;QD=15.879;RBI=0.0217684;REFB=-0.0085368;REVB=0.0191995;RO=69;SAF=30;SAR=24;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106512;STB=0.563483;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0113978;OID=.;OPOS=36290977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:70:54:54:0.435484:24:30:31:38:24:30:31:39 chr19 36302921 . T C 2101.97 PASS AF=0.564327;AO=193;DP=343;FAO=193;FDP=342;FR=.;FRO=149;FSAF=106;FSAR=87;FSRF=98;FSRR=51;FWDB=0.0162667;FXX=0.00291537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.257;QD=24.5844;RBI=0.0162768;REFB=-0.0119129;REVB=-0.000574708;RO=150;SAF=106;SAR=87;SRF=99;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911846;STB=0.548179;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0109533;OID=.;OPOS=36302921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:342:150:149:193:193:0.564327:87:106:99:51:87:106:98:51 chr19 36322270 . C T 1807.33 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367578;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.354;QD=61.2654;RBI=0.0407965;REFB=0;REVB=0.017698;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05297e-05;OID=.;OPOS=36322270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:58:60:0:0:58:60:0:0 chr19 36342212 . C T 1453.44 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.865;QD=63.1931;RBI=0.0518984;REFB=0;REVB=0.0372284;RO=0;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184358;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:33:59:0:0:33:59:0:0 chr19 36355595 . A G 1308.36 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3188;QD=60.1544;RBI=0.00770339;REFB=-0.0518035;REVB=-0.00320873;RO=1;SAF=40;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258719;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:86:87:1:0:85:87:1:45:40:1:0:46:41:0:0 chr19 36365684 . G T 534.2 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.000139128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.567;QD=15.5969;RBI=0.00644537;REFB=-0.0326166;REVB=0.00644387;RO=77;SAF=23;SAR=35;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00740103;STB=0.505115;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0452517;OID=.;OPOS=36365684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:77:79:58:58:0.423358:35:23:30:47:35:23:32:47 chr19 36370011 . G A 494.18 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0292492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.995;QD=17.6494;RBI=0.0416875;REFB=0.00532968;REVB=0.0297042;RO=59;SAF=30;SAR=23;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181657;STB=0.600764;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00564956;OID=.;OPOS=36370011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:59:53:53:0.473214:23:30:22:37:23:30:22:37 chr19 36387881 . A G 412.8 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0288027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.05;QD=15.877;RBI=0.0617191;REFB=-0.00184812;REVB=-0.0545861;RO=58;SAF=22;SAR=24;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216584;STB=0.512129;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0019188;OID=.;OPOS=36387881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:24:22:29:29:24:22:29:29 chr19 36393186 . T C 249.73 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.075238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0004;QD=14.6898;RBI=0.0778311;REFB=0.00954256;REVB=0.0199227;RO=37;SAF=10;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146908;STB=0.599929;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0259174;OID=.;OPOS=36393186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:39:29:29:0.426471:19:10:18:19:19:10:20:19 chr19 36394272 . T C 240.93 PASS AF=0.490909;AO=21;DP=50;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0115432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.894;QD=17.5218;RBI=0.0285292;REFB=-0.0416716;REVB=-0.0260897;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107314;STB=0.510197;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0492633;OID=.;OPOS=36394272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:28:28:21:27:0.490909:12:9:15:13:12:15:15:13 chr19 36394678 . T C 2139.32 PASS AF=0.466245;AO=220;DP=473;FAO=221;FDP=474;FR=.;FRO=253;FSAF=109;FSAR=112;FSRF=143;FSRR=110;FWDB=-0.00366345;FXX=0.00210522;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6727;QD=18.0533;RBI=0.0533333;REFB=0.00147029;REVB=-0.0532073;RO=252;SAF=108;SAR=112;SRF=143;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741746;STB=0.538396;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00230813;OID=.;OPOS=36394678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:474:252:253:220:221:0.466245:112:108:143:109:112:109:143:110 chr19 36398414 . C A 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.037323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.387;QD=15.1663;RBI=0.0394885;REFB=0.0144029;REVB=-0.0128972;RO=19;SAF=2;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474207;STB=0.792977;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.015761;OID=.;OPOS=36398414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:13:2:10:9:13:2:11:9 chr19 36435840 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.904;QD=11.6341;RBI=0.00153345;REFB=-0.0226491;REVB=0.00153345;RO=16;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100571;OID=.;OPOS=36435840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:10:0:0:16:10:0:0:16 chr19 36486445 . G C 3231.2 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.078;QD=61.8412;RBI=0.0929549;REFB=0;REVB=0.0392023;RO=0;SAF=94;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6748e-05;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:203:209:0:0:202:209:1:108:94:0:0:109:100:0:0 chr19 36497358 . C G 529.44 PASS AF=0.394904;AO=60;DP=157;FAO=62;FDP=157;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0110934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.323;QD=13.489;RBI=0.0394465;REFB=-0.0267213;REVB=0.0378545;RO=93;SAF=26;SAR=34;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432899;STB=0.523357;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0395045;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:93:95:60:62:0.394904:34:26:44:49:35:27:45:50 chr19 36497373 . A G 557.22 PASS AF=0.414474;AO=63;DP=152;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0184037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7049;QD=14.6636;RBI=0.0199295;REFB=-0.00418111;REVB=-0.00764777;RO=89;SAF=29;SAR=34;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117177;STB=0.565703;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.010674;OID=.;OPOS=36497373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:89:89:63:63:0.414474:34:29:51:38:34:29:51:38 chr19 36499173 . C T 171.52 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0280404;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.79;QD=11.4347;RBI=0.028081;REFB=-0.0204117;REVB=-0.00150966;RO=33;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221698;STB=0.513195;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0255647;OID=.;OPOS=36499173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:38:21:22:0.366667:15:6:10:23:16:6:11:27 chr19 36506848 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00700644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.384;QD=17.6173;RBI=0.0215005;REFB=-0.0197742;REVB=-0.0203269;RO=27;SAF=17;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123034;STB=0.569772;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0187159;OID=.;OPOS=36506848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:7:17:16:11:7:17:16:11 chr19 36530421 . C T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0111463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.645;QD=19.9929;RBI=0.034226;REFB=-0.0129186;REVB=-0.0323601;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638561;STB=0.536049;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0152756;OID=.;OPOS=36530421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:11:12:13:9:11:12 chr19 36530562 . T C 678.72 PASS AF=0.614583;AO=58;DP=95;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00528521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2306;QD=28.2798;RBI=0.0200414;REFB=-0.0497176;REVB=0.0193319;RO=37;SAF=23;SAR=35;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547362;STB=0.52684;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0305943;OID=.;OPOS=36530562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:37:37:58:59:0.614583:35:23:12:25:36:23:12:25 chr19 36530913 . C T 443.68 PASS AF=0.392308;AO=51;DP=130;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.0322917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.545;QD=13.6518;RBI=0.035442;REFB=-0.0182272;REVB=-0.0146076;RO=79;SAF=22;SAR=29;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429764;STB=0.524286;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0219763;OID=.;OPOS=36530913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:79:79:51:51:0.392308:29:22:31:48:29:22:31:48 chr19 36549690 . C T 599.22 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=55;FWDB=-0.0392328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5857;QD=16.6449;RBI=0.0398266;REFB=-0.00540666;REVB=0.00685181;RO=81;SAF=21;SAR=42;SRF=26;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140715;STB=0.507851;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00611326;OID=.;OPOS=36549690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:81:81:63:63:0.4375:42:21:26:55:42:21:26:55 chr19 36575645 . G A 369.73 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0357583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.297;QD=19.7187;RBI=0.0365929;REFB=-0.056115;REVB=0.00777069;RO=37;SAF=15;SAR=23;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835047;STB=0.546412;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0402902;OID=.;OPOS=36575645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:23:15:18:19:23:15:18:19 chr19 36590329 . T C 241.82 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0017459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.675;QD=15.601;RBI=0.00717473;REFB=-0.0100869;REVB=-0.00695906;RO=34;SAF=7;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234172;STB=0.638783;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0148182;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:27:28:0.451613:20:7:16:18:21:7:16:18 chr19 36592627 . G A 2987.27 PASS AF=0.45858;AO=311;DP=681;FAO=310;FDP=676;FR=.;FRO=366;FSAF=139;FSAR=171;FSRF=113;FSRR=253;FWDB=0.00593696;FXX=0.00734204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7853;QD=17.6761;RBI=0.0237935;REFB=-0.00748482;REVB=-0.0230409;RO=359;SAF=139;SAR=172;SRF=109;SRR=250;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144051;STB=0.577641;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00959089;OID=.;OPOS=36592627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:681:676:359:366:311:310:0.45858:172:139:109:250:171:139:113:253 chr19 36594659 . A T 501.24 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0012781;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2498;QD=18.3942;RBI=0.0126731;REFB=-0.0169614;REVB=-0.0126085;RO=56;SAF=19;SAR=34;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119634;STB=0.566436;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00893244;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:56:56:53:53:0.486239:34:19:27:29:34:19:27:29 chr19 36595436 . A C 1532.64 PASS AF=0.990566;AO=101;DP=102;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.692;QD=57.8354;RBI=0.0369422;REFB=-0.0498695;REVB=0.0169965;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000766913;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:106:0:1:101:105:0.990566:47:54:0:0:51:54:0:1 chr19 36602729 . G C 263.97 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0470597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4255;QD=15.3028;RBI=0.0470929;REFB=-0.0114045;REVB=-0.00176878;RO=38;SAF=9;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186293;STB=0.61434;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0157923;OID=.;OPOS=36602729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:21:9:18:20:21:9:19:20 chr19 36603703 . T A 492.61 PASS AF=0.5;AO=44;DP=97;FAO=48;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00352553;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5309;QD=20.5255;RBI=0.00552917;REFB=-0.0343376;REVB=-0.00425938;RO=33;SAF=25;SAR=19;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129448;STB=0.531789;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0272711;OID=.;OPOS=36603703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:33:48:44:48:0.5:19:25:24:9:20:28:25:23 chr19 36604735 . CA C 479.28 PASS AF=0.489583;AO=48;DP=97;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0314461;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.19;QD=19.9699;RBI=0.0350778;REFB=-0.00848053;REVB=-0.0155434;RO=48;SAF=18;SAR=30;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51428;STBP=0.803;TYPE=del;VARB=0.00989764;OID=.;OPOS=36604736;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489583:48:97:47:96:49:17:30:19:30:99:48:18:30:18:30 chr19 36612664 . G A 911.87 PASS AF=0.497268;AO=91;DP=183;FAO=91;FDP=183;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=19;FSRR=73;FWDB=0.00945154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.967;QD=19.9316;RBI=0.0108667;REFB=-0.0104624;REVB=0.00536221;RO=87;SAF=41;SAR=50;SRF=18;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226095;STB=0.626979;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0152492;OID=.;OPOS=36612664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:87:92:91:91:0.497268:50:41:18:69:50:41:19:73 chr19 36642884 . T C 1123.68 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.348;QD=59.9298;RBI=0.0153385;REFB=0;REVB=0.00297004;RO=0;SAF=17;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22898e-05;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:57:17:0:0:58:17:0:0 chr19 36674305 . A G 273.45 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0494708;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.344;QD=17.362;RBI=0.0543003;REFB=-0.00969163;REVB=0.0223866;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281258;STB=0.635427;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00555671;OID=.;OPOS=36674305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:29:33:30:30:0.47619:17:13:22:7:17:13:23:10 chr19 36674347 . T C 397.43 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0108436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.693;QD=20.6457;RBI=0.0194776;REFB=-0.0177212;REVB=0.01618;RO=36;SAF=15;SAR=24;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264857;STB=0.630705;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0147592;OID=.;OPOS=36674347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:39:40:0.519481:24:15:25:11:24:16:25:12 chr19 36727365 . G A 569.25 PASS AF=0.47619;AO=54;DP=121;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00564213;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.123;QD=18.0714;RBI=0.0135992;REFB=-0.0143104;REVB=-0.0123736;RO=64;SAF=26;SAR=28;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033235;STB=0.507934;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0157332;OID=.;OPOS=36727365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:126:64:66:54:60:0.47619:28:26:33:31:30:30:32:34 chr19 36728290 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0276128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.41;QD=18.645;RBI=0.0277465;REFB=-0.0179676;REVB=0.00272024;RO=12;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246078;STB=0.677122;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0103778;OID=.;OPOS=36728290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:12:2:4:8:12:2:5:8 chr19 36729041 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0113448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.167;QD=17.5418;RBI=0.0114646;REFB=-0.0172256;REVB=0.00165259;RO=16;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329554;STB=0.693027;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0165877;OID=.;OPOS=36729041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:13:2:6:10:13:2:6:10 chr19 37038092 . T C 224.86 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.067645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.489;QD=19.9874;RBI=0.0678459;REFB=0.0293819;REVB=-0.00521641;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138886;STB=0.578243;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0344908;OID=.;OPOS=37038092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:10:12:9:14:10:12:9:14 chr19 37039069 . A C 500.82 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0263506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8316;QD=17.1219;RBI=0.0452385;REFB=-0.00144246;REVB=-0.0367718;RO=63;SAF=24;SAR=30;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469394;STB=0.526103;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00197819;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:30:24:25:38:30:24:25:38 chr19 37065732 . A C 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00315187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.506;QD=19.3449;RBI=0.00427674;REFB=0.00688675;REVB=-0.00289072;RO=41;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816509;STB=0.545432;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0069542;OID=.;OPOS=37065732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:24:16:20:21:24:16:20:21 chr19 37068081 . G C 236.13 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0198207;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.944;QD=17.4914;RBI=0.0221619;REFB=-0.0111435;REVB=0.00991415;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306601;STB=0.517228;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0232631;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:16:12:12:14:16:12 chr19 37117302 . A G 955.27 PASS AF=1;AO=56;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.582;QD=58.7857;RBI=0.0518622;REFB=0;REVB=0.0292357;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162548;OID=.;OPOS=37117302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:56:65:1:33:23:0:0:32:33:0:0 chr19 37118439 . C T 186.46 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0191942;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.398;QD=19.1236;RBI=0.0237055;REFB=-0.0112158;REVB=-0.0139117;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240949;STB=0.649838;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0127819;OID=.;OPOS=37118439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:20:19:19:0.487179:13:6:11:8:13:6:12:8 chr19 37210529 . A G 171.19 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0420594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4012;QD=17.558;RBI=0.0479371;REFB=-0.00178025;REVB=-0.0229995;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224476;STB=0.512806;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00260084;OID=.;OPOS=37210529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:11:10:9:9:11:10 chr19 37210805 . C T 613.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0756;QD=61.3234;RBI=0.027812;REFB=0;REVB=0.0102094;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284955;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr19 37241141 . A G 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00112603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.533;QD=16.4057;RBI=0.0330939;REFB=-0.0155087;REVB=-0.0330748;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236486;STB=0.513299;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.016727;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:15:16:20:17:15:16:20:17 chr19 37310344 . T C 218.05 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0191171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.629;QD=11.4763;RBI=0.0192901;REFB=-0.0107324;REVB=-0.00257709;RO=48;SAF=18;SAR=9;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213585;STB=0.618092;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0235639;OID=.;OPOS=37310344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:49:27:27:0.355263:9:18:23:25:9:18:24:25 chr19 37369454 . T G 289.05 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00755839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0909;QD=14.0999;RBI=0.0173292;REFB=-0.0123945;REVB=0.015594;RO=46;SAF=13;SAR=20;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240286;STB=0.640382;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0424152;OID=.;OPOS=37369454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:49:33:33:0.402439:20:13:29:17:20:13:31:18 chr19 37369543 . A G 228.59 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0351717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8236;QD=9.62467;RBI=0.0360376;REFB=-0.00659512;REVB=0.00785217;RO=65;SAF=11;SAR=18;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996124;STB=0.554016;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0181141;OID=.;OPOS=37369543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:65:66:29:29:0.305263:18:11:30:35:18:11:30:36 chr19 37441111 . C T 382.99 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0103448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.464;QD=17.4084;RBI=0.0143408;REFB=-0.0185339;REVB=-0.00993195;RO=47;SAF=15;SAR=25;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512315;STB=0.535696;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0238772;OID=.;OPOS=37441111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:25:15:20:27:25:15:21:27 chr19 37441462 . T C 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00840331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.32;QD=20.7365;RBI=0.041933;REFB=-0.0102686;REVB=0.0410823;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171356;STB=0.582689;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00718628;OID=.;OPOS=37441462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:11:7:9:6:11:7:9:7 chr19 37441980 . A G 437.51 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00930557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7484;QD=18.8174;RBI=0.0227792;REFB=-0.0183379;REVB=0.0207918;RO=49;SAF=22;SAR=21;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572231;STB=0.525762;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0247755;OID=.;OPOS=37441980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:43:44:0.473118:21:22:28:21:21:23:28:21 chr19 37482151 . A G 712.31 PASS AF=0.484076;AO=74;DP=156;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0378641;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.809;QD=18.148;RBI=0.0402752;REFB=-0.00528267;REVB=0.0137259;RO=81;SAF=31;SAR=43;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600132;STB=0.531646;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00562295;OID=.;OPOS=37482151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:81:81:74:76:0.484076:43:31:39:42:44:32:39:42 chr19 37487632 . G A 121.3 PASS AF=0.405405;AO=13;DP=35;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0249282;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4553;QD=13.1136;RBI=0.0270854;REFB=-0.0117686;REVB=-0.0105926;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352611;STB=0.723857;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0285527;OID=.;OPOS=37487632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:22:22:13:15:0.405405:5:8:6:16:5:10:6:16 chr19 37487723 . G A 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00464491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.748;QD=14.4327;RBI=0.0267816;REFB=0.00899455;REVB=-0.0263757;RO=44;SAF=9;SAR=22;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876783;STB=0.549967;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00826077;OID=.;OPOS=37487723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:22:9:16:28:22:9:16:28 chr19 37487866 . A T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0148554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.813;QD=19.4401;RBI=0.0189461;REFB=-0.0168399;REVB=-0.0117589;RO=29;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116404;STB=0.564929;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0159237;OID=.;OPOS=37487866;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:20:11:14:15:20:11:14:15 chr19 37487873 . C A 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0437199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.339;QD=20.3967;RBI=0.0437715;REFB=0.0048625;REVB=-0.00212623;RO=27;SAF=12;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148323;STB=0.50823;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00542947;OID=.;OPOS=37487873;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:19:12:10:17:19:12:10:17 chr19 37488055 . T G 304.53 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0513421;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.168;QD=22.1476;RBI=0.051347;REFB=-0.00659103;REVB=-0.000709529;RO=26;SAF=9;SAR=22;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280751;STB=0.637187;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00405649;OID=.;OPOS=37488055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:26:24:31:31:0.563636:22:9:16:10:22:9:14:10 chr19 37488197 . G A 701.28 PASS AF=0.462963;AO=75;DP=162;FAO=75;FDP=162;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.0893559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3034;QD=17.3156;RBI=0.0906647;REFB=-0.0242163;REVB=0.0153497;RO=85;SAF=30;SAR=45;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579602;STB=0.52671;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0276301;OID=.;OPOS=37488197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:85:87:75:75:0.462963:45:30:39:46:45:30:39:48 chr19 37488299 . A G 586.95 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0516244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9619;QD=19.8965;RBI=0.0736748;REFB=-0.0285146;REVB=0.0525633;RO=56;SAF=18;SAR=42;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158783;STB=0.589856;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0272412;OID=.;OPOS=37488299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:56:58:60:60:0.508475:42:18:26:30:42:18:27:31 chr19 37681014 . G A 1125.49 PASS AF=0.546875;AO=105;DP=193;FAO=105;FDP=192;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0168997;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.302;QD=23.4478;RBI=0.0185927;REFB=0.00265086;REVB=-0.00775166;RO=86;SAF=41;SAR=64;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734478;STB=0.537808;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00278558;OID=.;OPOS=37681014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:86:87:105:105:0.546875:64:41:41:45:64:41:41:46 chr19 37690420 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295669;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.476;QD=54.5176;RBI=0.0324399;REFB=0;REVB=-0.0133471;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58503e-05;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr19 37758904 . T C 82.82 PASS AF=0.095057;AO=25;DP=265;FAO=25;FDP=263;FR=.;FRO=238;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=95;FSRR=143;FWDB=-0.00370181;FXX=0.0149807;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1594;QD=1.25962;RBI=0.0328041;REFB=0.000817126;REVB=-0.0325946;RO=236;SAF=5;SAR=20;SRF=95;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273462;STB=0.710294;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00846733;OID=.;OPOS=37758904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:265:263:236:238:25:25:0.095057:20:5:95:141:20:5:95:143 chr19 37759016 . T A 110.35 PASS AF=0.257576;AO=15;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.120173;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.1225;QD=6.68813;RBI=0.160585;REFB=0.00469816;REVB=0.106517;RO=34;SAF=2;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358418;STB=0.810383;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0141777;OID=.;OPOS=37759016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:49:15:17:0.257576:13:2:12:22:15:2:22:27 chr19 37825633 . A T 781.86 PASS AF=0.482143;AO=81;DP=169;FAO=81;FDP=168;FR=.;FRO=87;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.0141699;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.047;QD=18.6156;RBI=0.0148414;REFB=-0.0067416;REVB=-0.0044138;RO=87;SAF=40;SAR=41;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427623;STB=0.523601;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00755868;OID=.;OPOS=37825633;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:87:87:81:81:0.482143:41:40:39:48:41:40:39:48 chr19 37854235 . G T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0237763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.075;QD=22.5809;RBI=0.0273349;REFB=-0.0462396;REVB=-0.0134865;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191823;STB=0.608516;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0398597;OID=.;OPOS=37854235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:2:5:5:7:2:5 chr19 37879589 . A G 245.7 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00610388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.153;QD=22.3365;RBI=0.0129421;REFB=-0.010377;REVB=-0.0114123;RO=21;SAF=16;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239191;STB=0.603086;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0141825;OID=.;OPOS=37879589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:20:23:24:0.545455:7:16:9:12:8:16:9:11 chr19 38028760 . A C 220.62 PASS AF=0.44;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0120135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.419;QD=17.6495;RBI=0.0134823;REFB=0.00243757;REVB=0.00611948;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165938;STB=0.604224;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00290351;OID=.;OPOS=38028760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:28:21:22:0.44:11:10:18:10:12:10:18:10 chr19 38030265 . G A 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.616;QD=60.2033;RBI=0.0215604;REFB=0;REVB=0.0125283;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10832e-05;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr19 38033251 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6295;QD=57.2024;RBI=0.0513773;REFB=0;REVB=-0.0430451;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186886;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr19 38034016 . TTAAAAAAAG TAAAAAAG,TTAAAAAAG,TTAAAAAAGT,TTTAAAAAAG 73.5 PASS AF=0.224138,0.12069,0,0;AO=9,9,3,9;DP=69;FAO=13,7,0,0;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=5,0,0,0;FSAR=8,7,0,0;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0762137,0.0878784,-0.0742202,0.161811;FXX=0.107676;HRUN=5,7,7,7;LEN=2,1,2,1;MLLD=16.0593,8.48707,17.8211,12.7441;QD=5.06866;RBI=0.0770169,0.0935845,0.0743941,0.166982;REFB=-0.0426733,-0.0841338,-0.0293834,-0.0430763;REVB=-0.0110939,0.0321785,0.00508434,0.041232;RO=32;SAF=3,0,2,0;SAR=6,9,1,9;SRF=5;SRR=27;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.281469,-0.658733,0.546764,-0.658733;STB=0.622727,0.997719,0.5,0.5;STBP=0.377,0.073,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.0512909,0.162133,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=38034017,38034018,38034024,38034018;OREF=TA,A,AG,A;OALT=-,-,GT,T;OMAPALT=TAAAAAAG,TTAAAAAAG,TTAAAAAAGT,TTTAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.224138,0.12069,0,0:9,9,3,9:69:13,7,0,0:58:38:5,0,0,0:8,7,0,0:9:29:40:32:3,0,2,0:6,9,1,9:5:27 chr19 38046967 . G A 1554.38 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000828235;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.431;QD=63.4443;RBI=0.0408966;REFB=0;REVB=0.0408882;RO=0;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438705;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:95:98:1:38:57:0:0:41:57:0:0 chr19 38055612 . A T 2335.69 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.623;QD=61.0638;RBI=0.042073;REFB=0;REVB=-0.0392764;RO=0;SAF=81;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04348e-05;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:72:81:0:0:72:81:0:0 chr19 38056574 . T A 2280.37 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=146;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0523098;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9626;QD=62.9066;RBI=0.0596592;REFB=-0.0702805;REVB=-0.0286862;RO=1;SAF=69;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684221;STB=0.503597;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00324311;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:145:1:1:144:144:0.993103:75:69:1:0:75:69:1:0 chr19 38063125 . C CT 1257.58 PASS AF=1;AO=104;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225787;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.7214;QD=47.0123;RBI=0.219743;REFB=0;REVB=0.21858;RO=5;SAF=53;SAR=51;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00952966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00238723;OID=.;OPOS=38063126;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:109:107:107:0:53:54:0:0:23:5:53:51:2:3 chr19 38091932 . A T 1116.54 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.208;QD=60.3534;RBI=0.0300303;REFB=0;REVB=-0.0240405;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70088e-05;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:41:32:0:0:41:33:0:0 chr19 38103017 . GT G 32.47 PASS AF=0.236559;AO=20;DP=87;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=20;FWDB=-0.12606;FXX=0.0605999;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.02103;QD=1.39659;RBI=0.209194;REFB=-0.0905524;REVB=-0.166946;RO=48;SAF=18;SAR=2;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291129;STB=0.636252;STBP=0.182;TYPE=del;VARB=0.0398017;OID=.;OPOS=38103018;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236559:20:87:22:93:71:12:10:51:20:32:48:18:2:37:11 chr19 38202516 . A C 651.9 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.111;QD=62.0856;RBI=0.105155;REFB=0;REVB=0.104458;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303345;OID=.;OPOS=38202516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:16:25:0:0:17:25:0:0 chr19 38314767 . A G 1476.55 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00739868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.711;QD=62.1707;RBI=0.0186052;REFB=-0.0767862;REVB=0.0170709;RO=1;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903154;STB=0.504761;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=5.51721e-06;OID=.;OPOS=38314767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:52:42:0:1:52:42:0:1 chr19 38376485 . T A 1090.64 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0208978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.55;QD=57.4021;RBI=0.0238344;REFB=-0.120221;REVB=0.0114613;RO=2;SAF=39;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134881;STB=0.500713;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000530423;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:35:39:1:1:35:39:1:1 chr19 38377564 . T C 707.8 PASS AF=0.887097;AO=55;DP=62;FAO=55;FDP=62;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0381389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5896;QD=45.6642;RBI=0.0645625;REFB=0.025657;REVB=0.0520936;RO=6;SAF=21;SAR=34;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549226;STB=0.53901;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00436281;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:62:62:6:7:55:55:0.887097:34:21:4:2:34:21:5:2 chr19 38377773 . G A 834.02 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4464;QD=57.5185;RBI=0.0653097;REFB=0;REVB=0.0156819;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492813;OID=.;OPOS=38377773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:32:26:0:0 chr19 38378107 . G A 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4818;QD=59.1417;RBI=0.0654868;REFB=0;REVB=-0.055315;RO=0;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000623884;OID=.;OPOS=38378107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:48:19:0:0:48:19:0:0 chr19 38378539 . G C 1571.73 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000172852;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.968;QD=64.1522;RBI=0.0297966;REFB=0;REVB=-0.0297961;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99975e-05;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr19 38379446 . C T 967.13 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.34;QD=57.7392;RBI=0.0322101;REFB=0;REVB=0.00763879;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69291e-05;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:62:67:1:40:22:0:0:43:24:0:0 chr19 38382328 . C T 2547.23 PASS AF=0.982558;AO=167;DP=172;FAO=169;FDP=172;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000124723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6771;QD=59.2378;RBI=0.00144939;REFB=0.0106797;REVB=-0.00144401;RO=2;SAF=73;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00143851;STB=0.501853;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.000359194;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:172:172:2:3:167:169:0.982558:94:73:1:1:95:74:1:2 chr19 38384421 . C G 461.75 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4609;QD=57.7181;RBI=0.0536912;REFB=0;REVB=-0.0449213;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139809;OID=.;OPOS=38384421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr19 38573149 . G C 582.58 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00397402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.65;QD=17.5212;RBI=0.00404872;REFB=-0.00462432;REVB=-0.000774133;RO=71;SAF=25;SAR=36;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680513;STB=0.534463;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00509778;OID=.;OPOS=38573149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:72:61:61:0.458647:36:25:34:37:36:25:34:38 chr19 38610504 . G A 185.93 PASS AF=0.328767;AO=23;DP=74;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.011105;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.331;QD=10.1879;RBI=0.0148463;REFB=-0.00637057;REVB=-0.0098535;RO=51;SAF=12;SAR=11;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781968;STB=0.520168;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0126343;OID=.;OPOS=38610504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:51:49:23:24:0.328767:11:12:30:21:11:13:28:21 chr19 38652993 . C T 155.52 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0121262;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=316.078;QD=15.1723;RBI=0.0121422;REFB=-0.00796556;REVB=0.000624146;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688185;STB=0.53983;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0095434;OID=.;OPOS=38652993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:14:10:6:11:14:10 chr19 38697439 . T C 416.67 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0194254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.196;QD=19.6081;RBI=0.0288007;REFB=-0.0183378;REVB=-0.0212634;RO=43;SAF=21;SAR=21;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741583;STB=0.541157;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0222478;OID=.;OPOS=38697439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:21:21:25:18:21:21:25:18 chr19 38698028 . G A 1351.07 PASS AF=0.507519;AO=134;DP=271;FAO=135;FDP=266;FR=.;FRO=131;FSAF=35;FSAR=100;FSRF=38;FSRR=93;FWDB=-0.0146408;FXX=0.0184495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.053;QD=20.3168;RBI=0.0149924;REFB=-0.00612881;REVB=-0.00322769;RO=124;SAF=34;SAR=100;SRF=37;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503069;STB=0.519385;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00752351;OID=.;OPOS=38698028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:266:124:131:134:135:0.507519:100:34:37:87:100:35:38:93 chr19 38698997 . G T 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.692;QD=56.4874;RBI=0.012524;REFB=-0.00666575;REVB=-0.00305599;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000112453;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:0:1:17:18:0:1 chr19 38706989 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.391;QD=64.4149;RBI=0.0252797;REFB=0;REVB=0.0147733;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00213e-05;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr19 38709568 . C T 303.05 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0103812;FXX=0.0508388;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4876;QD=21.6462;RBI=0.0212261;REFB=-0.00646552;REVB=-0.0185143;RO=25;SAF=8;SAR=23;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227732;STB=0.512622;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00512352;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:25:25:31:31:0.553571:23:8:7:18:23:8:7:18 chr19 38794895 . T C 1107.01 PASS AF=0.44403;AO=119;DP=268;FAO=119;FDP=268;FR=.;FRO=149;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=86;FSRR=63;FWDB=-0.00961458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.232;QD=16.5225;RBI=0.0245488;REFB=-0.00515822;REVB=-0.0225877;RO=149;SAF=55;SAR=64;SRF=86;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114895;STB=0.563672;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0067767;OID=.;OPOS=38794895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:149:149:119:119:0.44403:64:55:86:63:64:55:86:63 chr19 38795550 . G GAAGAAGGAGAAGGGC 114.62 PASS AF=0.186916;AO=18;DP=117;FAO=20;FDP=107;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0309694;FXX=0.0854628;HRUN=2;LEN=15;MLLD=264.328;QD=4.28479;RBI=0.0455312;REFB=-0.00710896;REVB=-0.0333764;RO=92;SAF=12;SAR=6;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18793;STB=0.59541;STBP=0.356;TYPE=ins;VARB=0.0285213;OID=.;OPOS=38795551;OREF=-;OALT=AAGAAGGAGAAGGGC;OMAPALT=GAAGAAGGAGAAGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186916:18:117:20:107:87:12:8:42:45:99:92:12:6:48:44 chr19 38798086 . T C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0350182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.708;QD=17.0332;RBI=0.0510293;REFB=-0.0159084;REVB=-0.0371176;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389249;STB=0.537314;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0228087;OID=.;OPOS=38798086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:7:11:12:9:7:11:12:10 chr19 38847431 . T C 486.32 PASS AF=0.418605;AO=53;DP=128;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.00120932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.591;QD=15.0797;RBI=0.0100772;REFB=-0.00439295;REVB=0.0100044;RO=75;SAF=20;SAR=33;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12391;STB=0.573685;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0060773;OID=.;OPOS=38847431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:75:75:53:54:0.418605:33:20:37:38:34:20:37:38 chr19 38852357 . T G 3023.96 PASS AF=0.52973;AO=279;DP=541;FAO=294;FDP=555;FR=.;FRO=261;FSAF=166;FSAR=128;FSRF=135;FSRR=126;FWDB=0.0307799;FXX=0.00715551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8449;QD=21.7943;RBI=0.0318881;REFB=-0.0267847;REVB=-0.00833379;RO=259;SAF=155;SAR=124;SRF=133;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374009;STB=0.522529;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0345938;OID=.;OPOS=38852357;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:541:555:259:261:279:294:0.52973:124:155:133:126:128:166:135:126 chr19 38865586 . G A 1350.82 PASS AF=0.552174;AO=125;DP=231;FAO=127;FDP=230;FR=.;FRO=103;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=0.0303967;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.849;QD=23.4925;RBI=0.0318207;REFB=-0.0155056;REVB=0.00941264;RO=104;SAF=60;SAR=65;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031514;STB=0.523006;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00870192;OID=.;OPOS=38865586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:104:103:125:127:0.552174:65:60:46:58:65:62:45:58 chr19 38876688 . C T 87.95 PASS AF=0.44;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0272531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6215;QD=14.0722;RBI=0.0413929;REFB=-0.0681943;REVB=-0.0311551;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353734;STB=0.594883;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0616551;OID=.;OPOS=38876688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:15:14:9:11:0.44:5:4:2:13:7:4:3:11 chr19 38876758 . C T 78.51 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0300331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1688;QD=18.4738;RBI=0.123022;REFB=-0.0132235;REVB=0.1193;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348751;STB=0.674342;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0214085;OID=.;OPOS=38876758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:6:7:10:10:0.588235:3:7:1:5:3:7:2:5 chr19 38877057 . G C 1318.26 PASS AF=0.509653;AO=132;DP=259;FAO=132;FDP=259;FR=.;FRO=127;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=81;FSRR=46;FWDB=-0.0195219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2416;QD=20.3592;RBI=0.0198173;REFB=-0.00898168;REVB=0.00340874;RO=127;SAF=71;SAR=61;SRF=81;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907829;STB=0.54964;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00862187;OID=.;OPOS=38877057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:127:127:132:132:0.509653:61:71:81:46:61:71:81:46 chr19 38877168 . A G 1593.6 PASS AF=0.490798;AO=157;DP=325;FAO=160;FDP=326;FR=.;FRO=166;FSAF=72;FSAR=88;FSRF=71;FSRR=95;FWDB=-0.00929171;FXX=0.0210204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.515;QD=19.5534;RBI=0.00973987;REFB=0.00410801;REVB=0.00292049;RO=141;SAF=70;SAR=87;SRF=52;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682281;STB=0.511489;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00317089;OID=.;OPOS=38877168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:326:141:166:157:160:0.490798:87:70:52:89:88:72:71:95 chr19 38899783 . T G 87.03 PASS AF=0.44;AO=6;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=14;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.0351103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0292;QD=13.925;RBI=0.0351103;REFB=0.038987;REVB=0;RO=9;SAF=6;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0217633;OID=.;OPOS=38899783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:25:25:9:14:6:11:0.44:0:6:9:0:0:11:14:0 chr19 38899827 . C T 213.29 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.015156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.786;QD=12.5465;RBI=0.0287294;REFB=-0.0174366;REVB=-0.0244064;RO=42;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272878;STB=0.656202;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0357903;OID=.;OPOS=38899827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:10:16:15:27:10:16:15:27 chr19 38905683 . A G 1121.91 PASS AF=0.536585;AO=110;DP=202;FAO=110;FDP=205;FR=.;FRO=95;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.0811643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.5179;QD=21.891;RBI=0.0876609;REFB=-0.00307157;REVB=-0.0331179;RO=88;SAF=51;SAR=59;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00186419;STB=0.50957;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00270178;OID=.;OPOS=38905683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:205:88:95:110:110:0.536585:59:51:41:47:59:51:46:49 chr19 38912764 . A G 1728.11 PASS AF=1;AO=69;DP=121;FAO=116;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0942791;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5394;QD=59.59;RBI=0.0952114;REFB=0;REVB=0.0132917;RO=0;SAF=52;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000500371;OID=.;OPOS=38912764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:116:0:0:69:116:1:17:52:0:0:48:68:0:0 chr19 38912765 . T G 437.71 PASS AF=0.416667;AO=49;DP=117;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=18;FWDB=-0.0407936;FXX=0.00826378;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.955;QD=14.5903;RBI=0.067327;REFB=-0.0715217;REVB=0.0535613;RO=68;SAF=16;SAR=33;SRF=50;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406953;STB=0.724153;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0112887;OID=.;OPOS=38912765;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:68:70:49:50:0.416667:33:16:50:18:33:17:52:18 chr19 38939408 . T C 1607.05 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00475269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.28;QD=60.0766;RBI=0.0335537;REFB=0;REVB=0.0332154;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74863e-05;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:53:53:0:0:54:53:0:0 chr19 38956839 . C T 1996.25 PASS AF=0.522788;AO=193;DP=373;FAO=195;FDP=373;FR=.;FRO=178;FSAF=101;FSAR=94;FSRF=85;FSRR=93;FWDB=0.0376084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5945;QD=21.4075;RBI=0.0418813;REFB=0.0155645;REVB=0.0184295;RO=178;SAF=100;SAR=93;SRF=85;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356908;STB=0.519285;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0101069;OID=.;OPOS=38956839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:373:178:178:193:195:0.522788:93:100:85:93:94:101:85:93 chr19 38959680 . C T 1541.73 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803889;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.797;QD=59.8731;RBI=0.0351913;REFB=0;REVB=0.0342608;RO=0;SAF=31;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011398;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:72:31:0:0:72:31:0:0 chr19 38964321 . CCG C,CGG 223.07 PASS AF=0.923077,0;AO=14,7;DP=38;FAO=24,0;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=3,0;FSAR=21,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.124096,-0.0437422;FXX=0.103413;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.1822,7.83792;QD=34.3181;RBI=0.295968,0.0472587;REFB=-0.0181722,0.00771025;REVB=0.268696,0.0178888;RO=13;SAF=1,1;SAR=13,6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.416223,-0.260866;STB=0.559946,0.5;STBP=0.179,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00713082,0;OID=.,.;OPOS=38964322,38964322;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077,0:14,7:38:24,0:26:2:3,0:21,0:1:1:12:13:1,1:13,6:4:9 chr19 38990614 . C T 213.59 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0163207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3841;QD=12.7517;RBI=0.0380539;REFB=-0.0291651;REVB=-0.0343763;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147891;STB=0.590098;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.039023;OID=.;OPOS=38990614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:14:12:13:27:14:12:13:28 chr19 38991516 . G A 418.74 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0177621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.105;QD=19.9399;RBI=0.0343308;REFB=-0.00311294;REVB=0.0293788;RO=41;SAF=19;SAR=23;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562427;STB=0.524127;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00213685;OID=.;OPOS=38991516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:42:42:42:0.5:23:19:16:25:23:19:17:25 chr19 38991543 . G A 472.02 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00106832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.69;QD=20.9784;RBI=0.00206438;REFB=-0.00734822;REVB=0.00176645;RO=44;SAF=27;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979888;STB=0.554228;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00621379;OID=.;OPOS=38991543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:19:27:21:23:19:27:21:23 chr19 38991600 . C T 369.38 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.055787;FXX=0.0249969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.156;QD=18.9423;RBI=0.0559422;REFB=-0.0216684;REVB=0.00416437;RO=40;SAF=20;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917009;STB=0.550994;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.01801;OID=.;OPOS=38991600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:40:40:38:38:0.487179:18:20:25:15:18:20:25:15 chr19 38993547 . C T 1302.41 PASS AF=0.413105;AO=143;DP=346;FAO=145;FDP=351;FR=.;FRO=206;FSAF=86;FSAR=59;FSRF=106;FSRR=100;FWDB=-0.0123941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.758;QD=14.8423;RBI=0.0178043;REFB=-0.0106255;REVB=-0.012782;RO=202;SAF=84;SAR=59;SRF=102;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877042;STB=0.54691;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0204276;OID=.;OPOS=38993547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:351:202:206:143:145:0.413105:59:84:102:100:59:86:106:100 chr19 38994910 . G A 542.6 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00286855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.092;QD=19.7309;RBI=0.0206835;REFB=-0.0276414;REVB=-0.0204836;RO=53;SAF=27;SAR=29;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426206;STB=0.527677;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0272786;OID=.;OPOS=38994910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:53:54:56:56:0.509091:29:27:23:30:29:27:23:31 chr19 38995438 . T C 687.05 PASS AF=0.472603;AO=67;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0147816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.563;QD=18.8233;RBI=0.0151966;REFB=-0.0439867;REVB=-0.00352734;RO=77;SAF=32;SAR=35;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973713;STB=0.501995;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0465784;OID=.;OPOS=38995438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:77:77:67:69:0.472603:35:32:36:41:37:32:36:41 chr19 38995510 . T C 506.69 PASS AF=0.494949;AO=48;DP=98;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.015965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.341;QD=20.4722;RBI=0.015979;REFB=-0.0169574;REVB=0.000668409;RO=48;SAF=20;SAR=28;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113567;STB=0.556499;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0141646;OID=.;OPOS=38995510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:48:50:48:49:0.494949:28:20:26:22:28:21:27:23 chr19 38995975 . G A 440.34 PASS AF=0.409836;AO=47;DP=119;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00868464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.431;QD=14.4375;RBI=0.0114041;REFB=-0.0239013;REVB=-0.00739125;RO=71;SAF=19;SAR=28;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354331;STB=0.518637;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0368789;OID=.;OPOS=38995975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:71:72:47:50:0.409836:28:19:31:40:30:20:31:41 chr19 38996990 . T C 480.86 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0173412;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.152;QD=22.898;RBI=0.0180326;REFB=0.00162984;REVB=0.00494558;RO=38;SAF=26;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13976;STB=0.57685;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00396553;OID=.;OPOS=38996990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:20:26:15:23:20:26:15:23 chr19 39002725 . A G 989.47 PASS AF=0.515957;AO=96;DP=187;FAO=97;FDP=188;FR=.;FRO=91;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=-0.00706316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.108;QD=21.0526;RBI=0.00706543;REFB=-0.0081772;REVB=-0.000179093;RO=89;SAF=41;SAR=55;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203317;STB=0.518515;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00785222;OID=.;OPOS=39002725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:89:91:96:97:0.515957:55:41:36:53:55:42:36:55 chr19 39086580 . A G 415.35 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00829071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.221;QD=19.3187;RBI=0.012297;REFB=-0.00971582;REVB=0.00908182;RO=43;SAF=25;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03477;STB=0.514279;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00983488;OID=.;OPOS=39086580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:42:42:0.488372:17:25:24:19:17:25:25:19 chr19 39086604 . T C 557.67 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0556913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4885;QD=22.0858;RBI=0.0915019;REFB=-0.0400127;REVB=-0.0726021;RO=46;SAF=29;SAR=26;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680695;STB=0.537332;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0207535;OID=.;OPOS=39086604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:55:55:0.544554:26:29:28:18:26:29:28:18 chr19 39098766 . G A 220.42 PASS AF=0.583333;AO=15;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=0.00998654;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.883;QD=24.4914;RBI=0.0512508;REFB=-0.00868955;REVB=0.0502684;RO=14;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335262;STB=0.692159;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00362535;OID=.;OPOS=39098766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:15:21:0.583333:3:12:14:0:9:12:15:0 chr19 39101870 . T C 312.88 PASS AF=0.402299;AO=34;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0957249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7044;QD=14.3853;RBI=0.0960102;REFB=-0.0249765;REVB=-0.00739592;RO=52;SAF=7;SAR=27;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301511;STB=0.677853;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0246526;OID=.;OPOS=39101870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:34:35:0.402299:27:7:23:29:28:7:23:29 chr19 39196745 . C T 234.0 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0289213;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.204;QD=12.6485;RBI=0.0350512;REFB=-0.00494119;REVB=0.0198027;RO=45;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946168;STB=0.544299;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00390909;OID=.;OPOS=39196745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:46:28:28:0.378378:17:11:14:31:17:11:15:31 chr19 39224413 . A G 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00254922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.899;QD=9.37561;RBI=0.0171119;REFB=-0.00444602;REVB=-0.0169209;RO=41;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646387;STB=0.53842;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00890886;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:13:6:15:26:13:6:15:26 chr19 39227901 . GCCCCCC GCCCCC,GCCCCCG 312.42 PASS AF=0.371429,0.114286;AO=71,23;DP=206;FAO=78,24;FDP=210;FR=.;FRO=108;FSAF=31,22;FSAR=47,2;FSRF=21;FSRR=87;FWDB=-0.148928,-0.0479535;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.31523,239.063;QD=5.95081;RBI=0.149295,0.0484856;REFB=-0.174893,-0.0113257;REVB=0.0104493,-0.00716355;RO=93;SAF=26,23;SAR=45,0;SRF=16;SRR=77;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.229795,0.84894;STB=0.629555,0.957666;STBP=0.013,0;TYPE=del,snp;VARB=0.118571,0.0386662;OID=.,.;OPOS=39227902,39227907;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCCC,GCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429,0.114286:71,23:206:78,24:210:108:31,22:47,2:21:87:99:93:26,23:45,0:16:77 chr19 39233146 . A G 888.67 PASS AF=0.427313;AO=97;DP=226;FAO=97;FDP=227;FR=.;FRO=130;FSAF=18;FSAR=79;FSRF=40;FSRR=90;FWDB=-0.0302447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4626;QD=15.6595;RBI=0.0503656;REFB=-0.0136128;REVB=-0.0402735;RO=129;SAF=18;SAR=79;SRF=40;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181956;STB=0.600974;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.017798;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:129:130:97:97:0.427313:79:18:40:89:79:18:40:90 chr19 39279824 . C A 44.12 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=-0.0300568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.23;QD=6.53698;RBI=0.0300568;REFB=-0.00831753;REVB=0;RO=20;SAF=7;SAR=0;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0265179;OID=.;OPOS=39279824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:0:7:20:0:0:7:20:0 chr19 39361361 . ACC AC,CAC,CCA,CCC 63.73 PASS AF=0.166667,0.119048,0.047619,0;AO=5,4,2,2;DP=37;FAO=7,5,2,0;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=1,0,0,0;FSAR=6,5,2,0;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.151993,-0.00793308,-0.00773308,0.0282807;FXX=0;HRUN=5,1,1,1;LEN=1,2,3,1;MLLD=11.5814,159.461,162.138,72.1011;QD=6.06994;RBI=0.197978,0.0264418,0.0293996,0.0399429;REFB=-0.0200471,-0.00334848,-0.0029904,0.00636023;REVB=-0.12686,-0.0252237,-0.0283644,-0.028207;RO=22;SAF=1,0,0,2;SAR=4,4,2,0;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.305263,0,0,0;SSSB=-0.524257,-0.707507,-0.589202,0.431599;STB=0.875917,0.998185,0.996023,0.5;STBP=0.033,0.008,0.082,1;TYPE=del,mnp,mnp,snp;VARB=0.0226619,0.035,0.138028,0;OID=.,.,.,.;OPOS=39361362,39361361,39361361,39361361;OREF=C,AC,ACC,A;OALT=-,CA,CCA,C;OMAPALT=AC,CAC,CCA,CCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:37:42:22:28:5,4,2,2:7,5,2,0:0.166667,0.119048,0.047619,0:4,4,2,0:1,0,0,2:15:7:6,5,2,0:1,0,0,0:18:10 chr19 39367111 . T C 360.42 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.000705371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1717;QD=13.1062;RBI=0.0445802;REFB=-0.00161065;REVB=-0.0445747;RO=67;SAF=15;SAR=28;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159936;STB=0.590986;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00236548;OID=.;OPOS=39367111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:67:43:43:0.390909:28:15:33:34:28:15:33:34 chr19 39385531 . CT C,CC 893.8 PASS AF=1,0;AO=18,42;DP=60;FAO=61,0;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171579,-0.0075184;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.029,142.938;QD=58.6096;RBI=0.0909442,0.0964772;REFB=0,0;REVB=-0.089311,-0.0961838;RO=0;SAF=13,12;SAR=5,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.52854e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00021687,0;OID=.,.;OPOS=39385532,39385532;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:18,42:60:61,0:61:0:26,0:35,0:0:0:5:0:13,12:5,30:0:0 chr19 39402455 . C G 430.92 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0791453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.87;QD=14.7324;RBI=0.0794922;REFB=-0.0301859;REVB=-0.00741901;RO=67;SAF=22;SAR=27;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638056;STB=0.530672;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0449657;OID=.;OPOS=39402455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:68:49:49:0.418803:27:22:26:41:27:22:27:41 chr19 39416887 . C T 5310.07 PASS AF=0.991202;AO=338;DP=341;FAO=338;FDP=341;FR=.;FRO=3;FSAF=178;FSAR=160;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0322688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5471;QD=62.2883;RBI=0.0325837;REFB=-0.0940903;REVB=-0.00451903;RO=2;SAF=178;SAR=160;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000299703;STB=0.501236;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00266129;OID=.;OPOS=39416887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:341:341:2:3:338:338:0.991202:160:178:1:1:160:178:2:1 chr19 39432783 . T C 2570.64 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0298596;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.059;QD=61.2058;RBI=0.0305137;REFB=0.0152107;REVB=-0.00628416;RO=1;SAF=91;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622084;STB=0.503268;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-3.51429e-07;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:168:1:1:167:167:0.994048:76:91:0:1:76:91:0:1 chr19 39433299 . A G 1163.45 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.748;QD=60.4391;RBI=0.0290368;REFB=0;REVB=-0.00374345;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25354e-05;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:37:40:0:0 chr19 39440874 . A T 321.04 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00728483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4543;QD=33.7934;RBI=0.0283635;REFB=-0.0698598;REVB=0.0274121;RO=11;SAF=11;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745083;STB=0.540725;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0361834;OID=.;OPOS=39440874;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:16:11:6:5:16:11:6:5 chr19 39589189 . C T 7040.27 PASS AF=0.989083;AO=453;DP=458;FAO=453;FDP=458;FR=.;FRO=5;FSAF=274;FSAR=179;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00646099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.617;QD=61.4871;RBI=0.00762275;REFB=-0.0737035;REVB=0.00404499;RO=2;SAF=274;SAR=179;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00347167;STB=0.50223;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=4.46587e-05;OID=.;OPOS=39589189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:458:458:2:5:453:453:0.989083:179:274:2:0:179:274:4:1 chr19 39590955 . G A 991.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.03;QD=59.1757;RBI=0.00715381;REFB=0;REVB=0.00266758;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42184e-05;OID=.;OPOS=39590955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:32:33:0:0:34:33:0:0 chr19 39735106 . T C 145.19 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0232432;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5459;QD=7.0822;RBI=0.024949;REFB=0.00433688;REVB=0.00906679;RO=61;SAF=12;SAR=9;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156766;STB=0.595066;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0158572;OID=.;OPOS=39735106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:61:61:21:21:0.256098:9:12:27:34:9:12:27:34 chr19 39789115 . A G 537.68 PASS AF=0.52381;AO=53;DP=103;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0304114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4741;QD=20.4829;RBI=0.0508751;REFB=-0.00266861;REVB=0.040785;RO=50;SAF=21;SAR=32;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217368;STB=0.509878;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00216929;OID=.;OPOS=39789115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:50:50:53:55:0.52381:32:21:21:29:33:22:21:29 chr19 39826597 . A G 216.86 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0141664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.984;QD=15.4898;RBI=0.0184964;REFB=0.00919742;REVB=-0.0118925;RO=29;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124171;STB=0.541367;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.0131005;OID=.;OPOS=39826597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:29:31:24:25:0.446429:16:8:10:19:17:8:12:19 chr19 39898667 . C T 1556.11 PASS AF=0.476048;AO=157;DP=331;FAO=159;FDP=334;FR=.;FRO=175;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=80;FSRR=95;FWDB=-0.00105675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.61;QD=18.6361;RBI=0.00211541;REFB=-0.0279802;REVB=-0.00183255;RO=174;SAF=76;SAR=81;SRF=80;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232547;STB=0.514242;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0279117;OID=.;OPOS=39898667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:334:174:175:157:159:0.476048:81:76:80:94:82:77:80:95 chr19 39914748 . G A 146.13 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00715539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.759;QD=16.2365;RBI=0.030612;REFB=-0.00976078;REVB=-0.029764;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122839;STB=0.543423;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0115378;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:15:16:0.444444:5:10:11:9:6:10:11:9 chr19 39915637 . G A 73.97 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00419973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.283;QD=12.8636;RBI=0.00911687;REFB=-0.0140116;REVB=0.00809195;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170594;STB=0.535642;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0187004;OID=.;OPOS=39915637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:22:23:13:13:9:10:0.434783:5:4:6:7:6:4:6:7 chr19 39915758 . C G 393.34 PASS AF=0.487805;AO=42;DP=84;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0153946;FXX=0.0238067;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.522;QD=19.1872;RBI=0.0222901;REFB=-0.0188196;REVB=0.01612;RO=42;SAF=11;SAR=31;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272981;STB=0.506835;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0188586;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:42:42:42:40:0.487805:31:11:12:30:29:11:12:30 chr19 39915958 . A G 454.72 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0441837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0024;QD=19.9877;RBI=0.0466114;REFB=-0.00487792;REVB=-0.0148468;RO=46;SAF=20;SAR=25;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493504;STB=0.527351;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00815105;OID=.;OPOS=39915958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:25:20:18:28:25:20:18:28 chr19 39916110 . GGGA G 196.78 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0144134;FXX=0.0405351;HRUN=3;LEN=3;MLLD=202.159;QD=11.0861;RBI=0.0145787;REFB=0.000937295;REVB=-0.0021886;RO=39;SAF=4;SAR=26;SRF=9;SRR=30;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=-0.176696;STB=0.601984;STBP=0.243;TYPE=del;VARB=-0.00133125;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43662:30:74:31:71:40:4:27:9:31:99:39:4:26:9:30 chr19 39923952 . G A 1292.64 PASS AF=0.501931;AO=130;DP=264;FAO=130;FDP=259;FR=.;FRO=129;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=0.0222963;FXX=0.0189387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.742;QD=19.9636;RBI=0.0226597;REFB=-0.012787;REVB=-0.00404184;RO=124;SAF=70;SAR=60;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415767;STB=0.532694;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0145561;OID=.;OPOS=39923952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:259:124:129:130:130:0.501931:60:70:61:63:60:70:61:68 chr19 39926509 . A C 643.37 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0128374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.611;QD=21.0942;RBI=0.0157533;REFB=-0.0335343;REVB=-0.00913052;RO=57;SAF=34;SAR=30;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153897;STB=0.579914;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0348916;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:57:58:64:64:0.52459:30:34:20:37:30:34:21:37 chr19 39926521 . G A 662.53 PASS AF=0.541667;AO=65;DP=119;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.021009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.1987;QD=22.0844;RBI=0.0223459;REFB=-0.00406692;REVB=-0.00761332;RO=53;SAF=35;SAR=30;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131585;STB=0.571407;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00450476;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:53:55:65:65:0.541667:30:35:20:33:30:35:21:34 chr19 39932066 . T C 923.05 PASS AF=0.431034;AO=95;DP=228;FAO=100;FDP=232;FR=.;FRO=132;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=49;FSRR=83;FWDB=-0.00110265;FXX=0.0127654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.851;QD=15.9147;RBI=0.0230006;REFB=-0.0148081;REVB=0.0229741;RO=132;SAF=35;SAR=60;SRF=51;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199381;STB=0.500739;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0212493;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:232:132:132:95:100:0.431034:60:35:51:81:63:37:49:83 chr19 39944082 . C T 412.63 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0216777;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.827;QD=20.8925;RBI=0.0472438;REFB=-0.051488;REVB=-0.0419769;RO=34;SAF=26;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901596;STB=0.566997;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0282569;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:34:38:41:41:0.518987:15:26:18:16:15:26:19:19 chr19 39967318 . T C 210.1 PASS AF=0.511628;AO=20;DP=40;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0441521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2268;QD=19.5444;RBI=0.0506716;REFB=-0.0648662;REVB=0.0248637;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111128;STB=0.534852;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0615082;OID=.;OPOS=39967318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:19:21:20:22:0.511628:9:11:8:11:11:11:9:12 chr19 39967320 . T C 195.21 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.000604375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7407;QD=18.5916;RBI=0.0577441;REFB=-0.0621878;REVB=-0.0577409;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132146;STB=0.596603;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0936767;OID=.;OPOS=39967320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:20:22:20:20:0.47619:9:11:8:12:9:11:8:14 chr19 40149297 . T A 2069.18 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00701695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6673;QD=61.7665;RBI=0.0551493;REFB=-0.0562089;REVB=0.0547011;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.503448;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000652423;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:134:134:0:1:133:133:0.992537:72:61:0:0:72:61:0:1 chr19 40170053 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0377265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.458;QD=7.83716;RBI=0.0401363;REFB=-0.0104621;REVB=0.013698;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112483;STB=0.571216;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0214967;OID=.;OPOS=40170053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:6:10:5:2:6:10 chr19 40172827 . C T 385.22 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0327251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.932;QD=17.9172;RBI=0.0331592;REFB=-0.0240239;REVB=-0.00534798;RO=45;SAF=14;SAR=26;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158533;STB=0.595132;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.028898;OID=.;OPOS=40172827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:40:40:0.465116:26:14:23:22:26:14:24:22 chr19 40174236 . G A 570.21 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0174537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8114;QD=17.4109;RBI=0.0332949;REFB=0.00698164;REVB=0.0283535;RO=71;SAF=32;SAR=28;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161906;STB=0.58987;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00986532;OID=.;OPOS=40174236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:71:60:60:0.458015:28:32:26:45:28:32:26:45 chr19 40196627 . G A 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.00929335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.448;QD=19.1771;RBI=0.00965122;REFB=0.00533779;REVB=0.00260376;RO=46;SAF=24;SAR=19;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193501;STB=0.607389;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00419378;OID=.;OPOS=40196627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:19:24:16:30:19:24:16:30 chr19 40197924 . T C 877.71 PASS AF=0.428571;AO=96;DP=224;FAO=96;FDP=224;FR=.;FRO=128;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=53;FSRR=75;FWDB=0.0740461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0692;QD=15.6735;RBI=0.0816668;REFB=0.00972949;REVB=0.0344477;RO=125;SAF=48;SAR=48;SRF=51;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935942;STB=0.549097;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0127049;OID=.;OPOS=40197924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:125:128:96:96:0.428571:48:48:51:74:48:48:53:75 chr19 40199914 . C G 426.62 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00918768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1746;QD=19.1738;RBI=0.0114718;REFB=-0.0216875;REVB=-0.00686946;RO=46;SAF=16;SAR=27;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181785;STB=0.601225;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.015317;OID=.;OPOS=40199914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:27:16:26:20:27:16:26:20 chr19 40224986 . A G 794.03 PASS AF=0.485207;AO=82;DP=169;FAO=82;FDP=169;FR=.;FRO=87;FSAF=64;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.0258596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.521;QD=18.7937;RBI=0.0279877;REFB=-0.0173016;REVB=-0.0107048;RO=85;SAF=64;SAR=18;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232944;STB=0.631695;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0225178;OID=.;OPOS=40224986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:85:87:82:82:0.485207:18:64:49:36:18:64:50:37 chr19 40225646 . G A 512.39 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00328459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.018;QD=21.5744;RBI=0.00954131;REFB=-0.013101;REVB=-0.00895812;RO=46;SAF=23;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113312;STB=0.506256;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0114592;OID=.;OPOS=40225646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:26:23:21:25:26:23:21:25 chr19 40357683 . T G 632.33 PASS AF=0.474453;AO=63;DP=134;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.00466423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9451;QD=18.4623;RBI=0.00509481;REFB=-0.0183988;REVB=0.00204989;RO=70;SAF=39;SAR=24;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241288;STB=0.50459;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0171501;OID=.;OPOS=40357683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:70:72:63:65:0.474453:24:39:45:25:24:41:46:26 chr19 40363020 . G A 597.7 PASS AF=0.444444;AO=63;DP=144;FAO=64;FDP=144;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.00943553;FXX=0.0463545;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.317;QD=16.6028;RBI=0.0194008;REFB=-0.0290175;REVB=0.0169517;RO=72;SAF=32;SAR=31;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742988;STB=0.570912;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0531355;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:72:80:63:64:0.444444:31:32:31:41:31:33:31:49 chr19 40363926 . C G 479.78 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0307699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9466;QD=15.7306;RBI=0.0471993;REFB=-0.0148616;REVB=-0.0357909;RO=69;SAF=28;SAR=25;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375084;STB=0.520987;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0208847;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:69:53:53:0.434426:25:28:39:30:25:28:39:30 chr19 40366362 . G C 947.84 PASS AF=0.452915;AO=100;DP=222;FAO=101;FDP=223;FR=.;FRO=122;FSAF=30;FSAR=71;FSRF=54;FSRR=68;FWDB=-0.0276089;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.209;QD=17.0016;RBI=0.0276772;REFB=-0.0145673;REVB=0.00194248;RO=122;SAF=29;SAR=71;SRF=54;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168385;STB=0.588496;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0160739;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:122:122:100:101:0.452915:71:29:54:68:71:30:54:68 chr19 40368395 . C T 719.9 PASS AF=0.482993;AO=71;DP=148;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.00933126;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.994;QD=19.589;RBI=0.00941685;REFB=-0.00184343;REVB=0.00126675;RO=75;SAF=35;SAR=36;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111621;STB=0.557673;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00201876;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:75:76:71:71:0.482993:36:35:28:47:36:35:29:47 chr19 40368498 . AA CA,CC 707.6 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,47;DP=49;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274143,0.0232713;FXX=0.081616;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=179.336,236.115;QD=62.8977;RBI=0.0318957,0.023733;REFB=0,0;REVB=0.0163031,0.00465804;RO=0;SAF=1,24;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0263497,0.00298056;OID=.,.;OPOS=40368498,40368498;OREF=A,AA;OALT=C,CC;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:49:45:0:0:2,47:2,43:0.0444444,0.955556:1,23:1,24:0:0:1,19:1,24:0:0 chr19 40368500 . A G 32.62 PASS AF=0.122449;AO=2;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0201736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.931;QD=2.66285;RBI=0.0331297;REFB=-0.00102667;REVB=-0.0262793;RO=43;SAF=1;SAR=1;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462502;STB=0.837814;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.127495;OID=.;OPOS=40368500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:2:6:0.122449:1:1:24:19:5:1:24:19 chr19 40368520 . G C 98.6 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0651864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0496;QD=14.6068;RBI=0.0674045;REFB=0.0269997;REVB=0.0171493;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28665;STB=0.682626;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0177199;OID=.;OPOS=40368520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:14:15:12:12:0.444444:4:8:5:9:4:8:5:10 chr19 40374034 . A G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0093195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7011;QD=6.57356;RBI=0.0595409;REFB=-0.0172102;REVB=0.0588071;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257618;STB=0.666111;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.050753;OID=.;OPOS=40374034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:7:9:2:4:7:9 chr19 40376675 . G A 134.74 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0710183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2496;QD=8.29196;RBI=0.0925218;REFB=-0.0178208;REVB=0.0593016;RO=45;SAF=6;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236959;STB=0.635603;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0447345;OID=.;OPOS=40376675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:46:19:19:0.292308:13:6:23:22:13:6:23:23 chr19 40392482 . A G 697.75 PASS AF=0.625;AO=60;DP=96;FAO=60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.042836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9215;QD=29.073;RBI=0.0640336;REFB=-0.00617434;REVB=-0.0475959;RO=36;SAF=29;SAR=31;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768254;STB=0.504171;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0022043;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:36:36:60:60:0.625:31:29:17:19:31:29:17:19 chr19 40392585 . T G 35.18 PASS AF=0.0745342;AO=12;DP=161;FAO=12;FDP=161;FR=.;FRO=149;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=70;FSRR=79;FWDB=-0.0262928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.032;QD=0.874014;RBI=0.0484775;REFB=0.000425645;REVB=-0.0407278;RO=147;SAF=8;SAR=4;SRF=69;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217107;STB=0.680031;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0114908;OID=.;OPOS=40392585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:161:161:147:149:12:12:0.0745342:4:8:69:78:4:8:70:79 chr19 40392631 . G A 331.09 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0247646;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.163;QD=15.7662;RBI=0.0248767;REFB=-0.0150874;REVB=-0.00235875;RO=49;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520861;STB=0.523796;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0203663;OID=.;OPOS=40392631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:48:36:36:0.428571:18:18:27:22:18:18:26:22 chr19 40406019 . G A 872.69 PASS AF=0.551948;AO=85;DP=154;FAO=85;FDP=154;FR=.;FRO=69;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00123352;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.374;QD=22.6673;RBI=0.0116577;REFB=-0.00867557;REVB=-0.0115922;RO=69;SAF=41;SAR=44;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854282;STB=0.504663;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00696251;OID=.;OPOS=40406019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:69:69:85:85:0.551948:44:41:34:35:44:41:34:35 chr19 40408821 . C G 113.56 PASS AF=0.341463;AO=11;DP=38;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0863047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.97;QD=11.079;RBI=0.0950393;REFB=-0.0134536;REVB=0.0397991;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116427;STB=0.536533;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0157865;OID=.;OPOS=40408821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:27:27:11:14:0.341463:6:5:15:12:7:7:15:12 chr19 40433042 . G A 557.77 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=94;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0168264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.192;QD=23.4851;RBI=0.0183482;REFB=-0.00109172;REVB=0.00731631;RO=43;SAF=19;SAR=32;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138617;STB=0.569509;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000687097;OID=.;OPOS=40433042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:43:43:51:52:0.547368:32:19:23:20:32:20:23:20 chr19 40433397 . G T 240.57 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00454772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.001;QD=21.3839;RBI=0.0568889;REFB=-0.0136592;REVB=0.0567068;RO=22;SAF=17;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152502;STB=0.586128;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00997079;OID=.;OPOS=40433397;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:6:17:13:9:6:17:13:9 chr19 40480501 . C T 353.98 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00867906;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.579;QD=18.1526;RBI=0.0137953;REFB=-0.00593241;REVB=0.0107231;RO=41;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295415;STB=0.516505;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00875793;OID=.;OPOS=40480501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:41:41:37:37:0.474359:21:16:19:22:21:16:19:22 chr19 40519905 . G C 75.0 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00690262;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.087;QD=8.57088;RBI=0.0177292;REFB=0.00223846;REVB=-0.0163303;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139175;STB=0.586034;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00611477;OID=.;OPOS=40519905;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:36:35:25:25:10:10:0.285714:6:4:13:12:6:4:13:12 chr19 40519935 . C T 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00739803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.555;QD=18.6422;RBI=0.0132917;REFB=0.000659107;REVB=-0.0110426;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145018;STB=0.5822;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000886486;OID=.;OPOS=40519935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:14:10:12:9:14:10 chr19 40719076 . T C 154.82 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0323758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.991;QD=14.745;RBI=0.0323986;REFB=-0.00958686;REVB=0.00121513;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124646;STB=0.518288;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0263427;OID=.;OPOS=40719076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:9:8:11:13:9:8:11:14 chr19 40739513 . A G 324.29 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0137954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.723;QD=12.5939;RBI=0.0138009;REFB=-0.0146555;REVB=0.000391392;RO=61;SAF=28;SAR=11;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985303;STB=0.567094;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0323459;OID=.;OPOS=40739513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:64:39:39:0.378641:11:28:39:22:11:28:40:24 chr19 40875874 . C G 472.12 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0046708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7514;QD=14.6393;RBI=0.0103611;REFB=-0.000251566;REVB=-0.00924859;RO=76;SAF=23;SAR=30;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151056;STB=0.584951;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000240835;OID=.;OPOS=40875874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:76:53:53:0.410853:30:23:44:32:30:23:44:32 chr19 40886993 . C T 560.85 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00261211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.511;QD=23.6146;RBI=0.0111239;REFB=-0.0350201;REVB=0.0108128;RO=41;SAF=13;SAR=39;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201999;STB=0.625715;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0282141;OID=.;OPOS=40886993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:43:52:52:0.547368:39:13:19:22:39:13:21:22 chr19 40900865 . C T 2928.71 PASS AF=0.989418;AO=187;DP=189;FAO=187;FDP=189;FR=.;FRO=2;FSAF=109;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0195403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.03;QD=61.9832;RBI=0.0374838;REFB=-0.0174402;REVB=0.0319876;RO=2;SAF=109;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00171686;STB=0.500902;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=9.86587e-05;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:189:189:2:2:187:187:0.989418:78:109:1:1:78:109:1:1 chr19 40903825 . A AC 40.76 PASS AF=0.134921;AO=18;DP=128;FAO=17;FDP=126;FR=.;FRO=109;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=67;FWDB=-0.0108777;FXX=0.038165;HRUN=0;LEN=1;MLLD=128.836;QD=1.29386;RBI=0.0220794;REFB=-0.00170981;REVB=-0.0192139;RO=107;SAF=1;SAR=17;SRF=41;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544273;STB=0.891771;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.10701;OID=.;OPOS=40903826;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134921:18:128:17:126:109:1:16:42:67:40:107:1:17:41:66 chr19 41008049 . A G 1531.21 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9084;QD=58.3318;RBI=0.0284379;REFB=0;REVB=0.0230697;RO=1;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797385;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197716;OID=.;OPOS=41008049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:105:1:0:101:105:1:59:42:0:1:63:42:0:0 chr19 41012190 . C T 1338.88 PASS AF=0.522449;AO=128;DP=245;FAO=128;FDP=245;FR=.;FRO=117;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=0.00626473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6584;QD=21.8593;RBI=0.0193056;REFB=-0.015686;REVB=0.0182608;RO=117;SAF=57;SAR=71;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517902;STB=0.528317;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0144045;OID=.;OPOS=41012190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:117:117:128:128:0.522449:71:57:59:58:71:57:59:58 chr19 41123093 . A AG 718.38 PASS AF=1;AO=70;DP=88;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.5016;QD=35.0427;RBI=0.0530444;REFB=-0.0184812;REVB=-0.0125246;RO=11;SAF=31;SAR=39;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264436;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000191588;OID=.;OPOS=41123094;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:88:82:82:0:35:47:0:0:13:11:31:39:6:5 chr19 41172864 . G C 359.55 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0199644;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5381;QD=20.2562;RBI=0.0316582;REFB=-0.0445352;REVB=0.0245695;RO=33;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244477;STB=0.642125;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0351879;OID=.;OPOS=41172864;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:24:13:21:12:24:13:22:12 chr19 41173880 . C T 266.04 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.022919;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140;QD=18.6692;RBI=0.0427489;REFB=-0.0474874;REVB=0.0360859;RO=28;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140343;STB=0.578437;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0402906;OID=.;OPOS=41173880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:18:11:15:13:18:11:15:13 chr19 41173904 . T C 242.91 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=49;FAO=15;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0234587;FXX=0.108672;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.187;QD=23.6988;RBI=0.0432299;REFB=-0.0337257;REVB=-0.0363113;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171518;STB=0.585251;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0804602;OID=.;OPOS=41173904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:41:19:18:14:15:0.365854:9:5:10:9:9:6:10:8 chr19 41307170 . G A 802.91 PASS AF=0.429293;AO=85;DP=198;FAO=85;FDP=198;FR=.;FRO=113;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=-0.00424797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.669;QD=16.2204;RBI=0.0375246;REFB=-0.0143932;REVB=0.0372834;RO=113;SAF=43;SAR=42;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467544;STB=0.526066;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0149701;OID=.;OPOS=41307170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:113:113:85:85:0.429293:42:43:52:61:42:43:52:61 chr19 41350664 . A T 2117.8 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939264;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.841;QD=62.7496;RBI=0.0939316;REFB=0;REVB=0.000989525;RO=0;SAF=59;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64946e-05;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:132:135:1:73:59:0:0:74:61:0:0 chr19 41354538 . G C 41.07 PASS AF=0.0782123;AO=14;DP=180;FAO=14;FDP=179;FR=.;FRO=165;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=76;FSRR=89;FWDB=-0.0129843;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.249;QD=0.917772;RBI=0.0334137;REFB=-0.00471759;REVB=-0.0307878;RO=164;SAF=9;SAR=5;SRF=75;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207158;STB=0.665385;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0931725;OID=.;OPOS=41354538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:180:179:164:165:14:14:0.0782123:5:9:75:89:5:9:76:89 chr19 41354606 . G T 255.63 PASS AF=0.182879;AO=47;DP=257;FAO=47;FDP=257;FR=.;FRO=210;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=103;FSRR=107;FWDB=0.00937137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.591;QD=3.97871;RBI=0.020891;REFB=-0.00114765;REVB=-0.0186711;RO=208;SAF=30;SAR=17;SRF=101;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198319;STB=0.621917;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00426652;OID=.;OPOS=41354606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:208:210:47:47:0.182879:17:30:101:107:17:30:103:107 chr19 41354661 . T C 206.0 PASS AF=0.182266;AO=37;DP=203;FAO=37;FDP=203;FR=.;FRO=166;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=85;FSRR=81;FWDB=0.00642688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.736;QD=4.05916;RBI=0.0148063;REFB=-0.00156953;REVB=-0.0133387;RO=164;SAF=21;SAR=16;SRF=85;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637728;STB=0.545649;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00682112;OID=.;OPOS=41354661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:164:166:37:37:0.182266:16:21:85:79:16:21:85:81 chr19 41355849 . A G 439.96 PASS AF=0.245421;AO=67;DP=274;FAO=67;FDP=273;FR=.;FRO=206;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=86;FSRR=120;FWDB=0.00829895;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0609;QD=6.44634;RBI=0.0718922;REFB=-0.00523244;REVB=-0.0714116;RO=205;SAF=30;SAR=37;SRF=85;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424624;STB=0.52321;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0120692;OID=.;OPOS=41355849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:273:205:206:67:67:0.245421:37:30:85:120:37:30:86:120 chr19 41356281 . T C 1167.11 PASS AF=0.5;AO=116;DP=232;FAO=116;FDP=232;FR=.;FRO=116;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=49;FSRR=67;FWDB=-0.0359786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0496;QD=20.1226;RBI=0.0408512;REFB=-0.000614397;REVB=-0.0193485;RO=116;SAF=59;SAR=57;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784626;STB=0.543045;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000424651;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:116:116:116:116:0.5:57:59:49:67:57:59:49:67 chr19 41381646 . GA G,GC 1581.73 PASS AF=1,0;AO=29,68;DP=97;FAO=98,0;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58,0;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407305,-0.336983;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.6734,22.5662;QD=64.5603;RBI=0.0429887,0.362778;REFB=0,0;REVB=0.0137499,-0.134352;RO=0;SAF=1,57;SAR=28,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.55046e-08,-4.13024e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000868534,0;OID=.,.;OPOS=41381647,41381647;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:29,68:97:98,0:98:0:58,0:40,0:0:0:8:0:1,57:28,11:0:0 chr19 41383153 . A G 1606.9 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.838;QD=60.0712;RBI=0.03649;REFB=0;REVB=-0.036136;RO=0;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56755e-05;OID=.;OPOS=41383153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:65:42:0:0:65:42:0:0 chr19 41383799 . G A 3093.15 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401501;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.026;QD=61.2505;RBI=0.0422983;REFB=-0.0873482;REVB=0.0421073;RO=1;SAF=95;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201179;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:202:1:0:201:202:1:106:95:1:0:106:96:0:0 chr19 41384675 . T C 4789.17 PASS AF=1;AO=305;DP=307;FAO=306;FDP=306;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526135;FXX=0.00970842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9068;QD=62.6035;RBI=0.0602971;REFB=0;REVB=0.0294545;RO=0;SAF=149;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141215;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:307:306:0:0:305:306:1:156:149:0:0:157:149:0:0 chr19 41386136 . A C 1476.01 PASS AF=1;AO=81;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0936931;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.314;QD=63.4842;RBI=0.104489;REFB=0;REVB=0.046255;RO=0;SAF=55;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291293;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:81:93:1:26:55:0:0:35:58:0:0 chr19 41386420 . A C 2845.73 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8916;QD=62.8891;RBI=0.0460686;REFB=0;REVB=-0.00850015;RO=1;SAF=95;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014112;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:181:1:0:178:181:1:83:95:1:0:84:97:0:0 chr19 41386486 . CA AG 2758.48 PASS AF=1;AO=171;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220908;FXX=0.0638264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.123;QD=62.6928;RBI=0.0365943;REFB=0;REVB=0.0291743;RO=0;SAF=93;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000411915;OID=.;OPOS=41386486;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:171:176:1:78:93:0:0:83:93:0:0 chr19 41386494 . A C 2893.95 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00675364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.876;QD=62.912;RBI=0.0239044;REFB=0;REVB=0.0229305;RO=0;SAF=97;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10491e-05;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:184:0:0:181:184:1:84:97:0:0:85:99:0:0 chr19 41386527 . G A 2307.81 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.545;QD=61.1339;RBI=0.0291673;REFB=0;REVB=0.0195984;RO=0;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69637e-05;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:77:74:0:0:77:74:0:0 chr19 41387620 . A G 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2481;QD=57.8802;RBI=0.0127577;REFB=0;REVB=-0.0114013;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43541e-05;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr19 41387647 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000787293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0431;QD=59.1426;RBI=0.0753407;REFB=0;REVB=-0.0753366;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000592215;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr19 41387656 . A T 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.368;QD=59.1398;RBI=0.0354597;REFB=0;REVB=-0.0322815;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170965;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr19 41404196 . A G 2406.31 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.744;QD=64.1682;RBI=0.0441967;REFB=0;REVB=0.000665108;RO=0;SAF=80;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41904e-05;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:148:150:1:68:80:0:0:68:82:0:0 chr19 41405962 . T G 1233.59 PASS AF=1;AO=69;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.296;QD=61.6794;RBI=0.135028;REFB=0;REVB=0.0760892;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568072;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:69:80:1:32:37:0:0:32:48:0:0 chr19 41414481 . G A 3770.66 PASS AF=0.99177;AO=238;DP=243;FAO=241;FDP=243;FR=.;FRO=2;FSAF=114;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0171137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.987;QD=62.0686;RBI=0.0241847;REFB=-0.0845844;REVB=0.0170885;RO=1;SAF=113;SAR=125;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379766;STB=0.503906;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.001003;OID=.;OPOS=41414481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:243:243:1:2:238:241:0.99177:125:113:0:1:127:114:0:2 chr19 41415818 . G A 1130.9 PASS AF=0.549738;AO=104;DP=191;FAO=105;FDP=191;FR=.;FRO=86;FSAF=66;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.00970426;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.046;QD=23.6837;RBI=0.0200679;REFB=-0.00376892;REVB=-0.0175656;RO=82;SAF=66;SAR=38;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113407;STB=0.565312;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00179549;OID=.;OPOS=41415818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:82:86:104:105:0.549738:38:66:41:41:39:66:42:44 chr19 41531597 . C G 1042.05 PASS AF=0.418182;AO=115;DP=276;FAO=115;FDP=275;FR=.;FRO=160;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=91;FSRR=69;FWDB=-0.0149802;FXX=0.00362306;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.638;QD=15.157;RBI=0.01738;REFB=-0.00625449;REVB=-0.00881247;RO=159;SAF=54;SAR=61;SRF=90;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100125;STB=0.557507;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00839515;OID=.;OPOS=41531597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:159:160:115:115:0.418182:61:54:90:69:61:54:91:69 chr19 41594450 . G A 1165.92 PASS AF=0.460674;AO=122;DP=265;FAO=123;FDP=267;FR=.;FRO=144;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=-0.000189022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.196;QD=17.467;RBI=0.00875594;REFB=-0.0174094;REVB=0.0087539;RO=142;SAF=57;SAR=65;SRF=63;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230687;STB=0.514078;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0224711;OID=.;OPOS=41594450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:267:142:144:122:123:0.460674:65:57:63:79:66:57:63:81 chr19 41595969 . G C 1379.16 PASS AF=0.409574;AO=154;DP=373;FAO=154;FDP=376;FR=.;FRO=222;FSAF=79;FSAR=75;FSRF=93;FSRR=129;FWDB=0.00851963;FXX=0.00529086;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9367;QD=14.6719;RBI=0.00854896;REFB=-0.00922284;REVB=0.000707648;RO=218;SAF=79;SAR=75;SRF=91;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100308;STB=0.555411;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0107052;OID=.;OPOS=41595969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:376:218:222:154:154:0.409574:75:79:91:127:75:79:93:129 chr19 41597751 . C T 1920.56 PASS AF=0.492268;AO=191;DP=388;FAO=191;FDP=388;FR=.;FRO=197;FSAF=107;FSAR=84;FSRF=109;FSRR=88;FWDB=-0.0011445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.83;QD=19.7996;RBI=0.029669;REFB=-0.00703486;REVB=0.0296469;RO=197;SAF=107;SAR=84;SRF=109;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00648658;STB=0.503557;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00763591;OID=.;OPOS=41597751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:388:197:197:191:191:0.492268:84:107:109:88:84:107:109:88 chr19 41622107 . G GC 139.95 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0324059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.5461;QD=7.6685;RBI=0.0559459;REFB=-0.0116195;REVB=0.0456048;RO=45;SAF=8;SAR=17;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28843;STB=0.6349;STBP=0.088;TYPE=ins;VARB=0.0236054;OID=.;OPOS=41622108;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356164:25:72:26:73:47:9:17:26:21:99:45:8:17:26:19 chr19 41622189 . G A 325.75 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0131166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.982;QD=14.8069;RBI=0.0198513;REFB=-0.00805429;REVB=-0.0149006;RO=52;SAF=16;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980159;STB=0.555525;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0118099;OID=.;OPOS=41622189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:20:16:28:24:20:16:28:24 chr19 41627868 . G A 71.69 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0087848;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.257;QD=7.35319;RBI=0.0099064;REFB=-0.0289602;REVB=0.00457865;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347606;STB=0.70551;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0378271;OID=.;OPOS=41627868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:40:39:30:29:10:10:0.25641:4:6:9:21:4:6:9:20 chr19 41700493 . G C 406.51 PASS AF=0.369231;AO=43;DP=125;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.039274;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.463;QD=12.5081;RBI=0.0438354;REFB=-0.0183659;REVB=0.0194703;RO=81;SAF=21;SAR=22;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050027;STB=0.577554;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.039967;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:130:81:82:43:48:0.369231:22:21:36:45:21:27:36:46 chr19 41743861 . A G 1377.26 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.691;QD=62.6027;RBI=0.00607515;REFB=0;REVB=-0.00541775;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.09774e-06;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:42:45:0:0:42:46:0:0 chr19 41811730 . T C 126.6 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.095;QD=42.1995;RBI=0.0130147;REFB=0;REVB=0.0130147;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002287;OID=.;OPOS=41811730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:11:0:0:0:12:0:0:0 chr19 41937095 . G A 1624.22 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.101;QD=60.1564;RBI=0.0390023;REFB=0;REVB=0.0146246;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0064e-05;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:61:47:0:0:61:47:0:0 chr19 41939297 . C G 3178.46 PASS AF=1;AO=197;DP=199;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201854;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.109;QD=61.7176;RBI=0.0409344;REFB=0;REVB=0.0356114;RO=0;SAF=74;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0546e-05;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:199:206:0:0:197:206:1:123:74:0:0:127:79:0:0 chr19 41944237 . T C 1445.14 PASS AF=0.944444;AO=102;DP=108;FAO=102;FDP=108;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0190564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.134;QD=53.5236;RBI=0.0516893;REFB=-0.0227681;REVB=-0.0480482;RO=5;SAF=67;SAR=35;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441759;STB=0.519686;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00205213;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:108:108:5:6:102:102:0.944444:35:67:1:4:35:67:2:4 chr19 41945837 . T A 1992.95 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013761;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.019;QD=62.2797;RBI=0.0172849;REFB=0;REVB=0.0104596;RO=0;SAF=70;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50996e-06;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:58:70:0:0:58:70:0:0 chr19 41949870 . T C 1703.05 PASS AF=0.991304;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00610856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.984;QD=59.2364;RBI=0.0261277;REFB=-0.177641;REVB=0.0254036;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.504504;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000326547;OID=.;OPOS=41949870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:115:0:1:112:114:0.991304:59:53:0:0:59:55:1:0 chr19 42071167 . T G 1229.96 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0205679;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.784;QD=57.8806;RBI=0.0340923;REFB=-0.111063;REVB=0.027189;RO=3;SAF=29;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464984;STB=0.524584;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000586416;OID=.;OPOS=42071167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:85:3:3:82:82:0.964706:53:29:3:0:53:29:3:0 chr19 42071289 . T C 4738.06 PASS AF=0.990354;AO=307;DP=312;FAO=308;FDP=311;FR=.;FRO=3;FSAF=184;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00448864;FXX=0.00320503;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4636;QD=60.9397;RBI=0.00838593;REFB=-0.120345;REVB=0.0070835;RO=4;SAF=184;SAR=123;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152546;STB=0.505976;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00166156;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:312:311:4:3:307:308:0.990354:123:184:0:4:124:184:0:3 chr19 42083673 . T C 2347.77 PASS AF=0.987342;AO=156;DP=159;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0312875;FXX=0.00628891;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.431;QD=59.4373;RBI=0.0338092;REFB=-0.216008;REVB=0.0128122;RO=2;SAF=73;SAR=83;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012854;STB=0.506756;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000350304;OID=.;OPOS=42083673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:159:158:2:2:156:156:0.987342:83:73:2:0:83:73:2:0 chr19 42083739 . A AGAC 1499.7 PASS AF=0.805755;AO=111;DP=140;FAO=112;FDP=139;FR=.;FRO=27;FSAF=43;FSAR=69;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00265398;FXX=0.0279701;HRUN=1;LEN=3;MLLD=299.059;QD=43.1569;RBI=0.00829464;REFB=0.00466018;REVB=0.00785859;RO=28;SAF=43;SAR=68;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126314;STB=0.570834;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=-0.000658449;OID=.;OPOS=42083740;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=AGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.805755:111:140:112:139:27:43:69:20:7:99:28:43:68:20:8 chr19 42083820 . C G 1804.29 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.975;QD=61.1625;RBI=0.0312017;REFB=0;REVB=0.0238148;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87478e-05;OID=.;OPOS=42083820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:67:50:0:0:67:51:0:0 chr19 42132273 . C T 242.96 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0016404;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.76;QD=18.6889;RBI=0.00170193;REFB=-0.00979092;REVB=-0.00045351;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136531;STB=0.576412;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0100112;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:16:10:14:12:16:10 chr19 42132314 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.073;QD=62.022;RBI=0.0294787;REFB=0;REVB=0.0263877;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99388e-05;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr19 42190859 . A T 612.35 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0318706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9064;QD=20.0771;RBI=0.0561557;REFB=-0.00293487;REVB=-0.0462355;RO=60;SAF=26;SAR=36;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246332;STB=0.501357;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00283233;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:60:62:62:0.508197:36:26:25:35:36:26:25:35 chr19 42221607 . A G 1526.18 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.121195;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.534;QD=58.1404;RBI=0.121283;REFB=-0.108315;REVB=-0.00461624;RO=2;SAF=51;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000175443;STB=0.504761;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00082452;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:2:1:103:104:0.990476:52:51:1:1:52:52:0:1 chr19 42260569 . G A 2249.91 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382699;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.117;QD=59.9975;RBI=0.00404554;REFB=0;REVB=0.00131169;RO=0;SAF=58;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00567534;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:146:150:1:88:58:0:0:88:62:0:0 chr19 42265889 . G T 1562.0 PASS AF=0.941176;AO=110;DP=118;FAO=112;FDP=119;FR=.;FRO=7;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0059873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4505;QD=52.5042;RBI=0.0718369;REFB=-0.0100105;REVB=-0.0715869;RO=8;SAF=59;SAR=51;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276361;STB=0.510076;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00691491;OID=.;OPOS=42265889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:118:119:8:7:110:112:0.941176:51:59:6:2:51:61:5:2 chr19 42315281 . G T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000969542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.378;QD=59.3229;RBI=0.00209227;REFB=0;REVB=-0.00185408;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24439e-06;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr19 42342319 . A G 346.07 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.962;QD=51.2697;RBI=0.0355903;REFB=-0.0610518;REVB=0.0286263;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000496726;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:0:1:25:26:0.962963:8:17:0:0:9:17:1:0 chr19 42354629 . T C 1950.13 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.55;QD=61.9088;RBI=0.0559742;REFB=0;REVB=0.00633968;RO=0;SAF=59;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69708e-05;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:126:0:0:122:126:1:63:59:0:0:67:59:0:0 chr19 42463447 . C T 3096.83 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.506;QD=63.8521;RBI=0.0652608;REFB=0;REVB=0.0331863;RO=0;SAF=78;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26657e-05;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:190:194:0:0:190:194:1:112:78:0:0:113:81:0:0 chr19 42489516 . A C 3156.97 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.218;QD=61.5995;RBI=0.0471201;REFB=0;REVB=0.0247253;RO=0;SAF=72;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02482e-05;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:205:0:0:203:205:1:131:72:0:0:133:72:0:0 chr19 42736267 . A G 2007.81 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.594;QD=62.2578;RBI=0.0425903;REFB=0;REVB=0.0120302;RO=0;SAF=51;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34321e-05;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:126:129:1:75:51:0:0:75:54:0:0 chr19 42827865 . A G 558.66 PASS AF=0.414474;AO=63;DP=152;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.0124828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.667;QD=14.7015;RBI=0.0130474;REFB=-0.0086759;REVB=-0.00379674;RO=89;SAF=22;SAR=41;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202758;STB=0.613998;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0119806;OID=.;OPOS=42827865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:89:89:63:63:0.414474:41:22:48:41:41:22:48:41 chr19 42882437 . C T 386.82 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.0076543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.287;QD=15.7886;RBI=0.0274375;REFB=-0.0162143;REVB=-0.0263482;RO=56;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167782;STB=0.587389;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0175805;OID=.;OPOS=42882437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:57:41:41:0.418367:22:19:17:39:22:19:18:39 chr19 42905981 . AGC AG,TAG 46.04 PASS AF=0.407407,0;AO=7,2;DP=28;FAO=11,0;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4,0;FSAR=7,0;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.161821,-0.00123468;FXX=0.0357015;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=9.29969,85.352;QD=6.82133;RBI=0.250204,0.00817037;REFB=-0.12071,-0.0133124;REVB=0.190829,-0.00807654;RO=12;SAF=2,0;SAR=5,2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0.518519,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.233803,-0.561268;STB=0.546014,0.5;STBP=0.716,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.166538,0;OID=.,.;OPOS=42905983,42905981;OREF=C,AGC;OALT=-,TAG;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:28:27:12:16:7,2:11,0:0.407407,0:5,2:2,0:6:6:7,0:4,0:7:9 chr19 43015705 . C G 505.23 PASS AF=0.397163;AO=55;DP=143;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0329265;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4312;QD=14.3327;RBI=0.0414994;REFB=0.00231488;REVB=-0.0252595;RO=84;SAF=26;SAR=29;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218671;STB=0.51045;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0056188;OID=.;OPOS=43015705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:84:85:55:56:0.397163:29:26:38:46:30:26:38:47 chr19 43243217 . AA GG 1861.12 PASS AF=0.482051;AO=183;DP=386;FAO=188;FDP=390;FR=.;FRO=202;FSAF=74;FSAR=114;FSRF=85;FSRR=117;FWDB=0.00301674;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=124.579;QD=19.0884;RBI=0.00840173;REFB=-0.00306775;REVB=0.00784146;RO=202;SAF=74;SAR=109;SRF=85;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161973;STB=0.514649;STBP=0.585;TYPE=mnp;VARB=0.00326627;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:390:202:202:183:188:0.482051:109:74:85:117:114:74:85:117 chr19 43243238 . A G 1492.17 PASS AF=0.478125;AO=153;DP=318;FAO=153;FDP=320;FR=.;FRO=167;FSAF=55;FSAR=98;FSRF=72;FSRR=95;FWDB=0.001993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.55;QD=18.6521;RBI=0.0134255;REFB=-0.00602918;REVB=-0.0132768;RO=164;SAF=55;SAR=98;SRF=70;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672871;STB=0.539694;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00440381;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:320:164:167:153:153:0.478125:98:55:70:94:98:55:72:95 chr19 43371292 . A T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.668;QD=50.1339;RBI=0.0140677;REFB=0.0145306;REVB=0.000901551;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=2.79183e-05;OID=.;OPOS=43371292;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:0:1:12:12:0:1 chr19 43371294 . C A 163.91 PASS AF=0.88;AO=24;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.223155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.2309;QD=26.2262;RBI=0.234243;REFB=-0.0703352;REVB=-0.071215;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370602;STB=0.519982;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.469061;OID=.;OPOS=43371294;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:25:25:1:3:24:22:0.88:12:12:0:1:11:11:1:2 chr19 43372386 . T C 5658.01 PASS AF=1;AO=360;DP=360;FAO=360;FDP=360;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=200;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.259;QD=62.8668;RBI=0.00899025;REFB=0;REVB=-0.00888743;RO=0;SAF=160;SAR=200;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26625e-06;OID=.;OPOS=43372386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:360:360:0:0:360:360:1:200:160:0:0:200:160:0:0 chr19 43372941 . T C 2566.25 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000913472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.156;QD=61.8373;RBI=0.0169994;REFB=0;REVB=-0.0169749;RO=0;SAF=122;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39843e-05;OID=.;OPOS=43372941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:44:122:0:0:44:122:0:0 chr19 43382368 . T G 5047.25 PASS AF=0.979351;AO=326;DP=338;FAO=332;FDP=339;FR=.;FRO=7;FSAF=159;FSAR=173;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0264728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7604;QD=59.5546;RBI=0.0290097;REFB=0.000630955;REVB=0.011864;RO=10;SAF=159;SAR=167;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277041;STB=0.506955;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000209256;OID=.;OPOS=43382368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:338:339:10:7:326:332:0.979351:167:159:0:10:173:159:1:6 chr19 43382374 . C G 5349.28 PASS AF=1;AO=334;DP=334;FAO=337;FDP=337;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.05;QD=63.493;RBI=0.0204342;REFB=0;REVB=0.00286231;RO=0;SAF=156;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04307e-06;OID=.;OPOS=43382374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:334:337:0:0:334:337:1:178:156:0:0:180:157:0:0 chr19 43383680 . G T 3845.75 PASS AF=1;AO=242;DP=244;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339721;FXX=0.00819639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7769;QD=63.5661;RBI=0.0368394;REFB=-0.0721384;REVB=-0.014249;RO=1;SAF=129;SAR=113;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270162;OID=.;OPOS=43383680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:244:242:1:0:242:242:1:113:129:1:0:113:129:0:0 chr19 43420451 . G C 4279.23 PASS AF=1;AO=272;DP=272;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.134;QD=62.9298;RBI=0.0160707;REFB=0;REVB=-0.000871802;RO=0;SAF=123;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24322e-05;OID=.;OPOS=43420451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:272:272:0:0:272:272:1:149:123:0:0:149:123:0:0 chr19 43433687 . C A 3643.29 PASS AF=1;AO=167;DP=239;FAO=234;FDP=234;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=124;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400643;FXX=0.0209196;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8126;QD=62.2785;RBI=0.0457527;REFB=0;REVB=-0.0220945;RO=0;SAF=104;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238053;OID=.;OPOS=43433687;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:234:0:0:167:234:1:63:104:0:0:110:124:0:0 chr19 43433805 . A G 3984.91 PASS AF=0.97786;AO=262;DP=271;FAO=265;FDP=271;FR=.;FRO=6;FSAF=110;FSAR=155;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00485238;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.514;QD=58.8178;RBI=0.00491359;REFB=-0.0553452;REVB=-0.00077315;RO=8;SAF=107;SAR=155;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271013;STB=0.509503;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000113986;OID=.;OPOS=43433805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:271:271:8:6:262:265:0.97786:155:107:7:1:155:110:5:1 chr19 43439793 . G A 3446.28 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00623246;FXX=0.00896821;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.794;QD=62.3762;RBI=0.0173199;REFB=-0.0359736;REVB=0.0161597;RO=1;SAF=154;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00308415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98016e-05;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:222:221:1:0:221:221:1:67:154:1:0:67:154:0:0 chr19 43519362 . C T 3648.42 PASS AF=1;AO=231;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.018;QD=63.176;RBI=0.0078996;REFB=0;REVB=0.00746835;RO=0;SAF=83;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45102e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1641e-06;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:231:0:0:231:231:1:148:83:0:0:148:83:0:0 chr19 43519442 . T C 3238.0 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.514;QD=61.9712;RBI=0.0318644;REFB=0;REVB=0.0197871;RO=0;SAF=72;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29327e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86502e-05;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:209:209:1:137:72:0:0:137:72:0:0 chr19 43529026 . CA TG 2069.45 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235986;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.911;QD=62.7107;RBI=0.0278975;REFB=0;REVB=0.0148787;RO=0;SAF=60;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000393358;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:72:60:0:0:72:60:0:0 chr19 43530473 . G C 1262.19 PASS AF=0.488636;AO=124;DP=260;FAO=129;FDP=264;FR=.;FRO=135;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=57;FSRR=78;FWDB=0.00328061;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.036;QD=19.1241;RBI=0.0251769;REFB=-0.0023649;REVB=0.0249622;RO=122;SAF=61;SAR=63;SRF=51;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669683;STB=0.537809;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00221437;OID=.;OPOS=43530473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:264:122:135:124:129:0.488636:63:61:51:71:65:64:57:78 chr19 43679410 . A G 3119.18 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.888;QD=61.766;RBI=0.0500387;REFB=0;REVB=0.0499959;RO=0;SAF=80;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14085e-05;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:202:0:0:200:202:1:120:80:0:0:122:80:0:0 chr19 43680051 . C T 4766.99 PASS AF=1;AO=305;DP=305;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.825;QD=62.5179;RBI=0.020512;REFB=0;REVB=-0.00936217;RO=0;SAF=188;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57186e-05;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:305:305:0:0:305:305:1:117:188:0:0:117:188:0:0 chr19 43680147 . C T 4151.5 PASS AF=1;AO=263;DP=264;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581339;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.067;QD=62.6641;RBI=0.0757691;REFB=0;REVB=0.0485943;RO=0;SAF=137;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8507e-06;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:264:265:0:0:263:265:1:126:137:0:0:128:137:0:0 chr19 43689004 . G A 2409.01 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.282;QD=64.2402;RBI=0.0340478;REFB=0;REVB=0.0178267;RO=0;SAF=62;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00856e-05;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:88:62:0:0:88:62:0:0 chr19 43690506 . G C 3415.64 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236991;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.008;QD=61.8216;RBI=0.081404;REFB=0.00839602;REVB=0.0778778;RO=0;SAF=111;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87633e-05;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:199:221:0:0:198:221:1:87:111:0:0:96:125:0:0 chr19 43699336 . T C 5450.05 PASS AF=0.986034;AO=352;DP=360;FAO=353;FDP=358;FR=.;FRO=5;FSAF=104;FSAR=249;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00800065;FXX=0.0055554;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.112;QD=60.8945;RBI=0.0327044;REFB=-0.12545;REVB=0.0317107;RO=3;SAF=104;SAR=248;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000733277;STB=0.501768;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000744126;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:360:358:3:5:352:353:0.986034:248:104:1:2:249:104:2:3 chr19 43699417 . A G 4838.39 PASS AF=1;AO=285;DP=302;FAO=314;FDP=314;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=114;FSAR=200;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308894;FXX=0.0031745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5828;QD=61.6356;RBI=0.0746511;REFB=-0.0195529;REVB=0.0679605;RO=2;SAF=113;SAR=172;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00143678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409022;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:302:314:2:0:285:314:1:172:113:1:1:200:114:0:0 chr19 43702342 . C T 7322.47 PASS AF=1;AO=465;DP=469;FAO=465;FDP=465;FR=.;FRO=0;FSAF=222;FSAR=243;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181354;FXX=0.0085286;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.151;QD=62.989;RBI=0.018143;REFB=0.0373379;REVB=-0.000524047;RO=2;SAF=222;SAR=243;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00391285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61269e-05;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:469:465:2:0:465:465:1:243:222:0:2:243:222:0:0 chr19 43708926 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000927669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.134;QD=57.2026;RBI=0.00268065;REFB=0;REVB=-0.00251502;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74231e-06;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr19 43708968 . T C 520.67 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.913;QD=59.5056;RBI=0.0336993;REFB=0;REVB=0.0336512;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98819e-05;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:11:23:0:0:12:23:0:0 chr19 43708978 . TC T,TT 475.3 PASS AF=1,0;AO=19,11;DP=30;FAO=33,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021339,0.0198881;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=284.288,278.994;QD=57.6119;RBI=0.0303583,0.0382029;REFB=0,0;REVB=-0.0215934,-0.0326178;RO=0;SAF=16,4;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=5.54965e-05,0.00362359;OID=.,.;OPOS=43708979,43708979;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:19,11:30:33,0:33:0:22,0:11,0:0:0:4:0:16,4:3,7:0:0 chr19 43709619 . C T 2273.62 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.021438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3495;QD=62.7205;RBI=0.0799869;REFB=-0.0160775;REVB=0.0770604;RO=1;SAF=87;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543507;STB=0.502857;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000915318;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:144:144:0.993103:57:87:1:0:57:87:1:0 chr19 43709637 . C G 623.32 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=155;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=-0.00485302;FXX=0.0411741;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.164;QD=15.2962;RBI=0.0268167;REFB=-0.00879184;REVB=-0.0263739;RO=86;SAF=42;SAR=27;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521424;STB=0.520527;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.010377;OID=.;OPOS=43709637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:163:86:94:69:69:0.423313:27:42:48:38:27:42:54:40 chr19 43709647 . G A 2626.04 PASS AF=0.988439;AO=171;DP=173;FAO=171;FDP=173;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0370481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4248;QD=60.7176;RBI=0.0564415;REFB=-0.103057;REVB=0.0425803;RO=2;SAF=103;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00915168;STB=0.504807;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00258685;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:173:173:2:2:171:171:0.988439:68:103:2:0:68:103:2:0 chr19 43709654 . C A 2825.57 PASS AF=1;AO=178;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.343;QD=62.7903;RBI=0.0427833;REFB=0;REVB=0.0422776;RO=0;SAF=113;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44164e-05;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:178:180:1:65:113:0:0:67:113:0:0 chr19 43709656 . C G 2865.39 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.035;QD=62.9756;RBI=0.0259718;REFB=0;REVB=0.0171011;RO=0;SAF=115;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34189e-06;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:182:0:0:181:182:1:66:115:0:0:67:115:0:0 chr19 43773599 . T C 3537.92 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879438;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.246;QD=62.8964;RBI=0.0158909;REFB=0;REVB=0.0132355;RO=0;SAF=130;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97347e-05;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:225:0:0:225:225:1:95:130:0:0:95:130:0:0 chr19 43857873 . G C 1110.2 PASS AF=0.447761;AO=98;DP=248;FAO=120;FDP=268;FR=.;FRO=148;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=83;FSRR=65;FWDB=0.0479422;FXX=0.00740713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.842;QD=16.5701;RBI=0.0492391;REFB=-0.0260056;REVB=-0.0112268;RO=147;SAF=30;SAR=68;SRF=82;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277643;STB=0.574988;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0293607;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:268:147:148:98:120:0.447761:68:30:82:65:69:51:83:65 chr19 43864537 . C T 602.94 PASS AF=0.363184;AO=73;DP=203;FAO=73;FDP=201;FR=.;FRO=128;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=66;FSRR=62;FWDB=0.0071499;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.084;QD=11.9989;RBI=0.014605;REFB=-0.0154964;REVB=-0.0127352;RO=125;SAF=37;SAR=36;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031715;STB=0.505589;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0239311;OID=.;OPOS=43864537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:201:125:128:73:73:0.363184:36:37:63:62:36:37:66:62 chr19 43864548 . C A 588.3 PASS AF=0.365079;AO=69;DP=190;FAO=69;FDP=189;FR=.;FRO=120;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=66;FSRR=54;FWDB=-0.018813;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.392;QD=12.4508;RBI=0.0228167;REFB=-0.0108773;REVB=-0.0129101;RO=120;SAF=37;SAR=32;SRF=66;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154891;STB=0.508796;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0196435;OID=.;OPOS=43864548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:120:120:69:69:0.365079:32:37:66:54:32:37:66:54 chr19 43865692 . G A 208.91 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0482153;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1418;QD=13.6988;RBI=0.0507019;REFB=-0.00950832;REVB=0.0156833;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159954;STB=0.584027;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0165225;OID=.;OPOS=43865692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:24:25:0.409836:10:14:15:20:11:14:15:21 chr19 43866412 . G A 424.91 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00848315;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.933;QD=18.4743;RBI=0.00854203;REFB=-0.0299919;REVB=0.0010012;RO=43;SAF=22;SAR=21;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146547;STB=0.576578;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0231214;OID=.;OPOS=43866412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:49:43:43:0.467391:21:22:15:28:21:22:18:31 chr19 43910649 . G T 197.89 PASS AF=0.442308;AO=20;DP=49;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.025198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.748;QD=15.2223;RBI=0.0286768;REFB=-0.0227384;REVB=-0.0136902;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986438;STB=0.523344;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0206709;OID=.;OPOS=43910649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:29:29:20:23:0.442308:12:8:9:20:15:8:9:20 chr19 43910764 . A G 1166.67 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8047;QD=60.6065;RBI=0.0214836;REFB=0;REVB=0.0214349;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36563e-05;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:50:26:0:0:50:27:0:0 chr19 43922061 . A G 831.87 PASS AF=0.467391;AO=86;DP=183;FAO=86;FDP=184;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=0.0118556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3388;QD=18.0842;RBI=0.0121157;REFB=0.00191047;REVB=0.00249702;RO=97;SAF=41;SAR=45;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082066;STB=0.542208;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00135167;OID=.;OPOS=43922061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:97:98:86:86:0.467391:45:41:38:59:45:41:39:59 chr19 43967692 . T C 1600.85 PASS AF=0.448276;AO=169;DP=374;FAO=169;FDP=377;FR=.;FRO=208;FSAF=46;FSAR=123;FSRF=58;FSRR=150;FWDB=-0.0197708;FXX=0.00264543;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.046;QD=16.9852;RBI=0.021227;REFB=-0.019031;REVB=0.00772675;RO=205;SAF=46;SAR=123;SRF=55;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488972;STB=0.504615;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.022573;OID=.;OPOS=43967692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:377:205:208:169:169:0.448276:123:46:55:150:123:46:58:150 chr19 44047550 . T C 870.58 PASS AF=0.96875;AO=58;DP=60;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00481065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0146;QD=54.4113;RBI=0.0427328;REFB=-0.0281505;REVB=0.0424611;RO=2;SAF=20;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448549;STB=0.521732;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0040368;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:64:2:2:58:62:0.96875:38:20:2:0:40:22:2:0 chr19 44047826 . T A 1107.31 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.229;QD=59.8547;RBI=0.0436449;REFB=0;REVB=0.0171027;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89412e-05;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:44:29:0:0:44:30:0:0 chr19 44055726 . T C 567.79 PASS AF=0.453901;AO=42;DP=119;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.035724;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.604;QD=16.1075;RBI=0.0399191;REFB=-0.0583816;REVB=-0.0178138;RO=71;SAF=8;SAR=34;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253036;STB=0.536421;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0707929;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:141:71:77:42:64:0.453901:34:8:26:45:34:30:31:46 chr19 44056412 . C T 267.62 PASS AF=0.707317;AO=22;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0515049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8118;QD=26.1093;RBI=0.0517262;REFB=-0.116833;REVB=0.00478028;RO=11;SAF=0;SAR=22;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.864113;STB=0.667807;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0305706;OID=.;OPOS=44056412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:41:41:11:12:22:29:0.707317:22:0:8:3:22:7:9:3 chr19 44081288 . A C,G 1340.2 PASS AF=0.0681818,0.931818;AO=5,81;DP=86;FAO=6,82;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=4,39;FSAR=2,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387999,0.0180181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.285,60.3879;QD=60.918;RBI=0.0124882,0.0259195;REFB=0,0;REVB=-0.0118701,0.0186324;RO=0;SAF=4,39;SAR=1,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0561015,0.0163082;OID=.,.;OPOS=44081288,44081288;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:86:88:0:0:5,81:6,82:0.0681818,0.931818:1,42:4,39:0:0:2,43:4,39:0:0 chr19 44082791 . T C 275.74 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0256578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.629;QD=15.5348;RBI=0.0294956;REFB=-0.00435887;REVB=0.0145489;RO=40;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902257;STB=0.512307;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00786436;OID=.;OPOS=44082791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:40:30:31:0.43662:19:11:15:25:20:11:15:25 chr19 44082945 . T C 1126.63 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377067;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.096;QD=60.8991;RBI=0.0059534;REFB=0;REVB=-0.00460707;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227855;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:50:24:0:0:50:24:0:0 chr19 44098963 . C G 1716.16 PASS AF=0.465789;AO=177;DP=379;FAO=177;FDP=380;FR=.;FRO=203;FSAF=100;FSAR=77;FSRF=94;FSRR=109;FWDB=-0.00903251;FXX=0.0026246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.714;QD=18.0648;RBI=0.00964163;REFB=-0.0345746;REVB=-0.00337266;RO=201;SAF=100;SAR=77;SRF=93;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989873;STB=0.554589;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.038596;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:380:201:203:177:177:0.465789:77:100:93:108:77:100:94:109 chr19 44126738 . G A 390.15 PASS AF=0.460674;AO=39;DP=87;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0346986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.271;QD=17.5346;RBI=0.0360884;REFB=0.000650571;REVB=-0.00991861;RO=40;SAF=25;SAR=14;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595293;STB=0.503161;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00044859;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:40:48:39:41:0.460674:14:25:28:12:16:25:29:19 chr19 44223113 . G A 2663.2 PASS AF=0.511673;AO=258;DP=509;FAO=263;FDP=514;FR=.;FRO=251;FSAF=147;FSAR=116;FSRF=146;FSRR=105;FWDB=-0.0171803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.15;QD=20.7253;RBI=0.0410794;REFB=-0.00639105;REVB=0.0373142;RO=248;SAF=145;SAR=113;SRF=143;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133303;STB=0.511289;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00609661;OID=.;OPOS=44223113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:509:514:248:251:258:263:0.511673:113:145:143:105:116:147:146:105 chr19 44273516 . T C 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0232191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.822;QD=20.7383;RBI=0.03455;REFB=-0.0327808;REVB=0.0255847;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317017;STB=0.676299;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0189211;OID=.;OPOS=44273516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:14:2:9:9:14:2 chr19 44303066 . C G 2034.56 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266717;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.257;QD=62.6017;RBI=0.0748498;REFB=0;REVB=0.0699365;RO=0;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09655e-05;OID=.;OPOS=44303066;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:130:0:0:124:130:1:68:56:0:0:74:56:0:0 chr19 44377357 . C T 734.16 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.192;QD=61.1798;RBI=0.0197865;REFB=-0.0401024;REVB=-0.00154478;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159432;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00029254;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:29:18:0:1:29:18:0:1 chr19 44377669 . G A 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000841658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.846;QD=59.142;RBI=0.00411838;REFB=0;REVB=-0.00403146;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50263e-05;OID=.;OPOS=44377669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr19 44417575 . A G 999.04 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0527176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7916;QD=57.0883;RBI=0.124918;REFB=0.0635821;REVB=-0.113249;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.506847;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0013503;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:0:1:68:69:0.985714:36:32:0:0:36:33:0:1 chr19 44418077 . C T 2180.63 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0634183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7132;QD=62.3037;RBI=0.0717982;REFB=-0.054547;REVB=0.0336615;RO=1;SAF=77;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613501;STB=0.503225;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000933091;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:62:77:1:0:62:77:1:0 chr19 44418343 . C T 2067.67 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000159278;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.29;QD=62.6568;RBI=0.0325887;REFB=0;REVB=0.0325883;RO=0;SAF=63;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59721e-05;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:69:63:0:0:69:63:0:0 chr19 44418544 . A G 2205.1 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0925282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0132;QD=62.5561;RBI=0.0928792;REFB=0;REVB=-0.00806672;RO=1;SAF=60;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816621;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:141:141:1:0:140:141:1:80:60:1:0:80:61:0:0 chr19 44418680 . G C 639.68 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.142513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0803;QD=55.6246;RBI=0.14262;REFB=0.00248549;REVB=0.00550163;RO=3;SAF=23;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162078;STB=0.508643;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00115955;OID=.;OPOS=44418680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:20:23:2:1:20:23:2:1 chr19 44418693 . T C 772.62 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168781;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.854;QD=57.2314;RBI=0.0169136;REFB=0;REVB=-0.00109622;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164374;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr19 44418824 . C T 1865.88 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0231409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0044;QD=59.7082;RBI=0.0234786;REFB=0.0031181;REVB=-0.00396816;RO=2;SAF=68;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162404;STB=0.500855;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000155192;OID=.;OPOS=44418824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:55:68:1:1:55:68:1:1 chr19 44419030 . A G 1362.5 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277344;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.688;QD=62.6436;RBI=0.0334326;REFB=0;REVB=-0.0186693;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16818e-05;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:50:36:0:0:51:36:0:0 chr19 44470189 . T A 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.421;QD=62.762;RBI=0.0240981;REFB=0;REVB=0.00301132;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.44293e-05;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr19 44470420 . T C 1361.84 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060145;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.407;QD=62.6132;RBI=0.0105753;REFB=0;REVB=0.00869842;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83571e-05;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:86:87:1:39:47:0:0:39:48:0:0 chr19 44470548 . A G 603.17 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0220767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7004;QD=58.8463;RBI=0.0860276;REFB=-0.128291;REVB=0.0831467;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00620433;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:41:0:1:40:40:0.97561:20:20:0:0:20:20:0:1 chr19 44470663 . G C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.136;QD=57.2372;RBI=0.0142319;REFB=0;REVB=0.00162215;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2955e-05;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr19 44471209 . T A 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9676;QD=61.212;RBI=0.0296654;REFB=0;REVB=-0.0284347;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25046e-05;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr19 44471323 . G A 2069.76 PASS AF=0.992537;AO=130;DP=132;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0324834;FXX=0.0289834;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.784;QD=61.7838;RBI=0.0411378;REFB=-0.0742599;REVB=0.0252417;RO=0;SAF=48;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3448e-08;STB=0.50303;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00066482;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:134:0:1:130:133:0.992537:82:48:0:0:82:51:0:1 chr19 44494215 . T C 430.56 PASS AF=0.468085;AO=42;DP=92;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0650519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.902;QD=18.3217;RBI=0.0741899;REFB=-0.0193196;REVB=0.0356705;RO=49;SAF=25;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834179;STB=0.538444;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0166628;OID=.;OPOS=44494215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:49:50:42:44:0.468085:17:25:25:24:18:26:26:24 chr19 44496070 . A G 508.82 PASS AF=0.482143;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0171685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.568;QD=18.172;RBI=0.0174118;REFB=-0.0328057;REVB=-0.00290088;RO=58;SAF=21;SAR=32;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995954;STB=0.548738;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0337576;OID=.;OPOS=44496070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:58:58:53:54:0.482143:32:21:29:29:32:22:29:29 chr19 44500478 . A T 1660.1 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.088;QD=60.3674;RBI=0.0431464;REFB=0;REVB=0.0223627;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18259e-05;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:63:46:0:0:63:47:0:0 chr19 44500761 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.422;QD=60.2045;RBI=0.0145326;REFB=0;REVB=0.0124062;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8526e-06;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr19 44501116 . A G 884.95 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436738;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=308.043;QD=58.0293;RBI=0.0452187;REFB=0;REVB=0.011719;RO=0;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53705e-05;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:44:17:0:0:44:17:0:0 chr19 44501227 . A G 985.97 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5356;QD=58.8636;RBI=0.022519;REFB=0;REVB=-0.00263282;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111051;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:40:25:0:0:41:26:0:0 chr19 44501518 . G A 786.16 PASS AF=0.42;AO=84;DP=200;FAO=84;FDP=200;FR=.;FRO=116;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=-0.0179882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.774;QD=15.7232;RBI=0.0181767;REFB=-0.0126165;REVB=-0.00261109;RO=114;SAF=42;SAR=42;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361816;STB=0.524994;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0205387;OID=.;OPOS=44501518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:114:116:84:84:0.42:42:42:53:61:42:42:53:63 chr19 44501627 . T C 512.45 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0044966;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.417;QD=21.3522;RBI=0.00594556;REFB=-0.00618856;REVB=0.00388977;RO=47;SAF=20;SAR=29;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00358475;STB=0.501981;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00602947;OID=.;OPOS=44501627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:47:47:49:49:0.510417:29:20:19:28:29:20:19:28 chr19 44511202 . A T 485.51 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=129;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.00611723;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.254;QD=15.1722;RBI=0.011497;REFB=-0.0155012;REVB=-0.00973451;RO=74;SAF=23;SAR=31;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769459;STB=0.543208;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0238491;OID=.;OPOS=44511202;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:74:74:54:54:0.421875:31:23:37:37:31:23:37:37 chr19 44511223 . T G 1755.39 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0272025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9252;QD=59.0049;RBI=0.0302986;REFB=-0.0369869;REVB=0.0133429;RO=1;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736346;STB=0.507691;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00313956;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:1:2:117:117:0.983193:64:53:0:1:64:53:0:2 chr19 44515074 . C A 318.56 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0417147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7303;QD=21.2375;RBI=0.0778605;REFB=0.0265335;REVB=-0.065743;RO=27;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874785;STB=0.548358;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.029549;OID=.;OPOS=44515074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:17:16:16:11:17:16:16:11 chr19 44515352 . T G 842.91 PASS AF=0.528302;AO=84;DP=159;FAO=84;FDP=159;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.0147203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.626;QD=21.2054;RBI=0.0284022;REFB=-0.00607892;REVB=0.0242899;RO=75;SAF=42;SAR=42;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109189;STB=0.559734;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00466423;OID=.;OPOS=44515352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:75:75:84:84:0.528302:42:42:28:47:42:42:28:47 chr19 44515514 . C A 710.87 PASS AF=0.473333;AO=69;DP=148;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.0315725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1386;QD=18.9566;RBI=0.0370327;REFB=-0.0219804;REVB=0.0193547;RO=79;SAF=33;SAR=36;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832142;STB=0.538509;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0291376;OID=.;OPOS=44515514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:79:79:69:71:0.473333:36:33:31:48:38:33:31:48 chr19 44535999 . G T 313.27 PASS AF=0.52381;AO=28;DP=59;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00208651;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.461;QD=19.89;RBI=0.025959;REFB=-0.0210078;REVB=0.025875;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211675;STB=0.630354;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0145843;OID=.;OPOS=44535999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:31:30:28:33:0.52381:10:18:13:18:11:22:12:18 chr19 44564981 . G A 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000847725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.696;QD=61.158;RBI=0.00147484;REFB=0;REVB=0.00120686;RO=0;SAF=65;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46046e-07;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:53:65:0:0:53:65:0:0 chr19 44570393 . C A 489.91 PASS AF=0.395683;AO=55;DP=139;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0227293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.412;QD=14.098;RBI=0.0311884;REFB=-0.0178572;REVB=-0.0213565;RO=84;SAF=20;SAR=35;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992199;STB=0.556144;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0281368;OID=.;OPOS=44570393;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:84:84:55:55:0.395683:35:20:38:46:35:20:38:46 chr19 44570551 . G A 1100.66 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016358;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.021;QD=60.3099;RBI=0.0129499;REFB=0;REVB=0.0128462;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51725e-05;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr19 44571154 . T C 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0537322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.676;QD=21.5094;RBI=0.0758466;REFB=-0.0260201;REVB=0.0535308;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273237;STB=0.653299;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.021636;OID=.;OPOS=44571154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:7:11:4:11:7:11:4:11 chr19 44589999 . TCTC T 402.03 PASS AF=0.493976;AO=39;DP=81;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00492169;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=3;MLLD=270.71;QD=19.3748;RBI=0.00878256;REFB=-0.0203196;REVB=0.00727395;RO=41;SAF=25;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167849;STB=0.582284;STBP=0.139;TYPE=del;VARB=0.0205307;OID=.;OPOS=44590000;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493976:39:81:41:83:42:26:15:20:22:99:41:25:14:19:22 chr19 44590558 . C T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.035592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4951;QD=18.2484;RBI=0.0572486;REFB=-0.0385238;REVB=-0.0448398;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262554;STB=0.65192;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0300691;OID=.;OPOS=44590558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:6:6:3:10:6:6 chr19 44591360 . G A 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00089402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.959;QD=17.9231;RBI=0.0288982;REFB=-0.0109051;REVB=-0.0288844;RO=46;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272264;STB=0.515215;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.01356;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:22:18:22:24:22:18:22:24 chr19 44596521 . T G 674.97 PASS AF=0.540984;AO=66;DP=122;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0142094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.442;QD=22.13;RBI=0.0142298;REFB=0.00436198;REVB=0.000762267;RO=56;SAF=37;SAR=29;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660742;STB=0.536221;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00381731;OID=.;OPOS=44596521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:56:56:66:66:0.540984:29:37:27:29:29:37:27:29 chr19 44610665 . A G 241.16 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0266943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.215;QD=14.6159;RBI=0.0268542;REFB=0.00147697;REVB=0.0029261;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125769;STB=0.571378;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00152408;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:16:12:21:17:16:12:21:17 chr19 44610798 . A T 443.77 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.006994;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.493;QD=20.1711;RBI=0.0136539;REFB=-0.0125856;REVB=0.0117266;RO=43;SAF=11;SAR=33;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179293;STB=0.608056;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.030708;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:43:44:44:44:0.5:33:11:18:25:33:11:19:25 chr19 44611066 . T C 68.59 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00382668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7388;QD=4.81362;RBI=0.0270402;REFB=-0.00326084;REVB=0.026768;RO=45;SAF=6;SAR=5;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424399;STB=0.519196;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00920545;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:45:46:11:11:0.192982:5:6:23:22:5:6:24:22 chr19 44611420 . A G 468.2 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-3.38756e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=354.655;QD=25.6546;RBI=0.00731914;REFB=-0.00304501;REVB=0.00731907;RO=29;SAF=14;SAR=30;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050077;STB=0.527413;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00185733;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:30:14:11:18:30:14:11:18 chr19 44612005 . A G 373.94 PASS AF=0.390244;AO=43;DP=118;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0080713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.024;QD=12.1605;RBI=0.00913169;REFB=-0.00988207;REVB=0.00427106;RO=75;SAF=13;SAR=30;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166743;STB=0.569738;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0154433;OID=.;OPOS=44612005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:75:75:43:48:0.390244:30:13:33:42:32:16:33:42 chr19 44612014 . A T 438.1 PASS AF=0.406504;AO=47;DP=122;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0466942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.288;QD=14.2471;RBI=0.0472897;REFB=-0.00916643;REVB=-0.00748124;RO=72;SAF=16;SAR=31;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118103;STB=0.557354;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00667696;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:72:73:47:50:0.406504:31:16:32:40:32:18:33:40 chr19 44612231 . A G 188.67 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0205719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.9762;QD=14.239;RBI=0.0205719;REFB=-0.00866908;REVB=-8.09107e-06;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138483;STB=0.578878;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0117598;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:10:21:12:10:10:21 chr19 44652954 . G A 720.56 PASS AF=0.400966;AO=83;DP=207;FAO=83;FDP=207;FR=.;FRO=124;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=0.0138378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.054;QD=13.9239;RBI=0.0302603;REFB=-0.0199631;REVB=0.026911;RO=123;SAF=42;SAR=41;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712501;STB=0.537388;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0286491;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:123:124:83:83:0.400966:41:42:54:69:41:42:55:69 chr19 44660967 . A G 203.04 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0306612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5428;QD=16.575;RBI=0.0652552;REFB=0.00605608;REVB=-0.0576032;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222482;STB=0.599902;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0126831;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:25:28:21:21:0.428571:14:7:14:11:14:7:14:14 chr19 44721699 . C T 542.1 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.00168994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.001;QD=15.1635;RBI=0.0432551;REFB=-0.0136481;REVB=0.0432221;RO=83;SAF=31;SAR=28;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202179;STB=0.507953;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0229492;OID=.;OPOS=44721699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:83:84:59:59:0.412587:28:31:42:41:28:31:43:41 chr19 44739399 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00518409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.463;QD=7.83696;RBI=0.0837913;REFB=0.00413562;REVB=0.0836307;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611001;STB=0.522323;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0697639;OID=.;OPOS=44739399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:2:5:10:5:2:5:11:5 chr19 44764064 . A G 3314.11 PASS AF=0.990783;AO=216;DP=217;FAO=215;FDP=217;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0377272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4847;QD=61.0895;RBI=0.0378297;REFB=-0.0279939;REVB=0.00278292;RO=1;SAF=116;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00474059;STB=0.500323;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00092697;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:217:217:1:2:216:215:0.990783:100:116:0:1:100:115:1:1 chr19 44778405 . A C 727.64 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.852;QD=63.2728;RBI=0.0624472;REFB=0;REVB=0.0306802;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132683;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr19 44778797 . T A 169.1 PASS AF=0.375;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0196345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7616;QD=12.0787;RBI=0.0216235;REFB=-0.00434778;REVB=-0.00905867;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693522;STB=0.5479;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0140056;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:35:21:21:0.375:11:10:14:20:11:10:14:21 chr19 44778799 . G A 169.12 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0216954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0472;QD=12.0801;RBI=0.0371167;REFB=-0.0153887;REVB=-0.0301157;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828679;STB=0.5479;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.031998;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:11:10:14:21:11:10:14:21 chr19 44792701 . T G 223.68 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.0089197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.365;QD=12.7816;RBI=0.0562829;REFB=-0.0136356;REVB=0.0555716;RO=43;SAF=14;SAR=13;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247223;STB=0.640162;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0324229;OID=.;OPOS=44792701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:13:14:32:11:13:14:32:11 chr19 44792969 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.599;QD=48.7353;RBI=0.0546422;REFB=0;REVB=-0.00330526;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072608;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr19 44832684 . T G 1558.12 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0621151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.888;QD=58.7971;RBI=0.0621288;REFB=-0.14746;REVB=0.0013058;RO=1;SAF=33;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065464;STB=0.503448;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.000293598;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:106:1:1:105:105:0.990566:72:33:0:1:72:33:0:1 chr19 44832875 . A G 1098.22 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0426;QD=60.1763;RBI=0.0519108;REFB=0;REVB=0.0344902;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031086;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr19 44832992 . C G 1135.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9215;QD=60.5439;RBI=0.0252425;REFB=0;REVB=-0.0249058;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160157;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr19 44833506 . C T 1482.35 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0282691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.347;QD=61.1278;RBI=0.0586855;REFB=0.00347401;REVB=0.0514281;RO=2;SAF=42;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022042;STB=0.511625;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=9.61503e-05;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:53:42:2:0:53:42:2:0 chr19 44833851 . G C 1526.15 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882861;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.639;QD=63.5898;RBI=0.0635715;REFB=0;REVB=0.0629555;RO=0;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387657;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:93:96:1:38:55:0:0:41:55:0:0 chr19 44840789 . T C 2260.86 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00271702;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.45;QD=63.6863;RBI=0.0799796;REFB=0;REVB=0.0799334;RO=0;SAF=79;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47292e-05;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:142:0:0:139:142:1:60:79:0:0:63:79:0:0 chr19 44890697 . A G 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.031725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.458;QD=13.0607;RBI=0.0657049;REFB=-0.00679442;REVB=0.0575383;RO=40;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150429;STB=0.585305;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00847252;OID=.;OPOS=44890697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:17:9:9:31:17:9:9:31 chr19 44891784 . T C 450.56 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00770864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.096;QD=21.7138;RBI=0.0111279;REFB=-0.0119124;REVB=-0.00802541;RO=38;SAF=20;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284668;STB=0.521055;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00915938;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:39:44:44:0.53012:24:20:16:22:24:20:16:23 chr19 44930880 . G A 1360.07 PASS AF=0.335938;AO=170;DP=513;FAO=172;FDP=512;FR=.;FRO=340;FSAF=66;FSAR=106;FSRF=115;FSRR=225;FWDB=-0.0190491;FXX=0.00389097;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.73;QD=10.6255;RBI=0.0370029;REFB=0.00315758;REVB=-0.0317229;RO=334;SAF=64;SAR=106;SRF=114;SRR=220;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441623;STB=0.53241;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00601893;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:513:512:334:340:170:172:0.335938:106:64:114:220:106:66:115:225 chr19 44933504 . G A 825.71 PASS AF=0.445596;AO=85;DP=194;FAO=86;FDP=193;FR=.;FRO=107;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=0.0223388;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.829;QD=17.1132;RBI=0.0318938;REFB=-0.0191343;REVB=0.0227639;RO=106;SAF=46;SAR=39;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106763;STB=0.557998;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0242057;OID=.;OPOS=44933504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:106:107:85:86:0.445596:39:46:46:60:40:46:46:61 chr19 44933706 . C T 540.52 PASS AF=0.398734;AO=62;DP=156;FAO=63;FDP=158;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.0113836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5469;QD=13.684;RBI=0.0153796;REFB=0.00243569;REVB=-0.0103414;RO=94;SAF=28;SAR=34;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108337;STB=0.561778;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00378889;OID=.;OPOS=44933706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:94:95:62:63:0.398734:34:28:52:42:35:28:52:43 chr19 44934489 . G A 633.57 PASS AF=0.453947;AO=68;DP=151;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0155341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4202;QD=16.6728;RBI=0.0590148;REFB=-0.0147993;REVB=0.0569337;RO=83;SAF=34;SAR=34;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535733;STB=0.533527;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0157982;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:83:83:68:69:0.453947:34:34:46:37:35:34:46:37 chr19 44934653 . T C 162.47 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0586715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.6497;QD=20.9632;RBI=0.0586735;REFB=0.0106746;REVB=-0.000492561;RO=14;SAF=2;SAR=14;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522857;STB=0.746344;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00449306;OID=.;OPOS=44934653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:14:2:9:5:14:3:9:5 chr19 44981318 . G A 229.57 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.013377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.198;QD=22.3967;RBI=0.0145612;REFB=-0.000392709;REVB=0.0057519;RO=18;SAF=17;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343823;STB=0.684956;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000293446;OID=.;OPOS=44981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:19:22:22:0.536585:5:17:7:11:5:17:8:11 chr19 44981525 . G A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0122856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2066;QD=23.2361;RBI=0.0298413;REFB=-0.00417488;REVB=-0.027195;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166068;STB=0.592495;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00159557;OID=.;OPOS=44981525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:10:3:8:10:10:3 chr19 44981883 . C G 362.67 PASS AF=0.4;AO=38;DP=98;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0136389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.001;QD=14.5067;RBI=0.0139985;REFB=-0.0123438;REVB=-0.00315279;RO=60;SAF=11;SAR=27;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171498;STB=0.607531;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0193108;OID=.;OPOS=44981883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:60:60:38:40:0.4:27:11:26:34:29:11:26:34 chr19 44983567 . C G 890.17 PASS AF=0.465347;AO=94;DP=201;FAO=94;FDP=202;FR=.;FRO=108;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=-0.0123778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.476;QD=17.6271;RBI=0.0173503;REFB=0.00412523;REVB=-0.0121583;RO=107;SAF=51;SAR=43;SRF=41;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152545;STB=0.58159;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00471175;OID=.;OPOS=44983567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:107:108:94:94:0.465347:43:51:41:66:43:51:42:66 chr19 45001346 . G A 1056.16 PASS AF=0.497674;AO=107;DP=216;FAO=107;FDP=215;FR=.;FRO=108;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=0.000153046;FXX=0.0137608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4556;QD=19.6495;RBI=0.0300739;REFB=-0.0192341;REVB=-0.0300735;RO=105;SAF=61;SAR=46;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595586;STB=0.540194;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0285149;OID=.;OPOS=45001346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:105:108:107:107:0.497674:46:61:53:52:46:61:53:55 chr19 45001359 . CTGGGGGC CGTGGGGC,CTGGGGC,CTGGGGCT,GCTGGGGC 86.54 PASS AF=0.0357143,0.112245,0.0510204,0;AO=10,35,9,12;DP=203;FAO=7,22,10,0;FDP=196;FR=.;FRO=157;FSAF=7,7,7,0;FSAR=0,15,3,0;FSRF=62;FSRR=95;FWDB=-0.0368172,0.186939,0.0716764,0.00346399;FXX=0.0344811;HRUN=1,5,5,1;LEN=2,1,2,3;MLLD=92.3261,9.05925,22.681,148.483;QD=1.76613;RBI=0.040703,0.20924,0.0734547,0.0302077;REFB=-0.0112077,-0.156415,-0.0804197,-0.0125321;REVB=-0.017356,-0.0939949,-0.0160651,-0.0300084;RO=97;SAF=10,6,7,0;SAR=0,29,2,12;SRF=34;SRR=63;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.435897,0,0;SSSB=0.68174,-0.290631,0.454806,-0.6019;STB=0.998801,0.573338,0.767712,0.5;STBP=0.001,0.512,0.111,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0.112156,0.1687,0.112472,0;OID=.,.,.,.;OPOS=45001360,45001361,45001365,45001359;OREF=TG,G,GC,CTG;OALT=GT,-,CT,GCT;OMAPALT=CGTGGGGC,CTGGGGC,CTGGGGCT,GCTGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:203:196:97:157:10,35,9,12:7,22,10,0:0.0357143,0.112245,0.0510204,0:0,29,2,12:10,6,7,0:34:63:0,15,3,0:7,7,7,0:62:95 chr19 45016990 . CT C 3323.4 PASS AF=1;AO=267;DP=284;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609736;FXX=0.038731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.4356;QD=48.6945;RBI=0.153006;REFB=0;REVB=0.140331;RO=1;SAF=119;SAR=148;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032107;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000358698;OID=.;OPOS=45016991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:267:284:273:273:0:120:153:0:0:60:1:119:148:0:1 chr19 45024581 . C G 991.99 PASS AF=0.60274;AO=88;DP=145;FAO=88;FDP=146;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0721174;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0117;QD=27.1777;RBI=0.0748521;REFB=0.000378552;REVB=0.0200479;RO=57;SAF=33;SAR=55;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212528;STB=0.61853;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000536784;OID=.;OPOS=45024581;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:57:58:88:88:0.60274:55:33:38:19:55:33:39:19 chr19 45028169 . C T 1000.92 PASS AF=0.518717;AO=96;DP=187;FAO=97;FDP=187;FR=.;FRO=90;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.00681077;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4175;QD=21.4101;RBI=0.0374311;REFB=0.0100365;REVB=-0.0368062;RO=90;SAF=50;SAR=46;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00859115;STB=0.507069;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0131171;OID=.;OPOS=45028169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:90:90:96:97:0.518717:46:50:46:44:46:51:46:44 chr19 45029208 . G A 652.39 PASS AF=0.461039;AO=70;DP=154;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.00601491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.502;QD=16.9452;RBI=0.0101447;REFB=-0.0135384;REVB=0.00816921;RO=82;SAF=34;SAR=36;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574032;STB=0.524415;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0177278;OID=.;OPOS=45029208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:82:83:70:71:0.461039:36:34:35:47:37:34:36:47 chr19 45121424 . G A 853.74 PASS AF=0.505882;AO=86;DP=170;FAO=86;FDP=170;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.00593467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.509;QD=20.088;RBI=0.00767549;REFB=-0.0187961;REVB=0.00486753;RO=84;SAF=42;SAR=44;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425377;STB=0.523374;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0199847;OID=.;OPOS=45121424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:84:84:86:86:0.505882:44:42:45:39:44:42:45:39 chr19 45162038 . A G 1964.07 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2641;QD=61.8605;RBI=0.0173997;REFB=0;REVB=0.00650657;RO=0;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207538;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:60:66:0:0:60:67:0:0 chr19 45202640 . G T 190.54 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0103508;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.711;QD=11.3758;RBI=0.0104898;REFB=-0.0107523;REVB=0.00170182;RO=43;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901704;STB=0.552196;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0184527;OID=.;OPOS=45202640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:43:43:24:24:0.358209:12:12:18:25:12:12:18:25 chr19 45202652 . C T 166.48 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0388266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.6435;QD=9.93891;RBI=0.046147;REFB=-0.00397873;REVB=-0.0249407;RO=45;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116609;STB=0.506843;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.010053;OID=.;OPOS=45202652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:12:10:20:25:12:10:20:25 chr19 45315502 . G A 694.3 PASS AF=0.465409;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=-0.0192112;FXX=0.0124216;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.15;QD=17.4666;RBI=0.0194039;REFB=-0.0104663;REVB=-0.00272798;RO=83;SAF=34;SAR=40;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951773;STB=0.551401;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0126587;OID=.;OPOS=45315502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:83:85:74:74:0.465409:40:34:30:53:40:34:31:54 chr19 45322744 . A G 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0148827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.608;QD=16.7544;RBI=0.0163581;REFB=-0.00872696;REVB=0.00678912;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227306;STB=0.634511;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00849302;OID=.;OPOS=45322744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:12:12:20:7:12:12:21:7 chr19 45389224 . A G 873.96 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0504382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.627;QD=52.9674;RBI=0.0670356;REFB=-0.139652;REVB=0.0441561;RO=1;SAF=22;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209743;STB=0.515718;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00107401;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:66:1:3:62:63:0.954545:40:22:1:0:41:22:2:1 chr19 45392254 . C T 282.48 PASS AF=0.457143;AO=22;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0673545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2297;QD=16.1417;RBI=0.152321;REFB=-0.0485504;REVB=0.13662;RO=37;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657229;STB=0.53942;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0668215;OID=.;OPOS=45392254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:22:32:0.457143:13:9:13:24:23:9:13:25 chr19 45395714 . T C 521.4 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0105615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.57;QD=17.0952;RBI=0.0243205;REFB=0.0116614;REVB=-0.0219075;RO=66;SAF=16;SAR=40;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18243;STB=0.602056;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0108542;OID=.;OPOS=45395714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:40:16:30:36:40:16:30:36 chr19 45396144 . C T 328.37 PASS AF=0.4;AO=35;DP=90;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0360576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.126;QD=13.8259;RBI=0.0430229;REFB=-0.0167088;REVB=0.0234696;RO=46;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799422;STB=0.531545;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0231631;OID=.;OPOS=45396144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:95:46:57:35:38:0.4:18:17:26:20:20:18:30:27 chr19 45404591 . C A 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0133857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9807;QD=12.3839;RBI=0.0149808;REFB=0.0116151;REVB=0.00672666;RO=47;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520898;STB=0.519056;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0170109;OID=.;OPOS=45404591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:49:29:29:0.371795:18:11:20:27:18:11:20:29 chr19 45448036 . T C 479.44 PASS AF=0.412214;AO=50;DP=127;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.00321253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.552;QD=14.6395;RBI=0.0241421;REFB=-0.000199147;REVB=-0.0239274;RO=77;SAF=25;SAR=25;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626531;STB=0.54513;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.000251815;OID=.;OPOS=45448036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:131:77:77:50:54:0.412214:25:25:34:43:26:28:34:43 chr19 45448465 . T G 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0223688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.917;QD=26.5503;RBI=0.0243181;REFB=-0.0121065;REVB=-0.00953963;RO=19;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477158;STB=0.502616;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00721573;OID=.;OPOS=45448465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:12:20:12:7:12:20:12:7 chr19 45452694 . G GT 486.53 PASS AF=0.5;AO=49;DP=102;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00126446;FXX=0.00990001;HRUN=0;LEN=1;MLLD=300.001;QD=19.461;RBI=0.0166842;REFB=-0.00738651;REVB=-0.0166362;RO=52;SAF=28;SAR=21;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172204;STB=0.589677;STBP=0.087;TYPE=ins;VARB=0.00835029;OID=.;OPOS=45452695;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:49:102:50:100:50:29:21:20:30:99:52:28:21:20:32 chr19 45476422 . T C 4272.75 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.67;QD=62.6043;RBI=0.0281498;REFB=0;REVB=-0.00296914;RO=0;SAF=126;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22104e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9202e-06;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:256:273:0:0:255:273:1:129:126:0:0:129:144:0:0 chr19 45488567 . T C 197.63 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.097;QD=46.5004;RBI=0.0961904;REFB=0;REVB=0.0915094;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127265;OID=.;OPOS=45488567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:17:0:0:14:17:1:9:5:0:0:12:5:0:0 chr19 45490570 . A G 525.67 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.00277717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7426;QD=17.5224;RBI=0.033155;REFB=-0.0194797;REVB=-0.0330385;RO=64;SAF=28;SAR=28;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105066;STB=0.558313;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0154778;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:56:56:0.466667:28:28:25:39:28:28:25:39 chr19 45490636 . T C 413.82 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.023407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5976;QD=19.026;RBI=0.0819358;REFB=-0.0344487;REVB=-0.0785213;RO=45;SAF=16;SAR=26;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252001;STB=0.514012;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0234151;OID=.;OPOS=45490636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:26:16:16:29:26:16:16:29 chr19 45561063 . A G 1590.74 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0201236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9517;QD=58.9164;RBI=0.0844014;REFB=0.10513;REVB=-0.0819673;RO=1;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840057;STB=0.504424;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00200446;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:56:51:0:1:56:51:0:1 chr19 45594170 . A G 247.06 PASS AF=0.519231;AO=22;DP=48;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.000115629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.975;QD=19.0045;RBI=0.011041;REFB=-0.0162799;REVB=0.0110404;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130141;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0165;OID=.;OPOS=45594170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:24:25:22:27:0.519231:14:8:12:12:15:12:12:13 chr19 45594595 . T C 449.1 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0149549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.288;QD=21.3857;RBI=0.0155668;REFB=-0.026443;REVB=0.00432159;RO=40;SAF=25;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807922;STB=0.544642;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.019399;OID=.;OPOS=45594595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:19:25:19:21:19:25:19:21 chr19 45655762 . A C 33.5 PASS AF=0.11828;AO=17;DP=96;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0133096;FXX=0.0312467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.401;QD=1.44086;RBI=0.0919945;REFB=-0.00408158;REVB=-0.0910266;RO=73;SAF=3;SAR=14;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558862;STB=0.838967;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.147002;OID=.;OPOS=45655762;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:96:93:73:82:17:11:0.11828:14:3:47:26:9:2:48:34 chr19 45682824 . G A 115.78 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0752166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9614;QD=20.1354;RBI=0.0779019;REFB=-0.0464309;REVB=0.0202774;RO=10;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228989;STB=0.536526;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0496425;OID=.;OPOS=45682824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:12:13:0.565217:1:11:8:2:2:11:8:2 chr19 45789983 . A T 74.97 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.237789;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=21.0821;QD=11.5334;RBI=0.248665;REFB=-0.0126787;REVB=0.0727368;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535511;STB=0.666173;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0711499;OID=.;OPOS=45789983;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:26:26:10:11:6:7:0.269231:5:1:7:3:5:2:6:5 chr19 45801018 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.974;QD=62.9828;RBI=0.0407628;REFB=0;REVB=-0.000627313;RO=0;SAF=40;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393399;OID=.;OPOS=45801018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:5:40:0:0:5:40:0:0 chr19 45912736 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.135;QD=55.0984;RBI=0.0807097;REFB=0;REVB=0.0147145;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377966;OID=.;OPOS=45912736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr19 45923653 . A G 2279.62 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7234;QD=63.3229;RBI=0.0781718;REFB=0;REVB=0.036206;RO=0;SAF=51;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150168;OID=.;OPOS=45923653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:142:144:1:91:51:0:0:91:53:0:0 chr19 46057081 . A G 2046.03 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.46;QD=62.4742;RBI=0.00399483;REFB=0;REVB=0.00386284;RO=0;SAF=57;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37102e-06;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:74:57:0:0:74:57:0:0 chr19 46095651 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.715;QD=54.5171;RBI=0.0475376;REFB=0;REVB=-0.0458958;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274951;OID=.;OPOS=46095651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr19 46129999 . C A 297.77 PASS AF=0.477612;AO=27;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.017244;FXX=0.0147037;HRUN=6;LEN=1;MLLD=67.3994;QD=17.7772;RBI=0.0283257;REFB=-0.0135794;REVB=-0.0224719;RO=25;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10168;STB=0.533893;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0251306;OID=.;OPOS=46129999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:25:34:27:32:0.477612:19:8:10:15:19:13:16:18 chr19 46154806 . T C 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00761352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.193;QD=10.4293;RBI=0.00785858;REFB=-0.0218816;REVB=-0.0019472;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193054;STB=0.615223;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0273386;OID=.;OPOS=46154806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:12:18:6:8:12:18 chr19 46154820 . G A 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0129661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0367;QD=12.2757;RBI=0.0136455;REFB=0.0114596;REVB=0.00425194;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13609;STB=0.57986;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0114308;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:8:9:13:19:8:9:13:19 chr19 46154902 . G GC 139.16 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0212141;FXX=0.0144907;HRUN=0;LEN=1;MLLD=161.903;QD=8.18615;RBI=0.0213941;REFB=-0.00744945;REVB=0.00276957;RO=46;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174562;STB=0.61347;STBP=0.175;TYPE=ins;VARB=0.00508085;OID=.;OPOS=46154903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367647:25:72:25:68:43:12:13:13:30:99:46:12:13:15:31 chr19 46154906 . C CT 150.1 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.00761043;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=366.742;QD=8.96129;RBI=0.0092106;REFB=0.00188351;REVB=0.00518812;RO=45;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256327;STB=0.641691;STBP=0.077;TYPE=ins;VARB=-0.00287309;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38806:25:70:26:67:41:13:13:11:30:99:45:13:12:13:32 chr19 46155049 . G A 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0051853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0989;QD=28.5246;RBI=0.0155564;REFB=0.0137324;REVB=-0.0146667;RO=6;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186818;STB=0.603639;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00595929;OID=.;OPOS=46155049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:7:8:1:5:7:8:1:5 chr19 46206262 . G A 1899.64 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238129;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.927;QD=61.777;RBI=0.0291321;REFB=0;REVB=0.0167817;RO=0;SAF=40;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09691e-05;OID=.;OPOS=46206262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:83:40:0:0:83:40:0:0 chr19 46214700 . TAAAAAAAAA GATAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAC 160.58 PASS AF=0,0.689655,0.310345;AO=2,10,2;DP=30;FAO=0,20,9;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,9;FSAR=0,20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431558,0.000654724,0.0119303;FXX=0.121175;HRUN=1,14,14;LEN=3,2,1;MLLD=59.8092,6.56787,133.215;QD=22.1489;RBI=0.242377,0.427572,0.0728824;REFB=0,0,0;REVB=-0.242338,-0.427571,-0.0718993;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=2,10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.00212722,0.0365255;OID=.,.,.;OPOS=46214700,46214701,46214709;OREF=TAA,AA,A;OALT=GAT,-,C;OMAPALT=GATAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:43:30:29:0:0:2,10,2:0,20,9:0,0.689655,0.310345:2,10,0:0,0,2:0:0:0,20,0:0,0,9:0:0 chr19 46262286 . C A 1290.98 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0922274;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2241;QD=60.7519;RBI=0.104873;REFB=0.0401989;REVB=-0.0499238;RO=1;SAF=39;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119907;STB=0.506328;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-8.61559e-05;OID=.;OPOS=46262286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:45:39:1:0:45:39:1:0 chr19 46268902 . C T 1447.93 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.865;QD=57.3437;RBI=0.0322337;REFB=-0.163263;REVB=0.0172052;RO=1;SAF=55;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854702;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021165;OID=.;OPOS=46268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:0:99:101:1:44:55:1:0:44:57:0:0 chr19 46269313 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.493;QD=56.7065;RBI=0.0313286;REFB=0;REVB=0.0279877;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02711e-05;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr19 46289392 . G C 2250.62 PASS AF=0.987261;AO=137;DP=182;FAO=155;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=130;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0361447;FXX=0.0308623;HRUN=8;LEN=1;MLLD=235.555;QD=57.3407;RBI=0.0362985;REFB=-0.0248991;REVB=0.00333784;RO=19;SAF=111;SAR=26;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164292;STB=0.503816;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000445575;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:182:157:19:2:137:155:0.987261:26:111:6:13:25:130:2:0 chr19 46289503 . C T 4199.01 PASS AF=1;AO=202;DP=278;FAO=273;FDP=273;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=132;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140785;FXX=0.0144399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4735;QD=61.5239;RBI=0.157695;REFB=0;REVB=0.0710432;RO=4;SAF=89;SAR=113;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139756;OID=.;OPOS=46289503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:278:273:4:0:202:273:1:113:89:4:0:141:132:0:0 chr19 46289504 . G T 438.17 PASS AF=0.241007;AO=59;DP=270;FAO=67;FDP=278;FR=.;FRO=211;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=95;FSRR=116;FWDB=0.00833994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.3366;QD=6.3046;RBI=0.0535549;REFB=-0.0197433;REVB=0.0529016;RO=211;SAF=37;SAR=22;SRF=95;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225228;STB=0.576991;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00458632;OID=.;OPOS=46289504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:278:211:211:59:67:0.241007:22:37:95:116:30:37:95:116 chr19 46305482 . T C 559.31 PASS AF=0.517857;AO=51;DP=109;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00182194;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.763;QD=19.9752;RBI=0.00613396;REFB=-0.0324244;REVB=0.00585713;RO=58;SAF=28;SAR=23;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112541;STB=0.561673;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0267567;OID=.;OPOS=46305482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:58:54:51:58:0.517857:23:28:25:33:28:30:21:33 chr19 46319415 . G C 1265.97 PASS AF=0.944444;AO=85;DP=91;FAO=85;FDP=90;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0349835;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.701;QD=56.2652;RBI=0.0519005;REFB=-0.0710022;REVB=0.0383383;RO=3;SAF=54;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218586;STB=0.509924;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00122282;OID=.;OPOS=46319415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:91:90:3:5:85:85:0.944444:31:54:2:1:31:54:4:1 chr19 46404579 . A G 3075.3 PASS AF=1;AO=151;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=88;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.96;QD=63.4083;RBI=0.0498809;REFB=0;REVB=0.011964;RO=0;SAF=68;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995229;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:194:0:0:151:194:1:83:68:0:0:106:88:0:0 chr19 46443739 . T G 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3623;QD=53.2693;RBI=0.0507587;REFB=0;REVB=-0.0496175;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000982919;OID=.;OPOS=46443739;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr19 46443886 . C A 374.8 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.522;QD=55.5256;RBI=0.0815132;REFB=0;REVB=0.0754197;RO=0;SAF=23;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448664;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:3:23:0:0:4:23:0:0 chr19 46498353 . C G 527.37 PASS AF=0.4;AO=58;DP=146;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=-0.00579227;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.905;QD=14.548;RBI=0.0246732;REFB=-0.00967605;REVB=0.0239837;RO=87;SAF=33;SAR=25;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235194;STB=0.632051;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0138307;OID=.;OPOS=46498353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:87:87:58:58:0.4:25:33:30:57:25:33:30:57 chr19 46511548 . T C 689.06 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.744;QD=62.642;RBI=0.0262914;REFB=0;REVB=0.00392553;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01946e-05;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:18:26:0:0 chr19 46518682 . G A 41.27 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0232565;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.0827;QD=7.17802;RBI=0.136508;REFB=-0.0221904;REVB=0.134512;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800118;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0275662;OID=.;OPOS=46518682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:21:23:15:16:6:7:0.304348:2:4:9:6:3:4:9:7 chr19 46520025 . CA C,CG 4469.13 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=41,248;DP=298;FAO=50,250;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=19,141;FSAR=31,109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163923,0.0149489;FXX=0.0066223;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.273,243.177;QD=59.5885;RBI=0.017446,0.0178914;REFB=0,0;REVB=0.00597133,0.00983018;RO=0;SAF=16,140;SAR=25,108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.1719e-08,5.61121e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00295299,-0.000208361;OID=.,.;OPOS=46520026,46520026;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:41,248:298:50,250:300:0:19,141:31,109:0:0:99:0:16,140:25,108:0:0 chr19 46520028 . C G 93.43 PASS AF=0.108553;AO=51;DP=303;FAO=33;FDP=304;FR=.;FRO=271;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=141;FSRR=130;FWDB=-0.0148595;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.8501;QD=1.22938;RBI=0.0475027;REFB=-0.0466014;REVB=-0.0451188;RO=252;SAF=19;SAR=32;SRF=141;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239317;STB=0.549809;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.211375;OID=.;OPOS=46520028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:303:304:252:271:51:33:0.108553:32:19:141:111:14:19:141:130 chr19 46663890 . A G 157.45 PASS AF=0.64;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00250677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.673;QD=25.1922;RBI=0.0026293;REFB=-0.0232277;REVB=0.000793308;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31778;STB=0.658351;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00539578;OID=.;OPOS=46663890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:9:9:15:16:0.64:9:6:8:1:9:7:8:1 chr19 46808371 . C T 672.63 PASS AF=0.450617;AO=73;DP=162;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.00859697;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.324;QD=16.6082;RBI=0.00996235;REFB=-0.00833614;REVB=-0.00503394;RO=88;SAF=37;SAR=36;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849451;STB=0.54383;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00915263;OID=.;OPOS=46808371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:88:89:73:73:0.450617:36:37:37:51:36:37:38:51 chr19 46811984 . A G 294.86 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.000886099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.252;QD=12.8198;RBI=0.00278127;REFB=-0.00967626;REVB=0.00263634;RO=58;SAF=22;SAR=12;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203101;STB=0.616619;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0168499;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:12:22:27:31:12:22:27:31 chr19 46815310 . G A 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00439396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.106;QD=14.7657;RBI=0.0315868;REFB=-0.0128727;REVB=0.0312797;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865665;STB=0.549256;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0161431;OID=.;OPOS=46815310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:17:16:10:15:17:16 chr19 46815499 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.247;QD=58.6002;RBI=0.0483366;REFB=0;REVB=-0.0351373;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.76459e-06;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr19 46815703 . ATATT A,ATCTT 433.18 PASS AF=0.322581,0.677419;AO=10,19;DP=34;FAO=10,21;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7,7;FSAR=3,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132574,-0.0220036;FXX=0.0882094;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=219.017,46.5512;QD=55.8945;RBI=0.0185468,0.0737525;REFB=0,0;REVB=-0.0129702,-0.0703937;RO=0;SAF=7,7;SAR=3,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0356039,-0.00193724;OID=.,.;OPOS=46815704,46815705;OREF=TATT,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.322581,0.677419:10,19:34:10,21:31:0:7,7:3,14:0:0:78:0:7,7:3,12:0:0 chr19 46815711 . C T 128.37 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0104644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.622;QD=12.5237;RBI=0.0130706;REFB=-0.0193193;REVB=-0.00783187;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12221;STB=0.634439;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0591527;OID=.;OPOS=46815711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:24:26:15:15:0.365854:7:8:10:14:6:9:10:16 chr19 46823751 . C T 710.54 PASS AF=0.45509;AO=76;DP=167;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.00915581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.911;QD=17.0189;RBI=0.0207646;REFB=-0.00606125;REVB=-0.0186371;RO=88;SAF=33;SAR=43;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310675;STB=0.527138;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00640497;OID=.;OPOS=46823751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:88:91:76:76:0.45509:43:33:41:47:43:33:44:47 chr19 46914488 . G A 607.68 PASS AF=0.437908;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.020095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.742;QD=15.8871;RBI=0.0222037;REFB=-0.0258933;REVB=0.00944437;RO=86;SAF=30;SAR=37;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099415;STB=0.555452;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0386096;OID=.;OPOS=46914488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:86:86:67:67:0.437908:37:30:47:39:37:30:47:39 chr19 46915183 . CT TC 42.23 PASS AF=0.1875;AO=8;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0206825;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=42.1886;QD=3.5194;RBI=0.0218095;REFB=-0.0350918;REVB=-0.00692005;RO=36;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314475;STB=0.7308;STBP=0.153;TYPE=mnp;VARB=0.109233;OID=.;OPOS=46915183;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:48:48:36:39:8:9:0.1875:6:2:18:18:7:2:19:20 chr19 47124714 . T G 2474.66 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.721;QD=61.4823;RBI=0.0165922;REFB=0;REVB=0.00877904;RO=0;SAF=77;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29983e-06;OID=.;OPOS=47124714;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:160:161:1:83:77:0:0:83:78:0:0 chr19 47177913 . A G 1625.8 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588012;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.167;QD=60.2149;RBI=0.0668342;REFB=0;REVB=-0.0317684;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94239e-05;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr19 47223543 . T C 1150.11 PASS AF=0.485232;AO=115;DP=235;FAO=115;FDP=237;FR=.;FRO=122;FSAF=72;FSAR=43;FSRF=74;FSRR=48;FWDB=0.001587;FXX=0.00836785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.413;QD=19.4111;RBI=0.0796187;REFB=-0.0142651;REVB=-0.0796028;RO=116;SAF=72;SAR=43;SRF=74;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116055;STB=0.510676;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0118045;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:237:116:122:115:115:0.485232:43:72:74:42:43:72:74:48 chr19 47223949 . G A 377.2 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0154167;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.83;QD=14.7922;RBI=0.015691;REFB=-0.0260443;REVB=0.00292146;RO=59;SAF=19;SAR=24;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546083;STB=0.530712;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0331383;OID=.;OPOS=47223949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:59:59:43:43:0.421569:24:19:23:36:24:19:23:36 chr19 47258842 . C T 863.86 PASS AF=0.441315;AO=94;DP=213;FAO=94;FDP=213;FR=.;FRO=119;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=-0.00672799;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.699;QD=16.2227;RBI=0.00917649;REFB=-0.0210941;REVB=0.00624037;RO=118;SAF=44;SAR=50;SRF=51;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362003;STB=0.522224;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0285955;OID=.;OPOS=47258842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:118:119:94:94:0.441315:50:44:51:67:50:44:51:68 chr19 47291174 . G C 264.04 PASS AF=0.336735;AO=32;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.111034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.3466;QD=10.7772;RBI=0.163937;REFB=-0.0738266;REVB=-0.12061;RO=51;SAF=22;SAR=10;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300023;STB=0.670363;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.132726;OID=.;OPOS=47291174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:65:32:33:0.336735:10:22:21:30:10:23:29:36 chr19 47569789 . C T 165.23 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0312183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.1841;QD=17.863;RBI=0.0312183;REFB=-0.0110056;REVB=-6.10725e-05;RO=16;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261939;STB=0.680337;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0237221;OID=.;OPOS=47569789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:19:17:18:0.486486:4:13:8:8:4:14:9:10 chr19 47712574 . C T 358.5 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00706288;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9774;QD=22.4062;RBI=0.00769691;REFB=-0.0268215;REVB=-0.0030591;RO=27;SAF=6;SAR=30;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266809;STB=0.643849;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0491288;OID=.;OPOS=47712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:30:6:11:16:30:6:11:17 chr19 47761646 . G C 805.3 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.263;QD=64.4241;RBI=0.0427405;REFB=0;REVB=0.0282203;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50046e-05;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:23:27:0:0 chr19 47768128 . G C 4215.01 PASS AF=0.98913;AO=267;DP=272;FAO=273;FDP=276;FR=.;FRO=3;FSAF=164;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0197655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2092;QD=61.0871;RBI=0.0295176;REFB=-0.0591924;REVB=0.0219229;RO=4;SAF=163;SAR=104;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106358;STB=0.503026;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00162186;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:272:276:4:3:267:273:0.98913:104:163:1:3:109:164:1:2 chr19 47770015 . A C 1577.75 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8826;QD=58.9813;RBI=0.0545481;REFB=0;REVB=0.0519023;RO=1;SAF=52;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668947;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:107:107:1:0:106:107:1:54:52:1:0:54:53:0:0 chr19 47773647 . C T 696.98 PASS AF=0.563025;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.0159834;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.646;QD=23.428;RBI=0.0161607;REFB=-0.0105649;REVB=0.00238707;RO=51;SAF=40;SAR=27;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266183;STB=0.640669;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00840056;OID=.;OPOS=47773647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:51:52:67:67:0.563025:27:40:13:38:27:40:14:38 chr19 47774447 . G A 802.41 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0483521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.387;QD=55.3388;RBI=0.050156;REFB=-0.0771653;REVB=0.0133301;RO=1;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116415;STB=0.50588;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000558746;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:1:1:55:57:0.982759:40:15:0:1:42:15:0:1 chr19 47774572 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.034;QD=59.4355;RBI=0.0737794;REFB=0;REVB=0.0734636;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529251;OID=.;OPOS=47774572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr19 47774665 . TGAG T 330.34 PASS AF=0.413793;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00594346;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=3;MLLD=203.686;QD=15.1881;RBI=0.0227981;REFB=-0.0379635;REVB=-0.0220097;RO=49;SAF=20;SAR=15;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846485;STB=0.549844;STBP=0.459;TYPE=del;VARB=0.0560558;OID=.;OPOS=47774666;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:35:89:36:87:51:20:16:24:27:99:49:20:15:24:25 chr19 47774772 . T C 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.153;QD=63.2831;RBI=0.0360607;REFB=0;REVB=-0.0204273;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89654e-05;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr19 47778857 . C G 421.36 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0296982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.505;QD=23.4088;RBI=0.0374199;REFB=-0.0619323;REVB=0.0227655;RO=27;SAF=19;SAR=22;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131579;STB=0.536568;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0333379;OID=.;OPOS=47778857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:31:41:41:0.569444:22:19:13:14:22:19:17:14 chr19 47813165 . G A 990.17 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8148;QD=59.1149;RBI=0.0283787;REFB=0;REVB=0.0170776;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228579;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr19 47823038 . G A 152.38 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0663809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1629;QD=40.6333;RBI=0.0765993;REFB=0.0210812;REVB=0.0382234;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533286;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00371728;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:7:7:0:0:7:7:1:0 chr19 47823484 . T C 1614.23 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133657;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.445;QD=59.7863;RBI=0.0147847;REFB=0;REVB=0.00632016;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54549e-05;OID=.;OPOS=47823484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:107:108:1:51:56:0:0:51:57:0:0 chr19 47823871 . G T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3465;QD=64.1538;RBI=0.028383;REFB=0;REVB=-0.00762579;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020125;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr19 47935352 . T C 659.98 PASS AF=0.96;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.012772;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.046;QD=52.798;RBI=0.0421061;REFB=-0.174655;REVB=0.0401223;RO=2;SAF=30;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303353;STB=0.516122;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00196959;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:50:2:2:48:48:0.96:18:30:2:0:18:30:2:0 chr19 47980153 . G A 1731.58 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00497393;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.916;QD=59.7097;RBI=0.0617169;REFB=-0.0760277;REVB=0.0615162;RO=1;SAF=47;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693286;STB=0.503649;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000217421;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:116:1:1:115:115:0.991379:68:47:0:1:68:47:0:1 chr19 47987412 . CA AC,CAC 72.19 PASS AF=0.0625,0.09375;AO=10,16;DP=130;FAO=8,12;FDP=128;FR=.;FRO=108;FSAF=8,5;FSAR=0,7;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=-0.0752184,-0.128519;FXX=0.0153834;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=120.22,120.273;QD=2.25601;RBI=0.0764918,0.129547;REFB=-0.00155865,-0.000799959;REVB=0.013899,0.0162891;RO=100;SAF=9,8;SAR=1,8;SRF=43;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.526454,0.0877832;STB=0.998752,0.542183;STBP=0,0.737;TYPE=mnp,ins;VARB=0.148881,0.00986457;OID=.,.;OPOS=47987412,47987414;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:130:128:100:108:10,16:8,12:0.0625,0.09375:1,8:9,8:43:57:0,7:8,5:50:58 chr19 48182787 . C T 635.7 PASS AF=0.422619;AO=71;DP=168;FAO=71;FDP=168;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=34;FWDB=0.0301036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5269;QD=15.1357;RBI=0.0315789;REFB=0.0129555;REVB=-0.00953935;RO=97;SAF=35;SAR=36;SRF=63;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161658;STB=0.590139;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0125668;OID=.;OPOS=48182787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:97:97:71:71:0.422619:36:35:63:34:36:35:63:34 chr19 48182946 . T C 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3688;QD=54.5087;RBI=0.060334;REFB=0;REVB=0.0500528;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142834;OID=.;OPOS=48182946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 48183114 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.996;QD=56.1908;RBI=0.0884677;REFB=0;REVB=-0.0866672;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022415;OID=.;OPOS=48183114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr19 48183771 . C T 1217.93 PASS AF=0.491935;AO=121;DP=248;FAO=122;FDP=248;FR=.;FRO=126;FSAF=80;FSAR=42;FSRF=76;FSRR=50;FWDB=0.0152643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.516;QD=19.644;RBI=0.0154586;REFB=-0.0112115;REVB=0.00244329;RO=120;SAF=79;SAR=42;SRF=71;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599751;STB=0.529035;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0119249;OID=.;OPOS=48183771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:120:126:121:122:0.491935:42:79:71:49:42:80:76:50 chr19 48198675 . A G 638.63 PASS AF=0.394595;AO=70;DP=184;FAO=73;FDP=185;FR=.;FRO=112;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=0.0166156;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.542;QD=13.8083;RBI=0.0267633;REFB=-0.00886362;REVB=-0.0209808;RO=109;SAF=28;SAR=42;SRF=62;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182091;STB=0.596843;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0138947;OID=.;OPOS=48198675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:109:112:70:73:0.394595:42:28:62:47:43:30:64:48 chr19 48244194 . A G 576.33 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00888604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.702;QD=21.3455;RBI=0.0569414;REFB=-0.0127062;REVB=-0.0562437;RO=49;SAF=31;SAR=27;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105093;STB=0.562002;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00972102;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:50:58:58:0.537037:27:31:20:29:27:31:20:30 chr19 48244569 . G A 185.74 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.114458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6077;QD=19.0502;RBI=0.1184;REFB=-0.0226913;REVB=0.030296;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671228;STB=0.538004;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0491147;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:12:8:9:10:12:8 chr19 48255804 . A G 306.27 PASS AF=0.406977;AO=34;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0207964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7045;QD=14.2451;RBI=0.0557989;REFB=-0.0217037;REVB=-0.0517787;RO=47;SAF=7;SAR=27;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13047;STB=0.59349;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.034864;OID=.;OPOS=48255804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:51:34:35:0.406977:27:7:14:33:28:7:16:35 chr19 48282077 . C CGCAGCGG 461.39 PASS AF=0.320856;AO=44;DP=232;FAO=60;FDP=187;FR=.;FRO=127;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=-0.00593094;FXX=0.183398;HRUN=0;LEN=7;MLLD=249.219;QD=9.86937;RBI=0.00765226;REFB=-0.00836169;REVB=-0.0048354;RO=183;SAF=12;SAR=32;SRF=98;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342009;STB=0.532195;STBP=0.542;TYPE=ins;VARB=0.0172422;OID=.;OPOS=48282078;OREF=-;OALT=GCAGCGG;OMAPALT=CGCAGCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320856:44:232:60:187:127:26:34:61:66:99:183:12:32:98:85 chr19 48282078 . C G 314.4 PASS AF=0.218884;AO=51;DP=233;FAO=51;FDP=233;FR=.;FRO=182;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=78;FSRR=104;FWDB=-0.00160685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.476;QD=5.39742;RBI=0.0202033;REFB=-0.0104801;REVB=-0.0201393;RO=182;SAF=31;SAR=20;SRF=78;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22646;STB=0.638061;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0276322;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:182:182:51:51:0.218884:20:31:78:104:20:31:78:104 chr19 48284025 . C CG 34.74 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0917127;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.91839;QD=3.97023;RBI=0.14863;REFB=-0.0489762;REVB=-0.11696;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.586034;STBP=0.533;TYPE=ins;VARB=-0.0261011;OID=.;OPOS=48284026;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:10:36:10:35:25:6:4:12:13:34:24:5:5:12:12 chr19 48305465 . G A 147.09 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=-0.000733633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.888;QD=9.19302;RBI=0.0162318;REFB=-0.020284;REVB=-0.0162152;RO=41;SAF=11;SAR=9;SRF=34;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344154;STB=0.676321;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0482557;OID=.;OPOS=48305465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:41:44:20:20:0.3125:9:11:34:7:9:11:35:9 chr19 48305674 . T C 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.038753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.229;QD=16.453;RBI=0.0477974;REFB=-0.104003;REVB=0.0279785;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0611224;OID=.;OPOS=48305674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr19 48352054 . G C 516.93 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.000216297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7683;QD=17.8252;RBI=0.00342862;REFB=-0.0420452;REVB=-0.00342179;RO=60;SAF=16;SAR=39;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082743;STB=0.542841;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0469189;OID=.;OPOS=48352054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:61:55:55:0.474138:39:16:22:38:39:16:22:39 chr19 48389425 . A G 2200.64 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.325;QD=62.4295;RBI=0.0119962;REFB=-0.0836607;REVB=0.00259873;RO=1;SAF=69;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684118;STB=0.503597;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=5.95225e-06;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:71:69:1:0:71:69:1:0 chr19 48525507 . G A 2078.92 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.545;QD=62.5238;RBI=0.0296457;REFB=0;REVB=-0.0108422;RO=0;SAF=57;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11498e-05;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:133:0:0:130:133:1:73:57:0:0:74:59:0:0 chr19 48533856 . A G 125.24 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0782628;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=233.533;QD=10.4367;RBI=0.0793094;REFB=-0.00529175;REVB=-0.0128418;RO=28;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263944;STB=0.66642;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00789632;OID=.;OPOS=48533856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:33:15:15:0.3125:12:3:11:17:12:3:13:20 chr19 48543862 . G A,T 1121.51 PASS AF=0.96,0.04;AO=72,3;DP=75;FAO=72,3;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=36,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430769,-0.0107914;FXX=0.0259707;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=197.141,89.562;QD=59.8138;RBI=0.0221681,0.0154273;REFB=0,0;REVB=0.0217455,-0.0110249;RO=0;SAF=36,0;SAR=36,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=5.0226e-05,0.0751539;OID=.,.;OPOS=48543862,48543862;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:75:75:0:0:72,3:72,3:0.96,0.04:36,3:36,0:0:0:36,3:36,0:0:0 chr19 48598823 . A G 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.031;QD=58.6113;RBI=0.0201326;REFB=-0.133826;REVB=0.00766556;RO=1;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995914;STB=0.505262;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00100101;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:47:26:0:1:47:26:0:1 chr19 48608598 . C G 1024.82 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114056;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0024;QD=59.4097;RBI=0.142988;REFB=0;REVB=0.0862355;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206267;OID=.;OPOS=48608598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:40:27:0:0:40:29:0:0 chr19 48621036 . C G 976.88 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.071183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.57;QD=57.4636;RBI=0.0796408;REFB=-0.0811428;REVB=0.0357162;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00046523;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:0:1:65:67:0.985294:30:35:0:0:31:36:1:0 chr19 48622427 . A G 7852.11 PASS AF=1;AO=492;DP=495;FAO=495;FDP=495;FR=.;FRO=0;FSAF=255;FSAR=240;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049311;FXX=0.00402406;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4402;QD=63.4514;RBI=0.0496856;REFB=-0.0720318;REVB=0.00609005;RO=3;SAF=253;SAR=239;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352796;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:495:495:3:0:492:495:1:239:253:3:0:240:255:0:0 chr19 48737706 . A T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.325;QD=63.6147;RBI=0.0171945;REFB=0;REVB=0.011421;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34932e-05;OID=.;OPOS=48737706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:55:40:0:0:55:40:0:0 chr19 48800338 . A G 9062.35 PASS AF=1;AO=570;DP=570;FAO=570;FDP=570;FR=.;FRO=0;FSAF=269;FSAR=301;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275047;FXX=0.00523551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.706;QD=63.5954;RBI=0.0141863;REFB=0;REVB=0.0139171;RO=0;SAF=269;SAR=301;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.076e-06;OID=.;OPOS=48800338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:49:570:570:0:0:570:570:1:301:269:0:0:301:269:0:0 chr19 48800791 . A G 2030.34 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243665;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.927;QD=62.472;RBI=0.0291599;REFB=0;REVB=-0.0160179;RO=0;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8756e-05;OID=.;OPOS=48800791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:65:65:0:0:65:65:0:0 chr19 48806977 . G A 1010.45 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199504;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.74;QD=59.4384;RBI=0.0263262;REFB=0;REVB=0.0171771;RO=1;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111201;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25044e-05;OID=.;OPOS=48806977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:1:0:67:68:1:42:25:0:1:43:25:0:0 chr19 48807367 . C A 1569.28 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.623;QD=64.0521;RBI=0.0760929;REFB=0;REVB=0.00848537;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86532e-05;OID=.;OPOS=48807367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:45:52:0:0:45:53:0:0 chr19 48823545 . G A 529.91 PASS AF=0.381818;AO=62;DP=164;FAO=63;FDP=165;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.0128538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.861;QD=12.8462;RBI=0.0132863;REFB=-0.0100053;REVB=0.00336245;RO=101;SAF=28;SAR=34;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800639;STB=0.552544;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0143216;OID=.;OPOS=48823545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:101:102:62:63:0.381818:34:28:53:48:35:28:54:48 chr19 48945880 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.728;QD=35.5759;RBI=0.0785363;REFB=0;REVB=0.0668138;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160184;OID=.;OPOS=48945880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr19 48949286 . G T 1539.5 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0579386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5943;QD=58.6476;RBI=0.0928153;REFB=0.0490848;REVB=0.0725107;RO=1;SAF=55;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855017;STB=0.504504;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=7.94056e-05;OID=.;OPOS=48949286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:49:55:1:0:49:55:1:0 chr19 48985178 . TA GT,T 4323.73 PASS AF=0.0104895,0.98951;AO=14,265;DP=290;FAO=3,283;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=3,117;FSAR=0,166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534247,-0.0229386;FXX=0.0137926;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=14.5083,26.3081;QD=60.4718;RBI=0.0596016,0.0678784;REFB=-0.0548029,-0.0165824;REVB=-0.0264225,-0.063885;RO=1;SAF=14,106;SAR=0,159;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.00447651;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0689821,-0.000472574;OID=.,.;OPOS=48985178,48985179;OREF=TA,A;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:290:286:1:0:14,265:3,283:0.0104895,0.98951:0,159:14,106:1:0:0,166:3,117:0:0 chr19 48994447 . CGGGGGG CGGGGG,CGGGGGC 61.58 PASS AF=0.333333,0.208333;AO=8,5;DP=25;FAO=8,5;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3,4;FSAR=5,1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0831485,0.11029;FXX=0.039984;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=6.87486,23.9338;QD=10.2632;RBI=0.0835265,0.13572;REFB=-0.213217,-0.0971223;REVB=0.007938,0.0790959;RO=10;SAF=1,4;SAR=7,1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.625,0;SSSB=-0.45078,0.347085;STB=0.507025,0.7988;STBP=0.98,0.157;TYPE=del,snp;VARB=0.172251,0.104358;OID=.,.;OPOS=48994448,48994453;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGGGG,CGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.208333:8,5:25:8,5:24:11:3,4:5,1:4:7:26:10:1,4:7,1:5:5 chr19 48994699 . G A 900.62 PASS AF=0.858974;AO=67;DP=78;FAO=67;FDP=78;FR=.;FRO=11;FSAF=55;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0321215;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.696;QD=46.1856;RBI=0.0489852;REFB=-0.184209;REVB=0.0369833;RO=4;SAF=55;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556756;STB=0.50065;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334999;OID=.;OPOS=48994699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:4:11:67:67:0.858974:12:55:2:2:12:55:9:2 chr19 48994757 . CGGGGGGGG CGGGGGGG,CGGGGGGGC,GCGGGGGGG 440.42 PASS AF=0.794643,0.205357,0;AO=40,22,5;DP=116;FAO=89,23,0;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=40,21,0;FSAR=49,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117869,0.091448,-0.0222993;FXX=0.0508431;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=5.8352,15.2788,93.354;QD=15.7294;RBI=0.438811,0.233947,0.0284722;REFB=0.0660158,0.0215096,0.027864;REVB=0.422684,0.215334,-0.0177034;RO=31;SAF=15,20,3;SAR=25,2,2;SRF=15;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0897166,0.572817,0.134714;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0431647,-0.00679992,0;OID=.,.,.;OPOS=48994758,48994765,48994757;OREF=G,G,CG;OALT=-,C,GC;OMAPALT=CGGGGGGG,CGGGGGGGC,GCGGGGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:87:116:112:31:0:40,22,5:89,23,0:0.794643,0.205357,0:25,2,2:15,20,3:15:16:49,2,0:40,21,0:0:0 chr19 49102513 . C T 7208.82 PASS AF=1;AO=457;DP=462;FAO=460;FDP=460;FR=.;FRO=0;FSAF=256;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299397;FXX=0.0107525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.749;QD=62.6854;RBI=0.0303438;REFB=-0.0015585;REVB=-0.00493525;RO=1;SAF=254;SAR=203;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82007e-05;OID=.;OPOS=49102513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:462:460:1:0:457:460:1:203:254:1:0:204:256:0:0 chr19 49116359 . T C 2886.9 PASS AF=1;AO=182;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646552;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5596;QD=62.7587;RBI=0.071854;REFB=0;REVB=0.0313482;RO=0;SAF=67;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.4875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129021;OID=.;OPOS=49116359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:184:184:0:0:182:184:1:115:67:0:0:117:67:0:0 chr19 49116438 . A G 2537.18 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=169;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0410787;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0835;QD=60.4091;RBI=0.0594226;REFB=0.041847;REVB=-0.042937;RO=2;SAF=70;SAR=96;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00181829;STB=0.500955;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00477031;OID=.;OPOS=49116438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:168:2:2:166:166:0.988095:96:70:1:1:96:70:1:1 chr19 49116555 . A G 1361.9 PASS AF=0.968421;AO=90;DP=93;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0636323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2356;QD=57.3433;RBI=0.0679495;REFB=0.0280733;REVB=-0.0238343;RO=3;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334198;STB=0.51685;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000560065;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:93:95:3:3:90:92:0.968421:41:49:0:3:43:49:0:3 chr19 49119939 . T C 35.61 PASS AF=0.0862069;AO=10;DP=114;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=65;FSRR=41;FWDB=-0.0782985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2299;QD=1.22788;RBI=0.0785948;REFB=-0.00122853;REVB=0.0068182;RO=99;SAF=8;SAR=2;SRF=62;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23215;STB=0.701595;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00853744;OID=.;OPOS=49119939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:114:116:99:106:10:10:0.0862069:2:8:62:37:2:8:65:41 chr19 49133547 . CGG CGC,CG 1295.22 PASS AF=0.0514706,0.948529;AO=7,25;DP=136;FAO=7,129;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=0,65;FSAR=7,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261687,0.931955;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=187.491,13.4308;QD=38.0946;RBI=0.0661349,0.953485;REFB=0.0244365,0.00720996;REVB=-0.0607374,-0.201482;RO=67;SAF=0,0;SAR=7,25;SRF=61;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.826911,-0.881388;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0453889,-0.00095147;OID=.,.;OPOS=49133549,49133548;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0514706,0.948529:7,25:136:7,129:136:0:0,65:7,64:0:0:16:67:0,0:7,25:61:6 chr19 49183705 . G A 322.6 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.0238283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7436;QD=14.1802;RBI=0.0313321;REFB=-0.0107698;REVB=0.0203448;RO=55;SAF=14;SAR=22;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295202;STB=0.666974;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0180986;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:22:14:37:18:22:14:37:18 chr19 49206603 . C T 1438.6 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260846;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5612;QD=63.2351;RBI=0.0413772;REFB=0;REVB=-0.0321196;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81341e-05;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr19 49207438 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.262;QD=45.8068;RBI=0.00949749;REFB=0;REVB=0.0088043;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27288e-05;OID=.;OPOS=49207438;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr19 49217261 . A G 1896.36 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.103;QD=61.6701;RBI=0.0532324;REFB=0;REVB=-0.0530488;RO=0;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5231e-05;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:67:56:0:0:67:56:0:0 chr19 49217305 . A G 2293.44 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.495;QD=63.7066;RBI=0.0340747;REFB=0;REVB=0.0259869;RO=0;SAF=67;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46632e-05;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:77:67:0:0:77:67:0:0 chr19 49244219 . CG AA 1558.28 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234391;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=2;MLLD=268.708;QD=59.9339;RBI=0.0399387;REFB=0;REVB=0.0323374;RO=0;SAF=88;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.13244e-05;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:16:88:0:0:16:88:0:0 chr19 49247786 . G A 1711.68 PASS AF=0.991304;AO=109;DP=110;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0079566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.56;QD=59.5368;RBI=0.0282353;REFB=-0.0346249;REVB=0.027091;RO=1;SAF=37;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126556;STB=0.506665;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=5.72897e-05;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:115:1:1:109:114:0.991304:72:37:1:0:77:37:1:0 chr19 49259529 . A G 3045.26 PASS AF=1;AO=182;DP=187;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316836;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.665;QD=63.1142;RBI=0.0356522;REFB=0;REVB=0.0163472;RO=0;SAF=114;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32922e-05;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:193:0:0:182:193:1:68:114:0:0:73:120:0:0 chr19 49261368 . T C 794.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.561;QD=56.7372;RBI=0.0348824;REFB=0;REVB=0.0146667;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3462e-05;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:37:15:0:0:38:18:0:0 chr19 49299533 . A G 2121.87 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390776;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.437;QD=61.9524;RBI=0.0392736;REFB=0;REVB=-0.00391855;RO=0;SAF=54;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268665;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:137:0:0:137:137:1:83:54:0:0:83:54:0:0 chr19 49339098 . T C 731.61 PASS AF=0.496732;AO=76;DP=153;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0663726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.788;QD=19.1272;RBI=0.0759828;REFB=-0.0189093;REVB=-0.0369873;RO=75;SAF=42;SAR=34;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672806;STB=0.502958;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0198575;OID=.;OPOS=49339098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:75:77:76:76:0.496732:34:42:42:33:34:42:43:34 chr19 49368843 . T C 286.49 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0204959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.977;QD=10.418;RBI=0.0224133;REFB=-0.0111;REVB=-0.00907061;RO=73;SAF=15;SAR=22;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117457;STB=0.567987;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0243202;OID=.;OPOS=49368843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:73:73:37:37:0.336364:22:15:37:36:22:15:37:36 chr19 49375676 . T C 387.4 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0367508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.665;QD=12.9133;RBI=0.0369707;REFB=-0.00525841;REVB=-0.00402619;RO=72;SAF=26;SAR=20;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256688;STB=0.523799;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00959399;OID=.;OPOS=49375676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:74:46:46:0.383333:20:26:39:33:20:26:39:35 chr19 49376582 . G A 1164.91 PASS AF=0.515695;AO=115;DP=223;FAO=115;FDP=223;FR=.;FRO=108;FSAF=35;FSAR=80;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=-0.0194191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.549;QD=20.8952;RBI=0.0358971;REFB=-0.0151252;REVB=0.030191;RO=107;SAF=35;SAR=80;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206723;STB=0.616136;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.019847;OID=.;OPOS=49376582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:107:108:115:115:0.515695:80:35:56:51:80:35:57:51 chr19 49376584 . G A 1032.81 PASS AF=0.467249;AO=107;DP=229;FAO=107;FDP=229;FR=.;FRO=122;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=83;FWDB=0.00657623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.741;QD=18.0403;RBI=0.0191893;REFB=-0.0123811;REVB=-0.0180272;RO=119;SAF=56;SAR=51;SRF=37;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201787;STB=0.607641;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.015988;OID=.;OPOS=49376584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:119:122:107:107:0.467249:51:56:37:82:51:56:39:83 chr19 49377086 . T C 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0187368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.968;QD=19.6971;RBI=0.0214842;REFB=-0.0237621;REVB=-0.0105122;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652453;STB=0.536877;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0197242;OID=.;OPOS=49377086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:9:12:11:11:9:12:11:11 chr19 49377242 . G C 30.95 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.02519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.212;QD=12.3792;RBI=0.04229;REFB=-0.0196991;REVB=-0.0339692;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0241226;OID=.;OPOS=49377242;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr19 49377319 . A G 97.97 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0130511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.8933;QD=13.5135;RBI=0.129636;REFB=-0.0674382;REVB=-0.128977;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113103;STB=0.566363;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0179112;OID=.;OPOS=49377319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:8:9:5:7:8:9 chr19 49377436 . G C 544.34 PASS AF=0.412587;AO=60;DP=145;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.0695895;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7774;QD=15.2264;RBI=0.128453;REFB=0.00341397;REVB=0.10797;RO=80;SAF=31;SAR=29;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170196;STB=0.521928;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00315022;OID=.;OPOS=49377436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:80:84:60:59:0.412587:29:31:40:40:28:31:41:43 chr19 49378994 . A G 406.78 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=-0.040752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0366;QD=15.952;RBI=0.0428733;REFB=0.00607145;REVB=0.0133189;RO=53;SAF=25;SAR=20;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277746;STB=0.650257;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00789156;OID=.;OPOS=49378994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:57:45:45:0.441176:20:25:14:39:20:25:16:41 chr19 49379167 . C T 781.33 PASS AF=0.503145;AO=80;DP=159;FAO=80;FDP=159;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=58;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.0301508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.803;QD=19.6561;RBI=0.0308248;REFB=-0.0187189;REVB=0.00641045;RO=79;SAF=22;SAR=58;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184827;STB=0.602193;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0169661;OID=.;OPOS=49379167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:79:79:80:80:0.503145:58:22:36:43:58:22:36:43 chr19 49379182 . G C 809.73 PASS AF=0.5125;AO=82;DP=160;FAO=82;FDP=160;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=59;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.056262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3636;QD=20.2434;RBI=0.0607658;REFB=-0.0267509;REVB=-0.022958;RO=78;SAF=23;SAR=59;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169016;STB=0.593249;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0363858;OID=.;OPOS=49379182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:78:78:82:82:0.5125:59:23:35:43:59:23:35:43 chr19 49416456 . G A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00688899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.771;QD=19.668;RBI=0.01909;REFB=-0.0276925;REVB=-0.0178037;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491355;STB=0.52783;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0255325;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:12:7:8:11:12:7:8:11 chr19 49421966 . T C 1468.64 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530537;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.894;QD=58.7455;RBI=0.0185035;REFB=0.0147714;REVB=0.0177267;RO=1;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903516;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73624e-05;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:101:100:1:0:99:100:1:52:47:0:1:53:47:0:0 chr19 49438363 . G A 2197.89 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.404;QD=62.7967;RBI=0.0385269;REFB=0;REVB=0.0316122;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97574e-05;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:130:140:0:0:130:140:1:71:59:0:0:81:59:0:0 chr19 49442933 . T C 1556.4 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.857;QD=59.8617;RBI=0.0391607;REFB=0;REVB=0.0391341;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02415e-05;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:59:45:0:0:59:45:0:0 chr19 49445817 . T C,G 1193.12 PASS AF=0.95,0.05;AO=75,4;DP=79;FAO=76,4;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27,4;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511501,-0.016096;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.796,88.4116;QD=59.6562;RBI=0.0276159,0.0162235;REFB=0,0;REVB=0.0271381,0.00202936;RO=0;SAF=26,4;SAR=49,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000169673,0.130539;OID=.,.;OPOS=49445817,49445817;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:79:80:0:0:75,4:76,4:0.95,0.05:49,0:26,4:0:0:49,0:27,4:0:0 chr19 49513273 . C T 234.66 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00696763;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.15;QD=13.0367;RBI=0.0325335;REFB=-0.0209132;REVB=0.0317786;RO=44;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199636;STB=0.614738;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0329648;OID=.;OPOS=49513273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:19:9:22:22:19:9:22:22 chr19 49519058 . T C 1668.97 PASS AF=0.444169;AO=179;DP=399;FAO=179;FDP=403;FR=.;FRO=224;FSAF=103;FSAR=76;FSRF=141;FSRR=83;FWDB=-0.0768217;FXX=0.00247519;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7687;QD=16.5655;RBI=0.0784163;REFB=-0.020789;REVB=-0.0157334;RO=220;SAF=103;SAR=76;SRF=137;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487142;STB=0.531024;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0256128;OID=.;OPOS=49519058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:403:220:224:179:179:0.444169:76:103:137:83:76:103:141:83 chr19 49519466 . A G 553.55 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00700697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.775;QD=22.1421;RBI=0.0480152;REFB=-0.0246287;REVB=-0.0475012;RO=48;SAF=26;SAR=26;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544143;STB=0.529988;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0334792;OID=.;OPOS=49519466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:26:26:21:27:26:26:21:27 chr19 49520315 . T C 732.29 PASS AF=0.522059;AO=70;DP=134;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00432446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.942;QD=21.5379;RBI=0.00468891;REFB=-0.0114337;REVB=0.00181243;RO=63;SAF=41;SAR=29;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149455;STB=0.577443;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0106164;OID=.;OPOS=49520315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:63:65:70:71:0.522059:29:41:26:37:30:41:27:38 chr19 49520372 . A T 893.61 PASS AF=0.55;AO=83;DP=155;FAO=88;FDP=160;FR=.;FRO=72;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.00192071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.034;QD=22.3403;RBI=0.00329744;REFB=-0.0202631;REVB=0.0026803;RO=70;SAF=43;SAR=40;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074785;STB=0.531243;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0151828;OID=.;OPOS=49520372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:160:70:72:83:88:0.55:40:43:30:40:44:44:31:41 chr19 49557572 . T C 100.23 PASS AF=0.186813;AO=17;DP=91;FAO=17;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.0081238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.693;QD=4.40567;RBI=0.00836428;REFB=-0.00470005;REVB=0.00199125;RO=72;SAF=7;SAR=10;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2471;STB=0.645404;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0261192;OID=.;OPOS=49557572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:72:74:17:17:0.186813:10:7:44:28:10:7:44:30 chr19 49558667 . T C 70.99 PASS AF=0.110429;AO=18;DP=163;FAO=18;FDP=163;FR=.;FRO=145;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=93;FWDB=-0.0327948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.1935;QD=1.74208;RBI=0.0418064;REFB=-0.0151531;REVB=-0.0259283;RO=145;SAF=11;SAR=7;SRF=52;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302723;STB=0.713608;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0743865;OID=.;OPOS=49558667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:163:163:145:145:18:18:0.110429:7:11:52:93:7:11:52:93 chr19 49559518 . C G 400.42 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=-0.0327339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9643;QD=14.5607;RBI=0.0349392;REFB=-0.00629964;REVB=-0.0122165;RO=61;SAF=17;SAR=29;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646264;STB=0.536285;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00405137;OID=.;OPOS=49559518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:64:46:46:0.418182:29:17:19:42:29:17:20:44 chr19 49559693 . T C 411.92 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0228377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1453;QD=18.7235;RBI=0.0918518;REFB=-0.0300314;REVB=-0.0889674;RO=37;SAF=18;SAR=23;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125907;STB=0.531758;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0229788;OID=.;OPOS=49559693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:46:41:42:0.477273:23:18:11:26:24:18:17:29 chr19 49560461 . G A 508.83 PASS AF=0.617284;AO=41;DP=72;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0467642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.1851;QD=25.1274;RBI=0.164552;REFB=-0.0817309;REVB=0.157767;RO=31;SAF=13;SAR=28;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889492;STB=0.573612;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0473685;OID=.;OPOS=49560461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:81:31:31:41:50:0.617284:28:13:13:18:37:13:13:18 chr19 49573438 . A G 556.59 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=43;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0138774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.291;QD=22.7179;RBI=0.0170435;REFB=-0.0229913;REVB=0.00989431;RO=46;SAF=9;SAR=43;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169786;STB=0.594311;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0253484;OID=.;OPOS=49573438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:43:9:14:32:43:9:14:32 chr19 49574125 . G C 431.83 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0107217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5966;QD=20.3212;RBI=0.0349276;REFB=0.0178701;REVB=-0.0332413;RO=42;SAF=20;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856313;STB=0.540965;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.017624;OID=.;OPOS=49574125;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:42:43:0.505882:22:20:24:18:22:21:24:18 chr19 49621964 . T C 452.12 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0113649;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.017;QD=16.0042;RBI=0.025537;REFB=-0.00729739;REVB=0.0228687;RO=65;SAF=20;SAR=30;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792918;STB=0.534532;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0107156;OID=.;OPOS=49621964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:65:63:50:50:0.442478:30:20:31:34:30:20:29:34 chr19 49641648 . ACCCCCTA ACCCCTA,ACCCCTAC,ACCCCTCA 33.35 PASS AF=0.314286,0,0;AO=10,2,3;DP=37;FAO=11,0,0;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0719033,-0.125358,-0.20099;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,2;MLLD=9.7145,64.7681,122.386;QD=3.81156;RBI=0.0768505,0.140722,0.202623;REFB=-0.115409,-0.0503989,-0.00804083;REVB=-0.0271277,-0.0639393,-0.0256726;RO=16;SAF=1,1,3;SAR=9,1,0;SRF=4;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.293452,0.272748,0.715613;STB=0.522687,0.5,0.5;STBP=0.867,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.173055,0,0;OID=.,.,.;OPOS=49641649,49641653,49641653;OREF=C,CTA,CT;OALT=-,TAC,TC;OMAPALT=ACCCCTA,ACCCCTAC,ACCCCTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286,0,0:10,2,3:37:11,0,0:35:24:4,0,0:7,0,0:8:16:33:16:1,1,3:9,1,0:4:12 chr19 49671281 . G A 91.3 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=2;FWDB=0.0050864;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=139.131;QD=6.08664;RBI=0.0311948;REFB=-0.00558453;REVB=0.0307774;RO=41;SAF=11;SAR=3;SRF=40;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492142;STB=0.749791;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0170221;OID=.;OPOS=49671281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:56:60:41:46:14:14:0.233333:3:11:40:1:3:11:44:2 chr19 49675017 . G T 269.57 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00134811;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.5;QD=13.312;RBI=0.00136676;REFB=-0.0132504;REVB=0.00022505;RO=51;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202587;STB=0.622075;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.020119;OID=.;OPOS=49675017;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:51:50:31:31:0.382716:13:18:20:31:13:18:19:31 chr19 49699866 . C T 1188.79 PASS AF=0.457875;AO=125;DP=273;FAO=125;FDP=273;FR=.;FRO=148;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=77;FSRR=71;FWDB=-0.00318946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.719;QD=17.4181;RBI=0.0408238;REFB=-0.00378844;REVB=0.040699;RO=147;SAF=61;SAR=64;SRF=76;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283571;STB=0.517487;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00462348;OID=.;OPOS=49699866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:147:148:125:125:0.457875:64:61:76:71:64:61:77:71 chr19 49839015 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.121;QD=60.6089;RBI=0.0808953;REFB=0;REVB=-0.00178226;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308694;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr19 49930721 . T C 2788.13 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6351;QD=62.3045;RBI=0.028403;REFB=0;REVB=0.025991;RO=0;SAF=89;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.52135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49419e-05;OID=.;OPOS=49930721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:179:0:0:175:179:1:86:89:0:0:89:90:0:0 chr19 49930786 . C A 611.79 PASS AF=0.438356;AO=64;DP=146;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.00992582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.656;QD=16.7612;RBI=0.0102911;REFB=-0.0229599;REVB=0.00271763;RO=80;SAF=27;SAR=37;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115679;STB=0.571406;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0272632;OID=.;OPOS=49930786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:80:82:64:64:0.438356:37:27:43:37:37:27:45:37 chr19 49932762 . G T 1468.5 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=106;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0137549;FXX=0.0377323;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9359;QD=57.5881;RBI=0.0144059;REFB=-0.142551;REVB=-0.0042815;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508473;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000250961;OID=.;OPOS=49932762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:102:0:2:100:100:0.980392:42:58:0:0:42:58:2:0 chr19 49950298 . C T 719.52 PASS AF=0.40796;AO=80;DP=201;FAO=82;FDP=201;FR=.;FRO=119;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=0.0295713;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9808;QD=14.3187;RBI=0.0318393;REFB=-0.00199757;REVB=-0.0118018;RO=118;SAF=37;SAR=43;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309029;STB=0.526502;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00327467;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:118:119:80:82:0.40796:43:37:58:60:45:37:59:60 chr19 49950356 . C G 594.48 PASS AF=0.426752;AO=66;DP=149;FAO=67;FDP=157;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0156873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9385;QD=15.146;RBI=0.0507772;REFB=-0.0474844;REVB=-0.0482932;RO=82;SAF=27;SAR=39;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115714;STB=0.543782;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0571625;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:157:82:90:66:67:0.426752:39:27:43:39:40:27:43:47 chr19 49954803 . C T 443.16 PASS AF=0.356164;AO=52;DP=146;FAO=52;FDP=146;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.00626985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.502;QD=12.1415;RBI=0.00628322;REFB=-0.0110565;REVB=0.000409626;RO=94;SAF=21;SAR=31;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168201;STB=0.596117;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0196164;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:94:94:52:52:0.356164:31:21:52:42:31:21:52:42 chr19 49954807 . T G 432.27 PASS AF=0.356643;AO=50;DP=142;FAO=51;FDP=143;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.0454951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5971;QD=12.0914;RBI=0.0455331;REFB=-0.00929042;REVB=-0.00186188;RO=92;SAF=21;SAR=29;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139688;STB=0.58481;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.024734;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:92:92:50:51:0.356643:29:21:50:42:30:21:50:42 chr19 49963019 . A T 325.73 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0202182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.266;QD=14.8057;RBI=0.0224172;REFB=-0.00264547;REVB=-0.00968275;RO=51;SAF=10;SAR=26;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208369;STB=0.521593;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00655801;OID=.;OPOS=49963019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:36:36:0.409091:26:10:15:36:26:10:16:36 chr19 49964977 . C G 1065.58 PASS AF=0.540107;AO=101;DP=187;FAO=101;FDP=187;FR=.;FRO=86;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.0145642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.674;QD=22.7931;RBI=0.0148612;REFB=-0.0131716;REVB=0.00295635;RO=83;SAF=43;SAR=58;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445375;STB=0.519874;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0125712;OID=.;OPOS=49964977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:83:86:101:101:0.540107:58:43:31:52:58:43:33:53 chr19 49967680 . G A 709.24 PASS AF=0.486842;AO=72;DP=150;FAO=74;FDP=152;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0211502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7604;QD=18.6641;RBI=0.0388185;REFB=-0.0107726;REVB=0.0325506;RO=75;SAF=37;SAR=35;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559216;STB=0.52702;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0115093;OID=.;OPOS=49967680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:75:78:72:74:0.486842:35:37:34:41:35:39:37:41 chr19 50019455 . A G 432.12 PASS AF=0.453608;AO=37;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0028673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.221;QD=17.8194;RBI=0.014452;REFB=-0.01329;REVB=0.0141647;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298525;STB=0.527074;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.016488;OID=.;OPOS=50019455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:47:53:37:44:0.453608:20:17:23:24:27:17:23:30 chr19 50028040 . T C 691.31 PASS AF=0.46875;AO=71;DP=157;FAO=75;FDP=160;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.00607415;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.39;QD=17.2828;RBI=0.00950127;REFB=-0.00477221;REVB=0.00730609;RO=84;SAF=29;SAR=42;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192881;STB=0.613303;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00748563;OID=.;OPOS=50028040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:84:85:71:75:0.46875:42:29:51:33:46:29:51:34 chr19 50028163 . A G 788.22 PASS AF=0.512821;AO=80;DP=156;FAO=80;FDP=156;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0219179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4224;QD=20.2107;RBI=0.0361724;REFB=0.00529527;REVB=-0.0287758;RO=76;SAF=26;SAR=54;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23301;STB=0.628292;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0063097;OID=.;OPOS=50028163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:76:76:80:80:0.512821:54:26:44:32:54:26:44:32 chr19 50028221 . C T 734.16 PASS AF=0.48125;AO=77;DP=160;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0153698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.342;QD=18.3539;RBI=0.0233383;REFB=-0.0295913;REVB=-0.0175626;RO=83;SAF=25;SAR=52;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134674;STB=0.574616;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0225914;OID=.;OPOS=50028221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:83:83:77:77:0.48125:52:25:38:45:52:25:38:45 chr19 50028731 . T A 406.75 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0157676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.635;QD=17.4948;RBI=0.0334821;REFB=0.00544773;REVB=0.029537;RO=51;SAF=16;SAR=26;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906651;STB=0.550823;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00835634;OID=.;OPOS=50028731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:26:16:24:27:26:16:24:27 chr19 50038017 . C T 232.43 PASS AF=0.472727;AO=21;DP=47;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.011466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.845;QD=16.9043;RBI=0.0120231;REFB=-0.0181334;REVB=0.00361736;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12494;STB=0.575787;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0226809;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:55:25:29:21:26:0.472727:15:6:10:15:17:9:14:15 chr19 50086806 . C T 367.11 PASS AF=0.417476;AO=42;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.042922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1883;QD=14.2568;RBI=0.073067;REFB=-0.00226517;REVB=0.0591311;RO=61;SAF=23;SAR=19;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160453;STB=0.578061;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0037842;OID=.;OPOS=50086806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:60:42:43:0.417476:19:23:24:37:20:23:24:36 chr19 50091798 . G T 335.53 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0114768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.265;QD=19.737;RBI=0.0915035;REFB=-0.0145315;REVB=-0.0907809;RO=32;SAF=23;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168847;STB=0.587614;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0122453;OID=.;OPOS=50091798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:12:23:15:17:12:23:16:17 chr19 50097784 . T C 1276.14 PASS AF=0.37;AO=148;DP=400;FAO=148;FDP=400;FR=.;FRO=252;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=99;FSRR=153;FWDB=-0.0022709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4681;QD=12.7614;RBI=0.0482148;REFB=-0.00455321;REVB=-0.0481613;RO=252;SAF=68;SAR=80;SRF=99;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754983;STB=0.542523;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00579102;OID=.;OPOS=50097784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:400:252:252:148:148:0.37:80:68:99:153:80:68:99:153 chr19 50098423 . G A 560.95 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0357181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1931;QD=20.7758;RBI=0.0530367;REFB=-0.0519265;REVB=0.039206;RO=51;SAF=21;SAR=36;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143397;STB=0.507884;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0393335;OID=.;OPOS=50098423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:51:57:57:0.527778:36:21:18:33:36:21:18:33 chr19 50100295 . A G 438.96 PASS AF=0.403226;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.00401269;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.709;QD=14.1599;RBI=0.0128803;REFB=-0.00538914;REVB=-0.0122393;RO=74;SAF=27;SAR=23;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070858;STB=0.539984;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00640177;OID=.;OPOS=50100295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:74:74:50:50:0.403226:23:27:35:39:23:27:35:39 chr19 50140092 . G A 340.49 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.751;QD=54.4779;RBI=0.0354015;REFB=0;REVB=0.019998;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016684;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr19 50156896 . T C 3641.56 PASS AF=0.983193;AO=233;DP=238;FAO=234;FDP=238;FR=.;FRO=4;FSAF=94;FSAR=140;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00359392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.024;QD=61.2026;RBI=0.0178127;REFB=0.0286185;REVB=-0.0174464;RO=4;SAF=94;SAR=139;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00322327;STB=0.501717;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00109298;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:238:238:4:4:233:234:0.983193:139:94:2:2:140:94:2:2 chr19 50305680 . C T 78.03 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.018953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.413;QD=14.1877;RBI=0.0210552;REFB=-0.0621292;REVB=-0.00917082;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684722;STB=0.540456;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0676599;OID=.;OPOS=50305680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:3:9:8:2:3:9 chr19 50310466 . G A 773.61 PASS AF=0.465517;AO=82;DP=173;FAO=81;FDP=174;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.000756953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.659;QD=17.7841;RBI=0.00628328;REFB=-0.0205182;REVB=0.00623751;RO=89;SAF=38;SAR=44;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080421;STB=0.508777;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0303889;OID=.;OPOS=50310466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:89:93:82:81:0.465517:44:38:42:47:44:37:44:49 chr19 50312801 . C T 601.73 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=0.000742585;FXX=0.029195;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.325;QD=18.0971;RBI=0.00561111;REFB=-0.0282979;REVB=0.00556175;RO=70;SAF=23;SAR=39;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440139;STB=0.519018;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0443266;OID=.;OPOS=50312801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:70:71:62:62:0.466165:39:23:23:47:39:23:24:47 chr19 50321858 . G A 175.53 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00654427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.425;QD=13.7669;RBI=0.0081895;REFB=-0.0266104;REVB=0.00492346;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195852;STB=0.580702;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.043916;OID=.;OPOS=50321858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:27:31:20:20:0.392157:6:14:14:13:6:14:18:13 chr19 50322482 . C G 945.18 PASS AF=0.484536;AO=94;DP=195;FAO=94;FDP=194;FR=.;FRO=100;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.000989518;FXX=0.00512794;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0748;QD=19.4881;RBI=0.0227819;REFB=0.0176708;REVB=0.0227604;RO=101;SAF=39;SAR=55;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763607;STB=0.544484;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.014521;OID=.;OPOS=50322482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:101:100:94:94:0.484536:55:39:50:51:55:39:50:50 chr19 50339956 . A G 399.55 PASS AF=0.431579;AO=46;DP=100;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0126759;FXX=0.049995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2824;QD=16.8231;RBI=0.0326735;REFB=-0.029886;REVB=0.0301144;RO=53;SAF=18;SAR=28;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424981;STB=0.507568;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0218353;OID=.;OPOS=50339956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:95:53:54:46:41:0.431579:28:18:23:30:23:18:23:31 chr19 50354211 . C T 2606.78 PASS AF=1;AO=160;DP=166;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.224549;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6097;QD=59.5834;RBI=0.226372;REFB=0;REVB=0.0286664;RO=5;SAF=61;SAR=99;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324761;OID=.;OPOS=50354211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:175:5:0:160:175:1:99:61:5:0:100:75:0:0 chr19 50358133 . T G 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0812835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.504;QD=12.4025;RBI=0.0816186;REFB=-0.000480544;REVB=0.00738842;RO=29;SAF=2;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359178;STB=0.717621;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000412209;OID=.;OPOS=50358133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:14:2:10:19:14:2:10:19 chr19 50364721 . A C 749.53 PASS AF=0.493827;AO=74;DP=156;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.0608154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.052;QD=18.5068;RBI=0.0608167;REFB=-0.0197585;REVB=0.000395011;RO=81;SAF=22;SAR=52;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11748;STB=0.528659;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0186303;OID=.;OPOS=50364721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:162:81:82:74:80:0.493827:52:22:33:48:52:28:33:49 chr19 50383591 . A G 2064.91 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000312524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.892;QD=62.5731;RBI=0.00703526;REFB=0;REVB=-0.00702831;RO=0;SAF=56;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00949e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64881e-06;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:75:56:0:0:76:56:0:0 chr19 50383636 . T C 1730.34 PASS AF=1;AO=110;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101795;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.857;QD=60.7137;RBI=0.0212884;REFB=0;REVB=0.0186969;RO=0;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84082e-05;OID=.;OPOS=50383636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:110:114:1:64:46:0:0:66:48:0:0 chr19 50387750 . G C 565.36 PASS AF=0.541284;AO=50;DP=100;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00252853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.82;QD=20.7472;RBI=0.00387438;REFB=-0.0526132;REVB=0.00293553;RO=49;SAF=31;SAR=19;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119535;STB=0.551883;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0315614;OID=.;OPOS=50387750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:109:49:50:50:59:0.541284:19:31:24:25:23:36:25:25 chr19 50393269 . A G 1187.35 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0204151;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.258;QD=58.6345;RBI=0.031929;REFB=-0.0059095;REVB=-0.0245497;RO=2;SAF=45;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205739;STB=0.510867;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000140256;OID=.;OPOS=50393269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:79:79:0.975309:34:45:2:0:34:45:2:0 chr19 50399384 . G GC 1856.61 PASS AF=1;AO=148;DP=219;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.0023;QD=34.5416;RBI=0.29666;REFB=0;REVB=0.294574;RO=65;SAF=60;SAR=88;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329438;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00264655;OID=.;OPOS=50399385;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:148:219:215:215:0:89:126:0:0:34:65:60:88:30:35 chr19 50411742 . A G 1713.22 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.313;QD=60.645;RBI=0.0176358;REFB=0;REVB=0.017513;RO=0;SAF=64;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75548e-05;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:111:113:1:47:64:0:0:47:66:0:0 chr19 50412217 . C G 320.3 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=-0.00417178;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.758;QD=13.0733;RBI=0.0392018;REFB=-0.0235019;REVB=-0.0389791;RO=61;SAF=30;SAR=6;SRF=46;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138338;STB=0.591342;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0429778;OID=.;OPOS=50412217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:61:62:36:36:0.367347:6:30:46:15:6:30:46:16 chr19 50412417 . G A 369.26 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000693566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4833;QD=50.9317;RBI=0.0874297;REFB=-0.0557616;REVB=0.0874269;RO=2;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662949;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0029134;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:2:1:27:28:0.965517:13:14:0:2:14:14:0:1 chr19 50435747 . T C 51.69 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=-0.101081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4679;QD=5.90721;RBI=0.123619;REFB=-0.0056542;REVB=-0.0711636;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259562;STB=0.666348;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00449415;OID=.;OPOS=50435747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:35:26:27:8:8:0.228571:6:2:3:23:6:2:3:24 chr19 50463670 . T G 257.36 PASS AF=0.304348;AO=34;DP=114;FAO=35;FDP=115;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=0.00738733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8976;QD=8.95173;RBI=0.0105415;REFB=0.00178299;REVB=-0.00752002;RO=80;SAF=16;SAR=18;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131216;STB=0.586159;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00456988;OID=.;OPOS=50463670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:80:80:34:35:0.304348:18:16:29:51:18:17:29:51 chr19 50463982 . T G 367.27 PASS AF=0.317241;AO=44;DP=144;FAO=46;FDP=145;FR=.;FRO=99;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=41;FWDB=-0.00530759;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.317;QD=10.1316;RBI=0.00976354;REFB=-0.00728423;REVB=0.00819489;RO=99;SAF=20;SAR=24;SRF=58;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154981;STB=0.602094;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.015342;OID=.;OPOS=50463982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:99:99:44:46:0.317241:24:20:58:41:26:20:58:41 chr19 50475114 . G C 299.29 PASS AF=0.425;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0259323;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8287;QD=14.9646;RBI=0.0372138;REFB=-0.0094798;REVB=0.0266904;RO=46;SAF=21;SAR=12;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053852;STB=0.518508;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0138792;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:46:46:33:34:0.425:12:21:27:19:13:21:27:19 chr19 50475174 . A C 397.48 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.00454101;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.881;QD=14.0702;RBI=0.0118606;REFB=-0.00743545;REVB=0.0109568;RO=69;SAF=30;SAR=16;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660871;STB=0.535254;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0170369;OID=.;OPOS=50475174;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:69:67:46:46:0.40708:16:30:41:28:16:30:40:27 chr19 50475208 . C T 317.58 PASS AF=0.350877;AO=40;DP=114;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=-0.00401348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.79;QD=11.1432;RBI=0.0187841;REFB=-0.00993651;REVB=0.0183503;RO=73;SAF=24;SAR=16;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356424;STB=0.523973;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00630093;OID=.;OPOS=50475208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:73:74:40:40:0.350877:16:24:46:27:16:24:47:27 chr19 50475211 . T G 258.11 PASS AF=0.324561;AO=37;DP=112;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=0.0228284;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.244;QD=9.05633;RBI=0.0285416;REFB=-0.0259854;REVB=0.0171314;RO=73;SAF=21;SAR=16;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906749;STB=0.557106;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0700504;OID=.;OPOS=50475211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:73:77:37:37:0.324561:16:21:47:26:16:21:50:27 chr19 50475259 . G C 448.16 PASS AF=0.371429;AO=52;DP=140;FAO=52;FDP=140;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=0.00360456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.461;QD=12.8046;RBI=0.00361203;REFB=-0.0244621;REVB=0.000232159;RO=84;SAF=28;SAR=24;SRF=53;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102475;STB=0.547866;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0339467;OID=.;OPOS=50475259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:84:88:52:52:0.371429:24:28:53:31:24:28:54:34 chr19 50479999 . A G 196.63 PASS AF=0.323944;AO=22;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0215245;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.723;QD=11.0778;RBI=0.0239533;REFB=-0.0198528;REVB=-0.0105099;RO=45;SAF=16;SAR=6;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165657;STB=0.57055;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0467146;OID=.;OPOS=50479999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:22:23:0.323944:6:16:27:18:7:16:27:18 chr19 50562372 . T C 486.25 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00969468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.759;QD=21.3735;RBI=0.0114337;REFB=-0.0103799;REVB=0.00606156;RO=42;SAF=19;SAR=28;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422528;STB=0.532173;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0121711;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:44:47:47:0.516484:28:19:15:27:28:19:15:29 chr19 50562459 . T G 737.49 PASS AF=0.467066;AO=78;DP=167;FAO=78;FDP=167;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=27;FSRR=62;FWDB=0.0381201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.412;QD=17.6645;RBI=0.059226;REFB=0.00905836;REVB=0.0453274;RO=89;SAF=25;SAR=53;SRF=27;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190913;STB=0.510564;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00707877;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:89:89:78:78:0.467066:53:25:27:62:53:25:27:62 chr19 50666389 . G A 1016.29 PASS AF=0.606452;AO=94;DP=154;FAO=94;FDP=155;FR=.;FRO=61;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=14;FWDB=-0.0062301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.742;QD=26.2267;RBI=0.025843;REFB=-0.0440673;REVB=-0.0250808;RO=60;SAF=54;SAR=40;SRF=47;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158218;STB=0.580777;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.039236;OID=.;OPOS=50666389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:60:61:94:94:0.606452:40:54:47:13:40:54:47:14 chr19 50760716 . C G 446.75 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0692326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0546;QD=16.701;RBI=0.0696632;REFB=-0.00514515;REVB=-0.00773374;RO=57;SAF=12;SAR=37;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12739;STB=0.578913;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00682733;OID=.;OPOS=50760716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:58:49:49:0.457944:37:12:20:37:37:12:21:37 chr19 50762418 . A G 627.53 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.0328987;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.161;QD=17.1925;RBI=0.122952;REFB=-0.00317765;REVB=-0.118469;RO=78;SAF=40;SAR=25;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132288;STB=0.520391;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00353753;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:78:81:65:65:0.445205:25:40:47:31:25:40:47:34 chr19 50796905 . G A 1662.06 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.781;QD=59.3592;RBI=0.0261908;REFB=-0.0396646;REVB=-0.00903243;RO=1;SAF=52;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904204;STB=0.504761;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000148713;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:111:112:1:1:110:111:0.991071:58:52:1:0:59:52:1:0 chr19 50826569 . C T 194.34 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0339435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.346;QD=24.2928;RBI=0.0348883;REFB=-0.034225;REVB=0.00806427;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705339;STB=0.548122;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0201551;OID=.;OPOS=50826569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:13:18:19:0.59375:8:10:6:7:8:11:6:7 chr19 50881820 . A AAAC,C 142.13 PASS AF=0.363636,0;AO=17,2;DP=49;FAO=16,0;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=15,0;FSAR=1,0;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.000489795,-0.0366914;FXX=0.0434688;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=283.924,247.265;QD=12.9208;RBI=0.0211487,0.0398289;REFB=-0.00714236,-0.00889213;REVB=-0.021143,-0.0154946;RO=30;SAF=16,2;SAR=1,0;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.585567,0.417034;STB=0.848482,0.5;STBP=0.007,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0206963,0;OID=.,.;OPOS=50881821,50881820;OREF=-,A;OALT=AAC,C;OMAPALT=AAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:44:30:28:17,2:16,0:0.363636,0:1,0:16,2:18:12:1,0:15,0:17:11 chr19 50902164 . G A 285.87 PASS AF=0.37931;AO=31;DP=90;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.00988283;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.694;QD=13.1436;RBI=0.0160622;REFB=-0.0120148;REVB=0.0126619;RO=54;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168374;STB=0.576878;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0114123;OID=.;OPOS=50902164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:54:54:31:33:0.37931:16:15:18:36:18:15:18:36 chr19 50922269 . C G 1767.56 PASS AF=0.425439;AO=194;DP=456;FAO=194;FDP=456;FR=.;FRO=262;FSAF=96;FSAR=98;FSRF=125;FSRR=137;FWDB=-0.00969942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.951;QD=15.5049;RBI=0.0153551;REFB=-0.0100216;REVB=0.0119038;RO=260;SAF=96;SAR=98;SRF=124;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184902;STB=0.510198;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0128722;OID=.;OPOS=50922269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:456:456:260:262:194:194:0.425439:98:96:124:136:98:96:125:137 chr19 50926264 . TG CC 491.11 PASS AF=0.412587;AO=57;DP=148;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.000260585;FXX=0.0337815;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.407;QD=13.7374;RBI=0.0252794;REFB=-0.0334283;REVB=0.0252781;RO=83;SAF=14;SAR=43;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26726;STB=0.66029;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.0370719;OID=.;OPOS=50926264;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:143:83:84:57:59:0.412587:43:14:39:44:44:15:42:42 chr19 50954584 . C T 295.27 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.10292;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.955;QD=14.5814;RBI=0.108535;REFB=-0.0202852;REVB=-0.0344579;RO=47;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133531;STB=0.581728;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0314764;OID=.;OPOS=50954584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:47:48:33:33:0.407407:19:14:26:21:19:14:27:21 chr19 50957397 . G A 874.52 PASS AF=0.451923;AO=93;DP=208;FAO=94;FDP=208;FR=.;FRO=114;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=-0.00113162;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.029;QD=16.8177;RBI=0.00168868;REFB=-0.00510795;REVB=0.00125343;RO=113;SAF=46;SAR=47;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516202;STB=0.533647;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00681056;OID=.;OPOS=50957397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:113:114:93:94:0.451923:47:46:50:63:47:47:50:64 chr19 50965272 . T C 360.11 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0584755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5262;QD=22.864;RBI=0.0754733;REFB=-0.00963977;REVB=0.0477161;RO=26;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970927;STB=0.560074;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00430794;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:27:36:36:0.571429:17:19:17:9:17:19:18:9 chr19 50983930 . C T 632.75 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0244032;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.351;QD=19.4691;RBI=0.0247482;REFB=-0.0231676;REVB=-0.00411802;RO=49;SAF=41;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091962;STB=0.574263;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0146456;OID=.;OPOS=50983930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:49:66:64:64:0.492308:23:41:26:23:23:41:33:33 chr19 51015404 . T C 361.29 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0113598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.142;QD=15.212;RBI=0.0115095;REFB=-0.0122363;REVB=-0.00185004;RO=55;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728796;STB=0.508968;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0214008;OID=.;OPOS=51015404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:56:39:39:0.410526:21:18:25:30:21:18:25:31 chr19 51052063 . CG GC 137.52 PASS AF=0.566667;AO=9;DP=28;FAO=17;FDP=30;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.1666;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=23.647;QD=18.3359;RBI=0.210366;REFB=-0.117332;REVB=-0.128445;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356162;STB=0.660821;STBP=0.061;TYPE=mnp;VARB=-0.00919604;OID=.;OPOS=51052063;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:30:11:12:9:17:0.566667:6:3:8:3:12:5:8:4 chr19 51128661 . T C 656.7 PASS AF=0.591837;AO=57;DP=97;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00648677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.096;QD=26.8042;RBI=0.0141955;REFB=-0.0188363;REVB=-0.0126267;RO=40;SAF=30;SAR=27;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764408;STB=0.544609;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0123284;OID=.;OPOS=51128661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:40:40:57:58:0.591837:27:30:17:23:27:31:17:23 chr19 51170706 . A G 284.04 PASS AF=0.370787;AO=31;DP=87;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0299368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.334;QD=12.7657;RBI=0.0716088;REFB=-0.00706278;REVB=-0.0650508;RO=56;SAF=14;SAR=17;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133115;STB=0.573127;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0231206;OID=.;OPOS=51170706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:56:56:31:33:0.370787:17:14:32:24:18:15:32:24 chr19 51205756 . TCCCCCT CTCCCCT,TCCCCT,TCCCCTC,TCCCCTG 192.53 PASS AF=0.171875,0.375,0.140625,0;AO=12,22,3,3;DP=74;FAO=11,24,9,0;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=1,14,9,0;FSAR=10,10,0,0;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0856907,0.198016,0.0408906,-0.04344;FXX=0.135117;HRUN=1,5,5,5;LEN=2,1,2,2;MLLD=17.4695,8.13233,11.4561,64.66;QD=12.0332;RBI=0.0860898,0.198336,0.0592799,0.0668555;REFB=-0.0651162,-0.191935,-0.124653,-0.000469013;REVB=0.00828004,-0.0112583,0.0429193,-0.0508195;RO=19;SAF=1,8,3,0;SAR=11,14,0,3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.433333,0,0;SSSB=-0.693324,-0.303421,0.523984,-0.700525;STB=0.86254,0.515491,0.998468,0.5;STBP=0.006,0.847,0.004,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0.217446,0.0941192,0.152733,0;OID=.,.,.,.;OPOS=51205756,51205757,51205761,51205761;OREF=TC,C,CT,CT;OALT=CT,-,TC,TG;OMAPALT=CTCCCCT,TCCCCT,TCCCCTC,TCCCCTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:74:64:19:20:12,22,3,3:11,24,9,0:0.171875,0.375,0.140625,0:11,14,0,3:1,8,3,0:14:5:10,10,0,0:1,14,9,0:11:9 chr19 51205863 . G C 110.27 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=42;FWDB=0.0129357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4219;QD=6.30091;RBI=0.0240418;REFB=-0.00489877;REVB=-0.0202652;RO=48;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.704207;STB=0.92515;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.01498;OID=.;OPOS=51205863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:48:52:15:15:0.214286:2:13:10:38:2:13:10:42 chr19 51217550 . G A 1549.17 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.894;QD=63.8833;RBI=0.0496473;REFB=0;REVB=0.0321006;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110075;OID=.;OPOS=51217550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:54:41:0:0:55:42:0:0 chr19 51297825 . GC AA 665.78 PASS AF=0.411111;AO=74;DP=181;FAO=74;FDP=180;FR=.;FRO=106;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=69;FWDB=-0.0122168;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.574;QD=14.7951;RBI=0.0214824;REFB=-0.00744584;REVB=-0.0176704;RO=105;SAF=43;SAR=31;SRF=37;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236008;STB=0.634183;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=0.0173383;OID=.;OPOS=51297825;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:105:106:74:74:0.411111:31:43:37:68:31:43:37:69 chr19 51301395 . C T 839.05 PASS AF=0.446078;AO=91;DP=204;FAO=91;FDP=204;FR=.;FRO=113;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=-0.0164844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.549;QD=16.452;RBI=0.0226445;REFB=-0.0152082;REVB=0.0155254;RO=112;SAF=44;SAR=47;SRF=64;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872314;STB=0.550672;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0174014;OID=.;OPOS=51301395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:112:113:91:91:0.446078:47:44:64:48:47:44:65:48 chr19 51301456 . G A 525.27 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0202187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.744;QD=18.9285;RBI=0.020392;REFB=-0.0163198;REVB=0.00265281;RO=56;SAF=30;SAR=25;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253062;STB=0.513998;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0204662;OID=.;OPOS=51301456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:56:55:55:0.495495:25:30:29:27:25:30:29:27 chr19 51302066 . A G 487.68 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00263357;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.386;QD=26.722;RBI=0.00364742;REFB=0.000565905;REVB=-0.00252349;RO=28;SAF=17;SAR=28;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114285;STB=0.562433;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00042147;OID=.;OPOS=51302066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:45:45:0.616438:28:17:15:13:28:17:15:13 chr19 51302154 . G A 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.000857671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.892;QD=23.4879;RBI=0.042742;REFB=-0.00388595;REVB=0.0427334;RO=24;SAF=12;SAR=22;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180341;STB=0.509928;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00321723;OID=.;OPOS=51302154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:22:12:9:15:22:12:9:15 chr19 51302202 . T A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.201143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.211;QD=18.2505;RBI=0.201551;REFB=-0.0225824;REVB=0.0128162;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714283;STB=0.540927;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0163422;OID=.;OPOS=51302202;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:5:10:11:4:5:10 chr19 51321813 . A G 834.53 PASS AF=0.447917;AO=86;DP=193;FAO=86;FDP=192;FR=.;FRO=106;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=0.0096621;FXX=0.0303015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.414;QD=17.386;RBI=0.00966329;REFB=-0.0186016;REVB=-0.000151388;RO=102;SAF=48;SAR=38;SRF=41;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152024;STB=0.588724;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0206591;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:102:106:86:86:0.447917:38:48:41:61:38:48:42:64 chr19 51321961 . G A 51.52 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0237156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.648;QD=3.55327;RBI=0.0263996;REFB=-0.00510832;REVB=-0.0115978;RO=49;SAF=1;SAR=8;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576752;STB=0.894668;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0207059;OID=.;OPOS=51321961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:8:1:29:20:8:1:29:20 chr19 51323232 . T C 411.91 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00635289;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=133.384;QD=14.8436;RBI=0.008828;REFB=-0.00444195;REVB=-0.0061298;RO=58;SAF=26;SAR=21;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153768;STB=0.601627;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00888694;OID=.;OPOS=51323232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:64:47:47:0.423423:21:26:23:35:21:26:24:40 chr19 51323473 . C G 272.9 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0283444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.508;QD=13.4765;RBI=0.0285478;REFB=-0.0281597;REVB=-0.00340162;RO=46;SAF=20;SAR=13;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661844;STB=0.520821;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0652426;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:47:33:34:0.419753:13:20:25:21:14:20:26:21 chr19 51323501 . A G 546.01 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00783562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.973;QD=20.2225;RBI=0.0150394;REFB=-0.0245879;REVB=-0.0128369;RO=52;SAF=27;SAR=29;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491773;STB=0.527089;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0191019;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:56:56:0.518519:29:27:28:24:29:27:28:24 chr19 51330932 . G T 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00272885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.769;QD=17.2891;RBI=0.00717868;REFB=-0.0322029;REVB=-0.0066398;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707694;STB=0.539656;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0299004;OID=.;OPOS=51330932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:15:15:14:19:15:15:14:19 chr19 51359497 . T C 1609.47 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255769;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1749;QD=60.167;RBI=0.0256032;REFB=0;REVB=0.00115859;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195825;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:50:56:0:0:50:57:0:0 chr19 51359503 . A G 1709.62 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153007;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.966;QD=59.4651;RBI=0.0774093;REFB=0;REVB=0.0758821;RO=0;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046509;OID=.;OPOS=51359503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:115:0:0:109:115:1:48:61:0:0:53:62:0:0 chr19 51379893 . C T 380.87 PASS AF=0.309091;AO=50;DP=163;FAO=51;FDP=165;FR=.;FRO=114;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=0.0209322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7148;QD=9.23326;RBI=0.0577383;REFB=-0.00444762;REVB=0.0538103;RO=113;SAF=25;SAR=25;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263445;STB=0.505349;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0106998;OID=.;OPOS=51379893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:113:114:50:51:0.309091:25:25:54:59:26:25:55:59 chr19 51411636 . G T 2348.67 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.905;QD=60.2222;RBI=0.0082475;REFB=-0.0261086;REVB=0.00796233;RO=0;SAF=72;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53001e-08;STB=0.502994;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=5.95427e-05;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:0:1:155:155:0.99359:83:72:0:0:83:72:0:1 chr19 51452250 . T C 2623.35 PASS AF=0.994152;AO=169;DP=170;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=109;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00208718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.835;QD=61.3649;RBI=0.00712694;REFB=0.0186476;REVB=0.00681447;RO=0;SAF=108;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20592e-08;STB=0.502283;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-2.8174e-05;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:171:0:1:169:170:0.994152:61:108:0:0:61:109:1:0 chr19 51453210 . G A 2009.32 PASS AF=0.47235;AO=205;DP=433;FAO=205;FDP=434;FR=.;FRO=229;FSAF=74;FSAR=131;FSRF=89;FSRR=140;FWDB=0.0110414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.443;QD=18.519;RBI=0.0235495;REFB=-0.0143846;REVB=-0.0208007;RO=228;SAF=74;SAR=131;SRF=89;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030175;STB=0.515684;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0163421;OID=.;OPOS=51453210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:433:434:228:229:205:205:0.47235:131:74:89:139:131:74:89:140 chr19 51485622 . A G 9762.85 PASS AF=1;AO=617;DP=619;FAO=618;FDP=618;FR=.;FRO=0;FSAF=279;FSAR=339;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177358;FXX=0.00161548;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5918;QD=63.19;RBI=0.0424567;REFB=-0.018215;REVB=-0.0385747;RO=1;SAF=278;SAR=339;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00171501;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67568e-06;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:619:618:1:0:617:618:1:339:278:1:0:339:279:0:0 chr19 51487175 . T G 822.37 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128098;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.43;QD=57.7103;RBI=0.0302393;REFB=0;REVB=0.027392;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198616;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr19 51507020 . T G 2347.31 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00937087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7402;QD=60.969;RBI=0.0364379;REFB=0;REVB=-0.0352124;RO=0;SAF=68;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.25572e-05;OID=.;OPOS=51507020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:153:154:1:85:68:0:0:85:69:0:0 chr19 51517731 . A G 2715.47 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.643;QD=62.4246;RBI=0.02136;REFB=0;REVB=0.0109022;RO=0;SAF=79;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.36235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66324e-05;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:163:174:0:0:163:174:1:84:79:0:0:89:85:0:0 chr19 51519236 . A G 1080.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.488;QD=60.022;RBI=0.0316151;REFB=0;REVB=0.0306203;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34779e-05;OID=.;OPOS=51519236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:48:23:0:0:49:23:0:0 chr19 51519259 . C T 1191.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.979;QD=61.0888;RBI=0.0567372;REFB=0;REVB=0.0201692;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103201;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:49:26:0:0:50:28:0:0 chr19 51519346 . G C 1350.03 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00694715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.804;QD=60.0013;RBI=0.01513;REFB=-0.0619193;REVB=0.0134407;RO=2;SAF=28;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00878959;STB=0.504639;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.000303846;OID=.;OPOS=51519346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:60:28:1:1:60:28:1:1 chr19 51519364 . T G 1257.35 PASS AF=1;AO=73;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6769;QD=61.3343;RBI=0.0467294;REFB=0;REVB=0.0307577;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25166e-05;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:73:82:1:46:27:0:0:55:27:0:0 chr19 51520487 . A C 4148.18 PASS AF=1;AO=265;DP=265;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3827;QD=62.614;RBI=0.021925;REFB=0;REVB=0.00227572;RO=0;SAF=101;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43852e-05;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:265:265:0:0:265:265:1:164:101:0:0:164:101:0:0 chr19 51530693 . G A 3900.39 PASS AF=1;AO=247;DP=248;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446962;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.971;QD=61.6662;RBI=0.0547909;REFB=0;REVB=0.0316905;RO=0;SAF=106;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.67632e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69148e-05;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:248:253:0:0:247:253:1:141:106:0:0:145:108:0:0 chr19 51535130 . A G 489.1 PASS AF=0.642857;AO=44;DP=69;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0338279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.305;QD=27.9487;RBI=0.0501975;REFB=-0.0120382;REVB=-0.0370872;RO=25;SAF=23;SAR=21;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105518;STB=0.560483;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00517571;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:25:25:44:45:0.642857:21:23:17:8:22:23:17:8 chr19 51537682 . C A 528.23 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0108843;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.59;QD=57.1062;RBI=0.0283359;REFB=-0.0845192;REVB=0.0261621;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00079645;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:0:1:36:36:0.972973:18:18:0:0:18:18:1:0 chr19 51566943 . G A 1232.03 PASS AF=0.577114;AO=116;DP=202;FAO=116;FDP=201;FR=.;FRO=85;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=0.00881699;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7679;QD=24.518;RBI=0.00915813;REFB=-0.00590074;REVB=0.00247629;RO=81;SAF=50;SAR=66;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104146;STB=0.566512;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00521827;OID=.;OPOS=51566943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:81:85:116:116:0.577114:66:50:46:35:66:50:50:35 chr19 51656454 . A T 1556.25 PASS AF=1;AO=92;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.842;QD=59.8557;RBI=0.0391965;REFB=0;REVB=-0.00315532;RO=0;SAF=29;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6299e-05;OID=.;OPOS=51656454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:92:104:1:63:29:0:0:63:41:0:0 chr19 51835892 . T TG 666.69 PASS AF=1;AO=52;DP=83;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.3784;QD=34.6331;RBI=0.0480849;REFB=0;REVB=0.0283673;RO=28;SAF=22;SAR=30;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000317541;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:83:77:77:0:27:50:0:0:15:28:22:30:3:25 chr19 51841417 . C T 209.31 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00166568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.666;QD=13.7254;RBI=0.00819464;REFB=-0.0132294;REVB=0.00802356;RO=36;SAF=7;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298217;STB=0.671128;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0146053;OID=.;OPOS=51841417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:18:7:20:16:18:7:20:16 chr19 51843808 . C T 1686.06 PASS AF=0.482759;AO=168;DP=350;FAO=168;FDP=348;FR=.;FRO=180;FSAF=96;FSAR=72;FSRF=96;FSRR=84;FWDB=0.044355;FXX=0.00571412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3045;QD=19.38;RBI=0.0443739;REFB=-0.0104882;REVB=0.00129688;RO=179;SAF=96;SAR=72;SRF=96;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334702;STB=0.519998;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00992234;OID=.;OPOS=51843808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:348:179:180:168:168:0.482759:72:96:96:83:72:96:96:84 chr19 51844978 . G T 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0102005;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.587;QD=19.999;RBI=0.0143479;REFB=-0.0220484;REVB=-0.0100902;RO=29;SAF=10;SAR=23;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105076;STB=0.552369;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0137883;OID=.;OPOS=51844978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:23:10:12:17:23:10:12:18 chr19 51845371 . T G 613.7 PASS AF=0.451389;AO=61;DP=139;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0364503;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9581;QD=17.0471;RBI=0.0760523;REFB=-0.0314007;REVB=-0.0667483;RO=78;SAF=32;SAR=29;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101754;STB=0.572773;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0350734;OID=.;OPOS=51845371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:144:78:79:61:65:0.451389:29:32:33:45:30:35:32:47 chr19 51850290 . G A 503.69 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0275443;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.912;QD=17.3686;RBI=0.0303531;REFB=-0.0208523;REVB=0.0127523;RO=61;SAF=20;SAR=34;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088221;STB=0.545437;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0206339;OID=.;OPOS=51850290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:61:62:54:54:0.465517:34:20:28:33:34:20:28:34 chr19 51871195 . G A 923.32 PASS AF=0.462264;AO=98;DP=212;FAO=98;FDP=212;FR=.;FRO=114;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=67;FWDB=-0.00594476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.875;QD=17.4211;RBI=0.0128636;REFB=-0.0356483;REVB=-0.0114075;RO=113;SAF=48;SAR=50;SRF=46;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803422;STB=0.541763;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0441876;OID=.;OPOS=51871195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:113:114:98:98:0.462264:50:48:46:67:50:48:47:67 chr19 51892683 . T C 1312.99 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225602;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6545;QD=61.0692;RBI=0.0290045;REFB=-0.00550513;REVB=-0.018229;RO=1;SAF=48;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976784;STB=0.505153;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000179399;OID=.;OPOS=51892683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:86:1:1:85:85:0.988372:37:48:1:0:37:48:1:0 chr19 51917002 . C A 516.7 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0145839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0863;QD=16.2739;RBI=0.0327595;REFB=-0.0211621;REVB=-0.0293343;RO=71;SAF=35;SAR=21;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121393;STB=0.567927;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0281694;OID=.;OPOS=51917002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:71:71:56:56:0.440945:21:35:36:35:21:35:36:35 chr19 51917735 . G A 404.47 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.000977942;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.656;QD=20.742;RBI=0.0162307;REFB=-0.00424697;REVB=0.0162012;RO=38;SAF=25;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183967;STB=0.510199;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00542994;OID=.;OPOS=51917735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:15:25:23:15:15:25:23:15 chr19 51918112 . A G 815.15 PASS AF=0.567164;AO=76;DP=134;FAO=76;FDP=134;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0229544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4302;QD=24.3329;RBI=0.0229918;REFB=0.0043059;REVB=-0.00130989;RO=57;SAF=34;SAR=42;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897168;STB=0.545228;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00459453;OID=.;OPOS=51918112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:57:58:76:76:0.567164:42:34:32:25:42:34:32:26 chr19 51918135 . G T 758.03 PASS AF=0.581967;AO=71;DP=123;FAO=71;FDP=122;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00183782;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.979;QD=24.8533;RBI=0.0238104;REFB=-0.0137027;REVB=-0.0237394;RO=51;SAF=27;SAR=44;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117523;STB=0.564084;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00907003;OID=.;OPOS=51918135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:51:51:71:71:0.581967:44:27:27:24:44:27:27:24 chr19 51918360 . A G 56.9 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00731285;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.131;QD=10.345;RBI=0.0139382;REFB=-0.0169874;REVB=0.0118657;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139608;STB=0.512165;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0304183;OID=.;OPOS=51918360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:22:15:14:7:8:0.363636:2:5:9:6:3:5:9:5 chr19 51919240 . C T 101.2 PASS AF=0.123711;AO=24;DP=194;FAO=24;FDP=194;FR=.;FRO=170;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=84;FSRR=86;FWDB=-0.00647354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.807;QD=2.08669;RBI=0.00761869;REFB=-0.00426118;REVB=-0.00401718;RO=170;SAF=13;SAR=11;SRF=84;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594584;STB=0.541632;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0294508;OID=.;OPOS=51919240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:170:170:24:24:0.123711:11:13:84:86:11:13:84:86 chr19 51919263 . G T 49.08 PASS AF=0.0877193;AO=15;DP=171;FAO=15;FDP=171;FR=.;FRO=156;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=85;FWDB=0.0178763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.8557;QD=1.14809;RBI=0.12184;REFB=0.007801;REVB=0.120521;RO=156;SAF=8;SAR=7;SRF=71;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906281;STB=0.570892;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0796817;OID=.;OPOS=51919263;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:171:171:156:156:15:15:0.0877193:7:8:71:85:7:8:71:85 chr19 51919267 . A G 50.38 PASS AF=0.0903614;AO=14;DP=166;FAO=15;FDP=166;FR=.;FRO=151;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=85;FWDB=-0.00459196;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.698;QD=1.214;RBI=0.00690175;REFB=-0.00518561;REVB=0.00515247;RO=148;SAF=8;SAR=6;SRF=64;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159427;STB=0.586808;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0459513;OID=.;OPOS=51919267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:166:166:148:151:14:15:0.0903614:6:8:64:84:7:8:66:85 chr19 51919279 . A G 46.33 PASS AF=0.0869565;AO=14;DP=161;FAO=14;FDP=161;FR=.;FRO=147;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=69;FSRR=78;FWDB=-0.0326059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.275;QD=1.15098;RBI=0.0330852;REFB=-0.00150282;REVB=-0.0056115;RO=143;SAF=10;SAR=4;SRF=65;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29832;STB=0.721517;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0216064;OID=.;OPOS=51919279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:161:161:143:147:14:14:0.0869565:4:10:65:78:4:10:69:78 chr19 51919502 . T C 272.31 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0164736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.916;QD=17.2894;RBI=0.0253171;REFB=-0.0151069;REVB=-0.0192243;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165103;STB=0.588178;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00591335;OID=.;OPOS=51919502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:33:30:30:0.47619:14:16:10:19:14:16:12:21 chr19 51920613 . C T 775.15 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0430806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4004;QD=53.4586;RBI=0.0712746;REFB=-0.133977;REVB=0.0567814;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140753;STB=0.503175;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0195176;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:33:23:0:1:33:23:1:1 chr19 51984725 . T A 4097.57 PASS AF=1;AO=261;DP=263;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910156;FXX=0.0113203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.905;QD=62.5584;RBI=0.032081;REFB=0;REVB=0.0307628;RO=0;SAF=122;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67821e-05;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:263:262:0:0:261:262:1:139:122:0:0:139:123:0:0 chr19 51984727 . A G 4222.87 PASS AF=1;AO=268;DP=268;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.657;QD=62.7937;RBI=0.0327381;REFB=0;REVB=0.0217031;RO=0;SAF=128;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43738e-05;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:268:269:0:0:268:269:1:140:128:0:0:141:128:0:0 chr19 52076960 . T C 553.33 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.786;QD=59.8198;RBI=0.0610558;REFB=0;REVB=0.0375369;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140269;OID=.;OPOS=52076960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:14:19:0:0:15:22:0:0 chr19 52076974 . C T 595.76 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.277;QD=58.1234;RBI=0.0136197;REFB=-0.164586;REVB=0.00647522;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000780651;OID=.;OPOS=52076974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:41:0:1:39:40:0.97561:16:23:0:0:16:24:0:1 chr19 52077030 . TGGGGTTTG T 432.25 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112212;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=8;MLLD=304.805;QD=49.3995;RBI=0.013099;REFB=0;REVB=-0.00675782;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.57022e-05;OID=.;OPOS=52077031;OREF=GGGGTTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:36:35:35:0:19:16:0:0:7:0:19:16:0:0 chr19 52077069 . G A 724.08 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00963925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.946;QD=59.1088;RBI=0.014104;REFB=-0.0315363;REVB=0.010296;RO=2;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412433;STB=0.502194;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000717278;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:26:21:1:1:26:21:1:1 chr19 52095980 . G T 219.34 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0406329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.519;QD=39.8806;RBI=0.0406329;REFB=-0.137749;REVB=0;RO=3;SAF=19;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00351965;OID=.;OPOS=52095980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:0:19:3:0:0:19:3:0 chr19 52096033 . GATAAA G 562.07 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106816;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=5;MLLD=297.809;QD=60.7642;RBI=0.0259966;REFB=0;REVB=0.0237007;RO=0;SAF=29;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.06817e-05;OID=.;OPOS=52096034;OREF=ATAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:38:37:37:0:32:5:0:0:4:0:29:5:0:0 chr19 52096049 . CTTTT CTTT,CTTTA 837.05 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=9,47;DP=63;FAO=2,60;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=2,50;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.17025,-0.164315;FXX=0.0158705;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.6836,26.0658;QD=54.0034;RBI=0.279634,0.166171;REFB=0,0;REVB=-0.221834,-0.0247641;RO=0;SAF=4,42;SAR=5,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.37234,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.185174,0.0115704;OID=.,.;OPOS=52096050,52096053;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTT,CTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0322581,0.967742:9,47:63:2,60:62:0:2,50:0,10:0:0:7:0:4,42:5,5:0:0 chr19 52096270 . C G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.163;QD=35.5714;RBI=0.0346398;REFB=0;REVB=0.00244494;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519803;OID=.;OPOS=52096270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 52097461 . A C 3005.74 PASS AF=1;AO=190;DP=192;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010813;FXX=0.0155432;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.003;QD=63.2787;RBI=0.0109669;REFB=-0.0130805;REVB=0.00183091;RO=1;SAF=104;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34243e-05;OID=.;OPOS=52097461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:192:190:1:0:190:190:1:86:104:0:1:86:104:0:0 chr19 52130488 . G A 205.22 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0131643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2287;QD=12.8259;RBI=0.0790935;REFB=0.0194355;REVB=0.0779903;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144464;STB=0.550666;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0294671;OID=.;OPOS=52130488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:39:25:25:0.390625:11:14:25:11:11:14:25:14 chr19 52131119 . A G 1313.59 PASS AF=0.563636;AO=124;DP=220;FAO=124;FDP=220;FR=.;FRO=96;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.00679552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.692;QD=23.8835;RBI=0.0269089;REFB=-0.0244803;REVB=-0.0260367;RO=96;SAF=60;SAR=64;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380206;STB=0.520665;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0277477;OID=.;OPOS=52131119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:96:96:124:124:0.563636:64:60:51:45:64:60:51:45 chr19 52220351 . G A 2132.77 PASS AF=0.992754;AO=133;DP=134;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194659;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.653;QD=61.8195;RBI=0.0228123;REFB=0.00654085;REVB=0.0118947;RO=1;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646717;STB=0.503401;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000101067;OID=.;OPOS=52220351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:138:1:1:133:137:0.992754:73:60:0:1:73:64:0:1 chr19 52223121 . A G 4550.12 PASS AF=1;AO=283;DP=283;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.988;QD=63.4163;RBI=0.0211872;REFB=0;REVB=-0.0135167;RO=0;SAF=137;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24644e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4285e-06;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:283:287:0:0:283:287:1:146:137:0:0:147:140:0:0 chr19 52223180 . A G 4867.32 PASS AF=1;AO=309;DP=311;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959422;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.71;QD=62.4015;RBI=0.0151847;REFB=-0.0400158;REVB=-0.0117697;RO=1;SAF=115;SAR=194;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00245242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130706;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:311:312:1:0:309:312:1:194:115:0:1:195:117:0:0 chr19 52249211 . T G 562.48 PASS AF=0.5;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0134976;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.318;QD=19.3957;RBI=0.0398342;REFB=-0.00240314;REVB=0.0374778;RO=57;SAF=21;SAR=37;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120664;STB=0.571668;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00204509;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:57:58:58:58:0.5:37:21:28:29:37:21:29:29 chr19 52249702 . G T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00386101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.651;QD=15.839;RBI=0.0425005;REFB=0.00853589;REVB=0.0423247;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368153;STB=0.521684;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00691231;OID=.;OPOS=52249702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:2:6:5:2:2:6:5:2 chr19 52249947 . C G 889.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139666;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0739;QD=58.3369;RBI=0.0258251;REFB=0;REVB=0.0217226;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193037;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:62:61:1:44:18:0:0:43:18:0:0 chr19 52250216 . A G 2774.57 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382849;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.884;QD=62.7021;RBI=0.0389442;REFB=0;REVB=0.00713541;RO=0;SAF=92;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8177e-05;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:177:0:0:177:177:1:85:92:0:0:85:92:0:0 chr19 52327784 . C T 651.08 PASS AF=0.447205;AO=71;DP=160;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.0359152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5398;QD=16.1759;RBI=0.0466611;REFB=-0.00508123;REVB=-0.0297885;RO=89;SAF=43;SAR=28;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178863;STB=0.602189;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0054056;OID=.;OPOS=52327784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:89:89:71:72:0.447205:28:43:38:51:28:44:38:51 chr19 52328213 . C A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00380679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.446;QD=16.1559;RBI=0.00538379;REFB=0.00227177;REVB=0.00380704;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178028;STB=0.510043;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00293493;OID=.;OPOS=52328213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:16:16:13:14:16:16 chr19 52328616 . T C 351.09 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00971525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.467;QD=18.0044;RBI=0.0131747;REFB=0.00552482;REVB=-0.00889862;RO=38;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601223;STB=0.539079;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00584267;OID=.;OPOS=52328616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:41:37:37:0.474359:18:19:17:21:18:19:18:23 chr19 52376507 . T C 499.08 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=130;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.000773345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.548;QD=15.3562;RBI=0.016231;REFB=-0.00532636;REVB=-0.0162126;RO=74;SAF=19;SAR=36;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367218;STB=0.517583;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00698246;OID=.;OPOS=52376507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:75:55:55:0.423077:36:19:28:46:36:19:28:47 chr19 52376952 . T A 116.66 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00866076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0327;QD=11.6664;RBI=0.072125;REFB=-0.010397;REVB=-0.0716031;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496759;STB=0.52937;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0162078;OID=.;OPOS=52376952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:16:10:6:8:16:10 chr19 52383556 . C A 389.58 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0164031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.628;QD=13.2062;RBI=0.0164452;REFB=0.00156817;REVB=0.00117641;RO=72;SAF=25;SAR=21;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016989;STB=0.509633;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0028251;OID=.;OPOS=52383556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:72:72:46:46:0.389831:21:25:38:34:21:25:38:34 chr19 52383569 . A C 432.29 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00218933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.773;QD=13.5091;RBI=0.0143333;REFB=-0.00716509;REVB=-0.0141651;RO=78;SAF=27;SAR=23;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122331;STB=0.506924;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0143546;OID=.;OPOS=52383569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:78:50:50:0.390625:23:27:43:35:23:27:43:35 chr19 52383649 . T C 410.61 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00561857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.716;QD=14.6646;RBI=0.023474;REFB=-0.00478874;REVB=-0.0227917;RO=64;SAF=17;SAR=30;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486449;STB=0.533104;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0104334;OID=.;OPOS=52383649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:65:47:47:0.419643:30:17:26:38:30:17:27:38 chr19 52393984 . C T 891.79 PASS AF=0.53012;AO=88;DP=166;FAO=88;FDP=166;FR=.;FRO=78;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0122676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.359;QD=21.489;RBI=0.0122676;REFB=-0.0212112;REVB=4.63263e-05;RO=78;SAF=51;SAR=37;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910971;STB=0.549892;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0160427;OID=.;OPOS=52393984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:78:78:88:88:0.53012:37:51:37:41:37:51:37:41 chr19 52496149 . C T 308.91 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00410817;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1615;QD=13.2865;RBI=0.0120001;REFB=-0.0152648;REVB=-0.011275;RO=59;SAF=18;SAR=17;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495156;STB=0.534176;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0252567;OID=.;OPOS=52496149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:59:58:35:35:0.376344:17:18:33:26:17:18:33:25 chr19 52497250 . G A 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0180741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5497;QD=21.293;RBI=0.0618063;REFB=0.0148987;REVB=-0.0591045;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106646;STB=0.559761;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.0213095;OID=.;OPOS=52497250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:12:13:10:15:12:13:10:15 chr19 52497943 . G A 147.1 PASS AF=0.352941;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00988311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.862;QD=11.537;RBI=0.0209407;REFB=-0.00589973;REVB=0.0184618;RO=33;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247229;STB=0.622186;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00933634;OID=.;OPOS=52497943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:33:33:17:18:0.352941:7:10:12:21:8:10:12:21 chr19 52519608 . C T 399.24 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=125;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0365578;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.043;QD=12.9833;RBI=0.041379;REFB=-0.0107675;REVB=0.0193842;RO=76;SAF=19;SAR=28;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107743;STB=0.506117;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0191803;OID=.;OPOS=52519608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:76:76:47:47:0.382114:28:19:30:46:28:19:30:46 chr19 52521296 . G A 638.71 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0104926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.158;QD=20.4387;RBI=0.0177708;REFB=-0.0197096;REVB=0.0143424;RO=61;SAF=21;SAR=43;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211325;STB=0.616651;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0203256;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:61:64:64:0.512:43:21:34:27:43:21:34:27 chr19 52537576 . T G 336.64 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.016827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.72;QD=17.2634;RBI=0.0197025;REFB=-0.024843;REVB=-0.010249;RO=42;SAF=18;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045763;STB=0.525627;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0218535;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:18:18:19:23:18:18:19:23 chr19 52538091 . G A 283.5 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0123229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8575;QD=17.4462;RBI=0.0305232;REFB=-0.0200878;REVB=0.0279251;RO=34;SAF=20;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246195;STB=0.637996;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0226351;OID=.;OPOS=52538091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:11:20:13:21:11:20:13:21 chr19 52538428 . A G 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0436604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.796;QD=19.4209;RBI=0.0456101;REFB=-0.00456638;REVB=-0.0131926;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654384;STB=0.53644;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00474091;OID=.;OPOS=52538428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:15:14:11:16:15:14:11:16 chr19 52570714 . C G 369.49 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00360321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0111;QD=16.9879;RBI=0.0378402;REFB=-0.00362565;REVB=0.0376682;RO=48;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238345;STB=0.513362;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00485452;OID=.;OPOS=52570714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:21:18:21:27:21:18:21:27 chr19 52570783 . A G 356.73 PASS AF=0.41;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0182061;FXX=0.0384578;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0275;QD=14.2693;RBI=0.0335602;REFB=-0.000437068;REVB=0.0281927;RO=58;SAF=24;SAR=17;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717211;STB=0.545971;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.000296841;OID=.;OPOS=52570783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:100:58:59:41:41:0.41:17:24:30:28:17:24:30:29 chr19 52619065 . T C 444.69 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.031359;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.685;QD=16.319;RBI=0.0314682;REFB=-0.00232629;REVB=0.00261965;RO=58;SAF=32;SAR=17;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235537;STB=0.623325;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00406009;OID=.;OPOS=52619065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:58:60:49:49:0.449541:17:32:24:34:17:32:26:34 chr19 52620269 . G A 173.06 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0369114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6778;QD=18.7094;RBI=0.0640963;REFB=-0.0143841;REVB=0.0524012;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713554;STB=0.540496;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0127603;OID=.;OPOS=52620269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:11:8:9:9:11:8 chr19 52658510 . T C 304.9 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00463214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.797;QD=26.5131;RBI=0.00731533;REFB=-0.0183462;REVB=-0.00566192;RO=19;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13908;STB=0.576866;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00895442;OID=.;OPOS=52658510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:15:12:12:7:15:12:12:7 chr19 52659991 . A G 423.75 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0516184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.282;QD=21.1874;RBI=0.0556739;REFB=-0.00844489;REVB=-0.0208595;RO=38;SAF=22;SAR=20;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155496;STB=0.585759;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0109423;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:20:22:13:25:20:22:13:25 chr19 52660279 . C T 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0135375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7747;QD=12.8337;RBI=0.0850629;REFB=0.00405185;REVB=-0.0839787;RO=49;SAF=19;SAR=11;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242896;STB=0.6391;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00398134;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:11:19:20:29:11:19:20:29 chr19 52793675 . G A 247.66 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0373552;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.542;QD=19.4246;RBI=0.0395691;REFB=-0.027889;REVB=0.0130498;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509796;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0196591;OID=.;OPOS=52793675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:25:26:26:0.509804:13:13:12:12:13:13:13:12 chr19 52917590 . G A 502.15 PASS AF=0.410256;AO=46;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0900919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7705;QD=17.1676;RBI=0.091829;REFB=-0.00511312;REVB=0.017777;RO=57;SAF=27;SAR=19;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129939;STB=0.577251;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0105418;OID=.;OPOS=52917590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:60:46:48:0.410256:19:27:26:31:19:29:28:32 chr19 52919433 . G C 230.81 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00390764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5955;QD=23.0806;RBI=0.00506368;REFB=-0.0109677;REVB=0.00322043;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338162;STB=0.504583;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.011148;OID=.;OPOS=52919433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:18:22:22:0.55:12:10:7:10:12:10:8:10 chr19 52934741 . A C 243.32 PASS AF=0.288136;AO=34;DP=118;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.00145233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.527;QD=8.24811;RBI=0.010429;REFB=-0.00144875;REVB=0.0103273;RO=84;SAF=15;SAR=19;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170027;STB=0.600139;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0036921;OID=.;OPOS=52934741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:84:84:34:34:0.288136:19:15:49:35:19:15:49:35 chr19 52934751 . A G 223.9 PASS AF=0.278261;AO=32;DP=115;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.00318516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.908;QD=7.78779;RBI=0.0104413;REFB=-0.00879705;REVB=0.0099436;RO=83;SAF=13;SAR=19;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207062;STB=0.622708;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0170941;OID=.;OPOS=52934751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:83:83:32:32:0.278261:19:13:48:35:19:13:48:35 chr19 52934778 . G C 198.47 PASS AF=0.263636;AO=29;DP=110;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.0455569;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.759;QD=7.21715;RBI=0.0456103;REFB=-0.0117846;REVB=0.00220623;RO=79;SAF=9;SAR=20;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330351;STB=0.69725;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0266055;OID=.;OPOS=52934778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:79:81:29:29:0.263636:20:9:46:33:20:9:47:34 chr19 52937100 . G T 732.2 PASS AF=0.522059;AO=71;DP=136;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.000290509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2663;QD=21.5353;RBI=0.0438966;REFB=0.0199368;REVB=-0.0438956;RO=64;SAF=38;SAR=33;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304843;STB=0.520542;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0198386;OID=.;OPOS=52937100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:64:65:71:71:0.522059:33:38:32:32:33:38:32:33 chr19 52938361 . C A 765.42 PASS AF=0.460227;AO=81;DP=176;FAO=81;FDP=176;FR=.;FRO=95;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0388459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.844;QD=17.3959;RBI=0.0540265;REFB=0.0150084;REVB=-0.037548;RO=95;SAF=50;SAR=31;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122073;STB=0.567756;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0171724;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:95:95:81:81:0.460227:31:50:47:48:31:50:47:48 chr19 52938417 . A G 549.89 PASS AF=0.402685;AO=60;DP=149;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=0.0162775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9102;QD=14.7622;RBI=0.0271715;REFB=-0.0159716;REVB=0.0217562;RO=81;SAF=25;SAR=35;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117741;STB=0.593057;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0165884;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:81:89:60:60:0.402685:35:25:43:38:35:25:51:38 chr19 52938459 . A G 424.63 PASS AF=0.393701;AO=49;DP=126;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.00926231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3974;QD=13.374;RBI=0.0116446;REFB=-0.0413121;REVB=-0.00705736;RO=77;SAF=23;SAR=26;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958026;STB=0.559474;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0574104;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:77:77:49:50:0.393701:26:23:43:34:27:23:43:34 chr19 52941171 . T C 154.11 PASS AF=0.309859;AO=16;DP=69;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.103287;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.7798;QD=8.68235;RBI=0.132796;REFB=0.0251772;REVB=0.0834668;RO=37;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853006;STB=0.604098;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0428158;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:37:49:16:22:0.309859:11:5:14:23:17:5:17:32 chr19 52941540 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00214768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.353;QD=9.56964;RBI=0.0396294;REFB=-0.00821402;REVB=-0.0395711;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303091;STB=0.683772;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0127027;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:5:10:3:5:5:10 chr19 52941618 . A C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0211648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.383;QD=10.0339;RBI=0.0267967;REFB=0.00876578;REVB=-0.0164352;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0121339;OID=.;OPOS=52941618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:3:4:3:2:3:4 chr19 52941847 . A T 222.81 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00414672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.397;QD=18.9625;RBI=0.0682491;REFB=-0.00139013;REVB=-0.068123;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883468;STB=0.549854;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000984936;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:8:17:13:9:8:17 chr19 52942445 . C T 80.14 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0167323;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.234;QD=14.5712;RBI=0.0726136;REFB=-0.0253298;REVB=-0.0706595;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176743;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0243258;OID=.;OPOS=52942445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:23:22:11:12:9:10:0.454545:4:5:4:7:4:6:5:7 chr19 52942495 . G A 34.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0142085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.818;QD=3.88725;RBI=0.0404637;REFB=-0.0157454;REVB=-0.037887;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619533;STB=0.904505;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.044243;OID=.;OPOS=52942495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:28:29:6:6:0.171429:1:5:7:21:1:5:7:22 chr19 52954507 . T C 2784.2 PASS AF=0.499086;AO=273;DP=549;FAO=273;FDP=547;FR=.;FRO=274;FSAF=144;FSAR=129;FSRF=155;FSRR=119;FWDB=-0.0268005;FXX=0.00364292;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.827;QD=20.3598;RBI=0.0276095;REFB=-0.0166296;REVB=-0.00663449;RO=272;SAF=144;SAR=129;SRF=154;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355148;STB=0.519243;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0183875;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:549:547:272:274:273:273:0.499086:129:144:154:118:129:144:155:119 chr19 53056465 . G A 245.2 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0138621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9146;QD=11.02;RBI=0.0155325;REFB=0.001245;REVB=-0.00700718;RO=59;SAF=17;SAR=13;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124273;STB=0.572128;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00230376;OID=.;OPOS=53056465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:59:30:30:0.337079:13:17:27:32:13:17:27:32 chr19 53056953 . G A 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0454924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.85;QD=14.1957;RBI=0.0463898;REFB=-0.00281593;REVB=0.00908038;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737873;STB=0.542094;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00351051;OID=.;OPOS=53056953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:11:12:19:13:11:12:19:13 chr19 53075519 . G T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00470582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.67;QD=18.6418;RBI=0.0245698;REFB=-0.0271827;REVB=0.0241149;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870828;STB=0.548857;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0316873;OID=.;OPOS=53075519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:10:16:13:12:10:16 chr19 53077411 . T C 1625.6 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0954;QD=59.1127;RBI=0.0437788;REFB=0.0139777;REVB=-0.0421601;RO=1;SAF=48;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978674;STB=0.505154;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000373657;OID=.;OPOS=53077411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:61:48:1:0:61:48:1:0 chr19 53085653 . CAAAAAC AAAAAAT,CAAAAAT,CAAAAATC 551.01 PASS AF=0.0512821,0.871795,0.0769231;AO=2,24,4;DP=39;FAO=2,34,3;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26,3;FSAR=2,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000708477,-0.00253344,0.0241315;FXX=0;HRUN=1,2,0;LEN=7,1,1;MLLD=152.303,94.4135,74.672;QD=56.5139;RBI=0.00928241,0.0102157,0.0250058;REFB=0,0,0;REVB=-0.00925533,-0.00989654,-0.00655427;RO=1;SAF=0,19,3;SAR=2,5,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.697199,-0.0237806,-0.119989;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=-0.017825,0.00314407,0.0472959;OID=.,.,.;OPOS=53085653,53085659,53085659;OREF=CAAAAAC,C,-;OALT=AAAAAAT,T,T;OMAPALT=AAAAAAT,CAAAAAT,CAAAAATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:13:39:39:1:0:2,24,4:2,34,3:0.0512821,0.871795,0.0769231:2,5,1:0,19,3:1:0:2,8,0:0,26,3:0:0 chr19 53085813 . T C 56.92 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00412894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.171;QD=12.648;RBI=0.0155329;REFB=-0.00520521;REVB=0.0149741;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38401;STB=0.721775;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0108195;OID=.;OPOS=53085813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:1:9:4:4:1:9 chr19 53086124 . C A 969.6 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.969;QD=58.7637;RBI=0.0198592;REFB=0;REVB=0.0110361;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60573e-05;OID=.;OPOS=53086124;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:34:31:0:0:34:32:0:0 chr19 53086918 . C T 462.06 PASS AF=0.795455;AO=35;DP=44;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0598752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5803;QD=42.0052;RBI=0.0689299;REFB=0.00943867;REVB=-0.0341509;RO=9;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194378;STB=0.604594;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0019346;OID=.;OPOS=53086918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:9:9:35:35:0.795455:17:18:0:9:17:18:0:9 chr19 53086954 . C T 451.85 PASS AF=0.744681;AO=35;DP=47;FAO=35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0141364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.513;QD=38.455;RBI=0.0443908;REFB=0.0272586;REVB=0.0420798;RO=12;SAF=17;SAR=18;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151519;STB=0.581862;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00586596;OID=.;OPOS=53086954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:12:12:35:35:0.744681:18:17:2:10:18:17:2:10 chr19 53117531 . C T 303.38 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.033017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.987;QD=22.0637;RBI=0.0377071;REFB=-0.036106;REVB=-0.0182128;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129481;STB=0.579389;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0231543;OID=.;OPOS=53117531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:31:31:0.563636:16:15:15:8:16:15:16:8 chr19 53117809 . C A 668.3 PASS AF=0.458599;AO=72;DP=155;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.00717115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.5882;QD=17.0268;RBI=0.0215618;REFB=-0.0112353;REVB=0.0203343;RO=83;SAF=39;SAR=33;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228886;STB=0.513063;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0116135;OID=.;OPOS=53117809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:83:85:72:72:0.458599:33:39:43:40:33:39:44:41 chr19 53122295 . A G 127.41 PASS AF=0.196429;AO=20;DP=112;FAO=22;FDP=112;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0108331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.721;QD=4.55018;RBI=0.0338954;REFB=-0.00221446;REVB=0.0321176;RO=90;SAF=9;SAR=11;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147154;STB=0.624888;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00842405;OID=.;OPOS=53122295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:90:90:20:22:0.196429:11:9:51:39:13:9:51:39 chr19 53122879 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAAAAT 184.45 PASS AF=0.703704,0.0740741,0.222222;AO=9,4,2;DP=32;FAO=19,2,6;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,6;FSAR=19,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.09243,-0.0487371,-0.0246943;FXX=0.156201;HRUN=15,15,15;LEN=3,4,1;MLLD=8.57832,12.7217,169.5;QD=27.3259;RBI=0.200596,0.112925,0.0404677;REFB=-0.364312,-0.211199,-0.0845833;REVB=-0.178032,-0.101866,-0.0320597;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=9,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.036446,-0.0162565,-0.0212842;OID=.,.,.;OPOS=53122880,53122880,53122890;OREF=AAA,AAAA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.703704,0.0740741,0.222222:9,4,2:32:19,2,6:27:0:0,0,6:19,2,0:0:0:27:0:0,0,2:9,4,0:0:0 chr19 53270384 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.781;QD=62.0081;RBI=0.0405287;REFB=0;REVB=-0.0255226;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14527e-05;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr19 53270460 . G A 530.38 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140263;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.016;QD=57.3387;RBI=0.019268;REFB=-0.01085;REVB=0.0132105;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-6.55539e-06;OID=.;OPOS=53270460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:0:1:19:17:0:1 chr19 53302942 . C T 142.55 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.748;QD=43.8603;RBI=0.0174454;REFB=0;REVB=0.017382;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003883;OID=.;OPOS=53302942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr19 53303527 . A G 526.7 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.939;QD=56.9406;RBI=0.0280122;REFB=-0.0368762;REVB=0.0257434;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00150523;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:1:0:19:17:1:0 chr19 53303890 . C G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4285;QD=53.9044;RBI=0.0485118;REFB=0;REVB=0.0270483;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802682;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr19 53304563 . T C 1069.11 PASS AF=0.936709;AO=74;DP=80;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0180297;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6864;QD=54.1323;RBI=0.0502843;REFB=0.0335284;REVB=0.0469408;RO=5;SAF=33;SAR=41;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298421;STB=0.5158;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00139388;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:80:79:5:5:74:74:0.936709:41:33:1:4:41:33:1:4 chr19 53321171 . G A 741.78 PASS AF=0.546154;AO=70;DP=130;FAO=71;FDP=130;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.00635004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.12;QD=22.8239;RBI=0.0119731;REFB=-0.0180019;REVB=-0.0101505;RO=59;SAF=35;SAR=35;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120487;STB=0.568443;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0175499;OID=.;OPOS=53321171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:59:59:70:71:0.546154:35:35:38:21:36:35:38:21 chr19 53344118 . C G 428.26 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.792;QD=57.1009;RBI=0.0727438;REFB=0;REVB=-0.0596118;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00203986;OID=.;OPOS=53344118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:26:4:0:0:26:4:0:0 chr19 53345321 . T G 1877.77 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.679;QD=61.5661;RBI=0.0972976;REFB=0;REVB=0.0765031;RO=0;SAF=54;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267932;OID=.;OPOS=53345321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:67:54:0:0:67:55:0:0 chr19 53391402 . A G 446.36 PASS AF=0.217262;AO=73;DP=336;FAO=73;FDP=336;FR=.;FRO=263;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=159;FSRR=104;FWDB=-0.0368641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9596;QD=5.31377;RBI=0.0383585;REFB=-0.00579821;REVB=-0.0106024;RO=261;SAF=42;SAR=31;SRF=158;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397325;STB=0.523563;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0123937;OID=.;OPOS=53391402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:336:261:263:73:73:0.217262:31:42:158:103:31:42:159:104 chr19 53391420 . T C 473.69 PASS AF=0.267442;AO=65;DP=258;FAO=69;FDP=258;FR=.;FRO=189;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=122;FSRR=67;FWDB=-0.00949871;FXX=0.0227264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.027;QD=7.34409;RBI=0.0160683;REFB=-0.0162438;REVB=0.0129601;RO=193;SAF=32;SAR=33;SRF=126;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202394;STB=0.601572;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0460991;OID=.;OPOS=53391420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:193:189:65:69:0.267442:33:32:126:67:34:35:122:67 chr19 53453777 . C T 156.62 PASS AF=0.395349;AO=14;DP=41;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00187777;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.146;QD=14.5693;RBI=0.0198041;REFB=-0.0110201;REVB=0.0197149;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496186;STB=0.520685;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0167398;OID=.;OPOS=53453777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:25:26:14:17:0.395349:9:5:10:15:11:6:10:16 chr19 53454475 . C CACT,T 141.85 PASS AF=0.243243,0.0405405;AO=18,3;DP=76;FAO=18,3;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=12,1;FSAR=6,2;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0117644,-0.00655613;FXX=0.0263123;HRUN=0,2;LEN=3,1;MLLD=229.684,117.695;QD=7.66758;RBI=0.0374758,0.0481999;REFB=-0.0056294,0.0028396;REVB=-0.0355814,-0.0477519;RO=55;SAF=12,1;SAR=6,2;SRF=29;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.177319,-0.170598;STB=0.593952,0.696401;STBP=0.376,0.556;TYPE=ins,snp;VARB=0.0236134,-0.0234267;OID=.,.;OPOS=53454476,53454475;OREF=-,C;OALT=ACT,T;OMAPALT=CACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:55:53:18,3:18,3:0.243243,0.0405405:6,2:12,1:29:26:6,2:12,1:29:24 chr19 53454543 . G A 155.96 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0269455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7097;QD=7.70155;RBI=0.0269512;REFB=-0.012229;REVB=0.000558506;RO=58;SAF=14;SAR=8;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851204;STB=0.546057;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0431487;OID=.;OPOS=53454543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:59:22:22:0.271605:8:14:33:25:8:14:34:25 chr19 53454789 . A T 394.12 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00021146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.051;QD=14.8724;RBI=0.0222758;REFB=-0.0205653;REVB=-0.0222748;RO=60;SAF=15;SAR=30;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917769;STB=0.557797;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0270907;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:61:45:45:0.424528:30:15:25:35:30:15:26:35 chr19 53513095 . G C 34.81 PASS AF=0.0862069;AO=13;DP=112;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=-0.0354608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.768;QD=1.20019;RBI=0.0690106;REFB=-0.00597542;REVB=-0.059203;RO=98;SAF=0;SAR=13;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.691276;STB=0.89605;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0315675;OID=.;OPOS=53513095;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:112:116:98:106:13:10:0.0862069:13:0:56:42:9:1:56:50 chr19 53553125 . C T 126.79 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00705191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.525;QD=8.04988;RBI=0.0102704;REFB=0.00455501;REVB=0.0074667;RO=45;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112748;STB=0.568104;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00960706;OID=.;OPOS=53553125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:12:6:19:26:12:6:19:26 chr19 53553686 . G A 364.77 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00977613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.885;QD=18.4695;RBI=0.0285485;REFB=-0.012064;REVB=0.0268224;RO=41;SAF=24;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179325;STB=0.589311;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0119418;OID=.;OPOS=53553686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:41:37:38:0.481013:13:24:19:22:14:24:19:22 chr19 53576589 . C G 1116.1 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.499;QD=60.3297;RBI=0.0657692;REFB=0;REVB=0.0330033;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031052;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr19 53577419 . G C 1422.76 PASS AF=0.943925;AO=100;DP=106;FAO=101;FDP=107;FR=.;FRO=6;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0698393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7917;QD=53.1871;RBI=0.0876249;REFB=0.0662157;REVB=-0.0529207;RO=6;SAF=59;SAR=41;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270994;STB=0.51398;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.043994;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:106:107:6:6:100:101:0.943925:41:59:5:1:41:60:5:1 chr19 53612311 . T C 305.0 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=60;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00546034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.442;QD=20;RBI=0.0112635;REFB=-0.0116138;REVB=0.00985146;RO=29;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115405;STB=0.569576;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0154507;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:29:31:32:0.52459:12:19:14:15:12:20:14:15 chr19 53612720 . T C 279.03 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.000472937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.748;QD=19.9308;RBI=0.0665888;REFB=-0.0191553;REVB=0.0665871;RO=26;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179418;STB=0.599931;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0179636;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:20:10:14:12:20:10:14:12 chr19 53612745 . T C 179.51 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0141944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156;QD=16.6983;RBI=0.0161525;REFB=-0.0120616;REVB=-0.0077087;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124548;STB=0.562095;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0129192;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:13:6:10:13:13:6:10:14 chr19 53612757 . T G 238.11 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00135987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.705;QD=20.2648;RBI=0.00270859;REFB=-0.00910752;REVB=-0.00234247;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181011;STB=0.602204;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0103102;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:15:8:13:11:15:8:13:11 chr19 53612989 . A G 421.34 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00492197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8681;QD=23.4078;RBI=0.0123115;REFB=0.00522882;REVB=0.0112848;RO=31;SAF=22;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041365;STB=0.522732;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00492747;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:19:22:15:16:19:22:15:16 chr19 53645291 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00919825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.596;QD=60.7157;RBI=0.0282029;REFB=0;REVB=0.0266608;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9946e-05;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr19 53667804 . C T 552.2 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0233298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3229;QD=18.1049;RBI=0.0463998;REFB=0.00914619;REVB=-0.0401082;RO=64;SAF=14;SAR=44;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292066;STB=0.663185;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0138505;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:64:58:58:0.47541:44:14:33:31:44:14:33:31 chr19 53667913 . A G 433.68 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0360299;FXX=0.0272702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.742;QD=16.2122;RBI=0.0364936;REFB=-0.00956025;REVB=0.00579923;RO=57;SAF=23;SAR=25;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117439;STB=0.51616;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0121199;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:57:59:48:48:0.448598:25:23:28:29:25:23:30:29 chr19 53667940 . A G 520.73 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00571072;FXX=0.049995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.415;QD=21.9255;RBI=0.00647338;REFB=-0.00677266;REVB=0.00304833;RO=45;SAF=24;SAR=25;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955116;STB=0.546956;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00639689;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:95:45:46:49:49:0.515789:25:24:27:18:25:24:27:19 chr19 53668549 . T G 351.07 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0312625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9728;QD=18.0038;RBI=0.031522;REFB=0.00756878;REVB=0.00403605;RO=40;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189621;STB=0.600373;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0105413;OID=.;OPOS=53668549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:37:37:0.474359:13:24:18:22:13:24:19:22 chr19 53669273 . T C 683.15 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00630701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.569;QD=52.5503;RBI=0.0320906;REFB=-0.0569904;REVB=0.0314647;RO=2;SAF=24;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376207;STB=0.519992;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000352547;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:26:24:2:0:26:24:2:0 chr19 53669492 . A G 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00650616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.449;QD=25.8112;RBI=0.0126971;REFB=-0.000473083;REVB=0.0109035;RO=25;SAF=25;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105469;STB=0.55774;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000312624;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:15:25:12:13:15:25:12:13 chr19 53727097 . G A 164.42 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.00780253;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.013;QD=11.1473;RBI=0.00808001;REFB=-0.00760715;REVB=-0.00209932;RO=37;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117123;STB=0.573268;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00863282;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:38:21:21:0.355932:14:7:9:28:14:7:9:29 chr19 53741068 . C T 187.88 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00446013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1245;QD=10.8918;RBI=0.00990148;REFB=-0.00358114;REVB=-0.00884006;RO=45;SAF=12;SAR=12;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137424;STB=0.579645;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0100818;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:12:12:28:17:12:12:28:17 chr19 53741188 . C T 387.37 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0325154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.243;QD=12.9122;RBI=0.0349341;REFB=-0.00166597;REVB=-0.0127728;RO=73;SAF=21;SAR=25;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113264;STB=0.559945;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0022452;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:73:74:46:46:0.383333:25:21:41:32:25:21:41:33 chr19 53762537 . C T 436.85 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.000111049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.77;QD=21.31;RBI=0.00496826;REFB=-0.0118784;REVB=-0.00496702;RO=39;SAF=29;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167353;STB=0.596227;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00922869;OID=.;OPOS=53762537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:39:39:42:43:0.52439:13:29:20:19:13:30:20:19 chr19 53786079 . G A 98.37 PASS AF=0.192771;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0307917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.012;QD=4.74078;RBI=0.0399786;REFB=-0.0149545;REVB=-0.0254983;RO=63;SAF=11;SAR=5;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267419;STB=0.692414;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0890399;OID=.;OPOS=53786079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:83:83:63:67:16:16:0.192771:5:11:30:33:5:11:30:37 chr19 53786081 . GA AG 99.65 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0555773;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=2;MLLD=105.517;QD=5.2445;RBI=0.0556389;REFB=-0.0305955;REVB=-0.00261712;RO=57;SAF=11;SAR=5;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22888;STB=0.66422;STBP=0.16;TYPE=mnp;VARB=0.0726305;OID=.;OPOS=53786081;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:60:16:16:0.210526:5:11:29:28:5:11:29:31 chr19 53786091 . C A 237.59 PASS AF=0.3;AO=30;DP=100;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00584946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.919;QD=9.50344;RBI=0.0225074;REFB=-0.00959712;REVB=0.021734;RO=70;SAF=18;SAR=12;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169697;STB=0.599933;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.031162;OID=.;OPOS=53786091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:70:70:30:30:0.3:12:18:32:38:12:18:32:38 chr19 53793042 . G A 362.24 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0238931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.007;QD=23.37;RBI=0.0262851;REFB=-0.0059295;REVB=0.0109556;RO=26;SAF=22;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272098;STB=0.514973;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00347587;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:14:22:15:11:14:22:15:11 chr19 53793574 . A G 406.79 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0123382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.606;QD=17.4963;RBI=0.0196038;REFB=-0.0087087;REVB=-0.0152341;RO=51;SAF=24;SAR=18;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155736;STB=0.587115;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0116277;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:18:24:21:30:18:24:21:30 chr19 53793911 . T A 222.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0267615;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9286;QD=16.4523;RBI=0.0309665;REFB=-0.0246952;REVB=-0.0155803;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378517;STB=0.519984;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0292761;OID=.;OPOS=53793911;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:31:29:25:25:0.462963:13:12:15:16:13:12:15:14 chr19 53794155 . C A 273.3 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00202179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3596;QD=31.2338;RBI=0.0168249;REFB=-0.00884973;REVB=0.0167029;RO=11;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166763;STB=0.59084;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00347596;OID=.;OPOS=53794155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:8:16:10:1:8:16:10:1 chr19 53854397 . G C 680.32 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.007;QD=61.847;RBI=0.0383836;REFB=0;REVB=0.0304297;RO=0;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204855;OID=.;OPOS=53854397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:35:7:0:0:35:9:0:0 chr19 53875494 . A T 311.01 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.027999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9016;QD=13.9779;RBI=0.0697771;REFB=-0.000934159;REVB=0.0639132;RO=52;SAF=13;SAR=22;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778949;STB=0.534754;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00251074;OID=.;OPOS=53875494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:54:35:35:0.393258:22:13:23:29:22:13:23:31 chr19 53875523 . G A 300.78 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0171825;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.495;QD=11.6808;RBI=0.0291291;REFB=-0.00801127;REVB=-0.0235216;RO=64;SAF=13;SAR=24;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649775;STB=0.549693;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0162206;OID=.;OPOS=53875523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:66:37:37:0.359223:24:13:26:38:24:13:28:38 chr19 53875569 . G A 323.43 PASS AF=0.376238;AO=37;DP=100;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0159714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.327;QD=12.8091;RBI=0.0185683;REFB=-0.00373168;REVB=0.00947084;RO=63;SAF=13;SAR=24;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107951;STB=0.56783;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00564648;OID=.;OPOS=53875569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:63:63:37:38:0.376238:24:13:28:35:25:13:28:35 chr19 53879561 . GACA G 631.26 PASS AF=0.46;AO=65;DP=153;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=-0.0187265;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=3;MLLD=290.093;QD=16.8337;RBI=0.0245281;REFB=-0.00351404;REVB=-0.0158412;RO=76;SAF=32;SAR=33;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949574;STB=0.551062;STBP=0.266;TYPE=del;VARB=0.00388234;OID=.;OPOS=53879562;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46:65:153:69:150:81:32:37:30:51:99:76:32:33:30:46 chr19 53884412 . G A 178.79 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0284489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0508;QD=15.216;RBI=0.0315065;REFB=0.028145;REVB=-0.0135396;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740487;STB=0.542889;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0422787;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:14:5:9:19:14:5:9:19 chr19 53901309 . TTC T 390.69 PASS AF=0.388571;AO=68;DP=178;FAO=68;FDP=175;FR=.;FRO=107;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=-0.0295734;FXX=0.016853;HRUN=2;LEN=2;MLLD=290.555;QD=8.93013;RBI=0.0307516;REFB=-0.0192624;REVB=-0.00843033;RO=106;SAF=29;SAR=39;SRF=42;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335923;STB=0.51544;STBP=0.763;TYPE=del;VARB=0.0295514;OID=.;OPOS=53901310;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388571:68:178:68:175:107:29:39:43:64:99:106:29:39:42:64 chr19 53912242 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0323113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1457;QD=14.2619;RBI=0.0361745;REFB=0.000588483;REVB=-0.0162659;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245816;STB=0.624853;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.000996395;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:8:8:6:17:8:8:7:17 chr19 53926318 . T A 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00711218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.302;QD=26.4611;RBI=0.00765537;REFB=-0.016894;REVB=0.00283225;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161208;STB=0.508922;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0119446;OID=.;OPOS=53926318;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:11:15:10:8:11:15:10:8 chr19 53926320 . T G 244.25 PASS AF=0.547619;AO=24;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0188003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.823;QD=23.2623;RBI=0.0198895;REFB=0.000409137;REVB=0.00649175;RO=18;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561095;STB=0.560386;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.000133605;OID=.;OPOS=53926320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:24:23:0.547619:9:15:10:8:8:15:10:9 chr19 53952885 . TC T 776.89 PASS AF=1;AO=78;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608237;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9306;QD=33.7779;RBI=0.120298;REFB=-0.00944109;REVB=-0.103789;RO=7;SAF=35;SAR=43;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.423503;SSSB=0.00316511;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00266975;OID=.;OPOS=53952886;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:93:92:92:0:40:52:0:0:12:7:35:43:3:4 chr19 53990002 . G A 839.73 PASS AF=0.420814;AO=93;DP=220;FAO=93;FDP=221;FR=.;FRO=128;FSAF=27;FSAR=66;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=-0.0084242;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.472;QD=15.1988;RBI=0.00848038;REFB=-0.010463;REVB=0.000974569;RO=127;SAF=27;SAR=66;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213418;STB=0.617912;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0116365;OID=.;OPOS=53990002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:127:128:93:93:0.420814:66:27:61:66:66:27:61:67 chr19 53993764 . A T 371.86 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00274873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.946;QD=22.8838;RBI=0.0276513;REFB=-0.0101985;REVB=0.0275143;RO=27;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196092;STB=0.501694;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00479939;OID=.;OPOS=53993764;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:28:37:37:0.569231:21:16:11:16:21:16:12:16 chr19 53995004 . G A 75.73 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.052036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9431;QD=11.6503;RBI=0.0520591;REFB=0.00580351;REVB=0.00155104;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364728;STB=0.730897;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0292719;OID=.;OPOS=53995004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:3:7:5:10:3:7:5:11 chr19 54080144 . A G 943.3 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125388;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.974;QD=58.9563;RBI=0.0147934;REFB=0;REVB=-0.00785002;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285198;OID=.;OPOS=54080144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr19 54132976 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00512846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.25;QD=17.4015;RBI=0.0787781;REFB=0.00577582;REVB=-0.078611;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668703;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00765497;OID=.;OPOS=54132976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:7:6:7:6:7:6 chr19 54182249 . T C 298.89 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00516496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1387;QD=18.6805;RBI=0.00543161;REFB=-0.0152868;REVB=0.00168094;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126798;STB=0.562218;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0139782;OID=.;OPOS=54182249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:15:17:12:19:15:17:13:19 chr19 54191743 . A G 268.77 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0497303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3773;QD=22.3971;RBI=0.0520201;REFB=-0.0280695;REVB=-0.0152641;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109959;STB=0.561413;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.033024;OID=.;OPOS=54191743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:9:14:12:13:9:14 chr19 54307322 . G A 559.92 PASS AF=0.543689;AO=55;DP=102;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00556765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.954;QD=21.7446;RBI=0.0603785;REFB=-0.0391533;REVB=0.0601213;RO=47;SAF=32;SAR=23;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245469;STB=0.516904;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0353802;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:47:47:55:56:0.543689:23:32:26:21:23:33:26:21 chr19 54308554 . C T 226.09 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0103657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7842;QD=21.0318;RBI=0.0396482;REFB=-0.0181665;REVB=0.0382693;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516115;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0413832;OID=.;OPOS=54308554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:21:21:22:0.511628:14:7:7:14:14:8:7:14 chr19 54327313 . C A 583.93 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0011664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.041;QD=16.2202;RBI=0.00899753;REFB=-0.0169657;REVB=0.0089216;RO=82;SAF=29;SAR=33;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576688;STB=0.532248;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0225598;OID=.;OPOS=54327313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:82:82:62:62:0.430556:33:29:43:39:33:29:43:39 chr19 54378082 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.12361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.166;QD=15.8391;RBI=0.125262;REFB=-0.0116132;REVB=-0.0202785;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26538;STB=0.655356;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00400222;OID=.;OPOS=54378082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:5:2:5:3:5:2 chr19 54378099 . GA AG 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.027859;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=79.4634;QD=11.9197;RBI=0.0417739;REFB=-0.0216414;REVB=-0.0311277;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45597;STB=0.781686;STBP=0.064;TYPE=mnp;VARB=0.0144274;OID=.;OPOS=54378099;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:4:5:1:6:4:5 chr19 54378472 . GTGTGTGTGTGT G 108.34 PASS AF=0.4375;AO=10;DP=38;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0386546;FXX=0.255754;HRUN=1;LEN=11;MLLD=158.12;QD=13.543;RBI=0.0653384;REFB=-0.0490465;REVB=0.0526776;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48654;STB=0.774265;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0297706;OID=.;OPOS=54378473;OREF=TGTGTGTGTGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:10:38:14:32:18:9:5:2:16:99:17:6:4:2:15 chr19 54378485 . TTTGG GTTGG,TGTTG,TT 79.19 PASS AF=0,0.103448,0.275862;AO=4,3,7;DP=34;FAO=0,3,8;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=0,0,1;FSAR=0,3,7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.118296,-0.0595389,-0.160772;FXX=0.23678;HRUN=3,3,3;LEN=1,3,3;MLLD=14.018,78.5288,26.4032;QD=10.9233;RBI=0.130861,0.0687911,0.160839;REFB=-0.106326,-0.0241948,-0.110379;REVB=-0.055952,-0.0344578,-0.00463118;RO=13;SAF=4,0,1;SAR=0,3,6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.670429,-0.64472,-0.473679;STB=0.5,0.996836,0.856201;STBP=1,0.033,0.026;TYPE=snp,mnp,del;VARB=0,0.262967,0.15441;OID=.,.,.;OPOS=54378485,54378486,54378487;OREF=T,TTG,TGG;OALT=G,GTT,-;OMAPALT=GTTGG,TGTTG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:55:34:29:13:18:4,3,7:0,3,8:0,0.103448,0.275862:0,3,6:4,0,1:7:6:0,3,7:0,0,1:11:7 chr19 54378627 . T A 4412.0 PASS AF=0.970492;AO=292;DP=304;FAO=296;FDP=305;FR=.;FRO=9;FSAF=189;FSAR=107;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00820699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.49;QD=57.8623;RBI=0.00920042;REFB=-0.202625;REVB=0.0041585;RO=4;SAF=189;SAR=103;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290151;STB=0.509701;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00071424;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:304:305:4:9:292:296:0.970492:103:189:3:1:107:189:3:6 chr19 54378789 . C G 4598.3 PASS AF=1;AO=275;DP=292;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688649;FXX=0.0870845;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9457;QD=60.5039;RBI=0.0892107;REFB=0.00267438;REVB=0.0567114;RO=2;SAF=127;SAR=148;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000528729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00729127;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:292:304:2:0:275:304:1:148:127:1:1:172:132:0:0 chr19 54378790 . A G 78.41 PASS AF=0.0861538;AO=15;DP=302;FAO=28;FDP=325;FR=.;FRO=297;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=127;FSRR=170;FWDB=-0.0605628;FXX=0.00306739;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.8264;QD=0.965085;RBI=0.0662361;REFB=-0.0512634;REVB=-0.0268209;RO=284;SAF=6;SAR=9;SRF=127;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465128;STB=0.717341;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0759735;OID=.;OPOS=54378790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:302:325:284:297:15:28:0.0861538:9:6:127:157:22:6:127:170 chr19 54378795 . G A 39.26 PASS AF=0.103261;AO=23;DP=244;FAO=19;FDP=184;FR=.;FRO=165;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=142;FWDB=-0.00693712;FXX=0.266922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.245;QD=0.85337;RBI=0.0261416;REFB=-0.00590134;REVB=0.0252044;RO=181;SAF=0;SAR=23;SRF=87;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.665202;STB=0.711395;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0964004;OID=.;OPOS=54378795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:244:184:181:165:23:19:0.103261:23:0:87:94:13:6:23:142 chr19 54378807 . A G 43.8 PASS AF=0.0866667;AO=13;DP=150;FAO=13;FDP=150;FR=.;FRO=137;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=118;FWDB=-0.0954874;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=170.97;QD=1.16789;RBI=0.106371;REFB=-0.00997438;REVB=-0.0468726;RO=136;SAF=1;SAR=12;SRF=18;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160757;STB=0.64837;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0358969;OID=.;OPOS=54378807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:150:150:136:137:13:13:0.0866667:12:1:18:118:12:1:19:118 chr19 54379573 . C T 1029.78 PASS AF=0.985915;AO=71;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0682734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.372;QD=58.0159;RBI=0.0924513;REFB=0.0764216;REVB=-0.0623376;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00186727;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:71:70:0.985915:32:39:0:0:31:39:0:1 chr19 54385820 . C T 7890.83 PASS AF=0.988327;AO=504;DP=514;FAO=508;FDP=514;FR=.;FRO=6;FSAF=221;FSAR=287;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0239009;FXX=0.00194171;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.071;QD=61.4073;RBI=0.0337419;REFB=-0.0596567;REVB=0.0238173;RO=7;SAF=219;SAR=285;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011226;STB=0.506696;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000123763;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:514:514:7:6:504:508:0.988327:285:219:6:1:287:221:6:0 chr19 54394965 . T C 676.04 PASS AF=0.472222;AO=67;DP=143;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.0152236;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.187;QD=18.7789;RBI=0.0161416;REFB=0.00280538;REVB=-0.00536601;RO=76;SAF=35;SAR=32;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799869;STB=0.540351;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00315747;OID=.;OPOS=54394965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:76:76:67:68:0.472222:32:35:46:30:32:36:46:30 chr19 54561792 . G A 433.5 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00223614;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.2;QD=17.8761;RBI=0.0422513;REFB=-0.0261308;REVB=0.0421921;RO=53;SAF=22;SAR=22;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921595;STB=0.505152;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0351205;OID=.;OPOS=54561792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:53:53:44:44:0.453608:22:22:27:26:22:22:27:26 chr19 54573301 . G A 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00631312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.437;QD=13.4951;RBI=0.0784603;REFB=-0.00796051;REVB=0.0782059;RO=44;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126103;STB=0.571917;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.012602;OID=.;OPOS=54573301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:13:16:19:25:13:16:19:25 chr19 54578105 . C T 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0140635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.505;QD=16.2364;RBI=0.0140673;REFB=-0.0314692;REVB=-0.000326889;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16582;STB=0.593126;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0446407;OID=.;OPOS=54578105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:14:16:13:23:14:16:13:23 chr19 54600232 . A C 736.78 PASS AF=0.327465;AO=93;DP=281;FAO=93;FDP=284;FR=.;FRO=191;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=79;FSRR=112;FWDB=-0.0213968;FXX=0.00350865;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.2802;QD=10.3772;RBI=0.0354061;REFB=-0.00168371;REVB=-0.0282094;RO=186;SAF=35;SAR=58;SRF=78;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524695;STB=0.526344;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00193807;OID=.;OPOS=54600232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:284:186:191:93:93:0.327465:58:35:78:108:58:35:79:112 chr19 54606209 . T G 1576.47 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00762752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.291;QD=57.8523;RBI=0.00869167;REFB=-0.0537689;REVB=0.00416726;RO=2;SAF=39;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004982;STB=0.502679;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.000923915;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:109:2:2:106:107:0.981651:67:39:1:1:68:39:1:1 chr19 54609299 . C T 1028.95 PASS AF=0.417582;AO=114;DP=273;FAO=114;FDP=273;FR=.;FRO=159;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=83;FSRR=76;FWDB=0.0250437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.515;QD=15.0762;RBI=0.0262905;REFB=-0.010411;REVB=0.00800027;RO=158;SAF=59;SAR=55;SRF=83;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810677;STB=0.502606;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0177201;OID=.;OPOS=54609299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:158:159:114:114:0.417582:55:59:83:75:55:59:83:76 chr19 54610273 . C A 605.8 PASS AF=0.62069;AO=52;DP=85;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.0390672;FXX=0.0113623;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.154;QD=27.853;RBI=0.0392952;REFB=0.00201414;REVB=0.00422698;RO=32;SAF=22;SAR=30;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150728;STB=0.590997;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00166907;OID=.;OPOS=54610273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:32:33:52:54:0.62069:30:22:7:25:30:24:7:26 chr19 54611710 . G C 465.89 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0137704;FXX=0.00884877;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.48;QD=16.6391;RBI=0.0259403;REFB=-0.0087301;REVB=-0.0219835;RO=54;SAF=23;SAR=28;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16449;STB=0.592814;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0150216;OID=.;OPOS=54611710;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:112:54:61:51:51:0.455357:28:23:34:20:28:23:38:23 chr19 54611780 . G C 264.19 PASS AF=0.3875;AO=30;DP=79;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0172917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.144;QD=13.2095;RBI=0.0666175;REFB=-0.0214974;REVB=-0.0643342;RO=47;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469766;STB=0.535951;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0259089;OID=.;OPOS=54611780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:47:49:30:31:0.3875:14:16:23:24:14:17:24:25 chr19 54632515 . A G 1347.8 PASS AF=0.384804;AO=157;DP=408;FAO=157;FDP=408;FR=.;FRO=251;FSAF=106;FSAR=51;FSRF=118;FSRR=133;FWDB=-0.0121994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.019;QD=13.2137;RBI=0.0396893;REFB=-0.030476;REVB=-0.0377679;RO=251;SAF=106;SAR=51;SRF=118;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23191;STB=0.630609;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0436815;OID=.;OPOS=54632515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:408:251:251:157:157:0.384804:51:106:118:133:51:106:118:133 chr19 54649671 . T C 254.93 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.497;QD=50.9859;RBI=0.132512;REFB=0;REVB=0.0219331;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106566;OID=.;OPOS=54649671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:15:20:1:12:3:0:0:14:6:0:0 chr19 54652203 . T C 1977.52 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319639;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7428;QD=62.2841;RBI=0.0403813;REFB=0;REVB=0.0246771;RO=0;SAF=68;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50416e-05;OID=.;OPOS=54652203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:127:0:0:127:127:1:59:68:0:0:59:68:0:0 chr19 54664044 . C T 366.46 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=89;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00545756;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.277;QD=16.6572;RBI=0.00612111;REFB=-0.000856173;REVB=-0.00277182;RO=47;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115453;STB=0.569401;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0014678;OID=.;OPOS=54664044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:47:49:38:39:0.443182:19:19:18:29:19:20:19:30 chr19 54664209 . G C 345.03 PASS AF=0.371681;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0120491;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.902;QD=12.2134;RBI=0.0195729;REFB=-0.00941591;REVB=0.0154246;RO=71;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142031;STB=0.580851;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0128106;OID=.;OPOS=54664209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:71:71:42:42:0.371681:20:22:28:43:20:22:28:43 chr19 54664752 . A C 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.017603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.897;QD=17.5989;RBI=0.0222153;REFB=4.324e-05;REVB=-0.0135519;RO=44;SAF=12;SAR=26;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187742;STB=0.605422;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-9.63509e-05;OID=.;OPOS=54664752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:26:12:22:22:26:12:22:22 chr19 54667472 . C T 1032.28 PASS AF=0.666667;AO=88;DP=130;FAO=88;FDP=132;FR=.;FRO=44;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0130977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.276;QD=31.2814;RBI=0.013181;REFB=0.00596281;REVB=-0.00147975;RO=41;SAF=43;SAR=45;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000491542;STB=0.511373;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00399743;OID=.;OPOS=54667472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:41:44:88:88:0.666667:45:43:20:21:45:43:20:24 chr19 54673347 . C G 1294.69 PASS AF=0.46831;AO=133;DP=284;FAO=133;FDP=284;FR=.;FRO=151;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=65;FSRR=86;FWDB=0.0172736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4176;QD=18.235;RBI=0.0172767;REFB=0.0199577;REVB=0.000329268;RO=151;SAF=55;SAR=78;SRF=65;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167629;STB=0.509248;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0223464;OID=.;OPOS=54673347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:151:151:133:133:0.46831:78:55:65:86:78:55:65:86 chr19 54677759 . T C 2100.52 PASS AF=0.992806;AO=130;DP=132;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0080862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.863;QD=60.4466;RBI=0.0636263;REFB=-0.190684;REVB=0.0631103;RO=1;SAF=68;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760394;STB=0.503649;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000915473;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:139:1:1:130:138:0.992806:62:68:0:1:68:70:0:1 chr19 54697030 . G C 37.41 PASS AF=0.0666667;AO=5;DP=75;FAO=5;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0661611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9321;QD=1.99535;RBI=0.0753588;REFB=-0.00800674;REVB=-0.0360786;RO=61;SAF=3;SAR=2;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215464;STB=0.699271;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.112422;OID=.;OPOS=54697030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:75:75:61:64:5:5:0.0666667:2:3:24:37:2:3:24:40 chr19 54697079 . C T 2134.34 PASS AF=0.954545;AO=147;DP=155;FAO=147;FDP=154;FR=.;FRO=7;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0160339;FXX=0.0064512;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.362;QD=55.4375;RBI=0.017448;REFB=-0.184392;REVB=0.00688074;RO=4;SAF=70;SAR=77;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240616;STB=0.515206;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.000480337;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:155:154:4:7:147:147:0.954545:77:70:0:4:77:70:1:6 chr19 54723355 . A G 1859.06 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00354785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.351;QD=61.4564;RBI=0.0244048;REFB=0;REVB=-0.0241456;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110896;OID=.;OPOS=54723355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:66:55:0:0:66:55:0:0 chr19 54723738 . G C 1778.68 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.244;QD=60.8095;RBI=0.0160083;REFB=0;REVB=-0.0131881;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.77688e-06;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:65:51:0:0:66:51:0:0 chr19 54725930 . C T 1553.39 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1993;QD=63.4037;RBI=0.0576208;REFB=0;REVB=-0.0370539;RO=0;SAF=37;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400334;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:96:98:1:59:37:0:0:61:37:0:0 chr19 54725995 . G A 1263.54 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0222921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.14;QD=58.0937;RBI=0.0293738;REFB=-0.0463438;REVB=0.0191281;RO=3;SAF=28;SAR=56;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607631;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:3:3:84:84:0.965517:56:28:1:2:56:28:1:2 chr19 54726226 . T C 1209.73 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.321;QD=61.2521;RBI=0.0713698;REFB=0;REVB=0.0273319;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08167e-05;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:37:40:0:0:38:41:0:0 chr19 54726241 . C T 112.43 PASS AF=0.219512;AO=17;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0337829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3078;QD=5.48422;RBI=0.0384767;REFB=-0.005241;REVB=0.0184167;RO=62;SAF=11;SAR=6;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186286;STB=0.633182;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0218506;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:62:64:17:18:0.219512:6:11:31:31:6:12:32:32 chr19 54726299 . A C 65.35 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0278654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2386;QD=3.63074;RBI=0.0719835;REFB=0.00448167;REVB=-0.0663713;RO=58;SAF=6;SAR=6;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214498;STB=0.513866;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0303262;OID=.;OPOS=54726299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:72:58:60:12:12:0.166667:6:6:28:30:6:6:29:31 chr19 54726324 . G C 365.08 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000122323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.864;QD=52.1546;RBI=0.0182706;REFB=-0.113103;REVB=0.0182701;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00206022;OID=.;OPOS=54726324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:0:1:14:13:0:1 chr19 54726816 . A T 309.48 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.0226941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.777;QD=16.7287;RBI=0.0299105;REFB=-0.0179021;REVB=-0.0194838;RO=38;SAF=21;SAR=12;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368182;STB=0.703086;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0267323;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:40:33:34:0.459459:12:21:9:29:13:21:9:31 chr19 54726833 . T C 262.19 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=41;FWDB=-0.0561943;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3358;QD=12.4851;RBI=0.0946136;REFB=-0.0220244;REVB=-0.0761179;RO=53;SAF=20;SAR=11;SRF=12;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436736;STB=0.746986;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0330962;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:53:53:31:31:0.369048:11:20:12:41:11:20:12:41 chr19 54726839 . C T 252.05 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=41;FWDB=-0.0131199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5573;QD=12.147;RBI=0.0482898;REFB=-0.0286952;REVB=-0.0464734;RO=44;SAF=21;SAR=9;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430371;STB=0.779345;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0386783;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:53:30:30:0.361446:9:21:12:32:9:21:12:41 chr19 54726843 . C G 238.67 PASS AF=0.357143;AO=24;DP=80;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=0.00956771;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.727;QD=11.3655;RBI=0.040858;REFB=-0.0151869;REVB=-0.0397219;RO=55;SAF=17;SAR=7;SRF=12;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532741;STB=0.782729;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0255101;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:55:54:24:30:0.357143:7:17:12:43:9:21:12:42 chr19 54726861 . C T 184.18 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=50;FWDB=-0.00780804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.411;QD=8.37192;RBI=0.0192401;REFB=-0.000120469;REVB=-0.0175846;RO=62;SAF=18;SAR=7;SRF=13;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558961;STB=0.825212;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00200317;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:63:25:25:0.284091:7:18:13:49:7:18:13:50 chr19 54726872 . C G 164.04 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=49;FWDB=0.0138257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.342;QD=7.62963;RBI=0.0344914;REFB=-0.0117273;REVB=-0.0315992;RO=63;SAF=17;SAR=6;SRF=14;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57259;STB=0.83384;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.077399;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:63:23:23:0.267442:6:17:14:49:6:17:14:49 chr19 54743747 . C G 33.38 PASS AF=0.0714286;AO=13;DP=168;FAO=12;FDP=168;FR=.;FRO=156;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=86;FSRR=70;FWDB=0.0486852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5181;QD=0.794794;RBI=0.102804;REFB=0.00432626;REVB=-0.0905456;RO=155;SAF=10;SAR=3;SRF=85;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259785;STB=0.697107;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0611598;OID=.;OPOS=54743747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:168:168:155:156:13:12:0.0714286:3:10:85:70:3:9:86:70 chr19 54743758 . C A 914.29 PASS AF=0.577465;AO=82;DP=148;FAO=82;FDP=142;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.106776;FXX=0.0405378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.1;QD=25.7547;RBI=0.106795;REFB=-0.012246;REVB=0.00200069;RO=66;SAF=39;SAR=43;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106266;STB=0.538413;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00456108;OID=.;OPOS=54743758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:142:66:60:82:82:0.577465:43:39:40:26:43:39:34:26 chr19 54744209 . TA CG 609.98 PASS AF=0.369792;AO=70;DP=192;FAO=71;FDP=192;FR=.;FRO=121;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=81;FSRR=40;FWDB=0.00497122;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=131.285;QD=12.708;RBI=0.00972912;REFB=-0.00392671;REVB=-0.00836317;RO=120;SAF=43;SAR=27;SRF=81;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728517;STB=0.542827;STBP=0.423;TYPE=mnp;VARB=0.00645357;OID=.;OPOS=54744209;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:120:121:70:71:0.369792:27:43:81:39:28:43:81:40 chr19 54744799 . G C 224.38 PASS AF=0.216374;AO=37;DP=171;FAO=37;FDP=171;FR=.;FRO=134;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=92;FWDB=0.00571921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.42;QD=5.24866;RBI=0.0189262;REFB=-0.00596182;REVB=-0.0180413;RO=134;SAF=12;SAR=25;SRF=42;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159349;STB=0.509799;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0211596;OID=.;OPOS=54744799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:134:134:37:37:0.216374:25:12:42:92:25:12:42:92 chr19 54746051 . A C 52.0 PASS AF=0.0731707;AO=21;DP=285;FAO=21;FDP=287;FR=.;FRO=266;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=138;FSRR=128;FWDB=-0.0356205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4143;QD=0.724759;RBI=0.0607907;REFB=-0.0016645;REVB=-0.0492614;RO=260;SAF=10;SAR=11;SRF=137;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569625;STB=0.539393;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0230301;OID=.;OPOS=54746051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:285:287:260:266:21:21:0.0731707:11:10:137:123:11:10:138:128 chr19 54746081 . T C 607.6 PASS AF=0.313725;AO=80;DP=255;FAO=80;FDP=255;FR=.;FRO=175;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=92;FSRR=83;FWDB=-0.0275642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.586;QD=9.53101;RBI=0.0278377;REFB=-0.0099921;REVB=0.00389243;RO=170;SAF=37;SAR=43;SRF=89;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719929;STB=0.543333;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0181069;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:170:175:80:80:0.313725:43:37:89:81:43:37:92:83 chr19 54754752 . T C 1126.47 PASS AF=0.546392;AO=106;DP=194;FAO=106;FDP=194;FR=.;FRO=88;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.0199204;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.93;QD=23.2261;RBI=0.0199353;REFB=-0.022375;REVB=0.000770437;RO=88;SAF=51;SAR=55;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321448;STB=0.501753;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0230653;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:88:88:106:106:0.546392:55:51:42:46:55:51:42:46 chr19 54754820 . T G 104.34 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0608334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.324;QD=10.4343;RBI=0.0614317;REFB=-0.0109177;REVB=-0.00855242;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397667;STB=0.752368;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0281991;OID=.;OPOS=54754820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:27:13:13:0.325:9:4:17:8:9:4:19:8 chr19 54754946 . G A 85.27 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=83;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0516172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6413;QD=4.10951;RBI=0.0628661;REFB=-0.00466131;REVB=0.0358861;RO=68;SAF=5;SAR=10;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246882;STB=0.661075;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0296419;OID=.;OPOS=54754946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:83:83:68:68:15:15:0.180723:10:5:36:32:10:5:36:32 chr19 54767879 . T C 633.05 PASS AF=0.329167;AO=79;DP=240;FAO=79;FDP=240;FR=.;FRO=161;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=60;FSRR=101;FWDB=0.0135833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.202;QD=10.5508;RBI=0.0269126;REFB=-0.00509164;REVB=0.0232332;RO=160;SAF=40;SAR=39;SRF=59;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160778;STB=0.589452;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00791891;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:160:161:79:79:0.329167:39:40:59:101:39:40:60:101 chr19 54781466 . C G 537.33 PASS AF=0.418919;AO=53;DP=141;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=62;FWDB=-0.0133973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2804;QD=14.5224;RBI=0.0134022;REFB=-0.0302298;REVB=-0.000364965;RO=73;SAF=11;SAR=42;SRF=16;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179959;STB=0.528537;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0472103;OID=.;OPOS=54781466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:148:73:86:53:62:0.418919:42:11:16:57:47:15:24:62 chr19 54782407 . C T 692.15 PASS AF=0.519084;AO=67;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.001708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.722;QD=21.1344;RBI=0.0121489;REFB=-0.016078;REVB=0.0120282;RO=62;SAF=23;SAR=44;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865341;STB=0.538893;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0133221;OID=.;OPOS=54782407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:62:63:67:68:0.519084:44:23:27:35:44:24:27:36 chr19 54782704 . G C 186.1 PASS AF=0.259615;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0212629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.497;QD=7.15755;RBI=0.0217663;REFB=-0.0075373;REVB=-0.00465404;RO=77;SAF=11;SAR=16;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590995;STB=0.535636;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00658983;OID=.;OPOS=54782704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:77:77:27:27:0.259615:16:11:35:42:16:11:35:42 chr19 54782710 . A G 187.98 PASS AF=0.256881;AO=28;DP=109;FAO=28;FDP=109;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0108909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.833;QD=6.89845;RBI=0.0213251;REFB=-0.00623353;REVB=-0.0183344;RO=79;SAF=12;SAR=16;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649357;STB=0.530482;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00982894;OID=.;OPOS=54782710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:79:81:28:28:0.256881:16:12:38:41:16:12:38:43 chr19 54782724 . G A 246.38 PASS AF=0.271318;AO=35;DP=129;FAO=35;FDP=129;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=0.0589209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8325;QD=7.63966;RBI=0.0650243;REFB=0.012652;REVB=0.0275044;RO=94;SAF=10;SAR=25;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174833;STB=0.604875;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0271786;OID=.;OPOS=54782724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:94:94:35:35:0.271318:25:10:39:55:25:10:39:55 chr19 54782919 . C T 609.71 PASS AF=0.393258;AO=69;DP=177;FAO=70;FDP=178;FR=.;FRO=108;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=64;FSRR=44;FWDB=0.0205279;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.606;QD=13.7013;RBI=0.0234416;REFB=-0.0135806;REVB=0.0113187;RO=107;SAF=29;SAR=40;SRF=64;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190277;STB=0.607329;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00981477;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:107:108:69:70:0.393258:40:29:64:43:41:29:64:44 chr19 54783375 . T A 4729.73 PASS AF=1;AO=304;DP=305;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751505;FXX=0.00327858;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.96;QD=62.2333;RBI=0.0790205;REFB=-0.045062;REVB=0.0244262;RO=1;SAF=158;SAR=146;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300922;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3196e-05;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:305:304:1:0:304:304:1:146:158:1:0:146:158:0:0 chr19 54783923 . A G 1013.44 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.923;QD=58.7503;RBI=0.0442139;REFB=0;REVB=0.0107207;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71629e-05;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:35:31:0:0:38:31:0:0 chr19 54784130 . T C 604.04 PASS AF=0.424051;AO=55;DP=148;FAO=67;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.0349727;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3524;QD=15.2922;RBI=0.0353045;REFB=-0.0027411;REVB=-0.00482891;RO=73;SAF=38;SAR=17;SRF=53;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427019;STB=0.508966;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00591832;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:158:73:91:55:67:0.424051:17:38:53:20:29:38:53:38 chr19 54786022 . G C 91.74 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.019044;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.515;QD=6.92413;RBI=0.0226215;REFB=-0.00883246;REVB=-0.012209;RO=39;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281863;STB=0.683925;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0313414;OID=.;OPOS=54786022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:54:53:39:40:13:13:0.245283:4:9:18:21:4:9:18:22 chr19 54803504 . A C 1396.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.487;QD=62.7621;RBI=0.00768582;REFB=0;REVB=0.00705102;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08049e-06;OID=.;OPOS=54803504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:39:49:0:0:39:50:0:0 chr19 54867572 . C T 522.04 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00230662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.094;QD=15.4679;RBI=0.0198796;REFB=-0.0229337;REVB=-0.0197453;RO=78;SAF=25;SAR=32;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102939;STB=0.557732;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0286321;OID=.;OPOS=54867572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:78:78:57:57:0.422222:32:25:42:36:32:25:42:36 chr19 54871664 . G C 1408.14 PASS AF=0.968421;AO=90;DP=93;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0497642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7251;QD=59.2902;RBI=0.0504294;REFB=-0.0150176;REVB=0.00816383;RO=3;SAF=56;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247133;STB=0.512818;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000978084;OID=.;OPOS=54871664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:93:95:3:3:90:92:0.968421:34:56:3:0:35:57:3:0 chr19 54872594 . G A 729.57 PASS AF=0.529851;AO=70;DP=133;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00113822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2959;QD=21.7781;RBI=0.0179719;REFB=-0.0116693;REVB=-0.0179358;RO=63;SAF=33;SAR=37;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452124;STB=0.52777;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00863768;OID=.;OPOS=54872594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:63:63:70:71:0.529851:37:33:33:30:38:33:33:30 chr19 54872611 . A T 876.94 PASS AF=0.547297;AO=81;DP=148;FAO=81;FDP=148;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.049893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1481;QD=23.7011;RBI=0.0556391;REFB=-0.0072349;REVB=-0.0246251;RO=67;SAF=34;SAR=47;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981749;STB=0.553672;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0054754;OID=.;OPOS=54872611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:67:67:81:81:0.547297:47:34:36:31:47:34:36:31 chr19 54872698 . C G 711.92 PASS AF=0.503597;AO=70;DP=139;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0621965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4522;QD=20.487;RBI=0.064381;REFB=-0.0290236;REVB=-0.0166286;RO=68;SAF=31;SAR=39;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051462;STB=0.532139;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0440144;OID=.;OPOS=54872698;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:68:69:70:70:0.503597:39:31:34:34:39:31:35:34 chr19 54875881 . C T 638.47 PASS AF=0.44586;AO=70;DP=156;FAO=70;FDP=157;FR=.;FRO=87;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.00539674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.924;QD=16.2669;RBI=0.0231033;REFB=-0.00786776;REVB=0.0224642;RO=84;SAF=44;SAR=26;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829162;STB=0.551029;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00993678;OID=.;OPOS=54875881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:84:87:70:70:0.44586:26:44:46:38:26:44:47:40 chr19 54926728 . TG TGC,T 74.12 PASS AF=0,0.8125;AO=3,5;DP=16;FAO=0,13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=0,1;FSAR=0,12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0295242,0.0210784;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=69.2906,10.5416;QD=18.5306;RBI=0.263594,0.248442;REFB=0.0257829,0.0819428;REVB=-0.261935,0.247546;RO=3;SAF=0,1;SAR=3,4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0.334694;SSSB=-0.664835,-0.116878;STB=0.5,0.631334;STBP=1,0.236;TYPE=ins,del;VARB=0,0.0260236;OID=.,.;OPOS=54926730,54926729;OREF=-,G;OALT=C,-;OMAPALT=TGC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.8125:3,5:16:0,13:16:3:0,1:0,12:1:2:12:3:0,1:3,4:1:2 chr19 55044230 . C T 38.71 PASS AF=0.304348;AO=2;DP=16;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00183383;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.081;QD=6.7329;RBI=0.0464606;REFB=-0.0225757;REVB=0.0464244;RO=14;SAF=2;SAR=0;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420526;STB=0.55796;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0481654;OID=.;OPOS=55044230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:23:14:16:2:7:0.304348:0:2:13:1:1:6:13:3 chr19 55048270 . C T 536.32 PASS AF=0.495575;AO=54;DP=111;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00256157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1532;QD=18.9846;RBI=0.0163333;REFB=-0.00999381;REVB=0.0161312;RO=54;SAF=33;SAR=21;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152445;STB=0.576346;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0153688;OID=.;OPOS=55048270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:54:57:54:56:0.495575:21:33:24:30:23:33:25:32 chr19 55085399 . G A 1640.39 PASS AF=0.439086;AO=173;DP=396;FAO=173;FDP=394;FR=.;FRO=221;FSAF=96;FSAR=77;FSRF=104;FSRR=117;FWDB=-0.014886;FXX=0.00505038;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.344;QD=16.6537;RBI=0.0150944;REFB=-0.0356793;REVB=-0.00249962;RO=215;SAF=96;SAR=77;SRF=104;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715181;STB=0.547373;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0387012;OID=.;OPOS=55085399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:394:215:221:173:173:0.439086:77:96:104:111:77:96:104:117 chr19 55086775 . C T 3611.37 PASS AF=0.964143;AO=212;DP=258;FAO=242;FDP=251;FR=.;FRO=9;FSAF=135;FSAR=107;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0139249;FXX=0.0271307;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.381;QD=57.5517;RBI=0.013925;REFB=-0.0181045;REVB=3.89281e-05;RO=0;SAF=109;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504117;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=4.60063e-05;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:258:251:0:9:212:242:0.964143:103:109:0:0:107:135:4:5 chr19 55089082 . C A 493.33 PASS AF=0.505263;AO=47;DP=94;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0469893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.117;QD=20.7716;RBI=0.0471144;REFB=-0.0247112;REVB=-0.00343081;RO=44;SAF=23;SAR=24;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904541;STB=0.526629;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0172872;OID=.;OPOS=55089082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:44:47:47:48:0.505263:24:23:17:27:25:23:20:27 chr19 55098667 . G A 1296.9 PASS AF=0.453947;AO=138;DP=304;FAO=138;FDP=304;FR=.;FRO=166;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=68;FSRR=98;FWDB=0.00622774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6069;QD=17.0645;RBI=0.0194825;REFB=0.00817037;REVB=-0.0184603;RO=166;SAF=70;SAR=68;SRF=68;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963363;STB=0.55322;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0120509;OID=.;OPOS=55098667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:166:166:138:138:0.453947:68:70:68:98:68:70:68:98 chr19 55105722 . G C 712.2 PASS AF=0.35865;AO=84;DP=236;FAO=85;FDP=237;FR=.;FRO=152;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=65;FSRR=87;FWDB=0.0255767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.205;QD=12.0203;RBI=0.0275317;REFB=-0.00602204;REVB=-0.0101895;RO=151;SAF=46;SAR=38;SRF=65;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131862;STB=0.579885;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0212561;OID=.;OPOS=55105722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:151:152:84:85:0.35865:38:46:65:86:38:47:65:87 chr19 55105727 . A G 745.12 PASS AF=0.365145;AO=87;DP=243;FAO=88;FDP=241;FR=.;FRO=153;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=66;FSRR=87;FWDB=0.000470226;FXX=0.0122946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.42;QD=12.3672;RBI=0.00664776;REFB=-0.0129737;REVB=-0.00663111;RO=155;SAF=49;SAR=38;SRF=66;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154163;STB=0.579211;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0232151;OID=.;OPOS=55105727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:241:155:153:87:88:0.365145:38:49:66:89:39:49:66:87 chr19 55105743 . A G 868.87 PASS AF=0.380597;AO=102;DP=267;FAO=102;FDP=268;FR=.;FRO=166;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=74;FSRR=92;FWDB=-0.00468452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.096;QD=12.9682;RBI=0.0129135;REFB=-0.0143949;REVB=0.0120338;RO=164;SAF=55;SAR=47;SRF=74;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096123;STB=0.557692;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.018148;OID=.;OPOS=55105743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:268:164:166:102:102:0.380597:47:55:74:90:47:55:74:92 chr19 55106317 . A G 1231.26 PASS AF=0.436482;AO=134;DP=307;FAO=134;FDP=307;FR=.;FRO=173;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=71;FSRR=102;FWDB=0.0227059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.319;QD=16.0424;RBI=0.022708;REFB=-0.000344596;REVB=-0.000310541;RO=172;SAF=63;SAR=71;SRF=71;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585758;STB=0.533919;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00144113;OID=.;OPOS=55106317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:172:173:134:134:0.436482:71:63:71:101:71:63:71:102 chr19 55106338 . A C 994.85 PASS AF=0.400722;AO=111;DP=278;FAO=111;FDP=277;FR=.;FRO=166;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=70;FSRR=96;FWDB=-0.0131041;FXX=0.0212007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.484;QD=14.3661;RBI=0.0192766;REFB=-0.0094467;REVB=-0.0141375;RO=162;SAF=50;SAR=61;SRF=68;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330129;STB=0.517466;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0141938;OID=.;OPOS=55106338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:277:162:166:111:111:0.400722:61:50:68:94:61:50:70:96 chr19 55106590 . A G 766.18 PASS AF=0.430693;AO=79;DP=196;FAO=87;FDP=202;FR=.;FRO=115;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=68;FSRR=47;FWDB=0.0130059;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.189;QD=15.1718;RBI=0.0141185;REFB=-0.0318166;REVB=0.0054934;RO=116;SAF=39;SAR=40;SRF=68;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980678;STB=0.548758;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0391474;OID=.;OPOS=55106590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:202:116:115:79:87:0.430693:40:39:68:48:43:44:68:47 chr19 55106865 . T C 1171.94 PASS AF=0.462406;AO=120;DP=265;FAO=123;FDP=266;FR=.;FRO=143;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=73;FSRR=70;FWDB=0.00557795;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.215;QD=17.6232;RBI=0.0061942;REFB=-0.0275998;REVB=-0.00269345;RO=143;SAF=55;SAR=65;SRF=73;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513666;STB=0.525345;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0304023;OID=.;OPOS=55106865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:143:143:120:123:0.462406:65:55:73:70:66:57:73:70 chr19 55107308 . G C 321.62 PASS AF=0.285714;AO=40;DP=146;FAO=42;FDP=147;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.00355802;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.502;QD=8.75148;RBI=0.0383197;REFB=-0.015204;REVB=-0.0381542;RO=102;SAF=23;SAR=17;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679976;STB=0.5897;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0340812;OID=.;OPOS=55107308;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:102:105:40:42:0.285714:17:23:53:49:16:26:52:53 chr19 55107313 . T C 338.97 PASS AF=0.30137;AO=42;DP=143;FAO=44;FDP=146;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=-0.00362544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.65;QD=9.28685;RBI=0.0172964;REFB=-0.0219223;REVB=-0.0169122;RO=101;SAF=25;SAR=17;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133221;STB=0.587287;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0224801;OID=.;OPOS=55107313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:146:101:102:42:44:0.30137:17:25:49:52:17:27:50:52 chr19 55107336 . C T 378.3 PASS AF=0.321918;AO=47;DP=146;FAO=47;FDP=146;FR=.;FRO=99;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=0.00851294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.601;QD=10.3644;RBI=0.0256448;REFB=-0.0083468;REVB=0.0241907;RO=98;SAF=26;SAR=21;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133055;STB=0.573387;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0084949;OID=.;OPOS=55107336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:98:99:47:47:0.321918:21:26:43:55:21:26:44:55 chr19 55107343 . T C 383.38 PASS AF=0.338129;AO=47;DP=139;FAO=47;FDP=139;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.00942998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.728;QD=11.0324;RBI=0.0147193;REFB=-0.0143119;REVB=-0.0113019;RO=91;SAF=26;SAR=21;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129732;STB=0.577921;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0297495;OID=.;OPOS=55107343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:91:92:47:47:0.338129:21:26:40:51:21:26:40:52 chr19 55111956 . C T 37.05 PASS AF=0.111111;AO=18;DP=145;FAO=16;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=128;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=65;FWDB=0.0537991;FXX=0.00689608;HRUN=4;LEN=1;MLLD=26.1467;QD=1.02908;RBI=0.101571;REFB=-0.045792;REVB=-0.0861533;RO=107;SAF=1;SAR=17;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.640777;STB=0.922499;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.19003;OID=.;OPOS=55111956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:145:144:107:128:18:16:0.111111:17:1:59:48:15:1:63:65 chr19 55142101 . G A 601.48 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0414427;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0804;QD=18.3658;RBI=0.0414845;REFB=0.00764386;REVB=0.00186017;RO=67;SAF=22;SAR=40;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118829;STB=0.50429;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0159552;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:67:69:62:62:0.473282:40:22:23:44:40:22:25:44 chr19 55142739 . A C 515.01 PASS AF=0.456;AO=49;DP=119;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.014236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.607;QD=16.4804;RBI=0.0151479;REFB=-0.0145863;REVB=0.00517632;RO=68;SAF=30;SAR=19;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726598;STB=0.560418;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.016989;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:125:68:68:49:57:0.456:19:30:37:31:20:37:37:31 chr19 55143083 . T C 1875.91 PASS AF=0.518732;AO=177;DP=346;FAO=180;FDP=347;FR=.;FRO=167;FSAF=84;FSAR=96;FSRF=106;FSRR=61;FWDB=0.011217;FXX=0.00857118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.811;QD=21.6243;RBI=0.0117889;REFB=-0.00802872;REVB=-0.0036271;RO=169;SAF=81;SAR=96;SRF=106;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150645;STB=0.580365;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00643474;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:347:169:167:177:180:0.518732:96:81:106:63:96:84:106:61 chr19 55143156 . TG CA 1839.79 PASS AF=0.506925;AO=183;DP=363;FAO=183;FDP=361;FR=.;FRO=178;FSAF=73;FSAR=110;FSRF=107;FSRR=71;FWDB=0.00744603;FXX=0.00550949;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.355;QD=20.3855;RBI=0.00963059;REFB=-0.0156634;REVB=0.00610777;RO=174;SAF=73;SAR=110;SRF=103;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172592;STB=0.599753;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0136994;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:361:174:178:183:183:0.506925:110:73:103:71:110:73:107:71 chr19 55143452 . T C 822.65 PASS AF=0.47486;AO=85;DP=181;FAO=85;FDP=179;FR=.;FRO=94;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=-0.00306657;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.68;QD=18.3832;RBI=0.00446304;REFB=0.0017895;REVB=-0.00324267;RO=96;SAF=51;SAR=34;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214251;STB=0.613307;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00185204;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:179:96:94:85:85:0.47486:34:51:36:60:34:51:36:58 chr19 55143491 . G T 1246.67 PASS AF=0.486692;AO=127;DP=263;FAO=128;FDP=263;FR=.;FRO=135;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=56;FSRR=79;FWDB=-0.00129605;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.45;QD=18.9608;RBI=0.0179084;REFB=-0.0112828;REVB=-0.0178614;RO=135;SAF=64;SAR=63;SRF=55;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904242;STB=0.54767;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0140374;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:135:135:127:128:0.486692:63:64:55:80:63:65:56:79 chr19 55144186 . C T 230.7 PASS AF=0.293578;AO=32;DP=108;FAO=32;FDP=109;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0800775;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0423;QD=8.46586;RBI=0.0809668;REFB=-0.0142333;REVB=0.0119675;RO=75;SAF=14;SAR=18;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191696;STB=0.611483;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0387872;OID=.;OPOS=55144186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:75:77:32:32:0.293578:18:14:45:30:18:14:46:31 chr19 55174498 . T C 654.03 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0941229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1243;QD=18.6866;RBI=0.100775;REFB=-0.0163029;REVB=-0.0360057;RO=69;SAF=32;SAR=35;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529388;STB=0.513365;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.035955;OID=.;OPOS=55174498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:69:73:67:67:0.478571:35:32:29:40:35:32:33:40 chr19 55175740 . C T 2104.91 PASS AF=0.925926;AO=144;DP=157;FAO=150;FDP=162;FR=.;FRO=12;FSAF=90;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.048868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0604;QD=51.973;RBI=0.0557399;REFB=-0.00703259;REVB=0.0268115;RO=12;SAF=88;SAR=56;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916772;STB=0.545448;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0137181;OID=.;OPOS=55175740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:157:162:12:12:144:150:0.925926:56:88:0:12:60:90:0:12 chr19 55176262 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.751;QD=58.4194;RBI=0.0317134;REFB=0;REVB=0.028609;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13881e-05;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr19 55176535 . C T 466.97 PASS AF=0.402685;AO=52;DP=140;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=-0.00447138;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.843;QD=12.536;RBI=0.0237349;REFB=-0.00558199;REVB=-0.0233099;RO=74;SAF=39;SAR=13;SRF=58;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484333;STB=0.501107;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00580287;OID=.;OPOS=55176535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:149:74:89:52:60:0.402685:13:39:58:16:21:39:58:31 chr19 55179120 . C T 781.31 PASS AF=0.460674;AO=82;DP=178;FAO=82;FDP=178;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=0.0020914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7287;QD=17.5576;RBI=0.0044537;REFB=-0.00714069;REVB=-0.00393211;RO=96;SAF=33;SAR=49;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156357;STB=0.586684;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0105341;OID=.;OPOS=55179120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:96:96:82:82:0.460674:49:33:54:42:49:33:54:42 chr19 55179364 . A G 519.15 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0132914;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.068;QD=16.481;RBI=0.0309439;REFB=-0.00297321;REVB=-0.027944;RO=71;SAF=35;SAR=21;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135347;STB=0.571403;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00302806;OID=.;OPOS=55179364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:71:70:56:56:0.444444:21:35:35:36:21:35:35:35 chr19 55237616 . C T 2605.0 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00370503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.937;QD=61.2942;RBI=0.00393357;REFB=0.0173188;REVB=0.00132126;RO=1;SAF=73;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647502;STB=0.503401;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-5.2882e-05;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:170:1:1:169:169:0.994118:96:73:1:0:96:73:1:0 chr19 55237677 . C T 1661.42 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.499;QD=59.3364;RBI=0.0190999;REFB=-0.0278362;REVB=0.0120056;RO=1;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736083;STB=0.503875;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000291739;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:64:47:0:1:64:47:0:1 chr19 55239223 . G A 2547.85 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.85;QD=61.766;RBI=0.0258175;REFB=0;REVB=0.0134615;RO=0;SAF=85;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47839e-05;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:80:85:0:0:80:85:0:0 chr19 55246739 . C T 3318.81 PASS AF=0.995392;AO=213;DP=217;FAO=216;FDP=217;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362559;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7371;QD=61.1762;RBI=0.0363349;REFB=-0.123092;REVB=-0.00239536;RO=2;SAF=104;SAR=109;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090726;STB=0.502325;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000771146;OID=.;OPOS=55246739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:217:217:2:1:213:216:0.995392:109:104:2:0:109:107:1:0 chr19 55286650 . T C 451.36 PASS AF=0.387931;AO=39;DP=116;FAO=45;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0122394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.324;QD=15.5642;RBI=0.0272147;REFB=-0.0287892;REVB=-0.0243071;RO=41;SAF=11;SAR=28;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252273;STB=0.571644;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0401784;OID=.;OPOS=55286650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:41:60:39:45:0.387931:28:11:22:19:28:17:30:30 chr19 55286665 . T A 492.04 PASS AF=0.395683;AO=55;DP=141;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0225034;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.29;QD=14.1594;RBI=0.0284735;REFB=-0.00506402;REVB=-0.0174453;RO=84;SAF=26;SAR=29;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604378;STB=0.534094;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00627484;OID=.;OPOS=55286665;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:84:84:55:55:0.395683:29:26:35:49:29:26:35:49 chr19 55286767 . G T 496.93 PASS AF=0.27668;AO=70;DP=253;FAO=70;FDP=253;FR=.;FRO=183;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=74;FSRR=109;FWDB=-0.0403549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.998;QD=7.85664;RBI=0.0429416;REFB=-0.00883033;REVB=-0.0146785;RO=181;SAF=39;SAR=31;SRF=74;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180593;STB=0.609141;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0426287;OID=.;OPOS=55286767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:181:183:70:70:0.27668:31:39:74:107:31:39:74:109 chr19 55286770 . C G 484.81 PASS AF=0.27027;AO=69;DP=260;FAO=70;FDP=259;FR=.;FRO=189;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=75;FSRR=114;FWDB=-0.0481885;FXX=0.00384601;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.538;QD=7.4875;RBI=0.0495756;REFB=-0.0048275;REVB=-0.0116453;RO=188;SAF=39;SAR=30;SRF=74;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210214;STB=0.615378;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0272314;OID=.;OPOS=55286770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:259:188:189:69:70:0.27027:30:39:74:114:31:39:75:114 chr19 55286773 . AGG GCA 448.28 PASS AF=0.259843;AO=65;DP=256;FAO=66;FDP=254;FR=.;FRO=188;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=75;FSRR=113;FWDB=-0.0219226;FXX=0.00781219;HRUN=2;LEN=3;MLLD=253.017;QD=7.05956;RBI=0.0291327;REFB=-0.00307766;REVB=-0.0191863;RO=184;SAF=38;SAR=27;SRF=72;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237304;STB=0.628688;STBP=0.019;TYPE=mnp;VARB=0.0177692;OID=.;OPOS=55286773;OREF=AGG;OALT=GCA;OMAPALT=GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:254:184:188:65:66:0.259843:27:38:72:112:28:38:75:113 chr19 55286795 . T C 328.11 PASS AF=0.21371;AO=53;DP=247;FAO=53;FDP=248;FR=.;FRO=195;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=79;FSRR=116;FWDB=-0.0131199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.356;QD=5.29204;RBI=0.0165872;REFB=-0.00216293;REVB=-0.010149;RO=187;SAF=34;SAR=19;SRF=75;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300858;STB=0.681246;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00647022;OID=.;OPOS=55286795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:187:195:53:53:0.21371:19:34:75:112:19:34:79:116 chr19 55317439 . C T 238.79 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00510093;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.858;QD=16.1894;RBI=0.0548902;REFB=-0.0168484;REVB=0.0546526;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294248;STB=0.53823;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0210881;OID=.;OPOS=55317439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:32:27:27:0.457627:10:17:18:12:10:17:18:14 chr19 55317456 . G A 333.11 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00712352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.996;QD=16.4499;RBI=0.0172467;REFB=-0.0156894;REVB=-0.0157069;RO=45;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568481;STB=0.531988;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0233321;OID=.;OPOS=55317456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:14:22:25:20:14:22:25:20 chr19 55317669 . C G 419.3 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0044552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.807;QD=22.9756;RBI=0.017896;REFB=-0.00708028;REVB=-0.0173325;RO=32;SAF=15;SAR=26;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046493;STB=0.525535;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00583323;OID=.;OPOS=55317669;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:26:15:10:22:26:15:10:22 chr19 55320279 . G A 3497.3 PASS AF=1;AO=222;DP=222;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3184;QD=62.7318;RBI=0.0199382;REFB=0;REVB=0.016535;RO=0;SAF=140;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69125e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40675e-05;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:223:0:0:222:223:1:82:140:0:0:83:140:0:0 chr19 55324635 . T C 1891.5 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.672;QD=60.0478;RBI=0.0447773;REFB=-0.0887117;REVB=-0.0368188;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.503816;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000160744;OID=.;OPOS=55324635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:0:1:124:125:0.992063:65:59:0:0:65:60:0:1 chr19 55325455 . G A 208.88 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00652625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.634;QD=13.6973;RBI=0.0220343;REFB=-0.0089459;REVB=-0.0210456;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258281;STB=0.647402;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0241595;OID=.;OPOS=55325455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:9:16:14:22:9:16:14:22 chr19 55327930 . A G 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00083224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6555;QD=60.9729;RBI=0.145019;REFB=0;REVB=-0.145017;RO=0;SAF=34;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000895452;OID=.;OPOS=55327930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:5:34:0:0:5:34:0:0 chr19 55327960 . C T 795.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0097;QD=63.6039;RBI=0.0605516;REFB=0;REVB=-0.0139238;RO=0;SAF=40;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471248;OID=.;OPOS=55327960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:7:40:0:0:7:43:0:0 chr19 55328959 . G T 1973.03 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.679;QD=61.1792;RBI=0.0244942;REFB=-0.0161776;REVB=-0.0179184;RO=1;SAF=62;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725477;STB=0.503816;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-1.69783e-06;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:129:1:1:127:128:0.992248:65:62:0:1:65:63:0:1 chr19 55328973 . T G 462.51 PASS AF=0.381295;AO=53;DP=139;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.0168682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.04;QD=13.3096;RBI=0.0181247;REFB=-0.00264292;REVB=-0.00663095;RO=85;SAF=26;SAR=27;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730515;STB=0.537381;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00509506;OID=.;OPOS=55328973;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:85:86:53:53:0.381295:27:26:36:49:27:26:37:49 chr19 55328993 . G C 2270.76 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=153;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290214;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9437;QD=60.1526;RBI=0.0290278;REFB=-0.102352;REVB=-0.000610306;RO=1;SAF=65;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556335;STB=0.502924;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000524375;OID=.;OPOS=55328993;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:151:1:1:150:150:0.993377:85:65:0:1:85:65:0:1 chr19 55329021 . A G 2403.54 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000867425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.719;QD=60.4663;RBI=0.0517957;REFB=-0.104633;REVB=-0.0517884;RO=1;SAF=66;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514371;STB=0.502702;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00012445;OID=.;OPOS=55329021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:1:1:158:158:0.993711:92:66:0:1:92:66:0:1 chr19 55329783 . A G 1490.92 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.349;QD=63.4435;RBI=0.081477;REFB=0;REVB=-0.0790695;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020066;OID=.;OPOS=55329783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr19 55329901 . A G 1453.18 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.633;QD=63.1817;RBI=0.0306614;REFB=0;REVB=-0.00400113;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52097e-05;OID=.;OPOS=55329901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:40:52:0:0:40:52:0:0 chr19 55329922 . A T 1180.93 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0296896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6431;QD=58.3173;RBI=0.0396198;REFB=-0.0896217;REVB=0.0262347;RO=2;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255712;STB=0.51351;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.012341;OID=.;OPOS=55329922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:36:43:0:2:36:43:0:2 chr19 55333096 . T C 280.44 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00359387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.148;QD=13.3543;RBI=0.00522748;REFB=-0.00979911;REVB=-0.00379614;RO=51;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989378;STB=0.545427;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0181148;OID=.;OPOS=55333096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:32:33:0.392857:14:18:24:27:15:18:24:27 chr19 55340836 . A G 1104.31 PASS AF=0.550802;AO=103;DP=188;FAO=103;FDP=187;FR=.;FRO=84;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.00958387;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.059;QD=23.6215;RBI=0.0174092;REFB=-0.014519;REVB=0.0145337;RO=82;SAF=50;SAR=53;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100982;STB=0.549213;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0107469;OID=.;OPOS=55340836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:82:84:103:103:0.550802:53:50:50:32:53:50:50:34 chr19 55341575 . G C 172.78 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=39;FWDB=0.0250148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5009;QD=9.46729;RBI=0.0254234;REFB=0.0135116;REVB=0.00453978;RO=50;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353018;STB=0.703249;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0247344;OID=.;OPOS=55341575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:11:12:11:39:11:12:11:39 chr19 55341589 . C T 230.09 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=0.0451252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7674;QD=12.1101;RBI=0.0675762;REFB=-0.0328811;REVB=-0.0503016;RO=47;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338199;STB=0.689219;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0370573;OID=.;OPOS=55341589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:47:48:27:28:0.368421:13:14:10:37:13:15:11:37 chr19 55349264 . G A 984.56 PASS AF=0.448276;AO=104;DP=232;FAO=104;FDP=232;FR=.;FRO=128;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=51;FSRR=77;FWDB=-0.00575876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.715;QD=16.9752;RBI=0.0267755;REFB=-0.016793;REVB=-0.0261489;RO=127;SAF=55;SAR=49;SRF=51;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125752;STB=0.57158;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0233843;OID=.;OPOS=55349264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:127:128:104:104:0.448276:49:55:51:76:49:55:51:77 chr19 55350948 . A T 813.58 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0278126;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.295;QD=54.2386;RBI=0.0280917;REFB=-0.0634878;REVB=-0.00394974;RO=2;SAF=27;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336561;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000578966;OID=.;OPOS=55350948;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:57:58:0.966667:30:27:2:0:30:28:2:0 chr19 55350979 . A G 802.64 PASS AF=0.673469;AO=65;DP=97;FAO=66;FDP=98;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00202753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.643;QD=32.7609;RBI=0.023547;REFB=-0.00707191;REVB=-0.0234595;RO=30;SAF=29;SAR=36;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121306;STB=0.500628;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0130325;OID=.;OPOS=55350979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:30:32:65:66:0.673469:36:29:14:16:37:29:14:18 chr19 55351022 . A C 1113.7 PASS AF=0.652778;AO=93;DP=143;FAO=94;FDP=144;FR=.;FRO=50;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.000173595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5884;QD=30.936;RBI=0.0190389;REFB=-0.042474;REVB=-0.0190381;RO=50;SAF=48;SAR=45;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493251;STB=0.528198;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0284721;OID=.;OPOS=55351022;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:50:50:93:94:0.652778:45:48:22:28:45:49:22:28 chr19 55359272 . C G 3281.39 PASS AF=1;AO=212;DP=216;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907942;FXX=0.00925883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2167;QD=61.3344;RBI=0.0908917;REFB=-0.0685982;REVB=0.00420908;RO=0;SAF=92;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739985;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:216:214:0:0:212:214:1:120:92:0:0:120:94:0:0 chr19 55361942 . G T 2053.98 PASS AF=0.978261;AO=134;DP=138;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00180425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.879;QD=59.5356;RBI=0.0556001;REFB=-0.203447;REVB=0.0555708;RO=4;SAF=75;SAR=59;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311351;STB=0.512193;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00154087;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:138:4:3:134:135:0.978261:59:75:0:4:60:75:0:3 chr19 55362719 . G T 4663.72 PASS AF=1;AO=291;DP=291;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.837;QD=63.6685;RBI=0.015272;REFB=0;REVB=0.00978849;RO=0;SAF=165;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08639e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53733e-05;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:291:293:0:0:291:293:1:126:165:0:0:126:167:0:0 chr19 55363504 . G A 633.32 PASS AF=0.442953;AO=64;DP=147;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0637659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5918;QD=17.0019;RBI=0.0637973;REFB=0.00776992;REVB=0.00199859;RO=83;SAF=26;SAR=38;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102198;STB=0.554714;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00883137;OID=.;OPOS=55363504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:83:83:64:66:0.442953:38:26:42:41:39:27:42:41 chr19 55365240 . C A 301.43 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0153475;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.011;QD=13.8589;RBI=0.0269959;REFB=0.000711478;REVB=0.0222089;RO=51;SAF=11;SAR=23;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123053;STB=0.57285;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000815041;OID=.;OPOS=55365240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:51:53:34:34:0.390805:23:11:22:29:23:11:23:30 chr19 55365320 . G T 662.31 PASS AF=0.478571;AO=66;DP=132;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-6.50208e-05;FXX=0.0070917;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.518;QD=18.923;RBI=0.0287538;REFB=-0.00917722;REVB=-0.0287537;RO=66;SAF=38;SAR=28;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110336;STB=0.567144;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00818827;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:140:66:73:66:67:0.478571:28:38:30:36:29:38:32:41 chr19 55367174 . C G 675.19 PASS AF=0.407609;AO=75;DP=185;FAO=75;FDP=184;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=0.0548844;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.063;QD=14.6781;RBI=0.0555965;REFB=0.00718999;REVB=0.00886967;RO=109;SAF=35;SAR=40;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279524;STB=0.515678;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0106561;OID=.;OPOS=55367174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:109:109:75:75:0.407609:40:35:48:61:40:35:48:61 chr19 55377813 . C T 551.66 PASS AF=0.405405;AO=60;DP=148;FAO=60;FDP=148;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.0124506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.237;QD=14.9098;RBI=0.0124897;REFB=-0.00542702;REVB=0.000987812;RO=88;SAF=31;SAR=29;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304873;STB=0.51715;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00794833;OID=.;OPOS=55377813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:88:88:60:60:0.405405:29:31:48:40:29:31:48:40 chr19 55378083 . T C 467.59 PASS AF=0.490196;AO=41;DP=95;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0126914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3703;QD=18.3369;RBI=0.0161956;REFB=-0.00911434;REVB=-0.0100612;RO=51;SAF=19;SAR=22;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319362;STB=0.549276;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00867458;OID=.;OPOS=55378083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:102:51:52:41:50:0.490196:22:19:22:29:24:26:22:30 chr19 55396900 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.32;QD=60.0309;RBI=0.0247751;REFB=0;REVB=0.0233125;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74175e-05;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr19 55399643 . T C 811.15 PASS AF=0.475138;AO=82;DP=179;FAO=86;FDP=181;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.018838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6006;QD=17.9259;RBI=0.0364989;REFB=-0.019056;REVB=0.0312618;RO=94;SAF=41;SAR=41;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307843;STB=0.519903;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0257149;OID=.;OPOS=55399643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:94:95:82:86:0.475138:41:41:44:50:42:44:45:50 chr19 55399684 . C T 726.57 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0548845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8752;QD=19.1203;RBI=0.0587893;REFB=-0.0430369;REVB=0.0210682;RO=77;SAF=35;SAR=40;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594187;STB=0.532735;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0367763;OID=.;OPOS=55399684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:77:77:75:75:0.493421:40:35:31:46:40:35:31:46 chr19 55420801 . C A 387.83 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00411299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.58;QD=15.993;RBI=0.0213476;REFB=-0.0258735;REVB=0.0209476;RO=55;SAF=24;SAR=17;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153871;STB=0.502332;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0267031;OID=.;OPOS=55420801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:17:24:33:22:17:24:33:23 chr19 55423530 . C T 616.16 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0243404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.428;QD=17.3565;RBI=0.0490818;REFB=-0.00476711;REVB=0.0426212;RO=78;SAF=29;SAR=35;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210834;STB=0.511738;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00515803;OID=.;OPOS=55423530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:78:78:64:64:0.450704:35:29:37:41:35:29:37:41 chr19 55424203 . GGAA G 310.08 PASS AF=0.629032;AO=37;DP=65;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00648921;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=224.872;QD=20.0051;RBI=0.00798334;REFB=-0.012281;REVB=0.00465015;RO=24;SAF=17;SAR=20;SRF=12;SRR=12;SSEN=0.400709;SSEP=0;SSSB=-0.0292022;STB=0.509995;STBP=0.846;TYPE=del;VARB=0.00752561;OID=.;OPOS=55424204;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.629032:37:65:39:62:23:18:21:10:13:99:24:17:20:12:12 chr19 55441902 . T C 267.8 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0154715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.968;QD=13.7332;RBI=0.0274278;REFB=-0.00785159;REVB=0.0226477;RO=45;SAF=9;SAR=22;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26648;STB=0.653743;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00682154;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:47:31:31:0.397436:22:9:24:21:22:9:25:22 chr19 55441995 . A G 418.88 PASS AF=0.5;AO=40;DP=82;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0640662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.416;QD=19.9469;RBI=0.0725443;REFB=-0.0119538;REVB=0.0340323;RO=42;SAF=12;SAR=28;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241022;STB=0.625837;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00952895;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:42:42:40:42:0.5:28:12:23:19:29:13:23:19 chr19 55459052 . A G 613.99 PASS AF=0.444444;AO=64;DP=144;FAO=64;FDP=144;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.00172264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0365;QD=17.0552;RBI=0.023096;REFB=0.00603437;REVB=-0.0230317;RO=77;SAF=30;SAR=34;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498073;STB=0.517386;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0098554;OID=.;OPOS=55459052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:77:80:64:64:0.444444:34:30:40:37:34:30:40:40 chr19 55485899 . G A 169.16 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00532359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.656;QD=13.0124;RBI=0.014396;REFB=-0.00371588;REVB=0.0133755;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532089;STB=0.557635;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00595525;OID=.;OPOS=55485899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:32:20:20:0.384615:10:10:16:13:10:10:19:13 chr19 55494881 . C G 489.39 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00126021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5289;QD=17.0223;RBI=0.0827273;REFB=0.000138093;REVB=0.0827177;RO=62;SAF=26;SAR=27;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221129;STB=0.512311;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.000349284;OID=.;OPOS=55494881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:27:26:29:33:27:26:29:33 chr19 55501579 . A C 630.95 PASS AF=0.525;AO=64;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0182057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.802;QD=21.0317;RBI=0.0191306;REFB=-0.0227129;REVB=0.00587633;RO=56;SAF=27;SAR=37;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142311;STB=0.571406;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0215083;OID=.;OPOS=55501579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:57:64:63:0.525:37:27:33:23:36:27:33:24 chr19 55512137 . C A 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.258;QD=62.0216;RBI=0.0117348;REFB=0;REVB=0.00503046;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92648e-05;OID=.;OPOS=55512137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:18:24:0:0 chr19 55512232 . C A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0151448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.455;QD=15.1962;RBI=0.0269046;REFB=-0.00813795;REVB=-0.0222372;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145161;STB=0.583245;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0108011;OID=.;OPOS=55512232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:18:8:8:10:18:8 chr19 55525894 . G A 1530.08 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0280201;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.286;QD=56.6696;RBI=0.0387433;REFB=-0.0438171;REVB=0.0267567;RO=3;SAF=52;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265892;STB=0.514016;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000125993;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:108:3:3:105:105:0.972222:53:52:3:0:53:52:3:0 chr19 55526345 . T G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.981;QD=64.4154;RBI=0.028784;REFB=0;REVB=-0.00344131;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89182e-05;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr19 55526359 . A T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.272;QD=64.1527;RBI=0.0217422;REFB=0;REVB=0.0120455;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39205e-05;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr19 55526373 . G C 351.34 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0297148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.231;QD=29.9012;RBI=0.0298926;REFB=0.016748;REVB=0.00325616;RO=16;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137393;STB=0.587101;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00614668;OID=.;OPOS=55526373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:16:17:29:30:0.638298:11:18:13:3:12:18:14:3 chr19 55527081 . C T 1931.94 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660836;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.199;QD=61.8222;RBI=0.0689448;REFB=0;REVB=0.0196555;RO=0;SAF=51;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54043e-06;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:125:0:0:125:125:1:74:51:0:0:74:51:0:0 chr19 55530035 . C T 2106.86 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154088;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5697;QD=62.8913;RBI=0.015701;REFB=0;REVB=0.00301475;RO=0;SAF=66;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467993;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:67:66:0:0:67:67:0:0 chr19 55536595 . G A 1392.71 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00285995;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.867;QD=59.9016;RBI=0.00321076;REFB=-0.0541263;REVB=-0.00145935;RO=1;SAF=42;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111514;STB=0.500832;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=1.25638e-05;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:93:1:2:90:91:0.978495:48:42:1:0:49:42:1:1 chr19 55538980 . T C 1716.25 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104977;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.992;QD=60.7522;RBI=0.0138778;REFB=0;REVB=-0.009077;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2738e-06;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:63:50:0:0:63:50:0:0 chr19 55539061 . A G 2486.37 PASS AF=0.988304;AO=162;DP=164;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.027743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.1328;QD=58.1607;RBI=0.0510394;REFB=-0.0451683;REVB=0.042841;RO=2;SAF=70;SAR=92;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133992;STB=0.506756;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00085355;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:171:2:2:162:169:0.988304:92:70:2:0:96:73:2:0 chr19 55539072 . T G 2695.86 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300178;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.538;QD=62.332;RBI=0.0156594;REFB=0;REVB=0.015369;RO=0;SAF=78;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38216e-05;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:173:0:0:171:173:1:93:78:0:0:95:78:0:0 chr19 55559715 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.333;QD=63.8719;RBI=0.0560966;REFB=0;REVB=0.0542464;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7717e-05;OID=.;OPOS=55559715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr19 55570574 . A G 2829.82 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185086;FXX=0.0271724;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.915;QD=63.2363;RBI=0.019368;REFB=0;REVB=-0.0057054;RO=0;SAF=86;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424033;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:179:0:0:179:179:1:93:86:0:0:93:86:0:0 chr19 55587822 . G A 6155.31 PASS AF=1;AO=387;DP=392;FAO=388;FDP=388;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=219;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132436;FXX=0.015228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.086;QD=63.4569;RBI=0.0200348;REFB=-0.0251446;REVB=0.0150332;RO=1;SAF=169;SAR=218;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0021842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40482e-05;OID=.;OPOS=55587822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:392:388:1:0:387:388:1:218:169:0:1:219:169:0:0 chr19 55593417 . C T 3425.72 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197724;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.612;QD=62.2858;RBI=0.0229871;REFB=-0.0165758;REVB=0.0117243;RO=0;SAF=101;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3012e-05;OID=.;OPOS=55593417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:216:220:0:0:215:220:1:114:101:0:0:117:103:0:0 chr19 55594996 . C G 2825.36 PASS AF=0.900901;AO=170;DP=222;FAO=200;FDP=222;FR=.;FRO=22;FSAF=121;FSAR=79;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=0.03405;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=138.958;QD=50.9074;RBI=0.0401351;REFB=-0.137639;REVB=0.0212467;RO=0;SAF=99;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00501e-08;STB=0.531945;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00209269;OID=.;OPOS=55594996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:222:222:0:22:170:200:0.900901:71:99:0:0:79:121:20:2 chr19 55598724 . A G 1634.17 PASS AF=0.973684;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00753151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1395;QD=57.3394;RBI=0.0380475;REFB=-0.0549268;REVB=-0.0372947;RO=3;SAF=56;SAR=55;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247513;STB=0.513041;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00936897;OID=.;OPOS=55598724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:114:114:3:3:111:111:0.973684:55:56:3:0:55:56:3:0 chr19 55644325 . A C 233.35 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.116799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.961;QD=16.9709;RBI=0.11995;REFB=-0.0131067;REVB=-0.0273151;RO=28;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148161;STB=0.575787;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0115265;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:26:26:0.472727:9:17:14:14:9:17:15:14 chr19 55660537 . T C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8888;QD=57.2353;RBI=0.0857123;REFB=0;REVB=0.0840409;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070512;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr19 55668509 . A T 770.37 PASS AF=0.427136;AO=83;DP=199;FAO=85;FDP=199;FR=.;FRO=114;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=-0.0106752;FXX=0.0148508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3721;QD=15.4848;RBI=0.0135375;REFB=-0.0171078;REVB=-0.00832491;RO=103;SAF=31;SAR=52;SRF=63;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236681;STB=0.614122;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0222394;OID=.;OPOS=55668509;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:103:114:83:85:0.427136:52:31:63:40:52:33:67:47 chr19 55670989 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0654308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.884;QD=16.1061;RBI=0.0660078;REFB=-0.0162934;REVB=0.00870891;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288764;STB=0.516597;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0130804;OID=.;OPOS=55670989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:11:11:8:9:11:11 chr19 55671337 . C T 1219.89 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111999;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.313;QD=60.9945;RBI=0.030526;REFB=0;REVB=0.0283971;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410291;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:77:80:1:35:42:0:0:36:44:0:0 chr19 55672055 . A G 807.09 PASS AF=0.375;AO=89;DP=244;FAO=93;FDP=248;FR=.;FRO=155;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=73;FSRR=82;FWDB=-0.00649472;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.332;QD=13.0175;RBI=0.0153906;REFB=-0.00972114;REVB=-0.0139531;RO=155;SAF=38;SAR=51;SRF=73;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499328;STB=0.532763;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0221195;OID=.;OPOS=55672055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:248:155:155:89:93:0.375:51:38:73:82:54:39:73:82 chr19 55673145 . C T 947.02 PASS AF=0.371711;AO=112;DP=304;FAO=113;FDP=304;FR=.;FRO=191;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=84;FSRR=107;FWDB=-0.00436647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.404;QD=12.4607;RBI=0.0247063;REFB=-0.0231265;REVB=0.0243174;RO=191;SAF=46;SAR=66;SRF=84;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033254;STB=0.521116;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0342864;OID=.;OPOS=55673145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:191:191:112:113:0.371711:66:46:84:107:67:46:84:107 chr19 55673164 . T C 972.05 PASS AF=0.379661;AO=111;DP=295;FAO=112;FDP=295;FR=.;FRO=183;FSAF=37;FSAR=75;FSRF=74;FSRR=109;FWDB=-0.0220597;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9345;QD=13.1803;RBI=0.0552357;REFB=0.00307762;REVB=-0.0506394;RO=181;SAF=36;SAR=75;SRF=72;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886895;STB=0.550113;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00715144;OID=.;OPOS=55673164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:181:183:111:112:0.379661:75:36:72:109:75:37:74:109 chr19 55673654 . T C 941.11 PASS AF=0.389892;AO=108;DP=277;FAO=108;FDP=277;FR=.;FRO=169;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=66;FSRR=103;FWDB=-0.0458716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3685;QD=13.59;RBI=0.0491596;REFB=-0.00779824;REVB=-0.0176766;RO=167;SAF=40;SAR=68;SRF=65;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216985;STB=0.513095;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0122038;OID=.;OPOS=55673654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:167:169:108:108:0.389892:68:40:65:102:68:40:66:103 chr19 55686705 . G T 673.81 PASS AF=0.432749;AO=73;DP=171;FAO=74;FDP=171;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=68;FWDB=0.0474443;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.564;QD=15.7616;RBI=0.0505274;REFB=0.00906702;REVB=0.0173796;RO=97;SAF=32;SAR=41;SRF=29;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148256;STB=0.585904;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0239138;OID=.;OPOS=55686705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:97:97:73:74:0.432749:41:32:29:68:41:33:29:68 chr19 55690424 . G A 1689.17 PASS AF=0.4375;AO=180;DP=415;FAO=182;FDP=416;FR=.;FRO=234;FSAF=85;FSAR=97;FSRF=97;FSRR=137;FWDB=0.0049745;FXX=0.00239802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.92;QD=16.242;RBI=0.00777429;REFB=-0.00917775;REVB=0.00597444;RO=234;SAF=85;SAR=95;SRF=97;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592446;STB=0.529775;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0128109;OID=.;OPOS=55690424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:416:234:234:180:182:0.4375:95:85:97:137:97:85:97:137 chr19 55693123 . T C 728.14 PASS AF=0.487179;AO=76;DP=156;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.00564179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.458;QD=18.6702;RBI=0.0363497;REFB=-0.00149363;REVB=-0.0359092;RO=80;SAF=38;SAR=38;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929902;STB=0.551269;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00127062;OID=.;OPOS=55693123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:80:80:76:76:0.487179:38:38:32:48:38:38:32:48 chr19 55693244 . T C 919.93 PASS AF=0.535714;AO=90;DP=168;FAO=90;FDP=168;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0142859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.822;QD=21.9031;RBI=0.0150737;REFB=-0.00986174;REVB=-0.00480949;RO=78;SAF=36;SAR=54;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426481;STB=0.523336;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0104855;OID=.;OPOS=55693244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:78:78:90:90:0.535714:54:36:35:43:54:36:35:43 chr19 55699454 . T C 1522.85 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0107316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8638;QD=58.571;RBI=0.0243679;REFB=0.0448132;REVB=-0.0218776;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.000114125;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:52:51:0:0:52:51:0:1 chr19 55702859 . T G 774.08 PASS AF=0.530612;AO=71;DP=153;FAO=78;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0211159;FXX=0.0392131;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8351;QD=21.0634;RBI=0.0238992;REFB=-0.0874328;REVB=0.0111932;RO=53;SAF=45;SAR=26;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146017;STB=0.544543;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0739881;OID=.;OPOS=55702859;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:147:53:69:71:78:0.530612:26:45:24:29:26:52:40:29 chr19 55702910 . C A 857.04 PASS AF=0.488764;AO=87;DP=178;FAO=87;FDP=178;FR=.;FRO=91;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=61;FSRR=30;FWDB=0.0329335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.767;QD=19.2594;RBI=0.0455754;REFB=-0.0135071;REVB=-0.031504;RO=91;SAF=46;SAR=41;SRF=61;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133239;STB=0.573223;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0142196;OID=.;OPOS=55702910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:91:91:87:87:0.488764:41:46:61:30:41:46:61:30 chr19 55703237 . C CG 218.77 PASS AF=0.48;AO=31;DP=79;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0115192;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.0541;QD=11.6678;RBI=0.0118333;REFB=0.0012981;REVB=0.00270815;RO=47;SAF=15;SAR=16;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162955;STB=0.518977;STBP=0.778;TYPE=ins;VARB=-0.00820348;OID=.;OPOS=55703238;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:31:79:36:75:39:19:17:22:17:99:47:15:16:30:17 chr19 55703326 . ACCT A 63.28 PASS AF=0.4;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00335575;FXX=0.107105;HRUN=2;LEN=3;MLLD=194.723;QD=10.1255;RBI=0.00354181;REFB=-0.037992;REVB=0.00113285;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51996;STBP=0.916;TYPE=del;VARB=0.0656167;OID=.;OPOS=55703327;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:10:23:10:25:15:5:5:7:8:63:10:5:5:5:5 chr19 55708557 . A G 734.17 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0178249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.145;QD=19.4481;RBI=0.0195569;REFB=-0.00281212;REVB=-0.00804656;RO=76;SAF=33;SAR=42;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114778;STB=0.563244;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00225546;OID=.;OPOS=55708557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:76:76:75:75:0.496689:42:33:43:33:42:33:43:33 chr19 55710021 . A G 502.44 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.034429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.61;QD=17.3256;RBI=0.0412584;REFB=-0.0127014;REVB=-0.0227353;RO=62;SAF=27;SAR=27;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464974;STB=0.525853;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0117488;OID=.;OPOS=55710021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:62:54:54:0.465517:27:27:34:28:27:27:34:28 chr19 55713535 . G A 734.93 PASS AF=0.410891;AO=83;DP=202;FAO=83;FDP=202;FR=.;FRO=119;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=77;FWDB=0.0175892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.109;QD=14.5531;RBI=0.0180155;REFB=-0.00826353;REVB=0.00389612;RO=116;SAF=37;SAR=46;SRF=42;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089418;STB=0.556004;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0117039;OID=.;OPOS=55713535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:116:119:83:83:0.410891:46:37:42:74:46:37:42:77 chr19 55715214 . C T 456.15 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0378725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.617;QD=20.2735;RBI=0.0392947;REFB=0.0074933;REVB=0.010476;RO=44;SAF=28;SAR=17;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00692975;OID=.;OPOS=55715214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:45:45:45:0.5:17:28:28:16:17:28:28:17 chr19 55715319 . C G 1004.48 PASS AF=0.477064;AO=104;DP=219;FAO=104;FDP=218;FR=.;FRO=114;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.0230674;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.505;QD=18.4307;RBI=0.0344914;REFB=0.00626773;REVB=-0.0256428;RO=115;SAF=59;SAR=45;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085181;STB=0.544639;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00653516;OID=.;OPOS=55715319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:115:114:104:104:0.477064:45:59:55:60:45:59:55:59 chr19 55716742 . C T 1331.03 PASS AF=0.565611;AO=125;DP=221;FAO=125;FDP=221;FR=.;FRO=96;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=-0.00202408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.826;QD=24.091;RBI=0.0223577;REFB=-0.0275063;REVB=-0.0222658;RO=88;SAF=60;SAR=65;SRF=28;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124435;STB=0.545844;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0161998;OID=.;OPOS=55716742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:88:96:125:125:0.565611:65:60:28:60:65:60:36:60 chr19 55716800 . A G 1267.3 PASS AF=0.545045;AO=119;DP=223;FAO=121;FDP=222;FR=.;FRO=101;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.00844935;FXX=0.0133327;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.548;QD=22.8342;RBI=0.0118942;REFB=-0.026293;REVB=-0.00837137;RO=103;SAF=60;SAR=59;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654543;STB=0.52664;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0209143;OID=.;OPOS=55716800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:103:101:119:121:0.545045:59:60:44:59:60:61:45:56 chr19 55738634 . T C 1624.74 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9821;QD=59.6235;RBI=0.160368;REFB=0;REVB=0.15662;RO=0;SAF=61;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452545;OID=.;OPOS=55738634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:107:109:1:46:61:0:0:47:62:0:0 chr19 55738746 . G A 631.23 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.000919137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.325;QD=17.7812;RBI=0.00523826;REFB=-0.0158064;REVB=-0.00515699;RO=77;SAF=27;SAR=38;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390134;STB=0.521694;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0179009;OID=.;OPOS=55738746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:77:65:65:0.457746:38:27:35:42:38:27:35:42 chr19 55739605 . C T 589.74 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0414253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.451;QD=16.9709;RBI=0.0526544;REFB=-0.0210553;REVB=0.0325027;RO=74;SAF=35;SAR=27;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128944;STB=0.560956;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0312842;OID=.;OPOS=55739605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:74:77:62:62:0.446043:27:35:32:42:27:35:35:42 chr19 55739689 . G A 1022.67 PASS AF=0.44958;AO=107;DP=230;FAO=107;FDP=238;FR=.;FRO=131;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=64;FSRR=67;FWDB=-0.00603166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.258;QD=17.1877;RBI=0.0621713;REFB=-0.0540388;REVB=-0.061878;RO=123;SAF=46;SAR=61;SRF=64;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879909;STB=0.532618;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0478436;OID=.;OPOS=55739689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:238:123:131:107:107:0.44958:61:46:64:59:61:46:64:67 chr19 55739813 . G A 1248.44 PASS AF=0.477941;AO=130;DP=272;FAO=130;FDP=272;FR=.;FRO=142;FSAF=53;FSAR=77;FSRF=69;FSRR=73;FWDB=0.0607784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9686;QD=18.3594;RBI=0.114328;REFB=-0.0207651;REVB=0.0968343;RO=132;SAF=53;SAR=77;SRF=67;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930417;STB=0.541622;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0244203;OID=.;OPOS=55739813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:132:142:130:130:0.477941:77:53:67:65:77:53:69:73 chr19 55790885 . GAGCCGCCGCCGCCGCCC CCGCCGCCGCCGCCGCCC,GAGCCGCCGCCGCCGCCG,GAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCC 76.48 PASS AF=0.25,0,0.75;AO=2,2,3;DP=12;FAO=2,0,6;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,2;FSAR=0,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223318,-0.016603,-0.00514197;FXX=0.110988;HRUN=2,5,0;LEN=2,1,9;MLLD=107.139,103.399,235.641;QD=38.2389;RBI=0.0247214,0.0204241,0.00692265;REFB=0,0,0;REVB=0.0106037,-0.0118946,-0.004635;RO=1;SAF=2,0,0;SAR=0,2,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.697199,-0.727144;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0.0280311,0,0.00612653;OID=.,.,.;OPOS=55790885,55790902,55790887;OREF=GA,C,-;OALT=CC,G,GCCGCCGCC;OMAPALT=CCGCCGCCGCCGCCGCCC,GAGCCGCCGCCGCCGCCG,GAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:11:12:8:1:0:2,2,3:2,0,6:0.25,0,0.75:0,2,3:2,0,0:1:0:0,0,4:2,0,2:0:0 chr19 55791091 . C T 1555.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.298;QD=63.498;RBI=0.0399439;REFB=0;REVB=0.0341821;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79428e-05;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:98:0:0:94:98:1:48:46:0:0:52:46:0:0 chr19 55816678 . C T 654.79 PASS AF=0.580357;AO=60;DP=105;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0826929;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.5962;QD=23.3855;RBI=0.128939;REFB=-0.0248189;REVB=0.0989302;RO=45;SAF=27;SAR=33;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306935;STB=0.524888;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0198333;OID=.;OPOS=55816678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:112:45:47:60:65:0.580357:33:27:22:23:37:28:23:24 chr19 55824249 . A AG 39.91 PASS AF=0.171779;AO=38;DP=166;FAO=28;FDP=163;FR=.;FRO=135;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=104;FSRR=31;FWDB=-0.0151531;FXX=0.00609719;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.1408;QD=0.979323;RBI=0.0323856;REFB=-0.00746758;REVB=-0.0286219;RO=122;SAF=21;SAR=17;SRF=93;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283028;STB=0.826549;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.177104;OID=.;OPOS=55824250;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171779:38:166:28:163:135:9:19:104:31:39:122:21:17:93:29 chr19 55824332 . T G 941.82 PASS AF=0.43913;AO=100;DP=227;FAO=101;FDP=230;FR=.;FRO=129;FSAF=35;FSAR=66;FSRF=53;FSRR=76;FWDB=-0.0209476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.463;QD=16.3795;RBI=0.0278858;REFB=-0.00681444;REVB=-0.018407;RO=125;SAF=35;SAR=65;SRF=51;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062345;STB=0.538868;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00902924;OID=.;OPOS=55824332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:230:125:129:100:101:0.43913:65:35:51:74:66:35:53:76 chr19 55856083 . T C 1319.59 PASS AF=0.988372;AO=81;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652927;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.475;QD=61.3765;RBI=0.00683018;REFB=0;REVB=-0.00200499;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97713e-05;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:0:0:81:85:0.988372:49:32:0:0:49:36:0:0 chr19 55856211 . C T 2171.18 PASS AF=0.95302;AO=142;DP=150;FAO=142;FDP=149;FR=.;FRO=7;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00941109;FXX=0.00666622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.403;QD=58.2867;RBI=0.026028;REFB=-0.0177304;REVB=0.024267;RO=4;SAF=62;SAR=80;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231783;STB=0.500384;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585168;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:150:149:4:7:142:142:0.95302:80:62:0:4:80:62:3:4 chr19 55859439 . C A 1847.18 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000907707;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.624;QD=60.5632;RBI=0.00537714;REFB=0.0322203;REVB=-0.00529997;RO=1;SAF=47;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637679;STB=0.503355;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-1.91674e-05;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:74:47:0:1:74:47:0:1 chr19 55870104 . G C 2368.71 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.473;QD=61.1279;RBI=0.0207653;REFB=0;REVB=0.020353;RO=0;SAF=92;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72819e-06;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:63:92:0:0:63:92:0:0 chr19 55870289 . C T 1116.82 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9134;QD=60.3689;RBI=0.0965222;REFB=0;REVB=0.0950564;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746987;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:30:43:0:0:31:43:0:0 chr19 55870351 . T C 803.87 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222186;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.828;QD=57.4195;RBI=0.0263221;REFB=0;REVB=0.0141133;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0347e-05;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr19 55870600 . C G 1345.59 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324281;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.517;QD=61.8664;RBI=0.0232968;REFB=0;REVB=0.02307;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136108;OID=.;OPOS=55870600;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:87:0:0:80:87:1:32:48:0:0:39:48:0:0 chr19 55871019 . A G 753.62 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0134163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3993;QD=54.809;RBI=0.013586;REFB=-0.101841;REVB=0.00214054;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00199616;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:27:26:1:0:28:26:1:0 chr19 55872397 . A G 339.99 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.561;QD=52.3058;RBI=0.0419115;REFB=0;REVB=0.0217126;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103861;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:16:8:0:0:16:10:0:0 chr19 55872531 . C G 772.91 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0352392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4376;QD=53.3043;RBI=0.0355252;REFB=-0.148137;REVB=0.00449908;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00619335;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:0:2:56:56:0.965517:42:14:0:0:42:14:0:2 chr19 55872566 . A G 769.45 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.125;QD=56.9959;RBI=0.0446295;REFB=0;REVB=0.00212174;RO=0;SAF=13;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196899;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:40:13:0:0:40:14:0:0 chr19 55873642 . C T 4471.81 PASS AF=1;AO=265;DP=271;FAO=286;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231651;FXX=0.0069442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.493;QD=62.5428;RBI=0.0231828;REFB=-0.0280102;REVB=-0.000906891;RO=1;SAF=128;SAR=137;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346747;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416187;OID=.;OPOS=55873642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:271:286:1:0:265:286:1:137:128:0:1:143:143:0:0 chr19 55879872 . C T 2223.67 PASS AF=0.980263;AO=149;DP=153;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0349319;FXX=0.0256394;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.646;QD=58.5176;RBI=0.0389221;REFB=-0.0561343;REVB=0.0171665;RO=1;SAF=84;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726118;STB=0.511277;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=6.87657e-05;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:153:152:1:3:149:149:0.980263:65:84:0:1:65:84:0:3 chr19 55913038 . C T 948.23 PASS AF=0.541176;AO=92;DP=170;FAO=92;FDP=170;FR=.;FRO=78;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.0145673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.133;QD=22.3113;RBI=0.0174732;REFB=-0.0199446;REVB=0.00964928;RO=78;SAF=53;SAR=39;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968345;STB=0.552925;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0128203;OID=.;OPOS=55913038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:78:78:92:92:0.541176:39:53:36:42:39:53:36:42 chr19 55992992 . C T 455.54 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0178977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9576;QD=20.246;RBI=0.0346838;REFB=-0.0310743;REVB=0.0297092;RO=44;SAF=28;SAR=17;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353679;STB=0.511881;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0335186;OID=.;OPOS=55992992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:45:45:45:0.5:17:28:29:15:17:28:29:16 chr19 55993260 . A G 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.162;QD=24.1897;RBI=0.0136657;REFB=0.015756;REVB=0.0136657;RO=6;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0117305;OID=.;OPOS=55993260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:12:0:0:6:12:0:0:6 chr19 55994240 . C T 113.71 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0023042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.756;QD=18.1937;RBI=0.0420917;REFB=-0.0206298;REVB=0.0420286;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10936;STB=0.562406;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00988437;OID=.;OPOS=55994240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:4:8:7:6:4:8 chr19 55994708 . A G 1404.53 PASS AF=0.449848;AO=148;DP=329;FAO=148;FDP=329;FR=.;FRO=181;FSAF=84;FSAR=64;FSRF=103;FSRR=78;FWDB=-0.0271315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.013;QD=17.0763;RBI=0.0283602;REFB=-0.0132243;REVB=-0.00825712;RO=180;SAF=84;SAR=64;SRF=102;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000910304;STB=0.500837;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0143883;OID=.;OPOS=55994708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:329:180:181:148:148:0.449848:64:84:102:78:64:84:103:78 chr19 55994823 . G A 553.43 PASS AF=0.412903;AO=61;DP=158;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0204864;FXX=0.031248;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7815;QD=14.2821;RBI=0.0233022;REFB=-0.0497069;REVB=-0.0111041;RO=91;SAF=15;SAR=46;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293546;STB=0.673481;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0433875;OID=.;OPOS=55994823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:155:91:91:61:64:0.412903:46:15:45:46:49:15:45:46 chr19 55997122 . A C 312.27 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.000996567;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.098;QD=11.4596;RBI=0.0536543;REFB=-0.00269687;REVB=-0.0536451;RO=67;SAF=17;SAR=22;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794054;STB=0.532241;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00404342;OID=.;OPOS=55997122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:67:70:39:39:0.357798:22:17:34:33:22:17:34:36 chr19 55999993 . A G 946.73 PASS AF=0.456621;AO=99;DP=226;FAO=100;FDP=219;FR=.;FRO=119;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=-0.0321615;FXX=0.0352407;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.97;QD=17.2919;RBI=0.0351061;REFB=-0.0210125;REVB=-0.0140741;RO=113;SAF=50;SAR=49;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164677;STB=0.502283;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0224457;OID=.;OPOS=55999993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:219:113:119:99:100:0.456621:49:50:59:54:50:50:59:60 chr19 56011915 . G A 710.76 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=131;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0648706;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.479;QD=21.8696;RBI=0.0684721;REFB=-0.00433323;REVB=0.0219142;RO=61;SAF=34;SAR=35;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992369;STB=0.554374;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00428027;OID=.;OPOS=56011915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:61:61:69:69:0.530769:35:34:23:38:35:34:23:38 chr19 56011969 . C T 441.34 PASS AF=0.389313;AO=50;DP=130;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0106944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.332;QD=13.4761;RBI=0.0286318;REFB=-0.0074822;REVB=-0.0265596;RO=79;SAF=31;SAR=19;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152514;STB=0.587301;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0157268;OID=.;OPOS=56011969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:79:80:50:51:0.389313:19:31:38:41:19:32:39:41 chr19 56024519 . T C 870.77 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.112;QD=56.1788;RBI=0.0253797;REFB=0.0393613;REVB=0.00610789;RO=1;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113736;STB=0.50588;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=3.06914e-05;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:41:19:0:1:42:19:0:1 chr19 56041255 . C G 4121.93 PASS AF=1;AO=189;DP=276;FAO=263;FDP=263;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=129;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827118;FXX=0.0112778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.526;QD=62.691;RBI=0.115403;REFB=0;REVB=0.0804778;RO=0;SAF=88;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765799;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:276:263:0:0:189:263:1:101:88:0:0:134:129:0:0 chr19 56047448 . A G 3481.14 PASS AF=1;AO=221;DP=224;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343859;FXX=0.00446409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.335;QD=62.442;RBI=0.0344665;REFB=-0.0585665;REVB=0.00235585;RO=1;SAF=90;SAR=131;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00362349;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39491e-05;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:224:223:1:0:221:223:1:131:90:0:1:132:91:0:0 chr19 56052337 . A AC,C 243.64 PASS AF=1,0;AO=10,7;DP=22;FAO=22,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000972515,-0.199666;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,1;MLLD=19.5365,8.95588;QD=44.2992;RBI=0.0624568,0.20946;REFB=0,0;REVB=-0.0624492,-0.0633031;RO=5;SAF=0,1;SAR=10,6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.802576,-0.275355;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00309692,0;OID=.,.;OPOS=56052338,56052337;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:5:0:10,7:22,0:1,0:10,6:0,1:2:3:19,0:3,0:0:0 chr19 56052770 . C T 506.83 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.000365219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.242;QD=23.0376;RBI=0.0157165;REFB=-0.0191297;REVB=0.0157123;RO=39;SAF=27;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00132804;STB=0.505778;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0159083;OID=.;OPOS=56052770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:40:48:48:0.545455:21:27:22:17:21:27:23:17 chr19 56056184 . A G 1382.07 PASS AF=0.472973;AO=140;DP=297;FAO=140;FDP=296;FR=.;FRO=156;FSAF=58;FSAR=82;FSRF=82;FSRR=74;FWDB=-0.0264255;FXX=0.00336689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.432;QD=18.6767;RBI=0.134724;REFB=-0.0200279;REVB=-0.132107;RO=156;SAF=58;SAR=82;SRF=82;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107446;STB=0.559228;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0191255;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:296:156:156:140:140:0.472973:82:58:82:74:82:58:82:74 chr19 56056257 . G C 1493.76 PASS AF=0.440318;AO=162;DP=363;FAO=166;FDP=377;FR=.;FRO=211;FSAF=61;FSAR=105;FSRF=98;FSRR=113;FWDB=0.0270699;FXX=0.00264543;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.3386;QD=15.8489;RBI=0.0287517;REFB=-0.0223795;REVB=-0.00968941;RO=200;SAF=61;SAR=101;SRF=97;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111631;STB=0.556623;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0218084;OID=.;OPOS=56056257;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:377:200:211:162:166:0.440318:101:61:97:103:105:61:98:113 chr19 56089353 . C T 854.99 PASS AF=0.465608;AO=89;DP=189;FAO=88;FDP=189;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0121065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.833;QD=18.0951;RBI=0.0697166;REFB=-0.0212695;REVB=0.0686574;RO=100;SAF=34;SAR=55;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106246;STB=0.566151;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0333136;OID=.;OPOS=56089353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:100:101:89:88:0.465608:55:34:49:51:55:33:50:51 chr19 56089947 . C G 52.91 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0203488;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.0764;QD=21.1632;RBI=0.102011;REFB=-0.132638;REVB=-0.0999608;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0140108;OID=.;OPOS=56089947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:2:1:2:5:2:1 chr19 56090076 . G T 580.01 PASS AF=0.416107;AO=62;DP=147;FAO=62;FDP=149;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=59;FWDB=-0.000364791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.696;QD=15.5706;RBI=0.0598405;REFB=-0.0307495;REVB=0.0598394;RO=83;SAF=25;SAR=37;SRF=26;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979523;STB=0.550317;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.031942;OID=.;OPOS=56090076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:83:87:62:62:0.416107:37:25:26:57:37:25:28:59 chr19 56114045 . C T 395.8 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.0120254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.645;QD=14.0107;RBI=0.0328376;REFB=-0.0157552;REVB=0.0305565;RO=67;SAF=25;SAR=21;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730696;STB=0.541177;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0204168;OID=.;OPOS=56114045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:21:25:41:26:21:25:41:26 chr19 56114237 . G A 3435.23 PASS AF=0.978261;AO=220;DP=226;FAO=225;FDP=230;FR=.;FRO=5;FSAF=103;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.061769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1326;QD=59.7432;RBI=0.16816;REFB=-0.199265;REVB=0.156404;RO=6;SAF=102;SAR=118;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023606;STB=0.510039;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00349571;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:226:230:6:5:220:225:0.978261:118:102:0:6:122:103:0:5 chr19 56125944 . C T 262.03 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00984328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.041;QD=32.7535;RBI=0.0214811;REFB=-0.00875951;REVB=0.0190931;RO=9;SAF=11;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017385;STB=0.509529;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0027363;OID=.;OPOS=56125944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:12:11:4:5:12:11:4:5 chr19 56127441 . C G 1720.27 PASS AF=0.540717;AO=166;DP=307;FAO=166;FDP=307;FR=.;FRO=141;FSAF=114;FSAR=52;FSRF=71;FSRR=70;FWDB=-0.0305334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.707;QD=22.414;RBI=0.03205;REFB=-0.0422977;REVB=-0.00974245;RO=137;SAF=114;SAR=52;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170611;STB=0.591114;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.032692;OID=.;OPOS=56127441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:137:141:166:166:0.540717:52:114:68:69:52:114:71:70 chr19 56127597 . G A 1076.05 PASS AF=0.45679;AO=110;DP=241;FAO=111;FDP=243;FR=.;FRO=132;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=-0.00325761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.787;QD=17.7127;RBI=0.0282572;REFB=-0.0144006;REVB=0.0280688;RO=131;SAF=45;SAR=65;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943002;STB=0.55121;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.018486;OID=.;OPOS=56127597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:243:131:132:110:111:0.45679:65:45:66:65:65:46:67:65 chr19 56132661 . G A 263.67 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0635295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9821;QD=26.3668;RBI=0.0687221;REFB=0.0204801;REVB=0.0262055;RO=16;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119791;STB=0.566609;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0100835;OID=.;OPOS=56132661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:17:7:7:9:17:7:7:9 chr19 56153868 . G A 89.68 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00591308;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5847;QD=13.7966;RBI=0.0102874;REFB=-0.0251414;REVB=-0.00841825;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952078;STB=0.55546;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0311994;OID=.;OPOS=56153868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:3:12:8:3:3:12 chr19 56154339 . C T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0251914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0848;QD=24.8031;RBI=0.0251914;REFB=0.0261526;REVB=0;RO=4;SAF=10;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0130045;OID=.;OPOS=56154339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:0:10:4:0:0:10:4:0 chr19 56154518 . GTTT G 795.31 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233594;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=111.882;QD=48.2008;RBI=0.0264202;REFB=0;REVB=0.0123437;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.70929e-05;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:66:66:66:0:23:43:0:0:14:0:23:41:0:0 chr19 56154718 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.077795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.867;QD=18.3451;RBI=0.077852;REFB=-0.00347054;REVB=-0.00297998;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179243;STB=0.510192;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00614886;OID=.;OPOS=56154718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:5:13:12:5:5:13 chr19 56160399 . T C 2140.51 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1522;QD=62.9562;RBI=0.0502361;REFB=0;REVB=-0.040244;RO=0;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248091;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:73:63:0:0:73:63:0:0 chr19 56162776 . C T 982.92 PASS AF=0.533708;AO=95;DP=178;FAO=95;FDP=178;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=25;FSRR=58;FWDB=0.0873093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2764;QD=22.0881;RBI=0.087958;REFB=-0.0232785;REVB=-0.0106627;RO=83;SAF=40;SAR=55;SRF=25;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107019;STB=0.558357;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0165426;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:83:83:95:95:0.533708:55:40:25:58:55:40:25:58 chr19 56180968 . C T 770.81 PASS AF=0.503185;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=157;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0154581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.549;QD=19.6385;RBI=0.0242356;REFB=-0.0190713;REVB=0.0186657;RO=78;SAF=35;SAR=44;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132015;STB=0.572604;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.019595;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:78:78:79:79:0.503185:44:35:46:32:44:35:46:32 chr19 56241265 . A G 2143.48 PASS AF=0.992754;AO=135;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00880329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.658;QD=62.13;RBI=0.0152469;REFB=-0.0317499;REVB=0.0124487;RO=1;SAF=47;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537177;STB=0.502824;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000479619;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:138:1:1:135:137:0.992754:88:47:0:1:88:49:0:1 chr19 56249672 . A G 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0114952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.189;QD=14.2414;RBI=0.0131383;REFB=-0.0167532;REVB=-0.00636207;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422819;STB=0.524249;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0218263;OID=.;OPOS=56249672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:15:7:11:20:15:7:11:20 chr19 56274424 . C A 122.91 PASS AF=0.129464;AO=29;DP=224;FAO=29;FDP=224;FR=.;FRO=195;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=107;FSRR=88;FWDB=-0.02208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.211;QD=2.19479;RBI=0.0221154;REFB=0.000197961;REVB=-0.00125172;RO=194;SAF=10;SAR=19;SRF=106;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252358;STB=0.67495;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000918023;OID=.;OPOS=56274424;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:194:195:29:29:0.129464:19:10:106:88:19:10:107:88 chr19 56274453 . G A 32.96 PASS AF=0.0705882;AO=12;DP=170;FAO=12;FDP=170;FR=.;FRO=158;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=83;FSRR=75;FWDB=-0.010731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3336;QD=0.775456;RBI=0.0460413;REFB=0.00483363;REVB=0.0447733;RO=156;SAF=4;SAR=8;SRF=82;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208607;STB=0.676751;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0599109;OID=.;OPOS=56274453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:170:170:156:158:12:12:0.0705882:8:4:82:74:8:4:83:75 chr19 56283289 . A G 100.72 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.023228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1854;QD=16.1153;RBI=0.0687794;REFB=-0.00733599;REVB=-0.0647384;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244233;STB=0.639785;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00364614;OID=.;OPOS=56283289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:3:10:6:6:3:10 chr19 56283297 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0187345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.376;QD=16.8984;RBI=0.0231947;REFB=0.0108158;REVB=-0.0136753;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265517;STB=0.650903;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00620121;OID=.;OPOS=56283297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:1:8:6:4:1:8 chr19 56284090 . G A 386.2 PASS AF=0.612903;AO=37;DP=61;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0181195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.643;QD=24.9163;RBI=0.0266895;REFB=-0.0152161;REVB=0.0195963;RO=24;SAF=13;SAR=24;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112484;STB=0.565064;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0146841;OID=.;OPOS=56284090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:24:24:37:38:0.612903:24:13:12:12:25:13:12:12 chr19 56284428 . C A 36.37 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.03479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.979;QD=6.92711;RBI=0.0578006;REFB=-0.00198516;REVB=-0.0461581;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800118;STB=0.551548;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.017077;OID=.;OPOS=56284428;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:6:9:4:2:6:9 chr19 56284457 . G A 129.28 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0521084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3131;QD=12.9284;RBI=0.0529439;REFB=0.0102704;REVB=0.00936898;RO=24;SAF=2;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318432;STB=0.683919;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0238959;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:13:2:8:16:13:2:8:17 chr19 56284507 . T G 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0294069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.984;QD=13.3677;RBI=0.0372476;REFB=-0.00914963;REVB=-0.0228608;RO=31;SAF=2;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434434;STB=0.761548;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0218298;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:16:2:12:19:16:2:12:19 chr19 56284511 . C G 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0209677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.309;QD=13.6994;RBI=0.0232982;REFB=-0.00787122;REVB=-0.010157;RO=30;SAF=2;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44436;STB=0.76676;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0299028;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:16:2:12:18:16:2:12:18 chr19 56284529 . C A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0386376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7902;QD=9.83007;RBI=0.0484245;REFB=0.00181646;REVB=-0.0291903;RO=26;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358684;STB=0.7218;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00206495;OID=.;OPOS=56284529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:10:2:11:15:10:2:11:15 chr19 56284535 . A G 92.38 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00334011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.32;QD=9.72426;RBI=0.00705629;REFB=0.00107099;REVB=-0.0062157;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333898;STB=0.7218;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00367057;OID=.;OPOS=56284535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:37:38:26:26:11:12:0.315789:9:2:11:15:10:2:11:15 chr19 56307583 . A G 1783.21 PASS AF=0.991597;AO=116;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0349537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.257;QD=59.9397;RBI=0.0419922;REFB=-0.0869626;REVB=0.023272;RO=1;SAF=49;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959315;STB=0.50495;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000149525;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:116:118:0.991597:67:49:1:0:68:50:1:0 chr19 56321414 . C A 1340.32 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.696;QD=62.3403;RBI=0.0391167;REFB=0;REVB=0.039039;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104242;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:45:40:0:0:46:40:0:0 chr19 56321517 . T C 294.77 PASS AF=0.452055;AO=29;DP=69;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0120211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.809;QD=16.1516;RBI=0.0198619;REFB=-0.0245513;REVB=-0.0158109;RO=38;SAF=10;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135561;STB=0.541921;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.031081;OID=.;OPOS=56321517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:38:40:29:33:0.452055:19:10:18:20:19:14:20:20 chr19 56369189 . G A 1244.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.177;QD=61.4797;RBI=0.00777986;REFB=0;REVB=-0.00748647;RO=0;SAF=26;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57535e-06;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:53:26:0:0:55:26:0:0 chr19 56369215 . C T 1138.25 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166359;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.885;QD=59.9079;RBI=0.064348;REFB=0;REVB=0.0643265;RO=1;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00936911;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286186;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:1:0:74:76:1:50:24:0:1:51:25:0:0 chr19 56369593 . T C 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.255;QD=60.7134;RBI=0.0252191;REFB=0;REVB=0.014534;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26659e-06;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr19 56370166 . C T 646.74 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0235289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.785;QD=19.8997;RBI=0.0237442;REFB=-0.0136988;REVB=-0.00319029;RO=65;SAF=26;SAR=39;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714058;STB=0.53942;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.014991;OID=.;OPOS=56370166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:65:65:65:0.5:39:26:31:34:39:26:31:34 chr19 56373462 . G A 462.71 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0373732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.023;QD=16.2354;RBI=0.0380724;REFB=-0.0194342;REVB=-0.00726262;RO=63;SAF=25;SAR=26;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295859;STB=0.516522;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0268276;OID=.;OPOS=56373462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:26:25:29:34:26:25:29:34 chr19 56392920 . C T 860.43 PASS AF=0.518072;AO=86;DP=166;FAO=86;FDP=166;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.00298454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.384;QD=20.7332;RBI=0.00416401;REFB=-0.00550653;REVB=-0.00290371;RO=80;SAF=42;SAR=44;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337613;STB=0.518514;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00552193;OID=.;OPOS=56392920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:80:80:86:86:0.518072:44:42:36:44:44:42:36:44 chr19 56410222 . C T 479.13 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00913323;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.127;QD=19.7579;RBI=0.0119619;REFB=-0.00589373;REVB=-0.00772463;RO=50;SAF=20;SAR=27;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512203;STB=0.528458;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00667017;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:50:50:47:47:0.484536:27:20:24:26:27:20:24:26 chr19 56423074 . C G,T 638.73 PASS AF=0.909091,0.0681818;AO=40,3;DP=44;FAO=40,3;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23,0;FSAR=17,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027008,-0.0151101;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=97.0623,158.491;QD=58.0661;RBI=0.0633137,0.0151812;REFB=0.129358,0.134317;REVB=0.0572642,0.00146766;RO=0;SAF=23,0;SAR=17,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.4817e-08,0;STB=0.514279,0.5;STBP=0.302,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000946668,0.0827022;OID=.,.;OPOS=56423074,56423074;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:44:44:0:1:40,3:40,3:0.909091,0.0681818:17,3:23,0:0:0:17,3:23,0:0:1 chr19 56423254 . G A 1062.4 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0943;QD=59.8537;RBI=0.0288677;REFB=0;REVB=0.0261168;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002238;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:34:36:0:0:35:36:0:0 chr19 56423668 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.047;QD=56.7045;RBI=0.0268739;REFB=0;REVB=-0.0230754;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000372784;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr19 56423692 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.702;QD=58.5878;RBI=0.0295294;REFB=0;REVB=-0.00237274;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75221e-05;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr19 56423728 . A G 556.66 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.475;QD=60.1792;RBI=0.00951872;REFB=0;REVB=-0.00334285;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31336e-05;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr19 56423893 . G A 1577.2 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204433;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.509;QD=60.0837;RBI=0.0204448;REFB=0;REVB=0.000246495;RO=0;SAF=34;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917983;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:71:34:0:0:71:34:0:0 chr19 56424443 . T C 793.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.977;QD=63.4966;RBI=0.0119425;REFB=0;REVB=-0.00790005;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184038;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:25:25:0:0 chr19 56459342 . C T 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0165651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.853;QD=21.2919;RBI=0.0180517;REFB=-0.00102194;REVB=-0.0071737;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212274;STB=0.618953;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00170412;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:15:10:16:9:15:10:16:9 chr19 56459614 . G C 304.8 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0194941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3849;QD=15.0517;RBI=0.0244675;REFB=-0.0171369;REVB=0.0147864;RO=47;SAF=23;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157936;STB=0.589689;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0328852;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:11:23:25:22:11:23:25:22 chr19 56477687 . A G 2295.07 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0125829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9562;QD=59.2277;RBI=0.0143566;REFB=0.105006;REVB=-0.00691234;RO=1;SAF=63;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00749085;STB=0.501174;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.000963207;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:155:1:2:153:153:0.987097:90:63:1:0:90:63:1:1 chr19 56477710 . T C 2315.06 PASS AF=1;AO=126;DP=147;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116426;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.71;QD=63.8636;RBI=0.0435768;REFB=0;REVB=0.0419927;RO=0;SAF=56;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67405e-06;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:145:0:0:126:145:1:70:56:0:0:88:57:0:0 chr19 56487603 . A G 3229.99 PASS AF=0.892308;AO=233;DP=260;FAO=232;FDP=260;FR=.;FRO=28;FSAF=108;FSAR=124;FSRF=2;FSRR=26;FWDB=-0.0105343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1572;QD=49.6921;RBI=0.0110039;REFB=-0.0426077;REVB=0.00318051;RO=25;SAF=108;SAR=125;SRF=1;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078826;STB=0.542892;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0304564;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:25:28:233:232:0.892308:125:108:1:24:124:108:2:26 chr19 56490778 . C T 457.39 PASS AF=0.439655;AO=50;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0135413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3692;QD=15.7722;RBI=0.048089;REFB=-0.00210687;REVB=0.0461431;RO=65;SAF=28;SAR=22;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129986;STB=0.577036;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00301217;OID=.;OPOS=56490778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:65:50:51:0.439655:22:28:28:37:22:29:28:37 chr19 56499279 . G C 251.58 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.0496279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.92;QD=14.7985;RBI=0.0496286;REFB=2.95468e-05;REVB=-0.000252699;RO=37;SAF=8;SAR=21;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772736;STB=0.514129;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.000293614;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:37:39:29:29:0.426471:21:8:8:29:21:8:10:29 chr19 56511082 . C G 1334.68 PASS AF=1;AO=74;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203891;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.959;QD=62.0781;RBI=0.0224253;REFB=0;REVB=0.00933676;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109765;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:74:86:1:37:37:0:0:45:41:0:0 chr19 56527179 . T TC 225.06 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0753732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.8035;QD=12.6793;RBI=0.0829682;REFB=0.0418482;REVB=0.0346787;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12948;STB=0.565718;STBP=0.283;TYPE=ins;VARB=-0.0420491;OID=.;OPOS=56527180;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478873:34:72:34:71:37:15:19:21:16:99:38:15:19:22:16 chr19 56539240 . C T 774.51 PASS AF=0.50641;AO=79;DP=158;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=-0.0191954;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.509;QD=19.8593;RBI=0.0192262;REFB=0.000183414;REVB=0.00108939;RO=77;SAF=39;SAR=40;SRF=24;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164219;STB=0.590022;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.000334961;OID=.;OPOS=56539240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:77:77:79:79:0.50641:40:39:24:53:40:39:24:53 chr19 56549510 . T C 824.57 PASS AF=0.497041;AO=84;DP=169;FAO=84;FDP=169;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.00745587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.06;QD=19.5165;RBI=0.0113157;REFB=0.00680052;REVB=-0.008512;RO=85;SAF=46;SAR=38;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102453;STB=0.556386;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00675812;OID=.;OPOS=56549510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:85:85:84:84:0.497041:38:46:37:48:38:46:37:48 chr19 56549532 . A G 458.52 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0046676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.566;QD=15.6759;RBI=0.00797681;REFB=-0.00204791;REVB=0.00646862;RO=66;SAF=30;SAR=21;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105154;STB=0.55892;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00242211;OID=.;OPOS=56549532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:21:30:32:34:21:30:32:34 chr19 56663252 . C T 283.89 PASS AF=0.382716;AO=27;DP=92;FAO=31;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.00827979;FXX=0.119552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.449;QD=14.0193;RBI=0.00929784;REFB=-0.0285983;REVB=-0.00423024;RO=31;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522636;STB=0.574423;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0550308;OID=.;OPOS=56663252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:81:31:45:27:31:0.382716:16:11:11:20:20:11:11:34 chr19 56688570 . G A 328.71 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00725737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9113;QD=15.4687;RBI=0.024993;REFB=0.0106737;REVB=0.0239162;RO=49;SAF=21;SAR=15;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116905;STB=0.566038;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0176509;OID=.;OPOS=56688570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:15:21:23:26:15:21:23:26 chr19 56693620 . C G 531.99 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0231382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3317;QD=15.309;RBI=0.0249258;REFB=-0.0277086;REVB=-0.00926921;RO=81;SAF=30;SAR=28;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100999;STB=0.556636;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0349633;OID=.;OPOS=56693620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:81:81:58:58:0.417266:28:30:34:47:28:30:34:47 chr19 56703248 . G A 689.67 PASS AF=0.479167;AO=69;DP=144;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.029008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.538;QD=19.1574;RBI=0.029432;REFB=-0.0141071;REVB=0.00497727;RO=75;SAF=43;SAR=26;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11299;STB=0.562598;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0168437;OID=.;OPOS=56703248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:75:69:69:0.479167:26:43:38:37:26:43:38:37 chr19 56704101 . G A 379.58 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.000432788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.6;QD=22.0046;RBI=0.00625317;REFB=-0.0315517;REVB=0.00623817;RO=29;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612995;STB=0.519074;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0225282;OID=.;OPOS=56704101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:29:31:38:38:0.550725:18:20:13:16:18:20:15:16 chr19 56717353 . A G 645.37 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.00902835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.612;QD=19.7059;RBI=0.0144048;REFB=-0.0165753;REVB=0.0112244;RO=64;SAF=29;SAR=36;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00634105;STB=0.504272;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.014982;OID=.;OPOS=56717353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:64:66:65:65:0.496183:36:29:29:35:36:29:30:36 chr19 56718585 . A G 1157.52 PASS AF=0.487395;AO=116;DP=238;FAO=116;FDP=238;FR=.;FRO=122;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=0.00369418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0975;QD=19.4542;RBI=0.0175483;REFB=-0.00606732;REVB=0.0171551;RO=122;SAF=51;SAR=65;SRF=64;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794375;STB=0.543708;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00956225;OID=.;OPOS=56718585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:122:122:116:116:0.487395:65:51:64:58:65:51:64:58 chr19 56719405 . A C 73.15 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0294013;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.692;QD=7.9082;RBI=0.0500977;REFB=-0.0125531;REVB=-0.0405629;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360469;STB=0.732536;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0395518;OID=.;OPOS=56719405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:38:37:26:27:10:10:0.27027:3:7:10:16:3:7:10:17 chr19 56719822 . G T 286.43 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00588513;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.878;QD=15.6946;RBI=0.0159085;REFB=-0.0254179;REVB=-0.0147799;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00862897;STB=0.504869;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0274826;OID=.;OPOS=56719822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:13:19:24:17:13:19:24:17 chr19 56719853 . C A 216.31 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.000187153;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.9928;QD=9.40462;RBI=0.000813494;REFB=-0.0187178;REVB=0.000791673;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940022;STB=0.560497;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0214232;OID=.;OPOS=56719853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:63:29:29:0.315217:14:15:17:23:14:15:27:36 chr19 56827938 . C A 1069.81 PASS AF=0.948718;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.028706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5362;QD=54.8619;RBI=0.0451064;REFB=-0.0121185;REVB=-0.034793;RO=4;SAF=24;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823998;STB=0.50436;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.000135058;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:78:4:4:74:74:0.948718:50:24:1:3:50:24:1:3 chr19 56888454 . A C 404.13 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0587412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7895;QD=19.4759;RBI=0.0596128;REFB=0.0304453;REVB=0.0101565;RO=41;SAF=15;SAR=26;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694174;STB=0.545993;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0242522;OID=.;OPOS=56888454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:26:15:18:23:26:15:19:23 chr19 56895496 . C T 127.31 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.111515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.3034;QD=18.1871;RBI=0.140252;REFB=-0.0115581;REVB=-0.0850579;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822389;STB=0.555453;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00615654;OID=.;OPOS=56895496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:28:28:11:13:11:11:0.392857:7:4:5:6:7:4:6:7 chr19 56935527 . A G 725.12 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.356;QD=63.0539;RBI=0.0195262;REFB=0;REVB=0.00369659;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36204e-05;OID=.;OPOS=56935527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:19:25:0:0:20:26:0:0 chr19 56953272 . G A 568.63 PASS AF=0.421053;AO=64;DP=152;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.0118263;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.983;QD=14.964;RBI=0.0122522;REFB=-0.00256253;REVB=0.00320265;RO=87;SAF=36;SAR=28;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000750909;STB=0.503343;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00293421;OID=.;OPOS=56953272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:87:88:64:64:0.421053:28:36:49:38:28:36:50:38 chr19 56953585 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.296;QD=64.1527;RBI=0.0168544;REFB=0;REVB=-0.0159366;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28867e-05;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr19 56953863 . T C 2204.66 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6224;QD=62.9902;RBI=0.0523899;REFB=0;REVB=0.0510335;RO=0;SAF=65;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017992;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:140:0:0:137:140:1:72:65:0:0:74:66:0:0 chr19 57062073 . T C 1869.13 PASS AF=1;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012487;FXX=0.0241916;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.42;QD=61.7893;RBI=0.0178747;REFB=0;REVB=-0.0127898;RO=0;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66025e-05;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:121:0:0:121:121:1:71:50:0:0:71:50:0:0 chr19 57065189 . T C 1981.13 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0146873;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.9642;QD=60.4926;RBI=0.0196688;REFB=0.0197352;REVB=-0.0130822;RO=1;SAF=55;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856211;STB=0.508927;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00129732;OID=.;OPOS=57065189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:131:1:2:129:129:0.984733:74:55:1:0:74:55:2:0 chr19 57135023 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.159;QD=56.9569;RBI=0.0330211;REFB=0;REVB=0.0319943;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4677e-05;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr19 57175484 . A G 787.53 PASS AF=0.935484;AO=57;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00227891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.285;QD=50.8084;RBI=0.086606;REFB=-0.00139603;REVB=-0.0865761;RO=4;SAF=27;SAR=30;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341275;STB=0.517235;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.000275217;OID=.;OPOS=57175484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:4:4:57:58:0.935484:30:27:3:1:30:28:3:1 chr19 57176198 . T G 2890.67 PASS AF=0.989305;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0146259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.971;QD=61.8324;RBI=0.0151044;REFB=0.0146599;REVB=0.00377185;RO=0;SAF=93;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505376;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=1.80246e-05;OID=.;OPOS=57176198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:187:0:2:185:185:0.989305:92:93:0:0:92:93:0:2 chr19 57176304 . T G 1906.65 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276406;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.192;QD=61.0127;RBI=0.0485695;REFB=0;REVB=0.0399374;RO=0;SAF=46;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07672e-05;OID=.;OPOS=57176304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:122:125:1:76:46:0:0:78:47:0:0 chr19 57176482 . C T 3956.01 PASS AF=1;AO=230;DP=232;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1085;QD=61.5722;RBI=0.0850884;REFB=0;REVB=0.0135175;RO=1;SAF=126;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00456014;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039336;OID=.;OPOS=57176482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:232:257:1:0:230:257:1:104:126:0:1:109:148:0:0 chr19 57176820 . C A 2014.62 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0645684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.517;QD=60.59;RBI=0.0649091;REFB=-0.136388;REVB=0.0066423;RO=2;SAF=67;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139745;STB=0.507352;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000406742;OID=.;OPOS=57176820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:2:2:131:131:0.984962:64:67:2:0:64:67:2:0 chr19 57176838 . C G 1632.76 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0695117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.934;QD=58.3129;RBI=0.0696798;REFB=-0.0769196;REVB=-0.00483803;RO=1;SAF=50;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939937;STB=0.504761;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=7.92532e-05;OID=.;OPOS=57176838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:109:111:0.991071:59:50:1:0:59:52:1:0 chr19 57433619 . C T 1062.34 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.617;QD=59.8502;RBI=0.0316038;REFB=0;REVB=-0.0134083;RO=0;SAF=47;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91127e-05;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:24:47:0:0:24:47:0:0 chr19 57641146 . A G 635.89 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105916;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.057;QD=62.0381;RBI=0.0424749;REFB=0;REVB=0.0411332;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154562;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr19 57641799 . G A 336.0 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.185;QD=53.7603;RBI=0.012376;REFB=0;REVB=0.012266;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131156;OID=.;OPOS=57641799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:13:10:0:0:14:11:0:0 chr19 57642782 . C A 1231.66 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113944;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7832;QD=61.5831;RBI=0.0126771;REFB=0;REVB=-0.00555659;RO=0;SAF=25;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80928e-05;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:78:80:1:53:25:0:0:54:26:0:0 chr19 57643051 . G A 2002.63 PASS AF=0.977612;AO=130;DP=134;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.047903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.874;QD=59.7799;RBI=0.0479123;REFB=-0.00832302;REVB=0.000945648;RO=2;SAF=54;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123415;STB=0.509553;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000162244;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:134:2:3:130:131:0.977612:76:54:0:2:77:54:0:3 chr19 57643099 . G A 1434.22 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00609929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0825;QD=63.0428;RBI=0.0149073;REFB=0;REVB=-0.0136024;RO=0;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121592;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:59:32:0:0:59:32:0:0 chr19 57647015 . A G 1167.17 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147837;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7637;QD=61.43;RBI=0.0229279;REFB=0;REVB=0.0175252;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242384;OID=.;OPOS=57647015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr19 57647236 . T C 1009.09 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0221172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.017;QD=55.2926;RBI=0.0351812;REFB=-0.0985655;REVB=0.0273595;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515147;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000516644;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:73:73:0:3:70:70:0.958904:48:22:0:0:48:22:0:3 chr19 57649901 . G A 1959.52 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00262734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.253;QD=60.7604;RBI=0.0386425;REFB=-0.0193217;REVB=0.0385531;RO=1;SAF=74;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637866;STB=0.503355;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=6.56612e-05;OID=.;OPOS=57649901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:129:1:1:127:128:0.992248:53:74:1:0:54:74:1:0 chr19 57649940 . A T 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.945;QD=60.3493;RBI=0.00498493;REFB=0;REVB=0.00273965;RO=0;SAF=65;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27197e-06;OID=.;OPOS=57649940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:45:65:0:0:45:65:0:0 chr19 57723007 . G C 580.42 PASS AF=0.513043;AO=58;DP=114;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=10;FSRR=46;FWDB=-0.0241482;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.412;QD=20.1883;RBI=0.0242348;REFB=-0.0181701;REVB=-0.00204671;RO=56;SAF=20;SAR=38;SRF=10;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175037;STB=0.592306;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0214151;OID=.;OPOS=57723007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:56:56:58:59:0.513043:38:20:10:46:39:20:10:46 chr19 57723013 . G A 546.27 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=43;FWDB=-0.0058319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.975;QD=20.2322;RBI=0.00997875;REFB=-0.0115743;REVB=0.00809719;RO=50;SAF=19;SAR=37;SRF=9;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16218;STB=0.594648;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00516978;OID=.;OPOS=57723013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:52:56:56:0.518519:37:19:9:41:37:19:9:43 chr19 57742472 . G C 1803.67 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.371;QD=61.1414;RBI=0.0754741;REFB=0;REVB=0.0387878;RO=0;SAF=47;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028229;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:71:47:0:0:71:47:0:0 chr19 57742489 . C T 1556.37 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.103;QD=59.8604;RBI=0.060484;REFB=0;REVB=0.0493402;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150777;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:60:44:0:0:60:44:0:0 chr19 57742493 . AGGACGAGCAGGATT A 492.75 PASS AF=1;AO=36;DP=64;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00831303;FXX=0.420229;HRUN=2;LEN=14;MLLD=284.662;QD=49.275;RBI=0.0161927;REFB=0;REVB=0.0138959;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.40784e-05;OID=.;OPOS=57742494;OREF=GGACGAGCAGGATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:64:40:40:0:13:27:0:0:9:0:12:24:0:0 chr19 57760018 . G A 919.96 PASS AF=0.55625;AO=89;DP=160;FAO=89;FDP=160;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00968739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.315;QD=22.9989;RBI=0.0565512;REFB=-0.0239622;REVB=-0.0557153;RO=71;SAF=42;SAR=47;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028859;STB=0.515734;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0185548;OID=.;OPOS=57760018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:71:71:89:89:0.55625:47:42:31:40:47:42:31:40 chr19 57760057 . G A 742.99 PASS AF=0.49359;AO=77;DP=156;FAO=77;FDP=156;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.00827963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8545;QD=19.0509;RBI=0.00912325;REFB=-0.0370794;REVB=-0.00383162;RO=79;SAF=35;SAR=42;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698423;STB=0.538452;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0470462;OID=.;OPOS=57760057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:79:79:77:77:0.49359:42:35:30:49:42:35:30:49 chr19 57764770 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00788953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.67;QD=9.91664;RBI=0.0345622;REFB=0.00459503;REVB=-0.0336496;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244812;STB=0.631281;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0421716;OID=.;OPOS=57764770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:6:3:9:7:6:3:9:8 chr19 57765432 . A G 857.01 PASS AF=0.511905;AO=86;DP=168;FAO=86;FDP=168;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0171917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.697;QD=20.4051;RBI=0.0266286;REFB=-0.00860384;REVB=0.0203353;RO=82;SAF=39;SAR=47;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306654;STB=0.516839;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00782371;OID=.;OPOS=57765432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:82:82:86:86:0.511905:47:39:40:42:47:39:40:42 chr19 57767004 . A T 234.58 PASS AF=0.383562;AO=26;DP=71;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.00829331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.189;QD=12.8535;RBI=0.00829544;REFB=-0.0109129;REVB=0.000188109;RO=45;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355601;STB=0.712817;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0196716;OID=.;OPOS=57767004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:45:45:26:28:0.383562:11:15:11:34:11:17:11:34 chr19 57767129 . T C 401.66 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0347411;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7118;QD=18.6819;RBI=0.0849747;REFB=-0.00475377;REVB=0.0775484;RO=44;SAF=15;SAR=26;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107778;STB=0.555133;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00798825;OID=.;OPOS=57767129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:44:45:41:41:0.476744:26:15:21:23:26:15:21:24 chr19 57768066 . A G 214.34 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0312532;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1307;QD=19.9386;RBI=0.0314955;REFB=-0.0129613;REVB=-0.00389902;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434181;STB=0.534214;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0151093;OID=.;OPOS=57768066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:12:9:8:13:12:9:8:14 chr19 57768897 . CTT C 357.04 PASS AF=0.44186;AO=56;DP=132;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.00981407;FXX=0.0227256;HRUN=2;LEN=2;MLLD=180.545;QD=11.0709;RBI=0.0144431;REFB=-0.0115494;REVB=-0.0105966;RO=68;SAF=32;SAR=24;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156397;STB=0.597695;STBP=0.061;TYPE=del;VARB=0.0130214;OID=.;OPOS=57768898;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186:56:132:57:129:72:33:24:29:43:99:68:32:24:28:40 chr19 57769896 . A AT 141.47 PASS AF=1;AO=14;DP=25;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710541;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.88435;QD=25.7211;RBI=0.160558;REFB=-0.0310809;REVB=-0.14398;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00287014;OID=.;OPOS=57769897;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:14:25:22:22:0:14:8:0:0:3:8:9:5:6:2 chr19 57769994 . C CTTCCA 226.97 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00418857;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=300.215;QD=15.6529;RBI=0.00443765;REFB=-0.00420078;REVB=0.00146582;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108824;STB=0.568913;STBP=0.356;TYPE=ins;VARB=0.00502189;OID=.;OPOS=57769995;OREF=-;OALT=TTCCA;OMAPALT=CTTCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:26:57:26:58:32:13:13:20:12:99:31:13:13:19:12 chr19 57770237 . T G 737.85 PASS AF=0.569106;AO=70;DP=123;FAO=70;FDP=123;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0013249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.77;QD=23.9953;RBI=0.00444944;REFB=-0.0191509;REVB=0.0042476;RO=53;SAF=35;SAR=35;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00744854;STB=0.504064;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0148707;OID=.;OPOS=57770237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:53:53:70:70:0.569106:35:35:26:27:35:35:26:27 chr19 57770554 . C A 353.83 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.000465466;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.275;QD=26.2093;RBI=0.0182778;REFB=-0.0102256;REVB=0.0182719;RO=20;SAF=22;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397308;STB=0.521726;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00597147;OID=.;OPOS=57770554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:20:20:34:34:0.62963:12:22:14:6:12:22:14:6 chr19 57771266 . T C 236.61 PASS AF=0.45;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0171832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.607;QD=15.7737;RBI=0.0172175;REFB=-0.00612022;REVB=-0.00108565;RO=32;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442133;STB=0.518505;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00742217;OID=.;OPOS=57771266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:33:27:27:0.45:18:9:12:20:18:9:12:21 chr19 57771883 . A G 335.94 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0101104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.059;QD=19.7614;RBI=0.0250783;REFB=-0.00956464;REVB=-0.0229499;RO=32;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873047;STB=0.542229;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00687836;OID=.;OPOS=57771883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:33:35:35:0.514706:22:13:15:17:22:13:15:18 chr19 57832214 . G T 583.56 PASS AF=0.476562;AO=59;DP=128;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0788631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5942;QD=18.2363;RBI=0.0792329;REFB=-0.0564925;REVB=-0.00764686;RO=59;SAF=20;SAR=39;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190972;STB=0.591583;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.069611;OID=.;OPOS=57832214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:67:59:61:0.476562:39:20:32:27:41:20:33:34 chr19 57832219 . A G 644.13 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.00442743;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.853;QD=19.3723;RBI=0.0107182;REFB=-0.0144121;REVB=-0.00976108;RO=67;SAF=32;SAR=33;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123742;STB=0.571407;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0145536;OID=.;OPOS=57832219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:67:68:65:65:0.488722:33:32:24:43:33:32:24:44 chr19 57832257 . T C 689.13 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0163511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.334;QD=20.7258;RBI=0.0168334;REFB=-0.0179895;REVB=0.00400078;RO=65;SAF=19;SAR=49;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153651;STB=0.584937;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0116137;OID=.;OPOS=57832257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:65:68:68:0.511278:49:19:28:37:49:19:28:37 chr19 57839150 . A G 319.62 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0178294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.919;QD=27.2017;RBI=0.0293438;REFB=-0.0188104;REVB=-0.0233061;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118435;STB=0.574416;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0179414;OID=.;OPOS=57839150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:28:28:0.595745:14:14:12:6:14:14:13:6 chr19 57839567 . T A 359.71 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00521722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0716;QD=17.3356;RBI=0.0190398;REFB=-0.0621943;REVB=-0.018311;RO=44;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821168;STB=0.550849;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.042732;OID=.;OPOS=57839567;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:21:17:16:28:21:17:16:29 chr19 57865149 . C T 779.76 PASS AF=0.496933;AO=79;DP=161;FAO=81;FDP=163;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0567399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1552;QD=19.1351;RBI=0.0571927;REFB=0.00021027;REVB=-0.00718253;RO=82;SAF=34;SAR=45;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497095;STB=0.534067;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00104481;OID=.;OPOS=57865149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:82:82:79:81:0.496933:45:34:31:51:45:36:31:51 chr19 57867599 . T C 392.55 PASS AF=0.420561;AO=44;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.041334;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.363;QD=14.6746;RBI=0.0455031;REFB=-0.0167422;REVB=0.0190271;RO=59;SAF=15;SAR=29;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054262;STB=0.554029;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0148498;OID=.;OPOS=57867599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:62:44:45:0.420561:29:15:23:36:30:15:26:36 chr19 57868336 . A G 894.0 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0162043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.653;QD=55.0155;RBI=0.0233604;REFB=-0.0704728;REVB=-0.0168264;RO=2;SAF=39;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00731473;STB=0.503875;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000196561;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:24:39:1:1:24:39:1:1 chr19 57909872 . G A 789.94 PASS AF=0.496933;AO=81;DP=164;FAO=81;FDP=163;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=-0.00532196;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.892;QD=19.3849;RBI=0.00548518;REFB=0.0140893;REVB=0.00132813;RO=82;SAF=41;SAR=40;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150509;STB=0.582683;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0192244;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:82:82:81:81:0.496933:40:41:28:54:40:41:28:54 chr19 57956828 . T G 787.35 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214068;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6172;QD=57.2619;RBI=0.0877096;REFB=0;REVB=0.0850572;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101491;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr19 57967049 . G T 1579.42 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00184847;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2458;QD=57.9602;RBI=0.0109665;REFB=-0.18261;REVB=0.0108096;RO=1;SAF=44;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106646;STB=0.511109;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00186328;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:109:1:2:107:107:0.981651:63:44:1:0:63:44:2:0 chr19 57967133 . G A 1189.63 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5516;QD=61.0067;RBI=0.0290711;REFB=0;REVB=0.0124415;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304867;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr19 57984426 . C A 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.147;QD=63.3364;RBI=0.00492058;REFB=0;REVB=-0.000264229;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23779e-06;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:56:37:0:0:56:37:0:0 chr19 57984918 . A G 1860.29 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0256321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.309;QD=60.4971;RBI=0.0462912;REFB=-0.0208082;REVB=0.038547;RO=1;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082617;STB=0.504347;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=8.76449e-05;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:57:65:0:1:57:65:0:1 chr19 57985460 . T A 1679.25 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0222468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5121;QD=59.4425;RBI=0.0806507;REFB=0.023127;REVB=-0.0775217;RO=1;SAF=46;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102088;STB=0.505262;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000634496;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:111:112:0.99115:65:46:1:0:65:47:1:0 chr19 57985566 . G C 2235.96 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.251;QD=63.4314;RBI=0.0165201;REFB=0;REVB=0.00809616;RO=0;SAF=67;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48494e-05;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:73:67:0:0:74:67:0:0 chr19 57987905 . G A 3375.61 PASS AF=0.995455;AO=218;DP=221;FAO=219;FDP=220;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299322;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.26;QD=61.3747;RBI=0.0323706;REFB=-0.0214328;REVB=0.0123255;RO=1;SAF=85;SAR=133;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00356906;STB=0.501859;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000110108;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:221:220:1:1:218:219:0.995455:133:85:0:1:134:85:0:1 chr19 57988666 . A AGCC 1399.49 PASS AF=0.861789;AO=95;DP=135;FAO=106;FDP=123;FR=.;FRO=17;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0421146;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=3;MLLD=186.934;QD=45.512;RBI=0.0431544;REFB=-0.0870932;REVB=0.00941609;RO=39;SAF=36;SAR=59;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225698;STB=0.544523;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.012461;OID=.;OPOS=57988667;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.861789:95:135:106:123:17:47:59:13:4:79:39:36:59:31:8 chr19 58001512 . T A 1782.1 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.917;QD=60.9265;RBI=0.029057;REFB=0;REVB=0.0289098;RO=0;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41896e-05;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:114:117:1:59:55:0:0:62:55:0:0 chr19 58003141 . A G 251.2 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00424818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7118;QD=41.8662;RBI=0.00436075;REFB=-0.0624427;REVB=-0.000984448;RO=3;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182989;STB=0.5999;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0104969;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:6:15:0:3:6:15:0:3 chr19 58003488 . A G 1471.87 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5783;QD=63.3061;RBI=0.0421455;REFB=0;REVB=0.0400561;RO=0;SAF=29;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182205;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:64:29:0:0:64:29:0:0 chr19 58003580 . A G 3972.21 PASS AF=1;AO=247;DP=247;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.778;QD=64.0679;RBI=0.0348284;REFB=0;REVB=0.00740671;RO=0;SAF=92;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11699e-05;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:248:0:0:247:248:1:155:92:0:0:155:93:0:0 chr19 58003613 . C T 3571.92 PASS AF=1;AO=222;DP=225;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169981;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9755;QD=62.3917;RBI=0.0185582;REFB=-0.00966035;REVB=-0.00744809;RO=1;SAF=78;SAR=144;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606933;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108108;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:225:229:1:0:222:229:1:144:78:1:0:144:85:0:0 chr19 58004346 . G C 1575.25 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206129;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3396;QD=60.0094;RBI=0.0214523;REFB=0;REVB=0.00594196;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47188e-06;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:54:51:0:0:54:51:0:0 chr19 58004931 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0525594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7217;QD=28.5377;RBI=0.0704868;REFB=0.11041;REVB=0.0469669;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0151971;OID=.;OPOS=58004931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr19 58011421 . G T 2257.41 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0539283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.623;QD=62.2733;RBI=0.0617253;REFB=-0.0812691;REVB=0.0300291;RO=1;SAF=58;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812791;STB=0.504273;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000148404;OID=.;OPOS=58011421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:143:144:0.993103:85:58:1:0:86:58:1:0 chr19 58038964 . T A 5623.06 PASS AF=1;AO=343;DP=345;FAO=360;FDP=360;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368779;FXX=0.00552471;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8549;QD=62.4785;RBI=0.119887;REFB=-0.0277733;REVB=0.114074;RO=1;SAF=139;SAR=204;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233306;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345815;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:345:360:1:0:343:360:1:204:139:0:1:217:143:0:0 chr19 58058536 . A G 2389.41 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5898;QD=64.1454;RBI=0.0361289;REFB=0;REVB=-0.0279125;RO=0;SAF=72;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175773;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:77:72:0:0:77:72:0:0 chr19 58083706 . G A 432.08 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00927501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.168;QD=17.8177;RBI=0.0169244;REFB=0.000418981;REVB=-0.0141566;RO=53;SAF=16;SAR=28;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340052;STB=0.519029;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.000791232;OID=.;OPOS=58083706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:28:16:21:32:28:16:21:32 chr19 58201167 . CAAAAAAAAAAAAGA CAAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAGAAAAG 143.86 PASS AF=0.45,0.25,0.3;AO=5,5,2;DP=23;FAO=9,5,6;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1,5;FSAR=7,4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121417,0.101229,0.0652666;FXX=0.130378;HRUN=12,12,12;LEN=1,2,6;MLLD=8.40405,10.4328,90.3792;QD=28.7725;RBI=0.191033,0.166346,0.0923698;REFB=-0.138509,-0.133506,-0.0225824;REVB=-0.147484,-0.131999,-0.0653641;RO=2;SAF=2,1,2;SAR=3,4,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.212944,0.171367,0.727176;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.130941,0.160388,-0.0384176;OID=.,.,.;OPOS=58201168,58201168,58201176;OREF=A,AA,AAAAGA;OALT=-,-,GAAAAG;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAGAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.45,0.25,0.3:5,5,2:23:9,5,6:20:0:2,1,5:7,4,1:0:0:33:2:2,1,2:3,4,0:0:2 chr19 58213952 . C A 853.76 PASS AF=0.420354;AO=94;DP=225;FAO=95;FDP=226;FR=.;FRO=131;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=0.0862745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7094;QD=15.1108;RBI=0.086297;REFB=0.000100975;REVB=0.00197059;RO=131;SAF=32;SAR=62;SRF=55;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889985;STB=0.545045;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000364952;OID=.;OPOS=58213952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:131:131:94:95:0.420354:62:32:55:76:62:33:55:76 chr19 58258466 . G T 863.91 PASS AF=0.478261;AO=86;DP=182;FAO=88;FDP=184;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=21;FSRR=75;FWDB=0.00392174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.784;QD=18.7806;RBI=0.00462614;REFB=-0.00183485;REVB=0.00245381;RO=96;SAF=34;SAR=52;SRF=21;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185124;STB=0.596228;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00220871;OID=.;OPOS=58258466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:96:96:86:88:0.478261:52:34:21:75:54:34:21:75 chr19 58301766 . TG T 857.55 PASS AF=0.477663;AO=135;DP=289;FAO=139;FDP=291;FR=.;FRO=152;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=83;FSRR=69;FWDB=-0.161277;FXX=0.00342454;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.7212;QD=11.7876;RBI=0.190714;REFB=-0.0196486;REVB=-0.10179;RO=148;SAF=58;SAR=77;SRF=82;SRR=66;SSEN=0.754237;SSEP=0;SSSB=-0.118324;STB=0.548458;STBP=0.093;TYPE=del;VARB=0.0178305;OID=.;OPOS=58301767;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477663:135:289:139:291:152:63:76:83:69:99:148:58:77:82:66 chr19 58331336 . C T 536.3 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.00866473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.85;QD=15.8904;RBI=0.00866748;REFB=-0.0239977;REVB=0.000218473;RO=77;SAF=26;SAR=32;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020343;STB=0.511383;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0278992;OID=.;OPOS=58331336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:77:77:58:58:0.42963:32:26:33:44:32:26:33:44 chr19 58352522 . G A 667.88 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=50;FWDB=-0.00356892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.545;QD=19.5;RBI=0.00965998;REFB=-0.0267207;REVB=0.00897653;RO=70;SAF=28;SAR=39;SRF=20;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12908;STB=0.571015;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0320906;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:70:67:67:0.489051:39:28:20:50:39:28:20:50 chr19 58361433 . A G 124.66 PASS AF=0.19802;AO=20;DP=101;FAO=20;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0213922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.825;QD=4.93711;RBI=0.0289726;REFB=-0.00116622;REVB=0.0195393;RO=81;SAF=14;SAR=6;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252275;STB=0.661025;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00540409;OID=.;OPOS=58361433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:81:81:20:20:0.19802:6:14:41:40:6:14:41:40 chr19 58361450 . T C 78.7 PASS AF=0.148515;AO=15;DP=101;FAO=15;FDP=101;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.033101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4036;QD=3.11677;RBI=0.0336431;REFB=0.000596415;REVB=-0.00601504;RO=86;SAF=8;SAR=7;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126561;STB=0.508598;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00386315;OID=.;OPOS=58361450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:101:101:86:86:15:15:0.148515:7:8:45:41:7:8:45:41 chr19 58370727 . T G 36.58 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0317264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.898;QD=2.03201;RBI=0.045736;REFB=-0.00723223;REVB=-0.0329427;RO=60;SAF=3;SAR=5;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187033;STB=0.611607;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0505066;OID=.;OPOS=58370727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:68:72:60:64:8:8:0.111111:5:3:32:28:5:3:32:32 chr19 58384242 . T C 202.46 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.03001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3176;QD=12.27;RBI=0.0321729;REFB=0.00465819;REVB=-0.0115972;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243019;STB=0.639888;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0093797;OID=.;OPOS=58384242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:16:9:24:17:16:9:24:17 chr19 58385872 . G A 40.01 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0291799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4226;QD=14.5484;RBI=0.072709;REFB=-0.0529942;REVB=-0.0665968;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.53322;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0831575;OID=.;OPOS=58385872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:4:2:1:3:4:2:2:3 chr19 58420152 . C A 132.45 PASS AF=0.235294;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00213709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.998;QD=6.23298;RBI=0.0356926;REFB=-0.00010018;REVB=0.0356286;RO=65;SAF=7;SAR=13;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216482;STB=0.633634;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000410402;OID=.;OPOS=58420152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:65:65:20:20:0.235294:13:7:34:31:13:7:34:31 chr19 58420162 . T C 117.71 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0100827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.647;QD=6.2776;RBI=0.0274365;REFB=-0.00393309;REVB=0.0255167;RO=57;SAF=4;SAR=14;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356267;STB=0.722317;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0108659;OID=.;OPOS=58420162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:57:57:18:18:0.24:14:4:28:29:14:4:28:29 chr19 58420167 . T C 126.02 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0132304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.347;QD=6.46271;RBI=0.0354819;REFB=0.0103458;REVB=-0.0329229;RO=59;SAF=4;SAR=15;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302681;STB=0.689163;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0219449;OID=.;OPOS=58420167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:59:19:19:0.24359:15:4:25:34:15:4:25:34 chr19 58420699 . C A 355.11 PASS AF=0.338462;AO=40;DP=127;FAO=44;FDP=130;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.0171512;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.285;QD=10.9265;RBI=0.0172398;REFB=-0.0148689;REVB=0.00174578;RO=86;SAF=19;SAR=21;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124473;STB=0.539012;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0304756;OID=.;OPOS=58420699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:86:86:40:44:0.338462:21:19:50:36:21:23:50:36 chr19 58421128 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000559043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.207;QD=57.2024;RBI=0.00434921;REFB=0;REVB=0.00431313;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18826e-05;OID=.;OPOS=58421128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr19 58427766 . G A 33.43 PASS AF=0.0758621;AO=11;DP=145;FAO=11;FDP=145;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=77;FWDB=-0.035185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.878;QD=0.922137;RBI=0.0572213;REFB=-0.0123381;REVB=0.0451253;RO=134;SAF=8;SAR=3;SRF=57;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325704;STB=0.76601;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.10697;OID=.;OPOS=58427766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:145:145:134:134:11:11:0.0758621:3:8:57:77:3:8:57:77 chr19 58439306 . G A 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.014956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.09;QD=19.941;RBI=0.0155416;REFB=-0.0074344;REVB=-0.00422605;RO=29;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815867;STB=0.545235;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0116523;OID=.;OPOS=58439306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:18:14:10:19:18:14:10:19 chr19 58453303 . T C 333.13 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00459069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.586;QD=16.4506;RBI=0.015816;REFB=-0.00600746;REVB=0.0151351;RO=45;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502916;STB=0.528286;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00774069;OID=.;OPOS=58453303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:21:15:21:24:21:15:21:24 chr19 58453342 . T C 462.26 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00511349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.667;QD=18.1279;RBI=0.00605706;REFB=-0.0181188;REVB=-0.00324656;RO=53;SAF=21;SAR=28;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408879;STB=0.522718;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0199575;OID=.;OPOS=58453342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:49:49:0.480392:28:21:25:28:28:21:25:28 chr19 58455381 . C T 2288.93 PASS AF=0.993103;AO=123;DP=141;FAO=144;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=58;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.113471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.841;QD=63.1429;RBI=0.113483;REFB=-0.0339539;REVB=0.00163255;RO=1;SAF=36;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054302;STB=0.50289;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000322084;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:145:1:1:123:144:0.993103:87:36:0:1:86:58:0:1 chr19 58549366 . C G 197.43 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00947415;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.446;QD=17.9482;RBI=0.00982174;REFB=-0.0102552;REVB=-0.00258979;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106824;STB=0.572326;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00761725;OID=.;OPOS=58549366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:24:20:20:0.454545:11:9:14:11:11:9:14:10 chr19 58549593 . C G 625.06 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0412238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1857;QD=22.3237;RBI=0.0454;REFB=-0.0176498;REVB=0.0190199;RO=49;SAF=39;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082949;STB=0.550765;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0109769;OID=.;OPOS=58549593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:50:62:62:0.553571:23:39:26:23:23:39:26:24 chr19 58549615 . G C 127.51 PASS AF=0.195122;AO=16;DP=79;FAO=16;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.026006;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.4204;QD=6.22003;RBI=0.029792;REFB=-0.0846883;REVB=0.0145346;RO=40;SAF=14;SAR=2;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570737;STB=0.864698;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.109084;OID=.;OPOS=58549615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:79:82:40:53:16:16:0.195122:2:14:17:23:2:14:22:31 chr19 58549617 . C G 74.21 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0251918;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.759;QD=3.29825;RBI=0.0316095;REFB=-0.00328168;REVB=-0.0190927;RO=72;SAF=13;SAR=2;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.582029;STB=0.871233;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.161881;OID=.;OPOS=58549617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:91:90:72:75:15:15:0.166667:2:13:28:44:2:13:31:44 chr19 58572959 . G A 670.66 PASS AF=0.420455;AO=74;DP=177;FAO=74;FDP=176;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=0.0107222;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.474;QD=15.2423;RBI=0.0464262;REFB=0.00389203;REVB=0.045171;RO=99;SAF=32;SAR=42;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125073;STB=0.505153;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00589286;OID=.;OPOS=58572959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:99:102:74:74:0.420455:42:32:44:55:42:32:45:57 chr19 58572979 . G A 866.89 PASS AF=0.473404;AO=88;DP=192;FAO=89;FDP=188;FR=.,HEALED;FRO=99;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.0928264;FXX=0.0208322;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.5682;QD=18.4445;RBI=0.0929465;REFB=-0.0583106;REVB=0.00472314;RO=60;SAF=33;SAR=55;SRF=11;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160165;STB=0.555817;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0491112;OID=.;OPOS=58572979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:188:60:99:88:89:0.473404:55:33:11:49:55:34:48:51 chr19 58600048 . C T 432.67 PASS AF=0.488372;AO=30;DP=88;FAO=42;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00647533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.455;QD=20.124;RBI=0.0206639;REFB=-0.0467019;REVB=0.0196232;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156192;STB=0.586402;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0280895;OID=.;OPOS=58600048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:30:34:30:42:0.488372:13:17:22:8:23:19:22:12 chr19 58718360 . A AG 615.79 PASS AF=1;AO=52;DP=64;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102029;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.7174;QD=40.3794;RBI=0.103726;REFB=0;REVB=-0.0186845;RO=10;SAF=24;SAR=28;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418571;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0035157;OID=.;OPOS=58718361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:64:61:61:0:30:31:0:0:13:10:24:28:6:4 chr19 58774071 . A G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00534155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.034;QD=17.5879;RBI=0.0157285;REFB=0.00194218;REVB=-0.0147937;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176371;STB=0.599913;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00184381;OID=.;OPOS=58774071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:9:19:11:11:9:19 chr19 58790675 . T C 560.6 PASS AF=0.352632;AO=67;DP=192;FAO=67;FDP=190;FR=.;FRO=123;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=-0.0114329;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.172;QD=11.8022;RBI=0.0299339;REFB=-0.020255;REVB=-0.0276646;RO=120;SAF=32;SAR=35;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439945;STB=0.532874;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0329199;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:120:123:67:67:0.352632:35:32:62:58:35:32:65:58 chr19 58790713 . G C 243.12 PASS AF=0.268657;AO=35;DP=132;FAO=36;FDP=134;FR=.;FRO=98;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.00571705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.131;QD=7.25729;RBI=0.0660835;REFB=-0.0125994;REVB=-0.0658357;RO=87;SAF=14;SAR=21;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875991;STB=0.575;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0585534;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:87:98:35:36:0.268657:21:14:41:46:22:14:48:50 chr19 58806083 . T C 623.47 PASS AF=0.582524;AO=60;DP=103;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0512887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.41;QD=24.2123;RBI=0.0564218;REFB=-0.0123766;REVB=-0.0235136;RO=43;SAF=30;SAR=30;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889438;STB=0.504853;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0101579;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:43:43:60:60:0.582524:30:30:22:21:30:30:22:21 chr19 58864479 . T C 1084.45 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.108;QD=58.6189;RBI=0.0257677;REFB=-0.0630475;REVB=0.0124659;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00040797;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:39:34:0:0:39:34:0:1 chr19 58868480 . G T 329.64 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0564034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9732;QD=20.9296;RBI=0.0664663;REFB=-0.0142752;REVB=0.0351628;RO=29;SAF=12;SAR=22;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841849;STB=0.546692;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00952335;OID=.;OPOS=58868480;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:22:12:13:16:22:12:13:16 chr19 58870087 . TG T 953.64 PASS AF=0.655556;AO=109;DP=180;FAO=118;FDP=180;FR=.;FRO=62;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.000465733;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.0777;QD=21.192;RBI=0.0205421;REFB=0.00577677;REVB=-0.0205368;RO=61;SAF=57;SAR=52;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0.445813;SSSB=-0.00110335;STB=0.503507;STBP=0.903;TYPE=del;VARB=-0.00472229;OID=.;OPOS=58870088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.655556:109:180:118:180:62:64:54:33:29:99:61:57:52:32:29 chr19 58879964 . GA G,GG 1018.72 PASS AF=0.0138889,0.986111;AO=21,51;DP=73;FAO=1,71;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582028,-0.00848544;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.4741,75.6903;QD=56.5957;RBI=0.0223218,0.0246578;REFB=0,0;REVB=-0.0215497,0.0231518;RO=0;SAF=2,35;SAR=19,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.98875e-08,4.5765e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00101634,0.0142935;OID=.,.;OPOS=58879965,58879965;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0138889,0.986111:21,51:73:1,71:72:0:0,37:1,34:0:0:5:0:2,35:19,16:0:0 chr19 58879976 . C T 1189.88 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.738;QD=61.0193;RBI=0.0832248;REFB=0;REVB=0.0358013;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384202;OID=.;OPOS=58879976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr19 58898193 . C T 759.1 PASS AF=0.521429;AO=73;DP=140;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0199821;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.644;QD=21.6886;RBI=0.0401788;REFB=-0.00191925;REVB=0.0348576;RO=67;SAF=38;SAR=35;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063366;STB=0.534783;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00139622;OID=.;OPOS=58898193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:67:67:73:73:0.521429:35:38:30:37:35:38:30:37 chr19 58904396 . G A 934.94 PASS AF=0.559006;AO=90;DP=162;FAO=90;FDP=161;FR=.;FRO=71;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00474735;FXX=0.00617246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.8866;QD=23.2283;RBI=0.00676978;REFB=0.0115434;REVB=-0.00482625;RO=70;SAF=45;SAR=45;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0108151;OID=.;OPOS=58904396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:70:71:90:90:0.559006:45:45:35:35:45:45:35:36 chr19 58908150 . C G 41.43 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0552216;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.544;QD=16.5728;RBI=0.0748277;REFB=-0.0928714;REVB=0.0504951;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.571183;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0119619;OID=.;OPOS=58908150;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:2:2:4:2:2:2 chr19 58928302 . T C 488.15 PASS AF=0.519231;AO=47;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0075958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.9503;QD=18.7748;RBI=0.0416818;REFB=-0.0891426;REVB=-0.0409838;RO=42;SAF=28;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629778;STB=0.541846;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0858503;OID=.;OPOS=58928302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:42:49:47:54:0.519231:19:28:22:20:25:29:22:27 chr19 58928786 . A G 467.71 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.042213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.543;QD=20.1164;RBI=0.0440538;REFB=-0.0160376;REVB=0.0126015;RO=47;SAF=17;SAR=29;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737817;STB=0.540974;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0130423;OID=.;OPOS=58928786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:29:17:21:26:29:17:21:26 chr19 58929052 . G A 176.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0365528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4579;QD=13.3402;RBI=0.0377869;REFB=-0.0128781;REVB=0.00957833;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248187;STB=0.514272;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0190911;OID=.;OPOS=58929052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:14:7:10:22:14:7:10:22 chr19 58929136 . G A 121.23 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0775728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0375;QD=14.6945;RBI=0.0938004;REFB=-0.0232369;REVB=0.0527349;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.555481;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0391065;OID=.;OPOS=58929136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:9:4:4:15:10:4:4:15 chr19 58945961 . AC A,AA,AT,TA 579.0 PASS AF=0.390244,0.097561,0.487805,0.0243902;AO=13,4,20,2;DP=40;FAO=16,4,20,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,12,0;FSAR=15,4,8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238801,-0.0189483,-0.0254053,-0.0284665;FXX=0;HRUN=1,1,1,3;LEN=1,1,1,2;MLLD=88.3348,78.91,89.5195,83.4148;QD=56.4877;RBI=0.0906828,0.0917231,0.0932932,0.0393165;REFB=0,0,0,0;REVB=0.087482,0.0897446,0.0897675,-0.0271191;RO=0;SAF=0,0,12,0;SAR=13,4,8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,snp,mnp;VARB=-0.013483,0.019303,0.0100947,0.0608271;OID=.,.,.,.;OPOS=58945962,58945962,58945962,58945961;OREF=C,C,C,AC;OALT=-,A,T,TA;OMAPALT=A,AA,AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:42:40:41:0:0:13,4,20,2:16,4,20,1:0.390244,0.097561,0.487805,0.0243902:13,4,8,2:0,0,12,0:0:0:15,4,8,1:1,0,12,0:0:0 chr19 58946056 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00814019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.078;QD=17.2298;RBI=0.0312816;REFB=0.00373181;REVB=0.0302039;RO=6;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492481;STB=0.79459;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00396527;OID=.;OPOS=58946056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:7:1:4:2:7:1:4:2 chr19 58951123 . T C 942.98 PASS AF=0.418327;AO=105;DP=252;FAO=105;FDP=251;FR=.;FRO=146;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=81;FSRR=65;FWDB=0.00432549;FXX=0.0039681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.55;QD=15.0276;RBI=0.00463154;REFB=-0.0137725;REVB=-0.0016557;RO=144;SAF=51;SAR=54;SRF=80;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072333;STB=0.540115;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0189924;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:144:146:105:105:0.418327:54:51:80:64:54:51:81:65 chr19 58966644 . A T 917.79 PASS AF=0.484211;AO=92;DP=189;FAO=92;FDP=190;FR=.;FRO=98;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=-0.0211532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.325;QD=19.3219;RBI=0.0262043;REFB=-0.00438936;REVB=-0.0154664;RO=97;SAF=45;SAR=47;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10122;STB=0.552867;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00489338;OID=.;OPOS=58966644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:97:98:92:92:0.484211:47:45:58:39:47:45:58:40 chr19 58968875 . A C 207.11 PASS AF=0.396825;AO=26;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0121715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1038;QD=13.1496;RBI=0.0816868;REFB=-0.0120695;REVB=-0.0807749;RO=31;SAF=3;SAR=23;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369275;STB=0.676754;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0232401;OID=.;OPOS=58968875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:38:26:25:0.396825:23:3:11:20:22:3:11:27 chr19 58969179 . C A 361.42 PASS AF=0.62069;AO=35;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0166038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.469;QD=24.9253;RBI=0.0166101;REFB=-0.00357309;REVB=0.00045855;RO=23;SAF=5;SAR=30;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440702;STB=0.532424;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00103556;OID=.;OPOS=58969179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:22:35:36:0.62069:30:5:4:19:31:5:4:18 chr19 58982044 . C T 395.63 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0165233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2208;QD=14.0046;RBI=0.0521321;REFB=0.00265406;REVB=-0.0494443;RO=67;SAF=14;SAR=32;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210553;STB=0.619386;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00499472;OID=.;OPOS=58982044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:32:14:33:34:32:14:33:34 chr19 58982384 . A G 2286.27 PASS AF=1;AO=124;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.269;QD=63.0695;RBI=0.0675802;REFB=0;REVB=0.0453585;RO=0;SAF=40;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41178e-05;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:124:145:1:84:40:0:0:87:58:0:0 chr19 58989495 . A C 280.3 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0283958;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.362;QD=19.0034;RBI=0.0308015;REFB=-0.00710389;REVB=0.0119336;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135077;STB=0.575231;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00537857;OID=.;OPOS=58989495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:29:30:30:0.508475:16:14:18:11:16:14:18:11 chr19 58991900 . G A 1498.01 PASS AF=0.417085;AO=166;DP=402;FAO=166;FDP=398;FR=.;FRO=232;FSAF=83;FSAR=83;FSRF=113;FSRR=119;FWDB=-0.00393367;FXX=0.00995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.951;QD=15.0554;RBI=0.0333323;REFB=-0.0162585;REVB=0.0330994;RO=229;SAF=83;SAR=83;SRF=110;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204705;STB=0.507537;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0185933;OID=.;OPOS=58991900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:398:229:232:166:166:0.417085:83:83:110:119:83:83:113:119 chr19 59082605 . C T 1914.98 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.492;QD=61.7736;RBI=0.0238441;REFB=0;REVB=0.014366;RO=0;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92308e-06;OID=.;OPOS=59082605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:64:60:0:0:64:60:0:0 chr20 76962 . T C 650.91 PASS AF=0.439759;AO=70;DP=165;FAO=73;FDP=166;FR=.;FRO=93;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=64;FSRR=29;FWDB=0.0389338;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.237;QD=15.6847;RBI=0.0400079;REFB=-0.0536437;REVB=0.00920815;RO=94;SAF=43;SAR=27;SRF=65;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856068;STB=0.535512;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0577116;OID=.;OPOS=76962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:94:93:70:73:0.439759:27:43:65:29:27:46:64:29 chr20 126310 . ACC A 609.67 PASS AF=0.486911;AO=86;DP=190;FAO=93;FDP=191;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.0932338;FXX=0.00520806;HRUN=5;LEN=2;MLLD=29.3686;QD=12.768;RBI=0.0956506;REFB=-0.00391454;REVB=0.0213655;RO=75;SAF=41;SAR=45;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00277683;STB=0.512951;STBP=0.742;TYPE=del;VARB=0.00395263;OID=.;OPOS=126311;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486911:86:190:93:191:98:47:46:52:46:99:75:41:45:36:39 chr20 138178 . GC G 300.51 PASS AF=0.392593;AO=50;DP=133;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.0144993;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.4191;QD=8.90411;RBI=0.0292372;REFB=-0.00124319;REVB=-0.0253887;RO=81;SAF=22;SAR=28;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06396;STB=0.534871;STBP=0.534;TYPE=del;VARB=0.00295579;OID=.;OPOS=138179;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392593:50:133:53:135:82:23:30:31:51:99:81:22:28:31:50 chr20 139456 . G A 627.15 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=96;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0260335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.783;QD=26.1311;RBI=0.054241;REFB=0.0277856;REVB=0.0475851;RO=40;SAF=20;SAR=36;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133376;STB=0.572955;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0190633;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:40:56:56:0.583333:36:20:21:19:36:20:21:19 chr20 139576 . C A 618.82 PASS AF=0.564815;AO=59;DP=107;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.00518332;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.001;QD=22.9194;RBI=0.00569597;REFB=-0.0291153;REVB=0.00236162;RO=45;SAF=19;SAR=40;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993628;STB=0.512191;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0193904;OID=.;OPOS=139576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:45:47:59:61:0.564815:40:19:14:31:40:21:15:32 chr20 168728 . T A 667.23 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=149;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.00234634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.051;QD=17.7929;RBI=0.00362457;REFB=-0.00340978;REVB=0.00276264;RO=81;SAF=37;SAR=31;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023506;STB=0.516048;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00368922;OID=.;OPOS=168728;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:81:82:68:68:0.453333:31:37:46:35:31:37:47:35 chr20 238435 . CTGGTCT C 1363.77 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242418;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=6;MLLD=302.839;QD=61.9896;RBI=0.0436562;REFB=0;REVB=0.036307;RO=0;SAF=14;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.04022e-05;OID=.;OPOS=238436;OREF=TGGTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:85:88:88:0:14:74:0:0:7:0:14:70:0:0 chr20 256727 . T A 590.05 PASS AF=0.428571;AO=65;DP=153;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.0330221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.74;QD=15.326;RBI=0.0383897;REFB=-0.0163648;REVB=0.0195783;RO=83;SAF=27;SAR=38;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679122;STB=0.539699;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0157655;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:83:88:65:66:0.428571:38:27:40:43:39:27:42:46 chr20 257733 . A G 443.71 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00408207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.205;QD=17.7482;RBI=0.0190442;REFB=-0.00733852;REVB=-0.0186016;RO=54;SAF=30;SAR=15;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976676;STB=0.561123;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0145638;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:15:30:31:23:15:30:31:24 chr20 259969 . G C 11200.1 PASS AF=0.989041;AO=716;DP=729;FAO=722;FDP=730;FR=.;FRO=8;FSAF=323;FSAR=399;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00995932;FXX=0.00136797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6045;QD=61.3703;RBI=0.0139646;REFB=-0.17076;REVB=0.00978886;RO=8;SAF=320;SAR=396;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117896;STB=0.503351;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00169862;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:729:730:8:8:716:722:0.989041:396:320:8:0:399:323:6:2 chr20 279483 . T C 349.98 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.0105416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.562;QD=17.7207;RBI=0.0155995;REFB=-0.0263239;REVB=0.0114987;RO=39;SAF=20;SAR=16;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208256;STB=0.608267;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0217785;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:39:42:36:37:0.468354:16:20:30:9:16:21:32:10 chr20 368789 . CTG CGC,TCG 193.11 PASS AF=0.0178571,0.214286;AO=6,32;DP=168;FAO=3,36;FDP=168;FR=.,HEALED;FRO=122;FSAF=2,25;FSAR=1,11;FSRF=50;FSRR=72;FWDB=-0.0140322,-0.0413447;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=2,2;MLLD=160.38,65.2802;QD=4.59784;RBI=0.018649,0.0462173;REFB=-0.0168177,-0.0182075;REVB=-0.0122833,-0.0206556;RO=87;SAF=5,22;SAR=1,10;SRF=28;SRR=59;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.487656,0.42794;STB=0.735925,0.7154;STBP=0.485,0.006;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0553811,0.214528;OID=.,.;OPOS=368790,368789;OREF=TG,CT;OALT=GC,TC;OMAPALT=CGC,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:168:168:87:122:6,32:3,36:0.0178571,0.214286:1,10:5,22:28:59:1,11:2,25:50:72 chr20 371972 . T C 5432.55 PASS AF=1;AO=337;DP=338;FAO=341;FDP=341;FR=.;FRO=0;FSAF=199;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221254;FXX=0.00292389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0414;QD=63.7249;RBI=0.038017;REFB=0;REVB=-0.0309153;RO=0;SAF=197;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89452e-05;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:338:341:0:0:337:341:1:140:197:0:0:142:199:0:0 chr20 377226 . C T 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0211755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.829;QD=25.3158;RBI=0.0241041;REFB=0.000124271;REVB=0.0115156;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469859;STB=0.526128;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=9.50064e-05;OID=.;OPOS=377226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:11:9:5:8:11:9:5:8 chr20 391170 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1755;QD=62.6703;RBI=0.042039;REFB=0;REVB=-0.0223892;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000601819;OID=.;OPOS=391170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr20 397928 . C T 2421.08 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3556;QD=61.2933;RBI=0.0489337;REFB=0;REVB=0.0488454;RO=0;SAF=72;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159288;OID=.;OPOS=397928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:85:72:0:0:86:72:0:0 chr20 418199 . T A 2335.19 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191205;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.537;QD=63.9777;RBI=0.0193681;REFB=0;REVB=0.0030866;RO=0;SAF=71;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82525e-05;OID=.;OPOS=418199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:146:146:1:75:71:0:0:75:71:0:0 chr20 590456 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.071;QD=44.6896;RBI=0.0367165;REFB=0;REVB=-0.0366906;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000459547;OID=.;OPOS=590456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr20 590542 . CG GC 849.14 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00439378;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=82.3634;QD=53.9133;RBI=0.0260538;REFB=-0.164568;REVB=-0.0256807;RO=2;SAF=31;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294747;STB=0.51562;STBP=0.261;TYPE=mnp;VARB=0.00298915;OID=.;OPOS=590542;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:60:61:0.968254:29:31:2:0:30:31:2:0 chr20 628890 . T C 227.19 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0304367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9453;QD=11.3596;RBI=0.0312049;REFB=-0.0359988;REVB=-0.00688103;RO=51;SAF=10;SAR=18;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873515;STB=0.545421;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0333444;OID=.;OPOS=628890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:52:28:28:0.35:18:10:22:29:18:10:22:30 chr20 741847 . A G 949.01 PASS AF=0.448889;AO=101;DP=225;FAO=101;FDP=225;FR=.;FRO=124;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=71;FSRR=53;FWDB=-0.00352562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.562;QD=16.8713;RBI=0.0209566;REFB=-0.00678072;REVB=-0.0206579;RO=124;SAF=43;SAR=58;SRF=71;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145634;STB=0.580748;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0064734;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:124:124:101:101:0.448889:58:43:71:53:58:43:71:53 chr20 744450 . G A 455.44 PASS AF=0.393939;AO=52;DP=132;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.00405304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4467;QD=13.8013;RBI=0.0584095;REFB=-0.00501944;REVB=0.0582687;RO=80;SAF=37;SAR=15;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280061;STB=0.659027;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00845739;OID=.;OPOS=744450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:80:80:52:52:0.393939:15:37:37:43:15:37:37:43 chr20 744570 . G A 2685.76 PASS AF=0.606138;AO=236;DP=389;FAO=237;FDP=391;FR=.;FRO=154;FSAF=130;FSAR=107;FSRF=137;FSRR=17;FWDB=-0.0110764;FXX=0.00761402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.31;QD=27.4759;RBI=0.0286473;REFB=-0.0415202;REVB=0.0264193;RO=143;SAF=130;SAR=106;SRF=134;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284425;STB=0.639274;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.023108;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:391:143:154:236:237:0.606138:106:130:134:9:107:130:137:17 chr20 746098 . G A 293.74 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=77;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0316271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8318;QD=15.0633;RBI=0.0818015;REFB=0.0153835;REVB=0.0754401;RO=45;SAF=11;SAR=21;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866066;STB=0.555521;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0208917;OID=.;OPOS=746098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:45:45:32:33:0.423077:21:11:19:26:22:11:19:26 chr20 825678 . T C 2809.0 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175492;FXX=0.0110491;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.647;QD=62.7709;RBI=0.0380581;REFB=0;REVB=-0.0337705;RO=0;SAF=86;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61569e-05;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:93:86:0:0:93:86:0:0 chr20 826492 . G C 1735.72 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207585;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.465;QD=60.9026;RBI=0.0579992;REFB=0;REVB=-0.0541571;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4843e-05;OID=.;OPOS=826492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:64:50:0:0:64:50:0:0 chr20 826710 . C T 1556.0 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.107567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9776;QD=58.7171;RBI=0.119048;REFB=-0.0771026;REVB=0.051009;RO=1;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079761;STB=0.504201;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00335978;OID=.;OPOS=826710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:59:46:0:1:59:46:0:1 chr20 853433 . GTTG GGTG,GT,GTG,GTGG 1072.27 PASS AF=0,0,1,0;AO=6,11,20,40;DP=85;FAO=0,0,83,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,50,0;FSAR=0,0,33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.152024,0.295095,-0.117859,-0.437911;FXX=0.0119033;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,2,1,1;MLLD=5.86349,11.6,17.5859,13.2914;QD=51.6756;RBI=0.250873,0.391992,0.178278,0.447351;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.199564,-0.258025,-0.133762,0.0914139;RO=0;SAF=2,0,9,38;SAR=4,11,11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,3.0487e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,-0.0159954,-0.00352218,-0.0597655;OID=.,.,.,.;OPOS=853434,853435,853434,853435;OREF=T,TG,T,T;OALT=G,-,-,G;OMAPALT=GGTG,GT,GTG,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:6,11,20,40:85:0,0,83,0:83:0:0,0,50,0:0,0,33,0:0:0:6:0:2,0,9,38:4,11,11,2:0:0 chr20 854940 . T C 357.94 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.075835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5158;QD=22.371;RBI=0.0759365;REFB=-0.00831513;REVB=0.00392387;RO=27;SAF=24;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181033;STB=0.593353;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00494498;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:27:28:36:36:0.5625:12:24:12:15:12:24:13:15 chr20 1115919 . A G 386.65 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224579;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8501;QD=53.3306;RBI=0.0487508;REFB=-0.0286061;REVB=0.0432699;RO=1;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198141;STB=0.510631;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000863478;OID=.;OPOS=1115919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:1:1:28:28:0.965517:23:5:0:1:23:5:0:1 chr20 1285933 . G A 1077.27 PASS AF=0.458678;AO=111;DP=242;FAO=111;FDP=242;FR=.;FRO=131;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=81;FSRR=50;FWDB=-0.00140967;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.429;QD=17.8061;RBI=0.00166725;REFB=-0.00900688;REVB=-0.000890268;RO=131;SAF=60;SAR=51;SRF=81;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772426;STB=0.542668;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00980683;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:131:131:111:111:0.458678:51:60:81:50:51:60:81:50 chr20 1291076 . G C 2349.38 PASS AF=1;AO=141;DP=144;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.9;QD=63.9288;RBI=0.0703049;REFB=0;REVB=0.0190435;RO=1;SAF=66;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08761e-05;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:147:1:0:141:147:1:75:66:1:0:75:72:0:0 chr20 1293008 . C T 2503.11 PASS AF=0.934066;AO=170;DP=182;FAO=170;FDP=182;FR=.;FRO=12;FSAF=74;FSAR=96;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.022957;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.955;QD=55.0134;RBI=0.0288974;REFB=-0.101222;REVB=0.0175509;RO=0;SAF=74;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515451;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0023558;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:182:182:0:12:170:170:0.934066:96:74:0:0:96:74:8:4 chr20 1298794 . G A 1529.98 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0624;QD=63.7491;RBI=0.0590605;REFB=0;REVB=-0.0586108;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208193;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:56:40:0:0:56:40:0:0 chr20 1424303 . G A 1105.73 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153394;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.875;QD=58.9721;RBI=0.015447;REFB=-0.00674344;REVB=0.00182037;RO=1;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155074;STB=0.508194;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-6.17469e-05;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:30:44:0:1:30:44:0:1 chr20 1426393 . C T 5188.45 PASS AF=1;AO=328;DP=328;FAO=329;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0899513;FXX=0.00303021;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.364;QD=63.0814;RBI=0.0900876;REFB=0.0481849;REVB=-0.00495486;RO=0;SAF=164;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120332;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:328:329:0:0:328:329:1:164:164:0:0:164:165:0:0 chr20 1457910 . C A 3850.09 PASS AF=0.988372;AO=252;DP=260;FAO=255;FDP=258;FR=.;FRO=3;FSAF=105;FSAR=150;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0490669;FXX=0.00769201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.205;QD=59.6913;RBI=0.0491045;REFB=-0.068013;REVB=-0.0019207;RO=5;SAF=104;SAR=148;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000485592;STB=0.503056;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000350215;OID=.;OPOS=1457910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:260:258:5:3:252:255:0.988372:148:104:2:3:150:105:2:1 chr20 1459060 . T G 1606.5 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110429;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.563;QD=58.9543;RBI=0.0121422;REFB=-0.0510955;REVB=0.00504852;RO=1;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939812;STB=0.504853;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000143354;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:107:108:0.990826:50:57:0:1:51:57:0:1 chr20 1532595 . T C 3097.12 PASS AF=0.990244;AO=203;DP=205;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=127;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00630869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.527;QD=60.4315;RBI=0.00648027;REFB=0.0176084;REVB=0.00148133;RO=2;SAF=76;SAR=127;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00249002;STB=0.501307;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.000175985;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:205:205:2:2:203:203:0.990244:127:76:1:1:127:76:1:1 chr20 1546911 . C G 1263.55 PASS AF=0.988095;AO=80;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00623751;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.192;QD=60.1689;RBI=0.0804617;REFB=-0.123343;REVB=0.0802196;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.504949;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000842944;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:84:0:1:80:83:0.988095:47:33:0:0:50:33:0:1 chr20 1551485 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5018;QD=58.7811;RBI=0.0259088;REFB=0;REVB=0.0202568;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60456e-05;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr20 1552430 . T C 10190.5 PASS AF=1;AO=634;DP=639;FAO=639;FDP=639;FR=.;FRO=0;FSAF=288;FSAR=351;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200207;FXX=0.0108357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.2;QD=63.7901;RBI=0.0279336;REFB=-0.0151017;REVB=0.0194796;RO=0;SAF=287;SAR=347;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71271e-05;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:639:639:0:0:634:639:1:347:287:0:0:351:288:0:0 chr20 1559101 . T G 10939.4 PASS AF=1;AO=682;DP=683;FAO=685;FDP=685;FR=.;FRO=0;FSAF=330;FSAR=355;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.916;QD=63.8795;RBI=0.0378553;REFB=0;REVB=0.0268256;RO=0;SAF=329;SAR=353;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.87845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53709e-08;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:59:683:685:0:0:682:685:1:353:329:0:0:355:330:0:0 chr20 1610894 . G A 252.97 PASS AF=0.326316;AO=30;DP=94;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.00448023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.719;QD=10.6514;RBI=0.00869873;REFB=-0.00377004;REVB=-0.00745624;RO=63;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13907;STB=0.563458;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00761269;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:63:64:30:31:0.326316:16:14:22:41:17:14:23:41 chr20 1610939 . G A 1120.78 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0034318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.466;QD=58.9886;RBI=0.00366293;REFB=-0.0758952;REVB=-0.00128056;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000224034;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:45:30:0:0:45:30:0:1 chr20 1615934 . G T 587.97 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0238027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8864;QD=18.374;RBI=0.0798938;REFB=-0.0152443;REVB=-0.0762656;RO=67;SAF=27;SAR=34;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491293;STB=0.502723;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0164191;OID=.;OPOS=1615934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:67:67:61:61:0.476562:34:27:30:37:34:27:30:37 chr20 1615959 . T C 1970.93 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.697;QD=62.0766;RBI=0.0172342;REFB=0;REVB=0.00789481;RO=0;SAF=60;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15279e-05;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:67:60:0:0:67:60:0:0 chr20 1616137 . G A 1446.99 PASS AF=0.491468;AO=143;DP=292;FAO=144;FDP=293;FR=.;FRO=149;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=66;FSRR=83;FWDB=-0.00769138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0669;QD=19.7541;RBI=0.0202885;REFB=0.00960931;REVB=-0.0187741;RO=149;SAF=66;SAR=77;SRF=66;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173968;STB=0.507885;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0080233;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:293:149:149:143:144:0.491468:77:66:66:83:78:66:66:83 chr20 1616206 . A G 3227.04 PASS AF=1;AO=207;DP=214;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172451;FXX=0.0325566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.989;QD=62.0585;RBI=0.0272932;REFB=0;REVB=-0.0211548;RO=0;SAF=89;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26304e-06;OID=.;OPOS=1616206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:208:0:0:207:208:1:118:89:0:0:119:89:0:0 chr20 1616892 . A G 2839.84 PASS AF=0.553236;AO=264;DP=483;FAO=265;FDP=479;FR=.;FRO=214;FSAF=107;FSAR=158;FSRF=103;FSRR=111;FWDB=0.00670831;FXX=0.0082814;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.715;QD=23.7148;RBI=0.0213682;REFB=-0.0065227;REVB=-0.0202878;RO=200;SAF=107;SAR=157;SRF=100;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768958;STB=0.535478;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00382611;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:483:479:200:214:264:265:0.553236:157:107:100:100:158:107:103:111 chr20 1617069 . A G 1866.04 PASS AF=0.447489;AO=195;DP=438;FAO=196;FDP=438;FR=.;FRO=242;FSAF=103;FSAR=93;FSRF=104;FSRR=138;FWDB=-0.0150094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5003;QD=17.0414;RBI=0.0281518;REFB=-0.00179542;REVB=-0.0238169;RO=240;SAF=103;SAR=92;SRF=104;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944738;STB=0.552755;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00177746;OID=.;OPOS=1617069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:438:240:242:195:196:0.447489:92:103:104:136:93:103:104:138 chr20 1629906 . C T 2500.95 PASS AF=0.53139;AO=237;DP=446;FAO=237;FDP=446;FR=.;FRO=209;FSAF=89;FSAR=148;FSRF=79;FSRR=130;FWDB=0.0149446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.508;QD=22.43;RBI=0.0152592;REFB=-0.0144326;REVB=-0.00308271;RO=209;SAF=89;SAR=148;SRF=79;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00225824;STB=0.50123;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0130134;OID=.;OPOS=1629906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:446:209:209:237:237:0.53139:148:89:79:130:148:89:79:130 chr20 1959939 . G A 934.29 PASS AF=0.480198;AO=97;DP=202;FAO=97;FDP=202;FR=.;FRO=105;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=-0.00356645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.169;QD=18.5008;RBI=0.00748459;REFB=-0.00548402;REVB=-0.00658024;RO=105;SAF=54;SAR=43;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146967;STB=0.580982;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00634976;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:105:105:97:97:0.480198:43:54:42:63:43:54:42:63 chr20 2082732 . C G 1785.46 PASS AF=0.983607;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0314702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1944;QD=58.5397;RBI=0.0394701;REFB=0.00814511;REVB=0.0238226;RO=2;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150739;STB=0.500411;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00222713;OID=.;OPOS=2082732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:122:2:2:119:120:0.983607:62:57:0:2:63:57:1:1 chr20 2083833 . C G 1460.67 PASS AF=0.510638;AO=144;DP=282;FAO=144;FDP=282;FR=.;FRO=138;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=63;FSRR=75;FWDB=0.0168797;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.3791;QD=20.7187;RBI=0.065683;REFB=0.00213495;REVB=-0.063477;RO=135;SAF=72;SAR=72;SRF=61;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426083;STB=0.521274;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00232153;OID=.;OPOS=2083833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:135:138:144:144:0.510638:72:72:61:74:72:72:63:75 chr20 2127684 . C T 2026.87 PASS AF=0.492754;AO=204;DP=414;FAO=204;FDP=414;FR=.;FRO=210;FSAF=86;FSAR=118;FSRF=112;FSRR=98;FWDB=-0.0580912;FXX=0.00480758;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.626;QD=19.5833;RBI=0.0581503;REFB=-0.00665687;REVB=-0.00262212;RO=207;SAF=86;SAR=118;SRF=109;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972715;STB=0.557076;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00635337;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:414:207:210:204:204:0.492754:118:86:109:98:118:86:112:98 chr20 2127930 . C T 417.89 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0725055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9772;QD=19.8995;RBI=0.116979;REFB=-0.0347124;REVB=0.0917995;RO=42;SAF=9;SAR=33;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217316;STB=0.621676;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0368111;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:33:9:17:25:33:9:17:25 chr20 2290333 . C A 382.78 PASS AF=0.5;AO=38;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0152881;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.324;QD=19.1392;RBI=0.0154937;REFB=-0.0213903;REVB=0.00251581;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817222;STB=0.525113;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0204581;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:40:38:40:0.5:19:19:23:16:19:21:23:17 chr20 2312829 . CA AC,C 131.84 PASS AF=0,0.357664;AO=6,47;DP=139;FAO=0,49;FDP=137;FR=.;FRO=88;FSAF=0,6;FSAR=0,43;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.0118451,0.0829946;FXX=0.0143875;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=100.563,9.81378;QD=3.84933;RBI=0.110578,0.136238;REFB=-0.0120325,-0.136756;REVB=-0.109942,-0.108041;RO=76;SAF=0,5;SAR=6,42;SRF=50;SRR=26;SSEN=0,0.326923;SSEP=0,0;SSSB=-0.628921,-0.648127;STB=0.5,0.836081;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.151945;OID=.,.;OPOS=2312829,2312830;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:139:137:76:88:6,47:0,49:0,0.357664:6,42:0,5:50:26:0,43:0,6:51:37 chr20 2321105 . G C 1286.88 PASS AF=0.455782;AO=134;DP=294;FAO=134;FDP=294;FR=.;FRO=160;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=89;FSRR=71;FWDB=-0.0198953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.015;QD=17.5085;RBI=0.0205333;REFB=0.0013849;REVB=-0.00507863;RO=160;SAF=65;SAR=69;SRF=89;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699793;STB=0.538674;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00170347;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:160:160:134:134:0.455782:69:65:89:71:69:65:89:71 chr20 2375262 . A G 4490.35 PASS AF=1;AO=280;DP=282;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341387;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.239;QD=63.2444;RBI=0.0564694;REFB=0;REVB=-0.0449816;RO=0;SAF=116;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25072e-06;OID=.;OPOS=2375262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:282:284:0:0:280:284:1:164:116:0:0:166:118:0:0 chr20 2398017 . G A 5339.28 PASS AF=1;AO=320;DP=320;FAO=336;FDP=336;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.673;QD=63.5629;RBI=0.054571;REFB=0;REVB=0.0461017;RO=0;SAF=170;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3572e-05;OID=.;OPOS=2398017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:320:336:0:0:320:336:1:150:170:0:0:165:171:0:0 chr20 2539387 . G A 399.7 PASS AF=0.414414;AO=33;DP=108;FAO=46;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=47;FWDB=-0.0101646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3508;QD=14.4036;RBI=0.0888226;REFB=-0.0679796;REVB=0.0882391;RO=60;SAF=11;SAR=22;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427716;STB=0.52946;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0990762;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:60:65:33:46:0.414414:22:11:18:42:35:11:18:47 chr20 2618140 . T C 415.83 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0121399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.606;QD=16.9728;RBI=0.0415018;REFB=-0.012675;REVB=-0.0396865;RO=54;SAF=27;SAR=16;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201986;STB=0.618265;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0209849;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:54:55:43:43:0.438776:16:27:23:31:16:27:23:32 chr20 2621998 . T C 379.81 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.029222;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.896;QD=21.398;RBI=0.03018;REFB=-0.00629673;REVB=0.00754355;RO=33;SAF=22;SAR=16;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204452;STB=0.612845;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00673414;OID=.;OPOS=2621998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:16:22:11:22:16:22:11:22 chr20 2633325 . GGGGCGC G 330.63 PASS AF=0.602941;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0114437;FXX=0.105249;HRUN=4;LEN=6;MLLD=273.561;QD=19.449;RBI=0.0152318;REFB=-0.0327594;REVB=0.0100523;RO=27;SAF=20;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953958;STB=0.541527;STBP=0.449;TYPE=del;VARB=0.0174468;OID=.;OPOS=2633326;OREF=GGGCGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.602941:40:73:41:68:27:21:20:11:16:99:27:20:20:10:17 chr20 2633936 . T C 680.47 PASS AF=0.421348;AO=74;DP=177;FAO=75;FDP=178;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=0.00339704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.506;QD=15.2915;RBI=0.00384728;REFB=-0.014968;REVB=-0.00180601;RO=102;SAF=37;SAR=37;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406237;STB=0.521434;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0223082;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:102:103:74:75:0.421348:37:37:55:47:37:38:56:47 chr20 2637071 . T C 420.57 PASS AF=0.634921;AO=39;DP=62;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00217658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.802;QD=26.703;RBI=0.00918136;REFB=-0.00566605;REVB=-0.00891964;RO=23;SAF=25;SAR=14;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824543;STB=0.500872;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00396237;OID=.;OPOS=2637071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:23:23:39:40:0.634921:14:25:15:8:14:26:15:8 chr20 2644407 . C G 319.3 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0030519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.313;QD=13.4444;RBI=0.0806088;REFB=-0.0142097;REVB=-0.080551;RO=55;SAF=12;SAR=24;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771617;STB=0.527116;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0223391;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:55:59:36:36:0.378947:24:12:22:33:24:12:22:37 chr20 2739583 . T C 590.03 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0375913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4159;QD=16.9793;RBI=0.051094;REFB=-0.00610088;REVB=-0.0346047;RO=73;SAF=34;SAR=28;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272423;STB=0.523313;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0105474;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:77:62:62:0.446043:28:34:38:35:28:34:39:38 chr20 2816821 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00673975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.025;QD=11.1039;RBI=0.00789193;REFB=-0.056604;REVB=0.00410588;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.542251;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0605769;OID=.;OPOS=2816821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:3:4:5:4:3:4:5:5 chr20 2840773 . C T 313.85 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0017857;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.727;QD=16.9646;RBI=0.00954498;REFB=-0.0235484;REVB=-0.00937646;RO=39;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827809;STB=0.552137;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0249316;OID=.;OPOS=2840773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:40:34:34:0.459459:18:16:15:24:18:16:15:25 chr20 2967430 . G A 955.47 PASS AF=0.479798;AO=95;DP=199;FAO=95;FDP=198;FR=.;FRO=103;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=31;FSRR=72;FWDB=0.0144399;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.668;QD=19.3024;RBI=0.0153642;REFB=-0.0163868;REVB=-0.00524868;RO=103;SAF=47;SAR=48;SRF=31;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183857;STB=0.601003;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0241851;OID=.;OPOS=2967430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:103:103:95:95:0.479798:48:47:31:72:48:47:31:72 chr20 2996497 . C T 194.58 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00802659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.08;QD=10.3775;RBI=0.008217;REFB=-0.0102372;REVB=0.00175869;RO=49;SAF=9;SAR=16;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261465;STB=0.646005;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0194061;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:50:25:25:0.333333:16:9:29:20:16:9:29:21 chr20 3008448 . C T 602.34 PASS AF=0.419753;AO=68;DP=162;FAO=68;FDP=162;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0222013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.316;QD=14.8726;RBI=0.032899;REFB=-0.0114949;REVB=-0.0242785;RO=94;SAF=33;SAR=35;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289049;STB=0.516183;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0133085;OID=.;OPOS=3008448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:94:94:68:68:0.419753:35:33:43:51:35:33:43:51 chr20 3025107 . C T 717.38 PASS AF=0.486301;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.0399763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5987;QD=19.6541;RBI=0.0800442;REFB=-0.0423709;REVB=-0.0693467;RO=73;SAF=43;SAR=28;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00278086;STB=0.510152;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.046904;OID=.;OPOS=3025107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:73:75:71:71:0.486301:28:43:44:29:28:43:44:31 chr20 3074835 . C T 1023.5 PASS AF=0.440329;AO=107;DP=249;FAO=107;FDP=243;FR=.;FRO=136;FSAF=71;FSAR=36;FSRF=64;FSRR=72;FWDB=0.0675375;FXX=0.0240954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.808;QD=16.8477;RBI=0.0678547;REFB=-0.0233716;REVB=0.00655333;RO=126;SAF=71;SAR=36;SRF=59;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197903;STB=0.612047;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0302468;OID=.;OPOS=3074835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:243:126:136:107:107:0.440329:36:71:59:67:36:71:64:72 chr20 3090848 . T G 939.61 PASS AF=0.502703;AO=90;DP=182;FAO=93;FDP=185;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.0610322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3646;QD=20.316;RBI=0.0638548;REFB=-0.0046806;REVB=-0.0187752;RO=92;SAF=41;SAR=49;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049683;STB=0.519598;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00541759;OID=.;OPOS=3090848;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:185:92:92:90:93:0.502703:49:41:37:55:52:41:37:55 chr20 3147762 . A G 248.55 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.614;QD=49.7098;RBI=0.0469171;REFB=0;REVB=0.0379922;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217168;OID=.;OPOS=3147762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:11:7:0:0:12:8:0:0 chr20 3214819 . T G 740.81 PASS AF=0.510638;AO=72;DP=141;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.00136637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.945;QD=21.0158;RBI=0.00347578;REFB=-0.0180522;REVB=-0.00319595;RO=69;SAF=43;SAR=29;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182929;STB=0.600602;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0158342;OID=.;OPOS=3214819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:69:69:72:72:0.510638:29:43:27:42:29:43:27:42 chr20 3218634 . G C 934.78 PASS AF=0.484536;AO=91;DP=190;FAO=94;FDP=194;FR=.;FRO=100;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=-0.0850564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6393;QD=19.2739;RBI=0.106892;REFB=-0.0492872;REVB=-0.0647405;RO=98;SAF=56;SAR=35;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111157;STB=0.556798;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0467434;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:194:98:100:91:94:0.484536:35:56:49:49:36:58:51:49 chr20 3232031 . C T 218.14 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.045289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.797;QD=15.5813;RBI=0.0452967;REFB=-0.00814756;REVB=0.000832175;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131686;STB=0.507457;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00511681;OID=.;OPOS=3232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:15:10:12:19:15:10:12:19 chr20 3285140 . T C 785.05 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.447;QD=57.0944;RBI=0.0456111;REFB=0;REVB=0.00594439;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195987;OID=.;OPOS=3285140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr20 3321244 . T C 673.59 PASS AF=0.5;AO=67;DP=134;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0213698;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.121;QD=20.1071;RBI=0.0239862;REFB=0.000820188;REVB=-0.0108936;RO=66;SAF=23;SAR=44;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161601;STB=0.586092;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.000580038;OID=.;OPOS=3321244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:67:67:67:0.5:44:23:34:32:44:23:34:33 chr20 3362033 . T C 132.12 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00649185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.835;QD=14.6799;RBI=0.0521063;REFB=-0.0136942;REVB=0.0517003;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521122;STB=0.511612;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0200442;OID=.;OPOS=3362033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:13:7:6:9:13:8 chr20 3564672 . C T 2250.67 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.788;QD=62.0875;RBI=0.0407422;REFB=-0.0551341;REVB=0.0366636;RO=2;SAF=73;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000275287;STB=0.503401;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000147635;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:145:145:2:1:143:144:0.993103:70:73:1:1:71:73:1:0 chr20 3628918 . T C 1248.18 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194744;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.932;QD=61.6386;RBI=0.0250193;REFB=0;REVB=0.0157071;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127826;OID=.;OPOS=3628918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:79:81:1:42:37:0:0:44:37:0:0 chr20 3640823 . C T 1497.26 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000724948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.792;QD=55.9723;RBI=0.0370471;REFB=-0.044687;REVB=0.03704;RO=2;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225799;STB=0.517644;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000204757;OID=.;OPOS=3640823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:2:3:103:104:0.971963:41:62:0:2:41:63:0:3 chr20 3649632 . ATCTGGACT A 115.87 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00115814;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=8;MLLD=311.392;QD=10.5332;RBI=0.0217829;REFB=-0.00426962;REVB=0.0217521;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333863;STB=0.519972;STBP=0.886;TYPE=del;VARB=0.009127;OID=.;OPOS=3649633;OREF=TCTGGACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:14:45:14:44:30:6:8:12:18:99:30:6:8:12:18 chr20 3651742 . C G 959.12 PASS AF=0.399267;AO=109;DP=273;FAO=109;FDP=273;FR=.;FRO=164;FSAF=72;FSAR=37;FSRF=75;FSRR=89;FWDB=-0.0217014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.473;QD=14.053;RBI=0.0392053;REFB=-0.0167992;REVB=-0.0326512;RO=163;SAF=72;SAR=37;SRF=75;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219539;STB=0.625157;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0219896;OID=.;OPOS=3651742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:163:164:109:109:0.399267:37:72:75:88:37:72:75:89 chr20 3655219 . T C 717.3 PASS AF=0.482993;AO=71;DP=147;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0252126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.541;QD=19.5184;RBI=0.0271051;REFB=-0.0267187;REVB=-0.00995026;RO=71;SAF=43;SAR=28;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786862;STB=0.562568;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0238177;OID=.;OPOS=3655219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:71:76:71:71:0.482993:28:43:37:34:28:43:37:39 chr20 3672836 . G A 301.68 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0579924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9975;QD=25.1395;RBI=0.0580259;REFB=-0.0191428;REVB=-0.0019698;RO=20;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062846;STB=0.544154;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0195;OID=.;OPOS=3672836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:13:14:12:8:13:14:13:8 chr20 3675333 . G A 467.48 PASS AF=0.355828;AO=58;DP=163;FAO=58;FDP=163;FR=.;FRO=105;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=60;FSRR=45;FWDB=0.0343091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7689;QD=11.4719;RBI=0.0372652;REFB=-0.0130706;REVB=0.0145458;RO=105;SAF=31;SAR=27;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420534;STB=0.523984;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0346325;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:105:105:58:58:0.355828:27:31:60:45:27:31:60:45 chr20 3675498 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.784;QD=61.336;RBI=0.0152661;REFB=0;REVB=0.0112553;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47018e-05;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr20 3677357 . T C 2202.5 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2811;QD=62.9286;RBI=0.05472;REFB=0;REVB=-0.0237069;RO=0;SAF=52;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366861;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:140:0:0:136:140:1:84:52:0:0:85:55:0:0 chr20 3677736 . T G 523.89 PASS AF=0.466667;AO=53;DP=117;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0261077;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.876;QD=17.4629;RBI=0.0262561;REFB=-0.0190802;REVB=0.00278823;RO=64;SAF=28;SAR=25;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149671;STB=0.575848;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0248481;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:64:64:53:56:0.466667:25:28:24:40:27:29:24:40 chr20 3682011 . G A 796.58 PASS AF=0.431373;AO=88;DP=204;FAO=88;FDP=204;FR=.;FRO=116;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=69;FWDB=0.000888504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.119;QD=15.6193;RBI=0.0159559;REFB=-0.00154439;REVB=0.0159311;RO=116;SAF=46;SAR=42;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119601;STB=0.566563;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00186545;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:116:116:88:88:0.431373:42:46:47:69:42:46:47:69 chr20 3682242 . C T 466.21 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0105258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.258;QD=25.2006;RBI=0.0117075;REFB=-0.0168251;REVB=-0.00512583;RO=30;SAF=17;SAR=27;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1359;STB=0.574434;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0127956;OID=.;OPOS=3682242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:27:17:17:13:27:17:17:13 chr20 3682275 . A G 279.15 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.00761061;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.684;QD=16.1827;RBI=0.00860494;REFB=-0.0184932;REVB=-0.00401543;RO=39;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351385;STB=0.690163;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0286708;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:38:30:31:0.449275:10:20:12:27:11:20:11:27 chr20 3684022 . A G 489.86 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00528857;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.458;QD=19.7922;RBI=0.0133055;REFB=-0.004265;REVB=-0.0122093;RO=49;SAF=22;SAR=28;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856148;STB=0.547245;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00344227;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:49:49:50:50:0.505051:28:22:17:32:28:22:17:32 chr20 3684729 . T C 402.4 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00271725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0483;QD=17.3076;RBI=0.023779;REFB=0.003773;REVB=-0.0236233;RO=51;SAF=22;SAR=20;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147609;STB=0.582446;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0102807;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:20:22:19:32:20:22:19:32 chr20 3686436 . C T 1471.56 PASS AF=0.409877;AO=165;DP=407;FAO=166;FDP=405;FR=.;FRO=239;FSAF=92;FSAR=74;FSRF=125;FSRR=114;FWDB=0.033654;FXX=0.00735276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.947;QD=14.5339;RBI=0.0338691;REFB=-0.0141669;REVB=0.00381168;RO=231;SAF=91;SAR=74;SRF=123;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201105;STB=0.518556;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0204594;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:405:231:239:165:166:0.409877:74:91:123:108:74:92:125:114 chr20 3835311 . C T 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00256593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.34;QD=18.5414;RBI=0.0100468;REFB=0.0177834;REVB=-0.00971366;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116399;STB=0.50649;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0222705;OID=.;OPOS=3835311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:15:19:20:15:15:19:20:15 chr20 3838441 . C G 1665.0 PASS AF=0.982906;AO=110;DP=113;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0483882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6593;QD=56.923;RBI=0.0490088;REFB=-0.0845279;REVB=0.00777485;RO=2;SAF=39;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537663;STB=0.502299;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00582399;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:117:2:2:110:115:0.982906:71:39:1:1:72:43:1:1 chr20 3843027 . C A 1004.34 PASS AF=0.5875;AO=94;DP=160;FAO=94;FDP=160;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=60;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0114309;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.4;QD=25.1086;RBI=0.0200726;REFB=-0.0284629;REVB=0.0164998;RO=65;SAF=34;SAR=60;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673983;STB=0.540532;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0184709;OID=.;OPOS=3843027;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:65:66:94:94:0.5875:60:34:29:36:60:34:30:36 chr20 3846397 . C T 1157.97 PASS AF=0.5625;AO=96;DP=181;FAO=108;FDP=192;FR=.;FRO=84;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=0.0354842;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.86;QD=24.1244;RBI=0.0767035;REFB=-0.0346546;REVB=0.0680022;RO=85;SAF=50;SAR=46;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683338;STB=0.534959;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0276461;OID=.;OPOS=3846397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:192:85:84:96:108:0.5625:46:50:51:34:51:57:51:33 chr20 3870122 . AGG AGC,AG 214.7 PASS AF=0.782609,0.130435;AO=14,3;DP=23;FAO=18,3;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=9,0;FSAR=9,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0341189,0.0482527;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=185.25,10.7686;QD=37.3388;RBI=0.0342561,0.0508718;REFB=-0.0424614,0.0703783;REVB=0.00306261,-0.0161126;RO=2;SAF=7,0;SAR=7,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0.414179;SSEP=0,0.328125;SSSB=0.113294,0;STB=0.549945,0.5;STBP=0.242,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0247019,0.0688922;OID=.,.;OPOS=3870124,3870123;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AGC,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.782609,0.130435:14,3:23:18,3:23:2:9,0:9,3:0:2:15:2:7,0:7,3:0:2 chr20 4053254 . A G 4268.0 PASS AF=1;AO=273;DP=275;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209767;FXX=0.00724611;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.83;QD=62.3066;RBI=0.0211144;REFB=-0.055925;REVB=-0.00240743;RO=2;SAF=112;SAR=161;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82652e-05;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:275:274:2:0:273:274:1:161:112:1:1:161:113:0:0 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T,TACACACACACACAC 371.01 PASS AF=0.714286,0.285714;AO=15,6;DP=31;FAO=20,8;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=14,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843378,-0.0659926;FXX=0.096743;HRUN=1,1;LEN=16,2;MLLD=660.525,51.2896;QD=53.0011;RBI=0.00968902,0.0660045;REFB=0,0;REVB=-0.00476953,0.00124966;RO=0;SAF=5,1;SAR=10,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-4.44134e-05,0.0394839;OID=.,.;OPOS=4124038,4124038;OREF=ACACACACACACACAC,AC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.714286,0.285714:15,6:31:20,8:28:0:6,2:14,6:0:0:51:0:5,1:10,5:0:0 chr20 4163302 . A G 260.39 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=10;FWDB=-0.000228235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.759;QD=12.3994;RBI=0.0682131;REFB=-0.0453443;REVB=-0.0682127;RO=53;SAF=26;SAR=5;SRF=43;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530018;STB=0.530592;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0711054;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:5:26:43:10:5:26:43:10 chr20 4164283 . A G 2339.3 PASS AF=0.986667;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0422869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.332;QD=62.3814;RBI=0.055577;REFB=-0.0414362;REVB=0.0360641;RO=1;SAF=67;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704566;STB=0.500544;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000288419;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:150:1:2:147:148:0.986667:80:67:1:0:80:68:1:1 chr20 4705718 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.000261926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.895;QD=10.542;RBI=0.0198288;REFB=-0.00562742;REVB=-0.019827;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744314;STB=0.544827;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0229956;OID=.;OPOS=4705718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:9:12:7:4:9:12 chr20 4705865 . T C 1034.15 PASS AF=0.563218;AO=95;DP=173;FAO=98;FDP=174;FR=.;FRO=76;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.00305267;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.524;QD=23.7735;RBI=0.00711232;REFB=-0.0248195;REVB=0.00642388;RO=77;SAF=47;SAR=48;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116719;STB=0.505746;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0193228;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:77:76:95:98:0.563218:48:47:37:40:49:49:37:39 chr20 4706310 . T C 481.57 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0179627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3515;QD=17.3537;RBI=0.0540478;REFB=-0.00536173;REVB=0.0509755;RO=59;SAF=28;SAR=24;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189168;STB=0.604899;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00689794;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:59:52:52:0.468468:24:28:20:39:24:28:20:39 chr20 4707112 . G T 431.0 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=106;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.00926578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.34;QD=15.9631;RBI=0.010886;REFB=-0.00709944;REVB=-0.00571409;RO=59;SAF=32;SAR=15;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36697;STB=0.703113;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.015008;OID=.;OPOS=4707112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:59:60:47:48:0.444444:15:32:18:41:15:33:19:41 chr20 4707197 . GTTTTA GTATTT,GTTT,GTTTA 1621.86 PASS AF=0.0655738,0.934426,0;AO=5,14,26;DP=123;FAO=8,114,0;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=0,66,0;FSAR=8,48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675888,0.72492,0.636073;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=4,2,1;MLLD=131.873,21.8199,9.07405;QD=53.1759;RBI=0.0757889,0.982102,0.935726;REFB=0,0,0;REVB=0.0342887,0.662582,0.686291;RO=56;SAF=0,10,24;SAR=5,4,2;SRF=32;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.315657,0.315657;SSSB=-0.595278,0.192448,0.570743;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0355674,0.0204149,0;OID=.,.,.;OPOS=4707199,4707201,4707198;OREF=TTTA,TA,T;OALT=ATTT,-,-;OMAPALT=GTATTT,GTTT,GTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0655738,0.934426,0:5,14,26:123:8,114,0:122:0:0,66,0:8,48,0:0:0:21:56:0,10,24:5,4,2:32:24 chr20 4707388 . G T 789.48 PASS AF=0.691489;AO=63;DP=92;FAO=65;FDP=94;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0063313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.335;QD=33.5948;RBI=0.0193655;REFB=-0.0405195;REVB=0.0183013;RO=29;SAF=30;SAR=33;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842586;STB=0.544253;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0153903;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:29:29:63:65:0.691489:33:30:18:11:34:31:18:11 chr20 4707861 . G A 762.01 PASS AF=0.510345;AO=73;DP=144;FAO=74;FDP=145;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00613768;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9538;QD=21.021;RBI=0.015448;REFB=0.023935;REVB=-0.0141764;RO=69;SAF=34;SAR=39;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100468;STB=0.551018;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0151184;OID=.;OPOS=4707861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:69:71:73:74:0.510345:39:34:40:29:39:35:41:30 chr20 4708130 . T C 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4595;QD=62.9761;RBI=0.0806568;REFB=0;REVB=-0.00345273;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010136;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr20 4708713 . T C 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0488073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.184;QD=7.81289;RBI=0.0488243;REFB=0.00994732;REVB=-0.00128899;RO=39;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00611774;STB=0.506075;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0255306;OID=.;OPOS=4708713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:40:15:15:0.272727:7:8:21:18:7:8:21:19 chr20 4708778 . T C 131.28 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=37;FWDB=-0.000698698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.919;QD=8.90026;RBI=0.0229571;REFB=-0.00280007;REVB=-0.0229465;RO=40;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244841;STB=0.645442;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00769383;OID=.;OPOS=4708778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:41:18:18:0.305085:14:4:4:36:14:4:4:37 chr20 4713176 . A G 499.57 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0123059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.872;QD=16.9344;RBI=0.0148529;REFB=-0.0290723;REVB=-0.00831698;RO=64;SAF=24;SAR=30;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378441;STB=0.521065;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0326925;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:30:24:26:38:30:24:26:38 chr20 4768846 . GT G 700.5 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142249;FXX=0.0925755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.98;QD=57.1836;RBI=0.0698991;REFB=0;REVB=0.0684364;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000235614;OID=.;OPOS=4768847;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:49:49:49:0:29:20:0:0:4:0:29:20:0:0 chr20 4834338 . C T 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.967;QD=59.8315;RBI=0.0626461;REFB=0;REVB=0.0193657;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398269;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr20 4836440 . C T 524.34 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.000420322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.906;QD=17.3337;RBI=0.0159427;REFB=-0.0101424;REVB=0.0159372;RO=65;SAF=27;SAR=29;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049789;STB=0.527677;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0123792;OID=.;OPOS=4836440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:29:27:28:37:29:27:28:37 chr20 4854682 . A G 663.12 PASS AF=0.427746;AO=73;DP=172;FAO=74;FDP=173;FR=.;FRO=99;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=69;FWDB=0.0150396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.334;QD=15.3322;RBI=0.0150638;REFB=-0.0116356;REVB=-0.000853412;RO=99;SAF=31;SAR=42;SRF=30;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131529;STB=0.576978;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0141982;OID=.;OPOS=4854682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:99:99:73:74:0.427746:42:31:30:69:42:32:30:69 chr20 4880308 . G A 554.3 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0246968;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.439;QD=16.6706;RBI=0.0375961;REFB=-0.00883291;REVB=0.0283467;RO=74;SAF=21;SAR=38;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808435;STB=0.545193;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0129574;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:74:74:59:59:0.443609:38:21:32:42:38:21:32:42 chr20 5283256 . C G 332.86 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00687535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6576;QD=19.0205;RBI=0.0807826;REFB=0.00924873;REVB=-0.0804894;RO=35;SAF=9;SAR=26;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329135;STB=0.518352;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0076575;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:26:9:10:25:26:9:10:25 chr20 5283376 . G A 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0350554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.298;QD=16.5037;RBI=0.0380489;REFB=-0.00745565;REVB=-0.0147931;RO=30;SAF=6;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292548;STB=0.666528;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00521754;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:20:6:15:15:20:6:15:15 chr20 5296798 . T C 2514.55 PASS AF=0.438312;AO=266;DP=611;FAO=270;FDP=616;FR=.;FRO=346;FSAF=154;FSAR=116;FSRF=183;FSRR=163;FWDB=-0.020672;FXX=0.00323619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8773;QD=16.3282;RBI=0.0556889;REFB=0.0020664;REVB=-0.0517099;RO=344;SAF=150;SAR=116;SRF=182;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358799;STB=0.523603;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00303607;OID=.;OPOS=5296798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:611:616:344:346:266:270:0.438312:116:150:182:162:116:154:183:163 chr20 5454286 . GC AC,G 297.73 PASS AF=0.320755,0.433962;AO=15,19;DP=53;FAO=17,23;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=11,23;FSAR=6,0;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0435207,0.196301;FXX=0.0185151;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=186.681,16.6534;QD=22.4702;RBI=0.0448043,0.196937;REFB=-0.0421094,-0.124455;REVB=-0.0106477,0.0158158;RO=16;SAF=10,19;SAR=5,0;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0.349363;SSEP=0,0;SSSB=0.316095,0.853574;STB=0.705432,0.999395;STBP=0.018,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0328078,0.142715;OID=.,.;OPOS=5454286,5454287;OREF=G,C;OALT=A,-;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:53:53:16:13:15,19:17,23:0.320755,0.433962:5,0:10,19:5:11:6,0:11,23:2:11 chr20 5454416 . G A 167.09 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0163265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.299;QD=8.25119;RBI=0.0257239;REFB=-0.0131222;REVB=-0.0198787;RO=58;SAF=14;SAR=9;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280475;STB=0.516764;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0334567;OID=.;OPOS=5454416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:9:14:34:24:9:14:34:24 chr20 5527291 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000398655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.686;QD=56.7066;RBI=0.0174347;REFB=0;REVB=0.0174301;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60785e-05;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr20 5843812 . T C 577.22 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0770507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6684;QD=18.3245;RBI=0.081835;REFB=-0.0331494;REVB=0.0275709;RO=62;SAF=29;SAR=31;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292204;STB=0.500794;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0369458;OID=.;OPOS=5843812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:66:60:60:0.47619:31:29:28:34:31:29:32:34 chr20 5903067 . T A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3658;QD=56.9552;RBI=0.0447153;REFB=0;REVB=0.0175511;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172106;OID=.;OPOS=5903067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr20 5903322 . CG C,CA 385.04 PASS AF=0.172414,0.827586;AO=5,22;DP=29;FAO=5,24;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=4,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398347,0.0378907;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.3305,118.055;QD=53.1095;RBI=0.0514373,0.0523314;REFB=0,0;REVB=0.0325422,0.0360953;RO=0;SAF=1,10;SAR=4,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0691093,-0.00633214;OID=.,.;OPOS=5903323,5903323;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.172414,0.827586:5,22:29:5,24:29:0:1,10:4,14:0:0:25:0:1,10:4,12:0:0 chr20 5903517 . A G 2258.4 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0062173;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.692;QD=60.2239;RBI=0.0185166;REFB=-0.124792;REVB=0.0174416;RO=1;SAF=41;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114579;STB=0.506023;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000162689;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:150:1:1:149:149:0.993333:108:41:1:0:108:41:1:0 chr20 5903848 . C G 903.9 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118322;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3259;QD=56.4937;RBI=0.0249108;REFB=0;REVB=-0.0219214;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165624;OID=.;OPOS=5903848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:59:64:1:38:21:0:0:40:24:0:0 chr20 5903894 . A G 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5174;QD=57.5424;RBI=0.0592901;REFB=0;REVB=0.0391084;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31728e-05;OID=.;OPOS=5903894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr20 5904040 . G A 1549.14 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1916;QD=63.8819;RBI=0.0532862;REFB=0;REVB=0.00630262;RO=0;SAF=28;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225139;OID=.;OPOS=5904040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:69:28:0:0:69:28:0:0 chr20 6064710 . A G 918.94 PASS AF=0.416974;AO=100;DP=255;FAO=113;FDP=271;FR=.;FRO=158;FSAF=74;FSAR=39;FSRF=77;FSRR=81;FWDB=0.0105502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.541;QD=13.5636;RBI=0.0392486;REFB=-0.00872615;REVB=0.0378041;RO=154;SAF=74;SAR=26;SRF=76;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28944;STB=0.601241;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0150576;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:271:154:158:100:113:0.416974:26:74:76:78:39:74:77:81 chr20 6065729 . C T 355.0 PASS AF=0.478723;AO=44;DP=93;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00752285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.985;QD=15.1064;RBI=0.0250989;REFB=-0.0273518;REVB=0.0239449;RO=41;SAF=26;SAR=18;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484844;STB=0.537101;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0637251;OID=.;OPOS=6065729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:41:49:44:45:0.478723:18:26:22:19:18:27:26:23 chr20 6065731 . T C 420.59 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00531785;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.247;QD=17.8976;RBI=0.00969515;REFB=-0.013284;REVB=-0.00810657;RO=51;SAF=26;SAR=17;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749308;STB=0.541922;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0126285;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:17:26:27:24:17:26:27:24 chr20 6100088 . A G 488.02 PASS AF=0.390071;AO=55;DP=140;FAO=55;FDP=141;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.00928115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.725;QD=13.8444;RBI=0.0335892;REFB=-0.00103385;REVB=0.0322815;RO=85;SAF=25;SAR=30;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552721;STB=0.527804;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0019766;OID=.;OPOS=6100088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:85:86:55:55:0.390071:30:25:43:42:30:25:43:43 chr20 6750882 . T G 2078.29 PASS AF=0.55942;AO=190;DP=343;FAO=193;FDP=345;FR=.;FRO=152;FSAF=96;FSAR=97;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=-0.0585984;FXX=0.00289009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7846;QD=24.0961;RBI=0.0632767;REFB=-0.0306173;REVB=-0.023878;RO=152;SAF=94;SAR=96;SRF=78;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150748;STB=0.506937;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0192461;OID=.;OPOS=6750882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:345:152:152:190:193:0.55942:96:94:78:74:97:96:78:74 chr20 6751034 . A G 3203.81 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000868424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.218;QD=61.6117;RBI=0.0411709;REFB=0;REVB=0.0411618;RO=0;SAF=95;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82283e-05;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:204:208:0:0:204:208:1:109:95:0:0:111:97:0:0 chr20 6759115 . A T 2335.48 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000654187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1742;QD=61.0584;RBI=0.00396159;REFB=0;REVB=0.0039072;RO=0;SAF=92;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00993e-05;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:61:92:0:0:61:92:0:0 chr20 7614374 . G A 871.68 PASS AF=0.517857;AO=81;DP=162;FAO=87;FDP=168;FR=.;FRO=81;FSAF=64;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.0104076;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.887;QD=20.7543;RBI=0.0189589;REFB=-0.0144716;REVB=0.0158468;RO=81;SAF=64;SAR=17;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252436;STB=0.588271;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0130304;OID=.;OPOS=7614374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:168:81:81:81:87:0.517857:17:64:46:35:23:64:47:34 chr20 7962707 . C A 752.4 PASS AF=0.572581;AO=71;DP=122;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00103833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.944;QD=24.2711;RBI=0.00287136;REFB=-0.0176834;REVB=0.00267705;RO=51;SAF=36;SAR=35;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027967;STB=0.50704;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0146425;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:51:53:71:71:0.572581:35:36:24:27:35:36:26:27 chr20 7963041 . C T 399.02 PASS AF=0.327044;AO=52;DP=156;FAO=52;FDP=159;FR=.;FRO=107;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=60;FWDB=0.0157198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.479;QD=10.0383;RBI=0.0157703;REFB=-0.00844019;REVB=0.00126081;RO=103;SAF=41;SAR=11;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421387;STB=0.75035;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0432055;OID=.;OPOS=7963041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:103:107:52:52:0.327044:11:41:46:57:11:41:47:60 chr20 7963043 . G T 46.57 PASS AF=0.0961538;AO=13;DP=138;FAO=15;FDP=156;FR=.;FRO=141;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=83;FSRR=58;FWDB=-0.0104274;FXX=0.00636902;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.0798;QD=1.19398;RBI=0.0247907;REFB=-0.0381535;REVB=0.022491;RO=122;SAF=5;SAR=8;SRF=78;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295212;STB=0.775811;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.178614;OID=.;OPOS=7963043;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:138:156:122:141:13:15:0.0961538:8:5:78:44:11:4:83:58 chr20 7980390 . C T 490.71 PASS AF=0.361446;AO=60;DP=166;FAO=60;FDP=166;FR=.;FRO=106;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=-0.0133482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.795;QD=11.8243;RBI=0.0138326;REFB=-0.014907;REVB=-0.00362847;RO=104;SAF=30;SAR=30;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321578;STB=0.512044;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0269801;OID=.;OPOS=7980390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:104:106:60:60:0.361446:30:30:55:49:30:30:55:51 chr20 7999642 . G A 3181.15 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094685;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0049;QD=64.2657;RBI=0.00985527;REFB=0;REVB=-0.00273384;RO=0;SAF=103;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650962;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:198:0:0:198:198:1:95:103:0:0:95:103:0:0 chr20 8548321 . G A 369.11 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0226694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4972;QD=19.9518;RBI=0.0507889;REFB=-0.0478368;REVB=0.045449;RO=36;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257519;STB=0.514278;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0462485;OID=.;OPOS=8548321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:18:20:20:16:18:20:20:16 chr20 8696907 . T G 5197.6 PASS AF=1;AO=328;DP=329;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224531;FXX=0.00303942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.027;QD=63.3853;RBI=0.0422651;REFB=0;REVB=0.0358078;RO=0;SAF=162;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43113e-05;OID=.;OPOS=8696907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:329:328:0:0:328:328:1:166:162:0:0:166:162:0:0 chr20 8737734 . G A 466.17 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0186139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.912;QD=15.2843;RBI=0.0249684;REFB=-0.00598786;REVB=-0.0166416;RO=69;SAF=29;SAR=23;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220513;STB=0.508606;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00867746;OID=.;OPOS=8737734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:70:52:52:0.42623:23:29:37:32:23:29:38:32 chr20 8755243 . T C 285.0 PASS AF=0.282609;AO=38;DP=137;FAO=39;FDP=138;FR=.;FRO=99;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.0162602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.648;QD=8.26099;RBI=0.0166327;REFB=-0.0164428;REVB=0.00350044;RO=99;SAF=14;SAR=24;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838733;STB=0.556828;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0446514;OID=.;OPOS=8755243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:99:99:38:39:0.282609:24:14:43:56:25:14:43:56 chr20 8769180 . C T 540.05 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0604678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8792;QD=51.4335;RBI=0.0634578;REFB=-0.164161;REVB=0.0192493;RO=4;SAF=18;SAR=20;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933927;STB=0.549974;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0128784;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:42:42:4:4:38:38:0.904762:20:18:4:0:20:18:4:0 chr20 8770822 . C T 261.71 PASS AF=0.315315;AO=35;DP=111;FAO=35;FDP=111;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.024792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.294;QD=9.43104;RBI=0.0307696;REFB=-0.000210783;REVB=0.0182244;RO=76;SAF=15;SAR=20;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689239;STB=0.540237;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000550164;OID=.;OPOS=8770822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:76:76:35:35:0.315315:20:15:37:39:20:15:37:39 chr20 8811896 . C T 536.07 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00594302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.211;QD=26.4724;RBI=0.0103043;REFB=0.00749108;REVB=-0.00841779;RO=32;SAF=16;SAR=33;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111788;STB=0.561137;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00929044;OID=.;OPOS=8811896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:32:49:49:0.604938:33:16:15:17:33:16:15:17 chr20 8865006 . C T 1328.92 PASS AF=0.462046;AO=140;DP=304;FAO=140;FDP=303;FR=.;FRO=163;FSAF=47;FSAR=93;FSRF=83;FSRR=80;FWDB=-0.0244464;FXX=0.00328937;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.237;QD=17.5435;RBI=0.0343609;REFB=-0.0109794;REVB=-0.0241463;RO=162;SAF=47;SAR=93;SRF=82;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173533;STB=0.597879;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0152136;OID=.;OPOS=8865006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:303:162:163:140:140:0.462046:93:47:82:80:93:47:83:80 chr20 9288522 . G A 383.91 PASS AF=0.512821;AO=39;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=-0.00479231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.087;QD=19.6879;RBI=0.0350955;REFB=-0.00587236;REVB=0.0347667;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260542;STB=0.663642;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00576174;OID=.;OPOS=9288522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:38:39:40:0.512821:20:19:29:8:21:19:31:7 chr20 9424810 . A C 190.96 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0159754;FXX=0.10202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.242;QD=17.3598;RBI=0.016152;REFB=0.00447671;REVB=-0.00238229;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400204;STB=0.65965;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00754038;OID=.;OPOS=9424810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:22:25:19:19:0.431818:11:8:1:21:11:8:4:21 chr20 9424904 . C A 219.73 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00935205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.733;QD=18.7005;RBI=0.0188333;REFB=-0.00294451;REVB=0.0163472;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00671395;STB=0.50485;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0038846;OID=.;OPOS=9424904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:25:21:22:0.468085:15:6:7:18:16:6:7:18 chr20 10006682 . T A 2051.38 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0216504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7147;QD=59.8943;RBI=0.0270635;REFB=-0.150542;REVB=-0.0162387;RO=3;SAF=57;SAR=77;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018157;STB=0.509553;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00796996;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:137:3:3:134:134:0.978102:77:57:0:3:77:57:0:3 chr20 10277621 . C T 694.29 PASS AF=0.468354;AO=73;DP=157;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=-0.00222372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.41;QD=17.5769;RBI=0.00645617;REFB=0.00286552;REVB=-0.00606112;RO=82;SAF=30;SAR=43;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820787;STB=0.540751;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00235413;OID=.;OPOS=10277621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:82:84:73:74:0.468354:43:30:27:55:43:31:29:55 chr20 11790885 . C CTT 235.4 PASS AF=0.45122;AO=32;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00800776;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=37.4907;QD=11.4827;RBI=0.0814858;REFB=0.0149011;REVB=0.0810913;RO=45;SAF=10;SAR=22;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050392;STB=0.502526;STBP=0.974;TYPE=ins;VARB=-0.0177139;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45122:32:82:37:82:45:13:24:16:29:99:45:10:22:16:29 chr20 11791008 . C T 2123.79 PASS AF=0.992806;AO=134;DP=134;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0341439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7246;QD=61.1162;RBI=0.0417787;REFB=-0.0577092;REVB=0.024076;RO=0;SAF=68;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00175758;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:139:0:1:134:138:0.992806:66:68:0:0:69:69:1:0 chr20 11907058 . C T 1415.32 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.15;QD=62.9032;RBI=0.031603;REFB=0;REVB=-0.0310879;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27397e-05;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr20 13029764 . A C 2420.66 PASS AF=0.98773;AO=160;DP=163;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0191187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.185;QD=59.4026;RBI=0.0191761;REFB=-0.15966;REVB=0.00148259;RO=3;SAF=61;SAR=99;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228206;STB=0.507936;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=9.7887e-05;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:163:3:2:160:161:0.98773:99:61:3:0:99:62:2:0 chr20 13029790 . C T 373.82 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0605417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.747;QD=14.8047;RBI=0.0635244;REFB=-0.00336265;REVB=-0.0192368;RO=59;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090188;STB=0.550783;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00539655;OID=.;OPOS=13029790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:22:20:23:36:22:20:23:36 chr20 13029862 . C T 1193.07 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0169288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4506;QD=59.6533;RBI=0.0278658;REFB=-0.0948845;REVB=-0.0221341;RO=1;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116883;STB=0.506171;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0012773;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:40:39:0:1:40:39:0:1 chr20 13029920 . C G 2066.43 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=136;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00554863;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.064;QD=61.2275;RBI=0.0722937;REFB=0.0256673;REVB=0.0720805;RO=1;SAF=75;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812469;STB=0.504201;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=3.34767e-05;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:136:135:1:1:133:134:0.992593:58:75:0:1:59:75:0:1 chr20 13053018 . T G 519.95 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=137;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0210686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.44;QD=15.1811;RBI=0.0251442;REFB=-0.0242697;REVB=-0.0137239;RO=80;SAF=28;SAR=29;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690113;STB=0.538724;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0274817;OID=.;OPOS=13053018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:80:80:57:57:0.416058:29:28:34:46:29:28:34:46 chr20 13053035 . A G 509.04 PASS AF=0.41791;AO=56;DP=134;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0127063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.849;QD=15.1952;RBI=0.0143535;REFB=-0.0125719;REVB=0.00667642;RO=77;SAF=27;SAR=29;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554904;STB=0.534498;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0105915;OID=.;OPOS=13053035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:77:78:56:56:0.41791:29:27:33:44:29:27:33:45 chr20 13747441 . A G 683.08 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0126677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.389;QD=17.9758;RBI=0.0273637;REFB=-0.0324994;REVB=0.024255;RO=80;SAF=31;SAR=41;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113737;STB=0.562963;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.042761;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:80:80:72:72:0.473684:41:31:44:36:41:31:44:36 chr20 13748176 . CAAAA C,CTAAC 483.96 PASS AF=0.735849,0.264151;AO=10,5;DP=67;FAO=39,14;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=36,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.716733,-0.128895;FXX=0.361402;HRUN=16,16;LEN=4,4;MLLD=10.64,56.5269;QD=36.5254;RBI=0.725383,0.176988;REFB=0,0;REVB=-0.111688,-0.121289;RO=0;SAF=0,0;SAR=10,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0364718,-0.0149826;OID=.,.;OPOS=13748177,13748177;OREF=AAAA,AAAA;OALT=-,TAAC;OMAPALT=C,CTAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.735849,0.264151:10,5:67:39,14:53:0:3,0:36,14:0:0:88:0:0,0:10,5:0:0 chr20 13847420 . A G 1740.77 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00375579;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.795;QD=59.009;RBI=0.0224152;REFB=0.0207875;REVB=-0.0220983;RO=2;SAF=66;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226191;STB=0.501191;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000353149;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:50:66:1:1:50:66:1:1 chr20 13850183 . G A 354.91 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0117226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.107;QD=13.393;RBI=0.0117806;REFB=-0.0130217;REVB=-0.00116746;RO=63;SAF=19;SAR=23;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757153;STB=0.538236;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0195026;OID=.;OPOS=13850183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:63:64:42:42:0.396226:23:19:33:30:23:19:33:31 chr20 13954028 . A G 617.82 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0241663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7177;QD=19.6134;RBI=0.0511387;REFB=-0.00887721;REVB=0.0450683;RO=62;SAF=21;SAR=41;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168166;STB=0.582911;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00906333;OID=.;OPOS=13954028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:62:63:62:63:0.5:41:21:32:30:41:22:32:31 chr20 14066276 . C T 1542.75 PASS AF=0.426735;AO=163;DP=387;FAO=166;FDP=389;FR=.;FRO=223;FSAF=73;FSAR=93;FSRF=115;FSRR=108;FWDB=-0.00977643;FXX=0.0101779;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.362;QD=15.8637;RBI=0.0255441;REFB=-0.0260046;REVB=0.0235992;RO=219;SAF=70;SAR=93;SRF=107;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616064;STB=0.543702;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0375227;OID=.;OPOS=14066276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:389:219:223:163:166:0.426735:93:70:107:112:93:73:115:108 chr20 14203735 . T C 1795.85 PASS AF=1;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288962;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.913;QD=61.3967;RBI=0.0320352;REFB=0;REVB=0.0138299;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009571;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:117:0:0:117:117:1:54:63:0:0:54:63:0:0 chr20 14203776 . G A 498.28 PASS AF=0.356725;AO=61;DP=171;FAO=61;FDP=171;FR=.;FRO=110;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=-0.0220835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.691;QD=11.6557;RBI=0.0372685;REFB=-0.00719664;REVB=0.030021;RO=108;SAF=24;SAR=37;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151906;STB=0.586819;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0116474;OID=.;OPOS=14203776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:108:110:61:61:0.356725:37:24:57:51:37:24:58:52 chr20 14306896 . G A 4596.12 PASS AF=0.990033;AO=297;DP=300;FAO=298;FDP=301;FR=.;FRO=3;FSAF=141;FSAR=157;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0168433;FXX=0.00331115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1607;QD=61.078;RBI=0.017027;REFB=-0.0668599;REVB=0.00249393;RO=3;SAF=140;SAR=157;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264191;STB=0.501398;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00043125;OID=.;OPOS=14306896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:300:301:3:3:297:298:0.990033:157:140:1:2:157:141:1:2 chr20 15874325 . A G 571.76 PASS AF=0.424658;AO=60;DP=144;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=0.00964242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.504;QD=15.6645;RBI=0.0416768;REFB=-0.0049794;REVB=0.040546;RO=82;SAF=26;SAR=34;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848119;STB=0.548386;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00467175;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:82:84:60:62:0.424658:34:26:29:53:34:28:31:53 chr20 16240344 . TA CG 215.2 PASS AF=0.947368;AO=15;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0512132;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=209.774;QD=45.3053;RBI=0.0627346;REFB=-0.174191;REVB=0.0362331;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479918;STB=0.523783;STBP=0.528;TYPE=mnp;VARB=0.00552966;OID=.;OPOS=16240344;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:15:18:0.947368:9:6:0:1:10:8:0:1 chr20 16240404 . C T 338.02 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.758;QD=54.0834;RBI=0.0715794;REFB=0;REVB=0.0371699;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691409;OID=.;OPOS=16240404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr20 16240407 . C A 305.42 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.119445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9777;QD=46.9876;RBI=0.150091;REFB=-0.0238637;REVB=-0.0908852;RO=2;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578777;STB=0.531224;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0168735;OID=.;OPOS=16240407;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:15:9:0:2:15:9:0:2 chr20 16240412 . G A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0422501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.947;QD=50.8366;RBI=0.0806665;REFB=-0.101345;REVB=0.0687169;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529388;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00112634;OID=.;OPOS=16240412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:17:8:0:0:17:8:1:0 chr20 16240427 . T C 249.92 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.465;QD=49.9832;RBI=0.0647554;REFB=0;REVB=0.0627513;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414541;OID=.;OPOS=16240427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:13:5:0:0:15:5:0:0 chr20 16240643 . G A 71.4 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.1924;QD=35.7023;RBI=0.159682;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115473;OID=.;OPOS=16240643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:6:8:1:0:6:0:0:0:8:0:0 chr20 16240883 . G A 56.33 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0999056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1382;QD=16.0931;RBI=0.177153;REFB=-0.140924;REVB=0.146294;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372308;STB=0.736128;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.043213;OID=.;OPOS=16240883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:14:14:6:6:7:8:0.571429:6:1:3:3:7:1:3:3 chr20 16359567 . A G 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.82;QD=63.3357;RBI=0.0273672;REFB=0;REVB=-0.000971118;RO=0;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95946e-05;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:33:60:0:0:33:60:0:0 chr20 16486698 . G A 744.07 PASS AF=0.415;AO=83;DP=199;FAO=83;FDP=200;FR=.;FRO=117;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=65;FWDB=-0.0219515;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.43;QD=14.8814;RBI=0.0382042;REFB=-0.00488103;REVB=-0.0312681;RO=115;SAF=47;SAR=36;SRF=51;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127392;STB=0.571154;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00854815;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:115:117:83:83:0.415:36:47:51:64:36:47:52:65 chr20 16493533 . T C 444.93 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0018826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.092;QD=17.9771;RBI=0.0200154;REFB=-0.00230923;REVB=0.0199267;RO=54;SAF=17;SAR=28;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12239;STB=0.568497;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00378858;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:28:17:27:27:28:17:27:27 chr20 16729654 . A AAGATG 50.0 PASS AO=53;DP=91;LEN=5;RO=38;SAF=33;SAR=31;SRF=8;SRR=19;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=16729655;OREF=-;OALT=AGATG;OMAPALT=AAGATG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:91:38:53:31:33:8:19 chr20 16963522 . G C 1870.15 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303058;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1214;QD=61.3165;RBI=0.0353201;REFB=0;REVB=0.0181403;RO=0;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3833e-05;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:63:58:0:0:63:59:0:0 chr20 16963542 . A G 534.06 PASS AF=0.456;AO=56;DP=124;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00874468;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.235;QD=17.09;RBI=0.0163112;REFB=-0.0184418;REVB=0.013769;RO=68;SAF=24;SAR=32;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852608;STB=0.541593;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0220356;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:68:68:56:57:0.456:32:24:35:33:32:25:35:33 chr20 17470035 . C G 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0203945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.463;QD=12.5475;RBI=0.0212907;REFB=-0.00910659;REVB=-0.00611232;RO=44;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494782;STB=0.528364;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0147457;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:16:11:16:28:16:11:16:28 chr20 17474968 . T C 949.36 PASS AF=0.465116;AO=99;DP=216;FAO=100;FDP=215;FR=.;FRO=115;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=-0.00715825;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.27;QD=17.6625;RBI=0.0178967;REFB=-0.00648138;REVB=-0.0164027;RO=115;SAF=55;SAR=44;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836815;STB=0.543075;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00697444;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:115:115:99:100:0.465116:44:55:54:61:45:55:54:61 chr20 17475217 . C T 586.54 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=15;FWDB=0.0102976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.053;QD=19.7155;RBI=0.0159793;REFB=-0.00198805;REVB=0.0122188;RO=59;SAF=38;SAR=22;SRF=44;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112833;STB=0.561974;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00209915;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:59:60:60:0.504202:22:38:44:15:22:38:44:15 chr20 17477592 . C T 339.26 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.0186937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.849;QD=11.5987;RBI=0.0203419;REFB=-0.0118347;REVB=-0.00802119;RO=74;SAF=27;SAR=15;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263486;STB=0.646702;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0230877;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:75:42:42:0.358974:15:27:30:44:15:27:31:44 chr20 17594729 . G A 3052.6 PASS AF=0.984772;AO=194;DP=198;FAO=194;FDP=197;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=153;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00718778;FXX=0.0100497;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.709;QD=61.9818;RBI=0.0106728;REFB=-0.0669825;REVB=-0.00788951;RO=1;SAF=41;SAR=153;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114717;STB=0.502777;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00049051;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:198:197:1:3:194:194:0.984772:153:41:1:0:153:41:1:2 chr20 17596155 . C A 3758.55 PASS AF=0.983607;AO=240;DP=244;FAO=240;FDP=244;FR=.;FRO=4;FSAF=111;FSAR=129;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0183177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.37;QD=61.6155;RBI=0.0226152;REFB=-0.091481;REVB=0.0132632;RO=0;SAF=111;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9233e-08;STB=0.500618;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.000197902;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:244:244:0:4:240:240:0.983607:129:111:0:0:129:111:2:2 chr20 17605240 . A T 1836.84 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.496;QD=61.2278;RBI=0.0163185;REFB=0;REVB=0.0155771;RO=0;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04632e-05;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:67:53:0:0:67:53:0:0 chr20 17640009 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.759;QD=33.4284;RBI=0.114416;REFB=0;REVB=-0.023432;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290268;OID=.;OPOS=17640009;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr20 17705677 . A G 2462.44 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.995;QD=61.1786;RBI=0.0223933;REFB=0;REVB=-0.0211188;RO=0;SAF=80;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6836e-05;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:160:161:1:80:80:0:0:81:80:0:0 chr20 17716416 . C G 816.11 PASS AF=0.452128;AO=85;DP=189;FAO=85;FDP=188;FR=.;FRO=103;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=64;FSRR=39;FWDB=0.0143779;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3971;QD=17.3641;RBI=0.0747534;REFB=-0.00151043;REVB=0.0733577;RO=102;SAF=49;SAR=36;SRF=63;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417829;STB=0.525372;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00250558;OID=.;OPOS=17716416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:102:103:85:85:0.452128:36:49:63:39:36:49:64:39 chr20 18143117 . T G 948.49 PASS AF=1;AO=58;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8803;QD=58.3684;RBI=0.0641608;REFB=0;REVB=0.0462594;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028576;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:58:65:1:32:26:0:0:39:26:0:0 chr20 18143355 . C T 3588.69 PASS AF=1;AO=228;DP=231;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221555;FXX=0.0129305;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.267;QD=62.6845;RBI=0.0266474;REFB=-0.0322288;REVB=0.014806;RO=1;SAF=94;SAR=134;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.889e-05;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:231:229:1:0:228:229:1:134:94:0:1:134:95:0:0 chr20 18167977 . T C 3469.06 PASS AF=1;AO=216;DP=220;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.721;QD=61.9476;RBI=0.0167969;REFB=0;REVB=-0.00950539;RO=0;SAF=87;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23945e-06;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:224:0:0:216:224:1:129:87:0:0:132:92:0:0 chr20 18296072 . T A 820.41 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603311;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8453;QD=57.5726;RBI=0.022272;REFB=0;REVB=0.0214393;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92755e-05;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr20 18309650 . GT GG,G 1174.2 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,77;DP=81;FAO=3,78;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=2,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125602,0.00556614;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=6.02128,25.2385;QD=57.985;RBI=0.031078,0.0720181;REFB=0,0;REVB=-0.0284268,0.0718026;RO=0;SAF=1,30;SAR=2,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00366615,-0.00284618;OID=.,.;OPOS=18309651,18309651;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:3,77:81:3,78:81:0:1,31:2,47:0:0:7:0:1,30:2,47:0:0 chr20 18414356 . A G 329.32 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0338563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1445;QD=13.58;RBI=0.035808;REFB=-0.0594701;REVB=0.0116604;RO=57;SAF=16;SAR=24;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735874;STB=0.541464;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0943193;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:24:16:19:38:24:16:19:38 chr20 18433335 . T C 783.35 PASS AF=0.506329;AO=80;DP=158;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.000271075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1308;QD=19.8317;RBI=0.0248914;REFB=-0.00325107;REVB=0.02489;RO=77;SAF=34;SAR=46;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324935;STB=0.520516;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00373442;OID=.;OPOS=18433335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:77:78:80:80:0.506329:46:34:30:47:46:34:30:48 chr20 18445963 . A G 1043.01 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.333;QD=59.6003;RBI=0.0142806;REFB=0;REVB=-0.0111543;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.98734e-06;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr20 18462421 . A G 383.67 PASS AF=0.420561;AO=43;DP=105;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00475433;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.693;QD=14.3426;RBI=0.0222349;REFB=-0.015413;REVB=-0.0217207;RO=61;SAF=25;SAR=18;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144212;STB=0.573179;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0162074;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:61:62:43:45:0.420561:18:25:27:34:19:26:28:34 chr20 18523002 . C G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0685228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6953;QD=15.6258;RBI=0.0737496;REFB=0.000271964;REVB=0.0272696;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941369;STB=0.554189;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00307972;OID=.;OPOS=18523002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:13:10:9:8:13:10 chr20 18541699 . T TA 150.65 PASS AF=0.478261;AO=36;DP=94;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0338922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.3649;QD=6.55;RBI=0.0427573;REFB=-0.0284329;REVB=0.0260673;RO=54;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508574;STB=0.507169;STBP=0.907;TYPE=ins;VARB=0.0199698;OID=.;OPOS=18541700;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:36:94:44:92:48:18:26:19:29:99:54:15:21:20:34 chr20 18573108 . T G 307.31 PASS AF=0.43038;AO=32;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0497716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.988;QD=15.5599;RBI=0.0514382;REFB=-0.0284836;REVB=0.0129872;RO=44;SAF=25;SAR=7;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369048;STB=0.677181;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0409332;OID=.;OPOS=18573108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:45:32:34:0.43038:7:25:20:24:9:25:20:25 chr20 18810705 . C T 2147.64 PASS AF=0.972222;AO=139;DP=144;FAO=140;FDP=144;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0199495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.561;QD=59.6567;RBI=0.024221;REFB=0.00248869;REVB=0.0137358;RO=4;SAF=63;SAR=76;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243626;STB=0.512819;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-5.05068e-05;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:144:144:4:4:139:140:0.972222:76:63:0:4:76:64:0:4 chr20 19634732 . G A 1222.34 PASS AF=0.465201;AO=125;DP=272;FAO=127;FDP=273;FR=.;FRO=146;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=75;FSRR=71;FWDB=-0.0103384;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.464;QD=17.9098;RBI=0.0110157;REFB=-0.00543108;REVB=0.00380303;RO=146;SAF=61;SAR=64;SRF=75;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250543;STB=0.517853;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00674024;OID=.;OPOS=19634732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:146:146:125:127:0.465201:64:61:75:71:66:61:75:71 chr20 19634747 . T C 1149.41 PASS AF=0.465385;AO=121;DP=260;FAO=121;FDP=260;FR=.;FRO=139;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=71;FSRR=68;FWDB=0.0125218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.877;QD=17.6833;RBI=0.0216598;REFB=-0.00101385;REVB=-0.0176736;RO=139;SAF=55;SAR=66;SRF=71;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545953;STB=0.530149;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00122247;OID=.;OPOS=19634747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:139:139:121:121:0.465385:66:55:71:68:66:55:71:68 chr20 19702049 . G A 3973.61 PASS AF=1;AO=245;DP=245;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.202;QD=64.0905;RBI=0.0107149;REFB=0;REVB=-0.00264929;RO=0;SAF=106;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2146e-06;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:248:0:0:245:248:1:139:106:0:0:141:107:0:0 chr20 19951534 . T A 3613.54 PASS AF=1;AO=230;DP=232;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0744587;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5718;QD=62.8441;RBI=0.0760868;REFB=-0.0446303;REVB=-0.0156558;RO=1;SAF=127;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373771;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115042;OID=.;OPOS=19951534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:232:230:1:0:230:230:1:103:127:1:0:103:127:0:0 chr20 19970705 . C T 3347.3 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0262;QD=62.2754;RBI=0.098541;REFB=0;REVB=-0.00745791;RO=0;SAF=133;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109515;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:215:0:0:214:215:1:81:133:0:0:81:134:0:0 chr20 20032998 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4689;QD=62.6707;RBI=0.0607273;REFB=0;REVB=0.011582;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476185;OID=.;OPOS=20032998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr20 20033137 . T A 3829.23 PASS AF=1;AO=239;DP=241;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214694;FXX=0.00826412;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.819;QD=63.8205;RBI=0.044144;REFB=0;REVB=0.0385715;RO=0;SAF=111;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98467e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45578e-05;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:240:0:0:239:240:1:128:111:0:0:129:111:0:0 chr20 20033242 . A T 2586.39 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.031058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0085;QD=61.2164;RBI=0.0347867;REFB=-0.00786227;REVB=0.0156689;RO=1;SAF=73;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647484;STB=0.503401;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=9.97104e-07;OID=.;OPOS=20033242;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:169:1:1:168:168:0.994083:95:73:1:0:95:73:1:0 chr20 20033319 . A G 1175.84 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00108593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.844;QD=59.536;RBI=0.00955001;REFB=-0.0291401;REVB=0.00948807;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104034;STB=0.505493;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000206206;OID=.;OPOS=20033319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:33:45:1:0:33:45:1:0 chr20 20033380 . A G 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0085514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0816;QD=60.1561;RBI=0.0341816;REFB=0.0181933;REVB=0.0330946;RO=1;SAF=29;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015927;STB=0.508471;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-5.30875e-05;OID=.;OPOS=20033380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:15:29:1:0:15:29:1:0 chr20 20050397 . G A 2239.74 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157192;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.217;QD=63.5386;RBI=0.0177465;REFB=0;REVB=0.00823681;RO=0;SAF=67;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35753e-05;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:141:0:0:139:141:1:72:67:0:0:73:68:0:0 chr20 20341333 . G C 3720.5 PASS AF=1;AO=235;DP=241;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985148;FXX=0.0248952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.963;QD=63.3276;RBI=0.00985311;REFB=0.0234962;REVB=-0.000179408;RO=1;SAF=111;SAR=124;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427418;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60028e-05;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:241:235:1:0:235:235:1:124:111:1:0:124:111:0:0 chr20 20350516 . T G 2824.68 PASS AF=0.994624;AO=172;DP=177;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022914;FXX=0.0210515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.92;QD=60.7458;RBI=0.0576284;REFB=-0.00773874;REVB=0.052877;RO=1;SAF=64;SAR=108;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438716;STB=0.502304;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0012645;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:177:186:1:1:172:185:0.994624:108:64:0:1:108:77:0:1 chr20 20350517 . C G 32.32 PASS AF=0.0663265;AO=13;DP=196;FAO=13;FDP=196;FR=.;FRO=183;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=66;FSRR=117;FWDB=0.0112847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.3007;QD=0.659634;RBI=0.0273697;REFB=-0.00849654;REVB=0.024935;RO=183;SAF=12;SAR=1;SRF=66;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.555732;STB=0.947229;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00868777;OID=.;OPOS=20350517;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:196:196:183:183:13:13:0.0663265:1:12:66:117:1:12:66:117 chr20 21142523 . C G 1849.3 PASS AF=0.983871;AO=123;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00770733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.185;QD=59.6547;RBI=0.0290539;REFB=-0.0468074;REVB=0.028013;RO=1;SAF=57;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826211;STB=0.50877;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000181338;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:124:124:1:2:123:122:0.983871:66:57:1:0:66:56:2:0 chr20 21142813 . T C 1008.96 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1834;QD=59.3506;RBI=0.0188317;REFB=0;REVB=0.018307;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117439;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:34:34:0:0 chr20 21186161 . A AG 1111.14 PASS AF=1;AO=92;DP=110;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.263675;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.9449;QD=41.9299;RBI=0.267077;REFB=0;REVB=0.0424925;RO=17;SAF=45;SAR=47;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00316316;OID=.;OPOS=21186162;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:110:106:106:0:58:48:0:0:22:17:45:47:15:2 chr20 21362703 . TA T 2020.56 PASS AF=1;AO=183;DP=194;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.201;QD=41.236;RBI=0.0793534;REFB=0;REVB=-0.0793237;RO=3;SAF=94;SAR=89;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.0149498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000575959;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:183:194:196:196:0:101:95:0:0:35:3:94:89:3:0 chr20 22562674 . T C 1865.93 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=127;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0339304;FXX=0.023254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.792;QD=59.236;RBI=0.0351255;REFB=-0.105956;REVB=0.00908439;RO=3;SAF=63;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00698981;STB=0.500256;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000460275;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:126:3:2:123:124:0.984127:60:63:2:1:60:64:1:1 chr20 23017082 . T C 1481.37 PASS AF=0.454277;AO=154;DP=339;FAO=154;FDP=339;FR=.;FRO=185;FSAF=84;FSAR=70;FSRF=98;FSRR=87;FWDB=-0.0383584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6408;QD=17.4793;RBI=0.0519857;REFB=-0.0131477;REVB=-0.0350878;RO=184;SAF=84;SAR=70;SRF=98;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127437;STB=0.508638;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0148826;OID=.;OPOS=23017082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:339:184:185:154:154:0.454277:70:84:98:86:70:84:98:87 chr20 23028724 . G A 493.59 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0021711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.726;QD=20.5664;RBI=0.0110408;REFB=-0.0107806;REVB=0.0108252;RO=48;SAF=24;SAR=24;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188067;STB=0.510412;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0098261;OID=.;OPOS=23028724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:24:24:25:23:24:24:25:23 chr20 23030199 . C G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0293904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3997;QD=10.3903;RBI=0.0606011;REFB=-0.0194758;REVB=0.0529971;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270468;STB=0.666173;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0298572;OID=.;OPOS=23030199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:6:5:5:2:6:5 chr20 23064912 . T C 615.36 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00140208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3424;QD=23.4423;RBI=0.00140983;REFB=-0.0365143;REVB=-0.00014759;RO=43;SAF=34;SAR=26;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480636;STB=0.52439;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0261588;OID=.;OPOS=23064912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:43:45:60:60:0.571429:26:34:27:16:26:34:28:17 chr20 23065342 . A G 1071.28 PASS AF=0.430147;AO=106;DP=272;FAO=117;FDP=272;FR=.;FRO=155;FSAF=40;FSAR=77;FSRF=68;FSRR=87;FWDB=-0.00186321;FXX=0.007299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1874;QD=15.7542;RBI=0.102488;REFB=-0.0177023;REVB=-0.102471;RO=155;SAF=39;SAR=67;SRF=68;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787053;STB=0.559011;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0342017;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:155:155:106:117:0.430147:67:39:68:87:77:40:68:87 chr20 23345844 . A C 432.16 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0011531;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.989;QD=16.0057;RBI=0.0122737;REFB=0.0038081;REVB=-0.0122195;RO=61;SAF=13;SAR=35;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16033;STB=0.583823;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00428899;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:61:60:48:48:0.444444:35:13:25:36:35:13:24:36 chr20 23352480 . A G 402.4 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.041113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0793;QD=16.5939;RBI=0.041134;REFB=0.0129666;REVB=0.00131358;RO=55;SAF=18;SAR=24;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999586;STB=0.556186;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.020136;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:24:18:29:26:24:18:29:26 chr20 23352685 . C A 669.68 PASS AF=0.456376;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0106755;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8261;QD=17.9781;RBI=0.0272617;REFB=0.0110527;REVB=-0.0250846;RO=82;SAF=31;SAR=37;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554751;STB=0.519362;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.015049;OID=.;OPOS=23352685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:82:81:68:68:0.456376:37:31:42:40:36:32:41:40 chr20 23355423 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00700754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.034;QD=16.1065;RBI=0.00916133;REFB=-0.00432081;REVB=0.0059012;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158032;STB=0.50908;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00583363;OID=.;OPOS=23355423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:12:10:8:9:12:10 chr20 23355453 . AATAC A,AA 173.27 PASS AF=0,0.529412;AO=4,11;DP=35;FAO=0,18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=0,8;FSAR=0,10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0038011,0.000854334;FXX=0.0285633;HRUN=5,1;LEN=4,3;MLLD=269.88,273.8;QD=20.3846;RBI=0.0089365,0.00851428;REFB=-0.0140952,-0.0106592;REVB=-0.00808782,-0.00847131;RO=15;SAF=3,4;SAR=1,7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.324872,-0.105065;STB=0.5,0.526286;STBP=1,0.806;TYPE=del,del;VARB=0.00442493,0.00869049;OID=.,.;OPOS=23355454,23355455;OREF=ATAC,TAC;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.529412:4,11:35:0,18:34:16:0,8:0,10:8:8:99:15:3,4:1,7:7:8 chr20 23361613 . C T 972.88 PASS AF=0.634328;AO=85;DP=132;FAO=85;FDP=134;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0102391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.246;QD=29.0411;RBI=0.0155905;REFB=-0.0131663;REVB=-0.0117569;RO=47;SAF=28;SAR=57;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697631;STB=0.531874;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00986408;OID=.;OPOS=23361613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:47:49:85:85:0.634328:57:28:20:27:57:28:20:29 chr20 23424613 . T C 780.73 PASS AF=0.536232;AO=74;DP=140;FAO=74;FDP=138;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00236632;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.202;QD=22.6299;RBI=0.00238682;REFB=-0.0127464;REVB=0.000312131;RO=64;SAF=32;SAR=42;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0043662;STB=0.502392;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0130337;OID=.;OPOS=23424613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:64:64:74:74:0.536232:42:32:28:36:42:32:28:36 chr20 23432528 . A G 670.44 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=135;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00547992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.871;QD=19.8648;RBI=0.0127581;REFB=-0.00552893;REVB=0.0115213;RO=67;SAF=33;SAR=34;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135307;STB=0.511162;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00839036;OID=.;OPOS=23432528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:67:68:67:67:0.496296:34:33:34:33:34:33:35:33 chr20 23472391 . A G 5110.47 PASS AF=0.969188;AO=324;DP=337;FAO=346;FDP=357;FR=.;FRO=11;FSAF=138;FSAR=208;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0117377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.115;QD=57.2602;RBI=0.0138777;REFB=-0.179221;REVB=0.00740385;RO=3;SAF=127;SAR=197;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111329;STB=0.519163;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000872608;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:337:357:3:11:324:346:0.969188:197:127:3:0:208:138:11:0 chr20 23531276 . G A 508.36 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00572704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.778;QD=56.484;RBI=0.00839397;REFB=0.0549401;REVB=0.00613676;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.519988;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00215657;OID=.;OPOS=23531276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:12:23:0:1:12:23:0:1 chr20 23546639 . T G 3456.68 PASS AF=1;AO=218;DP=218;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.242;QD=62.5644;RBI=0.00686074;REFB=0;REVB=-0.00284271;RO=0;SAF=120;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32968e-06;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:221:0:0:218:221:1:98:120:0:0:99:122:0:0 chr20 23586360 . G A 3020.46 PASS AF=0.979798;AO=192;DP=195;FAO=194;FDP=198;FR=.;FRO=4;FSAF=100;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00958975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.42;QD=61.0194;RBI=0.0376235;REFB=-0.0244317;REVB=0.0363808;RO=2;SAF=100;SAR=92;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102386;STB=0.505366;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00290002;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:195:198:2:4:192:194:0.979798:92:100:0:2:94:100:1:3 chr20 23618395 . T C 19625.8 PASS AF=1;AO=1222;DP=1226;FAO=1228;FDP=1228;FR=.;FRO=0;FSAF=550;FSAR=678;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144844;FXX=0.00887806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.448;QD=63.9278;RBI=0.018314;REFB=0;REVB=0.0112073;RO=0;SAF=550;SAR=672;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69979e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30154e-05;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:1226:1228:0:0:1222:1228:1:672:550:0:0:678:550:0:0 chr20 23729722 . G T 8595.07 PASS AF=0.987478;AO=551;DP=561;FAO=552;FDP=559;FR=.;FRO=7;FSAF=218;FSAR=334;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00330404;FXX=0.003565;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.64;QD=61.5032;RBI=0.0156729;REFB=-0.195054;REVB=-0.0153206;RO=9;SAF=218;SAR=333;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157649;STB=0.5079;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000586592;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:561:559:9:7:551:552:0.987478:333:218:8:1:334:218:7:0 chr20 23731426 . C T 1261.29 PASS AF=0.444444;AO=136;DP=306;FAO=136;FDP=306;FR=.;FRO=170;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=75;FSRR=95;FWDB=0.039539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8184;QD=16.4874;RBI=0.0583166;REFB=-0.0146357;REVB=0.042866;RO=169;SAF=68;SAR=68;SRF=74;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621711;STB=0.532675;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.023368;OID=.;OPOS=23731426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:169:170:136:136:0.444444:68:68:74:95:68:68:75:95 chr20 23731494 . A G 482.66 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0730216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2605;QD=16.0887;RBI=0.0732541;REFB=0.00373432;REVB=0.00583151;RO=67;SAF=30;SAR=23;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132753;STB=0.57418;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00337837;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:23:30:29:38:23:30:29:38 chr20 23860178 . A G 814.26 PASS AF=0.534722;AO=77;DP=144;FAO=77;FDP=144;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0217312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.94;QD=22.6184;RBI=0.0245574;REFB=-0.0107441;REVB=-0.0114376;RO=67;SAF=37;SAR=40;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102182;STB=0.505596;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00868399;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:67:67:77:77:0.534722:40:37:33:34:40:37:33:34 chr20 24930085 . G A 779.76 PASS AF=0.482143;AO=80;DP=168;FAO=81;FDP=168;FR=.;FRO=87;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0263254;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.069;QD=18.5656;RBI=0.0281642;REFB=-0.0290367;REVB=0.0100099;RO=88;SAF=44;SAR=36;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904425;STB=0.549657;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0320299;OID=.;OPOS=24930085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:88:87:80:81:0.482143:36:44:40:48:36:45:40:47 chr20 24939590 . G C 850.6 PASS AF=0.5;AO=86;DP=172;FAO=86;FDP=172;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.0144878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.83;QD=19.7814;RBI=0.0182484;REFB=-0.0166627;REVB=-0.0110954;RO=86;SAF=39;SAR=47;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02137;STB=0.511752;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0180661;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:86:86:86:86:0.5:47:39:37:49:47:39:37:49 chr20 24944166 . C T 731.17 PASS AF=0.486486;AO=72;DP=148;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0252166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.302;QD=19.7614;RBI=0.0264888;REFB=-0.00803125;REVB=-0.0081105;RO=76;SAF=33;SAR=39;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875744;STB=0.548356;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00905975;OID=.;OPOS=24944166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:76:76:72:72:0.486486:39:33:42:34:39:33:42:34 chr20 24954887 . A T 120.79 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.02118;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.198;QD=13.421;RBI=0.0276831;REFB=-0.0305621;REVB=0.017826;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404825;STB=0.523775;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0564716;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:7:15:10:4:7:15 chr20 24994289 . C T 865.9 PASS AF=0.505814;AO=87;DP=172;FAO=87;FDP=172;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=61;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.0902237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7117;QD=20.1373;RBI=0.0907354;REFB=-0.0213232;REVB=0.00962288;RO=85;SAF=26;SAR=61;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147986;STB=0.581625;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0210035;OID=.;OPOS=24994289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:85:85:87:87:0.505814:61:26:38:47:61:26:38:47 chr20 25011423 . T C 451.5 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0143397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.363;QD=17.2;RBI=0.0207213;REFB=-0.017867;REVB=-0.0149581;RO=56;SAF=17;SAR=32;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107376;STB=0.50598;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0191036;OID=.;OPOS=25011423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:32:17:20:36:32:17:20:36 chr20 25011639 . A G 642.02 PASS AF=0.556522;AO=62;DP=112;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00479965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.975;QD=22.3312;RBI=0.00485246;REFB=-0.0205438;REVB=-0.000713966;RO=50;SAF=20;SAR=42;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104779;STB=0.567805;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0226276;OID=.;OPOS=25011639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:50:51:62:64:0.556522:42:20:22:28:44:20:23:28 chr20 25027526 . G A 719.04 PASS AF=0.486301;AO=71;DP=146;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.00136634;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.122;QD=19.6996;RBI=0.00183665;REFB=-0.00679847;REVB=0.00122735;RO=75;SAF=35;SAR=36;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12413;STB=0.561475;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00669183;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:75:75:71:71:0.486301:36:35:27:48:37:34:27:48 chr20 25059381 . A T 1694.97 PASS AF=0.530547;AO=165;DP=310;FAO=165;FDP=311;FR=.;FRO=146;FSAF=81;FSAR=84;FSRF=54;FSRR=92;FWDB=-0.00694232;FXX=0.00320503;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.381;QD=21.8003;RBI=0.0152747;REFB=-0.0307014;REVB=0.0136059;RO=145;SAF=81;SAR=84;SRF=54;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102023;STB=0.556955;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0229951;OID=.;OPOS=25059381;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:311:145:146:165:165:0.530547:84:81:54:91:84:81:54:92 chr20 25059442 . C T 1763.62 PASS AF=0.47619;AO=180;DP=378;FAO=180;FDP=378;FR=.;FRO=198;FSAF=70;FSAR=110;FSRF=93;FSRR=105;FWDB=0.0116574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.096;QD=18.6626;RBI=0.0233103;REFB=-0.015435;REVB=-0.020186;RO=195;SAF=70;SAR=110;SRF=92;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807923;STB=0.543658;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0145496;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:378:195:198:180:180:0.47619:110:70:92:103:110:70:93:105 chr20 25059546 . T C 671.75 PASS AF=0.427746;AO=74;DP=173;FAO=74;FDP=173;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.0208585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.648;QD=15.5317;RBI=0.0208848;REFB=-0.000240418;REVB=0.00104902;RO=97;SAF=35;SAR=39;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303167;STB=0.516398;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.000227609;OID=.;OPOS=25059546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:97:99:74:74:0.427746:39:35:43:54:39:35:44:55 chr20 25187213 . G A 440.08 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0261384;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.273;QD=16.926;RBI=0.0275112;REFB=-0.00218493;REVB=-0.00858179;RO=55;SAF=21;SAR=27;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367179;STB=0.52456;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0026482;OID=.;OPOS=25187213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:55:56:48:48:0.461538:27:21:22:33:27:21:22:34 chr20 25193949 . G A 557.49 PASS AF=0.410256;AO=64;DP=156;FAO=64;FDP=156;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.00312482;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1171;QD=14.2946;RBI=0.00410596;REFB=0.0089958;REVB=0.00266353;RO=92;SAF=35;SAR=29;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106042;STB=0.559534;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00891498;OID=.;OPOS=25193949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:92:92:64:64:0.410256:29:35:41:51:29:35:41:51 chr20 25195393 . TC T,TT 1524.44 PASS AF=0.046729,0.953271;AO=19,85;DP=107;FAO=5,102;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=4,42;FSAR=1,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110949,0.0210923;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.5473,49.0336;QD=56.9883;RBI=0.0217628,0.0279278;REFB=0,0;REVB=0.0187223,0.0183052;RO=0;SAF=7,36;SAR=12,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0369739,0.00564558;OID=.,.;OPOS=25195394,25195394;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.046729,0.953271:19,85:107:5,102:107:0:4,42:1,60:0:0:8:0:7,36:12,49:0:0 chr20 25195509 . A G 1549.75 PASS AF=0.947368;AO=108;DP=114;FAO=108;FDP=114;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00424304;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=279.089;QD=54.377;RBI=0.00628846;REFB=-0.128655;REVB=0.00464127;RO=4;SAF=45;SAR=63;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00579894;STB=0.504504;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000403293;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:114:114:4:6:108:108:0.947368:63:45:2:2:63:45:3:3 chr20 25207074 . T C 3097.56 PASS AF=0.990244;AO=202;DP=204;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00317587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.112;QD=60.4402;RBI=0.0269172;REFB=-0.0365811;REVB=0.0267292;RO=2;SAF=86;SAR=116;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00814083;STB=0.504237;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00023139;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:204:205:2:2:202:203:0.990244:116:86:0:2:117:86:0:2 chr20 25259006 . G T 889.52 PASS AF=0.47619;AO=90;DP=189;FAO=90;FDP=189;FR=.;FRO=99;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=0.0067599;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.081;QD=18.8258;RBI=0.00895065;REFB=-0.00365192;REVB=-0.00586667;RO=99;SAF=40;SAR=50;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124223;STB=0.568566;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00438022;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:99:99:90:90:0.47619:50:40:57:42:50:40:57:42 chr20 25260931 . A G 2088.15 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0317931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.151;QD=61.8711;RBI=0.0335662;REFB=-0.152125;REVB=0.0107651;RO=1;SAF=74;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638035;STB=0.503355;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000593695;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:135:1:1:133:134:0.992593:59:74:1:0:60:74:1:0 chr20 25262769 . G A 491.23 PASS AF=0.495238;AO=50;DP=103;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00254624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.969;QD=18.7135;RBI=0.00553126;REFB=0.000398513;REVB=0.00491034;RO=53;SAF=16;SAR=34;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20317;STB=0.618703;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000490011;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:53:53:50:52:0.495238:34:16:28:25:36:16:28:25 chr20 25263865 . G A 581.13 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0128152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4074;QD=21.9293;RBI=0.0150643;REFB=-0.00863852;REVB=0.00791854;RO=48;SAF=23;SAR=35;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121587;STB=0.566732;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00820518;OID=.;OPOS=25263865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:48:58:58:0.54717:35:23:26:22:35:23:26:22 chr20 25264814 . T C 1493.72 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034449;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7805;QD=58.5774;RBI=0.0662594;REFB=-0.132934;REVB=0.0566001;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00139858;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:102:0:1:101:101:0.990196:54:47:0:0:54:47:1:0 chr20 25268920 . T C 2248.15 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0868;QD=63.3281;RBI=0.086543;REFB=0;REVB=0.0855121;RO=0;SAF=80;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271005;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:142:0:0:138:142:1:58:80:0:0:61:81:0:0 chr20 25276297 . G A 1729.76 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.797;QD=60.6933;RBI=0.0401534;REFB=0;REVB=-0.00690631;RO=0;SAF=44;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73516e-05;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:70:44:0:0:70:44:0:0 chr20 25282944 . A G 2123.6 PASS AF=0.971831;AO=136;DP=142;FAO=138;FDP=142;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=9.53513e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.13;QD=59.8198;RBI=0.00294199;REFB=-0.163961;REVB=-0.00294045;RO=2;SAF=57;SAR=79;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163852;STB=0.5095;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000385953;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:142:142:2:4:136:138:0.971831:79:57:2:0:80:58:3:1 chr20 25405944 . CAA CA,C 35.41 PASS AF=0.169231,0.123077;AO=9,7;DP=61;FAO=11,8;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=2,0;FSAR=9,8;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0883047,0.0455906;FXX=0.0298463;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.2207,19.5932;QD=2.17891;RBI=0.267008,0.156244;REFB=-0.0692512,-0.0350646;REVB=-0.251984,-0.149445;RO=38;SAF=3,0;SAR=6,7;SRF=24;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.352484,-0.725349;STB=0.812328,0.998706;STBP=0.038,0.001;TYPE=del,del;VARB=-0.129357,0.0341104;OID=.,.;OPOS=25405945,25405945;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169231,0.123077:9,7:61:11,8:65:46:2,0:9,8:26:20:14:38:3,0:6,7:24:14 chr20 25456888 . A G 5326.28 PASS AF=1;AO=336;DP=338;FAO=336;FDP=336;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=202;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079487;FXX=0.00591698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.754;QD=63.4081;RBI=0.0980409;REFB=-0.0795069;REVB=-0.057392;RO=1;SAF=134;SAR=202;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354703;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321228;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:338:336:1:0:336:336:1:202:134:1:0:202:134:0:0 chr20 25457049 . GCTCCCA G 2160.62 PASS AF=1;AO=133;DP=145;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948139;FXX=0.0555517;HRUN=1;LEN=6;MLLD=235.789;QD=63.5478;RBI=0.0285145;REFB=0;REVB=0.0268921;RO=0;SAF=72;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.5586e-05;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:133:145:136:136:0:73:63:0:0:11:0:72:61:0:0 chr20 25591862 . A T 494.85 PASS AF=0.945946;AO=31;DP=33;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.153428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.856;QD=53.4967;RBI=0.154581;REFB=-0.0928315;REVB=0.0188472;RO=2;SAF=2;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311089;STB=0.515616;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00595433;OID=.;OPOS=25591862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:37:2:2:31:35:0.945946:29:2:0:2:31:4:0:2 chr20 25591864 . A T 440.62 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.811;QD=56.8547;RBI=0.0794771;REFB=0;REVB=0.00396212;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148597;OID=.;OPOS=25591864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:26:4:0:0:27:4:0:0 chr20 25595829 . C T 565.69 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0112408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.632;QD=18.3965;RBI=0.0135564;REFB=0.000738908;REVB=-0.00757755;RO=64;SAF=23;SAR=36;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134787;STB=0.574764;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.000823825;OID=.;OPOS=25595829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:64:59:59:0.479675:36:23:34:30:36:23:34:30 chr20 25595868 . G A 700.76 PASS AF=0.511111;AO=68;DP=134;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0158512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7802;QD=20.7633;RBI=0.0171501;REFB=-0.0139935;REVB=-0.00654716;RO=66;SAF=31;SAR=37;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531329;STB=0.525154;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.013382;OID=.;OPOS=25595868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:66:66:68:69:0.511111:37:31:34:32:37:32:34:32 chr20 25755526 . C T 49.3 PASS AF=0.135135;AO=9;DP=73;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=0.0356817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.335;QD=2.66479;RBI=0.0633502;REFB=-0.000432989;REVB=-0.0523456;RO=64;SAF=5;SAR=4;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169306;STB=0.581242;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00369493;OID=.;OPOS=25755526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:74:64:64:9:10:0.135135:4:5:44:20:4:6:44:20 chr20 25755558 . G T 55.74 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.0658789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.879;QD=2.93345;RBI=0.0660189;REFB=-0.00307664;REVB=0.00429613;RO=65;SAF=6;SAR=5;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170353;STB=0.615569;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0135759;OID=.;OPOS=25755558;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:65:65:11:11:0.144737:5:6:44:21:5:6:44:21 chr20 25755574 . G A 32.44 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.00267286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1312;QD=1.54491;RBI=0.0405024;REFB=0.00658551;REVB=0.0404141;RO=76;SAF=3;SAR=5;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289202;STB=0.719841;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.018923;OID=.;OPOS=25755574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:76:76:8:8:0.0952381:5:3:48:28:5:3:48:28 chr20 25755672 . G T 950.33 PASS AF=0.418972;AO=106;DP=253;FAO=106;FDP=253;FR=.;FRO=147;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=68;FSRR=79;FWDB=-0.00288317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.937;QD=15.025;RBI=0.0201132;REFB=-0.00856078;REVB=0.0199055;RO=145;SAF=44;SAR=62;SRF=68;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568016;STB=0.528136;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0107997;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:145:147:106:106:0.418972:62:44:68:77:62:44:68:79 chr20 26063560 . G A 1061.23 PASS AF=0.986486;AO=68;DP=72;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00131754;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.811;QD=57.364;RBI=0.021862;REFB=-0.0247128;REVB=0.0218223;RO=1;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165801;STB=0.508472;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00178876;OID=.;OPOS=26063560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:74:1:1:68:73:0.986486:28:40:0:1:29:44:0:1 chr20 26094525 . T C 233.86 PASS AF=0.101078;AO=75;DP=741;FAO=75;FDP=742;FR=.;FRO=667;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=281;FSRR=386;FWDB=-0.00900524;FXX=0.00134588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.057;QD=1.26068;RBI=0.0114368;REFB=-0.00402406;REVB=-0.0070503;RO=606;SAF=34;SAR=41;SRF=273;SRR=333;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00358139;STB=0.529209;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0604662;OID=.;OPOS=26094525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:741:742:606:667:75:75:0.101078:41:34:273:333:41:34:281:386 chr20 26094564 . T G 3273.69 PASS AF=0.437186;AO=347;DP=799;FAO=348;FDP=796;FR=.;FRO=448;FSAF=141;FSAR=207;FSRF=179;FSRR=269;FWDB=-0.0735533;FXX=0.00375465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9088;QD=16.4507;RBI=0.0770643;REFB=-0.00777717;REVB=-0.0229958;RO=440;SAF=140;SAR=207;SRF=177;SRR=263;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124592;STB=0.503284;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0187248;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:799:796:440:448:347:348:0.437186:207:140:177:263:207:141:179:269 chr20 26094567 . T C 4861.16 PASS AF=0.561558;AO=444;DP=794;FAO=447;FDP=796;FR=.;FRO=349;FSAF=182;FSAR=265;FSRF=137;FSRR=212;FWDB=0.00174371;FXX=0.00125469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.179;QD=24.4279;RBI=0.0157854;REFB=-0.00984469;REVB=0.0156888;RO=347;SAF=181;SAR=263;SRF=135;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156631;STB=0.50665;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00928471;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:794:796:347:349:444:447:0.561558:263:181:135:212:265:182:137:212 chr20 26094605 . G A 2388.59 PASS AF=0.398519;AO=269;DP=677;FAO=269;FDP=675;FR=.;FRO=406;FSAF=103;FSAR=166;FSRF=166;FSRR=240;FWDB=-0.0108794;FXX=0.00295417;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.868;QD=14.1546;RBI=0.0244097;REFB=-0.0223834;REVB=-0.0218512;RO=402;SAF=103;SAR=166;SRF=164;SRR=238;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282276;STB=0.516397;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0307431;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:677:675:402:406:269:269:0.398519:166:103:164:238:166:103:166:240 chr20 26094609 . C A 2227.0 PASS AF=0.387048;AO=255;DP=661;FAO=257;FDP=664;FR=.;FRO=407;FSAF=97;FSAR=160;FSRF=169;FSRR=238;FWDB=-0.0199914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.014;QD=13.4156;RBI=0.021764;REFB=0.0173292;REVB=-0.00860311;RO=406;SAF=97;SAR=158;SRF=168;SRR=238;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383866;STB=0.524356;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0270624;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:661:664:406:407:255:257:0.387048:158:97:168:238:160:97:169:238 chr20 26188824 . T C 1148.29 PASS AF=0.653061;AO=91;DP=143;FAO=96;FDP=147;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=80;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0196444;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.496;QD=31.2461;RBI=0.0223368;REFB=-0.0265278;REVB=0.0106317;RO=49;SAF=16;SAR=75;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218197;STB=0.63542;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0175901;OID=.;OPOS=26188824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:147:49:51:91:96:0.653061:75:16:20:29:80:16:22:29 chr20 26188880 . C A 56.48 PASS AF=0.0918919;AO=16;DP=184;FAO=17;FDP=185;FR=.;FRO=168;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=142;FWDB=-0.0207527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.002;QD=1.22111;RBI=0.0321874;REFB=-0.00494104;REVB=0.0246039;RO=167;SAF=13;SAR=3;SRF=26;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.688297;STB=0.943927;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0382802;OID=.;OPOS=26188880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:184:185:167:168:16:17:0.0918919:3:13:26:141:3:14:26:142 chr20 26188901 . G A 54.55 PASS AF=0.112069;AO=13;DP=111;FAO=13;FDP=116;FR=.;FRO=103;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=82;FWDB=-0.0204837;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.993;QD=1.88102;RBI=0.0216884;REFB=-0.00736291;REVB=0.00712775;RO=98;SAF=10;SAR=3;SRF=17;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654079;STB=0.900992;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0453491;OID=.;OPOS=26188901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:111:116:98:103:13:13:0.112069:3:10:17:81:3:10:21:82 chr20 26188912 . A C 754.15 PASS AF=0.696629;AO=62;DP=90;FAO=62;FDP=89;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.00294769;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.941;QD=33.8943;RBI=0.0212428;REFB=-0.0258898;REVB=-0.0210373;RO=27;SAF=21;SAR=41;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100089;STB=0.553772;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00784967;OID=.;OPOS=26188912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:27:27:62:62:0.696629:41:21:5:22:41:21:5:22 chr20 29623210 . C T 51.77 PASS AF=0.0702875;AO=22;DP=313;FAO=22;FDP=313;FR=.;FRO=291;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=135;FSRR=156;FWDB=-0.0119712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.857;QD=0.66158;RBI=0.0151042;REFB=-0.000743222;REVB=-0.0092101;RO=291;SAF=6;SAR=16;SRF=135;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217791;STB=0.685956;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0115113;OID=.;OPOS=29623210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:313:313:291:291:22:22:0.0702875:16:6:135:156:16:6:135:156 chr20 29623217 . C T 47.31 PASS AF=0.0675241;AO=21;DP=311;FAO=21;FDP=311;FR=.;FRO=290;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=135;FSRR=155;FWDB=-0.00071331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9325;QD=0.608531;RBI=0.0577868;REFB=-0.00180166;REVB=-0.0577824;RO=287;SAF=5;SAR=16;SRF=133;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255461;STB=0.723525;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0342733;OID=.;OPOS=29623217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:311:311:287:290:21:21:0.0675241:16:5:133:154:16:5:135:155 chr20 29623223 . T C 800.39 PASS AF=0.334426;AO=101;DP=304;FAO=102;FDP=305;FR=.;FRO=203;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=89;FSRR=114;FWDB=0.00366666;FXX=0.00326787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.654;QD=10.4969;RBI=0.0102205;REFB=-0.00262253;REVB=0.0095401;RO=200;SAF=47;SAR=54;SRF=87;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355537;STB=0.515007;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0048143;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:305:200:203:101:102:0.334426:54:47:87:113:55:47:89:114 chr20 29623224 . C A 44.31 PASS AF=0.0660066;AO=20;DP=305;FAO=20;FDP=303;FR=.;FRO=283;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=131;FSRR=152;FWDB=-0.0299043;FXX=0.0098036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.837;QD=0.584888;RBI=0.0311174;REFB=-0.0021459;REVB=-0.00860386;RO=263;SAF=5;SAR=15;SRF=121;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240837;STB=0.709347;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.023338;OID=.;OPOS=29623224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:305:303:263:283:20:20:0.0660066:15:5:121:142:15:5:131:152 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG 1344.04 PASS AF=0.200787,0.346457;AO=50,78;DP=276;FAO=51,88;FDP=254;FR=.;FRO=115;FSAF=29,41;FSAR=22,47;FSRF=48;FSRR=67;FWDB=-0.00868679,-0.00646273;FXX=0.0896025;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=32.1138,227.666;QD=21.1659;RBI=0.0941337,0.0431537;REFB=0.0560704,-0.010448;REVB=0.093732,0.042667;RO=92;SAF=29,37;SAR=21,41;SRF=46;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.091257,-0.0250411;STB=0.603703,0.527712;STBP=0.074,0.497;TYPE=snp,del;VARB=-0.0378971,0.0343855;OID=.,.;OPOS=29623254,29623249;OREF=G,AAG;OALT=A,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.200787,0.346457:50,78:276:51,88:254:115:29,41:22,47:48:67:99:92:29,37:21,41:46:46 chr20 29623263 . C T 272.63 PASS AF=0.183453;AO=50;DP=277;FAO=51;FDP=278;FR=.;FRO=227;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=100;FSRR=127;FWDB=-0.0200512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.138;QD=3.9227;RBI=0.0243801;REFB=-0.00493326;REVB=-0.0138686;RO=227;SAF=28;SAR=22;SRF=100;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153483;STB=0.603536;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0328126;OID=.;OPOS=29623263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:278:227:227:50:51:0.183453:22:28:100:127:22:29:100:127 chr20 29624068 . T C 71.51 PASS AF=0.129032;AO=14;DP=122;FAO=16;FDP=124;FR=.;FRO=108;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=7.54569e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.88;QD=2.30678;RBI=0.00432963;REFB=-0.0028949;REVB=0.00432897;RO=108;SAF=4;SAR=10;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203476;STB=0.683967;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0264976;OID=.;OPOS=29624068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:122:124:108:108:14:16:0.129032:10:4:48:60:12:4:48:60 chr20 29625873 . A C 46.09 PASS AF=0.0864198;AO=14;DP=162;FAO=14;FDP=162;FR=.;FRO=148;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=94;FSRR=54;FWDB=-0.0131881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.656;QD=1.138;RBI=0.021138;REFB=-0.00182249;REVB=-0.0165194;RO=148;SAF=5;SAR=9;SRF=94;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313737;STB=0.738501;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0195837;OID=.;OPOS=29625873;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:162:162:148:148:14:14:0.0864198:9:5:94:54:9:5:94:54 chr20 29625876 . C T 220.62 PASS AF=0.220859;AO=36;DP=163;FAO=36;FDP=163;FR=.;FRO=127;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=81;FSRR=46;FWDB=-0.0308952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.725;QD=5.41407;RBI=0.0384134;REFB=-0.0089035;REVB=-0.0228272;RO=127;SAF=18;SAR=18;SRF=81;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176296;STB=0.607305;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0288857;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:127:127:36:36:0.220859:18:18:81:46:18:18:81:46 chr20 29625877 . G A 113.34 PASS AF=0.145455;AO=24;DP=165;FAO=24;FDP=165;FR=.;FRO=141;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=84;FSRR=57;FWDB=0.00164118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.974;QD=2.74759;RBI=0.0313835;REFB=-0.00216058;REVB=-0.0313405;RO=141;SAF=16;SAR=8;SRF=84;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961802;STB=0.565162;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0106188;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:141:141:24:24:0.145455:8:16:84:57:8:16:84:57 chr20 29625935 . A G 86.96 PASS AF=0.131944;AO=15;DP=139;FAO=19;FDP=144;FR=.;FRO=125;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=-0.00812402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.853;QD=2.41554;RBI=0.0231456;REFB=-0.00514374;REVB=-0.021673;RO=121;SAF=5;SAR=10;SRF=61;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208697;STB=0.572085;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0273351;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:139:144:121:125:15:19:0.131944:10:5:61:60:11:8:63:62 chr20 29625979 . C A 90.91 PASS AF=0.127168;AO=22;DP=173;FAO=22;FDP=173;FR=.;FRO=151;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=66;FSRR=85;FWDB=-0.0127496;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.746;QD=2.10188;RBI=0.044147;REFB=-0.00589806;REVB=-0.0422659;RO=142;SAF=5;SAR=17;SRF=62;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286892;STB=0.609925;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0523936;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:173:173:142:151:22:22:0.127168:17:5:62:80:15:7:66:85 chr20 29628226 . G A 66.86 PASS AF=0.0692841;AO=30;DP=406;FAO=30;FDP=433;FR=.;FRO=403;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=177;FSRR=226;FWDB=-0.00442888;FXX=0.00230409;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7062;QD=0.617639;RBI=0.0199218;REFB=-0.00241644;REVB=0.0194233;RO=376;SAF=17;SAR=13;SRF=171;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125673;STB=0.616932;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0408756;OID=.;OPOS=29628226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:406:433:376:403:30:30:0.0692841:13:17:171:205:13:17:177:226 chr20 29628237 . C A 252.43 PASS AF=0.135945;AO=59;DP=437;FAO=59;FDP=434;FR=.;FRO=375;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=163;FSRR=212;FWDB=-0.0266653;FXX=0.00913221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.612;QD=2.3265;RBI=0.0307623;REFB=-0.00269282;REVB=-0.015339;RO=367;SAF=33;SAR=26;SRF=160;SRR=207;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157406;STB=0.606451;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0130896;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:434:367:375:59:59:0.135945:26:33:160:207:26:33:163:212 chr20 29628251 . A G 30.33 PASS AF=0.0498866;AO=22;DP=441;FAO=22;FDP=441;FR=.;FRO=419;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=182;FSRR=237;FWDB=0.0127956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.187;QD=0.275098;RBI=0.0386063;REFB=-0.000427848;REVB=-0.0364242;RO=419;SAF=12;SAR=10;SRF=182;SRR=237;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108486;STB=0.604312;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00922736;OID=.;OPOS=29628251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:441:441:419:419:22:22:0.0498866:10:12:182:237:10:12:182:237 chr20 29628271 . C T 2596.85 PASS AF=0.548753;AO=241;DP=441;FAO=242;FDP=441;FR=.;FRO=199;FSAF=106;FSAR=136;FSRF=84;FSRR=115;FWDB=-0.018762;FXX=0.00451457;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.491;QD=23.5542;RBI=0.0196026;REFB=-0.034313;REVB=-0.00567897;RO=199;SAF=105;SAR=136;SRF=84;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115121;STB=0.507302;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0250946;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:441:199:199:241:242:0.548753:136:105:84:115:136:106:84:115 chr20 29628328 . C G 174.88 PASS AF=0.147287;AO=37;DP=256;FAO=38;FDP=258;FR=.;FRO=220;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=84;FSRR=136;FWDB=-0.0723025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8546;QD=2.71126;RBI=0.0840476;REFB=-0.0104489;REVB=-0.0428526;RO=218;SAF=13;SAR=24;SRF=82;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342486;STB=0.536722;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0398174;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:258:218:220:37:38:0.147287:24:13:82:136:25:13:84:136 chr20 29628361 . A C 359.51 PASS AF=0.360656;AO=44;DP=122;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=-0.0256037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.048;QD=11.7873;RBI=0.0266021;REFB=-0.0216871;REVB=0.00721953;RO=78;SAF=18;SAR=26;SRF=25;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105039;STB=0.559816;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0375939;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:78:78:44:44:0.360656:26:18:25:53:26:18:25:53 chr20 29628415 . T A 49.57 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.0455933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.077;QD=2.13204;RBI=0.0502858;REFB=-0.00291504;REVB=-0.0212112;RO=81;SAF=6;SAR=5;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166819;STB=0.613699;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0531784;OID=.;OPOS=29628415;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:81:82:11:11:0.11828:5:6:33:48:5:6:34:48 chr20 29628431 . C T 587.56 PASS AF=0.689189;AO=51;DP=73;FAO=51;FDP=74;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0163026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.232;QD=31.76;RBI=0.0163212;REFB=-0.0624401;REVB=-0.00077743;RO=22;SAF=23;SAR=28;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494667;STB=0.532567;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0156181;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:22:23:51:51:0.689189:28:23:8:14:28:23:8:15 chr20 29628439 . A G 67.01 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00483613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.392;QD=3.88445;RBI=0.00498355;REFB=-0.00548751;REVB=-0.00120318;RO=57;SAF=5;SAR=7;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278463;STB=0.518488;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0307377;OID=.;OPOS=29628439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:69:69:57:57:12:12:0.173913:7:5:25:32:7:5:25:32 chr20 29630695 . C A 1426.4 PASS AF=0.501754;AO=139;DP=283;FAO=143;FDP=285;FR=.;FRO=142;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=0.0110365;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.519;QD=20.0197;RBI=0.0197886;REFB=-0.036216;REVB=0.0164251;RO=143;SAF=65;SAR=74;SRF=68;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00732143;STB=0.508676;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0359617;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:285:143:142:139:143:0.501754:74:65:68:75:77:66:68:74 chr20 29630725 . T C 32.34 PASS AF=0.05625;AO=18;DP=319;FAO=18;FDP=320;FR=.;FRO=302;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=143;FSRR=159;FWDB=-0.00819991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.26;QD=0.404189;RBI=0.0113524;REFB=-0.00263871;REVB=-0.00785099;RO=300;SAF=6;SAR=12;SRF=142;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145014;STB=0.635241;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0276951;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:319:320:300:302:18:18:0.05625:12:6:142:158:12:6:143:159 chr20 29632638 . C A 304.69 PASS AF=0.265896;AO=41;DP=168;FAO=46;FDP=173;FR=.;FRO=127;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=74;FWDB=-0.0019367;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.138;QD=7.04478;RBI=0.0169135;REFB=-0.0122452;REVB=-0.0168023;RO=114;SAF=11;SAR=30;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209962;STB=0.590918;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0342807;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:173:114:127:41:46:0.265896:30:11:48:66:32:14:53:74 chr20 29632643 . T C 41.03 PASS AF=0.0797872;AO=14;DP=183;FAO=15;FDP=188;FR=.;FRO=173;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=105;FWDB=-0.039481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.333;QD=0.872956;RBI=0.0567915;REFB=-0.00253615;REVB=-0.0408231;RO=167;SAF=4;SAR=10;SRF=65;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126674;STB=0.559306;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.034192;OID=.;OPOS=29632643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:183:188:167:173:14:15:0.0797872:10:4:65:102:10:5:68:105 chr20 29632662 . G C 303.55 PASS AF=0.237374;AO=47;DP=218;FAO=47;FDP=198;FR=.;FRO=151;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=92;FWDB=0.0282829;FXX=0.0917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.207;QD=6.1323;RBI=0.0283136;REFB=-0.00520011;REVB=0.00131897;RO=149;SAF=24;SAR=23;SRF=59;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144632;STB=0.591095;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0238502;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:198:149:151:47:47:0.237374:23:24:59:90:23:24:59:92 chr20 29632674 . T TA 117.25 PASS AF=0.260684;AO=57;DP=235;FAO=61;FDP=234;FR=.;FRO=173;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=74;FSRR=99;FWDB=-0.223101;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.4673;QD=2.00422;RBI=0.230947;REFB=-0.0439291;REVB=-0.0596883;RO=165;SAF=25;SAR=32;SRF=65;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571605;STB=0.552195;STBP=0.346;TYPE=ins;VARB=-0.0330368;OID=.;OPOS=29632675;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.260684:57:235:61:234:173:22:39:74:99:99:165:25:32:65:100 chr20 29632680 . G A 34.44 PASS AF=0.0655738;AO=16;DP=243;FAO=16;FDP=244;FR=.;FRO=228;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=89;FSRR=139;FWDB=-0.0949764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.407;QD=0.564557;RBI=0.121123;REFB=-0.00147518;REVB=-0.0751677;RO=227;SAF=9;SAR=7;SRF=89;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183203;STB=0.656816;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0164074;OID=.;OPOS=29632680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:243:244:227:228:16:16:0.0655738:7:9:89:138:7:9:89:139 chr20 29632707 . G A 148.45 PASS AF=0.139241;AO=33;DP=237;FAO=33;FDP=237;FR=.;FRO=204;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=76;FSRR=128;FWDB=0.00691457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.001;QD=2.50548;RBI=0.0187274;REFB=-0.00182677;REVB=-0.0174041;RO=202;SAF=15;SAR=18;SRF=76;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102741;STB=0.572058;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0144271;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:202:204:33:33:0.139241:18:15:76:126:18:15:76:128 chr20 29632709 . C T 356.63 PASS AF=0.235043;AO=55;DP=235;FAO=55;FDP=234;FR=.;FRO=179;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=70;FSRR=109;FWDB=-0.000242745;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.651;QD=6.09616;RBI=0.0123846;REFB=-0.00578476;REVB=-0.0123822;RO=179;SAF=21;SAR=34;SRF=70;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123453;STB=0.50746;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00863462;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:179:179:55:55:0.235043:34:21:70:109:34:21:70:109 chr20 29632714 . CT AG 327.73 PASS AF=0.22807;AO=50;DP=227;FAO=52;FDP=228;FR=.;FRO=176;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=68;FSRR=108;FWDB=-0.00708211;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=2;MLLD=284.432;QD=5.74959;RBI=0.00848086;REFB=-0.00541506;REVB=0.00466568;RO=176;SAF=19;SAR=31;SRF=68;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858225;STB=0.501424;STBP=0.983;TYPE=mnp;VARB=0.0233967;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:176:176:50:52:0.22807:31:19:68:108:32:20:68:108 chr20 29632719 . C T 51.57 PASS AF=0.0803571;AO=18;DP=224;FAO=18;FDP=224;FR=.;FRO=206;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=82;FSRR=124;FWDB=-0.0153374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.641;QD=0.920961;RBI=0.0200005;REFB=0.00168037;REVB=-0.0128368;RO=204;SAF=6;SAR=12;SRF=82;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083469;STB=0.564029;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0625146;OID=.;OPOS=29632719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:224:224:204:206:18:18:0.0803571:12:6:82:122:12:6:82:124 chr20 29633854 . G A 58.34 PASS AF=0.107914;AO=13;DP=140;FAO=15;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=124;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=63;FSRR=61;FWDB=-0.04381;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3037;QD=1.67877;RBI=0.0905152;REFB=-0.00632594;REVB=-0.0792066;RO=102;SAF=10;SAR=3;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273833;STB=0.773034;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0308986;OID=.;OPOS=29633854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:140:139:102:124:13:15:0.107914:3:10:57:45:3:12:63:61 chr20 29633887 . G A 127.59 PASS AF=0.146739;AO=27;DP=184;FAO=27;FDP=184;FR=.;FRO=157;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=80;FSRR=77;FWDB=-0.0334495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.269;QD=2.77364;RBI=0.0434486;REFB=-0.0102841;REVB=-0.0277293;RO=149;SAF=13;SAR=14;SRF=73;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107951;STB=0.523926;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0471644;OID=.;OPOS=29633887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:149:157:27:27:0.146739:14:13:73:76:14:13:80:77 chr20 29633894 . C A 52.22 PASS AF=0.0888889;AO=16;DP=185;FAO=16;FDP=180;FR=.;FRO=164;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=81;FSRR=83;FWDB=-0.0250065;FXX=0.0270256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.253;QD=1.16053;RBI=0.02684;REFB=-0.00252797;REVB=-0.0097498;RO=167;SAF=5;SAR=11;SRF=81;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203625;STB=0.667866;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0224879;OID=.;OPOS=29633894;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:185:180:167:164:16:16:0.0888889:11:5:81:86:11:5:81:83 chr20 29633915 . C T 54.89 PASS AF=0.0935673;AO=16;DP=171;FAO=16;FDP=171;FR=.;FRO=155;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=70;FSRR=85;FWDB=-0.0299032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.699;QD=1.28404;RBI=0.0402249;REFB=-0.00901548;REVB=-0.0269042;RO=145;SAF=6;SAR=10;SRF=61;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566699;STB=0.571338;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0429347;OID=.;OPOS=29633915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:171:171:145:155:16:16:0.0935673:10:6:61:84:10:6:70:85 chr20 29633916 . G T 562.7 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=169;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.00341434;FXX=0.207088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.904;QD=16.7971;RBI=0.0227502;REFB=-0.00152842;REVB=-0.0224925;RO=71;SAF=16;SAR=44;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175285;STB=0.613157;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00225121;OID=.;OPOS=29633916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:134:71:74:60:60:0.447761:44:16:30:41:44:16:33:41 chr20 29633929 . A G 593.39 PASS AF=0.421384;AO=67;DP=159;FAO=67;FDP=159;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0129347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.217;QD=14.9281;RBI=0.0129466;REFB=0.00105445;REVB=-0.000554779;RO=92;SAF=25;SAR=42;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145555;STB=0.581626;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.000809248;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:92:92:67:67:0.421384:42:25:47:45:42:25:47:45 chr20 29633938 . A G 105.13 PASS AF=0.146667;AO=22;DP=149;FAO=22;FDP=150;FR=.;FRO=128;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=-0.0167304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7543;QD=2.80346;RBI=0.0167733;REFB=-0.000437798;REVB=0.00119853;RO=127;SAF=8;SAR=14;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150347;STB=0.598422;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00545054;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:127:128:22:22:0.146667:14:8:61:66:14:8:61:67 chr20 29633945 . G A 30.79 PASS AF=0.0746269;AO=10;DP=138;FAO=10;FDP=134;FR=.;FRO=124;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=60;FWDB=0.00288483;FXX=0.0289834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2016;QD=0.919075;RBI=0.0121878;REFB=0.000831019;REVB=-0.0118415;RO=121;SAF=2;SAR=8;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361362;STB=0.794586;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00737783;OID=.;OPOS=29633945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:138:134:121:124:10:10:0.0746269:8:2:64:57:8:2:64:60 chr20 29633952 . C T 311.75 PASS AF=0.333333;AO=40;DP=120;FAO=40;FDP=120;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.011413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.828;QD=10.3917;RBI=0.0128093;REFB=-0.0160867;REVB=-0.00581565;RO=75;SAF=15;SAR=25;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181181;STB=0.585063;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0227917;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:80:40:40:0.333333:25:15:40:35:25:15:40:40 chr20 29652138 . C T 65.8 PASS AF=0.0602782;AO=39;DP=651;FAO=39;FDP=647;FR=.;FRO=608;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=309;FSRR=299;FWDB=-0.0459467;FXX=0.0167171;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.775;QD=0.406781;RBI=0.0459469;REFB=-0.00117432;REVB=-0.000130845;RO=601;SAF=17;SAR=22;SRF=302;SRR=299;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070801;STB=0.567865;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.01749;OID=.;OPOS=29652138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:651:647:601:608:39:39:0.0602782:22:17:302:299:22:17:309:299 chr20 29652165 . C T 241.79 PASS AF=0.111987;AO=71;DP=635;FAO=71;FDP=634;FR=.;FRO=563;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=252;FSRR=311;FWDB=-0.0190852;FXX=0.00157478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7009;QD=1.52549;RBI=0.0825415;REFB=-0.00557216;REVB=-0.0803048;RO=558;SAF=34;SAR=37;SRF=249;SRR=309;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411872;STB=0.527877;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0822725;OID=.;OPOS=29652165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:635:634:558:563:71:71:0.111987:37:34:249:309:37:34:252:311 chr20 29652166 . G A 286.12 PASS AF=0.120063;AO=76;DP=632;FAO=76;FDP=633;FR=.;FRO=557;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=254;FSRR=303;FWDB=-0.0181767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.569;QD=1.80803;RBI=0.0222569;REFB=-0.00181373;REVB=-0.0128443;RO=555;SAF=30;SAR=46;SRF=253;SRR=302;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789143;STB=0.555097;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0181702;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:632:633:555:557:76:76:0.120063:46:30:253:302:46:30:254:303 chr20 29652172 . TG CA,CG 6754.41 PASS AF=0.319797,0.543147;AO=189,318;DP=589;FAO=189,321;FDP=591;FR=.;FRO=81;FSAF=86,124;FSAR=103,197;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0360729,-0.0386637;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=144.377,102.664;QD=45.7151;RBI=0.037721,0.0454088;REFB=0.00377364,0.0157468;REVB=0.011028,-0.0238134;RO=81;SAF=86,123;SAR=103,195;SRF=37;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.000997591,-0.0280705;STB=0.500533,0.514877;STBP=0.968,0.235;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00616769,0.0018149;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:589:591:81:81:189,318:189,321:0.319797,0.543147:103,195:86,123:37:44:103,197:86,124:37:44 chr20 29652182 . C T 99.47 PASS AF=0.0773286;AO=41;DP=570;FAO=44;FDP=569;FR=.;FRO=525;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=204;FSRR=321;FWDB=-0.00664909;FXX=0.00871065;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4266;QD=0.699295;RBI=0.00908159;REFB=-0.00120211;REVB=0.00618586;RO=513;SAF=15;SAR=26;SRF=193;SRR=320;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125616;STB=0.519712;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0286522;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:570:569:513:525:41:44:0.0773286:26:15:193:320:26:18:204:321 chr20 29652183 . G A 545.44 PASS AF=0.180702;AO=103;DP=557;FAO=103;FDP=570;FR=.;FRO=467;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=177;FSRR=290;FWDB=-0.0506781;FXX=0.00349644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.214;QD=3.82768;RBI=0.0514149;REFB=-0.0104112;REVB=0.00867305;RO=451;SAF=44;SAR=59;SRF=161;SRR=290;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954406;STB=0.540792;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0347999;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:557:570:451:467:103:103:0.180702:59:44:161:290:59:44:177:290 chr20 29652190 . T G 105.21 PASS AF=0.0784672;AO=43;DP=547;FAO=43;FDP=548;FR=.;FRO=505;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=191;FSRR=314;FWDB=-0.0418406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.703;QD=0.767967;RBI=0.0450046;REFB=-0.00137093;REVB=0.0165765;RO=500;SAF=17;SAR=26;SRF=188;SRR=312;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236561;STB=0.516617;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0186379;OID=.;OPOS=29652190;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:547:548:500:505:43:43:0.0784672:26:17:188:312:26:17:191:314 chr20 29652191 . C T 5558.57 PASS AF=0.783734;AO=420;DP=540;FAO=424;FDP=541;FR=.;FRO=117;FSAF=159;FSAR=265;FSRF=43;FSRR=74;FWDB=0.0650552;FXX=0.00368317;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0841;QD=41.0985;RBI=0.0650563;REFB=-0.021303;REVB=-0.000375997;RO=117;SAF=156;SAR=264;SRF=43;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00172066;STB=0.501727;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.006976;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:540:541:117:117:420:424:0.783734:264:156:43:74:265:159:43:74 chr20 29652194 . C T 479.12 PASS AF=0.172862;AO=93;DP=538;FAO=93;FDP=538;FR=.;FRO=445;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=170;FSRR=275;FWDB=0.0100027;FXX=0.00185525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.405;QD=3.56222;RBI=0.0122166;REFB=-0.00237594;REVB=0.00701353;RO=442;SAF=32;SAR=61;SRF=168;SRR=274;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050655;STB=0.534014;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0122826;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:538:538:442:445:93:93:0.172862:61:32:168:274:61:32:170:275 chr20 29652196 . T C 487.97 PASS AF=0.174397;AO=94;DP=540;FAO=94;FDP=539;FR=.;FRO=445;FSAF=27;FSAR=67;FSRF=174;FSRR=271;FWDB=-0.0234551;FXX=0.00185182;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.002;QD=3.6213;RBI=0.0263852;REFB=-0.00456093;REVB=0.0120845;RO=445;SAF=27;SAR=67;SRF=174;SRR=271;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149809;STB=0.596048;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0224651;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:540:539:445:445:94:94:0.174397:67:27:174:271:67:27:174:271 chr20 29652205 . A G 30.44 PASS AF=0.0477099;AO=25;DP=524;FAO=25;FDP=524;FR=.;FRO=499;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=193;FSRR=306;FWDB=-0.00983626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.992;QD=0.232365;RBI=0.0098414;REFB=1.46988e-06;REVB=0.000318124;RO=498;SAF=8;SAR=17;SRF=193;SRR=305;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696155;STB=0.569348;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0316051;OID=.;OPOS=29652205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:524:524:498:499:25:25:0.0477099:17:8:193:305:17:8:193:306 chr20 29652219 . G C 50.47 PASS AF=0.0604752;AO=28;DP=463;FAO=28;FDP=463;FR=.;FRO=435;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=157;FSRR=278;FWDB=-0.0826639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0921;QD=0.435983;RBI=0.0889548;REFB=-0.00229889;REVB=-0.0328578;RO=435;SAF=12;SAR=16;SRF=157;SRR=278;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754193;STB=0.566065;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0360483;OID=.;OPOS=29652219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:463:463:435:435:28:28:0.0604752:16:12:157:278:16:12:157:278 chr20 29652235 . CG CC,GC 4127.5 PASS AF=0.740642,0.112299;AO=268,42;DP=397;FAO=277,42;FDP=374;FR=.;FRO=55;FSAF=100,11;FSAR=177,31;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00102162,-0.014428;FXX=0.06733;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=92.5548,197.051;QD=44.1443;RBI=0.00606035,0.0203904;REFB=0.012153,0.00473826;REVB=0.00597362,0.0144084;RO=51;SAF=91,11;SAR=177,31;SRF=19;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0110818,-0.129666;STB=0.506972,0.59231;STBP=0.582,0.13;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000568497,0.0179556;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:374:51:55:268,42:277,42:0.740642,0.112299:177,31:91,11:19:32:177,31:100,11:22:33 chr20 29652254 . G A 441.81 PASS AF=0.227564;AO=71;DP=312;FAO=71;FDP=312;FR=.;FRO=241;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=86;FSRR=155;FWDB=-0.0449798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.334;QD=5.66417;RBI=0.0552488;REFB=-0.00181751;REVB=0.0320818;RO=240;SAF=27;SAR=44;SRF=85;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357575;STB=0.519376;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00591135;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:312:240:241:71:71:0.227564:44:27:85:155:44:27:86:155 chr20 29652260 . C T 55.88 PASS AF=0.0748299;AO=22;DP=294;FAO=22;FDP=294;FR=.;FRO=272;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=101;FSRR=171;FWDB=-0.0326385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.057;QD=0.760328;RBI=0.03704;REFB=-0.000430106;REVB=-0.0175124;RO=270;SAF=7;SAR=15;SRF=101;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687892;STB=0.554364;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00749502;OID=.;OPOS=29652260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:294:294:270:272:22:22:0.0748299:15:7:101:169:15:7:101:171 chr20 29965014 . T C 2956.96 PASS AF=0.994709;AO=188;DP=190;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00455373;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5459;QD=62.5811;RBI=0.0372224;REFB=0.041989;REVB=0.0369428;RO=1;SAF=85;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556902;STB=0.502924;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000132006;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:190:189:1:1:188:188:0.994709:103:85:1:0:103:85:1:0 chr20 29978216 . T C 2297.47 PASS AF=0.974684;AO=154;DP=161;FAO=154;FDP=158;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0120148;FXX=0.0186324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.017;QD=58.1638;RBI=0.0129272;REFB=0.118019;REVB=0.00477041;RO=4;SAF=69;SAR=85;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218566;STB=0.511493;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=4.87847e-05;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:161:158:4:4:154:154:0.974684:85:69:0:4:85:69:0:4 chr20 30194279 . GTTTTTTTG GTTTTTTGT 116.41 PASS AF=0.313433;AO=10;DP=69;FAO=21;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.248605;FXX=0.0147037;HRUN=7;LEN=2;MLLD=18.4999;QD=6.94969;RBI=0.256573;REFB=-0.0499698;REVB=0.063447;RO=24;SAF=10;SAR=0;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.784857;STB=0.914267;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0785437;OID=.;OPOS=30194286;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313433:10:69:21:67:42:20:1:21:21:92:24:10:0:10:14 chr20 30729625 . G A 780.5 PASS AF=0.5;AO=78;DP=161;FAO=81;FDP=162;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0119301;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.113;QD=19.2715;RBI=0.0205183;REFB=-0.0259886;REVB=-0.0166936;RO=82;SAF=42;SAR=36;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471287;STB=0.530923;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0274888;OID=.;OPOS=30729625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:82:81:78:81:0.5:36:42:40:42:37:44:39:42 chr20 30746248 . T C 2712.28 PASS AF=0.994318;AO=174;DP=176;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262825;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.843;QD=61.6427;RBI=0.0577895;REFB=0.017706;REVB=0.051467;RO=0;SAF=104;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502369;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=7.76431e-05;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:176:0:1:174:175:0.994318:70:104:0:0:70:105:1:0 chr20 30777336 . G T 262.23 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0157883;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.506;QD=12.3402;RBI=0.0257243;REFB=-0.0144099;REVB=-0.0203094;RO=54;SAF=10;SAR=21;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807242;STB=0.546569;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.025403;OID=.;OPOS=30777336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:21:10:21:33:21:10:21:33 chr20 30777800 . T C 2264.07 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.923;QD=59.9753;RBI=0.0471259;REFB=0;REVB=0.0434609;RO=1;SAF=73;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174291;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:147:151:1:0:146:151:1:73:73:0:1:76:75:0:0 chr20 30777860 . A G 1579.25 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185845;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.669;QD=59.5943;RBI=0.0185852;REFB=0;REVB=0.000160386;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143751;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:102:106:1:54:48:0:0:56:50:0:0 chr20 30795819 . T C 4429.3 PASS AF=0.996441;AO=218;DP=285;FAO=280;FDP=281;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=245;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691525;FXX=0.0140346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.562;QD=63.0505;RBI=0.0826282;REFB=0;REVB=0.0452256;RO=0;SAF=183;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.61477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109937;OID=.;OPOS=30795819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:285:281:0:0:218:280:0.996441:35:183:0:0:35:245:0:0 chr20 30922398 . C T 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0174886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.444;QD=13.2237;RBI=0.022165;REFB=-0.0136006;REVB=-0.0136175;RO=36;SAF=5;SAR=19;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205947;STB=0.619456;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0271381;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:19:5:13:23:19:5:13:23 chr20 31022959 . T C 1533.96 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.344;QD=62.6106;RBI=0.0592755;REFB=-0.0497147;REVB=0.0578166;RO=1;SAF=45;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010422;STB=0.505493;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00100405;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:96:97:0.989796:51:45:1:0:52:45:1:0 chr20 31023500 . C T 516.87 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.000480581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.724;QD=22.4725;RBI=0.0197057;REFB=0.00501504;REVB=0.0196998;RO=42;SAF=21;SAR=28;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146565;STB=0.572787;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00359521;OID=.;OPOS=31023500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:43:49:49:0.532609:28:21:11:31:28:21:12:31 chr20 31024034 . G A 672.27 PASS AF=0.61165;AO=63;DP=103;FAO=63;FDP=103;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0181651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.686;QD=26.1075;RBI=0.0260393;REFB=0.00213204;REVB=-0.0186568;RO=40;SAF=23;SAR=40;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455117;STB=0.524754;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00129012;OID=.;OPOS=31024034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:40:40:63:63:0.61165:40:23:17:23:40:23:17:23 chr20 31024207 . C T 314.15 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=0.000294981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6644;QD=14.9597;RBI=0.0464824;REFB=-0.00163969;REVB=0.0464815;RO=49;SAF=15;SAR=19;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215143;STB=0.612844;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00355202;OID=.;OPOS=31024207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:49:34:35:0.416667:19:15:12:37:20:15:12:37 chr20 31024274 . T C 320.8 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.013998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.466;QD=21.3867;RBI=0.014308;REFB=-0.00324713;REVB=0.00296239;RO=26;SAF=11;SAR=22;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201675;STB=0.604586;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00266464;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:22:11:15:11:22:11:15:12 chr20 31025163 . A G 237.66 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00366891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.256;QD=18.6397;RBI=0.00768152;REFB=-0.00874115;REVB=-0.00674869;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778135;STB=0.530781;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0172765;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:26:24:25:0.490196:10:14:13:13:11:14:13:13 chr20 31025535 . A G 736.9 PASS AF=0.514493;AO=59;DP=134;FAO=71;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0110978;FXX=0.0482725;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.874;QD=21.3594;RBI=0.0111783;REFB=0.00485186;REVB=-0.00133964;RO=43;SAF=29;SAR=30;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334574;STB=0.505114;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00431277;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:138:43:67:59:71:0.514493:30:29:23:20:41:30:29:38 chr20 31035129 . A G 428.79 PASS AF=0.494253;AO=40;DP=84;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00902833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.015;QD=19.7145;RBI=0.0126073;REFB=-0.00557873;REVB=0.00879966;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206551;STB=0.608417;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00688386;OID=.;OPOS=31035129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:43:44:40:43:0.494253:22:18:29:14:23:20:30:14 chr20 31292312 . A G 35.76 PASS AF=0.25;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.021257;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=96.4271;QD=5.96024;RBI=0.0213181;REFB=-0.0416738;REVB=-0.0016129;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141582;STB=0.583063;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0350587;OID=.;OPOS=31292312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:16:18:6:6:0.25:3:3:10:6:3:3:11:7 chr20 31367967 . TG GT 94.4 PASS AF=0.3;AO=11;DP=56;FAO=18;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00801163;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=2;MLLD=45.3319;QD=6.29349;RBI=0.147008;REFB=-0.00912966;REVB=-0.146789;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588166;STB=0.772446;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.0679893;OID=.;OPOS=31367967;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:56:60:25:42:11:18:0.3:6:5:24:1:13:5:29:13 chr20 31386347 . T C 1491.62 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.826;QD=63.4731;RBI=0.0231834;REFB=0;REVB=0.0200895;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66539e-05;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chr20 31386449 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.698;QD=42.1826;RBI=0.0386559;REFB=0;REVB=-0.000585057;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273809;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr20 31388636 . T C 1759.37 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0577971;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.537;QD=59.1385;RBI=0.0610457;REFB=-0.172457;REVB=0.019649;RO=2;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172626;STB=0.509089;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00069915;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:54:63:0:2:54:63:0:2 chr20 31427635 . C T 2910.15 PASS AF=0.994624;AO=184;DP=186;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345255;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9909;QD=62.5839;RBI=0.0439176;REFB=0.0219483;REVB=0.027143;RO=1;SAF=82;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046452;STB=0.502415;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=5.47001e-05;OID=.;OPOS=31427635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:186:1:1:184:185:0.994624:102:82:0:1:103:82:0:1 chr20 31436747 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.269;QD=57.2025;RBI=0.0398255;REFB=0;REVB=-0.038144;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201367;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr20 31584178 . G A 1548.86 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.639;QD=63.8704;RBI=0.0356635;REFB=0;REVB=0.0100204;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54226e-05;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr20 31587752 . G C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251;QD=56.9569;RBI=0.0247639;REFB=0;REVB=0.0175807;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65492e-05;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr20 31587793 . A G 996.38 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9785;QD=58.6108;RBI=0.0178438;REFB=0;REVB=-0.0156779;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447012;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:34:34:0:0 chr20 31622083 . G A 1885.48 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000871372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.119;QD=61.3164;RBI=0.0133256;REFB=0;REVB=-0.0132971;RO=0;SAF=51;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298938;OID=.;OPOS=31622083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:71:51:0:0:71:52:0:0 chr20 31627291 . A G 1786.24 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.003;QD=61.068;RBI=0.0148245;REFB=0;REVB=0.00561994;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34058e-05;OID=.;OPOS=31627291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:117:0:0:113:117:1:53:60:0:0:55:62:0:0 chr20 31652292 . G A 3113.15 PASS AF=0.98995;AO=193;DP=195;FAO=197;FDP=199;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0706309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0895;QD=62.5759;RBI=0.0739854;REFB=-0.0576458;REVB=0.0220253;RO=1;SAF=79;SAR=114;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041593;STB=0.500866;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.000336206;OID=.;OPOS=31652292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:195:199:1:2:193:197:0.98995:114:79:0:1:115:82:1:1 chr20 31656632 . C G 4645.73 PASS AF=1;AO=300;DP=302;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000178892;FXX=0.00990066;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.129;QD=61.9431;RBI=0.0305019;REFB=-0.0203477;REVB=0.0305014;RO=2;SAF=152;SAR=148;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.42188e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45559e-05;OID=.;OPOS=31656632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:302:300:2:0:300:300:1:148:152:1:1:148:152:0:0 chr20 31673846 . A G 3157.01 PASS AF=1;AO=194;DP=196;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381128;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6415;QD=63.4575;RBI=0.0388481;REFB=0;REVB=0.00752243;RO=0;SAF=89;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637327;OID=.;OPOS=31673846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:199:0:0:194:199:1:105:89:0:0:106:93:0:0 chr20 31676804 . A C 2306.44 PASS AF=0.974843;AO=155;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=75;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0142924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6245;QD=58.0236;RBI=0.0271864;REFB=0.00798695;REVB=-0.0231263;RO=4;SAF=80;SAR=75;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231884;STB=0.512194;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0010762;OID=.;OPOS=31676804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:159:159:4:4:155:155:0.974843:75:80:4:0:75:80:4:0 chr20 31812923 . G A 3097.22 PASS AF=0.994898;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=113;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0372922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.023;QD=63.2086;RBI=0.0385615;REFB=-0.0494305;REVB=-0.00981208;RO=0;SAF=113;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502202;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=2.04092e-05;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:196:0:1:195:195:0.994898:82:113:0:0:82:113:1:0 chr20 31897554 . G C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.078;QD=57.2366;RBI=0.0132877;REFB=0;REVB=0.0131329;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47863e-05;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr20 31981849 . T C 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0123929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.218;QD=14.0971;RBI=0.020913;REFB=0.00038116;REVB=-0.0168454;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061658;STB=0.536026;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.000580475;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:10:8:5:8:10:8 chr20 32212690 . C T 430.75 PASS AF=0.348387;AO=53;DP=156;FAO=54;FDP=155;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=2.20797e-05;FXX=0.0189861;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.531;QD=11.1162;RBI=0.0157258;REFB=-0.0087293;REVB=-0.0157258;RO=93;SAF=30;SAR=23;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441914;STB=0.538986;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0138968;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:93:101:53:54:0.348387:23:30:49:44:23:31:52:49 chr20 32248163 . C T 2082.43 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.871;QD=62.6294;RBI=0.0111318;REFB=0;REVB=0.00871733;RO=0;SAF=76;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86681e-05;OID=.;OPOS=32248163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:57:76:0:0:57:76:0:0 chr20 32295541 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.795;QD=47.8223;RBI=0.0257781;REFB=0;REVB=0.0256569;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205736;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr20 32319801 . T TGTG 812.14 PASS AF=0.464088;AO=82;DP=185;FAO=84;FDP=181;FR=.;FRO=97;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=64;FWDB=-0.0243624;FXX=0.0320838;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.614;QD=17.9477;RBI=0.0311928;REFB=-0.0275288;REVB=-0.0194799;RO=97;SAF=41;SAR=41;SRF=34;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14644;STB=0.585616;STBP=0.033;TYPE=ins;VARB=0.0356417;OID=.;OPOS=32319802;OREF=-;OALT=GTG;OMAPALT=TGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464088:82:185:84:181:97:42:42:33:64:99:97:41:41:34:63 chr20 32340988 . A G 183.67 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0428605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.467;QD=11.8494;RBI=0.042867;REFB=-0.00285776;REVB=-0.000745168;RO=39;SAF=15;SAR=8;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490382;STB=0.528278;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00372366;OID=.;OPOS=32340988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:8:15:27:12:8:15:27:12 chr20 32379263 . T C 1237.76 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751367;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.758;QD=60.3785;RBI=0.131138;REFB=0;REVB=0.130923;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004442;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:77:82:1:34:43:0:0:39:43:0:0 chr20 32664864 . C CCAG 1359.18 PASS AF=1;AO=83;DP=166;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491833;FXX=0.226067;HRUN=2;LEN=3;MLLD=208.688;QD=61.0867;RBI=0.049591;REFB=0;REVB=0.00634569;RO=82;SAF=55;SAR=28;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208582;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000122522;OID=.;OPOS=32664865;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:166:89:89:0:59:30:0:0:7:82:55:28:36:46 chr20 32664866 . G A 722.87 PASS AF=0.461078;AO=77;DP=167;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=60;FSRR=30;FWDB=0.0393873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.112;QD=17.3143;RBI=0.0402517;REFB=-0.0244604;REVB=0.00829692;RO=89;SAF=32;SAR=45;SRF=60;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246318;STB=0.632994;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0193833;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:89:90:77:77:0.461078:45:32:60:29:45:32:60:30 chr20 32664880 . T C 65.79 PASS AF=0.123967;AO=15;DP=121;FAO=15;FDP=121;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=72;FSRR=34;FWDB=-0.0195267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3306;QD=2.17493;RBI=0.0248163;REFB=-0.0121775;REVB=-0.0153151;RO=106;SAF=5;SAR=10;SRF=72;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409349;STB=0.777464;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0473105;OID=.;OPOS=32664880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:121:121:106:106:15:15:0.123967:10:5:72:34:10:5:72:34 chr20 32972053 . TGCA T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040915;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=358.948;QD=59.0187;RBI=0.0428206;REFB=0;REVB=0.0126318;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00010591;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:34:34:34:0:15:19:0:0:4:0:15:19:0:0 chr20 33000354 . T C 524.18 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=133;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0255815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.307;QD=15.7647;RBI=0.0554417;REFB=-0.00392947;REVB=0.0491871;RO=76;SAF=26;SAR=31;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180003;STB=0.510081;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00606144;OID=.;OPOS=33000354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:76:76:57:57:0.428571:31:26:36:40:31:26:36:40 chr20 33098083 . G A 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0109994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.394;QD=13.7412;RBI=0.0115813;REFB=-0.00644188;REVB=-0.003625;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058837;STB=0.503353;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00918437;OID=.;OPOS=33098083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:15:14:21:22:15:14:21:22 chr20 33104592 . G C 879.56 PASS AF=0.483696;AO=89;DP=184;FAO=89;FDP=184;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=63;FWDB=0.0291531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.715;QD=19.1209;RBI=0.0407176;REFB=0.0216164;REVB=0.0284257;RO=95;SAF=44;SAR=45;SRF=32;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148145;STB=0.58148;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0217687;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:95:95:89:89:0.483696:45:44:32:63:45:44:32:63 chr20 33296605 . GC CG 39.76 PASS AF=0.130952;AO=14;DP=82;FAO=11;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.0320892;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=90.7841;QD=1.89322;RBI=0.107071;REFB=-0.00764664;REVB=-0.10215;RO=52;SAF=0;SAR=14;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.801903;STB=0.919528;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=0.118955;OID=.;OPOS=33296605;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:82:84:52:73:14:11:0.130952:14:0:36:16:10:1:44:29 chr20 33337751 . T C 449.61 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00543289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.8572;QD=18.9309;RBI=0.0232275;REFB=-0.00110583;REVB=0.0225832;RO=49;SAF=28;SAR=17;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991064;STB=0.501243;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00272292;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:50:45:45:0.473684:17:28:30:19:17:28:31:19 chr20 33462951 . G T 541.6 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.0401971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6381;QD=16.7939;RBI=0.045114;REFB=-0.0334724;REVB=-0.0204808;RO=71;SAF=19;SAR=39;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271633;STB=0.515155;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0409413;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:71:58:58:0.449612:39:19:25:46:39:19:25:46 chr20 33470694 . C T 717.87 PASS AF=0.447674;AO=75;DP=173;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.037927;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.678;QD=16.6947;RBI=0.0382777;REFB=0.00624189;REVB=-0.00516911;RO=96;SAF=26;SAR=49;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108158;STB=0.553669;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00679746;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:96:95:75:77:0.447674:49:26:43:53:50:27:42:53 chr20 33513579 . A AG 72.06 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=65;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0939191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.4987;QD=4.88514;RBI=0.0947789;REFB=-0.0339629;REVB=0.0127375;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00949692;STB=0.518621;STBP=0.845;TYPE=ins;VARB=0.00668135;OID=.;OPOS=33513580;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355932:20:65:21:59:38:10:11:17:21:72:43:9:11:19:24 chr20 33565480 . C T 305.34 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00597464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.264;QD=27.7586;RBI=0.00662181;REFB=-0.0194677;REVB=-0.00285517;RO=13;SAF=6;SAR=18;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39458;STB=0.732059;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0135751;OID=.;OPOS=33565480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:16:24:25:0.568182:18:6:11:2:19:6:13:3 chr20 33572941 . A G 231.62 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0201607;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.612;QD=16.5442;RBI=0.0623911;REFB=-0.00234443;REVB=-0.059044;RO=24;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288315;STB=0.5272;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0032805;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:30:26:26:0.464286:16:10:10:14:16:10:13:17 chr20 33578899 . T C 843.2 PASS AF=0.508982;AO=85;DP=167;FAO=85;FDP=167;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0109329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.617;QD=20.1964;RBI=0.0111756;REFB=0.00921388;REVB=0.00231633;RO=82;SAF=38;SAR=47;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101742;STB=0.555887;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00992283;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:82:82:85:85:0.508982:47:38:46:36:47:38:46:36 chr20 33581955 . G A 577.27 PASS AF=0.391813;AO=67;DP=171;FAO=67;FDP=171;FR=.;FRO=104;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=0.00446183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.11;QD=13.5033;RBI=0.00781731;REFB=0.00574333;REVB=0.0064189;RO=102;SAF=31;SAR=36;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092309;STB=0.557588;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0113727;OID=.;OPOS=33581955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:102:104:67:67:0.391813:36:31:56:46:36:31:58:46 chr20 33583331 . A G 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0477;QD=57.0994;RBI=0.0564085;REFB=0;REVB=-0.0423805;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000871636;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr20 33584289 . C T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00233153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.468;QD=13.0537;RBI=0.0131883;REFB=-0.0067305;REVB=0.0129806;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524503;STB=0.530094;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0106331;OID=.;OPOS=33584289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:15:20:12:11:15:20 chr20 33586120 . G A 342.91 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00142625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.027;QD=16.1372;RBI=0.00246201;REFB=0.00428593;REVB=0.00200681;RO=48;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913595;STB=0.551345;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00546636;OID=.;OPOS=33586120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:18:19:29:19:18:19:29:19 chr20 33657126 . G A 505.2 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.072911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.471;QD=20.6202;RBI=0.0731514;REFB=-0.0284095;REVB=-0.00592599;RO=47;SAF=36;SAR=12;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101262;STB=0.564412;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0362282;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:47:49:48:49:0.5:12:36:31:16:12:37:32:17 chr20 33867754 . G C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=12;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.02193;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.889;QD=12.7914;RBI=0.0249884;REFB=-0.00674264;REVB=0.0119788;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53643;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00860248;OID=.;OPOS=33867754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:23:12:14:0.378378:4:8:12:6:5:9:16:7 chr20 33969530 . C T 246.81 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0293537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.027;QD=17.9498;RBI=0.0322552;REFB=-0.00442923;REVB=0.0133701;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814878;STB=0.545665;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00532045;OID=.;OPOS=33969530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:14:13:16:12:14:13:16:12 chr20 33971914 . C T 517.0 PASS AF=0.455285;AO=54;DP=121;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.038713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0963;QD=16.813;RBI=0.0408475;REFB=-0.00034884;REVB=0.0130316;RO=64;SAF=23;SAR=31;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879299;STB=0.545277;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00263727;OID=.;OPOS=33971914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:64:67:54:56:0.455285:31:23:33:31:33:23:33:34 chr20 33974163 . T A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0320399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.215;QD=19.1319;RBI=0.0331055;REFB=-0.0728002;REVB=-0.00833191;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00187688;OID=.;OPOS=33974163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr20 34062642 . C T 527.88 PASS AF=0.574713;AO=48;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0045228;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.988;QD=24.2705;RBI=0.0191023;REFB=-0.0121406;REVB=0.0185591;RO=34;SAF=28;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268858;STB=0.503267;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00752952;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:37:48:50:0.574713:20:28:21:13:22:28:21:16 chr20 34090519 . G A 442.15 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0368944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.08;QD=16.0781;RBI=0.0469339;REFB=-0.0444723;REVB=-0.0290103;RO=58;SAF=17;SAR=32;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171437;STB=0.601877;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.026665;OID=.;OPOS=34090519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:58:61:49:49:0.445455:32:17:30:28:32:17:32:29 chr20 34116282 . T C 242.13 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0201498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.532;QD=16.9912;RBI=0.0701815;REFB=-0.0199284;REVB=-0.0672267;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744622;STB=0.541802;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0212574;OID=.;OPOS=34116282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:12:15:19:11:12:15:19:11 chr20 34131396 . C T 701.21 PASS AF=0.511111;AO=68;DP=134;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0264603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.651;QD=20.7768;RBI=0.0266097;REFB=-0.00528377;REVB=0.0028152;RO=65;SAF=29;SAR=39;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00389833;STB=0.512393;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00562583;OID=.;OPOS=34131396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:65:66:68:69:0.511111:39:29:28:37:38:31:28:38 chr20 34144107 . T C 1433.78 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.483;QD=63.0232;RBI=0.0504861;REFB=0;REVB=0.0036945;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65515e-05;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:54:36:0:0:54:37:0:0 chr20 34147998 . A G 1225.19 PASS AF=0.489879;AO=121;DP=247;FAO=121;FDP=247;FR=.;FRO=126;FSAF=49;FSAR=72;FSRF=70;FSRR=56;FWDB=0.00579422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.713;QD=19.8412;RBI=0.0126014;REFB=-0.0064837;REVB=-0.0111902;RO=126;SAF=49;SAR=72;SRF=70;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140635;STB=0.577346;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00962003;OID=.;OPOS=34147998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:126:126:121:121:0.489879:72:49:70:56:72:49:70:56 chr20 34152782 . C T 332.14 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=0.0010649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.557;QD=13.8392;RBI=0.020084;REFB=-0.00282039;REVB=-0.0200558;RO=58;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149765;STB=0.588368;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00436534;OID=.;OPOS=34152782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:59:37:37:0.385417:22:15:16:42:22:15:16:43 chr20 34164422 . T C 1462.2 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0027313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2393;QD=56.2383;RBI=0.0130311;REFB=-0.0473427;REVB=-0.0127416;RO=2;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197576;STB=0.505829;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0055771;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:2:3:101:101:0.971154:47:54:0:2:47:54:1:2 chr20 34167382 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0321617;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.867;QD=14.3343;RBI=0.0365078;REFB=0.00244678;REVB=-0.0172756;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241623;STB=0.642535;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00309327;OID=.;OPOS=34167382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:6:4:6:3:6:4 chr20 34170035 . C G 875.08 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0114549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.758;QD=52.2436;RBI=0.0115855;REFB=-0.187652;REVB=0.00173448;RO=4;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554497;STB=0.529402;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00351649;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:67:4:4:63:63:0.940299:32:31:0:4:32:31:0:4 chr20 34170316 . C A 1607.08 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.622;QD=64.2834;RBI=0.0372585;REFB=0;REVB=0.0357948;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88824e-05;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr20 34173046 . C T 623.02 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00585099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.975;QD=20.0975;RBI=0.0123496;REFB=-0.035868;REVB=0.0108755;RO=53;SAF=29;SAR=34;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380652;STB=0.500644;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0280702;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:53:61:63:63:0.508065:34:29:22:31:34:29:28:33 chr20 34173178 . A G 511.0 PASS AF=0.538462;AO=47;DP=89;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00863243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.928;QD=22.4616;RBI=0.0123493;REFB=0.00165975;REVB=-0.00883099;RO=39;SAF=17;SAR=30;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648235;STB=0.529902;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.000750332;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:39:42:47:49:0.538462:30:17:17:22:31:18:18:24 chr20 34179907 . C T 2403.28 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1657;QD=61.23;RBI=0.0277815;REFB=0;REVB=-0.00533601;RO=1;SAF=67;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704773;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010798;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:1:0:156:157:1:89:67:1:0:89:68:0:0 chr20 34183479 . C T 587.85 PASS AF=0.484375;AO=48;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0509874;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1346;QD=18.3701;RBI=0.057645;REFB=-0.0759667;REVB=-0.0268929;RO=50;SAF=30;SAR=18;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159859;STB=0.562794;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0442998;OID=.;OPOS=34183479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:50:66:48:62:0.484375:18:30:39:11:32:30:40:26 chr20 34186953 . T C 612.94 PASS AF=0.436709;AO=69;DP=158;FAO=69;FDP=158;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=-0.0235998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9343;QD=15.5173;RBI=0.0323167;REFB=-0.0209007;REVB=-0.0220776;RO=88;SAF=41;SAR=28;SRF=57;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565334;STB=0.533991;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0214401;OID=.;OPOS=34186953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:88:89:69:69:0.436709:28:41:57:31:28:41:58:31 chr20 34187552 . C T 302.08 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0447789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.504;QD=16.1109;RBI=0.0549543;REFB=-0.00329971;REVB=0.0318563;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340277;STB=0.51734;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0071082;OID=.;OPOS=34187552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:41:33:34:0.453333:17:16:18:22:18:16:18:23 chr20 34187697 . A G 389.87 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00744777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.662;QD=29.4245;RBI=0.0714648;REFB=-0.0135995;REVB=-0.0710756;RO=17;SAF=18;SAR=18;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156285;STB=0.58486;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00398943;OID=.;OPOS=34187697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:17:36:36:0.679245:18:18:4:13:18:18:4:13 chr20 34187728 . T G 410.53 PASS AF=0.711538;AO=32;DP=47;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0123996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.75;QD=31.579;RBI=0.0432215;REFB=-0.0144013;REVB=0.0414047;RO=13;SAF=14;SAR=18;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540115;STB=0.518191;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00727649;OID=.;OPOS=34187728;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:52:13:15:32:37:0.711538:18:14:7:6:22:15:7:8 chr20 34190077 . G A 2176.21 PASS AF=0.543536;AO=206;DP=379;FAO=206;FDP=379;FR=.;FRO=173;FSAF=99;FSAR=107;FSRF=62;FSRR=111;FWDB=0.000921395;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.563;QD=22.968;RBI=0.00265972;REFB=-0.0165046;REVB=-0.00249502;RO=173;SAF=99;SAR=107;SRF=62;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103316;STB=0.556103;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0141999;OID=.;OPOS=34190077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:379:173:173:206:206:0.543536:107:99:62:111:107:99:62:111 chr20 34190970 . C T 853.76 PASS AF=0.444976;AO=93;DP=209;FAO=93;FDP=209;FR=.;FRO=116;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.00609456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6714;QD=16.3398;RBI=0.0146026;REFB=-0.0207913;REVB=0.01327;RO=116;SAF=46;SAR=47;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204778;STB=0.511372;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0416878;OID=.;OPOS=34190970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:116:116:93:93:0.444976:47:46:55:61:47:46:55:61 chr20 34194054 . T C 1432.74 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00173645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5331;QD=59.6974;RBI=0.0618892;REFB=0.0296148;REVB=-0.0618649;RO=3;SAF=48;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0089248;STB=0.50471;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00940789;OID=.;OPOS=34194054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:3:3:93:93:0.96875:45:48:2:1:45:48:2:1 chr20 34194243 . A G 520.21 PASS AF=0.536842;AO=40;DP=96;FAO=51;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=0.141713;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0216;QD=21.9036;RBI=0.149832;REFB=-0.0404191;REVB=0.0486519;RO=41;SAF=8;SAR=32;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429431;STB=0.557356;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0403998;OID=.;OPOS=34194243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:41:44:40:51:0.536842:32:8:7:34:34:17:10:34 chr20 34215234 . C CA 109.32 PASS AF=0.340659;AO=26;DP=93;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0629304;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.3977;QD=4.80529;RBI=0.214359;REFB=-0.00773035;REVB=0.204914;RO=64;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597169;STB=0.508469;STBP=0.902;TYPE=ins;VARB=0.00574887;OID=.;OPOS=34215235;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340659:26:93:31:91:60:11:20:22:38:99:64:11:15:24:40 chr20 34218673 . G C 447.73 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00899366;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.79;QD=23.5646;RBI=0.0164985;REFB=-0.0165518;REVB=-0.0138317;RO=31;SAF=25;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257689;STB=0.502511;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0122508;OID=.;OPOS=34218673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:31:33:43:43:0.565789:18:25:17:14:18:25:19:14 chr20 34219496 . T C 427.9 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0128989;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.105;QD=19.2313;RBI=0.0403271;REFB=-0.0173332;REVB=0.0382085;RO=45;SAF=15;SAR=28;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271911;STB=0.656178;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0105375;OID=.;OPOS=34219496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:45:46:43:43:0.483146:28:15:29:16:28:15:30:16 chr20 34242660 . C T 83.84 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0172488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.296;QD=12.8984;RBI=0.0278076;REFB=-0.0322438;REVB=-0.0218115;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238149;STB=0.657268;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0369318;OID=.;OPOS=34242660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:25:26:15:15:10:11:0.423077:5:5:11:4:6:5:11:4 chr20 34243017 . C T 900.28 PASS AF=0.577181;AO=80;DP=145;FAO=86;FDP=149;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.00251753;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.514;QD=24.1686;RBI=0.0154796;REFB=-0.0160647;REVB=0.0152735;RO=65;SAF=35;SAR=45;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836382;STB=0.558637;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0110034;OID=.;OPOS=34243017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:149:65:63:80:86:0.577181:45:35:22:43:47:39:20:43 chr20 34324456 . A T 420.5 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00321511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8123;QD=17.8937;RBI=0.0126466;REFB=-0.0226293;REVB=-0.012231;RO=50;SAF=19;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176545;STB=0.505008;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0310565;OID=.;OPOS=34324456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:24:19:23:27:24:19:23:28 chr20 34324484 . A C 470.77 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00172437;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.762;QD=20.2481;RBI=0.0183349;REFB=-0.0206776;REVB=0.0182536;RO=45;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108796;STB=0.504948;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0243482;OID=.;OPOS=34324484;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:45:47:46:46:0.494624:25:21:20:25:25:21:21:26 chr20 34502107 . G A 186.25 PASS AF=0.4;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0461931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4844;QD=14.9001;RBI=0.0540671;REFB=-0.0295809;REVB=0.0280972;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949934;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.035364;OID=.;OPOS=34502107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:29:30:19:20:0.4:10:9:14:15:10:10:15:15 chr20 34505413 . T G 690.66 PASS AF=0.41989;AO=75;DP=181;FAO=76;FDP=181;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=-0.0156794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.625;QD=15.2631;RBI=0.0226059;REFB=-0.0259068;REVB=0.0162845;RO=102;SAF=31;SAR=44;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008735;STB=0.501193;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0367097;OID=.;OPOS=34505413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:102:105:75:76:0.41989:44:31:43:59:44:32:44:61 chr20 34542365 . C G 2122.49 PASS AF=0.521739;AO=203;DP=390;FAO=204;FDP=391;FR=.;FRO=187;FSAF=77;FSAR=127;FSRF=73;FSRR=114;FWDB=0.00177839;FXX=0.00508893;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.835;QD=21.7135;RBI=0.00183198;REFB=-0.00438465;REVB=0.000439895;RO=150;SAF=77;SAR=126;SRF=69;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660072;STB=0.506554;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00380286;OID=.;OPOS=34542365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:391:150:187:203:204:0.521739:126:77:69:81:127:77:73:114 chr20 34596371 . C T 424.17 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0141095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.951;QD=18.645;RBI=0.0190869;REFB=-0.0115532;REVB=0.0128542;RO=48;SAF=20;SAR=23;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263174;STB=0.514661;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0122105;OID=.;OPOS=34596371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:23:20:21:27:23:20:21:27 chr20 34820647 . C T 390.39 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0159165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.861;QD=19.0433;RBI=0.040338;REFB=-0.0332578;REVB=-0.037065;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230281;STB=0.512814;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0298018;OID=.;OPOS=34820647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:19:21:21:21:19:21:21:21 chr20 35281755 . AAGGGGGT AAGGGGT,AAGGGGTG,AGGGGT 165.82 PASS AF=0,0.03125,0.59375;AO=5,2,10;DP=32;FAO=0,1,19;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=0,1,14;FSAR=0,0,5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.193926,-0.245916,0.0252121;FXX=0;HRUN=5,5,6;LEN=1,2,2;MLLD=12.6943,11.8799,23.0575;QD=20.7275;RBI=0.239666,0.380676,0.0636994;REFB=0.0486101,-0.0161416,0.0313517;REVB=0.140828,0.290585,0.0584975;RO=9;SAF=5,2,6;SAR=0,0,4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0,0.347826;SSEP=0,0,0;SSSB=0.739778,0.602534,0.128055;STB=0.5,0.98645,0.533862;STBP=1,0.52,0.666;TYPE=del,mnp,del;VARB=0,-0.129786,-0.0170618;OID=.,.,.;OPOS=35281757,35281761,35281756;OREF=G,GT,AG;OALT=-,TG,-;OMAPALT=AAGGGGT,AAGGGGTG,AGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.03125,0.59375:5,2,10:32:0,1,19:32:12:0,1,14:0,0,5:8:4:74:9:5,2,6:0,0,4:4:5 chr20 35710453 . T C 371.78 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0936718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.124;QD=17.4955;RBI=0.0938666;REFB=0.00816632;REVB=-0.00604461;RO=45;SAF=16;SAR=23;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201528;STB=0.617851;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00742965;OID=.;OPOS=35710453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:39:39:0.458824:23:16:28:17:23:16:29:17 chr20 35740794 . T C 584.3 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0291402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3927;QD=17.573;RBI=0.0348887;REFB=-0.0010426;REVB=0.0191851;RO=66;SAF=24;SAR=37;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153169;STB=0.50528;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0011003;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:66:72:61:61:0.458647:37:24:27:39:37:24:29:43 chr20 35769592 . T C 350.57 PASS AF=0.468354;AO=35;DP=80;FAO=37;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0071502;FXX=0.0124984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.5913;QD=17.7503;RBI=0.0435786;REFB=-0.0476578;REVB=-0.042988;RO=29;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207917;STB=0.576113;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0461442;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:29:42:35:37:0.468354:21:14:19:10:22:15:23:19 chr20 35769647 . G T 157.74 PASS AF=0.258427;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0161226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.8508;QD=7.08961;RBI=0.016265;REFB=-0.0163186;REVB=0.00214762;RO=58;SAF=9;SAR=14;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131799;STB=0.581531;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0176106;OID=.;OPOS=35769647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:66:23:23:0.258427:14:9:29:29:14:9:33:33 chr20 35783494 . T C 889.19 PASS AF=0.502825;AO=89;DP=177;FAO=89;FDP=177;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0126828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4271;QD=20.0947;RBI=0.0185624;REFB=-0.00708992;REVB=-0.0135539;RO=88;SAF=36;SAR=53;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464853;STB=0.525568;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00740829;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:88:88:89:89:0.502825:53:36:40:48:53:36:40:48 chr20 35807790 . G GCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT 379.72 PASS AF=0.177632,0.151316;AO=21,20;DP=183;FAO=27,23;FDP=152;FR=.;FRO=102;FSAF=9,13;FSAR=18,10;FSRF=72;FSRR=30;FWDB=0.0012499,-0.0149008;FXX=0.195757;HRUN=1,1;LEN=29,29;MLLD=602.898,566.786;QD=9.9927;RBI=0.00479478,0.0158633;REFB=-0.002986,-0.00624069;REVB=0.004629,0.00544164;RO=103;SAF=5,11;SAR=16,9;SRF=73;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.549878,-0.214257;STB=0.771255,0.620342;STBP=0.004,0.254;TYPE=ins,ins;VARB=0.00328392,0.00601684;OID=.,.;OPOS=35807791,35807791;OREF=-,-;OALT=CTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,CTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT;OMAPALT=GCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177632,0.151316:21,20:183:27,23:152:102:9,13:18,10:72:30:99:103:5,11:16,9:73:30 chr20 35865054 . C T 1651.66 PASS AF=0.9;AO=117;DP=129;FAO=117;FDP=130;FR=.;FRO=13;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0231648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9547;QD=50.8202;RBI=0.028535;REFB=-0.0264979;REVB=-0.0166625;RO=12;SAF=54;SAR=63;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946119;STB=0.55371;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0227986;OID=.;OPOS=35865054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:129:130:12:13:117:117:0.9:63:54:12:0:63:54:13:0 chr20 36030939 . G C 2562.8 PASS AF=0.994083;AO=166;DP=168;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.050354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2169;QD=60.6581;RBI=0.0794236;REFB=0.00244839;REVB=0.0614214;RO=2;SAF=76;SAR=90;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123571;STB=0.503225;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000498455;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:169:2:1:166:168:0.994083:90:76:2:0:91:77:1:0 chr20 36146148 . T C 3366.26 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00423207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.403;QD=62.3381;RBI=0.0275358;REFB=0;REVB=0.0272086;RO=0;SAF=101;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77415e-05;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:216:216:1:115:101:0:0:115:101:0:0 chr20 36146746 . A C 620.3 PASS AF=0.43125;AO=69;DP=160;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=62;FWDB=0.0129434;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.095;QD=15.5074;RBI=0.0131415;REFB=-0.0120981;REVB=-0.00227357;RO=90;SAF=33;SAR=36;SRF=28;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172;STB=0.591632;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0119354;OID=.;OPOS=36146746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:90:91:69:69:0.43125:36:33:28:62:36:33:29:62 chr20 36322576 . G A 666.19 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0383749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.661;QD=22.5827;RBI=0.0414445;REFB=-0.023565;REVB=-0.0156528;RO=52;SAF=34;SAR=31;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11216;STB=0.55678;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0275523;OID=.;OPOS=36322576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:52:53:65:65:0.550847:31:34:20:32:31:34:21:32 chr20 36603611 . A C 633.08 PASS AF=0.455172;AO=65;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0184946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.356;QD=17.4644;RBI=0.0186094;REFB=-0.0183665;REVB=-0.00206428;RO=79;SAF=27;SAR=38;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151674;STB=0.51194;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.028268;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:79:79:65:66:0.455172:38:27:34:45:39:27:34:45 chr20 36603780 . T C 371.54 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-0.0334737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.314;QD=20.0834;RBI=0.0336601;REFB=-0.0300448;REVB=-0.00353751;RO=35;SAF=16;SAR=22;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204742;STB=0.61719;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0239149;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:36:38:38:0.513514:22:16:7:28:22:16:7:29 chr20 36603807 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.032;QD=57.2376;RBI=0.0350502;REFB=0;REVB=0.00892878;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73341e-05;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr20 36615585 . G A 523.86 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0098274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.747;QD=19.9565;RBI=0.0122129;REFB=-0.000686418;REVB=-0.007251;RO=51;SAF=24;SAR=30;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469127;STB=0.525853;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000809583;OID=.;OPOS=36615585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:30:24:20:31:30:24:20:31 chr20 36668874 . G A 630.84 PASS AF=0.492308;AO=63;DP=129;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.00506972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.518;QD=19.4103;RBI=0.00506977;REFB=-0.00183934;REVB=2.22026e-05;RO=65;SAF=41;SAR=22;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109044;STB=0.514469;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00186012;OID=.;OPOS=36668874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:65:66:63:64:0.492308:22:41:43:22:23:41:44:22 chr20 36775135 . G A 666.65 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00791662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.631;QD=19.3232;RBI=0.0110317;REFB=-0.0156816;REVB=0.00768282;RO=71;SAF=24;SAR=43;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104121;STB=0.557662;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.014482;OID=.;OPOS=36775135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:71:71:67:67:0.485507:43:24:33:38:43:24:33:38 chr20 36841756 . T C 280.78 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0457787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7002;QD=28.0779;RBI=0.0617587;REFB=-0.00774448;REVB=-0.0414541;RO=15;SAF=7;SAR=18;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132405;STB=0.572506;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0114444;OID=.;OPOS=36841756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:18:7:2:13:18:7:2:13 chr20 36841914 . G A 641.38 PASS AF=0.481481;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0102633;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.445;QD=19.0039;RBI=0.0105604;REFB=-0.0047934;REVB=-0.00248726;RO=69;SAF=29;SAR=36;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293891;STB=0.505756;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0048937;OID=.;OPOS=36841914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:69:70:65:65:0.481481:36:29:31:38:36:29:32:38 chr20 36845738 . C T 819.42 PASS AF=0.522293;AO=78;DP=154;FAO=82;FDP=157;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.010591;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.616;QD=20.8769;RBI=0.0561762;REFB=-0.0241567;REVB=0.0551688;RO=75;SAF=33;SAR=45;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989528;STB=0.56338;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0236711;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:75:75:78:82:0.522293:45:33:40:35:49:33:40:35 chr20 36850940 . G C 888.59 PASS AF=0.462617;AO=93;DP=205;FAO=99;FDP=214;FR=.;FRO=115;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=63;FSRR=52;FWDB=-0.0140324;FXX=0.00465095;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.475;QD=16.6092;RBI=0.0160059;REFB=-0.0412535;REVB=-0.00769933;RO=112;SAF=57;SAR=36;SRF=64;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425648;STB=0.515288;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0357045;OID=.;OPOS=36850940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:214:112:115:93:99:0.462617:36:57:64:48:42:57:63:52 chr20 36851071 . C T 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0125889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.065;QD=16.0768;RBI=0.0133622;REFB=-0.00529776;REVB=0.00447969;RO=39;SAF=9;SAR=25;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209704;STB=0.557068;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00626131;OID=.;OPOS=36851071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:43:34:34:0.441558:25:9:11:28:25:9:15:28 chr20 36854106 . G T 456.9 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00359407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.135;QD=23.134;RBI=0.00518119;REFB=-0.00746613;REVB=0.00373194;RO=33;SAF=14;SAR=30;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211485;STB=0.605825;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00681772;OID=.;OPOS=36854106;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:33:35:44:44:0.556962:30:14:19:14:30:14:19:16 chr20 36856616 . G A 287.43 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0411103;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8838;QD=13.3689;RBI=0.0413809;REFB=-0.0129185;REVB=0.00472494;RO=52;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1629;STB=0.587026;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0216873;OID=.;OPOS=36856616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:53:33:33:0.383721:14:19:22:30:14:19:23:30 chr20 36859627 . C G 370.85 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0912929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6821;QD=13.2446;RBI=0.11491;REFB=-0.0133395;REVB=-0.0697845;RO=68;SAF=22;SAR=22;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121409;OID=.;OPOS=36859627;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:68:44:44:0.392857:22:22:34:34:22:22:34:34 chr20 36946848 . G A 443.61 PASS AF=0.462264;AO=47;DP=104;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0084415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1301;QD=16.7399;RBI=0.026804;REFB=-0.0278717;REVB=0.02544;RO=57;SAF=22;SAR=25;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12544;STB=0.557241;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.022912;OID=.;OPOS=36946848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:57:57:47:49:0.462264:25:22:34:23:25:24:34:23 chr20 36952342 . C T 921.21 PASS AF=0.511236;AO=91;DP=177;FAO=91;FDP=178;FR=.;FRO=87;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0349605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4233;QD=20.7014;RBI=0.0430035;REFB=-0.0291765;REVB=0.0250411;RO=86;SAF=54;SAR=37;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634801;STB=0.532349;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0196288;OID=.;OPOS=36952342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:86:87:91:91:0.511236:37:54:45:41:37:54:46:41 chr20 36956026 . A G 1112.25 PASS AF=0.525;AO=106;DP=199;FAO=105;FDP=200;FR=.;FRO=95;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.00801192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.757;QD=22.245;RBI=0.077859;REFB=0.00421803;REVB=-0.0774457;RO=93;SAF=45;SAR=61;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329174;STB=0.511626;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00438349;OID=.;OPOS=36956026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:93:95:106:105:0.525:61:45:43:50:60:45:43:52 chr20 36959436 . T G 700.19 PASS AF=0.468354;AO=58;DP=148;FAO=74;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.000873563;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.85;QD=17.7263;RBI=0.00561492;REFB=-0.0262531;REVB=0.00554655;RO=71;SAF=27;SAR=31;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549194;STB=0.533242;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0321139;OID=.;OPOS=36959436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:158:71:84:58:74:0.468354:31:27:37:34:45:29:38:46 chr20 36989381 . G A 2350.01 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.473;QD=63.9458;RBI=0.0360028;REFB=0;REVB=-0.0359308;RO=0;SAF=77;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94827e-05;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:70:77:0:0:70:77:0:0 chr20 37005536 . T C 3844.03 PASS AF=1;AO=235;DP=240;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430541;FXX=0.0203244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.828;QD=63.8014;RBI=0.00664441;REFB=0;REVB=-0.00506079;RO=0;SAF=99;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67837e-05;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:241:0:0:235:241:1:136:99:0:0:136:105:0:0 chr20 37062583 . T C 2258.03 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.681;QD=62.7229;RBI=0.0172539;REFB=-0.0414274;REVB=0.0126522;RO=1;SAF=71;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655893;STB=0.503448;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000134863;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:143:143:0.993056:72:71:0:1:72:71:0:1 chr20 37203813 . C T 1245.92 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5262;QD=61.5272;RBI=0.0444663;REFB=0;REVB=0.0390876;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301442;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr20 37258155 . TGGGGGGCT TGGGGGCT,TGGGGGCTG,TGGGGGGCTG,TGGGGGGGCT 165.64 PASS AF=0,0.0194986,0.172702,0.0222841;AO=54,34,57,44;DP=360;FAO=0,7,62,8;FDP=359;FR=.;FRO=282;FSAF=0,0,21,1;FSAR=0,7,41,7;FSRF=144;FSRR=138;FWDB=-0.364324,-0.202675,-0.0539072,0.357988;FXX=0.0137359;HRUN=6,6,1,6;LEN=1,3,1,1;MLLD=8.73643,18.8853,14.3766,7.30006;QD=1.84552;RBI=0.408099,0.207881,0.0758322,0.403419;REFB=0.0282328,-0.0286812,-0.066368,-0.0325593;REVB=0.183882,0.0462352,-0.0533342,-0.185989;RO=140;SAF=41,15,17,1;SAR=13,19,40,43;SRF=74;SRR=66;SSEN=0.496183,0,0,0;SSEP=0.75,0,0,0;SSSB=0.309407,-0.111682,-0.287228,-0.750861;STB=0.5,0.998569,0.64277,0.874064;STBP=1,0.003,0.009,0.047;TYPE=del,mnp,ins,ins;VARB=0.0133192,0.123486,0.110635,-0.0550195;OID=.,.,.,.;OPOS=37258156,37258161,37258164,37258156;OREF=G,GCT,-,-;OALT=-,CTG,G,G;OMAPALT=TGGGGGCT,TGGGGGCTG,TGGGGGGCTG,TGGGGGGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0194986,0.172702,0.0222841:54,34,57,44:360:0,7,62,8:359:282:0,0,21,1:0,7,41,7:144:138:99:140:41,15,17,1:13,19,40,43:74:66 chr20 37277271 . C T 246.87 PASS AF=0.490909;AO=28;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0101484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.64;QD=17.9545;RBI=0.012424;REFB=-0.0174487;REVB=0.00716689;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800724;STB=0.564468;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0223488;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:28:27:0.490909:13:15:12:15:12:15:12:16 chr20 37390174 . T C 184.9 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00574253;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.335;QD=14.5018;RBI=0.0354602;REFB=-0.0103572;REVB=0.0349921;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107591;STB=0.561739;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0136679;OID=.;OPOS=37390174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:14:16:9:12:14:16 chr20 37390255 . G GTC 707.24 PASS AF=0.496454;AO=69;DP=141;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0199925;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=349.282;QD=20.0636;RBI=0.0243897;REFB=-0.00231229;REVB=-0.0139699;RO=70;SAF=41;SAR=28;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113368;STB=0.568946;STBP=0.097;TYPE=ins;VARB=0.00224027;OID=.;OPOS=37390256;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.496454:69:141:70:141:71:42:28:33:38:99:70:41:28:33:37 chr20 37396120 . A G 372.91 PASS AF=0.421569;AO=41;DP=100;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0346303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.86;QD=14.6241;RBI=0.0402668;REFB=0.00149429;REVB=-0.0205465;RO=57;SAF=14;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143311;STB=0.571193;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.000899059;OID=.;OPOS=37396120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:57:59:41:43:0.421569:27:14:27:30:27:16:29:30 chr20 37501507 . T C 667.92 PASS AF=0.39267;AO=75;DP=192;FAO=75;FDP=191;FR=.;FRO=116;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=-0.029491;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.762;QD=13.9878;RBI=0.044266;REFB=-0.0202833;REVB=-0.0330115;RO=114;SAF=28;SAR=47;SRF=49;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634382;STB=0.53674;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0353025;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:114:116:75:75:0.39267:47:28:49:65:47:28:50:66 chr20 37534665 . C T 2827.8 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.371;QD=62.8401;RBI=0.0212109;REFB=0;REVB=0.0176119;RO=0;SAF=82;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26076e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41256e-06;OID=.;OPOS=37534665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:98:82:0:0:98:82:0:0 chr20 37547374 . G A 1419.01 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010476;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.884;QD=63.0671;RBI=0.0180919;REFB=0;REVB=0.0147502;RO=0;SAF=31;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27694e-05;OID=.;OPOS=37547374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:59:31:0:0:59:31:0:0 chr20 37555116 . G C 1541.89 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00527161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.952;QD=57.6409;RBI=0.0230564;REFB=-0.0464163;REVB=0.0224457;RO=2;SAF=49;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189733;STB=0.509998;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000370628;OID=.;OPOS=37555116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:56:49:2:0:56:49:2:0 chr20 37570725 . C T 2012.52 PASS AF=1;AO=117;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.14;QD=61.9236;RBI=0.0504162;REFB=0;REVB=0.0419001;RO=0;SAF=66;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806017;OID=.;OPOS=37570725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:117:130:1:51:66:0:0:61:69:0:0 chr20 37581437 . A G 406.91 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0418706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.427;QD=20.0941;RBI=0.0420924;REFB=0.0133157;REVB=-0.00431533;RO=40;SAF=18;SAR=23;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151961;STB=0.583866;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0120886;OID=.;OPOS=37581437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:23:18:11:29:23:18:11:29 chr20 37667182 . C T 1007.42 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.4259;QD=59.2602;RBI=0.0563725;REFB=0;REVB=-0.00771671;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175508;OID=.;OPOS=37667182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:45:23:0:0:45:23:0:0 chr20 37977945 . T C 470.99 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0238993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.365;QD=17.2842;RBI=0.0240663;REFB=-0.00704084;REVB=-0.00283019;RO=57;SAF=25;SAR=26;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841683;STB=0.550986;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0101111;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:58:51:51:0.46789:26:25:33:24:26:25:34:24 chr20 39609426 . C T 3645.41 PASS AF=0.983402;AO=235;DP=241;FAO=237;FDP=241;FR=.;FRO=4;FSAF=116;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0311644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3077;QD=60.5047;RBI=0.0639083;REFB=-0.246471;REVB=0.0557948;RO=2;SAF=116;SAR=119;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00794165;STB=0.503976;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00405154;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:241:241:2:4:235:237:0.983402:119:116:0:2:121:116:1:3 chr20 39634616 . C T 2385.14 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7738;QD=64.0307;RBI=0.0311964;REFB=0;REVB=0.0121032;RO=0;SAF=67;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24243e-05;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:147:149:1:80:67:0:0:81:68:0:0 chr20 39797465 . T C 1409.03 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.194;QD=62.6234;RBI=0.0241608;REFB=0;REVB=-0.0184778;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08456e-05;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:48:41:0:0:48:42:0:0 chr20 39807769 . G A 3424.53 PASS AF=1;AO=218;DP=220;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215939;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5056;QD=62.5485;RBI=0.0473713;REFB=0;REVB=-0.0421633;RO=0;SAF=112;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010152;OID=.;OPOS=39807769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:219:0:0:218:219:1:106:112:0:0:106:113:0:0 chr20 39986085 . A C 1289.41 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00807749;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.22;QD=60.6783;RBI=0.0221926;REFB=0.00582468;REVB=0.0206704;RO=1;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086921;STB=0.508195;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000431604;OID=.;OPOS=39986085;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:84:84:0.988235:54:30:0:1:54:30:1:0 chr20 39986540 . G A 6073.0 PASS AF=1;AO=383;DP=384;FAO=383;FDP=383;FR=.;FRO=0;FSAF=230;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889888;FXX=0.0026041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.107;QD=63.4256;RBI=0.0413482;REFB=-0.00265836;REVB=0.0403792;RO=1;SAF=230;SAR=153;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00310888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87497e-05;OID=.;OPOS=39986540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:384:383:1:0:383:383:1:153:230:0:1:153:230:0:0 chr20 39990614 . C T 2321.28 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.864;QD=61.0863;RBI=0.00861157;REFB=0;REVB=0.00695001;RO=0;SAF=70;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59429e-07;OID=.;OPOS=39990614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:152:0:0:149:152:1:79:70:0:0:82:70:0:0 chr20 40033906 . AGGGGGA AGGGGAG 49.05 PASS AF=0.111111;AO=14;DP=120;FAO=13;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=66;FWDB=-0.102072;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=105.89;QD=1.67692;RBI=0.103567;REFB=-0.00740743;REVB=0.0175315;RO=73;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.667316;STB=0.832889;STBP=0.024;TYPE=mnp;VARB=0.204186;OID=.;OPOS=40033911;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.111111:14:120:13:117:102:10:3:36:66:44:73:11:3:13:60 chr20 40701456 . G A 1677.32 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.36;QD=60.4441;RBI=0.0314329;REFB=0;REVB=-0.00769857;RO=0;SAF=34;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00609e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91877e-05;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:77:34:0:0:77:34:0:0 chr20 40702071 . G A,T 726.12 PASS AF=0.942308,0.0576923;AO=47,4;DP=52;FAO=49,3;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20,3;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271381,0.00565399;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.615,93.9773;QD=55.8552;RBI=0.0278527,0.0113018;REFB=0,0;REVB=-0.00626866,-0.00978584;RO=0;SAF=18,4;SAR=29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00317893,0.0765889;OID=.,.;OPOS=40702071,40702071;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:52:52:0:0:47,4:49,3:0.942308,0.0576923:29,0:18,4:0:0:29,0:20,3:0:0 chr20 40714479 . G A 625.92 PASS AF=0.43949;AO=67;DP=157;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.00326378;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.623;QD=15.947;RBI=0.0140842;REFB=-0.0256159;REVB=0.0137008;RO=90;SAF=25;SAR=42;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14468;STB=0.579808;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0263079;OID=.;OPOS=40714479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:90:88:67:69:0.43949:42:25:46:44:44:25:44:44 chr20 41306600 . A G 1322.85 PASS AF=0.485507;AO=134;DP=276;FAO=134;FDP=276;FR=.;FRO=142;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=70;FSRR=72;FWDB=0.00503115;FXX=0.00360998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.557;QD=19.1717;RBI=0.00699786;REFB=0.00639834;REVB=-0.0048639;RO=142;SAF=62;SAR=72;SRF=70;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028412;STB=0.515623;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00884504;OID=.;OPOS=41306600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:142:142:134:134:0.485507:72:62:70:72:72:62:70:72 chr20 41692175 . C T 467.19 PASS AF=0.395522;AO=53;DP=134;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.00515374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.701;QD=13.9461;RBI=0.01122;REFB=-0.00165121;REVB=0.00996637;RO=78;SAF=27;SAR=26;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234971;STB=0.524336;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.002867;OID=.;OPOS=41692175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:78:81:53:53:0.395522:26:27:38:40:26:27:38:43 chr20 42089511 . T C 293.73 PASS AF=0.426829;AO=26;DP=74;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00820829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.069;QD=14.3281;RBI=0.0144291;REFB=-0.0340431;REVB=0.0118669;RO=43;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496267;STB=0.545163;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0300608;OID=.;OPOS=42089511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:82:43:47:26:35:0.426829:15:11:18:25:22:13:21:26 chr20 42199708 . T G 139.83 PASS AF=0.404762;AO=10;DP=38;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0464531;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8266;QD=13.3173;RBI=0.0774808;REFB=-0.0709939;REVB=0.0620111;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365322;STB=0.599886;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0603282;OID=.;OPOS=42199708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:27:25:10:17:0.404762:4:6:17:10:9:8:16:9 chr20 42199712 . T G 83.48 PASS AF=0.25;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0084879;FXX=0.083316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7055;QD=7.58886;RBI=0.0102001;REFB=-0.0373753;REVB=0.00565667;RO=37;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715403;STB=0.590003;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0687868;OID=.;OPOS=42199712;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:48:44:37:33:11:11:0.25:5:6:18:19:5:6:14:19 chr20 42225114 . G A 354.86 PASS AF=0.407767;AO=40;DP=101;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00958035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.665;QD=13.7811;RBI=0.0165661;REFB=-0.0115693;REVB=-0.0135149;RO=60;SAF=19;SAR=21;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265705;STB=0.533964;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0156604;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:60:61:40:42:0.407767:21:19:27:33:21:21:27:34 chr20 42247576 . A G 260.58 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00467185;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.278;QD=14.2781;RBI=0.00872967;REFB=-0.00259607;REVB=-0.00737435;RO=42;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734204;STB=0.534224;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00411309;OID=.;OPOS=42247576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:43:30:30:0.410959:15:15:18:24:15:15:19:24 chr20 42310509 . T C 324.5 PASS AF=0.523077;AO=32;DP=63;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.00973343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.519;QD=19.9694;RBI=0.0109949;REFB=-0.0281843;REVB=0.00511361;RO=29;SAF=7;SAR=25;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681336;STB=0.504082;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.027606;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:29:31:32:34:0.523077:25:7:8:21:25:9:8:23 chr20 42320881 . C T 603.68 PASS AF=0.45;AO=63;DP=140;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0207199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.517;QD=17.2479;RBI=0.0218766;REFB=-0.0108541;REVB=-0.00701928;RO=75;SAF=26;SAR=37;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273547;STB=0.516274;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0165021;OID=.;OPOS=42320881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:75:77:63:63:0.45:37:26:33:42:37:26:34:43 chr20 42328639 . T C 2720.06 PASS AF=0.99435;AO=168;DP=170;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.010984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.389;QD=61.4702;RBI=0.0562979;REFB=-0.00911686;REVB=0.055216;RO=1;SAF=97;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665593;STB=0.502564;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000101736;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:177:1:1:168:176:0.99435:71:97:0:1:79:97:1:0 chr20 42331457 . A G 609.07 PASS AF=0.530435;AO=60;DP=114;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0092839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.732;QD=21.1851;RBI=0.0104299;REFB=-0.0147125;REVB=-0.00475306;RO=53;SAF=23;SAR=37;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045129;STB=0.533123;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0130023;OID=.;OPOS=42331457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:53:54:60:61:0.530435:37:23:23:30:38:23:24:30 chr20 42425127 . G A 287.53 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.0190449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8017;QD=11.5011;RBI=0.0625015;REFB=-0.0111433;REVB=0.0595293;RO=66;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758648;STB=0.543748;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0204623;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:20:14:23:43:20:14:23:43 chr20 42425178 . A G 187.92 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0296168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.06;QD=10.8937;RBI=0.029728;REFB=-0.0108191;REVB=-0.00256832;RO=45;SAF=6;SAR=18;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559599;STB=0.532682;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0165314;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:18:6:13:32:18:6:13:32 chr20 42747247 . C T 928.33 PASS AF=0.434783;AO=100;DP=230;FAO=100;FDP=230;FR=.;FRO=130;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=58;FSRR=72;FWDB=0.0145816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.849;QD=16.1448;RBI=0.0146986;REFB=-0.0122175;REVB=-0.00185036;RO=130;SAF=58;SAR=42;SRF=58;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136145;STB=0.575742;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0181403;OID=.;OPOS=42747247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:130:130:100:100:0.434783:42:58:58:72:42:58:58:72 chr20 42815190 . G A 790.08 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00423753;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.715;QD=55.4442;RBI=0.0161703;REFB=-0.102941;REVB=0.0156052;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000364546;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:57:0:1:56:56:0.982456:31:25:0:0:31:25:1:0 chr20 42825929 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.91;QD=56.9379;RBI=0.0453369;REFB=0;REVB=-0.0436101;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184435;OID=.;OPOS=42825929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr20 42826350 . A C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.633;QD=58.7817;RBI=0.00470626;REFB=0;REVB=0.00428628;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09483e-06;OID=.;OPOS=42826350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr20 42826379 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.894;QD=60.2307;RBI=0.0516195;REFB=0;REVB=0.0366724;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100344;OID=.;OPOS=42826379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr20 42939750 . T C 881.88 PASS AF=1;AO=46;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000803372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4643;QD=57.8283;RBI=0.0346019;REFB=0;REVB=-0.0345926;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205088;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:46:61:1:27:19:0:0:30:31:0:0 chr20 43059211 . A C 1407.12 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364048;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6602;QD=61.1791;RBI=0.0857709;REFB=-0.00719129;REVB=0.0776617;RO=2;SAF=34;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166259;STB=0.504347;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000471908;OID=.;OPOS=43059211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:2:1:90:91:0.98913:56:34:0:2:57:34:0:1 chr20 43080821 . G A 720.84 PASS AF=0.493056;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=53;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0469571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.764;QD=20.0234;RBI=0.0473979;REFB=-0.00125298;REVB=0.00644904;RO=73;SAF=18;SAR=53;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19865;STB=0.610285;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000811085;OID=.;OPOS=43080821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:73:73:71:71:0.493056:53:18:32:41:53:18:32:41 chr20 43089819 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00281236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8552;QD=17.5597;RBI=0.0990996;REFB=0.0338408;REVB=0.0990597;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750124;STB=0.542809;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.035405;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:10:11:8:10:10:11 chr20 43123187 . GTAA G 185.53 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00651852;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=3;MLLD=280.301;QD=17.6693;RBI=0.0138091;REFB=-0.0139975;REVB=0.0121737;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117976;STB=0.596916;STBP=0.296;TYPE=del;VARB=0.0163027;OID=.;OPOS=43123188;OREF=TAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:19:41:19:42:23:10:9:8:15:99:18:10:9:7:11 chr20 43252915 . T C 804.09 PASS AF=0.418605;AO=89;DP=214;FAO=90;FDP=215;FR=.;FRO=125;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=75;FWDB=-0.000483678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.982;QD=14.9599;RBI=0.0152938;REFB=-0.00041669;REVB=0.0152862;RO=124;SAF=47;SAR=42;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129566;STB=0.570737;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000655066;OID=.;OPOS=43252915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:124:125:89:90:0.418605:42:47:50:74:43:47:50:75 chr20 43264927 . C T 1561.03 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.444;QD=59.4677;RBI=0.00883341;REFB=0;REVB=0.000410408;RO=0;SAF=64;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01986e-05;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:102:105:1:38:64:0:0:39:66:0:0 chr20 43348735 . C A 258.44 PASS AF=0.4;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00417762;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.923;QD=13.7836;RBI=0.0145177;REFB=-0.0121597;REVB=0.0139036;RO=45;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105381;STB=0.560067;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0136995;OID=.;OPOS=43348735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:45:45:30:30:0.4:17:13:24:21:17:13:24:21 chr20 43356102 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0367234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.798;QD=16.8986;RBI=0.0369182;REFB=-0.0269731;REVB=-0.00378707;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373874;STB=0.521695;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0172923;OID=.;OPOS=43356102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:5:4:4:6:5:4 chr20 43378770 . A G 1836.39 PASS AF=0.53012;AO=169;DP=326;FAO=176;FDP=332;FR=.;FRO=156;FSAF=85;FSAR=91;FSRF=66;FSRR=90;FWDB=0.00152462;FXX=0.00300291;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.82;QD=22.1251;RBI=0.00496295;REFB=-0.0307733;REVB=0.00472296;RO=156;SAF=84;SAR=85;SRF=66;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065067;STB=0.528219;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0260872;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:332:156:156:169:176:0.53012:85:84:66:90:91:85:66:90 chr20 43379264 . ACCCC CCCCA 175.96 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=67;FAO=24;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0118029;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=94.1721;QD=9.7756;RBI=0.0126431;REFB=-0.0204127;REVB=0.00453192;RO=32;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259287;STB=0.556425;STBP=0.516;TYPE=mnp;VARB=0.0418839;OID=.;OPOS=43379264;OREF=ACCCC;OALT=CCCCA;OMAPALT=CCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:32:48:18:24:0.333333:12:6:10:22:13:11:18:30 chr20 43379454 . T C 473.99 PASS AF=0.322751;AO=58;DP=188;FAO=61;FDP=189;FR=.;FRO=128;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=56;FSRR=72;FWDB=-0.0429077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9295;QD=10.0316;RBI=0.0460314;REFB=-0.0132681;REVB=0.016668;RO=124;SAF=37;SAR=21;SRF=57;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211678;STB=0.625392;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0277954;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:124:128:58:61:0.322751:21:37:57:67:23:38:56:72 chr20 43547677 . T G 679.3 PASS AF=0.459119;AO=73;DP=159;FAO=73;FDP=159;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.00917542;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3237;QD=17.0894;RBI=0.00943321;REFB=0.00083553;REVB=0.00219027;RO=86;SAF=29;SAR=44;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215981;STB=0.511991;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.000704934;OID=.;OPOS=43547677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:86:86:73:73:0.459119:44:29:36:50:44:29:36:50 chr20 43565622 . G A 846.95 PASS AF=0.541096;AO=79;DP=146;FAO=79;FDP=146;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0282588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.165;QD=23.2041;RBI=0.0285347;REFB=-0.0246918;REVB=0.00395916;RO=66;SAF=28;SAR=51;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883318;STB=0.545543;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0193471;OID=.;OPOS=43565622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:66:67:79:79:0.541096:51:28:30:36:51:28:30:37 chr20 43566787 . A G 462.67 PASS AF=0.416;AO=51;DP=124;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0457994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.279;QD=14.8053;RBI=0.046079;REFB=-0.00846678;REVB=-0.00506854;RO=70;SAF=22;SAR=29;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417414;STB=0.541365;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0114553;OID=.;OPOS=43566787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:70:73:51:52:0.416:29:22:33:37:30:22:36:37 chr20 43629193 . C T 527.53 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.0255164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7528;QD=14.7561;RBI=0.0897223;REFB=-0.00128296;REVB=-0.0860174;RO=84;SAF=23;SAR=35;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172102;STB=0.512531;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.000805369;OID=.;OPOS=43629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:84:85:58:58:0.405594:35:23:32:52:35:23:32:53 chr20 43708297 . T G 938.12 PASS AF=0.522727;AO=92;DP=176;FAO=92;FDP=176;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.00642737;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.555;QD=21.321;RBI=0.0201898;REFB=-0.0100993;REVB=-0.0191394;RO=84;SAF=37;SAR=55;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130866;STB=0.507171;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00971715;OID=.;OPOS=43708297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:84:84:92:92:0.522727:55:37:35:49:55:37:35:49 chr20 43933021 . G T 2508.82 PASS AF=0.988235;AO=163;DP=167;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0680219;FXX=0.00584761;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.993;QD=59.031;RBI=0.0761102;REFB=-0.154112;REVB=0.0341435;RO=1;SAF=72;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520073;STB=0.500493;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000839271;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:170:1:2:163:168:0.988235:91:72:0:1:91:77:1:1 chr20 43933163 . T C 4774.79 PASS AF=1;AO=298;DP=300;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132315;FXX=0.00333322;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.677;QD=63.8768;RBI=0.0228709;REFB=0.0290626;REVB=0.0186549;RO=1;SAF=155;SAR=143;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306707;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1898e-05;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:300:299:1:0:298:299:1:143:155:1:0:143:156:0:0 chr20 43935543 . TGGGGC TGCGGG,TGGGC,TGGGG 4466.07 PASS AF=0.0576132,0,0.942387;AO=46,60,51;DP=479;FAO=28,0,458;FDP=486;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,219;FSAR=28,0,239;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092022,-0.0645959,0.671622;FXX=0.016194;HRUN=4,4,4;LEN=4,1,1;MLLD=188.521,14.5752,11.2881;QD=36.7578;RBI=0.0621747,0.463146,0.934576;REFB=0,0,0;REVB=-0.0614899,-0.458619,0.649889;RO=237;SAF=0,4,47;SAR=46,56,4;SRF=143;SRR=94;SSEN=0,0.395939,0;SSEP=0,0,0.450091;SSSB=-0.772593,-0.696445,0.536782;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0631366,0,0.030327;OID=.,.,.;OPOS=43935545,43935544,43935548;OREF=GGGC,G,C;OALT=CGGG,-,-;OMAPALT=TGCGGG,TGGGC,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0576132,0,0.942387:46,60,51:479:28,0,458:486:0:0,0,219:28,0,239:0:0:43:237:0,4,47:46,56,4:143:94 chr20 43951032 . C T 2637.0 PASS AF=0.988571;AO=172;DP=175;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00695243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4482;QD=60.2744;RBI=0.0807342;REFB=-0.0339423;REVB=0.0804343;RO=2;SAF=79;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000896265;STB=0.500499;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00470819;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:175:175:2:2:172:173:0.988571:93:79:1:1:94:79:1:1 chr20 43976991 . A G 5958.33 PASS AF=1;AO=376;DP=377;FAO=377;FDP=377;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=302;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642667;FXX=0.00264543;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.366;QD=63.2184;RBI=0.0664424;REFB=-0.121541;REVB=0.0168633;RO=1;SAF=74;SAR=302;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00640427;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171081;OID=.;OPOS=43976991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:377:377:1:0:376:377:1:302:74:1:0:302:75:0:0 chr20 43995880 . T G 2180.79 PASS AF=0.985915;AO=138;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0072035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.3;QD=61.4307;RBI=0.00732364;REFB=0.00597596;REVB=0.0013211;RO=2;SAF=59;SAR=79;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00200958;STB=0.50092;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-8.95494e-05;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:2:2:138:140:0.985915:79:59:1:1:79:61:1:1 chr20 43996454 . G T 1547.81 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7234;QD=59.5311;RBI=0.0121397;REFB=0;REVB=0.0072281;RO=0;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182012;OID=.;OPOS=43996454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:62:41:0:0:63:41:0:0 chr20 44005936 . C T 2083.63 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.072473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.681;QD=62.6655;RBI=0.0746233;REFB=0;REVB=0.0177849;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53546e-05;OID=.;OPOS=44005936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:72:61:0:0:72:61:0:0 chr20 44038574 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.941;QD=56.1904;RBI=0.0128344;REFB=0;REVB=0.00903391;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85847e-07;OID=.;OPOS=44038574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr20 44047974 . G A 332.05 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.023159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.244;QD=18.707;RBI=0.0241397;REFB=-0.0327699;REVB=-0.00681082;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370817;STB=0.520649;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0257078;OID=.;OPOS=44047974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:20:15:14:22:20:15:14:22 chr20 44054349 . T C 6338.04 PASS AF=1;AO=403;DP=403;FAO=403;FDP=403;FR=.;FRO=0;FSAF=210;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101766;FXX=0.00247519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.673;QD=62.9085;RBI=0.0246788;REFB=0;REVB=0.0246578;RO=0;SAF=210;SAR=193;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86818e-06;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:403:403:0:0:403:403:1:193:210:0:0:193:210:0:0 chr20 44141331 . A G 457.84 PASS AF=0.526882;AO=42;DP=88;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.000721662;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.338;QD=19.6921;RBI=0.0156938;REFB=-0.023312;REVB=0.0156772;RO=30;SAF=14;SAR=28;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826956;STB=0.544218;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0391288;OID=.;OPOS=44141331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:30:44:42:49:0.526882:28:14:13:17:29:20:22:22 chr20 44174423 . G A 678.67 PASS AF=0.393782;AO=75;DP=192;FAO=76;FDP=193;FR=.;FRO=117;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=-0.00356425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.293;QD=14.0657;RBI=0.00778487;REFB=0.00600705;REVB=-0.00692101;RO=116;SAF=41;SAR=34;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874491;STB=0.542036;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00766029;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:116:117:75:76:0.393782:34:41:54:62:35:41:55:62 chr20 44184498 . A G 458.78 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0130141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.62;QD=16.9918;RBI=0.0178796;REFB=-0.0090629;REVB=-0.0122604;RO=57;SAF=27;SAR=23;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1466;STB=0.576553;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0086275;OID=.;OPOS=44184498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:58:50:50:0.462963:23:27:22:35:23:27:23:35 chr20 44188489 . A C 319.31 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0165873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.301;QD=12.1643;RBI=0.0233124;REFB=0.00558151;REVB=0.0163807;RO=65;SAF=19;SAR=20;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560918;STB=0.527072;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00978624;OID=.;OPOS=44188489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:65:66:39:39:0.371429:20:19:35:30:20:19:35:31 chr20 44238741 . T G 698.32 PASS AF=0.474359;AO=74;DP=156;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0178518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.782;QD=17.9056;RBI=0.0580066;REFB=0.00502365;REVB=-0.0551913;RO=82;SAF=45;SAR=29;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09332;STB=0.551692;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00620338;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:82:82:74:74:0.474359:29:45:42:40:29:45:42:40 chr20 44238782 . A G 908.56 PASS AF=0.514286;AO=89;DP=174;FAO=90;FDP=175;FR=.;FRO=85;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0164631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.142;QD=20.767;RBI=0.0175097;REFB=-0.0322193;REVB=0.00596298;RO=85;SAF=56;SAR=33;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124073;STB=0.570059;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0301495;OID=.;OPOS=44238782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:85:85:89:90:0.514286:33:56:42:43:33:57:42:43 chr20 44314609 . A G 2605.02 PASS AF=0.994118;AO=167;DP=168;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.91;QD=61.2946;RBI=0.0631221;REFB=-0.0594394;REVB=-0.057894;RO=1;SAF=79;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598615;STB=0.503105;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000151649;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:170:1:1:167:169:0.994118:88:79:1:0:89:80:1:0 chr20 44352620 . G A 602.58 PASS AF=0.438356;AO=63;DP=145;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.00539342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.395;QD=16.5089;RBI=0.0232475;REFB=0.00613192;REVB=0.0226133;RO=82;SAF=33;SAR=30;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241186;STB=0.508777;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00942578;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:82:82:63:64:0.438356:30:33:41:41:31:33:41:41 chr20 44352696 . C T 642.8 PASS AF=0.485075;AO=65;DP=135;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0584511;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.856;QD=19.1881;RBI=0.0593948;REFB=-0.0103188;REVB=0.0105457;RO=68;SAF=33;SAR=32;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343096;STB=0.515147;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00435634;OID=.;OPOS=44352696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:68:69:65:65:0.485075:32:33:32:36:32:33:33:36 chr20 44378577 . T C 349.9 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0131681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.368;QD=17.2791;RBI=0.0144303;REFB=-0.0145016;REVB=0.00590213;RO=43;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396341;STB=0.515143;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0155846;OID=.;OPOS=44378577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:44:37:37:0.45679:20:17:18:25:20:17:19:25 chr20 44469290 . G A 102.49 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0566088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.024;QD=17.825;RBI=0.0637064;REFB=-0.045328;REVB=-0.0292224;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221878;STB=0.645157;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.017494;OID=.;OPOS=44469290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:7:5:7:3:7:5:8:3 chr20 44470676 . T C 388.41 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0226299;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.975;QD=15.0839;RBI=0.0231365;REFB=-0.0124925;REVB=0.00481519;RO=60;SAF=15;SAR=28;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056939;STB=0.516061;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0180062;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:59:43:44:0.427184:28:15:24:36:28:16:23:36 chr20 44501458 . A G 392.01 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.000103775;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.486;QD=19.1227;RBI=0.00133035;REFB=-0.0360776;REVB=-0.00132629;RO=41;SAF=21;SAR=19;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560233;STB=0.537131;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.036034;OID=.;OPOS=44501458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:19:21:19:22:19:21:19:23 chr20 44506418 . G A 557.1 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00443791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.472;QD=20.2581;RBI=0.00780847;REFB=-0.011175;REVB=-0.00642473;RO=53;SAF=22;SAR=35;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606761;STB=0.533454;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00892329;OID=.;OPOS=44506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:35:22:24:29:35:22:24:29 chr20 44512792 . CTG C 173.28 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00987962;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.56;QD=18.2396;RBI=0.010248;REFB=-0.00187313;REVB=-0.00272305;RO=22;SAF=13;SAR=4;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476765;STB=0.742594;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.00335221;OID=.;OPOS=44512793;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:17:40:18:38:20:13:5:5:15:99:22:13:4:6:16 chr20 44513289 . T C 274.56 PASS AF=0.265734;AO=38;DP=147;FAO=38;FDP=143;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=-0.0502278;FXX=0.027209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1287;QD=7.67998;RBI=0.0503837;REFB=-0.00379294;REVB=0.00396108;RO=109;SAF=26;SAR=12;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332694;STB=0.687126;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00786347;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:143:109:105:38:38:0.265734:12:26:45:64:12:26:45:60 chr20 44513357 . G A 221.82 PASS AF=0.266129;AO=30;DP=122;FAO=33;FDP=124;FR=.;FRO=91;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=-0.00924366;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.483;QD=7.1555;RBI=0.0100854;REFB=-0.00294899;REVB=-0.00403357;RO=87;SAF=11;SAR=19;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00152713;STB=0.501278;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00755535;OID=.;OPOS=44513357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:87:91:30:33:0.266129:19:11:32:55:20:13:36:55 chr20 44523547 . G A 489.56 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.037285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.968;QD=19.5824;RBI=0.0475896;REFB=-0.0250767;REVB=0.0295737;RO=52;SAF=25;SAR=23;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107372;STB=0.559539;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0233448;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:23:25:33:19:23:25:33:19 chr20 44578674 . T A 576.61 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.0158779;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8175;QD=16.593;RBI=0.0288682;REFB=-0.0165641;REVB=-0.0241094;RO=75;SAF=33;SAR=28;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127053;STB=0.571818;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0163537;OID=.;OPOS=44578674;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:75:78:61:61:0.438849:28:33:50:25:28:33:52:26 chr20 44578961 . A G 763.09 PASS AF=0.517241;AO=71;DP=140;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00401028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.416;QD=21.0508;RBI=0.00828157;REFB=-7.84018e-06;REVB=-0.00724583;RO=68;SAF=35;SAR=36;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058536;STB=0.536755;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.000127628;OID=.;OPOS=44578961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:145:68:70:71:75:0.517241:36:35:38:30:40:35:38:32 chr20 44596207 . C G 1710.21 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.534;QD=60.5386;RBI=0.0417943;REFB=0;REVB=0.0417346;RO=1;SAF=59;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80527e-05;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:113:1:0:107:113:1:48:59:1:0:51:62:0:0 chr20 44637624 . C T 1377.99 PASS AF=0.47931;AO=136;DP=268;FAO=139;FDP=290;FR=.;FRO=151;FSAF=77;FSAR=62;FSRF=82;FSRR=69;FWDB=0.0193721;FXX=0.0169486;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.112;QD=19.0067;RBI=0.0497607;REFB=-0.0227984;REVB=-0.045835;RO=131;SAF=74;SAR=62;SRF=72;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496942;STB=0.50574;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.014252;OID=.;OPOS=44637624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:290:131:151:136:139:0.47931:62:74:72:59:62:77:82:69 chr20 44640225 . A G 528.49 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.00624992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.923;QD=17.915;RBI=0.0066718;REFB=-0.0077234;REVB=0.00233482;RO=61;SAF=27;SAR=29;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116677;STB=0.568432;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00844371;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:62:56:56:0.474576:29:27:37:24:29:27:38:24 chr20 44642046 . G C 35.59 PASS AF=0.108333;AO=13;DP=119;FAO=13;FDP=120;FR=.;FRO=107;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=-0.0194593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0809;QD=1.18642;RBI=0.0949068;REFB=-0.00757074;REVB=-0.0928905;RO=105;SAF=2;SAR=11;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484745;STB=0.849911;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.222;OID=.;OPOS=44642046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:119:120:105:107:13:13:0.108333:11:2:59:46:11:2:59:48 chr20 44642406 . G C 2086.47 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000188755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3056;QD=61.8212;RBI=0.00853633;REFB=0.0178472;REVB=0.00853424;RO=1;SAF=61;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772887;STB=0.504064;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=3.70667e-05;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:73:61:1:0:73:61:1:0 chr20 44642833 . A C 1823.47 PASS AF=0.495935;AO=183;DP=369;FAO=183;FDP=369;FR=.;FRO=186;FSAF=95;FSAR=88;FSRF=113;FSRR=73;FWDB=0.0176209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.389;QD=19.7666;RBI=0.0178164;REFB=-0.0297351;REVB=-0.0026325;RO=186;SAF=95;SAR=88;SRF=113;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817827;STB=0.544773;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0270057;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:369:186:186:183:183:0.495935:88:95:113:73:88:95:113:73 chr20 44664491 . C A 529.9 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0290418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.866;QD=16.5595;RBI=0.0290577;REFB=-0.00925928;REVB=-0.000960719;RO=69;SAF=27;SAR=30;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384286;STB=0.520654;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0117154;OID=.;OPOS=44664491;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:71:57:57:0.445312:30:27:30:39:30:27:31:40 chr20 44665946 . T C 809.58 PASS AF=0.473373;AO=61;DP=162;FAO=80;FDP=169;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=75;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00454899;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.052;QD=19.1615;RBI=0.00788301;REFB=-0.0460226;REVB=-0.00643805;RO=38;SAF=33;SAR=28;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476382;STB=0.517003;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0339572;OID=.;OPOS=44665946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:169:38:75:61:80:0.473373:28:33:18:20:42:38:33:42 chr20 44671880 . C T 1168.71 PASS AF=0.460674;AO=123;DP=267;FAO=123;FDP=267;FR=.;FRO=144;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=77;FSRR=67;FWDB=0.024308;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2206;QD=17.5087;RBI=0.0371047;REFB=0.00433917;REVB=0.0280335;RO=144;SAF=50;SAR=73;SRF=77;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12619;STB=0.569775;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00504808;OID=.;OPOS=44671880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:144:144:123:123:0.460674:73:50:77:67:73:50:77:67 chr20 44676727 . T A 439.26 PASS AF=0.413223;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=50;FWDB=-0.0793145;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6822;QD=14.521;RBI=0.0793211;REFB=-0.0281631;REVB=0.00101921;RO=71;SAF=20;SAR=30;SRF=21;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116634;STB=0.565346;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0379348;OID=.;OPOS=44676727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:71:71:50:50:0.413223:30:20:21:50:30:20:21:50 chr20 44678348 . G A 2077.8 PASS AF=0.978261;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00756048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.993;QD=60.226;RBI=0.00758926;REFB=-0.100492;REVB=-0.000660273;RO=3;SAF=76;SAR=59;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00962574;STB=0.505065;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000390258;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:138:3:3:135:135:0.978261:59:76:1:2:59:76:1:2 chr20 44680412 . C T 1089.49 PASS AF=0.430657;AO=118;DP=277;FAO=118;FDP=274;FR=.;FRO=156;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=73;FSRR=83;FWDB=-0.00304553;FXX=0.014388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.386;QD=15.9049;RBI=0.0121329;REFB=-0.00672589;REVB=-0.0117445;RO=138;SAF=49;SAR=69;SRF=64;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482395;STB=0.530563;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00728847;OID=.;OPOS=44680412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:274:138:156:118:118:0.430657:69:49:64:74:69:49:73:83 chr20 44688302 . G A 742.27 PASS AF=0.510638;AO=72;DP=140;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=50;FWDB=-0.0102116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.163;QD=21.0572;RBI=0.0102914;REFB=-0.00719414;REVB=-0.00127911;RO=58;SAF=29;SAR=43;SRF=16;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110516;STB=0.56646;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00618645;OID=.;OPOS=44688302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:58:69:72:72:0.510638:43:29:16:42:43:29:19:50 chr20 44688665 . G A 1144.82 PASS AF=0.451613;AO=97;DP=253;FAO=126;FDP=279;FR=.;FRO=153;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=0.0465145;FXX=0.00711718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4975;QD=16.4132;RBI=0.0488231;REFB=-0.0499222;REVB=0.0148357;RO=154;SAF=40;SAR=57;SRF=71;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540869;STB=0.537898;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0760362;OID=.;OPOS=44688665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:279:154:153:97:126:0.451613:57:40:71:83:76:50:71:82 chr20 44688730 . G A 2868.3 PASS AF=0.994565;AO=182;DP=186;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00359178;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4139;QD=62.3543;RBI=0.0181726;REFB=-0.0681445;REVB=0.0178141;RO=0;SAF=84;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1362e-08;STB=0.502924;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000234907;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:184:0:1:182:183:0.994565:98:84:0:0:98:85:1:0 chr20 44746982 . T C 433.23 PASS AF=0.448598;AO=46;DP=105;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.0321814;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.962;QD=16.1956;RBI=0.0370535;REFB=-0.0301157;REVB=0.0183663;RO=59;SAF=26;SAR=20;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272897;STB=0.637494;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0405124;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:59:59:46:48:0.448598:20:26:17:42:22:26:17:42 chr20 44806628 . G A 987.52 PASS AF=0.542857;AO=95;DP=169;FAO=95;FDP=175;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.00111171;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.289;QD=22.572;RBI=0.0279925;REFB=-0.0285506;REVB=0.0279704;RO=74;SAF=37;SAR=58;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359694;STB=0.522845;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0215663;OID=.;OPOS=44806628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:175:74:80:95:95:0.542857:58:37:32:42:58:37:35:45 chr20 44994696 . A G 824.8 PASS AF=0.441176;AO=90;DP=204;FAO=90;FDP=204;FR=.;FRO=114;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=0.00263896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.157;QD=16.1726;RBI=0.016027;REFB=0.00242535;REVB=-0.0158082;RO=114;SAF=46;SAR=44;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552087;STB=0.530685;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00324859;OID=.;OPOS=44994696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:114:114:90:90:0.441176:44:46:52:62:44:46:52:62 chr20 44996182 . A G 688.72 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.656;QD=62.6105;RBI=0.114709;REFB=0;REVB=-0.00817961;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276989;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:24:20:0:0 chr20 44999028 . T C 446.12 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.033335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9454;QD=20.7498;RBI=0.0397345;REFB=-0.0393806;REVB=-0.0216243;RO=36;SAF=28;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226415;STB=0.603401;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0293847;OID=.;OPOS=44999028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:42:44:44:0.511628:16:28:13:23:16:28:18:24 chr20 45021740 . T C 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0321957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.161;QD=13.7412;RBI=0.0343266;REFB=-0.00752944;REVB=-0.011906;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429721;STB=0.524479;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0139728;OID=.;OPOS=45021740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:15:14:19:24:15:14:19:24 chr20 45085437 . C CTTT 556.82 PASS AF=0.368132;AO=60;DP=193;FAO=67;FDP=182;FR=.;FRO=115;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=70;FWDB=-0.00137619;FXX=0.042103;HRUN=0;LEN=3;MLLD=263.718;QD=12.2378;RBI=0.00890391;REFB=-0.00250718;REVB=-0.00879692;RO=119;SAF=33;SAR=27;SRF=47;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177991;STB=0.573231;STBP=0.149;TYPE=ins;VARB=0.00340075;OID=.;OPOS=45085438;OREF=-;OALT=TTT;OMAPALT=CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368132:60:193:67:182:115:34:33:45:70:99:119:33:27:47:72 chr20 45131618 . A G 372.54 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.013132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.947;QD=15.2056;RBI=0.0135814;REFB=-0.00864199;REVB=0.00346466;RO=56;SAF=14;SAR=26;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105281;STB=0.571852;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0135618;OID=.;OPOS=45131618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:56:58:40:40:0.408163:26:14:25:31:26:14:27:31 chr20 45170213 . A G 456.78 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0229632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8786;QD=16.7627;RBI=0.0456978;REFB=-0.00567569;REVB=-0.0395092;RO=58;SAF=26;SAR=24;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139905;STB=0.50294;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0059248;OID=.;OPOS=45170213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:59:50:50:0.458716:24:26:31:27:24:26:31:28 chr20 45174026 . A C 809.82 PASS AF=0.5125;AO=82;DP=160;FAO=82;FDP=160;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00400169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.391;QD=20.2455;RBI=0.0165067;REFB=-0.00112172;REVB=-0.0160143;RO=78;SAF=40;SAR=42;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335687;STB=0.518435;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00112891;OID=.;OPOS=45174026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:78:78:82:82:0.5125:42:40:41:37:42:40:41:37 chr20 45194904 . C G 1808.59 PASS AF=0.433628;AO=196;DP=451;FAO=196;FDP=452;FR=.;FRO=256;FSAF=77;FSAR=119;FSRF=114;FSRR=142;FWDB=-0.00981661;FXX=0.00440519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.211;QD=16.0052;RBI=0.0100437;REFB=-0.00518127;REVB=-0.00212374;RO=255;SAF=77;SAR=119;SRF=114;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570979;STB=0.530726;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0076734;OID=.;OPOS=45194904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:452:255:256:196:196:0.433628:119:77:114:141:119:77:114:142 chr20 45242269 . G C 1240.6 PASS AF=0.477778;AO=126;DP=269;FAO=129;FDP=270;FR=.;FRO=141;FSAF=45;FSAR=84;FSRF=55;FSRR=86;FWDB=0.00689095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.689;QD=18.3792;RBI=0.0190062;REFB=-0.00671832;REVB=0.017713;RO=141;SAF=44;SAR=82;SRF=55;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042396;STB=0.523361;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00991383;OID=.;OPOS=45242269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:270:141:141:126:129:0.477778:82:44:55:86:84:45:55:86 chr20 45717954 . C T 2381.87 PASS AF=0.993671;AO=156;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0363459;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.992;QD=60.3005;RBI=0.0675669;REFB=0.01982;REVB=0.0569584;RO=0;SAF=82;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47681e-08;STB=0.502994;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=3.85388e-05;OID=.;OPOS=45717954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:0:1:156:157:0.993671:74:82:0:0:74:83:1:0 chr20 45817255 . A C 2290.52 PASS AF=0.979866;AO=145;DP=148;FAO=146;FDP=149;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00526065;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7279;QD=61.4904;RBI=0.00762132;REFB=0.0305632;REVB=-0.00551453;RO=3;SAF=61;SAR=84;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228095;STB=0.511998;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.000457806;OID=.;OPOS=45817255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:148:149:3:3:145:146:0.979866:84:61:3:0:85:61:3:0 chr20 45839070 . T A 30.56 PASS AF=0.25;AO=4;DP=18;FAO=5;FDP=20;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0327074;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=157.718;QD=6.11297;RBI=0.0364104;REFB=-0.00924288;REVB=-0.0159983;RO=14;SAF=4;SAR=0;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60469;STB=0.571122;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0164481;OID=.;OPOS=45839070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:18:20:14:15:4:5:0.25:0:4:11:3:1:4:11:4 chr20 45839078 . C T 116.49 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.322;QD=42.359;RBI=0.129563;REFB=0;REVB=0.0583658;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089714;OID=.;OPOS=45839078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:3:8:0:0 chr20 45853037 . A G 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0282525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.306;QD=20.4487;RBI=0.0308613;REFB=-0.0031547;REVB=-0.0124184;RO=43;SAF=20;SAR=24;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961851;STB=0.553168;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00246746;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:24:20:15:28:24:20:15:28 chr20 45867343 . T A 31.37 PASS AF=0.0909091;AO=11;DP=87;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=66;FWDB=-0.0660506;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.8945;QD=1.42583;RBI=0.0660667;REFB=0.000962846;REVB=-0.00145911;RO=70;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.642186;STB=0.910148;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0233848;OID=.;OPOS=45867343;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:88:70:80:11:8:0.0909091:3:8:11:59:2:6:14:66 chr20 45976741 . A G 399.0 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0275669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5036;QD=18.345;RBI=0.0803727;REFB=-0.00381026;REVB=-0.0754973;RO=45;SAF=24;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497887;STB=0.53423;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00271832;OID=.;OPOS=45976741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:46:41:41:0.471264:17:24:24:21:17:24:24:22 chr20 46279814 . TGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAA TGCAGCAGCAGCAA,TGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAG 192.47 PASS AF=0.307692,0.0615385;AO=9,13;DP=72;FAO=20,4;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=15,1;FSAR=5,3;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00843053,-0.00814699;FXX=0.0972087;HRUN=1,1;LEN=9,10;MLLD=289.566,275.153;QD=11.8445;RBI=0.0118827,0.0402474;REFB=-0.0376838,-0.0355489;REVB=0.008374,-0.0394142;RO=36;SAF=4,10;SAR=5,3;SRF=28;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.408309,-0.014514;STB=0.516113,0.86783;STBP=0.882,0.309;TYPE=del,mnp;VARB=0.0925714,0.0841231;OID=.,.;OPOS=46279815,46279827;OREF=GCAGCAGCA,GCAGCAGCAA;OALT=-,ACAGCAGCAG;OMAPALT=TGCAGCAGCAGCAA,TGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692,0.0615385:9,13:72:20,4:65:41:15,1:5,3:30:11:61:36:4,10:5,3:28:8 chr20 46283490 . TGGGG TGGG,TGGGA 36.26 PASS AF=0.108911,0.049505;AO=18,5;DP=102;FAO=11,5;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=2,2;FSAR=9,3;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.0113437,0.048635;FXX=0.0194156;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.9927,20.4325;QD=1.43607;RBI=0.115495,0.0568714;REFB=-0.0175811,-0.00596474;REVB=-0.114937,-0.0294787;RO=65;SAF=1,2;SAR=17,3;SRF=38;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.690508,-0.189448;STB=0.784441,0.57816;STBP=0.058,0.746;TYPE=del,snp;VARB=-0.0973523,-0.0675102;OID=.,.;OPOS=46283491,46283494;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108911,0.049505:18,5:102:11,5:101:85:2,2:9,3:41:44:16:65:1,2:17,3:38:27 chr20 46284869 . CTTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTT,CTTTTTTTTT 434.42 PASS AF=0.186047,0.627907,0.186047;AO=2,17,6;DP=52;FAO=8,27,8;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8,27,8;FSAR=0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136701,-0.100871,-0.126025;FXX=0.188644;HRUN=17,17,17;LEN=1,5,4;MLLD=25.4639,11.3704,10.0775;QD=40.4115;RBI=0.136701,0.100871,0.126025;REFB=0,0,0;REVB=3.25873e-05,3.87775e-06,3.10222e-06;RO=0;SAF=2,17,6;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0155681,0.0480951,-0.0213312;OID=.,.,.;OPOS=46284882,46284870,46284870;OREF=T,TTTTT,TTTT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTT,CTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.186047,0.627907,0.186047:2,17,6:52:8,27,8:43:0:8,27,8:0,0,0:0:0:35:0:2,17,6:0,0,0:0:0 chr20 46365571 . A G 4967.41 PASS AF=1;AO=313;DP=313;FAO=316;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=218;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.502;QD=62.8786;RBI=0.026681;REFB=0;REVB=0.0199053;RO=0;SAF=95;SAR=218;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10442e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37773e-07;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:313:316:0:0:313:316:1:218:95:0:0:218:98:0:0 chr20 47241618 . A G 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00219949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.281;QD=15.643;RBI=0.0331573;REFB=-0.00373644;REVB=0.0330843;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251202;STB=0.658535;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00345271;OID=.;OPOS=47241618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:29:20:20:0.408163:9:11:8:19:9:11:8:21 chr20 47244417 . C T 3440.51 PASS AF=0.506726;AO=339;DP=669;FAO=339;FDP=669;FR=.;FRO=330;FSAF=159;FSAR=180;FSRF=139;FSRR=191;FWDB=0.00095912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.525;QD=20.5711;RBI=0.00668899;REFB=-0.0106326;REVB=-0.00661987;RO=328;SAF=159;SAR=180;SRF=139;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410428;STB=0.523745;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00910018;OID=.;OPOS=47244417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:669:669:328:330:339:339:0.506726:180:159:139:189:180:159:139:191 chr20 47244450 . G A 3430.51 PASS AF=0.507508;AO=338;DP=666;FAO=338;FDP=666;FR=.;FRO=328;FSAF=152;FSAR=186;FSRF=151;FSRR=177;FWDB=0.0595134;FXX=0.00149923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2669;QD=20.6037;RBI=0.0798137;REFB=0.00515143;REVB=0.0531826;RO=324;SAF=152;SAR=186;SRF=148;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00641502;STB=0.505299;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00321603;OID=.;OPOS=47244450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:666:666:324:328:338:338:0.507508:186:152:148:176:186:152:151:177 chr20 47246077 . C G 1273.25 PASS AF=0.472924;AO=131;DP=277;FAO=131;FDP=277;FR=.;FRO=146;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=49;FSRR=97;FWDB=0.0299331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1592;QD=18.3863;RBI=0.0309005;REFB=-0.0185127;REVB=0.00767165;RO=145;SAF=65;SAR=66;SRF=48;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158139;STB=0.584733;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0209477;OID=.;OPOS=47246077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:145:146:131:131:0.472924:66:65:48:97:66:65:49:97 chr20 47246127 . G A 1251.77 PASS AF=0.506224;AO=119;DP=240;FAO=122;FDP=241;FR=.;FRO=119;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=45;FSRR=74;FWDB=0.0182794;FXX=0.00823011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.281;QD=20.7763;RBI=0.0183226;REFB=-0.00895206;REVB=0.00125741;RO=121;SAF=49;SAR=70;SRF=47;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222116;STB=0.524439;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00904061;OID=.;OPOS=47246127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:121:119:119:122:0.506224:70:49:47:74:70:52:45:74 chr20 47249116 . G A 948.17 PASS AF=0.379791;AO=109;DP=288;FAO=109;FDP=287;FR=.;FRO=178;FSAF=66;FSAR=43;FSRF=100;FSRR=78;FWDB=0.0413125;FXX=0.00692018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.073;QD=13.2149;RBI=0.0439197;REFB=-0.0200253;REVB=-0.0149068;RO=178;SAF=66;SAR=43;SRF=99;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559905;STB=0.52803;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0305804;OID=.;OPOS=47249116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:287:178:178:109:109:0.379791:43:66:99:79:43:66:100:78 chr20 47249170 . G A 876.27 PASS AF=0.353535;AO=105;DP=297;FAO=105;FDP=297;FR=.;FRO=192;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=106;FSRR=86;FWDB=0.0139542;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.774;QD=11.8016;RBI=0.0457839;REFB=-0.000794901;REVB=0.0436056;RO=190;SAF=59;SAR=46;SRF=105;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106654;STB=0.506437;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00156083;OID=.;OPOS=47249170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:190:192:105:105:0.353535:46:59:105:85:46:59:106:86 chr20 47253150 . T C 4114.08 PASS AF=0.992509;AO=265;DP=267;FAO=265;FDP=267;FR=.;FRO=2;FSAF=105;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0254578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.095;QD=61.6342;RBI=0.0288392;REFB=-0.104023;REVB=0.01355;RO=2;SAF=105;SAR=160;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592207;STB=0.503105;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000147155;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:267:267:2:2:265:265:0.992509:160:105:0:2:160:105:0:2 chr20 47256335 . G A 989.18 PASS AF=0.5;AO=100;DP=201;FAO=100;FDP=200;FR=.;FRO=100;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.0139752;FXX=0.00497488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.983;QD=19.7836;RBI=0.0241296;REFB=-0.00131324;REVB=-0.0196706;RO=100;SAF=53;SAR=47;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455171;STB=0.52501;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00127047;OID=.;OPOS=47256335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:100:100:100:100:0.5:47:53:48:52:47:53:48:52 chr20 47258761 . G A 931.06 PASS AF=0.376307;AO=108;DP=287;FAO=108;FDP=287;FR=.;FRO=179;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=81;FSRR=98;FWDB=0.00809412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6863;QD=12.9764;RBI=0.0317439;REFB=0.00488844;REVB=-0.0306946;RO=178;SAF=45;SAR=63;SRF=81;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043192;STB=0.522817;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00986471;OID=.;OPOS=47258761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:178:179:108:108:0.376307:63:45:81:97:63:45:81:98 chr20 47261017 . T C 383.36 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0117022;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.78;QD=13.5703;RBI=0.0159638;REFB=-0.000892221;REVB=-0.0108582;RO=69;SAF=24;SAR=21;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588289;STB=0.537719;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00129943;OID=.;OPOS=47261017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:69:68:45:45:0.39823:21:24:33:36:21:24:32:36 chr20 47262549 . C T 150.99 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0131671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.583;QD=10.0659;RBI=0.0143944;REFB=-0.0051534;REVB=0.00581599;RO=40;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028338;STB=0.51665;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00783715;OID=.;OPOS=47262549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:10:10:21:19:10:10:21:19 chr20 47307618 . G A 923.45 PASS AF=0.40856;AO=104;DP=257;FAO=105;FDP=257;FR=.;FRO=152;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=0.0164234;FXX=0.00772171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.349;QD=14.3728;RBI=0.0338471;REFB=-0.0162851;REVB=0.0295956;RO=151;SAF=61;SAR=43;SRF=78;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751577;STB=0.540626;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0205445;OID=.;OPOS=47307618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:151:152:104:105:0.40856:43:61:78:73:44:61:78:74 chr20 47775441 . A AAAATAAAT,AAATAAAT,T 138.41 PASS AF=0.636364,0,0;AO=10,4,4;DP=30;FAO=14,0,0;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=10,0,0;FSAR=4,0,0;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0289158,-0.031668,-0.0325986;FXX=0.214209;HRUN=5,5,5;LEN=8,7,1;MLLD=171.397,169.498,99.9326;QD=25.166;RBI=0.0366402,0.0380403,0.0473227;REFB=-0.00216005,0.00331161,0.0105298;REVB=0.0225029,0.0210761,-0.034304;RO=9;SAF=7,3,4;SAR=3,1,0;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.20428,-0.233048,0.622057;STB=0.576171,0.5,0.5;STBP=0.486,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.00646389,-0.0102808,0;OID=.,.,.;OPOS=47775442,47775442,47775441;OREF=-,-,A;OALT=AAATAAAT,AATAAAT,T;OMAPALT=AAAATAAAT,AAATAAAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:22:9:8:10,4,4:14,0,0:0.636364,0,0:3,1,0:7,3,4:8:1:4,0,0:10,0,0:7:1 chr20 47775474 . A AC 717.05 PASS AF=0.976331;AO=90;DP=170;FAO=165;FDP=169;FR=.;FRO=4;FSAF=109;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.186874;FXX=0.0231201;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.46269;QD=16.9715;RBI=0.236808;REFB=0.0667223;REVB=0.145452;RO=58;SAF=58;SAR=32;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320003;STB=0.502363;STBP=0.683;TYPE=ins;VARB=0.0345241;OID=.;OPOS=47775475;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.976331:90:170:165:169:4:109:56:3:1:3:58:58:32:35:23 chr20 47850182 . C T 1905.77 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9279;QD=61.4765;RBI=0.0374977;REFB=0;REVB=-0.0226147;RO=0;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243457;OID=.;OPOS=47850182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:62:61:0:0:62:62:0:0 chr20 47859217 . G A 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.851;QD=62.6142;RBI=0.0241054;REFB=0;REVB=0.0240119;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39899e-05;OID=.;OPOS=47859217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr20 47862450 . T C 958.96 PASS AF=0.909091;AO=70;DP=77;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0162754;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7647;QD=49.8162;RBI=0.0178632;REFB=-0.0930753;REVB=0.00736254;RO=3;SAF=28;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00539668;STB=0.516124;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0157986;OID=.;OPOS=47862450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:77:77:3:7:70:70:0.909091:42:28:1:2:42:28:4:3 chr20 47865372 . G A 1917.04 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.067;QD=60.8584;RBI=0.0268382;REFB=-0.0702103;REVB=0.00420013;RO=1;SAF=47;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100011;STB=0.505154;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00039093;OID=.;OPOS=47865372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:126:1:1:124:125:0.992063:77:47:1:0:77:48:1:0 chr20 47865509 . G A 751.17 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=62;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00240543;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.741;QD=49.2567;RBI=0.0435651;REFB=-0.0648407;REVB=0.0434987;RO=5;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462356;STB=0.524581;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00114898;OID=.;OPOS=47865509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:61:5:5:56:56:0.918033:28:28:1:4:28:28:1:4 chr20 47872377 . C G 1552.67 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253001;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.215;QD=64.0276;RBI=0.024978;REFB=0;REVB=0.0248495;RO=0;SAF=61;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54847e-05;OID=.;OPOS=47872377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:36:61:0:0:36:61:0:0 chr20 47886684 . G A 1646.59 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.066;QD=59.3367;RBI=0.0126981;REFB=-0.116789;REVB=0.0070802;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567105;OID=.;OPOS=47886684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:111:111:0:0:110:111:1:51:59:0:0:51:60:0:0 chr20 48120777 . G A 432.03 PASS AF=0.471154;AO=44;DP=100;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00856133;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0669;QD=16.6165;RBI=0.0280468;REFB=-0.0104971;REVB=0.0267081;RO=52;SAF=20;SAR=24;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191556;STB=0.610244;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0264849;OID=.;OPOS=48120777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:52:55:44:49:0.471154:24:20:34:18:29:20:34:21 chr20 48129706 . G T 522.77 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00364608;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.29;QD=16.8636;RBI=0.0142456;REFB=-0.00422228;REVB=0.0137711;RO=63;SAF=29;SAR=27;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396949;STB=0.541963;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00375645;OID=.;OPOS=48129706;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:68:56:56:0.451613:27:29:30:33:27:29:30:38 chr20 48250747 . C A 147.63 PASS AF=0.3;AO=13;DP=44;FAO=9;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0120537;FXX=0.189138;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.1;QD=19.6835;RBI=0.0158283;REFB=-0.0184984;REVB=-0.0102588;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119826;STB=0.509782;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0367334;OID=.;OPOS=48250747;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:44:30:20:14:13:9:0.3:7:6:9:11:5:4:6:8 chr20 48257149 . C T 699.69 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7439;QD=62.1949;RBI=0.0152901;REFB=0;REVB=0.0111868;RO=1;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136207;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00463634;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:44:45:1:34:10:0:1:35:10:0:0 chr20 48259034 . A G 543.14 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00119198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3898;QD=18.4115;RBI=0.00210268;REFB=-0.00708597;REVB=0.00173219;RO=61;SAF=30;SAR=27;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322201;STB=0.517851;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00827705;OID=.;OPOS=48259034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:27:30:30:31:27:30:30:31 chr20 48411429 . A T 64.71 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0140973;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.6562;QD=11.766;RBI=0.0784278;REFB=-0.0115325;REVB=0.0771504;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040409;STB=0.536003;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0261783;OID=.;OPOS=48411429;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:22:22:10:13:9:9:0.409091:5:4:4:6:5:4:5:8 chr20 48429508 . GG CC 919.32 PASS AF=0.422131;AO=91;DP=232;FAO=103;FDP=244;FR=.;FRO=141;FSAF=32;FSAR=71;FSRF=65;FSRR=76;FWDB=0.0183866;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=2;MLLD=230.665;QD=15.0708;RBI=0.0226486;REFB=-0.0117553;REVB=0.0132247;RO=141;SAF=20;SAR=71;SRF=65;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303454;STB=0.594149;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.0158295;OID=.;OPOS=48429508;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:244:141:141:91:103:0.422131:71:20:65:76:71:32:65:76 chr20 48491258 . T G 574.73 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00940787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.157;QD=23.7001;RBI=0.00998677;REFB=-0.0110201;REVB=-0.00335074;RO=44;SAF=16;SAR=37;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100138;STB=0.555142;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00861364;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:37:16:18:26:37:16:18:26 chr20 48522392 . G A 267.93 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0234744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4887;QD=13.9182;RBI=0.135948;REFB=-0.0235501;REVB=0.133906;RO=46;SAF=14;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186054;STB=0.605567;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0286869;OID=.;OPOS=48522392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:17:14:29:17:17:14:29:17 chr20 48522585 . G A 495.72 PASS AF=0.423077;AO=54;DP=129;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.00674927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.768;QD=15.2528;RBI=0.00696761;REFB=-0.011327;REVB=0.00173057;RO=75;SAF=20;SAR=34;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115478;STB=0.513412;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0166184;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:75:75:54:55:0.423077:34:20:27:48:34:21:27:48 chr20 48524827 . A G 535.59 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0185664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.166;QD=23.804;RBI=0.01894;REFB=-0.00662101;REVB=0.00374355;RO=40;SAF=26;SAR=24;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197614;STB=0.608078;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00847682;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:24:26:11:29:24:26:11:29 chr20 48569240 . TG T 504.74 PASS AF=0.409692;AO=81;DP=230;FAO=93;FDP=227;FR=.;FRO=134;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=51;FSRR=83;FWDB=-0.0202253;FXX=0.02575;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.4501;QD=8.89417;RBI=0.0498195;REFB=0.00336983;REVB=0.0455294;RO=131;SAF=29;SAR=52;SRF=50;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278845;STB=0.516443;STBP=0.706;TYPE=del;VARB=8.39888e-05;OID=.;OPOS=48569241;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409692:81:230:93:227:134:33:60:51:83:99:131:29:52:50:81 chr20 48569278 . T C 804.3 PASS AF=0.424528;AO=86;DP=209;FAO=90;FDP=212;FR=.;FRO=122;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=49;FSRR=73;FWDB=-0.0109499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.007;QD=15.1755;RBI=0.0109499;REFB=-0.0136235;REVB=-2.10753e-05;RO=121;SAF=29;SAR=57;SRF=48;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676633;STB=0.528453;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0205254;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:212:121:122:86:90:0.424528:57:29:48:73:58:32:49:73 chr20 48713049 . G A 683.0 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00947372;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.121;QD=52.5383;RBI=0.0102161;REFB=0.0456601;REVB=0.00382335;RO=2;SAF=18;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494652;STB=0.526305;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.000595326;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:32:18:2:0:32:18:2:0 chr20 48729607 . GC G 88.05 PASS AF=0.684211;AO=10;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00111963;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.9709;QD=18.5374;RBI=0.177769;REFB=-0.0858561;REVB=0.177765;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.333333;SSSB=-0.207621;STB=0.620497;STBP=0.18;TYPE=del;VARB=0.0681671;OID=.;OPOS=48729608;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211:10:19:13:19:6:4:9:4:2:23:7:3:7:4:3 chr20 48729677 . C G 3133.78 PASS AF=1;AO=196;DP=197;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330171;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.262;QD=63.9547;RBI=0.0443456;REFB=0;REVB=0.0442225;RO=0;SAF=107;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.44382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.24859e-05;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:196:0:0:196:196:1:89:107:0:0:89:107:0:0 chr20 48746189 . C T 3414.18 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.883;QD=61.7952;RBI=0.0671498;REFB=0;REVB=0.0155465;RO=0;SAF=92;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86187e-05;OID=.;OPOS=48746189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:221:0:0:217:221:1:125:92:0:0:128:93:0:0 chr20 48770159 . T C 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8383;QD=58.5816;RBI=0.0176465;REFB=0;REVB=-0.0172825;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246312;OID=.;OPOS=48770159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr20 48808011 . C G,T 202.99 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182892,0.0647704;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=12.007,114.409;QD=47.7633;RBI=0.020434,0.073875;REFB=0,0;REVB=0.0091134,0.0355289;RO=0;SAF=2,7;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.131431,-0.000465999;OID=.,.;OPOS=48808011,48808011;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:17:17:0:0:2,15:2,15:0.117647,0.882353:0,8:2,7:0:0:0,8:2,7:0:0 chr20 48809073 . GT G,TG 45.41 PASS AF=0.306452,0;AO=12,3;DP=61;FAO=19,0;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=8,0;FSAR=11,0;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00672441,-0.0252493;FXX=0.0312451;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=10.5756,18.1999;QD=2.92986;RBI=0.0742907,0.12478;REFB=-0.0577005,-0.0217155;REVB=-0.0739857,-0.122199;RO=37;SAF=5,0;SAR=7,3;SRF=23;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0.459459,0;SSSB=-0.243589,-0.574996;STB=0.60997,0.5;STBP=0.269,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.054745,0.00563302;OID=.,.;OPOS=48809074,48809073;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:61:62:37:43:12,3:19,0:0.306452,0:7,3:5,0:23:14:11,0:8,0:25:18 chr20 49214156 . A G 2230.81 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.019;QD=63.2853;RBI=0.0195698;REFB=0;REVB=-0.0166485;RO=0;SAF=71;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3772e-06;OID=.;OPOS=49214156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:141:0:0:138:141:1:67:71:0:0:69:72:0:0 chr20 49367076 . T G 2976.84 PASS AF=0.962085;AO=201;DP=211;FAO=203;FDP=211;FR=.;FRO=8;FSAF=96;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0238231;FXX=0.00471676;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.557;QD=56.433;RBI=0.0780211;REFB=-0.101508;REVB=0.074295;RO=10;SAF=94;SAR=107;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151897;STB=0.513247;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00128846;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:211:211:10:8:201:203:0.962085:107:94:3:7:107:96:1:7 chr20 49369006 . A G 2324.99 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223288;FXX=0.0135126;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6536;QD=63.6985;RBI=0.0293447;REFB=-0.0363286;REVB=0.0190404;RO=0;SAF=54;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324598;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:147:146:0:0:146:146:1:92:54:0:0:92:54:0:0 chr20 49369605 . C CCT 114.35 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=63;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0196298;FXX=0.0847314;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.193;QD=8.47041;RBI=0.041071;REFB=-0.0153118;REVB=-0.0360762;RO=52;SAF=5;SAR=2;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296071;STB=0.571338;STBP=0.506;TYPE=ins;VARB=0.0423426;OID=.;OPOS=49369606;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:7:63:16:54:38:6:10:18:20:99:52:5:2:24:28 chr20 49369613 . T TC 251.25 PASS AF=0.5625;AO=13;DP=59;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0257767;FXX=0.058812;HRUN=0;LEN=1;MLLD=162.998;QD=20.9374;RBI=0.0675617;REFB=-0.0634051;REVB=-0.0624511;RO=44;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651809;STB=0.528281;STBP=0.683;TYPE=ins;VARB=0.0376009;OID=.;OPOS=49369614;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:13:59:27:48:21:12:15:8:13:99:44:6:7:18:26 chr20 49369614 . T C 143.0 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00791089;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=119.743;QD=8.93731;RBI=0.120292;REFB=-0.0394473;REVB=-0.120032;RO=42;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192311;STB=0.626033;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0318366;OID=.;OPOS=49369614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:44:20:20:0.3125:9:11:16:26:9:11:16:28 chr20 49509184 . G A 850.91 PASS AF=0.47027;AO=87;DP=185;FAO=87;FDP=185;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=-0.00710512;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.975;QD=18.398;RBI=0.0178964;REFB=0.00697148;REVB=-0.0164256;RO=95;SAF=44;SAR=43;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303;STB=0.51925;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00675738;OID=.;OPOS=49509184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:95:98:87:87:0.47027:43:44:45:50:43:44:46:52 chr20 49576348 . A G 391.74 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0069837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9607;QD=13.5084;RBI=0.00710342;REFB=0.00105842;REVB=0.00129867;RO=69;SAF=19;SAR=27;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548382;STB=0.52717;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00142639;OID=.;OPOS=49576348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:70:46:46:0.396552:27:19:32:37:27:19:32:38 chr20 49577558 . C T 269.21 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0195542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.886;QD=16.5668;RBI=0.0237686;REFB=0.0142001;REVB=0.0135123;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041025;STB=0.523062;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0146415;OID=.;OPOS=49577558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:15:15:16:19:15:15:16:19 chr20 49620783 . G T 694.6 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=120;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0362353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.082;QD=23.1532;RBI=0.0406088;REFB=-0.00608111;REVB=-0.0183324;RO=52;SAF=30;SAR=37;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356667;STB=0.523117;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00392254;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:52:53:67:67:0.558333:37:30:21:31:37:30:21:32 chr20 49621149 . T C 136.73 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00591742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.508;QD=18.23;RBI=0.0149589;REFB=-0.0140865;REVB=-0.0137387;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174033;STB=0.59899;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0497375;OID=.;OPOS=49621149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:5:10:7:8:5:10 chr20 50092027 . T G 1044.81 PASS AF=0.473684;AO=102;DP=223;FAO=108;FDP=228;FR=.;FRO=120;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=-0.00222146;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.674;QD=18.3299;RBI=0.00265512;REFB=0.00124525;REVB=-0.00145422;RO=120;SAF=52;SAR=50;SRF=64;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023002;STB=0.522402;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00127403;OID=.;OPOS=50092027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:228:120:120:102:108:0.473684:50:52:64:56:55:53:64:56 chr20 50287736 . C T 2140.57 PASS AF=1;AO=128;DP=135;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.278;QD=58.6456;RBI=0.0851827;REFB=0;REVB=0.0847585;RO=7;SAF=82;SAR=46;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670123;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240191;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:135:146:7:0:128:146:1:46:82:0:7:61:85:0:0 chr20 50287790 . A G 1606.98 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2916;QD=64.2792;RBI=0.00989625;REFB=0;REVB=-0.00918658;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11177e-05;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr20 50407162 . T C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0435272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.464;QD=19.0581;RBI=0.0531637;REFB=0.00238019;REVB=0.0305248;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116964;STB=0.566325;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00190108;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:9:11:8:11:9:11 chr20 50407502 . A C 829.04 PASS AF=0.59375;AO=75;DP=127;FAO=76;FDP=128;FR=.;FRO=52;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00229454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.529;QD=25.9074;RBI=0.0183918;REFB=-0.0185442;REVB=-0.0182481;RO=52;SAF=45;SAR=30;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062428;STB=0.536007;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0107348;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:52:52:75:76:0.59375:30:45:27:25:30:46:27:25 chr20 50408482 . A G 1324.83 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00933252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.484;QD=60.9118;RBI=0.0157265;REFB=0.037929;REVB=0.012658;RO=1;SAF=54;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869391;STB=0.504586;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=4.9285e-05;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:32:54:1:0:32:54:1:0 chr20 50769183 . G A 511.19 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0124805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.605;QD=17.0396;RBI=0.0136838;REFB=-0.00439606;REVB=0.00561094;RO=65;SAF=19;SAR=36;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134452;STB=0.575052;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00399585;OID=.;OPOS=50769183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:36:19:31:34:36:19:31:34 chr20 50769379 . C T 1085.19 PASS AF=0.521739;AO=107;DP=206;FAO=108;FDP=207;FR=.;FRO=99;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.0157239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.764;QD=20.9699;RBI=0.0172763;REFB=-0.00140023;REVB=0.00715748;RO=99;SAF=58;SAR=49;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503241;STB=0.525;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0010761;OID=.;OPOS=50769379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:99:99:107:108:0.521739:49:58:48:51:50:58:48:51 chr20 50769549 . A G 326.12 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0150424;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.919;QD=17.1642;RBI=0.015122;REFB=-0.00193472;REVB=-0.00154937;RO=40;SAF=10;SAR=25;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721379;STB=0.535693;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00151373;OID=.;OPOS=50769549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:41:35:35:0.460526:25:10:14:26:25:10:14:27 chr20 50781709 . T C 301.71 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0738332;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.733;QD=21.5509;RBI=0.0742358;REFB=0.0121665;REVB=0.00772119;RO=25;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106162;STB=0.558892;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00672353;OID=.;OPOS=50781709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:25:31:31:0.553571:20:11:12:13:20:11:12:13 chr20 50781725 . G A 179.04 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00226441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.811;QD=12.5641;RBI=0.00433127;REFB=-0.0143909;REVB=0.0036922;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902594;STB=0.551902;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.023505;OID=.;OPOS=50781725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:12:10:13:22:12:10:13:22 chr20 50782102 . T C 251.26 PASS AF=0.313131;AO=30;DP=97;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0178437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5948;QD=10.1519;RBI=0.0353051;REFB=-0.00511505;REVB=0.030464;RO=67;SAF=11;SAR=19;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235375;STB=0.61761;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.019609;OID=.;OPOS=50782102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:67:68:30:31:0.313131:19:11:38:29:19:12:38:30 chr20 50803444 . C T 696.73 PASS AF=0.454545;AO=75;DP=165;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=30;FSRR=60;FWDB=-0.00891418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.091;QD=16.8903;RBI=0.0106131;REFB=-0.0168268;REVB=0.00575972;RO=90;SAF=25;SAR=50;SRF=30;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0244144;OID=.;OPOS=50803444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:90:90:75:75:0.454545:50:25:30:60:50:25:30:60 chr20 50803573 . G A 514.51 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0405576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.011;QD=27.4404;RBI=0.0410874;REFB=0.0231191;REVB=-0.00657678;RO=28;SAF=20;SAR=27;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148643;STB=0.58094;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00874356;OID=.;OPOS=50803573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:28:47:47:0.626667:27:20:18:10:27:20:18:10 chr20 51218359 . C T 4572.51 PASS AF=1;AO=290;DP=293;FAO=290;FDP=290;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000439634;FXX=0.0102386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.492;QD=63.0691;RBI=0.0126953;REFB=-0.0585026;REVB=0.0126877;RO=1;SAF=132;SAR=158;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00300884;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36417e-05;OID=.;OPOS=51218359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:293:290:1:0:290:290:1:158:132:0:1:158:132:0:0 chr20 51870849 . T C 2990.21 PASS AF=0.990099;AO=198;DP=202;FAO=200;FDP=202;FR=.;FRO=2;FSAF=117;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0770713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.67;QD=59.2121;RBI=0.083659;REFB=-0.185692;REVB=0.0325399;RO=3;SAF=115;SAR=83;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0025068;STB=0.505952;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00074882;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:202:202:3:2:198:200:0.990099:83:115:2:1:83:117:0:2 chr20 52105972 . C T 355.32 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0406364;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.585;QD=16.1511;RBI=0.0410852;REFB=-0.0114738;REVB=-0.00605583;RO=50;SAF=15;SAR=23;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225359;STB=0.626711;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00748815;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:50:50:38:38:0.431818:23:15:31:19:23:15:31:19 chr20 52192408 . C T 727.31 PASS AF=0.386364;AO=85;DP=220;FAO=85;FDP=220;FR=.;FRO=135;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=62;FSRR=73;FWDB=0.0762126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.988;QD=13.2238;RBI=0.0762278;REFB=-0.0165671;REVB=-0.00152184;RO=135;SAF=44;SAR=41;SRF=62;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635036;STB=0.535775;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0294901;OID=.;OPOS=52192408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:135:135:85:85:0.386364:41:44:62:73:41:44:62:73 chr20 52193368 . C T 813.6 PASS AF=0.413636;AO=91;DP=222;FAO=91;FDP=220;FR=.;FRO=129;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=0.0114117;FXX=0.0090086;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.124;QD=14.7928;RBI=0.0220479;REFB=-0.00147223;REVB=-0.0188649;RO=129;SAF=49;SAR=42;SRF=56;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109057;STB=0.560962;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00190824;OID=.;OPOS=52193368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:220:129:129:91:91:0.413636:42:49:56:73:42:49:56:73 chr20 52193660 . G A 666.89 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0169895;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.255;QD=19.191;RBI=0.0180612;REFB=0.000762648;REVB=-0.00612895;RO=70;SAF=33;SAR=34;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12574;STB=0.560989;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00123788;OID=.;OPOS=52193660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:70:72:67:67:0.482014:34:33:25:45:34:33:27:45 chr20 52193698 . G A 597.94 PASS AF=0.446043;AO=61;DP=144;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=-0.00921874;FXX=0.0479419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.127;QD=17.2068;RBI=0.0116305;REFB=-0.0121822;REVB=-0.00709108;RO=74;SAF=27;SAR=34;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923023;STB=0.533434;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0187137;OID=.;OPOS=52193698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:139:74:77:61:62:0.446043:34:27:26:48:35:27:29:48 chr20 52198340 . T A 793.88 PASS AF=0.608333;AO=73;DP=119;FAO=73;FDP=120;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0346904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.425;QD=26.4628;RBI=0.0347486;REFB=-0.0121775;REVB=0.0020098;RO=46;SAF=33;SAR=40;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111345;STB=0.564388;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00564389;OID=.;OPOS=52198340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:46:47:73:73:0.608333:40:33:28:18:40:33:29:18 chr20 52611540 . C A 527.67 PASS AF=0.863636;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0262523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5002;QD=47.9699;RBI=0.0264939;REFB=-0.0475595;REVB=0.00356983;RO=6;SAF=16;SAR=22;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229508;STB=0.512309;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.034692;OID=.;OPOS=52611540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:6:6:38:38:0.863636:22:16:2:4:22:16:2:4 chr20 52645166 . A G 1696.19 PASS AF=0.47185;AO=168;DP=367;FAO=176;FDP=373;FR=.;FRO=197;FSAF=91;FSAR=85;FSRF=97;FSRR=100;FWDB=0.0304155;FXX=0.00797851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4851;QD=18.1897;RBI=0.0385145;REFB=-0.0208362;REVB=-0.0236277;RO=197;SAF=84;SAR=84;SRF=97;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00744732;STB=0.513026;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0178586;OID=.;OPOS=52645166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:373:197:197:168:176:0.47185:84:84:97:100:85:91:97:100 chr20 52674615 . A G 1964.75 PASS AF=1;AO=103;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.606;QD=62.3729;RBI=0.0954129;REFB=0;REVB=0.0573647;RO=0;SAF=40;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15547e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292695;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:103:126:1:63:40:0:0:85:41:0:0 chr20 52675188 . G T 172.43 PASS AF=0.348485;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0551629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4756;QD=10.4501;RBI=0.0776866;REFB=0.0102812;REVB=-0.0547016;RO=41;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195273;STB=0.609282;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0213575;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:41:43:22:23:0.348485:9:13:17:24:10:13:17:26 chr20 52675259 . G T 285.28 PASS AF=0.426667;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00859236;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.048;QD=15.2149;RBI=0.0127468;REFB=-0.0262385;REVB=-0.00941559;RO=43;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336869;STB=0.526299;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.029101;OID=.;OPOS=52675259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:31:32:0.426667:19:12:18:25:20:12:18:25 chr20 52771261 . G A 411.95 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0479746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8928;QD=14.8451;RBI=0.0493187;REFB=-0.00162863;REVB=-0.0114357;RO=63;SAF=19;SAR=28;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170413;STB=0.600034;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00148563;OID=.;OPOS=52771261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:64:47:47:0.423423:28:19:36:27:28:19:37:27 chr20 52775528 . C T 637.95 PASS AF=0.456376;AO=69;DP=151;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.00816698;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.88;QD=17.1261;RBI=0.022781;REFB=-0.0044627;REVB=-0.0212668;RO=80;SAF=34;SAR=35;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414084;STB=0.530192;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0049262;OID=.;OPOS=52775528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:80:81:69:68:0.456376:35:34:36:44:34:34:36:45 chr20 52786219 . G A 927.79 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00493035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.663;QD=53.0168;RBI=0.0171931;REFB=0.0123421;REVB=-0.0164711;RO=4;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269449;STB=0.514281;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.000585586;OID=.;OPOS=52786219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:70:70:4:4:66:66:0.942857:33:33:1:3:33:33:1:3 chr20 54944791 . C G 1803.45 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.717;QD=61.1339;RBI=0.0309768;REFB=0;REVB=-0.00189226;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93701e-05;OID=.;OPOS=54944791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:59:58:0:0:60:58:0:0 chr20 54961463 . T C 2945.29 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000213663;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.281;QD=63.3395;RBI=0.000272579;REFB=0;REVB=0.000169256;RO=0;SAF=70;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6711e-07;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:186:0:0:186:186:1:116:70:0:0:116:70:0:0 chr20 54961541 . A T 1811.04 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0481684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.867;QD=59.3782;RBI=0.0537292;REFB=-0.152995;REVB=0.0238042;RO=1;SAF=44;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106728;STB=0.50235;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00242178;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:1:2:120:120:0.983607:76:44:1:0:76:44:1:1 chr20 55021041 . GCCCC GCCC,GCCCG,GGCCC 1464.25 PASS AF=0.907514,0.0924855,0;AO=50,15,15;DP=159;FAO=157,16,0;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=76,15,0;FSAR=81,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.565918,0.239386,0.257923;FXX=0.0170445;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=11.9277,12.6231,6.21776;QD=33.8554;RBI=0.659281,0.289249,0.376281;REFB=0,0,0;REVB=0.338214,0.162355,0.273977;RO=73;SAF=23,14,8;SAR=27,1,7;SRF=44;SRR=29;SSEN=0.302752,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.149379,0.541751,-0.0887195;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0375216,-0.117385,0;OID=.,.,.;OPOS=55021042,55021045,55021042;OREF=C,C,C;OALT=-,G,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG,GGCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.907514,0.0924855,0:50,15,15:159:157,16,0:173:0:76,15,0:81,1,0:0:0:40:73:23,14,8:27,1,7:44:29 chr20 55028167 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.234;QD=51.9167;RBI=0.0461701;REFB=0;REVB=0.0101635;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113478;OID=.;OPOS=55028167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:12:9:0:0 chr20 55033476 . C G 1006.49 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744403;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2868;QD=59.2051;RBI=0.0105726;REFB=0;REVB=0.00750776;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33591e-05;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:22:45:0:0:22:46:0:0 chr20 55033635 . C T 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0476307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.585;QD=59.4244;RBI=0.0681704;REFB=-0.0833043;REVB=0.04877;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164729;STB=0.508768;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00118085;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:28:14:0:1:28:14:0:1 chr20 55033647 . T C 619.91 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0223865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.87;QD=59.0389;RBI=0.0235439;REFB=-0.044448;REVB=0.00729108;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191513;STB=0.510199;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000406107;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:24:17:0:1:24:17:0:1 chr20 55033713 . G A 292.83 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211495;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.159;QD=53.2412;RBI=0.0274741;REFB=0;REVB=0.0175363;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71336e-05;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr20 55066633 . T G 699.87 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0151659;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3405;QD=22.0431;RBI=0.0161782;REFB=0.0135051;REVB=-0.0056327;RO=59;SAF=37;SAR=31;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714305;STB=0.539119;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0152657;OID=.;OPOS=55066633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:59:59:68:68:0.535433:31:37:37:22:31:37:37:22 chr20 55072471 . TA T,TG,TT 338.77 PASS AF=0,0.923077,0.0769231;AO=3,17,2;DP=27;FAO=0,24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,0;FSAR=0,21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.29135e-05,-0.000353455,-0.000524589;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=97.4348,106.538,88.0258;QD=52.119;RBI=0.0847433,0.0778219,0.0710553;REFB=0,0,0;REVB=0.0847433,0.0778211,0.0710534;RO=1;SAF=1,1,0;SAR=2,16,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.266641,-0.298625,-0.697199;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,-0.00401755,0.080768;OID=.,.,.;OPOS=55072472,55072472,55072472;OREF=A,A,A;OALT=-,G,T;OMAPALT=T,TG,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.923077,0.0769231:3,17,2:27:0,24,2:26:0:0,3,0:0,21,2:0:0:6:1:1,1,0:2,16,2:1:0 chr20 55088404 . A G 2493.74 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.619;QD=60.8229;RBI=0.0153586;REFB=-0.0852784;REVB=0.00728754;RO=1;SAF=75;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630232;STB=0.503311;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000171496;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:164:1:1:162:163:0.993902:87:75:1:0:88:75:1:0 chr20 55108617 . C A 3663.03 PASS AF=1;AO=224;DP=224;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567522;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.041;QD=62.8846;RBI=0.0592178;REFB=0;REVB=0.0169095;RO=0;SAF=87;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18482e-05;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:224:233:0:0:224:233:1:137:87:0:0:145:88:0:0 chr20 55111273 . C T 796.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00056893;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.952;QD=56.9058;RBI=0.00754563;REFB=0;REVB=0.00752416;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37773e-05;OID=.;OPOS=55111273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:57:56:1:31:26:0:0:30:26:0:0 chr20 55111364 . A C 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.214;QD=62.7618;RBI=0.0317742;REFB=0;REVB=0.00448676;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12025e-05;OID=.;OPOS=55111364;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr20 55263662 . T G 804.79 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7305;QD=64.3828;RBI=0.0515258;REFB=0;REVB=-0.0392922;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000911535;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr20 55748206 . G A 618.3 PASS AF=0.450704;AO=48;DP=143;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.000815568;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.622;QD=17.417;RBI=0.0424213;REFB=-0.0116592;REVB=0.0424134;RO=64;SAF=25;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212165;STB=0.542266;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00868264;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:64:78:48:64:0.450704:23:25:32:32:24:40:43:35 chr20 55934131 . G A 379.64 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0295348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.241;QD=22.0078;RBI=0.0329368;REFB=0.00761658;REVB=-0.0145783;RO=31;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206669;STB=0.613817;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0067614;OID=.;OPOS=55934131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:22:16:21:10:22:16:21:10 chr20 56090807 . A G 1607.05 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.703;QD=64.282;RBI=0.0145173;REFB=0;REVB=0.00706862;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07432e-05;OID=.;OPOS=56090807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:39:61:0:0:39:61:0:0 chr20 56098733 . T C 1323.93 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208882;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.02;QD=62.3026;RBI=0.0217975;REFB=0;REVB=0.00623016;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119117;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:52:33:0:0:52:33:0:0 chr20 56137895 . G C 986.82 PASS AF=0.933333;AO=68;DP=75;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0662851;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6479;QD=52.6301;RBI=0.0986261;REFB=-0.117439;REVB=0.07303;RO=5;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597043;STB=0.530112;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00960694;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:75:75:5:5:68:70:0.933333:37:31:0:5:39:31:0:5 chr20 56139403 . T C 1359.21 PASS AF=0.566964;AO=127;DP=224;FAO=127;FDP=224;FR=.;FRO=97;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.0353678;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.67;QD=24.2716;RBI=0.0354202;REFB=-0.00370719;REVB=-0.00192615;RO=97;SAF=56;SAR=71;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350677;STB=0.519054;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00334643;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:97:97:127:127:0.566964:71:56:47:50:71:56:47:50 chr20 56182183 . G C 490.63 PASS AF=0.469027;AO=49;DP=115;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0151285;FXX=0.0423693;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.577;QD=17.3674;RBI=0.0260055;REFB=-0.031825;REVB=-0.0211522;RO=48;SAF=16;SAR=33;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068471;STB=0.534921;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0481993;OID=.;OPOS=56182183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:48:60:49:53:0.469027:33:16:19:29:35:18:24:36 chr20 56186884 . T C 3304.11 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022851;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6767;QD=62.049;RBI=0.0927823;REFB=0;REVB=0.0899243;RO=0;SAF=100;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176283;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:213:0:0:211:213:1:111:100:0:0:112:101:0:0 chr20 56188169 . C T 357.61 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=-0.0108563;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.951;QD=12.6588;RBI=0.0190527;REFB=-0.00206037;REVB=0.0156572;RO=68;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132215;STB=0.572305;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00275656;OID=.;OPOS=56188169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:68:70:43:43:0.380531:24:19:22:46:24:19:23:47 chr20 56190634 . C G,T 797.53 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=3,52;DP=56;FAO=3,54;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=3,30;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136925,-0.0155321;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.677,234.661;QD=55.9673;RBI=0.0151463,0.0179338;REFB=0,0;REVB=0.00647494,0.00896528;RO=1;SAF=3,30;SAR=0,22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0209274;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0322498,-0.00142859;OID=.,.;OPOS=56190634,56190634;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:57:1:0:3,52:3,54:0.0526316,0.947368:0,22:3,30:0:1:0,24:3,30:0:0 chr20 56226626 . CTTTTTTTTTT CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTA 222.53 PASS AF=0.870968,0.129032;AO=29,9;DP=99;FAO=81,12;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47,12;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131788,-0.0205965;FXX=0.0882266;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=4.21144,15.9659;QD=9.57109;RBI=0.568376,0.183268;REFB=-0.0247831,-0.0124098;REVB=0.568223,0.182107;RO=22;SAF=18,8;SAR=11,1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0244603,0.451524;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0289016,-0.103431;OID=.,.;OPOS=56226627,56226636;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.870968,0.129032:29,9:99:81,12:93:0:47,12:34,0:0:0:21:22:18,8:11,1:13:9 chr20 56227532 . T C 1551.62 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133063;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5024;QD=59.6778;RBI=0.0207364;REFB=0;REVB=0.0159042;RO=0;SAF=36;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40639e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014194;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:102:104:1:66:36:0:0:67:37:0:0 chr20 56285540 . T C 1113.72 PASS AF=0.495575;AO=112;DP=226;FAO=112;FDP=226;FR=.;FRO=114;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.0110553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.217;QD=19.7119;RBI=0.0154005;REFB=-0.0224517;REVB=0.0107218;RO=114;SAF=64;SAR=48;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05815;STB=0.531964;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0153661;OID=.;OPOS=56285540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:114:114:112:112:0.495575:48:64:58:56:48:64:58:56 chr20 56793706 . G A 2064.92 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.192;QD=62.5732;RBI=0.03882;REFB=0;REVB=0.0342364;RO=0;SAF=47;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107691;OID=.;OPOS=56793706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:84:47:0:0:85:47:0:0 chr20 56793764 . G A 1553.12 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.624;QD=62.7525;RBI=0.0262441;REFB=-0.155273;REVB=0.0242144;RO=0;SAF=33;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000715272;OID=.;OPOS=56793764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:0:1:97:98:0.989899:64:33:0:0:64:34:0:1 chr20 56807969 . A G 279.27 PASS AF=0.313559;AO=37;DP=119;FAO=37;FDP=118;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0119267;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.064;QD=9.46675;RBI=0.0156744;REFB=-0.00293378;REVB=0.0101706;RO=79;SAF=18;SAR=19;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527875;STB=0.521966;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00399308;OID=.;OPOS=56807969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:79:81:37:37:0.313559:19:18:42:37:19:18:42:39 chr20 56814892 . G T 529.99 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=60;FWDB=0.0582604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.982;QD=15.0352;RBI=0.0586077;REFB=-0.000914402;REVB=-0.00637105;RO=81;SAF=19;SAR=39;SRF=23;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525751;STB=0.534515;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0018525;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:83:58:58:0.411348:39:19:23:58:39:19:23:60 chr20 56820880 . C T 206.93 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0129129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.672;QD=17.2441;RBI=0.0174224;REFB=-0.0185018;REVB=0.0116961;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138058;STB=0.578871;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0311047;OID=.;OPOS=56820880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:8:13:13:14:8:13:13:14 chr20 56821127 . A G 1014.48 PASS AF=0.477477;AO=103;DP=217;FAO=106;FDP=222;FR=.;FRO=116;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=51;FSRR=65;FWDB=-0.0179071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6737;QD=18.279;RBI=0.0312907;REFB=-0.00195249;REVB=-0.0256601;RO=111;SAF=48;SAR=55;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232816;STB=0.506954;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00236807;OID=.;OPOS=56821127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:222:111:116:103:106:0.477477:55:48:49:62:58:48:51:65 chr20 56822536 . G A 451.01 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0312538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.096;QD=24.7127;RBI=0.0314294;REFB=-0.0154374;REVB=-0.00331717;RO=30;SAF=19;SAR=24;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057643;STB=0.53154;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0180056;OID=.;OPOS=56822536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:24:19:11:19:24:19:11:19 chr20 56942082 . A T 966.87 PASS AF=0.492537;AO=99;DP=202;FAO=99;FDP=201;FR=.;FRO=102;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.00523818;FXX=0.00495025;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.088;QD=19.2412;RBI=0.00590547;REFB=-0.00321657;REVB=-0.0027269;RO=102;SAF=52;SAR=47;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684188;STB=0.537635;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00373866;OID=.;OPOS=56942082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:102:102:99:99:0.492537:47:52:46:56:47:52:46:56 chr20 56942312 . C T 1410.35 PASS AF=0.477124;AO=146;DP=303;FAO=146;FDP=306;FR=.;FRO=160;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=55;FSRR=105;FWDB=-0.000924474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.794;QD=18.436;RBI=0.0440451;REFB=-0.0280877;REVB=-0.0440354;RO=157;SAF=71;SAR=75;SRF=52;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147279;STB=0.574889;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0318224;OID=.;OPOS=56942312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:306:157:160:146:146:0.477124:75:71:52:105:75:71:55:105 chr20 56942520 . G A 296.81 PASS AF=0.44;AO=31;DP=72;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00105838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6255;QD=15.83;RBI=0.0298223;REFB=-0.0290301;REVB=0.0298036;RO=41;SAF=12;SAR=19;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19955;STB=0.617575;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0339621;OID=.;OPOS=56942520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:41:42:31:33:0.44:19:12:24:17:21:12:24:18 chr20 56942557 . A G 385.19 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0133812;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.933;QD=17.5088;RBI=0.0239416;REFB=-0.00395587;REVB=-0.0198531;RO=44;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106861;STB=0.55679;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00554165;OID=.;OPOS=56942557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:44:48:40:40:0.454545:20:20:27:17:20:20:29:19 chr20 57020556 . G C 862.89 PASS AF=0.497143;AO=86;DP=176;FAO=87;FDP=175;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=30;FSRR=58;FWDB=-0.0381599;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.131;QD=19.7231;RBI=0.0383624;REFB=-0.00527884;REVB=-0.00393609;RO=88;SAF=32;SAR=54;SRF=30;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309364;STB=0.520705;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0056044;OID=.;OPOS=57020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:88:88:86:87:0.497143:54:32:30:58:54:33:30:58 chr20 57042665 . A G 2265.21 PASS AF=0.415126;AO=246;DP=596;FAO=247;FDP=595;FR=.;FRO=348;FSAF=100;FSAR=147;FSRF=138;FSRR=210;FWDB=-0.0111647;FXX=0.00501664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8786;QD=15.2283;RBI=0.0157308;REFB=-0.00809654;REVB=-0.0110819;RO=349;SAF=99;SAR=147;SRF=138;SRR=211;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770816;STB=0.50505;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0143056;OID=.;OPOS=57042665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:596:595:349:348:246:247:0.415126:147:99:138:211:147:100:138:210 chr20 57234687 . C T 783.01 PASS AF=0.458101;AO=82;DP=179;FAO=82;FDP=179;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.0246784;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.416;QD=17.4974;RBI=0.0289212;REFB=-0.0240821;REVB=-0.0150801;RO=94;SAF=32;SAR=50;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354244;STB=0.518314;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0271917;OID=.;OPOS=57234687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:94:97:82:82:0.458101:50:32:40:54:50:32:41:56 chr20 57244493 . G A 1405.26 PASS AF=0.487805;AO=140;DP=291;FAO=140;FDP=287;FR=.;FRO=147;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=60;FSRR=87;FWDB=0.0223355;FXX=0.0137452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.364;QD=19.5854;RBI=0.0262043;REFB=-0.0130484;REVB=-0.0137036;RO=145;SAF=62;SAR=78;SRF=60;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273853;STB=0.518077;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0114291;OID=.;OPOS=57244493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:287:145:147:140:140:0.487805:78:62:60:85:78:62:60:87 chr20 57268867 . C A 1347.05 PASS AF=0.466887;AO=141;DP=303;FAO=141;FDP=302;FR=.;FRO=161;FSAF=34;FSAR=107;FSRF=44;FSRR=117;FWDB=-0.00561089;FXX=0.00330022;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.425;QD=17.8417;RBI=0.0304251;REFB=-0.0200347;REVB=-0.0299033;RO=158;SAF=34;SAR=107;SRF=41;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236956;STB=0.522864;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0229883;OID=.;OPOS=57268867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:302:158:161:141:141:0.466887:107:34:41:117:107:34:44:117 chr20 57280575 . T C 1104.58 PASS AF=0.513889;AO=109;DP=214;FAO=111;FDP=216;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.0153458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6057;QD=20.4551;RBI=0.0210172;REFB=0.00596085;REVB=0.0143607;RO=99;SAF=45;SAR=64;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116275;STB=0.553766;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00540762;OID=.;OPOS=57280575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:99:105:109:111:0.513889:64:45:54:45:66:45:54:51 chr20 57290347 . C G 1115.25 PASS AF=0.434783;AO=120;DP=275;FAO=120;FDP=276;FR=.;FRO=156;FSAF=40;FSAR=80;FSRF=74;FSRR=82;FWDB=-0.0725724;FXX=0.00360998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2576;QD=16.163;RBI=0.0787518;REFB=-0.0298674;REVB=-0.0305794;RO=141;SAF=39;SAR=81;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177243;STB=0.584601;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0213155;OID=.;OPOS=57290347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:276:141:156:120:120:0.434783:81:39:70:71:80:40:74:82 chr20 57415495 . G A 1305.59 PASS AF=0.455782;AO=134;DP=299;FAO=134;FDP=294;FR=.;FRO=160;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=89;FSRR=71;FWDB=-0.00314681;FXX=0.0199993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7579;QD=17.7631;RBI=0.0031979;REFB=-0.0205211;REVB=-0.000569363;RO=164;SAF=65;SAR=69;SRF=87;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045122;STB=0.538674;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0253336;OID=.;OPOS=57415495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:294:164:160:134:134:0.455782:69:65:87:77:69:65:89:71 chr20 57478807 . C T 3901.3 PASS AF=0.991935;AO=247;DP=248;FAO=246;FDP=248;FR=.;FRO=2;FSAF=125;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0548802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6639;QD=62.9242;RBI=0.0567803;REFB=0.0459669;REVB=0.0145659;RO=1;SAF=126;SAR=121;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00392311;STB=0.500066;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00127272;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:248:248:1:2:247:246:0.991935:121:126:0:1:121:125:1:1 chr20 57571763 . A G 2278.86 PASS AF=0.99359;AO=149;DP=149;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0612333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.934;QD=58.4324;RBI=0.0672943;REFB=0.0564002;REVB=0.0279106;RO=0;SAF=59;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00074925;OID=.;OPOS=57571763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:156:0:1:149:155:0.99359:90:59:0:0:89:66:0:1 chr20 57572675 . A G 2979.19 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.763;QD=63.387;RBI=0.0162943;REFB=0;REVB=0.015934;RO=0;SAF=85;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87834e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93216e-06;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:188:0:0:187:188:1:102:85:0:0:102:86:0:0 chr20 57599016 . T G 593.13 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.005;QD=60.8339;RBI=0.0267081;REFB=0;REVB=0.0197152;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318762;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:24:15:0:0 chr20 57612390 . C G 1592.32 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000197517;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5578;QD=60.0874;RBI=0.0267283;REFB=0;REVB=0.0267276;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78278e-05;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:55:51:0:0:55:51:0:0 chr20 57767043 . G C 1558.91 PASS AF=0.461326;AO=152;DP=346;FAO=167;FDP=362;FR=.;FRO=195;FSAF=114;FSAR=53;FSRF=133;FSRR=62;FWDB=-0.0246771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9433;QD=17.2256;RBI=0.10939;REFB=-0.0394686;REVB=0.10657;RO=194;SAF=113;SAR=39;SRF=133;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733849;STB=0.500363;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0473854;OID=.;OPOS=57767043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:362:194:195:152:167:0.461326:39:113:133:61:53:114:133:62 chr20 57768399 . T C 864.98 PASS AF=0.483516;AO=74;DP=170;FAO=88;FDP=182;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=0.0098345;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.722;QD=19.0105;RBI=0.00993253;REFB=-0.00790786;REVB=-0.00139202;RO=94;SAF=32;SAR=42;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131776;STB=0.573012;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.010228;OID=.;OPOS=57768399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:182:94:94:74:88:0.483516:42:32:53:41:49:39:55:39 chr20 57768657 . T C 266.96 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00485437;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.44;QD=17.7976;RBI=0.00805085;REFB=-0.0114668;REVB=0.00642271;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880695;STB=0.515141;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00922192;OID=.;OPOS=57768657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:31:28:29:0.483333:12:16:18:13:13:16:18:13 chr20 57768668 . T TG 42.86 PASS AF=0.262295;AO=15;DP=62;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0521949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.6833;QD=2.81024;RBI=0.068606;REFB=-0.0554634;REVB=-0.0445251;RO=47;SAF=5;SAR=10;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361111;STB=0.734496;STBP=0.042;TYPE=ins;VARB=0.0863781;OID=.;OPOS=57768669;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.262295:15:62:16:61:45:5:11:29:16:42:47:5:10:30:17 chr20 57768743 . C T 209.11 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00805102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.045;QD=11.6172;RBI=0.0274059;REFB=0.00137095;REVB=0.0261966;RO=46;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144817;OID=.;OPOS=57768743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:13:13:23:23:13:13:23:23 chr20 57769140 . G C 361.23 PASS AF=0.549296;AO=23;DP=73;FAO=39;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.027713;FXX=0.0405351;HRUN=8;LEN=1;MLLD=39.1191;QD=20.351;RBI=0.0457294;REFB=-0.0452473;REVB=0.0363754;RO=19;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938507;STB=0.534866;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00957422;OID=.;OPOS=57769140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:19:32:23:39:0.549296:7:16:15:4:15:24:22:10 chr20 57829301 . T C 1731.26 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.324;QD=60.746;RBI=0.0178019;REFB=0;REVB=-0.00553871;RO=0;SAF=39;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32762e-05;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:75:39:0:0:75:39:0:0 chr20 57833518 . G A 812.66 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.914;QD=57.029;RBI=0.0360181;REFB=0;REVB=0.0190581;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98069e-05;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:52:57:0:0:52:57:1:31:21:0:0:33:24:0:0 chr20 57833740 . T C 1736.47 PASS AF=0.983333;AO=116;DP=118;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0782385;FXX=0.0243883;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2337;QD=57.8824;RBI=0.0788042;REFB=-0.040897;REVB=0.00942568;RO=2;SAF=55;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000834571;STB=0.500141;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0061544;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:118:120:2:2:116:118:0.983333:61:55:1:1:60:58:1:1 chr20 57834150 . A T 958.54 PASS AF=0.886076;AO=70;DP=79;FAO=70;FDP=79;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0316505;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.6001;QD=48.5336;RBI=0.035701;REFB=0.155498;REVB=0.0165168;RO=8;SAF=25;SAR=45;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00375054;STB=0.51076;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00972355;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:79:79:8:9:70:70:0.886076:45:25:3:5:45:25:4:5 chr20 58467393 . A G 620.38 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00194744;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6277;QD=20.6794;RBI=0.0378766;REFB=-0.0351555;REVB=0.0378265;RO=55;SAF=28;SAR=34;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181974;STB=0.506773;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0288346;OID=.;OPOS=58467393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:120:55:58:62:62:0.516667:34:28:26:29:34:28:27:31 chr20 58523104 . G A 139.72 PASS AF=0.777778;AO=12;DP=16;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.178345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.822;QD=31.0488;RBI=0.183293;REFB=-0.0379499;REVB=0.0423046;RO=3;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405314;STB=0.721808;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0172947;OID=.;OPOS=58523104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:18:3:4:12:14:0.777778:11:1:2:1:13:1:2:2 chr20 60293919 . C A 4083.04 PASS AF=0.988764;AO=264;DP=268;FAO=264;FDP=267;FR=.;FRO=3;FSAF=141;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0560555;FXX=0.0037312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0837;QD=61.1692;RBI=0.0582125;REFB=-0.172926;REVB=0.0156996;RO=3;SAF=141;SAR=123;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114841;STB=0.506024;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00152433;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:268:267:3:3:264:264:0.988764:123:141:0:3:123:141:0:3 chr20 60294279 . A G 112.39 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0200924;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.612;QD=15.5023;RBI=0.0225061;REFB=-0.00481812;REVB=-0.0101401;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107329;STB=0.542793;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00497077;OID=.;OPOS=60294279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:12:13:0.448276:7:5:5:11:8:5:5:11 chr20 60485627 . C T 1690.56 PASS AF=0.958333;AO=115;DP=120;FAO=115;FDP=120;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0243857;FXX=0.00826378;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.729;QD=56.352;RBI=0.0651677;REFB=-0.135314;REVB=0.0604332;RO=5;SAF=30;SAR=85;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271145;STB=0.514283;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00082753;OID=.;OPOS=60485627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:120:120:5:5:115:115:0.958333:85:30:0:5:85:30:0:5 chr20 60503350 . A G 5941.48 PASS AF=0.96798;AO=392;DP=405;FAO=393;FDP=406;FR=.;FRO=13;FSAF=180;FSAR=213;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0266991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6781;QD=58.5368;RBI=0.0279096;REFB=-0.0161653;REVB=-0.00813046;RO=12;SAF=179;SAR=213;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309165;STB=0.517425;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00309932;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:405:406:12:13:392:393:0.96798:213:179:12:0:213:180:13:0 chr20 60509209 . C T 1517.14 PASS AF=0.453782;AO=161;DP=358;FAO=162;FDP=357;FR=.;FRO=195;FSAF=82;FSAR=80;FSRF=79;FSRR=116;FWDB=0.0423968;FXX=0.00557088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9171;QD=16.9987;RBI=0.0436888;REFB=-0.0132457;REVB=-0.0105462;RO=195;SAF=82;SAR=79;SRF=79;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10316;STB=0.555119;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.027811;OID=.;OPOS=60509209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:357:195:195:161:162:0.453782:79:82:79:116:80:82:79:116 chr20 60512296 . G A 75.46 PASS AF=0.289474;AO=8;DP=37;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=27;FWDB=0;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.36;QD=7.94285;RBI=0.00164467;REFB=-0.00901163;REVB=0.00164467;RO=28;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0434475;OID=.;OPOS=60512296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:37:38:28:27:8:11:0.289474:8:0:0:28:11:0:0:27 chr20 60550465 . A T 49.8 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=0.016654;FXX=0.013887;HRUN=6;LEN=1;MLLD=26.7536;QD=2.80536;RBI=0.139792;REFB=-0.0286476;REVB=-0.138797;RO=32;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666165;STB=0.934086;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.101907;OID=.;OPOS=60550465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:72:71:32:60:10:10:0.140845:1:9:10:22:1:9:18:42 chr20 60572663 . C A 655.56 PASS AF=0.439024;AO=72;DP=165;FAO=72;FDP=164;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=0.0208677;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7969;QD=15.9893;RBI=0.0371059;REFB=-0.0181948;REVB=0.030682;RO=92;SAF=36;SAR=36;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985682;STB=0.554863;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0244748;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:92:92:72:72:0.439024:36:36:37:55:36:36:37:55 chr20 60712511 . A G 1360.92 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0102152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.161;QD=59.8207;RBI=0.0104521;REFB=-0.0315218;REVB=-0.00221277;RO=2;SAF=37;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249228;STB=0.513155;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=6.23401e-05;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:88:89:0.978022:51:37:2:0:52:37:2:0 chr20 60713311 . G A 937.32 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7369;QD=58.5827;RBI=0.0415225;REFB=0;REVB=0.0180289;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513945;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:20:44:0:0:20:44:0:0 chr20 60713332 . A G 701.09 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7548;QD=54.9872;RBI=0.171828;REFB=0;REVB=0.171615;RO=0;SAF=33;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026858;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:51:0:0:41:51:1:8:33:0:0:18:33:0:0 chr20 60768497 . C T 675.4 PASS AF=0.515385;AO=59;DP=122;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=0.00460283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.605;QD=20.7814;RBI=0.02501;REFB=-0.0125678;REVB=0.0245828;RO=63;SAF=36;SAR=23;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282429;STB=0.626573;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.015232;OID=.;OPOS=60768497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:130:63:63:59:67:0.515385:23:36:19:44:29:38:19:44 chr20 60791404 . C T 1447.29 PASS AF=0.540541;AO=140;DP=259;FAO=140;FDP=259;FR=.;FRO=119;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=73;FSRR=46;FWDB=0.00980511;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.347;QD=22.3519;RBI=0.0472194;REFB=-0.0266696;REVB=0.0461902;RO=118;SAF=65;SAR=75;SRF=73;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129043;STB=0.568203;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0280178;OID=.;OPOS=60791404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:118:119:140:140:0.540541:75:65:73:45:75:65:73:46 chr20 60791899 . G A 740.85 PASS AF=0.411765;AO=84;DP=205;FAO=84;FDP=204;FR=.;FRO=120;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=-0.00500735;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.597;QD=14.5265;RBI=0.0172703;REFB=-0.0124184;REVB=-0.0165284;RO=120;SAF=40;SAR=44;SRF=68;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948241;STB=0.55306;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0179499;OID=.;OPOS=60791899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:120:120:84:84:0.411765:44:40:68:52:44:40:68:52 chr20 60808026 . C T 2024.47 PASS AF=0.498778;AO=203;DP=410;FAO=204;FDP=409;FR=.;FRO=205;FSAF=117;FSAR=87;FSRF=113;FSRR=92;FWDB=-0.0159674;FXX=0.00728138;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.012;QD=19.7992;RBI=0.0162127;REFB=-0.0237035;REVB=0.00280937;RO=202;SAF=116;SAR=87;SRF=112;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157464;STB=0.51139;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0252459;OID=.;OPOS=60808026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:409:202:205:203:204:0.498778:87:116:112:90:87:117:113:92 chr20 60808079 . CA AC 58.14 PASS AF=0.0995261;AO=21;DP=216;FAO=21;FDP=211;FR=.;FRO=190;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=65;FSRR=125;FWDB=-0.0516712;FXX=0.0231471;HRUN=6;LEN=2;MLLD=62.5468;QD=1.10209;RBI=0.0545756;REFB=-0.00188253;REVB=-0.0175668;RO=179;SAF=19;SAR=2;SRF=55;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.648009;STB=0.934569;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.044617;OID=.;OPOS=60808079;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:216:211:179:190:21:21:0.0995261:2:19:55:124:2:19:65:125 chr20 60831300 . G A 1182.68 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513983;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.944;QD=60.6504;RBI=0.0515318;REFB=0;REVB=0.00370717;RO=0;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594674;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:51:24:0:0:52:26:0:0 chr20 60881330 . G A 2570.94 PASS AF=0.994048;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014865;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.052;QD=61.2128;RBI=0.097368;REFB=-0.064182;REVB=0.0962266;RO=1;SAF=71;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498333;STB=0.50259;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=3.11818e-05;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:168:1:1:166:167:0.994048:95:71:0:1:96:71:0:1 chr20 60881780 . T C 2586.41 PASS AF=0.994083;AO=167;DP=168;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.027812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5645;QD=61.2169;RBI=0.0284078;REFB=-0.0360621;REVB=-0.00578738;RO=0;SAF=81;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03147e-08;STB=0.50289;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000582198;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:169:0:1:167:168:0.994083:86:81:0:0:86:82:0:1 chr20 60887581 . G A 650.51 PASS AF=0.452229;AO=70;DP=156;FAO=71;FDP=157;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0506021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6523;QD=16.5736;RBI=0.0534906;REFB=-0.0099797;REVB=0.01734;RO=84;SAF=22;SAR=48;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123049;STB=0.579401;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0133449;OID=.;OPOS=60887581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:84:86:70:71:0.452229:48:22:36:48:49:22:38:48 chr20 60892526 . A G 5239.97 PASS AF=1;AO=331;DP=337;FAO=331;FDP=331;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258162;FXX=0.0264698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.674;QD=63.323;RBI=0.0261422;REFB=-0.102563;REVB=0.0041158;RO=2;SAF=182;SAR=149;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063599;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2362e-05;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:337:331:2:0:331:331:1:149:182:0:2:149:182:0:0 chr20 60895697 . C T 617.0 PASS AF=0.459854;AO=62;DP=142;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0471688;FXX=0.0551686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.304;QD=18.0146;RBI=0.0473686;REFB=-0.0185181;REVB=0.00434611;RO=69;SAF=34;SAR=28;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121272;STB=0.573482;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0290675;OID=.;OPOS=60895697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:137:69:74:62:63:0.459854:28:34:29:40:28:35:31:43 chr20 60897487 . C T 1162.56 PASS AF=0.527523;AO=114;DP=219;FAO=115;FDP=218;FR=.;FRO=103;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=0.0307121;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.98;QD=21.3315;RBI=0.0330374;REFB=-0.00423114;REVB=-0.0121751;RO=91;SAF=56;SAR=58;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601578;STB=0.550738;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0216427;OID=.;OPOS=60897487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:91:103:114:115:0.527523:58:56:38:53:58:57:40:63 chr20 60897488 . G A 902.06 PASS AF=0.447964;AO=85;DP=207;FAO=99;FDP=221;FR=.;FRO=122;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=0.0167007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.469;QD=16.3269;RBI=0.0167872;REFB=0.000449769;REVB=0.00170152;RO=122;SAF=35;SAR=50;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939611;STB=0.559741;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00526803;OID=.;OPOS=60897488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:221:122:122:85:99:0.447964:50:35:61:61:60:39:61:61 chr20 60897721 . C T 1197.83 PASS AF=0.488095;AO=123;DP=252;FAO=123;FDP=252;FR=.;FRO=129;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=76;FSRR=53;FWDB=0.0436964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4441;QD=19.0131;RBI=0.0545497;REFB=-0.0300243;REVB=0.0326543;RO=128;SAF=61;SAR=62;SRF=75;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083495;STB=0.547674;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0345329;OID=.;OPOS=60897721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:128:129:123:123:0.488095:62:61:75:53:62:61:76:53 chr20 60897772 . T C 2097.32 PASS AF=0.473054;AO=199;DP=472;FAO=237;FDP=501;FR=.;FRO=264;FSAF=150;FSAR=87;FSRF=143;FSRR=121;FWDB=-0.0315119;FXX=0.00397606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5629;QD=16.7451;RBI=0.0525043;REFB=-0.070483;REVB=0.0419965;RO=223;SAF=131;SAR=68;SRF=130;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780656;STB=0.550348;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0703712;OID=.;OPOS=60897772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:501:223:264:199:237:0.473054:68:131:130:93:87:150:143:121 chr20 60897773 . G C 52.61 PASS AF=0.0595238;AO=30;DP=474;FAO=30;FDP=504;FR=.;FRO=474;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=280;FSRR=194;FWDB=-0.00492865;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.6494;QD=0.417539;RBI=0.0208375;REFB=-0.0224654;REVB=-0.0202462;RO=442;SAF=14;SAR=16;SRF=274;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166744;STB=0.615311;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0364043;OID=.;OPOS=60897773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:474:504:442:474:30:30:0.0595238:16:14:274:168:16:14:280:194 chr20 60899182 . C T 760.5 PASS AF=0.465116;AO=59;DP=175;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.00224784;FXX=0.022726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0196;QD=17.686;RBI=0.0128406;REFB=-0.0315765;REVB=0.0126423;RO=63;SAF=26;SAR=33;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334233;STB=0.540875;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0233839;OID=.;OPOS=60899182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:172:63:92:59:80:0.465116:33:26:30:33:51:29:40:52 chr20 60899206 . C T 1039.63 PASS AF=0.540984;AO=99;DP=183;FAO=99;FDP=183;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.0423355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0259;QD=22.7241;RBI=0.0423701;REFB=-0.010627;REVB=-0.00171374;RO=84;SAF=42;SAR=57;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271315;STB=0.514808;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0096102;OID=.;OPOS=60899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:84:84:99:99:0.540984:57:42:33:51:57:42:33:51 chr20 60900481 . A G 4287.97 PASS AF=1;AO=237;DP=277;FAO=272;FDP=272;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=100;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686022;FXX=0.0180499;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1478;QD=63.0584;RBI=0.0956161;REFB=0;REVB=0.0666047;RO=0;SAF=89;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334186;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:277:272:0:0:237:272:1:148:89:0:0:172:100:0:0 chr20 60900579 . C A 1700.34 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0551733;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.925;QD=59.6611;RBI=0.0578778;REFB=-0.141644;REVB=0.0174856;RO=1;SAF=33;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014169;STB=0.507461;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000676134;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:114:1:1:113:113:0.991228:80:33:1:0:80:33:1:0 chr20 60901988 . A C 372.45 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0171272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.404;QD=15.202;RBI=0.0282097;REFB=0.00753954;REVB=-0.0224153;RO=58;SAF=11;SAR=29;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288485;STB=0.664036;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0101812;OID=.;OPOS=60901988;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:29:11:31:27:29:11:31:27 chr20 60904853 . T C 2131.17 PASS AF=0.810256;AO=157;DP=195;FAO=158;FDP=195;FR=.;FRO=37;FSAF=56;FSAR=102;FSRF=33;FSRR=4;FWDB=-0.00740816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.2;QD=43.7163;RBI=0.0263156;REFB=-0.00992139;REVB=0.0252513;RO=37;SAF=55;SAR=102;SRF=33;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199965;STB=0.604622;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00315664;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:37:37:157:158:0.810256:102:55:33:4:102:56:33:4 chr20 60904854 . G C 200.8 PASS AF=0.183673;AO=36;DP=196;FAO=36;FDP=196;FR=.;FRO=160;FSAF=33;FSAR=3;FSRF=55;FSRR=105;FWDB=-0.03156;FXX=0.00507588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5819;QD=4.09796;RBI=0.101669;REFB=-0.0444534;REVB=-0.0966464;RO=160;SAF=33;SAR=3;SRF=55;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.691619;STB=0.930816;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.135686;OID=.;OPOS=60904854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:160:160:36:36:0.183673:3:33:55:105:3:33:55:105 chr20 60905878 . A G 785.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.912;QD=64.1443;RBI=0.0229951;REFB=0;REVB=0.0208395;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109326;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr20 60907446 . T C 3132.28 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123088;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.361;QD=61.4172;RBI=0.0427842;REFB=-0.0829777;REVB=0.0409754;RO=1;SAF=132;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111492;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:205:204:1:0:204:204:1:72:132:1:0:72:132:0:0 chr20 60907675 . G A 1807.52 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0194241;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.582;QD=60.2507;RBI=0.0331372;REFB=-0.164458;REVB=0.0268473;RO=1;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725184;STB=0.503816;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000742491;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:1:1:119:119:0.991667:65:54:0:1:65:54:0:1 chr20 60908964 . G A 902.5 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4777;QD=58.2255;RBI=0.0746064;REFB=0;REVB=0.0676309;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695794;OID=.;OPOS=60908964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:20:42:0:0:20:42:0:0 chr20 60908969 . T C 990.24 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.914;QD=59.119;RBI=0.0464898;REFB=0;REVB=0.0360922;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20603e-05;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:22:45:0:0:22:45:0:0 chr20 60909060 . A G 1943.65 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.827;QD=61.2175;RBI=0.0331128;REFB=0;REVB=-0.0329089;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33711e-05;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:127:0:0:119:127:1:54:65:0:0:60:67:0:0 chr20 60911958 . G A 340.94 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.627;QD=54.5509;RBI=0.034832;REFB=0;REVB=0.021131;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025967;OID=.;OPOS=60911958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr20 60912683 . T C 1974.47 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255209;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.528;QD=62.1879;RBI=0.0533065;REFB=0;REVB=-0.0468003;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242863;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:61:66:0:0:61:66:0:0 chr20 60917294 . G A 392.87 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2262;QD=56.1237;RBI=0.0249434;REFB=0;REVB=-0.0229604;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518602;OID=.;OPOS=60917294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr20 60920624 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6418;QD=52.6122;RBI=0.0256124;REFB=0;REVB=0.0239687;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181317;OID=.;OPOS=60920624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr20 60920887 . G A 1250.42 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0613;QD=60.2611;RBI=0.0310779;REFB=-0.144488;REVB=0.0291937;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101833;STB=0.505375;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000994406;OID=.;OPOS=60920887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:35:46:1:0:36:46:1:0 chr20 60921643 . T C 1387.72 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.775;QD=62.3693;RBI=0.090363;REFB=0;REVB=0.0550062;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98179e-05;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:55:33:0:0:55:34:0:0 chr20 60927349 . C T 2853.0 PASS AF=0.989189;AO=183;DP=185;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=100;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00840753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.969;QD=61.6865;RBI=0.0150755;REFB=-0.0820973;REVB=0.0125133;RO=1;SAF=83;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570174;STB=0.505952;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000509375;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:185:1:2:183:183:0.989189:100:83:1:0:100:83:2:0 chr20 60927412 . G A 2503.06 PASS AF=0.965318;AO=167;DP=173;FAO=167;FDP=173;FR=.;FRO=6;FSAF=68;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0734316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.544;QD=57.8741;RBI=0.0818696;REFB=-0.129778;REVB=0.0361998;RO=6;SAF=68;SAR=99;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00504859;STB=0.502655;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00144961;OID=.;OPOS=60927412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:173:173:6:6:167:167:0.965318:99:68:2:4:99:68:2:4 chr20 60937597 . A G 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.833;QD=59.8545;RBI=0.0122092;REFB=0;REVB=-0.0120738;RO=0;SAF=14;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104412;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:57:14:0:0:57:14:0:0 chr20 60963494 . C T 1971.15 PASS AF=0.970149;AO=130;DP=134;FAO=130;FDP=134;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=86;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.042773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3416;QD=58.8404;RBI=0.112388;REFB=0.0110176;REVB=-0.103931;RO=4;SAF=44;SAR=86;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412594;STB=0.521736;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00933956;OID=.;OPOS=60963494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:134:134:4:4:130:130:0.970149:86:44:4:0:86:44:4:0 chr20 60966318 . G T 1511.38 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.513;QD=63.6369;RBI=0.101968;REFB=0;REVB=0.0884616;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380476;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:39:54:0:0:41:54:0:0 chr20 60989365 . C T 2386.46 PASS AF=0.9875;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0287597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9082;QD=59.6615;RBI=0.0717445;REFB=-0.0204816;REVB=0.0657279;RO=1;SAF=84;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647278;STB=0.500397;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00057066;OID=.;OPOS=60989365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:160:1:2:157:158:0.9875:73:84:0:1:74:84:1:1 chr20 61039958 . T C 1219.76 PASS AF=0.438776;AO=128;DP=300;FAO=129;FDP=294;FR=.;FRO=165;FSAF=49;FSAR=80;FSRF=79;FSRR=86;FWDB=0.017677;FXX=0.0199993;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.952;QD=16.5954;RBI=0.0184379;REFB=-0.00350195;REVB=0.00524214;RO=153;SAF=49;SAR=79;SRF=76;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114966;STB=0.5573;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00462666;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:294:153:165:128:129:0.438776:79:49:76:77:80:49:79:86 chr20 61143487 . T C 962.95 PASS AF=0.510753;AO=92;DP=183;FAO=95;FDP=186;FR=.;FRO=91;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.00135186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.558;QD=20.7087;RBI=0.00416387;REFB=-0.0144739;REVB=-0.00393831;RO=91;SAF=55;SAR=37;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851886;STB=0.552755;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0145485;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:186:91:91:92:95:0.510753:37:55:46:45:37:58:46:45 chr20 61162267 . T C 859.9 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.054256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7607;QD=56.3867;RBI=0.0685135;REFB=-0.0786301;REVB=0.0418375;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132943;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152694;OID=.;OPOS=61162267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:1:0:60:61:1:35:25:0:1:36:25:0:0 chr20 61326380 . C T 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.464;QD=61.2611;RBI=0.0398421;REFB=0;REVB=0.0358237;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21753e-05;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:60:59:0:0:60:59:0:0 chr20 61431555 . CCA C,CC,CCC 367.73 PASS AF=0.444444,0,0.0111111;AO=18,12,9;DP=92;FAO=40,0,1;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=13,0,0;FSAR=27,0,1;FSRF=5;FSRR=44;FWDB=0.0551432,0.0560983,0.0550411;FXX=0.0624935;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=203.395,205.393,205.69;QD=16.3437;RBI=0.0599537,0.0601218,0.0584943;REFB=-0.0113878,-0.00895265,-0.00706461;REVB=0.0235302,0.0216244,0.0198007;RO=51;SAF=7,2,3;SAR=11,10,6;SRF=4;SRR=47;SSEN=0,0,0;SSEP=0.3,0,0;SSSB=0.475086,0.252557,0.478238;STB=0.655011,0.5,0.982545;STBP=0.049,1,0.584;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0164659,-0.0137917,0.0339672;OID=.,.,.;OPOS=61431556,61431557,61431557;OREF=CA,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0,0.0111111:18,12,9:92:40,0,1:90:49:13,0,0:27,0,1:5:44:99:51:7,2,3:11,10,6:4:47 chr20 61443636 . G A 680.14 PASS AF=0.421348;AO=75;DP=178;FAO=75;FDP=178;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=61;FWDB=0.00803772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.97;QD=15.2839;RBI=0.0157015;REFB=-0.0127325;REVB=-0.0134882;RO=103;SAF=34;SAR=41;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478262;STB=0.526724;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0178752;OID=.;OPOS=61443636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:103:103:75:75:0.421348:41:34:42:61:41:34:42:61 chr20 61443660 . G A 561.73 PASS AF=0.415584;AO=65;DP=156;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=59;FWDB=-0.00462268;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.942;QD=14.5903;RBI=0.0704624;REFB=-0.012195;REVB=0.0703106;RO=89;SAF=28;SAR=37;SRF=30;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100384;STB=0.547052;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.014841;OID=.;OPOS=61443660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:89:90:65:64:0.415584:37:28:30:59:37:27:31:59 chr20 61443870 . C G 2861.13 PASS AF=0.435644;AO=308;DP=707;FAO=308;FDP=707;FR=.;FRO=399;FSAF=156;FSAR=152;FSRF=179;FSRR=220;FWDB=-0.0167941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.116;QD=16.1874;RBI=0.0210747;REFB=-0.0192904;REVB=-0.0127319;RO=397;SAF=156;SAR=152;SRF=177;SRR=220;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616976;STB=0.532636;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0249507;OID=.;OPOS=61443870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:707:707:397:399:308:308:0.435644:152:156:177:220:152:156:179:220 chr20 61444629 . A G 154.64 PASS AF=0.218487;AO=25;DP=119;FAO=26;FDP=119;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.0188217;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.957;QD=5.19786;RBI=0.0228964;REFB=-0.0162994;REVB=-0.0130379;RO=92;SAF=4;SAR=21;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417775;STB=0.725579;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0380718;OID=.;OPOS=61444629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:92:93:25:26:0.218487:21:4:41:51:21:5:41:52 chr20 61444633 . G A 32.34 PASS AF=0.079646;AO=10;DP=112;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=-0.0343973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.61;QD=1.1449;RBI=0.0380875;REFB=-0.0089908;REVB=0.0163549;RO=102;SAF=4;SAR=6;SRF=42;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139521;STB=0.538069;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0569049;OID=.;OPOS=61444633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:112:113:102:104:10:9:0.079646:6:4:42:60:5:4:42:62 chr20 61444637 . G C 35.43 PASS AF=0.09375;AO=9;DP=97;FAO=9;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=87;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.00728514;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.339;QD=1.47631;RBI=0.00929273;REFB=-0.0126198;REVB=-0.00576901;RO=74;SAF=4;SAR=5;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979739;STB=0.513988;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0581819;OID=.;OPOS=61444637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:97:96:74:87:9:9:0.09375:5:4:27:47:5:4:40:47 chr20 61444697 . G C 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0214217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.216;QD=2.99736;RBI=0.0493591;REFB=-0.0200504;REVB=0.0444683;RO=56;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201701;STB=0.608489;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0510177;OID=.;OPOS=61444697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:56:59:10:10:0.144928:5:5:19:37:5:5:22:37 chr20 61445051 . G T 862.49 PASS AF=0.473118;AO=63;DP=185;FAO=88;FDP=186;FR=.;FRO=98;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=0.000692365;FXX=0.0106377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.749;QD=18.5481;RBI=0.000768999;REFB=-0.0173192;REVB=0.00033465;RO=74;SAF=52;SAR=11;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242038;STB=0.527855;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0317048;OID=.;OPOS=61445051;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:74:98:63:88:0.473118:11:52:48:26:35:53:54:44 chr20 61460124 . G A 447.61 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0099716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.2415;QD=16.8907;RBI=0.0462921;REFB=-0.0368982;REVB=-0.0452054;RO=56;SAF=25;SAR=24;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129371;STB=0.576006;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0314504;OID=.;OPOS=61460124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:57:49:49:0.462264:24:25:21:35:24:25:21:36 chr20 61463501 . T C 390.28 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0114149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.275;QD=19.0381;RBI=0.0421037;REFB=-0.0195409;REVB=-0.0405268;RO=42;SAF=19;SAR=21;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110324;STB=0.56133;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0264787;OID=.;OPOS=61463501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:21:19:25:17:21:19:25:17 chr20 61463522 . C A 327.68 PASS AF=0.5;AO=34;DP=70;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.000537974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.046;QD=18.2046;RBI=0.0333918;REFB=-0.0325706;REVB=0.0333875;RO=36;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130489;STB=0.583287;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0263467;OID=.;OPOS=61463522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:36:36:34:36:0.5:19:15:21:15:21:15:21:15 chr20 61464440 . G A 496.87 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0254025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.98;QD=16.5624;RBI=0.0306505;REFB=0.000324638;REVB=-0.0171512;RO=66;SAF=26;SAR=28;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00332252;STB=0.501853;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.000373947;OID=.;OPOS=61464440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:66:54:54:0.45:28:26:32:34:28:26:32:34 chr20 61468571 . T C 13381.5 PASS AF=1;AO=755;DP=861;FAO=856;FDP=856;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=507;FSAR=349;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368861;FXX=0.00349239;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.906;QD=62.5302;RBI=0.0168089;REFB=0;REVB=0.0163992;RO=0;SAF=447;SAR=308;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070779;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:73:861:856:0:0:755:856:1:308:447:0:0:349:507:0:0 chr20 61472073 . C A 1031.49 PASS AF=0.502392;AO=104;DP=208;FAO=105;FDP=209;FR=.;FRO=104;FSAF=30;FSAR=75;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=-0.0437206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2083;QD=19.7414;RBI=0.0467662;REFB=0.00963489;REVB=0.016601;RO=104;SAF=30;SAR=74;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120285;STB=0.56781;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00793591;OID=.;OPOS=61472073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:104:104:104:105:0.502392:74:30:42:62:75:30:42:62 chr20 61472386 . A G 822.31 PASS AF=0.469613;AO=85;DP=180;FAO=85;FDP=181;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.0350009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.186;QD=18.1725;RBI=0.035304;REFB=-0.0164894;REVB=-0.00461636;RO=95;SAF=39;SAR=46;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160927;STB=0.505829;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0151181;OID=.;OPOS=61472386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:95:96:85:85:0.469613:46:39:42:53:46:39:43:53 chr20 61472546 . A ACATCT,T 260.69 PASS AF=0.263158,0.0842105;AO=25,8;DP=99;FAO=25,8;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=5,8;FSAR=20,0;FSRF=14;FSRR=48;FWDB=0.00749207,0.00911826;FXX=0.0206164;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=294.755,59.9208;QD=10.9765;RBI=0.0114745,0.0233812;REFB=-0.00426359,-0.0291985;REVB=0.00869091,-0.0215299;RO=64;SAF=5,8;SAR=20,0;SRF=15;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0614133,0.754295;STB=0.527755,0.999214;STBP=0.813,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.00875641,0.0420253;OID=.,.;OPOS=61472547,61472546;OREF=-,A;OALT=CATCT,T;OMAPALT=ACATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:95:64:62:25,8:25,8:0.263158,0.0842105:20,0:5,8:15:49:20,0:5,8:14:48 chr20 61472596 . G A 398.81 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=-0.0281954;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.395;QD=17.924;RBI=0.0369813;REFB=0.00194323;REVB=-0.0239298;RO=48;SAF=15;SAR=26;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149468;STB=0.582936;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00460003;OID=.;OPOS=61472596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:48:48:41:41:0.460674:26:15:11:37:26:15:11:37 chr20 61488785 . T C 451.18 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00215066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.584;QD=14.6724;RBI=0.0133423;REFB=-0.0188685;REVB=0.0131678;RO=72;SAF=34;SAR=17;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195168;STB=0.610125;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0245452;OID=.;OPOS=61488785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:72:51:51:0.414634:17:34:35:37:17:34:35:37 chr20 61491494 . T C 327.08 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0241921;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.681;QD=16.9912;RBI=0.0456745;REFB=0.00356504;REVB=-0.0387415;RO=42;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151304;STB=0.585057;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00733754;OID=.;OPOS=61491494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:42:42:35:35:0.454545:22:13:22:20:22:13:22:20 chr20 61512606 . T C 3198.82 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.436;QD=63.9764;RBI=0.0330622;REFB=0;REVB=0.00994808;RO=0;SAF=56;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294412;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:200:0:0:197:200:1:141:56:0:0:141:59:0:0 chr20 61512657 . CGGGGGGC CGGGGGCG,GCGGGGGC 66.48 PASS AF=0.107692,0;AO=10,5;DP=135;FAO=14,0;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=103;FSAF=10,0;FSAR=4,0;FSRF=39;FSRR=64;FWDB=-0.0486781,0.0410429;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=2,2;MLLD=76.8396,19.9627;QD=2.04567;RBI=0.0511693,0.0594528;REFB=-0.0143081,-0.0597928;REVB=-0.0157714,0.043013;RO=72;SAF=4,1;SAR=6,4;SRF=27;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0318638,-0.200318;STB=0.775897,0.5;STBP=0.032,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.24166,0.0971274;OID=.,.;OPOS=61512663,61512657;OREF=GC,CG;OALT=CG,GC;OMAPALT=CGGGGGCG,GCGGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:135:130:72:103:10,5:14,0:0.107692,0:6,4:4,1:27:45:4,0:10,0:39:64 chr20 61528074 . T C 1849.09 PASS AF=0.590106;AO=167;DP=283;FAO=167;FDP=283;FR=.;FRO=116;FSAF=67;FSAR=100;FSRF=37;FSRR=79;FWDB=-0.0125125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.51;QD=26.1355;RBI=0.013122;REFB=-0.0331772;REVB=0.0039526;RO=116;SAF=67;SAR=100;SRF=37;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658444;STB=0.535565;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0216078;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:116:116:167:167:0.590106:100:67:37:79:100:67:37:79 chr20 61576777 . A G 210.26 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.00140677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.482;QD=11.8454;RBI=0.0335527;REFB=-0.0242724;REVB=-0.0335232;RO=45;SAF=18;SAR=7;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185324;STB=0.502067;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.045286;OID=.;OPOS=61576777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:45:25:26:0.366197:7:18:33:12:7:19:33:12 chr20 61577275 . T C 1883.76 PASS AF=1;AO=109;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968961;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.402;QD=60.2804;RBI=0.0100275;REFB=0;REVB=-0.00258121;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241974;OID=.;OPOS=61577275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:109:125:1:61:48:0:0:64:61:0:0 chr20 61577276 . G C 66.83 PASS AF=0.126984;AO=16;DP=125;FAO=16;FDP=126;FR=.;FRO=110;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=-0.0854146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.875;QD=2.12144;RBI=0.0907804;REFB=-0.0234252;REVB=-0.0307479;RO=109;SAF=13;SAR=3;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456787;STB=0.877964;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.172922;OID=.;OPOS=61577276;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:125:126:109:110:16:16:0.126984:3:13:48:61:2:14:48:62 chr20 61588159 . A G 2788.5 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5645;QD=62.6629;RBI=0.0311906;REFB=0;REVB=0.00593851;RO=0;SAF=77;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29109e-05;OID=.;OPOS=61588159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:177:178:1:100:77:0:0:100:78:0:0 chr20 61594679 . A G 1731.25 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.706;QD=60.7458;RBI=0.0260966;REFB=0;REVB=0.0232758;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77201e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:67:47:0:0:67:47:0:0 chr20 61597946 . CTTA CTA,CTAC 2115.35 PASS AF=1,0;AO=138,10;DP=156;FAO=156,0;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=68,0;FSAR=88,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298004,-0.0593585;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=24.8932,11.0052;QD=54.2398;RBI=0.0334648,0.0648092;REFB=0,0;REVB=0.0152259,-0.0260154;RO=0;SAF=57,4;SAR=81,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000100299,0.0206308;OID=.,.;OPOS=61597947,61597948;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:138,10:156:156,0:156:0:68,0:88,0:0:0:13:0:57,4:81,6:0:0 chr20 61869826 . C T 2593.98 PASS AF=0.982659;AO=170;DP=173;FAO=170;FDP=173;FR=.;FRO=3;FSAF=108;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0474545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7513;QD=59.9764;RBI=0.0670578;REFB=0.0313912;REVB=0.0473795;RO=2;SAF=108;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873186;STB=0.500587;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00143046;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:173:173:2:3:170:170:0.982659:62:108:2:0:62:108:2:1 chr20 61870167 . C A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7315;QD=43.4816;RBI=0.0862193;REFB=0;REVB=0.0610996;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00566715;OID=.;OPOS=61870167;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr20 61873080 . T A 1320.97 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.868;QD=62.1634;RBI=0.0609344;REFB=0;REVB=0.0363499;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160222;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:83:85:1:46:37:0:0:48:37:0:0 chr20 61878950 . A C 658.39 PASS AF=0.942308;AO=45;DP=48;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0119421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3493;QD=50.6456;RBI=0.0733432;REFB=-0.157259;REVB=0.0723644;RO=3;SAF=3;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324029;STB=0.515783;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.011545;OID=.;OPOS=61878950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:48:52:3:3:45:49:0.942308:42:3:0:3:46:3:0:3 chr20 61880169 . T G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.326;QD=60.5473;RBI=0.00882285;REFB=0;REVB=0.0073517;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38226e-05;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr20 61881296 . A G 2368.36 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=156;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00482925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6221;QD=60.3404;RBI=0.0122964;REFB=0.00543157;REVB=-0.0113083;RO=1;SAF=61;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503443;STB=0.502617;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-4.16677e-05;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:157:1:1:155:156:0.993631:94:61:0:1:95:61:0:1 chr20 61912715 . TG CG,GC 410.09 PASS AF=0.419355,0.0537634;AO=34,5;DP=91;FAO=39,5;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=19,4;FSAR=20,1;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0171822,0.00115952;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=188.751,178.705;QD=17.6382;RBI=0.0218325,0.014663;REFB=-0.0138354,-0.0143361;REVB=-0.0134696,-0.0146171;RO=45;SAF=15,4;SAR=19,1;SRF=18;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0423943,0.429287;STB=0.555527,0.842306;STBP=0.368,0.176;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0161129,0.0496699;OID=.,.;OPOS=61912715,61912715;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:45:49:34,5:39,5:0.419355,0.0537634:19,1:15,4:18:27:20,1:19,4:19:30 chr20 61918164 . C G 729.51 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000602255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.495;QD=57.2163;RBI=0.0280289;REFB=0;REVB=0.0280224;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107376;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:15:35:0:0:16:35:0:0 chr20 61918224 . C CG 43.61 PASS AF=0.27907;AO=14;DP=44;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0776946;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=39.0215;QD=4.0572;RBI=0.0789914;REFB=-0.0204693;REVB=0.0142545;RO=30;SAF=13;SAR=1;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.651161;STB=0.782094;STBP=0.033;TYPE=ins;VARB=0.114681;OID=.;OPOS=61918225;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907:14:44:12:43:31:10:2:15:16:43:30:13:1:13:17 chr20 61938843 . C A 495.97 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=118;FAO=52;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0223929;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.639;QD=17.1022;RBI=0.0356233;REFB=-0.0355198;REVB=0.0277053;RO=63;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291661;STB=0.549202;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0389216;OID=.;OPOS=61938843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:63:62:39:52:0.448276:20:19:29:34:33:19:28:34 chr20 61941747 . A G 1696.74 PASS AF=0.991304;AO=108;DP=109;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00659263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9762;QD=59.0169;RBI=0.029753;REFB=-0.0792997;REVB=0.0290134;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00137822;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:115:0:1:108:114:0.991304:61:47:0:0:66:48:0:1 chr20 61951489 . G C 1033.96 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7264;QD=59.0837;RBI=0.0817682;REFB=0;REVB=-0.0547417;RO=1;SAF=9;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496463;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60267e-05;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:1:0:68:70:1:59:9:1:0:60:10:0:0 chr20 61956782 . T C 698.52 PASS AF=0.377273;AO=87;DP=219;FAO=83;FDP=220;FR=.;FRO=137;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=84;FWDB=-0.0036718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3311;QD=12.7003;RBI=0.0477436;REFB=-0.0207038;REVB=-0.0476022;RO=108;SAF=33;SAR=54;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029483;STB=0.500866;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0250352;OID=.;OPOS=61956782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:108:137:87:83:0.377273:54:33:44:64:51:32:53:84 chr20 61981104 . C T 593.37 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.00230992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.101;QD=20.6391;RBI=0.00385822;REFB=-0.0222898;REVB=-0.00309032;RO=55;SAF=20;SAR=40;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593931;STB=0.503267;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0148405;OID=.;OPOS=61981104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:40:20:18:37:40:20:18:37 chr20 61981134 . G A 520.35 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0605963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.236;QD=20.4059;RBI=0.0664377;REFB=-0.0367938;REVB=0.0272407;RO=49;SAF=22;SAR=31;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432215;STB=0.523801;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0386912;OID=.;OPOS=61981134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:31:22:18:31:31:22:18:31 chr20 61981536 . A G 1433.99 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.066;QD=63.0326;RBI=0.0229188;REFB=0;REVB=0.0094339;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012574;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr20 61981554 . C A 1632.85 PASS AF=1;AO=85;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181656;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.414;QD=58.3159;RBI=0.0854302;REFB=0;REVB=0.0834766;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000944869;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:85:112:1:36:49:0:0:61:51:0:0 chr20 61981555 . G A 170.58 PASS AF=0.226891;AO=27;DP=119;FAO=27;FDP=119;FR=.;FRO=92;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.0309815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.0123;QD=5.7336;RBI=0.074933;REFB=-0.0413501;REVB=0.0682282;RO=92;SAF=2;SAR=25;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.648357;STB=0.906223;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0140135;OID=.;OPOS=61981555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:92:92:27:27:0.226891:25:2:50:42:25:2:50:42 chr20 61982085 . A G 2168.75 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377381;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.769;QD=62.8624;RBI=0.0393147;REFB=0;REVB=-0.0110221;RO=0;SAF=53;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31933e-05;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:137:138:1:84:53:0:0:85:53:0:0 chr20 61982124 . A G 2388.55 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544036;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.45;QD=61.2448;RBI=0.00607514;REFB=0;REVB=0.00270368;RO=0;SAF=61;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.35285e-05;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:95:61:0:0:95:61:0:0 chr20 62038276 . GT GG,G 6282.69 PASS AF=0.00194553,0.998054;AO=280,117;DP=473;FAO=1,513;FDP=514;FR=.;FRO=0;FSAF=0,231;FSAR=1,282;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.480406,0.00510627;FXX=0.0058026;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=8.76104,16.6589;QD=48.8925;RBI=0.496163,0.0228398;REFB=0,0;REVB=-0.124046,-0.0222617;RO=0;SAF=182,0;SAR=98,117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.094218,0.000352236;OID=.,.;OPOS=62038277,62038277;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.00194553,0.998054:280,117:473:1,513:514:0:0,231:1,282:0:0:16:0:182,0:98,117:0:0 chr20 62038378 . A T 308.37 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.0245411;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.312;QD=20.9067;RBI=0.0245686;REFB=-0.0296727;REVB=-0.00116286;RO=26;SAF=5;SAR=27;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00370177;STB=0.507095;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0163733;OID=.;OPOS=62038378;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:27:5:4:22:27:5:4:23 chr20 62070966 . G A 451.48 PASS AF=0.374101;AO=47;DP=136;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.0185212;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.026;QD=12.9921;RBI=0.0233171;REFB=-0.0136781;REVB=0.0141652;RO=89;SAF=18;SAR=29;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11672;STB=0.557438;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0215551;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:89:87:47:52:0.374101:29:18:43:46:31:21:43:44 chr20 62126185 . A G 2517.25 PASS AF=1;AO=163;DP=165;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509381;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0268;QD=61.7731;RBI=0.0710692;REFB=0;REVB=-0.0708864;RO=0;SAF=103;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000447223;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:163:0:0:163:163:1:60:103:0:0:60:103:0:0 chr20 62126299 . C T 4179.99 PASS AF=0.988971;AO=269;DP=274;FAO=269;FDP=272;FR=.;FRO=3;FSAF=120;FSAR=149;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00502671;FXX=0.007299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.038;QD=61.4704;RBI=0.00504843;REFB=0.0303145;REVB=-0.00046789;RO=3;SAF=120;SAR=149;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00239978;STB=0.501259;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.000148566;OID=.;OPOS=62126299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:274:272:3:3:269:269:0.988971:149:120:1:2:149:120:1:2 chr20 62161418 . G C 526.49 PASS AF=0.398693;AO=60;DP=152;FAO=61;FDP=153;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.096368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8291;QD=13.7645;RBI=0.0982233;REFB=-0.00364525;REVB=0.0190006;RO=91;SAF=31;SAR=29;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011565;STB=0.501718;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0111939;OID=.;OPOS=62161418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:91:92:60:61:0.398693:29:31:48:43:29:32:48:44 chr20 62161421 . G A 605.98 PASS AF=0.44;AO=64;DP=151;FAO=66;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0248093;FXX=0.00662208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.264;QD=16.1594;RBI=0.0413971;REFB=-0.030515;REVB=-0.0331394;RO=62;SAF=35;SAR=29;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420319;STB=0.540792;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0298808;OID=.;OPOS=62161421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:62:84:64:66:0.44:29:35:31:31:29:37:41:43 chr20 62166313 . C T 2461.12 PASS AF=0.494929;AO=242;DP=491;FAO=244;FDP=493;FR=.;FRO=249;FSAF=109;FSAR=135;FSRF=104;FSRR=145;FWDB=0.00614674;FXX=0.00202425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.429;QD=19.9685;RBI=0.0104665;REFB=-0.0131942;REVB=-0.00847139;RO=246;SAF=108;SAR=134;SRF=104;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219667;STB=0.514887;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0137965;OID=.;OPOS=62166313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:491:493:246:249:242:244:0.494929:134:108:104:142:135:109:104:145 chr20 62172219 . G A 974.17 PASS AF=0.418251;AO=105;DP=260;FAO=110;FDP=263;FR=.;FRO=153;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=85;FWDB=-0.00760874;FXX=0.0112778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.939;QD=14.8163;RBI=0.0300197;REFB=-0.00827636;REVB=0.0290394;RO=141;SAF=58;SAR=47;SRF=68;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722972;STB=0.553331;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0120428;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:263:141:153:105:110:0.418251:47:58:68:73:51:59:68:85 chr20 62172281 . C T 1656.19 PASS AF=0.557554;AO=153;DP=276;FAO=155;FDP=278;FR=.;FRO=123;FSAF=68;FSAR=87;FSRF=59;FSRR=64;FWDB=0.0541764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.157;QD=23.83;RBI=0.0551542;REFB=-0.0215908;REVB=-0.0103394;RO=123;SAF=66;SAR=87;SRF=59;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400985;STB=0.518316;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0137748;OID=.;OPOS=62172281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:278:123:123:153:155:0.557554:87:66:59:64:87:68:59:64 chr20 62173561 . C G 942.02 PASS AF=0.519553;AO=91;DP=177;FAO=93;FDP=179;FR=.;FRO=86;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.0112769;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.969;QD=21.0507;RBI=0.0192264;REFB=-0.0231987;REVB=0.0155719;RO=86;SAF=43;SAR=48;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793399;STB=0.53821;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0130613;OID=.;OPOS=62173561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:86:86:91:93:0.519553:48:43:33:53:50:43:33:53 chr20 62173562 . G T 839.11 PASS AF=0.477778;AO=86;DP=180;FAO=86;FDP=180;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.0144128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.614;QD=18.647;RBI=0.0167905;REFB=-0.0125168;REVB=-0.00861356;RO=94;SAF=33;SAR=53;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722389;STB=0.539937;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0136755;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:94:94:86:86:0.477778:53:33:43:51:53:33:43:51 chr20 62173925 . T G 178.67 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0221407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.619;QD=22.3335;RBI=0.0221448;REFB=-0.0208453;REVB=-0.000429041;RO=14;SAF=3;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340421;STB=0.694197;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0127738;OID=.;OPOS=62173925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:15:3:7:7:15:3:7:7 chr20 62173927 . G A 149.48 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0162459;FXX=0.096743;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.828;QD=21.3547;RBI=0.033495;REFB=-0.00872665;REVB=0.0292913;RO=9;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215071;STB=0.689375;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0253396;OID=.;OPOS=62173927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:9:13:15:15:0.535714:12:3:4:5:12:3:7:6 chr20 62174724 . G A 411.32 PASS AF=0.442308;AO=44;DP=105;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0019556;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8597;QD=15.8199;RBI=0.055654;REFB=-0.0117288;REVB=0.0556196;RO=59;SAF=27;SAR=17;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923599;STB=0.52985;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0240768;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:59:58:44:46:0.442308:17:27:31:28:19:27:31:27 chr20 62187187 . T C 573.38 PASS AF=0.64557;AO=50;DP=78;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=0.00567272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.427;QD=29.032;RBI=0.0200179;REFB=-0.0278335;REVB=0.0191973;RO=28;SAF=30;SAR=20;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185123;STB=0.596494;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0141802;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:28:28:50:51:0.64557:20:30:24:4:20:31:24:4 chr20 62187439 . T C 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0482858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.253;QD=32.2099;RBI=0.0486022;REFB=-0.0122403;REVB=0.00553669;RO=14;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309833;STB=0.516951;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00631358;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:16:13:7:7:16:13:7:7 chr20 62191321 . A G 1120.25 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511066;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.955;QD=60.554;RBI=0.0170535;REFB=0;REVB=-0.0162697;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193347;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:39:35:0:0 chr20 62191937 . G A 164.05 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0185485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.31;QD=14.2655;RBI=0.0186605;REFB=0.0114811;REVB=0.00204169;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813272;STB=0.547211;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0242645;OID=.;OPOS=62191937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:11:7:13:15:11:7:13:15 chr20 62191974 . G A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.139105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.611;QD=14.1391;RBI=0.141854;REFB=0.00480092;REVB=0.0277931;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101061;STB=0.558741;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0126529;OID=.;OPOS=62191974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:8:12:7:7:8:12 chr20 62193019 . C T 216.18 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.000963089;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.638;QD=12.0097;RBI=0.00820258;REFB=-0.0131601;REVB=-0.00814584;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944692;STB=0.606686;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0212649;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:46:26:26:0.361111:12:14:17:21:12:14:17:29 chr20 62193445 . G A 311.88 PASS AF=0.357798;AO=38;DP=109;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00602682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.428;QD=11.445;RBI=0.0136034;REFB=-0.00961205;REVB=0.0121955;RO=70;SAF=14;SAR=24;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167293;STB=0.602066;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0151482;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:70:70:38:39:0.357798:24:14:36:34:25:14:36:34 chr20 62194030 . G C 4877.76 PASS AF=1;AO=311;DP=311;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174447;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.521;QD=62.7365;RBI=0.0263188;REFB=0;REVB=0.0197069;RO=0;SAF=154;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64802e-06;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:311:311:0:0:311:311:1:157:154:0:0:157:154:0:0 chr20 62194103 . A G 4537.58 PASS AF=1;AO=278;DP=280;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.765;QD=63.2415;RBI=0.0336861;REFB=0;REVB=0.0211425;RO=0;SAF=140;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03401e-05;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:280:287:0:0:278:287:1:138:140:0:0:145:142:0:0 chr20 62194128 . G A 1136.87 PASS AF=0.437276;AO=122;DP=279;FAO=122;FDP=279;FR=.;FRO=157;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=74;FSRR=83;FWDB=0.00192214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7005;QD=16.2992;RBI=0.0361561;REFB=0.00762665;REVB=0.036105;RO=156;SAF=55;SAR=67;SRF=74;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239586;STB=0.51163;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00825145;OID=.;OPOS=62194128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:156:157:122:122:0.437276:67:55:74:82:67:55:74:83 chr20 62195220 . C T 415.13 PASS AF=0.45;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0182245;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.9476;QD=16.6053;RBI=0.0267451;REFB=-0.00610058;REVB=-0.0195746;RO=52;SAF=28;SAR=17;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138842;STB=0.583824;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0157975;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:52:55:45:45:0.45:17:28:25:27:17:28:26:29 chr20 62195672 . C T 566.71 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0401708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5721;QD=18.5807;RBI=0.0521126;REFB=-0.000215202;REVB=0.0331968;RO=63;SAF=21;SAR=38;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146972;STB=0.581548;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000743774;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:63:59:59:0.483607:38:21:32:31:38:21:32:31 chr20 62196807 . T C 3098.26 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192637;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.033;QD=61.3516;RBI=0.0293178;REFB=-0.0737968;REVB=0.0221008;RO=1;SAF=91;SAR=111;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520544;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120647;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:202:1:0:202:202:1:111:91:1:0:111:91:0:0 chr20 62196884 . A G 4780.62 PASS AF=1;AO=297;DP=297;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.271;QD=63.9547;RBI=0.0509751;REFB=0;REVB=-0.0465734;RO=0;SAF=146;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52594e-05;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:297:299:0:0:297:299:1:151:146:0:0:151:148:0:0 chr20 62198236 . G A 1525.6 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593392;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.308;QD=59.8275;RBI=0.0613184;REFB=0;REVB=0.0154534;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78668e-05;OID=.;OPOS=62198236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:43:59:0:0:43:59:0:0 chr20 62198348 . C T 2254.83 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.252;QD=63.5163;RBI=0.0495604;REFB=0;REVB=0.022223;RO=0;SAF=69;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12322e-05;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:142:0:0:140:142:1:71:69:0:0:72:70:0:0 chr20 62198662 . A G 1583.17 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1025;QD=58.6358;RBI=0.0312616;REFB=0.00584975;REVB=-0.0291025;RO=0;SAF=75;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137183;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:105:108:0:0:104:108:1:29:75:0:0:29:79:0:0 chr20 62200575 . T C 1969.8 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5545;QD=62.041;RBI=0.120217;REFB=0;REVB=0.111358;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242693;OID=.;OPOS=62200575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:63:63:0:0:64:63:0:0 chr20 62200860 . A G 3313.69 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780421;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.833;QD=61.6501;RBI=0.0879024;REFB=-0.0717771;REVB=0.0404507;RO=0;SAF=108;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239152;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:212:215:0:0:211:215:1:103:108:0:0:105:110:0:0 chr20 62221610 . T C 3004.78 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205007;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.443;QD=63.5933;RBI=0.0257616;REFB=0;REVB=0.0156008;RO=0;SAF=91;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20149e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:98:91:0:0:98:91:0:0 chr20 62227081 . A G 1731.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.773;QD=60.7472;RBI=0.013457;REFB=0;REVB=0.013348;RO=0;SAF=39;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56729e-05;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:75:39:0:0:75:39:0:0 chr20 62236148 . T C 464.53 PASS AF=0.529412;AO=41;DP=82;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00681821;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.179;QD=21.8604;RBI=0.049199;REFB=-0.0578568;REVB=0.0487243;RO=40;SAF=14;SAR=27;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191962;STB=0.619257;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0451337;OID=.;OPOS=62236148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:40:40:41:45:0.529412:27:14:22:18:31:14:22:18 chr20 62272706 . T C 395.83 PASS AF=0.302857;AO=53;DP=174;FAO=53;FDP=175;FR=.;FRO=122;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=-0.062664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8074;QD=9.04758;RBI=0.0804646;REFB=-0.0248092;REVB=-0.0504754;RO=121;SAF=30;SAR=23;SRF=51;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171393;STB=0.596628;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0563246;OID=.;OPOS=62272706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:121:122:53:53:0.302857:23:30:51:70:23:30:52:70 chr20 62309554 . C T 621.81 PASS AF=0.433962;AO=69;DP=158;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.000858022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.913;QD=15.643;RBI=0.00562389;REFB=-0.0126262;REVB=0.00555805;RO=85;SAF=30;SAR=39;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941238;STB=0.543442;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0179364;OID=.;OPOS=62309554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:85:90:69:69:0.433962:39:30:45:40:39:30:46:44 chr20 62319464 . T C 320.41 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0205362;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.289;QD=15.6299;RBI=0.0205362;REFB=-0.0217581;REVB=-4.90347e-05;RO=49;SAF=19;SAR=16;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511455;STB=0.543116;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.026189;OID=.;OPOS=62319464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:49:47:35:35:0.426829:16:19:29:20:16:19:29:18 chr20 62320929 . C T 949.62 PASS AF=0.480583;AO=98;DP=205;FAO=99;FDP=206;FR=.;FRO=107;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=0.0463707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6949;QD=18.4393;RBI=0.0465906;REFB=-0.00575729;REVB=-0.00452136;RO=105;SAF=49;SAR=49;SRF=61;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760067;STB=0.538665;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00844404;OID=.;OPOS=62320929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:105:107:98:99:0.480583:49:49:61:44:49:50:62:45 chr20 62320968 . T C 667.96 PASS AF=0.458599;AO=72;DP=157;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=58;FSRR=27;FWDB=-0.000661623;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.018;QD=17.0181;RBI=0.00338727;REFB=-0.00759623;REVB=0.00332203;RO=85;SAF=40;SAR=32;SRF=58;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127594;STB=0.570578;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0110418;OID=.;OPOS=62320968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:85:85:72:72:0.458599:32:40:58:27:32:40:58:27 chr20 62321655 . G A 588.23 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.01119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.374;QD=22.6242;RBI=0.0161915;REFB=-0.0113888;REVB=0.0117025;RO=44;SAF=28;SAR=30;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494169;STB=0.517235;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0117822;OID=.;OPOS=62321655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:44:46:58:58:0.557692:30:28:24:20:30:28:24:22 chr20 62322288 . T C 989.59 PASS AF=0.45339;AO=94;DP=225;FAO=107;FDP=236;FR=.;FRO=129;FSAF=36;FSAR=71;FSRF=52;FSRR=77;FWDB=-0.00447432;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.27;QD=16.7727;RBI=0.00455748;REFB=-0.0153864;REVB=0.000866646;RO=125;SAF=24;SAR=70;SRF=49;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166206;STB=0.53973;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0166021;OID=.;OPOS=62322288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:236:125:129:94:107:0.45339:70:24:49:76:71:36:52:77 chr20 62324289 . C T 940.58 PASS AF=0.426778;AO=98;DP=236;FAO=102;FDP=239;FR=.;FRO=137;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=78;FSRR=59;FWDB=0.0102265;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0113;QD=15.7419;RBI=0.0279356;REFB=-1.35373e-05;REVB=0.0259965;RO=138;SAF=46;SAR=52;SRF=79;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10753;STB=0.556417;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=8.99357e-05;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:239:138:137:98:102:0.426778:52:46:79:59:54:48:78:59 chr20 62326110 . A C 1024.51 PASS AF=0.426415;AO=112;DP=264;FAO=113;FDP=265;FR=.;FRO=152;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=96;FSRR=56;FWDB=0.038476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.612;QD=15.4642;RBI=0.0556798;REFB=-0.0127563;REVB=-0.0402472;RO=150;SAF=58;SAR=54;SRF=94;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112751;STB=0.563246;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0312105;OID=.;OPOS=62326110;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:265:150:152:112:113:0.426415:54:58:94:56:54:59:96:56 chr20 62328267 . C T 1820.07 PASS AF=0.56229;AO=167;DP=297;FAO=167;FDP=297;FR=.;FRO=130;FSAF=76;FSAR=91;FSRF=57;FSRR=73;FWDB=0.0192374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9854;QD=24.5127;RBI=0.0205086;REFB=-0.0158759;REVB=0.00710787;RO=130;SAF=76;SAR=91;SRF=57;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135355;STB=0.507346;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0168556;OID=.;OPOS=62328267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:130:130:167:167:0.56229:91:76:57:73:91:76:57:73 chr20 62328375 . A G 1914.98 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.08;QD=61.7737;RBI=0.0110698;REFB=0;REVB=-0.00372104;RO=0;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3047e-06;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:59:65:0:0:59:65:0:0 chr20 62328453 . T C 1079.41 PASS AF=0.5;AO=109;DP=219;FAO=109;FDP=218;FR=.;FRO=109;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=65;FSRR=44;FWDB=-0.0157491;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.58;QD=19.8057;RBI=0.022492;REFB=-0.0188473;REVB=0.0160578;RO=109;SAF=60;SAR=49;SRF=65;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042415;STB=0.523276;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0181403;OID=.;OPOS=62328453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:109:109:109:109:0.5:49:60:65:44:49:60:65:44 chr20 62328742 . C T 473.94 PASS AF=0.444444;AO=50;DP=118;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.00413287;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.083;QD=16.203;RBI=0.0176455;REFB=-0.0284115;REVB=-0.0171547;RO=66;SAF=26;SAR=24;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158171;STB=0.565976;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0325524;OID=.;OPOS=62328742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:66:65:50:52:0.444444:24:26:24:42:25:27:26:39 chr20 62328829 . C G 605.62 PASS AF=0.405882;AO=69;DP=170;FAO=69;FDP=170;FR=.;FRO=101;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.0137266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.234;QD=14.2498;RBI=0.0169704;REFB=-0.00115917;REVB=-0.00997866;RO=100;SAF=35;SAR=34;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00763568;STB=0.501364;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00163606;OID=.;OPOS=62328829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:100:101:69:69:0.405882:34:35:50:50:34:35:51:50 chr20 62331989 . T G 907.21 PASS AF=0.572414;AO=83;DP=146;FAO=83;FDP=145;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.0405392;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7294;QD=25.0265;RBI=0.0435203;REFB=-0.0198442;REVB=-0.0158299;RO=62;SAF=39;SAR=44;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117185;STB=0.563682;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00807966;OID=.;OPOS=62331989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:62:62:83:83:0.572414:44:39:20:42:44:39:20:42 chr20 62332638 . A AC 1147.49 PASS AF=1;AO=89;DP=208;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466346;FXX=0.406843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.309;QD=37.9335;RBI=0.13035;REFB=0;REVB=-0.121723;RO=111;SAF=39;SAR=50;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00328385;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000247633;OID=.;OPOS=62332639;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:208:121:121:0:62:59:0:0:24:111:39:50:49:62 chr20 62332641 . T C 950.45 PASS AF=0.480952;AO=97;DP=206;FAO=101;FDP=210;FR=.;FRO=109;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=-0.00694517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.472;QD=18.1037;RBI=0.0120297;REFB=-0.00857638;REVB=0.0098223;RO=104;SAF=49;SAR=48;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860436;STB=0.542427;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0129023;OID=.;OPOS=62332641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:210:104:109:97:101:0.480952:48:49:43:61:52:49:44:65 chr20 62340115 . C G 1391.56 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.867;QD=61.1673;RBI=0.0445968;REFB=0;REVB=0.0327392;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111745;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:91:0:0:87:91:1:43:44:0:0:47:44:0:0 chr20 62364653 . G T 534.41 PASS AF=0.520408;AO=50;DP=97;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0281885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.034;QD=21.8127;RBI=0.0281975;REFB=-0.027385;REVB=0.000711639;RO=47;SAF=9;SAR=41;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393879;STB=0.70411;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0187496;OID=.;OPOS=62364653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:47:47:50:51:0.520408:41:9:26:21:41:10:26:21 chr20 62372813 . G A 1996.9 PASS AF=0.992308;AO=127;DP=129;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357894;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.188;QD=61.443;RBI=0.036707;REFB=-0.0883298;REVB=0.00815611;RO=1;SAF=49;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959857;STB=0.50495;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=9.2855e-05;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:130:1:1:127:129:0.992308:78:49:1:0:79:50:1:0 chr20 62373707 . G T 782.38 PASS AF=0.548148;AO=74;DP=135;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0153343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.966;QD=23.1815;RBI=0.015475;REFB=-0.0236904;REVB=-0.00208146;RO=61;SAF=47;SAR=27;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039575;STB=0.521659;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0205522;OID=.;OPOS=62373707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:61:61:74:74:0.548148:27:47:36:25:27:47:36:25 chr20 62375333 . T C 46.86 PASS AF=0.208333;AO=5;DP=30;FAO=5;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0764996;FXX=0.199933;HRUN=7;LEN=1;MLLD=17.6943;QD=7.80952;RBI=0.0921617;REFB=-0.0619431;REVB=-0.0513964;RO=12;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492347;STB=0.844921;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0328929;OID=.;OPOS=62375333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:30:24:12:14:5:5:0.208333:4:1:8:4:4:1:10:4 chr20 62378349 . C T 710.73 PASS AF=0.566667;AO=68;DP=120;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.017275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8029;QD=23.6909;RBI=0.0674422;REFB=-0.0224437;REVB=0.0651922;RO=51;SAF=25;SAR=43;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462016;STB=0.519164;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0198167;OID=.;OPOS=62378349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:51:52:68:68:0.566667:43:25:16:35:43:25:17:35 chr20 62378364 . C T 815.54 PASS AF=0.595238;AO=75;DP=126;FAO=75;FDP=126;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.000833393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.176;QD=25.8901;RBI=0.00642334;REFB=-0.00525024;REVB=-0.00636904;RO=51;SAF=27;SAR=48;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00571364;STB=0.503105;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00346107;OID=.;OPOS=62378364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:51:51:75:75:0.595238:48:27:18:33:48:27:18:33 chr20 62421622 . A G 1752.48 PASS AF=0.498551;AO=170;DP=343;FAO=172;FDP=345;FR=.;FRO=173;FSAF=98;FSAR=74;FSRF=83;FSRR=90;FWDB=-0.00528797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.501;QD=20.3187;RBI=0.00952703;REFB=-0.00813831;REVB=0.00792475;RO=171;SAF=97;SAR=73;SRF=82;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08388;STB=0.545437;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00715953;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:345:171:173:170:172:0.498551:73:97:82:89:74:98:83:90 chr20 62422080 . T C 91.31 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0115736;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.431;QD=7.93978;RBI=0.0310217;REFB=-0.0113905;REVB=0.028782;RO=34;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168481;STB=0.604144;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0243452;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:47:46:34:34:12:12:0.26087:5:7:15:19:5:7:15:19 chr20 62522466 . A G 1381.23 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.829;QD=62.0778;RBI=0.0509778;REFB=0;REVB=0.0422682;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132062;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:89:0:0:85:89:1:47:38:0:0:48:41:0:0 chr20 62540460 . A G 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9875;QD=64.1433;RBI=0.0301387;REFB=0;REVB=0.00257227;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353057;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr20 62576991 . G A 2048.88 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00808227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.712;QD=61.6204;RBI=0.0207575;REFB=0.0103038;REVB=0.0191194;RO=1;SAF=76;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621337;STB=0.503267;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-1.27713e-05;OID=.;OPOS=62576991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:56:76:1:0:56:76:1:0 chr20 62703490 . C T 546.41 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-6.71432e-07;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.656;QD=20.2374;RBI=0.0103475;REFB=-0.00076049;REVB=0.0103475;RO=51;SAF=30;SAR=26;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977828;STB=0.548176;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000994409;OID=.;OPOS=62703490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:52:56:56:0.518519:26:30:33:18:26:30:33:19 chr20 62714783 . C G 2762.6 PASS AF=0.492908;AO=275;DP=560;FAO=278;FDP=564;FR=.;FRO=286;FSAF=121;FSAR=157;FSRF=105;FSRR=181;FWDB=0.0658541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.904;QD=19.5929;RBI=0.066177;REFB=-0.0341968;REVB=0.00652913;RO=284;SAF=120;SAR=155;SRF=104;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668594;STB=0.535452;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0408656;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:560:564:284:286:275:278:0.492908:155:120:104:180:157:121:105:181 chr20 62729431 . C T 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00960966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.077;QD=9.62331;RBI=0.00963524;REFB=-0.00626518;REVB=-0.000701612;RO=40;SAF=8;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197248;STB=0.630445;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0166713;OID=.;OPOS=62729431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:42:20:20:0.322581:12:8:23:17:12:8:25:17 chr20 62737318 . G A 679.83 PASS AF=0.554622;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0192987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.859;QD=22.8513;RBI=0.0193995;REFB=-0.0318652;REVB=0.00197568;RO=53;SAF=24;SAR=42;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120206;STB=0.506577;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0231597;OID=.;OPOS=62737318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:53:53:66:66:0.554622:42:24:20:33:42:24:20:33 chr20 62859361 . G A 723.43 PASS AF=0.392523;AO=84;DP=214;FAO=84;FDP=214;FR=.;FRO=130;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=76;FWDB=-0.00382629;FXX=0.00465095;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.341;QD=13.522;RBI=0.00470011;REFB=-0.00112847;REVB=-0.00272957;RO=130;SAF=39;SAR=45;SRF=54;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533296;STB=0.529979;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00184661;OID=.;OPOS=62859361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:130:130:84:84:0.392523:45:39:54:76:45:39:54:76 chr21 9825948 . T C 75.87 PASS AF=0.142857;AO=15;DP=105;FAO=15;FDP=105;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=61;FSRR=29;FWDB=-0.0157787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.829;QD=2.89021;RBI=0.0398576;REFB=-0.00393381;REVB=-0.0366013;RO=89;SAF=14;SAR=1;SRF=61;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46443;STB=0.847882;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0299482;OID=.;OPOS=9825948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:105:105:89:90:15:15:0.142857:1:14:61:28:1:14:61:29 chr21 9907271 . A G 2262.94 PASS AF=0.559682;AO=210;DP=374;FAO=211;FDP=377;FR=.;FRO=166;FSAF=106;FSAR=105;FSRF=86;FSRR=80;FWDB=-0.0246568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9669;QD=24.01;RBI=0.0641453;REFB=-0.00383193;REVB=-0.059217;RO=164;SAF=105;SAR=105;SRF=85;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014788;STB=0.506914;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00334261;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:377:164:166:210:211:0.559682:105:105:85:79:105:106:86:80 chr21 9907276 . T G 39.2 PASS AF=0.0729167;AO=30;DP=392;FAO=28;FDP=384;FR=.;FRO=356;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=173;FSRR=183;FWDB=-0.00271639;FXX=0.0253801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.394;QD=0.4083;RBI=0.00457849;REFB=-0.0051717;REVB=-0.00368562;RO=348;SAF=18;SAR=12;SRF=171;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124989;STB=0.645141;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.122968;OID=.;OPOS=9907276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:392:384:348:356:30:28:0.0729167:12:18:171:177:10:18:173:183 chr21 9907279 . G T 82.95 PASS AF=0.079602;AO=32;DP=402;FAO=32;FDP=402;FR=.;FRO=370;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=177;FSRR=193;FWDB=-0.000923051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.959;QD=0.825343;RBI=0.00216374;REFB=-0.00127522;REVB=-0.00195697;RO=370;SAF=20;SAR=12;SRF=177;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168533;STB=0.634199;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00974661;OID=.;OPOS=9907279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:402:402:370:370:32:32:0.079602:12:20:177:193:12:20:177:193 chr21 9907302 . C T 125.78 PASS AF=0.0923077;AO=42;DP=455;FAO=42;FDP=455;FR=.;FRO=413;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=196;FSRR=217;FWDB=0.00556933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.509;QD=1.10572;RBI=0.0101411;REFB=0.000164848;REVB=-0.00847493;RO=412;SAF=23;SAR=19;SRF=196;SRR=216;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862018;STB=0.566034;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00161973;OID=.;OPOS=9907302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:455:455:412:413:42:42:0.0923077:19:23:196:216:19:23:196:217 chr21 9907322 . G T 117.87 PASS AF=0.0876827;AO=42;DP=479;FAO=42;FDP=479;FR=.;FRO=437;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=209;FSRR=228;FWDB=0.0423054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6264;QD=0.984334;RBI=0.0428585;REFB=0.00314856;REVB=0.00686345;RO=435;SAF=24;SAR=18;SRF=208;SRR=227;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11051;STB=0.58463;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0291778;OID=.;OPOS=9907322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:479:479:435:437:42:42:0.0876827:18:24:208:227:18:24:209:228 chr21 9907324 . G C 539.89 PASS AF=0.19833;AO=95;DP=479;FAO=95;FDP=479;FR=.;FRO=384;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=182;FSRR=202;FWDB=0.000697749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.452;QD=4.5085;RBI=0.00105058;REFB=-0.00486535;REVB=0.000785403;RO=383;SAF=54;SAR=41;SRF=182;SRR=201;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120571;STB=0.575561;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0172508;OID=.;OPOS=9907324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:479:479:383:384:95:95:0.19833:41:54:182:201:41:54:182:202 chr21 9907340 . A G 1923.32 PASS AF=0.464953;AO=198;DP=431;FAO=199;FDP=428;FR=.;FRO=229;FSAF=106;FSAR=93;FSRF=106;FSRR=123;FWDB=0.00352417;FXX=0.0115471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.664;QD=17.975;RBI=0.00659368;REFB=-0.00484415;REVB=-0.00557286;RO=233;SAF=106;SAR=92;SRF=106;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787418;STB=0.53731;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00512029;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:431:428:233:229:198:199:0.464953:92:106:106:127:93:106:106:123 chr21 9907343 . G A 31.49 PASS AF=0.0509259;AO=22;DP=432;FAO=22;FDP=432;FR=.;FRO=410;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=201;FSRR=209;FWDB=-0.0115836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.128;QD=0.291565;RBI=0.0449163;REFB=-8.95137e-05;REVB=0.0433969;RO=400;SAF=14;SAR=8;SRF=199;SRR=201;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138069;STB=0.638378;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00148283;OID=.;OPOS=9907343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:432:432:400:410:22:22:0.0509259:8:14:199:201:8:14:201:209 chr21 9907345 . C T 1025.41 PASS AF=0.310185;AO=134;DP=432;FAO=134;FDP=432;FR=.;FRO=298;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=151;FSRR=147;FWDB=0.0185485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.26;QD=9.49455;RBI=0.0379478;REFB=-0.00167584;REVB=-0.0331057;RO=295;SAF=62;SAR=72;SRF=148;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466491;STB=0.530396;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00362039;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:432:295:298:134:134:0.310185:72:62:148:147:72:62:151:147 chr21 9907375 . T C 1768.5 PASS AF=0.497207;AO=178;DP=361;FAO=178;FDP=358;FR=.;FRO=180;FSAF=86;FSAR=92;FSRF=95;FSRR=85;FWDB=-0.0179447;FXX=0.00831002;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0371;QD=19.7598;RBI=0.0272767;REFB=0.00721405;REVB=-0.0205428;RO=176;SAF=86;SAR=92;SRF=94;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462384;STB=0.52243;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00795219;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:358:176:180:178:178:0.497207:92:86:94:82:92:86:95:85 chr21 9907384 . GC AA,AC 1844.0 PASS AF=0.0424929,0.487252;AO=15,171;DP=353;FAO=15,172;FDP=353;FR=.;FRO=166;FSAF=9,81;FSAR=6,91;FSRF=91;FSRR=75;FWDB=-0.011464,-0.0010828;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=185.239,163.392;QD=20.8951;RBI=0.0114908,0.0230016;REFB=-0.00768534,-0.0181048;REVB=-0.000785385,0.0229761;RO=162;SAF=9,80;SAR=6,91;SRF=90;SRR=72;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0521896,-0.0779698;STB=0.548467,0.537902;STBP=0.755,0.131;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000429353,0.0124597;OID=.,.;OPOS=9907384,9907384;OREF=GC,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:353:353:162:166:15,171:15,172:0.0424929,0.487252:6,91:9,80:90:72:6,91:9,81:91:75 chr21 9907397 . C T 1675.63 PASS AF=0.512422;AO=165;DP=323;FAO=165;FDP=322;FR=.;FRO=157;FSAF=79;FSAR=86;FSRF=85;FSRR=72;FWDB=-0.0359239;FXX=0.00309588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8447;QD=20.8153;RBI=0.038659;REFB=-0.00746224;REVB=-0.0142827;RO=156;SAF=79;SAR=86;SRF=85;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586965;STB=0.530501;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0133756;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:322:156:157:165:165:0.512422:86:79:85:71:86:79:85:72 chr21 9907416 . C T 665.96 PASS AF=0.311828;AO=87;DP=279;FAO=87;FDP=279;FR=.;FRO=192;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=90;FSRR=102;FWDB=-0.0335147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.732;QD=9.54774;RBI=0.034089;REFB=-0.0155261;REVB=-0.00623085;RO=191;SAF=34;SAR=53;SRF=90;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978268;STB=0.554961;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0231844;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:191:192:87:87:0.311828:53:34:90:101:53:34:90:102 chr21 9907419 . A G 294.79 PASS AF=0.2;AO=52;DP=256;FAO=51;FDP=255;FR=.;FRO=204;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=85;FSRR=119;FWDB=-0.00764208;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.825;QD=4.62415;RBI=0.0250174;REFB=-0.0130642;REVB=-0.0238216;RO=202;SAF=21;SAR=31;SRF=84;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159345;STB=0.50404;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0445132;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:202:204:52:51:0.2:31:21:84:118:30:21:85:119 chr21 9907422 . G A 280.61 PASS AF=0.19917;AO=48;DP=241;FAO=48;FDP=241;FR=.;FRO=193;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=81;FSRR=112;FWDB=0.00890106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.745;QD=4.65744;RBI=0.0684014;REFB=-0.000257047;REVB=0.0678198;RO=193;SAF=21;SAR=27;SRF=81;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233763;STB=0.514537;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00106286;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:193:193:48:48:0.19917:27:21:81:112:27:21:81:112 chr21 9907431 . G A 186.52 PASS AF=0.165179;AO=37;DP=224;FAO=37;FDP=224;FR=.;FRO=187;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=80;FSRR=107;FWDB=-0.00537044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5325;QD=3.33078;RBI=0.00832489;REFB=0.00227022;REVB=0.00636099;RO=187;SAF=11;SAR=26;SRF=80;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179957;STB=0.617849;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.012872;OID=.;OPOS=9907431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:187:187:37:37:0.165179:26:11:80:107:26:11:80:107 chr21 9907434 . T A 70.83 PASS AF=0.0963303;AO=20;DP=206;FAO=21;FDP=218;FR=.;FRO=197;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=83;FSRR=114;FWDB=-0.0779472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.487;QD=1.29972;RBI=0.0780179;REFB=-0.00197323;REVB=0.00332168;RO=186;SAF=7;SAR=13;SRF=72;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474571;STB=0.584333;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0381271;OID=.;OPOS=9907434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:206:218:186:197:20:21:0.0963303:13:7:72:114:14:7:83:114 chr21 9907438 . A T 84.32 PASS AF=0.108911;AO=22;DP=205;FAO=22;FDP=202;FR=.;FRO=180;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=75;FSRR=105;FWDB=-0.00575366;FXX=0.0194165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.113;QD=1.66971;RBI=0.0214492;REFB=-0.00482758;REVB=-0.0206631;RO=181;SAF=8;SAR=14;SRF=79;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922128;STB=0.549623;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0307835;OID=.;OPOS=9907438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:205:202:181:180:22:22:0.108911:14:8:79:102:14:8:75:105 chr21 9907503 . C A 110.4 PASS AF=0.280702;AO=15;DP=56;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0237892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.863;QD=7.74765;RBI=0.0262461;REFB=-0.0109235;REVB=-0.0110876;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112576;STB=0.588126;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0306731;OID=.;OPOS=9907503;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:41:41:15:16:0.280702:7:8:18:23:7:9:18:23 chr21 9907527 . G C 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0341097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.032;QD=5.37249;RBI=0.0415689;REFB=-0.0107443;REVB=-0.0237592;RO=30;SAF=1;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570558;STB=0.874063;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0236863;OID=.;OPOS=9907527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:7:1:18:12:7:1:18:12 chr21 9908330 . AC GC,GG 5494.68 PASS AF=0.257534,0.742466;AO=93,271;DP=368;FAO=94,271;FDP=365;FR=.;FRO=0;FSAF=40,132;FSAR=54,139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245012,-0.0149445;FXX=0.00815195;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=159.064,117.63;QD=60.2157;RBI=0.0179213,0.0231818;REFB=-0.0858625,-0.0849682;REVB=-0.017753,-0.0177217;RO=1;SAF=40,132;SAR=53,139;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0117049,-0.00359848;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0187596,0.00309055;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:368:365:1:0:93,271:94,271:0.257534,0.742466:53,139:40,132:1:0:54,139:40,132:0:0 chr21 9908380 . G A 118.02 PASS AF=0.0847784;AO=44;DP=519;FAO=44;FDP=519;FR=.;FRO=475;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=233;FSRR=242;FWDB=-0.0172332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1002;QD=0.909614;RBI=0.0184217;REFB=-0.00351223;REVB=-0.00650952;RO=467;SAF=29;SAR=15;SRF=233;SRR=234;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190319;STB=0.654678;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0450123;OID=.;OPOS=9908380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:519:519:467:475:44:44:0.0847784:15:29:233:234:15:29:233:242 chr21 9909078 . G A 2692.13 PASS AF=0.424818;AO=291;DP=687;FAO=291;FDP=685;FR=.;FRO=394;FSAF=154;FSAR=137;FSRF=174;FSRR=220;FWDB=0.00351492;FXX=0.0043604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.24;QD=15.7204;RBI=0.0269754;REFB=-0.0198491;REVB=0.0267454;RO=394;SAF=154;SAR=137;SRF=174;SRR=220;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905983;STB=0.55025;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0223683;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:687:685:394:394:291:291:0.424818:137:154:174:220:137:154:174:220 chr21 9909079 . C T 83.32 PASS AF=0.064194;AO=46;DP=702;FAO=45;FDP=701;FR=.;FRO=656;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=319;FSRR=337;FWDB=0.00432887;FXX=0.00284491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.893;QD=0.475427;RBI=0.0390652;REFB=-0.00394694;REVB=-0.0388246;RO=654;SAF=18;SAR=28;SRF=317;SRR=337;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102728;STB=0.602529;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0481542;OID=.;OPOS=9909079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:702:701:654:656:46:45:0.064194:28:18:317:337:28:17:319:337 chr21 9909080 . G A 464.7 PASS AF=0.146515;AO=103;DP=704;FAO=103;FDP=703;FR=.;FRO=600;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=287;FSRR=313;FWDB=-0.00986944;FXX=0.00142043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.712;QD=2.64409;RBI=0.00989612;REFB=-0.00721941;REVB=0.000726194;RO=595;SAF=51;SAR=52;SRF=282;SRR=313;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274818;STB=0.514352;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.036277;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:704:703:595:600:103:103:0.146515:52:51:282:313:52:51:287:313 chr21 9909089 . T C 68.52 PASS AF=0.0582011;AO=44;DP=756;FAO=44;FDP=756;FR=.;FRO=712;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=345;FSRR=367;FWDB=-0.00893309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.589;QD=0.362518;RBI=0.0400684;REFB=-0.00126611;REVB=-0.0390599;RO=711;SAF=18;SAR=26;SRF=344;SRR=367;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786412;STB=0.571552;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0226443;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:756:756:711:712:44:44:0.0582011:26:18:344:367:26:18:345:367 chr21 9909121 . C T 172.54 PASS AF=0.081448;AO=72;DP=884;FAO=72;FDP=884;FR=.;FRO=812;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=389;FSRR=423;FWDB=0.0116048;FXX=0.00225731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.638;QD=0.780723;RBI=0.0234614;REFB=-0.00209757;REVB=-0.0203903;RO=805;SAF=33;SAR=39;SRF=388;SRR=417;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278204;STB=0.519109;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0231296;OID=.;OPOS=9909121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:884:884:805:812:72:72:0.081448:39:33:388:417:39:33:389:423 chr21 9909122 . G A 67.06 PASS AF=0.0548098;AO=49;DP=893;FAO=49;FDP=894;FR=.;FRO=845;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=406;FSRR=439;FWDB=-0.0155164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.023;QD=0.300045;RBI=0.0224862;REFB=-0.00152334;REVB=-0.0162749;RO=843;SAF=21;SAR=28;SRF=404;SRR=439;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052172;STB=0.549353;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0216668;OID=.;OPOS=9909122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:893:894:843:845:49:49:0.0548098:28:21:404:439:28:21:406:439 chr21 9909149 . G A 213.68 PASS AF=0.0870968;AO=81;DP=930;FAO=81;FDP=930;FR=.;FRO=849;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=394;FSRR=455;FWDB=-0.000741416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.987;QD=0.919036;RBI=0.00360916;REFB=-0.00322087;REVB=-0.00353219;RO=849;SAF=39;SAR=42;SRF=394;SRR=455;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208122;STB=0.515927;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0333597;OID=.;OPOS=9909149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:930:930:849:849:81:81:0.0870968:42:39:394:455:42:39:394:455 chr21 9909176 . C A 7701.4 PASS AF=0.695604;AO=633;DP=912;FAO=633;FDP=910;FR=.;FRO=277;FSAF=306;FSAR=327;FSRF=124;FSRR=153;FWDB=0.038841;FXX=0.00219296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8108;QD=33.8523;RBI=0.039118;REFB=0.0263808;REVB=-0.00464749;RO=274;SAF=306;SAR=327;SRF=124;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175136;STB=0.510904;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0116223;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:912:910:274:277:633:633:0.695604:327:306:124:150:327:306:124:153 chr21 9909179 . C A 914.6 PASS AF=0.1875;AO=165;DP=891;FAO=168;FDP=896;FR=.;FRO=728;FSAF=76;FSAR=92;FSRF=341;FSRR=387;FWDB=0.00210882;FXX=0.0175437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.995;QD=4.08305;RBI=0.00327557;REFB=-0.00715071;REVB=-0.00250645;RO=725;SAF=73;SAR=92;SRF=339;SRR=386;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330529;STB=0.513106;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0337729;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:891:896:725:728:165:168:0.1875:92:73:339:386:92:76:341:387 chr21 9909208 . C T 536.73 PASS AF=0.154778;AO=112;DP=748;FAO=115;FDP=743;FR=.;FRO=628;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=302;FSRR=326;FWDB=0.0212584;FXX=0.0119679;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.066;QD=2.88955;RBI=0.0295951;REFB=-0.00742862;REVB=-0.0205901;RO=618;SAF=55;SAR=57;SRF=308;SRR=310;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949562;STB=0.519817;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0609811;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:748:743:618:628:112:115:0.154778:57:55:308:310:57:58:302:326 chr21 9909218 . GT AC 417.58 PASS AF=0.150912;AO=91;DP=617;FAO=91;FDP=603;FR=.;FRO=512;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=248;FSRR=264;FWDB=-0.031589;FXX=0.0226901;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.041;QD=2.76998;RBI=0.0388579;REFB=-0.00485624;REVB=0.0226291;RO=504;SAF=41;SAR=50;SRF=241;SRR=263;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359926;STB=0.528833;STBP=0.554;TYPE=mnp;VARB=0.0323629;OID=.;OPOS=9909218;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:617:603:504:512:91:91:0.150912:50:41:241:263:50:41:248:264 chr21 10181174 . G A 37.1 PASS AF=0.0846154;AO=11;DP=130;FAO=11;FDP=130;FR=.;FRO=119;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=42;FWDB=-0.00504901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.387;QD=1.14165;RBI=0.0110725;REFB=-0.0030012;REVB=-0.00985431;RO=118;SAF=1;SAR=10;SRF=77;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586532;STB=0.936845;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0319423;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:130:130:118:119:11:11:0.0846154:10:1:77:41:10:1:77:42 chr21 10181184 . T C 217.24 PASS AF=0.229167;AO=32;DP=144;FAO=33;FDP=144;FR=.;FRO=111;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=43;FWDB=0.00394524;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.978;QD=6.03446;RBI=0.00733451;REFB=-0.0135991;REVB=-0.00618305;RO=112;SAF=13;SAR=19;SRF=69;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260766;STB=0.642127;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0449578;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:112:111:32:33:0.229167:19:13:69:43:19:14:68:43 chr21 10862599 . C T 1741.11 PASS AF=0.577617;AO=159;DP=277;FAO=160;FDP=277;FR=.;FRO=117;FSAF=81;FSAR=79;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=-0.00355667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.472;QD=25.1424;RBI=0.00355677;REFB=-0.0124012;REVB=2.65926e-05;RO=117;SAF=80;SAR=79;SRF=63;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276292;STB=0.513611;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00894653;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:117:117:159:160:0.577617:79:80:63:54:79:81:63:54 chr21 10862618 . T C 3377.89 PASS AF=0.769231;AO=260;DP=338;FAO=260;FDP=338;FR=.;FRO=78;FSAF=137;FSAR=123;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00765015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.098;QD=39.9751;RBI=0.0123955;REFB=-0.00766885;REVB=0.00975312;RO=78;SAF=137;SAR=123;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000558642;STB=0.500297;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00259211;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:78:78:260:260:0.769231:123:137:41:37:123:137:41:37 chr21 10862846 . A T 2779.38 PASS AF=0.807547;AO=201;DP=252;FAO=214;FDP=265;FR=.;FRO=51;FSAF=87;FSAR=127;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0608322;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.45;QD=41.9529;RBI=0.0608616;REFB=-0.0101935;REVB=-0.00189102;RO=49;SAF=75;SAR=126;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228769;STB=0.502872;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00168263;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:265:49:51:201:214:0.807547:126:75:18:31:127:87:20:31 chr21 10862853 . G A 159.36 PASS AF=0.134545;AO=37;DP=275;FAO=37;FDP=275;FR=.;FRO=238;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=100;FSRR=138;FWDB=0.0274835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1533;QD=2.31801;RBI=0.0366438;REFB=0.0113041;REVB=0.0242368;RO=238;SAF=17;SAR=20;SRF=100;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050756;STB=0.534403;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0783081;OID=.;OPOS=10862853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:238:238:37:37:0.134545:20:17:100:138:20:17:100:138 chr21 10862874 . A G 2105.6 PASS AF=0.597484;AO=190;DP=322;FAO=190;FDP=318;FR=.;FRO=128;FSAF=87;FSAR=103;FSRF=45;FSRR=83;FWDB=-0.00983004;FXX=0.012422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0577;QD=26.4855;RBI=0.0704325;REFB=-0.0112187;REVB=-0.0697432;RO=127;SAF=87;SAR=103;SRF=45;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780021;STB=0.543417;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00653518;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:318:127:128:190:190:0.597484:103:87:45:82:103:87:45:83 chr21 10862947 . G A 2296.64 PASS AF=0.613293;AO=203;DP=331;FAO=203;FDP=331;FR=.;FRO=128;FSAF=84;FSAR=119;FSRF=42;FSRR=86;FWDB=0.00585716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.915;QD=27.754;RBI=0.0116117;REFB=0.00479419;REVB=-0.0100262;RO=127;SAF=84;SAR=119;SRF=42;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619169;STB=0.534547;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00257096;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:127:128:203:203:0.613293:119:84:42:85:119:84:42:86 chr21 10906915 . C T 114.32 PASS AF=0.123348;AO=28;DP=227;FAO=28;FDP=227;FR=.;FRO=199;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=112;FSRR=87;FWDB=-0.038927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3057;QD=2.01438;RBI=0.0405026;REFB=0.00225221;REVB=0.0111872;RO=199;SAF=12;SAR=16;SRF=112;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167213;STB=0.616068;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0167727;OID=.;OPOS=10906915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:199:199:28:28:0.123348:16:12:112:87:16:12:112:87 chr21 10906989 . C T 86.34 PASS AF=0.108491;AO=24;DP=212;FAO=23;FDP=212;FR=.;FRO=189;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=111;FSRR=78;FWDB=-0.0762927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9335;QD=1.62906;RBI=0.0804674;REFB=0.0069661;REVB=-0.0255819;RO=188;SAF=9;SAR=15;SRF=111;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261503;STB=0.669716;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0695468;OID=.;OPOS=10906989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:212:212:188:189:24:23:0.108491:15:9:111:77:14:9:111:78 chr21 10909683 . T C 53.23 PASS AF=0.0703364;AO=22;DP=326;FAO=23;FDP=327;FR=.;FRO=304;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=144;FSRR=160;FWDB=-0.0105366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.159;QD=0.651115;RBI=0.0179404;REFB=-0.00193017;REVB=-0.0145203;RO=302;SAF=14;SAR=8;SRF=144;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173616;STB=0.664415;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0445949;OID=.;OPOS=10909683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:326:327:302:304:22:23:0.0703364:8:14:144:158:8:15:144:160 chr21 10910311 . T G 1668.49 PASS AF=0.840278;AO=121;DP=144;FAO=121;FDP=144;FR=.;FRO=23;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0044913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.961;QD=46.3468;RBI=0.0188005;REFB=-0.00802878;REVB=0.0182562;RO=22;SAF=71;SAR=50;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258308;STB=0.510669;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000471678;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:22:23:121:121:0.840278:50:71:11:11:50:71:12:11 chr21 10910347 . A G 2301.53 PASS AF=0.986486;AO=144;DP=145;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0296955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.699;QD=62.2034;RBI=0.0368344;REFB=-0.113015;REVB=0.0217934;RO=0;SAF=79;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10363e-08;STB=0.506097;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000824186;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:148:0:2:144:146:0.986486:65:79:0:0:65:81:2:0 chr21 10920098 . T C 2275.24 PASS AF=0.973333;AO=146;DP=150;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=84;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0113326;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.751;QD=60.673;RBI=0.0336345;REFB=-0.0425696;REVB=0.0316679;RO=2;SAF=84;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150916;STB=0.508852;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000268179;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:150:150:2:4:146:146:0.973333:62:84:0:2:62:84:1:3 chr21 10942756 . G A 352.4 PASS AF=0.159041;AO=73;DP=459;FAO=73;FDP=459;FR=.;FRO=386;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=146;FSRR=240;FWDB=0.00413262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4661;QD=3.07102;RBI=0.0212527;REFB=0.000851615;REVB=0.020847;RO=385;SAF=27;SAR=46;SRF=146;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129477;STB=0.507523;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00433643;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:459:459:385:386:73:73:0.159041:46:27:146:239:46:27:146:240 chr21 10942923 . G A 844.53 PASS AF=0.392562;AO=95;DP=242;FAO=95;FDP=242;FR=.;FRO=147;FSAF=32;FSAR=63;FSRF=57;FSRR=90;FWDB=-0.0781168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9906;QD=13.9592;RBI=0.0811407;REFB=0.00252642;REVB=-0.0219451;RO=138;SAF=32;SAR=63;SRF=56;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790637;STB=0.53384;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00848258;OID=.;OPOS=10942923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:138:147:95:95:0.392562:63:32:56:82:63:32:57:90 chr21 10942981 . C A 62.51 PASS AF=0.0900474;AO=17;DP=210;FAO=19;FDP=211;FR=.;FRO=192;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=84;FSRR=108;FWDB=-0.0136154;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.869;QD=1.18501;RBI=0.0136165;REFB=-0.000905788;REVB=0.000167297;RO=192;SAF=5;SAR=12;SRF=84;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171892;STB=0.671146;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00848674;OID=.;OPOS=10942981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:210:211:192:192:17:19:0.0900474:12:5:84:108:14:5:84:108 chr21 10943003 . C T 54.22 PASS AF=0.0924855;AO=16;DP=173;FAO=16;FDP=173;FR=.;FRO=157;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=75;FSRR=82;FWDB=-0.0101589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4163;QD=1.25362;RBI=0.0101683;REFB=0.000970376;REVB=-0.000436638;RO=156;SAF=4;SAR=12;SRF=75;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279914;STB=0.715732;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00995432;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:173:173:156:157:16:16:0.0924855:12:4:75:81:12:4:75:82 chr21 10951378 . C T 273.16 PASS AF=0.114754;AO=78;DP=669;FAO=77;FDP=671;FR=.;FRO=594;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=284;FSRR=310;FWDB=-0.084913;FXX=0.00148807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.629;QD=1.62838;RBI=0.0849972;REFB=0.0022445;REVB=0.00378233;RO=590;SAF=30;SAR=48;SRF=281;SRR=309;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117149;STB=0.579451;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0146696;OID=.;OPOS=10951378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:669:671:590:594:78:77:0.114754:48:30:281:309:47:30:284:310 chr21 10951387 . T G 793.58 PASS AF=0.20205;AO=138;DP=683;FAO=138;FDP=683;FR=.;FRO=545;FSAF=43;FSAR=95;FSRF=273;FSRR=272;FWDB=-0.00849743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.569;QD=4.64761;RBI=0.0154631;REFB=-0.000459419;REVB=-0.012919;RO=542;SAF=43;SAR=95;SRF=271;SRR=271;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250328;STB=0.655421;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00144331;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:683:683:542:545:138:138:0.20205:95:43:271:271:95:43:273:272 chr21 10951426 . G T 809.37 PASS AF=0.21718;AO=137;DP=615;FAO=134;FDP=617;FR=.;FRO=483;FSAF=42;FSAR=92;FSRF=228;FSRR=255;FWDB=-0.0146505;FXX=0.00483863;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7119;QD=5.24713;RBI=0.045573;REFB=-0.00715916;REVB=-0.043154;RO=476;SAF=43;SAR=94;SRF=226;SRR=250;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21531;STB=0.630213;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0220847;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:615:617:476:483:137:134:0.21718:94:43:226:250:92:42:228:255 chr21 10959806 . G T 111.07 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=90;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.00096956;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.96;QD=4.99168;RBI=0.0143792;REFB=-0.00590517;REVB=-0.0143465;RO=70;SAF=4;SAR=14;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240892;STB=0.651468;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.019435;OID=.;OPOS=10959806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:70:71:18:18:0.202247:14:4:27:43:14:4:27:44 chr21 10970003 . G A 211.44 PASS AF=0.143731;AO=47;DP=327;FAO=47;FDP=327;FR=.;FRO=280;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=122;FSRR=158;FWDB=-0.0319984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.337;QD=2.58645;RBI=0.0382404;REFB=-0.00491933;REVB=-0.0209387;RO=276;SAF=18;SAR=29;SRF=119;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639896;STB=0.546708;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0270098;OID=.;OPOS=10970003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:327:276:280:47:47:0.143731:29:18:119:157:29:18:122:158 chr21 10970017 . C T 207.72 PASS AF=0.141593;AO=42;DP=333;FAO=48;FDP=339;FR=.;FRO=291;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=130;FSRR=161;FWDB=-0.0194734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8633;QD=2.45097;RBI=0.0270076;REFB=-0.0109031;REVB=0.0187136;RO=290;SAF=18;SAR=24;SRF=129;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209193;STB=0.563568;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0556049;OID=.;OPOS=10970017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:339:290:291:42:48:0.141593:24:18:129:161:30:18:130:161 chr21 11029594 . G T 50.25 PASS AF=0.0750988;AO=19;DP=255;FAO=19;FDP=253;FR=.;FRO=234;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=120;FSRR=114;FWDB=-0.00220613;FXX=0.00784283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.65;QD=0.794437;RBI=0.0253291;REFB=6.90516e-05;REVB=-0.0252329;RO=236;SAF=8;SAR=11;SRF=120;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978425;STB=0.584629;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00115;OID=.;OPOS=11029594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:255:253:236:234:19:19:0.0750988:11:8:120:116:11:8:120:114 chr21 11029604 . GA TG 78.03 PASS AF=0.113074;AO=33;DP=285;FAO=32;FDP=283;FR=.;FRO=251;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=128;FSRR=123;FWDB=-0.0112303;FXX=0.0070173;HRUN=1;LEN=2;MLLD=257.893;QD=1.10295;RBI=0.0141536;REFB=-0.010604;REVB=-0.00861422;RO=247;SAF=19;SAR=14;SRF=128;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724097;STB=0.574814;STBP=0.372;TYPE=mnp;VARB=0.0838284;OID=.;OPOS=11029604;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:285:283:247:251:33:32:0.113074:14:19:128:119:13:19:128:123 chr21 11029616 . G T 643.22 PASS AF=0.288961;AO=89;DP=306;FAO=89;FDP=308;FR=.;FRO=219;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=107;FSRR=112;FWDB=-0.0423806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1225;QD=8.35348;RBI=0.0473876;REFB=0.00960599;REVB=-0.0212008;RO=217;SAF=48;SAR=41;SRF=106;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619024;STB=0.536089;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0243697;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:308:217:219:89:89:0.288961:41:48:106:111:41:48:107:112 chr21 11029624 . C T 133.15 PASS AF=0.112853;AO=36;DP=319;FAO=36;FDP=319;FR=.;FRO=283;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=139;FSRR=144;FWDB=-0.00690665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.188;QD=1.66958;RBI=0.0824841;REFB=-0.00404583;REVB=-0.0821944;RO=282;SAF=22;SAR=14;SRF=138;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151753;STB=0.606572;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0280553;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:282:283:36:36:0.112853:14:22:138:144:14:22:139:144 chr21 11029630 . GC G 135.5 PASS AF=0.115265;AO=36;DP=324;FAO=37;FDP=321;FR=.;FRO=284;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=141;FSRR=143;FWDB=-0.00164344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.112;QD=1.68849;RBI=0.0156364;REFB=0.000458122;REVB=0.0155497;RO=285;SAF=22;SAR=14;SRF=143;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136599;STB=0.587016;STBP=0.262;TYPE=del;VARB=-0.00595625;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.115265:36:324:37:321:284:22:15:141:143:99:285:22:14:143:142 chr21 11029653 . C T 200.96 PASS AF=0.133144;AO=46;DP=354;FAO=47;FDP=353;FR=.;FRO=306;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=143;FSRR=163;FWDB=-0.0207562;FXX=0.00563364;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.753;QD=2.27719;RBI=0.0217778;REFB=0.00175712;REVB=-0.00659203;RO=306;SAF=20;SAR=26;SRF=143;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417785;STB=0.517908;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0105536;OID=.;OPOS=11029653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:353:306:306:46:47:0.133144:26:20:143:163:26:21:143:163 chr21 11029679 . C G 396.59 PASS AF=0.194521;AO=70;DP=362;FAO=71;FDP=365;FR=.;FRO=294;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=127;FSRR=167;FWDB=-0.00673147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.901;QD=4.34622;RBI=0.0820953;REFB=-0.00524445;REVB=-0.0818189;RO=284;SAF=34;SAR=36;SRF=121;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775499;STB=0.549186;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0220228;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:365:284:294:70:71:0.194521:36:34:121:163:36:35:127:167 chr21 11038796 . T C 323.16 PASS AF=0.101167;AO=104;DP=1028;FAO=104;FDP=1028;FR=.;FRO=924;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=392;FSRR=532;FWDB=-0.0241258;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=297.957;QD=1.25742;RBI=0.0328489;REFB=-0.00188521;REVB=-0.0222935;RO=923;SAF=49;SAR=55;SRF=392;SRR=531;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580014;STB=0.542506;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0183559;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1028:1028:923:924:104:104:0.101167:55:49:392:531:55:49:392:532 chr21 11038802 . G A 2924.4 PASS AF=0.354645;AO=352;DP=1008;FAO=355;FDP=1001;FR=.;FRO=646;FSAF=155;FSAR=200;FSRF=264;FSRR=382;FWDB=0.0443387;FXX=0.00792856;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.716;QD=11.6859;RBI=0.0447231;REFB=-0.00717439;REVB=-0.00585054;RO=643;SAF=152;SAR=200;SRF=263;SRR=380;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266748;STB=0.518417;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0191202;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1008:1001:643:646:352:355:0.354645:200:152:263:380:200:155:264:382 chr21 11038843 . G C 6218.27 PASS AF=0.671835;AO=516;DP=770;FAO=520;FDP=774;FR=.;FRO=254;FSAF=228;FSAR=292;FSRF=101;FSRR=153;FWDB=0.0509139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0566;QD=32.1358;RBI=0.0520408;REFB=-0.0156227;REVB=0.0107709;RO=253;SAF=225;SAR=291;SRF=101;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231225;STB=0.513648;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0109327;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:770:774:253:254:516:520:0.671835:291:225:101:152:292:228:101:153 chr21 11049584 . C T 86.84 PASS AF=0.0808824;AO=33;DP=407;FAO=33;FDP=408;FR=.;FRO=375;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=190;FSRR=185;FWDB=-0.0152208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.68;QD=0.851412;RBI=0.0168029;REFB=-0.00269895;REVB=-0.00711785;RO=365;SAF=14;SAR=19;SRF=184;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931655;STB=0.575712;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0255274;OID=.;OPOS=11049584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:407:408:365:375:33:33:0.0808824:19:14:184:181:19:14:190:185 chr21 11049592 . C T 92.53 PASS AF=0.0821596;AO=35;DP=426;FAO=35;FDP=426;FR=.;FRO=391;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=200;FSRR=191;FWDB=0.0796435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.128;QD=0.86881;RBI=0.0796449;REFB=-0.00212279;REVB=-0.000465185;RO=386;SAF=15;SAR=20;SRF=197;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954544;STB=0.575978;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0269079;OID=.;OPOS=11049592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:426:426:386:391:35:35:0.0821596:20:15:197:189:20:15:200:191 chr21 11049596 . C T 30.84 PASS AF=0.0503432;AO=22;DP=437;FAO=22;FDP=437;FR=.;FRO=415;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=214;FSRR=201;FWDB=0.0105995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.068;QD=0.282265;RBI=0.0139923;REFB=0.000230759;REVB=0.00913427;RO=414;SAF=8;SAR=14;SRF=213;SRR=201;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147537;STB=0.643615;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00469429;OID=.;OPOS=11049596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:437:437:414:415:22:22:0.0503432:14:8:213:201:14:8:214:201 chr21 11049617 . C G 83.53 PASS AF=0.075594;AO=35;DP=464;FAO=35;FDP=463;FR=.;FRO=428;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=214;FSRR=214;FWDB=0.0292583;FXX=0.00215513;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9127;QD=0.721601;RBI=0.0293199;REFB=0.0013685;REVB=0.00189924;RO=423;SAF=20;SAR=15;SRF=210;SRR=213;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856099;STB=0.566093;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0270743;OID=.;OPOS=11049617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:464:463:423:428:35:35:0.075594:15:20:210:213:15:20:214:214 chr21 11049621 . G A 34.44 PASS AF=0.0516129;AO=23;DP=463;FAO=24;FDP=465;FR=.;FRO=441;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=226;FSRR=215;FWDB=-0.0408679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.727;QD=0.296288;RBI=0.0578486;REFB=-0.00039814;REVB=-0.0409423;RO=436;SAF=9;SAR=14;SRF=225;SRR=211;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121737;STB=0.629919;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0168342;OID=.;OPOS=11049621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:463:465:436:441:23:24:0.0516129:14:9:225:211:15:9:226:215 chr21 11049623 . T C 30.84 PASS AF=0.0494624;AO=23;DP=463;FAO=23;FDP=465;FR=.;FRO=442;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=228;FSRR=214;FWDB=-0.00989762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.419;QD=0.265332;RBI=0.0191858;REFB=-0.000315056;REVB=-0.0164357;RO=429;SAF=9;SAR=14;SRF=227;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135084;STB=0.617775;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00716366;OID=.;OPOS=11049623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:463:465:429:442:23:23:0.0494624:14:9:227:202:14:9:228:214 chr21 11057855 . A T 661.83 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=112;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0091846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.506;QD=23.6368;RBI=0.0225549;REFB=-0.0131885;REVB=-0.0206001;RO=48;SAF=37;SAR=27;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419274;STB=0.502289;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0126099;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:48:64:64:0.571429:27:37:28:20:27:37:28:20 chr21 11057866 . C T 69.91 PASS AF=0.125;AO=16;DP=126;FAO=16;FDP=128;FR=.;FRO=112;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=-0.0277848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2582;QD=2.18479;RBI=0.0285236;REFB=-0.00405422;REVB=0.00644991;RO=107;SAF=9;SAR=7;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139652;STB=0.507942;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0262188;OID=.;OPOS=11057866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:126:128:107:112:16:16:0.125:7:9:59:48:7:9:64:48 chr21 11057869 . C T 32.1 PASS AF=0.078125;AO=10;DP=128;FAO=10;FDP=128;FR=.;FRO=118;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=67;FSRR=51;FWDB=-0.0213534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.037;QD=1.00307;RBI=0.0225093;REFB=-0.000909675;REVB=-0.00712066;RO=118;SAF=7;SAR=3;SRF=67;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153823;STB=0.62973;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0134487;OID=.;OPOS=11057869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:128:128:118:118:10:10:0.078125:3:7:67:51:3:7:67:51 chr21 11057888 . T A 429.3 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00544092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.119;QD=13.1085;RBI=0.00613695;REFB=-0.0128957;REVB=-0.00283876;RO=78;SAF=26;SAR=24;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199178;STB=0.52205;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.015101;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:78:81:50:50:0.381679:24:26:42:36:24:26:45:36 chr21 11057929 . TG CA,CG 43.02 PASS AF=0.056,0.048;AO=7,6;DP=128;FAO=7,6;FDP=125;FR=.;FRO=112;FSAF=5,1;FSAR=2,5;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.0254124,-0.00561691;FXX=0.0234357;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=165.943,67.6438;QD=1.3765;RBI=0.0431399,0.0155233;REFB=-0.00430865,-0.00692254;REVB=-0.0348606,-0.0144715;RO=103;SAF=5,1;SAR=2,5;SRF=46;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.26992,-0.285774;STB=0.737046,0.796487;STBP=0.212,0.169;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0539543,0.00827418;OID=.,.;OPOS=11057929,11057929;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:128:125:103:112:7,6:7,6:0.056,0.048:2,5:5,1:46:57:2,5:5,1:51:61 chr21 11057931 . C A 57.61 PASS AF=0.111111;AO=14;DP=127;FAO=14;FDP=126;FR=.;FRO=112;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.00956233;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.162;QD=1.82882;RBI=0.0222;REFB=-0.00349924;REVB=-0.020035;RO=108;SAF=5;SAR=9;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131775;STB=0.59776;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0296723;OID=.;OPOS=11057931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:127:126:108:112:14:14:0.111111:9:5:50:58:9:5:52:60 chr21 11058226 . G C 532.76 PASS AF=0.191919;AO=95;DP=496;FAO=95;FDP=495;FR=.;FRO=400;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=194;FSRR=206;FWDB=0.0110618;FXX=0.00201609;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.609;QD=4.30515;RBI=0.0127946;REFB=-0.00748206;REVB=-0.00642965;RO=400;SAF=34;SAR=61;SRF=194;SRR=206;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16816;STB=0.605042;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0281019;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:496:495:400:400:95:95:0.191919:61:34:194:206:61:34:194:206 chr21 11097557 . A G 133.9 PASS AF=0.2;AO=23;DP=115;FAO=23;FDP=115;FR=.;FRO=92;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0139995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0526;QD=4.6573;RBI=0.0188234;REFB=-0.000963521;REVB=-0.0125831;RO=91;SAF=12;SAR=11;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205857;STB=0.517383;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00599196;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:91:92:23:23:0.2:11:12:46:45:11:12:46:46 chr21 11097574 . T A 138.46 PASS AF=0.174825;AO=25;DP=144;FAO=25;FDP=143;FR=.;FRO=118;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=60;FWDB=-0.0302042;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.638;QD=3.87311;RBI=0.0302304;REFB=-0.00275326;REVB=-0.00125711;RO=118;SAF=14;SAR=11;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087481;STB=0.556506;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0155802;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:118:118:25:25:0.174825:11:14:58:60:11:14:58:60 chr21 11097608 . C T 79.44 PASS AF=0.107692;AO=21;DP=195;FAO=21;FDP=195;FR=.;FRO=174;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=93;FSRR=81;FWDB=-0.0254074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1823;QD=1.62956;RBI=0.0392389;REFB=-0.00133561;REVB=-0.0299024;RO=174;SAF=11;SAR=10;SRF=93;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130836;STB=0.509545;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0156493;OID=.;OPOS=11097608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:195:195:174:174:21:21:0.107692:10:11:93:81:10:11:93:81 chr21 11098674 . T C 2316.6 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.251;QD=60.5647;RBI=0.0739866;REFB=0;REVB=0.0577865;RO=1;SAF=108;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80452e-05;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:153:1:0:149:153:1:41:108:0:1:43:110:0:0 chr21 11098704 . A G 57.06 PASS AF=0.0969697;AO=14;DP=163;FAO=16;FDP=165;FR=.;FRO=149;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=94;FSRR=55;FWDB=-0.0157468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.748;QD=1.3833;RBI=0.021712;REFB=-0.00735908;REVB=0.0149483;RO=147;SAF=11;SAR=3;SRF=92;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212157;STB=0.701114;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0385757;OID=.;OPOS=11098704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:163:165:147:149:14:16:0.0969697:3:11:92:55:3:13:94:55 chr21 11098723 . T C 545.82 PASS AF=0.330189;AO=70;DP=214;FAO=70;FDP=212;FR=.;FRO=142;FSAF=16;FSAR=54;FSRF=84;FSRR=58;FWDB=-0.033106;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.812;QD=10.2986;RBI=0.0332554;REFB=-0.00722164;REVB=-0.00314921;RO=143;SAF=16;SAR=54;SRF=85;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437965;STB=0.750761;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0251334;OID=.;OPOS=11098723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:212:143:142:70:70:0.330189:54:16:85:58:54:16:84:58 chr21 11098728 . C T 78.5 PASS AF=0.102326;AO=22;DP=215;FAO=22;FDP=215;FR=.;FRO=193;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=86;FSRR=107;FWDB=0.00779127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.716;QD=1.46051;RBI=0.0158945;REFB=-0.00437994;REVB=-0.0138539;RO=189;SAF=13;SAR=9;SRF=82;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189253;STB=0.628481;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0170366;OID=.;OPOS=11098728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:215:215:189:193:22:22:0.102326:9:13:82:107:9:13:86:107 chr21 11098732 . C T 389.16 PASS AF=0.263889;AO=57;DP=216;FAO=57;FDP=216;FR=.;FRO=159;FSAF=6;FSAR=51;FSRF=95;FSRR=64;FWDB=0.0451272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.826;QD=7.20672;RBI=0.0463657;REFB=-0.0229957;REVB=0.0106452;RO=159;SAF=6;SAR=51;SRF=95;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63865;STB=0.881729;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0342259;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:159:159:57:57:0.263889:51:6:95:64:51:6:95:64 chr21 11098756 . C A 554.87 PASS AF=0.336449;AO=71;DP=215;FAO=72;FDP=214;FR=.;FRO=142;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=66;FSRR=76;FWDB=0.00495412;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9208;QD=10.3714;RBI=0.0142919;REFB=-0.0194449;REVB=0.0134058;RO=144;SAF=17;SAR=54;SRF=68;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301694;STB=0.659639;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0401787;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:144:142:71:72:0.336449:54:17:68:76:54:18:66:76 chr21 11098763 . C T 608.78 PASS AF=0.35545;AO=75;DP=211;FAO=75;FDP=211;FR=.;FRO=136;FSAF=19;FSAR=56;FSRF=60;FSRR=76;FWDB=-0.00551311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.519;QD=11.5408;RBI=0.0152457;REFB=-0.0164979;REVB=-0.0142139;RO=134;SAF=19;SAR=56;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238875;STB=0.63816;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0434238;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:134:136:75:75:0.35545:56:19:59:75:56:19:60:76 chr21 14419915 . A G 2269.62 PASS AF=0.46988;AO=234;DP=501;FAO=234;FDP=498;FR=.;FRO=264;FSAF=126;FSAR=108;FSRF=146;FSRR=118;FWDB=-0.0133155;FXX=0.0059879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.319;QD=18.2299;RBI=0.0213971;REFB=-0.0133004;REVB=-0.0167492;RO=263;SAF=126;SAR=108;SRF=143;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509762;STB=0.507778;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0151685;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:501:498:263:264:234:234:0.46988:108:126:143:120:108:126:146:118 chr21 14420005 . A G 4631.31 PASS AF=0.688849;AO=382;DP=567;FAO=383;FDP=556;FR=.;FRO=173;FSAF=188;FSAR=195;FSRF=95;FSRR=78;FWDB=-0.00448859;FXX=0.024561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.495;QD=33.3188;RBI=0.00465564;REFB=-0.0178479;REVB=0.00123594;RO=170;SAF=188;SAR=194;SRF=93;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316662;STB=0.518124;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00934645;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:567:556:170:173:382:383:0.688849:194:188:93:77:195:188:95:78 chr21 14743754 . C T 167.08 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.034689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.844;QD=8.25098;RBI=0.12683;REFB=-0.00775887;REVB=0.121994;RO=58;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00457253;STB=0.50273;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0182912;OID=.;OPOS=14743754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:13:10:25:33:13:10:25:33 chr21 14743772 . C T 31.09 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.00600408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.65;QD=1.39744;RBI=0.0338473;REFB=-0.000827833;REVB=-0.0333105;RO=81;SAF=5;SAR=3;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242913;STB=0.690607;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00551303;OID=.;OPOS=14743772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:81:81:8:8:0.0898876:3:5:33:48:3:5:33:48 chr21 14743784 . CA CG,TG 149.44 PASS AF=0.2,0.0555556;AO=18,5;DP=91;FAO=18,5;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=4,4;FSAR=14,1;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00163907,0.0147195;FXX=0.0109878;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=100.226,131.761;QD=6.64165;RBI=0.0301205,0.057012;REFB=0.00562439,0.00379406;REVB=-0.0300759,-0.055079;RO=67;SAF=4,4;SAR=14,1;SRF=28;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.278804,0.379793;STB=0.678572,0.832102;STBP=0.124,0.18;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0465632,0.005981;OID=.,.;OPOS=14743785,14743784;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:67:67:18,5:18,5:0.2,0.0555556:14,1:4,4:28:39:14,1:4,4:28:39 chr21 14743800 . AT TC 161.25 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0634389;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.846;QD=6.93527;RBI=0.0635451;REFB=-0.00109442;REVB=0.00367382;RO=69;SAF=9;SAR=14;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186408;STB=0.517998;STBP=0.867;TYPE=mnp;VARB=0.00322752;OID=.;OPOS=14743800;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:69:70:23:23:0.247312:14:9:28:41:14:9:29:41 chr21 14743804 . G A 170.19 PASS AF=0.252632;AO=24;DP=95;FAO=24;FDP=95;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.00567715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2597;QD=7.16579;RBI=0.0224356;REFB=0.0238512;REVB=-0.0217054;RO=71;SAF=9;SAR=15;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432838;STB=0.526294;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.076101;OID=.;OPOS=14743804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:71:71:24:24:0.252632:15:9:29:42:15:9:29:42 chr21 14743827 . A G 118.49 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0518145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6587;QD=5.09646;RBI=0.0525251;REFB=-0.00133427;REVB=-0.00861085;RO=74;SAF=8;SAR=11;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00275439;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00806918;OID=.;OPOS=14743827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:74:74:19:19:0.204301:11:8:31:43:11:8:31:43 chr21 14743844 . T A 65.57 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.0155242;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.566;QD=2.88241;RBI=0.0219345;REFB=-0.000754374;REVB=0.0154958;RO=78;SAF=6;SAR=7;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647607;STB=0.544453;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00330176;OID=.;OPOS=14743844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:78:78:13:13:0.142857:7:6:32:46:7:6:32:46 chr21 14743864 . A T 136.06 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0458306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1046;QD=6.97764;RBI=0.0673858;REFB=-0.0142529;REVB=-0.0494004;RO=58;SAF=8;SAR=12;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10248;STB=0.562437;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0457704;OID=.;OPOS=14743864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:12:8:28:30:12:8:28:30 chr21 14778721 . A T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0936176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7438;QD=52.6111;RBI=0.0971828;REFB=0;REVB=-0.0260814;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115184;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr21 14982716 . T C 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0363723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.544;QD=6.52615;RBI=0.0369335;REFB=-0.0206928;REVB=0.00641368;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374923;STB=0.749167;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0594065;OID=.;OPOS=14982716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:6:1:8:12:6:1:8:12 chr21 14982886 . G A 364.94 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2202;QD=52.1342;RBI=0.0522505;REFB=-0.0824541;REVB=0.0395208;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00213196;OID=.;OPOS=14982886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:0:1:14:13:0:1 chr21 14982952 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.235;QD=42.1826;RBI=0.00479526;REFB=0;REVB=0.00464627;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00352e-05;OID=.;OPOS=14982952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr21 15013735 . A G 3010.88 PASS AF=0.985149;AO=198;DP=202;FAO=199;FDP=202;FR=.;FRO=3;FSAF=99;FSAR=100;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0351222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.473;QD=59.6214;RBI=0.0601211;REFB=-0.0597657;REVB=0.0487952;RO=2;SAF=98;SAR=100;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00961953;STB=0.507462;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000280646;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:202:202:2:3:198:199:0.985149:100:98:2:0:100:99:3:0 chr21 15457003 . C A 1379.23 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253211;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5395;QD=62.6923;RBI=0.0395664;REFB=0;REVB=0.030403;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340816;OID=.;OPOS=15457003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:48:39:0:0:48:40:0:0 chr21 15457034 . A T 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.887;QD=61.4671;RBI=0.0174755;REFB=0;REVB=0.00267735;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0816e-05;OID=.;OPOS=15457034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:57:64:0:0:57:64:0:0 chr21 15457086 . A G 1959.71 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0568684;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2526;QD=61.2409;RBI=0.058862;REFB=-0.0616167;REVB=-0.0151896;RO=1;SAF=70;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826369;STB=0.504347;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00109275;OID=.;OPOS=15457086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:57:70:0:1:57:70:0:1 chr21 15457293 . T G 118.16 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=94;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.0105822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0235;QD=5.02797;RBI=0.0285946;REFB=0.00359269;REVB=-0.0265644;RO=74;SAF=6;SAR=13;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358305;STB=0.72822;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0249593;OID=.;OPOS=15457293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:74:75:19:19:0.202128:13:6:45:29:13:6:46:29 chr21 15457297 . C G 181.87 PASS AF=0.254902;AO=26;DP=101;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=0.00580102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0775;QD=7.13221;RBI=0.045576;REFB=-0.00286085;REVB=-0.0452053;RO=75;SAF=12;SAR=14;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201867;STB=0.615414;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0040517;OID=.;OPOS=15457297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:75:76:26:26:0.254902:14:12:47:28:14:12:47:29 chr21 15457318 . T G 321.77 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.0292585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3777;QD=12.3757;RBI=0.0316077;REFB=0.0154562;REVB=-0.0119577;RO=65;SAF=22;SAR=17;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110611;STB=0.562883;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0230151;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:17:22:43:22:17:22:43:22 chr21 15457339 . T G 372.88 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.0218921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7625;QD=12.9696;RBI=0.0273898;REFB=-0.0173644;REVB=0.0164602;RO=67;SAF=26;SAR=19;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871167;STB=0.541097;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0584544;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:70:45:45:0.391304:19:26:44:23:19:26:45:25 chr21 15457350 . TA CG 370.45 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.00780553;FXX=0.0254216;HRUN=3;LEN=2;MLLD=309.519;QD=12.8851;RBI=0.0117914;REFB=0.00872044;REVB=-0.00883804;RO=70;SAF=24;SAR=20;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916575;STB=0.546603;STBP=0.473;TYPE=mnp;VARB=-0.0138384;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:115:70:71:44:44:0.382609:20:24:44:26:20:24:44:27 chr21 15457374 . G C 444.76 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00971841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.268;QD=16.4725;RBI=0.0208267;REFB=-0.0134951;REVB=-0.0184202;RO=59;SAF=29;SAR=20;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032682;STB=0.518252;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0185694;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:20:29:33:26:20:29:33:26 chr21 15457399 . G C 459.78 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0040674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.531;QD=18.5768;RBI=0.0241142;REFB=-0.00140032;REVB=-0.0237687;RO=53;SAF=28;SAR=18;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115535;STB=0.564488;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00154475;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:18:28:26:27:18:28:26:27 chr21 15457410 . C G 383.61 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00880566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6436;QD=17.6373;RBI=0.0381096;REFB=-0.0313709;REVB=0.0370783;RO=47;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833526;STB=0.546643;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0202223;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:17:23:23:24:17:23:23:24 chr21 15457434 . G A 193.63 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.000967111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.413;QD=10.1911;RBI=0.00316342;REFB=-0.00344518;REVB=0.00301196;RO=51;SAF=17;SAR=8;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160046;STB=0.59406;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0177463;OID=.;OPOS=15457434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:8:17:28:23:8:17:28:23 chr21 15457439 . G A 114.0 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0373962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2278;QD=6.90915;RBI=0.0450723;REFB=-0.0211734;REVB=-0.0251602;RO=49;SAF=13;SAR=4;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310316;STB=0.692066;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0346928;OID=.;OPOS=15457439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:49:49:17:17:0.257576:4:13:26:23:4:13:26:23 chr21 15457463 . CACACACAGT C 538.73 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267044;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=9;MLLD=301.943;QD=59.8585;RBI=0.0294677;REFB=0;REVB=-0.0124586;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.82613e-05;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:37:36:36:0:19:17:0:0:4:0:18:17:0:0 chr21 15516976 . T A 1680.14 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238156;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7234;QD=60.5457;RBI=0.10773;REFB=0;REVB=0.105065;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397138;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:56:55:0:0:56:55:0:0 chr21 15596772 . T G 1766.71 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0469;QD=60.9211;RBI=0.071522;REFB=0;REVB=-0.06528;RO=0;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182997;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:114:116:1:65:49:0:0:66:50:0:0 chr21 15646397 . A G 10045.9 PASS AF=1;AO=620;DP=620;FAO=632;FDP=632;FR=.;FRO=0;FSAF=304;FSAR=328;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.929;QD=63.5816;RBI=0.0441017;REFB=0;REVB=0.0419487;RO=0;SAF=299;SAR=321;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86308e-05;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:55:620:632:0:0:620:632:1:321:299:0:0:328:304:0:0 chr21 15926544 . G A 3185.65 PASS AF=0.990521;AO=209;DP=211;FAO=209;FDP=211;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00617007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.019;QD=60.3915;RBI=0.0191341;REFB=-0.00678915;REVB=0.018112;RO=1;SAF=103;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460266;STB=0.500068;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-2.43245e-05;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:211:211:1:2:209:209:0.990521:106:103:1:0:106:103:1:1 chr21 15954593 . G A 628.69 PASS AF=0.43787;AO=61;DP=156;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=62;FWDB=0.0267199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9035;QD=14.8802;RBI=0.0564002;REFB=-0.0343596;REVB=-0.0496692;RO=95;SAF=32;SAR=29;SRF=33;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190302;STB=0.614614;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0528331;OID=.;OPOS=15954593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:169:95:95:61:74:0.43787:29:32:33:62:33:41:33:62 chr21 15954660 . T C 986.07 PASS AF=0.497512;AO=99;DP=200;FAO=100;FDP=201;FR=.;FRO=101;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=67;FWDB=0.000830642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.05;QD=19.6233;RBI=0.0218092;REFB=-0.00126132;REVB=-0.0217934;RO=100;SAF=56;SAR=43;SRF=33;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212912;STB=0.610827;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000725154;OID=.;OPOS=15954660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:100:101:99:100:0.497512:43:56:33:67:44:56:34:67 chr21 15964920 . C G 391.26 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0142408;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.484;QD=13.263;RBI=0.0330441;REFB=0.00283782;REVB=-0.029818;RO=72;SAF=24;SAR=22;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127644;STB=0.572236;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00382032;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:72:72:46:46:0.389831:22:24:29:43:22:24:29:43 chr21 15974409 . T C 1263.71 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0203555;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.691;QD=58.1015;RBI=0.0226144;REFB=-0.116845;REVB=0.0098521;RO=2;SAF=37;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024913;STB=0.519476;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0003523;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:2:3:84:84:0.965517:47:37:2:0:47:37:3:0 chr21 15984982 . C A 305.46 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.119179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5223;QD=15.2728;RBI=0.135747;REFB=0.00817651;REVB=-0.0649884;RO=46;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157894;STB=0.508923;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0147233;OID=.;OPOS=15984982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:19:15:21:25:19:15:21:25 chr21 16335260 . C T 245.46 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00872131;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.569;QD=12.7514;RBI=0.00979513;REFB=-0.00759169;REVB=-0.00445908;RO=48;SAF=16;SAR=13;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110196;STB=0.506325;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0134216;OID=.;OPOS=16335260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:13:16:26:22:13:16:26:22 chr21 16335515 . C T 944.79 PASS AF=0.392086;AO=109;DP=269;FAO=109;FDP=278;FR=.;FRO=169;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=89;FSRR=80;FWDB=-0.0505179;FXX=0.0071426;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1538;QD=13.5942;RBI=0.106544;REFB=-0.0351677;REVB=-0.0938062;RO=158;SAF=59;SAR=50;SRF=84;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102551;STB=0.508957;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0428242;OID=.;OPOS=16335515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:278:158:169:109:109:0.392086:50:59:84:74:50:59:89:80 chr21 16339570 . T A 729.79 PASS AF=0.450867;AO=77;DP=172;FAO=78;FDP=173;FR=.;FRO=95;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.0376647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.557;QD=16.8737;RBI=0.0377027;REFB=-0.0119004;REVB=-0.00169304;RO=93;SAF=42;SAR=35;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184065;STB=0.519613;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0142082;OID=.;OPOS=16339570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:93:95:77:78:0.450867:35:42:49:44:35:43:49:46 chr21 16340289 . C T 1634.77 PASS AF=0.982301;AO=107;DP=111;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00505583;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.658;QD=57.868;RBI=0.00527352;REFB=-0.0202478;REVB=-0.00149953;RO=2;SAF=54;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172523;STB=0.508927;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00021505;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:113:2:2:107:111:0.982301:53:54:2:0:56:55:2:0 chr21 16424421 . A G 526.34 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0100263;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.662;QD=21.4832;RBI=0.0348526;REFB=-0.00962909;REVB=0.0333793;RO=46;SAF=23;SAR=27;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109942;STB=0.560188;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0138635;OID=.;OPOS=16424421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:48:50:50:0.510204:27:23:27:19:27:23:28:20 chr21 16424607 . C T 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000879843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.816;QD=26.3721;RBI=0.00835439;REFB=-0.00427645;REVB=0.00830793;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154142;STB=0.50854;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00296386;OID=.;OPOS=16424607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:14:10:7:9:14:10:7:9 chr21 16986637 . G A 304.72 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0944105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.139;QD=17.4124;RBI=0.0946042;REFB=-0.0104692;REVB=0.0060513;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257576;STB=0.521101;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0104896;OID=.;OPOS=16986637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:37:32:33:0.471429:19:13:16:21:20:13:16:21 chr21 18821172 . ATTTTTTG ATTTTTG,ATTTTTGA 34.7 PASS AF=0.210526,0.0350877;AO=15,3;DP=60;FAO=12,2;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=1,0;FSAR=11,2;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0387935,-0.0496033;FXX=0.0338926;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.01095,60.441;QD=2.43523;RBI=0.101864,0.0684695;REFB=-0.149716,-0.0339874;REVB=-0.0941882,-0.0471973;RO=35;SAF=1,0;SAR=14,3;SRF=18;SRR=17;SSEN=0.465517,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.63628,-0.531119;STB=0.87097,0.994498;STBP=0.014,0.176;TYPE=del,mnp;VARB=0.101644,0.195027;OID=.,.;OPOS=18821173,18821178;OREF=T,TG;OALT=-,GA;OMAPALT=ATTTTTG,ATTTTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526,0.0350877:15,3:60:12,2:57:43:1,0:11,2:20:23:30:35:1,0:14,3:18:17 chr21 18827130 . G A 591.51 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.0108087;FXX=0.0190458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.514;QD=22.9711;RBI=0.0124025;REFB=0.00410251;REVB=-0.00608226;RO=45;SAF=34;SAR=24;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284522;STB=0.655076;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00284245;OID=.;OPOS=18827130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:45:45:58:58:0.563107:24:34:10:35:24:34:10:35 chr21 18885504 . A C 1307.84 PASS AF=0.425714;AO=136;DP=351;FAO=149;FDP=350;FR=.;FRO=201;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=87;FSRR=114;FWDB=0.0305817;FXX=0.0223457;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.17;QD=14.9468;RBI=0.0314023;REFB=-0.00906975;REVB=-0.00713172;RO=189;SAF=64;SAR=72;SRF=75;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777268;STB=0.536659;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0127787;OID=.;OPOS=18885504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:350:189:201:136:149:0.425714:72:64:75:114:75:74:87:114 chr21 18937758 . A G 526.08 PASS AF=0.370588;AO=63;DP=171;FAO=63;FDP=170;FR=.;FRO=107;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=69;FSRR=38;FWDB=0.00939941;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5405;QD=12.3784;RBI=0.0094285;REFB=0.00681172;REVB=-0.000740119;RO=106;SAF=29;SAR=34;SRF=69;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209001;STB=0.614725;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0108177;OID=.;OPOS=18937758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:106:107:63:63:0.370588:34:29:69:37:34:29:69:38 chr21 19161403 . A G 1551.18 PASS AF=0.909836;AO=109;DP=121;FAO=111;FDP=122;FR=.;FRO=11;FSAF=39;FSAR=72;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.063759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6925;QD=50.8584;RBI=0.0806618;REFB=-0.120504;REVB=0.0494077;RO=5;SAF=37;SAR=72;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239488;STB=0.54493;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00835194;OID=.;OPOS=19161403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:121:122:5:11:109:111:0.909836:72:37:3:2:72:39:9:2 chr21 19163391 . GAACTC G 928.28 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166316;FXX=0.038956;HRUN=2;LEN=5;MLLD=292.883;QD=50.1775;RBI=0.0194828;REFB=0;REVB=0.0101474;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.72091e-05;OID=.;OPOS=19163392;OREF=AACTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:76:74:74:0:37:37:0:0:16:0:37:36:0:0 chr21 19165321 . ATTTTTA AATTTTA,ATTTTA,ATTTTAT 47.84 PASS AF=0.0697674,0.139535,0;AO=15,10,4;DP=83;FAO=6,12,0;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=0,3,0;FSAR=6,9,0;FSRF=49;FSRR=19;FWDB=-0.063182,-0.186803,-0.252754;FXX=0.0114929;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=19.852,10.6517,20.453;QD=2.22532;RBI=0.0650456,0.18681,0.272726;REFB=-0.0657545,-0.107178,-0.0458512;REVB=0.0154585,0.00169231,-0.102444;RO=42;SAF=0,6,3;SAR=15,4,1;SRF=31;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.82899,-0.189852,0.0165023;STB=0.998875,0.847368,0.5;STBP=0,0.014,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0455362,0.197389,0;OID=.,.,.;OPOS=19165322,19165322,19165326;OREF=T,T,TA;OALT=A,-,AT;OMAPALT=AATTTTA,ATTTTA,ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0697674,0.139535,0:15,10,4:83:6,12,0:86:68:0,3,0:6,9,0:49:19:19:42:0,6,3:15,4,1:31:11 chr21 19169155 . G C 1514.17 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681672;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7789;QD=63.7545;RBI=0.0973084;REFB=0;REVB=0.0694418;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109669;OID=.;OPOS=19169155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr21 19666901 . T A 154.06 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0275068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9595;QD=14.6728;RBI=0.0278532;REFB=-0.0372174;REVB=-0.00437938;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194534;STB=0.624851;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0587101;OID=.;OPOS=19666901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:25:16:17:0.404762:10:6:14:11:11:6:14:11 chr21 19666910 . A G 243.9 PASS AF=0.581395;AO=22;DP=40;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0149536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.68;QD=22.6886;RBI=0.0728988;REFB=-0.039966;REVB=0.0713486;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243816;STB=0.594022;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0486491;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:18:18:22:25:0.581395:8:14:6:12:11:14:6:12 chr21 19670118 . G A 1605.43 PASS AF=0.964912;AO=109;DP=114;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0199243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.904;QD=56.3307;RBI=0.0285036;REFB=0.14929;REVB=-0.0203832;RO=4;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291853;STB=0.515149;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00169278;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:114:114:4:4:109:110:0.964912:63:46:0:4:64:46:0:4 chr21 19713821 . C T 1565.8 PASS AF=0.439474;AO=167;DP=380;FAO=167;FDP=380;FR=.;FRO=213;FSAF=70;FSAR=97;FSRF=98;FSRR=115;FWDB=-0.0227383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6092;QD=16.4821;RBI=0.0239376;REFB=0.00710762;REVB=-0.00748177;RO=212;SAF=70;SAR=97;SRF=97;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039493;STB=0.523378;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0102799;OID=.;OPOS=19713821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:380:212:213:167:167:0.439474:97:70:97:115:97:70:98:115 chr21 19775895 . G A 545.82 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.00623325;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.32;QD=15.2677;RBI=0.0144997;REFB=-0.0154754;REVB=-0.0130915;RO=84;SAF=26;SAR=33;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255539;STB=0.51435;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0233611;OID=.;OPOS=19775895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:84:84:59:59:0.412587:33:26:35:49:33:26:35:49 chr21 21728991 . C A 560.62 PASS AF=0.412903;AO=64;DP=155;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.00900223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5979;QD=14.4677;RBI=0.00908599;REFB=-0.00115682;REVB=0.00123087;RO=91;SAF=27;SAR=37;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144771;STB=0.581244;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00186206;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:91:91:64:64:0.412903:37:27:51:40:37:27:51:40 chr21 22746187 . T C 477.86 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.00215046;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.87;QD=15.0506;RBI=0.025982;REFB=-0.00971445;REVB=-0.0258929;RO=73;SAF=32;SAR=21;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448941;STB=0.521838;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0111226;OID=.;OPOS=22746187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:73:74:53:53:0.417323:21:32:41:32:21:32:42:32 chr21 24804558 . T C 1393.15 PASS AF=0.948454;AO=92;DP=97;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0863269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.726;QD=57.4496;RBI=0.086344;REFB=-0.089936;REVB=-0.0017182;RO=5;SAF=33;SAR=59;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253808;STB=0.513413;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000409479;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:97:97:5:5:92:92:0.948454:59:33:3:2:59:33:3:2 chr21 26965148 . G A 365.26 PASS AF=0.343511;AO=45;DP=132;FAO=45;FDP=131;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.00732161;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.595;QD=11.1531;RBI=0.0717814;REFB=0.004864;REVB=-0.071407;RO=81;SAF=28;SAR=17;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917275;STB=0.551507;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00884958;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:81:86:45:45:0.343511:17:28:44:37:17:28:47:39 chr21 26965205 . T C 403.53 PASS AF=0.333333;AO=49;DP=147;FAO=49;FDP=147;FR=.;FRO=98;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=0.00607734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.379;QD=10.9805;RBI=0.0443942;REFB=-0.00163855;REVB=0.0439763;RO=98;SAF=27;SAR=22;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164083;STB=0.594348;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00238719;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:98:98:49:49:0.333333:22:27:40:58:22:27:40:58 chr21 26969703 . T C 334.69 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0393394;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.1546;QD=16.7347;RBI=0.0695645;REFB=0.0133519;REVB=0.0573727;RO=44;SAF=24;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256067;STB=0.643987;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0179088;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:12:24:18:26:12:24:18:26 chr21 26976222 . C T 311.73 PASS AF=0.478873;AO=32;DP=69;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0289161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2558;QD=17.5623;RBI=0.0342779;REFB=-0.0237269;REVB=-0.0184075;RO=37;SAF=9;SAR=23;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288591;STB=0.63168;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0201756;OID=.;OPOS=26976222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:37:37:32:34:0.478873:23:9:21:16:23:11:21:16 chr21 26976237 . C T 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0089722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4326;QD=16.0715;RBI=0.0307515;REFB=-0.00433697;REVB=-0.0294135;RO=33;SAF=8;SAR=21;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273498;STB=0.656897;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00570365;OID=.;OPOS=26976237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:35:29:29:0.453125:21:8:18:15:21:8:19:16 chr21 26978950 . A G 733.72 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0841885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.481;QD=61.1431;RBI=0.08681;REFB=-0.136464;REVB=-0.0211725;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00182647;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:23:24:1:0:23:24:1:0 chr21 27056250 . A G 244.49 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.00668365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8506;QD=10.8661;RBI=0.00947808;REFB=-0.0220259;REVB=-0.00672032;RO=60;SAF=17;SAR=13;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391754;STB=0.522747;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0268456;OID=.;OPOS=27056250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:13:17:36:24:13:17:36:24 chr21 27852724 . A G 637.11 PASS AF=0.44;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.0227549;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.707;QD=16.9896;RBI=0.0236372;REFB=-0.00943859;REVB=-0.00639779;RO=84;SAF=27;SAR=39;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449889;STB=0.502509;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0107793;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:84:84:66:66:0.44:39:27:34:50:39:27:34:50 chr21 28295339 . T C 1301.91 PASS AF=0.52521;AO=125;DP=238;FAO=125;FDP=238;FR=.;FRO=113;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=37;FSRR=76;FWDB=-0.0197132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3065;QD=21.8809;RBI=0.0200308;REFB=-0.00330315;REVB=0.00355334;RO=113;SAF=62;SAR=63;SRF=37;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146968;STB=0.580129;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00259857;OID=.;OPOS=28295339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:113:113:125:125:0.52521:63:62:37:76:63:62:37:76 chr21 28296324 . A G 491.84 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.015008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.115;QD=15.8658;RBI=0.0276825;REFB=0.0103038;REVB=0.0232611;RO=68;SAF=33;SAR=21;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985293;STB=0.564079;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0124852;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:70:54:54:0.435484:21:33:35:33:21:33:35:35 chr21 28302355 . A G 859.46 PASS AF=0.481283;AO=81;DP=179;FAO=90;FDP=187;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=0.0098034;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.327;QD=18.3841;RBI=0.0240265;REFB=-0.0120747;REVB=0.0219355;RO=97;SAF=41;SAR=40;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617161;STB=0.506414;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0130452;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:187:97:97:81:90:0.481283:40:41:43:54:49:41:43:54 chr21 28326276 . G A 2262.51 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=146;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0163512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.553;QD=61.9867;RBI=0.0180609;REFB=-0.0377084;REVB=0.00767047;RO=2;SAF=74;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000362055;STB=0.50019;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000388183;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:146:146:2:2:144:144:0.986301:70:74:1:1:70:74:1:1 chr21 30250555 . T C 1715.37 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.23;QD=59.6651;RBI=0.0309424;REFB=-0.0225208;REVB=0.0239643;RO=1;SAF=63;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074781;STB=0.503936;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=4.58315e-05;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:51:63:1:0:51:63:1:0 chr21 30250615 . T C 1590.79 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00647846;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.963;QD=58.9181;RBI=0.010332;REFB=-0.0239778;REVB=0.0080486;RO=1;SAF=53;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088714;STB=0.504672;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=9.34996e-07;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:54:53:1:0:54:53:1:0 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 13599.5 PASS AF=0.172566,0.827434;AO=148,720;DP=916;FAO=156,748;FDP=904;FR=.;FRO=0;FSAF=17,365;FSAR=139,383;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.151237,-0.074115;FXX=0.0141765;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.6084,44.1337;QD=60.1749;RBI=0.185991,0.0916359;REFB=0.0324961,0.0346914;REVB=-0.108259,-0.0538898;RO=1;SAF=14,340;SAR=134,380;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00353663,0.00125548;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0408184,-0.00296246;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.172566,0.827434:148,720:916:156,748:904:0:17,365:139,383:0:0:99:1:14,340:134,380:0:1 chr21 30257570 . A C 43.45 PASS AF=0.0486258;AO=167;DP=946;FAO=46;FDP=946;FR=.;FRO=900;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=381;FSRR=519;FWDB=0.00776518;FXX=0.00105596;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.8025;QD=0.183712;RBI=0.0780897;REFB=-0.0472122;REVB=-0.0777026;RO=777;SAF=18;SAR=149;SRF=380;SRR=397;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554237;STB=0.553337;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.177569;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:946:946:777:900:167:46:0.0486258:149:18:380:397:29:17:381:519 chr21 30331935 . G A 385.52 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0165034;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.612;QD=14.8278;RBI=0.0165405;REFB=-0.00790572;REVB=-0.00110807;RO=60;SAF=17;SAR=27;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674905;STB=0.538026;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00971345;OID=.;OPOS=30331935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:60:60:44:44:0.423077:27:17:27:33:27:17:27:33 chr21 30339234 . T C 177.26 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00864291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.43;QD=12.2251;RBI=0.0374654;REFB=-0.0105625;REVB=-0.0364548;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108126;STB=0.545413;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0172;OID=.;OPOS=30339234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:36:21:22:0.37931:12:9:19:17:12:10:19:17 chr21 30339350 . A T 888.14 PASS AF=0.481283;AO=89;DP=186;FAO=90;FDP=187;FR=.;FRO=97;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.00588872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.784;QD=18.9977;RBI=0.0143432;REFB=-0.00379591;REVB=-0.0130786;RO=97;SAF=42;SAR=47;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271637;STB=0.512192;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00436399;OID=.;OPOS=30339350;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:97:97:89:90:0.481283:47:42:43:54:48:42:43:54 chr21 30341891 . A G 1574.99 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.441;QD=63.636;RBI=0.00796587;REFB=0;REVB=0.00243667;RO=0;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217602;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:61:36:0:0:62:37:0:0 chr21 30342933 . C A 653.73 PASS AF=0.466667;AO=69;DP=151;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.00921861;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.627;QD=17.4329;RBI=0.0362627;REFB=-0.0110994;REVB=0.0350713;RO=81;SAF=35;SAR=34;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109061;STB=0.553318;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00906659;OID=.;OPOS=30342933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:81:80:69:70:0.466667:34:35:32:49:35:35:32:48 chr21 30343017 . T C 677.79 PASS AF=0.470588;AO=72;DP=154;FAO=72;FDP=153;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.026616;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3232;QD=17.7199;RBI=0.0398386;REFB=-0.000560336;REVB=0.0296429;RO=80;SAF=35;SAR=37;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343994;STB=0.522097;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00062449;OID=.;OPOS=30343017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:80:81:72:72:0.470588:37:35:36:44:37:35:36:45 chr21 30511691 . G A 415.19 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0854759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.378;QD=19.3112;RBI=0.0857538;REFB=-0.012621;REVB=-0.00689795;RO=44;SAF=17;SAR=25;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396263;STB=0.522006;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0157276;OID=.;OPOS=30511691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:25:17:16:28:25:17:16:28 chr21 30552839 . A G 584.51 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0101865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.12;QD=16.2365;RBI=0.0101889;REFB=-0.006053;REVB=-0.000223546;RO=82;SAF=28;SAR=34;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111075;STB=0.562089;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00757447;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:82:82:62:62:0.430556:34:28:46:36:34:28:46:36 chr21 30552877 . T C 724.4 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=166;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.00218258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.843;QD=17.4555;RBI=0.0223961;REFB=-0.0119697;REVB=0.0222895;RO=88;SAF=34;SAR=43;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100083;STB=0.552478;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0102194;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:88:89:77:77:0.463855:43:34:48:40:43:34:48:41 chr21 30698949 . G A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00649206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=327.055;QD=18.3009;RBI=0.00946638;REFB=-0.00668791;REVB=-0.00688952;RO=23;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203023;STB=0.616314;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00637525;OID=.;OPOS=30698949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:15:5:10:13:15:5:10:13 chr21 30714776 . T C 745.45 PASS AF=0.546154;AO=71;DP=131;FAO=71;FDP=130;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0184243;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.17;QD=22.9369;RBI=0.0308221;REFB=-0.00390946;REVB=-0.0247093;RO=58;SAF=38;SAR=33;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995595;STB=0.558083;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00404483;OID=.;OPOS=30714776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:58:59:71:71:0.546154:33:38:24:34:33:38:24:35 chr21 30716953 . ATTTG AT,ATT,ATTG 54.52 PASS AF=0.254545,0,0.0181818;AO=7,8,6;DP=55;FAO=14,0,1;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=6,0,0;FSAR=8,0,1;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0991502,-0.0585569,-0.10122;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=3,2,1;MLLD=89.5998,83.5291,13.4426;QD=3.96508;RBI=0.0991623,0.0586226,0.200538;REFB=-0.0313975,-0.0368218,-0.0709508;REVB=-0.00155365,0.00277299,-0.173119;RO=32;SAF=0,7,1;SAR=7,1,5;SRF=23;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.76902,0.287498,-0.593858;STB=0.642292,0.5,0.992303;STBP=0.237,1,0.256;TYPE=del,del,del;VARB=0.0566353,0,0.00169404;OID=.,.,.;OPOS=30716955,30716956,30716954;OREF=TTG,TG,T;OALT=-,-,-;OMAPALT=AT,ATT,ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254545,0,0.0181818:7,8,6:55:14,0,1:55:40:6,0,0:8,0,1:25:15:49:32:0,7,1:7,1,5:23:9 chr21 30717151 . C T 1594.83 PASS AF=0.956522;AO=110;DP=115;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00286525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.559;QD=55.4724;RBI=0.0406039;REFB=-0.0717728;REVB=-0.0405027;RO=5;SAF=55;SAR=55;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247298;STB=0.513041;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00442209;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:115:115:5:5:110:110:0.956522:55:55:4:1:55:55:4:1 chr21 30718201 . G A 666.86 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.099;QD=62.0333;RBI=0.00957367;REFB=0;REVB=0.00628123;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22953e-05;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:25:15:0:0:28:15:0:0 chr21 30830393 . T G 3760.6 PASS AF=0.965385;AO=250;DP=259;FAO=251;FDP=260;FR=.;FRO=9;FSAF=117;FSAR=134;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00668089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8309;QD=57.8554;RBI=0.0275942;REFB=-0.0373492;REVB=0.0267732;RO=9;SAF=117;SAR=133;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163479;STB=0.508491;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0155631;OID=.;OPOS=30830393;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:259:260:9:9:250:251:0.965385:133:117:2:7:134:117:2:7 chr21 30969901 . T C 1201.62 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5221;QD=60.8415;RBI=0.0214569;REFB=0;REVB=0.0184325;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272878;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:42:36:0:0:42:37:0:0 chr21 30970005 . C G 358.2 PASS AF=0.354839;AO=44;DP=124;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=-0.0496434;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.945;QD=11.5547;RBI=0.0502707;REFB=-0.0442764;REVB=-0.00791676;RO=77;SAF=13;SAR=31;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870606;STB=0.549808;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0449623;OID=.;OPOS=30970005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:77:80:44:44:0.354839:31:13:28:49:31:13:29:51 chr21 30971183 . G A 324.78 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00598009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.702;QD=14.5967;RBI=0.0539967;REFB=-0.00467696;REVB=-0.0536645;RO=53;SAF=11;SAR=25;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106395;STB=0.560582;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00783948;OID=.;OPOS=30971183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:25:11:21:32:25:11:21:32 chr21 31062070 . T G 1050.41 PASS AF=0.473684;AO=107;DP=229;FAO=108;FDP=228;FR=.;FRO=120;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=70;FWDB=0.0285877;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8223;QD=18.4282;RBI=0.0565634;REFB=-0.00921075;REVB=0.0488074;RO=122;SAF=63;SAR=44;SRF=50;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172202;STB=0.592575;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00933171;OID=.;OPOS=31062070;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:122:120:107:108:0.473684:44:63:50:72:44:64:50:70 chr21 31655212 . A C 2495.33 PASS AF=0.993902;AO=161;DP=162;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.265;QD=60.8618;RBI=0.0338967;REFB=-0.016941;REVB=0.0143821;RO=1;SAF=68;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694596;STB=0.503546;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000149787;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:164:1:1:161:163:0.993902:93:68:1:0:93:70:1:0 chr21 31768539 . G C 1871.68 PASS AF=0.539157;AO=178;DP=333;FAO=179;FDP=332;FR=.;FRO=153;FSAF=105;FSAR=74;FSRF=83;FSRR=70;FWDB=0.031179;FXX=0.00300291;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.565;QD=22.5504;RBI=0.0328052;REFB=-0.0196074;REVB=-0.0102006;RO=154;SAF=104;SAR=74;SRF=84;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337959;STB=0.520802;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0171808;OID=.;OPOS=31768539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:332:154:153:178:179:0.539157:74:104:84:70:74:105:83:70 chr21 31802768 . G A 657.8 PASS AF=0.528455;AO=65;DP=124;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00604974;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7671;QD=21.392;RBI=0.026257;REFB=-0.013186;REVB=-0.0255505;RO=58;SAF=40;SAR=25;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131219;STB=0.572136;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0100091;OID=.;OPOS=31802768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:58:58:65:65:0.528455:25:40:27:31:25:40:27:31 chr21 31812772 . C A 752.64 PASS AF=0.514085;AO=67;DP=136;FAO=73;FDP=142;FR=.;FRO=69;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.0273913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.718;QD=21.2012;RBI=0.0331463;REFB=-0.0401824;REVB=0.0186653;RO=68;SAF=43;SAR=24;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939184;STB=0.53323;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0324023;OID=.;OPOS=31812772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:142:68:69:67:73:0.514085:24:43:37:31:28:45:38:31 chr21 31859677 . G A 721.33 PASS AF=0.411458;AO=74;DP=189;FAO=79;FDP=192;FR=.;FRO=113;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=-0.0120377;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.209;QD=15.0277;RBI=0.0355;REFB=-0.0177802;REVB=-0.0333968;RO=112;SAF=40;SAR=34;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720522;STB=0.529373;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0248034;OID=.;OPOS=31859677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:192:112:113:74:79:0.411458:34:40:53:59:38:41:53:60 chr21 31869286 . T C 988.25 PASS AF=0.454148;AO=104;DP=229;FAO=104;FDP=229;FR=.;FRO=125;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=-0.00915005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.658;QD=17.262;RBI=0.0162622;REFB=-0.00843506;REVB=0.0134438;RO=125;SAF=50;SAR=54;SRF=64;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307769;STB=0.517047;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0120258;OID=.;OPOS=31869286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:125:125:104:104:0.454148:54:50:64:61:54:50:64:61 chr21 31913981 . AG A 2083.49 PASS AF=1;AO=128;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274228;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.387;QD=62.1939;RBI=0.0282849;REFB=0;REVB=-0.00692987;RO=1;SAF=79;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.02729e-05;OID=.;OPOS=31913982;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:128:134:134:134:0:79:55:0:0:11:1:79:49:0:1 chr21 31914000 . T A 2484.59 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665173;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.422;QD=61.7289;RBI=0.00932904;REFB=0;REVB=0.00654106;RO=0;SAF=88;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104626;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:160:161:1:72:88:0:0:72:89:0:0 chr21 31964916 . A C 494.8 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.00642652;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0691;QD=25.7038;RBI=0.0219888;REFB=-0.033725;REVB=-0.0210288;RO=31;SAF=15;SAR=31;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583649;STB=0.531832;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0282819;OID=.;OPOS=31964916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:31:31:46:46:0.597403:31:15:8:23:31:15:8:23 chr21 31973516 . T A 1159.11 PASS AF=0.468;AO=117;DP=250;FAO=117;FDP=250;FR=.;FRO=133;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=66;FSRR=67;FWDB=0.0286168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.538;QD=18.5457;RBI=0.0293715;REFB=-0.0143841;REVB=0.00661537;RO=132;SAF=53;SAR=64;SRF=65;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380574;STB=0.523109;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0162581;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:132:133:117:117:0.468:64:53:65:67:64:53:66:67 chr21 32090908 . C T 189.29 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0389552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.027;QD=9.2339;RBI=0.0800217;REFB=-0.00645324;REVB=-0.0698997;RO=56;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103113;STB=0.565764;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0255974;OID=.;OPOS=32090908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:57:25:25:0.304878:13:12:22:34:13:12:22:35 chr21 32119495 . C G 764.31 PASS AF=0.47619;AO=78;DP=167;FAO=80;FDP=168;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=61;FWDB=-0.000953766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.951;QD=18.1979;RBI=0.00238534;REFB=-0.0144871;REVB=0.00218636;RO=88;SAF=30;SAR=48;SRF=27;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805185;STB=0.538826;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0190803;OID=.;OPOS=32119495;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:88:88:78:80:0.47619:48:30:27:61:50:30:27:61 chr21 32201822 . G T 2084.77 PASS AF=0.985294;AO=133;DP=138;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00737287;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.673;QD=61.3168;RBI=0.0129191;REFB=0.00776539;REVB=0.0106087;RO=2;SAF=62;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131997;STB=0.506943;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=7.80659e-06;OID=.;OPOS=32201822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:136:2:2:133:134:0.985294:71:62:0:2:71:63:0:2 chr21 32201835 . A C 2239.94 PASS AF=0.986755;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00738884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.091;QD=59.3362;RBI=0.00768665;REFB=-0.0443441;REVB=0.00211888;RO=2;SAF=76;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128511;STB=0.506756;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=7.71364e-06;OID=.;OPOS=32201835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:2:2:149:149:0.986755:73:76:0:2:73:76:0:2 chr21 32201866 . A G 2719.21 PASS AF=0.988827;AO=168;DP=170;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0118591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.166;QD=60.7645;RBI=0.0165634;REFB=-0.0497152;REVB=0.0115632;RO=2;SAF=79;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105737;STB=0.505376;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000515033;OID=.;OPOS=32201866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:170:179:2:2:168:177:0.988827:89:79:0:2:92:85:0:2 chr21 32201951 . A G 3427.9 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.302;QD=62.3255;RBI=0.0577811;REFB=0;REVB=0.0213118;RO=0;SAF=93;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15848e-05;OID=.;OPOS=32201951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:220:0:0:219:220:1:126:93:0:0:126:94:0:0 chr21 32201969 . GA G 2460.74 PASS AF=1;AO=199;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358778;FXX=0.0192298;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.9327;QD=48.2499;RBI=0.138441;REFB=0;REVB=-0.133712;RO=0;SAF=74;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.57577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000541439;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:199:205:204:204:0:78:126:0:0:44:0:74:125:0:0 chr21 32253513 . A T 1445.01 PASS AF=0.534351;AO=138;DP=260;FAO=140;FDP=262;FR=.;FRO=122;FSAF=49;FSAR=91;FSRF=49;FSRR=73;FWDB=0.014388;FXX=0.0113203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.051;QD=22.0612;RBI=0.015426;REFB=-0.0139861;REVB=-0.00556305;RO=116;SAF=47;SAR=91;SRF=46;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512353;STB=0.526008;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0139234;OID=.;OPOS=32253513;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:262:116:122:138:140:0.534351:91:47:46:70:91:49:49:73 chr21 32493031 . A G 6068.85 PASS AF=1;AO=380;DP=385;FAO=383;FDP=383;FR=.;FRO=0;FSAF=190;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254144;FXX=0.0128863;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2363;QD=63.3823;RBI=0.0254306;REFB=-0.055714;REVB=-0.000905921;RO=1;SAF=188;SAR=192;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00253163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730675;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:385:383:1:0:380:383:1:192:188:1:0:193:190:0:0 chr21 32499473 . A G 1004.24 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.902;QD=58.2167;RBI=0.0151613;REFB=0;REVB=0.00479924;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91874e-05;OID=.;OPOS=32499473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:1:0:68:69:1:41:27:0:1:42:27:0:0 chr21 32503270 . GA G,GG 36.24 PASS AF=0.177419,0.0483871;AO=18,3;DP=66;FAO=11,3;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=9,3;FSAR=2,0;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.028529,0.0569949;FXX=0.0605969;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.89761,29.9136;QD=2.33814;RBI=0.135358,0.106171;REFB=-0.121672,-0.0592589;REVB=0.132318,0.0895761;RO=38;SAF=15,3;SAR=3,0;SRF=13;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0.516129,0;SSSB=0.562168,0.591457;STB=0.832252,0.997137;STBP=0.033,0.05;TYPE=del,snp;VARB=0.16374,0.059237;OID=.,.;OPOS=32503271,32503271;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177419,0.0483871:18,3:66:11,3:62:48:9,3:2,0:19:29:23:38:15,3:3,0:13:25 chr21 32638549 . CC AT 483.96 PASS AF=0.616438;AO=44;DP=75;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-1.45333e-05;FXX=0.0266631;HRUN=6;LEN=2;MLLD=238.718;QD=26.5182;RBI=0.0056855;REFB=-0.00772372;REVB=0.00568549;RO=26;SAF=23;SAR=21;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154998;STB=0.504261;STBP=0.953;TYPE=mnp;VARB=0.00551189;OID=.;OPOS=32638549;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:26:28:44:45:0.616438:21:23:13:13:22:23:14:14 chr21 33371001 . A AC 113.17 PASS AF=0.238494;AO=60;DP=242;FAO=57;FDP=239;FR=.;FRO=182;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=125;FWDB=-0.0131172;FXX=0.0123962;HRUN=0;LEN=1;MLLD=56.9962;QD=1.89413;RBI=0.0181397;REFB=-0.00595392;REVB=0.0125295;RO=177;SAF=37;SAR=23;SRF=53;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382698;STB=0.717605;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.149721;OID=.;OPOS=33371002;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238494:60:242:57:239:182:35:22:57:125:99:177:37:23:53:124 chr21 33714964 . C CCA 57.88 PASS AF=0.4;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.721;QD=11.5768;RBI=0.0172993;REFB=-0.0194408;REVB=-0.0172993;RO=14;SAF=0;SAR=8;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.703775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0230908;OID=.;OPOS=33714965;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:22:8:20:12:0:8:0:12:57:14:0:8:1:13 chr21 33714966 . AG AC,GA 248.85 PASS AF=0.4,0.6;AO=8,12;DP=20;FAO=8,12;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=8,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=40.8076,167.481;QD=49.7702;RBI=0.0313141,0.00240889;REFB=0,0;REVB=-0.0313141,0.00240889;RO=0;SAF=0,0;SAR=8,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00927376,0.027924;OID=.,.;OPOS=33714967,33714966;OREF=G,AG;OALT=C,GA;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:20:20:0:0:8,12:8,12:0.4,0.6:8,12:0,0:0:0:8,12:0,0:0:0 chr21 33714976 . T TA 33.06 PASS AF=0.5;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0.0908265;HRUN=0;LEN=1;MLLD=185.482;QD=13.2229;RBI=0.0396727;REFB=-0.0212748;REVB=-0.0396727;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0219688;OID=.;OPOS=33714977;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:12:5:10:5:0:5:0:5:30:7:0:5:0:7 chr21 33726326 . G A 2315.92 PASS AF=0.987179;AO=151;DP=153;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0157747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4593;QD=59.3827;RBI=0.0158912;REFB=-0.0763423;REVB=-0.00192039;RO=2;SAF=74;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126806;STB=0.506493;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00551328;OID=.;OPOS=33726326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:156:2:2:151:154:0.987179:77:74:2:0:78:76:2:0 chr21 33755763 . G A 1250.32 PASS AF=0.954545;AO=83;DP=87;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00400882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4848;QD=56.8327;RBI=0.013152;REFB=-0.0595351;REVB=-0.0125261;RO=4;SAF=43;SAR=40;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233215;STB=0.511902;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00226352;OID=.;OPOS=33755763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:87:88:4:4:83:84:0.954545:40:43:1:3:41:43:1:3 chr21 33840208 . A G 628.89 PASS AF=0.451389;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0238579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.324;QD=17.4691;RBI=0.0262614;REFB=-0.0360614;REVB=-0.0109757;RO=79;SAF=33;SAR=32;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512268;STB=0.528499;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0267057;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:79:79:65:65:0.451389:32:33:36:43:32:33:36:43 chr21 33887131 . G A 780.21 PASS AF=0.51634;AO=78;DP=154;FAO=79;FDP=153;FR=.;FRO=74;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.00793826;FXX=0.0192295;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.991;QD=20.3977;RBI=0.026931;REFB=-0.0245427;REVB=0.0257344;RO=74;SAF=45;SAR=33;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00847612;STB=0.507294;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0244686;OID=.;OPOS=33887131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:74:74:78:79:0.51634:33:45:42:32:33:46:42:32 chr21 33951068 . T C 1550.92 PASS AF=0.474474;AO=158;DP=334;FAO=158;FDP=333;FR=.;FRO=175;FSAF=75;FSAR=83;FSRF=58;FSRR=117;FWDB=0.00738235;FXX=0.00299392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.653;QD=18.6297;RBI=0.0100141;REFB=-0.00646137;REVB=0.00676637;RO=172;SAF=75;SAR=83;SRF=58;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131891;STB=0.57605;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00756898;OID=.;OPOS=33951068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:333:172:175:158:158:0.474474:83:75:58:114:83:75:58:117 chr21 33956579 . T C 979.42 PASS AF=0.5;AO=95;DP=193;FAO=96;FDP=192;FR=.;FRO=96;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.00758539;FXX=0.0103087;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9748;QD=20.4046;RBI=0.0199603;REFB=-0.0153127;REVB=0.0184628;RO=94;SAF=57;SAR=38;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082641;STB=0.542772;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0181646;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:94:96:95:96:0.5:38:57:48:46:38:58:50:46 chr21 34003926 . CAA ATT,CAAAGTATT 277.53 PASS AF=0.0410959,0.39726;AO=3,28;DP=76;FAO=3,29;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=3,11;FSAR=0,18;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.000742904,-0.00676649;FXX=0.0266631;HRUN=1,4;LEN=3,6;MLLD=154.642,266.074;QD=15.2069;RBI=0.027807,0.0287606;REFB=0.0109563,0.00237511;REVB=0.0277971,0.0279533;RO=42;SAF=3,11;SAR=0,17;SRF=11;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.629324,0.15064;STB=0.997734,0.55528;STBP=0.021,0.485;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0157497,-0.00532206;OID=.,.;OPOS=34003926,34003929;OREF=CAA,-;OALT=ATT,AGTATT;OMAPALT=ATT,CAAAGTATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:76:73:42:41:3,28:3,29:0.0410959,0.39726:0,17:3,11:11:31:0,18:3,11:12:29 chr21 34014192 . G A 349.48 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.00308801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.815;QD=12.825;RBI=0.00954685;REFB=0.00158863;REVB=-0.00903364;RO=66;SAF=14;SAR=28;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248616;STB=0.637433;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00286985;OID=.;OPOS=34014192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:67:42:42:0.385321:28:14:37:29:28:14:37:30 chr21 34014283 . C A 275.75 PASS AF=0.329545;AO=19;DP=90;FAO=29;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.000539905;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.675;QD=12.534;RBI=0.0060575;REFB=-0.0046838;REVB=-0.00603339;RO=56;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317083;STB=0.532142;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0197304;OID=.;OPOS=34014283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:56:55:19:29:0.329545:12:7:22:34:16:13:22:33 chr21 34059352 . T C 374.62 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0139393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.876;QD=20.8124;RBI=0.0168011;REFB=-0.0242354;REVB=0.00937933;RO=34;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375856;STB=0.520822;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0199182;OID=.;OPOS=34059352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:25:13:13:21:25:13:13:21 chr21 34163742 . A G 1652.1 PASS AF=1;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089916;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.662;QD=60.6276;RBI=0.0951022;REFB=0;REVB=0.0309765;RO=0;SAF=33;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.72945e-06;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:109:0:0:109:109:1:76:33:0:0:76:33:0:0 chr21 34166190 . A T 2590.27 PASS AF=0.977654;AO=169;DP=175;FAO=175;FDP=179;FR=.;FRO=4;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0212756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6864;QD=57.8832;RBI=0.0241682;REFB=-0.149565;REVB=-0.0114652;RO=5;SAF=85;SAR=84;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165555;STB=0.50565;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00661931;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:175:179:5:4:169:175:0.977654:84:85:1:4:87:88:1:3 chr21 34166343 . C T 2304.02 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3363;QD=62.2709;RBI=0.0322347;REFB=-0.111549;REVB=0.0302123;RO=2;SAF=69;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121911;STB=0.503184;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00631934;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:148:148:2:1:146:147:0.993243:77:69:0:2:78:69:0:1 chr21 34169317 . C CT 1238.18 PASS AF=1;AO=101;DP=109;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063139;FXX=0.0471654;HRUN=0;LEN=1;MLLD=158.724;QD=49.037;RBI=0.00993937;REFB=0;REVB=-0.00767632;RO=4;SAF=44;SAR=57;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.24693e-05;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:109:101:101:0:44:57:0:0:22:4:44:57:3:1 chr21 34400237 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0114743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5421;QD=12.395;RBI=0.0114743;REFB=0.0688739;REVB=0;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0186964;OID=.;OPOS=34400237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:0:5:5:0:0:5:5:0 chr21 34444106 . C T 1233.05 PASS AF=0.502075;AO=121;DP=241;FAO=121;FDP=241;FR=.;FRO=120;FSAF=40;FSAR=81;FSRF=43;FSRR=77;FWDB=-0.0176065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6991;QD=20.4656;RBI=0.0180519;REFB=0.00351129;REVB=-0.00398541;RO=119;SAF=40;SAR=81;SRF=43;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310296;STB=0.515446;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00496665;OID=.;OPOS=34444106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:119:120:121:121:0.502075:81:40:43:76:81:40:43:77 chr21 34614250 . T C 1003.98 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.556;QD=59.0576;RBI=0.0266543;REFB=0;REVB=-0.0206522;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000339249;OID=.;OPOS=34614250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr21 34614255 . T G 1008.4 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.203;QD=59.3178;RBI=0.0697285;REFB=0;REVB=0.0124831;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198404;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:29:37:0:0:29:39:0:0 chr21 34634878 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.094;QD=40.7628;RBI=0.12901;REFB=0;REVB=-0.128527;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00618198;OID=.;OPOS=34634878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr21 34640788 . A G 1453.47 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.677;QD=63.1943;RBI=0.0107497;REFB=0;REVB=-0.000224634;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67667e-06;OID=.;OPOS=34640788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:51:41:0:0:51:41:0:0 chr21 34666376 . A G 453.47 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00591194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.938;QD=19.7162;RBI=0.0235426;REFB=-0.0315627;REVB=-0.0227883;RO=47;SAF=10;SAR=34;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136226;STB=0.562127;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0241794;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:47:47:44:45:0.48913:34:10:16:31:34:11:16:31 chr21 34668747 . A G 300.59 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00293597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6943;QD=23.1225;RBI=0.0167567;REFB=-0.0183141;REVB=0.0164975;RO=22;SAF=21;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167973;STB=0.593156;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0149854;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:9:21:11:11:9:21:11:11 chr21 34821570 . G A 545.01 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0333719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.504;QD=57.3691;RBI=0.036471;REFB=-0.0102213;REVB=-0.0147122;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000332872;OID=.;OPOS=34821570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:20:17:0:0:20:17:1:0 chr21 34821648 . CAA C 77.92 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.000959087;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.596;QD=5.56568;RBI=0.0101324;REFB=-0.0202748;REVB=-0.010087;RO=38;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194369;STB=0.631421;STBP=0.217;TYPE=del;VARB=0.0672356;OID=.;OPOS=34821649;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:16:56:16:56:40:9:7:15:25:77:38:9:7:15:23 chr21 34822150 . T A 1391.61 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9772;QD=59.854;RBI=0.117636;REFB=-0.142177;REVB=0.0407353;RO=3;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00488711;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:3:0:90:93:1:52:38:0:3:55:38:0:0 chr21 34822452 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.787;QD=55.0962;RBI=0.0368345;REFB=0;REVB=0.0283132;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348124;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr21 34897113 . C T 2903.95 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.179;QD=63.1294;RBI=0.0139137;REFB=0;REVB=0.0138138;RO=0;SAF=96;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2087e-06;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:88:96:0:0:88:96:0:0 chr21 34923301 . T G,TG 38.68 PASS AF=0,0.169811;AO=3,9;DP=54;FAO=0,9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=0,7;FSAR=0,2;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0487114,-0.0626488;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.0381,18.1546;QD=2.91931;RBI=0.102301,0.190154;REFB=0.000942281,-0.0578937;REVB=-0.0899594,-0.179537;RO=42;SAF=3,4;SAR=0,5;SRF=20;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.50822,-0.0390639;STB=0.5,0.770578;STBP=1,0.097;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.136757;OID=.,.;OPOS=34923301,34923302;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:54:53:42:44:3,9:0,9:0,0.169811:0,5:3,4:20:22:0,2:0,7:20:24 chr21 34925142 . C T 1232.53 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.2;QD=60.8659;RBI=0.0107469;REFB=0;REVB=-0.00992711;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22931e-05;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:43:36:0:0:44:37:0:0 chr21 34926043 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00375218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.187;QD=16.9316;RBI=0.0112551;REFB=-0.00538172;REVB=0.0106112;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842475;STB=0.54831;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00674277;OID=.;OPOS=34926043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:3:9:8:4:3:9 chr21 34926260 . C T 762.25 PASS AF=0.420792;AO=85;DP=202;FAO=85;FDP=202;FR=.;FRO=117;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=0.0429748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.054;QD=15.094;RBI=0.0437067;REFB=-0.00936556;REVB=-0.0079655;RO=117;SAF=42;SAR=43;SRF=63;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459494;STB=0.525666;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0115559;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:117:117:85:85:0.420792:43:42:63:54:43:42:63:54 chr21 34939590 . T A 32.15 PASS AF=0.103448;AO=11;DP=81;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=55;FWDB=-0.0941683;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.227;QD=1.47829;RBI=0.101311;REFB=-0.00637953;REVB=-0.0373653;RO=59;SAF=11;SAR=0;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.769025;STB=0.934557;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0975975;OID=.;OPOS=34939590;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:81:87:59:78:11:9:0.103448:0:11:18:41:1:8:23:55 chr21 34945721 . T C 430.48 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.000605199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.02;QD=20.0223;RBI=0.00285842;REFB=-0.0121617;REVB=-0.00279361;RO=42;SAF=14;SAR=29;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316043;STB=0.513112;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.014759;OID=.;OPOS=34945721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:43:43:43:0.5:29:14:15:27:29:14:15:28 chr21 34948684 . G A,GA 1954.87 PASS AF=0,1;AO=6,118;DP=139;FAO=0,136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=0,52;FSAR=0,84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510858,0.0655514;FXX=0.00729874;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=5.17678,22.4549;QD=57.4961;RBI=0.0226005,0.0886884;REFB=0,0;REVB=0.0220156,0.0597381;RO=14;SAF=4,43;SAR=2,75;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.187917,-0.0290932;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00113029;OID=.,.;OPOS=34948684,34948685;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:11:139:136:14:0:6,118:0,136:0,1:2,75:4,43:7:7:0,84:0,52:0:0 chr21 34948696 . GA G 2004.33 PASS AF=1;AO=128;DP=132;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380738;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4705;QD=61.6718;RBI=0.0381025;REFB=0;REVB=0.00147869;RO=0;SAF=46;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000559892;OID=.;OPOS=34948697;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:128:132:130:130:0:47:83:0:0:11:0:46:82:0:0 chr21 34968503 . A G 377.43 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.0222103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.061;QD=16.2335;RBI=0.0231644;REFB=-0.0135939;REVB=-0.00657953;RO=52;SAF=15;SAR=25;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09565;STB=0.557495;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0153584;OID=.;OPOS=34968503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:25:15:15:37:25:15:15:38 chr21 35122566 . GC G 72.21 PASS AF=0.435484;AO=22;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.138693;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.7031;QD=4.65867;RBI=0.20796;REFB=-0.109763;REVB=0.154958;RO=34;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146274;STB=0.589751;STBP=0.278;TYPE=del;VARB=0.142426;OID=.;OPOS=35122567;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435484:22:62:27:62:35:10:17:8:27:72:34:7:15:7:27 chr21 35237608 . T C 820.19 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041443;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.647;QD=57.557;RBI=0.041446;REFB=0;REVB=-0.000498824;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139536;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr21 35260481 . T C 1572.51 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9111;QD=59.9052;RBI=0.0290183;REFB=0;REVB=0.0204554;RO=0;SAF=37;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134982;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:68:37:0:0:68:37:0:0 chr21 35275955 . G A 712.32 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567586;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4801;QD=56.9852;RBI=0.0160728;REFB=0;REVB=0.0150373;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37922e-05;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:28:20:0:0:29:21:0:0 chr21 35281393 . A G 2244.38 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.804;QD=63.222;RBI=0.031308;REFB=0;REVB=0.0149618;RO=0;SAF=64;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146458;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:77:64:0:0:78:64:0:0 chr21 35286740 . A G 92.08 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.064835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.315;QD=9.69289;RBI=0.0649617;REFB=-0.0291834;REVB=0.00405558;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950042;STB=0.557426;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0940195;OID=.;OPOS=35286740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:13:13:7:5:13:13 chr21 35291543 . G A 385.36 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0150816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.557;QD=17.9237;RBI=0.017551;REFB=-0.00368548;REVB=-0.0089768;RO=45;SAF=24;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106995;STB=0.554475;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00335789;OID=.;OPOS=35291543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:46:40:40:0.465116:16:24:22:23:16:24:23:23 chr21 35467645 . A G 4766.15 PASS AF=1;AO=306;DP=309;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295477;FXX=0.00647228;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.426;QD=62.0997;RBI=0.0303818;REFB=0.00739252;REVB=-0.00707023;RO=2;SAF=149;SAR=157;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62584e-06;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:309:307:2:0:306:307:1:157:149:2:0:158:149:0:0 chr21 35469193 . C A 726.36 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0189562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0682;QD=52.8264;RBI=0.0577976;REFB=-0.0540593;REVB=-0.0546006;RO=2;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362056;STB=0.519224;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00366346;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:25:28:0:2:25:28:0:2 chr21 35469726 . G GT 1075.41 PASS AF=1;AO=88;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122866;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.7814;QD=47.796;RBI=0.122873;REFB=0;REVB=-0.00128226;RO=4;SAF=40;SAR=48;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00377014;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00165496;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:92:90:90:0:40:50:0:0:19:4:40:48:2:2 chr21 35469852 . C A 1315.14 PASS AF=1;AO=74;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1276;QD=61.1693;RBI=0.0499127;REFB=0;REVB=-0.0122825;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525452;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:74:86:1:37:37:0:0:46:40:0:0 chr21 35470041 . AG A,AT 692.56 PASS AF=0.152174,0.847826;AO=9,33;DP=46;FAO=7,39;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=5,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185516,-0.0166044;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.553,111.325;QD=60.2228;RBI=0.0388015,0.0365268;REFB=0,0;REVB=0.0340792,0.0325346;RO=0;SAF=2,19;SAR=7,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.71297e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00196321,0.0124793;OID=.,.;OPOS=35470042,35470042;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.152174,0.847826:9,33:46:7,39:46:0:2,20:5,19:0:0:10:0:2,19:7,14:0:0 chr21 35470210 . T G 652.2 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.013837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.706;QD=47.4328;RBI=0.0185507;REFB=0.00153234;REVB=0.0123558;RO=5;SAF=30;SAR=20;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=1.21436e-05;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:55:5:5:50:50:0.909091:20:30:3:2:20:30:3:2 chr21 35470213 . C A 677.94 PASS AF=0.945455;AO=51;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0513763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7754;QD=49.3048;RBI=0.0706385;REFB=-0.190385;REVB=-0.0484795;RO=4;SAF=30;SAR=21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229147;STB=0.5238;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0176596;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:55:55:4:3:51:52:0.945455:21:30:3:1:22:30:3:0 chr21 35471815 . T C 614.58 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00915921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.638;QD=21.9492;RBI=0.0325305;REFB=-0.0232765;REVB=0.0312144;RO=51;SAF=19;SAR=42;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177254;STB=0.597501;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0148048;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:51:61:61:0.544643:42:19:26:25:42:19:26:25 chr21 35471878 . G A 523.08 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00222704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2823;QD=26.4851;RBI=0.0442678;REFB=-0.0138364;REVB=-0.0442118;RO=31;SAF=24;SAR=24;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115957;STB=0.506326;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0108784;OID=.;OPOS=35471878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:48:48:0.607595:24:24:16:15:24:24:16:15 chr21 35474410 . G A 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0424191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.154;QD=23.1635;RBI=0.0434084;REFB=-0.00310428;REVB=-0.00921491;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134988;STB=0.575024;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00291323;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:14:12:7:16:14:12:7:16 chr21 35821821 . T C,G 1499.08 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=98,4;DP=102;FAO=98,4;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52,4;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720169,0.0038064;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.83,145.188;QD=58.7876;RBI=0.0128059,0.00449383;REFB=0,0;REVB=0.010589,-0.0023887;RO=0;SAF=52,4;SAR=46,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00265719,-0.0319058;OID=.,.;OPOS=35821821,35821821;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:102:102:0:0:98,4:98,4:0.960784,0.0392157:46,0:52,4:0:0:46,0:52,4:0:0 chr21 35893737 . T C 846.79 PASS AF=0.511905;AO=81;DP=165;FAO=86;FDP=168;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0118384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.695;QD=20.1618;RBI=0.0125812;REFB=0.000133553;REVB=-0.0042589;RO=82;SAF=38;SAR=43;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841015;STB=0.548484;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=5.01538e-05;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:168:82:82:81:86:0.511905:43:38:31:51:45:41:31:51 chr21 36041978 . A G 57.31 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0193851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7755;QD=28.6573;RBI=0.0514399;REFB=-0.03718;REVB=0.0476475;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0066496;OID=.;OPOS=36041978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:1:0:2:5:1:0 chr21 36042189 . G A 1071.16 PASS AF=0.573864;AO=88;DP=177;FAO=101;FDP=176;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=32;FSAR=69;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0534523;FXX=0.0056494;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.0853;QD=24.3445;RBI=0.0809582;REFB=-0.0299632;REVB=-0.0608036;RO=45;SAF=26;SAR=62;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106751;STB=0.550313;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0173851;OID=.;OPOS=36042189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:45:73:88:101:0.573864:62:26:20:25:69:32:31:42 chr21 36042203 . G C 1881.22 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0553376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4732;QD=59.7214;RBI=0.056335;REFB=-0.160326;REVB=0.0105537;RO=2;SAF=41;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057563;STB=0.50303;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00252399;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:2:2:124:124:0.984127:83:41:1:1:83:41:1:1 chr21 36042579 . C G 398.92 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0149701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.221;QD=26.5945;RBI=0.0171081;REFB=-0.0094793;REVB=0.00828151;RO=22;SAF=18;SAR=20;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176882;STB=0.509661;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00463263;OID=.;OPOS=36042579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:20:18:11:11:20:18:11:11 chr21 36042584 . G A 426.67 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00163674;FXX=0.0307645;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.135;QD=27.0899;RBI=0.0352741;REFB=0.00792279;REVB=-0.0352361;RO=22;SAF=21;SAR=19;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431162;STB=0.514734;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00541502;OID=.;OPOS=36042584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:23:40:40:0.634921:19:21:13:9:19:21:13:10 chr21 36080290 . C T 434.45 PASS AF=0.429825;AO=48;DP=113;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.00385927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.293;QD=15.244;RBI=0.0112683;REFB=-0.000835628;REVB=0.0105868;RO=65;SAF=14;SAR=34;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915931;STB=0.555532;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00137809;OID=.;OPOS=36080290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:65:65:48:49:0.429825:34:14:24:41:35:14:24:41 chr21 36411119 . G T 1153.39 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.333;QD=60.7047;RBI=0.0436286;REFB=0;REVB=0.0387719;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13788e-05;OID=.;OPOS=36411119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr21 37420650 . G A 1470.35 PASS AF=1;AO=97;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031074;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.82;QD=59.4081;RBI=0.0361617;REFB=0;REVB=0.0184954;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70427e-05;OID=.;OPOS=37420650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:97:99:1:47:50:0:0:49:50:0:0 chr21 37429679 . G C 428.67 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6417;QD=57.1559;RBI=0.055217;REFB=0;REVB=-0.0449006;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193552;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr21 37442632 . G C 3938.38 PASS AF=0.992337;AO=256;DP=260;FAO=259;FDP=261;FR=.;FRO=2;FSAF=138;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0337262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.102;QD=60.3583;RBI=0.0439208;REFB=-0.097689;REVB=0.028135;RO=1;SAF=137;SAR=119;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346708;STB=0.500253;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000259059;OID=.;OPOS=37442632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:260:261:1:2:256:259:0.992337:119:137:1:0:121:138:1:1 chr21 37444120 . C T 2668.02 PASS AF=0.988571;AO=173;DP=176;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00110049;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.003;QD=60.9833;RBI=0.0453921;REFB=-0.194356;REVB=0.0453787;RO=2;SAF=79;SAR=94;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118962;STB=0.506249;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000707209;OID=.;OPOS=37444120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:176:175:2:2:173:173:0.988571:94:79:2:0:94:79:2:0 chr21 37444696 . C T 1475.33 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246175;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.001;QD=59.6094;RBI=0.0246418;REFB=0;REVB=-0.00109332;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151669;OID=.;OPOS=37444696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:50:48:0:0:50:49:0:0 chr21 37444973 . C T 2288.02 PASS AF=0.980769;AO=153;DP=157;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0137547;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.497;QD=58.6672;RBI=0.0340821;REFB=-0.0749339;REVB=0.0311833;RO=1;SAF=81;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656124;STB=0.502649;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00197721;OID=.;OPOS=37444973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:156:1:3:153:153:0.980769:72:81:0:1:72:81:2:1 chr21 37507501 . G A 226.6 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0111091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.487;QD=15.6278;RBI=0.0173232;REFB=-0.031028;REVB=0.0132922;RO=32;SAF=18;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257711;STB=0.646293;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0496771;OID=.;OPOS=37507501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:8:18:14:18:8:18:14:18 chr21 37507745 . C T 965.47 PASS AF=0.384083;AO=110;DP=290;FAO=111;FDP=289;FR=.;FRO=178;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=107;FSRR=71;FWDB=0.00967567;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.007;QD=13.3629;RBI=0.0212806;REFB=-0.00128131;REVB=0.0189537;RO=178;SAF=63;SAR=47;SRF=107;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320239;STB=0.515553;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00230153;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:289:178:178:110:111:0.384083:47:63:107:71:47:64:107:71 chr21 37507769 . C T 814.75 PASS AF=0.362963;AO=98;DP=271;FAO=98;FDP=270;FR=.;FRO=172;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=105;FSRR=67;FWDB=0.0396012;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.522;QD=12.0703;RBI=0.0429149;REFB=-0.00135118;REVB=-0.0165358;RO=171;SAF=60;SAR=38;SRF=105;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211646;STB=0.501193;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00173526;OID=.;OPOS=37507769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:171:172:98:98:0.362963:38:60:105:66:38:60:105:67 chr21 37605285 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTG 64.82 PASS AF=0.354839,0.0107527;AO=22,6;DP=91;FAO=33,1;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=7,0;FSAR=26,1;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.058513,-0.0459703;FXX=0.097078;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.35535,13.25;QD=2.78784;RBI=0.11811,0.0692792;REFB=-0.151612,-0.0625317;REVB=-0.102597,-0.0518299;RO=43;SAF=2,5;SAR=20,1;SRF=18;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.521813,0.47175;STB=0.618969,0.987314;STBP=0.117,0.498;TYPE=del,snp;VARB=0.137124,0.0447382;OID=.,.;OPOS=37605286,37605292;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839,0.0107527:22,6:91:33,1:93:59:7,0:26,1:21:38:61:43:2,5:20,1:18:25 chr21 37609571 . T C 1886.7 PASS AF=0.976562;AO=124;DP=127;FAO=125;FDP=128;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0570581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8854;QD=58.9593;RBI=0.0631121;REFB=-0.198161;REVB=0.0269724;RO=0;SAF=62;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511626;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00347173;OID=.;OPOS=37609571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:128:0:3:124:125:0.976562:62:62:0:0:63:62:0:3 chr21 37617630 . T G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.527;QD=63.2862;RBI=0.0293043;REFB=0;REVB=0.0246068;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59694e-05;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr21 37692589 . A T 2435.45 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.256;QD=60.8861;RBI=0.0235352;REFB=0;REVB=-0.00766161;RO=0;SAF=52;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31414e-05;OID=.;OPOS=37692589;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:160:0:0:158:160:1:106:52:0:0:108:52:0:0 chr21 38081562 . T G 282.25 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0443071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.458;QD=12.5446;RBI=0.052463;REFB=-0.018361;REVB=-0.0280935;RO=56;SAF=12;SAR=21;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749915;STB=0.538438;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0349081;OID=.;OPOS=38081562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:57:33:33:0.366667:21:12:24:32:21:12:24:33 chr21 38081577 . C G 352.43 PASS AF=0.403846;AO=34;DP=96;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0163333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.367;QD=13.5548;RBI=0.0445054;REFB=-0.0457673;REVB=0.0414;RO=62;SAF=10;SAR=24;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341857;STB=0.707123;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0584357;OID=.;OPOS=38081577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:104:62:62:34:42:0.403846:24:10:37:25:31:11:37:25 chr21 38123503 . G A 555.87 PASS AF=0.487603;AO=57;DP=119;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0217906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3721;QD=18.3759;RBI=0.0399757;REFB=-0.0129291;REVB=0.0335145;RO=62;SAF=21;SAR=36;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215831;STB=0.61541;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0261882;OID=.;OPOS=38123503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:62:62:57:59:0.487603:36:21:37:25:37:22:37:25 chr21 38444863 . C T 2642.44 PASS AF=0.994186;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0346725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.471;QD=61.4521;RBI=0.037265;REFB=-0.115139;REVB=0.0136566;RO=1;SAF=94;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503679;STB=0.502645;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000276643;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:172:1:1:171:171:0.994186:77:94:1:0:77:94:1:0 chr21 38444890 . A G 735.97 PASS AF=0.564516;AO=70;DP=124;FAO=70;FDP=124;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00230916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.84;QD=23.7411;RBI=0.00904575;REFB=-0.0204018;REVB=0.00874605;RO=54;SAF=41;SAR=29;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954542;STB=0.505212;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0205236;OID=.;OPOS=38444890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:54:54:70:70:0.564516:29:41:31:23:29:41:31:23 chr21 38468958 . A G 418.38 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00626562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.2551;QD=17.6161;RBI=0.0304306;REFB=-0.00339765;REVB=0.0297786;RO=52;SAF=15;SAR=28;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970789;STB=0.55443;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00210952;OID=.;OPOS=38468958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:43:43:0.452632:28:15:23:29:28:15:23:29 chr21 38495269 . GA AT,GAT 1598.3 PASS AF=0.0420168,0.957983;AO=5,103;DP=122;FAO=5,114;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=4,55;FSAR=1,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111897,-0.148597;FXX=0.0165276;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=124.134,23.9067;QD=53.7244;RBI=0.115226,0.15757;REFB=0,0;REVB=-0.027499,0.0524143;RO=9;SAF=4,45;SAR=1,58;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.162006,-0.0691569;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.130433,-0.000778935;OID=.,.;OPOS=38495269,38495271;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:122:119:9:0:5,103:5,114:0.0420168,0.957983:1,58:4,45:8:1:1,59:4,55:0:0 chr21 38512956 . A G 284.08 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00753241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.985;QD=15.151;RBI=0.00753319;REFB=-0.00232325;REVB=0.00010898;RO=43;SAF=10;SAR=22;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142631;STB=0.581004;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00714421;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:22:10:19:24:22:10:19:24 chr21 38525356 . T C 1005.37 PASS AF=0.472973;AO=103;DP=227;FAO=105;FDP=222;FR=.;FRO=117;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=52;FSRR=65;FWDB=-0.00220272;FXX=0.0220255;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.716;QD=18.1148;RBI=0.00570788;REFB=0.00112102;REVB=0.00526572;RO=116;SAF=55;SAR=48;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820831;STB=0.551776;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00038322;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:222:116:117:103:105:0.472973:48:55:52:64:48:57:52:65 chr21 38532058 . TG T 1234.5 PASS AF=1;AO=109;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.9177;QD=44.0891;RBI=0.0765482;REFB=0;REVB=0.0198184;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0011689;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:109:112:112:112:0:55:57:0:0:24:0:53:56:0:0 chr21 38532068 . G GA 1195.78 PASS AF=1;AO=97;DP=117;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.3477;QD=42.7064;RBI=0.295625;REFB=0;REVB=0.252948;RO=18;SAF=48;SAR=49;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476346;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00462458;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:117:112:112:0:49:63:0:0:21:18:48:49:6:12 chr21 38533088 . T TC,TTC 32.66 PASS AF=0,0.169811;AO=7,7;DP=51;FAO=0,9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.120841,-0.0927218;FXX=0;HRUN=6,5;LEN=1,2;MLLD=7.71734,14.9879;QD=2.46473;RBI=0.123713,0.1736;REFB=-0.0352158,-0.0415941;REVB=0.0265025,0.146764;RO=35;SAF=5,5;SAR=2,2;SRF=16;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.309237,0.309237;STB=0.5,0.508456;STBP=1,0.967;TYPE=ins,ins;VARB=0.00714998,0.146528;OID=.,.;OPOS=38533089,38533089;OREF=-,-;OALT=C,TC;OMAPALT=TC,TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.169811:7,7:51:0,9:53:44:0,5:0,4:24:20:30:35:5,5:2,2:16:19 chr21 38539844 . G A 203.44 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0156035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.96;QD=14.7956;RBI=0.0166501;REFB=-0.00783942;REVB=0.00580985;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171728;STB=0.503814;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00830702;OID=.;OPOS=38539844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:31:23:24:0.436364:10:13:17:14:11:13:17:14 chr21 38563725 . G A 411.1 PASS AF=0.423423;AO=46;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00179879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1135;QD=14.8143;RBI=0.0409314;REFB=0.00913783;REVB=-0.0408918;RO=65;SAF=16;SAR=30;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917434;STB=0.536788;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.014771;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:64:46:47:0.423423:30:16:28:37:30:17:27:37 chr21 38568009 . G C 658.4 PASS AF=0.41954;AO=73;DP=175;FAO=73;FDP=174;FR=.;FRO=101;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=0.023844;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0388;QD=15.1355;RBI=0.0262692;REFB=0.00476202;REVB=0.0110244;RO=101;SAF=30;SAR=43;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522295;STB=0.502923;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00615121;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:101:101:73:73:0.41954:43:30:42:59:43:30:42:59 chr21 38568308 . C T 253.16 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00202917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0645;QD=19.1062;RBI=0.00640299;REFB=0.001322;REVB=-0.00607295;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25167;STB=0.640919;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0015931;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:18:9:16:10:18:9:16:10 chr21 38587916 . A G 648.52 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=128;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.000370072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6841;QD=20.1091;RBI=0.0122153;REFB=-0.000945823;REVB=-0.0122097;RO=63;SAF=32;SAR=33;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09898;STB=0.557972;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.000343591;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:63:64:65:65:0.503876:33:32:38:25:33:32:39:25 chr21 38885442 . A G 824.37 PASS AF=0.488372;AO=83;DP=172;FAO=84;FDP=172;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.00408602;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.909;QD=19.1714;RBI=0.0146386;REFB=-0.0204027;REVB=-0.0140568;RO=88;SAF=40;SAR=43;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896803;STB=0.546254;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0195267;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:88:88:83:84:0.488372:43:40:34:54:44:40:34:54 chr21 39086965 . T C 1016.21 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273573;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.188;QD=58.0692;RBI=0.0344073;REFB=0;REVB=0.0208671;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252553;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:66:70:1:39:27:0:0:41:29:0:0 chr21 39213020 . G A 486.38 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.048254;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.162;QD=21.1468;RBI=0.0546646;REFB=-0.0210789;REVB=-0.0256861;RO=45;SAF=20;SAR=27;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170522;STB=0.50943;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0223132;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:45:45:47:47:0.51087:27:20:20:25:27:20:20:25 chr21 39870310 . G A 728.73 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.214;QD=57.155;RBI=0.0134555;REFB=0;REVB=-0.00682672;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6997e-05;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr21 40191431 . T G 3390.26 PASS AF=1;AO=216;DP=221;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138328;FXX=0.0180172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.242;QD=62.2066;RBI=0.0216544;REFB=-0.0607952;REVB=0.0166603;RO=0;SAF=99;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212089;OID=.;OPOS=40191431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:221:218:0:0:216:218:1:117:99:0:0:119:99:0:0 chr21 40191638 . A G 1463.57 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.409;QD=60.3536;RBI=0.0342585;REFB=-0.138779;REVB=0.00810574;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00091717;OID=.;OPOS=40191638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:97:0:1:94:96:0.989691:43:51:0:0:43:53:1:0 chr21 40552307 . A G 2603.28 PASS AF=0.994118;AO=168;DP=169;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0516544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.135;QD=61.2536;RBI=0.0533998;REFB=0.016873;REVB=0.0135412;RO=0;SAF=82;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.98948e-08;STB=0.50289;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-9.35808e-05;OID=.;OPOS=40552307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:170:0:1:168:169:0.994118:86:82:0:0:86:83:0:1 chr21 40571246 . A G 3019.89 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605617;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.94;QD=63.2438;RBI=0.0101057;REFB=0.00394601;REVB=0.00809001;RO=0;SAF=87;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76187e-07;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:192:191:0:0:191:191:1:104:87:0:0:104:87:0:0 chr21 40574305 . A G 2274.6 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364641;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7065;QD=63.6253;RBI=0.0433141;REFB=0;REVB=0.023377;RO=0;SAF=82;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148059;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:140:143:1:58:82:0:0:58:85:0:0 chr21 40584598 . C T 1711.29 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.326;QD=60.5765;RBI=0.0165824;REFB=0;REVB=0.0138954;RO=0;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125068;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:64:49:0:0:64:49:0:0 chr21 40670460 . G C 2769.54 PASS AF=0.983516;AO=179;DP=184;FAO=179;FDP=182;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0109441;FXX=0.010869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.944;QD=60.869;RBI=0.0202266;REFB=0.0619833;REVB=-0.0170101;RO=3;SAF=68;SAR=111;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00155077;STB=0.500815;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00113101;OID=.;OPOS=40670460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:184:182:3:3:179:179:0.983516:111:68:1:2:111:68:1:2 chr21 40685239 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1324;QD=33.4285;RBI=0.053831;REFB=0;REVB=-0.0431926;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.007303;OID=.;OPOS=40685239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr21 40686020 . C T 6029.17 PASS AF=0.975309;AO=395;DP=406;FAO=395;FDP=405;FR=.;FRO=10;FSAF=168;FSAR=227;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0135639;FXX=0.00246299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.426;QD=59.5474;RBI=0.0229268;REFB=-0.0308942;REVB=0.018484;RO=9;SAF=168;SAR=227;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185408;STB=0.508236;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00083506;OID=.;OPOS=40686020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:406:405:9:10:395:395:0.975309:227:168:0:9:227:168:1:9 chr21 40686078 . G C 5178.23 PASS AF=0.961003;AO=343;DP=358;FAO=345;FDP=359;FR=.;FRO=14;FSAF=158;FSAR=187;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0366622;FXX=0.0027777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.777;QD=57.6961;RBI=0.0401387;REFB=-0.0173657;REVB=0.01634;RO=14;SAF=157;SAR=186;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237486;STB=0.512401;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000564683;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:358:359:14:14:343:345:0.961003:186:157:2:12:187:158:2:12 chr21 40686327 . T C 2841.74 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.417;QD=62.8008;RBI=0.0287555;REFB=0;REVB=0.0266037;RO=0;SAF=68;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43104e-05;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:181:0:0:177:181:1:109:68:0:0:112:69:0:0 chr21 40769290 . A G 750.29 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281318;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.922;QD=63.8548;RBI=0.0281452;REFB=0;REVB=-0.000870058;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010846;OID=.;OPOS=40769290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr21 40823981 . G A 3061.13 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209355;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.86;QD=63.7736;RBI=0.0503495;REFB=0;REVB=0.0503059;RO=0;SAF=97;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64426e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:192:0:0:189:192:1:92:97:0:0:94:98:0:0 chr21 40969826 . G C 2621.75 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.883;QD=62.0533;RBI=0.0315594;REFB=0;REVB=0.0241602;RO=0;SAF=86;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23644e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:83:86:0:0:83:86:0:0 chr21 41032740 . T C 447.25 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0136797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.542;QD=18.4434;RBI=0.0190924;REFB=-0.0335634;REVB=0.0133187;RO=52;SAF=18;SAR=27;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022965;STB=0.512815;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.036174;OID=.;OPOS=41032740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:27:18:22:30:27:18:22:30 chr21 41032804 . G A 700.39 PASS AF=0.486667;AO=73;DP=153;FAO=73;FDP=150;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.00140097;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7113;QD=18.6771;RBI=0.0334311;REFB=-0.0166894;REVB=0.0334017;RO=79;SAF=33;SAR=40;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937195;STB=0.539365;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0090333;OID=.;OPOS=41032804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:150:79:77:73:73:0.486667:40:33:28:51:40:33:29:48 chr21 41034215 . G A 583.47 PASS AF=0.469231;AO=60;DP=130;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0203671;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.461;QD=17.9529;RBI=0.0308371;REFB=-0.0152702;REVB=0.0231541;RO=69;SAF=29;SAR=31;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14825;STB=0.577227;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0206476;OID=.;OPOS=41034215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:69:60:61:0.469231:31:29:44:25:31:30:44:25 chr21 41137499 . A G 684.18 PASS AF=0.531746;AO=67;DP=126;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0055652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.646;QD=21.7199;RBI=0.0131787;REFB=-0.00626096;REVB=-0.011946;RO=59;SAF=36;SAR=31;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010192;STB=0.505592;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00384836;OID=.;OPOS=41137499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:59:59:67:67:0.531746:31:36:31:28:31:36:31:28 chr21 41137507 . G C 1809.51 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.012409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5919;QD=59.3282;RBI=0.0125895;REFB=-0.107476;REVB=0.00212472;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508063;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000832116;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:0:2:120:120:0.983607:59:61:0:0:59:61:2:0 chr21 41165462 . C A 590.58 PASS AF=0.517241;AO=55;DP=114;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0107113;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.039;QD=20.3648;RBI=0.0192504;REFB=-0.0103762;REVB=0.0159952;RO=59;SAF=34;SAR=21;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245039;STB=0.512631;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0107592;OID=.;OPOS=41165462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:59:56:55:60:0.517241:21:34:35:24:24:36:35:21 chr21 41559182 . G A 1311.49 PASS AF=0.488971;AO=133;DP=272;FAO=133;FDP=272;FR=.;FRO=139;FSAF=76;FSAR=57;FSRF=63;FSRR=76;FWDB=0.0180916;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.253;QD=19.2867;RBI=0.0182071;REFB=-0.0104598;REVB=-0.00204729;RO=137;SAF=76;SAR=57;SRF=61;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116794;STB=0.560581;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0112503;OID=.;OPOS=41559182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:137:139:133:133:0.488971:57:76:61:76:57:76:63:76 chr21 41684090 . C T 761.87 PASS AF=0.437838;AO=80;DP=186;FAO=81;FDP=185;FR=.;FRO=104;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=43;FWDB=0.0026996;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.993;QD=16.4729;RBI=0.0701534;REFB=-0.0163473;REVB=-0.0701014;RO=103;SAF=48;SAR=32;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815764;STB=0.510769;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0172604;OID=.;OPOS=41684090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:103:104:80:81:0.437838:32:48:61:42:32:49:61:43 chr21 41719870 . G T 941.1 PASS AF=0.431624;AO=100;DP=234;FAO=101;FDP=234;FR=.,HEALED;FRO=133;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=0.0142357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.422;QD=16.0871;RBI=0.0445328;REFB=-0.0195843;REVB=-0.0421962;RO=103;SAF=43;SAR=57;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149142;STB=0.527629;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0245547;OID=.;OPOS=41719870;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:103:133:100:101:0.431624:57:43:61:42:58:43:63:70 chr21 42622786 . C T 578.0 PASS AF=0.513043;AO=59;DP=115;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0123574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.144;QD=20.1043;RBI=0.0151329;REFB=-0.0283293;REVB=-0.00873489;RO=56;SAF=27;SAR=32;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847068;STB=0.54667;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0218679;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:56:56:59:59:0.513043:32:27:31:25:32:27:31:25 chr21 42717662 . T C 416.11 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0324724;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.556;QD=16.6443;RBI=0.0326281;REFB=-0.0108829;REVB=0.00318362;RO=55;SAF=29;SAR=16;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290946;STB=0.662495;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0166299;OID=.;OPOS=42717662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:16:29:19:36:16:29:19:36 chr21 42749081 . T C 294.5 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0296612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.861;QD=28.0477;RBI=0.0297497;REFB=0.00802845;REVB=0.00229374;RO=16;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139367;STB=0.576864;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00871138;OID=.;OPOS=42749081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:11:15:6:10:11:15:6:10 chr21 42775555 . A G 553.22 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2539;QD=59.8077;RBI=0.0897801;REFB=0;REVB=-0.0877926;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164752;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr21 43161022 . C T 2086.55 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.007912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.855;QD=61.8237;RBI=0.0428324;REFB=-0.0785186;REVB=0.0420953;RO=1;SAF=73;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646745;STB=0.503401;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000307299;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:61:73:1:0:61:73:1:0 chr21 43161357 . T C 1970.93 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4736;QD=62.0765;RBI=0.0230215;REFB=0;REVB=-0.00575828;RO=0;SAF=58;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21005e-05;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:69:58:0:0:69:58:0:0 chr21 43161805 . G A 2257.09 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220755;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.466;QD=62.697;RBI=0.0514869;REFB=-0.0678042;REVB=0.0465142;RO=0;SAF=76;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0974e-05;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:145:144:0:0:143:144:1:67:76:0:0:67:77:0:0 chr21 43161877 . C T 1731.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.692;QD=60.7473;RBI=0.074894;REFB=0;REVB=0.0111742;RO=0;SAF=72;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47005e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164894;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:42:72:0:0:42:72:0:0 chr21 43162150 . G A 3503.42 PASS AF=1;AO=221;DP=225;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236097;FXX=0.0672241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.783;QD=63.1246;RBI=0.0381639;REFB=0.0694627;REVB=0.0380908;RO=1;SAF=79;SAR=142;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00599297;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481898;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:225:222:1:0:221:222:1:142:79:1:0:142:80:0:0 chr21 43164232 . C A 690.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.865;QD=62.7429;RBI=0.0692984;REFB=0;REVB=0.041265;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395069;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:19:25:0:0 chr21 43221483 . A G 1191.64 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.718;QD=61.1097;RBI=0.0369819;REFB=0;REVB=0.0301503;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5117e-05;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:74:78:1:39:35:0:0:42:36:0:0 chr21 43239972 . A G 1240.49 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.82;QD=59.7827;RBI=0.0302713;REFB=0;REVB=0.0236855;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132524;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:79:83:1:35:44:0:0:35:48:0:0 chr21 43243585 . A G 4857.72 PASS AF=1;AO=309;DP=314;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=179;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338943;FXX=0.019047;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9376;QD=62.8831;RBI=0.035568;REFB=0;REVB=0.0107827;RO=0;SAF=130;SAR=179;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65254e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76314e-05;OID=.;OPOS=43243585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:314:309:0:0:309:309:1:179:130:0:0:179:130:0:0 chr21 43256252 . C T 2387.22 PASS AF=0.993671;AO=158;DP=159;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00917542;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.143;QD=60.436;RBI=0.0143727;REFB=-0.122505;REVB=-0.0110628;RO=1;SAF=75;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630165;STB=0.503355;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000138563;OID=.;OPOS=43256252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:158:1:1:158:157:0.993671:83:75:1:0:83:74:1:0 chr21 43267260 . C T 2046.06 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.108;QD=62.475;RBI=0.0303092;REFB=0;REVB=0.0301285;RO=0;SAF=69;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63037e-05;OID=.;OPOS=43267260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:62:69:0:0:62:69:0:0 chr21 43291618 . G A 234.86 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0225266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3531;QD=10.9235;RBI=0.0845692;REFB=0.0132507;REVB=0.0815138;RO=57;SAF=21;SAR=8;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225075;STB=0.631762;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.035832;OID=.;OPOS=43291618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:8:21:31:26:8:21:31:26 chr21 43315057 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0426039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.376;QD=12.8607;RBI=0.0426423;REFB=-0.00486408;REVB=0.00180801;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490059;STB=0.529329;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00580038;OID=.;OPOS=43315057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:3:5:4:3:3:5 chr21 43327117 . C T 392.76 PASS AF=0.427083;AO=40;DP=95;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00148438;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.759;QD=16.365;RBI=0.0109538;REFB=-0.00819202;REVB=-0.0108528;RO=54;SAF=23;SAR=17;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202017;STB=0.512761;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0127348;OID=.;OPOS=43327117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:54:55:40:41:0.427083:17:23:30:24:17:24:31:24 chr21 43327793 . C T 1232.81 PASS AF=0.48659;AO=127;DP=261;FAO=127;FDP=261;FR=.;FRO=134;FSAF=46;FSAR=81;FSRF=51;FSRR=83;FWDB=0.00320476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.534;QD=18.8937;RBI=0.0216555;REFB=-0.0177721;REVB=0.0214171;RO=133;SAF=46;SAR=81;SRF=50;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013768;STB=0.51016;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.016657;OID=.;OPOS=43327793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:133:134:127:127:0.48659:81:46:50:83:81:46:51:83 chr21 43327856 . A G 959.44 PASS AF=0.474178;AO=100;DP=211;FAO=101;FDP=213;FR=.;FRO=112;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=39;FSRR=73;FWDB=-0.00674087;FXX=0.00467268;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.041;QD=18.0177;RBI=0.017402;REFB=0.00109447;REVB=-0.0160434;RO=111;SAF=35;SAR=65;SRF=39;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00141441;STB=0.504723;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=4.96913e-05;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:213:111:112:100:101:0.474178:65:35:39:72:65:36:39:73 chr21 43442385 . C T 396.38 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.07371;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9026;QD=15.1003;RBI=0.0742883;REFB=0.0270934;REVB=0.00925105;RO=61;SAF=25;SAR=20;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150616;STB=0.512815;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0340008;OID=.;OPOS=43442385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:61:60:45:45:0.428571:20:25:33:28:20:25:32:28 chr21 43504228 . T C 1930.98 PASS AF=0.992248;AO=122;DP=126;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00699267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.425;QD=59.8753;RBI=0.0188862;REFB=0.0332941;REVB=0.0175439;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-9.35827e-05;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:129:0:1:122:128:0.992248:61:61:0:0:64:64:1:0 chr21 43505436 . G A 1017.62 PASS AF=0.497487;AO=99;DP=200;FAO=99;FDP=199;FR=.;FRO=100;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.00242991;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.251;QD=20.4547;RBI=0.00518911;REFB=-0.00615538;REVB=-0.00458502;RO=99;SAF=51;SAR=48;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276241;STB=0.517543;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00768891;OID=.;OPOS=43505436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:99:100:99:99:0.497487:48:51:54:45:48:51:55:45 chr21 43510427 . T C 569.31 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0193567;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.072;QD=17.2518;RBI=0.0205065;REFB=-0.0112992;REVB=0.00677026;RO=71;SAF=24;SAR=36;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922851;STB=0.555537;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0183631;OID=.;OPOS=43510427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:71:72:60:60:0.454545:36:24:35:36:36:24:36:36 chr21 43510437 . A C 617.42 PASS AF=0.467153;AO=63;DP=138;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0152305;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5373;QD=18.0268;RBI=0.03838;REFB=-0.00021711;REVB=0.0352286;RO=73;SAF=26;SAR=37;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788893;STB=0.538449;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.000866533;OID=.;OPOS=43510437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:73:73:63:64:0.467153:37:26:36:37:37:27:36:37 chr21 43513989 . C T 511.91 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.032143;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8823;QD=21.3297;RBI=0.0416322;REFB=0.00222077;REVB=0.0264588;RO=46;SAF=28;SAR=21;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101156;STB=0.561169;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00265228;OID=.;OPOS=43513989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:46:47:49:49:0.510417:21:28:21:25:21:28:21:26 chr21 43522349 . T C 433.45 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.072876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.657;QD=20.6403;RBI=0.0749513;REFB=-0.0112094;REVB=0.0175151;RO=41;SAF=17;SAR=26;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503176;STB=0.527814;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0129746;OID=.;OPOS=43522349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:26:17:14:27:26:17:14:27 chr21 43523972 . G C 1521.97 PASS AF=0.451253;AO=162;DP=358;FAO=162;FDP=359;FR=.;FRO=197;FSAF=79;FSAR=83;FSRF=87;FSRR=110;FWDB=-0.0142497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.219;QD=16.9579;RBI=0.0143446;REFB=-0.0368466;REVB=-0.00164714;RO=196;SAF=79;SAR=83;SRF=86;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485254;STB=0.525303;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.04427;OID=.;OPOS=43523972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:359:196:197:162:162:0.451253:83:79:86:110:83:79:87:110 chr21 43531008 . T C 3646.19 PASS AF=0.991489;AO=231;DP=235;FAO=233;FDP=235;FR=.;FRO=2;FSAF=122;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.117882;FXX=0.00843846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.28;QD=62.0629;RBI=0.121711;REFB=0.0222028;REVB=0.0302908;RO=2;SAF=121;SAR=110;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00781102;STB=0.504065;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-4.03557e-05;OID=.;OPOS=43531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:235:235:2:2:231:233:0.991489:110:121:2:0:111:122:2:0 chr21 43531304 . C A 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=-0.0229552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.133;QD=2.58878;RBI=0.0291343;REFB=-0.00877273;REVB=-0.0179406;RO=50;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643726;STB=0.927734;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0973193;OID=.;OPOS=43531304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:1:6:12:38:1:6:12:38 chr21 43531403 . C G 101.95 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.856;QD=40.7794;RBI=0.0870922;REFB=0;REVB=0.0611065;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614347;OID=.;OPOS=43531403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:3:5:0:0:4:6:0:0 chr21 43531632 . T C 2595.98 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161524;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.797;QD=61.809;RBI=0.0168181;REFB=0;REVB=-0.00468518;RO=0;SAF=82;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39775e-07;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:167:168:1:85:82:0:0:86:82:0:0 chr21 43531808 . A C 89.11 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00163834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.009;QD=16.9741;RBI=0.0189745;REFB=-0.0272697;REVB=-0.0189037;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171427;STB=0.584248;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0102271;OID=.;OPOS=43531808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:9:2:3:6:9:2:3:7 chr21 43539293 . G A 1101.27 PASS AF=0.476596;AO=112;DP=235;FAO=112;FDP=235;FR=.;FRO=123;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=75;FWDB=-0.00967733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6892;QD=18.745;RBI=0.0199162;REFB=0.00203698;REVB=-0.017407;RO=122;SAF=58;SAR=54;SRF=48;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117431;STB=0.566549;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00235975;OID=.;OPOS=43539293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:122:123:112:112:0.476596:54:58:48:74:54:58:48:75 chr21 43547788 . T C 1429.82 PASS AF=0.959596;AO=88;DP=92;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.018688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.699;QD=57.7703;RBI=0.0579479;REFB=-0.103694;REVB=0.0548517;RO=4;SAF=53;SAR=35;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300482;STB=0.513061;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00185504;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:92:99:4:4:88:95:0.959596:35:53:1:3:41:54:1:3 chr21 43557559 . T A 784.23 PASS AF=0.441489;AO=83;DP=188;FAO=83;FDP=188;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=0.0102355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1011;QD=16.6857;RBI=0.0149103;REFB=-0.00590263;REVB=0.0108421;RO=105;SAF=35;SAR=48;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265512;STB=0.514775;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00767402;OID=.;OPOS=43557559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:105:105:83:83:0.441489:48:35:47:58:48:35:47:58 chr21 43557698 . A C 436.17 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.033105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3467;QD=15.4397;RBI=0.0413113;REFB=-0.00192264;REVB=0.024712;RO=64;SAF=21;SAR=28;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025207;STB=0.514133;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00356721;OID=.;OPOS=43557698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:64:49:49:0.433628:28:21:29:35:28:21:29:35 chr21 43732346 . CGGGGGC CGGGGC,CGGGGCG 236.03 PASS AF=0.431655,0.028777;AO=55,5;DP=142;FAO=60,4;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=7,4;FSAR=53,0;FSRF=15;FSRR=60;FWDB=-0.0704681,-0.149244;FXX=0.0211253;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.02829,156.042;QD=6.79235;RBI=0.0762212,0.153589;REFB=-0.16018,-0.0168235;REVB=-0.0290503,-0.0362769;RO=63;SAF=1,5;SAR=54,0;SRF=8;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.540335,0.770464;STB=0.595774,0.998799;STBP=0.153,0.001;TYPE=del,mnp;VARB=0.173418,-0.12856;OID=.,.;OPOS=43732347,43732351;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGGC,CGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431655,0.028777:55,5:142:60,4:139:75:7,4:53,0:15:60:99:63:1,5:54,0:8:55 chr21 43767677 . G T 379.51 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=-0.00154919;FXX=0.0521694;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.426;QD=13.927;RBI=0.0356588;REFB=-0.0146577;REVB=-0.0356251;RO=60;SAF=22;SAR=22;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188829;STB=0.61463;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.030644;OID=.;OPOS=43767677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:60:65:44:44:0.40367:22:22:41:19:22:22:45:20 chr21 43786606 . G A 1908.67 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669224;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.988;QD=62.0707;RBI=0.0131286;REFB=0;REVB=0.0112949;RO=0;SAF=44;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79948e-05;OID=.;OPOS=43786606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:123:0:0:123:123:1:79:44:0:0:79:44:0:0 chr21 43792869 . C T 679.69 PASS AF=0.423729;AO=68;DP=171;FAO=75;FDP=177;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=0.00317983;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.73;QD=15.3603;RBI=0.0179964;REFB=-0.0164838;REVB=0.0177132;RO=101;SAF=27;SAR=41;SRF=61;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218213;STB=0.598;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0242985;OID=.;OPOS=43792869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:177:101:102:68:75:0.423729:41:27:61:40:43:32:61:41 chr21 43852232 . C T 685.77 PASS AF=0.408602;AO=76;DP=186;FAO=76;FDP=186;FR=.;FRO=110;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=-0.00290947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.913;QD=14.7477;RBI=0.00438885;REFB=-0.0131593;REVB=-0.00328588;RO=110;SAF=39;SAR=37;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808686;STB=0.545327;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0172356;OID=.;OPOS=43852232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:110:110:76:76:0.408602:37:39:48:62:37:39:48:62 chr21 43854985 . A C 920.69 PASS AF=0.47343;AO=95;DP=204;FAO=98;FDP=207;FR=.;FRO=109;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.00503342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3505;QD=17.7912;RBI=0.0152938;REFB=-0.00279199;REVB=-0.0144418;RO=109;SAF=45;SAR=50;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00327351;STB=0.506707;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00361471;OID=.;OPOS=43854985;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:207:109:109:95:98:0.47343:50:45:52:57:50:48:52:57 chr21 43863521 . A G 763.79 PASS AF=0.473373;AO=80;DP=169;FAO=80;FDP=169;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.0155362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.667;QD=18.0779;RBI=0.0167584;REFB=-0.0169568;REVB=-0.0062824;RO=89;SAF=38;SAR=42;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505335;STB=0.527943;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0165865;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:89:89:80:80:0.473373:42:38:47:42:42:38:47:42 chr21 43985955 . G A 413.41 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.036121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.061;QD=16.7035;RBI=0.0365608;REFB=-0.0141865;REVB=-0.00565411;RO=56;SAF=24;SAR=19;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588668;STB=0.533066;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0158668;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:19:24:28:28:19:24:28:28 chr21 44180443 . C T 883.9 PASS AF=0.497207;AO=89;DP=179;FAO=89;FDP=179;FR=.;FRO=90;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.00960101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.216;QD=19.7519;RBI=0.00967856;REFB=-0.00626451;REVB=-0.00122269;RO=89;SAF=48;SAR=41;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102872;STB=0.50822;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00702282;OID=.;OPOS=44180443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:89:90:89:89:0.497207:41:48:49:40:41:48:50:40 chr21 44195374 . G A 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0114871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.422;QD=16.105;RBI=0.0224886;REFB=-0.0154771;REVB=-0.0193335;RO=21;SAF=14;SAR=3;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584153;STB=0.540938;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.021554;OID=.;OPOS=44195374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:3:14:18:3:3:14:19:3 chr21 44371114 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.75;QD=53.9106;RBI=0.0550954;REFB=0;REVB=-0.0501973;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211674;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr21 44430325 . T C 260.19 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310885;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.889;QD=52.0387;RBI=0.0321506;REFB=0;REVB=0.00819571;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93024e-06;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr21 44437142 . A G 672.0 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0245079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4363;QD=52.7056;RBI=0.0251709;REFB=-0.0100952;REVB=0.00573885;RO=2;SAF=12;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721738;STB=0.538445;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00139867;OID=.;OPOS=44437142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:37:12:2:0:37:12:2:0 chr21 44450404 . C T 138.33 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=38;FWDB=0.00718744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.373;QD=8.9242;RBI=0.0360938;REFB=-0.00643095;REVB=-0.0353709;RO=43;SAF=17;SAR=2;SRF=5;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.769237;STB=0.938882;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00386419;OID=.;OPOS=44450404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:2:17:5:38:2:17:5:38 chr21 44475877 . C T 718.34 PASS AF=0.547619;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0261279;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.942;QD=22.8044;RBI=0.0277364;REFB=-0.00811673;REVB=-0.00930823;RO=57;SAF=41;SAR=28;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17209;STB=0.594176;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00557746;OID=.;OPOS=44475877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:57:57:69:69:0.547619:28:41:22:35:28:41:22:35 chr21 44480616 . G A 414.23 PASS AF=0.423423;AO=45;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0213049;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8742;QD=14.9271;RBI=0.0441367;REFB=-0.0529652;REVB=0.0386542;RO=45;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.596304;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0703435;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:45:64:45:47:0.423423:26:19:19:26:27:20:38:26 chr21 44488720 . T A 216.38 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0176706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.677;QD=11.0966;RBI=0.0193475;REFB=-0.00343982;REVB=-0.00787879;RO=51;SAF=13;SAR=14;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318948;STB=0.518505;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00471635;OID=.;OPOS=44488720;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:14:13:26:25:14:13:26:25 chr21 44749141 . G A 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0169711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.219;QD=18.641;RBI=0.0413672;REFB=0.00612553;REVB=-0.0377257;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461491;STB=0.526279;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00651173;OID=.;OPOS=44749141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:9:4:5:9:9:4 chr21 44835508 . A G 472.02 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0912;QD=55.5316;RBI=0.0205463;REFB=-0.139936;REVB=0.00381232;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0028357;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:16:17:0:0:16:17:1:0 chr21 44837551 . G A 2402.44 PASS AF=0.952941;AO=161;DP=170;FAO=162;FDP=170;FR=.;FRO=8;FSAF=137;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0489216;FXX=0.0395458;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.709;QD=56.5281;RBI=0.0792425;REFB=-0.119657;REVB=0.0623382;RO=3;SAF=136;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330649;STB=0.559604;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000798478;OID=.;OPOS=44837551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:170:170:3:8:161:162:0.952941:25:136:1:2:25:137:1:7 chr21 44837555 . G A 2741.57 PASS AF=0.957672;AO=178;DP=189;FAO=181;FDP=189;FR=.;FRO=8;FSAF=136;FSAR=45;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.045041;FXX=0.0207243;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.361;QD=58.0226;RBI=0.0667221;REFB=-0.162473;REVB=0.0492256;RO=8;SAF=134;SAR=44;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275712;STB=0.514284;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000642184;OID=.;OPOS=44837555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:189:189:8:8:178:181:0.957672:44:134:8:0:45:136:8:0 chr21 44838330 . C A 516.3 PASS AF=0.509434;AO=51;DP=107;FAO=54;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0999329;FXX=0.00934492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.933;QD=19.4829;RBI=0.100086;REFB=-0.0271908;REVB=-0.00553585;RO=34;SAF=24;SAR=27;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243325;STB=0.538232;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0339936;OID=.;OPOS=44838330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:34:52:51:54:0.509434:27:24:5:29:28:26:21:31 chr21 44846016 . C T 460.57 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.00784217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.741;QD=14.5061;RBI=0.0162266;REFB=-0.0292627;REVB=-0.0142057;RO=72;SAF=19;SAR=33;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709102;STB=0.554337;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0432124;OID=.;OPOS=44846016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:72:75:52:52:0.409449:33:19:31:41:33:19:34:41 chr21 45092257 . T A 1869.35 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.536;QD=60.7918;RBI=0.0378845;REFB=0;REVB=0.0298397;RO=1;SAF=44;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605219;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131637;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:123:123:1:0:122:123:1:78:44:0:1:79:44:0:0 chr21 45096206 . G A 1108.38 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.727;QD=59.9125;RBI=0.0558995;REFB=0;REVB=0.0542297;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018113;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:37:37:0:0 chr21 45107518 . A G 2715.95 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=178;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106211;FXX=0.0223451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.068;QD=62.0789;RBI=0.01174;REFB=0.042068;REVB=0.00500184;RO=1;SAF=75;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478406;STB=0.502512;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-2.30147e-05;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:175:1:1:174:174:0.994286:99:75:0:1:99:75:0:1 chr21 45107562 . T C 2312.47 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.711;QD=63.7922;RBI=0.0595218;REFB=0;REVB=0.0543834;RO=0;SAF=68;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44666e-05;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:76:68:0:0:77:68:0:0 chr21 45152500 . G A 724.14 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.857;QD=54.652;RBI=0.0273231;REFB=-0.122192;REVB=0.0113721;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000920292;OID=.;OPOS=45152500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:28:24:0:0:28:24:0:1 chr21 45168884 . G A 389.9 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00691023;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.109;QD=21.3644;RBI=0.0185393;REFB=-0.0247661;REVB=0.0172033;RO=34;SAF=23;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174324;STB=0.596307;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.017016;OID=.;OPOS=45168884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:34:34:39:39:0.534247:16:23:13:21:16:23:13:21 chr21 45181189 . C G 602.07 PASS AF=0.437086;AO=65;DP=149;FAO=66;FDP=151;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.00559272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.327;QD=15.9488;RBI=0.00986397;REFB=-0.0061263;REVB=-0.00812524;RO=84;SAF=33;SAR=32;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403604;STB=0.521313;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00649856;OID=.;OPOS=45181189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:84:85:65:66:0.437086:32:33:46:38:32:34:47:38 chr21 45181446 . G A 1168.78 PASS AF=0.476562;AO=115;DP=250;FAO=122;FDP=256;FR=.;FRO=134;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=79;FSRR=55;FWDB=-0.0080624;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.528;QD=18.2623;RBI=0.0575143;REFB=-0.0180832;REVB=0.0569463;RO=132;SAF=61;SAR=54;SRF=78;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590033;STB=0.538426;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0225194;OID=.;OPOS=45181446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:256:132:134:115:122:0.476562:54:61:78:54:59:63:79:55 chr21 45181571 . A AG 357.53 PASS AF=0.48366;AO=64;DP=165;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=23;FWDB=0.0374105;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.5138;QD=9.34706;RBI=0.0590638;REFB=-0.0035269;REVB=0.0457053;RO=96;SAF=45;SAR=19;SRF=65;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326786;STB=0.534801;STBP=0.446;TYPE=ins;VARB=-0.000583738;OID=.;OPOS=45181572;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48366:64:165:74:153:79:48:26:56:23:99:96:45:19:65:31 chr21 45215055 . C G 938.66 PASS AF=0.474747;AO=94;DP=198;FAO=94;FDP=198;FR=.;FRO=104;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=0.0111209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.804;QD=18.9628;RBI=0.0156827;REFB=0.00272498;REVB=0.0110577;RO=104;SAF=39;SAR=55;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108456;STB=0.505987;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00308415;OID=.;OPOS=45215055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:104:104:94:94:0.474747:55:39:42:62:55:39:42:62 chr21 45217559 . T C 525.36 PASS AF=0.3875;AO=61;DP=159;FAO=62;FDP=160;FR=.;FRO=98;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.0434519;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.776;QD=13.134;RBI=0.0536143;REFB=-0.013909;REVB=-0.0314075;RO=98;SAF=36;SAR=25;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548797;STB=0.524838;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0219232;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:98:98:61:62:0.3875:25:36:53:45:26:36:53:45 chr21 45217929 . T C 587.42 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0207321;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.084;QD=18.0744;RBI=0.0214111;REFB=-0.00907401;REVB=-0.00534914;RO=69;SAF=27;SAR=34;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760466;STB=0.50422;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00955734;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:69:69:61:61:0.469231:34:27:30:39:34:27:30:39 chr21 45219524 . T C 352.75 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0445533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0441;QD=13.187;RBI=0.0535415;REFB=0.00558398;REVB=-0.0296934;RO=65;SAF=17;SAR=25;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621442;STB=0.535291;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0105007;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:65:42:42:0.392523:25:17:30:35:25:17:30:35 chr21 45220483 . A G 764.45 PASS AF=0.536765;AO=73;DP=136;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0042264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.241;QD=22.4837;RBI=0.00666178;REFB=-0.0152443;REVB=0.00514946;RO=63;SAF=30;SAR=43;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832382;STB=0.545628;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0131034;OID=.;OPOS=45220483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:63:63:73:73:0.536765:43:30:32:31:43:30:32:31 chr21 45220787 . A G 1755.23 PASS AF=1;AO=114;DP=118;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239343;FXX=0.0336106;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.549;QD=61.0515;RBI=0.0247355;REFB=0;REVB=-0.0246194;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158177;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:115:0:0:114:115:1:52:62:0:0:53:62:0:0 chr21 45401034 . C T 459.84 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00665369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2712;QD=15.8567;RBI=0.0160293;REFB=0.0296241;REVB=0.0145831;RO=65;SAF=19;SAR=32;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183732;STB=0.602905;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0389343;OID=.;OPOS=45401034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:65:51:51:0.439655:32:19:36:29:32:19:36:29 chr21 45528919 . G A 3110.87 PASS AF=1;AO=194;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.791;QD=63.4871;RBI=0.0258083;REFB=0;REVB=0.0251303;RO=0;SAF=97;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3663e-05;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:196:196:0:0:194:196:1:97:97:0:0:99:97:0:0 chr21 45534548 . T C 1174.16 PASS AF=0.473896;AO=118;DP=249;FAO=118;FDP=249;FR=.;FRO=131;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=68;FSRR=63;FWDB=-0.00855053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.551;QD=18.862;RBI=0.0103546;REFB=-0.0224148;REVB=0.00583999;RO=130;SAF=55;SAR=63;SRF=68;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542067;STB=0.527892;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0191804;OID=.;OPOS=45534548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:130:131:118:118:0.473896:63:55:68:62:63:55:68:63 chr21 45538647 . T C 1825.03 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000934939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.612;QD=60.3315;RBI=0.0295969;REFB=-0.047029;REVB=-0.0295821;RO=1;SAF=53;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887818;STB=0.504672;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000499492;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:67:53:1:0:67:53:1:0 chr21 45538725 . C A 2349.81 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292346;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.425;QD=61.0341;RBI=0.0300786;REFB=0;REVB=0.00707559;RO=0;SAF=72;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13665e-05;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:82:72:0:0:82:72:0:0 chr21 45540919 . A G 3274.93 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.525;QD=62.084;RBI=0.0427422;REFB=0;REVB=-0.012391;RO=0;SAF=105;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88273e-05;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:211:0:0:210:211:1:105:105:0:0:105:106:0:0 chr21 45544594 . T C 2549.4 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.6;QD=61.0635;RBI=0.0150767;REFB=-0.0363556;REVB=0.00885865;RO=1;SAF=81;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058392;STB=0.503067;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-1.89773e-06;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:166:166:0.994012:85:81:1:0:85:81:1:0 chr21 45553596 . T C 3330.09 PASS AF=1;AO=203;DP=206;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632254;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0711;QD=61.6683;RBI=0.1199;REFB=-0.0403645;REVB=0.119733;RO=0;SAF=74;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230064;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:206:216:0:0:203:216:1:129:74:0:0:142:74:0:0 chr21 45561195 . CGGGA CG,CGA,CGGA,CTCGA 756.41 PASS AF=0,0.641975,0.234568,0;AO=10,36,9,4;DP=85;FAO=0,52,19,0;FDP=81;FR=.;FRO=10;FSAF=0,51,8,0;FSAR=0,1,11,0;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0827546,-0.0509143,-0.100372,-0.0710603;FXX=0.0470533;HRUN=3,3,3,3;LEN=3,2,1,2;MLLD=49.6253,25.4693,13.4638,165.895;QD=37.3537;RBI=0.0831558,0.105134,0.20155,0.085146;REFB=-0.001442,-0.12689,-0.234882,-0.012801;REVB=0.00815856,0.0919826,0.174779,-0.0469071;RO=13;SAF=9,36,8,4;SAR=1,0,1,0;SRF=3;SRR=10;SSEN=0.392405,0.392405,0.392405,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.660131,0.882049,0.65035,0.761717;STB=0.5,0.866283,0.507455,0.5;STBP=1,0,0.94,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0,0.0188675,0.0805315,0;OID=.,.,.,.;OPOS=45561197,45561196,45561196,45561196;OREF=GGA,GG,G,GG;OALT=-,-,-,TC;OMAPALT=CG,CGA,CGGA,CTCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.641975,0.234568,0:10,36,9,4:85:0,52,19,0:81:10:0,51,8,0:0,1,11,0:4:6:79:13:9,36,8,4:1,0,1,0:3:10 chr21 45565472 . C CT 479.0 PASS AF=0.978261;AO=5;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0580641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.346;QD=41.6525;RBI=0.0674622;REFB=-0.0249849;REVB=-0.0343468;RO=39;SAF=1;SAR=4;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12426;STB=0.507459;STBP=0.593;TYPE=ins;VARB=0.000258471;OID=.;OPOS=45565473;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.978261:5:46:45:46:1:12:33:0:1:5:39:1:4:11:28 chr21 45565473 . C T 529.25 PASS AF=0.847826;AO=37;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0155511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.187;QD=46.0215;RBI=0.0155554;REFB=-0.0926028;REVB=0.000364469;RO=7;SAF=10;SAR=27;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490272;STB=0.526747;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00224237;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:46:46:7:7:37:39:0.847826:27:10:1:6:28:11:1:6 chr21 45649494 . A G 1329.52 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171101;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.595;QD=62.5659;RBI=0.021453;REFB=0;REVB=0.0129413;RO=0;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52623e-06;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:33:52:0:0:33:52:0:0 chr21 45649640 . C T 224.96 PASS AF=0.358025;AO=26;DP=75;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00836404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4954;QD=11.1092;RBI=0.00841671;REFB=-0.0171209;REVB=0.00094012;RO=48;SAF=19;SAR=7;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232951;STB=0.591047;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0401503;OID=.;OPOS=45649640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:81:48:52:26:29:0.358025:7:19:26:22:10:19:27:25 chr21 45679361 . G A 327.78 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0128935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.737;QD=23.0023;RBI=0.0155581;REFB=-0.056312;REVB=0.00870697;RO=24;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903439;STB=0.549809;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0366547;OID=.;OPOS=45679361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:14:19:11:13:14:19:11:13 chr21 45705988 . T C 702.1 PASS AF=0.393939;AO=78;DP=197;FAO=78;FDP=198;FR=.;FRO=120;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=73;FWDB=-0.000944095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.588;QD=14.1838;RBI=0.0305415;REFB=-0.0284286;REVB=-0.0305269;RO=118;SAF=33;SAR=45;SRF=46;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367192;STB=0.519611;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0435021;OID=.;OPOS=45705988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:118:120:78:78:0.393939:45:33:46:72:45:33:47:73 chr21 45709906 . C G 404.56 PASS AF=0.398305;AO=45;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.00164517;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.174;QD=13.7139;RBI=0.0227845;REFB=-0.0298196;REVB=0.022725;RO=73;SAF=20;SAR=25;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523825;STB=0.510539;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0451689;OID=.;OPOS=45709906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:73:71:45:47:0.398305:25:20:29:44:27:20:29:42 chr21 45712977 . T C 1209.14 PASS AF=0.549296;AO=115;DP=215;FAO=117;FDP=213;FR=.;FRO=96;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=-0.00388379;FXX=0.0184323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.121;QD=22.7069;RBI=0.00921201;REFB=-0.0240769;REVB=-0.00835328;RO=100;SAF=55;SAR=60;SRF=40;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670477;STB=0.550716;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0191336;OID=.;OPOS=45712977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:100:96:115:117:0.549296:60:55:40:60:60:57:36:60 chr21 45717550 . T C 7380.57 PASS AF=1;AO=464;DP=465;FAO=467;FDP=467;FR=.;FRO=0;FSAF=236;FSAR=231;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098756;FXX=0.0126847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.801;QD=63.2169;RBI=0.0316732;REFB=-0.0224382;REVB=0.0300943;RO=0;SAF=234;SAR=230;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16626e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153655;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:465:467:0:0:464:467:1:230:234:0:0:231:236:0:0 chr21 45725715 . A G 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.008;QD=64.1539;RBI=0.0179833;REFB=0;REVB=-0.0164093;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5611e-06;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:59:40:0:0:59:40:0:0 chr21 45740015 . GC CG 61.6 PASS AF=0.083004;AO=23;DP=258;FAO=21;FDP=253;FR=.,HEALED;FRO=226;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=127;FSRR=99;FWDB=-0.0633507;FXX=0.026922;HRUN=1;LEN=2;MLLD=64.6994;QD=0.973953;RBI=0.0715283;REFB=-0.0112086;REVB=-0.0332112;RO=157;SAF=2;SAR=21;SRF=82;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56907;STB=0.911792;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.12787;OID=.;OPOS=45740015;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:258:253:157:226:23:21:0.083004:21:2:82:75:19:2:127:99 chr21 45750346 . C A 2978.95 PASS AF=0.965;AO=193;DP=200;FAO=193;FDP=200;FR=.;FRO=7;FSAF=83;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00975838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.989;QD=59.579;RBI=0.0118624;REFB=-0.0496748;REVB=-0.00674465;RO=7;SAF=83;SAR=110;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293384;STB=0.515417;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00419553;OID=.;OPOS=45750346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:200:200:7:7:193:193:0.965:110:83:0:7:110:83:0:7 chr21 45844751 . A G 11785.4 PASS AF=1;AO=745;DP=753;FAO=749;FDP=749;FR=.;FRO=0;FSAF=292;FSAR=457;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372055;FXX=0.0105679;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.653;QD=62.9392;RBI=0.0410655;REFB=-0.0243212;REVB=-0.0173818;RO=2;SAF=290;SAR=455;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74875e-05;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:753:749:2:0:745:749:1:455:290:0:2:457:292:0:0 chr21 45878637 . A G 399.12 PASS AF=0.966667;AO=23;DP=32;FAO=29;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0592668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.091;QD=53.2161;RBI=0.0677977;REFB=0.0794406;REVB=0.0329237;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-1.16817e-05;OID=.;OPOS=45878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:32:30:1:1:23:29:0.966667:14:9:0:1:20:9:0:1 chr21 45959195 . G A 2144.24 PASS AF=1;AO=114;DP=139;FAO=136;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973807;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.926;QD=63.066;RBI=0.0485802;REFB=0;REVB=0.0475941;RO=4;SAF=41;SAR=73;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389507;OID=.;OPOS=45959195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:139:136:4:0:114:136:1:73:41:0:4:96:40:0:0 chr21 45959312 . C T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.075;QD=56.7039;RBI=0.0230478;REFB=0;REVB=0.020851;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182903;OID=.;OPOS=45959312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr21 45959386 . G A 86.26 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0470792;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.315;QD=10.7827;RBI=0.054242;REFB=-0.00814326;REVB=0.0269396;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362148;STB=0.5217;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0168958;OID=.;OPOS=45959386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:33:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:7:14:7:4:7:14 chr21 45959557 . ATC TGA 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480718;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=267.906;QD=53.2772;RBI=0.0121225;REFB=0;REVB=0.0111287;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.54049e-05;OID=.;OPOS=45959557;OREF=ATC;OALT=TGA;OMAPALT=TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr21 45959733 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0979363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.944;QD=47.8207;RBI=0.128821;REFB=0;REVB=0.0836861;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123529;OID=.;OPOS=45959733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr21 45959918 . G A 472.01 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.18;QD=55.5302;RBI=0.0607342;REFB=-0.0319095;REVB=0.0597017;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000316688;OID=.;OPOS=45959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:1:0:14:19:1:0 chr21 45970718 . C T 273.32 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00131738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.445;QD=31.2366;RBI=0.00141288;REFB=-0.0134704;REVB=0.000510634;RO=10;SAF=6;SAR=18;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114685;STB=0.571374;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00398868;OID=.;OPOS=45970718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:10:11:24:24:0.685714:18:6:1:9:18:6:1:10 chr21 45970759 . ACTTGCAGCAGACAGG A 33.95 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00383126;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=15;MLLD=306.683;QD=15.0875;RBI=0.00682852;REFB=-0.0281829;REVB=0.00565245;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23409;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=del;VARB=0.0235452;OID=.;OPOS=45970760;OREF=CTTGCAGCAGACAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:5:10:5:9:4:1:4:0:4:24:3:1:4:0:3 chr21 45970812 . G A 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0184636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.736;QD=9.44193;RBI=0.0483077;REFB=-0.01592;REVB=-0.04464;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228861;STB=0.693701;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0406068;OID=.;OPOS=45970812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:9:10:6:6:0.375:1:5:6:3:1:5:6:4 chr21 45970993 . C G 180.1 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0498669;FXX=0.0789266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1099;QD=20.5824;RBI=0.103231;REFB=-0.0282879;REVB=-0.0903874;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161584;STB=0.627306;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0314288;OID=.;OPOS=45970993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:17:18:18:0.514286:12:6:7:6:12:6:10:7 chr21 45971018 . C G 98.57 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0476087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4322;QD=14.082;RBI=0.0803232;REFB=-0.0477642;REVB=-0.0646933;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610571;STB=0.535655;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0247601;OID=.;OPOS=45971018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:9:7:6:6:9:7 chr21 45971023 . G T 86.2 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0574599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5822;QD=12.3137;RBI=0.0682357;REFB=0.00237786;REVB=-0.0368031;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172723;STB=0.509786;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00611492;OID=.;OPOS=45971023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:5:6:9:7:5:6:9:8 chr21 45971299 . T C 170.3 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0102969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.745;QD=17.0298;RBI=0.0445572;REFB=-0.043917;REVB=-0.0433511;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203;STB=0.511615;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0589041;OID=.;OPOS=45971299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:13:9:7:11:13:9 chr21 45978090 . C T 383.61 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.42;QD=54.8008;RBI=0.0676351;REFB=0;REVB=0.0673993;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408588;OID=.;OPOS=45978090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:20:7:0:0:21:7:0:0 chr21 45978488 . G A 75.59 PASS AF=0.75;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.12319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.7704;QD=25.1979;RBI=0.135823;REFB=-0.194585;REVB=0.057202;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749496;STB=0.588033;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0759677;OID=.;OPOS=45978488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:12:12:4:3:8:9:0.75:3:5:2:2:3:6:1:2 chr21 45978498 . GT G,GG 158.25 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=4,10;DP=14;FAO=2,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117133,0.00108018;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.519,195.181;QD=45.2133;RBI=0.0654345,0.0501381;REFB=0,0;REVB=0.065424,0.0501264;RO=0;SAF=2,6;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0352082,0.00269026;OID=.,.;OPOS=45978499,45978499;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:4,10:14:2,12:14:0:1,7:1,5:0:0:8:0:2,6:2,4:0:0 chr21 45978503 . G A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7425;QD=45.8028;RBI=0.151852;REFB=0;REVB=0.11066;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00516576;OID=.;OPOS=45978503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr21 45978587 . A G 137.96 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.000831991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.007;QD=19.0284;RBI=0.0414838;REFB=-0.0292717;REVB=-0.0414755;RO=14;SAF=13;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130422;STB=0.575111;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0242771;OID=.;OPOS=45978587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:2:13:11:3:2:13:11:3 chr21 45978592 . T C 153.4 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0190931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9739;QD=21.914;RBI=0.0241987;REFB=-0.000634221;REVB=-0.0148671;RO=12;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537436;STB=0.538411;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.000613454;OID=.;OPOS=45978592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:12:12:15:16:0.571429:2:13:10:2:2:14:10:2 chr21 45993746 . C T 150.92 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.029134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.364;QD=10.7797;RBI=0.0606136;REFB=-0.0340155;REVB=0.0531527;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898566;STB=0.5999;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0764961;OID=.;OPOS=45993746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:36:20:20:0.357143:12:8:15:16:12:8:20:16 chr21 46011745 . C T 364.02 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0906429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.25;QD=45.5021;RBI=0.0961381;REFB=-0.0956885;REVB=0.0320374;RO=4;SAF=16;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425055;STB=0.52292;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00526309;OID=.;OPOS=46011745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:32:32:4:4:28:28:0.875:12:16:3:1:12:16:3:1 chr21 46011751 . C A,T 299.17 PASS AF=0.0769231,0.846154;AO=2,22;DP=26;FAO=2,22;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=2,11;FSAR=0,11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0312233,0.11092;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.204,140.734;QD=46.0265;RBI=0.0503163,0.114742;REFB=-0.06162,-0.0485566;REVB=0.0394567,0.0293711;RO=2;SAF=2,11;SAR=0,11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.639851,0;STB=0.992443,0.5;STBP=0.312,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.102577,0.00414853;OID=.,.;OPOS=46011751,46011751;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:2:2:2,22:2,22:0.0769231,0.846154:0,11:2,11:1:1:0,11:2,11:1:1 chr21 46012181 . CG TA 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155865;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.709;QD=37.4885;RBI=0.0451333;REFB=0;REVB=0.0423566;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00134294;OID=.;OPOS=46012181;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr21 46012240 . A G 325.73 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0157095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8354;QD=22.8583;RBI=0.126334;REFB=-0.0374407;REVB=-0.125353;RO=22;SAF=23;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123042;STB=0.591064;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0276793;OID=.;OPOS=46012240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:24:33:33:0.578947:10:23:12:10:10:23:12:12 chr21 46020527 . C T 1507.09 PASS AF=0.954545;AO=105;DP=110;FAO=105;FDP=110;FR=.;FRO=5;FSAF=82;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0411869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.582;QD=54.8033;RBI=0.0416841;REFB=-0.0503359;REVB=-0.00641886;RO=4;SAF=82;SAR=23;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028067;STB=0.524602;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000591433;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:110:110:4:5:105:105:0.954545:23:82:2:2:23:82:2:3 chr21 46020867 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.799;QD=45.8065;RBI=0.0822137;REFB=0;REVB=-0.0740031;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221359;OID=.;OPOS=46020867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr21 46021179 . C A 62.09 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8337;QD=35.4813;RBI=0.147753;REFB=0;REVB=0.1358;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0177517;OID=.;OPOS=46021179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr21 46021205 . C T 66.1 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027417;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=23.3513;QD=33.0512;RBI=0.20236;REFB=0;REVB=0.200494;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0217875;OID=.;OPOS=46021205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:5:8:1:4:1:0:0:7:1:0:0 chr21 46021370 . T C 256.22 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.011;QD=51.2436;RBI=0.152917;REFB=0;REVB=0.131835;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161101;OID=.;OPOS=46021370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:8:12:0:0 chr21 46021390 . G C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.511;QD=51.9137;RBI=0.0503476;REFB=0;REVB=-0.0502551;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138907;OID=.;OPOS=46021390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr21 46021481 . TG CG,GC 190.93 PASS AF=0.8125,0.1875;AO=12,3;DP=16;FAO=13,3;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117806,-0.0113104;FXX=0.0587889;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=149.53,58.1876;QD=47.7315;RBI=0.0209094,0.0193432;REFB=0,0;REVB=0.0172749,0.0156918;RO=0;SAF=1,3;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00177685,0.0279819;OID=.,.;OPOS=46021481,46021481;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:16:16:0:0:12,3:13,3:0.8125,0.1875:11,0:1,3:0:0:11,0:2,3:0:0 chr21 46021494 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.02;QD=47.8212;RBI=0.0747732;REFB=0;REVB=-0.0747069;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124853;OID=.;OPOS=46021494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr21 46021607 . A G 714.09 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569611;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3037;QD=63.4744;RBI=0.0618331;REFB=0;REVB=-0.0240574;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99978e-05;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr21 46021759 . A G 2182.55 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927841;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.573;QD=63.2624;RBI=0.0162657;REFB=0;REVB=-0.0133597;RO=0;SAF=71;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107726;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:66:71:0:0:66:72:0:0 chr21 46021934 . C T 994.09 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168372;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.961;QD=59.3488;RBI=0.0237272;REFB=0;REVB=0.0167179;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1106e-05;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:30:37:0:0 chr21 46021946 . C G 953.32 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106026;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.664;QD=58.666;RBI=0.0128675;REFB=0;REVB=0.00729099;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28785e-05;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:30:32:0:0:30:35:0:0 chr21 46021954 . CTG C 787.73 PASS AF=1;AO=51;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657972;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=2;MLLD=295.631;QD=57.2893;RBI=0.0129434;REFB=0;REVB=0.0111463;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.1285e-05;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:56:55:55:0:31:24:0:0:4:0:29:22:0:0 chr21 46032094 . A G 1026.09 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.502;QD=59.4834;RBI=0.0168843;REFB=0;REVB=-0.0159799;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86208e-05;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:34:33:0:0:34:35:0:0 chr21 46047418 . C T 106.73 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0248035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.695;QD=12.1978;RBI=0.0275577;REFB=-0.0508203;REVB=0.0120089;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380893;STB=0.729978;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0330896;OID=.;OPOS=46047418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:8:5:16:5:8:5:17:5 chr21 46047633 . A G 435.53 PASS AF=0.56;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0339171;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.2;QD=23.2283;RBI=0.0403168;REFB=-0.0162111;REVB=-0.0217962;RO=33;SAF=25;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898033;STB=0.549427;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.014213;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:33:33:42:42:0.56:17:25:16:17:17:25:16:17 chr21 46047710 . T C 339.03 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00179463;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.368;QD=20.2408;RBI=0.00179659;REFB=-0.0179966;REVB=-8.37858e-05;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170599;STB=0.509461;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0183994;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:32:32:35:35:0.522388:16:19:18:14:16:19:18:14 chr21 46047856 . C CT 250.36 PASS AF=0.75;AO=8;DP=43;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00884009;FXX=0.142823;HRUN=0;LEN=1;MLLD=183.814;QD=27.8182;RBI=0.0479152;REFB=0.00401731;REVB=-0.0470927;RO=34;SAF=8;SAR=0;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.805681;STB=0.601154;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=-0.00624604;OID=.;OPOS=46047857;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:8:43:27:36:9:14:13:1:8:65:34:8:0:7:27 chr21 46047857 . C T 245.91 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0121898;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.638;QD=23.42;RBI=0.0140426;REFB=-0.0369095;REVB=0.00697165;RO=16;SAF=5;SAR=18;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300242;STB=0.666508;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0117622;OID=.;OPOS=46047857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:16:19:23:23:0.547619:18:5:9:7:18:5:10:9 chr21 46047925 . G T 325.94 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0163528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.139;QD=24.5991;RBI=0.0166782;REFB=-0.0335247;REVB=0.00327813;RO=20;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350073;STB=0.528284;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0162047;OID=.;OPOS=46047925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:21:32:32:0.603774:16:16:9:11:16:16:9:12 chr21 46047971 . T C 265.39 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0125571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9959;QD=17.9924;RBI=0.0301123;REFB=0.00260805;REVB=-0.0273691;RO=26;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13887;STB=0.561278;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00599299;OID=.;OPOS=46047971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:30:29:29:0.491525:17:12:15:11:17:12:16:14 chr21 46048053 . G C 49.23 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.0306104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.164;QD=3.22835;RBI=0.0900828;REFB=-0.0198102;REVB=-0.0847225;RO=50;SAF=2;SAR=7;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149077;STB=0.594114;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.101388;OID=.;OPOS=46048053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:50:52:9:9:0.147541:7:2:16:34:7:2:16:36 chr21 46048060 . A G 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0350709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.99;QD=2.5856;RBI=0.0420837;REFB=-0.0122836;REVB=-0.0232609;RO=60;SAF=2;SAR=7;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223837;STB=0.664999;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0746861;OID=.;OPOS=46048060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:7:2:23:37:7:2:23:37 chr21 46048265 . C T 45.79 PASS AF=0.0858896;AO=14;DP=163;FAO=14;FDP=163;FR=.;FRO=149;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=87;FWDB=-0.0129417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.275;QD=1.12365;RBI=0.0239241;REFB=-0.00703389;REVB=-0.0201216;RO=149;SAF=2;SAR=12;SRF=62;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35502;STB=0.794557;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0644548;OID=.;OPOS=46048265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:163:163:149:149:14:14:0.0858896:12:2:62:87:12:2:62:87 chr21 46057393 . T A 376.06 PASS AF=0.417476;AO=42;DP=102;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0150349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9743;QD=14.6041;RBI=0.0316971;REFB=-0.0219138;REVB=-0.0279045;RO=60;SAF=25;SAR=17;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483331;STB=0.518663;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0381576;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:60:60:42:43:0.417476:17:25:33:27:18:25:33:27 chr21 46057548 . A C 349.06 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00705823;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1899;QD=19.9462;RBI=0.0152244;REFB=-0.0348107;REVB=-0.0134894;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105533;STB=0.572994;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0189997;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:34:36:36:0.514286:17:19:22:12:17:19:23:11 chr21 46057806 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0488276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.447;QD=15.5713;RBI=0.0549417;REFB=-0.000945293;REVB=0.0251883;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094561;STB=0.555448;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00341694;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:9:2:3:9:9:2:3:9 chr21 46057958 . C T 253.46 PASS AF=0.38961;AO=29;DP=78;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.080421;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1787;QD=13.167;RBI=0.106003;REFB=-0.051679;REVB=0.0690581;RO=45;SAF=11;SAR=18;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188496;STB=0.618478;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0811882;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:47:29:30:0.38961:18:11:25:20:18:12:28:19 chr21 46058060 . C T 342.31 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0133411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.249;QD=14.1161;RBI=0.0148558;REFB=-0.0307184;REVB=0.00653535;RO=54;SAF=20;SAR=18;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847967;STB=0.521161;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.056366;OID=.;OPOS=46058060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:97:54:59:38:38:0.391753:18:20:24:30:18:20:29:30 chr21 46066764 . C T 127.44 PASS AF=0.454545;AO=12;DP=30;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0338367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.585;QD=15.4471;RBI=0.0568808;REFB=-0.0567423;REVB=0.045722;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857139;STB=0.555481;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0689219;OID=.;OPOS=46066764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:33:18:18:12:15:0.454545:7:5:9:9:9:6:9:9 chr21 46067180 . C T 238.09 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0546215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9818;QD=16.1413;RBI=0.0561225;REFB=-0.0187363;REVB=-0.0128931;RO=31;SAF=20;SAR=7;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423586;STB=0.529391;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0231059;OID=.;OPOS=46067180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:7:20:24:7:7:20:25:7 chr21 46077946 . A G 601.05 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00341056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8124;QD=21.6596;RBI=0.0331135;REFB=-0.000249783;REVB=0.0329373;RO=51;SAF=37;SAR=23;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108717;STB=0.55972;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000528426;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:51:60:60:0.540541:23:37:25:26:23:37:25:26 chr21 46086377 . A G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0256762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.667;QD=20.0176;RBI=0.0265732;REFB=-0.0239789;REVB=-0.00684576;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877505;STB=0.549435;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0263759;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:5:12:11:7:5:12 chr21 46086718 . GA CG 233.67 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0301337;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=2;MLLD=232.942;QD=16.9939;RBI=0.0462273;REFB=-0.0128758;REVB=-0.035056;RO=26;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.814;TYPE=mnp;VARB=0.017681;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:26:29:26:26:0.472727:18:8:8:18:18:8:8:21 chr21 46086757 . GC AT 182.98 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0593027;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.745;QD=13.3078;RBI=0.0599698;REFB=-0.0339176;REVB=-0.00891976;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188909;STB=0.60737;STBP=0.232;TYPE=mnp;VARB=0.0522778;OID=.;OPOS=46086757;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:33:22:22:0.4:13:9:8:25:13:9:8:25 chr21 46101893 . C CG 41.78 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0119365;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.087;QD=2.53229;RBI=0.0435576;REFB=-0.00786831;REVB=-0.0418901;RO=59;SAF=11;SAR=1;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608392;STB=0.920499;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.10736;OID=.;OPOS=46101894;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:12:71:12:66:54:11:1:21:33:41:59:11:1:26:33 chr21 46117962 . G A 361.43 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7493;QD=53.5451;RBI=0.110172;REFB=0;REVB=0.0106811;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295157;OID=.;OPOS=46117962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:25:27:1:14:11:1:0:15:12:0:0 chr21 46233836 . C A 798.02 PASS AF=0.503067;AO=81;DP=162;FAO=82;FDP=163;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.00667166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.227;QD=19.5833;RBI=0.0267562;REFB=-0.0203523;REVB=0.0259111;RO=81;SAF=38;SAR=43;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338573;STB=0.515678;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0126368;OID=.;OPOS=46233836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:81:81:81:82:0.503067:43:38:35:46:44:38:35:46 chr21 46271452 . C T 3206.17 PASS AF=0.990521;AO=209;DP=213;FAO=209;FDP=211;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0098085;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.564;QD=60.7805;RBI=0.0191606;REFB=-0.0809849;REVB=0.0164597;RO=1;SAF=57;SAR=152;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312396;STB=0.503268;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.000214698;OID=.;OPOS=46271452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:213:211:1:2:209:209:0.990521:152:57:0:1:152:57:0:2 chr21 46271460 . T C 1264.67 PASS AF=0.583333;AO=111;DP=196;FAO=119;FDP=204;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=81;FSRF=16;FSRR=69;FWDB=0.0227804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.864;QD=24.7975;RBI=0.023497;REFB=-0.027409;REVB=-0.00575879;RO=83;SAF=31;SAR=80;SRF=16;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088522;STB=0.565803;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0198385;OID=.;OPOS=46271460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:204:83:85:111:119:0.583333:80:31:16:67:81:38:16:69 chr21 46311813 . A G 2265.16 PASS AF=0.987013;AO=145;DP=152;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0622488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5029;QD=58.8354;RBI=0.0693439;REFB=-0.180274;REVB=-0.0305558;RO=7;SAF=61;SAR=84;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515037;STB=0.507245;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00445006;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:152:154:7:2:145:152:0.987013:84:61:7:0:84:68:2:0 chr21 46314907 . T A 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.777;QD=64.1535;RBI=0.0117476;REFB=0;REVB=2.26083e-05;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52451e-05;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:56:43:0:0:56:43:0:0 chr21 46320313 . C T 1140.7 PASS AF=0.479167;AO=112;DP=237;FAO=115;FDP=240;FR=.;FRO=125;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=0.101281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1113;QD=19.0117;RBI=0.121266;REFB=-0.0040722;REVB=0.0666895;RO=125;SAF=40;SAR=72;SRF=60;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122679;STB=0.562291;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00441064;OID=.;OPOS=46320313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:240:125:125:112:115:0.479167:72:40:60:65:73:42:60:65 chr21 46328099 . T C 4618.03 PASS AF=1;AO=277;DP=278;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=190;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.674;QD=63.2607;RBI=0.0218908;REFB=0;REVB=0.0209824;RO=0;SAF=97;SAR=180;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64752e-06;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:278:292:0:0:277:292:1:180:97:0:0:190:102:0:0 chr21 46330628 . C T 955.81 PASS AF=0.554217;AO=92;DP=166;FAO=92;FDP=166;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00274813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.019;QD=23.0316;RBI=0.0175949;REFB=0.00119743;REVB=0.017379;RO=73;SAF=44;SAR=48;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897234;STB=0.54573;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.000962311;OID=.;OPOS=46330628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:73:74:92:92:0.554217:48:44:43:30:48:44:43:31 chr21 46330674 . C A 349.81 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.05251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.955;QD=15.2092;RBI=0.0525276;REFB=-0.017842;REVB=-0.00136057;RO=54;SAF=19;SAR=19;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192158;STB=0.510864;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0277132;OID=.;OPOS=46330674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:19:19:28:26:19:19:28:26 chr21 46353637 . T C 1745.41 PASS AF=0.40249;AO=193;DP=490;FAO=194;FDP=482;FR=.;FRO=288;FSAF=89;FSAR=105;FSRF=137;FSRR=151;FWDB=-0.00216344;FXX=0.0203248;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.161;QD=14.4847;RBI=0.0118645;REFB=0.00306734;REVB=0.0116656;RO=283;SAF=89;SAR=104;SRF=135;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170026;STB=0.510168;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00467109;OID=.;OPOS=46353637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:490:482:283:288:193:194:0.40249:104:89:135:148:105:89:137:151 chr21 46353678 . G A 1345.82 PASS AF=0.420904;AO=149;DP=354;FAO=149;FDP=354;FR=.;FRO=205;FSAF=68;FSAR=81;FSRF=95;FSRR=110;FWDB=0.00930339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8527;QD=15.207;RBI=0.00982243;REFB=-0.0161934;REVB=0.0031507;RO=205;SAF=68;SAR=81;SRF=95;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737162;STB=0.504104;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0144714;OID=.;OPOS=46353678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:205:205:149:149:0.420904:81:68:95:110:81:68:95:110 chr21 46353949 . C G 365.2 PASS AF=0.346154;AO=45;DP=130;FAO=45;FDP=130;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0188551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.517;QD=11.2369;RBI=0.0254504;REFB=-0.0252773;REVB=-0.0170941;RO=83;SAF=20;SAR=25;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400721;STB=0.529604;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0456876;OID=.;OPOS=46353949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:83:85:45:45:0.346154:25:20:34:49:25:20:34:51 chr21 46353985 . A G 262.46 PASS AF=0.3;AO=35;DP=120;FAO=36;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.00463792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8811;QD=8.74864;RBI=0.100452;REFB=0.00439699;REVB=0.100345;RO=82;SAF=19;SAR=16;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945867;STB=0.563735;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00802262;OID=.;OPOS=46353985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:82:84:35:36:0.3:16:19:38:44:16:20:39:45 chr21 46354055 . A G 2342.51 PASS AF=1;AO=151;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119051;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8604;QD=60.8444;RBI=0.0767311;REFB=0;REVB=-0.0758019;RO=0;SAF=82;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147265;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:151:154:1:69:82:0:0:72:82:0:0 chr21 46355710 . A G 936.38 PASS AF=0.364548;AO=109;DP=300;FAO=109;FDP=299;FR=.;FRO=190;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=87;FSRR=103;FWDB=-0.0237983;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.84;QD=12.5268;RBI=0.0241858;REFB=-0.0149195;REVB=-0.00431205;RO=189;SAF=54;SAR=55;SRF=86;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453039;STB=0.523849;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0263185;OID=.;OPOS=46355710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:299:189:190:109:109:0.364548:55:54:86:103:55:54:87:103 chr21 46572572 . A G 2534.45 PASS AF=1;AO=163;DP=169;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499266;FXX=0.0411741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.207;QD=62.1952;RBI=0.0501825;REFB=0;REVB=-0.0050619;RO=0;SAF=62;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110271;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:163:0:0:163:163:1:101:62:0:0:101:62:0:0 chr21 46705345 . G A 852.02 PASS AF=0.953125;AO=62;DP=65;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0194831;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.941;QD=53.2509;RBI=0.0195842;REFB=0.0190755;REVB=0.00198652;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145261;STB=0.508194;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.000209914;OID=.;OPOS=46705345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:64:1:3:62:61:0.953125:32:30:0:1:31:30:2:1 chr21 46875564 . T C 3524.0 PASS AF=1;AO=224;DP=224;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.140494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.53;QD=62.6489;RBI=0.142448;REFB=0;REVB=-0.0235145;RO=0;SAF=90;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51404e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13963e-05;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:225:0:0:224:225:1:134:90:0:0:134:91:0:0 chr21 46876568 . G C 187.71 PASS AF=0.186567;AO=25;DP=135;FAO=25;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=0.0527716;FXX=0.00740686;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.3287;QD=5.60318;RBI=0.0527744;REFB=-0.0767603;REVB=-0.000541374;RO=66;SAF=23;SAR=2;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640557;STB=0.913356;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0937645;OID=.;OPOS=46876568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:66:96:25:25:0.186567:2:23:30:36:2:23:40:56 chr21 46924425 . CGGCCCCCCAGGCCCCCCA CGGCCCCCA,CGGCCCCCCA,CGGCCCCCCAGGCCCACGT,CGGCCCCCCCGGCCCCCCA 482.61 PASS AF=0.0285714,0.628571,0.171429,0.171429;AO=4,10,3,6;DP=39;FAO=1,22,6,6;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,1,1;FSAR=1,20,5,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353431,0.035346,0.0463925,0.0616269;FXX=0.124969;HRUN=6,2,6,1;LEN=10,9,4,1;MLLD=184.168,184.945,258.351,80.7668;QD=55.1555;RBI=0.0403281,0.041246,0.047125,0.0701567;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0194222,0.0212579,-0.00827632,0.0335274;RO=0;SAF=1,1,0,0;SAR=3,9,3,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.494118,0,0,0;SSEP=0.550218,0,0,0;SSSB=-4.86674e-08,-3.8593e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.031609,0.00706569,0.0313754,-0.0106177;OID=.,.,.,.;OPOS=46924428,46924426,46924440,46924434;OREF=CCCCCCAGGC,GGCCCCCCA,CCCA,A;OALT=-,-,ACGT,C;OMAPALT=CGGCCCCCA,CGGCCCCCCA,CGGCCCCCCAGGCCCACGT,CGGCCCCCCCGGCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0285714,0.628571,0.171429,0.171429:4,10,3,6:39:1,22,6,6:35:0:0,2,1,1:1,20,5,5:0:0:48:0:1,1,0,0:3,9,3,6:0:0 chr21 46951556 . A G 3549.08 PASS AF=1;AO=226;DP=228;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234552;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.094;QD=62.5389;RBI=0.0302842;REFB=-0.0202293;REVB=0.0191569;RO=2;SAF=117;SAR=109;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000296249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1094e-05;OID=.;OPOS=46951556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:228:227:2:0:226:227:1:109:117:1:1:110:117:0:0 chr21 46957794 . T C 5372.66 PASS AF=1;AO=337;DP=339;FAO=337;FDP=337;FR=.;FRO=0;FSAF=172;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251618;FXX=0.00589953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.439;QD=63.7705;RBI=0.0414502;REFB=0;REVB=0.0329394;RO=0;SAF=172;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.99341e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30587e-06;OID=.;OPOS=46957794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:339:337:0:0:337:337:1:165:172:0:0:165:172:0:0 chr21 47329352 . T C 3476.56 PASS AF=1;AO=218;DP=220;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016093;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.945;QD=62.0814;RBI=0.0449268;REFB=0;REVB=0.0419455;RO=0;SAF=127;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.33194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202955;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:224:0:0:218:224:1:91:127:0:0:97:127:0:0 chr21 47355240 . T C 1030.42 PASS AF=0.538043;AO=97;DP=182;FAO=99;FDP=184;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.00448684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.308;QD=22.4005;RBI=0.00835786;REFB=-0.0191674;REVB=-0.00705139;RO=84;SAF=44;SAR=53;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112601;STB=0.508173;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0133219;OID=.;OPOS=47355240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:84:85:97:99:0.538043:53:44:37:47:53:46:38:47 chr21 47409503 . A G 1606.96 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.777;QD=60.0731;RBI=0.0164191;REFB=0;REVB=0.0109795;RO=0;SAF=69;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47992e-07;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:38:69:0:0:38:69:0:0 chr21 47409706 . G A 636.56 PASS AF=0.453947;AO=68;DP=151;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0401933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3584;QD=16.7516;RBI=0.0465911;REFB=-0.0179249;REVB=-0.0235633;RO=81;SAF=33;SAR=35;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400547;STB=0.525665;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0277513;OID=.;OPOS=47409706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:81:83:68:69:0.453947:35:33:36:45:35:34:37:46 chr21 47410931 . T C 774.25 PASS AF=0.47093;AO=80;DP=171;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.0356789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.844;QD=18.0058;RBI=0.0394635;REFB=-0.000612023;REVB=0.0168638;RO=91;SAF=28;SAR=52;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585206;STB=0.527506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000610555;OID=.;OPOS=47410931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:91:91:80:81:0.47093:52:28:37:54:52:29:37:54 chr21 47417415 . C A 502.01 PASS AF=0.521739;AO=47;DP=93;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=41;FWDB=-0.0172621;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7651;QD=21.8267;RBI=0.0476181;REFB=-0.0259059;REVB=0.0443791;RO=46;SAF=3;SAR=44;SRF=5;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142506;STB=0.524681;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0218007;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:46:44:47:48:0.521739:44:3:5:41:44:4:3:41 chr21 47420723 . G C 1917.84 PASS AF=0.532164;AO=182;DP=342;FAO=182;FDP=342;FR=.;FRO=160;FSAF=71;FSAR=111;FSRF=90;FSRR=70;FWDB=0.00911267;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.376;QD=22.4309;RBI=0.0166714;REFB=-0.0143172;REVB=-0.0139605;RO=134;SAF=71;SAR=111;SRF=87;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202855;STB=0.581691;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00959313;OID=.;OPOS=47420723;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:134:160:182:182:0.532164:111:71:87:47:111:71:90:70 chr21 47420726 . C G 4872.97 PASS AF=0.987421;AO=258;DP=315;FAO=314;FDP=318;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=146;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382094;FXX=0.0421674;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5742;QD=61.2952;RBI=0.0591734;REFB=0;REVB=0.0451834;RO=0;SAF=141;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14466e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00592838;OID=.;OPOS=47420726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:315:318:0:0:258:314:0.987421:117:141:0:0:168:146:0:0 chr21 47423040 . A G 468.5 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=19;FWDB=-0.000631496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5797;QD=15.6168;RBI=0.0475419;REFB=-0.0051165;REVB=-0.0475377;RO=66;SAF=28;SAR=24;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178354;STB=0.605466;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00730001;OID=.;OPOS=47423040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:68:52:52:0.433333:24:28:47:19:24:28:49:19 chr21 47423389 . G A 197.77 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0608045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3873;QD=18.8351;RBI=0.0778096;REFB=-0.0235459;REVB=0.0485505;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162722;STB=0.605285;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0208756;OID=.;OPOS=47423389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:7:13:10:11:7:13:10:12 chr21 47423507 . G A 640.27 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0108907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.492;QD=20.6539;RBI=0.0281467;REFB=-0.0194782;REVB=0.0259543;RO=59;SAF=24;SAR=40;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163541;STB=0.586392;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0137128;OID=.;OPOS=47423507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:60:64:64:0.516129:40:24:33:26:40:24:33:27 chr21 47423636 . C T 1013.39 PASS AF=0.490566;AO=104;DP=212;FAO=104;FDP=212;FR=.;FRO=108;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=0.0041607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.31;QD=19.1206;RBI=0.0203513;REFB=-0.00555176;REVB=0.0199215;RO=107;SAF=48;SAR=56;SRF=47;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207091;STB=0.50877;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00523169;OID=.;OPOS=47423636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:107:108:104:104:0.490566:56:48:47:60:56:48:48:60 chr21 47536546 . C G,T 2979.04 PASS AF=0.0436893,0.936893;AO=9,194;DP=206;FAO=9,193;FDP=206;FR=.;FRO=4;FSAF=0,107;FSAR=9,86;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00802881,0.0203133;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.2115,106.622;QD=57.8455;RBI=0.0155125,0.0204263;REFB=-0.043776,-0.0861675;REVB=0.0132731,-0.00214543;RO=2;SAF=0,108;SAR=9,86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.803614,0.0011161;STB=0.998105,0.501117;STBP=0.023,0.874;TYPE=snp,snp;VARB=0.0754895,-0.00191181;OID=.,.;OPOS=47536546,47536546;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:206:206:2:4:9,194:9,193:0.0436893,0.936893:9,86:0,108:1:1:9,86:0,107:2:2 chr21 47538960 . G A 815.56 PASS AF=0.967213;AO=60;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0492673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.279;QD=53.4791;RBI=0.0634057;REFB=-0.0727771;REVB=0.0399125;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.520826;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00873185;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:61:0:2:60:59:0.967213:25:35:0:0:23:36:0:2 chr21 47542861 . A G 1212.19 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235217;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1058;QD=61.3766;RBI=0.0292932;REFB=0;REVB=-0.0174591;RO=0;SAF=24;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37263e-05;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:55:24:0:0:55:24:0:0 chr21 47545155 . A G 2323.94 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567295;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.025;QD=60.362;RBI=0.103109;REFB=0;REVB=-0.102953;RO=0;SAF=71;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.72503e-05;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:150:154:1:79:71:0:0:80:74:0:0 chr21 47545768 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00862335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7881;QD=63.8714;RBI=0.0159801;REFB=0;REVB=-0.0134536;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145331;OID=.;OPOS=47545768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr21 47545823 . G A 1514.03 PASS AF=0.989691;AO=93;DP=94;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00588103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.767;QD=62.4343;RBI=0.107496;REFB=-0.0883397;REVB=0.107335;RO=1;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101954;STB=0.505049;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000410192;OID=.;OPOS=47545823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:97:1:1:93:96:0.989691:46:47:0:1:49:47:0:1 chr21 47545826 . C T 1549.19 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7891;QD=63.8841;RBI=0.0342065;REFB=0;REVB=0.0285835;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230221;OID=.;OPOS=47545826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr21 47545913 . G A 2476.34 PASS AF=0.993865;AO=161;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00742599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.937;QD=60.7692;RBI=0.0213701;REFB=-0.0609576;REVB=0.0200384;RO=0;SAF=81;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2572e-08;STB=0.503067;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000121764;OID=.;OPOS=47545913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:0:1:161:162:0.993865:80:81:0:0:81:81:1:0 chr21 47551909 . G A 794.61 PASS AF=0.419811;AO=89;DP=212;FAO=89;FDP=212;FR=.;FRO=123;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=74;FSRR=49;FWDB=0.00605133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.005;QD=14.9926;RBI=0.0204322;REFB=-0.00866963;REVB=0.0195155;RO=122;SAF=42;SAR=47;SRF=74;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138849;STB=0.574846;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0135822;OID=.;OPOS=47551909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:122:123:89:89:0.419811:47:42:74:48:47:42:74:49 chr21 47556793 . C T 1531.02 PASS AF=0.849624;AO=106;DP=128;FAO=113;FDP=133;FR=.;FRO=20;FSAF=78;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0204256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.427;QD=46.0456;RBI=0.0329251;REFB=-0.112752;REVB=0.0258236;RO=15;SAF=72;SAR=34;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122467;STB=0.588578;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00297118;OID=.;OPOS=47556793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:128:133:15:20:106:113:0.849624:34:72:3:12:35:78:3:17 chr21 47558473 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.059;QD=59.8391;RBI=0.0534809;REFB=0;REVB=0.0309019;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002261;OID=.;OPOS=47558473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr21 47575372 . C T 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.107;QD=56.9976;RBI=0.103257;REFB=0;REVB=0.0428001;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137588;OID=.;OPOS=47575372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr21 47608580 . G A 695.21 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0128318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.734;QD=21.5568;RBI=0.0199326;REFB=-0.0211631;REVB=-0.015253;RO=59;SAF=38;SAR=30;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573609;STB=0.539613;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0156666;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:59:61:68:68:0.527132:30:38:29:30:30:38:29:32 chr21 47609677 . A G 406.33 PASS AF=0.340278;AO=50;DP=141;FAO=49;FDP=144;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=0.00422387;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.735;QD=11.287;RBI=0.0822318;REFB=-0.0177222;REVB=-0.0821233;RO=91;SAF=28;SAR=22;SRF=56;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640458;STB=0.51219;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0491954;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:91:95:50:49:0.340278:22:28:56:35:21:28:56:39 chr21 47609974 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.023397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.363;QD=15.2622;RBI=0.0940632;REFB=-0.00545354;REVB=-0.0911069;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356893;STB=0.706492;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0120772;OID=.;OPOS=47609974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:11:5:9:4:11:5 chr21 47610066 . T C 425.23 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00347191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.579;QD=21.5304;RBI=0.0121904;REFB=-0.023825;REVB=-0.0116855;RO=35;SAF=21;SAR=21;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825164;STB=0.531631;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0262178;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:37:42:42:0.531646:21:21:14:21:21:21:16:21 chr21 47612466 . A G 482.47 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00038918;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.804;QD=17.3862;RBI=0.0328557;REFB=-0.0295739;REVB=0.0328533;RO=59;SAF=28;SAR=24;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529098;STB=0.529401;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0262642;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:59:59:52:52:0.468468:24:28:35:24:24:28:35:24 chr21 47612471 . T C 483.11 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0382346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5298;QD=17.5678;RBI=0.0383749;REFB=-0.0198791;REVB=-0.00327864;RO=58;SAF=28;SAR=24;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291887;STB=0.516214;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0264035;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:58:52:52:0.472727:24:28:33:25:24:28:33:25 chr21 47612512 . C CTG,G 280.99 PASS AF=0.333333,0.0208333;AO=30,4;DP=110;FAO=32,2;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=14,2;FSAR=18,0;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=-0.0380211,-0.00237575;FXX=0.0204061;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=148.417,97.0829;QD=11.7081;RBI=0.039498,0.0405896;REFB=-0.0363223,-0.0266497;REVB=-0.0107,-0.04052;RO=71;SAF=12,4;SAR=18,0;SRF=48;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.320404,0.406248;STB=0.664412,0.993056;STBP=0.024,0.355;TYPE=ins,snp;VARB=0.0633176,0.00839442;OID=.,.;OPOS=47612513,47612512;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:96:71:62:30,4:32,2:0.333333,0.0208333:18,0:12,4:48:23:18,0:14,2:43:19 chr21 47613004 . T C 92.62 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0309429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6432;QD=5.2928;RBI=0.071441;REFB=-0.0401954;REVB=-0.0643922;RO=52;SAF=2;SAR=13;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488181;STB=0.812031;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.123561;OID=.;OPOS=47613004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:52:55:15:15:0.214286:13:2:25:27:13:2:26:29 chr21 47613161 . C T 131.39 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0584472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6833;QD=11.6786;RBI=0.0718131;REFB=-0.0378067;REVB=-0.0417259;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874984;STB=0.551467;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0619491;OID=.;OPOS=47613161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:14:15:7:9:14:15 chr21 47613570 . T C 46.32 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0572536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.42;QD=2.80715;RBI=0.0864405;REFB=-0.0264763;REVB=-0.0647609;RO=55;SAF=6;SAR=3;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296555;STB=0.717987;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.120944;OID=.;OPOS=47613570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:66:55:57:9:9:0.136364:3:6:23:32:3:6:23:34 chr21 47614443 . A G 658.56 PASS AF=0.444444;AO=72;DP=163;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.0794043;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7268;QD=16.2608;RBI=0.0799102;REFB=0.00501336;REVB=-0.00897707;RO=90;SAF=37;SAR=35;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102403;STB=0.556946;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00918428;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:90:90:72:72:0.444444:35:37:37:53:35:37:37:53 chr21 47614469 . A C 654.28 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.00826433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.621;QD=17.218;RBI=0.00837011;REFB=-0.010629;REVB=0.00132649;RO=82;SAF=31;SAR=39;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158157;STB=0.508776;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0114993;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:82:82:70:70:0.460526:39:31:35:47:39:31:35:47 chr21 47635212 . G A 310.12 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00711388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.561;QD=11.2772;RBI=0.00762061;REFB=-0.0115115;REVB=-0.00273245;RO=71;SAF=25;SAR=14;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107757;STB=0.56204;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0175489;OID=.;OPOS=47635212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:71:39:39:0.354545:14:25:39:32:14:25:39:32 chr21 47660749 . A C 507.6 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0355281;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.97;QD=22.8134;RBI=0.0355487;REFB=-0.015601;REVB=-0.0012123;RO=40;SAF=38;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293162;STB=0.658886;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0234561;OID=.;OPOS=47660749;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:40:41:48:48:0.539326:10:38:20:20:10:38:21:20 chr21 47660867 . G A 526.4 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0204245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.689;QD=16.0733;RBI=0.0320777;REFB=0.000649935;REVB=-0.024735;RO=73;SAF=27;SAR=30;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495627;STB=0.531113;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.000958813;OID=.;OPOS=47660867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:73:74:57:57:0.435115:30:27:31:42:30:27:31:43 chr21 47662804 . TA T 38.71 PASS AF=0.319444;AO=14;DP=71;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.00764772;FXX=0.0649266;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.93032;QD=2.15049;RBI=0.108708;REFB=-0.112425;REVB=-0.108438;RO=27;SAF=0;SAR=14;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.73989;STB=0.576377;STBP=0.42;TYPE=del;VARB=0.102533;OID=.;OPOS=47662805;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319444:14:71:23:72:49:10:13:16:33:38:27:0:14:3:24 chr21 47676711 . G A 687.5 PASS AF=0.54918;AO=65;DP=122;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0434709;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7542;QD=22.5409;RBI=0.110485;REFB=-0.00548311;REVB=0.101573;RO=56;SAF=35;SAR=30;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128389;STB=0.510426;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00597719;OID=.;OPOS=47676711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:56:55:65:67:0.54918:30:35:31:25:32:35:30:25 chr21 47685939 . A G 992.55 PASS AF=0.49;AO=98;DP=200;FAO=98;FDP=200;FR=.;FRO=102;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.0348902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.028;QD=19.8511;RBI=0.0349707;REFB=-0.0158869;REVB=0.0023716;RO=102;SAF=52;SAR=46;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171376;STB=0.509432;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0162081;OID=.;OPOS=47685939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:102:102:98:98:0.49:46:52:56:46:46:52:56:46 chr21 47734659 . G A 846.68 PASS AF=0.515152;AO=85;DP=165;FAO=85;FDP=165;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.00137973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.941;QD=20.5256;RBI=0.00395196;REFB=-0.0186619;REVB=0.00370328;RO=77;SAF=42;SAR=43;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332483;STB=0.521021;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0193937;OID=.;OPOS=47734659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:77:80:85:85:0.515152:43:42:41:36:43:42:43:37 chr21 47773177 . C T 270.79 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.017047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.326;QD=14.2521;RBI=0.0309157;REFB=-0.0177833;REVB=0.0257911;RO=40;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064906;STB=0.574713;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.019864;OID=.;OPOS=47773177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:40:45:31:31:0.407895:19:12:18:22:19:12:23:22 chr21 47777063 . G A 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0215728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.348;QD=16.3499;RBI=0.0216456;REFB=-0.0114053;REVB=0.00177319;RO=41;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987726;STB=0.562463;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0159619;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:42:34:34:0.447368:20:14:21:20:20:14:22:20 chr21 47783796 . T C 685.9 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.0151405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.337;QD=18.6639;RBI=0.016433;REFB=-0.00835498;REVB=-0.00638835;RO=78;SAF=39;SAR=30;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239755;STB=0.513281;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.012612;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:78:78:69:69:0.469388:30:39:46:32:30:39:46:32 chr21 47786524 . A G 498.28 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00327694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7791;QD=19.1647;RBI=0.0217843;REFB=-0.00797143;REVB=0.0215364;RO=51;SAF=29;SAR=23;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458268;STB=0.519571;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00721608;OID=.;OPOS=47786524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:52:52:52:0.5:23:29:31:20:23:29:31:21 chr21 47786817 . C G 644.61 PASS AF=0.46;AO=69;DP=151;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.0235392;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6432;QD=17.1896;RBI=0.0361655;REFB=-0.00479444;REVB=0.0274563;RO=81;SAF=25;SAR=44;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00844771;STB=0.504691;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00759611;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:81:81:69:69:0.46:44:25:30:51:44:25:30:51 chr21 47787002 . T C 552.18 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.00397418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.956;QD=18.1044;RBI=0.0338921;REFB=-0.0125322;REVB=-0.0336583;RO=64;SAF=14;SAR=44;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371269;STB=0.70702;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0212491;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:64:58:58:0.47541:44:14:39:25:44:14:39:25 chr21 47808679 . C T 370.87 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0171751;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.695;QD=17.0516;RBI=0.0175497;REFB=-0.0256984;REVB=-0.00360624;RO=48;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0016018;STB=0.500898;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0333298;OID=.;OPOS=47808679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:48:39:39:0.448276:22:17:21:27:22:17:21:27 chr21 47821588 . A G 324.48 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0709545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.328;QD=19.6656;RBI=0.0715226;REFB=-0.0224752;REVB=0.00899719;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160893;STB=0.500894;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202021;OID=.;OPOS=47821588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:16:18:17:15:16:18:17:15 chr21 47850484 . G C 1126.91 PASS AF=0.473029;AO=114;DP=234;FAO=114;FDP=241;FR=.;FRO=127;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=49;FSRR=78;FWDB=0.0112227;FXX=0.0163259;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.083;QD=18.7039;RBI=0.0868559;REFB=-0.0136089;REVB=-0.0861278;RO=117;SAF=67;SAR=47;SRF=48;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163417;STB=0.605681;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.010026;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:241:117:127:114:114:0.473029:47:67:48:69:47:67:49:78 chr21 47851753 . A G 983.96 PASS AF=0.556213;AO=94;DP=169;FAO=94;FDP=169;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.00505111;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.648;QD=23.2889;RBI=0.0144408;REFB=-0.013249;REVB=-0.0135286;RO=75;SAF=43;SAR=51;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473358;STB=0.525787;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0121267;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:75:75:94:94:0.556213:51:43:30:45:51:43:30:45 chr21 47851796 . G A 614.45 PASS AF=0.512397;AO=61;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.00940089;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.757;QD=20.3124;RBI=0.0270353;REFB=-0.0105429;REVB=0.0253482;RO=58;SAF=32;SAR=29;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158351;STB=0.58596;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00844709;OID=.;OPOS=47851796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:59:61:62:0.512397:29:32:20:38:30:32:20:39 chr21 47855876 . A G 981.02 PASS AF=0.485;AO=96;DP=198;FAO=97;FDP=200;FR=.;FRO=103;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=0.00147661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.563;QD=19.6204;RBI=0.0636217;REFB=-0.0318406;REVB=-0.0636046;RO=101;SAF=60;SAR=36;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105988;STB=0.566066;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0283105;OID=.;OPOS=47855876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:101:103:96:97:0.485:36:60:52:49:36:61:52:51 chr21 47970581 . G A 614.82 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.020464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.746;QD=18.7732;RBI=0.0683971;REFB=0.0070912;REVB=0.065264;RO=68;SAF=37;SAR=26;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137486;STB=0.576131;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0071259;OID=.;OPOS=47970581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:68:63:63:0.480916:26:37:30:38:26:37:30:38 chr21 47974582 . A G 3703.27 PASS AF=1;AO=233;DP=234;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0029;QD=63.3038;RBI=0.011194;REFB=0;REVB=-0.000677643;RO=0;SAF=106;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44538e-05;OID=.;OPOS=47974582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:234:0:0:233:234:1:127:106:0:0:127:107:0:0 chr21 47978321 . G C,GC 2966.94 PASS AF=0.0247525,0.975248;AO=8,171;DP=207;FAO=5,197;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=3,69;FSAR=2,128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483945,0.0603524;FXX=0.00492587;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=10.6135,27.5772;QD=58.7512;RBI=0.102633,0.123229;REFB=0,0;REVB=0.0905068,0.107438;RO=21;SAF=3,51;SAR=5,120;SRF=21;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.689221,-0.161341;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0225482,-0.00030594;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:207:202:21:0:8,171:5,197:0.0247525,0.975248:5,120:3,51:21:0:2,128:3,69:0:0 chr21 48022230 . C G 1572.41 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0382677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.216;QD=62.8964;RBI=0.0383802;REFB=-0.001251;REVB=-0.00293676;RO=1;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106585;STB=0.505617;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-8.3486e-05;OID=.;OPOS=48022230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:44:55:0:1:44:55:0:1 chr21 48063476 . C G 2752.37 PASS AF=0.972973;AO=180;DP=186;FAO=180;FDP=185;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0426385;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7438;QD=59.5108;RBI=0.042945;REFB=-0.0335576;REVB=0.00512124;RO=6;SAF=66;SAR=114;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132622;STB=0.504861;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00525908;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:186:185:6:5:180:180:0.972973:114:66:1:5:114:66:1:4 chr22 16157603 . G C 159.06 PASS AF=0.514286;AO=7;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.207428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.3736;QD=18.1787;RBI=0.239057;REFB=-0.0527583;REVB=0.118836;RO=18;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459736;STB=0.87125;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0713977;OID=.;OPOS=16157603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:17:7:18:0.514286:1:6:9:9:1:17:8:9 chr22 16157622 . G C 123.63 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0805106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.624;QD=17.0519;RBI=0.0815181;REFB=-0.0455475;REVB=-0.0127772;RO=15;SAF=13;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.595024;STB=0.853372;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0516199;OID=.;OPOS=16157622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:1:13:7:8:1:13:7:8 chr22 16287372 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.028;QD=58.1387;RBI=0.00731136;REFB=0;REVB=-0.00433817;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83813e-06;OID=.;OPOS=16287372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr22 17072483 . A G 842.72 PASS AF=0.467742;AO=85;DP=183;FAO=87;FDP=186;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=0.00874841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.546;QD=18.123;RBI=0.0099322;REFB=-0.00505698;REVB=0.00470254;RO=98;SAF=35;SAR=50;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144923;STB=0.587295;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00539733;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:186:98:99:85:87:0.467742:50:35:55:43:52:35:56:43 chr22 17073066 . A G 214.98 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0145363;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.526;QD=18.6938;RBI=0.0188744;REFB=-0.0152012;REVB=-0.012039;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280921;STB=0.659082;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0365768;OID=.;OPOS=17073066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:8:17:8:13:8:17 chr22 17073475 . C T 649.17 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.006457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.775;QD=18.5476;RBI=0.0127709;REFB=-0.00522153;REVB=0.0110183;RO=73;SAF=25;SAR=41;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162716;STB=0.586978;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00726777;OID=.;OPOS=17073475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:73:74:66:66:0.471429:41:25:40:33:41:25:40:34 chr22 17264565 . G T 2178.19 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.813;QD=63.1359;RBI=0.0361372;REFB=0;REVB=-0.00981517;RO=0;SAF=65;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20083e-05;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:73:65:0:0:73:65:0:0 chr22 17264904 . A G 740.11 PASS AF=0.541985;AO=70;DP=130;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0194161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.839;QD=22.5987;RBI=0.0199767;REFB=-0.015221;REVB=0.00469955;RO=60;SAF=30;SAR=40;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887788;STB=0.544499;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0109961;OID=.;OPOS=17264904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:60:60:70:71:0.541985:40:30:32:28:40:31:32:28 chr22 17265124 . A C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916238;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.978;QD=56.9383;RBI=0.0113762;REFB=0;REVB=0.00674305;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04781e-06;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr22 17265194 . G A 341.83 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00590554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.082;QD=15.899;RBI=0.0109624;REFB=-0.00870192;REVB=-0.00923569;RO=49;SAF=20;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315289;STB=0.517757;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0112936;OID=.;OPOS=17265194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:17:20:28:21:17:20:28:21 chr22 17446123 . C T 429.71 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=-0.023736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.651;QD=14.5663;RBI=0.0345401;REFB=-0.00599993;REVB=-0.0250922;RO=69;SAF=31;SAR=18;SRF=46;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384931;STB=0.521632;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00943954;OID=.;OPOS=17446123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:69:49:49:0.415254:18:31:46:23:18:31:46:23 chr22 17446991 . C T 629.27 PASS AF=0.453947;AO=69;DP=153;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.00548213;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4031;QD=16.5597;RBI=0.0516334;REFB=-0.0160814;REVB=-0.0513416;RO=83;SAF=33;SAR=36;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558558;STB=0.524404;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0156199;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:83:83:69:69:0.453947:36:33:35:48:36:33:36:47 chr22 17582877 . G T 441.3 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.000815308;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.603;QD=21.7925;RBI=0.00642978;REFB=-0.000817871;REVB=0.00637788;RO=38;SAF=17;SAR=26;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113198;STB=0.562544;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000669929;OID=.;OPOS=17582877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:38:38:43:43:0.530864:26:17:20:18:26:17:20:18 chr22 17586471 . C T 3132.27 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.917;QD=63.924;RBI=0.0351233;REFB=0;REVB=0.00453653;RO=0;SAF=84;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13263e-05;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:184:196:0:0:183:196:1:99:84:0:0:104:92:0:0 chr22 17590599 . C T 628.68 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0203683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.941;QD=19.0509;RBI=0.0317532;REFB=-0.0205752;REVB=0.0243598;RO=68;SAF=30;SAR=34;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673947;STB=0.537238;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0214063;OID=.;OPOS=17590599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:68:64:64:0.484848:34:30:27:41:34:30:27:41 chr22 17597940 . CAG CA,C,CG 413.02 PASS AF=0.00961538,0,0.451923;AO=18,16,29;DP=107;FAO=1,0,47;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=1,0,23;FSAR=0,0,24;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0278238,-0.000274321,-0.00021287;FXX=0.0280348;HRUN=5,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=8.34212,143.018,146.938;QD=15.8853;RBI=0.314302,0.10321,0.0529482;REFB=-0.0876998,-0.0284937,-0.0259592;REVB=-0.313068,-0.10321,0.0529477;RO=38;SAF=9,4,18;SAR=9,12,11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0.355556,0,0;SSSB=-0.0905113,-0.390823,0.0438044;STB=0.989006,0.5,0.534859;STBP=0.469,1,0.537;TYPE=del,del,del;VARB=0.116233,0.0152526,0.0296881;OID=.,.,.;OPOS=17597942,17597941,17597941;OREF=G,AG,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=CA,C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.00961538,0,0.451923:18,16,29:107:1,0,47:104:56:1,0,23:0,0,24:31:25:99:38:9,4,18:9,12,11:22:16 chr22 17600689 . G A 756.97 PASS AF=0.493671;AO=76;DP=159;FAO=78;FDP=158;FR=.;FRO=80;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0168049;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.294;QD=19.1637;RBI=0.0951014;REFB=-0.0326921;REVB=0.0936049;RO=83;SAF=47;SAR=29;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109053;STB=0.540309;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0314217;OID=.;OPOS=17600689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:83:80:76:78:0.493671:29:47:42:41:31:47:42:38 chr22 17602839 . G A 1508.21 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0240383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.734;QD=57.4556;RBI=0.02501;REFB=-0.260582;REVB=0.00690375;RO=1;SAF=57;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825224;STB=0.508619;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00472257;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:1:2:103:103:0.980952:46:57:1:0:46:57:2:0 chr22 17603477 . A G 1840.88 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.063;QD=61.3626;RBI=0.00846526;REFB=0;REVB=0.0038283;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10998e-05;OID=.;OPOS=17603477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:66:54:0:0:66:54:0:0 chr22 17630486 . C A 316.88 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00380307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.945;QD=15.2711;RBI=0.00819796;REFB=-0.0047558;REVB=0.00726246;RO=48;SAF=22;SAR=13;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135009;STB=0.576443;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00530332;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:13:22:24:24:13:22:24:24 chr22 17640399 . G GGGC 1222.21 PASS AF=0.386921;AO=140;DP=413;FAO=142;FDP=367;FR=.;FRO=225;FSAF=59;FSAR=83;FSRF=84;FSRR=141;FWDB=-0.0118094;FXX=0.00271732;HRUN=3;LEN=3;MLLD=215.845;QD=13.3211;RBI=0.022878;REFB=-0.0236312;REVB=-0.0195944;RO=273;SAF=58;SAR=82;SRF=101;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536036;STB=0.526845;STBP=0.417;TYPE=ins;VARB=0.0369777;OID=.;OPOS=17640400;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386921:140:413:142:367:225:59:83:84:141:99:273:58:82:101:172 chr22 17669306 . T C 490.96 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00694583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5184;QD=19.2535;RBI=0.0362229;REFB=0.0189984;REVB=0.0355507;RO=51;SAF=22;SAR=29;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036335;STB=0.520087;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0155884;OID=.;OPOS=17669306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:29:22:20:31:29:22:20:31 chr22 17990852 . G A 1396.45 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000259846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.518;QD=62.7618;RBI=0.00605898;REFB=0;REVB=-0.0060534;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13545e-06;OID=.;OPOS=17990852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:43:45:0:0:43:46:0:0 chr22 18209612 . CA C,CG 700.02 PASS AF=0.346154,0.653846;AO=22,31;DP=53;FAO=18,34;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18,10;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206785,0.0318087;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.7122,55.3035;QD=53.8477;RBI=0.0226226,0.0592538;REFB=0,0;REVB=-0.00917491,-0.0499922;RO=0;SAF=22,7;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.71661e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00515731,0.043215;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.346154,0.653846:22,31:53:18,34:52:0:18,10:0,24:0:0:90:0:22,7:0,24:0:0 chr22 18210704 . G C 895.31 PASS AF=0.400749;AO=101;DP=264;FAO=107;FDP=267;FR=.;FRO=160;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=78;FSRR=82;FWDB=-0.035074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1871;QD=13.4129;RBI=0.0350807;REFB=-0.00244385;REVB=-0.000686532;RO=160;SAF=52;SAR=49;SRF=78;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297898;STB=0.527107;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00496725;OID=.;OPOS=18210704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:267:160:160:101:107:0.400749:49:52:78:82:50:57:78:82 chr22 18211021 . T C 417.19 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0296485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9091;QD=17.2035;RBI=0.0315528;REFB=-0.013413;REVB=0.0107957;RO=52;SAF=8;SAR=34;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272534;STB=0.650252;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00827114;OID=.;OPOS=18211021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:54:42:43:0.443299:34:8:21:31:34:9:23:31 chr22 18211983 . T C 646.18 PASS AF=0.418605;AO=71;DP=173;FAO=72;FDP=172;FR=.;FRO=100;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=0.00775391;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=334.593;QD=15.0274;RBI=0.00776904;REFB=-0.00108011;REVB=0.000484614;RO=100;SAF=24;SAR=47;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124255;STB=0.572593;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0013098;OID=.;OPOS=18211983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:100:100:71:72:0.418605:47:24:45:55:48:24:45:55 chr22 18300240 . T C 1073.41 PASS AF=0.437736;AO=116;DP=269;FAO=116;FDP=265;FR=.;FRO=149;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=72;FSRR=77;FWDB=-0.00992653;FXX=0.0148693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.713;QD=16.2024;RBI=0.016657;REFB=-0.0119977;REVB=-0.0133761;RO=148;SAF=63;SAR=53;SRF=72;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572658;STB=0.533719;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0150005;OID=.;OPOS=18300240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:265:148:149:116:116:0.437736:53:63:72:76:53:63:72:77 chr22 18300348 . A G 1518.32 PASS AF=0.532847;AO=146;DP=277;FAO=146;FDP=274;FR=.;FRO=128;FSAF=62;FSAR=84;FSRF=54;FSRR=74;FWDB=-0.0170347;FXX=0.0108299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.499;QD=22.1652;RBI=0.0225063;REFB=-0.0124978;REVB=-0.014709;RO=127;SAF=62;SAR=84;SRF=53;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00640992;STB=0.50133;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0118592;OID=.;OPOS=18300348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:274:127:128:146:146:0.532847:84:62:53:74:84:62:54:74 chr22 18300594 . G A 1250.13 PASS AF=0.501992;AO=126;DP=252;FAO=126;FDP=251;FR=.;FRO=125;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=68;FSRR=57;FWDB=-0.0017036;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.796;QD=19.9224;RBI=0.0883574;REFB=-0.0259492;REVB=0.0883409;RO=125;SAF=53;SAR=73;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1126;STB=0.561779;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0195703;OID=.;OPOS=18300594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:125:125:126:126:0.501992:73:53:68:57:73:53:68:57 chr22 18300879 . G A 612.49 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00736068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4654;QD=20.0816;RBI=0.0341989;REFB=-0.00925782;REVB=-0.0333974;RO=60;SAF=34;SAR=28;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135352;STB=0.50746;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0100906;OID=.;OPOS=18300879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:60:62:62:0.508197:28:34:32:28:28:34:32:28 chr22 18324564 . C T 1472.3 PASS AF=0.505263;AO=144;DP=289;FAO=144;FDP=285;FR=.;FRO=141;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=0.0296204;FXX=0.0172408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.067;QD=20.6638;RBI=0.0370816;REFB=-0.0600606;REVB=0.0223086;RO=141;SAF=73;SAR=71;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947426;STB=0.50519;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0570603;OID=.;OPOS=18324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:285:141:141:144:144:0.505263:71:73:70:71:71:73:70:71 chr22 18364030 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT 497.59 PASS AF=0.486891,0.0449438,0;AO=76,15,16;DP=277;FAO=130,12,0;FDP=267;FR=.;FRO=125;FSAF=63,11,0;FSAR=67,1,0;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=0.128019,0.120757,-0.00860695;FXX=0.0464269;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=8.4639,14.1384,39.2912;QD=7.45454;RBI=0.128557,0.133283,0.100221;REFB=-0.139312,-0.0854635,-0.0134315;REVB=0.0117532,0.0564102,-0.0998511;RO=113;SAF=41,14,0;SAR=35,1,16;SRF=63;SRR=50;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0193624,0.531719,-0.700712;STB=0.502265,0.910212,0.5;STBP=0.939,0.007,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.161186,-0.0158964,0;OID=.,.,.;OPOS=18364031,18364036,18364030;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,GC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:267:113:125:76,15,16:130,12,0:0.486891,0.0449438,0:35,1,16:41,14,0:63:50:67,1,0:63,11,0:60:65 chr22 18571008 . G A 816.27 PASS AF=0.529032;AO=81;DP=154;FAO=82;FDP=155;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.00299824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.413;QD=21.065;RBI=0.0398002;REFB=-0.0111772;REVB=0.0396871;RO=73;SAF=29;SAR=52;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737016;STB=0.54253;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0090784;OID=.;OPOS=18571008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:73:73:81:82:0.529032:52:29:32:41:53:29:32:41 chr22 18571828 . T C 389.01 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00282943;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.822;QD=18.3062;RBI=0.0106624;REFB=-0.011412;REVB=-0.0102801;RO=44;SAF=17;SAR=23;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596218;STB=0.538021;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.021606;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:44:45:40:40:0.470588:23:17:16:28:23:17:16:29 chr22 18572106 . T A 212.65 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00437314;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.594;QD=18.9026;RBI=0.0114777;REFB=-0.00773705;REVB=0.010612;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134881;STB=0.57609;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00779282;OID=.;OPOS=18572106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:17:7:9:12:17:7 chr22 18609642 . C T 590.03 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0121914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8435;QD=18.5837;RBI=0.0150873;REFB=-0.000346871;REVB=0.00888812;RO=65;SAF=24;SAR=37;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00863599;STB=0.508003;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000454857;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:66:61:61:0.480315:37:24:25:40:37:24:25:41 chr22 18628436 . T C 331.43 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=9.53735e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.661;QD=15.5969;RBI=0.0381032;REFB=0.0111046;REVB=-0.0381031;RO=48;SAF=25;SAR=11;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796961;STB=0.553475;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0181677;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:36:36:0.423529:11:25:30:18:11:25:30:19 chr22 18628499 . G T 638.21 PASS AF=0.442953;AO=65;DP=149;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.00317122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.37;QD=17.133;RBI=0.0193329;REFB=-0.000990219;REVB=-0.0190711;RO=83;SAF=37;SAR=28;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303719;STB=0.503201;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00134055;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:83:83:65:66:0.442953:28:37:47:36:29:37:47:36 chr22 18628632 . C T 777.58 PASS AF=0.453039;AO=81;DP=180;FAO=82;FDP=181;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=0.00708535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5683;QD=17.1841;RBI=0.0217954;REFB=0.00950068;REVB=0.0206115;RO=98;SAF=35;SAR=46;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169097;STB=0.515418;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00979443;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:98:99:81:82:0.453039:46:35:44:54:47:35:45:54 chr22 18628715 . C T 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00653016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.236;QD=17.4231;RBI=0.00776206;REFB=-0.00546978;REVB=0.00419602;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950873;STB=0.55304;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00595391;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:20:11:9:25:20:11:9:25 chr22 18900750 . G A 1472.88 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.147;QD=63.3499;RBI=0.0602372;REFB=0;REVB=-0.0159862;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77451e-05;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:47:45:0:0:47:46:0:0 chr22 18901004 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.904;QD=61.3343;RBI=0.0415444;REFB=0;REVB=0.0243743;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202396;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr22 18904414 . A G 964.28 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034618;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3204;QD=57.5688;RBI=0.0892592;REFB=-0.140255;REVB=-0.0822727;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00265331;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:33:33:0:0:33:33:1:0 chr22 18907124 . G A 2191.73 PASS AF=0.949686;AO=151;DP=159;FAO=151;FDP=159;FR=.;FRO=8;FSAF=63;FSAR=88;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0359629;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.563;QD=55.1378;RBI=0.0360803;REFB=-0.0605105;REVB=0.00290775;RO=3;SAF=63;SAR=88;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094844;STB=0.517116;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00162836;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:159:159:3:8:151:151:0.949686:88:63:2:1:88:63:6:2 chr22 18908875 . A G 1933.47 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7768;QD=61.8712;RBI=0.109639;REFB=0;REVB=-0.0757121;RO=0;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69451e-05;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:61:64:0:0:61:64:0:0 chr22 18912678 . A G 2660.78 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0542048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.712;QD=61.521;RBI=0.0611288;REFB=-0.0426423;REVB=-0.0282591;RO=1;SAF=79;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509076;STB=0.502674;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-6.36434e-06;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:1:1:172:172:0.99422:93:79:0:1:93:79:0:1 chr22 19026613 . A G 585.9 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=157;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.0499345;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5462;QD=15.023;RBI=0.0580162;REFB=-0.016498;REVB=-0.0295369;RO=90;SAF=34;SAR=32;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384968;STB=0.521547;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0251384;OID=.;OPOS=19026613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:90:90:66:66:0.423077:32:34:43:47:32:34:43:47 chr22 19034240 . A G 1207.6 PASS AF=0.524444;AO=112;DP=219;FAO=118;FDP=225;FR=.;FRO=107;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.0207194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.776;QD=21.4684;RBI=0.0328237;REFB=-0.0340573;REVB=0.0254578;RO=107;SAF=60;SAR=52;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360802;STB=0.518378;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0236246;OID=.;OPOS=19034240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:225:107:107:112:118:0.524444:52:60:53:54:55:63:53:54 chr22 19048413 . A G 755.2 PASS AF=0.430851;AO=80;DP=187;FAO=81;FDP=188;FR=.;FRO=107;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=0.0132939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.822;QD=16.0682;RBI=0.0215912;REFB=-0.0106595;REVB=-0.0170132;RO=106;SAF=33;SAR=47;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126395;STB=0.505919;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0162263;OID=.;OPOS=19048413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:106:107:80:81:0.430851:47:33:45:61:47:34:46:61 chr22 19048449 . G A 477.03 PASS AF=0.391304;AO=54;DP=137;FAO=54;FDP=138;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0497779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.713;QD=13.827;RBI=0.0524777;REFB=-0.0132884;REVB=-0.0166153;RO=83;SAF=23;SAR=31;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864606;STB=0.552655;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0190248;OID=.;OPOS=19048449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:83:84:54:54:0.391304:31:23:42:41:31:23:43:41 chr22 19119545 . C T 308.3 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0167832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.155;QD=13.4045;RBI=0.0409261;REFB=-0.00314974;REVB=0.0373265;RO=56;SAF=18;SAR=17;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159599;STB=0.583964;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00510693;OID=.;OPOS=19119545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:57:35:35:0.380435:17:18:37:19:17:18:37:20 chr22 19119686 . C T 164.69 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00790587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.233;QD=9.54706;RBI=0.00948381;REFB=-0.0122827;REVB=-0.0052383;RO=47;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445882;STB=0.526292;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0214418;OID=.;OPOS=19119686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:13:9:21:26:13:9:21:26 chr22 19119751 . C T 203.68 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00889613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.074;QD=30.1753;RBI=0.0117575;REFB=-0.00353904;REVB=0.00768757;RO=8;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958681;STB=0.552791;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00127674;OID=.;OPOS=19119751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:27:27:8:8:19:19:0.703704:11:8:2:6:11:8:2:6 chr22 19119938 . G A 385.25 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0155795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.263;QD=23.3483;RBI=0.0312658;REFB=-0.0145827;REVB=-0.0271077;RO=28;SAF=25;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210055;STB=0.615701;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00755409;OID=.;OPOS=19119938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:13:25:11:17:13:25:11:17 chr22 19122665 . C T 1942.82 PASS AF=0.478365;AO=199;DP=416;FAO=199;FDP=416;FR=.;FRO=217;FSAF=94;FSAR=105;FSRF=139;FSRR=78;FWDB=0.0105809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.857;QD=18.681;RBI=0.0116434;REFB=-0.011965;REVB=-0.00485925;RO=217;SAF=94;SAR=105;SRF=139;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158886;STB=0.587147;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0127084;OID=.;OPOS=19122665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:416:217:217:199:199:0.478365:105:94:139:78:105:94:139:78 chr22 19163577 . C CAT 1884.32 PASS AF=1;AO=122;DP=127;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411253;FXX=0.0161277;HRUN=0;LEN=2;MLLD=316.825;QD=61.7811;RBI=0.0482958;REFB=0;REVB=0.0253218;RO=3;SAF=69;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202042;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.44295e-05;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:122:127:122:122:0:69:53:0:0:10:3:69:53:3:0 chr22 19167385 . C A 871.21 PASS AF=0.46114;AO=89;DP=191;FAO=89;FDP=193;FR=.;FRO=104;FSAF=27;FSAR=62;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=0.0331682;FXX=0.00515437;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3203;QD=18.0562;RBI=0.111264;REFB=0.00590176;REVB=-0.106205;RO=102;SAF=27;SAR=62;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203678;STB=0.608966;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00726276;OID=.;OPOS=19167385;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:102:104:89:89:0.46114:62:27:51:51:62:27:51:53 chr22 19167409 . T C 2756.78 PASS AF=1;AO=173;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121382;FXX=0.0112353;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3579;QD=62.654;RBI=0.0013763;REFB=0;REVB=-0.000648719;RO=0;SAF=65;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259072;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:173:176:1:108:65:0:0:110:66:0:0 chr22 19172006 . T C 4219.05 PASS AF=1;AO=264;DP=271;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110326;FXX=0.0145449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.657;QD=62.2738;RBI=0.0130105;REFB=-0.0264131;REVB=-0.00689606;RO=1;SAF=132;SAR=132;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20868e-05;OID=.;OPOS=19172006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:271:271:1:0:264:271:1:132:132:1:0:137:134:0:0 chr22 19184095 . T C 728.78 PASS AF=0.546875;AO=70;DP=128;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0998313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.687;QD=22.7745;RBI=0.0998313;REFB=-0.0110562;REVB=-0.000109695;RO=58;SAF=28;SAR=42;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412271;STB=0.522574;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00925716;OID=.;OPOS=19184095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:58:58:70:70:0.546875:42:28:26:32:42:28:26:32 chr22 19189003 . A AC,C 1307.64 PASS AF=1,0;AO=72,17;DP=99;FAO=90,0;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=61,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553635,-0.264553;FXX=0.0109878;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.9657,4.20812;QD=58.1174;RBI=0.103893,0.275878;REFB=-0.0274101,-0.0339048;REVB=0.0879123,0.078233;RO=9;SAF=12,17;SAR=60,0;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.226387,0.81892;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000943309,0;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:90:9:0:72,17:90,0:1,0:60,0:12,17:8:1:61,0:29,0:0:0 chr22 19196502 . G A 305.69 PASS AF=0.314961;AO=40;DP=126;FAO=40;FDP=127;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.0251646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.745;QD=9.62794;RBI=0.030191;REFB=-0.013991;REVB=-0.0166806;RO=85;SAF=21;SAR=19;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328506;STB=0.526303;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0303565;OID=.;OPOS=19196502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:85:87:40:40:0.314961:19:21:47:38:19:21:49:38 chr22 19197896 . T C 2095.41 PASS AF=0.992647;AO=132;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0247502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.577;QD=61.6298;RBI=0.0247653;REFB=-0.0557834;REVB=0.000865192;RO=1;SAF=71;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772825;STB=0.503936;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000643733;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:132:135:0.992647:61:71:0:1:63:72:0:1 chr22 19458224 . C T 275.75 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.000933559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.677;QD=25.6507;RBI=0.00166136;REFB=-0.0158969;REVB=0.00137426;RO=18;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023457;STB=0.513016;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0100163;OID=.;OPOS=19458224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:9:16:11:7:9:16:11:7 chr22 19486600 . C T 710.42 PASS AF=0.486842;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=152;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0572904;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.602;QD=18.6952;RBI=0.0590289;REFB=-0.00884853;REVB=-0.0142206;RO=79;SAF=41;SAR=33;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448737;STB=0.521305;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0101522;OID=.;OPOS=19486600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:79:78:74:74:0.486842:33:41:40:39:33:41:40:38 chr22 19511925 . G A 415.03 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00139469;FXX=0.0219756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.572;QD=18.6531;RBI=0.0151247;REFB=-0.00718575;REVB=0.0150603;RO=47;SAF=16;SAR=26;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145456;STB=0.581204;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00708478;OID=.;OPOS=19511925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:47:47:42:42:0.47191:26:16:25:22:26:16:25:22 chr22 19750773 . T C 811.02 PASS AF=0.454545;AO=85;DP=189;FAO=85;FDP=187;FR=.;FRO=102;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=38;FWDB=-0.00891782;FXX=0.0105815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.378;QD=17.3481;RBI=0.0754987;REFB=0.00627556;REVB=-0.0749701;RO=99;SAF=43;SAR=42;SRF=63;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127213;STB=0.566408;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00831537;OID=.;OPOS=19750773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:99:102:85:85:0.454545:42:43:63:36:42:43:64:38 chr22 19751829 . C T 630.28 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0737026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1074;QD=22.5101;RBI=0.0944724;REFB=-0.0250764;REVB=0.0591013;RO=50;SAF=27;SAR=35;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165722;STB=0.590646;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0220732;OID=.;OPOS=19751829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:50:50:62:62:0.553571:35:27:32:18:35:27:32:18 chr22 19766782 . C T 484.89 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=130;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00763293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7287;QD=14.9195;RBI=0.0266061;REFB=-0.0258025;REVB=-0.0254877;RO=76;SAF=32;SAR=22;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975739;STB=0.554893;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0585968;OID=.;OPOS=19766782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:76:76:54:54:0.415385:22:32:38:38:22:32:38:38 chr22 19776159 . T TG 396.35 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=127;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0211294;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=309.795;QD=12.7855;RBI=0.0211326;REFB=-0.0146192;REVB=0.000369716;RO=80;SAF=20;SAR=27;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191131;STB=0.597914;STBP=0.107;TYPE=ins;VARB=0.0225068;OID=.;OPOS=19776160;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.379032:47:127:47:124:77:20:27:45:32:99:80:20:27:48:32 chr22 19789541 . A C 419.62 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=94;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00579872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.93;QD=17.6683;RBI=0.0141449;REFB=-0.0173055;REVB=0.0129017;RO=52;SAF=29;SAR=13;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236627;STB=0.62137;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0284481;OID=.;OPOS=19789541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:52:52:42:43:0.452632:13:29:24:28:14:29:24:28 chr22 19808769 . C T 621.94 PASS AF=0.342105;AO=77;DP=229;FAO=78;FDP=228;FR=.;FRO=150;FSAF=66;FSAR=12;FSRF=75;FSRR=75;FWDB=0.0521057;FXX=0.0129865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5855;QD=10.9112;RBI=0.0528549;REFB=-0.0240912;REVB=0.00886793;RO=144;SAF=66;SAR=11;SRF=75;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469639;STB=0.772318;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0437457;OID=.;OPOS=19808769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:144:150:77:78:0.342105:11:66:75:69:12:66:75:75 chr22 19868218 . A G 1101.77 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393657;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2672;QD=60.3711;RBI=0.0437986;REFB=0;REVB=-0.0192005;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000850716;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr22 19898886 . C T 568.91 PASS AF=0.350254;AO=67;DP=194;FAO=69;FDP=197;FR=.;FRO=128;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=56;FSRR=72;FWDB=0.037465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3452;QD=11.5515;RBI=0.0398537;REFB=-0.00842844;REVB=0.0135902;RO=125;SAF=31;SAR=36;SRF=55;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260686;STB=0.526588;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0163652;OID=.;OPOS=19898886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:197:125:128:67:69:0.350254:36:31:55:70:36:33:56:72 chr22 19907099 . C A 3238.73 PASS AF=0.968468;AO=211;DP=219;FAO=215;FDP=222;FR=.;FRO=7;FSAF=83;FSAR=132;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0176339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8224;QD=58.3555;RBI=0.0769071;REFB=-0.084116;REVB=0.0748581;RO=8;SAF=83;SAR=128;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00775124;STB=0.506148;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00159776;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:219:222:8:7:211:215:0.968468:128:83:4:4:132:83:4:3 chr22 19907118 . G A,C 3089.08 PASS AF=0.941748,0.0582524;AO=194,12;DP=207;FAO=194,12;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=67,12;FSAR=127,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373926,0.0290438;FXX=0.00483068;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=233.151,117.931;QD=59.9822;RBI=0.046318,0.0339972;REFB=-0.0931592,-0.170821;REVB=0.027334,0.0176712;RO=0;SAF=67,12;SAR=127,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=8.97076e-05,0.0887464;OID=.,.;OPOS=19907118,19907118;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:207:206:0:0:194,12:194,12:0.941748,0.0582524:127,0:67,12:0:0:127,0:67,12:0:0 chr22 19920949 . G A 468.53 PASS AF=0.459459;AO=50;DP=110;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0156394;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.694;QD=16.8839;RBI=0.0157577;REFB=-0.0147283;REVB=0.00192719;RO=59;SAF=22;SAR=28;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148019;STB=0.581805;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0205777;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:60:50:51:0.459459:28:22:35:24:29:22:35:25 chr22 19921003 . T C 1434.79 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071293;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.661;QD=63.0675;RBI=0.0717884;REFB=0;REVB=0.00841901;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123943;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr22 19951207 . C G 923.28 PASS AF=0.460094;AO=98;DP=214;FAO=98;FDP=213;FR=.;FRO=115;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=-0.0171678;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2082;QD=17.3386;RBI=0.0234479;REFB=-0.00836348;REVB=0.0159709;RO=115;SAF=42;SAR=56;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133191;STB=0.573712;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00980027;OID=.;OPOS=19951207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:115:115:98:98:0.460094:56:42:65:50:56:42:65:50 chr22 19959473 . C T 321.44 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.027359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.92;QD=11.5832;RBI=0.030457;REFB=-0.0104875;REVB=0.0133832;RO=68;SAF=14;SAR=26;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138619;STB=0.594723;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0272216;OID=.;OPOS=19959473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:71:40:40:0.36036:26:14:32:36:26:14:35:36 chr22 19959955 . A G 544.08 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0307812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.554;QD=19.9663;RBI=0.0341714;REFB=-0.0200679;REVB=-0.0148391;RO=52;SAF=29;SAR=27;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826836;STB=0.549835;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0153419;OID=.;OPOS=19959955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:52:53:56:56:0.513761:27:29:22:30:27:29:22:31 chr22 19969075 . A G 592.78 PASS AF=0.449275;AO=48;DP=140;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.00596753;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8724;QD=17.182;RBI=0.0323905;REFB=-0.0312269;REVB=-0.031836;RO=55;SAF=20;SAR=28;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712588;STB=0.525902;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0397289;OID=.;OPOS=19969075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:55:76:48:62:0.449275:28:20:19:36:41:21:29:47 chr22 20098359 . T G 497.45 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00798801;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.386;QD=17.7661;RBI=0.00800055;REFB=0.00365;REVB=0.000447787;RO=58;SAF=27;SAR=26;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10615;STB=0.553966;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00358427;OID=.;OPOS=20098359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:112:58:59:53:53:0.473214:26:27:23:35:26:27:24:35 chr22 20130516 . G A 36.62 PASS AF=0.0863309;AO=7;DP=139;FAO=12;FDP=139;FR=.;FRO=127;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=93;FSRR=34;FWDB=-0.0124468;FXX=0.0211253;HRUN=7;LEN=1;MLLD=155.388;QD=1.0538;RBI=0.0199475;REFB=-0.000157988;REVB=-0.0155878;RO=125;SAF=2;SAR=5;SRF=93;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439711;STB=0.914741;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00374728;OID=.;OPOS=20130516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:139:139:125:127:7:12:0.0863309:5:2:93:32:10:2:93:34 chr22 20136379 . C A 1629.12 PASS AF=0.464481;AO=169;DP=370;FAO=170;FDP=366;FR=.;FRO=196;FSAF=114;FSAR=56;FSRF=141;FSRR=55;FWDB=0.00919909;FXX=0.0134767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.394;QD=17.8046;RBI=0.0668498;REFB=-0.00986958;REVB=0.0662138;RO=190;SAF=114;SAR=55;SRF=135;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040034;STB=0.530181;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00896635;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:366:190:196:169:170:0.464481:55:114:135:55:56:114:141:55 chr22 20137723 . C T 559.34 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00346693;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.919;QD=18.9606;RBI=0.0101105;REFB=-0.00518827;REVB=0.00949749;RO=58;SAF=26;SAR=32;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936235;STB=0.543311;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00563196;OID=.;OPOS=20137723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:58:60:58:58:0.491525:32:26:32:26:32:26:32:28 chr22 20138105 . T C 1026.86 PASS AF=0.444444;AO=106;DP=242;FAO=108;FDP=243;FR=.;FRO=135;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=59;FSRR=76;FWDB=-0.0207977;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.059;QD=16.903;RBI=0.0210951;REFB=-0.019849;REVB=-0.00352955;RO=134;SAF=65;SAR=41;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175054;STB=0.597313;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0250248;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:134:135:106:108:0.444444:41:65:59:75:42:66:59:76 chr22 20307256 . G A 465.25 PASS AF=0.389706;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00632625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.529;QD=13.6838;RBI=0.0256441;REFB=-0.0044768;REVB=-0.0248515;RO=82;SAF=12;SAR=41;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293639;STB=0.665085;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00579647;OID=.;OPOS=20307256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:82:83:53:53:0.389706:41:12:38:44:41:12:38:45 chr22 20458029 . A C 298.17 PASS AF=0.226415;AO=47;DP=212;FAO=48;FDP=212;FR=.;FRO=164;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=85;FSRR=79;FWDB=-0.0220455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.433;QD=5.6258;RBI=0.0297338;REFB=-0.00810362;REVB=-0.0199523;RO=164;SAF=22;SAR=25;SRF=85;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638501;STB=0.546328;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0382839;OID=.;OPOS=20458029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:164:164:47:48:0.226415:25:22:85:79:26:22:85:79 chr22 20714777 . G A 43.05 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.119015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7786;QD=5.38154;RBI=0.120561;REFB=-0.0214178;REVB=0.0192482;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137716;STB=0.509065;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0486533;OID=.;OPOS=20714777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:14:11:3:4:14:11 chr22 20739059 . G C 508.14 PASS AF=0.551724;AO=47;DP=86;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00949744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5836;QD=23.3626;RBI=0.0291195;REFB=0.0405663;REVB=0.0275272;RO=39;SAF=25;SAR=22;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16278;STB=0.592555;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0320913;OID=.;OPOS=20739059;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:39:39:47:48:0.551724:22:25:13:26:22:26:13:26 chr22 20760445 . C G 144.21 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0343332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.149;QD=24.0354;RBI=0.0378209;REFB=-0.0407601;REVB=0.0158637;RO=9;SAF=12;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292983;STB=0.666419;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0198677;OID=.;OPOS=20760445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:24:9:9:15:15:0.625:3:12:4:5:3:12:4:5 chr22 20771144 . A T 1608.29 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0105844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.917;QD=59.0197;RBI=0.0500441;REFB=-0.124643;REVB=-0.048912;RO=1;SAF=54;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870927;STB=0.504586;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000215358;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:54:54:1:0:54:54:1:0 chr22 20780091 . C G 115.13 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.5076;QD=41.8635;RBI=0.12209;REFB=0;REVB=0.116973;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0151905;OID=.;OPOS=20780091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:1:7:0:0:2:9:0:0 chr22 20784050 . T A 519.36 PASS AF=0.410072;AO=57;DP=140;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.00656594;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.132;QD=14.9456;RBI=0.0380342;REFB=-0.0160887;REVB=0.0374632;RO=82;SAF=36;SAR=21;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129095;STB=0.572744;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0200031;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:82:82:57:57:0.410072:21:36:42:40:21:36:42:40 chr22 20785639 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0357145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.767;QD=11.0206;RBI=0.0411943;REFB=-0.0179544;REVB=-0.0205292;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162008;STB=0.599657;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0368512;OID=.;OPOS=20785639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:4:4:4:2:4:4 chr22 20800835 . A G 727.23 PASS AF=0.5;AO=71;DP=143;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0344121;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.134;QD=20.4853;RBI=0.0345568;REFB=-0.0122919;REVB=-0.00315913;RO=69;SAF=32;SAR=39;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275862;STB=0.507119;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0100361;OID=.;OPOS=20800835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:69:71:71:71:0.5:39:32:29:40:39:32:31:40 chr22 20847472 . A T 417.45 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00514062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.448;QD=14.2717;RBI=0.0112831;REFB=-0.0168861;REVB=-0.010044;RO=69;SAF=30;SAR=18;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141402;STB=0.579835;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0168217;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:69:48:48:0.410256:18:30:34:35:18:30:34:35 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 210.69 PASS AF=0.363636,0.030303;AO=24,11;DP=69;FAO=24,2;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=9,0;FSAR=15,2;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0116479,-0.135925;FXX=0.043472;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=229.477,17.9653;QD=12.7688;RBI=0.012176,0.169066;REFB=-0.00582162,-0.210518;REVB=-0.00354688,-0.100537;RO=30;SAF=9,0;SAR=15,11;SRF=21;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.310849,-0.809402;STB=0.610144,0.995276;STBP=0.186,0.114;TYPE=ins,del;VARB=0.00778164,0.147418;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0.030303:24,11:69:24,2:66:40:9,0:15,2:22:18:99:30:9,0:15,11:21:9 chr22 20922898 . A C 996.0 PASS AF=0.518717;AO=96;DP=188;FAO=97;FDP=187;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.00394126;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.188;QD=21.3048;RBI=0.0168268;REFB=-0.0161589;REVB=-0.0163588;RO=89;SAF=40;SAR=56;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394281;STB=0.526702;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0196725;OID=.;OPOS=20922898;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:89:90:96:97:0.518717:56:40:41:48:57:40:42:48 chr22 20937601 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00319575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.746;QD=15.5772;RBI=0.0163713;REFB=-0.00430759;REVB=0.0160563;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125083;STB=0.570698;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00577289;OID=.;OPOS=20937601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:10:20:13:11:10:20 chr22 20940085 . G A 223.51 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.018142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.515;QD=14.9006;RBI=0.0218817;REFB=-0.0174696;REVB=0.0122342;RO=34;SAF=6;SAR=20;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154078;STB=0.588163;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0273111;OID=.;OPOS=20940085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:20:6:12:22:20:6:12:22 chr22 21044848 . A T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.218;QD=58.9627;RBI=0.0397184;REFB=0;REVB=0.0189469;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109977;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr22 21044938 . A G 344.56 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0123678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.117;QD=19.1422;RBI=0.0793952;REFB=-0.00352095;REVB=-0.078426;RO=35;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163246;STB=0.597771;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00459794;OID=.;OPOS=21044938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:36:36:36:0.5:22:14:20:15:22:14:21:15 chr22 21044973 . G T 232.05 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0063956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2316;QD=14.7333;RBI=0.0802727;REFB=-0.0118611;REVB=-0.0800175;RO=36;SAF=21;SAR=6;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457993;STB=0.760671;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0167285;OID=.;OPOS=21044973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:6:21:12:24:6:21:12:24 chr22 21045337 . A G 147.56 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00539142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.79;QD=10.93;RBI=0.0234123;REFB=-0.0134905;REVB=-0.0227831;RO=30;SAF=14;SAR=2;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264414;STB=0.71621;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0202406;OID=.;OPOS=21045337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:33:16:16:0.296296:2:14:22:8:2:14:22:11 chr22 21045398 . G T 140.68 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0117724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.77;QD=9.37893;RBI=0.0672514;REFB=-0.0141411;REVB=-0.066213;RO=40;SAF=14;SAR=5;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208785;STB=0.618341;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0260722;OID=.;OPOS=21045398;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:40:41:19:19:0.316667:5:14:23:17:5:14:24:17 chr22 21045405 . A G 148.59 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00290808;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.248;QD=9.43402;RBI=0.0231161;REFB=-0.0153499;REVB=-0.0229325;RO=44;SAF=14;SAR=6;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192463;STB=0.605426;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0402629;OID=.;OPOS=21045405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:44:43:20:20:0.31746:6:14:24:20:6:14:24:19 chr22 21045443 . C T 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0113216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.608;QD=8.11464;RBI=0.0441266;REFB=0.00283526;REVB=-0.0426494;RO=39;SAF=12;SAR=3;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352111;STB=0.71763;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0101962;OID=.;OPOS=21045443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:3:12:21:18:3:12:21:18 chr22 21045452 . C T 50.42 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0114709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.726;QD=4.91889;RBI=0.0462715;REFB=-0.0058659;REVB=-0.0448271;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134798;STB=0.589834;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0171507;OID=.;OPOS=21045452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:3:5:17:16:3:5:17:16 chr22 21072998 . G A 916.38 PASS AF=0.464115;AO=96;DP=208;FAO=97;FDP=209;FR=.;FRO=112;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=61;FSRR=51;FWDB=0.00463191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.857;QD=17.5383;RBI=0.00922217;REFB=0.00128378;REVB=0.00797457;RO=111;SAF=47;SAR=49;SRF=61;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580823;STB=0.53217;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00158455;OID=.;OPOS=21072998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:111:112:96:97:0.464115:49:47:61:50:50:47:61:51 chr22 21087281 . G A 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0579847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.798;QD=20.0306;RBI=0.058003;REFB=-0.000143935;REVB=-0.00145972;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268995;STB=0.515139;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000487364;OID=.;OPOS=21087281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:8:16:18:8:8:16:18:8 chr22 21105614 . C G 1105.1 PASS AF=0.5;AO=111;DP=223;FAO=111;FDP=222;FR=.;FRO=111;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=45;FSRR=66;FWDB=0.00159365;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.167;QD=19.9118;RBI=0.00274122;REFB=-0.012296;REVB=0.00223037;RO=111;SAF=55;SAR=56;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821663;STB=0.545077;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0118378;OID=.;OPOS=21105614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:111:111:111:111:0.5:56:55:45:66:56:55:45:66 chr22 21105998 . C T 856.37 PASS AF=0.53125;AO=85;DP=160;FAO=85;FDP=160;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0171082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.971;QD=21.4093;RBI=0.0171196;REFB=-0.0154002;REVB=0.000626406;RO=73;SAF=44;SAR=41;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00245332;STB=0.501104;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0130147;OID=.;OPOS=21105998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:73:75:85:85:0.53125:41:44:38:35:41:44:39:36 chr22 21133619 . G A 519.63 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.000507353;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.769;QD=18.074;RBI=0.0231961;REFB=-0.00784008;REVB=-0.0231906;RO=57;SAF=26;SAR=29;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813767;STB=0.548878;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0102175;OID=.;OPOS=21133619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:60:55:55:0.478261:29:26:32:25:29:26:34:26 chr22 21133885 . C T 309.2 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0347236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.146;QD=16.0624;RBI=0.0368196;REFB=-0.0052567;REVB=-0.0122454;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578911;STB=0.503935;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00649355;OID=.;OPOS=21133885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:43:33:34:0.441558:14:19:25:18:14:20:25:18 chr22 21213416 . A G 2038.35 PASS AF=0.455319;AO=212;DP=469;FAO=214;FDP=470;FR=.;FRO=256;FSAF=113;FSAR=101;FSRF=128;FSRR=128;FWDB=0.0041687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=362.445;QD=17.3476;RBI=0.00795272;REFB=0.0013321;REVB=-0.00677257;RO=256;SAF=113;SAR=99;SRF=128;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032775;STB=0.515292;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00156688;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:469:470:256:256:212:214:0.455319:99:113:128:128:101:113:128:128 chr22 21235389 . A G 216.72 PASS AF=0.4;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0266852;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.464;QD=13.3368;RBI=0.0286771;REFB=-0.014008;REVB=0.0105012;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619774;STB=0.523059;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0249596;OID=.;OPOS=21235389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:39:39:25:26:0.4:12:13:18:21:13:13:18:21 chr22 21301004 . CT C,CC 592.48 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=10,27;DP=38;FAO=3,36;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=3,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486387,-0.0486387;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=271.965,277.332;QD=60.7668;RBI=0.0811954,0.0767438;REFB=0,0;REVB=0.0650151,0.0593624;RO=0;SAF=0,1;SAR=10,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00340039,0.00686724;OID=.,.;OPOS=21301005,21301005;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0769231,0.923077:10,27:38:3,36:39:0:0,1:3,35:0:0:9:0:0,1:10,26:0:0 chr22 21301011 . CAAAAAAAAAA CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAC,CAAAAAAAAAC 201.03 PASS AF=0,0.409091,0.136364,0.454545;AO=3,4,3,6;DP=27;FAO=0,9,3,10;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,0;FSAR=0,9,3,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0,0;FXX=0.153787;HRUN=12,12,1,12;LEN=1,2,1,1;MLLD=5.03884,6.50327,258.472,261.09;QD=36.5502;RBI=0.0120373,0.00502468,0.00178359,0.0016745;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0120373,0.00502468,0.00178359,0.0016745;RO=0;SAF=0,0,0,0;SAR=3,4,3,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,ins,snp;VARB=-0.00914137,-0.0585446,0.0192576,0.0068236;OID=.,.,.,.;OPOS=21301012,21301012,21301022,21301021;OREF=A,AA,-,A;OALT=-,-,C,C;OMAPALT=CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAC,CAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.409091,0.136364,0.454545:3,4,3,6:27:0,9,3,10:22:0:0,0,0,0:0,9,3,10:0:0:51:0:0,0,0,0:3,4,3,6:0:0 chr22 21304408 . A G 1020.03 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.665;QD=59.132;RBI=0.0292114;REFB=0;REVB=0.0144977;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419552;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:35:34:0:0 chr22 21305846 . A G 410.77 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0281075;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0246;QD=14.9369;RBI=0.0554066;REFB=-0.00701821;REVB=0.0477479;RO=64;SAF=18;SAR=29;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581637;STB=0.536589;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0113534;OID=.;OPOS=21305846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:64:63:47:47:0.427273:29:18:28:36:29:18:28:35 chr22 21306743 . A G 333.78 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00599659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.182;QD=20.5404;RBI=0.00785178;REFB=-0.0280568;REVB=-0.00506866;RO=30;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997018;STB=0.548992;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0173959;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:34:35:0.538462:14:20:21:9:14:21:21:9 chr22 21306772 . C T 182.8 PASS AF=0.4;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0326239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3854;QD=13.2945;RBI=0.041051;REFB=-0.0187865;REVB=-0.0249172;RO=33;SAF=16;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32169;STB=0.693688;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0220945;OID=.;OPOS=21306772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:33:21:22:0.4:5:16:16:17:5:17:16:17 chr22 21307711 . AAAAC AA,A 332.92 PASS AF=0.646154,0;AO=21,6;DP=59;FAO=42,0;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=27,0;FSAR=15,0;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0274564,0.0122216;FXX=0.0441112;HRUN=4,4;LEN=3,4;MLLD=142.524,137.058;QD=20.4873;RBI=0.0426877,0.0363975;REFB=-0.0517138,-0.0484227;REVB=0.0326862,0.0342843;RO=0;SAF=12,1;SAR=9,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.325513,0.325513;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.520571,0.5;STBP=0.68,1;TYPE=del,del;VARB=0.0400299,0;OID=.,.;OPOS=21307713,21307712;OREF=AAC,AAAC;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.646154,0:21,6:59:42,0:65:23:27,0:15,0:16:7:99:0:12,1:9,5:0:0 chr22 21331043 . A T 740.7 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109955;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.716;QD=56.9771;RBI=0.0245766;REFB=0;REVB=-0.0219798;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75876e-05;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr22 21335259 . C A 565.69 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00750893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.039;QD=18.3965;RBI=0.00873891;REFB=-0.0323511;REVB=-0.0044704;RO=64;SAF=31;SAR=28;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969826;STB=0.553705;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0365409;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:64:59:59:0.479675:28:31:27:37:28:31:27:37 chr22 21335606 . C T 972.73 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0855403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6412;QD=56.3904;RBI=0.085973;REFB=-0.118864;REVB=-0.00861477;RO=2;SAF=35;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262374;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345045;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:2:0:67:69:1:32:35:2:0:32:37:0:0 chr22 21335611 . A G 911.79 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00497087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.609;QD=55.2598;RBI=0.00628896;REFB=-0.0417549;REVB=0.00385247;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160078;STB=0.516661;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00157207;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:29:35:0:1:29:35:0:2 chr22 21337325 . G A 274.13 PASS AF=0.339806;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0363084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.121;QD=10.6457;RBI=0.0433594;REFB=-0.0128034;REVB=-0.0237009;RO=68;SAF=21;SAR=14;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164752;STB=0.595276;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0292401;OID=.;OPOS=21337325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:68:68:35:35:0.339806:14:21:31:37:14:21:31:37 chr22 21354970 . C G 2328.63 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.016;QD=60.8793;RBI=0.0419053;REFB=0;REVB=0.0405458;RO=0;SAF=73;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50155e-05;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:141:153:0:0:141:153:1:68:73:0:0:75:78:0:0 chr22 21384578 . C T 358.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0890313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7346;QD=55.0865;RBI=0.0944857;REFB=0;REVB=0.0316382;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269976;OID=.;OPOS=21384578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr22 21386019 . G A 167.32 PASS AF=1;AO=8;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0101;QD=37.182;RBI=0.185223;REFB=0;REVB=0.123785;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0325747;OID=.;OPOS=21386019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:18:0:0:8:18:1:5:3:0:0:11:7:0:0 chr22 21403375 . CC AT 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0367545;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=192.184;QD=7.52765;RBI=0.0376187;REFB=-0.00299088;REVB=0.00801685;RO=43;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200709;STB=0.623597;STBP=0.269;TYPE=mnp;VARB=0.0147118;OID=.;OPOS=21403375;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:12:4:17:26:12:4:17:26 chr22 21570340 . G A 164.25 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0339401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3683;QD=21.1929;RBI=0.0374647;REFB=0.0300249;REVB=0.0158643;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804595;STB=0.533859;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.0237357;OID=.;OPOS=21570340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:10:6:4:10:11:6:4:10 chr22 21797094 . C G 1628.64 PASS AF=0.936;AO=116;DP=125;FAO=117;FDP=125;FR=.;FRO=8;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00497201;FXX=0.00793588;HRUN=8;LEN=1;MLLD=31.6299;QD=52.1165;RBI=0.0507366;REFB=-0.0590689;REVB=0.0504924;RO=9;SAF=52;SAR=64;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754144;STB=0.535082;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00318732;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:125:125:9:8:116:117:0.936:64:52:9:0:64:53:8:0 chr22 21797100 . CCG C,CC,CCC 788.22 PASS AF=0.940594,0,0;AO=28,34,45;DP=119;FAO=95,0,0;FDP=101;FR=.;FRO=6;FSAF=45,0,0;FSAR=50,0,0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.112501,0.141782,0.154069;FXX=0.191985;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=177.247,175.813,171.256;QD=31.2167;RBI=0.112508,0.141783,0.154069;REFB=-0.119444,-0.112966,-0.0988241;REVB=0.00118214,0.000307203,-0.000371752;RO=6;SAF=15,15,12;SAR=13,19,33;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.154328,-0.154882,-0.186337;STB=0.531243,0.5,0.5;STBP=0.019,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00151869,-0.0132399,-0.0012996;OID=.,.,.;OPOS=21797101,21797102,21797102;OREF=CG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.940594,0,0:28,34,45:119:95,0,0:101:6:45,0,0:50,0,0:6:0:18:6:15,15,12:13,19,33:6:0 chr22 21800042 . T C 88.36 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.14;QD=39.2719;RBI=0.0633953;REFB=0;REVB=0.0589734;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255014;OID=.;OPOS=21800042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:5:4:0:0 chr22 21800444 . T C 2393.11 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029114;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.901;QD=64.2445;RBI=0.0330585;REFB=0;REVB=0.0156602;RO=0;SAF=50;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35373e-05;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:99:50:0:0:99:50:0:0 chr22 21801588 . T A 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.725;QD=64.0206;RBI=0.0109155;REFB=0;REVB=0.00701476;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03459e-05;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:39:59:0:0:39:59:0:0 chr22 21805252 . T G 265.19 PASS AF=0.508772;AO=24;DP=53;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0122089;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.703;QD=18.6097;RBI=0.0265272;REFB=-0.0191003;REVB=0.0235507;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559706;STB=0.543448;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0200516;OID=.;OPOS=21805252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:25:28:24:29:0.508772:11:13:12:13:14:15:12:16 chr22 21822001 . A G 446.99 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.574;QD=57.6762;RBI=0.0750845;REFB=0;REVB=-0.0149721;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328404;OID=.;OPOS=21822001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:11:18:0:0:12:19:0:0 chr22 21822641 . A AC 39.21 PASS AF=0.107649;AO=51;DP=355;FAO=38;FDP=353;FR=.;FRO=315;FSAF=3;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=273;FWDB=-0.116419;FXX=0.00563364;HRUN=0;LEN=1;MLLD=165.171;QD=0.444348;RBI=0.116505;REFB=-0.00155399;REVB=0.00448246;RO=289;SAF=11;SAR=40;SRF=29;SRR=260;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281041;STB=0.63017;STBP=0.271;TYPE=ins;VARB=0.150905;OID=.;OPOS=21822642;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.107649:51:355:38:353:315:3:35:42:273:39:289:11:40:29:260 chr22 21822725 . T C 2770.37 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2052;QD=62.6071;RBI=0.00965858;REFB=0;REVB=-0.00125562;RO=0;SAF=37;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10883e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47434e-05;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:177:0:0:176:177:1:139:37:0:0:139:38:0:0 chr22 21829507 . G A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.61;QD=40.7618;RBI=0.046433;REFB=0;REVB=-0.0461472;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000978169;OID=.;OPOS=21829507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr22 21989142 . G A 899.3 PASS AF=0.440909;AO=97;DP=222;FAO=97;FDP=220;FR=.;FRO=123;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=0.0049489;FXX=0.0090086;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7398;QD=16.3509;RBI=0.0356286;REFB=-0.00130191;REVB=-0.0352833;RO=123;SAF=52;SAR=45;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040462;STB=0.522486;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00141005;OID=.;OPOS=21989142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:220:123:123:97:97:0.440909:45:52:61:62:45:52:61:62 chr22 21989621 . C T 1712.55 PASS AF=0.498525;AO=169;DP=339;FAO=169;FDP=339;FR=.;FRO=170;FSAF=74;FSAR=95;FSRF=91;FSRR=79;FWDB=0.0111392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3736;QD=20.2071;RBI=0.0231134;REFB=0.000602284;REVB=0.0202521;RO=170;SAF=74;SAR=95;SRF=91;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894243;STB=0.549012;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.000549268;OID=.;OPOS=21989621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:339:170:170:169:169:0.498525:95:74:91:79:95:74:91:79 chr22 21990823 . G A 556.18 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0203679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8358;QD=17.1132;RBI=0.0203921;REFB=-0.0068368;REVB=0.000991957;RO=68;SAF=36;SAR=23;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136445;STB=0.587957;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0105718;OID=.;OPOS=21990823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:68:71:59:59:0.453846:23:36:32:36:23:36:32:39 chr22 21991072 . T C 102.36 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0314029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.309;QD=17.8018;RBI=0.0364336;REFB=-0.0501263;REVB=-0.0184732;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125598;STB=0.586075;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0586073;OID=.;OPOS=21991072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:10:11:12:12:0.521739:4:8:8:2:4:8:9:2 chr22 21991120 . G A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0155929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.161;QD=14.6536;RBI=0.0181733;REFB=-0.00311679;REVB=0.00933453;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23873;STB=0.642474;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0133092;OID=.;OPOS=21991120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:4:4:2:6:4:4 chr22 22049783 . C T 806.26 PASS AF=0.48538;AO=83;DP=171;FAO=83;FDP=171;FR=.;FRO=88;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=0.0253763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.469;QD=18.8599;RBI=0.033568;REFB=-0.0127137;REVB=-0.0219739;RO=87;SAF=45;SAR=38;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870545;STB=0.550853;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0133069;OID=.;OPOS=22049783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:87:88:83:83:0.48538:38:45:39:48:38:45:39:49 chr22 22114685 . C T 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0117945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.339;QD=22.5828;RBI=0.0437362;REFB=-0.0150709;REVB=0.0421158;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10749;STB=0.559954;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0111232;OID=.;OPOS=22114685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:9:15:13:13:9:15 chr22 22312315 . C T 171.28 PASS AF=0.245283;AO=25;DP=106;FAO=26;FDP=106;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0486508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.372;QD=6.46321;RBI=0.0535858;REFB=-0.0124298;REVB=-0.022462;RO=77;SAF=9;SAR=16;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153116;STB=0.560311;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0458122;OID=.;OPOS=22312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:77:80:25:26:0.245283:16:9:37:40:16:10:37:43 chr22 22312350 . GG CC 39.25 PASS AF=0.119048;AO=7;DP=82;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.0409835;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=59.8351;QD=1.86908;RBI=0.0434473;REFB=-0.0113522;REVB=-0.0144228;RO=62;SAF=2;SAR=5;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146317;STB=0.504941;STBP=0.987;TYPE=mnp;VARB=0.0870638;OID=.;OPOS=22312350;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:84:62:74:7:10:0.119048:5:2:25:37:6:4:30:44 chr22 22385399 . G A 688.76 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=149;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.00101225;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.224;QD=18.7417;RBI=0.0102026;REFB=-0.0212498;REVB=0.0101522;RO=77;SAF=28;SAR=41;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601198;STB=0.530306;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0254366;OID=.;OPOS=22385399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:77:78:69:69:0.469388:41:28:36:41:41:28:36:42 chr22 22453513 . C T 716.76 PASS AF=0.482993;AO=71;DP=147;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0251448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.931;QD=19.5037;RBI=0.0259784;REFB=-0.0174608;REVB=0.00652833;RO=76;SAF=22;SAR=49;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165959;STB=0.592056;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0185155;OID=.;OPOS=22453513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:76:76:71:71:0.482993:49:22:36:40:49:22:36:40 chr22 22517026 . T C 1751.84 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00926379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.694;QD=59.8921;RBI=0.00959452;REFB=-0.011129;REVB=0.0024974;RO=1;SAF=51;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922077;STB=0.504853;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-7.86907e-05;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:65:51:1:0:65:51:1:0 chr22 22550401 . C G 1660.14 PASS AF=0.965812;AO=113;DP=117;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0109414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.652;QD=56.7569;RBI=0.022996;REFB=-0.0802907;REVB=0.0202263;RO=3;SAF=45;SAR=68;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137021;STB=0.51248;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000221063;OID=.;OPOS=22550401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:117:117:3:4:113:113:0.965812:68:45:2:1:68:45:3:1 chr22 22550510 . T G 2287.46 PASS AF=0.859375;AO=160;DP=198;FAO=165;FDP=192;FR=.;FRO=27;FSAF=68;FSAR=97;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0107732;FXX=0.0303015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.34;QD=47.6554;RBI=0.0145682;REFB=-0.0289838;REVB=0.00980662;RO=0;SAF=63;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.552082;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00583537;OID=.;OPOS=22550510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:192:0:27:160:165:0.859375:97:63:0:0:97:68:21:6 chr22 22569448 . T A 1457.22 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0411241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1024;QD=60.7174;RBI=0.0672717;REFB=-0.100863;REVB=-0.053238;RO=2;SAF=44;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210599;STB=0.510867;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00651339;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:96:2:2:93:94:0.979167:49:44:2:0:49:45:2:0 chr22 22569554 . C A 1286.68 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700212;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.66;QD=62.0086;RBI=0.014854;REFB=0;REVB=0.0131001;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82583e-05;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr22 22569640 . T G 662.03 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00681975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3864;QD=56.3429;RBI=0.0523233;REFB=-0.0894042;REVB=0.051877;RO=2;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780579;STB=0.541647;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00992407;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:11:34:0:2:11:34:0:2 chr22 22698027 . A G 1525.13 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0400457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1717;QD=57.552;RBI=0.0715006;REFB=-0.0961492;REVB=0.0592341;RO=1;SAF=48;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978349;STB=0.50073;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00641836;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:1:2:104:104:0.981132:56:48:1:0:56:48:1:1 chr22 22707275 . C A 455.97 PASS AF=0.290323;AO=63;DP=217;FAO=63;FDP=217;FR=.;FRO=154;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=78;FSRR=76;FWDB=-0.00495197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.798;QD=8.40505;RBI=0.0199664;REFB=-0.00928064;REVB=-0.0193425;RO=152;SAF=31;SAR=32;SRF=76;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960735;STB=0.510237;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0156195;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:152:154:63:63:0.290323:32:31:76:76:32:31:78:76 chr22 22707299 . A C 430.99 PASS AF=0.29064;AO=59;DP=203;FAO=59;FDP=203;FR=.;FRO=144;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=70;FSRR=74;FWDB=-0.054839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.411;QD=8.49245;RBI=0.0581528;REFB=-0.034169;REVB=-0.0193502;RO=133;SAF=28;SAR=31;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616458;STB=0.508194;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0512863;OID=.;OPOS=22707299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:133:144:59:59:0.29064:31:28:70:63:31:28:70:74 chr22 22707349 . C A 243.56 PASS AF=0.2375;AO=38;DP=161;FAO=38;FDP=160;FR=.;FRO=122;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=-0.00279149;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.173;QD=6.08902;RBI=0.0169158;REFB=-0.00836834;REVB=-0.0166839;RO=122;SAF=17;SAR=21;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457819;STB=0.533998;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0218799;OID=.;OPOS=22707349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:122:122:38:38:0.2375:21:17:59:63:21:17:60:62 chr22 22707351 . G C 243.56 PASS AF=0.2375;AO=38;DP=160;FAO=38;FDP=160;FR=.;FRO=122;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=63;FWDB=-0.0282505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5128;QD=6.08888;RBI=0.0287612;REFB=0.0036269;REVB=0.00539594;RO=122;SAF=17;SAR=21;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457819;STB=0.527763;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00761404;OID=.;OPOS=22707351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:122:122:38:38:0.2375:21:17:59:63:21:17:59:63 chr22 22707361 . T C 227.97 PASS AF=0.239437;AO=34;DP=142;FAO=34;FDP=142;FR=.;FRO=108;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.0475698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.283;QD=6.42155;RBI=0.0602213;REFB=-0.00170885;REVB=-0.0369286;RO=106;SAF=15;SAR=19;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266212;STB=0.523795;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0143625;OID=.;OPOS=22707361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:106:108:34:34:0.239437:19:15:49:57:19:15:51:57 chr22 22712467 . T G 2638.25 PASS AF=0.994186;AO=166;DP=169;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=106;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00856759;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7459;QD=61.3546;RBI=0.0638625;REFB=-0.109388;REVB=0.0632852;RO=1;SAF=104;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455427;STB=0.502347;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000846241;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:169:172:1:1:166:171:0.994186:62:104:1:0:65:106:1:0 chr22 22724341 . A C 2437.87 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.452;QD=61.3301;RBI=0.00282553;REFB=0;REVB=0.00219832;RO=0;SAF=84;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5519e-07;OID=.;OPOS=22724341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:159:0:0:158:159:1:74:84:0:0:75:84:0:0 chr22 22724394 . T C 3167.91 PASS AF=0.97235;AO=209;DP=217;FAO=211;FDP=217;FR=.;FRO=6;FSAF=109;FSAR=102;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0170756;FXX=0.0136357;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.72;QD=58.3946;RBI=0.0178716;REFB=-0.0233374;REVB=0.00527437;RO=4;SAF=107;SAR=102;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851946;STB=0.504155;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000102466;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:217:217:4:6:209:211:0.97235:102:107:3:1:102:109:4:2 chr22 22730359 . C T 2747.36 PASS AF=1;AO=172;DP=178;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401153;FXX=0.079783;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.325;QD=63.5227;RBI=0.0432011;REFB=0;REVB=0.0160341;RO=0;SAF=102;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202659;OID=.;OPOS=22730359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:173:0:0:172:173:1:70:102:0:0:70:103:0:0 chr22 22730595 . T A 32.9 PASS AF=0.08;AO=10;DP=125;FAO=10;FDP=125;FR=.;FRO=115;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.00708258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9708;QD=1.05278;RBI=0.0149836;REFB=-0.000158549;REVB=-0.0132039;RO=110;SAF=3;SAR=7;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180276;STB=0.668518;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00142989;OID=.;OPOS=22730595;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:125:125:110:115:10:10:0.08:7:3:50:60:7:3:55:60 chr22 22730619 . TC AT 40.76 PASS AF=0.0869565;AO=12;DP=139;FAO=12;FDP=138;FR=.;FRO=126;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=-0.0221531;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.245;QD=1.18144;RBI=0.0252819;REFB=-0.00324502;REVB=0.0121826;RO=125;SAF=6;SAR=6;SRF=62;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459972;STB=0.507234;STBP=0.946;TYPE=mnp;VARB=0.0422217;OID=.;OPOS=22730619;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:139:138:125:126:12:12:0.0869565:6:6:62:63:6:6:62:64 chr22 22730634 . G A 1742.57 PASS AF=0.860927;AO=130;DP=151;FAO=130;FDP=151;FR=.;FRO=21;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0503417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6988;QD=46.1608;RBI=0.0594855;REFB=0.044936;REVB=-0.0316896;RO=21;SAF=63;SAR=67;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102997;STB=0.505453;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00946504;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:21:21:130:130:0.860927:67:63:11:10:67:63:11:10 chr22 22730696 . C T 207.26 PASS AF=0.193548;AO=36;DP=188;FAO=36;FDP=186;FR=.;FRO=150;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=76;FSRR=74;FWDB=0.0604375;FXX=0.0106377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5723;QD=4.45721;RBI=0.0631952;REFB=-0.0110979;REVB=-0.0184645;RO=150;SAF=23;SAR=13;SRF=75;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18038;STB=0.608516;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0641038;OID=.;OPOS=22730696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:150:150:36:36:0.193548:13:23:75:75:13:23:76:74 chr22 22730702 . A G 239.14 PASS AF=0.2;AO=41;DP=205;FAO=41;FDP=205;FR=.;FRO=164;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=78;FSRR=86;FWDB=0.02114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.901;QD=4.6662;RBI=0.0230268;REFB=-0.000936577;REVB=-0.00912879;RO=162;SAF=26;SAR=15;SRF=76;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211759;STB=0.627267;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00585167;OID=.;OPOS=22730702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:162:164:41:41:0.2:15:26:76:86:15:26:78:86 chr22 22730787 . GG AA 168.08 PASS AF=0.181287;AO=31;DP=170;FAO=31;FDP=171;FR=.;FRO=140;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=63;FSRR=77;FWDB=-0.0126982;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=106.653;QD=3.93165;RBI=0.0158477;REFB=0.00429184;REVB=0.00948181;RO=139;SAF=18;SAR=13;SRF=62;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171404;STB=0.605993;STBP=0.21;TYPE=mnp;VARB=-0.0223026;OID=.;OPOS=22730787;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:139:140:31:31:0.181287:13:18:62:77:13:18:63:77 chr22 22730799 . GA CC 162.21 PASS AF=0.183544;AO=29;DP=159;FAO=29;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=129;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=0.0350808;FXX=0.00628891;HRUN=3;LEN=2;MLLD=189.926;QD=4.10657;RBI=0.0353198;REFB=0.00382098;REVB=0.00410188;RO=102;SAF=18;SAR=11;SRF=38;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305822;STB=0.614632;STBP=0.178;TYPE=mnp;VARB=-0.018919;OID=.;OPOS=22730799;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:102:129:29:29:0.183544:11:18:38:64:11:18:62:67 chr22 22730829 . G A 70.4 PASS AF=0.125984;AO=16;DP=128;FAO=16;FDP=127;FR=.;FRO=111;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.0762395;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.799;QD=2.21742;RBI=0.0763083;REFB=-0.000365145;REVB=-0.00323909;RO=112;SAF=8;SAR=8;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110466;STB=0.503932;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00553784;OID=.;OPOS=22730829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:128:127:112:111:16:16:0.125984:8:8:57:55:8:8:56:55 chr22 22730860 . C T 30.66 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0541302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.656;QD=1.7273;RBI=0.0586633;REFB=-0.00253494;REVB=-0.0226119;RO=64;SAF=1;SAR=6;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483313;STB=0.872554;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0536223;OID=.;OPOS=22730860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:64:64:7:7:0.0985915:6:1:37:27:6:1:37:27 chr22 22782150 . G A 638.59 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0121041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.052;QD=18.7821;RBI=0.0138319;REFB=-0.0224163;REVB=-0.00669415;RO=71;SAF=28;SAR=37;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056174;STB=0.50311;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0269788;OID=.;OPOS=22782150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:71:65:65:0.477941:37:28:31:40:37:28:31:40 chr22 22842206 . T C 468.18 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.00603477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.158;QD=18.0068;RBI=0.0146094;REFB=-0.0142885;REVB=-0.0133047;RO=54;SAF=20;SAR=30;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474443;STB=0.526305;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0092262;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:30:20:19:35:30:20:19:35 chr22 22842957 . T G 1087.1 PASS AF=0.536458;AO=103;DP=191;FAO=103;FDP=192;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.0163406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.715;QD=22.648;RBI=0.0193503;REFB=-0.0133681;REVB=-0.0103643;RO=85;SAF=39;SAR=64;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187126;STB=0.518105;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0103823;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:85:89:103:103:0.536458:64:39:34:51:64:39:37:52 chr22 22843118 . C T 576.88 PASS AF=0.557895;AO=52;DP=93;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00947671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.06;QD=24.2896;RBI=0.0120397;REFB=-0.0125247;REVB=-0.00742601;RO=41;SAF=24;SAR=28;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182366;STB=0.508573;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00860079;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:41:42:52:53:0.557895:28:24:18:23:28:25:19:23 chr22 22899234 . A G 491.75 PASS AF=0.432;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.00241771;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.295;QD=15.7359;RBI=0.00594026;REFB=0.00194522;REVB=-0.00542599;RO=71;SAF=20;SAR=34;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128059;STB=0.571838;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00391919;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:71:71:54:54:0.432:34:20:35:36:34:20:35:36 chr22 22986606 . A G 78.87 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0453461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5357;QD=28.6806;RBI=0.0614811;REFB=-0.0788425;REVB=-0.041517;RO=2;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990128;STB=0.555441;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0170405;OID=.;OPOS=22986606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:8:1:0:2:8:1:0:2 chr22 22988911 . G A 180.9 PASS AF=0.260417;AO=25;DP=96;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.00721308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.22;QD=7.53767;RBI=0.0074313;REFB=-0.0063708;REVB=-0.00178768;RO=71;SAF=15;SAR=10;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437043;STB=0.526295;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0136745;OID=.;OPOS=22988911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:71:71:25:25:0.260417:10:15:45:26:10:15:45:26 chr22 22989256 . A G 784.59 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000262858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.744;QD=64.0482;RBI=0.00606963;REFB=0;REVB=0.00606394;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20551e-06;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:22:25:0:0:24:25:0:0 chr22 22989520 . G T 409.87 PASS AF=0.32716;AO=54;DP=162;FAO=53;FDP=162;FR=.;FRO=109;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=73;FSRR=36;FWDB=0.0195817;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2198;QD=10.1202;RBI=0.146608;REFB=-0.00037791;REVB=0.145295;RO=108;SAF=40;SAR=14;SRF=74;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796329;STB=0.571567;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00218298;OID=.;OPOS=22989520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:108:109:54:53:0.32716:14:40:74:34:13:40:73:36 chr22 22989622 . T C 213.04 PASS AF=0.237805;AO=41;DP=162;FAO=39;FDP=164;FR=.;FRO=125;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=-0.141067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3054;QD=5.19606;RBI=0.142031;REFB=-0.0130395;REVB=0.0165196;RO=119;SAF=19;SAR=22;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818757;STB=0.587898;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0442922;OID=.;OPOS=22989622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:119:125:41:39:0.237805:22:19:63:56:22:17:69:56 chr22 23029263 . T C 2713.18 PASS AF=0.99435;AO=174;DP=175;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0279126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.761;QD=61.3149;RBI=0.0619316;REFB=0.0251712;REVB=-0.0552848;RO=1;SAF=95;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498446;STB=0.502564;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000622331;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:177:1:1:174:176:0.99435:79:95:1:0:79:97:1:0 chr22 23029526 . G C 743.89 PASS AF=0.478528;AO=78;DP=163;FAO=78;FDP=163;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.00584619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.926;QD=18.255;RBI=0.00622406;REFB=-0.00866327;REVB=0.00213566;RO=85;SAF=32;SAR=46;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803842;STB=0.544454;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.009298;OID=.;OPOS=23029526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:85:85:78:78:0.478528:46:32:42:43:46:32:42:43 chr22 23029698 . T C 1312.62 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744094;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.486;QD=62.5056;RBI=0.0357333;REFB=0;REVB=0.03495;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51665e-05;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr22 23040462 . T C 650.32 PASS AF=0.455128;AO=69;DP=154;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0122735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.937;QD=16.6749;RBI=0.0145022;REFB=-0.0294909;REVB=-0.00772496;RO=85;SAF=41;SAR=28;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202924;STB=0.602265;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0393287;OID=.;OPOS=23040462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:85:85:69:71:0.455128:28:41:33:52:30:41:33:52 chr22 23040767 . G T 1617.46 PASS AF=0.567669;AO=150;DP=267;FAO=151;FDP=266;FR=.;FRO=115;FSAF=63;FSAR=88;FSRF=42;FSRR=73;FWDB=-0.0278677;FXX=0.011152;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.773;QD=24.3227;RBI=0.0302821;REFB=0.000599054;REVB=0.011849;RO=115;SAF=63;SAR=87;SRF=42;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453317;STB=0.523291;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.000438009;OID=.;OPOS=23040767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:115:115:150:151:0.567669:87:63:42:73:88:63:42:73 chr22 23047069 . C A 735.33 PASS AF=1;AO=49;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.765;QD=54.469;RBI=0.0568792;REFB=0;REVB=0.039145;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013944;OID=.;OPOS=23047069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:49:54:1:26:23:0:0:27:27:0:0 chr22 23047104 . G A 714.29 PASS AF=1;AO=38;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157014;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=1;MLLD=24.1259;QD=51.0204;RBI=0.177082;REFB=0;REVB=-0.0818831;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210549;OID=.;OPOS=23047104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:1:0:38:56:1:20:18:1:0:28:28:0:0 chr22 23047290 . G A 2086.61 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0575867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6441;QD=61.8254;RBI=0.0806366;REFB=-0.0963864;REVB=0.056445;RO=0;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00139598;OID=.;OPOS=23047290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:135:135:0:1:134:134:0.992593:68:66:0:0:68:66:1:0 chr22 23054916 . G T 1387.97 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387908;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.021;QD=63.0893;RBI=0.0081689;REFB=0;REVB=0.00718914;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557656;OID=.;OPOS=23054916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr22 23055421 . G A 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.541;QD=60.2551;RBI=0.00445205;REFB=0;REVB=0.00427246;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09291e-06;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr22 23055440 . C A 1746.18 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.985;QD=60.7366;RBI=0.101147;REFB=0;REVB=-0.00155691;RO=0;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128234;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:104:115:0:0:104:115:1:64:40:0:0:65:50:0:0 chr22 23055533 . G A 4022.72 PASS AF=1;AO=259;DP=261;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0068048;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.681;QD=62.1269;RBI=0.0317811;REFB=-0.059317;REVB=0.0310441;RO=1;SAF=128;SAR=131;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00362535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219524;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:261:259:1:0:259:259:1:131:128:0:1:131:128:0:0 chr22 23055539 . G T 4256.98 PASS AF=1;AO=270;DP=270;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7716;QD=62.8336;RBI=0.027688;REFB=0;REVB=-0.0112549;RO=0;SAF=139;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66278e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76487e-05;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:270:271:0:0:270:271:1:131:139:0:0:131:140:0:0 chr22 23055691 . G A 2316.67 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5392;QD=60.965;RBI=0.0692215;REFB=0;REVB=-0.00148217;RO=0;SAF=62;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202448;OID=.;OPOS=23055691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:152:0:0:150:152:1:88:62:0:0:89:63:0:0 chr22 23063178 . C T 2119.47 PASS AF=0.954248;AO=146;DP=153;FAO=146;FDP=153;FR=.;FRO=7;FSAF=84;FSAR=62;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0851944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6005;QD=55.4111;RBI=0.140269;REFB=-0.137753;REVB=0.111433;RO=5;SAF=84;SAR=62;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274645;STB=0.519997;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0321454;OID=.;OPOS=23063178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:153:153:5:7:146:146:0.954248:62:84:5:0:62:84:7:0 chr22 23077555 . T C 1656.5 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00110147;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.225;QD=57.6174;RBI=0.0443586;REFB=-0.0556739;REVB=0.0443449;RO=3;SAF=69;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319718;STB=0.516851;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000353225;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:115:3:3:112:112:0.973913:43:69:0:3:43:69:0:3 chr22 23090399 . G C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.891;QD=63.2867;RBI=0.0169714;REFB=0;REVB=0.0157861;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24697e-05;OID=.;OPOS=23090399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr22 23101216 . A G 1650.6 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00057014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.173;QD=60.0218;RBI=0.0365032;REFB=0;REVB=0.0364987;RO=0;SAF=69;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89526e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34979e-05;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:39:69:0:0:41:69:0:0 chr22 23101221 . A G 1596.08 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616467;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.015;QD=59.6665;RBI=0.0232302;REFB=0;REVB=0.0223973;RO=0;SAF=67;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010375;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:38:67:0:0:38:69:0:0 chr22 23101280 . C T 1898.96 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.346;QD=60.7666;RBI=0.0441609;REFB=0.0087544;REVB=0.0328402;RO=1;SAF=75;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629329;STB=0.503311;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=7.05232e-05;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:49:75:1:0:49:75:1:0 chr22 23101301 . A G 1789.26 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.035;QD=60.653;RBI=0.0298659;REFB=0;REVB=0.0273601;RO=0;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31388e-05;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:51:65:0:0:53:65:0:0 chr22 23101559 . G T 4148.26 PASS AF=1;AO=264;DP=264;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.759;QD=62.6153;RBI=0.021364;REFB=0;REVB=-0.00843987;RO=0;SAF=91;SAR=173;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1337e-05;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:264:265:0:0:264:265:1:173:91:0:0:174:91:0:0 chr22 23101568 . T G 4020.34 PASS AF=1;AO=257;DP=257;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304159;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.504;QD=62.3308;RBI=0.0317449;REFB=0;REVB=0.00908909;RO=0;SAF=89;SAR=168;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.67607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58243e-05;OID=.;OPOS=23101568;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:257:258:0:0:257:258:1:168:89:0:0:168:90:0:0 chr22 23101698 . C T 1287.16 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.826;QD=62.032;RBI=0.104258;REFB=0;REVB=0.0153138;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149559;OID=.;OPOS=23101698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:83:0:0:77:83:1:49:28:0:0:49:34:0:0 chr22 23114327 . T C 1101.52 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039334;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.15;QD=60.3575;RBI=0.041008;REFB=0;REVB=0.0115969;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114888;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:35:38:0:0 chr22 23114350 . A G 871.62 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0588283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.026;QD=56.2335;RBI=0.0599322;REFB=-0.141697;REVB=-0.0114498;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.508472;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00101929;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:0:1:60:61:0.983871:29:31:0:0:29:32:0:1 chr22 23241705 . G A 255.66 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=34;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.04324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6237;QD=29.2182;RBI=0.0434423;REFB=-0.0270836;REVB=0.00418756;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401764;STB=0.648529;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0158657;OID=.;OPOS=23241705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:35:1:12:22:23:0.657143:11:11:0:1:12:11:11:1 chr22 23241751 . GCT CGT,GCTA,GTA 1539.58 PASS AF=0,0.954955,0.045045;AO=5,54,8;DP=111;FAO=0,106,5;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=0,60,0;FSAR=0,46,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010896,0.0224881,0.0056236;FXX=0;HRUN=4,0,1;LEN=2,1,2;MLLD=53.447,104.789,99.4852;QD=55.4804;RBI=0.013606,0.0985781,0.0188915;REFB=0,0,0;REVB=0.00814872,0.0959788,-0.0180351;RO=13;SAF=0,46,0;SAR=5,8,8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.741485,0.149458,-0.790232;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=0,0.0104814,0.0814948;OID=.,.,.;OPOS=23241751,23241754,23241752;OREF=GC,-,CT;OALT=CG,A,TA;OMAPALT=CGT,GCTA,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:11:111:111:13:0:5,54,8:0,106,5:0,0.954955,0.045045:5,8,8:0,46,0:8:5:0,46,5:0,60,0:0:0 chr22 23241754 . G A 95.13 PASS AF=0.15625;AO=20;DP=128;FAO=20;FDP=128;FR=.;FRO=108;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.00921687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.2045;QD=2.97295;RBI=0.015355;REFB=-0.00799792;REVB=0.0122811;RO=108;SAF=9;SAR=11;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634393;STB=0.542211;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00986476;OID=.;OPOS=23241754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:128:128:108:108:20:20:0.15625:11:9:54:54:11:9:54:54 chr22 23241772 . T C 962.86 PASS AF=0.54386;AO=93;DP=161;FAO=93;FDP=171;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.00577426;FXX=0.01156;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.259;QD=22.523;RBI=0.00585688;REFB=-0.0146355;REVB=0.000980285;RO=68;SAF=38;SAR=55;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572607;STB=0.511364;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0100972;OID=.;OPOS=23241772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:171:68:78:93:93:0.54386:55:38:23:45:55:38:30:48 chr22 23247082 . C G 2282.85 PASS AF=0.510204;AO=221;DP=435;FAO=225;FDP=441;FR=.;FRO=216;FSAF=128;FSAR=97;FSRF=110;FSRR=106;FWDB=0.0113185;FXX=0.00451457;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5736;QD=20.7062;RBI=0.0294401;REFB=0.014564;REVB=0.0271774;RO=214;SAF=124;SAR=97;SRF=109;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469621;STB=0.529527;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0150977;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:441:214:216:221:225:0.510204:97:124:109:105:97:128:110:106 chr22 23248758 . G A 132.92 PASS AF=0.173611;AO=21;DP=140;FAO=25;FDP=144;FR=.;FRO=119;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=0.00020865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.225;QD=3.69218;RBI=0.00441416;REFB=-0.00720018;REVB=0.00440922;RO=118;SAF=11;SAR=10;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105238;STB=0.626274;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0373199;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:144:118:119:21:25:0.173611:10:11:52:66:10:15:53:66 chr22 23256464 . G C 3858.87 PASS AF=0.991903;AO=238;DP=243;FAO=245;FDP=247;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=148;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.126477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9747;QD=62.4918;RBI=0.126583;REFB=-0.0370968;REVB=-0.00517293;RO=5;SAF=90;SAR=148;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174975;STB=0.500881;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0031659;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:243:247:5:2:238:245:0.991903:148:90:4:1:148:97:1:1 chr22 23263602 . C T 3972.65 PASS AF=1;AO=179;DP=273;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276873;FXX=0.00350865;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.316;QD=55.9528;RBI=0.0852398;REFB=0;REVB=0.0806179;RO=0;SAF=131;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00398872;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:273:284:0:0:179:284:1:48:131:0:0:148:136:0:0 chr22 23438191 . C T 1785.7 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.305;QD=61.0497;RBI=0.029305;REFB=0;REVB=0.0163653;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62738e-05;OID=.;OPOS=23438191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:56:61:0:0:56:61:0:0 chr22 23438487 . TGGGGGGGC TGGGGGGC,TGGGGGGCA,TGGGGGGCG 70.04 PASS AF=0.452381,0.0714286,0.0238095;AO=12,5,2;DP=43;FAO=19,3,1;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9,0,1;FSAR=10,3,0;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.174013,0.0917032,0.0208932;FXX=0.0232504;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,2;MLLD=6.91392,19.7929,69.9951;QD=6.67055;RBI=0.176719,0.0917279,0.0215006;REFB=-0.10341,-0.0455452,-0.0157719;REVB=-0.0308026,0.00213119,-0.00507445;RO=19;SAF=7,0,2;SAR=5,5,0;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.00467161,-0.712843,0.485011;STB=0.578431,0.99698,0.987286;STBP=0.355,0.034,0.483;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.147471,0.143852,0.103316;OID=.,.,.;OPOS=23438488,23438494,23438494;OREF=G,GC,GC;OALT=-,CA,CG;OMAPALT=TGGGGGGC,TGGGGGGCA,TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381,0.0714286,0.0238095:12,5,2:43:19,3,1:42:19:9,0,1:10,3,0:12:7:55:19:7,0,2:5,5,0:11:8 chr22 23466388 . G T 237.77 PASS AF=0.605263;AO=20;DP=35;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.0166013;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.063;QD=25.0284;RBI=0.0236428;REFB=-0.0226786;REVB=0.0168339;RO=11;SAF=18;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164112;STB=0.526294;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0301359;OID=.;OPOS=23466388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:11:15:20:23:0.605263:2:18:10:1:2:21:14:1 chr22 23474972 . A G 2159.55 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.314;QD=63.0527;RBI=0.0239709;REFB=0;REVB=0.00802719;RO=0;SAF=54;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06417e-05;OID=.;OPOS=23474972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:83:54:0:0:83:54:0:0 chr22 23482460 . A G 2387.54 PASS AF=0.947674;AO=163;DP=172;FAO=163;FDP=172;FR=.;FRO=9;FSAF=93;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0637424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.561;QD=55.5241;RBI=0.0639716;REFB=-0.0633797;REVB=-0.00541021;RO=9;SAF=93;SAR=70;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462586;STB=0.524357;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0198852;OID=.;OPOS=23482460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:172:172:9:9:163:163:0.947674:70:93:1:8:70:93:1:8 chr22 23498329 . CA TG 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195165;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=219.916;QD=58.1421;RBI=0.0206869;REFB=0;REVB=0.00685952;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.81517e-05;OID=.;OPOS=23498329;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr22 23498334 . C A 259.89 PASS AF=0.71875;AO=30;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0299786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.523;QD=32.4867;RBI=0.0714702;REFB=-0.0151621;REVB=-0.0648789;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.604309;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0587813;OID=.;OPOS=23498334;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:32:32:0:9:30:23:0.71875:11:19:0:0:11:12:8:1 chr22 23503121 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.237;QD=57.7124;RBI=0.0218818;REFB=0;REVB=0.0175706;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02455e-05;OID=.;OPOS=23503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr22 23513523 . A C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.341;QD=56.938;RBI=0.0680337;REFB=0;REVB=-0.00248607;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171891;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr22 23523630 . C A 2438.87 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.073;QD=61.3552;RBI=0.0297985;REFB=0;REVB=-0.0237448;RO=0;SAF=80;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20617e-06;OID=.;OPOS=23523630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:79:80:0:0:79:80:0:0 chr22 23541488 . C T 1844.29 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187229;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.401;QD=61.4764;RBI=0.0275299;REFB=0;REVB=0.0201829;RO=0;SAF=42;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20623e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99572e-05;OID=.;OPOS=23541488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:78:42:0:0:78:42:0:0 chr22 23627369 . A G 2370.35 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.144;QD=64.0634;RBI=0.043622;REFB=0;REVB=0.00172026;RO=0;SAF=66;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46337e-05;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:82:66:0:0:82:66:0:0 chr22 23658769 . A G 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4829;QD=43.4798;RBI=0.0510059;REFB=0;REVB=-0.0315153;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004069;OID=.;OPOS=23658769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr22 23964279 . TGGGCAT TGG,TGGCAT 206.71 PASS AF=0.253731,0.402985;AO=13,24;DP=68;FAO=17,27;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=10,24;FSAR=7,3;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0238295,0.0502136;FXX=0.0147037;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=102.157,10.2717;QD=12.341;RBI=0.0481994,0.0868658;REFB=-0.0357473,-0.230702;REVB=-0.0418967,0.0708821;RO=25;SAF=9,21;SAR=4,3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0.401631,0.401631;SSSB=0.360394,0.552418;STB=0.658848,0.830317;STBP=0.108,0;TYPE=del,del;VARB=0.0926343,0.148567;OID=.,.;OPOS=23964282,23964280;OREF=GCAT,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.253731,0.402985:13,24:68:17,27:67:23:10,24:7,3:7:16:91:25:9,21:4,3:9:16 chr22 23974200 . A G 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0531887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1411;QD=21.8719;RBI=0.0545954;REFB=-0.0142461;REVB=0.0123134;RO=23;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173418;STB=0.596471;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0142417;OID=.;OPOS=23974200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:10:18:10:13:10:18:10:13 chr22 24034288 . A G 617.47 PASS AF=0.43949;AO=62;DP=150;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.012471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6248;QD=15.7318;RBI=0.012943;REFB=0.00663279;REVB=-0.00346378;RO=84;SAF=32;SAR=30;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898081;STB=0.540569;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00693276;OID=.;OPOS=24034288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:157:84:88:62:69:0.43949:30:32:36:48:35:34:37:51 chr22 24035970 . C T 667.97 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0345026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.679;QD=19.5028;RBI=0.0349748;REFB=-0.0138106;REVB=0.00572738;RO=68;SAF=34;SAR=33;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202315;STB=0.503812;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0131354;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:70:67:67:0.489051:33:34:33:35:33:34:35:35 chr22 24036563 . G A 392.93 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.02545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0021;QD=19.6466;RBI=0.0661196;REFB=-0.0105402;REVB=0.0610253;RO=40;SAF=13;SAR=27;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232558;STB=0.629467;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.011188;OID=.;OPOS=24036563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:27:13:23:17:27:13:23:17 chr22 24038847 . T C 337.56 PASS AF=0.392157;AO=37;DP=97;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.03494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8454;QD=13.2376;RBI=0.0377016;REFB=-0.0310906;REVB=0.0141638;RO=58;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410757;STB=0.50099;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0240887;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:102:58:62:37:40:0.392157:19:18:26:32:22:18:28:34 chr22 24086107 . A G 2034.5 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0227837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.894;QD=60.7314;RBI=0.0442326;REFB=-0.0516721;REVB=-0.0379134;RO=2;SAF=61;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153264;STB=0.508063;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000894539;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:71:61:2:0:71:61:2:0 chr22 24087319 . A C 432.03 PASS AF=0.387597;AO=36;DP=129;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0317975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.874;QD=13.3962;RBI=0.031982;REFB=0.00163175;REVB=0.00343029;RO=68;SAF=21;SAR=15;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452783;STB=0.539303;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00224858;OID=.;OPOS=24087319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:68:79:36:50:0.387597:15:21:37:31:26:24:43:36 chr22 24096503 . T G 536.4 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0039069;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.551;QD=17.0284;RBI=0.00408978;REFB=-0.014057;REVB=0.00120931;RO=65;SAF=13;SAR=44;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26427;STB=0.66811;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0112295;OID=.;OPOS=24096503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:69:57:57:0.452381:44:13:30:35:44:13:34:35 chr22 24108412 . G A 164.83 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0201847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.152;QD=14.0279;RBI=0.0202029;REFB=-0.0187745;REVB=-0.000856497;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137967;STB=0.580246;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0319195;OID=.;OPOS=24108412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:11:7:15:14:11:7:15:14 chr22 24121378 . C T 117.43 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00232384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.554;QD=21.3515;RBI=0.0385648;REFB=0.00684182;REVB=0.0384947;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181636;STB=0.60163;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00790428;OID=.;OPOS=24121378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:4:9:8:1:4:9:8:1 chr22 24143502 . C G 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0313852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.586;QD=20.8719;RBI=0.0317539;REFB=-0.0264176;REVB=0.004825;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106018;STB=0.559751;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0216249;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:13:8:10:10:13:8:10:10 chr22 24158899 . C A 334.03 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.018784;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.163;QD=18.8186;RBI=0.0200626;REFB=-0.004232;REVB=-0.00704745;RO=35;SAF=22;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00532748;OID=.;OPOS=24158899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:35:36:35:35:0.492958:13:22:22:13:13:22:22:14 chr22 24175804 . C T 599.79 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0629381;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.511;QD=21.4212;RBI=0.0635424;REFB=-0.00445998;REVB=0.00874237;RO=52;SAF=24;SAR=36;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307096;STB=0.516848;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00473103;OID=.;OPOS=24175804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:52:52:60:60:0.535714:36:24:19:33:36:24:19:33 chr22 24237463 . T C 325.43 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.00824316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.918;QD=14.626;RBI=0.0165252;REFB=-0.00891061;REVB=0.0143225;RO=53;SAF=24;SAR=11;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306782;STB=0.523452;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00997821;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:35:36:0.404494:11:24:35:18:11:25:35:18 chr22 24238079 . T A 377.89 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=-0.0162733;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.98;QD=14.8192;RBI=0.0462564;REFB=-0.0107754;REVB=0.0432994;RO=58;SAF=29;SAR=14;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383675;STB=0.525081;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0123651;OID=.;OPOS=24238079;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:58:59:43:43:0.421569:14:29:41:17:14:29:42:17 chr22 24323227 . G A 1671.45 PASS AF=0.340426;AO=208;DP=614;FAO=208;FDP=611;FR=.;FRO=403;FSAF=128;FSAR=80;FSRF=283;FSRR=120;FWDB=-0.0201213;FXX=0.00488591;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.768;QD=10.9424;RBI=0.0215301;REFB=-0.0105073;REVB=-0.00766006;RO=401;SAF=128;SAR=80;SRF=282;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111182;STB=0.562238;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0180976;OID=.;OPOS=24323227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:614:611:401:403:208:208:0.340426:80:128:282:119:80:128:283:120 chr22 24325062 . G A 1293.61 PASS AF=0.916667;AO=88;DP=96;FAO=88;FDP=96;FR=.;FRO=8;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0188777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.11;QD=53.9004;RBI=0.0560323;REFB=-0.0296597;REVB=0.0527565;RO=8;SAF=55;SAR=33;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00426882;OID=.;OPOS=24325062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:96:96:8:8:88:88:0.916667:33:55:5:3:33:55:5:3 chr22 24459438 . T C 2377.8 PASS AF=0.993671;AO=154;DP=155;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.782;QD=60.1976;RBI=0.0323231;REFB=-0.0424796;REVB=0.0203437;RO=1;SAF=68;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694444;STB=0.503546;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000787313;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:158:1:1:154:157:0.993671:86:68:1:0:87:70:1:0 chr22 24468386 . G A 224.05 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00361634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.523;QD=10.6689;RBI=0.0220045;REFB=-0.00363784;REVB=-0.0217053;RO=54;SAF=14;SAR=14;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105168;STB=0.559482;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00751144;OID=.;OPOS=24468386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:54:56:28:28:0.333333:14:14:32:22:14:14:33:23 chr22 24535243 . TTA T,TTT 525.65 PASS AF=0.56,0;AO=21,37;DP=153;FAO=70,0;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=14,0;FSAR=56,0;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=0.0537809,0.10184;FXX=0.0530263;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.4441,12.2305;QD=16.8209;RBI=0.132714,0.11257;REFB=-0.0754867,-0.0158224;REVB=0.121329,0.047965;RO=68;SAF=9,0;SAR=12,37;SRF=20;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.178132,-0.803604;STB=0.535874,0.5;STBP=0.501,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0670911,0;OID=.,.;OPOS=24535244,24535245;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56,0:21,37:153:70,0:125:55:14,0:56,0:14:41:99:68:9,0:12,37:20:48 chr22 24535559 . T C 714.33 PASS AF=0.473333;AO=71;DP=150;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=56;FWDB=-0.0196259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.967;QD=19.0487;RBI=0.0256896;REFB=-0.0137302;REVB=0.0165765;RO=73;SAF=26;SAR=45;SRF=22;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655336;STB=0.543561;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00621269;OID=.;OPOS=24535559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:73:79:71:71:0.473333:45:26:22:51:45:26:23:56 chr22 24546298 . G A 225.86 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0437587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.846;QD=13.2859;RBI=0.0487572;REFB=-0.00658127;REVB=-0.0215044;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08365;STB=0.547791;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0103923;OID=.;OPOS=24546298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:13:14:18:23:13:14:18:23 chr22 24564477 . C T 1116.56 PASS AF=0.463415;AO=114;DP=246;FAO=114;FDP=246;FR=.;FRO=132;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=62;FSRR=70;FWDB=0.0106054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.895;QD=18.1555;RBI=0.0106914;REFB=-0.0171013;REVB=0.0013534;RO=132;SAF=43;SAR=71;SRF=62;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930316;STB=0.551478;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0193187;OID=.;OPOS=24564477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:132:132:114:114:0.463415:71:43:62:70:71:43:62:70 chr22 24579049 . G A 192.78 PASS AF=0.232558;AO=30;DP=129;FAO=30;FDP=129;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=37;FWDB=-0.0331908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.984;QD=5.97775;RBI=0.0335458;REFB=-0.00677169;REVB=0.00486733;RO=99;SAF=17;SAR=13;SRF=62;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774278;STB=0.547119;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0214292;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:99:99:30:30:0.232558:13:17:62:37:13:17:62:37 chr22 24579157 . GA TC 142.73 PASS AF=0.172185;AO=26;DP=153;FAO=26;FDP=151;FR=.;FRO=125;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=81;FSRR=44;FWDB=0.000310977;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=2;MLLD=278.839;QD=3.78084;RBI=0.00789681;REFB=-0.00558575;REVB=-0.00789069;RO=125;SAF=12;SAR=14;SRF=81;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237954;STB=0.651543;STBP=0.099;TYPE=mnp;VARB=0.0310858;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:125:125:26:26:0.172185:14:12:81:44:14:12:81:44 chr22 24628928 . G A 632.48 PASS AF=0.450331;AO=68;DP=151;FAO=68;FDP=151;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.105612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2939;QD=16.7544;RBI=0.120666;REFB=-0.00822599;REVB=0.058364;RO=81;SAF=33;SAR=35;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566028;STB=0.537822;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0120982;OID=.;OPOS=24628928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:81:83:68:68:0.450331:35:33:44:37:35:33:46:37 chr22 24717518 . G A 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00394347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.905;QD=24.2744;RBI=0.0832161;REFB=-0.00785852;REVB=-0.0831226;RO=19;SAF=26;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262855;STB=0.678128;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00271851;OID=.;OPOS=24717518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:21:31:31:0.596154:5:26:11:8:5:26:11:10 chr22 24717850 . A G 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00114542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.334;QD=58.6482;RBI=0.00522346;REFB=0.00211589;REVB=-0.00509632;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000313234;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:23:17:0:0:23:17:0:1 chr22 24761467 . G A 1525.19 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00124003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.775;QD=62.2527;RBI=0.0359134;REFB=0.0122454;REVB=0.035892;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-4.3828e-06;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:0:1:96:97:0.989796:42:54:0:0:42:55:1:0 chr22 24811667 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.478;QD=62.022;RBI=0.0346856;REFB=0;REVB=0.0131501;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115891;OID=.;OPOS=24811667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr22 24837301 . T C 6273.21 PASS AF=1;AO=397;DP=400;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=202;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443611;FXX=0.00498741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.823;QD=62.8893;RBI=0.0266993;REFB=0;REVB=0.0263282;RO=0;SAF=196;SAR=201;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43446e-05;OID=.;OPOS=24837301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:400:399:0:0:397:399:1:201:196:0:0:202:197:0:0 chr22 24898310 . C T 1549.24 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.056;QD=63.8862;RBI=0.0130344;REFB=0;REVB=-0.0129335;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01404e-05;OID=.;OPOS=24898310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:42:54:0:0:42:55:0:0 chr22 24964128 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.188;QD=62.0082;RBI=0.057304;REFB=0;REVB=0.00355087;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.11102e-05;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr22 25003922 . G A 283.25 PASS AF=0.301587;AO=38;DP=119;FAO=38;FDP=126;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=-0.0402626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.292;QD=8.99197;RBI=0.0532624;REFB=-0.0256621;REVB=0.0348685;RO=81;SAF=19;SAR=19;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166957;STB=0.59519;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0416825;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:126:81:88:38:38:0.301587:19:19:52:29:19:19:56:32 chr22 25003934 . G A 315.22 PASS AF=0.308271;AO=40;DP=134;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=0.00407274;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.396;QD=9.48036;RBI=0.00976439;REFB=-0.01102;REVB=-0.00887446;RO=93;SAF=25;SAR=15;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554599;STB=0.508633;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0227263;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:93:92:40:41:0.308271:15:25:54:39:16:25:55:37 chr22 25119210 . A C 659.27 PASS AF=0.588785;AO=63;DP=108;FAO=63;FDP=107;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0197482;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.15;QD=24.6455;RBI=0.0279123;REFB=-0.0148784;REVB=-0.0197257;RO=44;SAF=25;SAR=38;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826056;STB=0.5045;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0085979;OID=.;OPOS=25119210;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:44:44:63:63:0.588785:38:25:17:27:38:25:17:27 chr22 25144912 . C T 461.28 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00271769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.522;QD=18.8276;RBI=0.00283458;REFB=-0.00789643;REVB=-0.000805621;RO=51;SAF=20;SAR=26;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528054;STB=0.534868;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0119258;OID=.;OPOS=25144912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:52:46:46:0.469388:26:20:25:26:26:20:26:26 chr22 25145453 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.399;QD=56.9565;RBI=0.041617;REFB=0;REVB=0.0235769;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016077;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr22 25145471 . A G 575.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.457;QD=60.5869;RBI=0.0374448;REFB=0;REVB=0.0168699;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111854;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr22 25147423 . C T 555.71 PASS AF=0.483607;AO=54;DP=117;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0119327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.757;QD=18.22;RBI=0.0168691;REFB=-0.0141131;REVB=-0.0119237;RO=61;SAF=30;SAR=24;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10766;STB=0.549872;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0154298;OID=.;OPOS=25147423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:122:61:63:54:59:0.483607:24:30:27:34:28:31:27:36 chr22 25151842 . TG GT,TGT,TT 1946.41 PASS AF=0,0.933735,0.0421687;AO=19,41,7;DP=167;FAO=0,155,7;FDP=166;FR=.;FRO=4;FSAF=0,78,7;FSAR=0,77,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0199963,0.0884041,-0.00721773;FXX=0;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=12.7832,21.1452,215.031;QD=46.9014;RBI=0.530454,0.944194,0.100801;REFB=0.104067,-0.0392206,-0.127641;REVB=0.530077,0.940046,0.100542;RO=95;SAF=19,38,7;SAR=0,3,0;SRF=20;SRR=75;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.822438,0.774241,0.708185;STB=0.5,0.512498,0.5;STBP=1,0.065,1;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=0,0.0374884,0.150902;OID=.,.,.;OPOS=25151842,25151844,25151843;OREF=TG,-,G;OALT=GT,T,T;OMAPALT=GT,TGT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:12:167:166:95:4:19,41,7:0,155,7:0,0.933735,0.0421687:0,3,0:19,38,7:20:75:0,77,0:0,78,7:4:0 chr22 25263048 . G A 680.78 PASS AF=0.527559;AO=66;DP=125;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0179716;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.413;QD=21.4421;RBI=0.0264823;REFB=-0.00982886;REVB=0.0194508;RO=58;SAF=41;SAR=25;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314084;STB=0.522286;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00848823;OID=.;OPOS=25263048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:58:60:66:67:0.527559:25:41:34:24:26:41:34:26 chr22 25291182 . TTTC T,TCTT 1730.16 PASS AF=0.991228,0.00877193;AO=98,9;DP=116;FAO=113,1;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=69,0;FSAR=44,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000609075,-0.0572006;FXX=0.0499958;HRUN=4,4;LEN=3,3;MLLD=221.519,36.9585;QD=60.7075;RBI=0.0309274,0.0736109;REFB=0,0;REVB=0.0309214,0.046332;RO=0;SAF=62,8;SAR=36,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-1.98998e-05,0.146715;OID=.,.;OPOS=25291183,25291183;OREF=TTC,TTC;OALT=-,CTT;OMAPALT=T,TCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991228,0.00877193:98,9:116:113,1:114:0:69,0:44,1:0:0:6:0:62,8:36,1:0:0 chr22 25308671 . C T 627.53 PASS AF=0.405714;AO=70;DP=174;FAO=71;FDP=175;FR=.;FRO=104;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.00881393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.183;QD=14.3436;RBI=0.00881703;REFB=-0.00310577;REVB=0.000233759;RO=101;SAF=31;SAR=39;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023896;STB=0.517974;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00421625;OID=.;OPOS=25308671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:101:104:70:71:0.405714:39:31:47:54:39:32:50:54 chr22 25334184 . G T 510.74 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.0031618;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.726;QD=16.8841;RBI=0.0095513;REFB=-0.00193458;REVB=-0.00901279;RO=65;SAF=30;SAR=25;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999701;STB=0.558938;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00204528;OID=.;OPOS=25334184;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:66:55:55:0.454545:25:30:42:23:25:30:43:23 chr22 25436904 . T C 1141.03 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.703;QD=59.2743;RBI=0.0199089;REFB=-0.121364;REVB=0.0122576;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361945;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:77:0:0:75:77:1:42:33:0:0:44:33:0:0 chr22 25601196 . C G 1567.88 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8689;QD=63.9951;RBI=0.0164174;REFB=0;REVB=0.0112572;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98563e-06;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:43:55:0:0:43:55:0:0 chr22 25715909 . CA AC,C,CC 1820.91 PASS AF=0.0886076,0.905063,0;AO=15,33,8;DP=160;FAO=14,143,0;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=0,86,0;FSAR=14,57,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.13266,0.941519,0.515428;FXX=0.0365831;HRUN=2,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=157.758,16.5459,6.94251;QD=46.099;RBI=0.138289,0.944036,0.516979;REFB=0.0505789,0.114342,0.0604182;REVB=-0.0390549,-0.0688992,-0.0400236;RO=88;SAF=0,0,0;SAR=15,33,8;SRF=84;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.880959,-0.895241,-0.860799;STB=0.5,0.504347,0.5;STBP=1,0.273,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0608647,0.0221074,0;OID=.,.,.;OPOS=25715909,25715910,25715910;OREF=CA,A,A;OALT=AC,-,C;OMAPALT=AC,C,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:50:160:158:88:1:15,33,8:14,143,0:0.0886076,0.905063,0:15,33,8:0,0,0:84:4:14,57,0:0,86,0:0:1 chr22 26159289 . G A 1266.38 PASS AF=0.955556;AO=85;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0044518;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.335;QD=56.2835;RBI=0.00914091;REFB=0.00981649;REVB=-0.00798359;RO=1;SAF=43;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108899;STB=0.522722;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-3.30036e-05;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:90:90:1:4:85:86:0.955556:42:43:1:0:42:44:0:4 chr22 26164079 . C T 837.06 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.091;QD=55.804;RBI=0.0357678;REFB=-0.0485768;REVB=0.0186803;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.511624;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000571341;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:38:21:0:0:38:21:1:0 chr22 26164413 . C T 357.39 PASS AF=0.444444;AO=38;DP=88;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.131489;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=45.6745;QD=15.8841;RBI=0.131547;REFB=-0.0108188;REVB=0.00391165;RO=43;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161473;STB=0.534229;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0661572;OID=.;OPOS=26164413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:43:50:38:40:0.444444:24:14:23:20:24:16:23:27 chr22 26166900 . G C 1293.43 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0179985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.194;QD=59.4681;RBI=0.0286663;REFB=-0.0570137;REVB=0.0223116;RO=2;SAF=39;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00180469;STB=0.500953;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00174749;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:46:39:1:1:46:39:1:1 chr22 26173661 . T C 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00084629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.401;QD=60.3495;RBI=0.0309272;REFB=0;REVB=0.0309156;RO=0;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00912e-05;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:64:46:0:0:64:46:0:0 chr22 26193982 . C G 3208.73 PASS AF=0.995283;AO=199;DP=201;FAO=211;FDP=212;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00351871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.423;QD=60.5421;RBI=0.0745118;REFB=-0.116899;REVB=0.0744287;RO=1;SAF=99;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473917;STB=0.502242;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00109914;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:201:212:1:1:199:211:0.995283:100:99:0:1:111:100:0:1 chr22 26194045 . T C,G 2724.58 PASS AF=0.94382,0.0561798;AO=167,10;DP=177;FAO=168,10;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=62,9;FSAR=106,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023379,0.0142777;FXX=0.0111105;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.788,150.788;QD=61.2264;RBI=0.0234862,0.0159433;REFB=0,0;REVB=-0.00224095,-0.00709493;RO=0;SAF=61,10;SAR=106,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00124716,0.0161571;OID=.,.;OPOS=26194045,26194045;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:177:178:0:0:167,10:168,10:0.94382,0.0561798:106,0:61,10:0:0:106,1:62,9:0:0 chr22 26239850 . C A 834.32 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5849;QD=57.5392;RBI=0.0586587;REFB=0;REVB=-0.00871735;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445248;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr22 26829914 . T C 253.21 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00134188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.813;QD=19.1099;RBI=0.00561944;REFB=-0.00724276;REVB=-0.00545688;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514262;STB=0.528731;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00545748;OID=.;OPOS=26829914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:15:11:13:14:15:11 chr22 26830316 . G A 537.41 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00506246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.143;QD=21.4964;RBI=0.0655292;REFB=0.0068832;REVB=0.0653334;RO=49;SAF=34;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915938;STB=0.550704;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00466287;OID=.;OPOS=26830316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:17:34:28:21:17:34:28:21 chr22 26839103 . T C 797.82 PASS AF=0.468927;AO=83;DP=173;FAO=83;FDP=177;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.00633456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.498;QD=18.0299;RBI=0.0100273;REFB=-0.0105754;REVB=0.00777306;RO=89;SAF=41;SAR=42;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523435;STB=0.513753;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0119163;OID=.;OPOS=26839103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:177:89:94:83:83:0.468927:42:41:39:50:42:41:44:50 chr22 26853905 . C A 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.324;QD=63.1952;RBI=0.021589;REFB=0;REVB=0.0128273;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3409e-05;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:51:41:0:0:51:41:0:0 chr22 26854441 . G A 1821.7 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019235;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.555;QD=61.2335;RBI=0.027184;REFB=0;REVB=0.0271159;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134928;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:118:119:1:63:55:0:0:64:55:0:0 chr22 26859942 . C T 689.61 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.072;QD=62.6915;RBI=0.033404;REFB=0;REVB=0.0198658;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04126e-05;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:21:23:0:0 chr22 26860269 . G C 287.15 PASS AF=0.33945;AO=36;DP=108;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00380027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3917;QD=10.5376;RBI=0.00436397;REFB=-0.00562001;REVB=0.00214527;RO=69;SAF=16;SAR=20;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716589;STB=0.535748;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0172297;OID=.;OPOS=26860269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:69:72:36:37:0.33945:20:16:35:34:21:16:35:37 chr22 26862212 . T C 2027.04 PASS AF=0.985075;AO=124;DP=126;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0250056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.155;QD=60.5086;RBI=0.0514637;REFB=-0.0562214;REVB=0.0449803;RO=2;SAF=68;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137676;STB=0.507142;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000947365;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:134:2:2:124:132:0.985075:56:68:2:0:63:69:2:0 chr22 26879952 . GGC ACG,GAC 34.26 PASS AF=0.0909091,0.181818;AO=2,3;DP=22;FAO=2,4;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2,4;FSAR=0,0;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.0065106,-0.00404632;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=195.302,85.0802;QD=6.22915;RBI=0.0065106,0.00404632;REFB=-0.00269533,-0.00446828;REVB=0,0;RO=16;SAF=2,3;SAR=0,0;SRF=16;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0362562,0.0504138;OID=.,.;OPOS=26879952,26879953;OREF=GGC,G;OALT=ACG,A;OMAPALT=ACG,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:22:22:16:16:2,3:2,4:0.0909091,0.181818:0,0:2,3:16:0:0,0:2,4:16:0 chr22 26879958 . C G 389.9 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=-0.0205918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.444;QD=29.4267;RBI=0.0506574;REFB=-0.00309065;REVB=0.0462833;RO=14;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270233;STB=0.666583;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00339879;OID=.;OPOS=26879958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:14:17:36:36:0.679245:19:17:14:0:19:17:17:0 chr22 26879962 . G C 525.86 PASS AF=0.71875;AO=46;DP=64;FAO=46;FDP=64;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=-0.0134348;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.086;QD=32.8663;RBI=0.0198232;REFB=-0.0094333;REVB=0.0145762;RO=18;SAF=22;SAR=24;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270104;STB=0.645103;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00360331;OID=.;OPOS=26879962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:18:18:46:46:0.71875:24:22:18:0:24:22:18:0 chr22 26879967 . A G 626.99 PASS AF=0.716216;AO=53;DP=75;FAO=53;FDP=74;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.00540355;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.144;QD=33.8912;RBI=0.0680237;REFB=-0.0139078;REVB=0.0678088;RO=22;SAF=28;SAR=25;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16004;STB=0.594588;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00357333;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:22:21:53:53:0.716216:25:28:18:4:25:28:18:3 chr22 26884039 . G A 1466.31 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=107;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00668773;FXX=0.0280348;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.579;QD=56.3967;RBI=0.0141759;REFB=0.0419237;REVB=-0.0124992;RO=3;SAF=54;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725903;STB=0.503828;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00203822;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:104:3:3:101:101:0.971154:47:54:2:1:47:54:2:1 chr22 26895337 . G A 2338.08 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012282;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.262;QD=64.057;RBI=0.0183133;REFB=0;REVB=-0.0135841;RO=0;SAF=82;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.07748e-05;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:146:0:0:146:146:1:64:82:0:0:64:82:0:0 chr22 26906169 . A AC 35.46 PASS AF=0.102041;AO=17;DP=153;FAO=15;FDP=147;FR=.;FRO=132;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=57;FSRR=75;FWDB=-0.0407363;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.1954;QD=0.96486;RBI=0.0491051;REFB=-0.00741298;REVB=-0.0274202;RO=132;SAF=16;SAR=1;SRF=56;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.620732;STB=0.93688;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0989395;OID=.;OPOS=26906170;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.102041:17:153:15:147:132:14:1:57:75:35:132:16:1:56:76 chr22 26932150 . G A 1661.74 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910965;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2451;QD=60.4268;RBI=0.0440452;REFB=0;REVB=-0.0430929;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000952695;OID=.;OPOS=26932150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:110:110:1:61:49:0:0:61:49:0:0 chr22 26937087 . C A 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0465732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.188;QD=18.9015;RBI=0.0501997;REFB=-0.00335307;REVB=0.0187336;RO=33;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223044;STB=0.616371;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00387925;OID=.;OPOS=26937087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:14:20:11:22:14:20:12:22 chr22 26937327 . C G 3585.69 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.542;QD=62.9069;RBI=0.0568096;REFB=0;REVB=0.0328736;RO=0;SAF=108;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35401e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77833e-05;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:228:0:0:225:228:1:117:108:0:0:118:110:0:0 chr22 27021457 . T C 1389.36 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00645894;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.174;QD=61.7494;RBI=0.0339313;REFB=0;REVB=0.0333109;RO=1;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77739e-05;OID=.;OPOS=27021457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:88:90:1:38:50:0:1:40:50:0:0 chr22 27021589 . A G 592.8 PASS AF=0.658228;AO=52;DP=78;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00455308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.549;QD=30.0152;RBI=0.00456041;REFB=-0.0362332;REVB=-0.00025837;RO=26;SAF=23;SAR=29;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604566;STB=0.538064;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0183962;OID=.;OPOS=27021589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:26:27:52:52:0.658228:29:23:9:17:29:23:9:18 chr22 28144367 . TTA T,TAA 37.1 PASS AF=0.233333,0;AO=6,2;DP=40;FAO=7,0;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0282972,-0.0879752;FXX=0.0322477;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=18.5623,17.2177;QD=4.94628;RBI=0.105186,0.129637;REFB=-0.0537399,0.00849978;REVB=-0.101309,0.0952158;RO=24;SAF=4,2;SAR=2,0;SRF=17;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0571423,0.411833;STB=0.567721,0.5;STBP=0.769,1;TYPE=del,snp;VARB=0.118958,0;OID=.,.;OPOS=28144368,28144368;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333,0:6,2:40:7,0:30:23:5,0:2,0:18:5:37:24:4,2:2,0:17:7 chr22 28146769 . GAA GA,G,GGA 91.55 PASS AF=0,0.5,0.375;AO=3,4,4;DP=24;FAO=0,8,6;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=0,1,3;FSAR=0,7,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.113714,-0.0949154,-0.103043;FXX=0.333194;HRUN=12,12,12;LEN=1,2,1;MLLD=10.0124,11.806,15.8976;QD=22.8887;RBI=0.113729,0.0999293,0.105838;REFB=-0.0600335,-0.068285,-0.0690587;REVB=-0.00182082,-0.0312561,0.0241585;RO=2;SAF=0,0,2;SAR=3,4,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.692188,-0.725637,0;STB=0.5,0.635964,0.5;STBP=1,0.227,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0964491,0.0898828,-0.027683;OID=.,.,.;OPOS=28146770,28146770,28146770;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GA,G,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.5,0.375:3,4,4:24:0,8,6:16:2:0,1,3:0,7,3:1:1:31:2:0,0,2:3,4,2:1:1 chr22 28195488 . AGGGGG AGGGGC,AGGGG 75.21 PASS AF=0.25,0.291667;AO=5,4;DP=25;FAO=6,7;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6,4;FSAR=0,3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0164058,0.11731;FXX=0.039984;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=109.856,12.2936;QD=12.5347;RBI=0.115629,0.174851;REFB=-0.00490167,-0.115564;REVB=-0.11446,-0.129658;RO=11;SAF=5,3;SAR=0,1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.644666,-0.292645;STB=0.996807,0.723655;STBP=0.338,0.208;TYPE=snp,del;VARB=0.220434,0.0887235;OID=.,.;OPOS=28195493,28195489;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AGGGGC,AGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.25,0.291667:5,4:25:6,7:24:11:6,4:0,3:10:1:34:11:5,3:0,1:10:1 chr22 28248840 . C T 424.06 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=111;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.00803888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.915;QD=15.1448;RBI=0.00897291;REFB=-0.00802988;REVB=-0.00398617;RO=49;SAF=22;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335803;STB=0.533728;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0119167;OID=.;OPOS=28248840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:49:64:39:48:0.428571:17:22:26:23:19:29:35:29 chr22 28316591 . T TG 902.05 PASS AF=0.988636;AO=79;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0357733;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.4594;QD=41.0021;RBI=0.157791;REFB=0.0162991;REVB=-0.153682;RO=3;SAF=21;SAR=58;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238572;STB=0.503759;STBP=0.62;TYPE=ins;VARB=-0.000584162;OID=.;OPOS=28316592;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988636:79:89:87:88:1:21:66:0:1:11:3:21:58:0:3 chr22 28378472 . A G 554.06 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0238438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.91;QD=16.7897;RBI=0.0243794;REFB=-0.0014647;REVB=-0.00508209;RO=73;SAF=39;SAR=20;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225848;STB=0.626174;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00210266;OID=.;OPOS=28378472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:73:59:59:0.44697:20:39:32:41:20:39:32:41 chr22 28559120 . G C 676.21 PASS AF=0.575221;AO=47;DP=113;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0254756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6416;QD=23.9366;RBI=0.0457822;REFB=-0.0231631;REVB=-0.0380395;RO=48;SAF=16;SAR=31;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279105;STB=0.565079;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0178747;OID=.;OPOS=28559120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:48:48:47:65:0.575221:31:16:31:17:33:32:31:17 chr22 29182500 . C A 1549.9 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.817;QD=63.2613;RBI=0.019505;REFB=0;REVB=-0.0150051;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06352e-06;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:95:98:1:50:45:0:0:51:47:0:0 chr22 29196306 . G A 606.42 PASS AF=0.441379;AO=48;DP=145;FAO=64;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=11;FSAR=53;FSRF=17;FSRR=64;FWDB=-0.00692298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.332;QD=16.7287;RBI=0.0209359;REFB=-0.0389459;REVB=-0.0197581;RO=57;SAF=7;SAR=41;SRF=11;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852275;STB=0.535535;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0511183;OID=.;OPOS=29196306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:57:81:48:64:0.441379:41:7:11:46:53:11:17:64 chr22 29196494 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.021141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.645;QD=13.631;RBI=0.0212332;REFB=-0.0336594;REVB=-0.00197664;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298237;STB=0.682379;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0226255;OID=.;OPOS=29196494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:3:6:7:1:3:6 chr22 29279991 . C T 240.25 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0737739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4286;QD=43.6818;RBI=0.0762743;REFB=-0.0759244;REVB=0.0193695;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.509424;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00605056;OID=.;OPOS=29279991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:1:2:20:20:0.909091:12:8:1:0:12:8:1:1 chr22 29446611 . A C 3986.21 PASS AF=1;AO=164;DP=258;FAO=255;FDP=255;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=174;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754327;FXX=0.0116275;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.522;QD=62.5288;RBI=0.128879;REFB=0;REVB=0.104498;RO=0;SAF=120;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107228;OID=.;OPOS=29446611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:258:255:0:0:164:255:1:44:120:0:0:81:174:0:0 chr22 29450107 . A G 880.73 PASS AF=0.514451;AO=87;DP=168;FAO=89;FDP=173;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=27;FSRR=57;FWDB=-0.019385;FXX=0.0057468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9926;QD=20.3637;RBI=0.0200896;REFB=0.00776326;REVB=0.00527394;RO=81;SAF=27;SAR=60;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233511;STB=0.502443;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00547127;OID=.;OPOS=29450107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:173:81:84:87:89:0.514451:60:27:27:54:60:29:27:57 chr22 29450923 . A G 412.12 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.044028;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.279;QD=14.7187;RBI=0.0446591;REFB=-0.0276146;REVB=-0.00748116;RO=65;SAF=26;SAR=21;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125832;STB=0.57075;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0424613;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:65:65:47:47:0.419643:21:26:28:37:21:26:28:37 chr22 29453027 . A G 697.83 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0100859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.096;QD=52.6664;RBI=0.0502387;REFB=-0.243928;REVB=0.0492159;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.502637;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00213772;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:53:53:1:2:51:51:0.962264:22:29:1:0:22:29:1:1 chr22 29453193 . G C 506.81 PASS AF=0.545455;AO=47;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0170782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.428;QD=23.0368;RBI=0.0179578;REFB=-0.0353964;REVB=0.00555161;RO=40;SAF=20;SAR=27;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104418;STB=0.561043;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0346381;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:47:48:0.545455:27:20:22:18:28:20:22:18 chr22 29456733 . T C 1274.17 PASS AF=0.458333;AO=132;DP=288;FAO=132;FDP=288;FR=.;FRO=156;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=54;FSRR=102;FWDB=0.0199859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6431;QD=17.6969;RBI=0.0254387;REFB=-0.00903373;REVB=-0.0157383;RO=154;SAF=54;SAR=78;SRF=53;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664546;STB=0.535709;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0107125;OID=.;OPOS=29456733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:154:156:132:132:0.458333:78:54:53:101:78:54:54:102 chr22 29534621 . A G 560.7 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0156879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9428;QD=21.7749;RBI=0.0158636;REFB=-0.00276422;REVB=-0.00235437;RO=47;SAF=33;SAR=23;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665871;STB=0.536572;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00205339;OID=.;OPOS=29534621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:23:33:24:23:23:33:24:23 chr22 29534664 . C T 980.45 PASS AF=0.587838;AO=87;DP=148;FAO=87;FDP=148;FR=.;FRO=61;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.012994;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.069;QD=26.4986;RBI=0.0145159;REFB=-0.0197111;REVB=0.00647047;RO=61;SAF=48;SAR=39;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070509;STB=0.538309;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0159508;OID=.;OPOS=29534664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:61:61:87:87:0.587838:39:48:28:33:39:48:28:33 chr22 29537965 . G A 933.85 PASS AF=0.559006;AO=90;DP=161;FAO=90;FDP=161;FR=.;FRO=71;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00323432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.279;QD=23.2013;RBI=0.0118839;REFB=-0.00478996;REVB=-0.0114353;RO=68;SAF=49;SAR=41;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816336;STB=0.541353;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00411993;OID=.;OPOS=29537965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:68:71:90:90:0.559006:41:49:30:38:41:49:32:39 chr22 29542182 . AT A 782.96 PASS AF=0.484642;AO=128;DP=298;FAO=142;FDP=293;FR=.;FRO=151;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=72;FSRR=79;FWDB=0.0382176;FXX=0.0233326;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.7559;QD=10.6889;RBI=0.0443903;REFB=-0.046599;REVB=-0.0225813;RO=145;SAF=52;SAR=76;SRF=69;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684227;STB=0.528408;STBP=0.342;TYPE=del;VARB=0.0568846;OID=.;OPOS=29542183;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484642:128:298:142:293:151:60:82:72:79:99:145:52:76:69:76 chr22 29542748 . C A 2495.88 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5139;QD=61.2485;RBI=0.00298629;REFB=0;REVB=-0.000804009;RO=0;SAF=64;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42763e-06;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:152:163:0:0:151:163:1:87:64:0:0:93:70:0:0 chr22 29621128 . C G 733.09 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.519;QD=55.3276;RBI=0.0808411;REFB=0;REVB=0.0808039;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042223;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:1:0:50:53:1:21:29:0:1:24:29:0:0 chr22 29659960 . C T 530.14 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0335648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4109;QD=18.4396;RBI=0.0342735;REFB=-0.0339443;REVB=0.00693374;RO=55;SAF=25;SAR=31;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735953;STB=0.502985;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0429626;OID=.;OPOS=29659960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:55:59:56:56:0.486957:31:25:25:30:31:25:26:33 chr22 29704125 . C T 1379.94 PASS AF=0.480969;AO=139;DP=288;FAO=139;FDP=289;FR=.;FRO=150;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=69;FSRR=81;FWDB=-0.00547112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.094;QD=19.0995;RBI=0.0159877;REFB=-0.016034;REVB=0.0150224;RO=147;SAF=70;SAR=69;SRF=67;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447017;STB=0.522619;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0134634;OID=.;OPOS=29704125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:289:147:150:139:139:0.480969:69:70:67:80:69:70:69:81 chr22 29727866 . C T 283.19 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0396817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3173;QD=12.8723;RBI=0.0402584;REFB=-0.0267124;REVB=-0.00678987;RO=52;SAF=11;SAR=22;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082119;STB=0.557341;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0371658;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:55:33:33:0.375:22:11:21:31:22:11:23:32 chr22 29727886 . T C 718.52 PASS AF=1;AO=38;DP=55;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322493;FXX=0.0908926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9364;QD=57.4813;RBI=0.0373477;REFB=0;REVB=0.018837;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134609;OID=.;OPOS=29727886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:50:0:0:38:50:1:22:16:0:0:27:23:0:0 chr22 29755888 . T C 526.84 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.000893049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.612;QD=20.2631;RBI=0.0264485;REFB=0.00521365;REVB=0.0264334;RO=50;SAF=21;SAR=33;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266935;STB=0.5147;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00694555;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:54:54:0.519231:33:21:18:32:33:21:18:32 chr22 29837537 . T C 364.11 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00940472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.943;QD=15.831;RBI=0.019854;REFB=0.00221741;REVB=0.0174852;RO=50;SAF=15;SAR=24;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195682;STB=0.615325;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0038121;OID=.;OPOS=29837537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:53:39:39:0.423913:24:15:29:21:24:15:31:22 chr22 29837566 . TTCC T 236.71 PASS AF=0.37069;AO=41;DP=114;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.0122581;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=3;MLLD=240.661;QD=8.16233;RBI=0.0144948;REFB=-0.00804318;REVB=0.00773551;RO=56;SAF=14;SAR=27;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272911;STB=0.681861;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0114282;OID=.;OPOS=29837567;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37069:41:114:43:116:73:14:29:45:28:99:56:14:27:34:22 chr22 29885594 . A T 59.74 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0111365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.379;QD=8.53442;RBI=0.0111431;REFB=-0.0343395;REVB=-0.000384156;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457998;STB=0.782082;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0683015;OID=.;OPOS=29885594;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:28:28:18:19:9:9:0.321429:6:3:14:4:6:3:15:4 chr22 29885861 . T C 501.43 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394921;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.119;QD=58.9919;RBI=0.0609173;REFB=0;REVB=0.046382;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324478;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:25:7:0:0:26:8:0:0 chr22 29886413 . A G 1110.25 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0778862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8519;QD=58.434;RBI=0.0918619;REFB=0.125646;REVB=0.0487068;RO=1;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185449;STB=0.509431;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000462784;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:25:49:0:1:26:49:0:1 chr22 29886893 . G T 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00790455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.941;QD=57.234;RBI=0.00800051;REFB=-0.0288822;REVB=0.00123545;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.511624;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.000262263;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:45:21:0:0:45:21:1:0 chr22 29904354 . G A 785.56 PASS AF=0.513514;AO=70;DP=143;FAO=76;FDP=148;FR=.;FRO=72;FSAF=54;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0197946;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.773;QD=21.2313;RBI=0.0234689;REFB=-0.0180925;REVB=-0.0126081;RO=71;SAF=49;SAR=21;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191157;STB=0.605876;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0198051;OID=.;OPOS=29904354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:148:71:72:70:76:0.513514:21:49:36:35:22:54:37:35 chr22 29904519 . T C 433.53 PASS AF=0.384615;AO=50;DP=132;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.000858559;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.844;QD=13.3394;RBI=0.0222521;REFB=-0.0122972;REVB=-0.0222355;RO=77;SAF=23;SAR=27;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623247;STB=0.521744;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.030921;OID=.;OPOS=29904519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:77:80:50:50:0.384615:27:23:31:46:27:23:34:46 chr22 29960335 . A G 443.96 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=111;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00620479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.984;QD=15.8558;RBI=0.0104383;REFB=-0.0214307;REVB=-0.00839402;RO=62;SAF=26;SAR=23;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144904;STB=0.502145;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0301103;OID=.;OPOS=29960335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:62:62:49:50:0.446429:23:26:32:30:24:26:32:30 chr22 30125064 . G A 456.57 PASS AF=0.5;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0143389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.94;QD=20.292;RBI=0.0454468;REFB=-0.00606064;REVB=0.0431255;RO=43;SAF=28;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181635;STB=0.601053;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00446361;OID=.;OPOS=30125064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:43:45:45:45:0.5:17:28:18:25:17:28:19:26 chr22 30367014 . A T 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0790364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5057;QD=14.4728;RBI=0.0799599;REFB=-0.00794893;REVB=-0.0121175;RO=41;SAF=6;SAR=24;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132808;STB=0.571378;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00712824;OID=.;OPOS=30367014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:24:6:12:29:24:6:12:30 chr22 30403996 . C T 607.7 PASS AF=0.437908;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.0131384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.961;QD=15.8875;RBI=0.0135505;REFB=-0.00626833;REVB=0.00331646;RO=81;SAF=38;SAR=29;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120735;STB=0.563933;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00592587;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:81:86:67:67:0.437908:29:38:36:45:29:38:39:47 chr22 30423460 . C T 469.72 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=82;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00357514;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.101;QD=23.7832;RBI=0.0311138;REFB=-0.00823639;REVB=0.0309077;RO=34;SAF=21;SAR=23;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180499;STB=0.514376;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00606135;OID=.;OPOS=30423460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:79:34:34:44:45:0.56962:23:21:17:17:24:21:17:17 chr22 30423744 . G A 184.67 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0120476;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.093;QD=17.588;RBI=0.0123229;REFB=0.00363462;REVB=-0.00259027;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190857;STB=0.609021;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00382729;OID=.;OPOS=30423744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:10:13:7:12:10:13 chr22 30638721 . G A 1065.65 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0632546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6172;QD=58.392;RBI=0.0633074;REFB=-0.0925916;REVB=0.00258612;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137071;STB=0.507244;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00523613;OID=.;OPOS=30638721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:34:38:0:1:34:38:0:1 chr22 30681257 . C G 615.78 PASS AF=1;AO=32;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.08;QD=61.5781;RBI=0.0511121;REFB=0;REVB=0.0449444;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294038;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:32:40:1:9:23:0:0:11:29:0:0 chr22 30689998 . G A 2217.31 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000161513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.631;QD=63.3518;RBI=0.0265271;REFB=0;REVB=0.0265266;RO=0;SAF=66;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49068e-05;OID=.;OPOS=30689998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:73:66:0:0:74:66:0:0 chr22 30691742 . A AC 58.99 PASS AF=0.244898;AO=34;DP=150;FAO=36;FDP=147;FR=.;FRO=111;FSAF=33;FSAR=3;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=-0.00830097;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.7081;QD=1.6051;RBI=0.0969966;REFB=-0.0637713;REVB=-0.0966407;RO=113;SAF=33;SAR=1;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.711043;STB=0.871045;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0768959;OID=.;OPOS=30691743;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244898:34:150:36:147:111:33:3:58:53:58:113:33:1:59:54 chr22 30714684 . A C 1279.83 PASS AF=1;AO=61;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.054;QD=62.4305;RBI=0.162687;REFB=0;REVB=0.162135;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300775;OID=.;OPOS=30714684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:61:82:1:19:42:0:0:40:42:0:0 chr22 30736188 . G GC 31.78 PASS AF=0.0940171;AO=16;DP=117;FAO=11;FDP=117;FR=.;FRO=106;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=-0.032603;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.772;QD=1.08641;RBI=0.0340615;REFB=-0.00076046;REVB=-0.00986048;RO=99;SAF=4;SAR=12;SRF=58;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408846;STB=0.843989;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0537595;OID=.;OPOS=30736189;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0940171:16:117:11:117:106:2:9:62:44:31:99:4:12:58:41 chr22 30770603 . T A 1818.03 PASS AF=0.991736;AO=117;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116042;FXX=0.0162588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.493;QD=60.1001;RBI=0.0157258;REFB=0.0401609;REVB=-0.0106133;RO=1;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747937;STB=0.503759;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=8.03348e-05;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:121:1:1:117:120:0.991736:63:54:0:1:66:54:0:1 chr22 30771554 . T G 2569.25 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980108;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.39;QD=61.9096;RBI=0.0542451;REFB=0;REVB=-0.0533523;RO=0;SAF=83;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45445e-05;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:166:0:0:164:166:1:81:83:0:0:81:85:0:0 chr22 30772688 . G A 249.19 PASS AF=0.357143;AO=29;DP=82;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.00929055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.009;QD=11.866;RBI=0.0111953;REFB=-0.0112623;REVB=-0.00624666;RO=52;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298786;STB=0.666561;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0202351;OID=.;OPOS=30772688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:52:54:29:30:0.357143:11:18:18:34:12:18:18:36 chr22 30782731 . G A 1608.4 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524181;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.247;QD=60.127;RBI=0.0552886;REFB=0;REVB=0.0175834;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138898;OID=.;OPOS=30782731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:105:107:1:54:51:0:0:56:51:0:0 chr22 30794719 . C T 3025.35 PASS AF=0.979798;AO=190;DP=194;FAO=194;FDP=198;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=114;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0072782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2038;QD=61.1182;RBI=0.0434833;REFB=-0.097683;REVB=0.0428699;RO=4;SAF=79;SAR=111;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339931;STB=0.501825;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00199661;OID=.;OPOS=30794719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:194:198:4:4:190:194:0.979798:111:79:2:2:114:80:2:2 chr22 30803160 . CCA C 316.89 PASS AF=0.475248;AO=46;DP=102;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0198578;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=289.659;QD=12.55;RBI=0.0201312;REFB=-0.0164225;REVB=-0.00330617;RO=53;SAF=25;SAR=21;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122781;STB=0.555304;STBP=0.309;TYPE=del;VARB=0.0214157;OID=.;OPOS=30803161;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475248:46:102:48:101:53:25:23:22:31:99:53:25:21:22:31 chr22 30820707 . A G 1016.71 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037471;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.716;QD=59.8065;RBI=0.0374736;REFB=0;REVB=-0.000443483;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232683;OID=.;OPOS=30820707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:68:0:0:66:68:1:40:26:0:0:40:28:0:0 chr22 30823113 . T G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209622;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.616;QD=58.4197;RBI=0.0386977;REFB=0;REVB=0.0325284;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82284e-05;OID=.;OPOS=30823113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr22 30823196 . T C 1773.9 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167174;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.884;QD=61.169;RBI=0.0167445;REFB=0;REVB=-0.000951795;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15672e-05;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:116:116:1:56:60:0:0:56:60:0:0 chr22 30857373 . A C 2065.44 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.96;QD=62.5891;RBI=0.0232784;REFB=0;REVB=0.0169233;RO=0;SAF=59;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79886e-05;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:72:59:0:0:73:59:0:0 chr22 30857448 . A G 1287.44 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0876984;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.967;QD=62.0453;RBI=0.0885098;REFB=0;REVB=0.0119574;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200307;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr22 30862400 . T A 1410.83 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.206;QD=62.7037;RBI=0.0080377;REFB=0;REVB=-0.00620219;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42808e-06;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:48:41:0:0:49:41:0:0 chr22 30864610 . A G 1967.32 PASS AF=0.984615;AO=127;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.016968;FXX=0.0151504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.21;QD=60.5328;RBI=0.0224707;REFB=-0.0352836;REVB=-0.0147316;RO=1;SAF=62;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760282;STB=0.50012;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.000100642;OID=.;OPOS=30864610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:1:2:127:128:0.984615:65:62:1:0:65:63:1:1 chr22 30864792 . C T 357.76 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6281;QD=55.0402;RBI=0.0902531;REFB=0;REVB=0.088314;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146119;OID=.;OPOS=30864792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr22 30864817 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2233;QD=49.5983;RBI=0.0454541;REFB=0;REVB=-0.0363574;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274869;OID=.;OPOS=30864817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr22 30927975 . C T 551.13 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5046;QD=58.0133;RBI=0.0746346;REFB=-0.0813181;REVB=0.0446443;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00507439;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:1:0:37:38:1:22:15:1:0:22:16:0:0 chr22 30934816 . T C 732.54 PASS AF=0.478261;AO=77;DP=161;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.0418578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1567;QD=18.1999;RBI=0.0430353;REFB=0.00981472;REVB=-0.009998;RO=82;SAF=29;SAR=48;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18541;STB=0.602713;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0102361;OID=.;OPOS=30934816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:82:84:77:77:0.478261:48:29:47:35:48:29:48:36 chr22 30953295 . C T 666.27 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=0.0221263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.634;QD=17.7672;RBI=0.0654235;REFB=-0.0261064;REVB=0.0615683;RO=81;SAF=32;SAR=36;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136341;STB=0.571408;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0264509;OID=.;OPOS=30953295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:82:68:68:0.453333:36:32:27:54:36:32:28:54 chr22 31266546 . T C 1606.64 PASS AF=0.990826;AO=106;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.046;QD=58.9593;RBI=0.0102257;REFB=-0.125182;REVB=0.000639799;RO=1;SAF=39;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070316;STB=0.503703;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-2.3306e-05;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:106:108:0.990826:67:39:0:1:67:41:0:1 chr22 31302125 . C G 462.15 PASS AF=0.42623;AO=51;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0397644;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5979;QD=15.1525;RBI=0.106759;REFB=-0.0534708;REVB=0.0990774;RO=66;SAF=38;SAR=13;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259243;STB=0.653308;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0497557;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:70:51:52:0.42623:13:38:34:32:14:38:34:36 chr22 31302233 . T C 936.36 PASS AF=0.475962;AO=91;DP=202;FAO=99;FDP=208;FR=.;FRO=109;FSAF=29;FSAR=70;FSRF=17;FSRR=92;FWDB=0.00483408;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.318;QD=18.007;RBI=0.0182697;REFB=-0.0340928;REVB=0.0176185;RO=109;SAF=26;SAR=65;SRF=16;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183841;STB=0.593315;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0359641;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:208:109:109:91:99:0.475962:65:26:16:93:70:29:17:92 chr22 31303621 . A T 169.4 PASS AF=0.141791;AO=38;DP=239;FAO=38;FDP=268;FR=.;FRO=230;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=143;FSRR=87;FWDB=-0.00824206;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=119.814;QD=2.52834;RBI=0.0244207;REFB=-0.00639976;REVB=-0.0229878;RO=191;SAF=5;SAR=33;SRF=126;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.631256;STB=0.890402;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0343672;OID=.;OPOS=31303621;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:268:191:230:38:38:0.141791:33:5:126:65:33:5:143:87 chr22 31333631 . T C 832.34 PASS AF=0.429907;AO=90;DP=218;FAO=92;FDP=214;FR=.;FRO=122;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=-0.00493802;FXX=0.0446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.373;QD=15.5578;RBI=0.0138186;REFB=-0.0016814;REVB=-0.0129061;RO=111;SAF=43;SAR=47;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053426;STB=0.515536;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00233414;OID=.;OPOS=31333631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:214:111:122:90:92:0.429907:47:43:59:52:47:45:63:59 chr22 31342376 . G C 845.15 PASS AF=0.44;AO=88;DP=200;FAO=88;FDP=200;FR=.;FRO=112;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=0.00749459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.133;QD=16.903;RBI=0.0267113;REFB=-0.0129;REVB=0.0256383;RO=112;SAF=41;SAR=47;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163959;STB=0.50912;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0160596;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:112:112:88:88:0.44:47:41:54:58:47:41:54:58 chr22 31354653 . G A 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00917567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=348.091;QD=19.3149;RBI=0.0154561;REFB=-0.014591;REVB=-0.0124378;RO=47;SAF=29;SAR=15;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427501;STB=0.523799;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0136563;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:15:29:29:18:15:29:29:18 chr22 31533796 . G C 1246.75 PASS AF=0.521552;AO=121;DP=232;FAO=121;FDP=232;FR=.;FRO=111;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=76;FSRR=35;FWDB=-0.0116476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.674;QD=21.4958;RBI=0.0217039;REFB=-0.00190514;REVB=0.0183137;RO=110;SAF=66;SAR=55;SRF=76;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129736;STB=0.567989;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0019804;OID=.;OPOS=31533796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:110:111:121:121:0.521552:55:66:76:34:55:66:76:35 chr22 31533967 . G A 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0177358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.303;QD=25.711;RBI=0.0177407;REFB=0.0130381;REVB=0.000419778;RO=6;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167666;STB=0.509419;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0046043;OID=.;OPOS=31533967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:9:4:2:4:9:4:2:4 chr22 31535872 . G C 222.71 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0431468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7425;QD=12.5468;RBI=0.0639084;REFB=-0.00125392;REVB=-0.0471448;RO=44;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469009;STB=0.526862;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.000103432;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:18:9:13:31:18:9:13:31 chr22 31535995 . C G 494.28 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0393756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.609;QD=17.653;RBI=0.040772;REFB=-0.0210277;REVB=0.0105794;RO=59;SAF=18;SAR=35;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102616;STB=0.557141;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0218623;OID=.;OPOS=31535995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:59:53:53:0.473214:35:18:26:33:35:18:26:33 chr22 31536133 . A C 1676.83 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6231;QD=60.4263;RBI=0.0529635;REFB=0;REVB=0.0513655;RO=0;SAF=42;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163401;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:68:42:0:0:69:42:0:0 chr22 31556103 . A G 1693.47 PASS AF=0.364286;AO=202;DP=558;FAO=204;FDP=560;FR=.;FRO=356;FSAF=93;FSAR=111;FSRF=161;FSRR=195;FWDB=-0.0237815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.45;QD=12.0962;RBI=0.0246084;REFB=-0.00371175;REVB=0.00632531;RO=354;SAF=93;SAR=109;SRF=159;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127758;STB=0.50233;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00830113;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:558:560:354:356:202:204:0.364286:109:93:159:195:111:93:161:195 chr22 31602671 . C T 103.19 PASS AF=0.163934;AO=20;DP=123;FAO=20;FDP=122;FR=.;FRO=102;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.0457689;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4111;QD=3.38328;RBI=0.0463649;REFB=0.00744602;REVB=0.00741045;RO=103;SAF=12;SAR=8;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085065;STB=0.559939;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0115152;OID=.;OPOS=31602671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:103:102:20:20:0.163934:8:12:55:48:8:12:54:48 chr22 31663842 . C A,G 1271.98 PASS AF=0.0465116,0.94186;AO=4,81;DP=86;FAO=4,81;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=4,38;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137969,0.0125055;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=181.159,137.248;QD=59.1618;RBI=0.0154224,0.0262071;REFB=0.0389987,0.109413;REVB=0.00689185,0.0230309;RO=1;SAF=4,38;SAR=0,43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749895,0.0108852;STB=0.995941,0.505746;STBP=0.099,0.491;TYPE=snp,snp;VARB=0.188081,-0.00169182;OID=.,.;OPOS=31663842,31663842;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:86:86:1:1:4,81:4,81:0.0465116,0.94186:0,43:4,38:0:1:0,43:4,38:0:1 chr22 31673111 . A G 345.17 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.00643748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.499;QD=14.2336;RBI=0.011792;REFB=-0.00392578;REVB=-0.00987973;RO=55;SAF=15;SAR=23;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19499;STB=0.629562;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00723751;OID=.;OPOS=31673111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:59:38:38:0.391753:23:15:32:23:23:15:36:23 chr22 31673116 . A G 308.32 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00137511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.333;QD=13.405;RBI=0.00178439;REFB=-0.00809124;REVB=-0.00113715;RO=57;SAF=14;SAR=21;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211525;STB=0.620621;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.011227;OID=.;OPOS=31673116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:21:14:34:23:21:14:34:23 chr22 31679110 . G C 1395.5 PASS AF=0.942857;AO=99;DP=105;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0143347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.341;QD=53.1621;RBI=0.038916;REFB=-0.199971;REVB=0.0361797;RO=1;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102003;STB=0.521106;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00108689;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:105:105:1:6:99:99:0.942857:46:53:0:1:46:53:1:5 chr22 31685256 . C G 259.46 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0031513;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.165;QD=14.0248;RBI=0.0278125;REFB=-0.0107708;REVB=0.0276334;RO=43;SAF=10;SAR=20;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168474;STB=0.590414;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.013876;OID=.;OPOS=31685256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:44:30:30:0.405405:20:10:21:22:20:10:21:23 chr22 31687027 . CGG CGC,CG 2626.45 PASS AF=0.0409091,0.959091;AO=14,91;DP=220;FAO=9,211;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=0,107;FSAR=9,104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210912,0.843103;FXX=0.00452468;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=175.49,16.88;QD=47.7536;RBI=0.0666644,0.843117;REFB=0,0;REVB=-0.0632401,-0.00487295;RO=104;SAF=0,4;SAR=14,87;SRF=97;SRR=7;SSEN=0,0.415385;SSEP=0,0;SSSB=-0.864262,-0.832292;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.144747,-0.0073964;OID=.,.;OPOS=31687029,31687028;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0409091,0.959091:14,91:220:9,211:220:0:0,107:9,104:0:0:12:104:0,4:14,87:97:7 chr22 31722886 . T G 117.69 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.000164535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.394;QD=12.3886;RBI=0.0262835;REFB=-0.00260066;REVB=0.026283;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481776;STB=0.528262;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0050727;OID=.;OPOS=31722886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:4:10:18:6:4:10:18:6 chr22 31741289 . GCCCCCG CGCCCCG,GCCCC,GCCCCG 383.5 PASS AF=0.127273,0,0.872727;AO=6,8,13;DP=54;FAO=7,0,48;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,26;FSAR=7,0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638522,0.0737022,0.324014;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=64.2618,12.844,8.87547;QD=27.8905;RBI=0.0471809,0.13666,0.438079;REFB=-0.0422401,0.0231023,-0.0174025;REVB=-0.0467468,-0.115083,0.294836;RO=16;SAF=0,7,10;SAR=6,1,3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.742201,0.435579,0.233108;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=-0.167909,0,0.0875207;OID=.,.,.;OPOS=31741289,31741294,31741290;OREF=GC,CG,C;OALT=CG,-,-;OMAPALT=CGCCCCG,GCCCC,GCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:27:54:55:16:0:6,8,13:7,0,48:0.127273,0,0.872727:6,1,3:0,7,10:9:7:7,0,22:0,0,26:0:0 chr22 31744072 . G A 259.02 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00686194;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.843;QD=18.177;RBI=0.00692857;REFB=-0.0169041;REVB=0.000958531;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287411;STB=0.525898;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0152188;OID=.;OPOS=31744072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:29:28:28:0.491228:15:13:13:17:15:13:12:17 chr22 31838070 . G A 1293.08 PASS AF=0.449664;AO=134;DP=296;FAO=134;FDP=298;FR=.;FRO=164;FSAF=49;FSAR=85;FSRF=62;FSRR=102;FWDB=-0.0031962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.966;QD=17.3568;RBI=0.00840031;REFB=-0.0128809;REVB=-0.00776849;RO=162;SAF=49;SAR=85;SRF=61;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115473;STB=0.507312;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0169493;OID=.;OPOS=31838070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:298:162:164:134:134:0.449664:85:49:61:101:85:49:62:102 chr22 31859859 . A G 357.85 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0129528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.407;QD=13.897;RBI=0.0177971;REFB=-0.00486473;REVB=-0.0122051;RO=61;SAF=23;SAR=19;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414738;STB=0.523444;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00655407;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:19:23:31:30:19:23:31:30 chr22 31971258 . T C 1359.87 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00182487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0965;QD=59.1248;RBI=0.0460247;REFB=-0.114013;REVB=0.0459886;RO=2;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225543;STB=0.511625;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00333711;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:92:92:2:2:89:90:0.978261:41:48:0:2:42:48:0:2 chr22 32011225 . T C 316.3 PASS AF=0.428571;AO=34;DP=77;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0234074;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1338;QD=15.0618;RBI=0.0960439;REFB=-0.0615517;REVB=-0.0931479;RO=43;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0646128;OID=.;OPOS=32011225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:84:43:48:34:36:0.428571:18:16:20:23:18:18:24:24 chr22 32015450 . T G 187.9 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.018777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1276;QD=10.8929;RBI=0.0209744;REFB=-0.0201552;REVB=0.00934611;RO=45;SAF=6;SAR=18;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439195;STB=0.755184;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0266269;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:18:6:29:16:18:6:29:16 chr22 32211412 . A C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0326353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.458;QD=9.11035;RBI=0.0344975;REFB=-0.00118759;REVB=0.0111809;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349536;STB=0.707902;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00256931;OID=.;OPOS=32211412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:3:13:4:4:3:13 chr22 32377135 . T C 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.501;QD=58.5996;RBI=0.0540187;REFB=0;REVB=0.0466889;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249025;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr22 32554985 . A G 713.11 PASS AF=0.473333;AO=71;DP=150;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.0080493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.589;QD=19.0163;RBI=0.0148944;REFB=-0.0158445;REVB=-0.012532;RO=79;SAF=32;SAR=39;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651006;STB=0.536047;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0166733;OID=.;OPOS=32554985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:79:79:71:71:0.473333:39:32:41:38:39:32:41:38 chr22 32586854 . C T 47.28 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0280095;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8006;QD=2.95484;RBI=0.0371131;REFB=0.00110751;REVB=-0.0243486;RO=56;SAF=6;SAR=3;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142925;STB=0.593193;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0086645;OID=.;OPOS=32586854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:65:64:56:55:9:9:0.140625:3:6:31:25:3:6:31:24 chr22 32586875 . G A 33.07 PASS AF=0.097561;AO=9;DP=83;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0298469;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1697;QD=1.61331;RBI=0.0336064;REFB=-0.00760068;REVB=-0.015445;RO=70;SAF=5;SAR=4;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323159;STB=0.613212;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0221079;OID=.;OPOS=32586875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:83:82:70:74:9:8:0.097561:4:5:37:33:3:5:37:37 chr22 32586878 . A G 31.93 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.00795585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.296;QD=1.48495;RBI=0.0118764;REFB=-0.000682719;REVB=-0.00881775;RO=76;SAF=5;SAR=3;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129302;STB=0.602682;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0116175;OID=.;OPOS=32586878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:85:86:76:78:8:8:0.0930233:3:5:39:37:3:5:40:38 chr22 32587023 . C G 1048.72 PASS AF=0.346774;AO=130;DP=372;FAO=129;FDP=372;FR=.;FRO=243;FSAF=77;FSAR=52;FSRF=165;FSRR=78;FWDB=0.0141666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0149;QD=11.2766;RBI=0.0754228;REFB=-0.00761038;REVB=-0.0740804;RO=240;SAF=77;SAR=53;SRF=163;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105427;STB=0.556953;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0154649;OID=.;OPOS=32587023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:372:240:243:130:129:0.346774:53:77:163:77:52:77:165:78 chr22 32587027 . G C 1029.66 PASS AF=0.337731;AO=128;DP=380;FAO=128;FDP=379;FR=.;FRO=251;FSAF=79;FSAR=49;FSRF=167;FSRR=84;FWDB=0.00612482;FXX=0.00263151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.91;QD=10.8672;RBI=0.00623608;REFB=-0.00547062;REVB=-0.00117271;RO=247;SAF=79;SAR=49;SRF=165;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633899;STB=0.53428;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0115436;OID=.;OPOS=32587027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:379:247:251:128:128:0.337731:49:79:165:82:49:79:167:84 chr22 32589023 . C T 929.53 PASS AF=0.48;AO=96;DP=200;FAO=96;FDP=200;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=41;FSRR=63;FWDB=0.00140565;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1597;QD=18.5907;RBI=0.0198188;REFB=-0.00525799;REVB=0.0197688;RO=104;SAF=43;SAR=53;SRF=41;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515106;STB=0.528384;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00499599;OID=.;OPOS=32589023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:104:104:96:96:0.48:53:43:41:63:53:43:41:63 chr22 32589034 . T C 867.02 PASS AF=0.458763;AO=89;DP=194;FAO=89;FDP=194;FR=.;FRO=105;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=-0.0207915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.869;QD=17.8767;RBI=0.0211185;REFB=-0.0093375;REVB=0.00370215;RO=104;SAF=41;SAR=48;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559488;STB=0.533209;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0101595;OID=.;OPOS=32589034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:104:105:89:89:0.458763:48:41:42:62:48:41:42:63 chr22 32590449 . G A 605.59 PASS AF=0.405882;AO=69;DP=171;FAO=69;FDP=170;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=-0.0367079;FXX=0.0229872;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5033;QD=14.2492;RBI=0.0403237;REFB=-0.0149815;REVB=0.0166892;RO=101;SAF=31;SAR=38;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252224;STB=0.514163;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0196365;OID=.;OPOS=32590449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:101:101:69:69:0.405882:38:31:43:58:38:31:43:58 chr22 32754103 . A C 635.44 PASS AF=0.395604;AO=72;DP=183;FAO=72;FDP=182;FR=.;FRO=110;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=0.00092004;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.332;QD=13.9658;RBI=0.0422503;REFB=-0.00529743;REVB=0.0422403;RO=110;SAF=29;SAR=43;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569691;STB=0.532103;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00790606;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:110:110:72:72:0.395604:43:29:50:60:43:29:50:60 chr22 32754230 . A G 744.44 PASS AF=0.413793;AO=84;DP=203;FAO=84;FDP=203;FR=.;FRO=119;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=-0.0172197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.639;QD=14.6688;RBI=0.021095;REFB=-0.0107716;REVB=0.0121853;RO=119;SAF=42;SAR=42;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043999;STB=0.502462;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00695587;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:119:119:84:84:0.413793:42:42:59:60:42:42:59:60 chr22 32754232 . C T 720.85 PASS AF=0.400966;AO=83;DP=208;FAO=83;FDP=207;FR=.;FRO=124;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=63;FSRR=61;FWDB=-0.00647517;FXX=0.00480746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.352;QD=13.9295;RBI=0.00713714;REFB=-0.0149948;REVB=-0.00300181;RO=123;SAF=42;SAR=41;SRF=63;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656564;STB=0.501222;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0167477;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:123:124:83:83:0.400966:41:42:63:60:41:42:63:61 chr22 32754306 . T C 1070.41 PASS AF=0.449393;AO=109;DP=245;FAO=111;FDP=247;FR=.;FRO=136;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=80;FSRR=56;FWDB=-0.00218157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.555;QD=17.3346;RBI=0.0106383;REFB=-0.0194588;REVB=-0.0104122;RO=133;SAF=65;SAR=44;SRF=79;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241398;STB=0.508808;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0221913;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:247:133:136:109:111:0.449393:44:65:79:54:44:67:80:56 chr22 32756407 . A G 824.08 PASS AF=0.38189;AO=97;DP=254;FAO=97;FDP=254;FR=.;FRO=157;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=75;FSRR=82;FWDB=-0.0290953;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.62;QD=12.9776;RBI=0.081999;REFB=-0.0149993;REVB=-0.0766635;RO=155;SAF=44;SAR=53;SRF=75;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332096;STB=0.51498;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0208893;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:155:157:97:97:0.38189:53:44:75:80:53:44:75:82 chr22 32756555 . G C 1647.89 PASS AF=0.485294;AO=164;DP=341;FAO=165;FDP=340;FR=.;FRO=175;FSAF=75;FSAR=90;FSRF=64;FSRR=111;FWDB=-0.0592728;FXX=0.00584778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2563;QD=19.3869;RBI=0.0599002;REFB=0.0106707;REVB=0.00864736;RO=175;SAF=74;SAR=90;SRF=64;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819361;STB=0.546487;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0104917;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:340:175:175:164:165:0.485294:90:74:64:111:90:75:64:111 chr22 32756703 . C T 31.65 PASS AF=0.0653266;AO=13;DP=199;FAO=13;FDP=199;FR=.;FRO=186;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=77;FSRR=109;FWDB=-0.00407642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1817;QD=0.636107;RBI=0.0145911;REFB=-0.00103203;REVB=-0.0140101;RO=185;SAF=6;SAR=7;SRF=77;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491503;STB=0.544959;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00762077;OID=.;OPOS=32756703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:199:199:185:186:13:13:0.0653266:7:6:77:108:7:6:77:109 chr22 32756744 . A G 1904.71 PASS AF=0.921986;AO=130;DP=141;FAO=130;FDP=141;FR=.;FRO=11;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0334836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1889;QD=54.0345;RBI=0.0335971;REFB=-0.0252377;REVB=0.00275932;RO=11;SAF=54;SAR=76;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788629;STB=0.504161;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00532705;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:141:141:11:11:130:130:0.921986:76:54:4:7:76:54:4:7 chr22 32759025 . G C 1539.55 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00474273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.599;QD=58.6497;RBI=0.0311937;REFB=-0.0574228;REVB=0.0308311;RO=1;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839887;STB=0.504424;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00089231;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:56:48:0:1:56:48:0:1 chr22 32784051 . T C 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0207973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.407;QD=14.904;RBI=0.0208526;REFB=-0.00807348;REVB=0.00151708;RO=34;SAF=5;SAR=21;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181584;STB=0.604228;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0113646;OID=.;OPOS=32784051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:21:5:11:23:21:5:11:23 chr22 32795641 . C T 670.93 PASS AF=0.447853;AO=73;DP=163;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.0187437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4233;QD=16.4646;RBI=0.033175;REFB=-0.00314479;REVB=0.0273726;RO=90;SAF=32;SAR=41;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284109;STB=0.515807;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00410232;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:90:90:73:73:0.447853:41:32:42:48:41:32:42:48 chr22 32811952 . A G 1692.6 PASS AF=0.991379;AO=111;DP=114;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0717427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.565;QD=58.3655;RBI=0.0736523;REFB=-0.109443;REVB=0.0166623;RO=2;SAF=45;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206293;STB=0.505375;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000450551;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:114:116:2:1:111:115:0.991379:66:45:2:0:69:46:1:0 chr22 32909251 . G A 1124.0 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.166;QD=59.9467;RBI=0.018027;REFB=0;REVB=0.0135008;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122141;OID=.;OPOS=32909251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:39:35:0:0:40:35:0:0 chr22 33253280 . T C 2544.22 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8743;QD=61.6781;RBI=0.0406947;REFB=0;REVB=-0.0125362;RO=0;SAF=91;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113186;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:165:0:0:163:165:1:72:91:0:0:73:92:0:0 chr22 33253292 . C T 2386.0 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000564223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.165;QD=60.4051;RBI=0.0136958;REFB=0.0235507;REVB=0.0136842;RO=1;SAF=84;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563045;STB=0.502958;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-8.26433e-05;OID=.;OPOS=33253292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:157:157:0.993671:73:84:1:0:73:84:1:0 chr22 34022284 . G A 631.13 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0164587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.436;QD=21.0378;RBI=0.0255122;REFB=-0.00160064;REVB=0.0194932;RO=57;SAF=30;SAR=33;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631961;STB=0.534706;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00154378;OID=.;OPOS=34022284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:57:63:63:0.525:33:30:23:34:33:30:23:34 chr22 35463162 . A G 3129.22 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.274;QD=61.3572;RBI=0.0250019;REFB=0;REVB=0.0246044;RO=0;SAF=88;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00542e-05;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:204:0:0:199:204:1:111:88:0:0:114:90:0:0 chr22 35463179 . T C 3493.93 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0868769;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.985;QD=62.3916;RBI=0.0871797;REFB=0.0260376;REVB=0.00725928;RO=0;SAF=94;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250681;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:225:224:0:0:224:224:1:130:94:0:0:130:94:0:0 chr22 35463249 . C T 3284.95 PASS AF=0.981735;AO=215;DP=219;FAO=215;FDP=219;FR=.;FRO=4;FSAF=97;FSAR=118;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.027992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.801;QD=59.999;RBI=0.0377959;REFB=0.018105;REVB=0.0253964;RO=4;SAF=97;SAR=118;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00171493;STB=0.5009;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-9.31657e-05;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:219:219:4:4:215:215:0.981735:118:97:2:2:118:97:2:2 chr22 35679951 . T C 664.02 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00176853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.967;QD=18.9719;RBI=0.0379002;REFB=-0.00118287;REVB=-0.0378589;RO=73;SAF=32;SAR=35;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275559;STB=0.51525;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00191192;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:73:67:67:0.478571:35:32:37:36:35:32:37:36 chr22 35817553 . C T 693.09 PASS AF=0.422222;AO=65;DP=170;FAO=76;FDP=180;FR=.;FRO=104;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.0175692;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.373;QD=15.402;RBI=0.0523064;REFB=-0.0277828;REVB=0.0492674;RO=95;SAF=30;SAR=35;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024032;STB=0.549326;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0338704;OID=.;OPOS=35817553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:180:95:104:65:76:0.422222:35:30:46:49:43:33:54:50 chr22 36007045 . G A 623.81 PASS AF=0.477612;AO=63;DP=133;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00306809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.415;QD=18.6213;RBI=0.040761;REFB=-0.0115895;REVB=0.0406454;RO=70;SAF=28;SAR=35;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0015259;STB=0.50284;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0144602;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:70:70:63:64:0.477612:35:28:31:39:36:28:31:39 chr22 36007075 . C T 590.08 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00030821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9015;QD=18.5852;RBI=0.00068741;REFB=-0.00484124;REVB=0.000614442;RO=66;SAF=27;SAR=34;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399229;STB=0.522117;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00615243;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:66:61:61:0.480315:34:27:32:34:34:27:32:34 chr22 36122930 . C T 922.06 PASS AF=0.470874;AO=97;DP=206;FAO=97;FDP=206;FR=.;FRO=109;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.000855965;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.686;QD=17.904;RBI=0.00793054;REFB=-0.0207803;REVB=-0.00788421;RO=103;SAF=42;SAR=55;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404128;STB=0.523592;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0254689;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:103:109:97:97:0.470874:55:42:49:54:55:42:52:57 chr22 36124860 . C G 696.38 PASS AF=0.471338;AO=74;DP=157;FAO=74;FDP=157;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.013083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.994;QD=17.742;RBI=0.026608;REFB=-0.00802298;REVB=0.0231693;RO=82;SAF=30;SAR=44;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102838;STB=0.560346;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00881638;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:82:83:74:74:0.471338:44:30:42:40:44:30:43:40 chr22 36134915 . CA C 40.38 PASS AF=0.347222;AO=27;DP=76;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0170914;FXX=0.0526247;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.10398;QD=2.24331;RBI=0.0860386;REFB=-0.10402;REVB=0.084324;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983468;STB=0.577767;STBP=0.331;TYPE=del;VARB=0.093045;OID=.;OPOS=36134916;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347222:27:76:25:72:47:12:13:17:30:40:35:11:16:11:24 chr22 36537500 . A T 470.44 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00188886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.219;QD=20.6786;RBI=0.00770551;REFB=-0.0226079;REVB=-0.00747041;RO=45;SAF=21;SAR=25;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108011;STB=0.559765;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0204893;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:25:21:26:19:25:21:26:19 chr22 36537893 . A G 65.62 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0812214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.861;QD=11.4126;RBI=0.0817696;REFB=0.00480235;REVB=0.00945242;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19924;STB=0.618791;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00915038;OID=.;OPOS=36537893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:5:9:4:5:5:9 chr22 36545137 . A T 1453.44 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.908;QD=63.1931;RBI=0.0112108;REFB=0;REVB=0.00944464;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31892e-06;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr22 36556823 . G T 2407.87 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266547;FXX=0.0125778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.259;QD=61.347;RBI=0.0286842;REFB=0;REVB=-0.0105977;RO=0;SAF=78;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.2755e-05;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:157:0:0:157:157:1:79:78:0:0:79:78:0:0 chr22 36573945 . A G 935.8 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.9027;QD=57.5878;RBI=0.0909749;REFB=0;REVB=0.0842149;RO=1;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120341;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:27:37:0:1:28:37:0:0 chr22 36575664 . G A 2568.97 PASS AF=0.971429;AO=169;DP=175;FAO=170;FDP=175;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=109;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00657704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.267;QD=58.7194;RBI=0.0220991;REFB=-0.0478003;REVB=0.0210976;RO=4;SAF=60;SAR=109;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694605;STB=0.501277;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000271313;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:175:175:4:5:169:170:0.971429:109:60:2:2:109:61:2:3 chr22 36587202 . G A 557.63 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.231;QD=60.2847;RBI=0.066173;REFB=0;REVB=0.0659068;RO=0;SAF=30;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414192;OID=.;OPOS=36587202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:6:30:0:0:7:30:0:0 chr22 36587223 . G T 723.99 PASS AF=1;AO=32;DP=43;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.196;QD=56.7837;RBI=0.0472751;REFB=0;REVB=0.046715;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003045;OID=.;OPOS=36587223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:51:0:0:32:51:1:10:22:0:0:15:36:0:0 chr22 36587279 . A G 1576.29 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0568986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5632;QD=57.8456;RBI=0.0658034;REFB=-0.0664543;REVB=0.0330551;RO=2;SAF=73;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128257;STB=0.506755;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00141839;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:109:2:2:107:107:0.981651:34:73:2:0:34:73:2:0 chr22 36587486 . A G 1758.54 PASS AF=0.96063;AO=122;DP=127;FAO=122;FDP=127;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00411561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.8398;QD=55.3872;RBI=0.0120998;REFB=-0.120255;REVB=0.0113783;RO=4;SAF=52;SAR=70;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00454102;STB=0.501056;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00475315;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:127:127:4:5:122:122:0.96063:70:52:2:2:70:52:2:3 chr22 36587511 . C T 1522.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8303;QD=59.7149;RBI=0.0292091;REFB=0;REVB=-0.0117157;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129126;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:58:44:0:0:58:44:0:0 chr22 36587627 . C T 386.96 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.00645953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.956;QD=15.325;RBI=0.0703717;REFB=0.00737533;REVB=-0.0700746;RO=58;SAF=23;SAR=20;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140491;STB=0.578911;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0102107;OID=.;OPOS=36587627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:20:23:23:35:20:23:23:35 chr22 36587845 . A ACT,T 501.0 PASS AF=0.740741,0.0555556;AO=39,4;DP=56;FAO=40,3;FDP=54;FR=.;FRO=11;FSAF=21,2;FSAR=19,1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00560855,-0.0327051;FXX=0.0181785;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=227.546,81.6379;QD=37.1111;RBI=0.00627155,0.0330087;REFB=-0.0171919,-0.00415972;REVB=0.0028065,-0.00446648;RO=12;SAF=20,3;SAR=19,1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00558959,0.288654;STB=0.504423,0.599316;STBP=0.947,0.693;TYPE=ins,snp;VARB=0.00703101,0.0672028;OID=.,.;OPOS=36587846,36587845;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:56:54:12:11:39,4:40,3:0.740741,0.0555556:19,1:20,3:6:6:19,1:21,2:6:5 chr22 36587952 . C T 175.59 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0766569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8318;QD=46.824;RBI=0.0906872;REFB=0;REVB=-0.0484549;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00529684;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr22 36591380 . A G 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.579;QD=58.6113;RBI=0.0217971;REFB=-0.0356424;REVB=0.0101578;RO=1;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101732;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000178878;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:46:27:0:1:46:27:0:1 chr22 36598049 . C G 1505.04 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0411536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1576;QD=58.4482;RBI=0.0732419;REFB=-0.0539439;REVB=0.0605867;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000919989;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:0:1:100:102:0.990291:62:38:0:0:63:39:1:0 chr22 36598058 . T C 1483.3 PASS AF=0.981308;AO=94;DP=98;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0270376;FXX=0.0272702;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.352;QD=55.4503;RBI=0.0296413;REFB=-0.0738548;REVB=-0.0121481;RO=2;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158007;STB=0.508332;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00382233;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:107:2:2:94:105:0.981308:59:35:0:2:59:46:0:2 chr22 36598059 . T C 41.62 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=112;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=65;FWDB=-0.0118962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8792;QD=1.4604;RBI=0.0418977;REFB=-0.0223397;REVB=-0.0401733;RO=102;SAF=8;SAR=2;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47252;STB=0.815538;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.100834;OID=.;OPOS=36598059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:112:114:102:102:10:12:0.105263:2:8:37:65:3:9:37:65 chr22 36623731 . T C 2595.89 PASS AF=1;AO=168;DP=170;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231472;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.645;QD=61.807;RBI=0.0256383;REFB=-0.0131704;REVB=0.0255336;RO=0;SAF=80;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64e-05;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:170:168:0:0:168:168:1:88:80:0:0:88:80:0:0 chr22 36661330 . G A 1592.79 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272583;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.57;QD=60.1054;RBI=0.0308699;REFB=0;REVB=-0.014489;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93537e-05;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:105:106:1:57:48:0:0:57:49:0:0 chr22 36661536 . C A 673.84 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072387;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.188;QD=62.6831;RBI=0.00723875;REFB=0;REVB=2.81574e-05;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07002e-05;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:24:19:0:0 chr22 36661566 . G A 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.711;QD=57.8816;RBI=0.016417;REFB=0;REVB=-0.00636366;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98727e-05;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr22 36661646 . G A 1199.75 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.042145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2838;QD=58.5242;RBI=0.106965;REFB=-0.159883;REVB=0.0983122;RO=2;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024902;STB=0.513155;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00453291;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:37:43:0:2:37:43:0:2 chr22 36661842 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.469;QD=56.1916;RBI=0.0508629;REFB=0;REVB=0.0447649;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156213;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr22 36677400 . G A 1226.6 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.847;QD=61.3301;RBI=0.025387;REFB=0;REVB=-0.0194446;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47285e-06;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:38:41:0:0:39:41:0:0 chr22 36677434 . AAGGGGGT AAAGGGGT,AAGGGGT,AAGGGGTG,AGGGGT 151.6 PASS AF=0,0.241379,0.0172414,0.275862;AO=6,14,5,17;DP=75;FAO=0,14,1,16;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=0,7,1,6;FSAR=0,7,0,10;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0842455,-0.0526915,-0.0482483,0.0199477;FXX=0.107676;HRUN=5,5,5,6;LEN=1,1,2,2;MLLD=9.02972,9.30089,128.476,15.1128;QD=10.4551;RBI=0.166985,0.0635587,0.0519415,0.125786;REFB=-0.121617,-0.183999,-0.0228486,-0.0947276;REVB=0.144176,0.0355432,-0.0192361,-0.124194;RO=19;SAF=2,10,2,4;SAR=4,4,3,13;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0,0,0.347826;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.388794,0.0357417,-0.321749,-0.425867;STB=0.5,0.633968,0.986071,0.698092;STBP=1,0.236,0.506,0.065;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=-0.0207689,0.161877,0.043332,0.122742;OID=.,.,.,.;OPOS=36677436,36677436,36677440,36677435;OREF=G,G,GT,AG;OALT=A,-,TG,-;OMAPALT=AAAGGGGT,AAGGGGT,AAGGGGTG,AGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0.241379,0.0172414,0.275862:6,14,5,17:75:0,14,1,16:58:27:0,7,1,6:0,7,0,10:19:8:62:19:2,10,2,4:4,4,3,13:13:6 chr22 36678294 . G A 715.05 PASS AF=0.487342;AO=75;DP=157;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.0359277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0923;QD=18.1025;RBI=0.0361597;REFB=-0.0202683;REVB=0.00408954;RO=77;SAF=33;SAR=42;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120552;STB=0.577597;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0233277;OID=.;OPOS=36678294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:77:81:75:77:0.487342:42:33:44:33:44:33:47:34 chr22 36678453 . C G 1189.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.361;QD=61.0252;RBI=0.0234269;REFB=0;REVB=0.0161983;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38038e-06;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:36:41:0:0:37:41:0:0 chr22 36678476 . C A,G 914.19 PASS AF=0.928571,0.0428571;AO=62,4;DP=70;FAO=65,3;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=35,0;FSAR=30,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0401707,-0.0306666;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=158.741,119.716;QD=52.2391;RBI=0.0614549,0.0533387;REFB=-0.0691829,-0.0921955;REVB=0.0465082,0.0436415;RO=4;SAF=33,1;SAR=29,3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00369847,-0.223593;STB=0.501154,0.994603;STBP=0.878,0.202;TYPE=snp,snp;VARB=0.000644403,0.186815;OID=.,.;OPOS=36678476,36678476;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:70:70:4:2:62,4:65,3:0.928571,0.0428571:29,3:33,1:2:2:30,3:35,0:1:1 chr22 36684354 . T C 1914.95 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.652;QD=61.7725;RBI=0.0416021;REFB=0;REVB=-0.0184405;RO=0;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112678;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:66:58:0:0:66:58:0:0 chr22 36684358 . C A 1804.12 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.279;QD=61.1566;RBI=0.0628559;REFB=0;REVB=0.0148164;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152804;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:61:57:0:0:61:57:0:0 chr22 36691607 . A C 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.91;QD=63.3367;RBI=0.010892;REFB=0;REVB=-0.00207751;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93809e-06;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr22 37163329 . C T 1487.35 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00163851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3888;QD=60.0951;RBI=0.031771;REFB=-0.0764781;REVB=0.0317287;RO=2;SAF=55;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169311;STB=0.513272;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00178017;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:99:99:2:3:96:96:0.969697:41:55:2:0:41:55:3:0 chr22 37196971 . C A 195.28 PASS AF=0.27;AO=22;DP=94;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=58;FWDB=0.00562014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.607;QD=7.81114;RBI=0.00889669;REFB=-0.0180598;REVB=-0.00689674;RO=71;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411672;STB=0.683728;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0392867;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:100:71:73:22:27:0.27:11:11:13:58:15:12:15:58 chr22 37267767 . A G 1513.7 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181906;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.301;QD=59.9485;RBI=0.0215553;REFB=0;REVB=0.0115643;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30997e-05;OID=.;OPOS=37267767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:58:43:0:0:58:43:0:0 chr22 37268257 . C T 1181.96 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0349556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.973;QD=58.3684;RBI=0.0394895;REFB=-0.0447819;REVB=-0.0183717;RO=1;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126228;STB=0.513155;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000573696;OID=.;OPOS=37268257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:1:2:79:79:0.975309:37:42:0:1:37:42:0:2 chr22 37271882 . T C 940.99 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.59;QD=57.0298;RBI=0.0209383;REFB=-0.0732589;REVB=0.00804417;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000235004;OID=.;OPOS=37271882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:65:65:0.984848:32:33:0:0:32:33:1:0 chr22 37328940 . G A 105.14 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0434607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.603;QD=11.0675;RBI=0.0454628;REFB=-0.0109055;REVB=0.0133432;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322248;STB=0.692012;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.028434;OID=.;OPOS=37328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:4:9:10:15:4:9:10:15 chr22 37333794 . A G 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.836;QD=64.4125;RBI=0.0283628;REFB=0;REVB=0.0102729;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60626e-05;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr22 37398195 . C T 2627.96 PASS AF=1;AO=169;DP=171;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000863392;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4329;QD=62.2003;RBI=0.022706;REFB=0;REVB=0.0226895;RO=0;SAF=77;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21022e-05;OID=.;OPOS=37398195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:169:0:0:169:169:1:92:77:0:0:92:77:0:0 chr22 37398201 . C A 2849.57 PASS AF=1;AO=179;DP=182;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102178;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.138;QD=62.9739;RBI=0.0251365;REFB=0;REVB=0.0229661;RO=0;SAF=84;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07883e-05;OID=.;OPOS=37398201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:181:0:0:179:181:1:95:84:0:0:95:86:0:0 chr22 37409319 . T C 1610.03 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00069722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4073;QD=59.0838;RBI=0.0491066;REFB=-0.114158;REVB=0.0491016;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137641;OID=.;OPOS=37409319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:109:0:0:108:109:1:54:54:0:0:54:55:0:0 chr22 37453452 . C T 1736.5 PASS AF=0.966942;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0621614;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.989;QD=57.405;RBI=0.0777129;REFB=-0.179761;REVB=0.0466396;RO=2;SAF=65;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143876;STB=0.501858;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00169313;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:121:121:2:4:117:117:0.966942:52:65:2:0:52:65:2:2 chr22 37480181 . A G 1961.67 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0258933;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.652;QD=61.3021;RBI=0.0265172;REFB=0.00244645;REVB=-0.00571847;RO=1;SAF=74;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888125;STB=0.504672;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.000126078;OID=.;OPOS=37480181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:128:1:1:127:127:0.992188:53:74:0:1:53:74:0:1 chr22 37480269 . A G 2139.92 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216309;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.919;QD=62.4794;RBI=0.0332229;REFB=0;REVB=0.0252164;RO=0;SAF=81;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275128;OID=.;OPOS=37480269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:134:137:1:53:81:0:0:56:81:0:0 chr22 37580442 . A T 453.21 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0616965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2762;QD=16.3318;RBI=0.0618894;REFB=-0.0091422;REVB=0.0048827;RO=61;SAF=27;SAR=23;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475126;STB=0.526533;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0152652;OID=.;OPOS=37580442;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:23:27:30:31:23:27:30:31 chr22 37602583 . G GC 550.1 PASS AF=1;AO=49;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.5227;QD=41.517;RBI=0.027948;REFB=-0.0247957;REVB=0.007147;RO=4;SAF=32;SAR=17;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616753;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00289855;OID=.;OPOS=37602584;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:54:53:53:0:33:20:0:0:8:4:32:17:1:3 chr22 37622815 . A G 1148.22 PASS AF=0.552083;AO=98;DP=186;FAO=106;FDP=192;FR=.;FRO=86;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=0.0342739;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.48;QD=23.9212;RBI=0.0384681;REFB=-0.0299695;REVB=0.0174671;RO=86;SAF=48;SAR=50;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881472;STB=0.541659;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0242315;OID=.;OPOS=37622815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:192:86:86:98:106:0.552083:50:48:51:35:53:53:51:35 chr22 37640195 . C T 815.69 PASS AF=0.48;AO=84;DP=175;FAO=84;FDP=175;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.00956613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.363;QD=18.6443;RBI=0.0101795;REFB=-0.00836301;REVB=-0.00348022;RO=90;SAF=26;SAR=58;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170538;STB=0.597914;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00771;OID=.;OPOS=37640195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:90:91:84:84:0.48:58:26:43:47:58:26:44:47 chr22 37678551 . A G 498.04 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0329911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.277;QD=19.7243;RBI=0.0345592;REFB=-0.025169;REVB=-0.0102919;RO=50;SAF=24;SAR=27;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621093;STB=0.534329;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0227363;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:51:51:0.50495:27:24:27:23:27:24:27:23 chr22 37699377 . T C 2209.87 PASS AF=0.968153;AO=151;DP=157;FAO=152;FDP=157;FR=.;FRO=5;FSAF=84;FSAR=68;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00771412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.8061;QD=56.3023;RBI=0.0104308;REFB=-0.0414159;REVB=-0.00702094;RO=3;SAF=83;SAR=68;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168795;STB=0.514449;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000717525;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:157:157:3:5:151:152:0.968153:68:83:3:0:68:84:5:0 chr22 37767815 . G C 38.14 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0147052;FXX=0.0106372;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.8012;QD=1.64056;RBI=0.0390751;REFB=-0.031648;REVB=-0.0362025;RO=58;SAF=9;SAR=1;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516766;STB=0.880301;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.213026;OID=.;OPOS=37767815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:93:58:83:10:10:0.107527:1:9:30:28:1:9:42:41 chr22 37767817 . CT TG 41.64 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0605807;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=107.297;QD=1.75331;RBI=0.0610577;REFB=-0.00101663;REVB=-0.00761673;RO=79;SAF=9;SAR=1;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516879;STB=0.880732;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.0338667;OID=.;OPOS=37767817;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:95:95:79:85:10:10:0.105263:1:9:38:41:1:9:43:42 chr22 37770066 . G T 1216.19 PASS AF=0.495868;AO=120;DP=242;FAO=120;FDP=242;FR=.;FRO=122;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=-0.00443557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4729;QD=20.1023;RBI=0.0470295;REFB=-0.0110196;REVB=-0.0468199;RO=121;SAF=54;SAR=66;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647904;STB=0.533576;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0112887;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:121:122:120:120:0.495868:66:54:63:58:66:54:63:59 chr22 37770357 . A G 748.66 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0272729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4534;QD=19.4457;RBI=0.028863;REFB=0.0153614;REVB=-0.00944811;RO=77;SAF=34;SAR=43;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117741;STB=0.56482;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0128439;OID=.;OPOS=37770357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:77:77:77:77:0.5:43:34:44:33:43:34:44:33 chr22 37770630 . G A 897.23 PASS AF=0.424242;AO=98;DP=231;FAO=98;FDP=231;FR=.;FRO=133;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=73;FSRR=60;FWDB=0.0532692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8484;QD=15.5364;RBI=0.0610077;REFB=-0.0315822;REVB=-0.0297376;RO=132;SAF=39;SAR=59;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152823;STB=0.587412;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0421598;OID=.;OPOS=37770630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:132:133:98:98:0.424242:59:39:72:60:59:39:73:60 chr22 37771158 . G A 1008.74 PASS AF=0.561404;AO=94;DP=169;FAO=96;FDP=171;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0501766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8645;QD=23.5962;RBI=0.0835622;REFB=-0.00299395;REVB=0.0668203;RO=74;SAF=39;SAR=55;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192207;STB=0.502844;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00295147;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:74:75:94:96:0.561404:55:39:29:45:57:39:30:45 chr22 37771985 . A G 763.82 PASS AF=0.455056;AO=77;DP=174;FAO=81;FDP=178;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=60;FSRF=28;FSRR=69;FWDB=-0.00599462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9051;QD=17.1644;RBI=0.0088369;REFB=-0.0193692;REVB=0.00649272;RO=97;SAF=20;SAR=57;SRF=28;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368432;STB=0.520441;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0298249;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:178:97:97:77:81:0.455056:57:20:28:69:60:21:28:69 chr22 37900771 . A G 275.75 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0182997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4773;QD=13.2893;RBI=0.0819163;REFB=-0.0160252;REVB=-0.0798461;RO=50;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215267;STB=0.509;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0156088;OID=.;OPOS=37900771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:50:51:31:32:0.385542:18:13:20:30:19:13:20:31 chr22 37906262 . C T 1984.32 PASS AF=0.491228;AO=196;DP=399;FAO=196;FDP=399;FR=.;FRO=203;FSAF=110;FSAR=86;FSRF=90;FSRR=113;FWDB=0.02194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2328;QD=19.8929;RBI=0.0251274;REFB=-0.00799303;REVB=0.0122485;RO=203;SAF=110;SAR=86;SRF=90;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109395;STB=0.559984;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00912356;OID=.;OPOS=37906262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:399:203:203:196:196:0.491228:86:110:90:113:86:110:90:113 chr22 37964299 . C G 1294.22 PASS AF=0.532189;AO=124;DP=233;FAO=124;FDP=233;FR=.;FRO=109;FSAF=71;FSAR=53;FSRF=76;FSRR=33;FWDB=-0.00436415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.807;QD=22.2183;RBI=0.00723715;REFB=-0.00452827;REVB=0.00577327;RO=109;SAF=71;SAR=53;SRF=76;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111329;STB=0.560615;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00390861;OID=.;OPOS=37964299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:109:109:124:124:0.532189:53:71:76:33:53:71:76:33 chr22 37966314 . C T 840.11 PASS AF=0.525;AO=84;DP=160;FAO=84;FDP=160;FR=.;FRO=76;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0239061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.141;QD=21.0026;RBI=0.0246197;REFB=-0.0311219;REVB=-0.00588454;RO=73;SAF=48;SAR=36;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554928;STB=0.534288;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0256183;OID=.;OPOS=37966314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:73:76:84:84:0.525:36:48:37:36:36:48:38:38 chr22 38051999 . C T 598.74 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.00598639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.919;QD=19.7931;RBI=0.021882;REFB=0.0028528;REVB=-0.0210472;RO=60;SAF=31;SAR=30;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158381;STB=0.587088;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00199816;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:30:31:41:19:30:31:41:19 chr22 38062112 . C G 504.01 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.00650675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.099;QD=18.8413;RBI=0.0104378;REFB=-0.0101238;REVB=-0.0081615;RO=53;SAF=31;SAR=22;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219306;STB=0.61628;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00750921;OID=.;OPOS=38062112;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:54:53:53:0.495327:22:31:18:35:22:31:19:35 chr22 38065655 . A G 468.48 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00932753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.525;QD=20.3688;RBI=0.0137343;REFB=-0.000849486;REVB=-0.0100811;RO=45;SAF=25;SAR=21;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166676;STB=0.586267;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.000776738;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:46:46:46:0.5:21:25:16:29:21:25:17:29 chr22 38074343 . C T 533.15 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0109799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.09;QD=18.5442;RBI=0.0114649;REFB=-0.000691355;REVB=0.00329931;RO=58;SAF=22;SAR=34;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130954;STB=0.510788;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.000800813;OID=.;OPOS=38074343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:59:56:56:0.486957:34:22:22:36:34:22:22:37 chr22 38074434 . G A 551.83 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.00987144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.547;QD=16.4725;RBI=0.0188443;REFB=-0.0227642;REVB=0.0160519;RO=75;SAF=24;SAR=35;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679335;STB=0.503794;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0310478;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:75:75:59:59:0.440299:35:24:31:44:35:24:31:44 chr22 38119213 . G A 1607.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.468;QD=60.0751;RBI=0.0763488;REFB=0;REVB=0.0255405;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67572e-05;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:50:57:0:0:50:57:0:0 chr22 38119754 . TCAA T 200.08 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00123614;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.236;QD=15.1001;RBI=0.00614084;REFB=-0.018538;REVB=-0.00601514;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981261;STB=0.555872;STBP=0.517;TYPE=del;VARB=0.0218305;OID=.;OPOS=38119755;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433962:23:54:23:53:30:13:10:14:16:99:30:13:10:14:16 chr22 38120175 . GCCT G 41.69 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.013293;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=3;MLLD=209.977;QD=7.25098;RBI=0.0365602;REFB=-0.0325704;REVB=-0.0340579;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0.384121;SSEP=0;SSSB=0.0350874;STB=0.549857;STBP=0.76;TYPE=del;VARB=0.057299;OID=.;OPOS=38120176;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:7:24:7:23:16:4:3:8:8:41:13:4:3:7:6 chr22 38121152 . C A 480.64 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0172888;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.026;QD=20.0266;RBI=0.0333812;REFB=-0.0110344;REVB=0.0285553;RO=50;SAF=33;SAR=14;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165656;STB=0.59644;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0119426;OID=.;OPOS=38121152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:50:49:47:47:0.489583:14:33:27:23:14:33:26:23 chr22 38122122 . T C 999.12 PASS AF=0.488152;AO=103;DP=210;FAO=103;FDP=211;FR=.;FRO=108;FSAF=20;FSAR=83;FSRF=27;FSRR=81;FWDB=-0.0305337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3348;QD=18.9406;RBI=0.0498715;REFB=-0.00136778;REVB=-0.0394317;RO=107;SAF=20;SAR=83;SRF=26;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685989;STB=0.54323;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00112231;OID=.;OPOS=38122122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:107:108:103:103:0.488152:83:20:26:81:83:20:27:81 chr22 38122448 . C T 680.13 PASS AF=0.463087;AO=40;DP=149;FAO=69;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.148047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3528;QD=18.2584;RBI=0.14805;REFB=-0.0324918;REVB=0.000910025;RO=53;SAF=5;SAR=35;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221496;STB=0.503725;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0476699;OID=.;OPOS=38122448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:53:80:40:69:0.463087:35:5:13:40:41:28:33:47 chr22 38122462 . A G 605.16 PASS AF=0.446809;AO=62;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0321198;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.917;QD=17.1678;RBI=0.0429626;REFB=-0.0297761;REVB=-0.0285325;RO=78;SAF=24;SAR=38;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374739;STB=0.515069;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0349032;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:78:78:62:63:0.446809:38:24:33:45:38:25:33:45 chr22 38129332 . G A 1321.06 PASS AF=0.457912;AO=132;DP=294;FAO=136;FDP=297;FR=.;FRO=161;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=93;FSRR=68;FWDB=-0.0349621;FXX=0.00335559;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.129;QD=17.792;RBI=0.141882;REFB=-0.0104286;REVB=0.137506;RO=162;SAF=75;SAR=57;SRF=94;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122586;STB=0.514378;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0142729;OID=.;OPOS=38129332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:297:162:161:132:136:0.457912:57:75:94:68:61:75:93:68 chr22 38130472 . T C 2235.9 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.592;QD=63.4298;RBI=0.0275096;REFB=0;REVB=-0.00853217;RO=0;SAF=69;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40775e-05;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:72:69:0:0:72:69:0:0 chr22 38170026 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.74;QD=53.9104;RBI=0.0237125;REFB=0;REVB=-0.0124731;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52034e-05;OID=.;OPOS=38170026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr22 38202398 . A AC 110.2 PASS AF=0.431818;AO=6;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=0;FSRF=25;FSRR=0;FWDB=0.029641;FXX=0.0222173;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.1838;QD=10.0179;RBI=0.029641;REFB=-0.0154881;REVB=0;RO=38;SAF=6;SAR=0;SRF=38;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0316506;OID=.;OPOS=38202399;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:6:45:19:44:25:19:0:25:0:99:38:6:0:38:0 chr22 38202399 . T C 115.7 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=29;FSRR=0;FWDB=0.0061261;FXX=0.0444346;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6725;QD=10.7626;RBI=0.0061261;REFB=-0.018824;REVB=0;RO=26;SAF=13;SAR=0;SRF=26;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0337266;OID=.;OPOS=38202399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:26:29:13:14:0.325581:0:13:26:0:0:14:29:0 chr22 38202552 . T C 1656.83 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871583;FXX=0.0178555;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9183;QD=60.2483;RBI=0.0106886;REFB=0;REVB=0.00618705;RO=0;SAF=32;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28754e-05;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:77:32:0:0:77:33:0:0 chr22 38202642 . G T 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125076;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.516;QD=59.0423;RBI=0.0162581;REFB=0.00818494;REVB=-0.0103868;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-1.55381e-05;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:0:1:23:18:0:1 chr22 38202734 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000304637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.12;QD=57.6807;RBI=0.00701151;REFB=0;REVB=0.00700489;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45704e-05;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr22 38204089 . C T 1005.09 PASS AF=0.434783;AO=110;DP=255;FAO=110;FDP=253;FR=.;FRO=143;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=66;FSRR=77;FWDB=0.0145228;FXX=0.00784283;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.956;QD=15.8908;RBI=0.0174156;REFB=-0.00785703;REVB=-0.00961203;RO=142;SAF=48;SAR=62;SRF=65;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219619;STB=0.514408;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0107574;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:253:142:143:110:110:0.434783:62:48:65:77:62:48:66:77 chr22 38205989 . T C 494.91 PASS AF=0.375839;AO=56;DP=149;FAO=56;FDP=149;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.00924126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.016;QD=13.2862;RBI=0.00939666;REFB=-0.0275869;REVB=0.00170184;RO=91;SAF=29;SAR=27;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121248;STB=0.561269;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0481657;OID=.;OPOS=38205989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:91:93:56:56:0.375839:27:29:37:54:27:29:39:54 chr22 38240280 . C T 41.86 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.106303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9649;QD=18.6034;RBI=0.1166;REFB=-0.0326351;REVB=-0.0479079;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354507;STB=0.713466;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0218009;OID=.;OPOS=38240280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:2:1:5:1:2:1 chr22 38273749 . T C 220.9 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0219625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.815;QD=18.0323;RBI=0.0244729;REFB=-0.00508021;REVB=-0.0107969;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167856;STB=0.509545;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00599982;OID=.;OPOS=38273749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:15:7:9:18:15:7:9:18 chr22 38323507 . G T 527.19 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=0.0217183;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9967;QD=20.2765;RBI=0.0217415;REFB=-0.0100253;REVB=0.00100282;RO=50;SAF=31;SAR=23;SRF=38;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171374;STB=0.593904;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00957491;OID=.;OPOS=38323507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:50:50:54:54:0.519231:23:31:38:12:23:31:38:12 chr22 38341134 . T C 393.16 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0213886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.867;QD=13.675;RBI=0.0222621;REFB=0.0034576;REVB=0.00617462;RO=69;SAF=23;SAR=23;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384398;STB=0.52173;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00544903;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:69:46:46:0.4:23:23:37:32:23:23:37:32 chr22 38369976 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0132805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.741;QD=8.8111;RBI=0.0214735;REFB=-0.023536;REVB=-0.0168742;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132203;STB=0.583047;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0223063;OID=.;OPOS=38369976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:5:6:4:2:5:6 chr22 38382762 . GGCC GC,G,GGC 169.93 PASS AF=1,0,0;AO=3,2,7;DP=18;FAO=18,0,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0,0;FSAR=2,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193668,0.0199055,-0.245717;FXX=0.0526039;HRUN=4,4,4;LEN=2,3,1;MLLD=15.6999,14.5789,8.32307;QD=37.7629;RBI=0.220634,0.0389825,0.249005;REFB=0,0,0;REVB=-0.105697,-0.0335172,0.0403342;RO=1;SAF=3,2,7;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.445946,0.445946,0;SSEP=0,0,0.625;SSSB=0.727144,0.697199,0.794046;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.00328246,0.0185196,0;OID=.,.,.;OPOS=38382763,38382763,38382764;OREF=GC,GCC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GC,G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:3,2,7:18:18,0,0:18:0:16,0,0:2,0,0:0:0:3:1:3,2,7:0,0,0:0:1 chr22 38474696 . A G 1384.13 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187967;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.781;QD=62.9148;RBI=0.0290309;REFB=0;REVB=0.0221241;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234773;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:55:33:0:0:55:33:0:0 chr22 38477342 . T A 261.07 PASS AF=0.631579;AO=21;DP=37;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00794966;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.156;QD=27.4807;RBI=0.0168536;REFB=-0.0206638;REVB=0.0148609;RO=10;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785164;STB=0.507036;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0178802;OID=.;OPOS=38477342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:10:14:21:24:0.631579:15:6:4:6:15:9:5:9 chr22 38477930 . G A 418.02 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0369804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5841;QD=19.9057;RBI=0.0468498;REFB=0.0138989;REVB=0.0287638;RO=42;SAF=16;SAR=26;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225877;STB=0.512539;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0173918;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:26:16:17:25:26:16:17:25 chr22 38482385 . G A 1582.8 PASS AF=0.577519;AO=148;DP=257;FAO=149;FDP=258;FR=.;FRO=109;FSAF=88;FSAR=61;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=-0.00772693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3694;QD=24.5395;RBI=0.0690996;REFB=-0.00287037;REVB=0.0686662;RO=107;SAF=88;SAR=60;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107247;STB=0.560265;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00206513;OID=.;OPOS=38482385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:258:107:109:148:149:0.577519:60:88:49:58:61:88:49:60 chr22 38503847 . C T 670.18 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0113944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.404;QD=54.7083;RBI=0.0248628;REFB=-0.0391544;REVB=0.0220981;RO=4;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089208;STB=0.547598;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0020211;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:49:49:4:4:45:45:0.918367:19:26:0:4:19:26:0:4 chr22 38506509 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.708;QD=62.9829;RBI=0.0195841;REFB=0;REVB=0.0112837;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45659e-06;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr22 38611045 . C A 1593.61 PASS AF=0.410758;AO=156;DP=419;FAO=168;FDP=409;FR=.,HEALED;FRO=228;FSAF=105;FSAR=63;FSRF=123;FSRR=105;FWDB=-0.030267;FXX=0.0421536;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.719;QD=15.5855;RBI=0.0445405;REFB=-0.0315284;REVB=-0.0326766;RO=147;SAF=96;SAR=60;SRF=84;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407425;STB=0.551175;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0354493;OID=.;OPOS=38611045;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:409:147:228:156:168:0.410758:60:96:84:63:63:105:123:105 chr22 38611080 . C G 1857.39 PASS AF=0.512465;AO=183;DP=363;FAO=185;FDP=361;FR=.;FRO=176;FSAF=84;FSAR=101;FSRF=95;FSRR=81;FWDB=-0.0438124;FXX=0.0163483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.589;QD=20.5805;RBI=0.0804335;REFB=-0.00697056;REVB=-0.0674538;RO=168;SAF=84;SAR=99;SRF=92;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077677;STB=0.541818;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00523434;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:361:168:176:183:185:0.512465:99:84:92:76:101:84:95:81 chr22 38615536 . A T 37.16 PASS AF=0.5;AO=2;DP=10;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0268866;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=69.4083;QD=12.3876;RBI=0.128995;REFB=-0.394937;REVB=-0.126162;RO=3;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.74993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.148709;OID=.;OPOS=38615536;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:10:12:3:6:2:6:0.5:0:2:0:3:4:2:2:4 chr22 38757547 . G C 59.16 PASS AF=0.0785714;AO=23;DP=282;FAO=22;FDP=280;FR=.;FRO=258;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=111;FSRR=147;FWDB=-0.0162414;FXX=0.00709195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7455;QD=0.845187;RBI=0.0187773;REFB=-0.00302336;REVB=0.00942361;RO=256;SAF=8;SAR=15;SRF=111;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102894;STB=0.563922;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0168873;OID=.;OPOS=38757547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:282:280:256:258:23:22:0.0785714:15:8:111:145:14:8:111:147 chr22 38757572 . T C 105.56 PASS AF=0.139394;AO=23;DP=168;FAO=23;FDP=165;FR=.;FRO=142;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=98;FWDB=0.00475275;FXX=0.0178561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.762;QD=2.55904;RBI=0.00739879;REFB=-0.000707586;REVB=0.0056704;RO=141;SAF=8;SAR=15;SRF=43;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061768;STB=0.536786;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00656891;OID=.;OPOS=38757572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:165:141:142:23:23:0.139394:15:8:43:98:15:8:44:98 chr22 38823136 . T C 1245.26 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6791;QD=61.4942;RBI=0.0233163;REFB=0;REVB=-0.0144035;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120172;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr22 38877461 . T G 1293.08 PASS AF=0.581731;AO=121;DP=208;FAO=121;FDP=208;FR=.;FRO=87;FSAF=70;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.00861279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.658;QD=24.867;RBI=0.0119597;REFB=-0.0258974;REVB=0.00829791;RO=87;SAF=70;SAR=51;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11865;STB=0.56437;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0145863;OID=.;OPOS=38877461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:87:87:121:121:0.581731:51:70:37:50:51:70:37:50 chr22 38963624 . C T 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0199014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.791;QD=16.4077;RBI=0.0200262;REFB=-0.0017013;REVB=0.0022328;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202822;STB=0.511617;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00410423;OID=.;OPOS=38963624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:16:13:9:12:16:13 chr22 38993370 . C T 824.82 PASS AF=0.441176;AO=90;DP=204;FAO=90;FDP=204;FR=.;FRO=114;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=0.00501401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.804;QD=16.1729;RBI=0.0199154;REFB=-0.0102442;REVB=-0.0192739;RO=113;SAF=34;SAR=56;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103459;STB=0.560364;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0112094;OID=.;OPOS=38993370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:113:114:90:90:0.441176:56:34:54:59:56:34:55:59 chr22 39069181 . T C 456.18 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00686868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.098;QD=20.2748;RBI=0.011112;REFB=-0.00864508;REVB=0.00873483;RO=45;SAF=20;SAR=25;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020347;STB=0.511273;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00755667;OID=.;OPOS=39069181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:25:20:19:26:25:20:19:26 chr22 39079964 . T C 135.03 PASS AF=0.363636;AO=13;DP=42;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00561901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.552;QD=12.2757;RBI=0.0201026;REFB=-0.0126708;REVB=0.0193013;RO=27;SAF=0;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.762751;STB=0.6997;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0381518;OID=.;OPOS=39079964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:27:28:13:16:0.363636:13:0:9:18:14:2:9:19 chr22 39130843 . C G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0193004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.348;QD=13.4059;RBI=0.0198337;REFB=0.0041832;REVB=-0.00456835;RO=33;SAF=6;SAR=17;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442178;STB=0.75871;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00523292;OID=.;OPOS=39130843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:23:23:0.403509:17:6:23:10:17:6:24:10 chr22 39178701 . A G 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.892;QD=63.8861;RBI=0.0573675;REFB=0;REVB=0.030526;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033326;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:57:40:0:0:57:40:0:0 chr22 39222652 . G A 2555.45 PASS AF=0.988166;AO=166;DP=169;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0210298;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.555;QD=60.4839;RBI=0.0306252;REFB=-0.135248;REVB=0.0222633;RO=1;SAF=82;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563188;STB=0.505813;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000544557;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:169:1:2:166:167:0.988166:84:82:0:1:85:82:0:2 chr22 39261556 . G A 597.23 PASS AF=0.426752;AO=67;DP=157;FAO=67;FDP=157;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0083559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.025;QD=15.2161;RBI=0.0100885;REFB=-0.0112657;REVB=0.00565302;RO=89;SAF=29;SAR=38;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172066;STB=0.513212;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0179272;OID=.;OPOS=39261556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:89:90:67:67:0.426752:38:29:40:49:38:29:41:49 chr22 39357581 . C T 137.8 PASS AF=0.195122;AO=24;DP=123;FAO=24;FDP=123;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.00873048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.94;QD=4.48145;RBI=0.0685023;REFB=0.00054421;REVB=0.0679437;RO=99;SAF=12;SAR=12;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122546;STB=0.577173;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00144478;OID=.;OPOS=39357581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:99:99:24:24:0.195122:12:12:40:59:12:12:40:59 chr22 39381826 . A G 1445.22 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00617919;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.701;QD=58.3927;RBI=0.00880577;REFB=-0.0238507;REVB=0.00627369;RO=1;SAF=61;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771294;STB=0.504064;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000538549;OID=.;OPOS=39381826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:98:98:0.989899:37:61:1:0:37:61:1:0 chr22 39381999 . T C 417.96 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0414268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.238;QD=53.9307;RBI=0.0578272;REFB=0.0625408;REVB=-0.0403461;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00301721;OID=.;OPOS=39381999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:0:1:14:16:0:1 chr22 39382079 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.986;QD=56.706;RBI=0.0715376;REFB=0;REVB=0.0131893;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337746;OID=.;OPOS=39382079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr22 39382376 . A C 1134.42 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00360634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.252;QD=56.7208;RBI=0.0442521;REFB=0.00349515;REVB=0.0441049;RO=3;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410959;STB=0.521733;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-2.90965e-07;OID=.;OPOS=39382376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:33:44:0:3:33:44:0:3 chr22 39387558 . C T 1083.29 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.000980256;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.723;QD=54.1644;RBI=0.0135197;REFB=-0.00342458;REVB=-0.0134841;RO=5;SAF=28;SAR=47;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773195;STB=0.540973;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000857658;OID=.;OPOS=39387558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:80:80:5:5:75:75:0.9375:47:28:5:0:47:28:5:0 chr22 39440149 . C T 227.11 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0116455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.5033;QD=21.1265;RBI=0.0413675;REFB=0.0186001;REVB=0.0396945;RO=20;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829308;STB=0.568179;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0170261;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:21:22:22:0.511628:17:5:6:14:17:5:7:14 chr22 39441096 . G T 423.44 PASS AF=0.234043;AO=66;DP=282;FAO=66;FDP=282;FR=.;FRO=216;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=132;FSRR=84;FWDB=0.0119968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.042;QD=6.00626;RBI=0.0170114;REFB=-0.00874764;REVB=-0.0120609;RO=213;SAF=38;SAR=28;SRF=130;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453061;STB=0.527942;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0211281;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:213:216:66:66:0.234043:28:38:130:83:28:38:132:84 chr22 39441203 . C T 396.59 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0357029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.083;QD=17.8243;RBI=0.0380069;REFB=0.00449962;REVB=-0.0130318;RO=48;SAF=16;SAR=25;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265824;STB=0.514867;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00543229;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:25:16:20:28:25:16:20:28 chr22 39445554 . G A 311.54 PASS AF=0.333333;AO=40;DP=120;FAO=40;FDP=120;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0185651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.45;QD=10.3845;RBI=0.0220188;REFB=0.000513623;REVB=0.0118392;RO=80;SAF=16;SAR=24;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130853;STB=0.575719;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.000940317;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:80:80:40:40:0.333333:24:16:41:39:24:16:41:39 chr22 39482461 . G A 545.92 PASS AF=0.533981;AO=53;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0347102;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.825;QD=21.2006;RBI=0.0372421;REFB=-0.0169627;REVB=-0.0134974;RO=44;SAF=28;SAR=25;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172618;STB=0.597867;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0201832;OID=.;OPOS=39482461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:48:53:55:0.533981:25:28:14:30:25:30:16:32 chr22 39496322 . TAAC T 482.59 PASS AF=0.429348;AO=77;DP=177;FAO=79;FDP=184;FR=.;FRO=105;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=0.00170833;FXX=0.0160419;HRUN=2;LEN=3;MLLD=320.661;QD=10.491;RBI=0.00628312;REFB=0.00215491;REVB=-0.00604642;RO=93;SAF=38;SAR=39;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200897;STB=0.506328;STBP=0.892;TYPE=del;VARB=-0.0026273;OID=.;OPOS=39496323;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.429348:77:177:79:184:105:39:40:53:52:99:93:38:39:44:49 chr22 39496336 . G T 817.63 PASS AF=0.459459;AO=85;DP=185;FAO=85;FDP=185;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.0229889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.695;QD=17.6785;RBI=0.0240856;REFB=-0.0255532;REVB=-0.0071852;RO=100;SAF=42;SAR=43;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00573689;STB=0.503179;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.012047;OID=.;OPOS=39496336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:100:100:85:85:0.459459:43:42:50:50:43:42:50:50 chr22 39496412 . G C 382.59 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0269974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.846;QD=13.543;RBI=0.0350647;REFB=-0.00691564;REVB=-0.0223757;RO=68;SAF=28;SAR=17;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541512;STB=0.530683;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00877994;OID=.;OPOS=39496412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:68:45:45:0.39823:17:28:39:29:17:28:39:29 chr22 39497509 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7097;QD=57.3847;RBI=0.0657044;REFB=0;REVB=0.00701687;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396296;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr22 39498038 . G C 348.21 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0177074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.447;QD=17.4107;RBI=0.02037;REFB=-0.0151179;REVB=-0.010069;RO=43;SAF=24;SAR=13;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0026494;STB=0.501483;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0235505;OID=.;OPOS=39498038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:13:24:28:15:13:24:28:15 chr22 39499653 . C T 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0273525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.187;QD=25.3158;RBI=0.0347435;REFB=-0.0203902;REVB=0.0214231;RO=13;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.572452;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0158583;OID=.;OPOS=39499653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:14:6:2:11:14:6:2:11 chr22 39636898 . AG AGTCTC,TC 281.34 PASS AF=0.325,0.0875;AO=21,9;DP=82;FAO=26,7;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=2,0;FSAR=24,7;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.215916,-0.105534;FXX=0.0588166;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=116.081,66.9948;QD=14.0667;RBI=0.224726,0.15885;REFB=-0.0911362,-0.0871591;REVB=-0.0623073,-0.118725;RO=35;SAF=1,0;SAR=20,9;SRF=4;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.270013,-0.639223;STB=0.770812,0.997889;STBP=0.015,0.039;TYPE=ins,mnp;VARB=0.141761,0.185396;OID=.,.;OPOS=39636900,39636898;OREF=-,AG;OALT=TCTC,TC;OMAPALT=AGTCTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:35:47:21,9:26,7:0.325,0.0875:20,9:1,0:4:31:24,7:2,0:14:33 chr22 39709009 . G A 453.0 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.000761204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.012;QD=14.8523;RBI=0.00125984;REFB=-0.0381385;REVB=0.00100388;RO=68;SAF=24;SAR=27;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015015;STB=0.503387;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0487548;OID=.;OPOS=39709009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:68:71:51:51:0.418033:27:24:33:35:27:24:33:38 chr22 39712981 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.66;QD=61.0492;RBI=0.0644294;REFB=0;REVB=0.00642537;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50909e-05;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr22 39714490 . C T 130.61 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0155416;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.34;QD=12.7426;RBI=0.0216204;REFB=-0.0137575;REVB=0.0150299;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678697;STB=0.539946;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0288832;OID=.;OPOS=39714490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:6:9:14:12:6:9:14:12 chr22 39770597 . A G 544.08 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384305;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6596;QD=60.4529;RBI=0.0414825;REFB=0;REVB=-0.0156172;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694909;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 2091.59 PASS AF=1;AO=131;DP=157;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460713;FXX=0.0289834;HRUN=3;LEN=3;MLLD=284.767;QD=62.4355;RBI=0.00678079;REFB=0;REVB=0.00497527;RO=25;SAF=68;SAR=63;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731802;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.08435e-06;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:131:157:134:134:0:70:64:0:0:11:25:68:63:19:6 chr22 39781585 . C T 2328.54 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563318;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4566;QD=63.7956;RBI=0.0571244;REFB=0;REVB=0.00948284;RO=0;SAF=70;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200904;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:145:146:1:75:70:0:0:75:71:0:0 chr22 39813759 . T C 677.84 PASS AF=0.485714;AO=67;DP=138;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.0361012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6177;QD=19.367;RBI=0.0640018;REFB=0.0196976;REVB=-0.0528483;RO=71;SAF=38;SAR=29;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977689;STB=0.502145;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0248193;OID=.;OPOS=39813759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:71:72:67:68:0.485714:29:38:41:30:29:39:41:31 chr22 39814765 . G C 444.6 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0343941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7757;QD=13.8937;RBI=0.0354872;REFB=-0.00995325;REVB=0.00873983;RO=76;SAF=20;SAR=31;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102487;STB=0.562202;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0157417;OID=.;OPOS=39814765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:76:77:51:51:0.398438:31:20:37:39:31:20:38:39 chr22 39883736 . G C 590.02 PASS AF=0.455224;AO=35;DP=139;FAO=61;FDP=134;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=73;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0133225;FXX=0.0428541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.898;QD=17.6125;RBI=0.10467;REFB=-0.0227686;REVB=0.103819;RO=35;SAF=16;SAR=19;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153002;STB=0.509951;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0303424;OID=.;OPOS=39883736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:134:35:73:35:61:0.455224:19:16:22:13:37:24:30:43 chr22 39887686 . A G 449.95 PASS AF=0.581081;AO=42;DP=73;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00640436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.001;QD=24.3217;RBI=0.01374;REFB=-0.0142951;REVB=0.0121561;RO=31;SAF=6;SAR=36;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347216;STB=0.695381;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0140756;OID=.;OPOS=39887686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:31:31:42:43:0.581081:36:6:14:17:37:6:14:17 chr22 39913557 . G A 577.45 PASS AF=0.458647;AO=57;DP=131;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=0.0532729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1168;QD=17.367;RBI=0.110433;REFB=-0.0199108;REVB=0.0967342;RO=70;SAF=44;SAR=13;SRF=48;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112051;STB=0.535617;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0255657;OID=.;OPOS=39913557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:70:72:57:61:0.458647:13:44:48:22:17:44:48:24 chr22 39917515 . A C 263.99 PASS AF=0.520833;AO=23;DP=46;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00106883;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.522;QD=21.999;RBI=0.00107511;REFB=-0.0178054;REVB=0.000116094;RO=22;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575055;STB=0.56039;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0206454;OID=.;OPOS=39917515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:22:23:23:25:0.520833:8:15:13:9:8:17:13:10 chr22 39966856 . C T 353.1 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=34;FWDB=0.0776067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9609;QD=18.5842;RBI=0.0863043;REFB=-0.0194479;REVB=0.0377575;RO=39;SAF=13;SAR=24;SRF=5;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247106;STB=0.635687;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0545351;OID=.;OPOS=39966856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:24:13:5:34:24:13:5:34 chr22 40045915 . C T 641.0 PASS AF=0.533333;AO=62;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.016017;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.317;QD=21.3666;RBI=0.0315673;REFB=-0.0100096;REVB=0.027202;RO=53;SAF=19;SAR=43;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199793;STB=0.619167;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00901354;OID=.;OPOS=40045915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:53:56:62:64:0.533333:43:19:28:25:44:20:31:25 chr22 40054948 . T C 1485.11 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0612689;FXX=0.0312467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4176;QD=63.8756;RBI=0.0697456;REFB=0;REVB=0.0333251;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234213;OID=.;OPOS=40054948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr22 40057273 . T C 3841.9 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122735;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.836;QD=63.766;RBI=0.0456682;REFB=0;REVB=0.043988;RO=0;SAF=146;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28161e-05;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:241:0:0:241:241:1:95:146:0:0:95:146:0:0 chr22 40425765 . C CA 402.89 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=126;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0260353;FXX=0.0163921;HRUN=0;LEN=1;MLLD=192.271;QD=13.4296;RBI=0.0281299;REFB=-0.013769;REVB=-0.0106515;RO=79;SAF=24;SAR=23;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919684;STB=0.510634;STBP=0.877;TYPE=ins;VARB=0.0237614;OID=.;OPOS=40425766;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391667:47:126:47:120:73:24:23:36:37:99:79:24:23:41:38 chr22 40425768 . GA CC 401.12 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0168088;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=2;MLLD=121.811;QD=13.3706;RBI=0.0173829;REFB=0.0046465;REVB=-0.00443038;RO=72;SAF=24;SAR=23;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113699;STB=0.510634;STBP=0.877;TYPE=mnp;VARB=-0.00984238;OID=.;OPOS=40425768;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:72:73:47:47:0.391667:23:24:36:36:23:24:36:37 chr22 40425771 . T A 408.03 PASS AF=0.396694;AO=47;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0503419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7422;QD=13.4885;RBI=0.0515934;REFB=-0.0263878;REVB=-0.0112946;RO=73;SAF=24;SAR=23;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187728;STB=0.50413;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0276056;OID=.;OPOS=40425771;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:73:73:47:48:0.396694:23:24:36:37:24:24:36:37 chr22 40574170 . T A 127.92 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0738302;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=39.3371;QD=9.13697;RBI=0.077338;REFB=-0.00198801;REVB=-0.0230278;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366583;STB=0.647158;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.01218;OID=.;OPOS=40574170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:56:26:38:18:18:0.321429:10:8:3:23:10:8:9:29 chr22 40673999 . C T 1537.62 PASS AF=1;AO=86;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1199;QD=62.7602;RBI=0.102295;REFB=0;REVB=0.102114;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375154;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:86:98:1:33:53:0:0:41:57:0:0 chr22 40720704 . A G 1465.43 PASS AF=0.494881;AO=145;DP=293;FAO=145;FDP=293;FR=.;FRO=148;FSAF=84;FSAR=61;FSRF=87;FSRR=61;FWDB=-0.0563048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.146;QD=20.0059;RBI=0.0629683;REFB=0.0112391;REVB=-0.0281917;RO=147;SAF=84;SAR=61;SRF=87;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118181;STB=0.504424;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0126031;OID=.;OPOS=40720704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:147:148:145:145:0.494881:61:84:87:60:61:84:87:61 chr22 40722745 . A G 253.54 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0160633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.367;QD=10.6754;RBI=0.0163089;REFB=-0.0253228;REVB=-0.00281999;RO=64;SAF=8;SAR=23;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196793;STB=0.615668;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0447143;OID=.;OPOS=40722745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:23:8:26:38:23:8:26:38 chr22 40726749 . C T 458.97 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0351873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.089;QD=20.8621;RBI=0.0372092;REFB=-0.015935;REVB=-0.0120988;RO=43;SAF=26;SAR=19;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120393;STB=0.56662;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0151698;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:19:26:19:24:19:26:19:24 chr22 40726762 . A G 352.25 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0626679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4432;QD=18.2985;RBI=0.0694913;REFB=-0.023725;REVB=0.0300297;RO=40;SAF=23;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139329;STB=0.577847;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.02834;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:14:23:19:21:14:23:19:21 chr22 40730869 . GATTTTTT AGTATTTT,GATTTTT,GATTTTTA 32.72 PASS AF=0.0408163,0.22449,0.0204082;AO=2,8,2;DP=53;FAO=2,11,1;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=0,5,0;FSAR=2,6,1;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0105493,0.211308,0.0508684;FXX=0.0925755;HRUN=2,6,6;LEN=4,1,1;MLLD=277.689,9.27222,14.7337;QD=2.67089;RBI=0.0387386,0.254058,0.14119;REFB=-0.00374642,-0.0945847,-0.0701408;REVB=-0.0372745,-0.141046,-0.131708;RO=28;SAF=0,4,0;SAR=2,4,2;SRF=22;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.371429,0;SSSB=-0.636356,-0.35754,-0.636356;STB=0.996771,0.691999,0.993949;STBP=0.035,0.188,0.142;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0365505,0.0972845,0.0279925;OID=.,.,.;OPOS=40730869,40730871,40730876;OREF=GATT,T,T;OALT=AGTA,-,A;OMAPALT=AGTATTTT,GATTTTT,GATTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:53:49:28:35:2,8,2:2,11,1:0.0408163,0.22449,0.0204082:2,4,2:0,4,0:22:6:2,6,1:0,5,0:25:10 chr22 40803186 . G T 395.52 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0272231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1567;QD=17.5785;RBI=0.0400945;REFB=-0.0068573;REVB=0.0294358;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397105;STB=0.526748;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00803195;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:48:49:41:41:0.455556:24:17:18:30:24:17:18:31 chr22 40814500 . T C 391.22 PASS AF=0.424528;AO=44;DP=107;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0147545;FXX=0.0363603;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.024;QD=14.7631;RBI=0.0166441;REFB=-0.0100279;REVB=-0.00770279;RO=60;SAF=21;SAR=23;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403718;STB=0.533319;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0204575;OID=.;OPOS=40814500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:60:61:44:45:0.424528:23:21:31:29:24:21:32:29 chr22 41075543 . A G 934.41 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0249327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.392;QD=54.1686;RBI=0.0660963;REFB=0.0477085;REVB=-0.0612134;RO=3;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422543;STB=0.522381;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00408818;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:32:34:0:3:32:34:0:3 chr22 41075695 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.248;QD=57.7115;RBI=0.0456322;REFB=0;REVB=0.0092285;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61988e-05;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr22 41548008 . A G 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.018435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.051;QD=21.277;RBI=0.0232683;REFB=-0.0022577;REVB=-0.0141973;RO=31;SAF=13;SAR=26;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754537;STB=0.554427;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00170701;OID=.;OPOS=41548008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:34:39:39:0.534247:26:13:13:18:26:13:15:19 chr22 41551039 . T A 527.4 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.00320218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.958;QD=14.6499;RBI=0.00569047;REFB=0.00719695;REVB=-0.00470399;RO=85;SAF=28;SAR=30;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000428763;STB=0.503596;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0102985;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:85:86:58:58:0.402778:30:28:41:44:30:28:41:45 chr22 41574969 . TGTA T 61.65 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0119592;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=3;MLLD=354.021;QD=14.5066;RBI=0.0159639;REFB=-0.0097549;REVB=0.0105746;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775671;STB=0.589955;STBP=0.597;TYPE=del;VARB=0.00991262;OID=.;OPOS=41574970;OREF=GTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:8:16:8:17:9:3:5:2:7:61:7:3:5:2:5 chr22 41604353 . C T 37.83 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0100882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.507;QD=9.45689;RBI=0.109222;REFB=-0.0127938;REVB=0.108755;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.562295;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0219801;OID=.;OPOS=41604353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:4:6:3:3:4:6 chr22 41604399 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0200695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6881;QD=21.5459;RBI=0.0540671;REFB=-0.0213477;REVB=-0.0502043;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215412;STB=0.512178;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0111903;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:8:6:4:6:8:6:4:6 chr22 41610024 . G A 669.9 PASS AF=0.470199;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=151;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.034052;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.523;QD=17.7457;RBI=0.0344174;REFB=-0.00400466;REVB=0.0050018;RO=79;SAF=35;SAR=36;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596134;STB=0.536038;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00729215;OID=.;OPOS=41610024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:79:80:71:71:0.470199:36:35:34:45:36:35:34:46 chr22 41613188 . C T 423.64 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00439183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.928;QD=16.1386;RBI=0.0051383;REFB=-0.00719154;REVB=0.00266719;RO=57;SAF=19;SAR=28;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000760077;STB=0.505455;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00782142;OID=.;OPOS=41613188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:58:47:47:0.447619:28:19:23:34:28:19:24:34 chr22 41617318 . G C 2293.3 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.19;QD=63.7027;RBI=0.0358184;REFB=0;REVB=0.035681;RO=0;SAF=76;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22153e-05;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:68:76:0:0:68:76:0:0 chr22 41623351 . A G 249.06 PASS AF=0.459016;AO=26;DP=59;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0120948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.572;QD=16.3318;RBI=0.0199242;REFB=-0.0197252;REVB=0.0158331;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924233;STB=0.534223;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.023316;OID=.;OPOS=41623351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:33:33:26:28:0.459016:15:11:11:22:17:11:11:22 chr22 41623890 . T A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0492371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6399;QD=24.127;RBI=0.0603988;REFB=0.0261814;REVB=0.0349818;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202648;STB=0.613598;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0119942;OID=.;OPOS=41623890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:7:4:11:6:7:4 chr22 41645757 . C G 919.79 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.956;QD=58.3994;RBI=0.0268215;REFB=0;REVB=-0.000599425;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55983e-05;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr22 41726053 . G A 498.16 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0675617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7797;QD=24.0077;RBI=0.0685033;REFB=0.00678406;REVB=0.0113193;RO=36;SAF=25;SAR=22;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112692;STB=0.561772;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00454013;OID=.;OPOS=41726053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:22:25:14:22:22:25:14:22 chr22 41734292 . CGCCA C 228.96 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0166781;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=274.75;QD=16.067;RBI=0.0319236;REFB=-0.0223827;REVB=-0.0272205;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484183;STB=0.543826;STBP=0.567;TYPE=del;VARB=0.0259855;OID=.;OPOS=41734293;OREF=GCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45614:26:57:26:57:31:13:13:18:13:99:29:13:13:16:13 chr22 41752747 . G A 584.48 PASS AF=0.384181;AO=68;DP=177;FAO=68;FDP=177;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=0.00134926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.388;QD=13.2086;RBI=0.00300862;REFB=-0.00480317;REVB=-0.0026891;RO=107;SAF=35;SAR=33;SRF=45;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101829;STB=0.55692;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00492633;OID=.;OPOS=41752747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:107:109:68:68:0.384181:33:35:45:62:33:35:46:63 chr22 41783659 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.000495043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.435;QD=17.6891;RBI=0.00755652;REFB=0.00885054;REVB=-0.00754029;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897061;STB=0.550973;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0233406;OID=.;OPOS=41783659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:10:11:16:10:10:11:16:10 chr22 41829794 . C G 104.27 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00325688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.476;QD=6.31952;RBI=0.00397785;REFB=-0.000852186;REVB=-0.00228386;RO=50;SAF=10;SAR=6;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106969;STB=0.566322;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00365851;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:6:10:27:23:6:10:27:23 chr22 41833116 . C T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0172247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.871;QD=21.0074;RBI=0.0172278;REFB=0.00358267;REVB=-0.000326857;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422077;STB=0.523784;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00349125;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:8:9:11:8:8:9 chr22 41903813 . A C 827.58 PASS AF=0.5;AO=82;DP=167;FAO=84;FDP=168;FR=.;FRO=84;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.010877;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.425;QD=19.7043;RBI=0.0113962;REFB=-0.0195086;REVB=-0.00340052;RO=85;SAF=57;SAR=25;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11051;STB=0.55252;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0169019;OID=.;OPOS=41903813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:85:84:82:84:0.5:25:57:50:35:27:57:49:35 chr22 42059768 . G T 718.68 PASS AF=0.47205;AO=76;DP=162;FAO=76;FDP=161;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.00170832;FXX=0.00617246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.149;QD=17.8554;RBI=0.00723649;REFB=-0.0263537;REVB=-0.00703196;RO=84;SAF=37;SAR=39;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668186;STB=0.533499;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0373103;OID=.;OPOS=42059768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:84:85:76:76:0.47205:39:37:35:49:39:37:36:49 chr22 42089623 . T C 492.67 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0105387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.114;QD=17.4398;RBI=0.051545;REFB=-0.0185261;REVB=-0.0504561;RO=59;SAF=25;SAR=28;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273668;STB=0.50268;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0176806;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:60:53:53:0.469027:28:25:28:31:28:25:28:32 chr22 42159229 . G T 310.4 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0051751;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5815;QD=13.6441;RBI=0.027745;REFB=0.00806258;REVB=0.027258;RO=56;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902356;STB=0.551343;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0129424;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:56:56:35:35:0.384615:19:16:21:35:19:16:21:35 chr22 42276742 . G C 1178.76 PASS AF=0.473077;AO=123;DP=260;FAO=123;FDP=260;FR=.;FRO=137;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=56;FSRR=81;FWDB=-0.0480065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0062;QD=18.1348;RBI=0.0491023;REFB=0.0266777;REVB=-0.0103157;RO=137;SAF=58;SAR=65;SRF=56;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604704;STB=0.533311;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0319241;OID=.;OPOS=42276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:137:137:123:123:0.473077:65:58:56:81:65:58:56:81 chr22 42293140 . G C 209.76 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.0209485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.113;QD=18.6454;RBI=0.0368625;REFB=-0.0353136;REVB=0.0303316;RO=24;SAF=18;SAR=3;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438638;STB=0.524975;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0347691;OID=.;OPOS=42293140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:3:18:20:4:3:18:20:4 chr22 42300948 . C A 199.12 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0285713;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4044;QD=18.9638;RBI=0.0296425;REFB=-0.0433728;REVB=0.0078967;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797219;STB=0.545407;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0455993;OID=.;OPOS=42300948;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:15:5:7:15:15:5:7:15 chr22 42301943 . C T 286.77 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0189822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.007;QD=13.338;RBI=0.0195651;REFB=-0.0257174;REVB=-0.00473985;RO=48;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115448;STB=0.543114;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0413539;OID=.;OPOS=42301943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:53:33:33:0.383721:17:16:18:30:17:16:22:31 chr22 42307226 . T C 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.00435959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.12;QD=22.1878;RBI=0.0183253;REFB=-0.00499295;REVB=0.0177992;RO=17;SAF=20;SAR=1;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274635;STB=0.655066;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00643675;OID=.;OPOS=42307226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:1:20:17:0:1:20:18:0 chr22 42307239 . G A 174.83 PASS AF=0.527778;AO=14;DP=32;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0792292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3271;QD=19.4253;RBI=0.0805951;REFB=-0.0377758;REVB=0.014775;RO=18;SAF=13;SAR=1;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621234;STB=0.51427;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0802117;OID=.;OPOS=42307239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:36:18:17:14:19:0.527778:1:13:17:1:1:18:16:1 chr22 42341308 . A G 333.86 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0185012;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.835;QD=18.5479;RBI=0.027389;REFB=-0.0180654;REVB=-0.0201956;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104657;STB=0.563783;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0241415;OID=.;OPOS=42341308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:37:34:35:0.486111:22:12:17:20:23:12:17:20 chr22 42341363 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0321625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.346;QD=17.3212;RBI=0.0321626;REFB=-0.00540434;REVB=2.25245e-05;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218222;STB=0.624844;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0105303;OID=.;OPOS=42341363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:11:7:10:6:11:7 chr22 42341934 . A G 263.9 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00491671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.922;QD=15.7555;RBI=0.0054868;REFB=-0.0080182;REVB=-0.00243535;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458979;STB=0.525879;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00866481;OID=.;OPOS=42341934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:19:18:16:14:19:18 chr22 42343091 . G A 389.34 PASS AF=0.403509;AO=45;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00404935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6189;QD=13.6612;RBI=0.0177905;REFB=-0.0117107;REVB=-0.0173235;RO=68;SAF=16;SAR=29;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173682;STB=0.602791;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.017542;OID=.;OPOS=42343091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:68:45:46:0.403509:29:16:35:33:30:16:35:33 chr22 42416056 . A G 483.08 PASS AF=0.418605;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00545831;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.75;QD=14.9793;RBI=0.0054794;REFB=-0.0101503;REVB=0.000480291;RO=74;SAF=17;SAR=37;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215052;STB=0.617932;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0127169;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:74:75:54:54:0.418605:37:17:38:36:37:17:38:37 chr22 42423110 . G C 560.3 PASS AF=0.593023;AO=51;DP=86;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0211079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.142;QD=26.0604;RBI=0.0593751;REFB=-0.0225942;REVB=-0.0554965;RO=35;SAF=25;SAR=26;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179474;STB=0.5098;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0126812;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:35:35:51:51:0.593023:26:25:18:17:26:25:18:17 chr22 42428727 . A T 1224.68 PASS AF=0.508475;AO=120;DP=236;FAO=120;FDP=236;FR=.;FRO=116;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=68;FSRR=48;FWDB=0.0511041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2709;QD=20.7572;RBI=0.0610002;REFB=-0.00278979;REVB=0.0333076;RO=116;SAF=52;SAR=68;SRF=68;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136812;STB=0.574959;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00332819;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:116:116:120:120:0.508475:68:52:68:48:68:52:68:48 chr22 42463814 . C T 515.46 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0126477;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.004;QD=24.5457;RBI=0.0145514;REFB=0.000476552;REVB=0.00719575;RO=36;SAF=20;SAR=28;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878578;STB=0.548173;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000425033;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:36:36:48:48:0.571429:28:20:19:17:28:20:19:17 chr22 42473603 . C T 714.42 PASS AF=0.466258;AO=76;DP=163;FAO=76;FDP=163;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.0318318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.756;QD=17.5319;RBI=0.0328403;REFB=-0.0312968;REVB=-0.00807583;RO=86;SAF=37;SAR=39;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126163;STB=0.503956;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0329216;OID=.;OPOS=42473603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:86:87:76:76:0.466258:39:37:43:43:39:37:43:44 chr22 42473860 . C G 223.46 PASS AF=0.471698;AO=22;DP=50;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00424056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.095;QD=16.8651;RBI=0.0132708;REFB=-0.0116287;REVB=0.012575;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176371;STB=0.604117;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0139797;OID=.;OPOS=42473860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:28:28:22:25:0.471698:11:11:19:9:13:12:19:9 chr22 42474138 . C G 352.1 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00428125;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.15;QD=20.4114;RBI=0.00613026;REFB=0.00191125;REVB=-0.00438759;RO=33;SAF=12;SAR=24;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574311;STB=0.531897;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00149333;OID=.;OPOS=42474138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:33:33:36:36:0.521739:24:12:13:20:24:12:13:20 chr22 42474676 . A ATTCTGC 240.47 PASS AF=0.411765;AO=26;DP=69;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00287697;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=6;MLLD=312.604;QD=14.145;RBI=0.00415526;REFB=-0.00940329;REVB=0.00299821;RO=41;SAF=19;SAR=7;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149772;STB=0.576866;STBP=0.32;TYPE=ins;VARB=0.0140867;OID=.;OPOS=42474677;OREF=-;OALT=TTCTGC;OMAPALT=ATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:26:69:28:68:40:20:8:24:16:99:41:19:7:25:16 chr22 42486723 . G A 1049.13 PASS AF=0.510101;AO=101;DP=198;FAO=101;FDP=198;FR=.;FRO=97;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.0136511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.158;QD=21.1946;RBI=0.0136525;REFB=-0.0243823;REVB=-0.000193339;RO=97;SAF=48;SAR=53;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543004;STB=0.529782;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0172041;OID=.;OPOS=42486723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:97:97:101:101:0.510101:53:48:52:45:53:48:52:45 chr22 42522613 . G C 348.16 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00454461;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.468;QD=17.1931;RBI=0.00505926;REFB=-0.00240596;REVB=0.00222319;RO=43;SAF=13;SAR=24;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921501;STB=0.559289;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00342444;OID=.;OPOS=42522613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:43:44:37:37:0.45679:24:13:19:24:24:13:20:24 chr22 42523505 . C T 53.2 PASS AF=0.070122;AO=23;DP=328;FAO=23;FDP=328;FR=.;FRO=305;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=139;FSRR=166;FWDB=-0.00247976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.375;QD=0.648813;RBI=0.00249904;REFB=-0.00101331;REVB=-0.000309803;RO=305;SAF=10;SAR=13;SRF=139;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233879;STB=0.519704;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0182194;OID=.;OPOS=42523505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:328:328:305:305:23:23:0.070122:13:10:139:166:13:10:139:166 chr22 42523514 . C T 31.36 PASS AF=0.0552147;AO=18;DP=326;FAO=18;FDP=326;FR=.;FRO=308;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=148;FSRR=160;FWDB=0.0160839;FXX=0.00305801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.114;QD=0.384813;RBI=0.017567;REFB=-0.000970227;REVB=0.00706445;RO=306;SAF=9;SAR=9;SRF=148;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165668;STB=0.518385;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0104773;OID=.;OPOS=42523514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:326:326:306:308:18:18:0.0552147:9:9:148:158:9:9:148:160 chr22 42523943 . A G 725.31 PASS AF=0.62;AO=62;DP=100;FAO=62;FDP=100;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0253455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.728;QD=29.0123;RBI=0.0281399;REFB=0.00822477;REVB=-0.0122253;RO=38;SAF=33;SAR=29;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168831;STB=0.59152;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00299454;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:38:38:62:62:0.62:29:33:11:27:29:33:11:27 chr22 42524343 . C T 681.91 PASS AF=0.464968;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0185625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.87;QD=17.3734;RBI=0.0234543;REFB=-0.011677;REVB=-0.0143366;RO=84;SAF=46;SAR=27;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948946;STB=0.552689;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0133815;OID=.;OPOS=42524343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:84:84:73:73:0.464968:27:46:45:39:27:46:45:39 chr22 42524795 . A G 174.73 PASS AF=0.269565;AO=23;DP=104;FAO=31;FDP=115;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.0187038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6772;QD=6.07739;RBI=0.0335984;REFB=-0.0382239;REVB=0.027911;RO=80;SAF=10;SAR=13;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189774;STB=0.649037;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0651995;OID=.;OPOS=42524795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:115:80:84:23:31:0.269565:13:10:47:33:20:11:47:37 chr22 42524924 . A G 95.53 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00698505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4305;QD=7.34876;RBI=0.00994449;REFB=-0.0151912;REVB=-0.00707827;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388276;STB=0.73506;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0197943;OID=.;OPOS=42524924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:8:5:28:11:8:5:28:11 chr22 42525035 . C T 327.87 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00710576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.432;QD=20.4921;RBI=0.0154843;REFB=-0.0211242;REVB=0.0137576;RO=29;SAF=11;SAR=23;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199088;STB=0.604022;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0183257;OID=.;OPOS=42525035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:30:34:34:0.53125:23:11:16:13:23:11:16:14 chr22 42525132 . G C 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00479343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.392;QD=14.6975;RBI=0.00702498;REFB=-0.0201055;REVB=0.0051355;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135417;STB=0.578845;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0339345;OID=.;OPOS=42525132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:10:13:11:5:10:13 chr22 42537196 . T C 290.07 PASS AF=0.259036;AO=42;DP=166;FAO=43;FDP=166;FR=.;FRO=123;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=0.00650806;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.804;QD=6.98962;RBI=0.0070512;REFB=0.00335291;REVB=0.00271378;RO=122;SAF=24;SAR=18;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119351;STB=0.581358;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00982778;OID=.;OPOS=42537196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:122:123:42:43:0.259036:18:24:58:64:18:25:58:65 chr22 42537271 . T C 963.47 PASS AF=0.451327;AO=101;DP=225;FAO=102;FDP=226;FR=.;FRO=124;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=50;FSRR=74;FWDB=-0.0150493;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.049;QD=17.0525;RBI=0.0156521;REFB=-0.017592;REVB=-0.00430188;RO=123;SAF=46;SAR=55;SRF=49;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573495;STB=0.526589;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0180739;OID=.;OPOS=42537271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:123:124:101:102:0.451327:55:46:49:74:56:46:50:74 chr22 42537404 . G C 412.8 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00258979;FXX=0.048187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.151;QD=20.9014;RBI=0.00603834;REFB=-0.00198757;REVB=-0.00545477;RO=41;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00927084;STB=0.536364;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00291349;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:79:41:38:40:41:0.518987:24:16:16:25:24:17:13:25 chr22 42537597 . A G 632.44 PASS AF=0.558559;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00419923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.179;QD=22.7907;RBI=0.0350956;REFB=-0.00657673;REVB=-0.0348434;RO=49;SAF=34;SAR=28;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309841;STB=0.516954;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00418988;OID=.;OPOS=42537597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:49:62:62:0.558559:28:34:25:24:28:34:25:24 chr22 42538029 . A G 330.06 PASS AF=0.298611;AO=41;DP=142;FAO=43;FDP=144;FR=.;FRO=101;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=-0.0239037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.781;QD=9.16821;RBI=0.0260919;REFB=-0.0149121;REVB=-0.0104596;RO=100;SAF=22;SAR=19;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529429;STB=0.518571;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0336401;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:100:101:41:43:0.298611:19:22:58:42:19:24:59:42 chr22 42538618 . A G 69.79 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=-0.00568167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3229;QD=6.49171;RBI=0.0325877;REFB=-0.0216889;REVB=0.0320885;RO=33;SAF=8;SAR=2;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998728;STB=0.562385;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0730407;OID=.;OPOS=42538618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:2:8:28:5:2:8:28:5 chr22 42538669 . C T 181.26 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0379914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.652;QD=9.41607;RBI=0.0443254;REFB=-0.019815;REVB=0.0228341;RO=51;SAF=10;SAR=14;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19674;STB=0.626762;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0148549;OID=.;OPOS=42538669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:53:24:24:0.311688:14:10:30:21:14:10:32:21 chr22 42538876 . A T 453.77 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.507;QD=55.0029;RBI=0.0485276;REFB=-0.0470216;REVB=0.0442916;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000972299;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:12:20:0:0:12:20:0:1 chr22 42606257 . C T 1029.8 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164718;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.056;QD=59.6986;RBI=0.01757;REFB=0;REVB=0.0174926;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26976e-05;OID=.;OPOS=42606257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:38:31:0:0 chr22 42912106 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.878;QD=57.8844;RBI=0.0263927;REFB=0;REVB=0.00264184;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07478e-05;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr22 42961277 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.911;QD=58.5877;RBI=0.017828;REFB=0;REVB=-0.00844734;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46763e-05;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr22 42965167 . C CA 456.92 PASS AF=0.979167;AO=41;DP=56;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365657;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.6997;QD=38.0767;RBI=0.0728971;REFB=-0.0854911;REVB=-0.0630629;RO=13;SAF=19;SAR=22;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13579;STB=0.511623;STBP=0.317;TYPE=ins;VARB=0.0145108;OID=.;OPOS=42965168;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.979167:41:56:47:48:1:21:26:1:0:5:13:19:22:10:3 chr22 42970032 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.494;QD=60.9786;RBI=0.0784386;REFB=0;REVB=0.0399382;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63489e-05;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr22 43036245 . G A 543.2 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00481227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.823;QD=16.8435;RBI=0.00548938;REFB=-0.00520704;REVB=0.00264109;RO=71;SAF=30;SAR=28;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107186;STB=0.559681;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00644693;OID=.;OPOS=43036245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:71:58:58:0.449612:28:30:29:42:28:30:29:42 chr22 43088971 . C T 337.81 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0140021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.715;QD=17.5485;RBI=0.0166589;REFB=0.0102445;REVB=0.00902552;RO=41;SAF=22;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11564;STB=0.554044;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0107015;OID=.;OPOS=43088971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:41:35:36:0.467532:13:22:21:20:14:22:21:20 chr22 43089055 . G C 505.97 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0687601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1065;QD=54.6992;RBI=0.093996;REFB=0.0495803;REVB=0.0640882;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00653952;OID=.;OPOS=43089055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:37:1:1:34:36:0.972973:13:21:1:0:15:21:1:0 chr22 43089849 . T C 221.25 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00696681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4103;QD=14.5084;RBI=0.00698993;REFB=-0.0140481;REVB=0.000567997;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101043;STB=0.557334;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0191495;OID=.;OPOS=43089849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:13:13:21:14:13:13:21:14 chr22 43195147 . A G 424.68 PASS AF=0.552632;AO=41;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00866067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7585;QD=22.3518;RBI=0.0210887;REFB=-0.0103416;REVB=0.0192283;RO=34;SAF=22;SAR=19;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174007;STB=0.589;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.012786;OID=.;OPOS=43195147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:41:42:0.552632:19:22:11:23:20:22:11:23 chr22 43203137 . C T 295.81 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0284673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.454;QD=13.0025;RBI=0.0307362;REFB=-0.023744;REVB=-0.0115898;RO=55;SAF=15;SAR=19;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541207;STB=0.531536;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0330556;OID=.;OPOS=43203137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:57:34:34:0.373626:19:15:27:28:19:15:28:29 chr22 43206950 . A C 334.35 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0200407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9265;QD=19.3823;RBI=0.0514246;REFB=-0.00998294;REVB=0.0473589;RO=34;SAF=16;SAR=19;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672444;STB=0.537342;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0118428;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:19:16:13:21:19:16:13:21 chr22 43278220 . C T 436.39 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00699226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.146;QD=15.4474;RBI=0.0148215;REFB=-0.00374433;REVB=-0.0130685;RO=62;SAF=21;SAR=28;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119693;STB=0.575727;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00389136;OID=.;OPOS=43278220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:64:49:49:0.433628:28:21:34:28:28:21:36:28 chr22 43289473 . G A 546.45 PASS AF=0.427536;AO=57;DP=136;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00402578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5626;QD=15.8392;RBI=0.0315704;REFB=-0.0195737;REVB=0.0313127;RO=79;SAF=29;SAR=28;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679808;STB=0.527782;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0310615;OID=.;OPOS=43289473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:79:79:57:59:0.427536:28:29:35:44:30:29:35:44 chr22 43305552 . C A 233.46 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.003619;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.029;QD=18.3109;RBI=0.0068114;REFB=-0.0167135;REVB=-0.00577044;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140249;STB=0.571374;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0210861;OID=.;OPOS=43305552;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:26:25:25:0.490196:15:10:7:20:15:10:7:19 chr22 43435812 . C T 683.01 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0357781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.706;QD=52.5394;RBI=0.0586907;REFB=-0.0972636;REVB=0.0465245;RO=1;SAF=32;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014486;STB=0.515145;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000958844;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:18:32:1:0:18:32:2:0 chr22 43455432 . G A 2943.33 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000675813;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.497;QD=62.959;RBI=0.0305195;REFB=-0.0489137;REVB=-0.0305121;RO=1;SAF=76;SAR=111;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03658e-05;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:187:1:0:187:187:1:111:76:1:0:111:76:0:0 chr22 43459855 . G A 946.45 PASS AF=0.576923;AO=90;DP=156;FAO=90;FDP=156;FR=.;FRO=66;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.00468193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.427;QD=24.2679;RBI=0.0316367;REFB=0.00648237;REVB=-0.0312884;RO=63;SAF=50;SAR=40;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143746;STB=0.574452;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00500702;OID=.;OPOS=43459855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:63:66:90:90:0.576923:40:50:23:40:40:50:25:41 chr22 43466217 . A G 93.89 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0295276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.46;QD=10.4318;RBI=0.0307459;REFB=-0.0152806;REVB=-0.0085693;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203466;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232316;OID=.;OPOS=43466217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:35:36:23:24:12:12:0.333333:7:5:10:13:7:5:10:14 chr22 43466247 . G C 313.5 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0620901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.599;QD=50.16;RBI=0.0735069;REFB=-0.18127;REVB=0.0393457;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00278423;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:14:10:1:0:14:10:1:0 chr22 43525285 . G A 635.06 PASS AF=0.408805;AO=53;DP=162;FAO=65;FDP=159;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=86;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0370919;FXX=0.0185174;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.8772;QD=15.9763;RBI=0.0464965;REFB=-0.0315269;REVB=0.0280377;RO=63;SAF=10;SAR=43;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32837;STB=0.621307;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0174044;OID=.;OPOS=43525285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:159:63:86:53:65:0.408805:43:10:29:34:46:19:42:44 chr22 43529314 . G C 876.35 PASS AF=0.428571;AO=94;DP=223;FAO=96;FDP=224;FR=.;FRO=128;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=51;FSRR=77;FWDB=-0.00186877;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.511;QD=15.6492;RBI=0.00758236;REFB=-0.0194251;REVB=-0.00734846;RO=128;SAF=30;SAR=64;SRF=50;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819311;STB=0.540708;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0252112;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:128:128:94:96:0.428571:64:30:50:78:64:32:51:77 chr22 43558926 . A G 3162.77 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9211;QD=61.7127;RBI=0.0563786;REFB=0;REVB=-0.0393915;RO=0;SAF=81;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24948e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229279;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:205:0:0:204:205:1:123:81:0:0:123:82:0:0 chr22 43563672 . A G 507.77 PASS AF=0.923077;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00815395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9097;QD=52.0789;RBI=0.0104945;REFB=0.0753595;REVB=-0.00660669;RO=2;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435799;STB=0.510724;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00772692;OID=.;OPOS=43563672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:39:2:3:35:36:0.923077:19:16:1:1:19:17:1:2 chr22 43576904 . G A 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0103288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.394;QD=20.7381;RBI=0.0166322;REFB=-0.0259425;REVB=0.0130363;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421209;STB=0.523783;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0193412;OID=.;OPOS=43576904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:7:9:11:7:7:9 chr22 43606143 . C G,T 3124.29 PASS AF=0.0669856,0.933014;AO=14,194;DP=209;FAO=14,195;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=11,64;FSAR=3,131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00740582,0.0565734;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.156,56.4482;QD=59.795;RBI=0.00954642,0.0580668;REFB=0,0;REVB=-0.00602394,0.0130842;RO=1;SAF=11,63;SAR=3,131;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0395718,-0.00749877;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.14,0.00267095;OID=.,.;OPOS=43606143,43606143;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:209:209:1:0:14,194:14,195:0.0669856,0.933014:3,131:11,63:1:0:3,131:11,64:0:0 chr22 43614316 . C G 671.03 PASS AF=0.461538;AO=70;DP=157;FAO=72;FDP=156;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.00744685;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.802;QD=17.2059;RBI=0.0171482;REFB=-0.0214887;REVB=-0.0154468;RO=87;SAF=40;SAR=30;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167395;STB=0.595718;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.030526;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:87:84:70:72:0.461538:30:40:35:52:30:42:34:50 chr22 43623395 . C G 311.54 PASS AF=0.507692;AO=34;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0200316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9145;QD=19.172;RBI=0.100802;REFB=0.0336659;REVB=0.0987918;RO=30;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672861;STB=0.522261;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0310075;OID=.;OPOS=43623395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:32:34:33:0.507692:15:19:17:13:14:19:17:15 chr22 43831023 . C T 1120.74 PASS AF=0.565217;AO=103;DP=184;FAO=104;FDP=184;FR=.;FRO=80;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=-0.00143566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.541;QD=24.3639;RBI=0.0189083;REFB=-0.0249025;REVB=0.0188537;RO=79;SAF=55;SAR=48;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901437;STB=0.549143;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0192298;OID=.;OPOS=43831023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:79:80:103:104:0.565217:48:55:51:28:48:56:52:28 chr22 43926729 . C A 785.43 PASS AF=0.490909;AO=81;DP=165;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.028671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5685;QD=19.0407;RBI=0.0296647;REFB=0.0111359;REVB=-0.00761361;RO=84;SAF=45;SAR=36;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844328;STB=0.546547;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0126211;OID=.;OPOS=43926729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:84:84:81:81:0.490909:36:45:39:45:36:45:39:45 chr22 43976396 . G A 2459.84 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045932;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.199;QD=61.4961;RBI=0.026734;REFB=0;REVB=0.0263365;RO=0;SAF=91;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58826e-05;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:160:0:0:159:160:1:68:91:0:0:68:92:0:0 chr22 44112845 . C T 2492.92 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.244;QD=61.5536;RBI=0.0563298;REFB=0;REVB=0.0177004;RO=0;SAF=68;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33755e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2939e-05;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:161:162:1:93:68:0:0:94:68:0:0 chr22 44221565 . C A,CAATA 1299.01 PASS AF=0.0172414,0.853448;AO=9,88;DP=119;FAO=2,99;FDP=116;FR=.;FRO=15;FSAF=0,48;FSAR=2,51;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0152601,-0.032402;FXX=0.0333306;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=143.598,138.068;QD=44.7935;RBI=0.0152659,0.0334843;REFB=0.00273115,0.00769749;REVB=-0.000422395,0.00844452;RO=16;SAF=4,43;SAR=5,45;SRF=13;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.384764,-0.0936277;STB=0.997644,0.550123;STBP=0.014,0.007;TYPE=snp,ins;VARB=0.0329869,-0.00098276;OID=.,.;OPOS=44221565,44221566;OREF=C,-;OALT=A,AATA;OMAPALT=A,CAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:119:116:16:15:9,88:2,99:0.0172414,0.853448:5,45:4,43:13:3:2,51:0,48:13:2 chr22 44282276 . A G 1404.34 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00531069;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.831;QD=61.729;RBI=0.0180092;REFB=-0.0653468;REVB=-0.0172083;RO=0;SAF=57;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000203904;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:0:1:90:90:0.989011:33:57:0:0:33:57:0:1 chr22 44282307 . G A 1320.74 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.713;QD=62.1523;RBI=0.00699234;REFB=0;REVB=-0.00423114;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26118e-05;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr22 44285765 . A G 1163.54 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.944;QD=60.4437;RBI=0.0400628;REFB=0;REVB=-0.00111889;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199512;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:35:39:0:0:36:41:0:0 chr22 44286950 . G A 434.25 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.036406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.5;QD=17.0294;RBI=0.0389165;REFB=-0.0165664;REVB=-0.0137513;RO=55;SAF=19;SAR=28;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085262;STB=0.547599;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0141487;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:28:19:27:28:28:19:27:28 chr22 44287062 . A G 1699.39 PASS AF=0.557895;AO=158;DP=278;FAO=159;FDP=285;FR=.;FRO=126;FSAF=82;FSAR=77;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.0354143;FXX=0.0069684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2635;QD=23.851;RBI=0.0657361;REFB=-0.0368057;REVB=-0.055381;RO=118;SAF=82;SAR=76;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283388;STB=0.520977;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0376299;OID=.;OPOS=44287062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:285:118:126:158:159:0.557895:76:82:57:61:77:82:59:67 chr22 44287629 . G A 1364.81 PASS AF=0.464883;AO=138;DP=298;FAO=139;FDP=299;FR=.;FRO=160;FSAF=87;FSAR=52;FSRF=90;FSRR=70;FWDB=0.017252;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.552;QD=18.2583;RBI=0.052837;REFB=-0.0231045;REVB=0.0499411;RO=157;SAF=87;SAR=51;SRF=90;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058147;STB=0.535569;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0243784;OID=.;OPOS=44287629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:299:157:160:138:139:0.464883:51:87:90:67:52:87:90:70 chr22 44342116 . A G 990.91 PASS AF=0.664062;AO=85;DP=129;FAO=85;FDP=128;FR=.;FRO=43;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00559006;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.729;QD=30.966;RBI=0.00798148;REFB=-0.0235584;REVB=0.00569695;RO=41;SAF=42;SAR=43;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00381543;STB=0.50193;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00932151;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:41:43:85:85:0.664062:43:42:20:21:43:42:21:22 chr22 44368204 . A G 584.25 PASS AF=0.458647;AO=62;DP=131;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.102244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2847;QD=17.5713;RBI=0.104009;REFB=-0.00839364;REVB=0.0190818;RO=69;SAF=27;SAR=35;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150096;STB=0.568456;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00817504;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:69:72:62:61:0.458647:35:27:41:28:34:27:41:31 chr22 44372632 . C T 391.72 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.012951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.112;QD=19.3442;RBI=0.0158796;REFB=-0.0328532;REVB=0.00918879;RO=41;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578817;STB=0.532191;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0283741;OID=.;OPOS=44372632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:17:23:21:20:17:23:21:20 chr22 44379822 . T C 590.07 PASS AF=0.384181;AO=68;DP=182;FAO=68;FDP=177;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=-0.00525846;FXX=0.027471;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.84;QD=13.335;RBI=0.00956855;REFB=0.000496168;REVB=-0.0079941;RO=101;SAF=34;SAR=34;SRF=61;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110644;STB=0.553657;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00106392;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:177:101:109:68:68:0.384181:34:34:61:40:34:34:64:45 chr22 44379838 . A G 647.82 PASS AF=0.401099;AO=73;DP=182;FAO=73;FDP=182;FR=.;FRO=109;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=0.00387301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.876;QD=14.2378;RBI=0.0178275;REFB=-0.0170326;REVB=-0.0174017;RO=105;SAF=37;SAR=36;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278682;STB=0.520633;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0278338;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:105:109:73:73:0.401099:36:37:56:49:36:37:59:50 chr22 44395451 . T C 557.22 PASS AF=0.552381;AO=53;DP=100;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.000308056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.333;QD=21.2274;RBI=0.0262283;REFB=-0.0536788;REVB=0.0262265;RO=42;SAF=33;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631898;STB=0.53595;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0426515;OID=.;OPOS=44395451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:105:42:47:53:58:0.552381:20:33:23:19:25:33:23:24 chr22 44489868 . T C 1549.65 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1466;QD=59.6018;RBI=0.0454362;REFB=0;REVB=-0.0402389;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53955e-05;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:53:50:0:0:54:50:0:0 chr22 44489896 . T C 1171.42 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.677;QD=60.8532;RBI=0.0332979;REFB=0;REVB=0.00879923;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56499e-05;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:40:36:0:0:41:36:0:0 chr22 44546582 . A G 2314.63 PASS AF=0.993506;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000684111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.03;QD=60.1202;RBI=0.0127787;REFB=-0.0180176;REVB=-0.0127604;RO=0;SAF=73;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.3138e-08;STB=0.503401;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=1.46836e-05;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:154:0:1:152:153:0.993506:79:73:0:0:80:73:1:0 chr22 44559755 . C T 707.79 PASS AF=0.480769;AO=74;DP=155;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.0629838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.949;QD=18.1483;RBI=0.0808873;REFB=0.0136642;REVB=0.0507524;RO=81;SAF=29;SAR=45;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632838;STB=0.537716;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0126689;OID=.;OPOS=44559755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:81:81:74:75:0.480769:45:29:37:44:46:29:37:44 chr22 44582499 . T C 608.84 PASS AF=0.440789;AO=67;DP=155;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0173591;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.638;QD=16.022;RBI=0.027005;REFB=-0.00878571;REVB=0.0206865;RO=85;SAF=26;SAR=41;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073248;STB=0.540885;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0113712;OID=.;OPOS=44582499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:152:85:85:67:67:0.440789:41:26:39:46:41:26:39:46 chr22 44681612 . A G,T 1276.34 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=81,3;DP=84;FAO=81,3;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=44,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187155,0.0100621;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=69.0967,220.056;QD=60.7783;RBI=0.0239034,0.011297;REFB=0,0;REVB=-0.0148696,-0.00513578;RO=0;SAF=37,0;SAR=44,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000169659,-0.0222387;OID=.,.;OPOS=44681612,44681612;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:84:84:0:0:81,3:81,3:0.964286,0.0357143:44,3:37,0:0:0:44,3:37,0:0:0 chr22 44891370 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.131;QD=60.7162;RBI=0.0137991;REFB=0;REVB=0.00125367;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.54396e-06;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr22 44893563 . A G 1973.1 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0372628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6973;QD=61.1814;RBI=0.0479879;REFB=-0.083495;REVB=-0.0302378;RO=1;SAF=51;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092264;STB=0.504854;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0075515;OID=.;OPOS=44893563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:77:51:1:0:77:51:1:0 chr22 45075738 . T C 1190.18 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.198;QD=61.0346;RBI=0.0149928;REFB=0;REVB=-0.0137374;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.6676e-06;OID=.;OPOS=45075738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:49:29:0:0:49:29:0:0 chr22 45126775 . TA AC,CA 2502.19 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=6,147;DP=165;FAO=5,160;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=5,77;FSAR=0,83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160664,-0.0162386;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=65.4611,105.495;QD=60.6591;RBI=0.0162685,0.0464144;REFB=0,0;REVB=-0.00255678,0.0434811;RO=0;SAF=6,64;SAR=0,83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0195934,0.00256174;OID=.,.;OPOS=45126775,45126775;OREF=TA,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:165:165:0:0:6,147:5,160:0.030303,0.969697:0,83:6,64:0:0:0,83:5,77:0:0 chr22 45128232 . T C 1651.22 PASS AF=0.482955;AO=170;DP=351;FAO=170;FDP=352;FR=.;FRO=182;FSAF=90;FSAR=80;FSRF=107;FSRR=75;FWDB=-0.00674759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.392;QD=18.7638;RBI=0.00916042;REFB=-0.0254166;REVB=-0.00619544;RO=179;SAF=91;SAR=79;SRF=106;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536606;STB=0.530458;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0269104;OID=.;OPOS=45128232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:352:179:182:170:170:0.482955:79:91:106:73:80:90:107:75 chr22 45132704 . T C 2215.67 PASS AF=0.424825;AO=232;DP=559;FAO=243;FDP=572;FR=.;FRO=329;FSAF=117;FSAR=126;FSRF=157;FSRR=172;FWDB=0.0234327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.213;QD=15.4942;RBI=0.0254655;REFB=-0.0189777;REVB=0.00997011;RO=323;SAF=110;SAR=122;SRF=154;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00277192;STB=0.502464;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.027421;OID=.;OPOS=45132704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:559:572:323:329:232:243:0.424825:122:110:154:169:126:117:157:172 chr22 45132785 . T C 2177.38 PASS AF=0.476496;AO=223;DP=461;FAO=223;FDP=468;FR=.;FRO=245;FSAF=118;FSAR=105;FSRF=138;FSRR=107;FWDB=-0.155964;FXX=0.00213215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.094;QD=18.6101;RBI=0.156127;REFB=-0.0233633;REVB=0.00714488;RO=237;SAF=118;SAR=105;SRF=130;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182779;STB=0.517957;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0255188;OID=.;OPOS=45132785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:461:468:237:245:223:223:0.476496:105:118:130:107:105:118:138:107 chr22 45198009 . A G 612.02 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0310515;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.34;QD=25.2379;RBI=0.0327667;REFB=-0.0126762;REVB=0.0104625;RO=41;SAF=24;SAR=31;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135047;STB=0.568676;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00998983;OID=.;OPOS=45198009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:41:42:55:55:0.56701:31:24:25:16:31:24:25:17 chr22 45244930 . C T 2459.27 PASS AF=1;AO=159;DP=163;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200588;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.607;QD=61.4818;RBI=0.0287236;REFB=0;REVB=0.0205594;RO=0;SAF=60;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55269e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353264;OID=.;OPOS=45244930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:160:0:0:159:160:1:99:60:0:0:99:61:0:0 chr22 45255580 . G C 1903.55 PASS AF=0.934783;AO=128;DP=139;FAO=129;FDP=138;FR=.;FRO=9;FSAF=78;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0225192;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.369;QD=55.1753;RBI=0.0333049;REFB=-0.0549895;REVB=0.0245377;RO=5;SAF=78;SAR=50;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304576;STB=0.51836;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00700387;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:139:138:5:9:128:129:0.934783:50:78:1:4:51:78:3:6 chr22 45255637 . G C 3153.96 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.97596e-05;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8268;QD=63.7163;RBI=0.0635198;REFB=0.0243922;REVB=-0.0635198;RO=1;SAF=98;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478661;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205524;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:198:1:0:197:198:1:99:98:0:1:99:99:0:0 chr22 45277909 . A G 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00886393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.821;QD=20.4041;RBI=0.0396813;REFB=-0.0175339;REVB=0.0386787;RO=28;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160908;STB=0.508923;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0193031;OID=.;OPOS=45277909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:20:12:10:18:20:12:10:18 chr22 45278187 . A T 1489.34 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.618;QD=62.0559;RBI=0.0120676;REFB=0.034297;REVB=0.00379763;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.504672;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-2.73363e-05;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:0:1:93:95:0.989583:53:40:0:0:53:42:0:1 chr22 45283897 . C T 823.43 PASS AF=0.414414;AO=92;DP=223;FAO=92;FDP=222;FR=.;FRO=130;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=57;FSRR=73;FWDB=0.025188;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.191;QD=14.8365;RBI=0.0254497;REFB=-0.008347;REVB=0.00364018;RO=128;SAF=53;SAR=39;SRF=55;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152058;STB=0.580464;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0159947;OID=.;OPOS=45283897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:128:130:92:92:0.414414:39:53:55:73:39:53:57:73 chr22 45312424 . CT C 78.51 PASS AF=0.764706;AO=11;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00219763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.6694;QD=18.4728;RBI=0.136731;REFB=-0.103125;REVB=0.136714;RO=4;SAF=11;SAR=0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.805891;STB=0.540917;STBP=0.714;TYPE=del;VARB=0.086293;OID=.;OPOS=45312425;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706:11:17:13:17:4:11:2:3:1:16:4:11:0:3:1 chr22 45404497 . G A 2046.43 PASS AF=0.429672;AO=223;DP=519;FAO=223;FDP=519;FR=.;FRO=296;FSAF=72;FSAR=151;FSRF=123;FSRR=173;FWDB=0.0954707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1037;QD=15.7721;RBI=0.0979283;REFB=0.00878277;REVB=-0.0218013;RO=286;SAF=72;SAR=151;SRF=115;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885096;STB=0.55795;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0140406;OID=.;OPOS=45404497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:519:519:286:296:223:223:0.429672:151:72:115:171:151:72:123:173 chr22 45405433 . C T 469.28 PASS AF=0.440678;AO=51;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.00496358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.108;QD=15.9079;RBI=0.00700321;REFB=-0.0146836;REVB=0.00494043;RO=63;SAF=18;SAR=33;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130793;STB=0.510725;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0177479;OID=.;OPOS=45405433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:66:51:52:0.440678:33:18:23:40:34:18:24:42 chr22 45566843 . A G 1457.69 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.84;QD=62.6963;RBI=0.0211425;REFB=0;REVB=0.0176736;RO=0;SAF=26;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60024e-05;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:90:93:1:64:26:0:0:66:27:0:0 chr22 45566912 . C A 979.06 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.494;QD=57.5916;RBI=0.0232656;REFB=0;REVB=0.0115715;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486727;OID=.;OPOS=45566912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:64:68:1:45:19:0:0:48:20:0:0 chr22 45571843 . T C 1499.26 PASS AF=0.455882;AO=155;DP=340;FAO=155;FDP=340;FR=.;FRO=185;FSAF=86;FSAR=69;FSRF=85;FSRR=100;FWDB=-0.00722662;FXX=0.00584778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.77;QD=17.6384;RBI=0.00731494;REFB=-0.00833926;REVB=0.00113331;RO=182;SAF=86;SAR=69;SRF=85;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860248;STB=0.551924;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0088056;OID=.;OPOS=45571843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:340:182:185:155:155:0.455882:69:86:85:97:69:86:85:100 chr22 45577231 . T C 715.49 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196656;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.9;QD=57.2396;RBI=0.0324291;REFB=0;REVB=0.0257859;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017081;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:15:35:0:0:15:35:0:0 chr22 45583898 . A G 1030.67 PASS AF=0.960526;AO=71;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0236554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.075;QD=54.246;RBI=0.0298881;REFB=-0.115445;REVB=0.018268;RO=3;SAF=34;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399094;STB=0.520542;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0013577;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:3:3:71:73:0.960526:37:34:3:0:38:35:3:0 chr22 45608192 . G A 299.55 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=39;FWDB=-0.00928698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7772;QD=14.2643;RBI=0.0108683;REFB=-0.00991094;REVB=-0.00564552;RO=50;SAF=6;SAR=28;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737431;STB=0.542115;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0117927;OID=.;OPOS=45608192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:28:6:11:39:28:6:11:39 chr22 45683246 . C T 228.61 PASS AF=0.348315;AO=25;DP=83;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0289064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.878;QD=10.2745;RBI=0.0289956;REFB=-0.00519706;REVB=0.00227236;RO=58;SAF=11;SAR=14;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131506;STB=0.523241;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0169937;OID=.;OPOS=45683246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:89:58:58:25:31:0.348315:14:11:32:26:15:16:32:26 chr22 45683304 . G C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0113942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.159;QD=9.18858;RBI=0.0121659;REFB=-0.00636347;REVB=-0.00426395;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548521;STB=0.533274;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0126139;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:7:4:8:17:7:4:8:17 chr22 45685002 . A G 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0122492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.826;QD=14.6859;RBI=0.0126744;REFB=-0.00234907;REVB=-0.00325507;RO=43;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616243;STB=0.534942;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00384993;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:14:17:21:22:14:17:21:22 chr22 45691594 . A G 482.96 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0294173;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6348;QD=17.2485;RBI=0.036366;REFB=-0.0114248;REVB=0.0213801;RO=63;SAF=31;SAR=21;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254044;STB=0.630032;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0130514;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:112:63:60:52:52:0.464286:21:31:21:42:21:31:21:39 chr22 45718041 . A G 1235.39 PASS AF=0.524017;AO=120;DP=229;FAO=120;FDP=229;FR=.;FRO=109;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=-0.0108511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.293;QD=21.5788;RBI=0.0109285;REFB=0.0148817;REVB=0.00129851;RO=107;SAF=54;SAR=66;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122174;STB=0.504635;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0142357;OID=.;OPOS=45718041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:107:109:120:120:0.524017:66:54:48:59:66:54:48:61 chr22 45723807 . G C 714.91 PASS AF=0.463415;AO=76;DP=166;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.032821;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3621;QD=17.4367;RBI=0.0633319;REFB=0.0181682;REVB=-0.0541637;RO=88;SAF=33;SAR=43;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751236;STB=0.541656;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0198105;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:88:88:76:76:0.463415:43:33:45:43:43:33:45:43 chr22 45723842 . G A 662.86 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=143;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00804972;FXX=0.00699252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.906;QD=18.6722;RBI=0.00816333;REFB=-0.00214347;REVB=-0.00135722;RO=75;SAF=34;SAR=33;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119526;STB=0.506623;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00249745;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:75:75:67:67:0.471831:33:34:39:36:33:34:39:36 chr22 45723854 . C G 552.19 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00571562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.442;QD=18.1046;RBI=0.00666198;REFB=-0.000252263;REVB=0.00342252;RO=64;SAF=28;SAR=30;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310753;STB=0.517235;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.000397726;OID=.;OPOS=45723854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:64:58:58:0.47541:30:28:33:31:30:28:33:31 chr22 45723898 . G A 35.43 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0147837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.036;QD=1.8898;RBI=0.0163016;REFB=0.00072912;REVB=-0.0068691;RO=66;SAF=6;SAR=2;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283567;STB=0.712733;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00944202;OID=.;OPOS=45723898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:75:66:67:8:8:0.106667:2:6:34:32:2:6:35:32 chr22 45723920 . C T 84.98 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=84;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00153572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.175;QD=4.04661;RBI=0.0133392;REFB=-0.0145901;REVB=-0.0132505;RO=69;SAF=7;SAR=8;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327976;STB=0.521434;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0489745;OID=.;OPOS=45723920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:84:84:69:69:15:15:0.178571:8:7:34:35:8:7:34:35 chr22 45723947 . A G 514.39 PASS AF=0.563218;AO=46;DP=85;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0150961;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4245;QD=23.6503;RBI=0.0151271;REFB=-0.0178387;REVB=-0.000967546;RO=36;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444118;STB=0.509661;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0337044;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:36:38:46:49:0.563218:23:23:16:20:26:23:17:21 chr22 45728370 . G A 601.62 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0269119;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0443;QD=16.8285;RBI=0.0299001;REFB=-0.00773993;REVB=-0.0130295;RO=80;SAF=17;SAR=46;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276612;STB=0.655187;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0132491;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:80:80:63:63:0.440559:46:17:42:38:46:17:42:38 chr22 45736485 . C T 638.13 PASS AF=0.404494;AO=72;DP=178;FAO=72;FDP=178;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.015028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.684;QD=14.3399;RBI=0.0570098;REFB=-0.00654647;REVB=-0.0549934;RO=106;SAF=31;SAR=41;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340711;STB=0.519146;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00886317;OID=.;OPOS=45736485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:106:106:72:72:0.404494:41:31:49:57:41:31:49:57 chr22 45748339 . A G 237.58 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0192235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.413;QD=18.634;RBI=0.0245001;REFB=-0.0158498;REVB=0.0151891;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181455;STB=0.510196;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0271921;OID=.;OPOS=45748339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:13:13:13:12:13:13 chr22 45749983 . G T 473.95 PASS AF=0.481132;AO=50;DP=105;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0359179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.359;QD=17.885;RBI=0.0444041;REFB=-0.0175398;REVB=-0.026108;RO=53;SAF=17;SAR=33;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147003;STB=0.584262;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0159874;OID=.;OPOS=45749983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:53:55:50:51:0.481132:33:17:26:27:33:18:28:27 chr22 45767391 . C T 179.79 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0136501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.283;QD=9.10334;RBI=0.0150939;REFB=-0.0208476;REVB=-0.0064421;RO=52;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872493;STB=0.554082;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0448004;OID=.;OPOS=45767391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:55:24:24:0.303797:13:11:20:32:13:11:21:34 chr22 45767455 . A G 140.33 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0085206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.671;QD=7.79599;RBI=0.0311088;REFB=-0.00770929;REVB=0.0299192;RO=52;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11574;STB=0.569376;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0146577;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:10:10:21:31:10:10:21:31 chr22 45782903 . T C 564.39 PASS AF=0.36413;AO=67;DP=184;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=0.0139755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.472;QD=12.2694;RBI=0.0171423;REFB=-0.00159952;REVB=-0.00992692;RO=116;SAF=22;SAR=45;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171355;STB=0.600791;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0024548;OID=.;OPOS=45782903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:116:117:67:67:0.36413:45:22:55:61:45:22:56:61 chr22 45789642 . A C 890.57 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229899;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1988;QD=58.3979;RBI=0.0320474;REFB=0;REVB=0.022327;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320561;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr22 45821887 . G A 356.05 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00130222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.475;QD=18.9894;RBI=0.00838934;REFB=-0.0124977;REVB=0.00828765;RO=38;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013009;STB=0.507242;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0101699;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:17:20:20:18:17:20:20:18 chr22 45821956 . C G 253.3 PASS AF=0.342857;AO=18;DP=71;FAO=24;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0393635;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.14;QD=14.4742;RBI=0.0428092;REFB=-0.0364873;REVB=0.0168268;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107131;STB=0.537006;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0391679;OID=.;OPOS=45821956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:40:18:24:0.342857:8:10:19:22:14:10:19:21 chr22 45826880 . G A 791.52 PASS AF=0.510067;AO=74;DP=147;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00717869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.742;QD=21.249;RBI=0.00734829;REFB=-0.00557791;REVB=0.00156964;RO=73;SAF=27;SAR=47;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826095;STB=0.550239;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00652968;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:73:73:74:76:0.510067:47:27:33:40:49:27:33:40 chr22 45898117 . T C 431.16 PASS AF=0.348387;AO=54;DP=154;FAO=54;FDP=155;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.0132038;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7716;QD=11.1267;RBI=0.013423;REFB=-0.00241917;REVB=-0.00241614;RO=100;SAF=40;SAR=14;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295137;STB=0.667644;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00502202;OID=.;OPOS=45898117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:100:101:54:54:0.348387:14:40:50:50:14:40:51:50 chr22 45898130 . A T 445.23 PASS AF=0.343558;AO=56;DP=165;FAO=56;FDP=163;FR=.;FRO=107;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.0327062;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0351;QD=10.9258;RBI=0.0327124;REFB=-0.00602741;REVB=-0.000635619;RO=105;SAF=40;SAR=16;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264285;STB=0.652928;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0131602;OID=.;OPOS=45898130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:105:107:56:56:0.343558:16:40:52:53:16:40:53:54 chr22 45923827 . A G 5308.01 PASS AF=1;AO=332;DP=332;FAO=334;FDP=334;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=184;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.793;QD=63.5689;RBI=0.00719642;REFB=0;REVB=-0.00486179;RO=0;SAF=150;SAR=182;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65301e-06;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:332:334:0:0:332:334:1:182:150:0:0:184:150:0:0 chr22 46403129 . T C 951.42 PASS AF=0.528736;AO=92;DP=180;FAO=92;FDP=174;FR=.;FRO=82;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0226097;FXX=0.0333315;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3105;QD=21.8718;RBI=0.0231113;REFB=-0.00062277;REVB=-0.00478897;RO=68;SAF=44;SAR=48;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754045;STB=0.504504;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.000322651;OID=.;OPOS=46403129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:174:68:82:92:92:0.528736:48:44:26:42:48:44:40:42 chr22 46447714 . T C 627.87 PASS AF=0.529412;AO=62;DP=118;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0197456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.645;QD=21.1049;RBI=0.0244452;REFB=-0.0137535;REVB=0.0144111;RO=54;SAF=25;SAR=37;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678779;STB=0.549657;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00817383;OID=.;OPOS=46447714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:54:56:62:63:0.529412:37:25:26:28:38:25:28:28 chr22 46638628 . G A,GCA 306.27 PASS AF=0,0.571429;AO=5,20;DP=68;FAO=0,32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=0,3;FSAR=0,29;FSRF=23;FSRR=1;FWDB=-0.0617748,-0.0702656;FXX=0.0508388;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=44.0045,89.5389;QD=21.8764;RBI=0.125123,0.259087;REFB=-0.028377,-0.0480194;REVB=0.10881,0.249377;RO=40;SAF=0,1;SAR=5,19;SRF=33;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.767508,-0.798968;STB=0.5,0.893105;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0557814;OID=.,.;OPOS=46638628,46638629;OREF=G,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:68:56:40:24:5,20:0,32:0,0.571429:5,19:0,1:33:7:0,29:0,3:23:1 chr22 46677607 . T C 1491.56 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3276;QD=63.4705;RBI=0.0239694;REFB=0;REVB=0.0239316;RO=0;SAF=33;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147767;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:61:33:0:0:61:33:0:0 chr22 46722400 . T C 1635.4 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.88;QD=60.0147;RBI=0.0556546;REFB=0;REVB=0.0511646;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124694;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:53:55:0:0:54:55:0:0 chr22 46746278 . TCC TC,T,TCT 1501.52 PASS AF=0.867188,0.0703125,0.0625;AO=32,16,8;DP=129;FAO=111,9,8;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=42,9,8;FSAR=69,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0550907,-0.0280262,-0.0484522;FXX=0.00775134;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=16.5022,10.5742,178.593;QD=46.9224;RBI=0.827681,0.419165,0.0979034;REFB=0.0261177,0.0342511,0.0395483;REVB=0.825846,0.418227,0.0850733;RO=71;SAF=31,16,8;SAR=1,0,0;SRF=4;SRR=67;SSEN=0,0,0;SSEP=0.722222,0.722222,0;SSSB=0.864869,0.879585,0.856866;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0163732,-0.0234213,0.0654931;OID=.,.,.;OPOS=46746279,46746279,46746280;OREF=C,CC,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=TC,T,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.867188,0.0703125,0.0625:32,16,8:129:111,9,8:128:0:42,9,8:69,0,0:0:0:24:71:31,16,8:1,0,0:4:67 chr22 46929692 . A G 2154.58 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.036;QD=62.9074;RBI=0.0047278;REFB=0;REVB=-0.00291983;RO=0;SAF=55;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127102;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:137:0:0:135:137:1:80:55:0:0:81:56:0:0 chr22 46931077 . G C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.775;QD=57.3854;RBI=0.00956403;REFB=0;REVB=0.00122876;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28653e-05;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr22 46931793 . G C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.532;QD=58.4197;RBI=0.0251923;REFB=0;REVB=0.0112565;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60987e-05;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr22 46931838 . G A 729.41 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.255;QD=57.2087;RBI=0.0754171;REFB=0;REVB=-0.0169477;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321262;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:27:24:0:0 chr22 47058992 . T C,G 8500.23 PASS AF=0.985401,0;AO=510,30;DP=548;FAO=540,0;FDP=548;FR=.;FRO=8;FSAF=295,0;FSAR=245,0;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0525581,-0.0777071;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=59.6856,21.4517;QD=62.0455;RBI=0.0682911,0.089208;REFB=-0.0188754,0.0819478;REVB=0.0436041,-0.0438141;RO=7;SAF=290,5;SAR=220,25;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00383928,-0.273131;STB=0.503001,0.5;STBP=0.254,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000200064,0;OID=.,.;OPOS=47058992,47058992;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:548:548:7:8:510,30:540,0:0.985401,0:220,25:290,5:5:2:245,0:295,0:6:2 chr22 47075462 . C T 325.71 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00849028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.172;QD=14.805;RBI=0.00855457;REFB=-0.0168267;REVB=-0.0010468;RO=51;SAF=12;SAR=24;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247912;STB=0.646072;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0372724;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:36:36:0.409091:24:12:29:22:24:12:30:22 chr22 47185265 . G T 820.13 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0289442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9413;QD=55.6022;RBI=0.0374202;REFB=-0.148789;REVB=0.0237171;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.508769;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0012973;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:0:1:28:30:0:1 chr22 47311404 . A T 2214.78 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.304;QD=63.2793;RBI=0.0351899;REFB=0;REVB=0.021193;RO=0;SAF=59;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.88633e-06;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:81:59:0:0:81:59:0:0 chr22 47569571 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.97;QD=61.6837;RBI=0.0575814;REFB=0;REVB=0.0278981;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572522;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr22 47569605 . G C 174.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5683;QD=46.4857;RBI=0.0716661;REFB=0;REVB=0.0709003;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315178;OID=.;OPOS=47569605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:11:3:0:0:11:4:0:0 chr22 47857537 . T C 1336.36 PASS AF=0.397368;AO=151;DP=380;FAO=151;FDP=380;FR=.;FRO=229;FSAF=68;FSAR=83;FSRF=113;FSRR=116;FWDB=0.0107856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.493;QD=14.0669;RBI=0.0111244;REFB=-0.00413215;REVB=0.00272446;RO=227;SAF=68;SAR=83;SRF=113;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511383;STB=0.526104;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00538981;OID=.;OPOS=47857537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:380:227:229:151:151:0.397368:83:68:113:114:83:68:113:116 chr22 47857551 . T G 1205.59 PASS AF=0.388889;AO=140;DP=359;FAO=140;FDP=360;FR=.;FRO=220;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=107;FSRR=113;FWDB=0.0379424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1841;QD=13.3955;RBI=0.0455822;REFB=-0.0147307;REVB=0.0252608;RO=219;SAF=63;SAR=77;SRF=107;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042152;STB=0.522343;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0259528;OID=.;OPOS=47857551;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:360:219:220:140:140:0.388889:77:63:107:112:77:63:107:113 chr22 47857576 . A G 910.07 PASS AF=0.361486;AO=107;DP=296;FAO=107;FDP=296;FR=.;FRO=189;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=99;FSRR=90;FWDB=-0.00801693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.744;QD=12.2983;RBI=0.00852472;REFB=0.00169025;REVB=0.00289824;RO=189;SAF=48;SAR=59;SRF=99;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847932;STB=0.548048;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00307219;OID=.;OPOS=47857576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:189:189:107:107:0.361486:59:48:99:90:59:48:99:90 chr22 48023241 . G T 2459.55 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217173;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.656;QD=61.4887;RBI=0.0217173;REFB=0;REVB=-8.25566e-06;RO=0;SAF=80;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13732e-05;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:160:0:0:160:160:1:80:80:0:0:80:80:0:0 chr22 48940553 . T C 1664.32 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136248;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.3;QD=59.44;RBI=0.0187068;REFB=-0.100658;REVB=0.0128184;RO=1;SAF=48;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978793;STB=0.505154;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000158514;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:1:1:111:111:0.991071:63:48:1:0:63:48:1:0 chr22 48940644 . C T 979.55 PASS AF=0.476636;AO=101;DP=214;FAO=102;FDP=214;FR=.;FRO=112;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=44;FSRR=68;FWDB=0.0159386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7912;QD=18.3094;RBI=0.0167925;REFB=0.00518563;REVB=-0.00528671;RO=112;SAF=43;SAR=58;SRF=44;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322221;STB=0.520657;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00548791;OID=.;OPOS=48940644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:112:112:101:102:0.476636:58:43:44:68:58:44:44:68 chr22 48942315 . T G 655.05 PASS AF=0.44375;AO=64;DP=165;FAO=71;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=-0.0360483;FXX=0.0419137;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.4836;QD=16.3762;RBI=0.0933243;REFB=-0.0390817;REVB=-0.0860811;RO=58;SAF=45;SAR=19;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138585;STB=0.541061;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0337295;OID=.;OPOS=48942315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:160:58:86:64:71:0.44375:19:45:40:18:24:47:51:35 chr22 49246723 . A C 7353.65 PASS AF=1;AO=464;DP=470;FAO=467;FDP=467;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=301;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573411;FXX=0.00638284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6021;QD=62.9863;RBI=0.0591044;REFB=0;REVB=-0.0143293;RO=0;SAF=164;SAR=300;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46357e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19124e-05;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:470:467:0:0:464:467:1:300:164:0:0:301:166:0:0 chr22 49834747 . C T 5206.3 PASS AF=1;AO=320;DP=320;FAO=330;FDP=330;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076216;FXX=0.00602391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.659;QD=63.1067;RBI=0.0434228;REFB=0.0490088;REVB=0.0427487;RO=0;SAF=145;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35039e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.1215e-06;OID=.;OPOS=49834747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:320:330:0:0:320:330:1:175:145:0:0:185:145:0:0 chr22 50132421 . C T 628.92 PASS AF=0.451389;AO=64;DP=144;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0374759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.094;QD=17.47;RBI=0.0382367;REFB=-0.0415801;REVB=0.00758955;RO=78;SAF=36;SAR=28;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367374;STB=0.520895;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0550623;OID=.;OPOS=50132421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:79:64:65:0.451389:28:36:41:37:28:37:42:37 chr22 50277835 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.856;QD=56.9375;RBI=0.0308286;REFB=0;REVB=0.00293443;RO=0;SAF=38;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136234;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:15:38:0:0:15:38:0:0 chr22 50277883 . A G 937.33 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.861;QD=58.5832;RBI=0.10867;REFB=0;REVB=-0.0612513;RO=0;SAF=51;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78323e-05;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:13:51:0:0:13:51:0:0 chr22 50278438 . A G 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.644;QD=64.0203;RBI=0.0287014;REFB=0;REVB=-0.0112784;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3985e-05;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:51:47:0:0:51:47:0:0 chr22 50278568 . A G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.278;QD=57.1992;RBI=0.0167594;REFB=0;REVB=0.0150218;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41711e-05;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr22 50278642 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9471;QD=62.9829;RBI=0.0191828;REFB=0;REVB=-0.0122883;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.422e-05;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr22 50280136 . T C 1367.7 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249982;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.539;QD=62.8828;RBI=0.0251699;REFB=0;REVB=-0.00293538;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353787;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:86:87:1:54:32:0:0:55:32:0:0 chr22 50281917 . A G 1334.21 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00959194;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.102;QD=59.9646;RBI=0.0137658;REFB=0.0647446;REVB=0.00987378;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997443;STB=0.510414;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.000106681;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:89:1:2:86:87:0.977528:47:39:0:1:47:40:0:2 chr22 50354819 . C A 1820.7 PASS AF=0.560403;AO=167;DP=298;FAO=167;FDP=298;FR=.;FRO=131;FSAF=70;FSAR=97;FSRF=58;FSRR=73;FWDB=-0.0132386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.915;QD=24.439;RBI=0.0295126;REFB=-0.0228149;REVB=-0.0263768;RO=129;SAF=70;SAR=97;SRF=57;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186504;STB=0.510609;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0171545;OID=.;OPOS=50354819;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:129:131:167:167:0.560403:97:70:57:72:97:70:58:73 chr22 50356693 . T C 4307.55 PASS AF=0.99639;AO=236;DP=278;FAO=276;FDP=277;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=118;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245616;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1383;QD=62.2029;RBI=0.027772;REFB=-0.0721542;REVB=0.0129619;RO=1;SAF=84;SAR=152;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779503;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:278:277:1:0:236:276:0.99639:152:84:0:1:158:118:0:0 chr22 50435480 . A G 809.69 PASS AF=0.447368;AO=85;DP=190;FAO=85;FDP=190;FR=.;FRO=105;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=-0.0211158;FXX=0.00523533;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2222;QD=17.0461;RBI=0.024537;REFB=-0.00929105;REVB=0.0124974;RO=101;SAF=50;SAR=35;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159112;STB=0.57798;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00688202;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:101:105:85:85:0.447368:35:50:43:58:35:50:47:58 chr22 50439188 . GCCCCCCCTG GCCCCCCTG,GCCCCCCTGC,GCCCCCTCTG 999.71 PASS AF=0.316092,0.0344828,0.448276;AO=35,8,52;DP=182;FAO=55,6,78;FDP=174;FR=.;FRO=35;FSAF=22,6,40;FSAR=33,0,38;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.205821,-0.0567459,0.0327587;FXX=0.0439536;HRUN=7,7,7;LEN=1,3,1;MLLD=6.89886,15.6089,172.01;QD=22.9818;RBI=0.224483,0.0621684,0.0403095;REFB=-0.245649,-0.13539,-0.0517572;REVB=0.0896131,-0.0253931,0.0234888;RO=31;SAF=14,4,30;SAR=21,4,22;SRF=21;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.232597,-0.21783,-0.0716127;STB=0.610579,0.997568,0.55372;STBP=0.009,0.048,0.111;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.133297,0.117412,0.0316067;OID=.,.,.;OPOS=50439189,50439195,50439194;OREF=C,CTG,C;OALT=-,TGC,T;OMAPALT=GCCCCCCTG,GCCCCCCTGC,GCCCCCTCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.316092,0.0344828,0.448276:35,8,52:182:55,6,78:174:35:22,6,40:33,0,38:24:11:99:31:14,4,30:21,4,22:21:10 chr22 50468907 . C T 497.86 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0049355;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.777;QD=18.1039;RBI=0.0220137;REFB=-0.0195112;REVB=0.0214533;RO=57;SAF=34;SAR=19;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129024;STB=0.571708;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0181001;OID=.;OPOS=50468907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:19:34:29:28:19:34:29:28 chr22 50468933 . G T 487.16 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.00408399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.163;QD=15.2238;RBI=0.00551361;REFB=0.00012136;REVB=-0.00370417;RO=74;SAF=37;SAR=17;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883296;STB=0.549723;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.000134684;OID=.;OPOS=50468933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:74:54:54:0.421875:17:37:45:29:17:37:45:29 chr22 50470516 . C T 234.74 PASS AF=0.46;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0708057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.426;QD=18.7794;RBI=0.0708702;REFB=-0.0286321;REVB=0.00302131;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158016;STB=0.577553;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0382386;OID=.;OPOS=50470516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:22:23:0.46:12:10:8:19:13:10:8:19 chr22 50480108 . C T 750.5 PASS AF=0.5;AO=71;DP=144;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0380872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9934;QD=20.5618;RBI=0.0826327;REFB=0.00992396;REVB=0.0733317;RO=73;SAF=37;SAR=34;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138528;STB=0.581634;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00847523;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:73:73:71:73:0.5:34:37:27:46:34:39:27:46 chr22 50547247 . A G 3056.65 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.415;QD=63.6802;RBI=0.0103531;REFB=0;REVB=-0.00833276;RO=0;SAF=80;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70729e-05;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:192:0:0:191:192:1:111:80:0:0:111:81:0:0 chr22 50555619 . C T 2659.87 PASS AF=0.99422;AO=170;DP=170;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.039;QD=61.4998;RBI=0.0487836;REFB=-0.050596;REVB=0.0444558;RO=0;SAF=92;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502674;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000149551;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:173:0:1:170:172:0.99422:78:92:0:0:79:93:1:0 chr22 50555686 . A C 2909.68 PASS AF=0.989362;AO=186;DP=188;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=97;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00688365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.505;QD=61.908;RBI=0.0136833;REFB=0.0179295;REVB=-0.0118258;RO=2;SAF=89;SAR=97;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105784;STB=0.505555;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-2.85325e-06;OID=.;OPOS=50555686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:188:188:2:2:186:186:0.989362:97:89:2:0:97:89:2:0 chr22 50582626 . A G 1092.84 PASS AF=0.5;AO=102;DP=212;FAO=110;FDP=220;FR=.;FRO=110;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=0.0523014;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.151;QD=19.8697;RBI=0.0531547;REFB=-0.0402589;REVB=0.00948617;RO=110;SAF=41;SAR=61;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119401;STB=0.541024;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0283995;OID=.;OPOS=50582626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:220:110:110:102:110:0.5:61:41:58:52:61:49:58:52 chr22 50589196 . C A 2034.0 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.012168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.2862;QD=60.7163;RBI=0.0399114;REFB=-0.111126;REVB=-0.0380113;RO=2;SAF=78;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172752;STB=0.50909;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00132985;OID=.;OPOS=50589196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:54:78:0:2:54:78:0:2 chr22 50618738 . G A 195.11 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0114701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.205;QD=21.6789;RBI=0.0202482;REFB=-0.013762;REVB=0.0166861;RO=15;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302449;STB=0.656083;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0141831;OID=.;OPOS=50618738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:15:16:19:20:0.555556:15:4:8:7:15:5:9:7 chr22 50637597 . G C 467.52 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0148092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.24;QD=15.4553;RBI=0.0195003;REFB=-0.00576491;REVB=-0.0126865;RO=68;SAF=22;SAR=30;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03377;STB=0.523585;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00751738;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:69:52:52:0.429752:30:22:31:37:30:22:32:37 chr22 50646936 . G C 867.62 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.037898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5766;QD=53.3921;RBI=0.050219;REFB=-0.275884;REVB=0.0329498;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0132508;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:65:65:0:3:62:62:0.953846:37:25:0:0:37:25:1:2 chr22 50657010 . C G 2301.05 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766499;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6709;QD=63.4774;RBI=0.0865835;REFB=0;REVB=0.0402679;RO=0;SAF=72;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325502;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:142:145:1:70:72:0:0:70:75:0:0 chr22 50658424 . T C 683.28 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=149;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0166108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8279;QD=18.3431;RBI=0.0309541;REFB=-0.00972952;REVB=-0.0261197;RO=79;SAF=36;SAR=33;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148467;STB=0.504966;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0111962;OID=.;OPOS=50658424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:79:80:69:69:0.463087:33:36:40:39:33:36:41:39 chr22 50659592 . T TC 33.56 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0595335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.2144;QD=2.16518;RBI=0.114796;REFB=-0.0909413;REVB=-0.0981525;RO=46;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871333;STB=0.529372;STBP=0.832;TYPE=ins;VARB=0.13018;OID=.;OPOS=50659593;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241935:15:63:15:62:47:4:11:14:33:33:46:4:11:15:31 chr22 50664612 . A G 1593.26 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0879;QD=59.0098;RBI=0.0259469;REFB=-0.106812;REVB=0.0152259;RO=1;SAF=52;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103536;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:108:108:1:0:107:108:1:55:52:1:0:55:53:0:0 chr22 50678620 . G C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00314697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.851;QD=17.94;RBI=0.0118295;REFB=-0.00863752;REVB=-0.0114032;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341979;STB=0.694453;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0190549;OID=.;OPOS=50678620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:7:15:6:13:7:15 chr22 50684256 . T C 307.33 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.00353605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8722;QD=13.2187;RBI=0.0177885;REFB=0.00276967;REVB=-0.0174335;RO=58;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116873;STB=0.566629;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00471877;OID=.;OPOS=50684256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:18:17:22:36:18:17:22:36 chr22 50684415 . T C 309.5 PASS AF=0.426829;AO=26;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0209442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.161;QD=15.0975;RBI=0.0209909;REFB=-0.0194979;REVB=-0.00139876;RO=46;SAF=7;SAR=19;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205041;STB=0.510632;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0259369;OID=.;OPOS=50684415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:47:26:35:0.426829:19:7:20:26:20:15:21:26 chr22 50684747 . C T 307.36 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.011087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1601;QD=13.2198;RBI=0.0203454;REFB=-0.00493646;REVB=-0.0170591;RO=58;SAF=18;SAR=17;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598361;STB=0.534176;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00848509;OID=.;OPOS=50684747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:17:18:33:25:17:18:33:25 chr22 50686830 . G A 774.76 PASS AF=0.468208;AO=81;DP=174;FAO=81;FDP=173;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=22;FSRR=70;FWDB=0.00752256;FXX=0.0057468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.55;QD=17.9136;RBI=0.00991008;REFB=-0.0171497;REVB=0.00645141;RO=91;SAF=29;SAR=52;SRF=22;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126388;STB=0.57155;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0165122;OID=.;OPOS=50686830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:91:92:81:81:0.468208:52:29:22:69:52:29:22:70 chr22 50687178 . C T 1029.2 PASS AF=0.465217;AO=106;DP=223;FAO=107;FDP=230;FR=.;FRO=123;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=0.0637906;FXX=0.00432882;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.412;QD=17.8992;RBI=0.0641358;REFB=-0.0134664;REVB=-0.00664537;RO=116;SAF=63;SAR=43;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163155;STB=0.585509;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0207704;OID=.;OPOS=50687178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:230:116:123:106:107:0.465217:43:63:49:67:43:64:54:69 chr22 50687328 . C A 554.96 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0269574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2681;QD=19.9987;RBI=0.0458623;REFB=0.00124999;REVB=0.0371031;RO=53;SAF=26;SAR=31;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363153;STB=0.523984;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00109663;OID=.;OPOS=50687328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:54:57:57:0.513514:31:26:22:31:31:26:22:32 chr22 50687595 . A G 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0155589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5741;QD=19.6177;RBI=0.0193501;REFB=-0.0118225;REVB=0.0115043;RO=35;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00204246;STB=0.507459;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00785097;OID=.;OPOS=50687595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:36:37:37:0.506849:20:17:16:19:20:17:16:20 chr22 50688348 . A G 1862.86 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050434;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9185;QD=61.0775;RBI=0.121159;REFB=0;REVB=0.110163;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420998;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:121:122:1:56:65:0:0:56:66:0:0 chr22 50693538 . G A 227.85 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00382196;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.911;QD=43.4007;RBI=0.0324373;REFB=-0.0118039;REVB=0.0322113;RO=2;SAF=15;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575091;STB=0.531218;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000892371;OID=.;OPOS=50693538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:21:21:2:2:19:19:0.904762:4:15:2:0:4:15:2:0 chr22 50693554 . A G 482.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.785;QD=58.5332;RBI=0.0526847;REFB=0;REVB=0.045413;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172051;OID=.;OPOS=50693554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chr22 50693558 . C T 187.09 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.000799209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1058;QD=19.1882;RBI=0.0476035;REFB=-0.0365957;REVB=0.0475968;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275581;STB=0.643282;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0400603;OID=.;OPOS=50693558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:20:19:19:0.487179:7:12:6:13:7:12:7:13 chr22 50693889 . G A 278.09 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0488601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9168;QD=13.9044;RBI=0.0513508;REFB=-0.000228372;REVB=0.0157985;RO=48;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329746;STB=0.518768;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.000102317;OID=.;OPOS=50693889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:15:17:24:24:15:17:24:24 chr22 50693919 . C T 410.64 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0319981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8417;QD=21.0584;RBI=0.0320799;REFB=0.0157485;REVB=0.00228943;RO=36;SAF=18;SAR=23;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754355;STB=0.548283;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0117691;OID=.;OPOS=50693919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:23:18:19:17:23:18:20:17 chr22 50694297 . A G 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.768;QD=63.7517;RBI=0.0173571;REFB=0;REVB=0.00739228;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64769e-05;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr22 50695370 . G A 392.84 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.074036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9585;QD=19.6421;RBI=0.0763112;REFB=-0.0354955;REVB=0.0184951;RO=40;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450112;STB=0.524988;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0402794;OID=.;OPOS=50695370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:20:20:18:22:20:20:18:22 chr22 50696662 . C T 179.15 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0886601;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.329;QD=13.7805;RBI=0.091358;REFB=-0.0315128;REVB=-0.0220378;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139375;STB=0.542921;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0659627;OID=.;OPOS=50696662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:31:20:21:0.403846:9:11:12:17:10:11:14:17 chr22 50699668 . A G 2021.89 PASS AF=0.502488;AO=202;DP=401;FAO=202;FDP=402;FR=.;FRO=200;FSAF=82;FSAR=120;FSRF=108;FSRR=92;FWDB=-0.00590549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8914;QD=20.1183;RBI=0.0297552;REFB=-0.01567;REVB=-0.0291633;RO=199;SAF=82;SAR=120;SRF=107;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120718;STB=0.567383;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0135965;OID=.;OPOS=50699668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:401:402:199:200:202:202:0.502488:120:82:107:92:120:82:108:92 chr22 50704661 . T C 329.54 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.00927251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.017;QD=12.4355;RBI=0.0112775;REFB=-0.0085448;REVB=-0.006419;RO=66;SAF=16;SAR=24;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773788;STB=0.543979;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0154129;OID=.;OPOS=50704661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:66:40:40:0.377358:24:16:22:44:24:16:22:44 chr22 50705059 . A G 400.02 PASS AF=0.412281;AO=42;DP=109;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.0315064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3197;QD=14.0358;RBI=0.031554;REFB=-0.00771525;REVB=-0.00173329;RO=67;SAF=18;SAR=24;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283825;STB=0.53859;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0135668;OID=.;OPOS=50705059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:114:67:67:42:47:0.412281:24:18:27:40:25:22:27:40 chr22 50705466 . A G 1354.43 PASS AF=0.979167;AO=74;DP=92;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0304575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.797;QD=56.4345;RBI=0.0494253;REFB=-0.0150674;REVB=0.0389255;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.500444;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00180314;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:96:0:2:74:94:0.979167:38:36:0:0:49:45:1:1 chr22 50713866 . G C 1008.62 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0143247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.598;QD=55.267;RBI=0.0294748;REFB=-0.0665197;REVB=-0.0257598;RO=2;SAF=30;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304759;STB=0.523803;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00333838;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:73:73:2:3:70:70:0.958904:40:30:2:0:40:30:3:0 chr22 50716167 . G A 802.58 PASS AF=0.527397;AO=74;DP=142;FAO=77;FDP=146;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00387971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.094;QD=21.9883;RBI=0.0118128;REFB=-0.017069;REVB=0.0111576;RO=66;SAF=28;SAR=46;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10776;STB=0.550097;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0122658;OID=.;OPOS=50716167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:146:66:69:74:77:0.527397:46:28:33:33:47:30:34:35 chr22 50719251 . A G 584.85 PASS AF=0.449275;AO=59;DP=135;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00707479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.125;QD=16.952;RBI=0.0303732;REFB=-0.00702452;REVB=-0.0295378;RO=73;SAF=25;SAR=34;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09662;STB=0.544924;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00962523;OID=.;OPOS=50719251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:73:76:59:62:0.449275:34:25:38:35:36:26:38:38 chr22 50720622 . C T 2122.85 PASS AF=0.39899;AO=237;DP=593;FAO=237;FDP=594;FR=.;FRO=357;FSAF=116;FSAR=121;FSRF=174;FSRR=183;FWDB=0.00730278;FXX=0.00168064;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.477;QD=14.2953;RBI=0.0327939;REFB=-8.82336e-05;REVB=0.0319704;RO=355;SAF=116;SAR=121;SRF=173;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228544;STB=0.501236;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.000178716;OID=.;OPOS=50720622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:593:594:355:357:237:237:0.39899:121:116:173:182:121:116:174:183 chr22 50721492 . C T 986.49 PASS AF=0.49;AO=97;DP=199;FAO=98;FDP=200;FR=.;FRO=102;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=39;FSRR=63;FWDB=0.0147646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6269;QD=19.7298;RBI=0.0293838;REFB=-0.0225723;REVB=0.025405;RO=99;SAF=44;SAR=53;SRF=37;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746279;STB=0.539694;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0194952;OID=.;OPOS=50721492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:99:102:97:98:0.49:53:44:37:62:53:45:39:63 chr22 50722134 . T C 541.01 PASS AF=0.523364;AO=55;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.0170606;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.458;QD=20.2246;RBI=0.0247213;REFB=-0.0682642;REVB=-0.0178908;RO=48;SAF=25;SAR=30;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141621;STB=0.592083;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0310531;OID=.;OPOS=50722134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:51:55:56:0.523364:30:25:14:34:30:26:14:37 chr22 50725553 . T C 373.75 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00425482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.13;QD=12.6696;RBI=0.0143397;REFB=-0.00916199;REVB=-0.0136939;RO=73;SAF=27;SAR=18;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117714;STB=0.56698;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0219348;OID=.;OPOS=50725553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:73:73:45:45:0.381356:18:27:36:37:18:27:36:37 chr22 50728062 . T C 721.48 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0457475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.823;QD=23.4628;RBI=0.0460235;REFB=-0.0126541;REVB=0.00503323;RO=54;SAF=37;SAR=32;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911785;STB=0.549735;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00756316;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:54:54:69:69:0.560976:32:37:35:19:32:37:35:19 chr22 50753334 . G A 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.023475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.084;QD=13.3135;RBI=0.0315203;REFB=-0.0214657;REVB=0.0210346;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203854;STB=0.616916;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0310958;OID=.;OPOS=50753334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:13:9:20:13:13:9:20:13 chr22 50754445 . A T 505.95 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0131613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.202;QD=16.3209;RBI=0.023781;REFB=-0.0261434;REVB=-0.019807;RO=69;SAF=31;SAR=24;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160115;STB=0.500894;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0347037;OID=.;OPOS=50754445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:24:31:39:30:24:31:39:30 chr22 50754648 . T C 407.26 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.000576254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.903;QD=33.2456;RBI=0.00345932;REFB=-0.045925;REVB=0.00341099;RO=15;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633075;STB=0.54554;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0204247;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:16:33:33:0.673469:19:14:8:7:19:14:9:7 chr22 50756452 . A G 691.64 PASS AF=0.474026;AO=74;DP=154;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.033452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.837;QD=17.9646;RBI=0.0344919;REFB=-0.000862594;REVB=0.00840581;RO=80;SAF=32;SAR=42;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433225;STB=0.516001;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00105946;OID=.;OPOS=50756452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:80:81:74:73:0.474026:42:32:31:49:42:31:32:49 chr22 50757470 . T C 488.26 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0173049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.185;QD=20.3443;RBI=0.0341855;REFB=-0.030564;REVB=0.029482;RO=47;SAF=23;SAR=24;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959108;STB=0.552062;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0215192;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:47:48:47:48:0.5:24:23:28:19:24:24:29:19 chr22 50809687 . T C 383.61 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.017707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9756;QD=20.1901;RBI=0.0348701;REFB=-0.0230292;REVB=0.0300397;RO=37;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681473;STB=0.537807;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.024529;OID=.;OPOS=50809687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:23:16:18:19:23:16:18:19 chr22 50869692 . G C 596.77 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0162734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.847;QD=23.4028;RBI=0.0384817;REFB=0.00458309;REVB=-0.0348714;RO=44;SAF=41;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124131;STB=0.568105;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00445492;OID=.;OPOS=50869692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:17:41:25:19:17:41:25:19 chr22 50876662 . T G 944.85 PASS AF=0.442982;AO=101;DP=228;FAO=101;FDP=228;FR=.;FRO=127;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=68;FSRR=59;FWDB=-0.0123301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.268;QD=16.5763;RBI=0.0123432;REFB=-0.0133103;REVB=-0.000568858;RO=127;SAF=56;SAR=45;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192595;STB=0.510696;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0132086;OID=.;OPOS=50876662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:127:127:101:101:0.442982:45:56:68:59:45:56:68:59 chr22 50877166 . G C 380.69 PASS AF=0.367816;AO=20;DP=93;FAO=32;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0282225;FXX=0.0645092;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.764;QD=17.5029;RBI=0.0344492;REFB=-0.0161647;REVB=0.0197544;RO=48;SAF=8;SAR=12;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261303;STB=0.575091;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0395929;OID=.;OPOS=50877166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:87:48:47:20:32:0.367816:12:8:30:18:17:15:28:19 chr22 50882970 . T G 138.8 PASS AF=0.267327;AO=10;DP=79;FAO=27;FDP=101;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=69;FSRR=5;FWDB=0.00526591;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.31;QD=5.49696;RBI=0.016279;REFB=-0.0066253;REVB=0.0154038;RO=60;SAF=8;SAR=2;SRF=56;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364054;STB=0.673981;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0501119;OID=.;OPOS=50882970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:101:60:74:10:27:0.267327:2:8:56:4:5:22:69:5 chr22 50921694 . C T 440.43 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00444204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5779;QD=16.0158;RBI=0.00939632;REFB=-0.00120289;REVB=-0.00828005;RO=61;SAF=24;SAR=25;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669591;STB=0.53742;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00118662;OID=.;OPOS=50921694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:25:24:34:27:25:24:34:27 chr22 50923217 . T C 920.09 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.767;QD=58.4187;RBI=0.0298785;REFB=0;REVB=0.00467089;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78757e-05;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:32:29:0:0:34:29:0:0 chr22 50924008 . C T 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00396238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.597;QD=7.79747;RBI=0.134748;REFB=-0.00516956;REVB=-0.13469;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611436;STB=0.538373;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0320081;OID=.;OPOS=50924008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:2:7:17:6:2:7:17:6 chr22 50924182 . G A 226.45 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0291644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.388;QD=17.0902;RBI=0.0295182;REFB=0.00611558;REVB=-0.00455658;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821512;STB=0.546246;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00572726;OID=.;OPOS=50924182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:11:17:13:12:11:17 chr22 50941985 . T C 786.8 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0195263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7626;QD=55.2141;RBI=0.0553795;REFB=0.0613169;REVB=-0.0518229;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145081;STB=0.50769;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00227914;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:32:24:0:1:32:24:0:1 chr22 50944163 . G A 1624.29 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.152;QD=60.1587;RBI=0.0286182;REFB=0;REVB=0.00149583;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95385e-05;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:63:45:0:0:63:45:0:0 chr22 50961169 . A G 159.84 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.027;QD=45.6693;RBI=0.0787436;REFB=0;REVB=0.077464;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869416;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:2:10:0:0:3:11:0:0 chr22 50962208 . T G 3477.29 PASS AF=1;AO=223;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00394997;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.866;QD=62.3729;RBI=0.0206944;REFB=-0.0598243;REVB=0.0203139;RO=0;SAF=112;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82082e-06;OID=.;OPOS=50962208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:223:223:0:0:223:223:1:111:112:0:0:111:112:0:0 chr22 50962782 . C G 1645.31 PASS AF=0.974576;AO=111;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00360087;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2021;QD=55.7733;RBI=0.01693;REFB=-0.0933785;REVB=-0.0165426;RO=3;SAF=52;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992957;STB=0.505026;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00251488;OID=.;OPOS=50962782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:118:118:3:3:111:115:0.974576:59:52:2:1:61:54:2:1 chr22 50986647 . G A 1040.24 PASS AF=0.471366;AO=107;DP=230;FAO=107;FDP=227;FR=.;FRO=120;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=0.037305;FXX=0.0173153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.973;QD=18.3303;RBI=0.0374556;REFB=-0.00894285;REVB=0.00335452;RO=114;SAF=58;SAR=49;SRF=63;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998547;STB=0.513129;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.009559;OID=.;OPOS=50986647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:227:114:120:107:107:0.471366:49:58:63:51:49:58:68:52 chr22 50987287 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.017239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.453;QD=10.3792;RBI=0.0205834;REFB=-0.0294876;REVB=-0.011247;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145075;STB=0.586972;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0470296;OID=.;OPOS=50987287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:11:5:4:5:11:5 chr22 50988062 . G T 1046.32 PASS AF=0.430712;AO=116;DP=268;FAO=115;FDP=267;FR=.;FRO=152;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=80;FSRR=72;FWDB=0.00394751;FXX=0.0037312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4707;QD=15.6752;RBI=0.00932368;REFB=-0.00166067;REVB=-0.00844678;RO=152;SAF=54;SAR=62;SRF=80;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620142;STB=0.537262;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00271505;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:267:152:152:116:115:0.430712:62:54:80:72:62:53:80:72 chr22 50988193 . A G 386.27 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0117341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.777;QD=30.9017;RBI=0.0572231;REFB=0.0293081;REVB=-0.0560071;RO=18;SAF=7;SAR=25;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518024;STB=0.528285;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0171661;OID=.;OPOS=50988193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:25:7:3:15:25:7:3:15 chr22 50989197 . C T 432.89 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0117666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.201;QD=16.1829;RBI=0.0228773;REFB=-0.013404;REVB=-0.0196194;RO=58;SAF=28;SAR=20;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993799;STB=0.560414;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0200072;OID=.;OPOS=50989197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:59:48:48:0.448598:20:28:28:30:20:28:28:31 chr22 50989326 . A G 49.46 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0940956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4954;QD=15.2176;RBI=0.0962953;REFB=0.0316027;REVB=-0.0204644;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51636;STB=0.79926;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0144072;OID=.;OPOS=50989326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:0:6:2:5:0:6 chr22 51009953 . C T 157.7 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0449146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.879;QD=11.2645;RBI=0.0452477;REFB=-0.0017436;REVB=0.00548004;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190266;STB=0.5111;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00346912;OID=.;OPOS=51009953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:12:8:15:21:12:8:15:21 chr22 51011376 . G C 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=0.00127728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.9;QD=13.2644;RBI=0.00251693;REFB=-0.00181919;REVB=0.00216875;RO=43;SAF=2;SAR=26;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345127;STB=0.704246;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00241171;OID=.;OPOS=51011376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:26:2:9:34:26:2:9:34 chr22 51042513 . C CG 669.17 PASS AF=1;AO=44;DP=64;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300384;FXX=0.134308;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.894;QD=46.1496;RBI=0.0856181;REFB=0;REVB=0.0801758;RO=17;SAF=29;SAR=15;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194915;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000276595;OID=.;OPOS=51042514;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:64:58:58:0:29:29:0:0:11:17:29:15:5:12 chr22 51043278 . G A 3572.5 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.148;QD=62.9515;RBI=0.0676629;REFB=0;REVB=0.0266233;RO=0;SAF=63;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58465e-05;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:227:0:0:227:227:1:164:63:0:0:164:63:0:0 chr22 51045190 . C T 345.52 PASS AF=1;AO=19;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.138;QD=53.157;RBI=0.0439694;REFB=0;REVB=0.0221351;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638845;OID=.;OPOS=51045190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:19:26:1:12:7:0:0:15:11:0:0 chr22 51045433 . C T 323.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.284;QD=53.8981;RBI=0.027634;REFB=0;REVB=0.025536;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105942;OID=.;OPOS=51045433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr22 51064039 . G C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.044;QD=61.3352;RBI=0.0367165;REFB=0;REVB=0.0276858;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368507;OID=.;OPOS=51064039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr22 51160707 . G A 2646.48 PASS AF=0.540426;AO=254;DP=470;FAO=254;FDP=470;FR=.;FRO=216;FSAF=133;FSAR=121;FSRF=100;FSRR=116;FWDB=0.0180318;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.5864;QD=22.5233;RBI=0.0369251;REFB=-0.00934116;REVB=0.0322229;RO=199;SAF=133;SAR=121;SRF=90;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057784;STB=0.527864;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00917665;OID=.;OPOS=51160707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:470:470:199:216:254:254:0.540426:121:133:90:109:121:133:100:116 chr22 51171497 . G A 2289.1 PASS AF=0.439655;AO=238;DP=534;FAO=255;FDP=580;FR=.;FRO=325;FSAF=90;FSAR=165;FSRF=119;FSRR=206;FWDB=-0.00324552;FXX=0.0152799;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.529;QD=15.7869;RBI=0.0210649;REFB=0.0030485;REVB=0.0208134;RO=290;SAF=74;SAR=164;SRF=105;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578157;STB=0.508066;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00417901;OID=.;OPOS=51171497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:534:580:290:325:238:255:0.439655:164:74:105:185:165:90:119:206 chr22 51183255 . A G 310.95 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323976;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.018;QD=54.0777;RBI=0.034194;REFB=0;REVB=0.0109375;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133583;OID=.;OPOS=51183255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:17:6:0:0 chrX 200860 . T C 910.92 PASS AF=0.405738;AO=88;DP=222;FAO=99;FDP=244;FR=.,HEALED;FRO=145;FSAF=63;FSAR=36;FSRF=77;FSRR=68;FWDB=-0.00130479;FXX=0.00812975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.265;QD=14.9331;RBI=0.0128024;REFB=-0.033589;REVB=-0.0127358;RO=103;SAF=63;SAR=25;SRF=76;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266397;STB=0.565204;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0505725;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:244:103:145:88:99:0.405738:25:63:76:27:36:63:77:68 chrX 207362 . C T 1992.84 PASS AF=0.53168;AO=192;DP=361;FAO=193;FDP=363;FR=.;FRO=170;FSAF=89;FSAR=104;FSRF=82;FSRR=88;FWDB=-0.00123433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.56;QD=21.9596;RBI=0.0108433;REFB=-0.0095229;REVB=0.0107729;RO=169;SAF=89;SAR=103;SRF=82;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186846;STB=0.509978;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00771068;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:363:169:170:192:193:0.53168:103:89:82:87:104:89:82:88 chrX 228903 . G A 909.86 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0250131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.875;QD=52.7455;RBI=0.0462562;REFB=-0.0620068;REVB=0.0389099;RO=4;SAF=47;SAR=18;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385258;STB=0.520402;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00264187;OID=.;OPOS=228903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:4:4:65:65:0.942029:18:47:4:0:18:47:4:0 chrX 228934 . A G 992.0 PASS AF=0.934211;AO=70;DP=76;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0223816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3454;QD=52.2104;RBI=0.0495892;REFB=-0.0377787;REVB=-0.0442511;RO=6;SAF=67;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404894;STB=0.517726;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00245863;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:76:76:6:5:70:71:0.934211:3:67:6:0:3:68:5:0 chrX 228940 . A G 1144.65 PASS AF=0.951807;AO=77;DP=81;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0189346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7271;QD=55.1639;RBI=0.135438;REFB=-0.0911949;REVB=0.134108;RO=4;SAF=74;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115834;STB=0.561905;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0110878;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:83:4:4:77:79:0.951807:3:74:3:1:3:76:3:1 chrX 229118 . T C 513.84 PASS AF=0.393333;AO=57;DP=148;FAO=59;FDP=150;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=0.0121497;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.365;QD=13.7024;RBI=0.0272169;REFB=-0.0198187;REVB=0.0243545;RO=91;SAF=35;SAR=22;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358529;STB=0.528562;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0318443;OID=.;OPOS=229118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:91:91:57:59:0.393333:22:35:53:38:22:37:53:38 chrX 229137 . A G 2300.22 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.811;QD=63.0198;RBI=0.0301889;REFB=0;REVB=0.0248292;RO=0;SAF=110;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.17748e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7086e-05;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:146:0:0:141:146:1:31:110:0:0:34:112:0:0 chrX 229388 . TG CC,TGTACCCC 422.77 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,24;DP=32;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100218,0.0368274;FXX=0.0322477;HRUN=1,0;LEN=2,6;MLLD=128.146,207.071;QD=56.3695;RBI=0.0335591,0.041976;REFB=0,0;REVB=-0.0320277,-0.0201428;RO=1;SAF=2,18;SAR=0,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0250636;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00944848,0.000424506;OID=.,.;OPOS=229388,229390;OREF=TG,-;OALT=CC,TACCCC;OMAPALT=CC,TGTACCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:30:1:0:2,24:2,28:0.0666667,0.933333:0,6:2,18:1:0:0,7:2,21:0:0 chrX 229425 . G A 330.43 PASS AF=0.6;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00019747;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.526;QD=24.0315;RBI=0.0252274;REFB=-0.0264403;REVB=0.0252267;RO=22;SAF=25;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253814;STB=0.622463;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.023985;OID=.;OPOS=229425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:22:22:32:33:0.6:7:25:11:11:8:25:11:11 chrX 229493 . G A 359.55 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0344386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.647;QD=19.975;RBI=0.0356724;REFB=-0.0228364;REVB=-0.00930064;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475173;STB=0.531898;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0110201;OID=.;OPOS=229493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:15:22:22:12:15:22:23:12 chrX 229542 . G A 750.66 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411902;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9307;QD=63.8856;RBI=0.0418152;REFB=0;REVB=0.00720291;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49986e-05;OID=.;OPOS=229542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chrX 295132 . T C 440.4 PASS AF=0.290476;AO=61;DP=210;FAO=61;FDP=210;FR=.;FRO=149;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=80;FSRR=69;FWDB=-0.0443586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1081;QD=8.38863;RBI=0.0561732;REFB=-0.00636764;REVB=-0.0344637;RO=147;SAF=35;SAR=26;SRF=79;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445806;STB=0.526515;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0136084;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:147:149:61:61:0.290476:26:35:79:68:26:35:80:69 chrX 295231 . A G 732.84 PASS AF=0.421875;AO=75;DP=187;FAO=81;FDP=192;FR=.;FRO=111;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=-0.0180392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.402;QD=15.2675;RBI=0.0202494;REFB=-0.0275894;REVB=-0.00919913;RO=101;SAF=35;SAR=40;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059653;STB=0.546388;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0294833;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:192:101:111:75:81:0.421875:40:35:53:48:43:38:61:50 chrX 299362 . A G 2399.09 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.214;QD=63.9757;RBI=0.0243112;REFB=0;REVB=0.0144443;RO=0;SAF=72;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59198e-05;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:148:150:1:76:72:0:0:76:74:0:0 chrX 299591 . A G 3830.2 PASS AF=1;AO=240;DP=240;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.251;QD=63.5718;RBI=0.042721;REFB=0;REVB=-0.0241779;RO=0;SAF=138;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01278e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36511e-06;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:241:0:0:240:241:1:102:138:0:0:102:139:0:0 chrX 305984 . G A 893.66 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0232973;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1158;QD=54.9947;RBI=0.0417755;REFB=-0.033594;REVB=-0.034676;RO=2;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219527;STB=0.511624;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.013183;OID=.;OPOS=305984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:62:63:0.969231:42:20:0:2:42:21:0:2 chrX 306056 . G A 868.01 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.089;QD=57.8676;RBI=0.0370102;REFB=0;REVB=0.015352;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117413;OID=.;OPOS=306056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chrX 306152 . T G 842.21 PASS AF=1;AO=41;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.646;QD=57.0986;RBI=0.0911556;REFB=0;REVB=0.0654443;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00908797;OID=.;OPOS=306152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:41:59:1:29:12:0:0:35:24:0:0 chrX 322161 . A G 1882.46 PASS AF=0.482143;AO=188;DP=391;FAO=189;FDP=392;FR=.;FRO=203;FSAF=86;FSAR=103;FSRF=102;FSRR=101;FWDB=0.0025408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.506;QD=19.2087;RBI=0.0414748;REFB=-0.00208253;REVB=-0.0413969;RO=201;SAF=85;SAR=103;SRF=100;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428905;STB=0.524653;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00252879;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:392:201:203:188:189:0.482143:103:85:100:101:103:86:102:101 chrX 322193 . C T 2271.34 PASS AF=0.443223;AO=242;DP=551;FAO=242;FDP=546;FR=.;FRO=304;FSAF=105;FSAR=137;FSRF=129;FSRR=175;FWDB=0.0182552;FXX=0.00907425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.261;QD=16.6398;RBI=0.0182949;REFB=-0.00696263;REVB=0.00120385;RO=300;SAF=105;SAR=137;SRF=128;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736676;STB=0.505415;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00961948;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:551:546:300:304:242:242:0.443223:137:105:128:172:137:105:129:175 chrX 592692 . C G 986.96 PASS AF=0.436214;AO=107;DP=241;FAO=106;FDP=243;FR=.;FRO=137;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=50;FSRR=87;FWDB=0.0214775;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.4847;QD=16.2462;RBI=0.0551958;REFB=-0.0250695;REVB=-0.0508458;RO=127;SAF=40;SAR=67;SRF=42;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458011;STB=0.507461;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0162042;OID=.;OPOS=592692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:243:127:137:107:106:0.436214:67:40:42:85:66:40:50:87 chrX 610715 . C G 6928.98 PASS AF=1;AO=432;DP=441;FAO=434;FDP=434;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=269;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982359;FXX=0.0180991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.282;QD=63.8615;RBI=0.0297688;REFB=0;REVB=0.0281013;RO=0;SAF=164;SAR=268;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07332e-05;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:441:434:0:0:432:434:1:268:164:0:0:269:165:0:0 chrX 612145 . CAG C,CAA 228.18 PASS AF=0.357143,0.190476;AO=8,7;DP=43;FAO=15,8;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=6,2;FSAR=9,6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0152427,0.0124956;FXX=0.0666519;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=161.618,166.37;QD=21.7312;RBI=0.0173883,0.0156764;REFB=-0.0153339,-0.00680268;REVB=-0.00836746,0.00946615;RO=20;SAF=2,4;SAR=6,3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0718033,0.308427;STB=0.582175,0.512164;STBP=0.444,0.98;TYPE=del,snp;VARB=0.00823547,0.0202425;OID=.,.;OPOS=612146,612147;OREF=AG,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143,0.190476:8,7:43:15,8:42:19:6,2:9,6:5:14:88:20:2,4:6,3:6:14 chrX 1331495 . G C 451.97 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.00424344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7194;QD=14.3482;RBI=0.00794621;REFB=0.0127392;REVB=-0.0067183;RO=74;SAF=20;SAR=32;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663338;STB=0.537375;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0204442;OID=.;OPOS=1331495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:74:52:52:0.412698:32:20:33:41:32:20:33:41 chrX 1460740 . A G 1666.51 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0190607;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.365;QD=58.4742;RBI=0.019706;REFB=-0.213235;REVB=-0.00500155;RO=2;SAF=46;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201921;STB=0.510636;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000209205;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:66:46:2:0:66:46:2:0 chrX 1531648 . C T 5397.08 PASS AF=1;AO=341;DP=343;FAO=341;FDP=341;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333177;FXX=0.00583073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.387;QD=63.3088;RBI=0.0428462;REFB=-0.00130274;REVB=0.0269394;RO=1;SAF=167;SAR=174;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273416;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010692;OID=.;OPOS=1531648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:343:341:1:0:341:341:1:174:167:0:1:174:167:0:0 chrX 1537002 . C G 4202.77 PASS AF=1;AO=268;DP=268;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.234;QD=62.7278;RBI=0.0211236;REFB=0;REVB=0.019246;RO=0;SAF=112;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85916e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15557e-05;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:268:268:0:0:268:268:1:156:112:0:0:156:112:0:0 chrX 1546792 . G A,C 1001.94 PASS AF=0.918919,0.0540541;AO=61,8;DP=71;FAO=68,4;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=26,1;FSAR=42,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141216,-0.00322753;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.9863,98.8812;QD=54.1587;RBI=0.0355518,0.0140125;REFB=-0.0597733,-0.00452316;REVB=0.0326268,-0.0136357;RO=0;SAF=21,5;SAR=40,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.46938e-08;STB=0.503551,0.599463;STBP=0.783,0.614;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000250253,0.015541;OID=.,.;OPOS=1546792,1546792;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:71:74:0:2:61,8:68,4:0.918919,0.0540541:40,3:21,5:0:0:42,3:26,1:1:1 chrX 1546876 . A G 1391.19 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.878;QD=62.5252;RBI=0.0253231;REFB=0;REVB=-0.0252991;RO=0;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7484e-05;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:32:56:0:0:33:56:0:0 chrX 1553907 . G A 1946.87 PASS AF=0.436326;AO=208;DP=481;FAO=209;FDP=479;FR=.;FRO=270;FSAF=115;FSAR=94;FSRF=115;FSRR=155;FWDB=0.00516745;FXX=0.00415792;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.668;QD=16.2578;RBI=0.0198346;REFB=-0.0077329;REVB=0.0191496;RO=271;SAF=115;SAR=93;SRF=115;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13071;STB=0.569787;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0111875;OID=.;OPOS=1553907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:479:271:270:208:209:0.436326:93:115:115:156:94:115:115:155 chrX 1554649 . T C 960.41 PASS AF=0.34188;AO=120;DP=353;FAO=120;FDP=351;FR=.;FRO=231;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=98;FSRR=133;FWDB=-0.00516663;FXX=0.00847434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.652;QD=10.9449;RBI=0.0059223;REFB=-0.00928267;REVB=-0.00289473;RO=231;SAF=60;SAR=60;SRF=98;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875911;STB=0.549849;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0172264;OID=.;OPOS=1554649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:351:231:231:120:120:0.34188:60:60:98:133:60:60:98:133 chrX 1554655 . T C 973.08 PASS AF=0.346041;AO=118;DP=342;FAO=118;FDP=341;FR=.;FRO=223;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=94;FSRR=129;FWDB=-0.0265441;FXX=0.00583073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0051;QD=11.4144;RBI=0.033105;REFB=0.00143419;REVB=-0.0197827;RO=216;SAF=61;SAR=57;SRF=93;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982402;STB=0.562202;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00243009;OID=.;OPOS=1554655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:341:216:223:118:118:0.346041:57:61:93:123:57:61:94:129 chrX 1712377 . C T 478.51 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0045192;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.343;QD=19.5311;RBI=0.0103592;REFB=-0.00816468;REVB=0.00932152;RO=51;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756652;STB=0.542046;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00874124;OID=.;OPOS=1712377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:22:25:23:28:22:25:23:28 chrX 1713021 . C T 1376.76 PASS AF=0.507407;AO=136;DP=270;FAO=137;FDP=270;FR=.;FRO=133;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=44;FSRR=89;FWDB=-0.0127469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2913;QD=20.3965;RBI=0.0127863;REFB=0.025266;REVB=0.00100345;RO=132;SAF=66;SAR=70;SRF=43;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144605;STB=0.578233;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0231927;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:132:133:136:137:0.507407:70:66:43:89:70:67:44:89 chrX 1718360 . G A 312.9 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00322326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.535;QD=16.9135;RBI=0.0490192;REFB=-0.0221384;REVB=0.0489132;RO=39;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21247;STB=0.624342;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0379411;OID=.;OPOS=1718360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:19:15:26:13:19:15:27:13 chrX 1755404 . C T 1032.52 PASS AF=0.38835;AO=119;DP=310;FAO=120;FDP=309;FR=.;FRO=189;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=76;FSRR=113;FWDB=0.0348884;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2033;QD=13.3659;RBI=0.0360219;REFB=0.00455184;REVB=-0.00896544;RO=188;SAF=60;SAR=59;SRF=75;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114765;STB=0.559861;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00731338;OID=.;OPOS=1755404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:309:188:189:119:120:0.38835:59:60:75:113:60:60:76:113 chrX 2139186 . C T 1656.49 PASS AF=0.530405;AO=156;DP=296;FAO=157;FDP=296;FR=.;FRO=139;FSAF=63;FSAR=94;FSRF=70;FSRR=69;FWDB=-0.0553783;FXX=0.00336689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.916;QD=22.3851;RBI=0.0555921;REFB=-0.0259767;REVB=0.00487093;RO=133;SAF=63;SAR=93;SRF=68;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923506;STB=0.549025;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.019285;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:133:139:156:157:0.530405:93:63:68:65:94:63:70:69 chrX 2139200 . T C 4353.5 PASS AF=1;AO=275;DP=275;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635652;FXX=0.0143364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.205;QD=63.3236;RBI=0.0163464;REFB=0;REVB=0.0150598;RO=0;SAF=120;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346358;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:275:275:0:0:275:275:1:155:120:0:0:155:120:0:0 chrX 2161129 . C G 1318.14 PASS AF=0.482014;AO=134;DP=279;FAO=134;FDP=278;FR=.;FRO=144;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=77;FSRR=67;FWDB=0.00410583;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.115;QD=18.966;RBI=0.0491302;REFB=-0.0107226;REVB=0.0489584;RO=144;SAF=61;SAR=73;SRF=77;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748859;STB=0.541199;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0113796;OID=.;OPOS=2161129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:278:144:144:134:134:0.482014:73:61:77:67:73:61:77:67 chrX 2326782 . G C 1168.52 PASS AF=0.4081;AO=131;DP=320;FAO=131;FDP=321;FR=.;FRO=190;FSAF=44;FSAR=87;FSRF=52;FSRR=138;FWDB=-0.0056425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.685;QD=14.561;RBI=0.0280562;REFB=-0.00196516;REVB=-0.0274829;RO=188;SAF=44;SAR=87;SRF=51;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788984;STB=0.5424;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00295629;OID=.;OPOS=2326782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:321:188:190:131:131:0.4081:87:44:51:137:87:44:52:138 chrX 2609717 . G T 1020.16 PASS AF=0.488372;AO=105;DP=215;FAO=105;FDP=215;FR=.;FRO=110;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=65;FSRR=45;FWDB=-0.00352739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.101;QD=18.9797;RBI=0.0113096;REFB=-0.00366429;REVB=0.0107454;RO=110;SAF=47;SAR=58;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132679;STB=0.572977;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00400018;OID=.;OPOS=2609717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:110:110:105:105:0.488372:58:47:65:45:58:47:65:45 chrX 2609983 . T C 234.13 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0784088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.695;QD=13.0071;RBI=0.0784159;REFB=0.00582378;REVB=0.00105565;RO=44;SAF=7;SAR=21;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913693;STB=0.552592;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00418298;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:21:7:14:30:21:7:14:30 chrX 2632482 . C T 1168.44 PASS AF=0.361979;AO=139;DP=384;FAO=139;FDP=384;FR=.;FRO=245;FSAF=77;FSAR=62;FSRF=117;FSRR=128;FWDB=0.0156908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.032;QD=12.1712;RBI=0.0160394;REFB=-0.00745301;REVB=-0.0033257;RO=242;SAF=77;SAR=62;SRF=116;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839543;STB=0.548796;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0157192;OID=.;OPOS=2632482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:384:242:245:139:139:0.361979:62:77:116:126:62:77:117:128 chrX 2645366 . G C 3247.41 PASS AF=0.438374;AO=345;DP=786;FAO=345;FDP=787;FR=.;FRO=442;FSAF=138;FSAR=207;FSRF=188;FSRR=254;FWDB=0.000886835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.339;QD=16.5053;RBI=0.0167927;REFB=-0.000443548;REVB=-0.0167692;RO=441;SAF=138;SAR=207;SRF=187;SRR=254;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252507;STB=0.514736;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000574977;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:786:787:441:442:345:345:0.438374:207:138:187:254:207:138:188:254 chrX 2724759 . CT C,CC 787.83 PASS AF=1,0;AO=11,43;DP=54;FAO=54,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505615,-0.0849813;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=217.006,206.145;QD=58.3577;RBI=0.0518621,0.10226;REFB=0,0;REVB=-0.0115418,-0.0568803;RO=0;SAF=0,16;SAR=11,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=4.52081e-05,0;OID=.,.;OPOS=2724760,2724760;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:11,43:54:54,0:54:0:16,0:38,0:0:0:4:0:0,16:11,27:0:0 chrX 2748253 . G C 3557.51 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011304;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.291;QD=62.9648;RBI=0.0372574;REFB=0;REVB=0.0355011;RO=0;SAF=105;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27079e-05;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:226:0:0:225:226:1:120:105:0:0:120:106:0:0 chrX 2777985 . C T 3350.36 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309609;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.943;QD=62.3323;RBI=0.0399405;REFB=0;REVB=0.0252322;RO=0;SAF=122;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14074e-05;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:215:0:0:215:215:1:93:122:0:0:93:122:0:0 chrX 2779570 . A G 2699.35 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090082;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9288;QD=62.4128;RBI=0.00913708;REFB=0;REVB=-0.00152928;RO=0;SAF=82;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86256e-06;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:173:0:0:173:173:1:91:82:0:0:91:82:0:0 chrX 2832668 . A G 280.88 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0312767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.754;QD=14.404;RBI=0.0328288;REFB=-0.0224066;REVB=-0.00997513;RO=45;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892485;STB=0.556674;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0187591;OID=.;OPOS=2832668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:15:17:20:25:15:17:20:26 chrX 2832696 . T C 371.43 PASS AF=0.419048;AO=42;DP=103;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0073027;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.685;QD=14.1497;RBI=0.0135539;REFB=-0.0128501;REVB=-0.0114183;RO=60;SAF=23;SAR=19;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169867;STB=0.574719;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0171739;OID=.;OPOS=2832696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:60:61:42:44:0.419048:19:23:23:37:21:23:24:37 chrX 2832708 . G T 529.52 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00138629;FXX=0.0243883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.588;QD=17.6508;RBI=0.0906771;REFB=-0.0177171;REVB=-0.0906665;RO=63;SAF=29;SAR=27;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698749;STB=0.542766;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.020575;OID=.;OPOS=2832708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:63:64:56:56:0.466667:27:29:28:35:27:29:28:36 chrX 2832715 . T C 530.44 PASS AF=0.463415;AO=56;DP=122;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0516175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8599;QD=17.25;RBI=0.0537715;REFB=-0.00473026;REVB=0.0150666;RO=66;SAF=28;SAR=28;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589121;STB=0.537177;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00620965;OID=.;OPOS=2832715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:66:66:56:57:0.463415:28:28:29:37:28:29:29:37 chrX 2832739 . C T 736.88 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=133;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00208005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.876;QD=22.1617;RBI=0.0150354;REFB=-0.00232882;REVB=0.0148908;RO=62;SAF=28;SAR=43;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642667;STB=0.53526;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00168734;OID=.;OPOS=2832739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:62:71:71:0.533835:43:28:29:33:43:28:29:33 chrX 2832742 . G C 2083.56 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3562;QD=62.6633;RBI=0.0242099;REFB=0;REVB=0.0227286;RO=0;SAF=57;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141003;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:76:57:0:0:76:57:0:0 chrX 2832771 . C T 521.13 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=138;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=0.00743976;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.814;QD=15.2155;RBI=0.00903675;REFB=-0.00138857;REVB=-0.0051296;RO=81;SAF=27;SAR=30;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122316;STB=0.572957;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00232958;OID=.;OPOS=2832771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:81:80:57:57:0.416058:30:27:29:52:30:27:28:52 chrX 2832787 . A G 395.6 PASS AF=0.370079;AO=47;DP=128;FAO=47;FDP=127;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=57;FWDB=-0.00765797;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.92;QD=12.4598;RBI=0.0078062;REFB=-0.00608942;REVB=0.00151405;RO=80;SAF=21;SAR=26;SRF=23;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183413;STB=0.6037;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00812084;OID=.;OPOS=2832787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:80:80:47:47:0.370079:26:21:23:57:26:21:23:57 chrX 2833605 . C T 143.46 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0167183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.985;QD=6.83139;RBI=0.0392924;REFB=-0.0112353;REVB=-0.0355582;RO=63;SAF=10;SAR=11;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589565;STB=0.535884;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0212455;OID=.;OPOS=2833605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:63:21:21:0.25:11:10:27:36:11:10:27:36 chrX 2833628 . A C 191.25 PASS AF=0.265306;AO=26;DP=98;FAO=26;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.01076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.101;QD=7.80594;RBI=0.0128569;REFB=-0.00678332;REVB=-0.00703717;RO=72;SAF=12;SAR=14;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131142;STB=0.50788;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0201257;OID=.;OPOS=2833628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:72:72:26:26:0.265306:14:12:34:38:14:12:34:38 chrX 2833631 . A G 182.59 PASS AF=0.257426;AO=26;DP=101;FAO=26;FDP=101;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00314906;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.204;QD=7.23125;RBI=0.0172314;REFB=-0.0150815;REVB=0.0169412;RO=74;SAF=13;SAR=13;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04978;STB=0.534627;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0055121;OID=.;OPOS=2833631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:74:75:26:26:0.257426:13:13:34:40:13:13:34:41 chrX 2833638 . C T 220.89 PASS AF=0.29703;AO=30;DP=103;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0444193;FXX=0.0380916;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.484;QD=8.74803;RBI=0.0444202;REFB=-0.00269028;REVB=-0.000277915;RO=70;SAF=14;SAR=16;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802292;STB=0.541306;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0199916;OID=.;OPOS=2833638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:70:71:30:30:0.29703:16:14:28:42:16:14:29:42 chrX 2833643 . C A 220.92 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0127903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.932;QD=8.18209;RBI=0.015109;REFB=0.0010756;REVB=0.00804305;RO=77;SAF=14;SAR=17;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281072;STB=0.516626;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00262404;OID=.;OPOS=2833643;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:77:77:31:31:0.287037:17:14:33:44:17:14:33:44 chrX 2835863 . G T 1402.69 PASS AF=0.367841;AO=167;DP=455;FAO=167;FDP=454;FR=.;FRO=287;FSAF=79;FSAR=88;FSRF=171;FSRR=116;FWDB=0.00249688;FXX=0.00219775;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.856;QD=12.3585;RBI=0.00788519;REFB=0.00217276;REVB=-0.00747943;RO=287;SAF=79;SAR=88;SRF=171;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137037;STB=0.577176;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00375894;OID=.;OPOS=2835863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:455:454:287:287:167:167:0.367841:88:79:171:116:88:79:171:116 chrX 2835964 . G A 1292.49 PASS AF=0.449664;AO=133;DP=298;FAO=134;FDP=298;FR=.;FRO=164;FSAF=74;FSAR=60;FSRF=84;FSRR=80;FWDB=0.00241877;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5715;QD=17.3489;RBI=0.00505928;REFB=-0.00396118;REVB=0.00444363;RO=156;SAF=74;SAR=59;SRF=84;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177014;STB=0.522174;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00822362;OID=.;OPOS=2835964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:156:164:133:134:0.449664:59:74:84:72:60:74:84:80 chrX 2835985 . GAAAA AAAAC 813.52 PASS AF=0.446154;AO=83;DP=193;FAO=87;FDP=195;FR=.,HEALED;FRO=107;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.0204771;FXX=0.0298493;HRUN=1;LEN=5;MLLD=250.261;QD=16.6875;RBI=0.029953;REFB=-0.0168283;REVB=-0.0218603;RO=75;SAF=53;SAR=30;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241982;STB=0.591101;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=0.0201269;OID=.;OPOS=2835985;OREF=GAAAA;OALT=AAAAC;OMAPALT=AAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:75:107:83:87:0.446154:30:53:27:48:33:54:49:58 chrX 2835993 . G A 695.34 PASS AF=0.410526;AO=77;DP=187;FAO=78;FDP=190;FR=.;FRO=112;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=-0.0172745;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8645;QD=14.6387;RBI=0.0233828;REFB=-0.00620266;REVB=-0.015759;RO=110;SAF=42;SAR=35;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952846;STB=0.554106;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0113087;OID=.;OPOS=2835993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:190:110:112:77:78:0.410526:35:42:50:60:36:42:50:62 chrX 2835995 . C A 536.5 PASS AF=0.409574;AO=75;DP=187;FAO=77;FDP=188;FR=.;FRO=111;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=0.0461152;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.501;QD=11.4149;RBI=0.0487278;REFB=-0.0320156;REVB=0.0157414;RO=111;SAF=43;SAR=32;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130528;STB=0.563665;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0630026;OID=.;OPOS=2835995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:111:111:75:77:0.409574:32:43:50:61:34:43:50:61 chrX 2835998 . CCCACGCCGG C,CCCATGCCGG 321.78 PASS AF=0.315385,0;AO=38,21;DP=151;FAO=41,0;FDP=130;FR=.;FRO=89;FSAF=24,0;FSAR=17,0;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=0.0200928,0.00828608;FXX=0.0972155;HRUN=3,1;LEN=9,1;MLLD=254.675,107.631;QD=9.90097;RBI=0.0209027,0.0153033;REFB=0.0013896,-0.00333316;REVB=-0.00576233,-0.0128659;RO=75;SAF=21,14;SAR=17,7;SRF=31;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.158862,0.312594;STB=0.607543,0.5;STBP=0.098,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00408112,0;OID=.,.;OPOS=2835999,2836002;OREF=CCACGCCGG,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CCCATGCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315385,0:38,21:151:41,0:130:89:24,0:17,0:38:51:99:75:21,14:17,7:31:44 chrX 2836041 . A T 415.0 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.000989005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.898;QD=13.9497;RBI=0.0310636;REFB=-0.00268856;REVB=0.0310478;RO=71;SAF=25;SAR=23;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14805;STB=0.583386;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00463856;OID=.;OPOS=2836041;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:71:71:48:48:0.403361:23:25:27:44:23:25:27:44 chrX 2836047 . C T 418.5 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0141929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.995;QD=14.431;RBI=0.0220188;REFB=0.00666251;REVB=0.0168341;RO=68;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107284;STB=0.56032;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00782525;OID=.;OPOS=2836047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:68:48:48:0.413793:24:24:27:41:24:24:27:41 chrX 2836060 . G A 405.66 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00825363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.344;QD=17.2621;RBI=0.0159728;REFB=-0.0128957;REVB=-0.013675;RO=52;SAF=19;SAR=23;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00911082;STB=0.505105;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0179485;OID=.;OPOS=2836060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:23:19:24:28:23:19:24:28 chrX 2836084 . C G 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0381284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.848;QD=11.9708;RBI=0.041699;REFB=-0.00676928;REVB=-0.0168828;RO=33;SAF=4;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422221;STB=0.7497;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.012898;OID=.;OPOS=2836084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:13:4:20:13:13:4:20:13 chrX 2836138 . G A 180.19 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.00569635;FXX=0.0188644;HRUN=6;LEN=1;MLLD=231.239;QD=13.8607;RBI=0.00583863;REFB=-0.00215844;REVB=-0.00128109;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333603;STB=0.674941;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00505811;OID=.;OPOS=2836138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:27:31:21:21:0.403846:11:10:22:5:11:10:24:7 chrX 2836181 . A T 254.39 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.00254311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.707;QD=15.4176;RBI=0.00798858;REFB=-0.0039628;REVB=0.00757298;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270425;STB=0.651069;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00279023;OID=.;OPOS=2836181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:14:15:29:8:14:15:29:8 chrX 2836184 . C T 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.0214087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.489;QD=15.4185;RBI=0.0225391;REFB=-0.0168865;REVB=0.00704843;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270425;STB=0.651069;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00732832;OID=.;OPOS=2836184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:14:15:29:8:14:15:29:8 chrX 2836211 . A T 203.95 PASS AF=0.380952;AO=20;DP=65;FAO=24;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.00483757;FXX=0.0596926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.988;QD=12.9492;RBI=0.0192761;REFB=0.000388442;REVB=0.0186593;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280403;STB=0.688975;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0012002;OID=.;OPOS=2836211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:33:38:20:24:0.380952:10:10:25:8:14:10:28:10 chrX 2836238 . G A 179.08 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0391396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.195;QD=8.95398;RBI=0.0499515;REFB=0.0034554;REVB=0.0310362;RO=56;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570522;STB=0.533727;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00610552;OID=.;OPOS=2836238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:56:24:24:0.3:13:11:23:33:13:11:23:33 chrX 2852951 . G A 2689.32 PASS AF=1;AO=172;DP=175;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330517;FXX=0.0171419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.387;QD=62.5423;RBI=0.0335582;REFB=0;REVB=-0.00580874;RO=0;SAF=92;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120324;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:172:0:0:172:172:1:80:92:0:0:80:92:0:0 chrX 2856155 . C T 2208.94 PASS AF=1;AO=138;DP=141;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237063;FXX=0.0211253;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.791;QD=63.5665;RBI=0.0267622;REFB=0;REVB=0.0124188;RO=0;SAF=82;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30322e-05;OID=.;OPOS=2856155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:139:0:0:138:139:1:56:82:0:0:56:83:0:0 chrX 2942109 . T C 2198.18 PASS AF=0.980132;AO=144;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0306031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4437;QD=58.23;RBI=0.0665936;REFB=-0.00619135;REVB=-0.0591452;RO=3;SAF=65;SAR=79;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177132;STB=0.508981;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.000202672;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:3:3:144:148:0.980132:79:65:0:3:82:66:0:3 chrX 3002687 . A G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2895;QD=59.4314;RBI=0.0893429;REFB=0;REVB=-0.0796618;RO=0;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000647451;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:29:6:0:0:29:6:0:0 chrX 3592725 . G A 2321.08 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556476;FXX=0.0129862;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.465;QD=61.081;RBI=0.0141721;REFB=0;REVB=0.0130339;RO=0;SAF=72;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25881e-05;OID=.;OPOS=3592725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:152:0:0:152:152:1:80:72:0:0:80:72:0:0 chrX 3631167 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.942;QD=42.1826;RBI=0.098814;REFB=0;REVB=-0.0932524;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00087202;OID=.;OPOS=3631167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chrX 3736489 . C T 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0945;QD=56.7006;RBI=0.0702645;REFB=0;REVB=-0.0688589;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00095462;OID=.;OPOS=3736489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chrX 3747372 . C T 1534.03 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0031421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.666;QD=62.6133;RBI=0.0214277;REFB=-0.0804903;REVB=-0.0211961;RO=1;SAF=28;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166344;STB=0.50877;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000227341;OID=.;OPOS=3747372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:69:28:1:0:69:28:1:0 chrX 3977734 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107311;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.987;QD=57.7124;RBI=0.0175463;REFB=0;REVB=-0.0138822;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03846e-06;OID=.;OPOS=3977734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chrX 5810090 . A G 591.04 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0760052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.617;QD=56.2896;RBI=0.0975607;REFB=-0.0915047;REVB=0.0611661;RO=2;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139327;STB=0.506326;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00297303;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:42:2:2:39:40:0.952381:25:14:1:1:25:15:1:1 chrX 6451842 . G C 1086.66 PASS AF=0.551546;AO=106;DP=191;FAO=107;FDP=194;FR=.;FRO=87;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.081051;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.983;QD=22.4053;RBI=0.0869146;REFB=-0.0293692;REVB=-0.0313829;RO=84;SAF=64;SAR=42;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00722825;STB=0.5002;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0465568;OID=.;OPOS=6451842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:194:84:87:106:107:0.551546:42:64:50:34:43:64:52:35 chrX 6451864 . C T 180.22 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00624082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1602;QD=11.0902;RBI=0.00890771;REFB=-0.0265767;REVB=0.00635605;RO=42;SAF=13;SAR=10;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089217;STB=0.55168;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0326036;OID=.;OPOS=6451864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:10:13:27:15:10:13:27:15 chrX 6451869 . C T 87.75 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0245822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.664;QD=6.88246;RBI=0.041943;REFB=-0.0228374;REVB=-0.0339842;RO=38;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225337;STB=0.648325;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0738405;OID=.;OPOS=6451869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:38:39:12:12:0.235294:7:5:23:15:7:5:24:15 chrX 6451872 . C G 343.8 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00848971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.203;QD=31.9819;RBI=0.0577412;REFB=-0.0805323;REVB=0.0571137;RO=14;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102633;STB=0.505614;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.033993;OID=.;OPOS=6451872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:15:14:7:7:15:14:7:7 chrX 6451894 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00203226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.727;QD=26.0262;RBI=0.0409984;REFB=0.0218317;REVB=0.040948;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00134854;OID=.;OPOS=6451894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:0:1:4:2:0:1 chrX 6975782 . C G 952.93 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368118;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.391;QD=58.6417;RBI=0.0369839;REFB=0;REVB=-0.00356378;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75499e-05;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:43:21:0:0:42:23:0:0 chrX 6995315 . C T 2113.36 PASS AF=0.985507;AO=136;DP=139;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00230151;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.482;QD=61.2568;RBI=0.0148712;REFB=-0.0385448;REVB=0.014692;RO=2;SAF=60;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123447;STB=0.506493;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=5.20701e-06;OID=.;OPOS=6995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:138:2:2:136:136:0.985507:76:60:0:2:76:60:0:2 chrX 6995417 . C T 2438.86 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.137;QD=61.355;RBI=0.0531527;REFB=0;REVB=0.052023;RO=0;SAF=60;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55269e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1938e-05;OID=.;OPOS=6995417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:99:60:0:0:99:60:0:0 chrX 6995438 . C T 2353.64 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153754;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.334;QD=61.1334;RBI=0.0158415;REFB=0;REVB=0.00381418;RO=0;SAF=58;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76401e-05;OID=.;OPOS=6995438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:96:58:0:0:96:58:0:0 chrX 7023678 . G A 1827.42 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128956;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.9;QD=61.4257;RBI=0.0358036;REFB=0;REVB=0.0334006;RO=0;SAF=46;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026969;OID=.;OPOS=7023678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:117:119:1:71:46:0:0:71:48:0:0 chrX 7066051 . A C 2341.24 PASS AF=0.993333;AO=146;DP=148;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0452847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.415;QD=62.4332;RBI=0.0533058;REFB=0.0246507;REVB=0.0281211;RO=1;SAF=55;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856805;STB=0.502732;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-7.89394e-05;OID=.;OPOS=7066051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:150:1:1:146:149:0.993333:91:55:1:0:91:58:0:1 chrX 7812017 . C T 1508.92 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0289668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.364;QD=60.3566;RBI=0.0317785;REFB=-0.124191;REVB=0.0130689;RO=3;SAF=46;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299251;STB=0.515786;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00107056;OID=.;OPOS=7812017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:100:3:3:97:97:0.97:51:46:3:0:51:46:3:0 chrX 8138080 . G C 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.404;QD=62.4642;RBI=0.0245835;REFB=0;REVB=0.0244191;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06743e-05;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chrX 8138160 . T C 1293.16 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0382616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6927;QD=59.4559;RBI=0.0506316;REFB=0.0149845;REVB=-0.0331604;RO=2;SAF=47;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265808;STB=0.510414;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.000322801;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:87:2:2:84:85:0.977011:37:47:1:1:38:47:2:0 chrX 8138165 . C G 1152.85 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00170944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.286;QD=56.9307;RBI=0.0272361;REFB=-0.0352365;REVB=0.0271824;RO=2;SAF=43;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215054;STB=0.504322;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000332475;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:2:3:78:78:0.962963:35:43:2:0:35:43:2:1 chrX 8138170 . CT GC 831.81 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0695077;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.549;QD=43.7795;RBI=0.17092;REFB=-0.124025;REVB=0.156148;RO=3;SAF=41;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796365;STB=0.504213;STBP=0.759;TYPE=mnp;VARB=0.0262828;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:76:76:3:3:73:73:0.960526:32:41:2:1:32:41:2:1 chrX 8497510 . C T 4326.84 PASS AF=0.992908;AO=273;DP=278;FAO=280;FDP=282;FR=.;FRO=2;FSAF=141;FSAR=139;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0184371;FXX=0.0208326;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.009;QD=61.3736;RBI=0.0192535;REFB=-0.100978;REVB=-0.00554704;RO=3;SAF=137;SAR=136;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00341617;STB=0.503521;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000197166;OID=.;OPOS=8497510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:278:282:3:2:273:280:0.992908:136:137:2:1:139:141:2:0 chrX 8503641 . G A 1461.23 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00848211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8502;QD=57.3033;RBI=0.0498353;REFB=-0.0406637;REVB=-0.0491082;RO=1;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630259;OID=.;OPOS=8503641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:1:2:100:100:0.980392:50:50:0:1:50:50:1:1 chrX 8504833 . C T 1614.86 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0830534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6656;QD=57.1632;RBI=0.086651;REFB=-0.186675;REVB=-0.0247088;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505414;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00301441;OID=.;OPOS=8504833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:113:0:3:110:110:0.973451:59:51:0:0:59:51:2:1 chrX 9370299 . A T 441.53 PASS AF=0.280543;AO=62;DP=221;FAO=62;FDP=221;FR=.;FRO=159;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=91;FSRR=68;FWDB=-0.0338648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.293;QD=7.99149;RBI=0.0347086;REFB=-0.0150567;REVB=0.00760638;RO=132;SAF=42;SAR=20;SRF=83;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636302;STB=0.581471;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0397441;OID=.;OPOS=9370299;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:132:159:62:62:0.280543:20:42:83:49:20:42:91:68 chrX 9370301 . T G,TATAG 950.69 PASS AF=0.0479042,0.904192;AO=112,59;DP=246;FAO=8,151;FDP=167;FR=.;FRO=8;FSAF=1,83;FSAR=7,68;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0479948,-0.012012;FXX=0.244333;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=81.1199,57.5764;QD=22.771;RBI=0.192012,0.126172;REFB=-0.0349261,-0.111001;REVB=0.185917,0.125599;RO=48;SAF=69,35;SAR=43,24;SRF=32;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0301666,-0.0631768;STB=0.617308,0.51518;STBP=0.551,0.088;TYPE=snp,ins;VARB=0.171825,0.0224138;OID=.,.;OPOS=9370301,9370302;OREF=T,-;OALT=G,ATAG;OMAPALT=G,TATAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:246:167:48:8:112,59:8,151:0.0479042,0.904192:43,24:69,35:32:16:7,68:1,83:2:6 chrX 9842669 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.965;QD=59.4349;RBI=0.0375508;REFB=0;REVB=0.0300605;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454276;OID=.;OPOS=9842669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chrX 9859098 . A G 9234.99 PASS AF=1;AO=581;DP=589;FAO=588;FDP=588;FR=.;FRO=0;FSAF=346;FSAR=242;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186374;FXX=0.0216303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.151;QD=62.8231;RBI=0.00762131;REFB=-0.0523442;REVB=-0.00738991;RO=0;SAF=342;SAR=239;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17375e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184503;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:589:588:0:0:581:588:1:239:342:0:0:242:346:0:0 chrX 10085674 . T C 467.07 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107941;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.084;QD=58.3838;RBI=0.0167507;REFB=0;REVB=0.0128091;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206629;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chrX 10202343 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.743;QD=61.3357;RBI=0.0142342;REFB=0;REVB=0.00406258;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31302e-05;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chrX 10204763 . GTTT GGTT,G,GTT,TTGT 97.66 PASS AF=0,0.2,0.566667,0.233333;AO=2,8,8,2;DP=33;FAO=0,6,17,7;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,14,0;FSAR=0,2,3,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.558834,-0.31244,-1.06889,-0.0674572;FXX=0.16662;HRUN=13,13,13,2;LEN=1,3,1,3;MLLD=12.231,7.94713,2.61771,145.767;QD=13.0213;RBI=0.561408,0.324255,1.1285,0.126704;REFB=-0.300166,-0.217321,-0.454067,-0.0429798;REVB=0.0536951,-0.0867317,-0.361929,-0.107254;RO=0;SAF=2,7,8,0;SAR=0,1,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,4.78849e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0,0.191438,-0.65825,0.0785159;OID=.,.,.,.;OPOS=10204764,10204764,10204764,10204763;OREF=T,TTT,T,GTT;OALT=G,-,-,TTG;OMAPALT=GGTT,G,GTT,TTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:35:33:30:0:0:2,8,8,2:0,6,17,7:0,0.2,0.566667,0.233333:0,1,0,2:2,7,8,0:0:0:0,2,3,7:0,4,14,0:0:0 chrX 10204812 . A G 732.82 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9414;QD=56.3707;RBI=0.0437196;REFB=0;REVB=-0.0302343;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266911;OID=.;OPOS=10204812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:33:17:0:0:35:17:0:0 chrX 12736586 . A G 2106.08 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137014;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0812;QD=62.8681;RBI=0.0137093;REFB=0;REVB=-0.000465942;RO=0;SAF=60;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271876;OID=.;OPOS=12736586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:74:60:0:0:74:60:0:0 chrX 12809661 . G A 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.964;QD=62.1618;RBI=0.0240169;REFB=0;REVB=0.0167311;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07901e-06;OID=.;OPOS=12809661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:50:35:0:0:50:35:0:0 chrX 12924826 . A G 1445.22 PASS AF=0.978947;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00735825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.983;QD=60.8515;RBI=0.0315675;REFB=-0.141599;REVB=-0.0306979;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.510867;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000445832;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:95:0:2:91:93:0.978947:44:47:0:0:45:48:0:2 chrX 12937513 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.65;QD=53.277;RBI=0.0319041;REFB=0;REVB=0.0276025;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38058e-05;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chrX 12937804 . C T 2026.76 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.101;QD=62.3619;RBI=0.0361716;REFB=0;REVB=0.0334442;RO=0;SAF=79;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15392e-05;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:50:79:0:0:50:80:0:0 chrX 12939112 . G C 2235.94 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7085;QD=63.4309;RBI=0.0482341;REFB=0;REVB=0.0455533;RO=0;SAF=68;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241701;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:73:68:0:0:73:68:0:0 chrX 12939412 . C A 740.43 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.426;QD=56.9557;RBI=0.00792519;REFB=0;REVB=0.00682455;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84072e-06;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:28:24:0:0 chrX 12939928 . T C 464.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.703;QD=58.1211;RBI=0.0340844;REFB=0;REVB=0.0306285;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1587e-05;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:19:11:0:0:19:13:0:0 chrX 13337059 . C T 1556.49 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00525642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.251;QD=58.7356;RBI=0.00528021;REFB=-0.148406;REVB=0.00050065;RO=1;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870753;STB=0.504586;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000586379;OID=.;OPOS=13337059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:54:51:0:1:54:51:0:1 chrX 13681115 . C T 868.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.45;QD=57.8804;RBI=0.00599958;REFB=0;REVB=0.00226976;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03927e-05;OID=.;OPOS=13681115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chrX 13681638 . C T 1246.0 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.948;QD=61.5308;RBI=0.0515782;REFB=0;REVB=0.00311683;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.38631e-05;OID=.;OPOS=13681638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:40:40:0:0:40:41:0:0 chrX 13681679 . G T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6923;QD=59.3226;RBI=0.0508099;REFB=0;REVB=-0.0503536;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000378213;OID=.;OPOS=13681679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chrX 13682066 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2566;QD=61.6837;RBI=0.0649322;REFB=0;REVB=0.022637;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336192;OID=.;OPOS=13682066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:11:30:0:0:11:30:0:0 chrX 13682577 . G A 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0401787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.051;QD=61.5105;RBI=0.0401992;REFB=-0.0500017;REVB=0.00128298;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.513508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00119079;OID=.;OPOS=13682577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:18:30:0:0:18:30:0:1 chrX 13682715 . G A 508.36 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.047;QD=56.4847;RBI=0.0326426;REFB=-0.12198;REVB=-0.0304086;RO=1;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164193;STB=0.508767;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0106592;OID=.;OPOS=13682715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:28:7:0:1:28:7:0:1 chrX 13682957 . AT A,TA 48.51 PASS AF=0.151351,0;AO=41,11;DP=190;FAO=28,0;FDP=185;FR=.;FRO=157;FSAF=15,0;FSAR=13,0;FSRF=83;FSRR=74;FWDB=0.00762475,-0.00981835;FXX=0.0263144;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=8.01322,160.602;QD=1.04889;RBI=0.0707066,0.108401;REFB=-0.0663726,-0.0021543;REVB=0.0702943,-0.107955;RO=109;SAF=28,0;SAR=13,11;SRF=62;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.150013,-0.644794;STB=0.506006,0.5;STBP=0.962,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00415152,0;OID=.,.;OPOS=13682958,13682957;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:190:185:109:157:41,11:28,0:0.151351,0:13,11:28,0:62:47:13,0:15,0:83:74 chrX 13683170 . G A 4804.91 PASS AF=1;AO=307;DP=310;FAO=308;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457854;FXX=0.0064514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.635;QD=62.4014;RBI=0.0465748;REFB=-0.00563664;REVB=0.00853884;RO=0;SAF=152;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75542e-05;OID=.;OPOS=13683170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:310:308:0:0:307:308:1:155:152:0:0:156:152:0:0 chrX 13684432 . T A 5661.22 PASS AF=0.991803;AO=312;DP=367;FAO=363;FDP=366;FR=.;FRO=3;FSAF=187;FSAR=176;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0107872;FXX=0.00543463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.033;QD=61.8713;RBI=0.0108966;REFB=-0.0621105;REVB=-0.00153985;RO=0;SAF=166;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501243;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=4.58643e-05;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:367:366:0:3:312:363:0.991803:146:166:0:0:176:187:2:1 chrX 14039570 . ATAAAAAT ATAAAAAAT,ATAAAAATA,TAAAAAAT 46.37 PASS AF=0.205128,0.0512821,0;AO=18,8,3;DP=80;FAO=16,4,0;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=6,2,0;FSAR=10,2,0;FSRF=9;FSRR=49;FWDB=-0.0141039,-0.0116135,0.0196387;FXX=0.0126566;HRUN=5,0,7;LEN=1,1,2;MLLD=8.76088,32.895,18.6161;QD=2.37817;RBI=0.0282624,0.102534,0.0323151;REFB=-0.136525,-0.0104304,-0.0440424;REVB=-0.0244917,-0.101875,-0.025663;RO=36;SAF=6,2,2;SAR=12,6,1;SRF=7;SRR=29;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.193034,0.0975605,0.488133;STB=0.702189,0.82164,0.5;STBP=0.164,0.513,1;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.189871,0.0569211,0.00310878;OID=.,.,.;OPOS=14039572,14039578,14039570;OREF=-,-,AT;OALT=A,A,TA;OMAPALT=ATAAAAAAT,ATAAAAATA,TAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:80:78:36:58:18,8,3:16,4,0:0.205128,0.0512821,0:12,6,1:6,2,2:7:29:10,2,0:6,2,0:9:49 chrX 15332558 . A G 2156.79 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4362;QD=62.9719;RBI=0.0322852;REFB=0;REVB=-0.0167601;RO=0;SAF=55;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95801e-05;OID=.;OPOS=15332558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:81:55:0:0:81:56:0:0 chrX 15349528 . A G 1539.97 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00559913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.755;QD=61.5989;RBI=0.012387;REFB=-0.106911;REVB=0.0110493;RO=2;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189638;STB=0.509998;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00182854;OID=.;OPOS=15349528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:49:49:0:2:49:49:0:2 chrX 15838366 . C T 2457.92 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00240807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.101;QD=60.6894;RBI=0.0216363;REFB=0.00686652;REVB=-0.0215019;RO=1;SAF=67;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704865;STB=0.503649;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-1.51176e-05;OID=.;OPOS=15838366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:162:1:1:160:161:0.993827:93:67:1:0:93:68:1:0 chrX 15845009 . CTTTTT CTTTTC,CTT 481.32 PASS AF=0.196721,0.803279;AO=4,25;DP=74;FAO=12,49;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,49;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0712078,-0.338633;FXX=0.246883;HRUN=15,15;LEN=1,3;MLLD=132.258,9.40731;QD=31.5621;RBI=0.0717367,0.339054;REFB=0,0;REVB=-0.00869497,-0.0168915;RO=0;SAF=0,25;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.00902051,-0.00192616;OID=.,.;OPOS=15845014,15845010;OREF=T,TTT;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTC,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.196721,0.803279:4,25:74:12,49:61:0:0,49:12,0:0:0:60:0:0,25:4,0:0:0 chrX 16859628 . G A 1859.37 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.342;QD=61.4667;RBI=0.0195478;REFB=0;REVB=0.0195086;RO=0;SAF=54;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09521e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:67:54:0:0:67:54:0:0 chrX 16860134 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.164;QD=56.1906;RBI=0.0476681;REFB=0;REVB=0.034591;RO=0;SAF=3;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98616e-05;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:25:3:0:0:25:3:0:0 chrX 17047669 . C T 3992.93 PASS AF=0.960573;AO=264;DP=278;FAO=268;FDP=279;FR=.;FRO=11;FSAF=147;FSAR=121;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0093858;FXX=0.0035713;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.725;QD=57.2463;RBI=0.0249994;REFB=-0.135669;REVB=0.0231706;RO=10;SAF=146;SAR=118;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247431;STB=0.500122;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573033;OID=.;OPOS=17047669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:278:279:10:11:264:268:0.960573:118:146:2:8:121:147:6:5 chrX 17166219 . C T 1525.91 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0644956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.765;QD=59.8397;RBI=0.0675967;REFB=0;REVB=0.0202393;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101727;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:49:52:0:0:50:52:0:0 chrX 17705850 . C CT 2196.98 PASS AF=1;AO=217;DP=246;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469154;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.1628;QD=36.1643;RBI=0.0550053;REFB=0;REVB=0.0287146;RO=15;SAF=127;SAR=90;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656256;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00327734;OID=.;OPOS=17705851;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:217:246:243:243:0:139:104:0:0:43:15:127:90:8:7 chrX 17746244 . T C 7269.4 PASS AF=0.987288;AO=465;DP=471;FAO=466;FDP=472;FR=.;FRO=6;FSAF=209;FSAR=257;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0412789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.0369;QD=61.6051;RBI=0.0446872;REFB=-0.017827;REVB=0.0171171;RO=6;SAF=209;SAR=256;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00285377;STB=0.50148;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000147991;OID=.;OPOS=17746244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:471:472:6:6:465:466:0.987288:256:209:2:4:257:209:2:4 chrX 17772589 . C T 2300.86 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184184;FXX=0.0136977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.978;QD=63.9127;RBI=0.0254182;REFB=0;REVB=0.0175171;RO=0;SAF=67;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9862e-05;OID=.;OPOS=17772589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:144:0:0:144:144:1:77:67:0:0:77:67:0:0 chrX 17819377 . T C 315.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6317;QD=52.5532;RBI=0.0689021;REFB=0;REVB=0.0627711;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00378335;OID=.;OPOS=17819377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:17:5:0:0:19:5:0:0 chrX 19041592 . C T 2793.57 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538471;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.344;QD=62.7768;RBI=0.0543954;REFB=0;REVB=0.00770374;RO=0;SAF=57;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64218e-05;OID=.;OPOS=19041592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:121:57:0:0:121:57:0:0 chrX 19389184 . TAAA CATA,TA,T 448.07 PASS AF=0.464286,0.535714,0;AO=3,25,14;DP=82;FAO=26,30,0;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=26,30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.78008e-05,-3.03409e-06,-8.11495e-06;FXX=0.356281;HRUN=1,14,14;LEN=3,2,3;MLLD=116.147,5.54476,9.62198;QD=32.0049;RBI=0.067322,0.469501,0.245844;REFB=0.0358717,0.191454,0.171051;REVB=-0.067322,-0.469501,-0.245844;RO=2;SAF=0,0,0;SAR=3,25,14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0538673,-0.0648092,0;OID=.,.,.;OPOS=19389184,19389185,19389185;OREF=TAA,AA,AAA;OALT=CAT,-,-;OMAPALT=CATA,TA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:82:56:2:0:3,25,14:26,30,0:0.464286,0.535714,0:3,25,14:0,0,0:0:2:26,30,0:0,0,0:0:0 chrX 19482476 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.379;QD=64.1533;RBI=0.0399505;REFB=0;REVB=0.03183;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08581e-05;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chrX 20172903 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAT 31.1 PASS AF=0.32,0;AO=6,2;DP=27;FAO=8,0;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0540844,-0.0939725;FXX=0.0384468;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.222,141.661;QD=4.97659;RBI=0.0949856,0.0947338;REFB=-0.0615532,-0.00295634;REVB=0.0780841,0.0119861;RO=16;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.515236,0.589174;STB=0.865038,0.5;STBP=0.025,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.109976,0;OID=.,.;OPOS=20172904,20172908;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0:6,2:27:8,0:25:17:7,0:1,0:6:11:31:16:5,2:1,0:6:10 chrX 21861434 . A G 3956.77 PASS AF=1;AO=248;DP=249;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296867;FXX=0.0040159;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.411;QD=63.8189;RBI=0.0107985;REFB=-0.0637839;REVB=0.0103825;RO=1;SAF=101;SAR=147;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00323181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458838;OID=.;OPOS=21861434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:249:248:1:0:248:248:1:147:101:0:1:147:101:0:0 chrX 21876112 . A G 446.29 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0454675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2362;QD=51.0042;RBI=0.0457124;REFB=-0.136277;REVB=-0.00472522;RO=3;SAF=15;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846393;STB=0.529394;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0239021;OID=.;OPOS=21876112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:35:35:3:2:32:33:0.942857:17:15:3:0:17:16:2:0 chrX 21876221 . A G 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.122189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8291;QD=9.75878;RBI=0.124155;REFB=-0.00956724;REVB=-0.0220084;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073775;STB=0.545324;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0233223;OID=.;OPOS=21876221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:6:6:3:4:6:6 chrX 23398214 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.772;QD=57.8846;RBI=0.0437801;REFB=0;REVB=-0.0424342;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168361;OID=.;OPOS=23398214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chrX 23685898 . G T 5685.94 PASS AF=1;AO=362;DP=367;FAO=364;FDP=364;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=198;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0794598;FXX=0.0135498;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3109;QD=62.4829;RBI=0.0818055;REFB=-0.063863;REVB=-0.0194492;RO=1;SAF=164;SAR=198;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1239e-05;OID=.;OPOS=23685898;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:367:364:1:0:362:364:1:198:164:1:0:198:166:0:0 chrX 23800423 . CTA ACT,CTAA,CT 42.35 PASS AF=0.025641,0,0.384615;AO=2,4,16;DP=39;FAO=1,0,15;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=0,0,5;FSAR=1,0,10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.014856,0.0504533,-0.0475457;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=3,1,1;MLLD=196.799,7.48428,6.98612;QD=4.3431;RBI=0.0388048,0.111767,0.106194;REFB=-0.00414993,0.0722579,-0.0743224;REVB=-0.0358485,0.0997317,-0.0949558;RO=16;SAF=0,3,6;SAR=2,1,10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.510523,0.352936,-0.0574449;STB=0.990172,0.5,0.61802;STBP=0.456,1,0.261;TYPE=mnp,ins,del;VARB=0.133583,0.0290062,0.100102;OID=.,.,.;OPOS=23800423,23800425,23800425;OREF=CTA,-,A;OALT=ACT,A,-;OMAPALT=ACT,CTAA,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:43:39:39:16:23:2,4,16:1,0,15:0.025641,0,0.384615:2,1,10:0,3,6:7:9:1,0,10:0,0,5:12:11 chrX 23858452 . G A 1026.19 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8313;QD=59.4892;RBI=0.0393437;REFB=0;REVB=0.0362559;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188879;OID=.;OPOS=23858452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chrX 23925834 . A T 3282.89 PASS AF=1;AO=211;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027215;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7705;QD=61.9414;RBI=0.0290824;REFB=0;REVB=-0.0102532;RO=1;SAF=94;SAR=117;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00504107;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20573e-05;OID=.;OPOS=23925834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:212:1:0:211:212:1:117:94:1:0:117:95:0:0 chrX 24073761 . C T 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.087;QD=60.5468;RBI=0.0289274;REFB=0;REVB=0.0189327;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31599e-06;OID=.;OPOS=24073761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chrX 24225363 . TTTTTTTTTTTTTT ATTTTTTTTTTTTG 83.37 PASS AF=0.769231;AO=2;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.13026;FXX=0.0713776;HRUN=17;LEN=14;MLLD=65.0018;QD=25.652;RBI=0.13026;REFB=-0.596806;REVB=-4.00921e-18;RO=0;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0224405;OID=.;OPOS=24225363;OREF=TTTTTTTTTTTTTT;OALT=ATTTTTTTTTTTTG;OMAPALT=ATTTTTTTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:12:13:0:3:2:10:0.769231:0:2:0:0:0:10:3:0 chrX 24381387 . G C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.508;QD=62.6698;RBI=0.0380092;REFB=0;REVB=0.0082495;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232395;OID=.;OPOS=24381387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chrX 24382950 . G A 867.67 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.103015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0528;QD=55.9788;RBI=0.107952;REFB=-0.159274;REVB=0.0322745;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00441163;OID=.;OPOS=24382950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:29:32:0:1:29:32:0:1 chrX 24383061 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.359;QD=63.1953;RBI=0.0381444;REFB=0;REVB=-0.0322607;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.83648e-05;OID=.;OPOS=24383061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:37:55:0:0:37:55:0:0 chrX 24578803 . C T 1437.16 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238753;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2506;QD=63.1717;RBI=0.024014;REFB=0;REVB=-0.00257684;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508305;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:45:44:0:0:46:45:0:0 chrX 24751958 . T C 1988.81 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627797;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.135;QD=62.1503;RBI=0.0608022;REFB=0;REVB=0.0604772;RO=0;SAF=48;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77396e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:128:0:0:125:128:1:77:48:0:0:80:48:0:0 chrX 26157220 . C T 2707.92 PASS AF=0.98324;AO=176;DP=179;FAO=176;FDP=179;FR=.;FRO=3;FSAF=123;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0182365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.964;QD=60.5122;RBI=0.0182435;REFB=-0.149458;REVB=-0.00050616;RO=3;SAF=123;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00121933;STB=0.500641;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.000263592;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:179:179:3:3:176:176:0.98324:53:123:2:1:53:123:2:1 chrX 26157792 . C T 1067.2 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0644498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.483;QD=58.477;RBI=0.0645283;REFB=-0.0774115;REVB=0.00318189;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000252531;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:71:72:0.986301:35:36:0:0:36:36:0:1 chrX 26213364 . T TTGTC,TTTGTC 594.85 PASS AF=0.0357143,0.821429;AO=14,33;DP=59;FAO=2,46;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=0,26;FSAR=2,20;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0108156,0.0136489;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,5;MLLD=276.183,287.191;QD=42.4896;RBI=0.0404125,0.0414691;REFB=-0.0138451,-0.0212046;REVB=0.0389384,0.0391586;RO=11;SAF=7,18;SAR=7,15;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0352117,3.46743e-08;STB=0.99502,0.509027;STBP=0.184,0.793;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0163104,0.00474611;OID=.,.;OPOS=26213365,26213365;OREF=-,-;OALT=TGTC,TTGTC;OMAPALT=TTGTC,TTTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0357143,0.821429:14,33:59:2,46:56:8:0,26:2,20:5:3:45:11:7,18:7,15:6:5 chrX 27479339 . A G 973.48 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.437;QD=58.9989;RBI=0.0404978;REFB=0;REVB=0.0369489;RO=0;SAF=17;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125562;OID=.;OPOS=27479339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:48:17:0:0:48:18:0:0 chrX 30269887 . T A 1933.33 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00586161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.44;QD=61.8665;RBI=0.00644513;REFB=0;REVB=0.00267978;RO=0;SAF=68;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33571e-06;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:57:68:0:0:57:68:0:0 chrX 30323948 . T G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.661;QD=54.4809;RBI=0.0266215;REFB=0.0877825;REVB=-0.00903017;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00108558;OID=.;OPOS=30323948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:14:17:0:0:14:17:1:0 chrX 30327367 . G A,C 1401.07 PASS AF=0.967033,0.032967;AO=87,4;DP=91;FAO=88,3;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=61,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732363,0.0198897;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.086,116.508;QD=61.5853;RBI=0.0732365,0.0218302;REFB=0,0;REVB=0.000140888,-0.00899774;RO=0;SAF=27,0;SAR=60,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-3.88434e-05,0.0756311;OID=.,.;OPOS=30327367,30327367;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:91:91:0:0:87,4:88,3:0.967033,0.032967:60,4:27,0:0:0:61,3:27,0:0:0 chrX 30577846 . A C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.755;QD=59.5015;RBI=0.0187862;REFB=0;REVB=0.0163468;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35215e-05;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chrX 30715827 . C T 2311.56 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.678;QD=60.8306;RBI=0.0761101;REFB=0;REVB=0.0720245;RO=0;SAF=63;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6191e-05;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:152:0:0:148:152:1:85:63:0:0:89:63:0:0 chrX 30848628 . T A 1051.17 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00346418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.795;QD=57.5982;RBI=0.00389532;REFB=-0.0630687;REVB=0.00178129;RO=0;SAF=18;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000176656;OID=.;OPOS=30848628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:71:72:0.986301:53:18:0:0:54:18:0:1 chrX 30849176 . G A 2869.53 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927035;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.102;QD=63.0666;RBI=0.0235637;REFB=0;REVB=-0.0216635;RO=0;SAF=85;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22083e-05;OID=.;OPOS=30849176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:182:0:0:182:182:1:97:85:0:0:97:85:0:0 chrX 30872602 . A G 1275.77 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594753;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.233;QD=61.4828;RBI=0.0197062;REFB=0;REVB=0.0187873;RO=0;SAF=24;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153618;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:58:24:0:0:59:24:0:0 chrX 31089628 . TC AA 3323.61 PASS AF=1;AO=143;DP=217;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155169;FXX=0.0538092;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.062;QD=63.0067;RBI=0.210174;REFB=0;REVB=0.210169;RO=0;SAF=111;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000314899;OID=.;OPOS=31089628;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:217:211:0:0:143:211:1:32:111:0:0:98:113:0:0 chrX 31089930 . C T 3085.37 PASS AF=0.97619;AO=198;DP=204;FAO=205;FDP=210;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=136;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0582431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5673;QD=58.7689;RBI=0.0586306;REFB=-0.0304355;REVB=0.00672919;RO=5;SAF=62;SAR=136;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00618064;STB=0.503649;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0037208;OID=.;OPOS=31089930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:204:210:5:5:198:205:0.97619:136:62:1:4:136:69:1:4 chrX 31138253 . T C 1256.86 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289942;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9718;QD=60.5714;RBI=0.033194;REFB=-0.0215696;REVB=0.0161609;RO=1;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108864;STB=0.505746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000108403;OID=.;OPOS=31138253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:83:1:1:82:82:0.987952:43:39:0:1:43:39:0:1 chrX 31139559 . A G 34.69 PASS AF=0.0917431;AO=10;DP=108;FAO=10;FDP=109;FR=.;FRO=99;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=64;FSRR=35;FWDB=-0.101162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3887;QD=1.27287;RBI=0.161864;REFB=-0.0180584;REVB=-0.126358;RO=93;SAF=3;SAR=7;SRF=60;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386826;STB=0.787735;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.264554;OID=.;OPOS=31139559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:108:109:93:99:10:10:0.0917431:7:3:60:33:7:3:64:35 chrX 31139583 . T G 31.72 PASS AF=0.0901639;AO=10;DP=121;FAO=11;FDP=122;FR=.;FRO=111;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=63;FSRR=48;FWDB=0.0206496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.3741;QD=1.03991;RBI=0.0700846;REFB=-0.00891574;REVB=-0.0669735;RO=104;SAF=2;SAR=8;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425872;STB=0.836325;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0906668;OID=.;OPOS=31139583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:121:122:104:111:10:11:0.0901639:8:2:61:43:9:2:63:48 chrX 31139594 . G T 34.23 PASS AF=0.0754717;AO=12;DP=118;FAO=8;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.062988;FXX=0.109235;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.1861;QD=1.29167;RBI=0.148623;REFB=-0.0590871;REVB=-0.134616;RO=55;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00193611;STB=0.696654;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.12419;OID=.;OPOS=31139594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:118:106:55:92:12:8:0.0754717:7:5:23:32:3:5:37:55 chrX 31165612 . C T 1214.62 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130276;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.262;QD=59.9815;RBI=0.0187853;REFB=0;REVB=0.01874;RO=0;SAF=15;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050401;OID=.;OPOS=31165612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:81:0:0:77:81:1:62:15:0:0:64:17:0:0 chrX 31496350 . C T 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.5;QD=60.646;RBI=0.0208773;REFB=0;REVB=-0.000109399;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20489e-05;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:62:51:0:0:62:51:0:0 chrX 31697636 . A G 2382.89 PASS AF=1;AO=155;DP=159;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157435;FXX=0.031248;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.379;QD=61.494;RBI=0.0158677;REFB=0;REVB=0.00198143;RO=0;SAF=67;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032841;OID=.;OPOS=31697636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:155:0:0:155:155:1:88:67:0:0:88:67:0:0 chrX 34149267 . C A 2271.02 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0476236;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.945;QD=60.1593;RBI=0.0558226;REFB=-0.118318;REVB=0.0291231;RO=1;SAF=38;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123507;STB=0.506493;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000276919;OID=.;OPOS=34149267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:151:1:1:150:150:0.993377:112:38:1:0:112:38:1:0 chrX 35820265 . C T 2925.12 PASS AF=0.994652;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000443252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.247;QD=62.5694;RBI=0.0242337;REFB=-0.13584;REVB=0.0242297;RO=1;SAF=80;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447107;STB=0.502347;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000236347;OID=.;OPOS=35820265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:187:1:1:186:186:0.994652:106:80:0:1:106:80:0:1 chrX 35820425 . C T 1293.04 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.094512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2327;QD=57.4685;RBI=0.0986921;REFB=-0.170656;REVB=0.0284186;RO=3;SAF=26;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515782;STB=0.52631;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0202802;OID=.;OPOS=35820425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:90:90:3:3:86:87:0.966667:60:26:3:0:60:27:3:0 chrX 35820695 . T TA 187.82 PASS AF=1;AO=8;DP=42;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111573;FXX=0.395257;HRUN=0;LEN=1;MLLD=94.5093;QD=28.8948;RBI=0.0196837;REFB=0;REVB=0.0162162;RO=33;SAF=0;SAR=8;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.78418;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00578493;OID=.;OPOS=35820696;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:8:42:26:26:0:14:12:0:0:4:33:0:8:24:9 chrX 35820696 . G A 750.6 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289606;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.597;QD=63.8806;RBI=0.048122;REFB=0;REVB=0.038432;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344109;OID=.;OPOS=35820696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chrX 35820795 . A G 3010.5 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206187;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.294;QD=59.6138;RBI=0.0221444;REFB=0;REVB=0.0080774;RO=0;SAF=99;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69566e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205043;OID=.;OPOS=35820795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:190:202:0:0:190:202:1:91:99:0:0:103:99:0:0 chrX 35820796 . C G 30.85 PASS AF=0.0637255;AO=13;DP=204;FAO=13;FDP=204;FR=.;FRO=191;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=100;FSRR=91;FWDB=0.0505467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5729;QD=0.604987;RBI=0.0587773;REFB=-0.0445576;REVB=-0.0299968;RO=191;SAF=1;SAR=12;SRF=100;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473068;STB=0.92102;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.108433;OID=.;OPOS=35820796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:204:204:191:191:13:13:0.0637255:12:1:100:91:12:1:100:91 chrX 35821055 . AT GA 505.0 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253853;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=2;MLLD=116.436;QD=59.4116;RBI=0.026086;REFB=0;REVB=0.00600539;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.61691e-05;OID=.;OPOS=35821055;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:32:34:1:16:16:0:0:16:18:0:0 chrX 35821127 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.162;QD=57.6802;RBI=0.0440552;REFB=0;REVB=0.0257661;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486398;OID=.;OPOS=35821127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chrX 35821302 . C G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.126;QD=62.671;RBI=0.0242477;REFB=0;REVB=0.0104276;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119055;OID=.;OPOS=35821302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chrX 35821308 . C T 689.03 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0829188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6402;QD=62.6387;RBI=0.163916;REFB=0;REVB=0.141397;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917822;OID=.;OPOS=35821308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:31:11:0:0:33:11:0:0 chrX 35821464 . A G 651.0 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1374;QD=61.9999;RBI=0.0396825;REFB=0;REVB=0.0335107;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48755e-05;OID=.;OPOS=35821464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chrX 35821558 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.872;QD=57.6792;RBI=0.0453334;REFB=0;REVB=0.00760144;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011431;OID=.;OPOS=35821558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chrX 35821763 . G A 626.39 PASS AF=0.933333;AO=38;DP=42;FAO=42;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.111169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0065;QD=55.6789;RBI=0.126473;REFB=-0.123526;REVB=-0.0603078;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.505718;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.014967;OID=.;OPOS=35821763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:45:1:2:38:42:0.933333:25:13:1:0:26:16:1:1 chrX 35821789 . T G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.879;QD=60.6097;RBI=0.0562944;REFB=0;REVB=0.0536489;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169861;OID=.;OPOS=35821789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chrX 36371745 . GT G 34.1 PASS AF=0.223684;AO=14;DP=69;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.290612;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.3346;QD=1.79476;RBI=0.291189;REFB=-0.0642796;REVB=-0.0183184;RO=52;SAF=2;SAR=12;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48629;STB=0.829816;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0873068;OID=.;OPOS=36371746;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223684:14:69:17:76:59:2:15:28:31:34:52:2:12:26:26 chrX 38144822 . C T 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8949;QD=61.2126;RBI=0.0186996;REFB=0;REVB=-0.0172325;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135411;OID=.;OPOS=38144822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chrX 38144856 . G A 1189.68 PASS AF=1;AO=54;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.175;QD=59.4838;RBI=0.0128126;REFB=0;REVB=0.00271041;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235415;OID=.;OPOS=38144856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:54:80:1:24:30:0:0:35:45:0:0 chrX 38547862 . G A 2953.93 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.471;QD=62.8497;RBI=0.0395792;REFB=0;REVB=-0.0225252;RO=0;SAF=79;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33307e-06;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:188:0:0:183:188:1:104:79:0:0:108:80:0:0 chrX 39932907 . T C 101.94 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8733;QD=40.7776;RBI=0.128885;REFB=0;REVB=0.0178947;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323397;OID=.;OPOS=39932907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chrX 39933339 . A G,T 800.78 PASS AF=0.929825,0.0701754;AO=53,3;DP=57;FAO=53,4;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=13,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366136,0.0273532;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.917,56.9397;QD=56.1953;RBI=0.0107394,0.0294493;REFB=0,0;REVB=0.010096,-0.0109115;RO=0;SAF=40,0;SAR=13,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000608848,-0.0599513;OID=.,.;OPOS=39933339,39933339;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:57:57:0:0:53,3:53,4:0.929825,0.0701754:13,3:40,0:0:0:13,4:40,0:0:0 chrX 41203676 . T G 315.44 PASS AF=0.862069;AO=26;DP=30;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0227054;FXX=0.0333222;HRUN=7;LEN=1;MLLD=203.929;QD=43.5091;RBI=0.0227344;REFB=-0.034017;REVB=-0.00114688;RO=4;SAF=11;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193437;STB=0.514274;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00156842;OID=.;OPOS=41203676;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:29:4:4:26:25:0.862069:15:11:2:2:15:10:2:2 chrX 41556195 . A T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.393;QD=59.8393;RBI=0.0151524;REFB=0;REVB=0.0087387;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3953e-05;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chrX 41587218 . T A,C 2137.47 PASS AF=0.0536913,0.939597;AO=6,134;DP=141;FAO=8,140;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=2,66;FSAR=6,74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00113345,0.0287356;FXX=0.0197355;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.738,150.17;QD=57.3816;RBI=0.00766169,0.0491148;REFB=-0.104375,-0.0676022;REVB=-0.00757739,0.0398313;RO=0;SAF=0,62;SAR=6,72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.71502e-08;STB=0.599732,0.503759;STBP=0.267,0.311;TYPE=snp,snp;VARB=0.105436,0.000458061;OID=.,.;OPOS=41587218,41587218;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:141:149:0:1:6,134:8,140:0.0536913,0.939597:6,72:0,62:0:0:6,74:2,66:1:0 chrX 41587569 . C G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7548;QD=58.4192;RBI=0.0253599;REFB=0;REVB=-0.00355245;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166753;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chrX 41588169 . T C 2531.09 PASS AF=0.993976;AO=163;DP=164;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.047;QD=60.99;RBI=0.0397852;REFB=-0.0311755;REVB=0.0380876;RO=1;SAF=77;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055013;STB=0.502825;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=3.5615e-05;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:166:1:1:163:165:0.993976:86:77:0:1:88:77:0:1 chrX 43808610 . TA AT,T 210.83 PASS AF=0.170213,0.829787;AO=4,22;DP=41;FAO=8,39;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=8,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159811,0.471215;FXX=0.020829;HRUN=1,9;LEN=2,1;MLLD=181.65,5.79166;QD=17.9428;RBI=0.0282156,0.479301;REFB=-0.00715234,0.0200708;REVB=-0.0232535,-0.0876688;RO=11;SAF=0,7;SAR=4,15;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.778933,-0.305062;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.194117,0.0930108;OID=.,.;OPOS=43808610,43808611;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:41:47:11:0:4,22:8,39:0.170213,0.829787:4,15:0,7:9:2:8,21:0,18:0:0 chrX 44202890 . G GC 3970.34 PASS AF=1;AO=309;DP=368;FAO=349;FDP=349;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239563;FXX=0.0113311;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.8496;QD=45.5053;RBI=0.0660075;REFB=0;REVB=0.0615068;RO=50;SAF=141;SAR=168;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000525116;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:309:368:349:349:0:145:204:0:0:74:50:141:168:11:39 chrX 44833886 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.682;QD=62.0219;RBI=0.0143991;REFB=0;REVB=0.0067433;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56582e-05;OID=.;OPOS=44833886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chrX 44929077 . C A 1129.45 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368215;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.23;QD=60.2375;RBI=0.0047091;REFB=0;REVB=0.00293554;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142799;OID=.;OPOS=44929077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:72:75:1:37:35:0:0:40:35:0:0 chrX 45051111 . C T 2402.06 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00771403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.72;QD=64.055;RBI=0.0479068;REFB=0;REVB=0.0472817;RO=0;SAF=68;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4681e-05;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:135:150:0:0:135:150:1:67:68:0:0:78:72:0:0 chrX 46472826 . G A 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0191639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.609;QD=57.4359;RBI=0.0255666;REFB=-0.0548462;REVB=0.0169232;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119641;STB=0.506327;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000869529;OID=.;OPOS=46472826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:39:28:0:1:39:28:0:1 chrX 46618321 . C G 3087.1 PASS AF=0.984925;AO=196;DP=199;FAO=196;FDP=199;FR=.;FRO=3;FSAF=140;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.059475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3605;QD=62.0522;RBI=0.059569;REFB=-0.0143063;REVB=-0.0033457;RO=3;SAF=140;SAR=56;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133121;STB=0.506992;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.000472611;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:199:199:3:3:196:196:0.984925:56:140:1:2:56:140:1:2 chrX 46740032 . G A 1569.19 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.853;QD=63.4016;RBI=0.0314278;REFB=0;REVB=-0.0273998;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32106e-05;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:97:99:1:55:42:0:0:55:44:0:0 chrX 46946966 . T C 1805.24 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.019;QD=61.1944;RBI=0.0519628;REFB=0;REVB=0.0198615;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23248e-05;OID=.;OPOS=46946966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:118:0:0:112:118:1:63:49:0:0:66:52:0:0 chrX 47057647 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.396;QD=61.3753;RBI=0.0366926;REFB=0;REVB=0.0233162;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113799;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:31:49:0:0:31:49:0:0 chrX 47062534 . G A 1767.59 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8427;QD=60.9513;RBI=0.0192565;REFB=0;REVB=0.0109967;RO=0;SAF=76;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87295e-05;OID=.;OPOS=47062534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:40:76:0:0:40:76:0:0 chrX 47445940 . C T 1830.46 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0689402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3249;QD=59.5272;RBI=0.0870496;REFB=-0.0673604;REVB=0.0531496;RO=2;SAF=75;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00392263;STB=0.503311;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00128031;OID=.;OPOS=47445940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:123:123:2:1:121:122:0.99187:46:75:1:1:47:75:1:0 chrX 47487912 . T TG 860.69 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00835476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.1051;QD=48.4894;RBI=0.0203757;REFB=0;REVB=0.018584;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000188997;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:71:71:71:0:30:41:0:0:15:0:29:41:0:0 chrX 47695547 . T C 3446.43 PASS AF=1;AO=220;DP=222;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743633;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.128;QD=62.3789;RBI=0.0828928;REFB=-0.0765911;REVB=0.036624;RO=1;SAF=126;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00504187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144013;OID=.;OPOS=47695547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:222:221:1:0:220:221:1:94:126:0:1:94:127:0:0 chrX 47695741 . CCT CCC,CC,C 606.0 PASS AF=0,0.97561,0.0243902;AO=2,33,6;DP=44;FAO=0,40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,1;FSAR=0,20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312298,0.0244131,0.00124321;FXX=0.0238039;HRUN=2,2,4;LEN=1,1,2;MLLD=12.1105,26.7193,12.8341;QD=59.1222;RBI=0.0554773,0.0343998,0.0683663;REFB=0,0,0;REVB=0.0458523,-0.0242353,-0.068355;RO=0;SAF=2,17,3;SAR=0,16,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.311377;SSSB=0,4.60901e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.00459074,-0.0640621;OID=.,.,.;OPOS=47695743,47695743,47695742;OREF=T,T,CT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.97561,0.0243902:2,33,6:44:0,40,1:41:0:0,20,1:0,20,0:0:0:5:0:2,17,3:0,16,3:0:0 chrX 48049666 . C T 914.91 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1539;QD=56.3023;RBI=0.0265738;REFB=-0.121415;REVB=0.00128548;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185161;STB=0.509801;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00112156;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:39:25:1:0:39:25:1:0 chrX 48054740 . C G 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000269092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.339;QD=61.3988;RBI=0.0258971;REFB=0.0024243;REVB=0.0258957;RO=1;SAF=49;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957431;STB=0.505049;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=1.95992e-06;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:40:49:1:0:40:49:1:0 chrX 48318008 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG 31.84 PASS AF=0.196721,0.0163934;AO=21,3;DP=58;FAO=12,1;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=2,0;FSAR=10,1;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.101244,-0.10031;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.0024,62.2431;QD=2.08777;RBI=0.11966,0.109265;REFB=-0.146813,-0.0222363;REVB=-0.063782,-0.0433195;RO=32;SAF=3,1;SAR=18,2;SRF=18;SRR=14;SSEN=0.333333,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.507784,-0.230887;STB=0.768734,0.989205;STBP=0.074,0.477;TYPE=del,mnp;VARB=0.127851,0.0645689;OID=.,.;OPOS=48318009,48318013;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196721,0.0163934:21,3:58:12,1:61:48:2,0:10,1:22:26:30:32:3,1:18,2:18:14 chrX 48435928 . C T 556.15 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.617;QD=60.1246;RBI=0.0351641;REFB=0;REVB=0.0311024;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177208;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chrX 48460314 . A G 1518.73 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145131;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.528;QD=62.6279;RBI=0.0199758;REFB=-0.126223;REVB=-0.0137261;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000511903;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:0:1:96:96:0.989691:51:45:0:0:51:45:1:0 chrX 48847497 . T C 2195.19 PASS AF=0.961538;AO=150;DP=156;FAO=150;FDP=156;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0145026;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2392;QD=56.2868;RBI=0.0189981;REFB=-0.0287327;REVB=0.012272;RO=6;SAF=38;SAR=112;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840823;STB=0.513042;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0120047;OID=.;OPOS=48847497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:156:156:6:6:150:150:0.961538:112:38:1:5:112:38:0:6 chrX 49021256 . A G 2733.76 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.5;QD=62.486;RBI=0.020117;REFB=0;REVB=0.00126647;RO=0;SAF=95;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10354e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:80:95:0:0:80:95:0:0 chrX 49021537 . G C 1804.01 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5416;QD=61.153;RBI=0.0528465;REFB=0;REVB=-0.0403071;RO=0;SAF=33;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94484e-05;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:85:33:0:0:85:33:0:0 chrX 49022700 . T C 1677.33 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.647;QD=60.4445;RBI=0.00944306;REFB=0;REVB=0.000165327;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18006e-05;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:61:49:0:0:62:49:0:0 chrX 49179698 . A G 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1778;QD=56.9475;RBI=0.0261521;REFB=0.0785784;REVB=-0.00156358;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00291202;OID=.;OPOS=49179698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:0:1:17:19:0:1 chrX 49179711 . A T 397.13 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339977;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7399;QD=56.7331;RBI=0.00798665;REFB=0;REVB=-0.0072269;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002453;OID=.;OPOS=49179711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chrX 49179719 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.637;QD=47.8224;RBI=0.0564614;REFB=0;REVB=-0.0349465;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80454e-05;OID=.;OPOS=49179719;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chrX 49767832 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103338;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=267.011;QD=62.9829;RBI=0.0137945;REFB=0;REVB=0.00913781;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9167e-05;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chrX 49767835 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254178;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=256.736;QD=62.9829;RBI=0.0254722;REFB=0;REVB=0.00166333;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36454e-05;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chrX 50121146 . A AG 1110.61 PASS AF=1;AO=95;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140477;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.6525;QD=43.1305;RBI=0.151783;REFB=0;REVB=0.0574832;RO=9;SAF=37;SAR=58;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471133;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00291692;OID=.;OPOS=50121147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:95:105:103:103:0:42:61:0:0:21:9:37:58:6:3 chrX 50350408 . G A 2322.15 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000892881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6175;QD=60.7097;RBI=0.0566231;REFB=0;REVB=-0.056616;RO=0;SAF=96;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80896e-05;OID=.;OPOS=50350408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:153:0:0:151:153:1:55:96:0:0:56:97:0:0 chrX 50350674 . T C 998.4 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2974;QD=58.7297;RBI=0.0369639;REFB=0;REVB=-0.015009;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225165;OID=.;OPOS=50350674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:46:21:0:0:47:21:0:0 chrX 50350728 . T C,TTCC 409.72 PASS AF=0.418605,0.348837;AO=28,12;DP=58;FAO=18,15;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=7,2;FSAR=11,13;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0172211,-0.10855;FXX=0.122424;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=40.478,121.862;QD=38.1133;RBI=0.156976,0.134341;REFB=-0.0330823,-0.00849549;REVB=0.156028,0.0791487;RO=18;SAF=18,1;SAR=10,11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.018512,-0.657715;STB=0.676736,0.835772;STBP=0.024,0;TYPE=snp,ins;VARB=0.0159547,0.0839893;OID=.,.;OPOS=50350728,50350729;OREF=T,-;OALT=C,TCC;OMAPALT=C,TTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:43:18:10:28,12:18,15:0.418605,0.348837:10,11:18,1:12:6:11,13:7,2:9:1 chrX 50350757 . TC GT,TCTGCTGCTGCTGT 1132.71 PASS AF=0.53125,0.385417;AO=51,35;DP=99;FAO=51,37;FDP=96;FR=.;FRO=8;FSAF=51,12;FSAR=0,25;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00299008,-0.00104709;FXX=0.0204061;HRUN=2,1;LEN=2,12;MLLD=225.66,120.974;QD=47.1963;RBI=0.129456,0.0483737;REFB=-0.0950478,-0.114099;REVB=0.129421,0.0483624;RO=11;SAF=51,10;SAR=0,25;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.8774,-0.290822;STB=0.999605,0.6035;STBP=0.06,0.013;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00493994,0.00881116;OID=.,.;OPOS=50350757,50350759;OREF=TC,-;OALT=GT,TGCTGCTGCTGT;OMAPALT=GT,TCTGCTGCTGCTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:99:96:11:8:51,35:51,37:0.53125,0.385417:0,25:51,10:10:1:0,25:51,12:7:1 chrX 50659210 . C CTCT 461.64 PASS AF=0.78;AO=38;DP=53;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0149581;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=3;MLLD=224.132;QD=36.9308;RBI=0.0149736;REFB=-0.0320289;REVB=0.000680646;RO=13;SAF=19;SAR=19;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127034;STB=0.552686;STBP=0.201;TYPE=ins;VARB=0.00587313;OID=.;OPOS=50659211;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=CTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.78:38:53:39:50:11:19:20:8:3:77:13:19:19:10:3 chrX 50659280 . C T 856.85 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365466;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.827;QD=58.0913;RBI=0.0369011;REFB=0;REVB=-0.00510252;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522763;OID=.;OPOS=50659280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:31:26:0:0:31:28:0:0 chrX 51075841 . A G 192.2 PASS AF=0.171296;AO=37;DP=216;FAO=37;FDP=216;FR=.;FRO=179;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=104;FSRR=75;FWDB=-0.00315466;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.935;QD=3.55922;RBI=0.0283989;REFB=-0.00623189;REVB=0.0282231;RO=178;SAF=23;SAR=14;SRF=103;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575678;STB=0.535144;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0267934;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:178:179:37:37:0.171296:14:23:103:75:14:23:104:75 chrX 51075901 . G A 127.16 PASS AF=0.111842;AO=34;DP=304;FAO=34;FDP=304;FR=.;FRO=270;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=124;FSRR=146;FWDB=0.0353251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.313;QD=1.67312;RBI=0.0461384;REFB=-0.00675076;REVB=-0.0296799;RO=269;SAF=20;SAR=14;SRF=124;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157263;STB=0.613431;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0670402;OID=.;OPOS=51075901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:269:270:34:34:0.111842:14:20:124:145:14:20:124:146 chrX 51239295 . ATCCTCGAGGCAGCC A 99.5 PASS AF=0.733333;AO=10;DP=17;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0414245;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=14;MLLD=300.965;QD=26.5337;RBI=0.0414245;REFB=-0.0352556;REVB=-2.25661e-05;RO=3;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680236;STB=0.555457;STBP=0.547;TYPE=del;VARB=0.0115684;OID=.;OPOS=51239296;OREF=TCCTCGAGGCAGCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:10:17:11:15:4:6:5:3:1:25:3:5:5:2:1 chrX 52825546 . C G 1491.65 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8119;QD=63.4745;RBI=0.0161087;REFB=0;REVB=-0.00438751;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28263e-05;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chrX 52891619 . GT G 99.91 PASS AF=0.326531;AO=33;DP=99;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.069809;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.747;QD=4.07789;RBI=0.0714889;REFB=0.0199581;REVB=0.0154069;RO=57;SAF=11;SAR=22;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635486;STB=0.582119;STBP=0.275;TYPE=del;VARB=-0.0370702;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326531:33:99:32:98:66:10:22:28:38:99:57:11:22:22:35 chrX 52891645 . A G 279.25 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.0539316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.186;QD=11.7578;RBI=0.0547652;REFB=-0.0035133;REVB=-0.00951893;RO=62;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107787;STB=0.50622;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00637311;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:62:33:33:0.347368:21:12:22:40:21:12:22:40 chrX 52891653 . C T 276.94 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.0212748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3825;QD=11.3036;RBI=0.0398449;REFB=0.00221454;REVB=-0.0336897;RO=64;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609346;STB=0.528161;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00626266;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:65:33:33:0.336735:20:13:22:42:20:13:23:42 chrX 53115500 . A C 42.55 PASS AF=0.0930233;AO=12;DP=129;FAO=12;FDP=129;FR=.;FRO=117;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=66;FWDB=-0.0121325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1557;QD=1.31935;RBI=0.0740443;REFB=-0.000581138;REVB=-0.0730436;RO=117;SAF=4;SAR=8;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124414;STB=0.597659;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0180447;OID=.;OPOS=53115500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:129:129:117:117:12:12:0.0930233:8:4:51:66:8:4:51:66 chrX 53401216 . A AC 31.67 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0361175;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=95.7998;QD=1.91928;RBI=0.048469;REFB=-0.0041778;REVB=-0.032323;RO=52;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355619;STB=0.742488;STBP=0.075;TYPE=ins;VARB=0.144869;OID=.;OPOS=53401217;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:14:66:12:66:54:8:4:19:35:31:52:9:5:18:34 chrX 53457622 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.474;QD=59.5015;RBI=0.0275186;REFB=0;REVB=0.00681341;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94799e-05;OID=.;OPOS=53457622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chrX 53563589 . A G 567.43 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376717;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.008;QD=58.1984;RBI=0.0400716;REFB=-0.225082;REVB=0.0136594;RO=1;SAF=8;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549698;STB=0.529396;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0213263;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:29:8:1:0:30:8:1:0 chrX 53587351 . T TG 65.33 PASS AF=0.311475;AO=15;DP=60;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.00799048;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=113.269;QD=4.28372;RBI=0.0186846;REFB=-0.000696275;REVB=-0.0168899;RO=43;SAF=14;SAR=1;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50689;STB=0.501112;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.04054;OID=.;OPOS=53587352;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311475:15:60:19:61:42:14:5:31:11:65:43:14:1:29:14 chrX 53652846 . G T 1891.96 PASS AF=0.891892;AO=131;DP=148;FAO=132;FDP=148;FR=.;FRO=16;FSAF=73;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.00160528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.144;QD=51.1341;RBI=0.0706684;REFB=-0.097828;REVB=0.0706502;RO=17;SAF=73;SAR=58;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108269;STB=0.553022;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00196096;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:148:148:17:16:131:132:0.891892:58:73:1:16:59:73:1:15 chrX 53652852 . T G 2717.81 PASS AF=0.994318;AO=168;DP=169;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00623291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.129;QD=61.7683;RBI=0.0382662;REFB=-0.0178895;REVB=0.0377552;RO=1;SAF=80;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591204;STB=0.502994;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=6.32911e-05;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:176:1:1:168:175:0.994318:88:80:1:0:92:83:1:0 chrX 54209387 . A G 1261.53 PASS AF=0.988095;AO=74;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.793;QD=60.0728;RBI=0.068839;REFB=0;REVB=0.042639;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45291e-05;OID=.;OPOS=54209387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:0:0:74:83:0.988095:42:32:0:0:50:33:0:0 chrX 54521756 . G A 1680.27 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035371;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.606;QD=60.5502;RBI=0.0539734;REFB=0;REVB=0.0407679;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24161e-05;OID=.;OPOS=54521756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:46:65:0:0:46:65:0:0 chrX 54836579 . G GC 31.92 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.002512;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.4442;QD=5.55117;RBI=0.0766959;REFB=-0.0446258;REVB=-0.0766548;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403073;STB=0.864227;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=-0.0205597;OID=.;OPOS=54836580;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:7:24:8:23:15:1:7:10:5:31:15:2:5:10:5 chrX 54956673 . T C 779.45 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.955;QD=63.6283;RBI=0.0551417;REFB=0;REVB=0.0109056;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517001;OID=.;OPOS=54956673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:41:49:1:21:20:0:0:25:24:0:0 chrX 55116466 . C G 1420.93 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9818;QD=62.4585;RBI=0.0596406;REFB=0;REVB=0.0452506;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651743;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:51:39:0:0:51:40:0:0 chrX 55172537 . G A 2702.14 PASS AF=0.814229;AO=206;DP=253;FAO=206;FDP=253;FR=.;FRO=47;FSAF=104;FSAR=102;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0254531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3929;QD=42.7215;RBI=0.036908;REFB=-0.00940164;REVB=0.0267272;RO=47;SAF=104;SAR=102;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576259;STB=0.530528;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00207899;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:47:47:206:206:0.814229:102:104:16:31:102:104:16:31 chrX 55172630 . G A 32.54 PASS AF=0.0492126;AO=25;DP=506;FAO=25;FDP=508;FR=.;FRO=483;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=244;FSRR=239;FWDB=-0.0051476;FXX=0.0019646;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.1863;QD=0.256256;RBI=0.0613315;REFB=-0.000433813;REVB=0.0611151;RO=481;SAF=10;SAR=15;SRF=243;SRR=238;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10241;STB=0.59992;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0105704;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:506:508:481:483:25:25:0.0492126:15:10:243:238:15:10:244:239 chrX 55172645 . C T 4550.84 PASS AF=0.757261;AO=353;DP=501;FAO=365;FDP=482;FR=.;FRO=117;FSAF=203;FSAR=162;FSRF=43;FSRR=74;FWDB=-0.0088304;FXX=0.0567504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.927;QD=37.7663;RBI=0.00963087;REFB=-0.0107428;REVB=-0.00384417;RO=113;SAF=201;SAR=152;SRF=43;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867715;STB=0.545895;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00871008;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:501:482:113:117:353:365:0.757261:152:201:43:70:162:203:43:74 chrX 55172659 . A G 138.49 PASS AF=0.0921569;AO=47;DP=511;FAO=47;FDP=510;FR=.;FRO=463;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=233;FSRR=230;FWDB=-0.041138;FXX=0.00195691;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5994;QD=1.08616;RBI=0.0417633;REFB=-0.00306019;REVB=-0.00720001;RO=463;SAF=28;SAR=19;SRF=233;SRR=230;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11153;STB=0.584324;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0459204;OID=.;OPOS=55172659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:511:510:463:463:47:47:0.0921569:19:28:233:230:19:28:233:230 chrX 55172675 . C T 531.52 PASS AF=0.191532;AO=95;DP=496;FAO=95;FDP=496;FR=.;FRO=401;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=209;FSRR=192;FWDB=0.0365665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5576;QD=4.28648;RBI=0.0519552;REFB=-0.000661465;REVB=-0.0369084;RO=363;SAF=56;SAR=39;SRF=172;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149208;STB=0.555873;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00216536;OID=.;OPOS=55172675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:496:496:363:401:95:95:0.191532:39:56:172:191:39:56:209:192 chrX 55172685 . ACT ACC,GTC 4019.48 PASS AF=0.753555,0;AO=312,27;DP=451;FAO=318,0;FDP=422;FR=.;FRO=104;FSAF=189,0;FSAR=129,0;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=-0.0627312,-0.0414438;FXX=0.0643001;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=59.1707,145.322;QD=38.0993;RBI=0.0675723,0.0693711;REFB=0.0345067,-0.00198587;REVB=-0.0251161,-0.0556306;RO=103;SAF=185,13;SAR=127,14;SRF=42;SRR=61;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0879572,0.094395;STB=0.547798,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0105796,0;OID=.,.;OPOS=55172687,55172685;OREF=T,ACT;OALT=C,GTC;OMAPALT=ACC,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:422:103:104:312,27:318,0:0.753555,0:127,14:185,13:42:61:129,0:189,0:42:62 chrX 55172708 . T G 3822.76 PASS AF=0.75;AO=295;DP=394;FAO=297;FDP=396;FR=.;FRO=99;FSAF=204;FSAR=93;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=0.000563328;FXX=0.00251883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.88;QD=38.6137;RBI=0.0105619;REFB=-0.00173421;REVB=-0.0105468;RO=95;SAF=203;SAR=92;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139639;STB=0.574814;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000669532;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:396:95:99:295:297:0.75:92:203:39:56:93:204:41:58 chrX 55172716 . C T 323.06 PASS AF=0.172131;AO=63;DP=366;FAO=63;FDP=366;FR=.;FRO=303;FSAF=50;FSAR=13;FSRF=185;FSRR=118;FWDB=0.00220726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.955;QD=3.53071;RBI=0.00220868;REFB=-0.000661548;REVB=-7.92478e-05;RO=303;SAF=50;SAR=13;SRF=185;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278664;STB=0.681873;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00279849;OID=.;OPOS=55172716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:366:303:303:63:63:0.172131:13:50:185:118:13:50:185:118 chrX 55185568 . A G 776.56 PASS AF=0.425641;AO=83;DP=195;FAO=83;FDP=195;FR=.;FRO=112;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=0.0115678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.759;QD=15.9295;RBI=0.0116197;REFB=0.00436578;REVB=0.00109658;RO=112;SAF=43;SAR=40;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552888;STB=0.530857;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00491172;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:112:112:83:83:0.425641:40:43:52:60:40:43:52:60 chrX 55185656 . C A 247.99 PASS AF=0.177358;AO=46;DP=265;FAO=47;FDP=265;FR=.;FRO=218;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=105;FSRR=113;FWDB=-0.0149493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.729;QD=3.74325;RBI=0.0174738;REFB=-0.00296388;REVB=0.00904718;RO=211;SAF=34;SAR=12;SRF=105;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322162;STB=0.703245;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0115964;OID=.;OPOS=55185656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:211:218:46:47:0.177358:12:34:105:106:13:34:105:113 chrX 55205242 . CTTTTTAG CTTTTAG,CTTTTAGT 66.64 PASS AF=0.195122,0.121951;AO=5,2;DP=41;FAO=8,5;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7,5;FSAR=1,0;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.12669,-0.0169915;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=13.111,65.8367;QD=6.50106;RBI=0.255133,0.112364;REFB=0.0354099,0.00920275;REVB=0.221455,0.111072;RO=23;SAF=4,2;SAR=1,0;SRF=15;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.212433,0.435414;STB=0.776955,0.997342;STBP=0.129,0.051;TYPE=del,mnp;VARB=-0.107907,-0.08035;OID=.,.;OPOS=55205243,55205247;OREF=T,TAG;OALT=-,AGT;OMAPALT=CTTTTAG,CTTTTAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195122,0.121951:5,2:41:8,5:41:28:7,5:1,0:17:11:36:23:4,2:1,0:15:8 chrX 55247030 . C G 4308.37 PASS AF=1;AO=275;DP=278;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313599;FXX=0.0071682;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.759;QD=62.2147;RBI=0.0320876;REFB=-0.146573;REVB=0.00679478;RO=1;SAF=100;SAR=175;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0047442;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111353;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:278:277:1:0:275:277:1:175:100:1:0:176:101:0:0 chrX 55289774 . T C 1677.36 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00925265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.908;QD=60.4454;RBI=0.0203562;REFB=0;REVB=0.0181318;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99398e-05;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:58:53:0:0:58:53:0:0 chrX 55514818 . C T 2094.79 PASS AF=0.941935;AO=146;DP=155;FAO=146;FDP=155;FR=.;FRO=9;FSAF=77;FSAR=69;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0683444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5493;QD=54.059;RBI=0.0684712;REFB=-0.105781;REVB=0.00416563;RO=8;SAF=77;SAR=69;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468853;STB=0.521099;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0199014;OID=.;OPOS=55514818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:155:155:8:9:146:146:0.941935:69:77:8:0:69:77:8:1 chrX 55651001 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.825;QD=58.1419;RBI=0.0371198;REFB=0;REVB=-0.0144955;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000576874;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:21:10:0:0:21:11:0:0 chrX 57405163 . T C 2196.77 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.994;QD=63.2164;RBI=0.00442339;REFB=0;REVB=0.00209659;RO=0;SAF=54;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98148e-06;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:85:54:0:0:85:54:0:0 chrX 57475132 . T C 883.96 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0216602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8465;QD=56.1243;RBI=0.0622946;REFB=-0.0678571;REVB=0.0584076;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00179812;OID=.;OPOS=57475132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:1:1:60:62:0.984127:32:28:1:0:33:29:1:0 chrX 57619648 . G T 1501.66 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0323562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.117;QD=61.2924;RBI=0.0424464;REFB=-0.0209062;REVB=-0.0274731;RO=2;SAF=44;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00162325;STB=0.500856;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000517244;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:52:44:1:1:52:44:1:1 chrX 57934452 . G GA 31.04 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=95;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=0.0081605;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=78.3088;QD=1.30699;RBI=0.0363753;REFB=-0.00216678;REVB=-0.0354481;RO=82;SAF=3;SAR=9;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423936;STB=0.83985;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=0.0837841;OID=.;OPOS=57934453;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.105263:12:95:10:95:85:2:8:52:33:31:82:3:9:50:32 chrX 65382685 . T A,C 1196.61 PASS AF=0.160494,0.839506;AO=10,66;DP=78;FAO=13,68;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=13,14;FSAR=0,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350293,-0.0180316;FXX=0.0121936;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.0618,58.6898;QD=59.0916;RBI=0.0352014,0.0180481;REFB=0,0;REVB=0.00347618,-0.000773297;RO=0;SAF=10,12;SAR=0,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.99257e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00327147,0.00839653;OID=.,.;OPOS=65382685,65382685;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:67:78:81:0:0:10,66:13,68:0.160494,0.839506:0,54:10,12:0:0:0,54:13,14:0:0 chrX 65393487 . CCGGGGGGC CCCGGGGGC,CCGGGGGC,CCGGGGGCG,CGGGGGC 137.38 PASS AF=0,0.104478,0.0335821,0.0746269;AO=17,51,17,39;DP=297;FAO=0,28,9,20;FDP=268;FR=.;FRO=211;FSAF=0,16,9,4;FSAR=0,12,0,16;FSRF=123;FSRR=88;FWDB=0.0584873,-0.00555896,-0.0499868,-0.065304;FXX=0.059647;HRUN=6,6,6,5;LEN=1,1,2,2;MLLD=14.3059,9.16318,141.663,18.6772;QD=2.05038;RBI=0.0648515,0.0646476,0.0622216,0.106788;REFB=-0.0728347,-0.132248,-0.00655199,-0.0561288;REVB=0.028017,-0.0644082,-0.0370519,-0.0844934;RO=145;SAF=4,24,17,19;SAR=13,27,0,20;SRF=87;SRR=58;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.54717,0,0;SSSB=-0.424146,-0.160206,0.618095,-0.14411;STB=0.5,0.510397,0.998671,0.829757;STBP=1,0.918,0.007,0.005;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0,0.111061,0.162767,0.0973349;OID=.,.,.,.;OPOS=65393489,65393489,65393494,65393488;OREF=G,G,GC,CG;OALT=C,-,CG,-;OMAPALT=CCCGGGGGC,CCGGGGGC,CCGGGGGCG,CGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.104478,0.0335821,0.0746269:17,51,17,39:297:0,28,9,20:268:211:0,16,9,4:0,12,0,16:123:88:30:145:4,24,17,19:13,27,0,20:87:58 chrX 65822607 . T C 3393.91 PASS AF=1;AO=219;DP=222;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000162321;FXX=0.0135129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.892;QD=61.9892;RBI=0.0122088;REFB=-0.120145;REVB=-0.0122078;RO=1;SAF=93;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19374e-05;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:222:219:1:0:219:219:1:126:93:1:0:126:93:0:0 chrX 65824986 . C T 2403.11 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00361682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.902;QD=60.4556;RBI=0.0490597;REFB=-0.0391491;REVB=0.0489262;RO=0;SAF=70;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502857;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=4.90446e-05;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:159:0:1:157:158:0.993711:87:70:0:0:87:71:0:1 chrX 67674212 . T A 69.69 PASS AF=0.186813;AO=22;DP=62;FAO=17;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=63;FWDB=0.0535838;FXX=0.0108684;HRUN=7;LEN=1;MLLD=19.7765;QD=3.06349;RBI=0.0825795;REFB=-0.0339733;REVB=-0.0628344;RO=35;SAF=0;SAR=22;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.80074;STB=0.708166;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.150915;OID=.;OPOS=67674212;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:62:91:35:74:22:17:0.186813:22:0:11:24:16:1:11:63 chrX 68751608 . T TC 32.74 PASS AF=0.121212;AO=47;DP=239;FAO=28;FDP=231;FR=.;FRO=203;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=134;FWDB=-0.0918464;FXX=0.01282;HRUN=0;LEN=1;MLLD=47.4176;QD=0.566866;RBI=0.140203;REFB=-0.00798698;REVB=-0.10593;RO=188;SAF=20;SAR=27;SRF=71;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638998;STB=0.695941;STBP=0.042;TYPE=ins;VARB=0.158476;OID=.;OPOS=68751609;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.121212:47:239:28:231:203:16:12:69:134:32:188:20:27:71:117 chrX 69258515 . T G 1827.02 PASS AF=0.919708;AO=127;DP=136;FAO=126;FDP=137;FR=.;FRO=11;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0856802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4964;QD=53.3437;RBI=0.0868891;REFB=-0.0105556;REVB=0.0144437;RO=4;SAF=71;SAR=56;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260161;STB=0.514001;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000356301;OID=.;OPOS=69258515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:136:137:4:11:127:126:0.919708:56:71:4:0:56:70:8:3 chrX 69510335 . C T 2520.94 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=167;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211836;FXX=0.0119753;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.744;QD=61.1137;RBI=0.0211906;REFB=-0.0754509;REVB=0.000545846;RO=0;SAF=78;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.29459e-08;STB=0.50289;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000112904;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:165:0:1:164:164:0.993939:86:78:0:0:86:78:0:1 chrX 69652762 . A G 1447.93 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00599288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6357;QD=57.3439;RBI=0.00833137;REFB=0.00993044;REVB=-0.00578767;RO=1;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977988;STB=0.510415;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-7.79373e-05;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:101:1:2:99:99:0.980198:48:51:0:1:47:52:0:2 chrX 69668463 . A C,G 4288.65 PASS AF=0.0229508,0.940984;AO=17,269;DP=295;FAO=7,287;FDP=305;FR=.;FRO=11;FSAF=5,96;FSAR=2,191;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0150605,0.0198737;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.0317,105.14;QD=56.2446;RBI=0.0209959,0.0346244;REFB=-0.0676422,-0.0401877;REVB=0.014629,0.0283529;RO=3;SAF=14,87;SAR=3,182;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0697669,-0.00822007;STB=0.583117,0.519787;STBP=0.739,0.002;TYPE=snp,snp;VARB=0.0300342,0.00305697;OID=.,.;OPOS=69668463,69668463;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:10:295:305:3:11:17,269:7,287:0.0229508,0.940984:3,182:14,87:2:1:2,191:5,96:9:2 chrX 69722245 . CAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAT 31.32 PASS AF=0.347826,0.0869565;AO=6,2;DP=23;FAO=8,2;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6,1;FSAR=2,1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0538342,0.00328517;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.79053,17.968;QD=5.44652;RBI=0.276673,0.0297199;REFB=-0.0159938,-0.0238155;REVB=0.271385,0.0295378;RO=11;SAF=5,1;SAR=1,1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.165502,-0.246437;STB=0.545336,0.665191;STBP=0.854,0.727;TYPE=del,snp;VARB=0.0190852,-0.107626;OID=.,.;OPOS=69722246,69722253;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826,0.0869565:6,2:23:8,2:23:13:6,1:2,1:9:4:26:11:5,1:1,1:8:3 chrX 69722289 . A T 35.23 PASS AF=0.15;AO=5;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00924543;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.209;QD=3.52306;RBI=0.0237915;REFB=-0.00267301;REVB=0.0219216;RO=34;SAF=3;SAR=2;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213818;STB=0.599681;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.129135;OID=.;OPOS=69722289;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:40:40:34:34:5:6:0.15:2:3:21:13:3:3:21:13 chrX 69774517 . A T 895.64 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00225901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.527;QD=55.9775;RBI=0.0161665;REFB=-0.0564443;REVB=-0.0160079;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000220284;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:62:63:0.984375:25:37:0:0:25:38:1:0 chrX 70073159 . T C 825.51 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0278301;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.376;QD=54.1317;RBI=0.0351664;REFB=-0.0403815;REVB=0.021498;RO=2;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157582;STB=0.500835;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000771351;OID=.;OPOS=70073159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:28:31:1:1:28:31:1:1 chrX 70146398 . A G 3081.53 PASS AF=0.985437;AO=203;DP=206;FAO=203;FDP=206;FR=.;FRO=3;FSAF=108;FSAR=95;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00483224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.471;QD=59.8356;RBI=0.0297402;REFB=-0.164636;REVB=0.029345;RO=3;SAF=108;SAR=95;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013045;STB=0.506849;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000373544;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:206:206:3:3:203:203:0.985437:95:108:3:0:95:108:3:0 chrX 70146475 . G C 1974.21 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523401;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.53;QD=62.18;RBI=0.00709525;REFB=0;REVB=-0.00479038;RO=0;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35259e-07;OID=.;OPOS=70146475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:64:62:0:0:64:63:0:0 chrX 70836827 . CGGGGGC CGGGG,CGGGGC,CGGGGCC 520.26 PASS AF=0.525253,0.222222,0;AO=39,26,4;DP=111;FAO=52,22,0;FDP=99;FR=.;FRO=25;FSAF=11,5,0;FSAR=41,17,0;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0620045,-0.0419147,0.0158906;FXX=0.0198;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=16.0026,9.74387,9.57649;QD=21.0206;RBI=0.153165,0.161245,0.0197397;REFB=-0.101667,-0.141455,-0.0511391;REVB=-0.140054,-0.155702,-0.0117109;RO=23;SAF=8,8,1;SAR=31,18,3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0.375,0.375,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.238226,-0.156356,-0.27031;STB=0.627898,0.678316,0.5;STBP=0.007,0.048,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0649116,0.149129,0;OID=.,.,.;OPOS=70836832,70836828,70836832;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=CGGGG,CGGGGC,CGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.525253,0.222222,0:39,26,4:111:52,22,0:99:25:11,5,0:41,17,0:13:12:99:23:8,8,1:31,18,3:11:12 chrX 71351519 . C A 859.33 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0173186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2726;QD=54.5608;RBI=0.0344888;REFB=0.0673473;REVB=0.0298252;RO=2;SAF=22;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409887;STB=0.521732;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.000665892;OID=.;OPOS=71351519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:39:22:2:0:39:22:2:0 chrX 71363415 . C T 689.09 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.595;QD=62.6442;RBI=0.0226094;REFB=0;REVB=-0.000443022;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06861e-05;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chrX 71379881 . G A 1896.69 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.416;QD=61.681;RBI=0.0201862;REFB=0;REVB=0.0195841;RO=0;SAF=53;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.447e-05;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:123:0:0:121:123:1:68:53:0:0:70:53:0:0 chrX 71401607 . G A 1804.17 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.642;QD=61.1582;RBI=0.0257214;REFB=0;REVB=-0.0039257;RO=0;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91909e-05;OID=.;OPOS=71401607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:66:52:0:0:66:52:0:0 chrX 71401614 . C A 1731.31 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.764;QD=60.7476;RBI=0.00443373;REFB=0;REVB=-0.00342442;RO=0;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43586e-06;OID=.;OPOS=71401614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:61:53:0:0:61:53:0:0 chrX 71406301 . T C 2207.12 PASS AF=0.97931;AO=140;DP=143;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00700395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3701;QD=60.8861;RBI=0.00711641;REFB=-0.0101864;REVB=-0.00126012;RO=3;SAF=62;SAR=78;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179331;STB=0.509201;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00186506;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:143:145:3:3:140:142:0.97931:78:62:0:3:80:62:0:3 chrX 71418669 . C A 357.47 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00707847;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.698;QD=49.3068;RBI=0.043355;REFB=-0.013453;REVB=0.0427733;RO=2;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122403;STB=0.506591;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000486441;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:16:11:1:1:16:11:1:1 chrX 71791912 . C T 2085.88 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.398;QD=62.7332;RBI=0.0798367;REFB=0;REVB=0.0795949;RO=0;SAF=75;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73316e-05;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:133:0:0:129:133:1:54:75:0:0:58:75:0:0 chrX 71819691 . A G 1822.5 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.609;QD=61.2604;RBI=0.0290147;REFB=0;REVB=0.028906;RO=0;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42615e-05;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:67:51:0:0:67:52:0:0 chrX 71843095 . CAAAAAC CAAAACA 58.11 PASS AF=0.117021;AO=5;DP=99;FAO=11;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.111642;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=92.4092;QD=2.47292;RBI=0.112259;REFB=-0.00422149;REVB=0.0117531;RO=60;SAF=4;SAR=1;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494393;STB=0.850993;STBP=0.023;TYPE=mnp;VARB=-0.0343416;OID=.;OPOS=71843100;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.117021:5:99:11:94:80:9:2:31:49:44:60:4:1:18:42 chrX 72906953 . GTTT GTTG,GTTGT,GTT 146.82 PASS AF=0.125,0.21875,0.4375;AO=4,4,13;DP=33;FAO=4,7,14;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=0,0,9;FSAR=4,7,5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0422307,-0.0406437,-0.111122;FXX=0.0302939;HRUN=8,0,8;LEN=1,1,1;MLLD=171.652,173.293,7.4543;QD=18.3521;RBI=0.0536633,0.0565499,0.137437;REFB=-0.0201309,-0.0156901,-0.135116;REVB=0.0331108,0.039319,0.0808747;RO=7;SAF=0,0,9;SAR=4,4,4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.784402,-0.784402,-0.127659;STB=0.997725,0.998366,0.581287;STBP=0.01,0,0.38;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.0300761,0.117223,0.0831789;OID=.,.,.;OPOS=72906956,72906956,72906954;OREF=T,-,T;OALT=G,G,-;OMAPALT=GTTG,GTTGT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.125,0.21875,0.4375:4,4,13:33:4,7,14:32:7:0,0,9:4,7,5:6:1:45:7:0,0,9:4,4,4:6:1 chrX 73043501 . GT G,TG 54.91 PASS AF=0.212598,0;AO=40,6;DP=128;FAO=27,0;FDP=127;FR=.;FRO=100;FSAF=14,0;FSAR=13,0;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.0190595,0.0331267;FXX=0.00781189;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=8.32599,23.3489;QD=1.72956;RBI=0.208839,0.119087;REFB=-0.11202,-0.033913;REVB=-0.207967,-0.114387;RO=67;SAF=17,1;SAR=23,5;SRF=42;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0.355072,0;SSSB=-0.218721,-0.473421;STB=0.516947,0.5;STBP=0.832,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.133926,-0.140274;OID=.,.;OPOS=73043502,73043501;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:128:127:67:100:40,6:27,0:0.212598,0:23,5:17,1:42:25:13,0:14,0:54:46 chrX 73043817 . T C 840.03 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.784;QD=56.0022;RBI=0.0388005;REFB=-0.0970564;REVB=0.0386482;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681857;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:29:31:0:0 chrX 73066439 . T C 1387.57 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0167202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.466;QD=60.3292;RBI=0.0247166;REFB=-0.152705;REVB=0.0182029;RO=2;SAF=73;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128091;STB=0.506755;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00115889;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:17:73:2:0:17:73:2:0 chrX 73462520 . T C 1712.33 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=117;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140139;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.82;QD=60.0817;RBI=0.0704561;REFB=-0.0816809;REVB=0.0690483;RO=0;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34603e-08;STB=0.504424;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000365856;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:114:0:1:112:113:0.991228:55:57:0:0:56:57:0:1 chrX 73641569 . T C 2553.35 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356716;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.441;QD=61.5265;RBI=0.0168029;REFB=0;REVB=-0.0164199;RO=0;SAF=78;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230086;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:166:0:0:163:166:1:85:78:0:0:85:81:0:0 chrX 73811648 . G A 100.24 PASS AF=0.184783;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0655065;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2374;QD=4.35803;RBI=0.0655078;REFB=-0.00235276;REVB=0.000407934;RO=75;SAF=6;SAR=11;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195763;STB=0.636904;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0114945;OID=.;OPOS=73811648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:75:75:17:17:0.184783:11:6:38:37:11:6:39:36 chrX 73811695 . A G 206.24 PASS AF=0.25;AO=31;DP=124;FAO=31;FDP=124;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=-0.00905063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.524;QD=6.65285;RBI=0.0188224;REFB=-0.000630301;REVB=0.0165036;RO=93;SAF=14;SAR=17;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17238;STB=0.60364;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00299304;OID=.;OPOS=73811695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:93:93:31:31:0.25:17:14:55:38:17:14:55:38 chrX 73811737 . T A 196.88 PASS AF=0.219858;AO=31;DP=141;FAO=31;FDP=141;FR=.;FRO=110;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=63;FSRR=47;FWDB=-0.000376679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.103;QD=5.58518;RBI=0.001903;REFB=-0.00768353;REVB=-0.00186535;RO=110;SAF=14;SAR=17;SRF=63;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152397;STB=0.593591;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0271413;OID=.;OPOS=73811737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:110:110:31:31:0.219858:17:14:63:47:17:14:63:47 chrX 73811739 . A G 197.83 PASS AF=0.223022;AO=31;DP=139;FAO=31;FDP=139;FR=.;FRO=108;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=-0.021276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1189;QD=5.69287;RBI=0.0214289;REFB=-0.00473623;REVB=0.0025551;RO=108;SAF=14;SAR=17;SRF=62;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153819;STB=0.594236;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0165964;OID=.;OPOS=73811739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:108:108:31:31:0.223022:17:14:62:46:17:14:62:46 chrX 73811755 . C G 196.88 PASS AF=0.219858;AO=31;DP=141;FAO=31;FDP=141;FR=.;FRO=110;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.0242218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.514;QD=5.58519;RBI=0.0638607;REFB=-0.0199752;REVB=-0.0590888;RO=110;SAF=14;SAR=17;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129698;STB=0.579758;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0466525;OID=.;OPOS=73811755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:110:110:31:31:0.219858:17:14:61:49:17:14:61:49 chrX 73811761 . G T 197.66 PASS AF=0.223022;AO=30;DP=138;FAO=31;FDP=139;FR=.;FRO=108;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.0343373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6677;QD=5.68812;RBI=0.0396592;REFB=-0.00638105;REVB=0.0198444;RO=108;SAF=13;SAR=17;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130908;STB=0.5661;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0227138;OID=.;OPOS=73811761;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:108:108:30:31:0.223022:17:13:58:50:17:14:58:50 chrX 73811792 . C T 117.9 PASS AF=0.173228;AO=22;DP=127;FAO=22;FDP=127;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=0.0296111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.301;QD=3.71337;RBI=0.030952;REFB=0.001056;REVB=0.00901152;RO=105;SAF=11;SAR=11;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303087;STB=0.519667;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00653028;OID=.;OPOS=73811792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:105:105:22:22:0.173228:11:11:55:50:11:11:55:50 chrX 73811809 . T C 62.58 PASS AF=0.125;AO=12;DP=111;FAO=14;FDP=112;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0104344;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.314;QD=2.23486;RBI=0.0126453;REFB=-0.00391279;REVB=-0.00714325;RO=98;SAF=7;SAR=5;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112277;STB=0.634422;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0261182;OID=.;OPOS=73811809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:111:112:98:98:12:14:0.125:5:7:48:50:5:9:48:50 chrX 74494470 . T G 1340.08 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.215;QD=62.3294;RBI=0.0352654;REFB=0;REVB=0.0043427;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32306e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:39:46:0:0:40:46:0:0 chrX 74511202 . G C 2373.79 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413948;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9554;QD=61.259;RBI=0.0418064;REFB=0;REVB=-0.00585196;RO=0;SAF=66;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59131e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152536;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:155:0:0:155:155:1:89:66:0:0:89:66:0:0 chrX 75004529 . C A 2159.6 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0482;QD=63.0541;RBI=0.0130067;REFB=0;REVB=-0.0068947;RO=0;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.53555e-05;OID=.;OPOS=75004529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:73:64:0:0:73:64:0:0 chrX 75648898 . CT CTC,TC 97.62 PASS AF=0.172932,0.0075188;AO=16,8;DP=136;FAO=23,1;FDP=133;FR=.;FRO=109;FSAF=2,1;FSAR=21,0;FSRF=32;FSRR=77;FWDB=-0.199643,-0.17495;FXX=0.00746213;HRUN=0,4;LEN=1,2;MLLD=63.9569,69.1109;QD=2.936;RBI=0.203715,0.1788;REFB=-0.00421448,-0.00125855;REVB=-0.0405283,-0.036904;RO=109;SAF=2,4;SAR=14,4;SRF=27;SRR=82;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.24116,0.294334;STB=0.7843,0.994066;STBP=0.022,0.169;TYPE=ins,mnp;VARB=0.074774,0.133311;OID=.,.;OPOS=75648900,75648898;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:136:133:109:109:16,8:23,1:0.172932,0.0075188:14,4:2,4:27:82:21,0:2,1:32:77 chrX 77298857 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.548;QD=56.9383;RBI=0.0398214;REFB=0;REVB=0.036988;RO=0;SAF=38;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45554e-05;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:15:38:0:0:15:38:0:0 chrX 77528317 . G A 1030.03 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00693629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.626;QD=58.03;RBI=0.017069;REFB=0.0233477;REVB=-0.0155961;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.000101962;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:32:38:0:0:32:38:0:1 chrX 78011737 . T C 1247.24 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.698;QD=60.841;RBI=0.101589;REFB=0;REVB=0.0629041;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734911;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:37:43:0:0:39:43:0:0 chrX 79286299 . GTC GTCG,TCG 40.06 PASS AF=0.153846,0.025641;AO=13,5;DP=78;FAO=12,2;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=9,2;FSAR=3,0;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00730474,-0.00765089;FXX=0;HRUN=0,5;LEN=1,3;MLLD=50.8312,62.0133;QD=2.05434;RBI=0.0414652,0.022343;REFB=-0.0128605,-0.00870489;REVB=-0.0408167,-0.0209922;RO=59;SAF=11,5;SAR=2,0;SRF=28;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.48567,0.566331;STB=0.707971,0.994747;STBP=0.135,0.172;TYPE=ins,mnp;VARB=0.181438,0.0969803;OID=.,.;OPOS=79286302,79286299;OREF=-,GTC;OALT=G,TCG;OMAPALT=GTCG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:78:78:59:64:13,5:12,2:0.153846,0.025641:2,0:11,5:28:31:3,0:9,2:33:31 chrX 79698593 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6204;QD=54.5176;RBI=0.0253808;REFB=0;REVB=0.0101918;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309769;OID=.;OPOS=79698593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chrX 79931831 . CGTGTGTGTGTGTC CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG 1176.4 PASS AF=0.768293,0.231707;AO=49,27;DP=83;FAO=63,19;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38,3;FSAR=25,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0945602,0.070004;FXX=0.03529;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=160.434,90.3598;QD=57.3855;RBI=0.0946438,0.0750717;REFB=0,0;REVB=0.00397688,-0.0271145;RO=0;SAF=27,7;SAR=22,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.30731e-08,-4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0111243,0.0628731;OID=.,.;OPOS=79931832,79931840;OREF=GTGT,GTGTC;OALT=-,CTGTG;OMAPALT=CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.768293,0.231707:49,27:83:63,19:82:0:38,3:25,16:0:0:99:0:27,7:22,20:0:0 chrX 79943569 . T C 3040.17 PASS AF=0.989796;AO=189;DP=191;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0710207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5892;QD=62.0443;RBI=0.088157;REFB=0.0140747;REVB=0.0522276;RO=2;SAF=91;SAR=98;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000369712;STB=0.500158;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.000162937;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:191:196:2:2:189:194:0.989796:98:91:1:1:100:94:1:1 chrX 79989018 . C G 1100.88 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496291;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.046;QD=58.7138;RBI=0.0061791;REFB=0;REVB=-0.00368113;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254329;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:75:0:0:69:75:1:34:35:0:0:36:39:0:0 chrX 79999721 . GCCC GCC,GCCA 729.98 PASS AF=0.92,0.08;AO=34,11;DP=74;FAO=69,6;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=20,3;FSAR=49,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.434811,0.244851;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=14.2104,11.3732;QD=38.9325;RBI=0.507353,0.282738;REFB=-0.0328865,-0.0562187;REVB=0.261431,0.141382;RO=23;SAF=3,6;SAR=31,5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0.444157,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.509026,0.0266107;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0408696,-0.131647;OID=.,.;OPOS=79999722,79999724;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=GCC,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.92,0.08:34,11:74:69,6:75:0:20,3:49,3:0:0:15:23:3,6:31,5:12:11 chrX 80370462 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 52.0 PASS AF=0.344828,0.103448;AO=13,3;DP=29;FAO=10,3;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9,3;FSAR=1,0;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0820214,0.00451557;FXX=0.0333222;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.13051,20.3495;QD=7.17184;RBI=0.215766,0.0189345;REFB=-0.116339,-0.0777371;REVB=-0.199568,-0.0183882;RO=12;SAF=12,3;SAR=1,0;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0185124,0.531021;STB=0.539915,0.994036;STBP=0.863,0.385;TYPE=del,snp;VARB=0.0689196,-0.00687111;OID=.,.;OPOS=80370463,80370469;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828,0.103448:13,3:29:10,3:29:16:9,3:1,0:14:2:36:12:12,3:1,0:11:1 chrX 84362350 . AT AA,A 437.97 PASS AF=0,1;AO=2,32;DP=50;FAO=0,53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085847,0.0816021;FXX=0.0185151;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=7.29885,12.0203;QD=33.0544;RBI=0.154981,0.184083;REFB=-0.0519329,-0.0288129;REVB=0.129032,0.165008;RO=11;SAF=2,32;SAR=0,0;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.451439,0.856347;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.00716579,0.0150892;OID=.,.;OPOS=84362351,84362351;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:2,32:50:0,53:53:0:0,51:0,2:0:0:3:11:2,32:0,0:10:1 chrX 84534383 . A C 1371.18 PASS AF=0.98;AO=54;DP=113;FAO=98;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0624673;FXX=0.115034;HRUN=10;LEN=1;MLLD=99.5157;QD=54.8471;RBI=0.0780127;REFB=-0.12764;REVB=0.0467314;RO=1;SAF=6;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00972005;STB=0.507461;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.000735092;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:113:100:1:2:54:98:0.98:48:6:0:1:66:32:0:2 chrX 84563135 . T A 3426.54 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608696;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.295;QD=62.5852;RBI=0.0257392;REFB=0;REVB=0.0250091;RO=0;SAF=108;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001167;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:212:219:0:0:212:219:1:104:108:0:0:109:110:0:0 chrX 86921539 . A G 3118.15 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460175;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.206;QD=61.7455;RBI=0.0582788;REFB=0;REVB=0.0357603;RO=0;SAF=77;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.009e-05;OID=.;OPOS=86921539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:202:0:0:202:202:1:125:77:0:0:125:77:0:0 chrX 88008423 . A C 1456.44 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.109604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8543;QD=61.3237;RBI=0.122939;REFB=-0.0650322;REVB=0.0556863;RO=1;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998082;STB=0.505154;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00280511;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:95:1:1:93:94:0.989474:47:46:0:1:48:46:0:1 chrX 88009322 . A G 1814.41 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177168;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.186;QD=59.4889;RBI=0.0180074;REFB=-0.105557;REVB=-0.00322187;RO=1;SAF=56;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736466;STB=0.500549;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000138321;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:122:1:2:120:120:0.983607:64:56:0:1:64:56:1:1 chrX 90693458 . A T 2311.24 PASS AF=1;AO=113;DP=157;FAO=155;FDP=155;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=92;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0895054;FXX=0.012738;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0598;QD=59.645;RBI=0.110932;REFB=0;REVB=0.0655338;RO=0;SAF=66;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121079;OID=.;OPOS=90693458;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:155:0:0:113:155:1:47:66:0:0:63:92:0:0 chrX 91585410 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.717;QD=48.7373;RBI=0.019996;REFB=0;REVB=0.00100114;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67506e-05;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chrX 92927634 . G C 1023.3 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206385;FXX=0.0410903;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.314;QD=58.4743;RBI=0.0259694;REFB=-0.0547009;REVB=0.0157626;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145434;STB=0.50769;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000168339;OID=.;OPOS=92927634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:70:1:1:69:69:0.985714:37:32:1:0:37:32:1:0 chrX 92966181 . A T 75.14 PASS AF=0.0849315;AO=30;DP=357;FAO=31;FDP=365;FR=.;FRO=334;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=149;FSRR=185;FWDB=-0.0265333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.0866;QD=0.823497;RBI=0.0331394;REFB=-0.00189221;REVB=-0.0198545;RO=290;SAF=18;SAR=12;SRF=144;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1242;STB=0.62137;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00746761;OID=.;OPOS=92966181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:357:365:290:334:30:31:0.0849315:12:18:144:146:13:18:149:185 chrX 92966182 . G T 3955.8 PASS AF=0.855882;AO=275;DP=332;FAO=291;FDP=340;FR=.;FRO=49;FSAF=132;FSAR=159;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00686071;FXX=0.0116276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.553;QD=46.5389;RBI=0.0128272;REFB=0.00817918;REVB=-0.0108382;RO=39;SAF=127;SAR=148;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305137;STB=0.509589;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00376402;OID=.;OPOS=92966182;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:340:39:49:275:291:0.855882:148:127:13:26:159:132:19:30 chrX 92966183 . G T 174.73 PASS AF=0.142857;AO=38;DP=308;FAO=43;FDP=301;FR=.;FRO=258;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=113;FSRR=145;FWDB=0.00112799;FXX=0.0987994;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.615;QD=2.32195;RBI=0.00826508;REFB=-0.000619228;REVB=-0.00818775;RO=256;SAF=12;SAR=26;SRF=119;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195352;STB=0.601847;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0321616;OID=.;OPOS=92966183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:301:256:258:38:43:0.142857:26:12:119:137:29:14:113:145 chrX 92966191 . T A 32.81 PASS AF=0.0689655;AO=37;DP=308;FAO=22;FDP=319;FR=.;FRO=297;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=88;FSRR=209;FWDB=-0.063885;FXX=0.0031249;HRUN=8;LEN=1;MLLD=46.2604;QD=0.411431;RBI=0.0657796;REFB=-0.000896651;REVB=-0.0156736;RO=240;SAF=18;SAR=19;SRF=71;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252865;STB=0.724196;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.065393;OID=.;OPOS=92966191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:308:319:240:297:37:22:0.0689655:19:18:71:169:10:12:88:209 chrX 96139406 . G A 2278.98 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00061898;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.352;QD=63.7476;RBI=0.0403032;REFB=0;REVB=-0.0402985;RO=0;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70592e-05;OID=.;OPOS=96139406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:143:0:0:136:143:1:70:66:0:0:72:71:0:0 chrX 96139459 . T C 1858.89 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.618;QD=61.4509;RBI=0.0216626;REFB=0;REVB=-0.00263972;RO=0;SAF=54;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61123e-05;OID=.;OPOS=96139459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:67:54:0:0:67:54:0:0 chrX 99355146 . C T 831.3 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0459363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.609;QD=53.6323;RBI=0.0502882;REFB=-0.0394517;REVB=-0.0204636;RO=2;SAF=22;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409724;STB=0.520826;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000748913;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:62:2:2:59:60:0.967742:37:22:2:0:37:23:2:0 chrX 99548478 . C T 1181.38 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0364003;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.527;QD=59.8166;RBI=0.0392152;REFB=0.00140669;REVB=0.0145892;RO=1;SAF=50;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937386;STB=0.504949;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=7.56646e-05;OID=.;OPOS=99548478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:28:50:1:0:28:50:1:0 chrX 99663194 . G T 2531.48 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224935;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8683;QD=61.7434;RBI=0.0241106;REFB=0;REVB=0.00868138;RO=0;SAF=78;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.29459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40219e-05;OID=.;OPOS=99663194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:164:0:0:164:164:1:86:78:0:0:86:78:0:0 chrX 99849017 . G A 753.34 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0857249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.026;QD=61.4969;RBI=0.0867882;REFB=0.0150991;REVB=0.0135436;RO=1;SAF=11;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408476;STB=0.52173;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000308164;OID=.;OPOS=99849017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:37:11:1:0:37:11:1:0 chrX 99941705 . T C 902.59 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.958;QD=58.2317;RBI=0.113589;REFB=0;REVB=0.108887;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926904;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chrX 100243459 . G T 1806.61 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.016445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.692;QD=60.2203;RBI=0.0183297;REFB=0.099051;REVB=-0.00809564;RO=1;SAF=39;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120222;STB=0.506328;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.000328078;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:80:39:1:0:80:39:1:0 chrX 100245606 . A G 1039.68 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.123;QD=57.76;RBI=0.0486297;REFB=-0.0968582;REVB=0.037345;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110925;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:72:1:0:70:72:1:38:32:0:1:40:32:0:0 chrX 100547933 . A G 2848.99 PASS AF=0.994536;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0145311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0297;QD=62.273;RBI=0.0168555;REFB=0.01527;REVB=-0.00854129;RO=1;SAF=76;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447064;STB=0.502347;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000214127;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:183:1:1:182:182:0.994536:106:76:0:1:106:76:0:1 chrX 100743037 . C T 1217.02 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.581;QD=60.8509;RBI=0.0486566;REFB=0;REVB=0.0337454;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57817e-05;OID=.;OPOS=100743037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:32:47:0:0:33:47:0:0 chrX 100743546 . C T 2423.31 PASS AF=0.987654;AO=159;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0202569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.421;QD=59.8348;RBI=0.0255166;REFB=-0.00527636;REVB=0.0155163;RO=1;SAF=88;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665424;STB=0.500623;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=7.30373e-05;OID=.;OPOS=100743546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:162:162:1:2:159:160:0.987654:71:88:0:1:72:88:1:1 chrX 100743826 . A G 831.55 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0192719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.278;QD=53.6483;RBI=0.0348602;REFB=-0.0511563;REVB=0.0290487;RO=2;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304178;STB=0.51562;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0024374;OID=.;OPOS=100743826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:59:60:0.967742:30:29:0:2:31:29:0:2 chrX 100745825 . T C 516.7 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.309;QD=59.0512;RBI=0.0289665;REFB=0;REVB=0.0277864;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65672e-05;OID=.;OPOS=100745825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:17:16:0:0:18:17:0:0 chrX 100748078 . A G 432.84 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396175;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4883;QD=57.7116;RBI=0.0399098;REFB=0;REVB=-0.00482064;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300332;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chrX 100749127 . A G 249.26 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.427;QD=49.8525;RBI=0.0447634;REFB=0;REVB=0.0423902;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214348;OID=.;OPOS=100749127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:2:16:0:0:3:17:0:0 chrX 100749585 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.361;QD=48.7373;RBI=0.175357;REFB=0;REVB=0.0107096;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185906;OID=.;OPOS=100749585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chrX 100871148 . T C 289.29 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.282;QD=52.5987;RBI=0.0643081;REFB=0;REVB=0.0605819;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457978;OID=.;OPOS=100871148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chrX 100880076 . A G 67.11 PASS AF=0.11976;AO=23;DP=171;FAO=20;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=147;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=70;FSRR=77;FWDB=-0.134288;FXX=0.0290681;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.9861;QD=1.60733;RBI=0.135514;REFB=-0.0270436;REVB=0.0181828;RO=99;SAF=6;SAR=17;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240277;STB=0.760649;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.161301;OID=.;OPOS=100880076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:171:167:99:147:23:20:0.11976:17:6:43:56:16:4:70:77 chrX 100880857 . G A 1249.29 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0516005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9698;QD=60.207;RBI=0.051618;REFB=-0.00698506;REVB=0.00134324;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141336;STB=0.507461;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000656179;OID=.;OPOS=100880857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:49:33:1:0:49:33:1:0 chrX 100911066 . C T 805.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7388;QD=64.404;RBI=0.0521789;REFB=0;REVB=-0.0375323;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519413;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chrX 100946613 . T C 5791.21 PASS AF=1;AO=354;DP=355;FAO=369;FDP=369;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=226;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432291;FXX=0.00270263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.49;QD=62.7774;RBI=0.0433025;REFB=-0.0153255;REVB=-0.0025202;RO=1;SAF=128;SAR=226;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00210666;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00555e-05;OID=.;OPOS=100946613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:355:369:1:0:354:369:1:226:128:0:1:226:143:0:0 chrX 101138792 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.876;QD=61.6836;RBI=0.0809924;REFB=0;REVB=0.0808403;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294213;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chrX 101911337 . C T 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148104;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.974;QD=57.2417;RBI=0.0299828;REFB=0;REVB=0.0260695;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30134e-05;OID=.;OPOS=101911337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chrX 101970316 . A C 2201.05 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00798606;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3371;QD=63.3397;RBI=0.0185143;REFB=0;REVB=0.0167034;RO=0;SAF=58;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4069e-06;OID=.;OPOS=101970316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:138:139:1:80:58:0:0:80:59:0:0 chrX 102028206 . A AT,T 34.57 PASS AF=0.106061,0.0454545;AO=8,6;DP=75;FAO=7,3;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=3,0;FSAR=4,3;FSRF=42;FSRR=14;FWDB=-0.11303,-0.0300562;FXX=0.0294074;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=15.2734,27.7129;QD=2.09508;RBI=0.12534,0.0384896;REFB=-0.0390268,-0.0171941;REVB=-0.0541683,-0.0240433;RO=60;SAF=5,2;SAR=3,4;SRF=44;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.149135,-0.436285;STB=0.76864,0.998084;STBP=0.191,0.004;TYPE=ins,snp;VARB=0.150625,-0.159318;OID=.,.;OPOS=102028207,102028206;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:75:66:60:56:8,6:7,3:0.106061,0.0454545:3,4:5,2:44:16:4,3:3,0:42:14 chrX 102192263 . GC CG,G 65.13 PASS AF=0.0555556,0.144444;AO=8,17;DP=93;FAO=5,13;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=0,4;FSAR=5,9;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0570494,-0.137211;FXX=0.0425487;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=149.612,12.5763;QD=2.89452;RBI=0.109773,0.185765;REFB=-0.00184592,-0.0236323;REVB=-0.0937841,-0.125227;RO=63;SAF=0,11;SAR=8,6;SRF=38;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.680904,0.0584738;STB=0.998393,0.762345;STBP=0.004,0.047;TYPE=mnp,del;VARB=0.0238228,-0.0544017;OID=.,.;OPOS=102192263,102192264;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:93:90:63:72:8,17:5,13:0.0555556,0.144444:8,6:0,11:38:25:5,9:0,4:46:26 chrX 102529190 . C G 1645.74 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=117;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00440021;FXX=0.0169477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2559;QD=56.7496;RBI=0.0446928;REFB=0.111825;REVB=-0.0444757;RO=2;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182524;STB=0.501551;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00362461;OID=.;OPOS=102529190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:116:2:4:112:112:0.965517:51:61:0:2:51:61:2:2 chrX 102564583 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.067;QD=61.2133;RBI=0.00876014;REFB=0;REVB=0.00234483;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00513e-06;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:51:28:0:0:51:28:0:0 chrX 102930960 . A G 251.08 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476271;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.4436;QD=47.8256;RBI=0.224116;REFB=-0.0695414;REVB=0.218997;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00976535;OID=.;OPOS=102930960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:21:1:0:20:21:1:10:10:0:1:11:10:0:0 chrX 102979486 . T C 2035.0 PASS AF=1;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105296;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.626;QD=62.6154;RBI=0.0297814;REFB=0;REVB=0.0278579;RO=0;SAF=78;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28609e-05;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:130:0:0:130:130:1:52:78:0:0:52:78:0:0 chrX 103046526 . TG T 865.24 PASS AF=1;AO=77;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361879;FXX=0.0344788;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.0128;QD=41.2018;RBI=0.00689379;REFB=0;REVB=-0.0058676;RO=1;SAF=35;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000199066;OID=.;OPOS=103046527;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:87:84:84:0:39:45:0:0:16:1:35:42:1:0 chrX 103267865 . C T 2781.96 PASS AF=0.994413;AO=177;DP=184;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0499978;FXX=0.0271724;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7145;QD=62.1668;RBI=0.0676537;REFB=-0.0910178;REVB=0.0455768;RO=1;SAF=73;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045556;STB=0.502392;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00113707;OID=.;OPOS=103267865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:184:179:1:1:177:178:0.994413:104:73:0:1:104:74:0:1 chrX 103294760 . C T 1433.44 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0215962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.107;QD=55.1321;RBI=0.0219122;REFB=-0.0483036;REVB=-0.00370841;RO=0;SAF=69;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514082;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000680906;OID=.;OPOS=103294760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:104:0:4:100:100:0.961538:31:69:0:0:31:69:4:0 chrX 103495088 . G C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.282;QD=15.2589;RBI=0.0235665;REFB=-0.0018091;REVB=-0.0235665;RO=6;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202828;OID=.;OPOS=103495088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:7:0:0:6:7:0:0:6 chrX 103495090 . G C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.697;QD=15.2583;RBI=0.0409274;REFB=-0.00227585;REVB=0.0409274;RO=6;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00600683;OID=.;OPOS=103495090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:7:0:0:6:7:0:0:6 chrX 104464276 . CA C 300.48 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631825;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.7567;QD=42.9255;RBI=0.0634736;REFB=-0.0262798;REVB=-0.00607256;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299926;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00606008;OID=.;OPOS=104464277;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:29:28:28:0:16:12:0:0:5:1:15:12:1:0 chrX 104464281 . TC T 308.55 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.4287;QD=38.5687;RBI=0.184797;REFB=0;REVB=-0.115554;RO=3;SAF=16;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.30137;SSEP=0;SSSB=-0.0796088;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00269061;OID=.;OPOS=104464282;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:32:32:32:0:19:13:0:0:5:3:16:12:3:0 chrX 104992963 . T C 1439.72 PASS AF=1;AO=96;DP=102;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654007;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.964;QD=54.329;RBI=0.142854;REFB=-0.163784;REVB=0.142704;RO=2;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221551;OID=.;OPOS=104992963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:106:2:0:96:106:1:47:49:0:2:57:49:0:0 chrX 105153001 . A G 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6752;QD=61.2767;RBI=0.0680494;REFB=0;REVB=0.042389;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624614;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:1:0:84:85:1:50:34:0:1:51:34:0:0 chrX 105450603 . GA AG,G 3339.76 PASS AF=0.0342205,0.965779;AO=9,40;DP=237;FAO=9,254;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=0,127;FSAR=9,127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830822,0.95767;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=169.36,18.8737;QD=50.7948;RBI=0.0950252,1.07288;REFB=0.0523918,-0.00201634;REVB=-0.0461208,0.483684;RO=182;SAF=0,1;SAR=9,39;SRF=125;SRR=57;SSEN=0,0.213542;SSEP=0,0;SSSB=-0.578192,-0.777226;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0894774,0.0140847;OID=.,.;OPOS=105450603,105450604;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:237:263:182:0:9,40:9,254:0.0342205,0.965779:9,39:0,1:125:57:9,127:0,127:0:0 chrX 105452018 . CA C 52.85 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.095331;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.72421;QD=7.82947;RBI=0.0954417;REFB=-0.0149149;REVB=-0.00459564;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0269503;OID=.;OPOS=105452019;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:13:26:18:27:9:12:6:6:3:23:9:9:4:4:5 chrX 106200202 . G A 2949.82 PASS AF=1;AO=186;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000692824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.383;QD=62.7622;RBI=0.00698995;REFB=0;REVB=-0.00695553;RO=1;SAF=100;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473792;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120005;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:188:188:1:0:186:188:1:86:100:1:0:87:101:0:0 chrX 107417730 . G A,C 4302.88 PASS AF=0.935714,0.0642857;AO=255,19;DP=276;FAO=262,18;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=103,10;FSAR=159,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211626,0.0107857;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.419,105.698;QD=61.4697;RBI=0.0219253,0.0173718;REFB=0,0;REVB=0.00573247,-0.0136179;RO=0;SAF=100,11;SAR=155,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.47501e-08,-3.41338e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000584055,0.0785922;OID=.,.;OPOS=107417730,107417730;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:276:280:0:0:255,19:262,18:0.935714,0.0642857:155,8:100,11:0:0:159,8:103,10:0:0 chrX 107418906 . A G 2303.36 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00789751;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.715;QD=60.2185;RBI=0.0298784;REFB=-0.0773206;REVB=-0.0288158;RO=1;SAF=94;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503397;STB=0.502645;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000118579;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:152:152:0.993464:58:94:1:0:58:94:1:0 chrX 107976940 . G C 950.41 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.011295;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9246;QD=54.3092;RBI=0.0228059;REFB=-0.158203;REVB=0.0198123;RO=3;SAF=29;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464069;STB=0.524583;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00535259;OID=.;OPOS=107976940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:71:70:3:3:67:67:0.957143:38:29:3:0:38:29:3:0 chrX 107977454 . CACCC ACCCA,CACC 432.39 PASS AF=0.2,0.8;AO=2,11;DP=39;FAO=8,32;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8,4;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127865,0.304387;FXX=0.0476077;HRUN=2,4;LEN=5,1;MLLD=95.1122,14.2633;QD=43.2394;RBI=0.128544,0.544807;REFB=0,0;REVB=0.0131975,0.451844;RO=11;SAF=2,0;SAR=0,11;SRF=0;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.831607,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.132457,0.0297164;OID=.,.;OPOS=107977454,107977456;OREF=CACCC,C;OALT=ACCCA,-;OMAPALT=ACCCA,CACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:39:40:11:0:2,11:8,32:0.2,0.8:0,11:2,0:0:11:0,28:8,4:0:0 chrX 107979512 . C T 3120.46 PASS AF=0.976415;AO=206;DP=212;FAO=207;FDP=212;FR=.;FRO=5;FSAF=75;FSAR=132;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0512176;FXX=0.0139528;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.499;QD=58.8767;RBI=0.0700738;REFB=-0.185503;REVB=0.0478236;RO=4;SAF=75;SAR=131;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150466;STB=0.506045;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0014392;OID=.;OPOS=107979512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:212:212:4:5:206:207:0.976415:131:75:3:1:132:75:3:2 chrX 107979515 . C T 3366.25 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.272;QD=62.338;RBI=0.0149044;REFB=0;REVB=0.0123077;RO=0;SAF=82;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23142e-06;OID=.;OPOS=107979515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:216:216:1:134:82:0:0:134:82:0:0 chrX 108297375 . T C 8758.11 PASS AF=0.989437;AO=559;DP=569;FAO=562;FDP=568;FR=.;FRO=6;FSAF=171;FSAR=391;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.012435;FXX=0.00525385;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9907;QD=61.6768;RBI=0.0200098;REFB=0.00632416;REVB=-0.0156769;RO=6;SAF=170;SAR=389;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468286;STB=0.502437;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-9.55313e-05;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:569:568:6:6:559:562:0.989437:389:170:3:3:391:171:3:3 chrX 108297445 . A G 13651.9 PASS AF=1;AO=863;DP=874;FAO=868;FDP=868;FR=.;FRO=0;FSAF=341;FSAR=527;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352702;FXX=0.0125141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.416;QD=62.9121;RBI=0.0117782;REFB=0.00484418;REVB=-0.0112377;RO=9;SAF=341;SAR=522;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96427e-06;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:874:868:9:0:863:868:1:522:341:5:4:527:341:0:0 chrX 108297500 . G C 9188.02 PASS AF=0.97549;AO=594;DP=613;FAO=597;FDP=612;FR=.;FRO=15;FSAF=260;FSAR=337;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0261712;FXX=0.00325728;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.287;QD=60.0524;RBI=0.0265724;REFB=-0.0293298;REVB=0.00459984;RO=15;SAF=259;SAR=335;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464698;STB=0.502437;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.000490441;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:613:612:15:15:594:597:0.97549:335:259:8:7:337:260:8:7 chrX 108297573 . A G 1601.05 PASS AF=0.92623;AO=110;DP=122;FAO=113;FDP=122;FR=.;FRO=9;FSAF=30;FSAR=83;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0033788;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.339;QD=52.4933;RBI=0.029297;REFB=0.00524634;REVB=-0.0291015;RO=10;SAF=30;SAR=80;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629818;STB=0.52674;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.000780748;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:122:122:10:9:110:113:0.92623:80:30:6:4:83:30:5:4 chrX 108297602 . T C 1512.79 PASS AF=0.915254;AO=103;DP=114;FAO=108;FDP=118;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=91;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0139662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.2;QD=51.281;RBI=0.0143309;REFB=-0.00970067;REVB=-0.00321244;RO=10;SAF=15;SAR=88;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108927;STB=0.550898;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000743714;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:114:118:10:10:103:108:0.915254:88:15:5:5:91:17:5:5 chrX 108297641 . G A 1666.63 PASS AF=0.957983;AO=114;DP=119;FAO=114;FDP=119;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=95;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0367891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2379;QD=56.0212;RBI=0.0457134;REFB=-0.0580312;REVB=0.0271344;RO=5;SAF=19;SAR=95;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594294;STB=0.531395;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00309212;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:119:119:5:5:114:114:0.957983:95:19:3:2:95:19:3:2 chrX 108297699 . T C 1307.65 PASS AF=0.933333;AO=83;DP=92;FAO=98;FDP=105;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=74;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0220773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.884;QD=49.8153;RBI=0.0321396;REFB=-0.0708638;REVB=0.0233569;RO=7;SAF=20;SAR=63;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115513;STB=0.552228;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0063603;OID=.;OPOS=108297699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:92:105:7:7:83:98:0.933333:63:20:6:1:74:24:6:1 chrX 108297702 . A C,G 1231.54 PASS AF=0.0947368,0.831579;AO=14,74;DP=95;FAO=9,79;FDP=95;FR=.;FRO=7;FSAF=2,22;FSAR=7,57;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0122541,-0.0099128;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.475,144.661;QD=51.8542;RBI=0.0123033,0.0106101;REFB=-0.0277646,-0.0257639;REVB=0.00109993,0.00378281;RO=6;SAF=4,20;SAR=10,54;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.305646,-0.0960512;STB=0.77716,0.555696;STBP=0.033,0.002;TYPE=snp,snp;VARB=0.0127774,0.00268546;OID=.,.;OPOS=108297702,108297702;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:95:95:6:7:14,74:9,79:0.0947368,0.831579:10,54:4,20:5:1:7,57:2,22:6:1 chrX 108297713 . T C 707.18 PASS AF=0.9;AO=52;DP=58;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0185505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.86;QD=47.1456;RBI=0.023765;REFB=-0.0548422;REVB=0.0148544;RO=6;SAF=19;SAR=33;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951307;STB=0.548369;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00296764;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:58:60:6:6:52:54:0.9:33:19:5:1:34:20:5:1 chrX 108297794 . T C 658.33 PASS AF=0.886792;AO=35;DP=54;FAO=47;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0249854;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.743;QD=49.6853;RBI=0.0458753;REFB=-0.03336;REVB=0.0384743;RO=3;SAF=26;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509855;STB=0.525413;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00670056;OID=.;OPOS=108297794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:54:53:3:3:35:47:0.886792:9:26:3:0:19:28:3:0 chrX 108297832 . A G 583.74 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0443107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.438;QD=54.3017;RBI=0.0467954;REFB=-0.0987691;REVB=-0.0150454;RO=3;SAF=27;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00123929;STB=0.500662;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00297401;OID=.;OPOS=108297832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:3:3:40:40:0.930233:13:27:2:1:13:27:2:1 chrX 108708516 . C T 1523.04 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.047;QD=58.5786;RBI=0.0177375;REFB=-0.0513284;REVB=0.00292986;RO=1;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784321;STB=0.504131;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=9.03243e-05;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:60:43:0:1:60:43:0:1 chrX 108786115 . G GT 45.05 PASS AF=0.129032;AO=18;DP=96;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=55;FWDB=-0.0956473;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=39.9002;QD=1.93768;RBI=0.0967299;REFB=-0.00400998;REVB=-0.0144316;RO=76;SAF=7;SAR=11;SRF=26;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635094;STB=0.717632;STBP=0.146;TYPE=ins;VARB=0.0626064;OID=.;OPOS=108786116;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.129032:18:96:12:93:81:7:5:26:55:45:76:7:11:26:50 chrX 109561078 . CTG CT,TGG 38.61 PASS AF=0.390244,0;AO=8,3;DP=43;FAO=16,0;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6,0;FSAR=10,0;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.032366,-0.0549004;FXX=0.0465008;HRUN=7,3;LEN=1,2;MLLD=7.52505,18.5413;QD=3.76703;RBI=0.147629,0.0664693;REFB=-0.0873681,0.0752748;REVB=0.144037,-0.0374714;RO=16;SAF=7,0;SAR=1,3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.435579,-0.63787;STB=0.589948,0.5;STBP=0.395,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.155178,0;OID=.,.;OPOS=109561080,109561078;OREF=G,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=CT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:43:41:16:25:8,3:16,0:0.390244,0:1,3:7,0:9:7:10,0:6,0:13:12 chrX 110543862 . G GT,T 58.39 PASS AF=0.391304,0;AO=3,3;DP=24;FAO=9,0;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0212648,-0.0543267;FXX=0.0416493;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.8057,41.7761;QD=10.1545;RBI=0.156001,0.0778694;REFB=-0.0354026,-0.030217;REVB=-0.154545,-0.0557875;RO=16;SAF=0,0;SAR=3,3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.661837,-0.661837;STB=0.859339,0.5;STBP=0.02,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0343939,0;OID=.,.;OPOS=110543863,110543862;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:24:23:16:14:3,3:9,0:0.391304,0:3,3:0,0:10:6:8,0:1,0:9:5 chrX 112099286 . G A 2403.19 PASS AF=0.96988;AO=160;DP=165;FAO=161;FDP=166;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=94;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0359337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.869;QD=57.9082;RBI=0.035934;REFB=-0.0505739;REVB=-0.000155211;RO=4;SAF=66;SAR=94;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00418333;STB=0.505686;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0030162;OID=.;OPOS=112099286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:165:166:4:5:160:161:0.96988:94:66:2:2:94:67:3:2 chrX 114347298 . CTTTTTTC CCTTTTTC,CTTTTTC,CTTTTTCT 78.58 PASS AF=0,0.5,0.05;AO=2,17,2;DP=40;FAO=0,20,2;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=0,6,2;FSAR=0,14,0;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0736389,0.0801047,-0.101077;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=24.0565,8.05662,24.2106;QD=7.85793;RBI=0.138568,0.104906,0.113039;REFB=-0.0643454,-0.0967316,-0.0627106;REVB=0.117381,0.0677381,0.0506093;RO=16;SAF=0,5,2;SAR=2,12,0;SRF=4;SRR=12;SSEN=0,0.392857,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.450392,0.0465313,0.656611;STB=0.5,0.512646,0.996512;STBP=1,0.89,0.045;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.123142,0.113839;OID=.,.,.;OPOS=114347299,114347299,114347304;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=CCTTTTTC,CTTTTTC,CTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5,0.05:2,17,2:40:0,20,2:40:18:0,6,2:0,14,0:5:13:65:16:0,5,2:2,12,0:4:12 chrX 114425196 . G A 100.75 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0178692;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.4;QD=7.46284;RBI=0.0187991;REFB=-0.0267433;REVB=-0.00583962;RO=40;SAF=13;SAR=1;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568804;STB=0.866015;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0649311;OID=.;OPOS=114425196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:1:13:23:17:1:13:23:17 chrX 114425210 . G A 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00598604;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.678;QD=3.22785;RBI=0.00901384;REFB=-0.0115647;REVB=-0.00673919;RO=48;SAF=7;SAR=1;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415074;STB=0.806806;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0756909;OID=.;OPOS=114425210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:1:7:28:20:1:7:28:20 chrX 114425400 . G A 453.74 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0567485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.073;QD=54.9991;RBI=0.0571887;REFB=-0.190714;REVB=0.00708232;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217181;STB=0.511621;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00444452;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:11:21:1:0:11:21:1:0 chrX 114426170 . C CT 142.72 PASS AF=0.941176;AO=2;DP=19;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0680887;FXX=0.105208;HRUN=0;LEN=1;MLLD=123.461;QD=33.5808;RBI=0.0768629;REFB=0.0220074;REVB=0.0356627;RO=16;SAF=0;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510523;STB=0.538413;STBP=0.294;TYPE=ins;VARB=-0.0011708;OID=.;OPOS=114426171;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:2:19:16:17:1:6:10:1:0:7:16:0:2:7:9 chrX 114426171 . C T 173.32 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0647433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.002;QD=36.4876;RBI=0.107721;REFB=-0.100798;REVB=0.0860932;RO=3;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304901;STB=0.516758;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00452717;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:9:7:1:2:9:7:1:2 chrX 114426917 . C T 1325.07 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0553639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.269;QD=60.9227;RBI=0.0592842;REFB=-0.0795783;REVB=0.0212003;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507691;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000260221;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:0:1:86:86:0.988506:32:54:0:0:32:54:0:1 chrX 115304830 . A G 1530.08 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.197;QD=63.7534;RBI=0.0187531;REFB=0;REVB=0.000732995;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94517e-05;OID=.;OPOS=115304830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:51:44:0:0:51:45:0:0 chrX 115305126 . A C 795.81 PASS AF=1;AO=38;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724193;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.045;QD=63.6651;RBI=0.0724519;REFB=0;REVB=0.00217389;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105849;OID=.;OPOS=115305126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:38:50:1:27:11:0:0:33:17:0:0 chrX 117333938 . C T 1607.37 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.328;QD=64.2946;RBI=0.0163631;REFB=0;REVB=0.0102964;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21148e-06;OID=.;OPOS=117333938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chrX 117521338 . G A 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0656;QD=58.9621;RBI=0.0418765;REFB=0;REVB=-0.0274368;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234523;OID=.;OPOS=117521338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chrX 117528056 . G A 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5499;QD=61.8521;RBI=0.0985705;REFB=0;REVB=-0.0978227;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432233;OID=.;OPOS=117528056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chrX 117528142 . C T 1190.4 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.318;QD=61.0459;RBI=0.0153909;REFB=0;REVB=0.00191441;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31988e-05;OID=.;OPOS=117528142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chrX 117566782 . C T 1320.65 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.259;QD=62.148;RBI=0.0159708;REFB=0;REVB=-0.00461171;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77892e-05;OID=.;OPOS=117566782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chrX 117700141 . A G 679.89 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4244;QD=57.8628;RBI=0.190997;REFB=-0.133261;REVB=0.0500982;RO=3;SAF=13;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967857;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156487;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:47:3:0:44:47:1:31:13:3:0:31:16:0:0 chrX 118108785 . T C 3166.11 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.051;QD=61.7778;RBI=0.0324155;REFB=0;REVB=0.0176949;RO=0;SAF=112;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10885e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80528e-05;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:205:0:0:204:205:1:92:112:0:0:92:113:0:0 chrX 118148229 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.023;QD=62.0082;RBI=0.0103928;REFB=0;REVB=0.00806648;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05635e-05;OID=.;OPOS=118148229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chrX 118281538 . C A 1207.63 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00634722;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2661;QD=59.6361;RBI=0.0411007;REFB=-0.0539479;REVB=0.0406076;RO=1;SAF=36;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129698;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00089483;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:44:36:1:0:44:36:1:0 chrX 118603650 . T C 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0473303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.206;QD=3.93936;RBI=0.0522499;REFB=-0.00626987;REVB=-0.0221337;RO=35;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309237;STB=0.713674;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0181508;OID=.;OPOS=118603650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:2:5:16:19:2:5:16:19 chrX 118603668 . A G 67.59 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0166032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2737;QD=5.4074;RBI=0.0207826;REFB=-0.00733496;REVB=-0.0125;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15302;STB=0.5998;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0258015;OID=.;OPOS=118603668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:4:6:19:21:4:6:19:21 chrX 118603706 . A AG 39.0 PASS AF=0.2;AO=14;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0460421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.1813;QD=2.40012;RBI=0.215845;REFB=-0.0176769;REVB=-0.210877;RO=51;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213867;STB=0.685427;STBP=0.171;TYPE=ins;VARB=0.0396049;OID=.;OPOS=118603707;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:14:65:13:65:52:9:4:24:28:39:51:9:5:24:27 chrX 118603713 . T C 78.66 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0227282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8144;QD=4.91603;RBI=0.0554839;REFB=0.0131272;REVB=0.0506151;RO=51;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27752;STB=0.678554;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0477292;OID=.;OPOS=118603713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:4:9:24:27:4:9:24:27 chrX 118603729 . G A 77.18 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0200719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.881;QD=4.67763;RBI=0.0200887;REFB=-0.0014314;REVB=0.000820743;RO=53;SAF=9;SAR=4;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276652;STB=0.678967;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00762534;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:53:53:13:13:0.19697:4:9:25:28:4:9:25:28 chrX 118603742 . A C 75.85 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0238664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.241;QD=4.46167;RBI=0.0299802;REFB=-0.00370389;REVB=-0.0181441;RO=55;SAF=9;SAR=4;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275756;STB=0.679355;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.040029;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:4:9:26:29:4:9:26:29 chrX 118603747 . A T 72.89 PASS AF=0.19403;AO=10;DP=64;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0205438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.62;QD=4.35147;RBI=0.0226795;REFB=-0.00123859;REVB=0.00960801;RO=54;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167918;STB=0.685625;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0111524;OID=.;OPOS=118603747;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:64:67:54:54:10:13:0.19403:4:6:25:29:4:9:25:29 chrX 118603773 . T C 68.05 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0392362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.808;QD=3.24065;RBI=0.045019;REFB=-0.00681893;REVB=-0.0220733;RO=71;SAF=9;SAR=4;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360615;STB=0.740457;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0669746;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:71:71:13:13:0.154762:4:9:28:43:4:9:28:43 chrX 118678364 . G A 1358.29 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.841;QD=62.4502;RBI=0.0150406;REFB=0;REVB=-0.00259112;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40045e-06;OID=.;OPOS=118678364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:87:0:0:83:87:1:52:31:0:0:54:33:0:0 chrX 118699320 . A G 2890.44 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.295;QD=62.4961;RBI=0.0165275;REFB=0;REVB=0.0136568;RO=0;SAF=103;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115808;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:185:0:0:180:185:1:77:103:0:0:81:104:0:0 chrX 118829479 . G A 7382.61 PASS AF=1;AO=468;DP=473;FAO=470;FDP=470;FR=.;FRO=0;FSAF=217;FSAR=253;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152532;FXX=0.0105261;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.339;QD=62.8307;RBI=0.0204158;REFB=-0.0762665;REVB=0.0135699;RO=1;SAF=217;SAR=251;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36924e-05;OID=.;OPOS=118829479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:473:470:1:0:468:470:1:251:217:0:1:253:217:0:0 chrX 119005705 . C G 772.69 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0458953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.174;QD=61.8154;RBI=0.0463522;REFB=-0.127251;REVB=0.00649231;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000577275;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:24:25:0:1:24:25:0:1 chrX 119387833 . C CTGA 413.97 PASS AF=0.8;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00342377;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=3;MLLD=270.629;QD=41.3965;RBI=0.0317892;REFB=-0.0735216;REVB=0.0316043;RO=25;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752358;STB=0.562461;STBP=0.142;TYPE=ins;VARB=0.00861174;OID=.;OPOS=119387834;OREF=-;OALT=TGA;OMAPALT=CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:31:57:32:40:8:14:18:6:2:47:25:14:17:9:16 chrX 119389966 . C T 381.24 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696872;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.67;QD=54.463;RBI=0.070601;REFB=0;REVB=0.0113224;RO=1;SAF=6;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302914;OID=.;OPOS=119389966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:1:0:27:28:1:21:6:1:0:21:7:0:0 chrX 119390465 . A G 499.86 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.995;QD=58.8067;RBI=0.0493677;REFB=0;REVB=0.00426653;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310598;OID=.;OPOS=119390465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:28:34:1:7:21:0:0:8:26:0:0 chrX 119391880 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.748;QD=51.9158;RBI=0.0482301;REFB=0;REVB=0.0045037;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000923618;OID=.;OPOS=119391880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chrX 119590533 . T A 7241.91 PASS AF=1;AO=456;DP=457;FAO=461;FDP=461;FR=.;FRO=0;FSAF=243;FSAR=218;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684673;FXX=0.00216446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5453;QD=62.8366;RBI=0.0469341;REFB=-0.0865329;REVB=0.046432;RO=1;SAF=242;SAR=214;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222558;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279044;OID=.;OPOS=119590533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:457:461:1:0:456:461:1:214:242:0:1:218:243:0:0 chrX 120008979 . T C 1507.25 PASS AF=1;AO=76;DP=98;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356964;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.219;QD=63.463;RBI=0.0701098;REFB=0;REVB=0.060342;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12007e-05;OID=.;OPOS=120008979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:95:0:0:76:95:1:27:49:0:0:32:63:0:0 chrX 120008980 . G C 75.25 PASS AF=0.188119;AO=18;DP=98;FAO=19;FDP=101;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=28;FWDB=-0.0491385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.9954;QD=2.98012;RBI=0.0498287;REFB=-0.0306199;REVB=0.00826518;RO=80;SAF=15;SAR=3;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296892;STB=0.523671;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.111878;OID=.;OPOS=120008980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:98:101:80:82:18:19:0.188119:3:15:52:28:6:13:54:28 chrX 122318386 . A AG 4550.91 PASS AF=1;AO=283;DP=290;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331023;FXX=0.0103445;HRUN=0;LEN=1;MLLD=267.993;QD=63.4273;RBI=0.0355874;REFB=0;REVB=0.0130654;RO=2;SAF=163;SAR=120;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00581478;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.69271e-06;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:283:290:287:287:0:167:120:0:0:25:2:163:120:2:0 chrX 122336600 . T TG 1288.36 PASS AF=1;AO=114;DP=131;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535382;FXX=0.0159987;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.1333;QD=41.8978;RBI=0.0690977;REFB=0;REVB=0.0436824;RO=17;SAF=47;SAR=67;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731734;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000143387;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:131:123:123:0:52:71:0:0:25:17:47:67:12:5 chrX 122537277 . T C 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.95;QD=61.5349;RBI=0.0253462;REFB=0;REVB=0.00938889;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.2205e-05;OID=.;OPOS=122537277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chrX 123041043 . A G 754.25 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.075;QD=56.9243;RBI=0.0370893;REFB=0;REVB=0.0364029;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15087e-05;OID=.;OPOS=123041043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:34:18:0:0:35:18:0:0 chrX 123042424 . G A 1816.58 PASS AF=0.983607;AO=119;DP=123;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0148497;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.515;QD=59.5601;RBI=0.0163303;REFB=0.0116423;REVB=0.00679439;RO=2;SAF=74;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00406212;STB=0.50202;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00014726;OID=.;OPOS=123042424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:122:2:2:119:120:0.983607:45:74:1:1:46:74:1:1 chrX 123042606 . T A 39.81 PASS AF=0.0840708;AO=39;DP=222;FAO=19;FDP=226;FR=.;FRO=207;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=96;FSRR=111;FWDB=-0.039909;FXX=0.00440509;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.8132;QD=0.704549;RBI=0.0439618;REFB=-0.00195951;REVB=-0.0184368;RO=160;SAF=32;SAR=7;SRF=71;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492532;STB=0.844085;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0444046;OID=.;OPOS=123042606;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:222:226:160:207:39:19:0.0840708:7:32:71:89:3:16:96:111 chrX 123042707 . T C 4326.5 PASS AF=1;AO=270;DP=271;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.255;QD=62.9309;RBI=0.0386949;REFB=0;REVB=0.00420461;RO=0;SAF=133;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29973e-05;OID=.;OPOS=123042707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:271:275:0:0:270:275:1:137:133:0:0:139:136:0:0 chrX 123043324 . TGTATA T,TGTCTA 1841.06 PASS AF=0.872,0.12;AO=108,15;DP=130;FAO=109,15;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=46,10;FSAR=63,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118687,0.0958626;FXX=0.0310053;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=262.022,32.6148;QD=58.9138;RBI=0.0345125,0.0960474;REFB=-0.107631,-0.164104;REVB=0.0324075,-0.0059561;RO=2;SAF=46,10;SAR=62,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00261224,0.0394328;STB=0.503936,0.545392;STBP=0.487,0.287;TYPE=del,snp;VARB=0.00310178,-0.0146058;OID=.,.;OPOS=123043325,123043327;OREF=GTATA,A;OALT=-,C;OMAPALT=T,TGTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.872,0.12:108,15:130:109,15:125:1:46,10:63,5:0:1:63:2:46,10:62,5:1:1 chrX 123514006 . G A 1992.92 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322122;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.528;QD=62.2787;RBI=0.0329813;REFB=0;REVB=-0.00708099;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1795e-05;OID=.;OPOS=123514006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:61:67:0:0:61:67:0:0 chrX 123526031 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.146;QD=60.2043;RBI=0.0333183;REFB=0;REVB=0.0290468;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108687;OID=.;OPOS=123526031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chrX 125686536 . T C 1137.61 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238499;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.79;QD=60.6725;RBI=0.0266373;REFB=0;REVB=0.0118629;RO=0;SAF=22;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111135;OID=.;OPOS=125686536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:52:22:0:0:52:23:0:0 chrX 125955428 . G A 5148.74 PASS AF=1;AO=326;DP=326;FAO=326;FDP=326;FR=.;FRO=0;FSAF=206;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.037;QD=63.1748;RBI=0.0249794;REFB=0;REVB=-0.0242619;RO=0;SAF=206;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7073e-06;OID=.;OPOS=125955428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:326:326:0:0:326:326:1:120:206:0:0:120:206:0:0 chrX 128780176 . A AAGC 406.4 PASS AF=0.815789;AO=24;DP=50;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0524732;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=3;MLLD=234.197;QD=42.7787;RBI=0.10522;REFB=-0.10017;REVB=0.0912019;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149289;STB=0.595384;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.0114769;OID=.;OPOS=128780177;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.815789:24:50:31:38:7:11:20:6:1:43:20:10:14:12:8 chrX 128781864 . C A 734.15 PASS AF=0.896552;AO=53;DP=58;FAO=52;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00750703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.236;QD=50.6309;RBI=0.0104408;REFB=-0.0135167;REVB=-0.00725642;RO=2;SAF=22;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409165;STB=0.513547;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.0011546;OID=.;OPOS=128781864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:58:58:2:3:53:52:0.896552:31:22:2:0:30:22:2:1 chrX 128880614 . T C 2297.07 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250445;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.448;QD=63.8076;RBI=0.0259988;REFB=0;REVB=0.00697902;RO=0;SAF=62;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.2896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04528e-05;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:144:144:1:82:62:0:0:82:62:0:0 chrX 129058882 . T C 935.28 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.7;QD=58.4551;RBI=0.0615654;REFB=0;REVB=0.0325078;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84913e-05;OID=.;OPOS=129058882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:36:25:0:0:38:26:0:0 chrX 129147079 . T C 972.68 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8737;QD=58.9502;RBI=0.0624357;REFB=0;REVB=0.0622019;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613621;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chrX 129338766 . G A 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5172;QD=61.2122;RBI=0.0321611;REFB=0;REVB=-0.0267377;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43914e-05;OID=.;OPOS=129338766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chrX 129349295 . T G 1216.58 PASS AF=0.942529;AO=82;DP=90;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00448329;FXX=0.0333296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.134;QD=55.9347;RBI=0.0160939;REFB=-0.0217216;REVB=0.0154568;RO=4;SAF=34;SAR=48;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302119;STB=0.522631;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00176678;OID=.;OPOS=129349295;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:90:87:4:5:82:82:0.942529:48:34:3:1:48:34:4:1 chrX 129546351 . GA AG,G 56.71 PASS AF=0,0.777778;AO=2,4;DP=19;FAO=0,14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=0,8;FSAR=0,6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.113713,0.262893;FXX=0.0526039;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=6.02317,7.05266;QD=12.6028;RBI=0.158384,0.292335;REFB=-0.11676,-0.0707731;REVB=-0.110248,-0.127855;RO=3;SAF=1,2;SAR=1,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.473628,0.357477;STB=0.5,0.571326;STBP=1,0.307;TYPE=mnp,del;VARB=0.0207972,0.0696319;OID=.,.;OPOS=129546351,129546352;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:11:19:18:3:4:2,4:0,14:0,0.777778:1,2:1,2:0:3:0,6:0,8:1:3 chrX 130223137 . G A 1560.15 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110632;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.521;QD=60.0057;RBI=0.0110901;REFB=0;REVB=0.000772741;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47086e-05;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:103:104:1:46:57:0:0:47:57:0:0 chrX 130408745 . G A 2503.02 PASS AF=0.976608;AO=166;DP=170;FAO=167;FDP=171;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=99;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0507367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.563;QD=58.5501;RBI=0.087035;REFB=-0.0526375;REVB=-0.0707169;RO=4;SAF=67;SAR=99;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275601;STB=0.514284;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0076367;OID=.;OPOS=130408745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:170:171:4:4:166:167:0.976608:99:67:4:0:99:68:4:0 chrX 130416958 . C T 1983.51 PASS AF=0.956522;AO=127;DP=133;FAO=132;FDP=138;FR=.;FRO=6;FSAF=91;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0585036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6436;QD=57.4929;RBI=0.0592483;REFB=-0.00613361;REVB=0.00936402;RO=6;SAF=86;SAR=41;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646211;STB=0.534086;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000262425;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:133:138:6:6:127:132:0.956522:41:86:0:6:41:91:0:6 chrX 130420006 . T C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.174;QD=63.6149;RBI=0.00638819;REFB=0;REVB=0.000419187;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61631e-06;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chrX 130420415 . T C 905.92 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0757053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9945;QD=56.6197;RBI=0.0773256;REFB=0.0340284;REVB=0.0157468;RO=1;SAF=41;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113801;STB=0.506022;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00196477;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:22:41:1:0:22:41:1:0 chrX 130678467 . A G 3219.43 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.822;QD=61.9121;RBI=0.0593382;REFB=0;REVB=0.0127139;RO=0;SAF=100;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55844e-05;OID=.;OPOS=130678467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:108:100:0:0:108:100:0:0 chrX 130678844 . A C 777.49 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.501;QD=62.1993;RBI=0.0375856;REFB=-0.0444693;REVB=0.0322562;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236199;OID=.;OPOS=130678844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:50:0:0:48:50:1:23:25:0:0:24:26:0:0 chrX 131189505 . C T 2162.68 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.038107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2485;QD=62.2355;RBI=0.0492206;REFB=-0.153395;REVB=-0.0311532;RO=1;SAF=51;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923039;STB=0.504854;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000865051;OID=.;OPOS=131189505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:87:51:1:0:87:51:1:0 chrX 131212512 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.511;QD=46.8475;RBI=0.0381197;REFB=0;REVB=0.0283063;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402774;OID=.;OPOS=131212512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chrX 131212642 . C T 971.62 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.448;QD=58.0073;RBI=0.0324197;REFB=0;REVB=0.0212181;RO=1;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287155;OID=.;OPOS=131212642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:40:26:0:1:41:26:0:0 chrX 131518737 . C T 2320.95 PASS AF=0.981013;AO=153;DP=156;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.089404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.608;QD=58.7583;RBI=0.0939059;REFB=-0.0404301;REVB=0.0287272;RO=3;SAF=64;SAR=89;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00931668;STB=0.50496;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.000378428;OID=.;OPOS=131518737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:158:3:3:153:155:0.981013:89:64:2:1:91:64:2:1 chrX 133379551 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.181;QD=61.6953;RBI=0.0110751;REFB=0;REVB=-0.00188326;RO=0;SAF=25;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.54587e-06;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:57:25:0:0:57:25:0:0 chrX 133380034 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC 1159.72 PASS AF=0.125,0.7625,0.1125;AO=11,46,9;DP=79;FAO=10,61,9;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=6,34,2;FSAR=4,27,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953674,0.0700324,0.065255;FXX=0.0361402;HRUN=1,1,1;LEN=4,2,2;MLLD=87.4173,110.562,122.883;QD=57.9862;RBI=0.0547064,0.132822,0.0977988;REFB=0,0,0;REVB=-0.0538687,0.112859,-0.072845;RO=0;SAF=5,29,2;SAR=6,17,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0492913,0.0242137,0.0860251;OID=.,.,.;OPOS=133380035,133380035,133380063;OREF=GTGT,GT,GT;OALT=-,-,AC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.7625,0.1125:11,46,9:79:10,61,9:80:0:6,34,2:4,27,7:0:0:45:0:5,29,2:6,17,7:0:0 chrX 133927657 . AAT A,AAA 111.54 PASS AF=0.322034,0;AO=11,4;DP=68;FAO=19,0;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=15,0;FSAR=4,0;FSRF=35;FSRR=5;FWDB=0.140892,0.022493;FXX=0.0166639;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.3429,17.1661;QD=7.56197;RBI=0.243174,0.0332128;REFB=-0.0659579,-0.0170928;REVB=0.1982,0.0244369;RO=43;SAF=11,0;SAR=0,4;SRF=36;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.660081,-0.744537;STB=0.596926,0.5;STBP=0.489,1;TYPE=del,snp;VARB=0.132651,0;OID=.,.;OPOS=133927658,133927659;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322034,0:11,4:68:19,0:59:40:15,0:4,0:35:5:99:43:11,0:0,4:36:7 chrX 134125475 . C G 1557.3 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.155;QD=58.7659;RBI=0.0497318;REFB=-0.131912;REVB=0.0285982;RO=1;SAF=39;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120121;STB=0.506328;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000332949;OID=.;OPOS=134125475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:66:39:1:0:66:39:1:0 chrX 134155904 . G T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.655;QD=62.3486;RBI=0.0434927;REFB=0;REVB=-0.0069153;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143792;OID=.;OPOS=134155904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chrX 134156121 . G C 615.05 PASS AF=0.892857;AO=46;DP=56;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00681391;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3018;QD=43.9318;RBI=0.0726141;REFB=-0.0465344;REVB=-0.0722937;RO=6;SAF=8;SAR=38;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253135;STB=0.599957;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0530899;OID=.;OPOS=134156121;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:56:56:6:6:46:50:0.892857:38:8:6:0:38:12:6:0 chrX 134167286 . C T 1134.29 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0113866;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=339.427;QD=54.6648;RBI=0.0204064;REFB=-0.125371;REVB=0.0169341;RO=5;SAF=50;SAR=28;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197775;STB=0.510463;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000315691;OID=.;OPOS=134167286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:83:83:5:5:78:78:0.939759:28:50:4:1:28:50:4:1 chrX 134185997 . T A 3902.75 PASS AF=1;AO=251;DP=253;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169639;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.073;QD=62.1952;RBI=0.0455683;REFB=0;REVB=0.042293;RO=0;SAF=129;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12058e-05;OID=.;OPOS=134185997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:253:251:0:0:251:251:1:122:129:0:0:122:129:0:0 chrX 134483151 . C T 1715.4 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.867;QD=59.666;RBI=0.0214536;REFB=0.0628253;REVB=0.0151442;RO=1;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759775;STB=0.503999;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-5.58159e-05;OID=.;OPOS=134483151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:62:52:0:1:62:52:0:1 chrX 134807790 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.108;QD=35.5756;RBI=0.0547622;REFB=0;REVB=0.0513341;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286253;OID=.;OPOS=134807790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chrX 134807815 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.25;QD=37.4885;RBI=0.0526322;REFB=0;REVB=0.0518119;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357227;OID=.;OPOS=134807815;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chrX 134948034 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.889;QD=63.2863;RBI=0.0417741;REFB=0;REVB=-0.0389442;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143468;OID=.;OPOS=134948034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chrX 135307045 . T TA 312.48 PASS AF=1;AO=5;DP=48;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0862176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.2631;QD=27.776;RBI=0.213922;REFB=0;REVB=-0.195778;RO=40;SAF=3;SAR=2;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309748;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.010454;OID=.;OPOS=135307046;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:48:45:45:0:19:26:0:0:6:40:3:2:13:27 chrX 135307049 . G A 597.69 PASS AF=0.911111;AO=39;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00634266;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7187;QD=53.1283;RBI=0.0370079;REFB=0.0209259;REVB=-0.0364603;RO=5;SAF=14;SAR=25;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545695;STB=0.536065;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0447484;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:45:5:4:39:41:0.911111:25:14:3:2:26:15:3:1 chrX 135310785 . T C 3053.21 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.835;QD=63.6086;RBI=0.055242;REFB=0;REVB=0.0339329;RO=0;SAF=114;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73739e-06;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:192:192:1:78:114:0:0:78:114:0:0 chrX 135313034 . T G 1396.21 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.924;QD=62.751;RBI=0.0127283;REFB=0;REVB=0.00647233;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0455e-06;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chrX 135474420 . C A 1461.98 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0259559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.308;QD=56.2298;RBI=0.0350178;REFB=-0.0581822;REVB=0.0235061;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503828;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00138406;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:0:3:101:101:0.971154:47:54:0:0:47:54:2:1 chrX 135474444 . AGAT A 1491.28 PASS AF=1;AO=99;DP=106;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923281;FXX=0.0747594;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.457;QD=60.2538;RBI=0.0105577;REFB=0;REVB=0.00512066;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-9.22709e-06;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:99:106:99:99:0:49:50:0:0:8:0:49:50:0:0 chrX 135480126 . T C 737.34 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018649;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.7195;QD=62.7525;RBI=0.0391373;REFB=0;REVB=-0.0344085;RO=1;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159381;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216012;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:29:17:0:1:30:17:0:0 chrX 135496398 . G A 1955.85 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168718;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.049;QD=62.0904;RBI=0.0345842;REFB=0;REVB=-0.0301896;RO=0;SAF=52;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64909e-05;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:74:52:0:0:74:52:0:0 chrX 135956342 . C G 225.55 PASS AF=0.29;AO=29;DP=100;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.00103754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.639;QD=9.02183;RBI=0.00307381;REFB=-0.00767433;REVB=0.00289341;RO=71;SAF=13;SAR=16;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705642;STB=0.541782;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0179451;OID=.;OPOS=135956342;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:71:71:29:29:0.29:16:13:36:35:16:13:36:35 chrX 135956370 . G A 176.07 PASS AF=0.227642;AO=28;DP=123;FAO=28;FDP=123;FR=.;FRO=95;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.00822116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.489;QD=5.72599;RBI=0.0557823;REFB=-0.00564592;REVB=0.0551732;RO=92;SAF=12;SAR=16;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143432;STB=0.575352;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0162713;OID=.;OPOS=135956370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:92:95:28:28:0.227642:16:12:50:42:16:12:50:45 chrX 135956391 . A G 216.84 PASS AF=0.258065;AO=31;DP=123;FAO=32;FDP=124;FR=.;FRO=92;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0207899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.114;QD=6.99492;RBI=0.026377;REFB=-0.00424628;REVB=-0.0162335;RO=92;SAF=12;SAR=19;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14156;STB=0.594203;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00912959;OID=.;OPOS=135956391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:92:92:31:32:0.258065:19:12:46:46:20:12:46:46 chrX 135956408 . A G 170.48 PASS AF=0.225;AO=27;DP=122;FAO=27;FDP=120;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.0035597;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.105;QD=5.68267;RBI=0.0138287;REFB=-0.00211321;REVB=-0.0133627;RO=85;SAF=9;SAR=18;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205571;STB=0.620598;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0060222;OID=.;OPOS=135956408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:85:93:27:27:0.225:18:9:42:43:18:9:45:48 chrX 135956462 . G C 454.02 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0114197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.503;QD=14.1882;RBI=0.022937;REFB=-0.00164441;REVB=-0.0198921;RO=76;SAF=16;SAR=36;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187558;STB=0.606175;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00130206;OID=.;OPOS=135956462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:76:76:52:52:0.40625:36:16:36:40:36:16:36:40 chrX 135956467 . C T 446.49 PASS AF=0.401575;AO=49;DP=125;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0118962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.443;QD=14.0626;RBI=0.0257485;REFB=0.00441161;REVB=0.0228356;RO=74;SAF=14;SAR=35;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258244;STB=0.632153;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00772505;OID=.;OPOS=135956467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:74:76:49:51:0.401575:35:14:38:36:36:15:38:38 chrX 135956506 . C G 306.97 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00659436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.415;QD=11.6941;RBI=0.0103637;REFB=-0.00129109;REVB=0.00799505;RO=67;SAF=11;SAR=27;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302159;STB=0.673853;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00180351;OID=.;OPOS=135956506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:67:38:38:0.361905:27:11:37:30:27:11:37:30 chrX 135961586 . TG T,TT 413.03 PASS AF=0.9,0.1;AO=4,23;DP=27;FAO=27,3;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15,3;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225224,0.0172531;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.264,153.447;QD=55.0701;RBI=0.0227594,0.0370381;REFB=0,0;REVB=0.00327617,-0.0327743;RO=0;SAF=1,12;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00469492,0.0308074;OID=.,.;OPOS=135961587,135961587;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9,0.1:4,23:27:27,3:30:0:15,3:12,0:0:0:21:0:1,12:3,11:0:0 chrX 138067202 . A G 2172.94 PASS AF=0.979021;AO=140;DP=143;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0203702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4104;QD=60.7815;RBI=0.0279301;REFB=-0.0362386;REVB=0.0191088;RO=1;SAF=75;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725878;STB=0.511277;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000540217;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:143:143:1:3:140:140:0.979021:65:75:0:1:65:75:0:3 chrX 138774209 . C T 7049.21 PASS AF=1;AO=438;DP=439;FAO=441;FDP=441;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=248;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120325;FXX=0.00226239;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.91;QD=63.9384;RBI=0.0179353;REFB=0;REVB=0.0178949;RO=0;SAF=191;SAR=247;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57531e-06;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:439:441:0:0:438:441:1:247:191:0:0:248:193:0:0 chrX 138811003 . G A 1283.38 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3266;QD=61.8496;RBI=0.056251;REFB=0;REVB=0.0491694;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125432;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:35:48:0:0:35:48:0:0 chrX 138897130 . A C 1766.8 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06854;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3371;QD=60.9243;RBI=0.080606;REFB=0;REVB=0.0424217;RO=0;SAF=41;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334228;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:116:0:0:109:116:1:68:41:0:0:72:44:0:0 chrX 138967742 . T G 2081.39 PASS AF=0.978261;AO=135;DP=139;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00595492;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.98;QD=60.33;RBI=0.0503906;REFB=-0.0822693;REVB=0.0500375;RO=1;SAF=57;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605584;STB=0.509433;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000148578;OID=.;OPOS=138967742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:139:138:1:3:135:135:0.978261:78:57:0:1:78:57:0:3 chrX 139038443 . G A 1496.04 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.564;QD=57.54;RBI=0.0431626;REFB=-0.124001;REVB=0.041475;RO=2;SAF=38;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024311;STB=0.506328;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000605145;OID=.;OPOS=139038443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:103:104:2:1:101:103:0.990385:63:38:2:0:64:39:1:0 chrX 139099574 . AAAG A 195.06 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00474795;FXX=0.136302;HRUN=4;LEN=3;MLLD=278.336;QD=41.0643;RBI=0.0359412;REFB=-0.0658866;REVB=0.0356263;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.322869;SSSB=0;STB=0.538418;STBP=0.288;TYPE=del;VARB=0.00300963;OID=.;OPOS=139099575;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:17:19:18:19:1:6:12:1:0:5:0:6:11:0:0 chrX 139099828 . T A 1122.65 PASS AF=0.861386;AO=84;DP=100;FAO=87;FDP=101;FR=.;FRO=14;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00850241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1413;QD=44.4614;RBI=0.0160275;REFB=-0.0228954;REVB=-0.0135864;RO=15;SAF=31;SAR=53;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692488;STB=0.527891;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00666465;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:100:101:15:14:84:87:0.861386:53:31:9:6:54:33:8:6 chrX 139858438 . TCGG T 1568.72 PASS AF=1;AO=99;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123937;FXX=0.0956439;HRUN=1;LEN=3;MLLD=300.481;QD=60.3354;RBI=0.0196468;REFB=0;REVB=0.0152444;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.22483e-05;OID=.;OPOS=139858439;OREF=CGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:99:106:104:104:0:53:51:0:0:9:0:51:48:0:0 chrX 140008385 . G T 4394.15 PASS AF=0.979239;AO=283;DP=289;FAO=283;FDP=289;FR=.;FRO=6;FSAF=86;FSAR=197;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0600882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.351;QD=60.8187;RBI=0.0603581;REFB=0.02365;REVB=-0.00570216;RO=5;SAF=86;SAR=197;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00407037;STB=0.503376;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.000967787;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:289:289:5:6:283:283:0.979239:197:86:1:4:197:86:1:5 chrX 140270418 . T C 785.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.171;QD=64.1447;RBI=0.036987;REFB=0;REVB=0.0345285;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118658;OID=.;OPOS=140270418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chrX 140271268 . G C 296.09 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6878;QD=49.3487;RBI=0.0309983;REFB=-0.104757;REVB=0.0184068;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370176;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00773493;OID=.;OPOS=140271268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:0:1:12:11:0:1 chrX 140714231 . A G 868.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.997;QD=57.8793;RBI=0.020066;REFB=0;REVB=-0.0116483;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05218e-05;OID=.;OPOS=140714231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chrX 140714251 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.718;QD=63.8715;RBI=0.0167003;REFB=0;REVB=0.000123496;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209122;OID=.;OPOS=140714251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chrX 140993801 . G C 143.79 PASS AF=0.210526;AO=23;DP=113;FAO=24;FDP=114;FR=.;FRO=90;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=81;FWDB=-0.00344355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.382;QD=5.0451;RBI=0.00351534;REFB=-0.0080987;REVB=0.000706789;RO=88;SAF=19;SAR=4;SRF=9;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.757371;STB=0.935916;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0322838;OID=.;OPOS=140993801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:88:90:23:24:0.210526:4:19:9:79:4:20:9:81 chrX 140993852 . C G 151.46 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00151866;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8857;QD=12.8899;RBI=0.00188723;REFB=-0.0326715;REVB=0.00112041;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269823;STB=0.644286;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0698941;OID=.;OPOS=140993852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:30:17:17:0.361702:9:8:19:7:9:8:21:9 chrX 140993859 . T A 145.89 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.000926414;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.399;QD=12.1575;RBI=0.0491192;REFB=-0.00841465;REVB=0.0491105;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345278;STB=0.722383;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.032982;OID=.;OPOS=140993859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:31:16:17:0.354167:9:7:24:8:10:7:24:7 chrX 140993864 . T C 124.78 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0078105;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.967;QD=10.1857;RBI=0.0341952;REFB=-0.0062564;REVB=-0.0332913;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369403;STB=0.701896;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0131107;OID=.;OPOS=140993864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:34:15:15:0.306122:8:7:26:7:8:7:26:8 chrX 140993877 . C A 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0529649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.813;QD=8.22852;RBI=0.0530445;REFB=-0.0102036;REVB=0.00290598;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264929;STB=0.647935;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0228762;OID=.;OPOS=140993877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:36:13:13:0.265306:7:6:24:11:7:6:24:12 chrX 140993947 . T C 39.28 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.120602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.669;QD=3.02153;RBI=0.121247;REFB=-0.0155945;REVB=-0.012492;RO=43;SAF=1;SAR=6;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549595;STB=0.873992;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0901678;OID=.;OPOS=140993947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:43:45:7:7:0.134615:6:1:27:16:6:1:27:18 chrX 140994171 . C G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.658;QD=58.1408;RBI=0.0246616;REFB=0;REVB=-0.0235147;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223801;OID=.;OPOS=140994171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chrX 140994280 . A G 757.75 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0559;QD=61.8569;RBI=0.112368;REFB=-0.0853486;REVB=0.0897577;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186852;OID=.;OPOS=140994280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:49:1:0:47:49:1:26:21:1:0:26:23:0:0 chrX 141290865 . C T 2355.14 PASS AF=0.987342;AO=155;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000744382;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3841;QD=59.6237;RBI=0.0270192;REFB=-0.15785;REVB=0.027009;RO=3;SAF=72;SAR=83;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00733261;STB=0.506848;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00112028;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:158:3:2:155:156:0.987342:83:72:2:1:84:72:2:0 chrX 142285253 . C T 2268.6 PASS AF=0.993377;AO=144;DP=145;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.438;QD=60.0953;RBI=0.0593488;REFB=-4.79018e-06;REVB=0.0459659;RO=1;SAF=58;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812822;STB=0.503999;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=3.01993e-05;OID=.;OPOS=142285253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:151:1:1:144:150:0.993377:86:58:1:0:88:62:1:0 chrX 142716114 . G A 1336.91 PASS AF=0.940594;AO=95;DP=101;FAO=95;FDP=101;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00883341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.124;QD=52.9469;RBI=0.0095491;REFB=0.0643505;REVB=-0.00362715;RO=6;SAF=46;SAR=49;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392365;STB=0.520729;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00127588;OID=.;OPOS=142716114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:101:101:6:6:95:95:0.940594:49:46:5:1:49:46:5:1 chrX 142795225 . G A 354.27 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0429844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.275;QD=27.7857;RBI=0.04992;REFB=-0.0695418;REVB=0.0253841;RO=16;SAF=9;SAR=24;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116595;STB=0.549325;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0302106;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:18:33:33:0.647059:24:9:7:9:24:9:7:11 chrX 142967468 . T G 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.4238;QD=63.8689;RBI=0.0196761;REFB=0;REVB=0.00249395;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96385e-05;OID=.;OPOS=142967468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chrX 142968007 . CTTTATTTTAT CTTTA,CTTTAT,CTTTATT,CTTTATTT 261.76 PASS AF=0.208333,0.75,0,0.0416667;AO=4,8,5,3;DP=28;FAO=5,18,0,1;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3,10,0,0;FSAR=2,8,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742305,0.073783,0.0715242,0.0666767;FXX=0.142806;HRUN=4,4,4,4;LEN=6,5,4,3;MLLD=141.427,144.61,135.819,132.009;QD=43.6267;RBI=0.0780071,0.078087,0.0761635,0.0715909;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0239781,0.0255668,0.0261757,0.0260666;RO=0;SAF=3,4,3,2;SAR=1,4,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=4.86674e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.0508496,-0.00689075,-0.0791038,-0.080856;OID=.,.,.,.;OPOS=142968012,142968008,142968013,142968014;OREF=TTTTAT,TTTAT,TTTA,TTA;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=CTTTA,CTTTAT,CTTTATT,CTTTATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.208333,0.75,0,0.0416667:4,8,5,3:28:5,18,0,1:24:0:3,10,0,0:2,8,0,1:0:0:19:0:3,4,3,2:1,4,2,1:0:0 chrX 142968082 . A C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.101;QD=57.1775;RBI=0.00378207;REFB=0;REVB=-0.0019579;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09383e-06;OID=.;OPOS=142968082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chrX 144904882 . T C 482.33 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=364.099;QD=58.4644;RBI=0.0165481;REFB=0;REVB=-0.0164967;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86052e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:17:16:0:0 chrX 144910142 . G A 2307.84 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.686;QD=61.1349;RBI=0.016142;REFB=0;REVB=-0.00412381;RO=0;SAF=21;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05095e-06;OID=.;OPOS=144910142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:130:21:0:0:130:21:0:0 chrX 144910936 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.036;QD=57.2377;RBI=0.0244372;REFB=0;REVB=0.0181086;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06321e-05;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chrX 147014960 . C T 3436.23 PASS AF=0.982456;AO=221;DP=226;FAO=224;FDP=228;FR=.;FRO=4;FSAF=91;FSAR=133;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0294037;FXX=0.00869527;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.907;QD=60.2847;RBI=0.0341436;REFB=-0.0540185;REVB=-0.0173553;RO=4;SAF=90;SAR=131;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00552057;STB=0.502844;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000746766;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:226:228:4:4:221:224:0.982456:131:90:1:3:133:91:1:3 chrX 147088249 . C T 1558.29 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104706;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.117;QD=59.9343;RBI=0.0247439;REFB=0;REVB=-0.0224193;RO=0;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16229e-06;OID=.;OPOS=147088249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:65:39:0:0:65:39:0:0 chrX 148627384 . A G 206.45 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.183033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3845;QD=48.5765;RBI=0.183067;REFB=0;REVB=0.00353846;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00686488;OID=.;OPOS=148627384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:13:17:1:7:6:0:0:7:10:0:0 chrX 148628490 . A T 285.16 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.744;QD=51.8474;RBI=0.0454638;REFB=0;REVB=0.044249;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460247;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:5:15:0:0:7:15:0:0 chrX 149013727 . A G 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6873;QD=63.2826;RBI=0.02203;REFB=0;REVB=-0.0133933;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201126;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chrX 149680539 . C T 3542.33 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.327;QD=62.4199;RBI=0.0548467;REFB=0;REVB=0.0519913;RO=1;SAF=97;SAR=128;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00370835;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119303;OID=.;OPOS=149680539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:226:227:1:0:225:227:1:128:97:0:1:130:97:0:0 chrX 149680554 . C T 2891.6 PASS AF=0.951923;AO=196;DP=206;FAO=198;FDP=208;FR=.;FRO=10;FSAF=87;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0311375;FXX=0.00952336;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.9507;QD=55.6078;RBI=0.0453239;REFB=-0.0976017;REVB=0.0329349;RO=10;SAF=85;SAR=111;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409899;STB=0.52155;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00398934;OID=.;OPOS=149680554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:206:208:10:10:196:198:0.951923:111:85:0:10:111:87:0:10 chrX 149826503 . G A 791.4 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223142;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.657;QD=64.6043;RBI=0.0364977;REFB=0;REVB=0.0288818;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320837;OID=.;OPOS=149826503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chrX 149931106 . C T 1702.66 PASS AF=0.958678;AO=114;DP=120;FAO=116;FDP=121;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0125578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.899;QD=56.2862;RBI=0.0126166;REFB=-0.0762853;REVB=0.00121641;RO=5;SAF=56;SAR=58;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405252;STB=0.521005;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00126373;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:120:121:5:5:114:116:0.958678:58:56:5:0:59:57:5:0 chrX 150840185 . T C 1963.67 PASS AF=0.992188;AO=124;DP=126;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157887;FXX=0.022899;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.006;QD=61.3646;RBI=0.0259862;REFB=-0.126498;REVB=0.0206397;RO=1;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085601;STB=0.504273;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000407387;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:128:1:1:124:127:0.992188:55:69:0:1:58:69:0:1 chrX 150869267 . A C,G 2826.49 PASS AF=0.117647,0.877005;AO=10,176;DP=187;FAO=22,164;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=0,109;FSAR=22,55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0108055,0.0141351;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.8241,134.661;QD=60.4597;RBI=0.0265105,0.0155084;REFB=0.00596081,-0.032927;REVB=-0.0242084,-0.00638038;RO=1;SAF=0,109;SAR=10,67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.00705164;STB=0.5,0.504504;STBP=1,0.262;TYPE=snp,snp;VARB=0.0596565,-0.000289476;OID=.,.;OPOS=150869267,150869267;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:84:187:187:1:1:10,176:22,164:0.117647,0.877005:10,67:0,109:0:1:22,55:0,109:0:1 chrX 150884620 . C T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.657;QD=58.9609;RBI=0.0373381;REFB=0;REVB=0.0240573;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101547;OID=.;OPOS=150884620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chrX 150911107 . G A 1713.16 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.359;QD=60.6428;RBI=0.0330419;REFB=0;REVB=-0.00175668;RO=0;SAF=40;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15628e-05;OID=.;OPOS=150911107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:73:40:0:0:73:40:0:0 chrX 151127053 . CT C,GC 137.83 PASS AF=0.323944,0;AO=12,7;DP=73;FAO=23,0;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=21,0;FSAR=2,0;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.135439,-0.0973292;FXX=0.0273935;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=16.376,25.1566;QD=7.76494;RBI=0.156566,0.115403;REFB=-0.0149534,0.000845038;REVB=0.0785438,0.0620075;RO=50;SAF=12,7;SAR=0,0;SRF=22;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.751336,0.66977;STB=0.872029,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0214703,0;OID=.,.;OPOS=151127054,151127053;OREF=T,CT;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:50:48:12,7:23,0:0.323944,0:0,0:12,7:22:28:2,0:21,0:22:26 chrX 151138179 . A C 2242.07 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117518;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7478;QD=62.7153;RBI=0.0557392;REFB=-0.0762385;REVB=0.0544862;RO=0;SAF=48;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502645;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000547806;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:0:1:142:142:0.993007:94:48:0:0:94:48:0:1 chrX 151303393 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.886;QD=60.9776;RBI=0.0234551;REFB=0;REVB=-0.00544448;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.09865e-05;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chrX 151303596 . C T 144.92 PASS AF=1;AO=9;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.065;QD=44.5909;RBI=0.087807;REFB=0;REVB=0.0218589;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042409;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:9:13:1:6:3:0:0:7:6:0:0 chrX 151899913 . T C 1843.29 PASS AF=0.991803;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00873337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.216;QD=60.4358;RBI=0.0166299;REFB=0.0569009;REVB=0.0141521;RO=1;SAF=43;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620944;STB=0.503225;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=6.26157e-06;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:1:1:119:121:0.991803:76:43:0:1:77:44:0:1 chrX 151904488 . C A 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00354586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.114;QD=58.9879;RBI=0.00631516;REFB=-0.0240564;REVB=-0.00522572;RO=1;SAF=47;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996177;STB=0.505262;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000424771;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:28:47:1:0:28:47:1:0 chrX 152018832 . T G 844.15 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.699;QD=57.2306;RBI=0.0445941;REFB=0;REVB=0.0440391;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19391e-05;OID=.;OPOS=152018832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:18:38:0:0:20:39:0:0 chrX 152226542 . T C 955.1 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3612;QD=58.7756;RBI=0.0360781;REFB=0;REVB=0.0167013;RO=0;SAF=52;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155667;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:13:52:0:0:13:52:0:0 chrX 152227132 . C T 3910.86 PASS AF=1;AO=244;DP=247;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324889;FXX=0.0160636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.374;QD=63.8508;RBI=0.0556456;REFB=-0.0459609;REVB=0.0555507;RO=1;SAF=106;SAR=138;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447531;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105968;OID=.;OPOS=152227132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:247:245:1:0:244:245:1:138:106:1:0:139:106:0:0 chrX 152482198 . G A 1240.52 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327552;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.292;QD=61.2603;RBI=0.0344588;REFB=0;REVB=0.0107008;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196054;OID=.;OPOS=152482198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:49:30:0:0:51:30:0:0 chrX 152482917 . T C 940.72 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.467;QD=57.0133;RBI=0.0362581;REFB=0.0110993;REVB=0.0054191;RO=1;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133067;STB=0.50704;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=5.48058e-05;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:35:30:0:1:35:30:0:1 chrX 152609668 . T C 4289.6 PASS AF=1;AO=265;DP=268;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.353;QD=62.3942;RBI=0.0289983;REFB=0;REVB=0.0240419;RO=0;SAF=103;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26424e-05;OID=.;OPOS=152609668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:268:275:0:0:265:275:1:162:103:0:0:170:105:0:0 chrX 152610224 . CGTGACCTCT C 658.51 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192694;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=9;MLLD=369.97;QD=62.7151;RBI=0.0258375;REFB=0;REVB=0.0172125;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.43431e-05;OID=.;OPOS=152610225;OREF=GTGACCTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:43:42:42:0:22:20:0:0:4:0:22:20:0:0 chrX 152613112 . C T 1858.18 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.69;QD=61.4273;RBI=0.0532966;REFB=0;REVB=0.0188247;RO=0;SAF=49;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144542;OID=.;OPOS=152613112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:72:49:0:0:72:49:0:0 chrX 152613702 . A G 2773.56 PASS AF=0.994413;AO=178;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.021;QD=61.9791;RBI=0.0218177;REFB=-0.0249687;REVB=-0.00660397;RO=1;SAF=110;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694912;STB=0.503649;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=7.68211e-05;OID=.;OPOS=152613702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:179:1:1:178:178:0.994413:68:110:0:1:68:110:0:1 chrX 152613826 . G A 1969.61 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.948;QD=62.0349;RBI=0.00620841;REFB=0;REVB=-0.00576091;RO=0;SAF=47;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.88373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64118e-06;OID=.;OPOS=152613826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:127:0:0:123:127:1:76:47:0:0:76:51:0:0 chrX 152616741 . A T 706.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.413;QD=62.7796;RBI=0.0374132;REFB=0;REVB=0.0340954;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237092;OID=.;OPOS=152616741;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:21:22:0:0:22:23:0:0 chrX 152616952 . A G 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.357;QD=60.2549;RBI=0.0108425;REFB=0;REVB=0.0077409;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16854e-05;OID=.;OPOS=152616952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:52:57:0:0:52:57:0:0 chrX 152616983 . G C 1423.53 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3082;QD=62.573;RBI=0.0206301;REFB=0;REVB=-0.0117806;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92811e-05;OID=.;OPOS=152616983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:41:49:0:0:42:49:0:0 chrX 152815089 . A G 1120.56 PASS AF=0.986486;AO=51;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.912;QD=60.5707;RBI=0.0973328;REFB=0;REVB=0.0251422;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520009;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:0:51:73:0.986486:28:23:0:0:27:46:0:0 chrX 152846545 . T G 33.87 PASS AF=0.357143;AO=8;DP=16;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0368993;FXX=0.176367;HRUN=15;LEN=1;MLLD=132.317;QD=9.67644;RBI=0.0469356;REFB=-0.00699155;REVB=0.0290068;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23873;STB=0.529293;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.000637177;OID=.;OPOS=152846545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:16:14:8:9:8:5:0.357143:2:6:4:4:2:3:5:4 chrX 152846546 . T G 42.67 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00705501;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=92.2589;QD=8.98364;RBI=0.0517045;REFB=-0.253653;REVB=0.0512209;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144953;STB=0.50767;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00454278;OID=.;OPOS=152846546;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:19:19:13:12:6:7:0.368421:2:4:7:6:3:4:7:5 chrX 153010014 . C T 77.42 PASS AF=0.141593;AO=16;DP=113;FAO=16;FDP=113;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=60;FSRR=37;FWDB=-0.0160674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.224;QD=2.7406;RBI=0.0172889;REFB=-0.00465455;REVB=-0.00638327;RO=97;SAF=6;SAR=10;SRF=60;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297953;STB=0.700403;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0188919;OID=.;OPOS=153010014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:113:113:97:97:16:16:0.141593:10:6:60:37:10:6:60:37 chrX 153010019 . AG GT 76.78 PASS AF=0.140351;AO=16;DP=114;FAO=16;FDP=114;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=36;FWDB=-0.0113324;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.786;QD=2.69394;RBI=0.0146771;REFB=-0.00549965;REVB=-0.00932709;RO=97;SAF=6;SAR=10;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310102;STB=0.711055;STBP=0.092;TYPE=mnp;VARB=0.0235207;OID=.;OPOS=153010019;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:114:114:97:98:16:16:0.140351:10:6:61:36:10:6:62:36 chrX 153010059 . G T 117.9 PASS AF=0.173228;AO=22;DP=127;FAO=22;FDP=127;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=65;FSRR=40;FWDB=-0.0390173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.884;QD=3.71324;RBI=0.0397339;REFB=-0.00712901;REVB=-0.00751228;RO=105;SAF=11;SAR=11;SRF=65;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152854;STB=0.598339;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0275515;OID=.;OPOS=153010059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:105:105:22:22:0.173228:11:11:65:40:11:11:65:40 chrX 153010090 . G A 129.9 PASS AF=0.190083;AO=23;DP=121;FAO=23;FDP=121;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=32;FWDB=0.0474483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.742;QD=4.29421;RBI=0.048014;REFB=-0.0121416;REVB=0.00734871;RO=98;SAF=12;SAR=11;SRF=66;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19837;STB=0.624354;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0317936;OID=.;OPOS=153010090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:98:98:23:23:0.190083:11:12:66:32:11:12:66:32 chrX 153010092 . G A 128.65 PASS AF=0.186992;AO=23;DP=123;FAO=23;FDP=123;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=67;FSRR=33;FWDB=-0.00653442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.298;QD=4.18388;RBI=0.0084641;REFB=-0.0113994;REVB=0.00537981;RO=99;SAF=12;SAR=11;SRF=66;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18924;STB=0.621948;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.047769;OID=.;OPOS=153010092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:99:100:23:23:0.186992:11:12:66:33:11:12:67:33 chrX 153010137 . C T 36.74 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0291609;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7178;QD=2.01296;RBI=0.0326585;REFB=-0.00375221;REVB=-0.0147044;RO=65;SAF=6;SAR=2;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211723;STB=0.663685;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0182958;OID=.;OPOS=153010137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:2:6:38:27:2:6:38:27 chrX 153039502 . G C 1208.49 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0126947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.304;QD=58.9508;RBI=0.0130267;REFB=-0.127988;REVB=0.00292221;RO=1;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111386;STB=0.505881;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00193424;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:82:1:1:79:81:0.987805:42:37:0:1:42:39:0:1 chrX 153041544 . T C 1698.39 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209743;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.901;QD=60.6566;RBI=0.0342462;REFB=0;REVB=0.0270718;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21505e-06;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:62:50:0:0:62:50:0:0 chrX 153045812 . C T 2674.51 PASS AF=0.956757;AO=175;DP=186;FAO=177;FDP=185;FR=.;FRO=8;FSAF=69;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.011542;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.757;QD=57.8272;RBI=0.0533744;REFB=-0.137147;REVB=0.0521115;RO=8;SAF=69;SAR=106;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345747;STB=0.517855;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000947271;OID=.;OPOS=153045812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:186:185:8:8:175:177:0.956757:106:69:0:8:108:69:0:8 chrX 153048656 . CA C,CC 1997.89 PASS AF=0.176923,0.823077;AO=42,76;DP=119;FAO=23,107;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=23,100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371661,0.0311465;FXX=0.0225547;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=304.781,307.23;QD=61.4736;RBI=0.0428953,0.0381815;REFB=0,0;REVB=0.021417,0.0220844;RO=0;SAF=0,7;SAR=42,69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.37953e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0109577,0.0161975;OID=.,.;OPOS=153048657,153048657;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.176923,0.823077:42,76:119:23,107:130:0:0,7:23,100:0:0:22:0:0,7:42,69:0:0 chrX 153049534 . CA C,CC,CG 2217.77 PASS AF=0.234899,0,0.765101;AO=34,7,93;DP=143;FAO=35,0,114;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,43;FSAR=17,0,71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000100421,0.0299648,0.0252458;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=85.304,73.0531,89.5154;QD=59.5373;RBI=0.0105994,0.0305345,0.025252;REFB=0,0,0;REVB=0.010599,0.00587058,-0.00055973;RO=0;SAF=26,2,28;SAR=8,5,65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0196213,0.0129149,0.000430605;OID=.,.,.;OPOS=153049535,153049535,153049535;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.234899,0,0.765101:34,7,93:143:35,0,114:149:0:18,0,43:17,0,71:0:0:79:0:26,2,28:8,5,65:0:0 chrX 153050984 . G A,C 2353.19 PASS AF=0.917722,0.0822785;AO=144,14;DP=158;FAO=145,13;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=46,11;FSAR=99,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462797,0.0257521;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.6281,11.7759;QD=59.5744;RBI=0.0463371,0.04245;REFB=0,0;REVB=0.00230684,-0.0337465;RO=0;SAF=45,12;SAR=99,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0017518,0.0454668;OID=.,.;OPOS=153050984,153050984;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:158:158:0:0:144,14:145,13:0.917722,0.0822785:99,2:45,12:0:0:99,2:46,11:0:0 chrX 153051907 . G A 978.2 PASS AF=1;AO=33;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812743;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.045;QD=59.285;RBI=0.0402724;REFB=0;REVB=0.0394437;RO=0;SAF=30;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204104;OID=.;OPOS=153051907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:33:66:1:3:30:0:0:36:30:0:0 chrX 153073319 . G A 4638.35 PASS AF=1;AO=298;DP=300;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=179;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362558;FXX=0.0165011;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.065;QD=62.2597;RBI=0.0389371;REFB=-0.0677172;REVB=0.014199;RO=1;SAF=119;SAR=179;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265706;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68565e-05;OID=.;OPOS=153073319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:300:298:1:0:298:298:1:179:119:0:1:179:119:0:0 chrX 153130152 . T G,TG 35.1 PASS AF=0,0.184211;AO=2,5;DP=40;FAO=0,7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=0,2;FSAR=0,5;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.0166185,-0.043347;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=270.949,18.7081;QD=3.69504;RBI=0.0166201,0.0626518;REFB=-0.00153556,0.0129943;REVB=-0.000227956,-0.0452358;RO=33;SAF=0,2;SAR=2,3;SRF=7;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.344673,0.259279;STB=0.5,0.599747;STBP=1,0.684;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0995947;OID=.,.;OPOS=153130152,153130153;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:40:38:33:31:2,5:0,7:0,0.184211:2,3:0,2:7:26:0,5:0,2:6:25 chrX 153130161 . T TG 39.49 PASS AF=0.35;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.231186;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.0343;QD=3.9493;RBI=0.254797;REFB=-0.0672555;REVB=-0.107119;RO=27;SAF=0;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.762751;STB=0.789992;STBP=0.041;TYPE=ins;VARB=0.0991644;OID=.;OPOS=153130162;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:13:42:14:40:26:1:13:8:18:39:27:0:13:9:18 chrX 153149708 . G GC 1216.87 PASS AF=0.981132;AO=94;DP=112;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0294417;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=254.444;QD=45.9196;RBI=0.03076;REFB=-0.000601309;REVB=0.00890847;RO=12;SAF=48;SAR=46;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00227346;STB=0.500181;STBP=0.862;TYPE=ins;VARB=-5.08317e-06;OID=.;OPOS=153149709;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.981132:94:112:104:106:2:51:53:1:1:11:12:48:46:6:6 chrX 153149715 . C G 1556.47 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.282;QD=59.8643;RBI=0.0296632;REFB=0;REVB=-0.0219176;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08233e-05;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chrX 153171993 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.525;QD=51.9167;RBI=0.0268614;REFB=0;REVB=0.00714834;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146223;OID=.;OPOS=153171993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chrX 153173202 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.359;QD=45.8066;RBI=0.123927;REFB=0;REVB=0.123794;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296849;OID=.;OPOS=153173202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chrX 153176254 . A G 3933.12 PASS AF=1;AO=253;DP=253;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.806;QD=62.1837;RBI=0.0301377;REFB=0;REVB=0.0235542;RO=0;SAF=105;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06025e-05;OID=.;OPOS=153176254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:253:253:0:0:253:253:1:148:105:0:0:148:105:0:0 chrX 153178459 . G GC 946.58 PASS AF=1;AO=85;DP=91;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.4651;QD=39.441;RBI=0.167516;REFB=0;REVB=0.161915;RO=4;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227669;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00393311;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:91:96:96:0:48:48:0:0:18:4:44:41:1:3 chrX 153218365 . C A 2027.51 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2717;QD=62.385;RBI=0.0636193;REFB=0;REVB=0.0469938;RO=0;SAF=47;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224262;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:128:130:1:81:47:0:0:83:47:0:0 chrX 153219665 . C G,T 702.61 PASS AF=0.0425532,0.93617;AO=2,44;DP=47;FAO=2,44;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=2,19;FSAR=0,25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0408589,0.0840723;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=11.0961,65.7847;QD=59.7969;RBI=0.0452065,0.0855533;REFB=0.0306225,-0.156699;REVB=-0.0193436,0.0158497;RO=1;SAF=2,19;SAR=0,25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0240823;STB=0.5,0.512815;STBP=1,0.31;TYPE=snp,snp;VARB=0.152818,0.0042365;OID=.,.;OPOS=153219665,153219665;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:47:47:1:1:2,44:2,44:0.0425532,0.93617:0,25:2,19:1:0:0,25:2,19:1:0 chrX 153220360 . A G 74.36 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0816485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7214;QD=37.1793;RBI=0.0856357;REFB=0;REVB=0.0258264;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00479656;OID=.;OPOS=153220360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:3:3:0:0:5:3:0:0 chrX 153221657 . T C,G 349.37 PASS AF=0.884615,0.115385;AO=23,2;DP=25;FAO=23,3;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14,3;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281224,0.0266667;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=117.52,36.5138;QD=53.7485;RBI=0.0458891,0.0269;REFB=0,0;REVB=-0.0362621,-0.00353523;RO=0;SAF=14,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.84921e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00121818,0.0047856;OID=.,.;OPOS=153221657,153221657;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:25:26:0:0:23,2:23,3:0.884615,0.115385:9,0:14,2:0:0:9,0:14,3:0:0 chrX 153222835 . G C 978.36 PASS AF=0.909091;AO=69;DP=76;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0588374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.098;QD=50.8241;RBI=0.0742894;REFB=-0.228992;REVB=0.045355;RO=5;SAF=25;SAR=44;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225383;STB=0.522502;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00458977;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:76:77:5:7:69:70:0.909091:44:25:1:4:44:26:1:6 chrX 153247722 . C G,T 1533.06 PASS AF=0.179245,0.820755;AO=21,84;DP=105;FAO=19,87;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=19,34;FSAR=0,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122985,-0.0183872;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.2312,51.2794;QD=57.8514;RBI=0.0671365,0.0881771;REFB=0,0;REVB=0.0660005,0.0862387;RO=0;SAF=19,34;SAR=2,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.98875e-08,-3.06517e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.032878,0.00965711;OID=.,.;OPOS=153247722,153247722;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:105:106:0:0:21,84:19,87:0.179245,0.820755:2,50:19,34:0:0:0,53:19,34:0:0 chrX 153247745 . A G 1570.91 PASS AF=1;AO=72;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000193836;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.098;QD=59.8442;RBI=0.0158866;REFB=0;REVB=-0.0158854;RO=0;SAF=54;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305195;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:72:105:1:18:54:0:0:50:55:0:0 chrX 153247954 . C T 2106.92 PASS AF=0.948052;AO=146;DP=154;FAO=146;FDP=154;FR=.;FRO=8;FSAF=47;FSAR=99;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.032097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.616;QD=54.7253;RBI=0.0359686;REFB=-0.098639;REVB=0.0162333;RO=8;SAF=47;SAR=99;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743609;STB=0.53921;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00122631;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:154:154:8:8:146:146:0.948052:99:47:8:0:99:47:8:0 chrX 153248248 . G A 6988.31 PASS AF=1;AO=439;DP=440;FAO=439;FDP=439;FR=.;FRO=0;FSAF=231;FSAR=208;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000146328;FXX=0.00227268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.695;QD=63.6748;RBI=0.0481638;REFB=-0.0339689;REVB=-0.0481635;RO=1;SAF=231;SAR=208;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00206203;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58714e-05;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:440:439:1:0:439:439:1:208:231:1:0:208:231:0:0 chrX 153629155 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0332;QD=62.0216;RBI=0.0350947;REFB=0;REVB=-0.021685;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78904e-05;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chrX 153633359 . G C 1108.8 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0382455;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.482;QD=57.5999;RBI=0.0396163;REFB=-0.136238;REVB=0.0103311;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513154;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00227306;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:0:2:75:75:0.974026:38:37:0:0:38:37:2:0 chrX 153649813 . G C 3891.82 PASS AF=1;AO=223;DP=254;FAO=253;FDP=253;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=209;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924207;FXX=0.00784283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.281;QD=61.5307;RBI=0.0925722;REFB=0;REVB=0.00529489;RO=0;SAF=34;SAR=189;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124416;OID=.;OPOS=153649813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:254:253:0:0:223:253:1:189:34:0:0:209:44:0:0 chrX 153657083 . A G 1840.58 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.157;QD=61.3528;RBI=0.0414825;REFB=0;REVB=-0.0164334;RO=0;SAF=36;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69642e-05;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:84:36:0:0:84:36:0:0 chrX 153994596 . G T 1810.7 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240771;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.8;QD=60.3566;RBI=0.0429199;REFB=-0.123727;REVB=-0.0355305;RO=1;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725184;STB=0.503816;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000200587;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:1:1:119:119:0.991667:65:54:0:1:65:54:0:1 chrX 154020114 . C A 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.444;QD=63.3362;RBI=0.00883337;REFB=0;REVB=-0.00600691;RO=0;SAF=32;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39121e-05;OID=.;OPOS=154020114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:61:32:0:0:61:32:0:0 chrX 154456747 . A G 806.21 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0493052;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.028;QD=55.6006;RBI=0.0510937;REFB=-0.00387827;REVB=0.0134001;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=9.23198e-05;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:36:21:0:0:36:21:0:1 chrX 155004437 . G T 223.68 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0258264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2952;QD=12.7818;RBI=0.0375418;REFB=-0.011023;REVB=-0.0272467;RO=43;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121386;STB=0.569569;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0247835;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:12:15:19:24:12:15:19:24 chrX 155004512 . C G 341.01 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0023725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8431;QD=20.9853;RBI=0.00255916;REFB=-0.0012355;REVB=0.00095945;RO=30;SAF=23;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165589;STB=0.591858;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000549236;OID=.;OPOS=155004512;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:12:23:14:16:12:23:14:16 chrX 155005254 . C T 2966.83 PASS AF=1;AO=181;DP=183;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011311;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0586;QD=62.79;RBI=0.0479525;REFB=-0.0558016;REVB=0.0465994;RO=1;SAF=89;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488577;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:189:1:0:181:189:1:92:89:0:1:96:93:0:0 chrX 155006050 . C T 572.89 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0807018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3485;QD=55.8913;RBI=0.0813606;REFB=0.0245732;REVB=-0.0103331;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.500625;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00379077;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:0:2:39:39:0.95122:19:20:0:0:19:20:1:1 chrX 155006982 . A C,T 1156.44 PASS AF=0.038961,0.961039;AO=3,74;DP=77;FAO=3,74;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=3,37;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345369,0.0174865;FXX=0.0128189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.932,84.6224;QD=60.0748;RBI=0.0106877,0.0176368;REFB=0,0;REVB=-0.0101143,-0.00229746;RO=0;SAF=3,37;SAR=0,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.118739,0.00162025;OID=.,.;OPOS=155006982,155006982;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:77:77:0:0:3,74:3,74:0.038961,0.961039:0,37:3,37:0:0:0,37:3,37:0:0 chrX 155007278 . G A 465.62 PASS AF=0.451327;AO=50;DP=114;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0886736;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4305;QD=16.4823;RBI=0.0890982;REFB=-0.0282383;REVB=0.00868875;RO=62;SAF=23;SAR=27;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569232;STB=0.537236;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0348664;OID=.;OPOS=155007278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:62:62:50:51:0.451327:27:23:25:37:27:24:25:37 chrX 155008583 . G A 777.59 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8468;QD=56.5523;RBI=0.0270601;REFB=0;REVB=-0.0130926;RO=0;SAF=42;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150871;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:12:42:0:0:12:43:0:0 chrX 155008671 . G A 1541.17 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.745;QD=59.8512;RBI=0.00826443;REFB=0;REVB=-0.00762027;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07525e-05;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:52:50:0:0:53:50:0:0 chrX 155009102 . G A 1355.8 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.764;QD=62.3357;RBI=0.0719442;REFB=0;REVB=0.0142913;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65814e-05;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:48:37:0:0:49:38:0:0 chrX 155009225 . C T 748.62 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000504319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.879;QD=55.453;RBI=0.0224556;REFB=0;REVB=0.0224499;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174082;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:53:54:1:33:20:0:1:34:20:0:0 chrX 155009661 . A C 363.93 PASS AF=0.606557;AO=33;DP=59;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00781549;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.295;QD=23.864;RBI=0.00999247;REFB=-0.00225848;REVB=-0.00622635;RO=25;SAF=12;SAR=21;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246997;STB=0.5915;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00322414;OID=.;OPOS=155009661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:25:24:33:37:0.606557:21:12:17:8:21:16:16:8 chrX 155009829 . C T 1573.52 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00206432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.622;QD=58.823;RBI=0.00260229;REFB=-0.053497;REVB=0.00158445;RO=1;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939754;STB=0.50495;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=6.51444e-05;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:50:56:0:1:50:56:0:1 chrX 155009856 . T C 497.5 PASS AF=0.495327;AO=50;DP=104;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0117602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.735;QD=18.5982;RBI=0.01446;REFB=-0.007886;REVB=0.00841371;RO=54;SAF=27;SAR=23;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892132;STB=0.551777;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00897546;OID=.;OPOS=155009856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:54:54:50:53:0.495327:23:27:24:30:24:29:24:30 chrX 155010062 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.904;QD=58.781;RBI=0.0534724;REFB=0;REVB=0.00116183;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101296;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chrX 155010077 . G A 757.55 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.852;QD=56.115;RBI=0.0324191;REFB=0;REVB=0.0222748;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38655e-05;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:26:24:0:0:28:26:0:0 chrX 155010308 . G A 1629.64 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0168108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7057;QD=58.2015;RBI=0.0636041;REFB=-0.0823066;REVB=-0.0613423;RO=0;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507691;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00120035;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:0:2:110:110:0.982143:46:64:0:0:46:64:2:0 chrX 155011216 . T A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.515;QD=57.2026;RBI=0.0125328;REFB=0;REVB=0.00684192;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68696e-05;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chrX 155011276 . C T 323.21 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00502626;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.376;QD=47.8833;RBI=0.025241;REFB=-0.0763888;REVB=0.0247355;RO=2;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274738;STB=0.501482;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000756023;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:12:13:1:1:12:13:1:1 chrX 155011472 . T A 652.86 PASS AF=0.87931;AO=51;DP=58;FAO=51;FDP=58;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.00470122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.097;QD=45.0249;RBI=0.0204545;REFB=-0.10439;REVB=0.019907;RO=2;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348494;STB=0.559299;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00218206;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:58:58:2:7:51:51:0.87931:26:25:0:2:26:25:0:7 chrX 155012060 . C G 214.77 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.00838495;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.216;QD=10.7383;RBI=0.00845256;REFB=-0.00634586;REVB=0.00106691;RO=53;SAF=10;SAR=17;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282522;STB=0.663823;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00925408;OID=.;OPOS=155012060;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:53:27:27:0.3375:17:10:33:20:17:10:33:20 chrX 155233511 . C G 1083.26 PASS AF=0.497758;AO=94;DP=223;FAO=111;FDP=223;FR=.;FRO=112;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.029744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.9754;QD=19.4306;RBI=0.0372092;REFB=0.0281065;REVB=-0.0223566;RO=82;SAF=44;SAR=50;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775155;STB=0.524705;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0217821;OID=.;OPOS=155233511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:82:112:94:111:0.497758:50:44:31:51:54:57:52:60 chrX 155237351 . C T 38.95 PASS AF=0.714286;AO=2;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.20503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6475;QD=22.255;RBI=0.220484;REFB=0.0305744;REVB=0.0810936;RO=1;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0139386;OID=.;OPOS=155237351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:7:7:1:1:2:5:0.714286:2:0:0:1:4:1:0:1 chrX 155252758 . A G 43.93 PASS AF=0.0513552;AO=32;DP=700;FAO=36;FDP=701;FR=.;FRO=665;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=306;FSRR=359;FWDB=-0.00759435;FXX=0.00567368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.428;QD=0.250676;RBI=0.00893048;REFB=-0.00180727;REVB=-0.00469886;RO=657;SAF=10;SAR=22;SRF=302;SRR=355;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143184;STB=0.568896;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0326725;OID=.;OPOS=155252758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:700:701:657:665:32:36:0.0513552:22:10:302:355:22:14:306:359 chrX 155252868 . T A 56.89 PASS AF=0.0576;AO=36;DP=628;FAO=36;FDP=625;FR=.;FRO=589;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=265;FSRR=324;FWDB=-0.0499351;FXX=0.0063592;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.519;QD=0.364112;RBI=0.0544167;REFB=-0.00498517;REVB=-0.0216255;RO=588;SAF=24;SAR=12;SRF=264;SRR=324;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223986;STB=0.699164;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0547469;OID=.;OPOS=155252868;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:628:625:588:589:36:36:0.0576:12:24:264:324:12:24:265:324 chrY 4968655 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2646;QD=33.4244;RBI=0.129992;REFB=0;REVB=0.120358;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0143687;OID=.;OPOS=4968655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:1:0:5:6:1:2:3:0:1:3:3:0:0 chrY 9930510 . C T 61.34 PASS AF=0.126214;AO=12;DP=102;FAO=13;FDP=103;FR=.;FRO=90;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0167719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9641;QD=2.38227;RBI=0.0168494;REFB=0.000195252;REVB=-0.00161391;RO=90;SAF=2;SAR=10;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400945;STB=0.728632;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00191727;OID=.;OPOS=9930510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:102:103:90:90:12:13:0.126214:10:2:43:47:10:3:43:47 chrY 9930537 . C A 90.89 PASS AF=0.170213;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0121465;FXX=0.0208312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.164;QD=3.86758;RBI=0.0142291;REFB=-2.71256e-05;REVB=-0.00741151;RO=77;SAF=4;SAR=12;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333005;STB=0.716386;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00262679;OID=.;OPOS=9930537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:93:94:77:78:16:16:0.170213:12:4:39:38:12:4:39:39 chrY 9930543 . T C 83.44 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=92;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0265912;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.734;QD=3.70831;RBI=0.0267015;REFB=-0.0079294;REVB=-0.0024248;RO=79;SAF=3;SAR=10;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338385;STB=0.706139;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0506332;OID=.;OPOS=9930543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:92:90:79:75:13:15:0.166667:10:3:39:40:11:4:38:37 chrY 9930570 . A G 85.53 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0229907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.164;QD=4.07308;RBI=0.0269179;REFB=-0.00486801;REVB=-0.0140001;RO=67;SAF=1;SAR=11;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577375;STB=0.899281;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0348249;OID=.;OPOS=9930570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:84:84:67:68:12:12:0.142857:11:1:35:32:11:1:35:33 chrY 10034887 . CC CG,TG 307.92 PASS AF=0.407407,0.185185;AO=22,10;DP=55;FAO=22,10;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=8,1;FSAR=14,9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0313618,-0.000292735;FXX=0.0181785;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=64.1989,206.21;QD=22.8092;RBI=0.0332384,0.00781944;REFB=-0.0133332,-0.00312184;REVB=0.0110105,0.00781395;RO=22;SAF=8,1;SAR=14,9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0442443,-0.390753;STB=0.524865,0.749375;STBP=0.77,0.136;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0199305,-0.00426112;OID=.,.;OPOS=10034888,10034887;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:22:22:22,10:22,10:0.407407,0.185185:14,9:8,1:7:15:14,9:8,1:7:15 chrY 10034941 . C A 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00261901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.758;QD=14.4198;RBI=0.0141393;REFB=-0.0156674;REVB=-0.0138947;RO=37;SAF=7;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22952;STB=0.631475;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0153889;OID=.;OPOS=10034941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:20:7:17:20:20:7:17:20 chrY 10034954 . A G 155.94 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0209179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.122;QD=10.9428;RBI=0.0262946;REFB=0.00238881;REVB=0.0159327;RO=37;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127107;STB=0.574509;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00761188;OID=.;OPOS=10034954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:13:7:17:20:13:7:17:20 chrY 10034987 . G T 30.45 PASS AF=0.142857;AO=5;DP=41;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0593422;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0201;QD=2.90017;RBI=0.060806;REFB=-0.017848;REVB=-0.0132619;RO=36;SAF=3;SAR=2;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0690316;OID=.;OPOS=10034987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:41:42:36:36:5:6:0.142857:2:3:18:18:3:3:18:18 chrY 10034989 . CA TG 33.8 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00419837;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.501;QD=3.29731;RBI=0.0127125;REFB=-0.0055469;REVB=-0.0119992;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348747;STB=0.512155;STBP=0.927;TYPE=mnp;VARB=0.0345665;OID=.;OPOS=10034989;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:34:35:6:6:0.146341:3:3:18:16:3:3:18:17 chrY 10035029 . A G 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00840686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.088;QD=6.31116;RBI=0.00889352;REFB=-0.00728026;REVB=-0.00290162;RO=34;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182212;STB=0.617402;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0235513;OID=.;OPOS=10035029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:3:7:19:15:3:7:19:15 chrY 10035031 . T G 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0127054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.419;QD=6.31114;RBI=0.0189845;REFB=0.00236847;REVB=-0.0141061;RO=34;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182212;STB=0.617402;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0125161;OID=.;OPOS=10035031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:3:7:19:15:3:7:19:15 chrY 10035086 . T G 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00673185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.666;QD=9.25812;RBI=0.0068898;REFB=-0.00757902;REVB=-0.00146682;RO=28;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231737;STB=0.642602;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0204898;OID=.;OPOS=10035086;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:3:9:16:12:3:9:16:12 chrY 10035128 . C T 44.96 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0109666;FXX=0.0624805;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.764;QD=5.99459;RBI=0.0462559;REFB=-0.0102449;REVB=0.0449371;RO=20;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265835;STB=0.749167;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0378492;OID=.;OPOS=10035128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:32:30:20:23:7:7:0.233333:1:6:14:6:1:6:14:9 chrY 10035146 . CA TG 43.4 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00891554;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=2;MLLD=148.402;QD=5.10563;RBI=0.0188253;REFB=-0.00121006;REVB=-0.0165803;RO=27;SAF=6;SAR=1;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384073;STB=0.76508;STBP=0.168;TYPE=mnp;VARB=0.00418373;OID=.;OPOS=10035146;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:35:34:27:27:7:7:0.205882:1:6:16:11:1:6:16:11 chrY 10035153 . T G 56.38 PASS AF=0.235294;AO=5;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0293379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5043;QD=6.63316;RBI=0.0293493;REFB=0.0163222;REVB=-0.000819946;RO=22;SAF=4;SAR=1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32522;STB=0.776955;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0450253;OID=.;OPOS=10035153;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:34:34:22:25:5:8:0.235294:1:4:12:10:1:7:15:10 chrY 10035159 . A T 49.99 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00492682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2946;QD=4.65062;RBI=0.0233797;REFB=-0.00271165;REVB=-0.0228547;RO=35;SAF=7;SAR=1;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461576;STB=0.819782;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0171801;OID=.;OPOS=10035159;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:43:43:35:35:8:8:0.186047:1:7:19:16:1:7:19:16 chrY 10035424 . A G 35.29 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00211491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1013;QD=2.35272;RBI=0.0520798;REFB=-0.00837327;REVB=-0.0520368;RO=52;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102657;STB=0.581867;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0589103;OID=.;OPOS=10035424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:60:52:53:7:7:0.116667:4:3:18:34:4:3:18:35 chrY 10035433 . T C 32.06 PASS AF=0.12;AO=5;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0114213;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.047;QD=2.56484;RBI=0.015063;REFB=-0.00598582;REVB=-0.00982085;RO=44;SAF=3;SAR=2;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262151;STB=0.619624;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0380886;OID=.;OPOS=10035433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:5:6:0.12:2:3:16:28:3:3:16:28 chrY 10035449 . G C 58.75 PASS AF=0.191489;AO=8;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00942424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.158;QD=4.99984;RBI=0.00944332;REFB=-0.00114312;REVB=0.000600063;RO=38;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979366;STB=0.516094;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00580122;OID=.;OPOS=10035449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:8:9:0.191489:6:2:12:26:6:3:12:26 chrY 10035664 . C G 1691.66 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.775;QD=59.3565;RBI=0.0110077;REFB=-0.0624059;REVB=0.0042614;RO=1;SAF=49;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959154;STB=0.50505;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000710231;OID=.;OPOS=10035664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:64:49:1:0:64:49:1:0 chrY 10035776 . T C 31.28 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0076246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.51;QD=1.81317;RBI=0.081275;REFB=-0.00101713;REVB=0.0809166;RO=54;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154314;STB=0.586595;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0450801;OID=.;OPOS=10035776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:54:62:7:7:0.101449:5:2:22:32:5:2:23:39 chrY 10035822 . T C 52.86 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0515833;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9592;QD=3.15581;RBI=0.0535539;REFB=0.00217024;REVB=-0.0143939;RO=56;SAF=3;SAR=7;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210191;STB=0.640087;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00497133;OID=.;OPOS=10035822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:67:56:57:10:10:0.149254:7:3:26:30:7:3:26:31 chrY 10036057 . GT AC 307.01 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00106668;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=2;MLLD=209.902;QD=22.7417;RBI=0.0117563;REFB=-0.00598089;REVB=-0.0117078;RO=23;SAF=21;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260423;STB=0.644077;STBP=0.017;TYPE=mnp;VARB=0.0113463;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:23:23:31:31:0.574074:10:21:8:15:10:21:8:15 chrY 10036088 . A G 5646.05 PASS AF=0.938725;AO=381;DP=406;FAO=383;FDP=408;FR=.;FRO=25;FSAF=193;FSAR=190;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0107818;FXX=0.00244493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.673;QD=55.3535;RBI=0.0128204;REFB=-0.00247955;REVB=-0.00693654;RO=24;SAF=192;SAR=189;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000444201;STB=0.501465;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000121094;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:406:408:24:25:381:383:0.938725:189:192:12:12:190:193:12:13 chrY 10036105 . T C 9435.92 PASS AF=0.959565;AO=615;DP=645;FAO=617;FDP=643;FR=.;FRO=26;FSAF=427;FSAR=190;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00841366;FXX=0.00310073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.318;QD=58.6993;RBI=0.067138;REFB=-0.0072283;REVB=0.0666087;RO=25;SAF=425;SAR=190;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182716;STB=0.510843;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000295225;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:645:643:25:26:615:617:0.959565:190:425:12:13:190:427:12:14 chrY 10036107 . T C 9897.85 PASS AF=0.964286;AO=646;DP=673;FAO=648;FDP=672;FR=.;FRO=24;FSAF=455;FSAR=193;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00971672;FXX=0.00444438;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.831;QD=58.9158;RBI=0.0183841;REFB=0.000109302;REVB=-0.0156065;RO=24;SAF=453;SAR=193;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162915;STB=0.508571;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-9.58651e-06;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:673:672:24:24:646:648:0.964286:193:453:12:12:193:455:12:12 chrY 10036132 . T C 11044.7 PASS AF=0.962567;AO=715;DP=748;FAO=720;FDP=748;FR=.;FRO=28;FSAF=527;FSAR=193;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0407936;FXX=0.0013351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7885;QD=59.0626;RBI=0.0496385;REFB=0.00128908;REVB=-0.0282818;RO=27;SAF=525;SAR=190;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222282;STB=0.512617;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-5.37861e-05;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:748:748:27:28:715:720:0.962567:190:525:13:14:193:527:13:15 chrY 10036156 . G C 10814.6 PASS AF=0.964481;AO=706;DP=733;FAO=706;FDP=732;FR=.;FRO=26;FSAF=521;FSAR=185;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0124583;FXX=0.00136424;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.029;QD=59.096;RBI=0.0164336;REFB=-0.0319643;REVB=0.0107169;RO=24;SAF=521;SAR=185;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157887;STB=0.509081;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00126349;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:733:732:24:26:706:706:0.964481:185:521:13:11:185:521:14:12 chrY 10036164 . T C 10800.0 PASS AF=0.963165;AO=703;DP=730;FAO=706;FDP=733;FR=.;FRO=27;FSAF=522;FSAR=184;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00826781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.664;QD=58.936;RBI=0.0273384;REFB=0.0498569;REVB=0.0260582;RO=27;SAF=522;SAR=181;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204451;STB=0.510449;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.000497435;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:730:733:27:27:703:706:0.963165:181:522:14:13:184:522:14:13 chrY 10036171 . A G 10754.6 PASS AF=0.965659;AO=701;DP=733;FAO=703;FDP=728;FR=.;FRO=25;FSAF=519;FSAR=184;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0381253;FXX=0.00682119;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.248;QD=59.0912;RBI=0.0391144;REFB=-0.0235371;REVB=0.00874082;RO=26;SAF=517;SAR=184;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207033;STB=0.51135;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000477506;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:733:728:26:25:701:703:0.965659:184:517:13:13:184:519:12:13 chrY 10036189 . C CCGTT 10687.2 PASS AF=1;AO=673;DP=732;FAO=701;FDP=701;FR=.;FRO=0;FSAF=517;FSAR=184;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159788;FXX=0.0384083;HRUN=2;LEN=4;MLLD=230.489;QD=60.9827;RBI=0.0249403;REFB=0.00332592;REVB=-0.0191494;RO=31;SAF=492;SAR=181;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226849;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.04286e-05;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:673:732:701:701:0:517:184:0:0:11:31:492:181:16:15 chrY 10036204 . T C 10396.3 PASS AF=0.96338;AO=684;DP=710;FAO=684;FDP=710;FR=.;FRO=26;FSAF=518;FSAR=166;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0595749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0472;QD=58.5708;RBI=0.0942122;REFB=-0.0317023;REVB=0.0729848;RO=26;SAF=518;SAR=166;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205551;STB=0.51078;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00132524;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:710:710:26:26:684:684:0.96338:166:518:14:12:166:518:14:12 chrY 10036229 . T C 6575.04 PASS AF=0.956332;AO=435;DP=455;FAO=438;FDP=458;FR=.;FRO=20;FSAF=392;FSAR=46;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00306785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.134;QD=57.424;RBI=0.0165601;REFB=0.00355201;REVB=0.0162734;RO=20;SAF=391;SAR=44;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850388;STB=0.542773;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00015535;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:455:458:20:20:435:438:0.956332:44:391:10:10:46:392:10:10 chrY 10036233 . G C 5631.47 PASS AF=0.946701;AO=373;DP=394;FAO=373;FDP=394;FR=.;FRO=21;FSAF=360;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0220394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.488;QD=57.1723;RBI=0.0220432;REFB=-0.00712414;REVB=-0.000410753;RO=21;SAF=360;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227868;STB=0.620876;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000259773;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:394:394:21:21:373:373:0.946701:13:360:12:9:13:360:12:9 chrY 10036269 . A G 829.33 PASS AF=0.810127;AO=64;DP=80;FAO=64;FDP=79;FR=.;FRO=15;FSAF=63;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0232135;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.68;QD=41.9915;RBI=0.0247995;REFB=-0.0195933;REVB=0.00872617;RO=15;SAF=63;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.702813;STB=0.889914;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0104469;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:80:79:15:15:64:64:0.810127:1:63:7:8:1:63:7:8 chrY 10036362 . T C 39.4 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0233422;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.578;QD=4.9247;RBI=0.0234758;REFB=-0.00285481;REVB=0.00250128;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518252;STB=0.857475;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0404091;OID=.;OPOS=10036362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:33:32:21:25:6:6:0.1875:5:1:13:8:5:1:16:9 chrY 10036374 . CA TG 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.000434491;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.061;QD=6.02725;RBI=0.0100015;REFB=-0.010722;REVB=0.00999205;RO=31;SAF=2;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45983;STB=0.79396;STBP=0.08;TYPE=mnp;VARB=0.0399781;OID=.;OPOS=10036374;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:7:2:19:12:7:2:19:12 chrY 10036383 . G C 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0365275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.041;QD=8.508;RBI=0.0369464;REFB=-0.00536419;REVB=0.00554815;RO=31;SAF=2;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530285;STB=0.826219;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00595977;OID=.;OPOS=10036383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:10:2:19:12:10:2:19:12 chrY 10036408 . C A 201.48 PASS AF=0.313725;AO=15;DP=52;FAO=16;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0013888;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.209;QD=15.8021;RBI=0.0032697;REFB=-0.0363456;REVB=0.0029601;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14237;STB=0.517906;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0236657;OID=.;OPOS=10036408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:19:21:15:16:0.313725:10:5:4:15:11:5:6:15 chrY 10036422 . C T 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0238015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.842;QD=9.37518;RBI=0.0460139;REFB=0.000584772;REVB=-0.0393797;RO=39;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259344;STB=0.65451;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00244508;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:41:19:19:0.316667:13:6:21:18:13:6:22:19 chrY 10036438 . C T 154.79 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00467047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.299;QD=7.45982;RBI=0.023297;REFB=-0.0016656;REVB=-0.022824;RO=59;SAF=8;SAR=14;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137983;STB=0.57266;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00674961;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:59:61:22:22:0.26506:14:8:28:31:14:8:28:33 chrY 10036483 . T C 397.2 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00402035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.012;QD=14.1858;RBI=0.0216633;REFB=-0.0146251;REVB=0.0212869;RO=65;SAF=21;SAR=25;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373148;STB=0.52569;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00526732;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:66:46:46:0.410714:25:21:32:33:25:21:33:33 chrY 10036486 . C G 360.76 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0064639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.435;QD=13.1185;RBI=0.0100948;REFB=-0.00304417;REVB=0.00775393;RO=66;SAF=22;SAR=21;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376493;STB=0.502537;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0106709;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:66:67:43:43:0.390909:21:22:34:32:21:22:34:33 chrY 10036503 . T C 106.37 PASS AF=0.17757;AO=19;DP=106;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0370395;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.645;QD=3.97641;RBI=0.0385317;REFB=-0.00561256;REVB=-0.010619;RO=81;SAF=11;SAR=8;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614544;STB=0.574306;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0342508;OID=.;OPOS=10036503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:81:88:19:19:0.17757:8:11:43:38:8:11:43:45 chrY 10036512 . G A 57.16 PASS AF=0.118182;AO=13;DP=110;FAO=13;FDP=110;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.0188431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1619;QD=2.0787;RBI=0.0324229;REFB=-0.0144273;REVB=0.0263853;RO=97;SAF=7;SAR=6;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155224;STB=0.511219;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.109031;OID=.;OPOS=10036512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:110:110:97:97:13:13:0.118182:6:7:51:46:6:7:51:46 chrY 10036518 . C T 187.98 PASS AF=0.256881;AO=28;DP=109;FAO=28;FDP=109;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00892486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.066;QD=6.89834;RBI=0.00945024;REFB=-0.00373174;REVB=-0.00310707;RO=81;SAF=14;SAR=14;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022825;STB=0.513752;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0121271;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:81:81:28:28:0.256881:14:14:42:39:14:14:42:39 chrY 10036519 . G A,GTTGA 112.1 PASS AF=0.0841121,0.11215;AO=9,11;DP=109;FAO=9,12;FDP=107;FR=.;FRO=86;FSAF=5,7;FSAR=4,5;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0233137,0.00241251;FXX=0.0183469;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=209.536,246.354;QD=4.19047;RBI=0.024304,0.0043329;REFB=0.00135761,0.000273559;REVB=0.00686726,0.00359914;RO=88;SAF=5,6;SAR=4,5;SRF=44;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0638459,0.05453;STB=0.539817,0.56325;STBP=0.816,0.658;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00785357,-0.00114295;OID=.,.;OPOS=10036519,10036520;OREF=G,-;OALT=A,TTGA;OMAPALT=A,GTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:109:107:88:86:9,11:9,12:0.0841121,0.11215:4,5:5,6:44:44:4,5:5,7:44:42 chrY 10036530 . ACCC GCCA,GCCC 161.2 PASS AF=0.0869565,0.156522;AO=7,16;DP=112;FAO=10,18;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=6,8;FSAR=4,10;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0251366,-0.0155712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=225.098,136.708;QD=5.607;RBI=0.0264804,0.020372;REFB=-0.0168969,-0.0236756;REVB=-0.00832824,-0.0131361;RO=60;SAF=3,6;SAR=4,10;SRF=18;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.162152,0.104052;STB=0.579671,0.555494;STBP=0.61,0.617;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0478124,0.0413586;OID=.,.;OPOS=10036530,10036530;OREF=ACCC,A;OALT=GCCA,G;OMAPALT=GCCA,GCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:91:112:115:60:86:7,16:10,18:0.0869565,0.156522:4,10:3,6:18:42:4,10:6,8:44:42 chrY 10036544 . CT CC,TC 624.42 PASS AF=0.454545,0.0826446;AO=54,10;DP=121;FAO=55,10;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=31,6;FSAR=24,4;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0114821,-0.0330795;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=191.044,137.591;QD=20.6419;RBI=0.012829,0.0336862;REFB=-0.0141973,-0.00299473;REVB=-0.00572231,-0.0063648;RO=55;SAF=30,6;SAR=24,4;SRF=29;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0260208,0.0906147;STB=0.514262,0.555443;STBP=0.778,0.682;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0147249,0.0275702;OID=.,.;OPOS=10036545,10036544;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:56:54,10:55,10:0.454545,0.0826446:24,4:30,6:29:26:24,4:31,6:30:26 chrY 10036549 . A C 239.38 PASS AF=0.276423;AO=34;DP=123;FAO=34;FDP=123;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.00065644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.871;QD=7.78474;RBI=0.0220586;REFB=-0.00387469;REVB=-0.0220488;RO=88;SAF=21;SAR=13;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903284;STB=0.550143;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00903867;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:88:89:34:34:0.276423:13:21:48:40:13:21:49:40 chrY 10036552 . C T 147.06 PASS AF=0.203252;AO=25;DP=123;FAO=25;FDP=123;FR=.;FRO=98;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=0.0383517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.587;QD=4.78252;RBI=0.0459028;REFB=-0.0103884;REVB=-0.0252232;RO=98;SAF=13;SAR=12;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788346;STB=0.54934;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0324821;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:98:98:25:25:0.203252:12:13:57:41:12:13:57:41 chrY 10036553 . G A 34.06 PASS AF=0.0826446;AO=10;DP=122;FAO=10;FDP=121;FR=.;FRO=111;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=64;FSRR=47;FWDB=-0.0181102;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.832;QD=1.12589;RBI=0.0181237;REFB=-0.00209927;REVB=-0.000701332;RO=110;SAF=6;SAR=4;SRF=63;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315904;STB=0.52214;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0304521;OID=.;OPOS=10036553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:122:121:110:111:10:10:0.0826446:4:6:63:47:4:6:64:47 chrY 10036561 . T C 240.69 PASS AF=0.278689;AO=34;DP=123;FAO=34;FDP=122;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.00226122;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.614;QD=7.89151;RBI=0.00928851;REFB=-0.00985799;REVB=0.00900907;RO=87;SAF=22;SAR=12;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13467;STB=0.576567;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0246791;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:87:88:34:34:0.278689:12:22:47:40:12:22:48:40 chrY 10036586 . TG CA,CG 580.81 PASS AF=0.188679,0.377358;AO=20,40;DP=108;FAO=20,40;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=9,27;FSAR=11,13;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00842439,0.00246562;FXX=0.0185168;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=203.285,96.1422;QD=21.9173;RBI=0.00977611,0.0101393;REFB=-0.00296103,0.00819482;REVB=-0.00496005,-0.00983495;RO=44;SAF=9,27;SAR=11,13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.162354,0.0867013;STB=0.57974,0.563891;STBP=0.406,0.298;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0103919,-0.0220881;OID=.,.;OPOS=10036586,10036586;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:108:106:44:46:20,40:20,40:0.188679,0.377358:11,13:9,27:26:18:11,13:9,27:26:20 chrY 10036590 . T G 113.62 PASS AF=0.186275;AO=19;DP=102;FAO=19;FDP=102;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0136093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.916;QD=4.45551;RBI=0.0192197;REFB=-0.00435911;REVB=-0.0135715;RO=82;SAF=10;SAR=9;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107156;STB=0.562436;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0148752;OID=.;OPOS=10036590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:82:83:19:19:0.186275:9:10:50:32:9:10:50:33 chrY 10036600 . C CG 92.12 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0107082;FXX=0.0422476;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.9459;QD=5.41893;RBI=0.118574;REFB=-0.0239027;REVB=0.11809;RO=60;SAF=13;SAR=9;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114407;STB=0.50276;STBP=0.989;TYPE=ins;VARB=0.052944;OID=.;OPOS=10036601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:22:82:22:68:46:13:9:27:19:92:60:13:9:36:24 chrY 10036606 . A G 143.41 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00065633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.595;QD=8.43611;RBI=0.0170135;REFB=-0.016206;REVB=-0.0170009;RO=48;SAF=14;SAR=6;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151121;STB=0.590814;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0235466;OID=.;OPOS=10036606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:6:14:28:20:6:14:28:20 chrY 10036613 . T G 135.52 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0242023;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.693;QD=8.09077;RBI=0.0252062;REFB=-0.00143594;REVB=-0.00704274;RO=48;SAF=13;SAR=6;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104633;STB=0.56319;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0102287;OID=.;OPOS=10036613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:6:13:29:19:6:13:29:19 chrY 10036617 . C G 70.29 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0398196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.205;QD=4.39338;RBI=0.0426868;REFB=-0.00601064;REVB=-0.0153804;RO=51;SAF=7;SAR=5;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083316;STB=0.560013;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0239428;OID=.;OPOS=10036617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:51:52:12:12:0.1875:5:7:33:18:5:7:34:18 chrY 10036621 . TG CA,CC,CG 332.9 PASS AF=0.0483871,0.16129,0.370968;AO=3,10,23;DP=62;FAO=3,10,23;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=2,5,17;FSAR=1,5,6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00400857,-0.01104,-0.0300078;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=122.318,61.6383,52.5347;QD=21.4775;RBI=0.00424133,0.0110488,0.0306645;REFB=-0.01721,-0.0345309,-0.0583254;REVB=-0.00138575,0.000442264,0.00631241;RO=26;SAF=2,5,17;SAR=1,5,6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0993083,-0.0896548,0.176959;STB=0.584783,0.555446,0.600738;STBP=0.909,0.694,0.219;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0105841,-0.0170237,0.0455505;OID=.,.,.;OPOS=10036621,10036621,10036621;OREF=TG,TG,T;OALT=CA,CC,C;OMAPALT=CA,CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:62:62:26:26:3,10,23:3,10,23:0.0483871,0.16129,0.370968:1,5,6:2,5,17:15:11:1,5,6:2,5,17:15:11 chrY 10036627 . A G 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0270163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.659;QD=10.3432;RBI=0.0329316;REFB=-0.00965496;REVB=-0.0188311;RO=41;SAF=15;SAR=6;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162333;STB=0.595759;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00856502;OID=.;OPOS=10036627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:6:15:24:17:6:15:24:17 chrY 10036638 . A G 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00108618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.883;QD=10.0236;RBI=0.0193094;REFB=-0.011971;REVB=-0.0192788;RO=37;SAF=14;SAR=4;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247927;STB=0.6486;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0349638;OID=.;OPOS=10036638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:4:14:22:15:4:14:22:15 chrY 10036672 . A G 106.59 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0399339;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2201;QD=18.5377;RBI=0.0423791;REFB=-0.00651584;REVB=0.0141869;RO=11;SAF=11;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494616;STB=0.794549;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00771452;OID=.;OPOS=10036672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:25:23:11:11:12:12:0.521739:1:11:6:5:1:11:6:5 chrY 10037768 . T C 4346.15 PASS AF=0.723493;AO=347;DP=481;FAO=348;FDP=481;FR=.;FRO=133;FSAF=173;FSAR=175;FSRF=67;FSRR=66;FWDB=-0.00522248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.282;QD=36.1427;RBI=0.00677819;REFB=0.0116341;REVB=0.00432083;RO=133;SAF=173;SAR=174;SRF=67;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270531;STB=0.501834;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.00395861;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:481:133:133:347:348:0.723493:174:173:67:66:175:173:67:66 chrY 10037786 . G A 243.97 PASS AF=0.115717;AO=67;DP=572;FAO=67;FDP=579;FR=.;FRO=512;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=278;FSRR=234;FWDB=0.00280245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.525;QD=1.68545;RBI=0.0337735;REFB=-0.0031784;REVB=-0.0336571;RO=504;SAF=32;SAR=35;SRF=278;SRR=226;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932405;STB=0.557594;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0296801;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:572:579:504:512:67:67:0.115717:35:32:278:226:35:32:278:234 chrY 10037790 . C T 32.34 PASS AF=0.0472973;AO=28;DP=594;FAO=28;FDP=592;FR=.;FRO=564;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=308;FSRR=256;FWDB=0.0018068;FXX=0.0067113;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.686;QD=0.218531;RBI=0.0307421;REFB=-0.000414315;REVB=-0.0306889;RO=553;SAF=18;SAR=10;SRF=304;SRR=249;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918463;STB=0.594861;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0299601;OID=.;OPOS=10037790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:594:592:553:564:28:28:0.0472973:10:18:304:249:10:18:308:256 chrY 10037791 . C G 5804.04 PASS AF=0.757167;AO=449;DP=595;FAO=449;FDP=593;FR=.;FRO=144;FSAF=254;FSAR=195;FSRF=71;FSRR=73;FWDB=0.0143421;FXX=0.00336129;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.741;QD=39.1504;RBI=0.0150672;REFB=-0.0244464;REVB=0.00461794;RO=143;SAF=254;SAR=195;SRF=71;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318899;STB=0.517866;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00687124;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:595:593:143:144:449:449:0.757167:195:254:71:72:195:254:71:73 chrY 10037797 . T C 5915.6 PASS AF=0.762376;AO=457;DP=609;FAO=462;FDP=606;FR=.;FRO=144;FSAF=267;FSAR=195;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=0.00280467;FXX=0.00492603;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.087;QD=39.0468;RBI=0.0319248;REFB=-0.000203597;REVB=0.0318013;RO=144;SAF=264;SAR=193;SRF=69;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452159;STB=0.523871;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=3.85386e-05;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:609:606:144:144:457:462:0.762376:193:264:69:75:195:267:69:75 chrY 10037807 . T C 6948.18 PASS AF=0.791604;AO=502;DP=646;FAO=528;FDP=667;FR=.;FRO=139;FSAF=299;FSAR=229;FSRF=69;FSRR=70;FWDB=0.0287968;FXX=0.00298949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.139;QD=41.6682;RBI=0.029413;REFB=-0.00776453;REVB=-0.00598917;RO=138;SAF=273;SAR=229;SRF=68;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209043;STB=0.514766;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00200312;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:646:667:138:139:502:528:0.791604:229:273:68:70:229:299:69:70 chrY 10037819 . T C 7429.45 PASS AF=0.787879;AO=566;DP=734;FAO=572;FDP=726;FR=.;FRO=154;FSAF=338;FSAR=234;FSRF=71;FSRR=83;FWDB=-0.00878016;FXX=0.010899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4324;QD=40.9336;RBI=0.107193;REFB=-0.116092;REVB=0.106833;RO=157;SAF=337;SAR=229;SRF=71;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601379;STB=0.528197;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.032941;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:734:726:157:154:566:572:0.787879:229:337:71:86:234:338:71:83 chrY 10037842 . A G 66.92 PASS AF=0.0572139;AO=41;DP=800;FAO=46;FDP=804;FR=.;FRO=758;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=439;FSRR=319;FWDB=0.0035493;FXX=0.00248136;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3684;QD=0.332947;RBI=0.00752044;REFB=-0.00353416;REVB=0.0066302;RO=758;SAF=17;SAR=24;SRF=441;SRR=317;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165925;STB=0.633586;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0483735;OID=.;OPOS=10037842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:800:804:758:758:41:46:0.0572139:24:17:441:317:26:20:439:319 chrY 10037877 . G GC 4035.75 PASS AF=0.896497;AO=465;DP=723;FAO=563;FDP=628;FR=.;FRO=65;FSAF=352;FSAR=211;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0687156;FXX=0.0397547;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.2527;QD=25.7054;RBI=0.139927;REFB=-0.0827636;REVB=0.121893;RO=253;SAF=281;SAR=184;SRF=162;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249027;STB=0.51457;STBP=0.039;TYPE=ins;VARB=0.0445835;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.896497:465:723:563:628:65:352:211:32:33:20:253:281:184:162:91 chrY 10037892 . A G 6080.4 PASS AF=0.829945;AO=271;DP=555;FAO=449;FDP=541;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=278;FSAR=171;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.0487021;FXX=0.0181485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.204;QD=44.9568;RBI=0.0488382;REFB=-0.0619037;REVB=-0.00364272;RO=94;SAF=102;SAR=169;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083696;STB=0.513555;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00887641;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:555:541:94:92:271:449:0.829945:169:102:51:43:171:278:50:42 chrY 10037899 . T C 4878.19 PASS AF=0.80744;AO=367;DP=455;FAO=369;FDP=457;FR=.;FRO=88;FSAF=240;FSAR=129;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.000403998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9238;QD=42.6975;RBI=0.00109829;REFB=-0.0179669;REVB=-0.00102129;RO=86;SAF=238;SAR=129;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306656;STB=0.514868;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00988379;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:455:457:86:88:367:369:0.80744:129:238:49:37:129:240:51:37 chrY 10037912 . T G 3190.62 PASS AF=0.830389;AO=234;DP=282;FAO=235;FDP=283;FR=.;FRO=48;FSAF=147;FSAR=88;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00180147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.528;QD=45.0971;RBI=0.00240846;REFB=-0.010229;REVB=0.00159856;RO=48;SAF=147;SAR=87;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224782;STB=0.511344;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00382807;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:283:48:48:234:235:0.830389:87:147:27:21:88:147:27:21 chrY 10037914 . T C 3081.28 PASS AF=0.835165;AO=228;DP=273;FAO=228;FDP=273;FR=.;FRO=45;FSAF=147;FSAR=81;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.000934881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.32;QD=45.1469;RBI=0.0109235;REFB=-0.00687163;REVB=0.0108834;RO=45;SAF=147;SAR=81;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300367;STB=0.515896;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00370049;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:45:45:228:228:0.835165:81:147:25:20:81:147:25:20 chrY 13262837 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0754493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4564;QD=14.0966;RBI=0.0764156;REFB=-5.87063e-05;REVB=0.0121139;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323019;STB=0.678877;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00264734;OID=.;OPOS=13262837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:9:2:6:7:9:2:6:8 chrY 13262908 . C G 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0292642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.005;QD=15.5707;RBI=0.035943;REFB=-0.0185055;REVB=-0.0208688;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275208;STB=0.662823;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0174227;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:2:9:7:5:2:9:7:5 chrY 13262943 . AC A 870.86 PASS AF=0.741007;AO=92;DP=141;FAO=103;FDP=139;FR=.;FRO=36;FSAF=85;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.106339;FXX=0.0141834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.3356;QD=25.0606;RBI=0.120779;REFB=-0.0511819;REVB=-0.0572694;RO=34;SAF=78;SAR=14;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.204545;SSSB=0.0762556;STB=0.543618;STBP=0.18;TYPE=del;VARB=0.0165813;OID=.;OPOS=13262944;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.741007:92:141:103:139:36:85:18:26:10:99:34:78:14:26:8 chrY 13263067 . A T 3819.23 PASS AF=0.753957;AO=462;DP=641;FAO=524;FDP=695;FR=.;FRO=171;FSAF=279;FSAR=245;FSRF=81;FSRR=90;FWDB=0.0274549;FXX=0.0028694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.209;QD=21.9812;RBI=0.0826281;REFB=-0.092989;REVB=0.0779335;RO=167;SAF=238;SAR=224;SRF=78;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240085;STB=0.51449;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0550398;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:641:695:167:171:462:524:0.753957:224:238:78:89:245:279:81:90 chrY 13263091 . G A 6489.25 PASS AF=0.75976;AO=504;DP=674;FAO=506;FDP=666;FR=.;FRO=160;FSAF=251;FSAR=255;FSRF=69;FSRR=91;FWDB=-0.0281664;FXX=0.0118693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.653;QD=38.9745;RBI=0.0291921;REFB=-0.0178446;REVB=0.00767016;RO=154;SAF=249;SAR=255;SRF=67;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026036;STB=0.515571;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00344472;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:674:666:154:160:504:506:0.75976:255:249:67:87:255:251:69:91 chrY 13263170 . A C 1036.49 PASS AF=0.659259;AO=81;DP=129;FAO=89;FDP=135;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=85;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0389417;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.401;QD=30.7108;RBI=0.0429076;REFB=-0.0177477;REVB=0.018017;RO=48;SAF=3;SAR=78;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567933;STB=0.765683;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0088877;OID=.;OPOS=13263170;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:135:48:46:81:89:0.659259:78:3:16:32:85:4:14:32 chrY 13263175 . A G 881.29 PASS AF=0.675439;AO=77;DP=115;FAO=77;FDP=114;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=75;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0165244;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7026;QD=30.9226;RBI=0.019762;REFB=-0.0130184;REVB=0.0108389;RO=36;SAF=2;SAR=75;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.611211;STB=0.850202;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0198034;OID=.;OPOS=13263175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:36:37:77:77:0.675439:75:2:12:24:75:2:13:24 chrY 13524639 . C T 62.37 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0176999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.398;QD=7.79605;RBI=0.0782943;REFB=-0.00822949;REVB=0.0762674;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179616;STB=0.61376;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0253353;OID=.;OPOS=13524639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:2:7:15:8:2:7:15:8 chrY 13524719 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0523817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7524;QD=8.69127;RBI=0.0555672;REFB=-0.00889037;REVB=0.0185439;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203766;STB=0.627564;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0167588;OID=.;OPOS=13524719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:2:6:10:7:2:6:10:7 chrY 21152662 . CAA C 118.74 PASS AF=0.231884;AO=32;DP=142;FAO=32;FDP=138;FR=.;FRO=106;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=41;FWDB=0.00411283;FXX=0.028167;HRUN=4;LEN=2;MLLD=39.2967;QD=3.44176;RBI=0.0455305;REFB=-0.00578913;REVB=0.0453443;RO=99;SAF=19;SAR=13;SRF=64;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695034;STB=0.515571;STBP=0.869;TYPE=del;VARB=0.0207157;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.231884:32:142:32:138:106:19:13:65:41:99:99:19:13:64:35 chrY 21152701 . G T 682.56 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0030098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.089;QD=21.4981;RBI=0.0121775;REFB=0.00391934;REVB=-0.0117997;RO=60;SAF=38;SAR=29;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289039;STB=0.515861;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00466303;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:60:67:67:0.527559:29:38:36:24:29:38:36:24 chrY 21152719 . T C 557.79 PASS AF=0.538462;AO=54;DP=103;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0178401;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.997;QD=21.4534;RBI=0.0181198;REFB=-0.0209947;REVB=0.0031713;RO=49;SAF=28;SAR=26;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458599;STB=0.522153;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0171914;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:49:48:54:56:0.538462:26:28:28:21:26:30:28:20 chrY 21153609 . T C 1648.32 PASS AF=0.600823;AO=146;DP=243;FAO=146;FDP=243;FR=.;FRO=97;FSAF=64;FSAR=82;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.0793387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5548;QD=27.1329;RBI=0.0805086;REFB=-0.00519439;REVB=0.013675;RO=95;SAF=64;SAR=82;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128423;STB=0.502176;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00426555;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:95:97:146:146:0.600823:82:64:40:55:82:64:42:55 chrY 21154426 . G A 348.5 PASS AF=0.221344;AO=56;DP=253;FAO=56;FDP=253;FR=.;FRO=197;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=88;FSRR=109;FWDB=-0.0162089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.259;QD=5.50986;RBI=0.0196921;REFB=-0.0041342;REVB=0.0111826;RO=196;SAF=33;SAR=23;SRF=87;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184314;STB=0.610131;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0115474;OID=.;OPOS=21154426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:196:197:56:56:0.221344:23:33:87:109:23:33:88:109 chrY 21154466 . T A 1121.63 PASS AF=0.484979;AO=113;DP=235;FAO=113;FDP=233;FR=.;FRO=120;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=-0.0624318;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.771;QD=19.2554;RBI=0.0624336;REFB=0.00587535;REVB=0.000476124;RO=118;SAF=48;SAR=65;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548355;STB=0.53487;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00412726;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:233:118:120:113:113:0.484979:65:48:57:61:65:48:59:61 chrY 22918093 . A G 5178.82 PASS AF=1;AO=326;DP=328;FAO=327;FDP=327;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243966;FXX=0.00304869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.451;QD=63.3495;RBI=0.0200894;REFB=0;REVB=-0.0199407;RO=0;SAF=143;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24916e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20023e-05;OID=.;OPOS=22918093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:328:327:0:0:326:327:1:183:143:0:0:183:144:0:0